第一航站原为已结业的美国东方航空的枢钮。新的第一航站楼是由四家国际航空公司(法航、日航、大韩、汉莎)联合出资修建并于1998年建成。 第二航站在1962年启用,为布兰尼夫国际航空和西北航空的航站。西北航空和布兰尼夫国际航空被达美航空收购后,航站的使用权转至达美。第二航站有12个登机闸口。达美其望日后能将它旗下的两个航站(第二及第三航站)合并成一个现代化的航站。 1960年,泛美航空在第三航站建造名为世界港(Worldport)的客运大楼。1970年,泛美为波音747客机的启航作扩充。第三航站有17个登机闸口。 第四航站是一个能够处理空中客车A380的国际航站。Schiphol Group负责管理本航站,它是首家外国机场管理公司管理美国的机场航站。第四航站是国际抵步航班的枢纽。航站耗资14亿美元兴建,于2001年投入服务。本航站有两个大堂和17个登机闸口。A大堂和B大堂分别有6个闸口和11个闸口。第四航站的AirTrain车站设于大楼内。 第五航站亦称为“环球航空公司飞行中心(TWA Flight Center)”,2008年重建后成为捷蓝航空的新航站。 1970年,National Airlines在第六航站建造有14个登机闸口的客运大楼—Sundrome。2006年6月1日, 捷蓝航空在第六航站设立有7个登机闸口的临时客运大楼。因而提升高航站的航班处理能力。 第七航站原先为英国海外航空和加拿大航空而建。1997年,纽新航港局与英航达成协议,决定扩充本航站。扩充后的航站有12个闸口。 第八航站将全面拆卸,使新的第九航站能全面投入服务。 1994年开始运营的97.84米(321英尺)高的塔台,其中包括的国家最先进的通信,雷达,风切变预警系统。 纽约约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪国际机场是世界上领先的国际航空货运中心之一。