Vyšetrovanie  Policajní vyšetrovatelia a ich výmeny skončili uložením prípadu v máji 1996 Už 7. septembra 1995 bol z prípadu odvolaný (prípad mu bol odňatý) vyšetrovateľ Jaroslav Šimunič po tom, čo sa verejne vyjadril, že má závažné podozrenie o účasti SIS na prípade. Peter Vačok viedol trestné stíhanie voči príslušníkovi SIS Jiřímu N., ktorý nedokázal zdôvodniť svoju prítomnosť pri dome M. Kováča ml. Uznesenie o vznesení obvinenia však prokurátor zrušil a I. Lexa podal na Vačoka trestné oznámenie. Následne Vačok obvinil aj Oskara F. a Igora M. zo spolupáchateľstva, pričom Oskar F. priznal, že do veci je zapletená SIS. (Pozri dole Výpoveď Oskara Fegyveresa..) Prokurátor Róbert Vlachovský napriek tomu uznesenie o vznesení obvinenia zrušil a prípad bol odňatý aj Vačokovi. Vačok po tom, čo mal pohovor s pplk. Jánom Kosťovom, generálnym riaditeľom sekcie vyšetrovania kriminalisticko-expertíznych činností Policajného zboru (PZ) požiadal o odchod zo svojej funkcie a v polovici roka 1996 si podal žiadosť o uvoľnenie zo služobného pomeru a odišiel do civilu. V tom čase unikla na verejnosť údajná nahrávka údajného telefonického rozhovoru medzi Lexom a ministrom vnútra Hudekom. Z rozhovoru, v ktorom Hudek avizoval, že „vyšetrovateľa kopne do gúľ“ mu Lexa sľúbil dať „pusu na čelo“. Prvá Hudekova reakcia pravosť nahrávky potvrdila, následne však obaja začali zapierať a nahrávku označili za montáž. Dva dni po uskutočnení rozhovoru bol z vyšetrovania Vačok odvolaný. V. Mečiar na mítingu s občanmi verejne oznámil, že vyšetrovanie únosu preberú tzv. Stredoslováci . „Sa toho chytia, dúfam, že zjednajú nápravu.“ Jozef Číž (Stredoslovák, riaditeľ Okresného úradu vyšetrovania PZ vo Zvolene) prevzal vyšetrovanie od októbra 1995. Spolu s ním na prípade pracoval J. Chmel. Títo v máji 1996 (po 7 mesiacov) pre nedostatok dôkazov na začatie trestného stíhania prípad uložili. Na list so sťažnosťami M. Kováča st. na postup vyšetrovania z 27. novembra 1995 odpovedal Ján Kosťov, že v oboch výmenách vyšetrovateľov nedošlo k odňatiu trestnej veci neoprávnenou osobou (ale oprávnenou osobou) a z týchto dôvodov považuje výhrady prezidenta za neopodstatnené. Samoúnos Na slávnostný ceremoniál 30. augusta až 1. októbra 1995 pri príležitosti tisíc dňovej existencie Slovenskej republiky v športovej hale v Trnave, ktorého sa zúčastnila celá vláda, zástupcovia cirkvi a diplomacia už nebol prezident pozvaný. 31. augusta 1995 uniesli jeho syna. Deň predtým titulná strana vo vládnych novinách Slovenská republika ho takto škandalizovala: „Prezident má miliónový účet v Raiffeisenbank vo Viedni“. Ako dôkaz bol vytlačený bankový výpis s bilanciou účtu 23 258 688,80 šilingov, ktorý bol bankou neskôr odhalený ako falzifikát. 11. októbra 1995 bol z maďarského mesta Győr odoslaný list s odosielateľom Braňo Chilo – Pták. List bol zaslaný na ministerstvo vnútra a neskôr taktiež do redakcie denníka Pravda. Autor v liste tvrdí, že Michal Kováč ml. si únos organizoval sám. Autor listu tvrdí, že aj on sám sa zúčastňoval týchto príprav. V liste sa ďalej spomína, že skupina, ktorá mu pri únose pomáhala údajne plánovala atentát i na predsedu slovenskej vlády. „V prípade zavlečenia Michala Kováča mladšieho išlo o predstieraný únos alebo samoúnos.“ tvrdil Lexa. „Samoúnos Michala Kováča mladšieho mali zorganizovať zahraničné tajné služby“, povedal V. Mečiar. Výpoveď Oskara Fegyveresa vedie do SIS, pokiaľ ju nezmení Oskar Fegyveres pred vyšetrovateľom Vačokom v septembri 1995 vypovedal, že sa ako príslušník SIS, na príkaz nadriadených, podieľal na únose Michala Kováča mladšieho. Na základe jeho výpovede bolo možné získať dôkazy, ktoré SIS s únosom jednoznačne spájali (napríklad použité automobily) a preto Fegyveres odišiel zo Slovenska v obave o svoj život. Spojku v komunikácii so Slovenskom mu robil Róbert Remiáš (a Peter Tóth). Svěchota kontaktoval Fegyveresovou priateľku Adrianu K. a podľa jej tvrdenia ju nahováral na to, aby policajtom dosvedčila, že Oskar bol v čase únosu s ňou, a teda jeho výpoveď o účasti SIS na únose je klamstvo. Podľa neskorších tvrdení viacerých zúčastnených sa Fegyveres stretol súkromne aj s prezidentom Kováčom v jeho vile v Dúbravke. Viezol ho tam Marian Kočner v aute prítomného Kováčovho advokáta Havláta. Aj pri tomto stretnutí potvrdil účasť SIS na únose. 