宇文毓在位期间,励精图治,政绩显著,深受百姓爱戴。他为人宽容,君臣关系相对融洽,因而威望与日俱增。宇文毓有能力、有主见,虽是由宇文护扶持上台的,却并不愿意当傀儡,急于亲自理政。宇文护见他聪明能干,便于武成元年(559年)正月二十一日上表归政,字文毓开始亲自处理政事。字文毓为政时期注意节俭,不用丝绸锦绣雕刻之物,严禁官吏贪污,努力清明吏治。武成元年(559年)三月,吐谷浑侵犯北周边境。三月二十三日,宇文毓派大司马、博陵公贺兰祥率军讨伐吐谷浑。五月,贺兰祥攻克洮阳、洪和二郡,迫使吐谷浑逃走。宇文毓即位后,召集公卿以下有文学修养者八十余人,在麟趾殿校刊经史。又采辑众书,从伏羲、神农以来,直到魏末,编成《世谱》,共五百卷。他本人博览群书,善写文章,又著有文章十卷,流传于世。这些典籍的出版,对当时的学术文化发展做出很大贡献。此外,他在位期间使汉族文化逐渐深入少数民族的文化中,加快了中华文化的大融合,为北周武帝灭佛教,学习汉文化做了很好的铺垫。