日本約有近600種的淡水、汽水(半海水)魚類；其中外來種約有50種，原生種則有約550種。分布於河口的魚類仍需要更詳盡的調查，估計可能將現有的種類倍增，即1000種以上的種類存在。

七鰓鰻目 Petromyzontiformes 
 七鰓鰻科 Petromyzontidae
 日本叉牙七鰓鰻 - Lethenteron japonicum (カワヤツメ，川八目)   
 黑尾叉牙七鰓鰻 - Lethenteron kessleri  (シベリアヤツメ) 
 雷氏叉牙七鰓鰻 - Lethenteron reissneri (スナヤツメ，砂八目)
 叉牙楔齒七鰓鰻 - Entosphenus tridentatus ()

半椎魚目 Semionotiformes 
 鱗骨魚科 Lepisosteidae
 眼斑雀鱔 - Lepisosteus oculatus (スポッテッドガー)　※移入種
 紡錘骨雀鱔 - Atractosteus spatula (アリゲーターガー)　※移入種

白眼鮫目 Carcharhiniformes 
 平滑鮫科 Triakididae
 皺唇鯊 - Triakis scyllium (ドチザメ，奴智鮫)

 白眼鮫目 Carcharhinidae
 鼬鯊 - Galeocerdo cuvier (イタチザメ)
 尖吻斜鋸牙鯊 - Rhizoprionodon acutus (ヒラガシラ)
 低鰭真鯊 - Carcharhinus leucas (オオメジロザメ，大目白鮫)
 鉛灰真鯊 - Carcharhinus plumbeus (メジロザメ)

 丫髻鮫科 Sphyrnidae
 路氏雙髻鯊 - Sphyrna lewini (アカシュモクザメ)

鰩目 Rajiformes 
 Pristidae
 小齒鋸鰩 - Pristis microdon (ノコギリエイ)

 土魟科 Dasyatidae
 赤魟 - Dasyatis akajei (アカエイ)
 費氏窄尾魟 - Himantura fai (オグロオトメエイ)

鱘形目 Acipenseriformes 
 鱘科 Acipenseridae
 中吻鱘 - Acipenser medirostris (，蝶鮫) ※国内絶滅

海鰱目 Elopiformes 
 海鰱科 Elopidae  
 夏威夷海鰱 - Elops hawaiensis (カライワシ) 

 大眼海鰱科 Megalopidae  
 大海鰱 - Megalops cyprinoides (，伊勢鯉)

鯡形目 Clupeiformes
鯡科 Clupeidae
鰳 - Ilisha elongata (ヒラ，曹白魚)
壽南小沙丁魚 - Sardinella zunasi (サッパ)
太平洋鯡 - Clupea pallasii (，鯡、鰊)
斑鰶 - Konosirus punctatus (コノシロ)
日本海鰶 - Nematalosa japonica (ドロクイ)

鯷科 Engraulidae  
刀鱭 - Coilia nasus  (，斉魚、鱭) ※固有種
黃鯽 - Setipinna tenuifilis (ツマリエツ)
印度側帶小公魚 - Stolephorus indicus (インドアイノコイワシ)
康氏側帶小公魚 - Stolephorus commersonnii (ヤエヤマアイノコイワシ)
貝拉棱鯷 - Thryssa baelama (オオイワシ)
漢氏棱鯷 - Thryssa hamiltoni (チョウセンタレクチ)

鰻形目 Anguilliformes 

 鰻鱺科 Anguillidae 
 日本鰻鱺 - Anguilla japonica (，鰻)
 太平洋雙色鰻鱺 - Anguilla bicolor pacifica (ニューギニアウナギ)
 歐洲鰻鱺 - Anguilla anguilla (ヨーロッパウナギ)　※移入種
 花鰻鱺 -  Anguilla marmorata (，大鰻)

 鯙科 Muraenidae  
 玫唇蛇鱔 - Echidna rhodochilus (ナミダカワウツボ)
 淡網紋裸胸鱔 - Gymnothorax pseudothyrsoideus (アミメウツボ，網目鱓)
 豹紋海鱔 - Muraena pardalis (トラウツボ，虎鱓)
 尾鱔 - Uropterygius concolor (コゲウツボ)

 蛇鰻科 Ophichthidae
 Lamnostoma polyophthalmum (ハクテンウミヘビ)
 雜食豆齒鰻 - Pisodonophis boro (ゴマホタテウミヘビ)

胡瓜魚目 Osmeriformes 
 胡瓜魚科 Osmeridae 
 胡瓜魚 - Osmerus eperlanus mordax (キュウリウオ，胡瓜魚)
 長體油胡瓜魚 - Spirinchus lanceolatus (，柳葉魚) ※固有種
 西太公魚 - Hypomesus nipponensis (，若鷺、公魚、鰙) ※固有種
 池沼公魚 - Hypomesus olidus (イシカリワカサギ) 
 日本公魚 - Hypomesus japonicus (チカ)
 Hypomesus chishimaensis (チシマワカサギ)

 香魚科 Plecoglossidae 
 香魚 - Plecoglossus altivelis
 香魚 - P. a. altivelis (，鮎)
 琉球香魚 - P. a. ryukyuensis (リュウキュウアユ，琉球鮎) ※固有亜種

 銀魚科 Salangidae 
 小齒日本銀魚 - Salangichthys microdon (，白魚)
 石川日本銀魚 - Salangichthys ishikawae (イシカワシラウオ，石川白魚)
 雷氏新銀魚 - Neosalanx reganius (アリアケヒメシラウオ，有明姫白魚) ※固有種
 有明銀魚 - Salanx ariakensis  (アリアケシラウオ，有明白魚)

