大部份植物的根系会和不同的真菌有互利共生的关系,称之为菌根。真菌会帮助植物从土壤中获得水份和矿物质,而植物则会提供真菌从光合作用中组成的碳水化合物。一些植物会提供内生真菌居所,而真菌则会产生毒素以保护植物不被草食性动物食用。高羊茅中的Neotyphodium coenophialum即为一种内生真菌,其在美国的畜牧业造成了极严重的经济伤害。许多种类型的寄生在植物中亦是很普遍的,从半寄生的槲寄生(只是从其寄主中得取一些养分,但依然留有光合作用的叶子)到全寄生的列当和齿鳞草(全部都经由和其他植物根部的连结来获取养分,所以没有叶绿素)。一些植物会寄生在菌根真菌上,称之为菌根异养,且因此会像是外寄生在其他植物上。许多植物是附生植物,即长在其他植物(通常是树木)上,而没有寄生在其上头。附生植物可能被间接地伤害到其宿者,经由截取宿者本应得的矿物质和太阳光。大量附生植物的重量可能会折断树干。