2002年末,辖3个街道、14个镇、17个乡:东城街道、南城街道、西城街道、三泉镇、南平镇、神童镇、鸣玉镇、大观镇、兴隆镇、太平场镇、白沙镇、水江镇、石墙镇、金山镇、头渡镇、大有镇、合溪镇、石莲乡、木凉乡、河图乡、土溪乡、乾丰乡、骑龙乡、鱼泉乡、中桥乡、铁村乡、德隆乡、庆元乡、古花乡、峰岩乡、民主乡、冷水关乡、石溪乡、福寿乡。共有59个社区、352个村。2009年6月4日,重庆市政府批准同意撤销土溪乡,设立黎香湖镇。2012年12月5日,重庆市政府批准同意撤销鱼泉乡,设立山王坪镇。2014年12月30日,重庆市政府批复同意撤销木凉乡,设立木凉镇。2015年8月6日,重庆市人民政府批复同意撤销铁村乡、石溪乡,设立楠竹山镇、石溪镇。2015年11月30日,重庆市人民政府(渝府批复同意撤销民主乡、德隆乡、福寿乡,设立民主镇、德隆镇、福寿镇。2016年6月,撤销南川区河图乡、古花乡、庆元乡,设立河图镇、古花镇、庆元镇。调整后,南川区辖3个街道、25个镇、6个乡。2017年3月30日,重庆市人民政府正式批复:一、同意撤销乾丰乡,设立乾丰镇。二、同意撤销石莲乡,设立石莲镇。三、同意撤销冷水关乡,设立冷水关镇。四、同意撤销骑龙乡,设立骑龙镇。