ネプリーグのクイズ・企画一覧では、フジテレビで放送されている『ネプリーグ』の企画などを記述する。
なお、深夜時代の企画については『ネプリーグ (深夜時代)』を参照。

基本ルール（通常版） 
2チーム制ルール
ネプチューン3人と、ゲスト2人またはコンビ1組によって構成された「ネプチューンチーム（キャプテン：名倉）」と、ある共通点をもった芸能人などが5人（6人以上参加する場合もあり、その場合はキャプテン以外をステージごとに入れ替えて、代表者5人が挑戦する）でチームを作り対決する。
最終ステージまでの合計得点が高いチームがボーナスステージ・トロッコアドベンチャーに挑戦する。
2013年4月22日放送分から「名倉をキャプテンとするチーム対堀内または泰造をキャプテンとするチームの2つのゲストチームの対抗戦」という形式が登場した。ネプチューンの残り1人がどちらにつくかは回により異なる。また、助っ人として林修が加入する場合もある。
複数チーム制ルール
ネプチューン3人をそれぞれキャプテンとする3チームによる三つ巴戦が行われる。
また、4チームでの対戦が行われることもあり、その場合のキャプテンはゲストもしくは林が務める。
3チーム以上が参戦する回では途中で足きりが発生する場合もあり、決勝である「ファイブボンバー」に進めるのはそれまでの獲得得点上位2チームのみとなる。また、この場合ステージが変わるたびにそれまでの得点はリセットされる。
10VS10ルール
2018年1月8日以降から不定期に、堀内・林らによる「日本代表チーム」対、名倉率いる「世界選抜チーム（外国出身タレント・文化人）」による、10対10の戦いも行われる。また、2020年2月10日以降から不定期にて通常の10対10の戦いも行われる。
第1ステージは「テンリーグ」or「世界ドメジャーリーグ」、最終ステージは10人でファイブボンバーを行う「ウルトラボンバー」で固定されており、それ以外のステージでは「シボリーグ」、「日本語ツアーズバギー」、「デスジャナイサーキット」、「パーセントバルーン」などが行われている。
ネプチューンVSゲストチームルール
2020年5月25日放送分から6月22日放送分まで実施。新型コロナウイルスによる収録の変化に伴う方式。ネプチューン3人とゲストチームによる対決。ゲストチームは前後半に別れて出演する。各ステージでは2人もしくは3人が出場し、3人が出場する場合はネプチューン全員、2人が出場する場合は選抜したメンバーが挑戦。合計得点の多いチームがボーナスステージ・フライングアドベンチャー（2020年5月25日放送分のみ無し）に挑戦する。

いずれも最終ステージ終了時点で同点の場合はサドンデスとして最終ステージのクイズ（「ファイブボンバー」「パーセントバルーン」）を両チーム1問ずつ行い決着をつけるが、それでも同点だった場合は引き分けとなり、両チームの代表が協力してボーナスステージ・トロッコアドベンチャーに挑戦する。また、足切り制でボーダーライン上に複数チームが並んだ場合はそのステージでの脱落は無く、次のステージに持ち越される。

主なステージ（通常版） 

回によって派生アレンジが行われることもあるため、記事中では複数回行われた物のみ記述する。

ブレインタワーシリーズ

ブレインタワー 
2007年1月22日初登場。モニターに映し出された人や物の名前を解答し、10階建てのタワーの頂上を目指す。1問正解で1階分上昇。不正解及び5秒以内に解答できない場合は、解答席が大きく揺れてスタート地点である1階からやり直しとなる。1階で間違えた場合はそのまま1階に止まる。

解答権は、左端のキャプテンから1人ずつローテーション制となっており、正解なら隣の人に解答権が移動する。不正解及び時間切れの場合は次の問題も同じ人が答える。パスは不可。答えは正式名称でないと不正解になる場合がある。人名を答える場合も、日本人、中国人、韓国人の場合は、フルネームで答えなければならない。

制限時間60秒が過ぎるか、屋上到達（10階の問題を正解）で挑戦終了、その時点の階数が記録となる。なお、タイムアップ時のジングルは、1階止まりの時と2階以上に到達した時とでは異なる。最も高く昇ったチームが10ポイント獲得。全チームが同じ階で留まった場合は得点の加算無し（両チームが最上階に到達した場合やスペシャル等3チーム対戦で最上到達階が2チームいた場合は、2チームとも得点が入る）。

2017年8月21日からは制限時間は90秒に伸び、1つの問題の残り時間が表示されるようになった他、物の名前や人名（「この人のフルネームは?」）に加え建造物名（「この建物の名前は?」）なども出題されるようになった。

派生形式として以下のパターンも行われた。
ブレインタワーブックス
2011年1月10日にBブロック第2ステージで初登場。雑誌・漫画など本のタイトル名を解答。制限時間70秒。
ブレインタワーキャラクターズ
エンタリーグで登場。作品や企業のマスコットキャラクターなどのキャラクター名を解答。
USJキャラクターブレインタワー
2023年10月2日に初登場。USJでもお馴染みのキャラクターの名前を解答。制限時間は90秒。
ブレインタワーミュージック
2011年5月23日に初登場。流れている曲のタイトル名を解答。制限時間80秒。 
2021年11月29日放送分以降は、制限時間は60秒に短縮されたが、曲を聞き終わってから5秒以内に解答するルールに変更され、曲が流れている間はタイマーがカウントされなくなった。2022年2月7日放送分では制限時間が70秒、解答時間が約6秒に変更された。2022年7月11日放送分では90秒に延長された。
おみやげブレインタワー
グルメリーグで登場。各地のおみやげの商品名を解答。制限時間70秒。
グルメブレインタワー
2023年9月18日に初登場。世界の料理の名前を解答。制限時間は90秒。
ブレインファクトリー（ブレインタワー・ソロ）
2020年5月18日にネプリーグパーフェクトワールド内で登場。解答者1人だけで10問連続正解を目指す。1問でも間違えたら終了となる。
イングリッシュブレインクロック(イングリッシュブレインタワー・ソロ)
2020年5月11日にネプリーグパーフェクトワールド内で登場。解答者1人だけで10問連続正解を目指す。1問でも間違えたら終了となる。

ブレインタワーゴールド 
2012年2月20日放送「ネプリーグGP」の「ハイパーリーグ」で登場。基本ルールはブレインタワーと同じだが、通常の10階建てから20階にアップ。また、制限時間は90秒。問題ごとの制限時間は2秒ほど伸び、7秒となっている。また、途中で扉が金色になるゴールド問題が挟まり、正解すれば一気に3階上昇する。最も高く昇ったチームに10ポイント（2020年5月25日放送分では20ポイント、3チーム戦では最も上に昇ったチームに20ポイント、次に高く昇ったチームに10ポイント入る）、11階からは軌道エレベーターとなり、ゴール（宇宙空間）に到達すればさらに10ポイント加算。

2020年5月25日、6月15日、7月13日放送分以降からはゴールド問題が登場しない形式が登場。テロップの一部はイングリッシュブレインタワー系のものを使用している。制限時間は100秒(番組内では2020年5月25日放送分が99秒、同年6月15日以降は90秒と表示されていて、タイマーのカウントダウンが本来よりも遅い)。また、問題ごとの制限時間は同年5月25日放送分は通常の5秒、同年6月15日からは7秒で行われている。同年5月25日では2人1組、同年6月15日では3人1組、同年7月13日放送分からは5人1組で行われている。計算問題や物の数を数える問題も新登場し、これまでよりも難易度がUPしている。

ブレインタワーブックスゴールド
2012年3月26日放送の「ネプリーグハイパー」のBブロック第2ステージで登場。ルールはブレインタワーブックスと同じだが、10階建てから20階にアップ。途中で扉が金色になるゴールド問題が挟まり、正解すれば一気に3階上昇する。

イングリッシュブレインタワー 
 2009年4月20日に初登場。日本語を英語に訳す。2022年2月13日放送分からは稀に英語を日本語に和訳する問題も出題される。

派生形式として以下のパターンが行われた。

イングリッシュブレインタワーゴールド
2013年5月27日放送のSPで登場。ルールはイングリッシュブレインタワーと同じだが、10階建てから20階にアップ。途中で扉が金色になるゴールド問題が挟まり、正解すれば一気に3階上昇する。

 ハイパーイングリッシュブレインタワー
2014年4月21日放送のSPで初登場。ルールはイングリッシュブレインタワーゴールドと同じだが、ゴールド問題の代わりに次のような問題が途中で挟まり、これに正解すれば一気に3階上昇する。
 Listen　外国人の子供や特別英語講師からの質問を聞き取って英語で答える。表示される絵から質問される場合もある。
 Read　英文を正しく穴埋める。｢Speak｣として出題される場合もある。
 Which　正しいイディオムを2択から選ぶ。
 Write　英単語のスペルを正しく書き表す。1問当たり14秒程度。
 Speak　表示される場面に応じて自分で英語で表現する。正誤判定は東進ハイスクールの英語講師が○×札で行う。
制限時間は90秒。スペル問題導入後は制限時間は100秒に拡大(2022年3月7日放送分は110秒、2022年9月26日放送分は100秒で10階建て、2023年2月13日放送分も100秒で10階建て)最も高く登ったチームに10ポイント、さらにゴールに到達すれば10ポイント獲得(3チーム戦では最も上に昇ったチームに20ポイント、次に高く昇ったチームに10ポイント入る)。
イングリッシュブレインタワーハード
2017年8月14日に登場。ルールはハイパーイングリッシュブレインタワーと同じだが、中学校で習う英語の問題の中でも難しい問題が登場する。

小学生英語タワー
2021年11月1日・8日放送分に登場。基本的にハイパーイングリッシュブレインタワーとルールは同じだが、制限時間が120秒で10階建て。問題の全てが小学校で習う英語であり、リスニング問題や書き問題を正解しても1階分しか上昇しない。2021年11月8日放送分ではテロップの一部やBGMがブレインタワー(ゴールド)をアレンジしたものとなった。

ネプレール 
2012年7月2日放送「ネプリーグGP」の「ハイパーリーグ」にて初登場。レギュラー放送では2012年8月6日放送で初登場。解答席が列車を模している。指定された言葉に空欄（2016年7月11日から2017年4月24日まで2文字、それ以降は最大4文字、それ以前は1文字）があるので、その空欄に当てはまる文字を書いて解答する。正解の場合は解答権が次の人に進み、不正解の場合は警報機が鳴り、同じ人に次の問題が出題される。映像問題がある場合はタイマーは一時ストップする。10問正解するまでの時間を競う。先攻チームのかかった時間が後攻チームの制限時間となり、後攻チームがその間に10問正解できれば「VICTORY」で後攻チームが10ポイントを、できなければ「TIME OVER」となり、先攻チームが10ポイントを得る。(2022年2月21日放送分では勝利チームが20ポイント獲得)10問正解したのと、タイマーが0になったのが2つ同時だった場合は、「DRAW」となり、2チームとも0ポイント。3チーム以上の対戦の場合、2チーム目以降は挑戦済みチームのタイムのうち最も早いものが制限時間となり、そのタイムを上回れないとそこで敗退。最終的に最も早いタイムを出したチームが10ポイントを得る。同着で1位チームが複数ある場合はそれらのチーム全てに10ポイント。2020年6月22日では基本ルールから1チーム2人にして、交互に5問ずつ答える形式て行われた。

2013年1月21日放送分では、対戦相手の石原軍団チームのみ ドラマ「西部警察」をモチーフにし、列車ではなくパトカー、BGMは西部警察OPテーマを番組でアレンジした物が使用された。

トイエバーセンス
2013年10月7日のSPで初登場。1000人（2021年1月4日は300人）を対象とした「〜と言えば?」というアンケートの1位から5位までを答える。各チームの代表の1人(場合によっては2人)が解答者となり、1人ずつ順番に解答する。2周(チームの回答者が2人の場合は2人合わせて3回)するか5位まで全て解答されるかした時点で1問終了、1つ正解につき10ポイントを得る。2,3問実施され、1問ごとに解答順が変わる。
2020年12月21日のSPでは2021年1月4日のSPの先行公開としてエクストラステージで登場した。

トイエバー10
2022年2月7日放送分にて初登場。「トイエバーセンス」の派生版。ターンテーブルに乗り「〇〇と言えば？」のTOP10をリズムに乗って答える。1つ当てるごとに10ポイント。1人4回ずつ。20回終えた時点で正解できた数だけポイントが入る。3チーム対抗戦の場合各チーム1回戦ずつ行う。

ネプゴーラウンド 
2018年12月3日放送分から登場。メリーゴーラウンドのかごを模したCGセットで2チーム同時に対戦する。

「『白鳥』の『湖』」「『ドン』・『キホーテ』」のように答えの単語が前後半に分かれている問題が出題。各チーム1番手が前半を、2番手が後半を答え、両者とも正解で1問正解。「ゴーラウンド」としてメリーゴーラウンドの回転のように解答順が1つ前にずれ、2番手が前半・3番手が後半という形になる。これを繰り返し、先に一定数の正解（両チーム5人の場合は5問、片方のチームが6人いる場合は6問、7人の場合は7問）をしたチームに10ポイント獲得。両チーム同時に達成した場合は両チーム10ポイント獲得。
原則全員参加だがチームの人数が多い場合は数名モニタールームで待機となる。

デスジャナイサーキット
2019年7月22日放送分にて初登場。1つのテーマについて10問（SP放送のエクストラステージでは8問または7問）の問題が出題され、「デス」または「ジャナイ」で回答する（例:「○○は哺乳類か？哺乳類じゃないか？」など、早く言えば○×クイズ）。プレイヤーはカートに乗ってサーキットを走り、正解だと思う方向にハンドルを切る。正解すると次の問題に進めるが、不正解の場合は不正解者のカートがパン吉が乗るマシーンに壊され脱落。5人全員が脱落するとGAME OVERとなる。
問題は1～4問目はLEVEL1、5～7問目はLEVEL2、8～10問目はLEVEL3で、問題が進むにつれ難しくなる。
1人正解につき1ポイント獲得。全員が全問正解すれば50ポイント獲得。現在はエクストラステージとしてドラマチームなどが賞品をかけてチャレンジすることもある。

ノンストップDJ
2020年10月26日放送分にて初登場。2020年10月5日放送のエクストラステージで登場した「新リスニングクイズ」をアレンジし、レギュラー化したもの。5人がターンテーブルに乗り、お題に沿った解答をDJのリズムに合わせて答える。チームで2～3回戦行い、1人答えるごとに1ポイント獲得。途中で間違えても正解してもリズムに乗れなくても3回まで答え直すことが可能。原則一回戦につき15問(問題によっては10問)。 初回のみ全問正解するとボーナス5ポイントが入り合計20ポイント獲得となる。3回目で答えられなかった場合はその時点で終了となり、その時点までのポイントを獲得できる。
ラウンド毎にメンバーチェンジが可能。映像問題の場合は英語でも日本語でも答えてもよい。早口言葉を噛まずに読む問題もある。

プライスリーグ
2021年2月15日放送分にて初登場。2020年11月30日放送のエクストラステージで登場した「コレイクラチェック」をアレンジし、レギュラー化したもの。
3チーム戦の場合は各チーム1人代表で物の値段や、料金を答えて、1番目に近い人が10ポイント、2番目に近い人が5ポイント獲得となる。3回戦行い1回戦毎に2問行う。
2チーム戦の場合は各チーム2人代表で出場し予想と1番かけ離れていたチームの相手チームに10ポイントが入る。
2回戦行い1回戦毎に3問行う。
予想と一番かけ離れた回答者が『お金の非常識人』となる。
2021年10月18日の「ネプアップデートリーグ」にて派生版の「プライスリーグアップデート」が登場。(後述)
現在はエクストラステージとして行われる。

イレブン／セブンコード
2021年3月22日の『ネプアップデートリーグ』で登場したステージ。同年5月10日に対抗戦のゲームとして初登場。2023年3月13日までイレブンコードとして行われた。
爆弾に繋がれた11本のコードの中でお題で指示された不正解のコード1本以外を全て切る。1本の不正解のコードを除く10本全ての解除に成功すればクリア。順番はハイパーボンバーと同じように5枠が切った後は折り返す。ただし、途中でお題で指示された不正解のコードを切ってしまうとその時点で爆弾が爆発し「GAME OVER」となる。
1本解除成功する毎に1ポイント獲得。通常版初回では、このステージのモニタールームもアップデート同様にこのステージを模した背景になっていた。

2023年5月15日放送分にて「セブンコード」が登場。その名の通り、コードは7本に減らされている。こちら1本解除成功する毎に2ポイント獲得。6本全ての解除に成功すればボーナス8ポイント追加で20ポイント獲得となる。6人参加が原則だがチームの人数が5人の場合はモニタールームから指名された人が挑戦する。セブンコードに変更以降は通常放送でも行われるようになった。

