根据中国国家地理杂志《冰川冻土》资料:喀纳斯河流域位于阿尔泰山主峰——友谊峰、奎屯峰南坡,流域周围山体呈阶梯层状断块山,由于第四纪初期以来的冰川强烈刻蚀作用,角峰、刃脊、古冰斗、U形谷、悬谷、冰碛垄、冰碛湖及融冻泥流阶地非常发育。从古冰川地貌可以分辨出这里曾出现过较明显的三次冰期,喀纳斯湖是经第二次大冰期的巨大复合山谷冰川掘蚀而形成,当时冰川长数千米以上,冰川厚度约200-500米,冰舌末端稳定在湖口,并处于平衡状态,逐渐在喀纳斯湖口堆积了宽约1千米、高50-70米的由多道岗洼地组合而成的终碛垄,最外一道高约20米,呈弧形外凸的垄岗,内侧一道以斜坡与湖面衔接。终碛垄起伏不平,由粗细不同的冰碛块石、砂与粘土等混合物质组成。后期因气候转暖,冰川迅速退缩,形成了现在的喀纳斯湖。