与蓝鲸相关的动物种系树一些权威把该物种分为三个亚种:B. m. musculus,包括北大西洋和北太平洋的种群;B. m. intermedia,包括南大洋的种群;B. m. brevicauda (也称侏儒蓝鲸),包括印度洋和南太平洋的种群。更早的权威把把印度洋种群单独列为一个亚种称B. m. indica。
但和其他三个亚种不同的是,最后一个亚类的名称并未出现在濒危物种红色列表上。目前两种分类方法仍旧受到一些科学家的置疑;遗传分析却表明只有两种亚种。