鮭形目 Salmoniformes 
 鮭科 Salmonidae

 遠東哲羅魚 - Hucho perryi  (，伊当、伊富) 
 瑪紅點鮭 - Salvelinus malma
 克氏紅點鮭 - S. m. krascheninnikovi (オショロコマ) 
 宮部紅點鮭 - S. m. miyabei (，宮部岩魚) ※固有亜種
 遠東紅點鮭 - Salvelinus leucomaenis
 遠東紅點鮭 - S. l. leucomaenis
 S. l. leucomaenis 降海型 (，雨鱒、鯇鱒)
 S. l. leucomaenis 陸封型 (エゾイワナ，蝦夷岩魚)
 雨紅點鮭 - S. l. pluvius  (ニッコウイワナ，日光岩魚) ※固有亜種
 日本紅點鮭 - S. l. japonicus (ヤマトイワナ，大和岩魚) ※固有亜種
 斑頭紅點鮭 - S. l. imbrius (ゴギ) ※固有亜種
 美洲紅點鮭 - Salvelinus fontinalis (カワマス) ※移入種
 湖紅點鮭 - Salvelinus namaycush (レイクトラウト) ※移入種
 鱒 - Salmo trutta (ブラウントラウト) ※移入種
 虹鱒 - Oncorhynchus mykiss (ニジマス) ※移入種
 馬蘇大麻哈魚 - Oncorhynchus masou
 馬蘇大麻哈魚 - O. m. masou
 O. m. masou 降海型 (，桜鱒)
 O. m. masou 陸封型 (，山女)
 石川馬蘇大麻哈魚 - O. m. ishikawae ※固有種
 O. m. ishikawae 降海型 (，皐月鱒、五月鱒)
 O. m. ishikawae 陸封型 (アマゴ，天魚、雨魚、甘子)
 玫瑰馬蘇大麻哈魚 - O. m. rhodurus (，琵琶鱒) ※固有亜種
 紅大麻哈魚 - Oncorhynchus nerka
 紅大麻哈魚 - O. n. nerka
 O. n. nerka 降海型 (，紅鮭)
 O. n. nerka 陸封型 (，姫鱒)
 田沢湖亜種 (斑點大麻哈魚) - O. n. kawamurae (，国鱒) ※固有亜種 / 絶滅
 銀大麻哈魚 - Oncorhynchus kisutch (，銀鮭)
 大鱗大麻哈魚 - Oncorhynchus tschawytscha (，鱒の介)
 大麻哈魚 - Oncorhynchus keta (，鮭)
 細鱗大麻哈魚 - Oncorhynchus gorbuscha (，樺太鱒)
 楚德白鮭 - Coregonus lavaretus maraena (シナノユキマス) ※移入種

仙女魚目 Aulopiformes 
 合齒魚科 Synodontidae
 雲紋蛇鯔 - Saurida nebulosa (ウチウミマダラエソ)

鼠鱚目 Gonorynchiformes 
 虱目魚科 Chanidae
 虱目魚 - Chanos chanos (サバヒー)

鯉形目 Cypriniformes 

 鯉科 Cyprinidae  
 Nipponocypris sieboldii (ヌマムツ，沼鯥) ※固有種
 縱紋鱲 - Nipponocypris temminckii (，川鯥)
 寬鰭鱲 - Zacco platypus (，追河)
 真馬口魚 - Opsariichthys uncirostris uncirostris (ハス，鰣) ※固有種
 錦波魚 - Hemigrammocypris rasborella  (カワバタモロコ，川端諸子) ※固有種
 中華細鯽 - Aphyocypris chinensis  (ヒナモロコ)
 閃電斑馬魚 - Danio albolineatus (パールダニオ)　※移入種
 印度斑馬魚 - Danio rerio (ゼブラダニオ)　※移入種
 箱根三齒雅羅魚 - Tribolodon hakonensis (，石斑魚、鯎)
 雜食三齒雅羅魚- Tribolodon brandti  (マルタ，丸太)
 Tribolodon nakamurai  (ウケクチウグイ) ※固有種
 玫瑰三齒雅羅魚 - Tribolodon ezoe (エゾウグイ，蝦夷石斑魚)
 長尾鱥 - Phoxinus lagowskii
 P. l. steindachneri (，油鮠)
 P. l. yamamotis (ヤマナカハヤ) ※固有亜種
 焦氏尖頭鱥 - Phoxinus oxycephalus jouyi (タカハヤ，高鮠) ※固有亜種
 薩哈林湖鱥 - Phoxinus percnurus sachalinensis (ヤチウグイ)
 丁鱥 - Tinca tinca (テンチ) ※移入種
 Ctenopharhyngodon idellus (ソウギョ) ※移入種
 青魚 - Ctenopharhynodon piceus (アオウオ) ※移入種
 石川魚 - Ischikauia steenackeri  (ワタカ，腸香、黄魚) ※固有種
 鱅 (花鰱) - Aristichtys nobilis (コクレン) ※移入種
 鰱 (白鰱) - Hypophthalmichthys molitrix (ハクレン) ※移入種
 暗色頜鬚鮈 - Gnathopogon caerulescens (，本諸子) ※固有種
 長頜鬚鮈 - Gnathopogon elongatus ※固有種
 長頜鬚鮈 - G. e. elongatus (タモロコ，田諸子) 
 諏訪湖亜種 (短尾長頜鬚鮈) - G. e. suwae (スワモロコ) ※固有亜種 / 絶滅
 扁吻鮈 - Pungtungia herzi (，麦突)
 麥穗魚 - Pseudorasbora parva (，持子)
 北方麥穗魚- Pseudorasbora pumila ※固有種
 北方麥穗魚 - P. p. pumila  (シナイモツゴ)
 P. p. subsp.  (ウシモツゴ)
 琵琶湖鰁 - Sarcocheilichthys biwaensis  (アブラヒガイ，油鰉) ※固有種
 雜色鰁 - Sarcocheilichthys variegatus ※固有種
 雜色鰁 - S. v. variegatus (カワヒガイ，河鰉)
 小眼鰁 - S. v. microoculus (ビワヒガイ，琵琶鰉)
 長吻似鮈 - Pseudogobio esocinus esocinus (，鎌柄)
 棒花魚 - Abbottina rivularis (ツチフキ，土吹)
 琵琶湖鮈 - Biwia zezera (ゼゼラ) ※固有種
 興凱銀鮈 - Squalidus chankaensis
 琵琶湖銀鮈 - S. c. biwae  (スゴモロコ) ※固有種
 朝鮮興凱銀鮈 - S. c. tsuchigae (コウライモロコ，高麗諸子) 
 日本銀鮈 - Squalidus japonicus japonicus (デメモロコ，出目諸子) ※固有亜種
 細銀鮈 - Squalidus gracilis gracilis (イトモロコ，糸諸子) ※固有亜種
 長吻 - Hemibarbus longirostris (ズナガニゴイ，頭長似鯉)
 日本  - Hemibarbus barbus (，似鯉) ※固有種
 唇  - Hemibarbus labeo (コウライニゴイ，高麗似鯉)
 鯉 - Cyprinus carpio (，鯉)
 日本白鯽 - Carassius cuvieri (，源五郎鮒) ※固有種
 鯽 - Carassius auratus
 C. a. subsp. (キンブナ，金鮒) ※固有亜種
 布氏鯽 - C. a. buergeri (オオキンブナ，大金鮒)
 大眼鯽 - C. a. grandoculis (，似五郎鮒) ※固有亜種
 C. a. subsp. (ナガブナ，長鮒) ※固有亜種
 蘭氏鯽 - C. a. langsdorfii  (，銀鮒)
 鯽 (金魚) - C. a. auratus (キンギョ，金魚)　※移入種
 銀鯽 - C. a. gibelio (ギベリオブナ)　※移入種
 矛形田中鰟鮍 - Tanakia lanceolata (，槍鱮)
 黃褐田中鰟鮍 - Tanakia limbata ()
 關東田中鰟鮍 - Tanakia tanago  (，都鱮) ※固有種 / 国指定の天然記念物
 高體鰟 - Rhodeus ocellatus
 高體鰟鮍 - R. o. ocellatus  (タイリクバラタナゴ)　※移入種
 日本鰟鮍 - R. o. kurumeus  (ニッポンバラタナゴ) ※固有亜種
 暗色鰟鮍 - Rhodeus atremius
 九州亜種 (暗色鰟鲏) - R. a. atremius (カゼトゲタナゴ) ※固有亜種
 山陽亜種 (粗紋暗色鰟鲏) - R. a. suigensis (スイゲンゼニタナゴ)
 細鱗鱊 - Acheilognathus typus (，銭鱮) ※固有種
 斜方鱊 - Acheilognathus rhombeus (，金平) 
 長鰭鱊 - Acheilognathus longipinnis (イタセンパラ) ※固有種 / 国指定の天然記念物
 黑腹鱊 - Acheilognathus melanogaster (，鱮) ※固有種
 縱帶鱊 - Acheilognathus cyanostigma (イチモンジタナゴ) ※固有種
 巨口鱊 - Acheilognathus tabira ※固有種
 琵琶湖亜種 - A. t. tabira (シロヒレタビラ，白鰭田平)
 山陰亜種 - A. t. subsp.  (アカヒレタビラ，赤鰭田平)
 九州亜種 - A. t. nakamurae  (セボシタビラ)
 大鰭鱊 - Acheilognathus macropterus (オオタナゴ)　※移入種

