1994年3月,成立鹭江职业大学培训部。1995年3月,更名为成人教育部,同年10月,被省劳动厅审定为福建省继续教育基地。至1995年9月,学校设有经济、外语、社科、建工、机械、电子、工艺美术7个系、11个专业。1997年2月,经国家教委批准,鹭江职业大学举行成人高等学历教育,同年招收首届夜大学生。1998年5月27日,经省教委确认、教育部备案,正式成立鹭江职业大学成人教育学院。2003年8月,学校筹建升本并试招7个专业的本科生。厦门理工学院时期2004年,鹭江职业大学附属中专学校-厦门工业学校并入集美大学。8月,经教育部批准升本并更名为“厦门理工学院”。2005年5月,随着学校的更名,鹭江职业大学成人教育学院更名为厦门理工学院成人教育学院。2006年9月起,厦门理工学院成人教育学院开始招收本科学历教育学生;同年,经福建省自学考试委员会批准为自学考试体制改革试点专业主考学校。根据成人高等教育形势的发展及其办学转型的需要,2007年10月,学院再次更名为厦门理工学院继续教育学院。2004年8月,经教育部批准升本并更名为“厦门理工学院”。2007年5月,学校通过学士学位授权单位及专业评估。2009年10月,学校在中国大陆高校中第一个提出建设“亲产业大学”。2010年,入选福建省首批闽台高校联合培养人才项目的高校名单。2011年9月,学校成为教育部“卓越工程师教育培养计划”高校;10月,成为国家首批“服务国家特殊需求专业硕士学位研究生教育试点高校”。同年,厦门理工学院入主厦门软件职业技术学院办学。2012年6月,学校通过教育部本科教学合格评估。2013年1月,学校被福建省人民政府确立为“福建省重点建设高校”。2014年,经教育部批准成为中国政府奖学金委托培养院校,开始招收享受中国政府奖学金及中国政府专项奖学金——“支持地方奖学金”项目的国际研究生。2016年12月,入选全国首批深化创新创业教育改革示范高校。2017年6月,厦门理工学院密苏里学院正式获教育部批准设立。2018年,厦门理工学院新增为硕士学位授予单位。2018年3月,入选福建省一流学科建设高校。同月,入选教育部首批“新工科”研究与实践项目。