台灣約有1,000餘種蕈類。

子囊菌綱 Ascomycetes

柔膜菌目 Helotiales
 地舌菌科 Geoglossaceae
 毛舌菌 – Trichoglossum hirsutum （Pers.: Fr.） Boud.
 柔膜菌科 Helotiaceae
 杯紫膠盤菌 – Ascocoryne cylichnium （Tul.） Korf
 橘色小雙孢盤菌 – Bisporella citrina （Batsch: Fr.） Korf & S.E. Carp.
 小孢綠盤菌 – Chlorociboria aeruginanscens （Nyl.） Kanouse ex C.S. Ramurthi, Korf & L.R. Batra
 綠杯菌 – Chlorociboria aeruginosa
 晶杯菌科 Hyaloscyphaceae
 異常粒毛盤菌 – Lachnum abnorme （Mont.） J.H. Haines & Dumont
 錘舌菌科 Leotiaceae
 潤滑錘舌菌 – Leotia lubrica Fr.
 核盤菌科 Sclerotiniaceae
 桑實杯盤菌 – Ciboria shiraiana （Henn.） Whetzel.
 紅硬雙頭孢菌 – Dicephalospora rufocornea （Berk. & Broome） Spooner

盤菌目 Pezizales
 糞盤菌科 Ascobolaceae
 寡紋糞盤菌 – Ascobolus scatigenus （Berk.） Brumm.
 Family Discinaceae
 鹿花菌 （假羊肚菌） – Gyromitra esculenta （Pers.） Fr.
 馬鞍菌科 Helvellaceae
 彈性馬鞍菌 – Helvella elastica Bull.: Fr.
 羊肚菌科 Morchellaceae
 羊肚菌 – Morchella conica Pers. 
 高羊肚菌 – Morchella elata Fr.
 盤菌科 Pezizaceae
 阿地盤菌 – Peziza arvernensis Boud.
 橙黃網孢盤菌 （橘皮菌） – Peziza aurantia Pers.
 疣孢褐盤菌 – Peziza badia Pers.
 火絲菌科 Pyronemataceae
 紅火盤菌 – Anthracobia maurilabra （Cooke） Boud.
 盾盤菌 – Scutellinia scutellata （L. ex St. Amans） Lambotte
 Family Rhizinaceae
 波狀根盤菌 – Rhizina undulata Fr.
 肉杯菌科 Sarcoscyphaceae
 大孢毛杯菌 – Cookeina insititia （Berk. & M.A. Curtis） Kuntze
 中國毛杯菌 – Cookeina sinensis Z. Wang
 卷毛小口盤菌 – Microstoma floccosa （Schw.） Rativ.
 多地歪盤菌 – Phillipsia domingensis （Berk.） Berk.
 肉杯菌 – Sarcoscypha coccinea
 休氏肉杯菌 – Sarcoscypha humberiana F. A. Harr. ※特有種
 肉盤菌科 Sarcosomataceae
 爪哇肉盤菌 – Galiella javanica （Rehm） Nannf. & Korf
 彎孢暗盤菌 – Plectania campylospora （Berk.） Nannf.

肉座菌目 Hypocreales
 麥角菌科 Clavicipitaceae
 蛹蟲草 – Cordyceps militaris （Fr.） Link
 下垂蟲草 – Cordyceps nutans Pat.

炭角菌目 Xylariales
 炭角菌科 Xylariaceae
 光輪層炭殼菌 – Daldinia eschscholzii （Ehrenb.） Rehm
 蕉座炭角菌 – Xylaria allantoidea （Berk.） Fr.
 黑柄炭角菌 – Xylaria melanaxis Ces.
 黑炭角菌 – Xylaria nigripes （klotzsch） Cooke

