地貌特征由南向北可划分为南部山区、中部平原、北部沙漠三个单元。1、南部山区:面积为1793.8平方千米,占全市土地总面积的15.5%;海拔700-5445米,属天山山脉,主脉东西走向,海拔5445米的博格达峰屹立于群峰南侧;海拔2800米以上为高山区,终年积雪,孕育着发达的现代冰川,是该市各条河流的发源地;海拔2800-1700米为中山带,是阜康市天然林区及主要夏牧场,美丽壮观的天池风景区就处在中山带。海拔1700-700米为前山丘陵地带,蕴藏着丰富的矿藏,是该市牧林农矿结合,开展多种经营的重要区域。2、中部平原:面积为2233.6平方千米,占全市土地总面积的19.3%;海拔700-450米,由各河流冲积、洪积而成,地势由东南向西北倾斜,平均坡度2.5%,是全市社会经济发展最为活跃的区域,该区地势平坦,土层较厚,是粮油主产区,也是基本农田的集中分布区。3、北部沙漠:为古尔班通古特大沙漠的一部分,海拔高度450-800米,植被为梭梭、柽柳等灌木及稀疏的沙生植物,是本市的辅助冬牧场。