截至2016年6月,学校建有医学影像学研究所等10个研究所,临床免疫实验室等国家中医药科研二级实验室4个,四川省重点实验室1个,风湿免疫与感染免疫实验室等省级高校重点实验室4个,四川省人文社科重点研究基地1个;有四川省科技创新团队2个,四川省高校科技创新团队6个,学校附属医院3个。国家中医药科研二级实验室:分子生物实验室、医学影像实验室、中药药理实验室、临床免疫实验室。四川省重点实验室:医学影像实验室。四川省高校重点实验室:风湿免疫与感染免疫实验室、医学影像诊断与介入治疗实验室。校级研究所校级研究所药物研究所形态学研究所肝胆胰肠研究所应用技术研究所组织工程与干细胞研究所风湿免疫研究所分子生物研究所神经疾病研究所医学影像研究所肛肠疾病研究所