 鰍科 Cobitidae
 短薄鰍 - Leptobotia curta (，鮎擬) ※固有種 / 国指定の天然記念物
 泥鰍 - Misgurnus anguillicaudatus (ドジョウ，泥鰌)
 大鱗泥鰍 - Misgurnus mizolepis (カラドジョウ)　※移入種
 松原鰍 - Cobitis matsubarae (ヤマトシマドジョウ，大和縞泥鰌) ※固有種
 條紋鰍 - Cobitis taenia striata (スジシマドジョウ，筋縞泥鰌) ※固有種
 琵琶湖鰍 - Cobitis biwae (シマドジョウ，縞泥鰌) ※固有種
 高鰍 - Cobitis takatsuensis (イシドジョウ，石泥鰌) ※固有種
 Cobitis shikokuensis (ヒナイシドジョウ)
 後鰭花鰍 - Niwaella delicata  (アジメドジョウ，味女泥鰌) ※固有種
 斑北鰍 - Lefua echigonia (ホトケドジョウ，仏泥鰌) ※固有種
 Lefua sp.  (ナガレホトケドジョウ) ※固有種
 短體北鰍 - Lefua nikkonis (エゾホトケドジョウ，蝦夷仏泥鰌) ※固有種
 北鰍 - Lefua costata (ヒメドジョウ)　※移入種
 Noemacheilus barbatulus toni  (フクドジョウ)

鯰形目 Siluriformes 
 北美鯰科 Ictaluridae
 斑真鮰 - Ictalurus punctatus (チャネルキャットフィッシュ) ※移入種

 鮠科 Bagridae
 Pseudobagrus nudiceps (，義義) ※固有種 (Pelteobagrus nudiceps)
 越南擬鱨 - Pseudobagrus tokiensis (ギバチ，義蜂) ※固有種
 桔色擬鱨 - Pseudobagrus aurantiacus (アリアケギバチ，有明義蜂) ※固有種
 石川氏擬鱨 - Pseudobagrus ichikawai (ネコギギ，猫義義) ※固有種 / 国指定の天然記念物

 鯰科 Siluridae 
 花鯰 - Silurus asotus (，鯰)
 琵琶湖鯰 - Silurus biwaensis  (ビワコオオナマズ，琵琶湖大鯰) ※固有種
 石鯰 - Silurus lithophilus (イワトコナマズ，岩床鯰) ※固有種

 鮰科 Amblycipitidae  
 紅 - Liobagrus reinii (アカザ，赤佐) ※固有種

 塘蝨魚科 Clariidae
 鬍鯰 - Clarias fuscus (ヒレナマズ)　※移入種

 海鯰科 Ariidae
 斑海鯰 - Arius maculatus  (ハマギギ)
 硬頭海鯰 - Arius leiotetocephalus (トウカイハマギギ)

 鰻鯰科 Plotosidae
 線紋鰻鯰 - Plotosus lineatus (ゴンズイ)

 骨甲鯰科 Loricariidae
 野脂身鯰 - Liposarcus disjunctivus (マダラロリカリア) ※移入種

鶴鱵目 Beloniformes 
 鱵科 Hemiramphidae 
 間下鱵魚 - Hyporhamphus intermedius (クルメサヨリ)
 日本下鱵魚 - Hyporhamphus sajori (，細魚、鱵)
 瓜氏下鱵魚 - Hyporhamphus quoyi (センニンサヨリ)
 縱帶異鱗鱵 - Zenarchopterus dunckeri (コモチサヨリ)

 鶴鱵科 Belonidae
 尖嘴柱頜針魚 - Strongylura anastomella (ダツ)

 異鱂科 Adrianichthyidae

 青鱂 - Oryzias latipes (，目高)

鯉齒目 Cyprinodontiformes 
 花鱂科 Poeciliidae
 食蚊魚 - Gambusia affinis (カダヤシ) ※移入種
 孔雀花鱂 - Poecilia reticulata (グッピー) ※移入種
 黑花鱂 (摩麗魚)- Poecilia sphenops (コクチモーリー) ※移入種
 劍尾魚 - Xiphophorus helleri (ソードテール) ※移入種
 花斑劍尾魚 - Xiphophorus maculatus (ムーンフィッシュ) ※移入種

海龍魚目 Syngnathiformes 
 鼠科Callionymidae
 彎棘斜棘 - Repomucenus curvicornis (ネズミゴチ，鼠鯒)
 池田擬美尾 - Pseudocalliurichthys ikedai (ナリタイトヒキヌメリ)

  海龍科 Syngnathidae  
 毛鬚海龍 - Urocampus carinirostris (ミナミオクヨウジ)
 舒氏海龍 - Syngnathus schlegeli (ヨウジウオ)
 短尾腹囊海龍 - Microphis brachyurus brachyurus (テングヨウジ，天狗楊子)
 菲律賓腹囊海龍 - Microphis jagorii (ヒメテングヨウジ)
 無棘腹囊海龍 - Microphis leiaspis (イッセンヨウジ)
 扁吻腹囊海龍 - Microphis argulus (ホシイッセンヨウジ)
 雷氏腹囊海龍 - Microphis retzii (タニヨウジ)
 筆狀多環海龍 - Hippichthys penicillus (ガンテンイシヨウジ)
 藍點多環海龍 - Hippichthys cyanospilus (ハクテンヨウジ)
 帶紋多環海龍 - Hippichthys spicifer  (カワヨウジ，川楊子)
 前鰭多環海龍 - Hippichthys heptagonus  (アミメカワヨウジ)
 大海馬 - Hippocampus kelloggi (オオウミウマ)
 管海馬 - Hippocampus kuda (クロウミウマ)
 莫氏海馬 - Hippocampus mohnikei (サンゴタツ)

