①开通济州河。始凿于至元十三年(1276)一月。至元十八至二十年,由奥鲁赤主持引汶水、泗水,从济州(今山东济宁)西北到须城安山(今山东东平西南)开凿一条一百五十乡里的济州河。漕路由淮河入泗水(今中运河),经济州河北达安山,出大清河(即今黄河下游),经东阿(在今山东东阿南)、利津入海,然后由海运入直沽(现在津大沽口)达大都。此后因海口淤沙壅塞,运道不通,又改由东阿陆运至临清(在今山东临清南)入御河。至此,元代南北航运已大致沟通,所不通者,仅东阿和临清之间一二百里的旱路。会通河开成后,济州河也通称会通河。二十四年实行大规模海运前后,元朝主要是实行海运、水陆和海河转运并重的办法以解决漕运问题。②开辟会通河。至元二十六年采用寿张县(今山东梁山西北)县尹韩仲晖等人的建议,派李处巽主持开凿会通河,从安山的西南起,分梁山泺(即梁山泊,在今山东梁山、郓城等县间)的水源北流。经寿张西北到东昌(今山东聊城),又西北到临清入御河。全长二百五十里,历时六个月完成。中建坝闸三十一处。至此南北航运已全线沟通。而黄河在宋、金之际夺淮入海后,北面的一条故道久已减弱,会通河开凿后,黄河的一部分水流便可由此流入御河,北流入海,御河因此有“北黄河”之称。③开辟通惠河。早在中统二年(1261),郭守敬即上水利条陈六条,其中之一是建议引水通金代中都(今北京),东至通州的旧漕河,南向开河至杨村(现在津武清),但通州至大都五十里之间,水源缺乏,仍然需要陆路运输。因此,至元二十八年郭守敬又建议疏导昌平县白浮村神山泉,过双塔、榆河,引一亩、玉泉诸水(在今北京昌平境)至大都西门入城内,汇为积水潭(亦名海子),再东南出文明门(今崇文门)至通州高丽庄入白河。全长一百六十四里,置坝闸二十一座。隔年河成,赐名“通惠”,这样,漕船即可一直开进大都城。④整治通州运粮河。通州南下至白河北运河北段一段,上接通惠河,下通大沽河,是南北航行的要道,但是,它所依赖的潞河(由在、榆、浑三水合流而成)水源不足,河道浅涩。至元三十年,元世祖忽必烈采纳漕运使司的建议,另引小渠水入榆河,增加流量,便利行舟。⑤疏浚扬州运河与镇江运河。扬州运河相当于旧邗沟,灭宋后,此河逐渐壅塞。至元末年曾加疏治,但成效不大。延祐四年(1317)始疏浚畅通。镇江运河属江南运河,从镇江至常州武进县吕城坝(今江苏丹阳东南),长一百三十一里。至治年间(1321~1323)疏凿,河面加阔至五丈,底阔三丈,深六尺。同时又开浚了镇江运河的重要水源练湖(今江苏丹阳北)。漕运的管理机构,几经调整,至元十九年改立京畿都漕运使司。二十四年,内外分立两运司:内司即京畿都漕运司,立于大都,管领在京诸仓出纳粮斛及运输等项事宜,下设新运粮提举司(置于至元十六年)和通惠河运粮千户所(置于至元三十一年);外司即都漕运使司,置于河西务(现在津武漕西北北运河西岸),分司临清,掌御河上下至直沽、河西务、李二寺、通州等处运粮等事,下辖有三十一纲(每纲船三十只),船九百余只,船户八千余户。元代大运河的沟通,促进了南北经济文化的交流及中外贸易的发展,也为明、清运河的畅通和现代大运河奠定了基础。