基板の上に凹部または凸部を有するアライメントマークを含む第1のパターンを形成する工程と、前記第1のパターンの上に平坦化層を形成する工程と、前記平坦化層の前記アライメントマークの上に形成された部分を除去する工程と、前記アライメントマークの上に形成された部分が除去された平坦化層の上に、被加工層を形成する工程と、前記アライメントマークの位置を前記被加工層の上から光を用いて光学的に検出し、位置合わせを行う工程と、前記位置合わせに基づき前記被加工層をパターニングして第2のパターンを形成する工程と、を含むことを特徴としたパターン形成方法。前記平坦化層は感光性材料であり、前記平坦化層の前記アライメントマークの上に形成された部分を除去する工程は、前記平坦化層に露光をする工程と、前記露光された後の平坦化層を現像する工程とを含む請求項1に記載のパターン形成方法。前記被加工層は青色のレジスト層である請求項1あるいは2のいずれかに記載のパターン形成方法。前記第1のパターンは配線層である請求項1乃至3のいずれか1項に記載のパターン形成方法。前記第2のパターンを形成する工程において、前記被加工層の前記アライメントマークの上に形成された部分を除去する工程を含む請求項1乃至4のいずれか1項に記載のパターン形成方法。前記第2のパターンを形成する工程の後に、前記アライメントマークを用いて、前記第2のパターンの上部に、第3のパターンを形成する請求項1乃至5のいずれか1項に記載のパターン形成方法。前記第3のパターンはマイクロレンズである請求項6に記載のパターン形成方法。光電変換部を有する基板の上に凹部または凸部を有するアライメントマークを含む配線層を形成する工程と、前記配線層の上に平坦化層を形成する工程と、前記配線層のアライメントマークの上に対応する前記平坦化層の一部を除去する工程と、前記一部が除去された平坦化層の上に、青色レジスト層を形成する工程と、前記アライメントマークの位置を前記青色レジスト層の上から光を用いて光学的に検出し、位置合わせを行う工程と、前記位置合わせに基づき前記青色レジスト層をパターニングして青色カラーフィルターを形成する工程と、前記アライメントマークの上の前記青色レジスト層の一部を除去する工程と、前記青色レジスト層の一部を除去する工程の後に、前記アライメントマークの上にマイクロレンズ層を形成する工程と、前記アライメントマークの位置を前記青色レジスト層の上から光を用いて光学的に検出し、位置合わせを行う工程と、前記位置合わせに基づき前記マイクロレンズ層をパターニングしてマイクロレンズを形成する工程と、を含むことを特徴とした固体撮像装置の製造方法。前記マイクロレンズ層は、感光性材料からなる層からなり、前記位置合わせに基づき前記マイクロレンズ層をパターニングしてマイクロレンズを形成する工程は、前記パターニングされた感光性材料をリフローする工程を含む請求項8に記載の固体撮像装置の製造方法。前記マイクロレンズ層は、マイクロレンズ材料層と、該マイクロレンズ材料層の上に形成された感光性材料からなる層からなり、前記位置合わせに基づき前記マイクロレンズ層をパターニングしてマイクロレンズを形成する工程は、前記パターニングされた感光性材料をリフローする工程と、前記リフローされた感光性材料をマスクに前記マイクロレンズ材料層をエッチングする工程を含む請求項8に記載の固体撮像装置の製造方法。前記マイクロレンズ層は、感光性材料からなる層からなり、前記位置合わせに基づき前記マイクロレンズ層をパターニングしてマイクロレンズを形成する工程では、面積諧調マスクを用いた露光が行われる請求項8に記載の固体撮像装置の製造方法。請求項8乃至11のいずれか1項に記載の固体撮像装置の製造方法によって形成された固体撮像装置。特許文献1に記載の技術を用いた場合には、アライメントマークを新たに作り直すため、新たなアライメントマークには元のアライメントマークとのずれ成分が含まれている。更に、新たなアライメントマークを基準にパターンを形成するため、アライメント精度が悪化してしまう。また、特許文献2に記載の技術を用いた場合には、アライメントマーク上に存在する光の透過率が低い材料をフォトリソグラフィ技術によって除去するため、除去のためのフォトレジストマスクパターンの形成等の工程が必要となる。つまり、特許文献2に記載の技術では、工程数が増加してしまう。