巴伐利亚出自Bayuwaren,是罗马帝国统治该地时罗马人给予该地的名称。大约于520年法兰克人也提及 此名。在8世纪早期圣卜尼法斯完成将该地的人改信天主教。从此巴伐利亚一直相信罗马天主教,16-17 世纪巴伐利亚抗拒宗教改革,而且还仍然坚持相信罗马天主教。　　大约由550年至788年,阿芝诺芬家族统治巴伐利亚公国,直至最后一位公爵泰西罗三世被查理大帝罢黜为止。在接着的400年有很多家族统治公国,很少家族能传至第三代。而那些公爵中最后亦是最重要的一位,就是韦尔夫王朝的狮子亨利,亦是慕尼黑的建城者。　　当狮子亨利被他侄子腓特烈一世罢免萨克森与巴伐利亚公爵的名衔之后,在1180年,巴伐利亚被给予维特尔斯巴赫家族作为封地,从此巴伐利亚由1180年直至1918年都是在维特尔斯巴赫家族统治下。1255年巴伐利亚第一次分裂成若干数个公国,但在1506年巴伐利亚再被统一,而慕尼黑也成为唯一的首都。1623年三十年战争早期巴伐利亚公爵取代了他们的表亲普法尔茨公爵获得了神圣罗马帝国内强大的选帝侯名衔,从那时起不但决定了巴伐利亚拥有选举德意志国王和神圣罗马帝国皇帝的权利,而且获得在帝国法律之下的特别正式地位。　　当拿破仑撤销帝国名号的时候,巴伐利亚于1806年成为了一个王国,而在1815年普法尔茨也与巴伐 利亚合并。