汉朝巴郡治江州,为益州刺史部所管辖。汉光武帝建武十一年(35年),岑彭由江州入益州平定公孙述。汉献帝初平元年(190年),刘璋分置永宁郡,治江州。建安六年(201年)复为巴郡。建安十九年(214年),刘备、诸葛亮经由江州平定益州。蜀汉章武二年(222年),刘备在白帝城(今奉节县)托孤。李严在江州筑大城。晋朝改永宁郡为巴都郡。东晋桓温讨伐李势,朱龄石平定谯纵,皆由江州入益州。南朝宋、齐复为巴郡,郡治皆为江州。南朝梁元帝太清四年(550年),武陵王萧纪于巴郡置楚州,西魏文帝大统十七年(551年)改为巴州,北周闵帝元年(557年)又改楚州。魏晋南北朝时期,巴郡先后是荆州、益州、巴州、楚州的一个辖区。隋开皇元年(581年),废郡,以渝水(嘉陵江古称)绕城,改楚州为渝州,治巴县。这是重庆简称渝的来历。大业三年(607年),州废,复为巴郡。唐武德元年(618年)为渝州,天宝元年(742年)改南平郡,乾元元年(758年)复为渝州。唐代延续渝州之称,为山南西道辖地。宋代时,先后属西川路、陕西路、夔州路管辖,崇宁元年(1102年),因赵谂谋反之事,宋徽宗以“渝”有“变”之意,改渝州为恭州。宋孝宗淳熙十六年(1189年),宋光宗先封恭王,后即帝位,自诩“双重喜庆”,升恭州为重庆府,重庆由此得名。南宋嘉熙二年(1238年),彭大雅任重庆知府。为防御蒙古南侵之需,拓修重庆城,向北扩至嘉陵江边,向西扩至今临江门、通远门一线,范围大致比李严扩建的江州城扩大了两倍,奠定了此后直至明清重庆古城的大致格局。南宋淳祐二年(1242年),余玠出任四川安抚制置使,经营巴蜀。余玠将四川制置司治所迁至重庆,并在重庆设招贤馆,广纳群贤。构筑了山城防御体系,以抗击蒙古军。南宋宝祐六年(1258年)农历七月,蒙古大汗蒙哥亲率主力攻入四川。十一月,蒙古军抵重庆附近地区。开庆元年(1259年)六月初,四川制置副使吕文德率战船万艘,溯江而上,冲破蒙古军的封锁进入重庆。七月,蒙哥卒于军中,蒙古军遂撤围北还,战事告一段落。南宋德祐元年(1275年),元军再次集中兵力合攻重庆。景炎三年(1278年)二月,重庆被攻破,守将张珏战败被俘,元军继而征降夔州。入城时元军遭到激烈抵抗,而后元军在重庆大肆屠杀。元代,重庆一直是四川南道宣慰司驻地,还一度是四川行省的驻地(1288年-1290年)。至元十六年(1280年)立重庆路总管府,管辖巴、江津、南川3县,之后又划忠、涪、泸、合4州来属。至正二十年(1360年),农民军明玉珍建都于此,国号“大夏”,辖今重庆、四川、贵州、云南等地。明洪武四年(1371年),朱元璋灭大夏国,复改为重庆府,隶属于四川布政使司,辖2州、11县、1厅,包括巴县、江津、长寿、永川、荣昌、綦江、南川、合州、涪州、铜梁、大足、璧山、定远、江北厅。明崇祯十七年(1644年)6月,张献忠攻占重庆。之后重庆被大西军、清军、南明军队轮番占领、蹂躏十余次,最后几乎沦为空城。从崇祯十七年(1644年)到康熙二年(1663年),以清廷四川总督李国英重筑通远门为标志性事件,长达19年的重庆争夺战才告一段落。据《重庆通史》记载:经过明末清初的战乱之后,康熙四年(1665年),重庆主城(即渝中半岛)全城仅有3000人,而包括现在的江北、南岸在内的重庆市区,仅剩4200人。清初,发生的“湖广填四川”运动使重庆具有了悠久的移民历史和丰富的移民文化,奠定了近现代重庆社会的根基。清光绪十六年(1890年),中英签订《烟台条约续增专条》,重庆开为商埠。光绪十七年(1891年)3月,重庆海关在朝天门附近设立。光绪二十一年(1895年),清政府在甲午战争中被日本打败,根据当年4月签订的《马关条约》中规定,重庆成为第一批向日本开放的内陆通商口岸。光绪二十七年(1901年),日本在今南岸区王家沱设立了日本租界。同年,法国在今南岸区弹子石附近先后建立了水师码头和兵营。民国十年(1921年),重庆设埠督办处,任命杨森为督办,筹办市政。其时重庆城区范围未定,权以巴县城关即今渝中半岛部分及原江北县城附近一带居民区为辖区。民国十一年(1922年),将商埠督办处改为市政公所。民国十五年(1926年),又改为商埠督办公署,拓展城区,开始进行城市建设。民国十六年(1927年),又将商埠督办公署改为市政厅,划定重庆两江上下游南北两岸30华里为市区,但无明确边界。民国十八年(1929年),重庆正式建市,编制为国民政府二级乙等四川省辖市,首任市长潘文华。民国二十年(1931年),不忍国权丧失、国民受辱的重庆人民,以王家沱日本租界30年租期到期和九一八事变为契机,开展了多次斗争。