喀什大学的前身是喀什师范学院,1962年上半年,自治区党委和人民政府对自治区大专院校进行调整,决定将原新疆师范学院和新疆大学合并,从中抽调部分教职员工、图书资料和仪器设备,在喀什市组建新疆喀什师范专科学校。1978年8月,经国家教育部批准,学校升格为本科院校,更名为喀什师范学院开始承担硕士研究生培养任务。2002年6月,华中师范大学和喀什师范学院在北京签订了《华中师范大学与喀什师范学院对口支援协议书》,使华中师范大学和喀什师范学院较早成为了教育部"对口支援西部地区高等学校计划"的支援与受援学校。2003年6月,经国务院学位委员会审核,学院获得硕士学位授权单位资格,开始承担硕士研究生培养任务。从建校到1979年底的17年间,学院是新疆5所高等院校中唯一的一所高等师范院校。2012年5月,喀什地委办公室、行署办公室联合下发《关于成立喀什大学筹建工作领导小组的通知》,这标志着喀什大学筹建工作正式启动。2015年4月29日,教育部同意将喀什师范学院更名为喀什大学。2015年5月29日,喀什师范学院科学会堂举行喀什大学揭牌仪式,喀什师范学院正式更名为喀什大学。