स्तनधारियों की महत्त्वपूर्ण प्रजातियों में हाथी, भालू, लाल पाण्डा, सिवेट, नेवले, रासू, कृंतक, गौर, जंगली भैंस, हिरण, जंगली सूअर और कई नरवानर गण और साथ ही चमगादड़ की प्रचुर प्रजातियां भी मिलती हैं। मेघालय की चूनापत्थर गुफाएँ जैसे सीजू की गुफाओं में देश की कई लुप्तप्राय एवं दुर्लभ चमगादड़ प्रजातियाँ मिलती हैं। यहाँ के लगभग सभी जिलों में हूलॉक जिब्बन भी दिखाई देता है।