Package: pyCADD
pyCADDFeatures自动化调用Schrodinger Python API执行晶体准备、格点文件生成与对接、MMGBSA结合能计算等功能调用多核并行计算 实现集合式对接与结果提取、数据分析调用Gaussian、Multiwfn计算、分析配体分子结构优化、单点能、RESP(2)电荷自动运行 AMBER 分子动力学模拟准备、运行和 MD轨迹的基本分析提供简单友好的用户界面支持CLI快速调用PlatformLinuxRequirementsPython Version3.8 or HigherPython Modulespandasnumpyrichconcurrent_log_handlerscikit-learnseabornxlsxwriterpyyamlclickscipyNOTE使用pip install pyCADD命令时 将自动安装所需的packages您也可以使用pip install <package>命令安装Additional RequirementspyCADD的不同模块需要安装不同的软件来完成自动化工作流。如您仅需要使用其中的部分功能, 可根据您的需求仅安装相应的软件。当模块缺少必要软件时，您可能会在控制台看到相应的提示信息。ModuleSoftwareVersionDockSchrodinger Suite2020-3 or newerDynamicAMBER18 or newerDynamicOpenBabel2.4 or newerDensity & DynamicGaussian16.A01 or newer(optional)DynamicMultiwfn3.7 or newer (optional for RESP charge)DynamicCUDA9.0 or newer (optional for pmemd.cuda)！AttentionpyCADD不包含以上所需程序的安装与许可证 您需要自行获得授权并安装恰当使用本应用程序进行学术研究必须遵守以上所需各程序的相关文献引用规定InstallationpyCADD已发布至PyPI使用命令pip install pyCADD即可安装pyCADD随后 您可以使用命令pycadd或pyCADD来启动应用程序pyCADD提供一个用户友好的界面使您能够轻易使用需要的功能, 请自行尝试。为了便于从命令行快速调用pyCADD的模块，还提供了以下CLI接口：CLIModulepycadd-dockDockpycadd-demandDemandpycadd-densityDensitypycadd-dynamicDynamicpycadd-dynamic analysisDynamic-AnalyzerpyCADD FunctionNameFunctionDock自动执行PDB晶体获取、优化、格点文件生成、对接等命令Dance数据处理脚本集合Demand自动化晶体信息查询与解析Density自动编写高斯结构优化、单点能、TDDFT等计算任务输入文件并启动计算任务Dynamic自动化 AMBER MD模拟准备与运行 自动化MD模拟后处理分析Usage请参阅文档中的各模块使用指南。或使用pycadd-dock--help
pycadd-dynamic--help
pycadd-dockensemble-dock--help样式的命令来获取各模块的更多帮助信息。
各模块使用指南及更多帮助信息, 请参阅API文档。pyCADD完全基于开发者自身实际需求开发, 更多其他功能及模块的使用教程尚未完全撰写, 但可能附有详尽注释。可参阅文档API部分及代码注释。如果您有任何问题或建议, 请在项目主页提交Issue。如果任何模块对您有帮助，欢迎为此项目点亮星星。UI等部分功能为作者练手之作， 可能不具有实用性。此工具包仅限于学习和批评使用, 请勿用作其他用途。源码仅包含中文注释。YH. WSchool of Pharmaceutical Sciences, Xiamen UniversityCopyight © 2023 XMU2023-11-21更新日志1.6.9 (2023-12-26)将 Demand 数据获取修改为直接与PDB服务器API交互，确保获取最新PDB数据添加了对PDB蛋白链突变信息的解析为 Dock 添加了多线程批量下载PDB的接口pycadd-dock download其他 BUG 修复1.6.8 (2023-11-21)为 Dock 模块 CLI 接口 pycadd-dock 添加了自动创建 schrodinger 虚拟环境的功能为 Dynamic 模块增加了额外的必须软件检查调整了MD分析工具中能量分解参数的传递方式，现在起始、结束、步长参数通过命令行直接传递增加了 mpirun 命令的 localhost:N 参数以避免在某些系统中出现核心数量不匹配的问题1.6.7 (2023-11-15)修复了 Dynamic 解析输入文件过程的一个BUG，该BUG将导致部分限制性MD的输入文件解析失败调整了 Dynamic 在调用命令失败时的输出信息更新了部分文档和注释1.6.6 (2023-11-10)重构 Dynamic 模块构建工作流的方式，现在更加模块化和自由修复了一些BUG更新了部分注释与文档Dynamic 与 Density 导入时添加简单的必要检查1.6.5 (2023-04-28)修复 Dock 开展 Ensemble Docking 完成时数据提取的BUG调整了一些代码的位置便于后续维护修复了一些其它 BUG1.6.4 (2023-03-15)Dynamic 支持自动化准备和模拟Apo蛋白为 Dynamic-Analyzer 添加了氢键lifetime分析功能MD后处理分析默认工作流移除了提取最低能量构象的功能除非有log信息输出，否则 pyCADD 不再生成空log文件Gauss 模块更名为 Density 模块query 模块更名为 Demand 模块一些 Bug 修复1.6.3 (2022-10-27)修改了 Dock 模块的对接函数调用 不再使用Schrodinger任务管理层显著降低无意义时间损耗 提升 Ensemble Docking 速度移除任务管理层perl的长期内存占用 避免后期速度下降保障了 CPU 100%时间满载运行对接任务修改 Dock 的默认的结果文件生成为仅输出配体结构显著减少对接结果文件体积修复了Dynamic Analysis模块的BUG现在以重原子间距离计算氢键键长1.6.2 (2022-07-21)修复了 Dynamic-Analyzer 的一些BUG修复了 python wheel build 的一些BUG更新了API文档1.6.1 (2022-07-14)添加了Dynamic模块的MD后处理工具Analyzer为MD后处理添加了CLI接口 pycadd-mdanalysis为Dance添加了新的统计方法 标准富集因子NEF1.6.0 (2022-07-07)分子动力学模块 Dynamic 开发完成添加了Dynamic的CLI接口为项目文档增加了 Dynamic 的 User Guide1.5.4 (2022-07-04)基于在 jupyter notebook 中的应用需要，重构了Dance模块，简化了相关逻辑移除了Dance的UI, 完全使用库导入的方式为项目文档增加了Dance的 Use Guide1.5.3 (2022-06-12)修复了Dance模块的一些已知BUG1.5.2(2022-06-01)修复MLP模型的BUG修复获取预测结构函数的BUG添加获取预测结构的CLI支持修复旧版本ConcurrentlogHandler导致的死锁BUG, 不再限制setuptools的版本1.5.1 (2022-05-18)完全重构query模块 输入方式修改为Uniprot ID增加CLI快速调用接口1.5.0 (2022-05-12)重新以面向对象化方式完全重构 Dock 模块 降低耦合度修改了输入文件逻辑将 Multidock 与 Dock 合并为单一模块 移除了 Multidock 的用户界面(UI)增加了 Dock/Multidock 的命令行接口(CLI) 比起UI更加快速、便捷、易用增加了 Dance 模块的机器学习与深度学习模型支持及简易性能评估(基于AUC)增加了 Dance 模块的标准化数据集性能快速评估工作流(evaluate_workflow)