普陀山地质属古华夏褶皱带浙东沿海地带,形成于1亿5千万年前侏罗—白垩纪,燕山运动晚期的侵入花岗构成岩石基础。其地貌因受第三纪新构造运动地壳间歇上升及第四纪冰期、间冰期海蚀作用影响,可分为山地、海蚀海积阶地、海积地、海蚀地区类。山地:海拔200米以上低山区面积约0.24平方千米。占岛总面积的2%,余为海拔200米以下丘陵地。坚硬的花岗岩在漫长的地质年代中经风化侵蚀,沿垂直高角度切节理发育,四周山体崩塌,形成众多孤峰突兀的风景地貌。海蚀、海积阶地:全岛完整的保存着五级海蚀阶地和三级海积阶地,其面积占全岛总面积90%,其中四、五级海蚀阶地呈浑圆状,构成岛上主要山脊。海积地:岛四周由于水动差异,沉积物分布不同,东北海岸水动力强,涌浪直逼滩面,沿岸以沙滩、砾石滩为主;西南海岸水动力弱,潮间带堆积大量由长江供给的淤泥,形成宽阔的泥滩。沙滩:全长约5.17千米,占全岛岸线22%,分布为岛北后岙沙、虎沙,岛东飞沙岙、千沙沙、百步沙,岛南金沙等。沙质自岸向海由粗而细,潮间带以下转为泥质。砾石滩:全长约3.23千米,占全岛岸线14.3%,分布岛西北大水浪、冈墩北海岸及飞沙岙东南祥庵沿岸一带,呈带状嵌镶在海湾内。飞沙岙东南及伏龙山小山洞对面砾石滩宽20—30米,余皆数米。砾石直径大小一般在0.50—1.5米间,最大可达1.5—2米,由于涌浪、激流冲击,磨擦成浑圆形。泥滩:全长约4.2千米,占全岛总岸线20%,分布在岛南短姑道头至风洞嘴,岛西风洞嘴至六峤山嘴等波浪潮流较弱区域,由长江口、浙江沿岸潮流中的悬浮物在波隐区回淤沉积而成。潮间带延伸宽400—1000米,坡度2°—3°。海蚀地:潮汐、潮流、波浪作用下,形成海蚀洞穴,逐步扩大为海蚀巷道、海蚀壁龛、海蚀崖、海蚀平台,构成基岩岸线,全长9.9千米,占全岛总岸线44%。海蚀崖、海蚀平台:分布在岛四周,犹以北部、东部较发育,崖壁高十几米。说法台石、心字石等古海蚀崖比比可见,至今保存完好。海蚀平台分布在一些海积阶地边缘,岩柱壁立。海蚀洞穴、海蚀巷道:分布于海蚀崖脚,由于涌浪冲击,海蚀洞穴逐渐扩大为海蚀巷道,潮音洞、梵音洞以及西方庵前的海蚀巷道均为典型代表。