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后来,农民起义军攻破城池,崇祯帝自缢煤山。由于局势混乱,太子朱慈烺出宫后的下落便变得扑朔迷离起来,在当时就已经传闻纷起。其中第一种说法是,崇祯太子后被清廷处死。如《国寿录·崇祯太子》和《甲申传信录》(作者钱粤只,明末清初人)中都有这样的记载:当时,太子趁乱逃出皇宫,被一位老太太收留。当老太太得知他是太子,便让他隐姓埋名,在家藏匿三个月之久。后来老太太衣食无着,无力供养太子,就想办法把太子送到了其亲属周奎家。这周奎胆小怕事,不敢收留,甚至听到清廷的搜捕令后,立刻将朱慈烺上交了刑部。清朝统治者得到朱慈烺后,恐怕朱慈烺会成为明朝遗民的精神支柱,于是将他处死,斩草除根。
第二种说法是,被李自成俘获。
《明史》记载:“京师陷,贼获太子,伪封宋王。”李自成进城后,受命保护皇子的太监怕受牵连,又见李自成下了悬赏令,便把太子献给了李自成。
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李自成为了笼络人心,将朱慈烺留在军中,并将其作为招抚吴三桂的人质。后来,李自成被吴三桂与清军击败,他不得不与吴三桂议和,作为条件之一,把太子交给了吴三桂。后来太子逃出了吴三桂军营,至于以后的行踪,有人说太子被带到了皇姑寺,也有人说太子死于乱军之中,但还有人认为,李自成交给吴三桂的是假太子。
第三种说法是,出家为僧。
据广东嘉应(今梅县)地区的传说,太子朱慈烺随李自成西去途中,与当初的东宫侍读李士淳一起逃走,到了嘉应州阴那山灵光寺削发为僧。辛亥革命后,李士淳的后人李大中在《二何先生事略》一文中公开宣称其祖先曾救过崇祯太子,文中称,李氏淳也曾想以太子为号召反清,但是随着清军席卷江南,大局已定,反清无望,太子只好绝望地剃度为僧,以了残生。
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还有人说,朱慈烺逃奔了南明小朝廷。朱慈烺出宫后,颠沛流离、隐姓埋名,辗转至南京弘光小朝廷。福王朱由崧召集大臣马士英对他进行盘问,自然对答如流,很多人都认为是真的。可是福王为了稳定自己的帝位,拒不承认太子为真,有言太子为真的皆杀。后来清军攻破南京,朱慈烺被掳,从此下落不明。
综上所述,由于有关崇祯太子的记载出入很大,流传下来的传说又难辨真假,因此,时至今日,这位明朝末代太子的下落仍然是个谜团。