学科排名在教育部学位与研究生教育发展中心公布的2012年第三轮全国一级学科整体水平评估排名中:该校进入排名前5的学科数为9个(其中理学7个),进入排名前10的学科数为14个;该校数学、物理、生物、天文、地学等基础学科均进入国内高校学科排名前5。在学科国际排名方面,根据ESI(美国科学信息研究所“基本科学指标”数据库)对2002年至2012年数据的统计分析,中国科大有10 个学科(数学、物理学、化学、地球科学、生物学、材料科学、工程科学、计算机科学、临床医学、环境/生态学)已进入国际前1%,其中材料科学、地球科学、工程科学、数学、物理学、化学、临床医学和环境/生态学8个专业领域的学术影响力超过世界平均水平。