免疫系统的器官分为中央和外周淋巴器官。这种分类方式虽然多少有些武断,但为淋巴细胞分化为抗原非依赖期和抗原依赖期的两个基本阶段,提供了解剖学基础。中央淋巴器官的发育早于外周淋巴器官,并为抗原非依赖期淋巴细胞从未成熟的前体细胞开始分化提供了合适的微环境。具有免疫活性的淋巴细胞在前体淋巴细胞分化的末期,从中央淋巴器官释放出来,并归巢,回到外周淋巴器官的一些特殊区域。外周淋巴器官给攻击性抗原特异性淋巴细胞提供一个良好的微环境,引导淋巴细胞的终末分化,还负责将完全分化的效应细胞或其产物输出到体内其他部位。