漠南蒙古右翼对明朝俯首称臣,双方之间开始了正常的政治交往和经济贸易,使得明朝的西北边境得到了较长时间的安宁。与此同时,明朝政府在“隆庆和议”之后,根据漠南蒙古势力左、右翼格局的形成,从战略上考虑对蒙古左翼实行了“拒贡”政策。这一政策措施,使得蒙古左翼对明朝辽东(今东北辽宁一带)边境地区的入侵袭扰加剧,明朝政府于万历年间开始逐步改变对蒙古左翼的“拒贡”政策,并以变通的方式与之实现了互市贸易,同时对蒙古右翼的政策进行战略性微调,以期进一步巩固与蒙古右翼的贸易关系。1624年,蒙古科尔沁部首先成为后金的藩属。1636年,皇太极征服了察哈尔部并改国号为清。而后清朝降服了蒙古各部,平定了准噶尔部叛乱。1771年,渥巴锡率土尔扈特部内附,此时蒙古除布里雅特、卡尔梅克等由俄罗斯统治外,其余各部均纳入清朝版图。其中,1660年库伦活佛作出的归附清朝,不归附沙皇俄国的政策,影响蒙古政治格局数百年。1733年,漠北蒙古(今蒙古国)由乌里雅苏台将军管辖,为省级行政区,也就是外蒙古。1761年,置库伦办事大臣,土谢图汗部与车臣汗部民政事务改由库伦办事大臣管理;同年,置科布多参赞大臣管理科布多地方。此后乌里雅苏台将军仍监管赛音诺颜部、札萨克图汗部二部民事与唐努乌梁海事务,并统辖喀尔喀四部、唐努乌梁海与科布多各路蒙古兵。