8千年前南澳岛上就有人类生活。潮汕南澳象山文化遗址距今约8000年,是新石器时代早期南方海洋文化的代表。商朝时为南越地。潮汕饶平浮滨文化遗址距今3000年,是商代的文化遗存。西周、春秋时期为扬越境地。战国时期为百粤地。西汉元鼎6年(前111年)南澳归南海郡揭阳县。三国后主时,揭阳改隶扬州,南澳仍属揭阳县地。晋咸和六年(331年),南澳属东官郡揭阳县地。晋义熙九年(413年),分东官郡揭阳县地,立义安郡,辖绥安、海宁、海阳、潮阳、义招五县,南澳属绥安、海阳两县地。隋文帝开皇十一年(591年),全国撤郡设州,义安郡翌年,改名“潮州”,南澳岛属潮州。唐武德四年(621年),义安郡称潮州,南澳属潮州的海阳县。唐天宝元年(742年),潮州改称潮阳郡,南澳隶潮阳郡海阳县。唐乾元元年(758年),潮阳郡复称潮州,南澳为潮州海阳县。南汉乾和三年(945年),南澳仍属潮州海阳县。北宋宣和三年(1121年),宋绍兴二年(1132年),元至元十六年(1279年),明洪武二年(1369年),虽建置有所变革,但南澳仍属海阳县。明成化二十一年(1485年),置饶平县,信宁都,南澳隶广东潮州府饶平县信宁都。明万历三年(1575年),南澳设漳、潮副总兵,镇城设深澳,分福建、广东二营,划深澳、隆澳属广东潮州府饶平县,云澳、青澳属福建漳州府诏安县。1576年,始置南澳镇,属广东潮州府。南明隆武二年(1646年),南澳属郑成功藩地(郑成功仍奉桂王永历正朔年),郑成功从潮州府南澳岛出发收复台湾。清康熙二十四年(1685年)升设南澳总兵,管辖闽南、台湾、粤东海域军事,南澳岛仍然分广东、福建管辖。清雍正十年五月丙子(1732年6月12日)设潮州府饶平县南澳厅。民国元年(1912年)7月改南澳厅为潮州南澳县。1914年10月,全县原由广东、福建分治划归广东省潮州管辖。1918年2月13日,南澳大地震,深澳县城夷为平地。1927年,县城从布袋深澳移至隆澳(后宅)。