月经期间有褐色分泌物的原因如下:一、跟内分泌激素有一定关系,当存在多囊卵巢综合征、黄体功能不全、甲减,都可以造成月经量偏少,有咖啡色分泌物。二、妇科疾病,当存在卵巢囊肿时会影响卵巢功能而造成卵巢衰退,就可以引起月经期间月经量偏少,有褐色分泌物。三、一部分女性因为长时间节食进行减肥,包括口服减肥药物,也可以造成内膜增长速度变慢,就会出现月经量偏少而引起咖啡色分泌物。尽可能在月经到来的第2-5天空腹查内分泌激素,根据情况进行周期调理,不然会对生育健康产生影响。