超声内镜检查根据不同地区、不同医院,费用略有差异。超声内镜与小肠镜、胶囊内镜相同,均未被纳入医保范围,属于自费项目。北京三级甲等医院,小探头超声内镜费用大概为800元左右,再加上化验检查、病理等,费用大概为1000元左右。如果进行大探头超声内镜,可以检查胰腺病变或者其他病变,并通过超声内镜引导下穿刺,费用会更高一些。