鄞州区历史悠久。早在新石器时代的母系氏族公社时期,境内就有原始人类居住。1973年冬在蜃蛟乡三联村卢家桥发现的原始公社遗址,已有5000年的历史,其文化年代相当于河姆渡文化第二层。约在原始社会末期,至迟在夏朝初,“鄞”已成为确定的地名,鄞由“堇”和“邑”(阝)两字合成。顾祖禹《读史方舆论纪要》称:“夏时有堇子国,以赤堇山为名……加邑为鄞”。赤堇山或称堇山,在今奉化境内的白杜。鄞县春秋时属越国,战国时属楚。秦灭楚后,于公元前222年置鄞、鄮、句章三县。汉袭秦制,仍置三县。东晋时刘裕戍句章,筑句章新城于小溪镇(今鄞江镇)。隋初三县合一,总称句章县。唐时改为鄮县。五代初改为鄞县,从此鄞县名称沿袭至今。北宋时,鄞县先后析出6个乡,或置昌国县(今舟山定海区),或划定海县(今宁波市镇海、北仑区),此后县境辖地稳定少变。宁波市区过去一直为鄞县县治,原称明州,明朝时为避讳,改名为宁波。解放后宁波析出置市,鄞县先后为宁波专区(地区)及宁波市辖。2002年4月19日经国务院批准“撤县设区”而设立为宁波市鄞州区。2016年09月14日经国务院批准将原江东区管辖的行政区域划归宁波市鄞州区管辖。