試料から標的ポリヌクレオチドを捕捉する方法であって、塩基A、T、U、C、又はG、5ヒドロキシメチルdC、5メチルシトシン、プソイドウリジン、ジヒドロウリジン、イノシン、7メチルグアノシン、ヒポキサンチン、キサンチン、及びその2’Oメチル誘導体及び又はNメチル誘導体のうちの1つ又は複数の種類を、前記標的ポリヌクレオチドから除去することにより、1つ又は複数の脱塩基部位を生成するステップと、ポリヌクレオチドプローブの骨格構造に挿入され且つ相補的ポリヌクレオチド標的配列の1つ又は複数の脱塩基部位に形態学的に入り込む1個又は複数のインターカレータ分子を含む相補的プローブにより、前記標的ポリヌクレオチドを捕捉するステップと、を備え、前記標的ポリヌクレオチドは、自然発生ヌクレオチド或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るものであり、したがって、前記標的ポリヌクレオチドは、例えば、RNA、αLRNA、βDRNA、2’RRNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、オリゴヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダート、BNA、αLLNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、TNA、TNA、αLリボLNA、αLキシロLNA、βDリボLNA、βDキシロLNA、321LNA、ビシクロDNA、6アミノビシクロDNA、5エピビシクロDNA、αビシクロDNA、トリシクロDNA、ビシクロ430DNA、ビシクロ321DNA、ビシクロ430アミドDNA、βDリボピラノシルNA、αLリキソピラノシルNA、2’ORRNA、2’AERNA、及びそれらの組み合わせ及び修飾物から成る群から選択されたもの等のヌクレオチドにより形成され得る、方法。例えばDNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドを提供するステップと、例えばDNA等の前記二本鎖標的ポリヌクレオチドから1つ又は複数の種類の塩基を除去して、例えばDNA等の前記二本鎖標的ポリヌクレオチドを不安定化することにより、1つ又は複数の脱塩基部位を生成するステップと、例えばDNA等の前記不安定化した二本鎖標的ポリヌクレオチドを変性させ、例えばDNA等の一本鎖標的ポリヌクレオチドにするステップと、ポリヌクレオチドプローブの骨格構造に挿入され且つ相補的ポリヌクレオチド標的配列の1つ又は複数の脱塩基部位に形態学的に入り込む1個又は複数のインターカレータ分子を含む、例えばDNAプローブ等の相補的ポリヌクレオチドプローブにより、例えばDNA等の前記一本鎖標的ポリヌクレオチドを捕捉するステップと、を備える、請求項1に記載の一本鎖標的DNAを捕捉する方法。前記相補的プローブは、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るポリヌクレオチドにより形成され得るものであり、したがって、前記相補的プローブは、例えば、RNA、αLRNA、βDRNA、2’RRNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、オリゴヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダート、BNA、αLLNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、TNA、TNA、αLリボLNA、αLキシロLNA、βDリボLNA、βDキシロLNA、321LNA、ビシクロDNA、6アミノビシクロDNA、5エピビシクロDNA、αビシクロDNA、トリシクロDNA、ビシクロ430DNA、ビシクロ321DNA、ビシクロ430アミドDNA、βDリボピラノシルNA、αLリキソピラノシルNA、2’ORRNA、2’AERNA、及びそれらの組み合わせ及び修飾物から成る群から選択されたもの等のヌクレオチドにより形成され得る、先行請求項の何れかに記載の方法。更に、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る未結合ヌクレオチド材料を除去するために、1回又は複数回の洗浄ステップを含む、先行請求項の何れかに記載の方法。更に、前記二本鎖標的ポリヌクレオチド内の1つ又は複数の種類の塩基を、別の化学成分に変換することを含む、先行請求項の何れかに記載の方法。更に、前記二本鎖標的ポリヌクレオチドから1つ又は複数の化学成分を除去して、前記二本鎖標的ポリヌクレオチドを不安定化することを含む、請求項5記載の方法。更に、前記標的ポリヌクレオチド内の1個又は複数のCを1個又は複数のUに変換することを含む、先行請求項の何れかに記載の方法。前記標的ポリヌクレオチド内の1個又は複数のCから1個又は複数のUへの前記変換は、重亜硫酸塩処理により行われる、請求項7記載の方法。前記二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖ポリヌクレオチドから、Aを除去する、先行請求項の何れかに記載の方法。前記二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖ポリヌクレオチドから、Tを除去する、先行請求項の何れかに記載の方法。前記二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖ポリヌクレオチドから、Cを除去する、先行請求項の何れかに記載の方法。前記二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖ポリヌクレオチドから、Gを除去する、先行請求項の何れかに記載の方法。前記二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖ポリヌクレオチドから、Uを除去する、先行請求項の何れかに記載の方法。前記除去は、1つ又は複数の酵素及び又は物理的応力及び又は温度変化により行われる、請求項9乃至13の何れかに記載の方法。Uの前記除去は、ウラシルデヒドロゲナーゼを用いて行われる、請求項13記載の方法。Aの前記除去は、pH値の調節により行われる、請求項9記載の方法。前記標的ポリヌクレオチドから、1、2、又は3種類の前記塩基を除去する、先行請求項の何れかに記載の方法。前記標的ポリヌクレオチドから除去する塩基の総数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上から成る群から選択することができる、先行請求項の何れかに記載の方法。前記相補的プローブは、1個又は複数のインターカレータ分子を含む、先行請求項の何れかに記載の方法。インターカレータ分子の総数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上から成る群から選択することができる、請求項19記載の方法。前記標的DNA及び又はRNA内の脱塩基部位の10乃至100、例として10乃至20、例えば20乃至30、例として30乃至40、例えば40乃至50、例として50乃至60、例えば60乃至70、例として70乃至80、例えば80乃至90、例として90乃至100、又はそれらの任意の組み合わせにおいて、インターカレータ分子が挿入された状態となる、先行請求項の何れかに記載の方法。前記標的DNA及び又はRNA内の脱塩基部位の10超、例として20超、例えば30超、例として40超、例えば50超、例として60超、例えば70超、例として80超、例えば90超、例として95超、例えば100において、インターカレータ分子が挿入された状態となる、先行請求項の何れかに記載の方法。前記インターカレータ分子の挿入により、前記標的ポリヌクレオチドと前記相補的プローブとから成るポリヌクレオチド二重鎖の融解温度が上昇する、請求項21及び22記載の方法。前記相補的プローブ内のインターカレータ分子の数と塩基の総数との間の比は150乃至12、例として150乃至140、例えば140乃至130、例として130乃至120、例えば120乃至110、例として110乃至15、例えば15乃至12、又はこれらの間隔の任意の組み合わせとなる、先行請求項の何れかに記載の方法。前記1つ又は複数のインターカレータ分子は、TINA、INA、orthoTINA、paraTINA、及びAMANYから成る群から選択することができる、先行請求項の何れかに記載の方法。前記インターカレータ分子の大きさは、20乃至400Å、例として20乃至40Å、例えば40乃至60Å、例として60乃至80Å、例えば80乃至100Å、例として100乃至120Å、例えば120乃至140Å、例として140乃至160Å、例えば160乃至180Å、例として180乃至200Å、例えば200乃至220Å、例として220乃至240Å、例えば240乃至260Å、例として260乃至280Å、例えば280乃至300Å、例として300乃至320Å、例えば320乃至340Å、例として340乃至360Å、例えば360乃至380Å、例として380乃至400Å、又はこれらの間隔の任意の組み合わせである、先行請求項の何れかに記載の方法。前記相補的プローブは、2種類以上のインターカレータ分子、例として2種類、3種類、4種類、5種類、又は5種類以上の異なるインターカレータ分子を含む、先行請求項の何れかに記載の方法。前記相補的プローブは、支持体に結合させる、先行請求項の何れかに記載の方法。前記支持体は、ポリ、PP、PE、ポリ、ポリ、ポリアミドナイロン、ポリカーボネート、環状オレフィン共重合体、濾紙、綿、セルロース、ポリ、ポリ、ポリスチレン、Toyopearl、ヒドロゲル、ポリイミド、12ポリブタジエン、LSR、ポリ、フッ素重合体及び共重合体、ペルフルオロエチレンプロピレンコポリマ、エチレンテトラフルオロエチレン、ポリナノ多孔性材料、膜、メソ構造セル状フォーム、及び単層又は多層カーボンナノチューブ、粒状物質、ビーズ、磁性ビーズ、非磁性ビーズ、ポリスチレンビーズ、磁性ポリスチレンビーズ、セファロースビーズ、セファクリルビーズ、ポリスチレンビーズ、アガロースビーズ、多糖類ビーズ、及びポリカーバメートビーズから成る群から選択される、請求項28記載の方法。前記支持体は、固体支持体である、請求項29記載の方法。前記固体支持体は、マイクロタイタープレート又は他のプレート形式、試薬チューブ、スライドガラス或いはアレイ又はマイクロアレイ解析に用いられる他の支持体、マイクロ流体チャンバ又はデバイスのチューブ又は導管類、及びBiacoreチップから成る群から選択することができる、請求項30記載の方法。更に、1つ又は複数の標識を含む相補的検出プローブの使用を含む、先行請求項の何れかに記載の方法。前記相補的プローブは、1つ又は複数の標識を含む、先行請求項の何れかに記載の方法。前記1つ又は複数の標識は、ビオチン、蛍光標識、5カルボキシフルオレセイン、5又は6カルボキシフルオレセイン、65カルボキシアミドヘキサン酸、フルオレセインイソチオシアナート、ローダミン、テトラメチルローダミン、染料、Cy2、Cy3、及びCy5、PerCP、フィコビリ蛋白質、Rフィコエリトリン、アロフィコエリトリン、テキサスレッド、プリンストンレッド、緑色蛍光タンパク質及びその類似体、Rフィコエリトリン又はアロフィコエリトリンのコンジュゲート、半導体ナノ結晶に基づく無機蛍光標識、Eu3及びSm3等のランタニドに基づく時間分解蛍光標識、ハプテン、DNP、ジゴキシゲニン、酵素標識、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータガラクトシダーゼ、グルコース6リン酸デヒドロゲナーゼ、βNアセチルグルコサミニダーゼ、βグルクロニダーゼ、インベルターゼ、キサンチンオキシダーゼ、ホタルルシフェラーゼ及びグルコースオキシダーゼ、発光標識、ルミノール、イソルミノール、アクリジニウムエステル、12ジオキセタン、ピリドピリダジン、放射能標識、ヨウ化物の同位体、コバルトの同位体、セレンの同位体、トリチウムの同位体、及びリンの同位体から成る群から選択することができる、請求項32乃至33記載の方法。前記ビオチンは、ストレプトアビジンRフィコエリトリンを用いて検出される、請求項34記載の方法。更に、前記検出プローブの添加前及び又は添加後に洗浄ステップを含む、請求項34記載の方法。相補的検出プローブは、1個又は複数のインターカレータ分子を含む、請求項34乃至36の何れかに記載の方法。インターカレータ分子の総数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上の異なる又は同一のインターカレータ分子から成る群から選択することができる、請求項37記載の方法。前記標的ポリヌクレオチドは、人間、動物、バクテリア、ウイルス、菌類、プリオン、原虫、及び又は植物に由来する、先行請求項の何れかに記載の方法。前記標的ポリヌクレオチドは、人体又は動物体からの試料から単離される、先行請求項の何れかに記載の方法。前記標的ポリヌクレオチドは、人間、動物、鳥、昆虫、植物、藻類、菌類、酵母、ウイルス、バクテリア及びファージ、多細胞及び単細胞生物から単離される、先行請求項の何れかに記載の方法。前記標的ポリヌクレオチドは、糞便、血液、精液、脳脊髄液、痰、膣液、尿、唾液、毛髪、他の体液、組織試料、全臓器、汗、涙、皮膚細胞、毛髪、骨、歯、或いは私物又は試料からの適切な液体又は組織、或いはヒト又は動物の他の部分構造から単離される、先行請求項の何れかに記載の方法。捕捉される異なる標的ポリヌクレオチド配列の総数は、1、2乃至5、5乃至10、10乃至15、15乃至20、20乃至25、25乃至30、30乃至35、35乃至40、40乃至45、45乃至50、50乃至55、55乃至60、60乃至65、65乃至70、70乃至75、75乃至80、80乃至85、85乃至90、95乃至100、100乃至150、150乃至200、200乃至300、300乃至500、500乃至1000、及び1000種以上、又はこれらの間隔の任意の組み合わせから成る群から選択することができる、先行請求項の何れかに記載の方法。請求項1乃至43の何れかに記載の方法の使用を含む、1つ又は複数の疾病を診断する方法。前記診断は、検査した個体のゲノムからの標的ポリヌクレオチドの検出を含む、請求項44記載の方法。前記診断は、検査した個体のゲノムに由来しない標的ポリヌクレオチドの検出を含む、請求項44乃至45の何れかに記載の方法。前記診断は、バクテリア、ウイルス、菌類、プリオン、原虫、及び又は植物からの標的ポリヌクレオチドの検出を含む、請求項44乃至46の何れかに記載の方法。診断対象となる前記疾病は、1つ又は複数の遺伝性疾患、即ち、遺伝病であり、例としてCADASIL症候群、後期発症型多発性カルボキシラーゼ欠損症、家族性小脳網膜血管腫症、線維性狭窄型クローン病、フェニルアラニンヒドロキシラーゼ欠乏症、ファブリ病、遺伝性コプロポルフィリン症、色素失調症、小頭症、腎嚢胞、PHF8遺伝子における突然変異により生じるSiderius型X連鎖性精神遅滞症候群、及び軟骨発育不全症から成る群から選択された1つ又は複数の疾病である、請求項44乃至47の何れかに記載の方法。診断対象となる前記疾病は、遺伝性疾患、癌、及び感染症、頭痛、及び本発明の方法が有用となり得る他の疾病といった1つ又は複数の疾病である、請求項44乃至47の何れかに記載の方法。診断対象となる前記疾病は、癌である、請求項44乃至47及び49の何れかに記載の方法。前記癌は、101F6、ABR、ADPRTL3、ANP32C、ANP32D、APC2、APC、ARF、ARHGAP8、ARHI、AT1G14320、ATM、ATP8A2、AXUD1、BAP1、BECN1、BIN1、BRCA1、BRCA2、BTG1、BTG2、C1orf11、C5orf4、C5orf7、Cables、CACNA2D2、CAP1、CARS、CAV1、CD81、CDC23、CDK2AP1、CDKN1A、CDKN1C、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2X、Ciao1pending、CLCA2、CREBL2、CTNNA1、CUL2、CW17R、DAB2、DAF18、DAPC、DBC2、DCC、DDX26、DEC1、DLC1、DLEC1、DLEU1、DLEU2、DLG1、DLGH1、DLGH3、DMBT1、DNAJA3、DOC1、DPC4、DPH2L、EGR1、FABP3、FAT、FGL1、FHIT、FLJ10506、FOXD1、FOXP1、FT、FUS1、FUS2、GAK、GAS1、GAS11、GLD1、GLTSCR1、GLTSCR2、GRC5、GRLF1、HDAC3、HEMK、HIC1、HRG22、HSAL2、HTS1、HYAL1、HYAL2、IFGBP7、IGSF4、ING1、ING1L、ING4、Itid、Imbn、Imbt、LAPSER1、LATS1、LATS2、LDOC1、LOH11CR2A、LRP1B、LUCA3、MAD、MAP2K4、MAPKAPK3、MCC、MDC、MEN1、ML1、MLH1、MRVI1、MTAP、MXI1、NAP1L4、NBR2、NF1、NF2、NORE1、NPR2L、NtRb1、OVCA2、PDGFRL、PHEMX、pHyde、PIG8、PIK3CG、PINX1、PLAGL1、PRDM2、PTCH、PTEN、PTPNI3、PTPRG、RASSF1、RB1、RBBP7、RBX1、RBM6、RECK、RFP2、RIS1、RPL10、RPS29、RRM1、S100A2、SEMA3B、SF1、SFRP1、SLC22A1L、SLC26A3、SMARCA4、ST7、ST7L、ST13、ST14、STIM1、TCEB2、THW、TIMP3、TP53、TP63、TRIM8、TSC2、TSG101、TSSC1、TSSC3、TSSC4、VHL、Vhlh、WFDC1、WIT1、WT1、及びWWOXから成る群内のタンパク質をコードする1つ又は複数の遺伝子における1つ又は複数の突然変異を特徴とする、請求項50記載の方法。