地下水阜康地区跨越两个不同的大地构造单元,即山区和平原区。因自然分带显著,决定阜康地区的地下水由南至北呈带状分布。海拔3000米以上的高山区,常年冰雪覆盖,该区岩石裂隙发育,冰雪消融水直接通过基岩裂隙下渗补给地下水。海拔1800-3000米的中山带,大气降水较为丰富,加之高山冰融水的补给,常常形成地下水富集带,多呈泉水排泄。海拔800-1800米的低山丘陵带,气候干燥,主要以河水渗漏补给地下水,山间盆地及河床中堆积着较厚的砂卵石是地下水赋存的良好条件,但一般水量不大,埋深大于50米。海拔600-800米为细土平原区,在洪积扇缘至沙漠边缘一带,构成广泛的承压自流斜地,赋存有丰富的孔隙水及承压自流水。