1616年,努尔哈赤在赫图阿拉建国称汗,国号金,史称后金,建元天命,起兵抗击明朝。1618年,努尔哈赤发布“七大恨”,誓师伐明。1619年,明朝在萨尔浒之战惨败,几年间丧失辽东七十余城。1621年,努尔哈赤攻占辽阳、沈阳。1625春,努尔哈赤迁都沈阳。当年农历三月三日在拜祭祖陵后,便率亲族百官自东京(辽阳)起程,夜宿虎皮驿,翌日抵沈阳。从此沈阳成为后金的统治中心。不过,努尔哈赤在1626年的宁远战役中被明军的大炮打成重伤,不久逝世。第八子皇太极继位,继续对明朝展开攻势,并联合蒙古各部,势力不断扩大。1635年,皇太极废除旧有族名“诸申”(女真),定族名为“满洲”。1636年,降服漠南蒙古。同年皇太极称帝且改国号“金”为“大清”,正式建立清朝,改年号为崇德。1637年,降服李氏朝鲜。1640年,松锦之战爆发,洪承畴在松山被俘,祖大寿在锦州投降。松锦之战标志著明朝在辽东防御体系的完全崩溃,在关外只剩下宁远一座孤城。1643年皇太极病死,福临继位,是为顺治帝,由其叔多尔衮摄政。1644年,李自成率领的大顺军攻陷北京,崇祯帝在景山自杀殉国。驻守山海关的明将吴三桂降清。多尔衮指挥八旗兵,以吴三桂为前导,兼程入关,击败大顺军,进占北京。同年顺治帝迁都北京,祭告天地祖宗,表示他是全中国的君主。接着,清军南下剿灭农民军,北方的汉奸、官僚纷纷勾结清军,镇压农民军。与此同时,南方的明朝遗臣相继拥立皇族建立政权,史称南明。此外还有李自成的大顺政权、张献忠的大西政权。清军进军江南的过程中,烧杀抢掠,激起江南人民的强烈反抗,特别是剃发令强制执行,各地燃起抗清的熊熊烈火。此后清军各地“剃发易服”,清军采取多次屠杀来镇压,造成人口骤减,发生西南地区民生萧条、万里无人的景象,史称甲申国难。