如果肛瘘不治疗,有时外口闭合、脓液积聚,就会破裂,再次形成瘘口和外口。从单纯性肛瘘到复杂性肛瘘,再到深部肛瘘会形成高位肛瘘,增加后期手术难度。如果长期不治疗肛瘘,慢性炎症会刺激瘘管和外口,形成局部硬结,有癌变的危险。如果不治疗肛瘘,随着瘘管的增大及其位置的加深,肛周瘢痕会增多,会影响肛门括约肌的功能。