《被子植物APG II分类法（修订版）》是由被子植物种系发生学组（APG）于2003年發表的，基于1998年所發表的《被子植物APG分类法》之修訂版，在吸收了全世界大部分植物分类学家的意见，2009年發表《被子植物APG III分类法》，2016年更新到《APG IV》。目前已经在现代的参考文献中占很重要的地位。

基本分支
主要的大分類群之建立，由於未有確定的證據，目以上分類群多採用一般性的名稱 (非學名)作為暫時性的分類。基本分支如下：
被子植物 angiosperms :
木兰分支   magnoliids
单子叶植物分支  monocots
鸭跖草分支  commelinids
真双子叶植物分支  eudicots
核心真双子叶植物分支  core eudicots
蔷薇分支  rosids
I类真蔷薇分支  eurosids I
II类真蔷薇分支  eurosids II
 菊分支   asterids
  I类真菊分支  euasterids I
II类真菊分支  euasterids II

分支
被子植物分支 angiosperms
 无油樟科  Amborellaceae
 金粟兰科  Chloranthaceae
 睡莲科  Nymphaeaceae + 莼菜科 Cabombaceae
 木兰藤目 Austrobaileyales
 木兰藤科 Austrobaileyaceae
 五味子科 Schisandraceae + 八角茴香科 Illiciaceae
 腺齿木科 Trimeniaceae
  木兰分支   magnoliids
 白桂皮目    Canellales
 白桂皮科  Canellaceae
 林仙科 Winteraceae
 樟目    Laurales
 香皮茶科   Atherospermataceae
 腊梅科    Calycanthaceae
 腺蕊花科   Gomortegaceae
 莲叶桐科   Hernandiaceae
 樟科    Lauraceae
 杯轴花科   Monimiaceae
 坛罐花科   Siparunaceae
 木兰目   Magnoliales
 番荔枝科   Annonaceae
 单室木兰科   Degeneriaceae
 帽花木科   Eupomatiaceae
 舌蕊花科   Himantandraceae
 木兰科   Magnoliaceae
 肉豆蔻科    Myristicaceae
 胡椒目   Piperales
 馬兜鈴科   Aristolochiaceae
 菌花科   Hydnoraceae
 短蕊花科   Lactoridaceae
 胡椒科   Piperaceae
 三白草科   Saururaceae
  单子叶植物分支   monocots
 无叶莲科   Petrosaviaceae
 菖蒲目   Acorales
 菖蒲科   Acoraceae
 泽泻目   Alismatales
 泽泻科    Alismataceae
 水蕹科  Aponogetonaceae
 天南星科   Araceae
 花蔺科   Butomaceae
 丝粉藻科  Cymodoceaceae
 水鳖科  Hydrocharitaceae
 水麦冬科  Juncaginaceae
 黄花绒叶草科  Limnocharitaceae
 波喜荡草科   Posidoniaceae
 眼子菜科   Potamogetonaceae
 川蔓藻科   Ruppiaceae
 芝菜科   Scheuchzeriaceae
 岩菖蒲科   Tofieldiaceae
 大叶藻科    Zosteraceae
 天門冬目   Asparagales
 葱科Alliaceae
 + 百子莲科Agapanthaceae + 石蒜科 Amaryllidaceae
 天门冬科 Asparagaceae
 + 龙舌兰科Agavaceae + 星捧月科Aphyllanthaceae + 西丽草科Hesperocallidaceae + 风信子科Hyacinthaceae + 异蕊草科Laxmanniaceae + 假叶树科Ruscaceae   + 紫灯花科Themidaceae
 芳香草科   Asteliaceae
 香水花科   Blandfordiaceae
 澳韭兰科    Boryaceae
 矛花科    Doryanthaceae
 仙茅科    Hypoxidaceae
 鸢尾科    Iridaceae
 鸢尾蒜科   Ixioliriaceae
 毛石蒜科   Lanariaceae
 兰科    Orchidaceae
 蓝星科  Tecophilaeaceae
 刺叶树科Xanthorrhoeaceae
 + 独尾草科Asphodelaceae + 萱草科Hemerocallidaceae
 血剑草科  Xeronemataceae
 薯蕷目  Dioscoreales
 水玉簪科   Burmanniaceae
 薯蕷科   Dioscoreaceae
 纳茜菜科  Nartheciaceae
 百合目  Liliales
 六出花科   Alstroemeriaceae
 金梅草科   Campynemataceae
 秋水仙科   Colchicaceae
 白玉簪科   Corsiaceae
 百合科   Liliaceae
 菝葜木科   Luzuriagaceae
 黑药花科   Melanthiaceae
 垂花科   Philesiaceae
 菝葜藤科  Rhipogonaceae
 菝葜科   Smilacaceae
 露兜树目   Pandanales
 环花草科   Cyclanthaceae
 露兜树科   Pandanaceae
 百部科   Stemonaceae
 霉草科   Triuridaceae
 翡若翠科   Velloziaceae
 鸭跖草分支  commelinids
