15~16世纪,伊斯兰教在新疆地区长足发展,不仅信仰的人数增加和地区扩大,而且成为各民族的主要意识形态。在新疆的吐鲁番、哈密地区伊斯兰教占据优势,成为不同地区维吾尔人的统一宗教,对其语言文字、风俗习惯、道德规范和心理素质等方面产生了深刻影响。察合台蒙古人信仰伊斯兰教后,与维吾尔人通婚并逐渐走向定居,并与当地维吾尔人逐渐所融合。在北疆的伊犁河谷和中亚草原的哈萨克游牧社会中,伊斯兰教也逐渐占据了统治地位。一位奥斯曼土耳其人赛非于1582年写的著作说,哈萨克人是伊斯兰教哈乃斐法学派的信奉者。在哈萨克汗国头克汗时期(1680~1718)制定的《七项法典》中,伊斯兰教法成为立法的依据,规定“侮蔑真主者,经七人证明属实判死刑”,“如背叛伊斯兰教改奉基督教者,要没收其所有财产”等等。