2017年10月31日,厦门轨道交通集团公布《厦门市城市轨道交通第二期建设规划调整(2016~2022年)环评公众意见征询》。根据调整内容,第二期拟新增3号线三期项目,长约7.8千米,并调整6号线一期局部线路。2020年1月23日,中国国家发展和改革委员会批复了《厦门市城市轨道交通第二期建设规划(2016~2022年)调整方案》。根据调整内容,第二期拟将3号线二期终点延伸至厦大南门站,增设车站4座,增加里程7.35千米。5月,厦门轨道交通集团发布《厦门市轨道交通3号线南延段工程环境影响评价第一次信息公告补充说明》。