全国68%的地域是山地。日本最高的山是著名的富士山,海拔3,776米。由于平原较少,日本很多山上都种植农作物,最大的平原为关东平原。日本位于环太平洋火山地震带,全球有十分之一的火山位在日本,在全国都时常会发生火山活动。严重的地震则每一个世纪都会发生几次;近年发生的阪神大地震、新舄县中越地震都是芮氏地震规模6级以上的强震,受到世界各国关注。日本的温泉很多,并且已经发展成为旅游景点。
由于日本的岛屿呈北东向延伸得很长,南北跨越纬度约20度,因此有许多种气候类型。气候类型大部分是温带季风气候,南部的九州岛、四国、琉球群岛(归属存在争议)有副热带季风气候。北部的岛屿夏天温暖,冬天则十分漫长、寒冷,还时常有大量降雪。而中西部地区则冬天比较干燥,很少下雪,夏天潮湿。
日本是岛国,又深受黑潮影响,海洋性气候显著,樱花很美。