九华山在漫长的地质长河中,属多旋回构造运动地区。从古生代到中生代早期,九华山与皖南广大地区一样,处于稳定的滨海或浅海环境,海水深度不大,地壳稍有升降就显得海水进退频繁,但基本上没有超越海域环境,这一时期的沉积保持着连续性和呈整合接触关系,沉积岩的总厚度可逾万米。这一阶段没有显著的褶皱运动和岩浆活动,但以沉积岩相和厚度的变化,可反映隆起的和凹陷中心的演变。中生代早期(三叠纪中、晚期),地史上发生了印支运动,它对九华山区的影响很大,不仅发生强烈褶皱运动和岩浆活动,而且沧海也随之成为陆地。中生代中、晚期,九华山又受燕山运动干扰,尤其燕山运动二期对其影响最大,不仅断块活动显著,而且岩浆活动活跃,导致九华山花岗岩体侵入印支期的青阳岩体之中,发生强烈的穹形断块隆起,这样就奠定了九华山的胚胎。新生代早、晚期,九华山区再度发生显著的间歇性断块运动。尤其喜马拉雅运动期,九华山发生数度隆起,高度显著增加,使山地具多层状结构。覆盖在九华山花岗岩体上的沉积岩被冲刷殆尽,深处的花岗岩脱颖而出,形成了九华山的雏形。新生代晚期以后,九华山的新构造运动极为活跃,九华山再度急剧隆起,并促使外力作用沿花岗岩的断裂、节理等薄弱环节加速切割,因此九华山形成了山地错落、险峰插云、怪石嵯峨、幽谷深邃的地貌景观。