《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前,那时候,李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭;巫后还是襁褓中的婴儿,而剑圣,则还没有拜入蜀山修仙……事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌,封印被解除开始的,但是,更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手,一直难分胜负,两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗,一较高下,飞蓬碍于神界天规而犹豫再三,最终经不起重楼诱惑而答允。两人势均力敌,比试旷日持久,最终惊动了天庭,天帝派兵捉拿飞蓬问罪,飞蓬因感知到追兵将至而分心,佩剑被重楼打落人间而落败……