陕西李思齐、张思道兵驻武功东川,与明军交战失败后,李思齐屯兵凤翔,遣将张德钦、穆薛飞等守卫关中,张思道、孔兴、脱列伯等驻兵鹿台守御奉元路(今陕西省西安市)。
明军连续攻克陇州、秦州等地后,分兵进攻临洮、兰州,李思齐孤军无援降明。
扩廓帖木儿派部将韩札儿进攻原州、泾州,自己亲自率军往永昌声援张良臣。
韩札儿击败明军,进占原州、泾州。
扩廓帖木儿乘此机会突袭兰州,兰州明守军兵力薄弱,不与扩廓帖木儿军交战,双方僵持数月,后因明援军到达,扩廓帖木儿撤军驻定西。
洪武三年(1370年),元惠宗妥欢帖木儿在应昌病卒。
借此新旧交替之机,明太祖朱元璋集结优势兵力重点进攻元昭宗驻地应昌及陕、甘、宁一带扩廓帖木儿军队。
西路军大败扩廓帖木儿军于沈儿峪(今甘肃定西县以北),俘获将士八万余人,扩廓帖木儿仅与少数军士取道宁夏渡黄河北走和林。
东路军也大获全胜,俘虏元昭宗之子买的里八剌及后妃、宫人、诸王家属等,元昭宗爱猷识理答腊北走和林。
洪武五年(1372年)春,朱元璋命徐达、李文忠、冯胜率军十五万,兵分三路,北征蒙古。
中路军在徐达亲自率领下,出雁门关,在岭北与扩廓帖木儿、贺宗哲所率军队遭遇,明军大败,死伤数万人。
这次对蒙古的大举用兵,明朝俘获甚微而死伤过重,特别是明军主力徐达所率中路军的损失最重。
洪武七年(1374年),明将李文忠、蓝玉分别率兵进攻兴和、大宁、丰州。
明军乘胜追击元军至丰州,鲁王与司徒答俊海、平章把都、知院忽都等战死。
自1368年以来明朝对蒙古的用兵,虽然把蒙古军队从陕、甘、宁一线赶走,但自身损失很大,明军前后死伤四十余万。
所以,朱元璋深感平定北面蒙古不易,因而改变对蒙古大举用兵的方针,以战略防御为主,分别遣将在山西、北平等处练兵备边防范蒙古南进。
同年,遺还元昭宗之子买的里八刺,与蒙古议和,暂时休战。
二、蒙古军事实力的持续削弱爱猷识理答腊继惠宗妥欢帖木儿之汗位,他以蒙古汗国时期所建的首都哈刺和林为根据地,广为搜贤纳士,把扩廓帖木儿、哈刺章等有才干的将才汇聚到身边,委以重任,共谋复兴元朝大业。
为此,爱猷识理答腊首先着手使自己的机构趋于完备。
爱猷识理答腊重新配备机构,并把中心由和林迁至科布多一带,形成了整个蒙古的中心。
这时期蒙古除陕、甘、宁一线兵力北撤外,还有辽东纳哈出太尉的二十万军队,云南梁王的十万人马,青海西宁,嘉峪关外赤斤、哈密、吐鲁番等地诸王率领的军队,蒙古腹地爱猷识理答腊亲自统帅的军队。
爱猷识理答腊利用这个有利条件,向河北、山西、甘肃、辽东等地不断发起武力进攻。
洪武十一年(1378年),元昭宗答猷识理答腊病卒,脱古思帖木儿即位,年号天元。
朱元璋对蒙古的暂时休战是有打算的,这期间朱元璋遣将平定四川,铺平了进军云南的道路。
1372-1375年间,明廷几次扣留梁王派往蒙古汗廷的使者,并派遣官员带着人质前往云南劝降,但都没有达到目的,朱元璋决定以武力征服之。
在四面楚歌的情况下,梁王把匝拉瓦尔密与左右丞相自缢于普宁草舍,妻子自溺于滇池,明军占领云南。
随着明初对蒙古的大举用兵,以及元昭宗爱猷识理答腊、丞相扩廓帖木儿的相继去世,蒙古军事实力大为削弱,然而元太尉纳哈出仍然率领自己的军士屯驻金山(今吉林省双辽县东北),威震辽东。
洪武三年(1370年),朱元璋几次遺使前往辽东招降。
不久,他被元平章洪保保、马彦军杀死。
在明军的进攻下,辽阳平章高家奴兵败,明军占领辽阳。
洪武八年(1375年)他又进攻辽东,越过了辽、沈、海、盖等地直逼金州,给了明军很大的打击。
明守军在纳哈出的再次进攻下,前后损失两万余人。
洪武四年(1371年)至洪武十四年(1381年)朱元璋遣将出独石口,对古北口、大宁、赤峰、高州、嵩州、武平等地进行反复征伐,为以后讨伐纳哈出作准备。
朱元璋在连克四川、云南两地后,腾出手集中力量对付纳哈出。
洪武二十一年(1387年),派遺冯胜、傅友德、蓝玉率兵二十万进攻纳哈出。
明军经过通州迂回至庆州(今内蒙古巴林左旗)打败元守军,然后从庆州出发,分别驻兵大宁(今内蒙古宁城县西)、宽河(今河北宽城县)、会州(今河北平泉县)、富裕(今河北平泉县北)四城与辽阳金州沿海一带,形成对纳哈出的包围。
冯胜留兵五万守大宁,明军利用纳哈出与蒙古汗廷的,遣还在金州之役被俘的纳哈出部将乃刺吾劝降,同时以重兵越过金山达女真苦屯。
纳哈出部将观童降,从而使纳哈出军心浮动,最后在孤军无援的情况下屈降于明。
自此,蒙古相继失去了山西、陕西、辽东、云南等地精锐。
洪武二十一年(1388年),明朝发兵十五万深入蒙古腹地明军由大宁向庆州进军,得到元帝脱古思帖木儿在捕鱼儿海(今贝加尔湖)的情报,明军乘大风扬沙掩护,直袭其营地,双方交战,元军不备大败。
脱古思帖木儿与其子,在知院捏怯来、丞相失烈门等护卫下北走和林途中,在土拉河遭到部下也速迭儿的。
捏怯来等保护脱古思帖木儿脱身,正遇到丞相咬住、太尉马儿哈咱率军士三千人迎驾,也速迭儿派兵再次,终将脱古思帖木儿杀害。
元廷北迁后,明朝对蒙古的大规模军事进攻,削弱了蒙古实力,这也是元廷无力与明朝争夺的原因之一。