司马邺最初过继给伯父秦献王司马柬,袭封秦王。永嘉七年(313年),晋怀帝于平阳遇害之后,司马邺于长安即帝位,改元建兴。司马邺即位时,西晋已经没有可以作战的战力;而且长安也没有可用的物资可以与前赵作战。建兴四年(316年)八月,刘曜发兵攻打长安,并且切断长安的粮运;晋愍帝在食粮断绝的情况之下于十一月十一日(12月11日)投降汉赵。之后晋愍帝被送往平阳,封为怀平侯,并且承受身为狩猎队伍的前导以及宴会洗杯子的杂役的屈辱。建兴五年十二月二十日(318年2月7日),被刘聪杀害,终年十八岁,葬处不明。