細菌分類表

本表以原核生物標準命名列表（LPSN）的分類為基礎（當前版本 2024 年 1 月 13 日），此分類代表原核生物分類的權威雜誌的分類系統，同時參考美國國家生物技術資訊中心分類（NCBI Taxonomy）。但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版以及中國典型培養物保藏中心（CCTCC），拉丁文意譯參考 原核生物名稱 (英文) 網站。翻譯問題歡迎在原文中新增或者在討論頁中提出。一些分類單元已經更名，但是中文名稱卻沒有更新，本表將沿用其舊名稱直至有新名稱釋出。

本表僅列至科級。

遙遠桿狀菌門（Abditibacteriota）

1.1 遙遠桿狀菌綱（Abditibacteriia）

遙遠桿狀菌目（Abditibacteriales）
#遙遠桿狀菌科（Abditibacteriaceae）

酸桿菌門（Acidobacteriota）

2.1 出芽小鏈菌綱（Blastocatellia）

出芽小鏈菌目（Blastocatellales）
#沙質土微菌科（Arenimicrobiaceae）
#出芽小鏈菌科（Blastocatellaceae）
#棲火山單胞菌科（Pyrinomonadaceae）
目未定
#科未定

2.2 全噬菌綱（Holophagae）

石鱉桿菌目（Acanthopleuribacterales）
# 石鱉桿菌科（Acanthopleuribacteraceae）
全噬菌目（Holophagales）
# 全噬菌科（Holophagaceae）
嗜熱香腸狀菌目（Thermotomaculales）
# 嗜熱香腸狀菌科（Thermotomaculaceae）
目未定
# 科未定

2.3 酸桿菌綱（Terriglobia）

蘚桿菌目（Bryobacterales）
#蘚桿菌科（Bryobacteraceae）
酸桿菌目（Terriglobales）
#酸桿菌科（Acidobacteriaceae）
#科未定

2.4 嗜熱厭氧桿狀菌綱（Thermoanaerobaculia）

嗜熱厭氧桿狀菌目（Thermoanaerobaculales）
# 嗜熱厭氧桿狀菌科（Thermoanaerobaculaceae）
目未定

2.5 嗜鄰聚桿菌綱（Vicinamibacteria）

嗜鄰聚桿菌目（Vicinamibacterales）
#嗜鄰聚桿菌科（Vicinamibacteraceae）

放線菌門（Actinobacteria）

3.1 酸微菌綱（Acidimicrobiia）

酸微菌目（Acidimicrobiales）
#酸微菌科（Acidimicrobiaceae）
#東大應微所菌科（Iamiaceae）
#螢光桿菌科（Ilumatobacteraceae）
目未定

3.2 放線菌綱（Actinomycetes）（高 G+C 革蘭氏陽性菌）

熱酸菌目（Acidothermales）
#熱酸菌科（Acidothermaceae）
放線菌目（Actinomycetales）
#放線菌科（Actinomycetaceae）
#科未定
雙歧桿菌目（Bifidobacteriales）
#雙歧桿菌科（Bifidobacteriaceae）
細鏈孢菌目（Catenulisporales）
#叢生放線菌科（Actinospicaceae）
#細鏈孢菌科（Catenulisporaceae）
隱孢囊菌目（Cryptosporangiales）
#隱孢囊菌科（Cryptosporangiaceae）
弗蘭克氏菌目（Frankiales）
#弗蘭克氏菌科（Frankiaceae）
#Vallicoccaceae
地嗜皮菌目（Geodermatophilales）
#天然洞穴球菌科（Antricoccaceae）
#地嗜皮菌科（Geodermatophilaceae）
糖黴菌目（Glycomycetales）
#糖黴菌科（Glycomycetaceae）
居麻瘋樹菌目（Jatrophihabitantales）
#居麻瘋樹菌科（Jatrophihabitantaceae）
姜氏菌目（Jiangellales）
#姜氏菌科（Jiangellaceae）
動孢菌目（Kineosporiales）
#動孢菌科（Kineosporiaceae）
北里孢菌目（Kitasatosporales）
#鏈黴菌科（Streptomycetaceae）
微球菌目（Micrococcales）
#獲山氏菌科（Beutenbergiaceae）
#博戈裡亞湖菌科（Bogoriellaceae）
#短桿菌科（Brevibacteriaceae）
#纖維單胞菌科（Cellulomonadaceae）
#去甲基醌菌科（Demequinaceae）
#皮桿菌科（Dermabacteraceae）
#皮生球菌科（Dermacoccaceae）
#嗜皮菌科（Dermatophilaceae）
#間孢囊菌科（Intrasporangiaceae）
#瓊斯氏菌科（Jonesiaceae）
#皮球菌科（Kytococcaceae）
#微桿菌科（Microbacteriaceae）
#微球菌科（Micrococcaceae）
#鳥氨酸微菌科（Ornithinimicrobiaceae）
#原小單孢菌科（Promicromonosporaceae）
#稀有桿菌科（Rarobacteraceae）
#阮氏菌科（Ruaniaceae）
#科未定
小單孢菌目（Micromonosporales）
#小單孢菌科（Micromonosporaceae）
運動桿菌目（Motilibacterales）
#運動桿菌科（Motilibacteraceae）
分枝桿菌目（Mycobacteriales）
#棒狀桿菌科（Corynebacteriaceae）
#迪茨氏菌科（Dietziaceae）
#戈登氏菌科（Gordoniaceae）
#保羅勞森菌科（Lawsonellaceae）
#分枝桿菌科（Mycobacteriaceae）
#諾卡氏菌科（Nocardiaceae）
#慢反應脂肪酸菌科（Segniliparaceae）
#冢村氏菌科（Tsukamurellaceae）
中村氏菌目（Nakamurellales）
#中村氏菌科（Nakamurellaceae）
丙酸桿菌目（Propionibacteriales）
#放線多形菌科（Actinopolymorphaceae）
#克里布所菌科（Kribbellaceae）
#類諾卡氏菌科（Nocardioidaceae）
#丙酸桿菌科（Propionibacteriaceae）
偽諾卡氏菌目（Pseudonocardiales）
#偽諾卡氏菌科（Pseudonocardiaceae）
孢魚菌目（Sporichthyales）
#孢魚菌科（Sporichthyaceae）
孢囊菌目（Streptosporangiales）
#擬諾卡氏菌科（Nocardiopsidaceae）
#孢囊菌科（Streptosporangiaceae）
#高溫單孢菌科（Thermomonosporaceae）
#特熱邦菌科（Treboniaceae）
#科未定

