1996年,经市政府批准,北京市第二十五中学在北京市率先开展实行民办公助整体改制试验,以吸收社会资金支持学校发展。1998年,学校在西总部胡同小学租设学生宿舍。2000年,学校在廊坊市东方大学城内设立寄宿制分部,并提出“断奶教育”的观念。2002年,建成现代化图书实验计算机大楼“民众楼”,坐落其中的图书馆被命名为东城区图书馆分馆,同年启动“伦敦英语”校本课程。2003年,学校成为全国首家获得ISO9001/ISO14001双标管理体系认证的学校。2004年,成立“少年CEO学院”,旨在对学生进行就业与创业教育,同年举行140周年校庆,印制校史《育英史鉴》。2005年,经北京市教委、加拿大政府正式批准的北京第二十五中学中加合作办学项目正式启动,学制为高中三年。2009年,学校由民办公助办学体制回归公办。2011年,被批准成为“国家级教育体制改革试验项目:开展高中特色发展试验项目学校”。2014年,“笃学楼”翻改建完成,同年举办建校150周年校庆活动。