1、正确探查内口　寻找内口的操作与挂线疗法相同,探得内口后,将探针拉出肛门外,如瘘管弯曲或有分支,探针不能探入内口,则由外口注入1%美蓝色素溶液少许,以确定内口部位,再由外口以有槽探针探查,将管道逐步切开,探查,直至探到内口为止。如仔细探查仍不能找到内口,可将疑有病变的肛窦作为内口处理。2、切开瘘管并充分切除边缘组织　切开瘘管的全部表浅组织,由外口到内口及相应的肛管括约肌纤维。瘘管切开后应检查有无支管,如发现也应切开。瘘管全部切开后即将腐烂肉芽组织搔刮干净,一般不需要将整个瘘管切除,以免创面过大。最后修剪伤口边缘,使伤口呈底小口大的“V”字形,便于伤口深部先行愈合。3、肛管括约肌切断　术中应仔细摸清探针位置与肛管直肠环的关系,如探针在肛管直肠环下方进入,虽全部切开瘘管及大部外括约肌及相应内括约肌,由于保存了耻骨直肠肌,不致引起肛门失禁,如探针在肛管直肠环上方进入直肠(如括约肌上肛瘘,括约肌外肛瘘),则不可做瘘管切开术,应做挂线疗法或挂线分期手术。第一期将环下方的瘘管切开或切除,环上方瘘管挂上粗丝浅,并扎紧。第二期手术俟大部分外部伤口愈合后,肛管直肠环已有粘连固定,再沿挂线处切开肛管直肠环。瘘管切开后,其后壁肉芽组织可用刮匙刮去,一般不必切除,以减少出血和避免损伤后壁的括约肌。切除瘘管组织应送病理检查。4、伤口处理　术后伤口的处理往往关系到手术的成败,关键在于保持伤口由基底部逐渐向表面愈合。每日更换敷料一次,最好在排便后进行,伤口内填充敷料逐渐减少,直到肛管内创口愈合为止。每隔数日做直肠指检可以扩张肛管,更可防止桥形粘连,避免假愈合。3、肛瘘切除术与切开术不同之处在于将瘘管全部切除直至健康组织。本法又适用于管道较纤维化的低位肛瘘。方法:先从瘘管外口注入1%美蓝,继用探针从外口轻轻插入,经内口穿出。用组织钳夹住外口的皮肤,切开瘘管外口周围的皮肤和皮下组织,再沿探针方向用电刀或剪刀剪除皮肤、皮下组织、染有美蓝的管壁、内口和瘘管周围的所有瘢痕组织,使创口完全敞开。仔细止血后,创口内填以碘仿纱条或凡士林纱布。4、肛瘘切除一期缝合本法始于Tuttle(1903),但未能推广,原因可能是,理论上不太充足;手术结果不满意;许多肛肠外科专家反对。至1949年,Starr又再次提出此法,并提出一些有效措施,效果较满意,才得以推广。