南方医科大学从1979年开始招收培养硕士研究生,1987年开始招收培养博士研究生。现有10个博士学位授权一级学科,6个博士后流动站,其中医学类博士学位授权一级学科数在全国独立医科院校中排名第二。拥有5个国家重点及培育学科,5个学科入围ESI全球前1%,总体排名位居全省高校第3、全国第64。形成了以医学为主体,理学、工学、法学、管理学、教育学等多学科协调发展的较为完整的学位授权体系。现有3个国家重点学科,2个国家重点(培育)学科,5个国家中医药管理局重点学科,10个广东省重点学科。