मुगल काल आगरा का स्वर्ण युग मुगलों के साथ शुरू हुआ। १६५८ तक आगरा मुगल साम्राज्य की राजधानी होने के साथ-साथ भारतीय उपमहाद्वीप का सबसे प्रमुख शहर था, जिसके बाद औरंगज़ेब ने राजधानी और पूरे दरबार को दिल्ली स्थानांतरित कर दिया।