追溯学校前身是1941年创办的南京特别市立第一职业中学。1945年抗日战争胜利后,学校由国民党政府接管,校名改为南京市立第一职业学校。1947年夏,学校进行了重大调整。原学校商农两科分别独立成立两所学校,农科分出成立南京市立农业职业学校(即现在南京森林警察学院前身)。1948年校址迁移至燕子矶‘商科停止了招初商科,改名为南京市立商业职业学校(现南京铁道职业技术学院前身)。1949年南京解放,南京市军管会接管了南京市立农业职业学校。1950年秋,巴斗山因国防建设需要,学校校址由笆斗山暂迁南京晓庄师范。1951年6月,华东军政委员会将设在上海的华东农林干部训练班与南京农业学校合并成立华东农林干部学校,由华东农林部接管。1953年5月,因大行政区机构调整,江苏省农林厅接管华东农林干校,并将第三部即中等技术学校与宜兴农校的林科班合并,成立江苏省农林技术学校。1953年8月,经江苏省人民政府批准,江苏省农林技术学校正式更名为江苏省南京林业学校。1954年10月,学校改属林业部领导,更名为南京林业学校。1953—1957年,学校将学制由3年制改为4年制;调整专业设置,以林业专业为主,先后设置了造林、森林经营等专业。1962年6月,学校被迫暂时停办,学生全部遣散回家。1963年初,林业部批准学校复办,直属林业部领导,并实行以部为主,与省双重领导的管理体制。1964年林业部在学校建立了林业部南京林业干部学校,与学校一套班子统一管理。1972年11月,江苏省革委会作出了“撤销南京林校的建制,并入南京林产工业学院”(现南京林业大学)的决定。1979年8月,林业部决定复办南京林校和南京林业干部学校。1983年3月,学校抽回了在南京林产工业学院工作的原林校教职工116人,其中教师55人,初步建立了一支教师队伍。1983年8月,学校恢复了中专招生。1983年10月,林业部成立了林业部中等专业教育研究中心,学校实行林校、干校和研究中心三位一体的管理体制。1993年,学校已成为全国40余所林业学校的牵头单位和部属重点学校。1994年9月,经中央编委批准,将南京林校改建为林业部南京人民警察学校。1998年,林业部改为国家林业局,学校更名为国家林业局南京人民警察学校。2000年3月,经教育部批准,在国家林业局南京人民警察学校的基础上建立南京森林公安高等专科学校。2001年,经国家发改委批准,在南京仙林大学城征地1000亩。仙林校区作为主校区,承担全日制普通教育的任务;花园路校区作为在职民警培训和继续教育的基地。2009年9月,经公安部批准,成立了国家林业局森林公安司法鉴定中心。2010年3月,经教育部批准,在南京森林公安高等专科学校基础上建立南京森林警察学院。2010年9月,经公安部批准,国家林业局森林公安司法鉴定中心正式成立,挂靠在学校。2011年3月,学校重新调整和增设了教学单位,设治安系、森林消防系、侦查系、刑事科学技术系、警务管理系、信息技术系、警务技战术系、思政部、教学实训基地和继续教育部。