9月1日,从死灵术师埃斯特·罗森塔尔那里得知最后之作面临危机,再次卷入拟定利用“妹妹们”的计划当中。9月2日,在得知DA绑架了御坂10046号后,一方通行再次出马,先后击溃了寻找抹消对象DA的食尸部队和幕后黑手菱形光比谷操纵的超能力兵器。最后,和埃斯特一起攻入了菱形的据点,解救了被抽取一万零三十一次死亡记忆的御坂10046号。为阻止“完美的魔像(神)”的最终完成,一方通行和埃斯特结成共同战线。9月14日,透过御坂网络获取有关“树形图设计者”的残骸的消息,为防止“树形图设计者”被修复、实验再开,离开医院暗中帮忙,击溃了夺取“残骸”的结标淡希,并将其持有的“树形图设计者”的核心粉碎。9月30日,与最后之作、芳川桔梗一同出院,并搬入黄泉川爱穗的公寓。在找寻跑出去玩的最后之作过程中遇到了茵蒂克丝还请她吃东西,钱包也被她的胃袋花光。傍晚时分,跟与最后之作遭到了木原数多为首的猎犬部队的袭击。因为木原数多拥有手无寸铁就能击溃他的特殊体术,这让一方通行对木原数多的攻击束手无策。危急时刻,产生暴风将最后之作吹离猎犬部队,劫持车辆把目睹现场的茵蒂克丝送到安全地带,头一次不使用超能力而进行煽动恐惧的战术歼灭了猎犬部队的追击部队。因为残忍地杀掉猎犬部队的残兵,而遭到警备员的通缉,这让一方通行踏入黑暗而无法回头。在得知最后之作被猎犬部队抓获,脑袋里被灌入病毒后,在电极电力耗尽、丧失演算能力之际,愤怒的一方通行的背后生成一对“黑翼”,将木原数多杀死。因为对学园都市欠下了八兆日元的债务,被迫加入暗部组织“集团(Group)”,透过投身黑暗来守护最后之作及妹妹们还有她们的世界。