真菌分類系統

真菌分類系統是關於真菌的科學分類法。19 世紀至今，各學者對真菌的分類不盡相同，其中最常用的是安斯沃斯在 1971 年作出的分類系統。

貝西分類系統

1935 年，恩斯特・貝西出版了美國第一本真菌學教科書。1950 年，又出版了《真菌的形態和分類》一書，其中包含了他所創的 “三綱一類” 分類系統。

菌蟲 Mycetozoa
藻狀菌綱 Phycomyceteae
產子實體真菌類 Capormyceteae
子囊菌綱 Ascomyceteae
核菌 Pyrenomycetes
擔子菌綱 Basidomyceteae
冬孢亞綱 Teliosporae
異擔子亞綱 Heterobasidiae
層菌亞綱 Hymenomyceteae
腹菌亞綱 Gasteromyceteae
半知菌類 Imperfect Fungi
叢梗孢目 Moniliales
球殼孢目 Sphaeropsidales
黑盤孢目 Melanconiales

馬丁分類系統

喬治・威拉德・馬丁繼承了 “三綱一類” 的分類系統，並作了細化。

藻類 Algal group
菌類 Fungal group
集胞黏菌目 Acrasiales
網黏菌目 Labyrinthulales
根腫菌目 Plasmodiophorales
黏菌門 Myxomycetes
真菌門 Eumycetes
藻狀菌綱 Phycomycetes
毛菌亞綱 Trichomycetes
卵菌亞綱 Oomycetes
接合菌亞綱 Zygomycetes
子囊菌綱 Ascomycetes
半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
真子囊菌亞綱 Euascomycetidae
擔子菌綱 Basidiomycetes
異擔子菌亞綱 Heterobasidiomycetes
同擔子菌亞綱 Homobasidiomycetes
半知菌類 Fungi Imperfecti

亞歷克索普洛斯分類系統

亞歷克索普洛斯對之前混亂的分類單元名稱進行了規範。其 1952 年的分類系統沿襲了 “三綱一類” 的分類系統。而 1962 年的分類系統開始放棄 “三剛一類” 的分類系統，將藻狀菌綱分為 6 綱。

3.1 亞歷克索普洛斯 1952 年分類系統

黏菌門 Myxomycophyta
黏菌綱 Myxomyceteae
根腫菌綱 Plasmodiophoreae
集胞黏菌綱 Acrasieae
真菌門 Eumycophyta
藻狀菌綱 Phycomycetes
單鞭毛菌組 Uniflagellatae
雙鞭毛菌組 Biflagellatae
無鞭毛菌組 Aplanatae
子囊菌綱 Ascomycetes
原子囊菌亞綱 Protoascomycetes
真子囊菌亞綱 Euascomycetes
不整子囊菌組 Plectoascomycetes
果子囊菌組 Pyenomycetes
盤子囊菌組 Disomycetes
擔子菌綱 Basidiomycetes
半擔子菌亞綱 Hemibasidiomycetes
無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetes
半知菌類 Deuteromycetes

3.2 亞歷克索普洛斯 1962 年分類系統

真菌門 Mycota
黏菌亞門 Myxomycotina
黏菌綱 Myxomycetes
真菌亞門 Eumycotina
根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
壺菌綱 Chytridiomycetes
絲壺菌綱 Hyphochytriomycetes
卵菌綱 Oomycetes
接合菌綱 Zygomycetes
毛菌綱 Trichomycetes
子囊菌綱 Ascomycetes
* 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
* 真子囊菌亞綱 Euascomycetidae
 不整子囊菌 Plectomycetes
 核菌 Pyrenomycetes
 盤菌 Discomycetes
 蟲囊菌 Laboulbeniomycetes
* 腔囊菌亞綱 Loculoascomycetidae
擔子菌綱 Basidiomycetes
異擔子菌亞綱 Heterobasidiomycetidae
同擔子菌亞綱 Homobasidiomycetidae
 層菌 Hymenomycetes
 腹菌 Gasteromycetes
* 半知菌綱 Deuteromycetes

