『ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊・闇の探検隊』（ポケモンふしぎのダンジョン ときのたんけんたい・やみのたんけんたい）は『ポケモン不思議のダンジョン 青の救助隊・赤の救助隊』の続編として2007年9月13日に発売された。ニンテンドーDS用ソフトであり『時の探検隊』と『闇の探検隊』の2つのバージョンのソフトが登場した。

マイナーチェンジ版である『空の探検隊』および短編テレビアニメ版・漫画版についても本項で解説する。

概要 
前作『青の救助隊・赤の救助隊』の後に発売された『ポケットモンスター ダイヤモンド・パール』からの要素が多数加わっており、登場ポケモンは490匹以上。両バージョンの違いは出現するポケモンと道具、そして出現率が異なる。別バージョン同士の通信が可能。前作では一部のポケモンにしかなかった顔グラフィックが全てのポケモンに数種類用意されている。

ストーリー展開は、前作と同様に全体としてはギャグが多数織り込まれているものの、要所においては非常にシリアスなストーリーとなっている。また、テーマの一つとして登場キャラクターたちとの友情や信頼の構築とともに「本当の悪人はいない」というものがあり、心の善悪の二面性やそれぞれの立場による正義の変化などにまつわるエピソードも盛り込まれている。

予約特典として、杉森建によるオリジナル漫画や開発者インタビューが掲載されたスペシャルガイドブックがその場でもらえた。オールカラーで全80ページ。時と闇で表紙デザイン等が多少変わるが、内容はほぼ同じである。

ゲーム中BGMの作曲編曲には、前作も担当した飯吉新のほか、株式会社ノイジークロークのいとうけいすけや坂本英城などが参加している。

2007年10月に2バージョン合計の売上でミリオンセラーとなった。日本ゲーム大賞2008年度優秀賞受賞。

基本システム

ターン制 
前作と大きな相違点はない。

仲間システム 
前作同様倒すことにより一定の確率で仲間になるが、『ともだちエリア』システムが廃止された。そのため前作よりは仲間を作りやすくなっている。

前作との相違点は仲間になったあと同じダンジョン内で「チームからはずす」を選んでも「チリーン編成所」に送られることと、チーム編成の条件（体の大きさの☆6まで）を超えても仲間になることは可能（チリーン編成所に送られる）なことである。

その他にも依頼をこなすと依頼主が仲間になることや、依頼の報酬により受け取るタマゴから生まれたポケモンを仲間にできることもある。

アイテムなど 
前作に登場したアイテムは全て登場し、一部は効果・グラフィックが変更されている。今作初登場のアイテムもある。
前作では秘伝マシンだった『ダイビング』は、ダイヤモンド・パールより秘伝技ではなくなった事に準じて通常のわざマシンとなっている。
なお、セカイイチはイベントでプクリン親方が持っている以外に、プレイヤーが直接持つことは出来なくなっている。

わざ 
基本的には『ダイヤモンド・パール』に準拠していて、「ぶつり（物理）」・「とくしゅ（特殊）」が技ごとに設定されているが、一部『ルビー・サファイア』までのタイプ依存が残されている要素もある。

前作に登場した「しんくうぎり」「すいへいぎり」は今作にも存在する。ちなみに前作で可能だった同じ技の重複習得は不可能になっている。

今作にもわざの『連結』が存在するが「れんけつばこ」が高価でほとんど出現しない上に「エレキブル連結店」でも500ポケかかるなど、前作よりも『連結』する条件が厳しくなっている。

とくせい 
とくせい（特性）は基本的に本編ゲームに準拠しているが、一部のものは効果が変更されている。前作同様本編ゲームで2種類の特性を持つポケモンは本編と違って両方の特性が適用される（本編ゲームではどちらか一方）。

かしこさとグミ 
今作もグミを使って「かしこさ」をあげることができるが、ポケモンの種類によって習得できるかしこさの種類が異なるようになり大きく10のタイプに分けられ（ディアルガとダークライ、パルキアはそれぞれ独立したグループ）、似た系統がなくなったため発動させられないかしこさはなくなった。

また持っているタイプの多さで上がるかしこさの量に違いは出ず、グミ自体でも上がるかしこさは少なくなっている。

今回はダンジョンもしくはそれ以外のフィールドでグミを食べさせるようになっているが、どちらの方法をとってもあまり違いがみられなくなっている。

また、「おいしいミツ」という道具でもかしこさを上げることができるようになった。

ダンジョン脱出後の措置 
前作同様「あなぬけのたま」で脱出した場合は持っている道具はなくならない。

リーダー・パートナーが倒された場合はポケが全額(空の探検隊では半額)、道具がいくつかなくなり冒険失敗となる。また、パートナー以外の倒されたメンバーはチームから外れチリーン編成所に送られる（ギルド卒業後はパートナーが倒されてもチームから外れチリーン編成所に送られるだけ）。

ともだちきゅうじょ 
パスワード救助・ワイヤレス通信を利用した救助と、今作では「ニンテンドーWi-Fiコネクション」を利用した救助が可能。

Wi-Fiコネクションを利用した救助は基本的に誰でも受け取ることが出来るが、「ともだちコード」を登録した相手のみが受け取り可能にする設定もできる。

(Wi-Fiコネクションは2014年5月20日に終了しました)

ふしぎなメール 
今作の「ふしぎなメール」には、「お尋ね者からアイテムを取り返す」や「依頼人が仲間になることがある」といった、前作には存在しなかったタイプの依頼も存在する。また「ふしぎなメール」を使うことで、時の探検隊でしか現れないポケモンを闇の探検隊でも、また闇の探検隊でしか現れないポケモンを時の探検隊でも現れるようにできる。

前作同様、パスワードを利用することによってインターネット等で他のプレイヤーと同一の依頼を受けることが出来る。

また、「ニンテンドーWi-Fiコネクション」上では特別な依頼が配信されていた。

登場ポケモン

主要キャラ 
 主人公
 元々はニンゲンだったが、ある世界からその世界へ来て、ポケモンの姿になって、浜辺で気絶しているところを後のパートナーポケモンに発見される。前作の赤・青同様、人間の時の記憶は名前以外ほとんど失われてしまっている。
 ナエトル・ヒコザル・ポッチャマ、キモリ・アチャモ・ミズゴロウ、チコリータ・ヒノアラシ・ワニノコ、フシギダネ・ヒトカゲ・ゼニガメ、ピカチュウ、ゴンベ、ニャース、エネコの中からプレイヤーの心理テストの結果によって選ばれる。どのポケモンであってもセリフの内容は同じだが、主人公の性別によっては若干口調が違う。
 『空の探検隊』ではゴンベとニャースが主人公候補から外れ、エネコが女の子を選択した時限定になった。その代わりに、男の子限定でリオル、ゴマゾウ、コリンク、女の子限定でイーブイ、ロコンが候補に追加されている。
 パートナー
 ポケモンになった主人公と最初に出会うポケモン。ギルドに入門を希望する勇気が持てず浜辺で思い耽っているところで倒れている主人公に出会う。
 伝説が大好きで、不思議な模様の描かれた「いせきのかけら」という石を持っている。またパートナーがナレーションをする時が多い。
 とても臆病な性格だが、主人公のことを非常に頼りにしており、主人公と共に冒険していくうちに徐々に成長していく。
 ナエトル・ヒコザル・ポッチャマ、フシギダネ・ヒトカゲ・ゼニガメ、ピカチュウ、チコリータ・ヒノアラシ・ワニノコ、キモリ・アチャモ・ミズゴロウの中からプレイヤーの選択によって選ばれる。主人公と同じタイプを持つポケモンはパートナーに選べない。
 性別はチコリータとアチャモのみメスで他のポケモンはすべてオス。メスは口調が女の子らしくなり、オスの場合は種類によって一人称など若干口調は違うが、性格やセリフはどのポケモンでもほぼ同じ。
 『空の探検隊』では前記に加え、パートナー候補にゴンベ、ニャース、エネコ、リオル、ゴマゾウ、コリンク、イーブイ、ロコンが加わった。追加パートナー候補はエネコ、イーブイ、ロコンがメスになっている。

