Počiatky novej republiky  Vláda Andrésa de Santa Cruza, konfederácia s Peru a obnovenie republiky Generál Andrés de Santa Cruz bol najvýznamnejším prezidentom Bolívie na začiatku jej existencie. Presadil vytvorenie konfederácie s Peru, čo neskôr viedlo k jeho zosadeniu. Podľa novej ústavy bol prezident volený na doživotný mandát. Za prezidenta bol zvolený Antonio José de Sucre, ktorý však takýto dlhý mandát odmietol a zaviazal sa vykonávať iba dvojročný mandát, potom sa chcel vrátiť domov do Veľkej Kolumbie. V novom štáte žilo o niečo viac ako jeden milión ľudí, z toho bolo približne 800 000 indiánov. Hospodárska situácia krajiny však nebola dobrá, z najlukratívnejšej časti španielskej koloniálnej Ameriky sa v poslednom období španielskej nadvlády a počas vojny za nezávislosť zmenilo na chudobnú krajinu. Najviac bolo zlú situáciu vidieť v banskom meste Potosí, kde bolo ešte na začiatku 19. storočia približne 100 banských šachiet, kým po vyhlásení nezávislosti ich bola sotva polovica. Po zrušení povinnej práce pre indiánov však nemal ani v zostávajúcich baniach kto pracovať. Problémy mali aj výrobne textilu, ktoré nedokázali konkurovať lacnému dovozu z Anglicka a pomerne rýchlo väčšina z nich skrachovala. Keďže krajina nemala skoro žiadny významný zdroj príjmu okrem striebra (ktorého produkcia klesala), rozhodla vláda po roku o znovuzavedení povinnej indiánskej dane. Ani to však nedokázalo stabilizovať a zlepšiť situáciu. Nový problém vyvolala prítomnosť vojska Veľkej Kolumbie, ktoré prišlo ešte so Sucrem počas vojny za nezávislosť. Bolívia míňala na toto vojsko veľa peňazí, ktoré však potrebovala použiť inde. Časť bolívijských vojakov sa dokonca v roku 1828 vzbúrila a dokázala prezidenta zraniť. Sucre tak radšej 18. apríla 1828 odovzdal moc novému prezidentovi Josému Maríovi Pérezovi de Urdinineaovi, ktorého sám vybral. O mesiac neskôr však do Bolívie vtrhlo vojsko peruánskeho generála Agustína Gamarru, ktorý nechcel dopustiť, aby Peru ohrozovalo z Bolívie vojsko Veľkej Kolumbie, s ktorou malo v tej dobe už Peru značné územné spory. Vďaka tomu Bolívia dosiahla, že bez jej snahy nakoniec kolumbijská armáda po dohode s Peru o krátky čas z krajiny skutočne odišla domov. Peruánci si súčasne vymohli zvolanie bolívijského kongresu, ktorý mal oficiálne prijať novú ústavu a Sucreho dimisiu. V auguste sa tak stalo, kongres dokonca zvolil nového prezidenta, ktorým sa stal Andrés de Santa Cruz, no ten sa v tej dobe nenachádzal v Bolívií a tak bol úlohou zastupujúceho prezidenta poverený viceprezident José Miguel de Velasco Franco. O dva dni neskôr bývalý prezident Sucre Bolíviu aj so svojim vojskom opustil a odišiel do Veľkej Kolumbie. Peruánsky generál Gamarra však nechcel, aby sa Santa Cruz stal prezidentom Bolívie a tak sa rozhodol presadiť na tento post Pedra Blanca Sota, ktorý však vládol iba dva týždne, keďže bol 1. januára 1829 zastrelený pri vojenskom prevrate. Kongres tak schválil Santa Cruza ešte raz, no funkcie sa ujal až 24. mája 1829. Andrés de Santa Cruz pred tým slúžil dokonca aj ako prezident susedného Peru. Zvolený za prezidenta však bol aj on iba dočasne. Nový prezident nechal hneď zrušiť platnú ústavu