真菌界（学名：Fungi，单数为Fungus，复数可为Fungi或Funguses[3]）又称菌物界，是真核生物中的一大类群，包含酵母、霉菌之类的微生物以及为人熟知的菇类。真菌自成一界，独立于植物、动物和其他真核生物。

子囊菌门 （Ascomycota）
Neolectomycetes
Neolectales
Pneumocystidomycetes
Pneumocystidales
Schizosaccharomycetes
Schizosaccharomycetales
环境样本
Taphrinomycetes
Taphrinales
Archaeorhizomycetes
Archaeorhizomycetales
环境样本
Arthoniomycetes
Arthoniales
Lichenostigmatales 
目未定
Dothideomycetes
Capnodiales
Dothideales
Myriangiales
Jahnulales
Mytilinidiales
Pleosporales
Botryosphaeriales
Microthyriales
Patellariales
Trypetheliales
目未定及环境、菌根样本
Eurotiomycetes
Chaetothyriales
Pyrenulales
Verrucariales
Coryneliales
Arachnomycetales 
Ascosphaerales 
Eurotiales
Onygenales
Mycocaliciales
目未定及环境样本
Geoglossomycetes
Geoglossales
目未定
Laboulbeniomycetes
Laboulbeniales
Pyxidiophorales
目未定及环境样本
Lecanoromycetes
Acarosporales
Lecanorales
Lecideales
Peltigerales
Teloschistales
Agyriales
Baeomycetales
Ostropales
Rhizocarpales 
Pertusariales
Candelariales
Umbilicariales
目未定及环境样本
Leotiomycetes
Cyttariales
Erysiphales
Helotiales
Leotiales
Rhytismatales
Thelebolales
Medeolariales 
目未定及环境、菌根样本
Lichinomycetes
Eremothallales 
Lichinales
Orbiliomycetes
Orbiliales
Pezizomycetes
Pezizales
目未定
Pneumocystidomycetes
Pneumocystidales
Sordariomycetes
Coronophorales 
Hypocreales 
Melanosporales 
Microascales 
Boliniales 
Calosphaeriales 
Chaetosphaeriales 
Coniochaetales 
Diaporthales 
Ophiostomatales 
Sordariales 
Lulworthiales 
Xylariales 
Phyllachorales 
Trichosphaeriales 
目未定及环境、菌根样本
Saccharomycetes
Saccharomycetales
纲未定及环境、菌根样本

担子菌门 (Basidiomycota)
Tremellomycetes
Cystofilobasidiales
Filobasidiales
Tremellales
Holtermanniales
目未定
Dacrymycetes
Dacrymycetales
Agaricomycetes
Agaricales
Atheliales
Boletales
†Prototaxales  
Amylocorticiales
Jaapiales
Lepidostromatales 
Geastrales
Gomphales
Hysterangiales
Phallales
Auriculariales
Cantharellales
Corticiales
Gloeophyllales
Hymenochaetales
Polyporales
Russulales
Sebacinales
Thelephorales
Trechisporales
目未定及环境样本
Agaricostilbomycetes
Agaricostilbales
Spiculostilbales
目未定及环境样本
Atractiellomycetes
Atractiellales
Classiculomycetes
Classiculales
Cryptomycocolacomycetes
Cryptomycocolacales
Cystobasidiomycetes
Cystobasidiales
Erythrobasidiales
Naohideales
目未定
Microbotryomycetes
Heterogastridiales
Kriegeriales
Leucosporidiales
Microbotryales
Sporidiobolales
目未定及环境样本
Mixiomycetes
Mixiales
Pucciniomycetes
Helicobasidiales
Pachnocybales
Platygloeales
Pucciniales
Septobasidiales
目未定及环境样本
Entorrhizomycetes 
Entorrhizales
Ustilaginomycetes
Urocystales
Ustilaginales
目未定及环境样本
Exobasidiomycetes
Ceraceosorales
Doassansiales
Entylomatales
Exobasidiales
Georgefischeriales
Microstromatales
Tilletiales
Malasseziales
目未定及环境样本
Wallemiomycetes
Wallemiales
Geminibasidiales 
目未定
纲未定及环境、菌根样本

芽枝霉门(Blastocladiomycota)
Blastocladiomycetes
Blastocladiales
目未定
环境样本

壶菌门(Chytridiomycota)
Chytridiomycetes
Chytridiales 
Cladochytriales 
Lobulomycetales 
Polychytriales   
Rhizophlyctidales 
Rhizophydiales 
Spizellomycetales 
目未定
Monoblepharidomycetes
Monoblepharidales
纲未定及环境样本

球囊菌门 (Glomeromycota)
Glomeromycetes
Archaeosporales
Diversisporales
Glomerales
Paraglomerales
目未定及环境样本
纲未定及环境样本

微孢子虫门（Microsporidia）
Minisporea
Minisporida
Microsporea
Microsporida
Metchnikovellea
Metchnikovellida
纲未定及环境样本

新美鞭菌门（Neocallimastigomycota）
Neocallimastigomycetes
Neocallimastigales
纲未定及环境样本

接合菌门 (Zygomycota)
Zygomycetes
Endogonales
Mucorales
Mortierellales
Asellariales
Kickxellales
Dimargaritales
Harpellales
Entomophthorales
Zoopagales
目未定

门未定及环境、菌根样本
其余的真菌种类（包括早期真菌种类及混合DNA片段）

 
界級分類學列表