内务府三旗的形成,是满族皇帝独掌三旗,并在八旗中确立起经济、军事、政治绝对优势的产物,同时,又保留着满族早期领主制的明显残余。内三旗与八旗并行不悖的存在,构成清代满族社会组织的一大特色。内务府三旗(booi ilan gusa)(ilan是三的意思, gusa是旗的意思)是包衣三旗,由原来上三旗的包衣组成,已经跟八旗直属机构脱离了关系,而直接隶属于皇家。内务府三旗设立护军、骁骑、前锋三营。护军营设立护军统领三人,兵丁共1065人,雍正时期增设圆明园内务府三旗护军,设参领三人,士卒共120人。圆明园护军营包括圆明园八旗护军营和圆明园内务府三旗护军营,以圆明园八旗护军营为主。内务府三旗护军营主要承担内廷和景山的宿卫、后妃、皇子居住的宫殿守卫、出行扈从,顺贞门是值守重点,雍正时,改由内务府护军营掌管,还设有救火的防范兵100人。骁骑营无统领,设参领15人,每旗5人,士卒5250人,主要配合护军营守卫西华门以北。前锋营的最高职务是前锋校委署前锋参领,每旗2人,士卒114人,都从护军营抽调,主要负责表演骑射。内务府护军、骁骑平日训练都由内务府都虞司掌管。至于亲王贝勒另有使唤的下五旗包衣,清朝入关后,有大量战争中俘虏的汉人也编入各王公八旗下,这些人也被称为随旗包衣。尽管清初将八旗和包衣三旗的女子都称为秀女,但挑选的方法和她们在宫中的地位也有所不同。八旗秀女,每三年挑选一次,由户部主持,可备皇后妃嫔之选,或者赐婚近支(即三代以内、血缘关系比较密切的)宗室。包衣三旗秀女,每年挑选一次,由内务府主持,其中虽然也有一些人最终被逐渐升为妃嫔,但承担后宫杂役的,都是内务府包衣之女。到了清代后期,包衣三旗的应选女子就不再称为秀女,而在挑选宫女时,就明确地说“引见包衣三旗使女”了。能够成为清廷后妃的,主要是八旗秀女。