阿戈美拉汀不良反应较少,常见的有头痛、恶心和乏力等.不管是短期治疗还是长期维持治疗,其不良反应发生率与安慰剂相似,并且长期治疗的不良反应较短期治疗更少一些,这也与安慰剂相似。阿戈美拉汀不引起体重的改变,也很少有胃肠道不良反应,Loo等同进行的临床研究显示,帕罗西汀组恶心发生率为17%,安慰剂组为4.3%,而阿戈美拉汀25mg组仅为2.9%,统计学检验显示阿戈美拉汀与安慰剂组相似,而与帕罗西汀组有显著差异。阿戈美拉汀对肝脏功能、肾脏功能、心电图等均无影响。