巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗,目前要根据患者的年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗。手术治疗又包括保守性的治疗和根治性的治疗,保守性的治疗主要是保留功能的治疗。