日本有100種以上的哺乳類，其中約30%為特有種。

食蟲目 Insectivora 
 猬科 Erinaceidae
 刺猬 - Erinaceus europaeus (ナミハリネズミ，並針鼠) ※移入種

 鼩鼱科 Soricidae
 本州鼩鼱 - Sorex hosonoi (アズミトガリネズミ，安曇尖鼠) ※固有種
 S. h. hosonoi (アズミトガリネズミ，安曇尖鼠)
 S. h. shiroumanus (シロウマトガリネズミ，白馬尖鼠)
 姬鼩鼱 - Sorex minutissimus (チビトガリネズミ，禿尖鼠)
 S. m. hawkeri (トウキョウトガリネズミ，東京尖鼠)
 细鼩鼱 - Sorex gracillimus (ヒメトガリネズミ，姫尖鼠)
 中鼩鼱 - Sorex caecutiens (トガリネズミ，尖鼠)
 S. c. shikokensis (シコクトガリネズミ，四国尖鼠) ※固有亜種
 日本鼩鼱 - S. c. shinto (ホンシュウトガリネズミ，本州尖鼠) ※固有亜種
 S. c. saevus (エゾトガリネズミ，蝦夷尖鼠)
 佐渡鼩鼱 - Sorex sadonis (サドトガリネズミ，佐渡尖鼠) ※固有種
 长爪鼩鼱 - Sorex unguiculatus (オオアシトガリネズミ，大足尖鼠)
 西南水鼩 - Chimarrogale platycephala (カワネズミ，川鼠) ※固有種
 小麝鼩 - Crocidura suaveolens (コジネズミ，小地鼠)
 C. s. shantungensis (チョウセンコジネズミ，朝鮮小地鼠)
 长尾小麝鼩 - Crocidura horsfieldii (オナガジネズミ，尾長地鼠)
 C. h. watasei (ワタセジネズミ，渡瀬地鼠) ※固有亜種
 德氏麝鼩 - Crocidura dsinezumi (ジネズミ，地鼠) ※固有種
 C. d. chisai (ホンシュウジネズミ，本州地鼠)
 C. d. dsinezumi (サイゴクジネズミ，西国地鼠)
 C. d. intermedia (タネジネズミ，種地鼠)
 C. d. okinoshimae (オキノシマジネズミ，沖ノ島地鼠)
 C. d. umbrina (ヤクジネズミ，屋久地鼠)
 奥里麝鼩 - Crocidura orii (オリイジネズミ，折居地鼠) ※固有種
 臭鼩 - Suncus murinus (ジャコウネズミ，麝香鼠)
 S. m. riukiuana (リュウキュウジャコウネズミ，琉球麝香鼠)

 鼹科 Talpidae
 毛吻鼩鼹 - Dymecodon pilirostris (ヒメヒミズ，姫日不見) ※固有種
 日本鼩鼹 - Urotrichus talpoides (ヒミズ，日不見) ※固有種
 U. t. adversus (ツシマヒミズ，対馬日不見)
 U. t. centralis (シコクヒミズ，四国日不見)
 U. t. hondonis (ホンシュウヒミズ，本州日不見)
 U. t. minutus (オキヒミズ，隠岐日不見)
 U. t. talpoides (キュウシュウヒミズ，九州日不見)
 本州鼹 - Euroscaptor mizura (ミズラモグラ，髻土竜) ※固有種
 E. m. hiwaensis (ヒワミズラモグラ，ひわ髻土竜)
 E. m. mizura (フジミズラモグラ，富士髻土竜)
 E. m. ohtai (シナノミズラモグラ，信濃髻土竜)
 尖閣鼴鼠 - Nesoscaptor uchidai (センカクモグラ，尖閣土竜) ※固有種 / 1976年採取、1991年新種認定。
 Mogera imaizumii  (アズマモグラ，東土竜) ※固有種
 M. i. imaizumii (コモグラ，小土竜)
 本州缺齿鼹 - M. i. minor (コモグラ，小土竜)
 佐渡缺齿鼹 - Mogera tokudae (サドモグラ，佐渡土竜) ※固有種
 倭缺齿鼹 - M. t. etigo (エチゴモグラ，越後土竜)
 佐渡缺齿鼹 - M. t. tokudae (サドモグラ，佐渡土竜)
 小缺齿鼹 - Mogera wogura  (コウベモグラ，神戸土竜)
 M. w. coreana (コウライモグラ，高麗土竜)
 M. w. kanai (ヤクシマモグラ，屋久島土竜)
 日本缺齿鼹 - M. w. kobeae (コウベモグラ，神戸土竜)
 M. w. wogura (コウベモグラ，神戸土竜)

