交易时结绳以识,无日历文字。无水田,治畲种禾。男子穿耳,女子凿齿。伐竹构屋,少壮未娶者皆居公廨。实行入赘的母系家族婚制,已开始出现贫富分化。与大陆的商贸交通日盛,以畜牧产品交易手工产品。明末,民族英雄郑成功亲率义军从荷兰殖民者手中收复台湾,建立郑氏政权,并持续23年。其间,郑氏为巩固对台湾的统治而采取了诸多有利于台湾居民经济文化发展的措施。如建立地方政权机构,派官员治理地方;鼓励开荒屯田,广泛推广牛耕和铁犁;招大陆东南沿海的汉民移居台湾,从事各种经营开发;免徭役;开办学校,令台湾少数民族子弟入学读书。这是大陆军民第一次大规模地移居台湾,极大地加强了海峡两岸人民间的相互了解与信赖,也使得台湾少数民族的经济文化水平有了较大的提高。
1683年,清朝出兵收复台湾,将台湾正式并入清朝版图,并设立台湾府和台湾、凤山、诸罗三县,后又增设彰化县和淡水、澎湖、噶玛兰三厅,光绪十一年(1885)清朝将台湾府升格为省级行政机构。由于政治上的统一,使海峡两岸间人民的交往更为密切,大批汉民移居台湾,使原本人烟稀少的台湾岛得到快速的开发。清朝政府对台湾的少数民族采取分类管理的方法,将其划分为“生番”、“熟番”。对与汉民杂居的“熟番”,视同汉民,采取与汉族同样的政策予以管理。对居于交通不便地区且保留有浓厚民族特征的“生番”,起初予以妥善的保护,不许汉民及奸商前去骚扰。光绪年间,清政府为了应付日本帝国主义等列强,废止了原来实行的封山禁垦令,实施“开山抚番”的政策,鼓励汉人移民入垦“生番”区。“开山”之举包括:屯兵卫,刊林木,焚草莱,通水道,定壤则,招垦户,给牛种,立村堡,设隘碉,致工商,设官吏,建城郭,设邮驿,置廨署等;“抚番”措施包括:选土目,查番户,定番业,通语言,禁仇杀,教耕稼,修道涂,给茶盐,易冠服,设番学,变风俗。沈葆祯以军事力量开通后山道路 (东部沿海至西南海边),一方面积极招抚各社高山族部落,另一方面鼓励汉人开垦番地。刘铭传任台湾巡抚后,以“抚番”为治台的首务,设立全台抚垦总局,在各地设立抚垦局及分局,局中设置医生、教耕、教读等人员,更全面地推行“番政”。 从沉葆桢在台主政,历经丁日昌、刘铭传两任巡抚,开山“抚番”政策的实施促进了台湾的经济发展,缓和了民族关系,巩固了台湾防务,对台湾的“外防内治”起到了积极作用。在刘铭传任内,台湾还建成了从基隆到新竹的铁路,这也是中国最早建成