原核生物的启动子由“-35”区和“-10”区组成,其中“-35”区的一致序列是TTGACA,“-10”区的一致序列是TATAAT。起始复合物的形成为转录的限速步骤,起始频率主要取决于启动子的强度,而一种启动子的强度与它和启动子一致序列的一致程度呈正相关。另外,“-35”区和“-10”区之间的距离也影响到启动子的强度,最佳距离为17bp±1bp。一旦启动发生,RNA链的延伸速率与启动子强度无关。
转录的起始实际上是RNA聚合酶、参与转录的其他蛋白质与启动子相互作用并形成开放转录起始复合物的过程。大肠杆菌转录起始阶段的主要反应为:RNA聚合酶全酶与dsDNA非特异性结合-扫描到启动子处-,与启动子形成封闭的转录起始复合物-封闭的转录起始复合物异构化成开放的转录起始复合物-在活性中心形成第一个磷酸二酯键-启动子清空。启动子的清空并不顺畅,这导致发生多次“无效”转录。