变形虫门（Amoebozoa）
Tubulinea
Arcellinida
Leptomyxida
Tubulinida 
目未定及环境样本
Pelobiontea
Pelobiontida 
Entamoebea
Entamoebida
Flabellinea
Dactylopodida 
Dermamoebida
Himatismenida
Vannellida
Myxomycetes 
Echinosteliales 
Liceales 
Physarales 
Trichiales 
Stemonitales 
目未定
Dictyosteliomycetes 
Dictyosteliales 
Protosteliomycetes
Protosteliales 
纲未定及环境样本

顶复门（Apicomplexa）
Aconoidasida
Haemosporida
Piroplasmorida
Conoidasida
Archigregarinorida
Eugregarinorida
Neogregarinorida
目未定及环境样本
Coccidiasina
Agamococcidiorida
Eucoccidiorida
Ixorheorida
Protococcidiorida
目未定及环境样本
纲未定及环境样本

无根虫门（Apusozoa）
Diphyllatea
Diphylleida
Thecomonadea
Ancyromonadida
Apusomonadida
Hemimastigida
纲未定及环境样本

丝足虫门（Cercozoa）
Ascetosporea
Claustrosporida
Haplosporida
Paramyxida
Gromiidea
Gromiida 
Phytomyxea
Phagomyxida
Plasmodiophorida
目未定
Imbricatea
Euglyphida
Thaumatomonadida
Sarcomonadea
Cercomonadida
Metopiida
目未定
Thecofilosea
Cryomonadida
Tectofilosida
Chlorarachnea
Chlorarachniida
Proteomyxidea
Heliomonadida
Leucodictyida
Pseudosporida
Reticulosida
Spongomonadea
Spongomonadida
纲未定及环境样本

轮藻门（Charophyta）
Mesostigmatophyceae
Mesostigmales
环境样本
Klebsormidiophyceae
Klebsormidiales
Zygnematophyceae
Zygnematales
Desmidiales
Charophyceae
Charales
Coleochaetophyceae
Coleochaetales
纲未定及环境样本

绿藻门（Chlorophyta）
Chlorophyceae
Chaetopeltidales 
Chaetophorales
Chlorococcales
Chlorocystidales 
Microsporales
Oedogoniales
Sphaeropleales
Tetrasporales
Volvocales
目未定及环境样本
Mamiellophyceae
Mamiellales
目未定
Nephroselmidophyceae
Nephroselmiales
Pedinophyceae
Pedinomonadales
Scourfieldiales 
目未定
Pleurastrophyceae
Chlorodendrales
Prasinococcales
Pseudoscourfieldiales
Pyramimonadales
目未定及环境样本
Trebouxiophyceae
Chlorellales 
Oocystales 
Prasiolales 
Trebouxiales 
目未定及环境样本
Ulvophyceae
Acrosiphoniales
Bryopsidales
Chlorocystidales
Cladophorales
Dasycladales
Ignatiales
Oltmansiellopsidales
Scotinosphaerales
Trentepohliales
Ulotrichales
Ulvales 
目未定及环境样本
纲未定及环境样本

领鞭毛虫门（Choanozoa）
Aphelidea
Choanoflagellata
Choanoflagellida
Corallochytrea
Corallochytrida
Cristidiscoidea 
Ministeriida 
Nucleariida
Mesomycetozoea
Amoebidiales 
Dermocystida
Eccrinales 
Ichthyophonida
目未定
纲未定

Chromerida
Chromeraceae
Chromera
Vitrellaceae
Vitrella
纲未定

纤毛虫门（Ciliophora）
Colpodea 
Bryometopida  
Bryophryida  
Bursariomorphida  
Colpodida 
Cyrtolophosidida  
Sorogenida
目未定及环境样本
Litostomatea  
Cyclotrichida 
Haptorida 
Pleurostomatida 
Entodiniomorphida 
Trichostomatida 
Vestibuliferida 
目未定及环境样本
Nassophorea  
Microthoracida
Nassulida
Synhymeniida
目未定 
Oligohymenophorea  
Apostomatida  
Astomatophorida  
Pilisuctorida  
Astomatida
Hymenostomatida 
Peniculida
Mobilida  
Sessilida 
Philasterida 
Pleuronematida 
Thigmotrichida  
目未定及环境样本
Phyllopharyngea  
Cryptogemmida
Exogemmida
Chlamydodontida
Dysteriida
Hypocomatida
Rhynchodida
Endogenida
Evaginogenida
Exogenida  
目未定及环境样本
Plagiopylea 
Odontostomatida 
Plagyopylida
环境样本
Prostomatea  
Prorodontida  
Prostomatida 
环境样本 
Spirotrichea  
Choreotrichida  
Tintinnida  
Euplotida  
Kiitrichida  
Halteriida 
Oligotrichida 
Strombidiida  
Protocruziida  
Plagiotomida  
Sporadotrichida  
Stichotrichida  
Urostylida  
Armophorida  
Clevelandellida  
Odontostomatida  
Phacodiniida  
目未定及环境样本
Heterotrichea
Heterotrichida  
Licnophorida 
环境样本 
Karyorelictea 
Loxodida  
Protoheterotrichida 
Protostomatida 
目未定及环境样本 
纲未定及环境样本

