刘震任军长,吴法宪任政治委员,吴信泉任副军长,王良太任参谋长,李雪三任政治部主任。所辖第4、第5、第6师及新调入的独立第7师依次改称第115、第116、第117、第152师,全军共6.8万余人。12月~1949年1月参加平津战役,在解放天津的作战中,与第38军共同担负由西向东的主要突击任务。平津战役后,执行对国民党军第31军军部及第104军第269师的改编任务。5月,第39军编入第四野战军第14兵团。兵团副司令员刘震兼任军长,吴信泉任政治委员(后吴信泉任军长,徐斌洲任政治委员),谭友林、孙子仁任副军长,后李雪三任副政治委员兼政治部主任,再后石瑛任政治部主任,沈启贤任参谋长。随即由河北省武清县(今属天津市)南下。7月调归第13兵团指挥,参加宜沙战役。9~10月,与第38军组成进军华南的西路军,参加衡宝战役,直插湘西南,切断了湘南国民党军西逃云南、贵州的道路。11~12月,参加广西战役,解放贵州省从江,广西省柳州、宾阳、南宁等县市。尔后,追击国民党军至广西西南边境,解放边陲重镇镇南关(今友谊关)。12月,第152师调归广西军区建制,第115师进至桂林、鹿寨、来宾等地剿匪。1950年1月,第39军主力北上湖南省耒阳、郴州、衡阳地区集结。3月,进驻河南省漯河地区整训和参加治理颍河工程。7月,开赴辽宁省辽阳、海城地区,编入东北边防军。8月,第115师进至鞍山归建。1950年10月,第39军编为中国人民志愿军第39军,参加抗美援朝战争。