剑桥大学成立于公元1209年,最早是由一批为躲避殴斗而从牛津大学(University of Oxford)逃离出来的老师建立的。12世纪,方济会修士、本笃会修士和圣衣会修士,来到这片平坦、潮湿的沼泽区定居,剑桥郡由此诞生。1209年,牛津大学的两名经院派哲学家被控谋杀了一名妓女,牛津郡法庭将他们判处绞刑。为了表示抗议,牛津教师们有一段时间停止授课,纷纷离去,其中一部分人来到了剑桥郡,创建了剑桥大学。1225年左右,剑桥的教师们就从他们当中选出了一位校长,他的权力得到了亨利三世国王的批准,大学的自主管理就由此而来。不久之后,1233年,格雷戈尔九世教皇也批准了,这种教会特权牛津直到1254年才享受到,亨利三世及其继承人的法令确保了这两所大学的垄断地位。一直到19世纪,整整六百年,牛津和剑桥都是英国仅有的大学。欧洲其它地方没有哪里有这种垄断的。跟牛津一样,剑桥的这所大学一开始也没有自己的房子。他们在租来的房子里讲课和生活,哪里有地方就在哪里。大学生们从一开始就住在旅舍里,由店主负责监督。1231年,亨利三世国王在授予剑桥教学垄断权。1280年,在这种私人旅舍被有着自己的校舍和捐款的学院取代之前,全城已经有34家这种大学生公寓了,捐款能保证学院的持久性和独立性。1284年,艾利修道院的休·德·巴尔夏姆主教创办了剑桥的第一所学院——彼得豪斯学院。直到学院有章程前它依照的都是牛津的早它20年的主教学院——墨顿学院的模式。剑桥毕业生从前就有最理想的就业机会,尤其是在1347~1348年的那场夺走了英国近三分之一人口的瘟疫之后,对受过良好教育的牧师、管理人员、法学家、医生的需求增加了。1370年前后剑桥共有八所学院,大约20多家旅舍。整个大学有将近700人。