蛋白质分离器的工作原理很简单,但能很有效的利用气泡的表面张力来分离水中的蛋白质,目前的蛋白质分离器有三种:逆流式、压力式和气举式(已基本淘汰)。理论上蛋白质分离器能分离水中80%的蛋白质,但她的实际工作能力只能分离水中30——50%的蛋白质废物,能达到50%已经是很不错了。蛋白质分离器的接触表面,类似于空气和水之间的表面。举例来说,水族箱的水表面所形成的接触表面,有一定的表面张力,所以纤维素、蛋白素和食物残渣必然会在此堆积。事实上,如果扩大表面区域,例如产生气泡(制造泡沫),则会有更多的纤维素、蛋白素和食物残渣在表面自然地形成。泡沫的粘度将随着表面的增强和扩大,以及气泡的逐渐消失而改变。因此,蛋白质分离器的有效性就在于扩大气体和液体之间的表面区域以及其特定的表面张力。然而,所产生的泡沫与水族箱中水循环的排放是分离的,这也就是为何泡沫可直接由水族箱中清除废物的方法。