1707年5月23日,林奈生于瑞典南部的斯科讷,其父是一位热爱园艺的路德派牧师。早在少年时期,林奈就热爱自然,对动植物有着极大的好奇心,始终无意于父母为他选择的牧师职业道路。1727年,林奈进入隆德大学学习医学,一年之后又转学到瑞典最著名的高等学府乌普萨拉大学。不过,他在乌普萨拉的绝大部分时间仍然投入在自己的挚爱——植物的采集和研究上。当时,植物学训练是医学教育的一部分,每一名医师都必须掌握制备和描述药用植物的技能。1731年和1734年,林奈先后进行了对于瑞典北部和中部的科学考察。
1735年,林奈留学荷兰并获得医学学位。同年,他发表了《自然系统(Systema Naturae)》一书,对于生物有机体进行了系统的分类。在随后的几年里,他同欧洲的很多知名植物学家都保持着密切的联系,同时继续发展着他的分类系统。1738年,林奈返回瑞典斯德哥尔摩,以行医和教学为生。1741年,他回到乌普萨拉大学任教,重建了学校植物园,并按照自己的分类系统安排植物布局,组织了3次对于瑞典各地的科学考察,培养了整整一代学生。他非常鼓励自己的学生参与前往世界各地的贸易和探险航行以收集动植物标本。