2014年，基于全基因组测序（Whole-genome analyses）的鸟类分类系统公布，目前已经取代1980年代的鸟类DNA分类系统并广泛使用。

系统发育树

IOC v12.2（2019）
下图基于国际鸟类学大会（IOC）于2019年公布的鸟类发育树，括号内的数字为该目下的物种总数（基于IOC World Bird List, v12.1）。

Jarvis（2014）
下图基于Jarvis, E.D. et al. (2014)的现代鸟类分支图，部分演化支的名称来自Yuri, T. et al. (2013)。

鸟翼类 Avialae 
 † Alcmonavis
 †巴拉乌尔龙属? Balaur
 †热河鸟属 Jeholornis
 †胁空鸟龙属? Rahonavis
 †近鸟龙科? Anchiornithidae
 †近鳥龍屬? Anchiornis
 †曉廷龍屬? Xiaotingia
 †始中國羽龍屬? Eosinopteryx
 †彩虹龍屬? Caihong
 †曙光鳥屬? Aurornis
 †? Ostromia
 †足羽龙属? Pedopenna
 †丝鸟龙属? Serikornis
 †义县龙属? Yixianosaurus
 †始祖鳥科 Archaeopterygidae
 †始祖鸟属 Archaeopteryx
 †烏禾爾龍屬 Wellnhoferia
 †擅攀鸟龙科? Scansoriopterygidae
 †擅攀鳥龍屬? Scansoriopteryx
 †耀龍屬? Epidexipteryx
 †奇翼龍屬? Yi
 †渾元龍屬? Ambopteryx
 † 雁蕩鳥科 Yandangithiformes
 †? Yandangornis

真鸟翼类 Euavialae 

 †吉祥鸟属 Jixiangornis
短尾鸟类 Avebrevicauda
 †雜食鳥形類 Omnivoropterygiformes
 † Omnivoropteryx
 † Sapeornis
尾综骨鸟类 Pygostylia
 †中鸟属 Zhongornis?
 †葉夫根鳥屬 Evgenavis
 †前鳥屬 "Proornis"
 †巾帼鸟科 Jinguofortisidae
 †巾帼鸟属 Jinguofortis
 †重明鳥屬 Chongmingia
 †孔子鳥目 Confuciusornithiformes
 †孔子鳥屬 Confuciusornis
 †長城鳥屬 Changchengornis
 †始孔子鳥屬 Eoconfuciusornis
 †楊氏鳥屬 Yangavis
 †鳥胸骨類 Ornithothoraces
 †反鳥亞綱 Enantiornithes
真鳥類 Euornithes
今鳥形類 Ornithuromorpha
扇尾類 Ornithurae

†反鳥亞綱 Enantiornithes 
 †大凌河鳥 Dalingheornis
 †沙鳥 Elsornis
 †始小翼鳥 Eoalulavis
 †始華夏鳥 Eocathayornis?
 †飞天鸟 Feitianius
 †侯氏鸟 Houornis
 †遼寧鳥 Liaoningornis
 †遼西鳥 Liaoxiornis?
 †小反鳥 Microenantiornis
 †副原羽鳥屬 Paraprotopteryx
 †原羽鳥 Protopteryx
 †原家窪鸟 Yuanjiawaornis
 †伊比利亞鳥科 Iberomesornithidae
 †伊比利亞鳥 Iberomesornis
 †諾蓋爾鳥 Noguerornis
 †长翼鸟科 Longipterygidae
 †波羅赤鳥? Boluochia
 †彎齒鳥 Camptodontornis
 †長翼鳥 Longipteryx
 †長嘴鳥 Longirostravis
 †抓握鳥 Rapaxavis
 †扇尾鳥 Shanweiniao
 †盛京鸟 Shengjingornis
 †大平房鳥 Dapingfangornis
 †鵬鳥科 Pengornithidae
 †始鹏鸟屬 Eopengornis
 †鵬鳥屬 Pengornis
 †副鹏鸟屬 Parapengornis
 †契氏鳥屬 Chiappeavis

