1998年成立了“石城赣江源县级自然保护区管理站”,2004年江西省人民政府批准建立了“石城县赣江源省级自然保护区”。2008年对石城赣江源省级自然保护区范围功能区划进行了调整及更名,调整后的保护区总面积为16100.85公顷,其中瑞金市内面积为5342.10公顷,石城县内面积为10758.75公顷,分为核心区、缓冲区、实验区三个区,调整后的保护区更名为江西赣江源省级自然保护区。
保护区属华南地层区,所处的鸡公岽及其周围是新构造运动抬升而形成的中低山地,故保护区内群山连绵起伏,错落有致。由于地质结构的控制,地貌分布较有规律,地势为东南高西北低,由东向西南倾斜。最高峰鸡公岽,海拔为1389.9米。
区内地形复杂、沟壑纵横、溪流瀑布随处可见。主要瀑布有龙潭瀑布、龙门瀑布、赣江源头第一瀑、马尾水瀑布等;主要水流有上洞河、石寮河、石阔河、樟坑河、珠玑河、小姑河,水质洁净,达到国家I类水质标准,其中上洞河、石寮河、泮田河汇聚形成了赣江源头水,每年为赣江提供1000万立方米的国家I类水。
保护区地处中亚热带,具有典型的亚热带湿润季风气候特点,年平均气温17.5℃,全年无霜期246天,年均日照数1942小时,年均降雨量2100毫米。
独特的地理环境、复杂多变的地形地貌、典型的湿润性气候,造就了赣江自然保护区内丰富的生物多样性。区内古木参天,林海连绵,千峰竞秀,万壑摇翠,绿涛碧浪,一望无垠。据考察,核心区、缓冲区、实验区的森林覆盖率均在90%以上。目前已查明的高等植物有78科145属,其中有国家一级保护植物有伯乐树、异形叶玉叶金花、南方红豆杉、珙桐、银杏,二级保护植物有香榧、半枫荷、花榈木等12种。植被群落垂直分布十分明显,从上往下分布,主要是以松柏为主的针叶林,过度层为以松杉与阔叶壳斗科植物为主的针阔混交林、竹林、阔叶林、灌木林、山顶草甸,还有成片分布的原生榉树群落在江西省乃至为全国罕见。