擔子菌綱 Basidiomycetes

傘菌目 Agaricales
 傘菌科 Agaricaceae
 球莖蘑菇 （白林地蘑菇） – Agaricus abruptibulbus Perk
 假根蘑菇 （羅曼尼蘑菇） – Agaricus bresadolianus Bohus
 蘑菇 （野蘑菇） – Agaricus campestris （L.） Fr.
 細鱗蘑菇 （珠雞斑蘑菇） – Agaricus praeclaresquamosu Freeman
 紫紅蘑菇 – Agaricus subrutilescens （Kauffm.） Hotson et Stuntz
 綠褶菇 – Chlorophyllum molybdites （Fr.: Fr.） Mass.
 銳鱗環柄菇 （灰鱗環柄菇） – Lepiota acutesquamosa （Weinm.: Fr.） Gill.
 暗鱗環柄菇 – Lepiota atrosquamulosa Hongo
 細環柄菇 – Lepiota clypeolaria （Bull.: Fr.） Kummer
 暗褐鱗環柄菇 （灰褐鱗環柄菇） – Lepiota fusciceps Hongo
 梭孢環柄菇 – Lepiota ventriospora Reid
 布雷白環蘑 （布雷白鬼傘） – Leucoagaricus bresadolae （Schulzer） Bon
 純黃白鬼傘 （純黃環柄菇） – Leucocoprinus birnbaumii （Corda） Sing.
 粗柄白鬼傘 （粗柄環柄菇） – Leucocoprinus cepistipes （Sow.: Fr.） Kummer
 易碎白鬼傘 （膜蓋環柄菇） – Leucocoprinus fragilissimus （Rav.） Pat.
 珠雞斑白鬼傘 （珠雞斑白環蘑） – Leucocoprinus meleagris （Sowerby） Locq.
 高大環柄菇 – Macrolepiota procera （Fr.） Sing.
 糞傘科 Bolbitiaceae
 柱狀田頭菇 （柳松茸、茶樹菇） – Agrocybe cylindracea （DC.: Fr.） Maire
 田頭菇 （白環鱗傘） – Agrocybe praecox （Pers.: Fr.） Fayod
 變色糞傘 – Bolbitius variicolor Atkinson
 乳白錐蓋傘 （乳白盔孢傘） – Conocybe lactea （Lange） Metrod
 大孢黏滑菇 （笑菇） – Hebeloma sacchariolens Quel.
 蝶形斑褶菇 （鐘形斑褶菇） – Panaeolus papilionaceus （Bull.: Fr.） Quel.
 褐紅斑褶菇 – Panaeolus subbalteatus （Berk. & Br.） Sacc.
 珊瑚菌科 Clavariaceae
 紫珊瑚菌 – Clavaria purpurea Muell. ex Fr.
 紡錘形擬鎖瑚菌 （紡錘形珊瑚菌） – Clavulinopsis fusiformis （Sow.: Fr.） Corner
 紅擬鎖瑚菌 （紅珊瑚菌、紅豆芽菌） – Clavulinopsis miyabeana （S. Ito） S. Ito
 亮多珊瑚菌 （亮珊瑚菌） – Multiclavula clara （Berk. et Curt.） Petersen
 鬼傘科 Coprinaceae
 墨汁鬼傘 – Coprinus atramentarius Fr.
 灰蓋鬼傘 （糞污鬼傘、大根鬼傘） – Coprinus cinereus （Schaeff.: Fr.） S.F.Gray
 毛頭鬼傘 （雞腿蘑） – Coprinus comatus （Muller: Fr.） Pers.
 簇生鬼傘 – Coprinus disseminatus （Pers.） Fr.
 褶紋鬼傘 – Coprinus plicatilis （Fr.） Fr.
 輻毛鬼傘 – Coprinus radians （Desm.: Fr.） Fr.
 黃蓋小脆柄菇 – Psathyrella candoleana （Fr.） A. H. Smith
 丸形小脆柄菇 （喜濕小脆柄菇） – Psathyrella piluliformis （Bull.: Fr.） P.D. Orton
 毯毛小脆柄菇 （毯毛花邊傘、毯毛垂幕菇） – Psathyrella velutina （Pers.） Sing.
 絲膜菌科 Cortinariaceae
 黏柄絲膜菌 （三角瓶絲膜菌） – Cortinarius collinitus （Sow.: Fr.） Fr.
 哈斯絲膜菌 – Cortinarius haasii （Moser） Moser
 半被毛絲膜菌 – Cortinarius hemitrichus （Pers.: Fr.） Fr.
 紫滑絲膜菌 – Cortinarius salor Fr.
 平扁靴耳 – Crepidotus applanatus （Pers.） Kumm.
 軟靴耳 – Crepidotus mollis （Schaeff.: Fr.） Gray
 硫黃色靴耳 – Crepidotus sulphurinus Imaz. & Toki
 朱紅皮蓋傘 （朱紅絲膜菌） – Dermocybe cinnabarina （Fr.） Wunsche
 苔蘚盔孢傘 – Galerina hynorum （Fr.） Kuhner
 綠褐裸傘 （綠褐鱗傘） – Gymnopilus aeruginosus （Peck.） Sing.
 條緣裸傘 （條緣火菇） – Gymnopilus liquiritiae （Pers.: Fr.） Karst.
 紫色裸傘 – Gymnopilus purpuratus （Cke. & Massee） Sing.
 橘黃裸傘 （橘黃鱗傘） – Gymnopilus spectabilis （Fr.） Sing.
 星孢絲蓋傘 – Inocybe asterospora Quel.
 土味絲蓋傘 – Inocybe geophylla （Sow. ex Fr.） Quel.
 蛋黃絲蓋傘 – Inocybe lutea Kobayasi & Hongo
 皺蓋羅鱗傘 （皺蓋鱗傘） – Cortinarius caperatus （Pers.: Fr.） Karst.
 粉褶菌科 Entolomataceae
 荷伯生氏斜蓋傘 （側耳狀斜蓋傘） – Clitopilus hobsonii （Berk. & Br.） P.D.Ort.
 斜蓋傘 – Clitopilus prunulus （Scop.: Fr.） Kummer
 亞臍菇杯狀斜蓋傘 – Clitopilus scyphoides （Fr.） Sing. Forma omphaliformis （Joss.） Noordel.
 灰肉色粉褶菌 （蒼白細鋸齒蘑菇） – Entoloma carneogriseum （Berk. & Br.） Noordel.
 硬尖粉褶菌 – Entoloma cuspidiferum （Kuhn. & Romagn.） Noordel.
 尖頂粉褶菌 – Entoloma murraii （Berk. et Curt.） Sacc.
 光澤粉褶菌 （藍黑赤褶菇） – Entoloma nitidus Quel.
 黃條紋粉褶菌 （黃條紋赤褶菇） – Entoloma omiensis Hongo
 方孢粉褶菌 – Entoloma quadratum （Berk. et Curt.） Sacc.
 絹狀粉褶菌 – Entoloma sericellum （Fr.: Fr.） Kumm.
 絲狀粉褶菌 – Entoloma sericeum （Bull. Ex Merat） Quel.
 牛排菌科 Fistulinaceae
 肝色牛排菌 – Fistulina hepatica Schaeff.: Fr.
 Family Hydnangiaceae
 紅蠟蘑 （無光澤蠟蘑） – Laccaria laccata （Scop.: Fr.） Berk. et Br.
 灰酒紅蠟蘑 – Laccaria vinaceoavellanea Hongo
 馬勃科 Lycoperdaceae
 頭狀禿馬勃 – Calvatia craniformis （Schw.） Fr.
 紫色禿馬勃 – Calvatia lilacina （Mont. & Berk.） Lloyd
 冬季馬勃 （草地橫膜馬勃） – Lycoperdon hiemale Bull.: Persl em. Vitt.
 網紋馬勃 – Lycoperdon perlatum Pers.
 梨形馬勃 – Lycoperdon pyriforme Schaeff.: Pers.
 小皮傘科 Marasmiaceae
 蜜環菌 （小蜜環菌、根索菌） – Armillaria mellea （Vahl: Fr.） Kumm.
 小孢菌 （鼠色金錢菇） – Baeospora myosura （Fr.） Sing.
 脈褶菌 （脈紋扇菇） – Campanella junghuhnii （Mont.） Sing.
 粗糙鱗蓋傘 （金黃鱗蓋傘、粗糙乾蘑） – Cyptotrama asprata （Berk.） Redhead et Ginns
 富士山膠孔菌 – Favolaschia fujisanensis
 皰狀膠孔菌 （大白膠孔菌） – Favolaschia pustulosa （Jungh.） Sing.
 金針菇 （絨柄金錢菇） – Flammulina velutipes （Fr.） Sing.
