公元前195年,燕地的豪族卫满叛汉东来,投靠朝鲜,并得到了朝鲜王箕准的信任。然而卫满怀有取而代之之心,设计夺取了箕准之位。这样,“箕氏朝鲜”就为“卫氏朝鲜”取而代之了。卫氏得国不正,国祚也不长远,公元前108年,汉武帝出兵灭卫氏朝鲜,在其旧地设置四郡(乐浪郡、玄菟郡、真番郡、临屯郡),古朝鲜之地成为汉朝直接管辖的郡县地区,古朝鲜的历史也就此结束了。
由于早期史料的匮乏,对于古朝鲜的历史并不是没有争议的。在《朝鲜世宗实录·地理志》中就出现了三个古朝鲜:“唐尧戊辰岁,神人降于檀木之下,国人立为君,都平壤,号檀君,是为前朝鲜。周武王克商,封箕子于此地,是为后朝鲜。逮四十一代孙准,时有燕人卫满亡命,聚党千人,来夺准地,都于王险城(即平壤府),是为卫满朝鲜。”其中说到的“檀君”,传说为天上下凡的天神庶子桓雄大王与熊女所生,是古朝鲜的开国君主,他于公元前2333年定都平壤,“御国一千五百年,后入阿斯达为山神,享寿一千九百零八岁”,故而早就被质疑“檀君立国千余年之间,无一事可纪者,而独于涂山玉帛之会,称以遣子入朝。其假托附会,诚亦无足言者矣”。虽然现代朝鲜与韩国都认可檀君朝鲜的存在,甚至宣布在平壤发现了檀君墓;但直到20世纪70年代朝鲜民主主义人民共和国科学院历史研究所编撰的《朝鲜通史》与20世纪80年代汉城大学教授李元淳主编的《韩国史》之中,仍旧未见关于“檀君朝鲜”的论述。