正常情况下过滤器不会滋菌,为了杜绝细菌滋生的可能性,过滤器所用材料应是憎水性,且不能选用有机材料,如框架为胶合板或木板的过滤器;如末端过滤装置采用有隔板过滤器,应排除分隔板是牛皮纸或铜版纸的产品,采用铝隔板较好;如末端过滤装置采用无隔板过滤器,不宜用直接以棉线作为分隔物的产品。另外过滤装置的使用周期不宜过长。
在回风口处应注意设置过滤器,如室内压力允许,在回风口处设中效过滤器。由于洁净手术室内人员操作以及术前、术后的清理工作,回风中可能含有较多的毛发和纺织纤维等,这些纤维通过回风管路,特别容易沉积在管路上,引起积尘滋菌;或者沉积在盘管上,影响传热效率,甚至发生堵塞,降低风量。回风口设置过滤器也可较为容易地建立起正压。