ワンダウト・トレジャー
2021年8月23日放送分にて初登場。「イレブンコード」の派生版。各チーム1人ずつの代表戦。7枚の写真のうち1枚お題に当てはまらない選択肢を選ぶと自分の回答席が爆発し、相手チームに10ポイントが入る。

カラ漢リーグ
2021年6月14日放送分にて初登場。カラオケボックスで見かけるシステムを用いてJ-POPに出てくる歌詞を漢字で書く。
曲が流れてる最中に空白にその歌詞が歌われる前に漢字を書いて正解すれば10ポイント(2022年以降は稀に英単語を書く問題も出てくる)。原則10問（放送回によっては5問又は12問）出題されるが、ライフが5つ（初期は3つ）あり、不正解を1つ出すたびにライフが1つ減ってしまう。間違えたら次の人が同じ問題を解いていくがライフが全部無くなった時点で演奏停止となりカラオケルームが爆発しGAME OVERとなる。ライフが1つでも残ったまま最後まで歌い切ることができればCLEAREDとなる。
解答方式は2022年2月7日以前は5人が順番に繰り返し、ローテーションで解答、同年2月21日以降はファイブツアーズシリーズと同じように1人が間違えるまで連続して解答することができる。
なお、このステージは2チーム戦では2回戦、3チーム戦では1回戦もしくは5問、10問問題を1回戦ずつ行う。

カラ漢サマーリーグ
2021年8月16日の総集編の1コーナーとして登場。夏にまつわる曲のサビのメドレーを4人で行い、1人がミスをするまで連続して解くことができる。間違えたら次のプレイヤーと交代していき、全員ミスした時点でカラオケルームが爆発し終了。2回戦行い、1度でも10問正解すると高級名産品がプレゼントされる。

類語ミステリー
2022年3月7日放送分にて初登場。3チーム戦の場合は各チーム2人ずつ出場、2チーム戦の場合は各チーム3人ずつ出場する。2回戦に移行する際にメンバーチェンジ。問題から読み取れる類語をヒントから読み取り回答する。ヒントは最初は3つだが時間が経過するごとにヒントの数が最大7つまで増えていく。60秒以内に正解を出すことができれば1人につき5ポイント獲得できる。1回戦ごとに3問ずつ計2回戦行う。

キャスティングミュージアム
2021年3月22日放送分『ネプアップデートリーグ』で初登場したステージ。2022年5月16日放送分に対抗戦のゲームとして初登場。アップデート版とは異なり、1～5位の人物を当てると10ポイント、6～10位の人物を当てると5ポイントとなる。3チーム対抗戦の場合、各チーム2人ずつ計6名が挑戦。1問ごとにメンバーチェンジで全3問行われる。

トイエバーアーティスト
基本ルールはキャスティングミュージアムと同様。世界的アーティストの日本人版にふさわしいアーティストを答える。1～5位を当てると10ポイントだが、6位以降の人物を当てると得点は入らない。

ナイスキャスティング
2021年1月25日放送分の冬季講習SPの1コーナーにて登場したステージ。2月15日放送分に対抗戦のゲームとして初登場。2020年12月21日放送のエクストラステージで登場した「ナイスキャスティング」をレギュラー化したもの。
3チーム戦では各チーム代表で2人ずつ出場し、10代〜40代の男女200人に聞いたドラマや映画の実写版で演じてほしい人物BEST5を当てる。
当たることができれば『ナイスキャスティング』となる。
BEST5を1つ当てるごとに10ポイント獲得。1回戦毎に2問、合計2回戦行う。

プレッシャークロック
2022年9月5日放送分にて初登場。2022年6月20日放送分のエクストラステージ「BRAIN Record」をレギュラー化したもの。
6人で10秒以内で解けるような問題を1人ずつ答える。制限時間は6人で合計60秒。当初は全員が答えられた場合のみ10ポイント獲得であったが、2022年9月26日放送分以降は1問正解につき2ポイント、全員答えられたら12ポイント+ボーナス8ポイント、計20ポイント獲得できる。
チームの人数が6人に満たない場合、不足した人数分は最後に相手チームが指名した人物が残りの問題を答えることになる。挑戦は3チーム戦は1回戦、1st STAGEで2チーム戦は1回戦、2チーム戦は2回戦ずつ行う。
計算等の数学の問題が出た場合、数学講師の志田が解説する場合がある。

タイマンプレッシャークロック
2023年6月19日放送分に行われたエクストラステージで先行登場。2023年6月26日にて本編初登場。プレッシャークロックの対戦版。5vs5の対決。制限時間は20秒。答えることができれば勝ち抜けとなり次の対戦相手を指名する。両チーム答えることができなければ仕切り直しとなる。1人勝ち抜く毎に2ポイント、先に5人勝ち抜くことができたチームは20ポイント獲得できる。

パーフェクトコード
2022年10月10日放送分にて初登場。2022年9月5日のエクストラステージに登場した「パーフェクトコード」をそのまま踏襲したもの。
1チーム毎に3人が出場しアルファベットのスペルや様々な順番などを正しく答え、1人が全ての順番を正しく答えることができれば3ポイント(2022年10月24日放送分は5ポイント)1つでも間違えれば即脱落。チームで3問行う。
なお、脱落したプレイヤーの解答は最後にまとめて発表する。

ウチワケリーグ 
2023年2月13日放送分で初登場。(2022年12月5日放送分では形式が違う)
世の中の様々な内訳上位5つを答える。(その他に含まれているものは不正解)
解答権は1人1回で、1つ正解で5ポイント。
全員正解すれば扉が開いて財宝の部屋にたどり着き「」となるが、それ以外は扉が爆発し「」となる。
レギュラー放送で実施される場合は各チーム2問ずつ行われ、2問目は1問目の解答順とは逆回しで1人ずつ解答する。

描き足しリーグ 
2023年4月10日放送分にて初登場。2023年1月9日放送分のエクストラステージに登場した「描き足しリーグ」をそのまま踏襲したもの。
実物の写真に足りないものを描き足す。正解で3ポイント獲得。2チーム戦の場合は各チーム3人ずつ出場する。

キキミミフィーバー 
2020年9月7日放送分にて初登場。前回のエクストラステージで登場した「常識音クイズ」をアレンジし、レギュラー化したもの。普段日常生活の中で耳にするある物や人の声やBGMを答える。初回のみ全5問で5人全員正解で5ポイント。しかし、1人でも不正解者がいた場合はポイントは入らない。3問連続正解で10ポイントが加算される。2020年10月5日以降は1人正解につき1ポイントが加算され、5人の場合は全員正解でボーナス5ポイントが加算される。6人の場合はボーナスポイントはなし。3〜5回戦行う。

キキミミリーグ 
2023年9月25日放送分にて初登場。曲の一部を聞き、歌っている人が本人か偽物かを当てる。本物であれば「リアル」、偽物であれば「フェイク」を選択する。正解で2ポイント獲得。2チーム戦の場合は各チーム3人ずつ出場する。

ファイブリーグ 
深夜時代から放送されているコーナー。正解が5文字になる問題が出題され、1枠の人であれば1文字目、2枠の人であれば2文字目というように1人一文字ずつ答える。ひらがな・漢字かな混じりなど、答える文字種は問題によって指示される場合もある。また、英単語などの場合は全てアルファベット大文字で解答する。

解答後、全員の解答をオープンし、完成した答えを天の声が読み上げて判定する。その際、文字が不明瞭だった場合はその部分を濁し、読みは同じだが字が違う場合はその旨を告げて不正解となる。

また、解答者が間違った解答をしていた場合は緑やオレンジの背景に白抜き文字の合成でその解答を当てはめる場合がある（文字数が多い場合は1・5枠目で調整され、少ない場合は足りない部分が全て｢？｣で表示される）。あっていた場合も、解答者が正解とは違う言葉を浮かべていた場合は表示されることがある。また、正解との近さなどで効果音が変化する。

1問正解で10ポイント獲得。1ラウンドにつき最高5問挑戦することができ、5問連続正解すればボーナス50万円獲得（現在は20ポイントに変更された）。1人でも間違えればそのラウンドは即終了となる。2005年を最後に5問連続正解したチームはいない（不正解になるまで問題数無制限形式・ハイパーファイブリーグ(初代・二代目前期共に)を除く）

ゴールデン放送開始から2005年6月6日の放送まではオープニング問題としてネプチューンチームが番組開始を煽るような問題（答えが「START」や「37364（ミンナ見ろよ）」になる）に解答した。

ゴールデン放送開始当初は3ラウンド制だったが、オープニングステージ（「ブレインタワー」）登場後は2ラウンド制となった。

2013年5月27日放送分から、「1チーム1ラウンドのみ、不正解になるまで問題数無制限」という形式が登場した。この場合は5問連続正解ボーナスは無い。従来の2ラウンド制とどちらで行われるかは回により異なる。

また、通常ルール以外にも様々な派生形式が行われている。
ファイブリーグサドンデス
2005年2月15日、5月2日、10月3日放送分の「芸能界超常識王決定戦」の決勝ステージで登場。
ルールは本戦のファイブリーグと同じだが、挑戦できるのはそれぞれのブロックの優勝チームが1つの問題に同時に挑戦し、どちらか1チームが間違えるまで続行され、勝ったチームが優勝となる。
ファイブリーグアイドル
エンタリーグで登場。エンタメに関する5文字クイズを出題。
ファイブリーグトレンディー
身のまわリーグで登場。トレンディー関連に関する5文字クイズを出題。
ファイブリーググルメ
グルメリーグで登場。グルメ関連に関する5文字クイズを出題、2012年6月4日放送では名倉の実兄(長男で写真のみ)が登場した。
新・広辞苑ファイブリーグ
2018年2月12日に登場。『広辞苑・第七版』に載っている新語を出題。
テンリーグ
2020年2月10日の放送から初登場。正解が10文字になる問題が出題され、10人で答える。各チーム2セット挑戦し、1問正解につき10ポイント獲得。1人でも間違えたらそのラウンドは即終了という「ファイブリーグ」に準じたルールとなる。
『ネプアップデートリーグ』ではボーナスステージとして登場し、コイン5枚以上で挑戦でき、1問でも正解できれば豪華賞品獲得となる。
コンプリーグ
2020年8月17日放送「ネプハイスクールリーグ」で登場。問題の1番〜4番を順番に答える。1人正解で1ポイント、1人目から4人目まで全て正解すれば4ポイント獲得。合計7問行う。
ファイブリーグミュージック
音楽SPで登場。音楽に関する5文字クイズを出題。

ハイパーファイブリーグ 
この名前を持つステージは3種類存在する。
 初代ルール
2012年2月20日放送「ネプリーグGP」の「ハイパーリーグ」で登場。レギュラー放送では同年6月18日に初登場。上記の「ファイブリーグ サドンデス」同様、1つの問題に2チームが同時に挑戦する。双方正解の場合は続行、どちらか1チームが間違えた時点で相手チームに10ポイント加算、双方が同時に間違えた場合は引き分けとなり、どちらにも得点は入らない。2回戦または3回戦実施(回によって異なる)。この方式では5問正解ボーナスは発生しない。
SPなどでは3チーム同時対戦が行われることもあり、この場合は不正解のチームが出た時点でその時に正解したチーム全てが10ポイントを得る。

 二代目ルール
2014年2月10日の放送から登場。30秒以内に5文字の答えを完成させる。（解答席の色は最初はだが、10秒経つと、20秒経つととなる。）正解・不正解問わず各チーム規定セット（3～5問、初登場時のみ5問を2セット行い、間違えるとセットが左右に揺れる）を行う。
また、途中では「スペシャルステージ」として1文字穴埋め形式の問題を指名された人が1問を5秒で解答、正解ならば次の問題（別の人に解答権が移る）に移り、全員正解なら10ポイント獲得となる。間違えたらその時点で終了となる。2016年8月1日には、ボーナスステージとして、同じく1文字穴埋め形式の問題を5人全員が10秒以内で解答し、これを3問続けるというスタイルの問題があった。3問連続正解出来れば、10ポイント獲得となる。こちらでも間違えた時点で終了となる。このステージで、2014年8月11日には3チーム同時、2014年9月29日には2チーム同時の対戦となった。

 三代目ルール
2019年10月7日の放送から登場。1ラウンドにつき最高5問（2019年10月7日放送分は最高4問）挑戦でき、1問正解につき10ポイント獲得。解答制限時間無制限で、1人でも間違えたらそのラウンドは即終了という従来の「ファイブリーグ」に準じたルールで行われている（但し、5問連続正解ボーナスは前述の通り+20ポイントに変更された）。解答席の色は各チームによって、、と異なる。

ハイパーファイブリーグ+（プラス）
2019年5月27日の放送で初登場。正解が6文字(2020年4月13日放送では7文字)になる問題が出題され、6〜7人で答える。1ラウンドにつき最高5問（2020年9月7日放送分は問題数無制限）挑戦でき、1問正解につき10ポイント獲得。「ハイパーファイブリーグ」（二代目前期）とは異なり解答制限時間無制限で、1人でも間違えたらそのラウンドは即終了という通常の「ファイブリーグ」に準じたルールとなる。

ファイブツアーズシリーズ 
2005年2月15日放送にて初登場。2005年 - 2007年までは「ファイブツアーズ」（現在の「ファイブツアーズジェット」）。2008年より「ファイブツアーズジェット」と「ファイブツアーズバギー」のいずれかを行っている。SPでは複数同時に行われる事もあり、その際やマシンの都合によっては別の種目の乗り物が代用される場合がある。

1問あたり18秒の制限時間があり、解答者は1人。時間切れになるとマシンがダメージを受け、次の人に解答権が移り同じ問題に挑戦する。全滅した時点で「GAME OVER」。全問正解すれば「CLEARED」となる。

挑戦は1人ずつ行い、解答者は「操縦士」や「ドライバー」として解答席に立ち、手元のタッチパネルで解答を入力する。ボタンを押して決定することで初めて解答が認められるため、答えを入力したまま決定ボタンを押し忘れることもある。消去ボタンを押すことで入力した内容を消して打ち直すこともできる。

解答順は、チーム内で相談して決定。ネプチューンチームは、基本的に堀内・泰造は3番手と4番手だが、ゲストによっては早い段階での出番がくることがある。名倉は5番手に固定。但し、林が登場するときは、林が5番手で、ネプチューンは2～4番手で登場する。ネプチューンが別れて戦う場合は、堀内・泰造も5番手を務める事が多い。(後述のトラップハウスも同様。)

ファイブツアーズジェット
コーナー名は2007年以前は単に「ファイブツアーズ」であったが、2008年から「ファイブツアーズバギー」（後述）の登場により、区別のため「ファイブツアーズジェット」に改題された。2012年2月20日放送分まで実施されていた。
ジェットにちなんで、解答席は「操縦席」であり、解答者も「操縦士」となり、乗り物も宇宙船等を模している。

出題されている漢字の読みを、手元にあるタッチパネルで漢字の読みを正確に入力して解答。決定ボタンで解答を送る際、「よみがなミサイル」を発射して攻撃する。正しければ漢字は爆発(読みが複数ある場合もある)。10ポイント獲得して、次の問題へ進める。不正解の場合は時間の許す限り、読みは跳ね返されて答え直しとなる。2005年10月31日の放送から文字の色が白から黄色に変わり、送り仮名の漢字も導入され、送り仮名を含む漢字の場合、送り仮名も入力すると不正解となり、「※送り仮名の入力は不正解」のテロップが表示される。2006年7月3日の放送から決定ボタンの位置が変更された。

同じ漢字を2人連続で答えられなかった場合には、視聴者向けにヒントのテロップが表示される。読み仮名の字数は最高14文字まで表示される。
原則、人名・地名の問題が必ず1問ずつ含まれ、地名なら日本地図や世界地図が、人名なら顔写真やイラストが、歴史的建造物なら建物の写真が問題の後ろからついてくるように併記されている。

また、ことわざや四字熟語、慣用句や一部の用言に関しては、正解後に解答にその言葉の意味が併記される。

ステージ内容
進行度によって背景や登場キャラクター、BGMが変わっていく。時期によってマイナーチェンジをしている。2005年4月25日の放送からFINALでは漢字(送り仮名導入後では送り仮名以外)には炎のエフェクト、BGM、ボスキャラが倒される演出(2005年10月3日以降)は統一している。

2005年2月15日放送のみ（パイロット版）、2005年4月18日放送分から2005年9月26日放送（初代）、2005年10月3日放送から2006年9月4日放送（2代目）は全チームが宇宙ステージだったが、2006年10月2日放送以降は従来の宇宙ステージ（2代目）の他に新たに2つのステージ（海底ステージ・時代ステージ）が加わり、その3つの中から出発時にステージがランダムで決まる。2007年8月13日放送分から世界ステージが追加され、それ以降は4つのステージの中から出発時にランダムに決まったステージで行われるようになる。時代ステージでは出題漢字は橙色(初登場時・他のステージは黄色)、海底ステージ・世界ステージではよみがなミサイルの色は桃色(他のステージは水色)。2012年2月20日放送分ではFINALのみハイパー版同様にキャラクターが3Dで攻撃してくる演出が追加された。

