在和艾岚进行决战时,小智一度占上风并将艾岚逼到穷途末路,小智版甲贺忍蛙在关键一击时以黄金化的巨大飞水手里剑和艾岚的超级喷火龙X的爆炸烈焰对撞,最终超级喷火龙X一度失去平衡但得以挺住,甲贺忍蛙随后解除变身并倒地落败,由此小智仅居亚军,两人在战后握手并为大赛拉下帷幕。　但在密阿雷大会的闭幕式上,闪焰队开始实行他们计划的最后阶段,利用一只蓝色的基格尔德·核心Z2　的力量摧毁了密阿雷市。尽管小智和艾岚尝试抵抗闪焰队,但小智最终被艾岚背叛,小智从克蕾儿那里得知艾岚一直在为闪焰队工作。小智被闪焰队拘禁在棱镜塔塔顶,弗拉达利称小智为“被选中的人”,想利用超级进化的力量控制小智及甲贺忍蛙以便学会牵绊现象,但小智和甲贺忍蛙凭借自己的力量变成小智版甲贺忍蛙挣脱了束缚。在局面失去控制后,认知到自己被利用的艾岚以及认为局势失控的帕琦拉均协同小智对抗弗拉达利。之后小智告诉弗拉达利,一个和平的未来应该是由人类和宝可梦共同创造的,而弗拉达利没有权利摧毁这一切。弗拉达利斥责小智幼稚,并自由落体飞离了棱镜塔。之后,小智与莎莉娜等人会合,莎莉娜告诉小智玛农的哈力君被控制并成为了基格尔德外型巨石的核心,这块巨石由弗拉达利利用超级进化的力量创造,他期望通过撞击位于百刻市的陨石来毁灭整个卡洛斯地区。但在甲贺忍蛙的帮助下,小智和艾岚成功救出了被困于巨石中的哈力栗,并和伙伴们击毁了巨石,弗拉达利也在爆炸中失踪。在再见了,小智版甲贺忍蛙!库瑟洛斯奇的回击!!中,小智又打败了库瑟洛斯奇,彻底终结了闪焰队的阴谋。最终,小软和Z2因卡洛斯地区的不稳定状态需要甲贺忍蛙的帮忙,甲贺忍蛙接受了小软的邀请,并与小智告别留下来清理事件后遗留的生态灾难。小软也和柚丽嘉道别并和她立下了再会的誓言。　密阿雷市在事件结束开始重建,希特隆也再度开始管理他的道馆。莎莉娜则为密阿雷市的市民们举办了一场特别的表演,并开始思考今后的目标。小智带领莎莉娜来到他第一天抵达卡洛斯地区时与希特隆对战的场地,并向莎莉娜发起挑战。小智告诉莎莉娜,自己在迷茫时就会进行对战,并且他会和皮卡丘一起支持莎莉娜的梦想。莎莉娜回以微笑,并在之后选择了自己前进的道路。在无尽的零!期待再会的那天!!中,一行人来到机场互相道别。小插曲后,莎莉娜启程的航班临近,她感谢小智改变了自己,莎莉娜称小智为她的目标,并且说在下次见面时会变成更加有魅力的女性。原本已经走下电扶梯的莎莉娜,突然转身跑回来,亲吻了小智,并和一行人道别。小智一度被莎莉娜亲密的举动给愣住,回过神后,小智更卖力地向莎莉娜道别。莎莉娜离去后,小智也与希特隆进行一场胜负未知的对战,并在黄昏的夕阳下搭机离去。最后小智回到了真新镇,在月光的照耀下抵达了自己的家。　宝可梦　太阳&月亮　身穿究极防卫队队服的小智　由于魔墙人偶抽中了大奖,小智和妈妈便前往阿罗拉地区度假。小智将自己在卡洛斯地区收服的宝可梦交给大木博士,并从大木博士那里获得了一个蛋,大木博士吩咐小智将蛋交给自己的堂兄成也・大木进行研究。小智前往阿罗拉地区后,误打误撞地被当成宝可梦学校的学生,并认识了水莲、莉莉艾、玛奥、卡奇和马玛内。小智被阿罗拉地区的宝可梦和风土人情所吸引,决定留下来体验校园生活,他同时也获得了美乐美乐岛的守护神卡璞・鸣鸣　赠与的Z手环与电Z。后来,小智了解到阿罗拉地区特有的诸岛巡礼,并决定参加以拿到新的Z纯晶。