自身免疫性脑炎的治疗包括对症治疗、对因治疗以及支持治疗。对症治疗是控制癫痫发作,改善精神症状,它引起的癫痫属于症状性癫痫,又叫做继发性癫痫,常选用奥卡西平或者卡马西平,疗效较差时也可以多种药物联合治疗,常用的第二种药物是左乙拉西坦。如果有精神障碍,可以加用抗精神病药物,比如喹硫平、奥氮平或者利培酮。对因治疗是免疫治疗,常用糖皮质激素,急性期使用大剂量甲基强的松龙冲击治疗,如果患者有使用激素的禁忌,也可以静脉注射丙种球蛋白,后者价格较为昂贵,如果有特殊情况,患者两种都不能使用,也可以考虑血浆置换,其疗效待定。此外,利妥昔单抗以及免疫抑制剂,比如环磷腺苷也可以用于激素、丙球治疗效果不佳的患者。如果患者症状仍然反复或者复发,也可以使用吗替麦考酚酯或者硫唑嘌呤。如果患者是肿瘤合并的副肿瘤综合征,也应该切除肿瘤。