そこで、本発明では、高いアライメント精度、および少ない工程数でアライメント用の光の透過率が低い材料のパターン形成方法を提供することを目的とする。また、高いアライメント精度、および少ない工程数でアライメント用の光の透過率が低い材料のパターンの形成を可能とするアライメントマークの構造を提供することを目的とする。本発明のパターン形成方法は、基板の上に凹部または凸部を有するアライメントマークを含む第1のパターンを形成する工程と、前記第1のパターンの上に平坦化層を形成する工程と、前記平坦化層の前記アライメントマークの上に形成された部分を除去する工程と、前記アライメントマークの上に形成された部分が除去された平坦化層の上に、被加工層を形成する工程と、前記アライメントマークの位置を前記被加工層の上から光を用いて光学的に検出し、位置合わせを行う工程と、前記位置合わせに基づき前記被加工層をパターニングして第2のパターンを形成する工程と、を含む。また、本発明の固体撮像装置の製造方法は、光電変換部を有する基板の上に凹部または凸部を有するアライメントマークを含む配線層を形成する工程と、前記配線層の上に平坦化層を形成する工程と、前記配線層のアライメントマークの上に対応する前記平坦化層の一部を除去する工程と、前記一部が除去された平坦化層の上に、青色レジスト層を形成する工程と、前記アライメントマークの位置を前記青色レジスト層の上から光を用いて光学的に検出し、位置合わせを行う工程と、前記位置合わせに基づき前記青色レジスト層をパターニングして青色カラーフィルターを形成する工程と、前記アライメントマークの上の前記青色レジスト層の一部を除去する工程と、前記青色レジスト層の一部を除去する工程の後に、前記アライメントマークの上にマイクロレンズ層を形成する工程と、前記アライメントマークの位置を前記フォトレジストの上から光を用いて光学的に検出し、位置合わせを行う工程と、前記位置合わせに基づき前記マイクロレンズ層をパターニングしてマイクロレンズを形成する工程と、を含む。本発明によれば、高いアライメント精度、および少ない工程数でアライメント用の光の透過率が低い材料のパターン形成が可能となる。以下、図面を参照して詳細に説明する。実施例1本実施例では、三板式カムコーダに適用されるCMOS型固体撮像装置を例に、図1、図2および図4を用いて説明を行う。まず、図4は、本実施例の固体撮像装置を説明する平面模式図である。図4において、100は三板式の固体撮像装置、101は有効画素領域、102は有効画素領域外、103は遮光パターン、104はパッドである。有効画素領域には、光電変換部例えば、フォトダイオードを含む画素が複数配置されている。有効画素領域外102は有効画素領域101以外の領域である。有効画素領域外102には、画素が遮光されたオプティカルブラック部OB部や、固体撮像装置から信号を読み出すための駆動、信号処理等を行う周辺回路部などが配置されている。遮光パターン103は、有効画素領域外102に配置され、有効画素領域外102に配置されたOB部や周辺回路部を遮光する。また、遮光パターン103は、パッド104の接続のため、パッド104上には配置されない。なお、遮光パターン103は、光電変換部以外に光が入らないように有効画素領域101に配置されていてもよい。ここで、本実施例における光の透過率が低い材料からなるパターンとは遮光パターン103である。次に、遮光パターン103の形成方法を、図1を用いて説明する。図1は、本実施例のパターン形成方法を説明するための断面模式図である。図1の各断面模式図は図4のAA’線に対応し、また、固体撮像装置の要部一部のみを抜粋している。図1aにおいて、105は絶縁層、106はパッシベーション層、107はアライメントマーク、108は有効画素領域外102に存在する金属パターンである。絶縁層105の下部には、複数の配線層、絶縁層、素子が形成された半導体基板基板が配置されている不図示。絶縁層105は、例えばシリコン酸化膜であり、パッシベーション層106は、例えばシリコン窒化膜である。金属パターン108は、例えばアルミニウムを主成分とするパターンである。また、パッシベーション層106は、有効画素領域101において層内レンズを有する。ここで、アライメントマーク107は、絶縁層105の上部に配置された、有効画素領域101や有効画素外領域102において用いられている配線層金属パターンと同一層である。