第一架遭劫持的飞机是美国航空公司11号航班。飞机于2001年9月11日7点59分从波士顿洛根国际机场起飞飞往洛杉矶。8点14分,飞机攀升到了26000英尺高度,低于最初指定的29000英尺的巡航高度。同时飞机与空塔进行了最后一次常规通信,确认其收到导航指令。通信后16秒钟,空塔命令飞机攀升到35000英尺,但该信息及之后所有尝试联系飞机的信息都没有得到确认。劫机行动展开后,劫机者很快控制了飞机头等舱,开始释放催泪性毒气、辣雾等刺激性气体,迫使乘客与乘务员向飞机后部靠拢,并声称其持有炸弹。劫机行动开始后约5分钟,机上乘务员Betty Ong通过机上电话联系到美航东南部订票办公室,报告了机上的紧急状况,通话共持续约25分钟。8点21分,收到求助电话后,美航的一位员工立即向美航运营中心报警。8点25分,劫机者试图与旅客进行通话,却误将通话频道切换至塔台。8点28分,接到报警的运营中心通知美航调度员,向塔台报告了飞机的异常情况。之后,航班乘务员Betty Ong和Amy Sweeney多次向塔台和美航航班服务办公室报告机上情况:劫机者刺伤了两名乘务员,无法联络驾驶舱,驾驶舱内装有炸弹。8点26分和8点38分,Betty Ong均称飞机"飞行状况不规律",并在8点44分中断了通话。同时,Amy Sweeney正向美航航班服务办公室汇报到飞机正"急速下降"、"飞得很低"。
8点46分40秒,美国航空公司第11次航班以大约每小时490英里的速度撞向世界贸易中心一号楼(亦称"北塔"),撞击位置为大楼北方94至98层之间,导致机上所有人员及楼内未知数量人员立即死亡。[4]