机场飞行指挥中心航管楼位于航站楼西侧,由塔台楼和技术用房组成,建筑面积1027.6平方米。塔台楼12层,固定指挥塔台建在顶层,为正八边形。航站区配套房包括办公楼、车库、油库、气象观察室等,总面积7607平方米。航站区内道路总长2661米,自大门口向右连接福厦公路,路长966米,向左至江头(老福厦线)4400米。卸油铁路专用线位于鹰厦线高崎东侧,铁路线长688.42米,线路等级为专用线Ⅲ级,由前进型蒸汽机车牵引。航站楼南向为一小广场,总面积17.51万平方米,包括已建成的停车场5076平方米。一期扩建1989年1月,机场扩建停机坪面积2万平方米;扩建3号候机楼国内厅建筑面积4300平方米,于1990年4月完工交付使用。12月开始实行国内国际旅客分流,并再度扩建,新增停机坪面积1万平方米,1991年8月启用。二期扩建1992到1996年,机场进行二期扩建,新的候机楼(3号)由华东建筑设计研究院和加拿大B+H建筑师事务所设计。工程主要项目有:跑道延长700米,增建1条3300米的平行滑行道及5条联络道,扩建站坪18.9万平方米,新建12.7万平方米的候机楼及供水、供电、排污、通讯导航等配套设施。科威特基金会贷款1800万美元用于厦门高崎国际机场二期扩建。1993年10月,2号候机楼竣工启用。1995年9月,3号候机楼封顶。新候机楼的建筑方案由华东设计院及加拿大B.H建筑师事务所设计,建筑高度40.7米,共4层:地下车库、旅客到达层、旅客出发层、商业层。主楼纵深108米,宽252米,候机楼内配备进口程控交换设备、离港控制系统、半路监控系统、综合保安系统、消防报警和自动灭火系统、卫星公共天线系统、楼宇自动收费管理系统、广播系统、无线电通讯系统和安检设备等14个弱电系统,还有19部手扶电梯、9部升降电梯、7条自动步道、1套有10个行李转盘的行李传送系统、60个值机柜台、41间卫生间,并配备残疾人卫生间和残疾人专用通道,在东西指廊还特设国际国内贵宾厅。候机楼旅客出发层面积2.8万平方米,到达层面积2.9万平方米,出发层与到达层之间的商业面积1.6万平方米。7条自动步道总长度516米,地下停车库可停放600辆汽车。候机楼前方的园林广场由厦门大学建筑研究院设计,港厦艺苑装修工程公司承建,面积5.5万平方米,其中绿地占总面积的60%。三期扩建2006年,机场三期扩建工程开工,工程包括飞行区、空中交通管制系统、旅客航站区、货运区等四方面。