2003年SARS后期,机场建设费再次成为媒体关注的焦点。6月下旬,有媒体披露,民航总局将取消机场建设费,以对受SARS严重影响的国内民航业进行扶植,而国家有关部门已从当年5月份开始,暂停向航空公司征收民航基础建设基金。对此,民航总局有关发言人第一次公开回应,表示没有调整机场建设费的打算,现行的机场建设费仍然收取。该发言人还表示,机场建设费是经国务院批准征收的政府性基金,对改变国内民航基础设施严重落后的状况发挥了十分重要的作用;并列举了美国、英国、日本、巴西、加拿大等国家征收进港、离港费(税)的实例。在同年7月召开的机票价格听证会上,消费者代表则再次对机场建设费的收取提出质疑。消费者普遍认为,机场在向航空公司收取起降费等使用费的同时,再向乘客收取机场建设费,已属于重复收费。法律界代表更明确指出,向乘客收取机场建设费属于行政垄断下的垄断性企业行为,应当予以取消。也有代表提出,可以将机场建设费与机票捆绑在一起,这样不但可以减少消费者登机时的麻烦,也可以节省场地租赁、人员等必要的支出,而航空公司和机场则可以通过内部核算的方式来进行沟通。然而在民航总局此次将机场建设费并入机票后,航空公司与消费者则第一次站在同一个战壕里,矛头无一例外地指向了对中转旅客的征收部分。国航有关人士对此次建设费的改革表示“莫名其妙”,该人士称,向中转旅客收取机场建设费无非是想加大基金的收取金额,但这种收取显然是一种重复行为,在一定程度上会增加乘客的支出,而乘客自然会将其归咎于航空公司。而中国民航管理干部学院的有关专家则明确表示,“征收机场建设费属于一种垄断行为”。