医院检查肠道菌群一般通过做大便培养检查来判断。通常需要留取患者新鲜的大便标本植入培养基,在37度恒温环境中增殖24小时,然后观察培养基中的菌落则可以判断肠道内有哪些细菌以及细菌的多少。一般肠道菌群的种类比较多,有些肠道的正常菌群需要在无氧环境中才能繁殖,在做细菌培养时还需要同时做普通细菌和厌氧菌的培养。