学校始建于1948年,前身是中共中央西满分局创建的黑龙江省农业干部学校,1950年变更为黑龙江农业专科学校,1956年经国务院批准更名为北安农学院,开始本科教育。1958年4月,北安农学院与长春畜牧兽医大学、长春农学院筹备处等合并成立长春农学院,周恩来总理亲笔题写校名。1959年3月,长春农业机械化专科学校并入长春农学院,同年6月,更名为吉林农业大学。