根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》(财税2005165号)文件第六条限定:通常纳税人注销时存货及留抵税额处置问题:通常纳税人注销或被取消辅导期通常纳税人资格,转为小规模纳税人时,其存货不作进项税额转出处置,其留抵税额也不予以退税。辅导期是工业公司与商业公司的差别,依楼主所言是商业公司通常纳税人.2.商业公司申请通常纳税人先要有一个半年的辅导期,这半年里只能开千元版发票(增量需要先按4%预交税款),获到的进项发票,需要等到税务机关比对无误后才能抵扣,而不是向工业公司那样获到进项发票,到税务机关认定以后就能够抵扣;3、如果辅导期结束,转为正式的通常纳税人后,相对来说,商贸公司和工业公司的差别就不大了,都能够按正常的认定、抵扣流程走了!4.所以,如果当期的5000元进项税未通过比对,当期就不能抵扣,只能在比对通过那期抵扣.则:应交增值税10000(国税)应交城建税和教育费附加10000(0.070.03)1000(地税)如还有其它的税赋则应征询当地税局为准。