施今墨对中医理论有很深的造诣,他认为,辩证施治,是中医特长。但传统理论中的八纲辩证并不完善,气血是人体的基础,气血辩证应补充到八纲辩证之中。提出了“阴阳应为总纲,表里、虚实、寒热、气血为余辩证时之八纲。”由之对中医基本理论有了创新性的发展。他还把兵法用于医疗实践,指出,“临床如临阵,用药如用兵,必须明辨症候,详慎组方,灵活用药。”并创立了治疗外感热性病的“七清三解、五清五解、三清七解(即清理与解表药味之比例为7:3、5:5、3:7)诸法。施今墨又是进行中医革新和中西医结合的先驱。早在20年代,就开始应用西医病名。曾提出“中医现代化,中药工药化”的口号。他认为,医学是和死亡作斗争的科学,应该与时俱进,精益求精。他主张中医与西医并存,最早提倡互相结合,取长补短。提出“学术无国界而各有增长。”“诊断以西法为精密,处方以中药为完善。”“无论中医西医,其理论正确,治疗有效者,皆信任之;反之,摒弃不可用也。”施今墨还十分重视和关心中医人才的培养和中医学术思想的传播,为我国中医事业的长足发展做出了重要贡献。1932年他在北京创办了华北国医学院,讲授中西医课程,是中国近代史上第一所新型医学院。还创办过中医学校、中医讲习所和中医研究所等。1954年,施今墨在受到周恩来总理的接见时,还提出建议,成立中医科学研究院、中医医院、中医医学院。在一次中医中药展览会上,施今墨曾就出了治疗胃溃疡、十二指肠溃疡、高血压、神经衰弱、肝硬化、肝脾肿大、气管炎等病的十大验方。据此制成的“高血压速降丸”、“神经衰弱丸”、“感冒丸”、“气管炎丸”等曾畅销海内外。新中国成立后,施今墨曾任北京医院中医顾问、中医研究院顾问、中华医学会副会长等,被邀请担任第二、三、四届全国政协委员。十年“文革”动乱中,施今墨也遭到了迫害。在他极为困难之时,周恩来总理让邓颖超亲去过问,解除了他的饥寒之危。1969年春,他自知不久于人世,写下一首小诗:“大恩不言报,大德不可忘。取信两君子,生死有余光。”嘱家人在他死后呈给周总理。1969年8月22日,施今墨于北京病逝,享年88岁。临终前他还一再叮嘱其子女们:“我虽今后不能再看病,而我的这些经验,对人民是有用的,一定要整理出来,让它继续为人民服务。”根据其遗愿,由祝湛予、程济生、施如瑜(施今墨之女)、施小墨(原名施如雪,施今墨之子)修编的《施今墨临床经验集》一书于1982年由人民卫生出版社