よって、アライメントマーク107は、配線層金属パターン等を形成する際に、同時に形成することが出来る第1のパターンの形成。有効画素領域101には、光電変換部が配置されている。図1aの構成において、絶縁層105の上面は、配線層不図示による凹凸が生じる場合がある。また、パッシベーション層106の上面には、有効画素領域101と有効画素領域外102の金属パターン108の有無によって、有効画素領域101と有効画素領域外102の境界部に凹凸が存在する場合がある。また、パッシベーション層106が層内レンズを有する場合には、パッシベーション層106の上面には凹凸が存在する。次の工程以降に様々なパターンを安定して形成するためにも、この凹凸を埋めて平坦にする平坦化必要がある。図1bでは、前述の凹凸のある上面を平坦化するため、平坦化層109を成膜する。この平坦化層109は感光性材料である。感光性材料であれば、ポジ型でもネガ型でもよく、感光性材料の感光波長も問わない。そして、図1cにおいて、フォトリソグラフィ技術を用いて感光性材料である平坦化層109のパターニングを行い、アライメントマーク107の上に成膜された平坦化層109を選択的に除去する。例えば、平坦化層109にポジ型レジストを用いた場合には、アライメントマーク107の上に露光光が照射されるようなマスクパターンのフォトマスクを用いて露光し、現像を行う。このような処理によって、アライメントマーク107の上の平坦化層109を選択的に除去することが可能である。次に、アライメント用の光の透過率が低い材料被加工層を成膜する。アライメント用の光の透過率が低い材料としては、例えば、アライメント用の光の波長域における平均分光透過率をTとした場合、T≦5の材料である。アライメント用の光としてHe-Neレーザーを用いた場合波長633nm付近である。このHe-Neレーザーを用いた場合における平均透過率Tが5以下である材料とは、例えば青色レジストや黒色レジスト等である。本実施例では、青色レジストを用い、図1dに示すように、有効画素領域101および有効画素領域外102に青色レジスト層110を成膜する。そして、図1dの青色レジスト層110の上からアライメント用の光によってアライメントマーク107を検出し、位置合わせを行う。アライメントマーク107の周囲には、平坦化層109を除去してあるため、青色レジスト層110の上面表面にはアライメントマーク107の形状を踏襲した段差が存在する。この青色レジスト層110の表面の段差表面段差にアライメント用の光が入射すると、入射光が散乱し、アライメントマーク107を検出することが可能となる。その後、アライメントマーク107の検出結果に基づいて位置合わせを行い、フォトリソグラフィ技術を用いて青色レジスト層110を露光、現像してパターニングする。そして、有効画素領域外102に青色の遮光パターン103第2のパターンが形成される図1e。ここで、図2を用いて、アライメントマーク107の検出方法について詳細に説明する。図2は図1dにおけるアライメントマーク107の周辺を拡大した断面図である。図2に示されるように、アライメントマーク107の上およびその周辺の平坦化層109が除去されているため、青色レジスト層110の表面には段差t1>0が形成される。そして、図2のように、青色レジスト層110の上から光を用いて光学的に検出する。つまり、青色レジスト層110の表面段差が生じた部分にアライメント用の光が入射すると、アライメント用の光は表面段差によって散乱する。この散乱によって、露光装置のアライメントマークの検出光学系においてアライメントマーク107の輪郭のコントラストを向上させることができる。よって。アライメントマーク107が検出可能となる。このアライメントマークの検出方法は、アライメントマーク107上に成膜した材料を透過してくるアライメント用の光の反射光を利用する方法ではなく、アライメントマーク107上に成膜した材料の表面形状表面段差による散乱光を利用した方法である。よって、アライメントマーク107上に成膜した材料の透過率によらず、アライメントマーク107を正しく検出することができる。したがって、アライメントマーク107上にアライメント用の光の透過率が低い青色レジスト層110を成膜した場合であっても、アライメントマーク107を正しく検出することが可能となる。