由于高级别上皮内瘤变可能会发展为癌症,故需要积极治疗,不同系统的高级别上皮内瘤变的治疗方法不同,如食管鳞状上皮高级别上皮内瘤变,可能行内镜下食管黏膜切除术,EMR、ESD术等,宫颈上皮高级别上皮内瘤变可能行LEEP刀等治疗。