清代是比较推崇佛教的,而藏传佛教认为,北京皇城是一座大威德金刚的坛城,坛城的中央正是琼华岛,在此处建塔可寿国佑民,因此清代朝廷多次在此举行盛大的佛教活动。除了“寿国佑民”,白塔还有一个作用就是“镇海”。北京关于海眼的传说不少,据说在白塔下面也有一个海眼,为防止海眼发作,为北京带来水患,必须将它镇住,于是在塔前建一附属建筑,是一座小殿,名曰“善因殿”殿内供有铜质镏金“大威德金刚”佛像,俗名“镇海佛”,可惜的是佛像于“文革”中被毁。
除此之外白塔还有个重要的作用,堪称信号塔。当年白塔建成时,是北京城内的至高点。顺治十年(1653年),经郑亲王济尔哈朗提议,在善因殿后面设置了五杆旗杆,悬挂青、黄、红、白、黑五色龙旗或灯笼,俗称五虎号杆,这旗杆上的灯笼或旗帜,起到发送信号定位的作用。在旗杆下设有五座炮台,称为白塔炮台或五虎炮台。在北京内城的九座城门上,也分别设置五座炮台、五杆旗杆,旗杆与五虎号杆对应,白天挂龙旗,夜里挂灯笼。如果北京城发生紧急情况,以放炮为号,一处放炮,四处放炮响应。白天以旗帜、夜晚以灯笼确定方位,官兵便可据实以动,保卫京城安全。