Predsedom vlády za HZDS s krátkou prestávkou (1992 – 1998)  Zakladateľ štátu Po voľbách roku 1992, v ktorých HZDS zvíťazilo so ziskom 37,26 % hlasov, sa 24. júna 1992 znova stal predsedom vlády Slovenska (najprv v rámci Česko-Slovenska, od 1. januára 1993 samostatného Slovenska). Ako predseda Slovenskej vlády sa podieľal na rokovaniach s českými predstaviteľmi ohľadom rozdelenia Česko-Slovenska. Podľa prieskumu agentúry MVK, ktorý sa uskutočnil 2. až 9. novembra 2007 na vzorke 1 200 respondentov 47,8 % Slovákov bolo presvedčených, že o vznik samostatnej Slovenskej republiky sa najviac zaslúžil práve on (druhý bol Václav Klaus s 9,7 %). „Faktom je a zostane, že nebyť Mečiara, 1. januára 1993 by Slovenská republika nevznikla. Žiadny z alternatívnych lídrov, ktorí boli k dispozícii (Kňažko, Kováč, Móric, Markuš, Čarnogurský a pod.), by nedokázal získať (vo voľbách) politickú podporu 38 percent hlasov, ktorá viedla k rozdeleniu ČSFR. Problém je, že na rozhodnutia, ktoré urobil, mu podpora voličov HZDS žiadny mandát nedávala.“ Napísal Peter Schutz. „Mytologizácia sprevádzala aj vznik samostatného Slovenska. Na jednej strane mnohí z politikov HZDS, či im blízki novinári, rozprávali o bájnom tisícročnom úsilí slovenského národa o samostatnosť, ale v priamom prenose tiež vytvárali z Vladimíra Mečiara otca vlasti. A to aj napriek tomu, že ešte krátko predtým chcel Mečiar dokopať Čechov do federácie a v programe HZDS sa štátoprávnych riešení nachádzalo viac, ale o samostatnosti nehovoril pred voľbami 1992 nikto okrem SNS.“ Napísal Tomáš Gális. (Otec vlasti bol v staroveku titul rímskych cisárov.)Samotný Mečiar začiatkom júla 1992 pre francúzsky denník Le Monde akýkoľvek vklad do rozpadu Československa poprel: „ Nechceme nezávislosť, tlačia nás do nej. “ Napriek tomu o polnoci 1. januára 1993 prišiel (v sprievode kňaza Antona Hlinku a predsedu Národnej rady Ivana Gašparoviča) na Námestie SNP v Bratislave a desaťtisíc dobre naladeným ľuďom zagratuloval ku vzniku samostatného Slovenska (a získaniu slobody). 1. január sa stal štátnym sviatkom – Deň vzniku Slovenskej republiky a Mečiar pokračoval v budovaní si imidžu zakladateľa štátu. Nešlo však všetko podľa jeho predstáv. 15. februára bol zvolený a 2. marca 1993 nastúpil do funkcie prvého prezidenta Michal Kováč. Na stretnutí s funkcionármi HZDS 27. a 28. novembra 1993 v Zlatej Idke, ktorého nahrávku podľa Mariána Leška sprístupnil niektorý z funkcionárov, Mečiar povedal: „ Ak by sme, nedajbože, museli ísť do predčasných volieb, tak aby sme boli takí silní, že prevalcujeme všetko.. je nám to už proste jedno, my sme už bití ako žito za pozitívnu robotu, že to prevalcujeme, nech sa deje vôľa Božia, že sa do toho pustíme tak, že sa potom budú všetci diviť. “ Jeho predtucha sa splnila. Tri mesiace po Zlatej Idke stratila Mečiarova vláda parlamentnú väčšinovú podporu. Prezident Michal Kováč v marci 1994 predniesol v národnej rade správu o stave spoločnosti, v ktorej kritizoval jeho spôsob vládnutia, čo nakoniec viedlo k predčasným voľbám. Predseda s prestávkou Úrad predsedu vlády zastával do 14. marca 1994, kedy bola jeho vláda odvolaná a nastúpila vláda Jozefa Moravčíka. Po voľbách koncom roka 1994, v ktorých jeho strana opäť zvíťazila, bol od 13. decembra 1994 do 29. októbra 1998 znovu predsedom vlády SR. Počas tejto jeho vlády bol 31. augusta 1995 unesený syn slovenského prezidenta Michal Kováč ml. do rakúskeho Hainburgu a medzi hlavných podozrivých sa dostala slovenská tajná služba SIS. Spojka korunného svedka únosu Róbert Remiáš následne v apríli 1996 zhorel pri výbuchu auta v Karlovej Vsi. Páchateľov únosu a súvisiacej vraždy Remiáša (ak by boli obviňovaní ľudia spájaní s únosom) Mečiar v roku 1998 amnestoval. Tiež došlo k protiústavnému odvolaniu poslanca Františka Gauliedera (1996) a zmareniu referenda o vstupe do NATO a priamej voľbe prezidenta (1997). Slovensko sa začalo pomaly dostávať do medzinárodnej izolácie a nepočítalo sa s jeho prijatím do Európskej Únie ani do NATO.