非洲东北部尚有尼罗—撒哈拉语系(Nilo-Saharan Family),包含诸如埃及南部和苏丹的努比亚语(Nubian)、肯尼亚北部的丁卡语(Dinka)和玛赛语(Masai)等语言。该语系发源自埃塞 俄比亚山区,一万年来并未有大迁徙,基本仍存留在发源地。非洲南部有一小撮语言属于科依桑语系(Khoisan Family)。该语系的两种典型语言是霍登托语(Hottentot)和布施曼语(Bushman),使用于纳米比亚和南非。该语系曾覆盖整个非洲中部和南部的广大地区,后为迁入的尼日尔—刚果语系所取代。