《四库全书总目提要》著录了杨慎29种著述,一一加以考评,虽承认杨慎“博洽冠一时”,《丹铅》诸作“疏殊虽多,而精华亦复不少”,但就总体言之,还是站在正统立场,对杨慎其人其学每多贬抑,如说他“好伪撰古书,以证成己说”,责他“取名太急,稍成卷帙,即付枣梨, 为编,只成杂学”等等。由于《四库全书总目提要》为官修之书,故自面世流传后,杨慎即长期被冷落,一直不被重视。流风余波所及,以至近百余年来的中国儒学世、中国思想史著作中,多无杨慎的一席之地。