 多须草科   Dasypogonaceae
 槟榔目  Arecales
 槟榔科   Arecaceae
 鸭跖草目  Commelinales
 鸭跖草科    Commelinaceae
 血皮草科   Haemodoraceae
 匍茎草科   Hanguanaceae
 田葱科    Philydraceae
 雨久花科   Pontederiaceae
 禾本目  Poales
 苞穗草科    Anarthriaceae
 凤梨科   Bromeliaceae
 刺鳞草科    Centrolepidaceae
 莎草科    Cyperaceae
 二柱草科    Ecdeiocoleaceae
 谷精草科    Eriocaulaceae
 须叶藤科   Flagellariaceae
 独蕊草科    Hydatellaceae
 拟苇科   Joinvilleaceae
 灯心草科    Juncaceae
 苔草科   Mayacaceae
 禾本科    Poaceae
 偏穗草科   Rapateaceae
 帚灯草科    Restionaceae
 黑三棱科    Sparganiaceae
 梭子草科   Thurniaceae
 香蒲科    Typhaceae
 黄眼草科    Xyridaceae
 姜目  Zingiberales
 美人蕉科    Cannaceae
 闭鞘姜科    Costaceae
 蝎尾蕉科    Heliconiaceae
 兰花蕉科    Lowiaceae
 竹芋科    Marantaceae
 芭蕉科    Musaceae
 鹤望兰科   Strelitziaceae
 姜科    Zingiberaceae
 金鱼藻目 Ceratophyllales
 金鱼藻科 Ceratophyllaceae
  真双子叶植物分支   eudicots
 黄杨科   Buxaceae + 双颊果科  Didymelaceae
 清风藤科   Sabiaceae
 昆栏树科Trochodendraceae
 + 水青树科Tetracentraceae
 山龙眼目   Proteales
 莲科    Nelumbonaceae
 悬铃木科   Platanaceae
 山龙眼科   Proteaceae
 毛茛目  Ranunculales
 小檗科    Berberidaceae
 星叶草科    Circaeasteraceae
 + 独叶草科    Kingdoniaceae
 领春木科    Eupteleaceae
 木通科    Lardizabalaceae
 防己科    Menispermaceae
 罂粟科    Papaveraceae 
+ 荷包牡丹科  Fumariaceae+ 蕨叶草科 Pteridophyllaceae
 毛茛科   Ranunculaceae
  核心真双子叶植物分支   core eudicots
 鳞枝树科     Aextoxicaceae
 智利藤科     Berberidopsidaceae
 五桠果科    Dilleniaceae
 洋二仙草目   Gunnerales
 洋二仙草科     Gunneraceae
 + 香灌木科  Myrothamnaceae
 石竹目      Caryophyllales
 玛瑙果科     Achatocarpaceae
 番杏科       Aizoaceae
 苋科         Amaranthaceae
 钩枝藤科     Ancistrocladaceae
 翼萼茶科     Asteropeiaceae
 节柄科     Barbeuiaceae
 落葵科       Basellaceae
 仙人掌科     Cactaceae
 石竹科      Caryophyllaceae
 龙树科       Didiereaceae
 双钩叶科     Dioncophyllaceae
 茅膏菜科     Droseraceae
 露叶毛毡苔科  Drosophyllaceae
 瓣鳞花科      Frankeniaceae
 吉粟草科   Gisekiaceae
 浜藜叶科   Halophytaceae
 粟米草科      Molluginaceae
 猪笼草科     Nepenthaceae
 紫茉莉科      Nyctaginaceae
 非洲桐科     Physenaceae
 商陆科        Phytolaccaceae
 蓝雪科        Plumbaginaceae
 蓼科          Polygonaceae
 马齿苋科      Portulacaceae
 棒木科        Rhabdodendraceae
 肉叶刺茎藜科  Sarcobataceae
 油蜡树科      Simmondsiaceae
 闭籽花科      Stegnospermataceae
 柽柳科        Tamaricaceae
 檀香目      Santalales
 铁青树科     Olacaceae
 山柚子科     Opiliaceae
 桑寄生科     Loranthaceae
 羽毛果科    Misodendraceae
 檀香科       Santalaceae
 虎耳草目    Saxifragales
 枫香科        Altingiaceae
 胶藤科        Aphanopetalaceae
 连香树科      Cercidiphyllaceae
 景天科       Crassulaceae
 交让木科      Daphniphyllaceae
 茶藨子科      Grossulariaceae
 小二仙草科  Haloragaceae
 + 扯根菜科 Penthoraceae + 四果木科 Tetracarpaeaceae
 金缕梅科      Hamamelidaceae
 鼠刺科   Iteaceae
