原位合成法主要为光引导聚合技术( Light-directed synthesis ),它不仅可用于 寡聚核苷酸的合成,也可用于合成寡肽分子。光引导聚合技术是照相平板印刷技术( photolithography )与传统的核酸、多肽 固相合成技术相结合的产物。半导体技术中曾使用照相平板技术法在半导体硅片上制作微型电子线路。固相合成技术是当前多肽、核酸人工合成中普遍使用的方法,技术成熟且已实现自动化。二者的结合为合成高密度核酸探针及短肽阵列提供了一条快捷的途径。以 合成寡核苷酸探针为例,该技术主要步骤为:首先使支持物 羟基化,并用光敏保护基团将其保护起来。每次选取择适当的蔽光膜( mask )使需要聚合的部位透光,其它部们不透光。这样,光通过蔽光膜照射到支持物上,受光部位的羟基解保护。因为合成所用的 单体分子一端按传统 固相合成方法活化,另一端受光敏保护基的保护,所以发生 偶联的部位反应后仍旧带有光敏保护基团。因此,每次通过控制蔽光膜的图案(透光与不透光)决定哪些区域应被活化,以及所用单体的种类和反应次序就可以实现在待定位点合成大量预定序列寡聚体的目的。该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列。例如,合成 48 ( 65536 ) 个探针的 8 聚体寡核苷酸序列仅需 4 × 8=32 步操作, 8 小时就可以完成。而如果用传统方法合成然后点样,那么工作量的巨大将是不可思议的。同时,用该方法合成的探针阵列密度可高达到 106/cm2 。不过,尽管该方法看来比较简单,实际上并非如此。