需要与以下疾病鉴别诊断:
(1)鳞状细胞癌:基底细胞癌的细胞为基底样细胞,胞浆偏嗜碱,无角化不良细胞,且基底细胞的角囊肿与鳞状细胞癌的角化珠不同,前者骤然角化,且角化完全;
(2)毛发上皮瘤:组织学上可出现基底细胞癌相似的瘤细胞团巢,肿瘤细胞巢周边细胞也有典型的栅栏状排列,但毛发上皮瘤间质中的收缩裂隙常不明显,而且肿瘤与表皮不相连或缺乏移行,呈膨胀性生长,细胞分化相对较好,无明显异型性,无核分裂象和坏死,而基底细胞癌是局部浸润性肿瘤,细胞具有一定异型,癌巢中央常见坏死;CD10是鉴别二者的一个指标,基底细胞癌肿瘤细胞可表达CD10而间质细胞不表达,但在毛发上皮瘤中,CD10可表达于间质细胞内,瘤细胞不表达或只有少数细胞表达;
(3)脂溢性角化病:病变为良性增生性病变,基底细胞呈乳头状增生,常见角囊肿形成,细胞无异型性,但若为激惹型,细胞常增生稍有异型性;
(4)日光性角化病:表皮有不规则的增生伴角化不全,细胞有不同程度的非典型增生,真皮层内有不同程度的炎性细胞浸润;
(5)Bowen病:表皮出现角化过度或角化不全,表皮全层细胞非典型增生,细胞极向紊乱,可见核分裂象。