"変異体Fc領域を含むポリペプチドであって、前記変異体Fc領域は、野生型Fc領域と比較して3つ以上のアミノ酸改変を含み、野生型Fc領域又は3つ以上のアミノ酸改変の1つだけを有する変異体Fc領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し、3つ以上の改変のうちの少なくとも2つは、少なくとも2つの位置での単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってFcγ受容体への選択された結合プロファイルを示す上記ポリペプチド。前記アミノ酸改変が、前記3つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のFcγ受容体への強化された結合親和性及び/又は特異性をもたらすが、第二のFcγ受容体への結合親和性及び/又は特異性を低減するアミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす、請求項1に記載のポリペプチド。前記第一のFcγ受容体がFcγRIIIa受容体であり、前記第二のFcγ受容体がFcγRIIa又はFcγRIIbである、請求項2に記載のポリペプチド。前記アミノ酸改変が、好ましいFcγRIIIa特異的相互作用並びに/又はFcγRIIa及び/若しくはFcγRIIb受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす、請求項1に記載のポリペプチド。前記アミノ酸改変がFcγRIIIa受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIa及び/又はFcγRIIbへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす、請求項1に記載のポリペプチド。改変S239E/D265S/I332Eを含む、請求項1に記載のポリペプチド。改変H268D/E269L/S298A/K326A/A327Hを含む、請求項1に記載のポリペプチド。前記第一のFcγ受容体がFcγRIIa受容体であり、前記第二のFcγ受容体がFcγRIIIa又はFcγRIIbである、請求項2に記載のポリペプチド。前記アミノ酸改変が、好ましいFcγRIIa特異的相互作用並びに/又はFcγRIIIa及び/若しくはFcγRIIb受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす、請求項1に記載のポリペプチド。前記アミノ酸改変がFcγRIIa受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIIa及び/又はFcγRIIbへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす、請求項1に記載のポリペプチド。前記第一のFcγ受容体がFcγRIIb受容体であり、前記第二のFcγ受容体がFcγRIIIa受容体又はFcγRIIa受容体である、請求項2に記載のポリペプチド。前記アミノ酸改変が、好ましいFcγRIIb特異的相互作用並びに/又はFcγRIIIa及び/若しくはFcγRIIa受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす、請求項1に記載のポリペプチド。前記アミノ酸改変がFcγRIIb受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIIa及び/又はFcγRIIaへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす、請求項1に記載のポリペプチド。改変D265E/S267D/A330Sを含む、請求項1に記載のポリペプチド。改変G237F/A327L/A330Iを含む、請求項1に記載のポリペプチド。改変G237F/S239E/H268Dを含む、請求項1に記載のポリペプチド。改変S239E/S267E/H268Dを含む、請求項1に記載のポリペプチド。改変S239E/S298A/K326A/A327Hを含む、請求項1に記載のポリペプチド。改変G237F/S298A/A330L/I332Eを含む、請求項1に記載のポリペプチド。改変G237F/S239E/A327Hを含む、請求項1に記載のポリペプチド。改変L235A/S239E/D265E/A327Hを含む、請求項1に記載のポリペプチド。改変G237F/S239E/D270Nを含む、請求項1に記載のポリペプチド。野生型Fc領域を含むポリペプチドの、Fcγ受容体への結合がインビトロアッセイによって検出可能である、請求項1に記載のポリペプチド。前記3つ以上の改変が突然変異S239Eを含み、S239E突然変異を欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIIa受容体への結合においてより高い選択性を有する、請求項1に記載のポリペプチド。前記3つ以上の改変が突然変異S298Aを含み、S298A突然変異を欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIa及びFcγRIIb受容体への低減された結合親和性を有する、請求項1に記載のポリペプチド。アミノ酸改変S298A/K326A/A327Hを含み、S298A/K326A/A327H改変を欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIIa受容体への向上した結合選択性を有する、請求項1に記載のポリペプチド。アミノ酸改変S239E/S298A/K326A/A327Hを含み、S239E/S298A/K326A/A327H改変を欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIIa受容体への向上した結合選択性を有する、請求項1に記載のポリペプチド。アミノ酸改変G236A/S239D/D270L/I332Eを含み、G236A/S239D/D270L/I332E改変を欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIIa受容体への向上した結合選択性を有する、請求項1に記載のポリペプチド。3つのアミノ酸改変を含み、前記突然変異が、D270L/Y300L/A330K、G237F/S267G/N325F、G237F/V266L/S267D、L234F/S267G/N325L及びL234F/S267E/N325Lから選択される、請求項1に記載のポリペプチド。G237F/S239E/A327H、G237F/A327L/A330I、S239E/A327L/A330I、S239E/S267E/H268D、G237F/S239E/D270N、G236E/G237F/S239E、S239E/D265S/I332E、G237F/S239E/D265E、G237F/S239E/H268D、H268E/D270E/S267G、H268D/K326A/A327H、D265E/S267D/A330S、L235A/S239E/D265E、A327H/E269L/K236A、G237F/D270Q/S239E、A330V/I332L/K326及びG236S/A327H/A330Iから選択される少なくとも3つのアミノ酸の改変を含む、請求項1に記載のポリペプチド。L235A/S239E/D265E/A327H、S239E/D265S/H268D/I332E、S239D/D265S/S298A/I332E、S239E/S298A/K326A/A327H、G237F/S298A/A330L/I332E及びG236E/D270N/A327V/I332E及びG236A/S239D/D270L/I332Eから選択される少なくとも4つのアミノ酸の同時改変を含む、請求項1に記載のポリペプチド。アミノ酸改変H268D/E269L/S298A/K326A/A327Hを含む、請求項1に記載のポリペプチド。抗体トラスツズマブ又はその抗原結合部分を含む、請求項1から32までのいずれか一項に記載のポリペプチド。1つ又は複数のアミノ酸改変がEUインデックスによる234位~330位の間に位置する、請求項1に記載のポリペプチド。少なくとも3つのアミノ酸改変が、L234Q、L234N、L235A、G236E、E236L、E236D、G237F、G237N、S239E、S239D、D265E、D265S、S267E、S267D、S267G、H268D、H268E、E269L、E269L、D270N、D270I、D270E、S298A、K326A、K326D、A327H、A327V、A327L、A327T、A330V、A330L、A330W、A330I、A330S、I332L、I332D及びI332Eからなる群から選択される、請求項1に記載のポリペプチド。前記変異体Fc領域が、L235A/S239E/D265E;L235A/G237F/D265E;S239E/E269D/A327H;S239E/G237N/A327H;S239E/G237F/A327V;G237F/D270I/S239E;G237F/A327L/S239E;A327H/E269L/K326A;A330V/I332L/S239E;A327T/E269L/K326A;D270N/A327T/K326A;A330V/I332L/S239E;A330W/I332D/S239E;G236E/D265E/A327H/A330I;D270N/S298A/A327V;G236E/D265E/D270N/A327H/A330I;G236E/D270N/A327H/A330I;G236E/D270N/A327V/I332E;G236E/D270N/A327V/G237F;L234N/S239E/A330I/I332E;L234Q/S239E/A330I/I332E;L234Q/S239E/A330I/I332E/S298A;G237F/S239D/D265E/D270N/S298A;G237F/S239E/D270N/A330L/I332E;G237F/S239E/D270N/A330L/I332E/S298A;S239E/G237F/A327H;G237F/A327L/A330I;S239E/A330I/A327L;D265E/S239E/L235A/A327H;S267E/S239E/H268D;G237F/D270N/S239E;S239E/G237F/G236E;I332E/D265S/S239E/H268D;I332E/D265S/S239E;D265E/S239E/G237F;S239E/H268D/G237F;S298A/D265S/S239D/I332E;S298A/K326A/A327H/S239E;S298A/G237F/A3330L/I332E;H268E/D270E/S267G;H268D/K326A/A327H;H268D/K326A/A327H/E269L/S298A;及びA330S/D265E/S267Dからなる群から選択されるアミノ酸改変の組合せを含む、請求項1に記載のポリペプチド。前記変異体Fc領域が、S239E/S267E/H268D;S237F/S239E/D265E及びH268E/D270/E/S267Gからなる群から選択されるアミノ酸改変の組合せを含む、請求項1に記載のポリペプチド。前記変異体Fc領域がアミノ酸改変H268Dを含み、改変S267Eを含まない、請求項1に記載のポリペプチド。親ポリペプチドのFc領域がヒトIgGのFc領域である、請求項1に記載のポリペプチド。ヒトIgGのFc領域がヒトIgG1、IgG2、IgG3又はIgG4のFc領域である、請求項39に記載のポリペプチド。抗体である、請求項1に記載のポリペプチド。モノクローナル抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体である、請求項41に記載の抗体。請求項1に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸。請求項43に記載の核酸を含むベクター。請求項1に記載のポリペプチドを生成するための方法であって、i前記ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を、前記ポリペプチドの発現に適する条件下において培地中で培養すること;及びii前記培地からポリペプチドを回収することを含む上記方法。請求項1に記載される変異体Fc領域を含む、癌標的抗原に特異的に結合する治療抗体。アバゴボマブ、アダリムマブ、アレムツズマブ、アウログラブ、バピネオズマブ、バシリキシマブ、ベリムマブ、ベバシズマブ、ブリアキヌマブ、カナキヌマブ、カツマキソマブ、セルトリズマブペゴール、セツキシマブ、ダクリズマブ、デノスマブ、エファリズマブ、ガリキシマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、ゴリムマブ、イブリツモマブチウキセタン、インフリキシマブ、イピリムマブ、ルミリキシマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、ムロモナブ、ミコグラブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ペルツズマブ、ラニビズマブ、レスリズマブ、リツキシマブ、テプリズマブ、トシリズマブ/アトリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Proxinium商標、Rencarex商標、ウステキヌマブ、ザルツムマブ及び他の任意の抗体からなる群から選択される、請求項46に記載の治療抗体。前記標的抗原が、IL-2Rのa鎖CD25、アミロイドベータ、抗EpCAM×抗CD3、BLyS又はBAFF、CD11a、CD20、CD22、CD23、CD3、CD4、CD52、CD80、CTLA-4、EGFR、EpCAM、RSVのFタンパク質、G250、糖タンパク質IIb/IIIaR、HER2、HER2/neuR、Hsp90、IgE抗体、IL-12/IL-23、IL-1b、IL-5、IL-6受容体、インテグリンアルファ4/ベータ1、ムチン16/CA-125、RANKL、TNFアルファ、VEGF-A及び他の治療的に有利な標的からなる群から選択される、請求項46に記載の治療抗体。癌抗原で特徴づけられる癌を有する患者で癌を処置する方法であって、請求項46に記載の治療抗体の治療的有効量を前記患者に投与することを含む上記方法。前記患者がヒトである、請求項49に記載の方法。免疫抗原で特徴づけられる免疫障害を有する患者で免疫障害を処置する方法であって、請求項46に記載の治療抗体の治療的有効量を前記患者に投与することを含む上記方法。請求項1に記載のポリペプチドの治療的有効量及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。変異体Fc領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、ADCCの媒介により有効である、請求項1に記載のポリペプチド。変異体Fc領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、ADCCの媒介において約1.5倍から約100倍より有効である、請求項53に記載のポリペプチド。変異体Fc領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、ADCCの媒介において約2倍から約50倍より有効である、請求項53に記載のポリペプチド。変異体Fc領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介により有効である、請求項1に記載のポリペプチド。変異体Fc領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約2倍より有効である、請求項56に記載のポリペプチド。変異体Fc領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約10倍より有効である、請求項56に記載のポリペプチド。変異体Fc領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約50倍より有効である、請求項56に記載のポリペプチド。変異体Fc領域を含むポリペプチドが、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約100倍より有効である、請求項56に記載のポリペプチド。FcγRIIa、FcγRIIb及び/又はFcγRIIIaへの計算された結合親和性に基づいてインシリコでFc変異体ポリペプチドを同定するための方法。前記Fc変異体ポリペプチドの静電気学、溶媒和、充填、充填密度、水素結合及びエントロピー効果をインシリコでさらに計算することを含む、請求項61に記載の方法。前記Fc変異体ポリペプチドを構築し、哺乳動物細胞において抗体のコンテクストで前記ポリペプチドを発現させることをさらに含む、請求項61に記載の方法。アミノ酸改変は、EUインデックスによる317位及び353位での同時改変を含まない、請求項1に記載のポリペプチド。アミノ酸改変は、EUインデックスによる332位での置換を含まない、請求項1に記載のポリペプチド。したがって、当技術分野において、抗体又は融合タンパク質が選択されるFcγRアイソフォームへの結合のために最適化されるように、Fc領域に複数の相乗的アミノ酸置換を含むポリペプチド及び抗体の必要性がある。本組成物は、非常に高い特異性で標的のFcγRに結合するFc領域を含むポリペプチド、融合タンパク質及び抗体を提供する。これらのポリペプチド及び抗体は、Fc領域との各FcγRの結合の理論的分析、及び以降の標的Fc受容体に対する所望の選択性及び結合親和性を相乗的に提供する複数3つ以上のアミノ酸置換の設計によって設計される。したがって、本明細書で提供されるポリペプチド及びタンパク質は、野生型Fc領域と比較してFc領域に複数の変異を含み、前記変異は考慮中のFcγRへの特異性を向上させるように、及び各位置の最も好ましいアミノ酸の選択によって最適化されるエンタルピー及びエントロピーの因子に基づいて選択される結合プロファイルを得るように仕立てられる。一実施形態は、変異体Fc領域を含むポリペプチドを提供し、前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して3つ以上のアミノ酸改変を含み、野生型Fc領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し;3つ以上の改変のうちの少なくとも2つは、少なくとも2つの位置での単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってFcγ受容体への選択された結合プロファイルを示す。別の実施形態は、前記少なくとも3つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のFcγ受容体への強化された結合自由エネルギーを生じるが、第二のFcγ受容体への結合親和性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をアミノ酸改変がもたらすポリペプチドを提供する。第一のFcγ受容体はFcγRIIIa受容体であってよく、第二のFcγ受容体はFcγRIIa又はFcγRIIbであってよい。別の実施形態は、アミノ酸改変が、好ましいFcγRIIIa特異的相互作用並びに/又はFcγRIIa及び/若しくはFcγRIIb受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こすポリペプチドを提供する。別の実施形態は、アミノ酸改変がFcγRIIIa受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIa及び/又はFcγRIIbへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼすポリペプチドを提供する。一実施形態は、第一のFcγ受容体がFcγRIIa受容体であり、第二のFcγ受容体がFcγRIIIa又はFcγRIIbであるポリペプチドを提供する。一実施形態は、アミノ酸改変が、好ましいFcγRIIa特異的相互作用並びに/又はFcγRIIIa及び/若しくはFcγRIIb受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こすポリペプチドを提供する。一実施形態は、アミノ酸改変がFcγRIIa受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIIa及び/又はFcγRIIbへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼすポリペプチドを提供する。一実施形態は、強化された結合自由エネルギーを有するFcγ受容体がFcγRIIb受容体であり、低減した結合親和性を有するFcγ受容体がFcγRIIIa受容体又はFcγRIIa受容体であるポリペプチドを提供する。一実施形態は、アミノ酸改変が好ましいFcγRIIb特異的相互作用並びに/又はFcγRIIIa及び/若しくはFcγRIIa受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こすポリペプチドを提供する。一実施形態は、アミノ酸改変がFcγRIIb受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIIa及び/又はFcγRIIaへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼすポリペプチドを提供する。一実施形態は、野生型ポリペプチドと比較したとき、アミノ酸置換がFcγRIIa受容体、FcγRIIIa受容体及びFcγRIIb受容体への結合親和性を低減又は阻害するポリペプチドを提供する。一実施形態は、野生型Fc領域を含むポリペプチドのFcγ受容体への結合がインビトロアッセイによって検出可能であるポリペプチドを提供する。本発明の特定の実施形態では、最適化されたFcポリペプチド及びタンパク質を操作するための方法が提供される。本開示の目的は、Fc最適化の誘導に用いることができる設計戦略を提供することである。本開示のさらなる目的は、Fcタンパク質の設計で用いることができるコンピュータースクリーニング方法を提供することである。本開示のさらなる目的は、実験的試験のためのライブラリーを生成するための方法を提供することである。本開示のさらなる目的は、最適化されたFcタンパク質を得るための実験的生成及びスクリーニング方法を提供することである。特定の実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質をコードする単離された核酸が提供される。特定の実施形態では、任意選択で制御配列に作動可能に連結される前記核酸を含むベクターが提供される。特定の実施形態では、ベクターを含む宿主細胞、及びFcタンパク質を生成し、任意選択で回収するための方法が提供される。特定の実施形態では、本明細書で開示されるFcタンパク質を含む抗体及びポリペプチドが提供される。前記抗体及びポリペプチドは、治療製品での使用が可能である。本開示は、本明細書に記載されるFcタンパク質を含む抗体及びポリペプチド、並びに生理的又は薬学的に許容される担体又は希釈剤を含む組成物を提供する。特定の実施形態では、本明細書で開示されるFcタンパク質を含む抗体及びポリペプチドの治療的及び診断的用途が提供される。本明細書では、変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Fc領域は、野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、野生型Fc領域又は1つ又は2つのアミノ酸改変だけを含む変異体Fc領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し;改変のうちの少なくとも2つは、単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってFcγ受容体への選択された結合プロファイルを示す。特定の実施形態では、一方又は両方のアミノ酸改変は、EUインデックスによる234位~330位の間に位置する。特定の実施形態では、改変は、EUインデックスによる317位及び353位での同時置換を含まない。一部の実施形態では、アミノ酸改変は、EUインデックスによる332位での置換を含まない。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変L235A/S239E/D265Eを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変A327H/E269L/K236Aを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/D270Q/S239Eを含む。一部の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変A330V/I332L/K326を含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変G236S/A327H/A330Iを含む。本明細書に記載のポリペプチドの特定の実施形態では、アミノ酸改変は、前記3つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のFcγ受容体への強化された結合親和性及び/又は特異性をもたらすが、第二のFcγ受容体への結合親和性及び/又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。これらの実施形態の一部では、第一のFcγ受容体はFcγRIIIa受容体であり、第二のFcγ受容体はFcγRIIa又はFcγRIIbである。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいFcγRIIIa特異的相互作用並びに/又はFcγRIIa及び/若しくはFcγRIIb受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。一部の実施形態では、アミノ酸改変は、FcγRIIIa受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIa及び/又はFcγRIIbへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。