1.根表皮具根毛、无气孔,茎表皮无根毛而往往具气孔。2.根中有内皮层,内皮层细胞具凯氏带,维管柱有中柱鞘;而大多数双子叶植物茎中无显著的内皮层,更谈不上具凯氏带,茎维管柱也无中柱鞘。3.根中初生木质部和初生韧皮都相间排列,各自成束,而茎中初生木质部与初生韧皮部内外并列排列,共同组成束状结构。4.根初生木质部发育顺序是外始式,而茎中初生木质部发育顺序是内始式。5.根中无髓射线,有些双子叶植物根无髓,茎中央为髓,维管束间具髓射线。