马本斋作战勇猛,身先士卒,在回民支队和广大群众中享有很高威望。改编后的回民支队,在马本斋的率领下,战斗力不断提高,队伍发展到2000多人,成为一支能征善战的抗日劲旅。从1937年至1944年,马本斋率领回民支队,不惧牺牲,浴血作战,奋勇杀敌,经历大小战斗870余次,歼灭日伪军3.6万余人,在广阔的冀中平原和冀鲁豫大地上,所向披靡,屡建战功,打得日本侵略军闻风丧胆。
在党组织帮助下,在人民军队的大熔炉和抗日战争烽火硝烟的考验中,马本斋的政治觉悟迅速提高,他深深地感受到党的伟大,决心加入中国共产党,为党的事业,为打败日本侵略军,为祖国和民族的解放而奋斗。他在入党申请书中写道:“我甘心情愿把我的一切献给伟大的中国共产党,献给为回族解放和整个中华民族的解放而奋斗的伟业。”