ハイパーファイブツアーズジェット（ハイパーツアーズジェット） 
2009年12月21日放送のスペシャルで初登場した難易度アップ版。ファイブツアーズジェットの中でも難読漢字のみが出題される。後述のファイブツアーズバギーと同じく、時間切れになるとキャラクターが3Dで攻撃してくる。その他のルールは通常回と同じ。5人で30問正解すれば100万円。
2011年2月7日以降に放送の「ネプリーグGP」の「インテリーグ」では15問に短縮され、1問正解で10ポイント。尚、全問正解で賞金のルールは廃止となった。
2012年12月3日にはレギュラー放送で初実施。通常のファイブツアーズジェットと同様全10問、1問正解で10ポイント。また、この回では3Dで攻撃してくる演出が一部リニューアルされた。
2022年8月8日放送からは当コーナー及び上記の通常版のステージと当コーナーのステージ名に下記の「林先生の漢字テストツアーズ」「日本語ツアーズバギー」をベースにした形式で行われている。

ファイブツアーズバギー 
2008年1月3日の特番にて、Aブロック第2ステージで初登場。バギーにちなんで、解答席は「運転席」となり、解答者は「ドライバー」となる。

出題される赤いカタカナの言葉(振り仮名や読み仮名等)を、手元のタッチパネルに漢字で正確に書いて解答。決定ボタンを押して解答を送る際は「書き取りビーム」で書いた石板を発射して攻撃する。正しければ爆発し、10ポイント獲得して次の問題へ進める(答えが複数の場合もある)。不正解の場合は時間の許す限り、石板が壊れ、跳ね返って答え直しとなる。

書き順の正誤や、止め・はね・はらいなど細かい部分は問われないが、書き具合によっては丁寧に書かれていないと認められない場合もある。書き順が誤っている場合、「判定には含みません」旨のテロップが出る。さんずいや門構え等一般に周知の部分を（通常の漢字テストなら誤答とする程）崩して書いても正解な場合がある一方、書き間違いが多いよくある漢字ミスについてはそれなりに厳しく判定される傾向がある。判定詳細は各問題毎に委ねられている。「ファイブツアーズジェット」と同様、地名・人名の問題が1問ずつ含まれている。また、「ファイブツアーズジェット」と同様、ことわざや四字熟語、慣用句や一部の用言に関しては正解後に解答に意味が併記される。1題あたりに出題される文字数は基本1文字か2文字だが、3文字以上(最大で4文字)書く問題も出題されることもある。

回に応じて7問構成の短縮版となる場合もあり、その場合はLEVEL1からLEVEL3まで2問刻みで行われる、拡大版の場合は13問構成でLEVEL4(カテゴリー4)もある。

2013年4月1日のSPからは「チャンス問題」システムが登場。ゲーム内に指定回数（回によって0～2回、主にカテゴリー1・2の最後の問題）発生し、本来は白い石版に黒い字（初登場時のみ赤い字）で答えを書くが、この問題では金縁に黒の石版に白い字で答えを書く（読み問題の場合は、出題された漢字に枠が追加される。読み書きともに、学園ステージでは途中から購買部のカウンターあるいはボードを模した石版が登場した）。チャンス問題に正解すると「BONUS MISSION」に突入。制限時間は30秒。時間内に正解できればボーナス10ポイント獲得。MISSIONの成否に関わらず、通常問題に戻る。チャンス問題に突入出来るチャンスは1問に付き1回限りで、正解出来なかった場合はチャンスが消えてしまい（通常問題になる）、交代したメンバーがその問題に正解してもBONUS MISSIONには入らない。

MISSIONのレパートリーは現時点では以下の通り。
 指定された読みや部首・1文字で何かを表す漢字、あるいは指定された物（漢字を使うもの）を5種類（ボーナス登場当初は3種類）
 二字熟語の簡単なクロスワード。左右と上の3方向に示された漢字と組み合わせるとそれぞれ2文字の熟語になる共通の漢字1文字
 表示された二字熟語の対義語（ただし書くのはそれぞれどちらかの1文字目だけでいい）を3つ完成させる
 送り仮名付きの漢字の2つ言葉のうち正しいものを選ぶ。3問出題（1回でも間違えると即失敗）
 表示された熟語の赤文字の部分と、同じ漢字が2択の選択肢の熟語の赤い枠に当てはまるものを選ぶ。3問出題（1回でも間違うと即失敗）。
 「トラップハウス」を踏襲したと思われる誤字訂正問題。3～5文字の漢字を使った言葉で（ひらがな付きの場合もあり）、間違っている箇所を押して正しく書き直す。ジャンルは普通の熟語や地名、人名など。2問出題。なおトラップハウスとは異なり時間内であれば不正解でも回答し直す事ができ、ノーチェンジや複数の間違いがある問題は出題されない。
最初の2種類以外のボーナスは「林先生の漢字テストツアーズ」から登場。
ステージ内容
ファイブツアーズジェット同様進行度によって背景や登場キャラクター、BGMが変わっていく。時期によってマイナーチェンジをしている。バギーでは5秒前のカウントダウンが始まるとキャラクターが攻撃してくる。

小人ステージでのLEVEL2・LEVEL3のキャラクターは2種類ずつあり、チームごとにランダムで変わる。
洞窟ステージ（2代目）のFINALは2014年9月29日放送分から「大魔王パン吉」、「大魔王林修」に変更された。
学園ステージのカテゴリー2・3は挑戦ごとに3種類の部屋と先生からランダムに2種類が登場する。FINAL以外のカテゴリー開始時には林修のキャラクターが登場し、手を振って挑戦者を見送る演出がある。林がいるチームでは当初は誰もいなかったが、2015年8月10日以降は林の代わりに、ネプチューンをモチーフにしたヤンキー風の名倉(黒い団旗には「満里奈命」と書かれている)、受験生の堀内、女子高生に扮した泰造）キャラクターが各カテゴリー開始時に登場する。「小学生漢字ツアーズ」「日本語ツアーズバギー」では登場しない。
「林先生の漢字テスト（バギー）」「林先生の漢字テストツアーズ」では、林がいないチームの挑戦時のみFINALでは林がラスボスとして登場する。
2016年6月6日放送分のみ、フジテレビで行われていた「宇宙ウィーク」に合わせ、学園ステージから分岐し、カテゴリー3では宇宙空間・隕石群で「宇宙服を着た理科の先生」、FINALではブラックホールにて「メカパン吉」と対決。クリア時は発射台に戻った。
2016年7月11日放送分からは時折スペシャル時のみ、カテゴリー4が登場することがある。ボーナスを除けば合計13問出題（カテゴリー1から3問刻み＋ファイナル1問）。
FINALでは、専用BGMとしてBasement Jaxxの「intro」が使用されていたが、2021年4月5日以降、リミックスのBGMに変更された。2016年6月6日放送分では「宇宙ウィーク」に合わせた別BGM、2019年1月21日放送分では出題された曲名に合わせてサザンオールスターズの「希望の轍」、2021年3月1日放送分ではSnow Manのチーム分け対決にちなんで「D.D.」と「Big bang sweet」が使用され、2021年11月1日の小学生漢字ツアーズでは「怒りの日」のリミックス。
2019年9月9日放送分ではフジテレビがホスト局として放送しているバレーボールワールドカップに因んで、全日本メンバーの柳田将洋と全日本男子監督の中垣内祐一が出題者として登場。
2022年8月8日放送分からはバギーのコースではなく(ハイパー)ファイブツアーズジェット(前述)のコースが使用され、スタート地点もジェットの発射台、機体もジェット（2023年5月8日放送分まではCG仕様）が使われ、ステージ名も「ハイパーツアーズジェット」表記となった（レベル表記は通常通りLEVEL1からLEVEL3とFINALにボーナスが追加）。

ハイパーツアーズイングリッシュ 
2011年2月7日放送「ネプリーグGP」の「インテリーグ」で登場。ステージ構成はバギーの小人ステージと同一。
基本的なルールや演出は他のツアーズと全く同じで、出題された単語のスペルをタッチパネルで入力し解答する（ファイブツアーズジェットと同様のシステム）。問題は他のツアーズより5問多い15問構成となっている。

受験ツアーズバギー 
2013年6月24日初登場(ファイブツアーズバギー名義もある)。ルールは通常のファイブツアーズバギーと同じだが、問題がすべて中学・高校・大学の有名難関校の過去に出題された入試問題（大学の場合は学部も表示される）から出題されるが一部アレンジ問題が含まれている。入試問題は林修がレギュラーとなった同年春から出題されていたが、正式にコーナー名がついて2014年8月25日まで行われていた。

林先生の漢字テスト→林先生の漢字テストバギー 
2014年4月14日のスペシャルから2014年11月24日まで登場(2014年9月8日から「林先生の漢字テストバギー」に変更)。ルールは通常のファイブツアーズバギーと同じだが、林修考案の問題が出題され、最終問題では林のキャラクターが登場する（林自身がいるチームが挑戦する時は難易度を合わせて番組考案の問題が出題、最終問題では通常のキャラクターが登場する）。このルール時のみ各ステージ名が「カテゴリー（1～3）」と表記される。出題されるカテゴリーは、その名の通りすぐには書きにくい「書き間違いが多い漢字」、読みが同じ漢字問題が出題される「同音異義語」「同訓異義語」、最近のニュースにちなんだ漢字が出題される「書くなら今でしょ!時事漢字」、「書けて当然！中（小）学校で習う漢字」など。最終問題は、林が「基本的に正解させる気はない」と豪語する「林先生からの最終問題」が出題される。林が挑戦する際の問題（難易度合わせて番組で作成した問題）での最終問題のテロップは「FINAL 最終問題」となる（「林先生からの」が消える）、回によって問題数が異なる。

林先生の漢字テストツアーズ
2014年12月8日のスペシャルから2018年10月1日まで登場。漢字テストバギーと同様に、林修考案の問題が出題される（林修がいるチーム挑戦時は番組考案の問題が出題される）が、カテゴリー1に「読めないと恥ずかしい漢字」（2015年5月25日以降）、「読み間違いが多い漢字」（2015年5月11日まで）、「読めないと恥ずかしい地名」(2016年5月23日以降不定期)、ファイナルに「難読漢字」などの読み問題が登場し、そのカテゴリー中に限り、出題時の演出及び入力インターフェイスなどがファイブツアーズジェットと同じものに切り替わる。ファイブツアーズシリーズで読み問題・書き問題両方が出題されるのは初めて。セットはファイブツアーズジェットのものが使われる。2018年6月11日放送のカテゴリー2に「故事成語」、2018年5月21日と同年の7月9日放送のカテゴリー2には「対義語」が登場し、語彙力を問われる問題も登場する。カテゴリー1・カテゴリー2が「小学校で習う漢字」「中学校で習う漢字」の場合は各学年ごとに1問ずつのためカテゴリー1のみ6問の13問制。2017年8月14日放送分では通常カテゴリー9問に加え、FINALも3問の計12問というFINALが登場。なお林がいるチームは最後に挑戦する。

日本語ツアーズバギー／ハイパーツアーズジェット
2018年11月5日放送分から登場。出題内容は漢字テストツアーズと変化は無いが、ボーナスステージでは『広辞苑』に新たに追加された語句や、新語・流行語などのカタカナで回答する問題が出されることがあり、漢字だけではなく日本語全般の知識が問われる。カテゴリーや問題数は回によって異なり、全ての問題が書き問題の場合もある。なお、林修は問題作成に携わっていない。
2020年4月13日放送分から2023年5月8日放送分まで（2020年4月20日放送分は除く）は新型コロナウイルスの影響により、バギー（ハイパーツアーズジェットではジェット）はCG仕様となっており、5月25日放送分から6月22日放送分までは各チーム2・3人ずつ挑戦という形式で行った。

主なカテゴリー(2020年11月2日以降、最終問題を除く)
 漢検2級(2級以下の漢字も出題)
 教科書にでる漢字の読み・書き
 間違いを1文字書き直す
 センター試験や入試の過去問題
 略語を略さずに書く
 カタカナ語を漢字・漢字をカタカナ語に書く
 反対語を書く
 同音異義語 or 同訓異義語
 バラバラになった四字熟語・故事成語・ことわざをタッチで正しい順番に並べ替える
 手紙、履歴書などで使う漢字
など、日によって問題数、カテゴリーが異なる。 

BONUSで「ファイブツアーズバギー」から追加されたもの
 5人で広辞苑に載っている二文字熟語のしりとりをする。最初のお題は番組側が出す。制限時間は1人15秒。全員正解でCLEAR。判定に時間がかかる時があるが、その時は一時的にタイマーがストップする。
 新漢語林に載っている漢字の中で、出された画数の漢字を5人で書く。制限時間は1人15秒。全員正解でCLEAR。
指定された読みを持つ漢字を5人で書く。制限時間は1人15秒。全員正解でCLEAR。
出題された言葉の尊敬語を答える問題。（「言う」の場合は「おっしゃる」と答える）。2問出題。
 略語を略さずに書く、2問出題(場合によってはカテゴリーに輸入される)。
 出された3つの言葉に共通した言葉を書く問題。前か後ろにつく。2問出題。
 四字熟語の隠されている共通の漢字を答える（？長？短の場合は一を答える）。2問出題。
 同じ漢字で送り仮名が同じの訓読みの読みを2つ答える。（「認める」の場合、「みと」と「したた」を書いて答える）。
正しい日本語を2つの言葉のうち正しいものを選ぶ。2〜3問出題。（1回でも間違えると即失敗）
 正しい仮名遣いや正しい敬語などを2つの言葉のうち正しいものを選ぶ。2〜3問出題（1回でも間違えると即失敗）
 文字の4つのパーツを組み合わせて、二字熟語を完成させる。（米、斗、王、里の場合は料理と答える）
 新明解国語辞典に追加された言葉を書く問題。問題で言葉の意味が出されるのでその意味の言葉を答える。
 文字の4つのパーツを組み合わせて、漢字一文字を完成させる。（女、又、心の場合は「怒」と答える）。
 漢字がたくさんある絵で何を表しているか口頭で答える問題。(ツアーズ系で口頭で答えるのは初)。
 創作漢字(創作漢字コンテスト受賞作品)を見て、何を表しているかを口頭で答える。2問で45秒。
複数の漢字を見て、何に共通して当てはまるのかを口頭で答える。制限時間は30秒又は40秒。(王、火、犬、手、中の場合は共通するのは画数が4画)。

小学生漢字ツアーズ 
2021年11月1日・8日放送分に登場。ステージは前述の学校ステージが用いられる。（乗り物はバギーのCG）ルールは基本のファイブツアーズバギーと同じで全てが書き問題。問題は全て小学校で習う漢字（小学校で習わない読みを含む）から出題されるが、ファイナルのみ中学受験で出題された漢字から出題される。

日本語ツアーズバイク 
2020年5月18日放送分のみ登場。ステージは前述の洞窟ステージ(3代目)を用いて行われる。
代表者1人がバイクに乗り、読み4問･書き4問の全8問の漢字問題に挑戦する。時間切れになるとバイクが爆発し「GAME OVER」となる。

ファイブツアーズバトル 
2018年1月8日のスペシャルから登場。両チーム5人ずつが車に乗り、同時に漢字の書き取り問題(2018年5月7日放送は一部読み問題)に挑戦する。通常と違い解答途中の状況は表示されず、解答確定後の書き直しもできない。また、読み問題も書き問題のインターフェースで答える。正解であれば続行、不正解であれば脱落。先に5人全員が脱落したチームが敗北となる。勝利チームは20ポイント獲得。問題を全て消化した場合、両チームが1人でも残っていた場合は引き分けとなり、両チーム共に20ポイント獲得(2018年1月8日放送ではやくみつると林修のエキシビションマッチ、2018年3月19日放送の時はやくみつると小島慶子の対決で勝った方が林修と対決するといったエキジビションマッチが行われた)。
2020年2月10日放送分では「日本語ツアーズバトル」として書き取り問題・読み問題のほかにボーナスステージとして「パイレーツアタック」の類似問題が出題された。ステージ構成も通常と違い、序盤戦は城下町、中盤戦は城内、終盤戦は金色の天守閣、ボーナスは殿様となり、決着時は天守からの眺めとともに「あっぱれ」と表示される。脱落時は土佐兄弟扮する忍者に車から降ろされ、モニタールームに戻される。
2021年5月24日放送分のみは乗り物がドローンになり、同日以降は新型コロナウイルス感染拡大防止のため、乗り物に乗るのは3名までで不正解の時に忍者は登場せず、待機しているメンバーと交代する形式になった。

