为保证激发光匀场照射,有的学者使用高压汞灯经滤波片滤波,通过传统的光学物镜将激发光投射到芯片上,照明面积可通过更换物镜来调整;也有的研究者使用大功率弧形探照灯作为光源,使用光纤维束与透镜结合传输激发光,并与芯片表面呈50o角入射。由于采用了CCD相机,因而大大提高了获取荧光图像的速度,曝光时间可缩短至零点几秒至十几秒。其特点是扫描时间短,灵敏度和分辨率较低,比较适合临床诊断用.有的研究者将 DNA芯片直接做在光纤维束的切面上(远端),光纤维束的另一端(近端)经特制的耦合装置耦合到荧光显微镜中。光纤维束由7根单模光纤组成。每根光纤的直径为200μm,两端均经化学方法抛光清洁。化学方法合成的寡核苷酸探针共价结合于每根光纤的远端组成寡核苷酸阵列。将光纤远端浸入到荧光标记的靶分子溶液中与靶分子杂交,通过光纤维束传导来自荧光显微镜的激光(490urn),激发荧光标记物产生荧光,仍用光纤维束传导荧光信号返回到荧光显微镜,由CCD相机接收。每根光纤单独作用互不干扰,而溶液中的荧光信号基本不会传播到光纤中,杂交到光纤远端的靶分子可在90%的甲酸胺( formamide)和 TE缓冲液中浸泡10秒钟去除,进而反复使用。这种方法快速、便捷,可实时检测DNA微阵列杂交情况而且具有较高的灵敏度,但由于光纤维束所含光纤数目有限,因而不便于制备大规模DNA芯片,有一定的应用局限性。