启东民主政府最初设在汇龙镇,后撤到江家镇。民国30年(1941年)3月,日军正式占领汇龙镇后,日伪炮制临时伪政府——“启东地方自治会”;启东抗日民主政府在农村流动。9月,为对付日军“扫荡”,抗日民主政府将启东、海门两县合并为海东行署。12月,改称海启行署。民国31年(1942年)7月,崇明划入,改称海启崇行署。9月,通东地区划入,成立东南行署,驻地在聚星镇。民国32年(1943年)4月1日,日伪正式成立伪政权“苏北清乡区启东特区公署”。其管辖范围是原老启东区域,即崇海界河以南。民国34年(1945年)8月31日,日伪军撤逃,日伪政权垮台。民国35年(1946年)1月,国民党“还乡”,在南通城组建启东县政府。10月起,随国民党军进驻汇龙镇。辖区崇海界河以南,即原国民党启东县政府管辖区域。同年3~11月,民主政府将启东、海门两县恢复建置,隶属于苏皖边区第一行政区。12月,启、海两县再度合并为东南行署,隶属于苏皖边区第九行政区。民国38年(1949年)1月,启东、海门全境解放。两县恢复建置,划海门的东部地区、通东的吕四地区归启东版图,县政府驻曹家镇。5月起,县政府迁至汇龙镇,隶属于苏北行政区南通专区。1953年,隶属江苏省南通专区,1968年隶属江苏省南通地区。1983年3月,江苏省实行市管县新体制,启东县隶属于南通市。1989年11月、12月,经国务院批准,民政部、江苏省人民政府先后发文,同意撤销启东县,以原区域设立启东市(县级),仍由南通市人民政府管理,实行计划单列。1990年2月15日,启东召开撤县建市大会,市委、市人大常委会、市人民政府、市政协挂牌,宣告启东市正式成立。1949年1月,启东全境解放,恢复启东县建制,考虑到原启东县地域过于狭小,且南通县、海门县地域东西向过于漫长,不易管理,将原海门东部海东、二效等区、南通县东部吕四区并入启东县。1954年9月,又将海门县王鲍区等地12个乡并入启东县。1954年12月,海门县通兴农场也划归启东县。2008年,启东实施乡镇行政区划调整:①撤销汇龙镇、永阳镇、惠丰镇,合并设立汇龙镇;②撤销民主镇、北新镇,合并设立北新镇;③撤销大兴镇、惠萍镇,合并设立惠萍镇;④撤销和合镇、寅阳镇,合并设立寅阳镇;⑤撤销新安镇、东海镇,合并设立东海镇;⑥撤销向阳镇、近海镇,合并设立近海镇;⑦撤销少直镇、南阳镇,合并设立南阳镇;⑧撤销东元镇、海复镇,合并设立海复镇;⑨撤销志良镇、合作镇,合并设立合作镇;⑩撤销久隆镇、王鲍镇,合并设立王鲍镇;⑾撤销天汾镇、兆民镇、吕四港镇,合并设立吕四港镇。