水质污染已经让大堡礁附近的部分海水不再如以前一般清澈,而是显得有些浑浊。除了过度开发,温室效应也对大堡礁构成了极大的威胁。二氧化碳水平的不断升高提高了海洋酸性,在此过程中,珊瑚难逃被溶解的命运。二氧化碳排放造成的升温同时让珊瑚惨遭漂白。2013年年底,澳大利亚政府批准了一项计划,旨在扩建昆士兰地区艾博特角(Abbot Point)的煤炭码头,艾博特角港是大堡礁沿岸地区的五座主要港口之一。该项目需要从海底疏浚约500万吨泥沙以增加港口的深度。由此产生的废弃泥沙将被倾倒在25公里外的海水中,恰恰在大堡礁海洋公园内。