民进党成立后,党内又形成“美丽岛系”和“新潮流系”两大派系。1996年3月“领导人”大选失利后,“美丽岛系”逐渐没落瓦解。现在民进党内的主要派系有:“正义连线”,是陈水扁1992年初创立的,领军人物除陈水扁外,还有民进党政策会执行长沈富雄等人;“福利国连线”,谢长廷、张俊雄都属该派系;“新动力办公室”,许荣淑为龙头;“台独联盟”,是海外“台独联盟”1991年返台后集体加入民进党而形成的派系,目前负责人是李应元。(以上四个派系于去年组成一个松散的新组织,称为“主流联盟”);“新潮流”系,该系以纪律严明而被称为党内“一支正步走的军队”,龙头人物有吴乃仁、邱义仁、“立法委员”洪其昌等人;“新世纪办公室”,以民进党大老张俊宏为首。