党主席由全体党员直接选举产生,任期2年,可连选连任1次。此外,民进党还设置一个由11名委员(委员由“全代会”选举产生)组成的中央评议委员会,其主要职权是对党的各项工作进行监督。民进党中央党部下设”国际事务部”、“中国事务部”、组织推广部、文化宣传部、社会发展部、妇女发展部、青年发展部等7个部,财务委员会、政策委员会等2个会,以及一个民意调查中心和一所“台湾民主学校”。民进党在各县市都设有地方党部,负责地方党务工作。派系政治在民进党内表现得特别明显。从党外时期开始,就有“公政会”和“编联会”两股势力在较劲。