1898年,日本明治政府任命素有日本陆军瑰宝之称的儿玉源太郎中将为第四任总督,并派才干卓越的政治家后藤新平担任民政长官以为辅佐,从此采取软硬兼施的政策治理台湾。加上1902年年底大抵肃清抗日运动之后,成员全为日人;且毋须遵守日本法律(参见法律第六十三号)的台湾总督府之对台统治权才就此建立起来。而日方这种软硬兼施的殖民地政策,一般称为特别统治主义。事实上,日本占领台湾之初就存在著殖民地统治策略的两条路线之争。第一条路线就是后藤新平所代表的此特别统治主义。同时也醉心于德国式科学殖民主义的后藤新平认为,从生物学的观点,同化殖民地人民既不可能也不可行,因此主张效法英国殖民统治方式,将台湾等新附领土视为真正的殖民地,亦即分离於内地之外的帝国属地,不适用内地法律,必须以独立特殊方式统治。他认为应当要先对台湾的旧有风俗进行调查,再针对问题提出因应政策。这个原则被称为「生物学原则」,同时也确立了以渐进同化为主的统治方针。相对於特别统治主义的殖民地路线,则是由原敬所代表的「内地延长主义」。受到法国殖民思想影响的原敬,相信人种文化与地域相近的台湾和朝鲜是有可能同化於日本的,因此主张将新附领土视为「虽与内地有稍许不同,但仍为内地之一部」,直接适用本国法律。从1896年到1918年,担任民政长官的后藤新平所持的特别统治主义主导了台湾的政策。在这段时间内,台湾总督於「六三法」的授权下,享有所谓「特别律令权」,集行政、立法与军事大权於一身。而握有绝对权力的台湾总督,除了有效压制武装抗日运动之外,对於台湾的社会治安也有一定助益。