控制员工上厕所时间是否属于违法行为,需要根据实际情况进行核实,如果用人单位的行为,情节轻微,社会危害性不大的,不属于违法犯罪行为。如果用人单位非法限制人身自由的手段强迫劳动的,用人单位的行为违法,劳动者可以向公安机关报案,由公安机关依法给予行政处罚;构成犯罪的,依法追究刑事责任;给劳动者造成损害的,应当承担赔偿责任。另外,对于用人单位克扣劳动者工资的行为,用人单位行为违法,劳动者可以向劳动行政部门投诉处理。相关法律规定:《中华人民共和国劳动合同法》第八十八条 用人单位有下列情形之一的,依法给予行政处罚;构成犯罪的,依法追究刑事责任;给劳动者造成损害的,应当承担赔偿责任:(一)以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动的;(二)违章指挥或者强令冒险作业危及劳动者人身安全的;(三)侮辱、体罚、殴打、非法搜查或者拘禁劳动者的;(四)劳动条件恶劣、环境污染严重,给劳动者身心健康造成严重损害的。