Počiatky novej republiky  Vnútorné konflikty a čiastočná konsolidácia Maršal Agustín Gamarra bol najvýznamnejším prezidentom prvej republiky, ako jediný v tomto období vydržal celé funkčné obdobie a dokázal stabilizovať Peru. Po skončení vojny za nezávislosť sa Peru nachádzalo v zložitej situácii. Aby krajina dokázala fungovať, musela vyvážať aj produkty, ktoré sama nevyhnutne potrebovala. Postupne si absolútne najvyšší podiel na vývoze získalo striebro, ktoré sa vyvážalo predovšetkým do Veľkej Británie, ktorá zároveň získala najväčší vplyv na peruánsky zahraničný obchod. Peru tak muselo získavať naďalej príjem od indiánov, ktorí boli stále nútení platiť špeciálnu daň, ďalší príjem pochádzal z pôžičiek z Británie. Nepriaznivá ekonomická situácia sa odrážala aj na kriminalite, ktorá bola stále veľmi vysoká. Hlavne mimo miest existovali organizované bandy lupičov, ktoré komplikovali obchod a zásobovanie miest. Za tohto stavu sa Bolívar rozhodol vzdať svojho postu diktátora, no parlament odmietol prijať jeho rezignáciu a zvolil ho naopak za doživotného diktátora. Bolívar tak pripravil novú ústavu, ktorá bola schválená parlamentom v máji 1826. Už na jeseň 1826 však Simón Bolívar odišiel z Peru, aby pokračoval vo svojej funkcií prezidenta Veľkej Kolumbie. Vládu prenechal generálovi Andrésovi de Santa Cruzovi. Formálne však Bolívar napriek svojej neprítomnosti zostával diktátorom Peru. O niekoľko mesiacov odišli aj posledné časti kolumbijského vojska, čo využila opozícia. V parlamente si vynútila zrušenie Bolívarovej ústavy a následne dokonca parlament zvolil nového prezidenta, ktorým sa v auguste 1827 stal maršal José de la Mar. V júni 1828 následne parlament prijal úplne novú ústavu s liberálnymi prvkami. Proti novému prezidentovi však od začiatku stála veľmi silná opozícia, ktorú viedli ambiciózni generáli z obdobia vojny za nezávislosť, ktorí mali taktiež záujem o úrad prezidenta. Ďalším problémom bolo povstanie časti indiánov, ktorí pred tým bojovali na strane rojalistov. K úplnému potlačeniu povstania došlo až v polovici roka 1828. Nepokojná situácia však bola aj v Bolívii (Hornom Peru), kde sa búrila armáda pozostávajúca ešte z kolumbijských vojakov. Do Bolívie tak odišla armáda z Cusca, ktorú viedol generál Agustín Gamarra. Tejto sa podarilo situáciu zvládnuť a prinútiť posledných kolumbijských vojakov odísť domov. Udalosti z Bolívie naznačovali blízky konflikt s Veľkou Kolumbiou. Peru aj Veľká Kolumbia si nárokovali prístav Santiago de Guayaquil a niektoré územia v Amazónii. Problém predstavovali aj nároky Veľkej Kolumbie na preplatenie vojenských nákladov pri bojoch za nezávislosť Peru. Keďže nedošlo k dohode, vyhlásila Veľká Kolumbia v júli 1828 vojnu Peru. Na počiatku boli viac úspešní Peruánci, no v rozhodujúcej bitke pri Portete de Tarqui vo februári 1829 vyhrala Veľká Kolumbia, ktorú viedol generál Antonio José de Sucre. Peruánci boli nútení uzavrieť prímerie a dohodu, na základe ktorej mali opustiť sporné územia a zaplatiť vojenské výdavky Veľkej Kolumbie počas vojny za nezávislosť Peru. Peruánsky prezident De la Mar však túto dohodu