3.3 紅蝽菌綱（Coriobacteriia）

Anaerosomatales
#Anaerosomataceae
紅蝽菌目（Coriobacteriales）
#奇異菌科（Atopobiaceae）
#紅蝽菌科（Coriobacteriaceae）
#科未定
伊格爾茲氏菌目（Eggerthellales）
#伊格爾茲氏菌科（Eggerthellaceae）

3.4 腈基降解菌綱（Nitriliruptoria）

生地所桿菌目（Egibacterales）
#生地所桿菌科（Egibacteraceae）
生地所球菌目（Egicoccales）
#生地所球菌科（Egicoccaceae）
尤澤比氏菌目（Euzebyales）
#尤澤比氏菌科（Euzebyaceae）
腈基降解菌目（Nitriliruptorales）
#腈基降解菌科（Nitriliruptoraceae）
Salsipaludibacterales
#Salsipaludibacteraceae

3.5 紅色桿菌綱（Rubrobacteria）

紅色桿菌目（Rubrobacterales）
#紅色桿菌科（Rubrobacteraceae）

3.6 嗜熱油菌綱（Thermoleophilia）

蓋亞女神菌目（Gaiellales）
#蓋亞女神菌科（Gaiellaceae）
Miltoncostaeales
#Miltoncostaeaceae
土壤紅桿菌目（Solirubrobacterales）
#長白山菌科（Baekduiaceae）
#Capillimicrobiaceae
#束縛菌科（Conexibacteraceae）
#副束縛菌科（Paraconexibacteraceae）
#小土壤桿菌科（Parviterribacteraceae）
#擴充套件桿菌科（Patulibacteraceae）
#土壤紅桿菌科（Solirubrobacteraceae）
嗜熱油菌目（Thermoleophilales）
#嗜熱油菌科（Thermoleophilaceae）

3.7 綱未定

目未定
# 科未定

產水菌門（Aquificota）

4.1 產水菌綱（Aquificia）

產水菌目（Aquificales）
#產水菌科（Aquificaceae）
#熱產水菌科（Hydrogenothermaceae）
硫還原小桿菌目（Desulfurobacteriales）
#硫還原小桿菌科（Desulfurobacteriaceae）

裝甲菌門（Armatimonadota）

5.1 裝甲菌綱（Armatimonadia）

裝甲菌目（Armatimonadales）
#裝甲菌科（Armatimonadaceae）
莢膜單胞菌目（Capsulimonadales）
#莢膜單胞菌科（Capsulimonadaceae）

5.2 土地單胞菌綱（Chthonomonadia）

土地單胞菌目（Chthonomonadales）
#土地單胞菌科（Chthonomonadaceae）

5.3 傘單胞菌綱（Fimbriimonadia）

傘單胞菌目（Fimbriimonadales）
#傘單胞菌科（Fimbriimonadaceae）

5.4 綱未定

目未定
# 科未定

暗黑菌門（Atribacterota）

6.1 暗黑菌綱（Atribacteria）

暗黑菌目（Atribacterales）
#暗黑菌科（Atribacteraceae）

芽孢桿菌門（Bacillota）

7.1 芽孢桿菌綱（Bacilli）

核衣細菌目（Caryophanales）
#脂環酸芽孢桿菌科（Alicyclobacillaceae）
#芽孢桿菌科（Bacillaceae）
#核衣細菌科（Caryophanaceae）
#脫硫芽胞桿菌科（Desulfuribacillaceae）
#李斯特菌科（Listeriaceae）
#類芽孢桿菌科（Paenibacillaceae）
#巴斯德氏菌科（Pasteuriaceae）
#芽孢乳桿菌科（Sporolactobacillaceae）
#葡萄球菌科（Staphylococcaceae）
#熱放線菌科（Thermoactinomycetaceae）
#科未定
乳桿菌目（Lactobacillales）
#氣球菌科（Aerococcaceae）
#肉桿菌科（Carnobacteriaceae）
#腸球菌科（Enterococcaceae）
#乳桿菌科（Lactobacillaceae）
#鏈球菌科（Streptococcaceae）
目未定
#科未定

7.2 梭菌綱（Clostridia）

真細菌目（Eubacteriales）
#Aristaeellaceae
#熱糞桿菌科（Caldicoprobacteraceae）
#克里斯滕森氏菌科（Christensenellaceae）
#梭菌科（Clostridiaceae）
#廢水桿菌科（Defluviitaleaceae）
#脫亞硫酸菌科（Desulfitobacteriaceae）
#真細菌科（Eubacteriaceae）
#纖細桿菌科（Gracilibacteraceae）
#太陽桿菌科（Heliobacteriaceae）
#毛螺菌科（Lachnospiraceae）
#顫螺菌科（Oscillospiraceae）
#消化球菌科（Peptococcaceae）
#嗜腖菌科（Peptoniphilaceae）
#消化鏈球菌科（Peptostreptococcaceae）
#噬蛋白質菌科（Proteinivoracaceae）
#共生小桿菌科（Symbiobacteriaceae）
#互營單胞菌科（Syntrophomonadaceae）
#溪谷桿菌科（Vallitaleaceae）
#解木聚糖桿狀菌科（Xylanivirgaceae）
#科未定
鹽厭氧菌目（Halanaerobiales）
#鹽厭氧菌科（Halanaerobiaceae）
#鹽擬桿菌科（Halobacteroidaceae）
#科未定
Koleobacterales
#Koleobacteraceae
鹽鹼厭氧菌目（Natranaerobiales）
#鹽鹼厭氧菌科（Natranaerobiaceae）
#Natranaerofabaceae
熱厭氧菌目（Thermoanaerobacterales）
#熱厭氧菌科（Thermoanaerobacteraceae）
#熱脫硫菌科（Thermodesulfobiaceae）
#趙一章菌科（Zhaonellaceae）
#科未定
熱沉積物菌目（Thermosediminibacterales）
#溫暖厭氧桿菌科（Tepidanaerobacteraceae）
#熱沉積物菌科（Thermosediminibacteraceae）
蒂西耶氏菌目（Tissierellales）
#Acidilutibacteraceae
#戈特沙爾克氏菌科（Gottschalkiaceae）
#蒂西耶氏菌科（Tissierellaceae）
目未定
#科未定

