龟鳖类划分成 龟鳖目, 鳄类划分成 鳄目,而鳞龙下纲的分目有两种意见,一种意见是分成 喙头目和有鳞目,有鳞目进一步划分成 蜥蜴、 蚓蜥和蛇三个亚目,而蜥蜴亚目和蛇亚目再各自划分成几个下目或 超科,另一种意见是蜥蜴、蚓蜥和蛇各升级为一个独立的目,三者再合成一个 有鳞总目,其中蜥蜴和蛇下属的下目或超科则升级为亚目。现存的爬行动物的分科也有不同意见,有些科被另一些专家划分成几个不同的科,还有些科归入哪个亚目也有争议,而这些目、科的拉丁文名称甚至各家都有不同的写法。这里主要介绍现存爬行动物的分类,对于 史前爬行动物,只是略微提及。