Politické pozadie  Konflikt medzi prezidentom a predsedom HZDS (od 1994) 15. februára 1993 bol člen HZDS Michal Kováč aj s podporou vtedajšej opozície ako jediný kandidát, na návrh premiéra Vladimíra Mečiara, zvolený v NRSR za prezidenta. Premiér Mečiar sa dostával čoraz viac do konfliktov s čoraz nezávislejším prezidentom. Ten mu odmietol návrh menovať Ivana Lexu za ministra privatizácie. 9. marca 1994 vystúpil prezident v parlamente a predniesol správu o stave republiky, v ktorej vyjadril „ vážne výhrady proti štýlu a etike politickej práce pána Mečiara, proti spôsobu jeho vládnutia a proti praktikám, ktoré vytvárajú konfrontačné ovzdušie v politickom živote “. O dva dni na to, 11. marca 1994 vyjadril parlament Mečiarovi nedôveru. Druhá Mečiarova vláda padla a HZDS odišlo do opozície. K moci sa dostala dočasná vláda Jozefa Moravčíka. Na jeseň 1994 sa konali predčasné parlamentné voľby, ktoré opäť vyhralo HZDS. Mečiarovi blízki spolupracovníci Oľga Keltošová a Ivan Lexa navštívili prezidenta Kováča a vyzvali ho aby podal demisiu. Ten odmietol. Medzitým vznikla vládna koalícia HZDS – SNS – ZRS, ktorá počas ustanovujúcej parlamentnej schôdze z 3. na 4. novembra 1994 uchopila moc v štáte. Ivan Lexa sa stal predsedom nového osobitého úradu parlamentu na kontrolu činnosti SIS. 13. decembra 1994 musel vymenovať prezident tretiu vládu Vladimíra Mečiara a Ivan Lexa sa stal riaditeľom SIS v apríli 1995. Zneužívanie SIS na zisťovanie kompromitujúcich skutočností (1994 - 1995) Riaditeľom SIS do 23. februára 1995 bol Vladimír Mitro. Vladimír Mečiar v apríli 1995 v parlamente oznámil, že SIS proti nemu zneužil prezident Kováč: „Minulý týždeň SIS dala výpoveď dôstojníkovi len preto, že ma odmietol po menovaní do funkcie predsedu vlády sledovať.“ Tvrdenia predsedu vlády, ktoré prezident odmietol, sa dostali do správy, ktorú spracovali poslanci Lexa (od 4. novembra 1994 predseda Osobitného kontrolného orgánu pre činnosť SIS - OKO) a Igor Urban. Napísali v nej, že dvaja príslušníci SIS vypovedali o svojom nadriadenom, že im povedal: „Tajné informácie idú prezidentovi...“ Aj na základe toho v máji 1995 poslanci odhlasovali uznesenie, v ktorom sa hovorí: „ Bolo preukázané, že o činnosti SIS nad rámec zákona... bol nepretržite informovaný prezident .“ Vládna koalícia vedená HZDS potom v parlamente vyjadrila prezidentovi nedôveru aj keď to bolo v rozpore s ústavou. Už predtým 6. marca 1995, schválila vládna koalícia novelu zákona o Slovenskej informačnej službe. Podľa nej mala riaditeľa SIS schvaľovať vláda na návrh jej predsedu bez potreby menovania prezidentom. 18. apríla 1995 sa tak novým riaditeľom SIS stal Ivan Lexa. Ten do funkcie riaditeľa vnútorného spravodajstva (2. sekcia – kontrarozviedka) SIS menoval Jaroslava Svěchotu. Jedným z prvých krokov, ktoré Svěchota urobil, bolo vytvorenie Odboru špeciálnych operácií určeného na vykonávanie tzv. neštandardných operácií. Po odstúpení Lexu z funkcie riaditeľa SIS v roku 1998 bol nájdený analytický materiál, ktorý sa zaoberal spôsobom akým docieliť odstúpenie prezidenta Kováča. Materiál sa našiel pod názvom – Informácia SIS z 26. mája 1995, bol podpísaný Lexom a adresovaný premiérovi Mečiarovi. Alternatívy