臭豆腐按照工艺可以分为发酵和非发酵两种。市场上卖的青方腐乳便属于发酵臭豆腐,是在豆腐的基础上发酵而来,而街头上卖的油炸臭豆腐则属于非发酵臭豆腐。前者的臭味来源于微生物(常采用霉菌或乳酸菌)发酵蛋白质,产生的硫化物(例如二甲基二硫、二甲基三硫、二甲基四硫)、吲哚和部分具有臭味的氨基酸(例如丙氨酸)。非发酵臭豆腐的臭味来源于臭卤水。发酵臭豆腐,因经发酵过程,部分蛋白质被分解成更有利于消化吸收肽、氨基酸;另外发酵过程还会生成维生素B12。