在三叠纪时期,大气层中的含氧量较低,主龙类的特殊呼吸方式,使呼吸效能较高,较具竞争优势。主龙类的代谢仍处于争议中。它们的确从冷血动物演化而来,而目前存活的非恐龙主龙类,鳄鱼,是冷血动物。但鳄鱼拥有一些与温血动物相关的特征,因为它们的促进氧气供给方式: 2个心室与2个心房。哺乳类与鸟类也有2个心室与2个心房。非鳄鱼的爬行动物的心脏有3个心房心室,这样比较没有效率,因为这样会将含氧血液与缺氧血液混合在一起,因此会将部份缺氧血液送至身体各处,而非送到肺脏。现代鳄鱼虽然拥有四腔室心脏,但与身体相比比例较小,并且与现代哺乳类与鸟类相比,血压较低。它们也拥有分导管,可让它们位在水面下时,以三腔室心脏运作,以储存氧气。 次生颚,可允许动物在进食时可以同时呼吸。 肝瓣,是肺脏的呼吸推动装置。与哺乳类与鸟类的肺脏推动装置不同,但根据某些研究人员宣称,较为类似某些恐龙。 有些专家认为鳄鱼最初为活耀、温血的掠食动物,而它们的主龙类祖先也是温血动物。研究显示鳄鱼的胚胎具有四腔室心脏,成长后改变为三腔室心脏,以适应水中环境。这些研究人员根据胚胎重演律,它们提出最初的鳄鱼具有四腔室心脏,因此它们为温血动物,而后来的鳄鱼发展出旁管,重新成为冷血动物,以及水底中的伏击掠食动物。 陆鳄是种非常小型、行动敏捷的鳄形类,生存于三叠纪晚期。 如果最初的鳄鱼、以及其他的镶嵌踝类主龙都是温血动物,这样可以解决一些演化的谜题: 最早期的鳄类,例如陆鳄,是种纤细、长腿的陆地掠食动物,生活方式可能相当活跃,这样需要非常快速的新陈代谢。而其他的镶嵌踝类主龙似乎拥有直立的四肢,例如劳氏鳄目。直立的四肢有益于活跃的动物,可让它们快速运动时,可以同时呼吸;但不利于缓慢的动物,因为身体站立或趴下时将消耗能量。 如果早期主龙类是完全冷血动物,恐龙将以短于似哺乳爬行动物的一半时间,演化为为温血动物。在2010年的一项研究,发现美国短吻鳄有独特呼吸方式。这项研究发现,当美国短吻鳄吸气时,吸进的空气会进入第二支气管,流经交换气体的第三支气管,最后进入第一支气管。当美国短吻鳄呼气时,空气会经由第二支气管、第三支气管、第一支气管,最后从气管呼出体内。现代鸟类也有类似的呼吸方式,在呼吸过程中,空气以单向方式在气囊内流通;而哺乳动物的呼吸方式,则是反复方向的空气流通,气体在肺泡交换。除了现代鸟类以外,许多恐龙演化支也被发现拥有气囊,可以增进