海峡两岸问题的根本在于两点:缺乏共同历史记忆与国家(地区)发展水平。
缺乏共同历史记忆属于历史遗留问题,这是当今我们无法改变的既定事实。
自1895年4月17日中日签订《马关条约》,中国割让台湾岛及其附属岛屿给日本;直到1945年,台湾才由中华民国政府接收。而这50年正是中国传统社会、传统观念土崩瓦解,转向构建现代国家的时期。这五十年台湾在日本的管辖下接收日本文化的输入,与大陆意识形态的推翻重建完全割裂开来;同时,50年的侵占带来的文化入侵足以渗透到两代人的生活中,完全改变社会大多数甚至是社会整体的价值观念。这是第一次历史参与的缺席。
1949年,中华人民共和国成立,两岸开始长期的分裂。为了政治上的需要,巩固统治,国民党在台湾大力推行魔化共产党的教育,两岸封锁交往,(直至1987年,台湾开放居民大陆探亲,至此,两岸打破了自1949年长达38年的冰封期。),去中国化思想被大肆传播。台湾又一次缺席参与“中国”的历史。