四联疗法对于大部分患者没有特殊危害,如果存在明确危害,不可能成为标准根除幽门螺杆菌治疗方法。药品说明书可提示会产生一定副作用,但相对发生概率较低,比较安全。抗生素应选择合适剂量,药物一般均会存在副作用,如服用克拉霉素出现口苦等,部分患者服用阿莫西林后,可能出现皮疹、药疹等药物过敏表现。此外,可选择兼有杀灭幽门螺杆菌作用的铋剂,服用铋剂后,可能会出现大便颜色发黑,而且部分患者可出现大便次数增多,一天解3-4次,甚至7-8次大便,出现类似腹泻症状。出现较严重不良反应,如服用后出现明显不适,如药疹、恶心、呕吐等情况时,应停止服药,但是大部分患者都可以耐受四联疗法。