接受肠镜的检查后出现的并发症概率是较低的,单纯进行结肠镜检查并发症发生率为0.32%,在结肠镜下做一些治疗时并发症发生率明显升高,为2.3%。进行肠镜的检查时的最常见的并发症是由于患者和结肠镜进行直接的接触后引起的局部并发症,消化道出血、肠穿孔等。或者消毒不严密而导致的肠道感染,患者正常生活受到了影响。甚至还有部分患者在进行了检查和出现消化道出血的情况发生,主要由于患者在进行活检和息肉切除所导致的黏膜出血,大部分的是可以自行停止。