2006年秋季,全市农村义务教育学校施行免杂费,初中每生每年免杂费408元。为解决初中学位不足的问题,本市在加大中小学布局调整力度、积极扩展公办中小学办学空间的同时,市委提出了“民办公助、名校带动、市场运作、稳步推进”的发展民办教育思路,积极鼓励和大力支持发展民办教育。市政府积极支持湛江一中与民办金沙湾学校、锦绣华景学校联合办学,走集团化发展之路。雷州市和吴川市分别扶持创办了民办新南方学校和吴川公学。全市举办民办初中28所,在校生3.58万人。争取上级领导和群众的理解,制订湛江市培才学校和湛江市港城实验中学转制方案,化解了两所学校转制风险。早在2003年,市政府在《关于加快发展普通高中和建设示范性普通高中的意见》中对全市高中建设进行整体规划,提出建设4-6所国家级示范性普通高中、16-18所省级示范性高中和52所市级优质高中的发展目标。到2006年,湛江一中、市二中、吴川一中、遂溪一中4所学校已通过省的国家级示范性普通高中验收,18所创示范性普通高中对象学校中已有10所学校完成了初、高中分离,3所学校正在搬迁新建,4所学校在选址征地,11所学校在扩建,省、市一级普通高中优质学位占普通高中学位的73%。强化政府行为,加大教育投入,抓好县城和中心镇普通高中的建设,同时撤并招生规模在4个班以下的普通高中。至2006年,全市撤销普通高中8所,普通高中调整为71所,校均规模由上学年的935人增加到1865人。在“民办公助、名校带动、市场运作、稳步发展”的方针指引下,通过创新办学体制,合理吸纳社会资金,走政府办学为主,鼓励和支持社会各界办学的道路,较好地促进了高中教育的发展。继续探索建立高中教育成本分担机制,按照省教育厅、物价局、监察厅《关于印发广东省公办高中引进社会资金新增教育资源扩招生收费管理办法的通知》的规定,鼓励学校引入社会资金增加学位,招收了3000名普通高中学生。继续探索利用联合办学政策挖掘潜力进行招生。公办普通高中与民办普通高中联合办学招收学生1000多人。　2007年,全市共有初中262所(含九年一贯制学校18所),在校生46.08万人,学龄人口入学率97.15%,毛入学率102.74%,毕业生升学率65%。普通高中74所(含完全中学65所),在校生13.96万人,比上年增加5356人,增长3.99%;每万人口普通高中在校学生208.4人,比上年增加7.73人。