1984年12月,包玉刚决定捐资相当于5000万元人民币的外汇创办宁波大学。1985年1月,浙江省政府批文同意宁波市政府关于筹建宁波大学的报告。批复指出:“同意筹建宁波大学,校址在宁波市。”1985年9月,邓小平为宁波大学题写校名。1985年10月,宁波市政府举行宁波大学奠基典礼,万里代总理和包玉刚等出席典礼。1986年4月,原国家教委决定,由浙江大学、复旦大学、中国科学技术大学、北京大学和杭州大学对口支持宁波大学建设和教学,开启了宁波大学高起点的办学之路。1990年,学校开始和援建名校开始联合培养研究生。1990年7月,宁波大学被批准为学士学位授予单位。首届本科生毕业,并被授予学士学位。1992年5月,江泽民总书记为宁波大学本部校区包玉刚图书馆题词“爱国爱乡,造福桑梓”。1992年,宁波大学被列为全国高校招生第一批录取院校。1995年,学校以优异成绩首批通过了原国家教委组织的本科教学合格评价。1996年3月,浙江省政府决定,原宁波大学、宁波师范学院、浙江水产学院宁波分院联合办学,组建新的宁波大学。实行三校合并,由浙江省人民政府和宁波市人民政府共建。1998年6月,国务院学位委员会批准宁波大学为新增硕士学位授予单位,国际贸易、工程力学、水产养殖3个学位点被批准为硕士学位授予专业点。1998年6月,由香港著名科学家、医学家、伦敦皇家内科医学院院士、爱丁堡皇家内科医学院院士汤士翰博士发起并捐资助建的宁波大学医学院成立。1999年4月,省内首家国有民办二级学院——宁波大学科学技术学院成立。2000年,被浙江省人民政府列为省重点建设大学。2000年4月,18个二级学院成立,先后聘任6位院士为学院院长。2000年5月,原国家海洋局宁波海洋学校、林业部宁波林业学校并入宁波大学。2000年6月,原宁波师范学校、宁波邵逸夫艺术幼儿师范学校并入宁波大学。2001年7月,宁波师范学校、宁波邵逸夫艺术幼儿师范学校合并成立宁波大学师范学院初等分院。2001年3月,宁波卫生学校并入宁波大学,成立宁波大学卫生职业技术学院。2003年3月,省政府同意以宁波大学职业技术教育学院为基础,建立独立设置的宁波城市职业技术学院,由宁波市领导和管理。2003年12月,宁波大学以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。2004年7月,省政府同意原宁波大学卫生职业技术学院改制为独立设置的宁波天一职业技术学院,由宁波市领导和管理。2004年11月,宁波大学科学技术学院被教育部确认为独立学院。2005年1月,宁波大学师范学院初等分院更名为基础教育学院,实质性并入宁波大学,整体搬迁至北校区办学。2007年6月,经国务院学位委员会批准,宁波大学被增列为博士学位授权单位,宁波大学工程力学、通信与信息系统和水产养殖等3个学科专业被列为博士学位授权学科专业。2011年,国家海洋局与宁波市共建宁波大学。2012年10月,教育部、浙江省人民政府、宁波市人民政府共建宁波大学。2012年12月,宁波大学当选为中国高等教育学会师资管理研究分会第七届常务理事单位,与北京大学、清华大学等30所高校一起当选为常务理事单位。2013年5月,被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校。2015年4月,宁波大学列入浙江省首批批重点建设高校。2016年3月7日,由宁波大学和美国麻省理工学院共建的宁波(中国)供应链创新学院,在宁波大学正式挂牌成立,系中国首个供应链学院。2017年9月,宁波大学入选首批国家“双一流”世界一流学科建设高校。11月,宁波大学东海研究院揭牌仪式暨海洋争端司法解决高端研讨会举行。2018年,宁波大学梅山校区正式投入使用,海洋学院、海运学院、食品与药学学院三个学院全体师生进入梅山校区。2018年3月,国务院学位委员会下达2017年审核增列的博士、硕士学位授权点名单,