Gene Set Enrichment Analysis 基因富集分析
哈罗大家好!ヾ(≧≦*)o
年初在和老板研究 Identifying Cell Subpopulations 有关的课题,发现在发掘出 Characteristic Genes之后,有必要对这些基因做富集分析,来检测算法是否在正确的基因上对细胞进行分类。
奈何本程序猿没有系统学过生物有关的知识orz,因此只能慢慢整理和富集分析有关的知识,写成一份总结啦哈哈~这篇文章总结了一些博客和资料上有关基因富集分析的内容,大约描述了这是一个怎样的问题以及介绍了本地和在线富集分析的方式,如有错误内容,欢迎指正,谢谢,侵删。()
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Gene Set Enrichment Analysis 基因富集分析
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基因富集分析基本概念
基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法。
富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息,对基因进行分类的过程。基因经过分类后,能够帮助认知寻找到的基因是否具有某方面的共性(如功能、组成等等).
基因富集分析基本流程
1.首先通过生物学实验或计算机算法等手段,获取到一组基因,该组基因以基因列表、表达图谱、基因芯片等形式展示。
2.预先构建好基因注释数据库,如:GO、KEGG、MSigDB等。
3.通过特定的算法,根据基因注释数据库的知识, 对基因进行分类。
4.经过聚类后,去除冗余的结果,得到最终的基因富集结果。
基因富集分析的基本流程
基因注释数据库 Gene Anotation Database
功能基因组学的任务之一,是进行基因组功能注释 (genome annotation),通过功能注释能够帮助了解基因功能。认识基因与疾病之间的关系,掌握基因的产物和基因在声明活动中的作用等等。
在基因组范围内描