7.3 吸血蠓桿菌綱（Culicoidibacteria）

吸血蠓桿菌目（Culicoidibacterales）
#吸血蠓桿菌科（Culicoidibacteraceae）

7.4 丹毒絲菌綱（Erysipelotrichia）

丹毒絲菌目（Erysipelotrichales）
#糞桿菌科（Coprobacillaceae）
#丹毒絲菌科（Erysipelotrichaceae）
#蘇黎世桿菌科（Turicibacteraceae）

7.5 湖線菌綱（Limnochordia）

湖線菌目（Limnochordales）
#湖線菌科（Limnochordaceae）

7.6 厚壁菌綱（Negativicutes）

氨基酸球菌目（Acidaminococcales）
#氨基酸球菌科（Acidaminococcaceae）
月形單孢菌目（Selenomonadales）
#月形單孢菌科（Selenomonadaceae）
#香蕉孢菌科（Sporomusaceae）
韋榮氏菌目（Veillonellales）
#韋榮氏菌科（Veillonellaceae）

7.7 熱石桿菌綱（Thermolithobacteria）

熱石桿菌目（Thermolithobacterales）
#熱石桿菌科（Thermolithobacteraceae）

7.8 綱未定

目未定
# 科未定

擬桿菌門（Bacteroidota）

8.1 擬桿菌綱（Bacteroidia）

擬桿菌目（Bacteroidales）
#擬桿菌科（Bacteroidaceae）
#浴室胞菌科（Balneicellaceae）
#巴恩斯氏菌科（Barnesiellaceae）
#營發酵單胞菌科（Dysgonomonadaceae）
#慢生微菌科（Lentimicrobiaceae）
#海絲菌科（Marinifilaceae）
#海滑菌科（Marinilabiliaceae）
#鼠桿狀菌科（Muribaculaceae）
#臭氣桿菌科（Odoribacteraceae）
#棲泥沼桿菌科（Paludibacteraceae）
#紫單胞菌科（Porphyromonadaceae）
#普雷沃氏菌科（Prevotellaceae）
#伸長桿菌科（Prolixibacteraceae）
#理研菌科（Rikenellaceae）
#鹽分枝菌科（Salinivirgaceae）
#坦納氏菌科（Tannerellaceae）
#Tenuifilaceae
#威廉惠特曼菌科（Williamwhitmaniaceae）
#科未定

8.2 噬幾丁質菌綱（Chitinophagia）

噬幾丁質菌目（Chitinophagales）
#噬幾丁質菌科（Chitinophagaceae）

8.3 噬纖維菌綱（Cytophagia）

噬纖維菌目（Cytophagales）
#貝爾納代氏菌科（Bernardetiaceae）
#卡特琳娜島單胞菌科（Catalinimonadaceae）
#印科工桿菌科（Cesiribacteraceae）
#圓桿菌科（Cyclobacteriaceae）
#噬纖維菌科（Cytophagaceae）
#火色桿菌科（Flammeovirgaceae）
#屈撓桿菌科（Flexibacteraceae）
#黃褐桿菌科（Fulvivirgaceae）
#薄層桿菌科（Hymenobacteraceae）
#Mangrovivirgaceae
#居海桿狀菌科（Marivirgaceae）
#微顫菌科（Microscillaceae）
#戈登摩爾基金菌科（Mooreiaceae）
#桃色桿菌科（Persicobacteraceae）
#雷尼氏菌科（Raineyaceae）
#賴興巴赫氏菌科（Reichenbachiellaceae）
#粉紅桿狀菌科（Roseivirgaceae）
#Shiellaceae
#螺狀菌科（Spirosomataceae）
#熱屈撓桿菌科（Thermoflexibacteraceae）
#棲熱線菌（Thermonemataceae）
#科未定

8.4 黃桿菌綱（Flavobacteriia）

黃桿菌目（Flavobacteriales）
#蟑螂桿狀體科（Blattabacteriaceae）
#藏紅花黃色線菌科（Crocinitomicaceae）
#冷形菌科（Cryomorphaceae）
#黃桿菌科（Flavobacteriaceae）
#魚桿菌科（Ichthyobacteriaceae）
#Parvicellaceae
#施萊費爾氏菌科（Schleiferiaceae）
#威克斯氏菌科（Weeksellaceae）
#科未定
目未定
#科未定

8.5 腐敗螺旋菌綱（Saprospiria）

腐敗螺旋菌目（Saprospirales）
#賴文氏菌科（Lewinellaceae）
#腐敗螺旋菌科（Saprospiraceae）

8.6 鞘氨醇桿菌綱（Sphingobacteriia）

鞘氨醇桿菌目（Sphingobacteriales）
#Aurantibacillaceae
#線桿狀菌科（Filobacteriaceae）
#鞘氨醇桿菌科（Sphingobacteriaceae）
#科未定

8.7 綱未定

目未定
# 科未定

巴紐爾斯菌門（Balneolota）

9.1 巴紐爾斯菌綱（Balneolia）

巴紐爾斯菌目（Balneolales）
#巴紐爾斯菌科（Balneolaceae）
#Cyclonatronaceae
#蘇爾特菌科（Soortiaceae）

暖絲菌門（Caldisericota）

10.1 暖絲菌綱（Caldisericia）

暖絲菌目（Caldisericales）
#暖絲菌科（Caldisericaceae）

暖發菌門（Calditrichota）

11.1 暖發菌綱（Calditrichia）

暖發菌目（Calditrichales）
#暖發菌科（Calditrichaceae）

11.2 綱未定

目未定
# 科未定

衣原體門（Chlamydiota）

12.1 衣原體綱（Chlamydiia）

衣原體目（Chlamydiales）
#衣原體目（Chlamydiaceae）
#副衣原體科（Parachlamydiaceae）
#芯卡體科（Simkaniaceae）
#華診體科（Waddliaceae）
#科未定

