2019年10月10日,北京市住建委官网行政处罚结果公示上看到,因为将被委托代理的两处房屋打隔断并对外招租,蛋壳公寓的经营主体紫梧桐(北京)资产管理有限公司于10日接连被市住建委处罚,罚款6万元。2020年2月2日,有全国多地、多位蛋壳公寓房东陆续向北京商报记者反映称,蛋壳公寓客服曾于近期多次致电房东,告知其未来一段时间在房租支付上会有所延期,此外房东须额外给予蛋壳一个月的房租减免。至于要求房东配合减租的原因,蛋壳客服方面给出的原因为“受疫情影响,属不可抗力”。2020年2月14日,据《中国证券报》报道,针对蛋壳公寓拖欠业主租金及要求业主“免租”等事项,深圳市住建局已经约谈深圳蛋壳公寓相关负责人。深圳市住建局要求蛋壳公寓高度重视此事,及时组织法律专业人士参与研究制定解决方案,积极与业主进行沟通协商,按照法律规定和合同约定妥善处理相关问题。深圳市住建局将密切跟踪关注事件进展情况。2020年6月18日晚间,蛋壳公寓公告称,公司CEO高靖涉及有关部门的调查,暂时无法行使其在蛋壳公寓董事会以及公司的管理职责。2020年11月,因拖欠房东房租与租客退款,蛋壳公寓陷讨债风波。2020年12月,蛋壳公寓App下架了平台上所有房源。2020年8月31日,该APP由于侵害用户权益行为,被工业和信息化部信息通信管理局通报。2020年9月14日,工信部发布信息,经第三方检测机构核查复检,存在侵害用户权益行为的蛋壳公寓未完成整改,依据《网络安全法》和《移动智能终端应用软件预置和分发管理暂行规定》(工信部信管〔2016〕407号)等法律和规范性文件要求,工信部组织对上述APP进行下架。