就在三代目火影的丧礼进行前,卡卡西自身一人前往英雄慰灵碑处,悼念过去死去的队友——宇智波带土。就在木叶崩溃战后不久、百废待兴时,两名隶属于神秘组织——“晓”的S级叛忍来到了忍村。其中一人就是佐助的哥哥宇智波鼬,另外一人是前“忍刀七人众”之一的干柿鬼鲛。他们前来木叶的目的,就是为了逮捕“九尾人柱力”——漩涡鸣人。中途却遇上了两名正在巡逻的上忍——猿飞阿斯玛及夕日红,并打了起来。但鼬及鬼鲛的实力实在太强,阿斯玛跟红不久就败下阵来。此时,卡卡西刚好赶到,复制鬼鲛的水鲛弹之术,并把鬼鲛逼退。他质问鼬回来的目的,瞬间又跟鼬进行激战,仅仅只是短暂的交手,鼬便将卡卡西、阿斯玛和红逼入劣势,同时卡卡西为了保护其他两人以及写轮眼的副作用而有些疲惫。他深知鼬写轮眼瞳术的厉害,所以劝阿斯玛及红把眼合起来,以免中了瞳术。卡卡西认为只有自己的写轮眼才可对付写轮眼,但谁不知鼬的写轮眼是进化了的万花筒写轮眼,实力差距太大;再加上卡卡西没有宇智波一族的血统,不能熟练运用写轮眼,用了不久体力便应付不了。因此,鼬只使出了一招瞳术--月读,就令卡卡西的精神崩溃,像是快要被鼬千刀万剐似的,没办法再作战。由于鼬知道卡卡西认识“晓”,所以便决定要把他带走,并让鬼鲛攻击阿斯玛及红。幸亏好友迈特凯及时赶到,把鬼鲛踢开,成功救出卡卡西、阿斯玛及红。鼬知道阿凯不是个简单的人物,不欲多战,便跟鬼鲛离去。而卡卡西则需到医院接受治疗,直到纲手把他救醒为止。自佐助执行任务以来,多次需要鸣人的协助才能逃过危机,于是佐助开始对鸣人的能力感到嫉妒。卡卡西对此是非常清楚的,于是当佐助跟鸣人在医院天台对战时,他及时阻止二人的战斗,并化解了他们的螺旋丸及千鸟攻击。之后佐助独自在树上沉思时,卡卡西便试图开解他,认为失去亲人固然悲痛,但卡卡西自己也曾尝过这种滋味;卡卡西说:“现在你已经有鸣人这些朋友了,应放下复仇之事。”之后音忍四人众来找寻佐助更向他攻击,临走的时候跟佐助说如果想得到力量就来找大蛇丸,此话一直被佐助记住。卡卡西的一番话并未真正令佐助茅塞顿开。为了追寻强大的力量,佐助决定跟随音忍四人众叛离木叶隐村。鹿丸四人小队出发,鸣人和佐助苦战也没有成功将他带回,佐助开启了咒印的力量击倒鸣人后离开。纲手向卡卡西下达了S级任务,但是被卡卡西拒绝并表示这次是认真的。卡卡西赶到终结之谷时,佐助跟鸣人的决斗已完结,只剩下鸣人倒卧在地上;他唯有把鸣人先带回村里医治,再做下一步打算。组织晓捉去了拥有一尾力量的人柱力五代目风影我爱罗。砂忍向木叶求援,木叶派出卡卡西班,砂隐的千代婆婆其后一同加入。