翼手目 Chiroptera 
 狐蝠科 Pteropidae
 琉球狐蝠 - Pteropus dasymallus (クビワオオコウモリ，首輪大蝙蝠)
 P. d. daitoensis (ダイトウオオコウモリ，大東大蝙蝠) ※天然記念物
 P. d. dasymallus (エラブオオコウモリ，永良部大蝙蝠) ※天然記念物
 P. d. inopinatus (オリイオオコウモリ，折居大蝙蝠)
 P. d. yayeyamae (ヤエヤマオオコウモリ，八重山大蝙蝠)
 Pteropus loochoensis (オキナワオオコウモリ，沖縄大蝙蝠) ※絶滅種
 小笠原狐蝠 - Pteropus pselaphon (オガサワラオオコウモリ，小笠原大蝙蝠) ※固有種 / 天然記念物

 菊头蝠科 Rhinolophidae
 马铁菊头蝠 - Rhinolophus ferrumequinum (キクガシラコウモリ，菊頭蝙蝠)
 R. f. nippon (ニホンキクガシラコウモリ，日本菊頭蝙蝠)
 R. f. mikadoi (ミカドキクガシラコウモリ)
 角菊头蝠 - Rhinolophus cornutus (コキクガシラコウモリ，小菊頭蝙蝠)
 R. c. cornutus (ニホンコキクガシラコウモリ，日本小菊頭蝙蝠)
 R. c. orii (オリイコキクガシラコウモリ，折居小菊頭蝙蝠)
 Rhinolophus pumilus (オキナワコキクガシラコウモリ，沖縄小菊頭蝙蝠) ※固有種
 R. p. miyakonis (ミヤココキクガシラコウモリ，宮古小菊頭蝙蝠)
 R. p. pumilus (オキナワコキクガシラコウモリ，沖縄小菊頭蝙蝠)
 Rhinolophus perditus (ヤエヤマコキクガシラコウモリ，八重山小菊頭蝙蝠) ※固有種
 伊氏菊头蝠 - R. p. imaizumii (イリオモテコキクガシラコウモリ，西表小菊頭蝙蝠)
 R. p. perditus (ヤエヤマコキクガシラコウモリ，八重山小菊頭蝙蝠)

 蹄蝠科 Hipposideridae
 丑蹄蝠 - Hipposideros turpis (カグラコウモリ，神楽蝙蝠)

