海协会成立后的工作重点主要有4项:一、逐步建立和发展与台湾岛内外民间团体、人士的联系与相互合作,发挥民间力量,共同促进两岸的直接“三通”和双向交流。根据国台办的授权,协会将负责与台湾海峡交流基金会有关团体进行联系,处理相关问题。二、就合作打击台湾海峡海上走私、抢劫等问题与台湾授权团体海基会具体商谈。三、协会如受到委托,也将协同有关方面与台湾授权团体或人士就处理台湾海峡海上渔事纠纷和违反有关规定进入对方地区之居民及相关问题进行商谈。四、协会将积极为台湾岛内外各团体、各界人士提供有关祖国大陆投资、贸易和其他交流活动的政策、法规等咨询和服务。同时也积极向祖国大陆有关方面和地方提供对台文化、学术、体育、科技交流等咨询。
两会成立后,充分发挥了沟通化解的桥梁作用。