1988年2月4日,黑龙江、吉林、内蒙古的武装森林警察(始建于1948年,时称武装护林队,1954年改编为护林警察大队,1956年除黑龙江省保留森警处建制,其他省、区护林警察大队撤销,改为营林员,1962年黑龙江省森警处改为森警支队,吉林省恢复组建森警大队,1963年内蒙古自治区恢复森警支队,吉林省森警大队改为支队。森警部队战士于1978年起为义务兵役制,连、排职干部从1980年12月起按军队现役干部管理。1988年1月13日起森警部队全部实行现役制)也列入武警部队序列,在林业部设立森林警察办公室。1995年3月,国务院、中央军委再次对武警部队领导管理体制作了重大调整,将原来“一统二分”的体制改为“两统一分”,即由国务院、中央军委统一领导、统一管理与各级公安机关分级指挥相结合的体制。这一调整,使中央军委进一步加强了对武警部队的领导。1996年10月,中央军委先后将解放军陆军部队的14个乙种步兵师转隶武警部队序列,直属武警总部领导管理,作为武警内卫部队的机动师。1996年12月,根据武警部队编制人数较多、地理位置特殊、任务较重等特点,中央军委决定将武警部队总部由副大军区级升格为正大军区级,并于1995年至1999年先后将全国各省、自治区、直辖市总队升格为副军级。1999年,原武警北京市第一总队和第二总队合并,重新组建武警北京总队。下辖第1、第2师及若干直属支队)。1999年初,又将原列入在武警部队序列,隶属于国家有关部委领导的水电、黄金、交通、森林部队,明确交由武警总部领导。1999年7月,组建武警总部森林指挥部。2008年11月,根据中央军委《关于调整武警北京总队、新疆总队等级问题的批复》的命令,将武警北京总队、新疆总队升格为正军级。2012年10月25日,根据中央军委、国务院《关于武警新疆生产建设兵团指挥部编制等级调整的批复》,武警新疆生产建设兵团指挥部升格为副军级,邸明任武警兵团指挥部司令员,吴玉科任武警兵团指挥部政治委员。2017年12月28日,在国防部例行记者会上宣布,领导指挥体制调整后武警部队的根本职能属性没有发生变化,不列入人民解放军序列。