晋太康三年(282年),境域隶晋安郡同安县辖,南朝宋泰始四年(468年)析晋平郡晋安县地,七年复为晋安郡。梁天监元年(502年),析晋安郡置南安郡,境域属之。隋开皇九年(589年),改南安郡为南安县,境域仍属之。唐贞元十九年(803年),析泉州南安县西南4乡置大同场,今翔安区境域划为绥德乡翔风(含金门)、民安2个里,隶大同场辖。五代后唐长兴四年(933年),王延钧称帝后,升大同场为同安县,今翔安区境域隶属之。宋,今翔安区境域属平海军同安县辖。元,今翔安区境域属泉州路同安县辖。明,今翔安区境域隶泉州府同安县辖。清乾隆四十年(1775年),置马巷厅始,至清末今翔安区境域直隶泉州府马巷厅。民国元年(1912年)废马巷厅,今翔安区境域复归同安县。民国3年(1914年),析翔风里之大嶝岛、小嶝岛、大金门、小金门置金门县,上隶于厦门道。民国17年(1928年),今翔安区境域直隶于福建省同安县。民国22年(1933年)11月至民国23年(1934年)1月,福建事变时改隶中华共和国人民革命政府兴泉省同安县。民国23年(1934年)1月后,隶于福建省第五督察区同安县。民国24年(1935年),改隶于福建省第四专员公署同安县;至1949年9月。民国24年(1935年),今翔安区境域(不含大嶝、小嶝)区划为同安县第二区(驻马巷),辖第10~17办事处,14联保、166保隶属同安县管辖,大嶝、小嶝隶属金门县辖。民国26年(1937年)10月25日,日军占领金门,金门县政府迁往大嶝设立办事处,大嶝、小嶝仍隶金门县辖。民国32年(1943年),撤区建乡设保,今翔安区境域(不含大嶝、小嶝)置1镇5乡(马巷镇、民石、仁风、振南、侯牧、公安乡),民国33年(1944年),区划调整,今翔安区境域(不含大嶝、小嶝)置1镇3乡(马巷镇,民安、翔风、公安乡),隶同安县辖,大嶝、小嶝隶金门县辖,直至境内解放。1949年9月,解放初期,今翔安区境域(不含大嶝、小嶝)暂沿旧制,隶同安县辖,上隶于华东军政委员会福建省第五行政督察专员公署。1950年7月,改上隶于泉州行署(后改称晋江专区)。1949年9月隶属于华福建省第五行政督察专员公署,管辖泉州、莆田、厦门等。1950年7月,改属福建省泉州行政督察专员公署,管辖泉州、莆田、同安县等,后改名为晋江专区。1958年10月,从晋江专区划出改隶于厦门市。1970年8月,再划归晋江地区,1973年9月,归隶厦门市至今。1949年10月,大嶝岛、小嶝岛解放;1950年4月设立区公所,属金门县;1951年由南安代管。1950~1951年,今翔安区境域(不含大嶝、小嶝)置马巷镇、第五区(驻马巷)、第六区(驻曾厝),隶同安县辖。之后,境内区划多次调整变更,上隶晋江专区同安县辖不变。1958年10月,隶于厦门市同安县。1970年8月,今翔安区境域(不含大嶝、小嶝、大帽山国营农场)复上隶于晋江专区同安县辖。1971年3月,南安县析出大嶝公社及石井公社莲河、霞浯2个大队(今属翔安区大嶝街道和新店镇)划入同安县。1973年9月,今翔安区境域又划归厦门市同安县辖。1997年05月01日起,撤销同安县,设立同安区,今翔安区境域隶厦门市同安区辖。2003年04月26日起,国务院批准设立厦门市翔安区,直隶厦门市辖,下辖原同安区东部的5镇(大嶝镇、新店镇、马巷镇、内厝镇、新圩镇),共6个居委会、103个村委会。2003年10月19日起,翔安区正式挂牌成立。2003年12月18日起,大帽山农场划为翔安区辖,为翔安区直属全民所有制企业。2005年,撤销大嶝镇,设立大嶝街道。2007年年底,翔安区隶直厦门市辖,下辖1街(大嶝街道)、4镇(新店、马巷、内厝、新圩)、1场(大帽山农场),有81个社区居委会,30个村委会。