日本的人名地名不是一直是日语写什么中文就读什么么?北海道那些来自阿伊努语的词用日语近音的当字写出来的地名,不也还是日语写哪个字,中文就用哪个字按照中文读音读出来么?就连用国字的都是拟一个中文读音而不是换同训的别字,「栃木」也没有改「橡木」啊。
另外关于「ku」和「jue」两个音,我没有正经学过古代汉语,以我的野路子知识猜测,「ku」和「jue」 两个音可能是原本相近的音(比如一开始只是清浊的区别)随着入声脱落的方式不同和尖团合流(「掘」的g→j)等等一些原因变成现在相差比较远的两个音。看了下 @谭樊马克发的上古和中古拟音,好像我猜的意思或者说方向差不多?描述错误的地方可以帮我改成正确的描述。
总而言之:
道顿堀是一个叫道顿的人挖的连接两条旧护城河的运河,所以「堀」是护城河的意思,是「堀」不是「掘」;「堀」和「掘」是两个字,无论在日语还是汉语中都是有着不重叠的字意,不是异体字的关系;日本人名地名在中文里一贯保持原字(不包含合并简化字,合并简化字需要还原,如「弁」,但本例中不涉及此问题),没有用同训别字的做法;现代汉语「堀」字没有废,字典查得到有且仅有kū一个音,没有理由不用;「ku」和「jue」两个音的确同源或者至少相关,但在现代汉语中各自该读什么就按照现代的读音读什么。