伯咄、部渚泺、伯都讷是同一地名的不同汉译。今扶余县境唐朝为渤海国夫余府。辽代为宁江州混同县。金代为上京路隆州府利涉县和会宁府会宁县。元朝属辽阳行中书省开元路,是肇州通泰宁交通线上的驿站。明朝初年属兀良哈三卫蒙古族居地,后为科尔沁蒙古族游牧地。
努尔哈赤建立后金政权以后,进军讷尔浑(今伯都乡),在今扶余县伯都乡驻地设立官军队站,称伯都讷站。1692年(清康熙三十一年),移吉林副都统于伯都讷,称伯都讷副都统。1726年(清雍正四年),置长宁县。1737年(清乾隆二年),改设州。1747年(清乾隆十二年),改设巡检。1810年(清嘉庆十五年),置伯都讷厅。1906年(清光绪三十二年),撤厅升府,更名为新城府。1913年(民国二年),改新城府为新城县。1914年(民国三年),因与河北等5省新城县同名,改称扶余县。“扶余”二字便是沿用古夫余国名。但古夫余国都城和渤海国夫余府驻地,均不在今扶余县境内,而在今农安镇,扶余县地域仅为当年的夫余国属地而已。
1987年撤销扶余县,设立扶余市(县级)。1992年撤销扶余市,设立松原市(地级),将原扶余市改设扶余区。因扶余县这一名称在国内外具有很高的知名度,又因“区”与“县”的行政职能的区别,全市上下对恢复扶余县有迫切要求。市、区人大多次提出议案,要求恢复扶余县。1995年撤销扶余区,恢复扶余县,县人民政府驻地改设三岔河镇。另设宁江区,辖原松原市街区及周边地区。