明朝实行一省分置都、布、按三司的制度,原为防止地方权力集中,不过在实际使用中体现出一定的不便。所以到宣德以后,开始派部(六部)、院(都察院)大臣以总督和巡抚的名义督抚地方行政,景泰朝之后基本成为各省常制,凌驾于“三司”之上成为一省甚至跨省的最高长官。还有同时兼任巡抚与总督的情况,称督抚。此外,还有以监察御史为巡按,任监察之职。巡抚主理民政,原本是明宣宗时期派六部、都察院大臣以此为名义督抚地方行政,到明代宗时正式形成一级行政区。而巡抚与布政司的辖属关系不一。有的是一个布政司上面有数个巡抚,如北直隶有顺天巡抚(驻遵化)、保定巡抚(驻真定,今河北正定)、宣府巡抚(驻宣府镇,今河北宣化,一度兼领山西大同府)三巡抚;南直隶有两巡抚:应天巡抚(驻苏州府,今江苏苏州)、凤阳巡抚(驻淮安府,今江苏淮安楚州)。总督主要署理军务,分短期与长期两种。与只掌握一省行政事务的巡抚不同,总督兼管数省,同时在政务之外也兼掌军务。此外也有河道总督、漕运总督等专管某项政务的总督官职。巡抚和总督制度在明朝是约定俗成逐渐发展起来的,至今历史学界甚至仍有对于其起源和发展等有一些争议,不过这一制度在之后的清朝被正式保留并大大发展,成为标准建制。