伊丽莎白认为玛丽图谋染指英格兰的王位并对她造成了威胁。此后玛丽被她囚禁了十八年。其中大部分时间,玛丽被软禁在谢菲尔德城堡和谢菲尔德庄园。在乔治塔尔伯特,什鲁斯伯里伯爵六世和他可怕的夫人,哈德威克的贝斯的监视下。他们的女儿伊丽莎白卡文迪什嫁给了查尔斯斯图亚特(达恩利的兄弟)并育有一女,阿尔贝拉小姐。女王的至爱-----詹姆斯·赫伯恩则被囚禁在了丹麦,患上了“精神病”,最后死于1578年。当时也身陷囹圄,1580年,软禁玛丽的责任被转交到了阿米爱斯伯勒特手中。玛丽在他的“关怀”下度过了余生。不管如何,1570年,法国国王查理九世派代表劝说伊丽莎白许诺帮助玛丽重新获得她的王位,作为前提条件,玛丽要接受她仍不十分赞同的爱丁堡条约。不过,威廉·塞西尔,一世伯利作为伊丽莎白的代表与玛丽协商。两位女王始终没有见过面。