 + 齿蕊科   Pterostemonaceae
 芍药科       Paeoniaceae
 虎耳草科      Saxifragaceae
  蔷薇分支   rosids
 单果树科     Aphloiaceae
 四棱果科       Geissolomataceae
 西兰木科      Ixerbaceae
 美洲苦木科    Picramniaceae
 栓皮果科       Strasburgeriaceae
 葡萄科       Vitaceae
 燧体木目     Crossosomatales
 燧体木科     Crossosomataceae
 旌节花科       Stachyuraceae
 省沽油科       Staphyleaceae
 牻牛儿苗目  Geraniales
 牻牛儿苗科 Geraniaceae
 + 高柱花科 Hypseocharitaceae
 杜香果科       Ledocarpaceae
 蜜花科      Melianthaceae
 + 花茎草科    Francoaceae
 曲胚科         Vivianiaceae
 桃金娘目  Myrtales
 双翼果科     Alzateaceae
 使君子科    Combretaceae
 隐翼科      Crypteroniaceae
 异裂果科     Heteropyxidaceae
 千屈菜科    Lythraceae
 野牡丹科   Melastomataceae
 + 谷木科     Memecylaceae
 桃金娘科    Myrtaceae
 方枝树科     Oliniaceae
 柳叶菜科    Onagraceae
 管萼科       Penaeaceae
 裸木科       Psiloxylaceae
 喙萼花科     Rhynchocalycaceae
 蜡烛树科     Vochysiaceae
I类真蔷薇分支  eurosids I
 蒺藜科Zygophyllaceae
+刺球果科Krameriaceae
 蒜树科         Huaceae
 卫矛目          Celastrales
 卫矛科         Celastraceae
 洋酢浆草科   Lepidobotryaceae
 梅花草科 Parnassiaceae
 + 微形草科Lepuropetalaceae
 葫芦目          Cucurbitales
 四柱木科      Anisophylleaceae
 秋海棠科      Begoniaceae
 马桑科      Coriariaceae
 棒果木科      Corynocarpaceae
 葫芦科       Cucurbitaceae
 野麻科      Datiscaceae
 四数木科      Tetramelaceae
 豆目           Fabales
 豆科         Fabaceae
 远志科        Polygalaceae
 皂皮树科      Quillajaceae
 海人树科      Surianaceae
 壳斗目         Fagales
 桦木科       Betulaceae
 木麻黄科    Casuarinaceae
 山毛榉科     Fagaceae
 胡桃科        Juglandaceae
 杨梅科       Myricaceae
 南青冈科     Nothofagaceae
 马尾树科     Rhoipteleaceae
 太果木科     Ticodendraceae
 金虎尾目        Malpighiales
 钟花科       Achariaceae
 槲树果科     Balanopaceae
 多子科       Bonnetiaceae
 油桃木科     Caryocaraceae
 金壳果科 Chrysobalanaceae 
+ 毒鼠子科  Dichapetalaceae + 大戟科  Euphorbiaceae +三角果科   Trigoniaceae
 藤黄科       Clusiaceae
 垂籽树科  Ctenolophonaceae
 沟繁缕科  Elatinaceae
 毛药树科     Goupiaceae
 香膏科       Humiriaceae
 金丝桃科     Hypericaceae
 包芽树科     Irvingiaceae
 粘木科       Ixonanthaceae
 裂药花科     Lacistemataceae  
 亚麻科       Linaceae
 五翼果科  Lophopyxidaceae
 金虎尾科     Malpighiaceae
 金莲木科  Ochnaceae 
+ 水母柱科  Medusagynaceae + 羽叶树科  Quiinaceae
 小盘木科     Pandaceae
 西番莲科   Passifloraceae 
+ 王冠草科  Malesherbiaceae + 时钟花科   Turneraceae
 围盘树科  Peridiscaceae
 叶下珠科 Phyllanthaceae
 苦胡桃科  Picrodendraceae
 川苔草科  Podostemaceae
 非洲核果木科 Putranjivaceae'
 红树科    Rhizophoraceae + 古柯科  Erythroxylaceae 杨柳科       Salicaceae 堇菜科       Violaceae 酢浆草目       Oxalidales 瓣裂果科   Brunelliaceae 土瓶草科     Cephalotaceae 牛栓藤科     Connaraceae 火把树科     Cunoniaceae 杜英科       Elaeocarpaceae 酢浆草科    Oxalidaceae 蔷薇目         Rosales 钩毛树科    Barbeyaceae 大麻科      Cannabaceae 八瓣果科    Dirachmaceae 胡颓子科    Elaeagnaceae 桑科        Moraceae 鼠李科      Rhamnaceae 蔷薇科     Rosaceae 榆科        Ulmaceae 荨麻科      UrticaceaeII类真蔷薇分支  eurosids II
