蛋白质分离器(Protein skimmer)又称为泡沫分离器。它是利用水中的气泡表面 可以吸附混杂在水中的各种颗粒状的污垢以及可溶性的有机物的原理,采用充氧设备或旋涡泵产生大量的气泡,将通过蛋白质分离器将海水净化,这些气泡全部集中在水面形成泡沫,将泡沫收集在水面上的容器中,它就会变为黄色的液体被排除。蛋白质分离器可以有效地清除水中的有机物颗粒、蛋白质、有害金属离子等,水质净化效果较好。在海水鱼缸中,存在着很多高份子有机物,它们来自分解后的鱼类中的排泄物、残渣剩食等。对一些粗生的鱼类来说,一般它们并不会造成伤害;但对一些敏感的鱼类和软体生物来说,它们便会构成威胁。因此,我们只好使用蛋白分离器来除去这些高份子有机物。对新手们来说,很难分辨哪些是敏感的鱼类,怎样的污染程度才需要配这装置,但为了未来的鱼缸成长着想,不妨预先安装一个.