根据《明史》记载,朱元璋的前五个儿子俱为正出嫡子,但学界也一直存在马皇后终生未育的说法。例如《南京太常寺志》就记载太子朱标与秦王朱樉、晋王朱棡的生母为李淑妃。但实际上据碑文记载,李淑妃之父李杰生于1331年,仅比1332年出生的马氏大一岁,李氏在其五子一女中排行最长。假设李氏生于1347年到1355年朱标出生时不过八岁,之前不可能为朱元璋所纳,相反马氏当时正值育龄。况且李杰是1356年投奔朱元璋的,故朱标的嫡出身份是不应有疑的。洪武十三年(1380年),宋慎被牵扯进胡惟庸案中,导致宋濂一家遭祸,宋慎与宋濂其次子宋璲都坐法死,朱元璋想处死宋濂,经马皇后及太子朱标力保,才得免一死,徙至四川茂州安置。据野史记载,朱元璋在征战中,尝为敌兵追击,高皇后马氏背著他逃命。马皇后死后,太子可能是考虑从此失去与其父缓冲的余地,便将这一事件绘作图像,藏在怀中,以备不测。后来果真发挥了作用。一日朱元璋又大开杀戒,太子劝谏说:“陛下杀人过滥,恐伤和气。”朱元璋不作声。第二天故意把一条棘杖放在地下,叫太子拿起,太子面有难色,朱元璋说:“你怕有刺不敢拿,我把这些刺都给去掉了,再交给你,岂不是好?我所杀的都是天下的坏人,内部整理清楚了,你才能当这个家!”太子说:“上有尧舜之君,下有尧舜之民。”意思是说有怎么样的皇帝,就有怎么样的臣民,朱元璋大怒,拿起椅子就朝他掼,并继续追打,他就有意把图掉在地上,朱元璋看到图,感念马皇后而怒气得以消解。洪武七年(1374年),孙贵妃去世,朱元璋令太子服齐衰杖期,太子以其不合礼法而拒绝执行,朱元璋龙颜大怒,甚至抽出宝剑对准朱标,朱标逃走。翰林正字桂彦良劝朱标说:“礼可以放一放,君父之命是不能违背的,不然就会产生嫌隙。”于是朱标才肯服丧并向朱元璋道歉。有一天朱元璋观赏新月,诸皇子都在他身边。朱元璋命他们吟咏新月。朱标诗云:“昨夜严陵失钓钩,何人移上碧峰头。虽然未得团圆象,也有清光照九州。”朱允炆此时年纪尚幼,也做了首诗:“谁将玉指甲,掐破天上痕。影落寒潭底,鱼龙不敢吞。”朱元璋读后,认为都非吉兆,因而心中闷闷不乐,于是赐给朱标父子一个匣子和钥匙,里面装着剃发用具和度牒,让他们在将来出事时打开,朱允炆因而在靖难之役后成功逃脱。不过此新月诗最早记录于元末明初人叶子奇洪武十年(1377年)入狱后的著作《草木子》中,那时朱允炆才刚出生,不可能会写诗。此诗应为元顺帝的皇太子爱猷识理达腊所作。因而该故事为后人虚构。