有一些同工酶只是在细胞内定位不同,也有临床意义,这其中有诊断意义的主要是线粒体同工酶,线粒体中有些酶的性质和结构与胞质中同工酶有明显差异,有临床意义。用的较多的是线粒体AST,此酶较难进入血清,但当肝病变严重、细胞坏死时,线粒体同工酶可进人血中使其升高,对判断疾病的程度和预后都有帮助。另外,还发现有些同工酶在从组织进入体液后,进一步分化为几个不同的类型,即所谓同工酶亚型。CK-MB的亚型有MB1、MB2,CK-MM的亚型有MM1、MM2、MM3.这些亚型对心肌梗死的诊断和溶栓效果的判断都优于CK-总酶和同工酶。所以,同工酶和同工酶亚型的临床应用还是很有发展前途的。