黑山研究所是“层叠共振实验”的基地,通过“心灵传输”的技术,人类意外发现了与我们相邻的一个世界,也就是刚才提到的Xen。 2000年发生了著名的黑山事件。为了将试验进行到底,Xen很自然的成为了一个中间站,一些勘探小组被送往这个世界采集实验所需样本。然而,科学家们背弃了所谓的社会道德,进一步对样本进行决定性的测试。他们放弃了先前以Xen为中心的研究计划,并切断了与勘探小组的联系。Gordon’s Sponsor,这个神秘的人物似乎已预见到未来事件的发生,于是他引导Gordon穿着HEV进入了实验室。当Freeman将样本推入光波的一瞬间,层叠共振发生。科学家们过度地对样本进行决定性实验,导致了地球与Xen两个空间的合并,大量的外层空间生物闯入了这个混合体之中。 黑山事件之后,地球上随处可见外空间生物。原先用于测试的实验室已经变成了心灵传输的中心,并缓慢的向外界发送一种波。这些波不断的向外延伸,并逐渐吞没了整个地球。尽管最后黑山研究所被摧毁,但灾难已经发生,外层空间的生物开始侵略地球,《半条命1》的情节开始。