在热带地区,如关岛,大蝙蝠不仅供当地人食用,还出口到太平洋其他的岛屿。岛上的蝙蝠,尤其是那些独特的地域种和分布狭窄的种类受到很大威胁。蓄意地杀害也是一个问题,迷信使人们杀死蝙蝠,从而使蝙蝠的数量减少。人们对吸血蝙蝠以及确认的对作物有害的蝙蝠的控制,不仅杀害了引起问题的蝙蝠,而且杀害了与它们共享栖息地的其他蝙蝠种类。栖息地微气候变化。栖息地温度的变化对蝙蝠是至关重要的,特别是对哺乳后期的雌性蝙蝠和幼体蝙蝠,因为它们的体温调节能力很弱。1974 年夏天,由于寒冷的天气使美国印底安那州社鼠耳蝠(Myotis sodalis)幼体的生长期延长了两周,并使其完成迁移的时间推迟了三周,从而影响了冬季脂肪的储备量,导致蝙蝠大量死亡。另外栖息地微环境决定了昆虫的丰富量,当微环境不适合昆虫生长时,会使蝙蝠因缺乏食物而死亡。2013年12月15日,《动物学前沿》杂志上发布的一项研究报告表明:蝙蝠可以通过同类所发出声调变化来判断它们的情绪状态。研究人员对吸血蝠进行观察,他们训练这些蝙蝠在树枝上等待食物。在一些测试中,研究人员通过扬声器发出“侵略性的信号”,通常防卫树枝的蝙蝠会从即将来临的蝙蝠那里得到并发出这种信号。在其他的实验中,研究人员发出“缓和的信号”,一般情况下这种信号会由蝙蝠在接近已经有处栖息的蝙蝠时发出,以此寻求分享其空间。研究人员对每只蝙蝠单独进行了测试,使用信号录音是为了确保蝙蝠对所录音的内容作出反应,而不是对看到其他蝙蝠的视觉线索作出反应。在所有测试中,科学家每隔20秒发出一个信号,直到蝙蝠开始忽略这个信号,然后他们再发出一个有轻微差异的相同信号,该信号会更加紧迫(有更短、更紧密间隔的音节)或者更加舒缓。新设定的侵略信号总是会使蝙蝠转向扬声器,然而新的缓和信号只有在变得更加紧迫的时候才会使蝙蝠作出一定的反应。蝙蝠未能对弱化的缓和信号作出回应表明:蝙蝠能够理解所接收信号中带有情感色彩的内容,这种知觉可能比之前认为的更广泛地存在于哺乳动物中。