 瘿椒树科 Tapisciaceae 十字花目     Brassicales 叠珠树科     Akaniaceae + 钟萼木科   Bretschneideraceae 藜木科       Bataceae 十字花科     Brassicaceae 番木瓜科     Caricaceae 澳远志科     Emblingiaceae 环蕊科       Gyrostemonaceae 刺枝树科     Koeberliniaceae 池花科       Limnanthaceae 辣木科      Moringaceae 瘤药树科     Pentadiplandraceae 木犀草科    Resedaceae 刺茉莉科     Salvadoraceae 夷白花菜科   Setchellanthaceae 烈味三叶草科  Tovariaceae 旱金莲科     Tropaeolaceae 锦葵目      Malvales 红木科       Bixaceae+地果莲木科   Diegodendraceae + 弯子木科   Cochlospermaceae 半日花科     Cistaceae 龙脑香科     Dipterocarpaceae 锦葵科      Malvaceae 文定果科     Muntingiaceae 沙莓科       Neuradaceae 旋花树科     Sarcolaenaceae 球萼树科     Sphaerosepalaceae 瑞香科       Thymelaeaceae 无患子目    Sapindales 漆树科       Anacardiaceae 薰倒牛科     Biebersteiniaceae 橄榄科       Burseraceae 番苦木科     Kirkiaceae 楝科        Meliaceae 白刺科       Nitrariaceae + 骆驼蓬科   Peganaceae + 旱霸王科 Tetradiclidaceae 
 芸香科      Rutaceae 无患子科    Sapindaceae 苦木科      Simaroubaceae  菊分支   asterids
 山茱萸目    Cornales 山茱萸科    Cornaceae + 珙桐科    Nyssaceae 南非茱萸科  Curtisiaceae 假石南科     Grubbiaceae 绣球花科     Hydrangeaceae 水穗草科     Hydrostachyaceae 刺莲花科     Loasaceae 杜鹃花目    Ericales 猕猴桃科    Actinidiaceae 凤仙花科     Balsaminaceae 山柳科      Clethraceae 翅萼树科     Cyrillaceae 岩梅科       Diapensiaceae 柿树科      Ebenaceae 杜鹃花科    Ericaceae 福桂花科     Fouquieriaceae 玉蕊科       Lecythidaceae 杜茎山科       Maesaceae 蜜囊花科     Marcgraviaceae 紫金牛科    Myrsinaceae 五列木科  Pentaphylacaceae+ 厚皮香科     Ternstroemiaceae + 肋果茶科 Sladeniaceae 花荵科      Polemoniaceae 报春花科    Primulaceae 捕蝇幌科     Roridulaceae 山榄科      Sapotaceae 瓶子草科     Sarraceniaceae 野茉莉科    Styracaceae 山矾科      Symplocaceae 四籽树科     Tetrameristaceae+ 假红树科     Pellicieraceae 山茶科      Theaceae 假轮叶科     Theophrastaceae  I类真菊分支  euasterids I
 紫草科 Boraginaceae 茶茱萸科Icacinaceae 五蕊茶科Oncothecaceae 二歧草科 Vahliaceae 绞木目    Garryales 杜仲科       Eucommiaceae 绞木科       Garryaceae+ 桃叶珊瑚科   Aucubaceae 龙胆目   Gentianales 夹竹桃科   Apocynaceae 胡蔓藤科    Gelsemiaceae 龙胆科     Gentianaceae 马钱科     Loganiaceae 茜草科      Rubiaceae 唇形目   Lamiales 爵床科     Acanthaceae 紫葳科     Bignoniaceae 腺毛草科    Byblidaceae 蒲包花科  Calceolariaceae 香茜科   Carlemanniaceae 苦苣苔科    Gesneriaceae 唇形科     Lamiaceae 狸藻科     Lentibulariaceae 母草科      Linderniaceae 角胡麻科   Martyniaceae 木犀科     Oleaceae 列当科     Orobanchaceae 泡桐科     Paulowniaceae 胡麻科     Pedaliaceae 透骨草科    Phrymaceae 车前科      Plantaginaceae 环生籽科      Plocospermataceae 夷地黄科   Schlegeliaceae 玄参科     Scrophulariaceae 密穗草科    Stilbaceae 四粉草科    Tetrachondraceae 马鞭草科    Verbenaceae 茄目      Solanales 旋花科      Convolvulaceae 田基麻科   Hydroleaceae 山醋李科    Montiniaceae 茄科       Solanaceae 楔瓣花科   SphenocleaceaeII类真菊分支  euasterids II
