生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒(HSV)感染所引起。单纯疱疹病毒分为两型即HSV-1和HSV-2。HSV-1通过呼吸道、皮肤和粘膜密切接触传染,主要引起口唇、咽、眼及皮肤感染,少数(约8%)亦可引起生殖器感染。HSV-2则是生殖器疱疹的主要病原体(88%),存在于皮肤和粘膜损害的渗出液、精液、前列腺分泌液、宫颈、阴道分泌液中,主要通过性交传染,引起原发性生殖器疱疹。原发性生殖器疱疹消退后,残存的病毒经周围神经沿神经轴长期潜存于骶神经节,当机体抵抗力降低或某些激发因素如发热、受凉、感染、月经、胃肠功能紊乱、创伤等作用下,可使体内潜伏的病毒激活而复发。