保留的有22个部、委、行、署:外交部、国防部、国家经济贸易委员会、民族事务委员会、公安部、国家安全部、监察部、民政部、司法部、财政部、人事部、建设部、铁道部、交通部、水利部、农业部、对外贸易经济合作部、文化部、卫生部、国家计划生育委员会、中国人民银行、审计署。
改革后除国务院办公厅外,国务院组成部门由原有的40个减少到29个。包括国家政务部门12个:外交部、国防部、文化部、卫生部、国家计划生育委员会、国家民族事务委员会、民政部、司法部、公安部、国家安全部、监察部、审计署;宏观调控部门4个:国家发展计划委员会、国家经济贸易委员会、财政部、中国人民银行;专业经济管理部门8个:建设部、铁道部、交通部、信息产业部、水利部、农业部、对外贸易经济合作部、国防科学技术工业委员会;教育科技文化、社会保障和资源管理部门5个:教育部、科学技术部、人事部、劳动和社会保障部、国土资源部。