秦灭巴,统一六国后,在巴人住地设巴郡、南郡和黔中郡。从唐至宋,中央政府对土家族地区实行任用当地首领进行管理的统治政策,史称羁縻政策。在唐王朝“树其酋长,以镇抚之”的怀柔政策下,“杂侧荆、楚、巴、黔、巫中”诸蛮纷纷归附。从元代起,封建王朝开始在土家族地区建立土司制度,到明代日臻完善。土司制度是一种军政合一的组织。受中央王朝任命的土司、土官实行封建世袭制,土司既是政治上的统治者,拥有一定数量的武装;又是各自区域内最大的封建领主,土民与土司是一种人身隶属关系。元至清初,中央政府在土家族地区设立了数十个土司,以永顺土司、保靖土司、桑植土司、容美土司、散毛土司、施南土司、忠建土司、酉阳土司、石柱土司和思州、思南土司影响较大。自清雍正五年开始,清政府在土家族地区实行“改土归流”,即废除土官统治,委派流官治理,到乾隆末年,基本完成。改土归流后,中央政府对土家族地区实行与中原地区相同的政治体制,在湘西设立永顺府,辖永顺、宣恩、咸丰、来凤、利川、建始六县和鹤峰州、长乐县,渝东南设立酉阳直隶州(辖酉阳、秀山)和石柱直隶厅;黔东北设有思南府(辖印江、安化和沿河弹压委员)和铜仁府。在府县以下,用保甲制代替原土家族的基层组织“旗”。1957年9月20日经国务院批准,原湘西苗族自治州(1952年建立)改为湘西土家族苗族自治州。1980年5月,来凤土家族自治县和鹤峰土家族自治县先后成立。1983年11月7日,秀山土家族苗族自治县成立,11月11日,酉阳土家族苗族自治县成立。1983年12月1日,鄂西土家族苗族自治州成立(1993年4月改为恩施土家族苗族自治州)。1984年11月10日,彭水苗族土家族自治县成立,11月13日,黔江土家族苗族自治县成立,11月18日,石柱土家族自治县成立,12月8日长阳土家族自治县成立,12月12日,五峰土家族自治县成立。1987年11月20日和23日印江土家族苗族自治县和沿河土家族自治县先后成立。