3,4,11,38,39
单核苷酸多态性(SNPs;等位基因间单个碱基不同的基因组位点)的使用一直在增加。SNPs的一个优点是非常常见,2条染色体每1300bp就有1bp互不相同13,14,而且SNPs的突变率比SSRs低。许多SNP基因分型技术正处于不同的发展阶段,其中包括使用电泳、寡核苷酸微阵列、质谱、荧光微量平板读数或流式细胞术等方法。与SSR相比,这些方法中的一些方法可以实现超高通量的基因分型。49 SNP相对于SSR的一个缺点是SNP的多态性较低,因为大多数SNP只有2个等位基因。
基因分型数据可以使用各种统计或经验分析形式来解释;在特定情况下,什么是最合适的取决于疾病的特征、可用样本的类型和大小以及样本所来自的人群的特征。可以使用连锁分析和/或群体遗传定位来评估遗传定位数据。
3.3 疾病基因定位第1部分:连锁分析
连锁分析是一种强大的、以家庭为基础的疾病定位方法。它利用了这样一个事实,即包含疾病基因的基因组区域的特定副本与疾病在一个家庭内是共同遗传的;这反映了由于疾病突变和邻近的遗传标记之间非常接近,所以缺乏重组。在一个家庭中,共同患有某种疾病的个体通常会在疾病基因附近的标记上共享等位基因(图1)。与疾病共同遗传的特定等位基因在家系之间往往不同,反映了等位基因的异质性或祖先的基因重组事件。连锁分析的结果被报告为LOD分数,表示疾病位点和遗传标记在遗传上相关联的相对可能性(具有重组分数θ),而不是它们在遗传上不相关联。至少+3.3的LOD分数通常被认为是全基因组筛查中连锁的证据。LOD值为−2或更低时,排除与某一地区的疾病关联。连锁分析允许定位CF基因。