由于东林党人开放言路指责朝政,触动熹宗时专权的大太监魏忠贤,魏忠贤开馆纂修《三朝要典》,在霍维华的基础上纂辑万历、泰昌、天启三朝有关梃击案、红丸案、移宫案三大案的档案资料,打击东林党,同时造编《东林点将录》等文件上报朝廷,1625年(天启五年),明熹宗下诏,烧毁全国书院。次年,东林书院被拆毁。东林党人也遭到打击,杨涟、左光斗等许多著名的东林党人都遭到杀害。1627年(天启七年),崇祯帝即位,魏忠贤被流放南直隶凤阳府,东林党人余人才免遭魏忠贤的打击。1629年(崇祯二年),崇祯皇帝下令为东林党人恢复名誉,并下诏修复东林书院。