巧克力囊肿可以吃药治疗。对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗,使其缩小至完全消失;而对于较大的则以手术治疗为先,以防其因身体运动引起缔结扭转或破裂。另外,口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。现在可以采用最先进的腹腔镜手术治疗。