确定天下山川神癨封号,封立诸王,爵赏功臣,事无巨细,朱元璋都委托李善长与诸 儒臣商议执行。
洪武三年(1370年),大封功臣,皇帝说道:“李善长虽无汗马功劳,但跟随我多年,供给军粮,功劳很大,应当晋封大国。” 于是授他为开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师、中书左丞相,封为韩国公,年禄四千石,子孙世袭。
李善长为明朝开国做出了不少贡献,而朱元璋也没有亏待他,只不过朱元璋生性多疑,胡怀庸一案牵连了不少人,但是起初因为 朱元璋下过圣旨免李善长而死,因此胡怀庸一案起初没有牵连到李善长。丞相胡惟庸当初任宁国知县,是因李善长的推荐,又被 提升为太常少卿,后任丞相,两人因此互相往来。而李善长的弟弟李存义之子李佑,又是胡惟庸的侄女婿。
洪武十三年(1380年),胡惟庸因谋反被诛杀,受牵连而处死者甚多,但李善长仍然如故。御史台缺中丞,李善长暂理御史台事 务,多次向太祖提出建议。洪武十八年(1385年),有人告发李存义父子实为胡惟庸的党羽,太祖下诏免死,将他们安置在崇明 ,但李善长没有表示感谢,太祖因而怀恨在心。
朱元璋本来已经对李善长心怀芥蒂,后来因为被李存义父子被胡怀庸牵连,在严刑逼供之下,他们竟然说李善长跟胡怀庸也有关联,两人经常互相贿赠,偷偷私语,而且还说李善长明知有叛贼逆反却之而不报,是大逆不道,罪该万死。于是一时间朝廷御史竞相上奏弹劾李善长,这样一来朱元璋就更加气愤了。
其实李善长并没有谋反之心,而且其实也没有谋反的必要,胡怀庸案时,李善长已经七十七岁了,试想已经是开国功臣而且官位也是一等一的位置的古稀老人还有什么必要谋反?再说了即便跟着胡怀庸一起谋反,将来胡怀庸做上皇帝之位,李善长也不过是一个大臣,与现状的地位没有什么两样,那何必再去冒险,再去折腾呢?这把年纪的人了估计也没有力气折腾了吧!
然而朱元璋没有看到这一点,他是想万全铲除哪些有私心或有谋反意图的人,他的态度是宁可错杀一百不可放过一个,因此经过一个胡怀庸案,朝廷上下基本没有什么有能力的大臣了。而李善长也因为一句“吾老矣,吾死,汝等自为之”就被朱元璋给处决了。