两只眼睛经常长红疙瘩,很有可能是因为长期的用眼过度,导致了眼睛过度疲劳,还有眼睛出现了过敏或者是上火,有病毒感染等原因引起的,所以这种情况需要及时的到正规医院眼科做检查,然后在医生的指导下进行治疗的,平时一定要保持局部的卫生。