工程监理企业资质年检按照下列程序进行:工程监理企业在规定时间内向建设行政主管部门提交《工程监理企业资质年检表》、《工程监理企业资质证书》、《监理业务手册》以及工程监理人员变化情况及其他有关资料,并交验《企业法人营业执照》;建设行政主管部门会同有关部门在收到工程监理企业年检资料后40日内,对工程监理企业资质年检作出结论,并记录在《工程监理企业资质证书》副本的年检记录栏内。工程监理单位资质年检的内容,是检查工程监理单位资质条件是否符合资质等级标准,是否存在质量、市场行为等方面的违法违规行为。工程监理单位年检结论分为合格、基本合格、不合格三种。