neuznal, čo malo za následok vojenský prevrat, po ktorom bol zosadený a deportovaný. Vojna tak bola ukončená podpísaním dohody v septembri 1829. Približne o rok neskôr sa ale Veľká Kolumbia po dlhých vnútorných rozporoch rozpadla, čím vznikli tri štáty, Kolumbia, Venezuela a Ekvádor. V decembri 1830 zomrel aj samotný Simón Bolívar na tuberkulózu, ktorý niekoľko mesiacov pred tým rezignoval zo všetkých svojich funkcii. Bezvládie v Peru využil generál Antonio Gutiérrez de la Fuente, ktorý v júni 1829 zosadil viceprezidenta a sám prevzal vládu nad krajinou. Následne parlament zvolil v decembri 1829 nového prezidenta, ktorým sa stal maršal Agustín Gamarra, ktorý pred tým viedol zosadenie bývalého prezidenta. Gamarrova vláda bola autoritatívna, no súčasne stabilizovala republiku vo viacerých oblastiach. Napriek stabilite sa prezident musel vysporiadať s mnohými vzburami. Gamarra tak vládol riadne celé štyri roky a sám v roku 1833 navrhol konanie nových volieb prezidenta. Parlament zvolil za nového prezidenta generála Luisa Josého de Orbegosa napriek tomu, že Gamarra navrhoval iného kandidáta. To viedlo k niekoľkomesačnej občianskej vojne, v ktorej sa proti zvolenému prezidentovi postavili generáli verní Gamarrovi. Zvolený prezident však bol úspešný a vzbúrenci museli ujsť do zahraničia, vrátane bývalého prezidenta Gamarru. O niekoľko mesiacov vypuklo ďalšie povstanie, ktoré viedol generál Felipe Santiago Salaverry, ktorému sa podarilo obsadiť Callao a následne dokonca aj Limu. Prezident Orbegosa bol nútený požiadať o pomoc susednú Bolíviu, ktorá okamžite vyslala armádu. Na čele Bolívie stál známy generál Andrés de Santa Cruz, ktorý mal ambície na zjednotenie Bolívie s Peru. Sám pred tým presadil vytvorenie Bolívie. V auguste 1835 porazil najprv Santa Cruz vojsko bývalého prezidenta Peru Gamarru a následne vo februári 1836 aj vojsko samotného Salaverryho, ktorý bol o niekoľko dní neskôr popravený. Tým porazil Santa Cruz všetkých hlavných protivníkov a nič mu už nebránilo uskutočniť jeho ambíciu na spojenie Bolívie s Peru. Peruánsko-bolívijská konfederácia, obnovenie republiky a vojny s Čile a Bolíviou Generál Ramón Castilla bol prezidentom Peru niekoľkokrát, najprv v roku 1844 a potom s menšími prestávkami od roku 1845 do 1863. Po víťazstve Santa Cruza sa v meste Sicuani zišli zástupcovia južných departmentov Peru, ktorí odsúhlasili vytvorenie tzv. Republiky južné Peru, následne sa v meste Huaura stretli zástupcovia severných departmentov Peru a odsúhlasili vytvorenie tzv. Republiky severné Peru. Potom zasadol parlament Bolívie, ktorý odsúhlasil spojenie s dvoma peruánskymi republikami a 28. októbra 1836 tak vznikla Peruánsko-bolívijská konfederácia. V máji 1837 zasadol spoločný parlament, ktorý vymenoval Andrésa de Santa Cruza za protektora konfederácie na 10 rokov. Santa Cruz presadil množstvo reforiem a prijatie novej ústavy. Nový štát však mal podporu iba v časti regiónov, väčšina dôležitých miest v Peru, ale dokonca aj v Bolívii ho odmietala. Ani okolité štáty neprivítali vznik konfederácie. Najväčší odpor vzbudzovala v Čile, keďže oba štáty mali mocenské