ファイブボンバー 
答えが5つ以上ある問題を1枠の解答者から順に答えていく。5人全員が正解できればクリアとなり、「」のテロップが出る。得点は1つ正解ごとに10ポイント。パスはできず、正解するまで次の解答者に解答権を渡せないが、時間内なら誤答ペナルティはなく、何度でも解答し直せる。制限時間は30秒で、残り時間が5秒を切ると警告音とカウントダウンが出る。時間切れになると背景奥の大型爆弾が爆発し「」。回数は1チームにつき1～3問（回によって異なる）。パイプの色は1枠から、、、、。

挑戦時にはここまでの合計点数が少ないチーム順に挑戦する。その際、2番目以降に挑戦するチームは残る問題を全問正解しても相手チームに追いつけなくなった時点で打ち切られ敗退が決定する。また、最後に挑戦するチームは現時点の1位の得点を上回った時点（勝利確定）で打ち切りとなり終了し（この場合、テロップは「」ではなく赤字（初期は金色でCLEAREDと同じ書体）で「」と表示される）、レギュラー放送の場合はボーナスステージ、スペシャル放送の場合は決勝ステージ（現在は通常版、もしくはハイパー版ボーナスステージ）への進出となる。

また、同点となった場合はサドンデスとして両チーム1問ずつ挑戦。正解数に差がついた時点で決着となるが、両チームがパーフェクトを出す等で、決着せずに引き分けとなる場合がある。

出題前なら順番の席替えも可。先に答えるメンバーは、残りのメンバーが答えやすいように敢えて難しいものを選ぶのがセオリーだが、そもそも答えられないと次の人に解答権を渡せないため、的確な判断力が求められる責任重大な役となる。

また、問題の中には「5つのうち1つに該当するものを1つずつ答える問題」も用意され、答えそのものは多々あっても1人が答えるごとに正解の選択肢そのものが制限されていく。例えば、「ア・イ・ウ・エ・オではじまる国の名前　1つずつ答えろ」という問題の場合、1人目が「イ」で始まる解答（例:インド）をすると、残りの解答者は「イ」を使えなくなる（例：イタリア）ため、他の選択肢から答えを探す必要がある。もう1つは、広辞苑に乗っている言葉の中で『○○のような◯◯という言葉　5つ答えろ』も用意され、この場合、天の声が出した例題を答えた場合も不正解となるものや、「5×5のパネルの中から単語を探す問題」もありこの場合、縦・横・斜めでどこからでも読むことができ、何度でも使用可能、ただしL字に曲がって読んではいけない。

また、テーマに沿ったそれぞれの物事を答える問題（例：出された5冊の本の著者を答える）もある（登場初期は問題を指定しなくても良かったが、後に①から⑤とナンバリングされるようになり回答前に番号をコールしてから答えるようになった。）。

ファイブボンバーエンタ
2011年2月7日放送の「ネプリーグGP」の「エンタリーグ」で初登場。答えが5つ以上ある芸能問題に挑む。制限時間は通常のボンバーと同じ30秒。

ハイパーボンバー 
2009年12月21日放送のSPで初登場。ファイブボンバーのバージョンアップ版。答えが10個以上ある過去問題に挑むが、過去に答えた5つは除外されるため、それ以外から5つ答える必要がある。

2011年2月7日放送「ネプリーグGP」の「インテリーグ」からは、答えが10個以上ある問題に挑むが、最初の5つを解答後、5枠から折り返して残りの5個を解答する。そのため5枠は2つ連続で答えなければならない。制限時間はファイブボンバーの倍の60秒。ただし、書き問題と音楽SP時の歌って答える問題はこの限りではない。最初の5個解答後、パイプが交換されて一旦リフトの高さが揃えられ、以降は爆弾も白から金色になる。

2020年9月21日放送からは書き問題が導入された。
2021年1月4日の放送では6人で回答し合計12個答える問題が導入された。制限時間は60秒。パイプの色は1枠から、、、、、。座席はウルトラボンバーで使用される座席を流用している。
2021年11月1日・8日放送分では、出題される問題すべてが小学校で習うものであったため、｢小学生ハイパーボンバー｣と題して行われた。
2022年7月11日放送分から歌って解答する問題が導入された。

メガボンバー 
2016年4月18日放送のSPで初登場。答えが15個以上ある問題に挑むが、最初の10個まではハイパーボンバーと同じルールで、60秒以内に10個目を答えると再びパイプが交換されて背景が暗転し、ボーナスゲームに突入する。ボーナスゲームではあと5つを30秒間で答えていく。しかし、10個を答えた時の残り時間は継続されない。また、一回につき最大150ポイント獲得できる。ボーナスゲームでは正解した人のパイプが白く光る。また、GAME OVERの文字の演出が変化している。また、クリア時のテロップは「」ではなく、「」。ボーナスゲームでの爆弾の色は現在のファイブボンバーや通常のハイパーボンバーの復路と同じく金色。
テーマに沿ったそれぞれの物事を答える問題では初めに1番から10番の問題が出題され、10問正解後、11番から15番の問題が出題される。
主にハイパーボンバーでの最終問題に行われるが、最終挑戦チームはその時の1位のチームとの点差が100ポイント未満の場合は事実上通常のハイパーボンバーで決着をつける形になる。以前は2時間放送の場合のみ行われていたが、現在は通常放送でも行われるようになった。また初回と現在で少しだけ背景が異なっている。

ウルトラボンバー 
2018年1月8日SPに初登場。放送時は各チーム10人おり、全員参加となる。パイプの色は、1枠から、、、、、、、、、。

ルールは通常のボンバーと同じだが、1番目に答える人はランダムで決まる（10枠が正解後は1枠に解答権が移る）。

ラリーボンバー/シボリーグ
2019年3月11日「知識王トーナメント」に登場。答えが複数ある問題をラリー形式で答えていき、最後まで答えられたプレイヤーの勝利となる。前述のファイブボンバーシリーズとは違い問題全体の制限時間はなく、それぞれ持ち時間10秒以内で回答しなければならない。なお、5秒前のカウントダウンはフォントが変わっており、音声が追加されている。また、勝ったプレイヤーには従来の逆転勝ちの時と同じWINが表示される。

また、ファイブボンバーシリーズには登場しない独自のクイズ形式も登場している。
1番から6番の写真の中から1つを選択し答える形式（例:「次の美術作品の作者の名前をしぼり出せ」など）。答えが出るとその番号の問題は別の問題に差し代わる。なお、問題のストックが切れた場合は、その番号の出題は終了となり、全て答えが出た場合は、引き分けとなる。
解答をモニターに書いて答える形式（例:「魚へんの漢字を書いてしぼり出せ」「地図記号を描いてしぼり出せ」など）。
モニターをタッチして選択してから口頭で答える形式（例:「ヨーロッパの国を選択してからその国名をしぼり出せ」など）。

3人での対決では1人脱落しても問題は変わらず、その問題のまま2人で継続。
答えが全て出た場合は前例がないため不明。

登場当初の背景はシリーズ同様のパイプと爆弾によるものだったが、シボリーグに改題して以降は脳を象ったオブジェに変更されており、シリーズと区別されている。

2020年2月10日放送分では新ルールで登場。各チーム10人全員、合計20人で行うステージとなった。
両チームともライフを5つ持っており、誤答もしくは時間切れでライフを1つ失う。ライフを全て失うとチーム全員が回答権を失う。
まず一方のチームの1番手が問題に対する解答を1つ答える。正解なら1ポイント獲得。正誤問わず解答権は相手チームの次の回答者へ移動する。これを繰り返し、20人全員が回答したら、以降は”フラッシュゾーン”(この時ローマ字の表記も「SHIBO LEAGUE」から「FLASH ZONE」に変わる)となり、早押しとなる。早押しで正解すると2ポイント獲得。フラッシュゾーンは両チームのライフが無くなるまで続く。これまでのシボリーグとは異なり、回答席にモニターが設置されていないため、回答は全て口頭となる。

シボリーグが新ルールで登場してからは、通常放送でも行われるようになった。こちらは両チームともライフを3つ持っており、誤答(解答済み、外道な解答)もしくは時間切れでライフを1つ失い、すべてのライフを失うと終了というルールで行われた。その他のルールはSP放送と同じ。

2020年5月25日放送では最終ステージとして行われ、1つ答える毎に10ポイント各チーム2人ずつ挑み、全員が脱落するまで行われる。

2020年6月15日放送では「ダブルボンバー」として登場。基本的な仕組みは変わらないが、得点が正解数に比例した物から「最後まで残った人のいるチームに10ポイント」に変更されている。

2020年8月17日放送「ネプハイスクールリーグ」では「ソロボンバー」として決勝ステージにて登場。こちらも基本的な仕組みは変わらないが、ルールは初期のラリーボンバー（シボリーグ）とほぼ同じルールで行われ、先に2勝したチームが優勝というルールで行われた。

2022年8月15日放送の総集編では初期のラリーボンバーのルールで林とQuizKnockが対戦するという形式で行われ、コーナー名は再び「ラリーボンバー」に戻った。

2023年2月6日放送の総集編ではラリーボンバーのルールでシボリーグを林とQuizKnockが対戦するという形式で行われた。

パーセントバルーン 
2014年4月21日のSPで初登場。100個（初回のみ50個、最下位のチームは規定された個数）の風船で吊り上げられた気球を模した解答席で答える。チームの5人が1問ずつ、あるものの割合をパーセンテージで解答する問題に答える。風船の色は・・・・・・・の8色が使われている。

1パーセントの誤差につき1個風船が割れ、5問終了時点で残っている風船の数と同数のポイントを獲得する。ただし、途中で風船がすべて割れた場合はその時点で終了となり、超過の有無を問わず0ポイント。

正解と解答が同じであれば「」と表示され、加えて2018年7月9日放送分以降はボーナスとして風船が10個追加される。風船が100個以上残っている場合も通常通り追加されるため、理論上の上限は150個となる。

クイズのスタート時に気球についているおもりを捨て上空へ浮かび上がる演出が行われる。風船の個数によって背景の高度が上空（雲の上、残り70個以上）→中空（丘の頂上付近、残り69～40個）→低空（嵐吹き荒れる谷、残り39個以下）と変わり、最終的に風船が残っていればパン吉がいるリゾートの島に着陸し、「」となるが、0個となった場合は砂嵐が吹き荒れる砂漠に墜落してしまい、「」となる。2020年5月11日から2020年6月22日までは70個以上の上空は変更がなかったが、69～40個の中空が「お台場上空」、39個以下の低空が「お台場（フジテレビ社屋スレスレ）」、クリアが「フジテレビ社屋が建つお台場の海岸」、ゲームオーバーが「フジテレビ社屋が建つ砂漠」に差し替えられていたが、2020年6月29日放送分以降は元の背景に戻されている。

最終ステージとなる場合、後攻チーム（3チームの場合は最後のチーム）はその時点での相手チーム（3チーム以上の場合は進出ボーダー上のチーム）との点差に応じてスタート時の風船が減らされ（例えば20ポイント差なら20個マイナスの80個）スタート。5人終了時に1個でも風船を残せば勝利で「」と表示され、全て風船を割ってしまった場合は「」で敗北決定となる。状況を問わず0個になった時点で強制終了となる（「」のボーナスも受けられなくなる）ため、理論上は先攻チーム（3チーム以上の場合は最初のチーム）が有利である。

ただし、この時に最終的に0個ピッタリにして終了した場合（相手チームと同点になった場合）は「」と表示され（着地場所は砂漠だが、BGMは鳴らない）、「パーセントバルーン・サドンデス」を行う。サドンデスでは両チームにそれぞれ1問ずつ出題。チーム全員で相談し、代表者が解答。先攻チームの割った個数が相手チームの持ち風船となり、1個でも残せば後攻チーム、全て割ってしまった場合は先攻チームの勝利となる。

日本や世界の生産量・収穫量1位に関する問題が出た場合は、地理講師の村瀬が解説する場合がある。

2017年3月～12月まではこのコーナーがある際には視聴者もdボタンによるデータ放送での挑戦が可能となり、挑戦者同様に1問ごとにパーセンテージを予想。風船は1問ごとに10個用意されており、誤差9以下で正解と見なされ、5文字ある視聴者プレゼント用のキーワードが1文字開く。また、数値をピタリ当てるパーフェクトの場合は1回で5文字全てが開く。全チームの挑戦が終わる前までに5問クリアもしくはパーフェクトを目指すシステムだった。
2018年3月からは視聴者トロッコアドベンチャーでの当選率を上げるゲームとして再びデータ放送での挑戦が開始。こちらは実際のゲーム同様持ち風船100個を1チーム5問（挑戦チームが4問以下で終了した場合はそこまでの問題）で守り抜くルールで行い、最終的に1個でも残してクリアすれば当選確率が2倍となる。全チーム分行い、クリアした回数分当選確率も3倍、4倍と増える。
2018年7月9日からPERFECTを出した場合、本編同様ボーナスとして風船が10個追加されるルールが導入された。ただし、2問目からの途中参加は不可。

2020年4月13日から2023年5月15日までは新型コロナウイルス感染拡大防止のため、気球のセットは使わず、ファイブボンバーの解答席をCGで加工したものが使われたが、2023年7月3日からは再び気球のセットを使用するシステムに戻った。

パーセントバルーンBATTLE 
2020年2月10日から登場。ルールは通常のパーセントバルーンと同じだが、2チーム同時に同じ問題に挑戦する。解答は口頭ではなくタブレット入力で行う。
少人数で行う場合は2人が挑戦。1人目が1・3問目、2人目が2・4問目を解答。最終問題はチームで相談して解答を決定する（相手チームの会話は聞こえない）。最終ステージで行われる場合は後のチームはスタート前にこれまでの点差分風船を失った状態で行い、最終的な風船の数が多いチームが勝利となる。
途中で相手チームの風船が全部無くなった場合、どうなるかは不明。
2021年11月29日放送分から不定期に3チーム制で行う場合もあり、3問行う。3問目は2人参加の場合はチームで相談して決定し、3人の場合は、1人1問ずつ行う。(相手チームの会話は聞こえない)。

ボーナスステージ・トロッコアドベンチャー 
優勝したチームが賞金・賞品獲得を賭けて行うステージ。

解答者が乗るトロッコが走るような演出で5問の二択クイズが出題され、その選択肢が画面の左右に表示される。メンバーは5秒以内に全員で正解だと思う方に集まりトロッコを傾ける。正解ならば次の問題へ、不正解の場合はトロッコは奈落の底に落ちて「」となり終了。5問連続正解することができれば賞金100万円（2005年から2017年まで）や賞品獲得（2018年から）となる。意見が分かれた場合もルール上は失格と説明されているが、実際は人数が多い方に傾く（ネプリーグDSでは分岐点の看板とレールの間にある穴に落ちる。レギュラー放送でも穴自体の存在はある）。

ルール上では制限時間内に答えを決められなかった場合も失格とされているが、実際には制限時間を10秒以上超過しても挑戦チームが決めるまで待っているため、番組では制限時間は殆ど飾りのようなものでしかない。

2018年1月15日放送分からは、5問正解しクリアした場合は地理講師の村瀬が選んだ全国の高級名産品を獲得。また、視聴者によるデータ放送でのチャレンジも同時に行われ、挑戦チームがクリアした場合は同様に5問連続正解、挑戦チームが失敗した場合は不正解だった問題も正解した人に、同じく高級名産品が当たるキーワードが表示されるルールとなった（2問目からの途中参加はできない）。

ステージ内容
初代洞窟ステージ（2005.4 - 2005.9）
フェイントなどは特になく、シンプルなステージ。ダウンヒルセクションの後に火の玉かコウモリが出現していた。不正解の場合は即座に落ちるのは後の代と同じだが、開始当初は落ちる前に「不正解」のテロップ表示とブザーが鳴っていた。全問正解すると、大量の財宝が現れて100万円獲得となる。この時のBGMは、変更後も芸能界超常識王決定戦のオープニングBGMや次回予告BGM等として番組内で時々使用されている。

このステージのロゴは『インディ・ジョーンズ シリーズ』のロゴを象ったものである。

2016年1月1日の2時間半SPでは「紅白トロッコアドベンチャー」として男性（白）か女性（赤）かを答える形式となり、トロッコも外装が正月仕様となった。
2020年4月13日・同年6月29日〜2023年6月12日までは、新型コロナウイルス対策による密集を避けるため、チームを代表して4名以下が挑戦する形式となった。2023年6月19日放送分からはチームメンバーが5名の場合に限り全員が挑戦する形式に戻っているが、6名以上いる場合は、代表者5名を選抜して挑戦する。
2021年8月30日放送分では番組史上初めての両チーム引き分けとなった。この場合、各チームの代表者1名ずつが参加する。
2021年11月1日・8日放送分では、出題される問題すべてが小学校で習うものであったため、｢小学生トロッコアドベンチャー｣と題して行われた。

