「掘り」跟「堀」不是一个意思:
「掘る、掘り」=挖,是动作;
「堀」=沟,是东西,甭管装不装水。
国训选了汉意是窟窿的「堀」字作为挖得的沟的意思(甭管是干的壕沟也好,装了水成为护城河的也好),也正是因为「堀/窟」是「被挖得了的东西」的意思,也可能恰巧「掘」与「堀」正好是同声符,义符一个「手」一个「土」非常整齐,所以对名词「ほり」使用了「堀」一字。
@Kushim Jiang提出因为是国训所以要用同训的别字代替,这就把简单的问题复杂化了,而且根本没有这么干的。「堀」作护城河或没有水的壕沟讲,确实是国训,但是人名地名中的国训历来也没有说要换字的,况且国训也是依照汉意扩充的,怎么就不能直接读了?
你要举例的话,东芝的「芝」来自地名「芝浦(しばうら)」,这个「芝(しば)」就是国训,所以中文应该叫「东草」?没这么玩儿的吧。