古菌分類表

本表以 LPSN 網站的分類為基礎（當前版本 2007 年 3 月 29 日），本分類代表原核生物分類的權威雜誌 IJSEM 的分類系統，同時參考 NCBI Taxonomy，但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考 《細菌名稱》第二版，拉丁文意譯參考 原核生物名稱 (英文) 網站。翻譯問題歡迎在原文中新增或者在討論頁中提出。

本表列到屬級。

後面帶 * 者為尚未被 IJSEM 雜誌確認的分類。

初古菌門 (Korarchaeota)*

初古菌屬 (Korarchaeum)== 納古菌門 (Nanoarchaeota)*==
納古菌屬 (Nanoarchaeum)

Thaumarchaeota

餐古菌目 (Cenarchaeales)
#餐古菌科 (Cenarchaeaceae)### 餐古菌屬 (Cenarchaeum)# 亞硝化暖菌目 (Nitrosocaldales)## 亞硝化暖菌科 (Nitrosocaldaceae)### 亞硝化暖菌屬 (Nitrosocaldus)# 亞硝化侏儒菌目 (Nitrosopumilales)## 亞硝化侏儒菌科 (Nitrosopumilaceae)### 亞硝化侏儒菌屬 (Nitrosopumilus)

泉古菌門 (Crenarchaeota)

3.1 熱變形菌綱 (Thermoprotei)

暖球形菌目 (Caldisphaerales)
#暖球形菌科 (Caldisphaeraceae)
## 暖球形菌屬 (Caldisphaera)
除硫球菌目 (Desulfurococcales)
#除硫球菌科 (Desulfurococcaceae)
## 酸葉菌屬 (Acidilobus)
## 氣火菌屬 (Aeropyrum)
## 除硫球菌屬 (Desulfurococcus)
## 燃球菌屬 (Ignicoccus)
## 燃球形菌屬 (Ignisphaera)
## 葡萄熱菌屬 (Staphylothermus)
## 施鐵特菌屬 (Stetteria)
## 厭硫球菌屬 (Sulfophobococcus)
## 熱盤菌屬 (Thermodiscus)
## 熱球形菌屬 (Thermosphaera)
#熱網菌科 (Pyrodictiaceae)
## 超熱菌屬 (Hyperthermus)
## 熱網菌屬 (Pyrodictium)
## 火葉菌屬 (Pyrolobus)
硫化葉菌目 (Sulfolobales)
#硫化葉菌科 (Sulfolobaceae)
## 喜酸菌屬 (Acidianus)
## 除硫葉菌屬 (Desulfurolobus)
## 生金球形菌屬 (Metallosphaera)
## 憎葉菌屬 (Stygiolobus)
## 硫化葉菌屬 (Sulfolobus)
## 硫磺球形菌屬 (Sulfurisphaera)
## 硫磺球菌屬 (Sulfurococcus)
熱變形菌目 (Thermoproteales)
#熱絲菌科 (Thermofilaceae)
## 熱絲菌屬 (Thermofilum)
#熱變形菌科 (Thermoproteaceae)
## 暖枝菌屬 (Caldivirga)
## 火棒菌屬 (Pyrobaculum)
## 熱分支菌屬 (Thermocladium)
## 熱變形菌屬 (Thermoproteus)
## 火山鬃菌屬 (Vulcanisaeta)

廣古菌門 (Euryarchaeota)

4.1 古丸菌綱 (Archaeoglobi)

古丸菌目 (Archaeoglobales)
#古丸菌科 (Archaeoglobaceae)
## 古丸菌屬 (Archaeoglobus)
## 鐵丸菌屬 (Ferroglobus)
## 地丸菌屬 (Geoglobus)

4.2 鹽桿菌綱 (Halobacteria)

鹽桿菌目 (Halobacteriales)
#鹽桿菌科 (Halobacteriaceae)
## 適鹽菌屬 (Haladaptatus)
## 鹽鹼球菌屬 (Halalkalicoccus)
## 鹽盒菌屬 (Haloarcula)
## 鹽桿菌屬 (Halobacterium)
## 鹽棒菌屬 (Halobaculum)
## 鹽二型菌屬 (Halobiforma)
## 鹽球菌屬 (Halococcus)
## 富鹽菌屬 (Haloferax)
## 鹽幾何菌屬 (Halogeometricum)
## 鹽微菌屬 (Halomicrobium)
## 鹽惰菌屬 (Halopiger)
## 鹽盤菌屬 (Haloplanus)
## 鹽方菌屬 (Haloquadratum)
## 鹽棍菌屬 (Halorhabdus)
## 鹽紅菌屬 (Halorubrum)
## 鹽簡菌屬 (Halosimplex)
## 鹽池棲菌屬 (Halostagnicola)
## 鹽陸生菌屬 (Haloterrigena)
## 鹽長命菌屬 (Halovivax)
## 鈉白菌屬 (Natrialba)
## 鈉線菌屬 (Natrinema)
## 鹽鹼桿菌屬 (Natronobacterium)
## 鹽鹼球菌屬 (Natronococcus)
## 鹽鹼湖菌屬 (Natronolimnobius)
## 鹽鹼單胞菌屬 (Natronomonas)
## 鹽鹼紅菌屬 (Natronorubrum)

