鯨偶蹄目（学名：Cetartiodactyla）是一個包含了传统的鯨目及偶蹄目的演化支，一般用來描述鯨豚類是從偶蹄目中演化而來。遗传学分析表明，與鯨豚類親緣關係最近的現生動物是河馬。鯨與河馬的分支則稱為鯨河馬亞目（Whippomorpha，有建議使用 Cetancodonta 但未普及）。依此定义，剔除了鲸目的旧有偶蹄目将是一个并系群。

在起初，鯨偶蹄類的定义原是指鯨目是偶蹄目的旁系姊妹分類，而非從偶蹄目演化。從此定義來看，所有偶蹄目（包括河馬）之間才是近親，而鯨是偶蹄类的姐妹群。

鯨豚類演化自陸上的偶蹄動物，並形成了一個單系群。學界普遍認同鯨類是從單一的祖先演化而來。1990 年代以前，最廣泛接受的鯨類近親是已滅絕的中爪獸目。中爪獸目是有蹄的及主要是肉食性的哺乳動物。但現今很少學者認同這個說法，一般只認同中爪獸目是鯨偶蹄類的近親，而非鯨類的祖先。

相關研究 

鯨類是從偶蹄目演化的理论是基於DNA序列的分析结果。在最初的分子分析中，顯示鯨類較豬更接近反芻亞目（如牛及鹿）。為了在目名反映這種演化關係，故出現了鯨偶蹄類。

後期的分子分析提供了更完整的線索。河馬被認為是鯨類的近親，反芻亞目與鯨/河馬的分支有關，而豬則被分類在更遠的位置。除了新增了鯨/河馬分支外，分析更顯示河馬及豬並非近親。這個結果很富爭議，因為傳統分類正有基於豬與河馬形態的相似而成立的豬形亞目。

除了DNA及蛋白質序列外，學者追蹤了基因組中一種稱為短散落配置（SINE）的轉位子。DNA序列的轉位子會有時將自己複製，並將複製品插入基因組的另一個位置。但 SINE 沒可能會將自己插入基因組的同一位置。數據顯示鯨魚、反芻亞目及河馬的基因組中，有幾個轉位子將自己插入同一位置上。在駱駝及豬的基因組中並沒有這個插入點。

不同的 DNA 序列測試都得出同一個結論：即河馬與鯨類非常接近，而和其他偶蹄目相對疏遠。這一點從鯨與河馬都具有許多共同的行為和生理特徵;如一層緻密的皮下脂肪和大部分無毛的身體(也缺乏皮脂腺)，並具有相似的發聲和聽覺結構。可以利用超聲波在水中分辨敵友和在水中育兒（交配，產子和哺乳），以及陰嚢藏於腹腔内和有相近的消化系統可以看出。此外，這兩種動物都有單葉肺（類似於其他水生哺乳動物），可以更快地充滿空氣。這對兩棲和水生生物來說都是一個關鍵的適應，因為它減少了頻繁前往水面的危險。。

牠們也與較小魚類的共生關係，它們將其用作清潔站，使較小的生物以進入生物口腔的寄生蟲為食。

形態學及古生物學對鯨類與其他哺乳動物的關係亦於 1990 年代後出現很大變化。一些化石發現（如羅德侯鯨）顯示鯨類並非從中爪獸目衍生或與其是近親。很多学者支持成立鲸偶蹄目的分支，但也有部分學者反對鲸類與河马共祖的说法，认为三個亞目的傳統偶蹄目仍然是一个有效的分支，而四個亞目的鲸偶蹄类（即修正後的偶蹄目）则可能是一个大目或总目。

鯨/河馬学说认为鲸类与河马类在 6000 万年前拥有共同的半水栖祖先，直到 5400 万年前才分化成两支，其中一支演化成鲸类，可能始于巴基鲸及其他古鲸亚目近亲，它们渐渐适应水下生活，最后演化成完全水生的鲸类。因此，此学说认为鲸偶蹄類才是有效的单系群分类。反對者的理由是，目前發現最早的河馬化石產生於中新世，而鯨類的分化則可上溯至始新世，鯨/河馬假說出現了一個 3000 萬年缺少河馬祖先存在的空白期。一些形態學研究指出石炭獸科是河馬的祖先，但卻得不到有力支持。

系統發生 
根据近年的分子学研究，劳亚兽总目內部可能的演化关系如下（真有蹄类学说）：

鲸偶蹄目各主要演化支的关系如下（鯨河马类学说）：

參考文献

延伸阅读
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