农经工作的主要职能,从70年代及以前会计辅导时的“三大管理”,即农村财务管理、农村劳动管理和农村定额管理。到1980年成立农经站后,随着农村改革的深化,农经管理职能不断改变和完善,逐步形成了以新的“三大管理”和“三项指导”(即农村土地承包管理、农民负担监督管理和农村集体资产及财务管理;指导农业产业化经营、指导农民专业合作组织建设、指导农业社会化服务体系建设)职能、农村审计职能、农村经济统计职能为主,兼顾农经信息的收集、整理、上报,农产品成本核算等多种管理职能。1994年起,又增加了农村合作基金会组建与管理职能;2005年起,增加了发展壮大农村集体经济的指导和管理职能和社会主义新农村建设中的指导“村容村貌整治”的管理及指导职能。