1931年,诞生于中央苏区——江西瑞金,原为中国工农红军卫生学校调剂班;后随红军长征到达陕北。1941年,在延安命名为中国医科大学药科。1942年,独立为延安药科学校;解放战争时期迁校东北(佳木斯市),命名为东北药科学校。1949年,迁校沈阳,合并了原国立沈阳医学院药学系,定名为东北药学院。1955年,全国高校院系调整,将浙江医学院药学系、山东医学院药学系并入。学校自1956年开始招收研究生。1958年,上海制药工业学校并入。1956年,沈阳橡胶工业学校(现青岛科技大学)制药专业调整成立化学工业部沈阳制药工业学校,随后并入,同年改称沈阳药学院;1981年11月,经国务院批准,学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。1994年,经国家批准,更名为沈阳药科大学。原属国家医药管理局领导,是全国两所综合性药科大学之一。1996年,经教育部批准,建立国家理科基础科学研究和教学人才培养基地(医药学)。2000年2月,根据教育部要求,学校划归辽宁省,实行“中央与地方共建,以地方管理为主”的管理体制。2002年,经教育部和国家发改委批准,建立国家生命科学与技术人才培养基地。2017年1月,沈阳药科大学入选辽宁省一流大学重点建设高校。