隐藻门 (Cryptophyta)
Cryptomonadea
Cryptomonadales
Pyrenomonadales 
Tetragonidiales
Goniomonadea 
Goniomonadales
Katablepharidophyceae
Katablepharidales
纲未定及环境样本

双鞭毛虫门（Dinoflagellata）
Blastodiniophyceae
Blastodiniales
Dinophyceae
Dinophysiales
Gymnodiniales
Ptychodiscales
Gonyaulacales
Peridiniales 
Prorocentrales
Chytriodiniales 
Desmocapsales 
Dinamoebales 
Dinocloniales 
†Hystrichosphaerida  
Phytodiniales 
Suessiales 
Thoracosphaerales 
Zooxanthellales 
目未定
Noctiluciphyceae
Noctilucales
Syndiniophyceae
Syndiniales
Apicomonadea 
Colpodellida
目未定及环境样本
Colponemea
Colponemida
Ellobiopsea
Ellobiopsida 
Perkinsea
Perkinsorida
目未定
†Acritarcha
†Acanthomorphitae  
†Diacromorphitae  
†Dinetromorphitae  
†Disphaeromorphitae  
†Herkomorphitae  
†Netromorphitae  
†Oomorphitae  
†Platymorphitae  
†Polygonomorphitae  
†Prismatomorphitae  
†Pteromorphitae  
†Sphaeromorphitae  
†Stephanomorphitae  
†Versimorphitae 
目未定 
纲未定及环境样本

眼虫门（Euglenozoa）
Diplonemea
Diplonemida
Euglenoidea 
Euglenida
Peranemida
Petalomonadida
Rhabdomonadida 
目未定
Kinetoplastea
Bodonida
Trypanosomatida
Postgaardea
Postgaardida
纲未定及环境样本

有孔虫门（Foraminifera）
Allogromioidia 
Allogromiida
Athalamea 
Biomyxida 
†Fusulinidia 
†Fusulinida
Miliolidia 
Miliolida
Rotalidia 
Carterinida 
Globigerinida
†Involutinida 
Lagenida
Robertinida 
Rotaliida
Silicoloculinida
Spirillinida
Textularidia 
Astrorhizida
Textulariida
Xenophyophorea
†Paleodictyida 
Psamminida
Stannomida
纲未定及环境样本

灰胞藻门（Glaucophyta）
Glaucophyceae
Cyanophorales
Glaucocystales
Gloeochaetales
目未定及环境样本

槽虫门（Loukozoa）
Jakobea
Jakobida
Malawimonadea
Malawimonadida

后滴门（Metamonada）
Carpediemonadea
Carpediemonadida
Anaeromonadida
Trimastigida
Oxymonadida
Retortamonadea
Retortamonadida
Trepomonadea
Enteromonadida
Distomatida
Giardiida
Trichomonadea
Lophomonadida
Spirotrichonymphida
Trichomonadida
Trichonymphea
Trichonymphida
纲未定及环境样本

定鞭藻门 (Haptophyta)
Prymnesiophyceae
Coccolithales 
Coccosphaerales 
Isochrysidales 
Phaeocystales 
Prymnesiales 
Syracosphaerales 
Zygodiscales 
†Arkhangelskiales 
†Discoasterales  
†Eiffelithales 
†Podorhabdales 
†Stephanolithiales 
†Watznaueriales 
Pavlovophyceae
Pavlovales 
纲未定及环境样本