民国二十四年(1935年)2月10日,以刘湘为首的四川新省府在重庆成立。6月18日,四川省政府迁离重庆。民国二十六年(1937年)11月,中华民国政府颁布《国民政府移驻重庆宣言》;11月16日,国民政府主席林森,交代属下的文官、参军两处干员清点好中华民国印信旗幡等重要器物,先离南京而首途重庆;12月1日正式于重庆办公。在成为“战时首都”之后,重庆成为中国抗战时期大后方的政治、军事、经济、文化中心,抗日民族统一战线的政治舞台,更是世界反法西斯战争远东指挥中心,以及在国际上享有盛誉的“英雄之城”、“不屈之城”。民国二十八年(1939年),重庆市将原有的6个区改设为12个区,巴县龙隐乡(小龙坎、沙坪坝、磁器口一带)划入重庆市。5月5日,迁都至重庆的国民政府颁令,将重庆升格为甲等中央院辖市(即直辖市),重庆亦是继南京、上海、天津、青岛、北平后第六个中央院辖市,辖区范围大致为今重庆主城区,即渝中区、九龙坡区、沙坪坝区以及江北区、南岸区,而北碚市(今北碚区)为中央行政院和临时政府所在地。1939年至1940年,川渝省市划界,巴县、江北县位于城郊的区域陆续划归重庆市。民国二十九年(1940年)9月6日,国民政府发布命令明定重庆为中华民国陪都。民国三十年(1941年)6月5日,重庆市渝中区公共防空大隧道中,躲避日军地毯式战略轰炸的7764名市民窒息死亡,史称“大隧道惨案”。从1938年春到1944年冬,日本陆海军航空部队联合对重庆进行了长达六年多的狂轰滥炸,史称“重庆大轰炸”。历经长达6年半的轰炸,重庆没有倒下,当时英国首相丘吉尔、美国总统罗斯福、副总统华莱士等不少外国政要,纷纷致电、致信重庆人民,鼓励和歌颂重庆人民的坚毅。民国三十年(1941年)12月,中华民国政府在重庆对纳粹德国宣战,德国大使馆关闭;12月31日,蒋介石在渝中区设立“精神堡垒”昭示国民政府与重庆人民抗战到底,这就是解放碑的前身;同年12月至民国三十四年(1945年),重庆成为大韩民国(流亡政府)临时驻地。民国三十四年(1945年)8月15日,抗日战争结束,国民政府还都南京。在其后的制宪国大中,以法律形式规定重庆为中华民国永久陪都。同年,抗战胜利后,为避免内战、争取和平,国民政府与中国共产党在重庆进行了为期43天的和平谈判,史称“重庆谈判”。民国三十五年(1946年)2月10日,在重庆较场口举行“庆祝政治协商会议成功大会”时发生骚乱事件,李公朴、施复亮遭到殴打,郭沫若、陶行知、章乃器和新闻记者及劳协会员等60余人也被打伤。中国共产党称之为“血案”、“惨案”,而国民政府方面则称之为“较场口事件”。1949年9月2日,重庆发生火灾,延烧18小时,死亡近万人,重庆建筑损失大半,国民政府声称是中国共产党纵火,史称“九二火灾”;10月11日,总统令宣布政府将于10月15日第二次移渝办公;10月13日,李宗仁代总统由广州飞桂林,行政院各首长由广州迁往重庆;10月15日,宣布国民政府正式在重庆办公;11月27日,中国国民党中央直接授权中统对关押于渣滓洞、白公馆的400多名政治犯进行“最后解决”,史称重庆”11.27”大屠杀。1949年11月30日,中国人民解放军进入重庆,随后成为西南军政委员会驻地,为西南大区代管的中央直辖市,驻地亦设在重庆。1950年至1952年,设立川东行署区,隶属于中共中央西南局。1950年行署驻地为重庆市黄桷垭,1951年迁驻北碚市。1952年8月7日,川东行署区被撤销,与川南行署区、川北行署区、川西行署区重组为四川省。1954年7月,西南大区北碚市并入重庆市,重庆直辖市被撤销,重庆与四川合并,重庆从直辖市降为副省级市。1955年,贵州省桐梓县17个乡划归重庆市。1964年,北部湾事件爆发,三线建设开始,重庆成为三线建设核心城市。1964年至1968年4年间,从上海、江苏、东北等地内迁三线职工27万余人,占重庆当时企业职工的1/4以上。1965年和1979年,中国三线建设重点控制铁路工程川黔铁路和襄渝铁路相继通车。1975年,重庆主城区三线建设内迁而来的外来职工达到最高峰,总人数43.5万人,占当时重庆市区人口的1/4。1976年1月,四川省江津地区江北县归入重庆市,将绵阳地区的潼南县划入江津地区。1981年,江津地区更名为永川地区。1983年3月3日,四川省永川地区8个县并入重庆市,重庆成为中国第一个享有省级经济管理权限的计划单列市。面积23113.95平方公里,辖9区12县。1992年,重庆辟为沿江开放城市。1996年9月15日,重庆市代管四川省万县市、涪陵市和黔江地区。1997年3月14日,中国第八届人大五次会议批准设立重庆直辖市,撤销原重庆市。