“高僧”在寺中穷极无聊,便要生事,他纵酒狎妓,屡犯戒律,把一个千年古刹、佛门静地搞得乌烟瘴气、乱七八糟。一天,韦小宝出寺闲逛,竟碰到美女阿珂和阿琪在水中嬉戏,韦小宝对阿珂的美貌迷惑,发誓要娶她为妻,韦小宝从她们的谈话中得知她们是要找她们的师父,扮做小神仙给阿珂姐妹占起卦来,韦小宝说出她们的去向,阿珂阿琪信以为真来少林寺找师父,却和少林寺小和尚净济打了起来,韦小宝也加入战团,无意之间抓了阿珂胸部一把,阿珂受辱割颈自刎。后韦小宝把阿珂抱回寺中,治好了她的伤,后韦小宝解开阿珂穴道却被阿珂刺伤。阿珂逃出寺庙,韦小宝伤心意绝。阿珂师姐阿琪带着蒙古王子葛尔丹一行人来少林寺挑衅,要少林寺交出阿珂,吴三桂手下的杨溢之认出了韦小宝是桂公公,替他圆场化解了矛盾。韦小宝以他的聪明才智,令葛尔丹等人知难而退,只好离去。后来韦小宝到山下接到双儿一起前赴五台山清凉寺,五台山的清凉寺被数千名道士包围,目的是活捉行痴大师(顺治帝),小宝只好施行金蝉脱壳之计,假扮道士带行痴等人逃离清凉寺,半途碰到赶来微服出行的康熙。顺治经不起康熙的苦苦哀求,父子终于相认。康熙在殿内参拜时,却遭来九难刺杀他,幸得小宝舍命相救,被九难劫走。小宝为了脱身,再次利用刺杀鳌拜之事说服九难。九难带小宝去京城,二人进入皇宫,九难没想到竟碰上昔日的宫女陶红英,原来九难师太就是长平九公主。后来二人在慈宁宫得到了一本四十二章经。后来九难带着小宝来到崇祯陵墓,韦小宝没想到竟和阿珂在这里又相见了,还是九难师太的徒弟,韦小宝故意装做无辜可怜让阿珂责骂,九难看阿珂得寸进尺,制止阿珂来维护小宝,令阿珂非常生气。九难却因经书遭来喇嘛的追杀,小宝略施小计刺死三名喇嘛,不过九难已身受重伤。韦小宝带阿珂、九难逃走,在途中巧遇阿珂的朋友郑克塽,郑克塽说自己是台湾郑家二公子,更邀请九难共同赴河间府出席“杀桂”大会,九难答应和他一路同行。喇嘛头巴颜追到酒馆发现九难伤势还未复原,要她交出四十二章经,小宝将蒙汗药撒在酒中乘机逃走。躲进了草垛之中,韦小宝捉弄郑克塽却被赶来的巴颜抓住,阿珂出面相救郑克塽,韦小宝无奈只好为了阿珂出面和这群喇嘛玩起了智斗,这群喇嘛败在小宝手下,小宝戏弄喇嘛,将空皮四十二章经撒上化尸粉扔给喇嘛,喇嘛中计被化尸,巴颜抱着空经书离去,九难感激小宝让她避过了这一劫,小宝为求接近阿珂,趁机请九难收他为徒,九难欣然答应。郑克塽带着阿珂去参加“杀桂”大会,却让韦小宝不开心,九难师太看出韦小宝的心事,带他到树林中传授武功“神行百变”。韦小宝跟踪郑克塽和阿珂,却被阿珂责骂,韦小宝痛狠郑克塽之极,可无能为力,碰巧遇见来找他的多隆和一群侍卫,韦小宝借多隆之手痛打郑克塽,又乘机卖弄英雄救美的本事。而后又上演了一出“高老庄成亲”,撮合乡下丑女和郑克塽成亲,自己又和阿珂成亲。后来,受九难之托,韦小宝回京了。平西王吴三桂在云南苦心经营,势力渐大,康熙决定武力撤藩,起兵之前,为了麻痹吴三桂,康熙决定将其妹建宁公主嫁与吴三桂之子吴应熊,正好韦小宝“出家”期满,康熙使命他作了“赐婚使”。韦小宝率人护送建宁公主入滇,两人本就相识,未到云南就发生私通,赐婚使变成了驸马爷。在昆明,正与韦小宝打得火热的建宁公主不肯与吴应熊成婚,蛮性发作之际竟将吴应熊阉割,韦小宝见事变猝起,只得将吴应熊挟持与建宁公主绕湖广返回京城,不久韦小宝又奉命去攻打与吴三桂和罗刹国勾结的神龙教。韦小宝率水陆大军浩浩荡荡地杀向辽东,但未到蛇岛,自己这位统兵大将就成了洪安通的俘虏。韦小宝身临险境,不得已故伎重演,企图一顿马屁骗过洪安通,却被关押起来,幸好双儿相救,趁机逃出神龙教,洪安通发觉后当即领人对韦小宝进行了追杀。韦小宝和双儿慌不择路,一路向北来到鹿鼎山,误入了罗刹国军营,韦小宝害怕潜伏于营外的神龙教,便施展伶牙俐齿将正在这里巡视的罗刹国公主苏菲亚骗倒,随她一同去了罗刹国。苏菲亚返回莫斯科,正赶上罗刹沙皇病死,韦小宝最善浑水摸鱼,便凭着从戏文中学得的“安邦定国”计谋,帮助苏菲亚发动了一次成功政变,苏菲亚当上了摄政女王,韦小宝则因策划有功被封为远东伯爵。他心念故国,不久即借故带着罗刹使臣回到北京,清朝与罗刹使臣签订了和约而消除了罗刹国这一腹背之患,韦小宝则因议和有功被康熙降旨封为一等忠勇伯。吴三桂谋反在即,为了稳定天下,安抚民心,康熙命韦小宝赴扬州为史可法修建忠烈祠。