जवाहर नवोदय विद्यालय, गढ़बनैली (मुख्य शहर से १४ किमी दूर) सरकार द्वारा संचालित एक प्रतिष्ठित स्कूल है। भारत की प्रमुख विद्यालय शृंखला जी डी गोयनका पब्लिक स्कूल का पटना और गया के बाद पूर्णिया में बिहार का अपना तीसरा परिसर है। पूर्णिया में एक केन्द्रीय विद्यालय भी है। अन्य प्रमुख विद्यालयों में उर्सलाइन कॉन्वेंट अंग्रेजी / हिंदी माध्यम विद्यालय, परोरा में विद्या विहार आवासीय विद्यालय, मिलिया कॉन्वेंट इंग्लिश मिडियम स्कूल, इंडियन पब्लिक स्कूल, बी.बी.एम. हाई स्कूल, डॉन बोस्को स्कूल, डीएवी पब्लिक स्कूल, माउंट जोन मिशन स्कूल, ब्राइट कैरियर इंग्लिश स्कूल, बिजेंद्र पब्लिक स्कूल, सरस्वती विद्या मंदिर, सेंटिल पब्लिक स्कूल (पूर्णिया), सरस्वती शिशु मंदिर और सेंट जॉन्स हाई स्कूल शामिल हैं।