由于人类的盲目活动,使其生境遭到破坏,导致其栖息地面积缩减。栖息环境受到破坏,形成互不联系的孤岛状,导致种群分割,近亲繁殖,物种退化。大熊猫种群分布在25个以上岛状隔离的生境中。这些隔离的生境区大小为205平方千米(30-2384千米范围),其中大多数(67%)的面积少于350平方千米。这种种群的孤立和分割则是长期威胁其种群的重要因素,小群体的近交衰退现象将降低繁殖力、幼体成活率以及对疾病的抵抗能力。最终"岛状"成员将消失。据对秦岭熊猫种群的遗传分析,那里有200余只大熊猫,可构成一个约90只的繁殖群体,其世代杂合率递减率为0.54%,经过12代后即140年后,每个成员都将有1/8的基因相同,相当于表(堂)兄妹的亲缘关系。