一
人和黑猩猩基因组的相似度99%是个伪命题,因为当时只测了部分基因,而且只选了能比对的部分,早就受到质疑[1]。
从基因组结构上看,与简单真核生物(如酵母)那种简洁紧凑的风格不同,高度复杂的真核生物有非常奢侈的设计,基因在其中只占很少的比例(人类不及5%),其它非编码序列可不是垃圾,被称为基因组中的“暗物质”—— 这些神秘的序列不编码,却不意味着不工作,并已经被渐渐发现可以对编码基因完成各种花式剪辑和组合调控,辅助有限的基因实现相当复杂的表达模式。对复杂生命体而言,非编码序列的戏份尤其重——人们一开始很难理解为什么人类基因组只有两万多个基因(不比果蝇、线虫多多少),却魔法般地干着十万个基因的事儿。
这就像软件公司的确只卖代码,但也不能只靠研发部的一线码农,行政部、管理层也不是吃干饭的。既然有非编码序列在后台导戏,那两部戏剧的差异不光是由演员阵容决定的了。因此,单单比较人和果蝇、线虫的编码基因显然是缺乏意义的,光比人和黑猩猩的编码基因存在局限性也是一样[Edited on 190803, 200325]。
所以呢,全部的基因组都被纳入比对才是更合理的方案。这样所得序列相似度是75%[Edited on 190803]。
另外,既然是比对,对不上的地方就不比了?那才是差异最大的地方,它们意味着基因组结构的整体丢失和发生。人和黑猩猩有3%的基因组序列是完全对不上的。
所以整体相似度只有约72%。
看看人和黑猩猩的模样,72%的基因组差异还是可以理解的。
P.S.: 如Mon1st君所言,结果仍然是开放性的,但远不及99%这样的程度。
二
可是上面的更合理也只是相对的,从绝对意义上则仍然很不合理。因为这就像看一个人:在基本的硬件之外,当然更还要看真正的内涵。或者更严格地说,别看到底改了几行代码,要看这几行代码到底实现了什么。