2019新型コロナウイルス

context: 新型コロナウイルスは、2019年11月に発生が確認され、同年12月31日に最初に世界保健機関(WHO)に報告された。その後2019年から翌2020年にかけて発生した中国武漢でのアウトブレイクにおいて肺炎患者の核酸検査陽性患者サンプルにより、ゲノム配列が決定された。
2020年1月20日、病原体を調査している中国・国家衛生健康委員会(NHC)専門家の鍾南山グループ長は、広東省でヒトからヒトへの感染(ヒト-ヒト感染)が確認されたと発表した。新しいコロナウイルスに対する特定の治療法はないが、既存の抗ウイルス薬を流用することはできるとしている。
2020年1月下旬時点での主要なアウトブレイクは中国大陸に限局されていたが、その後は東アジア・ヨーロッパを中心とし世界各地に拡散しつつある。
qas: question: 新型コロナウイルスの発生が確認されたのはいつか?
answers: text: 2019年11月

context: このウイルスの完全ゲノム配列は上海公共衛生臨床センター、武漢中心医院、華中科技大学、武漢市疾病予防控制中心、中国疾病予防控制中心感染症予防管理所、中国疾病管理予防センター、シドニー大学らの協力によって解読され、シドニー大学のエドワード・C・ホルムズ教授の協力の下、上海公共衛生臨床センターの張永振教授によって2020年1月11日にVirological.org上に公開された。
その後、1月14日には国際核酸配列データベースGenBankで正式に公開されている。他種のコロナウイルスと比較すると、中国浙江省舟山市のコウモリで発見したSARSウイルスに一番近く、コウモリSARSウイルス、ヒトSARSウイルス、ジャコウネコSARSウイルスとも80%近くの類似度を持つことが、香港大学微生物学科感染症専門の袁国勇教授により報告されている。このウイルスは、国際ウイルス分類委員会(ICTV)により、SARSコロナウイルス(SARS-CoV)と同じベータコロナウイルス属のSARS関連コロナウイルス(SARSr-CoV)という種に属すとの見解が示されている。また、SARSコロナウイルス(SARS-CoV)の姉妹系統であるとし、SARS-CoV-2(SevereAcuteRespiratorySyndromeCoronaVirus2)と分類、命名されている。
HCoV-229E、HCoV-OC43、SARSコロナウイルス(SARS-CoV)、MERSコロナウイルス(MERS-CoV)、HCoV-NL63、HCoV-HKU1に次いで出現した、ヒトに対して病原性を有する7番目のコロナウイルスである。
SARS-CoV-2は、SARSコロナウイルスと同種ではあるが直接の子孫とは考えられていない。元々コウモリなどの野生動物が保因していたものが、それぞれ独立してヒトに伝播、ヒトへの感染能力を獲得したと考えられている。
qas: question: このウイルスの完全ゲノム配列がVirological.org上に公開されたのはいつか?
answers: text: 2020年1月11日

question: 2020年1月11日にこのウイルスの完全ゲノム配列をどこに公開したのか?
answers: text: Virological.org

question: このウイルスの完全ゲノム配列が国際核酸配列データベースGenBankで正式に公開されてのはいつか?
answers: text: 1月14日

question: このウイルスの完全ゲノム配列は1月14日、どこで正式に公開されたか?
answers: text: 国際核酸配列データベースGenBank

question: このウイルスはヒトに対して病原性を有する何番目のコロナウイルスであるか?
answers: text: 7番目

context: ウイルス粒子(ビリオン)は、50~200nmほどの大きさである。一般的なコロナウイルスと同様に、スパイク、ヌクレオ、内在性膜タンパク質、エンベロープタンパク質として知られる4つのたんぱく質と、RNAより構成されている。このうちヌクレオがRNAと結合してヌクレオカプシドを形成し、脂質と結合したスパイク、内在性膜タンパク質、エンベロープタンパク質がその周りを取り囲んでエンベロープを形成する。エンベロープの最も外側に位置するスパイクは、生体内のACE2受容体に結合して細胞への感染を可能とする。ヒトへの感染にACE2受容体を利用する点はSARSコロナウイルスと共通しており、DPP-4受容体を利用するMERSコロナウイルスや、APNを利用するヒトコロナウイルス229Eとは異なる。ウイルスゲノムは29,903塩基で、一本鎖プラス鎖RNAウイルスである。
タンパク質やRNAのSARSウイルスとの相同性は、スパイクが76.0%、ヌクレオが90.6%、内在性膜タンパク質が90.1%、エンベロープタンパク質が94.7%、RNAが80%となっている。一方で別種のコロナウイルスであるMERSコロナウイルスとは、それぞれ4.6%、7.6%、6.3%、30.5%、50%しか一致していない。
qas: question: ウイルス粒子(ビリオン)は、どれほどの大きさであるか?
answers: text: 50~200nm