銀漢魚目 Atheriniformes 
 銀漢魚科 Atherinidae
 牙漢魚 - Odonthestes bonariensis (ペヘレイ) ※移入種
 藍美銀漢魚 - Atherinomorus lacunosus (ヤクシマイワシ)
 後肛下銀漢魚 - Hypoatherina tsurugae (ギンイソイワシ)
 凡氏下銀漢魚 - Hypoatherina valenciennei (トウゴロウイワシ，三重志摩)
 吳氏下銀漢魚 - Hypoatherina woodwardi (オキナワトウゴロウ)

鯔形目 Mugiliformes 
 鯔科 Mugilidae
 鯔 - Mugil cephalus cephalus (，鯔)
 鮻 - Chelon haematocheilus (メナダ，赤目魚、眼奈太)
 Chelon affinis (セスジボラ)
 澎湖鮻 - Chelon macrolepis (コボラ)
 綠背鮻 - Chelon subviridis (アンピンボラ)
 - Chelon melinopterus (ヒルギメナダ)
 多鱗莫鯔 - Moolgarda seheli (タイワンメナダ)
 少鱗莫鯔 - Moolgarda perusii (ナンヨウボラ)
 - Moolgarda pedaraki (カマヒレボラ)
 英氏莫鯔 - Moolgarda engeli (モンナシボラ)
 粒唇鯔 - Crenimugil crenilabis (フウライボラ)
 異唇粒唇鯔 - Crenimugil heterocheilos (ナガレフウライボラ)
 黃鯔 - Ellochelon vaigiensis (オニボラ)
 Cestraeus sp. (カワボラ)

鱸形目 Perciformes 
 棘背魚科 Gasterosteidae 
 三刺魚 - Gasterosteus aculeateus complex 太平洋型 (，糸魚)
 Gasterosteus sp. 日本海型 (イトヨ，糸魚)
 小頭刺魚 - Gasterosteus microcephalus (ハリヨ)
 八棘多刺魚 - Pungitius pungitius (イバラトミヨ淡水型)
 Pungitius sp. omono type (イバラトミヨ雄物型) ※固有種
 Pungitius sp.  (イバラトミヨ汽水型)
 圖們江多刺魚 - Pungitius tymensis (エゾトミヨ，蝦夷富魚)
 Pungitius sp. 1 (ムサシトミヨ，武蔵富魚) ※固有種
 南方多刺魚 - Pungitius kaibarae (ミナミトミヨ，南富魚) ※固有種 / 絶滅

 鮨科 Serranidae
 瑩點石斑魚 - Epinephelus caeruleopunctatus (ハクテンハタ)
 紋波石斑魚 - Epinephelus ongus (ナミハタ)
 點帶石斑魚 - Epinephelus coioides (チャイロマルハタ)

 綿科 Zoarcidae
 長綿 - Zoarces elongatus (ナガガジ)

 鮋科 Scorpaenidae
 無備平鮋 - Sebastes inermis (メバル，眼張)
 許氏平鮋 - Sebastes schlegelii (クロソイ，黒曹以)
 橢圓平鮋 - Sebastes oblongus (タケノコメバル，筍眼張)
 厚頭平鮋 - Sebastes pachycephalus pachycephalus (ムラソイ，斑曹以)

 真裸皮鮋科 Tetrarogidae 
 無鬚真裸皮鮋 - Tetraroge niger (ヒゲソリオコゼ)
 髭真裸皮鮋 - Tetraroge barbata (アゴヒゲオコゼ)

 牛尾魚科 Platycephalidae
 Platycephalus sp.  (マゴチ，真鯒)
 鰐鯒 - Cociella crocodila (イネゴチ)
 日本瞳鯒 - Inegocia japonica (トカゲゴチ)

 六線魚科 Hexagrammidae
 大瀧六線魚 - Hexagrammos otakii (アイナメ，相嘗・鮎並)

 杜父魚科 Cottidae 
 松江鱸 - Trachidermus fasciatus (ヤマノカミ，山の神)
 西刺杜父魚 - Cottus kazika  (カマキリ，鎌切、杜夫魚) ※固有種
 圖們江杜父魚 - Cottus hangiongensis (カンキョウカジカ)
 薩哈林杜父魚 - Cottus amblystomopsis (エゾハナカジカ，蝦夷花鰍)
 大棘杜父魚 - Cottus nozawae (ハナカジカ，花鰍) ※固有種
 鈍頭杜父魚 - Cottus pollux (カジカ，鰍) ※固有種
 賴氏杜父魚 - Cottus reinii  (ウツセミカジカ) ※固有種

 線科 Stichaeidae
 黑體網 - Dictyosoma burgeri (ダイナンギンポ，大灘銀宝)
 紅斑網 - Dictyosoma rubrimaculatum (ベニツケギンポ)
 六線 - Ernogrammus hexagrammus (ムスジガジ)

 錦科 Pholidae
 雲斑錦 - Pholis nebulosa (ギンポ，銀宝)

攀鱸目 Anabantiformes 
 鬥魚科 Belontiidae 
 圓尾鬥魚 - Macropodus chinensis (チョウセンブナ) ※移入種
 叉尾鬥魚 - Macropodus opercularis (タイワンキンギョ，台湾金魚) ※移入種

 鱧科 Channidae
 烏鱧 - Channa argus (カムルチー) ※移入種
 斑鱧 - Channa maculata (タイワンドジョウ) ※移入種
 月鱧 (七星鱧) - Channa asiatica (コウタイ) ※移入種

日鱸目 Centrarchiformes  
 太陽魚科 Centrarchidae
 大口黑鱸 - Micropterus salmoides (オオクチバス) ※移入種
 Micropterus floridanus (フロリダバス) ※移入種
 小口黑鱸 - Micropterus dolomieu (コクチバス) ※移入種
 斑點黑鱸 - Micropterus punctulatus (スポッテッドバス) ※移入種
 藍鰓太陽魚 - Lepomis macrochirus (ブルーギル) ※移入種

 魢科 Girellidae
 斑魢 - Girella punctata (メジナ，眼仁奈)
 小鱗黑魢 - Girella leonina (クロメジナ，沖眼仁奈)

 湯鯉科 Kuhliidae 
 黑邊湯鯉 - Kuhlia marginata  (ユゴイ，湯鯉)
 大口湯鯉 - Kuhlia rupestris (オオクチユゴイ，大口湯鯉)
 長棘湯鯉 - Kuhlia boninensis (トゲナガユゴイ)

