北京经济建设还一度陷入与是建设首都经济还是北京经济的争论,北京市根据国务院批准的城市建设规划,迁出大批耗能大、不经济的产业部门,把重点放在高新技术产业和服务业上。由于第二产业遭到严重削弱曾经导致北京经济在2000年左右受到国际IT产业波动的强烈影响,在两个连续季度经济增长率分别居全国第一和倒数第一,引起中央和北京地方政府的关注,随后上马了一批包括北京现代汽车在内的高附加值制造业,从而在一定程度上扭转了北京经济结构不合理的现象。　同时北京也存在城市各区域发展极不平衡的现象。据2008年的统计称,北京南城五区(宣武、崇文、丰台、房山、大兴)的GDP总量不及北城五区(西城、东城、海淀、朝阳、石景山)的1/5,南城财政收入亦不及北城之1/4;在京的国际大型企业九成以上位于北城,且南城之城市建设、繁华程度、教育医疗水平等均远逊于北城,北京市“南穷北富”的称呼不胫而走。[56]　目前北京市政府正在着手解决南城的落后问题。[57]