1、缴费主体不同。医保是城镇职工缴纳的,农村合作医疗是农民缴纳的;
2、费用不同。医保具有强制性,按照职工工资的一定比例收取,农村合作医疗是农民自愿参加,费用一般固定;
3、缴纳方式不同。医保是单位和职工一起缴纳的,而且单位缴纳大部分,职工只缴纳小部分。农村合作医疗是农民自己缴纳的。