ギルドのポケモン 
これらのポケモンは主人公やパートナーと特に親密に関わっていく事になり、お互い励ましあい助け合いながら物語の数々の困難に立ち向かっていく。
 プクリン 
 オス。口調や行動が子供の様で、また目を開けながら寝る等一見お惚けな様に見えるが、実は有名な探険家でありヨノワールからも非常に尊敬されている。また、見た目からは想像できないほど恐るべき戦闘力を持っており、力を込めるだけで周囲に地震が起きるほど。大抵の場合は暴走する前に他のメンバーが止めたり、力を発揮した瞬間画面がフラッシュしてしまうため、その真の力は未知数。
 ただ、プクリンの挙動不審な行動は一体何を考えているかわからない。ペラップ曰く「妖精のようなお方」。ギルドのメンバーからは「親方はすげぇ…色んなイミで」と、尊敬されている反面畏怖されてもいる。
 セカイイチという名の大きなリンゴ（前作に登場したアイテム）が大好物で、これがないとペラップ曰く「恐ろしい事になる」らしい。
 有名な探検隊とも古くからの知合い。
 『空の探検隊』のスペシャルエピソード「てんさいププリン」では子供（ププリン）時代が登場。
 ペラップ 
 オス。プクリンの一番弟子で、情報通でもある。非常にお喋り。
 親方が「妖精のようなお方」なため彼がギルドのメンバーをとりまとめる事が多いが、心配事があると機嫌が悪くなり、周りに当り散らしてしまうためギルドのメンバーからの評判は余り良くない。だが実はギルドのメンバーを誰よりも大事に思っており、プクリンや主人公&パートナーを身体を張って危険から守ってくれるなど、非常に仲間思いなポケモンである。時々語尾に「〜♪」がつく。
 キマワリ 
 メス。「きゃー!」、「〜ですわ!」が口癖の乙女チックなポケモンだが、実はかなりの実力派で卒業できるレベルだがもっと修行したいと考えている為、卒業試験の話を断っておりギルドに留まっている。ビッパとチームになることが多い。ドゴームに対してあまり素直でなかったり。2匹の関係は友達以上恋人未満と言うところである。ドゴームには「ほんじつのきゃー」のときに助けてもらった。こっそり日記「キマワリのきゃー日記」を付けているが、誰かに読まれている事を想定した事が書いてあったりする。
 『空の探検隊』のスペシャルエピソード「ほんじつのきゃー」では主人公である。メスである為チリーンと共に、女子寮に入っている。
 ビッパ 
 オス。ギルドの新米で、主人公とパートナーが入門するまでは彼が一番下っ端だった。そのため自分に後輩（主人公とパートナーのこと）が出来た時には泣いて喜んでいた。
 後輩である主人公たちに対して決して偉ぶったりせず親切に接したり、食いしん坊にもかかわらずある事が原因で食事抜きにされてしまった主人公達の為に食事を残してくれるなど、非常に優しい性格。また涙脆く、気弱でちょっとドジな所もあり、失敗する事も多いがキマワリ曰くやればできる子との事。また、彼もキマワリと同じく日記「ビッパのでゲス日記」をつけている。
『空の探検隊』のスペシャルエピソード「ビッパのねがいごと」では主人公であり、彼の家族が登場する。
 ドゴーム 
 オス。声が非常に大きく、その声はすぐさま主人公達を起こす程。
 ギルドでの修行生活は長く、ギルドの卒業試験に挑戦した事がある。
 またギルドの門番係をディグダとペアで担っており、プクリンのギルドに欠かせない存在となっている。
 公式サイトでは、本気になればトレジャータウンまで聞こえる声が出せる事とコソコソ話が苦手だという事が明らかになった。
 ディグダ
 オス。真面目でしっかり者で、縁の下の力持ちというべき存在。
 ギルドの門番で入り口前の網に立つポケモンを足型で下から識別する。ただし彼から門番の代役を任されることがあり、その日の任務は“みはりばん”になる。多く当てるとペラップからお褒めの言葉と沢山のご褒美がもらえるが、外しすぎるとペラップに叱られる上にご飯ヌキというお仕置きをうける。
 ダグトリオ
 オス。ギルドの掲示板更新係で、ディグダの父親。
 常に新しい情報を提供する事は、地味だがギルド任務にとって非常に大事なので、この仕事に誇りを持って勤めている。しかし、仕事をサボる事も多い。大体はサメハダ岩にいる。ダークライイベント後に海岸で溺れて居た所を、レイダースに助けられる。
 ギルドのメンバーなどからは「彼ら」と複数で呼ばれているが、息子のディグダには「お父さん」と単数で呼ばれる。
 チリーン 
 メス。ギルドのメンバー編成所運営兼ギルドの食事係。
 プクリンの眼を開けたまま寝る姿を「ステキ」と評しているなど、若干の感性のズレとともにプクリンに憧れている様子を多々見せている。
 キマワリの日記によると意外とイタズラ好きらしい。
 グレッグル 
 オス。ギルドで手持ちの専用どうぐを他の専用どうぐとトレードする「トレード店」の主。一人称は「わし」で、笑い声は「グヘヘヘヘ…」。
 感性が少しずれており、不思議な行動や言動をとるため、ギルドのメンバーからは「一体何を考えているかわからない」と少し不気味がられている。実は卒業できるレベルだが、探検隊にはあまり興味が無く、トレードのツボ目当てでギルドに入った。しかし、ツボが床にくっついていて取れない事を知り、持ち出す事を諦め現在もこの立場にいる。
 ヘイガニ 
 オス。ギルドのメンバー。
 非常に明るい性格だが、ちょっぴり小心者。いつも「ヘイヘイ」言っている。メンバーの中で一番のひょうきん者。オス。

トレジャータウンのポケモン 
 カクレオン
 オス。前作でお馴染みのカクレオン商店&カクレオン専門店を経営する色違いコンビ。色違いのカクレオンが弟なのも、前作と同じである。
 アイテムを購入・売却ができる。
 前作同様ダンジョン内に彼らの同業者がおり、アイテムを万引きしようとすると襲いかかってくる。前作ではある程度鍛えていれば一撃で倒すことも難しくなかったが、本作では能力が最大値にまで引き上げられて、一撃で倒すことも困難となり前作とは段違いの強さとなった。

