基督教得势以后,开始残酷迫害同性恋者,而他们却对教会内的恋童行为不管不问乃至包庇纵容。基督教会迫害同性恋不仅因为教会推行禁欲主义,而且认为,同性恋反自然就是反上帝,所以它比异性恋更为邪恶,同时,基督教认为在独身、禁欲的条件下,修士和修士、修女和修女很容易发生同性恋,如果不对同性恋严厉镇压,就危及教会自身的生存。在《圣经》里曾提到过一个罪恶之城,那就是位于死海边的索多玛城。该城的居民罪孽深重,令上帝忍无可忍而降下大火和硫磺予以毁灭。但是索多玛的居民究竟犯了什么罪,后人一直不清楚,有人说是傲慢、通奸、过分好客、没有宗教信仰,有人说是通奸与不洁,但正统教会接受了公元1世纪亚历山大城的斐诺的看法,斐诺认为索多玛城的居民犯的罪是同性恋,他指责说:“索多玛城的居民不顾自然法则,狂饮烈酒,暴食美味,进行不自然的性交,他们不仅纵欲于女人而使别人的婚姻破裂,而且违反自然,男性间相奸。结果,当他们想要小孩时,却发现自己已无法生育。”教会对同性恋者的迫害是有一个过程的。在公元3世纪时,尽管基督教在罗马帝国已有举足轻重的势力,但他们仍不敢禁止同性恋。因为当时同性恋在军队中很盛行,如果禁止同性恋,势必会激起军队的不满和反抗,从而影响政权的巩固。到了公元6世纪,情况有所变化。当时的拜占庭帝国(东罗马帝国)独身与修道制开始得较早,惩罚同性恋也早。公元538年,皇帝查士丁尼在把罗马法和教会法综合的基础上颁布法律,说同性恋“引起饥荒、地震和瘟疫”,对个人则“丧失灵魂”,因此,为防止国家和城市的毁灭,必须严禁。到了公元541年至544年,拜占庭发生大鼠疫,教会归罪于同性恋者。这种迫害同性恋的做法在欧洲中世纪的中后期更趋严重。在16世纪,欧洲的一些殖民主义者甚至把他们镇压同性恋的魔爪伸到国外去了。西班牙殖民者登上美洲大陆后,首先遇到墨西哥的阿兹特克人,并首先被他们之中盛行的同性恋所震惊。从1519年起,最初的殖民者就不断地报告这些同性恋现象,并记入殖民者的编年史。最初,殖民者只发现墨西哥湾一带有同性恋,但到1552年时发现,他们所涉足的中美洲地区内所有的印第安人都有这种习俗。直到1952年,现代民族学家仍然发现,在三分之二的印第安部落中,人们认为青少年的同性恋是合乎道德,是可取的。他们认为,男女之间的婚姻和性交,涉及财产分配,不应随便处理,而同性恋只关系到性满足,所以可以更自由。殖民者带着基督教文化的长期熏陶,带着“统治者”的优越与偏见,对这些土著民族大肆镇压,残酷迫害。从16世纪中期开始,西班牙殖民者对印第安人开始了有组织有计划的全面的种族灭绝,其中的一个十分主要的“理由”和“依据”,就是说印第安人的性风俗表明他们是“非人类”。纳粹德国的阿道夫·希特勒当权之后,更是对犹太人、同性恋者、共产党员等群体进行了惨无人道的屠杀,犯下了令人发指的反人类罪行。大部分心理学专家相信女性比男性更有可能是同性恋,但也更为隐秘低调。各个国家都做过同性恋人数的调查统计,但男女同性恋人数的差距每次都在发生变化。随着不同国家社会对待男女平等和同性恋态度的不同,调查结果中同性恋人数的增减和男女同性恋人数的差距也在产生剧烈的变化。美国就曾出现过这样的案例:在对男同性恋者严苛的环境下,调查结果中男同性恋者的人数比起前年急剧下降;而在男女不平等的环境下,调查结果中女同性恋者的人数会比男同性恋者少1~2倍。不过可以肯定的是,无论纸面上的人数比例怎么变化,现实生活中同性恋者的人数都不会产生较大的变化。