1994年以来,被引频次及影响因子均居全国综合类高校前列,先后被国内外多家核心期刊和数据库收录为刊源,多次被评为全国、华东地区、福建省的优秀科技期刊。2001年入选国家新闻出版总署评定的“中国期刊方阵”;2003获国家新闻出版总署颁发的“第二届国家科技期刊百种重点期刊奖”;2006年、2008年蝉联国家教育部科技司颁发的“中国高校精品科技期刊”奖;2008年荣获“首届福建省十佳期刊”。2009年在全国高校科技期刊“三优”评比中被评为“编辑质量优秀期刊”。厦门大学学报(自然科学版)在2009年华东地区优秀期刊评选中获“第四届华东地区优秀期刊奖”。2010年荣获“第三届中国高校精品科技期刊奖”。2011年被评为“第2届中国精品科技期刊”。2011年在《中国学术期刊评价报告》(2011-2012)中 被评为“RCCSE中国权威学术期刊”。