朱棣迁都北京后,他将全国地区的富民大批迁徙到北京附近,以发展当地经济。由开通漕运,保证南方粮食供给。南京城由朱元璋在接受朱升的“高筑墙、广积粮、缓称王”的建议后,下令扩建。城高水深,城墙坚固,易守难攻,城内粮食富足。在朱棣进攻南京城时,他就吃到了苦头。要不是建文帝内部不和,他甚至认为不可能攻下南京。后来在对待南京的问题上,他考虑未来子孙如果江山不稳,就算北京失守,依靠南京以制半壁江山,也有东山再起的可能。所以他把中央机构迁至北京后,在南京也设置同样的一套中央机构。形成了北、南两京的制度。
可惜后来明末崇祯皇帝没有明白他祖上的苦心,多次不珍惜迁都南京的机会,最终自缢于煤山。