 蝙蝠科 Vespertilionidae
 菲氏鼠耳蝠 - Myotis formosus (クロアカコウモリ，黒赤蝙蝠)
 M. f. tsuensis (ツシマクロアカコウモリ，対馬黒赤蝙蝠) ※固有亜種
 大趾鼠耳蝠 - Myotis macrodactylus (モモジロコウモリ，腿白蝙蝠)
 水鼠耳蝠 - Myotis daubentonii (ドーベントンコウモリ，ドーベントン蝙蝠)
 M. d. ussuriensis (ウスリドーベントンコウモリ，ウスリドーベントン蝙蝠)
 须鼠耳蝠 - Myotis mystacinus (ホオヒゲコウモリ，頬髭蝙蝠)
 M. m. gracilis (ウスリホオヒゲコウモリ，ウスリ頬髭蝙蝠) 
 伊氏鼠耳蝠 - Myotis ikonnikovi (ヒメホオヒゲコウモリ，姫頬髭蝙蝠)
 M. i. fujiensis (フジホオヒゲコウモリ，富士頬髭蝙蝠)
 日本鼠耳蝠 - M. i. hosonoi (シナノホオヒゲコウモリ，信濃頬髭蝙蝠) 
 伊氏鼠耳蝠 - M. i. ikonnikovi (ヒメホオヒゲコウモリ，姫頬髭蝙蝠)
 本州鼠耳蝠 - M. i. ozensis (オゼホオヒゲコウモリ，尾瀬頬髭蝙蝠)
 M. i. yesoensis (エゾホオヒゲコウモリ，蝦夷頬髭蝙蝠)
 霜白鼠耳蝠 - Myotis pruinosus (クロホオヒゲコウモリ，黒頬髭蝙蝠)
 Myotis yanbarensis (クロホオヒゲコウモリ，黒頬髭蝙蝠) ※固有種 / 1997年発見、1998年新種認定。
 福建鼠耳蝠 - Myotis frater (カグヤコウモリ，加久矢蝙蝠)
 M. f. kaguyae (カグヤコウモリ，加久矢蝙蝠) ※固有亜種
 纳氏鼠耳蝠 - Myotis nattereri (ノレンコウモリ，暖簾蝙蝠)
 嗡声鼠耳蝠 - M. n. bombinus (ホンドノレンコウモリ，本土暖簾蝙蝠)
 普通伏翼 - Pipistrellus abramus (アブラコウモリ，油蝙蝠)
 本州伏翼 - Pipistrellus endoi (モリアブラコウモリ，森油蝙蝠) ※固有種
 萨氏伏翼 - Pipistrellus savii (オオアブラコウモリ，大油蝙蝠) ※迷行種
 P. s. velox (クロオオアブラコウモリ，黒大油蝙蝠)
 P. s. coreensis (コウライオオアブラコウモリ，高麗大油蝙蝠)
 斯氏伏翼 - Pipistrellus sturdeei (オガサワラアブラコウモリ，小笠原油蝙蝠) ※絶滅種
 北棕蝠 - Eptesicus nilssonii (キタクビワコウモリ，姫堀川蝙蝠)
 E. n. parvus (ヒメホリカワコウモリ，姫堀川蝙蝠)
 Eptesicus japonensis (クビワコウモリ，首輪蝙蝠) ※固有種
 日本山蝠 - Nyctalus aviator (ヤマコウモリ，山蝙蝠)
 Nyctalus furvus (コヤマコウモリ，小山蝙蝠)
 大蝙蝠 - Vespertilio superans (ヒナコウモリ，雛蝙蝠)
 普通蝙蝠 - Vespertilio murinus (ヒメヒナコウモリ，姫雛蝙蝠) ※迷行種
 亚洲宽耳蝠 - Barbastella leucomelas (チチブコウモリ，秩父蝙蝠)
 B. l. darjelingensis (チチブコウモリ，秩父蝙蝠)
 大耳蝠 - Plecotus auritus (ウサギコウモリ，兎蝙蝠)
 P. a. sacrimontis (ニホンウサギコウモリ，日本兎蝙蝠) ※固有亜種
 亚洲长翼蝠 - Miniopterus fuliginosus (ユビナガコウモリ，指長蝙蝠)
 长翼蝠 - Miniopterus fuscus (リュウキュウユビナガコウモリ，琉球指長蝙蝠) 
 白腹管鼻蝠 - Murina leucogaster (テングコウモリ，天狗蝙蝠)
 M. l. hilgendorfi (ニホンテングコウモリ，日本天狗蝙蝠)
 Murina ryukyuana (リュウキュウテングコウモリ，琉球天狗蝙蝠) ※固有種 / 1997年発見、1998年新種認定。
 乌苏里管鼻蝠 - Murina ussuriensis (コテングコウモリ，小天狗蝙蝠)
 林管鼻蝠 - M. u. silvatica (ニホンコテングコウモリ，日本小天狗蝙蝠)
 对马管鼻蝠 - Murina tenebrosa (クチバテングコウモリ，口羽天狗蝙蝠) ※固有種 / 1962年発見、1970年新種記載。

