由于同工酶的分布有明显的组织差异或细胞内的定位不同,使其具有较大的临床应用意义。因为存在组织差异,所以可根据其变化来推测受损的组织或器官。例如CK MB活性增高对判断心肌梗死有意义。心肌有损伤时虽然可有总LD活性上升,但诊断意义不大,如果LD.活性上升,且LD1>LD2则说明有心肌疾病,如果在此基础上还出现LD5>LD4则说明在心肌损伤的同时并伴有肝的损伤,例如右心衰引起肝淤血的状况。
有一些同工酶只是在细胞内定位不同,也有临床意义,这其中有诊断意义的主要是线粒体同工酶,线粒体中有些酶的性质和结构与胞质中同工酶有明显差异,有临床意义。用的较多的是线粒体AST,此酶较难进入血清,但当肝病变严重、细胞坏死时,线粒体同工酶可进人血中使其升高,对判断疾病的程度和预后都有帮助。
另外,还发现有些同工酶在从组织进入体液后,进一步分化为几个不同的类型,即所谓同工酶亚型。