发源于西段的主要河流有叶尔羌河,主要靠冰雪融水补给,在盆地北部汇流成。西段山地的北坡为山地荒漠和高寒荒漠景观。低于2700米的前山及中山带下部为红沙与合头草荒漠,砾-石质的山地棕漠土,上部为昆仑蒿为主的草原化荒漠,棕钙-淡栗钙土2700~3000米的下部沙土地带合头草荒漠,上部为紫花针茅、银穗羊茅占优势的山地草原,阴坡出现小片雪岭云杉林,与山地草原构成山地森林草原。在3000米的塔什库尔干宽谷中为高位沼泽化草甸。3100~3900米干旱冰碛丘陵与冰水冲积扇分布着雌雄麻黄为主的灌木荒漠。谷地两侧4000米以上为以粉花蒿和垫状驼绒藜占优势的高寒荒漠。4500~5500米的高山为刺矶松、高寒棘豆高寒半灌木荒漠。海拔5500~6500米的高山下部为高寒稀疏植被,上部为寒冻风化带。6500米以上为高山冰雪带。中段中段位于新藏公路与车尔臣河九个大坂山即东经77°~86°,主脉向南略呈弧形;克里雅山口和喀拉米兰山口是该段联系新疆―西藏通道。