2002年3月,合肥市进行区划调整,合肥市瑶海区下辖共9个街道、4个乡镇。各乡镇部分村民委员会于2003年6月改建为社区居民居委会。
至2005年底,瑶海区下辖13个街道、2个乡镇。
2007年,瑶海区辖13个街道 、2个乡镇、1个省级开发区。
2010年,瑶海区辖10个街道、2个乡镇、1个省级开发区(合肥瑶海工业园区),三个乡镇工业集聚区,总面积142.9平方公里。
2011年,辖12个街道,1镇——大兴镇及1个省级开发区——龙岗综合经济开发区。 街道分别是城东街道、胜利路街道、明光路街道、车站街道、三里街街道、铜陵路街道、七里站街道、大通路街道、和平路街道、红光街道、长淮街道、方庙街道。