爬行类 Reptilia 或 蜥孔类 Sauropsida 分为两支,副爬行类 Parareptilia 和真爬行类 Eureptilia。中龙类 Mesosauria 可能属于副爬行类,也可能构成爬行类的外类群。
真爬行类包括大鼻龙科 Captorhinidae 等基干类群以及双孔类 Diapsida,双孔类则包括基干的纤肢龙类 Araeoscelida 和杨氏蜥形类 Younginiformes 等,以及蜥类 Sauria。鱼龙型类Ichthyosauromorpha 和离龙类 Choristodera 在双孔类中的位置有争议。
蜥类分为鳞龙型类 Lepidosauromorpha 和主龙型类 Archosauromorpha,鳞龙型类除了鳞龙形类 Lepidosauriformes 以外,还可能包括海龙类 Thalattosauria 和鳍龙类 Sauropterygia (包括赑屃龙类)。鳞龙形类包括孔耐蜥科 Kuehneosauridae 等基干类群和鳞龙类 Lepidosauria,鳞龙类分为喙头蜥类 Rhynchocephalia 和有鳞类 Squamata。
主龙型类则主要包括喙龙类 Rhynchosauria、三棱龙类 Trilophosauria、“原龙类” "Protorosauria" 等基干类群以及主龙形类 Archosauriformes,龟鳖类 Testudines 可能也属于主龙型类。
主龙形类主要包括“古鳄科” "Proterosuchidae"、引鳄科 Erythrosuchidae 、植龙类 Phytosauridae 和主龙类 Archosauria 等,主龙类分为两支,假鳄类 Pseudosuchia 和鸟跖类 Avemetatarsalia。
假鳄类主要包括恩吐龙类 Aetosauria、鸟鳄科 Ornithosuchidae、纤细鳄科 Gracilisuchidae、坡坡龙类 Poposauria、基干披甲类 Basal Loricata(“劳氏鳄科”)和鳄型类 Crocodylomorpha,鸟跖类主要包括翼龙类 Pterosauria和恐龙型类 Dinosauromorpha。
一般认为鳍龙类属于鳞龙型类,而将龟鳖类置于主龙型类是基于分子生物学的研究。而认为龟鳖类和鳍龙类构成单系群