十六国时代的统治的一个特色是胡汉分治,将汉人与胡人以不同的制度作统治。以汉赵(即前赵)为例,刘聪同时居皇帝(汉人的君主)和单于(胡人的首领),汉人以户为单位设官统治,而胡人以落(指以帐篷营生的单位)为单位,设不同系统的官员来统治。另一个统治特色是,以种族、部族为中心的政军结构。许多国家延续原本游牧社会中,以部族和血缘为中心的体制,国家仅是各部族之间的联盟,因此各部族领袖在军政上有较高的权力,皇帝的君权较不能如其他朝代那样直接透过官僚机构达成,也容易造成因宗室、部族领袖之间发生内讧而造成内战。前秦的苻坚和王猛即希望针对加以改革但尚未完全成功,后来北魏的拓跋圭将部落解散,设立新的统治机构,才逐渐减弱这种统治特色。许多五胡的君主如刘渊、苻坚等等皆深染中国文化,所以皆采用其文化如提倡儒术、禁止烝妻报嫂等等。九品中正制也继续使用,用来拔选世族(亦作士族)人才,使为己用。