大多数的肛瘘并不需要做肠镜检查,但一些特殊类型的肛瘘需要做肠镜检查。例如结核性肛瘘或者克罗恩病所引发的肛瘘,这些疾病所引发的肛瘘大多为复杂性的肛瘘。在肛门周围会有多个外口以及多根瘘管,其中结核性的肛瘘外口呈凹陷性溃疡,脓液比较稀薄。这些特殊感染所引发的肛瘘需要先治疗原发性疾病,控制原发性疾病的临床症状后,再行肛瘘手术治疗。否则会导致肛瘘术后切口愈合不良,甚至长期不愈合。所以,对于一些怀疑可能是由于特殊感染所导致的复杂性肛瘘,手术前应行肠镜检查,以排除肠道内的疾病。