11月1日,中国科学院在北京开始办公。成立之初的中国科学院也是一个集自然科学和人文社会科学于一身的综合性研究机构。1949年11月5日,中国科学院从华北人民政府高等教育委员会处接管了原北平研究院的史学研究所以及原中央研究院历史语言研究所设在北京的图书史料整理处,并在原中央研究院历史语言研究所历史组、考古组以及北平研究院史学所的基础上,成立了中国科学院考古研究所;在原中央研究院历史语言研究所语言组的基础上成立了中国科学院语言研究所。1950年4月6日,中国科学院又于在南京接收了原中央研究院的社会研究所,在此基础上成立了中国科学院社会研究所,初设于南京。5月,由解放区迁北平的华北大学研究部历史研究室划入中国科学院,在此基础上扩建为中国科学院近代史研究所。上述考古所、语言所、社会所、近代史所成为中国科学院最早设立的一批人文社会科学研究机构。