西汉武帝时,设置内朝,卫青作为皇帝亲随担任侍中等内朝加官和太中大夫,参与朝政的参议听闻,掌管议论。前124年汉武帝设常置大将军,节制所有将领,成为皇帝之下的最高军政首脑,位在丞相之上,《文献通考》记载大将军内秉国政,外则仗钺专征,其权远出丞相之右。前119年加官大司马以代替太尉的职能。卫青敬重人才,早年卫青多次向汉武帝推荐过主父偃,《汉书》记载卫青在河东买马时发掘并推荐了日后的酷吏咸宣。随着卫青地位的日益尊重,汉武帝希望群臣见大将军行跪拜之礼,汲黯却依然行揖礼,卫青不但不生气,反而更加尊重汲黯,经常向他请教国家和朝中的疑难之事,看待他胜过平素所结交的很多人。扫荡漠南时,苏建部三千骑兵意外遭遇了大单于上万主力,前将军赵信又临阵倒戈,苦战一天苏建只身逃回。对于是否杀苏建以立大将军威的问题。军部两方有了分歧。有人说兵法讲‘小敌之坚,大敌之擒也’,苏建以少敌多,苦战到全军覆没也没有二心,不该被杀;周霸则说大将军就任以来,还未杀过裨将,杀苏建‘立威’正是时候。卫青立刻否决了周霸的话,表示以天子殊宠为大将军,不患无威,虽有权力,但不敢擅专,还是把这事交给天子定夺。于是用囚车押回苏建,汉武帝放了苏建赎为庶人。首先,司马迁在《淮南衡山列传》里也提到,跟过卫青的部将,包括淮南王“八公”中的伍被和出使过长安的谒者都说:‘大将军材干绝人……众将皆乐为大将军所用’。可见卫青身为大将军,的确是不患无威。再者,苏建是卫青老部下,以校尉从卫青封侯。又参与建朔方。漠南遭遇意外,仍奋战一天不降,可见忠勇(后其子苏武在塞外被扣留十几年仍不变节归汉)。若卫青真为所谓‘立威’杀这样的将军,才令人齿寒了。汉代有以钱孰命的法律,卫青当场不杀,就相当于饶了苏建,之前李广、公孙敖、之后赵破奴等遭遇全军覆没逃回后,也都是用钱赎了命。漠南之战后,大将军被赐千金,有个叫宁乘的人,对他说:“大将军之所以能显贵全是因为卫皇后,汉武帝如今很宠爱王夫人,她刚刚受宠所以家里尚未富贵,大将军可以把皇帝所赐的千金都送给她示好”(此话明显谬误,卫霍皆以自身能力和切实的军功封侯。早年,卫青被馆陶公主绑架获救后,就已‘赏赐数日累千金’;而王夫人那时已封了夫人,家里还‘未富贵’)。卫青并未按宁乘所说把千金都送去,折半把五百金送给了王夫人。此事可以排除讨好宠妃的可能性,第一,卫青折半送金,当时已为万户侯和秩禄最高的大将军并不缺钱,反而常把太后所赐的金子全都分给部下;第二,卫青作为皇后和太子倚靠的外家并不是拉拢宠妃的好选择。汉武帝知道后,询问了卫青,把宁乘升为东海都尉调出了长安。卫青虽然战功显赫,地位尊宠,但从不养士人门客,苏建曾经劝告卫青养士以得到好名声,卫青认为养士会让天子忌讳,以前窦婴和田蚡厚待宾客就常让刘彻切齿,作为臣子只需要奉法遵职就可以了,何必去养士呢?而骠骑将军霍去病也跟舅舅卫青抱有同一种看法。卫青和霍去病关系亲厚,漠北大战时,李广因丧失了立功封侯的最后机会,以及迷路的过失将会受到的军事审问自尽。一年后(元狩五年),继承其父郎中令的李敢怨恨卫青,击伤了大将军。卫青没有追究这件事,霍去病知道后,没多久就射杀了李敢为亲复仇。霍去病在去世前和公孙贺等人请立三子封王,以维护太子刘据的地位,也可以看出他和卫青的政治立场的一致。卫青、霍去病都因军功封侯,为国做出重大贡献。所以即使卫皇后失宠,二人在朝廷的地位也丝毫未受影响。