之所以不用解旋酶是因为难以控制。
解旋酶一般只能打开很短一部分的DNA双螺旋,在具体PCR操作的时候无法控制其具体在什么时间打开那一段DNA,更无法控制其具体能作用多少时间。详细一点说,我们没有办法知道DNA解旋酶打开的是模板DNA与引物结合的部分,还是不结合的部分,还是干脆分开了和模板结合的引物;我们也不能保证DNA解旋酶解开DNA的那段时间足够长以便让引物和模板结合,而且引物和模板结合后,解旋酶还能立刻移开以免阻碍DNA合成酶的前进;我们更没法让DNA在复制的过程中,DNA解旋酶一直走在复制叉的前方来帮助DNA复制等等。有很多不可控的因素使得我们现阶段不可能在体外让DNA解旋酶按照我们希望的模式来工作。
在细胞内,解旋酶需要DNA复制复合物(下图)的帮助才可以精密地调节DNA的复制,在体外实验中,每多引入一种蛋白质就会让实验体系更加复杂、更加难以控制、更加高成本,所以DNA变性的工作就都交给高温了。