1661年,民族英雄郑成功从荷兰殖民者手中收回台湾,不久病逝,其子郑经继位,继续治理台湾,与大陆上的清王朝分庭抗礼。康熙帝多次招抚不成,便下决心武力解决台湾问题。1681年郑经突然病笔,他的儿子郑克塽继任王位,台湾内部发生内讧,康熙帝决定起用施琅攻台。施琅原为郑成功的得意爱将,后来背郑降清。1663年,康熙帝曾命其出任福建水师提督,征讨台湾。他两次出海,均遇台风,无功而返。朝内一些大臣对他产生怀疑。但康熙帝力排众议,仍然对施琅委以军政全权。施琅于1683年取得海战大捷,台湾收归清朝。康熙设置台湾府,隶属福建省,派兵戍守。
台湾和祖国大陆统一是一件大事,施琅因此立了大功。康熙把台湾的归附看成是施琅为清朝“扫数十年不庭之巨寇,扩数千里未辟之遐封。”他在施琅封侯的“制诰”中称赞他“矢心报国,大展壮猷,筹划周详,布置允当,建兹伟伐,宜沛殊恩。”但从有关史实来看,在平台问题上,康熙帝对施琅的保护和支持显得非常重要,由此也展现了一代明君高瞻远瞩的战略眼光。