裸子植物的种皮由外层、内层(肉质层)、中层(石质层)组成。苏铁和银杏,外层的肉质层肥厚,成熟时具色素;许多松柏类植物的外层不发达。内层一般趋向皱缩,在成熟的种子中呈纸状薄层,衬贴在中层里面。胚由受精卵发育成。由胚芽、胚轴、子叶、胚根组成。裸子植物的胚沿种子的中央纵轴排列,不同种类种子,子叶数不同,为1~18个。常见为两个,如苏铁、银杏、红豆杉、香榧、红杉、买麻藤、麻黄等。裸子植物胚乳是单倍体的雌配子体,一般比较发达,多储藏淀粉或脂肪,也有的含糊粉粒。胚乳一般为淡黄色,少数为白色,银杏成熟的种子中胚乳呈绿色。