মেঘালয় সরকার একজন রাজ্যপালের নেতৃত্বে নির্বাহী বিভাগ, একটি বিচার বিভাগ এবং মেঘালয় বিধানসভা নামে একটি আইনসভা নিয়ে গঠিত।