清代至民国期间,大觉寺有规模不等的修缮。中华人民共和国“文化大革命”初期,大觉寺遭到严重破坏,寺内现仅存清康熙、光绪年间竖立的石刻碑记四方,分别记述寺院的历史源流、道场盛况、田地财产、禅师主持事迹,此外,尚存清光绪二十一年(1895)冬住持僧志景铸大铁磐一尊。大觉寺1983年8月定为县级文物保护单位,次年底经批准正式开放。此后,大觉寺得到地方政府领导的关心和资助,1994年以后,经大觉寺住持修文多方筹集资金,将水吉镇至寺庙公路分段修建为水泥路面。1995年9月8日,大觉寺因香客点燃蜡烛引发火灾,烧毁藏经楼1栋,面积220平方米,焚毁经书等一批珍贵文化遗产,直接经济损失4万余元。