 ガルーラ
 メス。ガルーラおばちゃんの倉庫を経営している。前作と異なり、倉庫に入るアイテムの量には限りがあるが、ランクが上がると容量も増える。
 トレジャータウンやギルドのポケモンとまるで我が子のように接してくれる。
 ネイティオ
 オス。ネイティオ鑑定所を経営している。
 1回150ポケでダンジョン内で手に入る「たからばこ」を開け、中身を鑑定してくれる。
 ヨマワル 
 オス。ヨマワル銀行を経営している。
 お金を預けたり引き出したりすることが出来る。利息などは一切ないが、預けた金はダンジョンでたおれても無くならない。
 エレキブル 
 オス。エレキブル連結店を経営している。豪快な性格でよく「ガハハハハ!」と笑う。
 わざの連結や分解、さらに一度忘れた技を思い出させてくれる（但し卵から生まれた時だけ覚える技は思い出せない、なお連結は500ポケ必要だが技を思い出す時は無料）。
 ラッキー 
 メス。お世話屋ラッキーを経営している。
 依頼のお礼などでもらえるタマゴのお世話をしてくれる。メス。
 ガラガラ 
 オス。ガラガラ道場を祖父の代から受け継ぎ、経営している。
 この道場にはタイプ別の部屋が用意されている。入る際に持っている道具が何故か消滅する（原因はガラガラにも分からない）ためガルーラの倉庫に預けておく必要があるが、道場内で入手したアイテムやポケは途中で力尽きてもなくならない。また、フロアごとに出現するポケモンのレベルも上がっていく。メインストーリー終了後は、新しい部屋にも入れるようになる。
 道場は一度経営不振でつぶれたが見事に復活を果たした。主人公達に対しては「道場復活以来最初のお客様である」という理由から道場使用料金を一切取らない。『空の探検隊』のスペシャルエピソード「ビッパのねがいごと」では、道場がつぶれる瞬間に立ち会うことができる。彼に話しかけると倒産記念(?)としてふっかつのタネ（『いつか絶対に復活する』ということで）が貰える。
 ヤルキモノ
 オス。トレジャータウンに毎日いるポケモン。ガラガラ道場とネイティオ鑑定所の宣伝アルバイトも行った。
 ヒメグマ
 トレジャータウンに毎日いるメスのポケモン。親切な性格で、何かと主人公達にアドバイスをしてくれる。メインストーリー終了直後、ひかりのいずみでリングマに進化し、一緒にいたリングマと区別がしにくくなった。
 リングマ
 オス。トレジャータウンに毎日いるポケモン。いつもヒメグマと一緒にいる。
 マンキー、オコリザル
 オス。コータスの温泉客。マンキーはお調子者、オコリザルはあわて者。

時の歯車の守護者 
 ユクシー
 時の歯車を守護するポケモンの内の一匹。侵入した者は時の歯車に関する全ての記憶を消されてしまうという。初めはユクシーが主人公の記憶喪失に関わっていたのではと疑惑を持たれたが実際は無関係だった。他2匹とは異なり、中性的な口調で話す。
 エムリット 
 時の歯車を守護するポケモンの内の一匹。3匹の中で唯一主人公たちと直接対決をすることになる。エムリットに性別が無いが、性格はメス寄りで一人称は「わたし」。
 アグノム 
 時の歯車を守護するポケモンの内の一匹。唯一3匹の中で時の歯車をジュプトルの手から守った。アグノムに性別は無いが、性格はオス寄りで一人称は「ボク」。

暗黒の未来 
 ジュプトル
 オス。「盗賊ジュプトル」として時の歯車を狙うポケモンとしておたずね者になっている。
 未来から来たポケモンで、その正体はかつて主人公が人間だった時のパートナーである。そのため主人公との絆はとても深い。
 時の歯車を求めていたのは星の停止により時が止まり永遠の闇に閉ざされた世界を救う為に、時限の塔に時の歯車を納めようとしたからである。主人公と何があっても世界を救うと誓い合っていたらしい。そして、歴史を改変すると自分が消えてしまうということも承知の上での行動であるため、自分が悪者だと思われても世界を救おうとした。かなりせっかちな性格でとても用心深く、だいたいは命令口調でくだけた話し方は殆どしない。ヨノワールとは「貴様」と憎しみを込めて呼び合う敵。
 星の停止の真相を伝え、主人公の正体を知って以降は主人公たちと協力し再度未来を救うべく行動を開始する。その後は頼れる兄貴分としての性格を見せ始める。結構鈍感なところもあるようでセレビィの気持ちに気づいていなく、パートナーと主人公がセレビィと初めてあったときに（本当は主人公は2回目）少し変なやつだと紹介した。
 最後は歴史改変を主人公たちに託し、ヨノワールを道連れに時空ホールへ入って未来へ帰っていった。
 『空の探検隊』のスペシャルエピソード「あんこくのみらいで」では、主人公たちが星の停止を阻止する時間を稼ぐため再びディアルガの元に向かうことを決意し、なぜかディアルガ側から追われることとなったヨノワールとともに行動することとなる。後にこれはヨノワールの罠だったと判明するが、それまでの冒険でヨノワールとの間に確かな友情が芽生え始めたことで彼と完全に和解。彼とセレビィの3匹でだいひょうざんの時の回廊を破壊しようとする闇のディアルガを食い止め、過去の世界を守り通した。その直後に未来世界とともに消滅するかと思われたが、未来世界が復活したことで消滅せずに生存できた。過去に残った主人公も自分たちと同様に消滅せず生きていることを信じ、自分たちは主人公の活躍によって得られたこの未来を生きていくことを朝日に誓うところで彼らの冒険は幕を閉じる。
 なお、同ストーリーにてジュプトルが「星の停止調査団」なる組織の存在とそれに所属していたことをヨノワールに語っており、ジュプトル・主人公・セレビィ以外にも未来を変えようとした者たちがいたことが発覚している。
 ヨノワール
 オス。本編より前に彗星の如く現れ、数々の探検を成し遂げた探検家。振る舞いも物腰柔らかでギルドのメンバーの憧れの的。ジュプトルの悪事を止める為に主人公やギルドのメンバー達に協力するが時折不敵な笑みを浮かべる。
 正体は闇のディアルガの部下であり、星の停止を食い止めようとする主人公とジュプトルを始末するべくやって来たポケモンだった。主人公達に協力したのも途中で主人公がジュプトルのパートナーだと気づいた為、いつでも捕獲できるように信頼を得て自身の手元に置くためである。
 この時は温和で丁寧に振舞っていたが、未来世界編からは目的の為なら直接関係の無いパートナーさえも始末しようとする冷酷な性格へと豹変。その後も主人公達の前に立ちはだかるが、最終的には主人公達に倒される。なおも自分の未来を守るべく立ち上がるが、時空ホールに押し込まれジュプトルと共に未来へと帰っていった。
 『空の探検隊』のスペシャルエピソード「あんこくのみらいで」では、未来に帰った後もジュプトルを追うが彼もヤミラミに襲われディアルガの真意を知るためにとジュプトルと同行する。だがそれはジュプトルを嵌めるための演技で、ジュプトルの身体に魂を入れ替えてジュプトルを装い再び過去へ向かうという自身の野望を語る。しかしジュプトルと冒険したことによって彼との間に本当の友情が芽生え始め、それに伴って考えも変わり彼と完全に和解する。同時に彼が歴史変革を止める執念の原因もディアルガへの忠誠心というよりも、歴史を変えた事による消滅への強い恐怖心からという事も判明する。だが、ジュプトルから「生きる価値はその長さではなく輝けるかどうか」ということを教えられて心境が変化する。最終的にディアルガに反抗し彼を助け、その後は歴史が完全に変化するまでの時間を稼ぐべくジュプトルとセレビィとともに暴走するディアルガに立ち向かった。最後の戦いに臨む際はもはや恐怖は見せず、ジュプトルに教えられた「生きる価値」を理解し満足したまま悔いなく一旦消滅するが、未来世界の復活とともに彼も復活することが出来た。
 なお、スペシャルエピソードから、あくまで彼本来の性格は本来ギルドで見せたような温和なものであり、敵として見せた冷酷な面は恐怖心の裏返しであったことがうかがえる。また、このエピソードでのヤミラミの発言から怒ったらかなり恐ろしいらしい。
 ヤミラミ
 全員オス。ヨノワールの部下。ヨノワールの事をかなり大切に思っており、ディアルガが攻撃してきた際は自ら進んでディアルガを攻撃した。また、大氷山攻略前に話しかけると彼らも暗黒の未来を変えたいと思っていたが言い出せなかったらしく、できるならいい未来になってほしいと思っていた。
 セレビィ
 ジュプトルの仲間で、「ときわたり」という時間を越える能力を持つポケモン。ふつうのセレビィと違い体色がピンク色。セレビィに性別は存在しないが性格はメス寄り。
 お茶目な性格で自分の事を「カワイイ」と自画自賛することもある。ジュプトルの前では言わないがひそかに彼に対して好意を抱いている。できるだけ長く一緒にいたいなどと主人公に少し漏らした。気が強くジュプトルもたじたじな発言をすることも。ジュプトルに対しては「ジュプトルさん」と呼び敬語で話すが、彼以外の者に対しては敬語は使わない。
 ジュプトルらを過去に送った張本人で、セレビィも時が止まった闇の世界を嫌っている為、過去を変えようとするジュプトルと主人公に協力していた。また、セレビィも自身が消えることを承知の上である。
 『空の探検隊』のスペシャルエピソード「あんこくのみらいで」では、ヤミラミたちに攫われてジュプトルをおびき寄せる餌とされてしまう。その後はジュプトルと和解したヨノワールとともに闇のディアルガへ立ち向かい、時の回廊の破壊を阻止するとともに歴史改変までの時間を稼ぐことに成功する。その後は消滅がはじまり念願の「朝日」を見ながらジュプトルに寄り添いつつ消えるかと思われたが、未来世界が復活したことによってセレビィも消えずにすんだ。なおセレビィは直接過去に向かわなかったためこの際に初めて朝日を実際に目にした。
 ディアルガ
 時間を司る伝説のポケモンで、この物語の中心的存在。本編でのラストボス。
 未来世界では星の停止が進んだことによって闇に支配され自我と理性を失って「闇のディアルガ」となり、ただ「時間を守護する」という本能のみで動き、理由を問わず歴史に干渉する者を制裁する存在へと成り果てていた。時間そのものの化身というべき存在のため能力は強大で、セレビィの「ときわたり」を破る程の力を持っている。
 最終的には主人公達がディアルガを倒した隙に時の歯車を使って星の停止を阻止、ディアルガも正気に戻り時限の塔を修復する。闇に支配されていた頃は歴史の改変を阻止しようとするだけの存在だったが、本来は気高くも慈愛深い性格である模様で未来を変えた事で消滅した主人公を再生させ、再びパートナーと巡り合わせた。
 『空の探検隊』のスペシャルエピソード「あんこくのみらいで」では、歴史改変によって暴走が進行した闇のディアルガがだいひょうざんにある時の回廊を破壊し、未来世界以外の時をも破壊しようとするがジュプトルたちに阻止され、いち早く歴史改変によって消滅してしまう。だが「自身よりも上位の存在」が未来世界を復活させたことでディアルガも正気に戻って復活することができ、復活後は星の停止を完全に回復させて、世界を朝日の昇る美しい姿へと戻した。この際はストーリー本編のエピローグと同様に慈愛深い性格を見せ、自身の暴走が招いた惨事にかなりの責任を感じている様子であり、ヨノワールだけでなくジュプトルやセレビィからも敬意を持たれていた。なお、その際のディアルガの話によると、ディアルガの力では歴史変革で消滅したものを復活させるのは数名が限度で、世界そのものを復活させる力は無い様である。