3.3 亞歷克索普洛斯 1979 年分類系統

真菌界 Myceteae
裸菌門 Gymnomycota
集胞裸菌亞門 Acrasiogymnomycotina
* 集胞菌綱 Acrasiomycets
原質體裸菌亞門 Plasmodiogymnomycotina
* 原柄菌綱 Protosteliomycetes
* 黏菌綱 Myxomycetes
鞭毛菌門 Mastigomycota
單鞭毛菌亞門 Haplomastigomycotina
* 壺菌綱 Chytridiomycetes
* 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
* 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
雙鞭毛菌亞門 Diplomastigomycotina
* 卵菌綱 Oomycetes
無鞭毛菌門 Amastigomycota
接合菌亞門 Zygomycotina
* 接合菌綱 Zygomycetes
* 毛菌綱 Trichomycetes
子囊菌亞門 Ascomycotina
* 子囊菌綱 Ascomycetes
 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
 不整子囊菌亞綱 Plectomycetidae
 層囊菌亞綱 Hemenoascomycetidae
* 核菌 Pyrenomycetes
* 盤菌 Discomycetes
 蟲囊菌亞綱 Laboulbeniomycetidae
 腔囊菌亞綱 Loculoascomycetidae
擔子菌亞門 Basidiomycotina
* 擔子菌綱 Basidiomycetes
 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetidae
* 層擔子菌 Hemenomycetes
* 腹菌 Gasteromycetes
 有隔擔子菌亞綱 Phragmobasidiomycetidae
 冬孢菌亞綱 Teliomycetidae
半知菌亞門 Deuteromycotina
* 半知菌形式綱 Deuteromycetes
 芽孢亞綱 Blastomycetidae
 絲孢亞綱 Hyphomycetidae
 腔孢亞綱 Coelomycetidae

安斯沃斯分類系統

安斯沃斯分類系統採用了五界系統學說，在 20 世紀七八十年代廣泛使用。安斯沃斯分類系統與亞歷克索普洛斯分類系統較相似，其區別在於建立了 3 個新亞門，鞭毛菌亞門、接合菌亞門和半知菌亞門，並將子囊菌分為 6 個綱，半知菌亞門設 3 個綱。

真菌界 Fungi
黏菌門 Myxomycota
集胞黏菌綱 Acrasiomycetes
黏菌綱 Myxomycetes
水生黏菌綱 Hydromyxomycetes
根腫菌綱 Plasmodiophoromyecetes
真菌門 Eumycota
鞭毛菌亞門 Mastigomycotina
* 壺菌綱 Chytridiomycetes
* 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
* 卵菌綱 Oomycetes
接合菌亞門 Zygomycotina
* 接合菌綱 Zygomycetes
* 毛菌綱 Trichomycetes
子囊菌亞門 Ascomycotina
* 半子囊菌綱 Hemiascomycetes
* 不整子囊菌綱 Plectomycetes
* 核菌綱 Pyrenomycetes
* 盤菌綱 Discomycetes
* 蟲囊菌綱 Laboulbeniomycetes
* 腔囊菌綱 Loculoascomycetes
擔子菌亞門 Basidiomycotina
* 冬孢菌綱 Teliomycetes
* 層菌綱 Hymenomycetes
 隔擔子菌亞綱 Phragmobasidiomycetidae
 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetidae
* 腹菌綱 Gasteromycetes
半知菌亞門 Deuteromycotina
* 芽孢綱 Blastomycetes
* 絲孢綱 Hyphomycetes
* 腔孢綱 Coelomycetes

卡弗利爾 - 史密斯分類系統

卡弗利爾 - 史密斯分類系統是最早體現出真菌是多界演化的分類系統之一。其將半知菌歸入到其有性階段的分類單元中。

原生動物界 Protozoa
菌蟲 Mycetozoa
藻界 Chromista
具長短鞭毛門 Heterokonta
真菌界 Fungi
古真菌門 Archemycota
壺菌綱 Chytridiomycetes
毛菌綱 Trichomycetes
接合菌綱 Zygomycetes
子囊菌門 Ascomycota
擔子菌門 Basidiomycota

巴爾分類系統

唐納德・J・S・巴爾1992 年提出了巴爾分類系統。

原生動物界 Protozoa
黏菌門 Myxomycota
根腫菌門 Plasmodiophoromycota
藻界 Chromista
具長短鞭毛門 Heterokonta
假菌亞門 Pseudomycotina
* 卵菌綱 Oomycetes
* 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
網黏菌亞門 Labyrinthitina
* 網黏菌綱 Labyrinthiomycetes
真菌界 Fungi
壺菌門 Chytridiomycota
接合菌門 Zygomycota
子囊菌門 Ascomycota
擔子菌門 Basidiomycota

《真菌詞典》第 9 版分類系統

2001 年出版的《真菌詞典》第 9 版分類系統，根據 rDNA 測序等技術對第 8 版分類系統進行了修訂。將子囊菌門分成 6 個綱，55 個目，291 個科；擔子菌門原有的 32 個目合併為 16 個目；擔子菌類酵母菌劃分到 3 個不同類群中。

