2000年代,十分热爱数码兽、稍微有点率真,个性极普通的小学五年级男生松田启人设计出了一只数码兽,对他来说与朋友玩数码兽卡片游戏,上课时偷偷地把自己创作的数码兽画在笔记簿上,就是他最大的乐趣!启人某日竟偶然得到了一张能大大改变命运的,以往从未有人见过的不可思议的蓝色卡片——Blue card!因为对真正数码兽的无比向往,令他的刷卡器变成了真正的数码机——“D-Ark”,就在把蓝卡放进读卡机的瞬间,冒险之门已经打开了!启人与接着到访的命运拍档——基尔兽相遇,之后又认识了李健良和牧野留姬,他们遇到了自己的数码兽拍档,与来到现实世界的数码兽战斗。最初的冒险在现实世界展开,然而数码世界四圣兽之一的朱雀兽为了保护他们的进化之光,不断派遣帝魔(十二只以中国生肖为原型的数码兽)来到现实世界,而后又把握有数码兽进化关键的古乐兽带走,启人一行人为了救它,带了博和、树莉以及健太,决定进入数码世界。在数码世界中,启人一行人又遇到了传说中的驯兽师——秋山辽。而后又遇到了被传送至数码世界的健良的妹妹——李小春。