1771年,土尔扈特人在首领渥巴锡的带领下打败沙皇俄罗斯的阻拦从几千里外的哈萨克草原回归祖国。1840年的鸦片战争是中国近代社会的开端,鸦片战争以后,中国领土主权遭到列强的践踏,新疆各族人民反对外国入侵,反对分裂以及反对封建剥削压迫的斗争任务更为繁重。新疆同祖国的命运越来越密切。 第一次鸦片战争以后,位处祖国西北边陲的新疆更深受沙俄侵吞之害。1860年到1851年前,沙俄迫使清政府签订丧权辱国的《中俄北京条约》《中俄勘分西北界约订》《中俄伊犁塔尔巴哈台通商章程》。1864年的《塔城条约》将新疆西北部巴尔喀什湖以南大约44万多平方公里的领土割让给俄国,后归塔吉克斯坦。1865年春,毗邻新疆的中亚浩罕国的阿古柏从喀什进入新疆,统治新疆绝大部分地区达6年,给新疆人民带来沉着灾难。1871年,借口伊犁农民起义和阿古柏势力威胁到俄国安全,俄国侵占包括固勒扎城(伊宁市)在内的伊犁河谷,清朝在新疆只剩下塔城等少数据点。 1875年,清朝陕甘总督左宗棠就任钦差大臣,督办新疆事务。到1878年1月,清军陆续收复了阿古柏侵占的天山南北诸地,史称“清军收复新疆之战”。 [7] 1881年(光绪七年),清政府使臣曾纪泽经过与沙俄艰苦的外交斗争,达成《中俄伊犁条约》,议定次年沙俄军队撤出伊犁,中国以赔款和允许俄商在新疆贸易不纳税,俄国在嘉峪关和吐鲁番设领事等作为代价。1882年,伊犁回到祖国的怀抱。1882年至1884年,沙俄根据《中俄伊犁条约》中关于修改南、北疆边界的原则性约定,强迫清政府签订了《伊犁界约》《喀什噶尔界约》《科塔界约》《塔尔哈巴台西南界约》和《中俄续勘喀什噶尔界约》等5个勘界议定书,由此又割占了霍尔果斯河以西、斋桑湖以东7万多平方公里的中国领土。 [24] 1884年(光绪十年),清政府发布新疆建省上谕,设立新疆省,由巡抚统管全疆各项军政事务,在新疆实行与中国内地一样的行政制度。刘锦棠被任命为首任新疆巡抚,新疆政治中心由伊犁移至迪化(今乌鲁木齐)。1892年,俄国强占了中国清朝新疆西南萨雷阔勒岭以西2万多平方公里的领土(见沙俄侵占帕米尔事件)。清朝对新疆的经营,无论是规模和范围皆远胜从前历代,社会经济得到前所未有的进步和发展。至1909年(宣统元年),新疆省下辖4道,道以下共隶有6府、10厅、3州、21个县或分县。 [15] 民国时期 清王朝进入公元20世纪后,资产阶级革命