台风南玛都最早是于2004年11月27日22时,由澎贝岛(Pohnpei)西南偏南方155浬处的雷暴雨丛发展起来的。11月28日18时,在雅蒲岛东南偏东方约690浬处再进一步发展成热带低气压30W。11月29日0时联合台风警报中心(JTWC)和日本气象厅(JMA)分别对其升格为热带风暴,并被命名为南玛都,当时它正在副热带高压脊以南向西移动。南玛都其后继续增强,11月29日12时,在通过萨塔瓦尔岛(Satawal)南部以后到达台风的强度,其路径也转向西北偏西。11月30日8时,南玛都通过了雅蒲岛北部,带来了强大的阵风。12月2日0时,南玛都在菲律宾首都马尼拉东方约220浬处,增强为一个JTWC分级下的超级台风,其强度到达了其生命周期的颠峰130kts(节,亦即浬/小时),换算大约是每小时150英里(约240公里)的强风。其后,南玛都很快地接近吕宋岛的陆地,同时整个系统也开始减弱,并被降格为台风。12月2日12时,登陆吕宋岛。路径此时已转向西北的南玛都以约6个小时的时间横越吕宋岛,于12月2日18时再度入海,在被主短波槽吸引之前,西北向的路径使得南玛都进入了副热带高压脊的弱点。12月3日间,南玛都的强度在其路径转为北向后,减弱趋势更加明显,12月3日12时,中心到达台湾高雄西南方210浬处,12月3日18时,联合台风警报中心对其发出最后警报,日本气象厅仍继续发布定时报告。南玛都的云团在其路径转为东北偏东而横越南台湾后,也变得愈来愈不对称,日本气象厅最后在12月4日6时中止发报。南玛都登陆南台湾,也成为过去108年以来,首个于12月份登陆台湾的热带气旋(台湾的台风记录始自1897年)。