日本是世界上降水量较多的地区。主要原因包括了日本海侧地区冬季的降雪;6月、7月(冲绳、奄美为5月、6月)间连绵不断的梅雨;以及夏季到秋季登陆或接近日本的台风。日本有记载的最高温度纪录是40.9℃,于2007年8月16日在崎玉县熊谷市和岐阜县多治见市测得;有记载的最低温度纪录是-41℃,于1902年1月25日在北海道旭川市测得。日本境内河流流程短水能资源丰富,最长的信浓川长约367公里;最大的湖泊是琵琶湖,面积672.8平方千米。日本海岸线全长33889公里。由于日本是一个岛国,因此其海岸线十分复杂。西部日本海一侧多悬崖峭壁,港口稀少,东部太平洋一侧多入海口,形成许多天然良港。在东部太平洋一侧自南向北均被日本暖流(黑潮)环绕、东北部形成千岛寒流(亲潮),西部日本海一侧是对马暖流和里曼寒流。在寒流和暖流交汇处,鱼类资源丰富,成为天然渔场。由于地处海洋的包围之中,终年温和湿润,冬无严寒,夏无酷暑。夏秋两季多台风,6月份多梅雨。1月平均气温北部-6℃,南部16℃;7月北部17℃,南部28℃。年降水量700毫米至3500毫米,最高达4000毫米以上。日本的植物种类繁多。在日本本土生长着约5560种植物(4720种被子植物,40种裸子植物,800种蕨类植物)。约有1950种被子植物和裸子植物为日本本土原生植物,约占日本所有被子植物和裸子植物的35%。约有1600种被子植物和高裸子植物为日本当地的原生植物。截止到2011年11月,共有超过6万种生物在日本生息。但是,日本森林资源丰富,森林覆盖率占日本陆地面积的69%,是世界上森林覆盖率最高的国家之一。