在诊断猪日本乙型脑炎时,应注意与引起母猪繁殖障碍的细小病毒病、伪狂犬病、猪繁殖与呼吸综合征、猪弓形体病、布鲁菌病、李氏杆菌病等引起的流产相区别;将猪流行性乙型脑炎引起的其他症状与猪脑脊髓炎、猪链球菌病(神经型)引起的病猪精神沉郁、运动失调、痉挛等神经症状相区别。本病易与布鲁菌病混淆,但布鲁菌病无明显季节性,体温不高,流产主要是死胎,很少木乃伊胎,而且没有非化脓性脑炎变化,公猪有睾丸肿,但多为两侧性,且是化脓性炎症,副睾也肿,还可有关节炎、淋巴结脓肿等与本病不同。