洪武九年,海南岛属海南道。正统四年(1439年)六月,儋州附郭(州治所在地)宜伦县并入儋州,崖州附郭宁远县并入崖州,万州附郭万宁县并入万州,也就是说,州治所在地的县,归并入州,其地由州直接治理,以免机构重叠。琼州府领3州10县,并成了明代的定制。明代南海诸岛改归崖州管辖。明代还把“归附”的黎族编入图、都、乡等基层组织,隶于州县,和汉人一样纳粮当差。清初承袭明制,西沙群岛(时称“千里长沙”)和南沙群岛(时称“万里石塘”)隶属于琼州府的万州管辖。南海诸岛自古以来就是中国的领土。清代,于海南设置琼崖道。下属琼州府(治今琼山府城),领1州8县:琼山(治今府城)、澄迈(治今老城镇)、定安(治今定城镇)、文昌(治今文城镇)、会同(治今琼海市东北)、乐会(治今琼海市东南)、临高(治今临城镇)、儋州(治今中和镇)。崖州直隶州(治今三亚市崖州区),崖州归隶琼州府,光绪三十一年(1905年)升为直隶州。领4县:感恩(治今东方市南)、昌化(治今昌江黎族自治县西)、陵水(治今陵水黎族自治县)、万州(治今万宁市)。万州光绪三十一年降州为县。清代在海南设琼州府,辖3州10县,故史称“十三州县”。清末改设一府,1直隶州,1州,11县。1858年6月27日签订的《中法天津条约》共42款,另有《和约章程补遗》其中增开琼州(今海口)、潮州、台湾、淡水、登州、江宁六口。中华民国1912年正式成立,设琼崖道于琼山府城,置道尹治理全岛。中华民国初期,海南岛的建置仍袭清制,置琼崖道,共辖13县:琼山、澄迈、定安、文昌、琼东(即清代会同)、乐会、儋县(1912年儋州改县)、临高、万宁(1914年万州改万宁县)、昌江(因与浙江省昌化县同名,1914年改名昌江)、陵水、感恩、崖县(1920年崖州改称崖县)。民国元年(1912年),海口所改称镇。民国十年(1921年)废道制。民国十五年(1926年),海口镇脱离琼山县建市。民国二十年(1931年)2月13日,撤销海口市,复归琼山县。民国二十一年(1932年),曾拟划为特别行政区,但未实行。当时行政区称为琼崖,直隶于广东省。民国二十一年(1932年)八月改“抚黎局”为“抚黎专员公署”,加强对黎族地区的统治。民国二十四年(1935年),广东省政府把黎、苗族居住的五指山区划分为白沙、保亭、乐东3县,推行乡保甲里制。民国二十二年(1933年),设琼崖绥靖委员会公署于海口。民国