中昆仑山海拔6000米以上的山峰有8座,如乌孜塔格(6254米)、慕士山(6638米)、琼木孜塔格(6920米),平均海拔5000~5500米,北坡雪线5100~5800米。主要河流有喀拉喀什河、玉龙喀什河、克里雅河、尼雅河及安迪尔河,除和田河上源喀拉喀什河和玉龙喀什河水量较大,有利灌溉外,其他河流出山后很快没入塔克拉玛干沙漠中。山地下部为合头草、红沙半灌木荒漠,棕漠土;上部为沙生针茅、短花针茅为主的草原化荒漠,棕钙土;向上过渡为针茅、昆生葱、昆仑蒿为主的高寒荒源草原;在海拔4500米山地内部坡麓及岩屑坡上,垫状驼绒藜、糙点地梅组成稀疏的高寒荒漠;在海拔4500~5500米的下部为稀疏植被,上部为寒冻风化带,更高山峰则为冰雪带。东段东段向东略呈扇形展开,分为3支:北支祁漫塔格山,其南隔以阿牙克库木盆地,东延为唐松乌拉山、布尔汗布达山;中支阿尔格山,东延为博卡雷克塔格、唐格乌拉山与布青山,地形上与阿尼玛卿山相接;南支为构成青南高原上的主体山脉,东延与相接。