白质,还可显示一些神经核,甚至可识别出脑神经、视神经及传导束。三维成像和流空效应,对病变定位不仅准确,还可了解病变与血管关系,给病变定性提供诊断依据。应用MRI诊断颅内原发性肿瘤和转移瘤,优于CT。对脑外伤有特异性。对肺门淋巴结肿大与中心型肺癌的诊断帮助较大。不仅可显示灰质,可观察隔肿瘤及其与周围血管解剖关系,有利于功能诊断,并可观察血液动力学改变。对早期恶性肿瘤的显示,肿瘤对血管的侵犯及肿瘤的分期均优于CT。MRI对显示骨髓脂肪具有高度敏感性,对侵及骨髓的病变可清楚显示,尤其诊断骨髓炎的敏感性,特异性及准确性优于其它影像学检查,对早期缺血性骨坏死和敏感性和准确性也较高。在显示关节内病变及较组织方面也有优势。
纵隔在MRI像上、颅内感染、脑出血、脑梗塞、脑积水、脑血管畸形、脊髓和脊柱疾病具有特异性,可检出CT易遗漏的小血肿。在神经系统目前被广泛应用。