海岛奇兵中建筑主要分为三大类:经济类设施、支持类设施、防御类设施;此外,还有司令部、神像、原型防御设施和英雄小屋这些特殊的建筑。其中司令部是基地的神经中枢,升级司令部可以解锁新的建筑和兵种,如果玩家的司令部被摧毁,敌军将赢得战斗胜利,掠夺资源,如果玩家岛上的其他建筑被敌军摧毁,玩家的司令部也会相应受损。神像是一种特殊的建筑,可以加成部队和建筑的属性,还能增加各类资源的获得量和获得几率。原型防御设施则是一种有存在时间限制的防御类设施,与普通防御类设施的不同之处在于解锁条件和建造方式。每种原型防御武器都分为3个等级,各等级有效时间如下:I型 — 5天;II型 — 7天;III型 — 9天。原型防御武器一共有12种,每周只能建造其中的6种。