长时间睡觉起来背疼可以由以下几种原因:第一、背肌筋膜炎,背肌筋膜炎可以有晨起之后或者睡觉醒来之后背部疼痛的症状,在活动一会之后就能有所好转。这时要早期的查体和检查,排除其他的疾病来诊断;第二、强直性脊柱炎,强直性脊柱炎可以累及整个脊柱,而导致背部脊柱处的疼痛,可以伴有晨僵以及骶髂关节处的疼痛。这时要检查骶髂关节的X线片儿以及脊柱的X线片、核磁共振,化验血来诊断和治疗;第三、类风湿,类风湿也可以累及整个脊柱,从而导致脊柱的疼痛,可以有晨起之后或睡觉醒来背疼的症状,这时要检查血的化验以及拍摄脊柱的X线片、CT来早期诊断和早期治疗。