托木斯克是当时的大城市,也是最不幸的,邻近的鄂毕河沼泽一般的河岸不适合兴建桥梁。因此铁路南绕70公里并在新西伯利亚跨过鄂毕河,只兴建了一条连接托木斯克的尽头线,剥夺了城市对应的铁路运输和贸易。
沙俄时代的西伯利亚铁路示意图
西伯利亚铁路的主干线始于莫斯科的雅罗斯拉夫尔站,通过雅罗斯拉夫尔、车里雅宾斯克、鄂木斯克、新西伯利亚、伊尔库茨克、克拉斯诺亚尔斯克、乌兰乌德、赤塔和伯力前往海参崴,途经西伯利亚南部。
第二条路线则是途经原满洲铁路,在赤塔以东的塔斯克,贝加尔湖以东约1000公里。