小智通过了葱郁洞窟的考验,并获得霸主宝可梦猫鼬探长　赠与的一般Z,也因帮助居民赶走了作恶的阿罗拉的样子的小拉达和拉达从君莎小姐那得到了感谢状。其后小智战胜了哈拉,突破了大考验,哈拉本想赠与小智格斗Z,然而卡璞・鸣鸣却把格斗Z换成了电Z,小智也因此再一次得到电Z。小智来到马玛内的家中特训,在听取马玛内意见的特训起到效果后,授予Z手环的卡璞・鸣鸣再次出现了,小智再战卡璞・鸣鸣,但未分出明确胜负。之后,在某次的机缘巧合之下,他和皮卡丘在无人岛宝物岛遇上了阿卡拉岛的守护神-卡璞・蝶蝶。小智也认识了美乐美乐岛上的火斑喵和年迈的长毛狗。由于长毛狗的病情加重,小智把它送到了宝可梦中心,但不久后小智重新回到宝可梦中心时却发现火斑喵和长毛狗已经离开。小智来到火斑喵平时的住处,但只有火斑喵独自在那里,火斑喵因为长毛狗的离开情绪低落,一直不理睬小智,然而在小智的努力下,火斑喵开始变得开朗起来,并加入了小智的队伍。　小智在阿罗拉地区的同行宝可梦　小智也收服了原本由库库伊博士照顾的岩狗狗。后来,小智认识了格拉吉欧并与之进行对战,但由于一些原因两人未能分出胜负。小智也目睹了岩石属性的Z招式-毁天灭地巨岩坠,并听从了格拉吉欧的建议,决定去挑战阿卡拉岛的大考验。　小智和同学们在阿卡拉岛的岛屿女王丽姿　和库库伊博士的带领下前往阿卡拉岛进行户外课程。小智也突破了树荫丛林的考验和丽姿的大考验,得到了草Z和岩石Z,并目睹了他的岩狗狗进化成为黄昏的样子的鬃岩狼人。户外课程结束后,小智和同学们回到了美乐美乐岛,但接着他们又因宝可梦学校成立20周年纪念典礼来到关都地区,而小智也因此与小霞、小刚重逢。在华蓝道馆,小智与小霞认真进行了一场道馆对战,最终他和皮卡丘使出的终极伏特狂雷闪击败了小霞的超级暴鲤龙。回到了阿罗拉地区,某日小智在梦里与索尔迦雷欧和露奈雅拉进行了一个“约定”。在去学校的路上,小智追着皮卡丘进了树林后看到了卡璞・鸣鸣,并在它所处的草丛里发现了正在睡觉的小星云,之后小智便负责照顾小星云。然而,以太基金会的分部长扎奥博为了能在基金会得到权力,他展开计划诱拐了小星云,并利用小星云的力量重新运作四年前被封印的机器。小智和同学们发现小星云不见后连忙赶去营救,虽然小星云被成功救出并进化为科斯莫姆,但究极之洞依然被打开,从洞中出现的虚吾伊德带走了露莎米奈。于是小智一行人为了解救露莎米奈而来到日轮祭坛,但等待他们的并非传说中的宝可梦索尔迦雷欧而是阿罗拉地区的四位岛屿守护神。在惊讶的小智一行人面前,它们首先展示了小星云的来历,随后站在基座上汇集能量,让小星云进化为索尔迦雷欧。在小星云进化之后,天空飘下了索尔迦雷欧Z,而小智的Z手环也在四位守护神的帮助下升级为了Z强力手环。随后,小智同小星云一起使出了日光回旋下苍穹,并与同学们以及格拉吉欧乘着小星云进入了究极空间。而在究极空间内,小智和皮卡丘使出千万伏特击败了控制露莎米奈的虚吾伊德,使露莎米奈从虚吾伊德体内被释放。解决了究极异兽事件后,小智和同学们参加了库库伊博士和芭内特博士的婚礼,在露莎米奈的拜托下组成究极防卫队,并与小星云分别。　小智和同学们成功遣返了不少从究极之洞来到阿罗拉地区的究极异兽。其中有只究极异兽-毒贝比也来到了阿罗拉地区,究极防卫队决定在找到通往其所在地的究极之洞之前,由小智收服这只毒贝比。某天阿罗拉地区里的成年人都失去了精神,究极防卫队开始寻找其原因,途中奈克洛兹玛追著露奈雅拉从究极之洞来到了阿罗拉地区,并吞噬了露奈雅拉。