印度尼西亚位于亚洲东南部,地跨赤道,与巴布亚新几内亚、东帝汶、马来西亚接壤,与泰国、新加坡、菲律宾、澳大利亚等国隔海相望。印度尼西亚地跨赤道(12°S~7°N),其70%以上领地位于南半球,因此是亚洲南半球最大的国家(东帝汶也是南半球国家)。经度跨越96°E到140°E,东西长度在5500千米以上。印尼是世界上最大的群岛国家,由太平洋和印度洋之间约17508个大小岛屿组成。陆地面积约190.4万平方千米,海洋面积约316.6万平方千米(不包括专属经济区)。北部的加里曼丹岛与马来西亚隔海相望,新几内亚岛与巴布亚新几内亚相连。东北部面临菲律宾,西南部是印度洋,东南与澳大利亚相望。海岸线总长54716千米。印尼岛屿分布较为分散,主要有加里曼丹岛、苏门答腊岛、伊里安岛、苏拉威西岛和爪哇岛。各岛内部多崎岖山地和丘陵,仅沿海有狭窄平原,并有浅海和珊瑚环绕。加里曼丹岛,山地从中部向西面伸展,沿海平原广阔,南部多沼泽。苏门答腊岛,山脉自西北向东南斜贯,山脉东北侧为丘陵和较宽的沿海冲积平原,平原东部多沼泽。苏拉威西岛,大多为山地,仅沿海有狭窄平原。爪哇岛,北部是平原,南部是熔岩高原和山地,山间多宽广的盆地。伊里安岛,西部高山横亘,有印尼最高峰和世界最高的岛屿山峰查亚峰,海拔5030米,南部平原较宽广。典型的热带雨林气候,年平均温度25~27℃,无四季分别。北部受北半球季风影响,7~9月降水量丰富,南部受南半球季风影响,12月、1月、2月降水量丰富,年降水量1600~2200毫米。印尼河流众多,水量丰沛,但都比较小。较大的河流有爪哇岛的梭罗河以及加里曼丹岛的巴里托河、卡普阿斯河、马哈坎河,其中梭罗河全长560公里。较大的湖泊有多巴湖、马宁焦湖、车卡拉湖、坦佩湖、托武帝湖、帕尼艾湖等,其中苏门答腊的多巴湖为印尼第一大湖。