患者龟头流脓要根据具体的病原体,选择相应的抗炎药进行治疗。淋病性尿道炎引起的龟头流脓,在急性期可进行全身性静脉输液治疗,以头孢菌素配合阿奇霉素等药物,一般至少1周,可达到彻底治愈。非淋菌性尿道炎造成阴道流脓时,可通过细菌培养,使用敏感的抗生素,比如红霉素或者四环素等进行治疗。患者用药期间要禁止性生活,内衣、内裤要分开洗,伴侣双方同时治疗。