滥用抗生素是耐药菌大量出现的主要原因。在1993年以前,美国每天开出7000万份含抗生素的处方单,凡是怀疑有细菌感染的疾病,几乎都要应用抗生素。感冒、肠炎、扁桃体炎都被列为抗生素的适应症;在外科,由于感染可以影响伤口愈合的美观,即使是最小的手术,都要预先注射抗生素以防万一。如此滥用抗生素,就像是给细菌进行选拔赛一样,大大加快了其进化的步伐。在我国,滥用抗生素的情况也十分普遍,据调查,我国门诊感冒患者约有75%应用抗生素,而外科手术围手术期应用抗生素的情况则高达95%。在住院患者中,抗生素应用率为79%,这一数字远远高于英国的22%和各国平均水平30%。同时,由于医生滥开氨苄西林等广谱抗菌类药物,导致人体内菌群失调并诱发二次感染的情况更是屡见不鲜。