日本有50種以上的兩棲動物。

有尾目 Caudata 

 小鲵科 Hynobiidae
 极北鲵 - Salamandrella keyserlingii Dybowski, 1870 (キタサンショウウオ，北山椒魚)
 Hynobius katoi Matsui, Kokuryo, Misawa et Nishikawa, 2004 (アカイシサンショウウオ)
 河氏小鲵 - Hynobius abei Sato, 1934 (アベサンショウウオ，阿部山椒魚)
 滞育小鲵 - Hynobius retardatus Dunn, 1923 (エゾサンショウウオ，蝦夷山椒魚)
 邓氏小鲵 - Hynobius dunni Tago, 1931 (オオイタサンショウウオ，大分山椒魚)
 布氏小鲵 - Hynobius boulengeri (Thompson, 1912) (オオダイガハラサンショウウオ，大台ヶ原山椒魚)
 隐岐小鲵 - Hynobius okiensis Sato, 1940 (オキサンショウウオ，隠岐山椒魚)
 云斑小鲵 - Hynobius nebulosus (Temminck et Schlegel, 1838) (カスミサンショウウオ，霞山椒魚)
 黑小鲵 - Hynobius nigrescens Stejneger, 1907 (クロサンショウウオ，黒山椒魚)
 对马小鲵 - Hynobius tsuensis Abe,1922 (ツシマサンショウウオ，対馬山椒魚)
 东京小鲵 - Hynobius tokyoensis Tago, 1931 (トウキョウサンショウウオ，東京山椒魚)
 费氏小鲵 - Hynobius lichenatus Boulenger, 1883 (トウホクサンショウウオ，東北山椒魚)
 Hynobius hidamontanus Matsui, 1987 (ハクバサンショウウオ，白馬山椒魚)
 比睿山小鲵 - Hynobius kimurae Dunn, 1923 (ヒダサンショウウオ，飛騨山椒魚)
 黑疣小鲵 - Hynobius naevius (Temminck et Schlegel, 1838) (ブチサンショウウオ，斑山椒魚)
 琥珀小鲵 - Hynobius stejnegeri Dunn, 1923 (ベッコウサンショウウオ，鼈甲山椒魚)
 Hynobius takedai Matsui et Miyazaki, 1984 (ホクリクサンショウウオ，北陸山椒魚)
 日本爪鲵 - Onychodactylus japonicus (Houttuyn, 1782) (ハコネサンショウウオ，箱根山椒魚)

 隐鳃鲵科 Cryptobranchidae
 日本大鲵 - Andrias japonicus (Temminck, 1836) (オオサンショウウオ，大山椒魚) 

 蝾螈科 Salamandridae
 琉球棘螈 - Echinotriton andersoni (Boulenger, 1892) (イボイモリ，疣井守)
 红腹蝾螈 - Cynops pyrrhogaster (Boie, 1826) (アカハライモリ，赤腹井守)
 剑尾蝾螈 - Cynops ensicauda (Hallowell, 1861) (シリケンイモリ，尻剣井守)

無尾目 Anura 
 鈴蟾科 Bombinatoridae
 東方鈴蟾Bombina orientalis Boulenger, 1890

 蟾蜍科 Bufonidae
 中華蟾蜍Bufo gargarizans Cantor, 1842 (アジアヒキガエル，亜細亜蟇蛙)
 宮古蟾蜍B. g. miyakonis Okada, 1931 (ミヤコヒキガエル)
 海蟾蜍 - Rhinella marinus (Linnaeus, 1758) (オオヒキガエル，大蟇蛙)
 日本溪蟾 - Bufo torrenticola Matsui, 1976 (ナガレヒキガエル，流蟇蛙)
 日本蟾蜍Bufo japonicus Temminck et Schlegel, 1838 (ニホンヒキガエル，日本蟇蛙)
 B. j. japonicus Temminck et Schlegel, 1838 (ニホンヒキガエル)
關東蟾蜍 B. j. formosus Boulenger, 1883 (アズマヒキガエル，東蟇蛙)

 叉舌蛙科 Dicroglossidae
 川村澤蛙 - Fejervarya kawamurai (Gravenhorst, 1829) (ヌマガエル，沼蛙)
 先島澤蛙Fejervarya sakishimensis Matsui, Toda et Ota, 2007 (サキシマヌマガエル，先島沼蛙)
 波江大頭蛙 - Limnonectes namiyei (Stejneger, 1901) (ナミエガエル，波江蛙)

 雨蛙科 Hylidae
 日本樹蟾 - Dryophytes japonicus Günther, 1859 (ニホンアマガエル，日本雨蛙)
 哈氏樹蟾 - Hyla hallowellii Thompson, 1912 (ハロウエルアマガエル)

 姬蛙科 Microhylidae
 八重山小雨蛙 - Microhyla kuramotoi Matsui and Tominaga, 2020</small> (ヤエヤマヒメアマガエル，八重山姬雨蛙)
 冲绳小雨蛙 - Microhyla okinavensis Stejneger, 1901 (ヒメアマガエル，姫雨蛙)

