慕士塔格峰是一座浑圆形的断块山,海拔7509米(登山界常说海拔7546米),地势高亢,气候寒冷。终年以固体降水为主,因此非常利于冰川的发育。围绕其主峰两侧发育了许多规模较大的山地冰川,呈放射状分布格局,数百平方公里冰体自7000米以上的山顶一直覆盖到5100、5500米的高度,成为特殊的峡谷式溢出山谷冰川。该区有现代冰川128条,冰川总面积377.21平方公里,其中冰川面积超过10平方公里的有8条,最大的冰川为位于主峰东侧的科克萨依冰川,面积可达86.5平方公里,为塔里木盆地的重要冰川作用区之一。该地气候与公格尔峰相似。由于有众多山系阻隔着印度洋、太平洋气流的进入,气候十分干燥,降水主要来自高空西风带气流和极地冷湿气流的相互作用。在海拔7500米左右的地方,平均气温在-20度,最低可达-40度,最大风力9-11级,通常风力在7级左右,天气频繁变化是这一地区的一大特点,即使在夏日,山上也可能风雪交加,气温可下降到-20度。