公共卫生由於乙未战争期间,日军因罹患传染病死亡者甚多,殖民当局始终重视台湾的公共卫生情形。日治初期,台湾总督府於全台各地广设卫生所,从日本引进医生治病与抑止传染病爆发。但不兴建大医院,而以公共卫生与小型卫生所为主轴的医疗体系,彻底减少疟疾、鼠疫、结核病的发生率。事实上,此种医疗体系至1980年代之后,才逐渐改观。在硬体设施方面,总督府则进行不少公共卫生工程建设,如聘请了英国人巴尔顿(William K. Burton)来台设计全台湾的自来水与下水道。另外,拓宽街道、设立骑楼与春、秋季强制扫除、家屋须辟窗以利空气流通、患病者须强制迁离至隔离医院、预防注射等措施,也对公共卫生有所助益。除此,为了扎下根基,台湾总督府则从公共卫生教育著手。一方面借重公学校教育体系与警察力量,教导台人卫生观念,使一般民众具有现代卫生的观念。另外一方面则於台北帝国大学内设置热带医学研究所及订定护理人员的升学制度等。该计划培养不少公共卫生医学人才并增加台湾於公卫方面的研究与改进机会。1905年,日治时期的台湾实施首次户口普查,台湾原住民中,几乎已归化为汉人的平埔族占全部人口的百分之1.53%(45馀万人),其馀原住民族群则约为1.2%(30馀万人)而台湾总督府著重的是后者,非平埔族的三十馀万原住民。因为日本政府对於台湾原住民事务定义为「未曾有过,及无任何系统的经验与文化」的民族政策,因此比其他的台湾政策更为慎重与深入,而这些对策即称为理蕃政策。以多纸总督府令替代适用於台湾原住民民刑法的该政策走向,大约可与台湾总督府统治台湾的基本精神分为讨伐为主的「始政镇压」与怀柔为主的「教育同化」及皇民化运动等三阶段。1936年,台湾总督府将对於台湾原住民的蕃人名称改为高砂族,同时,并对原住民开始实施与台湾汉人相同的皇民化政策,自此,不具名却存在的理蕃政策才改以皇民化政策取代。虽是如此,后期内地延长化极端表现的原住民政策,仍可视为以日本本国利益优先的理蕃政策一部分。