綠菌門（Chlorobiota）

13.1 綠菌綱（Chlorobiia）

綠菌目（Chlorobiales）
#綠菌科（Chlorobiaceae）

13.2 懶桿菌綱（Ignavibacteria）

懶桿菌目（Ignavibacteriales）
#懶桿菌科（Ignavibacteriaceae）
#超桿菌科（Melioribacteraceae）

綠彎菌門（Chloroflexota）

14.1 厭氧繩菌綱（Anaerolineae）

聚集線菌目（Aggregatilineales）
#聚集線菌科（Aggregatilineaceae）
厭氧繩菌目（Anaerolineales）
#厭氧繩菌科（Anaerolineaceae）
#科未定
目未定
#科未定

14.2 熱鏈菌綱（Ardenticatenia）

熱鏈菌目（Ardenticatenales）
#熱鏈菌科（Ardenticatenaceae）

14.3 暖繩菌綱（Caldilineae）

暖繩菌目（Caldilineales）
#暖繩菌科（Caldilineaceae）

14.4 綠彎菌綱（Chloroflexia）

綠彎菌目（Chloroflexales）
#綠彎菌科（Chloroflexaceae）
#顫綠菌科（Oscillochloridaceae）
#紅彎曲菌科（Roseiflexaceae）
#科未定
爬管菌目（Herpetosiphonales）
#爬管菌科（Herpetosiphonaceae）
細美菌目（Kallotenuales）
#細美菌科（Kallotenuaceae）

14.5 脫滷球菌綱（Dehalococcoidia）

脫滷球菌目（Dehalococcoidales）
#脫滷球菌科（Dehalococcoidaceae）
#科未定

14.6 纖線桿菌綱（Ktedonobacteria）

纖線桿菌目（Ktedonobacterales）
#網狀桿菌科（Dictyobacteraceae）
#纖線桿菌科（Ktedonobacteraceae）
#細枝產孢菌科（Ktedonosporobacteraceae）
#Reticulibacteraceae
#熱孢絲菌科（Thermosporotrichaceae）
嗜熱芽殖孢菌目（Thermogemmatisporales）
#嗜熱芽殖孢菌科（Thermogemmatisporaceae）

14.7 溫美人菌綱（Tepidiformia）

溫美人菌目（Tepidiformales）
#溫美人菌科（Tepidiformaceae）

14.8 熱彎菌綱（Thermoflexia）

熱彎菌目（Thermoflexales）
#熱彎菌科（Thermoflexaceae）

14.9 綱未定

目未定
# 科未定

產金菌門（Chrysiogenota）

15.1 產金菌綱（Chrysiogenia）

產金菌目（Chrysiogenales）
#產金菌科（Chrysiogenaceae）

棲熱糞桿菌門（Coprothermobacterota）

16.1 棲熱糞桿菌綱（Coprothermobacteria）

棲熱糞桿菌目（Coprothermobacterales）
#棲熱糞桿菌科（Coprothermobacteraceae）

藍菌門（Cyanobacteriota）

漢語 “藻” 字可指多種水生光合產氧生物，包括多枝互不相關的原生生物甚至高等水生植物。但此處仍按照 “藻” 翻譯此門的細菌，也可依據個人理念將名稱定為 “某菌” 或 “某藍菌”，但應注意避免與其餘細菌重名。

17.1 藍菌綱（Cyanophyceae）

Acaryochloridales
#Acaryochloridaceae
#嗜熱聚球藻菌科（Thermosynechococcaceae）
色球藻目（Chroococcales）
#隱杆藻科（Aphanothecaceae）
#色球藻科（Chroococcaceae）
#石囊藻科（Entophysalidaceae）
#雙囊藻科（Geminocystaceae）
#真囊球藻科（Gomphosphaeriaceae）
#微囊藻科（Microcystaceae）
#Skujapeltaceae
#科未定
擬色球藻目（Chroococcidiopsidales）
#擬色球藻科（Chroococcidiopsidaceae）
#科未定
束鞘藻目（Coleofasciculales）
#束鞘藻科（Coleofasciculaceae）
#威氏藻科（Wilmottiaceae）
沙絲藻目（Desertifilales）
#沙絲藻科（Desertifilaceae）
蓋絲藻目 Geitlerinematales
#蓋絲藻科 Geitlerinemataceae
Gloeomargaritales
#Gloeomargaritaceae
戈芒藻目（Gomontiellales）
#戈芒藻科（Gomontiellaceae）
#Konicacronemataceae
細鞘絲藻目（Leptolyngbyales）
#細鞘絲藻科（Leptolyngbyaceae）
#新聚球藻菌科（Neosynechococcaceae）
#Trichocoleaceae
節線藻目（Nodosilineales）
#Cymatolegaceae
#節線藻科（Nodosilineaceae）
念珠藻目（Nostocales）
#雙線藻科（Borzinemataceae）
#眉藻科（Calotrichaceae）
#蒴鏈藻科（Capsosiraceae）
#綠膠藍菌科（Chlorogloeopsidaceae）
#Dapisostemonaceae
#Godleyaceae
#軟管藻科（Hapalosiphonaceae）
#Heteroscytonemataceae
#節球藻科（Nodulariaceae）
#念珠藻科（Nostocaceae）
#Rhizonemataceae
#膠須藻科（Rivulariaceae）
#偽枝藻科（Scytonemataceae）
#真枝藻科（Stigonemataceae）
#單歧藻科（Tolypotrichaceae）
#科未定
Oculatellales
#Oculatellaceae
顫藻目（Oscillatoriales）
#氣絲藻科（Aerosakkonemataceae）
#博氏藻科（Borziaceae）
#藍藻科（Cyanothecaceae）
#葛萬藻科（Girvanellaceae）
#須藻科（Homoeotrichaceae）
#Laspinemataceae
#微鞘藻科（Microcoleaceae）
#顫藻科（Oscillatoriaceae）
#席藻科（Phormidiaceae）
#Sirenicapillariaceae
#Vermifilaceae
#科未定
泥線菌目（Pelonematales）
#泥線菌科（Pelonemataceae）
寬球藻目（Pleurocapsales）
#水球藻科（Hydrococcaceae）
#藍枝藻科（Hyellaceae）
#Leuconemataceae
#寬球藻科（Pleurocapsaceae）
#異球藻科（Xenococcaceae）
#科未定
螺旋藻目（Spirulinales）
#Lusitaniellaceae
#螺旋藻科（Spirulinaceae）
Thermostichales
#Thermostichaceae
目未定
#Alternantiaceae
#Camptotrichaceae
#附枝藻科（Epiphytaceae）
#科未定

