首先,参加新型农村合作医疗登记程序繁琐。 其次农村合作医疗的报销程序也很繁琐。城镇居民的医保都是可以拿来抵押一部分医药费的,可以直接在卡上交医疗费的,事后再来结算。国外的医疗保险更是让医院、医生与保险公司而不是患者发生直接的利益关系。有的村庄离报帐中心和信用社很远,来回的车费都比较贵。繁琐的登记、理赔程序增加了农民许多不必要的麻烦,降低了农民的满意度。新型合作医疗,各地方交费数额不统一、交费时间不统一、收费人员不统一、收费时是否告知不统一、收费时是否签合同不统一、报销起付线不统一、封顶线不统一、报销比例不统一、报销项目不统一、不予报销的项目不统一、报销所需证据不统一、转院制度不统一等。就技术设计而言,虽然我们国家各地区经济发展差异大,但可以实行等额的交费数额的交费,至于统筹的部分,国家可通过对各省的补助资金的比例的不同来进行宏观调控,各省可以通过对各市的补助资金的比例的不同来进行平衡,异地结算可以通过与新农合基金委托银行进行,报销款直接进入医保卡中,存取自便,也便于交合作医疗费,即增强了现金的流动性,又增强了资金的安全性,银行间有比较先进的结算系统,是可行的,以免新农合机构都购买昂贵的联网系统,从而节约成本。