阿戈美拉汀不良反应较少,常见的有头痛、恶心和乏力等.不管是短期治疗还是长期维持治疗,其不良反应发生率与安慰剂相似,并且长期治疗的不良反应较短期治疗更少一些,这也与安慰剂相似。阿戈美拉汀不引起体重的改变,也很少有胃肠道不良反应,Loo等同进行的临床研究显示,帕罗西汀组恶心发生率为17%,安慰剂组为4.3%,而阿戈美拉汀25mg组仅为2.9%,统计学检验显示阿戈美拉汀与安慰剂组相似,而与帕罗西汀组有显著差异。抗抑郁药物对性功能的影响已引起相当的重视,TCA、SSRI、选择性5-HT及去甲肾上腺素再摄取抑制剂(SNRI)等均存在对性功能不同程度的影响,但阿戈美拉汀对性功能的影响较小。与文拉法辛相比,阿戈美拉汀组性功能的各项心理与躯体症状评定均优于文拉法辛。