芹菜具有较高的药用价值,其性凉、味甘、无毒,具有散热、祛风利湿、健胃利血气清肠利便、润肺止咳、降低血压、健脑镇静的作用,对高血压、血管硬化、神经衰弱、头痛脑涨、小儿软骨症等都有辅助治疗作用,如《本草纲目*菜部第二十六卷*水芹》云芹菜“主治:女子赤沃,止血养精,保血脉,益气,令人肥健嗜食。”《本经逢原》则认为其能“清理胃中湿浊。”
此外,芹菜且能祛伏热,解痈毒,清肝阳,利头目。如《本草纲目*菜部第二十六卷.旱芹》云“捣汁,冼马毒疮,并服之。又涂蛇蝎毒及痈肿。唐本久食,除心下烦热。主寒热鼠瘘,生疮,结核聚气,下瘀血,止霍乱。”