日本拥有庞大的海洋船队,与世界各地都有航线相通。著名的海港有东京、横滨、名古屋、大阪、神户等。首都的羽田机场和成田机场是日本的空中大动脉,在2008年世界机场服务质量的排名中,东京羽田机场位列第一,函馆、福冈、大阪、关西、北九州、那霸的机场都是日本的空中交通枢纽。日本航空、全日空、北海道国际航空、天马航空(SKY)是日本四大航空公司,是日本空中交通的重要标志。日本的陆路交通大部分依赖地铁、轻轨、铁路等轨道交通,日本铁路的客运服务始于1872年,包括JR和私铁在内的铁道的总运行距离为27929公里,新干线是日本的高速铁路客运专线系统,以“子弹列车”闻名。2015年,运送旅客人数达到240亿人次。日本兴起了医疗旅行,而这一次兴起也恰恰针对中国的旅游人群,日本政策投资银行预测,医疗旅行的潜在市场规模在2020年将达到5507亿日元,访问者达到42.5万人。