 細刺魚科 Microcanthidae
 細刺魚 - Microcanthus strigatus (カゴカキダイ)

 鱖科 Sinipercidae
 川目少鱗鱖 - Coreoperca kawamebari  (，親睨)

 鯻科 Terapontidae 
 突吻鯻 - Rhynchopelates oxyrhynchus (シマイサキ，縞伊佐木)
 細鱗鯻 - Terapon jarbua (コトヒキ，琴引)
 Mesopristes iravi (シミズシマイサキ)
 銀身中鋸鯻 - Mesopristes argenteus (ニセシマイサキ)
 格紋中鋸鯻 - Mesopristes cancellatus (ヨコシマイサキ)

鉤頭魚目 Kurtiformes 
 天竺鯛科 Apogonidae 
 弓線天竺鯛 - Apogon amboinensis (アマミイシモチ)
 扁頭天竺鯛 - Apogon hyalosoma (カガミテンジクダイ)
 半線天竺鯛 - Apogon semilineatus (ネンブツダイ)
 側條天竺鯛 - Apogon lateralis (ワキイシモチ)
 紅尾圓竺鯛 - Sphaeramia orbicularis (ホソスジマンジュウイシモチ)
 鈍尾擬天竺鯛 - Pseudamia amblyuroptera (ヒルギヌメリテンジクダイ)

鰺形目 Carangiformes 
 鰺科 Carangidae
 六帶鰺 - Caranx sexfasciatus (ギンガメアジ，銀河目鯵)
 珍鰺 - Caranx ignobilis  (，浪人鯵)

蝴蝶魚目 Chaetodontiformes 
 鰏科 Leiognathidae 
 小牙鰏 - Gazza minuta (コバンヒイラギ)
 Gazza rhombea (ヒシコバンヒイラギ)
 頸斑鰏 - Leiognathus nuchalis (ヒイラギ，柊魚)
 長棘鰏 - Leiognathus fasciatus (シマヒイラギ)
 短棘鰏 - Leiognathus equulus (セイタカヒイラギ)
 黑邊鰏 - Leiognathus splendens (タイワンヒイラギ)

松鯛目 Lobotiformes 
 松鯛科 Lobotidae
 松鯛 - Lobotes surinamensis (マツダイ)

銀鱸目 Gerreiformes 
 鑽嘴魚科 Gerreidae
 紅尾銀鱸 - Gerres erythrourus (セダカクロサギ)
 Gerres equulus (クロサギ，黒鷺)
 日本銀鑪 - Gerres japonicus (ダイミョウサギ，大名鷺)
 Gerres shima (シマクロサギ)
 大棘銀鱸 - Gerres macracanthus (ホソイトヒキサギ)
 長棘銀鱸 - Gerres filamentosus (イトヒキサギ)

笛鯛目 Lutjaniformes 
 石鱸科 Haemulidae
 花尾胡椒鯛 - Plectorhinchus cinctus (コショウダイ)
 駝背胡椒鯛 - Plectorhinchus gibbosus (クロコショウダイ)
 白帶胡椒鯛 - Plectorhinchus albovittatus (ダイダイコショウダイ)
 Hapalogenys sennin (ヒゲダイ)

 笛鯛科 Lutjanidae 
 藍點笛鯛 - Lutjanus rivulatus (ナミフエダイ)
 黃足笛鯛 - Lutjanus fulvus (オキフエダイ)
 紫紅笛鯛 - Lutjanus argentimaculatus (ゴマフエダイ)
 金焰笛鯛 - Lutjanus fulviflamma (ニセクロホシフエダイ)
 勒氏笛鯛 - Lutjanus russellii (クロホシフエダイ)
 巴布亞笛 - Lutjanus goldiei (ウラウチフエダイ)

鯛形目 Spariformes 
 鯛科 Sparidae

 黑鯛 - Acanthopagrus schlegeli (，黒鯛)
 黃鰭棘鯛 - Acanthopagrus latus (キチヌ，黄茅渟)
 桔鰭棘鯛 - Acanthopagrus sivicolus (ミナミクロダイ，南黒鯛)  
 灰鰭棘鯛 - Acanthopagrus berda (ナンヨウチヌ，南洋茅渟)
 平鯛 - Sparus sarba (ヘダイ，平鯛)

慈鯛目 Cichliformes 
 慈鯛科 Cichlidae
 莫桑比克口孵非鯽 - Oreochromis mossambicus (カワスズメ) ※移入種
 尼羅口孵非鯽 - Oreochromis niloticus (ナイルティラピア) ※移入種
 石爬大咽非鯽 - Otopharynx lithobates (オトファリンクス・リトバテス) ※移入種
 齊氏非鯽 - Tilapia zillii (ジルティラピア) ※移入種
 布氏非鯽 - Tilapia buttikoferi (ティラピア・ブッティコフェリ) ※移入種
 九間麗體魚 - Cichlasoma nigrofasciatum (コンヴィクトシクリッド) ※移入種
 匠麗體魚 - Herichthys carpinte (テキサスシクリッド) ※移入種

䲁形目 Blenniiformes 
三鰭科 Tripterygiidae
 陳氏雙線 - Enneapterygius cheni (ウラウチヘビギンポ)

 科 Blenniidae 
 似肩鰓 - Omox biporos (ヒルギギンポ)
 斑頭肩鰓 - Omobranchus fasciolatoceps (トサカギンポ)
 斑點肩鰓 - Omobranchus punctatus (イダテンギンポ)
 美肩鰓 - Omobranchus elegans (ナベカ)
 長肩鰓 - Omobranchus elongatus (ゴマクモギンポ)
 猛肩鰓 - Omobranchus ferox (カワギンポ，川銀宝)

蝦虎魚目 Gobiiformes 
 溪鱧科 Rhyacichthyidae 
 溪鱧 - Rhyacichthys aspro (ツバサハゼ，翼鯊) 

 塘鱧科 Eleotridae 
 安汶嵴塘鱧 - Butis amboinensis (ヤエヤマノコギリハゼ)
 中華烏塘鱧 - Bostrychus sinensis  (ジャノメハゼ)
 頭孔塘鱧 - Ophiocara porocephala  (ホシマダラハゼ)
 尖頭塘鱧 - Eleotris oxycephala (カワアナゴ，川穴子)
 刺蓋塘鱧 - Eleotris acanthopoma (チチブモドキ)
 黑塘鱧 - Eleotris melanosoma (オカメハゼ)
 褐塘鱧 - Eleotris fusca  (テンジクカワアナゴ)
 似鯉黃黝魚 - Hypseleotris cyprinoides (タナゴモドキ)
 Ophieleotris sp.  (タメトモハゼ)
 Ophieleotris sp.  (ゴシキタメトモハゼ)
 棘鰓塘鱧 - Belobranchus belobranchus (エリトゲハゼ)