ambície v regióne. Čile navyše požadovalo splatenie dlhu zo strany Peru a zmenu v colnej politike voči svojim produktom. Santa Cruz v snahe oslabiť Čile podporil bývalého prezidenta Čile v jeho snahe násilne získať moc, čo sa však nepodarilo. V decembri 1836 tak vyhlásilo Čile vojnu konfederácii. Prvý čilský útok sa poradilo zastaviť, ale v júni 1838 Čile zaútočilo znova, pričom tejto výpravy sa zúčastnilo množstvo peruánskych exulantov, vrátane bývalého prezidenta Gamarru. Už v júli oznámila Republika severné Peru svoje vystúpenie z konfederácie. Čiľania dokonca obsadili na krátko Limu, kde za dočasného prezidenta vyhlásili Gamarru. Rozhodujúca bitka sa odohrala 20. januára 1839 pri meste Yungay, kde Čile jasne porazilo vojsko konfederácie. Po tejto porážke bol Santa Cruz nútený ujsť, následne došlo v jeho domovskej Bolívii k prevratu, po ktorom nasledovalo vystúpenie Bolívie z konfederácie a rezignácia Santa Cruza. Po skončení vojny s Čile a rozpade Peruánsko-bolívijskej konfederácie zasadol opäť peruánsky parlament, ktorý 10. júla 1840 zvolil za prezidenta znova Agustína Gamarru. Ten nechal schváliť novú ústavu, ktorá opäť povoľovala otroctvo a poskytovala prezidentovi veľkú moc. Veľkou ambíciou Gamarru bolo obnovenie konfederácie s Bolíviou. Rozhodol sa preto vyhlásiť v októbri 1841 Bolívii vojnu, následne pomerne rýchlo obsadilo peruánske vojsko La Paz. 18. novembra 1841 sa pri meste Ingavi odohrala rozhodujúca bitka vojny, kde bolívijská armáda prekvapivo porazila Peruáncov, v bitke dokonca zahynul aj prezident Gamarra. Mierová zmluva bola podpísaná až júni 1842 v meste Puno. Po smrti prezidenta a ukončení vojny nasledovalo ďalšie obdobie nestability, kedy sa vystriedalo niekoľko generálov na čele štátu. Najdlhšie vládol 5 mesiacov Juan Francisco de Vidal, ktorý sa nechal 20. októbra 1842 vymenovať za prezidenta. Aj ten však bol zosadený. V apríli 1843 sa za diktátora vyhlásil generál Manuel Ignacio de Vivanco. Vládol viac ako rok, až kým ho v polovici roka 1844 nezosadil neskorší prezident generál Ramón Castilla. Castilla bol po rodičoch Argentínčan a indián, bojoval na strane Čile a Josého de San Martína a proti Santa Cruzovi vo vojne medzi Čile a konfederáciou Peru a Bolívie. Jeho vlády sú považované za jedno z najstabilnejších a najlepších období tejto éry histórie Peru. Práve on nechal definitívne zrušiť otroctvo aj špeciálnu daň pre indiánov. V roku 1848 bola spustená železnica z prístavu Callao do Limy, prvá v Južnej Amerike. Prvé funkčné obdobie skončilo prezidentovi Castillovi v apríli 1851. Na jeho miesto zvolil parlament generála Josého Rufina Echeniqueho. Výmenou za voľnú plavbu po rieke Amazonka prenechal Brazílii časť peruánskeho územia. Jeho vláda však bola poznačená korupciou, čo využila opozícia na čele s bývalým prezidentom Castillom. 