截至2016年5月,扬州站共有3层,其中B1层为基础平台。候车室分为2层,1层、2层均为候车室,各有500张座椅,合计1000张坐椅;1层的东侧设有软席候车室;2层的西北侧设有母婴候车室;1层至2层平台都增设了楼梯扶手。售票大厅设在1层候车室西侧,共有4个售票窗口。站前广场的景观布局,共分3个区域:东山坡景区,西旱喷广场景区,北匝道分隔带、停车场绿地和绿岛景区。截至2016年5月,扬州站设3台7线,其中,2股正线,5股到发线,机务折返段增加1股线路;途径线路为宁启铁路、宁启快速铁路。