本明細書では、変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変は、2つのアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIIa受容体への強化された結合親和性及び/又は特異性をもたらすが、FcγRIIa又はFcγRIIb受容体への結合親和性及び/又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変S239E/D265S/I332Eを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/S239E/A327Hを含む。特定の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変H268D/E269L/S298A/K326A/A327Hを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変L235A/S239E/D265E/A327Hを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/S239E/D270Nを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変G236E/G237F/S239Eを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変S239E/D265S/I332Eを、或いはH268Dを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、G237F/S239E/D265E、S239E/S298A/K326A/A327H及びG236E/D270N/A327V/I332Eの群から選択される改変を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは改変S298A/K326A/A327Hを含み、そこにおいてポリペプチドは、S298A/K326A/A327H改変を欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIIa受容体への向上した結合選択性を有する。一態様では、本明細書で変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変は、アミノ酸改変の少なくとも1つを欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIa受容体への強化された結合親和性及び/又は特異性をもたらすが、FcγRIIIa又はFcγRIIb受容体への結合親和性及び/又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F、A327L及びA330Iを含む。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいFcγRIIa特異的相互作用並びに/又はFcγRIIIa及び/若しくはFcγRIIb受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、FcγRIIa受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIIa及び/又はFcγRIIbへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F、S239E及びH268Dを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変D265E/S267D/A330Sを含む。さらなる態様では、本明細書で変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変は、アミノ酸改変の少なくとも1つを欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIb受容体への強化された結合親和性及び/又は特異性をもたらすが、FcγRIIIa又はFcγRIIa受容体への結合親和性及び/又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいFcγRIIb特異的相互作用並びに/又はFcγRIIIa及び/若しくはFcγRIIa受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、FcγRIIb受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIIa及び/又はFcγRIIaへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変S239D/D265S/S298A/I332Eを含む。一部の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/S298A/A330L/I332Eを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変H268D、K326A、A327Hを、或いはE269L及びS298Aの一方又は両方を含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/V266L/S267Dを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変L234F/S267G/N325L又はL234F/S267E/N325Lを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変G236A/S239D/D270L/I332Eを含む。本明細書に記載の特定の態様では、野生型Fc領域を含むポリペプチドのFcγ受容体への結合は、インビトロアッセイによって検出可能である。一態様では、本明細書で変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、そこにおいて改変の1つは突然変異S239Eを含み、前記ポリペプチドはS239E突然変異を欠くポリペプチドと比較してFcγRIIIa受容体への結合においてより高い選択性を有する。一態様では、本明細書で変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、改変の1つは突然変異S239Eを含み、改変の1つは突然変異S298Aを含み、前記ポリペプチドは、S298A突然変異を欠くポリペプチドと比較してFcγRIIa及びFcγRIIb受容体への低減された結合親和性を有する。一態様では、本明細書で変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、前記改変は、D270L/Y300L/A330K、G237F/S267G/N325F、G237F/V266L/S267D、L234F/S267G/N325L、L234F/S267E/N325L、G237F/S239E/A327H、G237F/A327L/A330I、S239E/A327L/A330I、S239E/S267E/H268D、G237F/S239E/D270N、G236E/G237F/S239E、S239E/D265S/I332E、G237F/S239E/D265E、G237F/S239E/H268D、H268E/D270E/S267G、H268D/K326A/A327H、D265E/S267D/A330S、L235A/S239E/D265E、A327H/E269L/K236A、G237F/D270Q/S239E、A330V/I332L/K326及びG236S/A327H/A330Iから選択される。一態様では、本明細書で変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも4つのアミノ酸改変を含み、前記改変は、L235A/S239E/D265E/A327H、S239E/D265S/H268D/I332E、S239D/D265S/S298A/I332E、S239E/S298A/K326A/A327H、G237F/S298A/A330L/I332E及びG236E/D270N/A327V/I332E、G236A/S239D/D270L/I332E及びH268D/E269L/S298A/K326A/A327Hから選択される。一態様では、本明細書で変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、少なくとも3つのアミノ酸改変は、L234Q、L234N、L235A、G236E、E236L、E236D、G237F、G237N、S239E、S239D、D265E、D265S、S267E、S267D、S267G、H268D、H268E、E269L、E269L、D270N、D270I、D270E、S298A、K326A、K326D、A327H、A327V、A327L、A327T、A330V、A330L、A330W、A330I、A330S、I332L、I332D及びI332Eからなる群から選択される。一態様では、本明細書で変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて前記変異体Fc領域はアミノ酸改変の組合せを含み、前記組合せは、L235A/S239E/D265E;L235A/G237F/D265E;S239E/E269D/A327H;S239E/G237N/A327H;S239E/G237F/A327V;G237F/D270I/S239E;G237F/A327L/S239E;A327H/E269L/K326A;A330V/I332L/S239E;A327T/E269L/K326A;D270N/A327T/K326A;A330V/I332L/S239E;A330W/I332D/S239E;G236E/D265E/A327H/A330I;D270N/S298A/A327V;G236E/D265E/D270N/A327H/A330I;G236E/D270N/A327H/A330I;G236E/D270N/A327V/I332E;G236E/D270N/A327V/G237F;L234N/S239E/A330I/I332E;L234Q/S239E/A330I/I332E;L234Q/S239E/A330I/I332E/S298A;G237F/S239D/D265E/D270N/S298A;G237F/S239E/D270N/A330L/I332E;G237F/S239E/D270N/A330L/I332E/S298A;S239E/G237F/A327H;G237F/A327L/A330I;S239E/A330I/A327L;D265E/S239E/L235A/A327H;S267E/S239E/H268D;G237F/D270N/S239E;S239E/G237F/G236E;I332E/D265S/S239E/H268D;I332E/D265S/S239E;D265E/S239E/G237F;S239E/H268D/G237F;S298A/D265S/S239D/I332E;S298A/K326A/A327H/S239E;S298A/G237F/A333L/I332E;H268E/D270E/S267G;H268D/K326A/A327H;H268D/K326A/A327H/E269L/S298A;A330S/D265E/S267D;S239E/S267E/H268D;S237F/S239E/D265E及びH268E/D270/E/S267Gからなる群から選択される。一態様では、本明細書で変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、そこにおいて、前記変異体Fc領域がアミノ酸改変H268Dを含む場合、前記変異体は改変S267Eを含まない。本明細書に記載されるポリペプチドの特定の実施形態では、親ポリペプチドのFc領域はヒトIgGFc領域である。これらの実施形態のいくつかでは、ヒトIgGFc領域は、ヒトIgG1、IgG2、IgG3又はIgG4のFc領域である。本明細書に記載されるポリペプチドの特定の実施形態では、ポリペプチドは抗体である。一部の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体である。一態様では、本明細書に記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸が提供される。特定の実施形態では、核酸を含むベクターが提供される。一態様では、本明細書に記載されるポリペプチド又はタンパク質を生成するための方法が提供され、前記方法は、i前記ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を、前記ポリペプチドの発現に適する条件下において培地中で培養すること;及びii前記培地からポリペプチドを回収することを含む。本明細書に記載される一態様では、癌標的抗原に特異的に結合する治療抗体が提供され、前記治療抗体は、本明細書に記載される変異体Fc領域ポリペプチドを含む。特定の実施形態では、治療抗体は、アバゴボマブ、アダリムマブ、アレムツズマブ、アウログラブ、バピネオズマブ、バシリキシマブ、ベリムマブ、ベバシズマブ、ブリアキヌマブ、カナキヌマブ、カツマキソマブ、セルトリズマブペゴール、セツキシマブ、ダクリズマブ、デノスマブ、エファリズマブ、ガリキシマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、ゴリムマブ、イブリツモマブチウキセタン、インフリキシマブ、イピリムマブ、ルミリキシマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、ムロモナブ、ミコグラブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ペルツズマブ、ラニビズマブ、レスリズマブ、リツキシマブ、テプリズマブ、トシリズマブ/アトリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Proxinium商標、Rencarex商標、ウステキヌマブ、ザルツムマブ及び任意の他の抗体からなる群から選択される。特定の実施形態では、標的抗原は、IL-2Rのa鎖CD25、アミロイドベータ、抗EpCAM×抗CD3、BLyS又はBAFF、CD11a、CD20、CD22、CD23、CD3、CD4、CD52、CD80、CTLA-4、EGFR、EpCAM、RSVのFタンパク質、G250、糖タンパク質IIb/IIIaR、HER2、HER2/neuR、Hsp90、IgE抗体、IL-12/IL-23、IL-1b、IL-5、IL-6受容体、インテグリンアルファ4/ベータ1、ムチン16/CA-125、RANKL、TNFアルファ、VEGF-A及び他の治療的に有利な標的からなる群から選択される。本明細書に記載される一態様では、癌抗原で特徴づけられる癌を有する患者で癌を処置する方法が提供され、前記方法は、本明細書に記載される治療抗体の治療的有効量を前記患者に投与することを含む。特定の実施形態では、患者はヒトである。本明細書に記載される一態様では、免疫抗原で特徴づけられる免疫障害を有する患者で免疫障害を処置する方法が提供され、前記方法は、本明細書に記載される治療的に有効なポリペプチド、抗体又はタンパク質を前記患者に投与することを含む。一態様では、本明細書に記載されるポリペプチドの治療的有効量、及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が提供される。本明細書に記載される一態様では、少なくとも3つのアミノ酸置換を有する変異体Fc領域を含み、野生型と比較して抗体依存性細胞傷害ADCCの媒介により有効であるポリペプチドが提供される。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、ADCCの媒介において約1.5倍から約100倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、ADCCの媒介において約2倍から約50倍より有効である。本明細書に記載される一態様では、少なくとも3つのアミノ酸置換を有する変異体Fc領域を含み、野生型と比較して炎症性免疫応答の阻害の媒介により有効であるポリペプチドが提供される。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約2倍より有効である。一部の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約10倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約50倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約100倍より有効である。本明細書では、FcγRIIa、FcγRIIb及び/又はFcγRIIIaへの計算された結合親和性に基づいてインシリコでFc変異体ポリペプチドを同定するための方法も提供される。特定の実施形態では、インシリコでFc変異体ポリペプチドを同定する方法は、前記Fc変異体ポリペプチドの静電気学、溶媒和、充填、充填密度、水素結合及びエントロピー効果をインシリコでさらに計算する。特定の実施形態では、インシリコでFc変異体ポリペプチドを同定する方法は、同定されたFc変異体ポリペプチドを構築し、哺乳動物細胞において抗体のコンテクストで前記ポリペプチドを発現させることをさらに含む。本発明の他の態様及び特徴は、本発明の具体的な実施形態の以下の記載を検討することにより、当分野の技術者に明らかになる。参照による組込みこの明細書で指摘される全ての刊行物、特許及び特許出願は、各個々の刊行物、特許又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的及び個々に示されるのと同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。本発明の特徴は、添付の請求項で詳細に示される。本発明の特徴及び利点のより深い理解は、本発明の原理が利用される例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明及び付随図への参照によって得られる。本明細書で開示される実施形態は、Fc領域に少なくとも3つの置換を含むポリペプチド、融合タンパク質及び抗体に向けられ、そこにおいて、ポリペプチドは、前記少なくとも3つの置換を欠くポリペプチドと比較してより高い特異性で標的FcγR受容体に結合する。これらのポリペプチド及び抗体は、Fc領域との各FcγRの結合の理論的分析、及び以降の標的Fc受容体に対する強化された選択性及び結合親和性を相乗的に提供する複数のアミノ酸置換の設計によって設計される。したがって、本明細書で提供されるポリペプチド及びタンパク質は、野生型Fc領域と比較してFc領域に複数の変異を含み、前記変異は考慮中のFcγRへの特異性を向上させるように、及び各置換位置の最も好ましいアミノ酸の選択によって最適化されるエンタルピー及びエントロピーの因子に基づいて最大限エネルギー的に好ましい結合を得るために仕立てられる。一実施形態は、変異体Fc領域を含むポリペプチドを提供し、前記変異体Fc領域は、野生型Fc領域と比較して3つ以上のアミノ酸改変を含み、野生型Fc領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し;3つ以上の改変のうちの少なくとも2つは、少なくとも2つの位置での単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってFcγ受容体への選択された結合プロファイルを示す。別の実施形態は、前記少なくとも3つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のFcγ受容体への強化された結合自由エネルギーを生じるが、第二のFcγ受容体への結合親和性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をアミノ酸改変がもたらすポリペプチドを提供する。特定の実施形態では、第一のFcγ受容体はFcγRIIIa受容体であり、第二のFcγ受容体はFcγRIIa又はFcγRIIbである。別の実施形態は、アミノ酸改変が、好ましいFcγRIIIa特異的静電相互作用、並びにFcγRIIa及び/又はFcγRIIb受容体への立体的反発を引き起こすポリペプチドを提供する。別の実施形態は、アミノ酸改変がFcγRIIIa受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIa及び/又はFcγRIIbへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼすポリペプチドを提供する。別の実施形態は、アミノ酸置換が野生型Fcと比較してFcγRIIIaとの結合境界面及びタンパク質間相互作用を保存し、FcγRIIa受容体へのポリペプチドの結合の破壊をもたらすポリペプチドを提供する。引用されるか下又は上で繰り返されるあらゆる特許、出願又は他の参考文献は、全ての目的のためにだけでなく詳述される提案のために参照により完全に組み込まれる。以下の定義は、本明細書で提供される組成物及び方法を理解するために用いることができるが、科学的同等物を包含するものとする。本明細書及び請求項全体にわたって、参照により本明細書で明示的に組み込まれるKabatら、SequencesofProteinsofImmunologicalInterest、第5版、PublicHealthService、NationalInstitutesofHealth、Bethesda、Md.1991におけるように、免疫グロブリン重鎖中の残基のナンバリングはEUインデックスのそれである。KabatにおけるEUインデックスは、ヒトIgG1EU抗体の残基ナンバリングを指す。親ポリペプチドは、本明細書で開示されるFc領域改変の1つ又は複数を欠き、本明細書で開示されるポリペプチド変異体と比較してエフェクター機能が異なるアミノ酸配列を含むポリペプチドである。親ポリペプチドは、天然配列のFc領域又は既存のアミノ酸配列改変付加、欠失及び/又は置換などを有するFc領域を含むことができる。本明細書で用いるように、相乗的は、複数のアミノ酸置換で設計されるFcタンパク質のFcγR結合が、個々の置換で観察されるそれらの相加的結合より強いことを意味する。用語Fc領域は、免疫グロブリン重鎖のC末端領域を定義するために用いられる。Fc領域は、天然配列のFc領域又は変異体Fc領域であってよい。免疫グロブリン重鎖のFc領域の境界は異なることもあるが、ヒトIgG重鎖Fc領域は、通常Cys226位置のアミノ酸残基から、又はPro230からそのカルボキシル末端に及ぶと定義される。免疫グロブリンのFc領域は、2つの定常ドメイン、CH2及びCH3を一般に含む。ヒトIgGのFc領域のCH2ドメインCγ2ドメインとも呼ばれるは、通常、約231位のアミノ酸から約340位のアミノ酸に及ぶ。CH2ドメインは、別のドメインと緊密に対合しない点で特異である。むしろ、2つのN連結分枝状炭水化物鎖が、そのままの天然のIgG分子の2つのCH2ドメインの間に挿入される。この炭水化物は、ドメイン間対合の代わりを提供し、CH2ドメインを安定させるのを助けることができると推測されている。Burton、Molec.Immunol.22:161~2061985。CH3ドメインは、Fc領域の残基C末端からCH2ドメインまでの範囲すなわちIgGの約341位のアミノ酸残基から約447位のアミノ酸残基までを含む。機能的Fc領域は、天然配列のFc領域のエフェクター機能を有する。例示的なエフェクター機能には、C1q結合;補体依存性細胞傷害;Fc受容体結合;抗体依存性細胞媒介細胞傷害ADCC;食作用;細胞表面受容体例えばB細胞受容体;BCRの下方制御などが含まれる。そのようなエフェクター機能は、結合ドメイン例えば抗体可変ドメインと結合するのにFc領域を一般に必要とし、例えば本明細書で開示されるような様々なアッセイを用いて評価することができる。天然配列のFc領域は、自然界で見出されるFc領域のアミノ酸配列と同じアミノ酸配列を含む。天然配列のヒトFc領域には、天然配列のヒトIgG1Fc領域非A及びAアロタイプ;天然配列のヒトIgG2Fc領域;天然配列のヒトIgG3Fc領域;及び天然配列のヒトIgG4Fc領域、並びに天然に存在するその変異体が含まれる。変異体Fc領域は、本明細書で規定される少なくとも1つのアミノ酸改変によって天然配列のFc領域のそれと異なるアミノ酸配列を含む。変異体Fc領域は、天然配列のFc領域又は親ポリペプチドのFc領域と比較して少なくとも1つのアミノ酸置換、例えば、天然配列のFc領域又は親ポリペプチドのFc領域に約1から約10個のアミノ酸置換、好ましくは約1から約5個のアミノ酸置換を有する。特定の実施形態では、本明細書の変異体Fc領域は、天然配列のFc領域及び/又は親ポリペプチドのFc領域と少なくとも約80の相同性、最も好ましくはそれと少なくとも約90の相同性、より好ましくはそれと少なくとも約95の相同性を有する。相同性は、最大相同性百分率を達成するために、必要に応じて配列を整列させ、ギャップを導入した後に同一である、アミノ酸配列変異体中の残基の百分率と定義される。整列のための方法及びコンピュータープログラムは、当技術分野で周知である。1つのそのようなコンピュータープログラムはGenentech,Inc.によって書かれたAlign2であり、それは1991年12月10日にUnitedStatesCopyrightOffice、Washington、D.C.20559の利用者文書に登録された。用語Fc領域を含むポリペプチドは、Fc領域を含む、抗体又はイムノアドヘシン下の定義を参照などのポリペプチドを指す。用語Fc受容体又はFcRは、抗体のFc領域に結合する受容体を記載するために用いられる。好ましいFcRは、天然配列のヒトFcRである。さらに、特定の実施形態では、FcRはIgG抗体に結合するものガンマ受容体であり、FcγRI、FcγRII及びFcγRIIIサブクラスの受容体があり、対立遺伝子変異体或いはこれらの受容体の接合形も含まれる。FcγRII受容体にはFcγRIIA活性化受容体及びFcγRIIB抑制性受容体が含まれ、それらはその細胞質ドメインが主に異なる類似したアミノ酸配列を有する。活性化受容体FcγRIIAは、その細胞質ドメインに免疫受容体のチロシンベースの活性化モチーフITAMを含む。