南瓜根系发达、吸肥能力强,下种前需施足基肥,以腐熟有机肥为主,配合氮、磷、钾复合肥混合使用,以利南瓜茁壮成长;基肥有撒施和集中施用两种方法,撒施时一般是结合深耕进行,均匀撒施有机肥或复合肥以后,用螺滑犁反复耙2次,使肥料与土壤均匀混合。在肥料较少时一般采用开沟集中条施,将肥料施在播种行内即可。
南瓜生长期追肥以速效性氮肥为主,配合施用磷肥和钾肥,根据南瓜不同生育期所需合理搭配。苗期追肥以氮肥为主,目的是促进秧苗发棵;结果期不仅需供应充足的氮肥,同时要求磷、钾肥的及时补充,以保证果实充分膨大,并分别在南瓜开花前、幼瓜期、膨大期喷施壮瓜蒂灵,以提高植株吸水吸肥能力、促使南瓜快速膨大发育、高产优产;在南瓜开始采收后,为防植株早衰、增加后期产量,可追施少量有机肥。如果不收嫩瓜,而准备以收成熟瓜为主,后期不必追肥,只需要浇水和做好排涝措施即可。