Dôsledky  december 1997 – Prezident Michal Kováč udelil (aj) svojmu synovi milosť. Dôsledkom únosu malo byť odstúpenie prezidenta Michala Kováča z funkcie. Prezident však vo funkcii ostal až do konca funkčného obdobia. Do ukončenia jeho funkčného obdobia sa nepodarilo zvoliť nového prezidenta, preto 3. marca 1998 prevzala časť jeho kompetencií vláda a jej predseda Vladimír Mečiar. Mečiarove amnestie (1998) Hneď prvý deň 3. marca 1998 premiér Vladimír Mečiar využil získané prezidentské právomoci a vyhlásil amnestiu o. i. pre páchateľov zavlečenia a zmarenia referenda z mája 1997 o priamej voľbe prezidenta a o vstupe SR do NATO. 7. júla 1998 vyhlásil Mečiar ešte jednu amnestiu na rovnaké skutky. Amnestie súvisia aj s vraždou Róberta Remiáša. Tieto amnestie v kombinácii s niekoľkými výmenami vyšetrovateľov spôsobili, že kauza nebola doteraz celkom objasnená. Bývalého námestníka tajnej služby Jaroslava S. v kauze obžalovať nemohli, hoci pôvodne priznal podiel SIS na únose prezidentovho syna a usvedčoval aj Ivana L. Dokonca v médiach vyhlásil, že ideovým otcom únosu bol Vladimír Mečiar. Advokáti Jaroslava S. však uspeli na Ústavnom súde so sťažnosťou proti obvineniu svojho klienta, v ktorej sa odvolávali na amnestie. Po voľbách v septembri 1998, v ktorých opäť HZDS zvíťazilo, nebola Mečiarova strana schopná vytvoriť koalíciu a preto sa predsedom vlády stal Mikuláš Dzurinda. Mečiar, hoci bol lídrom kandidátky HZDS, do poslaneckej lavice nezasadol. Vzdal sa funkcie poslanca a na jeho miesto nastúpil Ivan Lexa. V marci 2000 Vladimír Mečiar odmietol vypovedať vo veci únosu aj keď ho k tomu vyzval Jaroslav Ivor. Pravdepodobne v máji 2000 I. Lexa opustil územie Slovenska. 10. júla 2000 po ňom bolo vyhlásené medzinárodné pátranie. Po dvoch rokoch 14. júla 2002 bol na základe medzinárodného zatykača zadržaný v Juhoafrickej republike. 18. júla 2002 bol eskortovaný na Slovensko. V novembri 2000 prokurátor Michal Serbin podal obžalobu na Ivana Lexu a ďalších dvanástich aktérov kauzy zavlečenia. Serbin uvádza podrobnosti únosu a zapojenia SIS, z ktorých potom vychádza konkrétna identifikácia jednotlivých páchateľov únosu.Vyšetrovanie sa následne obnovilo a v roku 2000 bola podaná obžaloba na súd. V roku 2021 za hlavných aktérov je považovaný Ivan Lexa a príslušníci tajnej služby Gejza Valjent, Milan Lovich, Róbert Beňo, Peter Skrutek, Michal Hrbáček, Roman Kuciak a Igor Kurtiš boli v súvislosti so zavlečením obvinení aj zo zneužitia právomocí verejného činiteľa, lúpeže a vydierania. Účastníci únosu Ľuboš Kosík, Martin Lieskovský, Miroslav Šegita a Jozef Zoššák neboli príslušníkmi SIS, neboli obžalovaní zo zneužitia právomocí verejného činiteľa, ale z ostatných činov áno. Posledný z obžalovaných Igor Majtán je obžalovaný z nadržovania. 5. apríla 2017 NR SR zrušila amnestie, čo znamená, že skutky nie sú premlčané a vyšetrovanie bude obnovené. 31. mája 2017 Ústavný súd SR potvrdil zrušenie amnestií. Súdny proces ohľadne únosu bol obnovený na Okresnom súde Bratislava III. 2. júna 2017 bol k prípadu pridelený sudca Karol Posluch z Okresného súdu Bratislava III. Po zrušení amnestií (2017 - ) Vladimír Mečiar v televízii TA3 dňa 7. marca 2017 na otázku či bola za únosom SIS odpovedal: „mohol niekto v SISke o tom vedieť, ale nebola to Slovenská informačná služba”. Mečiar podozrieva vtedajšieho námestníka SIS Svěchotu, ktorého vraj „z celej duše nenávidel“. Podľa neho boli amnestie vydané „v snahe vyriešiť politické a kriminálne problémy, ktoré „zasvinili Slovensko“. V júli 2017 Ivan Lexa vo video rozhovore s Petrom Tóthom zaznamenanom na Tóthovom webe nevylučuje, že jeho bývalý námestník Svěchota bol do únosu zapletený. Obidvaja sú však už nedôveryhodní aj preto, že v roku 2003 bol Tóth obvinený zo spravodajskej hry v kauze odpočúvania denníka SME. (Tóth bol vtedy obvinený za to, že v januári údajne poslal faxom Generálnej prokuratúre anonymné oznámenie na vtedajšieho ministra vnútra Vladimíra Palka. V oznámení sa písalo, že Palko prikázal podriadeným, aby zmenili databázu čísel odpočúvaných políciou.) V roku 2004 sa potom na súde ospravedlnil Ivanovi Lexovi za články, ktoré o ňom predtým písal. V januári 2018 potvrdil Fegyveresovu verziu účasti SIS v únose aj ďalší priamy