乙肝第二针超过50天有可能会影响到抗体的产生。全程乙肝疫苗的接种方案为0-1-6,也就是说打完第一针以后的1个月、6个月分别接种第二针、第三针,这才是正确的接种时间,效果也是最好的。但是如果因为一些特殊的原因没能按时接种疫苗,是否会有影响,要看具体推迟的时间,一般来说不超过半个月到一月是不会影响到免疫效果的。但是超过50天的话,有可能会影响到免疫效果,甚至不能产生抗住,必要时还要重新接种。所以要注意按时接种乙肝疫苗,增强免疫效果,必要时调整免疫接种方案。