澳门特别行政区立法会的立法权限包括:制定、修改、暂停实施和废除法律。立法会的权限范围包括:审核、通过政府提出的财政预算案;审议政府提出的预算执行情况报告;根据政府提案决定税收,批准由政府承担的债务;听取行政长官的施政报告并进行辩论;就公共利益问题进行辩论;接受澳门居民申诉并作出处理等。
在特定情况下,立法会以全体议员三分之二多数通过,可对行政长官提出弹劾案,报请中央人民政府决定。
司法机关
澳门特别行政区法院独立行使审判权,只服从法律,不受任何干预。澳门特别行政区设立第一审法院、中级法院、终审法院。澳门特别行政区终审权属于澳门特别行政区终审法院。
澳门特别行政区初级法院可根据需要设立若干专门法庭。原刑事起诉法庭的制度继续保留。
澳门特别行政区设立行政法院。行政法院是管辖行政诉讼和税务诉讼的法院。不服行政法院裁决者,可向中级法院上诉。
澳门特别行政区各级法院的法官,根据法官、律师和知名人士组成的独立委员会推荐,由行政长官任命。各级法院的院长由行政长官从法官中选任。终审法院院长由澳门特别行政区永久性居民中的中国公民担任,其任命和免职须报全国人民代表大会常务委员会备案。
澳门特别行政区检察院独立行使法律赋予的检察职能,不受任何干涉。
检察长由澳门特区永久性居民中的中国公民担任,由行政长官提名,报中央人民政府任命。检察官经检察长提名,由行政长官任命。检察院的组织、职权和运作由法律规定。
廉政公署
澳门特别行政区廉政公署是一个独立的机构,廉政专员直接向行政长官负责。
廉政公署的职责是:开展防止贪污或欺诈行为的行动;针对贪污行为及由公务员作出的欺诈行为,依法进行调查;针对在因应澳门特区机关选举而进行的选民登记及有关选举中所作出的贪污及欺诈行为,依法进行调查;促使人的权利、
自由、保障与正当利益受保护,确保公共行政的公正、合法性及效率。
审计署
澳门特别行政区审计署根据《基本法》设立。审计署独立工作,不受干预。审计长对行政长官负责。
审计署的主要职责是对特区政府预算执行情况进行审计监督,并对审计对象进行「衡工量值式」的审计监察,即对其履行职务时所达到的节省程度、效率和效益进行审查。
警察总局
警察总局是统一负责特区保安事务的部门,属澳门特区内部保安体系的组成部份。警察总局指挥及领导其属下警务机构执行行动,该等警务机构现时包括治安警察局和司法警察局。
海关
澳门特区海关是根据《基本法》的规定而设立。
海关是澳门特区具有行政自治权的公共机关,负责领导、执行和监察与关务政策有关的措施,并负责关务管理和监督等具警务性质的职务(第11/2001 号法律第1 条)。