日本有80種以上的爬行動物。

龜鱉目 Testudines 
 海龟科 Cheloniidae
 綠蠵龜- Chelonia mydas (Linnaeus, 1758) (アオウミガメ，青海亀)
 C. m. mydas (Linnaeus, 1758) (アオウミガメ)
 C. m. agassizii Bocourt, 1868 (クロウミガメ，黒海亀)
 蠵龜 - Caretta caretta (Linnaeus, 1758) (アカウミガメ，赤海亀)
 玳瑁 - Eretmochelys imbricata (Linnaeus, 1758) (タイマイ，瑇瑁)
 欖蠵龜 - Lepidochelys olivacea (Eshscholtz, 1829) (ヒメウミガメ，姫海亀)

 棱皮龟科 Dermochelyidae
 棱皮龟 - Dermochelys coriacea (Vandelli, 1761) (オサガメ，長亀)

 Geoemydidae
 日本石龟 - Mauremys japonica (Temminck et Schlegel, 1833) (ニホンイシガメ，日本石亀)
 黄喉拟水龟 - Mauremys mutica (Cantor, 1842) (ミナミイシガメ，南石亀)
 M. m. mutica (Cantor, 1842) (ミナミイシガメ)
 M. m. kami Yasukawa, Ota et Iverson, 1996 (ヤエヤマイシガメ，八重山石亀)
 乌龟 - Chinemys reevesii (Gray, 1831) (クサガメ，臭亀)
 黄缘地龟 - Cuora flavomarginata (Gray, 1863) (セマルハコガメ，背丸箱亀)
 C. f. evelynae Ernst et Lovich, 1990 (ヤエヤマセマルハコガメ)
 Geoemyda japonica Fan, 1931 (リュウキュウヤマガメ，琉球山亀)

 龟科 Emydidae
 彩龟 - Trachemys scripta (Schoepff, 1792) (アカミミガメ，赤耳亀)
红耳彩龟 T. s. elegans (Wied, 1839) (ミシシッピアカミミガメ)

 鳖科 Trionychidae
 中华鳖 - Pelodiscus sinensis (Wiegmann, 1835) (ニホンスッポン，日本鼈)

有鱗目 Squamata

蜥蜴亞目 Lacertilia 
 Eublepharidae
 琉球睑虎 - Goniurosaurus kuroiwae (Namiye, 1912) (クロイワトカゲモドキ，黒岩蜥蜴擬)
 G. k. toyamai Grismer, Ota et Tanaka, 1994 (イヘヤトカゲモドキ，伊平屋蜥蜴擬)
 G. k. splendens (Nakamura et Uéno, 1959) (オビトカゲモドキ，帯蜥蜴擬)
 G. k. yamashinae (Okada, 1936) (クメトカゲモドキ，久米蜥蜴擬)
 G. k. kuroiwae (Namiye, 1912) (クロイワトカゲモドキ，黒岩蜥蜴擬)
 G. k. orientalis (Maki, 1930) (マダラトカゲモドキ，斑蜥蜴擬)

 壁虎科 Gekkonidae
 鳞趾虎 - Lepidodactylus lugubris (Duméril et Bibron, 1836) (オガサワラヤモリ，小笠原守宮)
 爪哇半叶趾虎 - Hemiphyllodactylus typus Bleeker, 1860 (キノボリヤモリ，木登守宮)
 H. t. typus Bleeker, 1860 (キノボリヤモリ，木登守宮)
 岛虎 - Perochirus ateles (A. Duméril, 1856) (ミナミトリシマヤモリ，南鳥島守宮)
 纵斑蜥虎 - Hemidactylus bowringii (Gray, 1845) (タシロヤモリ，田代守宮)
 横斑蜥虎 - Hemidactylus frenatus Duméril et Bibron, 1836 (ホオグロヤモリ，頬黒守宮)
 Gehyra mutilata (Wiegmann, 1834) (オンナダケヤモリ，恩納岳守宮)
 Gekko vertebralis Toda, Sengoku, Hikida, et Ota, 2008 (アマミヤモリ)
 Gekko sp. (オキナワヤモリ)
 Gekko shibatai Toda, Sengoku, Hikida, et Ota, 2008 (タカラヤモリ，宝守宮)
 四国壁虎 - Gekko tawaensis Okada, 1956 (タワヤモリ，多和守宮)
 Gekko sp. (ニシヤモリ)
 多疣壁虎 - Gekko japonicus (Duméril et Bibron, 1836) (ニホンヤモリ，日本守宮)
 Gekko hokouensis Pope, 1928 (ミナミヤモリ，南守宮)
 Gekko yakuensis Matsui et Okada, 1968 (ヤクヤモリ，屋久守宮)

 鬣蜥科 Agamidae
 琉球龙蜥 - Japalura polygonata (Hallowell, 1861) (キノボリトカゲ，木登蜥蜴)
 J. p. polygonata (Hallowell, 1861) (オキナワキノボリトカゲ，沖縄木登蜥蜴)
 J. p. ishigakiensis Van Denburgh, 1912 (サキシマキノボリトカゲ，先島木登蜥蜴)
 J. p. donan Ota, 2003 (ヨナグニキノボリトカゲ)

