离子、分子或自由基的单同位素质量是其元素组成中元素的单同位素质量的总和。元素的单同位素质量是最大丰度、自然存在、稳定同位素的精确质量。在解吸电离时代开始的时候,对较大分子和更高精确度的研究成为一个整体,因为技术不存在任何困难。仅在那个时侯,质量缺失的问题变得非常重要。在仅能测定最接近整数m/z值的质谱仪上,C50H102化合物的分子离子可以由m/z703的峰表示,不是m/z702,因为分子离子的单同位素质量为702.7825,取整的整数为703。
500Da以上的测定中,在确定MS峰的m/z值时,质量缺失可能是个严重的问题。需要记住,不管使用什么m/z分析器类型,质谱仪是测量质谱采集过程中特定时间出现的信号强度。测得的m/z值是特定化合物产生的已知m/z值离子相对于校正化合物到达检测器时间的函数。
因为单同位素离子的质量随m/z刻度位置的变化而改变得出m/z整数值的质谱仪实际上能够每隔0.05m/z单位进行测量。检测强度可以是质谱峰的顶点值或整个质谱峰的强度之和。测得的m/z值是对质量波谱峰最大值,实测m/z值取整。电子电离质谱通常取决于全氟化合物,比如过氟三丁烷胺(名义分子量为671),以校正m/z刻度。这是因为离子的整数质量几乎与其同位素质量相同。
一旦离子的名义质量超过1000Da,在质谱图上没有实测的名义m/z值的峰。在此应当按与离子质量亏损相等的量检测名义质量峰,弥补单一同位素质量峰的缺失。对带单个电荷的离子,质量大于500Da,使用像电喷雾离子化结合四级杆或四级离子阱质谱技术,这类质谱仪在整个m/z刻度上具有单位分辨率,同位素峰可以清楚的分离。
在化合物的鉴定中,关于同位素所起的作用有很多讨论,其中有一项讨论发表在欧洲LCGC杂志上,起到了有益的平衡作用。"小分子LC-MS的同位素峰解析"(L.M.Hill,洲LCGC 19[4],226-238[2006])基于低分辨率离子阱的研究工作。在该文章的相关部分,在使用离子阱时,作者对过度自信提出了警告:"相比于QTOF或三重四级杆系统,离子阱用户必须更加仔细。起始的+1同位素峰必须与污染物相分离...相比于离子阱的扫描分辨率,其俘获的分辨率更低...排空离子阱...按质量顺序。"这不是意味不能使用离子阱,像所有仪器一样,使用时必须理解其功能和局限性类似的,具有非常高分辨率的仪器,不能