和林虽失去都城地位,仍为漠北地区政治经济中心,元朝以大臣出镇,遣重兵防守,于其地开屯田,建仓廪,立学校。明洪武三年(1370),元顺帝妥欢贴睦尔死于应昌,太子爱猷识理达腊继位,退据和林,仍用元国号,史称北元。由于明军的屡次进攻和蒙古贵族的内讧,北元政权很快衰落。15世纪初期,鞑靼与瓦两部蒙古贵族之间相互攻伐,和林城遂被抛弃,逐渐荒芜。1585年,喀尔喀蒙古阿巴岱在和林废城基址旁兴建大嘛寺厄尔得尼召,蒙古史籍《厄尔得尼·厄利赫》(Erdeni-inerie)对此有明确记载。明罗洪先《广舆图》中的《朔漠图》幅,即已正确标注“和宁”于和林河(鄂尔浑河上游)之东。清初,方观承曾在厄尔得尼召寺前发现元至正中所立石碑。其后,沈、张穆等搜集大量史料,考证和林城方位,均有成绩。1891年,俄国拉德洛夫在厄尔得尼召找到至正丙戌年(1346)许有壬撰文的“赐兴元阁碑”残片,最后证实了和林城的位置。1948~1949年,苏联和蒙古人民共和国考古学者在基谢廖夫率领下,对和林城遗址进行了大规模发掘。从1983年开始,蒙古人民共和国考古部门再次对和林遗址进行发掘。据负责这次发掘工作的考古学家色尔奥德扎布称,这次发掘的重点是窝阔台的宫殿,即遗址的主要部分。