北京儿童医院拥有小儿血液专业、急救专业、普外专业和中医专业4个北京市重点学科及小儿先天性心脏病治疗中心、小儿脊柱外科中心、儿童及青少年糖尿病中心等14个市级医疗中心,在小儿复杂先心病的手术治疗、肝肾移植、各类脊柱畸形的矫正、腹胸腔镜治疗、急腹症及创伤治疗以及神经、呼吸、内分泌、肾病、血液透析、泌尿、耳鼻喉、纤维支气管镜、影像技术等专业疾病的诊断治疗及诊疗设备居国内领先地位,并率先在国内将儿科就诊年龄扩大到18岁。