下面是自由及开放源代码软件包——即采用和开源许可证的计算机软件的列表。符合自由软件定义的软件可能称为自由软件更为适宜；GNU计划尤其反对他们的软件被称为“开源”。欲知更多有关开源软件信息及其理论背景，请参考开源软件运动和自由软件运动。不过，几乎所有的符合开源软件定义的软件都是自由软件，故而也在此列出。

应用领域

人工智能
 通用
 OpenCog——以构建通用人工智能（Artificial General Intelligence，AGI）架构为目标的项目。OpenCog Prime是用于设计增进相当于人类的通用人工智能相互作用的组件的具体安排
 计算机视觉
 ——基于.NET Framework的计算机视觉、一般人工智能和机器人技术库
 OpenCV——用C++编写的计算机视觉库
 机器学习
 参见下文数据挖掘
 参见R语言——统计学习和分析工具包
 计划
 TREX——反应计划
 机器人技术
 ROS——机器人操作系统（Robot Operating System）

CAD

 FreeCAD

电子设计自动化（EDA）

计算机模拟
 Blender，用C、C++和Python语言写成的3D模拟程序，包含服饰、发型、形体模拟技术
 ，基于队列理论事件的模拟器，用Python编写
 FlightGear，适用于Windows、OS X和GNU/Linux的开源航班模拟器

财务
 ——ERP（企业资源计划）商务套件
 Bitcoin——P2P分散型数字货币
 博尔尼塔开源解决方案——业务流程管理
 Compiere——ERP自动化会计解决方案，支持链条、销售清单和销售订单
 CiviCRM——针对非盈利组织的组织关系管理软件
 Cyclos——用于小额信贷机构、系统和时间银行（timebanks）的软件
 Dolibarr——基于Web的ERP系统
 Ebase——特别为非盈利组织开发的组织关系管理工具
Ethereum——P2P分散型数字货币 + 公共區塊鏈電子平台
EOS ——P2P分散型数字货币 + 公共區塊鏈電子平台
 Frontaccounting——基于Web的复式簿记和ERP系统
 GnuCash——复式簿记
 Grisbi——单式簿记
 HomeBank——用于个人
 IDempiere——Adempiere + OSGI ERP 企业资源计划
 Ino erp——基于动态Pull的ERP系统
 jFin
 JFire——用Java和JDO写成的ERP商务套件
 JQuantLib——基于Java的定量金融学应用接口（API）框架，适用于金融工具的估值和更多……
 KMyMoney——复式簿记
 LedgerSMB——复式簿记
 Mifos——微型金融机构管理软件
MyEtherWallet  ——以太坊加密貨幣錢包
 Openbravo
 OrangeHRM——商业人力资源管理
 Postbooks——综合会计及ERP商务套件
 QuickFIX ——用C++写成，再用C#、Ruby和Python包装的FIX protocol引擎 
 QuickFIX/J——用Java写成的FIX protocol引擎
 SQL Ledger——复式簿记
 SugarCRM——商业客户关系管理
 Tryton
 TurboCASH——适用于Windows的复式簿记
 vtiger CRM——客户关系管理（Customer Relationship Management，CRM）软件，具备销售力量自动化、市场管理、客户服务／支持、库存管理
 WebERP——基于Web的ERP系统

图书馆集成管理软件
 Evergreen
 Koha
 NewGenLib
 OpenBiblio
 PMB
 refbase——基于Web的机构存储和参考文献管理软件

图像编辑器
Darktable——数字图像工作流管理，含RAW处理。
 digiKam——包含编辑功能的集成图像工具包。
GIMP————GNU图像处理程序
Inkscape——开源矢量图形编辑器
Nodebox——开源矢量图形编辑器
Krita————自由开源的免费绘画软件
Mtpaint——針對像素圖且能在老電腦上運行的繪圖軟體

数学

動態幾何軟體 
 GeoGebra
 Dr.Geo
 KSEG

符號計算軟體 
 Maxima
 Python——結合 SymPy 等擴充函數庫
 Yacas
 R——結合 rSymPy, Ryacas 等擴充函數庫

科學(矩陣)計算, 2D、3D 函數繪圖軟體 
 Euler Math Toolbox ——有自己的語法, 也可以使用 C 或 Python 
 Julia
 JavaScript ——結合Rlab等擴充函數庫
 Octave
 Python——結合NumPy、SciPy、Matplotlib、SymPy等擴充函數庫
 R語言  ——R語言 目前支援數值計算的套件一直在成長, 內建矩陣計算的指令很多, 數值微分 numDeriv,adapt, 符號運算 Ryacas,rSymPy, 微分方程 dsolve, 線性規劃 linprog,Rglpk, 等等, 另外bigmemory、bigalgebra 可以進行大矩陣計算
 SciLab

