福建省重点实验室
福建省等离子体与磁共振研究重点实验室、福建省半导体材料及应用重点实验室、福建省高校微纳米系统重点实验室、福建省高校化石能源化学与化工重点实验室、福建省化学生物学重点实验室、福建省高校无机化学与功能材料重点实验室、福建省高校特种陶瓷重点实验室、福建省特种先进材料重点实验室、福建省药物工程实验室、福建省高校生物医学工程重点实验室、福建省亚热带湿地生态学重点实验室、福建省资源微生物重点实验室、福建省神经退行性疾病及衰老研究重点实验室、福建省眼科与视觉科学重点实验室、福建省海陆界面生态环境重点实验室、福建省防火阻燃材料重点实验室、福建省仿脑智能系统重点实验室
福建省研究中心
福建经济研究中心(省校共建)、福建女性发展研究中心(省校共建)、福建省半导体照明工程技术研究中心、厦门大学集成电路设计工程技术研究中心、福建省医学分子病毒研究中心、福建省抗癌研究中心、福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心、福建省陶瓷纤维工程技术研究中心
厦门市重点实验室
厦门市分子纳米技术与分析科学重点实验室、厦门市高性能金属材料重点实验室、厦门市防火阻燃材料重点实验室、厦门市手性药物重点实验室、厦门市电子陶瓷材料与元器件重点实验室
厦门市研究中心(所、室)
厦门市光电信息材料与器件工程技术研究中心、厦门市MEMS工程技术研究中心、厦门市创新方法工程技术研究中心、智能图像与信息处理研究室(ATR)、新技术开发研究所(市校共建)、厦门市生物医学工程技术研究中心、厦门市医学分子病毒研究中心、厦门市海洋微生物新药工程技术研究中心、海峡(厦门)中医药科技平台[15]

学术资源

馆藏资源
截止2012年12月,纸本馆藏总量443.6万册,电子数据库达100多个、折合馆藏约319万册,合计馆藏总量762.6万册,在国内各类图书馆中名列前茅。