原生金绿宝石多产在穿插于超基性岩的含祖母绿云英岩中,地质学者称之为气成热液矿床,同许多祖母绿形成一样,所有金绿宝石和祖母绿往往生长在一起。原生金绿宝石形成后,遭受风化剥蚀便成为砂矿,在一定有利位置富集成矿。著名的斯里兰卡猫眼和变石就是产自砂矿之中。原生金绿宝石还产自伟晶岩脉中,金绿宝石是熔融挥发组分作用的结果。由于一些可熔矿物的结晶,导致伟晶岩脉的形成。沿着围岩的裂缝和断层形成岩脉,金绿宝石在其中形成孤立的晶体,在伟晶岩脉中与金绿宝石共生的矿物还有绿柱石(包括祖母绿)、碧玺和磷灰石。伟晶岩脉围岩多是古老变质岩(片麻岩),有可能是金绿宝石的源岩。