畸胎瘤与巧克力囊肿的主要区别在于畸胎瘤是一种肿瘤的,分为成熟性畸胎瘤和不成熟性的畸胎瘤。成熟性的畸胎瘤是良性的肿瘤,而不成熟性的畸胎瘤是恶性肿瘤的。卵巢巧克力囊肿并不属于肿瘤,是由于子宫内膜异位症而引起的,子宫内膜异位到卵巢部位,在卵巢部位生长而形成的囊肿。临床表现也是不同的,女性患有畸胎瘤,如果体积比较小,比如直径小于5cm,一般并没有什么症状,当畸胎瘤逐渐增大,可能出现下腹部疼痛,甚至影响月经,出现不规则阴道流血等情况。而巧克力囊肿主要的症状表现为继发性的痛经,而且痛经是比较严重的。