暂无革弊施新朱载坖即位后倚靠高拱、陈以勤、张居正等潜邸旧臣,一改其父明世宗在位时期的做法,实行革弊施新的政策,使朝政为之一振:革弊,即平反冤狱,宣布“自正德十六年(1521年)以后,至嘉靖四十五年(1566年)十二月以前,谏言得罪诸臣”,“存者召用,没者恤录”。罢除一切斋醮,撤西苑内大高玄殿、国明等阁、玉熙等宫及诸亭台斋醮所立匾额,停止因斋醮而开征的加派及部分织造、采买。加强对官吏的考察,即使一般不予考察的王府官员也在考察之列。廉政官员给予奖赏和提拔,贪官给予罢免官职,“赃多迹著者部院列其罪状,奏闻处治”。蠲免救济,减少百姓灾后的痛苦。抑止土地兼并,限田,制定了勋戚宗室依世次递减制度,清田,清查诡寄、花分钱粮和皇室勋戚田庄。亲贤远佞朱载坖一上台,就将世宗信任与宠爱的方士王今、刘文斌等等一并逮捕,下狱论死。他对方士乱国,浪费钱财的恶迹早就恨之入骨,所以一上台就毫不手软的处死了这些大贼。同时欣赏那些在嘉靖一朝因为敢于冒犯皇帝,劝谏的那些忠臣,例如海瑞,朱载坖不但没有追究海瑞不尊敬其父的大不敬之罪,反而释放了他,还官复原职,不久又提升大理寺丞。党争开始明朝的党争,尤其是内阁的争斗始于隆庆一朝。明穆宗即位之初,大学士徐阶掌管内阁,不能压制其他内阁成员,所以致使内阁中有一些人对他不满,以郭朴、高拱为代表。靠徐阶提携的高拱,最后挤走了徐阶。之后,新阁臣张居正与恃才傲物的高拱不和,内阁阁臣关系紧张,党争愈发严重。朱载坖本人也不能制止内阁辅臣之间的倾轧。