その他の登場キャラクター 
 チーム「ドクローズ」
 スカタンク・ズバット・ドガースのトリオ。オス。
 主人公やパートナーに対して何かと嫌がらせをしてくる、スカタンクがリーダーの悪徳探検チーム。他の2匹はスカタンクを「アニキ」と呼ぶ。
 得意技であるスカタンクとドガースの「毒ガススペシャルコンボ」は、仲間のズバットも倒れるほどの強烈さを持つ。
 チーム「かまいたち」
 ザングース・ストライク・サンドパンのトリオ。オス。
 未開拓の所を開拓するのが得意。見た目は怖いが正義感の強いチーム。自分たちのカマやツメが自慢。
 後述のアニメ版では、ゲームとは違いやや意地の悪い性格となっている。
 チーム「ポチエナズ」
 ポチエナ3匹の兄弟トリオ。オス。
 なかなか賢く手頃なお尋ね者しか狙わない。一見するとどれがどれだか分からないのはご愛嬌。
 チーム「ハッピーズ」
 トゲピー・レディバ・ニョロトノのトリオ。オス。
 自称「幸せを運ぶ探検隊」。いつも笑っていて楽観的。悩みは全くないという。
 チーム「フレイム」
 チームマダツボミ・ポニータ・バクーダのトリオ。マダツボミのみオス。
 トレジャータウンによくいる。戦いでは炎が飛び交うため、くさタイプのマダツボミは震え上がってしまう。
 なお、マダツボミについては『青・赤』に登場する個体との関連性は不明。
 チーム「ポッポボー」
 ポッポ・タネボーのコンビ。オス。
 チーム名の由来は二匹の名前の組み合わせ。実力は低いのに、いっぱしの喋り方をする。
 チーム「タルイーズ」
 ナマケロとヤドンのコンビ。オス。いつも「たるい」と言っており、いつもどこかしらで寝そべっている。実力は全く不明。どちらがリーダーかも全く不明。本当に探検しているのかもそもそも何故探検隊を結成したのかも全く不明という謎の探検隊である。
 チーム「マックロー」
 カゲボウズとヤミカラスのコンビ。世界中のお宝を探し求めていて、シルバーランクの熟練者。メス。
 だが意見が噛み合わず、いつも対抗している。だが、「おうごんのリンゴ」探索の件だけは意見が一致した事がある。ちなみに、ヤミカラスは辛抱強く探検する事が出来ない。
 チーム「タベラレル」
 オオスバメとケムッソのコンビ。オス。名前の由来はケムッソ曰く、「いずれそうなる」のではないかと言う事（その上、オオスバメの口癖は「おなかがへった」である）。しかしオオスバメにその気はなく、ケムッソもオオスバメのことをリーダーとして尊敬している。
 チーム「MAD」
 マニューラ・アーボック・ドラピオンのトリオ。マニューラのみメス。
 女ボス・マニューラが率いる盗賊団。名前の由来はメンバーの頭文字をとったもの。普段はほかの探検隊を襲っているが、真の目的はゼロの島に眠る究極の財宝を手に入れること。
 そのような盗賊団でありながら時の歯車は盗まない、ゼロの島探索中は現在の目的外だということで他のチームは襲わないなど、それなりの常識も持つ筋の通った一団という面も見せている。プクリンやチャームズの新人探検家時代には既に悪名高き盗賊団として知られていた。
 『時の探検隊』のパッケージイラストにも登場している。
 チーム「チャームズ」
 サーナイト・ミミロップ・チャーレムのトリオ。
 全員メスのチームでミミロップがリーダー格だが上下関係などは特にない。「ばんにんのどうくつ」を攻略する際に一度だけ登場する。
 マスターランクの称号を所持しておりポケモン達の間ではかなり有名らしく世界中にファンがいるが、主人公達は全く知らなかった。プクリンとは旧知の仲で、彼にとっては師匠であるアーマルドから独立後に初めて組んだチームメイトである。
 『空の探検隊』のスペシャルエピソード「チャームズさんじょう!」では主役を務める。プクリンと初めて知り合うのも、このエピソードからである。
 開発スタッフの話によると、チャームズのモデルはあるアメリカのドラマに登場する女性3人組とのことである。また、スペシャルエピソード誕生の由来は『時・闇』の攻略本でそのドラマを意識したカットインイラストを巻末に面白半分で掲載した（後に『空』公式サイトにおける「チャームズさんじょう!」の紹介にも掲載されている）ことで、イメージが広がったためらしい。
 チーム「レイダース」
 ドサイドン・エルレイド・ロズレイドのトリオ。公式攻略本では女性口調のロズレイドもオス。
 ギルド卒業後に登場。
 伝説といわれる探検隊で、計り知れないスキルをもつ実力者集団。彼らが浜辺で溺れていたダグトリオを助けたところで主人公&パートナーに出会う。
 マリル&ルリリ
 オス。身体の弱い母親のためにお手伝いをする優しい兄弟。弟・ルリリがおたずね者のスリープに騙されて連れ去られたが、危ないところを主人公達に助けられた。しかしルリリはその後も色々な事件の被害者になっている。
 スリープ
 オス。指名手配犯でルリリを拉致するが、主人公の時空の叫びで予知されて主人公達に捕まった。その後は改心し、主人公達の協力をすることになる。
 ジバコイル 
 ポケモンたちの世界の治安を守る保安官で、おたずねものの依頼を出してくる。
 検挙率向上に貢献してくれるプクリンギルドに好意的。常に複数の部下のコイルを連れている。『空の探検隊』では依頼によっては仲間としてダンジョンに同行することもある。
 ジバコイル・コイルはともに台詞も依頼状も機械的で、全てカタカナで表示される。
 『空の探検隊』のスペシャルエピソード「てんさいププリン」でも保安官として登場するが、これは過去のエピソードであるためこのジバコイルと同一人物かは不明。
 コータスちょうろう 
 オス。一帯のポケモンの中の長老。温泉が大好きだが、炎タイプなのでもっぱら岩盤浴である。
 プクリン曰く「亀の甲より年の功」で何かと色んなことを知っているらしいが、肝心な所を忘れてしまっていることも。温泉客はヒメグマ、リングマ、ヤルキモノ、マンキー、オコリザルである。
 ラプラス
 オス。ある日、主人公とパートナーが2人の出会った浜辺を歩いているとき水平線を横切っていった謎のポケモン。プクリンとは知り合いで、物語終盤において重要な役目を負う。またパルキアの存在を知っており、空間のゆがみを調べていた主人公とパートナーにパルキアの存在とパルキアの住処である空の裂け目(どこにあるかはラプラスもわからない）を教えた。おっとりしている性格のせいか意外と鈍感なところがあるようでダグトリオが海で溺れていても気がつかなかった。
 ハッサム
 オス。大昔にふぶきのしまへ行ったきり行方不明になっていた探検家。実はそこでユキメノコに氷漬けにされてしまっていた。救出後は主人公達にシークレットランクを授ける。
 マナフィ
 閉ざされた海に探検しに行ったときに見つけたタマゴから孵ったポケモン。陸にいたことで弱ってしまい、一度はトドゼルガと共に海に帰ったが、ダークライ撃破後に成長して帰って来て、仲間にすることができる。マナフィに性別は無いが、一人称は「ボク」。
 クレセリア
 メス。ダークライを追い掛けるポケモン。主人公達の事も追い掛けていた。ダークライのような闇の力を掻き消す力を持つ。女性らしく言われるが、言葉遣いは比較的敬語でもある。
 嵐の夜ダークライを追っているシーンで初めて登場。その後主人公の夢の中などで明らかに敵として姿を見せるが、これはダークライが化けた姿である。この事に気が付き、主人公たちとパルキアの前に現れ事件の真相を伝えルリリを悪夢から救い、主人公たちと共にやみのかこうに向かう。ダークライの野望を阻止した後はサメハダ岩にいて、話しかけると仲間にすることができる。
 パルキア
 ディアルガと対をなす空間を司るポケモンで、普段は冷静なディアルガと違いかなり感情的な性格で口調も荒々しい。「空間の守護者」という立場に対する誇りと使命感は非常に強く、空間を利用した悪事を行う者には容赦ない。一人称は「オレ」だが、パルキアに性別は無い。
 タイムスリップを行ったことで「空間を歪める存在」になってしまった主人公&パートナーの存在を消す事に躍起になってしまい二人を襲撃する。パルキアは夢の中でクレセリアからそのことに関して連絡を受けたと思っていたが、実はクレセリアではなく悪夢を見せる能力でクレセリアの姿を装ったダークライだった。ダークライの悪夢に唆されてしまうとともに、主人公とパートナー側もダークライによってそのことを吹き込まれていた為それが真実だと思い込み、窮地に追い込んでしまうがギリギリの所で本物のクレセリアが現れた事により真実を知ることとなった（なお、クレセリアによると主人公たちが時空を歪めているのは本当だが、微々たるもので悪影響が出ることはありえないらしい）。最終的に空間の守護者としてタイムスリップ中のダークライに攻撃を放ち、ダークライの野望に終止符を打った。また、マナフィを仲間にして「うみのリゾート」にいけるようになった後に仲間にすると主人公とパートナーを進化させることができる。
 ダークライ
 本作の真の黒幕。時限の塔を崩壊させて星の停止を意図的に発生させて暗黒の世界を作り出そうとした。主人公が記憶を失いポケモンになったのは事故ではなく、星の停止を止めようとするジュプトルの命を狙いダークライが放った攻撃を咄嗟に主人公が庇ったためだった（ダークライ曰く主人公のジュプトルを庇う気持ちと異空間が交差した結果ポケモンになったらしい）。
アーボック・ドサイドン・マグカルゴ・ムウマージ・ボスゴドラ・ブーバーンを手下にしている。
 星の停止が阻止された後も、今度は空間の歪みを発生させ世界を暗黒に包もうと暗躍を始め、更に主人公&パートナーの存在を危惧した為悪夢を見せる能力でクレセリアを装い夢の中に登場して空間の歪みの原因が二人であるかの様に思わせ、実際に影響が現れた様に見せるべくルリリを悪夢の中に引き込み、パルキアに嘘の情報を吹き込み始末させようとする等し、心身共に追い詰めて行くがギリギリの所でクレセリアに暴かれる事となった。倒された後は時空ホールを出現させ、過去を暗黒に包み支配しようとするもパルキアにタイムスリップ中に攻撃され主人公同様記憶を失ったが、体に変化は無かった。
 エンディングのパートナーの独白で多少のフォローはされているが、『空の探検隊』のプクリンの台詞で本作の主軸の「本当に悪いポケモンなんてどこにもいない」事は完全悪であるダークライが最後に登場した事で破綻してしまった事と、ポケモン一匹に全ての元凶の業を背負わせる事で必要以上にヘイトが向く事を懸念されたのか、以後のシリーズにおける黒幕は氷触体やダークマターといった「ポケモンではない存在」に変更されている。

