辖区内有解放军303医院、广西医科大学第一附属医院、广西区人民医院、南宁市第一人民医院、广西中医药大学第一附属医院、广西骨伤科医院、广西防疫站等10多所广西最大、功能最齐全的卫生、医疗机构。2008年青秀区投入专项经费16万元购置医疗防护器材和药品;深入开展“清洁卫生进家庭”、除“四害”和爱国卫生月活动,群众参与人数达10多万人次;新型农村合作医疗参合率达93.7%,各项指标达标,超额完成南宁市政府下达的年度参合覆盖率85%的目标任务。2011年有医疗卫生机构28个,其中国有医疗卫生机构20个(城区15个,乡镇5个),集体医疗卫生机构2个,村卫生所46所,个体医疗诊所27所。卫生技术人员251人。医院病床260张(乡镇卫生院203张)。加新型农村合作医疗农民170.73万人,参合率94.39%,缴费512.21万元。投入基层医疗卫生机构补助经费951万元,5个乡镇卫生院和17个社区卫生服务机构全部实行国家基本药物制度。