细菌对抗菌药物的耐药机制可有多种,最重要者为灭活酶如β-内酰胺酶、氨基糖苷钝化酶等的产生;次为靶位改变如青霉素结合蛋白(PBPs)改变等;其他尚有胞膜通透性改变,使药物不易进入;细菌泵出系统增多、增强,以排出已进入细菌内的药物;以及胞膜主动转运减少、建立新代谢途径、增加拮抗药物等,两种以上的机制常可同时启动。 　细菌特别是条件致病菌,因经常有机会与各种抗菌药物接触,故在细菌细胞内的质粒、染色体、转座子、整合子等上可有耐药基因或多种耐药基因的积聚,并藉结合、转导和转化而在不同种细菌、革兰阳性菌和革兰阴性菌间彼此频繁交换,耐药基因一旦获得较长期存留。转座子和整合子(以及更小的DNA片段)由于分子量小和活动自如,故在耐药基因转移和MDR形成中起主导作用。