申时行,字汝默,长洲人。万历五年由礼部右侍郎调事部。申时行由于文笔好而受到张居正赏识,他含蓄而不标新立异,张居正很放心他。
六年三月,张居正将回去葬父,请求增加内阁大臣,他就以左侍郎兼东阁大学士的身份进入内阁参与机密事务。张居正把持大权久了,对待下属很峻急,跟自己意见不同的大都被驱逐离开。到张居正去世,张四维、申时行接着掌权,着意于宽大。挨次召回有经验之人,朝廷舆论多称赞他们。然而这时候内阁掌握大权已形成习惯,六卿大都顺着内阁的大臣的意向行事。各大臣由张四维、申时行提拔而任用,喜欢他们的宽容政策,多和他们有很深的交情。
张四维守丧回家,申时行成为首辅。谏官被张居正所遏制,到这时才解除约束。由于张居正过去一向亲近申时行,谏官对这不能没有讽刺。申时行表面上显示出博大能容忍人,内心却不宽容。皇帝虽然喜欢谏官攻击张居正的短处,但是很讨厌人们议论时事,议论时事的人间或有被贬谪降官的。大家都因此责怪申时行。各位大臣又都袒护申时行不让谏官说话,谏官更加愤怒,申时行因此名望受到损害。
十二年三月,御史丁此吕进言侍郎高启愚用科举考试的题目劝张居正僭越,皇帝亲笔批示把奏疏给申时行看。申时行说:“丁此 吕以暧昧的事陷人于死罪,恐怕谗言会接踵而至,这不是清明的朝代所应该有的事。”尚书杨巍因而建议将丁此吕外放到地方上去,皇帝依从了杨巍的话。而给事御史王士性等接连上疏弹劾杨巍阿附申时行的心意,堵塞了进言的通道。皇帝不久也懊悔这件事,命令罢去高启愚、留用丁此吕。申时行、杨巍请求离去。余有丁、许国进言:“大臣关系到国体,现在因众人上言而留住丁此吕,恐怕没有什么可以安定申时行、杨巍的心了。”许国尤其愤慨,专门写了奏章要求离去,谴责谏诤官员.皇帝于是听从杨巍,将丁此吕外放,慰留中时行、许国,而谏官们却群起攻击许国。申时行请求根据不同情况处罚谏官,谏官们更加不满,阁臣和谏官关系一天天地如水火般互不相容。
当初,御史魏允贞、郎中李三才以科场的事论列到申时行的儿子申用懋,被贬了官。给事中邹元标弹劾罢去中时行的姻亲徐学谟,中时行假借他人的奏章斥逐了他。 不久知道了人们的情绪,渐渐提升了三人的官职,三人得以没有被废弃。世人因此称赞申时行是宽厚的人。申时行想笼络人心,就罢除张居正时所实行的考成法:一切变为简易, 也多次有忠言进献供采纳。曾经藉灾害异常的事,尽力进言催收赋税急迫,征派增加,刑罚讼案繁多,用度奢侈靡费的害处。又曾经建议减少皇宫要求织造的丝织品教额,催促批复官员们的奏章。