唐、宋时期在太常寺设有太医署或太医局,辽国也设有太医局,金朝开始称太医院。元代的太医院已经成为独立机构,负责医疗、制作御药。明代太医院则已经有了分科。清代太医院设于顺治元年,即公元1644年,在正阳门以东的东交民巷内,地址大约在东交民巷西口的一个大院里,太医在这里办公、学习。后来由于《辛丑条约》的签订,东交民巷被划归使馆区,因此在地安门外另建了太医院。清太医院为独立的中央医疗机构,为帝后及宫内人员看病、制药,也担负其他医药事务。