食物中毒也可以由病毒和原生动物的感染引起的。带来的病毒感染一样通过食用受污染的贝类通常持续两到三天。原生动物的感染阿米巴病、隐孢子虫肠炎和贾第虫病通常在一周内开发食用受污染的水。这些感染产生症状可以持续几天到几周。避免可能被污染的水是预防食物中毒的最好方法之一,由于病毒或原生动物的感染。
一个人的年龄也会影响食物中毒的持续时间。在被暴露于毒素或危险的生物,婴儿和老年人更容易患长期疾病。他们也在增加患长期副作用后食物中毒的风险。