沙漠土壤分布在县境北部海拔450-800米的沙漠地区。发育在梭梭、红柳、沙拐枣、三芒草等组成的沙生植被下,有沙质灰漠土、原始灰漠土、龟裂土。在成片生长的梭梭、红柳灌木林下还发育有平原林土。土层紧实、板结,微生物作用微弱,养分含量最低。原始灰漠土有机质含量0.67-1.0%,全氮含量0.02-0.04%,磷易被固定而失效,有效磷含量0.004-0.006‰。石灰性很强,碳酸钙含量5-10%。截止至2012年,阜康市境内有上百种矿产资源,以煤炭、石油、天然气、石灰石最为丰富,煤炭预测储量为100亿吨(其中优质焦煤占70%,动力煤占30%)、石油15亿吨、天然气1500亿立方米、石灰石2.5亿吨;水资源较为充足,可用水资源量达5亿立方米。