1999年,国务院批转教育部《面向21世纪教育振兴行动计划》,“985工程”正式启动建设。
“985工程”一期建设率先在北京大学和清华大学开始实施。2004年,根据《2003—2007年教育振兴行动计划》,教育部、财政部印发《教育部、财政部关于继续实施“985工程”建设项目的意见》,启动二期建设。
2010年,根据《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010—2020年)》,教育部、财政部印发《教育部、财政部关于加快推进世界一流大学和高水平大学建设的意见》。
2011年12月30日,教育部部长袁贵仁在十一届全国人大常委会第二十四次会议时表示,不再新设这两个工程的学校,同时为了注重学科导向,引入竞争机制,实施了“985工程优势学科创新平台”。
2016年06月7日,教育部官网发布了“关于宣布失效一批规范性文件的通知”,宣布《关于继续实施“985工程”建设项目的意见》《“211工程”建设实施管理办法》等一批规范性文件失效,已失效的规范性文件不再作为行政管理的依据。
2019年11月28日,教育部官网发布声明:已将“211工程”和“985工程”等重点建设项目统筹为“双一流”建设。