属名Procyon来自希腊语,意为“在狗之前”。浣熊常常把捕到的食物放在水中洗去泥沙,因而得名“浣熊”。科苏梅尔浣熊是根据Merriam(1901)、Goldman(1950)、Hall(1981)、Lazell(1981)和Helgen & Wilson(2005)将其命名为Procyon pygmaeus。体型和颅骨特征足以将科苏梅尔浣熊视为一个独立的物种(Merriam 1901、Goldman 1950、Jones & Lawlor 1965)。来自McFadden(2004)和García-Vasco(2005)的形态计量学数据也支持了科苏梅尔浣熊是真正的侏儒和独立物种的说法。mtDNA的分析表明,该物种在遗传上与尤卡坦半岛北美浣熊(Procyonlotor)(即最接近的同类种群; McFadden等,2008)不同。