明末乱世,农民起义军蜂起,张献忠几乎占有了全蜀之地,慑于秦良玉的威名,却不敢进犯石柱地区。
张献忠在建立大西政权后,对秦良玉极力拉拢,派人送来了册封秦良玉的印章,秦良玉愤然拒绝,坚定宣布:“石柱有敢从贼者,皆族株之。”
1644年,当她儿子战死襄阳的消息传来的时候,秦良玉已经71岁了,她老泪纵横,悲壮说,好!好!这真是我的儿子!
秦良玉征战一辈子,她的一家为国家做出了巨大牺牲,她的哥哥秦邦屏、弟弟秦民屏,唯一的儿子和媳妇都为国家壮烈牺牲了。
1646 年,隆武帝朱聿键派使节专程赴石柱,加封秦良玉太保兼太子太保衔,封忠贞侯。同时近在西南的永历帝朱由榔加封秦良玉太子太傅,任以四川招讨使,仍以镇东将军督兵平定川中诸贼。
秦良玉也因此成为中国历史上第一个因战功封侯的女将军。
永历二年,明朝宗室朱荣藩称监国于忠州,派使者征粮于秦良玉,秦良玉不应,朱荣藩遣军攻之,秦良玉求救于李占春,朱荣藩才退走。1648年7月10日,寿终而死,享年 75 岁。
清朝一统天下后,对秦良玉表示出了极大的尊敬:为秦良玉举行了盛大的祭奠仪式。康熙,乾隆两朝,还专门从财政斥资修建秦良玉的祠堂。