2006年9月,出现了污染物问题:在下游,未处理的污水注入河道。约旦河上游靠近加利利海的一小段,仍然保持原始状态。大部分污染出现在下游的60英里河段 - 从加利利海到死海的曲折河段。环保主义者声称约旦河的生态系统已经几乎被摧毁,救援工作可能需要数十年。2007年,地球之友中东宣布约旦河是世界上100个濒危的生态地点之一,部分归因于以色列和邻近的阿拉伯国家之间缺乏合作。重要性对于这片干燥的地区,约旦河河水是极其重要的资源,也是黎巴嫩、叙利亚、约旦、以色列和巴勒斯坦之间争议的焦点。