改革开放以来医院共获得国家发明专利3项,开展军内外重大科研课题20余项,获军队、地方科技进步奖、医疗成果奖250余项,其中军队科技进步一等奖1项,二等奖6项,三等奖116项。
解放军第四一一医院在学科发展上坚持以专科中心为龙头,突出重点,兼顾一般,立足科技创新,突出特色优势,走质量建设、内涵发展之路,大力实施学科建设"4321"工程计划,即巩固提高脊柱外科、药学、口腔和计划生育优生优育四个海军专科中心,发展心脑血管、烧伤整形和空潜科三个重点学科,建成肿瘤治疗和血管介入治疗二个专病治疗中心,重点关注普通外科、泌尿外科、消化内科、呼吸内科和中医科等一批基础较好、有发展潜力的优势学科。