与业务进展不同的是,近十几年来,同仁堂在集团化转型上可谓是高歌猛进。2000 年10月,同仁堂科技从同仁堂股份中分拆,并以20倍的超额认购在香港创业板上市成功。而2013年5月,同仁堂科技再分拆其附属公司同仁堂国药登陆港股。截止目前,同仁堂集团在内地及香港已经拥有三大资本运作平台:同仁堂A、 同仁堂科技和同仁堂国药。
与之配套的是,同仁堂也正在向多元化集团模式挺进。2011年,同仁堂下属10家子公司重组已经启动,其计划将10家子公司整合,重组后包括同仁堂股份集团、同仁堂科技集团、同仁堂国药集团、同仁堂健康药业集团、同仁堂药材集团与同仁堂商业集团在内的六大二级集团。