学校现有人文学院、外文学院、新闻学院、法学院、经济学院、管理学院、技术科学与工程学院、生命科学学院、上海医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、信息科学与工程学院、国际关系与公共事务学院、 社会发展与公共政策学院、数学科学学院和软件学院等17个学院(含66个系)和物理学系、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系等4个系,68个学士学位专业,一级学科博士学位授权点22个,二级学科博士学位授权点135个(其中自设24个),硕士学位授权点209个(其中自设38个),并设有25个博士后科研流动站。
学校学科门类齐全,现有马克思主义哲学、外国哲学、政治经济学、世界经济、金融学、产业经济学、政治学理论、国际关系、中国古代文学、汉语言文字学、传播学、历史地理学、基础数学、应用数学、运筹学与控制论、理论物理、凝聚态物理、光学、物理化学、高分子化学与物理、生态学、神经生物学、遗传学、生理学、电路与系统、微电子学与固体电子学、人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、病理学与病理生理学、内科学(心血管病、肾病、传染病)、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学(普外科、骨外科、泌尿外科、神经外科)、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、中西医结合基础、中西医结合临床、社会医学与卫生事业管理等40个国家重点学科,居全国第三位。
学校现有中国语言文学研究所、中国社会主义市场经济研究中心、美国问题研究中心、历史地理研究所、人口研究所、世界经济研究所、金融研究院、数学研究所、现代物理研究所、遗传学研究所、上海市心血管病研究所、上海市放射医学研究所、肝癌研究所等81个研究机构,145个跨学科研究中心,有先进光子学材料与器件、专用集成电路与系统、应用表面物理、遗传工程、医学神经生物学等5个国家重点实验室。还有10个教育部重点实验室和 7个卫生部重点实验室,8个教育部人文社会科学重点研究基地。
学校现有各类学生近44,300余人, 其中博士生3,500人,硕士生7500余人,普通本专科生15700余人,外国留学生2,200余人,成人教育本专科生8400人,网络教育本专科生近7000人。
学校拥有一支高水平的师资队伍,现有专任教师与科研人员2,300余人,其中教授、副教授1,350余人,中国科学院、中国工程院院士29人,博士生导师746人,教育部“长江学者奖励计划”特聘教授40人、讲座教授1