同学,醉心于理科的极客少年小智在年幼时参加了大木博士的夏令营。一天,营员之一的瑟蕾娜在树林中迷路,被蚊香蝌蚪吓到的她擦伤了腿。正在寻找蚊香蝌蚪的小智发现后赶来用手帕为瑟蕾娜包扎了伤口。随后,小智将瑟蕾娜领出了森林。多年后,热心善良而又固执的小智在十岁时踏上了神奇宝贝训练家的修行之旅。因为自己弄坏了闹钟而在出发的日子迟到,小智在大木博士的研究所不得不接受了调皮不听话的皮卡丘作为自己的初学者神奇宝贝。小智坚定地朝着成为神奇宝贝大师的目标进发,当皮卡丘看到小智舍身保护自己的一幕时,小智和皮卡丘终于建立起了牢不可破的友谊。重新踏上旅程,小智游历神奇宝贝世界,遭遇了诸多挑战,不断收服新的神奇宝贝。小智遇到了包括小刚、小霞在内的许多同伴。与小霞和小刚一起的旅程中,小智仍有许多需要学习。小智完全不了解神奇宝贝对战,全然通过与神奇宝贝们成为朋友进而捕获神奇宝贝们。小智收获的道馆徽章中有许多是由于道馆训练家对小智的感激而赠与的。小智不断磨砺自身作为神奇宝贝训练师的战斗技巧,集齐了八枚道馆徽章,并获得了参加神奇宝贝联盟石英大会的资格。他一路挺进第五轮,晋级16强。在战败后,小智重新鼓舞斗志,挑战了橘子联盟,在途中遇到了神奇宝贝观察家小建,并最终战胜了联盟冠军,获得了作为神奇宝贝训练师以来的第一个联盟冠军。小智其后与小刚和小霞旅行来到城都地方。他赢得了八枚徽章并参加了神奇宝贝联盟白银大会。小智于首轮再次击败小茂,并最终晋级四分之一决赛,挺进前八。在第二轮中,小智负于新结识的劲敌叶越。小智在其后同新结识的胸怀抱负的神奇宝贝协调训练家小遥和小遥的弟弟小胜一起游历丰缘地方。小智凭借顽强的毅力取得了八枚道馆徽章,并参加了彩幽大会。小智在第二轮比赛中战胜了在丰缘地方邂逅的第一位劲敌——政宗,再次进入四分之一决赛并挺进八强,但最终还是在第三轮淘汰赛中输给了劲敌哲也。经历了诸多战斗洗礼的小智,意志越发坚定,并决定回到位于故乡关都地方的对战开拓区进行磨练。在此期间,小智战胜了七位开拓之脑、集齐七枚开拓的象征,成功“制霸对战开拓区”并有资格成为开拓之脑的一员。但小智想要更多地了解神奇宝贝并不断变得更加强大,所以小智决定放弃开拓之脑一职,继续作为神奇宝贝训练家踏上旅程。但是由于集齐七枚开拓的象征,小智依旧有在将来的任何时候出任开拓之脑的特权。来到神奥地方,小智与小光和小刚结伴同行。小智得到了全部八枚徽章,并在神奥联盟铃兰大会报名参赛。他最终在四分之一决赛战胜自己的劲敌真司,并披荆斩棘来到前四名(这是小智在神奇宝贝联盟的最好成绩)。但小智在准决赛输给了拥有传说中的神奇宝贝——达克莱伊和拉帝欧斯——的神奇宝贝训练家达克多。尽管负于达克多,小智仍旧成为了唯一一位击败达克多持有的达克莱伊的神奇宝贝训练家和唯一一位同达克多的第二只神奇宝贝拉帝欧斯进行对战并击败后者的神奇宝贝训练师。但在最终,由于达克多拥有全部八枚道馆徽章且用一只达克莱伊横扫了所有对手,达克多最终获得了大会优胜。小智在合众地方继续他的修行。在这里,小智同一位名叫艾莉丝的女性训练家和一位名为天桐的男性道馆训练家一起旅行。他赢得了八位道馆训练家并一一取得徽章,参加了合众联盟桧垣大会。小智在四分之一决赛被虎彻击败。小智的朋友巴吉尔则凭借他的伊布队,于准决赛击败虎彻,后又于决赛击败迪诺,成功取得冠军。小智再度启程前往卡洛斯地区,尝试挑战卡洛斯联盟。他与在卡洛斯邂逅的柠檬、尤莉卡兄妹一道上路,其后又邂逅了旧时的相识瑟蕾娜,四人结伴踏上新的旅程。