截至2018年9月,虎门站是一座地面站房兼高架站台的铁路车站,共有三层,采用下进下出与南北进出相结合的乘车方式。其中,车站地面一层是售票厅,售票机分布在南北进站口呈一字摆开,出站口设旋转式闸门;地上二层是站厅层,主要为候车区,配套有店铺,西南侧预留与地铁站互通平台;地上三层是站台层。截至2018年9月,虎门站拥有2台6线,采用双岛式月台布置,2条正线、4条到发线;途经虎门站的线路是广深港高速铁路。