Životopis Narodil sa v meste Marcos Paz v provincii Buenos Aires, v roku 1934 úspešne absolvoval Národnú vojenskú akadémiu. Následne bol prevelený ku kavalérii. V roku 1959 dosiahol hodnosť brigádneho generála, čím sa zaradil medzi najvyšších predstaviteľov ozbrojených síl. Armáda sa v nasledujúcich rokoch rozdelila na dve frakcie. Na jednej strane stálo krídlo Azules, teda Modrých a na druhej Colorados, teda Červených. Azules podporovali civilnú vládu zameranú proti komunizmu a Colorados požadovali vojenskú diktatúru. Onganía sa stal jedným z vodcov modrej frakcie, tá postupne začala pripúšťať návrat Peronizmu, no nie Juana Peróna do politického života krajiny. Peronizmus totiž táto časť armády pokladala za umiernenú sílu podporujúcu nacionalizmus a kresťanstvo, ktorá je potrebná na odobratie hlasov extrémnej ľavici. Modrí v septembri 1962 presadili vymenovanie Onganíu za veliteľa ozbrojených síl, čo však bol výsledok kompromisu, keď sa obe frakcie museli vzdať časti svojich požiadaviek. Od roku 1963, teda od nástupu prezidenta Artura Umberta Illiu, sa ekonomická situácia Argentíny postupne zhoršovala. V roku 1965 sa vláda rozhodla usporiadať nové parlamentné voľby, aby umožnila Perónistom účasť, pretože Illia časom nebol spokojný s tým, že vyhral v neslobodných voľbách. Voľby však vyhrali Perónisti, čo spôsobilo v armáde veľkú nespokojnosť. K armáde sa v nespokojnosti pridali statkári a priemyselníci, ktorí neboli spokojní s deficitom štátneho rozpočtu, vládnou kontrolou cien, uprednostňovaním štátnych spoločností a zmrazením vysokých daní. Proti vláde sa postavili aj najväčšie noviny v krajine, ktoré začali proti prezidentovi systematickú antikampaň. K nespokojným sa pridali aj Spojené štáty, ktoré začali podporovať časť armády presadzujúcu vojenský prevrat. Zvrhnutie prezidenta začala po čase podporovať väčšina armády a aj veľká časť politického spektra. Vláda následne pristúpila k úsporným opatreniam, ktoré vyvolali veľké demonštrácie a nespokojnosť. 28. júna 1966 sa rozhodla armáda riešiť situáciu novým pučom. Prevrat prebehol prakticky bez násilia, keďže občania boli k prezidentovi a vláde už úplne ľahostajní. Prezident Illia bol vyzvaný na rezignáciu, čo odmietol, keď vyhlásil, že on je najvyšším veliteľom ozbrojených síl. Vojsko následne obkľúčilo prezidentský palác a prítomný veliteľ prezidentovi odkázal, že už nie je schopný garantovať bezpečnosť ľudí v okruhu prezidenta. Za tejto situácie tak Illia odstúpil. Vlády sa na zvyšok dňa ujala vojenská chunta zložená z generála Pascuala Pistariniho za pozemné vojsko, generála Adolfa Álvareza za letectvo a admirála Benigna Varelu za námorníctvo. Títo následne rozhodli, že novým prezidentom sa stane generál Juan Carlos Onganía, ktorého na druhý deň vymenovali do funkcie. Prevrat nazvali ozbrojené sily Argentínskou revolúciou. Vojsko pod vedením Onganíu sa rozhodlo prekvapivo pre zavedenie čisto vojenskej vlády. Došlo k zákazu politických strán, z univerzít boli vylúčení nepohodlní pedagógovia a študenti a niektorí vodcovia odborov boli zatknutí. Hlavne zásah proti univerzitám bol veľmi tvrdý, stovky študentov a pedagógov bolo zatknutých počas jedinej noci, ktorá sa nazýva noc dlhých palíc podľa palíc, ktoré vojaci proti študentom pri zásahu používali. Armáda ohlásila začiatok tzv. Argentínskej revolúcie (Revolución Argentina), čo mal byť už názov pre nový vládny program. Ciele tejto revolúcie však boli stanovené iba veľmi všeobecne, takže jej koniec sa nedal vôbec odhadnúť. Vláda pristúpila k devalvácii meny v snahe zlepšiť ekonomickú situáciu štátu a podporiť export. Veľmi rýchlo sa podarilo výrazne znížiť infláciu a naštartovať hospodársky rast. V Argentíne sa začalo so stavbou prvej jadrovej elektrárne. Ale veľké množstvo bankrotov súkromných firiem rýchlo počiatočné úspechy zastavilo. Výrazne vzrástlo aj daňové zaťaženie a veľa strategických podnikov prešlo do rúk zahraničných vlastníkov. Ako reakcia na tento postup armády vzniklo postupne niekoľko masových protestov, ktoré prerástli do pouličných bojov. V meste Córdoba začalo povstanie cordobazo (koniec mája 1969). Toto povstanie trvalo niekoľko dní až kým ho armáda veľmi tvrdo nepotlačila. V meste Corrientes protestovali študenti v rámci protestu correntinazo, aj toto povstanie bolo tvrdo potlačené. Napriek tomu následne prebehli ďalšie demonštrácie po celej Argentíne, pričom práve tieto sú považované za začiatok konca vlády Onganíu. Začali sa tiež objavovať ľavicové gerilové (teroristické) skupiny ako Montoneros či Ľudová revolučná armáda (Ejército Revolucionario del Pueblo, v skratke ERP). Napriek tomu chcel Onganía vládnuť ďalej, veliteľom ozbrojených síl dokonca povedal, že ani podnik sa nemôže reštrukturalizovať za 10 či 20 rokov. Zvrat situácie začal 29. mája 1970, kedy bol unesený bývalý prezident generál Pedro Eugenio Aramburu ľavicovou gerilovou organizáciou Montoneros. Únoscovia okrem iného požadovali navrátenie tela bývalej prvej dámy Evy Perónovej, ale potom, čo vláda ich požiadavky nesplnila, únoscovia Aramburua zastrelili. Objavili sa však aj podozrenia, že bývalého prezidenta nechal zavraždiť sám Onganía, lebo sa obával, že by armáda mohla Aramburua presadiť na jeho miesto. Vražda bývalého prezidenta veľmi oslabila postavenie Onganíu, na čo už reagovali ozbrojené sily a 8. júna 1970 ďalším vojenským prevratom prezidenta zosadili. Na čelo krajiny sa dostal admirál Pedro Gnavi, veliteľ prevratu, ktorý prechodne vládol do 18. júna, kedy bol za prezidenta vymenovaný generál Roberto Marcelo Levingston. Napriek nesúhlasu s týmto postupom odišiel radšej Onganía do dôchodku. Zomrel v júni 1995 v Buenos Aires na infarkt myokardu.