南宋绍熙五年(1194年),广南西路经略安抚使、知静江府朱晞颜修灵渠,于十二月初动工,至月底竣工,计用工25万,用钱300万缗。元至正十四年(1345年),岭南广西道肃政廉访副使乜儿吉尼修灵渠,于九月动工,至第二年一月竣工,计用工14.8万,用钱5000缗,修复了铧堤及陡门的溃坏处,舟楫以通。明洪武二十九年(1396年),监察御史严震直主持修灵渠,动用民夫9110余人,于九月十一日兴工,十一月底竣工,修成渠堤岸长126丈,阔6.6丈尺、高5尺,筑渼潭及龙母祠前土堤151丈、阔5丈、高0.5丈,增高中江石岸45丈,疏渠道5159丈,修斜坡、湎坡、泄水坡5处,砌灌田水涵24处,砌陡岸36处,共用石块石板2.8万块,桩木1.55万余根,石灰67.49万余斤。这次维修,由于加高了大、小天平,2座溢洪水涵泄水量较小,遇洪水时则冲毁堤岸,洪水尽流向北渠,南渠水浅,既不能通航,又影响农田灌溉。因而于永乐二年(1404年)二月,修复如旧。明代另一次较重要的灵渠维修是成化二十一年至二十三年(1485~1487年),由于洪水泛滥,渠堤毁坏严重,由全州知府单渭主持维修。“用巨石以?铧嘴,措鱼鳞,缮渠岸,构陡门”(孔镛《重修灵渠记》),三十六陡中凡有缺坏者均修葺一新。这是有关大、小天平坝上采用鱼鳞石护砌的最早记载。清康熙五十三年(1714年),天平石诸险工倾决殆尽,陡门仅存14座,巡抚陈元龙率通省官员捐俸修治,重修被毁的大小天平由原来用巨石平铺坝顶,改砌成龟背形,将累卵状的鱼鳞形石改用长石直竖。陡门修整了尚存的14座,将已废弃的22座陡门修复了8座。凿去湘江及漓江险滩礁石19处。陡门过去皆用丛石砌筑,这次全用巨条石合缝浆砌,用银2.4万两有余。乾隆十九年(1754年)两广总督杨应琚奉旨修灵渠,由桂、平、梧、玉观察使富明安任总修官,庆远府同知查礼为协修官,兴安县令梁奇通任承修官。于乾隆十九年十一月十七日至十二月二十八日,和乾隆二十年春至三月二十四日两阶段整修,计修堤和鱼鳞石102道,修坝1道,修陡门16座,并疏浚渠口积沙,天平坝基尽钉松桩,上面用青石密砌,两石相接处均以生铁锭钤锢,共用银4900余两。清嘉庆二十四年(1819年),广西巡抚赵慎畛捐俸修灵渠,由桂林知府周之域监修。于九月十五日动工,至十一月二十日完工。计用工1.496万个,用石256丈,用灰1.2万余斤,用桩木560余根,杉木64根,用银1775两,主要维修陡门。至此保留陡门32座。即北渠4座,南渠28座。光绪十一年(1885年),洪水冲毁分水坝及南北陡堤,广西护理抚院李秉衡请旨奉准修渠。因铧堤旧址填淤,改建于原址下游30丈,大小天平叠石如鱼鳞,接逢处胶以灰泥,外复巨石。并修北渠3陡,南渠19陡,修四贤祠、飞来石、蛤蟆塘、泄水天平、黄龙堤等石堤5道。新建滑石、鸾塘、牛角3陡。光绪十一年一月兴工,十二年五月完工,用银9400余两。又于光绪十二年十月动工修了社公坝和新陡海底,凿去石门坎、倒脱靴、黑石坝3处暗礁,用银800两,现今所见灵渠,大致就是这次维修后面貌。民国21年(1932年),兴安大水,大小天平部分损坏,兴安县长田良骥补修43~75丈一段,长107米。1953年冬,兴安县水利局疏通了南渠南陡至大湾陡一段渠道,重修了飞来石旁秦堤一道,长30米,大小天平下增砌消力坎一道,长470米,同时砌直了大小天平跌水线,工程至1954年结束,用石3000余立方米,用钱4亿元旧人民币(折新人民币4万元)。1973年冬,自治区拨款修秦堤,由上水门至泄水天平一段长870米,外侧原系土坡,皆改用石砌,内侧石堤加高60厘米,秦堤路面拓宽1.5米,计用石1500立方米,用款3.6万元。另铺建南陡阁至泄水天平一段水泥路面,长900米,宽3米,用款2万元。1974年秋,自治区文化局拨款铺泄水天平至上水门一段秦堤水泥路面,长870米,宽3米,用钱2万元,同时开辟灵渠南岸公路,全长2公里,路面宽6米,沿途砌挡土墙9段,长600米,用款1.8万元。1975年11月自治区文化局拨款修铧嘴,主要加固水下部分,并恢复铧嘴南侧石堤一道,长20米,计用水泥40吨,片石200立方米,条石32立方米,同时补修了大小天平,共用款2.4万元。1976年5月16日大雨成灾,灵渠部分大堤和护岸被毁。秋季,自治区文化局拨款建南陡阁北侧湘江大堤一道,长80米,高4米,砌南陡口下鲤鱼洲护岸70米,南陡口护岸40米,并将文庙泮水桥迁于南陡口鲤鱼洲,共用款1.2万元。1977年冬自治区拨款5000元维修了大湾陡及重建北陡。1978年自治区文化局拨款修复“文化大革命”中被农民拆毁的大天平78米,建北陡下防洪堤60米,宽4米,砌北渠护岸300米,还修复了竹枝堰,拆除了堵塞北渠的拦渠坝,北渠恢复通水,共用款3.7万元。1979年冬,重修飞来石至泄水天平倒塌的秦堤一段,长48米,高6米,用款1.7万元。为防渗漏,于四贤祠至上水门一段渠内分段浇灌水泥墙1000米,用款1万元。1983年冬补修大小天平被水冲坏的消力坎一段,长15米,宽6米,用款2500元。灵渠的凿通,沟通了湘江、漓江,打通了南北水上通道,为秦王朝统一岭南提供了重要的保证,大批粮草经水路运往岭南,有了充足的物资供应。公元前214年,即灵渠凿成通航的当年,秦兵就攻克岭南,随即设立桂林、象郡、南海3郡,将岭南正式纳入秦王朝的版图。灵渠联接了长江和珠江两大水系,构成了遍布华东华南的水运网。自秦以来,对巩固国家的统一,加强南北政治、经济、文化的交流,密切各族人民的往来,都起到了积极作用。灵渠虽经历代修整,依然发挥着重要作用。