A、基因突变产生生物进化的原材料,不能决定生物进化的方向,A错误;
B、突变包括基因突变和染色体变异,产生生物进化的原材料,B错误;
C、染色体变异为可遗传的变异,产生生物进化的原材料,C错误;
D、自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向,D正确.
故选:D.