 沙塘鱧科 Odontobutidae 
 小黃黝魚 - Micropercops swinhonis (ヨコシマドンコ) ※移入種
 暗色沙塘鱧 - Odontobutis obscura  (，鈍甲) ※固有種
 Odontobutis hikimius (イシドンコ)

 鰕虎科 Gobiidae 

 種子島美鰕虎魚 - Callogobius tanegasimae (タネハゼ)
 Callogobius sp. (ミスジハゼ) ※固有種
 長鰭凡塘鱧 - Valenciennea longipinnis (サザナミハゼ)
 六斑凡塘鱧 - Valenciennea sexguttata (ミズタマハゼ)
 大鱗凡塘鱧 - Valenciennea puellaris (オトメハゼ)
 多紋鋸鱗鰕虎魚 - Priolepis semidoliata (イレズミハゼ)
 日本磯塘鱧 - Eviota japonica (ミナミイソハゼ)
 Eviota ocellifer (ウラウチイソハゼ)
 擬絲鰕虎魚 - Cryptocentroides insignis (ハスジマハゼ)
 項冠鰕虎魚 - Cristatogobius lophius  (トサカハゼ)
 Cristatogobius aurimaculatus  (ヒメトサカハゼ)
 淺色項冠鰕虎魚 - Cristatogobius nonatoae  (クロトサカハゼ)
 斑紋舌鰕虎魚 - Glossogobius olivaceus (ウロハゼ)
 鈍吻舌鰕虎魚 - Glossogobius circumspectus (スダレウロハゼ)
 盤鰭舌鰕虎魚 - Glossogobius celebius (イワハゼ，岩鯊)
 金黃舌鰕虎魚 - Glossogobius aureus (コンジキハゼ)
 雙鬚舌鰕虎 - Glossogobius bicirrhosus (アゴヒゲハゼ)
 - Glossogobius sp.  (フタゴハゼ)
 雙斑舌鰕虎魚 - Glossogobius biocellatus (ヒトミハゼ)
 雲斑裸頰鰕虎魚 - Yongeichthys criniger (ツムギハゼ)
 縱帶鸚鰕虎魚 - Exyrias puntang (インコハゼ)
 飾銜鰕虎魚- Istigobius ornatus (カザリハゼ)
 戈氏銜鰕虎魚 - Istigobius goldmanni (ヒメカザリハゼ)
 凱氏銜鰕虎魚 - Istigobius campbelli (クツワハゼ)
 大眼鰕虎魚 - Cabillus tongarevae (ヨリメハゼ)
 深鰕虎魚 - Bathygobius fuscus (クモハゼ)
 - Bathygobius sp.  (カワクモハゼ)
 椰子深鰕虎魚 - Bathygobius cocosensis (スジクモハゼ)
 巴東深鰕虎魚 - Bathygobius padangensis (クロヤハズハゼ)
 紅絲鰕虎魚 - Flabelligobius russus (ウシオニハゼ)
 藍點絲鰕虎魚 - Cryptocentrus caeruleomaculatus (タカノハハゼ)
 新加坡絲鰕虎魚 - Cryptocentrus singapurensis (オイランハゼ)
 條紋絲鰕虎魚 - Cryptocentrus fasciatus (ムラサメハゼ)
 大口犁突鰕虎魚 - Myersina macrostoma (ハゴロモハゼ)
 黃點梵鰕虎魚 - Vanderhorstia ornatissima (ヤツシハゼ)
 條腹裸滑鰕虎魚 - Psilogobius prolatus (ハラマキハゼ)
 短唇鈍鰕虎魚 - Amblygobius nocturnus (ホホベニサラサハゼ)
 尾斑鈍鰕虎魚 - Amblygobius phalaena (サラサハゼ)
 林克鈍鰕虎魚 - Amblygobius linki (ワカケサラサハゼ)
 星塘鱧 - Asterropteryx semipunctata (ホシハゼ)
 Silhouettea sp.  (ニセシラヌイハゼ)
 道津扁頭鰕虎魚 - Silhouettea dotui (シラヌイハゼ)
 裸項蜂巢鰕虎魚 - Favonigobius gymnauchen  (ヒメハゼ，姫鯊)
 賴氏蜂巢鰕虎魚 - Favonigobius reichei (ミナミヒメハゼ)
 黑帶細棘鰕虎魚 - Acentrogobius moloanus (フタスジノボリハゼ)
 紫鰭細棘鰕虎魚 - Acentrogobius janthinopterus (カスミハゼ)
 彎紋細棘鰕虎魚 - Acentrogobius audax (ニセツムギハゼ)
 裸項細棘鰕虎魚 - Acentrogobius suluensis (ホホグロスジハゼ)
 多帶細棘鰕虎魚 - Acentrogobius multifasciatus (セイタカスジハゼ)
 頭紋細棘鰕虎魚 - Acentrogobius viganensis (スズメハゼ)
 青斑細棘鰕虎魚 - Acentrogobius viridipunctatus (キララハゼ)
 犬牙細棘鰕虎魚 - Acentrogobius caninus (ホクロハゼ)
 普氏細棘鰕虎魚 - Acentrogobius pflaumii (スジハゼ)
 Drombus sp.  (クロコハゼ)
 芒鰕虎魚 - Mangarinus waterousi (ウチワハゼ)
 擬沙鰕虎魚 - Parkraemeria ornata (ギンポハゼ)
 彼氏冰鰕虎魚 - Leucopsarion petersii (，素魚)
 竿鰕虎魚 - Luciogobius guttatus (，蚯蚓鯊) ※複数種存在
 Luciogobius sp.  (ミナミヒメミミズハゼ)
 淺色竿鰕虎魚 - Luciogobius pallidus (イドミミズハゼ) ※固有種 ※複数種存在
 白竿鰕虎魚 - Luciogobius albus (ドウクツミミズハゼ) ※固有種
 長頭竿鰕虎魚 - Luciogobius dormitoris (ネムリミミズハゼ) ※固有種
 帶鰕虎魚 - Eutaeniichthys gilli (ヒモハゼ)
 眼瓣溝鰕虎魚 - Oxyurichthys ophthalmonema (マツゲハゼ)
 Oxyurichthys sp.  (カマヒレマツゲハゼ)
 南方溝鰕虎魚 - Oxyurichthys visayanus (ミナミサルハゼ)
 Oxyurichthys sp.  (シマサルハゼ)
 小鱗溝鰕虎魚 - Oxyurichthys microlepis (タテガミハゼ)
 Stenogobius sp.  (タネカワハゼ)
 眼帶狹鰕虎魚 - Stenogobius ophthalmoporus (ドウケハゼ)
 黑首阿胡鰕虎魚 - Awaous melanocephalus (クロミナミハゼ，黒南鯊)
 睛斑阿胡鰕虎魚 - Awaous ocellaris  (ミナミハゼ，南鯊)
 栗色裸頭鰕虎魚 - Gymnogobius castaneus  (ジュズカケハゼ)
 塔氏裸頭鰕虎魚 - Gymnogobius taranetzi (シンジコハゼ) 
 Gymnogobius breunigii (ビリンゴ，微倫吾)
