平安时代即以平安京(京都)为都城的历史时代,始于794年(延历十三年)桓武天皇迁都平安京,终于1185年(文治元年)镰仓幕府成立,历经400年。庄园制度让开垦耕地的人永久拥有耕地,他们结合成利益集团,更武力兼并庄园,渐成各地武家实力的来源。镰仓时代源赖朝平定平氏后,建立以镰仓为全国政治中心的武家政权时代。始于1185年(文治元年)镰仓幕府成立,终于1333年(正庆二年、元弘三年)幕府灭亡,历经149年。始期另有1180年说、1183年说、1192年说(源赖朝出任征夷大将军)。在北条时宗在位的时候,元世祖忽必烈曾两次侵日未果。后期,幕府的统治日渐衰败,无法维持,终于后醍醐天皇举兵,然后被讨伐大将、上野大族足利尊氏的倒戈而灭亡。南北朝时代后醍醐天皇消灭了镰仓幕府后,就进行了第一次的王政复古,推行新政,史称建武新政。足利尊氏迫后醍醐天皇退位。新天皇光明天皇策封他为征夷大将军,是为北朝。后醍醐天皇退位后持着天皇象征的三神器退往大和的吉野(今奈良县),是为南朝,至此南北朝终于形成。室町时代足利氏原是上野豪族,而且更是镰仓幕府将军源赖朝同族,足利尊氏在京都的室町开设幕府,是为室町幕府。南北朝的统一是第三代将军足利义满进行的,他统一了以后,曾企图篡夺皇位。但在他死后,第四代将军足利义持阻止了此事。由于当初足利氏为了对付南朝,必须于京都开设幕府,而在镰仓设公方府,引来了关东大乱。在第八代将军足利义政在位的时候,因继承权问题爆发了应仁之乱,自此幕府的权威日下。原本受幕府策封于各地的守护大名,有的渐渐被守护代(副官)、家臣、国人篡夺政权,有的可以保持政权至战国时代。从应仁之乱开始,至足利幕府灭亡,称为战国时代。安土桃山时代天正元年(1573年),织田信长放逐了末代将军足利义昭,足利幕府宣告灭亡。后逐渐成为全国最强大的军事首领,并开始积极拓展统治版图,直到天正十年(1582年)消灭甲斐大名武田氏为止,已几乎完全控制近畿与东海地方,并将势力延伸至中国地方、甲信越地方、四国地方以及北陆地方,此时的全国实际政治中心也转移到安土城的织田氏手上。同年,部将明智光秀发动本能寺之变,织田信长死去(或说失踪),其长子兼织田家家督织田信忠败给明智光秀后自杀,整个织田氏顿时陷入混乱。1584年,羽柴秀吉与东海地方大名德川家康爆发会战,双方经过一番对峙后进行和解并结为同盟,同年,大坂城完工,羽柴秀吉以此为根据地,开始进行统一全国的计划。经历四次的大规模讨伐后,1590年,接受天皇赐姓丰臣的秀吉完成全国大致上的统一,1598年,丰臣秀吉去世,全国再度陷入混乱。江户时代1603年(庆长8年)至1867年(庆应3年)间被称为江户时代,于江户设置了江户幕府。政治一安定经济也跟着发展,在德川纲吉时代景气良好,商人与町人盛行元禄文化。江户时代中叶,幕府财政陷入困境,德川吉宗实行享保改革暂时恢复了财政,却又再度恶化。幕府末年被欧美各国逼迫开国,经由马修·培里来航而签下了日美神奈川条约等不平等条约使得锁国崩裂。随着开国与尊王攘夷思想强盛,幕府大老遇刺身亡与萨英战争都令幕府的权威一落千丈,最终德川庆喜先后把政权与领地交还朝廷,史称“大政奉还”。明治年间(1868年―1912年)称为明治时代。经过王政复古大号令及戊辰战争后,拥戴朝廷的诸藩,成立了明治大日本帝国政府。旧藩士在新政下生活困苦,演变成西南战争,后来渐渐恢复秩序。新政府积极引入欧美各种制度及废藩置县等等,这些各项改革被称为明治维新。一方面,新政府确立国家制度,如设立帝国议会及制定大日本帝国宪法;一方面,又以培植产业及加强军力(富国强兵)为国策推进,急速地发展成近代国家。此外,1879年染指清朝朝贡国琉球国,并改设为冲绳县。日本又在1894年甲午战争及1904年日俄战争中取得胜利,通过《马关条约》等不平等条约,割占台湾及其附属岛屿(含钓鱼岛),强占东北南部。1910年吞并朝鲜。文化上,日本从欧美传入了新的学问,艺术;带有未曾在日本出现过的个人主义小说,文学开始出现,与江户时代以前不同的文化展开了。宗教上,改变了以往神佛合流的现象(神佛分离),出现了打压佛教(废佛毁释)等等的运动。