真菌分类系统是关于真菌的科学分类法。19世纪至今，各学者对真菌的分类不尽相同，其中最常用的是安斯沃斯在1971年作出的分类系统。

贝西分类系统 
1935年，恩斯特·贝西（）出版了美国第一本真菌学教科书。1950年，又出版了《真菌的形态和分类》一书，其中包含了他所创的“三纲一类”分类系统。
 菌虫 Mycetozoa
 藻状菌纲 Phycomyceteae
 产子实体真菌类 Capormyceteae
 子囊菌纲 Ascomyceteae
 核菌 Pyrenomycetes
 担子菌纲 Basidomyceteae
 冬孢亚纲 Teliosporae
 异担子亚纲 Heterobasidiae
 层菌亚纲 Hymenomyceteae
 腹菌亚纲 Gasteromyceteae
 半知菌类 Imperfect Fungi
 丛梗孢目 Moniliales
 球壳孢目 Sphaeropsidales
 黑盘孢目 Melanconiales

马丁分类系统 
乔治·威拉德·马丁（）继承了“三纲一类”的分类系统，并作了细化。

 藻类 Algal group
 菌类 Fungal group
 集胞黏菌目 Acrasiales
 网黏菌目 Labyrinthulales
 根肿菌目 Plasmodiophorales
 黏菌门 Myxomycetes
 真菌门 Eumycetes
 藻状菌纲 Phycomycetes
 毛菌亚纲 Trichomycetes
 卵菌亚纲 Oomycetes
 接合菌亚纲 Zygomycetes
 子囊菌纲 Ascomycetes
 半子囊菌亚纲 Hemiascomycetidae
 真子囊菌亚纲 Euascomycetidae
 担子菌纲 Basidiomycetes
 异担子菌亚纲 Heterobasidiomycetes
 同担子菌亚纲 Homobasidiomycetes
 半知菌类 Fungi Imperfecti

亚历克索普洛斯分类系统 
亚历克索普洛斯（）对之前混乱的分类单元名称进行了规范。其1952年的分类系统沿袭了“三纲一类”的分类系统。而1962年的分类系统开始放弃“三刚一类”的分类系统，将藻状菌纲分为6纲。

亚历克索普洛斯1952年分类系统 
 黏菌门 Myxomycophyta
 黏菌纲 Myxomyceteae
 根肿菌纲 Plasmodiophoreae
 集胞黏菌纲 Acrasieae
 真菌门 Eumycophyta
 藻状菌纲 Phycomycetes
 单鞭毛菌组 Uniflagellatae
 双鞭毛菌组 Biflagellatae
 无鞭毛菌组 Aplanatae
 子囊菌纲 Ascomycetes
 原子囊菌亚纲 Protoascomycetes
 真子囊菌亚纲 Euascomycetes
 不整子囊菌组 Plectoascomycetes
 果子囊菌组 Pyenomycetes
 盘子囊菌组 Disomycetes
 担子菌纲 Basidiomycetes
 半担子菌亚纲 Hemibasidiomycetes
 无隔担子菌亚纲 Holobasidiomycetes
 半知菌类 Deuteromycetes

亚历克索普洛斯1962年分类系统 
 真菌门 Mycota
 黏菌亚门 Myxomycotina
 黏菌纲 Myxomycetes
 真菌亚门 Eumycotina
 根肿菌纲 Plasmodiophoromycetes
 壶菌纲 Chytridiomycetes
 丝壶菌纲 Hyphochytriomycetes
 卵菌纲 Oomycetes
 接合菌纲 Zygomycetes
 毛菌纲 Trichomycetes
 子囊菌纲 Ascomycetes
 半子囊菌亚纲 Hemiascomycetidae
 真子囊菌亚纲 Euascomycetidae
 不整子囊菌 Plectomycetes
 核菌 Pyrenomycetes
 盘菌 Discomycetes
 虫囊菌 Laboulbeniomycetes
 腔囊菌亚纲 Loculoascomycetidae
 担子菌纲 Basidiomycetes
 异担子菌亚纲 Heterobasidiomycetidae
 同担子菌亚纲 Homobasidiomycetidae
 层菌 Hymenomycetes
 腹菌 Gasteromycetes
 半知菌纲 Deuteromycetes

