远古以来,中华民族的先人就在这块土地上劳动生息。隋民国时期肇东县图唐时期肇东市境内居住着靺鞨族。十三世纪末叶,蒙古牧民也进入肇东市地域,并成为这里的主要民族。商、周时期,为濊貊居地。秦、汉、三国及魏、晋时期,夫余族人民在境内居住。南北朝时期,本县境域为豆莫娄国。隋时期,境内民族为靺鞨族。唐时期,境内民族为靺鞨族安东骨部。辽时期,属东京道所辖,治所设在辽阳府(今辽宁省辽阳市)。金太宗天会八年(1130年),在今肇东市四站镇西南3公里处的八里城遗址建东北边疆军事重镇,属上京路肇州辖境。元时期,为成吉思汗二弟哈布图哈萨尔之分封地,为开元路所辖,治所设在黄龙府(今吉林省农安县)。元贞元年(1295年),设立肇州屯田万户府,治所设在八里城(今四站人民公社境内),肇东境域为肇州屯田万户府所辖。明时期,属奴儿干都司塔山卫。洪熙元年(1425年),属郭尔罗斯部。清顺治五年(1648年),肇东市境域属郭尔罗斯后旗管辖。光绪九年(1883年),扎萨克府(旗公府)由公营子(今肇源县茂兴站西)迁至老爷屯(今肇东市四站镇东兴村)。光绪三十四年(1908年),肇州直隶厅在昌五城(今肇东市昌五镇)设肇东分防。民国元年(1912年)11月5日,肇东分防改为肇东设治局。民国三年(1914年)7月11日,肇东设治局晋升为县。民国十八年(1929年)2月,裁撤道制,由黑龙江省直辖。时为二等县。东北沦陷后,初隶黑龙江省,民国二十三年(1934年)12月改隶滨江省。民国二十四年(1935年)9月,将县境西南部的第三区大部(今四站、西八里、涝洲、德昌、五里明乡镇一带)划归郭尔罗斯后旗管辖。民国二十六年(1937年)12月3日,肇东县公署由昌五城迁至满沟(今肇东镇)。民国二十九年(1940年)5月1日,为与县名统一,将满沟街改称肇东街。民国三十四年(1945年)12月,划归哈西专区管辖。专员公署驻肇东县城。民国三十五年(1946年)3月,划归吉江行政区。同年4月,将郭尔罗斯后旗的八里、四兴(今四站镇)、向阳、三星、同仁村和呼兰县的乐安、安居、长发、万宝村划归新设置的乐安县管辖。5月,撤销吉江行政区,划归嫩江省;7月,撤销乐安县,并入肇东县。民国三十六年(1947年)2月至9月,隶属黑嫩联合省第四专区管辖。黑嫩联合省分设后,肇东县隶属嫩江省。1949年5月,嫩、黑两省合并为黑龙江省,隶属黑龙江省管辖。1954年8月,松、黑两省合并后,由黑龙江省直辖。1958年8月,划归哈尔滨市领导。1960年1月,将万宝公社划归哈尔滨市。同年5月,将肇东县划归松花江专区管辖。1965年6月,松花江专区更名为绥化专区,肇东县隶属绥化专区。1986年9月8日,国务院批准,撤销肇东县,设立肇东市(县级),以原肇东县的行政区域为肇东市的行政区域,隶属绥化地区管辖。1999年,国务院批准改绥化地区为地级绥化市,肇东市由绥化市代管。2015年3月11日,黑龙江省民政厅批复同意肇东市西八里乡撤乡设镇,以西八里乡行政区域为西八里镇的行政区域,原隶属关系、政府所在地不变。