1993年的国务院按照精简、统一、效能的原则确定司法部职能配置、内设机构和人员编制方案,司法部担负执行刑罚、管理劳动教养、法律服务和法制宣传教育等司法行政任务。强化的职能主要有:研究制订司法行政工作的发展战略、规划和方针、政策、法规,宏观管理全社会法律服务事业,指导行政机关、企事业单位法律顾问工作,研究司法领域人权问题,组织和指导全国法学教育和普法宣传工作等。1994年4月10日,《国务院办公厅关于印发司法部职能配置、内设机构和人员编制方案的通知》确定:司法部是国务院主管全国司法行政工作的职能部门。1998年国务院机构改革,司法部职能作了部分调整。在以后国务院机构改革中,根据《司法部主要职责内设机构和人员编制规定》,主要职责是,拟订司法行政工作方针、政策,起草有关法律法规草案,制定部门规章,制定司法行政工作的发展规划并组织实施;负责全国监狱管理工作并承担相应责任,监督管理刑罚执行、改造罪犯的工作等。