1911年10月武昌起义爆发,革命军占领武汉三镇。清廷派陆军大臣荫昌率领第一军南下镇压革命,派冯国璋组织第二军增援。但冯国璋和北洋各镇将领不愿服从荫昌指挥,心里只想着袁世凯,所以尽管清廷不断催令“火速”,而冯国璋的动作却很缓慢。清廷迫不得已,起用袁世凯为湖广总督,袁世凯以“足疾未痊”为借口,作势不出,而要求清廷给他军政大权。 10月23日,冯国璋到彰德见袁世凯。袁世凯奏请他接替荫昌担任第一军总统,并对他说:“非筹备周妥,计出万全,断难督师进攻。”他到湖北前线后,按照袁世凯的指示布置第一军“暂作守势”。当清廷被迫授袁世凯军政全权以后,袁世凯由彰德南下督师,命冯国璋进攻汉口。第一军协统李纯、王占元和陈光远都是冯国璋的亲信。在其指挥下,第一军与革命军激战四昼夜,于11月1日攻陷汉口。冯国璋纵兵烧杀,自桥口至蔡家巷繁盛之区变为一片瓦砾,居民死伤甚多。北洋军的暴行,激起全国人民极大的愤怒。各阶层人民纷纷通电声讨冯国璋及北洋军的罪行。
北洋军攻占汉口以后,袁世凯派人向革命党人提出以实行君主立宪为条件,“和平了结”,遭到革命党人的拒绝。为迫使革命党人就范,袁世凯命令冯军进攻汉阳,冯指挥第一军由蔡甸和驼罗口渡过汉水,于11月27日陷汉阳,并隔江炮轰武昌,使新成立的武昌革命政府受到严重威胁。清廷为酬其“战功”,赏给二等男爵。当时他欲乘胜渡江攻取武昌,袁世凯亲以电话阻止。这时,革命军虽在武汉暂时失利,但在南方各省进展迅速,江浙联军光复南京,长江海军也宣告起义,一时成相持局势。袁世凯为达到个人目的而攀请帝国主义出来“斡旋和平”,企图通过“南北议和”绞杀革命,攘夺政权。11月30日,冯国璋奉命与革命军商洽停战,很快达成暂时停战协议,规定12月2日至5日停战三天,以后又不断延长。然而,此时冯国璋对袁世凯的真正意图,尚未完全了解,所以仍不时致电内阁请派援军,鼓吹继续使用反革命武力,扑灭革命火焰。于是,袁世凯便命令段祺瑞代替他统率湖北各军,而调他为察哈尔都统。12月15日冯国璋离汉口北上。抵京后,奉命留京统筹近畿防务,兼充禁卫军总统。
禁卫军是满族少壮亲贵载涛控制的一支重要武力,官兵共一万二千人,大都反对清廷退位。冯国璋以支持清廷的姿态出现,顺利地掌握了这支武力。此后他便按照袁世凯的旨意,对满族少壮派军官进行恫吓和利诱,终于使禁卫军官兵大都同意清廷取得优待条件后“逊位”,而由袁世凯组织所谓“临时政府”。袁世凯取得民国大总统的职位后,一步一步地实行独裁统治。冯国璋仍统领禁卫军,兼充总统府军事处处长,1912年9月出任直隶都督兼民政长。次年3月,由于袁世凯派人暗杀了宋教仁,激起了南方各省革命党人的愤慨和反抗。冯国璋秉承袁世凯的意旨,串通各省军阀发表通电,攻击孙中山为首的革命党人“危害民国”,“破坏共和”,叫嚣武力解决。当袁世凯所派北洋军第六师攻入江西境内时,孙中山被迫发动“二次革命”,江西、江苏、安徽、广东、湖南等省纷纷宣布独立讨袁。7月23日,冯国璋奉命担任江淮宣抚使兼第二军军长,指挥北洋军沿津浦路南下,他从兖州韩庄出发,连陷宿县、蚌埠、滁县,8月16日到达浦口。在南京参加讨袁的第八师师长陈之骥(冯的女婿)过江向他投降。他得悉南京讨袁军陷入群龙无首的紊乱状态后,于25日挥军渡江,猛扑下关,与张勋所部辫子兵一起于9月2日攻陷南京。扑灭了“二次革命”以后,冯国璋于9月10日返回北京。袁世凯为酬劳他,特地介绍自己的家庭女教师周砥与他订婚。12月16日,袁世凯命冯国璋接替张勋担任江苏都督,次年又授以宣武上将军,仍坐镇南京,督理江苏军务。这时,冯国璋直接和间接控制的军队共二万余人,成为雄踞东南的北洋集团的实力人物。