前記癌は、αアクチニン4、ARTC1、BCRABL融合タンパク質、BRAF、CASP5、CASP8、βカテニン、Cdc27、CDK4、CDKN2A、COA1、dekcan融合タンパク質、EFTUD2、伸長因子2、ETV6AML1融合タンパク質、FLT3ITD、FN1、GPNMB、LDLRフコシルトランスフェラーゼAS融合タンパク質、HLAA2d、HLAA11d、hsp702、KIAAO205、MART2、ME1、MUM1f、MUM2、MUM3、neoPAP、ミオシンクラスI、NFYC、OGT、OS9、P53、pmlRARα融合タンパク質、PRDX5、PTPRK、Kras、Nras、RBAF600、SIRT2、SNRPD1、SYTSSX1又はSSX2融合タンパク質、トリオースリン酸イソメラーゼ、BAGE1、GAGE1、2、8、GAGE3、4、5、6、7、GnTVf、HERVKMEL、KKLC1、KMHN1、LAGE1、MAGEA1、MAGEA2、MAGEA3、MAGEA4、MAGEA6、MAGEA9、MAGEA10、MAGEA12、MAGEC2、ムチンk、NA88、NYESO1LAGE2、SAGE、Sp17、SSX2、SSX4、TRAG3、及びTRP2INT2gから成る群から選択された1つ又は複数の腫瘍抗原を特徴とする、請求項50記載の方法。前記癌は、RASSF2及びSFRP2から成る群から選択された1つ又は複数の遺伝子における1つ又は複数の突然変異を特徴とする、請求項50記載の方法。前記癌は、TFPI2、NDRG4、GATA4、又はGATA5から成る群から選択された1つ又は複数の遺伝子における1つ又は複数の突然変異を特徴とする、請求項50記載の方法。前記診断は、胎児の障害の診断含む、請求項44記載の方法。個別化医療に関する請求項1乃至43の何れかに記載の方法の使用。請求項1乃至43の何れかに記載の方法の使用を含む、標的RNAを定量化する方法。請求項1乃至43の何れかに記載の方法の使用を含む、1つ又は複数の標的ポリヌクレオチドを検出する方法。前記試料は、飼料、土、食物、又は飲用水である、請求項58記載の方法。前記標的DNA及び又はRNAは、人間、動物、バクテリア、ウイルス、菌類、プリオン、原虫、及び又は植物に由来する、請求項57乃至59の何れかに記載の方法。前記バクテリアは、Acetobacteraurantius、アシネトバクター種Acinetobacterbaumannii、Acinetobactercalcoaceticus、Acinetobacterjohnsonii、Acinetobacterjunii、Acinetobacterlwoffii、Acinetobacterradioresistens、Acinetobactersepticus、Acinetobacterschindleri、Acinetobacterursingii、アクチノマイセス種Actinomycesbovis、Actinomycesbowdenii、Actinomycescanis、Actinomycescardiffensis、Actinomycescatuli、Actinomycescoleocanis、Actinomycesdentalis、Actinomycesdenticolens、Actinomyceseuropaeus、Actinomycesfunkei、Actinomycesgeorgiae、Actinomycesgerencseriae、Actinomycesgraevenitzii、Actinomyceshongkongensis、Actinomyceshordeovulneris、Actinomyceshowellii、Actinomyceshumiferus、Actinomyceshyovaginalis、Actinomycesisraelii、Actinomycesmarimammalium、Actinomycesmeyeri、Actinomycesnaeslundii、Actinomycesnasicola、Actinomycesneuii、Actinomycesodontolyticus、Actinomycesoricola、Actinomycesradicidentis、Actinomycesradingae、Actinomycesslackii、Actinomycesstreptomycini、Actinomycessuimastitidis、Actinomycessuis、Actinomycesturicensis、Actinomycesurogenitalis、Actinomycesvaccimaxillae、Actinomycesviscosus、アクチノバチルス種Actinobacillusactinomycetemcomitans、Actinobacillusarthritidis、Actinobacilluscapsulatus、Actinobacillusdelphinicola、Actinobacillusequuli、Actinobacillushominis、Actinobacillusindolicus、Actinobacilluslignieresii、Actinobacillusminor、Actinobacillusmuris、Actinobacilluspleuropneumoniae、Actinobacillusporcinus、Actinobacillusrossii、Actinobacillusscotiae、Actinobacillusseminis、Actinobacillussuccinogenes、Actinobacillussuis、Actinobacillusureae、アエロモナス種Aeromonasallosaccharophila、Aeromonasbestiarum、Aeromonasbivalvium、Aeromonasencheleia、Aeromonasenteropelogenes、Aeromonaseuchrenophila、Aeromonashydrophila、Aeromonasichthiosmia、Aeromonasjandaei、Aeromonasmedia、Aeromonasmolluscorum、Aeromonaspopoffii、Aeromonaspunctata、Aeromonassalmonicida、Aeromonasschubertii、Aeromonassharmana、Aeromonassimiae、Aeromonassobria、Aeromonasveronii、Afipiafelis、アグロバクテリウム種Agrobacteriumradiobacter、Agrobacteriumrhizogenes、Agrobacteriumrubi、Agrobacteriumtumefaciens、Agromonas種、アルカリゲネス種Alcaligenesaquatilis、Alcaligeneseutrophus、Alcaligenesfaecalis、Alcaligeneslatus、Alcaligenesxylosoxidans、Alishewanella種、Alterococcus種、Anaplasmaphagocytophilum、Anaplasmamarginale、Aquamonas種、Arcanobacteriumhaemolyticum、Aranicola種、Arsenophonus種、Azotivirga種、Azotobactervinelandii、Azotobacterchroococcum、Bacillarydysentery、バチルス種Bacillusabortus、Bacillusanthracis、Bacillusbrevis、Bacilluscereus、Bacilluscoagulans、Bacillusfusiformis、Bacillusglobigii、Bacilluslicheniformis、Bacillusmegaterium、Bacillusmycoides、Bacillusnatto、Bacillusstearothermophilus、Bacillussubtilis、Bacillussphaericus、Bacillusthuringiensis、バクテロイデス種Bacteroidesforsythus、Bacteroidesacidifaciens、Bacteroidesdistasonis、Bacteroidesgingivalis、Bacteroidesgracilis、Bacteroidesfragilis、Bacteroidesoris、Bacteroidesovatus、Bacteroidesputredinis、Bacteroidespyogenes、Bacteroidesstercoris、Bacteroidessuis、Bacteroidestectus、Bacteroidesthetaiotaomicron、Bacteroidesvulgatus、バルトネラ種Bartonellaalsatica、Bartonellabacilliformis、Bartonellabirtlesii、Bartonellabovis、Bartonellacapreoli、Bartonellaclarridgeiae、Bartonelladoshiae、Bartonellaelizabethae、Bartonellagrahamii、Bartonellahenselae、Bartonellakoehlerae、Bartonellamuris、Bartonellaperomysci、Bartonellaquintana、Bartonellarochalimae、Bartonellaschoenbuchii、Bartonellatalpae、Bartonellataylorii、Bartonellatribocorum、BartonellavinsoniisppArupensis、BartonellavinsoniisppBerkhoffii、BartonellavinsoniisppVinsonii、Bartonellawashoensis、BCG、Bergeyellazoohelcum、Bifidobacteriumbifidum、ブラストバクター種、Blochmannia種、ボルデテラ種Bordetellaansorpii、Bordetellaavium、Bordetellabronchiseptica、Bordetellahinzii、Bordetellaholmesii、Bordetellaparapertussis、Bordetellapertussis、Bordetellapetrii、Bordetellatrematum、ボレリア種、Borreliaburgdorferi、Borreliaafzelii、Borreliaanserina、Borreliagarinii、Borreliavalaisiana、Borreliahermsii、BorreliaParkeri、Borreliarecurrentis、Bosea種、Bradyrhizobium種、Brenneria種、ブルセラ種Brucellaabortus、Brucellacanis、Brucellamelitensis、Brucellaneotomae、Brucellaovis、Brucellasuis、Brucellapinnipediae、ブフネラ種、Budvicia種、バークホルデリア種Burkholderiacepacia、Burkholderiamallei、Burkholderiapseudomallei、Buttiauxella種、Calymmatobacteriumgranulomatis、カンピロバクター種Campylobactercoli、Campylobacterconcisus、Campylobactercurvus、Campylobacterfetus、Campylobactergracilis、Campylobacterhelveticus、Campylobacterhominis、Campylobacterhyointestinalis、Campylobacterinsulaenigrae、Campylobacterjejuni、Campylobacterlanienae、Campylobacterlari、Campylobactermucosalis、Campylobacterrectus、Campylobactershowae、Campylobactersputorum、Campylobacterupsaliensis、Capnocytophagacanimorsus、コリネバクテリウム種、Cardiobacteriumhominis、セデセア種、クラミジア種Chlamydiatrachomatis、Chlamydiamuridarum、Chlamydiasuis、クラミドフィラ種Chlamydophilapneumoniae、Chlamydophilapsittaci、Chlamydophilapecorum、Chlamydophilaabortus、Chlamydophilafelis、Chlamydophilacaviae、シトロバクター種Citrobacteramalonaticus、Citrobacterbraakii、Citrobacterfarmeri、Citrobacterfreundii、Citrobactergillenii、Citrobacterintermedius、Citrobacterkoseri別名Citrobacterdiversus、Citrobactermurliniae、Citrobacterrodentium、Citrobactersedlakii、Citrobacterwerkmanii、Citrobacteryoungae、クロストリジウム種Clostridiumbotulinum、Clostridiumdifficile、Clostridiumnovyi、Clostridiumsepticum、Clostridiumtetani、Clostridiumwelchii、コリネバクテリウム種Corynebacteriumdiphtheriae、Corynebacteriumamycolatum、Corynebacteriumaquaticum、Corynebacteriumbovis、Corynebacteriumequi、Corynebacteriumflavescens、Corynebacteriumglutamicum、Corynebacteriumhaemolyticum、Corynebacteriumjeikeiun、Corynebacteriumminutissimum、Corynebacteriumparvum、Corynebacteriumpseudodiptheriticum、Corynebacteriumpseudotuberculosis、Corynebacteriumpyogenes、Corynebacteriumurealyticum、Corynebacteriumrenale、Corynebacteriumstriatum、Corynebacteriumtenuis、Corynebacteriumulcerans、Corynebacteriumxerosis、Coxiellaburnetii、Cronobacter種Cronobactersakazakii、Cronobactermalonaticus、Cronobacterturicensis、Cronobactermuytjensii、Cronobacterdublinensis、Delftiaacidovorans、Dickeya種、エドワードシエラ種、Eikenellacorrodens、エンテロバクター種Enterobacteraerogenes、Enterobactercloacae、Enterobactersakazakii、エンテロコッカス種Enterococcusavium、Enterococcusdurans、Enterococcusfaecalis、Enterococcusfaecium、Enterococcussolitarius、Enterococcusgalllinarum、Enterococcusmaloratus、Ehrlichiachaffeensis、Erysipelothrixrhusiopathiae、エルウィニア種、エシェリキア種Escherichiaadecarboxylata、Escherichiaalbertii、Escherichiablattae、Escherichiacoli、Escherichiafergusonii、Escherichiahermannii、Escherichiavulneris、Ewingella種、フラボバクテリウム種Flavobacteriumaquatile、Flavobacteriumbranchiophilum、Flavobacteriumcolumnare、Flavobacteriumflevense、Flavobacteriumgondwanense、Flavobacteriumhydatis、Flavobacteriumjohnsoniae、Flavobacteriumpectinovorum、Flavobacteriumpsychrophilum、Flavobacteriumsaccharophilum、Flavobacteriumsalegens、Flavobacteriumscophthalmum、Flavobacteriumsuccinans、Francisellatularensis、Francisellanovicida、Francisellaphilomiragia、フゾバクテリウム種Fusobacteriumnecrophorum、Fusobacteriumnucleatum、Fusobacteriumpolymorphum、Fusobacteriumnovum、Fusobacteriummortiferum、Fusobacteriumvarium、Gardnerellavaginalis、Gemellahaemolysans、Gemellamorbillorum、Grimontella種、ヘモフィルス種Haemophilusaegyptius、Haemophilusaphrophilus、Haemophilusavium、Haemophilusducreyi、Haemophilusfelis、Haemophilushaemolyticus、Haemophilusinfluenzae、Haemophilusparacuniculus、Haemophilusparahaemolyticus、Haemophilusparainfluenzae、Haemophilusparaphrophilus、Haemophiluspertussis、Haemophiluspittmaniae、Haemophilussomnus、Haemophilusvaginalis、ハフニア種、Hafniaalvei、ヘリコバクター種Helicobacteracinonychis、Helicobacteranseris、Helicobacteraurati、Helicobacterbilis、Helicobacterbizzozeronii、Helicobacterbrantae、HelicobacterCanadensis、Helicobactercanis、Helicobactercholecystus、Helicobactercinaedi、Helicobactercynogastricus、Helicobacterfelis、Helicobacterfennelliae、Helicobacterganmani、Helicobacterheilmannii、Helicobacterhepaticus、Helicobactermesocricetorum、Helicobactermarmotae、Helicobactermuridarum、Helicobactermustelae、Helicobacterpametensis、Helicobacterpullorum、Helicobacterpylori、Helicobacterrappini、Helicobacterrodentium、Helicobactersalomonis、Helicobactertrogontum、Helicobactertyphlonius、Helicobacterwinghamensis、ヒト顆粒球エーリキア症、Humanmonocytotropicehrlichiosis、クレブシエラ種Klebsiellagranulomatis、Klebsiellamobilis、Klebsiellaornithinolytica、Klebsiellaoxytoca、Klebsiellaozaenae、Klebsiellaplanticola、Klebsiellapneumoniae、Klebsiellarhinoscleromatis、Klebsiellasingaporensis、Klebsiellaterrigena、Klebsiellatrevisanii、Klebsiellavariicola、Kingellakingae、クライベラ種、ラクトバチルス種Lactobacillusacetotolerans、Lactobacillusacidifarinae、Lactobacillusacidipiscis、Lactobacillusacidophilus、Lactobacillusagilis、Lactobacillusalgidus、Lactobacillusalimentarius、Lactobacillusamylolyticus、Lactobacillusamylophilus、Lactobacillusamylotrophicus、Lactobacillusamylovorus、Lactobacillusanimalis、Lactobacillusantri、Lactobacillusapodemi、Lactobacillusaviarius、Lactobacillusbifermentans、Lactobacillusbrevis、Lactobacillusbuchneri、Lactobacilluscamelliae、Lactobacilluscasei、Lactobacilluscatenaformis、Lactobacillusceti、Lactobacilluscoleohominis、Lactobacilluscollinoides、Lactobacilluscomposti、Lactobacillusconcavus、Lactobacilluscoryniformis、Lactobacilluscrispatus、Lactobacilluscrustorum、Lactobacilluscurvatus、Lactobacillusdelbrueckii、LactobacillusdelbrueckiisubspBulgaricus、LactobacillusdelbrueckiisubspLactis、Lactobacillusdiolivorans、Lactobacillusequi、Lactobacillusequigenerosi、Lactobacillusfarraginis、Lactobacillusfarciminis、Lactobacillusfermentum、Lactobacillusfornicalis、Lactobacillusfructivorans、Lactobacillusfrumenti、Lactobacillusfuchuensis、Lactobacillusgallinarum、Lactobacillusgasseri、Lactobacillusgastricus、Lactobacillusghanensis、Lactobacillusgraminis、Lactobacillushammesii、Lactobacillushamsteri、Lactobacillusharbinensis、Lactobacillushayakitensis、Lactobacillushelveticus、Lactobacillushilgardii、Lactobacillushomohiochii、Lactobacillusiners、Lactobacillusingluviei、Lactobacillusintestinalis、Lactobacillusjensenii、Lactobacillusjohnsonii、Lactobacilluskalixensis、Lactobacilluskefiranofaciens、Lactobacilluskefiri、Lactobacilluskimchii、Lactobacilluskitasatonis、Lactobacilluskunkeei、Lactobacillusleichmannii、Lactobacilluslindneri、Lactobacillusmalefermentans、Lactobacillusmali、Lactobacillusmanihotivorans、Lactobacillusmindensis、Lactobacillusmucosae、Lactobacillusmurinus、Lactobacillusnagelii、Lactobacillusnamurensis、Lactobacillusnantensis、Lactobacillusoligofermentans、Lactobacillusoris、Lactobacilluspanis、Lactobacilluspantheris、Lactobacillusparabrevis、Lactobacillusparabuchneri、Lactobacillusparacollinoides、Lactobacillusparafarraginis、Lactobacillusparakefiri、Lactobacillusparalimentarius、Lactobacillusparaplantarum、Lactobacilluspentosus、Lactobacillusperolens、Lactobacillusplantarum、Lactobacilluspontis、Lactobacilluspsittaci、Lactobacillusrennini、Lactobacillusreuteri、Lactobacillusrhamnosus、Lactobacillusrimae、Lactobacillusrogosae、Lactobacillusrossiae、Lactobacillusruminis、Lactobacillussaerimneri、Lactobacillussakei、Lactobacillussalivarius、Lactobacillussanfranciscensis、Lactobacillussatsumensis、Lactobacillussecaliphilus、Lactobacillussharpeae、Lactobacillussiliginis、Lactobacillusspicheri、Lactobacillussuebicus、Lactobacillusthailandensis、Lactobacillusultunensis、Lactobacillusvaccinostercus、Lactobacillusvaginalis、Lactobacillusversmoldensis、Lactobacillusvini、Lactobacillusvitulinus、Lactobacilluszeae、Lactobacilluszymae、Leclercia種、レジオネラ種Legionellaadelaidensis、Legionellaanisa、Legionellabeliardensis、Legionellabirminghamensis、Legionellabozemanii、Legionellabrunensis、Legionellabusanensis、Legionellacherrii、Legionellacincinnatiensis、Legionelladonaldsonii、Legionelladrancourtii、Legionelladrozanskii、Legionellaerythra、Legionellafairfieldensis、Legionellafallonii、Legionellafeeleii、Legionellageestiana、Legionellagenomospecies、Legionellagratiana、Legionell本発明は、例えばDNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る、一本鎖標的ポリヌクレオチド等のポリヌクレオチドを捕捉するために用いること等が可能な技術に関する。この手法は、例えば、分子診断に用いることが可能である。したがって、一実施形態は、本明細書に開示した方法の使用を含む、1つ又は複数のメチル化標的DNA及び又はRNAを検出する方法に関する。標的ポリヌクレオチドの検出に用いる本明細書に開示した方法は、当技術分野で公知の方法より特異性が高い。Tmにおける有意な偏差のため、標的ポリヌクレオチドと他のヌクレオチドとの差が単一の塩基位置のみである場合でも、標的ポリヌクレオチドを他のヌクレオチドから常に分離することが可能となる。標的ポリヌクレオチドの安定性を向上させることが目的ではあるが、初期段階では不安定化させる。これは大いに議論を呼ぶ内容であり、これまでに記述されていない。したがって、本明細書において開示した方法は、安定性に関して特性が向上した修飾ポリヌクレオチドの作成につながる、標的ポリヌクレオチドの分割を含む。したがって、本発明は、試料から、例えばDNA又はRNA等、一本鎖標的ポリヌクレオチド等のポリヌクレオチドを捕捉する方法であって、iii塩基A、T、U、C、又はG、5ヒドロキシメチルdC、5メチルシトシン、プソイドウリジン、ジヒドロウリジン、イノシン、7メチルグアノシン、ヒポキサンチン、キサンチン、及びその2’Oメチル誘導体及び又はNメチル誘導体のうちの1つ又は複数の種類を、標的ポリヌクレオチドから除去することにより、1つ又は複数の脱塩基部位を生成するステップと、ivポリヌクレオチドプローブの骨格構造に挿入されて相補的ポリヌクレオチド標的配列の1つ又は複数の脱塩基部位に形態学的に入り込む1個又は複数のインターカレータ分子を含む相補的プローブにより、標的ポリヌクレオチドを捕捉するステップと、を備え、標的ポリヌクレオチドは、自然発生ヌクレオチド或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るものであり、したがって、標的ポリヌクレオチドは、例えば、RNA、αLRNA、βDRNA、2’RRNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、オリゴヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダート、BNA、αLLNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、TNA、TNA、αLリボLNA、αLキシロLNA、βDリボLNA、βDキシロLNA、321LNA、ビシクロDNA、6アミノビシクロDNA、5エピビシクロDNA、αビシクロDNA、トリシクロDNA、ビシクロ430DNA、ビシクロ321DNA、ビシクロ430アミドDNA、βDリボピラノシルNA、αLリキソピラノシルNA、2’ORRNA、2’AERNA、及びその組み合わせ及び修飾物から成る群から選択されたもの等のヌクレオチドにより形成され得る、方法に関する。好適な実施形態において、本発明は、一本鎖標的ポリヌクレオチドを捕捉する方法であって、例えばDNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドを提供するステップと、例えばDNA等の二本鎖標的ポリヌクレオチドから1つ又は複数の種類の塩基を除去して、例えばDNA等の二本鎖標的ポリヌクレオチドを不安定化することにより、1つ又は複数の脱塩基部位を生成するステップと、例えばDNA等の不安定化した二本鎖標的ポリヌクレオチドを変性させ、例えばDNA等の一本鎖標的ポリヌクレオチドにするステップと、ポリヌクレオチドプローブの骨格構造に挿入されて相補的ポリヌクレオチド標的配列の1つ又は複数の脱塩基部位に形態学的に入り込む1個又は複数のインターカレータ分子を含む、例えばDNAプローブ等の相補的ポリヌクレオチドプローブにより、例えばDNA等の一本鎖標的ポリヌクレオチドを捕捉するステップと、を備える方法に関する。特定の実施形態において、本発明は、試料から一本鎖標的DNA又はRNA等のポリヌクレオチドを捕捉する方法であって、DNA又はRNA等の標的ポリヌクレオチドから塩基A、T、U、C、又はGのうち1つ又は複数の種類を除去することにより、1つ又は複数の脱塩基部位を生成するステップと、1つ又は複数の脱塩基部位に対する相互作用及び又は挿入が可能な1個又は複数のインターカレータ分子を含む相補的プローブにより、DNA又はRNA等の標的ポリヌクレオチドを捕捉するステップと、を備える方法に関する。本発明による標的ポリヌクレオチドの最適な長さは、除去すべき特異的塩基の数と、標的ポリヌクレオチドにおけるその分布とによって決まる。一般に、こうした標的ポリヌクレオチドの長さは、30塩基未満であることが好ましい。好適な実施形態において、標的ポリヌクレオチドの長さは、25塩基未満である。