a pripraviť novú. Ekonomiku sa snažil pozdvihnúť zrušením reštriktívnych ekonomických pravidiel, ktoré umožnili voľný obchod. Vďaka tomu sa ekonomická situácia krajiny začala zlepšovať. Pre indiánov, ktorí boli ochotní pracovať v baniach, presadil mzdu a iné príplatky. Vláda sa zamerala tiež na zefektívnenie ťažby drahých kovov a založenie bankového systému. Aby zvýšil príjmy štátu, nechal Santa Cruz raziť mince s nižším obsahom striebra, čo sa ukázalo ako účinné opatrenie. Tejto mene sa hovorilo ľahká minca a v obehu bola až do 70. rokov 19. storočia. Prezident tiež presadil zavedenie povinnej vojenskej služby a modernizoval armádu. Obyvateľstvo tvorené z väčšiny indiánmi však nechcelo vo vojsku vôbec slúžiť a preto vláda pristupovala k násilným odvodom. Armádu modernizoval prezident z jediného dôvodu, chcel spojiť Bolíviu s Peru a vytvoriť tak veľký štát, ktorý by dokázal konkurovať stále silnejšiemu Čile. V roku 1835 prebehlo v susednom Peru už niekoľké povstanie proti prezidentovi Luisovi Josému de Orbegosovi. Vzbúrenci boli pomerne úspešní a tak bol peruánsky prezident prinútený požiadať o pomoc Bolíviu. V júni 1835 tak Santa Cruz dostal zámienku, na ktorú čakal a vyslal svoje vojsko do Peru, aby tam nastolilo poriadok. V auguste porazil najprv Santa Cruz vojsko bývalého prezidenta Peru Gamarru a následne vo februári 1836 aj vojsko druhého vzbúrenca Salaverryho, ktorý bol o niekoľko dní neskôr popravený. Santa Cruz sa tak stal najmocnejším človekom aj v Peru, čo chcel využiť pre uskutočnenie svojho plánu na vytvorenie spoločného štátu s Peru. To rozdelil na Republiku južné Peru a Republiku severné Peru. Následne parlamenty oboch nových štátov odhlasovali spojenie s Bolíviou. 28. októbra 1836 tak vznikla Peruánsko-bolívijská konfederácia. V máji 1837 zasadol spoločný parlament, ktorý formálne vymenoval Andrésa de Santa Cruza za protektora konfederácie na 10 rokov. Santa Cruz presadil množstvo reforiem a prijatie novej ústavy. Konfederácia však mala podporu iba v časti regiónov, väčšina dôležitých miest v Peru, ale dokonca aj v Bolívii ju odmietala. Ani okolité štáty neprivítali vznik konfederácie. Najväčší odpor vzbudzovala v Čile, keďže oba štáty mali mocenské ambície v regióne. Čile navyše požadovalo splatenie dlhu zo strany Peru a zmenu v colnej politike voči svojim produktom. Santa Cruz v snahe oslabiť Čile podporil bývalého prezidenta Čile v jeho snahe násilne získať moc, čo sa však nepodarilo. V decembri 1836 tak vyhlásilo Čile vojnu konfederácii. Na stranu Čile sa postavila aj susedná Argentína. Aby získal Santa Cruz peniaze potrebné na vedenie vojny, nechal znížiť mzdy a nariadil zavedenie nových daní. To vyvolalo všeobecnú nespokojnosť. Prvý čilský útok sa podarilo zastaviť, ale v júni 1838 Čile zaútočilo znova, pričom tejto výpravy sa zúčastnilo množstvo peruánskych exulantov, vrátane bývalého prezidenta Gamarru. Už v júli oznámila Republika severné Peru svoje vystúpenie z konfederácie. Čiľania dokonca obsadili na krátko Limu, kde za dočasného prezidenta Peru vyhlásili Gamarru. Rozhodujúca bitka sa odohrala 20. januára 1839 pri meste Yungay, kde Čile jasne porazilo vojsko konfederácie. Po tejto porážke bol Santa Cruz nútený ujsť, následne došlo v jeho domovskej Bolívii k prevratu, po ktorom nasledovalo vystúpenie Bolívie z konfederácie. 