个人所得税要扣除劳动者社保、公积金个人缴纳部分后,减去3500元计算。如果劳动者社保、公积金个人缴纳1000元,应纳税所得额=6000-1000-3500=1500元,个人所得税45元,实发工资为4955元。
根据《个人所得税法》
第三条　个人所得税的税率:
一、工资、薪金所得,适用超额累进税率,税率为百分之三至百分之四十五(税率表附后)。
第四条　下列各项个人所得,免纳个人所得税:
一、省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位,以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金;
二、国债和国家发行的金融债券利息;
三、按照国家统一规定发给的补贴、津贴;
四、福利费、抚恤金、救济金;
五、保险赔款;
六、军人的转业费、复员费;
七、按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、退休工资、离休工资、离休生活补助费;
八、依照我国有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得;
九、中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得;
十、经国务院财政部门批准免税的所得。
第六条　应纳税所得额的计算:
一、工资、薪金所得,以每月收入额减除费用三千五百元后的余额,为应纳税所得额。