参考文献管理软件
 参见参考文献管理软件的比较。

科学

生物信息学
 参见开源生物信息学软件列表

化学信息学
 Chemistry Development Kit
 JOELib
 OpenBabel

地理信息系统

网格计算
 P-GRADE Portal——网格计算软件，可以通过高级的Web界面创建、解析和显示工作流程

显微图像处理
 CellProfiler
 Endrov
 FIJI (软件)
 Ilastik
 ImageJ
 IMOD
 ITK
 KNIME
 OsiriX
 VTK
 3D Slicer

分子动力学
 Abalone
 Ascalaph Designer
 GROMACS
 LAMMPS
 MDynaMix
 NAMD
 NWChem

分子查看器
 Avogadro
 BALLView
 Jmol
 Molekel
 MeshLab，能导入PDB资料组并从中构建外观
 PyMOL
 QuteMol
 RasMol

纳米技术
Ninithi——查看并分析碳的同素异形体如碳纳米管、富勒烯、石墨烯纳米带

测绘

风险管理
 Active Agenda——及快速應用程式開發平台

统计学

 R语言

调查
 LimeSurvey——在线调查系统

量子化学
 CP2K
 GAMESS (US)

辅助技术

演讲（合成与识别）
 CMU Sphinx——卡内基梅隆大学出的演讲识别软件
 Emacspeak——桌面音频
 ESpeak——英语和其他语言的紧凑型软件语音合成器
 Festival Speech Synthesis System
 Modular Audio Recognition Framework——声音、音频和演说的NLP处理
 NonVisual Desktop Access——（NVDA）Windows的屏幕阅读器
 Text2Speech——轻量的易于使用的文本到语音（TTS）软件

其他辅助技术
 Dasher——独立的文本输入软件
 Gnopernicus——GNOME 2的AT套件
 Virtual Magnifying Glass——跨平台的屏幕放大工具

数据存储和管理

备份软件

数据库管理系统（含超级管理员）

数据挖掘
 Environment for DeveLoping KDD-Applications Supported by Index-Structures (ELKI)——用Java写成的数据挖掘框架，注重于聚类及离群点检测方法
 SCaViS——基于Java的数据分析框架
 Konstanz Information Miner (KNIME)
 OpenNN——用C++编程语言写成的开源神经网络软件库
 Orange (软件)——对新手和专家开发的数据虚拟化和数据挖掘，通过可视化编程或Python脚本。扩展于生物信息学和文本挖掘。
 RapidMiner——用Java写成的数据挖掘软件，充分整合Weka，具有350多种操作，用于预处理、机器学习、可视化等，预览版以开放源代码形式发布
 Scriptella ETL——ETL (Extract-Transform-Load)和脚本执行工具。支持与J2EE和Spring的集成。提供对CSV、LDAP、XML、JDBC/ODBC及其他数据源的连接。
 Weka——用Java写成的数据挖掘软件，具备用于分类、回归和聚类机器学习操作
 JasperSoft——带可编程抽象层的数据挖掘软件

数据可视化组件
 ParaView——桑迪亚国家实验室开发的测绘和可视化功能，使用多个计算机处理器的大规模并行可视化的实现
 VTK——3D电脑成像、图像处理和可视化工具

数字资产管理软件
 OpenDAM，自由和开源数字资产管理软件，用于企业内容管理整合，管理图像、图片和视频文件。

磁盘分区软件

企业搜索引擎
 ApexKB，旧称Jumper
 Lucene
 Nutch
 Solr
 Xapian

ETL（Extract Transform Load）
 CloverETL商业版
 Konstanz Information Miner (KNIME)
 Pentaho
 SpagoBI
 Talend

压缩文件管理器

文件系统
 OpenAFS——支持非常多的操作系统的分布式文件系统
 Tahoe-LAFS——具备隐私集成和安全特性的分布式文件系统/雲端儲存系统
 CephFS——包含于Ceph存储平台的分布式文件系统

网络及因特网

广告
 OpenX

通讯相关
 Asterisk——电话和VoIP服务器
 Ekiga——适用于GNOME和Microsoft Windows的视频会议软件
 FreePBX——适用于Asterisk的前端和高级PBX配置
 FreeSWITCH——电话平台
 Jitsi——Java VoIP和即时通讯客户端
 QuteCom——自由的声音、视频和IM客户端应用
 sipX——SIP通讯服务器
 Slrn——新闻阅读器
 Twinkle——VOIP软件电话