以上のように、本実施例によれば、三板式の固体撮像装置において、アライメント用の光の透過率が低い材料のアライメント位置合わせを容易に行うことが可能となる。また、工程も簡便であるため、低コストで高いスループットを確保することができる。更には、アライメント用の光の透過率が低い材料のパターニングする際には、新たに設けたアライメントマークではなく、元のアライメントマーク107を用いることが可能となるため、アライメント精度の低下を抑制することが可能となる。また、本実施例のアライメントマーク構造、すなわちアライメントマーク107の周囲の平坦化層109が除去された構造によって、高いアライメント精度少ない工程数で形成可能であり、高いアライメント精度を得ることが可能となる。また、本実施例のアライメントマーク107は絶縁層105の上に配置されているが、配置場所はこれに限らない。また、アライメントマーク107は図4におけるパッド104よりも固体撮像装置100の外周に配置されていてもよく、例えばスクライブ領域に配置されていてもよい。アライメントマーク107がスクライブ領域に配置されている場合には、固体撮像装置100として完成する際に除去されうる。なお、図1では、有効画素領域101と有効画素外領域102との間には遮光パターン103が配置されていないが、有効画素領域101と有効画素外領域102との間に遮光パターン103が延在していてもよい。実施例2本実施例では、単板式のCMOS型の固体撮像装置を例に説明を行う。本実施例では複数の色のカラーフィルター層を有することが実施例1と異なる。本実施例における光の透過率が低い材料からなるパターンとは、複数の色のカラーフィルター層に含まれる青色レジストパターン青色カラーフィルター層である。以下、実施例1と同様の構成については、説明を省略する。本実施例の固体撮像装置は、実施例1と同様な図4の平面模式図を有している。このような固体撮像装置におけるパターンの形成方法を、図3および図1の一部を用いて説明する。図3は本実施例のパターン形成方法を説明するための断面模式図であり、実施例1と同様に図4のAA’線に対応し、固体撮像装置の要部一部のみを抜粋したものである。本実施例のパターン形成方法は、絶縁層105上に平坦化層109を成膜した後、除去する工程図1cまでは、実施例1と同様である。図1cの次に、図3aに示すように、アライメント用の光の透過率が高い材料を成膜する。アライメント用の光の透過率が高い材料としては、緑色レジストや赤色レジスト等が挙げられる。本実施例では、緑色レジストを用い、図3aに示すように、有効画素領域101および有効画素領域外102に緑色レジスト層111を成膜する。そして、フォトリソグラフィ技術を用いて緑色レジスト層111を露光、現像してパターニングし、有効画素領域101に緑色レジストパターン112緑色カラーフィルター層を形成する図3b。緑色レジスト層111の場合は、アライメント用の光の透過率が高いため、アライメントマーク107の検出は一般的な方法で行っても問題は生じない。次に、アライメント用の光の透過率が低い材料を成膜する。アライメント用の光の透過率が低い材料は、実施例1と同様に青色レジストとする。図3cに示すように、有効画素領域101および有効画素領域外102に緑色レジストパターン112を覆って青色レジスト層110を成膜する。そして、フォトリソグラフィ技術を用いて青色レジスト層110を露光、現像してパターニングし、有効画素領域外に青色の遮光パターン103を形成し、同時に有効画素領域に青色レジストパターン113を形成する図3d。また、青色レジスト層110のアライメントマーク107の上に形成された部分を除去する。この青色レジスト層110のアライメントマーク107の上に形成された部分の除去は、青色レジストパターン113の形成と同時に行うことが出来る。ここで、アライメントマークの検出時には、実施例1と同様に青色レジスト層110の表面段差を利用して行うことで、精度よい青色レジストパターン113を形成することが可能となる。以上のように、単板式の固体撮像装置においても、本発明のパターン形成方法は工数を増大させることなく、高い精度でのアライメントを行うことが可能となる。また、本発明のアライメントマークの構造は、単板式の固体撮像装置においても、高いアライメント精度少ない工程数で形成可能であり、高いアライメント精度を得ることが可能となる。