为了达到更佳的效果,蛋白质分离器必须同时配合使用臭氧机。水中也含有一些蛋白质分离器所不能分解的物质,包括血浆蛋白之类的蛋白质,以及氨基酸中蛋白素的某些成分。通常蛋白质分离器只能清除30%到50%的物质。若要蛋白质分离器愈活跃,它所需要的动力就愈多。有了动力的输入及表面的扩大,除了蛋白素的结合之外,还可产生其他的作用。首先,一个非常有利的因素,就是大量的氧气会注入水中,这些氧气可以促进细菌分解残渣。但是,这项作用也会除去水族箱中的二氧化碳,也会因为碳酸盐硬度下降,并使得pH值升高。由于不同气体,也就是二氧化碳和氧气的密集交换,使得反应接触点部分的氧气含量极高,因而导致铁、钼和锰之类的主要微量元素在水面之外被氧化掉。此外,对于单细胞虫黄藻的影响也十分重大,其用来保存微量元素的凝胶,会因为这种反应而解体。而蛋白质分离器所排放的净水充满了丰富的氧气,只含有少量的二氧化碳、微量元素和维生素,所以在使用蛋白质分离器,必须适当地添加这些物质。然而,这也可能会产生特殊的困难,尤其当蛋白质分离器必须额外地依靠臭氧来工作时,则上述反应都会更加增强。