Predseda vlády za VPN (1990 – 1991) Po prvých slobodných voľbách v júni 1990 vytvorila vládu na Slovensku koalícia VPN, Kresťanskodemokratické hnutie a Demokratická strana. Aj vďaka popularite, ktorú si stihol vytvoriť svojimi častými verejnými vystúpeniami (napr. aj počas vzbury vo väznici Leopoldov v marci 1990), sa po voľbách ocitol v role hlavného kandidáta víťaznej VPN na predsedu slovenskej vlády v rámci česko-slovenskej federácie. Mečiara vehementne odporúčal za predsedu vlády aj tribún revolúcie Milan Kňažko. Vo funkcii predsedu vlády však pôsobil kratšie ako rok od 27. júna 1990 do 23. apríla 1991. Už štyri mesiace po zostavení svojej vlády v októbri 1990 postavil politickú scénu pred otázku „buď ja, alebo on“. Domáhal sa, aby odstúpil minister vnútra Anton Andráš (KDH), ale jeho žiadosti šéfovia VPN a KDH nechceli vyhovieť. Andráš odporoval, ale Mečiar trval na jeho odchode argumentujúc bizarnými obvineniami (napríklad, že chce proti nemu vytiahnuť materiály, že bol agentom KGB, ktoré aj keby mal, nakoniec nevytiahol). Mečiar zvíťazil, keď Andráš podal demisiu. Nahradil ho od 22. novembra 1990 Ladislav Pittner (KDH), s ktorým mal Mečiar neskôr tiež podobné spory (napríklad v apríli 1991, keď vypukla kauza Tisova vila). Schopnosť dramatizovať a odhaľovať (protislovenské) konšpirácie tým, že dokumenty (napríklad o spolupracovníkoch bývalej Štátnej bezpečnosti z radov žurnalistov, politikov i duchovných) našiel jednoducho na stole, neprestal používať ani v ďalšej kariére. „ Prežil som deväť pokusov o atentát ,“ tvrdil pri oslave svojej sedemdesiatky v televízii v roku 2012.Po atentátnikoch na Mečiara začali prvýkrát pátrať 26. októbra 1990 (počas sporu s Andrášom) na základe rečí pochybného kriminálnika. Vtedajší minister financií a neskorší prezident Michal Kováč vo svojich Pamätiach píše, že premiér Mečiar si stopercentnú lojalitu niektorých členov vlády vynucoval tým, že sa im vyhrážal svojimi poznatkami o ich spolupráci s ŠtB. „Bral som to ako jeho chorobnú záľubu a myslel som si, že si z toho netreba nič robiť.“ Konflikt a založenie HZDS Začiatkom roku 1991 sa dostal do otvoreného sporu s vedením VPN. 3. marca 1991 v relácii STV Hovorí predseda vlády, namiesto Mečiara vystúpil Kňažko s vyhlásením, že sa vedenie strany na čele s Fedorom Gálom snaží obmedzovať Mečiara v práci a cenzuruje ho. (Mečiar, hoci bol premiérom, nebol členom užšieho vedenia VPN. V strane začali silnieť hlasy volajúce po tom, aby práve Mečiar šéfoval VPN. Na sneme VPN v Topoľčanoch v dňoch 23. a 24. februára 1991 v súboji o post predsedu ho napokon Gál porazil. Relácia STV Hovorí predseda vlády sa nevysielala naživo, ale v STV ju nahrávali dopredu. Keď sa Mečiar od riaditeľa televízie dozvedel, že predstavitelia VPN od neho žiadali, aby im nahrávku s príhovorom odovzdal ešte pred jej odvysielaním, poslal namiesto seba do relácie Kňažka.) „Dnešná smutná skúsenosť s existenciou cenzúry, na ktorú si osobuje právo akési politbyro vo vzťahu k predsedovi slovenskej vlády, ma donútila k tomu, aby som sa verejne dištancoval od takýchto postupov“, povedal Kňažko. O dva dni na to, 5. marca 1991, vznikla platforma VPN „Za demokratické Slovensko“ (VPN-ZDS), do ktorej prešla značná časť členov VPN. Po vyostrení konfliktu s vedením VPN parlament v apríli 1991 odvolal Mečiara z funkcie predsedu vlády (na Mečiarovu stranu sa vtedy pridal aj Ján Budaj). V popularite mu to ale neuškodilo. Práve naopak, on a jeho hnutie sa tešili takmer deväťdesiat percentnej podpore. Platforma ZDS sa potom pretransformovala na politickú stranu Hnutie za demokratické Slovensko (HZDS). Mečiar bol 22. júna 1991 zvolený za predsedu HZDS. Spolu s ním do HZDS odišli Michal Kováč, Kňažko, Rudolf Filkus, Augustín M. Húska, Ivan Lexa, Anna Nagyová a ďalší. Prví štyria menovaní sa stali podpredsedami.