国家纳米科学中心(以下简称纳米中心)是中国科学院与教育部共同建设并具有独立事业法人资格的全额拨款直属事业单位(正局级),事业编制155人。于2003年12月31日正式成立的具有独立事业法人资格的全额拨款直属事业单位。纳米中心采取理事会领导下的主任负责制,理事会由国家发展和改革委员会、教育部、科学技术部、财政部、卫生部、北京市人民政府、中国科学院、中国工程院、国家自然科学基金委员会、北京大学、清华大学等单位选派代表组成。采取理事会领导下的主任负责制。设立学术委员会,协助理事会确定中心重要研究领域和发展方向。