隋代,境内中部属曹州,北部属濮州,东北部属郓州,东南部属戴州,南部属宋州。唐代,境内属河南道。五代十国时期,境域分属曹州、濮州、郓州、宋州、单州。北宋,境内初属京东路。元代属中书省。明代,境内大部属山东承宣布政使司所辖的兖州府,西部和北部各有一部分,个别属京师大名府和山东布政使司所辖的东昌府。明洪武元年(1368年),因水患将曹州迁徙安陵镇(今牡丹区大黄集镇安陵集),次年又迁至盘石镇(今曹县城)。洪武四年(1371年)降曹州为曹县。明正统十年(1445年),复置曹州,领两县。清雍正二年(1724年)曹州升为直隶州。雍正十三年(1735年),曹州升为府,辖1州10县。中华民国初期,境内除东明县属直隶省外,其他全属山东省。民国三年(1914年)省、县之间增设道,境内大多数县属济宁道。民国十四年(1925年)10月22日,山东省将原4道增为11道,境内大部分县属曹濮道,东明县属直隶省大名道。民国十七年(1928年)废道制,东明县属直属河北省,其余县直属山东省。民国二十一年(1932年)南京国民政府规定省下设行政督察区,于菏泽设立山东省第二行政督察区,除东明县属河北省第十七行政督察区外,其余各县皆属之。民国二十七年(1938年)夏至民国三十四年(1945年)8月,中国共产党在境内建立了冀鲁豫第八、第十、第十一专区。解放战争时期,第八专区改为第二专区,第十专区改为第五专区,第十一专区改为第三专区,新建了冀鲁豫第七专区。民国三十七年(1948年)9月,菏泽全境解放。民国三十八年(1949年)3月,中国共产党在菏泽建立的冀鲁豫第二、三、五、七专区分别更名为临河、湖西、鲁西南、运西专区。同年8月,平原省建立,将临河、鲁西南、运西专区的部分县合并为菏泽专区,与湖西专区同属平原省。1952年11月,平原省撤销,菏泽、湖西专区归属山东省。原菏泽专区所辖的东明县划归河南省郑州专区。1953年8月20日,湖西专区撤销,单县、复程、成武、巨野划归菏泽专区,嘉祥、金乡、鱼台划归济宁专区,同时撤销南旺县,析入梁山和嘉祥县。1953年底,菏泽专区共辖10县:菏泽、鄄城、郓城、梁山、巨野、成武、定陶、曹县、单县、复程,菏泽市的区域基本形成。1956年3月6日撤销复程县,析入曹县和单县。1958年12月,撤销定陶县,析入成武和菏泽县;同时撤销菏泽专区,其所辖菏泽、鄄城、郓城、梁山、巨野、成武、曹县、单县等8县划归济宁专区。1959年9月,菏泽专区恢复,仍领原8县。1960年10月,改菏泽县为菏泽市,同时将济南市的平阴县划归菏泽专区。1961年3月,平阴县划归泰安专区。10月,恢复定陶县。1963年3月16日,改菏泽市为菏泽县。4月,东明县由河南省开封专区划归菏泽专区。同年底,菏泽专区共辖10县:菏泽、曹县、定陶、成武、单县、巨野、梁山、郓城、鄄城、东明。1967年3月改菏泽专区为菏泽地区。1983年9月,菏泽县再次改为菏泽市(县级)。1989年12月22日,梁山县划归济宁市。2000年6月10日,经国务院批准,改菏泽地区为菏泽市(地级),原菏泽市(县级)更名为牡丹区。清曹州府辖1州10县,即濮州、菏泽、定陶、城武、曹县、单县、巨野、郓城、范县、观城、朝城。范、观、朝3县和濮州部分地域,不在今境内;今境内的东明县当时属直隶省大名府;梁山县境当时属寿张县和汶上县,隶属兖州府;鄄城县境为濮州的一部分。中华民国民国三年(1914年)5月,山东省划为4道。今境属济宁道的有菏泽、曹县、定陶、单县、城武、郓城、巨野、汶上(部分属今梁山县);属东临道的有寿张(今梁山县境)、濮县(今鄄城县境);属直隶省大名道的有东明。民国十四年(1925年),山东省督办兼省长张宗昌将全省4道增为11道。曹濮道(治菏泽)辖8县,全在今境内,即菏泽、曹县、定陶、单县、城武、巨野、郓城、濮县(鄄城);东明县当时仍属大名道;梁山县境属寿张与汶上县,属济宁道。民国十七年(1928年),南京国民政府废道制,各县直属省。