 鳞叶树科 Bruniaceae 弯药树科Columelliaceae+离水花科Desfontainiaceae 寄奴花科Eremosynaceae 南鼠刺科Escalloniaceae 盔瓣花科Paracryphiaceae 多香木科Polyosmaceae 楔蕊花科Sphenostemonaceae 智利木科 Tribelaceae 伞形目    Apiales 伞形科     Apiaceae 五加科     Araliaceae 假茱萸科    Aralidiaceae 夷茱萸科    Griseliniaceae 参棕科     Mackinlayaceae 番茱萸科    Melanophyllaceae 裂果红科   Myodocarpaceae 彭南特氏木科 Pennantiaceae 海桐花科    Pittosporaceae 鞘柄木科    Torricelliaceae 冬青目    Aquifoliales 冬青科    Aquifoliaceae 心翼果科   Cardiopteridaceae 青荚叶科   Helwingiaceae 叶茶藨科   Phyllonomaceae 金檀木科  Stemonuraceae 菊目      Asterales 假海桐科   Alseuosmiaceae 雪叶科       Argophyllaceae 菊科      Asteraceae 头花草科   Calyceraceae 桔梗科    Campanulaceae 
+ 半边莲科   Lobeliaceae 草海桐科   Goodeniaceae 睡菜科     Menyanthaceae 五膜草科   Pentaphragmataceae 石冬青科   Phellinaceae 卢梭木科      Rousseaceae 花柱草科     Stylidiaceae 
+ 陀螺果科   Donatiaceae 川续断目  Dipsacales 五福花科    Adoxaceae 忍冬科       Caprifoliaceae+ 黄锦带科  Diervillaceae + 川续断科 Dipsacaceae + 北极花科   Linnaeaceae + 刺续断科   Morinaceae + 败酱科  Valerianaceae注: "+ ..."  是一种建议选择，可以合并也可以单独分为一科。

 尚无定论的属和科 
如果可以列为单属科的属，将科名也同时列出：

 Aneulophus Benth.
离花科 Apodanthaceae van Tieghem ex Takhtajan in Takhtajan （1997年）共三属
美洲簇花草属 Bdallophyton Eichl.
蛇菰科 Balanophoraceae Rich. （1822年）
 Centroplacus Pierre
锁阳属 Cynomorium L. （锁阳科 Cynomoriaceae Lindl. 1833年）
簇花草属  Cytinus L. （簇花草科 Cytinaceae A.Rich. 1824年）
十齿花属 Dipentodon Dunn （十齿花科 Dipentodontaceae Merr. (1941年)
 Gumillea Ruiz & Pav.
单柱花属 Hoplestigma Pierre （单柱花科 Hoplestigmataceae Engl. & Gilg 1924年）
 Leptaulus Benth.
毛丝花属 Medusandra Brenan （毛丝花科 Medusandraceae Brenan 1952年）
管花木属  Metteniusa H.Karst. （管花木科 Metteniusaceae H.Karst. ex Schnizl. 1860年-1870年）
帽蕊草属 Mitrastema Makino （帽蕊草科 Mitrastemonaceae Makino 1911年）
托叶假樟属 Pottingeria Prain （托叶假樟科 Pottingeriaceae (Engl.) Takht. 1987年）
大花草科 Rafflesiaceae Dumort. （1829年）共三属
非洲盘树属 Soyauxia Oliv.
 Trichostephanus'' Gilg

參考文獻 
 Stevens, P. F. (2001 onwards). Angiosperm Phylogeny Website. Version 9, June 2008, and more or less continuously updated since].
 Angiosperm phylogeny group. 2003. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II. Botanical Journal of the Linnean Society 141: 399–436.
 Angiosperm phylogeny group. 2009. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III. Botanical Journal of the Linnean Society 161: 105–121.

生物分類學
植物學
植物分類學