佛教在印度的灭亡,是亡于穆斯林(回教)的入侵。
公元十世纪,阿富汗回教入侵印度,屠杀寺院的常住僧人,又竭力的把所有寺院夷为平地,所有僧侣教徒全被驱赶,寺内的财物,掠夺一空。哥奇林的苏丹王,征服印度「旁遮普」,在印度西北部建立穆斯林(回教)王朝,佛教在该地土崩瓦解,荡然无存。
十二世纪,阿富汗王对北印度入侵,影响佛教深远,攻占「塔拉因」、攻占「波罗奈国」、攻占「比哈尔」、攻占「西孟加拉国」。古尔的艾伯克,捣毁「超戒寺」佛教中心,丹塔普利寺、那烂陀寺等等,连石块也抛入?河中。僧侣被杀的被杀、大屠杀之后,幸存的僧侣及班智达,亡命去了尼泊尔、西藏、缅甸、柬埔寨。