民国二十四年(1935年)1月,划菏泽、济宁等14县为乡村建设实验区,即山东省第一区,专署驻济宁。是年4月改称山东省实验区,6月再改山东省县政建设试验区。民国二十六年(1937年)山东省先后共建立7个区。第二区辖9个县,其中有今境内的菏泽、曹县、定陶、单县、城武、巨野、郓城、鄄城等8县,专署驻菏泽。东明县当时属河北省第十七区,今梁山县境属山东省第六、一区的寿张和汶上县。鄄城县于民国二十年(1931年)与濮县分治,黄河北岸境域属濮县,南岸境域属鄄城,至民国二十五年(1936年)又并入濮县。民国二十七年(1938年),山东省改划为17个区,当时属境内第十六区的县有菏泽、定陶、濮县;属第十一区的县有曹县、单县、城武;属第二区的县有巨野、郓城、寿张、汶上;东明县属河北省第十七区。自民国二十七年(1938年)夏至民国三十四年(1945年)8月抗日战争结束,境内建立了由中国共产党领导的3个抗日专区,即冀鲁豫第八、第十、第十一专区。在解放战争中,境域区划如下:民国三十五年(1946年)2月,区划有所调整,原冀鲁豫第八专区改为冀鲁豫第二专区。经过调整于年底辖6县,境内有郓城、郓北、郓巨、临泽、鄄城5县。至1948年2月,南华县由五专区划入,11月临泽县改称菏泽县,年底该专区共辖6县:菏泽、郓巨、郓城、郓北、鄄城、南华,全在境内。民国三十五年(1946年)2月,原冀鲁豫第十一专区改为第三专区。年底,该专区共辖11县,境内有单县、单虞、城武、巨南4县。民国三十五年(1946年)2月,原冀鲁豫第十专区改为第五专区。年底,该专区共辖10县,境内有东明、东垣、齐滨、曹县、复程、菏泽、定陶、南华8县。民国三十七年(1948年)3月,南华县由五专区划归二专区。11月,菏泽县改称安陵县。年底,该专区共辖8县,境内有东明、齐滨、曹县、复程、安陵、定陶6县。民国三十五年(1946年)1月,新建冀鲁豫第七专区,将原八专区所辖的南旺、昆山,原十一专区所辖的巨野、嘉祥、济宁和一专区所辖的宁阳划归七专区。经过几次调整,年底该专区共辖8县1市。民国三十七年(1948年)底,该专区共辖5县,境内有南旺、昆山、巨野3县。民国三十八年(1949年)8月,平原省成立,区划作了较大调整,撤销了冀鲁豫第二、三、五、七4个专区,建立菏泽专区和湖西专区,隶属平原省。调整后的菏泽专区辖8县,即菏泽、定陶、曹县、东明、鄄城、郓城、梁山、南旺。除南旺部分地域外,均在今境内。湖西专区辖7县,境内有单县、复程、城武、巨野。中华人民共和国1952年11月平原省撤销,菏泽、湖西两专区划归山东省,菏泽专区所辖的东明县划归河南省郑州专区。1953年7月,湖西专区撤销,所辖的单县、复程、城武、巨野划归菏泽专区,嘉祥、金乡、鱼台3个县划归济宁专区。同时,撤销南旺县,析入梁山和嘉祥。至1953年底,菏泽专区共辖10县:菏泽、鄄城、郓城、梁山、定陶、曹县、单县、城武、巨野、复程。1956年3月,撤销复程县,析入曹县、单县。1958年11月,撤销菏泽专区,将所辖的菏泽、鄄城、郓城、梁山、巨野、成武、单县、曹县8县并入济宁专区。同时,撤销定陶县,析入菏泽、成武两县。1959年6月,恢复菏泽专区,原并入济宁专区的8县复归菏泽专区。1960年1月,改菏泽县为菏泽市,2月原属济南市的平阴县划入菏泽专区。1961年2月,菏泽专区所辖的平阴县复归济南市,10月恢复定陶县。1963年3月,改菏泽市为菏泽县,是年4月,东明县复归菏泽专区。1983年9月,再改菏泽县为菏泽市。1985年12月,梁山县银山、豆山、斑鸠店、昆山、司里、大安山等6乡镇的全部地域及商老庄、戴庙2个乡镇的部分地域划入泰安市东平县。1989年12月22日,梁山县划入济宁市,原属济宁市嘉祥县的核桃园乡划归巨野县。至1996年底,菏泽地区辖菏泽1个市和东明、定陶、曹县、成武、单县、巨野、郓城、鄄城8个县,共有乡镇、办事处253个,居委会74个,村委会6426个,自然村13996个。行政公署驻菏泽市。