扬州站主站房主要结构为钢管混凝土柱—型钢劲性混凝土梁框架结构体系,钢筋砼灌注桩基础,屋盖由倒四角锥C形网壳结构承重,加气砼砌块砌体作填充墙。立面采用桁架式双层钢化中空LOW-E玻璃幕墙和隐框千思板幕墙饰面;屋面采用独特的铝板+压型钢板的双层开放式弧形屋面,配以虹吸屋面排水系统。扬州站站房大厅主要为翠色铝塑复合板和超强吸声微孔铝板吊顶,柱面采用氟碳喷涂塑板包裹,墙面采用高级装饰砖饰面。地面采用高级耐磨玻化砖。