 純白微皮傘 – Marasmiellus candidus （Bolt.） Sing.
 枝狀微皮傘 – Marasmiellus dendroegrus Sing.
 黑柄微皮傘 – Marasmiellus nigripes （Schwein.） Sing.
 安絡小皮傘 – Marasmius androsaceus （L. : Fr.） Fr.
 橙紅褐小皮傘 – Marasmius aurantioferrugineus Hongo
 毛狀小皮傘 – Marasmius capillipes Sacc.
 葉生小皮傘 – Marasmius epiphylloides Rea
 髮狀小皮傘 – Marasmius equicrinis Muell.
 大型小皮傘 – Marasmius maximus Hongo
 硬柄小皮傘 – Marasmius oreades Fr.
 紫紅小皮傘 – Marasmius pulcherripes Peck
 臭小臍菇 （臭小皮傘） – Micromphale foetidum （Sow.: Fr.） Fr.
 黏小奧德蘑 （白黏蜜環菌） – Oudemansiella mucida （Schrader ex Fr.） V. Hoehn.
 絨毛小奧德蘑 （長柄小奧德蘑、黃絨乾蘑） – Oudemansiella pudens （Pers.） Pegler
 長根小奧德蘑 （長根金錢菇） – Oudemansiella radicata （Relhan: Fr.） Sing.
 可食松果菌 – Strobilurus esculentus （Wulf.: Fr.） Sing.
 大囊松果菌 – Strobilurus stephanocystis （Hora） Sing.
 鳥巢菌科 Nidulariaceae
 糞生黑蛋巢菌 – Cyathus stercoreus De Toni
 隆紋黑蛋巢菌 – Cyathus striatus Willd.:Pers.
 白絨紅蛋巢菌 – Nidula niveo-tomentosa （Henn.） Lloyd.
 側耳科 Pleurotaceae
 荷索尼亞側耳 – Hohenbuehelia hobsoni （Berk.） Bi
 腎形亞側耳 （腎形側耳） – Hohenbuehelia reniformis （G. Meyer: Fr.） Sing.
 囊狀側耳 （夏季鮑魚菇） – Pleurotus cystidiosus O.K. Miller
 側耳 （鮑魚菇、蠔菇、秀珍菇、北風菇） – Pleurotus ostreatus （Jacq. ex Fr.） Kummer
 光柄菇科 Pluteaceae
 球莖鵝膏 – Amanita abrupta Peck
 櫟生鵝膏 – Amanita castanopsidis Hongo
 圈托鱗鵝膏 – Amanita ceciliae （Berk. & Br.） Bas.
 可食鵝膏 – Amanita esculenta Hong & Matsuda
 粉蓋鵝膏 – Amanita farinosa Schw.
 亮茶色蛋鵝膏 – Amanita hemibapha （Berk. & Br.） Sacc. ssp. similis （Boed.） Corn. & Bas.
 新卵蓋鵝膏 – Amanita neoovoidea Hongo
 紅托鵝膏 – Amanita rubrovolvata Imai
 角鱗灰鵝膏 – Amanita spissacea Imai
 灰鵝膏 – Amanita vaginata （Bull.: Fr.） Vitt.
 潔白鵝膏 – Amanita virgineoides Bas.
 鱗柄白毒鵝膏 – Amanita virosa Lamb. ex Secr.
 膠皮黏傘 （膠皮蜜環菌） – Limacella glioderma （Fr.） Maire.
 污黏傘 （膠皮蜜環菌） – Limacella illinita （Fr.: Fr.） Murr.
 台灣黏傘 – Limacella taiwanensis Zhu L. Yang & W.N. Chou ※特有種
 暗灰光柄菇 （灰光柄菇） – Pluteus atricapillus （Batsch） Fayod
 黑絨毛光柄菇 （黑邊光柄菇） – Pluteus nigrofloccosus （R. Schulz.） Favre
 亞鐵羅小包腳菇 （褐毛草菇） – Volvariella subtaylori Hongo
 小包腳菇 （草菇） – Volvariella volvacea （Bull.ex Fr.） Sing.
 裂褶菌科 Schizophyllaceae
 裂褶菌 （雞毛菌） – Schizophyllum commune Fr.
 球蓋菇科 Strophariaceae
 毛柄庫恩菇 （毛柄鱗傘） – Kuehneromyces mutabilis （Schaeff.: Fr.） Sing.
 簇生沿絲傘 （簇生花邊傘） – Naematoloma dispersum Karst.
 金毛鱗傘 – Pholiota aurivella （Batsch: Fr.） Kummer
 黏蓋鱗傘 （黏皮火菇） – Pholiota lubrica （Pers. ex Fr.） Sing.
 滑鱗傘 （滑菇） – Pholiota nameko （T. Ito） S. Ito & Imai
 古巴裸蓋菇 （牛屎菇） – Psilocybe cubensis （Earle） Sing.
 近藍蓋裸蓋菇 – Psilocybe subcaerulipes Hongo
 黃銅綠球蓋菇 – Stropharia aeruginosa （Curt.: Fr.） Quel.
 口蘑科 Tricholomataceae
 鐘狀帽形菌 （硫黃掛鐘菌） – Calyptella campanula （Nees ex pers.） Cooke
 帽形菌 – Calyptella capula （Holmsk. ex Pers.） Quel. 
 杯傘 （漏斗杯傘） – Clitocybe gibba （Pers.: Fr.） Kummer
 水粉杯傘 – Clitocybe nebularis （Batsch: Fr.） Kummer
 乳酪金錢菇 – Collybia butyracea （Bull.: Fr.） Quel.
 簇生金錢菇 （簇生小皮傘、毛柄小皮傘） – Collybia confluens （Pers. ex Fr.） Kummer
 櫟生金錢菇 （櫟生小皮傘、金錢菇） – Collybia dryphila （Bull.: Fr.） Kumm.
 膠囊網孔菌 （小網孔菌） – Dictyopanus gloeocystidiatus Corner
 叢傘絲牛肝菌 – Filoboletus manipularis （Berk.） Sing.
 緋紅齒溼傘 – Hygrocybe coccineocrenata （P. D. Orton） Moser
 錐形濕傘 （錐形蠟傘、變黑溼傘） – Hygrocybe conica （Scop. ex Fr.） Karst.
 亮紅濕傘 – Hygrocybe miniata （P. D. Orton） Moser
 花臉香蘑 – Lepista sordida （Schum.: Fr.） Sing.
 直柄銛囊蘑 – Melanoleuca stridula （Fr.） Sing.
 疣柄銛囊蘑 – Melanoleuca verrucipes （Fr.） Sing.
 毛狀小菇 – Mycena capillipes Peck
 發光小菇 – Mycena chlorophos （Berk. & Curt.） Sacc.
 紅紫柄小菇 （紅汁小菇） – Mycena haematopoda （Pers.: Fr.） Kummer
 潔小菇 （淡紫小菇） – Mycena pura （Pers.: Fr.） Kummer
 鱗皮扇菇 – Panellus stypticus （Bull.: Fr.） Karst.
 巢頂側耳 – Phyllotopsis nidulens （Pers. ex Fr.） Sing.
 貝形圓孢側耳 （貝形側耳） – Pleurocybella porrigens （Pers. ex Fr.） Sing.
 淺杯形假杯傘 （淺杯形小雞油菌、淺杯形杯傘） – Pseudoclitocybe cyathiformis （Bull.: Fr.） Sing.
 毛伏褶菌 – Resupinatus trichotis （Pers.） Sing.
 蟻巢傘 （雞肉絲菇、真根蟻巢傘） – Termitomyces albuminosus （Beck.） Heim
 小蟻巢傘 – Termitomyces microcarpus （Berk. Et Br.） Heim
 巨大口蘑 （金福菇） – Tricholoma giganteum Massee
 -{台灣松口蘑}- （松茸） – Tricholoma matsutake Ito. et Imai. var. formosana Sawada ※特有種
 皂味口蘑 – Tricholoma saponaceum （Fr.） Kummer
 竹擬口蘑 – Tricholomopsis bambusina Hongo
 赭紅擬口蘑 – Tricholomopsis rutilans （Schaeff.: Fr.） Sing.
 血紅擬口蘑 – Tricholomopsis sanguinea Hongo
 鐘形干臍菇 （鐘形亞臍菇） – Xeromphalina campanella （Batsch: Fr.） Maire

