(一)性质不同。起诉期限是行政诉讼上的概念,是指公民、法人或者其他组织不服行政机关作出的具体行政行为,而向人民法院提起行政诉讼,为法院立案受理的法定期限,是不变期间,不适用中止、中断、延长。一是直接起诉的。如,除不动产的具体行政行为从作出之日起最长20年、其他具体行政行为从作出之日起最长5年提起诉讼外,其他的应当自知道或者应当知道作出具体行政行为之日起6个月内提出。二是经行政机关复议后起诉的,在收到复议决定书之日起15日内向人民法院提起行政诉讼。而诉讼时效是民事诉讼上的概念,是请求保护民事权利的诉讼时效,除法律特别规定外,有法定事由,一般适用中止、中断、延长,是可变期间。
(二)法院处理不同。在行政案件中,人民法院均应依职权主动审查起诉期限。人民法院认为超过起诉期限的是裁定不予受理。如在立案受理时未查明,但在审理过程中查明已超过起诉期限的,裁定驳回起诉。而民事案件中,诉讼时效届满后,权利本身及请求权并不消灭。当事人在超过诉讼时效后起诉的,人民法院应当受理,并应及时作出判决。
(三)起算时间点不同。起诉期限是从知道作出具体行政行为之日起计算。这里的“知道”是指行政机关在作出具体行政行为时,书面告知行政相对人。而诉讼时效是以权利人知道或应当知道自己权利被侵害之日起计算,这样的立法宗旨是基于行政活动效率优先、效力恒定的要求。