台灣約有80種陸生哺乳動物，其中約40多種為台灣特有種及特有亞種；另外還有約30種海生哺乳動物被記錄。

鼩形目 Soricomorpha
 鼴鼠科 Talpidae
 台灣鼴鼠 - Mogera insularis insularis (Swinhoe, 1863) ※特有亞種
 台灣高山鼴鼠 - Mogera kanoana (Oda & Lin, 2007) ※特有種

 鼩鼱科（尖鼠科） Soricidae
 山階氏鼩鼱 - Anourosorex yamashinai Kuroda, 1935 ※特有種
 水鼩 - Chimarrogale himalayica  (Gray, 1842) 
 細尾長尾鼩 - Chodsigoa sodalis Thomas, 1913 ※特有種
 台灣灰鼩鼱 - Crocidura tanakae Kuroda, 1938 ※特有種
 华南中麝鼩 - Crocidura rapax G. Allen, 1923
小麝鼩 (台灣小麝鼩) -  C. r. kurodai Jameson and Jones, 1977 ※特有亞種
 長尾麝鼩 - C. r. tadae Tokuda and Kano, 1936 ※特有亞種
台灣煙尖鼠 - Episoriculus fumidus  (Thomas, 1913)  ※特有種
香鼩 (家鼩、臭鼩) - Suncus murinus  (Linnaeus, 1766)

翼手目 Chiroptera
蝙蝠因為指骨發展成翅膀的關係，成為唯一會飛行的哺乳動物，現今全球蝙蝠估計接近1000種，佔所有哺乳動物的四分之一，僅次於嚙齒目。
 大蝙蝠科 Pteropidae
 台灣狐蝠 - Pteropus dasymallus formosus Sclater, 1873 ※特有亞種 / 瀕臨絕種野生動物
印度犬果蝠 - Cynopterus sphinx
棕果蝠 - Rousettus leschenaultii

 蹄鼻蝠科 Rhinolophidae
 台灣大蹄鼻蝠 - Rhinolophus formosae Sanborn ※特有種
 台灣小蹄鼻蝠 - Rhinolophus monoceros K. Andersen, 1905 ※特有種

 葉鼻蝠科 Hipposideridae
 無尾葉鼻蝠 - Coelops frithi formosanus Horikawa ※特有亞種
 台灣葉鼻蝠 - Hipposideros terasensis Kisida ※特有亞種

 蝙蝠科 Vespertilionidae
 黃頸蝠 (黃喉家蝠) - Arielulus torquatus Gabor & Lee ※特有種
寬耳蝠 - Barbastella leucomelas  (Cretzschmar, 1830) 
 堀川氏棕蝠 - Eptesicus serotinus horikawai Kishida, 1924 ※特有亞種
毛翼大管鼻蝠 (大管鼻蝠) - Harpiocephalus harpia  (Temminck, 1840) 
 金芒管鼻蝠 - Harpiola isodon  Kuo et al., 2006
台灣彩蝠 - Kerivoula furva 
摺翅蝠 - Miniopterus fuliginosus  (Hodgson, 1835) 
 姬管鼻蝠 - Murina gracilis
 黃胸管鼻蝠 - Murina lucogaster bicolor
台灣管鼻蝠 (管鼻蝠) - Murina puta Kishida, 1924 ※特有種
 高山管鼻蝠 - Murina sp.
 黃金鼠耳蝠 - Myotis flavus (Shamel, 1944)
 寬吻鼠耳蝠 - Myotis latirostris Kishida, 1932 ※特有種
 渡瀨氏鼠耳蝠 - Myotis ruforniger watasei (Thomes) ※特有亞種
台灣鼠耳蝠 - Myotis taiwanensis Linde, 1908 ※特有種
 高山鼠耳蝠 - Myotis sp.
 大足寬吻鼠耳蝠 - Myotis sp.
 長尾鼠耳蝠 - Myotis sp.
 夜蝠 - Nyctalus noctula  (Schreber, 1774) 
 絨山蝠 - Nyctalus velutinus G. Allen, 1923
 東亞家蝠 (家蝠) - Pipistrellus abramus (Temminck, 1835)
 台灣家蝠  - Pipistrellus taiwanensis ※特有種
 山家蝠 - Pipistrellus montanus※特有種
 台灣長耳蝠 - Plecotus taivanus Yoshiyuki, 1991 ※特有種
 高頭蝠 - Scotophilus kuhlii Leach, 1821
 霜毛蝠 - Vespertilio sinensis  Peters, 1880

 游離尾蝠科 Molossidae
皺鼻蝠 (東亞游離尾蝠) - Tadarida insignis Rafinesque, 1814

靈長目 Primates

 獼猴科 Cercopithecidae
 台灣獼猴 - Macaca cyclopis  (Swinhoe, 1863)  ※特有種

鱗甲目 Pholidota
 穿山甲科 Manidae
 台灣穿山甲（台灣鯪鯉）- Manis pentadactyla pentadactyla Linnaeus, 1758 ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物

