在群岛的4、5、6、7号岛中,玩家会多次遇上宿敌小茂,但都不用战斗。最令人兴奋的是这里有野生的金银版神奇宝贝出现喔,另外岛上的训练家大部分都是使用金银版神奇宝贝,而且等级都相当高,所以要特别注意。
玩家坐船到4号岛后,在右上方(渡湖过去)有个山洞,里面是冰洞里可找到秘传机07爬上瀑布,途中有采破冰以及滑冰方式前进喔,之后走到最深处看见四天王之一的科拿与火箭队组织战斗,和她联手把火箭队对战打跑,然后乘船到6号岛,到达6号岛后,到最南边的遗迹,在点字遗迹前使用01居合斩打开秘道,进入秘道之后往前方的洞跳下去,接着跳上方的洞、接着跳左边的洞、然后接着跳右边的洞、跳下面的洞就可以发现蓝宝石,但是却被一位奇怪科学家抢走了,然后到5号岛右下方的火箭队基地就能进入了。在火箭队基地里经过一番战斗终于找到刚才偷走蓝宝石的博士,战胜他后可拿回蓝宝石,现在回去和1号岛的神奇宝贝中心,和在神奇宝贝中心机器前的男士说话,便可进行蓝宝石/红宝石的对战与传输了,接下来就能去华蓝市左方的洞窟去捕捉超梦喔,除了洞窟内的地形非常复杂,需要花点功夫熟习路线以外,超梦更是难收服,大家要有耐心喔。回到5号岛,使用冲浪到东北方的不归洞穴,要在里面找到一位少女,这个洞穴非常神奇,如果玩家不依序特定的顺序走,永远都会回到原点,因此,用以下的方式走可得到四样道具及找回该名少女,以登山男子为该层为起点--