在战争初期,雅典凭借经济与海军优势与斯巴达打了个平手,两边的领导人开始萌生了休战的想法。但由于雅典遭到长期围城,导致城内瘟疫横行,雅典领袖伯里克利因病去世(游戏中是被神教杀死的,但的确已经染病了),其继任者克利翁是个不折不扣的帝国主义者(奥德赛里就能看到,演讲说的一套一套的,但明显是个主战派),虽然他在斯法特克里亚岛附近的海战中取得了对斯巴达的重大胜利,但因为其傲慢的态度使得双方错失了签订和平条约的机会。
而直到克利翁于公元前422年阵亡,两者才重新走到谈判桌上。在雅典主和派的推动下,双方签订了《尼西阿斯和约》,和约规定双方恢复战前疆界。不过这一纸盟约并没有生效太久,仅仅两年后的公元前420年双方就又恢复了战争状态,此时也宣告着战争进入了下一阶段。
在这一阶段中雅典的实力已经开始逐渐走下坡路,常年的战争导致提洛同盟各邦财政枯竭,可征召人口也出现了不足。但斯巴达方面却在公元前413年与波斯结盟,得到了大笔的波斯黄金资助。在波斯人的帮助下,斯巴达开始建立更强大的舰队,雅典最后的一点优势也消失不见了。
到了公元前405年,羊河之役中的雅典海军被彻底击败,雅典遭到了全面的封锁,城内的守军不得不向斯巴达投降,至此宣告了雅典方面的彻底失败。从此以后提洛同盟彻底解散,斯巴达再次成为了希腊世界的唯一霸主。
这场战争彻底改变了整个希腊世界,对希腊历史造成了深远影响。从经济角度上来说,战争虽然以斯巴达的胜利结束,但实际上这场战争掏空了整个古希腊,从此以后希腊各城邦民生凋敝,丧失了抵抗外敌的能力,间接导致了希腊各邦被后来的马其顿帝国所征服。
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