馬祖島嶼因地處中國大陸邊緣，鳥類分佈接近中國大陸華南地區，有別於臺灣。且因列島位居中國大陸弧形沿岸中段，是遷移性候鳥南來北返的中繼站，其中鷗科夏候鳥類為數眾多，在2000年時更發現了「神話之鳥」黑嘴端鳳頭燕鷗，引起國際關注。

根據近年來累計調查結果顯示，馬祖地區的鳥類計有20目56科286種，其中留鳥16種佔百分之6，冬候鳥31種佔百分之11，夏候鳥14種佔百分之5，過境鳥222種佔百分之78，迷鳥1種，外來種2種。顯示馬祖地區鳥類的組成，遷移性的候鳥是其主要的族群。

鴴形目 Charadriiformes 
 燕鷗科 Sternidae
 黑嘴端鳳頭燕鷗 - T. bernsteini
 大鳳頭燕鷗 - Thalasseus bergii
 紅燕鷗 - Sterna dougallii

鷗形目 Lariformes 
 鷗科 Laridae
 蒼燕鷗 - Sterna sumatrana
 銀鷗 - Larus argentatus
 黑尾鷗 - Larus crassirostris
 玄燕鷗 - Anous stolidus
 小燕鷗 - Sterna albifrons
 白眉燕鷗 - Sterna anaethetus

隼形目 Falconiformes 
 鷹科 Accipitridae
 鵟 - Buteo buteo ( Eurasian Buzzard)
 赤腹鷹 - Accipiter soloensis ( Chinese Goshawk) 
 灰面鵟鷹 (灰面鷲) - Butastur indicus ( Gray-faced Buzzard) 
 日本松雀鷹 - Accipiter gularis ( Japanese Sparrow Hawk) 

 隼科 Falconidae
 燕隼 - Falco subbuteo ( Eurasian Hobby)
 紅隼 - Falco tinnunculus ( Eurasian Kestrel)

潛鳥目 Gaviiformes 
 潛鳥科 Gaviidae
 紅喉潛鳥 - Gavia stellata ( Red-throated Diver)

鷿鷈目 Podicipediformes 
 鷿鷈科 Podicipedidae
 小鷿鷈 - Tachybaptus ruficollis ( Little Grebe) 
 黑頸鷿鷈 - Podiceps nigricollis ( Eared Grebe)

鸌形目 Procellariiformes 
 鸌科 Diomedeidae
 白額鸌 - Puffinus leucomelas 
 短尾鸌 - Puffinus tenuirostris

鵜形目 Pelecaniformes 
 軍艦鳥科 Fregatidae
 白斑軍艦鳥 - Fregata ariel ( Lesser Frigate Bird)

 鸕鶿科 Phalacrocoracidae
 青背鸕鶿(丹氏鸕鶿) - Phalacrocorax capillatus ( Japanese Cormorant)
 大鸕鶿

鸛形目 Ciconiiformes 
 鷺科 Ardeidae
 牛背鷺 - Bubulcus ibis
 中白鷺 - Egretta intermedia ( Intermediate Egret) 
 黃小鷺 - Ixobrychus sinensis ( Yellow Bittern)
 蒼鷺 - Ardea cinerea ( Grey Heron) 
 綠鷺 - Butorides striatus  
 池鷺 - Ardeola bacchus ( Chinese Pond Heron) 
 岩鷺 - Egretta sacra ( Pacific Reef Egret)
 夜鷺 Nycticorax nycticorax ( Black-crowned Night Heron)
 麻鷺 - Gorsachius goisagi 雁形目 Anseriformes 
 雁鴨科 Anatidae
 小水鴨 - Anas crecca ( Green-winged Teal)
 赤頸鴨 - Anas penelope ( Eurasian Wigeon) 
 花嘴鴨 - Anas poecilorhyncha ( Spot-billed Duck)
 白眉鴨 - Anas querquedula (Garganey) 
 鴛鴦 - Aix galericulata ( Mandarin Duck) 

 鶴形目 Gruiformes 
 秧雞科 Rallidae
 董雞 - Gallicrex cinerea ( Watercock)
 白腹秧雞 - Amaurornis phoenicurus ( White-breasted Waterhen)
 紅腳秧雞 - Rallina fasciata ( Red-legged Crake)

 雞形目 Galliformes 
 雉科 Phasianidae
 鵪鶉 - Coturnix japonica ( Japanese Quail) 

 鴴形目 Charadriiformes 
 水雉科 Jacanidae
 水雉 - Hydrophasianus chirurgus ( Pheasant-tailed Jacana)

