Table 4: Results of robustness. We calculate the difference in terms of model performance on the noisy and clean structures and show it in parentheses. A smaller absolute value of this difference indicates a more robust model. The best and suboptimal robust models are labeled with bold and underlined.
Model length	Confidence ↑	Recovery % ↑
L<100	100≠L<300	300≤L<500	Full	L<100	100≤L<300	300≤L<500	Full
CATH4.3(ε=0.02)	StructGNN	0.37 (+0.02)	0.42 (+0.01)	0.49 (+0.02)	0.42 (+0.01)	0.28 (-0.02)	0.33 (-0.01)	0.38 (-0.02)	0.33 (-0.01)
GraphTrans	0.37 (+0.00)	0.41 (-0.01)	0.48 (+0.00)	0.41 (-0.01)	0.28 (-0.01)	0.32 (-0.02)	0.37 (-0.02)	0.32 (-0.02)
GCA	0.36 (-0.02)	0.40 (-0.03)	0.47 (-0.02)	0.41 (-0.02)	0.29 (-0.03)	0.33 (-0.03)	0.39 (-0.02)	0.33 (-0.03)
GVP	0.44 (-0.01)	0.48 (-0.03)	0.54 (-0.01)	0.51 (+0.01)	0.29 (-0.04)	0.34 (-0.04)	0.43 (-0.02)	0.36 (-0.02)
AlphaDesign	0.42 (+0.01)	0.50 (+0.02)	0.56 (+0.03)	0.49 (+0.02)	0.33 (-0.04)	0.39 (-0.04)	0.43 (-0.04)	0.38 (-0.04)
ProteinMPNN	0.41 (-0.01)	0.47 (-0.02)	0.55 (-0.02)	0.46 (-0.03)	0.32 (-0.06)	0.40 (-0.04)	0.49 (-0.03)	0.40 (-0.04)
PiFold	0.41 (-0.06)	0.51 (-0.05)	0.60 (-0.04)	0.49 (-0.06)	0.37 (-0.06)	0.47 (-0.05)	0.54 (-0.02)	0.45 (-0.06)
KWDesign	0.50 (-0.08)	0.63 (-0.05)	0.72 (-0.04)	0.61 (-0.06)	0.43 (-0.08)	0.56 (-0.05)	0.65 (-0.04)	0.54 (-0.06)
CATH4.3(ε=0.2)	StructGNN	0.34 (-0.01)	0.36 (-0.05)	0.41 (-0.06)	0.36 (-0.05)	0.25 (-0.05)	0.28 (-0.06)	0.32 (-0.08)	0.28 (-0.06)
GraphTrans	0.33 (-0.04)	0.36 (-0.06)	0.39 (-0.09)	0.36 (-0.06)	0.25 (-0.04)	0.27 (-0.07)	0.31 (-0.08)	0.27 (-0.07)
GCA	0.33 (-0.05)	0.35 (-0.08)	0.39 (-0.10)	0.35 (-0.08)	0.25 (-0.07)	0.28 (-0.08)	0.31 (-0.10)	0.28 (-0.08)
GVP	0.39 (-0.06)	0.43 (-0.08)	0.45 (-0.10)	0.42 (-0.08)	0.25 (-0.08)	0.28 (-0.10)	0.34 (-0.11)	0.29 (-0.09)
AlphaDesign	0.35 (-0.06)	0.40 (-0.08)	0.43 (-0.10)	0.39 (-0.08)	0.29 (-0.08)	0.33 (-0.10)	0.36 (-0.11)	0.33 (-0.09)
ProteinMPNN	0.37 (-0.05)	0.41 (-0.08)	0.47 (-0.10)	0.41 (-0.08)	0.29 (-0.09)	0.35 (-0.09)	0.41 (-0.11)	0.35 (-0.09)
