肠镜可以检查出部分肛瘘,一般肛瘘有内口、外口。内口在直肠内、肛门腺附近,而外口可以在不同部位,如肛门周围皮肤,甚至于臀部、大腿。内口大部分不是很清晰,在肛门镜或者直肠镜下很少有清晰可见的情况。肛瘘辅助检查一般不选择直肠镜,因为直肠镜能看到肛瘘内口的情况非常少见。如果肛瘘时间很长,内口可能会出现纤维化,甚至有红肿的情况表现,在大部分情况下无法发现。因此肛瘘辅助检查主要进行超声和核磁共振,而非直肠镜检查。