E-mail

 Mozilla Thunderbird

文件传输

即时通讯

IRC客户端

中介软件
 Apache Axis2——Web服务框架（组件可以用Java和C实行）
 Apache Geronimo
 Bonita Open Solution（软件）——J2EE web应用和Java BPMN2执行引擎
 GlassFish应用程序服务器
 Jakarta Tomcat——服务器小程序容器和独立网页服务器
 JBoss应用程序服务器
 ObjectWeb JOnAS——Java Open Application Server，J2EE应用服务器
 SmartVariables——通用的网络共享对象的应用程序服务器
 TAO (software)——OMG的CORBA标准的C++实现

RSS/Atom阅读器/聚合器
 Akregator——运行于KDE的平台
 Liferea——运行于GNOME的平台
 RSS Bandit——Windows——.NET
 RSSOwl——Windows、Mac OS X、Solaris、Linux——Java SWT Eclipse
 Sage (Mozilla Firefox extension)

P2P文件传输

门户服务器
 Drupal
 eXo Platform
 Liferay
 Oxwall——社区网站软件
 Sun Java System Portal Server
 uPortal

远程访问和管理
 FreeNX
 OpenVPN
 rdesktop
 Synergy
 VNC（RealVNC、TightVNC、UltraVNC）
 FreeRDP
 Remmina

路由软件

网页浏览器

网络摄像机
 Cheese
 Guvcview

网页抓取器
 cURL
 HTTrack
 Wget

Web相关
 Apache Cocoon——web应用框架
 Apache——最流行的网页服务器
 AWStats——日志文件分析工具
 BookmarkSync——浏览器的工具
 Cherokee——快速、有特色的富HTTP服务器
 CougarXML——用来解析和处理XML代码的Javascript框架，基于W3C DOM Level-3规格
 curl-loader——强大的开源HTTP/HTTPS/FTP/FTPS载入和测试工具
 Hiawatha——安全、高性能且易于使用的HTTP服务器
 HTTP File Server——带拖拽界面的用户友好型服务器软件
 lighttpd——节省资源且快速及功能完善的HTTP服务器
 Lucee——CFML应用服务器
 nginx——轻量、高性能的web服务器/反向代理和e-mail（IMAP/POP3）代理
 NetKernel——互联网应用服务器
 Piwik——web分析系统
 Qcodo——PHP5框架
 Squid (software)——web代理缓存
 XAMPP——含有Apache和MySQL的web应用包
 Zope——web应用服务器

其他网络程序
 JXplorer——LDAP客户端
 OpenLDAP——LDAP服务器
 openVXI——VoiceXML翻译器
 YaCy——基于P2P的搜索引擎
 ownCloud——文件共享及同步服务器
 Nextcloud——雲端檔案分享及同步服務器

教育

教育套-{}-件
 ATutor——基于web的教学内容管理系统（Learning Content Management System，LCMS）
 Chamilo——基于web的电子教学和内容管理系统
 DoceboLMS
 eFront——基于图标的教学管理系统
 FlightPath——大学的学术通知软件
 GCompris
 Gnaural——脑波夹带软件
 IUP Portfolio
 ILIAS——基于web的教学管理系统（LMS）
 Moodle
 Omeka
 openSIS——基于web的学生信息和学校管理系统
 Sakai Project——基于web的教学管理系统
 SWAD - 基于web的教学管理系统
 Tux Paint——3–12岁儿童的画图应用
Anki ——基於間隔重複的字卡軟體

地理学
 KGeography

教学支持

语言
 Kiten
 KVerbos

文字输入
 KTouch
 Tux Typing

其他教育软件
 KEduca

文件管理器

游戏

应用层
 WINE

系谱

图形用户界面

桌面环境

窗口管理器

窗口系统

群组软件

内容管理系统

Wiki

医疗服务软件

媒体

2D动画
 KToon
 Pencil2D
 Synfig
 Tupi

3D动画
 Art of Illusion
 Blender
 K-3D
 OpenFX
 Seamless3d

音频编辑器、管理器

 Audacity

CD/USB刻录软件

Flash动画
 Pencil Animation
 SWFTools（用于脚本）

图形

图库

图像查看器
 Eye of GNOME
 F-spot
 Geeqie
 Gthumb
 Gwenview
 Kphotoalbum
 Opticks

多媒体编码器、容器、分离器

电视

视频转换器

 Dr. DivX
 FFmpeg
 MEncoder
 OggConvert
 Transcode

视频编辑器

 Avidemux
 AviSynth
 Blender
 Cinelerra
 DScaler
 DVD Flick
 Kaltura
 Kdenlive
 Kino
 LiVES
 OpenShot Video Editor
 Pitivi
 Shotcut
 VirtualDub
 VirtualDubMod
 VideoLAN Movie Creator——VLMC是基于libVLC的非线性的用于视频创建的编辑应用程序，运行于Windows、Linux和OS X。

