清华大学初創立時原本是綜合性大學，1952年院系調整時，成為專門工科大學，1984年後，開始大力恢復綜合性大學，先後逐步建立、復建各類理科、文科、管理學科、高新技術專業等類院系，朝綜合性大學邁進。

创校时期

清华創校初期，沒有區分院系、年級、班級。1911年2月，《清华学堂章程》实行“四四”学制，即高等科与中等科各四年。张伯苓任清華教務長之後，依据学部颁布的癸卯学制，改“五三”学制，即高等科5年、中等科各三年。

1916年，周诒春校长正式提出清华改办大学，逐步將廢除高等科与中等科。1921年起，分为初级大学（）（学制2年）、高等科（学制3年）、中等科（学制3年）。高等科毕业则相当于美国标准大学二年级水平，将直接进入美国大学三年级或四年级。

到1924年，中等科、高等科均停招，开始着手改办大学。

1925年5月，在留美预备部之外，成立大学部，并附设研究院。大学部最初准备分为普通训练（学制两年或三年）和专门训练（两年或以上），研究院初设国学门（一年毕业）。

1926年，大学部不再实行普通训练，设专修学系。共设立17个学系。分別為中國文學系、西洋文學系、東方語言學系、歷史學系、哲學系、政治學系、社會學系、經濟學系、教育心理學系、數學系、物理學系、化學系、生物學系、農業學系、工程學系、體育學系、音樂系等。

1928年，更名为“国立清华大学”，本科四年毕业，第一年即分系专修。

1929年，留美预备部全部毕业遣送美国完毕，国学研究院结束。大学部分文、理、法三学苑，土木工程系附属于理学院。

1930年，正式成立研究院。

1932年，工学院成立。

到1934年6月招生前，文、理、法、工学院共17个学系，研究院逐步成立13个研究所：

南迁
1938年，南迁组建长沙临大，三校各系合并，共设有4个学院17个学系。西南联大时期略有改动，并增设师范学院，至1941年基本定型，拥有5个学院、26学系、2个专修科、1个先修科。此外，清华还拥有5个特种研究所和恢复中的研究院。

复校
1946年，迁回北京清华园复校后，逐步新增院系，最终有文、法、理、工、农5个学院，26个系。

1949年6月，清华文学院人类学系并入法学院社会学系，取消法律学系，建筑工程系更名营建系。

1949年9月29日，华北大学、北京大学、清华大学三校农学院合并为北京农业大学。

1950年3月，从地学系分出地质学系，新增采矿工程学系，化学工程学系内新增石油精炼组，并先后开办各类专修科。

1951年3月7日，西北工学院、北洋大学、厦门大学、清华大学四校的航空系合并，在清华成立航空学院。

1951年10月，按照教育部指示，成立工农速成中学开学(1955年撤销)。新增水利工程学系和水利发电学系。

1952年院系调整
1952年6月，全国高校院系调整，清华由综合类大学成为培养机、电、土、化人才的多科性工业大学。北京大学工学院、燕京大学工科方面各系并入清华大学。清华大学的文、理、法绝大部分并入北京大学，工学院除石油部分暂留外，其他大部分转入天津大学。航空学院调出与北京工业学院航空系、四川大学航空系合并成北京航空学院。

1952年9月底，清华大学院系确定为8个系，22个专业，15个专修科。

1953年9月，石油工程系调出组建北京石油学院。前后有些小范围调整。

1955年起，陆续创建新技术专业，1956年增设工程物理系，1958年增设工程化学系、工程力学数学系、自动控制系，1960年将机械制造系分为冶金系和精密仪器及机械制造系，增设农业机械系，土木工程系与建筑系合并为土木建筑工程系。至此发展为12个系。

文革
文革期间，院系更改依旧较为频繁，1969年在江西鲤鱼洲设立试验农场，下放教职工劳动，将无线电电子系、精密仪器及机械制造系、自动控制系和基础课部分教职工迁往四川绵阳分校。1970年，水利系迁往三门峡，1972年迁回。1974年在北京大兴县设立农村分校，培养青年农民学员。到1975年，校本部设10个系47个专业，四川绵阳分校有雷达、半导体等5个专业，大兴农村分校有农机等4个专业。文革末期逐步恢复、调整。

改革開放以来 
 改革開放以来，清华大学开始大力恢复综合性大学，先后逐步建立、复建各类理科、文科、管理学科、高新技术专业等类院系。
理科方面：1979年成立应用数学系；1982年6月恢复物理系；1984年6月成立生物科学与技术系；1985年10月恢复化学系；1985年12月，恢复理学院建制，周光召兼任院长。
人文社科方面：1983年7月恢复外语系；1984年4月建立社会科学系；1985年3月恢复中国语言文学系；1993年12月恢复人文社会科学学院建制，滕藤兼任院长，同时撤销社会科学系；2000年复建社会学系；2008年恢复心理学系，成立马克思主义学院，邢贲思任院长。
工科方面：大规模调整院系建制名称；1988年整合建立建筑学院；1994年整合建立信息学院建制；1996年整合建立机械工程学院建制；2000年整合建立土木水利学院建制；2001年分离建立工业工程系；2004年整合建立航天航空学院；2009年成立生命科学学院。
管理学科方面：1979年成立经济管理工程系；1984年扩建为经济管理学院，朱镕基任院长；2000年整合建立公共管理学院。
其他方面：1984年建立研究生院；1985年建立继续教育学院；1999年恢复法学院；1999年并入原中央工艺美术学院为美术学院；2001年建立医学院；2002年整合建立新闻与传播学院；2006年，与中国协和医科大学紧密合作办学，成立北京協和醫學院—清華大學醫學部联合培养八年制临床医学专业的学生；2009年，恢复清华国学研究院，成立教育研究院。
2012年12月，撤销人文社会科学学院，分别成立人文学院和社会科学学院。11月10日，举行清华大学医学院基础医学系、药学系成立仪式。12月27日，在原机械工程系、精密仪器与机械学系、材料科学与工程系的基础上，成立清华大学材料学院、精密仪器系和新的机械工程系。
2015年10月，正式成立蘇世民書院；12月，成立药学院。
2016年12月30日，成立地球系统科学系。
2017年3月4日，成立临床医学院。2017年5月16日，清华大学第23次校务会议决定成立清华大学科学史系。
2019年3月28日，清华大学官方微博宣布，正式成立天文系。同年4月2日，清华大学宣布成立车辆与运载学院，简称车辆学院，並撤销汽车工程系建制。
2020年4月2日，成立萬科公共衛生學院。

#与其他学校、研究所共享；*隶属北京协和医学院，不属于清华大学

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注释

参考文献