2003年,港澳自由行开通后,为加快沪港直通车的运行时间,上海海关和中国边检站厅底层的第一候车室旁边设置进出境口岸,并由专门通道进入联检大厅。此外,为避免购票人群与进出站人群的对冲,上海站在主站厅外东南侧,即秣陵路梅园路路口处兴建了联合售票大厅,整座大厅共设有40余个窗口。长三角动车组开行以后,上海站又增设自动售票大厅于东南出口东侧,以减少联合售票大厅的购票压力。截至2010年5月,上海站的站台为岛式侧式混合站台,共设有7座站台,包括1个侧式站台和6个岛式站台,共13站台面,14股道,包括13条到发线和1条机走线,途经线路有京沪铁路、沪昆铁路、沪宁城际铁路,其站台上方为无廊柱式雨棚和高架候车室。