李莫愁因按捺不住古墓的淡泊生活,不肯立终身留在古墓而将她逐出师门。後来李莫愁得罪欧阳峰,逃回终南山,於是出墓接应,中了敌人的暗算。虽然吃亏,仍接了李莫愁回来。
後来欧阳峰强攻入墓,抵挡不住,险些便要放断龙石与他同归於尽,幸得在危急之际发动机关,又突然发出金针。欧阳峰猝不及防,为金针所伤,麻痒难当,乘势点了他的穴道,制得他动弹不得。欧阳峰懂得经脉逆行, 不怕点穴, 突起发难,中了他的毒手, 受了重伤。
受伤之後,搬了居室,远离寒玉床。至死都不肯说欧阳峰的名字, 希望小龙女别有报仇之念。孙婆婆问她是不是欧阳峰,她总是摇头,微笑了一下,便此断气了。遗体安葬在活死人墓的石棺中。
临死前,预计到李莫愁会强抢玉女心经,於是在古墓的机关放了玉蜂针并留信交代在小龙女十八岁生日的时候,正式成为第三代掌门人。
如果李莫愁不痛改前非,小龙女会以掌门身份清理门户。不过此举只增强李莫愁对玉女心经的野心, 间接促成李莫愁对小龙女和杨过的迫害。
小龙女(第三代掌门)时期
李莫愁贪念尘世,逃出古墓,为古墓派闯出名声,曾与陆展元相恋,後来陆展元移情何沅君,因而令李莫愁身心大受打击而性情大变,成为杀人如麻的女魔头。先后收洪凌波和被她灭门的陆无双为徒, 二人没有回古墓。
杨过拜入全真派门下,但却受尽同门侮辱欺凌, 因打伤同门师兄而急忙逃走,得终南山古墓裏居住的孙婆婆救出,而孙婆婆也在与全真派冲突中,不幸被郝大通所杀,在孙婆婆的恳请下,小龙女接纳了杨过,杨过并拜小龙女为师。其後数年,杨过与小龙女同住古墓之内,与之渐生情愫。
李莫愁及洪凌波趁小龙女练玉女心经受重伤时, 进入古墓向师徒二人施袭, 欲强抢玉女心经, 折磨杨过和小龙女。小龙女放下断龙石欲与李莫愁同归於尽, 最后四人游泳离开古墓。期间, 陆无双逃脱,并带走《五毒秘传》。在途中结识了杨过,一起逃避李莫愁的追赶。
杨过和小龙女相爱历经坎坷,终于在一起。二人在「中神通」王重阳画像前拜堂成亲, 回到古墓办婚礼, 小龙女利用林朝英的嫁妆打扮成新娘。李莫愁趁小龙女疗伤时用毒掌伤她, 又被郭芙误射冰魄银针,导致无药可救,小龙女不欲拖累夫君而於绝情谷中跳崖自尽。十六年後, 二人重遇。蒙古军围攻襄阳,杨过及小龙女两人义助郭靖和黄蓉守城,并成功救出被金轮国师掳去的郭襄,暂缓了宋朝之危十三年。
襄阳一战後,杨过及小龙女成为一对扬名天下的英雄夫妻,「神雕侠侣」的传说亦在民间广为流传。
第三次华山论剑後,杨、龙二人隐居终南山活死人墓,从此绝迹江湖。
而洪凌波和李莫愁在绝情谷中,被情花所困,洪凌波死在急着逃出的李莫愁的脚下,李莫愁为了跳出情花丛而把洪凌波当作踏板,但洪凌波死前亦拉着师父的脚使她跳不出情花丛。李莫愁於绝情谷身中情花之毒,被武氏兄弟、程英、陆无双等人围攻下,最终葬身於火海之中。
陆无双本身学得古墓派基本功,故而得杨过传授该派最上乘武学《玉女心经》,晋身一流高手之列。晚年和程英在故居嘉兴居住。
後代《倚天屠龙记》时期
黄衫女子第一次出场就帮助丐帮後人夺回了帮主之位,然後告诉丐帮长老她先人和丐帮上代渊源甚深。少林寺的屠狮大会上,黄衫女子登场後揭破峨嵋派第四代掌门周芷若所使的「九阴白骨爪」,并且同以正宗「摧坚神爪」和周芷若激斗,最後大胜。明教教主张无忌问她的姓名,她回答了一句:「终南山後,活死人墓,神雕侠侣,绝迹江湖。」