 犬吻蝠科 Molossidae
 宽耳犬吻蝠 - Tadarida insignis (オヒキコウモリ，尾曳蝙蝠)
 T. i. latouchei (スミイロオヒキコウモリ，墨色尾曳蝙蝠)

靈長目 Primate 

 猴科 Cercopithecidae
 日本猴 - Macaca fuscata (ニホンザル，日本猿) ※固有種 / 天然記念物
 M. f. fuscata (ホンドザル，本土猿)
 M. f. yakui (ヤクシマザル，屋久島猿)
 台湾猴 - Macaca cyclopis (タイワンザル，台湾猿) ※移入種
 猕猴 - Macaca mulatta (アカゲザル，赤毛猿) ※移入種

兔形目 Lagomorpha 
 鼠兔科 Ochotonidae
 极北鼠兔 - Ochotona hyperborea (ナキウサギ，鳴兎)
 O. h. yesoensis (エゾナキウサギ，蝦夷鳴兎)

 兔科 Leporidae
 琉球兔 - Pentalagus furnessi (アマミノクロウサギ，奄美野黒兎) ※固有種 /特別天然記念物
 雪兔 - Lepus timidus (ユキウサギ，雪兎)
 L. t. ainu (エゾユキウサギ，蝦夷雪兎)
 短尾兔 - Lepus brachyurus (ノウサギ，野兎) ※固有種
 L. b. angustidens (トウホクノウサギ，東北野兎)
 L. b. brachyurus (キュウシュウノウサギ，九州野兎) 
 L. b. lyoni (サドノウサギ，佐渡野兎)
 L. b. okiensis (オキノウサギ，隠岐野兎)
 穴兔 - Oryctolagus cuniculus (アナウサギ，穴兎) ※移入種

嚙齒目 Rodentia 

 松鼠科 Sciuridae
 赤腹丽松鼠 - Callosciurus erythraeus (タイワンリス，台湾栗鼠) ※移入種
 C. e. thaiwanensis (タイワンリス，台湾栗鼠)
 松鼠 - Sciurus vulgaris (キタリス，北栗鼠)
 S. v. orientis (エゾリス，蝦夷栗鼠)
 日本松鼠 - Sciurus lis (ニホンリス，日本栗鼠) ※固有種
 花鼠 - Tamias sibiricus (シマリス，縞栗鼠)
 T. s. barberi (チョウセンシマリス，朝鮮縞栗鼠) ※移入種
 T. s. lineatus (エゾシマリス，蝦夷縞栗鼠)
 日本飞鼠 - Pteromys momonga (ホンドモモンガ，本土モモンガ) ※固有種
 飞鼠 - Pteromys volans (タイリクモモンガ，大陸モモンガ)
 P. v. orii (エゾモモンガ，蝦夷モモンガ) ※固有亜種
 白颊鼯鼠 - Petaurista leucogenys (ムササビ，鼯鼠・鼺鼠) ※固有種
 P. l. leucogenys (キュウシュウムササビ，九州鼯鼠)
 P. l. nikkonis (ニッコウムササビ)
 P. l. oreas (ワカヤマムササビ，和歌山鼯鼠)

