肛瘘按照位置的高低可以分为低位肛瘘和高位肛瘘。它是以齿状线解剖结构为标准依据。在这个齿状线以下的是低位肛瘘,在齿状线以上的是高位肛瘘,还有按照它的复杂程度,分为简单肛瘘和复杂肛瘘。还有根据肛瘘是否经过括约肌,可以分为皮下瘘,括约肌间瘘,经括约肌的肛瘘,这是根据它是否与括约肌有关系,分为这几种。