†真反鳥類 Euenantiornithes 
 †曾祖鳥屬 Abavornis
 †真翼鳥屬 Alethoalaornis
 †慈母鳥屬 Avimaia
 †續存鳥屬 Catenoleimus
 †克拉圖鳥屬 Cratoavis
 †脛羽鳥 Cruralispennia
 †尖嘴鳥 Cuspirostrisornis
 †敦煌鸟屬 Dunhuangia
 †埃爾布雷特鳥屬 Elbretornis
 †琥珀鳥屬 Elektorornis
 †始反鳥 Eoenantiornis
 †發現鳥屬 Explorornis
 †曲肩鳥屬 Flexomornis
 †葛利普鸟屬 Grabauornis
 †纤细鸟屬 Gracilornis
 †格日勒鳥 Gurilynia
 †赫伯鸟屬 Holbotia
 †火山鳥 Huoshanornis
 †棲息鳥屬 Incolornis
 †俊鳥屬 Junornis
 †銀河鳥 Kuszholia
 †大嘴鳥 Largirostrornis
 †勒庫鳥 Lectavis
 †利尼斯鳥 Lenesornis
 †龍城鳥 Longchengornis
 †馬丁鳥 Martinavis
 †孤反鸟 Monoenantiornis
 †侏儒鳥 Nanantius
 †黎明鳥屬 Orienantius
 †鄂托克鳥屬 Otogornis
 †微鳥屬 Parvavis
 †食魚反鳥屬 Piscivorenantiornis
 †翼鳥屬 Pterygornis
 †祁連鳥屬 Qiliania
 †上羊鳥屬 Shangyang
 †翔鳥屬 Xiangornis
 †雲加鳥 Yungavolucris
 †華夏鳥目 Cathayornithiformes
 †華夏鳥科 Cathyornithidae
 †中國鳥屬 Sinornis
 †華夏鳥 Cathayornis
 †阿克西鳥目 Alexornithiformes
 †阿克西鳥科 Alexornithidae
 †阿克西鳥 Alexornis
 †土鳥 Sazavis
 †克孜勒庫姆鳥 Kizylkumavis
 †反鳥目 Enantiornithiformes
 †反鳥科 Enantiornithidae
 †反鳥 Enantiornis
 †鸟龙鸟科 Avisauridae
 †鳥龍鳥 Avisaurus
 †礬鳥屬 Bauxitornis
 †昆卡鳥 Concornis
 †反凰鳥屬 Enantiophoenix
 †海積鳥 Halimornis
 †太陽鳥 Intiornis
 †姐妹鳥龍鳥 Soroavisaurus
 †內烏肯鳥 Neuquenornis
 †妙阿爾刻鳥 Mirarce
 †神秘鳥 Mystiornis
 †蓋帝鳥 Gettyia
 †渤海鸟科 Bohaiornithidae
 †渤海鳥 Bohaiornis
 †強壯爪鳥 Fortunguavis?
 †臨沂鳥 Linyiornis?
 †長爪鳥 Longusunguis
 †副渤海鸟 Parabohaiornis
 †神七鸟 Shenqiornis
 †齿槽鸟 Sulcavis
 †周鸟 Zhouornis
 †戈壁鳥目 Gobipterygiformes
 †戈壁鸟科 Gobipterygidae
 †戈壁鸟 Gobipteryx
 †細弱鳥? Vescornis
 †冀北鳥? Jibeinia

