中華民國的中央行政機關共分為四級，以行政院為首，下設34個機關，通稱部會，是中華民國政府首要的組成部分；其中行政院負責統轄各中央行政機關，被視為中華民國的內閣，行政院院長則等同於內閣總理。行政院與各部會之首長，在總統的任命、命令與監督之下推行政務，總統向全體國民負責，行政院正副院長及部會首長則向立法院負責。

概述 
中華民國採用獨有的五權分立體制，來劃定政府部門的功能與業務，與世界多數民主國家採用的三權分立制度有所差異，這也導致中華民國的中央政府部門，並非全部屬於行政部門管轄，與多數國家的中央政府部門均歸類於行政部門的常態亦不相同。由於中央行政機關均由行政院管轄，因此在中央層級法律中，多以「行政院」來代稱所有的中央行政機關，如《行政院功能業務與組織調整暫行條例》。

行政院之下設置部來負責各領域的政務，跨領域的政務（如民族事務、中國大陸事務等）則設置委員會；部與委員會之下可再設局、署等機關以處理技術性或專門性業務，兩者的差異在於「局」為單純的業務執行機關，「署」則有自行規劃政策的權力。截至2023年9月，行政院所屬之中央政府部門，共有14部、9會、1委員會、3獨立機關、4其他機關。

在中央行政機關之中，中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會共3個二級機關，以及國家運輸安全調查委員會和不當黨產處理委員會共2個三級機關為「獨立機關」。依照《中央行政機關組織基準法》第三條第二款之規定，獨立機關係指「依據法律獨立行使職權，自主運作，除法律另有規定外，不受其他機關指揮監督之合議制機關」；各獨立機關首長皆採取任期制，不隨內閣改組而有所變動。

法源依據
規範中央行政機關整體架構的法律，除了《中華民國憲法》之外，主要是以《行政院組織法》和《中央行政機關組織基準法》作為準則，並以《中央政府機關總員額法》規範各機關的員額總數。

依照現行《行政院組織法》第三、第四、第五條的規定，行政院設有內政、外交、國防、財政、教育、法務、經濟、交通、勞動、農業、衛生福利、環境、文化、數位發展部；國家發展、大陸、金融監督管理、海洋、僑務、國軍退除役官兵輔導、原住民族、客家、國家科學及技術委員會等14部9會。依照該法第六、七、八、九條的規定，行政院設有行政院主計總處、行政院人事行政總處、中央銀行、國立故宮博物院。另設中央選舉、公平交易、國家通訊傳播委員會等獨立機關。

另外，依照《國家運輸安全調查委員會組織法》第一條的規定，行政院設國家運輸安全調查委員會；依《政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例》第二條的規定，行政院設不當黨產處理委員會，兩者皆為相當中央三級獨立機關。

層級架構
根據《中央行政機關組織基準法》，中華民國中央行政機關的層級架構如下：

但因部分機關的組織法規尚在進行修改，中央行政機關的實際層級架構較為混雜：

機關列表

現行機關
中央二級機關
標示粗字體者，其首長為內閣成員，有參加行政院會議之義務。下附部會所屬的中央三級機關（不含事業機構），依照其類型與最初創立時間（含1949年政府遷台前）排列。

 中央三級獨立機關

已解散之機關

歷史沿革

立國初期

南京臨時政府
依照《中華民國臨時政府組織大綱》設置，中華民國臨時政府內閣（1912年1月3日－1912年3月12日）為總統制，中華民國臨時大總統為國家元首兼政府首腦。

總統下設內政、財政、外交、司法、教育、交通、實業、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。

北洋政府
《中華民國臨時約法》由中華民國參議院通過，3月11日公布實施，北洋政府內閣開始（1912年3月12日－1928年12月29日）；政府首腦為國務院國務總理，1914年5月1日《中華民國約法》通過後，改為總統府政事堂國務卿，1916年6月29日申令仍遵行《中華民國臨時約法》，國務卿改回國務總理。

