《本草纲目》书成后不久,于1590年由金陵胡承龙刻印,由王世贞作序,在1596年正式出版而刊行。这是本书的最早刻本。现在上海图书馆藏有此书,其后此书屡行再版。如公元1603年《本草纲目》又在江西由夏良心、张鼎思重刻。1655年(清顺治十二年)钱塘的吴毓昌重新复印。《本草纲目》至今在国内有30多种刻本。
《本草纲目》不仅在国内有深远的影响,而且在国际上也有较大的影响。公元1606年时,《本草纲目》即由日本学者林道春首先传入日本,1637年日本的翻印本出版。1783年又有由日本小野兰山译为《本草纲目译说》附注解的日译本出版。1929年日本人白井光太朗按照金陵版,翻译为《国译本草纲目》十五册。本书的问世引起了日本医药界的震动,对于日本植物学和药物学的研究,产生了巨大的影响。在日本有关研究‘本草纲目’的书就有九种之多,并且编写了许多配图本和袖珍本。一直到今天在日本对于《本草纲目》仍视为珍宝。1647年波兰人卜弥格将《本草纲目》译为《中国植物志》于1657年以拉丁文出版。1735年在法国巴黎出版的《中国史地年事政治纪录》中有法文的《本草纲目》数卷,在英国也有两种《本草纲目》英语全译本流行。据不完全统计,《本草纲目》在世界上有拉丁文、法文、德文、英文、日文、俄文、西班牙文、朝鲜文等八种文字的译本流传。被誉之为‘东方医学巨典’。英国著名生物学家、进化论的创始人达尔文在《人类的由来》一书中,还径直把它称为“中国古代的百科全书”。
《本草纲目》是一部划时代的科学巨著,是我国十六世纪以前本草学的全面总结,它集中反映了我国医药学家和劳动人民的卓越智慧,是我国科技史上极其辉煌的硕果,是医学宝库中一份极其珍贵的遗产。