1956年,白莲洞遗址被发现。同年,中国科学院古脊椎动物研究所古人类研究室华南调查队在裴文中教授率领下对白莲洞遗址进行发掘,在白莲洞扰乱上层发现石器4件,骨器2件。经贾兰坡、邱中郎两教授鉴定,白莲洞内的堆积物属于旧石器时代晚期。1973年-1982年,白莲洞遗址经过多次发掘清理,采到了多种标本,并通过堆积物可白莲洞遗址分成五个连续的文化层。1981年,柳州市文化局筹建白莲洞洞穴科学博物馆。1985年5月,白莲洞洞穴科学博物馆正式成立,对外开放的洞穴遗址及延伸部分面积近7500平方米,路程长1850米。