兔形目 Lagomorpha
兔形目由兩類動物所組成：兔科及鼠兔科。曾經被歸入為嚙齒目，直到20世紀才分開獨立一支。與嚙齒目最大分別為兔形目上顎有4顆門齒（兩排），而嚙齒目只有兩顆。
 兔科 Leporidae
 台灣野兔 - Lepus sinensis formosanus Thomas, 1908 ※特有亞種

嚙齒目 Rodentia
 松鼠科 Sciuridae
 台灣小鼯鼠 (小鼯鼠) - Belomys pearsonii kaleensis (Swinhoe) ※特有亞種
 赤腹松鼠 - Callosciurus erythraeus  (Pallas, 1779) 
 長吻松鼠 - Dremomys pernyi owstoni (Thomas) ※特有亞種
 白面鼯鼠 - Petaurista lena Thomas ※特有種
 大赤鼯鼠 - Petaurista philippensis  (Elliot, 1839)  ※特有亞種
 條紋松鼠 - Tamiops maritimus formosanus (Bonhote) ※特有亞種

 鼠科 Muridae
赤背條鼠 - Apodemus agrarius  (Pallas, 1771) 
 台灣森鼠 - Apodemus semotus Thomas, 1908 ※特有種
 鬼鼠 - Bandicota indica  (Bechstein, 1800) 
 巢鼠 - Micromys minutus  (Pallas, 1771) 
 田鼷鼠 - Mus caroli Bonhote, 1902
 家鼷鼠 - Mus musculus Linnaeus, 1758
 刺鼠 - Niviventer coxingi  (Swinhoe, 1864)  ※特有種
 高山白腹鼠 - Niviventer culturatus  (Thomas, 1917)  ※特有種
 緬甸小鼠 - Rattus exulans (Peale, 1848) ※外來種
 小黃腹鼠 - Rattus losea  (Swinhoe, 1871) 
 溝鼠 - Rattus norvegeicus  (Berkenhout, 1769) 
 黑鼠 (玄鼠) - Rattus rattus  (Linnaeus, 1758) 

 倉鼠科 Cricetidae

 黑腹絨鼠 (台灣天鵝絨鼠) - Eothenomys melanogaster  (Milne-Edwards, 1871) 
 台灣高山田鼠 (菊池氏田鼠) - Microtus kikuchii  (Kuroda, 1920)  ※特有種

食肉目 Carnivora

 熊科 Ursidae
 台灣黑熊 - Ursus thibetanus formosanus Swinhoe, 1864 ※特有亞種 / 瀕臨絕種野生動物

 貂科 Mustelidae
 歐亞水獺 - Lutra lutra chinensis Gray, 1837 ※瀕臨絕種野生動物
 黃喉貂 - Martes flavigula chrysospila Swinhoe, 1866 ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物
 鼬獾 - Melogale moschata subaurantiaca  (Swinhoe, 1862)  ※特有亞種
 華南鼬鼠 (黃鼠狼) - Mustela sibirica taivana Thomas, 1913 ※特有亞種
 台灣高山小黃鼠狼 - Mustela formosanus Lin & Harada,1997</small> ※特有種
 亞洲小爪水獺 - Aonyx cinerea(僅於金門零星發現過腳印)

靈貓科 Viverridae
 白鼻心 (果子狸) - Paguma larvata taivana Swinhoe, 1862 ※特有亞種 
 麝香貓 - Viverricula indica taivana Schwarz, 1911 ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物

 獴科 Herpestidae
 食蟹獴 (棕簑貓)- Herpestes urva formosanus Bechthold, 1936 ※其他應予保育類野生動物

 貓科 Felidae
 石虎 (山貓) - Prionailurus bengalensis chinensis  (Gray, 1837)  ※珍貴稀有野生動物
 台灣雲豹 - Neofelis nebulosa brachyura  (Swinhoe, 1862)  ※特有亞種 / 瀕臨絕種野生動物 / 滅絕

鯨偶蹄目 Cetartiodactyla

豬科 Suidae
 台灣野豬 - Sus scrofa taivanus (Swinhoe, 1863) ※特有亞種
 侯氏豬 - Sus houi  (Qi et al., 1999)  ※滅絕 / 化石記錄種
 鹿科 Cervidae
 台灣梅花鹿 - Cervus nippon taiouanus （Blyth, 1860） ※特有亞種 / 野外滅絕
 新竹梅花鹿 - Cervus nippon sintikuensis  (Shikama,1937)  ※滅絕 / 化石記錄種
 臺灣水鹿 - Cervus unicolor swinhoei (Sclater, 1862) ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物
 山羌 - Muntiacus reevesi micrurus (Sclater, 1875) ※特有亞種 

