明朝总督魏学曾一方面切断河套的蒙古部落与哱拜之间的通道,一方面围住宁夏。在朝廷,神宗命大臣各献平叛之策。当时的兵部尚书石星提出的方案是掘开黄河之堤,以黄河之水灌淹宁夏城,则“一城之人尽为鱼鳖”;御史梅国桢推荐原任辽东总兵李成梁前往平叛;甘肃巡抚叶梦熊请命讨贼。神宗后来对于三种方案竟然都能接受,一方面命叶梦熊赶赴宁夏;一方面命李成梁出征宁夏。李成梁当时在辽东,便命其子李如松前往。神宗还下命悬赏缉拿哱拜等人。到了六月,宁夏城外已经有魏学曾、梅国桢、叶梦熊、李如松等数支大军,由魏学曾统一调度。但是,魏学曾束手无策,力主招安。这让神宗大怒,以为堂堂天朝竟然奈何不了哱拜,成何体统?七月,神宗在接到监军御史梅国桢的军情报告后,果断地以叶梦熊取代了魏学曾,并将魏学曾逮回京城,并直接部署:“决(黄河)水灌城之谋,毋得异同误事 。”既然最高当局已经下令灌城,前方的将领自然再无异议。于是,当初在反对俺答封贡中似乎没有多少远见的叶梦熊,这时显得非常有胆略。他在七月十七日之前,围着宁夏城筑了一道长约1700丈的长堤,将宁夏城围成一个水泄不通的池塘,然后掘开黄河大堤,向宁夏城灌水。八月,城中粮食短缺。同时,李如松击败了从河套来援的蒙古骑兵。九月,明军攻破宁夏城南城。但是,叛军退据的大城依然易守难攻,明军的攻势受挫。这时,一个名叫李登的卖油郎,挑着担子在街上边走边唱:“痈之不决,而狃于痏;危巢不覆,而令枭止。”监军梅国桢将他请入营中,让他带着三封书信去见哱承恩。李登跛一足,瞎一眼,在路上根本就不被人注意。他将一封信交给哱承恩,劝哱承恩说:哱氏有功于朝廷,监军深为可惜,可杀刘东旸以自效;接着,李登又去见了刘东旸、许朝,劝他们说:首乱是哱氏,将军为汉人,何苦代人受过?这个离间计果然成功。九月十六日,刘东旸杀土文秀,接着,哱承恩杀刘东旸、许朝,投降明军。九月十八日,明军进城,剿灭了哱拜的苍头军,哱拜自杀。哱承恩等人被押解京城。至此,宁夏平定。平定杨应龙叛乱 万历二十七年(1599年)二月,神宗命令还在朝鲜战场的几支部队迅速移往西南,其中包括最能征战的总兵刘綎的部队。此行的目的地是四川的播州。明代在播州设立播州宣慰使司,其驻地约相当于今遵义市。播州宣慰使姓杨,世代为当地的土司。隆庆五年(1571年),生性雄猜、阴狠嗜杀的杨应龙世袭了父亲杨烈的宣慰司一职。万历十四年(1586年),神宗又赐杨应龙都指挥使