北京市海淀医院1996年被评为“二级甲等医院”,1996年评为“爱婴医院”,2001年被海淀区和海淀区卫生局授予“海淀区先进党委”和“海淀卫生系统先进党委”、“海淀文明行业示范窗口”,医院自1997年起,连续四年被评为“首都精神文明建设先进单位”。医院现为海淀区卫生系统的重要服务窗口。近年来,医院与多家大医院协作,参加部、市级的科研课题,有多项课题获得北京市科技进步奖和海淀区科技进步奖。