明太祖后,成祖改变了原先以征剿为主的政策,而是利用蒙古贵族的内部矛盾,扶弱抑强,使其相互制约,此举令东、西蒙古动乱不断,使其任何一部都难以独立南下骚扰。但到仁宗和宣宗时,却摒弃了扶弱抑强的政策,逐渐失去了对蒙古局势的控制。
宣德九年,瓦剌的脱欢袭杀了蒙古本部的阿鲁台后称雄蒙古,明廷却坐视不管,甚至应脱欢之邀,出兵助其剿杀阿鲁台的遗部,瓦剌的势力不断扩张,这为日后的“土木之变”埋下了隐患。脱欢之子也先统一蒙古后,将矛头指向了明廷。
正统十四年七月十一日,也先协调好蒙古内部矛盾,联合脱脱不花可汗和阿剌知院南下,兵分四路大举进攻明廷,明军损失惨重,四处告急,大同、宣府连连失利,明廷震惊。把持朝政的太监王振怂恿毫无军事常识的明英宗亲征,七月十六日,英宗不顾众大臣的反对,命皇弟郕王朱祁钰留守,亲率五十万大军和近百名文武大臣仓皇出征。
面对数十倍于己的明军,也先采取诱敌深入的计策,以佯撤麻痹明军。而明军内部,英宗偏信王振,使其一人专断,随征的大臣却没有进言的机会,毫无军事才能的王振见也先北撤,遂坚持北进,后闻听前方明军大败又仓皇撤退,“因欲邀驾幸其第,既又恐损其禾稼,行四十里,复转而东。”转而往敌兵四伏的宣府方向撤退。
大军至宣府后,瓦剌追兵追袭而来,伤亡惨重的明军率领残部奔至土木堡,“众欲入保怀来,以王振辎重千余两未至,留待之。”明军驻扎在没有水源的土木堡山坡上,后被也先切断水源,围堵土木堡出口,也先佯装求和,明军大意相信,并移营就水,也先趁机四面围攻明军,致使明军在土木堡全军覆没,英宗被俘,王振也被明军以锤击死,史称“土木之变”。
英宗被俘的消息传到京师,朝廷失措,国本动摇,值此混乱之时,大臣于谦力挽狂澜,力斥主降和南迁之说,主张誓死抵御也先的进攻,他先是肃清王振党羽,稳定了朝纲,然后命大同、宣府官兵死守城池,又急调地方军队向京师靠近,运送通州仓米入京,这些措施有力地抵御了也先的南侵。
至九月初六,郕王朱祁钰继承帝位,人心逐渐安定。随后,也先以送还英宗为名,于同年十月初南下直抵京师,置英宗于德胜门下,妄图以此打开京师大门,于谦指挥明军顽强抵抗,并亲自上阵杀敌,军心振奋,大败也先。次年春夏,也先再度南下,胜少败多,损失巨大。两次南下的失败迫使也先求和,送还了明英宗,明蒙恢复了通贡互市的关系。
明朝的边疆危机并没有随着蒙古族的衰落而好转,在其东北方向,女真族迅速崛起,出身于建州女真的努尔哈赤以父、祖十三副遗甲起兵,逐渐统一女真各部,于万历四十四年建立后金。万历四十六年,努尔哈赤以“七大恨”为借口,率两万步兵反明。同年四月,努尔哈赤利用双方开市之机,借领取抚赏为名进入抚顺,里应外合歼明援军万人,明朝辽东防线动摇。
明廷慌忙任命杨镐为辽东经略,率十万大军抵御努尔哈赤,企图一举消灭后金。可是明军内部将帅腐败,士气低落,加之兵分四路之策分散了兵力,种种不利因素致使明军失去了主动出击的优势,而后金以八旗制度管理军营,军队训练有素,虽然数量不敌明军之多,但兵力集中,出击有力。
双方在经历“萨尔浒之战”后,明军大败,变攻为守,双方力量对比随即发生根本性变化。此后,明朝内部纷争不断,几易辽东经略,使辽东战事走向无可挽回的失败境地。
万历四十七年六月,努尔哈赤攻占了开原和铁岭,明廷启用熊廷弼为辽东经略,熊廷弼确立先守后攻之策,稳定了辽东形势,然熊廷弼上任不久即被免职,改由袁应泰接替。天启元年三月,努尔哈赤再次起兵,攻占沈阳与辽阳,经略袁应泰兵败自杀,此后的清军趁胜追击,接连攻下辽东七十余城,并将首都迁往辽阳。
明廷再次启用熊廷弼,熊沿用先前的固守之策,但握有重兵的王化贞却主张主动出击,二人的严重分歧终至广宁失守。熊廷弼被处死后,朝廷任命王在晋为辽东经略,王主张在八里铺筑山海重关,因遭群臣反对被调任南京。孙承宗自请督师辽东,到任后重用袁崇焕等优秀将领,建立宁远锦州防线,使清军难以继续南下。
但是,魏忠贤陷害孙承宗,继而委任高第为辽东经略,高第不懂战略战术,令宁锦之兵弃城后撤,袁崇焕拒不从命,誓死守卫宁远城。天启六年正月,努尔哈赤率六万精兵进攻宁远,被袁崇焕击退,努尔哈赤病卒。同年三月,朝廷复设辽东巡抚,袁崇焕任之。天启七年五月,皇太极率军攻打宁远、锦州,都被袁崇焕击退。
不久之后,魏忠贤罢免了袁崇焕。同年八月,崇祯帝即位,诛杀魏忠贤及其党羽,重新启用袁崇焕,袁到任后,继续加强宁锦防线,并许诺五年复辽。崇祯二年十月,皇太极用反间计诱使明廷杀了袁崇焕,此后的辽东防线节节溃败,至崇祯十五年,锦州守将洪承畴、祖大寿相继投降,明军在关外的防线彻底丧失。