明成祖朱棣在朱元璋去世后从北平发动“靖难之役”,攻占京师,夺取帝位,初时仍定都南京。
1421年2月2日明朝迁都北京,并改北京为京师,同时复原南京的名号。
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明成祖迁都北京后,仍然保留了南京的都城地位,并保留了一套中央机构。南京和京师一样,设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构,官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府,南京所在府为应天府,合称二京府。