1955年迁武汉。院系调整期间,邵式平省长请示中央同意,一是将原拟成立江西师专改为江西师范学院,二是保留生物科。1958年,江西工学院和江西大学成立,1962年江西师院生物系并入江西大学,1965年,江西大学和江西工学院均初具规模,江西大学设7个系、12个专业和瑞金分校;江西工学院设4个系、9个专业,1985年江西工学院更名为江西工业大学,江西大学和江西共青垦殖场联合创办了江西大学共青学院。1993年江西大学与江西工业大学合并组建成新的南昌大学,同年成为江西省第一个博士授予单位。1997年,南昌大学正式列入国家“211”工程重点建设大学。2002年12月29日,南昌大学前湖校区奠基。2004年,江西省人民政府、教育部签署协议,南昌大学实行省部共建。2005年,南昌大学与江西医学院正式合并组建新南昌大学。2008年10月6日,南昌大学太阳能光伏学院成立,是中国第一所在大学设立的光伏学院。2017年9月,入选国家首批“双一流”世界一流学科建设高校。2018年2月,入选江西省首批大众创业万众创新示范基地。2019年2月,南昌大学被教育部认定为首批高等学校科技成果转化和技术转移基地。