 1912年3月12日：國務院下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、工商、農林、陸軍、海軍等10部，首長稱為總長。
 1914年2月12日：國務院下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、農商、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。
 1914年5月1日：總統府政事堂下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、農商、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。1916年5月8日袁世凱改政事堂為國務院。
 1916年6月29日：國務院下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、農商、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。
 1927年6月20日：國務院下設內務、財政、外交、司法、教育、交通、農工、陸軍、海軍等9部，首長稱為總長。1928年6月3日北洋政府結束，國務院解散。

護法政府

1917年8月25日根據孫中山提議在廣州召開「國會非常會議」，決定組織護法軍政府（國家元首兼政府首腦），以維護《中華民國臨時約法》，設中華民國軍政大元帥（1人）、元帥（3人）。1918年5月20日依非常國會通過的《中華民國軍政府組織大綱修正案》改組軍政府，廢除大元帥制，以七總裁取代大元帥（一人為主席總裁）。1921年4月2日非常國會取消軍政府，聲稱組織正式中華民國政府，國家元首為中華民國大總統。1923年3月1日重組政府，國家元首為海陸軍大元帥；1925年7月1日依《國民政府建國大綱》改組國民政府。

1917年9月1日：大元帥府下設外交、内政、財政、陸軍、海軍、交通6部，首長稱為總長。
1921年5月5日：總統府下設內務、外交、財政、陸軍、海軍、參謀6部，首長稱為總長。
1923年3月1日：大本營下設外交、財政、內政、軍政、建設5部，首長稱為部長。

訓政時期

1925年7月1日，中國國民黨在廣州成立國民政府，最高決策機關為國民政府委員會，採取合議委員制，設十六人為委員（一人為主席）；另設國民政府軍事委員會，設常務委員（一人為主席）。1927年2月21日國民政府遷往武漢期間，以「中國國民黨中央執行委員與國民政府委員臨時聯席會議」作為臨時領導機構，設聯席會議主席一人；國民政府暫時駐錫武漢後，不設主席以常務委員（五人）決議。1927年4月18日蔣中正等國民黨反共派於在南京另立「國民政府」，採取委員制（十二人，一人為主席），至同年8月19日，寧漢兩方改以南京之國民政府為主體。

1928年2月7日，中國國民黨二屆四中全會通過改組國民政府，國民政府由中國國民黨中央執行委員會監督，政府委員由國民黨中央委員會選舉，國民政府與軍事委員會各設主席一人。1928年10月北伐結束，國民政府公布《中華民國國民政府組織法》，國民政府由行政院、立法院、司法院、考試院、監察院組成，設主席一人（兼任陸海空軍總司令），委員十至十二人，並在全國施行「訓政」。1932年1月28日一二八事變後，復設國民政府軍事委員會；1937年盧溝橋事變後的9月，國民政府軍事委員會成為實際的政治行政中心，國民政府主席為虛位元首，直至抗戰結束後縮編軍事委員會。

 1927年4月18日：國民政府下設財政、外交、民政、司法等4部，以及大學院。
 1928年2月7日：國民政府下設內政、外交、財政、交通、司法、農礦、工商等7部，以及軍事委員會、最高法院、監察院、大學院。
 1928年10月：行政院下設內政、外交、軍政、財政、農礦、工商、教育、交通、鐵道、衛生等10部。

