增值税进项税额能否抵扣,是由税法规定的,税法从未规定进项税额的税率高低会影响是否能够抵扣。比如,一家服务型的企业,主营业务就是6%的税率,但是人家购买的办公用品等都是13%的税率,还是可以照样抵扣的。
所以,你说的工程公司,对外开具发票的税率(点数),与进项发票的税率是没有关系的,进项发票可能的税率是13%、9%、6%、3%甚至1%,都是可以抵扣的。