aktér únosu, príslušník SIS Ľuboš Kosík, ktorý listom zaslal svoje vyhlásenie z väzenia v Mali. Kosík obviňuje priamo I. Lexu z riadenia celej akcie. Podľa Kosíka: „Mali ho (Fegyveresa) zobrať a zhodiť zo skál“. Dôvodom návratu skupiny bez splnenia úlohy bola podľa Kosíka banálna kontrola švajčiarskou políciu pri jazde autom. Viacerí však poukazujú na to, že tvrdenia Kosíka sú účelové. Kosík bol vo väzení v Mali, kde sa pôvodne skrýval. Zadržali ho na základe medzinárodného zatykača v novembri 2016, ale v inej veci. Na Slovensku je totiž odsúdený na 14 rokov väzenia za falšovanie zmeniek. Vo februári 2018 vtedajší premiér R. Fico požiadal osobne o pomoc s vydaním Kosíka prezidenta Mali. V júni 2019 sa Kosík znovu ozval redakcii SME, že je už na slobode. 27. novembra 2000 odovzdal Okresnému súdu (OS) Bratislava III prokurátor Michal Serbin obžalobu na Ivana Lexu a ďalších dvanástich aktérov kauzy zavlečenia. Proces bol obnovený ale aktuálnne je konanie prerušené, čaká sa na Súdny dvor EÚ v Luxemburgu. Predpokladá sa, že proces s Lexom začne najskôr v roku 2020. „Po uskutočnení previerky NBÚ obidvaja prísediaci začali ihneď so študovaním predmetných dvoch spojených trestných vecí“ (20 000 strán) uviedol hovorca bratislavských súdov Pavol Adamčiak . „.. predloží Súdnemu dvoru Európskej únie v Luxemburgu na rozhodnutie prejudiciálne otázky“ povedal Adamčiak. Akú prejudiciálne otázku alebo otázky Lexovho obhajcu Mareka Paru súd schválil nie je zatiaľ verejne známe ale predpokladá sa, že Súdny dvor by sa mal zaoberať otázkou, či bolo možné zrušiť amnestie, ak boli podľa vtedajšej legislatívy nezrušiteľné. V júli 2021 zomrel exprokurátor Michal Serbin. Obrovský tlak vyvíjaný na Serbinovu osobu sa odrazil aj na jeho psychike, keď v roku 2003 skončil na psychiatrii. Neskôr odišiel do invalidného dôchodku (maniodepresívna psychóza) a venoval sa hudbe. 16. december 2021 - Súdny dvor Európskej únie (CJEU) rozhodol, že v prípade Mečiarových amnestií sa môže pokračovať v trestnom konaní. V rozsudku sa uvádza, že zásada „ne bis in idem“ (že človek nemôže byť za rovnaký skutok stíhaný dvakrát) nebráni vydaniu európskeho zatykača voči osobám obžalovaným z únosu.„Zastavenie trestného stíhania amnestiou a jej zrušenie nepredstavujú prekážku vydaniu zatykača, keďže vnútroštátne súdne orgány ešte nerozhodli o trestnoprávnej zodpovednosti obvinených osôb,“ uviedol CJEU. Kultúrny a spoločenský dopad Vyjadrenie V. Mečiara k záverom vyšetrovania smrti Remiáša pri rozprave o návrhu na zrušenie amnestií 18. októbra 2006: „Rozhodnutie je, že skutok sa nestal. To znamená žiadne ovplyvňovanie, objednávanie vraždy nebolo. Rozhodol ten, kto je oprávnený rozhodnúť. Ostatní ste gágaji, táraji a pre mňa prďúsi.“ Tento výrok sa odvtedy začal bežne používať ako dôvod zastavenia vyšetrovania a stal sa mémom. 1. marca 2017 mal premiéru film režisérky Mariany Čengel Solčanskej, Únos práve na tému únosu Kováča a vraždy Róberta Remiáša. Už v roku 2016, keď politológ Miroslav Kusý prišiel s tvrdením, že republika potrebuje slovenskú štátnu ideu, aby si vyjasnila zmysel svojej existencie a budúce smerovanie, prišiel v súvislosti s hlavným sloganom vládnej strany SMER „Robíme pre ľudí“ Marián Leško opäť s tézou o únose štátu. 25 rokov po únose Peter Bárdy prostredníctvom vraždy spája únos Kováča s únosom štátu: „Mečiarizmus a ľudia v jeho pozadí neuniesli len Kováča mladšieho. Uniesli celý štát. Keď oligarchovia z pozadia HZDS pochopili, že Mečiarova éra sa končí, okamžite preskočili k mladému a ambicióznemu Robertovi Ficovi. Veľkí hráči v pozadí zostali, pribudli k nim noví, len sa vymenili figúrky. Únos štátu mohol pokračovať.“ Najtemnejší bod politickej histórie. „Únos Michala Kováča mladšieho dlhé roky traumatizoval slovenskú spoločnosť a jeho páchatelia sa nám spolu s Ivanom Lexom a Vladimírom Mečiarom vysmievali do očí,“ reagoval Alojz Baránik zo SaS a pripomenul, že rovnako je čiernou škvrnou na našich dejinách aj vražda Róberta Remiáša. Matovič povedal 16. decembra 2021 pred Remiášovým pamätníkom: Je obludné, že na vraždu a únos sa dá použiť amnestia. „Bojujeme o právny štát a aby sa krvavá škvrna, ktorou bol únos mladého Kováča a vražda Róberta Remiáša, konečne vyčistila,“ povedal Budaj.