T4DNA连接酶也能催化限制性内切酶切割产生DNA平末端的连接。如果目的序列和载体上没有相同的限制性内切酶位点可供利用,用不同的限制性内切酶切割后的粘性末端不能互补结合,则可用适当的酶将DNA突出的末端削平或补齐成平末端,再用T4DNA连接酶连接,但平末端连接要比粘性末端连接的效率低得多。