上海市儿童医院呼吸科是上海市儿科成立较早,拥有固定呼吸科病区,比较完善的小儿呼吸内科,病区住院床位40张。设专家门诊,哮喘门诊。配备有肺功能室,纤维支气管镜室,血气分析,呼吸血氧检测以及高分辨螺旋CT。近年来开展多种呼吸道病原检测,过敏原检测和纤维支气管镜检查,对于儿童呼吸道疑难病例的诊断和治疗水平有了进一步提高。具有很强临床的综合实力,有一支比较完整的老中青结合的医疗队伍,每年接受来自全国各地的大量疑难重症呼吸病患者,并接受上海及周边地区医院的呼吸疑难危重病人的转诊和会诊。在学科负责人全国知名的儿科呼吸病专家陆权教授指导下,开展多种临床实践和研究,在儿童呼吸道疾病的预防和治疗方面积累了大量经验,在儿童呼吸道病原菌检测,细菌耐药性的检测等方面处于国内领先水平。该科历来是该院的教学病房,目前仍是复旦大学华山临床医学院、上海第二医科大学新华临床医学院的教学基地,2003年又成为交通大学医学院教学基地。小儿肾内科于20世纪60年代由何威逊教授创建。经过数十年发展,目前拥有多名国内外知名专家和教授,有肾穿刺室、腹膜透析室和肾脏病实验室。肾内科于80年代初率先在国内开展小儿肾穿刺活检术。至今已成功进行了2500余例,非麻醉下婴儿肾穿刺处于国内领先。血液透析、腹膜透析和血液滤过技术处于国内先进。肾内科至今发表论文100余篇,多次获得优秀论文奖。何威逊教授曾获卫生部科技进步三等奖。肾内科擅长各种肾小球疾病、肾小管疾病、急慢性肾功能衰竭的诊断和治疗。上海交通大学医学遗传研究所,同时也是上海市儿童医院上海医学遗传研究所,现有科技人员30多人,现任所长曾溢滔院士。该所的主要研究方向是应用现代生物学和医学的理论和方法,进行医学遗传学、胚胎工程和转基因动物等领域的基础和应用研究,并开展基因诊断、基因治疗、基因调控和干细胞的研究,为疾病的防治和生物技术产业化提供技术方法和科学依据。医学遗传研究所设有分子遗传、细胞遗传、生化遗传和临床遗传等4个研究室,是卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室、上海市胚胎与生殖工程重点实验室以及中国遗传医学中心基因诊断部的依托单位,还建有转基因动物研究中心。承担着国家“863”计划重大专项、“973”项目、国家自然科学基金重大项目、卫生部和上海市重点科研项目以及国家首批国际重大合作项目。20多年来,该所始终瞄准本学科国际前沿,结合中国实情,形成了基础和应用研究相结合,医学、遗传学和胚胎学等学科交叉、渗透的科研体系。在血红蛋白分子病、遗传病基因诊断和基因治疗、真核基因的表达调控、奶牛和山羊的性别控制、转基因动物/乳腺生物反应器,以及干细胞研究等领域,获得国家级、部委级和上海市的重大成果奖30多次,其中国家科技进步奖二等奖3项(1991,1996,2000),三等奖2项(1985,1993);卫生部科技进步甲级成果奖3项(1982,1983,1985);上海市科技进步奖一等奖3项(1989,1997,2002)。近年来还研制成功在乳汁中有活性的人凝血因子IX表达的转基因山羊和携带人血清白蛋白基因的转基因试管牛,被两院院士评选为1998年和1999年“中国十大科技进展”之一,还被国家科技部评选为“‘99中国基础科学十大新闻”之首。该所曾多次被评为卫生部、国家计生委和上海市的模范先进集体,以及上海市和全国三八红旗集体(1999,2000),2003年荣获全国“五一”奖状;在胚胎工程领域,申请了或获得了国外、国内发明专利10项,实用新型专利2项;在国内外发表论文近500篇,主编学术专著6部,为中国生命科学事业的发展作出了重要的贡献。