墨西哥兔唇蝠和南兔唇蝠的回声定位信号属于短恒频/调频(CF/FM)型,而两种食鱼的鼠耳蝠的回声定位信号为调频(FM)型。鱼游动在水面产生的细小波纹或露出水面的背鳍,均可引起食鱼蝙蝠的超声波回声发生细微变化,食鱼蝙蝠能根据这些变化准确发现目标。食鱼蝙蝠抓捕猎物时,后足伸入水中划行一段距离。
有关食鱼蝙蝠捕鱼行为的起源,目前的观点还不统一。有的学者认为最初食鱼蝙蝠的祖先由于能量需求进化出食鱼习性,因为捕食一条小鱼所获得的能量与大量昆虫的能量相当,因此有些食虫蝙蝠逐渐进化出食鱼习性。也有的学者认为食鱼蝙蝠由经常在水面捕食昆虫的蝙蝠进化而来。食鱼蝙蝠的祖先在水面追捕昆虫时,或取食水面漂浮或浮游的昆虫,这些蝙蝠偶尔也捕获跳出水面或浮游的小鱼。由于小鱼较昆虫有更高的营养,因此它们逐渐倾向捕食小鱼。
中央电视台《探索发现》栏目立项拍摄马杰对食鱼蝙蝠的研究过程。