憲政時期
1948年5月20日，依《中華民國憲法》以總統和五院中央體制正式取代國民政府。

行憲後
 1947年
3月31日：計畫行政院下設14部3會，內政、外交、國防、財政、工商、教育、交通、司法行政、農林、郵電、勞動、水利、地政、衛生部，以及資源、蒙藏、僑務委員會，以及不管部會的政務委員。院本部設秘書處、訴願審議委員會、會計處、統計室、人事室。
4月22日：計畫行政院下設15部3會1局，內政、外交、國防、財政、經濟、教育、交通、司法行政、農林、郵電、社會、糧食、水利、地政、衛生部，以及資源、蒙藏、僑務委員會與新聞局，以及不管部會的政務委員。院本部增設法規委員會。
12月25日：計畫行政院下設14部3會1局1處，內政、外交、國防、財政、工商、教育、交通、司法行政、農林、社會、糧食、水利、地政、衛生部，以及資源、蒙藏、僑務委員會與新聞局和主計處，以及不管部會的政務委員。
1948年5月13日：行政院下設15部3會1局，內政、外交、國防、財政、教育、司法行政、交通、工商、農林、糧食、社會、水利、地政、衛生、主計部，以及資源、蒙藏、僑務委員會與新聞局，以及不管部會的政務委員。院本部會計處改會計室。

政府遷台後 
1949年3月21日：行政院下設8部2會1處，內政、外交、國防、財政、經濟、教育、司法行政、交通部，以及蒙藏、僑務委員會與主計處，以及不管部會的政務委員。
1952年11月20日，恢復設置新聞局。
1954年11月1日，新成立「行政院國軍退除役官兵就業輔導委員會」（2002年改名為「行政院國軍退除役官兵輔導委員會」）。
1955年5月16日，新成立「行政院原子能委員會」。
1959年2月，新成立「行政院國家科學委員會」。
1963年9月美援會改組成「行政院國際經濟合作發展委員會」（1973年8月改組為「行政院經濟設計委員會」，1977年12月合併行政院財經小組改為「行政院經濟建設委員會」）。
1965年11月12日，恢復設置「國立故宮博物院」。
1966年1月28日，新成立「行政院青年輔導委員會」。
1967年9月16日，新成立「行政院人事行政局」。
1969年3月，行政改革研究會改組成立「行政研究發展考核委員會」。
1971年3月17日，內政部衛生司升格為「行政院衛生署」。
1979年3月16日，農復會改組恢復為中央行政層級的農業部門「行政院農業發展委員會」。11月8日「中央銀行」由總統府改隸屬行政院。
1980年7月1日，司法行政部改組為「法務部」。
1981年11月11日，新成立「行政院文化建設委員會」。
1987年
8月1日，恢復設置中央行政層級的勞工部門「行政院勞工委員會」」。
8月22日，將行政院衛生署環境保護局升格為「行政院環境保護署」。
1992年1月27日，新成立「行政院公平交易委員會」。
1994年7月1日，新成立「行政院消費者保護委員會」。
1995年7月20日，新成立「行政院公共工程委員會」。
1996年12月10日，新成立「行政院原住民委員會」（2002年1月1日更名為「行政院原住民族委員會」）。
1997年7月16日，教育部體育司與國民體育委員會整合為「行政院體育委員會」。
1998年5月25日，新成立「航空器飛航安全委員會」（2001年5月23日改組為「行政院飛航安全委員會」）。
2000年1月28日，整合國防部軍管區司令部暨海岸巡防司令部、內政部警政署水上警察局、財政部關稅總局緝私船隊而成立「行政院海岸巡防署」。
2001年6月14日，新成立「行政院客家委員會」。
2004年7月1日，新成立「行政院金融監督管理委員會」。
2006年2月22日，新成立「國家通訊傳播委員會」。

