生物标志物,可让研究人员根据相对非侵入性的血液检测,对疾病进行诊断和分期,目前已经确定了几种类型癌症生物标志物,但对于大多数癌症来说,仍然是难以捉摸的。
文献来源:Transcriptome analysis of recurrently deregulated genes across multiple cancers identifies new pan-cancer biomarkers.
现在,日本理化学研究所(RIKEN)生命科学技术中心(CLST)和澳大利亚Harry Perkins医学研究所的研究人员,发现了很多个基因,它们在许多不同类型的癌症中是上调的,从而为开发生物标志物检测、早期发现癌症进而及时治疗,提供了机会。
这项研究发表于十一月九日的《Cancer Research》,使用了两种不同的技术。第一,研究小组分析了CAGE技术(RIKEN开发,是FANTOM项目的一部分)产生的数据。他们检测了225个癌细胞系和339个正常细胞的RNA表达情况,并寻找基因表达的差异。然后,他们通过分析来自4055份原发肿瘤和563份健康组织的RNA测序数据(来自TCGA数据库),进行了补充,并将两者进行交叉,以识别两个数据库中发现的变化。
本文第一作者、CLST的Bogumil Kaczkowski解释说:“使用两个不同的数据集,可让我们能够充分利用各自的优势。TCGA数据是复杂的,因为肿瘤样品是由不同的细胞混合组成的,而FANTOM5 CAGE数据来自于细胞培养中的细胞生长,培养过程中可能会出现变化。通过把两者放在一起,并寻找存在于两者当中的变化,我们能够编制一个强大的目录。”
基于这项工作,研究人员确定了128个标记,它们在两个数据库的各种肿瘤类型中是变化一致的。其中有一些,如TOP2A和MKI67,众所周知可作为潜在的生物标志物。但是得益于FANTOM5的数据,他们也能找到了一些新的标记,包括非编码RNA,来自重复序列和增强子元件(CAGE技术可以识别)的RNA。特别是,他们发现,一个鲜为人知的重复单元——称为REP522,在许多癌症中是上调的。
FANTOM5财团的负责人、本文共同作者Piero Carninci介绍说:“这项研究表明,我们的CAGE (Cap-Analysis Gene Expression)技术,是