肝内胆管结石目前尚无特效药物治疗。中医治疗以清肝利胆为主,有一定临床作用。西药多采用去氧胆酸、鹅去氧胆酸,对胆管结石的形成有一定阻止作用。如果结石较小,没有发生阻塞性黄疸,患者症状轻或没有明显的临床表现,可以暂不予特殊治疗,定期复查。如果结石比较大,阻塞症状比较明显或有感染等合并症的,则需要进行手术治疗。根据情况,可采取手术取石,胆道引流,部分肝脏、胆管切除等,特别严重的甚至需要肝移植手术治疗。