又称总镇府是一处著名的历史文化遗址,它始建于明朝万历四年(公元1576年),后因大地震破坏,原貌大部分消失。县委县政府委托古建专家按明清风格重新设计复建,现成为南澳岛一处知名景点。总兵府作为历史文化景点有三大特点:一是资源的稀缺性。它是全国唯一的海岛总兵府。二是历史文化的内涵丰富。明、清二朝300多年间,有 173位正、副总兵赴任,民族英雄如刘永福也曾任南澳总兵官,郑成功曾在岛上举义旗,留下招兵树。三是对台关系意义深远。南澳总兵府自康熙二十四年起,负责闽粤二省及台湾、澎湖海防军务,成为台湾是中国不可分割一部分的重要历史见证。