以叶绿素C为光系统II的主要集光色素, 原始类群细胞中还含有藻胆素。这一支系包括隐藻门、甲藻门、黄藻门、金藻门、硅藻门和褐藻门。其中隐藻门和甲藻门是较原始类群, 隐藻细胞的载色体中, 类囊体带由2个类囊体组成, 较红藻进化, 光合色素除叶绿素A和C外, 还有藻胆素。甲藻、黄藻、金藻、硅藻和褐藻等的类囊体带均由3个类囊体所组成, 叶黄素和胡萝卜素类的含量超过叶绿素, 除甲藻、黄藻外都含有占优势的墨角藻黄素。除硅藻精子为单条鞭毛外, 都具有2条侧生鞭毛(一茸鞭一尾鞭)的游动细胞。除甲藻贮藏物质为淀粉外, 其余各门藻类都含有金藻昆布糖, 褐藻为褐藻淀粉, 因此, 它们的远祖在亲缘关系上可能比较亲近。这一支系中, 金、黄、硅藻在演化地位上高于甲藻和隐藻而低于褐藻。该支系藻类也可能起源于尚未被发现的具叶绿素A和C的原核藻类。
(3)第三进化支系。