抑制性受容体FcγRIIBは、その細胞質ドメインに免疫受容体のチロシンベースの抑制モチーフITIMを含む。Daeron、Annu.Rev.Immunol.15:203~2341997のレビューMを参照。FcRは、Ravetch及びKinet、Annu.Rev.Immunol9:457~921991;Capelら、Immunomethods4:25~341994;及びdeHaasら、J.Lab.Cli.Med.126:330~411995でレビューされている。将来同定されるものを含む他のFcRは、本明細書で用語FcRに包含される。本用語は、新生児受容体FcRnも含み、それは胎児への母体のIgGの移動を担うGuyerら、J.Immunol.117:5871976及びKimら、J.Immunol.24:2491994。抗体依存性細胞媒介細胞傷害及びADCCは、FcRを発現する非特異性の細胞傷害性細胞例えばナチュラルキラーNK細胞、好中球及びマクロファージが標的細胞上の結合抗体を認識し、その後標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介反応を指す。ADCCを媒介する一次細胞であるNK細胞はFcγRIIIだけを発現するが、単球はFcγRI、FcγRII及びFcγRIIIを発現する。造血細胞のFcR発現は、Ravetch及びKinet、Annu.Rev.Immunol9:457~921991の464ページの表3で要約されている。ヒトエフェクター細胞は、1つ又は複数のFcRを発現してエフェクター機能を発揮する白血球である。好ましくは、この細胞は少なくともFcγRIIIを発現してADCCエフェクター機能を発揮する。ADCCを媒介するヒト白血球の例には、末梢血単核細胞PBMC、ナチュラルキラーNK細胞、単球、細胞傷害性T細胞及び好中球が含まれ、PBMC及びNK細胞が好ましい。エフェクター細胞は、その天然の供給源から、例えば本明細書に記載される血液又はPBMCから単離することができる。変更されたFcR結合親和性又はADCC活性を有するポリペプチドとは、親ポリペプチド又は天然配列のFc領域を含むポリペプチドと比較して、強化又は低減されたFcR結合活性及び/又はADCC活性を有するものである。FcRに対して増強された結合を示すポリペプチドは、親ポリペプチドより優れた親和性で少なくとも1つのFcRに結合する。FcRに対して低減された結合を示すポリペプチドは、親ポリペプチドより劣る親和性で少なくとも1つのFcRに結合する。FcRへの低減された結合を示すそのような変異体は、FcRに対してほとんど又は評価できるほどの結合を有さず、例えば本明細書の例で測定されるように、天然配列IgGのFc領域と比較するとFcRに対して例えば0~20の結合である。親ポリペプチドより優れた親和性でFcRに結合するポリペプチドとは、結合アッセイでポリペプチド及び親ポリペプチドの量が事実上同じである場合に親抗体より実質的に優れた結合親和性で上記の特定されたFcRのいずれか1つ又は複数に結合するものである。例えば、向上したFcR結合親和性を有するポリペプチドは、親ポリペプチドと比較して、FcR結合親和性の約1.15倍から約100倍、例えば約1.2倍から約50倍の向上を示すことができ、そこにおいて、FcR結合親和性は、例えば本明細書の例で開示される通りに測定される。親抗体よりヒトエフェクター細胞の存在下で抗体依存性細胞媒介細胞傷害ADCCをより効果的に媒介するポリペプチドとは、アッセイで用いられるポリペプチド変異体及び親抗体の量が事実上同じである場合に、インビトロ又はインビボにおいてADCCの媒介に実質的により有効なものである。一般に、そのようなポリペプチドは、本明細書で開示されるインビトロのADCCアッセイを用いて同定されるが、例えば動物モデルなどでのADCC活性を測定するための他のアッセイ又は方法が企図される。好ましいポリペプチドは、例えば本明細書で開示されるインビトロアッセイで、親より約1.5倍から約100倍、例えば約2倍から約50倍ADCCの媒介に有効である。アミノ酸改変は、所定のアミノ酸配列のアミノ酸配列での変化を指す。例示的な改変には、アミノ酸の置換、挿入及び/又は欠失が含まれる。特定の実施形態では、本明細書でアミノ酸改変は置換である。例えばFc領域の特定の位置でのアミノ酸改変は、特定の残基の置換若しくは欠失、又は特定の残基に隣接する少なくとも1つのアミノ酸残基の挿入を指す。特定の残基に隣接する挿入は、その1残基から2残基以内の挿入を意味する。特定の実施形態では、挿入は特定の残基のN末端側又はC末端側である。アミノ酸置換は、別の異なる置換アミノ酸残基による所定のアミノ酸配列内の少なくとも1つの既存のアミノ酸残基の置換を指す。置換残基単数又は複数は、天然に存在するアミノ酸残基すなわち遺伝子コードによってコードされるであってよく、以下からなる群から選択することができる:アラニンAla;アルギニンArg;アスパラギンAsn;アスパラギン酸Asp;システインCys;グルタミンGln;グルタミン酸Glu;グリシンGly;ヒスチジンHis;イソロイシンIle:ロイシンLeu;リシンLys;メチオニンMet;フェニルアラニンPhe;プロリンPro;セリンSer;トレオニンThr;トリプトファンTrp;チロシンTyr;及びバリンVal。好ましくは、置換残基はシステインでない。1つ又は複数の天然に存在しないアミノ酸残基による置換も、本明細書のアミノ酸置換の定義に包含される。天然に存在しないアミノ酸残基は、ポリペプチド鎖中の隣接するアミノ酸残基単数又は複数と共有結合することができる、上記の天然に存在するアミノ酸残基以外の残基を指す。天然に存在しないアミノ酸残基の例には、ノルロイシン、オルニチン、ノルバリン、ホモセリン、及びEllmanら、Meth.Enzym.202:301~3361991に記載されるものなどの他のアミノ酸残基類似体が含まれる。そのような天然に存在しないアミノ酸残基を生成するために、Norenら、Science244:1821989及び上記のEllmanらの手法を用いることができる。簡潔には、これらの手法は、天然に存在しないアミノ酸残基でサプレッサーtRNAを化学的に活性化することと、続くRNAのインビトロ転写及び翻訳が含まれる。アミノ酸挿入は、所定のアミノ酸配列への少なくとも1つのアミノ酸の組込みを指す。特定の実施形態では、挿入は1つ又は2つのアミノ酸残基の挿入からなる。特定の他の実施形態では、より大きなペプチド挿入、例えば約3~約5個の挿入、又は最高約10個のアミノ酸残基の挿入さえ含まれる。これらの実施形態では、上で開示されるように、挿入される残基単数又は複数は天然に存在するか、天然に存在しない。アミノ酸欠失は、所定のアミノ酸配列からの少なくとも1つのアミノ酸残基の除去を指す。ヒンジ領域は、ヒトIgG1のGlu216からPro230に及ぶと一般に定義されるBurton、Molec.Immunol.22:161~2061985。他のIgGアイソタイプのヒンジ領域は、同じ位置に重鎖間S-S結合を形成する最初及び最後のシステイン残基を置くことによって、IgG1配列と整列させることができる。Fc領域のより低いヒンジ領域は、通常、ヒンジ領域のすぐC末端側のひと続きの残基、すなわちFc領域の残基233から239と定義される。本開示の前には、FcγR結合は、IgGのFc領域のより低いヒンジ領域のアミノ酸残基に一般に帰された。C1qは、免疫グロブリンのFc領域のための結合部位を含むポリペプチドである。C1qは、2つのセリンプロテアーゼC1r及びC1sと一緒に、補体依存性細胞傷害CDC経路の最初の成分、複合体C1を形成する。ヒトC1qは、例えばQuidel、SanDiego、Calif.から市販品を購入することができる。用語結合ドメインは、別の分子に結合するポリペプチドの領域を指す。FcRの場合、結合ドメインは、Fc領域との結合を担うそのポリペプチド鎖の一部例えばそのα鎖を含むことができる。1つの有用な結合ドメインは、FcRのα鎖の細胞外ドメインである。用語抗体は最も広い意味で用いられ、具体的にはモノクローナル抗体完全長モノクローナル抗体を含む、ポリクローナル抗体、多重特異的抗体例えば二重特異的抗体、及び、それらが所望の生物的活性を示す限り抗体断片を包含する。本明細書で定義されるように、抗体断片は手つかずの抗体の一部を含み、手つかずの抗体の抗原結合性若しくは可変領域、又はFcR結合能力を保持する抗体のFc領域が一般に含まれる。抗体断片の例には、線状抗体;単鎖抗体分子;及び抗体断片から形成される多重特異的抗体が含まれる。特定の実施形態では、抗体断片はヒンジの少なくとも一部、及び任意選択でIgG重鎖のCH1領域を保持する。一部の実施形態では、抗体断片はIgG重鎖の定常領域全体を保持し、IgG軽鎖を含む。本明細書で用いる用語モノクローナル抗体は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、少量存在するかもしれない可能な天然に存在する突然変異を除いて同一である。モノクローナル抗体は高度に特異的であり、単一の抗原部位に向けられる。さらに、異なる決定因子エピトープに向けられる異なる抗体を一般的に含む、従来のポリクローナル抗体調製物と対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定因子に向けられる。修飾子モノクローナルは、抗体が抗体の実質的に均一な集団から得られる特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の生成を必要とすると解釈されるべきでない。特定の実施形態では、本開示に従って用いられるモノクローナル抗体は、Kohlerら、Nature256:4951975によって最初に記載されたハイブリドーマ法によって作製されるか、組換えDNA方法によって作製することができる米国特許第4,816,567号を参照。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、例えばClacksonら、Nature352:624~6281991及びMarksら、J.Mol.Biol.222:581~5971991に記載される技術を用いて、ファージ抗体ライブラリーから単離される。本明細書のモノクローナル抗体には、具体的には、重鎖及び/又は軽鎖の一部が特定の種に由来するか特定の抗体クラス又はサブクラスに属する抗体の対応配列と同一であるか相同的であり、鎖単数又は複数の残りは別の種に由来するか別の抗体クラス又はサブクラスに属する抗体の対応配列と同一であるか相同的であるキメラ抗体免疫グロブリン、並びに所望の生物的活性を示す限りそのような抗体の断片が含まれる米国特許第4,816,567号;及びMorrisonら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA81:6851~68551984。ヒト以外の例えば、マウスの抗体のヒト化形は、ヒト以外の免疫グロブリンに由来する最小限の配列を含むキメラ抗体である。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、レシピエントの超可変領域からの残基が、所望の特異性、親和性及び能力を有する、マウス、ラット、ウサギ又はヒト以外の霊長類などのヒト以外の種ドナー抗体の超可変領域からの残基によって置換されるヒト免疫グロブリンレシピエント抗体である。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのFvフレームワーク領域FRの残基は、対応するヒト以外の残基で置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体又はドナー抗体で見出されない残基を含むことができる。これらの改変は、抗体性能をさらに洗練するために加えられる。一般に、ヒト化抗体は、超可変ループの全部又は実質的に全部がヒト以外の免疫グロブリンのそれらに対応し、FR領域の全部又は実質的に全部がヒト免疫グロブリン配列のそれらである、少なくとも1つ、一般的に2つの可変ドメインの実質的に全部を含む。ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域Fc、一般的にヒト免疫グロブリンのそれの少なくとも一部を任意選択でさらに含む。詳しくは、Jonesら、Nature321:522~5251986;Riechmannら、Nature332:323~3291988;及びPresta、Curr.Op.Struct.Biol.2:593~5961992を参照。本明細書で用いるとき、用語超可変領域は、抗原結合を担う抗体のアミノ酸残基を指す。超可変領域は、相補性決定領域若しくはCDRからのアミノ酸残基すなわち、軽鎖可変ドメインの残基24~34L1、50~56L2及び89~97L3、並びに重鎖可変ドメインの残基31~35H1、50~65H2及び95~102H3;Kabatら、SequencesofProteinsofImmunologicalInterest、第5版、PublicHealthService、NationalInstitutesofHealth、Bethesda、Md.1991及び/又は超可変ループからの残基すなわち、軽鎖可変ドメインの残基26~32L1、50~52L2及び91~96L3、並びに重鎖可変ドメインの残基26~32H1、53~55H2及び96~101H3;Chothia及びLeskJ.Mol.Biol.196:901~9171987を含む。フレームワーク又はFR残基は、本明細書で定義される超可変領域の残基以外の可変ドメインの残基である。本明細書で用いるように、用語イムノアドヘシンは、異種アドヘシンタンパク質の結合ドメイン例えば受容体、リガンド又は酵素と免疫グロブリンの定常ドメインとを組み合わせる抗体様分子を指す。構造的には、イムノアドヘシンは、抗体の抗原認識及び結合部位抗原結合部位以外であるすなわち、異種である所望の結合特異性を有するアドヘシンアミノ酸配列と、免疫グロブリン定常ドメイン配列との融合体を含む。本明細書で用いる用語リガンド結合ドメインは、任意の天然の細胞表面受容体、又は対応する天然の受容体の定性的リガンド結合能力を少なくとも保持する、任意のその領域若しくは誘導体を指す。具体的な実施形態では、受容体は、免疫グロブリンスーパー遺伝子ファミリーのメンバーと同種である細胞外ドメインを有する細胞表面ポリペプチドに由来する。免疫グロブリンスーパー遺伝子ファミリーのメンバーでないが、それにもかかわらずこの定義によって特別に包含される他の受容体は、サイトカインの受容体、特にチロシンキナーゼ活性を有する受容体受容体チロシンキナーゼ、ヘマトポイエチン及び神経成長因子受容体スーパーファミリーのメンバー、並びに細胞接着分子、例えばE-、L-及びp-セレクチンである。用語受容体結合ドメインは、細胞接着分子を含む受容体の任意の天然リガンド、又は対応する天然リガンドの定性的受容体結合能力を少なくとも保持するそのような天然リガンドの任意の領域若しくは誘導体を指すために用いられる。この定義には、具体的には、中でも、前述の受容体のためのリガンドに由来する結合性配列が含まれる。抗体-イムノアドヘシンキメラは、抗体の少なくとも1つの結合ドメイン本明細書で定義されると少なくとも1つのイムノアドヘシン本出願で定義されるとを組み合わせる分子を含む。例示的な抗体-イムノアドヘシンキメラは、Bergら、PNASUSA88:4723~47271991及びChamowら、J.Immunol.153:42681994に記載される二重特異的CD4-IgGキメラである。単離されたポリペプチドは、その天然の環境の成分から同定、分離及び/又は回収されたものである。その天然の環境の混入成分は、ポリペプチドの診断的又は治療的用途を妨害するような物質であり、酵素、ホルモン及び他のタンパク性又は非タンパク性溶質を含めることができる。特定の実施形態では、ポリペプチドは、1ローリー法で測定して95重量を超えるポリペプチドまで、最も好ましくは99重量を超えるポリペプチドまで、2回転カップシークエネーターを用いてN末端若しくは内部アミノ酸配列の少なくとも15残基を得るのに十分な程度まで、又は3クマシーブルー、若しくは好ましくは銀染色を用いて還元条件か非還元条件下のSDS-PAGEによって均一性まで精製される。ポリペプチドの天然の環境の少なくとも1つの成分が存在しないので、単離ポリペプチドには、組換え細胞中のinsituポリペプチドが含まれる。しかし、通常は、単離ポリペプチドは、少なくとも1つの精製段階によって調製される。処置は、治療的処置及び予防的又は防止的手段の両方を指す。処置を必要とする者には、障害を既に有する者だけでなく、障害を阻止すべき者が含まれる。障害は、ポリペプチド変異体による処置が有益である任意の状態である。これには、哺乳動物が問題の障害を起こしやすくする病的状態を含む、慢性及び急性の障害又は疾患が含まれる。一実施形態では、障害は癌である。本明細書で用いるとき、単語標識は、ポリペプチドと直接的又は間接的にコンジュゲートされる検出可能な化合物又は組成物を指す。特定の実施形態では、標識はそれ自体検出可能である例えば、放射性同位体標識又は蛍光標識。一部の他の実施形態では、標識は、検出可能な基質化合物又は組成物の化学的変更を触媒する。例示的な実施形態は、検出可能な基質化合物又は組成物の化学的変更を触媒する酵素標識を含む。単離核酸分子は、ポリペプチド核酸の天然の供給源中でそれが通常関連している少なくとも1つの混在核酸分子から同定及び分離される核酸分子である。単離核酸分子は、それが自然界で見出される形又は状況以外にある。したがって、単離核酸分子は、天然の細胞中に存在するような核酸分子と区別される。しかし、単離核酸分子には、例えば核酸分子が天然の細胞のそれと異なる染色体上の位置にある、そのポリペプチドを通常発現する細胞に含まれる核酸分子が含まれる。表現制御配列は、特定の宿主生物体での作動可能に連結されたコード配列の発現のために必要なDNA配列を指す。原核生物に好適な制御配列には、例えば、プロモーター、任意選択でオペレーター配列、及びリボソーム結合部位が含まれる。真核細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル及びエンハンサーを利用することが知られている。別の核酸配列と機能的関係に置かれるとき、核酸は作動可能に連結される。例えば、前駆配列又は分泌リーダーのDNAは、ポリペプチドの分泌に関与するタンパク質前駆体として発現される場合、そのポリペプチドのDNAへ作動可能に連結され;プロモーター又はエンハンサーは、その配列の転写に影響を及ぼす場合、コード配列へ作動可能に連結され;或いは、リボソーム結合部位は、翻訳を促進するように置かれる場合、コード配列へ作動可能に連結される。一般に、作動可能に連結されるは、連結されるDNA配列が連続していること、及び分泌リーダーの場合には、連続し、且つ読取相にあることを意味する。しかし、エンハンサーは連続している必要はない。結合は、都合のよい制限部位でのライゲーションによって達成される。そのような部位が存在しない場合には、合成オリゴヌクレオチドアダプター又はリンカーが従来の慣行に従って利用される。本明細書で用いるように、表現細胞、細胞系及び細胞培養物は互換的に用いられ、全てのそのような呼称は後代を含む。したがって、単語形質転換体及び形質転換細胞には、一次対象細胞及び継代数に関係なくそれに由来する培養物が含まれる。故意又は偶発の突然変異のために、全ての後代のDNA内容が正確に同一でなくてもよいことがさらに理解される。当初形質転換された細胞でスクリーニングされたのと同じ機能又は生物的活性を有する突然変異体後代が含まれる。異なる呼称が意図される場合、それは文脈から明らかになる。本明細書で用いられるとき、用語分子複合体は、2つ以上の異種分子例えばポリペプチドが互いに結合する好ましくは非共有結合的にときに形成される、比較的安定した構造を指す。本明細書で好ましい分子複合体は、免疫複合体である。免疫複合体は、少なくとも1つの標的分子及び少なくとも1つの異種Fc領域含有ポリペプチドが互いに結合してより大きな分子量の複合体を形成するときに形成される、比較的安定した構造を指す。免疫複合体の例は、抗原抗体凝集体及び標的分子-イムノアドヘシン凝集体である。本明細書で用いられる用語免疫複合体は、特に明記しない限り、生体外の複合体を指すすなわち、自然界で見出すことができる形又は状況以外。しかし、免疫複合体は、例えば哺乳動物で免疫複合体のクリアランスを評価するために、哺乳動物に投与されてもよい。用語標的分子は、異種分子が結合することが可能であり、異種分子のために1つ又は複数の結合部位を有する分子、通常ポリペプチドを指す。用語結合部位は、別の分子が結合することができる分子の領域を指す。本明細書で第一の標的分子は、少なくとも2つの分析物分子が第一の標的分子に結合することができるように、分析物例えばFc領域含有ポリペプチドのために少なくとも2つの異なる結合部位例えば、2つから5つの別々の結合部位を含む。好ましい実施形態では、2つ以上の結合部位は同一である例えば、同じアミノ酸配列を有し、そこにおいて、標的分子はポリペプチドである。分析物は、分析される物質である。好ましい分析物は、Fc受容体に結合するその能力について分析されるFc領域含有ポリペプチドである。受容体は、少なくとも1つのリガンドに結合することが可能なポリペプチドである。好ましい受容体は、細胞外リガンド結合ドメイン、及び任意選択で他のドメイン例えば膜貫通ドメイン、細胞内ドメイン及び/又は膜アンカーを有する細胞表面受容体である。本明細書に記載されるアッセイで評価される受容体は、手つかずの受容体又はその断片若しくは誘導体例えば1つ又は複数の異種ポリペプチドと融合している受容体の結合ドメインを含む融合タンパク質であってよい。さらに、結合特性について評価される受容体は、細胞中に存在するか単離されてもよく、任意選択でアッセイプレート又は他の固相の上にコーティングされてもよい。熟語低親和性受容体は、対象のリガンドに弱い結合親和性、例えば約50nMの結合定数又はより悪い親和性を有する受容体を表す。例示的な低親和性受容体には、FcγRII及びFcγRIIIが含まれる。本明細書で用いられるエフェクター機能は、Fc受容体又はリガンドとの抗体Fc領域の相互作用から生じる生化学事象を意味する。エフェクター機能には、ADCC、ADCP及びCDCが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で用いられるエフェクター細胞は、1つ又は複数のFc受容体を発現して、1つ又は複数のエフェクター機能を媒介する免疫系の細胞を意味する。エフェクター細胞には、それらに限定されないが、単球、マクロファージ、好中球、樹枝状細胞、好酸球、肥満細胞、血小板、B細胞、大型顆粒リンパ球、ランゲルハンス細胞、ナチュラルキラーNK細胞、及びγT細胞が含まれ、それらに限定されないがヒト、マウス、ラット、ウサギ及びサルを含む任意の生物体に由来することができる。本明細書でライブラリーは、それらに限定されないが、核酸若しくはアミノ酸配列の一覧、様々な位置の核酸若しくはアミノ酸置換の一覧、ライブラリー配列をコードする核酸を含む物理的ライブラリー、又は精製された形若しくは精製されていない形のいずれかのFcタンパク質単数又は複数を含む物理的ライブラリーを含む、任意の形の一組のFcタンパク質を意味する。本明細書で用いられるFc融合は、1つ又は複数のポリペプチドがFc領域又はその誘導体に作動可能に連結されるタンパク質を意味する。本明細書でFc融合は、先行技術で用いられるように、用語イムノアドヘシン、Ig融合、Igキメラ及び受容体グロブリン時々ダッシュを伴うと同義とするChamowら、1996、TrendsBiotechnol14:52~60;Ashkenaziら、1997、CurrOpinImmunol9:195~200。Fc融合は、免疫グロブリンのFc領域を、一般に任意のタンパク質又は小分子であってよい融合パートナーと一体にする。Fc融合の非Fc部分、すなわち融合パートナーの役割は、標的結合を媒介することであり、したがって、それは抗体の可変領域と機能的に類似している。実質的にいかなるタンパク質又は小分子もFcと連結させて、Fc融合を生成することができる。タンパク質の融合パートナーには、受容体の標的結合領域、接着分子、リガンド、酵素、サイトカイン、ケモカイン又は他のいくつかのタンパク質若しくはタンパク質ドメインが含まれてもよいが、これらに限定されない。小分子融合パートナーには、Fc融合を治療標的に誘導する任意の治療薬を含めることができる。そのような標的は、疾患と関係している任意の分子、好ましくは細胞外の受容体であってよい。承認されているいくつかの小分子薬剤の標的である表面受容体の2つのファミリーは、Gタンパク質共役受容体GPCR及びK、Na、Caチャネルを含むイオンチャネルである。現在世界で市販されている全薬剤のほぼ70は、GPCRを標的にする。したがって、本明細書に記載されるFcタンパク質は、例えば1つ又は複数のGABA受容体、プリン受容体、アドレナリン受容体、ヒスタミン受容体、オピオイド受容体、ケモカイン受容体、グルタミン酸受容体、ニコチン受容体、5HTセロトニン受容体及びエストロゲン受容体を標的にする小分子と融合させることができる。融合パートナーは、治療的に有用な標的を標的にするタンパク質の小分子模倣体であってよい。Fc融合パートナーの役割をすることができる特定の薬剤の具体例は、L.S.Goodmanら編、GoodmanandGilman’sThePharmacologicalBasisofTherapeuticsMcGraw-Hill、NewYork、第9版、1996で見られる。融合パートナーには、既存の薬剤の既知の標的に結合する小分子及びタンパク質だけでなく、薬剤標的としてまだ存在しないオーファン受容体も含まれる。ゲノム及びプロテオームプロジェクトの完了は、創薬の推進力であることが判明し、これらのプロジェクトはオーファン受容体の発堀物を生んだ。これらの新しい分子を薬剤標的として検証して、それらを標的にするタンパク質及び小分子治療法を開発するために、壮大な可能性がある。そのようなタンパク質及び小分子治療法は、本明細書に記載されるFcタンパク質を使用するFc融合パートナーとして企図される。Fc融合を生成するために融合パートナーにFcを共有結合させるために、下で定義及び記載される様々なリンカーを用いることができる。本明細書で用いられるFcリガンドは、抗体のFc領域に結合してFc-リガンド複合体を形成する任意の生物体からの分子、好ましくはポリペプチドを意味する。Fcリガンドには、それらに限定されないが、FcγR、FcγR、FcγR、FcRn、C1q、C3、マンナン結合レクチン、マンノース受容体、ブドウ球菌プロンテインA、連鎖球菌プロテインG及びウイルスのFcγRが含まれる。