截止至2012年,阜康市境内的野生植物种类繁多,差异较大。由于海拔高度的不同,在不同的地貌区域内形成不同的植物群落,主要有高寒冰原植被、湿润山地森林植被和干旱沙漠植被。植物种类以中山森林带最为丰富,向南向北依次减少,至冰雪和沙漠最少,呈现明显的垂直特点。主要的植物有90科、22属、200多个种类,由南至北依次分为8个植物带。分别是冰川积雪带、高山莎草草甸带、亚高山草原草甸带、中山森林带、低山干草原带、蒿草-禾草半荒漠带、冲积平原猪毛菜属-半灌木荒漠带和沙质荒漠带。具有药用价值的植物资源主要有贝母、当归、党参、大芸、大黄、雪莲、甘草、柴胡等。