元　代后常受战乱影响,逐渐衰退。明永乐　八年(1410年)至嘉靖四十五年(1566年),150余年间,县境屡受倭寇侵掠。嘉靖四十二年(1563年),邑人陈第配合戚继光,在马鼻大破倭寇,倭祸始靖。明代有甘薯、烟叶等外来农作物传入,[13]　因县内大量种植甘薯,粮食总量增加。明清嬗代之季,兵连祸结,南明隆武政权　、郑氏延平政权与清军在连江数番交战,拉锯争夺,县内士民死者无算。此后清廷闽浙总督姚启圣　厉行迁界和海禁,[14]　连江沿海居民悉迁内地,田园荒芜5.7万亩,渔业、海运皆受较大影响。[10]　及至清末,宣统三年九月十九日(1911年11月9日)夜,连江县光复会成员攻入县署,知县周之松缴印出署,清廷在连江的统治结束。[10]