Primárna misia  Výjazd do terénu Počas druhého dňa na Marse (solu), Opportunity vyskúšala svoje vedecké prístroje a neskôr tiež rádiový prenos pomocou vysokoziskovej antény. Všetky testy dopadli úspešne. 28. januára robot rozložil predné kolesá a uzamkol ich nosný systém v definitívnej polohe. Nasledujúci deň (sol 5) sa predná výjazdová rampa naklonila, až sa dotkla povrchu, aby z nej rover mohol bez problémov zísť. Prebehla aj ďalšia etapa vyklápania podvozku, pri ktorom sa pripravil na cestu zadný pár kolies. 30. januára sa pripravil posledný pár – stredný – a na Zemi zatiaľ padlo konečné rozhodnutie, že rover opustí svoj pristávací modul do 24 hodín. 31. januára vyslalo riadiace stredisko roveru povel na opustenie plošiny. Opportunity presekla posledný kábel spájajúci ju s pristávacím modulom a dala sa do pohybu v čase 09:50:07 UT. Zastala na marťanskej pôde po prejdení asi trojmetrovej dráhy. Potom odoslala na Zem snímku prázdnej pristávacej plošiny a odtlačkov svojich kolies v marťanskom prachu. Na rozdiel od jej dvojčaťa Spiritu Opportunity nestretli pri výjazde nijaké komplikácie a mohla do terénu zamieriť priamou cestou. Spektrometer TES predbežne potvrdil prítomnosť minerálu hematitu v mieste pristátia sondy. Hematit je minerál, ktorý vzniká za prítomnosti vody, takže môže poukazovať na prítomnosť vody v tejto oblasti v minulosti. V nasledujúcich dňoch sa Opportunity vydala smerom k odkrytému skalnému podložiu, pričom snímkovala povrch Marsu a analyzovala pôdu spektrometrami. Na záberoch zo 4. februára vedcov zaujali guľové zrná spočívajúce v prachu medzi obyčajnými nepravidelnými kameňmi. Počas pätnásteho solu (8. februára) rover dorazil k prvému kameňu pomenovanému ako Stone Mountain (angl. kamenná hora) a začal jeho detailný prieskum mikroskopickou kamerou a a oboma spektrometrami. Na záberoch kameňa sa opäť objavili drobné guľové zrnká. Prvé brúsenia kameňov Súbor:Xpe pubeng approved 032304 color berry bowl-B060R1 br.jpg|left|thumb|Detailný obrázok plochého kameňa s množstvom drobných guľových zrniek. Táto oblasť bola nazvaná Berry Bowl (angl. misa s čučoriedkami) Po skončení práce sa Opportunity vydala na pomalú cestu okolo skupiny skál, pričom opäť nachádzala malé guľaté zrnká. Po prejdení krátkych úsekov cesty robot snímkoval a pozoroval. Hneď ako ukončil hrubý prieskum skalísk, dostal príkaz prejsť na miesto, kde bola zistená vysoká koncentrácia hematitu. Po dosiahnutí tohto miesta ho preskúmal všetkými prístrojmi. 16. februára tiež pozoroval stav marťanskej atmosféry spolu so sondou Mars Global Surveyor. Nasledujúci deň Opportunity pomocou pravého predného kolesa vyhrabala v teréne 10 centimetrov hlbokú jamku a v ďalších dňoch skúmala novoodkrytý materiál. Skúmanie brázdy sa skončilo 20. februára (sol 26) a rover sa vydal k novému cieľu – oblasti El Capitan . 23. februára Opportunity vyvŕtala do jedného z kameňov tejto oblasti dierku hlbokú 4 milimetre. Prvá analýza vrtu trvala 5 hodín, následne ju Mössbauerov spektrometer pozoroval ešte 24 hodín. 27. februára rover vybrúsil druhú dieru. Prieskum oboch vrtov sa skončil 1. marca 2004, kedy sa Opportunity vydala k novému cieľu – ku kameňu pomenovanému Last Chance (angl. posledná šanca). Zatmenia Slnka S menšími problémami, ktoré vyplývali zo sklonu svahu, sa rover napokon dostal do cieľovej oblasti a 3. marca ju začal skúmať. Počas prieskumu Last Chance došlo k prechodu menšieho Marsovho mesiaca Deimos cez slnečný disk. Sonda udalosť sledovala panoramatickou kamerou. Prechod mesiaca Deimos cez slnečný disk Prechod mesiaca Fobos cez slnečný disk 5. marca sa vozidlo znova pohlo a jeho ďalším cieľom sa stala oblasť Slick Rock (angl. vybrúsený kameň). Do jedného kameňa tejto oblasti sa Opportunity pokúšala vŕtať, ale neúspešne. Neskôr sa zistilo, že vŕtací nástroj sa kameňa ani nedotkol. Druhý, tentoraz úspešný pokus o vyvŕtanie diery prebehol 9. marca. Vŕtanie zastavil náraz do malých guľatých útvarov („čučoriedok“), ktoré už boli predtým niekoľkokrát pozorované. Vŕtačka sa dostala do hĺbky asi a potom rover začal meranie vo výbruse. 