5. januára 1855 bol prezident José Rufino Echenique zosadený a na jeho miesto sa sám dosadil Castilla, ktorý vládol fakticky až do októbra 1862. Postupne modernizoval krajinu, armádu, námorníctvo a potvrdil dohodu s Brazíliou o voľnej plavbe na rieke Amazonka, taktiež za územné ústupky v prospech Brazílie. V roku 1860 vyhlásil vojnu Ekvádoru, pretože ten chcel postúpiť územia, na ktoré si nárokovalo aj Peru, iným štátom výmenou za odpustenie dlhov. Peru malo silnejšie vojsko a tak bez problémov zvíťazilo a presadilo svoju vôľu. V rovnakom roku nechal prijať novú ústavu. Vojna so Španielskom, stabilizácia, druhá vojna s Čile Manuel Pardo bol prvým civilným prezidentom Peru. Súbor:Map_of_the_War_of_the_Pacific.en2.svg|vpravo|náhľad|Mapa ukazuje posun hraníc Čile po druhej tichomorskej vojne na úkor Peru a Bolívie. Napriek tomu, že od vojny za nezávislosť už ubehlo niekoľko desaťročí, Španielsko stále neuznalo nezávislosť Peru. V roku 1862 dokonca vyslalo k brehom Peru svoju flotilu. Úlohou španielskeho loďstva bolo brániť záujmy Španielska a jeho občanov v oblasti, no v skutočnosti iba čakala na zámienku k útoku. Tou sa stala smrť španielskeho občana v auguste 1863 pri nepokojoch. Španielska flotila následne obsadila súostrovie Chincha, kde boli veľké zásoby guána a požadovala aj ďalšie finančné kompenzácie. V tej dobe bol prezidentom Peru Juan Antonio Pezet, ktorý nahradil Castilla. Ten sa však snažil Španielom vyhovieť a ponúkol im dohodu, ktorá spočívala v zaplatení požadovanej finančnej kompenzácie Španielsku výmenou za navrátenie súostrovia Chincha. Proti tejto dohode sa však postavila celá peruánska spoločnosť, následne armáda zvrhla prezidenta a dočasne ho nahradila generálom Pedrom Diezom Cansecom. Za nového prezidenta bol vybraný dôstojník Mariano Ignacio Prado, ktorý sa funkcie ujal 28. novembra 1865. Peru získalo pre konflikt so Španielskom podporu ďalších juhoamerických štátov a následne vyhlásilo Španielsku vojnu. Na stranu Peru sa postavili Čile, Ekvádor a Bolívia. Hlavne pomoc od námorníctva Čile bola veľmi dôležitá. Spoločná čilsko-peruánska flotila dokázala Španielov niekoľkokrát poraziť a viedla proti nim úspešné akcie. Spojená flotila sa však stále nemohla rovnať španielskej a tak zvolila taktiku vyhýbania sa priamemu stretu v snahe, aby Španielom došli zásoby. To sa skutočne aj darilo a Španieli začali mať nedostatok zásob a ich situácia bola kritická. 31. marca 1866 tak začali ostreľovať čilský prístav Valparaíso, ktorý vážne poškodili. O to isté sa Španieli pokúsili aj v peruánskom prístave Callao. Callao však malo na rozdiel od nechráneného Valparaísa vlastnú obranu a obrancom sa podarilo vážne poškodiť viaceré španielske lode. Španieli tak bolí nútení odísť preč. Mier však bol uzatvorený až v roku 1879, kedy Španielsko konečne uznalo nezávislosť Peru. S ukončením bojov so španielskou flotilou začalo nové povstanie indiánov, ktoré viedol majiteľ veľkých haciend Juan Bustamante Dueñas. Do bojov sa muselo zapojiť aj bolívijské vojsko, no na začiatku roka 1868 sa povstanie podarilo potlačiť a Bustamante Dueñasa popraviť. Výsledkom indiánskej revolty bolo požadovanie návratu k predchádzajúcej ústave, opozícia následne v januári 1868 presadila zosadenie prezidenta. Toho najprv zastupovalo niekoľko generálov, až kým sa 2. augusta 1868 neujal funkcie zvolený prezident José Balta. Jeho vládu hneď na začiatku poznačilo veľké