白垩纪后期,受四川运动的影响,峨眉山原始水平状的沉积岩层变形、移位,出现了程度不均的褶皱,规模不一的断层。其中峨眉山大断层,峨眉山大背斜又开始发育,峨眉山主体已开始崛起,但当时海拔高度仅1000米左右,成为四川盆地边缘的一座低山,还貌不惊人。时至始新世末期(距今约3000万年左右),印度板块与中国的扬子板块相碰撞,导致世界最高的山脉——喜马拉雅山褶皱升起。这次喜马拉雅运动,强大的侧压力,震撼了整个亚州东部。峨眉山也不断遭受东西向主压应力的挤压,出现了强烈的褶皱和断裂,山体沿着峨眉山大断层的断裂面迅速地抬升,高度已达海拔2000米左右,形成峨眉山背斜,即峨眉山主体。峨眉山背斜开初还是一个呈南北向隆起的整体,但是其边缘又发生了一系列的断层,将背斜分割成若干大断块,特别是主压应力在北西、北东方向的“X”分压应力所造成的呈北西向断层,更进一步分割了峨眉山背斜。这为以后峨眉山的进一步迅速崛起和地形地貌的进一步形成,奠定了坚实的基础和格局。当发展到喜马拉雅运动后期(距今约300万年左右)时,不可阻挡的震撼,又使峨眉山出现了频繁的新构造,真可谓“大地颤抖,山崩地裂”,其挤压应力以北西——南东方向的分压应力为主,不仅使峨眉山断层规模增大,而且切割到基底的花岗岩体,使峨眉山主体沿断层强烈抬升,最终形成今朝之雄姿,与峨眉平原相对高差达2600余米。近数十万年以来,包括金顶的峨眉山主体,即峨眉大断层和观心坡断层之间的三角地带,上升了近1000米,平均每年上升2毫米。纯阳殿凤凰坪一带,即观心坡断层北侧,上升了约500米,平均每年上升1毫米。而山麓外侧,即黄湾、二峨山等地,只上升了约100米,平均每年上升0.2毫米。也正由于山体抬升具有间隙性和各断层抬升速度不同,决定了峨眉山的整个地貌是西南方向高山峻岭,东北方向则为低缓的浅丘平原,以及人们常称的峨眉山是“三大层七小层”,即接引殿为第三层之麓,洗象池为第二层之麓,报国寺为第一层之麓。根据峨眉山沉积的岩层,以及下面的花岗岩计算,两者的厚度相加,峨眉山的应有高度为海拔7000多米,而现在峨眉山的最高峰也不过海拔3099米,之所以3000多米的岩层消失不见,一方面是因为峨眉山山体本身,断层纵横,岩层破碎,易于风化侵蚀;另一方面是因为冰川、流水、大气等因素的剥蚀,致使其高度在增长的同时被减少。尤其是第四纪(距今约200万年左右)冰期的出现(据蕨坪坝冰