先是2011年4月起,媒体曝光方舟子之妻刘菊花的硕士论文卷入涉嫌抄袭的丑闻,随即,学界不少人士卷入刘菊花的“抄袭门”事件。2012年2月,网友“打假巡抚”在微博中爆料,在方舟子发表的文章中曾经多次抄袭国内外专家学者的论文,并一一列举,方舟子曾因此事向被抄袭方道歉但被拒绝。2015年12月30日,方舟子被央视知名记者王志安实名举报其伙同律师涉嫌“诈骗”网友钱财,而陷入非议,直至目前,方舟子并没有否认其律师利用“安保资金”买车的事实。这一切质疑都使曾经的“打假斗士”丧失了公信力,成为万矢之的。