在湖北省工作期间,他注重抓经济效益,经济工作成效显著。为解决企业亏损问题,他决定在报纸上公布亏损企业名单,提出有关要求,并到企业帮助研究分析问题,协调银行、财政部门帮助解决困难,使多数亏损企业较快扭亏为盈,实现产值、利润、税收同步增长。为解决天气干旱农作物严重缺水问题,在电力供应十分紧张的情况下,他协调50万度电量支援农业生产,确保中稻种植,当年粮食产量达到历史最好水平。
1990年2月,郭振乾同志任中国人民银行副行长、党组副书记(部长级)。1993年7月,郭振乾同志任审计署副审计长、党组副书记(部长级)。1994年4月任审计署审计长、党组书记。
1998年3月,郭振乾同志当选九届全国人大财政经济委员会副主任委员。按照中央要求,他参与组建全国人大常委会预算工作委员会,并于1998年12月担任全国人大常委会预算工作委员会主任。