南岳山及其景区属北亚热带温暖季风气候区,地处中纬度、大别山北麓,是亚热带向暖温带过渡的黄金地带。气候温暖湿润,雨水充沛,四季分明。南北森林交替繁生,自然形成南北兼有的常绿针阔叶混交林和常绿落叶阔叶混交林的森林植物群落。其地质岩性主要为花冈岩及片麻岩,如旗杆夹以下至青龙尖一带裸露在外的,即为典型的片麻岩。南岳山的动植物及花卉药材资源极为丰富。动物有穿山甲、麝獐、黄羊、小灵猫、獾、野兔、松鼠、青蛇、白鹭、野鸡、画眉、山雀等数十种;植物共有68科600余种,有国家一级保护树种水杉,国家二级保护树种连香树、银鹊树、香果树、鹅掌楸、银杏、小勾儿茶等,国家三级保护树种香榧、厚朴、都枝杜鹃、醉翁榆等,“珍、稀、危”树种的天女花、紫楠、青栲、红茴香等也有少量分布,其他较为普遍的是青檀、黄檀、松树、竹子、栗树、榆树、四季青、油茶等数十种,森林覆盖率达95%;果树有樱桃、山桃、野葡萄、核桃、猕猴桃、山楂、栗子、杏子、梅子等十几种;花卉有兰花、杜鹃、紫薇、紫荆、梅花、桂花等数十种;药材有断血流、石蚕、夏枯草、蛇床子、金银花、铁观音、海金沙、石韦、天南星、柴胡、丹参、黄精、玉竹、细辛等百余种。