更に好適な実施形態において、標的ポリヌクレオチドの長さは、20塩基未満であり、例として17乃至18塩基である。1つ又は複数の種類の塩基が除去された、一本鎖標的ポリヌクレオチドに含まれる脱塩基部位は、好ましくは、互いに接近し過ぎておらず、例えば、12又は1螺旋回転の距離を置いて位置する。しかしながら、隣接する2塩基の除去も可能となる。後者の場合、挿入されるインターカレータは、1個の2倍サイズのインターカレータ又は2個の従来のインターカレータとなる。したがって、一実施形態は、このように脱塩基部位が12又は1螺旋回転、例として1螺旋回転、例として12螺旋回転の距離を置いて位置した標的を対象とする。したがって、一実施形態は、このように脱塩基部位が12又は1螺旋回転、例として1螺旋回転、例として12螺旋回転の距離を置いて位置した標的を対象とする。好適な実施形態では、1個のインターカレータが、各脱塩基部位に挿入される。一実施形態では、2つ以上の脱塩基部位が存在し、挿入されるインターカレータは同一である。他の実施形態では、2つ以上の脱塩基部位が存在し、挿入されるインターカレータは互いに異なる。本発明の好適な実施形態において、標的ポリヌクレオチドに存在する脱塩基部位の総数は、5を超えない。更に好適な実施形態において、脱塩基部位の総数は、最大4である。本発明の最も好適な実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、3つ以下、例えば2つの脱塩基部位を備える。本発明の他の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、1つの脱塩基部位を備える。本明細書に定めるように1つ又は複数の特定の種類の塩基を除去することにより、例えば、上述したステップにおいて、標的ポリヌクレオチドから以下の種類の塩基A、T、U、C、又はGの1つ又は複数を除去することにより、関係する塩基の少なくとも70、例えば少なくとも80、例として少なくとも85、例えば少なくとも90、例として少なくとも95、例えば少なくとも97、例として少なくとも99が、標的ポリヌクレオチドから除去される。好適な実施形態では、関係する塩基の約100が標的ポリヌクレオチドから除去される。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、RNA又はDNA等、自然発生ヌクレオチド或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、自然発生ヌクレオチドにより形成される。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、RNAを含む。他の特定の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、DNAを含む。他の特定の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、自然発生が知られていないヌクレオチド又は自然発生ヌクレオチドと自然発生が知られていないヌクレオチドとの任意の混合物により形成される。したがって、標的ポリヌクレオチドは、例えば、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、ヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダート、BNA、αLLNA、及び他の拘束ヌクレオチドから成る群から選択され得る自然発生ヌクレオチドの1つ又は複数の類似体を含む。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、LNAを含む。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、PNAを含む。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、PMOを含む。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、TNAを含む。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、GNAを含む。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、ヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダートを含む。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、BNAを含む。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、αLLNAを含む。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、本明細書に定めるような他の拘束ヌクレオチドを含む。一実施形態において、除去される塩基は、A、G、C、T、U、及び5ヒドロキシメチルdCから成る群から選択される。一実施形態において、二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖標的ポリヌクレオチドから除去される塩基は、Aである。一実施形態において、Aは、標的ポリヌクレオチドに酵素処理、例えば、アデニンDNAグリコシラーゼによる処理を示すANG処理を施すことにより、標的ポリヌクレオチドから除去される。他の実施形態において、二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖標的ポリヌクレオチドから除去される塩基は、Tである。特定の一実施形態において、Tは、標的ポリヌクレオチドに酵素処理、例えば、チミンDNAグリコシラーゼによる処理を示すTNG処理を施すことにより、標的ポリヌクレオチドから除去される。他の実施形態において、二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖標的ポリヌクレオチドから除去される塩基は、Uである。特定の一実施形態において、Uは、標的ポリヌクレオチドに酵素処理、例えば、ウラシルDNAグリコシラーゼによる処理を示すUNG処理を施すことにより、標的ポリヌクレオチドから除去される。他の実施形態において、二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖標的ポリヌクレオチドから除去される塩基は、Cである。特定の一実施形態において、Cは、標的ポリヌクレオチドに酵素処理、例えば、シトシンDNAグリコシラーゼによる処理を示すCNG処理を施すことにより、標的ポリヌクレオチドから除去される。他の実施形態において、二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖標的ポリヌクレオチドから除去される塩基は、Gである。特定の一実施形態において、Gは、標的ポリヌクレオチドに酵素処理、例えば、グアニンDNAグリコシラーゼによる処理を示すGNG処理を施すことにより、標的ポリヌクレオチドから除去される。他の実施形態において、除去される塩基は、5ヒドロキシメチルdCである。他の実施形態において、除去される塩基は、5メチルシトシンである。他の実施形態において、除去される塩基は、プソイドウリジンである。他の実施形態において、除去される塩基は、ジヒドロウリジンである。他の実施形態において、除去される塩基は、イノシンである。他の実施形態において、除去される塩基は、7メチルグアノシンである。他の実施形態において、除去される塩基は、ヒポキサンチンである。他の実施形態において、除去される塩基は、キサンチンである。他の実施形態において、除去される塩基は、本明細書に開示した塩基の何れかの2’Oメチル誘導体である。他の実施形態において、除去される塩基は、本明細書に開示した塩基の何れかのNメチル誘導体である。相補的プローブは、例えば、DNAプローブ、RNAプローブ、LNAプローブ、及びPNAプローブ、又はその任意の組み合わせから成る群から選択されたプローブ等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るプローブ等の任意のポリヌクレオチドプローブにすることができる。相補的プローブは、DNAプローブ、RNAプローブ、LNAプローブ、及びPNAプローブ、又はその任意の組み合わせ等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る任意のポリヌクレオチドプローブにすることができる。特定の一実施形態において、相補的プローブは、RNA又はDNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成される。一実施形態において、相補的プローブは、RNAを含む。他の実施形態において、相補的プローブは、DNAを含む。他の特定の実施形態において、相補的プローブは、自然発生が知られていないポリヌクレオチド配列により形成される。特定の実施形態において、相補的プローブは、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、オリゴヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダート、BNA、αLLNA、及び他の拘束ヌクレオチドから成る群から選択された1つ又は複数の類似体を含む。特定の一実施形態において、相補的プローブは、LNAを含む。特定の一実施形態において、相補的プローブは、PNAを含む。特定の一実施形態において、相補的プローブは、PMOを含む。特定の一実施形態において、相補的プローブは、TNAを含む。特定の一実施形態において、相補的プローブは、GNAを含む。特定の一実施形態において、相補的プローブは、オリゴヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダートを含む。特定の一実施形態において、相補的プローブは、BNAを含む。特定の一実施形態において、相補的プローブは、αLLNAを含む。特定の一実施形態において、相補的プローブは、本明細書に定めるような他の拘束ヌクレオチドを含む。手法は、1個又は複数のインターカレータ分子を含む相補的プローブにより、一本鎖標的DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るポリヌクレオチドを特異的に捕捉することを含む。方法は、更に、相補的プローブとの相互作用の前に、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドから、1つ又は複数の種類の塩基を除去することを含む。この反応により、1つ又は複数の脱塩基部位、即ち、塩基が除去された部位が発生する。DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドからの塩基の除去は、DNA等の二本鎖標的ポリヌクレオチド、或いはDNA及び又はRNA等の一本鎖標的ポリヌクレオチドからの除去の何れかにすることができる。一実施形態において、塩基は、二本鎖標的DNAから除去することが好ましい。この実施形態を図1に例示する。相補的プローブは、ビーズ等の支持体に結合させることができる。これにより、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドは、相補的プローブにより捕捉される。その後、1つ又は複数の標識を含む検出プローブを添加することができる。一実施形態において、本明細書に開示した方法は、更に、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る未結合ポリヌクレオチド及びヌクレオチドを除去するために、1回又は複数回の洗浄ステップを含む。一実施形態において、洗浄ステップは、例えばDNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る未結合ポリヌクレオチド及びヌクレオチドを除去するため等に検出プローブを添加する前に実施される。この実施形態を図2に例示する。DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドからの塩基の除去は、例えばA、T、C、G、及び又はU等、本明細書に開示した任意の塩基を特異的に除去する酵素を用いて実行すること等が可能である。或いは、1種類の塩基は、塩基の種類のうち1つを特異的に喪失させる反応条件を用いて除去することができる。Aは、例えば、pHの調節により除去することができる7、8、9。特定の実施形態において、標的DNA及び又はRNA等の標的ポリヌクレオチドから、1、2、又は3種類の塩基が除去される。一実施形態において、本明細書に開示した方法は、自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドを、二本鎖標的ポリヌクレオチドから1つ又は複数の化学成分を除去することにより不安定化することを含む。一実施形態では、DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチド及び又は一本鎖DNA及び又はRNAにおいて、1種類の塩基を、ウラシル等の他の化学成分へ変換する。その後、DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドから、及び又は、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る一本鎖標的ポリヌクレオチドから、ウラシル等の化学成分を除去する。一実施形態において、化学成分の除去は、1つ又は複数の酵素を用いて、及び又は塩濃度、pH7、8、9、又は温度等の変化といった物理的応力により行われる。MutYは、GAミスペアに対する活性を有するアデニングリコシラーゼである。MutYは、一実施形態において、DNAにおける塩基の除去に用いることができる8。他の実施形態において、例えばDNA又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るポリヌクレオチドからのシトシン及びチミンの切除は、ヒトウラシルDNAグリコシラーゼの変異体により行うことができる9。好適な一実施形態において、ウラシルDNAグリコシラーゼ内のAsn204のAspによる置換、又はウラシルDNAグリコシラーゼ内のTyr147のAla、Cys、又はSerによる置換により、それぞれ、シトシンDNAグリコシラーゼ活性又はチミンDNAグリコシラーゼ活性を有する酵素が生じる9。こうした酵素は、例えばDNA又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るポリヌクレオチドにおいて、これらの塩基の除去に用いることができる。一実施形態において、ウラシルは、ウラシルデヒドロゲナーゼにより除去される。他の実施形態において、Aの除去は、pH値の調節により行われる。DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドからの化学成分の除去により、DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る、不安定化された二本鎖標的ポリヌクレオチドが生じ、その後、これを変性させ、DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る一本鎖標的ポリヌクレオチドにする。DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る一本鎖標的ポリヌクレオチドは、orthoTINA等の1個又は複数のインターカレータを含む相補的プローブと混合する。これにより、DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドは、相補的プローブにより捕捉される。この実施形態を図3に示す。一実施形態では、DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドにおいて、及び又は、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る一本鎖標的ポリヌクレオチドにおいて、1種類の塩基を、ウラシル等の他の化学成分へ変換する。ウラシルは、ウラシルデヒドロゲナーゼにより除去することができる。その後、DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドから、及び又は、DNA及び又はRNA等の一本鎖標的ポリヌクレオチドから、ウラシル等の化学成分を除去する。化学成分の除去は、1つ又は複数の酵素を用いて、及び又は塩濃度、pH等の変化といった物理的応力により行うことができる7、8、9。ウラシルは、例えば、ウラシルデヒドロゲナーゼにより除去することができる。DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドからの化学成分の除去により、DNA等の不安定化された二本鎖標的ポリヌクレオチドが生じ、その後、これを変性させ、DNA等の一本鎖標的ポリヌクレオチドにする。DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る一本鎖標的ポリヌクレオチドは、orthoTINA等の1個又は複数のインターカレータを含む相補的プローブと混合する。相補的プローブは、ビーズ等の支持体に結合される。これにより、DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドは、相補的プローブにより捕捉される。その後、標識を含む検出プローブを添加する。一実施形態では、洗浄ステップを検出プローブの添加前に実行し、例えばDNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る非特異的ポリヌクレオチド及びヌクレオチドの除去等を行う。この実施形態を図4に示す。本発明は、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドからの1、2、又は3種類の塩基の除去を含む。したがって、第1の実施形態では、本明細書に開示した塩基が除去され、例としてA、T、C、G、又はUが除去される。他の実施形態では、A及びTの除去等、2又は3種類の塩基が除去される。本発明の方法を用いる時には、標的ポリヌクレオチドと、試験材中の他のヌクレオチド材料との両方から塩基が除去される。したがって、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドから除去された塩基は、試験材中に存在するヌクレオチド材料の小部分のみを構成する。本発明の一実施形態は、RNA又はDNA等の標的ポリヌクレオチドから除去される塩基の総数を、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21以上からなる群から選択可能である、本明細書に開示した方法に関する。特定の一実施形態において、例えばDNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドから除去されるウラシル残基又は他の化学成分の総数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又は21以上の異なる又は同一の化学成分又はウラシル残基等、任意の数にすることができる。他の実施形態において、例えばDNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的から除去されるウラシル残基又は他の化学成分の総数は、少なくとも1個、例として少なくとも2個、例えば3個、例として少なくとも4個、例えば5個、例として少なくとも6個、例えば7個、例として少なくとも8個、例えば9個、例として少なくとも10個、例えば11個、例として少なくとも12個、例えば13個、例として少なくとも14個、例えば15個、例として少なくとも16個、例えば17個、例として少なくとも18個、例えば19個、又は例として少なくとも20個である。他の実施形態において、例えばDNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドから除去されるウラシル残基又は他の化学成分の総数は、20個未満、例として19個未満、例えば18個未満、例として17個未満、例えば16個未満、例として15個未満、例えば14個未満、例として13個未満、例えば12個未満、例として11個未満、例えば10個未満、例として9個未満、例えば8個未満、例として7個未満、例えば6個未満、例として5個未満、例えば4個未満、例として3個未満、例えば2個未満、又は例として1個未満である。除去される残基の数は、dsDNAの融解温度の変化に相関する。一実施形態において、融解温度の好適な変化は、5個未満のウラシル残基又は他の化学成分の除去に対応する。他の実施形態において、融解温度の好適な変化は、5乃至10個のウラシル残基又は他の化学成分の除去に対応する。最後に、他の好適な実施形態において、融解温度の好適な変化は、少なくとも10個のウラシル残基又は他の化学成分の除去に対応する。相補的プローブ内のインターカレータ分子の総数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上の異なる又は同一のインターカレーション分子から成る群から選択することができる。したがって、一実施形態は、相補的RNA及び又はDNA標的等のヌクレオチド標的との相互作用に適した、正確に1個のインターカレータ分子を含むポリヌクレオチドプローブに関する。他の実施形態は、相補的RNA及び又はDNA標的等の相補的ヌクレオチド標的との相互作用に適した、少なくとも2個のインターカレータ分子を含むポリヌクレオチドプローブに関する。更に他の実施形態は、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るポリヌクレオチドプローブに関し、したがって、相補的プローブは、例えば、RNA、αLRNA、βDRNA、2’RRNA、DNA、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、オリゴヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダート、BNA、αLLNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、TNA、TNA、αLリボLNA、αLキシロLNA、βDリボLNA、βDキシロLNA、321LNA、ビシクロDNA、6アミノビシクロDNA、5エピビシクロDNA、αビシクロDNA、トリシクロDNA、ビシクロ430DNA、ビシクロ321DNA、ビシクロ430アミドDNA、βDリボピラノシルNA、αLリキソピラノシルNA、2’ORRNA、2’AERNA、及びその組み合わせ及び修飾物から成る群から選択されたもの等のヌクレオチドにより形成され得る。特定の一実施形態は、DNAプローブ、RNAプローブ、LNAプローブ、及びPNAプローブから成る群から選択されるようなプローブに関する。更に他の一実施形態は、インターカレータ分子の総数を1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上から成る群から選択可能なポリヌクレオチドプローブに関する。更に他の特定の実施形態において、相補的プローブ内のインターカレータ分子の総数は、少なくとも1個、例として少なくとも2個、例えば3個、例として少なくとも4個、例えば5個、例として少なくとも6個、例えば7個、例として少なくとも8個、例えば9個、例として少なくとも10個、例えば11個、例として少なくとも12個、例えば13個、例として少なくとも14個、例えば15個、例として少なくとも16個、例えば17個、例として少なくとも18個、例えば19個、又は例として少なくとも20個である。他の実施形態において、相補的プローブ内のインターカレータ分子の総数は、20個未満、例として19個未満、例えば18個未満、例として17個未満、例えば16個未満、例として15個未満、例えば14個未満、例として13個未満、例えば12個未満、例として11個未満、例えば10個未満、例として9個未満、例えば8個未満、例として7個未満、例えば6個未満、例として5個未満、例えば4個未満、例として3個未満、例えば2個未満、又は例として1個未満である。自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る相補的プローブ内のインターカレータ分子の数は、標的DNA又はRNAと相補的プローブとから成るハイブリダイゼーション産物の融解温度の変化に相関する。一実施形態において、融解温度の好適な変化は、5個未満のインターカレータ分子を有するプローブの使用に対応する。他の実施形態において、融解温度の好適な変化は、5乃至10個のインターカレータプローブを有するプローブの使用に対応する。最後に、他の好適な実施形態において、融解温度の好適な変化は、少なくとも10個のインターカレータ分子を有するプローブの使用に対応する。好適な実施形態では、1個のインターカレータ分子が、ポリヌクレオチドプローブの骨格構造に挿入され、相補的ポリヌクレオチド標的配列の1つの脱塩基部位に形態学的に入り込む。一実施形態において、2つ以上の脱塩基部位が存在し、挿入されるインターカレータは同一である。他の実施形態において、2つ以上の脱塩基部位が存在し、挿入されるインターカレータは互いに異なる。本発明の好適な実施形態において、脱塩基部位に挿入されるインターカレータの総数は、標的ポリヌクレオチド内に存在する脱塩基部位の数と同一である。脱塩基部位の数、したがって、脱塩基部位に挿入されるインターカレータの数は、5を超えないことが特に好適である。更に好適な実施形態において、脱塩基部位の総数、したがって、脱塩基部位に挿入されるインターカレータの数は、最大4である。本発明の最も好適な実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、3つ以下の脱塩基部位を含み、したがって、3個以下のインターカレータが脱塩基部位に挿入され、例えば、脱塩基部位及び脱塩基部位に挿入されるインターカレータは2つ等となる。本発明の更に他の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、1つの脱塩基部位を含み、1個のインターカレータが脱塩基部位に挿入される。上述したように、プローブ内のインターカレータ分子は、異なっていても同一でもよい。一実施形態では、異なるインターカレータ分子を用いて、例えばDNA又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドに対するプローブのハイブリダイゼーション特異性を最適化する。一部の種類のインターカレータ分子では、インターカレータ分子が互いに隣接する等、プローブ内で互いに近接する場合、或いは、インターカレータ分子間に存在する残基が2個、3個、4個、5個、又は6個未満である場合、異なる種類のインターカレータ分子を用いることが好適となる。他の種類のインターカレータ分子では、インターカレータ分子が互いに隣接する等、プローブ内で互いに近接する場合、或いは、インターカレータ分子間に存在する残基が2個、3個、4個、5個、又は6個未満である場合、同一種類のインターカレータ分子を用いることが好適となる。相補的プローブの長さは、一実施形態において、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、及び31以上の塩基から成る群から選択される。好ましくは、相補的プローブの長さは、18乃至22塩基である。プローブの長さは、他の実施形態において、ハイブリダイゼーション効率を最適化するために最適化される。ハイブリダイゼーション効率は、特異的配列及び脱塩基部位の数により決まる。一実施形態において、本明細書に開示した方法は、更に、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチド内の1個又は複数のCを、1個又は複数のUに変換することを含む。一実施形態において、本明細書に開示した方法は、更に、二本鎖標的ポリヌクレオチド内の1つ又は複数の種類の塩基を、別の化学成分に変換することを含む。特定の実施形態において、方法は、更に、例えばDNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチド内の1個又は複数のCを、任意の塩基の除去前に、1個又は複数のUに変換することを含む。二本鎖標的DNA内の1個又は複数のCから1個又は複数のUへの変換は、重亜硫酸塩処理により行うことができる1。一実施形態において、本明細書に開示した方法では、標的ポリヌクレオチド内の1個又は複数のCから1個又は複数のUへの変換は、重亜硫酸塩処理により行われる。他の実施形態では、DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドから、及び又は一本鎖DNA及び又はRNAから、1種類の塩基を除去する。DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る二本鎖標的ポリヌクレオチドからの1種類の塩基の除去により、DNA等の不安定化された二本鎖標的ポリヌクレオチドが生じ、その後、これを変性させ、DNA等の一本鎖標的ポリヌクレオチドにする。DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る一本鎖標的ポリヌクレオチドは、その後、orthoTINA等の1個又は複数のインターカレータを含む相補的プローブと混合する。相補的プローブは、ビーズ等の支持体に結合することができる。これにより、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドは、相補的プローブにより捕捉される。その後、標識を含む検出プローブを添加することができる。一実施形態では、検出プローブの添加前及び又は添加後に、洗浄ステップを実施する。一実施形態において、例えばRNA及び又はDNA標的等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る相補的ヌクレオチド標的との相互作用に適したポリヌクレオチドプローブは、正確に1個のインターカレータ分子を含む。一実施形態において、例えばRNA及び又はDNA標的等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る相補的ヌクレオチド標的との相互作用に適したポリヌクレオチドプローブは、少なくとも2個のインターカレータ分子を含む。好適な一実施形態において、相補的プローブ及び検出プローブは、1個又は複数のインターカレータ分子を含む。これは、相補的プローブ及び検出プローブが互いにハイブリダイズできないという利点を有する。本発明の方法の実施形態において、相補的プローブは、1個又は複数のインターカレータ分子を含む。特定の実施形態において、インターカレータ分子の総数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上から成る群から選択することができる。本発明による方法は、一実施形態において、DNA標的及び又はRNA標的等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチド内の脱塩基部位の10乃至100、例として10乃至20、例えば20乃至30、例として30乃至40、例えば40乃至50、例として50乃至60、例えば60乃至70、例として70乃至80、例えば80乃至90、例として90乃至100、又はそれらの任意の組み合わせにおいて、インターカレータ分子が挿入された状態となる方法に関する。インターカレータ分子の挿入は、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドと相補的プローブとから成るポリヌクレオチド二重鎖の融解温度を上昇させることができる。好適な一実施形態は、相補的ポリヌクレオチド標的配列の1つ又は複数の脱塩基部位に形態学的に入り込むインターカレータ分子のポリヌクレオチドプローブの骨格構造への挿入により、標的DNA及び又はRNAと相補的プローブとから成るポリヌクレオチド二重鎖の融解温度が上昇する、ポリヌクレオチドプローブに関する。本発明の利点は、例えば標的DNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るヌクレオチド標的内の単一の突然変異を、従来のハイブリダイゼーション技術と比較して実質的に高い信頼性で検出可能なことである。標的からの1個又は複数の塩基の除去により、例えば脱塩基部位当たり約12°Cの融解温度の低下が生じる。しかしながら、融解温度の正確な低下は、標的の大きさ、更には標的内の脱塩基部位の数に応じて決まる。塩基対形成を行うインターカレータ分子を含むプローブと標的内の脱塩基部位との相互作用は、この融点の低下を補償する。本発明の好適な実施形態において、相補的ポリヌクレオチド標的配列の1つ又は複数の脱塩基部位に形態学的に入り込むインターカレータ分子のポリヌクレオチドプローブ骨格構造への挿入は、DNA及び又はRNA等の標的ポリヌクレオチドと相補的プローブとからなるポリヌクレオチド二重鎖の融解温度を上昇させる。したがって、標的DNAに完全に一致するプローブと、単一のミスマッチを有するプローブとの間には、相対的に大きな融解温度の差が存在する。したがって、本手法は、従来のプローブによるハイブリダイゼーションと比較して、単一のミスマッチをより特異的に識別することができる。プローブ内の脱塩基部位の存在は、核酸塩基のミスマッチと比較して、Tmを実質的に大きく低下させることが分かった。本発明の発明者は、オリゴヌクレオチドの末端側に位置する核酸塩基ミスマッチと比較して、中心の核酸塩基ミスマッチがTmをより大きく低下させることを発見した。