Fcリガンドには、FcγRと同種のFc受容体のファミリーであるFc受容体同族体FcRHがさらに含まれるDavisら、2002、ImmunologicalReviews190:123~136。Fcリガンドには、Fcに結合する未発見分子を含めることができる。本明細書で用いられるIgGは、認識される免疫グロブリンガンマ遺伝子によって実質的にコードされる抗体クラスに属するポリペプチドを意味する。ヒトでは、このクラスはIgG1、IgG2、IgG3及びIgG4を含む。マウスでは、このクラスはIgG1、IgG2a、IgG2b、IgG3を含む。本明細書で免疫グロブリンIgは、免疫グロブリン遺伝子によって実質的にコードされる1つ又は複数のポリペプチドからなるタンパク質を意味する。免疫グロブリンには抗体が含まれるが、これに限定されない。免疫グロブリンは、それらに限定されないが完全長抗体、抗体断片及び個々の免疫グロブリンドメインを含むいくつかの構造形を有することができる。本明細書で免疫グロブリンIgドメインは、タンパク質構造の当業技術者によって確認されるような、異なる構造実体として存在する免疫グロブリンの領域を意味する。Igドメインは、特徴的な直角位相サンドイッチ折畳みトポロジーを一般に有する。抗体のIgGクラスの既知のIgドメインは、VH、Cγ1、Cγ2、Cγ3、VL及びCLである。本明細書で用いられる親ポリペプチド又は前駆体ポリペプチドFc親又は前駆体を含むは、その後改変されて変異体を生成するポリペプチドを意味する。前記親ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド、又は天然に存在するポリペプチドの変異体若しくは遺伝子操作版であってよい。親ポリペプチドはポリペプチドそれ自体、親ポリペプチドを含む組成物、又はそれをコードするアミノ酸配列を指すことができる。したがって、本明細書で用いられる親Fcポリペプチドは、改変されて変異体を生成する未改変のFcポリペプチドを意味し、本明細書で用いられる親抗体は、改変されて変異体抗体を生成する未改変の抗体を意味する。本明細書で用いられる残基は、タンパク質中の位置及びその関連するアミノ酸主体を意味する。例えば、アスパラギン297Asn297とも呼ばれ、N297とも呼ばれるは、ヒト抗体IgG1中の残基である。本明細書で用いられる標的抗原は、所与の抗体の可変領域が特異的に結合する分子を意味する。標的抗原は、タンパク質、炭水化物、脂質又は他の化合物であってよい。本明細書で用いられる標的細胞は、標的抗原を発現する細胞を意味する。本明細書で用いられる可変領域は、κ、λ及び重鎖免疫グロブリンの遺伝子座をそれぞれ構成するVκ、Vλ及び/又はVH遺伝子のいずれかによって実質的にコードされる1つ又は複数のIgドメインを含む免疫グロブリンの領域を意味する。本明細書で用いられる変異体ポリペプチドは、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親ポリペプチド配列のそれと異なるポリペプチド配列を意味する。変異体ポリペプチドはポリペプチドそれ自体、ポリペプチドを含む組成物、又はそれをコードするアミノ配列を指すことができる。好ましくは、変異体ポリペプチドは、親ポリペプチドと比較して少なくとも1つのアミノ酸改変、例えば親と比較して約1つから約10個のアミノ酸改変、好ましくは約1つから約5つのアミノ酸改変を有する。本明細書で変異体ポリペプチド配列は、好ましくは親ポリペプチド配列と少なくとも約80の相同性、最も好ましくは少なくとも約90の相同性、より好ましくは少なくとも約95の相同性を有する。したがって、本明細書で用いられるFcタンパク質は、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親Fc配列のそれと異なるFc配列を意味する。Fcタンパク質はFc領域を包含することができるだけであるか、又は抗体、Fc融合、若しくは実質的にFcによってコードされる他のポリペプチドのコンテクストで存在することができる。Fcタンパク質はFcポリペプチドそれ自体、Fcタンパク質ポリペプチドを含む組成物、又はそれをコードするアミノ酸配列を指すことができる。例示的な実施形態では、本明細書に記載される変異体タンパク質は、本明細書に記載されるFcタンパク質を含み、このように、Fcタンパク質を有する抗体及び対応する誘導体、又はFcタンパク質を含むFc融合タンパク質を含むことができる。さらに、場合によっては、Fcは、野生型Fc又は親変異体と比較して変異体である。用語抗体依存性細胞媒介細胞傷害ADCCは、特異抗体が結合した標的細胞を免疫系のエフェクター細胞がそれによって活発に溶解する、細胞媒介性免疫の機構を指す。本明細書に記載されるFc領域変異体ポリペプチド及びタンパク質は、野生型Fc領域抗体と比較してADCCをうまく調整する。特定の実施形態では、変異体ポリペプチドは、野生型Fc領域と比較して低減されたADCCをもたらす。特定の他の実施形態では、本明細書に記載されるFc領域変異体は、対応する野生型Fc領域と比較してADCCの増加をもたらす。用語幾何学的測定基準は、バイオポリマーの構造単位又は残基本明細書では互換的に用いられる、タンパク質の場合アミノ酸の、複数の測定可能な物理的属性を記載する。幾何学的測定基準は、1それぞれの残基の原子によって規定される二面、水平面若しくは他の測定可能な角度、2同じ残基の原子間の距離若しくは別の残基の原子までの距離、並びに/又は3同じ残基の原子と構造中の参照原子若しくは位置の間の距離のいずれかによって規定することができる。残基集団は、単一の残基について得られた全ての断片又は試料の合計である。特定の実施形態では、集団は、分子動力学シミュレーションで捕捉されるフレーム数、又はモンテカルロ法シミュレーションからとられる試料数に等しい。残基立体構造は、特定の残基構造に帰される幾何学的測定基準の観察された組合せによって規定される。残基クラスターは、規定の幾何学的測定基準の全て又は一部のクラスタリングに基づいて同じ立体構造を割り当てられた、複数の断片を指す。立体配置的頻度は、同じ残基立体構造を割り当てられたフレーム数を指す。シミュレーションは、分子動力学又はモンテカルロに基づくサンプリング手法のいずれかによって実施される、立体配置的サンプリングの工程を指す。軌跡は、シミュレーションによって生成される立体配置的フレームを含む。グラフ理論は、数学及びコンピューター科学で用いられる用語を指す例えば、ReinhardDiestel、GraphTheory;第3版、Springer2005を参照。用語クラスター化手段は、データセットから類似したデータポイントのクラスターを特定するために用いることができる、複数の数学的方法並びにそれらを実施するアルゴリズム及びプログラムを指す。用語動力学交差相関方法は、その構造の別の立体配置状態に関して、分子動力学軌跡での分子構造の原子転位の交差相関マトリックスのグラフ表示を指す。通常モードの分析は、分子システムの最小局所エネルギーについての特徴的な調和振動及び振動数の試験である。弾力的な網目構造モデルは、残基対の間の相互作用に近似する調和スプリングの網目構造を含むものとしての、タンパク質構造の表示を指す。本明細書では、変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、前記変異体Fc領域は野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含み、野生型Fc領域又は1つ若しくは2つのアミノ酸改変だけを含む変異体Fc領域を含むポリペプチドと比較して変更された効果を有し;改変のうちの少なくとも2つは、単一位置改変と比較して相乗効果を提供し、それによってFcγ受容体への選択された結合プロファイルを示す。特定の実施形態では、一方又は両方のアミノ酸改変は、EUインデックスによる234位~330位の間に位置する。特定の実施形態では、改変は、EUインデックスによる317位及び353位での同時置換を含まない。一部の実施形態では、アミノ酸改変は、EUインデックスによる332位での置換を含まない。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変L235A/S239E/D265Eを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変A327H/E269L/K236Aを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/D270Q/S239Eを含む。一部の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変A330V/I332L/K326を含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変G236S/A327H/A330Iを含む。本明細書に記載のポリペプチドの特定の実施形態では、アミノ酸改変は、前記3つ以上のアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、第一のFcγ受容体への強化された結合親和性及び/又は特異性をもたらすが、第二のFcγ受容体への結合親和性及び/又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。これらの実施形態の一部では、第一のFcγ受容体はFcγRIIIa受容体であり、第二のFcγ受容体はFcγRIIa又はFcγRIIbである。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいFcγRIIIa特異的相互作用並びに/又はFcγRIIa及び/若しくはFcγRIIb受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。一部の実施形態では、アミノ酸改変は、FcγRIIIa受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIa及び/又はFcγRIIbへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。本明細書で、野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、アミノ酸改変は、2つのアミノ酸改変を欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIIa受容体への強化された結合親和性及び/又は特異性をもたらすが、FcγRIIa又はFcγRIIb受容体への結合親和性及び/又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変S239E/D265S/I332Eを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/S239E/A327Hを含む。特定の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変H268D/E269L/S298A/K326A/A327Hを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変L235A/S239E/D265E/A327Hを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/S239E/D270Nを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変G236E/G237F/S239Eを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変S239E/D265SI332E、或いはH268Dを含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは、G237F/S239E/D265E、S239E/S298A/K326A/A327H及びG236E/D270N/A327V/I332Eの群から選択される改変を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドは改変S298A/K326A/A327Hを含み、そこにおいてポリペプチドは、S298A/K326A/A327H改変を欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIIa受容体への向上した結合選択性を有する。一態様では、本明細書で、野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、アミノ酸改変は、アミノ酸改変の少なくとも1つを欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIa受容体への強化された結合親和性及び/又は特異性をもたらすが、FcγRIIIa又はFcγRIIb受容体への結合親和性及び/又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F、A327L及びA330Iを含む。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいFcγRIIa特異的相互作用並びに/又はFcγRIIIa及び/若しくはFcγRIIb受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、FcγRIIa受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIIa及び/又はFcγRIIbへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F、S239E及びH268Dを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変D265E/S267D/A330Sを含む。さらなる態様では、本明細書で、野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、アミノ酸改変は、アミノ酸改変の少なくとも1つを欠くポリペプチドと比較して、FcγRIIb受容体への強化された結合親和性及び/又は特異性をもたらすが、FcγRIIIa又はFcγRIIa受容体への結合親和性及び/又は特異性を低減する、アミノ酸相互作用及び動態力学をもたらす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、好ましいFcγRIIb特異的相互作用並びに/又はFcγRIIIa及び/若しくはFcγRIIa受容体との好ましからぬ相互作用を引き起こす。特定の実施形態では、アミノ酸改変は、FcγRIIb受容体に最小限の影響を及ぼし、一方でFcγRIIIa及び/又はFcγRIIaへのポリペプチドの結合に有害な影響を及ぼす。特定の実施形態では、ポリペプチドは、改変S239D/D265S/S298A/I332Eを含む。一部の他の実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/S298A/A330L/I332Eを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変H268D、K326A、A327Hを、或いはE269L及びS298Aの一方又は両方を含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変G237F/V266L/S267Dを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、改変L234F/S267G/N325L又はL234F/S267E/N325Lを含む。一実施形態では、ポリペプチドは、改変G236A/S239D/D270L/I332Eを含む。本明細書に記載の特定の態様では、野生型Fc領域を含むポリペプチドのFcγ受容体への結合は、インビトロアッセイによって検出可能である。一態様では、本明細書で、野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて改変の1つは突然変異S239Eを含み、前記ポリペプチドはS239E突然変異を欠くポリペプチドと比較してFcγRIIIa受容体への結合においてより高い選択性を有する。一態様では、本明細書で、野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、改変の1つは突然変異S239Eを含み、改変の1つは突然変異S298Aを含み、前記ポリペプチドは、S298A突然変異を欠くポリペプチドと比較してFcγRIIa及びFcγRIIb受容体への低減された結合親和性を有する。一態様では、本明細書で、野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、前記改変は、D270L/Y300L/A330K、G237F/S267G/N325F、G237F/V266L/S267D、L234F/S267G/N325L、L234F/S267E/N325L、G237F/S239E/A327H、G237F/A327L/A330I、S239E/A327L/A330I、S239E/S267E/H268D、G237F/S239E/D270N、G236E/G237F/S239E、S239E/D265S/I332E、G237F/S239E/D265E、G237F/S239E/H268D、H268E/D270E/S267G、H268D/K326A/A327H、D265E/S267D/A330S、L235A/S239E/D265E、A327H/E269L/K236A、G237F/D270Q/S239E、A330V/I332L/K326及びG236S/A327H/A330Iから選択される。一態様では、本明細書で、野生型Fc領域と比較して少なくとも4つのアミノ酸改変を含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、前記改変は、L235A/S239E/D265E/A327H、S239E/D265S/H268D/I332E、S239D/D265S/S298A/I332E、S239E/S298A/K326A/A327H、G237F/S298A/A330L/I332E及びG236E/D270N/A327V/I332E、G236A/S239D/D270L/I332E及びH268D/E269L/S298A/K326A/A327Hから選択される。一態様では、本明細書で、野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、前記少なくとも3つのアミノ酸改変は、L234Q、L234N、L235A、G236E、E236L、E236D、G237F、G237N、S239E、S239D、D265E、D265S、S267E、S267D、S267G、H268D、H268E、E269L、E269L、D270N、D270I、D270E、S298A、K326A、K326D、A327H、A327V、A327L、A327T、A330V、A330L、A330W、A330I、A330S、I332L、I332D及びI332Eからなる群から選択される。一態様では、本明細書で、アミノ酸改変の組合せを含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、前記組合せは、L235A/S239E/D265E;L235A/G237F/D265E;S239E/E269D/A327H;S239E/G237N/A327H;S239E/G237F/A327V;G237F/D270I/S239E;G237F/A327L/S239E;A327H/E269L/K326A;A330V/I332L/S239E;A327T/E269L/K326A;D270N/A327T/K326A;A330V/I332L/S239E;A330W/I332D/S239E;G236E/D265E/A327H/A330I;D270N/S298A/A327V;G236E/D265E/D270N/A327H/A330I;G236E/D270N/A327H/A330I;G236E/D270N/A327V/I332E;G236E/D270N/A327V/G237F;L234N/S239E/A330I/I332E;L234Q/S239E/A330I/I332E;L234Q/S239E/A330I/I332E/S298A;G237F/S239D/D265E/D270N/S298A;G237F/S239E/D270N/A330L/I332E;G237F/S239E/D270N/A330L/I332E/S298A;S239E/G237F/A327H;G237F/A327L/A330I;S239E/A330I/A327L;D265E/S239E/L235A/A327H;S267E/S239E/H268D;G237F/D270N/S239E;S239E/G237F/G236E;I332E/D265S/S239E/H268D;I332E/D265S/S239E;D265E/S239E/G237F;S239E/H268D/G237F;S298A/D265S/S239D/I332E;S298A/K326A/A327H/S239E;S298A/G237F/A3330L/I332E;H268E/D270E/S267G;H268D/K326A/A327H;H268D/K326A/A327H/E269L/S298A;A330S/D265E/S267D;S239E/S267E/H268D;S237F/S239E/D265E及びH268E/D270/E/S267Gからなる群から選択される。一態様では、本明細書で、野生型Fc領域と比較して少なくとも3つのアミノ酸改変を含む変異体Fc領域を含むポリペプチドが提供され、そこにおいて、前記変異体Fc領域がアミノ酸改変H268Dを含む場合、前記変異体は改変S267Eを含まない。本明細書に記載されるポリペプチドの特定の実施形態では、親ポリペプチドのFc領域はヒトIgGのFc領域である。これらの実施形態のいくつかでは、ヒトIgGのFc領域は、ヒトIgG1、IgG2、IgG3又はIgG4のFc領域である。本明細書に記載されるポリペプチドの特定の実施形態では、ポリペプチドは抗体である。一部の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体である。一態様では、本明細書に記載されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸が提供される。特定の実施形態では、前記核酸を含むベクターが提供される。一態様では、本明細書に記載されるポリペプチド又はタンパク質を生成するための方法が提供され、前記方法は、i前記ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を、前記ポリペプチドの発現に適する条件下において培地中で培養すること;及びii前記培地からポリペプチドを回収することを含む。本明細書に記載の一態様では、本明細書に記載される変異体Fc領域ポリペプチドを含む、癌標的抗原に特異的に結合する治療抗体が提供される。特定の実施形態では、治療抗体は、アバゴボマブ、アダリムマブ、アレムツズマブ、アウログラブ、バピネオズマブ、バシリキシマブ、ベリムマブ、ベバシズマブ、ブリアキヌマブ、カナキヌマブ、カツマキソマブ、セルトリズマブペゴール、セツキシマブ、ダクリズマブ、デノスマブ、エファリズマブ、ガリキシマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、ゴリムマブ、イブリツモマブチウキセタン、インフリキシマブ、イピリムマブ、ルミリキシマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、ムロモナブ、ミコグラブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ペルツズマブ、ラニビズマブ、レスリズマブ、リツキシマブ、テプリズマブ、トシリズマブ/アトリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Proxinium商標、Rencarex商標、ウステキヌマブ、ザルツムマブ及び任意の他の抗体からなる群から選択される。特定の実施形態では、標的抗原は、IL-2Rのa鎖CD25、アミロイドベータ、抗EpCAM×抗CD3、BLyS又はBAFF、CD11a、CD20、CD22、CD23、CD3、CD4、CD52、CD80、CTLA-4、EGFR、EpCAM、RSVのFタンパク質、G250、糖タンパク質IIb/IIIaR、HER2、HER2/neuR、Hsp90、IgE抗体、IL-12/IL-23、IL-1b、IL-5、IL-6受容体、インテグリンアルファ4/ベータ1、ムチン16/CA-125、RANKL、TNFアルファ、VEGF-A及び他の治療的に有利な標的からなる群から選択される。本明細書に記載される一態様では、癌抗原で特徴づけられる癌を有する患者で癌を処置する方法が提供され、前記方法は、本明細書に記載される治療抗体の治療的有効量を前記患者に投与することを含む。特定の実施形態では、患者はヒトである。本明細書に記載される一態様では、免疫抗原で特徴づけられる免疫障害を有する患者で免疫障害を処置する方法が提供され、前記方法は、本明細書に記載される治療的に有効なポリペプチド、抗体又はタンパク質を前記患者に投与することを含む。一態様では、本明細書に記載されるポリペプチドの治療的有効量、及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が提供される。本明細書に記載される一態様では、少なくとも3つのアミノ酸置換を有する変異体Fc領域を含み、野生型と比較して、抗体依存性細胞傷害ADCCの媒介により有効であるポリペプチドが提供される。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、ADCCの媒介において約1.5倍から約100倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、ADCCの媒介において約2倍から約50倍より有効である。本明細書に記載される一態様では、少なくとも3つのアミノ酸置換を有する変異体Fc領域を含み、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介により有効であるポリペプチドが提供される。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約2倍より有効である。