1938年3月19日,日军占如皋城,如皋县政府先后迁往李堡、丰利、马塘。 1940年8月,新四军东进至如皋西乡,在卢港建立如皋县政府。10月,县随军继续东进至如皋东乡接管国民党如皋县政府。11月下旬,于马塘镇和平接管国民政府如皋县政府,并分县,东部为如皋县(如皋东乡),西部为如皋西南行政公署,1941年3月,在如皋西乡升为如西县。至此,原如皋县以通扬运河为界划分为两个县。如西县隶属苏中第三行政区专员公署,如皋县隶属苏中第四行政区专员公署。 1945年9月21日,新四军收复如皋城,如西县复名如皋县,原设于如皋东乡的如皋县更名如东县。同年12月1日,苏皖边区第一行政区于如城成立,辖如皋县、如东县、紫石县(今海安县)、泰县(今泰州市区)、泰兴县、东台县、台北县(今盐城市大丰区)、南通县、海门县、启东县、崇明县、靖江县等12县。 1949年1月28日,如皋全境解放。5月12日,第一行政专员公署改称苏中泰州行政区专员公署,如皋属其管辖,为一等县。 1950年1月,划归苏南南通行政区专员公署,上升为特等县。1953年后,隶属江苏省南通专区。1955年12月,如皋县人民政府改称如皋县人民委员会,隶属江苏省南通专员公署。1968年后,改称江苏省南通地区如皋县,建立如皋县革命委员会,1981年复名如皋县人民政府。1983年,江苏省南通地区与南通市合并,如皋县隶属于江苏省南通市。1988年3月18日,经国务院批准,如皋县如城地区为沿海经济开放区,后全县乡陆续被批准对外开放。 1991年2月6日,经国务院批准,如皋撤县建市,实行计划单列,由省直辖,并暂由南通市人民政府管理,同年6月1日举行建市仪式。