清朝初期,山东行政区划基本与明朝时期等同,清朝雍正年间才开始有大的变化,最显著的变化即为府辖州不再辖县且以散州升为直隶州、府,明朝时期六个府仅登州府、莱州府面积未变,其他四个府都有所缩小。清朝雍正年间,山东先后有临清州、泰安州、高唐州、武定州、济宁州、滨州、东平州、沂州、莒州、曹州、濮州等升为直隶州,这些直隶州后来有一半又降为了散州,但也有泰安州、武定州、沂州、曹州这四个州分别升为了泰安府、武定府、沂州府、曹州府,而济宁州、临清州也保留了直隶州的地位。
泰安州、武定府、沂州府、曹州府这四个府的府治分别是泰安县、惠民县、兰山县及何泽县。到清末,山东省共有十府三直隶州,十府即为明朝时期就存在的六个府及泰安府、武定府、沂州府、曹州府,三个直隶州除了上文两个直隶州外还有1905年升为直隶州的胶州直隶州,整个清朝时期仅登州府辖地未缩小。