视频解码器

 Avidemux
 HandBrake

视频播放器

 VLC
 Media Player Classic
 mpv

其他媒体软件包
 Celtx——媒体预生产软件
 GNOME Subtitles

操作系统
注意这些系统的可用发行版会包含或提供的版本和安装/附加的不自由不开放源代码的软件。

模拟器和虚拟机

 Virtual Box

密码管理器
 KeePass
 Password Safe
 Mitro

个人信息管理器
 Chandler——由OSAF开发
 KAddressBook
 Kontact
 KOrganizer
 Mozilla Calendar——基于Mozilla的跨平台日历软件
 Novell Evolution
 OpenSync (软件)
 Project.net——商业项目管理
 TeamLab——项目管理和合作平台

编程语言支持

Bug追踪器
 Bugzilla
 Mantis
 Mindquarry
 Redmine
 Trac

代码生成器
 Bison
 CodeSynthesis XSD——适用于C++的XML Data Binding编译器
 CodeSynthesis XSD/e——适用于移动和嵌入式设备的验证XML解析器/串行器和C++ XML Data Binding生成器
 Flex lexical analyser——词法分析器
 Kodos
 Open Scene Graph——3D图型应用编程界面
 OpenSCDP——开放的智能卡开发平台
 phpCodeGenie
 SableCC——适用于Java和.Net的分析程序的生成程序
 SWIG——用于多种语言的简化包装和接口生成器
 ^txt2regex$
 xmlbeansxx——用于C++的XML Data Binding代码生成器
 YAKINDU Statechart Tools——用于C++和Java的状态图代码生成器

文档生成器
 Doxygen——用于撰写软件参考文档的工具。文档以代码撰写。
 Mkd——从源代码文件提取软件文档，来自伪代码或注释。
 Natural Docs——宣称使用像从注释输入的那样更自然的语言，由此得名。

配置软件
 Autoconf
 Automake
 CMake

调试器（用于测试故障检测） 
 GNU Debugger——用于许多编程语言
 Memtest86——x86设备的RAM压力测试
 Xnee——记录和回放测试

集成开发环境

版本控制系统

屏幕保护程序
 BOINC
 Electric Sheep
 XScreenSaver

安全

杀毒
 ClamAV
 ClamWin
 Gateway Anti-Virus
 Lynis

数据丢失防护
 MyDLP

数据恢复
 dvdisaster
 Foremost
 PhotoRec
 TestDisk

辨析工具
 The Coroner's Toolkit
 The Sleuth Kit

磁盘擦除
 DBAN
 srm

加密
 GnuPG
 GnuTLS
 KGPG
 OpenSSL
 Seahorse

磁盘加密
 CrossCrypt
 FreeOTFE和FreeOTFE Explorer
 eCryptfs
 TrueCrypt
 VeraCrypt

防火墙
 Coyote Linux
 Firestarter
 IPCop
 IPFilter
 IPFire
 ipfw
 iptables
 M0n0wall
 PeerGuardian
 PF
 pfSense
 Rope
 Shorewall
 SmoothWall
 Untangle
 Vyatta

网络和安全监控

SSH
 Cyberduck——Mac OS X及Windows客户端（4.0版本起）
 Lsh——客户端及服务端（支持SRP和Kerberos签名）
 OpenSSH——客户端/服务端
 PuTTY——仅客户端

其他安全软件

神学

圣经学习工具
 BibleDesktop — 用于跨平台
 BibleTime — 用于使用KDE的Linux
 Go Bible — 用于Java手机
 jSword — 用于Java
 MacSword — 用于Mac OS X
 Marcion — 用于Linux和Windows，使用Qt UI框架并嵌入MySQL服务器
 openlp.org — 用于教堂的礼拜演示软件以显示歌曲、圣经、影片等
 SwordBible — 用于Windows
 The SWORD Project for Windows — 用于Windows
 Xiphos  The_SWORD_Project — 用于GNOME的Linux

排版

参见

 自由及开放源代码软件
 GNOME应用程序列表
 GNU软件包列表
 KDE应用程序列表

 Unix应用程序列表

一般目录

 SourceForge.net
 Freshmeat
 Ohloh
 CodePlex

参考资料

一般目录 
 Free Software Directory  — 自由软件基金会的目录
 Open Source Software Directory  — 按分类提供开源软件组织列表
 Open Source Living  — 由社区管理的动态的开源软件存档
 Ohloh  — Ohloh是人人可编辑的开源目录
 AlternativeTo  - 用户编写的流行软件的选择对象——开源软件和非开源软件都存在，所选对象以其许可发布，而不是要求用户浏览有关目录。

对Windows的开源 
 List Of Open-source Programs (LOOP list) for Windows 
 TheOpenDisc.com Windows的OSS预组装盘（继承至TheOpenCD.org ）
 The OSSwin project : Open Source for Windows!

软件列表