唯私立学校的存在,也可能带来负面效果。首先是教育品质不稳定,有些私立学校成立的目的,是为了宗教的理由,或是为了保存少数族群的文化。这些弱势族群的文化固然值得保存,可是若因而忽略了当前社会生活知能的学习,或要求学生信仰某一宗教,这对学生并不公平,因为他们应该也有权接受主流文化的教育。因此每个国家对于私立学校仍有某种程度的管理与监督,如课程的核定等。至于下焉者,就是学校变成「学店」,以营利为目的,假办学自由之名行敛财之实,这也就是私立学校必须是法人组织的理由。