鰕虎科（学名：）物種按Larson & Murdy (2001)的分類，可分為以下的5个亚科24個屬：

近盲虾虎鱼亚科（Amblyopinae）：如鳗虾虎类（Taenioides）、狼牙虾虎鱼类（Odontamblyopus）。俗称「奶鱼」。背鳍和臀鳍与尾鳍相连，前后背鳍有鳍膜相连；穴居，体长呈鳗形，体色粉红至紫色，眼退化或消失。
虾虎鱼亚科（Gobiinae）
拟虾虎鱼亚科（Gobionellinae）
背眼虾虎鱼亚科（Oxudercinae）：如弹涂鱼类。中国过去称此亚科為「弹涂鱼科（Periophthalmidae）」，与虾虎鱼科并列归入虾虎鱼亚目当中。现已并入虾虎鱼科作为一亚科。 胸鳍基底发达成臂状，在陆上充当行动器官。眼背位，靠近，突出，下眼睑发达。下颌牙仅一排。
双盘虾虎鱼亚科（Sicydiinae）

有些文獻會採用瘤鰕虎亞科（Benthophilinae），包括瘤鰕虎族、新鰕虎族、Ponticolini族。但Catalog of Fishes之類的主流分類仍然只承認鰕虎科傳統的五個亞科，依然把本亞科的物種歸入鰕虎亞科。

