宋代文献《汪公行壮》中记载,1171年(乾道七年)汪大猷当泉州郡守,当时海上有沙洲数万亩,称为“平湖”。时有毗舍邪人侵入,割尽人民所种的作物。后来,为保护当地百姓的利益,汪大猷在平湖建造房屋对200间,派军民屯戍。这里所说的“平湖”,就是澎湖。稍后,宋人赵汝适的《诸蕃志》写道:“泉有海岛曰澎湖,隶晋江县。”从这些记载中可以看出,当时澎湖已有不少居民,并在那里定居,而且已经从事粮食和经济作物的种植。更值得注意的是,宋朝政府已经在澎湖戍兵防守,澎湖已经归福建晋江县管辖了。这是封建政府第一次在台澎地区正式驻军。 《元史·琉求传》说:“琉求在南海之东,漳、泉、兴、福四州界内,彭湖诸岛与琉求相对。”从对地理位置的描述中可以看出,这里的琉求指的是台湾。 公元1280―1368年,元世祖忽必烈要求日本镰仓幕府朝贡,因被拒绝,于是出兵征讨日本,途经琉球(台湾)和澎湖。 元朝至元二十八年(1291年),海船副万户杨祥请求带兵6000人前往流求招降,如其不服就发兵攻击,朝廷从其请。当时有从小生长福建沿海、熟知海道利病的吴志斗主张先从澎湖发船往谕,了解水势地利,然后发兵。当年10月,元政府命杨祥为宣抚使,给金符,吴志斗为礼部员外郎、阮鉴为兵部员外郎,给银符,往使流求,这是元朝当局经营流求的开始。第二年,他们从汀路尾澳起航,船行不久,望见一个低而长的岛屿,杨祥以为已到流求,率众船停靠岛边,命令刘闰带领200余人分乘11艘小船上岸。岛上的人听不懂他们的话,引起争执,元军被杀 3人,不得不撤到船上,继续航行,抵达澎湖。第二天,因吴志斗失踪,只好返航,招渝流求的任务没有完成。过了5年,成宗元贞三年(1297年),元朝政府改福建省为福建平海等处行中书省,并由福州“徒治泉州,以图流求”。同年九月,福建平章政事高兴派省都镇抚张浩、福州新军万户张进二人率军再次赴流求招谕。这七八年是元朝积极经营台湾的时期。大约就在这个时期,为了便于对流求的管理,在1292―1294年元政府在澎湖设立了巡检司,隶属于晋江县、巡检职位很低,只有九品,主要负责巡逻和查缉罪犯,并兼办盐课。澎湖巡检司的出现,说明元朝政府已经在这个地区设置了行政管理机构。宋元两朝在澎湖群岛驻兵建置,说明早在12、13世纪,澎湖群岛就已经纳入中国版图了。