大多数方法都是在入射照明式荧光显微镜(epifluoescence microscope)基础上发展起来的,包括激光扫描荧光显微镜、激光共焦扫描显微镜、使用了CCD相机的改进的荧光显微镜以及将DNA芯片直接制作在光纤维束切面上并结合荧光显微镜的光纤传感器微阵列。这些方法基本上都是将待杂交对象 以荧光物质标记,如荧光素或丽丝胶(lissamine)等,杂交后经过SSC和SDS的混合溶液或SSPE等 缓冲液清洗。探测装置比较典型。方法是将杂交后的芯片经处理后固定在计算机控制的二维传动平台上,并将一物镜置于其上方,由 氩离子激光器产生激发光经滤波后通过物镜聚焦到芯片表面,激发荧光标记物产生荧光,光斑半径约为5-10μm。同时通过同一物镜收集荧光信号经另一滤波片滤波后,由冷却的光电倍增管探测,经模数转换板转换为数字信号。通过计算机控制传动平台X-Y方向上步进平移,DNA芯片被逐点照射,所采集荧光信号构成杂交信号谱型,送计算机分析处理,最后形成20μm象素的图像。这种方法分辨率高、图像质量较好,适用于各种主要类型的DNA芯片及大规模DNA芯片杂交信号检测,广泛应用于基因表达、基因诊断等方面研究。