最开始时文件比较小,使用　awk　单个读取处理也很快,但后来数据多了,从一个　1.2　G　的文件中提取单个基因的表达需要　30　s　,用grep　来写需要　25　S　,这在平时写程序是可以接受的,但在网站上是接受不了的。所以就想着如何优化一下。　探索下来优化也很简单,把grep　换为　LC_ALL=C　grep　再加其它参数速度就快了近　30　倍,把时间控制在　1　s　左右。　下面是整个探索过程　(写这篇总结文章是在早晨,服务器不繁忙,所以下面的示例中只能看出来快了　5　倍左右。这也表明不加　LC_All=C　时grep　受服务器负载影响较大,加了之后则几乎不受影响。)　1.7.1　获取单基因表达量　查看下文件大小　ls　-sh　334d41a7-e34a-4bab-841c-eb07bd84513f.txt#　1.2G　334d41a7-e34a-4bab-841c-eb07bd84513f.txt　查看下文件内容　head　334d41a7-e34a-4bab-841c-eb07bd84513f.txt　|　cut　-f　1,2#　Rnu2-1　-0.52#　Tmsb4Xp6　11.81#　S100A14　1.99#　Krt17　1.26#　Aldh1A1　6.92#　Fxyd3　0.56#　Rnu2-2P　0.35#　Rarres1　6.03#　Rnvu1-7　9.53#　Lcn2　3.44　假设基因名字大小写一致时使用　awk　提取其表达信息,用时　14　s　。　time　awk　'{if($1=="Tmsb4Xp6")　print　$2;}'　334d41a7-e34a-4bab-841c-eb07bd84513f.txt　>1real　0m14.569suser　0m12.943ssys　0m0.626s　实际上大小写可能不一致而需要转换,耗时　17　s　。　time　awk　'{if(tolower($1)=="tmsb4xp6")　print　$2;}'　334d41a7-e34a-4bab-841c-eb07bd84513f.txt　>2real　0m17.638suser　0m17.031ssys　0m0.595s　采用　grep　命令提取　(　-i　忽略大小写),用时　5　s　。　time　cat　334d41a7-e34a-4bab-841c