吕公堡建村于唐朝,因村西北有吕公墓(传说为吕洞宾墓)而得名,属河北道莫州长丰县。后晋天福元年(936年),石敬瑭割幽云十六州给契丹,吕公堡属契丹。后周显德六年(959年)柴荣收复。北宋熙宁六年(1073年),省长丰县为镇并入任丘县,吕公堡属之。清初设吕公堡镇。清乾隆二十四年(1759年)为吕公堡社,辖27村。民国二十八年(1939年)3月,中共任丘县抗日民主政府将任丘全县划为9个区,吕公堡公路以南为五区,公路以北为七区。民国二十九年(1940年)8月,任河县成立,五区划归任河县。1949年10月,任河县撤销,吕公堡属任丘十区管辖。1953年5月,设立吕公堡乡,属任丘四区管辖;设立李花乡,属五区。1958年,吕公堡乡与东方红人民公社实行政社合一体制。1960年,改吕公堡乡为吕公堡人民公社。1983年,撤销吕公堡人民公社,恢复吕公堡乡建制。1985年,撤销吕公堡乡,设立吕公堡镇。1986年3月,任丘撤县设市,吕公堡镇仍属任丘。