1982年,Hamade等人发现了简单重复序列标记(SSR)技术,或称微卫星序列标记(Microsatellite sequence,MS),或短串联重复标记( Short Tandem Repeat,STR)。真核生物基因组中存在大量重复频率极高而顺序复杂性极低的串联重复序列。按重复基序的长度可将串联重复序列分为卫星DNA(基序100-300bp)、小卫星DNA(基序10-60bp)、微卫星DNA(基序1-6bp)。和中卫星DNA(由不同大小串联重复组成)等。微卫星是由DNA复制或修复过程中DNA滑动和错配或者有丝分裂、减数分裂期姐妹染色单体不均等交换引起的。微卫星的突变率在不同物种、同一物种的不同位点或同一位点的不同等位基因间存在很大差异。尽管微卫星 DNA分布于整个基因组的不同位置,但其两端序列多是保守的单拷贝序列,根据这两端的序列设计一对特异引物,通过PCR技术将期间的核心微卫星DNA序列扩增出来,利用电泳分析技术就可以得到其长度的多态性,此即 SSR标记的原理。