[2]　丝氨酸与半胱氨酸水解酶　[　编辑　]　丝氨酸与半胱氨酸水解酶运用不同的氨基酸官能团　(醇羟基　或硫醇巯基　)作亲核基团。为活化亲核基团,这些酶中均含有指向该基团的酸性残基和碱性残基。这三个基团形成了催化三联体。化学、物理性质对酶催化活性的约束导致了不同的超家族中,具相同结构排列的三联体经历了超过20次的独立演化。[2]相同空间结构的三联体集中于丝氨酸蛋白酶(例如枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶所属的超家族)和半胱氨酸蛋白酶(例如烟草花叶病毒蛋白酶和木瓜蛋白酶所属的超家族)。重要的是,由于两种酶催化机理相近,所有三联体拥有几乎相同的排列。　CA　C1,　C2,　C6,　C10,　C12,　C16,　C19,　C28,　C31,　C32,　C33,　C39,　C47,　C51,　C54,　C58,　C64,　C65,　C66,　C67,　C70,　C71,　C76,　C78,　C83,　C85,　C86,　C87,　C93,　C96,　C98,　C101　木瓜蛋白酶　(木瓜)　and钙蛋白酶　(人类)　CE　C5,　C48,　C55,　C57,　C63,　C79　腺病毒内肽酶　(人类腺病毒2型)　未分类　C7,　C8,　C21,　C23,　C27,　C36,　C42,　C53,　C75　PA　S1,　S3,　S6,　S7,　S29,　S30,　S31,　S32,　S39,　S46,　S55,　S64,　S65,　S75　胰凝乳蛋白酶　A　(家牛)　SH　S21,　S73,　S77,　S78,　S80　巨细胞病毒assemblin　(人类疱疹病毒5)　SO　S74　噬菌体K1F内切唾液酸酶CIMCD自切断蛋白　(肠细菌噬菌体K1F)　未分类　S48,　S62,　S68,　S71,　S72,　S79,　S81　苏氨酸蛋白酶　[　编辑　]　苏氨酸蛋白酶向着以N端作为活性位点的方向趋同进化。图示为蛋白酶体和鸟氨酸乙酰基转移酶中起催化作用的N端丝氨酸。　苏氨酸蛋白酶　以苏氨酸作为亲核试剂。正如前文所述,苏氨酸含有二级醇羟基,由于末端甲基的位阻效应无法形成通常的三联体。因此通常情形下,苏氨酸蛋白酶运用N端苏氨酸作亲核试剂以避免该问题。　有数个属于不同蛋白质折叠类的酶超家族独立演化出了以N端苏氨酸残基作亲核试剂的三联体,包括PB超家族(蛋白酶体运用Ntn折叠)[19]和PE超家族