हालांकि, जबकि वायरस प्रभावी रहे हैं, वे विषाक्तता, प्रतिरक्षा और भड़काऊ प्रतिक्रियाओं की तरह, समस्याओं और जीन नियंत्रण और लक्ष्यीकरण मुद्दों मिलवा सकता है। इसके अलावा, जीन को स्थायी उपचारात्मक प्रभाव प्रदान करने के लिए चिकित्सा के क्रम में, शुरू की जीन को मेजबान जीनोम कोशिका के भीतर एकीकृत की जरूरत है। एक यादृच्छिक फैशन, जो एक अंतर्जात मेजबान जीन के विघटन के रूप में अन्य समस्याओं को लागू कर सकते में कुछ वायरल वैक्टर प्रभाव यह.