清光绪十四年(1888年)置宁远县,隶伊犁府。1913年改为伊宁县,取伊犁、宁远首字得名。维吾尔、哈萨克、蒙古等少数民族仍沿用“固勒扎”(即宁远城的少数民族语称谓),系突厥语,盘羊之意。
汉宣帝神爵二年(公元前60年)伊宁县归入祖国版图,西汉及晋地属乌孙国,南北朝时为悦般国。隋唐时隶西突厥。宋时为西辽领地,元代为察合台汗国及其后裔封地,明属别失巴里。1888年5月25日(清光绪十四年)置宁远县,隶属伊犁府。因与湖南宁远县重名,故于1914年改称伊宁县。1945年伊、塔、阿三区革命临时政府设在伊宁。
1950年6月成立伊宁县人民政府,隶属伊犁专署。1951年十五区所辖6个乡划归宁西县,1952年5月23日将县城五个区划出析置伊宁市,1954年为伊犁州直属县,1957年县党政机关迁驻吉里于孜,1975年恢复伊犁行署,伊宁县归其管辖,1979年撤地复归州辖,1984年又划归恢复后的伊犁地区行政公署。2001年撤地复归州辖。