したがって、本発明の一実施形態は、脱塩基部位又は核酸塩基ミスマッチがプローブヌクレオチド配列の末端に位置するようなプローブに関する。本発明の他の実施形態は、脱塩基部位又は核酸塩基ミスマッチがプローブヌクレオチド配列の末端側に位置するようなプローブに関する。二重鎖内のオリゴヌクレオチドの長さを30から18ヌクレオチドに減少させることにより、二重鎖のTmが低下する。したがって、本発明の1実施形態において、プローブヌクレオチド配列は、25乃至35ヌクレオチド、例として約30ヌクレオチドの長さを有する。他の実施形態において、プローブヌクレオチド配列は、15乃至23ヌクレオチドの長さを有する。好適な実施形態において、プローブヌクレオチド配列は、約18ヌクレオチドの長さを有する。しかしながら、二重鎖内のオリゴヌクレオチドの長さを30から18ヌクレオチドに減少させることにより、二重鎖のTmが低下し、核酸塩基ミスマッチにより得られる融解温度変化が増加する。単一の核酸塩基ミスマッチを含む二重鎖プローブで得られるΔTmは、単一の脱塩基部位を含むプローブで得られるΔTmより低い。更に、2つの核酸塩基ミスマッチを含む二重鎖プローブで得られるΔTmは、2つの脱塩基部位を含むプローブで得られるΔTmより低い。そのため、脱塩基部位又はミスマッチの数を1から2へ増加させると、ΔTmは約2乃至3倍増加する。したがって、実施形態において、二重鎖プローブは、少なくとも2つの脱塩基部位又はミスマッチ、例として正確に2つの脱塩基部位又はミスマッチを含む。ポリヌクレオチドプローブの骨格構造へのインターカレータ分子の挿入は、プローブ内のインターカレータが標的配列内の脱塩基部位と相補的な位置にある時、プローブの安定性を高め、得られる融解温度の低下を著しく減少させる。1つのミスマッチを含むプローブと比較して、こうしたインターカレータの挿入は、ΔTmを著しく減少させ、約3乃至4分の1にする。同様に、2つのミスマッチ部位を含むプローブにおいて見られる融解温度の低下を、2個のインターカレータを標的配列内の脱塩基部位に相補的に位置決めされたポリヌクレオチドプローブの骨格構造に挿入したプローブにおいて見られる融解温度の低下と比較すると、こうしたインターカレータの挿入は、ΔTmを著しく減少させ、約2分の1、例えば3分の1にする。更に具体的には、実施形態では、1つのミスマッチが存在し、22merの二重鎖のΔTmを約4°C乃至13°C、例として約7°C乃至約10°C、一般に約8°Cにする。他の実施形態では、1つの脱塩基部位が存在し、22merの二重鎖のΔTmを約8°C乃至18°C、例として約10°C乃至約16°C、一般に約12乃至14°Cにする。他の実施形態では、2つのミスマッチが存在し、22merの二重鎖のΔTmを約10°C乃至28°C、例として約13°C乃至約25°C、一般に約18°Cにする。他の実施形態では、2つの脱塩基部位が存在し、22merの二重鎖のΔTmを少なくとも15°C、例として少なくとも17°C、一般に少なくとも約20°Cにする。他の実施形態では、3つのミスマッチが存在し、22merの二重鎖のΔTmを、少なくとも20°C、例として少なくとも23°C、一般に少なくとも約25°Cにする。他の実施形態では、3つの脱塩基部位が存在し、22merの二重鎖のΔTmを、少なくとも25°C、例として少なくとも28°C、一般に少なくとも約30°Cにする。他の特定の実施形態では、1つのミスマッチが存在し、30merの二重鎖のΔTmを約2°C乃至8°C、例として約4°C乃至約7°C、一般に約6°Cにする。他の実施形態では、1つの脱塩基部位が存在し、30merの二重鎖のΔTmを約8°C乃至12°C、例として約9°C乃至約10°C、一般に約85°C乃至95°Cにする。他の実施形態では、2つのミスマッチが存在し、30merの二重鎖のΔTmを約10°C乃至17°C、例として約11°C乃至約14°C、一般に約13°Cにする。他の実施形態では、2つの脱塩基部位が存在し、30merの二重鎖のΔTmを約15°C乃至24°C、例として約17°C乃至23°C、一般に約19°C乃至約22°Cにする。他の実施形態では、3つのミスマッチが存在し、30merの二重鎖のΔTmを、約18°C乃至25°C、例として約21°C乃至22°C、一般に少なくとも約215°Cにする。他の実施形態では、3つの脱塩基部位が存在し、30merの二重鎖のΔTmを少なくとも25°C、例として少なくとも約29°C、一般に少なくとも約31°Cにする。他の実施形態では、1個のインターカレータ分子が、標的配列内の脱塩基部位に対して相補的に位置決めされたポリヌクレオチドプローブの骨格構造内に挿入され、22merの二重鎖のΔTmを約0°C乃至4°C、例として約1°C乃至2°C、一般に少なくとも約15°Cにする。他の実施形態では、2個のインターカレータ分子が、標的配列内の2つの脱塩基部位に対して相補的に位置決めされたポリヌクレオチドプローブの骨格構造内に挿入され、22merの二重鎖のΔTmを約3°C乃至8°C、例として約5°C乃至7°C、一般に少なくとも約6°Cにする。他の実施形態では、3個のインターカレータ分子が、標的配列内の3つの脱塩基部位に対して相補的に位置決めされたポリヌクレオチドプローブの骨格構造内に挿入され、22merの二重鎖のΔTmを約10°C乃至14°C、例として約11°C乃至13°C、一般に約12°Cにする。他の実施形態では、1個のインターカレータ分子が、標的配列内の脱塩基部位に対して相補的に位置決めされたポリヌクレオチドプローブの骨格構造内に挿入され、30merの二重鎖のΔTmを約1°C乃至2°C、一般に約15°Cにする。他の実施形態では、2個のインターカレータ分子が、標的配列内の2つの脱塩基部位に対して相補的に位置決めされたポリヌクレオチドプローブの骨格構造内に挿入され、30merの二重鎖のΔTmを約3°C乃至7°C、例として約4°C乃至5°C、一般に少なくとも約45°Cにする。他の実施形態では、3個のインターカレータ分子が、標的配列内の3つの脱塩基部位に対して相補的に位置決めされたポリヌクレオチドプローブの骨格構造内に挿入され、30merの二重鎖のΔTmを約6°C乃至11°C、例として約8°C乃至9°C、一般に約85°Cにする。本発明は、更に、DNA及び又はRNA等の標的ポリヌクレオチド内の脱塩基部位の10超、例として20超、例えば30超、例として40超、例えば50超、例として60超、例えば70超、例として80超、例えば90超、例として95超、例えば100において、インターカレータ分子が挿入された状態となる方法に関する。相補的プローブ内のインターカレータ分子の総数と塩基の総数との間の比は、一実施形態において、150乃至12、例として150乃至140、例えば140乃至130、例として130乃至120、例えば120乃至110、例として110乃至15、例えば15乃至12、又はこれらの間隔の任意の組み合わせとなる。本発明の特定の一実施形態は、相補的プローブ内のインターカレータ分子の数と塩基の総数との間の比が、150乃至12、例として150乃至140、例えば140乃至130、例として130乃至120、例えば120乃至110、例として110乃至15、例えば15乃至12、又はこれらの間隔の任意の組み合わせとなるポリヌクレオチドプローブに関する。本明細書の開示による方法の一実施形態において、相補的検出プローブは、1個又は複数のインターカレータ分子を含む。一実施形態において、相補的検出プローブは、1個又は複数のインターカレータ分子、例として1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又は21個以上の異なる又は同一のインターカレータ分子を含むことができる。検出プローブの長さは、一実施形態において、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、及び31塩基以上からなる群から選択される。検出プローブは、DNA、RNA、LNA、又はPNAプローブ等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るポリヌクレオチドにより形成された任意のポリヌクレオチドプローブにすることができる。特定の一実施形態において、検出プローブは、RNA又はDNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得るポリヌクレオチドにより形成される。特定の一実施形態において、検出プローブは、RNAを含む。他の特定の実施形態において、検出プローブは、DNAを含む。他の特定の実施形態において、検出プローブは、LNA、PNA、PMO、TNA、GNA、オリゴヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダート、BNA、αLLNA、及び他の拘束ヌクレオチドから成る群から選択された1つ又は複数の類似体を含むもの等、自然発生が知られていないポリヌクレオチドにより形成される。特定の一実施形態において、検出プローブは、LNAを含む。特定の一実施形態において、検出プローブは、PNAを含む。特定の一実施形態において、検出プローブは、PMOを含む。特定の一実施形態において、検出プローブは、TNAを含む。特定の一実施形態において、検出プローブは、GNAを含む。特定の一実施形態において、検出プローブは、ヌクレオチドN3’→P5’ホスホルアミダートを含む。特定の一実施形態において、検出プローブは、BNAを含む。特定の一実施形態において、検出プローブは、αLLNAを含む。特定の一実施形態において、検出プローブは、本明細書に定めるような他の拘束ヌクレオチドを含む。本発明の方法は、診断、アンチセンス療法のモニタリング、血縁者の識別、個別化医療、法遺伝学、定量的RNA解析、微生物の検出、考古学及び古生物病理学、食品汚染、及び環境汚染等、幅広い用途において使用し得る。したがって、本発明は、診断の目的、及び、医薬品、獣医学、環境医学、食品生産の品質管理において使用し得る。インターカレータ本発明によるインターカレータは、既に述べたように、従来の核酸塩基のように、DNAプローブ、RNAプローブ、PNAプローブ、又はLNAプローブ等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るポリヌクレオチドプローブの脱塩基部位に挿入可能な分子の種類である。上述した脱塩基部位への挿入に加え、本発明によるインターカレータは、自然発生ヌクレオチドとなり得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチドとなり得る二本鎖ポリヌクレオチドの塩基対間に入り込むことも可能となり得る。言い換えると、本発明のインターカレータは、更に、ポリヌクレオチドの塩基対間の空所に入り込むことが可能となり得る。こうした空所は、脱塩基部位により提供されないが、塩基対間の空所に位置する。こうした空所は、例えばポリヌクレオチドの巻き戻しにより、或いは、ポリヌクレオチドの末端位置において提供される。こうした空所への本発明によるインターカレータの組み込みは、酵素的に、或いは酵素を使用することなく行われる。したがって、本明細書に開示した方法の一実施形態において、本明細書に定めるような1個又は複数のインターカレータは、1つ又は複数の脱塩基部位のみに挿入される。本発明の他の実施形態において、本明細書に定めるような1個又は複数の他のインターカレータは、二本鎖ポリヌクレオチドの塩基対間に位置決めされる。本発明の実施形態において、本発明によるインターカレータは、核酸残基と結合しない。本発明の他の実施形態において、本明細書に開示したインターカレータは、電荷移動を利用しない。本発明の特定の実施形態において、インターカレータは、一般構造XYの化学成分であり、Xは、核酸の核酸塩基との相互スタッキングが可能な、少なくとも1つの本質的に平坦な共役系を含むインターカレーティング単位であり、Yは、DNAプローブ、RNAプローブ、PNAプローブ、又はLNAプローブ等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るポリヌクレオチドプローブにインターカレーティング単位を連結するリンカである。本発明の特定の実施形態において、本質的に平坦な共役系は、完全に平面である。好適な実施形態において、本発明によるインターカレータは、一般構造XYを有するものであり、Xは、インターカレーティング単位であり、Yは、ポリヌクレオチドプローブにインターカレーティング単位を連結するリンカである。本発明によるインターカレータのインターカレーティング単位は、好ましくは、ポリアロメート及びヘテロポリアロメートから成る群から選択された化学基を含み、更に好ましくは、インターカレーティング単位は、本質的にポリアロメート又はヘテロポリアロメートから成る。最も好ましくは、インターカレータは、ポリアロメート及びヘテロポリアロメートから成る群から選択される。本発明によるポリアロメート及びヘテロポリアロメートは、任意の適切な数の芳香環、例として少なくとも2個、例として2個、例として3個、例えば4個、例として5個、例えば6個、例として7個、例えば8個、例として9個以上の芳香環により構成され得る。本発明の一実施形態において、インターカレーティング単位の大きさは、20乃至400Å、例として20乃至40Å、例えば40乃至60Å、例として60乃至80Å、例えば80乃至100Å、例として100乃至120Å、例えば120乃至140Å、例として140乃至160Å、例えば160乃至180Å、例として180乃至200Å、例えば200乃至220Å、例として220乃至240Å、例えば240乃至260Å、例として260乃至280Å、例えば280乃至300Å、例として300乃至320Å、例えば320乃至340Å、例として340乃至360Å、例えば360乃至380Å、例として380乃至400Å、又はこれらの間隔の任意の組み合わせである。本発明によるヘテロポリアロメートは、少なくとも1個の炭素原子が窒素及び酸素から選択されたヘテロ原子、例として酸素、例えば窒素に置き換わった少なくとも1個の芳香環を含む。本発明によるヘテロポリアロメートは、例として少なくとも2個のヘテロ原子、例として2個のヘテロ原子、例として3個のヘテロ原子、例えば4個のヘテロ原子、例として5個のヘテロ原子、例えば6個以上のヘテロ原子を含む。2個以上のヘテロ原子を含む本発明によるヘテロポリアロメートは、例として1個又は複数の酸素以外のヘテロ原子を含まず、例として1個の酸素以外のヘテロ原子を含まず、例えば1個又は複数の窒素以外のヘテロ原子を含まず、例えば1個の窒素以外のヘテロ原子を含まず、例として1個又は複数の窒素及び1個又は複数の酸素以外のヘテロ原子を含まない。本発明によるポリアロメート又はヘテロポリアロメートは、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシル、及び又はアミドから成る群から選択された1個又は複数の置換基により置換されてよく、或いは2個の隣接する置換基は、共にNCCH又はCCを形成し得る。本発明の好適な一実施形態において、インターカレーティング単位は、ポリヌクレオチド二重鎖構造の安定性を高めることが可能なポリアロメート及びヘテロポリアロメートから成る群から選択され得る。好適な一実施形態において、インターカレーティング単位は、フェナントロリンと、フェナジンと、フェナントリジンと、ピレンと、アントラセンと、ナフタレンと、フェナントレンと、ピセンと、クリセンと、ナフタセンと、ベンズアントラセンと、スチルベンと、ポルフィリンと、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシル、及び又はアミドから成る群から選択された1個又は複数の置換基により置換された前述のインターカレータの何れかと、から成る群から選択され、或いは2個の隣接する置換基は、共にNCCH又はCCを形成し得る。他の好適な実施形態において、インターカレーティング単位は、2環式芳香環系、3環式芳香環系、4環式芳香環系、5環式芳香環系、及びそれらのヘテロ芳香族類似体及び置換体から成る群から選択される。特定の実施形態において、インターカレーティング単位は、ピレン、フェナントロイミダゾール、及びナフタルイミドから成る群から選択される。他の好適な実施形態において、インターカレーティング単位は、修飾核酸塩基からなる群から選択される。その非限定的な例は、MPyU、AMPyU、OxoPyU、及びUが本明細書に開示した他の核酸塩基の何れかに置き換わった類似体である。特定の一実施形態は、MPyU、AMPyU、OxoPyUからなる群から選択されたインターカレーティング単位を対象とする32273230。特に好適なものは、OxoPyUである。好ましくは、インターカレーティング単位は、次の式1である、ここで、R1は、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシルから成る群から選択され、R2は、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシル、及び又はアミドから成る群から選択され、或いは2個の隣接する置換基R1及びR2は、共にNCCH又はCCを形成し、R3は、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシルから成る群から選択され、R4は、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシル、及び又はアミドから成る群から選択され、或いは2個の隣接する置換基R3及びR4は、共にNCCH又はCCを形成する。