此类甲烷的生成是更为复杂的程序,需要各个种类的细菌活动、一个还原环境(Eh -350 to -450 mV),且环境pH 值需介于6至8之间。在某些海域(例如墨西哥湾)包合物中的甲烷至少会有部份是由有机物质的热分解所产生,但大多是从石油分解而成。包合物中的甲烷一般会具有细菌性的同位素特征,以及很高的 δ13C 值(-40 to -100‰),平均大约是-65‰。在固态包合物地带的下方处,沉积物里的大量甲烷可能以气泡的方式释放出来。在给定的地点内判定该处是否含有包合物,大多可以透过观测“海底仿拟反射”(BottomSimulatingReflector,或称BSR)分布,以震测反射(seismicreflection)的方式来扫描洋底沉积物与包合物稳定带之间的接口处,因而可观测出一般沉积物和那些蕴藏包合物沉积物之间的密度差异。海洋生成的甲烷包合物,蕴藏量鲜为人知。自从1960至1970年代,包合物首次发现可能存在海洋中的那段时期,其预估的蕴藏量就每十年以数量级的概估速度递减。曾经预估过的蕴藏量(高达3×1018m³)是建构在假设包合物非常稠密地散布在整片深海海床上。然而,随着我们对包合物化学和沉积学等知识进一步的了解,发现水合物只会在某个狭窄范围内(大陆棚)的深度下形成,以及某些地点的深度范围内才会存在(10-30%部分的 GHSZ 区),而且通常是在低浓度(体积的0.9-1.5%)的地点。最新的估计强制采用直接取样的方式,指出全球含量介于 1×1015和 5×1015m³ 之间。这个预估结果,对应出大约500至2500个十亿吨单位的碳 (Gt C),比预估所有矿物燃料的5000GtC数量还少,但整体上却超过所预估其他天然气来源的约230Gt C。在北极圈的永冻地带,其储藏量预估可达约400Gt C,但在南极区域并未估出可能的蕴藏量。这些是很大的数字。相较于大气中的总碳数也才大约700个Gt C。这些近代的估计结果,与当初人们以为包合物为矿物燃料来源时(MacDonald 1990,Kvenvolden 1998)所提出的10,000to11,000 Gt C (2×1016m³),数量上明显的要少。包合物藏量的缩减,并未使其失去经济价值,但缩减的整体含量和多数产地明显过低的采集密度,的确指出仅限某些地区的包合物矿床才能提供经济上的实质价值。在大陆岩石内的甲