芽孢对人类也有有害的一面。最常见的情况之一,就是用加热法保存食品时,芽孢往往会造成保存的失败。这是因为芽孢极耐热,一般加热法不能把它杀死,它萌发成营养细胞后大量繁殖,会导致食品腐败变质。因此需要用高温间歇灭菌法把芽孢杀死,才能使食品长期保存。医疗器械也需经高温灭菌后才能保证安全。近几年发展起来的辐射灭菌法,其主要杀灭对象也是芽孢。