牛肝菌目 Boletales
 牛肝菌科 Boletaceae
 紡錘孢南方牛肝菌 – Austroboletus fusisporus （Kawam. ex Imaz. & Hongo） Wolfe
 厚鱗條孢牛肝菌 – Boletellus ananas （Curtis） Murrill
 酒色條孢牛肝菌 （腥紅條孢牛肝菌） – Boletellus emodensis （Berk.） Sing.
 深紅條孢牛肝菌 （深紅牛肝菌） – Boletellus obscurecoccineus （Hoehn.） Sing.
 美味牛肝菌 – Boletus edulis Fr. 
 兄弟牛肝菌 – Boletus fraternus Peck.
 紋柄牛肝菌 – Boletus ornatipes Peck.
 網狀牛肝菌 – Boletus reticulatus Schaeff. ex Boud.
 茶褐孔牛肝菌 – Boletus umbriniporus Hongo
 裘氏紫褐牛肝菌 - Boletus violaceo-fuscus Chiu
 裂皮疣柄牛肝菌 – Leccinum extremiorientale （L. Vass.） Sing.
 荷頓氏疣柄牛肝菌 （荷頓氏牛肝菌） – Leccinum holopus  （Rostkovius） Walting.
 美麗褶孔牛肝菌 – Phylloporus bellus （Mass.） Corner
 變藍褶孔牛肝菌 – Phylloporus bellus （Mass.） Corner var. cyanescens
 黃粉末牛肝菌 – Pulveroboletus ravenelii （Berk. et Curt.） Murr.
 混淆松塔牛肝菌 – Strobilomyces confusus Sing.
 網壁松塔牛肝菌 – Strobilomyces retisporus （Pat. et Baker） Gilbn.
 松塔牛肝菌 （線柄松塔牛肝菌） – Strobilomyces strobilaceus （Scop.: Fr.） Berk.
 紫蓋粉孢牛肝菌 （紫蓋牛肝菌） – Tylopilus eximius （Peck） Sing.
 紅褐粉孢牛肝菌 （紅褐牛肝菌、鏽蓋粉孢牛肝菌） – Tylopilus ferrugineus （Forst.） Sing.
 新苦粉孢牛肝菌 – Tylopilus neofelleus  Hongo
 黑紫粉孢牛肝菌 （黑紫牛肝菌） – Tylopilus nigropurpureus （Corner） Hongo
 擬黃孢牛肝菌 （擬牛肝菌） – Xanthoconium affine （Pk.） Sing.
 紅絨蓋牛肝菌 （紅蓋牛肝菌） – Xerocomus chrysenteron （Fr.） Quel.
 細絨蓋牛肝菌 – Xerocomus parvulus Hongo
 亞絨蓋牛肝菌 （亞絨毛牛肝菌、黃蓋牛肝菌） – Xerocomus subtomentosus （L.: Fr.） Quel.
 麗口包科 Calostomataceae
 日本麗口包 – Calostoma japonicum P. Henn.
 粉孢革菌科 Coniophoraceae
 變色圓齒菌 – Gyrodontium versicolor （Berk.: Broome） Maas G.
 圓孢牛肝菌科 Gyroporaceae
 栗樹圓孔牛肝菌 （褐圓孔牛肝菌） – Gyroporus castaneus （Bull.:Fr.） Quel.
 毛蓋圓孔牛肝菌 – Gyroporus longicystidiatus Nagasawa & Hongo
 椿菇科 Paxillaceae
 鉛色短孢牛肝菌 （鉛色牛肝菌） – Gyrodon lividus （Bull.: Fr.） Sacc.
 黑毛樁菇 – Paxillus atrotomentosus （Batsch: Fr.） Fr.
 鬚腹菌科 Rhizopogonaceae
 紅鬚腹菌 （松菇） – Rhizopogon rubrscens （Tul.） Tul.
 硬皮馬勃科 Sclerodermataceae
 彩色豆馬勃 （砂生豆馬勃） – Pisolithus tinctorius （Pers.） Coker & Couch
 龜紋硬皮馬勃 （馬勃狀硬皮馬勃） – Scleroderma areolatum Ehrenb.
 多根硬皮馬勃 （星裂硬皮馬勃） – Scleroderma polyrhizum Pers.
 乳牛肝菌科 Suillaceae
 乳牛肝菌 （牛肝菌） – Suillus bovinus （L.: Fr.） O. Kuntze
 點柄乳牛肝菌 – Suillus granulatus （L.: Fr.） O. Kuntze
 褐環乳牛肝菌 – Suillus luteus （L.: Fr.） S.F. Gray

