常用的透明剂有二甲苯、苯、氯仿、正丁醇等,各种透明剂均是石蜡的溶剂。通常组织先经纯酒精和透明剂各半的混合液浸渍1~2小时,再转入纯透明剂中浸渍。透明剂的浸渍时间则要根据组织材料块大小及属于囊腔抑或实质器官而定。如果透明时间过短,则透明不彻底,石蜡难于浸入组织;透明时间过长,则组织硬化变脆,就不易切出完整切片,最长为数小时。浸蜡与包埋用石蜡取代透明剂,使石蜡浸入组织而起支持作用。通常先把组织材料块放在熔化的石蜡和二甲苯的等量混合液浸渍1~2小时,再先后移入2个熔化的石蜡液中浸渍3小时左右,浸蜡应在高于石蜡熔点3℃左右的温箱中进行,以利石蜡浸入组织内。浸蜡后的组织材料块放在装有蜡液的容器中(摆好在蜡中的位置),待蜡液表层凝固即迅速放入冷水中冷却,即做成含有组织块的蜡块。容器可用光亮且厚的纸折叠成纸盒或金属包埋框盒。如果包埋的组织块数量多,应进行编号,以免差错。