McCarty首先用Dubos提存的多糖降解酶再次证明转化因子本身不是多糖。以前还没有完全放弃多糖可能有利于转化活性,这次实验后McCarty和Avery决定改变长细菌的方法降低多糖的含量,他们以前长细菌是用较多的葡萄糖,现在去除这种多余葡萄糖,结果不仅多糖减少,而且转化活性增加。McCarty还决定在加热处理细菌后、胆酸提取前再多洗几次粘在细菌表面的多糖,结果也提高了转化活性的产量。1941年12月的这些改进后,1942年1月,McCarty发现乙醇处理转化提取物时出现纤维状物质。在Avery实验室两层楼上,Alfred Mirsky碰巧发现自己研究的物质与染色体有关,Mirsky与哥伦比亚大学的Pollister合作得到分离染色体DNA的方法:先用盐处理细胞得到细胞核,再用盐得核蛋白复合体(nucleoprotein),用氯仿去除蛋白质后,加乙醇沉淀DNA,而加乙醇时可以用木棒搅动溶液,纤维状的物质会缠绕木棒,得到很纯的DNA。1942年3月McCarty试了这一方法,确实得到可以用二苯胺法检测到的DNA、并有转化活性。McCarty和Avery还与洛克菲勒的生物物理学家Alexandre Rothen合作使用当时很新的超级离心机,发现转化物质的分子量很大,当时只有DNA可以类似。进一步用用超速离心机制备的物质含DNA和转化活性。在有两种结果提示转化活性是DNA的情况下,他们进一步用酶处理来检验DNA与转化活性的相关性。他们(和以前MacLeod)知道多种酶的制备可以抑制转化活性,他们检验是否这些制备可以降解当时标准的DNA(从胸腺提取的DNA),结果看到相关性。所以,到1942年夏天多方面结果指向转移因子是DNA。7月,他们与Mirsky合作,由McCarty提供大量肺炎球菌,Mirsky用自己提取核蛋白的方法,获得后由McCarty检测转化活性,结果确实有。这时并未去除核蛋白的蛋白质部分,但McCarty觉得用完全不同于他提取转化活性的方法得到的含DNA的核蛋白复合体也能有转化活性,更支持DNA可能是转化物质。
摸索不同条件后,他们综合为提取方法:培养细菌离心后置65oC加热,用生理盐水洗(洗掉多糖),用脱氧胆酸处理,用乙醇沉淀获得纤维状物质(包括还存在的多糖和DNA),用Sevag的氯仿去除蛋白质,加Dubos的多糖酶(SIII),降解多糖,直到用多