莫扎特是奥地利历史上第一个有勇气和决心摆脱宫廷和教会,维护个人尊严的作曲家。但是以后他虽然名义上是一位自由作曲家,实际上仍然无力抗争封建社会对他的压迫。生活的磨难对他的思想和创作产生了深刻的影响,在维也纳的10年,成为他创作中最重要的10年。1781年,他和大主教决裂后,写出了著名的歌剧《后宫诱逃》。该剧于1782年7月首演,获得很大成功。1782年,他在没有征得父亲的同意的情况下,同一位曼海姆音乐家的女儿康施坦丝·韦伯结了婚。莫扎特和当时正在维也纳的J海顿结下了深厚的友谊,他向海顿学习了四重奏和交响曲创作的经验,并写了6首弦乐四重奏赠送给海顿。1784年,他参加了“共济会”(也叫兄弟会,是拿破伦在埃及创建的,宣言自由平等,兄弟之爱),是维也纳第八支部的成员。他热心地参加了这个带有资产阶级启蒙思想色彩的秘密宗教团体的活动,对它所宣扬的自由、平等、博爱的思想有强烈共鸣,并在这种思想的启示下写出了许多作品。
1785年,一度倒闭了的维也纳民族剧院恢复,莫扎特有了从事歌剧创作的机会。他写了一部滑稽戏《剧院经理》(1786年演出)。1786年完成并上演了《费加罗的婚礼》,该剧的影响很大,甚至在布拉格也家喻户晓。1787年《唐璜》完成并得到演出。在维也纳,莫扎特发现了J.S.巴赫的作品。他对巴赫的复调技法进行了深入的学习和研究。这对他后期的创作起了重要影响。
1789年4月,贫困中的莫扎特,由他的学生卡尔·利希诺夫斯基公爵带领,到柏林,德累斯顿,莱比锡等地演出。虽然轰动一时,却未能解脱他的经济困境。1790年1月,他的歌剧《女人心》上演。2月,皇帝去世,莫扎特向继任皇帝利奥波德二世请求接任宫廷乐长L.霍夫曼的职位,得到同意,但未实现。1791年,他写了歌剧《蒂托的仁慈》,未获成功。同年9月写了最后一部歌剧《魔笛》,并在重病中写作大型宗教音乐作品《安魂曲》,其中由于病入膏肓,甚至部分由人代笔创作,终未能全部完成,便与世长辞了。死后被葬在维也纳贫民公墓的一个不知名的地方,享年35岁。