指导委员会是学术决策机构。其主要职责是:制定和修改指导委员会章程;审议中心中长期研究发展规划;指导中心CSSCI系统的研制与开发;审议中文社会科学引文索引来源期刊;审核CSSCI重大新闻发布内容;协调中国人文社会科学研究评价领域的全国性重大学术活动。
目前,教育部已将CSSCI数据作为全国高校机构与基地评估、成果评奖、项目立项、名优期刊的评估、人才培养等方面的重要指标。CSSCI数据库已被北京大学、清华大学、中国人民大学、复旦大学、国家图书馆、中科院等100多个单位包库使用,并作为地区、机构、学术、学科、项目及成果评价与评审的重要依据。