脫鐵桿菌門（Deferribacterota）

18.1 脫鐵桿菌綱（Deferribacteres）

脫鐵桿菌目（Deferribacterales）
#脫鐵桿菌科（Deferribacteraceae）
#Deferrivibrionaceae
#地弧菌科（Geovibrionaceae）

異常球菌門（Deinococcota）

19.1 異常球菌綱（Deinococci）

異常球菌目（Deinococcales）
#異常球菌科（Deinococcaceae）
棲熱菌目（Thermales）
#棲熱菌科（Thermaceae）
特呂珀菌目（Trueperales）
#特呂珀菌科（Trueperaceae）
目未定
#科未定

網團菌門（Dictyoglomerota）

20.1 網團菌綱（Dictyoglomeria）

網團菌目（Dictyoglomerales）
#網球菌科（Dictyoglomeraceae）

迷蹤菌門（Elusimicrobiota）

21.1 迷蹤菌綱（Elusimicrobia）

迷蹤菌目（Elusimicrobiales）
#迷蹤菌科（Elusimicrobiaceae）
目未定
#科未定

21.2 內生微菌綱（Endomicrobiia）

內生微菌目（Endomicrobiales）
#內生微菌科（Endomicrobiaceae）
#科未定

纖維桿菌門（Fibrobacterota）

22.1 幾丁質螺菌綱（Chitinispirillia）

幾丁質螺菌目（Chitinispirillales）
#幾丁質螺菌科（Chitinispirillaceae）

22.2 幾丁質弧菌綱（Chitinivibrionia）

幾丁質弧菌目（Chitinivibrionales）
#幾丁質弧菌科（Chitinivibrionaceae）

22.3 纖維桿菌綱（Fibrobacteria）

纖維桿菌目（Fibrobacterales）
#纖維桿菌科（Fibrobacteraceae）

梭桿菌門（Fusobacteriota）

23.1 梭桿菌綱（Fusobacteriia）

梭桿菌目（Fusobacteriales）
#梭桿菌科（Fusobacteriaceae）
#Haliovirgaceae
#纖毛菌科（Leptotrichiaceae）

芽單胞菌門（Gemmatimonadota）

24.1 芽單胞菌綱（Gemmatimonadia）

芽單胞菌目（Gemmatimonadales）
#芽單胞菌科（Gemmatimonadaceae）

24.2 長微菌綱（Longimicrobiia）

長微菌目（Longimicrobiales）
#長微菌科（Longimicrobiaceae）

聖誕島鹽菌門（Kiritimatiellota）

25.1 聖誕島鹽菌（Kiritimatiellia）

聖誕島鹽菌（Kiritimatiellales）
#聖誕島鹽菌（Kiritimatiellaceae）
#黑海菌科（Pontiellaceae）
目未定
#科未定

25.2 童第周菌綱（Tichowtungiia）

童第周菌目（Tichowtungiales）
#童第周菌科（Tichowtungiaceae）

黏膠球形菌門（Lentisphaerota）

26.1 黏膠球形菌綱（Lentisphaeria）

黏膠球形菌目（Lentisphaerales）
#黏膠球形菌科（Lentisphaeraceae）
食物谷菌目（Victivallales）
#食物谷菌科（Victivallaceae）
目未定

26.2 寡球形菌綱（Oligosphaeria）

寡球形菌目（Oligosphaerales）
#寡球形菌科（Oligosphaeraceae）

支原體門（Mycoplasmatota）

27.1 柔膜菌綱（Mollicutes）

無膽甾原體目（Acholeplasmatales）
#無膽甾原體科（Acholeplasmataceae）
厭氧原體目（Anaeroplasmatales）
#厭氧原體科（Anaeroplasmataceae）
鹽漿體目（Haloplasmatales）
#鹽漿體科（Haloplasmataceae）
支原體目（Mycoplasmatales）
#支原體科（Mycoplasmataceae）
#螺原體科（Spiroplasmataceae）
擬支原體目（Mycoplasmoidales）
#類支原體科（Metamycoplasmataceae）
#擬支原體科（Mycoplasmoidaceae）
目未定
#科未定

硝化刺菌門（Nitrospinota）

28.1 硝化刺菌綱（Nitrospinia）

硝化刺菌目（Nitrospinales）
#硝化刺菌科（Nitrospinaceae）

28.2 綱未定

目未定
# 科未定

硝化螺旋菌門（Nitrospirota）

29.1 硝化螺旋菌綱 Nitrospiria

硝化螺旋菌目 Nitrospirales
#硝化螺旋菌科 Nitrospiraceae
#科未定

29.2 熱脫硫弧菌綱（Thermodesulfovibrionia）

熱脫硫弧菌目（Thermodesulfovibrionales）
#Dissulfurispiraceae
#熱脫硫弧菌科（Thermodesulfovibrionaceae）

29.3 綱未定

目未定
# 科未定

浮黴菌門（Planctomycetota）

30.1 海藻球形菌綱（Phycisphaerae）

海藻球形菌目（Phycisphaerales）
#海藻球形菌科（Phycisphaeraceae）
沉積物球形菌目（Sedimentisphaerales）
#厭氧嗜鹽球菌科（Anaerohalosphaeraceae）
#沉積物球形菌科（Sedimentisphaeraceae）
中高溫球形菌目（Tepidisphaerales）
#中高溫球形菌科（Tepidisphaeraceae）
#科未定

30.2 浮黴菌綱（Planctomycetia）

出芽菌目（Gemmatales）
#出芽菌科（Gemmataceae）
#科未定
等球菌目（Isosphaerales）
#等球菌科（Isosphaeraceae）
小梨形菌目（Pirellulales）
#棲湖小梨形菌科（Lacipirellulaceae）
#小梨形菌科（Pirellulaceae）
#嗜熱液口滴狀菌科（Thermoguttaceae）
浮黴菌目（Planctomycetales）
#浮黴菌科（Planctomycetaceae）
#科未定