20. februára 1839 tak prezident Santa Cruz rezignoval a opustil Bolíviu. Revoltu proti Santa Cruzovi viedli viceprezident generál José Miguel de Velasco Franco, ktorého následne parlament zvolil za nového prezidenta a generál José Ballivián. Tým skončila éra Andrésa de Santa Cruza a na dlho aj stabilita v krajine. Obdobie prevratov Generál José Ballivián viedol vojsko Bolívie vo víťaznej vojne s Peru. V roku 1841 sa na 6 rokov stal prezidentom. Jeho vláda patrila v nepokojnom období štátnych prevratov k tým lepším a stabilnejším. Krátko po nástupe nového prezidenta do funkcie bolo rozhodnuté, že hlavné mesto Bolívie Chuquisaca sa premenuje na Sucre. Došlo tiež k prijatiu novej ústavy. Najväčší problém pre prezidenta však predstavoval jeho bývalý spojenec proti Santa Cruzovi generál José Ballivián, ktorý chcel byť taktiež prezidentom Bolívie. Povstal voči prezidentovi, no bol porazený a musel utiecť do Peru, kde sa pridal k prezidentovi Gamarrovi. Gamarra chcel taktiež spojiť Peru s Bolíviou a tak bola podpora od Balliviána pre neho veľmi výhodná. Čakal iba na zámienku, aby mohol Bolíviu napadnúť. Zámienkou sa stali nepokoje v Bolívii v roku 1840, ktoré úmyselne vyvolali prívrženci Balliviána. Gamarra následne v októbri 1841 vyhlásil Bolívii vojnu. Pomerne rýchlo obsadilo peruánske vojsko La Paz, no už 18. novembra 1841 sa pri meste Ingavi odohrala rozhodujúca bitka vojny, kde bolívijská armáda prekvapivo porazila Peruáncov, v bitke dokonca zahynul aj prezident Gamarra. Bolívia bola úspešná najmä preto, lebo vojna zjednotila väčšinu obyvateľstva a na stranu prezidenta Velasca Franca sa postavil dokonca aj jeho rival generál Ballivián, ktorý v rozhodujúcej bitke velil vojsku Bolívie. Mierová zmluva bola podpísaná až júni 1842 v meste Puno. Krajina bola napriek vojenskému víťazstvu v ekonomickej kríze. Postupne sa ale začala tvoriť málo početná elita, ktorá pozostávala predovšetkým z veľkostatkárov a obchodníkov z väčších miest. Začalo sa obdobie štátnych prevratov, pričom Velasco Franco vládol iba do júna 1841. V septembri sa vlády ujal generál José Ballivián. Prezident presadil prijatie novej ústavy a osídľovanie východnej časti štátu. Aby štát získal viac peňazí, snažil sa Ballivián o zníženie počtu vojakov, čo vyvolalo v armáde nespokojnosť a niekoľko pokusov o prevrat. Prezident sa tiež snažil o zlepšenie vzdelávania, no súčasne umožnil podnikateľom z Čile preniknúť do Bolívie, čo sa o niekoľko rokov neskôr ukázalo ako problém. Na konci roka 1847 vypuklo niekoľko vojenských povstaní súčasne. Prezident ich postupne potlačil, ale aby situáciu v krajine upokojil, rozhodol sa 23. decembra radšej odstúpiť z funkcie. Funkcie prezidenta sa ujal Eusebio Guilarte Vera, ktorý však bol už po desiatich dňoch prinútený odstúpiť a za prezidenta sa dosadil José Miguel de Velasco Franco, ktorý už bol pred tým prezidentom. Tomuto sa podarilo vládnuť skoro rok, ale čelil tlaku zo strany generála Manuela Isidora Belza, ktorý mal taktiež záujem o vládnutie. Ten viedol voči