墨脱县位于雅鲁藏布江大拐弯下游,喜马拉雅山脉南麓,山高谷深,山峦起伏,地势险峻,森林广布,境内地面溪河与山川相呼应,呈树枝状分布,地貌类型复杂多样。墨脱县东、西、北三面环绕着高山,雅鲁藏布江自北向南穿过全境,形成向南开口的“马蹄形”地势,县北部为岗日嘎布山脉,西部和西北部属喜马拉雅山脉高山地段,南部为雅鲁藏布江河谷地段。最高地段位于南迦巴瓦峰和加拉白垒峰南脚处,海拔一般在4 000~5 000米左右,最高峰南迦巴瓦峰,海拔7 787米,参考基准为EGM96全球水准面模型(原地图注记为56黄海高程7 782米),山顶常年积雪,山势陡峭;最低地段为雅鲁藏布江出口处巴昔卡,海拔154米,平均海拔1 200米。由于高山冰雪融冻侵蚀和河流的切割,使墨脱县绝大部分山地的切割密度大,切割深度多在2 000米以上,有的甚至6 000多米,尤其是雅鲁藏布江大拐弯更形成了世界上最深最长的大峡谷。