华南农业大学兽医学院历史悠久,1952年由原中山大学、岭南大学、广西大学的畜牧兽医系合并成为华南农学院畜牧兽医系,首任系主任为中国著名兽医学家邝荣禄教授。1987年成立华南农业大学兽医系,1993年更名为动物医学系,2001年更名为兽医学院。2002年,在动物医学专业的基础上增加小动物疾病防治方向,2004年又设动物医学专业动物药学方向,2005年,在动物医学专业动物药学方向的基础上设立了动物药学专业。