1894年经清政府批准,直隶总督北洋大臣李鸿章在天津创建北洋医学堂,是中国近代第一所官办西医院校。1913年,据民国元年(1912年)民国教育部第“十六”号令,北洋医学堂改称直隶公立医学专门学校。1915年,直隶公立医学专门学校由天津迁往保定。1921年,医专、农专、高师、法政合并成立河北大学,直隶公立医学专门学校改称河北大学医科。1932年,河北大学医科独立建院,称河北省立医学院。1937年,抗日战争爆发后,学校被迫停办,共停止招生9年。1946年1月,河北省立医学院在保定复校,同年开始招生复校后的第一届学生。1947年,河北省立医学院暂由保定迁往天津继续办学。1949年,天津解放后,学校由天津市人民政府接管,4月改由华北人民政府卫生部领导,学校改称河北医学院。1952年,河北医学院由天津迁回保定。1958年,河北医学院由保定迁到石家庄。1964年,首次招收硕士研究生,后因故停招,1978年恢复招生。1970年,天津中医学院(其前身为1956年建立的河北中医学校,1958年改为河北中医学院,现为天津中医药大学)迁至石家庄与河北医学院合并,改称河北新医大学,设医学、中医两个专业。1979年8月,河北省委决定中医系独立组建河北中医学院,河北新医大学恢复河北医学院名称。1981年,学校被国务院学位委员会批准为首批有权授予硕士学位的单位。1986年,被国务院学位委员会批准为博士学位授予权单位,1987年开始招收博士研究生。1949年成立的鞍山卫生学校,后更名为鞍钢卫生学校、华山冶金医学专科学校;1988年迁至石家庄,改为石家庄医学高等专科学校。1995年5月。根据河北省政府决定,河北医学院、河北中医学院、石家庄医学高等专科学校合并组建为河北医科大学。2001年,经河北省政府批准,成立“河北医科大学沧州分校”,2004年后取消。2005年,河北医科大学通过教育部本科教学工作水平评估,取得“优秀”成绩。2009年,石家庄卫生学校并入河北医科大学。2010年,入选国家“特色重点学科项目”建设高校。2011年底,入选国家建设高水平大学公派研究生项目。2012年11月9日,入选教育部、卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校名单。2013年4月18日,根据教育部教发函批示,原河北中医学院部分恢复独立建制。河北中医学院分离后,学校仍称河北医科大学。5月,入选国家第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。2016年,河北省人民政府、国家卫生计生委、教育部联合印发《关于共建河北医科大学的意见》(冀政函〔2016〕52号),学校正式成为省部委共建高校。2017年11月23日,河北医科大学与腾讯公司签署战略合作协议。11月29日,河北省首家干细胞研究中心河北医科大学—爱尔兰国立高威大学成立干细胞研究中心启动仪式在河北医科大学举行。2019年12月3日,河北医科大学等6家医学院校牵头成立北京卓越医学人才培养高校联盟。