question: ヒトへの感染にACE2受容体を利用する点において、このウイルスはどのウイルスと共通しているのか?
answers: text: SARSコロナウイルス

question: DPP-4受容体を利用するのはどのウイルスなのか?
answers: text: MERSコロナウイルス

question: APNを利用するのはどのウイルスなのか?
answers: text: ヒトコロナウイルス229E

context: SARS-CoV-2の基本再生産数(R0)の見積もりに関する未査読の多くの研究は、数字の差異および評価が分かれているが、1.4-3.9と推定されている。これは無防備な状態では、SARS-CoV-2は通常、感染者1人当たり1.4から3.9人の新規感染者を生じさせるという意味である。これにより、SARS-CoV-2は少なくとも4人を連鎖的に感染させる事が確認されている。他の未査読の研究では、基本再生産数を3.30-5.47とするもの、2.13-4.82とするものがある。
qas: question: 無防備な状態では、SARS-CoV-2は通常、感染者1人当たり何人から何人までの新規感染者を生じさせるか?
answers: text: 1.4から3.9人

question: SARS-CoV-2は少なくとも何人を連鎖的に感染させることが確認されているのか?
answers: text: 4人

context: このウイルス(中国内外の103例)を北京大学など中国の研究チームが遺伝子解析した結果、コウモリ由来のウイルスに近く古くからあるとみられるS型(全体の3割)と毒性の強弱は不明だが感染力が強いとみられるL型(全体の7割。武漢市の流行では大半を占めるが、市外の流行では現在は減少傾向にある)という塩基配列の異なる2つの型に分類できることが分かった。患者の多くは片方の型にしか感染していないものの両方の型に感染した例も確認されており、ウイルスに一度感染し症状が治っても別の型に再感染する可能性が指摘されている。中国の研究者が報告した主症状は2020年1月21日判明分で、40°C程度の高熱(98%)、乾いた咳(76%)、息切れ(55%)などである。他に、全身倦怠感、吐き気、筋肉痛等を催すと報告されている。顕著な合併症は肺炎である。しかし症状がないまま濃厚接触をしてしまう事が度々ある。
他のコロナウイルス科ウイルス感染症との鑑別は外観所見上からは難しい。ただし、発熱せずに死亡した患者もいるので、発熱検知装置だけで検出できない可能性もある。また、無症候キャリアが感染能を持つ可能性もある。
入院患者では呼吸困難や胸の圧迫感も多い。また、入院時のバイタルサインは比較的安定している。
qas: question: このウイルスは塩基配列の異なる2つの型に分類できるが、S型のほかに何があるか?
answers: text: L型

question: このウイルスは塩基配列の異なる2つの型に分類できるが、L型のほかに何があるか?
answers: text: S型

question: このウイルスを遺伝子解析した研究チームはどの国の研究チームなのか?
answers: text: 中国

question: このウイルスの2つの型の中で、コウモリ由来のウイルスに近く古くからあるとみられるのは何型なのか?
answers: text: S型

question: このウイルスの2つの型の中で、毒性の強弱は不明だが感染力が強いとみられるのは何型なのか?
answers: text: L型

question: このウイルスの2つの型の中で、全体の3割を占めるのは何型なのか?
answers: text: S型

question: このウイルスの2つの型のうち、より大きい割合を占めているのは、何形か?
answers: text: L型

question: このウイルスの2つの型の中で、全体の7割を占めるのは何型なのか?
answers: text: L型

question: このウイルスの2つの型のうち、より小さい割合を占めているのは、何形か?
answers: text: S型

question: 息切れと乾いた咳のほかに、中国の研究者が2020年1月21日に報告した主症状には何があるのか?
answers: text: 40°C程度の高熱

question: 40°C程度の高熱と息切れのほかに、中国の研究者が2020年1月21日に報告した主症状には何があるのか?
answers: text: 乾いた咳

question: 40°C程度の高熱と乾いた咳のほかに、中国の研究者が2020年1月21日に報告した主症状には何があるのか?
answers: text: 息切れ

question: 顕著な合併症は何か?
answers: text: 肺炎

context: 手など皮膚の消毒を行う場合には、消毒用アルコール(70%)を、物の表面の消毒には次亜塩素酸ナトリウム(0.1%)が有効であることが分かっている。物の表面に付着したウィルスはどの程度の期間生存できるか、各機関で意見が分かれており、WHOは数時間、ドイツ研究は4〜5日間、中国人民銀行は14日間とした。アメリカ疾病管理予防センター(CDC)は、中国からの輸入品において新型コロナウイルスに感染するリスクは非常に低いとしている。日本内科学会の緊急寄稿文によれば、現在、効果を示す薬剤が発見された旨の報告はなく、暫定的にHIV薬とタミフルを併用しての治療が行われているが、国を挙げて専用ワクチンの開発も並行して行われている。感染症発生初期において医師などの医療従事者への罹患、及び長時間労働などによる疲弊といった問題も浮上してくる。局所的地域感染から広域に拡大するにつれ同定された問題も増加する傾向にあり、医療現場の過酷化する環境にも配慮が必要である。発達した情報通信環境において、ソーシャルメディアによる情報の拡散は情報確度を担保しうる反面、誤った情報も伝搬しうる二律背反を構築している。
qas: question: 手など皮膚の消毒を行う場合には何が有効であるか?
answers: text: 消毒用アルコール