活死人墓

活死人墓是全真教的创教始祖“中神通”王重阳(重阳真人)建造的,当时为对付金国,以此洞穴佯装古墓作为放置军备武器的地方以待与残部东山再起。后因北宋落末,重阳真人遂以墓穴长居,后因女侠林朝英十分爱王重阳,曾和他比试武艺,重阳真人念其情而甘愿输招让出古墓并交由林朝英及其后人居住,林朝英自知与重阳真人无缘,故与其丫鬟长居此墓穴,并称为“活死人墓”。
由于多年功夫上的较量,重阳真人后曾通过石棺下通道进入古墓,并于墓穴石棺盖内刻九阴真经于其内,盼林朝英死前可知重阳真人并非技不如人,而是有意谦让。(此处有误,在王重阳得到九阴真经之前是无法破解玉女心经的,虽然小处有成但是没有形成完整的一套武功来破解,可知王重阳在得到九阴真经之前武功不如林朝英)但古墓派中石棺中留刻,仅为部分《九阴真经》,用来破解《玉女心经》,并非完整的《九阴真经》。

古墓武功

捕雀功(古墓派轻功)——绝顶轻功,飘逸灵动。练习到一定阶段可以以绳为床。
天罗地网势(入门掌法)——古墓派的入门功夫,古墓派祖师林朝英独创绝技,共八十一招掌法,招数掌形从未下过终南山一步。天罗地网势不以内力沉雄见长,而以手法迅速为主,使出来绵密无比,威力不弱过手里有剑,双手能挡住九九八十一只麻雀,不让一只麻雀漏出。
美女拳法(古墓派拳法)——古墓派拳法,轻灵飘逸,每一招皆有模仿一个美女,也可以金铃索来使用。古墓派祖师林朝英所创。拳法每一招都是模拟一位古代美女,将千百年来美女变幻莫测的神韵仪态化入其中,招数名称极有诗意,像红玉击鼓、红拂夜奔、绿珠坠楼、文姬归汉、红线盗盒、木兰弯弓、班姬赋诗、嫦娥窃药、蛮腰纤纤、丽华梳妆、萍姬针神、西子捧心、洛神微步、曹令割鼻,每一招都出自一个历史典故,施展出来或步步生莲,或依依如柳,于婀娜妩媚中击敌制胜。杨过曾以此拳法智胜金轮法王的二弟子力大无比的达尔巴。
玉女心经(神雕侠侣习得)——古墓派内功,以轻灵见长,有克制全真派武学的作用。
玉女素心剑法(神雕侠侣双剑合璧)——古墓派绝顶武学,本为二人用玉女剑法与全真剑法合璧而成,一人的破绽即可为另一人所补,达到二人皆不露破绽的目的,但使这剑法的二人须为情侣,精妙之处方能体会,达到心意相通方能发挥出无比威力。后在周伯通处学得左右互搏术,即可一手使玉女剑法,另一手使全真剑法,而达到一人使此剑法,比之二人同使要快上数倍,威力更胜。
冰魄银针(暗器,李莫愁使用)针身镂刻花纹,打造精致,此针剧毒无比,一碰即中毒,皮肤全成黑色,若被碰破皮肤,顷刻便要丧命。
玉蜂针(暗器,神雕侠侣使用)乃是细如毛发的金针,六成黄金、四成精钢,以玉蜂尾刺上毒液沾过,虽然细小,但因黄金沉重,掷出时仍可及远。
银索金铃索法(可打奇经八脉)以金铃索施展,招式精妙,变幻莫测,以攻敌穴道为主,索式夭矫似灵蛇,圆转如意。

古墓掌门

林朝英不仅容貌才华冠绝天下,更是一个武学奇才。论到武功,修为之高只有「天下五绝」之首「中神通」王重阳可与之匹敌,在四大宗师(东海桃花岛的黄药师,西域白驼山的欧阳锋,南诏大理国的段智兴,北方丐帮洪七公)之上,只因她是女流,素不在外抛头露面,是以外人知道的不多,
声名也是默默无闻。心中恋慕王重阳,而王重阳对她也十分尊敬欣赏。但两人性格皆高傲不群,始终不愿向对方坦然表达爱意,以致未能长相廝守。
林朝英曾在活死人墓门外百般辱骂隐居于墓中的王重阳,连激他七日七夜,王重阳实在忍耐不住,出洞与之相斗。岂知林朝英哈哈一笑,说道:『你既出来了,就不用回去啦!』王重阳恍然而悟,才知林朝英是出于好心,可惜他一副大好身手埋没在坟墓之中,是以用计激他出墓。二人经此一场变故,化“敌”为友,携手同闯江湖。