建成国家工程实验室2个,国家级国际联合研究中心1个,省级重点实验室3个,省部共建工程实验室1个,省部级工程技术研究中心3个,省哲学社会科学重点培育智库1个,省级重点研究基地2个,江苏高校哲学社会科学重点研究基地2个,江苏高校人文社会科学校外研究基地1个,江苏省厅局共建科研机构6个,江苏省首批中国特色社会主义理论体系研究基地1个。2个江苏省重点实验室:电子商务实验室、粮油品质控制及深加工技术实验室。1个省级重点研究基地:江苏产业发展研究院。2个江苏高校哲学社会科学重点研究基地:粮食安全与战略研究中心、公共财政研究中心。12个省级重点实验室:电子商务实验室、粮油品质控制与深加工技术实验室、科研院所、江苏产业发展研究院、高等教育研究所、粮食经济研究所、企业发展战略研究所、国际经济法研究所、WTO 研究中心、南京都市圈研究中心、中国粮食流通管理培训中心、科技开发部。馆藏资源图书馆藏书体系覆盖哲学、社会科学、自然科学和工程技术各学科门类,纸本文献总量196.81万册。收藏南京财经大学有《古今图书集成》、《四库全书》、《宛委别藏》、《续修四库全书》、《四部丛刊》、《民国丛书》等大型丛书,《申报》、《民国日报》、《中央日报》、《大公报》及解放前《新华日报》、《解放日报》影印本等特种文献。每年采购中外文新书约2.3万种,年订购中外文纸质期刊约1500种、各种报纸百余种。学术刊物《产业经济研究》为全国第一本产业经济领域的专业学术期刊,并入选CSSCI来源期刊;《南京财经大学学报》已为中国人文社会科学核心期刊、全国优秀社科学报、江苏省一级期刊。