故事现代剧情承接《刺客信条:起源》,在寻找伊述文物的过程中,蕾拉·哈桑发现了由最早的希腊历史学家希罗多德所著的一本名为《失落的历史》的古书,其中提到了一位使用伊述的武器“列奥尼达斯之矛”的斯巴达雇佣兵。蕾拉找到了列奥尼达斯之矛,并在维多利亚·毕博博士的帮助下追寻这份不为人知的历史。时间回溯到公元前432年,故事从凯法隆尼亚的小岛上展开,主角是岛上小有名气的驯鹰人雇佣兵,他的朋友马库斯为了兴办葡萄园从绰号“独眼人”的地头蛇借了一大笔钱,主角帮助马库斯还清债务,为此踏上了讨债的道路,也因此卷入了伯罗奔尼撒战争的纷争,探寻过往的身世谜团。游戏有两个可选主角,分别“阿利克西欧斯”或“卡珊德拉”。选择角色不会带来剧情方面的影响,仅在称谓、人名、配音上有所不同。可选角色可参用背景驯鹰人出生于公元前480-431年期间的斯巴达,阿利克西欧斯的姐姐。(若选择男主角,卡珊德拉为妹妹,背景和出生日期套用德莫斯)卡珊德拉自小便接受养父尼科拉欧斯和生母密里涅严格的斯巴达教育。在由秩序神教幕后阴谋操纵下的神谕者预言当中,卡珊德拉失手杀死了献祭自己弟弟阿利克西欧斯的斯巴达祭司,因而被养父尼科拉欧斯扔下悬崖抵命,大难不死的她逃亡到凯法隆尼亚岛,被当地的混混马可斯所收养,成年后成为一偷鸡摸狗、杀人为生的佣兵,并与岛上失去双亲的女童福柏成为好友。