班禅的称号始于1645年,当时控制西藏实权的蒙古首领固始汗封称宗喀巴的四传弟子罗桑确吉坚赞为“班禅博克多”。“班”是梵文“班智达”,汉语意为“学者”;“禅”是藏语“钦波”,汉语意为“大”,合起来是“大学者”的意思。“博克多”则是蒙语,指有智有勇的英雄人物。固始汗令罗桑确吉坚赞主持扎什伦布寺,并划分后藏部分地区归他管辖,称为四世班禅(前三世为后人追认)。宗喀巴的弟子克珠杰被追认为第一世班禅。
1713年,清朝的康熙皇帝正式册封第五世班禅罗桑意希为“班禅额尔德尼”(满语意为“珍宝”)并赐金册金印,称为班禅五世。从此,确立了班禅在格鲁派中的地位。
达赖和班禅两个喇嘛系统均采用独特的活佛转世制度。