Klubová kariéra  Holandská anabáza Van Nistelrooy začínal svoju profesionálnu futbalovú kariéru roku 1993 v klubu druhej holandskej divízie FC Den Bosch, kde sa zmenil zo stopéra na hrotového útočníka. Po tom čo vsietil v sezóne 1996-97 v 31 zápasoch 12 gólov, prestúpil do klubu SC Heerenveen za 350 000 eur. V svojej jedinej sezóne v Heerenveene vsietil 13 gólov v 31 zápasoch. Ihneď prestúpil do klubu PSV Eindhoven za sumu 6,3 milióna eur, čo bol vtedajší prestupový rekord medzi dvoma holandskými klubmi. Strelil impozantných 31 gólov v 34 zápasoch, najviac v holandskej Eredivisie a bol tiež druhý v Európe. Ako prídavok vsietil všetky tri góly PSV v zápase Ligy Majstrov proti HJK Helsinki. Ruud zakončil sezónu víťazstvom v ankete o najlepšieho holandského hráča roku. V nasledujúcej sezóne nastrieľal 29 gólov a opäť sa stal kráľom ligových strelcov. Práve v dňoch, keď prestúpil za 18,5 milióna libier do Manchesteru United v lete roku 2000, objavili lekári Manchesteru problémy s jeho stredovými väzmi, van Nistelrooy utrpel zranenie kolena počas tréningovej jednotky. Keď sa v Apríli 2001 sfinalizoval prestup do Manchesteru, United boli nútený zaplatiť PSV ďalších 500 tisíc libier za hráčove služby. Keď konečne úspešne prešiel lekárskou kontrolou, pripojil sa k Manchesteru United za celkovo 19 miliónov libier a podpísal 5-ročný kontrakt s úradujúcim anglickým šampiónom. Manchester United Počas svojej prvej sezóny , nastrieľal 23 gólov v 32 ligových zápasoch a zakončil rok ligovým rekordom, keď sa trafil v ôsmich po sebe idúcich zápasoch. Tiež vsietil 10 gólov v Lige Majstrov a stal sa hráčom roka v PL, celkovo skóroval 36 krát. Van Nistelrooy držal rekord v počte strelených gólov v prvej sezóne (23), prekonal ho až Fernando Torres, ktorý strelil v sezóne 2007/2008 24 gólov. Van Nistelrooy proti Chelsea v Apríli 2006 V sezóne 2002-03, strelil Ruud 44 gólov v 52 zápasoch vo všetkých súťažiach. Strelil 12 gólov v 10 zápasoch Ligy Majstrov a tiež 2 v predkole. Bol najlepším strelcom Premier League z 25 gólmi v 34 zápasoch, dal 3 hetriky a sezónu zakončil opäť vsieteným gólom v ôsmich po sebe idúcich zápasoch. Van Nistelrooy začal sezónu 2003-04 strelením dvoch gólov v prvých dvoch zápasoch, ktoré zvýšili jeho rekord na 10 zápasov. 7. februára 2004, pri výhre 4:3 nad Evertonom strelil svoje góly s poradovým číslom 100 a 101. Tiež prekonal klubový rekord Denisa Lawa v počte gólov v Európskych pohárov. Vymeškal veľkú časť sezóny 2004-05 kvôli zraneniu, ale strelil 8 gólov v Lige Majstrov aj napriek vyradeniu od klubu AC Miláno vo vyraďovacej fáze. V súčasnosti je na treťom mieste v historickej tabuľke strelcov Ligy Majstrov s 57 gólmi, za Raúlom a Andriyom Shevchenkom. Na začiatku sezóny 2005-06 skóroval v prvých štyroch zápasoch United. Sezónu ukončil s 21 gólmi na druhom mieste streleckej tabuľky za Thierrym Henrym z Arsenalu. Holanďan nastrieľal 100 gólov v prvých troch sezónach za United a predbehol tak rekord Denisa Lawa v počte nastrieľaných gólov v Európskych pohároch. Svoje 5 ročné pôsobenie na Old Trafford ukončil s bilanciou 150 gólov v necelých 200 zápasoch. Van Nistelrooy zostal iba na striedačke vo finále Ligového poháru proti Wiganu Athletic, čo zvyšovalo špekulácie o jeho problémoch s Alexom Fergusonom, ktoré Ruud poprel. Rovnako zostal na lavičke aj v nasledujúcich šiestich ligových zápasoch a aj keď sa vrátil do zostavy a strelil víťazné góly proti West Hamu a Boltonu, jeho predchádzajúca neprítomnosť pomohla k víťazstvu v tabuľke strelcov Thierrymu Henrymu. Nové pochybnosti okolo Van Nistelrooyovej budúcnosti sa začali šíriť po poslednom zápase sezóny proti Charltonu, keď sedel iba na lavičke. Ferguson zdôvodňoval tým, že Ruud opustil štadión 3 hodiny pred výkopom. 9. mája 2006 informovala Setanta Sports, že sa počas tréningu pobil so spoluhráčom Cristianom Ronaldom. Van Nistelrooy údajne kritizoval Ronaldov sklon k sólovaniu, namiesto toho aby prihral loptu spoluhráčom, čo spôsobilo šarvátku, po ktorej Holanďan podotkol Choď sa vyplakať za ockom. Obaja hráči majú o tom incidente zakázané hovoriť. Real Madrid Van Nistelrooy v akcii za Real Madrid. 14. júla 2006 van Nistelrooy podpísal kontrakt zo španielskym klubom Real Madrid a opustil tak Manchester United za ktorý nastrieľal 150 gólov v necelých 200 zápasoch a takisto rekordných 38 gólov v Lige Majstrov. Prestupová čiastka činila 12,3 milióna libier a Ruud podpísal 3 ročnú zmluvu. V svojom druhom zápase v Primera División strelil hetrik nováčikovi z Levante a 12. novembra 2006 vsietil všetky štyri góly Realu pri víťazstve 4:1 nad Osasunou. Real Madrid získal v sezóne 2006-07 španielsky titul a Van Nistelrooy vyhral tabuľku strelcov v svojej prvej sezóne s 25 gólmi a utvoril rekord Primera División, keď sa trafil v siedmich zápasoch v rade, tento výkon dokázal len Hugo Sanchez. V januári 2008 podpísal Van Nistelrooy zmluvu, ktorá ho udrží v Madride do roku 2010 a vyprší deň pred jeho 34. narodeninami. V marci podstúpil operáciu členku a vrátil sa 7. mája v derby zápase proti Barcelone v ktorom dva minúty po príchode na ihrisko premenil penaltu. Sezónu ukončil s 20 gólmi v 32 zápasoch. V novembri 2008 Real oznámil že Van Nistelrooy vynechá zvyšok sezóny 2008-2009 potom, čo artroskopia odhalila čiastočne roztrhnutý meniskus v pravom kolene. Predpokladaná doba liečby bola 6 až 9 mesiacov nasledovaná druhou operáciou. Van Nistelrooy odcestoval do USA za špecialistom Richardom Steadmanom, ktorý operoval to isté koleno v roku 2000. Do zranenia mal na konte 10 gólov v 12 zápasoch. Real ho vypísal zo súpisky pre zvyšok sezóny 2008-2009 a jeho číslo dostal Dani Parejo.