这两个的分析思路是不一样的。一般来说,Anova的分析中显著性会高很多,而你说的一般线性分析求的是主效应,它的显著性比ANOVA受到的影响因素更多一些,因此也更低一点。但是,从规范的统计学分析而言,一般涉及多个因子的时候,都会要求先做主效应,然后再对主效应显著的进行深入分析,采用Anova看显著性的来源是什么。不知道我的理解是不是准确,抛砖引玉一下,一定会有高手来解决的。