四川省博士后创新实践基地1个、联合培养博士基地2个。学校研究生教育包括学术学位和专业学位2个类型:学术学位有基础医学、临床医学、药学、医学技术4个一级学科授权点;专业学位有临床医学、口腔医学、护理、中医4个授权类别。涵盖基础医学、临床医学、护理学、药学、中医学、医学技术、公共卫生与预防医学和口腔医学8个一级学科的32个二级学科授权点。临床医学为ESI全球学科排名前1%学科。学校当前正全面推进一流学科建设,重点建设临床医学、基础医学2个一流学科,药学、生物医学工程、马克思主义理论3个一流学科群。
学校科研水平稳步提升。建有省部级重点实验室1个、四川省临床医学研究中心1个、省部级科普基地1个、国家中医药科研二级实验室4个,参与组建省部级协同创新中心1个;建有四川省高校重点实验室4个、南充市重点实验室5个、四川省高校人文社科重点研究基地1个、市级生物医药产业技术研究院1个;建有医学影像研究所等10个研究所;建有院士工作站2个。近年来,先后承担了国家自然科学基金、国家社科基金等各级各类课题900余项,获省部级成果奖50余项,教师学术论文被国际顶级学术期刊Nature等国际学术期刊刊用。学校公开出版刊物《川北医学院学报》为中国科技核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊,获“中国高校优秀科技期刊”称号。