宋哲宗元祐元年(1086),反变法派执政,改为三省共同议事,奏请取旨,分省治事行下,实际上使三省合一,后习惯上常统称三省。南宋高宗建炎三年(1129),又实行三省合一,二十四司也时或省并,如建炎三年以礼部兼主客,祠部兼膳部,兵部兼职方,驾部兼库部,比部兼司门,工部兼虞部,屯田兼水部等,还省并若干寺监入六部。宋孝宗隆兴元年(1163),又进一步省并六部下属诸司,如以司封兼司勋,礼部兼祠部,兵部兼驾部,都官兼比部,工部兼屯田等。 辽代南面官系统中,设三省六部(其中“中书省”初名“政事省”),设官同于宋制。金、元、明只设一省六部,一省,金为尚书省;元、明为中书省。明洪武十三年(1380)罢中书省,分中书省之权归于六部。自此,六部取代了三省六部之制。