临床上区分肛瘘,以肛周一条叫做齿状线的白线进行分界判定。齿状线以上的肛瘘属于高位肛瘘,齿状线以下的肛瘘是低位肛瘘。但在一些诊断中,高位肛瘘和低位肛瘘并没有很明显的区分,有些专家认为高位的肛瘘具体指复杂性肛瘘,瘘管位置比较深、脓腔比较多,而且合并痔疮、肛裂、肛周脓肿等疾病的肛瘘。低位肛瘘指瘘管延伸的位置比较的浅、瘘管形成的窦道只有一条,贯通的出口比较明显,而且也没有合并痔疮、肛裂等疾病的肛瘘。高位的肛瘘比较复杂,容易形成感染,有可能会引发全身性发烧等症状,而低位肛瘘大多并没有这种表现。