医院设有心血管内科、消化内科、肾内科、神经内科、呼吸内科、内分泌代谢科、血液内科·风湿免疫科、内分泌代谢科干部病区、神经内科干部病区、干部综合病房一区、干部综合病房二区、重症医学科一病区、认知睡眠中心(多动症专科门诊)、胃肠•外周血管外科、肝胆腺体外科、泌尿外科、骨科、心血管外科•胸部外科、神经外科、普通外科•小儿外科、麻醉科、重症医学科二病区、整形美容激光中心、疼痛科、妇科门诊、妇科一区、妇科二区、产科、生殖医学与遗传中心、儿科、眼科、视光科、耳鼻咽喉科、口腔科、口腔颌面外科、中医骨伤科、中医科、康复科、推拿科、针灸科、康复医学科儿童康复室、康体保健医疗中心、高压氧科、康复医学科假肢矫形部、营养科、放射科、检验科、输血科、病理科、超声科、心电诊断科等临床与医技科室。医院已经实现一院三区的服务功能,其中桃源院区要建成广西疑难危重症救治中心,挂牌广西医学科学院;东院区要建成国家区域性医疗中心,邕武院区要建成国家级重大疫情救治基地。