胭脂鱼的祖先可以追溯到恐龙统治的中生代。胭脂鱼最早的祖先叫做原始骨鳔鱼,据研究,这种鱼在侏罗纪的晚期出现在南美洲。原始骨鳔鱼有两大类:一种是原始脂鲤类;另一种是蛤类,这两大类后来到达了非洲。随着地球不断运动,非洲和南美洲在白垩纪的中期开始分离,所以在两大洲的胭脂鱼家族只能各自独立地生存进化。到了古新世中期,非洲大陆与劳亚大陆的欧洲和亚洲西部连接了起来,非洲的这一支胭脂鱼的祖先向着亚洲和欧洲进军。但因受地质环境的改变以及第四纪冰期的影响,胭脂鱼开始逐渐消亡。到了中新世,一部分胭脂鱼在长江以及闽江这些场所生活下来;另一部分胭脂鱼在大约5000万年前就通过北美与亚洲连接的“陆桥”到了北美洲。北美独特的地质条件使胭脂鱼类在那里很好地繁衍。到了中新世中期,它们散布到整个北美洲,演化成了一个庞大的家族。