 美洲鬣蜥科 Iguanidae
 绿安乐蜥 - Anolis carolinensis Voigt, 1832 (グリーンアノール)

 石龙子科 Scincidae
 Cryptoblepharus boutonii Desjardins, 1831 (オガサワラトカゲ，小笠原蜥蜴)
 C. b. nigropunctatus (Hallowell, 1861) (オガサワラトカゲ，小笠原蜥蜴)
 Scincella boettgeri (Van Denburgh, 1912) (サキシマスベトカゲ，先島滑蜥蜴)
 Scincella vandenburghi (Schmidt, 1927) (ツシマスベトカゲ，対馬滑蜥蜴)
 蓝尾石龙子 - Plestiodon elegans (Boulenger, 1887) (アオスジトカゲ，青筋石竜子)
 Plestiodon stimpsonii (Thompson, 1912) (イシガキトカゲ，石垣石竜子)
 Plestiodon latiscutatus Hallowell, 1861 (オカダトカゲ，岡田石竜子)
 琉球石龙子 - Plestiodon marginatus Hallowell, 1861 (オキナワトカゲ，沖縄石竜子)
 P. m. oshimensis (Thompson, 1912) (オオシマトカゲ，大島石竜子)
 P. m. marginatus Hallowell, 1861 (オキナワトカゲ，沖縄石竜子)
 Plestiodon kishinouyei (Stejneger, 1901) (キシノウエトカゲ，岸上石竜子)
 Plestiodon japonicus (Peters, 1864) (ニホントカゲ，日本石竜子)
 Plestiodon barbouri (Van Denburgh, 1912) (バーバートカゲ，バーバー石竜子)
 Ateuchosaurus pellopleurus (Hallowell, 1861) (ヘリグロヒメトカゲ，縁黒姫蜥蜴)
 岛蜥 - Emoia atrocostata (Lesson, 1830) (ミヤコトカゲ，宮古蜥蜴)
 E. a. atrocostata (Lesson, 1830) (ミヤコトカゲ，宮古蜥蜴)

 蜥蜴科 Lacertidae
 Takydromus smaragdinus (Boulenger, 1887) (アオカナヘビ，青金蛇)
 黑龙江草蜥 - Takydromus amurensis (Peters, 1881) (アムールカナヘビ)
 Takydromus dorsalis Stejneger, 1904 (サキシマカナヘビ，先島金蛇)
 Takydromus tachydromoides (Schlegel, 1838) (ニホンカナヘビ，日本金蛇)
 Takydromus toyamai Takeda et Ota, 1996 (ミヤコカナヘビ，宮古金蛇)
 胎生蜥蜴 - Lacerta vivipara Von Jacquin, 1787 (コモチカナヘビ，子持金蛇)

蛇亞目 Serpentes 
 盲蛇科 Typhlopidae
 钩盲蛇 - Ramphotyphlops braminus (Daudin, 1803) (ブラーミニメクラヘビ)

