春秋战国时,区境属巴国枳邑,曾一度属楚国枳邑。秦灭巴,置郡县,属巴郡枳县。汉,区境属巴郡枳县。两晋,分益州设梁州,市境属梁州巴郡枳县,成汉时属荆州巴郡枳县。东晋时,巴郡改属梁州,区境复属梁州巴郡枳县。刘宋,改巴郡属益州,区境属益州巴郡枳县。南齐,置巴州,区境改属巴州巴郡枳县。南梁,改巴州为楚州,区境属楚州巴郡枳县。西魏,改楚州置巴州,区境复属巴州巴郡枳县。北周,复改巴州为楚州,仍置巴郡,区境复属楚州巴郡枳县。明帝武成三年(561年),省枳县入巴县,区境属楚州巴郡巴县。隋,区境属渝州巴县。唐贞观十一年(637年),析巴县置隆化县,以城西永隆山得名,治今隆化镇,隶山南道涪州,延续至五代十国时期。先天元年(712年)避唐玄宗李隆基讳,改名为宾化县。北宋仁宗祐皇五年(1053年),改宾化县为宾化砦,隶夔州涪州。熙宁三年(1070年),复名隆化县。熙宁八年(1075年),置南平军,以渝州南川县(治今綦江县古南镇北岸)、涪州隆化县隶夔州路南平军。南宋嘉熙三年(1239年),南平军治迁隆化县(废古南川县),隶属未变,直到南宋末。元至元十六年(1279年),立四川南道宣慰司,十八年置四川行中书省,二十二年(1285年)废南平军,以南江在綦,而其一源出自南川,遂改隆化县为南川县。至正二十三年(1363年),明玉珍称帝,国号夏,历时9年,南川县属大夏国。明洪武九年(1376年),改行中书省为承宣布政使司,南川县隶四川布政使司重庆府。清顺治三年(1646年),改布政使司为省,南川县隶四川省重庆府。嘉庆七年(1802年),设道辖府,南川县隶四川省川东道重庆府。民国元年(1912年),南川县隶四川军政府;二年(1913年),隶四川省川东道重庆府;三年(1914年),隶四川省东川道重庆府;十七年(1928年),废道,隶四川省重庆府;二十四年(1935年),隶四川省第八行政督察区(治酉阳县)。1950年,南川县隶川东行署涪陵专区,1952年,复行省制,设涪陵专区,隶四川省涪陵专区。1968年,改专区为地区,隶四川省涪陵地区。1994年4月5日,撤销南川县,设立南川市(县级),以原南川县的行政区域为南川市的行政区域。1996年3月,涪陵地区行署建地级市,南川市隶四川省涪陵市。1997年3月14日,成立重庆直辖市。是年12月,经中共中央、国务院办公厅批准,南川隶重庆市。2006年10月22日,撤销南川市,设立南川区。1992年,南川县撤区并乡建镇。1996年,南川市面积2601.9平方千米,人口约62.6万人。