急冻鸟:113号道路寒冰小径右上角,需要怪力术。
闪电鸟:流星瀑布最深处,绿宝石原版拿技能机器02“龙爪”的地方。
火焰鸟:冠军之路2层的右上角。
超梦:二周目,石之洞窟推石进入的洞里,与NPC对话选否获得破坏基因,之后去120号道路沉寂之窟。
梦幻:对战开拓区获得全部7个金象徽后与亚希达对话获得古老的海图,之后坐船去世界边缘。
雷公:新紫堇入口右拐。
炎帝:112号道路热焰小径左上角,需要怪力术。
水君:彩幽市瀑布洞。
洛奇亚:抓完关东三圣鸟后,去116道路的瀑布上的右边洞穴。
凤王:抓完城都三神兽后,去116道路的瀑布上的左边洞穴。
雪拉比:二周目,橙华森林湖中心的森林。
雷吉洛克:激活海底遗迹后111号道路沙漠最南端的沙漠遗迹。
雷吉艾斯:激活海底遗迹后105号水路西北方的小岛横穴。
雷吉斯奇鲁:激活海底遗迹后120号道路的古代坟墓。
海皇牙:同原版,二周目,询问天气研究所2楼的博士。
古拉顿:同原版,二周目,询问天气研究所2楼的博士。
裂空座:同原版,裂空座平息古拉顿、海皇牙战斗的剧情结束后,天空之柱顶楼。
拉迪亚斯、拉帝欧斯:二周目开始跟妈妈对话,选择的那个全地图随机遇;在水静市灯塔附近的水手处得到船票,之后坐船去南方小岛可捕捉没选的那个。
基拉祈:对战开拓区获得全部7个银象徽后与亚希达对话获得许愿星,之后去绿岭市,调查一块白色岩石。