五代初称静海镇。后周显德五年(958年)建通州,因东北有大海通辽海诸夷、西南有长江连吴越楚蜀、内运渠道达齐鲁燕冀,故而得名。静海镇改称县,隶属通州。宋仁宗天圣元年(1023年)改通州为崇州,又名崇川,属淮南东路;明道二年(1033年)仍称通州;徽宗政和七年(1117年)改为静海郡,不久复名通州,属扬州。元世祖至元十五年(1278年)升为通州路;至元二十一年(1284年)复为通州,属扬州路,隶江北淮东道廉访司。明洪武元年(1368年)废静海县,通州直管静海本土,领海门、崇明两县,属扬州府;洪武九年(1376年)划崇明县归苏州府,通州仅领海门一县。嘉靖年间(1522~1566年),通州除州城外,分6乡6场。清顺治二年(1645年)属江南省扬州府;康熙六年(1667年)起属江苏省扬州府;康熙十一年,因江岸坍没,海门废县为乡,并入通州。清雍正二年(1724年),升为直隶州;宣统元年(1909年),设定3市区、10镇区、8乡区;宣统二年(1910年),市区、镇区改为市,乡区改为乡。中华民国元年(1912年)5月,废州,改称南通县,属江苏省;全县仍设13市、8乡,民国9年(1920年)增设三余乡。民国3年(1914年)至民国16年(1927年),属江苏省苏常道。　民国18年(1929年),市乡合并为18个区,区下设镇、乡、闾、邻;民国23年(1934年)又并为13个区,区下设镇、乡、保、甲。1949年2月2日,南通县全境解放,原县城及港闸等地划出另置南通市,实行城乡分治。南通县政府移驻金沙镇,隶属南通行政公署管辖。1993年2月,撤销南通县,设立通州市。2009年7月2日,撤销通州市,设立南通市通州区。