导读 拷贝数变异( Copy number variation,CNV)是由基因组发生重排而导致的,一般指长度为1kb以上的基因组大片段拷贝数的增加或减少,主要表现为亚显微水平的缺失或重复。这种变异既有个体的正常多态性变异,也有致病性的变异 [1] 。目前,按照 CNV是否致病可分为致病性CNV、非致病性CNV和不明临床意义CNV。对于如何解读检测出的CNV临床意义,长期困扰着临床医生。 1 拷贝数变异概念 拷贝数目变异也称拷贝数目多态,是一种长度大于1kb的DNA片段的变异,在人类基因组中广泛分布,CNV位点的突变率远高于SNP( Single nucleotide polymorphism ),是人类疾病的重要致病因素之一。 2 检测方法 目前全基因组检测方法主要有微阵列比较基因组杂交(Array CGH)和最新的基于高通量测序技术的染色体异常检测(NGS染色体异常检测)。 两种技术相比较: 由于Array CGH是在已知探针前提下进行检测,所以无法检测出未知的CNV;成本偏高,受检者负担较重;而NGS染色体异常检测为最新的CNV检测技术,对样本要求较低,能发现更多的新变异CNV,在国内临床已得到广泛应用。 关于检测出CNV的遗传咨询,是目前临床医生的一个难点,特别是对于不明临床意义的CNV。希望通过以下两篇关于CNV解读的文章为临床医生的遗传咨询提供参考,以便更好的与患者及其家属沟通。 3 CNV解读流程 (1)欧洲人类遗传学杂志发表的一篇关于CNV解读流程的文章[2],该文章把CNV解读过程分为五步,以此进行CNV解读。 图1 CNV解读流程[2] 第一步: 得到CNV结果,与序列数据库进行比对,能比对到数据库中,人群分别频率n≥1%,说明CNV为人群中比较常见多态性即非致病性CNV。对于没有比对到数据库中的结果进行下一步; 第二步: 与基因组变异数据库(Database of Genomic Variants)比对,数据库中出现正常次数n≥3,表明CNV为正常多态性即非致病性CNV。针对n<3的CNV进行下一步; 第三步: 与已知微缺失微重复综合征比对,能比对到综合征的CNV既致病性CNV。其它进行下一步; 第四步: 进一步看CNV涉及区域中是否包含重要功能基因,不包含基因或重要功能性基因的即为非致病性CNV;包含重要功能性基因进行下一步; 第五步: 在网上数据库和文献中进行搜索:CNV与疾病案例存在片段相同或包含该片段,且临床表型相似的CNV即致病性CNV;假如没有重叠区域或有重叠但表型不一致,即为不明临床意义CNV。 因此把CNV解读结果分为3类, 非致病性CNV、致病性CNV和不明临床意义CNV。 (2) Nature genetics 中发表的一篇文章中列举CNV解读中倾向性因素(表1)[3] 表1 CNV解读中倾向性因素[3] 表1中,主要从家族多态性、人群多态性、数据库多态性及基因重要性等角度来确定CNV倾向于致病,还是非致病。 总结以上两篇文献,CNV解读流程都是参考CNV与人群多态性数据库、微缺失/微重复综合征数据库、基因组异构数据库、网络数据库、文献中报道以及是否包含重要功能性基因等来确定临床意义。 知识就是力量,安诺君为您整理了往期经典文章 邀您Get更多生殖生育领域精准医学精彩内容: 安诺优达染色体异常检测 基于新一代高通量测序技术的高精度染色体检测技术,可检测 23对染色体的数目异常以及0.1Mb以上拷贝数异常。检测检出率与特异性均在99%以上。可应用于以下等方面的遗传学原因排查 : 1)自然流产,反复流产 2)产前胎儿影像学异常 3)不孕不育 4)成年人/未成年人智力异常/发育迟缓 参考文献 [1] Hutton M. Kearney, Erik C.Thorland, Kerry K. Brown, Fabiola Quintero-Rivera, Sarah T. South, A Working Group of the American College of Medical Genetics(ACMG)Laboratory Quality Assurance Committee[J]. Int Reprod Health/Fam Plan. 2014,33:217-222. [2] Nicolien M Hanemaaijer, Birgit Sikkema-Raddatz, Gerben van der Vries et al.Practical guidelines for interpreting copy number gains detected by high-resolution array in routine diagnostics.European Journal of Human Genetics[J]. 2012, 20, 161–165. [3]Charles Lee, A John Iafrate & Arthur R Brothman.Copy number variations and clinical cytogenetic diagnosis of constitutional disorders.Nature genetics[J]. 2007,7(39). 安诺优达 总部位于北京,是中国基因组行业的知名企业、亚洲一流医学基因组中心、国家发改委首批基因检测技术应用示范中心、国家卫计委首批高通量测序临床应用试点单位、国家高新技术企业、北京市发改委“精准医疗与基因工程北京市工程实验室”、中关村高新技术企业,拥有博士后科研工作站。 公司专注于新一代基因组学技术在人类医学健康和生命科学研究两大领域的产业化应用,建立了领先的高通量测序平台和高性能计算平台,并先后和美国illumina公司及阿里云达成战略合作,形成了强大的Bio-IT 基础和产业化服务能力。 基因科技 让生命绽放 生育生殖 ▏肿瘤诊治 ▏基因体检 ▏科技服务