由真菌、线虫、细菌引起的。被害植株根部腐烂甚至坏死,病株枯死。真菌如腐霉(Pythium)、疫霉(Phytophthora)、 丝核菌(Rhizoctonia)、镰刀菌(Fusarium) 、核盘菌(Sclerotinia)等为主要病原物。致病线虫主要是短体线虫属(Pratylenchus)。专致根腐病的细菌极少。主要的根腐病有小麦全蚀病,甜菜根腐病、菜豆根腐病、细辛根腐病等。病因复杂,常由 2~3种病菌或2种不同类别的病原物共同引起。环境条件适宜时,病株还易被一些腐生性强的病原物再侵入,加速根部腐烂,造成复合症状。