钟南山长期从事呼吸内科的医疗、教学、科研工作。重点开展哮喘,慢阻肺疾病,呼吸衰竭和呼吸系统常见疾病的规范化诊疗、疑难病、少见病和呼吸危重症监护与救治等方面的研究。并通过创制的“简易气道反应性测定法”及流行病学调查,首次证实并完善“隐匿型哮喘”的概念。对中国慢性咳嗽病因谱进行了系统的分析,阐明了胃食道反流性咳嗽的气道神经炎症机制,创制运动膈肌功能测定法。他所领导的研究所对慢性不明原因咳嗽诊断成功率达85%,重症监护室抢救成功率达91%。