故某个丝氨酸蛋白酶催化三联体中的丝氨酸变异　成了半胱氨酸,或是半胱氨酸蛋白酶催化三联体中的半胱氨酸变异　成了丝氨酸,均会失去活性。因为它们结合底物后,各基团的取向不对。例如,对硫代胰蛋白酶的晶体结构研究证实,其中的半胱氨酸不仅没有与底物接近,反而与氧阴离子穴发生了相互作用。[23]酶的进化专一化使得蛋白酶催化三联体中的亲核基团具有不可代替性[25][27]　[28]　[29]　[30]　[31]　[32]　(当然在绝大多数其他酶中也是如此[33][34]　[35]　[36]　[37]　[38]　),否则会导致其反应性降低,结构与底物不匹配,进而使其催化活性急剧下降(超过四个数量级)。　趋异演化　[　编辑　]　趋异演化　导致同一超家族各酶三联体运用的亲核试剂不同。图为胰凝乳蛋白酶(PA超家族,S1家族)的丝氨酸三联体和烟草花叶病毒蛋白酶(PA超家族,C3家族)的半胱氨酸三联体。　尽管各酶的化学性质有上述的差异,很明显某几种超家族的蛋白酶均使用不同的氨基酸作为亲核试剂是趋异演化的结果。这可以从如下的事实推断出:有数种蛋白酶超家族(相同折叠类型)含有运用不同氨基酸作为亲核试剂的家族。这表明在进化史上,三联体中亲核试剂的改变曾屡次发生,尽管这种改变的机制目前还不清楚。　在包含运用不同氨基酸作为亲核试剂的蛋白酶的超家族中(例如PA族),各家族的划分是以它们三联体中的亲核试剂为依据的。(S=丝氨酸蛋白酶,　C=半胱氨酸蛋白酶,T=苏氨酸蛋白酶)　趋同演化　[　编辑　]　趋同进化使得不同的酶中出现了相同排列、相同空间结构的催化三联体:酸性基团-碱性基团-亲核基团。图示为枯草杆菌蛋白酶(SB超家族,　S8家族),prolyl　oligopeptidase　(SC超家族,　S9家族),烟草花叶病毒蛋白酶(PA超家族,C3家族)和木瓜蛋白酶　(CA超家族,　C1家族)的催化三联体。　对蛋白酶的酶学研究为趋同演化理论提供了最清晰的证据。在不同的超家族中,具相同排列和结构的三联体曾经历了超过20次的独立演化。这是因为虽然酶作为一种蛋白质,其氨基酸排列方式有无数种,但是其中只有按照少数几种方式排列才能形成具有催化作用的酶——化学性质使然。这导致了具有相同结构的酶被各种生物重复地、独立地演化出来。[1]