微生物培养一般用于细菌检查。例如血液微生物培养可以发现血液中的细菌到底是链球菌还是金黄色葡萄球菌。咽拭子和呼吸道分泌物培养可以发现呼吸道感染了什么细菌。例如导致猩红热的链球菌就可以通过咽拭子培养明确诊断,导致细菌性痢疾的病原体志贺菌可以通过粪便培养来诊断。
对于病毒感染来说,虽然从标本中分离出病毒是最权威的确诊依据,但是病毒分离是比较危险的操作,需要在较高防护等级的实验室进行,一般的医疗机构不具备这样的条件,所以目前更多的是通过检测血液中是否有病毒的抗体来判断是否感染。例如甲肝、乙肝、丙肝、艾滋病、麻疹等传染病都是通过检测标本中是否有病毒抗体来协助诊断的。