慕尼黑工业大学的前身是由巴伐利亚国王路德维希二世于1868年建立的“慕尼黑皇家拜仁高等技术学校”(Koeniglich Bayerische Technische Hochschule München),当时是一所综合技术学校,并于1970年由工学院改名为慕尼黑工业大学。1901年学校获得颁发博士学位资格,1930年合并魏恩施蒂芬农业与酿造学院(Hochschule für Landwirtschaft und Brauerei Weihenstephan)。1937年由马克思·施密特(Max Schmitt)设计的新校建筑在宁芬堡扩建并一直保存。二战期间,学校旧址地带80%被破坏,1946年重建并成立了校办工厂。加兴(Garching)校区于1957年因慕尼黑核反应堆的开工而成立。1967年在伊萨尔河畔的临床教学中心(Klinikum rechts der Isar)成立医学院。2004年莱布尼茨中子反应堆作为二期工程在加兴建成。化学教授沃尔夫冈·A·赫尔曼(Wolfgang A. Herrmann)自1995年起担任慕尼黑工业大学校长,他是当今德国一位旗帜鲜明的高校改革者。他于2005年5月10日被学校管理委员会一致推选并第二次连任校长。他的倡议最初始于对慕尼黑工业大学的根本性结构变革,后来其他州以及奥地利的高校也纷纷效仿其新的高校规章制度。2006年慕尼黑工业大学被评为德国官方首批的三所“精英大学”之一,并于2012年再次被评为“德国精英大学”。这不仅是德国高校的至高荣誉,还意味着更多的政府资金支持。近十年来,慕尼黑工业大学连续组建和创办商学院、行政学院、教育学院等人文社会科学院系,不断拓展学科覆盖面,努力构建自然科学、工程技术和人文社会科学的跨学科融合研究氛围,研究型综合性大学建设成就斐然。2019年7月,第三次入选德国“精英大学”名单。