活体结核疫苗是以不具传染性的结核菌株(strain)所制,但卡介苗在美国却鲜少使用。类毒素疫苗某些微生物本身无害,但其产生、释放之毒素是疾病的根源,部分科学家将此类毒素改造或破坏以达到免疫反应所需的基本诱发功能,却不伤害接种者,例如破伤风和白喉疫苗。次单元疫苗有些毒素或微生物只需利用部分结构即可引发免疫反应,例如乙型肝炎疫苗仅含有该种病毒的表面蛋白质。结合疫苗利用细菌表面多糖结构,有时这些结构对免疫系统的辨识上效果不佳,借由将这层结构连结上许多特殊物质,例如特殊结构的蛋白质、毒素或糖类,可以增进免疫系统的判断力,这种方式已成功用在B型流感嗜血杆菌疫苗。基因重组载体疫苗以微生物的生理运作为基础,配合其他物种微生物的DNA,这种方式研发出的疫苗,可能对感染过程复杂的疾病有所帮助。例如将细菌的DNA切成片段,组合至酵母菌的染色体中,利用酵母菌制作该片段之细菌蛋白质作为疫苗,可免除致病细菌对人体的实质伤害,达到免疫效果。