华中科技大学同济医学院2000年5月26日,同济医科大学与华中理工大学、武汉城市建设学院合并,共同组建华中科技大学,直属教育部,实行四部一省共建的办学体制。2000年6月16日,华中科技大学同济医学院成立并挂牌;建立华中科技大学同济医学院委员会。2006年9月25日,华中科技大学成立华中科技大学医科管理委员会,华中科技大学校长兼任委员会主任。同济医学院从此虚体化,华中科技大学校方整合同济医学院告一段落。2007年5月20日,同济医学院举行100周年院庆活动。2010年,成为首批10所教育部、卫生部共建高等学校医学院(部,中心)之一。2019年12月,中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医学院校科技量值报告》,华中科技大学同济医学院综合排名位列前10位。