阿匍鰕虎魚屬（Aboma）

刺鰕虎魚屬（Acanthogobius）

細棘鰕虎魚屬（Acentrogobius）

阿富鰕虎魚屬（Afurcagobius）

明仁鰕虎魚屬（Akihito）

阿科鰕虎魚屬（Akko）

鈍尾鰕虎魚屬（Amblychaeturichthys）

鈍塘鱧屬（Amblyeleotris）

鈍鰕虎魚屬（Amblygobius）

鈍孔鰕虎魚屬（Amblyotrypauchen）

缰鰕虎魚屬（Amoya）

玻璃鰕虎魚屬（Aphia）

平牙鰕虎魚屬（Apocryptes）

叉牙鰕虎魚屬（Apocryptodon）

網鰕虎魚屬（Arcygobius baliurus）

砂棲鰕虎魚屬（Arenigobius）

阿薩鰕虎魚屬（Aruma）

星塘鱧屬（Asterropteryx）

鞍鰕虎魚屬（Astrabe）

頰溝鰕虎魚屬（Aulopareia）

軟塘鱧屬（Austrolethops）

阿胡鰕虎魚屬（Awaous）

鬍鰕虎魚屬（Barbulifer）

髯毛鰕虎魚屬（Barbuligobius）

深鰕虎魚屬（Bathygobius）

似深蜥鰕虎魚屬（Benthophiloides）

瘤鰕虎屬（Benthophilus）

大彈塗魚屬（Boleophthalmus）

白睛鰕虎魚屬（Bollmannia）

盲鰕虎魚屬（Brachyamblyopus）

短鰕虎魚屬（Brachygobius）

珊瑚鰕虎魚屬（Bryaninops）

冰島鰕虎魚屬（Buenia）

大眼鰕虎魚屬（Cabillus）

隱眼鰕虎魚屬（Caecogobius）

卡佛鰕虎魚屬（Caffrogobius）

硬皮鰕虎魚屬（Callogobius）

頭鰕虎魚屬（Caragobius）

裡海鰕虎魚屬（Caspiosoma）

裸頭鰕虎魚屬（Chaenogobius）

矛尾鰕虎魚屬（Chaeturichthys）

大口鰕虎魚屬（Chasmichthys）

蹼鰕虎魚屬（Chiramenu）

皺鰓鰕虎魚屬（Chlamydogobius）

厚唇鰕虎魚屬（Chonophorus）

雙鱗塘鱧屬（Chriolepis）

柔鰕虎魚屬（Chromogobius）

翼棘鰕虎魚屬（Clariger）

箭鰕虎魚屬（Clevelandia）

瞳鰕虎魚屬（Corcyrogobius）

真盔鰕虎魚屬（Coryogalops）

鯕塘鱧屬（Coryphopterus）
也称植鰕虎屬。

杯鰕虎魚屬（Cotylopus）

縱頰鰕虎魚屬（Creisson）

項冠鰕虎魚屬（Cristatogobius）

寬鰓鰕虎魚屬（Croilia）

擬絲鰕虎魚屬（Cryptocentroides）

絲鰕虎魚屬（Cryptocentrus）

晶鰕虎魚屬（Crystallogobius）

櫛眼鰕虎魚屬（Ctenogobiops）

櫛鰕虎魚屬（Ctenogobius）

櫛孔鰕虎魚屬（Ctenotrypauchen）

三角鰕虎魚屬（Deltentosteus）

皇后鰕虎魚屬（Didogobius）

異翼鰕虎魚屬（Discordipinna）

捷鰕虎魚屬（Drombus）

埃博鰕虎魚屬（Ebomegobius）

荊鰕虎魚屬（Echinogobius）

依柯鰕虎魚屬（Economidichthys）

伊氏鰕虎魚屬（Egglestonichthys）

大頭鰕虎魚屬（Ego）

霓虹鰕虎魚屬（Elacatinus）

鱧鰕虎魚屬（Eleotrica）

懶鰕虎魚屬（Enypnias）

圓鰕虎魚屬（Eucyclogobius）

帶鰕虎魚屬（Eutaeniichthys）

埃弗曼鰕虎魚屬（Evermannia）

艾鰕虎魚屬（Evermannichthys）

磯塘鱧屬（Eviota）

琴鰕虎魚屬（Evorthodus）

無腹竿鰕虎魚屬（Expedio）

鸚鰕虎屬（Exyrias）

蜂巢鰕虎魚屬（Favonigobius）

費爾鰕虎魚屬（Feia）

角吻鰕虎魚屬（Flabelligobius）

植鰕虎屬（Fusigobius）
也称紡錘鰕虎魚屬。

配鰕虎魚屬（Gammogobius）

虎鰕虎魚屬（Garmannia）

姬鰕虎魚屬（Gillichthys）

金氏鰕虎魚屬（Ginsburgellus）

蓋棘鰕虎魚屬（Gladiogobius）

叉舌鰕虎魚屬（Glossogobius）

頜鱗鰕虎魚屬（Gnatholepis）

葉鰕虎魚屬（Gobiodon）

絲鰕虎魚屬（Myersina）

似鰕虎魚屬（Gobioides）

小鰕虎魚屬（Gobionellus）

髯鰕虎魚屬（Gobiopsis）

鰭鰕虎魚屬（Gobiopterus）

鮈鰕虎魚屬（Gobiosoma）

鰕虎魚屬（Gobius）

尻鰕虎魚屬（Gobiusculus）

暗背鰕虎魚屬（Gobulus）

戈羅鰕虎魚屬（Gorogobius）

裸身塘鱧屬（Gymneleotris）

裸身鰕虎魚屬（Gymnogobius）

粗棘鰕虎魚屬（Hazeus）

半鰕虎魚屬（Hemigobius）

異塘鱧屬（Hetereleotris）

異刺蓋鰕虎魚屬（Heteroplopomus）

豚鰕虎魚屬（Hyrcanogobius）

濘鰕虎魚屬（Ilypnus）

犬竿鰕虎魚屬（Inu）

銜鰕虎魚屬（Istigobius）

黏鰕虎魚屬（Kelloggella）

奈波鰕虎魚屬（Knipowitschia）

库曼鰕虎鱼屬（Koumansetta）

壺鰕虎魚屬（Lebetus）

韌鰕虎魚屬（Lentipes）

鱗鰕虎魚屬（Lepidogobius）

萊蘇爾鰕虎魚屬（Lesueurigobius）

