永乐七年(1409年),明成祖以北京为基地进行北征,同时开始在北京附近的昌平修建长陵。将自己的陵墓修在北京而不是南京,证明明成祖已经下定决心要迁都。永乐十四年(1416年),明成祖召集群臣,正式商议迁都北京的事宜。对于提出反对意见的臣工,明成祖一一革职或严惩,从此无人再敢反对迁都。次年,以南京紫禁城为模板的北京紫禁城正式动工。永乐十八年(1420年),北京皇宫和北京城建成。北京皇宫以南京皇宫为蓝本,规模稍大。新修的北京城周长四十五里,呈规则的方形,符合《周礼·考工记》中理想的都城的形制。明成祖下诏正式迁都,改金陵应天府为南京,改北京顺天府为京师,但在南京仍设六部等中央机构,称南京某部,以南京为留都。