住血原虫通常在人类消化道细胞内繁殖,它可散布到身体几乎每一个器官,包括:脑、骨骼肌、心肌、眼睛、肺部及淋巴结。在健康人体内,住血原虫的散布最终会被身体免疫系统终止,虽然有些住血原虫仍会潜伏在脑中或视网膜内;然而在免疫力缺乏的病人如:艾滋病患、癌症或接受免疫抑制治疗的患者,住血原虫的感染则可能无法控制进而有致命的危险,亦或潜伏在体内的住血原虫突然活络引发严重的疾病;这种状况对于艾滋病患者特别危险,因为潜伏的住血原虫可能因为脑炎造成抽搐。