中华人民共和国成立后,肇庆一直是高要县、肇庆市人民政府和肇庆地区行政公署的驻地。1988年3月,肇庆改为省辖市,辖端州、鼎湖两区和高要、广宁、四会、新兴、罗定、云浮、德庆、郁南、封开、怀集10县。
1992年12月,经肇庆市人民政府同意,设立大旺综合经济开发区(简称大旺区),赋予相当于县一级行政、经济管理职能,保留广东省国营大旺华侨农场的牌子,实行两块牌子一套班子。
1994年4月5日,经国务院批准设立地级云浮市,云浮、罗定、郁南、新兴等四个县级建制从肇庆市辖区划出,另外成立云浮市。
1998年4月,经省政府批准,肇庆高新技术产业开发区在三榕港成立,为省级高新技术产业开发区。2000年8月,肇庆市人民政府赋予高新区管委会行使市一级有关经济管理权限。
2001年11月,经省政府批准,肇庆高新技术产业开发区扩园迁址至大旺区,与大旺区、华侨农场合署,实行“一区两园”的发展模式。
2015年4月28日,国务院(国函[2015]76号)批复同意撤销县级高要市,设立肇庆市高要区,以原高要市的行政区域为高要区的行政区域,高要区人民政府驻南岸街道府前大街25号。
到2016年12月31日为止,肇庆设端州区、鼎湖区、高要区,辖广宁县、德庆县、封开县、怀集县,代管四会市,设91个镇、12个街道、1个民族乡、1255个村委会和293个居委会。