各地的军民府、土州、土县等建制,仿照普通的府、州、县。承宣布政使司(布政司)主管地方行政,地位等同元朝的行中书省。明太祖原沿袭行中书省的称呼,1376年时改为布政使司,通称行省。明初设有十四个布政司与京师(非城市,地位等同布政司,辖现今江苏与安徽两省)。1380年胡惟庸案后撤废中书省,京师及布政司直属于六部之下。明成祖时期,于1407年到1428年间设置交址布政司。于1413年设贵州布政司。为迁都北京,1403年将北平布政司升格为行在,1421年迁都北京后称为京师(北直隶),原京师改称南京(南直隶),形成“两京十四省”的行政区划。两京为明朝首都北京与南京的正式称呼顺天府与应天府,其与其周边州府分别合称北直隶与南直隶,不设布政司,十四布政司为陕西、甘肃、山西、山东、河南、浙江、江西、湖北、湖南、四川、广东、福建、广西、贵州、云南。明朝行政区划设置大体符合山川形便之处,但仍有一些不合理之处。如南直隶地跨淮北、淮南、江南三个地区。而嘉兴、湖州、杭州三个太湖流域的府却被划入浙江省,与同为太湖流域的苏州府分离。而河南省也占据局部的黄河以北土地。贵州省呈现中间窄两边宽的蝴蝶状。