金针菇由营养器官(菌丝体)和繁殖器官(子实体)两大部分组成。
⑴菌丝体由孢子萌发而成, 在人工培养条件下,菌丝通常呈白色绒毛状,有横隔和分枝,很多菌丝聚集在一起便成菌丝体。和其它食用菌不同的是,菌丝长到一定阶段会形成大量的单细胞粉孢子(也叫分生孢子),在适宜的条件下可萌发成单核菌丝或双核菌丝。有人在实验中发现,金针菇菌丝阶段的粉孢子多少与金针菇的质量有关,粉孢子多的菌株质量都差,菌柄基部颜色较深。
⑵子实体主要功能是产生孢子,繁殖后代。