抗日战争期间, 任国防最高委员会主席, 同盟国中国战区最高统帅, 掀起第三次反共高潮。 1943年参加美、 英、 中三国开罗会议。 抗日战争胜利后, 与中共代表团在重庆进行和平谈判。 1946年由于国共两党未能履行《停战协定》 、 《政协与中共会谈纪要》 , 国共内战开始, 蒋介石指挥800万国军与解放军作战, 并且组织召开制宪国民大会, 通过宪法。 1948年召开第一届国民大会, 当选总统。 1949年1月21日, 发表《引退谋和文告》 , 由副总统李宗仁代行总统职权。