ハイパートロッコアドベンチャー 
この名前を持つステージは2種類存在する。
 2010年1月2日放送「ネプリーグ 芸能界超常識王決定戦」では、通常のトロッコアドベンチャーと同様2択問題を答えていくが、1問正解で1-3問目は10万円、4-6問目は20万円、7-9問目は50万円、10問目は260万円の賞金を得て、全問正解すると最終的に賞金500万円を得る。通常版と異なり、途中で間違えた場合もそこまで正解した分の賞金を得られる。

 2012年2月20日放送「ネプリーグGP」の「ハイパーリーグ」からは、通常の2択ではなく左・直進・右の3択が出題される。直進を選ぶ場合「真ん中!」など直進を宣言しなければならない。その他のルールは通常バージョンと同じ。5問連続正解で100万円。主にSP回で行われるが、通常回でも行われる。残り時間のカウントダウンは真ん中ではなく、右下に表示されている。また、視聴者向け解説の枠の鎖も金色。

サバイバルトロッコアドベンチャー 
2018年1月8日放送分のスペシャルから登場。主に10VS10スペシャルに実施。全員一致で解答を決める通常版とは違い個人戦となっており、問題ごとに正解だと思う方に各自が移動する。解答が割れた場合はその場で正解発表、全員一致した場合は通常通りトロッコが移動後に正解が発表される。

1問ごとに、不正解の方のトロッコが分裂し画面外に退場・脱落。5問連続正解した人のみで賞金100万円（初回・2回目は10万円）や賞品（3回目以降）を山分けすることができる。ただし、途中で全滅した場合はその場で「」となり、誰も賞品はもらえない。

スペシャルトロッコアドベンチャー 
月9初回放送直前の2時間スペシャルにて実施される特別版。勝利チームによる通常のトロッコアドベンチャーの後に、ドラマチームとして出演したメンバーに「出来ないと恥ずかしい」出演者やドラマに関する問題を出題。ただし、個人を対象とした問題では出題された対象者は答えを教えることができない。最終問題後は解答が発表されず、トロッコが変形し、そのまま光の彼方へ消えた後、ステブレレスでドラマ本編に突入、正解かどうかは視聴者自身が確認するという趣向になっている（本番組自体はそのままここで終了するため、ドラマ終了後に正解だったか不正解だったかを発表するパートも当然ながら無い）。2018年4月9日放送分以降は一部系列局のみ放送される。
2020年4月13日放送分以降では新型コロナウイルス感染拡大防止のため、トロッコに乗るのは1〜2名で、4月13日放送分のみモニタールームで待機しているメンバーに3回まで相談することができる。

フライングアドベンチャー 
新型コロナウイルスによる収録の変化に伴う特別なボーナスステージ。2020年6月15日・同年6月22日放送分の2回のみ実施。こちらはトロッコとは異なり2人のみで挑戦するステージとなっており、トロッコ同様2択の問題が5問出題される。また、このステージでは「アップダウントラベラー」で使用したスケートボードに乗って「アップダウントラベラー」と同じスタート地点から出発して「デスジャナイサーキット」と同じコースを走行する（ゴールはスタート地点と同じ）。正解すれば次の問題へ、不正解の場合はその時点で「」となり終了。5問連続正解すれば地理講師の村瀬が厳選した全国の高級名産品を獲得できる。出題は「アップダウントラベラー」に登場するアンドロイドが行うが、最終問題はコースが荒くなって見える。最終問題で解答を選択すると、アンドロイドが判定を行う。

過去に行われたクイズ 
ファイブロック
2005年4月25日のみ3rdステージで放送。メンバー5人に「ファイブリーグ」と同様の2文字から5文字の穴埋め常識クイズを出題。初めにクイズのジャンルを9つの中から1つをキャプテンが選択し、古代エジプトを描いた画面に5個のブロックが頭上からゆっくり落下しブロックが灯されているプレーヤーが、（ジャンルによってカタカナかひらがなか異なる）かなを1文字ずつ手書きで解答する。解答を書き終わったブロックは雷が落ち「済」になる。解答が出そろうか時間切れになると書いた答えが発表され、正解するとブロックは消え10ポイント獲得。間違えたり制限時間内に全員が答えられないとブロックが落下し積み上がり、間違える毎に制限時間が短くなる（4段積みあがると5秒で答えなければならない）。5段積みあがると終了。解答者は答えが5文字の場合は全員であるが、2文字の場合4、5枠か1、2枠、3文字の場合1 - 3枠か3 - 5枠、4文字の場合1 - 4枠か2 - 5枠のどちらかがランダムで決まる。
トラップハウス
2008年9月22日特番にて、Aブロック第2ステージで初登場。その後2009年4月13日放送分までSP回限定で行われていたが、2009年5月25日の放送で初めてレギュラー放送で実施、その後は隔週行い、2013年4月29日まで行われた。
1-8文字の単語の文字の中に1つだけ間違いがあるので、どの文字かを見つけて正しい文字に書き直す。稀に間違いのない問題も出るが、その場合は訂正せずに決定ボタンだけを押せばよい。ただし、最終問題の「2マス直せ」では問題の仕様上必ず2文字を訂正してかつ両方正解しないといけない。
例1 - ネプチューンのメンバーは? - 文字は「原田泰蔵」、答えは「蔵」⇒「造」に変更。
例2 - 「こんにちは」は英語で? - 文字は「HELLO」、答えはノーチェンジ。
最終問題 - 「２マス直せ」→ 元総理大臣の名前は? - 文字は「犬飼強」、答えは「飼」⇒「養」と「強」⇒「毅」
漢字やひらがな、カタカナはもちろん、数字や英文字も含まれる。したがって出題範囲は、漢字の熟語や英単語から、年号・元素記号までさまざま。
家に入り込んだテントウムシという設定であり、解答席もテントウムシ型である。正解であれば10ポイント獲得して次の問題へ進めるが、ファイブツアーズジェット・ファイブツアーズバギーと異なり、1回間違えると即脱落となる。ファイブツアーズバギーと同様に、書き順や微細な点などは判定に含まれない。後に「林先生の漢字テストツアーズ」のボーナス問題や「日本語ツアーズバギー」のカテゴリーで、当コーナーの問題が出題されるようになった。当コーナーとは違い、時間内であれば間違えても何度でも書き直すことができ、間違いは全て1つ。
ステージ構成
建物内という設定上、背景に大きな変化はなく、レベルによって扉の色や松明の形が異なる程度。
LEVEL1 : ピンク
LEVEL2 : 緑
LEVEL3 : 青
FINAL : 金
CLEARED : 屋外の青空
問題を出すキャラクターは登場せず、部屋の行く手をふさぐ扉に問題が書かれている演出となっている。
ハイパートラップハウス
2012年3月26日放送「ネプリーグハイパー」で登場。全問が「2か所訂正問題」で構成されており、その他のルールやステージ構成は通常と同じ。1文字のみ正解して脱落となった場合は、その箇所のみ正解が表示される。
ファイブペア
2010年3月29日のSPのみ登場。10個の漢字が出されるので1人ずつ2文字熟語を作り答えていく。制限時間120秒以内に全ての漢字を使い5つの熟語を作ればクリア。10ポイント獲得。ただし、5つの熟語が完成するのは1通りしかない。また、一度できた熟語を崩し再び漢字を使うこともできる。
ファイブチューン
2011年2月7日放送「ネプリーグGP」の「エンタリーグ」で登場。80 - 90年代のシングル曲を聴き、その曲を歌っている歌手名を答える。1問ごとに出題曲の年代が古くなる。（1周目は90年代、2周目は80年代の曲が出題される。）制限時間は1問5秒。両チームに10問ずつ出題される。
10（テン）ブロック
2011年8月15日放送「ネプリーグGP」にて登場。レギュラー放送では2011年9月5日放送で初登場。指定されたランキングのベスト10を両チームが交互に1人ずつ解答する。2周するかベスト10がすべて解答されるかした時点で終了、多く正解したチームが10ポイントを得る。両チーム正解数が同数なら引き分けとなりどちらにも点は入らない。両チームが同じ問題に挑戦する例外的なステージ。
ロゴファクトリー
2011年8月15日放送「ネプリーグGP」の「身のまわリーグ」にて初登場。漫画・商品・企業・店などのロゴのうち1文字が表示され、それが何のロゴかを当てる。誤答しても時間内であれば言い直しが可能。両チームに10問ずつ出題される。
カロリーグ
2011年8月15日放送「ネプリーグGP」の「身のまわリーグ」にて登場。2種類の食べ物や飲み物が表示され、カロリーが低い方を当てる。間違えると、出演者をモデルにしたキャラクターがCGによりどんどん太っていく。両チームに10問ずつ出題される。
日刊ダレダニュース
2011年12月12日放送「ネプリーグ 超常識総決算SP」にて初登場。新聞記事の見出しや紙面（顔や名前などを伏せたもの）が表示され、それが誰についての記事であるか（グループの場合もあり）を当てる。誤答しても時間内であれば言い直しが可能。両チームに10問ずつ出題され、多く正解したチームが10ポイントを得る。
リバースクロック
2011年12月12日放送「ネプリーグ 超常識総決算SP」の第2ステージにて初登場。レギュラー放送では2012年2月6日にオープニングステージとして初登場。その前に2012年1月2日放送のSPではBブロック第3ステージに登場している。ある事柄に関する「もの」「人」「出来事」などが表示されるので、その「ひとつ前」を答える。誤答しても時間内であれば言い直しが可能。各チームに10問ずつ出題され、最も多く正解したチームが10ポイントを得る。
CMチューン
2012年1月16日放送「ネプリーグGP」の「身のまわリーグ」で登場。CMで使われたBGMを聴いて、何のCMのBGMであるか、企業名や商品名・店名などを答える。制限時間は1問5秒。両チームに10問ずつ出題され、正解の多いチームが10ポイントを得る。
ラストチャンス・リングマン
2012年11月19日放送の「ネプリーグGP」から登場。勝利チームが『トロッコアドベンチャー』で失敗した場合のラストチャンスとして実施されるステージ。
パン吉のマスクを被ったジャグラー「リングマン」が、片面を赤く塗っている当たりのリング1個を含めた4個のリングを裏返してジャグリングで入れ替えた後、最終的にどの位置にリングが移動したかを当てる。正解なら、勝利チームと視聴者に番組特製のパン吉抱き枕をプレゼント。
パイレーツアタック
2012年10月1日放送SPのAブロック第2ステージで登場。レギュラー放送では2012年10月22日に初登場され2014年3月17日まで不定期に行われた。3つの言葉が表示され、それらに共通して繋がるキーワードを答える（例: 「カレー、フランス、メロン」→パン、「テープ、芝居、コップ」→紙）。5人全員が解答し、全員が解答した時点でまず正誤判定を行い、全員正解ならばOK、不正解者がいる場合はその誤答が表示され不正解者は書き直しとなる。表記の形式は問わない（漢字で書ける言葉のかな書きや外来語の英語表記も可）。制限時間内に5人全員が正解できれば10ポイントを得る。1チームに出題される問題数は4 - 6問（回によって異なる）。
バブルリーグ
2013年8月12日放送のSPにて初登場。潜水艦の操縦席を模したCGで、数値を答える問題が出され、泡の形で1桁か2桁の有効数字のみが表示される。これに対して後ろに適切な数の「0」を入れて解答ボタンを押す。各チームに5問または10問ずつ出題される。
正解すると1段階潜水（スタートは小魚が泳ぐ水面→熱帯魚がいる海→珊瑚礁→海藻が繁る海→マグロが泳ぐ海→沈没船→6問正解～9問正解は不明→パーフェクトで竜宮城、5問版は4問正解までとパーフェクトのみ）し、不正解の場合は亀やイカがぶつかる演出がなされる。
スピードサーチ
2013年10月14日放送のSPで登場。Google検索で言葉を指定したときに表示されるその言葉に関連するキーワードが5つ表示されるので、元の言葉を答える。解答の基本ルールはパイレーツアタックと同様。5人全員が書いて解答し、全員が解答を書いたところで正誤判定を行い、全員正解であれば1問クリア、不正解者がいればその誤答が表示され不正解者は書き直しとなる。表記の形式は問わない（漢字で書ける言葉のかな書きも可）。制限時間内に5人全員が正解すれば10ポイントを得る。1チームにつき4問実施。
音読ハイスクール
2013年12月2日放送のみ登場。名作小説の一節が漢字かな交じりで表示されるので、それを音読して答える。
出題と正誤判定は林が行う。1チームに1作品指定され、林が1人ずつ順番に指名してその中の一節を指定する。漢字の読みに間違いがあるとそこでストップがかかり、正しく読めるまで先に進めない。制限時間内に指定された一節を最後まで読めれば正解となる。1人に1問ずつ、計5問出題され、1問正解につき10ポイントを得る。
熟語ラリー
2015年4月27日のスペシャルで登場。漢字テストツアーズ終了後にボーナスステージとして、各チームの最終解答者同士で戦う。2文字の熟語による漢字しりとりを行い、最初に脱落すると0点、2番目に脱落すると10点、最後まで残ると20点。
アップダウントラベラー
2015年10月5日放送のSPで登場し2016年4月18日まで不定期に行われた。解答者5人がそれぞれ、『バック・トゥー・ザ・フューチャー』のようなスケートボードに乗る。あるものの値が、約10年前に比べて増えているか減っているかを答える。増えていれば「」、減っていれば「」のボタンを押す。5人全員が正解しないとポイントにならない。5問（2016年4月18日のSPは4問）出題され、1つ正解につき10ポイント。
ピンポンフラッシュ
2014年2月10日のSPから登場。チームの代表が1人ずつ出場し、画像や動画を見て答える早押しクイズを出題する。形式は初期特番の決勝ステージに近い。最初にボタンを押した人に解答権が与えられるが、ボタンを押した時点で画像は表示されなくなる。正解した人は抜けていき次の人に交代。不正解の場合は次にボタンを押した人に解答権が移るが、ボタンを押した人が全員不正解の時にまだボタンを押していない人がいる場合は、ボタンを押すまで再び画像を見ることができる。また、全員不正解の場合は仕切り直して別の問題が出題される。
2チームでの対戦時は相手チームに勝利すれば10ポイント。3チーム以上の対戦時には最初に5人全員が勝ち抜けたチームに20ポイント、2番目に抜けたチームに10ポイント。
音読ルーム
2016年9月5日のSPで登場（同年7月の『27時間テレビ』内のSPでパイロット版を実施）し2017年11月20日まで不定期に行われた。チームの5人が1問ずつ、小中学校の教科書から出題される問題に答える。問題文の中の1カ所の単語が穴埋めになっており、問題文全体を朗読した上で穴埋め部分を正しく答える。不正解でも時間内なら何回でも言い直すことができるが、穴埋め以外の部分も正しく読めなければならず、読み間違えた場合は不正解同様ブザーが鳴る。1周目は小学校の教科書、2周目は中学校の教科書から出題される。チームの正解数によって得点が決まる。
正しく日本語に訳せ! カタカナ現代語訳
2018年1月8日のSPに登場。ニュースでよく聞く現代カタカナ語を現代語に正しく訳す問題が出題される。1人正解で10ポイント。判定は意味が正しければ想定解と違っていても正解とする。
世界ドメジャーリーグ
2018年1月8日のSPに登場。「世界一○○なもの」「世界で初めて○○した人」など、絶対に間違えてはならない世界共通の問題が出される。各チーム10人がそれぞれ解答し、1人が1問正解で1ポイント獲得。10人全員正解すればその問題では10ポイント獲得となる。
各チームごとに1つの国内外の観光地のガイドブックに書かれている観光名所や名物、観光に関する注意事項などが穴埋め形式で1人1問ずつ出題。時間内に手元のタブレットに書いて解答する。1問正解につき10ポイント獲得。
ネプエアライン
2018年4月9日のSPに登場。飛行機の座席を模したセットに座って行う。CA（キャビンアテンダント）ならぬQA（クイズアテンダント）のキコ・ウィルソンから国内や海外の観光地についての穴埋め問題が出題される。1問正解につき10ポイント。解説は機長役の村瀬が行う。
漢字ウォール
2020年8月17日放送「ネプハイスクールリーグ」でのみ登場。例えば、部首がごんべんの漢字を3校が順番に解答し、時間内に解答できなかったチームが脱落。制限時間は30秒。3回戦行うが、ポイント差で逆転不可能になった場合は打ち切りとなる。1問につき最初に脱落したチームが0ポイント、次に脱落したチームが10ポイント、最後まで生き残ったチームが20ポイント獲得。また、このステージは林修が単独で参加し、林が答えた漢字は他チームは使用できなくなる。
例文サロン
2020年6月29日放送分にて初登場。提示された単語(広辞苑や現代用語の基礎知識などに掲載されている単語)を使って指定された人は例文を作り、正しく例文を完成させることができて提示された単語の意味も理解すれば正解。1人正解につき10ポイント獲得。2020年7月13日放送分では1vs1方式で行われた。

