清代治理运河重点有二:一山东境内会通河,一为江苏境内里运河。会通河地处鲁中山地,南旺号称“水脊”,地势高耸,水源缺乏。明代在戴村筑坝,导汶南旺,分水济运,以解决水源问题,又置水柜陡(牛)门,以调节水源,节制水流,才保证了会通河的顺利通航。但到了清代,水源诸泉多被填塞,会通河淤浅,安山、南旺、马踏、徽山等湖,逐渐淤淀,或被豪户侵占,辟田耕种,以致湖水日少,加以民田灌溉与漕运争夺用水,更影响蓄水济运。清代治理惠通河,除遵循明代旧例,修筑戴村坝,疏浚河道,培护堤岸,引水蓄湖,严闸启闭外,采取了如下措施:①申饬地方疏通泉源;②树立湖塘封界,禁止侵占;③将山东诸湖开浚筑堤,或增高培厚原有堤岸,蓄积湖水;④严禁百姓截流灌溉,违看治罪严惩。