撒哈拉沙漠南部的冬季是吹哈麦丹风期,这是带沙和其他小尘粒的干燥东北风。有几条河源自撒哈拉沙漠外,为沙漠内提供了地面水和地下水,并吸收其水系网放出来的水。尼罗河的主要支流在撒哈拉沙漠汇集,河流沿着沙漠东边缘向北流入地中海;有几条河流入撒哈拉沙漠南面的乍得湖,还有相当数量的水继续流往东北方向重新灌满该地区的蓄水层;尼日河水在几内亚的富塔贾隆地区上涨,流经撒哈拉沙漠西南部然后向南流入海。从阿特拉斯山脉和利比亚、突尼斯、阿尔及利亚以及摩洛哥的沿海高地流入的溪流和干河床(季节性溪流)提供了额外的水量。尤其引人注目的是与提贝提斯山脉相关的干河床、湖泊、池塘组成的综合网络,以及塔西利-恩-阿耶(Tassili-n-Ajjer)和阿哈加尔山脉的类似网络,如塔曼拉基特(Tamanrasset)河。