苹果树干枯病的病原为苹果拟茎点霉(Phomopsis mali(Schultz et sacc.) Rob.),属于半知菌亚门、腔孢纲、球壳孢目。病部的小黑点为该菌的分生孢子器,凸透镜形,有乳头状孔口,内部分多腔。分生孢子器内产生两种类型的分生孢子:甲型分生孢子梭形或卵形,一端较窄,含有两个油球,大小为(7-9)微米×(2-3)微米;乙型分生孢子细长如线形,一端弯曲成钩状。该病除危害苹果树外,还危害梨、桃、杏和樱桃等果树。