洪武二十四年(1391年)八月,朱标受命巡视陕西。同时受封于这里的秦王朱樉因为在当地多次犯错而被召回京师,朱标因此也被要求趁机调查一下秦王的言行。朱标巡视归来后,献陕西地图,又替秦王说情调解,朱元璋才让朱樉回西安。朱标自秦中视察返京后不久就生了病,在生病期间还向朱元璋上书关于筹建都城的事。洪武二十五年(1392年)四月二十五日,朱标病死。朱标死后朱元璋痛哭不已,将他祔葬在孝陵东侧,谥“懿文太子”。朱允炆即位后追尊为孝康皇帝,庙号兴宗,明成祖夺位后复称懿文太子。崇祯十七年(1644年),朱由崧即位后复称其兴宗孝康皇帝朱标成年后就一直帮朱元璋处理朝政直到自己去世,将自己治国理政的理念在小范围内付诸了实践,很多仍有借鉴意义。朱元璋对于一些不法勋贵采取严厉的做法,朱标表示反对,劝说朱元璋杀人太多,恐怕会伤了和气。宋濂就是在马皇后和朱标的劝谏下留下性命的。