洪武十六年,建龙兴寺。洪武二十六年,建中都外城的洪武门、朝阳门、涂山门、北左甲第门四座城门和十八水关。洪武三十年,建南左甲第门,前右甲第门、长春门、独山门、朝阳门、后右甲第门。宣德五年,修缮中都宫城奉天门及外廊。宣德七年,修缮宫城内外屋宇。景泰年间,开始修建凤阳高墙(皇家监狱)。景泰二年,修缮中都天坛、地坛。景泰五年(1454年),修缮外城墙。嘉靖十七年,修缮皇城。崇祯八年,农民起义军攻陷中都凤阳,中都城内外大量建筑被焚毁。康熙六年,凤阳县治由山后街迁至皇城。乾隆二十年,拆除禁垣及中都外城的九个城门。乾隆二十六年,修缮皇城城墙,建城楼。道光二十一年,修缮皇城城墙。1952年,华东军区欲将宫城改为战犯监狱,将城内所有建筑拆除。1958年,大炼钢铁时期,拆除东华门两侧各15米城墙建高炉,后被有关部门制止。1961年,明中都遗址被列入安徽省重点文物保护单位。1966年文革开始,期间宫城的城墙被拆除三分之二,宫殿、坛庙遗址被拆,这些原因致使明中都城遭到了极大的破坏。至20世纪70年代,仅剩残存的午门、西华门台基及1100米长的城墙,但察其规模布局和遗物、遗迹仍十分壮观。1975年12月2日,凤阳县文化馆撰文《关于要求县委对继续扒拆“明皇城”城墙、破坏国家文物的事件进行严肃处理报告》。1975年12月8日,国家文物局以文件形式正式下达《关于明中都遗址保护的意见》。1977年,凤阳县文物管理所向县革委会写下《关于要求对扒拆明中都皇城城砖、破坏国家文物首要分子应依法惩处的报告》。1978年,县委书记陈庭元对文物工作给予重视,采取强有力的措施,扒拆城砖现象基本消除。1982年,明中都皇故城及皇陵石刻被国务院公布为第二批全国重点文物保护单位。2002年10月,国家有关领导对修复“明中都遗址公园”进行了审批。2004年,国家文物局又将方丘、圜丘、观星台、涂山门四处附属建筑遗址并入明中都皇故城和皇陵石刻国保单位中。2012年11月17日,明中都皇城城墙与南京城墙等8处古城墙被国家文物局联合“打包”为“中国明清城墙”列入中国世界文化遗产预备名单,踏上了“申遗”之路。2013年,国家文物局正式公布明中都皇故城为第二批国家考古遗址公园立项名单。2015年,修缮皇城城墙。同年,安徽省文物考古研究所正式启动对中都皇城系统性的考古工作。2016年,修缮西华门、实施东华门遗址保护展示工程。2017年12月2日,由国家文物局正式授牌,明中都皇故城成功入选第三批国家考古遗址公园。