长春理工大学最好的学科是光学工程,而吉林大学在化学、法学等多个学科实力出众。两所学校合并以后,优势学科固然会增加,但学校每年投入的经费是有限的,在学科建设上可能会有所折损,不利于学校特色学科的发展。
其次,两所学校成立已久,合并或许容易,但“融合”难度很大。长春理工大学成立于1958年,建校已经超过60年;吉林大学成立于1946年,建校时间更是超过了70年。在漫长的发展进程里,它们形成了各自的文化和管理理念。它们的合并可能会在学科上优势互补,但也很有可能会造成管理上的分歧,给学校发展造成不好的影响。