1991年1月1日塔里木油田首列火车装载原油外运。6月28日中国银行给总公司贷款12亿美元,用于塔里木油气勘探开发。签字仪式在北京中南海举行。12月18日党工委作出向“献身大漠的青年楷模”黎万林学习的决定。1992年3月19日塔中4井在中途测试中获日产油285立方米,天然气5.3万立方米。5月轮南油田投入正式开发。1993年1月桑塔木油田正式投入开发。3月3日塔克拉玛干沙漠公路工程建设项目招标开标,长庆筑路公司等6家施工单位中标。8月18日年产原油能力50万吨的桑塔木(含解放渠东油田)油田建成投产。12月20日我国陆上石油勘探开发首轮公开对外招标的第一个合同《中国塔里木盆地东南部第三区块合同》正式签署。1994年1月15日塔中第一口丛式井试验井开钻。2月8日总公司和意大利阿吉普公司、法国埃克尔石油公司、株式会社日本能源、美国德士古公司在北京联合签署合同,合作勘探开发塔里木石油。5月25日总公司党组决定,谢志强任塔指指挥、党工委书记。12月9日塔克拉玛干沙漠公路南段道路工程开工。12月25日总公司决定副总经理邱中建主持指挥部党政工作。1995年1月塔中4油田投入试采。5月11日~12日轮南100万吨产能工程通过总公司竣工验收,并交付运行。9月5日塔克拉玛干沙漠公路与盆地南缘315国道对接,沙漠公路全线贯通。10月4日全国人大常委会副委员长铁木尔·达瓦买提一行为塔克拉玛干沙漠公路全线通车剪彩。1996年1月5日谢志强正式调新疆石油局工作,邱中建任指挥、党工委书记。4月10日巴州首届石油节庆祝大会在塔指举行。4月27日由塔指无偿投资2000万元为轮台县东部的阳霞、铁热克巴扎、野云沟、策大雅4个乡的供电工程正式开工。5月9日塔里木沙漠石油公路工程获1995年度国家10项重大科技成就奖。5月16日~19日中共中央书记处书记温家宝一行先后考察了塔西南、塔指、西北石油局,并分别发表重要讲话。8月26日国务院副总理吴邦国一行到塔里木探区考察工作。8月塔中4油田正式投入开发。9月6日国务院总理李鹏一行到塔指考察。1997年2月27日塔指向南疆铁路赠款2000万元仪式在库尔勒石油基地举行。4月29日大宛齐油田投产。5月29日塔指被评为全国环境保护先进企业。7月24日塔指为支援南疆铁路西延工程建设捐款3000万元。8月24日轮南400万吨原稳工程试投产成功。10月19日塔指石油小区连续三次被评为“全国优秀示范小区”。12月9日加拿大国际发展署与塔指就“塔里木盆地自然资源保护与可持续利用项目”启动签署备忘录。1998年2月6日塔参1井完钻,井深7200米,为亚洲第一深井。2月20日轮南10-1井完钻,井深5206米,为我国第一口双台阶水平井。7月6日中共中央总书记、国家主席江泽民一行到塔指考察,听取新疆三大油田汇报,发表重要讲话。9月14日克拉2井完井测试,计获高产天然气7层,最高日产天然气416万立方米。克拉2特大型整装气田诞生。1999年2月27日集团公司决定,邱中建不再兼任塔指指挥、党工委书记,总经理助理史兴全兼任党工委书记,廖永远任指挥。7月19日集团公司批准塔指战略重组方案,将塔指划分为核心与存续两部分,核心部分为塔里木油田公司,存续部分为塔里木油田服务公司。8月4日原隶属新疆石油局的塔西南公司整体划归塔指管理。9月20日集团公司党组决定,廖永远任塔里木油田公司经理、党工委书记,贾承造、邸超、俞新永、唐成久、秦刚、孙龙德任副经理,马振武任党工委副书记。唐其烈任塔里木油田服务公司经理,徐会举任党委书记。