由柯萨奇病毒感染引起者约占40%。其它病毒有:埃可(ECHO),脊髓灰质炎,腺病毒40、41,流感、副流感病毒,麻疹,腮腺炎,乙型脑炎、肝炎病毒,带状疱疹病毒、巨细胞病毒、艾滋病毒、传染性单核细胞增多症等。病毒作用于心肌的方式是直接侵犯心肌以及心肌内小血管损伤。由免疫机制产生心肌损害在心肌炎的发病中起着重要作用。病毒的直接侵害和免疫反应介导致使心肌细胞损害,使心脏舒缩功能障碍;病变若累及窦房结、房室结、束支等起搏或传导系统,则可引发各种类型的心律失常。此外,本病还可能与硒缺乏及HLA类抗原异常表达有关。