一部の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約10倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して。炎症性免疫応答の阻害の媒介において約50倍より有効である。特定の実施形態では、変異体Fc領域を含むポリペプチドは、野生型と比較して、炎症性免疫応答の阻害の媒介において約100倍より有効である。本明細書では、FcγRIIa、FcγRIIb及び/又はFcγRIIIaへの計算された結合親和性に基づいてインシリコでFc変異体ポリペプチドを同定するための方法も提供される。特定の実施形態では、インシリコでFc変異体ポリペプチドを同定する方法は、前記Fc変異体ポリペプチドの静電気学、溶媒和、充填、充填密度、水素結合及びエントロピー効果をインシリコでさらに計算する。特定の実施形態では、インシリコでFc変異体ポリペプチドを同定する方法は、同定されたFc変異体ポリペプチドを構築し、哺乳動物細胞において抗体の形状で前記ポリペプチドを発現させることをさらに含む。本明細書に記載されるFcポリペプチド及びタンパク質は、様々な特性について最適化することができる。最適化することができる特性には、強化又は低減されるFcγR親和性が含まれるが、これに限定されない。好ましい実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、ヒトの活性化FcγRI、好ましくはFcγRII、FcγRIIa、FcγRIIc、FcγRIIIa及びFcγRIIIb、最も好ましくはFcγRIIIaへの強化される親和性を有するように最適化される。代替の好ましい実施形態では、Fcタンパク質は、ヒトの抑制性受容体FγRIIbへの低減される親和性を有するように最適化される。これらの好ましい実施形態は、ヒトで強化された治療特性、例えば強化されたエフェクター機能及びより大きな抗癌効力を有する抗体及びFc融合体を提供すると予想される。代わりの実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、それらに限定されないがFcγRII、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIc、FcγRIIIa及びFcγRIIIbを含むヒトFcγRIへの低減又は消去される親和性を有するように最適化される。これらの実施形態は、ヒトで強化された治療特性、例えば低減されたエフェクター機能及び低減された毒性を有する抗体及びFc融合体を提供すると予想される。好ましい実施形態は、ヒトFcγRへのFc結合の最適化を含むが、代わりの実施形態では、本発明のFcポリペプチド及びタンパク質は、それらに限定されないがマウス、ラット、ウサギ及びサルを含むヒト以外の生物体からのFcγRへの強化又は低減された親和性を有する。ヒト以外のFcγRへの結合のために最適化されるFcタンパク質は、実験での用途を見出すことができる。例えば、所与の薬剤候補の効力、毒性及び薬物動態などの特性の試験を可能にするマウスモデルが様々な疾患のために利用できる。当技術分野で公知であるように、ヒト癌を模倣するためにマウスに癌細胞を移植又は注入することができ、これは異種移植と呼ばれる方法である。1つ又は複数のマウスFcγRのために最適化されるFcタンパク質を含む抗体又はFc融合体の試験は、抗体又はFc融合体の効力、その作用機構などに関して価値ある情報を提供することができる。特定の実施形態では、本明細書に記載されるFcポリペプチド及びタンパク質は、非グリコシル化型での強化される官能性及び/又は溶液特性のために最適化される。例示的な実施形態では、本明細書に記載される非グリコシル化Fcタンパク質は、親Fcポリペプチドの非グリコシル化型より大きな親和性でFcリガンドに結合する。前記Fcリガンドには、それらに限定されないが、FcγR、C1q、FcRn、並びにプロテインA及びGが含まれ、それらに限定されないがヒト、マウス、ラット、ウサギ又はサルを含む任意の供給源、好ましくはヒトに由来することができる。代わりの好ましい実施形態では、Fcタンパク質は、親Fcポリペプチドの非グリコシル化型より安定するように及び/又は可溶性であるように最適化される。前記の最適化された特性のいずれかを示すように操作されるか、示すことが予測されるFcタンパク質は、本明細書で最適化されたFcタンパク質と呼ばれる。特定の実施形態では、本明細書に記載されるFcポリペプチド及びタンパク質は、それら自体が広範囲の供給源に由来する親Fcポリペプチドに由来する。一部の実施形態では、親Fcポリペプチドは、それらに限定されないが、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、ラクダ、ラマ、ヒトコブラクダ、サルを含む任意の生物体、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒト及びマウスに由来する1つ又は複数のFc遺伝子によって実質的にコードされる。一実施形態では、親Fcポリペプチドは、親抗体と呼ばれる抗体を含む。特定の実施形態では、親抗体は完全にヒトであり、例えばトランスジェニックマウスBruggemannら、1997、CurrOpinBiotechnol8:455~458又は選択方法と一緒にヒト抗体ライブラリーGriffithsら、1998、CurrOpinBiotechnol9:102~108を用いて得られる。親抗体は、天然に存在する必要はない。特定の実施形態では、親抗体は、それらに限定されないがキメラ抗体及びヒト化抗体を含む操作された抗体であるClark、2000、ImmunolToday21:397~402。特定の実施形態では、親抗体は、1つ又は複数の天然の抗体遺伝子によって実質的にコードされる抗体の操作変異体である。一実施形態では、当技術分野で公知であるように、親抗体は親和性成熟している。或いは、抗体は、例えば2003年3月3日に出願の米国特許出願第10/339,788号に記載されるように、他の方法で改変されている。特定の実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、抗体クラスのいずれかに属する免疫グロブリン遺伝子によって実質的にコードされる。例示的な実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、IgG1、IgG2、IgG3又はIgG4を含むIgGクラスの抗体に属する配列を含む抗体又はFc融合体で有用である。代わりの実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、IgAサブクラスIgA1及びIgA2を含む、IgD、IgE、IgG又はIgMクラスの抗体に属する配列を含む抗体又はFc融合体で有用である。一部の実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、複数のタンパク質鎖を含む。すなわち、一部の実施形態では、本明細書に記載されるポリペプチドは、単量体、又はホモオリゴマー若しくはヘテロオリゴマーを含むオリゴマーである抗体又はFc融合体で有用である。一部の実施形態では、本発明の抗体はヒト配列に基づき、したがって、ヒト配列は基礎配列として用いられ、それに対してラット、マウス及びサルの配列などの他の配列が比較される。一次配列又は構造への相同性を確立するために、前駆体又は親Fcポリペプチドのアミノ酸配列が本明細書で概説されるヒトFc配列と直接比較される。当技術分野で公知の相同性整列プログラムの1つ又は複数を用いて例えば種間で保存された残基を用いて配列を整列させ、整列を維持するためにすなわち、不定の欠失及び挿入を通しての保存された残基の消去を避けること必要な挿入及び欠失を可能にした後に、ヒトFcの一次配列の特定のアミノ酸に等しい残基が規定される。保存された残基の整列は、好ましくはそのような残基の100を保存するべきである。しかし、保存された残基の75を超えるかわずか50の整列も、等しい残基対応する残基と呼ばれることもあるを規定するのに十分である。三次構造が決定されているFcポリペプチドの三次構造のレベルで相同性を判定することによって、等しい残基を規定することもできる。等しい残基は、親又は前駆体の特定のアミノ酸残基の主鎖原子の2つ以上の原子座標NとN、CAとCA、CとC及びOとOが、整列後に0.13nm以内、好ましくは0.1nmであるものと定義される。Fcポリペプチドの非水素タンパク質原子の原子座標の最大重複を与えるように最良のモデルが配向及び配置された後に、整列は達成される。一部の実施形態では、本明細書に記載されるFcポリペプチドは、それらに限定されないが、エフェクター機能又は1つ若しくは複数のFcリガンドとの相互作用を変更する改変を含む他のFc改変と組み合わされる。特定の実施形態では、これらの組合せは、抗体又はFc融合体で相加作用、相乗作用又は特性を提供する。一実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、他の公知のFcタンパク質と組み合わされるDuncanら、1988、Nature332:563~564;Lundら、1991、JImmunol147:2657~2662;Lundら、1992、MolImmunol29:53~59;Alegreら、1994、Transplantation57:1537~1543;Hutchinsら、1995、ProcNatlAcadSciUSA92:11980~11984;Jefferisら、1995、ImmunolLeft44:111~117;Lundら、1995、FasebJ9:115~119;Jefferisら、1996、ImmunolLeft54:101~104;Lundら、1996、JImmunol157:4963~4969;Armourら、1999、EurJImmunol29:2613~2624;Idusogieら、2000、JImmunol164:4178~4184;Reddyら、2000、JImmunol164:1925~1933;Xuら、2000、CellImmunol200:16~26;Idusogieら、2001、JImmunol166:2571~2575;Shieldsら、2001、JBiolChem276:6591~6604;Jefferisら、2002、ImmunolLett82:57~65;Prestaら、2002、BiochemSocTrans30:487~490;Hintonら、2004、JBiolChem279:6213~6216米国特許第5,624,821号;米国特許第5,885,573号;米国特許第6,194,551号;PCTWO00/42072;PCTWO99/58572;US2004/0002587A1。代わりの実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、1つ又は複数の操作されたグリコフォームを含む抗体又はFc融合体に組み込まれる。本明細書で用いられる操作されたグリコフォームは、Fcポリペプチドに共有結合する炭水化物組成物を意味し、前記炭水化物組成物は親Fcポリペプチドのそれと化学的に異なる。操作されたグリコフォームは、それに限定されないがエフェクター機能の強化又は低減を含む様々な目的のために役立つことができる。操作されたグリコフォームは、当技術分野で公知である様々な方法によって生成することができるUmanaら、1999、NatBiotechnol17:176~180;Daviesら、2001、BiotechnolBioeng74:288~294;Shieldsら、2002、JBiolChem277:26733~26740;Shinkawaら、2003、JBiolChem278:3466~3473;米国特許第6,602,684号;米国特許出願第10/277,370号;米国特許出願第10/113,929号;PCTWO00/61739A1;PCTWO01/29246A1;PCTWO02/31140A1;PCTWO02/30954A1;Potelligent登録商標技術[Biowa,Inc.、Princeton、N.J.];GlycoMAb登録商標グリコシル化操作技術[GLYCARTbiotechnologyAG、Zurich、Switzerland]。これらの技術の多くは、例えば、操作その他された様々な生物体若しくは細胞系例えばLec-13CHO細胞若しくはラットハイブリドーマYB2/0細胞でFcポリペプチドを発現させることによって、グリコシル化経路に関与する酵素例えばFUT8[α1,6-フコシル転移酵素]及び/又はβ1-4-N-アセチルグルコサミン転移酵素III[GnTIII]を調節することによって、又はFcポリペプチドが発現された後に炭水化物単数又は複数を改変することによって、Fc領域に共有結合する、フコシル化及び/又は二分化オリゴ糖のレベルを制御することに基づく。操作されたグリコフォームは、異なる炭水化物又はオリゴ糖を一般的に指す;したがって、Fcポリペプチド、例えば抗体又はFc融合体は、操作されたグリコフォームを含むことができる。或いは、操作されたグリコフォームは、異なる炭水化物又はオリゴ糖を含むFcポリペプチドを指すことができる。したがって、最適化された特性を有する抗体又はFc融合体を生成することを目的として、他のFc改変並びに未発見のFc改変を有する本明細書に記載のFcタンパク質の組合せが企図される。特定の実施形態では、本明細書に記載される変異体Fcタンパク質及びポリペプチドは、抗体で有用である。本明細書で用いられる本明細書に記載される抗体は、本明細書に記載されるFcタンパク質を含む抗体を意味する。実際、本発明は、Fcを含む任意のタンパク質で有用であり、したがって、本明細書に記載されるFcポリペプチド及びタンパク質の適用は抗体に限定されない。本明細書に記載されるFcタンパク質は、Fc融合体で有用である。本明細書で用いられる本明細書に記載されるFc融合体は、本明細書に記載されるFcタンパク質を含むFc融合体を指す。Fc融合体は、サイトカイン、可溶性受容体ドメイン、接着分子、リガンド、酵素、ペプチド又は他のタンパク質若しくはタンパク質ドメインに作動可能に連結される本明細書に記載のFcタンパク質を含むことができ、それらに限定されないが、米国特許第5,843,725号;米国特許第6,018,026号;米国特許第6,291,212号;米国特許第6,291,646号;米国特許第6,300,099号;米国特許第6,323,323号;PCTWO00/24782;及びChamowら、1996、TrendsBiotechnol14:52~60;Ashkenaziら、1997、CurrOpinImmunol9:195~200に記載されるFc融合体が含まれる。本明細書に記載されるタンパク質及びポリペプチドは、それらに限定されないが以下の一覧のタンパク質、以下の一覧のタンパク質に属するサブユニット、ドメイン、モチーフ及びエピトープを含む、事実上あらゆる抗原を標的にすることができる:CD2;CD3、CD3E、CD4、CD11、CD11a、CD14、CD16、CD18、CD19、CD20、CD22、CD23、CD25、CD28、CD29、CD30、CD32、CD33p67タンパク質、CD38、CD40、CD40L、CD52、CD54、CD56、CD80、CD147、GD3、IL-1、IL-1R、IL-2、IL-2R、IL-4、IL-5、IL-6、IL-6R、IL-8、IL-12、IL-15、IL-18、IL-23、インターフェロンα、インターフェロンβ、インターフェロンγ;TNFα、TNFβ2、TNFc、TNFαβ、TNF-RI、TNF-RII、FasL、CD27L、CD30L、4-1BBL、TRAIL、RANKL、TWEAK、APRIL、BAFF、LIGHT、VEGI、OX40L、TRAIL受容体-1、A1アデノシン受容体、リンフォトキシンβ受容体、TACI、BAFF-R、EPO;LFA-3、ICAM-1、ICAM-3、EpCAM、インテグリンβ1、インテグリンβ2、インテグリンα4/β7、インテグリンα2、インテグリンα3、インテグリンα4、インテグリンα5、インテグリンα6、インテグリンαv、αVβ3インテグリン、FGFR-3、ケラチノサイト増殖因子、VLA-1、VLA-4、L-セレクチン、抗Id、Eセレクチン、HLA、HLA-DR、CTLA-4、T細胞受容体、B7-1、B7-2、VNRインテグリン、TGFβ1、TGFβ2、エオタキシン1、BLySBリンパ球刺激因子、補体C5、IgE、第VII因子、CD64、CBL、NCA90、EGFRErbB-1、Her2/neuErbB-2、Her3ErbB-3、Her4ErbB-4、組織因子、VEGF、VEGFR、エンドセリン受容体、VLA-4、ハプテンNP-cap若しくはNIP-cap、T細胞受容体α/β、Eセレクチン、ジゴキシン、胎盤アルカリ性ホスファターゼPLAP及び精巣PLAP様アルカリ性ホスファターゼ、トランスフェリン受容体、癌胎児性抗原CEA、CEACAM5、HMFGPEM、ムチンMUC1、MUC18、ヘパラナーゼI、ヒト心筋ミオシン、腫瘍関連糖タンパク質72TAG-72、腫瘍関連抗原CA125、前立腺特異的膜抗原PSMA、高分子量黒色腫関連抗原HMW-MAA、癌関連抗原、Gcoタンパク質IIb/IIIaGPIIb/IIIa、LewisY関連炭水化物を発現する腫瘍関連抗原、ヒトサイトメガロウイルスHCMVgHエンベロープ糖タンパク質、HIVgp120、HCMV、呼吸器合胞体ウイルスRSVF、RSVFFgp、VNRインテグリン、IL-8、サイトケラチン腫瘍関連抗原、HepBgp120、CMV、gpIIbIIIa、HIVIIIBgp120V3ループ、呼吸器合胞体ウイルスRSVFgp、単純ヘルペスウイルスHSVgD糖タンパク質、HSVgB糖タンパク質、HCMVgBエンベロープ糖タンパク質及びウェルシュ菌Clostridiumperfringens毒素。当業者は、前記の一覧の標的は、特定のタンパク質及び生体分子だけでなく、それらを含む生化学経路単数又は複数も指すことを理解するであろう。例えば、標的抗原としてのCTLA-4への言及は、CTLA-4、B7-1、B7-2、CD28及びこれらのタンパク質に結合する任意の他の未発見のリガンド又は受容体を含む、T細胞副刺激経路を構成するリガンド及び受容体も標的であることを意味する。したがって、本明細書で用いられる標的は、特定の生体分子だけでなく、前記標的と相互作用するタンパク質のセット及び前記標的が属する生化学経路のメンバーも指す。当業技術者は、Fc融合体を生成するために、前記の標的抗原、それらに結合するリガンド若しくは受容体、又はそれらの対応する生化学経路の他のメンバーのいずれかを、本明細書に記載されるFcタンパク質に作動可能に連結することができることをさらに理解する。したがって例えば、Fcタンパク質を、EGFRに結合するEGF、TGFα、又は発見されたか発見されていない任意の他のリガンドに作動可能に連結することによって、EGFRを標的にするFc融合体を構築することができた。したがって、EGFRに結合するEGF、TGFα、又は発見されたか発見されていない任意の他のリガンドに結合するFc融合体を生成するために、本明細書に記載されるFcタンパク質をEGFRに作動可能に連結することができた。したがって、Fc融合体を開発するために、リガンド、受容体又は他のタンパク質若しくはタンパク質ドメインであるかどうかにかかわらず、それらに限定されないが前記の標的、及びそれらの対応する生化学経路を構成するタンパク質を含む事実上あらゆるポリペプチドを、本明細書に記載されるFcタンパク質に作動可能に連結することができる。臨床試験又は開発での使用が承認されているいくつかの抗体及びFc融合体には、本明細書に記載されるFcタンパク質が有益である。前記抗体及びFc融合体は、本明細書で臨床製品及び候補と呼ばれる。したがって好ましい実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、一定の範囲の臨床製品及び候補で有用であり得る。例えば、CD20を標的にするいくつかの抗体には、本明細書に記載されるFcタンパク質が有益となることができる。例えば、本明細書に記載されるFcタンパク質は、リツキシマブRituxan登録商標、IDEC/Genentech/Rocheにかなり類似している抗体例えば米国特許第5,736,137号を参照、非ホジキンリンパ腫を処置するために承認されたキメラ抗CD20抗体;HuMax-CD20、Genmabによって現在開発されている抗CD20、米国特許第5,500,362号に記載される抗CD20抗体、AME-133AppliedMolecularEvolution、hA20Immunomedics,Inc.及びHumaLYMIntracelで有用であり得る。EGFRErbB-1、Her2/neuErbB-2、Her3ErbB-3、Her4ErbB-4を含む上皮成長因子受容体のファミリーのメンバーを標的にするいくつかの抗体には、本明細書に記載されるFcタンパク質が有益となることができる。例えば、本明細書に記載されるFcタンパク質は、トラスツズマブHerceptin登録商標、Genentechにかなり類似している抗体例えば米国特許第5,677,171号を参照、乳癌を処置するために承認されたヒト化抗Her2/neu抗体;現在Genentechによって開発されているペルツズマブrhuMab-2C4、Omnitarg登録商標;米国特許第4,753,894号に記載される抗Her2抗体;セツキシマブErbitux登録商標、Imclone米国特許第4,943,533号;PCTWO96/40210、様々な癌のために臨床試験中のキメラ抗EGFR抗体;現在Abgenix/Immunex/Amgenによって開発されているABX-EGF米国特許第6,235,883号;現在Genmabによって開発されているHuMax-EGFr米国特許出願第10/172,317号;425、EMD55900、EMD62000及びEMD72000MerckKGaA米国特許第5,558,864号;Murthyら1987、ArchBiochemBiophys.2522:549~60;Rodeckら、1987、JCellBiochem.354:315~20;Kettleboroughら、1991、ProteinEng.47:773~83;ICR62InstituteofCancerResearchPCTWO95/20045;Modjtahediら、1993、J.CellBiophys.1993、221~3:129~46;Modjtahediら、1993、BrJCancer.1993、672:247~53;Modjtahediら、1996、BrJCancer、732:228~35;Modjtahediら、2003、IntJCancer、1052:273~80;TheraCIMhR3YMBiosciences、CanadaandCentrodeImmunologiaMolecular、Cuba米国特許第5,891,996号;米国特許第6,506,883号;Mateoら、1997、Immunotechnology、31:71~81;mAb-806LudwigInstitueforCancerResearch、MemorialSloan-KetteringJungbluthら2003、ProcNatlAcadSciUSA.1002:639~44;KSB-102KSBiomedix;MR1-1IVAX、NationalCancerInstitutePCTWO0162931A2;及びSC100ScancellPCTWO01/88138で有用であり得る。別の好ましい実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、アレムツズマブCampath登録商標、Millenium、B細胞慢性リンパ球性白血病の処置のために現在承認されているヒト化モノクローナル抗体で有用であり得る。本明細書に記載されるFcタンパク質は、それらに限定されないが、ムロモナブ-CD3OrthocloneOKT3登録商標、OrthoBiotech/JohnsonJohnsonによって開発された抗CD3抗体、イブリツモマブチウキセタンZevalin登録商標、IDEC/ScheringAGによって開発されたCD20抗体、ゲムツズマブオゾガマイシンMylotarg登録商標、Celltech/Wyethによって開発された抗CD33p67タンパク質抗体、アレファセプトAmevive登録商標、Biogenによって開発された抗LFA-3Fc融合体、Centocor/Lillyによって開発されたアブシキシマブReoPro登録商標、Novartisによって開発されたバシリキシマブSimulect登録商標、MedImmuneによって開発されたパリビズマブSynagis登録商標、インフリキシマブRemicade登録商標、Centocorによって開発された抗TNFα抗体、アダリムマブHumira登録商標、Abbottによって開発された抗TNFα抗体、Humicade登録商標、Celltechによって開発された抗TNFα抗体、エタナーセプトEnbrel登録商標、Immunex/Amgenによって開発された抗TNFαFc融合体、ABX-CBL、Abgenixによって開発されている抗CD147抗体、ABX-IL8、Abgenixによって開発されている抗IL8抗体、ABX-MA1、Abgenixによって開発されている抗MUC18抗体、ペムツモマブR1549、.sup.90Y-muHMFG1、Antisomaによって開発中の抗MUC1、TherexR1550、Antisomaによって開発されている抗MUC1抗体、Antisomaによって開発されているAngioMabAS1405、Antisomaによって開発されているHuBC-1、Antisomaによって開発されているThioplatinAS1407、Antegren登録商標ナタリズマブ、Biogenによって開発されている抗α4β1VLA-4及びα4β7抗体、VLA-1mAb、Biogenによって開発されている抗VLA-1インテグリン抗体、LTBRmAb、Biogenによって開発されている抗リンフォトキシンβ受容体LTBR抗体、CAT-152、CambridgeAntibodyTechnologyによって開発されている抗TGFβ2抗体、J695、CambridgeAntibodyTechnology及びAbbottによって開発されている抗IL-12抗体、CAT-192、CambridgeAntibodyTechnology及びGenzyme開発されている抗TGFβ1抗体、CAT-213、CambridgeAntibodyTechnologyによって開発されている抗エオタキシン1抗体、LymphoStat-B登録商標、CambridgeAntibodyTechnology及びHumanGenomeSciencesInc.