自助登机自助登机口设置在4号候机楼68号登机口,旅客通过扫描登机牌上的二维码可以快速实现登机。一卡通旅客若持有二代身份证、属于非特殊旅客、无托运行李且对座位没有特殊需求的,可以直接前往4号候机楼B/C/I/H/J通道直接办理过检登机手续。海空联运为方便旅客从厦金航线往返海峡两岸,厦门航空港和厦门五通码头联合推出“海空联运”服务,从乘船到乘机紧密衔接。航空联运在码头的值机柜台,可以提供订票、售票服务,销售国内国际各大航空公司的机票,并可在机场行前取票。还可以办理乘机手续,在旅客下船,通过联检后,可直接在隔离厅的专用柜台内换取登机牌,并可以托运并安检行李,在到达层提供专用的穿梭巴士,将旅客直接送往机场,旅客到机场后就可以直接登机。