Priebeh letu V piatok 14. novembra 1969 o 06:05 miestneho času astronautov prebudil šéfastronaut Thomas Stafford. Vzápätí Pete Conrad, Richard Gordon a Alan Bean absolvovali poslednú lekársku prehliadku pred štartom. Bean si na to spomínal: „Ráno pred štartom nás prebudili nekresťansky skoro, už v šesť hodín ráno, a hneď odvliekli na lekársku prehliadku. Bolo ešte úplné šero; vonku sa preháňali ťažké mraky a na okenných tabuliach v ordinácii ostalo niekoľko veľkých kvapiek dažďa. Zrazu som dostal hrozný strach, aby nám počasie neurobilo škrt cez rozpočet, alebo aby na mne ten prekliaty felčiar na poslednú chvíľu niečo nenašiel. Lekár, bol to Dr. Harder, mi však našťastie iba ohmatal pulz, zahundral niečo ako ‚aha, zelenáč‘ a požiadal ma, aby som na neho vyplazil jazyk. To som urobil s veľkým potešením.“ Potom sa usadili k raňajkám, ku ktorým sa už tradične podával steak, vajíčka, pomarančový džús, káva a toast. Raňajkovali v spoločnosti Thomasa Stafforda, záložného pilota lunárneho modulu Jima Irwina, riaditeľa programu Apollo Jima McDivitta, člena podpornej posádky Paula Weitza a tiež Chucka Tringaliho, ktorý bol vedúcim tímu podpory posádky Apolla 12. Šiestym spoločníkom pri raňajkách bola plyšová gorila v životnej veľkosti, ktorá patrila Conradovi a pomenoval ju „Irving Glick“. Potom nasledovalo obliekanie skafandrov a o 08:10 odchod z Budovy pilotovaných letov ( Manned Spacecraft Operations Building ). Astronauti spolu s dvoma technikmi a Staffordom nasadli do špeciálne upravenej dodávky, ktorá ich doviezla k 14 km vzdialenému štartovaciemu komplexu 39A. Stafford z dodávky vystúpil pri Stredisku riadenia štartu ( Launch Control Center ). Po príchode na miesto si všimli, že mraky visia nízko nad zemou a veľmi prší. Veliteľ Pete Conrad nastúpil do veliteľského modulu ako prvý a po ňom nasledoval pilot lunárneho modulu Alan Bean. O chvíľu neskôr sa k nim pridal pilot veliteľského modulu Richard Gordon. Štart Apolla 12, 14. november 1969 Misia Apollo 12 odštartovala 14. novembra 1969 o 11:22:00,68 miestneho času (16:22:00,68 svetového času) zo štartovacieho komplexu 39A v Kennedyho vesmírnom stredisku. Štartovacia zostava sa skladala z nosnej rakety Saturn V (výrobné číslo SA-507), veliteľského modulu Yankee Clipper a lunárneho modulu, ktorý dostal pomenovanie Intrepid . Počasie v čase štartu bolo zlé, nad kozmodrómom viseli nízke búrkové mraky. Ionizované spaliny motorov F-1 prvého stupňa Saturnu V vytvorili dokonalý hromozvod a počas preletu nízkou oblačnosťou v čase T+36 sekúnd do nosnej rakety udrel blesk, ktorý dočasne vyradil dodávku elektrického prúdu z palivových batérií. O 16 sekúnd neskôr raketa dostala ďalší zásah bleskom. Saturn V mal našťastie vlastný nezávislý systém navádzania, a tak letel ďalej po správnej trajektórii. Prepnutie spínača SCE do polohy AUX situáciu vrátilo do normálu. Niekoľko špecialistov po výpadku prúdu ale varovalo vedenie misie, že v dôsledku zásahov bleskom mohlo dôjsť k poškodeniu pyrotechniky na vystrelenie padákov, ktoré budú potrebné pri návrate na Zem. Napriek tomu sa rozhodlo v pokračovaní misie. Navedenie na parkovaciu obežnú dráhu okolo Zeme a jej opustenie prebehlo bez problémov. Na obežnú dráhu okolo Mesiaca bolo Apollo 12 navedené manévrom LOI-1 dňa 18. novembra o 03:47:19 UTC. O deň neskôr, 19. novembra, sa o 04:16:02 UTC po nevyhnutných previerkach (obava z poškodenia lunárneho modulu po zásahoch bleskom) lunárny modul s dvojčlennou posádkou, Conrad a Bean, oddelil od materskej lode. Ešte predtým, ako sa Conrad s Beanom oddelili od veliteľského modulu Yankee Clipper , Gordon zavtipkoval: „Poďme si to prejsť ešte raz. Plyn je napravo a brzda naľavo!