世界観 
プクリンのギルド
 主人公とパートナーが弟子入りすることとなる、プクリンたちの管理する探検家たちのギルド（共同体）。
 未開の土地やダンジョンの探索以外にも、資金収集としてダンジョンで倒れた者の救助や目的地までの警護、犯罪者の確保など、ダンジョンに関わる依頼を手広く引き受けている。ギルドの弟子か否か問わず、探検家ならギルドに持ち込まれた依頼を引き受けられるようだが、報酬金の9割は手数料としてギルドに取られてしまう。弟子入りした者はギルド住み込みで厳しい修行をすることとなり、食事と寝床は全てギルド側が負担している。卒業試験は非常に厳しく、毎年試験を行なうものの滅多に合格者は出ないらしい（ドゴームは卒業試験を受け落ちたのだが、そのときのことを思い出すのも嫌がっている）。卒業試験の内容は、「悪の大魔王に気を付けながら森にある宝を取って来る」というものになっているが、実際には大魔王と部下に扮するプクリンとその他のギルドのメンバー達が襲撃し、実力を試すというもの。一応その際は姿が見られないように真っ暗な落とし穴で行うが、主人公とパートナーが卒業試験を受けに来た時はビッパのドジで皆の正体がばれてしまった（最後までしらをきりとおしたが。なお、1回目に失敗して再度来た際はパートナーは落とし穴を避けて通ろうとするのだが、それでは試験にならないためプクリンが後ろから走ってきて強引に突き落とす）。因みに、宝物の正体はプクリンの大好物のセカイイチで、これもプクリンが事前に設置している。
 時空の叫び（じくうのさけび）
 主人公の持つ特殊能力。何かに触れることで、その物（者）や場所の過去もしくは未来の光景や音声が見えたり聞こえたりする。だがいつ発動するかは制御は出来ず、また見聞きした光景や音声が過去・未来いずれのものなのかは主人公にも判らない。確認できる内容は全て真実であり、しばしば何かしらの事件を解決する糸口となる。現代では場所や対象を選ばないが、未来世界では時の歯車と関係あるものにのみ発動していたらしい。
 時の歯車（ときのはぐるま）
 特殊な力を持つ6つ歯の歯車型の道具で、周辺の時間を制御する秘宝。全部でいくつ存在するのかはわかっていないが（本編には4つ、『空の探検隊』のスペシャルエピソード「チャームズさんじょう!」に出る守護者が説明するときには、本編の4つ以外に1つ、場所不明の時の歯車があった）、そのうち4つは守護者となるポケモンが存在を隠しているため、設置場所を知る者はほとんどいない。これを所定の位置から取るとその地域の時間が止まってしまい、そのため悪党であってもこれを盗ろうとする者はおらず、もし盗るならそれは相当な大悪党だとされている。ジュプトルはある目的のためにあえてこれを集めている。
 遺跡のかけら（いせきのかけら）
 パートナーの宝物で、ある日ふとしたことで拾った石。見た事もない不思議な模様が描かれている。 パートナーはこれが何かの遺跡か何かの大いなる謎を解く鍵ではないかと思っており、石の秘密を解くことがパートナーの夢であるとともに、探検隊に憧れるきっかけとなっていた。
 実は正体は、異空間に存在する「幻の大地」への許可証の役割を持つもので、「いそのどうくつ」最深部の壁にある模様に共鳴して異空間への道を開く力を持つ道具であり、同時に「時限の塔」へ導く「虹の石舟」を起動させるキーにもなる。「幻の大地」への突入は「遺跡のかけら」に選ばれた者たちしかできないとされ、それゆえにヨノワールはパートナーも抹殺対象としていた。
 星の停止（ほしのていし）
 主人公達のいる星の時間が停止すること。星全体の時が止まってしまうため、多くの自然現象も起こらなくなり風が止み、更には太陽も昇らず世界は永遠の闇に包まれてしまう。 
ダークライは星の停止を意図的に仕向け、世界を暗黒に包み込もうとした。
 時空ホール（じくうホール）
 その名のとおり特殊な方法で生み出す時空間の穴で、そこに入ると時を渡ることができる。基本的には時間の神であるディアルガがその能力で作り出すが（ただし『空』のスペシャルエピソードによると、かなりエネルギーを消耗するため連続して生み出すことは出来ないらしい）、それ以外の方法で生み出すことも可能なようでダークライが生み出している場面がある。
 未来世界（みらいせかい）
 主人公やジュプトル、ヨノワールたちがいた未来で、上記の星の停止が起こって暗黒の世界になっている。過去では「まぼろしのだいち」と呼ばれる。主人公は未来から来た人間ということになっているが、人間は全く出てこない。また、ジュプトルやヨノワールが進化型であることから未来では普通に進化できるようである。
 永久に暗いので心が暗く、悪い外見をしたポケモンが多い。そのためこの世界に絶望したジュプトルたちは過去に向かって「星の停止が起きなかった世界」へ変革しようとしていたが、それはこの未来が元から「存在しなかった」こととなり消滅を意味し、このことでヨノワールらとの対立を招いていた。
 主人公達により星の停止が阻止されたためこの未来は消滅の道を歩むこととなり、舞台となる世界では発生することはなくなった。
 『空の探検隊』のスペシャルエピソード「あんこくのみらいで」では、歴史改変で星の停止が解け始めるとともに世界の消滅が徐々に開始、それによって暴走が悪化し理性が更に効かなくなったことで、時の回廊を壊し過去だけでなく未来や多くの時代をも巻き込んで破壊しようとする闇のディアルガをジュプトルが止めたものの、その直後にジュプトルたちも消滅が始まってしまう。しかし、「ディアルガよりも上位の存在」の力によって消滅は免れ、並行世界の未来として存在し続けることとなった。
 時の回廊（ときのかいろう）
 ジュプトルが過去の時代へ向かうのに使っていた施設。石のような素材で出来たアーチ型のオブジェクトで、セレビィなど時を操れるポケモンの力を受けることでアーチ内に時空間の扉を作り出すことが出来る。これによって時空ホールを使わなくともタイムトラベルが可能となるが、その性質上所定の位置でしか使うことが出来ない。作中では「もりのたかだい」の頂上と『空』に登場する「ひょうかいのしま」の「だいひょうざん」頂上の2箇所が確認できる。
 ヨノワールによると、扉を開いている最中に「時の回廊」を破壊すると、回廊を開いていた時代および回廊を通じて多数の未来と過去の時が破壊されるという大惨事となってしまうらしい。『空』では自らの消滅が始まって理性が更に効かなくなった闇のディアルガが「歴史改変を阻止する」ということだけが先行して、回廊を破壊し時を壊すことで過去の改変行為をほかの時代多数をも巻き込み抹消しようとした。
 時限の塔（じげんのとう）
 星全体の時を司り、制御する巨大な塔。何かしらの原因でこの塔が壊れると、星全体の時が破壊・停止して前述の「星の停止」となってしまい、同時に時間の化身であるディアルガもその影響を受けて暴走してしまう。完全に崩壊する前であれば、塔の最上階にある石板のような制御装置本体に5つの時の歯車をはめ込むことで崩壊を停止させ、同時にディアルガを安定化させて修復することが出来る。そのためジュプトルは時の歯車を集めていた。
 幻の大地（まぼろしのだいち）
「時限の塔」が存在する場所。「時限の塔」を悪意あるものから守るために他の時空間から隔離された場所にあり、特別な資格を得てかつ番人に認められ番人とともに時の海を越える以外の方法ではたどり着けない。

