造成病死率升高的主要原因是耐药菌带来的用药困难。同自然界其他生物一样,细菌的基因也在进化中随机发生突变。对抗生素敏感的细菌被杀死了,而基因突变后不敏感的细菌则可能存活下来,经过一次次的“遭遇战”,存活下来的细菌都积累了丰富的“战斗经验”,成为变异的品种。如绿浓杆菌可以改变细胞膜的通透性,阻止青霉素类药物的进入;结核杆菌通过改变体内蛋白质结构阻止抗生素与其结合;更有甚者,有的革兰氏阴性菌可以主动出击,用水解酶水解掉青霉素和头孢菌素类药物。细菌不但可以将突变的基因遗传给下一代,还可以通过直接接触,质粒传递等方式把耐药性传递给异种菌株,这让医学家大为头疼。长久以来,细菌的耐药性并未引起足够的重视,医生们相信现有药物对付耐药菌已经是绰绰有余。比如对天然青霉素耐药的金葡菌,可以应用氨苄青霉素;当氨苄青霉素无效时,还可以换用头孢菌素;甚至于对头孢菌素耐药的耐甲氧西林金葡菌(MRSA),人们还有最后一道防线——万古霉素。但是在1992年,美国首次发现了可对万古霉素产生耐药性的MRSA,这几乎将医生逼到无药可用的尴尬境地。