普陀山全山土地总面积19735亩,其中土壤面积19209亩,占97.3%;寺院、居民住房基地430亩,水面24亩,公路73亩,分别占总面积的2. 2%、0. 12%和0. 38%。按浙江省第二次土壤普查分类,全山土壤归属为红壤、潮土、盐士、水稻土4个土类;红壤、黄红壤、浸蚀型红壤、潮土。滨海盐土、渗育型水稻土。潴育型水稻土、盐渍型水稻土8个亚类。普陀山四周濒海,地表水大部分泻入海,地层富水性弱,地下水资源有限。普陀山地表水:普陀山年均降水1187.8毫米,年总降水量1403万立方米,泾流系数0.43,年泾流量579万立方米,平均每平千米有48.9万立方米。地下水:赋存于第四纪松散岩层中,其中沿岸砂、粉水层含水性较好,水深1—3米,从近海边切割处渗出。总计全山地下水资源102.52万立方米。