学院组建于1977年11月,始名第二炮兵学校;1979年5月更名为第二炮兵学院;1986年6月定名为第二炮兵指挥学院。学院于1990年获得军事学硕士学位授予权。在1993年被批准为博士学位授予单位。2013年,工学、军事学、法学3个学科门类具有14个硕士点和2个博士点,并在"控制科学与工程"学科设立了博士后科研流动站。为了更好地完成中央军委赋予的战略任务,为二炮部队培养更多的适应未来高技术战争需要的高素质的跨世纪中初级指挥人才,从1994年起,学院从地方招收优秀的应届高中毕业生。1996年,"导航、制导与控制"、"兵器发射理论与技术"2个具有博士学位授予权的学科被确定为全军重点学科,"火炮、自动武器与弹药工程"学科的实验室被确定为全军重点实验室。1998年获得军事学博士学位授予权,并具有单独招生权。从1999年起,学院的“通信技术指挥”和,“国防工程建筑技术指挥”专业,招收地方优秀的应届高中毕业生。为四年制大学本科。学院热烈欢迎有志青年积极投身于祖国的国防事出为国防现代化建设奉献火热的青春年华!