与三系法杂交水稻相比,两系法杂交水稻的优点是配组自由、育种程序简化、育种周期缩短、不育系多样化,缺点是不育系繁殖和组合制种受到时空条件的限制。在1987年两系法杂交水稻研究列入国家“863”计划和袁隆平发表“杂交水稻育种的战略设想”以后,两系法杂交水稻的育种在全国广泛展开。1988年第一个进入生产性实验的两系杂交粳稻组合是N5047S/R9-1,到2000年全国通过省级和地市级审定的两系法杂交稻品种只有27个,累计推广面积在300万公顷左右,是一个发展比较慢的时期。2001年以两优培九为代表的4个两系法杂交水稻品种通过国家审定以后,两系法杂交水稻进入快速发展的时期。到2015年,通过国家审定的两系法杂交水稻135个、通过省级审定的两系法杂交稻品种816个(次)。1996年推广面积18.05万公顷, 占杂交水稻种植面积的0.92%,到2013年推广面积发展到544.04万公顷,占杂交水稻种植面积的33.59%,18年间两系杂交稻面积扩大了30倍。其中推广面积最大的组合是两优培九(培矮64S/9311),累计推广面积超过800万公顷。全国20个水稻种植省市,都有两系杂交水稻种植,主要是籼型两系杂交稻,年推广面积超过100万公顷的有湖南、湖北、安徽三省,其中安徽和湖北,两系杂交稻面积已经超过三系杂交稻面积。1996年农业部正式立项中国超级稻育种计划,以期为满足我国日益增长的粮食需求目标服务。1997年,袁隆平提出“形态改良与杂种优势利用相结合”的杂交水稻超高产育种技术路线,成为中国超级杂交稻育种的灵魂思想。