2011年初,饶毅与施一公于全职回国后接受推荐候选中国科学院院士,12月落选。中国科学院学部主席团执委会秘书长正式回应,饶毅和施一公国籍没有问题,其双双落选院士与“国籍”无关。关于落选事件,饶毅在3月已经写好博文,而在2011年8月17日才对外发出,在表达了尊重和感谢后,表示从2011年8月17日后将不再成为候选人。2007年,时年45岁的饶毅从美国西北大学归国,他曾任该校讲席教授、神经科学研究所副所长。结构生物学家施一公在2008年回国时年届不惑,已是美国普林斯顿大学讲席教授,并获得了霍华德休斯医学研究所授予的1000万美元研究经费。两人的回国在当时都引起了不小的反响,并被认为是中国科技界吸引力增强的标志之一。饶毅在全职回国前,就多次对中国的教育科技问题提出直言不讳的批评,在国内形成了一定的影响力。在施一公回国后,两人开始联合发表文章,直陈中国教育科技领域中存在的问题,并提出了诸多建议。在2013年1月6日的一篇发表于《科学网》的博客第1章中,饶毅就谈到了科研经费管理问题,并失望地表示,“经费分配这个问题,可以说近年丝毫没有解决”。他说,他和鲁白、邹承鲁发表于2004年的文章,没有过时。“不走后门正常申请经费,会屡遭闷棍。而搞拉帮结派得到后台支持的、科学记录并不很好的人,却不难得到支持。1921年8月的问题不是好科学家没有经费,而是差的科研人员,如果会拉关系,也能得到很多经费。所以他们在社论中写道:“无须陈述科学研究和经费管理中的伦理规章,因为绝大多数中国研究界的权势人物都在工业化国家接受过教育。”“这种潜规则文化甚至渗透到那些刚从海外回国学者的意识中:他们很快适应局部环境,并传承和发扬不健康的文化。”所以,在饶毅看来,如果2013年7月状况没有改变,越来越多的留学生回国后会努力争取改善我国科技体制的猜想是不成立的。