雞油菌目 Cantharellales
 雞油菌科 Cantharellaceae
 雞油菌 – Cantharellus cibarius Fr.
 金黃喇叭菌 – Craterellus aureus Berk. et Curt.
 灰色喇叭菌 – Craterellus cinereus Pers.: Fr.
 喇叭菌 – Craterellus cornucopioides Pers.
 齒菌科 Hydnaceae
 卷緣齒菌 – Hydnum repandum Fr.

釘菇目 Gomphales
 釘菇科 Gomphaceae
 毛釘菇 （毛雞油菌） – Gomphus floccosus （Schw.） Sing.
 鬼筆科 Phallaceae
 長裙竹蓀 （竹蓀、竹笙） – Dictyophora indusiatus （Vent.: Pers.） Fisch.
 黃裙竹蓀 – Dictyophora multicolor Berk. & Br.
 日本小林氏菇 （豆沙包） – Kobayasia nipponica （Kobayasi） Imai et Kawam.
 中華稜柱傘尾鬼筆 – Lysurus mokusin （L.: Pers.） Fr. f. sinensis （Lloyd） Kobayasi
 竹林蛇頭菌 – Mutinus bambusinus （Zoll.） Fisch.
 細皺鬼筆 （狗漩尿） – Phallus rugulosus （Fisch.） O. kuntze
 三爪假鬼筆 （紡錘形假鬼筆、爪哇假鬼筆） – Pseudocolus schellenbergiae （Penz.） Cunn.
 枝瑚菌科 Ramariaceae
 金黃枝瑚菌 – Ramaria aurea （Schaeff.: Fr.） Quel.
 葡萄狀枝瑚菌 （葡萄狀珊瑚菌） – Ramaria botrytis （Pers.: Fr.） Ricken
 軟垂枝瑚菌 （軟垂珊瑚菌） – Ramaria flaccida （Fr.） Ricken
 彈球菌科 Sphaerobolaceae
 無柄地星 （毛嘴地星） – Geastrum sessile （Sow.） Pouz.
 尖頂地星 – Geastrum triplex （Jungh.） Fisch.

刺革菌目 Hymenochaetales
 刺革菌科 Hymenochaetaceae
 肉桂色集毛菌 – Coltricia cinnamomea （Jacq. ex Fr.） Murr.
 長久集毛菌 – Coltricia perennis （L.: Fr.） Murr.
 褐環褶菌 – Cyclomyces fuscus Kunze
 芝山岩纖孔菌 – Inonotus chihshanyenus T. T. Chang & W. N. Chou ※特有種
 淡黃纖孔菌 – Inonotus flavidus （Berk.） T. T. Chang
 福爾摩沙纖孔菌 – Inonotus formosanus T. T. Chang & W. N. Chou ※特有種
 福山纖孔菌 – Inonotus fushanus T. T. Chang ※特有種
 瑞奇纖孔菌 – Inonotus rickii （Pat.） Reid
 羅德威纖孔菌 – Inonotus rodwayi Reid
 薄黃褐纖孔菌 – Inonotus xeranticus （Berk.） Imaz.
 粗糙翁孔菌 – Onnia scaura （Lloyd） Imaz.
 沃沱西卓木層孔菌 – Phellinus altocedronensis （Murr.） Ryv.
 梅生木層孔菌 – Phellinus deuteroprinicola T.T. Chang & W.N. Chou
 福山木層孔菌 – Phellinus fushanus T. T. Chang ※特有種
 淡黃木層孔菌 （粗皮木層孔菌、桑黃） – Phellinus gilvus Pat.
 賀尼木層孔菌 – Phellinus hoehnelii （Bres.） Ryv.
 火木層孔菌 （桑黃） – Phellinus igniarius （Fr.） Quel.
 平滑木層孔菌 – Phellinus laevigatus （Fr.） Bourd. et Galz.
 裂蹄木層孔菌 （桑黃） – Phellinus linteus （Berk. et Curt.） Teng
 峰孔木層孔菌 – Phellinus melleoporus （Murr.） Ryv.
 有害木層孔菌 （褐根病菌） – Phellinus noxius （Corner） Cunningham
 厚硬木層孔菌 – Phellinus pachyphloeus （Pat.） Pat.
 梳狀木層孔菌 – Phellinus pectinatus （Klotzsch） Quel.
 松木層孔菌 （松樹菇、桑黃） – Phellinus pini （Bort.: Fr.） Ames
 茶藨子木層孔菌 – Phellinus ribis （Schum.: Fr.） Karst.
 稀硬木層孔菌 – Phellinus robustus （Karst.） Bour. et Gal.
 寬稜木層孔菌 – Phellinus torulosus （Pers.） Bourd. et Galz.
 Family Schizoporaceae
 淡黃裂孔菌 – Schizopora flavipora （Cke.） Ryv.

