उसने जंगलो में विल्काबम्बा नाम की बस्ती से नव-इंका राष्ट्र की स्थापन की जोकि 1572 तक चला। 1541 में लीमा में डिएगो अल्माग्रो द्वारा पिज़्ज़ारो की हत्या कर दी गई, जोकि उसका पूर्व सहयोगी था। स्पेन ने 1542 में पेरू की गवर्नरशाही का गठन किया। इसमें ब्राजील अलावा दक्षिण अमेरिका के अधिकांश क्षेत्रों शामिल थे।