《逊志斋集》卷一《幼仪杂箴》二十首的序开门见山指出:“道元于事,无乎不在古之人。”由于“后世教无其法,学失其本”致使“这者汩于名势之慕、利禄这诱,内无所养,外无所约,而人之成德者难矣。”于是,《逊志斋集》的内容就是说的如何修养心性,成为“明王道”的道德君子。方孝孺认为学道之初要“养其心志,约其形体”,这可以在日常生活的一言一行、一举一动中加以修炼。因此《幼仪杂箴》列举了坐、立、行、寝、揖、拜、食、饮、言、动、笑、喜、怒、忧、好、恶、取、与、诵、书二十项与人日常生活密切相关的“当勉之目”为箴,“揭于左右”,其目的是“近而至乎远”,使修道者由“克己”达到“忘己”,使“其心虚明广大,与天地同体”,从而“参配天地”,几达“圣人之象”。
方孝孺主张“经世宰物”,认为自我的修养不足以成为道德君子的最终目的,“望勿以圣贤之言为空谈,知之欲真,践之欲笃,自欺者欲远大,顾讠是明命,以负天之所授,庶几其可耳”。(卷十《答王仲讠晋》),他反对空谈,主张践履笃实。“人不知学则已,为学不以宋之君子为师而欲达诸古,犹面山而趋欲乎海也。乾淳之学,莫盛于朱子,博文以致其知,主敬以笃其行,而审于义理之辨,此岂特朱子为然哉?自孔子以来固然矣。”(卷十四《赠庐信道序》)又说“天之授我者,养之致其全,知之致其明,行之致其笃。用于世,则使……九州四海老单弱之民无不得欲。”(卷十六《适意斋记》)
他强调修身、齐家、治国平天下是一以贯之的,而齐家是根本,他说:“圣人之道必察乎物理,诚其念虑,以正其心。然后推之修身,身既修矣,然后推之齐家,家既可齐而不优于为国与天下者无有也。故家人者,君子之所尽心治天下之准也。”《字仪九首》序里说:“君子之道本于身行诸家,而推于天下,则家者身之符,天下之本也。”关于如何“齐家”,他又提出了四点:尊祖、重谱、睦族和广睦。尊祖则“人能知尊其身之所自出……著其德美于天下后世使之没而不忘,久而弥章。君子之为人子孙非以养生为贵而以奉终为贵,非以奉终为难而以思广孝为难。”重谱仅次于尊祖,可以“近叙戚,疏定尊卑。”睦族则“圣人收于万人于一”,广睦使“亲者愈亲,疏者相睦”,“以爱亲心广于天下”。
方孝孺的齐家治国理想以《周礼》的宗法制为“遗典大法”,认为“井田废而天下无善俗”,“宗法废而天下无世家”,因此,他设想按照《周礼》推行宗法性质的家长制。“睦族之法,祠祭之余,复置田,多者数百亩,寡者百余亩,储其入,俾族之长与族之廉者掌之,岁量,视族人所揖辞而退……君子之道自此享矣。”族长有主宰权,定期召开家庭或部族会议,“长者命众生,众生听善恶之在书者咸读无隐也”,根据善恶来进行赏罚,然后“……不善者弃,而后知所戒,然后善者尊而益劝,劝戒立而俗宁有美者乎?”所以,方孝孺提倡“复古之道”,认为《周礼》可以“经世淑民”,行于今日。
方孝孺既守古道,那么对“叛道者”,他肯定是大加抨击的。他认为“今之叛道者,莫过于二氏”。“二氏”即佛、道二教。“事乎老、佛名教之法,其始非而不足观也,而不可以用也。用之修身则德隳;用之治家则伦乱;用之于国,于天下,则毒乎生民。是犹?夷稗之农也,学之蠹也。”(卷十七《种学斋记》)方孝孺尤其反对佛教的灾异妖变,有灵觉的神鬼论思想,他写了《戒妖文》指出:“人知物之妖,而不知人之妖;知人之妖,而不知妖自己招。”对迷信思想看得很透。“……肆意妄言则丧心惑人耳,虽鄙夫小子亦知其妄且诞。佛氏务为无稽之论正类乎此。而人皆溺而信之,岂皆不若鄙夫子之知乎?何其迷而不知悟也,悲夫!”他建议“未能如孟韩放言驱斥使不敢横,亦当如古之善守国者严于疆域斥堠,使敌不能攻劫可也。”
方孝孺的思想,上承宋濂,又一出于朱熹,其理学思想不可谓不正。但是,他的治世良方是不切实际的,即使朱棣不起兵,他的以周礼治天下的愿望也是难以实现的。
方孝孺除以理学著名外,也以文章著名。他为文纵横奔放,有如长江大河,极似宋人苏轼、陈亮,人称他“出入东坡、龙川间”。诗作不多,间有佳什,主张复古,却倾向宋人。方孝孺的文论、讨论虽也以宣扬儒家正统文学观为主,却又有一些不同流俗之间。他认为文章应注意表现作者个性,在《答王秀才书》中说:“人之为文,岂故为尔不同哉?其形人人殊,声音笑貌人人殊,其言固不得而强不同也,而亦不必一拘乎同也。”他不满摹固:“效古人之文者,非能文者也。”赞赏苏轼的“神奇变化脱边幅,怒骂嬉戏皆新语”之见。论诗也反对复古模拟,《谈诗》五首之一曰:“举世皆宗李杜诗,不知李杜更宗谁?能探风雅无穷意,始是乾坤绝妙词。”
方孝孺以他不怕夷灭十族,敢与万乘之尊的皇帝相对抗的气节名世。由于推崇他的气节,明清两代对他的文集评价也相当高。《明史·方孝孺传》曰:“孝孺工文章,醇深雄迈。每一篇出,海内争相传诵。”《四库全书总目》曰:“孝孺学术醇正,而文章乃纵横豪放,颇出入东坡、龙川间。盖其志在于驾轶汉唐,锐复三代,故其毅然自命元气,发扬蹈厉,时露于笔墨之间,故郑瑗《进观琐言》称其‘志气高锐,而词锋浩然,是以发之。’”1913年上海姚文栋《方正学逊志斋全集·序》云:“史称先生以明王道,致太平为己任,常末视文艺,又称殉节后文禁甚严,故其稿流传阙失脱简颇多。尝受业于宋学士濂,或有讥其所养不如濂之粹者,然果濂与先生遭际不同,未可一概论。要之,文以人重,固悬之日月不可磨灭之书也。”
《逊志斋集》在“靖难”之后被禁,并没有明文禁令,只是通其处死章朴,意味着其著作天然是禁书,用不着另行宣布,成了“不禁之禁”。方孝孺的著作及其被朱棣杀死或被迫自杀的练子宁、茅大方、刘某、王叔英、程通、周玉修等人的著作皆属于此类。