他强调修身、齐家、治国平天下是一以贯之的,而齐家是根本,他说:“圣人之道必察乎物理,诚其念虑,以正其心。然后推之修身,身既修矣,然后推之齐家,家既可齐而不优于为国与天下者无有也。故家人者,君子之所尽心治天下之准也。”《字仪九首》序里说:“君子之道本于身行诸家,而推于天下,则家者身之符,天下之本也。”关于如何“齐家”,他又提出了四点:尊祖、重谱、睦族和广睦。尊祖则“人能知尊其身之所自出……著其德美于天下后世使之没而不忘,久而弥章。君子之为人子孙非以养生为贵而以奉终为贵,非以奉终为难而以思广孝为难。”重谱仅次于尊祖,可以“近叙戚,疏定尊卑。”睦族则“圣人收于万人于一”,广睦使“亲者愈亲,疏者相睦”,“以爱亲心广于天下”。方孝孺的齐家治国理想以《周礼》的宗法制为“遗典大法”,认为“井田废而天下无善俗”,“宗法废而天下无世家”,因此,他设想按照《周礼》推行宗法性质的家长制。“睦族之法,祠祭之余,复置田,多者数百亩,寡者百余亩,储其入,俾族之长与族之廉者掌之,岁量,视族人所揖辞而退……君子之道自此享矣。”族长有主宰权,定期召开家庭或部族会议,“长者命众生,众生听善恶之在书者咸读无隐也”,根据善恶来进行赏罚,然后“……不善者弃,而后知所戒,然后善者尊而益劝,劝戒立而俗宁有美者乎?”所以,方孝孺提倡“复古之道”,认为《周礼》可以“经世淑民”,行于今日。方孝孺既守古道,那么对“叛道者”,他肯定是大加抨击的。他认为“今之叛道者,莫过于二氏”。“二氏”即佛、道二教。“事乎老、佛名教之法,其始非而不足观也,而不可以用也。用之修身则德隳;用之治家则伦乱;用之于国,于天下,则毒乎生民。是犹?夷稗之农也,学之蠹也。”(卷十七《种学斋记》)方孝孺尤其反对佛教的灾异妖变,有灵觉的神鬼论思想,他写了《戒妖文》指出:“人知物之妖,而不知人之妖;知人之妖,而不知妖自己招。”对迷信思想看得很透。“……肆意妄言则丧心惑人耳,虽鄙夫小子亦知其妄且诞。佛氏务为无稽之论正类乎此。而人皆溺而信之,岂皆不若鄙夫子之知乎?何其迷而不知悟也,悲夫!”他建议“未能如孟韩放言驱斥使不敢横,亦当如古之善守国者严于疆域斥堠,使敌不能攻劫可也。”方孝孺的思想,上承宋濂,又一出于朱熹,其理学思想不可谓不正。但是,他的治世良方是不切实际的,即使朱棣不起兵,他的以周礼治天下的愿望也是难以实现的。