ファンタシースターオンラインのエネミー一覧（ファンタシースターオンラインのエネミーいちらん）では、ファンタシースターオンラインに登場するモンスターについて述べる。

概要 
プレイヤーに襲い掛かってくるモンスターを、ゲーム内ではエネミーと呼称する。エネミーは主に4つの分類に分けられている。

エピソード1では1つのエリアは1つの種族で統一されていたが、エピソード2では1つのエリアに様々な種族のエネミーが混在している。なお、アルティメットの難易度ではそれぞれ姿や名前が新しいものになる（変わらないものもいる）。名前の後ろの（）内はアルティメットモードでの名称。名称の後にレアと付記されているものは500分の1の確率で登場するレアエネミーを指す。
なお、オフラインモードとオンラインモードの区別がある作品では、オンラインモードの方がエネミーのパラメータが強化されており、取得経験値も高くなっている（PSOBBでは1人用モードがオフラインモードに相当する）。

原生生物/Native 
パイオニア1が到着するよりも前から惑星ラグオルに存在していた生物。元は大人しく、パイオニア1の人々に襲い掛かるような事も無かったが、ブルーバーストの少し前から何らかの外的要因によって凶暴化し始めたらしい。
 ブーマ（バートル）、ゴブーマ（バーブル）、ジゴブーマ（トーロウ） / EP1 EP2
 モグラと熊を足して2で割ったような二足歩行動物。地中から飛び出してくる。ラグオル地表に数多く生息し、至る所で見かける。エピソード1の森ステージでのみ出現。それぞれブーマは赤茶色、ゴブーマは黄色、ジゴブーマは赤紫っぽい色の体毛をし、後者になるほど体格は大きくなる。アルティメットでは名前と姿が変わり、バートルとバーブルが亀のような外観、トーロウは二足歩行するカマキリのような生物になる。攻撃には右手、もしくは左手を振り下ろす平手打ち攻撃で、手によって攻撃の発生速度がわずかに違うという特徴がある。
 ラグ・ラッピー（エル・ラッピー） / EP1 EP2
 黄色い二足歩行のペンギンのような姿をした鳥。子供ほどの身長で丸い体をしており、鳥であるが飛ぶことはできない。しかしなぜか上空から落ちてくる事もある。ラッピー種はピンチになると死んだ振りをする習性があり、死んだ振りを終えて立ち上がったときに攻撃すると、確実にアイテムを落とすという特徴がある（逆に言うと逃げ出す時に追撃しないとアイテムを落とさない）。アルティメットでは体毛が白になる。難易度に関係なく25分の1の確率で巨大なものが出現することがあるが、強さやアイテム等に変化は無い。本作においてマスコット的な存在となっている。
 アル・ラッピー（パル・ラッピー）/ レア EP1
 500分の1（DC版は1000分の1）の確率で登場するラグ・ラッピーの突然変異種。エピソード1の森ステージでのみ出現。体毛が鮮やかな水色に変化している。ラグ・ラッピーより能力値が高い事を除けば、行動パターンは同一。アルティメットでは鮮やかな虹色になる。エル・ラッピー同様、巨大なものが出現することがある。
 ラブ・ラッピー / レア・EP2
 エピソード2のVR神殿にだけ登場する、ラグ・ラッピーの希少種。VRシステムのプログラマーがお遊びで入れたものらしく、現実には存在しない。オンラインモードでは季節によって後述する季節ラッピーに変化する。
 エグ・ラッピー / レア・EP2
 季節ラッピーの一種。オンラインモード時のみ3月下旬から4月上旬のイースターの時期（毎年若干のずれがある）にラブ・ラッピーと差し替えられて登場する。卵のような姿をしており、死んだ振りから戻った状態の際に攻撃すると、「イースターエッグ」というレアアイテムが入手できる。これを使うと、通常は手に入らない武器を入手することが可能である。オンライン専用エネミーのためオンラインサービスが廃止されたタイトルでは出会えない。
 ハロ・ラッピー / レア・EP2
 季節ラッピーの一種。オンラインモード時のみ10月下旬から11月上旬のハロウィンの時期にラブ・ラッピーと差し替えられて登場する。頭はカボチャをかぶり、黒いマントを身にまとう。死んだ振りから戻った状態の際に攻撃すると、「カボチャ」というレアアイテムが入手でき、これを使うとマグを特殊なものに変化させるレアアイテムが入手可能である。オンライン専用エネミーのためオンラインサービスが廃止されたタイトルでは出会えない。
 セント・ラッピー / レア・EP2
 季節ラッピーの一種。オンラインモード時のみ12月下旬から12月25日のクリスマスまでのごく短い期間にラブ・ラッピーと差し替えられて登場する。サンタクロースの衣装を身にまとっている。死んだ振りから戻った状態の際に攻撃すると、「クリスマスプレゼント」というレアアイテムが入手できる。これを使うと、マグを特殊なものに変化させるレアアイテムが入手可能である。遭遇できる期間が実質ほんの数日だけのため、3種類の季節のレアラッピーの中では特に遭遇しにくい。オンライン専用エネミーのためオンラインサービスが廃止されたタイトルでは出会えない。
 サベージウルフ（グルグス）、バーベラスウルフ（グルグス・グー） / EP1 EP2
 鎧のような表皮を持つ狼のような動物。獲物の周りを用心深く周回し、背後を取ってから攻撃する。群れで出現することが多く、バーベラスウルフはそのリーダー的存在である。バーベラスウルフが倒されると、群れの他のウルフは戦意喪失からか能力が低下する（遠吠えを行い、それが完了すると一定距離内に存在するウルフにジェルン、ザルアをかける。ただし、そのジェルン、ザルアのレベルは低いため、PC版以前では先にこちらがかけていた高レベルのジェルン・ザルアを上書きしてしまい、結果として強くなってしまうこともある）。アルティメットでは狼の体にツノの生えたイノシシのような頭を持つ生物に変更される。グルグスの攻撃にはスロー、グルグス・グーには麻痺が付加される。
 モスマント（モスバートン） / EP1 EP2
 蚊に酷似した生物。ただし現実のそれと違ってかなり巨大で、成人男性の頭と同じかそれ以上の大きさがある。
 後述のモネストの体内に収納された状態で登場し、モネストから吐き出されて初めてプレイヤーに襲い掛かる。単体で登場する事は絶対に無い。モネスト登場時は最初から外に出ているモスマントがいるが、プレイヤーに襲い掛かる前に一旦モネストの体内に戻る。
 個々の攻撃力や耐久力はあまり無いが、時に10匹近く大量に吐き出されて大挙して襲い掛かってくるので囲まれやすい。また、攻撃力は低いものの、毒を持っているため攻撃の際に毒を受ける事がある。
 アルティメットではさらに大型になる。
 モネスト（モスビスト） / EP1 EP2
 巨大なウツボカズラに酷似した植物のような生物。植物のような外見をしているが地面に根を張っている訳ではないようで、モスマントに持ち上げられて宙吊りで移動すると言う特異な生態を持つ。と言っても宙吊りで移動するのはプレイヤーの前に姿を現す時だけで、一度戦闘が始まると移動はしない。
 先述のモスマントの巣であり、戦闘ではモスマントを吐き出して戦線に追加する以外の事は何もしない。体内のモスマントには数に限りがあるため、モスマントを全て吐き出してしまった後は一切何もしなくなる。なお、ある程度ダメージを受けると自力で立っていられなくなるのか倒れて横倒しになるが、横倒しになってもモスマントを吐き出し続けるので注意。モスマントを吐き出すのを止めさせるにはとどめを刺して完全に倒してしまうしかない。
