早期的生物杀毒主要直接利用生物尤其是微生物机体本身进行消毒。在中国古代人们很早就认识到一些特殊的植物具有帮助人们增强体质抵抗疾病的医学功能因而一些中草药可以说是最早的生物消毒剂。最近几十年国外已经有研究者利用噬菌体和致弧菌来进行水的消毒。人们已经提取获得了诸如有机酸、无机酸、内酯、酚类、萘醌类、吲哚类等的几十种具有消毒活性的天然产物这些生物活性物质都在一定程度上对有害微生物具有杀灭作用且自身无毒对环境不造成持续的不利影响。