2007年3月,在深圳市第四届人民代表大会第三次会议上,《政府工作报告》中决定筹建南方科技大学。2007年4月,深圳市政府组建南方科技大学筹建工作办公室,开展筹建前期工作。2007年6月,深圳市政府首次向广东省提交筹建南方科技大学申请。2008年3月,深圳市机构编制委员会下发《关于成立南方科技大学筹备办的通知》,筹备办负责学校批准设立和招生办学前的各项筹备工作。2008年7月,深圳市成立南方科技大学(筹)创校校长遴选委员会和校长招聘工作小组。2009年6月,深圳市委常委会议同意聘任朱清时院士为南方科技大学(筹)创校校长。2010年1月,南方科技大学全面接收原南开大学深圳金融工程学院作为启动校区。2010年9月,南方科技大学校园建设项目首期工程正式破土动工。2010年12月,教育部向广东省人民政府下发《教育部关于同意筹建南方科技大学的通知》,同意筹建南方科技大学,学校代码为14325,筹建期为三年。2011年2月,南方科技大学正式开学,首届45名教改实验班的学生入校就读。2011年3月20日,“南方科技大学春季开学典礼”在深圳南方科技大学本校举行,首批自主招生的45名学生及学生家长、有关领导以及特别邀请的专家学者200余人出席了典礼仪式。2011年9月,南方科技大学致仁书院举行揭牌仪式。2011年12月,南方科技大学教育基金会第一届理事会第一次会议成功召开,标志着南方科技大学教育基金会正式成立。2012年2月,南方科技大学首届顾问委员会成立,由杨祖佑、何志明、戴聿昌、陈刚、张翔五位世界级学术权威担任委员。2012年4月,教育部同意建立南方科技大学,并在《关于同意建立南方科技大学的通知》中明确要求南方科技大学“不断探索具有中国特色的现代大学制度,探索创新人才的培养模式”。2012年5月,《教育部办公厅关于南方科技大学2012年本科招生试点方案的批复》正式下达,同意南方科技大学按照“6+3+1”模式进行招生。2012年7月,南方科技大学从全国8个省共录取新生188人,新生高考平均成绩超出一本分数线69.475分,已经达到985高校的中上游水平。2015年9月14日,广东省教育厅与深圳市政府在广州签署《共建南方科技大学协议》,南科大成为首批广东省高水平理工科大学共建院校,深圳市将南科大建设高水平理工科大学作为深圳市委市政府的重点工作,支持南科大高层次人才引进,建设研究生联合培养基地等。2013年7月,南方科技大学开始迁入新校区。2013年9月,南方科技大学树仁书院成立。2013年10月,南方科技大学举行党员干部大会,正式成立中国共产党南方科技大学委员会和南方科技大学纪律检查委员会,撤销中国共产党南方科技大学(筹)临时委员会。2014年1月,南方科技大学与正威国际集团签署战略合作协议,获500万元捐款、1亿元技术产业投资基金。2014年1月,李铭同志出任中共南方科技大学党委委员、书记。2014年6月,深圳市政府与联合国教科文组织签署合作谅解备忘录,将在深圳设立教科文组织的二类教育中心,二类教育中心将设在南科大。2014年7月,8所在深高校在南方科技大学举行签字仪式,联合倡议发起成立“深圳国际友好城市大学联盟”。2014年11月,“深圳国际友好城市大学联盟”在五洲宾馆召开成立大会,首批来自13个国家的28所高校加盟,发表共同宣言,努力成为世界高等教育合作与交流典范。2015年1月,南方科技大学团委成立。2015年1月,中国科学院院士、北京大学原副校长陈十一出任南方科技大学第二任校长。2015年5月,深圳与联合国教科文组织签署信托基金协议,拟依托南科大设立高教创新中心。2015年9月,广东省政府在广州举行广东省高水平理工科大学共建协议签署仪式,标志着南科大正式进入广东省高水平(理工科)大学建设行列。2016年,南科大与香港大学、香港科技大学、新加坡国立大学、美国天普大学、哈尔滨工业大学等著名高校联合培养的277名研究生入学。2016年6月,南方科技大学成立生物医学工程系。2016年7月,南方科技大学2016年毕业典礼暨学位授予仪式举行。2016年7月,南方科技大学与约翰·霍普金斯大学签订合作协议,共同筹备南方科技大学医学院;南方科技大学航空航天学院落户台州无人机航空小镇。2016年7月,南方科技大学2016年自主招生录取工作顺利结束,共录取新生994人,并首次招录7名国际学生,在建校历史上实现了国际生源零的突破。2016年8月,南方科技大学成立计算机科学与工程系。2016年9月,南方科技大学举行2016年开学典礼。