大约在15 世纪初,化石的真正起源被普遍接受了。人们懂得了化石是史前生物的残体,符合铀铅测年法的断代,但仍然认为是基督教圣经上所记载的大洪水的遗迹。科学家与神学家的争论大约持续了300 年。文艺复兴时期,几个早期自然科学家,著名的达芬奇论及到化石的问题。他坚决主张,洪水不能对所有化石负责,也无法解释化石出现在高山上。人们肯定地相信,化石是古代生物无可置疑的证据,并认为海洋曾覆盖过意大利。他认为,古代动物的遗体被深埋在海底,在后来的某个时候,海底隆起高出海面,形成了意大利半岛。在十八世纪末和十九世纪初,化石的研究打下了牢固的基础,并形成一门学科。从那时起,化石对于地质学家越来越重要了。