関東ローカルパート 
主にフジテレビと一部系列局のみで放送される特別パート。

ネプ小リーグ（ネプリトルリーグ） 
2009年4月6日から2015年3月2日までの6年間フジテレビと一部系列局が放送。毎週月曜日19:54 - 20:00（本編は19:55.00 - 19:58.55）に放送。2-3時間特番・他番組の特番が放送の場合は放送されない。

ネプチューンの3人がクイズに挑み、正解数によって視聴者プレゼントが抽選で当たる。プレゼントへの応募の際は、最後に発表されるキーワードが必要となる。

 スリーリーグ
「ファイブリーグ」と同じルールで3文字の言葉を答えるクイズにネプチューンが挑む。2問出題し、正解数に応じて1人→5人→10人に増える。
 スリーボンバー
「ファイブボンバー」と同じルールで3つのものを答える問題が2問出題。制限時間は15秒。1個正解で1人分、2回パーフェクト（6個正解）で10名分プレゼントされる。パイプの色は1枠から、、
 スリーツアーズシリーズ・スリートラップハウス
漢字の読み問題を答える「スリーツアーズジェット」、書き取り問題の「スリーツアーズバギー」、「スリートラップハウス」が行われる。ネプチューンのうちの1人が3問とも挑戦する。不正解でも解答者は代わらず、そのまま次の問題に挑戦する。正解した数により1人→3人→5人→10人に増える。
 スリーチョイス
ある物・人・事柄が表示され、それがどれに当てはまるかの三択問題が出題される。1人に1つの選択肢が割り振られ、泰造→堀内→名倉の順で選択肢がハイライトされる。ハイライトされた時に自分の選択肢が正解だと思ったらジャンプ、不正解だと思ったらスルーするという形で解答する。ただし3つの選択肢どれにも当てはまらないこともある。その後の放送では1人ずつ挑戦し、三つの選択肢の中から正しいと思う選択肢の下でジャンプする形式に変わった。3問出題され、1問正解で1人、以後5人→10人と増える。
ボキャブラスロット
3人による個人戦。答えが複数ある問題に対し、ひらがなにした際、できるだけ文字数が多いものを答える。分かった人から手元のレバーを引いて解答。解答権は1人1回。一番長い答えを出した人が勝者となり、勝者の答えた文字数と同じ人数分のプレゼントが用意される。

ヒカリーグ 
ネプリトルリーグでは2009年10月から2010年3月まで、当番組スポンサーであるNTT東日本のフレッツ光の宣伝を兼ねたコラボレーションCMが、関東地区限定で放送されていた。

内容は、ネプチューンの3人がネプリーグのアトラクションを用いて、フレッツ光に関するクイズに答える。アトラクションは、スリートラップハウス、スリーボンバー、トロッコアドベンチャー、スリーツアーズバギー。また、番組外では我が家が挑戦するバージョンも放送された。

2018年以降 
2018年4月からフジテレビを始めとする一部の系列局のみで放送されるパート。なお未放送の系列局でもTVerやFODで視聴可能。。番組が2時間スペシャルの際に20:54 - 21:00まで放送される。
上記の「サバイバルトロッコアドベンチャー」「スペシャルトロッコアドベンチャー」「デスジャナイサーキット」に加え、ネプチューンとゲストがチームの垣根を越えてエキシビジョンとして様々なクイズ・企画を行う。

近年では一部ステージにおいて、クリアするとトロッコアドベンチャー同様に村瀬おすすめの高級名産品がプレゼントされることがある。
フィットネプ
フィットネスクラブという設定でネプチューンとゲストが体年齢をチェックするテストに挑戦する。
平成ヒストリーグ
ある1つのテーマを軸に、平成30年から過去に向かって話題になったものを当てる。ファイブツアーズ形式で行うが解答は口頭。ネプチューンとゲストの5人で7問正解を目指す。ステージ背景は「アップダウントラベラー」を流用している。
イエスか農家
ネプチューンとゲスト2人が農家さんから出題される野菜に関するYES・NO問題を出題。1人正解で1ポイント、3問出題し、全員の合計が10ポイント以上でお題となった厳選野菜を獲得できる。
月9ドラマの歴史クイズ
直後に開始される新ドラマ『SUITS』にちなみ、平成30年間の月9ドラマの名作を振り返りつつ、様々な穴埋め問題を出題。ファイブツアーズ形式で行うが、1問ごとに解答者が交代する。問題は古い作品から最近の作品に向かって出題された。5問終了後、最終問題は「スペシャルトロッコアドベンチャー」同様、ドラマに出演する新木優子が『SUITS』第1話に関する1問に挑戦。解答後にジェットが変形して光の中へ消え、番組終了と同時にドラマがスタートした。
トイエバーボンバー
2019年11月4日放送のエクストラステージで登場。〇〇といえばのランキングのベスト10を3チームで3人が挑戦する。答えることができれば次のチームに爆弾が移る、答えられなければ脱落となり次のメンバーに交代し解答権は次のチームに移る、最終的に答えた数が多いチームの勝利。
デスジャナイサーキット
ルールは通常のデスジャナイサーキットと同じだが、こちらはポイントは加算されない。もともとは10問出題されていたが、2020年8月3日、11月2日の放送では8問、2021年1月4日以降では7問に短縮された。
2020年11月2日以降はドラマチームの場合は誰か1人でも全問正解した場合、それ以外は全問正解した場合のみは「トロッコアドベンチャー」同様に村瀬が選んだ高級名産品がプレゼントされる。さらにこの後すぐに始まるドラマチームが挑戦する場合はもう1問ドラマに関係する問題が出題され、解答後にカートがジェット機に変形し光の中へ消え、番組終了と同時にドラマがスタートした。
常識音クイズ
2020年8月24日放送のエクストラステージで登場。日常生活の中でよく聞く日常の音を当てるクイズが5問出題され、何問正解できるか挑戦する。翌回からは「キキミミフィーバー」としてアレンジされ、レギュラー化された。
新リスニングクイズ
2020年10月5日放送のエクストラステージで登場。ターンテーブルに乗り、リズムに合わせて英語を和訳するクイズが出題され、何問正解できるか挑戦する。翌回からは「ノンストップDJ」としてアレンジされ、レギュラー化された。
コレイクラチェック
2020年11月30日放送のエクストラステージで登場。様々な物の値段の常識を答えて誰が1番ズレているかをチェックする。2021年2月15日放送からは「プライスリーグ」としてアレンジされ、レギュラー化された。
 ナイスキャスティング
2020年12月21日放送のエクストラステージで登場。実写映画やドラマでの登場人物のキャストは誰が適しているのかという質問に対するアンケート結果を当てる。全員が上位5位以内の人名を答えることができれば『ナイスキャスティング』となる。解答席は「ハイパーファイブリーグ」、ステージ背景は「ノンストップDJ」を流用している。2021年1月25日放送では冬季講習SPの1コーナーとして放送され、翌回の2021年2月15放送からはステージ名はそのままでレギュラー化された。
トイエバーセンス
2020年12月21日放送の先行公開のエクストラステージで登場。ルールは通常のトイエバーセンスと同じだがこちらはポイントは加算されない。
糖質リーグ
2021年2月15日放送分のエクストラステージで登場。出題される食品の中で3択から選んで糖質が多い物を選ぶ。「カロリーグ」の逆バージョンともいえる。ステージ背景は「林先生の漢字テストツアーズ」の保健室ステージを流用している。
トレンド漢字タワー
2021年3月22日放送分のエクストラステージで登場。1人で令和の常識漢字を120秒以内に15階までノーミスで昇ることができればクリア。ルールは「ブレインタワー」とおなじく、BONUS問題を正解すると一気に3階上ることができる。
私がナンバーワン
2021年4月5日放送分のエクストラステージで登場。出演者3人にまつわる200人(10代〜60代男女)に聞いたアンケートのうち1位の回答を3択から選んで解答する。
J-POPイングリッシュフィーバー
2021年5月10日放送分のエクストラステージで登場。英語の歌詞の中に出てくる英単語の意味を3択の中から選んで回答、3人全員正解しないとクリアにならない。
プライスリーグ
ルールは通常のプライスリーグと同じだがこちらはポイントは加算されない。4人があるものの値段や料金を解答してだれが「お金の非常識人」なのかを決める。
カラオケイングリッシュ
2021年8月23日放送分のエクストラステージで初登場。｢カラ漢リーグ｣の要領で，歌が来る前に歌詞の英単語を書く。全10問でライフは5つ。
2021年8月23日放送分では｢ディズニーカラオケイングリッシュ｣と題し、出題される曲がすべてディズニーの名曲で行われた。
プレッシャーバーガー
2022年2月21日放送分のエクストラステージで初登場。お題に沿った回答を1番下が古い物や年下の順番になるように積み上げる。1番手は2人分乗せて、1人ずつ1番年下の人物が下になるように積み上げていき、7個乗せた時点で全員合っていればクリアだが、間違えてしまうとその時点でゲームオーバーとなる。
さらにこの後スタートするドラマチームが挑戦する場合はドラマに関する問題を代表者が解答後、バーガーショップがキッチンカーに変形し光の中へ消え、番組終了と同時にドラマがスタートした。
BRAIN Record
2022年6月20日放送分のエクストラステージで初登場。1問10秒あれば絶対解ける問題を6人で力を合わせて60秒以内にクリアを目指す。問題の種類はピンポンフラッシュに類似している。
さらにこの後始まるドラマチームが挑戦する場合は代表者がドラマに関する問題を解答後、時空が歪みドラマの世界へ吸い込まれ、番組終了と同時にドラマがスタートした。
2022年7月11日放送分では全問音楽クイズSPに伴いタイトルが「MUSIC BRAIN Record」と題している。
2022年9月5日放送分から「プレッシャークロック」と改題しレギュラーステージ化された。
パーフェクトコード
2022年9月5日放送分のエクストラステージで初登場。4人で様々な順序を正しく書いて答える。2回戦行い、1回でも4人全員が正解できればクリアとなり賞品ゲットとなる。
2022年10月10日放送分からはステージ名はそのままでレギュラー化された。
日本一リーグ
2022年9月26日放送分のエクストラステージで初登場。5人で日本一に関する6枚のパネルのうちハズレの1枚を避け全員連続正解で賞品獲得。背景は「ワンダウト・トレジャー」を流用している。
さらにこの後始まるドラマチームが挑戦する場合は代表者がドラマに関する3択問題を解答後、瓦礫が崩れ眩しい光に包まれ番組終了と同時にドラマがスタートした。
ウチワケリーグ
2022年12月5日放送分のエクストラステージで初登場。世の中の内訳を答える。5人全員正解でクリアとなり賞品ゲットとなる。
描き足しリーグ
2023年1月9日放送分のエクストラステージで初登場。足りない部分をお絵かきで描き足して完成させる。成績優秀者は賞品ゲットとなる。
さらにこの後始まるドラマチームが挑戦する場合は代表者がドラマに関する問題を解答後、絵画の中に吸い込まれ、番組終了と同時にドラマがスタートした。
アイウエオリーグ
2023年3月13日放送分のエクストラステージで初登場。1番目のプレイヤーがルーレットで止めた50音の行とテーマを決めたあと、1人目のプレイヤーが「あ段」、2人目のプレイヤーが「い段」と、順番に解答する。濁音が入る言葉も解答可能。全員が解答することができればperfectとなる。
タイマンプレッシャークロック
2023年6月19日放送分のエクストラステージで初登場。1問10秒あれば解ける問題で1対1のタイマン対決を行う。先に素早く答えを導き出して答えたプレイヤーの勝利。勝ったプレイヤーが次の対戦相手を指名する。通常のプレッシャークロックとは異なり解答権は1回のみ。1問あたりの制限時間は20秒で両者とも答えられず時間切れなった場合は「DRAW」となり、同じ対戦のまま別の問題で仕切り直す。エクストラステージで行う場合は3対3のチーム戦で、先に相手を全滅させたチームが賞品獲得となる。
違いリーグ
2023年8月21日放送分のエクストラステージで初登場。2つの単語の意味を正しく解答する。1人でも正解できれば商品獲得となる。

特別版

芸能界超常識王決定戦スペシャル 
2012年10月まで毎年改編期（3月・10月・12月）やゴールデンウィークなどに、放送時間を2時間・2時間30分・3時間・3時間30分に拡大した特番「芸能界超常識王決定戦SP」が放送されていた。

ネプチューンチーム+ゲスト2チームを、ゲスト3チームをとし、各ブロックで予選ステージの3つのステージの合計得点の高かった上位1チームずつが決勝ステージ進出。決勝ステージで勝った方が賞金500万円（第1回は850万円、第21回は最高500万円のハイパートロッコアドベンチャー挑戦権）を獲得。ただし、フジテレビアナウンサーが優勝賞金を獲得した場合はFNSチャリティーキャンペーンに寄付される。2011年3月11日に起こった東日本大震災後の第25回では賞金そのものがなく、優勝トロフィーが授与された。第26回から賞金は100万円に減額された。

予選ステージ終了時点で、最高得点のチームが複数いる場合は、レギュラー放送と同様に、そのチームだけで「ファイブボンバー サドンデス」による同点決勝。各チーム1問ずつ「ファイブボンバー」に答え、単独最高得点チームが決まるまで続行する（3チームのサドンデスを行い、2チームが最高得点で同点、残り1チームが単独最下位となった場合、その時点で単独最下位のチームは敗退となる）。

2012年12月10日からはスペシャルの増加に伴い、特番でも2～4チームによる通常の対決が行われるようになり、これらの放送は終了した。

 予選ステージ
ブロックごとに内容が異なる3-6ステージで実施。第1ステージは『ファイブリーグ』、予選最終ステージは全ブロック共通で『ファイブボンバー』で固定されている（放送時間によって、2問または3問挑戦となる）。その間のステージは『ブレインタワー』シリーズや『ファイブツアーズ』シリーズ、『ファイブペア』『リバースクロック』『10ブロック』『ネプレール』『パイレーツアタック』などが行われる。

決勝ステージ
 2005年2月15日、5月2日、10月3日放送分
「ファイブリーグ サドンデス」。本戦のファイブリーグと同じだが、それぞれのブロックの優勝チームが同時に問題に挑戦。どちらかのチームが間違えるまで続けるサドンデス方式。
 2005年12月29日以降の放送分
早押しクイズで、勝利チーム対勝利チームの戦いとなる。キャプテンから始まる1対1の戦いで、正解すれば次のメンバーに交替。間違えれば解答権は相手チームに移動。相手チームも間違えた場合は問題を変え仕切り直し。先に5人全員抜けたチームが勝利チームとなり、賞金獲得。
 2010年1月2日放送分
従来の決勝ステージの代わりとして、優勝チームがボーナスステージ「ハイパートロッコアドベンチャー」に挑戦。基本ルールは、レギュラー放送の「トロッコアドベンチャー」と同じだが、問題数は2倍の10問で、1問正解する度に賞金（第1問 - 第3問・10万円（10万円→20万円→30万円）、第4問 - 第6問・20万円（50万円→70万円→90万円）、第7問 - 第9問・50万円（140万円→190万円→240万円）、最終問題・260万円（500万円））が加算される。10問連続正解で、合計500万円の賞金獲得となる。

オープニングクイズ 
2007年3月26日放送分から新設。メンバー紹介やウォーミングアップを兼ねており、クリアできれば全員に賞金1万円贈られる。原則、挑戦できるのは1回のみ（ワールドクルーズのみ2回）。6回だけオープニングクイズが無かった。
 ウォーミングアップ○×クイズ
6チーム30人全員に対して○×クイズを出題。各自、両面が赤いか青いのパネルを挙げて答える。5問連続で30人全員が正解出来れば、賞金30万円を獲得。1人でも間違えた時点で終了。

 30ボンバー
正解が30個以上在る問題（日本の都道府県名47個中30個を答える問題）を出題。1人1個口頭で解答する。30人全員が制限時間90秒以内に正解できれば、賞金30万円を獲得。「ファイブボンバー」同様、誤答しても答え直しができるが、途中で答えられずに制限時間を使い切ると終了。

 30ブレインタワー
基本ルールは通常のブレインタワーと同じで、30人連続で正解し、30階建てタワーの屋上に到達すると賞金30万円を獲得。1人でも間違え、エレベーターが急降下した時点で終了。

 イングリッシュフィーバー
1人ずつ、5秒以内にスロットマシンで止まった日本語の単語を英訳する。30人連続で正解し、フィーバー達成すると賞金30万円を獲得。1人でも間違えた時点で終了。基本ルールは通常のイングリッシュブレインタワーと同じ。