 游蛇科 Colubridae
 Cyclophiops herminae (Boulenger, 1895) (サキシマアオヘビ，先島青蛇)
 Cyclophiops semicarinatus (Hallowell, 1861) (リュウキュウアオヘビ，琉球青蛇)
 黑背白环蛇 - Lycodon ruhstrati (Fischer, 1886) (バイカダ)
 L. r. multifasciatus (Maki, 1931) (サキシマバイカダ，先島梅花蛇)
 Opisthotropis kikuzatoi (Okada et Takara, 1958) (キクザトサワヘビ，喜久里沢蛇)
 Pareas iwasakii (Maki, 1937) (イワサキセダカヘビ，岩崎背高蛇)
 Achalinus werneri Van Denburgh, 1912 (アマミタカチホヘビ，奄美高千穂蛇)
 台湾脊蛇 - Achalinus formosanus Boulenger, 1908 (タイワンタカチホヘビ)
 A. f. chigirai Ota et Toyama, 1989 (ヤエヤマタカチホヘビ，八重山高千穂蛇)
 黑脊蛇 - Achalinus spinalis Peters, 1869 (タカチホヘビ，高千穂蛇)
 Elaphe climacophora (Boie, 1826) (アオダイショウ，青大将)
 Elaphe quadrivirgata (Boie, 1826) (シマヘビ，縞蛇)
 Elaphe conspicillata (Boie, 1826) (ジムグリ，地潜)
 黑眉锦蛇 - Elaphe taeniura Cope, 1861 (スジオナメラ，筋尾滑蛇)
 E. t. schmackeri (Boettger, 1895) (サキシマスジオ，先島筋尾)
 E. t. friesei (Werner, 1926) (タイワンスジオ，台湾筋尾)
 王锦蛇 - Elaphe carinata (Günther, 1864) (シュウダ，臭蛇)
 E. c. carinata (Günther, 1864) (シュウダ，臭蛇)
 E. c. yonaguniensis Takara, 1962 (ヨナグニシュウダ，与那国臭蛇)
 Amphiesma pryeri (Boulenger, 1887) (ガラスヒバァ，烏ヒバァ)
 灰链游蛇 - Amphiesma vibakari (Boie, 1826) (ヒバカリ，日計)
 A. v. danjoense Toriba, 1986 (ダンジョヒバカリ，男女日計)
 A. v. vibakari (Boie, 1826) (ヒバカリ，日計)
 Amphiesma concelarum Malnate, 1963 (ミヤコヒバァ，宮古ヒバァ)
 Amphiesma ishigakiense (Malnate et Munsterman, 1960) (ヤエヤマヒバァ，八重山ヒバァ)
 尖尾两头蛇 - Calamaria pavimentata Duméril, Bibron et Duméril, 1854 (ナガヒメヘビ)
 C. p. miyarai Takara, 1962 (ミヤラヒメヘビ，宮良姫蛇)
 Calamaria pfefferi Stejneger, 1901 (ミヤコヒメヘビ，宮古姫蛇)
 Dinodon semicarinatum (Cope, 1860) (アカマタ，赤楝蛇)
 赤链蛇 - Dinodon rufozonatum (Cantor, 1842) (アカマダラ，赤斑)
 D. r. rufozonatum (Cantor, 1842) (アカマダラ，赤斑)
 D. r. walli Stejneger, 1907 (サキシママダラ，先島斑)
 Dinodon orientale (Hilgendorf, 1880) (シロマダラ，白斑)
 虎斑游蛇 - Rhabdophis tigrinus (Boie, 1826) (ヤマカガシ，山楝蛇)
 R. t. tigrinus (Boie, 1826) (ヤマカガシ，山楝蛇)

 眼镜蛇科 Elapidae
 日本丽纹蛇 - Sinomicrurus japonicus (Günther, 1868) (ヒャン)
 S. j. takarai (Ota, Ito et Lin, 1999) (クメジマハイ，久米島ハイ)
 布氏丽纹蛇 - S. j. boettgeri (Fritze, 1894) (ハイ)
 日本丽纹蛇 - S. j. japonicus (Günther, 1869) (ヒャン)
 丽纹蛇 - Sinomicrurus macclellandi (Reinhardt, 1844) (ワモンベニヘビ)
 琉球丽纹蛇 - S. m. iwasakii (Maki, 1935) (イワサキワモンベニヘビ，岩崎輪紋紅蛇)
 黑头海蛇 - Hydrophis melanocephalus Gray, 1849 (クロガシラウミヘビ，黒頭海蛇)
 淡灰海蛇 - Hydrophis ornatus (Gray, 1842) (クロボシウミヘビ，黒星海蛇)
 琉球亚种 - H. o. maresinensis Mittleman, 1947 (クロボシウミヘビ)
 青环海蛇 - Hydrophis cyanocinctus Daudin, 1803 (マダラウミヘビ，斑海蛇)
 篮灰扁尾蛇 - Laticauda colubrina (Schneider, 1799) (アオマダラウミヘビ，青斑海蛇)
 半环扁尾蛇 - Laticauda semifasciata (Reinwardt, 1837) (エラブウミヘビ，永良部海蛇)
 扁尾蛇 - Laticauda laticaudata (Linnaeus, 1758) (ヒロオウミヘビ，広尾海蛇)
 Emydocephalus ijimae Stejneger, 1898 (イイジマウミヘビ，飯島海蛇)
 长吻海蛇 - Pelamis platura (Linnaeus, 1766) (セグロウミヘビ，背黒海蛇)
 印度洋平颏海蛇 - Lapemis curtus (Shaw, 1802) (トゲウミヘビ，棘海蛇)

[[File:IProtobothrops elegans.jpg|150px|thumb|Protobothrops elegans']]

 蝰科 Viperidae
 琉球烙铁头 - Protobothrops elegans (Gray, 1849) (サキシマハブ，先島波布)
 烙铁头 - Protobothrops mucrosquamatus (Cantor, 1839) (タイワンハブ，台湾波布)
 Protobothrops tokarensis (Nagai, 1928) (トカラハブ，トカラ波布)
 黄绿烙铁头 - Protobothrops flavoviridis (Hallowell, 1861) (ハブ，波布)
 Gloydius tsushimaensis (Isogawa, Moriya et Mitsui, 1994) (ツシママムシ，対馬蝮)
 日本蝮 - Gloydius blomhoffii (Boie, 1826) (ニホンマムシ，日本蝮)
 Ovophis okinavensis'' (Boulenger, 1892) (ヒメハブ，姫波布)

參考文獻 
 松井孝爾，1985．日本の両生類・爬虫類．小学館，東京．
 中村健児・上野俊一，1963．原色日本両生爬虫類図鑑．保育社，大阪．