ポケモン不思議のダンジョン 空の探検隊 

『ポケモン不思議のダンジョン 空の探検隊』（ポケモンふしぎのダンジョン そらのたんけんたい）は、時の探検隊・闇の探検隊のマイナーチェンジ版として、2009年4月18日に発売されたダンジョンRPG。

新要素 
 主人公とパートナーに選べるポケモンに、リオル♂、ゴマゾウ♂、コリンク♂、イーブイ♀、ロコン♀の5種類が追加。ニャースとゴンベは主人公に選べずパートナー専用になった。
 それに伴い、上記5体のステータス上昇率が変化。一部のダンジョンの出現ポケモンやボスポケモンが変化。
 また、エネコが主人公時は♀限定になり、パートナーとしても選択可能になった。
 『時の探検隊』と『闇の探検隊』では各バージョン限定だったポケモン・道具が、共に最初から出現するようになった。
 新ダンジョンの追加。なお、従来の追加ダンジョンの一部は後述するパッチールのカフェで条件を満たせば探検が可能。
 みらいせかいやギルドメンバーの過去を題材にしたサブストーリー「スペシャルエピソード」が追加。ゲームの進行状況そのものは本編とは独立して保存されるが、倉庫の道具とポケは本編と共有している。
 「オレソのみ」「ぷっかつのたね」など、名前や見た目は既存のアイテムに似ているが、実際の効果は全く違う「そっくりどうぐ」が追加。
 「パッチールのカフェ」と「たんけんリサイクルコーナー」が新たに追加。前者は食材をドリンクにすることができ、後者はいらない道具を物々交換ができる施設。
 専用道具がほぼ全種類のポケモンに追加された。また、『時』『闇』から専用道具を送ると、より珍しい専用道具に変化するという要素がある。
 依頼を受ける手段が増加。前述のパッチールのカフェと海岸の小瓶から受けられることがある。
 お尋ね者の依頼のパターンが追加。具体的には下記の通り。
 モンスターハウスで戦う
 フロアにいるポケモンにまぎれている
 すぐに逃げてしまい、階段まで逃げられると依頼失敗になる
 フロア全体がアジトになっている
 コイルもしくはジバコイルが同行する
 本ソフトを持っていないプレイヤーのDSへ、体験版として「おためしダンジョン」を配布できる機能が追加。
 ふしぎなメールが「ふしぎなメールS」に変更。仕様変更に伴い文字数が増加したため、『時』『闇』との互換性はない。
 『時』『闇』では登場しなかったシェイミが新たに登場し仲間になる。その他、仲間にはならないがアルセウスの石像も登場する。
 サウンドテストモード「そらのジュークボックス」が追加。

