此一层中央共有6枝混合式壁柱,两侧以方尖柱代替壁柱。各柱间均以浅浮雕装饰,左边是智慧之树及一只七头龙,其上有一圣母,侧有中文“圣母踏龙头”字样,而右边对称位置上则是生命之泉及一只西式帆船,上有海星圣母。在柱组外边是一顶呈弧状之扶壁,右边是一骷髅及中文字“念死者无为罪”;左边则是一魔鬼浮雕,中文则是“鬼是诱人为恶”,此层最外侧两块墙身是由两条带有圆顶之方尖柱,左面墙身再现鸽子,下有一开启的门;而右面为被箭所穿之王冠,下方门闭锁,意即信仰而非权势才是天国之道。而墙侧则设有中国舞狮造型的开大口之狮子;作滴水之用。
第四层:由10支科林斯柱式及3个窗口组成,窗楣上有均有七朵玫瑰花浮雕装饰,中间窗口侧两柱间以棕榈树装饰,侧窗洞两边柱间对称设有壁龛,供奉4位铜制耶稣会圣人,这些铜像是澳门早年制炮工厂的出品。
第五层:牌坊最下层有3个入口并有10枝爱奥尼柱式支撑及装饰墙面,正门两侧各3枝,而侧门一边各2枝;正门上写有拉丁语“MATER DEI”(意思为天主之母)。侧门门楣上有耶稣会会徽“IHS”[12]的浮雕图案。
由于大三巴牌坊是澳门的地标性建筑之一,故政府会定期对牌坊进行检查和修复。最近一次修复工作时,为确保游客看到大三巴牌坊,当局仿效欧洲的做法并设计了一幅大型帆布,悬挂于工程排栅的最底层,帆布上印有大三巴牌坊底层的真实图案,方便游客拍照。此外,由于澳门的气候较为潮湿,随风飘扬的植物种子很容易便会停留在牌坊的石壁缝隙中生长成杂草,杂草的根会对牌坊结构构城损害,有鉴及此,当局也会定期派人除去杂草以回复牌坊的原貌。
此外,大三巴牌坊作为旅游热点,很多不同的活动如澳门国际音乐节的露天音乐会、艺穗巡游和澳门国际青年舞蹈节也会在这里及邻近的耶稣会纪念广场举行。而每逄哪吒诞,在大三巴牌坊的旁边更会竖立一座传统的中式牌坊,与大三巴牌坊本身构成一个强烈的中西对比。
澳门元5元硬币上有大三巴牌坊的图案。三巴的名字亦自2008年起用于太平洋热带气旋用名,以取代“珍珠”。