辖11个镇、18个乡:淮城镇、流均镇、板闸镇、朱桥镇、平桥镇、溪河镇、钦工镇、苏嘴镇、林集镇、车桥镇、上河镇、顺河乡、三堡乡、宋集乡、施河乡、泾口乡、茭陵乡、仇桥乡、范集乡、博里乡、城东乡、建淮乡、南闸乡、复兴乡、南马厂乡、季桥乡、马甸乡、徐杨乡、席桥乡。市政府驻淮城镇。
2000年第五次人口普查,全市总人口1200679人,其中(15个镇、13个乡):淮城镇165030人,平桥镇39713人,上河镇28662人,朱桥镇44846人,溪河镇31879人,施河镇41423人,车桥镇64267人,泾口镇46457人,流均镇63671人,苏嘴镇40961人,钦工镇34585人,顺河镇41829人,林集镇21719人,席桥镇30912人,博里镇44912人,建淮乡35427人,马甸乡30084人,仇桥乡40150人,复兴乡36544人,茭陵乡30866人,宋集乡37436人,季桥乡35467人,城东乡43297人,南马厂乡20210人,徐杨乡38283人,三堡乡32706人,南闸乡32679人,范集乡30280人,白马湖农场16384人。
2002年6月,将楚州区徐扬乡划归清河区管辖(实际由淮安经济开发区管理)。