2009年3月,《科学时报》刊文称,这是一场“以双学位之名尴尬突进”的“第二学士学位教育”。这篇文章区分了“双学位”与“第二学士学位”的不同:前者,是由高校“设计一组较少的课程(比辅修课程多些),供在校本科生在主修专业之外修读”;后者,指的是“学生毕业后再开始另外专业课程的学习”。因为2012年福建省地方省考只承认国家教育部认证的“第二学士学位”而引发争论,在2013年11月14日,福建省教育厅对“辅修二学位”进行了规范。要求有关高校不得将“辅修专业教育”(即辅修二学位)当作双专业、双学位教育或“第二学士学位”教育进行招生宣传。福建省教育厅表示,各高校可按规定设置辅修专业,并颁发辅修专业证书及辅修学位证书。获得这两种证书的学生名单,可在省教育厅网站的“福建省高校《辅修专业证书》信息查询”栏目查询。由于此前操作不规范,不少高校的辅修专业(学位)证书,是以“双学士学位证书”等名目出现。实际上,辅修学位和双学位、第二学士学位是完全不同的概念。对于待遇问题,第二学士学位由教育部明确规定按照研究生班待遇,但双学位的待遇,各省市又各有不同:福建省五部门下发意见【闽教高〔2009〕9号】力挺双学位:“获得“双学位”的大学本科毕业生,可享受未获得硕士学位研究生工资待遇。”重庆市人事局公开信箱【渝人社信箱3417】则明确表示双学位没有第二学士学位一样的工资待遇:"学制六年及以上的本科毕业生,在试用期和试用期满后分别执行获得双学士学位本科毕业生试用期和试用期满后的工资待遇。其中,双学士学位毕业生是指大学本科毕业获得一个学士学位后,再攻读列入国家第二学士学位招生计划的第二学士学位且获得第二学士学位的本科毕业生,而不是指在一个大学本科期间获得两个学士学位的本科毕业生,或仅获得两个学士学位的本科毕业生。”