真鳥類 Euornithes 
 †古喙鳥屬 Archaeorhynchus
 †卡岡杜亞鳥屬 Gargantuavis?
 †花剌子模鳥屬 Horezmavis?
 †建昌鳥屬 Jianchangornis
 †普拉坦鳥屬 Platanavis
 †叉尾鳥屬 Schizooura
 †威利鸟屬 Wyleyia?
 †星海鳥屬 Xinghaiornis
 †钟健鸟屬 Zhongjianornis
 †朝陽鳥目 Chaoyangiformes
 †朝陽鳥屬 Chaoyangia
 †者勒鳥目 Zhyraornithi
 †者勒鳥屬 Zhyraornis
 今鳥形類 Ornithuromorpha
 †麗鳥屬 Bellulornis
 †昌马鸟屬 Changmaornis
 †丁氏鳥屬 Dingavis
 †古食種鳥屬 Eogranivora
 †甘肅鳥屬 Gansus
 †旅鳥屬 Iteravis
 †酒泉鸟屬 Jiuquanornis
 †覺華鳥屬 Juehuaornis
 †興安鳥屬 Khinganornis
 †烏如那鳥屬 Vorona
 †玉門鳥屬 Yumenornis
 †孟子鳥屬 Mengciusornis
 †燕鳥目 Yanornithiformes
 †紅山鳥科 Hongshanornithidae
 †始今鳥屬 Archaeornithura
 †紅山鳥屬 Hongshanornis
 †长腿鸟屬 Longicrusavis
 †副紅山鳥屬 Parahongshanornis
 †天宇鸟屬 Tianyuornis
 †松嶺鳥科 Songlingornithidae
 †松嶺鳥 Songlingornis
 †燕鳥 Yanornis
 †義縣鳥 Yixianornis
 †食魚鳥屬 Piscivoravis
 †霍蘭鳥屬? Hollanda
 † Patagopterygiformes
 †阿拉米托斯鳥屬 Alamitornis
 †巴塔哥尼鳥屬 Patagopteryx
 †銀河鳥屬 Kuszholia

扇尾類 Ornithurae 
†虛椎鳥屬 Apatornis
†腦鳥屬 Cerebavis
†工會鳥屬 Guildavis
†忽視鳥屬 Iaceornis
†閾鳥屬 Limenavis
†秦鳥屬 Qinornis
†甘肃鸟属 Gansus
†长嘴鸟属 Changzuiornis
†飛翔鸟属 Tingmiatornis
†加爾鸟属 Gallornis
†鱼鸟類 Ichthyornithes
†鱼鸟属 Ichthyornis
†雅努斯鸟属 Janavis
† Ambiortiformes
 †漸始鳥屬 Ambiortus
†神翼鳥屬 Apsaravis
†後彎鳥屬? Palintropus
†黃昏鳥目 Hesperornithes
 †煙山鳥屬 Fumicollis
 †帕斯基亞鳥屬 Pasquiaornis
 †河流鳥屬 Potamornis
 †東方鳥屬 Chupkaornis
 †潛水鳥屬 Baptornis
 †布氏鳥屬 Brodavis
 †大洋鳥屬 Enaliornis
 †尤金鳥屬 Judinornis
 †黃昏鳥科 Hesperornithidae
 †亞洲黃昏鳥屬 Asiahesperornis
 †加拿大鳥屬 Canadaga
 †黃昏鳥屬 Hesperornis
 †副黃昏鳥屬 Parahesperornis
新鸟亚纲 Neornithes