 30フィーバー
1人ずつ、3秒以内にスロットマシンで止まったものが、「たべる（食べる）」「のむ（飲む）」「つける（付ける、点けるなど）」のどれに当てはまるかを答える。30人連続で正解すると賞金30万円を獲得。1人でも間違えた時点で終了（スポーツチームの元木大介がスケジュールの関係で遅刻した為、同じスポーツチームキャプテンの板東英二がアンカーで2問連続で答えた）。

 ワールドクルーズ
1人ずつ、5秒以内に写真の名所や名物がある国の名前（または都道府県の名前）を答える。全問正解すると1人1万円ずつ賞金を獲得。1人でも間違えた時点で終了。このクイズは、国名を答える世界編と都道府県名を答える日本編の2回戦実施。2010年のFNSの日26時間テレビ2010 超笑顔パレード 絆 爆笑!お台場合宿!!ではネプチューンチームとヘキサゴンチームの2チーム15名で2周（30問連続正解）でクリアとなった。

 30チューン
ランダムに指名された順番で1人ずつ、5秒以内に流れている曲の歌手を答える。ファイブチューンでは80年代から90年代の曲から出題されるが、これについては2000年代にも出題される。30問すべてクリアすれば賞金30万円を獲得。3人間違えた時点で終了。

 ブレインスタジアム
1人ずつ、5秒以内にスポーツで使われている道具や代表的な選手をスポーツ名を答える。30人連続で正解すると賞金30万円を獲得。1人でも間違えた時点で終了。バックの使用曲はwe will rock youであり、少し倍速で流している。

 ナンバーズゲート
1人ずつ、15秒以内に数字で答える常識問題をタッチパネルで解答する。全員が連続で正解すると1人1万円ずつ賞金を獲得。1人でも間違えた時点で終了。

 東大入試 漢字テスト
東京大学の入試問題で実際に出題された、漢字の書き取り問題を全員に対して出題。各自、10秒以内にモニターに記述して答える。間違えるとその時点で脱落。5問出題され、全問正解した人が最も多かったチームが賞金5万円を獲得。

特殊な形態での放送 
 事務所対抗芸能界超常識王決定戦（2006年5月1日放送分）
浅井企画、太田プロ、吉本興業、ワタナベエンターテイメント（ネプチューンチーム）の芸能事務所4社の所属芸能人チームに、フジテレビ社員で構成された「フジテレビチーム（アナウンサーチーム）」、弁護士や政治家などの「先生チーム」を加えた6チーム対抗戦。

 芸能界超常識王決定戦（2010年1月2日放送分）
ネプチューンチーム、嵐チーム、クイズマスターズチームの3チーム対抗戦。決勝ステージではなく、最高賞金500万円を獲得できるボーナスステージ「ハイパートロッコアドベンチャー」進出を賭けて争った。

 ネプリーグハイパー 最強常識王頂上決戦（2012年3月26日放送分）
『ネプリーグGP』のハイパーリーグを基調としたクイズ形式で実施。ネプチューンチームとゲストチームの・ゲストチーム2組の2チームずつの、4チーム対抗戦。

 名門大学対抗常識王決定戦（2012年10月1日放送分）
早稲田大学、慶應義塾大学、東京大学、青山学院大学、日本大学の5大学のOB・OG・現役有名人チームに、ネプチューンチーム（助っ人は横浜国立大学出身の福田萌と、立命館大学出身のサバンナ・高橋茂雄）の6チーム対抗戦。なお、この回より番組演出が遊園地を基調にしたものに大きく変更され、CG合成の量が増えた。この回を最後に芸能界超常識王決定戦は事実上終了した。

歴代優勝チーム
第1回　2005年2月15日放送 バラエティチーム　
第2回　2005年5月2日放送　アナウンサーチーム　
第3回　2005年10月3日放送 インテリチーム　
第4回　2005年12月29日放送 奥様チーム　
第5回　2006年3月27日放送 芸人チーム　
第6回　2006年5月1日放送 ワタナベエンターテイメント（ネプチューン）チーム　
第7回　2006年10月2日放送 芸人チーム　
第8回　2006年12月25日放送 コサキンチーム　
第9回　2007年3月26日放送 芸人チーム　
第10回　2007年10月1日放送 インテリチーム　
第11回　2008年1月3日放送 吉本興業チーム　
第12回　2008年3月24日放送 めざましテレビチーム　
第13回　2008年5月5日放送 ネプチューンチーム　
第14回　2008年9月22日放送 インテリチーム　
第15回　2008年11月24日放送 ネプチューンチーム　
第16回　2008年12月29日放送 よしもと芸人チーム　
第17回　2009年2月9日放送 火9ドラマメイちゃんの執事チーム 
第18回　2009年3月2日放送 マニアックチーム 
第19回　2009年4月13日放送 ミス・インテリチーム
第20回　2009年9月28日放送　芸人チーム 
第21回　2010年1月2日放送 嵐チーム 
第22回　2010年3月29日放送 中堅芸人チーム
第23回　2010年9月27日放送 めざましチーム
第24回　2011年1月10日放送 女優チーム
第25回　2011年4月4日放送 インテリチーム
第26回　2011年10月3日放送 芸人チーム 
第27回　2012年1月2日放送 芸人チーム
第28回　2012年3月26日放送 ネプチューンチーム 
第29回　2012年10月1日放送 慶應義塾大学チーム

ネプ大リーグ 
超常識王決定戦とは異なる形式の特番。第3回のみ「ガチネプ」として放送。前半部分は通常の「ネプリーグ」を放送し、後半部分はレギュラー放送とは異なるクイズ・ゲーム企画（一部深夜時代の企画も再登場）や「衝撃!!超人キッズ劇場」という構成で放送された。また、ミニコーナーとして扮装した堀内がゲストの元へ出向く企画も行われた。
主な企画
「ネプリーグ」拡大版
基本的にはレギュラー放送回の「ネプリーグ」と同じだが、5ステージ勝負である。「ブレインタワー(orイングリッシュブレインタワー)」→「ファイブツアーズ（ジェットorバギー）」→「ファイブリーグ」→「トラップハウス」→「ファイブボンバー」。またテロップも、放送時期に合わせて若干装飾が施されている。
WORLD STAR IN JAPAN
ネプチューン VS ゲストチームの3対3。「ガチネプ」では、ネプチューン＋ゲスト3人の個人戦。
海外の有名人（俳優等）を、日本の有名人で例えると誰に相当するのかを一般人1000人にアンケート。そのベスト5に入った有名人をモニターへの記述式で解答する。
ベスト5に入った有名人を答えていれば、順位に応じたポイントが加算される（1位→50P、2位→40P、3位→30P、4位→20P、5位→10P）。3人の合計点が多かったチームの勝利。
Let's Study J-POP English
ネプチューンチーム（名倉・泰造+ゲスト） VS ゲストチームの対戦。堀内は、正解VTRで登場。
問題VTRで流れた曲中の指定された英語部分を正しく和訳し、モニターへの記述式で解答はする。1人正解につき10ポイント獲得。なお正誤判定は、番組独自の基準で判定（一字一句当たっていなくても、大筋の意味が合致していれば正解として扱われた）。
例題にははっぱ隊の楽曲『YATTA!』（HAPPY→幸せ）が使用されていた。
正解VTRでは、出題アーティストに扮した堀内がモノマネをしながら、該当の英語部分を日本語で歌って発表。また、曲によっては歌っていた本人が登場することもある。「ネプ大リーグ」では、問題は1チームずつ交互に出題され、ネプチューンチームには最新ヒット曲から、ゲストチームには懐かしのヒット曲から、それぞれ出題された。4人の合計ポイントが多かったチームの勝利。
第3回のみ、勝利チームには賞金10万円。
メールキング
ネプチューンチーム（堀内・泰造） VS ゲストチームの対戦。メインスタジオは伊藤が、別スタジオは名倉が、それぞれ進行役。
メインスタジオに控える4人は、別スタジオにいる審査員から送信された携帯メールに対して、相手のハートを引く様なメールを返信する。
別スタジオでは、名倉の進行で、4人のメールを女性タレント5人が審査。ベストメールとワーストメールを決定する。
メールは匿名化されており、A・B・C・Dに置き換わっている。
最後に、総合的にA - Dの中で最も良いメールを返信した「メールキング」は誰であったかを5人で審査。「メールキング」に選ばれた人は、審査員のメールアドレスを獲得。また、「メールキング」がいるチームの勝利となる。
プレッシャーレポートショー
ネプチューンチーム（第1回は堀内・泰造、第2回はゲスト1人が加わる） VS ゲストチームの対戦。名倉は伊藤と共に進行役。伊藤も顔出し状態で進行。1対1の対戦。ネプチューンチームは1人2回ずつ（第2回は1人1回ずつ）、ゲストチームは1人1回ずつ出場。1人ずつ、何をレポートするか知らされていない状態で、自分でドアを開けた瞬間から1分間、部屋の中にあった物をレポートする。レポートの対象物は両者共通。
両者のレポートが終わったら、3人の審査員が多数決で判定。全3 - 4回戦行って、より多く勝利した方の勝ち。
頭脳系大食いバトル スリーネプ
ネプチューン VS ゲストチームの対戦。伊藤は「スリーネプ店長」として顔出し状態で進行。
コンビニにある商品でしりとりをしながらリレー形式で食べていく。
制限時間は30分 品数をより多く食べたチームの勝利
また、「ごちそうさま」と言った時点で完食となる。
イタセンキング
男性有名人10人（ネプチューン+ゲスト）による個人戦。中野美奈子が進行役。
予め10人に対して、人間性や恋愛観など、センスが問われる質問を出題。
次に、匿名化された状態で自分以外の9人の回答を見て、センスが無いと思った回答に、手持ちの2票を投じる。
投票結果は、スタジオで発表。投じられた票が少なかった回答から順番に発表され、1票でも自分の回答に投じられていた人は、その票数と同数のマイナスポイントが与えられる。
最終的にマイナスポイントが最も多かった人が、イタいセンスの持ち主「イタセンキング」となる。
メルトモドボン!
堀内チーム（堀内+ゲスト）VS 泰造チーム（泰造+ゲスト）の3対3。名倉は進行役。
リストアップされた10人の有名人の中から、ゲストのメル友であると思われる人物を1人ずつ交互に選んでいく。
10人中3人は、実際はメル友ではなく、その人物を選ぶと不正解。炭酸ガスが浴びせられる。
先に2人、不正解の人物を選んだチームの負け。
勝利チームには、賞金10万円。
衝撃!!超人キッズ劇場→ネプキッズリーグ
非凡な才能を持った子供たちが、ドッキリやクイズ対決など様々な趣向で、有名人の前でその特技を披露する。
好評だった事から後に独立し、2時間特番や2011年の「27時間テレビ（めちゃイケベース）」の企画として放送された。
また、当時小学生だった竹俣紅が出演し、女流棋士となった後に2017年5月22日放送に再びネプリーグ本編に出演した。
放送回によってはこのコーナーだけで、2時間放送したこともある。
他人寿司
ネプチューンとお客様ゲストが、番組が隠し撮りしているお任せゲストが食べたのと同じ順番・同じ食べ方で寿司・汁物を食べていき、最後にお任せゲストが食べるのは何かを当てる。不正解の場合はお任せゲスト（+マネージャー）の分を含む全員分の勘定を全額自腹で支払う（不正解者全員で割り勘）。お任せゲストには撮影していることを伏せている。
アニマルチューン

ネプリーグGP 
2011年2月7日放送分から実施された2時間特番。

1回の放送で2回戦放送されるが、通常形式の「ネプリーグ（超常識リーグ）」だけでなく、エンターテイメント分野から出題される「エンタリーグ」、流行やブランド、芸能などの日常にまつわる知識”日常識”から出題される「身のまわリーグ」、問題の難易度がアップしている「インテリーグ（ハイパーリーグ・ネプリーグハイパー）」、3チーム対抗戦の「三つ巴リーグ」、など様々な形式で行われ、各ステージの内容もそれらの形式に沿ってアレンジされていた。

春期・夏期・秋期・冬期講習スペシャル
2013年から不定期に行われている総集編。有名人が間違えた恥ずかしい解答をステージ毎(振り返るクイズステージは回によって異なる)に振り返っていく。問題に寄っては林・村瀬の新撮の解説が挟まる。そして、途中で新たに撮影されたクイズパートが挟まることがあり、ネプチューン・村瀬の出題チームvs林の対決が行われる。（回によってはネプチューン・ゲストが協力する形式やQuizKnockvs林修(ネプチューンは林の応援に回る)が行われる場合もある。）

ネプリーグパーフェクトワールド
2020年5月11·18日放送。新型コロナウイルスによる収録の変化に伴う特別編。1コーナーにつきネプチューン2人とゲスト2人が参加し、視聴者プレゼントを賭けて1人でパーフェクトを目指す。

待機中は飛行機の座席に座っており、ゲーム挑戦者はCGで座席が発射され挑戦席に着くという演出となっている。また、合間にはこれまでのネプリーグの中からパーフェクトに王手をかけたシーンなどの総集編が放送される。

ブレインファクトリー（ブレインタワー・ソロ）
2020年5月18日登場。ブレインタワーの1人版。10問正解でクリアだが、1問でも間違えるとその時点でゲームオーバー。3回の挑戦で1人でもクリアできれば解答者と視聴者のプレゼント獲得。
イングリッシュブレインタワー・ソロ（イングリッシュブレインクロック）
2020年5月11日登場。1人で中学校で習う英単語を和訳する。10問正解でクリアとなるが、1問でも間違えてしまうとその時点でゲームオーバー。1問目から3問目はLEVEL1（中学1年生レベル）、4問目から6問目はLEVEL2（中学2年生レベル）、7問目から9問目のLEVEL3及び最終問題は中学3年生レベルとなっている。3回の挑戦で1人でもクリアできれば解答者と視聴者のプレゼントを獲得。
日本語ツアーズバイク
2020年5月18日登場。小中学生で習う言葉の読み書きを答える。LEVEL1（小学校で習う言葉の読み・2問）、LEVEL2（中学校で習う言葉の読み・2問）、LEVEL3（中学高校で習う言葉の書き・3問）とFINALの8問を1人でクリアする事を目指す、最終問題以外は問題が青色で出された。3回の挑戦で1人でもクリアできれば解答者と視聴者のプレゼントを獲得。
失敗時は車体が大爆発を起こす。
パーセントバルーントライアル
2020年5月11日登場。4人による挑戦。最終的に残った風船の数と同数分視聴者プレゼント獲得となる。この回に限り問題時の背景がリニューアルされている（前述）。また、この回に限り視聴者は参加できなかった。

ネプアップデートリーグ
2021年3月22日放送分から不定期で行われていた企画。番組名も｢ネプアップデートリーグ｣となり、2時間SPになることが多い。「令和の常識をアップデートする」というコンセプトの元、解答者全員が1チームとして協力。各ステージでコインを獲得し、ボーナスステージクリアを目指す。

 令ワードフィーバー
 「キキミミフィーバー」の派生版。令和の常識に関わる3択クイズを2021年3月22日放送分では3人、2021年7月19日放送分では5人で挑戦し、全員が正解ならコインを1枚もしくは3枚獲得（2021年7月19日放送分）。1人でも不正解だとコインは獲得できない。2021年7月19日放送分では、一部SEが変更された。
 イレブンコード
 「ハイパーボンバー」の派生版。11本のコードのうち『Instagramの写真で1番いいね数が少ない人』や『メルカリでまだ売れ残っている商品』などのお題で指示された、1本だけある不正解のもののコード以外を全て切るゲーム。正解のコードを1本切る毎にコイン3枚(スペシャルでは1枚、2021年10月18日放送分では5枚)獲得。爆弾についている11本のコードのうち不正解の1本を除く10本すべてのコードを切ることができればクリアとなるが、不正解のコードを切ると、その時点で爆弾が爆発し「GAME OVER」となる。切る順番はハイパーボンバーと同じように5枠が切った後は折り返して順番に切っていく。
後に2021年5月10日の放送回からは通常版でも登場するようになった（前述）。
 キャスティングミュージアム
 「ナイスキャスティング」の派生版。『絵本の主人公』や『新1万円札』をなどの一般人が考えたキャスティングを5人が1人1つずつ予想する。1人につき1位を当てればコイン6枚（2021年10月18日放送分では10枚）、2位〜5位を当たればコインを3枚（2021年10月18日放送分では5枚）獲得（参考として6位〜10位も発表されるが当ててもコインはもらえない）。
後に2022年5月16日の放送回からは通常版でも登場するようになった（前述）。
 プライスリーグアップデート
 「プライスリーグ」の派生版。様々な物の値段を答える。正解をピッタリ当てることができればコインを10枚獲得。ただし回答者（2021年10月18日放送では4人）の中で最も正解と離れていた人の回答の誤差の分コインが減少する。
 ドンピシャクルーズ
 「パーセントバルーン」の派生版。曖昧な言葉に当てはまる時間や個数を予想して解答。誤差の分だけ今までに獲得したコインを没収されるが、ピッタリ当てることができれば、『ドンピシャボーナス』としてコインが3枚追加される。2回戦行い、コインを1枚でも残せばボーナスステージに進出できる。
 テンリーグ
 ボーナスステージとして行われるゲーム。ルールは通常のテンリーグとして行われ、残ったコイン5枚につき1回挑戦できる。1問でも正解できれば高級名産品獲得。
 ダレコレチャレンジ
 2021年7月19日放送分で登場したボーナスステージ。子供が描いた有名人の絵を予想して、10人全員が正解すれば高級名産品を獲得できる。このステージは、コインを1枚でも残すことができれば進出できるが、子供の絵は残ったコイン3枚（2021年10月18日放送分では5枚）につき1枚見ることができる。
エクストラステージで｢ダレコレチャレンジ・アゲイン｣として再度チャレンジできる場合がある。この場合、子供の絵は残ったコインの枚数にかかわらず10枚見ることができる。