多孔菌目 Polyporales
 地花菌科 Albatrellaceae
 榛色地花菌 – Albatrellus avellaneus Pouz.
 毛地花菌 – Albatrellus cristatus （Pers.: Fr.） Kotl. & Pouz.
 Family Boreostereaceae
 柏克來絨柄革菌 – Veluticeps berkeleyi （Cooke） Pat.
 掛鐘菌科 Cyphellaceae
 豆生偽壺擔菌 （紫衣菌） – Pseudolagarobasidium leguminicola J.C. Jang & T. Chen ※特有種
 擬層孔菌科 Fomitopsidaceae
 白肉迷孔菌 – Daedalea dickinsii （Berk.） Yasuda
 櫟迷孔菌 – Daedalea quercina Fr.
 粉肉擬層孔菌 – Fomitopsis cajanderi （Karst.） Kotl. & Pouz.
 松生擬層孔菌 （紅緣擬層孔菌） – Fomitopsis pinicola （Swartz ex Fr.） Karst.
 紅褐擬層孔菌 – Fomitopsis rhodophaeus （Lev.） Imaz.
 茯苓 – Wolfiporia cocos （Schw.） Ryv. & Gilbn.
 靈芝科 Ganodermataceae
 黑漆假芝 – Amauroderma exile （Berk.） Torrend
 假芝 （烏芝） – Amauroderma rugosum （Bl.et Nees） Imaz.
 南方靈芝 （猴板凳、樹舌） – Ganoderma australe （Fr.） Pat.
 狹長孢靈芝 （紫芝） – Ganoderma boninense Pat.
 喜熱靈芝 （赤芝） – Ganoderma calidophilum Zhao, Xu et Zhang
 台灣靈芝 – Ganoderma formosana T. T. Chang & T. Chen ※特有種
 靈芝 （仙草、瑞草、赤芝） – Ganoderma lucidum （Leys. et Fr.） Karst.
 熱帶靈芝 – Ganoderma tropicum （Jungh.） Bres.
 松杉靈芝 （赤芝） – Ganoderma tsugae Murr.
 韋伯靈芝 （赤芝） – Ganoderma weberianum （Bres. & Henn.） Steyaert
 樹脂大孢芝 – Magoderna subresinosum （Murr.） Steyaert
 Family Gloeophyllaceae
 針葉褐褶菌 – Gloeophyllum abietinum （Fr.） Karst.
 深褐褶菌 – Gloeophyllum sepiarium （Fr.） Karst.
 彩孔菌科 Hapalopilaceae
 煙管菌 – Bjerkandera adusta （Fr.） Karst.
 皺皮菌 – Ischnoderma resinosum （Fr.） Karst.
 Family Meripilaceae
 褐傘殘孔菌 – Abortiporus biennis （Bull.: Fr.） Sing.
 樟薄孔菌 （牛樟芝、牛樟菇、樟芝） – Antrodia cinnamomea T. T. Chang & W. N. Chou ※特有種
 異形薄孔菌 – Antrodia heteromorpha （Fr.） Donk
 蘋果薄孔菌 – Antrodia malicola （Berk. & Curt.） Donk
 香杉芝 – Antrodia salmonea T.T. Chang & W.N. Chou
 紫杉薄孔菌 – Antrodia taxa T.T.Chang & W.N.Chou ※特有種
 黃白薄孔菌 – Antrodia xantha （Fr.） Ryv.
 灰樹花 （舞茸 舞菇） – Grifola frondosa （Dicks.: Fr.） S.F. Gray
 蓮座奇果菌 – Grifola rosularis Cunningham
 平絲硬孔菌 – Rigidoporus lineatus （Pers.） Ryv.
 小孔硬孔菌 – Rigidoporus microporus （Fr.） Overeem.
 榆硬孔菌 （白芝、白靈芝） – Rigidoporus ulmarius （Sow.: Fr.） Imaz.
 皺皮菌科 Meruliaceae
 膠質乾朽菌 – Merulius tremellosus Schrad. ex Fr.
 棉瑚針菌 – Mycoacia copelandii （Pat.） Aoshima et Furukawa
 Family Phanerochaetaceae
 赤衣菌 – Erythricium salmonicolor （Berk. & Broome） Burds.
 灰色齒脈菌 – Lopharia cinerascens （Schwein.） G. Cunn.
 淡紫厚齒脈菌 – Lopharia crassa （Schw.） Gcunn.
 柄杯菌科 Podoscyphaceae
 樹枝狀波邊革菌 – Cymatoderma dendriticum （Pers.） D.A. Reid
 優雅波邊革菌 – Cymatoderma elegans Jungh.
 片狀波邊革菌 – Cymatoderma lamellatum （Berk. & M.A. Curtis） Reid
 多孔菌科 Polyporaceae
 粗毛擬革蓋菌 – Coriolopsis aspera （Jungh.） Teng
 絨毛革蓋菌 （卷毛擬革蓋菌） – Coriolopsis floccosa （Jungh.） Ryv.
 黃褐革蓋菌 （黃褐擬革蓋菌） – Coriolopsis neaniscus Berk.
 血紅擬革蓋菌 – Coriolopsis sanguinaria （Kl.） Teng
 卓格革蓋菌 – Coriolopsis torgii （Berk.） Dom.
 鮭貝革蓋菌 – Coriolus brevis （Berk.） Aoshima
 隱孔菌 （松橄欖、樹疙瘩） – Cryptoporus volvatus （Peck） Shear
 栗色囊體菌 – Cystidiophorus castaneus （Lloyd） Imaz.
 粗糙擬迷孔菌 – Daedaleopsis confragosa （Bolt.: Fr.） Schroet.
 紫帶擬迷孔菌 – Daedaleopsis purpurea （Cke.） Imaz. et Aoshima
 三色擬迷孔菌 – Daedaleopsis tricolor （Bull.: Fr.） Bond. et Sing.
 粗硬春孔菌 – Earliella scabrosa （Pers.） Gilbn. & Ryv.
 細長刺剛毛狀菌 – Echinochaete russiceps （Berk. & Br.） Reid
 毛蜂窩菌 （龍眼梳） – Hexagonia apiaria Pers.
 薄邊蜂窩菌 – Hexagonia tenuis （Hook.） Fr.
 硫色絢孔菌 – Laetiporus sulphureus （Bull. ex Fr.） Bond. et Sing.
 香菇 （花菇、冬菇） – Lentinus edodes （Beck.） Sing.
 虎皮香菇 （豹斑革耳） – Lentinus tigrinus （Bull.） Fr.
 灰蓋褶孔菌 – Lenzites acuta Berk.
 樺褶孔菌 （樺革褶菌） – Lenzites betulina Fr.
 相鄰小孔菌 – Microporus affinis （Nees ex Fr.） Kuntz.
 褐扇小孔菌 – Microporus vernicepes （Berk.） Imaz.
 黃柄小孔菌 – Microporus xanthopus （Fr.） Pat.
 黑孔黑木層菌 – Nigrofomes melanoporus （Mont.） Murr.
 暗紫紅黑孔菌 – Nigroporus vinosus （Berk.） Murr.
 灰藍寡孔菌 – Oligoporus caesius （Schrad.: Fr.） Gilbn.
 洛易褐腐乾酪菌 – Oligoporus lowei （Pilat） Gilbn. & Ryv.
 精緻褐腐乾酪菌 – Oligoporus peredelicatus （Murr.） Gilbn.
 波狀褐腐乾酪菌 – Oligoporus undosus （Pk.） Gilb. & Ryv.
 褐絨革耳 （絨毛香菇） – Panus fulvus （Berk.） Pegler & Rayner
 野生革耳 – Panus rudis Fr.
 朴樹多年臥孔菌 – Perenniporia celtis T.T.Chang & W.N.Chou ※特有種
 台灣多年臥孔菌 – Perenniporia formosana T. T. Chang ※特有種
 角殼多年臥孔菌 – Perenniporia martius （Berk.） Ryv.
 南仁山多年臥孔菌 – Perenniporia nanjenshana T.T.Chang & W.N.Chou ※特有種
 蒼白赭孔多年臥孔菌 – Perenniporia ochroleuca （Berk.） Ryv.
 灰孔多年臥孔菌 – Perenniporia tephropora （Mont.） Ryv.
 栗褐暗孔菌 – Phaeolus schweinitzii （Fr.） Pat.
 多斑多孔菌 – Polyporus admirabilis Peck
 大孔多孔菌 – Polyporus alveolarius （DC. ex Fr.） Bond. et Sing.
 漏斗多孔菌 – Polyporus arcularis （Batsch.） Fr.
 褐多孔菌 – Polyporus badius （Pers.: S. F. Gray） Schw.
 冬生多孔菌 – Polyporus brumalis Pers.
 緣毛多孔菌 – Polyporus ciliatus Fr.
 條蓋多孔菌 – Polyporus grammocephalus Berk.
 黑柄多孔菌 – Polyporus melanopus Fr.
 寬鱗多孔菌 – Polyporus squamosus Mich. ex Fr.
 略薄多孔菌 – Polyporus tenuiculus （Beauv.） Fr.
 塊莖形多孔菌 – Polyporus tuberaster  （Pers.: Fr.） Fr.
 多孔菌 – Polyporus varius （Pers.: Fr.） Fr.
 血紅密孔菌 （林投菇） – Pycnoporus sanguineus （L.: Fr.） Murr.
 澱粉孢台灣孔菌 – Taiwanoporia amylospora T.T. Chang & W.N. Chou ※特有種
 優美多孔菌 （優美栓菌） – Trametes elegans （Spreng.: Fr.） Fr.
 粉紅栓菌 – Trametes feei （Fr.） Pat.
 毛栓菌 – Trametes hirsuta （Wulf.: Fr.） Pilat
 大白栓菌 – Trametes lactinea Berk.
 東方栓菌 – Trametes orientalis （Yasuda） Imaz.
 絨毛栓菌 – Trametes pubescens （Schum.: Fr.） Pilat
 彩絨栓菌 – Trametes versicolor （L.: Fr.） Pilat
 冷杉附毛菌 – Trichaptum abietinum （Dicks.: Fr.） Ryv.
 囊孔附毛菌 – Trichaptum biforme （Fr.: Kl.） Ryv.
 硬附毛菌 – Trichaptum durum （Jungh.） Corner
 橙色乾酪菌 （橙乾酪菌） – Tyromyces aurantilaetus Corner
 樹脂乾酪菌 – Tyromyces cerifluus （Berk. & M.A. Curtis）
 紅肉乾酪菌 （肉紅乾酪菌） – Tyromyces incarnatus Imaz.
 紫杉乾酪菌 – Tyromyces taxi （Bond.） Ryv.
 魏可氏乾酪菌 – Tyromyces wakefieldiae Kotl. & Pouzar
 繡球菌科 Sparassidiaceae
 繡球菌 – Sparassis crispa Wulf: Fr.
 齒耳菌科 Steccherinaceae
 韌革近薄孔菌 – Antrodiella liebmannii （Fr.） Ryv.
 似仰生近薄孔菌 – Antrodiella semisupina （Berk. & Curt.） Ryv.
 乳白耙菌 – Irpex lacteus Fr.
 明亮松氏孔菌 – Junghuhnia nitida （Fr.） Ryv.

