1940年11月,中共鲁西区党委建立昆山实验区工委,在昆山一带巩固发展抗日根据地。1941年1月,中共昆山县委、县政府成立,辖区包括原东平县七、八、九 区和原寿张县四、五区及阳谷县四区的一个乡。各区名称依旧为四、五、七、八、九区。四区包括南郭楼一带,五区包括后集村一带,七区包括田大店一带,八区包括杨堤口一带,九区包括北郭楼一带。6月,昆山县抗日民主政府将辖区调整划分8个行政区:一区(轩堂一带)、二区(师集一带)、三区(商老庄一带)、四区(南郭楼一 带)、五区(后集一带)、六区(临湖集一带)、七区(田大店一带)、八区(杨堤口一带) 。 1944年10月,为加强对东平县城敌人的斗争,以大安山镇为中心建立九区。至1945年东平县城解放,九区撤销,所辖区域划归一、八区。1945年2月,中共二地委决定将郓北县九区(驻辛兴屯、岳核)划归昆山县,称昆山南九区。同年10月,又将南九区划回郓北县。1947年春,张秋县撤销,其二区(斑鸠店一带)划归昆山县,改称九区(银山)。
1949年7月,昆山县辖一区(轩堂一带)、二区(师集一带)、三区(商老庄一 带)、四区(南郭楼一带)、互区(后集一带)、六区(临湖集一带)、七区(田大店一带)、八区(杨堤口一带)。同年8月,郓北县撤销,其二区(小路口)全部、一区(西杨营)的大部和第八区(黄集)半部划归改建后的梁山县。1949年8月,梁山县初建时辖三区(小路口一带)、四区(杨营一带)、五区(后集一带)、七区(田大店一带)。 10月,对行政区划调整,梁山县辖9个区:一区(戴庙)、二区(戚贾)、三区(小路口)、四区(西杨营)、五区(凤山)、六区(商老庄)、七区(田大店)、八区(大安山)、九区(银山)。 1952年7月,将九区(银山)划分,增设十区 (斑鸠店)。同期,南旺县的孔坊区划归梁山县,列称十一区(孔坊)。 1953年8月,南旺县撤销,其一、二、六、七区划归梁山县,依序组建为梁山县第十二区(拳铺)、第十三区(黄庄)、第十四区(孙庄)、第十五区(开河)。区下设乡,时全县辖15个区、166个乡、1086个自然村。
1955年9月,各区取销数码序列称谓,改以区驻地命名。其中,四区驻地由杨营村迁往黑虎庙村,故改称黑虎庙区;十三区驻地由黄庄村迁往徐集村,改称徐集区。1956年3月,将斑鸠店区并入银山区,孔坊区并入拳铺区,大路口区并入戴庙区和商老庄区。同年,郓城县的辛兴屯和倪楼乡的12个村庄划归梁山县。是年,原166个小乡合并为74个大乡。