整个长江水系,包括各附属湖泊,共分布有鱼类350种,其中终生在淡水中生活的纯淡水鱼有324种之多,大大超过我国其他江河的淡水鱼种类数(珠江有淡水鱼239种,黄河仅有150种)。长江的鱼类中,有10种是过河口洄游性鱼类,如降河洄游的鳗鲡、松江鲈,溯河洄游的中华鲟、鲥鱼等;另外还有16种是主要在河口区咸淡水生活的种类,但在下游的淡水中经常可寻觅到它们的踪迹,如鲻、suo、花鲈等。至于偶尔在河口见到的海产鱼类,就不能算作长江的鱼类了。
在长江的鱼类中,鲤形目鱼类占绝大多数,计有248种,占整个长江鱼类种数的70.8%。其次是鲇形目鱼类,有37种,占10.7%。长江的鲤形目鱼类分属于4个科,亚口鱼科仅有胭脂鱼一个种,鳅科有50种,鲤科181种,平鳍鳅科16种。鲤科不但是长江鱼类中最大的一个科,占了总数的51.7%,而且长江的主要经济鱼类,如鲤、鲫、青鱼、草鱼、鲢、鳙、鲂、 鳊、鲴、铜鱼等,都属于这个类群。同时,鲤科中所有的11个亚科,在长江内都有分布。特别是适应于高原环境的裂腹鱼亚科鱼类,在长江水系多达24种,而其他发源于青藏高原的河流,通常仅分布这一亚科鱼类的少数几种。