虽然青天白日满地红旗帜未在会议中通过, 但中山先生所领导的诸战役中如潮州黄冈、 惠州七女湖、 钦州防城、 广西镇南关、 云南河口、 广州新军及黄花冈之役, 皆用『青天白日满地红』旗来号召。
民国元年中华民国诞生, 中山先生再度主张以『青天白日满地红』旗为我国国旗, 惟南京临时参议院议定五色旗为国旗, 并将青天白日满地红旗定为海军军旗, 十八星旗定为陆军军旗。 中山先生坚认五色旗为国旗之决议不妥, 乃于是年元月十二日咨覆参议院, 申明其反对之理由:
『(一)清国旧例, 海军以五色旗为一二品大官之旗, 今黜满清之国旗而用其官旗, 未免失体。
(二)其用意为五大民旗, 然其分配代色, 取义不确, 如以黄代满之类。
(三)既言五族平等, 而上下排列, 仍有阶级。』
『夫国旗之颁用, 所重有三: 一旗之历史, 二旗之取义, 三旗之美观也。