によって開発されている抗Blys抗体、TRAIL-R1mAb、CambridgeAntibodyTechnology及びHumanGenomeSciences,Inc.によって開発されている抗TRAIL-R1抗体、Avastin登録商標ベバシズマブ、rhuMAb-VEGF、Genentechによって開発されている抗VEGF抗体、Genentechによって開発されている抗HER受容体ファミリー抗体、抗組織因子ATF、Genentechによって開発されている抗組織因子抗体、Xolair登録商標オマリズマブ、Genentechによって開発されている抗IgE抗体、Raptiva登録商標エファリズマブ、Genentech及びXomaによって開発されている抗CD1a抗体、Genentech及びMilleniumPharmaceuticalsによって開発されているMLN-02抗体旧称LDP-02、HuMaxCD4、Genmabによって開発されている抗CD4抗体、HuMax-IL15、Genmab及びAmgenによって開発されている抗IL15抗体、Genmab及びMedarexによって開発されているHuMax-Inflam、HuMax-癌、Genmab及びMedarex及びOxfordGcoSciencesによって開発されている抗ヘパラナーゼI抗体、Genmab及びAmgenによって開発されているHuMax-リンパ腫、Genmabによって開発されているHuMax-TAC、IDECPharmaceuticalsによって開発されているIDEC-131及び抗CD40L抗体、IDEC-151クレノリキシマブ、IDECPharmaceuticalsによって開発されている抗CD4抗体、IDEC-114、IDECPharmaceuticalsによって開発されている抗CD80抗体、IDEC-152、IDECPharmaceuticalsによって開発されている抗CD23、IDECPharmaceuticalsによって開発されている抗マクロファージ遊走阻止因子MIF抗体、BEC2、Imcloneによって開発されている抗イディオタイプ抗体、IMC-1C11、Imcloneによって開発されている抗KDR抗体、DC101、Imcloneによって開発されている抗flk-1抗体、Imcloneによって開発されている抗VEカドヘリン抗体、CEA-Cide登録商標ラベツズマブ、Immunomedicsによって開発されている抗癌胎児性抗原CEA抗体、LymphoCide登録商標エプラツズマブ、Immunomedicsによって開発されている抗CD22抗体、Immunomedicsによって開発されているAFP-Cide、Immunomedicsによって開発されているMyelomaCide、Immunomedicsによって開発されているLkoCide、Immunomedicsによって開発されているProstaCide、MDX-010、Medarexによって開発されている抗CTLA4抗体、MDX-060、Medarexによって開発されている抗CD30抗体、Medarexによって開発されているMDX-070、Medarexによって開発されているMDX-018、Osidem登録商標IDM-1、Medarex及びImmuno-DesignedMoleculesによって開発されている抗Her2抗体、HuMax登録商標-CD4、Medarex及びGenmabによって開発されている抗CD4抗体、HuMax-IL15、Medarex及びGenmabによって開発されている抗IL15抗体、CNTO148、Medarex及びCentocor/JJによって開発されている抗TNFα抗体、CNTO1275、Centocor/JJによって開発されている抗サイトカイン抗体、MOR101及びMOR102、MorphoSysによって開発されている抗細胞間接着分子1ICAM-1CD54抗体、MOR201、MorphoSysによって開発されている抗線維芽細胞成長因子受容体3FGFR-3抗体、Nuvion登録商標ビシリズマブ、ProteinDesignLabsによって開発されている抗CD3抗体、HuZAF登録商標、ProteinDesignLabsによって開発されている抗γインターフェロン抗体、ProteinDesignLabsによって開発されている抗直角位相5直角位相1インテグリン、ProteinDesignLabsによって開発されている抗IL-12、ING-1、Xomaによって開発されている抗Ep-CAM抗体、並びにMLN01、Xomaによって開発されている抗β2インテグリン抗体を含む、他の臨床製品及び候補にかなり類似している様々な抗体又はFc融合体で有用であり得る。前記の抗体及びFc融合体臨床製品及び候補へのFcポリペプチド、タンパク質の適用は、それらの正確な組成に限定されるものではない。一部の実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、前記の臨床候補及び製品に、又はそれらにかなり類似する抗体及びFc融合体に組み込まれる。特定の実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質は、ヒト化、親和性成熟、操作又は他の方法で改変される前記の臨床候補及び製品のバージョンに組み込まれる。さらに、本明細書に記載されるFcタンパク質を組み込む新しい抗体又はFc融合体を構築するために、前記の臨床製品及び候補のポリペプチド全体を用いる必要はない。例えば、臨床製品又は候補抗体の可変領域だけ、かなり類似した可変領域、又は可変領域のヒト化、親和性成熟、操作若しくは改変されたバージョンを用いることができる。別の実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質及びポリペプチドは、前記の臨床製品及び候補の1つと同じエピトープ、抗原、リガンド又は受容体に結合する抗体又はFc融合体で用いられる。一態様では、本明細書に記載されるFcポリペプチドは、広範囲の抗体及びFc融合体生成物で用いられる。一実施形態では、本明細書に記載のFcポリペプチド又はタンパク質を含む抗体又はFc融合体は、治療、診断又は研究用試薬、好ましくは治療試薬である。特定の他の実施形態では、抗体及びFc融合体は、本明細書に記載されるFcに基づくポリペプチドを含み、農業又は工業用途のために用いられる。代わりの実施形態では、本明細書に記載されるFcタンパク質及びポリペプチドは、実験的にスクリーニングされるライブラリーを構成する。特定の実施形態では、このライブラリーは、一覧の核酸又はアミノ酸配列を含む。特定の他の実施形態では、ライブラリーは、ライブラリー配列をコードする核酸又はポリペプチドの物理的組成物である。一部の実施形態では、Fcタンパク質は、モノクローナル又はポリクローナルである抗体組成物で有用である。本明細書に記載される抗体及びFc融合体は、中和性、抑制性又は刺激性であるアゴニスト、アンタゴニストを包含するが、これらに限定されない。例示的な実施形態では、本明細書に記載される抗体及びFc融合体は、標的抗原、例えば癌細胞を有する標的細胞を死滅させるために用いられる。代わりの実施形態では、本明細書に記載される抗体及びFc融合体は、例えばサイトカイン又はサイトカイン受容体に拮抗するために、標的抗原をブロックするか、拮抗するか、苦しませるために用いられる。代わりの実施形態では、本明細書に記載される抗体及びFc融合体は、標的抗原をブロックするか、拮抗するか、苦しませるために、及び標的抗原を有する標的細胞を死滅させるために用いられる。一部の実施形態では、本明細書で開示されるポリペプチドは、免疫応答を調節することにおいて、例えば自己免疫性疾患又は炎症性疾患に関連する免疫応答を抑制することにおいて有用である。そのようなポリペプチドは、自己免疫性障害を処置及び/又は予防することにおいて治療的有用性を有する。本明細書で開示されるポリペプチドの投与によって処置することができる自己免疫性障害の例には、それらに限定されないが、円形脱毛、強直性脊椎炎、抗リン脂質症候群、自己免疫性アジソン病、副腎の自己免疫性疾患、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎及び精巣炎、自己免疫性血小板減少、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、腹腔スプルー皮膚炎、慢性疲労免疫不全症候群CFIDS、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、チャーグ-ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、CREST症候群、寒冷凝集素症、クローン病、円板状ループス、本態性混合寒冷グロブリン血、線維筋痛-筋炎、糸球体腎炎、グレーブス病、ギラン-バレー、橋本甲状腺炎、特発性肺線維症、特発性血小板減少紫斑病ITP、IgA神経病、若年性関節炎、扁平苔癬、エリテマトーデス、メニエール病、混合型結合組織病、多発硬化症、1型若しくは免疫介在性真正糖尿病、重症筋無力症、尋常天疱瘡、悪性貧血、結節性多発動脈炎、多発性軟骨炎、多腺症候群、リウマチ性多筋痛、多発筋炎及び皮膚筋炎、原発性無ガンマグロブリン血症、原発性胆汁性肝硬変症、乾癬、乾癬性関節炎、レイノー現象、ライター症候群、慢性関節リウマチ、サルコイドーシス、強皮症、シェーグレン症候群、スティッフマン症候群、全身性エリテマトーデス、エリテマトーデス、高安動脈炎、側頭動脈炎/巨細胞性動脈炎、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、疱疹状皮膚炎血管炎などの脈管炎、白斑並びにヴェーゲナー肉芽腫症が含まれる。炎症性障害の例には、喘息、脳炎、炎症性腸疾患、慢性閉塞性肺疾患COPD、アレルギー障害、敗血性ショック、肺線維症、未分化脊椎関節症、未分化関節症、関節炎、炎症性骨溶解及び慢性のウイルス又は細菌感染から生じる慢性炎が含まれるが、これらに限定されない。本発明の方法によって予防、処置又は管理することができる炎症性障害の例には、喘息、脳炎、炎症性腸疾患、慢性閉塞性肺疾患COPD、アレルギー障害、敗血性ショック、肺線維症、未分化脊椎関節症、未分化関節症、関節炎、炎症性骨溶解及び慢性のウイルス又は細菌感染から生じる慢性炎が含まれるが、これらに限定されない。本明細書に記載されるFcポリペプチドは、様々な治療目的のために用いられる。一部の実施形態では、Fcポリペプチド及びタンパク質は、抗体関連の障害を処置するために患者に投与される。本明細書に記載される目的のための患者には、ヒト及び他の動物の両方が含まれ、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒトである。したがって、本明細書に記載される抗体及びFc融合体は、ヒトの療法及び獣医適用の両方を有する。好ましい実施形態では、患者は哺乳動物であり、最も好ましい実施形態では、患者はヒトである。本発明で用語処置は、治療的処置だけでなく、疾患又は障害のための予防的又は抑制的手段を含むものとする。したがって、例えば、疾患の開始より前の抗体又はFc融合体の上首尾な投与は、疾患の処置をもたらす。別の例として、疾患の症状と闘うための、疾患の臨床症状の出現後の最適化された抗体又はFc融合体の上首尾な投与は、疾患の処置を含む。処置は、疾患を根絶するための、疾患の出現の後の最適化された抗体又はFc融合タンパク質の投与をさらに包含する。臨床症状の考えられる減少及びおそらく疾患の改善を伴う、開始後及び臨床症状の発症後の剤の上首尾な投与は、疾患の処置を含む。処置を必要とする対象には、疾患又は障害を既に起こしている哺乳動物だけでなく、疾患又は障害を予防すべき対象を含む、疾患又は障害を起こしやすい対象が含まれる。本明細書で、抗体関連の障害又は抗体応答性の障害若しくは状態若しくは疾患は、本明細書に記載される抗体又はFc融合体を含む医薬組成物の投与によって改善させることができる障害を意味する。抗体関連の障害には、それらに限定されないが、自己免疫性疾患、免疫疾患、感染性疾患、炎症性疾患、神経系疾患、並びに癌を含む腫瘍学的及び新生物形成疾患が含まれる。本明細書で癌及び癌性のは、無秩序な細胞増殖を一般に特徴とする哺乳動物の生理的状態を指すか記載する。癌の例には、それらに限定されないが、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫脂肪肉腫を含む、神経内分泌腫瘍、中皮腫、神経線維腫、髄膜腫、腺癌、黒色腫及び白血病又はリンパ性悪性腫瘍が含まれる。そのような癌のより具体的な例には、扁平細胞癌例えば上皮扁平細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌及び肺の扁平上皮癌を含む肺癌、腹膜の癌、肝細胞癌、胃腸の癌を含む胃部又は胃の癌、すい臓癌、グリア芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝癌、膀胱癌、肝癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜又は子宮癌、唾液腺癌、腎又は腎臓の癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、精巣癌、食道癌、胆管の腫瘍、並びに頭頚部癌が含まれる。さらに、本明細書に記載されるFcタンパク質は、それらに限定されないが、うっ血心不全CHF、血管炎、酒さ、にきび、湿疹、心筋炎及び心筋の他の状態、全身性エリテマトーデス、糖尿病、脊椎障害、滑膜線維芽細胞及び骨髄基質;骨量減少;ページェット病、骨巨細胞腫;多発性骨髄腫;乳癌;不使用骨減少症;栄養失調、歯周疾患、ゴーシェ病、ランゲルハンス細胞組織球症、脊髄損傷、急性敗血性関節炎、骨軟化、クッシング症候群、単骨性線維性骨形成異常、多骨性線維性骨形成異常、歯周部再建及び骨折;サルコイドーシス;多発性骨髄腫;骨溶解性の骨癌、乳癌、肺癌、腎臓癌及び直腸癌;骨の転移、骨の疼痛管理及び体液性悪性カルシウム過剰血、強直性脊椎炎及び他の脊椎関節症;移植拒絶反応、ウイルス感染、血液学的新生物及び腫瘍様状態、例えばホジキンリンパ腫;非ホジキンリンパ腫バーキットリンパ腫、小リンパ球性リンパ腫/慢性リンパ球性白血病、菌状息肉腫、外套細胞リンパ腫、小胞リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫、周辺帯リンパ腫、毛様細胞性白血病及びリンパ形質細胞性白血病、B細胞急性リンパ芽球性白血病/リンパ腫、及びT細胞急性リンパ芽球性白血病/リンパ腫を含むリンパ球前駆体細胞の腫瘍、胸腺腫、末梢T細胞白血病、成人T細胞白血病/T細胞リンパ腫及び大顆粒リンパ性白血病を含む成熟したT細胞及びNK細胞の腫瘍、ランゲルハンス細胞組織球症、成熟に伴うAML、分化のないAML、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病及び急性単球性白血病を含む急性骨髄性白血病などの骨髄性新生物、骨髄異形成症候群、及び慢性骨髄性白血病を含む慢性骨髄増殖性疾患、中枢神経系の腫瘍、例えば脳腫瘍神経膠腫、神経芽細胞腫、神経膠星状細胞腫、髄芽細胞腫、脳室上衣細胞腫及び網膜芽細胞腫、固形腫瘍鼻咽頭癌、基底細胞癌、すい臓癌、胆管癌、カポジ肉腫、精巣癌、子宮、膣若しくは子宮頸の癌、卵巣癌、原発性肝癌又は子宮体癌、並びに脈管系の腫瘍血管肉腫及び血管周囲細胞腫、骨粗鬆症、肝炎、HIV、AIDS、脊椎関節炎、慢性関節リウマチ、炎症性腸疾患IBD、敗血症及び敗血症性ショック、クローン病、乾癬、強皮症、移植片対宿主病GVHD、同種異系島移植片拒絶、血液学的悪性腫瘍、例えば多発性骨髄腫MM、骨髄異形成症候群MDS及び急性骨髄性白血病AML、腫瘍、末梢神経損傷若しくは脱髄疾患と関連する炎症を含む状態を処置するために用いることができる。一実施形態では、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドは、タンパク質の不適当な発現が関与する疾患を有する患者に投与される。本明細書に記載される範囲内で、これは、例えば存在するタンパク質の量の変化、突然変異体タンパク質の存在、又はその両方のために、異常なタンパク質を特徴とする疾患及び障害を含むものとする。過剰は、それらに限定されないが、分子レベルでの過剰発現、作用点での長期の若しくは蓄積された出現、又は正常なものと比較して増加したタンパク質の活性を含む、任意の原因に起因することができる。この定義には、タンパク質の減少を特徴とする疾患及び障害が含まれる。この減少は、それらに限定されないが、分子レベルでの低減された発現、作用点でのより短いか低減された出現、タンパク質の突然変異形、又は正常なものと比較して低下したタンパク質の活性を含む、任意の原因に起因することができる。タンパク質のそのような過剰又は減少は、正常な発現、出現又はタンパク質の活性と比較して測定することができ、前記測定は、本明細書に記載される抗体及びFc融合体の開発及び/又は臨床試験で重要な役割を演ずることができる。一実施形態では、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドは、患者に投与される唯一の治療活性剤である。或いは、本明細書に記載される抗体又はFc融合体は、それらに限定されないが、細胞傷害剤、化学療法剤、サイトカイン、増殖阻害剤、抗ホルモン剤、キナーゼ阻害剤、抗血管新生剤、心臓保護剤又は他の治療薬を含む、1つ又は複数の他の治療薬と一緒に投与される。そのような分子は、意図される目的のために有効である量で一緒に最適に存在する。熟練した医師は、本明細書で有用な他の治療薬の適当な用量単数又は複数を経験的に決めることができる。本明細書に記載される抗体及びポリペプチドは、1つ又は複数の他の治療計画と同時に投与することができる。例えば、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドは、化学療法、放射線療法、又は化学療法及び放射線療法の両方と一緒に患者に投与することができる。一実施形態では、本明細書に記載される抗体又はFc融合体は、本明細書に記載されるFcタンパク質を含むか含まなくともよい1つ又は複数の抗体又はポリペプチドと一緒に投与することができる。一実施形態では、本明細書に記載される抗体及びポリペプチドは、化学療法剤と一緒に投与される。本明細書で用いられる化学療法剤は、癌の処置で有用な化合物を意味する。化学療法剤の例には、それらに限定されないが、チオテパ及びシクロホスファミドCYTOXAN登録商標などのアルキル化剤;ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキル;ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ及びウレドーパなどのアジリジン;アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスフォラミド、トリエチレンチオホスファオラミド及びトリメチロロメラミンを含むエチレンイミン及びメチラメラミン;クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロルエタミン、酸化メクロルエタミン塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード;カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンなどのニトロソ尿素;アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシンなどの抗生物質;メトトレキセート及び5-フルオロウラシル5-FUなどの代謝拮抗物質;デノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸類似体;フルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリン類似体;アンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクシウリジン、5-FUなどのピリミジン類似体;カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン;アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎剤;フロリン酸などの葉酸補液;アセグラトン;アルドホスファミドグリコシド;アミノレブリン酸;アムサクリン;ベストラブシル;ビサントレン;エダトラキセート;デフォファミン;デメコルチン;ジアジクオン;エルホルミチン;酢酸エリプチニウム;エトグルシド;硝酸ガリウム;ヒドロキシ尿素;レンチナン;ロニダミン;ミトグアゾン;ミトキサントロン;モピダモール;ニトラクリン;ペントスタチン;フェナメット;ピラルビシン;ポドフィリン酸;2-エチルヒドラジド;プロカルバジン;PSK登録商標;ラゾキサン;シゾフラン;スピロゲルマニウム;テヌアゾン酸;トリアジコン;2,2’,2’’-トリクロロトリエチルアミン;ウレタン;ビンデシン;ダカルバジン;マンノムスチン;ミトブロニトール;ミトラクトール;ピポブロマン;ガシトシン;アラビノシドAra-C;シクロホスファミド;チオテパ;タキサン、例えばパクリタキセルTAXOL登録商標、Bristol-MyersSquibbOncology、Princeton、N.J.及びドセタキセルTAXOTERE登録商標、Rhne-PoulencRorer、Antony、France;クロラムブシル;ゲムシタビン;6-チオグアニン;メルカプトプリン;メトトレキセート;シスプラチン及びカルボプラチンなどの白金類似体;ビンブラスチン;プラチナ;エトポシドVP-16;イホスファミド;マイトマイシンC;ミトキサントロン;ビンクリスチン;ビノレルビン;ナベルビン;ノバントロン;テニポシド;ダウノマイシン;アミノプテリン;キセローダ;イバンドロネート;CPT-11;トポイソメラーゼ阻害剤RFS2000;ジフルオロメチルオルニチンDMFO;レチノイン酸;エスペラマイシン;カペシタビン;チミジレート合成酵素阻害剤Tomudexなど;セリコキシブCELEBREX登録商標又はMK-0966VIOXX登録商標などのcox-2阻害剤;並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体が含まれる。さらに、この定義には、例えばタモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害45-イミダゾール、4-ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、LY117018、オナプリストン及びトレミフェンFarestonを含む抗エストロゲン剤などの、腫瘍に対するホルモン作用を調節又は阻害する作用をする抗ホルモン剤;並びにフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド及びゴセレリンなどの抗アンドロゲン剤;並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体も含まれる。特定の実施形態では、化学療法薬又は他の細胞傷害剤はプロドラッグとして投与される。本明細書で用いられるプロドラッグは、親薬剤と比較して腫瘍細胞に対して細胞傷害性が低く、酵素によってより活性な親形態に活性化又は変換することが可能である、薬学的に活性な物質の前駆体又は誘導形を意味する。例えば、Wilman、1986、BiochemicalSocietyTransactions、第615回会合Belfast、14:375~382;及びStellaら、Prodrugs:AChemicalApproachtoTargetedDrugDelivery、DirectedDrugDelivery、Borchardtら編:247~267、HumanaPress、1985を参照。本発明で有用であり得るプロドラッグには、それらに限定されないが、ホスフェート含有プロドラッグ、チオホスフェート含有プロドラッグ、サルフェート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、D-アミノ酸改変プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β-ラクタム含有プロドラッグ、任意選択で置換されたフェノキシアセトアミドを含むプロドラッグ又は任意選択で置換されたフェニルアセトアミドを含むプロドラッグ、5-フルオロシトシン、及びより活性な細胞傷害性遊離薬剤に変換することができる他の5-フルオロウリジンプロドラッグが含まれる。本明細書に記載される抗体及びFc融合体と用いるためのプロドラッグ形態に誘導体化することができる細胞毒性薬の例には、それらに限定されないが前記の化学療法剤のいずれかが含まれる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるタンパク質及びポリペプチドは、他の治療計画と組み合わされる。例えば、一実施形態では、抗体又はFc融合体で処置される患者は、放射線療法も受ける。放射線療法は、当技術分野で一般に使用され、当業者に公知であるプロトコルに従って投与することができる。そのような療法には、セシウム、イリジウム、ヨウ素又はコバルト放射線が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、放射線療法は全身照射法であるか、体内又は体表の特定の部位又は組織、例えば肺、膀胱又は前立腺に局所的に向けられる。一般的に、放射線療法は約1週から2週の期間にわたってパルス投与される。一部の実施形態では、放射線療法はより長い期間投与される。一実施形態では、放射線療法は、頭頚部癌を有する患者に約6週から約7週の間投与される。任意選択で、放射線療法は単一の用量として、又は複数の逐次的な用量として投与される。熟練した医師は、本明細書で有用な放射線療法の適当な線量単数又は複数を経験的に決めることができる。本発明の別の実施形態に従って、癌細胞をエキソビボで処置するために、本明細書に記載される抗体又はFc融合体及び1つ又は複数の他の抗癌療法が使用される。そのようなエキソビボ処置は、骨髄移植、特に自家骨髄移植で役立つことができると考えられる。特定の実施形態では、レシピエント患者で移植の前に癌細胞を消滅させるか実質的に消滅させるために、抗体又はFc融合体及び上記のものなどの1つ又は複数の他の抗癌療法による癌細胞を含む細胞又は組織単数又は複数の処置が採用される。特定の実施形態では、本発明のタンパク質及びFc融合体は、手術などのさらなる他の治療技術と組み合わせて使用される。