帕米尔高原的伊斯梅尔·索莫尼峰是全国最高点,海拔为7495米。群山上那些冰川和积雪融化时,形成了条条奔腾不息的河流。北部山脉属天山山系,中部属吉萨尔-阿尔泰山系,东南部为冰雪覆盖的帕米尔高原,最高的为共产主义峰,海拔为7495米。北部是费尔干纳盆地的西缘,西南部有瓦赫什谷地、吉萨尔谷地和喷赤谷地等。大部分河流属咸海水系,主要有锡尔河、阿姆河、泽拉夫尚河、瓦赫什河和菲尔尼甘河等。水力资源可观。湖泊多分布在帕米尔高原。喀拉湖最大,为盐湖,海拔3965米。