就分类系统而言,以前是以种子植物(显花植物)作为分类重点,其后转移到所谓的隐花植物。现时则把植物界分为10~13门,种子植物仅仅成为其中的一门。但即使在今天,就重要门的位置和其内容而言,学者间的意见分歧可能比动物界的情况还要大。一般来说,20世纪前半期以恩格勒(H.G.A.Engler)的分类系统最为普及,后半期则以帕斯彻(A.Pascher)的分类系统逐渐占优势。所有植物的成熟器官基本上由3种组织系统所组成,这3种组织系统是:皮组织系统、维管组织系统和基本组织系统。皮组织系统包括表皮和周皮。表皮覆盖于植物体表面,是植物体初生的保护层。周皮是植物的次生保护层,是代替表皮的保护组织。维管组织系统包括两类输导组织,即输导有机养分的韧皮部和输导水分和矿物质的木质部。