农业在日本是高补助与保护产业,鼓励小规模耕作。2005年日本农产品自给率只有40%,其余农产品依靠大量进口来满足国内消费需求。1990—2003年日本谷物自给率由30%降至27%,其中食用谷物的自给率由67%降至60%;2003年日本豆类、油脂类、砂糖类、水果类、水海类和肉类产品的自给率分别只有6%、13%、35%、44%、50%和54%,日本是欧盟最大的粮食出口对象。日本是世界第二大渔业国,于1989年创下1190万吨渔获,浅海鱼占50%总量养殖鱼则占33%以上,最受欢迎的有沙丁鱼、金枪鱼、螃蟹、牡蛎、秋刀鱼、鲔鱼和日本鰤鱼。日本有世界最大渔船船队和全球15%的渔获量占有率。 日本工业高度发达,工业结构向技术密集型和节能节材方向发展。主要部门有电子、家用电器、汽车、精密机械、造船、钢铁、化工和医药等,工业产品在国际市场上具有很强的竞争力。主要工业区大都集中在太平洋沿岸,主要形成了京滨、阪神、中京、北九州4个主要的工业区。机械工业一直处于重化学工业的中心地位。