三元宫是云台山区的主庙,也是花果山的主体建筑。三元宫三元信仰源远流长,早在1600年多年前东晋时代,干宝的《搜神记》上便载有东海人陈光蕊,生了三个儿子,得道升仙。分管天、地、水三界的记叙。明代苏北鲁南三元信仰非常兴旺,万历十五年(1587年)淮安人谢淳破家扩建三元宫,奠定了三元宫建筑群的基础。《西游记》的作者更是三元的坚定信仰者,书中说唐僧是东海陈光蕊的儿子,这庙里的三元也就是唐僧的骨肉兄弟了。近年三元宫易名海宁禅寺,改塑释迦牟尼佛,三元圣像已移至东配殿。大雄宝殿面前有两棵千年银杏,显示着三元宫古老的历史。抗日战争时三元宫遭受日寇飞机的狂轰滥炸,这两棵树虽然枝干断裂遍体枯焦,但在胜利的春风吹拂下,又绽发新芽,结出了累累果实。三元宫近年经过多次修葺,已逐渐恢复原貌,只在东南部位的下方,保留下一块当年的残垣断壁,作为历史的见证。过三元宫拾级而上,不远处便是义僧亭。1938年夏天,三元宫惨遭日寇飞机轰炸后,寺僧们联络山民共20余人奋起自卫,多次成功地伏击了搜山的日寇。1939年农历七月十四日早晨,日寇集中300余人,兵分四路围剿三元宫及所属寺庙,戳死仁芳法师,绑走德选等四位法师和六位山民,除放走一位山民外,其余全部活埋。几天后,日寇又两次前来控山,把三元宫及所属的玉皇宫、九龙庙、屏竹社等13处庙宇全部放火焚烧,使这座海内知名的庞大庙宇群化为一片瓦砾。为了纪念云台山的抗日僧众,教育后代勿忘国耻,连云港市人民政府在三元宫附近兴建了义僧亭,亭中碑石上镌有彭云撰文、周庚如书丹的《云台山僧众抗日纪念碑记》。