prezidentovi ozbrojený odpor a v decembri 1848 sa mu podarilo vyhrať a sám sa tak stal prezidentom. Ten chcel svoje postavenie posilniť podporou chudoby, čo mu skutočne pomohlo odraziť niekoľko pokusov o štátny prevrat. Pokusov o prevrat však bolo tak veľa, že sa v auguste 1855 aj prezident rozhodol radšej odstúpiť. Stihol ale presadiť novú ústavu, ktorá zrušila otroctvo a obmedzila funkčné obdobie prezidenta na jedno štvorročné obdobie bez možnosti znovuzvolenia. V roku 1855 sa uskutočnili prvé prezidentské voľby v dejinách Bolívie. Za prezidenta bol zvolený Jorge Córdova, zať predchádzajúceho prezidenta. Voliť však mohlo iba 13 000 zo skoro dvoch miliónov obyvateľov krajiny. Na druhom mieste skončil José María Linares, ktorý výsledok volieb odmietol uznať a povstal proti novému prezidentovi. Linares mal podporu oligarchie a tak sa mu po dvoch rokoch bojov podarilo zvíťaziť a 21. októbra 1857 sa stal prezidentom on ako prvý nevojak vôbec. V roku 1858 sa vyhlásil za doživotného diktátora, nechal znížiť mzdy úradníkom a znížiť počty vojakov, s ktorými nemal dobré vzťahy. Aj on musel tým pádom čeliť množstvu pokusov o prevrat, až kým aj on nebol v januári 1861 zvrhnutý. Stihol ešte presadiť voľný obchod a začal s modernizáciou krajiny. Nahradil ho triumvirát tvorený Josém Maríom Acháom, Rupertom Fernándezom a Manuelom Antoniom Sánchezom. Už po polroku však začal José María Achá vládnuť sám. Aj on presadil prijatie novej ústavy. Svoje postavenie nechal potvrdiť vo voľbách, po ktorých však proti nemu povstali jeho politickí odporcovia, takže aj on musel čeliť pokusom o prevrat. Prezident Achá nechal krátko po získaní absolútnej moci pozatýkať svojich odporcov a 70 z nich bolo následne popravených. Pri týchto udalostiach bol zavraždený aj bývalý prezident Córdova. Prezidenta zvrhol jeho bývalý spojenec Mariano Melgarejo v decembri 1864. Nový prezident mal podporu iba v armáde, medzi obyvateľmi a neskôr aj oligarchiou bol veľmi nepopulárny. Práve jeho vládou začalo vládnutie viacerých podobných prezidentov, ktorým sa hovorí barbarskí caudillos. Melgarejo mal veľké problémy s alkoholizmom a preto bola jeho vláda veľmi slabá, čo využívala armáda na drancovanie krajiny. V marci 1865 sa do krajiny z exilu vrátil bývalý prezident Manuel Isidoro Belzu, čo vyvolalo nové povstanie proti prezidentovi. Ten prehrával, no rozhodol sa využiť poslednú šancu. Potom, čo Belzu už oslavoval svoje víťazstvo v prezidentskom paláci tam vtrhol prezident Melgarejo a Belzua osobne zastrelil. Týmto činom získal prekvapivo podporu a zostal vládnuť. O rok neskôr sa rozhodol potrestať indiánov, ktorí jeho vládu nepodporovali tým, že začal zabavovať pôdu, na ktorej hospodárili. To vyvolalo veľké indiánske povstanie, ktoré však bolo krvavo potlačené. Následne uzavrel prezident dohodu s Čile o spoločnej hranici a v roku 1869 prenechal časť územia Bolívie Brazílii výmenou za obchodnú dohodu. Taktiež presadil menovú reformu. Už u rok neskôr ale začali vznikať nové povstania. Povstanie malo veľkú podporu indiánov, čo sa prejavilo vo februári 1871 v rozhodujúcej bitke o La Paz, v ktorej povstalci drvivo vládne vojsko porazili. Prezident Melgarejo