30.3 綱未定

目未定
# 科未定

變形菌門（Pseudomonadota）

31.1 酸硫桿狀菌綱（Acidithiobacillia）

酸硫桿狀菌目（Acidithiobacillales）
#酸硫桿狀菌科（Acidithiobacillaceae）
#熱硫桿狀菌科（Thermithiobacillaceae）

31.2 α- 變形菌綱（Alphaproteobacteria）

柄桿菌目（Caulobacterales）
#柄桿菌科（Caulobacteraceae）
#生絲單胞菌科（Hyphomonadaceae）
#海莖狀菌科（Maricaulaceae）
#科未定
海洋菌保桿菌目（Emcibacterales）
#海洋菌保桿菌科（Emcibacteraceae）
全孢螺菌目（Holosporales）
#全孢螺菌科（Holosporaceae）
生絲微菌目（Hyphomicrobiales）
#河口短桿菌科（Aestuariivirgaceae）
#阿菲夫氏菌科（Afifellaceae）
#阿倫斯氏菌科（Ahrensiaceae）
#林桿菌科（Alsobacteraceae）
#無形桿菌科（Amorphaceae）
#臂微菌科（Ancalomicrobiaceae）
#橙單胞菌科（Aurantimonadaceae）
#巴通體科（Bartonellaceae）
#拜葉林克氏菌科（Beijerinckiaceae）
#芽生綠菌科（Blastochloridaceae）
#博斯氏菌科（Boseaceae）
#布羅漢菌科（Breoghaniaceae）
#布魯氏菌科（Brucellaceae）
#螯合球菌科（Chelatococcaceae）
#黏著桿菌科（Cohaesibacteraceae）
#德沃斯氏菌科（Devosiaceae）
#生絲微菌科（Hyphomicrobiaceae）
#凱斯特亞菌科（Kaistiaceae）
#地衣桿菌科（Lichenibacteriaceae）
#棲地衣菌科（Lichenihabitantaceae）
#甲基桿菌科（Methylobacteriaceae）
#甲基孢囊菌科（Methylocystaceae）
#硝化桿菌科（Nitrobacteraceae）
#背尖貝桿菌科（Notoacmeibacteraceae）
#細小棒菌科（Parvibaculaceae）
#水箱桿菌科（Phreatobacteraceae）
#葉桿菌科（Phyllobacteriaceae）
#多形單胞菌科（Pleomorphomonadaceae）
#假黃桿菌科（Pseudoxanthobacteraceae）
#好氣桿菌科（Rhabdaerophilaceae）
#根瘤菌科（Rhizobiaceae）
#紅菌科（Rhodobiaceae）
#粉色弓形菌科（Roseiarcaceae）
#鹽礦單胞科（Salinarimonadaceae）
#慢生蒼白桿菌科（Segnochrobactraceae）
#斯塔普氏菌科（Stappiaceae）
#溫暖無形桿菌科（Tepidamorphaceae）
#黃色桿菌科（Xanthobacteraceae）
#科未定
碘化物單胞菌目（Iodidimonadales）
#碘化物單胞菌科（Iodidimonadaceae）
柯迪單胞菌目（Kordiimonadales）
#柯迪單胞菌科（Temperatibacteraceae）
磁球菌目（Magnetococcales）
#磁球菌科（Magnetococcaceae）
深海彎曲桿菌目（Mariprofundales）
#深海彎曲桿菌科（Mariprofundaceae）
#科未定
微消化菌目（Micropepsales）
#微消化菌科（Micropepsaceae）
吳敏菌目（Minwuiales）
#吳敏菌科（Minwuiaceae）
紅細菌目（Rhodobacterales）
#新巨大線菌科（Neomegalonemataceae）
#副球菌科（Paracoccaceae）
#玫瑰桿菌科（Roseobacteraceae）
紅螺菌目（Rhodospirillales）
#醋桿菌科（Acetobacteraceae）
#固氮螺菌科（Azospirillaceae）
#雙生球菌科（Geminicoccaceae）
#基爾螺菌科（Kiloniellaceae）
#萊朗桿菌科（Reyranellaceae）
#紅螺菌科（Rhodospirillaceae）
#紅弧菌科（Rhodovibrionaceae）
#星狀菌科（Stellaceae）
#寺崎氏菌科（Terasakiellaceae）
#深海桿狀菌科（Thalassobaculaceae）
#海旋菌科（Thalassospiraceae）
#扎瓦爾津氏菌科（Zavarziniaceae）
#科未定
紅海菌目（Rhodothalassiales）
#紅海菌科（Rhodothalassiaceae）
立克次體目（Rickettsiales）
#埃裡希氏體科（Ehrlichiaceae）
#立克次體科（Rickettsiaceae）
#科未定
斯尼斯氏菌目（Sneathiellales）
#斯尼斯氏菌科（Sneathiellaceae）
鞘脂單胞菌目（Sphingomonadales）
#赤桿菌科（Erythrobacteraceae）
#鞘脂單胞菌科（Sphingomonadaceae）
#鞘氨醇胞菌科（Sphingosinicellaceae）
#發酵單胞菌科（Zymomonadaceae）
#科未定
目未定
#科未定

31.3 β- 變形菌綱（Betaproteobacteria）

伯克氏菌目（Burkholderiales）
#產鹼菌科（Alcaligenaceae）
#伯克氏菌科（Burkholderiaceae）
#叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）
#草酸桿菌科（Oxalobacteraceae）
#薩特氏菌科（Sutterellaceae）
#科未定
奈瑟菌目（Neisseriales）
#色桿菌科（Chromobacteriaceae）
#奈瑟菌科（Neisseriaceae）
亞硝化單胞菌目（Nitrosomonadales）
#嘉利翁氏菌科（Gallionellaceae）
#嗜甲基菌科（Methylophilaceae）
#亞硝化單胞菌科（Nitrosomonadaceae）
#螺菌科（Spirillaceae）
#甾醇桿菌科（Sterolibacteriaceae）
#硫胞菌科（Sulfuricellaceae）
#硫桿菌科（Thiobacillaceae）
#Usitatibacteraceae
紅環菌目（Rhodocyclales）
#固氮捲菌科（Azonexacea）
#河水桿菌科（Fluviibacteraceae）
#紅環菌科（Rhodocyclaceae）
#動膠菌科（Zoogloeaceae）
目未定
#中科院微菌科（Casimicrobiaceae）
#科未定

