中南同济医学院从1949年开始,为配合新中国教育资源统筹布局,同济大学历经多次院系调整,由一所文理医工法学科齐全的综合性大学变成一所以土木、建筑类专长的工科大学。1950年2月,为了支援湘鄂粤桂豫赣六省(中南区)医疗卫生事业,上海同济大学医学院迁往湖北武汉,与武汉大学医学院(第一届学生尚未毕业)合并,命名为“中南同济医学院”。1954年10月,由武汉大学医学院附设医院与汉口协和医院合并的武大、协和合作医院,成为中南同济医学院教学医院。后更名为中南同济医学院第一附属医院(现为武汉协和医院)。1955年5月,上海同济大学医学院附属同济医院正式迁入武汉,并更名为中南同济医学院附属第二医院(现为武汉同济医院)。武汉医学院1955年8月,中南同济医学院更名为武汉医学院。同年,山东医学院卫生系学生及部分教师调整来汉与该院公共卫生学馆师生合并,建立了卫生系。1956年,学院开始招收研究生。1962年,经卫生部批准,武汉医学院在全国医学院校中第一批改为六年制。同年,在医学系增设了德语医学班,并在部分年级开设了德语普通班。从1966年开始,“文化大革命”导致十年动乱,学校连续5年未招收学生。1972年,增设药学系。1978年,学校在卫生系基础上增设环境医学专业。从此,全院各学科恢复招收研究生。1980年,医学系恢复德语医学班,学制为六年。1981年11月,经国务院学位委员会批准,学校为首批博士、硕士和学士学位授予单位。1982年,建立卫生管理干部培训中心,并开设三年制卫生管理专修课。同济医科大学1985年7月,武汉医学院改名为同济医科大学。1986年,成立法医系。1987年2月,在马列主义教研室的基础上,成立了社会科学部。1991年,成立妇幼卫生系,并被批准建立基础医学博士后科研流动站。1992年10月,“中国医学科学院武汉分院”挂牌学校。1993年,“中国预防医学科学院武汉分院”挂牌学校。同年成立预防医学系、环境医学系、卫生管理系、教育技术中心。