楚雄市境内河流分属元江、金沙江两大水系。元江上游的礼社江,从南华县入境,穿越市境西南部,支流有马龙河、三街河、白衣河、五街河、邑舍河、碧鸡河、自雄河;金沙江水系有其支流龙川江从吕合入境,自西向东流经东瓜、鹿城、苍岭,再由西向北出境,是楚雄市坝区的主要河流。主要支流有紫甸河、西静河、河前河、寨子小河、青龙河、苍岭小河。2016年9月,云南楚雄州大姚县再遭暴雨,全县25182人受灾,民房、农作物、学校等不同程度受损。