Dejiny Konzentrationslager Lublin, ako znel oficiálny názov tábora, bol založený v októbri 1941, na príkaz H. Himmlera. Tomuto kroku predchádzal rozkaz zo 17. a 20. júla 1941, ktorý dostal veliteľ SS Lublinského distriktu O. Globocnik, na základe ktorého mali byť na území Generálneho gouvernementu zakladané koncentračné tábory. Pôvodne malo byť v tábore zadržiavaných asi 25 000 až 50 000 zajatcov. Po veľkých obkľučujúcich operáciách v lete a na jeseň 1941 boli vo viacerých táboroch rozšírené kapacity na zadržiavanie väčšieho množstva sovietskych vojnových zajatcov. Začiatkom novembra 1941 mal byť tábor pripravený na zadržiavanie asi 125 000 a neskôr v decembri 150 000 zajatcov, v marci 1942 napokon až 250 000 zajatcov. Na stavbe najprv pracovalo 150 židovských robotníkov z Globocnikovho Lublinského tábora, do ktorého sa každú noc vracali. Neskôr bolo do práce zapojených 2 000 sovietskych vojnových zajatcov, ktorí museli čeliť ťažkým podmienkam vrátane spánku pod holým nebom za akýchkoľvek poveternostných podmienok. Do polovice novembra ich žilo len asi 500 a z toho tretina z nich nebola viac schopná kvôli celkovému vyčerpaniu ďalšej práce. Do polovice decembra 1941 boli pripravené ubytovacie priestory len pre 20 000 zajatcov. V januári 1942 vypukla medzi zajatcami epidémia škvrnitého týfusu a prakticky všetci zajatci a väzni zomreli. Práce boli prerušené až do marca 1942, kedy do tábora dorazili noví zajatci. Tábor bol v tomto období schopný pojať asi 50 000 zajatcov a viac zatiaľ nerástol. V júli 1942 Himmler navštevoval tábory vybudované pre operáciu Reinhard. Všetkých židovských väzňov hneď nezlikvidovali, ale slúžili ako robotníci pre zbrojovku Steyr-Daimler-Puch, medzi inými aj v tábore Majdanek. Od októbra 1942 bolo v tábore asi 9 519 väzňov (asi 7 468 z nich boli Židia). V auguste 1943 sa tu nachádzalo 16 206 (z nich asi 9 105 Židov). Ostatní väzni boli Bielorusi, Ukrajinci, Rusi, Nemci, Rakúšania, Slovinci, Taliani, Francúzi a Holanďania. Podľa niektorých zdrojov sa tu nachádzalo aj 12 000 slovenských Židov a 18 000 iných občanov Československa. Väčšina týchto osôb v tábore zahynula. V priebehu februára 1943 nacisti umožnili prísun dávok Červeného kríža pre väzňov v tábore. Operácia Reinhard pokračovala do začiatku novembra 1943, kedy sa vyhladzovanie Židov z Generálneho gouvernementu skončilo. Posledná veľká masová poprava v rámci tejto operácie sa odohrala 3. novembra 1943, kedy tu bolo popravených asi 18 400 ľudí, z toho 5 – 6 000 boli občania Slovenska. Tieto popravy sa odohrali v blízkom Krempackom lese. Obete mužov, ženy aj deti strieľali v zákopoch často vo veľkom chvate. Očití svedkovia popisovali, že pri neskoršej povojnovej exhumácii bolo vidno, ako obete zvierali v rukách kabelky a deti v rukách plyšové hračky. Na ďalší deň nacisti popravili ďalších 25 Židov, ktorí sa skrývali v rôznych častiach tábora pred zaistením. Ďalších 611 väzňov, z toho 311 žien a 300 mužov, malo za úlohy vytriediť veci po mŕtvych. Muži boli následne zaradení ku Sonderkommandu 1005, ktorého úlohou bolo najprv pochovať mŕtvych, onedlho ich však boli nútení exhumovať a spáliť. Týchto mužov následne po splnení úlohy tiež zastrelili. 311 žien bolo po vytriedení židovských vecí presunutých do Osvienčimu, kde boli popravené. Po skončení tejto operácie v Majdanku zostalo iba 71 Židov z celkového množstva 6 562 väzňov. Popravy pokračovali v Majdanku aj v nasledujúcom období. Od decembra 1943 do marca 1944 do tábora presunuli asi 18 000 tzv. invalidov, ktorých postupne likvidovali v plynových komorách pomocou plynu Zyklon B. Pokračovali aj popravy zastrelením. Asi 600 väzňov bolo popravených 21. januára 1944, nasledujúci deň to bolo 180 väzňov. 200 väzňov popravili 24. marca. Sovietski vojaci si prezerajú krematórium v Majdanku. V dôsledku priblíženia frontu, ktorý začal hroziť po sovietskej letnej ofenzíve v roku 1944, začali nacisti s odsunom väzňov do táborov na západe (napr. Auschwitz a Plaszow) a s čiastočnou likvidáciou niektorých budov. Z posledných odsunutých asi 1 000 väzňov pochod neprežila asi polovica. Pred odchodom stihli nacisti zničiť iba niekoľko krematórií. Okolím Lublina prešli predvoje sovietskych jednotiek 22. júla 1944, no tábor samotný odhalili až v nasledujúcich dňoch. Tisíce väzňov, hlavne bývalých vojnových zajatcov, ktorí v tábore zostali, svedčilo o masových vraždách a zverstvách, ktoré tu ich väznitelia páchali. Nález tábora bol pre sovietske sily šokujúci. Nikdy dovtedy nenarazili na takto zachovaný tábor, v ktorom nacisti páchali zločiny podobných rozmerov. V priebehu augusta 1944 Sovieti a Poliaci premenili tábor na múzeum. Zvláštna poľsko-sovietska komisia následne viedla vyšetrovanie a dokumentáciu zločinov spáchaných v Majdanku. Sovietskym a poľským úradom sa podarilo zatknúť 6 príslušníkov stráže tábora. Išlo o jeden z prvých pokusov o dokumentáciu nacistických zločinov. Sovietske orgány tábor ukázali nielen svojim a poľským vojakom, ale aj západným novinárom. Informácie o tábore, ktoré novinári podali na západ, však neboli brané ako dôveryhodné a boli považované za sovietsku propagandu. Až stretnutia západných Spojencov s tábormi ako Buchenwald, Bergen-Belsen či Dachau ukázali, že vôbec nešlo o žiadne zveličovanie.