双叉犀金龟最早是Linnaeus在1771年命名的,但林奈使用的属名是Scarabaeus,误认为这是一种蜣螂。1911年Arrow以云顶兜(Allomyrinapfeifferi)为模式种建立了Allomyrina属,并把戴叉犀金龟和双叉犀金龟也置于此属。而Minck在1920年又以双叉犀金龟为模式标本建立了Trypoxylus属,因此双叉犀金龟的属名一直存在争议。近年来染色体分析结果表明两种叉犀金龟和云顶兜的亲缘关系较远,因此作为独立属Trypoxylus较为合适。