缙云属中亚热带季风气候区,总体上热量充足,降水充沛,温暖湿润,冬夏略长,春秋略短,四季分明。由于境内地形起伏较大,气温差异明显,具有“一山四季,山前山后不同天”的垂直立体气候特征。冰雹灾害主要出现在3--8月间,为全省多雹中心地带之一。
缙云县河流均为山溪性河流。主要有好溪、新建溪、永安溪三条,分属瓯江、钱塘江、灵江三个水系。其中好溪为县内最大的河流,发源于磐安县大盘山,自东北向西南斜贯穿境入丽水,干流在境内长66.11公里 ,流域面积791.8平方公里。