杂交水稻的基本思想和技术,以及首次成功的实现是由美国人Henry Beache在1963年于印度尼西亚完成的,Henry Beache也被学术界某些人称为杂交水稻之父,并由此获得1996年的世界粮食奖。由于Henry Beache的设想和方案存在着某些缺陷,无法进行大规模的推广。后来日本人提出了三系选育法来培育杂交水稻,提出可以寻找合适的野生的雄性不育株来作为培育杂交水稻的基础。虽然经过多年努力日本人找到了野生的雄性不育株,但是效果不是很好;另外日本人还提出了一系列的水稻育种新方法,比如赶粉等,但是最后由于种种原因没法完成杂交水稻的产业化。