Dejiny Pred druhou svetovou vojnou bol tábor určený najmä pre, vtedy nazývaných, „asociálov a kriminálnikov“. Tábor bol strategicky umiestnený tak, aby boli väzni využívaní ako neplatená pracovná sila, ktorá ťažila žulu z miestneho lomu. Lom patril spoločnosti DEST, ktorá sa zaoberala výrobou stavebných materiálov a ktorú vlastnila SS. Počas druhej svetovej vojny, bola väčšina väzňov z východných okupovaných území. Boli ubytovaní v 16 veľkých barakoch a krematórium bolo postavené v údolí priamo za táborom. V septembri 1939, tu SS transportovala 1 000 politických väzňov z tábora Dachau. Medzi rokmi 1941 a 1942 tu bolo transportovaných približne 1 500 poľských väzňov, najmä členov poľského odboja. V júli 1941, zastrelili stráže SS 40 poľských väzňov a to na strelnici za táborom. Od februára do septembra 1941 popravili jednotky SS približne jednu tretinu poľských väzňov. Počas vojny nechali jednotky SS popraviť desiatky tisíc sovietskych vojnových zajatcov. Vo Flossenbürgu ich bolo na konci roku 1941 popravených viac ako 1 000. Pre sovietskych zajatcov bol dokonca zriadený špeciálny tábor vo vnútri Flossenbürgu. Popravy sovietskych zajatcov tak sporadicky prebiehali počas celého roku 1944. Sovietski zajatci sa nachádzali v pod-tábore Mülsen St. Micheln, kde 1. mája 1944 vypuklo masové povstanie a pokus o útek. Podpálili baraky a zabili niekoľko väzňov, ktorí boli lojálni SS a vykonávali ich rozkazy. Povstanie bolo potlačené a nikomu sa nepodarilo utiecť. Počas povstania zomrelo na popáleniny a iné zranenia skoro 200 väzňov. SS odviedla 40 vodcov povstania priamo do väznice vo Flossenbürgu, kde boli neskôr popravení. Vo februári 1943 bolo v hlavnom tábore viac ako 4 000 väzňov. Viac ako polovicu z nich tvorili politickí väzni (najmä Sovieti, Česi, Holanďania a Nemci). Nemeckých kriminálnikov bolo asi 800, homosexuálov viac ako 100 a 7 boli Svedkovia Jehovovi. Počas vojny bola nútená práca kľúčová pre nemecké zbrojenie. Výsledkom bolo expandovanie tábora, ktorý začlenil približne 100 pod-táborov, ktoré sa koncentrovali najmä v okolí zbrojárskeho priemyslu na juhu Nemecka a v západnom Česko-Slovensku. 1. septembra 1944 sa Flossenbürg stal tréningovým táborom pre veľké množstvo ženských strážnik (Aufseherinnen), ktoré boli verbované násilím z nemeckých a poľských tovární. Celkovo bolo vycvičených viac ako 500 žien, ktoré po čase odišli do pod-táborov. Tieto ženy obsadili pod-tábory ako Dresden Ilke Werke, tábor Freiberg, koncentračný tábor Helmbrechts, Holýšov, Leitmeritz, Mehltheuer, Neustadt bei Coburg, Norimberg-Siemens, Oederan, a Svatava a je známe, že šesť členiek SS (SS-Helferinnenkorps) obsadili pod-tábor Gundelsdorf. Roku 1945 bolo v celom systéme tábora Flossenbürg približne 40 000 väzňov, vrátane 11 000 žien. Väzni museli pracovať v lome a v zbrojárskom priemysle. Podvýživa, choroby a prepracovanie bol medzi väzňami častý jav a spolu s tvrdým zaobchádzaním stráži viedol takýto prístup k smrti tisícov väzňov. Predpokladá sa, že medzi aprílom 1944 a aprílom 1945 bolo vykonaných viac ako 1 500 rozsudkov smrti. Za týmto účelom bolo namontovaných šesť nových šibeníc. Tempo denných popráv v posledných mesiacoch prevýšilo kapacitu krematória. Oddiel SS tento problém vyriešil tak, že telá ukladali na kopy a pomocou benzínu ich zapálili. Odsúdení na smrť boli pred popravou držaní niekoľko dní osamote v tzv. bunkri, v tme a bez jedla. Medzi popravenými spojeneckými dôstojníkmi bol agent SOE vo Francúzsku Gustave Biéler (popravený 6. septembra 1944). V ten deň boli popravení viacerí agenti SOE, pretože Nemci chceli s blížiacou sa porážkou získať čo najviac informácií. 29. marca 1945 bolo obesených 13 agentov SOE vrátane Jacka Agazariana a Briana Raffertyho. Spolu s nemeckým admirálom a odporcom nacizmu Hansom Osterom, boli vojenský právnik Karl Sack, teológ rev. Dietrich Bonhoeffer a Ludwig Gehre s Wilhelmom Canarisom pred svedkami ponížení a popravení 9. apríla 1945. V čase popravy bol Canaris ocenený železným krížom, nemeckým krížom a krížom cti. 1. augusta 2007 bol vo Flossenbürgu odhalený pamätník na jeho počesť. Významní väzni Princ Filip, langróf Hesenska – slúžil ako guvernér Hesensko-Kasselska, člen NSDAP. Zo strany odišiel a vo Flossenbürgu bol uväznený v septembri 1943. Pravnuk kráľovnej Viktórie. Wilhelm Canaris, veliteľ Abwehru (vojenská spravodajská služba) 1935 – 1944 a člen nemeckého odboja Kurt Schumacher, budúci vodca SPD Dmitrij Michajlovič Kardyšev, generál červenej armády v rokoch 1943 – 1944 Ignacy Oziewicz, veliteľ polovojenskej organizácie Narodowe Sily Zbrojne Dietrich Bonhoeffer, nemecký luteránsky kňaz a teológ Rudolf Viest a Ján Golian, slovenskí generáli a velitelia SNP boli pravdepodobne popravení vo Flossenbürgu Pochod smrti a oslobodenie Pohľad na tábor po oslobodení v apríli 1945 Na začiatku apríla 1945 sa ku táboru začali blížiť jednotky USA. Oddiel v tom čase SS popravil generála Hansa Ostera, admirála Wilhelma Canarisa, Rev. Dr. Dietricha Bonhoeffera, Dr. Karla Sacka, Dr. Theodora Strüncka a generála Friedricha von Rabenau, ktorí boli zapojení do Stauffenbergovho pokusu o prevrat 20. júla 1944. Spolu s nimi bol popravený člen francúzskeho odboja Simone Michel-Lévy, ktorý organizoval povstanie v tábore. 20. apríla 1945 začala nútená evakuácia 22 000 väzňov, vrátane 1 700 Židov, pričom boli ponechaní iba chorí a nevládni. Pri pochode smrti do koncentračného tábora Dachau boli väzni, ktorí nedržali krok zastrelení. Kým prišli do Dachau, viac ako 7 000 väzňov bolo zastrelených alebo skolabovali a zomreli Kým armáda USA oslobodila tábor 23. apríla 1945, zomrelo vo Flossenbürgu viac ako 30 000 väzňov. Vojaci 90. a 97. pechotnej divízie našli v tábore približne 1 600 chorých a oslabených väzňov neschopných pešieho transportu, ktorých nacisti nestihli povraždiť.