Postavenie menšín Maďarská vláda od začiatku nedodržala viacero bodov dohody o evakuácii a odovzdaní odstúpeného územia a nedokázala predísť výčinom armády, žandárstva, teroristických oddielov szabadcsapatok ale aj miestnych Maďarov voči slovenskému a českému obyvateľstvu. Prevzatie územia Maďarskom sprevádzalo násilné vyháňanie, rabovanie a krádeže, v obci Gbelce (Köbölkút) došlo dokonca k vražde štyroch českých kolonistov. Maďarská vláda rozpustila všetky nemaďarské spolky, ich majetok zhabala alebo pridelila maďarským organizáciám. Tieto kroky boli v príkrom rozpore v medzivojnovou maďarskou propagandou, ktorá kritizovala česko-slovenskú menšinovú politiku, ako aj prejavmi Miklósa Horthyho Košiciach a Komárne, keď vítal Slovákov späť v ich s "tisícročnej vlasti" a sľuboval rešpektovanie ich národnostných a kultúrnych práv. Maďarsko svojou politikou smerovalo k rýchlej zmene etnických a majetkových pomerov. V zvlášť ťažkej situácii sa ocitli bývalí česko-slovenskí legionári, ktorí boli vnímaní ako nepriatelia štátu a nemaďarskí kolonisti. Už 5. novembra 1938 maďarský generálny štáb vydal nariadenie o vypovedaní všetkých kolonistov, ich rodinných príslušníkov a potomkov, pričom nepovoľoval výnimky ani pre osoby, ktoré sa hlásili k maďarskej národnosti. Termín "kolonista" sa v praxi nevzťahoval len na poľnohospodárskych kolonistov, ale na akékoľvek osoby, ktoré sa na južnom Slovensku usídlili po roku 1918 z ľubovoľného iného dôvodu, vrátane prirodzenej vnútroštátnej migrácie a nákupu majetku z vlastných prostriedkov. Okrem Čechov a Slovákov sa tieto opatrenia dotkli aj príslušníkov nemeckej menšiny. K prvým opatreniam vojenskej správy patril zákaz používania slovenčiny ako úradného jazyka, odstraňovanie slovenských nápisov a zatváranie slovenských škôl. Maďarsko skonfiškovalo majetok 150 škôl Slovenskej ligy, ktoré boli postavené po roku 1918. Pomocou nátlaku na štátnych zamestnancov slovenskej národnosti dochádzalo k umelému znižovaniu počtov detí v slovenských triedach a ich následnému zatváraniu. Znižoval sa aj počet slovenských učiteľov. Do začiatku roka 1939 územie opustilo 862 z 1 119 učiteľov, ďalší nasledovali. Slováci stratili 386 ľudových škôl, 29 meštianskych škôl a 10 gymnázií (4 v Košiciach a 6 ďalších v iných mestách). Tieto opatrenia mali negatívny vplyv aj na vzdelávanie žiakov maďarskej národnosti, keďže následné preplnenie tried slovenskými žiakmi znižovalo kvalitu výučby. Postoj slovenskej menšiny na okupovanom území vyvrátil propagandistické tézy o "bratoch Slovákoch", ktorí túžia o oslobodení spod českého jarma a chcú návrat k tisícročnej svätoštefanskej ríši. Vďaka 20-ročnej existencii spoločného česko-slovenského štátu si boli v oveľa väčšej miere vedomí svojich národnostných práv a dožadovali sa ich, príp. sa priamo dožadovali znovupričlenenia k Č-SR. Na viacerých miestach toto viedlo k násilným konfliktom so štátnou mocou (napr. Šurany, Komjatice, Čechy). Slovenská strana brzdila snahy o vyháňanie obyvateľstva a nútenú asimiláciu hrozbou odvetných opatrení, ako napr. možné usídlenie ďalších vyhnaných kolonistov na maďarských pozemkoch v Č-SR alebo aplikácia podobného postupu voči maďarským menšinovým školám. Perzekúcie Slovákov vnímala veľmi citlivo a základným kritériom pre vzťah k maďarskej menšine sa stal princíp reciprocity, podľa ktorého mali Maďari na Slovensku len také práva, aké bola ochotná poskytnúť maďarská vláda Slovákom. Obe strany viedli voči sebe intenzívnu propagandu, ktorá ďalej vyostrovala vzájomné vzťahy. Na jeseň 1943 maďarská vláda prehodnotila svoju politiku a navrhla, aby sa miesto priameho maďarizačného úsilia osvetová činnosť vykonávala v jazyku národnostných menšín, čím sa malo dosiahnuť ich zblíženie s maďarským štátom. Plán nebol vzhľadom na nemeckú okupáciu Maďarska uvedený do praxe. Špecifické bolo postavenie židovskej menšiny. Slovenská autonómna vláda sa na odstúpené územie snažila deportovať Židov, ktorých obvinila z výsledku arbitráže a ešte pred jeho obsadením realizovala "postrk" (deportácie) 7 500 Židov. Maďarská vláda prirodzene odmietla Židov bez domovskej príslušnosti prijať a naopak, aj ona sa snažila čo najvyšší počet Židov vyhostiť na Slovensko. V čase arbitráže už v Maďarsku platil prvý protižidovský zákon a protižidovská legislatíva sa ďalej rozširovala. Po začiatku okupácie bola nariadená revízia židovských živností, ktorá sa na zvyšok územia Maďarska nevzťahovala. Slovenský štát (najmä po nástupe pronacistického krídla HSĽS po rokovaniach v Salzburgu) pristupoval k riešeniu židovskej otázky s vyššou razanciou, čo však neznamená, že Židia na južnom Slovensku boli celkom v bezpečí. Ešte pred prvým transportom zo Slovenska maďarská vláda realizovala deportácie približne 18 000 Židov do Kamenca-Podolského, kde boli následne povraždení. Extrémne vysokú úmrtnosť mali aj pracovné jednotky nasadené počas vojny proti ZSSR. Tragický osud Židov na južnom Slovensku zavŕšila nemecká okupácia a následné deportácie realizované maďarským žandárstvom a políciou.