代わりの実施形態では、本明細書に記載される抗体及びポリペプチドは、サイトカインと一緒に投与される。本明細書で用いられるサイトカインは、細胞間媒介物として別の細胞に作用する1つの細胞集団によって遊離されるタンパク質の総称を意味する。そのようなサイトカインの例は、リンホカイン、モノカイン及び伝統的なポリペプチドホルモンである。サイトカインの中には、ヒト成長ホルモン、N-メチオニルヒト成長ホルモン及びウシの成長ホルモンなどの成長ホルモン;副甲状腺ホルモン;サイロキシン;インスリン;プロインスリン;リラキシン;プロリラキシン;卵胞刺激ホルモンFSH、甲状腺刺激ホルモンTSH及び黄体形成ホルモンLHなどの糖タンパクホルモン;肝増殖因子;線維芽細胞成長因子;プロラクチン;胎盤性ラクトゲン;腫瘍壊死因子α及びβ;ミュラー阻害物質;マウスのゴナドトロピン関連ペプチド;インヒビン;アクチビン;血管内皮細胞増殖因子;インテグリン;トロンボポエチンTPO;NGF-βなどの神経成長因子;血小板増殖因子;TGF-α及びTGF-βなどの形質転換成長因子TGF;インスリン様増殖因子-I及びII;エリスロポイエチンEPO;骨誘導因子;インターフェロンα、β及びγなどのインターフェロン;マクロファージ-CSFM-CSFなどのコロニー刺激因子CSF;顆粒球マクロファージ-CSFGM-CSF;並びに顆粒球CSFG-CSF;IL-1、IL-1α、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12などのインターロイキンIL;IL-15、TNFα又はTNFβなどの腫瘍壊死因子;並びにLIF及びkitリガンドKLを含む他のポリペプチド因子が含まれる。本明細書で用いるように、用語サイトカインには、天然供給源又は組換え体細胞培養からのタンパク質、及び天然配列のサイトカインの生物学的に活性な同等物が含まれる。本明細書に記載されるFc変異体タンパク質及びポリペプチドと一緒の投与のために、様々な他の治療薬が有用である。一実施形態では、タンパク質は抗血管新生剤と一緒に投与される。本明細書で用いられる抗血管新生剤は、血管の発達をブロックするか、ある程度妨害する化合物を意味する。抗血管新生因子は、例えば、血管形成の促進に関与する増殖因子又は増殖因子受容体に結合する小分子又はタンパク質、例えば抗体、Fc融合体又はサイトカインであってよい。本明細書で、好ましい抗血管新生因子は、血管内皮細胞増殖因子VEGFに結合する抗体である。代わりの実施形態では、抗体又はFc融合体は、適応性免疫応答を誘導又は強化する治療薬、例えばCTLA-4を標的にする抗体と一緒に投与される。代わりの実施形態では、抗体又はFc融合体は、チロシンキナーゼ阻害剤と一緒に投与される。本明細書で用いられるチロシンキナーゼ阻害剤は、チロシンキナーゼのチロシンキナーゼ活性をある程度阻害する分子を意味する。そのような阻害剤の例には、それらに限定されないが、PD153035、4-3-クロロアニリノキナゾリンなどのキナゾリン;ピリドピリミジン;ピリミドピリミジン;CGP59326、CGP60261及びCGP62706などのピローロピリミジン;ピラゾロピリミジン、4-フェニルアミノ-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン;クルクミンジフェルロイルメタン、4,5-ビス4-フルロアニリノフタルイミド;ニトロチオフェン部分を含むチルホスチン;PD-0183805Warner-Lambert;アンチセンス分子例えばErbBコード核酸に結合するもの;キノキサリン米国特許第5,804,396号;トリホスチン米国特許第5,804,396号;ZD6474AstraZeneca;PTK-787Novartis/ScheringAG;C1-1033Pfizerなどのpan-ErbB阻害剤;アフィニタックISIS3521;Isis/Lilly;イマチニブメシレートST1571、Gleevec登録商標;Novartis;PKI166Novartis;GW2016GlaxoSmithKline;C1-1033Pfizer;EKB-569Wyeth;セマキシニブSugen;ZD6474AstraZeneca;PTK-787Novartis/ScheringAG;INC-1-C11Imclone;又は以下の特許公報のいずれかに記載されるもの:米国特許第5,804,396号;PCTWO99/09016AmericanCyanimid;PCTWO98/43960AmericanCyanamid;PCTWO97/38983Warner-Lambert;PCTWO99/06378Warner-Lambert;PCTWO99/06396Warner-Lambert;PCTWO96/30347Pfizer,Inc.;PCTWO96/33978AstraZeneca;PCTWO96/3397AstraZeneca;PCTWO96/33980AstraZeneca、ゲフィチニブIRESSA登録商標、ZD1839、AstraZeneca並びにOSI-774Tarceva登録商標、OSIPharmaceuticals/Genentechが含まれる。ポリペプチド上の定義を参照又は抗体若しくはポリペプチドコンジュゲート下記の定義を参照を生成するために、様々なリンカーが本発明で有用である。本明細書でリンカー、リンカー配列、スペーサー、連結配列又は文法上のその同等物は、2つの分子を接続し、しばしば2つの分子を好ましい立体配置に置く役目を果たす分子又は分子の群単量体又はポリマーなどを意味する。分子を一緒に共有結合するために、いくつかの戦略を用いることができる。これらには、タンパク質又はタンパク質ドメインのN末端とC末端間のポリペプチド結合、ジスルフィド結合による結合、及び化学的架橋試薬による結合が含まれるがこれらに限定されない。この実施形態の一態様では、リンカーは、組換え技術又はペプチド合成によって生成されるペプチド結合である。2つのポリペプチド鎖が接続される具体的な場合に適するリンカーの選択は、それらに限定されないが、2つのポリペプチド鎖の性質例えば、それらが自然にオリゴマーを形成するかどうか、知られている場合連結されるN末端とC末端の間の距離、並びに/又はタンパク質分解及び酸化に対するリンカーの安定性を含む様々なパラメータに依存する。さらに、リンカーは、柔軟性を提供するアミノ酸残基を含むことができる。したがって、リンカーペプチドは、アミノ酸残基Gly、Ser、Ala又はThrを主に含むことができる。リンカーペプチドは、2つの分子が所望の活性を保持するようにそれらがお互いに対して正しい立体構造をとるような方法で2つの分子を連結するのに十分な長さを有するべきである。この目的に適する長さは、少なくとも1つ及び30以下のアミノ酸残基を含む。好ましくは、リンカーの長さは約1から30アミノ酸であり、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19及び20アミノ酸の長さのリンカーが好ましい。さらに、リンカーペプチドへの組入れのために選択されるアミノ酸残基は、ポリペプチドの活性にあまり干渉しない特性を示すべきである。したがって、概してリンカーペプチドは、ポリペプチドの活性と矛盾するか、内部折畳みに干渉するか、又は受容体単量体ドメインの結合を強く阻止する単量体の1つ又は複数の中のアミノ酸残基と結合若しくは他の相互作用を形成する電荷を示すべきでない。有用なリンカーには、グリシン-セリンポリマー例えば、GSn、GSGGSn、GGGGSn及びGGGSnを含み、nは少なくとも1の整数である、グリシン-アラニンポリマー、アラニン-セリンポリマー、及びShakerカリウムチャネルのためのつなぎ鎖などの他の弾力的なリンカー、及び当業者が理解する多種多様の他の弾力的なリンカーが含まれる。それらのアミノ酸の両方とも比較的構造化されてなく、したがって成分間で中性つなぎ鎖の役割をすることができるかもしれないので、グリシン-セリンポリマーが好ましい。第2に、セリンは親水性であり、したがって球状グリシン鎖となるかもしれないものを可溶化することができる。第3に、類似した鎖が、単鎖抗体などの組換え体タンパク質のサブユニットの結合で有効であることが明らかにされている。適するリンカーは、2つのポリペプチド鎖のギャップを埋めることができる天然に存在するモチーフの既知の三次元構造のデータベースのスクリーニングによって同定することもできる。好ましい実施形態では、ヒト患者で投与されるとき、リンカーは免疫原性でない。したがって、リンカーは、それらが低い免疫原性を有するか、低い免疫原性を有すると考えられるように選択することができる。例えば、ヒトに天然に存在するリンカーを選択することができる。好ましい実施形態では、リンカーは、抗体のFab及びFc領域を連結する配列である、抗体のヒンジ領域の配列を有する。或いは、リンカーは、ヒンジ領域の一部を含む配列、又は抗体のヒンジ領域に実質的に類似する配列を有する。適するリンカーを得る別の方法は、ランダム突然変異生成を通して単純なリンカー、例えばGly4Sernを最適化することによる。或いは、適するポリペプチドリンカーが規定されると、連結されるドメインとより最適に相互作用するアミノ酸を選択するために、さらなるリンカーポリペプチドを作製することができる。本発明で用いることができる他の種類のリンカーには、人工のポリペプチドリンカー及びインテインが含まれる。別の実施形態では、ジスルフィド結合が2つの分子を連結するように設計される。別の実施形態では、リンカーは化学的架橋剤である。例えば、それらに限定されないが、N-スクシンイミジル-3-2-ピリジルジチオプロピオネートSPDP、スクシンイミジル-4-N-マレイミドメチルシクロヘキサン-1-カルボキシレート、イミノチオランIT、イミドエステルの二官能基誘導体ジメチルアジピミデートHCLなど、活性エステルスベリン酸ジスクシニミヂルなど、アルデヒドグルタルアルデヒドなど、ビス-アジド化合物ビスp-アジドベンゾイルヘキサンジアミンなど、ビス-ジアゾニウム誘導体ビス-p-ジアゾニウムベンゾイル-エチレンジアミンなど、ジイソシアネートトリエン2,6-ジイソシアネートなど及びビス活性フッ素化合物1,5-ジフルオロ-2,4-ジニトロベンゼンなどを含む様々な二官能基タンパク質結合剤を用いることができる。例えば、リシン免疫毒素は、Vitettaら、1971、Science238:1098に記載される通りに調製することができる。化学的リンカーは、同位体のキレート化を可能にすることができる。例えば、炭素14標識1-イソチオシアネートベンジル-3-メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸MX-DTPAは、抗体への放射性ヌクレオチドのコンジュゲーションのための例示的なキレート化剤であるPCTWO94/11026を参照。リンカーは切断が可能であってよく、細胞中で細胞毒性薬の放出を促進する。例えば、酸に対して不安定なリンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカーChariら、1992、CancerResearch52:127~131を用いることができる。或いは、それらに限定されないが、ポリエチレングリコールPEG、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン、又はポリエチレングリコール及びポリプロピレングリコールのコポリマーを含む様々な非タンパク性ポリマーは、リンカーとして有用であり得、すなわち、本明細書に記載されるFc変異体を融合体パートナーへ連結させてFc融合体を生成するか、本明細書に記載される抗体及びポリペプチドをコンジュゲートに連結するのに有用であり得る。一実施形態では、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドは、本明細書でコンジュゲートと呼ぶ、別の治療的化合物にコンジュゲートされるか、作動可能に連結される。コンジュゲートは、細胞傷害剤、化学療法剤、サイトカイン、抗血管新生剤、チロシンキナーゼ阻害剤、毒素、放射性同位体又は他の治療的活性剤であってよい。化学療法剤、サイトカイン、抗血管新生剤、チロシンキナーゼ阻害剤及び他の治療薬は上で記載され、これらの前記治療薬の全ては、抗体又はFc融合体コンジュゲートとして有用であり得る。代わりの実施形態では、抗体又はFc融合体は、それらに限定されないが、その断片及び/又は変異体を含む小分子毒素、及び細菌、真菌、植物又は動物起源の酵素活性毒素を含む毒素にコンジュゲートされるか、作動可能に連結される。小分子毒素には、それらに限定されないがカリケアマイシン、マイタンシン米国特許第5,208,020号、トリコテン及びCC1065が含まれる。本発明の一実施形態では、抗体又はポリペプチドは、1つ又は複数のマイタンシン分子例えば抗体分子につき約1つから約10個のマイタンシン分子にコンジュゲートされる。マイタンシンは、例えば、May-SS-Meへ変換することができ、それは、May-SH3に還元し、改変された抗体又はFc融合体と反応させてChariら、1992、CancerResearch52:127~131、マイタンシノイド-抗体又はマイタンシノイド-Fc融合体コンジュゲートを生成することができる。対象の別のコンジュゲートは、1つ又は複数のカリケアマイシン分子にコンジュゲートされる抗体又はFc融合体を含む。カリケアマイシン抗生物質ファミリーは、ピコモル以下の濃度で二本鎖DNA切断を起こすことが可能である。アウリスタチンEAE及びモノメチルアウリスタチンEMMAEなどのドラスタチン10類似体は、本明細書に記載されるFc変異体のためのコンジュゲートとして有用であり得るDoroninaら、2003、NatBiotechnol217:778~84;Franciscoら、2003、Blood1024:1458~65。有用な酵素活性毒素には、それらに限定されないが、ジフテリアA鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性断片、外毒素A鎖緑膿菌Pseudomonasaeruginosaから、リシンA鎖、アブリンA鎖、モデッシンA鎖、α-サルシン、シナアブラギリAleuritesfordiiタンパク質、ダイアンシンタンパク質、フィトラカアメリカーナPhytolacaamericanaタンパク質PAPI、PAPII及びPAP-S、ツルレイシmomordicacharantia阻害剤、クルシン、クロチン、サパオナリアオフィシナリスsapaonariaofficinalis阻害剤、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン及びトリコテセンが含まれる。例えば、PCTWO93/21232を参照。本発明は、本明細書に記載される抗体又はFc融合体と、核溶解活性を有する化合物、例えばリボヌクレアーゼ又はデオキシリボヌクレアーゼDNA分解酵素などのDNAエンドヌクレアーゼの間で形成されるコンジュゲート又は融合体をさらに企図する。代わりの実施形態では、本明細書に記載されるFc変異体タンパク質は、放射性同位体にコンジュゲートされるか作動可能に連結されて、放射性コンジュゲートを形成する。放射性コンジュゲート抗体及びFc融合体の生成に、様々な放射性同位体を利用できる。例には、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32及びLuの放射性同位体が含まれるが、これらに限定されない。さらに別の実施形態では、本明細書に記載されるFc変異体は、腫瘍プリターゲッティングでの利用のために受容体ストレプトアビジンなどにコンジュゲートされ、そこにおいて、抗体-受容体又はFc融合体-受容体コンジュゲートは患者へ投与され、その後清浄剤を用いて循環から未結合のコンジュゲートが除去され、次に細胞傷害剤例えば放射性ヌクレオチドにコンジュゲートされるリガンド例えばアビジンが投与される。代わりの実施形態では、抗体依存性酵素媒介プロドラッグ療法ADEPTを用いるために、抗体又はFc融合体は、酵素にコンジュゲートされるか、作動可能に連結される。抗体又はFc融合体を、プロドラッグ例えば、ペプチジル化学療法剤、PCTWO81/01145を参照を活性抗癌剤へ変換するプロドラッグ活性化酵素にコンジュゲートするか、作動可能に連結することによってADEPTを用いることができる。例えば、PCTWO88/07378及び米国特許第4,975,278号を参照。ADEPTのために有用な免疫複合体の酵素成分には、プロドラッグをそのより活性な細胞傷害形に変換するような方法でプロドラッグに作用することが可能な任意の酵素が含まれる。本発明の方法で有用である酵素には、それらに限定されないが、ホスフェート含有プロドラッグを遊離薬剤に変換するのに有用なアルカリ性ホスファターゼ;サルフェート含有プロドラッグを遊離薬剤に変換するのに有用なアリルスルファターゼ;非毒性5-フルオロシトシンを抗癌剤、5-フルオロウラシルに変換するのに有用なシトシンデアミナーゼ;ペプチド含有プロドラッグを遊離薬剤に変換するのに有用である、セラチアプロテアーゼ、サーモライシン、サブチリシン、カルボキシペプチダーゼ及びカテプシンカテプシンB及びLなどなどのプロテアーゼ;D-アミノ酸置換基を含むプロドラッグを変換するのに有用なD-アラニルカルボキシペプチダーゼ;グリコシル化されたプロドラッグを遊離薬剤に変換するのに有用なβ-ガラクトシダーゼ及びノイラミニダーゼなどの炭水化物切断酵素;αラクタムで誘導体化された薬剤を遊離薬剤に変換するのに有用なβラクタマーゼ;並びに、アミン窒素がフェノキシアセチル又はフェニルアセチル基でそれぞれ誘導体化された薬剤を遊離薬剤に変換するのに有用な、ペニシリンVアミダーゼ又はペニシリンGアミダーゼなどのペニシリンアミダーゼが含まれる。或いは、当技術分野でアブザイムとしても知られる酵素活性を有する抗体は、本発明のプロドラッグを遊離の活性薬剤に変換するために用いることができる例えば、Massey、1987、Nature328:457~458を参照。腫瘍細胞集団へのアブザイムの送達のために、抗体-アブザイム及びFc融合体-アブザイムコンジュゲートが調製されてもよい。Fc変異体の他の改変は、様々な非タンパク性ポリマー、例えばポリエチレングリコールPEG、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン又はポリエチレングリコール及びポリプロピレングリコールのコポリマーの1つへ前記タンパク質又はポリペプチドを連結することを含む。本明細書に記載されるFc変異体タンパク質若しくはポリペプチド又はFc融合体、及び1つ又は複数の治療的に活性な剤が製剤化されている、医薬組成物が包含される。本明細書に記載される抗体及びFc融合体の製剤は、保管のために、任意選択の薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤Remington’sPharmaceuticalSciences第16版、Osol,A.編、1980と一緒に所望の純度の前記抗体又はFc融合体を混ぜることにより、凍結乾燥製剤又は水溶液の形で調製される。許容される担体、賦形剤又は安定剤は、用いられる投薬量及び濃度でレシピエントに無毒性であり、リン酸塩、クエン酸塩、酢酸塩及び他の有機酸などの緩衝剤;アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤;保存料例えば、塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチル若しくはベンジルアルコール;メチル若しくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン;カテコール;レソルシノール;シクロヘキサノール;3-ペンタノール;及びm-クレゾール;低分子量約10残基未満ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン若しくは免疫グロブリンなどのタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン若しくはリシンなどのアミノ酸;グルコース、マンノース若しくはデキストリンを含む単糖、二糖及び他の炭水化物;EDTAなどのキレート化剤;ショ糖、マンニトール、トレハロース若しくはソルビトールなどの糖;甘味料及び他の香料;微結晶性セルロース、ラクトース、トウモロコシ及び他のデンプンなどの充填剤;結合剤;添加剤;着色剤;ナトリウムなどの塩形成対イオン;金属錯体例えばZn-タンパク質複合体;並びに/又はTWEEN登録商標、PLURONICS登録商標若しくはポリエチレングリコールPEGなどの非イオン性界面活性剤が含まれる。好ましい実施形態では、本明細書に記載される抗体又はFc融合体を含む医薬組成物は、酸及び塩基付加塩の両方を含むものとする、薬学的に許容される塩として存在するものなどの水溶性形である。薬学的に許容される酸付加塩は、遊離塩基の生物学的効果を保持し、生物学的その他で望ましくなく、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸などの無機の酸、及び酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、琥珀酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、p-トルエンスルホン酸、サリチル酸などの有機酸で形成される塩を指す。薬学的に許容される塩基付加塩には、ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、鉄、亜鉛、銅、マンガン、アルミニウムの塩などの無機の塩基に由来するものが含まれる。アンモニウム、カリウム、ナトリウム、カルシウム及びマグネシウム塩が特に好ましい。薬学的に許容される有機非毒性塩基に由来する塩には、一級、二級及び三級アミンの塩、天然に存在する置換されたアミンを含む置換されたアミン、環状アミン及び塩基性イオン交換樹脂、例えばイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミン及びエタノールアミンが含まれる。インビボ投与のために用いられる製剤は、好ましくは無菌である。これは、滅菌濾過膜を通す濾過又は他の方法によって容易に達成される。特定の実施形態では、本明細書で開示されるタンパク質及びポリペプチドは、免疫リポソームとして製剤化される。リポソームは、哺乳動物への治療薬の送達のために有用である、様々な種類の脂質、リン脂質及び/又は界面活性剤を含む小さな小胞である。抗体又はFc融合体を含むリポソームは、Epsteinら、1985、ProcNatlAcadSciUSA、82:3688;Hwangら、1980、ProcNatlAcadSciUSA、77:4030;米国特許第4,485,045号;米国特許第4,544,545号;及びPCTWO97/38731に記載されるような当技術分野で公知の方法によって調製される。強化された循環時間を有するリポソームが、米国特許第5,013,556号で開示される。リポソームの成分は、生物膜の脂質配置に類似した二重層構成で一般に配列される。特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール及びPEG誘導体化ホスファチジルエタノールアミンPEG-PEを含む脂質組成による、逆相蒸発方法によって生成することができる。リポソームは、所望の直径のリポソームを生成するための規定の孔径のフィルターを通して押し出される。化学療法剤又は他の治療的に活性な剤が、リポソームの中に任意選択で含まれるGabizonら、1989、JNationalCancerInst81:1484。特定の実施形態では、抗体、ポリペプチド及び他の治療的に活性な剤は、それらに限定されないが、コアセルベーション技術、界面重合例えばヒドロキシメチルセルロース若しくはゼラチンのマイクロカプセル、又はポリメチルメタクリレートマイクロカプセルを用いる、コロイド薬物送達系例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル並びにマクロエマルジョンを含む方法によって調製されるマイクロカプセルに封入される。そのような技術は、Remington’sPharmaceuticalSciences第16版、Osol,A.編、1980で開示される。徐放性製剤を調製することができる。徐放性製剤の適する例には、固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが含まれ、そのマトリックスは造形品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形である。徐放性マトリックスの例には、ポリエステル、ヒドロゲル例えばポリ2-ヒドロキシエチル-メタクリレート、又はポリビニルアルコール、ポリラクチド米国特許第3,773,919号、L-グルタミン酸及びガンマエチル-L-グルタミン酸のコポリマー、非分解性エチレン-酢酸ビニル、分解可能な乳酸-グリコール酸コポリマー、例えばLUPRONDEPOT登録商標乳酸-グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドで構成される注射可能なマイクロスフェアである、ポリ-D---3-ヒドロキシ酪酸、並びにポリ-DL-ラクチド-グリコリドコポリマーPLGのマトリックスに取り込まれた所望の生体活性分子で構成されるマイクロスフェアベースの送達系であるProLease登録商標Alkermesから市販されているが含まれる。実施形態では、製剤中の本明細書に記載される治療的に活性な抗体又はポリペプチドの濃度は、約0.1重量から100重量まで変動する。一実施形態では、抗体又はポリペプチドの濃度は、0.003モルから1.0モルの範囲である。患者を処置するために、本明細書に記載される抗体又はポリペプチドの治療有効用量を投与することができる。本明細書で治療有効用量は、そのために投与される効果を生む用量を意味する。正確な用量は処置の目的に依存し、公知の技術を用いて当業技術者が確定することができる。投薬量は体重1kgにつき0.01から100mgの範囲又はそれ以上であってよく、例えば体重1kgにつき0.1、1、10又は50mgであり、1から10mg/kgが好ましい。当技術分野で公知であるように、抗体又はポリペプチドの分解、全身対局所送達、及び新しいプロテアーゼの合成速度の調整に加えて、年齢、体重、健康状態、性、食事、投与時間、薬剤相互作用及び状態の重症度の調整が必要なことがあり、それらは当業者が普段用いる実験で確認することができる。