在负向可阻遏操纵子中,操纵子的基因转录一般都会发生。阻遏蛋白质会由调控基因所产生,但它们却不能够与操纵基因结合。但是,某些称为共同抑制物的分子可以与阻遏蛋白质结合,并改变它的构造,使得它能与操纵基因结合。活跃化的阻遏蛋白质会与操纵基因结合,并阻止转录。操纵子亦可以是正向调控的。当存在正向调控时,活跃基因会与DNA结合(一般是在非操纵基因的位点)而引发转录。在正向可诱导操纵子中,活跃蛋白质一般不能与适切的DNA结合。但是,某些基底分子可以与活跃蛋白质结合,并改变它的构造,使之能与DNA结合及令转录进行。在正向可阻遏操纵子中,活跃蛋白质一般都会与适切的DNA段结合。但是,某些分子可以与活跃基因结合,以阻止它与DNA的结合,从而阻止转录的发生。