右归丸和金匮肾气丸首先在成分上有所不同,右归丸由熟地黄、附子(炮附片)、肉桂、山药、山茱萸(酒炙)、菟丝子、鹿角胶、枸杞子、当归、杜仲(盐炒)组成。金匮肾气丸由地黄、山药、山茱萸(酒炙)、茯苓、牡丹皮、泽泻、桂枝、附子(炙)、牛膝(去头)、车前子(盐炙)组成。
其次,两药的功效和作用存在差异。右归丸具有温补肾阳,填精止遗的功效。金匮肾气丸具有温补肾阳,化气行水的功效。两药都可以温补肾阳,用于腰膝酸软、怕冷、四肢发凉、夜尿频多等,但右归丸补肾阳作用强于金匮肾气丸。