31.4 δ- 變形菌綱（Deltaproteobacteria）

慢生單胞菌目（Bradymonadales）
#慢生單胞菌科（Bradymonadaceae）
#Microvenatoraceae
鐵還原體目（Deferrisomatales）
#鐵還原體科（Deferrisomataceae）
脫硫盒菌目（Desulfarculales）
#脫硫盒菌科（Desulfarculaceae）
脫硫桿菌目（Desulfobacterales）
#脫硫桿菌科（Desulfobacteraceae）
#脫硫蔥狀菌科（Desulfobulbaceae）
#Desulfosudaceae
#Thiovibrionaceae
#科未定
脫硫弧菌目（Desulfovibrionales）
#脫硫鹽菌科（Desulfohalobiaceae）
#脫硫微菌科（Desulfomicrobiaceae）
#脫硫鹽鹼桿菌科（Desulfonatronaceae）
#脫硫弧菌科（Desulfovibrionaceae）
硫還原菌目（Desulfurellales）
#硫還原菌科（Desulfurellaceae）
除硫單胞菌目（Desulfuromonadales）
#除硫單胞菌科（Desulfuromonadaceae）
#地桿菌科（Geobacteraceae）
#Syntrophotaleaceae
硫歧化桿菌目（Dissulfuribacterales）
#硫歧化桿菌科（Dissulfuribacteraceae）
黏球菌目（Myxococcales）
#厭氧黏桿菌科（Anaeromyxobacteraceae）
#原囊黏菌科（Archangiaceae）
#剋夫勒氏菌科（Kofleriaceae）
#黏球菌科（Myxococcaceae）
#侏囊菌科（Nannocystaceae）
#多囊菌科（Polyangiaceae）
#橙色菌科（Sandaracinaceae）
#流行桿菌科（Vulgatibacteraceae）
#科未定
互營桿菌目（Syntrophobacterales）
#互營菌科（Syntrophaceae）
#互營桿菌科（Syntrophobacteraceae）
互養棍狀菌目（Syntrophorhabdales）
#互養棍狀菌科（Syntrophorhabdaceae）
目未定
#科未定

31.5 ε- 變形菌（Epsilonproteobacteria）

彎曲菌目（Campylobacterales）
#弓形菌科（Arcobacteraceae）
#彎曲菌科（Campylobacteraceae）
#螺桿菌科（Helicobacteraceae）
#氫單胞菌科（Hydrogenimonadaceae）
鸚鵡螺菌目（Nautiliales）
#鸚鵡螺菌科（Nautiliaceae）
目未定
#反硝化菌科（Nitratiruptoraceae）
#科未定

31.6 γ- 變形菌綱（Gammaproteobacteria）

嗜酸鐵氧化桿菌目（Acidiferrobacterales）
#嗜酸鐵氧化桿菌科（Acidiferrobacteraceae）
氣單胞菌目（Aeromonadales）
#氣單胞菌科（Aeromonadaceae）
#琥珀酸弧菌科（Succinivibrionaceae）
交替單胞菌目（Alteromonadales）
#交替單胞菌科（Alteromonadaceae）
#快泳動單胞菌科（Celerinatantimonadaceae）
#科爾韋氏菌科（Colwelliaceae）
#鐵還原單胞菌科（Ferrimonadaceae）
#海源菌科（Idiomarinaceae）
#摩替亞氏菌科（Moritellaceae）
#假交替單胞菌科（Pseudoalteromonadaceae）
#冷單胞菌科（Psychromonadaceae）
#希瓦氏菌科（Shewanellaceae）
#科未定
砂胞菌目（Arenicellales）
#砂胞菌科（Arenicellaceae）
#科未定
貝日阿託氏菌目（Beggiatoales）
#無色菌科（Achromatiaceae）
#貝日阿託氏菌科（Beggiatoaceae）
#苛求桿菌科（Fastidiosibacteraceae）
#弗朗西斯菌科（Francisellaceae）
#亮發菌科（Leucotrichaceae）
#魚立克次氏體科（Piscirickettsiaceae）
心桿菌目（Cardiobacteriales）
#心桿菌科（Cardiobacteriaceae）
#依格納季氏菌科（Ignatzschineriaceae）
#牡蠣桿菌科（Ostreibacteriaceae）
纖維弧菌目（Cellvibrionales）
#纖維弧菌科（Cellvibrionaceae）
#海仙菌科（Halieaceae）
#微泡菌科（Microbulbiferaceae）
#港口球菌科（Porticoccaceae）
#海綿桿菌科（Spongiibacteraceae）
著色菌目（Chromatiales）
#著色菌科（Chromatiaceae）
#外硫紅螺旋菌科（Ectothiorhodospiraceae）
#顆粒狀球菌科（Granulosicoccaceae）
#鹽紅螺旋菌科（Halorhodospiraceae）
#鹽硫桿狀菌科（Halothiobacillaceae）
#硫喜鹼桿菌科（Thioalkalibacteraceae）
#硫鹼螺旋菌科（Thioalkalispiraceae）
#深海硫氧化菌科（Thioprofundaceae）
#向文洲菌科（Wenzhouxiangellaceae）
#伍斯氏菌科（Woeseiaceae）
腸桿菌目（Enterobacterales）
#布傑約維採菌科（Budviciaceae）
#腸桿菌科（Enterobacteriaceae）
#歐文氏菌科（Erwiniaceae）
#哈夫尼亞菌科（Hafniaceae）
#摩根氏菌科（Morganellaceae）
#溶果膠菌科（Pectobacteriaceae）
#耶爾森氏菌科（Yersiniaceae）
不淨土桿菌目（Immundisolibacterales）
#不淨土桿菌科（Immundisolibacteraceae）
軍團菌目（Legionellales）
#柯克斯體科（Coxiellaceae）
#軍團菌科（Legionellaceae）
#科未定
溶桿菌目（Lysobacterales）
#溶桿菌科（Lysobacteraceae）
#羅丹諾桿菌科（Rhodanobacteraceae）
甲基球菌目（Methylococcales）
#泉發菌科（Crenotrichaceae）
#甲基球菌科（Methylococcaceae）
#甲基熱菌科（Methylothermaceae）
#科未定
涅瓦菌目（Nevskiales）
#嗜藻菌科（Algiphilaceae）
#涅瓦菌科（Nevskiaceae）
#鹹水球形菌科（Salinisphaeraceae）
#類固醇桿菌科（Steroidobacteraceae）
海洋螺菌目（Oceanospirillales）
#泥沼桿菌科（Aestuariirhabdaceae）
#食烷菌科（Alcanivoracaceae）
#巴氏絲桿菌科（Balneatricaceae）
#動物內生單胞菌科（Endozoicomonadaceae）
#慶尚大學菌科（Gynuellaceae）
#霍氏菌科（Hahellaceae）
#鹽單胞菌科（Halomonadaceae）
#康氏菌科（Kangiellaceae）
#Litorivicinaceae
#嗜蘇打小螺菌科（Natronospirillaceae）
#海洋螺菌科（Oceanospirillaceae）
#嗜油菌科（Oleiphilaceae）
#糖螺菌科（Saccharospirillaceae）
#科未定
孤菌目（Orbales）
#孤菌科（Orbaceae）
#科未定
巴斯德氏菌目（Pasteurellales）
#巴斯德氏菌科（Pasteurellaceae）
#鸚鵡菌科（Psittacicellaceae）
假單胞菌目（Pseudomonadales）
#莫拉氏菌科（Moraxellaceae）
#假單胞菌科（Pseudomonadaceae）
#多變單胞菌科（Ventosimonadaceae）
#科未定
嗜鹽硫桿菌目（Thiohalobacterales）
#嗜鹽硫桿菌科（Thiohalobacteraceae）
硫鹽桿菌目（Thiohalorhabdales）
#硫鹽桿菌科（Thiohalorhabdaceae）
目未定
#託賽爾氏菌科（Thorselliaceae）
#科未定

