珊瑚礁群落内环境有异,其深度、温度、清晰度、宁静度及食物的种类随位置而改变,因此成千上万种生物都能找到所需的生存环境。估计有1400多种鱼、甲壳和贝类动物、海葵、蠕虫、海绵和鸟雀在大堡礁及四周安家;珊瑚只占其中10%。海参吐出的细碎贝壳和沙粒沉人海底,就会填补珊瑚底基的裂缝,对保护礁石起着关键作用。珊瑚礁的生态坏境平衡得异常微妙,稍有改变就会受到破坏。在20世纪六七十年代,刺冠海星的数量激增。由于刺冠海星会把消化液吐在珊瑚上,令珊瑚死亡,大堡礁的生态因而受到威胁。