1. 您私扣公款的行为是不对的,这让在整个事件中很被动。
2. 老板收取押金的行为是违法的。
3. 您与机构签订的是什么合同?实习/劳动或者是劳务?合同中是否明示了工资?
4. 您说的只干三个月在合同/协议中是否有明示?您是否已经转正?
......
您可以向学校老师说明情况的,个人觉得学校老师更清楚相关问题,他们也遇到过类似情况,会为您说话的,不必担心学校这边的事情,至于工资的问题,需要了解上述问题才能有有用的建议。