 アルティメットでも大して外見が変わらない。
 ヒルデベア（ヒルデルト） / EP1 EP2
 ベアと言う名前を持つが、ゴリラに似た外観を持つ巨大な動物。本来は体格の割りに非常におとなしい種族であったようだが、現在ではその面影も無い。圧倒的な跳躍力と腕力を持ち、遠距離から間合いを詰めつつ踏みつけ、大振りパンチという、この手のモンスターにお決まりの攻撃パターンを持つ。なぜか火を吹ける。生息数の少なさからか遭遇頻度は低い。アルティメットでは炎の代わりに電撃を吐き出す。
 ヒルデブルー（ヒルデトゥール） / レア・EP1 EP2
 ヒルデベアの突然変異種。どのような体内構造をしているのか全く不明だが、炎の代わりに冷気を吐き出す。ヒルデベアよりもさらに強い腕力を誇る。アルティメットでは冷気の代わりに即死テクニックであるメギドを吐いてくる。
 ウル・ギボン、ゾル・ギボン / EP2
 猿のような動物。ウルフと同じように群れで行動しゾル・ギボンがそのリーダー格であるが、リーダーを倒されると逆に興奮して戦闘能力が増すと言う特徴を持つ。ウルフ系とは違い、プレイヤーから一定の距離を取ろうとする行動が多く、接近戦を主体とするハンターには地味な強敵である。飛びかかっての打撃の他、それぞれ炎や冷気を放つ。アルティメットではギゾンデとメギドに切り替わるため、非常に厄介な敵である。
 ギブルス / EP2
 ギボンの群れのボス猿とも言うべき存在。一瞬で視界から消える跳躍力と圧倒的な腕力を持っており、非常に巨大な体を活かした打撃戦法でプレイヤーを苦しめる。跳躍の着地後に長い硬直時間がある為、距離をとれば対処はそう難しくはない。エピソード2中央管理区・高山エリアの中ボス的存在。
 ギー / EP2
 赤ん坊ほどの大きさを持つ蜂のような生物。尻部の針からは麻痺を引き起こす毒を出す。
 ギ・グー / EP2
 ギー達の女王蜂に当たる存在。ギーとは比べ物にならないほど巨大で、回避の難しい誘導弾（混乱効果有）、一定ダメージ後は攻撃を遮断する膜を形成、膜が展開中に攻撃するとカウンターで爆発性のある砲弾のようなものを飛ばすなど、攻撃が多彩。加えて本体の能力も高いため強敵の一種である。エピソード2中央管理区・海岸エリアの中ボス的存在。
 サンド・ラッピー / EP4
 クレーター周辺に生息するラッピー。大きく硬化したドリル状のくちばしを持っており、突っつきが強力。死んだ振りなどの基本的な行動パターンは他のラッピー種と共通。
 サテライト・リザード / RP4
 ウルフ種と似たような形の、犬ともトカゲともつかない生物。ウルフと同様にプレイヤーキャラの周りをゆっくり回りながらにじり寄って来る。ウルフと違って飛ばず、口から黄色い霧のようなものを吐き出して攻撃してくる。正面からの銃器による攻撃を全て弾いてしまう上、その際に透明化するという能力を持つ。透明化している間はあらゆる攻撃が空振りしてしまい、またミニマップのレーダーからも消えてしまう。と言ってもすぐにある程度姿が見える半透明状態に戻り、半透明ならばレーダーにも映るし攻撃も当たる。
 なお、テクニックによる攻撃や近接武器での直接攻撃は弾かず、正面以外からならば銃器でも攻撃可能。
 ヨーウィ / EP4
 サテライト・リザードの上位種。基本的な行動パターンは共通しているが、サベージウルフとバーベラスウルフのような関係（群れのリーダーが倒されると士気が上下する等）は無い。
 ブータ、ゼ・ブータ、バ・ブータ / EP4
 ブーマ的な位置づけのエネミー。名前の通り豚のような顔をしている。基本的にはブーマ同様地中から飛び出し、近づいてパンチをすると言う行動パターンだが、ゼ・ブータは中距離からの突進、バ・ブータは火の玉を投げつけてくると言う攻撃方法も持つ。
 アスターク / EP4
 人間の倍以上の大きさを持つ、オケラのような外観の生物。遠くからのジャンプ接近＋踏み付け、近距離での大振りパンチ等、行動パターンとしてはヒルデベアに似ているが、炎を吐かない代わりに自分自身にのみ有効なシフタを使い、パンチが衝撃波込みで射程が長い等異なる点も持つ。また、ヒルデベアと違って、パンチを連打してくることもある。
 ズー / EP4
 巨大な鳥。滑空しての体当たり、滞空しての上空からのビーム攻撃、低空を滞空しながらの火の玉攻撃を行う。生息数が少ないが、個体能力は高く、基本的に飛んでいる関係上、火の玉攻撃中以外はテクニックか銃器でないと攻撃が届かない厄介な敵。体当たりには強制ダウン効果があり、複数現われると置き上がった直後にまた転ばされることもある。凍結攻撃は無効。
 パズズ / レア・EP4
 ズーの変異種。緑色の体色になっており、個体能力もズーからさらに進化している。
 ドルフォン
 ズーよりもさらに巨大な、マンモスと猪の中間のような生物。行動パターンとしてはデルバイツァに似ており、遠くからの突進・正面へのビーム攻撃・至近距離への踏みつけ攻撃などが共通するが、遠吠えの際に放たれる電撃は無い（遠吠え自体はする）。またデルバイツァよりも遥かに巨体。
 ズーと同じく凍結が効かないため足止めするのが難しい。
 ドルフォン・エクレール / レア・EP4
 ドルフォンの変異種。ビームの代わりにグランツを使う。
 ドラゴン（シルドラゴン）/ ボス・EP1・森
 セントラルドーム地下空洞で確認された、空想上の動物にそっくりな生物。遺伝子操作による変異の痕跡が無いため一応原生生物に分類されているが、元からラグオルに存在したのかは定かではない。炎を吐き翼で飛行するが、地中に潜って高速で掘り進みながら体当たりをしてくると言う、一般的なRPGで見受けられるドラゴンと比較して変わった行動パターンも持つ。アルティメットでは戦闘マップが一変して氷に閉ざされた空間にかわり、ドラゴン自身も氷の攻撃をするシルドラゴンに変化する。シルドラゴンの体に触れると凍結状態になってしまう。また、地中を移動する軌道も変化する。
 ゴルドラゴン / ボス・EP2・VR宇宙船
 コーラル本星に伝わる伝承上のドラゴンを、ラボのVRシステムによって再現したもの。ラグオルには実在しない。3体に分身し、それぞれが炎・氷・電撃攻撃をしてくる。また空中で高速に回転しながらブレス弾を四方八方にばら撒くと言う、やはり一風変わった攻撃をしてくる。戦闘に用いられるマップはいかにもステレオタイプなサイバー空間である。

アルタードビースト/A.Beast 
何らかの後天的な要因によって異形へと進化を遂げた生物群。ほとんどが健全な生態系から逸脱し、常識では考えられない生物である。
 エビルシャーク（バルマー）、パルシャーク（ゴバルマ）、ギルシャーク（メルクィーク） / EP1
 ブーマが謎のワーム型生物によって強制的に突然変異させられた生物。鮫のような頭を持ち、両腕が刃物のような形になり、硬そうな外殻に身を包んでいるなど、外見はブーマの時とは似ても似つかない。また、ブーマらと同じく、右手と左手で攻撃速度がわずかに違う。アルティメットではバルマー・ゴバルマはなぜかブーマに似た、アルタードビーストというよりも原生生物に近い外見になり、メルクィークはシャーク系のエネミーの首を長く伸ばしたような外見となっている。
