公元前3世纪已有文字记载,在《史记》和《汉书》里被称为“鬲昆”、“坚昆”。从中国西汉汉武帝时,吉尔吉斯大部分首次纳入中国版图。汉武帝又命李广利于前104年(太初元年)、三年两伐大宛(在今中亚费尔干纳盆地),使西域的许多城国相继臣服于汉。前102年(太初三年)战胜大宛后,西汉朝廷在轮台(今新疆轮台东)、渠犁(今新疆库尔勒西南)置使者、校尉,这是西汉政府在西域设置行政机构之始。后又设置伊循都尉、护鄯善以西使者。公元前59年(神爵三年),因匈奴内争,其主管西域的日逐王先贤掸率万余众降汉,汉使护鄯善以西使者郑吉迎之,匈奴在西域的统治力量随之瓦解。于是汉廷使护鄯善以西南道诸地的郑吉“并护(车师以西)北道,故号曰都护”。西域都护是西汉政府在西域设置的最高军政机构,治乌垒城(今新疆轮台东北),“镇抚诸国,诛伐怀集之”,并“督察乌孙(在今新疆伊犁河流域)、康居(在今哈萨克斯坦境内巴尔喀什湖与咸海之间)诸外国动静,有变以闻 ,可安辑安辑之,可击击之”。起初负责“护西域三十六国”,后来扩大统治范围,“最凡国五十”,西至今巴尔喀什湖以东、以南的乌孙,今铂尔河上游的大宛,今帕米尔地区的无雷,今阿赖谷地的休循等国,都受其管辖。“汉之号令班西域矣”,西域正式纳入了西汉王朝的版图,直到西晋时期突厥人占领该地区。