Inštitúcie šógunátu  Ródžú a wakadošijori Ródžú () boli predstavení šógunátu. Dohliadali na ómecuke, mačibugjó, ongokubugjó a ďalšie úrady, dozorovali vzťahy s Cisárskym dvorom v Kjóte, kuge (predstaviteľmi šľachty), daimjómi, budhistickými kláštormi a šintoistickými kaplnkami. Mali dohľad aj nad vecami, ktoré sa týkali napríklad rozdelenie lén. Zvyčajne úrad zastávali štyria alebo piati muži. V službe sa striedali po mesiaci. Radili sa o dôležitých veciach. Počas administratívnej reformy v roku 1867 sa úrad dostal mimo priazeň byrokratického systému (ministrov vnútra, financií, zahraničných vzťahov, armády a námorníctva). V princípe sa v úrade rōdžū mohli zamestnať fudai (dediční) daimjóvia s pridelenými lénami viac ako 50 000 koku. V každom prípade bolo potrebné splniť obe kritéria. Veľa menovaní bolo od úradov z bezprostrednej blízkosti šóguna ako soba jōnin, šošidai Kjóta a džodai Osaki. Nepravidelne šóguni vymenúvali ródžú do funkcie tairó (hlavný komorník). Úrad bol obmedzený pre rody Ii, Sakai, Doi a Hotta, ale Jošijasu Janagisawovi bol daný tento titul tiež. Medzi najznámejších patril aj Naosuke Ii, ktorý bol zavraždený v roku 1860 pred bránou do Edského hradu Sakurada. Wakadošijori bol úrad v hierarchii hneď pod rōdžū. Vznikol z skoršieho šesťčlenného rokuninšú (1633 – 1649) a svoj názov a finálnu formu dostal v roku 1662, ale už iba ako štvorčlenný úrad. Jeho primárna zodpovednosť bola za riadenie záležitostí hatamotov a gokeninov, priamych bezprostredných vazalov šóguna. Niektorí šóguni menovali soba jōnin . Táto osoba slúžila ako hovorca medzi šógunom a rōdžū. Význam soba jōnina sa zvýšil počas panovania piateho šóguna Cunajošiho Tokugawu, keď wakadošijori, Masayasu Inaba zavraždil hlavného komorníka Masatošiho Hotta. Z obavy o osobnú bezpečnosť, Cunajoši presunul rōdžū do vzdialenejšej časti hradu. Medzi najznámejších soba jōnin patrili Jošijasu Janagisawa a Okicugu Tanuma. Ómecuke and mecuke Ómecuke and mecuke boli úradníci, ktorí podávali správy pre ródžú a wakadošijori. Päť ómecuke malo na starosti monitorovanie záležitostí daimjóv, kuge a cisárskeho dvora. Mali na starosti objaviť akúkoľvek hrozbu vzbury. Začiatkom obdobia Edo daimjóvia, tak ako Munefuju Jagjū, zastávali úrad a patrili k hatamotom s príjmom viac ako 5000 koku. Aby sa im zvýšila autorita pri rokovaniach s daimjómi, často im bol zvýšený príjem na 10 000 koku a dostali titul kami (starobylý titul, typicky označujúci guvernéra provincie) ako napríklad Bizen-no-kami . Časom, funkcia ōmecuke sa vyvinula do odovzdávania príkazov od šóguna k daimjóm a do administrácie ceremónií na Edskom hrade. Tiež dostali ba starosť ďalšiu zodpovednosť – na dohliadanie na náboženské hrozby a kontrolu strelných zbraní. Mecuke podávali správy wakadošijori a dohliadali na hrozby vazalov voči šógunovi. Boli to policajné sily tisícov hatamoto a gokenin, ktoré boli koncentrované v Edo. Jednotlivé léna (han) mali svoje vlastné mecuke, ktoré obdobne dohliadali na svojich samurajov. San-bugjó San-bugjó ("Traja správcovia") boli džiša, kandžō a mači bugjō. Džiša bugjō bol najvyššie postavený z trojice. Dohliadal na správu budhistických kláštorov ( ji ) a šintoistických kaplniek ( ša ), ktorých bolo veľké množstvo. Tiež zasadal súdnym prípadom, ktoré sa týkali provincií mimo Kantó. Zvyčajne úrad zastával daimjó; s výnimkou Tadasuke Ōoku, ktorý sa stal daimjóm až neskôr. Kandžó bugjó bol ďalší v hierarchii. Štyria úradníci tohto úradu podávali hlásenia rōdžū. Boli zodpovední za financie šógunátu. Mači bugjó bol hlavný mestský správca Edo. Pozícia zlučovala starostu, náčelníka polície (neskoršie aj náčelníka požiarnikov) a sudcu v kriminálnych a občianskych veciach, ktoré sa netýkali samurajov. Dvaja (na krátky čas aj traja) muži, zvyčajne hatamotovia, sa v úrade striedali v mesačnom intervale. Traja mači bugjó sa stali známi prostredníctvom džidaigeki (japonské dramatické dielo): Tadasuke Óoka a Kinširō Tójama ako kladní hrdinovia a Jōzō Torii ako zloduch. San-bugjó tvorili spolu radu nazývanú hjódžóšo . V tomto zložení boli zodpovední za správu tenrjō, dohľad nad gundai, daikan a nad kura bugjō, ako aj vypočutie prípadov týkajúcich sa samurajov. Tenrjó, gundai a daikan Šógunovi priamo patrili krajiny v rôznych častiach Japonska. Tieto boli známe ako bakufu čokkacuči ; do obdobia Meidži bol termín tenrjó ich synonymom. Navyše k teritóriám, ktoré Iejasu vlastnil pred Bitkou pri Sekigahara, boli včlenené krajiny, ktoré získal v tejto bitke a zeme, ktoré získal ako výsledok letného a zimného obliehania Osaky. Na konci sedemnásteho storočia, zem patriaca šógunovi dosahovala výnosy 4 miliónov koku. Do tejto kategórie patrili aj také veľké mestá ako Nagasaki a Osaka a bane, včítane Sado – bane na zlato. Namiesto menovania daimjóv na čelo usadlostí, šógunát určoval správcov na dohľad. Tituly pre týchto správcov boli gundai , daikan a ongoku bugjó . Táto posledná kategória zahŕňala Osaku, Kjóto a Sumpu mačibugjó, a Nagasaki bugjó. Menovaný bol hatamoto.