1、Excel绘制相关性系数图
相关性系数图(Corrplot)在SCI论文中广泛使用,其优点是可便捷的显示多个变量之间的相关性:
示例数据为不同组中的基因表达水平,下图仅为部分数据:
这么多数据堆在一起,如果没有合适的图形呈现我们很难发现各组之间是否有相关性!相关性系数图是一个很好的选择。商业化软件Graphpad prism 8.0只能绘制简单的热图,而不能绘制相关性系数图。
步骤:1. 计算Pearson相关系数
Pearson相关系数是范围在 -1.0 到1.0 之间(包括 -1.0 和1.0 在内)的无量纲指数,反映了两个数据集合之间的线性相关程度。我们使用Pearson (array1, array2)返回Pearson乘积矩相关系数r。各组与自身的相关系数为1,$固定单元格,使用 =PEARSON($B:$B,C:C)计算Demo_A与其余各组的相关系数:
使用同样的函数计算剩余各组间的Pearson相关系数r:
2. 基本热图绘制
Excel开始菜单 -> 调节格式 -> 色阶,得到基本热图:
选择数据,右击设置单元格格式 -> 数字 -> 自定义 -> 类型中输入;;;(三个分号),将隐藏数字:
依次选中热图的7行与7列调整热图格子的大小:
设置X轴标签文字方向为竖排文字、向上旋转文字:
得到了基本的相关性热图:
3. 美化相关性系数图
视图下去除勾选网格线:
选择数据,右击设置单元格格式,设置内边框与外边框,可选择颜色:
例如,设置内、外边框均设置为黑色或外边框设置为黑色、内边框为白色:
接下来给相关性系数图添加图例,即每种颜色所对应的值是多少。