同房的时候小肚子疼,可能是由于输卵管炎或者是盆腔炎引起的,也可能是子宫内膜异位症引起的,还有可能是在性交的时候男方过分粗暴引起的。建议应该去正规的医院检查一下,做一个子宫附件的彩超,根据检查的结果对症治疗。如果是盆腔炎症引起的,可以选用有效的抗生素来进行感染,如果是子宫内膜异位症引起的要对症治疗,另外同房的时候动作应该轻柔。