男性感染衣原体感染后会有6-14天的潜伏期,当潜伏期过后会出现尿频、尿急症状,部分病人会出现排尿不畅,尿道口有稀薄分泌物。尿痛症状不明显,可以自行缓解,但由于缺乏治疗或忽视治疗会导致前列腺炎发生。发生衣原体性前列腺炎后,病人会出现排尿困难、会阴部疼痛症状,部分病人尿频症状加重。多数男性发生衣原体感染后会出现不育症状,而且衣原体性尿道炎还会引起附睾炎。