辽保大4年(公元1124年)耶律大石率众西迁,建立“西辽”,辖地包括今新疆及迤西地区。
公元1211年为乃蛮王屈出律所灭。
公元1218年蒙古灭乃蛮,其间今新疆的维吾尔族先后受西辽与乃蛮贵族的统治,
公元1234年并入蒙古察合台汗国。
公元1371年,明朝洪武4年,察合台汗国灭亡,新疆境内分裂为许多割据政权。
公元17世纪初,天山南部建立了叶尔羌汗国,与清朝维持着朝贡贸易关系。
公元1678年,康熙17年,由于白山派和卓勾结准噶尔蒙古贵族攻入南疆,叶尔羌汗国灭亡。
清乾隆20至22年(公元1755年--公元1757年)清朝平定了准噶尔之乱。乾隆27年(公元1762年)在新疆设总统伊犁等处将军,实行军事管制制度,光绪10年(公元1884年)正式建省。