被子植物共分为两个纲,在早期阶段,其种子的内胚发育相同,但后来却以不同的方式进行:在双子叶植物,茎原基两侧的侧生子叶均发育,而在单子叶植物仅一个原生子叶得到发育,并向顶端移动。胚的发育过程清楚地表明,被子植物胚的早期均有双子叶阶段。双子叶植物的胚又分化成胚根、胚轴、子叶和胚芽这四个部分。
与其他维管束植物一样,被子植物的器官也有营养器官和繁殖器官之分。木质部有特化的导管,在韧皮部内筛管分子末端相接形成筛管,筛管侧面同伴细胞相接。叶的大小、形状和结构很不一致,叶序有互生、对生或轮生。互生是一种原始的类型,而对生和轮生则是后来衍生形成的。全缘、具羽状脉的单叶较为原始。叶表皮具有特化的气孔。花是高度变异和特化的繁殖枝。孢子叶藏于花托上,通常由花被环绕。花托是节间缩短的茎,原始的花花托较长。萼片常为绿色,叶状或苞片状,是特化的叶。花瓣通常与萼片互生,其质地、颜色(除绿色外)和大小不同于萼片。雄蕊(小孢子叶)总称雄蕊群,每个雄蕊通常由柄状的花丝和带孢子的部分组成。心皮总称为雌蕊群,心皮由子房、花柱和柱头构成。而柱头生于花柱的顶端,是用来接受花粉粒的。