福永港区
建成2个客运泊位和1个500吨级、1个1000吨级货运泊位以及1个5000吨级油料码头组成,码头岸线总长442.4米。主要功能是机场旅客水路集疏运和机场燃料油的供应,兼营集装箱和杂货。
下洞港区
该港区是深圳市东部地区集中建设的尤其专用港区和库区,3个栈桥式码头共有泊位10个,其中万吨级以上泊位3个。
沙鱼涌港区
位于大鹏湾龙岗区境内,已建成经营性泊位6个,最大靠泊能力5000吨级,主要经营杂货。码头岸线总长704.0米。广东大鹏液化天然气码头位于大鹏半岛秤头角,栈桥长420米,可靠泊10万吨级液化天然气船,年设计吞吐能力370万吨。
货物吞吐量
深圳港2011年货物吞吐量22325.08万吨,同比增长1.0%;集装箱吞吐量累计2257.1万标准箱,增长0.3%。旅客吞吐量达383.71万人次,增长达14.9%。深圳港2012年货物吞吐量2.28亿吨,同比增长2.16%;集装箱吞吐量累计2294.13万标箱,同比增长1.64%。2012年,盐田国际、蛇口港区、赤湾港区、大铲港区分别完成1066.67万、627.22万和531.14万、57.35万标箱,同比分别增长3.92%、10.05%和下降8.30%、19.24%。蛇口港区则创造了全港最高增幅,其中蛇口集装箱码头达到451.6万标箱,同比增长11%。盐田国际去年吞吐量也再创历史新高,年吞吐量第四次突破了千万标箱。自开港以来,盐田国际已累计操作了1亿个标箱。
2013年深圳港首八个月累计货柜吞吐量为1,526.26万个标准箱,按年增加1.17%,首度跑赢香港,进占全球第三位。