加州大学伯克利分校所在的土地是1866年由私立的加利福尼亚学院(College of California)所买下的,但由于当年资金短缺,学院和州立的“农业、矿业和机械工艺学院”合并,并于1868年3月23日在加州奥克兰市成立了加利福尼亚大学(University of California),该大学也是加利福尼亚州第一所全日程的公立大学。学校于1869年9月开始招生,当时全校共有10个教职员工与40名学生。当时,作为加州大学理事的Frederick H. Billings提议,为了纪念18世纪伟大的哲学家乔治·贝克莱(George Berkeley;注:伯克利市的命名也是为了纪念这位伟人),在学校名字中加入“Berkeley”。因此,最初的加州大学也等价于“加州大学伯克利分校”(University of California, Berkeley),(注:“分校”是历史上遗留的翻译误区,一个“分校”等价于一所独立的大学)。1870年,学校创立者Henry Durant 任加州大学伯克利分校的第一任主席(President)。1873年,当北楼(North Hall)和南楼(South Hall) 完工后,学校正式迁入位于伯克利市的新址,新校区的第一届学生共有167名男性和222名女性学生组成。从1891年开始,加州富翁Phoebe Apperson Hearst女士不断地向伯克利进行捐赠,这使学校能够大量开展新的学科,添置新的教学设施。1905年,学校在伯克利东北部的萨克拉门托(Sacramento)附近设立“学校农场” (University Farm),之后从伯克利独立,成为加州大学另一个校区——加州大学戴维斯分校。20世纪30年代,美国教育委员会向2000名著名学者进行调查,结果伯克利以其“杰出的”和“适宜的”的学科建设而跻身美国一流学府之列——这是美国200余年来公立大学向东部常春藤大学发出的首次挑战。1942年,美国教育委员会评定伯克利所拥有的美国顶尖院系数量跃升为全美第二,仅次于哈佛大学。从1952年开始,加州大学开始以一个大学行政系统的身份从伯克利的校园分离、“主席(President)”与“校长(Chancellor)”分离。