修行方术以内丹为主,不尚外丹符箓,主张性命双修,先修性,后修命。认为修真养性是道士修炼唯一正道,除情去欲,识心见性,使心地清静,才能返朴归真,证道成仙。还规定道士必须出家住观,严守戒律,忍耻含垢,苦己利人。对犯戒道士有严厉惩罚,从跪香、逐出直至处死。金元之际邱处机嗣教时,全真道得到大发展。邱处机于1219年远去西域行宫朝见成吉思汗,大得赏识。赐给金虎牌、玺书,命他主持天下道教。邱回燕京后驻长春观(今北京白云观 ),开坛说戒,弟子四出建立宫观,使全真道组织发展到极盛 。其后虽因与佛教辩论失败而受打击,但在整个元代全真道一直保持发展势头。
当金元时期全真道在北方发展时,南宋地区亦有专主内丹修炼的道派,称作金丹派南宗。该派以张伯端为创始人 ,其特点是修炼时主张先修命,后修性。元朝统一江南后,南宗与全真道(北宗)合并 , 共尊东华帝君 、钟离权、吕洞宾、刘海蟾、王重阳为五祖,下设北七真(即全真七子)、南七真(张伯端、刘永年、石泰、薛道光、陈楠、白玉蟾、彭耜)。南北宗合并后仍称全真道,为封建社会后期道教主要宗派之一。全真道内部又分化出一些小派别,如南宗有清修派和双修派,北宗全真七子亦各传一派,其中邱处机所传全真龙门派势力最强。明代朝廷重视正一道,全真道势力相对削弱 。清初著名道士王常月整顿教门,曾一度复兴全真龙门派,但终难挽救全真道在清代日渐衰落的总趋势。