由于发展速度过猛,不少地方又出现了强迫命令、违反自愿互利原则的现象。中共中央在1955年初发现了上述问题,发出了一系列通知和采取措施纠正偏差。1月10日,中央发出《关于整顿和巩固农业合作社的通知》,要求各地停止发展,集中力量进行巩固,在少数地区进行收缩。3月上旬,毛泽东提出了“停、缩、发”的三字方针,即根据不同地区的情况,停止发展、实行收缩和适当发展。为了贯彻三字方针,农村工作部于4月下旬召开了全国第三次农村工作会议,总结经验,布置工作,提出要求。到1955年7月,全国原有67万个合作社,经过整顿,巩固下来的有65万个。