Politické dejiny V tomto období začala vo väčšej miere prechádzať voľná pôda zo štátneho vlastníctva do súkromného vlastníctva provinčných veľmožov, či chrámových inštitúcií. Za účelom získania rôznych daňových a správnych výhod sa v priebehu 8. storočia začali roztrieštené súkromné roľnícke hospodárstva zlučovať do väčších celkov pod patronátom mocných regionálnych rodov. Takto vzniknuté veľko-hospodárstva sa nazývali šóen a na ich čele mohol stáť aj vplyvný dvorný aristokrat, ale vo väčšine prípadov však príslušníci z radov provinčnej šlachty. Došlo teda k decentralizácií štátnej moci a mnohé pôvodne výberové štátne inštitúcie získali podobu ustálenej rodovej funkcie, ktorá sa dedila z otca na syna. Jedným z týchto rodov bol rod Fudžiwara, ktorý v 9. storočí získal premyslenou politikou systematických sobášov svojich dcér s mužskými členmi cisárskeho rodu a zhromažďovaním obrovského pozemkového vlastníctva takmer úplnú kontrolu nad cisárstvom. Hlava rodu Jošifusa dosadil v roku 858 n. l. na trón svojho vnuka Seiwa. Pretože nový cisár mal iba sedem rokov, nechal sa Jošifusa menovať cisárskym regentom (seššó). Fujuwara no Motocune sa stal regentom podobným spôsobom. Vytvoril dokonca novú správnu funkciu regent kampaku, v dobe keď sa stal regentom už dospelého cisára Kókó, ktorý nastúpil na trón v roku 884 po Kr. Spod vplyvu rodu Fudžiwarov sa cisársky dvor vymanil až v roku 1072, keď s rodom Fudživarov nespriaznený cisár Gosandžó abdikoval v prospech svojho syna Širakawu. Cisár Gosadžó chcel zo zákulisia riadiť vládu svojho syna, ale pol roka po svojej abdikácii zomrel. Základy nového systému tak plne rozvinul až jeho syn Širakawa. Ako tridsaťštyriročný v roku 1086 abdikoval v prospech svojho syna Horikawu a odišiel do kláštora, odkiaľ však naďalej z ústrania ovplyvňoval vládu svojho syna. Táto forma nepriamej vlády sa nazývala insei a pokračovala zhruba ďalšie storočie aj napriek tomu, že rod Fudžiwara i naďalej súperil s cisárskym rodom o vládnúcu moc. Tento zápas o vplyv a podobu vlády insei nakoniec viedol k vážnemu oslabeniu moci cisárskeho dvora a k moci sa postupne dostali silné vojenské klany sídliace v provinciách, ktoré mali k dispozícii vlastné ozbrojené družiny. V čase nepokojov, keď cisársky dvor negarantoval právo a poriadok v krajine, poskytoval systém súkromných feudálnych domén šóen obyvateľstvu krajiny potrebnú ochranu pred lúpežníctom a v pobrežných oblastiach krajiny aj pred pirátmi z oblastí Vnútorného mora. Jeden takýto klan, rod Minamoto sídliaci vo východnej časti Japonska, sa od roku 1031 dostal do nepretržitého konfliktu s rodom Taira. Rody Minamotov a Taira sa následne snažili celý zvyšok 11. a prvú polovicu 12. storočia získať priazeň cisárskeho dvora a mocného rodu Fudžiwarov. right|Maľba z 12. storočia znázorňujúca bitku pri Dannoury, ktorá sa odohrala 25. marca 1185. V roku 1156 po smrti cisára Gotoby si nárokovali cisársky trón jeho dvaja synovia. Jedného zo synov podporoval rod Minamoto a druhého rod Taira. Nepriateľstvo medzi rodom Taira a Minamoto prebiehalo už dlhšie obdobie a spor Gotobových synov o nástupníctvo iba ešte viac vyhrotil vzájomnú rivalitu. Rod Taira v priebehu bojov (Nepokoje éry Hógen, Nepokoje éry Heidži) získal vedúce postavenie, keď sa mu podarilo poraziť vojská rodu Minamotovcov. Príslušníci rodu Minamotovcov boli zavraždený a najmladší členovia rodu Minamoto, ktorý boli ušetrený, utiekli do vyhnanstva. Hlava víťazného rodu Taira no Kijomori vydal svoju dcéru za cisára a v roku 1180 dokonca dosadil na trón svojho vnuka Antoku. Kijomoriho despotický spôsob vlády, porušovanie starých zvykových obyčajov postupne oslabilo spojenectvo a puto vernosti s ostatnými vojenskými rodmi, dvornou šľachtou a budhistickými náboženskými skupinami. Dosadenie cisára Antoku proti zvykom tradičného práva a úvahy o premiestnený hlavného mesta do bezvýznamnej rybárskej osady Fukuhara, ktorá bola rodovým sídlom Tairovcov, avšak bez ohľadu na mienku dvora, šľachty a obyvateľstva krajiny onedlho viedlo k veľkému povstaniu proti Kijomorimu. Do jeho čela sa postavil Minamoto no Jorimoto, člen rodu Minamoto, ktorý po násilnom vyvraždení členov svojej rodiny žil vo vyhnanstve na polostrove Izu. Spolu so svojim bratom Jošicunom dobyl Heian-kjó, vyhnal klan Tairov a definitívne ich porazil v roku 1185 v bitke pri Dannoury. Touto bitkou skončilo obdobie Heian.