不等鞭毛门 (Heterokontophyta)
Hyphochytriomycetes
Hyphochytriales
Labyrinthulomycetes
Labyrinthulales 
Thraustochytriales 
目未定及环境样本
Opalinea
Slopalinida
Bicosecophyceae
Bicosoecales  
Pirsoniales 
Peronosporomycetes
Albuginales
Olpidiopsidales  
Peronosporales  
Pythiales  
Rhipidiales   
Leptomitales  
Salilagenidiales  
Saprolegniales  
Sclerosporales  
Anisolpidiales  
†Galtierella  
Lagenidiales  
Lagenismatales  
Myzocytiopsidales  
Rozellopsidales
目未定及环境样本
Chrysophyceae  
Chromulinales  
Chrysamoebidales 
Chrysapiales 
Chrysocapsales 
Chrysosphaerales 
Hibberdiales  
Hydrurales  
Ochromonadales 
Phaeothamniales 
Rhizochrysidales 
Thallochrysidales 
目未定及环境样本
Eustigmatophyceae  
Eustigmatales 
目未定及环境样本
Phaeothamniophyceae  
Phaeothamniales
Pleurochloridellales
目未定及环境样本
Raphidophyceae  
Raphidomonadales 
目未定及环境样本
Synurophyceae  
Synurales
目未定及环境样本
Phaeophyceae  
Ascoseirales  
Chordariales 
Cutleriales  
Desmarestiales  
Dictyosiphonales 
Dictyotales  
Durvillaeales 
Ectocarpales  
Fucales  
Laminariales  
Scytosiphonales 
Scytothamnales  
Sphacelariales  
Sporochnales 
Tilopteridales  
目未定
Xanthophyceae  
Chloramoebales 
Heterogloeales 
Mischococcales 
Rhizochloridales 
Tribonematales 
Vaucheriales
目未定及环境样本
Chrysomerophyceae
Chrysomeridales  
Actinochrysophyceae  
Actinophryida  
Ciliophryida  
Pedinellales  
Rhizochromulinales  
Dictyochales  
目未定及环境样本
Pelagophyceae  
Pelagomonadales
Sarcinochrysidales  
目未定及环境样本
Bolidophyceae  
Bolidomonadales
Coscinodiscophyceae 
Thalassiosirales  
Chrysanthemodiscales 
Melosirales 
Paraliales  
Aulacoseirales 
Orthoseirales  
Coscinodiscales  
Ethmodiscales  
Asterolamprales  
Arachnoidiscales  
Stictodiscales  
Stictocyclales  
Triceratiales  
Biddulphiales  
Hemiaulales  
Anaulales  
Lithodesmiales 
Corethrales  
Cymatosirales  
Rhizosoleniales  
Leptocylindrales  
Chaetocerotales  
目未定及环境样本 
Fragilariophyceae 
Fragilariales  
Tabellariales  
Licmophorales 
Rhaphoneidales  
Ardissoneales  
Toxariales  
Thalassionematales  
Rhabdonematales  
Striatellales  
Cyclophorales  
Climacospheniales  
Protoraphidales  
目未定及环境样本 
Bacillariophyceae 
Eunotiales  
Lyrellales  
Mastogloiales  
Dictyoneidales 
Cymbellales  
Achnanthales  
Naviculales  
Thalassiophysales  
Bacillariales  
Rhopalodiales  
Surirellales  
目未定及环境样本 
Xanthomonadophyceae 
Blastocystae 
Blastocystida 
纲未定及环境样本

透色门（Percolozoa）
Heterolobosea
Acrasida
Lyromonadida
Schizopyrenida
目未定及环境样本
Percolatea
Percolomonadida
Pseudociliatida

放射虫门（Radiolaria）
Acantharea
Arthracanthida
Chaunacanthida
Holacanthida
Symphyacanthida
目未定及环境样本
Phaeodarea
Phaeocalpida
Phaeoconchida
Phaeocystida
Phaeodendrida
Phaeogromida
Phaeogymnocellida
Phaeosphaerida
Polycystina
†Albaillellaria 
Archaeospicularia
Collodaria
Entactinaria
†Latentifistularia 
Nassellaria
Spumellaria
目未定及环境样本
Sticholonchea 
Taxopodida
环境样本
纲未定及环境样本

红藻门（Rhodophyta）
Rhodophyceae 
Bangiales 
Goniotrichales 
Porphyridiales 
Ahnfeltiales 
Pihiellales 
Corallinales 
Rhodogorgonales 
Hildenbrandiales
Acrochaetiales 
Balbianiales 
Balliales 
Batrachospermales 
Colaconematales 
Nemaliales 
Palmariales 
Bonnemaisoniales 
Ceramiales 
Gelidiales 
Gigartinales 
Gracilariales 
Halymeniales 
Nemastomatales 
Plocamiales 
Rhodymeniales 
目未定及环境样本
Cyanidiophyceae 
纲未定及环境样本

门未定
其余的原生生物种类（包括早期原生生物种类及混合生物片段、X细胞寄生物）

  

原生生物
生物學列表