 睡鼠科 Gliridae
 日本睡鼠 - Glirulus japonicus (ヤマネ，山鼠) ※固有種 / 天然記念物

 鼠科 Muridae

 棕背 - Clethrionomys rufocanus (タイリクヤチネズミ，大陸谷地鼠)
 C. r. bedfordiae (エゾヤチネズミ，蝦夷谷地鼠)
 库页 - C. r. sikotanensis (シコタンヤチネズミ，色丹谷地鼠)
 Clethrionomys rex (ムクゲネズミ，尨毛鼠)
 C. r. montanus (ミヤマムクゲネズミ，御山尨毛鼠) ※固有亜種
 C. r. rex (リシリムクゲネズミ，利尻尨毛鼠) ※固有亜種
 紅背 - Clethrionomys rutilus (ヒメヤチネズミ，姫谷地鼠)
 C. r. mikado (ミカドネズミ，帝鼠) ※固有亜種
 Eothenomys andersoni (ヤチネズミ，谷地鼠) ※固有種
 E. a. andersoni (トウホクヤチネズミ，東北谷地鼠)
 E. a. niigatae (ニイガタヤチネズミ，新潟谷地鼠)
 E. a. imaizumii (ワカヤマヤチネズミ，和歌山谷地鼠)
 Eothenomys smithii (スミスネズミ，スミス鼠) ※固有種
 E. s. okiensis (オキスミスネズミ，隠岐スミス鼠)
 E. s. smithii (スミスネズミ，スミス鼠)
 E. s. kageus (カゲネズミ，鹿毛鼠)
 日本田鼠 - Microtus montebelli (ハタネズミ，畑鼠) ※固有種
 M. m. brevicorpus (サドハタネズミ，佐渡畑鼠)
 M. m. montebelli (ハタネズミ，畑鼠)
 麝鼠 - Ondatra zibethicus (マスクラット) ※移入種
 巢鼠 - Micromys minutus (カヤネズミ，萱鼠)
 M. m. aokii (ツシマカヤネズミ，対馬萱鼠)
 M. m. japonicus (シコクカヤネズミ，四国萱鼠)
 M. m. hondonis (ホンシュウカヤネズミ，本州萱鼠)
 黑线姬鼠 - Apodemus agrarius (セスジネズミ，背筋鼠)
 日本姬鼠 - Apodemus argenteus (ヒメネズミ，姫鼠) ※固有種
 A. a. argenteus (ホンドヒメネズミ，本土姫鼠)
 A. a. celatus (オキヒメネズミ，隠岐姫鼠)
 A. a. hokkaidi (エゾヒメネズミ，蝦夷姫鼠)
 A. a. sagax (ツシマヒメネズミ，対馬姫鼠)
 A. a. tanei (タネヒメネズミ，種姫鼠)
 A. a. yakui (ヤクシマヒメネズミ，屋久島姫鼠)
 朝鲜姬鼠 - Apodemus peninsulae (ハントウアカネズミ，半島赤鼠)
 A. p. giliacus (カラフトアカネズミ，樺太赤鼠)
 大林姬鼠 - Apodemus speciosus (アカネズミ，赤鼠) ※固有種
 A. s. ainu (エゾアカネズミ，蝦夷赤鼠)
 A. s. dorsalis (セグロアカネズミ，背黒赤鼠)
 A. s. insperatus (オオシマアカネズミ，大島赤鼠)
 A. s. miyakensis (ミヤケアカネズミ，三宅赤鼠)
 A. s. navigator (オキアカネズミ，隠岐赤鼠)
 A. s. speciosus (ホンドアカネズミ，本土赤鼠)
 A. s. sadoensis (サドアカネズミ，佐渡赤鼠)
 A. s. tusimaensis (ツシマアカネズミ，対馬赤鼠)
 裔鼠 - Tokudaia osimensis (トゲネズミ，棘鼠) ※固有種 / 天然記念物
 明氏裔鼠 - T. o. muenninki (オキナワトゲネズミ，沖縄棘鼠)
 T. o. osimensis (アマミトゲネズミ，奄美棘鼠)
 德之島刺鼠 - T. o. tokunoshimensis (トクノシマトゲネズミ，徳之島棘鼠) ※2006年新種記載（Endo and Tsuchiya, 2006）。 
 褐家鼠 - Rattus norvegicus (ドブネズミ，溝鼠)
 R. n. caraco (ニホンドブネズミ，日本溝鼠)
 R. n. norvegicus (ヨウシュウドブネズミ，揚州溝鼠)
 黑家鼠 - Rattus rattus (クマネズミ，熊鼠)
 R. r. diardi (マレーシアクマネズミ，マレーシア熊鼠)
 达氏家鼠 - R. r. tanezumi (ニホンクマネズミ，日本熊鼠)
 琉球鼠 - Diplorthrix legata (ケナガネズミ，毛長鼠) ※固有種 / 天然記念物
 小家鼠 - Mus musculus (ハツカネズミ，廿日鼠)
 M. m. molossinus (ホンドハツカネズミ，本土廿日鼠)
 M. m. musculus (ヨウシュウハツカネズミ，揚州廿日鼠)
 台湾小家鼠 - Mus caroli (オキナワハツカネズミ，沖縄廿日鼠)