更に好ましくは、インターカレーティング単位は、次の式の何れかである。式1の特定の好適な実施形態において、インターカレーティング単位は、式2、即ち、ピレン部分である。式1の特定の好適な実施形態において、インターカレーティング単位は、式3である。インターカレーティング単位は、任意の可能な位置においてリンカに付着し得る。しかしながら、次に示したような付着が好適である。式2の好適な一実施形態において、インターカレーティング単位は、式2に示したように付着する。式3の好適な一実施形態において、インターカレーティング単位は、式3に示したように付着する。上述した例の一覧は、如何なる形でも限定的と理解するべきではなく、インターカレーティング単位として用いることが可能な構造の例を提供するものに過ぎない。加えて、修飾構造を得るための各インターカレーティング単位における1つ又は複数の化学基の置換も、本発明に含まれる。インターカレータ擬似ヌクレオチドのインターカレーティング単位は、リンカYにより、ポリヌクレオチドプローブの骨格単位に連結される。骨格からリンカに沿ってインターカレーティング単位へ向かう時、リンカとインターカレーティング単位との間の結合は、リンカ原子と、インターカレーティング単位の共役系の一部である第1の原子との間の結合として定められる。リンカ分子は、インターカレーティング単位を備えたプローブの骨格と共有的又は非共有的に結合することにより、リンカ分子に含まれる全ての分子から成るより大きな複合体を形成する。リンカは、ポリヌクレオチドプローブをインターカレーティング単位に連結する最も短い経路である。リンカは、通常、原子鎖又は分岐した原子鎖から成る。鎖は、飽和している場合と不飽和の場合がある。リンカは、共役結合を有する又は有しない環状構造となり得る。リンカは、実施形態において、インターカレーティング単位が直接骨格に連結された結合部である。他の実施形態において、リンカは、1つ又は複数の原子或いは原子間の結合部を含む。更に他の実施形態において、リンカが共役系を含み、インターカレーティング単位が別の共役系を含む場合がある。この場合、リンカの共役系は、脱塩基部位において核酸塩基との相互スタッキングが不可能となる。例えば、リンカは、C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn、及びPbから成る群から選択されたm個の原子の鎖を、鎖の一方の末端がインターカレーティング単位に接続され、鎖の他方の末端がポリヌクレオチドプローブの骨格モノマ単位に結合された状態で含み得る。一部の実施形態において、本発明によるリンカ及びインターカレーティング単位を合計した長さは、8乃至13Åであることが好ましい。2個の天然の塩基が通常占める面積は269ÅであるKool、6。したがって、mは、インターカレーティング単位の大きさに応じて選択するべきであり、即ち、インターカレータが小さい時、mは、相対的に大きくなり、インターカレータが大きい時、mは、相対的に小さくなる。殆どの目的にとって、mは、1乃至13の整数であり、例として1乃至12、例として1乃至11、例として1乃至10、例として1乃至9、例として1乃至8、例として1乃至7、例として1乃至6、例として1乃至5、例として1乃至4の整数となる。上述したように、リンカは、不飽和鎖等のアルキル、又は共役結合を含む他の系となり得る。例えば、リンカは、環状共役構造を含み得る。好ましくは、mは、リンカが飽和鎖である時、1乃至4であり、リンカが環状共役構造含む時、7乃至13、例として9乃至11となる。本発明の一実施形態において、リンカの大きさは、20乃至400Åであり、例として20乃至40Å、例えば40乃至60Å、例として60乃至80Å、例えば80乃至100Å、例として100乃至120Å、例えば120乃至140Å、例として140乃至160Å、例えば160乃至180Å、例として180乃至200Å、例えば200乃至220Å、例として220乃至240Å、例えば240乃至260Å、例として260乃至280Å、例えば280乃至300Å、例として300乃至320Å、例えば320乃至340Å、例として340乃至360Å、例えば360乃至380Å、例として380乃至400Å、又はこれらの間隔の任意の組み合わせである。他の実施形態において、C原子1乃至6個、O、S、N原子それぞれ0乃至3個から成る。より好ましくは、リンカは、C原子1乃至6個及びO、S、N原子そらぞれ0乃至1個から成る。リンカの鎖は、ハロゲン、ヨウ素、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシル、及びアミドから成る群から選択された1個又は複数の原子により置換され得る。更に具体的には、リンカは、C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn、及びPbから成る群から選択された原子を含む鎖から構成され得る。こうした鎖は、1個又は複数のアルキル基、例としてC16alkyl、例としてC16アルキル、例えば無分岐アルキル鎖を、鎖の一方の末端がインターカレーティング単位に接続され、鎖の他方の末端がポリヌクレオチドプローブの骨格モノマ単位に結合された状態且つ各Cが2Hにより置換された状態で含み得る。好適な実施形態において、鎖は、1個又は複数の酸素原子を、上述したアルキル鎖に加えて含む。実施形態において、鎖は、C16alkylOC16alkylであり、例としてC16アルキルOC16アルキルである。好ましくは、無分岐アルキル鎖は、長さ1乃至5原子、例として長さ1乃至4原子、例として長さ1乃至3原子、例として長さ2乃至3原子である。好適な実施形態において、リンカは、CH2OCH2である。更に具体的には、リンカは、C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn、及びPbから成る群から選択された原子を含む環状構造及び鎖状構造を含み得る。含まれる環状構造部分の非限定的な例は、アリール又はC38cycloalkylである。好適な実施形態において、リンカは、フェニル基等のアリールである。含まれる鎖状構造部分は、1個又は複数のアルキル基、例としてC16alkyl、例としてC16アルキル、例えば無分岐アルキル鎖を、鎖の一方の末端がインターカレーティング単位に接続され、鎖の他方の末端がポリヌクレオチドプローブの骨格モノマ単位に結合された状態且つ各Cが2Hにより置換された状態で含み得る。好適な実施形態において、鎖は、1個又は複数の酸素原子を、上述したアルキル鎖に加えて含む。実施形態において、こうしたリンカは、アリールOC16alkyl及びC16alkylアリールC16alkylOC16alkylから成る群から選択される。本発明の好適な実施形態においてリンカは、アリールOC16alkylであり、例としてアリールOC16alkyl、例としてアリールOC16アルキルである。例えば、こうしたリンカは、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシル、及び又はアミドから成る群から選択された1個又は複数の置換基により置換され得る。好適な実施形態において、こうしたリンカは、フェニルOエチルである。他の好適な実施形態において、こうしたリンカは、ナフチルOエチルである。本発明の好適な実施形態において、リンカは、C16alkylアリールC16alkylOC16alkyl、例としてC16alkylアリールC16alkylOC16alkyl、例としてC16アルキルアリールC16アルキルOC16アルキルである。好適な実施形態において、こうしたリンカは、エチニルフェニルメチルOメチルである。更に具体的には、リンカは、C、O、S、N、P、Se、Si、Ge、Sn、及びPbから成る群から選択された原子を含む環状構造となり得る。こうした環状構造部分の非限定的な例は、アリールC38cycloalkylである。例えば、こうしたリンカは、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシル、及び又はアミドから成る群から選択された1個又は複数の置換基により置換され得る。好適な実施形態において、リンカは、アリールであり、例としてアリール、フェニル等である。一実施形態において、本発明によるリンカは、疎水性を有する。本発明の他の実施形態において、リンカは、親水性を有する。一実施形態において、本発明によるリンカは、柔軟な性質を有する。他の実施形態において、本発明によるリンカは、剛体の性質を有する。ピレンが占める面積は、220Åである6。本発明の一実施形態において、インターカレーティング単位は、ピレンであり、リンカのサイズは、20乃至200Åであり、例として20乃至40Å、例えば40乃至60Å、例として60乃至80Å、例えば80乃至100Å、例として100乃至120Å、例えば120乃至140Å、例として140乃至160Å、例えば160乃至180Å、例として180乃至200Å、又はこれらの間隔の任意の組み合わせである。インターカレータがピレンである本発明の実施形態において、mは、1乃至11の整数であることが好ましく、例として1乃至10、例として1乃至9、例として1乃至8、例として1乃至7、例として1乃至6、例として1乃至5、例として1乃至4、例として1乃至3の整数となる。実施形態において、インターカレーティング単位は、ピレンであり、リンカは、C16alkylOC16alkyl、例としてC16アルキルOC16アルキル、CH2OCH2等である。好適な実施形態において、インターカレーティング単位は、リンカと共に、図5にINAとして示す複合体を形成する。他の実施形態において、インターカレーティング単位は、ピレンであり、リンカは、C16alkylアリールC16alkylOC16alkyl、例としてC16alkylアリールC16alkylOC16alkyl、例としてC16アルキルアリールC16アルキルOC16アルキル、例としてエチニルフェニルメチルOメチルである。好適な実施形態において、インターカレーティング単位は、リンカと共に、図5にTINAとして示す複合体を形成する。他の実施形態において、インターカレーティング単位は、リンカと共に、図5にparaTINAとして示す複合体を形成する。好適な実施形態において、インターカレーティング単位は、リンカと共に、図5にorthoTINAとして示す複合体を形成する。更に他の実施形態において、インターカレーティング単位は、式3のものであり、リンカは、アリールOC16alkyl、例としてアリールOC16alkyl、例としてアリールOC16アルキル、例としてフェニルOエチルである。他の好適な実施形態において、インターカレーティング単位は、リンカと共に、図5にAMANYとして示す複合体を形成する。好適な実施形態において、本発明によるインターカレータの相補的DNA又はRNA構造の脱塩基部位への挿入により、ポリヌクレオチド二重鎖構造の安定性が増加する。一実施形態において、インターカレータ分子の大きさは、20乃至400Åであり、例として20乃至40Å、例えば40乃至60Å、例として60乃至80Å、例えば80乃至100Å、例として100乃至120Å、例えば120乃至140Å、例として140乃至160Å、例えば160乃至180Å、例として180乃至200Å、例えば200乃至220Å、例として220乃至240Å、例えば240乃至260Å、例として260乃至280Å、例えば280乃至300Å、例として300乃至320Å、例えば320乃至340Å、例として340乃至360Å、例えば360乃至380Å、例として380乃至400Å、又はこれらの間隔の任意の組み合わせである。一実施形態では、各プローブにおいて、異なるインターカレータ分子が2種類以上、例として2種類、3種類、4種類、5種類、又は5種類以上使用される。したがって、実施形態において、相補的プローブ等のポリヌクレオチドプローブは、異なるインターカレータ分子を2種類以上、例として2種類、3種類、4種類、5種類、又は5種類以上含む。好適な実施形態において、インターカレーティング単位は、リンカと共に、図5に示したTINA、INA、orthoTINA、paraTINA、及びAMANYから成る群から選択された複合体を形成する。本発明の特定の実施形態は、TINA、INA、orthoTINA、paraTINA、及びAMANYから成る群から選択可能である1個又は複数のインターカレータ分子の使用を含む方法に関する3、4、5、6。本発明の他の一実施形態は、1個又は複数のインターカレータ分子がTINA、INA、orthoTINA、paraTINA、及びAMANYから成る群から選択されたポリヌクレオチドプローブに関する。更に他の一実施形態は、2個以上のインターカレータ分子がTINA、INA、orthoTINA、paraTINA、及びAMANYから成る群から選択されたポリヌクレオチドプローブに関する。特定の実施形態は、インターカレータ分子がTINAであるポリヌクレオチドプローブに関する。他の特定の実施形態は、インターカレータ分子がINAであるポリヌクレオチドプローブに関する。他の特定の実施形態は、インターカレータ分子がorthoTINAであるポリヌクレオチドプローブに関する。他の特定の実施形態は、インターカレータ分子がparaTINAであるポリヌクレオチドプローブに関する。他の特定の実施形態は、インターカレータ分子がAMANYであるポリヌクレオチドプローブに関する。TINA、INA、及びAMANYは、フーグスティーン三重鎖DNAを安定化させる設計のインターカレータであるが、驚いたことに、二本鎖DNAを安定化させるために用いることもできる。インターカレータ分子は、ハイブリダイゼーションアッセイにおける逆平行二重鎖形成の融解温度及びΔTmを高める。支持体相補的プローブは、上述したように、支持体に結合させ得る。したがって、一実施形態において、ポリヌクレオチドプローブ、即ち、相補的プローブは、固体支持体等の支持体に結合させる。支持体は、固体、半固体、又は可溶性支持体にすることができる。支持体は、先行技術において開示された任意の適切な支持体にすることができる。本発明の実施形態において、相補的プローブ等のポリヌクレオチドプローブは、支持体に結合させる。実施形態において、支持体は、固体支持体である。他の実施形態において、支持体は、粒状物質、ビーズ、磁性ビーズ、非磁性ビーズ、ポリスチレンビーズ、磁性ポリスチレンビーズ、セファロースビーズ、セファクリルビーズ、ポリスチレンビーズ、アガロースビーズ、多糖類ビーズ、及びポリカーバメートビーズから成る群から選択される。支持体の非限定的な例を以下に列挙する。ポリ、PP、PE、ポリ、ポリ、ポリアミドナイロン、ポリカーボネート、環状オレフィン共重合体、濾紙、綿、セルロース、ポリ、ポリ、ポリスチレン、Toyopearl、ヒドロゲル、ポリイミド、12ポリブタジエン、LSR、ポリ、フッ素重合体及び共重合体、ペルフルオロエチレンプロピレンコポリマ、エチレンテトラフルオロエチレン、ポリ、ナノ多孔性材料、膜、メソ構造セル状フォーム、及び単層又は多層カーボンナノチューブ、粒状物質、ビーズ、磁性ビーズ、非磁性ビーズ、ポリスチレンビーズ、磁性ポリスチレンビーズ、セファロースビーズ、セファクリルビーズ、ポリスチレンビーズ、アガロースビーズ、多糖類ビーズ、及びポリカーバメートビーズ。特定の一実施形態において、支持体は、ポリ、PP、PE、ポリ、ポリ、ポリアミドナイロン、ポリカーボネート、環状オレフィン共重合体、濾紙、綿、セルロース、ポリ、ポリ、ポリスチレン、Toyopearl、ヒドロゲル、ポリイミド、12ポリブタジエン、LSR、ポリ、フッ素重合体及び共重合体、ペルフルオロエチレンプロピレンコポリマ、エチレンテトラフルオロエチレン、ポリから成る群等、高分子又は有機基質群から選択される。他の実施形態において、支持体は、ナノ多孔性材料、膜、メソ構造セル状フォーム、及び単層又は多層カーボンナノチューブから成る群から選択される。更に他の実施形態において、支持体は、粒状物質、ビーズ、磁性ビーズ、非磁性ビーズ、ポリスチレンビーズ、磁性ポリスチレンビーズ、セファロースビーズ、セファクリルビーズ、ポリスチレンビーズ、アガロースビーズ、多糖類ビーズ、及びポリカーバメートビーズから成る群から選択される。他の実施形態において、固体支持体は、マイクロタイタープレート、他のプレート形式、試薬チューブ、スライドガラス及びアレイ又はマイクロアレイ解析に用いられる他の支持体、マイクロ流体チャンバ又はデバイスのチューブ又は導管類、及びBiacoreチップから成る群から選択される。標識上述したように、検出プローブ及び又は相補的DNAプローブは、1つ又は複数の標識、例として1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又は21個以上の異なる又は同一の標識を含むことができる。