孙中山致电袁世凯,解释原因称东南各省久缺统一机关,行动困难,总统之职只是暂时担任。12月29日,南方十七省临时代表选出孙文担任中华民国第一任临时大总统,1912年1月1日在南京宣布民国成立,孙文就任。当时革命党节节败退,武汉三镇已被袁世凯北洋军攻下两镇。1月16日,袁世凯回家路上,在东华门丁字街遭到同盟会京津分会组织的炸弹暗杀,炸死袁卫队长等十人,袁世凯幸免于难。1月18日,孙中山以提出《五条要约》的方式向袁世凯摊牌,企图做实南京临时政府。经过反复修改又于1月22日以公诸报端的方式将幕后谈判全部曝光,势同最后通牒,这不但令袁世凯极其尴尬和不满,也让议和全权代表伍廷芳尽失颜面。袁世凯以孙中山提出的条件与南北双方协商的内容不一致为由拒绝接受,袁世凯认为,如果清帝退位后各国不能及时承认中华民国,南京临时政府又不能统一中国,中国便成无政府状态,这样就无法维持秩序,对付外人。如果孙中山一定坚持己见,他不得不作废先前谈妥之事。期间,孙中山向日本借款,以筹备战事,但未能成功。袁世凯同意同盟会多人进入总长之列,同盟会最终如愿以偿。为了结束南北对立,1月25日,袁世凯及各北洋将领通电支持共和。2月12日,袁世凯逼清帝逊位,隆裕太后接受优待条件,下诏袁世凯组建中华民国,清朝对中国的统治宣告终止。1912年2月15日,南京参议院正式选举袁世凯为临时大总统。依据中华民国临时约法,改总统制为内阁制,大大削减袁世凯的权力,但袁坚持于3月10日在北京就职中华民国大总统。1913年2月,依据临时约法,举行了中国历史上第一次国会选举。国民党所得议席最多,按约法精神应由该党理事长宋教仁出任内阁总理。3月20日,宋教仁却在上海遇刺身亡。革命党人认为袁世凯是事件的幕后黑手,袁世凯予以否认;当时之证据指向时任国务总理赵秉钧涉嫌教唆杀人,而宋案凶手武士英则是共进社成员,属国民党阵营。宋教仁案成为历史之谜。1913年7月孙文组织了中华革命党,发动二次革命,武力讨伐袁世凯,遭到失败。二次革命开创了民国武力解决争端的先例,也开创了民国军阀混战的先例。10月6日,国会选举袁世凯为第一任大总统,袁世凯随即于北京故宫太和殿就职。11月4日,袁世凯下令解散中国国民党,并收缴国民党议员证书。袁世凯根据警备司令官查获赣省起事(即二次革命组成部分)领导者李烈钧与国民党本部及国民党籍国会议员有密电来往勾结之实,为挽救国家之危亡,减