利用蛋白质等生物大分子对热的稳定性不同,加热破坏某些组分,而保存另一些组分,如脱氧核糖核酸酶对热的稳定性较核糖核酸酶差,加热处理可使混杂在核糖核酸酶中的脱氧核糖核酸酶变性而沉淀;又如以黑曲霉发酵制备脂肪酶时,常混杂有大量淀粉酶,当把混合酶在40℃水中保温2.5h(pH=3.4)时,则90%以上的淀粉酶受热变性而沉淀。加热处理的方法只适用于对热较稳定的目的药物成分,如灰黄霉素(可加热至80~90℃)、抗敌素(又称多黏菌素E)(可加热至90℃左右)等。加热不仅可使蛋白质变性凝固,还可改变流体的流动特性,利于固液分离,但要严格控制加热温度和时间。加热变性沉淀法的优点在于操作简便、原材料消耗较低,但是,若直接通人蒸汽加热,产生的冷凝水可使混合液体积增大,而且不能用于热敏性药物(如青霉素)的预处理。