头足纲(Cephalopoda)贝壳珍珠层文石结构多 为“砖-泥”式粘连结构(20~50nm)。腹足纲(Gastropoda)贝壳排列规则的文石层的交错结构与头足纲贝壳差异较显著。鳃纲(Lamellibranchia) (双壳类)的壳,其微观结构比头足纲和腹足纲更加复杂。研究发现双壳类贝壳与其他品种贝壳的晶体组成和排列方式不同。因此,不同种贝壳的角质层、棱柱层和珍珠层的厚度也不同。贝壳三层结构的排列连接方式决定了其外在结构特点。三角帆蚌(Hyriopsiscumingii)贝壳的角质层、棱柱层和珍珠层在贝壳的不同位置存在相异性,且珍珠层中文石片的厚度从近棱柱端至贝壳内侧面逐渐变大,棱柱层中棒状结构与角质层和珍珠层中的文石片呈近垂直交接。牡蛎壳不存在文石层结构,即不存在珍珠层,这也说明牡蛎难于形成晶莹皎洁珍珠的原因。沟腹纲(Solenogasters)和尾腔纲(Caudofoveata)都没有贝壳,形态类似蠕虫;单板纲(Monoplacophora)贝壳单一,呈帽状,其壳顶向前,腹方弯曲;掘足纲(Scaphopoda)贝壳呈牛角或象牙状,两端开口,粗端为前。这三类都是贝类的原始型,其结构和组成相对简单。