巴尔瑙尔市是西西伯利亚的一个铁路枢纽,西西伯利亚铁路直通新西伯利亚市,与新库兹涅茨克市一间巴坎市一克拉斯诺亚尔斯克市一卡缅市一科克切塔夫市一库斯塔奈市-巴浦洛达尔市一埃基巴斯图兹市一阿克莫拉-坎利诺格勒市一塞米巴拉金斯克一乌斯季卡缅诺戈尔斯克一列宁诺戈尔斯克一济良诺夫斯克市一阿亚古兹一阿拉木图一德鲁日巴(中国新疆阿拉山口)连接。巴尔瑙市与新西伯利亚市相距213公里(铁路)。