蜥蜴类具交接器,行体内受精。一般在春末夏初进行交配繁殖。有的种类的精子可在雌体内保持活力数年,交配一次后可连续数年产出受精卵。在一部分蜥蜴中只发现雌性个体,据研究,它们是行孤雌繁殖的种类。这类蜥蜴的染色体往往是异倍体。有的正常行两性繁殖的种类,在一定环境条件下会改行孤雌繁殖,据认为,孤雌繁殖有利于全体成员都参与产生后代,有利于迅速扩大种群,占据生存领域。多数种类蜥蜴系卵生(Oviparous)、一般于夏季产卵于温暖潮湿而隐蔽的地方。卵数由一二枚到十几枚不等。卵的大小与该种个体的大小有一定的关系。壁虎科的卵略近圆形,卵壳钙质较多,壳硬而脆。其他各种蜥蜴的卵多为长椭圆形,壳革质而柔韧。有的蜥蜴卵在母体输卵管后段(“子宫”)就开始发育,直到产出仔蜥,叫做卵胎生(Ovoviviparous)。石龙子科中不少种类为卵胎生,其余各科蜥蜴多为卵生。同一属中有的种类为卵生,另一些种类则为卵胎生。譬如南蜥属中多线南蜥(Mabuya multifasciata)为卵胎生,多凌南蜥(M.multicarinata)为卵生。又如滑蜥属中两个相近种秦岭滑蜥(Scincella. tsinlingensis)为卵胎生,而康定滑蜥(S.Potanini)却为卵生。