zemetrasenie a následní epidémie. Negatívom bolo tiež zníženie ceny guána, ktoré bolo v tej dobe hlavným vývozným artiklom Peru, až neskôr sa k nemu pridal liadok (liadky sú soli kyseliny dusičnej, ktoré sa dobre rozpúšťajú vo vode a sú významné priemyselné hnojivá), ktorý sa ťažil hlavne v regióne Tarapacá. Do ťažby liadku investovali predovšetkým podnikatelia z Čile a Európy. Darilo sa aj pestovaniu poľnohospodárskych produktov a krajina tak začala postupne prosperovať. Získané financie sa prezident rozhodol investovať do budovania železničnej siete, ktorá bola do tej dobe iba veľmi malá. S rastom bohatstva krajiny sa postupne vytvorila aj bohatá vrstva obyvateľov, ktorej cieľom bolo dosadiť prezidenta, ktorý by konečne nebol z armády. Táto snaha sa však nepozdávala časti armády a tak v júli 1872 vypuklo povstanie, pri ktorom vojaci uniesli prezidenta Baltu a 26. júla ho zavraždili. To vyvolalo veľké ľudové nepokoje, pri ktorých dav vodcov vojenského povstania zabil. Až do volieb sa na krátko ešte vlády ujal viceprezident Mariano Herencia Zevallos, ktorý sa stal na určitý čas posledným prezidentom z armády. Prvý civilným prezidentom sa 2. augusta 1872 stal Manuel Pardo z Civilistickej strany. Musel sa však vyrovnať s prudkým znížením cien guána, čo malo negatívny vplyv na štátny rozpočet. Straty sa preto prezident snažil vykompenzovať vytvorením štátneho monopolu na vývoz liadku, čím chcel zvýšiť jeho cenu. Ani to však nepomohlo a v roku 1875 už nedokázalo Peru splácať svoje zahraničné dlhy. Muselo preto zastaviť stavby železníc. Situácia v Peru sa nepozdávala ani susednému Čile, ktoré malo svoje záujmy s liadkom, do ktorého jeho podnikatelia investovali aj na peruánskom území veľké množstvo peňazí. Peru sa ekonomickému tlaku zo strany Čile snažilo brániť uzatvorením tajnej dohody s Bolíviou o spoločnej obrane, ktorá smerovala proti Čile. V ďalších voľbách bol za prezidenta zvolený Mariano Ignacio Prado. Pochádzal z rovnakej strany ako jeho predchodca a úradu sa ujal 2. augusta 1876. Situáciu v krajine však negatívne ovplyvnili ekonomické problémy v Európe, po ktorých sa ekonomika Peru dostala do kritickej situácie. Prezident navyše čelil niekoľkým pokusom o prevrat, čo iba zhoršilo situáciu. Dôvodom budúceho sporu medzi Peru a Bolíviou na jednej strane a Čile na strane druhej bol liadok. Oprávnenie na ťažbu tejto suroviny získala na území Peru aj Bolívie spoločnosť z Čile, v ktorej však mali účasť aj podnikatelia z Veľkej Británie. Táto spoločnosť bola oslobodená od vývozného cla tak v Peru, ako aj Bolívii. V roku 1875 však nastala v Európe ekonomická kríza, ktorá výrazne znížila vývoz liadku a tým aj spôsobila problémy v rozpočtoch všetkých troch štátov. Bolívia na krízu reagovala čiastočným uvalením cla na vývoz liadku, voči čomu protestovalo Čile, ktoré poukazovalo na predchádzajúce dohody zaručujúce nulové clo. Spoločnosť ťažiaca liadok stanovené clo nerešpektovala, načo bolívijská vláda reagovala uväznením jej riaditeľa a praktickým znárodnením majetku tejto spoločnosti. Ako odpoveď Čile 14. februára 1879 obsadilo prístav Antofagasta. Bolívia