 疣舌裸頭鰕虎魚 - Gymnogobius isaza   (イサザ，魦) ※固有種
 條尾裸頭鰕虎魚 - Gymnogobius urotaenia (ウキゴリ)
 Gymnogobius opperiens  (シマウキゴリ)
 Gymnogobius petschiliensis  (スミウキゴリ)
 Gymnogobius macrognathos (エドハゼ，江戸鯊)
 網紋裸身鰕虎魚 - Gymnogobius mororanus (ヘビハゼ)
 頤突裸頭鰕虎魚 - Gymnogobius uchidai (チクゼンハゼ) ※固有種
 圓裸頭鰕虎魚 - Gymnogobius cylindricus  (キセルハゼ) ※固有種
 溝裸頭鰕虎魚 - Gymnogobius scrobiculatus (クボハゼ) ※固有種
 Gymnogobius heptacanthus (ニクハゼ)
 尾紋裸頭鰕虎魚 - Chaenogobius annularis (アゴハゼ)
 Chaenogobius gulosus (ドロメ)
 黃鰭刺鰕虎魚 - Acanthogobius flavimanus (，真鯊)
 矛尾刺鰕虎魚 - Acanthogobius hasta (ハゼクチ)
 乳色刺鰕虎魚 - Acanthogobius lactipes (アシシロハゼ，足白鯊)
 島棲刺鰕虎魚 - Acanthogobius insularis  (ミナミアシシロハゼ，南足白鯊) ※固有種
 爪哇擬鰕虎魚 - Pseudogobius javanicus (スナゴハゼ)
 小口擬鰕虎魚 - Pseudogobius masago  (マサゴハゼ，真砂鯊)
 Pseudogobius sp.  (コクチスナゴハゼ)
 羅氏裂身鰕虎魚 - Schismatogobius roxasi  (エソハゼ)
 寬帶裂身鰕虎魚 - Schismatogobius ampluvinculus  (シマエソハゼ)
 頜鱗鰕虎魚 - Gnatholepis anjerensis (オオモンハゼ)
 尖鰭寡鱗鰕虎魚 - Oligolepis acutipennis (ノボリハゼ)
 大口寡鱗鰕虎魚 - Oligolepis stomias (クチサケハゼ)
 斑紋雷鰕虎魚 - Redigobius bikolanus (ヒナハゼ，雛鯊)
 環帶雷鰕虎魚 - Redigobius balteatus (タスキヒナハゼ)
 阿部鯔鰕虎魚 - Mugilogobius abei (アベハゼ，安倍鯊)
 Mugilogobius sp.  (イズミハゼ)
 諸氏鯔鰕虎魚 - Mugilogobius chulae (ナミハゼ)
 灰鯔鰕虎魚 - Mugilogobius fusca (フタホシハゼ)
 小鯔鰕虎魚 - Mugilogobius parvus (ホホグロハゼ)
 Mugilogobius sp.  (タヌキハゼ)
 Mugilogobius sp.  (ムジナハゼ)
 萊氏矮鰕虎魚 - Pandaka lidwilli (ゴマハゼ)
 三斑矮鰕虎魚 - Pandaka trimaculata (ミツボシゴマハゼ)
 Pandaka sp. (マングローブゴマハゼ)
 子陵吻鰕虎魚 - Rhinogobius giurinus (ゴクラクハゼ)
 Rhinogobius sp.  cross-band type (シマヨシノボリ，縞葦登)
 Rhinogobius sp.  depressed large-dark type (ヒラヨシノボリ)
 Rhinogobius sp.  large dark type (オオヨシノボリ，大葦登)
 Rhinogobius sp.  cobalt type (ルリヨシノボリ，瑠璃葦登)
 Rhinogobius sp.  Bonin Island type (オガサワラヨシノボリ，小笠原葦登) ※固有種
 Rhinogobius sp.  dark type (クロヨシノボリ，黒葦登)
 Rhinogobius sp.  yellow-belly type (キバラヨシノボリ，黄腹葦登) ※固有種
 Rhinogobius sp.  mozaic type (アヤヨシノボリ)
 Rhinogobius sp.  blue-belly type (アオバラヨシノボリ，青腹葦登) ※固有種
 Rhinogobius sp.  orange type (トウヨシノボリ，橙葦登)
 河川吻鰕虎魚 - Rhinogobius flumineus  (カワヨシノボリ，川葦登) ※固有種
 Rhinogobius sp.  Tokai type (ウシヨシノボリ，東海葦登)
 Rhinogobius sp.  Biwa lake type (ビワヨシノボリ，琵琶葦登) ※固有種
 暗縞鰕虎魚 - Tridentiger obscurus (チチブ，知知武)
 短棘縞鰕虎魚- Tridentiger brevispinis (ヌマチチブ)
 黃斑縞鰕虎魚 - Tridentiger kuroiwae (ナガノゴリ)
 雙帶縞鰕虎魚 - Tridentiger bifasciatus (シモフリシマハゼ)
 紋縞鰕虎魚 - Tridentiger trigonocephalus (アカオビシマハゼ)
 裸項縞鰕虎魚 - Tridentiger nudicervicus (シロチチブ)
 髭縞鰕虎魚 - Tridentiger barbatus (ショウキハゼ)
 韌鰕虎魚 - Lentipes armatus (ヨロイボウズハゼ) ※固有種
 環帶瓢眼鰕虎魚 - Sicyopus zosterophorum  (アカボウズハゼ)
 糙體瓢眼鰕虎魚 - Sicyopus leprurus (カエルハゼ，蛙鯊)
 日本瓢鰭鰕虎魚 - Sicyopterus japonicus (ボウズハゼ，坊主鯊)
 兔頭瓢鰭鰕虎魚 - Sicyopterus lagocephalus (ルリボウズハゼ)
 明仁枝牙鰕虎魚 - Stiphodon imperiorientis (ハヤセボウズハゼ) ※固有種
 黑鰭枝牙鰕虎魚 - Stiphodon percnopterygionus (ナンヨウボウズハゼ，南洋坊主鯊)
 菲律賓枝牙鰕虎魚 - Stiphodon atropurpureus (コンテリボウズハゼ) 
 桔紅枝牙鰕虎魚 - Stiphodon surrufus (カキイロヒメボウズハゼ)
 大彈塗魚 - Boleophthalmus pectinirostris (，鯥五郎)
 青彈塗魚 - Scartelaos histophorus (トカゲハゼ)
 斑叉牙鰕虎魚 - Apocryptodon punctatus (タビラクチ) ※固有種
 彈塗魚 - Periophthalmus modestus (，跳鯊)
 銀線彈塗魚 - Periophthalmus argentilineatus (ミナミトビハゼ，南跳鯊)
 高體盲鰕虎魚 - Brachyamblyopus anotus (アサガラハゼ)
 等頜鰻鰕虎魚 - Taenioides limicola (ヒゲワラスボ)
 鬚鰻鰕虎魚 - Taenioides cirratus (チワラスボ)
 Odontamblyopus lacepedii (，藁素坊)

