衡水二中分设东西两个校区,东校区位于问津北街98号,西校区位于新华西路256号,东西两个校区实行统一管理。根据教学业绩对任课教师实行平均调配。高一入学新生则完全按照成绩均衡分班、分校区。两个校区站在同一起跑线上,学生评价和教师评价实行统一的评价体系,两个校区之间要形成竞争态势,以竞争促发展、促提高。两个校区的硬件建设同步进行,实验室、微机室、多媒体教室、语音室、教室内设施都统一配置。学校的作息时间、课时分配、教学管理、学生管理、后勤服务、餐厅管理实行统一标准,对学生入学军训、日常行为、就餐制度、宿舍内务的管理以及班级量化评比实行统一标准。
东西校区各有特色。至今为止,西校区包含高一和高二两个年级,东校区为高一、高二、高三。西校区学生升高三时进入东校区,与东校区同级学生共进高三楼进行学习。西校区较之东校区,虽面积较小,但在学风、纪律有过之而无不及。