2000年3月,澳门特区政府行政长官何厚铧颁布行政命令成立澳门科技大学,设四个学院:资讯科技学院、行政与管理学院、法学院、中医药学院。2001年,澳门科技大学得到中国教育部、国务院港澳办公室和公安部的批准和协助,向内地十四个省市招生。2006年3月25日,科大医院与药物及健康应用研究所成立。同年,澳门科技大学的拥有权转予澳门科技大学基金会。2007年9月,澳门科技大学国际旅游学院成立,学院于2012年2月更名为澳门科技大学酒店与旅游管理学院。2008年1月,澳门科技大学健康科学学院成立。2008年9月,澳门科技大学人文艺术学院成立。2008年11月24日,澳门科技大学健康科学学院属下医疗及卫生持续培训中心正式启用。2010年3月27日,澳门科技大学隆重举行建校十周年庆典,在国际小行星中心发布的新小行星命名公报中,中国科学院紫金山天文台2007年5月19日发现的、国际编号为200003号的小行星,荣获国际小行星中心和国际小行星命名委员会批准,正式命名为“澳科大星”。2010年12月14日,澳门科技大学太空科学研究所成立。2011年1月25日,中药质量研究国家重点实验室(澳门科技大学)由国家科技部批准正式成立。2011年12月6日,澳门科技大学与美国安捷伦科技有限公司合作建立液相色谱/质谱联合实验室。2012年2月20日,澳门科技大学联合呼吸疾病国家重点实验室及广州呼研所医药科技有限公司共同成立粤澳呼吸道病原体新药联合研究中心。2014年1月1日,澳门科技大学行政与管理学院更名为澳门科技大学商学院。2014年11月19日,澳门科技大学——中国科学院月球与行星科学重点实验室成立,该实验室是中国科学院在境外设立的首个重点伙伴实验室,也是中国太空科学研究计划的重要平台。2016年3月31日,澳门环境科学与环境管理联合实验室正式开始组建,该实验室由澳门科技大学与中国科学院生态环境研究中心共建。2016年6月30日,澳门科技大学法学院正式加入亚洲法律学会(Asian Law Institute,简称ASLI)。2016年9月19日,澳门科技大学健康科学学院专业医疗发展中心获英国爱丁堡皇家外科学院授予全面技能发展认可中心资格。2016年12月6日,诺贝尔生理学或医学奖得主埃尔文⋅内尔博士在澳门科技大学成立埃尔文⋅内尔博士生物物理与中医药研究室,该研究室为澳门首个诺贝尔奖得主实验室;埃尔文⋅内尔博士并应邀加入澳门科技大学作特聘教授。2017年3月22日,澳门科技大学与远光软件股份有限公司共同成立澳门科技大学——远光软件人工智能联合实验室。2017年4月26日,澳门科技大学与广东互联网金融协会、香港互联网金融协会、广州互联网金融协会、广州市普惠金融协会共同成立粤港澳大湾区互联网金融联盟。2017年12月,澳门科技大学通过国际高等教育学术评鉴权威机构——英国高等教育质量保证局(Quality Assurance Agency for Higher Education,QAA)历时9个月的全面素质评鉴(Institutional Quality Audit,IQA)。2018年4月16日,澳门科技大学举行 “国家教育部人文社科重点研究伙伴基地及联合实验室揭牌仪式”,四所伙伴研究基地分别是:(一) 与复旦大学信息与传播研究中心伙伴基地共建澳门传媒研究中心;(二) 与中国海洋大学海洋发展研究院伙伴基地共建澳门海洋发展研究中心;(三) 与中南财经政法大学人文社科重点研究基地共建澳门知识产权研究中心;(四) 与广州中医药大学共建中医药防治肿瘤转化医学研究联合实验室。2018年7月20日,澳门科技大学获得国家科技部批准成立月球与行星科学国家重点实验室。2018年11月23日,澳门科技大学、中山大学、香港大学三方签署协议,共同建立粤港澳空间科学联盟。2019年1月18日,澳门科技大学牵头与香港理工大学、华南理工大学、广东省物流行业协会、香港运输物流学会、澳门运输物流学会联合发起成立粤港澳大湾区物流与供应链创新联盟。2019年3月1日,澳门科技大学健康科学学院更名为澳门科技大学医学院,学院开设澳门首个“内外全科医学学士学位”课程。2019年3月22日,澳门科技大学联合广东省新一代通信与网络创新研究院、香港中文大学、香港中文大学(深圳)、华南理工大学、广东工业大学、北京大学深圳研究生院、东莞理工学院、中国联通研究院、中国电信战略与创新研究院共同发起成立粤港澳大湾区多边共治网络技术联合实验室。2019年5月27日,澳门科技大学与珠海市人民政府签署框架合作协议,在创新教育、前沿科技、优质医疗与医学研究、医药与健康产业、下一代互联网、空间大数据、人工智能、航空航天、优秀文化传承、青年创新创业创造等领域开展深度合作,双方还将在珠海横琴新区共同建设澳门科技大学珠海研究院(总部)、中药质量研究国家重点实验室(分部)和月球与行星科学国家重点实验室(分部)。2019年7月2日,澳门科技大学等27所中国高校联合成立中国高校行星科学联盟。根据2017年8月学校官网信息显示,学校有讲座教授、教授、特聘教授、副教授、助理教授等数百人,大部分教研人员拥有博士学位,同时具有在世界知名大学或研究机构的工作或学习经验。除了既有的师资队伍以外,大学也特聘一批名师,包括中国科学院院士、中国工程院院士、台湾中央研究院院士、美国医学科学院院士、世界高被引科学家等顶尖学者。2016年,美国汤森路透集团(Thomson Reuters)公布了2016年度全球高被引科学家名单 “Highly Cited Researchers 2016”,澳门科技大学李志武教授和李颂孝教授分别在工程学和数学领域成功入选, 成为澳门地区入选人次最多的高校。2018年11月27日,美国科睿唯安(Clarivate Analytics)公布2018年度全球高被引科学家(Highly-Cited Researchers)名单,澳门科技大学资讯科技学院李志武教授、周孟初教授、李颂孝特聘教授、周勇特聘教授在工程学和数学领域成功入选,澳门科技大学澳门药物及健康应用研究院王俊教授在生物及生物化学领域成功入选。