多数流行的中间件服务使用专有的API和专有的协议,使得应用建立于单一厂家的产品,来自不同厂家的实现很难互操作。有些中间件服务只提供一些平台的实现,从而限制了应用在异构系统之间的移植。应用开发者在这些中间件服务之上建立自己的应用还要承担相当大的风险,随着技术的发展他们往往还需重写他们的系统。尽管中间件服务提高了分布计算的抽象化程度,但应用开发者还需面临许多艰难的设计选择,例如,开发者还需决定分布应用在client方和server方的功能分配。通常将表示服务放在client以方便使用显示设备,将数据服务放在server以靠近数据库,但也并非总是如此,何况其它应用功能如何分配也是不容易确定的。