黄帝最初的神职盖为雷神。《春秋·台诚图》称黄帝起于雷电,并说:“轩辕,主雷雨之神。”然黄帝以雷神崛起后又为中央天帝,位为最尊。《淮南子·天文训》:“东方木也,其帝太嗥,其佐句芒,执归而治春;……南方火也,其帝炎帝,其佐朱明(祝融),执衡而牿夏;……中央土也,其帝黄帝;……西方金也,其帝少昊,其佐蓐收,执矩而治秋;……北方水也,其帝颛顼,其佐玄冥(禺疆),执权而治冬。”这和苗族古歌说他们祖先“格蚩耶老”(可能是蚩尤)的对手是雷公是一致。大概黄帝最初和风伯等都是神农氏诸侯, 担任雷的巫帅。
目前:道教有许多经书传于黄帝,如《黄帝九鼎神丹经》、《黄帝内经》、《龙虎经》、《阴符经》等。《真灵位业图》中,排列神仙位次,称他为“星圃真人轩辕呈帝”,列在第三神阶的左位。