十一月,以襄阳道胡齐仑经手湖北襄阳局军需,私扣银至二万九千余两,任情馈送,嘉庆帝将其处死籍没。对于“公然提用军需正项,信任胡齐仑一人经理,恣意侵扣,实为首先作俑”的已故湖广总督毕沅,革其子世袭职,对受贿的明亮、永保、庆成、鄂辉等领兵大员皆籍没其家。在处理湖北冒功侵饷案件时,他又派员严核四川军需虚实,“务使领兵各员无利可图,方能专心剿贼,以冀速蒇大功”。他制定了“令各路粮台按旬开报,按月汇奏”的办法,使军饷支用的混乱情况有所纠正。
嘉庆五年(1800年)正月,颙琰命额勒登保办理剿灭陕西教匪的事务,命德楞泰、魁伦办理剿灭四川教匪的事务。 七月,颙琰命右翼总兵长龄统率吉林、黑龙江的八旗兵到湖北协助剿灭教匪。贵州巡抚琅玕上奏青苗杨文泰作乱,率兵剿灭。马慧裕上奏擒获教匪首犯刘之协,押解到京诛杀。额勒登保擒获教匪头目陈杰。
嘉庆六年(1801年)正月,颙琰以傅森为户部尚书,明安为步军统领。二月,勒保奏获贼首王士虎、王廷诏。四月,立皇贵妃钮祜禄氏为皇后,晋莹嫔侯氏为华妃,晋贵人董氏为淳嫔,晋举人伊里布之女春贵人王氏为吉嫔。五月,颙琰以额勒登保为理藩院尚书。七月,勒保上奏擒获匪首徐添寿、王登高。八月,额勒登保上奏擒获匪首王士虎、冉添泗等。勒保上奏擒获匪首刘清选、汤步武、冉学胜等,封三等男。九月,续修《大清会典》。
嘉庆七年(1802年)正月,以松筠为伊犁将军。额勒登保上奏擒获匪首辛聪,余党全部被平定。三月,德楞泰上奏擒获匪首龚其尧、李世汉、李国珍,余党全部被平定。 七月,颙琰初次秋狝木兰。十二月,川楚白莲教起义大部分已被镇压。 诏额勒登保、德楞泰、勒保、惠龄、吴熊光会报川、陕、楚教匪荡平。封额勒登保、德楞泰一等侯,勒保一等伯,明亮一等男,赛冲阿、杨遇春以次封赉。并推恩成亲王永瑆等、军机大臣庆桂、董诰等。
嘉庆八年(1803年)正月,嘉庆帝以倭什布为两广总督。并且命伊犁广开民田。 闰二月,颙琰由圆明园还宫,入贞顺门,陈德行刺,不成被俘。陈德及其二子伏诛。严申宫门之禁。六月,嘉庆帝封阮福映为越南国王。 十月,葬孝淑皇后于山陵。
嘉庆九年(1804年)五月,颙琰终于彻底镇压了白莲教起义余部,此战事迁延九年,清廷耗军费白银二亿两。六月,蔡牵于海上起义。 以禄康协办大学士,明亮为工部尚书,长麟为刑部尚书,费淳为吏部尚书。德瑛罢直军机处,以那彦成、英和为军机大臣。以那彦成为陕甘总督。
执政中期
嘉庆十年(1805年)正月,颙琰诏内务府大臣严行约束太监的权利。四月,颙琰查禁西洋人刻书传教。五月,诏内务府大臣管理西洋堂,未能严加稽查,任令传教,下部议处,其经卷检查销毁,习教佟兰等获罪。
嘉庆十一年(1806年)九月,直隶查出假雕印信,串通银号,虚收冒支大案。
嘉庆十三年(1808年)正月,皇二子绵宁释奠孔子。九月,英国兵船进泊香山洋面,派兵据澳门炮台,以防御法国保护贸易为借口。十二月,颙琰命皇二子绵宁诣大高玄殿祈雪。赐公舒明阿之女佟佳氏为绵宁继福晋。