新鸟亚纲 Neornithes

古颚下纲 Palaeognathae 
†石板鸟目 Lithornithiformes （可能为并系群）
†石板鸟科 Lithornithidae
†属 Calciavis
†副美洲鹫属 Paracathartes
†裂缝鸟属 fissuravis
†假䳍属 Pseudocrypturus
†石板鸟属 Lithornis
鸵鸟目 Struthioniformes
鸵鸟科 Struthionidae
鴕鳥屬 Struthio
†厚鸵属 Pachystruthio
†?走隐士鸟属 Eremopezus
†東方鴕鳥屬 Orientornis
†?古鸨属 Palaeotis
†?雷米鸟属 Remiornis
南方古颚类 Notopalaeognathae
美洲鸵鸟目 Rheiformes
美洲鸵鸟科 Rheidae
鶆䴈屬 Rhea
†异美洲鸵属 Heterorhea
†属 Hinasuri
†后指鸵科 Opisthodactylidae
†后指鸵属 Opisthodactylus
†恐鸟目 Dinornithiformes
†恐鸟科 Dinornithidae
†巨恐鳥屬 Dinornis
†東部恐鳥科 Emeidae
†灌木恐鳥屬 Anomalopteryx
†東部恐鳥屬 Emeus
†沿海恐鳥屬 Euryapteryx†厚恐鳥屬 Pachyornis†高原恐鳥科 Megalapterygidae
†高原恐鳥屬 Megalapteryx䳍形目 Tinamiformes
䳍科 Tinamidae
†克兰迪䳍属 Querandiornis䳍亚科 Tinaminae
䳍屬 Tinamus林䳍屬 Nothocercus穴䳍屬 Crypturellus拟䳍亚科 Nothurinae
紅翅䳍屬 Rhynchotus鴇尾䳍屬 Nothoprocta擬䳍屬 Nothura侏䳍屬 Taoniscus鳳頭䳍屬 Eudromia高原䳍屬 Tinamotis新平胸类 Novaeratitae
鹤鸵目 Casuariiformes 
†第欧根尼鹤鸵属 Diogenornis?†高鹤鸵属 Hypselornis （可能是鳄鱼）
鹤鸵科 Casuariidae
鹤鸵 Casuarius†拟鸸鹋属 Emuarius鴯鶓屬 Dromaius无翼鸟目 Apterygiformes
无翼鸟科 Apterygidae
奇異鳥 Apteryx†原奇異鳥屬 Proapteryx†隆鸟目 Aepyornithiformes
†象鸟科 Aepyornithidae
†象鳥屬 Aepyornis†穆氏象鳥屬 Mullerornis†巨象鳥屬 Vorombe 今颚下纲 Neognathae 
 鸡雁小纲 Galloanserae 
 齿雁类 Odontoanserae 
 †齿翼鸟目 Odontopterygiformes
†远洋鸟科 Pelagornithidae
†原齿翼鸟属 Protodontopteryx
†擬齒鳥屬 Pseudodontornis†齿翼鸟属 Odontopteryx†森林鳥属 Dasornis†巨齿翼鸟属 Macrodontopteryx†巨齿鸟属 Gigantornis†卡斯皮齿翼鸟属 Caspiodontornis†拟古鹅属 Palaeochenoides†鼓岛鸟属 Tympanonesiotes†曲鳥属 Cyphornis†卢特齿翼鸟属 Lutetodontopteryx†骨齿鸟属 Osteodontornis†遠洋鳥屬 Pelagornis 雁形类 Anserimorphae
†加斯顿鸟形目 Gastornithiformes
†加斯顿鸟科 Gastornithidae
?†驰鸟科 Dromornithidae
†驰鸟属 Dromornis†巴拉沃地鸟属 Barawertornis†牛鸟属 Bullockornis†巨鸟属 Genyornis†伊班地鸟属 Ilbandornis†维加鸟形目 Vegaviiformes
†维加鸟科 Vegaviidae
†维加鸟属 Vegavis†極地鳥属 Polarornis†新潜鸟属 Neogaeornis†南鸟属 Australornis†水鸟属 Maaqwi雁形目 Anseriformes
†冲突鸟属 Conflicto†鴨翼鳥屬 Anatalavis†属 Naranbulagornis†普瑞斯比鸟科 Presbyornithidae
†普瑞斯比鸟属 Presbyornis†属 Telmabates†雄化鸟属 Teviornis†属 Proherodius†属 Zhylgaia†拟石鸻属 Wilaru叫鸭科 Anhimidae
鹊鹅科 Anseranatidae
†副白眼鸭科 Paranyrocidae
鸭科 Anatidae

 泛鸡形类 Pangalliformes 
†奥斯汀鸟属 Austinornis
†拟鸡科 Gallinuloididae
†拟鸡属 Gallinuloides†似副鹑属 Paraortygoides†副鹑科 Paraortygidae
†副鹑属 Paraortygoides†火鹑属 Pirortyx†斯科派洛鹑属 Scopelortyx†花剌子模鹑属 Xorazmortyx†凯尔西塚雉科 Quercymegapodiidae
†凯尔西塚雉属 Quercymegapodius†陶巴秧鸡属 Taubacrex†属 Ameripodius†森鸡科 Sylviornithidae
†森鸡属 Sylviornis†斐济巨鸡属 Megavitiornis鸡形目 Galliformes
塚雉科 Megapodidae
凤冠雉科 Cracidae
雉总科 Phasianoidea
珠鸡科 Numididae
齒鶉科 Odontophoridae
雉科 Phasianidae

