武汉至长江口为下游航道,全长1143km,长江水系97%以上的一级航道主要集中在该河段上。其中,武汉至南京708km河段中,航道维护的最小尺度为4m×100m×1000m,通航3000~5000t级船舶,年单向运输通过能力为7×10~8×10t;南京以下进人感潮河段,航道维护尺度10.5m×200m×1200m,乘潮可通行2×10~2.4×10t级海轮。按自然条件和经济联系来分,长江水系自上而下大体可分为6个自成体系且又通过长江干流相互联系的地区航道网:即以重庆为中心的西南地区航道网,包括金沙江、长江干流、岷江(大渡河)、沱江、涪江、渠江、乌江、嘉陵江、赤水河、綦江、横江、牛栏江等,总计通航里程约1.1×10km;以长沙为中心的洞庭湖水系航道网,包括湘、资、沅、澧和洞庭湖区航道等,总计通航里程约1×10km;以武汉为中心的汉江航道网,包括长江干流、汉江及其他支流,总计通航里程约9300km;以南昌为中心的鄱阳湖水系航道网,包括赣江、抚河、信江、饶河、修水、袁河、昌江、鄱阳湖区航道等,总计通航里程约5000km;以合肥为中心的巢湖水系航道网,包括南淝河、巢湖湖区、饶河、洲河、兆河、得胜河、罗昌河等,总计通航里程约3000km;以上海、南京、杭州为中心的长江三角洲航道网,包括苏申内外港线、江南运河、长湖申线、丹金溧漕河、锡澄运河、苏浏线、杭申甲线、芜太运河、张申线、六平申线等等,该地区为长江水系航运最发达的区域,总计通航里程约20000km。2019年1月,农业农村部、财政部、人力资源社会保障部联合印发《长江流域重点水域禁捕和建立补偿制度实施方案》,在长江干流和重要支流等重点水域逐步实行合理期限内禁捕的禁渔期制度,2020年底以前实现长江流域重点水域常年禁捕。