西汉时九卿是列卿或众卿之意。先秦文献中有三公九卿之说,但秦并没有这种制度,西汉初也不见九卿名称。仅武帝以后由于儒家复古思想的影响,人们就以秩为中二千石一类的高官附会成古代九卿。宣帝、元帝时,九卿称谓出现于诏书中。但《汉书》中所见的卿,有太常、光禄勋、太仆、廷尉、大行、大鸿胪、宗正、大司农、少府、卫尉、执金吾、右内史、左向史、主爵都尉、太子太傅等十几种官。将九卿定为九种官职,则始于新,其制中以中二千石为卿。即以大司马司允、大司徒司直、大司空司若、羲和、作土、秩宗、典乐、共工、予虞为九卿,分属于三公。
东汉和新一样,中央政府中设有九卿的官职。《续汉书》将太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府定为九卿。九卿固定为九官后,和九卿相近的其他重要官员被排斥在九卿之外。东汉末到三国,有人就试图为这种不合理的现象辩护。刘熙《释名》否认汉有九卿之说,认为所置是十二卿;韦昭《辩释名》则认为九卿是指正卿,九卿之外尚有所谓外卿。