1965年,时任印尼总统的苏加诺由于政治立场倾向共产主义阵营,当时的美国政府策动印尼军人推翻苏加诺政权,但为苏加诺的手下翁东(Letkol Untung)所悉破。所有政变军方领袖除了苏哈托以外都被处决。而苏哈托为反抗,组织了反对的军人和精锐的私人部队从苏门达腊出兵,进入首都进行大规模镇压行动,在印尼全国策动“反共大清洗”。紧接着之后不到一年之内,印尼的共产党员几乎被赶尽杀绝。事件使大量华人被迫离开印尼到海外生活,移居至中国的占大多数。在印尼九三零事件后,印尼单方面中止了《中华人民共和国和印度尼西亚共和国关于双重国籍问题的条约》,从而使得留在印尼国内的华人大多保留或选择“中华民国”国籍,人数超过10万。