长刺剑龙(Stegosaurus longispinus)意思是「拥有长尖刺的有屋顶蜥蜴」,命名者是查尔斯·惠特尼·吉尔摩(Charles W. Gilmore)。发现于怀俄明州的莫里逊组,已知有一具不完整骨架。这个物种的特色在于4支较长的尖刺,有些人认为这个物种其实属于钉状龙属(Kentrosaurus)。身长与狭脸剑龙相同,为7公尺。可疑物种科摩崖Stegosaurus ungulatus:意思是“有蹄的有屋顶蜥蜴”("hoofed roof lizard"),是马许在1879年所作的命名。遗骸出土于怀俄明州的科摩崖(Como Bluff),包括了少许的脊椎骨与骨板。这些化石可能是属于装甲剑龙的幼体,虽然装甲剑龙的原始化石已经有完整的描述了。在葡萄牙发现的一些标本,其地质时代为上启莫里阶至下提通阶,也已经归类到这个物种当中。Stegosaurus sulcatus:意思是“有皱纹的有屋顶蜥蜴”("furrowed roo f lizard"),是马许在1887年根据一具不完整的骨架所作的命名[17]。这个名称后来被认为是装甲剑龙的异名。Stegosaurus duplex:意思是“双神经丛的有屋顶蜥蜴”("two plexus roof lizard"),拥有较大的荐骨神经通道,马许称其为“后脑盒”。这种恐龙可能也可能是装甲剑龙。虽然是马许所命名,不过这些分散的骨头实际上是爱德华·爱胥黎(Edward Ashley)在1979年于科摩崖所收集。丝莱氏剑龙(Stegosaurus seeleyanus):原来的名称是Hypsirophus,可能也是属于装甲剑龙。宽头剑龙(Stegosaurus laticeps):是马许在1881年根据一些下颚骨碎片而描述,最初为Diracodon laticeps。有些人认为狭脸剑龙是Diracodon属的一个种;其他人则认为Diracodon事实上是剑龙属中的一种。在1986年,罗伯特·巴克再度使用D. laticeps之名称;但是其他人认为尚不能下定论,而且这个物种更可能是狭脸剑龙的异名。Stegosaurus affinis:为马许在1881年根据一块耻骨而描述,是一个疑名。有可能是装甲剑龙的异名。重新分类的物种马达加斯加剑龙(Stegosaurus madagascariensis):在1926年,皮韦托(J. Pive