 新鸟小纲 Neoaves  
 夜鹰总目 Cypselomorphae  
†古咬鹃科 Archaeotrogonidae
夜鹰目 Caprimulgiformes
油鸱科 Steatornithidae
裸鼻鸱科 Aegothelidae
蟆口鸱科 Podargidae
林鸱科 Nyctibiidae
夜鹰科 Caprimulgidae
雨燕目 Apodiformes
†崖雨燕科 Aegialornithidae
崖雨燕屬 Aegialornis首足鸟属 Primapus雨燕亚目 Apodi
†原黑雨燕属 Procypseloides†Laputavis†斯科讷雨燕属 Scaniacypselus†始黑雨燕科 Eocypselidae
雨燕科 Apodidae
凤头雨燕科 Hemiprocnidae
蜂鸟亚目 Trochili
†Palescyvus†科 Cypselavidae
†科 Jungornithidae
蜂鸟科 Trochilidae

 鸽鸨类 Columbaves  
鸨形总目 Otidimorphae
蕉鹃目 Musophagidae
蕉鹃科 Musophagidae
鸨形目 Otidiformes
鸨科 Otididae
鹃形目 Cuculiformes
杜鹃科 Cuculidae
鸽形总目 Columbimorphae
鸽形目 Columbiformes
鸠鸽科 Columbidae
沙鸡目 Pteroclidiformes
沙鸡科 Pteroclidae
擬鶉目 Mesitornithiformes
擬鶉科 Mesitornithidae

 鹤形目 Gruiformes 
†松滋鸟科 Songziidae
鹤亚目 Grui
鹤总科 Gruoidea
†科 Geranoididae
†科 Parvigruidae
秧鹤科 Aramidae
喇叭鸟科 Psophiidae
†始鹤科 Eogruidae
鹤科 Gruidae
秧鸡亚目 Ralli
†镐嘴秧鸡科 Aptornithidae
侏秧鸡科 Sarothruridae
日鷉科 Heliornithidae
秧鸡科 Rallidae

