疫苗不仅可以使接种者罹患该疾病的发生率下降,当一种疫苗所对付之疾病仅感染单一物种时,要消灭病原便有其可行性,例如天花在自然界仅感染人类,当几乎所有人都接种疫苗后,天花无法继续传播,亦无法于其他动物之间蔓延,因此于1980年联合国宣布天花的灭绝,以及1999年第二型的小儿麻痹亦不复存在。因此逐渐有许多国家取消相关疫苗的注射,也使得未接种疫苗的个体可能在未来受到生物战争的威胁。疫苗也可以用来做积极的免疫治疗,这种技术刺激免疫系统大量制作抗体,或是以外来的相应抗体,共同来对付已经感染之患者体内存有的病原,狂犬病疫苗即是运用此原理,同时这种疫苗也可能用作预防性疫苗。而近年对癌症以及艾滋病的研究发现,病变的细胞和一般细胞表面有不同的标记,可能适合作为抗体攻击的目标,用以治疗患者。