1959年3月,中共内蒙古大学第一次党员代表大会和共青团内蒙古大学第一次团员代表大会召开。1977年12月,召开全校教学工作会议,使遭到“文革”破坏的教学工作走上正轨。1978年2月,被教育部确定为全国重点大学。1980年9月,学校党委召开扩大会议,研究制定学校长远发展规划,提出把学校建设成为具有鲜明民族特点和地区特点的全国重点综合性大学。1984年3月,生物系留日教师旭日干同日本学者合作,成功培育出世界上第一胎体外受精的试管山羊。1985年,蒙古语言文学学科被列为自治区重点学科。1987--1993年1987年4月,经国家教委批准,成立内蒙古大学艺术学院,内蒙古艺术学校作为附属中专保留。1988年,中国民族史、应用数学、理论物理、生态学等4个学科被列为自治区重点学科。1989年3月,在旭日干博士的主持下,内蒙古大学实验动物研究中心成功培育出中国第一胎试管绵羊。同年8月,成功培育出第一胎试管牛1992年,蒙古语族语言文学被列为国家高校重点学科。 1993年,与中国农业科学院草原研究所共建农业部重点实验室-草地资源生态重点开放实验室。1993年6月,内蒙古自治区人民政府第六次常务会议决定支持内蒙古大学争进国家“211工程”。1994--2000年1994年,动物生殖生物学与生物技术、无机化学、微生物学3个学科被列为自治区重点学科。1994年1月,在内蒙古大学成立国家教育委员会民族学科蒙古学信息中心。1994年11月,蒙古语言文学国家文科基础学科人才培养和科学研究基地获教育部批准建设。1995年,生物学和数理学(试办)2个国家理科基础研究和人才培养基地获教育部批准建设。1995年5月,旭日干教授当选为中国工程院院士。1995年12月,成立蒙古学学院、经济管理学院、生命科学学院、继续教育学院,开始进行学院制改革。1996年,建立文史哲自治区文科基础学科人才培养和科学研究基地、化学自治区理科基础研究和人才培养基地。1996年9月,内蒙古大学“211工程”通过自治区组织的部门预审。1997年,经批准,建立草地资源生态自治区重点实验室、家畜繁殖生物技术自治区重点实验室。1997年,“中国北方草地草畜平衡动态监测系统试点试验研究”获得国家科技进步二等奖。1997年6月,内蒙古大学“211工程”通过国家立项审核,11月经国家计委批准成为国家“211工程”重点建设院校。1997年9月7日,隆重举行建校40周年庆典,江泽民、李鹏、乔石、李瑞环、李岚清、布赫等党和国家领导人为内蒙古大学题词。1997年10月,中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清到校视察。1997年12月,被授予自治区文明单位称号。1999年,“基因序列的信息学研究”获得国家自然科学三等奖。1999年,建立自治区高等学校稀土材料重点实验室。1999年1月,中共中央总书记、国家主席江泽民亲临学校视察。1999年1月,由内蒙古大学牵头,联合内蒙古工业大学、内蒙古农业大学共建的内蒙古地区国家大学生文化素质教育基地获教育部批准建设,并于2003年通过验收,正式挂牌。这是中国少数民族地区唯一的国家大学生文化素质教育基地(全国32个)。1999年11月,成立法学院、化学化工学院和外国语学院,至此,学校形成了校、院、系三级建制,校、院两级管理的体制。2000年,“牛体外受精技术的研究与开发”获得国家科技进步二等奖。2000年1月,组建奥都实业发展集团公司,后勤与行政逐渐实现规范分离,后勤社会化改革取得实质性进展。2000年3月,自治区政府决定呼和浩特交通学校并入内蒙古大学,组建内蒙古大学职业技术学院。2000年4月,下发《内蒙古大学新一轮校内管理体制改革实施方案》,新一轮校内管理体制改革正式启动。2000年8月,哺乳动物生殖生物学及生物技术实验室成为教育部重点实验室。2000年11月,自治区政府下发《内蒙古自治区人民政府关于理顺内蒙古大学和艺术学院管理体制的批复》,要求教育厅制定内蒙古大学和艺术学院管理体制实质性合并操作方案,同时要求内蒙古大学加强对艺术学院的管理。2000年12月,蒙古学研究中心被教育部批准为普通高等学校人文社会科学研究重点基地。2001--2005年2001年,因在国家“863”计划项目中取得显著成就,旭日干院士被国家科技部评为“有突出贡献的先进个人”。2001年7月1日,内蒙古大学“211工程”“九五”期间建设项目顺利通过专家组评估验收。2002年,国家生命科学与技术人才培养基地获教育部批准建设。2002年1月,中国少数民族语言文学、动物学两个学科被列为全国高等学校重点学科。2002年1月,成立公共管理学院,学院总数达到15个。2002年10月30日,《内蒙古大学“十五”“211工程”建设项目可行性研究报告》通过内蒙古自治区和国家教育部联合组织的专家组论证。2003年,与科技部共建内蒙古草地生态学重点实验室-省部共建国家重点实验室培育基地。2003年1月,被评为全国精神文明建设工作先进单位。2003年5月,中共中央政治局常委、全国人大常委会委员长亲临学校视察。2003年12月,中共中央政治局常委、全国政协主席亲临学校视察。2003年12月,该校曹之江教授主持的“数学分析”课被评为2003年度国家精品课程,曹之江教授被教育部评为首届全国名师。2004年5月,教育部部长周济和自治区主席杨晶签署协议,成为省(区)部共建学校。2005年3月21日,自治区政府下发内政字67号文件,将内蒙古农业学校整体并入我校。2006--2009年2006年4月18日,内蒙古自治区发展和改革委员会下发内发改社字599号文件,内蒙古大学新校区建设一期工程项目正式立项。2006年8月19日,内蒙古大学隆重举行了新(南)校区奠基仪式。自治区主席杨晶,自治区人大常委会副主任陈瑞清,自治区政协副主席盖山林,中国工程院副院长、内蒙古大学校长旭日干院士,自治区各部委厅局和企事业单位领导,呼和浩特市市长汤爱军、副市长吕慧生及玉泉区、赛罕区领导等出席了奠基仪式并培土奠基。2007年9月7日,内蒙古大学迎来自己的50华诞。2009年6月,内蒙古大学实验动物中心成功培养出了国内首例克隆绒山羊,并且世界首例绵羊精原干细胞移植实验也在这里获得成功。2009--2018年2010年09月01日,内蒙古大学研究生院成立。2015年,艺术学院、鄂尔多斯学院脱离内蒙古大学独立。2017年9月,入选国家“双一流”世界一流学科建设高校。11月,学校获评第一届全国文明校园荣誉称号。2018年,学校成为教育部与自治区人民政府“部省合作共建高校”,即部建高校,纳入直属高校排序。