公司扣员工工资的是按月限制的,不能全扣,全扣违反法律规定。规定是每月扣减的工资不超过员工当月工资的20%,并且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。要是扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准,就按最低工资标准支付。《劳动法》第四十八条规定,国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定,报国务院备案。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。