1938年末,因考虑到苏联人民的承受力已接近极限,同时肃反运动的目的也已基本达到,所以大规模的捕杀浪潮总算逐渐平息下来,也在不同程度上纠正了一些错误做法。在第二年的第十八次党代会上,斯大林终于承认,在大清洗运动中,他犯下了不可原谅的错误。然而,由于斯大林并没有从根本上认识肃反运动的错误,而是继续把它当作巩固集权体制的必要手段,因此肃反运动的余波一直延续到战争前夕和战争初期,并在战后再掀高潮。1939年3月,联共(布)召开第十八次代表大会,斯大林在会上作关于中央工作的总结报告中强调指出:“把托洛茨基、季诺维也夫、加米涅夫、雅基尔、图哈切夫斯基、布哈林和其他恶棍之类的间谍、杀人凶手和暗害分子从苏维埃组织中清洗出去,是完全必要的”。同时,他又说:“决不能说,在进行清洗时没有犯过严重的错误。遗憾的是,所犯的错误竟比原来预料的还多。毫无疑问,我们今后已不再需要采用大批清洗的方法了。但是,1933-1936年的清洗终究是不可避免的,而且这次清洗基本上产生了良好的结果。”肃反运动的后果表现为三个方面,其一,这场政治运动给苏联社会造成了严重创伤,各个领域的社会精华均受到摧残,人们在生命安全和行动自由得不到法律保护的环境中精神受到极大压抑,而且,在保安机构滥用非法刑讯手段和特务手段的情况下,诬告、假供盛行,人格被扭曲,社会道德水平严重滑坡,其消极影响祸及几代人。在肃反运动中,滥捕无辜的行动大都在深夜进行,人人自危,风声鹤唳,神经高度紧张,生怕夜间有人敲自己家门。许多住在高楼上的人为免遭被捕后的严刑拷打和侮辱,在秘密警察敲门时,便纵身跳下,以死相抗。其二,这场运动最终确立了高度中央集权体制的极端形式——斯大林个人专制。由于用持续数年的大规模镇压清除了从老布尔什维克到年轻一代干部中可能构成对自己权力挑战的对象,特别是整肃了在十七大上流露不满的代表和中央委员会,斯大林终于稳固了自己至高无上的地位,登上了权力金字塔的顶端。凭借保安机构这一专政工具,斯大林得以不受法律制约,也不受党和政府机关的制约,完全将个人凌驾于党和国家之上,在党和国家的名义下实行个人专制统治。他手中不仅掌握全部政治权力和军事力量,而且把经济全部命脉都掌握在自己手里,使他能够不受监督地,随心所欲地支配全国的物质资源与财富。斯大林个人有权决定对外全部政策,他甚至把领导文学艺术和科学的权力全部集中在自己手里。从这个意义上说,肃反运动是苏联确立“斯大林模式”体制的最后一步。第三,大规模的恐怖镇压给经济发展造成严重的障碍。由于成千上万的干部被镇压,生产在无组织状态下进行。因此1937年到1939年连续二年钢铁产量处于停滞状态。此时国际形势越来越险恶,苏联面临被侵略的危险。对于苏联的肃反运动,安娜·路易斯·斯特朗的评述是:“我想,任何地方的任何人都不知道1936-1938年间在苏联发生的那些过火行为的全貌,也不能够恰当地评断其责任。不知确数的人,无疑地有好几万人,在没有预先得到通知的情况下被捕,并且不经审判被送到北部和远东的罪犯营中去。成千上万的人被处决,他们的遭遇甚至连他们的朋友也不通知。”“反苏报纸找到了容易的结论,它硬说社会主义的本性就是‘集权和残暴的’。凡是了解21世纪初苏联人民的创造性和他们对他们自称的‘自由’的热爱的人,都不会接受这个看法。赫鲁晓夫和另外一些人几乎作了同样简单化的解释,即斯大林和‘个人崇拜’应该负责。斯大林自然必须负责,但是宣布他的错误并不就是最后答案。因为斯大林是通过组织途径办事的;联共(布)中央委员会的一次全体会议支持了从1937年2月开始的行动。牵涉到的有一整个掌权的机构。而且赫鲁晓夫自己也说,斯大林在所有这些行动中,‘认为为了劳动人民的利益,为了保卫革命果实,必须这样做’。10月30日是俄罗斯政治镇压受害者纪念日,俄罗斯总理、统一俄罗斯党(简称统俄党)领导人梅德韦杰夫在彼尔姆边疆区会见统俄党代表时,对斯大林及同时期的其他苏联领导人提出严厉批评,自1991年10月30日起,俄罗斯开始纪念1937-1938年之间的政治镇压受害者。每年的这一天,俄罗斯全国各地都会举行悼念活动,学校也要给学生们教授以此为主题的课程。