水生物和水中微生物水中微生物对污染物有生物降解作用。某些水生物对污染物有富集作用,这两方面都能减低水中污染物的浓度。因此,若水体中能分解污染物质的微生物和能富集污染物质的的水生物品种多、数量大,对水体自净过程较为有利。污染物的性质和浓度易于化学降解、光转化和生物降解的污染物显然最容易得以自净。例如酚和氰,由于它们易挥发和氧化分解,而又能为泥沙和底泥吸附,因此在水体中较易净化。难于化学降解、光转化和生物降解的污染物也难在水体中的得以自净。例如合成洗涤剂、有机农药等化学稳定性级高的合成有机化合物,在自然状态下需十年以上的时间才能完全分解,它们以水流作为载体,逐渐蔓延,不断积累,成为全球性污染的代表性物质。水体中某些重金属类污染物可能对微生物有害,从而降低了生物降解能力。