B-2A的导航系统最初由两套统组成,每套都可以单独导航,但一起工作时精度会更高。一个是惯性测量单元,另一个是诺斯罗普NAS-26天文惯性单元。NAS-26原本是为鬼魅远程巡航导弹研制的,是一个带稳定基座的光电望远镜系统,可在阴天锁定预先选定的星星。该系统的观察窗口就在风挡左侧。B-2A机载雷达为AN/APQ-181相控阵雷达,休斯公司制造。这种相控阵有2个雷达天线阵列,特点是不需外加旋转或摇摆式天线,只通过信号阵位的改变和组合,可对不同角度和不同方位进行扫瞄。它的工作频率在12-18GHZ,旁波瓣小,抗电子干扰能力强。