フカボリーグ 
2021年12月6日放送分から不定期に行われる企画。当初はネプチューンとゲストを合わせた10人による団体・個人戦だったが、2022年3月14日以降は、名倉、堀内、泰造をキャプテンとする3チーム対抗戦となっている。
「東京大学」「東京メトロ」などある1ジャンルに関するスペシャリストが出演。テーマに関するマニアックで深い知識が問われる3択問題が出題。
個人戦では、正解者1人につき賞金1万円積立。数問行い積立金を決定する。ラストは「サバイバルモード」に突入。不正解者は即脱落となり、2問連続で正解できた解答者で先ほどの積立金を山分けすることができる。このシステムは2021年12月6日のみ実施された。
3チーム対抗戦となってからは賞金システムはなく、正解数が多いチームが優勝となる。

ファイブリーグチャレンジ
2023年7月24日放送分にて実施。
ファイブリーグ形式で答えが1文字から5文字までの常識クイズに挑む。最初はチャレンジャー1人で1文字クイズに挑戦するが、正解するごとに答えとなる文字数が増えていくため、チャレンジャーは問題テーマを聞いた後モニタールームで待機しているネプチューン・林修・ゲストからなるブレーンの中からそのテーマが得意そうな人を足りない人数分指名してクイズに挑む。その際、モニタールームと通信が可能。2枠以降のブレーンが座る順番は自由だが、チャレンジャーは1枠固定。1問ごとにチャレンジャーはブレーンを入れ替えることが出来る。最終的に5人で5文字クイズをクリアすればチャレンジ成功、チャレンジャーが「今一番欲しいもの」を獲得できる。ブレーンは成功失敗限らず何も貰うことは出来ない。ただし、通常ファイブリーグと同じくチャレンジャー・指名されたブレーンのいずれかが一度でも間違えたら即チャレンジ失敗となる。チャンスは2回。

出題される全ての問題があるテーマに沿って行われた放送回 

2021年8月23日放送分「全問ディズニースペシャル」
2時間にわたって全てディズニーにまつわる問題が出題。

2021年11月1日・8日放送分「全問！小学生クイズ！」
全て小学校で習うものから出題。ステージ名の最初には必ず｢小学生｣が付く。2週連続で行われた。

2021年11月29日・2022年2月7日、7月11日、12月5日・ 2023年9月25日放送分「全問音楽クイズスペシャル」
2時間にわたって全て音楽に関する問題が出題。

2022年8月1日放送分「アニメ・漫画の常識問題スペシャル」
全てアニメ・漫画に関する問題から出題。

2023年9月18日放送分「美食！名店！超常識グルメクイズ」
全てグルメに関する問題から出題。

2023年10月2日放送分「USJコラボSP」
2時間にわたって全てUSJにまつわる問題が出題。

『FNSの日』内スペシャル 
『FNSの日』内の特番『27時間テレビ』内のコーナーとして放送されたもの。2020年から2022年までの3年間は番組自体がなくなり、新人アナの自己紹介がこの番組でお披露目となった。

アイドルVS芸人 非常識はびしょ濡れ!! 朝まで!ネプリーグ 26時間SP 
FNS26時間テレビ 国民的なおもしろさ!史上最大!!真夏のクイズ祭り 26時間ぶっ通しスペシャル。
 出場チーム
 芸人チーム：ネプチューン、アンガールズ、蛭子能収、上島竜兵、次長課長、品川庄司、青木さやか、友近ほか
 アイドルチーム：中居正広、MEGUMI、杏さゆり、大沢あかね、夏川純、若槻千夏、森下千里、浜口順子、時東ぁみ、安めぐみ、有賀さつき、中川翔子、インリン・オブ・ジョイトイ、丸居沙矢香ほか
進行：伊藤利尋、高島彩。普段は天の声として出演する伊藤が、このSPに限り高島とともに顔出しで進行役となる。問題のナレーションの声は事前に収録済み。

ファイブリーグによる対戦。双方1回ずつ挑戦して連続正解数が多かったチームの勝利。1ラウンドごとに負けたチームの解答席が傾いて、滑り台で熱湯（という体のプール）に落とされる罰ゲームを受ける。正解数が同じだった場合は延長戦に突入し、両チームが同じ問題に挑戦。ここで両チーム共不正解だった場合はドローで、両方プールに落とされる。結果→5戦行って4-0（1ラウンド、サドンデス→両者不正解でドロー）で芸人チームの勝利。勝利チームに賞金100万円。1枠は、芸人チームはネプチューンの中から1人が、アイドルチームは中居で固定。
当生放送中に、直前の『さんま・中居の今夜も眠れない』に出演した明石家さんまが河童のコスプレをして乱入した。

超常識“なまか”決定戦ネプリーグVS西遊記VSHEROスペシャル 
FNS27時間テレビ みんな“なまか”だっ!ウッキー!ハッピー!西遊記!#ネプリーグ “なまか”対抗スペシャルとして生放送された。
 出場チーム
 ネプチューンチーム：ネプチューン、ビビる大木、中川翔子
 西遊記チーム：孫悟空（香取慎吾）、三蔵法師（深津絵里）、沙悟浄（内村光良）、凛凛（水川あさみ）、老子（大倉孝二）
 HEROチーム：木村拓哉、松たか子、勝村政信、小日向文世、八嶋智人
進行：高島彩（フジテレビアナウンサー）。

ファイブリーグ、ブレインタワー、ファイブボンバーの3つのステージの合計点で争われた。

結果→ネプチューンチーム120点、西遊記チーム120点、HEROチーム130点。27時間テレビ全体の瞬間最高視聴率22.7%を記録した。

さんまinネプリーグ 
2008年7月27日に生放送で行われた。
 出場チーム
 ネプチューンチーム：ネプチューン、にしおかすみこ、山本高広
 ひょうきんオールスターズ：明石家さんま、片岡鶴太郎、山田邦子、太平サブロー、島崎俊郎
2007年同様、ファイブリーグ、ブレインタワー、ファイブボンバーの3つのステージの合計点で争われた。

結果→ネプチューンチーム70点、ひょうきんオールスターズ80点、勝利チームに賞金100万円。

ネプリーグVSヘキサゴン（2009年） 
2009年7月25日に生放送で行われた。クイズ!ヘキサゴンIIチームとの対決。
 出場チーム
 ネプチューンチーム：ネプチューン、ゴルゴ松本、ビビる大木
 ヘキサゴンチーム:島田紳助、田中卓志、元木大介、辻希美、山田親太朗、ラサール石井、渡辺正行、Pabo
このコーナーが行われる前に、番組で23名のヘキサゴンファミリーが、ネプリーグを含めた26時間テレビのどのコーナーに出演するかを、ヘキサゴンの早押しクイズによって決める形式で決めていた。ヘキサゴンチームの当初の出演者は、紳助以外に田中、元木、辻、山田の4人を含む5人であったが、あまりにも実力に差があると言う事で、後からラサール、渡辺、Paboの5人を追加し10人となり、その中から紳助がステージごとに紳助以外の4人を選んでいた。2007年、2008年同様、ファイブリーグ、ブレインタワー、ファイブボンバーの3つのステージの合計点で争われた。

結果→ネプチューンチーム130点、ヘキサゴンチーム120点、勝利チームに豪華スウィートルーム宿泊券。ヘキサゴンチームが負けた場合は、畳部屋の休憩所で1晩を過ごす罰ゲーム付き。

ネプリーグVSヘキサゴン（2010年） 
2010年7月24日に生放送で行われた。昨年同様ヘキサゴンチームとの対決。
 出場チーム
 ネプチューンチーム：ネプチューン、レッド吉田、ビビる大木
 ヘキサゴンチーム:島田紳助、ラサール石井、元木大介、崎本大海、上地雄輔、原西孝幸、品川祐、Pabo
今回のヘキサゴンチームの当初の出演者は、紳助、ラサール、元木、崎本、里田の5人だったが、賭け（ヘキサゴンチーム勝利の場合、名倉が24時間駅伝の1区間を伴走）に勝利するため補強をしたメンバーで挑んだ。その中から紳助がステージごとに紳助以外の4人を選んでいた。例年の、ファイブリーグ、ブレインタワー、ファイブボンバーの3ステージ勝負に加え、今年はFNSの日スペシャルでは初めてとなるオープニングクイズ（ワールドクルーズ。2チーム10人で3周（30問連続正解）できれば全員にボーナス賞金1万円）が行われた。

結果→ネプチューンチーム160点、ヘキサゴンチーム140点。ワールドクルーズは3回挑戦し、3回とも失敗。両チームが同点で終了した場合はサドンデス無しで、ヘキサゴンチームの勝利となる取り決めになっていた。

2011年の「27時間テレビ」では従来の対抗戦ではなく、派生企画「ネプキッズリーグ」を放送した。めちゃイケメンバーも参加した。

ネプリーグ いいとも!レギュラー入れ替え戦SP（2012年） 
2012年7月22日に生放送で行われた。若手時代『笑っていいとも!』のレギュラー入りを賭けたトライアウトに落ちたネプチューン及びくりぃむしちゅーと、現在のいいともレギュラーとの入れ替え戦を実施。
 出場チーム（出場メンバーは、レギュラー歴の長い順で記載）
 いいとも!タモリチーム：タモリ、関根勤、バナナマン、三ツ矢雄二
 いいとも!中堅レギュラーチーム：中居正広、さまぁ〜ず、劇団ひとり、千原ジュニア
 いいとも!若手レギュラーチーム：香取慎吾、タカアンドトシ、ピース
 いいとも!女性レギュラーチーム：柳原可奈子、ベッキー、渡辺直美、指原莉乃、ローラ
 いいとも!レギュラーになりたかったチーム：ネプチューン、くりぃむしちゅー
出演者の秘蔵映像に纏わる常識クイズを、ファイブリーグ形式で出題（出題されたのは、タモリーグ（タモリ）、スマリーグ（中居・香取）、バナナリーグ（バナナマン設楽）、ネプリーグ（ネプチューン）の4組）。5チーム同時に解答して、1問正解につき10ポイント獲得。最終的に最下位のチームが、いいともレギュラーを剥奪される。

結果→タモリチーム 40点、中堅チーム 50点、若手チーム 50点、女性チーム 20点、ネプ&くりぃむチーム 60点

女性チームが最下位となったが、レギュラー残留の最後のチャンスとして、「トロッコアドベンチャー」5問連続正解に挑戦。タモリに纏わる4問に全て正解した後、最終問題「タモリが喜ぶ このあとの正解は?」（←熱湯に落ちて面白くCM、熱湯に落ちず面白くなくCM→）で、熱湯に落ちる側（←）を選び、バラエティ番組上のお約束（正解）を選んだという事で5問連続正解達成、女性チームもレギュラー残留となった。しかし、正解した後は突然熱湯が出現し、トロッコも突然滑り台に変形して5人はそのまま熱湯に落とされる羽目になった。

林修先生からの挑戦状! ネプリーグ 真夏の女子アナセンター試験（2016年） 
「FNS27時間テレビ」において2016年7月24日午前に生放送で行われた。女性フリーアナウンサー6名（馬場典子、丸岡いずみ、上田まりえ、高橋真麻、本田朋子、岡副麻希）と事前テストで選出されたFNS系列各局の女性アナウンサー14名、加えて女装した名倉（ナグラット潤子名義で、設定上は「タイ国際放送」のアナウンサー）の計21名が、林修出題のアナウンサーなら正解しないと恥ずかしい常識問題・漢字テストに挑む。

今回は完全個人戦で実施され、最終問題終了時点で最も点数の高かった者（同点の場合は事前テストの点数が高かった方が上位）がセンターとなる。
なお堀内・泰造は解答には参加せずMCに専念し、普段は天の声として出演する佐野も顔出しで進行役を務めた（出題ナレーションの声は事前に収録済み）。
出題内容
第1科目「小学校・中学校の教科書に出てくる超常識問題」教科書に出てくる単語を穴埋め形式で答える。1問10点。
第2科目「2016年のニュースで一度は見た・読んだ超常識問題」ニュースを読み上げる形式で2016年にあった出来事の穴埋めを行う。この時点の得点最下位から1人1問ずつ挑戦。1問10点
第3科目「アナウンサーなら出来て当然の日本語テスト」よく使われる単語の使い方が合っているかどうかを○×で答える。1問20点。
最終科目「林先生厳選!漢字テスト」林が選んだ難問漢字の読み・書きを答える。1問30点、後半からは1問50点。

結果は馬場典子（元・日本テレビ）がセンターとなりマントとティアラが授与。一方、最下位となった正木麻由（高知さんさんテレビ）には泰造から気合の注入として『おネプ!』で行われていた「ネプ投げ」が執行された（当時同様、堀内によるお告げも行った）。

その後もネプリーグスペシャルにおいて、対象を女性芸能人に広げた「インテリ芸能人 常識ランキング決定戦」として不定期に開催されていた。

お台場 夏イベントのネプリーグ体験コーナー 
ゴールデン放送開始の2005年から2018年まで、夏休みに開催されるお台場冒険王・お台場合衆国・お台場新大陸・お台場夢大陸にて、ネプリーグの体験コーナーが開催されていた。

2005年はフジテレビ1Fの広場にて、複数の番組のイベントのうちの1つとして開催される程度であったが、2006年はネプリーグのコーナーが単独で設置されるようになった。2007年になると場所を冒険ランドに移転するなど、コーナーの規模もさらに大きくなった。また、2009年のお台場合衆国ではドラゴンクエストとコラボを行い「ネプリーグ×ドラゴンクエスト 超常識クイズコロシアム」として、トロッコアドベンチャーやファイブツアーズなどにドラゴンクエストのモンスターやBGMが使用された。
2009年以降は合衆国スタジアムにて特設ブースで開催していた（2011年のみフジテレビ本社22Fでの開催）。

なお、2008年にはこのイベントは行われず、ファイブリーグ形式の5文字で答える問題が、冒険ランドのどこかの看板に掲載される程度であった。また、2016年・2017年はブース自体催されなかった。

ファイブリーグ（2005 - 2007年、2010年）
制限時間30秒と決まっている。1セット3～5問挑戦できる。 

ファイブツアーズジェット（2007年・2009年・2010年）
各ステージに応じて席が用意。1人用ブースであり、10問全てクリアするか、1問の読みを制限時間内に答えられずにタイムオーバーとなった時点で終了。10問連続正解すると常識人認定証をもらえる。

ハイパーツアーズジェット（2010年）
30問全てクリアするか、1問の読みを制限時間内に答えられずにタイムオーバーとなった時点で終了。1問でも正解すれば、常識人認定証をもらえる。

ファイブツアーズバギー（2009年 - 2011年）
通常放送と同一ルール。

トラップハウス（2009年 - 2011年）
通常放送と同一ルール。ただし、2010年のみ全7問構成。

トロッコアドベンチャー（2007年・2011年・2015年・2018年）
ルールは全く同じであるが、トロッコの大きさが小さく、通常放送のように横に5人ではなく、縦に5人並んで挑戦する。5問連続正解すると、常識人認定証をもらえる。最終問題以外では、不正解の答えの方向に移動すると、ヒヨコの鳴き声で知らせてくれる場合もある。クリア時のテロップはトラップハウスの「CLEARED」が使われている。
2013年では「トロッコ予備校」として東進ハイスクール講師陣が厳選した問題に挑戦する形式で行われた。

パーセントバルーン（2014年・2018年）
タブレットを利用して1人ずつ挑戦。1人で5問挑戦する。参加者にはステッカーがプレゼントされる。2014年ではMicrosoft Surface Pro 3の全面協力で行われた。

脚注

注釈

出典 

番組の企画の一覧
フジテレビの番組の企画
ネプリーグ