王恭厂大爆炸与印度“死丘”事件、1908年6月30日俄罗斯西伯利亚通古斯大爆炸并称为世界三大自然灾难之谜。对于王恭厂大爆炸,解释不一。地震出版社图书《王恭厂大爆炸》第一部分“王恭厂灾史料辑录”的“灾前后异常现象”摘录很多谈什么灾前多处火神庙火球滚出、火神像自己移动。这种迷信说法不科学。现代学者们的新论多。有人认为是地震引起的,有人说是火药自爆、也有人认为陨星坠落,认为隐火山热核强爆有之,认为是由地震、火药及可燃气体静电爆炸同时作用亦有之,更有甚者,认为是外星人入侵、UFO降临等。但每一个观点都没有摆出无可辩驳的证据,使人完全信服。有以下四种说法:北京地区历来地震频繁,仅明代就大小震百余起。天启六年五月初六灾变虽官方未明确为地震,但灾变前后种种迹象与地震前后现象有许多相符之处。且史书文献中与地震有关的记载也很多,如:“大震一声”、“余震”、“震撼天地”、“时息地震”、“震后”故可推断,这场王恭厂灾变,是因地震直接促发火药库而引起的。若此推断成立,那么这次地震具有裂度大而震区面小的特点,比如震灾中心(宣武门内大街以西,刑部街以南)破坏力几乎达到摧毁性程度;然而在离震灾中心较近的建筑真如寺、承恩寺等均未受到多大破坏,这种情况是举世未见的;再者蘑菇状烟云,也不是地震出现的现象;又如“不论男女,尽皆裸体”,“寸丝不挂”,“褫衣物”的现象,也非地震的后果;至于灾变中产生的巨大冲击波,在地震史上恐怕也少有先例。龙卷风具有突发性和毁灭性的特点。天启六年五月初六的王恭厂灾变,就其灾害范围看,似为龙卷风所致。“东到顺城门大街,北至刑部街,长三四里,周围十三里,尽为齑粉。”而龙卷风袭击范围往往在受害区百米之外很平静,就是受灾区与非灾区界限分明,而地震就不明显。至于石驸马街大石狮飞出宣武门外,史实确有记载,并且王恭厂之北的数千斤重物———石狮子被甩到南城墙外,然而并未见城墙塌陷。将石狮子远抛,这是龙卷风的巨力。王恭厂灾变若龙卷风所致,龙卷风常是突然爆发,可是这次灾变前伴随着许多地震前后的征象:从西南方,有声如雷;鸡犬皆惊,振物有声;初九(变后3日)丑时,复巨声西来,门窗皆响;震声南至河西务,东至通州,北至密云。以龙卷风说也难以解释这些现象。宇宙中星体冲入地球大气层时,其前方空气受到强压而温度陡然上升到几千度甚至万度,使流星——陨石表面物质熔化和气化,并与大气分子撞击而发光,形成火花、火球。当火花、火球消失后,人们可能听到霹雳声、雷鸣声、爆炸声。陨石落地,形成陨石坑。当陨石与地面撞击时,会发出震动与响声,这就如同文献记载那样:“有声如吼”,“但见飙光一道,内有大光”,“忽大震一声,裂逾急霆”,“深坑数丈”,“烟云直上”,“巨石空中飞注如雨”,“烟尘障空,白昼晦冥”,“西安门一带皆霏落铁渣,如麸如米”等等现象,完全与之吻合。陨落也完全有可能使房屋“猝然倾倒”,“大树尽拔出土”,以及“大木飞至密云”,灾区数里“尽为齑粉”。但陨落说,也难以解释灾变前后的种种地震征兆。这次灾变中心正是王恭厂药库。所以,灾后就曾有人说:“王恭厂不戒自焚,致都城之扰。”