2008年,他和施一公在发表于《光明日报》的《靠什么创建世界一流大学》一文中,为中国高等教育体制谏言,提出“建设世界一流大学,必须依靠国际标准,而不是国内标准。”2010年9月,美国《科学》杂志邀请清华大学生命科学院院长施一公和北京大学生命科学院院长饶毅在《科学》杂志发表《中国的科研文化》一文,讨论目前中国科研基金分配体制及科研文化问题。他们认为,尽管近年来中国研究经费持续以20%的比例增长,但这种增长没有对中国的科学和研究起到应有的强大的促进作用,现行的科研基金分配体制甚至在某种程度上阻碍了中国创新能力的发展。饶毅教授2012年11月27日在科学网博客上撰文,题目为:《推测:李开复没有做过助理教授》,因与方舟子打假李开复事件有关,截至2012年11月29日00时,点击量32075次,推荐人数77人,评论409个,作为上次表示不竞选院士事件后,第二个颇受广大网友热议的博文。文中认为李开复为自圆其说,公布的恩师证实邮件缺乏公信力,且assistant professor被李开复翻译为中文的副教授,其用意有用一个谎言去掩盖另外一个谎言之嫌。同时有评论认为方舟子与饶毅一丘之貉,也有人认为李开复没有必要不承认小错误,而要去刻意掩饰。有人认为饶毅一语中的,分析透彻有力,逻辑正确,也有分别大量恶意或相互攻击饶毅和李开复的言论,由此看来,李开复事件势必可能风雨再起,当然事件有个圆满交待最好。2004年,在饶毅回国之前,他就在英国《自然》杂志上撰文,对中国政府的中长期科技规划直言不讳地提出了批评。去年底,又在美国《科学》杂志刊出社论,认为中国现行的科研基金分配,更多的是靠关系而非学术水平高低,“浪费资源、腐蚀精神、阻碍创新”。这话我们听着挺正常,但有些人听着是很刺耳的,对他们来说这就是挑衅,如果说这样话的人也能当选院士,那不是相当于给体制内的人埋一颗定时炸弹,让那些90%以上时间不听学术报告的90%的教授还怎么呆得下去。饶毅的所作所为其实是把自己往当选院士相反的方向推。在现有的体制下,饶毅就是个不合时宜的人,或者说他的所作所为既不明智也不理智。这样的人自然为体制所不容。也许这就是饶毅想说而没有说出来的话。我们这个社会是由一个个体制组成的,这就像一扇扇门,而掌握钥匙的是人,有时甚至个别人就代表了整个体制。这就产生了一个问题,你可以藐视体制的存在,但不能得罪体制,更不能得罪掌握钥匙的那个人,得罪了意味着你将永远被关在门外,除非你根本无需依托体制的存在。这又是一个不现实的乌托邦,自绝于体制之外,你就得承受体制的区别对待。这种冷遇在体制掌握分配权的现实里,几乎是致命的。看看袁隆平当院士的遭遇,就清楚,当选院士真才实学很重要,但人脉也许更重要。你不能整日只在田间地头种地,还得找机会去攀攀学术界的高亲。有人说饶毅不够淡定,一边骂体制有病一边又想获得体制的承认。但这何尝不是所有中国知识分子的痛苦,回国终究是为了爱国,一方面容不下缺点,另一方面又迫切希望改变。骂体制也是为希望体制能有所触动。如果是为了个人成就,我相信他在国外有更好的选择。饶毅不是非得当这个院士,有真才实学不怕没有施展的地方,不一定非得在一棵树上吊死,但中国科学体制的问题不能淡定到像放弃一个饶毅一样,当什么事也没发生。