組改實施後
 2010年2月3日：行政院組織再造計畫行政院下設14部11會2總處2所屬機關，內政、外交、國防、財政、經濟及能源、教育、法務、交通及建設、勞動、農業、衛生福利、環境資源、文化、科技部，以及國家發展、金融監督管理、海洋、大陸、僑務、原住民族、客家、國軍退除役官兵輔導委員會以及中央選舉、公平交易、國家通訊傳播委員會（3獨立機關），行政院主計總處、行政院人事行政總處、中央銀行、國立故宮博物院，以及7至9名不管部會的政務委員。院本部增設消費者保護處、性別平等處、發言人室。
2012年
1月1日，組織再造開始實施，首先改制者為行政院本部、法務部、國立故宮博物院、中央選舉委員會、中央銀行、客家委員會，以及行政院消費者保護委員會改組為「行政院消費者保護會」（業務移置院本部設「消保處」）。
2月6日，行政院主計處改制為「行政院主計總處」、行政院人事行政局改制為「行政院人事行政總處」、以及行政院公平交易委員會改組為「公平交易委員會」。
5月20日，行政院文化建設委員會升格為「文化部」，行政院飛航安全委員會改組為「飛航安全調查委員會」（降為行政院直轄三級機關），以及行政院新聞局裁撤降為院本部的「發言人室」。
7月1日，行政院金融監督管理委員會改組為「金融監督管理委員會」。
2013年
1月1日，行政院青年輔導委員會與行政院體育委員會分別降級為「教育部青年發展署」與「教育部體育署」。
7月23日，行政院衛生署升格為「衛生福利部」。
11月1日，行政院國軍退除役官兵輔導委員會改組為「國軍退除役官兵輔導委員會」。
2014年
1月22日，行政院經濟建設委員會整併行政院研究發展考核委員會改組為「國家發展委員會」。
2月17日，行政院勞工委員會升格為「勞動部」。
3月3日，行政院國家科學委員會升格為「科技部」。
3月26日，行政院原住民族委員會改組為「原住民族委員會」。
2016年
9月1日，新設三級獨立機關「不當黨產處理委員會」。
2017年
9月15日，蒙藏委員會降級為文化部蒙藏文化中心。
2018年
4月28日，新設「海洋委員會」，行政院海岸巡防署降級為「海洋委員會海巡署」。
5月31日，新設「促進轉型正義委員會」獨立機關。
7月2日，行政院大陸委員會改組為「大陸委員會」。
2019年
8月1日，飛航安全調查委員會改組為「國家運輸安全調查委員會」。
2022年
5月31日，促進轉型正義委員會（任務結束，改由內政部、法務部、文化部、衛生福利部、教育部、國家發展委員會等六個部會承接業務）
7月27日，科技部改組為「國家科學及技術委員會」
8月27日，新設「數位發展部」
2023年
8月1日，行政院農業委員會升格為「農業部」。
8月22日，行政院環境保護署升格為「環境部」。
9月27日，行政院原子能委員會改組為「核能安全委員會」

未來發展 

在1949年（民國38年）政府遷台後修訂的《行政院組織法》中，明文設置的中央行政機關僅有8部2會，但隨著社會的發展，早已不足以應付政府運作的需求，故自1970年代起，行政院以其附屬之委員會、局、署的形式來擴增中央部門；但這些機關的設置法源不但未與中央行政機關的母法——《行政院組織法》相對應，過多的組織機關反而不利於政務的推行，例如行政院屬下具有部會地位的委員會，曾高達21個之多。

有鑑於此，自1990年代起，行政院就著手規劃進行組織改造計畫。經過20多年的討論與規劃，首先於2004年6月23日公布制定《中央行政機關組織基準法》，確定行政院及各部會組織規模及部會數目上限，並展開《行政院組織法修正草案》立法工作；2010年陸續修訂《行政院組織法》、《中央行政機關組織基準法》、《中央政府機關組織總員額法》及《行政院功能業務與組織調整暫行條例》(現 行政院功能業務與組織調整條例)（合稱「政府組織再造四法」），中央行政機關的組織調整計畫（法定名稱為行政院功能業務與組織調整）則自2012年1月1日起開始陸續實施，預計最終調整為14部、9會、3獨立機關、2總處、2附屬機構，總計32個機關。

目前組織再造將實施最後一階段，2023年8月22日行政院環境保護署升格為環境部；9月行政院原子能委員會降為行政院三級機關「核能安全委員會」；行政院公共工程委員會將直接裁撤併入國家發展委員會和內政部國土管理署。經濟部、交通部和內政部組織將作部分調整。

注釋

參考文獻

參見 

 行政機構
 中華民國政府
 中華民國內閣列表
 行政院
 政務委員 (中華民國)
 行政院會議
 行政院功能業務與組織調整

外部連結 

 我的E政府*  

 
各国中央行政机构