 牛科 Bovidae
 台灣山羊 (長鬃山羊) - Naemorhedus swinhoei  (Gray, 1862)  ※特有種 / 珍貴稀有野生動物

 鬚鯨科 Balaenopteridae
 小鬚鯨 (小鰮鯨)- Balaenoptera acutorostrata Lacépède, 1804 ※瀕臨絕種野生動物
 鰮鯨 (塞鯨) - Balaenoptera borealis Lesson, 1828 ※瀕臨絕種野生動物
 布氏鯨 (熱帶鰮鯨)- Balaenoptera brydei Olsen, 1913 ※瀕臨絕種野生動物
 鯷鯨 - Balaenoptera edeni Anderson, 1879
 藍鯨 - Balaenoptera musculus  (Linnaeus,1758)  ※瀕臨絕種野生動物
 大村鯨 (角島鯨) - Balaenoptera omurai  Shiro Wada
 長鬚鯨 - Balaenoptera physalus  (Linnaeus, 1758)  ※瀕臨絕種野生動物
 台灣鯨 - Balaenoptera taiwanica  (Huang, 1965)  ※滅絕 / 化石記錄種
 大翅鯨- Megaptera novaeangliae  (Borowski, 1781)  ※瀕臨絕種野生動物

灰鯨科 Eschrichtiidae
 灰鯨 - Eschrichtius robustus  (Lilljeborg, 1861) 　※瀕臨絕種野生動物

露脊鯨科 Balaenidae
 北太平洋露脊鯨 - Eubalaena japonica  (Gray, 1864) 　※瀕臨絕種野生動物

 抹香鯨科 Physeteridae
 抹香鯨 - Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758　※瀕臨絕種野生動物

 小抹香鯨科 Kogiidae
 小抹香鯨 - Kogia breviceps  (Blainville, 1838) 　※珍貴稀有野生動物
侏儒抹香鯨 - Kogia sima  (Owen, 1866) 　※珍貴稀有野生動物

喙鯨科 Ziphiidae
 柏氏中喙鯨 (布蘭氏喙鯨) - Mesoplodon densirostris  (Blainville, 1817) 　※珍貴稀有野生動物
銀杏中喙鯨 (銀杏齒喙鯨) - Mesoplodon ginkgodens Nishiwaki & Kamiya, 1958　※珍貴稀有野生動物
 柯氏喙鯨 (柯維氏喙鯨) - Ziphius cavirostris G. Cuvier, 1823　※珍貴稀有野生動物
朗氏喙鯨 - Mesoplodon pacificus, 2005

 海豚科 Delphinidae
 短吻真海豚 - Delphinus delphis Linnaeus, 1758　※珍貴稀有野生動物
 小虎鯨 - Feresa attenuata Gray, 1874　※珍貴稀有野生動物
 短肢領航鯨 - Globicephala macrorhynchus Gray, 1846　※珍貴稀有野生動物
 瑞氏海豚 (花紋海豚) - Grampus griseus  (G. Cuvier, 1812)  ※珍貴稀有野生動物
 弗氏海豚 - Lagenodelphis hosei Fraser, 1956　※珍貴稀有野生動物
 虎鯨 - Orcinus orca  (Linnaeus, 1758) 　※珍貴稀有野生動物
瓜頭鯨 - Peponocephala electra  (Gray, 1846) 　※珍貴稀有野生動物
 偽虎鯨 - Pseudorca crassidens  (Owen, 1846) 　※珍貴稀有野生動物
 苑裡偽虎鯨 - Pseudorca yuanliensis  (Chang & Cheng , 1998)  ※滅絕 / 化石記錄種
 中華白海豚 (印太洋駝海豚) - Sousa chinensis  (Osbeck, 1765) 　※珍貴稀有野生動物
 熱帶斑海豚 (熱帶點斑原海豚) - Stenella attenuata  (Gray, 1846) 　※珍貴稀有野生動物
 條紋海豚 (條紋原海豚) - Stenella coeruleoalba  (Meyen, 1833) 　※珍貴稀有野生動物
長吻飛旋海豚 (飛旋海豚) - Stenella longirostris  (Gray, 1828) 　※珍貴稀有野生動物
糙齒海豚 (皺齒海豚) - Steno bredanensis  (G. Cuvier in Lesson, 1828) 　※珍貴稀有野生動物
 印太瓶鼻海豚 - Tursiops aduncus  (Ehrenberg, 1833) 
 瓶鼻海豚 - Tursiops truncatus  (Montagu, 1821)  ※珍貴稀有野生動物

 鼠海豚科 Phocoenidae
新鼠豚 (露脊鼠海豚、江豚) - Neophocaena phocaenoides  (G. Cuvier, 1829) 　※瀕臨絕種野生動物

海牛目 Sirenia
 儒艮科 Dugongidae
 儒艮 - Dugong dugon  (Müller, 1776)  ※絕跡

外部連結
 台灣陸生哺乳類名錄，農委會特有生物研究保育中心

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