1951年北京大学医学院第一附属医院建立精神病院,1954年成立精神病学教研室。1954年建立脑电生理学研究室。1962年建立生物化学研究室。1966年迁址到北京医学院第三附属医院,为该院精神科。1980年3月成立北京医学院精神卫生研究所。1982年2月26日世界卫生组织确定我所为国内第一家精神卫生研究和培训协作中心。1987年2月《中国心理卫生杂志》正式创刊出版发行,杂志编辑部挂靠在我所。1989年至1999年成立北京医科大学精神卫生学系,共招收六届本科生。1992年10月6日我所迁入现址,增加北京医科大学第六医院名称。1993年卫生部批准我所建立部属的精神卫生学重点实验室。1997年我院被评为北京市三级甲等专科医院。1998年卫生部批准我所成立国家药品临床研究基地。2000年4月北京大学与北京医科大学合并后,我所更名为北京大学精神卫生研究所、北京大学第六医院。2001年12月我所被卫生部确认为国家级继续教育基地。2002年月批准为精神病与精神卫生学重点学科。2002年6月中国疾病预防控制中心所属精神卫生中心成立,挂靠在我所。2002年7月成立北京大学临床心理中心,挂靠在我所。2004年12月增加北京大学精神卫生学院名称。