tak vyhlásila Čile vojnu a v zmysle tajnej dohody požiadala Peru o vojenskú podporu. Peru sa ešte pokúšalo s Čile vyjednávať, no neúspešné, následne Čile vyhlásilo obom štátom vojnu. Tým sa začala tzv. vojna o Pacifik, tiež nazývaná druhá tichomorská vojna, či vojna o liadok. Čilská armáda mala moderné zbrane a veľmi dobre vycvičených vojakov, spojenecké vojsko malo síce presilu, ale zastarané zbrane a slabo vycvičených vojakov. Vojsko spojencov navyše tvorili predovšetkým indiáni, ktorí nemali záujem bojovať vo vojne za Peru či Bolíviu. V čase začatia konfliktu však už malo Čile k dispozícii dve moderné pancierované lode. Peruáncom sa síce na začiatku podarilo potopiť jednu čilskú loď, no tá už bola zastaralá, naopak Čiľania potopili jednu z dvoch najmodernejších peruánskych vojnových lodí. O nejaký čas Čiľania dokonca dokázali zajať druhú z dvoch kedysi najmodernejších peruánskych lodí Huáscar, ktorú následne pripojili k svojej flotile. Čile tak mohlo zahájiť pozemnú inváziu do provincie Tarapacá. Hneď na začiatku zaznamenali Čiľania niekoľko víťazstiev a postupovali ďalej. Avšak v bitke pri osade Tarapacá narazili na silnejší odpor, než čakali. Peruánske vojsko ich prekvapilo a túto bitku vyhralo. Čile však napriek tomu pokračovalo ďalej a následné bitky už znova vyhralo. Postupne tak provinciu Tarapacá predsa Čile obsadilo. Obsadenie tejto provincie spôsobilo v Peru aj Bolívii vážne problémy. Tieto neúspechy pripravili o miesto prezidenta Bolívie Hilarióna Dazu, ktorý bol zvrhnutý. Na nepriaznivú situáciu reagoval prezident Peru Prado tým, že pod zámienkou hľadania nových spojencov ušiel v decembri 1879 do zahraničia, z kadiaľ sa už nevrátil. Novým dočasným prezidentom Peru sa stal na necelý týdeň Luis La Puerta. Už 23. decembra bol nahradený Nicolásom de Piérolom. Čiľania mali v tej dobe už veľkú prevahu, aj početnú, aj kvalitatívnu. Rozhodujúca bitka sa odohrala v polovici roka 1880 pri meste Tacna, kde utrpela bolívijská armáda také veľké straty, že do vojny už vôbec nezasiahla a následne stiahla všetky svoje bojové oddiely na východ (na územie súčasnej Bolívie). Peru však nedokázalo čilskej armáde vôbec vzdorovať a Čile tak postupovalo stále viac na sever. Čilskí vojaci vstúpili do Limy 17. januára 1881. Prezident Piérola pred čilskou armádou ušiel do hôr. Čilské vojsko zostalo v Lime až do októbra 1883, medzi tým ešte prebehlo niekoľko bitiek, no vo vojne definitívne zvíťazilo Čile Prezident bol po čase prinútený armádou odstúpiť a na jeho miesto bol dosadený v marci Francisco García Calderón. Tento sa však nachádzal v okupovanej Lime a tak ho po čase Čiľania odviezli do Čile. 28. septembra 1881 tak bol nahradený Lizardom Monterom Floresom. Čiľania sa rozhodli na konci augusta 1882 presadiť nového prezidenta, ktorým sa stal Miguel Iglesias. Práve Iglesias podpísal 20. októbra 1883 za Peru s Čile mierovú zmluvu. Podľa tejto zmluvy Čile získalo bolívijskú provinciu Litoral (súčasná provincia Antofagasta), čim Bolívia stratila prístup k moru. Peru muselo odovzdať provincie Tarapacá, Tacna (túto provinciu v 20. storočí Čile vrátilo Peru) a Arica.