 ポイゾナスリリー（オブリリー） / EP1 EP2
 花弁の真ん中に口のような器官を持ち、毒液を吐いてくる植物。根がしっかりと張っているのか、その場を動くことはできない。植物であるにもかかわらず、獲物に毒液が命中したことを確認して笑い声を上げたり、至近距離に接近されると頭突きをしてくるなど不可解な行動をする。花弁をこすり合わせて超音波を発生させ、プレイヤーを麻痺状態にさせてくる事もある。ある程度ダメージを与えると攻撃をやめて回転しはじめ、数秒後に自爆して周囲に麻痺毒を撒き散らす。アルティメットでは毒液の代わりに即死テクニックのメギドを発射する。メギド自体は闇属性に対する耐性を上げたり、遠距離攻撃ができる武器を用意するなどの対策をとれば脅威にはならないが、闇属性に対する耐性を確保するためには他の装備品を犠牲にする必要があったり、他のエネミーに邪魔をされたりで、なかなか難しい。
 ナルリリー（ミルリリー）/ レア・EP1 EP2
 ポイゾナスリリーの希少種。血のように赤い花弁を持つ。アルティメットでは玉虫色の花弁になり、メギドを吐く。オンラインのミルリリーだけは、メギドの射程が極端に長い。
 グラスアサッシン（クリムゾンアサシン） / EP1 EP2
 人間の背丈を遥かに越える大きさを持つカマキリのような生物。カマキリらしく両腕の鎌で攻撃を仕掛けてくるが、何故か蜘蛛のように口から糸を吐き、糸を浴びたキャラは一定時間移動不能になる。アルティメットでは名前の通り赤色になり、粘着糸攻撃が凍結に変化する。実は同じ姿の小型ビーストの群体であり、倒すと腹の辺りから四方八方に散らばって逃げていく。
 ナノノドラゴ / EP1
 小さいドラゴンのような生物。肩の辺りにビームを発生させる不可解な器官を持つ。ビームには2種類あり、まっすぐ飛ぶ直線状のレーザーと、ある程度曲がって追尾してくる球状のビームがある。
 敵味方問わず攻撃し、なにかしらの生物にトドメを刺すとレベルアップするという特徴を持つ。セントラルドームのドラゴンの幼体かどうかは不明。
 プフィスライム / EP1
 ゼリー状の液体生物。普段は地中に溶け込む形で身を隠し、獲物をしとめる一瞬だけ姿を現す。バータ系のテクニックもしくは通常攻撃の3段目（厳密には「3段目を出した後の攻撃」）をヒットさせると分裂して増える。このエネミーは分裂するとレアエネミーを生み出す可能性があり、攻撃がヒットする直前までに裏パレットをONにすると攻撃が確実にミスするという仕様上の特性を突いて、ワザと3段目を命中させる「裏パレットアタック」なる小技を登場させた。
 引っ込んでいる状態では基本的に攻撃を受け付けないが、「ロックオンされ発動した後のテクニック」「トラップによるダメージ」「同種エネミーの一部の攻撃（触手攻撃）」は移動中でもダメージを受ける。特にアンドロイドのトラップは難易度によっては一撃で消滅する。
 見た目がセガから発売されたゲームソフト、ソニックアドベンチャーの最終ボス「カオス」にも似ているが、直接的な関連は（当然ながら）無い。
 プイィスライム / レア / EP1
 プフィスライムの変種。血のように赤い色をしている。行動パターンはプフィスライムとまったく同じで、移動・出現・攻撃を繰り返す。
 パンアームズ、ミギウム、ヒドゥーム / EP1 EP2
 パンアームズとして地面から登場するカニ型の生物。中心部から2種類のビームを放ってくる。この状態は防御力が非常に高く、合体中に倒すには、即死系の攻撃が無い限りはかなりの攻撃力が求められる。EP2の宇宙船で登場するものは逆で、合体中の方が防御力が低いため、分裂されると倒すのが難しくなる。一定のダメージを与えるか、時間経過で（厳密には、分裂するタイミングであり、分裂できる場所であるとき）中心から二つに分裂しミギウムとヒドゥームになる。この状態でどちらか片方を先に倒すと、もう片方がガッカリ(?)してしばらく硬直する。分裂した後放っておいてさらに時間経過すると、また合体する。ミギウムの攻撃にはダメージはないが、ジェルンやザルアがかかる事がある。ヒドゥームの体力が減ってくるとミギウムは腕のブレードで刺してレスタをかけようとする。
 なおパンアームズの状態の時とミギウム・ヒドゥームの状態の時では落とすアイテムが違う。また、パンアームズが複数登場した場合は、別の個体から分離したミギウムとヒドゥームが合体することはない。
 メリルリア、メリルタス / EP2
 意思を持って自由に歩き回る植物。普段は下半身を地中に隠して何の変哲も無い植物を装っているが(このときはマップに表示されず攻撃できない)、獲物が近づくと動き出す。メリルリアは一定ダメージを与えると逃げ出す。メリルタスは強力な毒粉を撒き散らすこともある。
 メリカロル、メリキュス、メリクル / EP2
 メリルリア・メリルタスの上位種。人間の背丈の何倍もある巨大な大きさに、致死性の強力な毒素を持つ。メリカロルは混乱、メリキュスは感電、メリクルは凍結の状態異常になる弾を吐き出す。アルティメットになるとメギドとは異なる無条件即死の弾を放出してくる。この弾は異常に速度が速く、軌道に癖があるため回避しづらい。この弾が当たると笑い声を上げる。制御塔では特定の条件で無効化できる。HPが少なくなるとカウントダウンをして即死などの効果をもった花粉で攻撃してくるほか、突進してくることもある。エピソード2密林エリアの中ボス的存在。
 ドルムオルム、ドルムダール / EP2
 イカのような外観を持つ。基本はその長い手足を利用した打撃攻撃だが、ドルムダールは加えて金縛り状態にさせる攻撃技を持つ。金縛り中は移動は当然不可能だが、アイテム使用や装備変更すらできないためアンドロイドにとってはアイテムによるHP回復もトラップ敷設もできずに詰むこともある。
 メリッサ・エー / EP4
 プフィスライムのような顔に、コブラのような形の身体を持つが全長は短く立って飛び跳ねて移動すると言う形容しがたいエネミー。人間よりやや大きい程度。口からギバータを吐く他、ジャンプしてのボディプレス、凍結効果のある突きなどの攻撃を持つ。近接攻撃をしようとするとジャンプして後ろに回りこんでくるので攻撃を当てづらい。
 メリッサ・エー・エー / レア・EP4
 メリッサ・エーの変異種。体色が緑色になり、耐久力が上がっている。
 デ・ロル・レ（ダル・ラ・リー）/ ボス・EP1・洞窟
 列車ほどの大きさを持つ、超巨大なムカデ型の生物。劇中では地下坑道に残っていたデータから、元々はガル＝ダ＝バル島プラントで創られた「実験生物β722」が地下水路に逃げ出したものと推測されている。
 普段は地下水路の水中に潜んでいるが、天井に張り付いて高速移動するなど多彩な行動パターンを持つ。頭部に人間の頭蓋骨のような外殻があり、散弾ブレス、口からはビームを発射、2種類の機雷攻撃、落石、先端が注射器のようになっている4本の触手による攻撃など、多彩な攻撃パターンを持つ。
 実際には地下水道の上を移動するイカダの上で戦闘する。上陸してくるときのみ接近戦が可能となり、その他の時はイカダの周囲を泳ぎながら移動する。このときはテクニックや遠距離攻撃武器のみでダメージが与えられる。しかし銃では弾速が遅くヒットしにくいが、フォトンランチャー系だと弾速が影響しないため簡単にヒットする。一通り泳ぎ終わったら上陸や落石、機雷敷設、口からビームなどの他のパターンで攻撃したのちまた泳ぐというパターンを繰り返す。落石攻撃のあと停電して真っ暗になることがあるが、しばらくすると電気が復活する。倒すとイカダが停止するが、当然時間制限は存在しない。
