昆仑山的新构造运动具间歇性,叶尔羌河、喀拉喀什河、尼雅河均形成4~5级阶地;各河出山口形成4~5级叠置的洪积扇。该山脉几乎完全不受印度洋和太平洋季风的气候影响。相反,其却处于大陆气团的持续影响之下,引起年气温和日气温的巨大波动。山系中段最干燥,而西部和东部的气候多少缓和一些。该山最干燥的地区,年降水量在山麓不足50毫米,在高海拔区约为102~127毫米;在帕米尔和西藏诸山附近,年降水量增加到457毫米(18吋)。在山(与北部平原交界的山)的低层,7月平均气温是25~28℃,在1月不低于-9℃;然而在山的上部和西藏边界,7月平均温度低于10℃,在冬季则常降至-35℃或更低。