上榜各家医院的得分由两部分构成:“专科声誉得分(声誉排名)”以及“科研学术得分”。“专科声誉得分”是由专家综合考虑每家医院的学科建设、临床技术与医疗质量、科研水平等关键因素后,对相关专科前10名医院进行的提名和排序。《最佳医院排行榜》则是根据每家医院获得的各专科声誉排名,并结合该院的“医院科研学术得分”,形成医院的总体得分,最后产生全国100家最佳医院。据复旦大学医院管理研究所所长高解春介绍,通过借鉴美国医院排行榜的评选标准,探索出适合中国的医院排名标准:来自28个专业的1359名专家,根据专科声誉、科研水平为评估内容,忽视医院规模、设备、专科差异,以学科建设、疑难杂症为主要引导方向。