跑步时屁股疼痛可以有以下几种原因:第一、急性的臀部筋膜炎或者大腿后侧的筋膜炎,要进行适当的休息,可以进行消炎止痛药物的治疗,比如塞来昔布、洛索洛芬钠片,也可以进行微波或者远红外线理疗来止痛治疗。第二、肌腱炎,在臀部可以有很多肌肉的附着点,如果在跑步时肌肉长期的受牵拉或者止点急性损伤,就会出现急性的炎症,从而出现屁股的疼痛。第三、腰椎间盘突出,如果患者腰间盘突出比较严重压迫了神经,在跑步时由于下肢的活动导致神经根受到牵拉,从而出现臀部的疼痛。这时要停止运动,进行CT以及核磁检查来进一步确诊和治疗。