我国的豆豉生产中参与发酵的微生物种类繁多,大致可以分为可分为霉菌型豆豉和细菌型豆豉。霉菌型豆豉中有根霉型豆豉、米曲霉型豆豉及毛霉型豆豉。日本纳豆与我国的细菌型豆豉同源,天培则源于根霉型豆豉。
日本从平安时代开始用稻草上的枯草杆菌生产纳豆,在较高温度下,使枯草杆菌(Bacill us subtilis)繁殖于蒸熟大豆上,借助其较强的蛋白酶生产出风味独特具有特异功能性的食品,其最大特点是产生粘性物质,并可拉丝。1905 年北海道大学池村博士从土壤中分离出一种新的具有特性的纳豆酿制枯草杆菌菌种,并提出单独作为一“种”, 命名为纳豆芽孢杆菌( Bacill us nat tosaw amura) 。但有欧美学者在研究纳豆芽孢杆菌的生理生化特征后,认为其生理学性质及其它性质与枯草杆菌相同,伯捷手册第6 版也将纳豆菌包括于枯草杆菌属内,目前在国际上还未把纳豆菌列为独立的菌种,但习惯上仍称之为纳豆杆菌。