1999年9月,三明师范高等专科学校、三明职业大学、三明师范学校合并组建三明高等专科学校。2000年10月15日,三明高等专科学校正式挂牌成立。2003年2月,经教育部发展规划司同意开始筹建三明学院。2004年5月18日,教育部批复福建省人民政府同意三明高等专科学校升格为三明学院。6月28日,三明学院正式挂牌成立。2012年6月,通过教育部本科教学工作合格评估。2018年1月,学校新增为福建省2018-2020年硕士学位授予培育单位立项建设单位。“十一五”期间获科研课题212项,其中教育部社科基金1项,到位科研经费年均增长达到105%,教师出版著作10部,获授权专利9项,其中发明专利5项。科研成果通过鉴定6项,获奖78项,其中2项产学研项目获教育部科技发展中心表彰。2013年,三明学院共有8个项目获得省科技厅立项,共获得资助经费96.5万元。其中福建省自然科学基金3项(13万元)、福建省重点项目3项(30万元)、福建省高校产学合作科技重大项目1项(50万元),福建省软科学项目1项(3.5万元)。7个项目获省社会科学规划项目立项,共计经费9.5万元。国家自然科学基金项目2项,资助经费共50万元。在福建省教育评估研究中心公布的2012年度福建省普通高等学校内涵建设主要评价指标(一般本科高校)中,学校获得了“科研创新平台”列第一位;“年度科研成果转化(万元)”等列第二位;“年度省级以上科研成果奖”、“年度科研成果转化(项)”等列第三位;“年度横向科研经费”、“年度科研经费”等列第四位。近三年,获福建省科学技术奖5项,国家自然科学基金项目、国家哲学社会科学规划项目9项,授权专利数达269件。