科学与宗教在本质上是对立的。科学不承认任何超自然的力量,反对用超自然的原因和力量去证明任何自然现象及其发展过程。宗教就其本质而言就是对超自然力量的崇拜,相信超自然的上帝和神灵主宰世界。宗教的本质决定它否认客观存在的必然性和规律。对超自然力量的肯定和否定,决定了宗教与科学在本质上的对立是不可调合的。
由于人类社会实践和认识的历史局限性,古代的科学知识在很长的历史时期一直附属于在思维方式上尚未摆脱想象性和猜测性的自然哲学体系,甚至寄生于宗教神话中。在中世纪,科学成了神学的分枝。