HXN3型机车空气滤清系统由三级滤清元件组成。第一级为多孔板压成的V形波浪网第二级为两个惯性滤清器,分别安装在空气滤清间车体的侧墙上。第三级为柴油机空气滤清器,安装在主发电机上。当柴油机运行时,空气滤清间的各个门都是关闭的,空气只能从惯性滤清器进入,然后在通过柴油机空气滤清器,最后进入柴油机。