1962年,新疆伊犁、塔城地区先后发生了边民越境事件。根据国家部署,兵团调遣了1.7万余名干部、职工奔赴当地维护社会治安,施行代耕、代牧、代管,并迅速在新疆伊犁、塔城、阿勒泰、哈密地区和博尔塔拉蒙古自治州等长达2000多公里的边境沿线建立了纵深10公里到30公里的边境团场带。这对于稳定新疆、维护国家边防安全发挥了不可替代的重要作用,改善了国家西北边防的战略态势。到1966年底,兵团总人口达到148.54万,拥有农牧团场158个。“文化大革命”期间,兵团屯垦戍边事业受到严重破坏。1975年3月,兵团建制被撤销,成立新疆维吾尔自治区农垦总局,主管全疆国营农牧团场的业务工作。1981年12月,中央政府决定恢复兵团建制,名称由原有的“中国人民解放军新疆军区生产建设兵团”改为“新疆生产建设兵团”,兵团开始了二次创业。30多年时间里,兵团对国有农牧场进行了大包干责任制、兴办职工家庭农场、企业承包经营责任制、发展多种经济成分等方面的改革,兴办工业,建设城镇,兵团的屯垦戍边事业不断迈向新的阶段。1986年,兴办各种家庭农场4.46万个,划给职工家庭宅基地3.1万公顷,户均0.13公顷,发展庭院经济。工业调整结构,实行厂长(经理)经营承包责任制,搬掉干部“铁椅子”,解放了生产力,推动了各项事业的发展。1990年中央政府批准兵团在国家实行计划单列。兵团在继续作为新疆维吾尔自治区的重要组成部分、接受自治区领导的同时,逐渐由中央政府有关部门对口管理。2012年,兵团下辖14个师市(其中包含1个建筑工程师)及185个农牧团场(其中包含11个建筑工程团),插花地分布在新疆维吾尔自治区境内。2012年12月24日,新疆生产建设兵团举行兵团农业师更名暨揭牌仪式。经中央批准,兵团13个农业师的名称由“新疆生产建设兵团农业建设第某师”更名为“新疆生产建设兵团第某师”。2014年5月12日,根据中央编办的批复,“新疆生产建设兵团建筑工程师””加挂“新疆生产建设兵团第十一师”建制名称。2017年10月,武警新疆生产建设兵团指挥部整编为武警兵团总队。20世纪80年代以来,兵团的武装连队改编为武警,整编为武警新疆生产建设兵团指挥部及其隶属的各支队、大队、中队。兵团军事部(副军级)执行省军区的职责权限,即兵役动员、预备役编组、民兵工作等。兵团的各支民兵应急反应分队是新疆维护稳定、处置突发事件的重要力量。