厦门大学国家大学科技园是福建省内仅有的两个经科技部、教育部认定的国家级大学科技园之一。学校还设有厦门大学国学研究院、厦门大学公共政策研究院、厦门大学知识产权研究院、厦门大学王亚南经济研究院、厦门大学财务管理与会计研究院、厦门国际法高等研究院、厦门大学教育研究院、厦门大学台湾研究院、厦门大学南洋研究院、厦门大学海峡两岸发展研究院、厦门大学南海研究院、萨本栋微米纳米科学技术研究院、厦门大学生物仿生及软物质研究院、海洋与海岸带发展研究院等14个研究院以及两岸关系和平发展协同创新中心、能源材料化学协同创新中心等科研平台。