只有极少部分的囊肿有可能对身体产生影响,原因是体积过大产生占位效应,有的引起脑积水,有的可能产生癫痫等,这类的患者则视病情进行手术治疗,手术方式主要有蛛网膜囊肿造瘘或者分流,手术方式比较成熟。早期的蛛网膜囊肿剥离术由于创伤过大目前已基本不再采用。手术的主要目的是减少囊肿体积,可以达到缓解症状的效果,但并不会让囊肿的所有结构全部消失。