2003年教育部批准学院与西安电子科技大学开展联合培养密码学硕士学位研究生工作,2004年学院开始与西安电子科技大学联合招收全国统考硕士学位研究生,2011年学院与西安电子科技大学签订了增补专业联合培养硕士学位研究生协议,联合培养学术性研究生学科在单一的密码学基础上增加了通信与信息系统、计算机应用技术两个学科。