Prečo sa výmena stala kontroverznou Z českého pohľadu možno považovať sudetských Nemcov počas prvej ČSR, za tzv. piatu kolónu - ich lojalita k hitlerovskému Nemecku výrazne pomohla k strate pohraničných území Československa v prospech nacistického Nemecka. Takto sa pozeral Beneš aj na Maďarov na Slovensku. Z českého pohľadu "sa výmena stala jedinou možnou cestou po tom, čo víťazné mocnosti už nechceli tolerovať spôsob odsunu použitý pri vysídlenie Nemcov (na základe záverov Postupimskej dohody z augusta 1945). Maďari boli v tom čase (do roku 1948), podobne ako Nemci, okrem početných prípadov antifašistov a pod. považovaní za vojnových zločincov a boli zbavení občianskych práv. V tomto prípade tiež v súvislosti s prenasledovaním Slovákov na území južného Slovenska, ktoré Maďarsko okupovalo na základe prvej viedenskej arbitráže a Malej vojny". Slovenská aj česko-slovenská vláda už mali skúsenosti aj z územných sporov s Poľskom (Česko-slovensko-poľský spor o Oravu a Spiš) v ktorom slovenská strana neúspešne navrhla rokovania na základe etnického princípu (cestou lokálnych plebiscitov). Na základe prvej viedenskej arbitráže získalo Maďarsko časť Slovenska s viac ako milión obyvateľmi. Základom rozhodovania na etnickom princípe bol počet obyvateľov menšiny na danom území a ich schopnosť asimilovať iné národnosti (pozri maďarizácia a slovakizácia). Maďarská menšina na Slovensku bola odhadovaná ako väčšia ako počet Slovákov v Maďarsku a aj preto Maďarsko nesúhlasilo s dohodou ani keď bola založená na rovnakom počte presídlencov a žiadalo zásah spojencov. Česko-Slovensko pri návrhu dohody vychádzalo z vlastných optimistických odhadov počtu Slovákov v Maďarsku. Maďarské štatistiky nepovažovalo za dôveryhodné, pretože podľa oficiálneho sčítania z roku 1941 žilo na území dnešného Maďarska iba 75 920 obyvateľov so slovenským materinským jazykom a z nich sa iba 16 689 hlásilo k slovenskej národnosti. Česko-Slovensko na území Maďarska vykonalo vlastný prieskum, podľa ktorého napočítalo 473 556 Slovákov. Dohoda bola uzatvorená formou medzištátnej zmluvy, ktorá bola podpísaná 27. februára 1946. Na oboch stranách predpokladala presídlenie rovnakého počtu osôb. Tiež umožňovala presťahovalcom vziať si so sebou všetky svoje hnuteľnosti. Vlastnícke právo k nehnuteľnostiam prechádzalo na štát ich doterajšieho bydliska s tým, že zmiešaná komisia určí výšku náhrady (s jediným obmedzením a to ak nehnuteľnosť presahuje 50 hektarov). Dohoda však nebola úplne symetrická: V Česko-Slovensku sa netýkala osôb, ktoré sa na jeho území usídlili po Viedenskej arbitráži počas okupácie južného Slovenska. Títo boli vysídlení automaticky, na základe dohody o prímerí a netýkala sa ich dohoda o výmene (a jej výhody). Tridsať tisíc Maďarov, ktorí prišli do krajiny v roku 1938, neboli predtým československými občanmi. Podľa maďarských zdrojov opustili územie (podľa Šutaja asi v počte 11 tisíc ešte pred platnosťou dohody) aj preto, že so vznikom ČSR boli vylúčení z dôchodkového, sociálneho a zdravotného systému. Špeciálnou skupinou boli takzvaní "režimisti" , pre ktorých organizovali "R" transporty. Boli to ľudia ktorí prišli na Slovensko po Viedenskej arbitráži ako zamestnanci maďarského štátu, alebo v rámci pracovnej migrácie. Bolo ich vysídlených 1 034. V článku VIII. zmluvy boli definované osoby maďarskej národnosti, ktoré majú stále bydlisko na území Československa a ktoré sa dopustili špecifických trestných činov tzv. vojnových zločincov, ktorí majú byť presťahovaní a nevzťahujú sa na nich výhody ustanovenia článkov VI a VII tejto Dohody. Podľa Šutaja takýchto bolo 2 905. Z Československa sa časť obyvateľov vysťahovala dobrovoľne, väčšiu časť však nedobrovoľne (pozri predchádzajúce odrážky). Šutaj uvádza 6 000 dobrovoľníkov medzi 89 660 Maďarmi zo Slovenska. Z Maďarska presídľovali len tí Slováci, ktorí sa k výmene dobrovoľne prihlásili. Do 27. mája 1947 sa v Maďarsku prihlásilo na výmenu 90 090 osôb, čo bolo pre Česko-Slovensko sklamaním. Maďarsko dohodu od začiatku hodnotilo ako vynútenú, krajne nevýhodnú a vyhýbalo sa jej realizácii. Prihlásení Slováci čelili v Maďarsku rôznym formám nátlaku, boli pozbavovaní zamestnania, štátni zamestnanci posielaní na nútenú dovolenku a odďaľovanie výmeny komplikovalo ich sociálnu situáciu. Represie na nemaďarskom obyvateľstve na okupovanom južnom Slovensku po roku 1938 pripomínali metódy zastrašovania obyvateľov opačnej národnosti, ktoré boli pred a počas tejto výmeny využívané. Česko-Slovensko voči Maďarsku taktiež uplatňovalo nátlakové nástroje, ktorými sa naopak snažilo dosiahnuť plnenie dohody. Maďari v Česko-Slovensku čelili tiež diskriminácii. Košickým vládnym programom a prezidentskými dekrétmi z roku 1945 im bolo odobraté štátne občianstvo (pokiaľ neboli účastníkmi odboja), nemohli voliť ani sa politicky organizovať a pod. Keď Budapešť zastavila výmenu obyvateľstva, Praha na to reagovala koncom jesene 1946 deportáciami Maďarov z južného Slovenska do českého pohraničia. Výber osôb neprebiehal na oboch stranách rovnakým spôsobom. V Maďarsku sa hlásili dobrovoľne, v Česko-Slovensku ich určoval štát. Toto viedlo k odlišnej sociálnej štruktúre presídlencov. Česko-Slovensko aby zabezpečilo podmienky pre očakávaných presídlencov malo záujem na vysťahovaní majetnejších Maďarov, naopak z Maďarska mali záujem odísť predovšetkým menej majetní Slováci.