 胴体と頭の殻でダメージや耐性が異なり、どちらかのHPをゼロにすれば倒せる。頭の殻はダメージを与えると破壊され、ワーム状の顔が見える。
 アルティメットモードでは出現早々横方向にビームを放ってくるが、プレイヤーの初期位置からまっすぐ前へイカダの最前線に移動すれば絶対当たらない。アルティメットモードではこの初撃のあと必ず上陸してくるためここで集中攻撃をしかければ泳がせる間もなく倒すこともできる。
 この注射器型触手より分泌される体液には生物を強制的に変化させる効果があるらしく、アルタードビースト発生の元凶であると言われている。なお上記にある通り触手による攻撃を実際にしてくることがあるが、ゲーム中ではプレイヤーが触手を突き刺されても突然変異したりする事は無い。
 バルバレイ / ボス・EP2・VR神殿
 パイオニア1より回収され、パイオニア2で再稼働したカル・スがシミュレーションで「デ・ロル・レが海洋まで進出、自己進化した場合」を想定した場合、発生するであろうと予測したエネミー。あくまでVR空間上で想像された存在であり、実在はしないが、ハンターズの能力テストで神殿のボスとして登場する。基本的な攻撃パターンは「デ・ロル・レ」と変わらないが、上陸時の体当たりやイカダの下からの毒を持つ触手、カブトガニのようなエネミーを発生させるなど、新しい攻撃方法が追加されており、強敵である。
 ガル・グリフォン / ボス・EP2・中央管理区
 羽を広げきった状態で体長がクジラほどある巨大な鳥類。ひづめのある4本足や大きな角など、キメラに近い外観をしている。体当たり攻撃や、竜巻を発生させたり、電撃を吐く、地面を踏みつけて衝撃波を発生させるなどの攻撃パターンを持つ。デ・ロル・レと同様、「実験生物β630」としてプラント内で生産された実験体。チャレンジモードでは衝撃波に耐えられず、銃も装備できないといったキャラも多いため難敵である。アルティメットモードでも行動パターンは不変だが多段ヒットにより即死の危険もある。

機械/Machine 
人の手によって作られた非生命体。作業用等のロボットが改造されたものと、最初から戦闘用に作られたものと2種類ある。人間とは違う第三者の意思と操作によってプレイヤーに襲い掛かってくる。アルティメットモードではほとんどのエネミーが仰け反りを起こさない。

 ギルチック（ギルチッチ） / EP1 EP2
 作業用ロボットを戦闘用に改造したもの。スロー効果のあるパンチで攻撃してくる他、ビームでも攻撃してくる。歩行システムが不十分なのか少しの衝撃で転ぶが、耐久力そのものはそれなりにあり、起き上がって攻撃してくる。背面から攻撃してもなぜか器用に背中から転ぶ。
 なおビームでの攻撃は、最初から「ビームで攻撃する行動パターンを持つ個体」「パンチでしか攻撃しない個体」が決まっているが、外見に差は全く無いため見分けは付かない。また一度に連射するビームの数も個体によって決まっている。
 アルティメットモードでは元から戦闘用なのか、なかなか転ばない上に防御力も大幅に上がって強敵の一つとなる。
 ダブチック（ダブチッチ） / EP1 EP2
 ギルチックとよく似たロボットだが、行動はやや遅く、別途設置されたダブイッチに統率され複数で襲い掛かってくる。ダブイッチを破壊すれば一気に活動を停止するが、ダブイッチを破壊しない限りゾンビのように度々（5回まで）復活してくる。アルティメットではギルチッチ同様の強化がなされている。チャレンジモードではダブイッチは存在しないため、複数回破壊することによって倒すしかない。
 ダブイッチ（ダブイック） / EP1 EP2
 ダブチックを統率するスイッチ。移動も攻撃も行わず、通常は高く浮遊しているだけ。ダブチックを1度でも破壊すると床付近まで降下する。これを破壊することによって、そのエリアでそれまでに出現しているダブチック全てが完全破壊される（クエストによっては、この順序を違えることによって、不具合が生じる）。高く浮遊している状態では、レーダーにも写らず、テクニックによる攻撃を受け付けない。しかし銃では攻撃して破壊することができる。HPは難易度にかかわらず、一律300である。
 カナディン（カナバイン） / EP1 EP2
 坑道のあちこちに存在する飛行型小型機械。カナン率いる編隊に属するものと、単独で行動しているものの2種類ある。単独で行動するものには、出現直後にジグザグに接近しスタンガンのような武器で攻撃してくるタイプと、上の方に滞空したままゾンデを放ってくるタイプが存在するが、ゾンデを放ってくるタイプは、一定パターンの行動を行った後、スタンガン攻撃も行ってくる。
 カナン（カヌーン） / EP1 EP2
 カナディンの編隊を統率する司令機のような存在だが、本体自体の性能はスタンガンタイプのカナディンと似ている。カナンを倒すと編隊内の残ったカナディンは自爆攻撃を仕掛けてくる。攻撃するのは周りのカナディンでありカナン自身は何もしない事が多い（全く攻撃しないわけではない）が、ある程度編隊内のカナンを倒すと、編隊ごとワープして逃げてしまう。なお、倒した敵数が問題となるようなクエスト内では、この編隊全体で1体として扱われる（一部に逃げられても1体撃破となる）。
 シノワビート（シノワブルー） / EP1 EP2
 忍者を模したロボット。普段は天井に張り付いていて、侵入者を発見すると降りてきて襲いかかる（チャレンジモードでは、床下から出現する）。遠距離からは高速でジャンプ突撃攻撃を仕掛け、次の行動パターンに移るのも早く、いかにもニンジャらしい隙の少ない攻撃を仕掛けてくる。攻撃を受けると、混乱の効果も引き起こされることがある。さらには立体映像を利用した分身の術を駆使する個体もいる。立体映像なので本物以外は虚像であり、よく見れば見分けられる（肩のランプが赤い物が本物）。分身の術を使わないシノワブルーは、代わりに隠れ身の術を使う。後述するシノワベリルの光学迷彩と違って完全に透明になってしまうが、各種エフェクトが見えるので、注意すれば攻撃は回避可能である。
 シノワゴールド（シノワレッド） / EP1 EP2
 全身が金色のシノワビート。基本的にシノワビートと行動パターンは一致するが、分身の術の代わりに回復テクニックであるレスタを詠唱し、周りのエネミーのHPを若干ながら回復させる。シノワレッドはHP回復に加えてシフタ&デバンドもかけるため、元々のパラメータの高さもあいまって、厄介極まりない敵となる。
 ギャランゾ（バランゾ） / EP1 EP2
 キャタピラで動く、重戦車のようなロボット。近づきながらミサイルを撃って来る。ミサイルは大量に撃ち出され、複数同時ヒットで即死しかねないため非常に危険。ミサイルはしつこくプレイヤーを追尾する誘導弾であるが、エネミーにも当たるため、ミサイルを引き連れて後ろに回り込むとミサイルがギャランゾ自身に命中するので自滅を誘える。分厚い装甲を持つが、装備された火器との兼ね合いを考えていなかったのか、装甲に隠れてしまって火器の大半が使えなくなっている。ダメージを受け装甲が剥がれると、使えなかった火器が起動し火力が上がる。また、たまに地雷を射出して自身の周りにばら撒くが、本体に対してかなり小さく、装甲が全て剥がれた後＝力尽きる直前にしか撒かないので、チャレンジモード以外では殆どの場合気づかれないまま消えてしまう。
