土壤细菌在土壤微生物中数量最多、分布最广.自养细菌能直接利用光能或无机物氧化时所释放的能量,并能同化二氧化碳,进行营养,如硝化细菌、硫黄细菌、硫化细菌、铁细菌、氢细菌.异养细菌从有机物中获取能源和碳源.对农业生产来说,土壤细菌又可分为有益的和有害的,有益的入固氮菌、硝化细菌和腐生细菌,有害的入反硝化细菌.