1341年,高僧天如禅师来到苏州讲经,受到弟子们拥戴。翌年(元代最后一位皇帝顺帝至正二年),弟子们买地置屋为天如禅师建禅林。元代至正二年(1342年),由天如禅师惟则的弟子为奉其师所造,初名“狮子林寺”,后易名“普提正宗寺”、“圣恩寺”。史载,元末名僧天如禅师惟则的弟子“相率出资,买地结屋,以居其师”。因园内“林有竹万,竹下多怪石,状如狻猊(狮子)者”,又因天如禅师惟则得法于浙江天目山狮子岩普应国师中峰,为纪念佛徒衣钵、师承关系,取佛经中狮子座之意,故名“师子林”、“狮子林”。亦因佛书上有“狮子吼”一语(“狮子吼”是指禅师传授经文),且众多假山酷似狮形而命名。天如禅师谢世以后,弟子散去,寺园逐渐荒芜。明洪武六年(1373年),73岁的大书画家倪瓒(号云林)途经苏州,曾参与造园,并题诗作画(绘有《狮子林图》)。清乾隆初,寺园变为私产,与寺殿隔绝,名涉园,因园内有五棵松树,故又称五松园。1917年为颜料买办商人贝润生购得,经9年修建、扩建,仍名狮子林(园东为贝氏家祠、族学和住宅)。明万历十七年(1589年),明姓和尚托钵化缘于长安,重建狮子林圣恩寺、佛殿,再现兴旺景象。至康熙年间,寺、园分开,后为黄熙之父、衡州知府黄兴祖买下,取名“园”。1703年2月11日清康熙巡游至此,赐额“狮林寺”,后清乾隆皇帝六游狮子林,先后赐“镜智圆照”、“画禅寺”及现存“真趣”等额匾。清乾隆三十六年(公元1771年),黄熙高中状元,精修府第,重整庭院,取名“五松园”。至清光绪中叶黄氏家道衰败,园已倾圮,唯假山依旧。1917年,上海颜料巨商贝润生(世界著名建筑大师贝聿铭的叔公)从民政总长李钟钰手中购得狮子林,花80亿银元,用了将近70年的时间整修,新增了部分景点,并冠以“狮子林”旧名,狮子林一时冠盖苏城。贝润生原准备筹备开放,但因抗战爆发而未能如愿。1945年贝润生病故后,狮子林由其孙贝焕章管理。解放后,贝氏后人将园捐献给国家,苏州园林管理处接管整修后,于1954年对公众开放。1955年,狮子林祠堂建筑大部分为文化部门使用。1963年3月20日,狮子林被公布为苏州市文物保护单位。1966年5月,“文革”开始。十年“文革”中,狮子林曾一度改名为“朝阳公园”。1967年一度曾停止开放。1973年4月,又恢复原名称。1975年,苏州市园林管理处用3万元人民币,买下了苏州市长风厂招待所内原郑氏家属所有的楠木姐妹厅,将其中朝南的厅移建在原荷花厅位置上,改名为花篮厅。1982年3月,狮子林被公布为江苏省文物保护单位。1988年5月,在原贝氏族校内的苏州工艺美校搬迁结束;6月狮子林接管,共计面积1360平方米。1997年12月,苏州市园林管理局举行新闻发布会,宣布狮子林被列入申报世界文化遗产增补名单。1999年10月,狮子林新的“百年紫藤架”正式对游客开放。2000年8月,因“见山楼”危情显现,同时该建筑的水泥外墙与元代园林及周围建筑不协调,为保持园内风格的统一,拟在维修中对见山楼作部分变动”。2000年9月,江苏省文化厅以苏文物【2000】54号文批复同意进行维修。12月底,见山楼经过改建工程完成。2000年11月,在澳大利亚凯恩斯举行的联合国教科文组织第24届世界遗产委员会会议上,狮子林等五处园林被正式批准列入《世界文化遗产名录》。2001年4月,狮子林照墙南墙上新增从北京圆明园遗址拓下的乾隆手书“狮子林”题字。2002年4月,倪云林(倪瓒)“狮子林图”书条石镶嵌在真趣亭北长廊的东侧。2003年11月,世界建筑大师贝聿铭先生两次来到狮子林,为狮子林题写了“石品洞天狮子林”七个字。2004年4月,狮子林获国家AAAA级旅游景区的标牌。2004年6月,狮子林历史陈列馆正式开馆。