什么是基因功能注释? 基因功能注释的工具基因功能注释的工具 核酸和蛋白数据库核酸和蛋白数据库 蛋白功能分类系统蛋白功能分类系统 上机练习上机练习 蛋白和核酸数据库蛋白和核酸数据库 常用的序列数据库常用的序列数据库 Nt - nucleotide collection The nucleotide collection consists of GenBank+ EMBL+ DDBJ+ PDB+RefSeq sequences. Nr - non-redundant protein sequences All non-redundant GenBank CDS translations+PDB +SwissProt + PIR+PRF. UniProtKB/Swiss-Prot UniProtKB/Swiss-Prot is the manually annotated and reviewed section of the UniProt Knowledgebase (UniProtKB). RefSeq - NCBI Reference Sequence Database A comprehensive, integrated, non-redundant, well-annotated set of sequences, including genomic DNA, transcripts, and proteins. 有文献支持基因功能,结构等都整合进来了 常用的序列数据库(续)常用的序列数据库(续) PDB - Protein Data Bank An Information Portal to Biological Macromolecular Structures. PIR - Protein Information Resources PIR is an integrated public bioinformatics resource to support genomic, proteomic and systems biology research and scientific studies . UniProt - UniProtKB, UniRef, UniParc The Universal Protein Resource (UniProt) provides the scientific community with a single, centralized, authoritative resource for protein sequences and functional information. UniRef Sequence clusters, used to speed up sequence similarity searches. UniRef100, UniRef90, UniRef50. 蛋白三维结构 一些模式物种的数据库一些模式物种的数据库 拟南芥模式数据库 FTP下载下载 主要内容主要内容 什么是基因功能注释?什么是基因功能注释? 基因功能注释的工具基因功能注释的工具 核酸和蛋白数据库核酸和蛋白数据库 蛋白功能分类系统蛋白功能分类系统 上机练习上机练习 序列序列 -> 功能功能 从生物学角度解释基因的作用 Gene ontology:基因本位 Protein family:Pfam、PROSITE、TIGRFAMs、PANTHER Pathway:KEGG pathway、Reactome、Biocarta Ortholog:COG/KOG、eggNOG Protein Domain Family Pfam