本表以LPSN網站的分類爲基礎（當前版本2007年3月29日），本分類代表原核生物分類的權威雜誌IJSEM的分類系統，同时参考NCBI Taxonomy，但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版，拉丁文意譯參考原核生物名稱(英文)網站。翻譯問題歡迎在原文中添加或者在討論頁中提出。

本表列到屬級。
後面帶*者爲尚未被IJSEM雜誌確認的分類。

參見古細菌。

初古菌門(Korarchaeota)*
初古菌属(Korarchaeum)*

納古菌門(Nanoarchaeota)*
納古菌屬(Nanoarchaeum)*

Thaumarchaeota
餐古菌目(Cenarchaeales)
餐古菌科(Cenarchaeaceae)*
餐古菌屬(Cenarchaeum)*
亞硝化暖菌目(Nitrosocaldales)*
亞硝化暖菌科(Nitrosocaldaceae)*
亞硝化暖菌屬(Nitrosocaldus)*
亞硝化侏儒菌目(Nitrosopumilales)*
亞硝化侏儒菌科(Nitrosopumilaceae)*
亞硝化侏儒菌屬(Nitrosopumilus)*

泉古菌門(Crenarchaeota)

熱變形菌綱(Thermoprotei)
暖球形菌目(Caldisphaerales)
暖球形菌科(Caldisphaeraceae)
暖球形菌屬(Caldisphaera)
除硫球菌目(Desulfurococcales)
除硫球菌科(Desulfurococcaceae)
酸葉菌屬(Acidilobus)
氣火菌屬(Aeropyrum)
除硫球菌屬(Desulfurococcus)
燃球菌屬(Ignicoccus)
燃球形菌屬(Ignisphaera)
葡萄熱菌屬(Staphylothermus)
施鐵特菌屬(Stetteria)
厭硫球菌屬(Sulfophobococcus)
熱盤菌屬(Thermodiscus)
熱球形菌屬(Thermosphaera)
熱網菌科(Pyrodictiaceae)
超熱菌屬(Hyperthermus)
熱網菌屬(Pyrodictium)
火葉菌屬(Pyrolobus)
硫化葉菌目(Sulfolobales)
硫化葉菌科(Sulfolobaceae)
喜酸菌屬(Acidianus)
除硫葉菌屬(Desulfurolobus)
生金球形菌屬(Metallosphaera)
憎葉菌屬(Stygiolobus)
硫化葉菌屬(Sulfolobus)
硫磺球形菌屬(Sulfurisphaera)
硫磺球菌屬(Sulfurococcus)
熱變形菌目(Thermoproteales)
熱絲菌科(Thermofilaceae)
熱絲菌屬(Thermofilum)
熱變形菌科(Thermoproteaceae)
暖枝菌屬(Caldivirga)
火棒菌屬(Pyrobaculum)
熱分支菌屬(Thermocladium)
熱變形菌屬(Thermoproteus)
火山鬃菌屬(Vulcanisaeta)

廣古菌門(Euryarchaeota)

古丸菌綱(Archaeoglobi)
古丸菌目(Archaeoglobales)
古丸菌科(Archaeoglobaceae)
古丸菌屬(Archaeoglobus)
鐵丸菌屬(Ferroglobus)
地丸菌屬(Geoglobus)

鹽桿菌綱(Halobacteria)
鹽桿菌目(Halobacteriales)
鹽桿菌科(Halobacteriaceae)
適鹽菌屬(Haladaptatus)
鹽鹼球菌屬(Halalkalicoccus)
鹽盒菌屬(Haloarcula)
鹽桿菌屬(Halobacterium)
鹽棒菌屬(Halobaculum)
鹽二型菌屬(Halobiforma)
鹽球菌屬(Halococcus)
富鹽菌屬(Haloferax)
鹽幾何菌屬(Halogeometricum)
鹽微菌屬(Halomicrobium)
鹽惰菌屬(Halopiger)
鹽盤菌屬(Haloplanus)
鹽方菌屬(Haloquadratum)
鹽棍菌屬(Halorhabdus)
鹽紅菌屬(Halorubrum)
鹽簡菌屬(Halosimplex)
鹽池棲菌屬(Halostagnicola)
鹽陸生菌屬(Haloterrigena)
鹽長命菌屬(Halovivax)
鈉白菌屬(Natrialba)
鈉線菌屬(Natrinema)
鹽鹼桿菌屬(Natronobacterium)
鹽鹼球菌屬(Natronococcus)
鹽鹼湖菌屬(Natronolimnobius)
鹽鹼單胞菌屬(Natronomonas)
鹽鹼紅菌屬(Natronorubrum)

