१५०४-१५०५ में, सिकंदर लोदी ने आगरा का पुनर्निर्माण किया और इसे सल्तनत की राजधानी बना दिया। यमुना के बाएं किनारे पर स्थित आगरा लोधी शासनकाल में शाही अधिकारियों, व्यापारियों, विद्वानों, धर्मशास्त्रियों और कलाकारों की उपस्थिति के साथ एक बड़े एवं समृद्ध नगर के रूप में विकसित हुआ। यह भारत में इस्लामी शिक्षा के सबसे महत्वपूर्ण केंद्रों में से एक बन गया। सुल्तान ने नगर के उत्तर में सिकंदरा ग्राम की भी स्थापना की और वहां १४९५ में लाल बलुआ पत्थर की एक बारादरी बनाई, जिसे जहांगीर ने एक मकबरे में बदल दिया था, और अब अकबर की महारानी मरियम-उज़-ज़मानी के मकबरे के रूप में जाना जाता है।