配置中小型过滤设施。可以是盒式(小型、微型水草缸用),可以是缸内直立过滤槽,也可以采用缸外式过滤设施。过滤的目的是使水清洁,因而也就不易产生水草病害。不过养鱼较多的缸不必24 小时过滤,光照强时或开灯时可停下来,以免二氧化碳逃逸。此外,对长水草进行剪裁等整理时,水总是混浊得很,也要借助过滤使水尽快澄清,以利于观赏。
另有一个“深层次”的作用,即能稳定水草的长势,机理为过滤能降低缸水中氨的含量。氨含量高对鱼、水草不利,过滤使水富氧,有利于氨转化为硝酸盐; 但如果一时未能被植物大部分利用而超过50毫克/ 升,对鱼也不利,对水草也不利,且藻害严重或水草滞长。当氮素含量较高时,局部过滤系统及底沙、底卵石中下层利用与分解氮素物质的微生物也相应增多,于是氮素含量又可能稍有下降。