毁灭性捕捞,导致长江渔业资源渐渐枯竭,江豚食物严重匮乏。而捕捞工具,亦会直接造成江豚受伤、死亡。水电工程建设、围湖造田、采砂作业、疏浚航道等人类活动,对水生生物资源的影响同样巨大。多年的研究显示,长江四大家鱼的繁殖需要一定的涨水过程,洪峰是四大家鱼繁殖的必要条件;三峡水库蓄水后,宜昌段的涨水时间、涨水次数较天然河道时有较大改变,而水温与水文变化,直接导致四大家鱼自然繁殖时间推迟与规模下降。水域污,数据显示,2009年,长江流域污水排放总量为333.2亿吨,比2003年增加21.9%,排污主要集中在太湖水系,洞庭湖水系,长江湖口以下干流,宜昌至湖口、鄱阳湖水系,宜宾至宜昌和汉江地区,占2009年排放总量的80.1%。据统计,我国长江沿岸分布化工企业,五大钢铁基地、七大炼油厂,以及上海、南京、仪征等石油化工基地。