1986年秋,学校在管理体制上,突破传统的管理模式,探索实行校长领导下的年级主任负责制。“年级主任负责制”在当时的学校管理中是一个新事物。《市三中实行年级主任负责制的规定》,明确规定“年级是学校的一级管理机构,年级主任负责该年级的教育教学工作,直接对校长负责”。学校授予年级主任对年级的行政管理权、教学组织权、人事管理权、部分财经权,并明确年级主任属学校中层干部。使年级在管理上能根据校长的工作意图和学校的教育计划,相对独立地去开展各项工作,完成年级所应承担的教育教学任务。这一管理体制的建立,使学校管理重心下移,权力下放,教育教学的管理更加深入落实,有力地促进了教育教学质量的提高。市三中年级主任负责制的管理经验在攀枝花市及周边地区乃至省内外都产生了较大的影响。不少学校到市三中考察学习,并纷纷借鉴移植了市三中这一新的管理模式。在德育改革研究方面,学校根据学生德育工作的实际,推行德育学分制,制订出“德育学分三十条”,并编印了《德育学分手册》对学生的操行品德进行考核记载,量化评分,使学生德育评价标准化、计量化,提高了评价的科学性、可操作性。这一德育改革成果在全国产生良好影响,市三中教师因此而被邀请至北京师范大学做报告。1986年王文君校长代表市三中参加在青岛召开的首届全国高级中学校长委员会。并被选为副理事长,使市三跻身子全国知名中学的行列。1989年学校成立学科委员会,以加强各学科教学的管理与研究。