PiFold	0.35 (-0.12)	0.43 (-0.13)	0.48 (-0.16)	0.41 (-0.14)	0.32 (-0.09)	0.39 (-0.13)	0.45 (-0.14)	0.39 (-0.12)
KWDesign	0.43 (-0.15)	0.53 (-0.15)	0.60 (-0.16)	0.52 (-0.15)	0.38 (-0.13)	0.47 (-0.14)	0.54 (-0.15)	0.46 (-0.14)
CATH4.3(ε=0.5)	StructGNN	0.30 (-0.05)	0.31 (-0.10)	0.34 (-0.13)	0.31 (-0.10)	0.22 (-0.08)	0.24(-0.10)	0.26 (-0.14)	0.24 (-0.10)
GraphTrans	0.30 (-0.07)	0.31 (-0.11)	0.33 (-0.15)	0.31 (-0.11)	0.22 (-0.07)	0.23 (-0.11)	0.25 (-0.14)	0.24 (-0.10)
GCA	0.30 (-0.08)	0.31 (-0.12)	0.34 (-0.15)	0.31 (-0.12)	0.22 (-0.10)	0.24 (-0.12)	0.26 (-0.15)	0.24 (-0.12)
GVP	0.32 (-0.13)	0.34 (-0.17)	0.37 (-0.18)	0.35 (-0.15)	0.22 (-0.11)	0.25 (-0.13)	0.26 (-0.19)	0.25 (-0.13)
AlphaDesign	0.30 (-0.11)	0.33 (-0.15)	0.35 (-0.18)	0.33 (-0.14)	0.26 (-0.11)	0.28 (-0.15)	0.30 (-0.17)	0.28 (-0.14)
ProteinMPNN	0.34 (-0.08)	0.36 (-0.13)	0.39 (-0.18)	0.37 (-0.14)	0.26 (-0.12)	0.29 (-0.15)	0.33 (-0.19)	0.30 (-0.14)
PiFold	0.32 (-0.15)	0.36 (-0.20)	0.40 (-0.24)	0.35 (-0.20)	0.30 (-0.13)	0.34 (-0.18)	0.37 (-0.22)	0.33 (-0.18)
KWDesign	0.38 (-0.20)	0.47 (-0.21)	0.52 (-0.24)	0.45 (-0.22)	0.33 (-0.18)	0.42 (-0.19)	0.47 (-0.14)	0.41 (-0.19)
CATH4.3(ε=1.0)	StructGNN	0.27 (-0.08)	0.26 (-0.15)	0.28 (-0.19)	0.27 (-0.14)	0.19 (-0.11)	0.20 (-0.14)	0.21 (-0.19)	0.20 (-0.14)
GraphTrans	0.26 (-0.11)	0.26 (-0.16)	0.27 (-0.21)	0.26 (-0.16)	0.19 (-0.15)	0.19 (-0.15)	0.20 (-0.19)	0.20 (-0.14)
GCA	0.25 (-0.13)	0.25 (-0.18)	0.26 (-0.23)	0.25 (-0.18)	0.19 (-0.13)	0.19 (-0.17)	0.20 (-0.21)	0.19 (-0.17)
GVP	0.29 (-0.16)	0.29 (-0.22)	0.30 (-0.25)	0.27 (-0.23)	0.20 (-0.13)	0.20 (-0.18)	0.21 (-0.24)	0.20 (-0.18)
AlphaDesign	0.16 (-0.25)	0.16 (-0.32)	0.15 (-0.38)	0.16 (-0.31)	0.18 (-0.19)	0.18 (-0.25)	0.18 (-0.29)	0.18 (-0.24)
ProteinMPNN	0.31 (-0.11)	0.30 (-0.19)	0.32 (-0.25)	0.31 (-0.18)	0.22 (-0.16)	0.23 (-0.21)	0.25 (-0.27)	0.23 (-0.21)
PiFold	0.28 (-0.19)	0.29 (-0.27)	0.32 (-0.32)	0.29 (-0.26)	0.26 (-0.17)	0.28 (-0.24)	0.29 (-0.30)	0.28 (-0.23)
KWDesign	0.33 (-0.25)	0.42 (-0.26)	0.45 (-0.31)	0.40 (-0.27)	0.29 (-0.22)	0.37 (-0.24)	0.41 (-0.28)	0.35 (-0.25)