金山区位于长江三角洲南翼,太湖流域碟形洼地东南端。全境地势低平,地面高程自北西至东南略有升高,河渠交织成网。县境地貌经历了燕山晚期地质运动、新生代古气候冷热交替变化以及300万年来地壳的缓慢沉降,从而在前第四纪地层的基底上堆积了厚O~285米不等的松散岩层,造就了现今的地貌形态。根据地貌形成的外动力过程、成因及其形态,可分为湖沼洼地、湖积平原、泻湖平原、滨海平原、潮坪,以及剥蚀残丘6个地貌单元。金山区境内地表除有几个小残丘如秦山、查山和杭州湾水域中的金山三岛外,均为广厚的第四纪疏松层覆盖。大地构造属扬子准地台浙西~皖南台褶带上海台陷金山~南汇隆褶断束的西南部分。境内断裂构造主要有北东向、北北东向和北西向三组。其中以北东向断裂最为发育,燕山期有强烈活化,控制岩浆岩的喷发、侵入和构造火山盆地的形成;北东向断裂形成于燕山晚期,破坏和改造了北东向断裂,构成吕巷断凸的北东边界;北西向断裂多为上述两组断裂的配套部分。本县基岩地形总体上呈现南东高、北西低的倾斜状态,就是由于受北东向断裂错动,自南东向北西大体作阶梯状下降的结果。