嘉庆十四年(1809年)九月,蔡迁被福建水师提督王得禄围于定海渔山外洋,裂船自溺。贸易季节来临时,嘉庆帝指示粤督百龄:英吉利“素性强横诡诈”,“于本年该国货船到时,先期留心侦探,如再敢多带夷兵欲图进口,即行调集官兵相机堵剿。” 十二月,发生工部书吏冒领户部、内务府官银案。
嘉庆十五年(1810年),二月,颙琰下诏说吸食鸦片有害身体,敕令各督抚断其来源。 镇压了爆发于东南海疆的蔡牵起义军。
嘉庆十六年(1811年)七月,颙琰禁西洋人在内地居住,并禁止人民人接触天主教。
嘉庆十七年(1812年)正月,颙琰命皇二子绵宁诣太庙行礼。六月,颙琰将闲散宗室迁移到关外盛京居住,给他们盖房屋并且给田、给银子。
嘉庆十八年(1813年),北方爆发天理教起义,部分天理教徒,在太监接应下冲进皇宫,“酿成汉唐、宋明未有之事”。颙琰下诏罪已,同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮,无一幸免,并捕杀在城外的头目林清等。天理教起义被镇压。
嘉庆十九年(1814年)十一月,颙琰命开垦伊犁、吉林的荒地。十二月,批准两广总督蒋攸铦严禁农民为洋人服役,洋行不得私盖夷式房屋以及清查商欠等各项具体规定。
嘉庆二十年(1815年)正月,颙琰命智亲王绵宁至太庙行礼。三月,两广总督蒋攸铦疏陈查禁鸦片烟章程。十一月,理亲王昭梿削爵圈禁。
嘉庆二十一年(1816年),拒绝了英国提出的建立外交关系、开辟通商口岸、割让浙江沿海岛屿的要求。而闭关锁国的传统观念,也使其对外来事物采取盲目排斥态度。
晚年逝世
嘉庆帝死在烟波致爽殿这张床
嘉庆二十二年(1817年)三月,增设天津水师营总兵官,专辖水师两营。六月,松筠疏请停止下年谒祖陵,奉旨严斥,罢其大学士衔,黜为察哈尔都统。
嘉庆二十三年(1818年)正月,谕:“内廷主位之母家,如高斌、缊布等,已入满洲旗分,俱曾各赏满洲姓名书写矣。惟玉牒内孝仪纯皇后之母家姓氏仍单字书写。著交宗人府于玉牒内孝仪纯皇后之母家书写魏佳氏。”
五月,因修《明鉴》,于万历、天启两朝载入先朝开创之事及加按语颂扬,颙琰认为于体例未合,下诏降罚正、副总裁官,并另行纂辑。七月,启銮东巡盛京。十月,回銮谒东陵,万寿节于兴隆寺行宫受贺。
嘉庆二十四年(1819年)正月,颙琰六旬万寿赐宴群臣。封皇三子绵恺为惇亲王,皇四子绵忻为端亲王。五月,成亲王永瑆因为告祭时的礼法有误,被颙琰罢职削俸归第。七月,颙琰因为仪亲王永璇擅自刺探政事,被停止入值军机处,只留内廷行走。
嘉庆二十五年(1820年)七月十八日,颙琰自圆明园起程,前往避暑山庄。一周后,到达山庄。二十五日(1820年9月2日)颙琰在承德避暑山庄突然病死,终年61岁。《清仁宗实录》这样记载:“此次跸图,偶感暍暑。”证实了嘉庆帝当初是中暑了。但是,单纯的中暑不会死人,可能是由于年事已高,中暑后突发心脑血管疾病而暴亡。卒谥“受天兴运敷化绥猷崇文经武孝恭勤俭端敏英哲睿皇帝”,道光帝即位,于“孝恭”前加上“光裕”二字。庙号仁宗。葬河北易县清西陵之昌陵。