黑毛藻主要是以内生孢子方式和藻殖段方式来进行繁殖,由此在水族箱中想要彻底清除黑毛藻是一件很困难的事。黑毛藻本身就含有多种光和色素和很低的光补偿点(简称LCP),所以在低CO2和低光照的情况下它们便可以生存和快速繁殖。在养分方面,黑毛藻本身就含有固氨酶,所以肥料氨的含量对它的影响并不会有多大,发到是磷元素会对他有一定的影响,黑毛藻对磷的吸收能力很低。