郑州大学现有各级、各类科研机构169个。其中,1个国家橡塑模具计算机辅助工程研究中心,1个国家钙镁磷复合肥技术研究推广中心,2个教育部重点实验室,2个国家药品临床研究基地,10个省级重点实验室 (工程中心) ,7个省高校重点学科开放实验室,1个河南省实验动物中心,1个省部共建人文社科重点研究基地,1个省重点社会科学研究基地,9个省高校人文社会科学重点研究基地。近年来,郑州大学共承担各级各类科研项目9000余项,其中国家级项目160余项,省(部)级重点项目400多项,有700多项成果通过国家和省(部)级鉴定,589项成果获国家级和省(部)级科研奖励,申长雨教授主持完成的“橡塑制品成型模具设计中的关键力学问题和计算方法”、刘敏珊和董其伍教授主持完成的“新型高效纵流壳程换热设备现代设计技术研究与应用”等2项成果获得国家科技进步二等奖,赵清香教授主持完成的“十二碳二元酸合成尼龙 1212 工业生产研究”获得杜邦科技创新奖。2006年郑州大学获得国家自然科学基金立项项目39项,国家社会科学基金立项项目16项,省级各类立项项目656项,科研经费到款金额达到8500余万元。2005年被SCI收录论文位居全国高校第28位,被EI收录论文 138篇。2003年以来学校共申请专利177项,其中发明专利95项。以“乙醇汽油关键技术”、“生物柴油技术”和“橡塑模具技术”等为代表的一批高新技术成果和关键技术实现了产业化,有力地促进了河南经济发展和企业的技术进步,使得郑州大学为地方经济建设和社会发展服务的能力得到进一步增强。