扶余市因土质、地形、降水及气候条件的差异,大体可分为5个类型区,即东部黑土区、南部风沙区、中部盐碱土区、西北部黑钙土区和坎下草甸土区。土壤可分为九类,呈马蹄形分布,均宜农、宜林。其中黑土、黑钙土、草甸土、冲击土占80%,风沙土占18%,其它如 泥炭土、水稻土有零星分布。松花江、拉林河流经扶余市境段干流总长度324公里,境内有较大支流2条,较大湖泊14个,总水面243平方公里。扶余市多年平均入境水量为405亿立方米,地下潜水、半承压水、第三系承压水埋藏较为丰富。截至2012年,扶余市有耕地面积32万公顷。