编办的设置最早可追溯到新中国成立之初。从新中国成立初期到20世纪60年代,全国编制委员会、国务院编制工资委员会、国务院编制委员会的办事机构先后设在财政部、人事部和国务院人事局。1963年5月,国务院编制委员会改称国家编制委员会,下设若干处室,具体负责机构编制管理工作。1982年与有关部门合并组建劳动人事部,在其内部设立编制局,负责编制管理日常工作。1988年6月,国家机构编制委员会成立后,办公室设在人事部,日常工作由人事部中央机构编制司和地方机构编制司承担。
1991年,党中央、国务院决定设立中央编办,作为中央编委常设办事机构,负责全国行政管理体制和机构改革以及机构编制的日常管理工作,既是党中央的机构,又是国务院的机构。之后,地方也相应设立了编办,有的还实行单设。在2009年地方政府机构改革中,各级编办体制进一步完善,除个别与有关部门合署办公的省级编办外,绝大部分实现了单独设置,列入党委机构序列,同时也作为政府工作机构。到2011年底,省、市、县各级编办基本实现单独设置。
2018年2月,为加强党对机构编制工作的集中统一领导,理顺机构编制管理和干部管理的体制机制,党的十九届三中全会通过的《深化党和国家机构改革方案》明确,调整中央编办的管理体制,中央编办作为中央编委的办事机构,列党中央办事机构序列,归口中央组织部管理。此次地方机构改革要求,各级编办作为编委的办事机构,列党委办事机构序列,归口本级党委组织部管理。