千钧一发之际,安室透率领的日本公安赶到,间谍夺车逃跑,高速公路大桥上上演激烈追逐战,其他的车辆也被卷入其中,眼看要酿成惨重事故的瞬间,间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中,从大桥坠入海中。第二天,柯南等人来到东都水族馆游玩,他们在巨大摩天轮底下,发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子,仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样,也就是俗称的“阴阳眼”。可是,这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态,带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆,柯南等人约好了和她同行。没想到,这一切都被贝尔摩德暗中监视着……　二十世纪最后的夏天。那一天,人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。巨型生物「怪兽」,以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争,人类屡战屡败,最终计划逃出地球。2048年,经过中央政府管理的人工智能筛选,一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而,人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期,不适宜人类生存。移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候,他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭,飞船内的生存环境也越发恶劣,以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流,他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。然而,地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系,完全成为了一个未知世界。最终人类能否夺回地球?晴雄的命运又将如何?　某个黑夜,一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件,这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”,甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。