遺鰕虎魚屬（Lethops）

冰鰕虎魚屬（Leucopsarion）

梭鰕虎魚屬（Lizagobius）

裂鰕虎魚屬（Lobulogobius）

蝌蚪鰕虎魚屬（Lophiogobius）

冠鰕虎魚屬（Lophogobius）

白頭鰕虎魚屬（Lotilia）

裸葉鰕虎魚屬（Lubricogobius）

竿鰕虎魚屬（Luciogobius）

狼牙雙盤鰕虎魚屬（Luposicya）

血鰕虎魚屬（Lythrypnus）

壯牙鰕虎魚屬（Macrodontogobius）

巨頜鰕虎魚屬（Mahidolia）

芒鰕虎魚屬（Mangarinus）

矇矓鰕虎魚屬（Mauligobius）

中鰕虎魚屬（Mesogobius）

侏鰕虎魚屬（Microgobius）

米勒鰕虎魚屬（Millerigobius）

神秘鰕虎魚屬（Mistichthys）

肩孔鰕虎魚屬（Monishia）

鯔鰕虎魚屬（Mugilogobius）

犁突鰕虎魚屬（Myersina）

線鰭鰕虎魚屬（Nematogobius）

新鰕虎魚屬（Neogobius）

尼斯裸鰕虎魚屬（Nes）

島鰕虎魚屬（Nesogobius）

裸擬鰕虎魚屬（Nudagobioides）

歪鰕虎魚屬（Obliquogobius）

地中海鰕虎魚屬（Odondebuenia）

狼牙鰕虎魚屬（Odontamblyopus）

寡鱗鰕虎魚屬（Oligolepis）

蛇頭鰕虎魚屬（Ophiogobius）

擬刺蓋鰕虎魚屬（Oplopomops）

刺蓋鰕虎魚屬（Oplopomus）

妙音鰕虎魚屬（Opua）

背眼鰕虎魚屬（Oxuderces）

溝鰕虎魚屬（Oxyurichthys）

帕多鰕虎魚屬（Padogobius）

犁鰕虎魚屬（Palatogobius）

苔鰕虎魚屬（Palutrus）

矮鰕虎魚屬（Pandaka）

乳突鰕虎魚屬（Papillogobius）

擬矛尾鰕虎魚屬（Parachaeturichthys）

副葉鰕虎魚屬（Paragobiodon）

副平牙鰕虎魚屬（Parapocryptes）

副孔鰕虎魚屬（Paratrypauchen）

副阿胡鰕虎魚屬（Parawaous）

擬沙鰕虎魚屬（Parkraemeria）

麥鰕虎魚屬（Parrella）

齒彈塗魚屬（Periophthalmodon）

彈塗魚屬（Periophthalmus）

葉狀鰕虎魚屬（Phyllogobius）

扁眼鰕虎魚屬（Platygobiopsis）

腹瓢鰕虎魚屬（Pleurosicya）

鬚鰕虎魚屬（Pogonogobius）

多椎鰕虎魚屬（Polyspondylogobius）

長臀鰕虎魚屬（Pomatoschistus）

犀孔鰕虎魚屬（Porogobius）

鋸鱗鰕虎魚屬（Priolepis）

原吻鰕虎魚屬（Proterorhinus）

砂鰕虎魚屬（Psammogobius）

擬玻璃鰕虎魚屬（Pseudaphya）

擬平牙鰕虎魚屬（Pseudapocryptes）

擬葉鰕虎魚屬（Pseudogobiodon）

擬髯鰕虎魚屬（Pseudogobiopsis）

擬鰕虎魚屬（Pseudogobius）

擬吻鰕虎魚屬（Pseudorhinogobius）

裸滑鰕虎魚屬（Psilogobius）

裸滑塘鱧屬（Psilotris）

高鰭鰕虎魚屬（Pterogobius）

半鱗鰕虎魚屬（Pycnomma）

靜鰕虎魚屬（Quietula）

雷鰕虎魚屬（Redigobius）

吻鰕虎魚屬（Rhingobius）

鯕鰕虎魚屬（Rhinogobiops）

吻鰕虎魚屬（Rhinogobius）

獠牙鰕虎魚屬（Risor）

相模鰕虎魚屬（Sagamia）

青彈塗魚屬（Scartelaos）

裂身鰕虎魚屬（Schismatogobius）

辛氏微體魚屬（Schindleria）
也称辛氏䲁屬。

瓢鰕虎魚屬（Sicydium）

瓢鰭鰕虎魚屬（Sicyopterus）

瓢眼鰕虎魚屬（Sicyopus）

顯色鰕虎魚屬（Signnigobius）

扁頭鰕虎魚屬（Silhouettea）

眶管鰕虎魚屬（Siphonogobius）

岩穴鰕虎魚屬（Speleogobius）

狹鰕虎魚屬（Stenogobius）

點鰕虎魚屬（Stigmatogobius）

枝牙鰕虎魚屬（Stiphodon）

連膜鰕虎魚屬（Stonogobiops）

豬鰕虎魚屬（Sueviota）

多棘鰕虎魚屬（Sufflogobius）

駿河鰕虎魚屬（Suruga）

复鰕虎魚屬（Synechogobius）

鰻鰕虎魚屬（Taenioides）

紋唇毛背魚屬（Taeniolabrus）

塔斯曼鰕虎魚屬（Tasmanogobius）

吸鰕虎魚屬（Tenacigobius）

猛鰕虎魚屬（Thorogobius）

富山鰕虎魚屬（Tomiyamichthys）

縞鰕虎魚屬（Tridentiger）

磨塘鱧屬（Trimma）

微鰕虎魚屬（Trimmatom）

孔鰕虎魚屬（Trypauchen）

塔庫鰕虎魚屬（Tukugobius）

泥鰕虎魚屬（Tyntlastes）

加州盲鰕虎魚屬（Typhlogobius）

凡塘鱧屬（Valenciennea）

梵鰕虎魚屬（Vanderhorstia）

範尼鰕虎魚屬（Vanneaugobius）

管鰕虎魚屬（Varicus）

韋氏鰕虎魚屬（Weberogobius）

惠勒鰕虎魚屬（Wheelerigobius）

裸頰鰕虎魚屬（Yongeichthys）

柴帕鈍牙鰕虎魚屬（Zappa）

真斑馬鰕虎魚屬（Zebrus）

參考文獻

G