1954年1月28日,周恩来总理主持政务院第204次政务会议,决定建立中国科学院学部和实行学部委员制度。中国科学院组织全国科技、教育、产业界的学者、专家,并会同有关部门推荐遴选了首批委员人选。1956年,国家在制定12年科学技术发展远景规划的同时,也制定了《哲学社会科学规划草案(1956~1967)》,推动了院属哲学社会科学研究机构的发展,很快建立了几个新的研究所。到“文革”之前,哲学社会科学部有14个研究机构,包括哲学所、经济所、世界经济所、文学所、外国文学所、语言所、历史所、近代史所、世界历史所、考古所、民族所、法学所、世界宗教所和情报所。1957年6月,反右斗争开始,同年7月院党组提出成立哲学社会科学部分党组,以加强党的领导,并提出该部学术思想方面的问题由中共中央宣传部直接领导,8月中宣部批复同意。随着政治运动的不断升级,以及全院科技力量投入“两弹一星”等重大科技攻关任务,哲学社会学部逐步从中国科学院分离出来。1960年,哲学社会科学部划归中宣部直接领导。1961年以后,院属机构中不再列入该学部所属研究所。但哲学社会科学部及其所属单位仍与中国科学院有着种种联系。1966年,全国开始“文革”后,学部工作限于停顿状态。1967年1月,各自然科学类学部被迫停止活动。哲学社会科学部亦遭严重破坏,是“文革”重灾区。学部内派性严重,冤案成堆,若干人被迫害致死。由于中宣部被砸乱,哲学社会科学部长期处于无政府状态。1969年以后,绝大部分人员下放农村参加劳动。1972年,由于周总理的过问,院部才回到北京,逐步恢复工作,学部由国务院科教组代管。1975年,四届全国人大召开恢复教育部后,学部交由教育部代管。1975年初,邓小平受命主持国务院工作,他不仅全面整顿科学事业,也着手恢复遭受严重破坏的哲学社会科学。邓小平决定由新设立的国务院政治研究室代管学部业务工作,学部的政治和行政工作分别由国务院政工组、办公室负责。7月16日国务院发布学部领导机构名单,郭沫若仍任学部主任,并组成学部临时领导小组负责学部日常工作。7月下旬起派到学部的军宣队、工宣队陆续撤离,学部下放农村的研究人员被召回,研究所科研业务逐步恢复。1975年9月,国务院公布《国务院关于哲学社会科学若干事项的通知》(国发142号)。通知中规定,中国科学院哲学社会科学部“直接受国务院指导,其地位同于科学院,相当于部委一级单位”。该《通知》正式提出了建立单独的社会科学院的计划。由此学部行政级别大为提高,但名称未变,相关研究所名义上仍留在中科院。10月4日,胡耀邦被邓小平任命为中科院“党的核心领导小组”第一副组长后,在牵头制定中科院整顿规划时,也开始为建立单独的中国社会科学院制定规划。10月25日,邓小平在政治局会议上受到批判,在所谓“反击右倾翻案风”的运动中,政研室一度险被撤销。1976年1月17日,因邓小平在政治局会议上受到批判,宣布不再领导哲学社会科学部的工作,社会科学院的建设计划被迫中止。1976年秋,“四人帮”被粉碎后,哲学和社会科学文化事业在拨乱反正中逐步复苏。1977年4月5日,中科院哲学社会科学部向中央递交《关于哲学社会科学学部改变名称的请示报告》。5月7日,中共中央批准了该报告,决定将中国科学院哲学社会科学部改名为“中国社会科学院”,地位与中国科学院等同,相当于部委一级。学部时期的14个研究所全部划归过去。至此,哲学社会科学部正式从中国科学院独立出去。11月24日,国务院颁发的“中国社会科学院”印章正式启用。随后,中央任命马克思主义理论家、政论家、社会科学家、中国科学院哲学社会科学部学部委员胡乔木出任中国社会科学院第一任院长兼党组书记。1977年至1981年期间,中国社会科学院先后成立了工业经济研究所、农村发展研究所、财贸经济研究所(现为财经战略研究院)、新闻研究所(现为新闻与传播研究所)、马克思列宁主义毛泽东思想研究所(现为马克思主义研究院)、社会学研究所、人口研究所(现为人口与劳动经济研究所)、少数民族文学研究所(现为民族文学研究所)、世界政治研究所(后与世界经济研究所合并成立世界经济与政治研究所)、美国研究所、日本研究所、西欧研究所(现为欧洲研究所)以及中国社会科学杂志社、中国社会科学出版社、中国社会科学院研究生院和郭沫若著作编辑出版委员会办公室等16个研究和出版单位。此外,苏联东欧研究所(现为俄罗斯东欧中亚研究所)、西亚非洲研究所和拉丁美洲研究所也在这个时期划归中国社会科学院。1993年国务院机构改革,中国社会科学院是国务院的直属事业单位,是中国哲学社会科学的最高学术机构和全国社会科学综合研究中心。1988年国务院机构改革,中国社会科学院保留,为国务院的直属事业单位。2004年1月5日,中共中央印发《关于进一步繁荣发展哲学社会科学的意见》。2005年12月26日,中国社会科学院在马克思列宁主义毛泽东思想研究所的基础上,成立了中国社会科学院马克思主义研究院。2006年8月3日,中国社会科学院学部成立,作为院务会议领导下的学术指导、学术咨询和科研协调机构。中国社会科学部设立了文学史学哲学部(后又分立为文学哲学部、历史学部)、经济学部、社会政法学部、国际研究学部、马克思主义研究学部,评选出首届学部委员47人、荣誉学部委员95人。2007年5月,中国社会科学院建院二十周年。2011年3月,中国社会科学院正式启动“哲学社会科学创新工程”。是年11月30日,实施创新工程后成立的首批跨学科、综合性、创新型学术思想库和新型研究结构——中国社会科学院财经战略研究院、中国社会科学院亚太与全球战略研究院、中国社会科学院社会发展战略研究院,分别在财政与贸易经济研究所、亚洲与太平洋研究所和社会发展研究所的基础上组建而成。2012年4月26日,中国社会科学院研究生院新校区在北京市房山区的良乡高教园区正式落成。2015年1月,中共中央办公厅、国务院办公厅印发《关于加强中国特色新型智库建设的意见》提出,“发挥中国社会科学院作为国家级综合性高端智库的优势,使其成为具有国际影响力的世界知名智库”。2016年11月26日至29日,中国社会科学院院长、学部主席团主席王伟光率院学部委员学术调研团前往山东青岛,青岛市政府与中国社会科学院签订了战略合作意向书。2017年1月7日,青岛市政府与中国社会科学院在北京签署全面战略合作协议。根据协议,双方将共同建设高等院校,合作共建青岛研究院,联合在青岛举办国际性高层论坛,为青岛市重大决策和发展战略提供咨询论证,在人才交流与培养方面展开全面合作。据2016年12月社科院官网信息显示,中国社会科学院拥有6大学部,近40个研究院所,10个职能部门,8个直属机构,2个直属公司,180余个非实体研究中心,主管全国性学术社团104个,并代管中国地方志指导小组办公室。