本明細書に記載されるタンパク質又はポリペプチドを含む無菌水溶液の形の医薬組成物の投与は、それらに限定されないが、経口、皮下、静脈内、鼻腔内、大動脈内、経皮的、局所的例えば、ゲル、膏薬、ローション、クリームなど、腹腔内、筋肉内、肺内例えば、Aradigmから市販されているAERx登録商標吸入技術又はInhaleTherapeuticsから市販されているInhance登録商標肺送達系、経膣的、非経口的、直腸又は眼内を含む様々な方法で実行される。場合によっては、例えば創傷、炎症などの処置のために、抗体又はポリペプチドを溶液又は噴霧液として直接的に適用してよい。当技術分野で公知であるように、医薬組成物は導入の方法に応じて製剤化することができる。本明細書の教示に従って、ポリペプチドは、ADCC活性を向上又は低減させた変異体Fc領域で調製することができる。そのような分子は、異なる障害の処置で有用である。特定の実施形態では、向上したADCC活性を有するポリペプチド変異体は、組織又は外来の微生物の破壊又は排除が望まれる疾患又は障害の処置で使用される。例えば、ポリペプチドは、癌;炎症性障害;感染症例えば細菌、ウイルス、真菌又は酵母の感染症;及び組織の除去が望まれる他の状態甲状腺腫などなどを処置するために用いることができる。ポリペプチド変異体が低減されたADCC活性を有する場合、そのような変異体は、長い半減期を有するFc領域含有ポリペプチドが望まれるが、そのポリペプチドは望ましくないエフェクター機能単数又は複数を好ましくは有しない疾患又は障害を処置するために用いられる。例えば、一実施形態では、Fc領域含有ポリペプチドは、抗組織因子TF抗体;抗IgE抗体;及び抗インテグリン抗体例えば抗aα4β7抗体である。そのようなFc領域含有ポリペプチドの所望の作用機構は、リガンド-受容体結合対をブロックすることであってよい。さらに、低減されたADCC活性を有するポリペプチドを含むFc領域は、アゴニスト抗体であってよい。一態様では、最適化されたFcタンパク質を選び出すためにその後実験によりスクリーニングされるFcタンパク質を生成するための方法が提供される。抗体の分子生物学、発現、精製及びスクリーニングのための一般的方法は、HarlowLaneによるAntibodies:ALaboratoryManual、NewYork:ColdSpringHarborLaboratoryPress、1988に記載されている。本明細書に記載される一実施形態は、Fc受容体への向上した選択性及び結合親和性を有するFcタンパク質を同定するための合理的な設計方法に関する。一態様では、本発明は、Fcとその受容体の間の相互作用を起こさせる動的特性と関連する構造上の特徴を理解することを含む。本明細書に記載される別の実施形態は、FcγRIIa、FcγRIIb及びFcγRIIIaへのそれらの結合親和性、静電気学、溶媒和、充填、充填密度、水素結合ネットワーク、及びタンパク質分子の動的性質と関連するエントロピー効果に基づいてFcタンパク質ポリペプチドを同定するための方法を提供する。本発明の方法は、インシリコで同定された突然変異体を、例えば部位特異的突然変異誘発及び/又は新規合成によって構築すること、及びインビトロ検証のための哺乳動物細胞での発現をさらに可能にする。本明細書に記載される一実施形態では、インシリコで同定されるFcタンパク質ポリペプチドは、宿主細胞に次にクローニングし、所望により発現させ、分析することができるメンバー配列をコードする核酸を作製するために、リバースエンジニアリングされる。これらの業務は、周知の手法を用いて実行される。例えば、本発明で有用であり得る様々な方法は、MolecularCloning-ALaboratoryManual、第3版Maniatis、ColdSpringHarborLaboratoryPress、NewYork、2001に記載される。それらに限定されないがインビトロアッセイ、インビボ及び細胞ベースのアッセイ、並びに選択技術を用いるものを含む様々な方法を用いてFcタンパク質はスクリーニングされる。スクリーニング手法では、オートメーション及びハイスループットスクリーニング技術を利用することができる。スクリーニングは、融合パートナー又は標識の使用を採用することができる。設計戦略標的のFc受容体に対する強化された選択性及び結合親和性を相乗的に提供する複数のアミノ酸置換を有するFcタンパク質を設計するために、合理的な設計方法がとられた。この方法の中心となるのは、Fcとその受容体の間の相互作用を起こさせる構造上の特徴及び関連する動的特性の理解である。FcとFcγRIIIbの間の公知の共複合体構造から始まり、問題の受容体FcγRIIa、FcγRIIb及びFcγRIIIaのために相同性モデルが構築された。コンピューターによる構造及び動態力学に基づく技術の商標登録のセット例えば、それらに限定されないが、ZymeCAD商標及びResidueNetworks商標WO2009/098596、US20070276791及びUS20080147360に記載されるを適用して、これらのタンパク質間相互作用の構造機能相関への特異な識見が特定され、特定の例では向上した結合強度で様々なFc受容体に優先的に結合すると予測された突然変異の特異な組合せの提案につながった。Fcタンパク質を評価する主要な定量的測定基準は、結合エネルギーである。しかし、魅力的なFcタンパク質の選択では、静電気学、溶媒和、充填及び充填密度、水素結合ネットワーク及びタンパク質分子の動的性質と関連するエントロピー効果での変化などの、いくつかの他のパラメータも使用される。WO2009/098596は、分子に利用できる立体配置的空間のサンプリングに基づいて、バイオポリマーの構造単位残基の間でバイオポリマーのプロファイル及び相関を決定する方法及び系を提供する。これらの構造単位間の相関は、タンパク質中の結合残基ネットワークを見出すためにさらに用いられる。一実施形態では、Fcタンパク質の機能的及び/又は生物物理特性がインビトロアッセイでスクリーニングされる。アッセイは、それらに限定されないが、発色性、蛍光、発光又は同位体的標識を含む様々な検出方法を使用することができる。ADCCを検出ためのアッセイには、それらに限定されないが、ADCCリポーターアッセイ、細胞傷害性アッセイ、クロム放出アッセイ、ユウロピウム放出アッセイ、硫黄放出アッセイ及びフローサイトメトリーが含まれる。周知のアッセイの例は当技術分野で、例えば、Stavenhagenら2007治療的抗体のFc最適化は、低親和性活性化Fcγ受容体を通してインビトロで腫瘍細胞を死滅させるそれらの能力を強化し、インビボで腫瘍拡大を制御するFcOptimizationofTherapeuticAntibodiesEnhancesTheirAbilitytoKillTomorCellsInvitroandControlsTumorExpansionInvivovialow-affinityActivatingFcγReceptors、CancerRes.67:882及びStavenhagenら2008Fc最適化を通して治療的モノクローナル抗体の効力を強化するEnhancingthepotencyoftherapeuticmonoclonalantibodiesviaFcoptimization、Adv.EnzymeRegul.48:152で見出すことができる。本明細書に記載されるFcタンパク質を含む抗体及びポリペプチドの生物的特性は、細胞、組織及び全生物体の実験で特徴づけることができる。疾患若しくは疾患モデルに対する処置のための薬剤の効力を測定するために、又は薬剤の薬物動態学、毒性及び他の特性を測定するために、薬剤は、それらに限定されないがマウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ及びサルを含む動物でしばしば試験される。治療法は、それらに限定されないがヌードマウス、SCIDマウス、異種移植マウス及びトランスジェニックマウスノックイン及びノックアウトを含むを含むマウスでしばしば試験される。本発明は、以下の実施例を参照してより完全に理解される。しかし、それらは、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきでない。本明細書で指摘した全ての文献及び特許引用は、参照により明示的に組み込まれる。例1選択されたFcγR結合プロファイルの生成について選択される突然変異の組合せを有するポリペプチドの合理的な設計の例示HER2/neu受容体を標的にする抗体:ヒト上皮増殖因子受容体HERは細胞膜に埋め込まれるタンパク質であり、細胞の外から細胞の中へ分子シグナルを伝えて、遺伝子をオン/オフする。HERタンパク質は、癌細胞で増幅されるか弱められる細胞の増殖、生存、接着、移動及び分化機能を調節する。ヒト上皮増殖因子受容体2’’-上皮増殖因子受容体ファミリーのメンバーは、乳癌により強い攻撃性を与えるタンパク質である。HER2/neuは、CD340とも呼ばれている。乳癌の約15~20は、HER2/neu遺伝子の増幅又はそのタンパク質生成物の過剰発現を有する。乳癌でのこの受容体の過剰発現は、疾患再発の増加及び予後診断の悪化と関連している。その予後診断の役割並びにトラスツズマブへの応答を予測するその能力のために、乳房腫瘍はHER2/neuの過剰発現について日常的に検査される。過剰発現は、卵巣癌、胃癌及び子宮漿液子宮内膜癌などの生物学的に攻撃的な型の子宮癌などの他の癌でも起こる。トラスツズマブは、HER2/neu受容体の細胞外セグメントのドメインIVに結合するヒト化モノクローナル抗体である。トラスツズマブで処置される細胞は細胞周期のG1期に停止し、その結果増殖が低下する。トラスツズマブは、受容体の二量体化及び下流PI3Kカスケードを通すシグナル伝達の破壊につながるHER2/neuの下方制御によってその効果の一部を誘導することが示唆されている。その後P27Kip1はリン酸化されず、核に入ってcdk2活性を阻害し、細胞周期の停止を引き起こすことができる。さらに、トラスツズマブは、抗血管新生因子の誘導及び血管新生促進因子の抑制の両方によって血管形成を抑制する。癌で観察される無秩序な増殖への寄与は、細胞外ドメインの放出をもたらすHER2/neuのタンパク分解性切断によるのであろうと考えられる。トラスツズマブは、乳癌細胞でHER2/neu外部ドメイン切断を阻害することが明らかにされている。選択されたFcγR結合プロファイルを生成する改変の組合せを含むポリペプチドの設計本明細書で開示されるタンパク質及びポリペプチドのいくつかは、それぞれエンタルピー及びエントロピーの変化を指し示すタンパク質の相互作用及び動態力学に対する選択されたアミノ酸置換の影響に基づいて設計される。特に野生型の系と比較したタンパク質結合特性の相対的な変化を最適化することができる。この例では、野生型抗体トラスツズマブ/Herceptin登録商標と比較したとき、FcγRIIIa受容体への結合選択性を増加させるアミノ酸突然変異を選択することを目的としてポリペプチドは設計される。実施された合理的な設計は、四重変異体S239E/S298A/K326A/A327Hをもたらした。下記の例では、選択性の設計目標が達成されたように、FcγRIIIa特異的静電相互作用を導入して、FcγRIIa及びFcγRIIb受容体の両方へ立体反発を加える主な戦略が強調される。場合によっては、Fcの1つの鎖の上の結合への突然変異の寄与は他の鎖と異なり、これらの鎖特異的な効果も実証される。4つの突然変異の各々の結果としての結合への特異的効果は、構造的及び動的変化の全体的な相乗的組合せであるFc変異体の結合プロファイルと議論される。立体選択性推進体としてのA327HHis327は野生型アラニンと比較して非常によりかさばった基であり、この置換はFcγRIIa及びFcγRIIbに有害な反面、FcγRIIIa受容体に最小限の影響を有する主な選択性推進体である。図1に示すように、野生型Fcと比較すると、His327の追加でFcγRIIIaとの結合界面及びタンパク質間相互作用は保存され、このことは、これらの2つのパートナーの間で結合が影響を受けないことを示唆する。界面安定化のための主要な因子は、FcγRIIIaのTyr132からの側鎖ヒドロキシル基の存在による。この非保存部分はFcγRIIaに存在せず、したがってHis327の追加は結合界面の大きな不安定化をもたらし、最も注目すべきことに受容体の近隣のHis134残基で急速な動態が観察された図1。IIa受容体への結合が激しく破壊されることが予期される。FcγRIIIa及びFcγRIIaは、FcへのHis327の追加で差別的に影響を受ける保存されたHis134残基を共有するが、FcγRIIbはさらによりかさばったArg134を含む。この残基もHis134突然変異で不安定化されるが、それは、Fc上のセリン側鎖で安定する疑似良好立体構造を採用することができる図1。IIb受容体へのFcの結合は低減されるが、安定化Arg回転異性体rotomerのために消滅しないと予想される。静電的一般安定剤及び選択性推進体としてのS239E突然変異S239Eは受容体にFc鎖特異的相互作用を提示し、それによって、FcγRIIIa受容体のための一般安定化突然変異としての役割並びに選択性推進体としての役割の両方とも促進する。Fcの鎖B上のGlu239図1は、保存されたLys120残基と水素結合を形成することができるので、3つの全受容体にわたる一般安定化残基である。一般安定化残基は、多数の突然変異が制限領域内に導入される場合に結合界面の完全性が維持されることを保証するので、タンパク質変異体の設計で有益である。Fcの鎖A図2に導入される場合、S239E突然変異は、非保存Lys161と二又の静電的相互作用を形成することができるので、向上したFcγRIIIa結合のための選択性推進体であるが、FcγRIIa及びIIb受容体のThr161では強化された結合相互作用は可能でない。立体的選択性及び静電的選択性の両方の推進体としてのS298A野生型抗体FcのSer298残基は、水素結合を通してFcγRIIa及びIIb受容体のSer129と相互作用するが、受容体のLys128は分子内で安定しており、いかなる結合相互作用にも関与しない図3。S298A突然変異はFcと受容体の間の重要な静電結合パートナーの1つを除去し、したがって、FcγRIIa及びIIb受容体への結合を大幅に減らすと予想される。野生型Fcは異なる機構を用いてFcγRIIIa受容体に結合し、相互作用はFc上のSer298の骨格カルボニル基によって媒介され、Lys128は受容体からで、それは結合界面を部分的に占有することができる。この相互作用のために必要とされる側鎖の柔軟性及び動作は、分子動力学シミュレーションを用いて実証された図3。S298A突然変異がFcに導入される場合、FcγRIIIaのLys128は結合立体構造中に閉じ込められ、前置される。突然変異の相乗的組合せFc設計方法で上記のコンピューター的及び構造的知見を合わせることによって、本開示は、野生型Fcと比較して、FcγRIIIa結合を向上させたが、FcγRIIbへの結合を低減させ、FcγRIIaへの結合を実質的に消滅させた新しい変異体を提供する。インビトロ結合アッセイで例示され、生じた結合プロファイルを図4に示す。これらの結果は、これらの突然変異の予想外の相乗的性質も実証する図4。単一のS239E突然変異では、高度に相同の受容体の間で変異体が結合を明瞭に区別することができないことが示されている。S298A/K326A/A327H突然変異の組合せの追加で、FcγRIIIa選択性は向上した。例2設計された抗体のインビトロ及びエキソビボ検証インシリコで設計されると、個々の抗体はStavenhagenら2007CancerRes.67:882及びStavenhagenら2008、Adv.EnzymeRegal.、48:152に記載される方法によって試験される。簡潔には、各突然変異体の遺伝子は、例えば野生型フレームワークとしてトラスツズマブIgG1を用いて標準化学合成によって構築される。適するベクターへのクローニングの後、突然変異体Fcポリペプチドは哺乳動物のHEK293細胞で発現される。FcγRIIa、FcγRIIb及びFcγRIIIaもクローニングされてHEK293細胞で発現される。次に、3つの受容体の各々への抗体の結合親和性が表面プラズモン共鳴によって測定される。表面プラズモン共鳴分析:抗体FcへのFcγ受容体の親和性は、BIO-RADからのProteOnXPR36システムを用いてSPR表面プラズモン共鳴によって測定した。緩衝液10mMHepespH6.8中のHER-2は、3000RUまでアミン結合を通してCM5チップに固定化した。抗HER2Fab2を含む抗体フォーマットのFc変異体を、300RUまでHER-2表面に固定化した。流動緩衝液及び界面活性剤は、pH6.8に維持された。精製された分析物FcRをその流動緩衝液に希釈し、20~30mul/分の流速で2分間注入し、続いてさらなる4分間解離させた。20nMから始まる各抗体の5つの2倍希釈溶液を、3反復で分析した。センソグラムを、1:1のラングミュア結合モデルに全般的にあてはめた。全ての実験は、室温で行われた。各変異体についてSPRで測定されたインビトロ結合Kdを、表1に示す。抗体依存性細胞傷害分析:これらの実験では、SKBR-3細胞を標的細胞として用いた。低温保存されたSKBR-3細胞の新しいバイアルを解凍し、強健な培養物を確立した。10ウシ胎児血清及び1PenStrepを加えたMcKoyの培地中で、SKBR-3細胞を維持した。約75の集密に到達後約3~4日ごと、細胞を定期的に継代培養した。標的細胞SKBR-3への変異体抗体の結合を検証するために、全ての変異体及び陽性対照Herceptinの結合曲線を得た。SKBR-3細胞をPBSで洗浄し、100μl容量のPBS/1BSA中に1本の管につき細胞数2×105でFACS蛍光標示式細胞分取管に再懸濁させた。抗体を管に加えて0.1、1及び10μg/mlの最終濃度を達成し、細胞を氷上で1時間インキュベートし、1BSA/PBSで洗浄し、FITCコンジュゲート抗ヒトIgGの1:200希釈溶液に再懸濁させた。細胞をさらに40分間氷上でインキュベートし、再洗浄し、200μlのPBSに再懸濁させた。10μlの10mg/mlヨウ化プロピジウムを各管に加え、試料をFACSによって分析した。FACSゲートは、死細胞PIを排除するように設定した。各試料の平均蛍光強度MFIを測定した。二次抗体で染色されたが一次抗体で染色されなかった細胞を、陰性対照として用いた。平均蛍光強度MFIの倍数差から測られるように、全ての変異体はHerceptinと同等レベルの結合を実証した。適する細胞死を達成するためのエフェクター:標的細胞E:T比及びインキュベーション期間を確立するために、陽性対照としてHerceptinを用いて予備ADCC実験を実施した。実験の1日前に、200μlの培地中に1ウェルにつき細胞数2×104で、SKBR-3細胞を平底96穴プレートに播種した。フィコール密度勾配遠心分離を用いて5体の異なるドナーに由来する新しいバフィーコートからPBMCを精製し、PBSで3回洗浄し、10の熱不活性化FBS及び10ng/mlのIL-2を含むRPMIに再懸濁させた。24時間後に、SKBR-3細胞を含む3つのウェルをトリプシン処理して細胞数を検証し、所望のE:T比を達成するために必要なPBMCの正確な数を決定した。アッセイの直前に標的細胞を10μg/mlのCFSEで標識した。抗体Herceptinを1及び10μg/mlで細胞に加え、15分間インキュベートした。次に、10:1、50:1及び100:1のエフェクター:標的E:T比のPBMCを対応するウェルに加え、ウェルの底に細胞を集めるためにプレートを低いRPMで短時間遠沈させた。次に、標準組織培養インキュベーターでプレートを4、8及び24時間インキュベートした。処置の後、細胞を収集し、ヨウ化プロピジウムPI生存能力染色剤を含む400μlのPBSに加え、FACSによって直ちに分析した。ADCC活性の程度は、PI緑色細胞死滅標的の頻度を全標的細胞PI-及びPI緑色細胞の分画として測定することによって決定された。試験的なADCC実験は、SKBR3細胞でのHerceptinのかなりのADCC活性を実証した。24時間時には、より高いE:T比50:1及び100:1が多少の抗体非依存性細胞死をもたらすようであった。1及び10μg/mlの抗体濃度での細胞の死滅は区別できないので、ADCC活性は1μg/mlを超えると飽和するようである。最適な結果は、10:1のE:T比で24時間時に観察された。以降のADCC実験のために、5つのバフィーコートからのPBMCを、フィコール密度勾配遠心分離を用いて精製した。遠心及び洗浄の後、細胞を100mlの前加熱RPMIに再懸濁させた。細胞を数え、生存能力はトリパンブルー排除で測定した。各ドナーから細胞の一定分量は、将来の使用のために低温保存された。G38抗CD16抗体はV及びF対立遺伝子の両方に等しい親和性で結合するという事実、並びにF対立遺伝子よりV対立遺伝子に低い親和性を有するMEM-154抗CD16抗体を用いる染色とそれを比較することを活用する2抗体染色プロトコルを用いる、158V/FCD16多形のためのFACSベースの遺伝子タイピングのために、さらなる分量の細胞を用いたS.Bottcherら、2005、JournalofImmunologicalMethods、第306巻、1~2号、128~136頁。CD16遺伝子タイピングの結果に基づき、F/Vがヘテロ接合、高い細胞生存能力及び内在性細胞死のない3体のドナーからの試料を選択した。3反復のウェルで全てのデータポイントが得られ、各ドナーの生存能力は、同じドナーのPBMCと一緒に、しかし試験抗体なしでインキュベートされたSKBR-3細胞の生存能力に標準化された。これらの試料の平均ADCC結果を、表1に要約する。表1からわかるように、エキソビボADCCアッセイは、設計された変異体が野生型抗体よりかなり低いADCCを有していたことを明らかにした。このことは、本明細書に記載される変異が、ADCCの調整で有用であることを示す。例3上記のコンピューター方法に基づく改変を含むさらなる抗体を表2に要約する。例4抗CD20抗体を用いる非ホジキンリンパ腫の処置本明細書に記載される改変の組合せを含む抗体は、軽度又は小胞のNHLを有する患者に投与される。軽度又は小胞のNHLの患者のための推奨投薬量は、毎週の合計4用量の375mg/m2の静脈内注入である。患者の過半数では、これは外来診療所で22日の期間で達成することができる。投与の直前に、抗体調製物は、5ブドウ糖水溶液又は0.9塩化ナトリウム注射液で最終濃度1~4mg/mLに希釈される。注入液での調整を促進し、不注意な急速投与に起因する可能性のある有害作用を避けるために、1mg/mL希釈溶液が好ましい。調製された注入液は、ポリ塩化ビニル又はポリエチレン袋中で2~8°C36~46°Fで24時間、及び室温でさらなる12時間安定である。保存剤が含まれていないので、未希釈薬剤の未使用の部分は廃棄されなくてはならない。注入関連の影響の阻止を助けるために、各注入の30~60分前に、アセトアミノフェン650~1000mg及びジフェンヒドラミン塩酸塩50~100mgを投与することができる。注入は、中心又は末梢の静脈内カテーテルによることができるが、潜在的に重大な注入関連の有害作用のリスクのために、絶対に静脈内のプッシュ又はボーラス注射によって与えるべきでない。他の溶液ではなく活性薬剤が最初から注入されることを保証するために、投与臨床医は、各注入を開始する前に、薬剤を含む溶液で静脈内投与管をプライミングしなければならない。最初の注入は50mg/時間から開始されるべきであり、速度は、400mg/時間の最大速度に到達するまで、耐えられるように30分ごとに50mg/時間ずつ増加させる。以降の注入は100mg/時間から開始することができ、最大速度400mg/時間が達成されるまで、耐えられるように30分ごとに100mg/時間ずつ増加される。大きな腫瘍負荷白血球数、>25,000/mm3を有する患者では、25mg/時間の初期注入速度を考慮するべきである。例5血清学的に活性な患者での全身性エリテマトーデスの処置全ての対象は、本明細書に記載されるFcポリペプチド改変を組み込む抗CD22抗体を毎月受け、初回投与は一月目の8日目及び15日目で、疾患の進行又は対象による中止まで続く。薬剤は、17.5バイアルに、10mg/mlの製剤で調製される。投与は、注入処置のためのビヒクル/緩衝液としてPBSを用いて、遅い静脈内注入によって実施される。全ての患者は、12週間の処置周期内に隔週の2用量で与えられる1200mgの抗体を投与される。処置患者の評価は、BILAG、SLEDAIを評価する組み合わせの応答指数分析、並びに医師による全体的評価及び処置失敗状態を通して達成された。例6抗CD22抗体を用いるBLLの処置用いた投薬量は、散在性大細胞型B細胞リンパ腫で注入による120~1000mg/m2である。本明細書に記載されるアミノ酸改変を含む抗体の皮下投与皮下免疫グロブリンは、2mL/時間の最大速度で、腹部の皮下組織中に週に2回又は3回注入される。20mLを注入するたびに、針を新しい場所へ移動させる。例7B型肝炎などの慢性疾患を制御するための免疫グロブリンの投与処置として毎月1カ月に5000IUの本明細書に記載されるFcポリペプチドを組み込む抗B型肝炎抗体の連続投与は、患者自身の抗B型肝炎抗体の血清レベルの低下及び肝疾患症状の減少をもたらす。例8抗CD20抗体を用いる臓器拒絶反応の処置臓器移植患者の処置は、注入及び前処置のための上記のプロトコルに従って、本明細書で提供されるアミノ酸改変を含む抗CD20抗体の100から1000mg/m2の注入によって、毎週、隔週、隔月又は毎月行われる。本明細書で開示されるポリペプチド及び方法は、以下の抗体のFc領域への相乗的改良に基づいて抗体及びポリペプチドを開発するために、限定されずに用いられる:ベバシズマブAvastin;アブシキシマブReoPro;アダリムマブHumira;アレムツズマブCampath;セツキシマブErbitux;エファリズマブRaptiva;エタナーセプトEnbrel;ゲムツズマブオキソガマイシンMylotarg;インフリキシマブRemicade;ナタリズマブTysabri、別名Antegren;オマリズマブXolair;パリビズマブSyangis;リツキシマブRituxan;トラスツズマブHerceptin;ゴリムマブSimponi;パニツムマブVectibix;カナキヌマブILARIS;ウステキヌマブStelara;デノスマブProlia;オファツムマブArzerra。本発明の具体的な実施形態が本明細書で示され、記載されているが、そのような実施形態は例示のためだけに提供されることは当業者に明らかになる。本明細書に記載される本発明の実施形態への様々な代替物を本発明の実施で使用することができることを理解すべきである。以下の請求項が本発明の範囲を定義し、これらの請求項の範囲内の方法及び構造並びにそれらの同等物はそれに含まれるものとする。"