陈瑞一生最引争议的就是澳门之事,有论者说陈瑞因贪贿而私自出卖澳门,而此说对陈瑞是很不公平的。首先,葡人入据澳门不从陈瑞始。澳门是广东肇庆府香山县的一个小渔村,嘉靖初年就有葡人驾舟来经商,嘉靖三十二年,葡人借口晾晒水渍货物,强行登岸租占,葡人与海道副使汪柏的秘密协定两年后也经朝廷批复。此后葡人年年缴纳地租,万历元年开始,地租银就已正式记入香山县赋税收入。第二,明廷对澳门政策早在陈瑞之前就已定型,陈瑞不过延续此政策而已。让葡人留居而设关严管,此政策一直延续到明亡,还继续到清末。第三,陈瑞是按朝廷的意旨办事,是为维护国家的稳定。当时广东沿海海盗蜂起,倭寇猖獗,葡人居澳地位未明,这些都影响到明朝政权的稳固,朝廷对广东的策略是穷剿海盗,力战倭寇,安定葡人而严管之,避免拥有坚船利炮的葡人与海盗倭寇有任何牵连。陈瑞正是采取这样的措施,安定了葡人,才能专心剿倭,才有几个月后的破倭大捷。第四,考察受贿之说材料的来源,其真实性令人怀疑。人们认定陈瑞受贿的材料全来自利玛窦和金尼阁的《利玛窦中国札记》。