2005年学校被确定为全国援疆学科建设计划40所重点高校之一。根据2017年全国第四轮学科评估结果综合计分,学校在全国农林高校、在川高校中分别位居第7、第4。从2015年起,农业科学、植物学与动物学2个学科ESI排名持续稳定保持世界前1%。2017年动物营养与饲养科学、2018年作物学入选全国高等院校学科创新引智计划(111计划)。