原生動物界 Protozoa
黏菌門 Myxomycota
網柱黏菌綱 Dictyosteliomycetes
黏菌綱 Myxomycetes
原柱黏菌綱 Protosteliomycetes
根腫菌門 Plasmodiophoromycota
根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
藻界 Chromista
絲壺菌門 Hyphochytriomycota
絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
網黏菌門 Labyrinthumycota
網黏菌綱 Labyrinthumycetes
卵菌門 Oomycota
卵菌綱 Oomycetes
真菌界 Fungi
壺菌門 Chytridiomycota
壺菌綱 Chytridiomycetes
尾體菌綱 Rumpomycetes
接合菌門 Zygomycota
接合菌綱 Zygomycetes
毛菌綱 Trichomycetes
子囊菌門 Ascomycota
子囊菌綱 Ascomycetes
新床菌綱 Neolectomycetes
肺炎菌綱 Pneumocyctidomycetes
酵母菌綱 Saccharomycetes
裂殖酵母菌綱 Schizosaccharomycetes
外囊菌綱 Taphrinomycetes
擔子菌門 Basidiomycota
擔子菌綱 Basidiomycetes
鏽菌綱 Urediniomycetes
黑粉菌綱 Ustilaginomycetes

《真菌詞典》第 10 版分類系統

2008 年出版的《真菌詞典》第 10 版分類系統，對第 9 版的分類系統做了很大的調整，收錄了 2001 年～2008 年之間的研究成果。該版將真菌界劃分 7 個門，底下分 36 綱、140 目、560 科、8283 屬、97861 種：

真菌界 Fungi
壺菌門 Chytridiomycota
尾體菌綱 Rumpomycetes
壺菌綱 Chytridiomycetes
單毛壺菌綱 Monoblepharidomycetes（新）
芽枝黴門 Blastocladiomycota（新）
芽枝黴綱 Blastocladiomycetes（新）
新美鞭菌門 Neocallimastigomycota（新）
新美鞭菌綱 Neocallimastigomycetes（新）
球囊菌門 Glomeromycota（新）
球囊菌綱 Glomeromycetes（新）
接合菌門 Zygomycota
毛菌綱 Trichomycetes
接合菌綱 Zygomycetes
地位未定 Incertae sedis（亞界）
* 蟲黴菌亞門 Entomophthoromycotina
* 梳黴亞門 Kickxellomycotina
* 毛黴菌亞門 Mucoromycotina
* 捕蟲黴菌亞門 Zoopagomycotina
子囊菌門 Ascomycota
子囊菌綱 Ascomycetes
盤菌亞門 Pezizomycotina（= 子囊菌亞門 Ascomycotina）
* 星裂菌綱 Arthoniomycetes（新）
* 座囊菌綱 Dothideomycetes（新）
* 散囊菌綱 Eurotiomycetes（新）
* 蟲囊菌綱 Laboulbeniomycetes（新）
* 茶漬菌綱 Lecanoromycetes（新）
* 錘舌菌綱 Leotiomycetes（新）
* 異極菌綱 Lichinomycetes（新）
* 圓盤菌綱 Orbiliomycetes（新）
* 盤菌綱 Pezizomycetes（新）
* 糞殼菌綱 Sordariomycetes（新）
酵母菌亞門 Saccharomycotina
* 酵母菌綱 Saccharomycetes
外囊菌亞門 Taphrinomycotina
* 新床菌綱 Neolectomycetes（又譯無絲盤菌綱）
* 肺炎菌綱 Pneumocystidomycetes
* 裂殖酵母菌綱 Schizosaccharomycetes
* 外囊菌綱 Taphrinomycetes
擔子菌門 Basidiomycota
擔子菌綱 Basidiomycetes
鏽菌綱 Urediniomycetes
傘菌亞門 Agaricomycotina
* 傘菌綱 Agaricomycetes（新）
* 花耳綱 Dacrymycetes（新）
* 銀耳綱 Tremellomycetes（新）
柄鏽菌亞門 Pucciniomycotina
* 傘型束梗孢菌綱 Agaricostilbomycetes（新）
* 小紡錘菌綱 Atractiellomycetes（新）
* Classiculomycetes Classiculomycetes（新）
* 隱菌寄生菌綱 Cryptomycocolacomyctes（新）
* 囊擔子菌綱 Cystobasidiomycetes（新）
* 小葡萄菌綱 Microbotryomycetes（新）
* 混合菌綱 Mixiomycetes（新）
* 柄鏽菌綱 Pucciniomycetes（新）
黑粉菌亞門 Ustilaginomycotina（新）
* 黑粉菌綱 Ustilaginomycetes
地位未定 Incertae sedis（亞門）
* 節擔菌綱 Wallemiomycetes（新）

後來加入的新分類

真菌界 Fungi
子囊菌門 Ascomycota
盤菌亞門 Pezizomycotina（= 子囊菌亞門 Ascomycotina）
* 地舌菌綱 Geoglossomycetes（參自地舌菌科 Geoglossaceae，譯名待查）
黑粉菌亞門 Ustilaginomycotina
* 根腫黑粉菌綱 Entorrhizomycetes
* 外擔子菌綱 Exobasidiomycetes