微生物之间的这种关系称为拮抗或对抗关系。拮抗作用的结果有产生有利的一面也有产生不利的一面。例在生物处理系统中动物性营养的原生动物主要以细菌和真菌等为食料。它们能吃掉一部分细菌等微生物和一些有机颗粒并促进生物的凝聚作用从而使出水更加澄清。这是由于拮抗作用而产生的有利面。但对废水净化起主要作用的毕竟是细菌如细菌被吃掉过多或活性污泥的结构被破坏过大就会产生不利影响。例不仅原生动物和细菌之间原生动物和原生动物之间以及后生动物和原生动物之间也存在着拮抗关系。但是这种拮抗是无选择性的是强的吃弱的大的吃小的。是非特异性的。拮抗的另种形式则是特异性的即一种微生物在生活过程中产生一种特殊物质去抑制别种微生物的生长杀死它们甚至使它们的细胞溶解。这种特殊物质就叫做抗菌素。医药上用的青霉素、链霉素都是抗菌素分别是真菌中的青霉菌和放线菌中的灰链霉菌的分泌物。这些微生物在其生命活动过程中分泌抗菌素都是为了抑制或杀死其它微生物而使它自己得以优势发展。这种特异性的拮抗关系在废水生物处理过程中尚未很好地研究。例在天然水体对有机污染物质的净化(无机化)过程中各种微生物的相互关系也在交替演变着。优势种的发展总是遵循个固定的规律。当水体刚受到污染细菌数目开始增多但数量还不大这时可发现较多的鞭毛虫。在一般天然情况下清洁的水中不可能发现数量大的鞭毛虫。新污染的水中则可发现定编数量的肉足虫。植物性鞭毛虫常与细菌争夺溶解的有机物但是它们竞争不过细菌。动物性鞭毛虫较植物性鞭毛虫的条件优越因为它们以细菌为食料。但是动物性鞭毛虫掠食细菌的能力又不如游泳型纤毛虫因此它也只得让位给游泳型纤毛虫。游泳型纤毛虫的数目随着细菌数目的变化而变化。只要细菌数目多游泳型纤毛虫就占优势。当水体中有机物逐渐被氧化分解细菌数目逐渐减少这时游泳型纤毛虫也逐渐减少而让位给固着型的纤毛虫如各种钟虫。固着型纤毛虫只需要较低的能量所以它们可以生存于细菌很少的环境中。