巴尔瑙尔市是俄罗斯历史较短而发展迅速的城市之一,迄今已有260余年历史。巴尔瑙尔出现的确切年代在俄罗斯史学界至今尚无定论,一些人说它始建于1730年,另一些人则认为是1739年。它得名于附近的巴尔瑙尔卡河。1937年9月28日苏联中央执行委员会发布决议,确认巴尔瑙尔为阿尔泰边疆区首府。