亚历克索普洛斯1979年分类系统 
 真菌界 Myceteae
 裸菌门 Gymnomycota
 集胞裸菌亚门 Acrasiogymnomycotina
 集胞菌纲 Acrasiomycets
 原质体裸菌亚门 Plasmodiogymnomycotina
 原柄菌纲 Protosteliomycetes
 黏菌纲 Myxomycetes
 鞭毛菌门 Mastigomycota
 单鞭毛菌亚门 Haplomastigomycotina
 壶菌纲 Chytridiomycetes
 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
 根肿菌纲 Plasmodiophoromycetes
 双鞭毛菌亚门 Diplomastigomycotina
 卵菌纲 Oomycetes
 无鞭毛菌门 Amastigomycota
 接合菌亚门 Zygomycotina
 接合菌纲 Zygomycetes
 毛菌纲 Trichomycetes
 子囊菌亚门 Ascomycotina
 子囊菌纲 Ascomycetes
 半子囊菌亚纲 Hemiascomycetidae
 不整子囊菌亚纲 Plectomycetidae
 层囊菌亚纲 Hemenoascomycetidae
 核菌 Pyrenomycetes
 盘菌 Discomycetes
 虫囊菌亚纲 Laboulbeniomycetidae
 腔囊菌亚纲 Loculoascomycetidae
 担子菌亚门 Basidiomycotina
 担子菌纲 Basidiomycetes
 无隔担子菌亚纲 Holobasidiomycetidae
 层担子菌 Hemenomycetes
 腹菌 Gasteromycetes
 有隔担子菌亚纲 Phragmobasidiomycetidae
 冬孢菌亚纲 Teliomycetidae
 半知菌亚门 Deuteromycotina
 半知菌形式纲 Deuteromycetes
 芽孢亚纲 Blastomycetidae
 丝孢亚纲 Hyphomycetidae
 腔孢亚纲 Coelomycetidae

安斯沃斯分类系统 
安斯沃斯分类系统采用了五界系统学说，在20世纪七八十年代广泛使用。安斯沃斯分类系统与亚历克索普洛斯分类系统较相似，其区别在于建立了3个新亚门，鞭毛菌亚门、接合菌亚门和半知菌亚门，并将子囊菌分为6个纲，半知菌亚门设3个纲。
 真菌界 Fungi
 黏菌门 Myxomycota
 集胞黏菌纲 Acrasiomycetes
 黏菌纲 Myxomycetes
 水生黏菌纲 Hydromyxomycetes
 根肿菌纲 Plasmodiophoromyecetes
 真菌门 Eumycota
 鞭毛菌亚门 Mastigomycotina
 壶菌纲 Chytridiomycetes
 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
 卵菌纲 Oomycetes
 接合菌亚门 Zygomycotina
 接合菌纲 Zygomycetes
 毛菌纲 Trichomycetes
 子囊菌亚门 Ascomycotina
 半子囊菌纲 Hemiascomycetes
 不整子囊菌纲 Plectomycetes
 核菌纲 Pyrenomycetes
 盘菌纲 Discomycetes
 虫囊菌纲 Laboulbeniomycetes
 腔囊菌纲 Loculoascomycetes
 担子菌亚门 Basidiomycotina
 冬孢菌纲 Teliomycetes
 层菌纲 Hymenomycetes
 隔担子菌亚纲 Phragmobasidiomycetidae
 无隔担子菌亚纲 Holobasidiomycetidae
 腹菌纲 Gasteromycetes
 半知菌亚门 Deuteromycotina
 芽孢纲 Blastomycetes
 丝孢纲 Hyphomycetes
 腔孢纲 Coelomycetes

卡弗利尔-史密斯分类系统 
卡弗利尔-史密斯分类系统是最早体现出真菌是多界演化的分类系统之一。其将半知菌归入到其有性阶段的分类单元中。
 原生动物界 Protozoa
 菌虫 Mycetozoa
 藻界 Chromista
 具长短鞭毛门 Heterokonta
真菌界 Fungi
 古真菌门 Archemycota
 壶菌纲 Chytridiomycetes
 毛菌纲 Trichomycetes
 接合菌纲 Zygomycetes
 子囊菌门 Ascomycota
 担子菌门 Basidiomycota

巴尔分类系统 
唐纳德·J·S·巴尔（）1992年提出了巴尔分类系统。
 原生动物界 Protozoa
 黏菌门 Myxomycota
 根肿菌门 Plasmodiophoromycota
 藻界 Chromista
 具长短鞭毛门 Heterokonta
 假菌亚门 Pseudomycotina
 卵菌纲 Oomycetes
 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
 网黏菌亚门 Labyrinthitina
 网黏菌纲 Labyrinthiomycetes
 真菌界 Fungi
 壶菌门 Chytridiomycota
 接合菌门 Zygomycota
 子囊菌门 Ascomycota
 担子菌门 Basidiomycota

