肺炎衣原体被认为是肺炎、支气管炎及其他呼吸道感染的常见病因;牛衣原体仅存在于牛和羊;鹦鹉热衣原体可引起鹦鹉热,是人类吸入受感染的鸟的排泄物的干燥尘粒而感染,发病时常有高烧、头痛、肌肉痛、寒战和上下呼吸道不适,部分患者可并发脑炎、心肌炎或血栓性静脉炎。沙眼衣原体除可导致沙眼外,还是公认的性传播疾病的传染源之一。在非淋菌性尿道炎中,几乎一半是由沙眼衣原体传染造成的。它还可以引起尿道综合征和性病性淋巴肉芽肿、男性尿道炎、附睾炎、女性不育、子宫颈炎、盆腔炎等。新生儿通过产道感染可引起新生儿眼炎或新生儿肺炎。沙眼衣原体还可引起成人肺炎,对孕妇危害也较大,可造成宫外孕、流产、死胎、绒毛膜羊膜炎、早产等。