甲烷桿菌綱(Methanobacteria)
甲烷桿菌目(Methanobacteriales)
甲烷桿菌科(Methanobacteriaceae)
甲烷桿菌屬(Methanobacterium)
甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter)
甲烷球形菌屬(Methanosphaera)
甲烷熱桿菌屬(Methanothermobacter)
甲烷熱菌科(Methanothermaceae)
甲烷熱菌屬(Methanothermus)

甲烷球菌綱(Methanococci)
甲烷球菌目(Methanococcales)
甲烷暖球菌科(Methanocaldococcaceae)
甲烷暖球菌屬(Methanocaldococcus)
甲烷炎菌屬(Methanotorris)
甲烷球菌科(Methanococcaceae)
甲烷球菌屬(Methanococcus)
甲烷熱球菌屬(Methanothermococcus)

甲烷微菌綱(Methanomicrobia)
甲烷微菌目(Methanomicrobiales)
甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)
甲烷粒菌屬(Methanocorpusculum)
甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)
甲烷囊菌屬(Methanoculleus)
甲烷泡菌屬(Methanofollis)
產甲烷菌屬(Methanogenium)
甲烷裂葉菌屬(Methanolacinia)
甲烷微菌屬(Methanomicrobium)
甲烷盤菌屬(Methanoplanus)
甲烷螺菌科(Methanospirillaceae)
甲烷螺菌屬(Methanospirillum)
科未定
甲烷礫菌屬(Methanocalculus)
甲烷繩菌屬(Methanolinea)
甲烷八疊球菌目(Methanosarcinales)
甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae)
甲烷鬃菌屬(Methanosaeta)
甲烷髮菌屬(Methanothrix)
甲烷八疊球菌科(Methanosarcinaceae)
鹽甲烷球菌(Halomethanococcus)
甲烷微球菌屬(Methanimicrococcus)
甲烷類球菌屬(Methanococcoides)
甲烷鹽菌屬(Methanohalobium)
甲烷嗜鹽菌屬(Methanohalophilus)
甲烷葉菌屬(Methanolobus)
甲烷食甲基菌屬(Methanomethylovorans)
甲烷鹹菌屬(Methanosalsum)
甲烷八疊球菌屬(Methanosarcina)
甲熱球菌科(Methermicoccaceae)
甲熱球菌屬(Methermicoccus)

甲烷火菌綱(Methanopyri)
甲烷火菌目(Methanopyrales)
甲烷火菌科(Methanopyraceae)
甲烷火菌屬(Methanopyrus)

熱球菌綱(Thermococci)
熱球菌目(Thermococcales)
熱球菌科(Thermococcaceae)
古老球菌屬(Palaeococcus)
火球菌屬(Pyrococcus)
熱球菌屬(Thermococcus)

熱原體綱(Thermoplasmata)
熱原體目(Thermoplasmatales)
鐵原體科(Ferroplasmaceae)（注：正確形式應爲Ferroplasmataceae）
鐵原體屬(Ferroplasma)
嗜苦菌科(Picrophilaceae)
嗜苦菌屬(Picrophilus)
熱原體科(Thermoplasmataceae) 
熱原體屬(Thermoplasma)
科未定
熱裸單胞菌屬(Thermogymnomonas)

古菌
微生物
界級分類學列表