1937年7月改为国立厦门大学,并内迁福建省长汀办学。1937年7月6日,著名物理学家、清华大学教授萨本栋博士任厦门大学校长。1937年9月4日,由于日军侵犯厦门,学校迁鼓浪屿;11月间,学校定出迁汀计划;12月24日,开始迁移;于1938年1月12日安全抵达。5月间,厦门大学校舍被被日寇炸毁。在闽西长汀期间,师生克服重重困难,坚持教学,学校规模不断扩大。到抗日战争胜利时,厦门大学设置文、理、法、商4个学院、15个系,学生从300多人增加到1000多人。1945年9月19日,国民政府行政院任命汪德耀博士为国立厦门大学校长。1946年6月迁回厦门,长汀各界在体育场举行欢送大会,赠送大匾额一块,上刻“南方之强”四个大字。迁回厦门以后,陆续增设海洋系、国际贸易系和法律系的司法组,学生增至1600多人。1949年1月31日,前校长萨本栋在美国逝世,按其遗嘱将骨灰安葬在厦门大学校内。1949年10月17日,厦门解放,厦门市军管会于10月20日委派军代表吴强、肖枫接管厦门大学,组建新的厦大党支部。1950年5月,中央人民政府任命王亚南为厦门大学校长。1951年,原省立福建农学院并入厦大,改成厦门大学农学院,原私立福建大学的政治、法律、经济三系并入厦大。1952年,全国高等学校院系调整期间,厦门大学海洋、电机、土木、机械、水利、航空等大部分工学系科、专业分别并入山东大学、浙江大学、南京大学、清华大学、同济大学、华东师范大学、福州大学等院校。