 蠣鴴科 Haematopodidae
 蠣鴴 - Haematopus ostralegus ( Eurasian Oystercatcher)

 鴴科 Charadriidae
 灰斑鴴 - Pluvialis squatarola ( Grey Plover)
 鐵嘴沙鴴 - Charadrius leschenaultii ( Great Sand Plover)
 太平洋金斑鴴 - Pluvialis fulva ( Pacific Golden Plover) 
 小環頸鴴 - Charadrius dubius ( Little Ringed Plover)
 東方環頸鴴 - Charadrius alexandrinus ( Kentish Plover) 
 東方紅胸鴴 - Charadrius veredus 
 灰頭麥雞(跳鴴) - Vanellus cinereus ( Grey-headed Lapwing)
 鳳頭麥雞(小辮鴴) - Vanellus vanellus ( Northern Lapwing) 
 東方燕鴴

 鷸科 Scolopacidae
 山鷸 - Scolopax rusticola ( Eurasian Woodcock) 
 磯鷸 - Actitis hypoleucos ( Common Sandpiper)
 田鷸(扇尾沙錐) - Gallinago gallinago ( Common Snipe)
 小杓鷸 - Numenius minutus ( Little Curlew)
 大濱鷸 (姥鷸) - Calidris tenuirostris ( Great Knot)
 黑腹濱鷸 (濱鷸) - Calidris alpina ( Dunlin)
 紅胸濱鷸 (穉鷸) - Calidris ruficollis ( Rufous-necked Sandpiper)
 白腰草鷸 - Tringa ochropus ( Green Sandpiper)
 黃足鷸(灰尾鷸) - Heteroscelus brevipes ( Gray-tailed Tattler)
 三趾濱鷸 (三趾鷸) - Calidris alba ( Sanderling)

 瓣足鷸科 Phalaropodidae
 紅領瓣足鷸 - Phalaropus lobatus ( Red-necked Phalarope) 

 佛法僧目 Coraciiformes 
 翠鳥科 Alcedinidae
 普通翠鳥 - Alcedo atthis ( Common Kingfisher)
 白喉翡翠 - Halcyon smyrnensis ( White-throated Kingfisher)

 佛法僧科 Coraciidae
 佛法僧(三寶鳥) - Eurystomus orientalis ( Dollarbird) 

 鴿形目 Columbiformes 
 鳩鴿科 Columbidae
 紅斑鳩 - Streptopelia tranquebarica ( Red Turtle Dove)
 珠頸斑鳩 - Streptopelia chinensis formosa (Kuroda, 1927) ( Spotted Dove)
 金背斑鳩 - Streptopelia orientalis orii Yamashina, 1932 ( Oriental Turtle Dove)

 戴勝目 Upupiformes 
 戴勝科 Upupidae
 戴勝 - Upupa epops ( Eurasian Hoopoe)

 雨燕目 Apodiformes 
 雨燕科 Apodidae
 叉尾雨燕 - Apus pacificus ( Fork-tailed swift) 

 雀形目 Passeriformes 
 燕科 Hirundinidae
 家燕 - Hirundo rustica ( Barn Swallow) 
 金腰燕 - Hirundo daurica ( Red-rumped Swallow)

 黃鸝科 Oriolidae
 黑枕黃鸝 - Oriolus chinensis ( Black-naped Oriole) 

 鴉科 Corvidae
 小嘴烏鴉 - Corvus corone ( Carrion Crow) 

 百靈科 Alaudidae
 雲雀 - Alauda arvensis 

 鶺鴒科 Motacillidae
 樹鷚 - Anthus hodgsoni ( Olive-backed Tree Pipit)
 田鷚 - Anthus novaeseelandiae 水鷚 - Anthus spinoletta ( American Pipit)
 赤喉鷚 - Anthus cervinus ( Red-throated Pipit) 
 白背鷚 - Anthus gustavi ( Petchora Pipit) 
 白鶺鴒 - Motacilla alba ( White Wagtail) 
 灰鶺鴒 - Motacilla cinerea ( Grey Wagtail) 
 黃鶺鴒 - Motacilla flava ( Yellow Wagtail) 
 山鶺鴒 - Dendronanthus indicus ( Forest Wagtail) 

 山椒鳥科 Campephagidae
 暗灰鵑鵙(黑翅山椒鳥) - Coracina melaschistos ( Dark-grey Cuckoo Shrike)

