皇藏峪属暖湿带落叶阔叶林区,有地球同纬度保存最好完好的落叶阔叶林带,据不完全统计,皇藏峪植物群落中现存名贵树种199种,百年以上的古树名木有1000多棵,其中千年以上的有300多棵,最古老的树是一棵距今3500年的青檀树,森林植被种类以华北植物区系成分为主,同时混有相当数量亚热带树种。皇藏峪里,千年古树名木随处可见,以古青檀群落、栎树群落、南京椴群落最为出名。皇藏峪的古栎树群落主要分布在塔林,整个群落占地约有130公顷,有千年以上古栎树470多棵。南京椴,为我国特有稀有树种,由于自然植被的破坏,已不易找到,在皇藏峪自然保护区皇藏洞至拔剑泉一线,有大小190多棵南京椴,平均胸径40厘米,高度在15米以上。此外,在皇藏峪百斤岗和龙岗山南大约9.17公顷的山坡上生长着大量的黄连木,平均胸径为26厘米,树高13米左右,与黄檀、刺槐、杜梨等树种形成落叶阔叶林群落。皇藏峪的顽童攀古树,集天地之灵气,吸日月之精华,长成人体形状,很像一个光屁股的儿童在向树洞掏鸟窝。千年古树石破天惊,树龄约1700年,高约19米,胸径49厘米,特点:千年古青檀生于石缝之中,树基报吞巨石,树石相互支撑,令人惊叹。位于瑞云寺大雄宝殿前瓜子黄杨树龄约有1500年。俗话说“千年不大黄杨树”,瓜子黄杨是一种常绿灌木,生长极为缓慢,一年只长一寸,俗称“千年矮”。瓜子黄杨能长成大树世间罕见,这么古老的瓜子黄杨,在华夏大地上仅有三棵:一棵在北京故宫皇帝家,一棵在山东曲府圣人家,另一棵在安徽皇藏峪僧人家。