将输尿管镜向输尿管走行方向插入5mm左右,然后输尿管镜旋回正位,即进入输尿管,在输尿管导管的引导下顺着输尿管走行,将输尿管镜推入至输尿管结石所在部位。对输尿管结石,可使用气压弹道碎石器或者钬激光击碎。碎石完毕后用套石篮将碎石取出,并置入输尿管支架管。输尿管软镜操作需要置入输尿管软镜鞘,软镜的操作略难于硬镜,其他步骤同输尿管硬镜检查。
输尿管镜在手术过程中可能出现麻醉风险,由于输尿管镜术中的暴力操作或患者先天性的输尿管狭窄,术中会对输尿管进行一定的扩张,在术中易出现输尿管穿孔、输尿管撕裂,甚至严重者出现输尿管断裂的并发症。而输尿管扩张术后会导致输尿管的瘢痕愈合从而导致输尿管狭窄,任何经尿道的手术操作包括输尿管镜均会出现泌尿系感染等风险。