恒河流域属热带季风区,河流水量以夏季降雨补给为主,也有一部分由喜马拉雅山脉的高山冰雪融水补给。河流左侧为喜马拉雅山脉的南坡,年降水量在2000mm以上,其中90%集中在6~9月的雨季。10~11月降雨明显减少,但有时发生飓风暴雨。12月至翌年2月为旱季,多晴朗天气,仅西北部有少量降水。3~5月为热季,降水很少,蒸发强烈。恒河洪水发生于6~9月,实测最大洪峰流量为73 200m3/s。洪水威胁主要在北岸地区,多半由于支流漫堤和河流改道造成。三角洲地区河网密布,水流很慢,如遇雨季,河水泛滥,一片汪洋,经常造成洪水灾害,如1971、1973及1974年洪水,损失均很严重。