刚形成的芽孢总是处于休眠状态。热处理(如65℃放置几十分钟)可以使芽孢加速活化。低温贮藏也有活化作用,只是较慢。芽孢萌发时首先发生吸胀作用,随之折光性和抗性丧失,继而呼吸作用开始,显出代谢活性,芽孢物质(干重)的30%变为可溶物释出,营养细胞壁迅速合成,最后,新形成的营养细胞从孢子衣里萌发出来。萌发通常有三种方式:赤道脱出,末端脱出,斜出。少数细菌还产生其他休眠状态的结构,如固氮菌的孢囊等。固氮菌在营养缺乏的条件下,其营养细胞的外壁加厚、细胞失水而形成一种抗干旱但不抗热的圆形休眠体——孢囊,与芽孢一样,也没有繁殖功能。在适宜的外界条件下,孢囊可萌发,重新进行营养生长。