大孤山古建筑群分为上庙、下庙。上庙由药王殿、玉皇殿、真武庙、圣水宫、龙王殿、佛爷殿、三霄娘娘殿、一层楼、观海亭和佛塔组成。下庙由吕祖亭、天后宫、关帝殿、财神殿、文昌宫、大雄宝殿、地藏殿、观音殿、天王殿和古戏楼组成。一条中轴线贯穿圣水宫、天后宫和古戏楼,使上、下庙既互为映衬,又连为一体。而且建筑技艺更加精湛,雕梁画栋,垂脊飞甍,斗拱雀替,砖雕壁画,呈现出一派大气磅礴的民族建筑风采。