秦良玉于是代领马千乘的职位。泰昌元年(1620年),后金入侵辽东,朝廷诏令秦良玉出兵援助。秦良玉派兄长秦邦屏,弟弟秦民屏率领几千人先前往。朝廷赐秦良玉三品官员的服饰,并任命秦邦屏为都司佥书,秦民屏为守备。天启元年(1621年),后金包围重镇沈阳,秦邦屏、秦民屏随总兵童仲揆渡浑河与清军血战,秦邦屏战死沙场,秦民屏突围而出。秦良玉于是亲率三千前往直抵榆关(今河北山海关),所经过的地方秋毫无犯。明熹宗下诏给秦良玉加二品官员服饰,并封秦良玉为诰命夫人,封秦良玉儿子马祥麟为指挥使。秦良玉上言秦邦屏的死状,请求从优抚恤,兵部尚书张鹤鸣进言浑河血战斩获敌人首级数千,实际上是石柱、酉阳两地土司的功劳,建议朱由校厚待秦良玉家的家人。朱由校于是下令赠秦邦屏都督佥事,子孙世袭,并且与陈策等人一同立祠祭祀,秦民屏官进都司佥书。同年九月,兵部让秦良玉再回乡征兵二千,秦良玉与秦民屏回乡后,恰逢永宁(今四川叙永县西南)宣抚使奢崇明在重庆造反,其部将樊龙派遣使者带着金银和丝绸,前来想与秦良玉结盟。秦良玉将使者斩杀,立即发兵率领秦民屏及秦邦屏的儿子秦翼明、秦拱明逆流西上,渡过重庆城,乘敌不备,直达重庆南坪关,断贼归路。秦良玉设伏兵袭击两河,将敌人的船只烧毁。而后秦良玉分兵守忠州,派快马带檄文至夔州,要求当地驻军赶紧防守瞿塘峡上下游地段,击退入侵的贼兵。秦良玉上表秦民屏的战功,朝廷升秦民屏为参将,秦翼明、秦拱明为守备。天启二年(1622年),奢崇明包围成都,四川巡抚朱燮元传令秦良玉前去征讨。当时各地的土司都贪图贼寇的贿赂,按兵不动,只有秦良玉击鼓西征。秦良玉率军攻取新都,长驱直奔成都,将奢崇明击败,解了成都之围。奢崇明败走后,秦良玉率领秦民屏等攻克二郎关、佛图关,收复重庆。朝廷于是授命秦良玉为都督佥事、充都督同知总兵,并加封为夫人,授马祥麟为宣慰使,秦民屏为副总兵,秦翼明、秦拱明为参将。授官后,秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等贼军重要据点,奢崇明兵败自杀,秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。朝廷因功多次赏赐秦良玉金币。