Elizabeth Greene在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地,并在那里产下一名男婴,黑色守望赋予其代号PARIAH(意为“贱民”,网上有人认为是Randall,但绝对不是),并将其从母亲身边带走(此孩子的命运暂且按下不表)。Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示,她在此期间没有成长发育,没有流汗,没有肌肉抽搐,甚至没有眨眼,处于完全静止的状态,好像在等待着什么。时间到了1989年,Raymond McMullen博士(雷蒙德·麦克马伦即游戏中用枪自杀的眼镜男)创立了GENTEC,并成为了黑色守望的下属研究机构,他认为黑色守望短视,认不清DX-1118病毒的价值,于是重启黑光计划,并将Elizabeth Greene转至GENTEC的研究中心,从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”Alex Mercer,以及后来成为Alex女友的Karen Parker(卡伦·帕克,即游戏中的金发OL)。之后,黑色守望发现GENTEC重启了禁忌的实验,意图弹压,此时的Alex Mercer为了将这个对人类危害极大的秘密计划大白于天下,在Karen Parker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离,却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的Alex Mercer摔碎了瓶子释放了病毒,自己也被当场射杀。由于是在车站,当时就有许多市民被感染,曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。Alex Mercer在车站被射杀的时候就已经身亡,接下来在停尸房醒过来的,大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类,它是破碎瓶中的病毒沾上Alex尸体之后对其外形及性格的继承,游戏标题“原型体”也指的是他。在游戏的某关,也可以听到将军的话:“不!已经不能用'他'来称呼!应该是'它'!”后来的电话中,也可以看到Alex和他的“合作者”的对话:“啊…你已经不是人类了,你是黑色守望者的病毒而已。”至于前文提到Elizabeth Greene等待的东西,即是“原型体”对她的释放,而Greene的台词"I am your mother"并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿,而是指原型体病毒来源于她。游戏越发展下去,游戏的内涵也就越明了:人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖,实在掩盖不住了,就不惜代价毁掉。而刚刚出生18天的病毒“Alex”却知道要保护某些东西:保护自己的“妹妹”,保护人类文明不被毁灭(游戏最后,曼哈顿就要被军方用核弹毁灭掉),不在重踏希望镇的悲剧。这些,不得不佩服剧情的编辑者。黑光病毒最初来自于希望镇实验的成功品,随着希望镇的陨灭,它与Elizabeth Greene一同销声匿迹了20余年,直到McMullen博士将其重新启用。整个计划本来进展的有条不紊,但还是泄漏了。得知如此危险致命的病毒与一直受非人折磨研究的Elizabeth Greene的Alex Mercer决心将此事曝光天下,但却不幸成为了黑色守望与GENTEC的牺牲品。最后Alex Mercer被逼无奈将病毒摔在地上,惊怒之下的黑色守望士兵枪|杀了Alex,但是他们没注意到Alex倒在了碎掉的病毒上。Alex最后在黑色守望的停尸房里醒来,迅速逃出去后发现病毒已经感染了他,不过他却仍然清醒,且外形没有多大改变。之后在一次次战斗中解锁黑光病毒的种种神奇的能力——将身体部分改造成武器,特殊的视野以及行走滑翔于高楼大厦之间的能力。不过,虽然大部分黑光病毒是被Alex吸收的,还是有一小部分传了出去,经过一传十,十传百的感染,形成了庞大的感染者帝国,有像丧尸的普通感染民众,强壮善弹跳的爬行者等等。这个感染者帝国渐渐可以与黑色守望抗衡,甚至在游戏后期可以压制。而黑色守望的原型体——Alex Mercer,行走于感染者与黑色守望之间,与他们保持既是敌人也有时是同盟的诡异关系。因为Alex的意识较其他感染体完整的且外表和人类一样,所以可以被认为是人类;但是他同时也是黑光的感染原型体,所以说他是感染者也不为过。