新登場のキャラクター 
 パッチール☆
 「パッチールのカフェ」のオーナーで、ドリンクスタンドを担当。
 一人称が「てまえ」で、語尾を延ばして喋るのが特徴。
 ソーナノ、ソーナンス
 カフェの「たんけんリサイクル」コーナーを担当。ソーナンスは♀だが、ソーナノの性別は不明。
 ソーナノは「〜ナノ」が口癖。ソーナンスはクジ引きの際に「○○（選んだ色）ナンス!」とクジの結果に対して「ソーナンス!」と答える以外喋らない。
 パチリス、オクタン、バリヤード
 カフェの常連客。
 パチリスは一人称は「ボク」だが♀。オクタンは♀。バリヤードは『時・闇』で冒険家ハッサムの存在を教えたバリヤードと同一である。
 プロジェクトP
「パッチールのカフェ」の元で未開地域の開拓を行なう集団。調査チーム『フロンティア』と補佐を行なう裏方からなり、同地点の調査を行なう他のポケモンに対してもボランティアで援助も行なっている。「そらのいただき」への道の開拓を行なった。『フロンティア』は隊長のゴーリキーにキノガッサ、クチートという構成で、裏方ではフワライドとタマタマが確認できる。
 ニューラ
 単独で活動する探険家。チーム「MAD」のマニューラとは異なり♂。自己中心的で粗暴な言動が目立つ。エンディングまでもカフェの客として時折姿を見せる。
 そらのいただき突破に参加してトップを走るが途中で倒れてしまい、デンリュウに救助される。
 シェイミ
 そらのいただきの麓にあるシェイミのさとに住む幻のポケモン。幻とは言っても里にはかなりの数が生活している。昔はそらのいただきに向かう探検隊の案内をしていたらしい。シェイミに性別は無いが、メス寄りとして扱われている。

スペシャルエピソードで登場するポケモン 
 ビッパの家族
 「ビッパのねがいごと」に登場。ビッパの母親と弟と妹。母親はビーダルに進化している。プクリンのギルドに修行に行くビッパを温かく応援する優しい家族。
チーム「アクトーズ」
オス。「ビッパのねがいごと」に登場。ユキカブリ、タツベイ、グライガーの盗賊団。
 ユキカブリがビッパを騙してほしのどうくつにおびき寄せるが、彼らの正体を見抜いていたプクリンたちがギルドのメンバーを率いて参上し、逆に成敗された。
 ジラーチ
「ビッパのねがいごと」に登場。ほしのどうくつの奥に眠る伝説のポケモンで、どんな願いも叶えることが出来る。いつも非常に眠そうにしており、寝相が酷くそれで他のポケモンを襲うことも。倒すと目が覚めビッパの「後輩が欲しい」という願いを叶える。その結果、少し後に主人公とパートナーがギルド入団に訪れてビッパは願いどおり後輩が出来た。
 ププリン
「てんさいププリン」に登場。ギルドの親方プクリンの子供時代。オスで、アーマルドからは「ぼうず」と呼ばれている。
この頃から性格は後のように極めてマイペースなものだった。また、アーマルドが解らなかった暗号をあっという間に解く洞察力や、巨岩や遺跡の扉を粉々に破壊する驚異的なパワーなど、後に繋がる探検家としての天才的素質を既に見せていた。アーマルドを通じて探検の面白さを知り、彼を師匠と呼び慕っていた。しかし最後はアーマルドがおたずねものだと知り彼は逮捕されてしまうが尊敬の心は変わらず、それはプクリンになった今でも持っており、彼と初めての探検で入手した「まもりのオーブ」を宝物としていて、チャームズと初対面時には「探検家アーマルドの一番弟子」と自己紹介していた。
 ププリンの両親
 「てんさいププリン」に登場。ププリンの両親で父母ともにプクリンへ進化していた。ププリンと違って常識的な性格である。母親の方は親心とはいえ若干心配性な面も見られる。父親はププリンと登山をした際にププリンの脅威的な潜在能力を垣間見ており、成長を期待している様子が見られる。ちなみに母親は睫毛が生えている。
 アーマルド
オス。「てんさいププリン」に登場。アンコクのもりに住む元・探検家で、ププリンの師匠。既に探検家を引退して隠居していたが、ププリンの強い弟子入り要望と彼の天才的な素質を見て再起を決意。ププリンの師となって彼に探検家としてのノウハウを教え込んだ。
実はBランクの指名手配がされたおたずね者（罪状は不明）で、人目の付かない場所にひっそり住んでいたのはそのためである。森の怪物の噂を流したのも彼だった。最終的に彼を追っていたニドキングから知らせを受けた保安官に逮捕されてしまうが、ププリンに対して親身に面倒を見ており、逮捕の際はププリンの為を思ってか抵抗なく捕まり、彼に罪を着せないため自分を庇わないように説得した。故にププリンにとってアーマルドは自分の敬愛する師匠であり紛れもない「善人」だった。このことが後のプクリンの「本当に悪いポケモンはいない」という考えに繋がっている。
なお、プクリンの話によるとその後釈放されて再び彼の師匠となったらしいが、プクリンはそれ以上語っていないため詳細は不明。
 ニドキング
オス。「てんさいププリン」に登場。旅の探検家。たまたま訪れた先でおたずね者アーマルドと一緒にいるププリンを発見し、ジバコイルたちに通報してププリンの両親にもそのことを伝えた。
 ゴースト
 オス。「ほんじつのきゃー」に登場。キマワリが逮捕を依頼されたSランクのおたずね者。倒してもすぐに復活してしまうことから『ふじみのゴースト』と呼ばれていた。だが実は、同じ姿をしたゴーストの3匹組のチームで、一人がやられる度に隙を見てほかのゴーストが入れ替わっていたというのが「ふじみ」の正体である。最終的にはキマワリに秘密を見破られ、彼女とドゴームの共闘で逮捕された。
 メタモン
「チャームズさんじょう!」に登場。 だいしょうにゅうどうに住むポケモン。
ダンジョンの奥に安置された時の歯車の守護を担当しており、存在を隠すべく自身の変身能力を使った様々な工作を行なっていた。チャームズとMADを敵対させるなど細工を仕掛けるが、プクリンに自身の存在を見抜かれた上で妨害の理由を聞かれ、彼らに時の歯車の存在を教えた。MADも「悪党にもルールはある」として自主的に手を引いた。
なお、ここに安置された時の歯車はゲーム本編でジュプトルが2つ目に回収したものであるがメタモン自身のことについては語られていない。『時・闇』ではこのダンジョンに関しての情報が全く無かった。
 ポリゴン
「あんこくのみらいで」に登場。くうかんのがんぺきに住むポケモンたち。機械的な性格である。空間転送の能力があり、ひょうかいのしまへの橋渡しをしている。ヨノワールは以前利用していたこともあり、会うのは久しぶりらしい。台詞からするとジュプトルの事も知っているようである。

