简(Jane)写有《霍金:前妻回忆录》(上)(下)。1995年迎娶伊莲,他开心地表示,“好棒,我已与我爱的人结婚”。简则与琼斯结婚,她于1999年发表了一本回忆录《移动星星的音乐》,描述她与霍金婚姻的生活点滴与破裂之缘由,无以遮掩的曲折情节立即在大众传媒引起了一阵轰动。如同他往常处理关于自己私生活的方式,霍金并没有做出任何公开回应,他只表示从不阅读关于自己的传记。霍金再婚后,他的家人很少有机会与他见面,他们怀疑霍金可能遭到虐待。2004年初,媒体报导,霍金遭到第二任妻子虐打,这消息立刻轰动全世界。为此,霍金在医院病床上发表声明,指称这消息失实,并表示“我全心坚决驳斥说我遭到虐待的说法。媒体的报导纯属虚构,有人散播这样不实的消息,令我感到失望。……我妻子与我相爱。今天我还能活着,完全是因为她。我要求媒体尊重我的私生活,让我专注于从疾病中恢复健康。”然而外界传出霍金身上出现多处神秘伤痕,手腕骨折,脸部和嘴唇有很深的切口。同年3月,英国警方正式向霍金询问了解相关情况,并向先前照顾霍金的护士查问并且索取资料,但由于霍金不愿意提出控诉,警方最终只好结束案件。