厦门地铁的管理规章为《厦门经济特区轨道交通条例》,该条例经2018年12月21日厦门市第十五届人民代表大会常务委员会第二十次会议表决通过,自2019年2月1日起施行。《厦门经济特区轨道交通条例》制定通过之前的暂行管理规章有《厦门市轨道交通规划管理办法》(自2013年7月1日起施行,有效期5年,至2018年6月30日止)和《厦门市轨道交通控制保护区建设(作业)管理暂行办法》(自2016年12月1日起施行,有效期2年,至2018年11月30日止)。