后来小星云及时赶到,救出了露奈雅拉,但自己却被奈克洛兹玛吞噬并带离阿罗拉。究极防卫队将负伤的露奈雅拉带回治疗。露奈雅拉苏醒后,带著究极防卫队前往究极之洞寻找小星云,他们来到了毒贝比所在的世界,并从毒贝比的亲人四颚针龙口中得知奈克洛兹玛是阿罗拉传说中的“光辉大神”失去光的样子。因为奈克洛兹玛失去了光,毒贝比的世界陷入黑暗,所以小智的毒贝比为了替其他毒贝比寻找合适的居住地方离开了这个地方。后来在阿罗拉的居民和宝可梦的帮助下,究极防卫队使奈克洛兹玛恢复了光,毒贝比的世界也恢复了原貌。小智和他的毒贝比告别后,和同学们回到了阿罗拉地区。　小智独自前往乌拉乌拉岛挑战默丹的大考验,期间认识了阿塞萝拉,后者带著小智造访乌拉乌拉岛的守护神-卡璞・哞哞,并与其进行特训,小智的鬃岩狼人也控制住了自己目光火红时的强大力量,完成了大考验,得到了鬃岩狼人Z。库库伊博士带著小智和同学们到波尼岛进行自由研究,他们见证了波尼岛岛屿女王的诞生。小智也完成了波尼岛的岛屿女王-哈普乌的大考验,并由皮卡丘选择了钢Z作为大考验的奖励。　小智与阿罗拉地区同伴们的大合照　从大乱斗!皇家对战151!开始,小智参加了玛纳罗大会。在决赛!最强劲敌对决!!至诞生!阿罗拉的霸者!!中,格拉吉欧与小智展开决赛。格拉吉欧用银伴战兽击败了小智的美录梅塔,但随后被小智的皮卡丘击倒。随后格拉吉欧派出利用幻觉特性变成鬃岩狼人的索罗亚克与小智的皮卡丘对战。最终索罗亚克与皮卡丘两败俱伤,同时失去战斗能力。随后格拉吉欧派出自己的鬃岩狼人与小智的鬃岩狼人对决,最终不敌而落败。小智获得冠军。　在恶食大王来袭!Z招式大决战!!中,小智,皮卡丘与皇家蒙面人和回归的四颚针龙击退了恶食大王。从最终对战!小智VS库库伊!!到阿罗拉最强的Z!卡璞・鸣鸣VS皮卡丘!!,小智与库库伊博士进行全面对战,最终小智获得胜利。　在太阳与月亮与大家的梦想!中,小智送别了四颚针龙并决定回到真新镇;在谢谢阿罗拉!各自的启程!!中,小智将自己在阿罗拉地区的宝可梦寄托给库库伊博士,与同学们告别,回到真新镇。　宝可梦　旅途　小智在宝可梦　旅途中的目标　回到关都后的某一天,小智和大木博士一起参加了枯叶市新的研究所——樱木研究所的落成典礼。在落成典礼上,研究所所樱木博士告诉与会者,在枯叶港很快就会出现一只极其稀有的宝可梦。小智听闻后迅速赶往那里,在小智面前出现的是传说的宝可梦洛奇亚。在与洛奇亚邂逅时,他还认识了一个叫小豪的男孩,两人共同乘着洛奇亚在关都地区的天空和海洋间穿梭。之后,小智和小豪一起回到了樱木研究所樱木博士感受到了小智和小豪的强大行动力,所以邀请小智和小豪成为他的研究所的特别研究员。花子担心小智从真新镇到枯叶市通勤过远,樱木博士表示可以让小智住在研究所。为了方便,花子把魔墙人偶留下来照顾小智的起居饮食。　之后,小智和小豪作为特别研究员的调查就拉开帷幕,他们首先调查了枯叶市里频繁出现的妙蛙草,接着前往伽勒尔地区的旷野地带亲眼目睹了超级巨化的卡比兽,还参加丰缘地区的对战开拓区・玻璃哨杯小智成功取得优胜,将偶遇的美咲走失的波加曼从关都地区送回神奥地区的雪峰市,前往城都地区调查凤王的目击情报等等。后来,小智和小豪前往伽勒尔地区观看了宝可梦世界锦标赛的决赛。比赛最终以丹帝打败阿渡告终,丹帝成功获得最强训练家——最强王者的称号。