叶尔羌汗国实行分封制,每位汗登基后的首要工作就是分封近亲和功臣。受封者是封地的总督。封地不能世袭,但是当某个总督的势力发展到足以与汗抗衡时,封地便成为世袭了。汗国的官制较为复杂,汗廷的最高行政官是宰相,地方官主要由汗廷委派的行政官员。叶尔羌汗国时期,宗教势力——和卓是不可忽视的力量,在汗国后期他们把持和操纵着政权。清朝前期,在新疆实行军府制,并在维吾尔聚居区采取了许多新的政策,其中最主要的就是改革了伯克制,即分散阿奇木伯克的权利,废除世袭制为任命制,并规定伯克的养廉、俸禄办法,尽量限制伯克无端搜刮百姓,但是伯克仍旧是独霸一方的封建领主。1884年,清朝政府在新疆建省,废除了伯克制度,削弱了地方封建割据势力,实现了新疆与其他各省行政制度的一致,实行更为直接的统治。辛亥革命后,新疆进入了军阀统治时期。杨增新、金树仁政府基本上承袭了清朝末年的制度,保留了封建王公制。盛世才统治前期,为了稳定局势,争取民心,巩固统治,制定并执行“六大政策”,这在客观上稳定了新疆的政治局势。随着时间的推移,盛世才暴露他军阀本性,彻底投靠国民党蒋介石,新疆完全处于国民党中央政府的直接统治之下。1949年9月,新疆和平解放。党中央立即在新疆设立中共中央新疆分局,并相继在新疆建立了各级党的领导机关。1949年12月17日,在党的领导下,由新疆各族各界代表联合组成的省人民政府宣告成立,包尔汉任人民政府主席。省人民政府彻底废除了历来反动统治者执行的民族压迫政策,保证了各民族一律平等和各族人民当家作主的权利,并在全疆开始土地改革运动。1953年12月22日,经中央人民政府批准的《新疆省民族区域自治实施办法》正式发布。在新疆先后成立了巴里坤哈萨克自治县、木垒哈萨克自治县、焉耆回族自治县、察布查尔锡伯自治县、和布克赛尔蒙古自治县、和昌吉回族自治州、巴音郭楞蒙古自治州、博尔塔拉蒙古自治州、伊犁哈萨克自治州。在这个基础上,1955年10月1日新疆维吾尔自治区正式成立,首府设在乌鲁木齐。民族区域自治的实施,进一步实现了维吾尔族和新疆各族人民当家作主的愿望,大大提高了各族人民的积极性。新疆维吾尔自治区人民代表大会及其常委会根据民族区域自治法赋予的权力和新疆的实际,制定了适应新疆特点和需要的各种法规和决议。