 シノワベリル / EP2
 光学迷彩によって透明になる機能を搭載したロボット。この迷彩機能はフロウウェンのメッセージによると「聞いた事が無いものでパイオニア1ラボで独自に開発されたもの」との事なので、シノワビート系の隠れ身の術とは別物であると思われる。そのため完全に透明になる隠れ身の術とは違い、屈折率の調整が甘いのか透明になっていても背景が揺らいで見え、注意深く観察すればどこにいるのか分かる（ドリームキャストでは単にこの映像表現が不可能であった）。その代わり、シノワビート系と違って透明のまま攻撃を仕掛けてくる。また、シノワビート系列とは違い、分身の術は使えなくなっている。基本的にシノワビートと同じく歩いて近づいてきて殴る（ブレードが装備されていない）と言う攻撃パターンだが、距離を開けるとワープで接近してくる。接近した際にギフォイエ（アルティメットではラフォイエ）を発射する場合もある。その他に後述する3パターンの派生種が存在する。
 シノワスピゲル / EP2
 シノワベリルの上位・派生種。光学迷彩機能・短距離ワープ機能、ギフォイエ（ラフォイエ）に加え、装備した武器の解除機能、回復装置を搭載している。アルティメットでは回復と同時にシフタ・デバンドが掛かる。
 シノワゾア / EP2
 シノワベリルの亜種その2。迷彩機能が改良され、中途半端な透明ではなくなったが、ガラスや水面などの光を反射する面にはハッキリと映る。ワープ機能の他に冷気（ギバータ）を噴出する装置を持つ。アルティメットではギバータがラバータに変わる。
 シノワゼレ / EP2
 シノワゾアの上位種、及びベリル系最上位種。とはいえ物理的戦闘能力はシノワゾアのほうが高い。個体数はこちらのほうが少ない。ベリル系の基本機能とゾアのギバータ（ラバータ）、スピゲルの武器解除機能の他にジェルン＆ザルアを使うなど攻撃手段が豊富。
 レコン&レコボクス / EP2
 爆弾を撒き散らして侵入者の邪魔をする小型メカのレコンと、レコンの発着装置であるレコボクス。レコンは小型の時限爆弾の投下や内蔵された回転ノコギリによる近接攻撃、さらに数で攻めてくる。レコンを排出するレコボクスは頑丈だが、破壊されると排出しているレコンも全て機能停止する。たまに、レコンが入っていないただの置物のレコボクスがある。防御力も高いため経験値吸収武器によるレベリングに用いられる。
 ボルオプト（ボルオプトver2） / ボス・EP1・坑道
 パイオニア1の3つの超高性能AIの1つ。坑道エリアのコントロールを任されていたが、別の何らかの存在に乗っ取られる形で暴走。
 コントロールルーム全体がボルオプトそのものとも言うべき存在で、第一形態は周囲のモニターの中を移動するかのように動き、天井や床の穴から電極を突き出して放電攻撃を行う。天井の電極は破壊すれば一定時間復活しない。コアに対して一定量のダメージを与えるか、全ての電極を破壊すれば第一形態は撃破となる。コアへのダメージはプレイヤーの攻撃力に比例して画面を攻撃すると大ダメージを与えられる。下手に電極を破壊しようとするよりも攻撃力の高いキャラがテクニックで画面を連続攻撃すれば一瞬で倒せることがある。逆にコアを倒しきる前に画面を全て破壊できてしまうことも多く、この場合は電極を破壊する事によってしか倒せない。
 第二形態は天井から各種パイプやケーブルの束で吊り下げられた形の巨大なコンピュータで、その周りに様々な兵器を装備している。前面には対象を捕縛する光弾およびそれに追尾する多連装レーザー砲、左側には天井のアームを制御するための照準レーザーおよび排熱機構、右側には同じく排熱機構に加えて自己修復装置、そして背面にはミサイルポッドを装備しており、その重装備具合からストーリー上でも中堅をまとめる重要な位置づけにあるはずのボスだが、第一形態は手順を覚えればいわゆるハメ殺しが可能であり、第二形態の本体は周囲をぐるぐる回ると言う単純な方法で全ての攻撃が回避可能な上、ギゾンデが極端に多段HITをするという弱点があるため、PSOシリーズでもっとも弱いボスとして多数のプレイヤーに認知されている。
 アルティメットモードでは多少行動パターンや耐性が強化、変更されている。第一形態の電極から発する高威力のテクニックが（フォイエ、ギバータの場合）複数同時に命中する場合があるため、攻略法をしっかりとわきまえた上で対処しないと、最も危険なボスともなり得る。また天井の電極が廃止されている。第二形態では雷耐性が100%になっており、ギゾンデを多段ヒットさせて倒すことができないためテクニックオンリーのフォースにとっては非常に強力な敵となった。さらにアームの狙いを付けずに落下させてくるパターンが追加されている。
 イプシロン / ボス・EP2・制御塔
 中央管理区にある制御塔の最上階で待ち構える大型メカ。ボルオプトと形状は似ており、ボルオプト同様に攻撃パターンはある程度一貫しているが、攻撃の回避にはレベルの高い操作テクニックを要求される上に攻撃力が高く、強敵である。ボルオプトより小型化されており、移動してくる。クエストによっては数体同時に現れたり、他のエネミーと同時に現れることもあり、苦戦を強いられる事となる。シールドに守られているときはダメージを与えることが出ず、非常に強力なラフォイエを数発撃ったのち展開した時のみダメージを与えることが出来る。展開したシールドは各種属性の攻撃力を持ち、自身の周囲を回転させて攻撃してくる。アルティメットでは多段ヒットで即死する。
 なお、ボス扱いのエネミーであるが、戦闘開始前と戦闘終了後のムービーは挿入されない。このためか、防御力が非常に高いものの、HP半減系エクストラアタックが通用するため、これで大ダメージが与えられる。テクニックオンリーのフォースではグランツが非常に有効。また、オフラインで登場するのはGC版Plusに限られ、基本的にオンラインモードにしか登場しない専用エネミーとなっている。

D型生命体/Dark 
「遺跡」の中で確認された、未知の存在。あらゆる点で生物の常識を大きく外れており、生物であるかどうかすら疑わしい存在。唯一共通しているのは、D型と呼ばれる細胞を持っている事だけである。
 ディメニアン（アラン）、ラ・ディメニアン（メラン）、ソ・ディメニアン（デルディー） / EP1 EP2
 ブーマのような存在。D型生命体の例に漏れず、強靭な生命力を誇る。ブーマやエビルシャークらと比較して体長の差が最も大きく、ソ・ディメニィアンになると一般的な体型のプレイヤーキャラクターよりも二周りほど大きく見える。
 行動パターンはブーマやエビルシャーク種の流用であるが、各種の特徴がブーマ・エビルシャーク種よりも違いが大きくなっている。ディメニアンはごく基本的だがラ・ディメニアンは体格がそう変わらない代わりに移動スピードが速く、ソ・ディメニアンは移動スピードはディメニアンよりもむしろ遅いが体格が明らかに大きく、ヘビーアタックを当てたときのノックバック距離が短い。アルティメットのオフラインモードではデルディーのみ何故か移動速度が遅いままである。
 クロー / EP1
