学校现有20所临床医学院暨附属医院,包括首都医科大学宣武医院(第一临床医学院)、附属北京友谊医院(第二临床医学院)、附属北京朝阳医院(第三临床医学院)、附属北京同仁医院(第四临床医学院)、附属北京天坛医院(第五临床医学院)、附属北京安贞医院(第六临床医学院)、附属复兴医院(第八临床医学院)、附属北京佑安医院(第九临床医学院)、附属北京胸科医院(第十临床医学院)、首都医科大学三博脑科医院(第十一临床医学院)、附属北京地坛医院(第十二临床医学院)、附属北京儿童医院(儿科医学院)、附属北京口腔医院(口腔医学院)、附属北京安定医院(精神卫生学院)、附属北京妇产医院(妇产医学院)、附属北京中医医院(中医药临床医学院)、附属北京世纪坛医院(肿瘤医学院)、附属北京康复医院(北京康复医学院)、附属北京潞河医院(潞河临床医学院)、中国康复研究中心(康复医学院),以及预防医学教学基地(北京市疾病预防控制中心)。学校还设有38个临床专科学院、专科学系、中心。
学校学科力量雄厚。现有8个国家重点学科,2个国家重点(培育)学科;56个国家临床重点专科(含中医);14个国家中医药管理局重点(培育)学科;4个北京市一级重点学科,6个北京市二级重点学科,1个北京市重点交叉学科,2个北京市一级重点建设学科,6个北京市二级重点建设学科,1个北京地区高等学校学科群。5个国家临床医学研究中心,1个省部共建国家重点实验室培育基地,4个教育部重点实验室,48个北京市重点实验室。有8个一级学科博士学位授权点和11个一级学科硕士学位授权点;按照三级学科统计,有59个博士学位授权点和78个硕士学位授权点;具有所有医学及医学相关学科的硕士、博士专业学位授予权。有9个博士后科研流动站。