 赤蛙科 Ranidae
 赫氏赤蛙Babina holsti Boulenger, 1892 (ホルストガエル，ホルスト蛙)
 隆背蛙Babina subaspera Barbour, 1908 (オットンガエル，オットン蛙)
 粗皮蛙 - Glandirana rugosa Temminck et Schlegel, 1838 (ツチガエル，土蛙)
 佐渡粗皮蛙 - Glandirana susurra Sekiya, Miura, and Ogata, 2012 (サドガエル，佐渡蛙)
 美洲牛蛙 - Lithobates catesbeianus Shaw, 1802 (ウシガエル，牛蛙) ※外來種
 豎琴蛙 Nidirana okinavana Kuramoto, 1985 (ヤエヤマハラブチガエル，八重山腹斑蛙)
 奄美臭蛙Odorrana amamiensis Matsui, 1994 (アマミハナサキガエル，奄美鼻先蛙)
 石川氏臭蛙 - Odorrana ishikawae (Stejneger, 1901) (イシカワガエル，石川蛙)
 琉球臭蛙 - Odorrana narina Stejneger, 1901 (ハナサキガエル，鼻先蛙)
 大島臭蛙Odorrana splendida Kuramoto, Satou, Oumi, Kurabayashi, and Sumida, 2011 (アマミイシカワガエル，奄美石川蛙)
 八重山臭蛙Odorrana supranarina Matsui, 1994 (オオハナサキガエル，大鼻先蛙)
 宇都宮臭蛙Odorrana utsunomiyaorum Matsui, 1994 (コガタハナサキガエル，小型鼻先蛙)
 黑斑側褶蛙 - Pelophylax nigromaculatus Hallowell, 1861 (トノサマガエル，殿様蛙)
 達摩蛙 - Pelophylax porosus (Cope, 1868) (ダルマガエル，達磨蛙)
 東京達摩蛙P. p. porosus (Cope, 1868) (トウキョウダルマガエル，東京達磨蛙)
 名古屋達摩蛙 - P. p. brevipodus Ito, 1941 (ナゴヤダルマガエル)
 日本赤蛙 - Rana japonica Boulenger, 1879 (ニホンアカガエル，日本赤蛙)
 奄美赤蛙 - Rana kobai Matsui, 2011 (アマミアカガエル，奄美赤蛙)
 根羽赤蛙 - Rana neba Ryuzaki, Hasegawa, and Kuramoto, 2014 (ネバタゴガエル，根羽田子蛙)
 山赤蛙 - Rana ornativentris Werner, 1903 (ヤマアカガエル，山赤蛙)
 北海道赤蛙Rana pirica Matsui, 1991 (エゾアカガエル，蝦夷赤蛙)
 櫻井氏赤蛙 Rana sakuraii Matsui et Matsui, 1990 (ナガレタゴガエル，流田子蛙)
 屋久島赤蛙 - Rana tagoi Okada, 1928 (タゴガエル，田子蛙)
 R. t. tagoi Okada, 1928 (タゴガエル)
 R. t. okiensis Daito, 1969 (オキタゴガエル，隠岐田子蛙)
 R. t. yakushimensis Nakatani et Okada, 1966 (ヤクシマタゴガエル，屋久島田子蛙)
 對馬赤蛙Rana tsushimensis Stejneger, 1907 (ツシマアカガエル，対馬赤蛙)
 上野赤蛙Rana uenoi Matsui, 2014 (チョウセンヤマアカガエル，朝鮮山赤蛙)
 沖繩赤蛙Rana ulma Matsui, 2011 (リュウキュウアカガエル，琉球赤蛙)

 树蛙科 Rhacophoridae
 河鹿蛙 - Buergeria buergeri (Temminck et Schlegel, 1838) (カジカガエル，河鹿蛙)
 周氏樹蛙 - -Buergeria choui Matsui and Tominaga, 2020</small> (ヤエヤマカジカガエル，八重山河鹿蛙)
 日本树蛙 - Buergeria japonica (Hallowell, 1861) (リュウキュウカジカガエル，琉球河鹿蛙)
 艾氏樹蛙Kurixalus eiffingeri (Boettger, 1895) (アイフィンガーガエル，アイフィンガー蛙)
 白頷樹蛙 - Polypedates leucomystax (Gravenhorst, 1829) (シロアゴガエル，白顎蛙) ※外來種
 沖繩树蛙 - Rhacophorus viridis (Hallowell, 1861) (オキナワアオガエル，沖縄青蛙)
 R. v. viridis (Hallowell, 1861) (オキナワアオガエル，沖縄青蛙)
 R. v. amamiensis Inger, 1947 (アマミアオガエル，奄美青蛙)
 施氏树蛙 - Rhacophorus schlegelii (Günther, 1859) (シュレーゲルアオガエル，シュレーゲル青蛙)
 森樹蛙 Rhacophorus arboreus (Okada et Kawano, 1924) (モリアオガエル，森青蛙)
 荷氏树蛙 - Rhacophorus owstoni (Stejneger, 1907) (ヤエヤマアオガエル，八重山青蛙)

參考文獻 
 松井孝爾，1985．日本の両生類・爬虫類．小学館，東京．
 中村健児・上野俊一，1963．原色日本両生爬虫類図鑑．保育社，大阪．

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