境内植物区系兼有南北相承的特征,动植物种类繁多。南部有木本植物87科、634种,蕨类植物9科、22种,草本植物36科、100余种;北部有木本植物91科、610余种。珍稀树种多,南部山区有属国家保护的银杏、金钱松、香果树、厚朴、小叶黄杨、浙江红花油茶等珍贵树种24种,北部还另有莲香树、浙江楠、木荷樟树、水青冈等珍贵树种40多种。野生动物有30多种。境内水资源总量98.57亿立方米,其中地下水20.59亿立方米,占总量的20.9%,地表水77.98亿立方米,占总量的79.1%。钱塘江水系入境水资源26.1亿立方米,包括马金溪0.96亿立方米,江山港0.24亿立方米,乌溪江24亿立方米,灵山港0.9亿立方米,出境水资源为124.67亿立方米,含流入钱塘江119.5亿立方米(其中有龙游直接流至兰溪市的0.19亿立方米),流入长江鄱阳湖水系的5.13亿立方米。人均占有水资源4347立方米。其中开化县人均占有量最高,为8258立方米,龙游县人均占有量最低,为2836立方米。全市耕地平均每亩占有水资源6482立方米。年平均径流量的地域分布与年降水量基本一致,即南北山区最大,高值中心的年径流深1400塞米。据普查,境内理论水力蕴藏量合计65.57万千瓦。其中,常山港占24.3%,江山港占29.7%,乌溪江古19.2%,灵山港占3.9%,衢江干流占9.7%。全市可开发的小水电装机容量为25.44万千瓦,平均年可发电量为7.65亿度。