1940年11月17日,华中新四军八路军总指挥部在海安成立,总指挥叶挺,政治委员刘少奇,代理总指挥、副总指挥陈毅,参谋长赖传珠,政治部主任邓子恢(未到职),统一指挥陇海铁路以南、长江以北的新四军和八路军各部队。
1941年1月6日至14日,在蒋介石国民党顽固派制造的震惊中外的皖南事变中,新四军被蒋介石反诬为“叛军”、撤销其番号,军长叶挺赴国民党军第三战区第23集团军第25军第108师师部谈判时被扣。副军长项英、参谋长周子昆遇害,政治部主任袁国平突围中牺牲。军部机关领导和工作人员分路突围,新四军军部已不存在。
1941年1月20日,中共中央军委决定新四军军部以华中新四军八路军总指挥部为基础重建。中共中央军委任命了新四军的主要领导干部:代军长陈毅,政治委员刘少奇,副军长张云逸,参谋长赖传珠,政治部主任邓子恢。1月25日,新四军军部在苏北盐城重新成立。在华中地区的八路军、新四军和八路军第115师教导第5旅第13团、第14团为基础统一整编为新四军7个师和1个独立旅,共9万余人,继续坚持华中地区的抗战。4月,成立以刘少奇为书记的中共中央华中局华中军分会。
1942年1月20日至3月5日,中共中央华中局召开第一次扩大会议,确定了“继续坚持华中敌后抗战,完全巩固各根据地,加强与聚集力量,以便在适当的时机反攻敌人,争取中国抗战的最后胜利”的方针,提出了加强对敌斗争,巩固扩大统一战线,开展群众工作,发展生产和加强政权建设等9项具体任务。从而部队进入了巩固和较快发展的时期。
此前,至1941年1月皖南事变发生时,华中的八路军和新四军共近9万人。除八路军第4、第5纵队共3.1万余人外,新四军实际不足6万人。这就是说,新四军从1937年10月的1万余人至1940年底,在三年多的时间内,增加了近5万人。但至抗日战争结束时,经过4年多的时间,新四军得以增加到主力部队21万余人、地方武装9.7万余人,共近31万人,发展了约22万人,另民兵自卫队96万余人。这与中共中央华中局和新四军新军部的坚强组织保证是分不开的。
新四军军部重建后,中共中央中原局指出,“在敌顽夹击中奋斗,将是华中我党我军今后斗争的特点。一切军事上、工作上的计划,须根据这一特点来布置”。要求华中军民必须以更大的决心,以长期的游击战,坚持华中抗战。1941年2月初,中共中央军委进一步明确新四军的战略任务是:打破敌顽夹击,着重巩固陇海铁路以南、长江以北、津浦铁路以东的基本抗日根据地,并大力经营苏南,发展皖中和鄂豫边区的游击战争。
新四军坚持华中抗战的条件和环境,与八路军在华北敌后有很大的不同:新四军多由红军游击队改编而成,军事训练和装备较差;华中缺乏山地依托,多为平原、河湖港汊和丘陵地带;敌情严重,上海尤其是南京地区,为关内侵华日、伪军的心脏地区,是日军统一指挥关内部队的最高统帅部,是1939年10月1日正式行使统帅权的日军中国派遣军总司令部和1940年3月30日成立的以汪精卫任代主席兼委员长的伪国民政府和伪军事委员会所在地。同时,新四军由于组建较晚,华中国民党军吸取了放弃华北敌后、八路军迅速进入的教训,在撤退时留下了部分正规军,并收编了大量游杂武装。新四军在华中敌后不仅要同日伪军作战,而且要时刻防备国民党顽固派军队从背后发动的突然袭击。皖南事变发生、新四军军部重建后,新四军仍处于敌顽夹击、两面作战和复杂的三角斗争中。
新四军军部重建后,领导部队进行了盐(城)阜(宁)、苏中、淮海、淮北抗日军民反敌大“扫荡”和车桥等许多著名的战役战斗。仅在战略反攻阶段的20余天全面反攻中,就歼灭日伪军2.8万余人,解放县城32座、重要乡镇400余个,使苏中、苏北、淮南和淮北各抗日根据地连成一片。新四军共对敌作战2.46万多次,歼日伪军47万余人。最多时,牵制了16万日军和23万伪军,从而有力地配合了正面战场的国民党军作战行动。另对顽军作战3200余次,歼灭顽军14.3万余人。创建了横跨江苏、浙江、安徽、湖北、河南、湖南等8省,包括苏中、淮南、淮北、苏北、鄂豫皖边、苏南、皖江、浙东地区的广阔的华中敌后战场,收复国土面积达25.3万平方公里,解放人口3400余万。抗日战争胜利的实践证明,新四军是华中抗战的生力军,为坚持华中进而赢得全国抗战胜利做出了不可磨灭的重大历史贡献。