 魚ともナメクジとも付かない形状の生命体。ふわふわと力なく漂っている見た目に似合わず、攻撃はくちばし突っつきのみだが、なかなか侮れない威力を持つ。さらに、大抵大量にまとまって出現するため、囲まれると脅威になる。プレイヤーとの距離が離れると、浮遊高度を上げる。
 バルクロー / EP1
 クローを4匹かき集めて合体し、侵入者を捕獲出来る形状になったもの。プレイヤーに接近すると噛み付きのような攻撃を行い（毒を受けることもある）、この攻撃を2回行った後にバルクとクローに分離する。このときにバルクローの真下に入っていると、クロー4体に囲まれて一時的に逃げ道がなくなってしまうことがある。分離した後に一定時間が経過すると、バルクがクローを呼び集め、それが成功すると再び合体する。レアアイテム狙いのプレイヤーはパンアームズ同様、分離したらあえて合体するまで攻撃しない者もいる。
 バルク / EP1
 バルクローからクローが剥離された状態。HPは低いが、HPが半分以下になると、無条件にプレイヤーのHPを1にし、自らは自滅する攻撃を仕掛けてくる（特殊攻撃のため、ガードが行われても命中さえしていればHPは1にされてしまうため、かなり危険）。そもそもバルクが単体で出現する事は無く、必ずバルクローの状態で出現するため、分離する前に倒されてしまう事も多く、プレイヤーの目に触れる機会が少ない。バルクもバルクから分離したクローもレアアイテムを落とさない。
 ダークベルラ（インディベルラ） / EP1 EP2
 石像のようなのっぺりした外観を持つ巨大な生命体。動きは鈍く、また自分の周りを回る対象を追いかけようとすると目を回してしまう（目を回すための回転数と、目を回している時間は、再度初期化されない限りは繰り返すたびに大きくなる）が、そのパワーは強烈極まりない。麻痺効果のある近距離での打撃の他、ロケットパンチで遠くの獲物に攻撃することもある。このロケットパンチには、ベルラの真正面で移動しなければ当たらないという死角が存在する。アルティメットではよりのっぺりとした外観ながらもカラーリングが変化して威圧感が増した。ロケットパンチを連射してくるようになったが正面の死角は相変わらずである。距離を取ることが出来れば移動せずにロケットパンチを撃ってくるだけなので、こちらも動かずに銃などで攻撃すれば楽に戦える。だが、混戦時は非常に危険である。
 GC1.0版では正面の死角が無いため、アルティメットにてロケットパンチ砲台と化したベルラには多くのプレーヤーが苦しめられた。
 以前にソニックチームの運営の不手際でデバッグ用のダウンロードクエスト「ベルラといっしょ」が配信されたことがある。
 ダークガンナー、デスガンナー / EP1
 必ず複数体で行動する、アメンボのような物体で、通常時は武器/素手攻撃はほとんど受け付けない（テクニックや一部のエレメントによる攻撃は受け付ける）。群れの中に1匹存在するデスガンナーの指令で、中央のクリスタルのような器官から一斉にレーザーを発射する。このレーザー発射時のみバリアを解除するため、通常はそのタイミングを狙って攻撃する事になる。特筆すべきは司令塔であるデスガンナーが一定ではない事で、コロコロと群れの中で別の個体がデスガンナーに変わっていく。デスガンナーになった個体は中央のクリスタルのような器官の色が変わる（赤くなる）ためすぐに分かるが、追いかけるのが非常に手間である。デスガンナーがダメージを受けると、群れに所属するダークガンナー（ダメージを与えたデスガンナーを含む）が麻痺のような状態になって一定時間動きを止めると共にバリアが解除される。ただし、麻痺していない状態のデスガンナーを一撃で倒してしまった場合、この麻痺が発生しない。また凍結や麻痺状態にさせるとバリアは消えるため同様にダメージを与えられるようになる。なお、レーザーはエネミーにも当たるため、間にエネミーを挟むように位置取れば同士討ちを狙う事もできる。上記のようにダークガンナーとデスガンナーは同じ個体であるが、倒した時にどちらであるかによって出現するアイテムも異なっている。デスガンナーはレアアイテムをドロップしないためダークガンナーのみを狙って倒すプレイヤーもいる。
 カオスソーサラー（グランソーサラー） / EP1 EP2
 魔術師のような外観の生物。両脇にある水晶からテクニック攻撃を放つ。向かって左にある「ビーエル」は攻撃テクニックのラフォイエかギバータを、右にある「ビーアル」はレスタを使用してくる。ビーエルとビーアルを破壊することで攻撃を一時的に阻止することができるが、しばらくすると復活するため、ある程度攻撃力があるキャラクターならば最初から本体を狙って攻撃したほうが結果としては効率的である。アルティメットではグランツとメギド(DC版ではグランツとラゾンデ)を使うようになる。更にEP1では弱点がそれぞれバラバラになる為、テクニック主体のキャラには強敵のひとつとなる。カオスソーサラーは他のファンタシースターシリーズにも登場している。
 デルセイバー / EP1 EP2
 人型に近い形状のD細胞生物、右手が剣、左手が盾状になっており、通常は接近しての3連撃、正面至近距離からの接近攻撃は盾で弾く（プレイ人数や設定等によっては、盾は使わない）という行動をする。盾は攻撃で破壊することが可能で、盾を壊すと揺らめく光が消え、正面至近距離からでもダメージを与えられるようになるが、その状態では剣の3連撃の代わりに盾によるパンチ攻撃を繰り出してくる。このパンチはスピードがやたら速く、食らうと盾が復活する。また、一定以上距離があると遠距離から突然ジャンプ斬りをしてくるなど、パターンを理解できていない初心者にとって障壁とも言える難敵である。
 カオスブリンガー（ダークブリンガー） / EP1 EP2
 ケンタウロスのような外観の生物。遠距離から助走をつけた体当たりや、接近して右手のブレード兼ライフルによる斬撃、同じ部屋のキャラからTPを吸い取ってのビーム砲など多彩かつ強力な攻撃手段を持つ。斬撃をしているときは、懐の左足付近にいれば攻撃を受けることはない。突進とビーム砲はプレイヤーのみならず、エネミーにもヒットする。アルティメットでは懐の安全地帯がなくなり、ビーム砲を3連射する上、突進攻撃にはプレイヤーキャラの武器の装備解除させる能力が付加されている。アルティメットのオンラインモードではテクニック耐性が異常に強化されており2ケタ程度のダメージしか与えられず、前述のとおりTPも吸収するためテクニックオンリーのフォースでは対処が困難な敵キャラである。
 モルフォス / EP2
 薄っぺらい四角形が4つ集まったような幾何学的な外観を持つ。蛾をモチーフにしたデザインが特徴的。中心からレーザーを放って攻撃してくるが、前面の表皮が非常に硬く、裏に回らないとダメージを与えられない。レーザー攻撃は本体を直接観測しない限りしてこないため、あえて画面に入れずに攻撃することもある。高速回転したり、触手の様なもので突っついてくるなど、見た目同様に奇怪な行動が多い。アルティメットでも闇耐性が低めであるため即死系やメギドであっさり倒せることもある。
 デルデプス / EP2
