孔雀石绿在水生动物体内迅速代谢成无色孔雀石绿,而无色孔雀石绿的毒性甚至超过孔雀石绿,所以通常将孔雀石绿和无色孔雀石绿的总量作为动物源性食品中孔雀石绿残留的限量指标。孔雀石绿的检测方法以理化检测法和免疫学检测法为主。其中理化检测法包括:薄层层析法、分光光度法、 高压液相色谱法、液相色谱质谱联用法、气相色谱质谱联用法等,相较之下免疫学检测方法更为常用。酶联免疫检测法(ELISA):酶联免疫法的基本原理是将酶分子与抗体分子共价结合,结合产物不会改变抗体的免疫学特性,也不影响酶的生物学活性。此种酶标抗体可与吸附在固相载体上的抗原或抗体发生特异性结合。底物可在酶的作用下使其所含的供氢体由无色的还原型转变成有色的氧化型,出现颜色反应,颜色反应的深浅与样品中相应抗体或抗原的量呈一定的比例,显色反应可通过酶标仪进行定量测定。