高烧39度一般情况是不会影响孩子大脑的。如果有发热的情况,一般还是考虑与感染因素有关系的,比如细菌病毒或者支原体的感染,如果是这种情况就需要及时的给孩子服用退烧的药物,并配合物理降温。比如多喝温水,使用温毛巾擦洗身体,尽快的到医院去做相关的检查,比如血常规的检查,初步的确定原因,然后根据检查的结果再添加其他的药物,对症治疗,尽快的改善孩子的症状。