1996年,伊宁县面积6253平方千米,人口约35.6万人,其中维吾尔族占48.8%,辖2个镇、18个乡:吉里于孜镇、墩麻扎镇、达达木图乡、潘津乡、吐鲁番于孜乡、胡地亚于孜乡、萨地克于萨孜乡、莫洛托乎提于孜乡、曲鲁海乡、愉群翁回族乡、温亚尔乡、麻扎乡、喀什乡、萨木于孜乡、维吾尔玉其温乡、巴依托海乡、英塔木乡、阿热吾斯塘乡、喀拉亚尕奇乡、阿乌利亚乡。县政府驻吉里于孜镇。
2000年第五次人口普查,伊宁县常住总人口385829人,其中:吉里于孜镇24409人、墩麻扎镇11125人、愉群翁回族乡42117人、吐鲁番于孜乡20072人、喀拉亚奇乡11368人、潘津乡22285人、达达木图乡25534人、胡地亚于孜乡18449人、阿热吾斯塘乡17524人、英塔木乡21783人、巴依托海乡17473人、维吾尔玉其温乡15495人、萨木于孜乡18122人、喀什乡20179人、麻扎乡 9430人、温亚尔乡23094人、阿吾利亚乡12003人、曲鲁海乡10241人、莫洛托乎提于孜乡10015人、萨地克于孜乡5220人、青年农场7793人、多浪农场6656人、兵团拜什墩农场2877人、兵团七十团场虚拟乡9328人、新宁糖厂3237人。
2003年,伊宁县东临尼勒克、精河县,南隔伊犁河与察布查尔、巩留县隔河相望,西接伊宁市、霍城县,北靠库色木契克河与博乐、精河两县交界。东西最长116千米,南北宽95千米,总面积4486.05平方千米,总人口405051人。辖2镇16乡:吉里于孜镇、墩麻扎镇;吐鲁番于孜乡、胡地亚于孜乡、武功乡、萨地克于孜乡、曲鲁海乡、温亚尔乡、麻扎乡、喀什乡、萨木于孜乡、维吾尔玉其温乡、巴依托海乡、英塔木乡、阿热吾斯塘乡、喀拉亚尕奇乡、阿乌利亚乡、愉群翁回族乡。县政府驻吉里于孜镇。
2004年,将伊宁县达达木图乡、潘津乡整建制划入伊宁市管辖。调整后,伊宁县的行政区划面积减少100.45平方千米。
2010年第六次人口普查,伊宁县常住总人口372590人,其中:吉里于孜镇37238人,墩麻扎镇11932人,胡地于孜乡18537人,吐鲁番于孜乡13565人,喀拉亚尕奇乡11766人,武功乡8122人,萨地克于孜乡5229人,愉群翁回族乡46759人,阿热吾斯塘乡19986人,英塔木乡24761人,巴依托海乡19217人,维吾尔玉其温乡18669人,萨木