“十二五”以来,学校教师主持、承担省部级以上纵向课题450多项,其中国家级项目240余项,70余项研究成果获得省部级以上科研成果奖。学校出版的《产业经济研究》为全国第一本产业经济领域的专业学术期刊,入选CSSCI来源期刊。《南京财经大学学报》为中国人文社会科学核心期刊、全国优秀社科学报、江苏省一级期刊。2018年7月4日,教育部社科司发布通知,对研究超期未完成的1453个项目进行集中清理。南京财经大学的《文化体制改革背景下广播电视体制“中国模式”的建构》、《人民币升值的全球“溢出”效应研究》、《农村金融排斥的破解路径研究:基于空间经济学视角、创新驱动县乡财政转型对接研究》、《政府审计与腐败治理研究:角色、作用机理、实现路径与效果检验》等项目在列。截止2018年6月,获批现代服务业协同创新中心、现代粮食流通与安全协同创新中心等江苏高校协同创新中心2个。