一次在与兰一起去多罗碧加乐园游玩时无意间目睹了伏特加与交易人暗中进行的非法交易,被偷偷接近的琴酒打昏后灌下黑衣组织尚在研发中的药物APTX4869,身体意外缩小成7岁小学生。之后新一听从阿笠博士的建议,以“江户川柯南”为化名寄住在兰的父亲毛利小五郎的侦探事务所中暗中调查组织的活动。 身体变小后推理天份没有减退,但因为身体变小导致办案时不便,危险性也增加,且新一本想用小五郎来找出使自己缩小的黑衣组织,但无奈于小五郎是个“迷侦探”。因此阿笠博士为新一发明了手表型麻醉枪、蝴蝶结变声器等道具。新一以麻醉枪让小五郎睡着,通过变声器帮助毛利小五郎解决案子,让小五郎成为有“沉睡的小五郎”之称的名侦探。同时继续秘密调查追踪黑衣组织。追查组织新一在变小之后,一直以“江户川柯南”的身份暗中急切追查黑衣组织的下落。 宫野明美化名广田雅美,到毛利侦探事务所委托寻人,后被琴酒灭口。柯南在明美临死前赶到,明美透露她属于黑衣组织(对应动画改编为与组织无关,后来才以原创形式补上该段剧情)。在新干线火车上,他遇到了将其灌药变小的两名组织成员,通过窃听获知他们的代号是“琴酒”和“伏特加”(但在对应动画中却被改为与组织无关,柯南得知二人代号的方式不明)。因为小五郎参与满天堂公司的产品发布会,柯南偶遇组织成员龙舌兰。但龙舌兰旋即被误炸而死,组织的痕迹也被湮灭。 之后,柯南正式结识了此时已成为关西高中生侦探的服部平次,并且变小的事情被平次发现。二人随后成为挚友,柯南在追查组织时经常找平次合作。