设有经济学院、国际经贸学院、金融学院、财政与税务学院、会计学院、工商管理学院、营销与物流管理学院、管理科学与工程学院、法学院、食品科学与工程学院、信息工程学院、马克思主义学院、公共管理学院、新闻学院、外国语学院、艺术设计学院、应用数学学院、体育部等18个教学院系(部),1个公有民办二级学院南京财经大学红山学院。设有38个本科专业和会计、烹饪工艺等专科专业。院系专业经济学院经济学(基地班)经济统计学国际经贸学院国际经济与贸易贸易经济电子商务金融学院金融学金融工程保险学信用管理投资学(筹)财政与税务学院财政学税收学会计学院会计学财务管理审计学资产评估工商管理学院工商管理人力资源管理旅游管理营销与物流管理学院　物流管理市场营销广告学公共管理学院劳动与社会保障公共事业管理房地产开发与经营管理科学与工程学院质量管理工程管理科学工业工程法学院法学社会工作食品科学与工程学院食品科学与工程食品质量与安全粮食工程生物工程应用化学信息工程学院计算机科学与技术信息管理新闻学院新闻学(经济新闻方向)外国语学院英语法语艺术设计学院环境设计视觉传达设计动画应用数学学院数学与应用数学金融数学马克思主义学院体育部继续教育学院国际学院红山学院