神奇宝贝超级愿望小智一行人继续在大岛旅行,在某个夜晚,遇见一千年只会苏醒七天的“许愿神奇宝贝”基拉祈。在皮卡丘和牙牙跟基拉祈玩耍的时候,小智出现并吓走了害怕人类的基拉祈。少女何莉听到小智他们遇到基拉祈,追问基拉祈的下落。何莉希望基拉祈令这座山回复以往山明水秀的环境。小智他们和何莉搜索了七天,基拉祈终于出现,不过火箭队从中破坏,并试图捉走基拉祈。在何莉的勇气,小智等人的战斗技巧和基拉祈的强打能力的结合下,一行人最终解救了基拉祈,并将火箭队一行逐走。但基拉祈在战斗中负伤,并筋疲力竭。何莉的父亲赶到,并将一行人带上山巅。何莉再次祈愿,希望基拉祈能够安然无恙。她的愿望随即成真,基拉祈重新恢复了活力,泉水也自山中涌出。何莉家庭团聚,山脉也因为基拉祈而恢复了水源与生机。