北医三院拥有18个北京市专科医师培训基地、11个国家卫生计生委亚专科医师培训基地、2个北京市住院医师规范化培训技能考核中心和6个国家卫生计生委内镜诊疗技术培训基地。作为北京大学临床医学院,每年1000余名医学生、300余名博士生、硕士生在此进入临床学习。同时,还承担着千余名进修医生和近400名北京市住院医师规范化培训任务。每年50余个国家级继续教育项目吸引了全国各地5000余名学员。北医三院拥有3个教育部创新团队:骨科、运动医学研究所、妇产科。拥有3个教育部重点实验室:辅助生殖、分子心血管学(参与)和视觉损伤与修复(参与);1个国家卫生计生委重点实验室:心血管分子生物学与调节肽;6个北京市重点实验室:磁共振成像设备与技术、脊柱疾病研究、生殖内分泌与辅助生殖技术、心血管受体研究、运动医学关节伤病、幽门螺杆菌感染与上胃肠疾病。