4.3 甲烷桿菌綱 (Methanobacteria)

甲烷桿菌目 (Methanobacteriales)
#甲烷桿菌科 (Methanobacteriaceae)
## 甲烷桿菌屬 (Methanobacterium)
## 甲烷短桿菌屬 (Methanobrevibacter)
## 甲烷球形菌屬 (Methanosphaera)
## 甲烷熱桿菌屬 (Methanothermobacter)
#甲烷熱菌科 (Methanothermaceae)
## 甲烷熱菌屬 (Methanothermus)

4.4 甲烷球菌綱 (Methanococci)

甲烷球菌目 (Methanococcales)
#甲烷暖球菌科 (Methanocaldococcaceae)
## 甲烷暖球菌屬 (Methanocaldococcus)
## 甲烷炎菌屬 (Methanotorris)
#甲烷球菌科 (Methanococcaceae)
## 甲烷球菌屬 (Methanococcus)
## 甲烷熱球菌屬 (Methanothermococcus)

4.5 甲烷微菌綱 (Methanomicrobia)

甲烷微菌目 (Methanomicrobiales)
#甲烷粒菌科 (Methanocorpusculaceae)
## 甲烷粒菌屬 (Methanocorpusculum)
#甲烷微菌科 (Methanomicrobiaceae)
## 甲烷囊菌屬 (Methanoculleus)
## 甲烷泡菌屬 (Methanofollis)
## 產甲烷菌屬 (Methanogenium)
## 甲烷裂葉菌屬 (Methanolacinia)
## 甲烷微菌屬 (Methanomicrobium)
## 甲烷盤菌屬 (Methanoplanus)
#甲烷螺菌科 (Methanospirillaceae)
## 甲烷螺菌屬 (Methanospirillum)
#科未定
## 甲烷礫菌屬 (Methanocalculus)
## 甲烷繩菌屬 (Methanolinea)
甲烷八疊球菌目 (Methanosarcinales)
#甲烷鬃菌科 (Methanosaetaceae)
## 甲烷鬃菌屬 (Methanosaeta)
## 甲烷髮菌屬 (Methanothrix)
#甲烷八疊球菌科 (Methanosarcinaceae)
## 鹽甲烷球菌 (Halomethanococcus)
## 甲烷微球菌屬 (Methanimicrococcus)
## 甲烷類球菌屬 (Methanococcoides)
## 甲烷鹽菌屬 (Methanohalobium)
## 甲烷嗜鹽菌屬 (Methanohalophilus)
## 甲烷葉菌屬 (Methanolobus)
## 甲烷食甲基菌屬 (Methanomethylovorans)
## 甲烷鹹菌屬 (Methanosalsum)
## 甲烷八疊球菌屬 (Methanosarcina)
#甲熱球菌科 (Methermicoccaceae)
## 甲熱球菌屬 (Methermicoccus)

4.6 甲烷火菌綱 (Methanopyri)

甲烷火菌目 (Methanopyrales)
#甲烷火菌科 (Methanopyraceae)
## 甲烷火菌屬 (Methanopyrus)

4.7 熱球菌綱 (Thermococci)

熱球菌目 (Thermococcales)
#熱球菌科 (Thermococcaceae)
## 古老球菌屬 (Palaeococcus)
## 火球菌屬 (Pyrococcus)
## 熱球菌屬 (Thermococcus)

4.8 熱原體綱 (Thermoplasmata)

熱原體目 (Thermoplasmatales)
#鐵原體科 (Ferroplasmaceae)（注：正確形式應為 Ferroplasmataceae）
## 鐵原體屬 (Ferroplasma)
#嗜苦菌科 (Picrophilaceae)
## 嗜苦菌屬 (Picrophilus)
#熱原體科 (Thermoplasmataceae)
## 熱原體屬 (Thermoplasma)
#科未定
## 熱裸單胞菌屬 (Thermogymnomonas)