重庆市税务机关在2014年曾出文明确。
《重庆市地方税务局关于土地增值税若干政策执行问题的公告》(重庆市地方税务局公告2014年第9号)第一条第(二)项规定,清算单位中建造多类房产的,应按普通住宅、非普通住宅、非住宅,确认计税收入、扣除项目金额,分别计算增值额和土地增值税。第一条第(五)项第2目规定,清算时因未取得合法有效凭证,而未能认定的成本项目(简称未定成本项目),清算后取得合法有效凭证的,应分房产类型归集“后续成本额”,可在计算当期清算后转让房产应纳税额时后续扣除,公式如下:单位建筑面积成本费用额=清算认定(或上期累计)“单位建筑面积成本费用额”+本期“后续成本额”÷清算可售建筑面积清算后转让扣除额=单位建筑面积成本费用额×本期转让面积+本期转让房产有关税金及附加纳税人在清算申报时应对“未定成本项目”进行附加说明,主管税务机关在清算审核时一并核实确认,否则相关成本不予以后续扣除。
所以,你公司土地增值税清算后取得合法有效凭证的成本金额,如在清算申报时已对“未定成本项目”进行附加说明,主管税务机关在清算审核时已一并核实确认,可在计算当期清算后转让房产应纳税额时后续扣除。