石窟复制展区以1:1比例复制的八座有代表性的洞窟,包括北凉第275窟、西魏第249和第285窟、隋代第19窟、初唐第220窟、盛唐第217窟、元代第3窟和安西榆林窟中唐第25窟,展示了敦煌石窟营建一千年间的艺术精品。中国保护1944年,国立敦煌艺术研究所成立,常书鸿任所长,标志着敦煌莫高窟保护与研究工作的正式开始。1950年,改国立敦煌艺术研究所为敦煌文物研究所,国家正式参与敦煌文物的保护、维修与研究。1951年,文化部委托清华大学、北京大学、古代建筑修整所的古建、考古专家,勘察莫高窟保护现状,制定保护规划,并在此后的10年间,抢修了5座唐宋木结构建筑,维修加固了3处崩塌崖面和数百个洞窟。1961年,敦煌莫高窟被列为国家级文物保护单位。1963年~1966年,先后三期完成了敦煌莫高窟576米崖面和354个洞窟的维修加固。1983年,中国敦煌吐鲁番学会成立。1984年,将扩建后的敦煌文物研究所改名为敦煌研究院,段文杰任院长,同年完成莫高窟南区南段26个洞窟和172米崖面的加固工程。1987年,敦煌莫高窟被联合国教科文组织列入“世界文化遗产”名录,同年日本人青山庆示向敦煌研究院捐赠8件敦煌文物,这是流失海外的藏经洞文物首次归还中国。1988年,国家文物局、敦煌研究院、美国盖蒂保护所签订保护敦煌莫高窟国际合作项目,同年与日本东京国立文化财研究所也签订合作保护项目。1993年,敦煌研究院与美国盖蒂保护研究所、中国文物研究所联合举办了首届“丝绸之路古遗址保护国际学术会议”。1998年,敦煌研究院与兰州大学敦煌学研究所合作,申请并通过了中国第一个敦煌学博士学位授予点。1999年~2002年,敦煌研究院与美国盖蒂保护研究所、澳大利亚遗产委员会合作,制定了《敦煌莫高窟保护与管理总体规划》。2000年,“藏经洞文物发现暨敦煌学百年”纪念活动在敦煌举行。2001年,敦煌研究院与兰州大学地质系联合创办中国第一个文物保护研究中心。2002年,《甘肃省敦煌莫高窟保护条例》被甘肃省人大常委会审议并通过,2003年3月1日正式实施。2008年12月29日,总投资2.61亿元的莫高窟保护利用工程获国家发改委的批复立项开工,这是莫高窟文物保护史上规模最大、涉及面最广的一项综合性保护工程。