核膜虽为双层膜结构,但两层的间距很小,而且只有在核后端与颈部相连的转褶处有核膜孔。颈部此部最短。位于头部以后,呈圆柱状或漏斗状,又称为连接段。它前接核的后端,后接尾部。在前端有基板,由致密物质组成,刚好陷于核后端称为植入窝的凹陷之中。基板之后有一稍厚的头板,两者之间有透明区,其中的细纤维通过基板接连于核后端的核膜。在头板之后为近端中心粒,它虽然稍有倾斜,但与其后的远端中心粒所形成的轴丝几乎垂直。围着这些结构有九条由纵形纤维组成的显示深浅间隔的分节柱,线粒体分布在分节柱的外围。这九条分节柱与其后的9条粗纤维的头端紧密相连。尾部分为3部分:中段、主段和末段。主要结构是贯串于中央的轴丝。中段从远端中心粒到环之间称为中段,其长度在哺乳类中差异颇大,但结构大体相似。