既然始建校址在北京,为何现在却是在安徽?那得从1969年开始说起,1969年,中苏边境冲突。根据形势,中央决定进行“战备疏散”,中国科技大学被国务院科教组列入北京十三所下迁高校之中。后来中科大便开始筹划搬离大都市,选址有四个,分别是河南、湖北、江西和安徽。其它三个省份因为客观条件不允许而拒绝了,只有安徽争取留住中科大,当时中科大考查完安徽宣城和安庆后表示不合适,但当时的安徽费尽心思,腾出了合肥师范学院和银行干校用来安置中科大,可以说当时的安徽,为了留住中科大,使出了九牛二虎之力,并明确表示“再苦,安徽人民不吃不喝也要把中国的科学苗子保住”。就这样,在1970年时,中科大南迁到了安徽合肥。
学校迁至安徽省合肥市后,开始了第二次创业;1978年以后,学校创办少年班、首建研究生院、建设国家大科学工程、面向世界开放办学等新举措;也是唯一参与国家知识创新工程的大学。