除以上各种因素外,感染所致孕早期流产愈来愈受到国内外学者的重视。妊娠早期严重的TORCH感染可引起胚胎死亡或流产,较轻感染亦可引起胚胎畸形。研究表明巨细胞病毒可引起过期流产、胎死宫内等。母体发生感染后病原体可通过血行使胎盘感染,引起绒毛膜和毛细血管内皮受损,破坏胎盘屏障,病原体进入胎儿导致流产、胚胎停止发育及胎儿畸形图。近年来许多研究表明支原体感染可能与胚胎停止发育有关,但是也有学者提出支原体可以是人体的正常菌群,通过在反复流产群体中的筛查发现的支原体只能称之为支原体存在而非支原体感染。妊娠期生理状态的改变、使母体对治疗药物和各种环境有害物质的吸收、分布和排泄发生了较大的改变,在发育初期,胚胎对治疗药物和环境因素的影响极为敏感,此时各种有害因素都可导致胚胎的损伤、甚至丢失。许多药物和环境因素是引起早期胚胎死亡或胎儿畸形的重要因素。环境类激素可直接作用于中枢神经内分泌调节系统,引起生殖激素分泌紊乱,出现生殖率下降和胚胎发育异常。