 鵯科 Pycnonotidae
 白頭鵯(白頭翁) - Pycnonotus sinensis formosae Hartert, 1910 ( Light-vented Bulbul)

 繡眼科 Zosteropidae
 綠繡眼 - Zosterops japonicus ( Japanese White-eye)

 伯勞科 Laniidae
 紅頭伯勞 - Lanius bucephalus ( Bull-headed Shrike) 
 紅尾伯勞 - Lanius cristatus ( Brown Shrike)
 棕背伯勞 - Lanius schach formosae  Swinhoe, 1863 ( Long-tailed Shrike) 

 鶲科 Muscicapidae
 寬嘴鶲 - Muscicapa dauurica ( Asian Brown Flycatcher) 
 灰斑鶲 - Muscicapa griseisticta ( Gray-spotted Flycatcher)
 赤頸鶇 - Turdus ruficollis 白斑紫嘯鶇 - Myophonus caeruleus 漠䳭 - Oenanthe deserti ( Desert Wheatear) 
 紅尾水鴝 - Phoenicurus fuliginosus affinis Ogilvie-Grant  
 白頂溪鴝 - Chaimarrornis leucocephalus 灰林鴝 - Saxicola ferrea 
 黑喉鴝 - Saxicola torquatus 北紅尾鴝 - Muscicapa ferruginea 雀科 Fringillidae
 花雀 - Fringilla montifringilla ( Brambling)
 金翅雀 - Carduelis sinica ( Oriental Greenfinch) 
 紅脇藍尾鴝 - Tarsiger cyanurus 小桑鳲 - Eophona migratoria ( Yellow-billed Grosbeak)

 梅花雀科 Estrildidae
 斑文鳥 - Lonchura punctulata ( Nutmeg Mannikin Munia)
 麻雀 - Passer montanus ( Eurasian Tree Sparrow)

 鶇科 Turdidae
 烏鶇 - Turdus merula ( Eurasian Blackbird) 
 藍磯鶇 - Monticola solitarius ( Blue Rock Thrush)
 斑點鶇 - Turdus naumanni ( Dusky Thrush)
 白眉鶇 - Turdus obscurus ( Eyebrowed Thrush) 
 白腹鶇 - Turdus pallidus ( Pale Thrush) 
 虎斑地鶇 - Zoothera dauma ( Scaly Thrush) 
 鵲鴝 - Copsyshus saularis ( Oriental Magpie-robin) 

 鶯科 Sylviidae
 極北柳鶯 - Phylloscopus borealis ( Arctic Warbler)
 短翅樹鶯 - Cettia diphone ( Japanese Bush Warbler)
 棕扇尾鶯 - Cisticola juncidis ( Zitting Cisticola)
 黃眉柳鶯 - Phylloscopus inornatus ( Yellow-browed Warbler)
 東方大葦鶯 - Acrocephalus orientalis( Oriental Reed Warbler) 

 鵐科 Emberizidae
 小鵐 - Emberiza pusilla ( Little Bunting)
 冠鵐 - Melophus lathami ( Crested Bunting)
 田鵐 - Emberiza rustica ( Rustic Bunting)
 野鵐 - Emberiza sulphurata ( Yellow Bunting)
 金鵐 - Emberiza aureola ( Yellow-breasted Bunting)
 鏽鵐 - Emberiza rutila ( Chestnut Bunting)
 白眉鵐 - Emberiza tristrami ( Tristram's Bunting)
 黃眉鵐 - Emberiza chrysophrys ( Yellow-browed Bunting) 
 黑臉鵐 - Emberiza spodocephala ( Black-faced Bunting)
 黃喉鵐 - Emberiza elegans ( Yellow-throated Bunting)
 赤胸鵐 - Emberiza fucata ( Chestnut-eared Bunting)
 
 卷尾科 Dicruridae
 灰卷尾 - Dicrurus leucophaeus ( Ashy Drongo) 
 大卷尾 - Dicrurus macrocercus harterti Baker ( Black Drongo) 
 髮冠卷尾 - Dicrurus hottentottus ( Hair-Crested Drongo) 

 椋鳥科 Sturnidae
 灰椋鳥 - Sturnus cineraceus ( White-cheeked Starling) 
 絲光椋鳥 - Sturnus sericeus ( Red-billed Starling)
 灰背椋鳥 (噪林鳥) - Sturnus sinensis ( White-shouldered Starling) 
 紫翅椋鳥 (歐洲八哥) - Sturnus vulgaris'' ( European Starling)

參考資料

中華民國連江縣生物