「如果我变成了坏人,你会原谅我吗?」少年想要守护少女,曾经如此地想过围绕着能够实现一切愿望的许愿器「圣杯」,名为「圣杯战争」的生死争夺之战再度于冬木市上演,
继承父亲的遗志「卫宫士郎」决定参与这场斗争……在士郎身边,有着仰慕他的少女「间桐樱」,她每天早晚都去士郎家里料理餐点,与无依无靠的士郎一同度过温和的日子。随着圣杯战争展开,流动在冬木市的空气发生了变化。各地发生了杀人事件,不祥的空气开始流动,士郎决心让樱留在自宅之中。但这场战争却随着各种暗中活动产生了巨大错位,一切的一切都开始产生扭曲……