早期仅有一种称呼。约1988年时,台南市海安路一家叫“草蜢”的小贩,取当时女星叶子楣的灵感,将珍珠奶茶改称波霸奶茶。以后在南台湾日渐产生波霸指大粉圆、珍珠指小粉圆的说法。随着南台湾连锁店至北部展店,此种分类亦因此渐被台湾居民接受。台湾以外,亦常见波霸“BOBA”或“Bubble”这名词。起因是1980年末到北美洲的台裔新移民仍以“波霸奶茶”作号召,加州各地因此如雨后春笋般出现“BOBA Tea House”、“BOBA Planet”、“BOBA World”等等茶坊,现时非台裔居民依然满口“BOBA”或“Bubble”。他们会用英语向柜台的服务生说:“Give me latte,and add some BOBA in,please.”(给我一杯拿铁咖啡,加点“波霸”),“波霸”亦已成为粉圆的代名词。珍珠奶茶一般使用较大颗粒的粉圆,烹煮后的直径约在7毫米以上,否则直径太小时很容易满嘴珍珠,也不方便吞咽咀嚼。但大多数的珍珠奶茶商家仍有提供小颗粉圆的珍珠。当然也有一种“琥珀珍珠”这种珍珠是用100%的红糖来做的。台湾有二间店铺宣称是珍珠奶茶发明者。一说台中市经营泡沫红茶店“春水堂”的刘汉介先生,自称于1983年开始实验制作奶茶,又说是店内女职员无意中调制成功。当时所加材料为水果、糖浆、糖渍地瓜、和粉圆。他推出的奶茶刚开始的时候并不受到欢迎,但是偶然机缘下,经一家日本电视节目的访问后,终于吸引了生意人的注意。另一说则是台南市翰林茶馆涂宗和先生所发明,据称约1987年在鸭母寮市场见得白色粉圆而得到灵感。故早期珍珠为白色,而后才改为黑色今貌。但这两间店皆未申请专利权或商标权,使得珍珠奶茶成为台湾最具代表性的人民饮料。1990年代前半,首先是列入“小歇”等连锁泡沫红茶店的菜单,由于泡沫红茶店是咖啡店在台湾流行之前,上班族谈生意与学生聚会的热门场所,珍珠奶茶开始广受学生喜好。接着,在学校附近或补习班密集的地区、夜市等,逐渐出现珍珠奶茶的摊贩。1990年代后期,有业者引进“自动封口机”取代传统杯盖。许多新的投资业者,如航帆食品、乐立杯、绿的梦奶茶、休闲小站、大联盟、快可立等,采用自动封口机开始拓展连锁外带饮料店业务。自此,外带式的珍珠奶茶店成为主流,也因为连锁店的参加,商人开始将珍珠奶茶拓展到全世界,成为台湾国际知晓的知名食物之一。为了争谁才是发明珍珠奶茶,"春水堂"和"翰林茶馆"曾互相告到台湾法院。