29. apríla 1996 Róbert Remiáš zahynul pri výbuchu vlastného auta. Podľa Vačoka : „ Remiáš bol najlepším priateľom Fegyveresa, ktorého SIS chcela za každú cenu dostať na Slovensko a docieliť zmenu jeho výpovede. Remiáš bol práve tým, ktorý tomu zámeru prekážal. “ Riaditeľ SIS v rokoch 19931995 a 19982003 Vladimír Mitro v správe o činnosti SIS, ktorú predniesol v NR SR 12. februára 1999 uvádza opatrenia SIS, ktoré mali slúžiť aj na marenie vyšetrovania prípadu a obviňuje priamo I. Lexu: „Zásadným spôsobom maril policajné vyšetrovanie riaditeľ SIS, ktorý ignoroval akékoľvek dožiadania orgánov činných v trestnom konaní o zbavenie mlčanlivosti zainteresovaných príslušníkov SIS, ako aj odmietol poskytnúť súhlas k policajnej prehliadke objektu SIS, kde sa nachádzal Mercedes 208 D. Dokonca I. Lexa prostredníctvom ministra vnútra SR ovplyvňoval vyšetrovanie tak, aby nedošlo k odhaleniu účasti SIS na únose.“ Aj po smrti Remiáša sa SIS snažila umlčať Fegyveresa. V januári 1997 námestník riaditeľa SIS Svěchota vyslal piatich príslušníkov kontrarozviedky na tajnú misiu do Švajčiarska, kde mali vypátrať miesto pobytu Fegyveresa. Keď zistili všetky potrebné údaje o mieste pobytu, boli členovia skupiny presvedčení, že O. Fegyveres má byť zlikvidovaný. Aby sa vyhli vražde radšej sa pod zámienkou celá skupina rozhodla vrátiť do Bratislavy. Marenie vyšetrovania z najvyšších miest Napriek podozreniam voči SIS bol námestník riaditeľa SIS Svěchota členom pôvodného vyšetrovacieho tímu únosu (vedeného Šimuničom). Až keď sa vyšetrovateľom stal Peter Vačok, vyzval Svěchotu, aby zo stretnutia vyšetrovacieho tímu odišiel. Pittnerova správa tzv. „Občianskej nezávislej komisie“ (1996) poukazuje na zneužitie pohotovostného policajného útvaru pri únose a dokumentuje udalosti, ktoré svedčia o marení vyšetrovania: Reakciou na vznesené obvinenie proti príslušníkovi SIS (Jiřímu N.) bolo hneď na druhý deň predčasné odvolanie ministra vnútra SR Ľ. Hudeka z jeho služobnej cesty v Bruseli a generálneho prokurátora M. Vaľa z dovolenky premiérom vlády V. Mečiarom a ich následné, dňa 25. 9. 1995, nočné rokovanie na úrade vlády. A hneď ďalší deň prokurátor R. Vlachovský náhle zmenil názor. Zrušil uznesenie majora Vačoka o začatí trestného stíhania. Dňa 16. októbra 1995 sa uskutočnil údajný telefonický rozhovor medzi riaditeľom SIS Ivanom Lexom a ministrom vnútra Ľudovítom Hudekom, ktorý svedčí o spolupráci SIS a MV SR pri zahladzovaní stôp a marení vyšetrovania kauzy (zámena Vačoka za Číža). Novinári upozorňujú, že Vladimír Mečiar toho urobil príliš veľa, aby malo ísť iba o ochranu jeho blízkeho spolupracovníka I. Lexu. Všetko, čo robil pre Lexu, robil aj pre seba. Keď sa verejnosť oboznámila s nahrávkou Mečiar vyhlásil, že záznam nie je autentický: „Mám k dispozícii znalecký posudok, ktorý spochybňuje autenticitu nahrávky…“ Neskôr (1999) účasť SIS potvrdili aj iní Svěchota sa vo februári 1999 dostal do väzby ako dôvodne podozrivý z organizovania viacerých káuz. 13. apríla 1999 policajtom priznal, že únos zorganizovala a spáchala SIS. 5. mája 1999 vypovedal bývalý šéf odboru SIS Róbert B., ktorý tiež priznal účasť tajnej služby na únose. Svoju výpoveď Svěchota neskôr rozšíril. Po zrušení amnestií (pozri dole) účasť SIS ako možnú pripustil aj Mečiar aj Lexa a príslušník SIS Ľuboš Kosík je ochotný o nej svedčiť.