要备案的。公章的效力范围比合同专用章范围在大得多。有的公司是只有公章而无合同专用章的。所以,在签订合同时盖合同专用章当然可以,盖公章也是可以的。合同应该是双方各一份,所以不知你为什么说用复印件。合同是可以通过传真签订的,那不是复印件,但是重大合同建议最好不要用这种方式。