utiekol z bojiska do susedného Peru. Novým prezidentom sa stal vodca povstania generál Agustín Morales, ktorý nechal ihneď zrušiť zákony, ktoré umožňovali zaberanie pôdy indiánov počas predchádzajúcej vlády. Problém ale predstavovala prítomnosť čilských obchodníkov v departmente Litoral, kde profitovali na ťažbe guána. Prezident navrhol predať celý department Litoral Čile, čo však parlament odmietol. Poslanci na konci roka 1872 radšej presadili uzavretie tajnej dohody s Peru, ktorá smerovala proti Čile. O niekoľko dní neskôr bol prezident zavraždený. Novým prezidentom sa tak stal Tomás Frías Ametller, ten však iba pripravil usporiadanie nových volieb. Tie vyhral Adolfo Ballivián, syn bývalého prezidenta Josého Balliviána. O polroka ale zomrel na rakovinu žalúdka a tak sa prezidentom stal opäť Tomás Frías Ametller. Aj Frías Ametller musel riešiť hlavne povstania domácej opozície a tak sa nemohol naplno sústrediť na susedné Čile. V úrade vydržal do mája 1876, kedy ho po ďalšom štátnom prevrate nahradil generál Hilarión Daza. Druhá vojna s Čile, strata prístupu k moru a vláda konzervatívcov Súbor:Map_of_the_War_of_the_Pacific.en2.svg|vpravo|náhľad|Mapa ukazuje posun hraníc Čile po druhej tichomorskej vojne na úkor Peru a Bolívie. Súbor:Aniceto_Arce.jpg|vpravo|náhľad|Aniceto Arce bol prezidentom v rokoch 1888 až 1892. Bol majiteľom najväčších strieborných baní v Bolívii, čo bol typický príklad člena bolívijskej Konzervatívnej strany. Aj prezident Daza čelil problémom, ktoré mala Bolívia už dlhý čas. Opieral sa hlavne o podporu armády, no jeho reformy sa nepozdávali majiteľom baní, lebo zvyšovali dane na vývoz striebra. Komplikáciou bola tiež požiadavka na federalizáciu, ktorú žiadal veliteľ mesta Santa Cruz de la Sierra Andrés Ibáñez. Ten žiadal rovnoprávnosť pre všetkých a jeho činnosť tak znepokojovala predovšetkým oligarchiu, ktorá presadila, aby prezident zasiahol. V apríli 1877 sa tak stalo a Ibáñez bol popravený. Prezident Daza presadil prijatie ďalšej novej ústavy. Vláda dúfala, že ekonomike pomôže vývoz guána a liadku (liadky sú soli kyseliny dusičnej, ktoré sa dobre rozpúšťajú vo vode a sú významné priemyselné hnojivá), ktoré sa obe hojne nachádzali v departmente Litoral, ktorý patril Bolívii. Povolenie na ťažbu liadku v tomto departmente získala spoločná čilsko-anglická spoločnosť, ktorá s Bolíviou uzatvorila dohodu v roku 1866, že na území, kde ťaží liadok bude oslobodená od daní na 15 rokov. Táto spoločnosť dokonca začala stavať na tomto území železnicu, aby mohla rýchlejšie prevážať vyťažený liadok. V roku 1874 uzatvorilo Čile s Bolíviou ďalšiu dohodu, ktorá potvrdzovala vzájomné hranice a súčasne sa Bolívia zaviazala, že po dobu 25 rokov nebudú čilskí podnikatelia ťažiaci striebro platiť vývozné clo. No už o rok neskôr sa Bolívia dostala do veľkých ekonomických problémov a zaťažila vývoz liadku clom. Čile proti tomuto kroku protestovalo a súčasne vyhlásilo, že posledná vzájomná dohoda sa vzťahovala aj na ťažbu liadku. Následne Čile vyhlásilo, že posledná vzájomná dohoda prestala platiť. Spoločnosť ťažiaca liadok stanovené clo nerešpektovala, načo bolívijská vláda vo februári 1879 reagovala uväznením