boli nasledovné : Dobrovoľné odstúpenie prezidenta po tlaku dosiahnutého rozvinutím silnej informačnej kampane, aby bol M. Kováč zdiskreditovaný ako osoba i ako prezident medializáciou dostupných kompromitujúcich skutočností (napr. kauza Orme, Paničov list, kauza Skarabeus, návšteva riaditeľa ruskej spravodajskej služby u prezidenta, okrúhly stôl menšín), vyhľadávanie nových skutočností doma i v zahraničí. Odvolanie prezidenta parlamentným hlasovaním, po získaní podpory 8 až 9 opozičných alebo nezávislých poslancov. Zotrvanie prezidenta vo funkcii s okliešťovaním jeho právomocí, tak aby bol „úplne nestranný“ (teda rezignoval na politiku, najmä na podporu opozície). Existenciu tohto analytického dokumentu potvrdil aj neskorší riaditeľ tajnej služby Vladimír Mitro vo svojej Správe o plnení úloh SIS, ktorú odprezentoval na neverejnom zasadnutí NR SR 12. februára 1999. Podľa Mitra tento dokument je jednoznačným potvrdením, že vedenie SIS v máji 1995 porušilo zákon a SIS sa aktívne zapojila do kampane proti prezidentovi a vykonávala protizákonnú činnosť, ktorej cieľom bolo dosiahnuť personálnu zmenu vo funkcii hlavy štátu. O dokumente 13. marca 2017 hovorili Igor Cibula a Peter Tóth na tlačovej konferencii Asociácie bývalých spravodajských dôstojníkov. Faktom zostáva, že pravosť dokumentu sa nikdy nepodarilo dokázať. Obaja hlavní protagonisti V. Mečiar aj I. Lexa pravosť dokumentu popierajú. Pittnerova správa (1996) poukazuje na neprimerane aktívny postup polície a SIS proti Kováčovi ml. v súvislosti s činnosťou firmy Intercommerce (u nás známe ako kauza Technopol) aj keď bol predpoklad, že nemecké orgány ho vypočujú v septembri v Bratislave. Zatykač vystavený v novembri 1994 prokuratúrou s účelom zabezpečenia výsluchu k potvrdeniu, resp. vyvráteniu podozrenia z trestnej činnosti nemecké orgány nezaslali oficiálne slovenskej strane ani nepožiadali kompetentné slovenské orgány o vydanie Michala Kováča ml. do Nemecka. Nemecký zatykač bol slovenskými policajnými orgánmi získaný iba neoficiálne v decembri 1994, neskôr v marci 1995 bol jeho obsah uverejnený v denníku Slovenská republika, ako i v ďalších masmédiách. V priebehu roku 1995 je zaznamenávané úsilie špeciálne vyčlenených príslušníkov kriminálnej polície a SIS preukázať účasť M. Kováča ml. na kauze Technopol. Kauza Technopol (1992 - 1995) Kauza Technopol bol podvod na firme Technopol a.s. v rozsahu 2,3 milióna dolárov z roku 1992, do ktorého bol v roku 1994 na základe doplňujúcej výpovede obvineného Krylova vtiahnutý aj Michal Kováč mladší. Mníchovská prokuratúra vydala v novembri 1994 medzinárodný zatykač aj na neho. O rok neskôr, v novembri 1995 poskytol Krylov rozhovor Slovenskej televízii. Svoju vinu na podvode nepoprel a zároveň verejne zopakoval obvinenia zo spolupáchateľstva na adresu prezidentovho syna. Mitrova správa (1999) priamo spája zámer kompromitovať Kováča s aktivitami SIS: S cieľom únosu a následného zadržanie M. Kováča ml. orgánmi činnými v trestnom konaní v Nemecku sa opakovane v auguste 1995 stretol riaditeľ 2. sekcie Jaroslav S. s B. Chilom-Ptákom, ktorý bol v príbuzenskom vzťahu s obvineným Krylovom. Chilo-Pták sa potom dvakrát pokúsil vylákať M. Kováča ml. na stretnutie.