心率变异性通常可以用来预测高血压、心肌梗死、心脏性猝死、冠心病、充血性心力衰竭、糖尿病、甲状腺功能异常、早产儿、婴儿猝死综合征、支气管哮喘、呼吸窘迫综合征、睡眠呼吸暂停综合征、更年期综合征、希恩综合征、帕金森病、肾功能不全、等疾病的风险。另外麻醉中HRV的分析能及时观察药物作用及麻醉意外的出现。