由于左心房压力1.07~1.30kPa(8.10mmHg)比右心房0.4~0.67kPa(3~5mmHg)高,房间隔存在缺损将使左心房血流向右心房分流,分流量的多少决定于心房压力阶差和缺损大小。幼儿期,两侧心房压力比较接近,分流量不大,临床症状也不明显。随着年龄增长,房压差增大,左向右分流量逐渐增多,可达到体循环血流量的2~4倍。右心负荷加重,使右心房、右心室和肺动脉逐渐扩大,肺动脉压力上升。初期肺小动脉痉挛,以后管壁内膜增生和中层增厚,管腔狭小和阻力增加,终于导致梗阻性肺动脉高压。右心房、右心室压力随之增高,分流量减少,甚至发生右房向左房逆流。
原发孔缺损伴有大瓣裂损时,二尖瓣的返流使左向右分流量增多,肺动脉高压出现较早。