作为对系统生物学的哲学反思,他提出,“物理还原论哲学”的核心思想是,一方面是从分子出发的,像是个体主义的、物理主义的、还原论的,另一方面却又能解释系统整体的功能属性,其组分间的相互作用机理,因而能够与整体论兼容。这种还原论与整体论兼容的方法论是科学史上闻所未闻的、前所未有的! 在修尔曼那里,实验方法论是与“物理还原论哲学”思想分不开的。他的“物理还原论哲学”的主要特征是,对物理基础和因果性的彻底追寻。一种基于实验性的体内磁共振实验方法论,其结果是由代谢控制理论来分析的,而今代谢控制理论已经吸纳为系统生物学的一个成分。为了充分满足系统生物学的目标,如以分子属性解释系统属性,修尔曼方法要求系统属性以物理学的形式来描述,包括已经确定的化学成分或反应过程。在此过程中,因果机制可以从分子层次追溯到系统层次。