由于该囊肿可以长期存在,多年不变,定期观察,无需治疗。如果囊肿逐渐长大,影响生活,或反复感染,经常形成脓肿,可行巴氏腺囊肿造口术。此法简单,损伤小,尚能保留腺体功能。但造口应够大,造口之后最好放引流条,每天用双氧水或者2%碘伏冲洗一次,共3~4次,防止术后粘连闭合,再次形成囊肿。一旦脓肿形成,应当切开引流。近年来采用CO2激光做造口术治疗,治疗率高,无不良反应,操作简便,治疗时间短,无需缝合创面,病人可在门诊治疗;由于激光的高热效应能使组织细胞凝固、炭化,因激光对血红蛋白有亲和力,故有较好的凝血作用,术中及术后出血少,能保留腺体的正常功能,对性生活无影响,术后无感染,无需用抗生素。但此种技术应用范围尚不广泛,有待进一步观察研究。