1955年,高中部部分师生在位于骑河楼的育英三院,组建成为“北京市第六十五中学”。1958年,育英五院的教职工宿舍归于房管局。1960年,在北京市文教群英会上被评为“红旗学校”,获奖旗一面,遂被定为“北京市重点中学”,同年在位于骑河楼的育英第三院内,建立了北京景山学校。1963年,学校初中部(原一院)独立设校,命名为“北京市灯市口中学”。1968年,学校开始招收女生入学。1978年,四院被拆,校址迁往灯市口大街55号,与北京市第一六七中学(原私立贝满女中初中部)合并,仍名为“北京市第二十五中学”。1982年,一院被拆,撤销灯市口中学,原师生主体回归到北京市第二十五中学。1983年,成立校友会,王宝初任会长。1984年,举行建校120周年庆祝活动。1986年,在1943届校友常自超支持下,开始筹集资金建立新教学楼。1988年,开始实行校长负责制。1989年,“育英楼”落成。1990年,《育英年鉴》复刊,更名为《北京市第二十五中学年刊》,并制定新校旗、校徽、校歌、校服,举行建校126年校庆。1991年,灯市口幼儿园园址并入北京市第二十五中学。1992年,新建“双元门”、“知行楼”,先后修缮了贝氏楼、贝满中斋、邵氏楼,铺设塑胶操场,被列入《中国名校》一书,同年被北京市市政府命名为“花园式单位”。1993年,学校在全国率先实行“教职工聘任合同制”,同年由1934届校友梁炳文捐献稿费2万元,建立了北京市第二十五中学“致知力行”奖学金,并每年颁发一次。1995年,学校被评为北京市电化教育优类校,校团委会被团市委授予“红旗团委”,校工会被全国总工会授予“模范职工之家”。