三湖管理区成土母质为新生代第四纪沉积物,土壤由近代河流冲击和湖泊沉积瘀滞而成,在其复杂的冲积母质上受水文、地理、气候等自然条件的影响,逐步发育为石灰性潮土类。后又因水耕熟化,在潮土类上又逐渐发育为水稻土类。三湖境内的土壤分为潮土、水稻土两大类,其中潮土共18个土种,水稻土共有11个土种。土壤的PH值以中性、微酸性为主,耕地中有机质平均含量为5.4%;全氮含量平均为0.363%;碱解氮平均含量为145.47PPM;速效磷平均含量为8.19PPM;速效钾含量为184.43PM。