Obliehanie Nikáje Súbor:CrusadersThrowingHeadsOfMuslimsOverRamparts.jpg|náhľad|Miniatúra zobrazujúca obliehanie Nikáje, folio 22, 13. storočie, Bibliothèque Nationale de France, Paríž|vľavo Hneď ako sa začiatkom roka 1097 zlepšilo počasie, väčšina vtedy prítomných križiackych vojsk bola presunutá cez Bospor, do tábora v Pelekanone (Maltepe). Odtiaľ sa dali križiaci na pochod cez Nikomédiu smerom na Nikáju, na územie stále ovládané Seldžukmi. Mesto dosiahli 5. mája a okamžite začali obliehanie, nakoľko mesto bolo príliš dobre opevnené na to, aby sa dalo dobyť okamžitým útokom. Hradby mesta mali celkovú dĺžku okolo , chránilo ich vyše 200 bášt a zo západu navyše bolo mesto chránené jazerom. Ku križiakom sa pridal aj oddiel Byzantíncov čítajúci asi 2000 mužov, čo nebola počtom veľká sila, no malo sa jednať hlavne o špecialistov na obliehanie. Ďalšie byzantské sily predstavovalo loďstvo, ktoré bolo nevyhnutné pre uzavretie obchvatu mesta. Po príchode zvyšku križiakov tak spojené sily obliehajúce mesto mali bojovú silu približne 4200 až 4500 jazdcov a okolo 30 000 pešiakov. Naopak posádka mesta nebola veľmi početná, keďže sultán Kilič Arslan po ľahkej porážke oddielov vedených Petrom Pustovníkom podcenil novú silu prichádzajúcu z Európy a navyše chcel sústrediť svoje sily na východ, kde sa schyľovalo k bitke medzi ním a danišmendovskými Turkami. V meste sa však v tomto čase nachádzala jeho manželka, ale tiež zlatý poklad. Preto ihneď ako sa dozvedel o obliehaní, okamžite poslal na obranu mesta posily. Tie sa stretli s križiackymi oddielmi 21. mája (16. mája) a zaútočili na oddiely Raimonda z Toulouse, nakoľko práve tento oddiel zatiaľ nestihol naplno zaujať svoje pozície a tak tadiaľto viedla naoko jednoduchá cesta na prerazenie obliehania a posilnenie posádky mesta. Vzhľadom na obmedzený manévrovací priestor boli Turci nútení bojovať spôsobom, ktorý im nevyhovoval a tak sa Provensálci útoku ubránili až kým im na pomoc prišli jednotky Róberta Flámskeho a Godefreyho z Bouillonu. Spoločnými silami potom aj napriek vlastným stratám oddiel Kiliča Arslana porazili. Toto víťazstvo posilnilo morálku križiakov a zároveň naštrbilo morálku ich súperov. K tomu malo prispieť aj ostreľovanie mesta hlavami padlých z oddielu, ktorý ich mal posilniť. Keďže práve v tomto čase bola dokončená blokáda mesta aj z jazera a Kilič Arslan sa po vojenskom neúspechu stiahol aby zozbieral väčšiu silu, dobytie mesta bolo už len otázkou času. To pochopili aj samotní obrancovia a dohodli sa s Byzantíncami na odovzdaní mesta. Hoci križiaci vedeli o prebiehajúcich rokovaniach, nepoznali konkrétny obsah. A tak 19. júna začali útok na hradby mesta, práve v deň, kedy na hradbách mesta zaviali byzantské zástavy. Križiaci boli rozčarovaní keďže prišli o triumf a s ním korisť, čo bolo čiastočne zmiernené podielom na koristi danom im Byzantíncami. Ďalším sklamaním pre nich bolo nakladanie s tureckou posádkou, keďže úradníci a velitelia si smeli vykúpiť slobodu a sultánova žena bola odvedená s poctami do Konštantínopola. Súčasne s tým bol k sultánovi vyslaný posol s cieľom dohodnúť odovzdanie jeho manželky. Križiaci neboli ešte v 11. storočí zvyknutí na vykupovanie zajatcov a zrejme im dovtedy ani nenapadlo, že aj oni by mohli v opačnom prípade po svojom zajatí ostať nažive a vykúpiť si slobodu. Poznali však zotročenie nepriateľa a tak viacero zajatcov skončilo na trhoch v Konštantínopole. Po dobytí Nikáje presvedčil Alexios križiackych veliteľov, aby poslali svojich vyslancov do Fátimovského kalifátu v Egypte a zvýšili svoje šance na využitie nejednotnosti v moslimskom svete. Ale križiaci sa len pomaly zoznamovali s reáliami východného sveta a nielen a tak nedokázali spomenuté spory využiť. O neschopnosti správne vyhodnotiť situáciu v tomto období svedčia aj slová Štefana z Blois adresované jeho žene o tom, že „. ..z Nikáje dosiahneme Jeruzalem do piatich týždňov... “