1999年12月10日,AP穆勒集团收购海陆服务公司的业务整合与AP穆勒集团企业和作为整合的一部分,马士基航运公司更名为马士基海陆。此次收购包括70艘,近20万箱,以及　在世界各地　码头,办事处和机构。　2002年的又丹麦班轮业务仍在丹麦:由于更加注重油轮和散货业务,A　/　S　Dampskibsselskabet　TORM出售了部分航行,TORM航线,给AP穆勒集团。这些航行包括在美国东海岸和墨西哥湾西非港口码头之间的班轮服务,并立即与马士基和南非航运以其固有的航行结合起来。此次收购加强了马士基和南非航运以其　在上述领域　覆盖面。　2005年AP穆勒　-　马士基收购皇家铁行渣华NV:在1990　-　1996年期间,马士基与铁行渣华在几个服务使用的船只停靠在欧洲,亚洲,中东和美国的港口合作。　2005年8月11日,AP穆勒　-　马士基集团接手皇家铁行渣华NV所有活动,在收购时,皇家铁行渣华NV有13000名员工在146个国家,共有156艘集装箱船操作与在99个国家的　经常停靠的　219个码头。在2006年2月,与皇家铁行渣华NV整合的一部分,马士基更名为马士基航运公司。　2006年世界上最大的集装箱船　-　再次:2006年8月28日,马士基航运公司交付了EMMA　MAERSK通过奥登塞钢铁造船厂建造。