睡醒时眼睛疼痛,发生的原因包括以下几种:1、青光眼:是因为先天或后天原因,导致眼内房水无法流通,从而引发眼压升高,患者可以表现为眼球胀痛、视力下降、眼球充血等。2、葡萄膜炎:指葡萄膜本身的炎症,其发病原因包括感染因素、自身免疫因素等,患者可以表现为眼球疼痛、眼球充血等。3、角膜炎:如细菌性角膜炎、病毒性角膜炎以及真菌性角膜炎等,均可以导致眼球畏光、眼部疼痛。4、结膜炎:严重的结膜炎也可以导致眼睛疼痛,同时伴分泌物增加。以上这些原因均可以导致睡醒时眼睛疼痛,需要去医院进行鉴别诊断。