在保持自然科学领域学科优势的同时,国科大近年来不断加强应用学科、新兴交叉学科以及人文、社会科学学科的建设,在管理学、哲学、医学、心理学、经济学、法学等学科的实力也逐渐显现。
国科大是国务院学位办授权学位自主审核的20所高校之一。根据全国第四轮学科评估结果,国科大30个学科被评为A类,其中A+学科18个;在2019年1月公布的ESI(Essential Science Indicators)最新数据中,国科大国际排名88位,位列内地高校第一位。在全部22个学科排名中,国科大材料科学和化学学科跻身ESI前万分之一行列;材料科学、化学、环境科学与生态学、工程、植物和动物科学、农业、地球科学7个学科进入ESI前千分之一,17个学科入选ESI前百分之一学科。