乾隆帝即位之初,辅政大臣鄂尔泰和张廷玉在朝廷各有一帮势力。如果任其发展,对乾隆帝加强自己的君主专制统治将十分不利。乾隆十四年(1749年)十一月,张廷玉以原官致仕时,乾隆帝曾特颁谕旨,许其身后配享太庙,但很快因他未曾亲自谢恩而收回成命,还削去其伯爵爵位。乾隆二十年(1755年),他又制造了“坚磨生诗抄案”,将鄂尔泰的两个亲信胡中藻和鄂昌处死,借此机会将鄂尔泰的牌位也撤出贤良祠。与此同时,他还有丝毫不假手于人,而且在遴选新任官吏时,也注意选拔与上层官僚关系不深的出身寒微之士。经过一段时期的调整,形成了以君主为核心的一支官吏队伍,对全国臣民的控制大大加强了。
戡乱边疆
乾隆初年,大金川日益强盛,该土司头目莎罗奔兴兵攻打小金川,劫持了土司泽旺及其印信。不久,又出兵攻掠革布什札、明正两土司。为了惩治大金川对邻部的侵犯,乾隆十二年(1747年),乾隆帝调动三万大军,分两路进攻大金川。然而,由于当地山势险峻、气候恶劣等许多原因,直到乾隆十三年(1748年)夏秋,清军仍然没有取得什么进展。乾隆帝势同骑虎,又增兵增饷,特派大学士傅恒前往该地指挥作战。傅恒至军后,采取了岳钟琪选锐深入的作战方略。乾隆十四年(1749年)二月,清军进逼莎罗奔老巢勒乌围,莎罗奔被迫乞降。
乾隆十五年(1750年),西藏发生了以郡王珠尔墨特那木札勒为首的地方贵族割据势力的武装叛乱。 以达赖喇嘛为首的广大僧俗和入藏清军联合作战,这次叛乱很快即被镇压下去。乾隆帝意识到让西藏个别贵族拥有过大的权势,很不利于西藏政局的安定和中央政府对西藏的统治。 便于乾隆十六年(1751年),在平叛斗争胜利后,立即废除了旧有的藏王制度,并成立了由四名噶隆组成的西藏地方政府噶厦。不久,又制定《西藏善后章程》,提高了达赖喇嘛和驻藏大臣的权力。
乾隆十五年(1750年)后,准噶尔部上层贵族发生了争夺汗位的内讧。为了摆脱战争灾难,萨喇尔、三策凌等先后率部内迁归附。乾隆二十年(1755年)二月,乾隆帝发兵五万直捣伊犁,向达瓦齐发起进攻。 达瓦齐猝不及防,兵败被俘。不久,归降清廷的阿睦尔撒纳,因统治厄鲁特蒙古四部的野心未能得逞,聚众叛乱。乾隆二十一年(1756年)三月,清军收复伊犁,阿睦尔撒纳逃往哈萨克。命西路、北路进征哈萨克。命大学士傅恒赴额林哈毕尔噶整饬军务。
乾隆二十二年(1757年)春,乾隆帝遣军从巴里坤等地分路进击,叛军溃败,阿睦尔撒纳叛逃沙俄后病死。清军平定准噶尔贵族分裂叛乱的战争,至此取得了胜利 。乾隆二十三年(1758年)初,清朝平定准噶尔大局已定,乾隆帝立即调派满汉官兵一万人南下,讨伐天山南路叛乱的大小和卓。九月,乾隆帝命驻防伊犁大臣兼理回部事务。十月,兆惠军孤军陷叶尔羌,次年(1759年)二月,富德、阿里衮等与霍集占大战呼尔璊,大败之,解黑水营之围。六月,乾隆帝命兆惠进兵喀什噶尔,富德进兵叶而羌,并趁机收复之。七月,清军攻克喀什噶尔、叶尔羌,大、小和卓木逃至巴达克山部被杀,天山南路的叛乱平定。
扬威西南
乾隆二十五年(1760年)七月,乾隆帝因为沙俄驻兵和宁岭等四路,声言与清廷分界,于是谕阿桂、车布登扎布以兵逐之。十月,皇十五子永琰(即后来的嘉庆帝)出生。乾隆三十年(1765年)十一月,云贵总督杨应琚奏报缅甸各部头人内附。乾隆帝以杨应琚病,命杨廷璋赴永昌接办抵御缅军。
乾隆三十二年(1767年) 正月,清军征缅失利,弘历谕杨廷璋回广东。二月,发生了底瓦江之战,清军征缅失利。因此,闰七月,乾隆帝赐杨应琚自尽。缅军趁机入寇中国云南。乾隆三十三年(1768年) 二月,弘历令大学士傅恒赴云南,经略征缅事宜。又于次年(1769年)正月,命阿桂、阿里衮协助傅恒剿缅。因为缅甸气候炎热、烟瘴丛生,清军损失大半。缅甸趁机乞降,乾隆帝命清军班师,缅甸国王孟驳向清朝称臣纳贡。
乾隆三十五年(1770年)七月,小金川与沃克什土司相勾结挑衅,乾隆帝命阿尔泰劝谕小金川。和亲王弘昼、大学士傅恒相继逝世。十一月,土尔扈特蒙古脱离俄国羁绊,返回祖国。乾隆三十六年(1771年)土尔扈特部进入中国境内,乾隆帝命巴图济尔噶勒赴伊犁办理安置事宜。九月,土尔扈特首领渥巴锡等于热河入觐,乾隆帝在避暑山庄万树园封渥巴锡为汗,以下封亲王、郡王等爵。
乾隆三十六年(1771年),大、小金川土司索诺木朋楚克、僧格桑分别攻掠附近土司,乾隆帝决定再度出兵。清军取各个击破之策,先尽全力攻打小金川。乾隆三十八年(1773年)春,清军转向进攻大金川。指挥作战的温福腐朽无能,清军遭到严重失败。乾隆帝又任命阿桂为定西将军,调集军队,重新组织进攻。是年冬,再克小金川,而后,又师出三路,进攻大金川。经过两年的战斗,至乾隆四十年(1775年)底,始将大金川最后平定。这时,乾隆帝决心彻底推行改土归流的政策,在小金川旧地设美诺厅(后改名懋功厅),在大金川旧地设阿尔古厅,皆隶属于四川省,还分别在其险要地区设兵镇守,从此,这一地区最终结束了混乱相争的局面。