(清·乾隆《泉州府志·卷3》)。太平兴国八年(983年):闽地从两浙西南路分出,独设福建路。雍熙二年(985年):泉州改隶福建路。宣和三年(1121年),清溪县改称安溪县。至此,泉州辖晋江、南安、同安、惠安、安溪、永春、德化7县。宋代澎湖已正式划归泉州,隶属晋江县管辖。南宋建炎元年(1127年)七月,福建(泉州)提举市舶司并归转运使。建炎二年(1128年)五月,复置福建(泉州)提举市舶司。建炎三年(1129年)十二月,南外宗正司由镇江迁置泉州。绍兴二年(1132年),福建提举茶盐官兼领福建市舶司。十月,移司泉州。乾道七年(1171年),泉州知州汪大猷在澎湖建造房屋200间,派水军长期驻守,并编管台湾户籍。乾道八年(1172年),毗舍耶人再犯晋江沿海,始置水澳寨(官称永宁寨),驻扎水军60名,以为防御。嘉定年间,真德秀知泉州整修,增驻水军50名,并于永宁石湖新造军房50所,额定兵员325人。淳熙十三年(1186年),泉州城南置宝林寨,城东置法石寨,分兵守卫。嘉定十一年(1218年),在晋江县围头澳置宝盖寨,由宝林移120名士兵来此守卫,节制建平、清石诸屯,加强海防。淳祐间(1241年~1252年),泉州户口增至255758户、1329940人,为历史上第一次人口高峰,由上州升为望州。元朝至元十四年(1277年),元廷在泉州设立行宣慰司,兼领行征南元帅府事。至元十四年(1277年),元廷在泉州设置市舶提举司。至元十五年(1278年),福建全境入元版图。升泉州为泉州路总管府,领南安、晋江、同安、安溪、德化、永春、惠安七县,泉州属福建行省,省治设福州。至元二十一年(1284年)二月,再设泉州行省。至元二十一年九月,泉州行省并入江淮行省。至元二十九年复设福建行省。至元二十七年前后,开始在澎湖设立巡检司,管辖澎湖、台湾等岛屿,隶属泉州路同安县。当时澎湖列岛有居民1600余人,贸易至者岁常数十艘,有“泉州外府”之称。大德元年(1297年),为图琉求(今台湾),改福建行省为福建平海行中书省,遂徙治泉州,辖诸州。大德三年二月罢,置福建宣慰司都元帅府,移治福州。延祐七年(1320年),泉州设都转运盐分司,直属户部,专掌场灶榷办盐货及批验盐商引目等事。至正十六年(1356年),撤福建路,成立福建省,此为福建设省的开始。明洪武元年(1368年),泉州置卫指挥使司,领左、右、中、前、后五千户所,隶福建都指挥使司。这是明朝在泉州设置的第一批海防军卫所。洪武二年(1369年),福建全省八路先后改为福州、建宁、延平、邵武、兴化、泉州、漳州、汀州八府。改泉州路为泉州府,隶福建行中书省;泉州府仍领晋江、南安、同安、惠安、安溪、永春、德化七县。洪武三年(1370年),明廷在泉州设立福建市舶司,管理对琉球(今台湾)的贸易。洪武七年(1374年)正月,罢福建(泉州)市舶司,严海禁以防倭寇。泉州官方海外通商贸易基本停止。洪武九年(1376年),废除行中书省机构,各省分别设立承宣布政使司、提刑按察司和都指挥使司等“三司”,以掌行政、司法、军政大权,并直属中央。布政使司下领府、州、县。改福建行中书省为福建承宣布政使司,泉州府隶之。洪武十七年(1384年),明廷实行防倭封海,废澎湖巡检司。