1994年任研究员。1995年为兰州大学兼职教授。1998年为兰州大学敦煌学专业博士生导师。1998年,樊锦诗担任敦煌研究院院长后,樊锦诗带领科研人员,在石窟遗址的科学保护、科学管理上走出了一条切实可行的路,初步形成了一些石窟科学保护的理论与方法。樊锦诗最早提出利用计算机技术实现敦煌壁画、彩塑艺术永久保存的构想,她组织敦煌研究院与浙江大学,共同申请国家自然科学基金《多媒体与智能技术集成与艺术复原》课题,这一课题以敦煌莫高窟为重点,首次将莫高窟用多媒体及智能技术展现在人们面前。1999年被聘为教育部人文、社会科学重点研究基地兰州大学敦煌研究所名誉所长、学术委员会副主任。兼任中国敦煌吐鲁番学会副会长。