白莲洞遗址堆积拥有连续完整的层位,其出土文物与自然标本展现出中石器时代向新石器时代过渡的面貌,是华南地区洞穴遗址群中的晚更新世——早、中世标准剖面和地点,已经成为中外人类学家关注的科研场所。白莲洞遗址还是罕见的南亚热带晚更新世玉木冰期以来全球性古气候信息的储存库,其古生态环境的复原,提供了探讨华南地区古人类演化及其生产活动的证据,特别是原始农耕与动物驯养活动的环境背景。白莲洞遗址出土的古人类和哺乳动物的化石还说明了大约距今5万年以前“白莲洞人”已经会缝制衣服、用火和熟食。