1376年(洪武九年)改元代的行中书省为承宣布政使司,简称“藩司”,主管一省民政,与中央六部直接联系。1370年于各省设置一都卫,1375年改为都指挥使司,主管一省军户卫所番汉诸军,听命于兵部和五军都督府。另外还有负责监察司法的提刑按察使司,听命于刑部,掌管司法权。明代在全国设置十五个省级单位,包括:北直隶、南直隶、陕西、山西、山东、河南、浙江、江西、湖广、四川、广东、福建、广西、贵州、云南。以上共十五个省级单位,为明朝稳定的统治区域,称为“两京十三布政司”(注意:明朝与今名称虽大部相同,但所辖地域有相当差别,不宜以当代的行政区划上溯);另外,明朝在1406年至1427年间曾设立交趾布政使司,后被废;南明时期,延平郡王郑成功在台湾设立承天府,下辖天兴、万年二县,另设澎湖安抚司,号为“东都”,后郑经改东都为东宁,并于承天府之上再设东宁总制府。布政使司以下,改元朝的路为府,成为主要的二级行政区划,但是同时又有直属于省的直隶州,行政级别等同于府。府以下有属州和县,是主要的第三级行政区划,而属州还可能领有少数县,成为结构上的第四级,但相对重要性很小。直隶于省的直隶州下也领若干县,其级别相当于府属州或府属县,仍是第三级行政区划。所以州按性质不同是跨第二、第三两个级别的区划,而与府相比,无论属州或直隶州的治所所在地均不设县,即使原有县的也被并入州制。都指挥使司方面,明朝共有17个都司、3个行都司、1个留守司。17个都司中,有13个都司与布政使司同名,其它3个分别是北直隶境内的万全都司、大宁都司和山东省的辽东都司。3个行都司分别是陕西行都司(治甘州卫,今张掖市)、四川行都司(治建昌卫,今西昌市)、山西行都司(治太原府,今太原市)。