این سازمان با برخورداری از اختیارات وسیع ، در سالهای اخیر مقررات سختی را برای کنترل دانشجویان به‌ویژه ممانعت از ورود دانشجویان محجبه به دانشگاهها به اجرا گذاشته و شمار زیادی از اساتید را به جرم داشتن عقائد اسلامی و مذهبی از دانشگاه‌ها و مراکز علمی اخراج کرده است .