学术期刊《昆明医科大学学报》设有论著(包括基础医学和临床研究)、艾滋病研究、医学伦理学、医学法医学、对外交流、护理园地及教学研究等栏目,期刊被中国学术期刊光盘版、万方数据库、china MTP医学信息网、中国期刊网、《中文科技资料目录-医药卫生及中国医学文摘各分册等10余种文摘期刊及数据库收录。期刊为中国科技核心期刊,1999年获得全国优秀高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊二等奖,1997年获得第二届全国及云南省优秀科技期刊二等奖,1995年获得全国高校优秀学报一等奖。