《史记》从传说中的黄帝开始,一直记述到汉武帝元狩元年(前122年),叙述了三千年左右的中国历史。据司马迁说,全书有本纪十二篇,表十篇,书八篇,世家三十篇,列传七十篇,共一百三十篇,约五十二万六千五百字。班固在《汉书·司马迁传》中提到《史记》缺少十篇。三国魏张晏指出这十篇是《景帝本纪》、《武帝本纪》、《礼书》、《乐书》、《律书》《汉兴以来将相年表》、《日者列传》、《三王世家》、《龟策列传》、《傅靳列传》。后人大多不同意张晏的说法,但《史记》残缺确凿无疑。今本《史记》一百三十篇,有少数篇章显然不是司马迁的手笔,汉元帝、成帝时的博士褚少孙补写过《史记》,今本《史记》中“褚先生曰”就是他的补作。传承增补传承《史记》经过司马迁外孙杨恽的努力,才开始流传,但到东汉时已经有了残缺。今本《史记》一百三十卷,篇数跟司马迁自序所说的相符。但《汉书·司马迁传》说其中“十篇缺,有录无书”。三国魏张晏注:“迁没之后,亡景纪、武纪、礼书、乐书、兵书(即律书)、汉兴以来将相年表、日者传、三王余篇”,班固在《汉书·艺文志》中著录冯商所续《史记》七篇;刘知几认为续补《史记》的不只是褚、冯两家,而有十五家之多。《史记》有两部,一部在司马迁的工作场所(宫廷);副本在家中。在汉宣帝时期,司马迁的外孙杨恽开始把该书内容向社会传播,但是篇幅流传不多,很快就因为杨恽遇害中止。《史记》成书后,由于它被指责为对抗汉代正宗思想的异端代表,因此,在两汉时,《史记》一直被视为离经叛道的“谤书”,不但得不到应有的公正评价,而且当时学者也不敢为之作注释。在西汉即使诸侯都没有全版的《太史公书》,东平王曾向朝廷要求赏赐宫廷中的《太史公书》也遭到拒绝。因为《史记》中有大量宫廷秘事,西汉严禁泄露宫廷语,因此只有宫廷人员才能接触到该书。汉宣帝时褚少孙在宫廷中阅读该书,其中已经有些篇幅不对宫廷官员开放,到班固父子时,宣称缺少了十篇,班固家被皇室赐予《太史公书》副本,其中也少了十篇。司马迁创作的《史记》比较广泛地传播流行,大约是在东汉中期以后。东汉朝廷也曾下诏删节和续补《史记》。《后汉书·杨终传》云,杨终“受诏删《太史公书》为十余万言”。表明东汉皇室依然不愿全部公开《史记》,只让杨终删为十多万字发表。被删后仅十余万言的《史记》,在汉以后即失传,以后一直流传的是经续补的《史记》。唐朝时,由于古文运动的兴起,文人们对《史记》给予了高度的重视,当时著名散文家韩愈、柳宗元等都对《史记》特别推崇。宋元之后,欧阳修、郑樵、洪迈、王应麟各家,以及明朝的公安派、清朝的桐城派,都十分赞赏《史记》的文笔。《史记》的声望与日俱增,各家各派注释和评价《史记》的书也源源不断出现。增补《史记》在流传过程中,也窜入了其他文字,失去原貌。今本《史记》中有些篇章或者有些段落不是司马迁所撰写,明显有补窜痕迹,如《司马相如列传》有扬雄以为靡丽之赋劝百而讽一之语,《公孙弘传》中有汉平帝元始中诏赐弘子孙爵语,《贾谊传》中有贾嘉最好学、至孝昭时列为九卿语,等等。而对于《史记》缺篇的补写,裴骃在《太史公自序》末注文中引三国时张晏的话,说《史记》亡十篇,“元、成之间,褚先生补续,作《武帝纪》、《三王世家》、《龟策》、《日者列传》,言辞鄙陋,非迁本意也。”认为褚少孙补了亡佚十篇中的四篇。张守节《龟策列传·正义》则认为褚少孙补十篇,赵翼《廿二史札记》卷一也认为褚少孙补十篇。但是,据《汉书·艺文志》、《论衡·须颂篇》、《后汉书·班彪传》注及《史通·古今正史篇》等,西汉后期补续《史记》的多达17家。张大可认为真正补续的只有褚少孙一人,其余均为续写西汉史,大都单独别行,与褚少孙续补附骥《史记》而行不同。赵生群则根据有关资料,认为真正补续《史记》的除褚少孙之外,还有冯商,《汉书·艺文志》对冯商所续《太史公》保留七篇,当是补亡之作;删除四篇,应是续《史记》之文。《史记》中哪些属于窜入文字,古今以来的学者也有许多看法。最有代表性的是崔适,他在《史记探源》中认为,《史记》属于今文学,由于刘歆的窜乱,乃杂有古文说。刘歆伪造《左传》,凡《史记》中出于《左传》的内容,皆为刘歆所窜入。而且,崔适列举八条理由证明《史记》断限止于“麟止”(汉武帝元狩元年),所以,“麟止”(元狩元年)后的记载皆为窜入。他认为,《史记》中有29篇为后人所补和妄人所续,它们是:《文帝纪》《武帝纪》《年表》第五至第十(6篇)八书(8篇)《三王世家》《张苍传》《南越传》《东越传》《朝鲜传》《西南夷传》《循吏传》《汲郑传》《酷吏传》《大宛传》《佞幸传》《日者传》《龟策传》。崔适还认为《年表》五至九为褚少孙所补,其余妄人所续。崔适的一些观点颇有偏激之处,朱东润《史记考索》附《史记百三十篇伪窜考》一文,对“十篇亡佚”和崔适提出的29篇补续及其他说法涉及到的篇目共48篇进行辨析,有肯定前人者,也有反驳前人者。据日本学者泷川资言《史记会注考证·史记总论》“史记附益条”,涉及《史记》补窜的篇目有34篇,分别是:本纪2篇:《秦始皇本纪》《今上本纪》。表6篇:《三代世表》《汉兴诸侯年表》《高祖功臣侯者年表》《惠景间侯者年表》《汉兴以来将相年表》、《建元以来侯者年表》。书8篇:《礼书》《乐书》《律书》《历书》《天官书》《封禅书》《河渠书》《平准书》。世家7篇:《陈涉世家》《外戚世家》《楚元王世家》《齐悼惠王世家》《曹相国世家》《梁孝王世家》《三王世家》。列传13篇:《贾生列传》《郦商列传》《张丞相列传》《郦生陆贾列传》《田叔列传》《李将军列传》《卫将军骠骑列传》《平津侯主父偃列传》《司马相如列传》《酷吏列传》《滑稽列传》《日者列传》《龟策列传》。