撒哈拉沙漠分为几部分:西撒哈拉;中部高原山地(包括位于阿尔及利亚的阿哈加尔高原,位于尼日尔的艾尔高原和位于乍得的提贝斯提高原);东部是最为荒凉的区域,为特内雷沙漠和利比亚沙漠。撒哈拉沙漠的最高点为位于提贝斯提高原中的库西山,海拔为3415米。撒哈拉沙漠主要的地形特色包括\ufe30浅而季节性泛滥的盆地和大绿洲洼地,高地多石,山脉陡峭,以及遍布沙滩、沙丘和沙海。沙漠中最高点为3,415米(11,204英尺)的库西(Koussi)山顶,位于查德境内的提贝斯提山脉;最低点为海平面下133米(436英尺),在埃及的盖塔拉洼地(Qattara Depression)。