 河狸鼠科 Myocastoridae
 河狸鼠 - Myocastor coypus (ヌートリア，海狸鼠・沼狸) ※移入種

食肉目 Carnivora 
 熊科 Ursidae
 北極熊 - Ursus maritimus (ホッキョクグマ，北極熊) ※迷行種
 棕熊 - Ursus arctos (ヒグマ，羆)
 U. a. yesoensis (エゾヒグマ，蝦夷羆)
 亞洲黑熊 - Ursus thibetanus (ツキノワグマ，月輪熊)
 日本黑熊 - U. t. japonicus (ニホンツキノワグマ，日本月輪熊)

 浣熊科 Procyonidae
 浣熊 - Procyon lotor (アライグマ) ※移入種
 食蟹浣熊 - Procyon cancrivorus (カニクイアライグマ) ※移入種

 犬科 Canidae

 貉 - Nyctereutes procyonoides (タヌキ，狸)
 N. p. albus (エゾタヌキ，蝦夷狸)
 N. p. viverrinus (ホンドタヌキ，本土狸) ※天然記念物
 赤狐 - Vulpes vulpes (キツネ，狐) 
 V. v. japonica (ホンドキツネ，本土狐)
 V. v. schrencki (キタキツネ，北狐)
 狼 - Canis lupus (オオカミ，狼)
 北海道狼 - C. l. hattai (エゾオオカミ，蝦夷狼) ※絶滅種
 日本狼 - C. l. hodophilax (ニホンオオカミ，日本狼) ※絶滅種

 貂科 Mustelidae

 日本貂 - Martes melampus (テン，貂)
 M. m. melampus (ホンドテン，本土貂)
 對馬貂 - M. m. tsuensis (ツシマテン，対馬貂) ※天然記念物
 紫貂 - Martes zibellina (クロテン，黒貂)
 M. z. brachyura (エゾクロテン，蝦夷黒貂)
 日本鼬 - Mustela itatsi (イタチ，鼬) ※固有種
 M. i. asaii (オオシマイタチ)
 M. i. itatsi (ホンドイタチ，本土鼬)
 琉球鼬 - M. i. sho (コイタチ，小鼬)
 黄鼬 - Mustela sibirica (チョウセンイタチ，朝鮮鼬)
 朝鮮鼬 - M. s. coreana (チョウセンイタチ，朝鮮鼬)
 伶鼬 - Mustela nivalis (イイズナ，飯綱)
 M. n. namiyei (ニホンイイズナ，日本飯綱) ※固有種
 白鼬 - Mustela erminea (オコジョ)
 日本白鼬 - M. e. nippon (ホンドオコジョ，本土オコジョ) ※固有亜種
 北海道白鼬 - M. e. orientalis (エゾオコジョ，蝦夷オコジョ)
 北美水貂 - Mustela vison (ミンク) ※移入種
 獾 - Meles meles (アナグマ，穴熊)
 日本獾 - M. m. anakuma (ニホンアナグマ，日本穴熊)
 水獭 - Lutra lutra (カワウソ，川獺)
 日本水獺 - L. l. whiteleyi (ニホンカワウソ，日本川獺) ※特別天然記念物 ※絶滅種
 海獭 - Enhydra lutris (ラッコ，海獺・猟虎)

