मस्तिष्क के बारे में फ्राइड की समझ बड़े पैमाने पर व्यख्यानात्मक विधियों, आत्मनिरीक्षण (introspection) और नैदानिक टिप्पणियों पर आधारित थी और इसने विशेष रूप से अचेत संघर्ष, मानसिक तनाव और मनो रोग विज्ञान (psychopathology) पर ध्यान केन्द्रित किया। फ्रुड के सिद्धांत बहुत ही लोकप्रिय हो गए क्योंकि इन्होने कई विषयों जैसे कामुकता (sexuality), दमन (repression) और अचेत मस्तिष्क (unconscious mind) को मनो वैज्ञानिक विकास के सामान्य पहलुओं के रूप में नियंत्रित किया। इन्हें उस समय बड़े पैमाने पर पाबन्द (taboo) विषय माना जाता था और फ्रुड ने सभी समाज में इस पर खुले तौर पर चर्चा करने के लिए इनके लिए एक उत्प्रेरक उपलब्ध कराया. हालाँकि फ्रुड को संभवतः उसके मस्तिष्क के त्रिपक्षीय मॉडल के लिए जाना जाता था, जिसमें आई डी (id), अहंकार (ego) और अति अंहकार (superego) और इडिपस जटिल (Oedipus complex) के बारे में उनके सिद्धांत शामिल हैं, उनकी सबसे स्थायी विरासत शायद उनके सिद्धांत नहीं हैं बल्कि उनके नैदानिक नवाचार हैं, जैसे मुक्त संघ (free association) की विधि और क्लिनिकल इनट्रस्ट इन ड्रीम्स.