その他の変更点 
 セーブが寝床だけでなく、交差点の水飲み場でもできるようになった。また、セーブ後にトップメニューに戻れるようになった。
 カクレオンの店で、買う時もまとめて選べるようになった。
 ガルーラの倉庫で、倉庫とトレジャーバッグの残量が表示されるようになった。
 グレッグルのトレード店の仕様が変更された。
 アイテムの簡易説明がカーソルを合わせたときに表示されるようになった。
 一部のダンジョンのBGMが変更されている。『赤・青』のものを転用・アレンジされたBGMも使われている。
 ポケモンのオスとメスの区別が見た目でつくようになった。 
ダンジョン関連
 トレジャータウンでも道具を持たせられるようになり、探検終了後も継続されるようになった。
 探検失敗時、失うポケが全部から半分になり、ペナルティーが減少。
 天候が変わった時に簡易説明が出るようになった。また、すなあらし・あられのダメージエフェクトもなくなった。
 新しい罠が二つ追加された。一部の罠の効果が変更された。
 わざ・とくせい
 ひらいしん・よびみずの効果が視界内のみになった。
 習得技がプラチナ準拠になった。
 一部の技の効果などが変更、また、命中率や威力が星の数で表示されるようになった。

テレビアニメ

ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊・闇の探検隊 
2007年9月9日にポケモン☆サンデー内で放送。『テレビアニメ第1シリーズ』から『めざせポケモンマスター』までのテレビシリーズとは無関係のポケモンアニメの一つ。

また、あにてれのポケモンのコーナーにて、2007年9月13日～9月30日の間、Yahoo!Japanの「Yahoo! きっず ポケモン」にて2007年9月20日〜10月31日と、『空の探検隊』の発売を記念した2009年3月13日〜5月29日の間、動画の無料配信が行われた。また、2009年5月にはキッズステーションでも放送された。現在はポケモン公式YouTubeチャンネルで視聴可能。https://www.youtube.com/watch?v=4T5IbDrb0f0

キャスト（第1作） 
 ポッチャマ - 間宮くるみ
 ヒコザル - 山口勝平
 キマワリ - 江森浩子
 ヘイガニ - 神奈延年
 ペラップ - 阪口大助
 ディグダ - 陶山章央
 チリーン - こやまきみこ
 プクリン - 小林ゆう
 ジュプトル - てらそままさき
 ガバイト、ドゴーム - 三宅健太
 カクレオン - 古島清孝（兄）、阪口大助（弟）
 ザングース、ビッパ - 伝坂勉
 ストライク、グレッグル - 仁科洋平
 サンドパン、ダグトリオ - 逢坂力
 ゴルバット - 陶山章央、古島清孝、逢坂力
 コリンク - 西墻由香（兄）、佐々木日菜子（妹）

ポケモン不思議のダンジョン 空の探検隊 時と闇をめぐる最後の冒険 
『空の探検隊』発売目前記念として、2009年4月12日にポケモン☆サンデー内で放送された。

また、その後に前アニメと同様インターネット上にて「Yahoo! きっず」のほか、「あにてれ」や「ひかりTV」、Wiiの「みんなのニンテンドーチャンネル」などでも配信された。2009年5月にはキッズステーションでも放送された。現在はポケモン公式YouTubeチャンネルで視聴可能。https://www.youtube.com/watch?v=SM_akU8UsgQ

2007年放送分の続編で、原作におけるChapter-19「まぼろしのだいちへ」をモデルとしたストーリーである。BGMも大部分がゲームの同場面で使用されたもののアレンジとなっている。

キャスト（第2作） 
一部のキャラは前作とキャストは一緒。
 チリーン - 佐々木日菜子
 ヨノワール、オニゴーリ - 三宅健太
 ヤミラミ - 古島清孝、阪口大助、伝阪勉
 ラプラス - 江森浩子
 ナレーション、イワーク - 山寺宏一

アニメスタッフ 
 エグゼクティブプロデューサー - 石原恒和、中村光一
 企画 - 紀伊高明、伊藤憲二郎
 プロデューサー - 盛武源、川村久仁美
 監督 - 湯山邦彦
 脚本 - 松井亜弥
 絵コンテ - 湯山邦彦（時・闇）･浅田裕二（最後の冒険）
 演出 - 浅田裕二
 総作画監督 - 松原徳弘（最後の冒険）
 作画監督 - 玉川明洋（時・闇）・高橋英吉（最後の冒険）
 美術監督 - 春日礼児（最後の冒険）
 撮影監督 - 吉田光伸（最後の冒険）
 編集 - ジェイフィルム、坂本久美子（最後の冒険）
 音楽 - モリリン多田
 音響監督 - 三間雅文
 制作担当 - 太田昌二（時・闇）･亀井康輝（最後の冒険）
 制作デスク - 加藤浩幸
 設定制作 - 佐々木崇之（最後の冒険）
 アニメーション制作 - OLM TEAM OTA（時・闇）･Team Kamei（最後の冒険）
 制作 - 小学館集英社プロダクション
 製作・著作 - 小学館集英社プロダクション、株式会社チュンソフト、The Pokémon Company

漫画 
漫画雑誌「別冊コロコロコミック」2007年10月号から2008年8月号まで、本作を元にした漫画『ポケモン不思議のダンジョン 炎の探検隊』が連載されていた。漫画は前作の『ポケモン不思議のダンジョン ギンジの救助隊』と同じく溝渕誠。2008年8月28日に小学館から「てんとう虫コロコロドラゴンコミックス」として単行本も発売された。全1巻（ISBN 4-09-140670-X）。

ヒコザルとなってしまった元人間の主人公ホノオが、パートナーの気弱なワニノコと出会い、炎の探検隊を結成するというストーリー。

その他 
 開発当初のサブタイトルは『時の探検隊』と『空の探検隊』だったが、「ディアルガ（時間）とパルキア（空間）からというのが簡単に分かる題名なので、もっとミステリアスな雰囲気を出したい。」ということで、『空』が『闇の探検隊』に変更となった。『空の探検隊』のサブタイトルはマイナーチェンジ版において使用され日の目を見ることとなった（シェイミのスカイフォルムを表す『空』という説もある）。また、前作『赤・青』のように異なるハード間で通信をするという案もあり、片方をWii用ソフトとして出して、2つを連動させるというアイデアもあったが、開発当時はWiiの詳細な情報がなかったため見送られた。
 不思議のダンジョンシリーズの『風来のシレン』シリーズを意識した演出がされた箇所がいくつか存在している。お宝の隠された場所が「黄金の間」（『シレン2』に登場したボーナスフロアと同名）という名称、プクリンがあるイベントで(にらめっこ)「ンドゥバー」（『シレン』シリーズに登場するザコ敵の名前）と言う、などがある。

注釈

外部リンク 
 時の探検隊・闇の探検隊公式サイト
 任天堂
 ポケモン
 空の探検隊公式サイト
 任天堂
 Wii Uバーチャルコンソール
 ポケモン
 スパイク・チュンソフト
 ノイジークローク（サウンド制作）

ときのたんけんたいやみのたんけんたい
チュンソフト開発のゲームソフト
ニンテンドーDS用ソフト
ミリオンセラーのゲームソフト
2007年のコンピュータゲーム
ふしきのたんしよんときのたんけんたいやみのたんけんたい
けもんふしきのたんしよんときのたんけんたいやみのたんけんたい
2007年のテレビアニメ
スパイク・チュンソフトのアニメ作品
ファミ通クロスレビュープラチナ殿堂入りソフト