陈瑀往北逃奔袁绍。
建安三年(198年),孙策派徐琨赶走袁术所派的丹阳太守袁胤,平定宣城以东各地,迎接刚从袁术处回来的吴景担任丹阳太守,之后孙策亲自进攻丹阳泾县以西。他先进击陵阳(今安徽青阳县东南),擒获祖郎,又进击勇里(今安徽泾县西北),擒获自封丹阳太守的太史慈。孙策平定丹阳回师吴郡后,拜太史慈为折冲中郎将,授祖郎为门下贼曹。
这时,袁术之前任命的周瑜为居巢长,鲁肃为东郡长,但二人知袁术难成大器,在孙策平定丹阳时相继弃官渡江来投奔孙策,孙策亲往迎接周瑜,拜建威中郎将,当即给周瑜增兵二千人,马五十匹。又给周瑜鼓吹等军用乐队,兴建府院住处,所赠赐的东西在军中无人能比。
同年,孙策又向汉廷贡献礼物,规模是建安元年的两倍。汉廷任命他为讨逆将军,封为吴侯。