1955年,中华人民共和国国务院发布了《中国科学院科学奖金的暂行条例》,条例规定,一等奖奖金为1万元人民币。1957年1月,中国科学院科学奖金进行了首次评审,有34项成果获1956年度奖。1958年,中华人民共和国国务院批准成立了国家科学技术奖励工作办公室,标志着中国科技奖励体系基本完成。1963年11月,中华人民共和国国务院发布了《发明奖励条例》和《技术改进条例》,毛泽东为“发明证书”亲笔题字。1966年5月,批准了发明奖励297项,其中包括“原子弹”、“氢弹”、“人工合成牛胰岛素”等重要成果。但由于‘‘左’’倾思想的危害,当时仅对获奖者颁发发明证书,未颁发奖章和奖金。1978年,党中央召开了全国科学大会,会上奖励了7657项科技成果,标志着科技奖励制度的恢复。1999年5月23日,朱镕基总理签署中华人民共和国国务院第265号令,发布实施了《国家科学技术奖励条例》。改革后,国家科学技术奖励制度更加完善,形成了国家最高科学技术奖、国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科学技术进步奖和国际科学技术合作奖五大奖项。2000年,国家最高科学技术奖正式设立。2001年2月19日,在举行国家科学技术奖励大会上,中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清宣读了《国务院关于2000年度国家科学技术奖励的决定》。2003年12月20日,国务院令第396号《国务院关于修改<国家科学技术奖励条例>的决定》第一次修订。2004年,国家最高科学技术奖第一次出现空缺。2013年7月18日,国务院令第638号《国务院关于废止和修改部分行政法规的决定》第二次修订)。2016年1月8日,2015年度国家科学技术奖励大会在京举行,国家最高科技奖第二次出现空缺。据负责评审具体事宜的国家科技奖励办负责人介绍,有资格推荐2015年度国家科技奖的机构和专家共有130多个。通过上述渠道推荐的国家最高科技奖候选人共有9名,第一轮评审从中选出3名候选人;在第二轮评审中,3位候选人的得票数均未过半,其中有的就差“一两票”。2019年1月8日,按照党和国家功勋荣誉表彰制度体系的奖章规制,首次设计制作了国家最高科学技术奖奖章。国家最高科学技术奖报请国家主席签署并颁发证书和奖金。奖金数额由国务院规定。获奖者的奖金额为500万元人民币,450万元由获奖者自主选题,用做科研经费,50万元属获奖者个人所属。2019年1月8日,2018年度国家科学技术奖奖金标准进行了调整。其中,国家最高科学技术奖奖金额度由设立之初的500万元/人调整为800万元/人,奖金分配结构调整,全部由获奖者个人支配。