袁世凯留镇朝鲜期间,得到了朝鲜上下的一致好评,朝鲜人士称赞他:“明达夙成,留京师(汉城)期年,大得都民之心”。他也和金允植、金炳始等多名朝鲜士大夫结为忘年之至交。他在朝鲜被称为“袁司马”。1884年金玉均等“开化党”人士发动甲申政变,试图推翻“事大党”把持的政权,驻朝日军亦趁机行动欲挟制王室;国王李熙派人奔赴清营求助,袁世凯指挥清军击退日军,维系清廷在朝鲜的宗主权及其他特权。袁世凯平定了朝鲜甲申政变有重大意义,打退了日本的渗透势力,粉碎了日本趁中法战争之际谋取朝鲜的企图,推迟了中日战争爆发的时间。袁世凯因这一事件受到清直隶总督兼北洋大臣李鸿章的重视,同时也使日本人对袁世凯“憾之刺骨,百计排陷之”,他的同僚吴兆有等亦颇为嫉妒,攻击袁世凯“妄开边衅”、“擅挪军款”。袁世凯遂于1885年初归国,赋闲在家,以避攻击。但是李鸿章决定重用袁世凯,命袁世凯于1885年10月护送大院君回朝鲜,同年11月又封年仅26岁的袁世凯为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣”,位同三品道员,左右朝鲜政局,俨然朝鲜的太上皇。袁世凯在朝鲜期间的任务是在“各国通商”、“友邦环伺”的情况下,使朝鲜“明尊亲之义,定摇惑之志,内修政治,外联邦交”,换言之即强化清朝和朝鲜的宗藩关系,防止朝鲜独立自主的倾向和日俄等国的窥伺。由此袁世凯不可避免地在干涉朝鲜内政,甚至不止一次策划废黜朝鲜国王李熙。袁世凯干涉朝鲜内政的做法引起了朝鲜国王和一些大臣的不满,清廷中也不断有人弹劾他。比如1888年1月朝鲜国王李熙致函请求清廷撤袁世凯,随后朝鲜驻华官员金明圭奉李熙之命,请求李鸿章换人。清廷内的张謇、张佩纶等也曾攻击袁世凯“侈然自大,虚骄尚气,久留朝鲜,于大局无益”。李鸿章力排众议,不仅让袁世凯继续留朝任职,并于1890年2月给袁世凯写了“血性忠诚,才识英敏,力持大局,独为其难”的评语。