31.7 嗜氫菌綱（Hydrogenophilia）

嗜氫菌目（Hydrogenophilales）
#嗜氫菌科（Hydrogenophilaceae）
目未定
#科未定

31.8 寡彎曲菌綱（Oligoflexia）

貪食桿菌目（Bacteriovoracales）
#貪食桿菌科（Bacteriovoracaceae）
#鹽貪食桿菌科（Halobacteriovoracaceae）
蛭弧菌目（Bdellovibrionales）
#蛭弧菌科（Pseudobdellovibrionaceae）
寡彎曲菌目（Oligoflexales）
#寡彎曲菌科（Oligoflexaceae）
#假貪食小桿菌科（Pseudobacteriovoracaceae）
施瓦茨瓦爾德菌目（Silvanigrellales）
#施瓦茨瓦爾德菌目（Silvanigrellaceae）

紅嗜熱鹽菌門（Rhodothermota）

32.1 紅嗜熱鹽菌綱（Rhodothermia）

紅嗜熱鹽菌目（Rhodothermales）
#紅嗜熱鹽菌科（Rhodothermaceae）
#淡紅色球菌科（Rubricoccaceae）
#鹽場桿菌科（Salinibacteraceae）
#鹽剛毛菌科（Salisaetaceae）

螺旋體門（Spirochaetota）

33.1 螺旋體綱（Spirochaetia）

短螺旋體目（Brachyspirales）
#短螺旋體科（Brachyspiraceae）
Brevinematales
#Brevinemataceae
#Thermospiraceae
鉤端螺旋體目（Leptospirales）
#鉤端螺旋體科（Leptospiraceae）
螺旋體目（Spirochaetales）
#疏螺旋體科（Borreliaceae）
#Breznakiellaceae
#球形髮絲菌科（Sphaerochaetaceae）
#螺旋體科（Spirochaetaceae）
#密螺旋體科（Treponemataceae）
目未定
#科未定

33.2 綱未定

目未定
# 科未定

互養菌門（Synergistota）

34.1 互養菌綱（Synergistia）

互養菌目（Synergistales）
#嗜胺菌科（Aminiphilaceae）
#Aminithiophilaceae
#脫硫代硫酸鹽弧菌科（Dethiosulfovibrionaceae）
#互養菌科（Synergistaceae）

34.2 綱未定

目未定
# Thermosynergistaceae

熱脫硫桿菌門（Thermodesulfobacteriota）

35.1 熱脫硫桿菌綱（Thermodesulfobacteria）

熱脫硫桿菌目（Thermodesulfobacteriales）
#熱脫硫桿菌科（Thermodesulfobacteriaceae）

35.2 綱未定

目未定
# 科未定

熱微菌門（Thermomicrobiota）

36.1 熱微菌綱（Thermomicrobia）

球形桿菌目（Sphaerobacterales）
#球形桿菌科（Sphaerobacteraceae）
熱微菌目（Thermomicrobiales）
#熱微菌科（Thermomicrobiaceae）
目未定
#科未定

熱袍菌門（Thermotogota）

37.1 熱袍菌綱（Thermotogae）

廣宇袍菌目（Kosmotogales）
#廣宇袍菌科（Kosmotogaceae）
中度嗜酸袍菌目（Mesoaciditogales）
#中度嗜酸袍菌科（Mesoaciditogaceae）
石袍菌目（Petrotogales）
#石袍菌科（Petrotogaceae）
熱袍菌目（Thermotogales）
#高溫桿菌科（Fervidobacteriaceae）
#熱袍菌科（Thermotogaceae）

疣微菌門（Verrucomicrobiota）

38.1 豐祐菌綱（Opitutia）

豐祐菌目（Opitutales）
#豐祐菌科（Opitutaceae）
#科未定
紫紅球菌目（Puniceicoccales）
#紫紅球菌科（Puniceicoccaceae）
目未定
#科未定

38.2 土生微菌綱（Terrimicrobiia）

土生微菌目（Terrimicrobiales）
#土生微菌科（Terrimicrobiaceae）

38.3 疣微菌綱（Verrucomicrobiia）

疣微菌目（Verrucomicrobiales）
#阿克曼氏菌科（Akkermansiaceae）
#海生紅桿菌科（Rubritaleaceae）
#疣微菌科（Verrucomicrobiaceae）

38.4 綱未定

淤泥球菌目（Limisphaerales）
# Fontisphaeraceae
# 淤泥球菌科（Limisphaeraceae）
目未定
# 科未定