2016年1月8日,国务院南水北调办表示,1月8日10时南水北调东线台儿庄泵站开机运行,标志着东线一期工程2015—2016年度供水开始。2016年5月20日,南水北调配套工程东水西调改造工程完成验收,正式向位于门头沟区的城子水厂输送南水。2017年1月底,春节期间,为保障首都供水安全,北京市南水北调办工作人员坚守岗位,确保调水工作有序开展,工程安全平稳运行。截至2月1日,南水北调中线一期工程通水进京水量突破20亿立方米。2017年3月,南水北调东线山东段工程永久用地确权发证工作顺利通过完成验收,山东省成为全国南水北调系统首个全面完成确权发证工作的省份。2018年5月,南水北调中线工程开始向白洋淀实施生态补水,计划补水一亿立方米, 6月底完成任务。2018年5月8日5时止,北京累计接收南水北调来水突破50亿立方米。2018年5月22日,南水北调东线一期工程累计调入山东省水量达到30亿立方米。2019年11月18日,中共中央政治局常委、国务院总理李克强主持召开南水北调后续工程工作会议,研究部署后续工程和水利建设等工作。2003年12月28日,国务院南水北调工程建设委员会办公室正式挂牌,开始履行其政府职能。