jej riaditeľa a praktickým znárodnením majetku tejto spoločnosti. Bolívijská vláda následne uvalené clo odvolala, no Čile na predchádzajúce kroky Bolívie reagovalo vyhlásením vojny Bolívii. Keďže v Čile už vedeli o existencii tajnej dohody medzi Bolíviou a Peru, chceli do vojny zatiahnuť aj to, keďže mali záujem aj o peruánske územie bohaté na liadok. Čile 14. februára 1879 obsadilo prístav Antofagasta. Bolívia tak vyhlásila Čile vojnu a v zmysle tajnej dohody požiadala Peru o vojenskú podporu. Peru sa ešte pokúšalo s Čile vyjednávať, no neúspešné, následne Čile vyhlásilo obom štátom vojnu. Tým sa začala tzv. vojna o Pacifik, tiež nazývaná druhá tichomorská vojna, či vojna o liadok. Čilská armáda mala moderné zbrane a veľmi dobre vycvičených vojakov, spojenecké vojsko malo síce presilu, ale zastarané zbrane a slabo vycvičených vojakov. V čase začatia konfliktu však už malo Čile k dispozícii dve moderné pancierované lode. Peruáncom sa síce na začiatku podarilo potopiť jednu čilskú loď, no tá už bola zastaralá, naopak Čiľania potopili jednu z dvoch najmodernejších peruánskych vojnových lodí. O nejaký čas Čiľania dokonca dokázali zajať druhú z dvoch kedysi najmodernejších peruánskych lodí Huáscar, ktorú následne pripojili k svojej flotile. Čile tak mohlo zahájiť pozemnú inváziu do provincie Tarapacá. Hneď na začiatku zaznamenali Čiľania niekoľko víťazstiev a postupovali ďalej. Avšak v bitke pri osade Tarapacá narazili na silnejší odpor, než čakali. Peruánske vojsko ich prekvapilo a túto bitku vyhralo. Čile však napriek tomu pokračovalo ďalej a následné bitky už znova vyhralo. Postupne tak provinciu Tarapacá predsa Čile obsadilo. Obsadenie tejto provincie spôsobilo v Peru aj Bolívii vážne problémy. Peruánsky prezident odišiel z krajiny a bolívijský prezident Daza bol v apríli 1879 zvrhnutý po štátnom prevrate. Aj on následne odišiel z krajiny a nahradil ho Pedro José Domingo de Guerra. V januári 1880 sa prezidentom stal generál Narciso Campero. Čiľania mali v tej dobe už veľkú prevahu, aj početnú, aj kvalitatívnu. Rozhodujúca bitka sa odohrala v polovici roka 1880 pri meste Tacna, kde utrpela bolívijská armáda pod velením samotného prezidenta Campera také veľké straty, že do vojny už vôbec nezasiahla a následne stiahla všetky svoje bojové oddiely na svoje územie. Peruánci nedokázali čilskej ofenzíve vzdorovať a v roku 1883 definitívne vojnu prehrali. Bolívia však podpísala prímerie s Čile až rok po skončení vojny. Víťazné podmienky Čile boli veľmi tvrdé. Čile získalo bolívijskú provinciu Litoral (súčasná provincia Antofagasta), čim Bolívia stratila prístup k moru. Peru muselo odovzdať provincie Tarapacá, Tacna (túto provinciu v 20. storočí Čile vrátilo Peru) a Arica. Strata prístupu k moru bola ešte potvrdená mierovou zmluvou z roku 1904. Koniec vojny a strata prímorského územia bohatého na liadok a guáno znamenalo pre Bolíviu nutnosť hľadať nové spôsoby, ako získať peniaze do štátneho rozpočtu. Bolívia sa tak vrátila k ťažbe striebra ako najvýznamnejšej zložky ekonomiky. Anglické spoločnosti začali budovať v Bolívii železnice, čo malo pomôcť ekonomike. Postupne však železnicu využili podnikatelia z Čile, ktorí