学校现有16个学科进入ESI全球前1%,拥有5个一级学科国家重点学科、9个二级学科国家重点学科、17个一级学科福建省特色重点学科、46个福建省一级学科重点学科。拥有31个博士后流动站;33个博士学位授权一级学科,3个博士学位授权二级学科;52个硕士学位授权一级学科,3个硕士学位授权二级学科;9个交叉学科;1个博士专业学位学科授权,24个硕士专业学位学科授权。2017年,化学、海洋科学、生物学、生态学、统计学5个学科入选国家公布的世界一流学科建设名单。