“ Gordon potom zostal v materskej lodi krúžiacej okolo Mesiaca. V čase 05:45:40 UTC lunárny modul Intrepid prešiel na zostupovú dráhu. Brzdiaci manéver zakončilo hladké pristátie o 06:54:35 UTC. Cieľom lunárneho modulu Intrepid bolo pristátie na rozhraní Mora poznania ( Mare Cognitum ) a Mora ostrovov ( Mare Insularum ). Toto miesto nebolo vybrané náhodne – nachádzalo sa v blízkosti miesta pristátia sondy Surveyor 3, ktorá tu mäkko pristála 20. apríla 1967 a odoslala na Zem vyše 6 300 snímok. Jej činnosť sa skončila po štrnástich dňoch. Miesto jej pristátia sa podarilo presne určiť zo samotných televíznych záberov sondy. Ďalšie údaje o blízkom okolí miesta pristátia poskytli sondy Lunar Orbiter 3 a Lunar Orbiter 4. Astronauti z Apolla 12 mali vyhľadať už nefunkčnú sondu a odobrať z nej kameru a vzorky kábla. Úlohu splnili, pretože pristáli iba 180 metrov ďaleko. Alan Bean zostupuje po rebríku lunárneho modulu na povrch Mesiaca, 19. november 1969 Zhruba štyri hodiny po pristátí vypustili Conrad s Beanom vzduch z kabíny lunárneho modulu Intrepid a boli pripravení, oblečení do ťažkých skafandrov, k výstupu na mesačný povrch. Conrad sa pri svojom výstupe stal tretím človekom, ktorý vstúpil na Mesiac. Keďže bol nižšieho vzrastu, povedal pritom: „Jupí! Človeče, pre Neila mohol byť malý, ale pre mňa je dlhý.“ Vzápätí ho nasledoval Bean. Bohužiaľ závada na kamere spôsobila, že farebné televízne vysielanie bolo možné uskutočniť iba na krátky čas, hoci obaja astronauti takmer okamžite inštalovali dvojmetrovú parabolickú anténu, ktorá mala zabezpečiť kvalitný prenos signálu na Zem. Bean a Conrad vykonali zber núdzových vzoriek a asi 180 m od miesta pristátia inštalovali súbor prístrojov ALSEP ( Apollo Lunar Surface Experiment Package ). Po takmer štyroch hodinách ich prvý výstup skončil. Po odpočinku začali 20. novembra o 03:54:45 UTC otvorením dvierok lunárneho modulu s druhým výstupom. Počas tejto vychádzky navštívili sondu Surveyor 3, z ktorej odmontovali televíznu kameru a odobrali vzorky kábla. Neskôr sa v ich elektrickej izolácii našiel životaschopný pozemský mikroorganizmus Streptococcus mitis , čo odborníkov veľmi prekvapilo. Dodnes sa nepodarilo úplne objasniť, ako sa tam dostal. Najpravdepodobnejšou verziou podľa vedcov je, že vinou neopatrnej manipulácie došlo ku kontaminácii súčiastok sondy po návrate na Zem. Lunárny modul Intrepid odštartoval z povrchu Mesiaca 20. novembra o 14:25:47 UTC a o 17:58:20 UTC sa úspešne spojil s veliteľským modulom Yankee Clipper . Potom obaja astronauti prestúpili na materskú loď. Conrad a Bean mali tak špinavé skafandre od mesačného prachu, že Gordon ich najprv odmietol pustiť do veliteľského modulu. Nasledoval prenos 34,35 kg vzoriek do materskej lode a potom bol Intrepid zámerne nasmerovaný na Mesiac, aby vyvolal otrasy povrchu. Dopadol do oblasti Oceánu búrok ( Oceanus Procellarum ) a vzniknuté otrasy zaregistrovali prístroje ALSEP. Potom sa trojica astronautov uložila k odpočinku. Návrat k Zemi začali 21. novembra o 20:49:16 UTC. Preletová dráha si tentokrát vyžiadala dve drobné korekcie. Spiatočný let spestrili úmyselným vypnutím spojenia s riadiacim strediskom v Houstone, pretože chceli mať pokoj. Počas návratu späť sa im naskytla príležitosť pozorovať úplné zatmenie Slnka. Zem sa vtedy ocitla priamo medzi Slnkom a kozmickou loďou Apollo 12, čo nezažila žiadna iná výprava programu Apollo. Obava z poškodenia pyrotechniky na vystrelenie padákov po zásahoch bleskom sa našťastie nenaplnila a 24. novembra o 20:58:24 UTC (10:58:24 havajského času) veliteľský modul Yankee Clipper v poriadku pristál na hladine Tichého oceánu. Miesto pristátia sa nachádzalo 600 km juhovýchodne od Americkej Samoy a 4,8 km od plánovaného bodu. Náraz na hladinu bol tak silný (až 15 g), že sa kamera v jednom z okien kabíny uvoľnila zo svojho závesu a zasiahla Beana do čela, ktorý na niekoľko sekúnd stratil vedomie. Nič vážne sa mu však nestalo. Posádku a potom aj veliteľský modul vyzdvihla na palubu čakajúca lietadlová loď USS Hornet . Astronauti strávili nasledujúce tri týždne v karanténe, ktorá im skončila 10. decembra a 16. februára 1970 odleteli z Houstonu na 38-denné svetové turné. Navštívili 21 krajín sveta a 26. marca sa vrátili do Houstonu.