1952年院系调整后的厦门大学只保留文理学院,成为文理科的综合性大学,并在52年之后陆续又有院系调出。1958年7月,厦门大学下放归福建省管理。1963年9月,厦门大学被确定为全国重点大学。“文化大革命”期间,厦门大学的教学科研工作受到严重破坏,大批干部、教师被下放农村,有一部分充任中学教师,有的改行做其他工作。1966~1970年,厦门大学停止招生5年。1971年,开始招收“工农兵”学员,时有9个系,除保留1966年的8个系外,福建师范学院教育系迁回厦大开办。1972年,厦门大学水产相关系调入厦门水产学院。1977年,恢复全国高考制度后,学校恢复招生。1978年改革开放后,厦门大学的教学科研工作得到恢复和发展,2月,厦门大学重新被确定为全国重点大学。1981年11月26日,被国务院批准为全国首批硕士、博士学位授予单位。1986年,学校试办研究生院,9月12日,举办试办厦门大学研究生院成立大会。1995年7月,厦门大学进入国家“211工程”建设行列。1996年,成为教育部批准的首批建立研究生院的高校。1997年4月,厦门大学“211工程”通过教育部组织的专家审定立项建设,12月,厦门大学进入国家“211工程”重点建设的大学行列。2001年2月,教育部、福建省人民政府、厦门市人民政府签订合作共建协议,厦门大学进入国家“985工程”重点建设的大学行列。4月6日,厦门大学漳州校区奠基兴建。12月,首批获准试办示范性软件学院。2004年,被列入国家“985工程”二期重点建设高校之一。2004年7月,厦门大学被增列为中管高校。2005年底,厦门大学本科教学工作水平以“优秀”的成绩通过教育部评估。2012年,教育部、福建省政府和厦门市政府在北京签署《重点共建协议》协议,继续重点共建厦门大学。2012年,学校成立厦门大学马来西亚分校,分校位于马来西亚首都吉隆坡,占地900亩,总建筑面积30万平方米。2013年6月,入选教育部“卓越工程师教育培养计划”高校。7月,入选首批教育部来华留学示范基地。11月,厦门市政府与厦门大学签署共建厦门大学医学院协议。2014年,学校牵头的两个协同创新中心入选国家“2011计划”;被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校,7月,厦门大学在马来西亚建立厦门大学马来西亚分校。2015年4月6日,学校整合航空系、机电工程系和自动化系等学科组建成立厦门大学航空航天学院。2017年1月,入选全国首批深化创新创业教育改革示范高校。9月,入选国家“双一流”(世界一流大学和一流学科)建设高校名单。2018年4月,国务院学位委员会印发《关于高等学校开展学位授权自主审核工作的意见》及学位授权自主审核单位名单,厦门大学获准开展学位授权自主审核。2018年1月,入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目。7月,国家国防科技工业局、教育部联合发文,确定“十三五”期间新增8所共建高校,厦门大学位列其中。8月,中国卫生信息与健康医疗大数据学会正式批复。同意成立厦门大学健康医疗大数据国家研究院,由学会与厦门大学共建。12月,国家自然科学基金委发文公布,依托厦门大学建设国家天元数学东南中心;厦门大学两岸金融发展研究中心于2018两岸企业家峰会年会上揭牌成立。