种群现状大熊猫的分布区已经相当狭小,实际上它的分布地点仅限于中国陕西秦岭南坡,甘肃、四川交界的岷山,四川的邛崃山、大相岭、小相岭和大小凉山等彼此分割的6个分布区域,栖息于海拔为1400米~3600米之间的落叶阔叶林、针阔叶混交林和亚高山针叶林带的山地竹林中,总面积为29500平方公里。每个区域又由于高山、河流或公路、耕地等人为因素的影响,再被分离成更小的单位,所以栖息地实际面积不足总面积的20%,仅有约5900平方公里。总计全中国有30个小的种群,总数为1000只左右。其中除四川卧龙外,每个种群不足50只,有的仅有10余只。支离破碎的栖息地和孤立分布的生存状态对于大熊猫的繁殖和抵抗自然灾害都是十分不利的。
由于近亲繁殖不可避免,使得大熊猫致隐性基因的纯合,后代生命力降低,甚至畸型或致死。这种现象在动物园内人工饲养的大熊猫中也是一个严峻的问题,绝大多数个体是来自于同一野生地区,使很多在动物园中繁殖的幼仔在出生后出现畸型或者发育不良,大部分早期夭亡,种群难以得到维持和发展。