阿富汗北部同乌兹别克斯坦和土库曼斯坦边界上的阿姆河和昆都士河部分河段有通航能力。20世纪50年代,苏联帮助阿富汗在阿姆河上修建了 3个港口,分别是谢尔汗班达尔港,塔什葛扎尔港和达格拉罗萨港。其中,谢尔汗班达尔港最重要,70年代初,这个港口曾得到扩建。据美国中情局估计,2001年,阿富汗水运线总长约1200公里。阿富汗有两家航空公司。阿利亚纳航空公司实力较为雄厚,主要经营国际航线。已开通至巴基斯坦、伊朗、阿联酋、印度、土耳其、德国、俄罗斯、阿塞拜疆、沙特、科威特和塔吉克等12条国际航线,2003年7月12日正式开通喀布尔至乌鲁木齐航线。