なお、本実施例では、緑色レジスト層のパターニング後に、青色レジスト層のパターニングを行っているが、この工程の順序は入れ替わっても構わない。また、アライメント用の光の透過率が高い材料として緑色レジストを例に挙げたが、その他の色赤色、補色系の材料でも当然構わない。同様に、アライメント用の光の透過率が低い材料として青色レジストを例に挙げているが、露光アライメント光の波長域における平均分光透過率をTとした場合、T≦5の材料であれば、その他の色の材料でも構わない。また、カラーフィルター層が有する色は緑および青の2色に限らず、また2色以上であってもよい。また、図5では、有効画素領域101と有効画素外領域102との間には遮光パターン103及びカラーフィルター層が配置されていないが、有効画素領域101と有効画素外領域102との間に遮光パターン103あるいはカラーフィルター層が設けられていてもよい。実施例3本実施例では、実施例2の単板式のCMOS型の固体撮像装置を例に説明を行う。本実施例では実施例2の固体撮像装置のカラーフィルター層の形成後の工程を説明する。以下、実施例2と同様の構成については、説明を省略する。なお、本実施例は実施例1の構成にも適用可能である。図5は、図3Dの後の固体撮像装置の断面模式図である。青色レジストパターン113等の形成の後、樹脂からなる平坦化層504を形成し、マイクロレンズ505を形成している。青色レジストパターン113等の上部に形成されたマイクロレンズ505は、アライメントマーク107を用いた位置合わせを行って形成される。以下、マイクロレンズ505の形成方法について、説明する。アライメントマーク107及びカラーフィルター層の上に、樹脂からなる平坦化層504を形成する。その後、感光性材料からなるマイクロレンズ層を形成する。マイクロレンズ層に対して露光現像することで、マイクロレンズ層を矩形にパターニングする。この露光において、アライメントマーク107を用いて位置合わせがなされる。パターニングされたマイクロレンズ層は光電変換部に対応して配置される。そして、パターニングされたマイクロレンズ層をリフローによって、半球状に変形させ、マイクロレンズ505を形成する図5。ここで、アライメントマーク107の上に形成された青色レジスト層110を除去しているため、その後の工程においてアライメントマーク107を用いて精度の高い位置合わせが可能となる。また、アライメントマーク107を用いてその後の工程の位置合わせを行うため、各部材の配置精度が向上する。なお、マイクロレンズ505を形成する方法は、上述の方法に限定されない。例えば、マイクロレンズ材料層と、マイクロレンズ材料層の上に形成された感光性材料からなる層からなるマイクロレンズ層を形成する。そして、位置合わせに基づきマイクロレンズ層の感光性材料からなる層を露光現像し、パターニングする。パターニングされた感光性材料をリフローして変形させた後、変形した感光性材料をマスクにマイクロレンズ材料層をエッチングすることで形成可能である。あるいは、感光性材料からなる層であるマイクロレンズ層を形成する。そして、位置合わせに基づき、マイクロレンズ層に対して面積諧調マスクを用いた露光をする。現像することで、マイクロレンズ層がパターニングされ、マイクロレンズが形成される。このように、マイクロレンズの形成方法はいずれの方法も適用可能である。この時、各パターニングの工程において、上述のアライメントマーク107を用いて位置合わせを行うことで、各部材の配置精度を向上させることが可能である。なお、各実施例においては、アライメント用の光の透過率が低い材料として、感光性材料を例に挙げたが、例えばアルミニウム等の遮光性金属についても適用することが可能である。例えば、アルミニウムを用いた場合には、実施例1および2と同様に、アルミニウム層を成膜した後に生じる表面段差を利用すればよい。また、アライメントマークは金属パターン等の凸形形状凸部に限らず、絶縁層をエッチングすることで形成する凹部であってもよい。また、実施例においては、アライメントマークの上に配されたアライメント用の光の透過率が低い材料を除去しているが、残したままであってもよい。また、本発明は、CCDやCMOS型などの固体撮像装置に限定されず、カラーフィルター層や遮光層を有するその他の光学機能デバイスにも適用可能であり、例えば液晶表示装置などの表示装置にも適用することができる。また、各実施例は適宜組み合わせ可能である。