根据《民法典》规定,合同不生效、无效、被撤销或者终止 的,不影响合同中解决争议方法的条款的效力。建设工程施工纠纷尽管在民事诉讼中适用不动产专属管辖,但在合同约定有仲裁条款的,应适用仲裁条款,这也是符合仲裁法规定的。