国际权威学术期刊英国《自然》杂志发布的《自然出版指数2011—中国》报告显示,厦门大学位列中国十大科研机构的第六位。截至2019年3月,学校设有200多个研究机构,其中国家级协同创新中心2个(牵头单位),国家重点实验室4个,国家工程技术研究中心1个,国家工程实验室1个,国家地方联合工程研究中心2个,国家地方联合工程实验室3个,国家研究院1个,教育部重点实验室5个,教育部工程研究中心3个,教育部人文社科重点研究基地5个。