紅菇目 Russulales
 耳匙菌科 Auriscalpiaceae
 耳匙菌 （松果齒菌） – Auriscalpium vulgare S. F. Gray
 杯珊瑚菌 – Clavicorona pyxidata （Pers.: Fr.） Doty
 北方小香菇 – Lentinellus ursinus （Fr.） Kuhn.
 刺孢多孔菌科 Bondarzewiaceae
 嵌貝澱粉孢菌 – Amylosporus campbellii （Berk.） Ryv.
 蒙它婁圓孢地花 – Bondarzewia montana （Quel.） Sing.
 島生異擔子 – Heterobasidion insulare （Murr.） Ryv.
 木齒菌科 Echinodontiaceae
 紫杉木齒菌 – Echinodontium taxodii （Lentz & Mckay） Gross
 猴頭菇科 Hericiaceae
 猴頭菇 – Hericium erinaceum （Bull.: Fr.） Pers.
 分枝猴頭菇 – Hericium ramosum （Merat） Banker
 紅菇科 Russulaceae
 淡橙紅乳菇 – Lactarius akahatus Tanaka
 濃香乳菇 – Lactarius camphoratus （B. ex Fr.） Fr.
 纖細乳菇 – Lactarius gracilis Hongo
 紅汁乳菇 – Lactarius hatsudake Tanaka
 黑乳菇 – Lactarius lignyotus Fr.
 辣乳菇 – Lactarius piperatus Fr.
 絨毛乳菇 – Lactarius torminosus （Schaeff.: Fr.） S.F.Gray
 多汁乳菇 – Lactarius volemus Fr. 
 環紋乳菇 – Lactarius zonarius （Bull.） Fr.
 煙色紅菇 – Russula adusta （Pers.: Fr.） Fr.
 銅綠紅菇 – Russula aeruginea Lindbl.
 藍黃紅菇 – Russula cyanoxantha （Schaeff.） Fr.
 美味紅菇 – Russula delica Fr.
 密褶紅菇 – Russula densifolia （Secr.） Gill.
 毒紅菇 – Russula emetica （Schaeff. ex Fr.） Pers.
 臭紅菇 – Russula foetens Pers.: Fr.
 日本紅菇 – Russula japonica Hongo
 擬臭紅菇 – Russula laurocerasi Melzer
 青黃紅菇 （革質紅菇） – Russula olivacea （Schaeff.） Fr.
 點柄黃紅菇 – Russula senecis Imai
 綠紅菇 – Russula virescens （Schaeff.） Fr.
 韌革菌科 Stereaceae
 蠔韌革菌 – Stereum ostrea （Bl. et Nees.） Fr.
 年趨木菌 – Xylobolus annosus （Berk. & Br.） Boidin
 金絲趨木菌 （金絲韌革菌） – Xylobolus spectabilis Klotzsch
 亞蓋趨木菌 – Xylobolus subpileatus （Berk. & M.A. Curtis） Boidin

