漠河市是中国气温最低的县份,由于大陆及海洋季风交替影响,小气候变化多端,局部气候差异显著。冬季在极地大陆气团控制下,气候寒冷、干燥而漫长;夏季受副热带海洋气团的影响,降水集中,雨量充沛,气候湿热,日照时间长,适宜耐寒生作物生长,但易发生洪涝和低温冷害;春、秋两季,因冬夏季风交替,气候多变。春季多大风,降水偏少,物燥干旱,易发生森林火灾;秋季降温急剧,常有早霜和冻害发生。
漠河市年平均气温在-5.5℃。各月平均气温在0℃以下的月份长达8个月之久。气温年较差为49.3℃。平均无霜期为86.2天。年平均降水量为460.8毫米,全年降水量70%以上集中在7月份。5—6月份为旱季,7—8月份为汛期。太阳辐射总量年平均为96—107千卡每平方厘米,日照时数为2377—2625小时。≥10℃的积温为1436—2062℃。