1998年6月,与赵薇再度携手出演青春偶像剧《老房有喜》,在剧中扮演青春帅气的“苏小鹏”。1999年5月,与林志颖、陈德容合作出演根据古龙同名小说改编的电视剧《绝代双骄》,扮演外冷内热的“花无缺”。10月,和宁静、庹宗华合作出演根据莫言同名小说改编的电影《白棉花》,出演一个暗恋比自己大好几岁的姐姐的乡下农村小男孩“马成功”。2000年之后,苏有朋更多的精力是放到电视剧之中,2000年4月,与赵薇、林心如、古巨基等合作出演根据琼瑶原著《烟雨蒙蒙》改编的电视剧《情深深雨蒙蒙》。2001年4月,客串出演由张卫健主演的古装电视剧《少年张三丰》,扮演为情疯癫的“名剑山庄”的二庄主“易天行。这次苏有朋挑战了高难度的动作戏,戏里武功高强,但是结局他成了个妻管严。5月,与吴奇隆、郝蕾一起出演电影《初恋的故事》,扮演“自恋”郝蕾的男孩子“玉海”。这也是小虎队解散之后两人的首次合作。8月,与张智霖、范冰冰、潘虹合作出演电影《手足情》,扮演二哥头“张家聪”,演绎动人亲情故事。12月,与袁立、郝蕾、廖凡等合作出时装偶像剧《相约青春》,在剧中并演唱了片头曲《在乎》并在剧中翻唱了张学友的《情书》。2003年3月7月,出演电视剧《情定爱琴海》,饰)恩祈名义,该剧播出后被评为观众最喜欢的中韩合作剧之一,有朋和蔡琳的搭档深入人心,此剧也成为苏有朋30岁的转型之作。12月,与蔡琳再度携手出演根据《杨家将》改编的电视剧《杨门虎将》。2004年8月,一部讲述与魔术有关的爱情故事《魔术奇缘》开拍,与林心如安七炫合作,与安七炫合唱主题曲《一天》,并演唱插曲《憧憬》,该剧影像制品上市后立即成为各大畅销排行榜前三位。2005年5月,与韩国小天后张娜拉合作的《刁蛮公主》正式开机,这是苏有朋休息半年之后接下的首部作品,自此,有朋成为韩星进军中国市场的合作搭档。10月,与秦海璐合作电影《塔克拉玛干》,首次扮演民警角色,本片入围了“第13届北京大学生电影节”“最受欢迎男演员”和“最受欢迎电影”的评选。2006年,苏有朋推掉了数十部电视剧邀约,首次尝试出演舞台剧。这部根据韩国同名畅销小说《菊花香》改编的话剧,填补了他舞台剧演出的空白,丰富了他演艺历程的经历。6月7日至14日,公演七场,打破了美琪大戏院的历史公演记录。2009年在《风声》中,苏有朋饰演一个阴阳怪气、摇曳风骚翘兰花指大搞暧昧同志情的白小年,并获最佳男配角。2010年,《四个丘比特》与《寻找刘三姐》上映,有朋演唱片尾曲《带着爱》和《寻找刘三姐》。《新康定情歌》与《密室之不可告人》10月上映。《密室之不可靠岸》开辟了万圣节档期,同时苏有朋也凭借电影《康定情歌》获得第2届澳门国际电影节最佳男主角奖。2011年4月参与拍摄管虎导演的电影《杀生》,同任达华,黄渤,余男大飙演技。这也是苏有朋首次饰演反派角色。2012年4月5日,参与主演电影《三个未婚妈妈》并于10月26日上映。同年,苏有朋成立自己的工作室,开始转行当制作人,有他投资并主演的第一部电视剧《非缘勿扰》已于7月13日开机。2013年1月,苏有朋与贾静雯、高圆圆集体客串《新天龙八部》,苏有朋饰无崖子。3月2日,与林依晨合作主演电影《甜蜜杀机》开拍。9月5与陈乔恩合作主演的电影《最佳嫌疑人》开拍,并于10月15日杀青。2014年1月17日,苏有朋主演的电影《甜蜜杀机》在台湾上映,他为其演唱片尾曲《老天有眼》,该曲是曾是台湾首部警匪电视剧《天眼》的主题曲。让观众重温甜蜜之下潜伏的危机,感受危机之中流露出的甜蜜情怀。2014年8月10日,苏有朋首次担任导演,饶雪漫同名小说《左耳》改编的电影,成为苏有朋选择的导演处女作,在福建厦门开机。苏有朋为执导该部电影,推掉了2014年全年所有的商演,专心做导演。10月27日电影《左耳》杀青,11月18日在北京首度召开新闻发布会,公布第一批演员名单。2015年4月18日,《左耳》获北京电影节“2015年度最青春文学IP”,并于2015年4月24日全国上映,最终票房5亿。 同年9月1日,苏有朋表示已着手新电影项目,拍摄东野圭吾的经典作品。并且《左耳》已通过金马奖初选。10月1日,苏有朋凭借《左耳》正式提名台湾金马奖最佳新导演奖,片中饰演黎吧啦的马思纯也提名台湾金马奖最佳女配角奖。