 凹尾塘鱧科 Ptereleotridae 
 縱帶舌塘鱧 - Parioglossus lineatus (マイコハゼ)
 帶狀舌塘鱧 - Parioglossus taeniatus (コマチハゼ)
 背斑舌塘鱧 - Parioglossus raoi (ミヤラビハゼ)
 台灣舌塘鱧 - Parioglossus formosus (ヨスジハゼ)
 尾斑舌塘鱧 - Parioglossus dotui (サツキハゼ)
 菲律賓舌塘鱧 - Parioglossus philippinus (ベニツケサツキハゼ)
 橫斑舌塘鱧 - Parioglossus rainfordi (コビトハゼ)
 沼澤舌塘鱧 - Parioglossus palustris (ボルネオハゼ)
 斷帶舌塘鱧 - Parioglossus interruptus (ヒメサツキハゼ)
 Parioglossus sp.  (ムスメハゼ)

 沙鰕虎科 Kraemeriidae
 盤鰭塘鱧 - Gobitrichinotus radiocularis (ナミノコハゼ)
 穴沙鱧 - Kraemeria cunicularia (スナハゼ)
 湯加沙鱧 - Kraemeria tongaensis (トンガスナハゼ)

 蚓鰕虎科 Microdesmidae
 縱帶鰕虎魚 - Gunnellichthys pleurotaenia (オオメワラスボ)

鰈形目 Pleuronectiformes 
 牙鮃科 Paralichthyidae
 大牙斑鮃 - Pseudorhombus arsius (テンジクガレイ，天竺鰈)
 牙鮃 - Paralichthys olivaceus (ヒラメ，鮃)

 鰈科 Pleuronectidae 
 石鰈 - Kareius bicoloratus (イシガレイ，石鰈)
 星斑川鰈 - Platichthys stellatus (ヌマガレイ，沼鰈)
 Pleuronectes pinnifasciatus (トウガレイ)
 暗鰈 - Pleuronectes obscurus (クロガレイ)
 橫濱鰈 - Pleuronectes yokohamae (マコガレイ，真子鰈)

魨形目 Tetraodontiformes 
 三棘魨科 Triacanthidae
 雙棘三刺魨 - Triacanthus biaculeatus (ギマ)

 四齒魨科 Tetraodontidae 
 星點多紀魨 - Takifugu niphobles (，草河豚)
 Takifugu snyderi (ショウサイフグ，潮際河豚)
 豹紋多紀魨 - Takifugu pardalis (ヒガンフグ，彼岸河豚)
 凹鼻魨 - Chelonodon patoca (オキナワフグ，沖縄河豚)
 網紋叉鼻魨 - Arothron reticularis (ワモンフグ)
 線紋叉鼻魨 - Arothron manilensis (スジモヨウフグ)
 紋腹叉鼻魨 - Arothron hispidus (サザナミフグ)
 無斑叉鼻魨 - Arothron immaculatus (カスミフグ)

 二齒魨科 Diodontidae
 六斑刺魨 - Diodon holocanthus (ハリセンボン)

合鰓魚目 Synbranchiformes 
 合鰓魚科 Synbranchidae 
 黃鱔 - Monopterus albus (タウナギ，田鰻)

地位未定 Incertae sedis 
 藍子魚科 Siganidae
 褐藍子魚 - Siganus fuscescens (アイゴ)
 蠕紋藍子魚 - Siganus vermiculatus (ムシクイアイゴ)
 星藍子魚 - Siganus guttatus (ゴマアイゴ)

 金錢魚科 Scatophagidae 
 金錢魚 - Scatophagus argus  (クロホシマンジュウダイ)

 海鯽科 Embiotocidae
 海鮒 - Ditrema temmincki (ウミタナゴ)

 雀鯛科 Pomacentridae
 五帶豆娘魚 - Abudefduf vaigiensis (オヤビッチャ)
 條尾新雀鯛 - Neopomacentrus taeniurus (リボンスズメダイ)
 紫色新雀鯛 - Neopomacentrus violascens (スミゾメスズメダイ)

 石首魚科 Sciaenidae
 箕作黃姑魚 - Nibea mitsukurii (ニベ，石持)
 棘頭梅童魚 - Collichthys lucidus (カンダリ)

 沙鮻科 Sillaginidae
 細鱗鱚 - Sillago parvisquamis (アオギス，青鱚)
 多鱗鱚 - Sillago sihama (モトギス，元鱚)
 大鱗鱚 - Sillago macrolepis (アトクギス，海鵜鱚)

 銀鱗鯧科 Monodactylidae 
 銀大眼鯧 - Monodachtylus argenteus (ヒメツバメウオ，姫燕魚)
 射水魚科 Toxotidae  
 射水魚 - Toxotes jaculatorix (，鉄砲魚)

 金梭魚科 Sphyraenidae
 大鱗魣 - Sphyraena barracuda (オニカマス)

 雙邊魚科 Ambassidae 
 少棘雙邊魚 - Ambassis miops (セスジタカサゴイシモチ)
 斷線雙邊魚 - Ambassis interrupta (ナンヨウタカサゴイシモチ)
 尾紋雙邊魚 - Ambassis urotaenia (タカサゴイシモチ，高砂石持)
 彎線雙邊魚 - Ambassis buruensis (トゲナガタカサゴイシモチ)
 Ambassis commersoni (ハナダカタカサゴイシモチ)
 蘭副雙邊魚 - Pseudambassis ranga (インディアングラスフィッシュ) ※移入種

 夢鱸科 Moronidae 

 寬花鱸 - Lateolabrax latus (ヒラスズキ，平鱸)
 花鱸 - Lateolabrax japonicus (，鱸)
 Lateolabrax sp. (タイリクスズキ，大陸鱸) ※移入種

 尖嘴鱸科 Latidae

 日本尖吻鱸 - Lates japonicus (，赤目) ※固有種

參考 
 宮地伝三郎・川那部浩哉・水野信彦 (1976) 原色日本淡水魚図鑑，再版. 462pp. 保育社，大阪.
 川那部浩哉・水野信彦(1989) 日本の淡水魚. 719pp. 山と渓谷社，東京.
  (2000) 日本産魚類検索，全種の同定. 第二版.1748pp. 東海大学出版会，東京.
 FishBase: List of Freshwater Fishes reported from Japan 

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