秦置淮阴县,属东海郡。西汉属临淮郡。东汉至西晋属广陵郡。南朝宋侨立兖州,南齐名北兖州,置东平郡。梁太清三年(549年)入东魏,改北兖州为淮州,又改东平郡为淮阴郡。隋开皇初改淮州为楚州,大业初省淮阴县入山阳县。唐复置淮阴县。南宋咸淳九年(1273年)置清河县。元至元二十年(1283年),又并淮阴县入山阳县。明永乐十三年(1415年)陈宣重浚宋故沙河,改名清江浦,并建清江闸,清江浦镇由此兴起(今淮安市区)。清河县曾多次迁治,清乾隆二十五年(1760年)清河县迁治清江浦镇,属淮安府。1912年废府留清河县,1914年改称淮阴县。1914—1921年为淮扬道治。1927年直属江苏省。1937年江苏省政府迁此,1939年被日军侵占。1945年第一次解放淮阴,建清江市,为苏皖边区人民政府驻地。1948年第二次解放,成立两淮市,旋废,复称淮阴县,属淮阴专区(驻沭阳县)。1949年属苏北行署区。1951年复建清江市。1952年专区移驻于此。1954年清江市改省辖(地级)。1958年清江市和淮阴县合并称淮阴市。1964年市、县分置,仍名清江市。1970年为淮阴地区行政公署驻地。1983年升淮阴市(地级),原淮阴地区所属淮阴、宿迁、涟水、泗阳、沭阳、淮安、泗洪、洪泽、盱眙、金湖、灌南等县划入。1987年宿迁、淮安二县改市。1996年宿迁市升设地级市,沭阳、泗阳、泗洪三县划归宿迁市;灌南县划归连云港市。2000年原淮阴市改名淮安市,原县级淮安市改置楚州区。