Konflikty s politickými predstaviteľmi 5. apríla 2018 prišla na ministerstvo vnútra žiadosť o registráciu novej politickej strany „Za slušné Slovensko“. Organizátori zhromaždení boli nepríjemne prekvapení a označili to za pokus o zneužitie iniciatívy, ktorá organizuje zhromaždenia. „Prudko sa od nich dištancujeme“, povedala na adresu zakladateľov strany Karolína Farská. Politická strana s takýmto názvom nakoniec nevznikla. Zástupcovia iniciatívy Za slušné Slovensko podali 15. júna 2018 na GP SR trestné oznámenie na R. Fica za šírenie poplašnej správy a ohováranie. Róbert Fico členov iniciatívy označil za „Sorosove deti“, čím odkazoval na amerického finančníka Georgea Sorosa, a obviňoval ich zo snahy o politizovanie. Iniciatíva Za slušné Slovensko vyjadrila v lete 2018 podporu v jesenných komunálnych voľbách 2018 trom kandidátom na primátora na základe ich prihlásenia sa k vízii Slušné mestá a obce Slovenska. Pre rozhodnutie nepodporiť straníckych kandidátov kritizovali iniciatívu viacerí politickí predstavitelia, napríklad predseda KDH Alojz Hlina a predseda hnutia OĽaNO Igor Matovič. Igor Matovič kritizoval v tejto súvislosti Matúša Valla ako aj to, že počas protestov ZSS mohol byť na pódiu. (Primátor Bratislavy nevystúpil s prejavom, no na jednom z protestov hrala jeho kapela Para.) Podľa Matoviča rodičia Jána a Martiny žiadali, aby iniciatívu ZSS nezneužívali na politické ciele a nevznikla z toho politická strana. „Takisto sme už vopred mnohí hovorili, že organizátori skončia v politike. Stalo sa – Juraj Šeliga je dnes pravou rukou Andreja Kisku.“ Povedal Matovič s tým, že iniciatívu ZSS už nepovažuje za občianskych aktivistov. S Igorom Matovičom sa bratislavská časť iniciatívy dostala do konfliktu aj v lete 2019 kvôli rezervácii námestia SNP počas výročia Nežnej revolúcie. Matovič zarezervoval námestie na termín od 14. do 19. novembra, aby, ako vysvetlil, zabránil zneužitiu pamiatky novembra 1989 extrémistami. Podľa vlastných slov to tak robil aj po minulé roky. Členovia iniciatívy Za slušné Slovensko Matoviča obvinili zo zneužívania výročia revolúcie pre politickú kampaň a tvrdili, že im ani iným organizáciám námestie prenechať nechce. Za slušné Slovensko sa následne za svoju reakciu Matovičovi ospravedlnilo a hovorkyňa iniciatívy Eva Lavríková priznala, že reagovali na mediálne informácie a Matoviča s požiadavkou o prepustenie námestia neoslovili. Zástupcovia iniciatívy Za slušné Slovensko podali 15. júna 2018 na GP SR trestné oznámenie na R. Fica za šírenie poplašnej správy a ohováranie. Na organizátorov bolo naopak podaných 5 trestných oznámení. Vo veci „korupcia a iné“ vyšetrovateľ protikorupčnej jednotky NAKA Peter Jakubík predvolal niekoľkých organizátorov zhromaždení v Bratislave na výsluchy. Ďalšie anonymné trestné oznámenie na organizátorov protestov z februára 2019, podľa ktorého sa organizátori „mali snažiť o štátny prevrat, zmenu pomerov v krajine a mal ich platiť americký finančník George Soros“, okresný prokurátor odmietol. Organizátori považovali dianie okolo nich za šikanovanie a zastrašovanie, polícia naopak tvrdila, že preveruje korupciu a predvoláva si osoby, ktoré mohli byť zneužité či poškodené. Nakoniec o svoju funkciu prišiel aj šéf NAKA Peter Hraško, pretože nepresne informoval o tejto kauze vtedajšieho policajného prezidenta Milana Lučanského.