Dejiny Archeologické nálezy dokazujú, že toto územie bolo obývané už v kamennej dobe. V neolite tu pravdepodobne bolo sídlisko kultúry so západnou lineárnou keramikou a želiezovskej skupiny, v eneolite sídlisko s bolerázskou keramikou, v železnej dobe laténske pohrebisko, a v rímskej dobe germánske sídlisko. V 1. storočí nášho letopočtu tu Rimania postavili pohraničnú strážnu vežu (castellum), pretože tadiaľto viedla jedna z vetiev Jantárovej cesty. V 9. storočí tu stála veľkomoravská osada, z 10. storočia pochádza pohrebisko belobrdskej (teda slovansko-staromaďarskej) kultúry. Z 11.13. storočia sa vykopalo radové pohrebisko pri (zaniknutom) románskom kostole sv. Klimenta z 11.13. storočia. Veľký Kýr sa prvýkrát spomína v listine kráľa Kolomana z roku 1113 ako Ker, čo je zrejme pomenovanie podľa jedného z legendárnych 7 staromaďarských kmeňov Kér. Zo zoborskej listiny z roku 1113 vyplýva, že po smrti vodcu Huba, sa obec stala majetkom zoborského opátstva a jej obyvatelia jeho poddanými. Dovtedy v nej žili slobodní roľníci. Vtedajší obyvatelia, ktorí vďaka misionárom zo zoborského kláštora prijali kresťanskú vieru, sa schádzali v tomto kostole, až kým nebol zničený počas tatárskeho vpádu. Nový kostol, ktorý stojí dodnes, bol postavený približne v rokoch 1332 až 1371. Od roku 1349 sa obec stala vlastníctvom ostrihomského arcibiskupstva, ktoré ju do 16. storočia prenajímalo zemanským rodinám. Začiatkom 17. storočia prežíva obec svoj najväčší rozmach. Podľa starého medeného pečatidla bol vtedy Veľký Kýr mestečkom – získal tak privilégium usporiadania výročných trhov. Usadlosť patrila medzi 120 stredne veľkých mestečiek, v ktorých sídlili úrady celého okresu, usporadúvali sa trhy, otvorila sa krčma, hostinec. Spolu s Kýrom boli v nitrianskej župe iba 3 takéto mestečká. Po obsadení Nových Zámkov Turkami (1663), bola obec až do roku 1685 pod tureckou nadvládou. Väčšina obyvateľstva utiekla, mnohí v krutých bojoch zomreli. Usadlosť sa neraz označila za vyľudnenú. Ale už 5 rokov po vyhnaní Turkov (1690) mala obec 320 obyvateľov, čo bol v tom období výrazný počet. Napriek obrovskej snahe obyvateľov však už nikdy nezískala naspäť mestské privilégiá. Obnova obce, zničeného kostola i samotných domov prebiehala dve desaťročia. V roku 1720 mala obec 25 domácností. V roku 1787 už 174 domov, kým Malý Kýr mal v tom období 54 domov. V 18. a 19. storočí sa obyvatelia zaoberali poľnohospodárstvom, vinohradníctvom a chovom hospodárskych zvierat. Až do pádu Rakúsko-Uhorska bola obec jej súčasťou. Ťažké roky 1. svetovej vojny poznačili aj túto usadlosť rovnako ako všetky ostatné sídla. Po podpísaní trianonskej zmluvy (1920) pripojili obec k Česko-Slovensku. Počas 2. svetovej vojny obec na základe prvej viedenskej arbitráže patrila horthyovskému Maďarsku. Hoci v prvých etapách vojny nemecké vojská úspešne napredovali, v roku 1943 sa všetko zmenilo, postupne sa sťahovali späť. Hrozba bojiska poznačila aj okolie Nitry. Vojsko vniklo na územie obce 27. marca 1944, zničili mosty nad riekou Nitrou. V roku 1948 dostala obec nový názov, Milanovce. Obec sa prudko rozvíjala, menila sa tvár ulíc, v 60-tych rokoch vybudovalo sa mnoho nových budov občianskej vybavenosti, v roku 1949 v nej vzniklo Jednotné roľnícke družstvo. V roku 1980 tu bolo 994 obytných domov, pričom vyše 700 vzniklo v povojnovom období. Po nežnej revolúcii v roku 1989 obyvatelia obce spísali petíciu, v ktorej žiadali o prinavrátenie pôvodného názvu obce, Veľký Kýr. Povolenie dostali v roku 1991.