这要看你的情况来定:
1、未毕业:如果你还没有拿到毕业证,那劳动合同是无效的,不管用人单位是否发违约函到你学校,学校只认三方协议;
2、已离校:劳动合同生效,如果学校要求你补签三方,则学校会备档你的违约函,但不会存在你档案里。
当然以上无论哪种情况,违约函都不会存在档案里。这是普遍情况,建议你去找就业办的老师问一下比较安全。