在明史的研究中,黄宗羲形成了他的史学研究方法论。主要有三个方面:首先,黄宗羲十分注重史料的搜集。而且,他的史料概念十分宽阔,不仅包括历史人物、事件、典章法令等,也包括建置沿革、山川变异,甚至是乡邦文献所记的亭台楼阁也作为史料予以考证、保存。其次,黄宗羲在史学研究中还十分注重真实性。对所得史料总要广证博考、去伪存真,才加引用,并力求客观地作出合乎历史真实面目的论述。即使对自己昔日积累的史料,也决不轻率运用,同样要予以核实,以确保其无误。再者,黄宗羲十分注重史学主体即史学家在治史中的作用。表现为这样几个方面:一是要求史学主体通过自己的思维运作确保史学研究的客观性,以真实地揭示历史的本来面目;二是史学主体在史学研究中应当有自己的是非观,不仅要“寓褒贬于史”,还得对历史事件作出中肯的评价;三是要求史学主体以饱含自身情感的笔写出历史的过程。黄宗羲的《明儒学案》是具有划时代意义的哲学史专著。它开创了中国编写学术思想史的先河,标志着中国学术史体裁的主要形式——学案体臻于完善和成熟。黄宗羲的《明儒学案》以及其后开始草创、并由后人和学生共同合作完成的《宋元学案》这两部著作在中国史学史上有非常重要的地位,他开创了中国史学上的新体裁,即“学案体”。学案体以学派分类的方式介绍一定时代的学术史,这种体裁被清人取用,成为编写中国古代学术史的主要方式。全书共立案十九个六十二卷,计叙述学者二百余人。从所列的人物看,除刘基、李贽、何心隐外,《明儒学案》基本上把所有明代重要思想家都包罗进去了;从学派上看,既叙述了以王阳明为代表的心学各派,又叙述了以吴与弼、胡居仁、娄谅为代表的程朱理学各派;从哲学性质看,既叙述了吴与弼、王阳明等唯心主义思想家,也叙述了罗钦顺、王廷相等唯物主义思想家。是中国第一部系统的内容丰富的哲学史专著。