 靈貓科 Viverridae
 果子狸 - Paguma larvata (ハクビシン，白鼻芯)

 獴科 Herpestidae
 爪哇獴 - Herpestes javanicus (ジャワマングース) ※移入種

 貓科 Felidae

 豹猫 - Prionailurus bengalensis (ベンガルヤマネコ，ベンガル山猫)
 P. b. euptilura (ツシマヤマネコ，対馬山猫) ※天然記念物
 西表山猫 - P. b. iriomotensis (イリオモテヤマネコ，西表山猫) ※固有種 /特別天然記念物 / 1967年新種記載。

 海狮科 Otariidae
 加州海狮 - Zalophus californianus (アシカ，葦鹿)
 日本海狮 -Z. c. japonicus (ニホンアシカ，日本葦鹿) ※絶滅種
 北海狮 - Eumetopias jubatus (トド，胡獱)
 海狗 - Callorthinus ursinus (オットセイ，膃肭臍)

 海象科 Odobenidae
 海象 - Odobenus rosmarus (セイウチ，海象) ※迷行種

 海豹科 Phocidae
 港海豹 - Phoca vitulina (ゼニガタアザラシ，銭形海豹)
 斑海豹 - Phoca largha (ゴマフアザラシ，胡麻斑海豹)
 P. l. stejnegeri (ゴマフアザラシ，胡麻斑海豹)
 环斑海豹 - Phoca hispida (ワモンアザラシ，輪紋海豹)
 环海豹 - Histriophoca fasciata (クラカケアザラシ，鞍掛海豹)
 髯海豹 - Erignathus barbatus (アゴヒゲアザラシ，顎鬚海豹)

偶蹄目 Artiodactyla 
 豬科 Suidae
 野猪 - Sus scrofa (イノシシ，猪)
 日本野豬 - S. s. leucomystax (ニホンイノシシ，日本猪) ※固有亜種
 琉球野豬 - S. s. riukiuanus (リュウキュウイノシシ，琉球猪) ※固有亜種

 鹿科 Cervidae

 梅花鹿 - Cervus nippon (ニホンジカ，日本鹿)
 C. n. keramae (ケラマジカ，慶良間鹿) ※固有亜種 / 天然記念物
 C. n. nippon (ニホンジカ，日本鹿) ※固有亜種
 C. n. pulchellus (ツシマジカ，対馬鹿) ※固有亜種
 C. n. taiouanus (タイワンジカ，台湾鹿) ※移入種
 C. n. yakushimae (ヤクシカ，屋久鹿) ※固有亜種
 C. n. yesoensis (エゾジカ，蝦夷鹿) ※固有亜種
 小麂 - Muntiacus reevesi (キョン，羌) ※移入種

 牛科 Bovidae

 日本鬣羚 - Capricornis crispus (ニホンカモシカ，日本氈鹿) ※固有種 /特別天然記念物

海牛目 Sirenia 
 儒艮科 Dugongidae
 儒艮 - Dugong dugon (ジュゴン，儒艮) ※天然記念物

鯨目 Cetacea 
 露脊鲸科 Balaenidae
 北极鲸 - Balaena mysticetus (ホッキョククジラ，北極鯨)
 露脊鲸 - Balaena glacialis (セミクジラ，背美鯨)

 灰鯨科 Eschrichtiidae
 灰鲸 - Eschrichtius robustus (コククジラ，克鯨)

 鬚鯨科 Balaenopteridae
 蓝鲸 - Balaenoptera musculus (シロナガスクジラ，白長須鯨)
 长须鲸 - Balaenoptera physalus (ナガスクジラ，長須鯨)
 鳁鲸 - Balaenoptera borealis (イワシクジラ，鰯鯨)
 鳀鲸 - Balaenoptera edeni (ニタリクジラ，似鯨)
 小鳁鲸 - Balaenoptera acutorostrata (ミンククジラ，小鰯鯨)
 角島鯨 - Balaenoptera omurai (ツノシマクジラ，角島鯨) ※1998年死体発見、2002年新種発表。
 座头鲸 - Megaptera novaeangliae (ザトウクジラ，座頭鯨)

