1368年(洪武元年)正月,朱元璋登基于应天府(今南京),国号大明,建元洪武,册封马氏为皇后。马皇后有五子,其中朱橚最为年幼,性格放荡不羁,长大后被封到开封做周定王。马皇后对他极不放心,周定王临行时,便派江贵妃随往监督,还把自己身上的旧布衣脱下来交给江贵妃,并赐木杖一根嘱咐:“周定王有过错,可以披衣杖责。如敢违抗,驰报朝廷。”从此一见着慈母的旧布衣,周王便生出敬畏之情,不敢胡作非为。以严为爱是马皇后对待子女的原则。对宁国公主、安庆公主,马皇后也要求她们勤劳俭朴,不能无功受禄。而对待朱元璋的义子沐英、李文忠等,她慈爱有加,细心照顾视为己出。诸王的师傅李希颜因一小王顽皮不听话,常用体罚惩治。一天,李希颜用笔管戳了一下一个小王的额角,小王便哭着到朱元璋处诉苦。元璋大怒,正要发作,马皇后急忙从旁劝解说:“乌有以圣人之道训吾子,顾怒之耶!”朱元璋觉得有理,不但没有惩办希颜,反而提升他做左春坊右赞善。马皇后虽贵为皇后,每天仍亲自操办朱元璋的膳食,连皇子皇孙的饭食穿戴,她也亲自过问,无微不至。宫人或被幸得孕,马皇后倍加体恤,嫔妃或忤上意,马皇后则设法从中调停。马皇后在内宫的治理工作上“讲求古训”,并注意借鉴前朝的经验。她觉得宋朝有许多贤惠的皇后,便命女史摘录她们的家法,经常翻阅查看。有人说,宋朝的皇后太过仁厚了吧?马皇后反问道:“过于仁厚,难道不比刻薄更好吗?”有一天,皇后问女史:“黄老之学是什么,汉朝的窦太后却非常地喜欢?”女史说:“黄老之学把清静无为作为根本。像弃绝仁义,让老百姓注重孝顺友爱,这就是它的教义。”马皇后说:“孝顺友爱就是仁义,难道有让人弃绝仁义却去讲究孝顺友爱的吗?”马皇后也设法保护宫女,朱元璋曾经非常生气地责备宫人,马皇后也假装生气,让人送到宫正司定罪。朱元璋说:“为什么?”马皇后说:“作帝王的不因喜怒而随意的赏罚。当您生气的时候,恐怕有所偏重。交付到宫正司,就能判定的比较合理了。也就是说陛下您定人罪也应该交付到有关的部门罢了。”马皇后勤俭持家、 以身作则,平常穿的衣服,洗了又洗,早已破旧不堪,也不愿换新的。后来听了元世祖的察必皇后煮弓弦织帛衣的故事,大受启发。就命人在后宫架起织布机,亲自织些绸衣料、缎被面什么的,然后以皇家献爱心的名义赐给那些年纪大的孤寡老人。而剩余的布料,马皇后则裁成衣裳,赐给王妃公主,并解释说:”你们生长在富贵家庭,不知纺织的难处,要爱惜