 水滨鸟类 Aequorlitornithes 
鸻形目 Charadriiformes
鹬亚目 Scolopaci
鹬科 Scolopacidae
籽鹬亚目 Thinocori
彩鹬科 Rostratulidae
雉鸻科 Jacanidae
籽鹬科 Thinocoridae
领鹑科 Pedionomidae
鸥亚目 Lari
鸥科 Laridae
贼鸥科 Stercorariidae
燕鸻科 Glareolidae
蟹鸻科 Dromadidae
蓝腿燕鸻科 Pluvianidae
泛海雀类 Pan-Alcidae
海雀科 Alcidae
†弱翅海雀亚科 Mancallinae
三趾鹑亚目 Turnici
三趾鹑科 Turnicidae
鞘嘴鸥亚目 Chionidi
石鸻科 Burhinidae
鞘嘴鸥科 Chionididae
麦哲伦鸻科 Pluvianellidae
鸻亚目 Charadrii
鹮嘴鹬科 Ibidorhynchidae
蛎鹬科 Haematopodidae
鸻科 Charadriidae
反嘴鹬科 Recurvirostridae
奇迹鸟类 Mirandornithes
火烈鸟目 Phoenicopteriformes
†江沙提克鸟 Juncitarsus†科 Palaelodidae
火烈鸟科 Phoenicopteridae
鸊鷉目 Podicipediformes
鸊鷉科 Podicipedidae
鹭形类 Ardeae
日鳽总目 Eurypygimorphae
日鳽目 Eurypygiformes
鹭鹤科 Rhynochetidae
日鳽科 Eurypigidae
鹲形目 Phaethontiformes
†原鹲科 Prophaethontidae
鹲科 Phaethontidae
水鸟类 Aequornithes
潜鸟目 Gaviiformes
†属 Gaviella†科 Colymboididae
潜鸟科 Gaviidae
南极鸟类 Austrodyptornithes
鹱形目 Procellariiformes
†拟信天翁科 Diomedeoididae
信天翁科 Diomedeidae
鹱科 Procellariidae
鹈燕科 Pelecanoididae
海燕科 Hydrobatidae
企鹅目 Sphenisciformes
基干种类和未定种
†人鸟企鹅属 Anthropodyptes†奇企鹅属 Aprosdokitos†鱼翼企鹅属 Ichthyopteryx†因古萨企鹅属 Inguza†凯因卡企鹅属 Kaiika†科罗拉企鹅属 Korora†核企鹅属 Nucleornis†直企鹅属 Orthopteryx†古王企鹅属 Palaeoapterodytes†矶泳企鹅属 Petradyptes†属 Tasidyptes†雷恩加企鹅属 Tereingaornis†塔托尼欧企鹅属 Tonniornis†维曼企鹅属 Wimanornis†伪王企鹅属 Pseudaptenodytes企鹅科 Spheniscidae
†威马奴企鹅属 Waimanu†后威马奴企鹅属 Muriwaimanu
†副威马奴企鹅属 Sequiwaimanu†凯鲁库企鹅属 Kairuku†巨鳥企鵝屬 Kumimanu†橫谷企鵝屬 Crossvallia†秘鲁企鹅属 Perudyptes†伊卡企鹅属 Icadyptes†海皇企鹅属 Inkayacu†古环企鵝屬 Archaeospheniscus†邓特伦企鹅属 Duntroonornis†古冠企鹅亚科 Palaeeudyptinae
†豚企鹅属 Delphinornis†马兰比奥企鹅属 Marambiornis†似马兰比奥企鹅属  Marambiornopsis†梅塞塔企鹅属 Mesetaornis†剑喙企鹅属 Anthropornis†古冠企鹅属 Palaeeudyptes†扁肱企鹅属Platydyptes†厚企鹅属 Pachydyptes†马普斯企鹅属 Marplesornis†古企鹅亚科 Palaeospheniscinae
†古企鹅属 Palaeospheniscus†桨手企鹅属 Eretiscus†副王企鹅亚科 Paraptenodytinae
†副王企鹅属 Paraptenodytes†节企鹅属 Arthrodytes企鹅亚科 Spheniscinae
王企鹅属 Aptenodytes阿德利企鹅属 Pygoscelis冠企鹅属 Eudyptes黄眼企鹅属 Megadyptes小蓝企鹅属 Eudyptula环企鹅属 Spheniscus鹳形目 Ciconiiformes
鹳科 Ciconiidae
鲣鸟目 Suliformes
鲣鸟科 Sulidae
军舰鸟科 Fregatidae
鸬鹚科 Phalacrocoracidae
蛇鹈科 Anhingidae
†泳翼鸟科 Plotopteridae
桨翼鸟属 Copepteryx†北海道鸟属 Hokkaidornis†卡拉兰姆鸟属 Klallamornis†奥林匹克鸟属 Olympidytes†海豹鸟属 Phocavis†泳翼鸟属 Plotopterum†属 Stemec†属 Tonsala鹈形目 Pelecaniformes
鹈鹕科 Pelecanidae
鹭科 Ardeidae
鲸头鹳科 Balaenicipitidae
锤头鹳科 Scopidae
鹮科 Threskiornithidae

