मुगल प्रशासनिक दस्तावेज़ में इस साम्राज्य को बिलाद-इ-हिंदोस्तान (फ़ार्सी : بِلادِ ہندوستان), या हिंदोस्तान देश , और विलायत-इ-हिंदोस्तान (फ़ार्सी : وِلايَتِ ہندوستان) या हिंदोस्तान डोमिनियन के रूप में संदर्भित करते हैं। पश्चिमी लोगों ने मुग़ल या मग़ूल शब्द का प्रयोग एक सम्राट और एक बड़े साम्राज्य के लिए करता था। शब्द मोगुल (या मुगल/मग़ूल مغول) मंगोल शब्द के अरबी और फ़ार्सी अपभ्रंश से लिया गया है हालाँकि बाबर के पूर्वज मंगोलों की तुलना में फ़ार्सी संस्कृति से ज़्यादा प्रभावित थे। इसके अलावा अरबी ज़ुबान में इस साम्राज्य को सल्तनात अल हिन्दीया (अरबी:سلطنة الهندية) कहा जाता था जो सम्राट औरंगज़ेब की शाही लक़ब से साबित होता है।