濒危原因在很大程度上是受本身生物学特性的制约,成熟龄大、繁殖力低、行动不敏捷而掠食不力,以及对生活和产卵环境要求高等,造成本种的种群数量少、分布狭窄。近些年的水利建设隔绝了本种的产卵洄游通道,影响群体数量的补充。 长期以来保护不力,捕捞过度、引进外来物种、农业用水使水位降低和水量减少等,直接破坏资源的补充。人们对于新疆扁吻鱼的生境、生长、繁殖和生活习性等 生物学特点缺乏系统、完整的研究,很多方面甚至一无所知,所以只顾盲目捕捞,无法采取有效的保护措施,致使这一宝贵 资源濒临绝灭。 使新疆扁吻鱼资源遭到严重破坏的另一原因是 塔里木水域上、中、下游及各支流水利设施的不断建设,众多的河闸、大坝、水库、扬水站等隔绝了其溯河产卵的回游通道,致使其无法进行正常的繁殖活动。 此外,还有由于人们的无知所造成的后果。