接种Hib疫苗未发现与疫苗有关的严重不良反应,较为常见的不良反依次为发热、接种局部红斑和肿块或硬结,且多在接种6小时后出现,接种24小时和48小时后基本逐步减小或消失。轻度不良事件注射Hib疫苗之后,局部反应是常见的。在接种疫苗后24小时内,接种者可在注射部位感觉疼痛和触痛。这些反应一般是轻微和短暂的。在多数情况下,2至3天内会自动消失,不需要进一步的医疗处理(Fritzell和Plotkin,1992)。在注射Hib疫苗之后,极少发生轻度全身性反应,包括发热(2%)(Valdheim等,1990)。严重不良事件注射Hib疫苗之后的严重不良事件不常见,所以这种疫苗是当前可获得的最安全的疫苗之一。在包括4459名纳瓦霍族婴儿的一次研究中,接受Hib共轭疫苗的婴儿与接受安慰剂的婴儿之间在发生的严重不良反应类型和频率方面没有差异(CDC,1991)。研究还表明,使用Hib疫苗对HIV感染患者是安全的。(Leroy等,1996;Dockrell等,1998)。过敏反应在批准使用之前的临床试用期间,没有过敏反应的报道。此后,上市后的监测中确认了5例可能的过敏反应(Milstien等,1987;Stratton等,1994)。但是,未发表过接受Hib疫苗之后发生过敏反应的报道。在审查了现有数据之后,美国医学研究院认为没有足够的证据接受或排除Hib疫苗与过敏反应之间的因果关系(Stratton等,1994)。