 地面を這う円盤のような形態と、人型形態を交互に繰り返す生物。円盤形態では追いつけないほどのスピードで動き回り、一切の攻撃を受け付けない。この移動中の時にプレイヤーと接触するとダメージの無い攻撃（こちらの防御力に関わらずダメージが発生せず、ガードポーズが必ず出る）をする。人型ではバータ系のテクニックのようなものを使用して攻撃してくる。アルティメットではメギドを詠唱してくる。回避力が極めて高く、全エネミー中トップクラス。トラップや特定武器などで凍らせると有利に戦えるものの、オンラインでは同期を取っていないため凍らせたプレイヤーが倒しきる必要性がある。
 デルバイツァ/ EP2
 英語名「Delbiter」の名の通り、猛犬を模したエネミー。足の裏をよく見ると肉球まである。犬ではあるが、猫のような外観なので勘違いしているプレイヤーも多い。仰け反りは全く発生せず、加速をつけた体当たり、感電効果付きの体当たり、目から発するビーム、前足での踏みつけなど、いずれも余程の耐久力を持つハンターズでないと一撃で即死してしまうほどの攻撃力を持ち、さらには雄叫びと共に放つ電撃には混乱効果まであり、かなりの難敵。しかし回り込むということを知らないため、段差に引っ掛ければ案外楽に倒せてしまうという一面もある。
アルティメットでは波動砲が三連射、感電効果の体当たりが無属性の即死効果に変わり、難易度は劇的に上昇する。
 デルリリー/ EP2
 制御塔のみに登場する。アルタードビーストに分類されていたポイゾナス・リリーの強化型。しかしサイズはかなり大きくなっており、高さは目測で3、4メートルほどある。行動パターンはポイゾナス・リリーに似ているが、毒液の代わりにメギドを放ってくる。また、超音波攻撃にはプレイヤーのHPを1にする効果があり、自爆にはダメージがある。
 イルギル/ EP2
 制御塔にのみ登場する人型のエネミーで、鎌を持ってゆっくりと近づいてくる。間合いに入ると一転して、高速ダッシュアタックや、金縛りの効果を持つ黒い雲を放ち、鎌による攻撃には感電、麻痺、凍結、即死など多数の追加効果を持つ上に、防御力無視の大ダメージ攻撃を仕掛けてくる。さらに、攻撃でほとんど仰け反らないなど、隙が少なく、大変厄介な相手である。ただし飛び道具を持たないので、うまく地形に引っかければデルバイツァ同様安全に戦う事ができる。
 デル・ラッピー / レア・EP4
 サンド・ラッピーの変異種。D因子に侵食されており、見た目も属性も変化してしまっている。なお、EP4に先立ってEP3に搭載されていたエネミーである。
 ゴラン、ピロ・ゴラン / EP4
 ディメニアンのような位置づけのエネミー。ディメニアンよりやや細身で小柄だが、攻撃時に腕が伸びるため射程がかなり長い事、また時々ワープして姿をくらます事があるのが特徴。
 ゴラン・デトナータ / EP4
 ゴランが巨大化したもの。人間の3～4倍はある。また、ゴランより巨大な体で腕を伸ばしてくるため、射程が非常に長い。ワープも同様に使う。
 ギルタブリル /EP4
 サソリのような形をした中ボス的エネミー。隕石落下地点の中心部への入り口など、要所で現れる事が多い。腕の先が赤・黄・青に変化し、それぞれ炎・電撃・氷の属性攻撃をしてくる（感電や凍結状態にされる）。カウントダウンに似た音のあと、フォイエ・ギゾンデ・ギバータなどさまざまな属性のテクニックを発射してくる。正面からの攻撃は腕でダメージを軽減してしまうが、腕に一定のダメージを与えればのけぞって隙ができる。複数ロックオン可能なテクニックや、一部の貫通効果のある武器を使えば腕を無視して本体にダメージを与えることも可能である。また、移動困難になる程の風を発生させ、吸い寄せられる。
 グァーダ / EP1 EP2
 遺跡などで登場する。正確にはエネミーではなくトラップであり、地面にピッタリとくっつくイボや貝のような外観をしており、スイッチの上にいたり、通路の曲がり角などに不意にいる。近寄ると毒を噴射するが、レベルに関係なく一撃で倒すことができ、倒すとアイテムを排出するため、実際はお邪魔機能の付いたアイテムボックスである。ゲーム中で名前は表示されていない。
 EP4にも同じようなものが登場するが、こちらはMAP上の設置物であり破壊する事が出来ない（毒は吐く）。
 グォーム / EP1 EP2
 遺跡などで登場する。釣鐘のような形をしている。正確にはエネミーではなくトラップであり、真下に移動すると空から落ちてきてプレイヤーをしばらく動けなくし、爆発する。オンラインプレイでは他のプレイヤーに破壊してもらうことで逃げられるが、一人の時にこのトラップに引っかかった後では、基本的に逃げる方法は無い（DC版Ver.1は脱出する方法がある）。NPCと一緒に行動している時に引っかかっても破壊してくれない。グァーダ同様ゲーム中で名前は表示されず、また、破壊してもアイテムは出現しない。
 ダーバント / ボス・EP1・遺跡
 後述する「ダークファルス」の攻撃形態の一つ。独楽のような形をしており、本体との戦闘が始まる直前に部屋一杯に埋め尽くすほど登場する。いくつか倒すことで初めて真のボスと対峙することになる。このときの数は難易度やプレイヤー人数に比例する。また、ダークファルス本戦でも本体から吐き出され、プレイヤーを攻撃してくる。グァーダ、グォーム同様ゲーム中では名前が表示されていない。
 ダークファルス / ボス・EP1・遺跡
 1000年ごとに復活すると言われている正体不明の存在で、D型寄生細胞の持ち主であると同時に、思念生命体の核を持つ。ラグオルにおける悲劇の元凶であり、エピソード1の最終ボスである。強靱な精神と肉体を持つ人物（生命体）を寄り代として現世に実体化し、プレイヤーと遭遇した時点ではレッドリング・リコの肉体を奪って現世に姿を現した（腕を見ると赤い腕輪を付けている）。常に現在の肉体よりも強い生物の体を奪うチャンスをうかがっている。ファンタシースターシリーズ通して最終ボス、もしくは重要な役割を務めるお決まりのキャラクターである。が、シリーズごとにその姿は一貫しておらず、異なる。
 登場直前にプレイヤーが放り出されるエリアは一面が花畑で太陽の光が差すなど地下とは思えない風景が広がっており、中央に巨大なオベリスクが建っている。それに近寄ることで風景が一変。地面はうごめく人面に代わり、衰退した死の世界となって邪神は開放される（DC版では人面のある青い炎が空中に浮かんでいる）。最初は本体は姿を表さず、フィールドには大量のダーバントが漂っているが、ある程度ダーバントを倒すとダーバントが消滅し、姿を表す。
 難易度ノーマルでは2段階までしか変身しないが、難易度ハード以降は「闇属性」であるにもかかわらず、相反するほど神秘的に光り輝く第3形態にまで変化するため、いくつかあるボス戦の中でも長丁場の戦いを強いられる。
 第一形態ではラフォイエ・ラバータを放ち、天罰と呼ばれる無属性の光の柱をフィールド全体に降らせてくる。下半身に3つある獣の顔のような部分の口が弱点で、ここからダーバントを吐き出してくる。フィールド全体を移動し、その巨体ゆえプレイヤーが壁に押し付けられて暫く移動不能にさせられる事もよくある。
 第二形態では打って変わって、フィールドの周囲を円運動し、前述のテクニック攻撃のほかHPが少なくなるとHP吸収攻撃をしてくる。アルティメットモードではテクニック詠唱後にダーバントを召喚してくる。また、天罰攻撃よりもむしろ、ラバータで凍結した場合の複数命中や、ダーバントの複数同時命中、パーティプレイ特有の複数同時HP吸収攻撃などによって、HPの高いキャラでも即死する危険性がある。
