一直到了90年代初,高峰及汉(Hahn)等人在进行非洲边远地区HIV-2的流行研究中,为艾滋病毒的起源提供了较直接的线索,进而证明B型艾滋病毒起源于猴艾滋病毒。该研究的最重要的发现是从一名HIV-2健康携带者身上分离到一株同猴免疫缺陷病SIVsm和 SIVmac相类似的病毒(HIV-2/FO784)。在进化分析中,由于FO784同SIVsm/mac的高度同源性,它们相互间在进化树上已不能被区分开,强烈地提示人类艾滋病毒起源于猴免疫缺陷病毒。这不但为后来的类似实验所证实,同时大量的流行病学结果也支持这一结论。首先,大约有 30%的野生佛罗里达长尾猴感染有SIVsm。大比例的野生猴携带有SIV,直接地证明了佛罗里达长尾猴为SIVsm的自然宿主。第二,SIVsm和 HIV-2共同流行于非洲西部的几个国家的同一地理区域内。并且共同生活在西非的人和佛罗里达长尾猴有着密切的接触,例如人们常猎取佛罗里达长尾猴作为宠物或食品。第三,感染有SIVsm的佛罗里达长尾猴并不产生任何临床症状,可是当把SIVsm接种到恒河猴时,则产生类似于人类的免疫缺陷综合征。所有这一切说明SIVsm同佛罗里达长尾猴已形成一种共生关系,即佛罗里达长尾猴已成为SIVsm的自然宿主,并且已不再因为SIVsm的感染而产生任何临床症状。可是当SIVsm感染一个新的宿主时则引起在其自然宿主所没有的临床表现。同SIVsm感染恒河猴一样,当SIVsm感染到新的宿主人时,则在感染者产生免疫缺陷综合征。因此人类免疫缺陷综合征实际上是一种动物传染病,即一种在自然状态下由动物传染到人的疾病。当然最完善的证明应是获得直接SIVsm从佛罗里达长尾猴传播到人的大量流行病学和遗传学证据。然而在得到这一资料是几乎不可能的前提下,从人类分离到SIV类似病毒,为HIV起源于猴艾滋病毒提供了最有说服力的证据。HIV—2的D亚型和E亚型同其相应的SIV密切相关,并且在进化分析中同相应SIV形成同一组群,而不能将其同SIV区分开来。这说明至少D和E是通过二次独立的从猴到人的传播造成的。2012年已发现至少5种不同的 HIV—2亚型,提示这种在不同种属间的传播对HIV—2来讲可能至少发生了5次。不久前,在一次意外事件中,一名实验人员由于没有严格遵守实验操作条例而感染了SIV。在随后2年多的追踪调查中,从该实验人员体内成功地检测到病毒和相应抗体,表明该实验人员已被SIV所感染。该意外事件直接地证明了免疫缺陷病毒从猴类传播到人类的可能性。通过上述的研究,对HIV-2的起源有了比较明确的结论。可是对HIV—l的起源问题曾一直是一个未解的迷。虽然说人们普遍认为HIV-l同HIV-2一样起源于相类似的猴病毒,可是一直缺少明确的证据。尽管已在黑猩猩体内成功地分离到一种类似于人类HIV-l的病毒(SIVcpz),可是二者之间的遗传物质差异很大。同HIV-2和SIVsm/mac的关系不一样,在遗传进化的分析中 HIV-l并不同任何SIVcpz形成密切相关的群。另外在自然状态下,黑猩猩的感染率十分的低。几百只被筛选的黑猩猩中仅发现有四只黑猩猩为血清学阳性,这远低于SIVsm的自然感染率。人们对HIV-l的起源存在着二种看法:一种看法认为人类的艾滋病毒起源于SIVcpz,只是还没有采集到同 HIV—l密切相关的 SIVcpz样品。然而由于黑猩猩的自然感染率非常低,这种可能性不大。另外一种看法认为人类和黑猩猩的艾滋病毒享有共同的传染源,然而,最新的实验结果表明,人类艾滋病I型病毒事实上是起源于非洲的黑猩猩。通过对黑猩猩宿主线粒体的及其所感染的SIV病毒基因序列的分析,该研究证明生活在非洲的四类黑猩猩中,有两类被其相应的SIV所感染。而当今所有流行的 HlV-l仅起源于其中一类生活在中西非国家的黑猩猩,同时2009年7月科学家发现艾滋病毒可使黑猩猩大量死亡。