Qpcr array 数据分析软件 操作指南 启因生物 www.wcgene.com 1 概述 简介:RT-PCR 数据分析软件是启因生物自主开发的一套数据分析软件,基于高通量荧光定 量 PCR 技术,输入界面简单方便,模块功能使用强大,数据分析流程化,操作流程简便易 懂,并增加了散点图,折线图,对比图,热点图等更多形象直观的结果分析图,这样不仅改 变了传统的以表格和柱形图呈现的表达量数据,而且化繁为简,便于深入挖掘 qPCR 数据意 义。 特点:操作界面简易; 操作流程简便; 数据分析功能强大; 数据分析结果多样; 方便管理和日常维护; 分析流程:上传实验文件和数据文件; 数据质控; 数据筛选; 数据归一化处理; 差异表达; 聚类分析; 2 1 系统主界面 qPCR 数据分析主界面分为三栏,包括功能操作界面,图像展示界面,数据显示界面; 其中功能操作界面包括实验列表,孔板列表,数据分析三个模块;图像展示界面可展示 实验、样品和诊断明细,383 孔板以及实验结果分析图;数据显示界面包括选择基因和基因 列表两个模块; 2.2 模块介绍 ? 数据分析 分为“Review-检查”,“Qualify-质控”,“Normalisation-标准品”和“Analysis-分析”四个 部分。 检查部分:检测基因的 Ct 值分布,检测样品的 Ct 值分布,跨样品检测基因分析; 质控部分:样品的相关性分析,两个样品的 Ct 相关性分析; 标准品部分:设置内参照,内参稳定性分析,标准品实验重复,标准品样本重复; 分析部分:表达差异分析,两因子分析,标准品聚类分析; 3 3.2 创建数据文件 与创建实验文件类似,首先 Excel 格式的数据文件先转为 csv 文件,之后上传,可以选择 384 或 96 孔板子类型;数据文件内容包括:孔板位置,样品名称,基因名称,Ct 值等;若 有多个数据文件,可分批上传,统一分析; 3.3 数据分析 3.3.1 Review ? Ct values distribution by detectors 检查部分,Ct values distribution by detectors(检测基因的 Ct 值分布),图为同一基因 (miR-325)在不同样品中的 Ct 值分布情况,点击红点可看出此基因在某样品中的 Ct 值。 4 ? Ct values distribution by samples 检测样品的 Ct 值分布,图为同一样品的不同孔中基因的 Ct 值概率分布图,比如最高表 示 42 个孔的 Ct 值为 32 左右; ? Detector profiling across samples 跨样品检测基因分析,涉及到多个样品和多个基因,图为两个基因在多个样品中的分布 情况,每条折线的折点代表一个样品中的一个基因,点击折点将出现相关信息; 5 3.3.2 Qualify ? Correlation analysis of samples 质控部分,通过分析样品的相关性,选择适当的样品进行下一步检测; ? Ct correlation between two samples 在实验中,我们经常用到对两个样品的分析,因此就涉及到两个样品的 Ct 相关性分析, 结果图表示两个样品中多个基因的 Ct 值情况,靠近 X 或 Y 坐标轴的说明此基因在某一样品 中的表达较高,而处于中间的,即 X/Y=1 时,说明此基因在这两个样品中的表达无差异。 6 3.3.3 Normalisation ? Set endogenous controls 标准品部分,首先设置内参,可通过这一功能实现对内参的选择,图中多个折线代表不 同的内参,选择稳定性好的,即折线较平缓的作为内参。 ? Analyze Stable endogenous 内参稳定性分析 7 ? Normalization-Technical Replicates 标准品实验重复 ? Normalization-Biological Replicates 标准品的样品重复 8 3.3.4 Analysis ? Differential Expression analysis 数据分析部分,表达差异性分析是最常用的数据分析展示方式,通过选择界面可对不 同样品进行选择分析,得出结果效果图如右图所示,上面的柱形对比图表示样品间基因表达 存在显著差异,而下面的线性对比图表示这些基因表达差异不显著。 ? Two factor analysis 两因子分析 9 ? Cluster-normalization 标准品聚类分析, 此种分析方式适用于多个样品多个基因的同时展示,类似于基因芯片,通过选择数据和对颜 色、宽高度设置,一张关于 qPCR 结果的热点图完整的显示出来,而通过比较不同的格子, 可以分析出表达是否存有差异,颜色相近的表示没有变化,颜色差异越大说明表达差异越大; 10 通过以上对数据的质控检验,深入挖掘以及多样化的结果呈现图,我们可对 qPCR 数据 有着全方位多角度的把握,并且还可以将这些结果图直接导出来作为文章的一部分,更好地 应用在文献发表和服务于科研数据管理。 11