与先前的口袋妖怪系列游戏相同,游戏围绕一位年轻神奇宝贝训练家的旅途展开。游戏设定在以法国北半部为设计原型的卡洛斯地区为主轴,以挫败敌对组织闪焰队的阴谋并挑战神奇宝贝联盟为目标,以全3d的游戏画面为表现形式。该作新引入了70种神奇宝贝和妖精系、定制角色、新的战斗训练机制等特色内容,游戏完全应用了多边三维图形(而非之前世代各场景中的二维图像或动画)。一种被称作“超进化”新的进化形式允许玩家对很多已经是最终进化型的神奇宝贝进行再次进化。