získali kontrolu nad predajom poľnohospodárskych produktov v Bolívii. Prezident Campero nechal prijať novú ústavu. Najväčšiu moc v krajine získali dve politické strany, Konzervatívna strana a Liberálna strana. Konzervatívnu stranu ovládali bohatí podnikatelia z Čile a Veľkej Británie a preto podporovala mier s Čile, naopak Liberálna strana považovala Čile za nepriateľa. Voľby v roku 1884 vyhral bohatý banský podnikateľ Gregorio Pacheco z Demokratickej strany. Tento sa prezidentom stal vďaka dohode s Konzervatívnou stranou, keď sa zaviazal podporiť ich kandidáta v nasledujúcich voľbách. Práve on uzatvoril prímerie s Čile, no v ňom ponechal otázku hraníc otvorenú, zameral sa iba na obchodnú dohodu s Čile. Pacheco dokázal vládnuť celé štvorročné funkčné obdobie, čo prinieslo potrebnú stabilitu. V roku 1888 sa konali ďalšie voľby, ktoré podľa dohody vyhral konzeratívec Aniceto Arce. Aj on bol bohatý majiteľ baní. Arce už musel čeliť pokusom o prevraty, ktoré viedli zástancovia liberálov. Presadzoval dobré vzťahy s Čile na úkor Peru, pretože dúfal v získanie prístupu k moru práve na úkor Peru. Z dôvodu príchodu nových osadníkov do odľahlejších častí krajiny sa v roku 1889 vzbúrili tamojší indiáni. Vláde sa ale podarilo povstanie potlačiť, pričom po boji bolo povraždených množstvo indiánov. Aby zaručil výhru kandidáta konzervatívcov v ďalších prezidentských voľbách, nechal zatknúť predstaviteľov Liberálnej strany. To umožnilo vo voľbách konaných v roku 1892 vyhrať konzervatívcovi Marianovi Baptistovi. Ten v roku 1895 uzatvoril dohodu s Čile, v ktorej sa Bolívia zriekla svojho pobrežného územia za garanciu, že Bolívia v budúcnosti získa prístav v Tichom oceáne, čo sa však nikdy nestalo. Napriek silnejúcemu odporu liberálov sa konzervatívcom podarilo vo voľbách v roku 1896 presadiť ďalšieho svojho kandidáta Severa Fernándeza, ktorý bol taktiež vlastníkom bane. Vplyv vlastníkov baní sa však so znižovaním svetových cien striebra začal taktiež znižovať. Prezident sa preto snažil rokovať s opozičnými liberálmi, no tých už v tom čase podporovali vlastníci baní na cín, ktorí získavali dominantné postavenie na úkor vlastníkov strieborných baní. Predmetom hlavného sporu oboch skupín sa stala otázka hlavého mesta, konzervatívci presadzovali svoju baštu Sucre, kým liberáli zas svoju baštu La Paz a súčasne chceli federalizáciu štátu, čím chceli ukončiť vládu konzervatívcov. V decembri 1898 vyhlásili liberáli v La Paze federatívnu republiku, čo vyvolalo občiansku vojnu, zvanú tiež Federálna revolúcia. Na čelo povstalcov sa postavil liberál José Manuel Pando. Ten dokázal zorganizovať federálne vojsko a vyzbrojiť ho modernými zbraňami z Peru. Ako veľmi dôležitou sa ukázala podpora zo strany indiánov pre povstalcov, pretože práve indiáni dokázali zvrátiť obliehanie La Pazu vládnym vojskom. Boje ale trvali niekoľko mesiacov, až kým v apríli 1899 v bitke pri obci Paria povstalci zvíťazili. Po výhre sa však vzbúrili indiáni, ktorí boli do tej doby spojencami povstalcov a vyhlásili vlastný štát. Pando však rýchlo toto povstanie potlačil. Prezident Severo Fernández ušiel 12. apríla 1899 z krajiny, čím skončila vláda konzervatívcov.