一般预后良好。即使病情较严重的脑膜炎、脑炎,大多数病例也于数日内迅速康复,仅少数患者的病程迁延数周之久。肌力减退虽较多见,但也迅速恢复。只有约5%的脑膜炎病例可有肌紧张和智力低下的后遗症。婴幼儿的全身性感染心肌炎、肺炎等,预后较差,病死率也较高。新生儿严重感染的病死率可达80%~90%。年长儿及青壮年发生心肌炎时的预后较好,大多数患者经适当治疗后痊愈;小部分转为慢性,病情有起伏或有反复发作,其中个别病例出现进行性心脏扩大、心功能减退、心律失常等,并易有栓塞并发症。