商铺转让费就是商业活动中有关店面转手时上家附加给下家的一个由上家额外收取的费用。
看起来其起意是下家一次性(技术上也可分期交付)弥补给上家因转让所蒙受的损失的补偿,而其实际情况是有些地方有些地段有些店面无理要钱或漫天要价,有“上家非法做二房东”之嫌。

目前法律法规方面尚没有可以依附的的明确规定能够干预此事,一般理解这是商业活动中“一个愿打一个愿挨”的事情。只有通过转方和承继方自己讨价还价来定:需不需要转让费、付多少转让费。
正确的做法是,把店面业主请来三方一起协商、谈判。这里面就讲究一些谈判上的技巧。你可以请比较有经验的亲友参与这个过程。
在事情议定后你一定别忘记与对方签定书面转让协议,协议最好都有第三方签字以示见证,一式多份。

房东方面,在确定要在他的“地盘”开店后,你首先要要注意查询、督办他该出面办理的店面租赁许可(看有没有)及转让手续(原则上讲,按照“个体工商管理条例”应当是要办的)
第二,在签订店面租赁合同之前,你应当仔细看看你的上家与房东所签的合同内容,明确哪些条款可以继承、哪些可以借鉴,哪些必须重来。方便的话,你还可到所在一条街或附近商铺经营主那里了解这个地带租赁费及上面转让费的一些大致情况。
然后才是与房东签订新的店面租赁合同。租赁合同应当是越全面越细致越好。如果你对你的经营项目有很大信心,担心房东在到期续签时提高租赁费,你可以将租赁时间适当延长一些;如担心房东届时不与你续租,你可以在条款上写明合同期满时你有优先租赁权,如你有续租意愿且具备续租能力,而对方不予续租,对方应赔偿你可能蒙受的全部经济损失。
签署合同时双方应当拿出各自身份证或户口簿,签上各自的真实姓名,并写上身份证号码。双方相互“验明正身”。为谨慎和郑重起见,你可以对合同申请公证。合同一式三份,你、房东和公证处各持一份。

至于定金,亦无须担心,让对方拿出房产证、身份证,给你打个收据,就不怕抵赖了。如果定金是交转租人的,那除了要转租人按规矩开收据外,还一定要求收据上必须有房东的签字证明(交定金时要求房东在场)。
必须记住:在整个转接过程中,房东是不可或缺的。
以上回答仅供参考。

回答之后的补充:

签订合同时,我觉得还应注意一个“非人为因素”(或称“不可抗拒因素”)的问题。
“非人为因素”涵盖两个方面,一方面是因“非我”因素对房东财产造成危害或损失的情况。比方说台风、雷电、水灾、火灾(城门失火,殃及鱼池)等等与我们(租赁人)无关(即“非我”)因素。这一点,谨记一定要在合同里有所反映,以维护自己的合法权益不受侵害。实质上,签订这一条款,对合同双方都有利无弊。对房东来讲也有不可或无的意义;
“非人为因素”应考虑的另一个方面,就是有些回答已提到的由于与政府、街道、社团或者说政策法规甚至临时措施等等有关的诸种原因,可能(主要)对租赁者带来直接经济损失的情况。比方,店铺被责令拆迁而不得不关闭。这对房东来讲,也是“非我”因素所为。
这就要求你对当地城镇规划及店铺所在地段的经营状况和前景做一个比较全面的调查了解。然后在此基础上做出正确的选择和判断。
另外,在交店租的时间规定上,应添加一些弹性的附加条款,以避免某些不可预知的情形出现时的张慌失措。有些房东还是比较好说话的,也要防备一些不良业主的恶意作为。
合同的关键,就是要明确合同双方的权利和责任。
相信很多问题你们也早已想到了,这里仅作些许可能多余的补充。/