为遮掩和毁灭屠杀罪证,从1894年11月下旬到翌年的1月中旬,日军先是对旅顺市街的被害者尸体进行了清理和草草掩埋,继而焚尸灭证。日军及其殖民机构将从市街里和水师营等处抓来的中国人编成三组抬尸队,分别把尸体抬到三个地方焚烧。第一处为万忠墓的沟下;第二处为修建船坞时的旧窑处;第三处是黄金山东麓。据《旅大史话》记载:(两万具)尸体抬了一个月才抬完。 焚尸的材料用的是煤炭和木船的船板与木块,并配有煤油。焚烧过程中,日军用铁条、铁管做成支架,将死者尸体支起来,以使其充分燃烧。骨灰集中在四口大棺材内,丛葬于白玉山东麓的安葬岗。坟前立一木桩,写有“清军将士战亡之所”的字样,借以欺骗世人,掩饰屠杀焚烧包括妇女儿童在内的平民和俘虏的罪行。 1896年11月,日军撤出旅顺后,清朝官员顾元勋树立了万忠墓的第一块碑石,亲书“万忠墓”三个大字并修建享殿,以示祭奠。后又分别在1922年、1948年经过维修并树碑。碑阴铭文记述了日军暴行和重修万忠墓的经过。 1963年,万忠墓被列为省级文物保护单位。 1994年是旅顺大屠杀百年,旅顺口各界人士重新安葬甲午战争殉难同胞。并于11月21日旅顺各界隆重举行“甲午旅顺殉难同胞百年祭”活动,并树立了万忠墓第四块碑。重修后的万忠墓陵园占地9300平方米,纪念馆建筑面积1100平方米。 1997年,万忠墓被中宣部命名为全国百家爱国主义教育示范基地之一。 Bruce A. Elleman的著作《Modern Chinese Warfare: 1795 - 1989》表示“这种屠杀报道,尽管含有很大的耸人听闻成分,仍然在各国引起了很大反响,也使得日本放弃了很多苦战得来的东西”,同著作所记的被害者为2000-3000人之间。