1892年,俄国不顾清军在此已增设哨所而大举南侵,强占了中国清朝新疆西南萨雷阔勒岭以西两万多平方公里的领土。其实中国与中亚国家的边界问题,其最根本的源由就是清后期与沙俄签定的一系列割地赔款的不平等条约中遗留下的。1880年代左宗棠抬棺率兵收复整个新疆,清朝和沙俄签定边界协议,按协议是山口往南的垂直直线划线,后来沙俄在原有割地基础上又侵占2.8万多,一直不还。十月革命后,列宁有心归还所有不平等条约中侵占的一切中国领土,但由于中国长期处于内斗内战中,外有列强侵略,此愿未能达成,而后斯大林并不执行列宁此项遗愿,归还领土一事不了了之。而不包含在条约中的被占领土也就一直悬而未决。 根据《中俄伊犁条约》而签订的《中俄续勘喀什噶尔界约》,将帕米尔西部割让给沙俄(见沙俄侵占帕米尔事件)。二十一年沙俄又在英国默许下,违约侵占萨雷阔勒岭以西中国领土。清政府对此提出了多次抗议,但由于1894年中日战争爆发,无暇西顾,沙俄乘机要求清廷默认这一非法占领。当时的清政府,即使在被日本弄得焦头烂额的情况下,对此也未予承认。沙俄从此也就不再理会,一直霸占该地。但以后历届中国中央政府都不承认。 清朝对新疆的经营,无论是规模和范围皆远胜从前历代,社会经济得到前所未有的进步和发展。