question: 物の表面の消毒には何が有効であるか?
answers: text: 次亜塩素酸ナトリウム

question: WHOは物の表面に付着したウィルスはどの程度の期間生存できると言ったのか?
answers: text: 数時間

question: 物の表面に付着したウィルスはどの程度の期間生存できるかにおいて数時間と言ったのは、どの機関なのか?
answers: text: WHO

question: ドイツ研究は物の表面に付着したウィルスはどの程度の期間生存できると言ったのか?
answers: text: 4〜5日間

question: 物の表面に付着したウィルスはどの程度の期間生存できるかにおいて4〜5日間と言ったのは、どの機関なのか?
answers: text: ドイツ研究

question: 中国人民銀行は物の表面に付着したウィルスはどの程度の期間生存できると言ったのか?
answers: text: 14日間

question: 物の表面に付着したウィルスはどの程度の期間生存できるかにおいて14日間と言ったのは、どの機関なのか?
answers: text: 中国人民銀行

question: 中国からの輸入品において新型コロナウイルスに感染するリスクは非常に低いとしているのは、どの機関なのか?
answers: text: アメリカ疾病管理予防センター

question: タミフルとどの薬剤を併用して治療が行われているか?
answers: text: HIV薬

question: HIV薬とどの薬剤を併用して治療が行われているか?
answers: text: タミフル

context: この株による最初の既知のヒトへの感染は2019年11月下旬に発生した。新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の拡散は、2019年11月中旬に中国湖北省武漢市で最初に発生し、感染源はおそらく単一の感染動物に由来すると考えられている。その後、このウイルスは中国の全ての省に蔓延し、またアジア、ヨーロッパ、北米、アフリカ、オセアニアなど他の20以上の国にも拡散した。このウイルスのヒト-ヒト感染による拡散は、アフリカを除くこれらすべての地域で確認されている。2020年1月31日、このウイルスの感染拡大が懸念されることから世界保健機関(WHO)は「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態」(PHEIC)を宣言した。なお、季節性疾患としての自然終息や定着の可能性について議論が続いている。3月1日時点で、86,986人の感染が確認されており、そのうち79,826人は中国本土内である。ある数学的モデル予測によれば、1月25日の時点で、武漢市だけで感染者数は75,815人いたと推定された。中国本土以外における殆ど全ての症例は、武漢市からの旅行者、またはそれらの地域からの旅行者と密接な接触があった者である。感染率、すなわち感染確定数、または臨床上診断可能な感染者数に繋がる割合は依然として不明のままであるが、2月20日(15時30分(UTC))までの新型コロナウイルス感染による死亡者数は2,130人であった。死亡者数の95%は武漢市のある湖北省に局在している。3月7日現在も感染拡大が止まらず、世界で感染者数が100,000人を超えたと発表した。3月11日にはこのウイルスの感染拡大について、WHOがパンデミック(世界的流行)相当との認識を初めて示した。
qas: question: 最初の既知のヒトへの感染が発生したのはいつか?
answers: text: 2019年11月下旬

question: 3月1日時点で何人の感染が確認されたのか?
answers: text: 86,986人

question: 何日時点で86,986人の感染が確認されたのか?
answers: text: 3月1日

question: 3月1日時点で、86,986人のうち、中国本土内で感染が確認されたのは何人か?
answers: text: 79,826人

question: 何日時点で86,986人の感染が確認され、そのうち79,826人の感染が中国本土内での感染であると確認されたのか?
answers: text: 3月1日

question: 何日時点で86,986人のうち、中国本土内で79,826人の感染が確認されたのか?
answers: text: 3月1日

question: 3月1日時点で、86,986人のうち、79,826人の感染が確認されたのはどこか?
answers: text: 中国本土内

question: ある数学的モデル予測によれば、何日時点で、武漢市だけで感染者数が75,815人いたと推定されたのか?
answers: text: 1月25日

question: ある数学的モデル予測によれば、1月25日の時点で、武漢市だけで感染者数は何人いたと推定されたのか?
answers: text: 75,815人

question: 世界で感染者数が100,000人を超えたと発表したのはいつか?
answers: text: 3月7日

question: 死亡者数の95%が局在しているのはどこか?
answers: text: 武漢市のある湖北省

question: 3月7日現在、世界で感染者数は何人を超えたと発表したか?
answers: text: 100,000人