二氧化氯消毒有其独特的优点,包括:可减少水中三卤甲烷等氯化副产物的形成;当水中含有氨时不与氨反应,其氧化和消毒作用不受影响;能杀灭水中的病原微生物;消毒作用不受水质酸碱度的影响;消毒后水中余氯稳定持久,防止再污染的能力强;可除去水中的色和味,不与苯酚形成氯苯酚臭;对铁、锰的出去效果比氯强;其水溶液可以安全生产和使用。其缺点在于:二氧化氯具有爆炸性,必须在现场制备,立即使用;制备含氯低的二氧化氯较复杂,其成本较其他消毒方法高;制备二氧化氯的原料为氯酸钠和盐酸,为氧化性或腐蚀性物质,同样存在储运的安全性问题;二氧化氯的歧化产物对动物可引起溶血性贫血和变性血红蛋白症等中毒反应。