隶属广州铁路(集团)公司管辖。坐落在省道S256东莞虎门白沙段以东侧300米处。
虎门站,共三层,站房建筑面积1万余平方米,顶层为站台和6车道的火车轨道。站台离地面18米左右,是东莞唯一的“空中火车站”。岛式月台2面4线高架车站。车站已预留路轨往惠州方向,并保留与东莞城市轨道R2线的换乘条件。该站己于2011年12月26日正式开通。