2003年,在抗击“非典”战斗中,他以实事求是的态度、勇往直前的大无畏精神,主动请缨收治危重病人,全力以赴地精心制定医疗方案,以医者的妙手仁心挽救生命,显示出了科学家治学严谨的作风与高度的责任感。在关系抗击“非典”成败的重大问题上,他能置自身荣辱得失于度外,力排众议,坚守科学家的良知,在抗击“非典”斗争中起到了重要作用,被广东省委、省政府授予特等功。2003年8月13日,钟南山卸任广州呼吸疾病研究所所长。2005年4月13日,当选中华医学会第23届会长。2007年10月,担任呼吸疾病国家重点实验室主任。2009年7月,担任贵州医科大学名誉院长。2017年9月,卸任呼吸疾病国家重点实验室主任一职。2020年1月20日,国家卫健委高级别专家组召开发布会,钟南山任专家组组长;1月21日,新型冠状病毒联防联控工作机制科研攻关组第一次会议,钟南山任组长;2月19日,与哈佛大学合作成立新冠肺炎科研攻坚小组;9月3日,世卫组织新冠肺炎疫情应对评估专家组共同主席在成员国吹风会上宣布了专家组成员名单,钟南山入选。