《真菌词典》第9版分类系统 
2001年出版的《真菌词典》第9版分类系统，根据rDNA测序等技术对第8版分类系统进行了修订。将子囊菌门分成6个纲，55个目，291个科；担子菌门原有的32个目合并为16个目；担子菌类酵母菌划分到3个不同类群中。
 原生动物界 Protozoa
 黏菌门 Myxomycota
 网柱黏菌纲 Dictyosteliomycetes
 黏菌纲 Myxomycetes
 原柱黏菌纲 Protosteliomycetes
 根肿菌门 Plasmodiophoromycota
 根肿菌纲 Plasmodiophoromycetes
 藻界 Chromista
 丝壶菌门 Hyphochytriomycota
 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
 网黏菌门 Labyrinthumycota
 网黏菌纲 Labyrinthumycetes
 卵菌门 Oomycota
 卵菌纲 Oomycetes
 真菌界 Fungi
 壶菌门 Chytridiomycota
 壶菌纲 Chytridiomycetes
 尾体菌纲 Rumpomycetes
 接合菌门 Zygomycota
 接合菌纲 Zygomycetes
 毛菌纲 Trichomycetes
 子囊菌门 Ascomycota
 子囊菌纲 Ascomycetes
 新床菌纲 Neolectomycetes
 肺炎菌纲 Pneumocyctidomycetes
 酵母菌纲 Saccharomycetes
 裂殖酵母菌纲 Schizosaccharomycetes
 外囊菌纲 Taphrinomycetes
 担子菌门 Basidiomycota
 担子菌纲 Basidiomycetes
 锈菌纲 Urediniomycetes
 黑粉菌纲 Ustilaginomycetes

《真菌词典》第10版分类系统 
2008年出版的《真菌詞典》第10版分類系統，對第9版的分類系統做了很大的調整，收錄了2001年～2008年之間的研究成果。該版將真菌界劃分7個門，底下分36綱、140目、560科、8283屬、97861種：
 真菌界 Fungi
 壶菌门 Chytridiomycota
 尾体菌纲 Rumpomycetes
 壶菌纲 Chytridiomycetes
 單毛壺菌綱 Monoblepharidomycetes（新）
 芽枝霉門 Blastocladiomycota（新）
 芽枝霉綱 Blastocladiomycetes（新）
 新美鞭菌門 Neocallimastigomycota（新）
 新美鞭菌綱 Neocallimastigomycetes（新）
 球囊菌門 Glomeromycota（新）
 球囊菌綱 Glomeromycetes（新）
 接合菌门 Zygomycota
 毛菌纲 Trichomycetes
 接合菌纲 Zygomycetes
 地位未定 Incertae sedis（亞界）
 虫霉菌亚门 Entomophthoromycotina
 梳霉亞門 Kickxellomycotina
 毛霉菌亚门 Mucoromycotina
 捕虫霉菌亚门 Zoopagomycotina
 子囊菌门 Ascomycota
 子囊菌纲 Ascomycetes
 盤菌亞門 Pezizomycotina（=子囊菌亞門 Ascomycotina）
 星裂菌綱 Arthoniomycetes（新）
 座囊菌綱 Dothideomycetes（新）
 散囊菌綱 Eurotiomycetes（新）
 虫囊菌纲 Laboulbeniomycetes（新）
 茶漬菌綱 Lecanoromycetes（新）
 錘舌菌綱 Leotiomycetes（新）
 異極菌綱 Lichinomycetes（新）
 圓盤菌綱 Orbiliomycetes（新）
 盤菌綱 Pezizomycetes（新）
 糞殼菌綱 Sordariomycetes（新）
 酵母菌亚门 Saccharomycotina
 酵母菌纲 Saccharomycetes
 外囊菌亚门 Taphrinomycotina
 新床菌纲 Neolectomycetes（又譯無絲盤菌綱）
 肺炎菌纲 Pneumocystidomycetes
 裂殖酵母菌纲 Schizosaccharomycetes
 外囊菌纲 Taphrinomycetes
 担子菌门 Basidiomycota
 担子菌纲 Basidiomycetes
 锈菌纲 Urediniomycetes
 伞菌亚门 Agaricomycotina
 伞菌纲 Agaricomycetes（新）
 花耳纲 Dacrymycetes（新）
 银耳纲 Tremellomycetes（新）
 柄锈菌亚门 Pucciniomycotina
 伞型束梗孢菌纲 Agaricostilbomycetes（新）
 小纺锤菌纲 Atractiellomycetes（新）
 Classiculomycetes Classiculomycetes（新）
 隱菌寄生菌纲 Cryptomycocolacomyctes（新）
 囊擔子菌綱 Cystobasidiomycetes（新）
 小葡萄菌纲 Microbotryomycetes（新）
 混合菌纲 Mixiomycetes（新）
 柄锈菌纲 Pucciniomycetes（新）
 黑粉菌亚门 Ustilaginomycotina（新）
 黑粉菌纲 Ustilaginomycetes
 地位未定 Incertae sedis（亞門）
 節擔菌綱 Wallemiomycetes（新）

後來加入的新分類 
 真菌界 Fungi
 子囊菌门 Ascomycota
 盤菌亞門 Pezizomycotina（=子囊菌亞門 Ascomycotina）
 地舌菌綱 Geoglossomycetes（參自地舌菌科 Geoglossaceae，譯名待查）
 黑粉菌亚门 Ustilaginomycotina
 根腫黑粉菌綱 Entorrhizomycetes
 外擔子菌綱 Exobasidiomycetes

參見 

真菌分類表（待更新）

参考文献 

 
分类系统