高士其逝世后中共中央组织部追认他为“中华民族英雄”。在高士其逝世3年后的1991年,安徽少儿出版社决定出版《高士其全集》。1993年在人民大会堂召开了《高士其全集》第一卷首发式。1995年又举办了《高士其全集》出版发行仪式,该书荣获“国家图书奖”等4项大奖。1995年4月26日高士其“基金委员会”正式宣告成立。福建省在高士其童年生活的地方建立了“高士其纪念馆”。在北京则保留了“高士其故居”,这是中国唯一的一幢科学家故居,它是当年周恩来总理亲自批示为高士其建造的米黄色二层小楼。为了纪念高士其对人类科学进步作出的贡献,1999年12月13日,一颗由中国人发现的小行星被命名为“高士其星”。