牙含章自幼随父到临夏,在风林学堂读书,后因躲避抓兵到夏河,经人介绍,在夏河黄正清保安司令部谋到差事,在拉卜楞寺大活佛嘉木样期间学习藏语文。在甘南夏河拉萨拉卜楞寺和拉隆哲蚌寺研究藏传佛教——喇嘛教及藏族历史。呼图克图要去西藏三大寺学经,沿途需要通晓藏汉文的秘书,经黄正清推荐,随嘉木样从夏河拉卜楞到西藏拉萨。到拉萨后住在西藏三大寺之一的哲蚌寺中,寺内丰富的文化古籍给好学的牙含章提供了难得的学习机会,他广闻博览,学习西藏历史、文化、风土人情等。在拉萨期间,一天偶然从一份印度华侨办的报纸上看到抗日战争爆发,国共第二次合作的消息,他心情难以平静,“国家兴亡,匹夫有责”,遂坚辞嘉木样的挽留,向嘉木样借了100银元的路费,绕道从印度经新加坡、香港到西安,经八路军办事处介绍,1938年7月人陕北公学分校学习,10月加人中国共产党,后长期从事藏学研究和民族宗教问题研究工作,曾任中共中央调查研究局四分局少数民族研究室副主任。建国后,任临夏专员公署专员、中共甘肃省委统战部副部长。1939年2月从陕公结业后,分配到西北工作委员会。中共中央西北局根据抗战后的新形势,恢复组建中共甘肃省工作委员会,牙含章奉调负责对外宣传工作。同年冬,又受组织派遣和高健君到陇右开展地下斗争,先后任陇右工委委员、陇右游击队副政委兼政治部主任等职。在陇右工委的领导下,建立以陇西、渭源、临挑、会川为中心,辐射眠县、通渭、定西、康乐、宁定(今广河)、和政等18个县的基层党组织,发展党员500余人,游击队员2000多人。王展大军解放临洮、负责支前,动员群众搭浮桥,协助解放军渡洮河,筹集粮草。根据王震将军指示,动员临洮大批地下党员、青年学生随军到青海、新疆工作,得到王震司令员和二军政委王恩茂的高度评价。临夏解放,11月陕甘宁边区政府任命牙含章为临夏分区行政督察专员公署专员兼民族事务委员会主任。在任期间,贯彻党的民族统战政策,注重培养地方民族干部,组建基层政权。牙含章被调到中共甘肃省委统战部任副部长,不久,中央选调他为班禅行辕助理代表,护送班禅大师进藏。历经4个多月,翻越唐古拉山到拉萨,先后任西藏工委委员、秘书长、研究室主任等职。他深入研究西藏历史,1952年到1953年写成26万余字的《达赖喇嘛传》,用大量的事实阐明了历代达赖喇嘛与历代班禅的关系问题,证明西藏是祖国不可分割的一部分。牙含章因病离开西藏,到北京任中国科学院民族