1596年荷兰侵入,1602年成立具有政府职权的“东印度公司”,1799年底改设殖民政府。1942年日本占领印尼,1945年日本投降后,印度尼西亚八月革命爆发,1945年8月17日宣布独立,成立印度尼西亚共和国。印度尼西亚独立后,先后武装抵抗英国、荷兰的入侵,发动了三次独立战争。1947年后,荷兰与印尼经过多次战争和协商,于1949年11月签订印荷《圆桌会议协定》。根据此协定,印尼于同年12月27日成立联邦共和国,参加荷印联邦。1950年8月印尼联邦议院通过临时宪法,正式宣布成立印度尼西亚共和国,同一年印尼成为联合国第60个成员国。1954年8月脱离荷印联邦。1967年,印尼与马来西亚、菲律宾、新加坡和泰国成立了“东南亚国家联盟”(ASEAN,简称“东盟”),东盟已经拥有10个成员国,印尼是最具影响力的成员之一。1997年亚洲金融危机对印尼造成全面冲击,引起局势动荡。1998年5月,执政长达32年的苏哈托总统辞职,副总统哈比比接任总统。1999年10月,印尼人民协商会议(简称人协)选举瓦希德为总统,梅加瓦蒂为副总统。2001年7月23日,人协特别会议以渎职罪罢免瓦希德总统职务,梅加瓦蒂接任总统,哈姆扎·哈兹任副总统。2004年7月,印尼举行历史上首次总统直选,原政治安全统筹部长苏西洛和人民福利统筹部长尤素夫·卡拉(Muhammad Jusuf Kalla)通过两轮直选胜出,2004年10月20日宣誓就任总统和副总统。2005年8月,印尼政府与“亚齐独立运动”分离组织达成和平协议。2006年7月,印尼国会通过亚齐管理法。2006年12月,亚齐举行地方选举,前“亚独运动”领导人伊尔万迪·尤素夫(Irwandi Yusuf)和穆罕默德·纳扎尔(Muhammad Nazar)当选省长和副省长。2012年4月,前“亚齐独立军”领导人宰尼·阿卜杜拉(Zaini Abdullah)和穆扎基尔·马纳夫(Muzakir Manaf)当选省长和副省长,任期至2017年。2006年7月,印尼国会通过新《国籍法》,取消部分带有种族歧视和性别歧视的内容。2008年10月,印尼国会通过《消除种族歧视法》。2014年3月,印尼总统苏西洛签署2014年第12号总统决定书,正式废除1967年第6号通告,把“支那”(cina)改称“中华”。1967年第6号通告是印尼前总统苏哈托时代的产物,包含对中国与华人的国格和人格的歧视与侮辱。当地华人表示,40多年来对中国和华人的歧视称呼将一去不复返了,这是印尼民主政治进步的体现。2018年6月8日,联合国大会选举印度尼西亚为2019年和2020年安理会非常任理事国。