阿托伐醌(Atovaquone),抗原生动物药,被公认为目前最为安全有效的治疗犬巴贝斯虫病的药物,副作用小。阿托伐醌原用于治疗人类肺孢子虫感染,而后发现对于抗巴贝斯虫感染有特殊效果。该药与阿奇霉素联合使用以减少抗药性的发生和疾病的复发率。阿托伐醌(13.3mg/kg,口服,间隔8h,10d)和阿奇霉素(10mg/kg,口服,间隔12h,10d)联合用药,是首选的的治疗方案,可清除巴贝斯虫,或是将寄生虫抑制在不可侦测的范围,阿托伐醌副作用是用药期间掉毛、胃肠道反应。