新石器时期,就有人类在这里繁衍生息。战国,属古车师人的活动范围。西汉,乌鲁木齐及周边地区分布着十余个游牧部落,史称“十三国之地”,西域都护府曾派兵屯田。东汉,为车师六国的一部分。三国,车师后国在今乌鲁木齐南郊(现乌拉泊水库一带)建淤赖城,为乌鲁木齐第一城。晋朝、隋朝,开辟丝绸之路新北道,乌鲁木齐处于新北道要冲之地。唐朝,公元640年,唐朝政府在天山北麓设置庭州,辖4县,今乌鲁木齐为轮台县。现乌鲁木齐市东南郊乌拉泊水库南侧的古城遗址,即为当时轮台县。公元648年(贞观二十二年),唐朝政府在距现市区以南10千米处设置轮台城,隶属庭州(治所在今吉木萨尔)。唐代著名边塞诗人岑参曾在此留下“忽如一夜春风来,千树万树梨花开”等脍炙人口的诗句。从663年开始,唐朝政府派军至乌鲁木齐河畔屯垦。702年,在庭州设北庭都护府,轮台驻军增加。据《新唐书·吐蕃传》记载:“轮台、伊吾屯田,禾菽相望”。在轮台生活过3年的边塞诗人岑参,写过“戍楼西望烟尘黑,汉兵屯在轮台北”的诗句。771年,唐朝政府又在轮台设置“静塞军”,驻守这一战略要地。此后,当中原王朝统治衰弱时,地方政权更迭频仍,战火屡至乌鲁木齐,给各族人民带来了沉重灾难。元朝,北疆成为漠西蒙古诸部游牧区之一,乌鲁木齐周围原为西蒙古和硕特部游牧区(明清之际,该部一部分留驻当地,一部分随固始汗去青藏高原,一部分和土尔扈特部去俄罗斯伏尔加河流域等地)。清朝前期由西蒙古之一准噶尔汗国统治,后被平定。乾隆时期高官的往来文书就是称乌鲁木齐。1755年(乾隆二十年),即平定准噶尔汗国的末期,乌鲁木齐开始大规模开发。乌鲁木齐筑土驻军,清政府鼓励屯垦,减轻粮赋,乌鲁木齐农业、商业、手工业一度有较快的发展,成为“繁华富庶,甲于关外”的地方。清政府为彻底平定准噶尔叛乱(1757年最终平定),在现乌鲁木齐九家湾一带筑垒屯兵,并将此地定名为“乌鲁木齐”。1758年(乾隆二十三年),为适应人口增长、屯垦及商业贸易的需要,清军先于在今南门外修筑一座土城,城“周一里五分,高一丈二尺”,此为乌鲁木齐城池的雏形。1763年(乾隆二十八年),又将旧土城向北扩展,达到周长五里四分。竣工时,乾隆帝将扩展后的城池命名为“迪化”。1772年(乾隆三十七年),在迪化城西另筑新城巩宁城(即老满城),驻满营官兵。1773年(乾隆三十八年),乌鲁木齐同知改为迪化州知州,改乌鲁木齐参赞大臣为乌鲁木齐都统,陕甘总督奏准将马里坤道移驻迪化州巩宁城。于是巩宁城也就成为当时清王朝在乌鲁木齐的军政统治中心。1864年(同治三年),巩宁城毁于战火。1880年(光绪六年),在迪化城东筑“新满城”,原迪化城由民商居住,俗称“汉城”。1884年(光绪十年),新疆设置行省,以迪化为省会。从此迪化成为新疆的政治中心。翌年,升迪化直隶州为迪化府,增设迪化县为附郭首县。民国2年(1913年),将镇迪道尹改为观察使,并同时撤销迪化府,保留迪化县。民国29年(1940年)成立迪化市政府委员会。民国34年(1945年)11月1日,迪化正式设市并成立市政府;同时将市区划分为一、二、三、四、五区,迪化县隶属迪化专员公署,辖6个乡,2个牧区及达坂城镇。区以下设保甲组织。1949年,新疆和平解放。12月17日,迪化市人民政府成立。重新划分建立7个区,54个街公所。在郊区建立农民协会,并在土地改革的基础上成立3个乡,至此,城乡各级人民政府初步建立。1954年2月1日,迪化正式恢复使用原名乌鲁木齐。1999年8月10日,国务院批准将乌鲁木齐市南山矿区更名为南泉区。2002年3月9日,国务院批准调整乌鲁木齐市南泉区行政区划:(1)将乌鲁木齐市天山区的乌拉泊街道和乌鲁木齐县的达坂城镇、东沟乡、西沟乡、阿克苏乡、柴窝堡乡归乌鲁木齐市南泉区管辖。(2)南泉区更名为乌鲁木齐市达坂城区,区政府驻地由鱼尔沟迁至达坂城镇。2007年8月1日,国务院批复同意将昌吉回族自治州米泉市并入乌鲁木齐市,撤销米泉市和乌鲁木齐市东山区,设立乌鲁木齐市米东区。行政区划调整后,乌鲁木齐市行政区域面积由10900.77平方千米增至14216.3平方千米,米东区行政区域为原米泉市和乌鲁木齐市东山区的行政区域,面积3407.42平方千米;乌鲁木齐市米东区与昌吉回族自治州、阿勒泰地区福海县、五家渠市行政区域界线走向仍按原米泉市行政区域界线保持不变。