2000年后,浙江省和杭州市先后批准成立杭州良渚遗址管理区和管理委员会,出台了管理条例和保护规划,以加强良渚遗址的保护力度。2007年起,在良渚遗址发现了占地约3平方公里的良渚古城,之后还在古城之外,发现了占地约8平方公里的外城郭迹象。2007年9月,在莫角山北侧的河池头村发现了东西分布的底部铺垫石头的类似遗迹,东段与雉山相接。10月下旬,在莫角山东侧找到了南北向分布的相关遗迹;11月找到了莫角山南侧的相关遗迹。考古人员初步判断,这种底部铺垫石头的遗迹应是良渚文化时期围绕莫角山四周的古城墙。12月,为保护良渚遗址,当地的农民需外迁安置,当地政府打算在瓶窑葡萄畈遗址高地西侧建农民房。在建房前,因为良渚遗址的特殊重要性,考古队先进场试掘。谁料一挖下去得到了意想不到的收获,考古队员先发现了良渚时期的古河道,又发现了几块人工堆筑的石块。由于这一遗迹位于良渚的最重要地带———莫角山遗址西侧平行约200米,考古人员推测这可能是莫角山遗址的西城墙。于是,省考古所向国家文物局申报了在莫角山周边的考古调查,并得到了批准。在古城墙边的护城河里,还发现了很多碎陶片,都是良渚文化晚期的。正是这些出土的陶片让专家在2007年作出判断:良渚古城的年代下限是公元前2300年。