《水经》第一次系统叙述了全国水道。在此前,在我国古代文献中记水文的有《禹贡·导水》、《史记·河渠书》、《尔雅·释水》、《汉书 ·沟洫志》等篇。但《禹贡》只记全国9条主要河流,且内容过略;《河渠书》、《沟洫志》以记黄河流域的水道、航运、灌溉、水害和治理为主,不记全国河流;《释水》多对水文现象、水系和水成地形进行解释。而《水经》系统记述了全国河流,内容包括河流源地、流向、归宿,以及所流经的地域和主支流的空间分布与次序。据《唐六典·注》称,此书所记水道有“百三十七”,每条水道,各成一篇,末附《禹贡山水泽地所在》60条。后由于辗转传抄,经文与注文混淆一起。清代学者全祖望和赵一清反复考证研究,纠正了混淆问题。
今本《水经》(附《水经注》中)存123篇,后附日南水名20个,全书共载单篇水名143个,从书中内容看,基本上反映的多是东汉的情况,上搀有一些西汉的、下搀有一些三国初的情况。原书有些是谬记笔误,但多数所记是当时的实际情况。其中确有与郦道元所注水道不同的,可借以研究东汉、三国和南北朝时期的水道变迁。对照《史记·河渠书》、《汉书·沟洫志》等,还可研究西汉至三国初的一些河流水道的历史变迁。而且,它的记述水系的方法,是古代人关于水系观念进一步成熟的产物和标志,也一直为后世学者推崇和定用。
本书的不足,除一些记叙的错误外,全书记述还过于简单,字句亦多讹误。郦道元为《水经》作注,指出了《水经》记载的一些错误,并使《水经》能保存至今,还发扬光大了《水经》的精华。