永和末年,多发传染病。按旧例,朝中大臣之家有传染病,家中传染三人以上的,即使自身无病,百日内也不得进宫。此时,文武百官多称家有时疾而不入朝理事。王彪之又进言道:“瘟疫之年,没有哪一家不传染。如果因此就不入宫,那恐怕连近侍也无人充当,皇宫将会空无一人了。”朝廷听从了王彪之的进谏。等到简文驾崩,群臣犹豫不定,没有敢立下继承人。有人说,这件事应该当由大司马来决定。王彪之严肃地说:“国君驾崩,太子应当即位为君,大司马怎能有资格提出异议?如果事先在大司马的面前询问,那么一定会被责备的。”于是朝廷的议论才平息下来。等到孝武帝即位,太皇太后因为孝武帝年幼而下达命令,令桓温沿袭周公代替周成王摄政的旧例。命令已经公布,王彪之说:“这些不同寻常的违背天命的事,大司马一定要再三辞让,如果导致政务停顿,耽误先帝陵墓的修筑,我不敢遵奉命令,谨将诏书密封归还。”于是事情也就没能实行。王彪之被加封为光禄大夫、仪同三司,没有正式任命。病重后,皇帝派黄门侍郎探病问候,赐钱三十万给他治病。太元二年去世,享年七十三岁。就赠以光禄的官职,谥号是简。