 抹香鯨科 Physeteridae
 抹香鲸 - Physeter marcrocephalus (マッコウクジラ，抹香鯨)

 小抹香鯨科 Kogiidae
 小抹香鲸 - Kogia breviceps (コマッコウ，小抹香)
 矮抹香鲸 - Kogia simus (オガワマッコウ，小川小抹香)

 喙鯨科 Ziphiidae
 古氏剑吻鲸 - Ziphius carvirostris (アカボウクジラ，赤坊鯨)
 太平洋剑喙鲸 - Indopacetus pacificus (タイヘイヨウアカボウモドキ，太平洋赤坊擬)
 斯氏喙鲸 - Mesoplodon stejnegeri (オウギハクジラ，扇歯鯨)
 卡氏喙鲸 - Mesoplodon carlhubbsi (ハッブスオウギハクジラ，ハッブス扇歯鯨)
 瘤齿喙鲸 - Mesoplodon densirostris (コブハクジラ，瘤歯鯨)
 杏齿喙鲸 - Mesoplodon ginkgodens (イチョウハクジラ，銀杏歯鯨)
 拜氏鲸 - Berardius bairdii (ツチクジラ，槌鯨)

 独角鲸科 Monodontidae
 独角鲸 - Monodon monoceros (イッカク，一角) ※迷行種
 白鲸 - Delphinapterus leucas (シロイルカ，白海豚)

 海豚科 Delphinidae
 逆戟鲸 - Orcinus orca (シャチ，鯱)
 大吻巨头鲸 - Globicephala macrorhynchus (コビレゴンドウ，小鰭巨頭)
 巨头鲸 - Globicephala melas (ヒレナガゴンドウ，鰭長巨頭) ※絶滅 (日本)
 伪虎鲸 - Pseudorca crassidens (オキゴンドウ，沖巨頭)
 小逆戟鲸 - Feresa attenuata (ユメゴンドウ，夢巨頭)
 瓜头海豚 - Peponocephala electra (カズハゴンドウ，数歯巨頭)
 灰海豚 - Grampus griseus (ハナゴンドウ，花巨頭)
 短吻真海豚 - Delphinus delphis (マイルカ，真海豚)
 長吻真海豚 - Delphinus capensis (ハセイルカ)
 蓝白海豚 - Stenella coeruleoalba (スジイルカ，筋海豚)
 弱原海豚 - Stenella attenuata (マダライルカ，斑海豚)
 长嘴海豚 - Stenella longirostris (ハシナガイルカ，嘴長海豚)
 宽吻海豚 - Tursiops truncatus (ハンドウイルカ，半道海豚)
 太平洋斑纹海豚 - Lagenorhynchus obliquidens (カマイルカ，鎌海豚)
 北鲸豚 - Lissodelphis borealis (セミイルカ，背美海豚)
 糙齿长吻海豚 - Steno bredanensis (シワハイルカ，皺歯海豚)
 霍氏海豚 - Lagenodelphis hosei (サラワクイルカ，サラワク海豚)

 鼠海豚科 Phocoenidae
 大西洋鼠海豚 - Phocoena phocoena (ネズミイルカ，鼠海豚)
 白腰鼠海豚 - Phocoenoides dalli (イシイルカ)
 江豚 - Neophocaena phocaenoides (スナメリ，砂滑) ※天然記念物

參考文獻 
 阿部永他，1994，『日本の哺乳類』。東海大学出版会。
 小宮輝之，2002，『フィールド ベスト図鑑 日本の哺乳類』。学習研究社。
 今泉吉典，1960，『原色日本哺乳類図鑑』。保育社。