1927年11月,筹设社会科学研究所,并于1928年5月正式成立,下有法制组、民族组、经济组、社会组,前两组在南京,后两组在上海。1928年6月9日,在上海成立的国立中央研究院(简称中研院,拉丁文译名Academia Sinica)在上海成立,是为“中华民国最高学术研究机关”,是中国历史上第一个真正意义上的“科学院”(academy),直属于南京国民政府,首任院长蔡元培。创办中研院的主要成员是中国科学社社员,因此,中研院成立后继承了中国科学社在国际上作为中国科学界官方代表的地位。1934年7月,中华教育文化基金董事会之北平社会调查所并入该所,1945年改称社会研究所。1928年,历史语言研究所(简称史语所)成立。年初,大学院中央研究院筹备委员傅斯年向大学院院长蔡元培建议设置历史语言研究所。3月,中研院于广州中山大学筹设历史语言研究所,聘傅斯年、顾颉刚、杨振声三人为常务筹备员。7月,正式成立,由傅斯年代行所长职务。10月22日,迁入广州柏园,始有独立所址,后经议定,以此日为所庆纪念日。初在广州,分设史料、汉语、文籍考订、民间文艺、汉字、考古、人类学及民物学、敦煌材料研究等八组。1929年,院址迁往北平,将原设八组归并为三个学术组,一为历史学组,从事史学及文籍考订;二为语言学组,从事语言学及民间艺文;三为考古学组,从事考古学、人类学及民物学,并分别聘请陈寅恪、赵元任、李济为一、二、三组主任。九一八事变(1931)后由北平迁上海。1934年,中研院在南京之建筑陆续竣工,史语所亦由上海迁至南京。同年5月增设人类学组。中日战争期间,史语所先迁湖南长沙,继迁云南昆明,最后定居于四川南溪县李庄之板栗坳。1946年,迁回南京,继续推动各项研究工作,并接收北平东方文化研究所及近代科学图书馆图书,成立“北平图书史料整理处”。1948年3月,召开年会,选举确定了81名中央研究院第一届院士,其中人文组院士28人,占到院士总数的三分之一强。在中央研究院1948年评选出的第一届81位院士中,人文组院士达28位,占到院士总数的三分之一。1949年9月27日,中国人民政治协商会议第一届全体会议一致通过《中华人民共和国中央人民政府组织法》。据此,在政务院之下设科学院,行使管理全国科学研究事业的政府行政职能。科学院与文化部、教育部、卫生部、出版总署等部门同受政务院文化教育委员会的指导。10月19日,中央人民政府委员会第三次会议任命文学家、考古学家、历史学家、原中央研究院院士郭沫若为中国科学院院长。