都指挥使司(都司)主管地方军事,明太祖采用卫所制,于1370年于各省设置一都卫,1375年才设置都司管理。都司原隶属大都督府,于胡惟庸案后析大都督府为五,分统诸军司卫所。明朝一共设置十七个都司、五个行都司与一个留守司。其中十四个是与布政使司同名的的都司,其它三个是万全都司、大宁都司和辽东都司。五行都司是甘肃(治甘州卫,今张掖)、西康(治康定府)、绥远(治归绥府)。一个留守司是洪武年间设置的中都留守司(今凤阳)。属羁縻性质的都司中,最有名的有统辖黑龙江、松花江流域和库页岛的奴儿干都司,在政教合一的青藏地区设置有乌斯藏、朵甘二都司(详见明朝治藏历史),另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫。这些具羁縻性质的行政区划与内地的都司、行都司性质不同。