春秋时期(公元前770年~公元前476年)末年,吴王夫差北上争霸,在公元前486年筑邗城(今扬州市),开通邗沟。最初南端自长江引水北流,向北绕经一系列湖泊,以较短的人工渠道相连接,航道弯曲,到末口入淮河。魏晋南北朝时期(公元220年~公元581年),由于自然条件的变化,江水已不能引入运河,于上游开支河从今仪征引江水通航,并在运河口建堰埭、水门节水,河上也建有多处堰埭。
隋代(公元581年~公元618年)两次重开此河,成为南北大运河中的重要一段。
在中国唐代(公元618年~公元907年),长江中的沙洲扩大,并与北岸相连。唐代开元二十二年(公元734年),在扬子镇(今江苏仪征)以南接开伊娄河,经瓜洲入江。
从此,瓜洲运口与仪征运口并用。北宋时期(公元960年~公元1127年),在邗沟上建有数十处闸、坝、涵等建筑物,并且出现了世界上最早的船闸复闸。
元代(公元1279年~公元1368年)开通京杭运河,邗沟成为其中的一段,南口在瓜洲和仪征,北口仍在淮安北。