在临床上,甲胎蛋白用来做原发性肝癌的诊断以及治疗效果的评价。甲胎蛋白的正常值小于25ng/mL。原发性肝癌病人甲胎蛋白往往大于500ng/ml,假如数值在25至500之间,需要定期监测甲胎蛋白,若甲胎蛋白持续升高,对诊断原发性肝癌有临床意义,但是也不能排除其他的恶性肿瘤。诊断原发性肝癌需要结合影像学检查。