医院设有55个临床医技科室:消化科、心内科、神经外科、风湿科、核医学科、妇产科、妇科肿瘤科、泌尿科、肾脏科、麻醉科、疼痛科、重症医学科、放射科、胃肠外科、肝脏外科、胆胰外科、乳腺外科、血管外科、头颈外科、血液科、老年病科、超声医学科、神经内科、内分泌科、骨科、骨科-脊柱外科、骨科-骨关节外科、骨科-创伤骨科、呼吸科、耳鼻咽喉科、整形外科、眼科、生殖医学科、放射诊疗科、药学科、健康保健中心、输血科、检验科、儿科、康复科、口腔科、皮肤科、肿瘤科、急诊科、胸外科、心血管外科、病理科、中医科、临床营养科、感染科、肿瘤介入科、功能神经科、变态反应科(过敏科)、心理医学科、全科医学科。
近年来,医院申请到的科研项目及专利逐年递增,包括国家级的973计划、863计划、国家自然基金(重大、重点、创新研究群体)项目等,其中2019年科研经费达1.38亿元。医院还获得多项国家科技进步奖、中华医学科技奖、高等学校科技进步奖等;先后共有几百人次入围各级人才培养计划,包括973首席科学家、长江特聘教授、卫生部有突出贡献中青年专家、国家杰出青年、上海市领军人才等。