 望外鸟类 Inopinaves 
麝雉目 Strigiformes
麝雉科 Opisthocomidae
陆鸟类 Telluraves
非洲禽类 Afroaves
鹰形总目 Accipitrimorphae
美洲鹫目 Cathartiformes
†异鹫科 Teratornithidae
美洲鹫科 Cathartidae
鹰形目 Accipitriformes
鹰科 Accipitridae
蛇鹫科 Sagittaridae
鹗科 Pandionidae
鸮形目 Strigiformes
智鸮科 Sophiornithidae
†原鸮科 Ogygoptyngidae
†科 Palaeoglaucidae
†原鸱鸮科 Protostrigidae
草鸮科 Tytonidae
鸱鸮科 Strigidae
佛法僧总目 Coraciimorphae
鼠鸟目 Coliiformes
鼠鸟科 Coliidae
穴鸟类 Cavitaves
鹃𫁡目 Leptosomiformes
鹃𫁡科 Leptosomidae
真穴鸟类 Eucavitaves
咬鹃目 Trogoniformes
咬鹃科 Trogonidae
鴷翠鳥类 Picocoraciae
犀鸟目 Bucerotiformes
戴胜亚目 Upupi 
戴胜科 Upupidae
林戴胜科 Phoeniculidae
犀鸟亚目 Buceroti
犀鸟科 Bucerotidae
地犀鸟科 Bucorvidae
演化支 Picodynastornithes
佛法僧目 Coraciiformes
蜂虎科 Meropidae
地𫁡科 Brachypteraciidae
短尾鴗科 Todidae
佛法僧科 Coraciidae
翠鴗科 Momotidae
翠鸟科 Alcedinidae
翠鸟亚科 Alcedininae
翡翠亚科 Halcyoninae
鱼狗亚科 Cerylinae
鴷形目 Piciformes
鹟䴕亚目 Galbuli
鹟鴷科 Galbulidae
喷鴷科 Bucconidae
䴕亚目 Pici
†鲁珀尔鵎鵼属 Rupelramphastoides†科 Picavidae
鵎鵼下目 Ramphastides
拟啄木鸟科 Megalaimidae
非洲拟啄木鸟科 Lybiidae
鬚鴷科 Capitonidae
巨嘴拟䴕科 Semnornithidae
鵎鵼科 Ramphastidae
䴕下目 Picides
响蜜鴷科 Indicatoridae
啄木鸟科 Picidae
南鸟类 Australaves
叫鶴目 Cariamiformes
†未定属 Elaphrocnemus''
叫鶴科 Cariamidae
†骇鸟科 Phorusrhacidae
†阿氏鸟科 Ameghinornithidae
†高鸟科 Bathornithidae
†异形鸟科 Idiornithidae
†萨米拉鸟科 Salmilidae
?†潜山鸟科 Qianshanornithidae
真隼形类 Eufalconimorphae
隼形目 Falconiformes
隼科 Falconidae
鹦雀总目 Psittacopasserae
鹦形目 Psittaciformes
 科属种详见鹦形目分类表
雀形目 Passeriformes
刺鹩亚目 Acanthisitti
刺鹩科 Acanthisittidae
霸鹟亚目 Tyranni
阔嘴鸟下目 Eurylaimides
阔嘴鸟科 Eurylaimidae
阔嘴霸鹟科 Sapayoidae
裸眉鸫科 Philepittidae
八色鸫科 Pittidae
霸鹟下目 Tyrannides
霸鹟科 Tyrannidae
灶鸟科 Furnariidae
蚁鵙科 Thamnophilidae
蚁鸟科 Formicariidae
蚁鸫科 Grallariidae
窜鸟科 Rhinocryptidae
食蚊鸟科 Conopophagidae
蒂泰雀科 Tityridae
伞鸟科 Cotingidae
侏儒鸟科 Pipridae
鸣禽亚目 Passeri
琴鸟总科 Menuroidea
琴鸟科 Menuridae
薮鸟科 Atrichornithidae
短嘴旋木雀科 Climacteridae
园丁鸟科 Ptilonorhynchidae
吸蜜鸟总科 Meliphagoidea
细尾鹩莺科 Maluridae
吸蜜鸟科 Meliphagidae
刺莺科 Dasyornithidae
斑啄果鸟科 Pardalotidae
刺嘴莺科 Acanthizidae
弯嘴鹛科 Pomatostomidae
木鸫科 Orthonychidae
其他基础谱系
冠极乐鸟科 Cnemophilidae
啄果鸟科 Melanocharitidae
垂耳鸦科 Callaeidae
须吸蜜鸟科 Notiomystidae
鸦总科 Corvoidea
