总指挥:联合舰队司令山本五十六海军大将突击编队指挥官为南云忠一海军中将空袭部队:指挥官为南云忠一海军中将,包括“赤城”号、“加贺”号、“苍龙”号、“飞龙”号、翔鹤号瑞鹤号共六艘航母,任务就是出动舰载机攻击停泊在珍珠港的美军战列舰和航母。警戒部队:指挥官为第一驱逐舰战队司令大森仙太郎海军少将,编有“阿武隈”号轻巡洋舰和“谷风”号、“浦风”号、“滨风”号、“矶风”号、“不知火”号、“霞”号、“霰”号、“阳炎”号和“秋云”号九艘驱逐舰,负责为空袭部队和补给部队提供警戒。支援部队:指挥官为第三战队司令三川军一海军中将,编有“比睿”号、“雾岛”号2艘战巡 和 “利根”号、“筑摩”号2艘重巡洋舰,负责为空袭部队提供支援,主要是对付美军的大型水面军舰。巡逻部队:指挥官为第二潜艇大队司令今和泉喜海军大佐,由“伊—19”号、“伊—21”号和“伊—23”号三艘潜艇组成,在编队航线前方航行,担负侦察警戒。中途岛破袭部队:指挥官为第七驱逐舰大队司令小西要人海军大佐,由“潮”号、“涟”号两艘驱逐舰和“尻矢”号补给舰组成,任务是炮击中途岛牵制美军。补给部队:由“极地”丸、“极东”丸、“健洋”丸、“国洋”丸、“神国”丸、“东邦”丸、“东荣”丸和“日本”丸等七艘油船组成,负责为编队进行海上加油。先遣编队指挥官为第六舰队司令清水光美海军中将第一潜艇部队:指挥官为第一潜艇战队司令佐藤勉海军少将,下辖“伊—9”号、“伊—15”号、“伊—17”号、和“伊—25”号四艘潜艇,在瓦胡岛东北展开,攻击美军可能出动反击的舰艇。第二潜艇部队:指挥官为第二潜艇战队司令山崎重晖海军少将,下辖“伊—1”号、“伊—2”号、“伊—3”号、“伊—4”号、“伊—5”号、“伊—6”号和“伊—7”号七艘潜艇,在瓦胡岛与考爱岛、莫洛凯岛之间的考爱海峡、卡伊威海峡展开,监视并伺机攻击美军。第三潜艇部队:指挥官为第三潜艇战队司令三轮茂义海军少将,下辖“伊—8”号、“伊—68”号、“伊—69”号、“伊—70”号、“伊—71”号、“伊—72”号、“伊—73”号、“伊—74”号、“伊—75”号九艘潜艇,在瓦胡岛以南海域展开,攻击美军可能出动反击的舰艇。特别攻击部队:指挥官为第三潜艇大队司令佐佐木半九海军大佐,下辖“伊—16”号、“伊—18”号、“伊—20”号、“伊—22”号和“伊—24”号五艘潜艇,各携带一艘袖珍潜艇,在空袭前将袖珍潜艇放出,由