核糖体是合成蛋白质的工厂.在大肠杆菌中,rRNA量占细胞总RNA量的75%-85%,而tRNA占15%,mRNA仅占3-5%.
rRNA一般与核糖体蛋白质结合在一起,形成核糖体(ribosome),如果把rRNA从核糖体上除掉,核糖体的结构就会发生塌陷.原核生物的核糖体所含的rRNA有5S、16S及23S三种.S为沉降系数(sedimentation coefficient),当用超速离心测定一个粒子的沉淀速度时,此速度与粒子的大小直径成比例.5S含有120个核苷酸,16S含有1540个核苷酸,而23S含有2900个核苷酸.而真核生物有4种rRNA,它们分子大小分别是5S、5.8S、18S和28S,分别具有大约120、160、1900和4700个核苷酸.
rRNA是单链,它包含不等量的A与U、G与C,但是有广泛的双链区域.在双链区,碱基因氢键相连,表现为发夹式螺旋.
rRNA在蛋白质合成中的功能尚未完全明了.但16 S的rRNA3’端有一段核苷酸序列与mRNA的前导序列是互补的,这可能有助于mRNA与核糖体的结合.