冠啄果鸟科 Paramythiidae
啸冠鸫科 Psophodidae
疣眼鹟科 Platysteiridae
丛鵙科 Malaconotidae
科 Machaerirhynchidae
钩嘴鵙科 Vangidae
科 Pityriaseidae
燕鵙科 Artamidae
斑啸鹟科 Rhagologidae
雀鹎科 Aegithinidae
山椒鸟科 Campephagidae
科 Mohouidae
科 Neosittidae
科 Eulacestomidae
科 Oreoicidae
啸鹟科 Pachycephalidae
伯劳科 Laniidae
绿鹃科 Vireonidae
黄鹂科 Oriolidae
卷尾科 Dicruridae
扇尾鹟科 Rhipiduridae
王鹟科 Monarchidae
鸦科 Corvidae
拟鸦科 Corcoracidae
科 Melampittidae
科 Ifritidae
极乐鸟科 Paradisaeidae
雀下目 Passerida
莺总科 Sylvioidea
噪眉科 Leiothrichidae
雀眉科 Pellorneidae
画眉科 Timaliidae
绣眼鸟科 Zosteropidae
莺科 Sylviidae
树莺科 Cettiidae
科 Scotocercidae
科 Erythrocercidae
长尾山雀科 Aegithalidae
科 Hyliidae
柳莺科 Phylloscopidae
鹎科 Pycnonotidae
燕科 Hirundinidae
马岛莺科 Bernieridae
蝗莺科 Locustellidae
苇莺科 Acrocephalidae
鹪眉科 Pnoepygidae
扇尾莺科 Cisticolidae
百灵科 Alaudidae
黑顶鹪鹩科 Donacobiidae
长嘴莺科 Macrosphenidae
文须雀科 Panuridae
斗鹎科 Nicatoridae
鹟总科 Muscicapoidea
河乌科 Cinclidae
鹟科 Muscicapidae
鸫科 Turdidae
牛椋鸟科 Buphagidae
椋鸟科 Sturnidae
嘲鸫科 Mimidae
雀总科 Passeroidea
雀科 Passeridae
岩鹨科 Prunellidae
鹡鸰科 Motacillidae
朱鹀科 Urocynchramidae
梅花雀科 Estrildidae
织布鸟科 Ploceidae
维达雀科 Viduidae
有9枚初级飞羽的鸣禽
绿森莺科 Peucedramidae
燕雀科 Fringillidae
总科 Emberizoidea
拟黄鹂科 Icteridae
森莺科 Parulidae
科 Icteriidae
科 Phaenicophilidae
科 Zeledoniidae
科 Teretistridae
裸鼻雀科 Thraupidae
科 Mitrospingidae
科 Rhodinocichlidae
科 Calyptophilidae
科 Nesospingidae
科 Spindalidae
美洲雀科 Cardinalidae
鹀科 Emberizidae
美洲鹀科 Passerellidae
铁爪鹀科 Calcariidae
地位未定
可能为啄花鸟总科 Dicaeoidea
太阳鸟科 Nectariniidae
啄花鸟科 Dicaeidae
可能为太平鸟总科 Bombycilloidea
太平鸟科 Bombycillidae
棕榈䳭科 Dulidae
丝鹟科 Ptiliogonatidae
连雀科 Hypocoliidae
†夏威夷吸蜜鸟科 Mohoidae
可能为山雀总科 Paroidea
山雀科 Paridae
攀雀科 Remizidae
莺鹟科 Stenostiridae
可能为䴓总科 Sittoidea或旋木雀总科 Certhioidea
鳾科 Sittidae
旋壁雀科 Tichodromadidae
旋木雀科 Certhiidae
斑点旋木雀科 Salpornithidae
鹪鹩科 Troglodytidae
蚋莺科 Polioptilidae
可能为单型总科
非洲食蜜鸟科 Promeropidae
可能为单型总科
丛莺科 Hyliotidae
可能为戴菊总科 Reguloidea
戴菊科 Regulidae
以下各科虽有时被划为雀下目，但更可能是雀形亚目的基群。
科 Chaetopidae
科 Eupetidae
科 Modulatricidae
岩鹛科 Picathartidae
叶鹎科 Chloropseidae
鸲鹟科 Petroicidae
林啸鹟科 Hylocitreidae
和平鸟科 Irenidae
丽星鹩鹛科 Elachuridae
锺雀科 Cracticidae

参见 
 鸟类DNA分类系统

参考文献 

生物分類學