各乡镇:浩门镇、青石咀镇、皇城蒙古族乡、苏吉滩乡、大滩乡、北山乡、西滩乡、旱台乡、泉沟台乡、麻莲乡、阴田乡、东川乡、克图乡、仙米乡、珠固乡。2001年3月5日青海省人民政府批复:撤销东川、克图2乡,合并设立东川镇;撤销旱台、泉沟台2乡,合并设立并命名为泉口镇(镇政府驻地设在原旱台乡);撤销大滩乡,并入青石嘴镇。截止2013年,门源回族自治县辖4个镇、7个乡、1个民族乡,4个居委会、109个村(牧)委会。