10. marca nastal ďalší prechod mesiaca popred slnečný disk, tentoraz však išlo o väčší Fobos. Z pozemského pohľadu je takáto udalosť vlastne zatmením, ale ani jeden mesiac Marsu nemá dostatočnú uhlovú veľkosť na to, aby Slnko úplne prekryl. Marťanské „čučoriedky“ sú podľa analýzy údajov vyslaných Opportunity tiež z hematitu. Na základe toho možno usudzovať, že planina Meridiani bola v dávnej minulosti celá zaplavená vodou. Phillip Christensen, člen tímu MER, vyhlásil: „Čučoriedky sú konkrécie, ktoré sa postupne vytvorili v sedimentoch vysychajúcich marťanských morí.“ Podľa kalifornského astrobiológa Rhawna Gabriela Josepha a jeho tímu sa drobné guľaté štruktúry zväčšili. Spolu s ich vonkajšou podobnosťou týchto útvarov s pozemskými hubami a lišajníkmi to viedlo Josepha k záveru, že ide o živé organizmy. Štúdia však nevyvolala väčšiu odozvu a nie je sama osebe dôkazom života na Marse. Výjazd z krátera 11. a 12. bol výskum zameraný na „čučoriedky“ a vtedy vznikla aj snímka Berry Bowl (čučoriedkovej misy). Napokon sa ešte sonda pokúsila svojím predným kolesom odrieť kameň Carousel (kolotoč) a vzápätí sa vybrala na druhú stranu kráteru, aby začala s výskumom piatich vybraných oblastí. Túto fázu výskumu ukončila 21. marca. Potom sa pokúsila po prvýkrát vyjsť z krátera, v ktorom sa nachádzala od svojho pristátia. Kolesá roveru sa však pokĺzavali na stenách krátera a vyjsť sa mu podarilo až 22. marca inou trasou. Bounce Rock Na okraji krátera potom prebiehali spektroskopické merania a tvorba panoramatických snímok. Po skončení tejto práce Opportunity zamierila ku kameňu Bounce (angl. náraz), do ktorého narazila ešte vo vnútri pristávacieho modulu počas pristávania a prevrátila ho. Došlo však k problémom v záložnom pamäťovom súbore a 30. marec strávil robot v nečinnosti. Technikom sa však podarilo poruchu lokalizovať a podnikli opatrenia, aby táto porucha neovplyvňovala ďalšiu prácu Opportunity. Aj do kameňa Bounce sa sonda pokúšala vŕtať a výsledkom bola dierka vyše hlboká. V kameni sa našli bublinky plynu, ktoré svojím zložením pripomínajú bublinky v niektorých meteoritoch z Marsu. Spektrometer navyše zistil, že väčšinu materiálu Bounce tvorí sopečný materiál pyroxén. Objav bol veľmi prekvapivý, pretože horninu s takýmto zložením nenašli zatiaľ ani roboty, ani sondy na obežnej dráhe Marsu. Cesta ku kráteru Endurance Prieskum kameňa a vrtu v ňom pokračoval do 4. apríla. Potom sa vydal na dlhú cestu smerom od krátera Eagle ku kráteru Endurance . 5. apríla sa zastavil v oblasti nazvanej Anatolia , ktorej geologické podložie pripomínalo podložie krátera Eagle . Rover prešiel okolo koryta v tejto oblasti a vyhĺbil brázdu do prachového povrchu. Od 10. apríla do 13. apríla bol robot v nečinnosti, pretože v tom čase prebiehalo nahrávanie nového riadiaceho softvéru zo Zeme. Nový program obsahoval tri zásadné vylepšenia. S novým softvérom robot pokračoval v pomalej ceste ku kráteru Endurance . Jeho ďalším medzicieľom sa stal kráter Fram . Dorazil k nemu 20. apríla. Technici na Zemi vybrali kameň na okraji krátera, ktorý dostal prezývku Pilbara a do neho 21. apríla robot navŕtal rekordne hlbokú, 7,2 milimetrovú dierku. Výskum kameňa pokračoval dva dni a potom sa Opportunity opäť pohla smerom ku kráteru Endurance . 23. marca po skončení denného presunu vyhĺbila ďalšiu plytkú ryhu v marťanskej pôde, ktorú preskúmala. 25. marca (sol 90) nastalo ukončenie primárnej trojmesačnej misie pôvodne naplánovanej pre rover. Za ten čas Opportunity prekonala vzdialenosť 811,57 metra a na Zem odoslala 12 429 obrázkov.