大会的另一项重要内容是从组织路线上处理国民党同共产党的关系。这就是接纳共产党员、社会主义青年团员以个人身份加入国民党。在国民党第一次代表大会期间,围绕着《党章草案》展开激烈的争论。以方瑞麟等人为代表的国民党右翼势力,提出反对“跨党”的主张。他们一方面极力反对共产党员和青年团员加入国民党;另一方面,要求增加“本党党员不得加入他党”的条款。对于这个问题,大小会激烈辩论历时五天。李大钊印发了《北京代表李大钊意见书》,严肃地解释了共产党员加入国民党的理由,批驳了方瑞麟等人的主张。廖仲恺坚决支持李大钊的意见。大会否决了方瑞麟等人的提案,通过了《中国国民党章程草案》,确认了共产党员和青年团员以个人身份加入国民党的原则,确定了正确的组织路线。
根据这条组织路线,不但全体共产党员和社会主义青年团员在组织上加入了国民党,而且,国民党组织系统在人员配备和干部使用方面也贯彻了这条路线。大会当选的24名中央执行委员中,有共产党员李大钊、谭平山、于树德3人;当选的17名候补中央委员中,有共产党员毛泽东、张国焘、瞿秋白、林伯渠、韩麟符、沈定一、于方舟等7人。紧接此次大会之后,孙中山主持召开了国民党中央执行委员会及中央监察委员会的第一次会议。在此次会议确定的3名常委中,有共产党员谭平山1人。