दिन-प्रतिदिन के कार्यों को सामान्य परिषद द्वारा नियंत्रित किया जाता है, जिसमें सभी सदस्यों के प्रतिनिधि शामिल होते हैं। महानिदेशक और चार डिप्टी के नेतृत्व में 600 से अधिक कर्मियों का एक सचिवालय, प्रशासनिक, पेशेवर और तकनीकी सेवाएँ प्रदान करता है। विश्व व्यापार संगठन का वार्षिक आय-व्ययक लगभग 220 मिलियन अमेरिकी डॉलर है, जो सदस्यों द्वारा उनके अंतर्राष्ट्रीय व्यापार के अनुपात के आधार पर योगदान दिया जाता है।