1953年,就读于广东实验中学。1960年,毕业于北京医学院(现北京大学医学部)并留校任教。1979年至1981年,赴英国爱丁堡大学医学院及伦敦大学呼吸系进修。2007年,获英国爱丁堡大学荣誉博士学位。2010年,获澳门科技大学荣誉博士学位。2014年,获颁香港中文大学荣誉理学博士学位。1960年7月至1971年8月,担任北京医学院(现北京大学医学部)放射医学教研组助教。1971年9月至1974年4月,担任广州医学院第一附属医院内科住院医师。1974年4月至1978年8月,担任广州医学院第一附属医院内科主治医师。1978年9月至1982年12月,担任广州医学院第一附属医院内科副主任医师、讲师。1983年1月至1986年12月,担任广州医学院副教授(于1985年后被指定为中央领导保健医生)。1986年12月至1995年,担任广州医学院呼吸内科教授、硕士生导师。1987年12月至1992年10月,担任广州医学院第一附属医院院长。1992年5月至2002年12月,钟南山担任广州医学院院长、党委书记。1995年8月,担任北京大学医学部呼吸内科教授、博士生导师。1996年5月,当选为中国工程院院士。1998年6月,任中国工程院医药卫生工程学部副主任。1997年12月至1999年12月,广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所主任医师。1999年12月至2012年10月,广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所 教授/副所长。