华南师范大学南海校区的前身是南海学院。2000年8月16日,华南师大与南海区(原南海市)政府签署《华南师范大学与南海市共建华南师范大学南海学院协议书》,始建南海学院。南海学院是一所以公办新机制运作、华南师大的直接二级学院,2001年9月正式招收第一批大专层次的学生。南海校区占地面积34万多平方米,建筑面积24万平方米,最大可以容纳7000多名学生。2003年,南海学院开始招收第二批本科层次的学生。2004年6月,华南师范大学第十三次党代会明确把南海学院定位为学校三校区(石牌校区、大学城校区、南海校区)之一进行建设,进行校区第一轮改革。同年9月,广东省政府、广东省教育厅在办学性质上明确界定南海校区为公办性质的学校。2005年,广东省教育厅把南海校区从第二批本科招生提升到重点本科招生,招生代码单列。2006年,南海校区与华南师范大学用统一招生代码招生。2013年4月12日,学校正式启动南海校区第二轮综合改革。