从1913年底至1915年初,冯国璋发出许多通电,支持袁世凯解散国会、撕毁约法,攻击责任内阁制,主张实行总统制,使袁“以无限权能展其抱负”。然而,当中外盛传袁世凯准备恢复帝制时,他却感觉到了政局动荡的危险,担心袁世凯将失败,而且即使帝制能成功,皇位将由袁世凯的子孙去世袭,妨碍自己的继承希望。因此,1915年6月他进京打听内幕,22日谒见袁世凯时试探说:“外间传说大总统欲改帝制,请预为秘示,以便在地方上着手布置。”袁世凯矢口否认自己想当皇帝。冯国璋又进一步说:南方对于改革国体并非不赞成,只是时间问题,将来“天与人归”,“大总统虽谦让为怀,恐怕推也推不掉”。袁世凯勃然变色道:“这是什么话?假如有人用这等事逼我,我只有远走国外了。”
经此番试探,冯国璋以为帝制暂不会发生。7月9日他回南京,可是8月14日北京就成立了筹安会,敲响了帝制的锣鼓。开始他尚不敢相信,密电总统府机要局长张一麐探询,得到的回答是“事出有因”。不久,段芝贵、张镇芳等帝制干将纷纷派人到南京来游说,他始恍然大悟,深感自己受了欺骗,从此,对帝制敷衍搪塞,不肯出力,因而引起了袁世凯和政府“要津诸人”的“廑虑”。后来,为了和缓矛盾,他不得不一面派亲信入京“切为解说”;一面发表通电“辟谣”,声明他对袁以公谊论之“心悦诚服”,论私情则“受恩深重”,“分虽僚属,谊犹家人”。 尽管如此,袁世凯仍放心不下,于12月18日下令调他担任参谋总长,表面上说是让他进京主持军事全局,实则企图使其脱离江苏地盘。但是,他托词“害病”,拒不进京,并鼓动“江苏军民电请挽留”。袁世凯只得让他在南京“遥领”,说“不必急行到任”。
云南护国军于12月25日发动讨袁以后,贵州、广西等省相继响应。冯国璋眼看袁世凯的大势已去,出于自身利害考虑,遂暗中串通江西、浙江、山东、湖南等省将军联名请求袁“速取消帝制,以安人心”。这就是轰动一时的所谓“五将军密电”。在全国人民反帝制运动的压力下,袁世凯被迫于1916年3月22日取消帝制,不过仍想回过头来做大总统。但南方独立各省非要袁世凯退位不可。袁世凯便派人赴南京示意冯国璋出面联合未独立各省将军发一通电,挽留他继续做大总统。冯国璋认为此刻通电已无济于事,反而会引起南方独立各省的反感,不利于“和平解决”。他婉言加以拒绝,表示愿意从中调停。4月18日,他提出“和平解决”八条,其第一条即为承认袁世凯“仍居民国大总统地位”。这种条件理所当然地遭到南方独立各省的严词拒绝。于是,他即致电徐世昌、段祺瑞和王士珍,说明南军希望甚奢,仅仅取消帝制,实不足以服其心。要求他们劝袁“敝屣尊荣,亟筹自全之策”。同时,他将八条略加修改,于5月1日通电各方,其第一条改为:暂时承认袁为大总统,另组新国会,由袁提出辞职,再选举继任大总统。结果,南方独立各省仍然反对,并一针见血地指出其主张是“名为保袁,阴实自重”。与此同时,袁世凯又要求他对南方“说强硬的话,力为维持,以救大局”。冯国璋一面应付袁世凯,一面与南方独立各省周旋,信使往还不断。同时,又极力主张未独立各省将军“结成团体”,“贯通一气”,以实力调解“四省和中央”冲突。他企图趁人民反袁怒潮高涨的时机,独树一帜,操纵南北政局,使自己成为时局的重心。这正和袁世凯在辛亥革命时玩弄的手法一模一样。
5月5日,冯国璋赴蚌埠约同倪嗣冲,6日至徐州会晤张勋。11日,这三个地方实力派联名通电发起召开未独立各省代表会议。18日,十五省区将军、巡按使代表齐集南京开会,会议一开始就遇到袁退位的问题。一派主张让袁退位,一派则坚决反对,双方争持不下。冯国璋将其5月1日通电中提出的八条稍作修改后提交会议讨论,作为折中方案,仍不能得到与会代表一致赞同。会议开了五天,毫无结果。
6月6日,袁世凯病亡,南北各方关于他退位的争执随之烟消云散。黎元洪出任总统,段祺瑞以国务总理的名义掌握北洋政府的大权。10月30日国会选举冯国璋为副总统。冯国璋不愿意放弃地盘,乃于11月8日在南京就职,仍兼江苏督军。1917年2月间他曾一度到北京调解黎元洪和段祺瑞的矛盾。7月张勋复辟失败以后,黎元洪下野,冯以副总统代理大总统,段祺瑞仍任国务总理,组成新内阁,阁员大都是段的亲信。冯、段本来各有自己的派系,“关系始终未融洽”,冯国璋见以段祺瑞为首的皖系军阀把持北洋政府,本不想进京就职,后来经过多方疏通,段祺瑞又派其亲信靳云鹏到南京“欢迎”,他才答应北上。但为了维持以他为首的直系军阀在长江中下游各省的实力地位,入京前他断然拒绝属于皖系的倪嗣冲接任江苏督军,而安排自己的心腹李纯担任江苏督军,陈光远为江西督军,并通过李纯、南京交涉署交涉员兼督署顾问温世珍与英国驻南京领事馆和广西陆荣廷等保持联系。
冯国璋于8月1日抵京就职,不久和段祺瑞的矛盾便尖锐起来。当时,段祺瑞拒绝恢复民国初年约法,孙中山联合西南地方实力派在广州组成护法军政府,反对北洋军阀。段祺瑞依靠日本的援助,派兵攻入川、湘,决心推行“武力统一”政策;而冯国璋由于受英美策动,主张以维持西南军阀的地位和地盘,换取他们对北洋政府的承认,美其名曰“和平统一”,并暗中指示进入湖南的直系军队消极怠战。10月,二十师师长范国璋在湖南通电主和,并自动撤兵,段祺瑞的亲信湘督傅良佐仓皇失措,弃长沙出走。同时,入川的北洋军吴光新部也损兵折将,败退下来。紧接着,直隶曹锟、江苏李纯、江西陈光远、湖北王占元等督军相继发表主和通电。段祺瑞的“武力统一”政策严重受挫,乃于11月先后辞去陆军总长和国务总理职务。冯国璋派王士珍继任。但是段祺瑞不甘罢休,唆使皖系督军团要挟冯国璋继续对南方作战,奉系军阀张作霖也派兵入关,支持皖系。冯国璋见势不妙,即托词至南方巡阅,于1918年1月26日南下,当他的专车于次日行抵蚌埠时,却被皖系安徽督军倪嗣冲截住,逼他返京,下令作战。冯国璋不得已折回北京,在内外形势的压迫下,只得派曹锟兼两湖宣抚使,率第三师等北洋军主力进攻湖南,并准王士珍辞职,复任段祺瑞为国务总理。
1918年3月段祺瑞重新上台后,“武力统一”叫得更响。冯国璋表面支持段的政策,暗中却唆使李纯、曹锟等与西南军阀接洽和谈。 8月,代理第三师师长吴佩孚在衡阳首先发难,公开通电主张罢战息兵,并对皖系人物徐树铮等进行斥责。皖系控制的安福国会以冯国璋代理期满为由,于10月选举徐世昌为总统,实际是把冯国璋撵下了台。冯国璋遂通电全国,以报告代理总统一年经过情形为名,发泄自己对皖系的怨怼,他说:“查兵祸之如何酝酿,实起于国璋摄政以前,而兵事之不能结束,则在国璋退职以后。其中曲折情形,虽有不得已之苦衷,要皆国璋无德无能之所致。兵连祸结,于斯已极……人非木石,宁不痛心?”并表示今后“绝无希望出山之意”。冯国璋失去政治地位,同时段祺瑞也自动辞去国务总理,直皖两系的利害冲突表面似乎缓和下来,实际上却日趋剧烈。为了平息其不满,徐世昌特准他仍节制北洋十五、十六两师。这两个师是由禁卫军改编的,冯国璋代理总统时一直担任公府警卫。师长刘询、王廷桢都是他的亲信。
1919年春,冯国璋归河间故里,由十六师的两个连更番随护驻守。这时,他已变成田连阡陌的大地主兼大官僚资本家,在诗经村一带就有土地千余亩,在苏北又与张謇合办盐垦公司,占地七十万亩,在北京、天津和南京拥有几个钱庄,其中较为著名的有华通银行、华充银号。此外在开滦煤矿公司、中华汇业银行等处还有大量投资。当人们指责他“善自封殖”时,他还口说:“项城雄主,吾学萧何田宅自肥之计,多为商业,以塞忌者之口耳”,用骗人的鬼话来掩饰自己的贪欲。
同年10月,冯国璋由河间抵北京,表面说是为十五、十六两师争陆军部所欠月饷,实则是联络直系,企图东山再起。但12月初“忽感风寒,医治不愈”,于28日病故于北京帽儿胡同冯宅。临危召张一麐等口授遗言给徐世昌,仍希望“和平统一”早日完成。1920年2月2日葬于河间诗经村。