革菌目 Thelephorales
 煙白齒菌科 Bankeraceae
 翹鱗肉齒菌 （翹鱗齒菌） – Sarcodon imbricatus （L.: Fr.） P. Karst.
 革菌科 Thelephoraceae
 棕色革菌 – Thelephora fuscella （Cesati） Lloyd
 多瓣革菌 – Thelephora multipartita Schw.
 蓮座革菌 – Thelephora vialis Schw.

木耳目 Auriculariales
 木耳科 Auriculariaceae
 木耳 – Auricularia auricula （Hook.） Underw
 皺木耳 – Auricularia delicata （Fr.） Henn.
 毛木耳 – Auricularia polytricha （Mont.） Sacc.

花耳目 Dacrymycetales
 花耳科 Dacrymycetaceae
 膠角耳 – Calocera cornea （Batsch） Fr.
 黏膠角耳 – Calocera viscosa （Pers.: Fr.） Fr.
 掌狀花耳 – Dacrymyces palmatus （Schw.） Burt.
 桂花耳 – Dacryopinax spathularia （Schw.） Martin

銀耳目 Tremellales
 Family Aporpiaceae
 有枝榆孔菌 （六角大孔菌） – Elmerina cladophora （Berk.） Bres.
 膠耳科 Exidiaceae
 黑膠耳 – Exidia glandulosa Fr.
 虎掌假齒耳 – Pseudohydnum gelatinosum （Scop.: Fr.） P. Karst.
 銀耳科 Tremellaceae
 茶色銀耳 – Tremella foliacea Pers.: Fr.
 銀耳 （白木耳） – Tremella fuciformis Berkeley
 黃金銀耳 – Tremella mesenterica Retz.: Fr.

文獻
 Kirk, P.M., P.F. Cannon, J.C. David, and J.A. Stalpers （eds.）. 2001. Dictionary of the fungi. 9th. ed. CABI International, Wallingford, UK, 655 pp.
 周文能等:野菇圖鑑，2005
 張東柱等:大自然的魔法師－臺灣大型真菌, 2001
 張東柱等:福山大型真菌, 2000
 陳昇明等:關刀溪大型真菌（II）, 2000

外部連結
 中華民國真菌學會