 第三形態ではチョップ攻撃・誘導ビーム（２発ヒットすることもありうる。アルティメットではかわしても蛇行するような軌道でしつこく追いまわしてくる）・グランツ・メギドに加え、HPが少なくなると憑依攻撃をしてくる。光り輝いているときは物理攻撃に対しては無敵であるが、テクニックやEXによる炎・雷属性攻撃・HP吸収系EXではダメージが与えられる。憑依時は憑依されたプレイヤーキャラもダメージを受ける。プレイヤーキャラが死亡すると憑依は解除されるが、プレイヤーへの憑依時に攻撃して殺してしまうとほぼ同時にダークファルスを倒してしまい、殺されたプレイヤーは経験値が入手できなくなるなどの事態も発生する。仲間に素早く復活させてもらうかスケープドールを持っていれば回避できる。グランツは回避不能（レスタの無敵時間で避ける事も可能だがタイミングがシビア）な上、チョップ攻撃はDC版では極めて強力であり、HPの低いキャラクターはかなり高レベルになっても即死は避けられなかった。GC以降では改善されたが、それでもベリーハードやアルティメットにいけるようになったばかりのレベルのキャラでは即死の危険は変わりがない。このような弱いキャラではパーティプレイではリバーサーが使える者がいなかったり、スケープドールが大量にない場合、最初の段階で死亡したら第三形態終盤まで放置するという戦術もある。全員がグランツで即死するレベルの場合、グランツを受ける前に何人か死んでおき、グランツを受けたタイミングで復活させて無敵時間を利用して全滅を回避する方法もある。またオフラインプレイやオンラインでの一人プレイなどでHPの低いキャラで挑む場合、HPを強化するのも戦術であるが、スケープドールを大量に所持して短期決戦を挑む方法もある（回復アイテムをフィールドに放置してわざと死んで町に戻る事で所持限界数を超えて持ち込む事も可能）。この場合は２人目以降などでアイテムを移動しており、オフラインモードをひと通り消化してしまいたい場合などに有効な戦術である。
 GC版以降の作品にて、スペシャルウェポンであるフロウ系武器を使って倒し、再度「？？？？」へ行くことで一瞬だけリコの姿を見ることができる。
 ガエル&ギエル / ボス・EP2・海底プラント
 後述するオルガ・フロウのサポートエネミーであり、同ボス〈フロウウェン〉のマグとも考えることが可能である。オルガ・フロウが2段階目になると出現する。クローに似た外観を持ち、オルガ・フロウの周辺を常に浮遊し、機雷を吐いたりするなどして攻撃を仕掛けてくる。即死攻撃も仕掛けてくる。また、この二匹のエネミーにあらかじめダメージを与え機能を停止にしておくと、本体であるオルガ・フロウの攻撃の一部が弱体化するが、しばらくすると再生して攻撃を仕掛けてくる。
 オルガ・フロウ / ボス・EP2・海底プラント
 パイオニア2到着より以前に覚醒直後のダークファルスと戦い、辛くも勝利を収めたヒースクリフ＝フロウウェンだったが、戦いで負った傷にD因子が感染してエネミー化が始まる。この事件がきっかけで元よりパイオニア計画に懐疑的だったフロウウェンはついに確信し、「パイオニア計画の完全中止」を条件にガルダ＝バルのラボに「実験体」としてその身を捧げたが、オスト博士の計略により計画はそのまま続行され、フロウウェンはそのまま単なる実験材料として隔離されてしまう。
 その後、フロウウェンが倒したダークファルスの幼体〈プロト・ファルス〉の肉体に、傷口からD細胞の浸食の進んだフロウウェン自身とパイオニア1に搭載されていた3つの超高性能AIの1つである「オル・ガ」が埋め込まれ、事実上の人工ダークファルスが誕生する。
 しかし高性能AIをもってしても人工ダークファルスの制御は上手くいかず、暴走したフロウウェンはガル＝ダ＝バル地下深くの廃棄場に放棄されてしまった。この結果に悲嘆したオスト博士は、別進行させていた繭計画も放棄し、少数の研究者を引き連れて失踪する（制御塔管理者デルタ談）。それでもフロウウェンは驚異的な生命力で生き続け、ダークファルスがレッドリング・リコに取り付いて完全覚醒したのに共振して、ガル＝ダ＝バル島の人間を吸収し、フロウウェンはもう一つのダークファルスとして完成され、同時に自我はほとんど失われてしまった。しかし極わずかに残った最後の理性でパイオニア2に連絡を送り、自らと、その元凶を討てる「到来者」を待つ。が、彼の意思とは関係なく、廃棄場に到達したハンターズに巨剣を振り下ろし命を狙ってくる。
 ボスとしては第一形態は自由落下するエレベータ内部での戦いであり、剣による攻撃、波動砲（多段ヒットの危険あり）、拡散ビーム攻撃（一定期間、広範囲のビームを発射する攻撃であり、ヒットするとなかなか逃げられずHPが徐々に削られる）などの攻撃がある。基本的に近くによってきてくれないと攻撃ができないため、ハンターであってもハンドガンやマシンガンなどの遠距離攻撃武器を所持していることが望ましい。
 第二形態はエレベータが落下した最深部での戦いであり、踏みつぶし、剣による波動攻撃、天罰攻撃、憑依攻撃などがある。第一形態とは違い、接近戦も可能であるが、天罰攻撃など強力な攻撃もしてくるので注意されたい。
 難易度ハード以上のオルガ・フロウの攻撃パターンの一つに、プレイヤーに憑依し自身が受けたダメージを反射する攻撃があるが、その時狙われているキャラの外見がフロウウェンになる。この憑依攻撃ではダークファルスと違い、弱点（4属性またはテクニック）を突けば憑依中であってもダメージを与えられるものの、逆に弱点を突かないと憑依されたプレイヤーにしかダメージが与えられない。弱点の属性についてはその弱点の属性が武器にたとえ5％でもついていればダメージを与えられるため、複数の属性がついた武器を幾つか持っていくのが良いだろう。
 とくに天罰攻撃は極めて強力であり、オンラインアルティメットでは直撃すればHPが最強のキャラですら耐えることができないほどである。これはオルガフロウから距離が離れるほどダメージが弱くなるため天罰攻撃の前兆がみられたらただちに周囲から避難する必要がある。
 なお、スペシャルウェポンである「赤の～」武器で最後の一撃を与えると、その後のイベントで、一瞬だけフロウウェンの姿を見ることができる。
 また、倒した際に上空から剣が落ちて地面に突き刺さるシーンがあり、これにプレイヤーキャラクターが刺さると激レアアイテムが手に入るという都市伝説的な噂が広まったが、実際はとくに何も起こらない。
 サンテミリオン / ボス・EP4
 隕石が落下した地点に潜む巨大なD生物。ドラゴンのような頭部を持ったイモムシとでも言うような身体をしているが、殆ど地中に居る上に、地中から触手やダーバントのようなものを繰り出してくるため、正確なところは不明である。その巨体を使った体当たりや、竜巻を発生させたり、誘導ミサイルを発射したり、口からレーザーを吐くなどの攻撃をしてくる。
 シャンベルタン / ボス・EP4
 チームクエスト「災禍の中枢へ」など、特定の条件でクレーター最深部にたどり着くとサンテミリオンの代わりに現れる。
 コンドリュー / レア・ボス・EP4
 低い確率で現れる、ボスのレアエネミーバージョン。
※サンテミリオン、シャンベルタン、コンドリューは全てワインの産地で有名な町の名前である。

脚注 

え
架空の生物の一覧
コンピュータゲーム関連一覧