辖16镇16乡。市政府驻隆化镇。1998年,大观镇析出恢复河图、土溪两乡。调整后,南川市辖隆化、三泉、南坪、神童、文凤、大观、兴隆、太平场、白沙、水江、石墙、金山、头渡、大有、合溪、鸣玉16个镇和石莲、岭坝、木凉、乾丰、鱼泉、青龙、骑龙、德隆、庆元、古花、马嘴、民主、冷水关、石溪、福寿、沿塘、峰岩、河图、土溪、铁村庄、中桥21个乡。2001年8月31日,重庆市政府批准同意南川市将37个乡镇调整为34个街、镇、乡:撤销隆化镇、文凤镇和沿塘、青龙、岭坝、马嘴4个乡,新建东城、南城、西城3个街道,扩大三泉、水江、南平、大有4个镇行政区域,保留27个乡镇。调整后,乡镇平均面积由调整前的70.3平方千米扩大至76.5平方千米。