1965.12.01,经政府批准,成立东莞县中医院,属集体所有制医疗卫生事业单位。暂借他址设门诊部(一门诊)和病床30张,职工28人。1966年,东莞县人民医院中医科并入,并调进多位中医名家。同年,在东正路设立东门门诊部(二门诊)。1978年,由政府拨款兴建的东莞县中医院大楼竣工启用,为住院部和门诊部(称三门诊),病床增至80张。1979年,经上级批准,医院由集体所有制转为全民所有制医疗卫生事业单位。1981年,以县中医院为主体的东莞县中医学会成立,并挂靠医院开展工作。1984年,在政府的支持下,新建的运河门诊(一门诊)大楼建成启用,为综合性门诊,并设综合病区25张病床。1985年,医院成立“老年病防治研究所”,增添人员设备,开展老年病调查研究工作。 同年,随县改市制,医院更各为东莞市中医院。1986年,医院在中兴路搬运站旁设立“中兴门诊部”(称第四门诊部)。1988年,院部新建六层的住院楼落成使用,病床增至260张。中心门诊(三门诊)增开设口腔、按摩和中医妇科。同年,医院原股级升格为科级单位。1989年,医院“体外震波肾结石治疗中心”开业。同年,经上级批准,医院升格为副处级医疗卫生事业单位,下设六个科级职能部门。1993年,进口全身CT扫描仪投入使用,极大地提高医院的诊断水平。1995年,经上级批复,成立“东莞市中医药研究所”,实行两个牌子,一套班子管理和开展工作。同年,医院被评定为“三级甲等中医医院”、省“广东省示范中医院”。1997年,医院被省高教厅、卫生厅批准为“广东高等医学院校教学医院”。2000年,医院引进河南省中医药研究院项目——高血压病辨证分型个体化治疗系统。成立“中医高血压(东莞)医疗中心”,并在步步高门诊(二门诊)开业。2001年,由市政府拨款及医院自筹部分资金兴建的十二层建筑面积达19000多平方米住院大楼建成使用,病床增至351张。同年,医院“专科、专病、专家”门诊正式应诊。2002年,美国进口大型设备——核磁共振(MR)安装调试完毕,正式投入使用。2003年,医院中心门诊(三门诊)改扩建工程完成启用,极大改善工作环境和就医条件。2004年,医院增设骨四科和儿科病区及门诊,使用病床增至408张。2005年,医院在东城区开设“怡丰门诊部”,为邻近10多万社区人民服务。