1949年10月,肇源县委、县政府决定建立肇源县第一所初级中学--省立肇源中学。经过半年的筹建(人员配备和校舍建设)工作,确定1950年4月10日为开校日。学校的第一个校址在肇源二中院内,县委书记任国栋兼任校长,教导主任于国安负责学校的日常工作,任羽任工会主席兼语文教员,王谦任数学兼体育教员,白保田任历史和地理教员,刘机锋教物理,王树五管总务。任国栋兼校长赠给一面锦旗作为校训。1950年春招生100人,52年毕业。1956年肇源一中开始招收首届高中生两个班62名学生,改由肇源县领导,逐步成为6年制初、高级中学,1959年由于建立了肇源二中,肇源中学改校名为肇源县第一中学,校址在今三中。文革开始后,黑大等高校学生返校造反,该校高中学生也相应造反,多名教师被揪斗,仅黑帮队就达十人,一名教师自杀,学校停课,学校教学设施被砸烂,1968年肇源一中解体,教师被发配到全县各乡镇。1972年在现肇源县五中处重建肇源一中,但这时只是一所初、高中各二年的四年制的普通中学。1978年县委、县政府决定恢复肇源一中,同时确立肇源一中为重点中学,该年通过全县统考,招收高一、高二两届高中生分别于1979、1980年毕业。1981年开始改为初中高中各三年学制。1986年迁至西门外现今地址,变为三年之纯高中。