根据您的叙述。
第一,补税是补的国税和地税,而非工商税收。工商局无权过问,工商现在没有收费权。(年检验照的收费也取消了)如果是代办,你还是亲自跑税务局问清楚。
第二,办理营业执照注销,要先进行税务注销。你是否去税务局注销税务登记证,确实需要补缴税款。
第三,如果存在欠缴国税,地税,必须补税后才能注销工商营业执照。
建议:没去税务局的话,先跑税务局注销税务登记,记得带上以前的完税凭证。如果税务局要求补税,请税务局说明补税依据。