したがって、一実施形態において、本発明は、1つ又は複数の標識を含むポリヌクレオチドプローブに関する。他の実施形態は、1つ又は複数の標識を含む検出プローブの使用を含む、本明細書に開示した方法を提供する。他の一実施形態において、本明細書に開示した方法は、1つ又は複数の標識を含む相補的プローブの使用を含む。1つ又は複数の標識は、任意の最先端の標識にすることが可能であり、例として、ビオチン、蛍光標識、5カルボキシフルオレセイン、5又は6カルボキシフルオレセイン、65カルボキシアミドヘキサン酸、フルオレセインイソチオシアナート、ローダミン、テトラメチルローダミン、染料、Cy2、Cy3、及びCy5、PerCP、フィコビリ蛋白質、Rフィコエリトリン、アロフィコエリトリン、テキサスレッド、プリンストンレッド、緑色蛍光タンパク質及びその類似体、Rフィコエリトリン又はアロフィコエリトリンのコンジュゲート、半導体ナノ結晶に基づく無機蛍光標識、Eu3及びSm3等のランタニドに基づく時間分解蛍光標識、ハプテン、DNP、ジゴキシゲニン、酵素標識、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータガラクトシダーゼ、グルコース6リン酸デヒドロゲナーゼ、βNアセチルグルコサミニダーゼ、βグルクロニダーゼ、インベルターゼ、キサンチンオキシダーゼ、ホタルルシフェラーゼ及びグルコースオキシダーゼ、発光標識、ルミノール、イソルミノール、アクリジニウムエステル、12ジオキセタン、ピリドピリダジン、放射能標識、ヨウ化物の同位体、コバルトの同位体、セレンの同位体、トリチウムの同位体、及びリンの同位体から成る群から選択された1つ又は複数の標識にすることができる。好適な一実施形態では、ビオチン標識が用いられる。ビオチンは、ストレプトアビジンRフィコエリトリンを用いて検出することができる。実施形態において、本発明の方法は、検出プローブの添加前及び又は添加後に1回又は複数回の洗浄ステップを含む。標識は、先行技術において開示された任意の適切な方法により検出することができる。複数の標的DNA配列の検出本発明の一実施形態は、複数の標的ポリヌクレオチド、例として標的DNA、LNA修飾DNA、RNA、LNA修飾RNA、及び又はPNA、例えばDNA及び又はRNA配列を、本明細書に開示した方法を用いて検出することに関する。複数の標的ポリヌクレオチド、例としてDNA、LNA修飾DNA、RNA、LNA修飾RNA、及び又はPNA、例えば標的DNA及び又はRNA配列は、一実施形態において、アレイ形式又はマイクロタイタープレート形式の複数の相補的プローブを用いて検査することができる。他の特定の一実施形態において、捕捉可能な標的ポリヌクレオチドの総数、例として異なる標的ポリヌクレオチド、例としてDNA、LNA修飾DNA、RNA、LNA修飾RNA、及び又はPNA、例えば標的DNA及び又はRNA配列の総数は、1、2乃至5、5乃至10、10乃至15、15乃至20、20乃至25、25乃至30、30乃至35、35乃至40、40乃至45、45乃至50、50乃至55、55乃至60、60乃至65、65乃至70、70乃至75、75乃至80、80乃至85、85乃至90、95乃至100、100乃至150、150乃至200、200乃至300、300乃至500、500乃至1000、及び1001以上、又はこれらの間隔の任意の組み合わせから成る群から選択することができる。本発明の方法の用途本発明は、例えば、以下から成る群から選択された1つ又は複数の用途等、遺伝物質の同定及び捕捉を含む広範なスクリーニング用途において有用となる。癌又は癌以外の遺伝性疾患、或いは出生前診断の分野等における診断アンチセンス療法のモニタリング血縁者の識別個別化医療法遺伝学定量的RNA解析微生物の検出考古学及び古生物病理学食品汚染環境汚染診断本発明は、1つ又は複数の疾病の診断に用いることができる。疾病は、検査した個体のゲノムから、DNA及び又はRNA等の標的ポリヌクレオチドを検出することにより、或いは、検査した個体のゲノムに由来しない、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る標的ポリヌクレオチドを検出することにより、診断可能である。したがって、実施形態において、本発明は、本明細書に開示した方法の使用を含む、1つ又は複数の疾病を診断する方法に関する。他の一実施形態において、診断は、検査した個体のゲノムから、標的DNA及び又はRNA等の標的ポリヌクレオチドを検出することを含む。他の実施形態において、診断は、検査した個体のゲノムに由来しない、標的DNA及び又はRNA等の標的ポリヌクレオチドを検出することを含む。本発明は、DNA及び又はRNA配列等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る特異的な標的ポリヌクレオチドが公知である、任意の疾病の診断に用いることができる。実施形態において、本発明は、遺伝性疾患、癌、及び感染症、頭痛、及び本発明の方法が有用となり得る他の疾病といった、1つ又は複数の疾病の診断に用いられる。本発明の他の用途は、例えば癌治療等における個別化医療の分野に存在する。本発明の実施形態は、対象となる疾病の兆候又は症状を有し得る個体、或いはその疾病の兆候又は症状を有していない場合がある個体の診断のために、本明細書に開示した方法を使用することに関する。本発明の特定の実施形態において、個体は、検査対象の疾病の兆候又は症状を有している。ある人が検査対象の疾病の兆候又は症状を有している場合、その人は、例えば、感染症又は遺伝性の障害又は疾病に罹患している可能性がある。本発明の他の特定の実施形態において、個体は、検査対象の疾病の兆候又は症状を有していない。疾病の臨床徴候を全く有していない人に対して検査を実施する場合は、例えば、初期段階でスクリーニングの対象となる疾病を特定することにより、疾病による死亡率及び苦痛の低減を期待して、早期の介入及び管理を可能にすることを意図したものとなる。こうした検査には幾つかの種類があり、普遍的スクリーニングには、特定のカテゴリの全個体のスクリーニングが含まれ、症例発見には、例えば、家族が遺伝病と診断された等のリスク要因の存在に基づいた、人々のより小さな集団のスクリーニングが含まれる。本発明の特定の一実施形態は、普遍的スクリーニングにおける本明細書に開示した方法の使用に関する。本発明の他の特定の実施形態は、症例発見における本明細書に開示した方法の使用に関する。ヒト及び動物の試料には、糞便、血液、精液、脳脊髄液、痰、膣液、尿、唾液、毛髪、他の体液、組織試料、全臓器、汗、涙、皮膚細胞、毛髪、骨、歯、或いは私物又は試料からの適切な液体又は組織、或いはヒト又は動物の他の部分構造が含まれる。それらの試料は、固体、半固体、又は流動性の試料であってよい。癌の診断本発明の好適な一実施形態は、癌等の1つ又は複数の疾病を診断するために用いられる。癌は、検査した個体のゲノムから、DNA及び又はRNA等の標的ポリヌクレオチドを検出することにより診断可能である。診断対象の癌は、その初期段階にあってよく、或いは疾病の後期にあってもよい。本発明の一実施形態において、診断対象の癌は、良性段階又は前癌期等、その初期段階の何れかにあることが好ましい。本発明の他の実施形態において、診断対象の癌は、第1又は2期にあることが好ましい。実施形態において、診断対象の癌は、良性である。他の実施形態において、診断対象の癌は、悪性である。好適な実施形態において、診断対象の癌は、前癌期にある。更に他の実施形態において、診断対象の癌は、第4期にある。更に他の実施形態において、診断対象の癌は、第3期にある。更に他の実施形態において、診断対象の癌は、第2期にある。好適な実施形態において、診断対象の癌は、第1期にある。実施形態では、例えば、以下の表Aに列挙した群から選択されたもの等、様々な種類の癌を本発明による方法により診断する。好適な一実施形態において、本発明は、結腸癌の診断に関する。この診断は、検査した個体からの糞便中のDNA等の標的ポリヌクレオチドを検出することにより実施可能である。他の好適な実施形態において、本発明は、以下の表B及び2に列挙されたもののうちの1つ又は複数等、タンパク質をコードする1つ又は複数の遺伝子における1つ又は複数の突然変異を特徴とする、癌等の腫瘍性疾患の診断に用いられる。他の実施形態において、本発明は、以下の表Cに列挙した群から選択された1つ又は複数の腫瘍抗原を特徴とする癌の診断に用いることができる。したがって、一実施形態は、以下の表Cに列挙したもの等、1つ又は複数の腫瘍抗原に由来するDNA等の標的ポリヌクレオチドの検出に関する。他の実施形態において、本発明は、以下の表Dに列挙したもの等、1つ又は複数の腫瘍抗原又は癌遺伝子に由来するDNA等の標的ポリヌクレオチドの検出による癌の診断に用いることができる。他の実施形態において、本発明は、TFPI2、NDRG4、GATA4、又はGATA5等の1つ又は複数の腫瘍抗原に由来するDNA等のDNA及びRNAから成る群から選択された標的ポリヌクレオチドの検出による癌の診断に用いることができる2。こうした癌は、TFPI2、NDRG4、GATA4、又はGATA5から成る群から選択された1つ又は複数の遺伝子における1つ又は複数の突然変異を特徴とする。他の実施形態において、本発明は、RASSF2及びSFRP2等の1つ又は複数の腫瘍抗原に由来するDNA等のDNA及びRNAから成る群から選択された標的ポリヌクレオチドの検出による癌の診断に用いることができる2。こうした癌は、RASSF2及びSFRP2から成る群から選択された1つ又は複数の遺伝子における1つ又は複数の突然変異を特徴とする。癌以外の遺伝性疾患の診断他の好適な実施形態において、本発明は、以下の表Eから選択された1つ又は複数の疾患等、癌以外の1つ又は複数の遺伝病、即ち、遺伝性疾患の診断に用いられる。方法が癌以外の遺伝性疾患の診断に用いられる一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、診断対象の固体に由来するDNA等のDNA及びRNAから成る群から選択される。特定の一実施形態は、CADASIL症候群の診断に関する。他の特定の実施形態は後期発症型多発性カルボキシラーゼ欠損症の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、家族性小脳網膜血管腫症の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、線維性狭窄型クローン病の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、フェニルアラニンヒドロキシラーゼ欠乏症の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、ファブリ病の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、遺伝性コプロポルフィリン症の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、色素失調症の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、小頭症の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、腎嚢胞の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、PHF8遺伝子における突然変異により生じるSiderius型X連鎖性精神遅滞症候群の診断に関する。更に別の特定の実施形態は、軟骨発育不全症の診断に関する。更に他の実施形態は、血球障害、アミノ酸代謝の異常、有機酸代謝の異常、脂肪酸代謝の異常、及び様々な多系統疾患から成る群から選択された1つ又は複数の障害の検出に関する。一実施形態は、例えば鎌状赤血球貧血、鎌状赤血球症、HbSBetaサラセミア、変異型異常ヘモグロビン症、及びグルコース6リン酸脱水素酵素欠損症等の血球障害を検出するための、本明細書に開示した方法の使用に関する。他の特定の実施形態は、例えばチロシン血症I型、チロシン血症II型、チロシン血症III型、アルギニノコハク酸尿症、シトルリン血症、シトルリン血症II型、フェニルケトン尿症、メープルシロップ尿症、ホモシスチン尿症、良性高フェニルアラニン血症、ビオプテリン補助因子生合成不全、ビオプテリン補助因子再生不全、及び高メチオニン血症等のアミノ酸代謝の異常を検出するための、本明細書に開示した方法の使用に関する。更に他の特定の実施形態は、例えばグルタル酸血症I型、ヒドロキシメチルグルタリルリアーゼ欠損、イソ吉草酸血症、3メチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ欠損、メチルマロニルCoAムターゼ欠損、メチルマロン酸尿症cblA及びcblB型及び、βケトチオラーゼ欠損、プロピオン酸血症、多種CoAカルボキシラーゼ欠損、メチルマロン酸血症、マロン酸血症、2メチル3ヒドロキシ酪酸血症、イソブチリルCoAデヒドロゲナーゼ欠損、2メチルブチリルCoAデヒドロゲナーゼ欠損、3メチルグルタコニルCoAヒドラターゼ欠損、グルタル酸血症II型、HHH症候群、βメチルクロトニルルボキシラーゼ欠損、及びアデノシルコバラミン合成不全等の有機酸代謝の異常を検出するための、本明細書に開示した方法の使用に関する。更に他の特定の実施形態は、例えば長鎖ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ欠損、中鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ欠損、超長鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ欠損、三官能性タンパク質欠損、カルニチン摂取異常、中鎖ケトアシルCoAチオラーゼ欠損、ジエノイルCoAレダクターゼ欠損、グルタル酸血症II型、カルニチンパルミチルトランスフェラーゼ欠損1型、カルニチンパルミチルトランスフェラーゼ欠損2型、短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ欠損、カルニチンアシルカルニチントランスフェラーゼ欠損、短鎖ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ欠損、長鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ欠損、多種アシルCoAデヒドロゲナーゼ欠損等の脂肪酸代謝の異常を検出するための、本明細書に開示した方法の使用に関する。更に他の特定の実施形態は、例えば嚢胞性線維症、先天性甲状腺機能低下症、ビオチニダーゼ欠損、先天性副腎過形成、古典的ガラクトース血症、ガラクトキナーゼ欠損、及びガラクトースエピメラーゼ欠損等の様々な多系統疾患を検出するための、本明細書に開示した方法の使用に関する。遺伝性疾患の診断は、子供又は成人からの試料において実施し得ることに加え、胎児の試料に対しても診断を実施し得る。標的ヌクレオチド出生前診断実施形態において、本発明のスクリーニング方法は、出生前診断に用いられる。出生前診断又は出生前診断スクリーニングは、胎児又は胚、即ち、子供が生まれる前の疾病又は状態を検査することである。この実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、DNA等、DNA及びRNAから成る群から選択される。したがって、本発明の一実施形態は、胎児の障害の診断のために、本明細書に開示した方法を使用することに関する。出生前診断では、偽陽性の検査結果を避けることが不可欠である。したがって、実際には標的ポリヌクレオチドを有していない試料において、標的ポリヌクレオチドが存在することを示す検査結果が存在しないことが不可欠である。この点において、本発明は、その優れた特異性のため、標的ポリヌクレオチドを同定する公知の方法と比較して優れている。出生前診断において、標的ポリヌクレオチドは、例えば生検により取得した組織又は体液の試料から、羊水から、胎盤から、又は母親の血液から等、子供より入手可能な任意の生物材料から取得し得る。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、生検により取得した組織又は体液の試料から、羊水から、又は胎盤から取得される。他の特定の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、母親の血液から取得される。一実施形態は、先天異常を検出する出生前診断又は出生前スクリーニングに関する。本発明の特定の一実施形態は、例えば、神経管欠損、ダウン症、染色体異常、遺伝子疾患と、二分脊椎、口蓋裂、テイサックス病、鎌状赤血球貧血、サラセミア、嚢胞性線維症、及び脆弱性X症候群等の他の状態から成る群から選択された1つ又は複数の先天異常等、1つ又は複数の先天異常の検出を対象とする。特定の一実施形態は、神経管欠損の出生前診断に関する。他の特定の実施形態は、ダウン症の出生前診断に関する。更に他の特定の実施形態は、染色体異常の出生前診断に関する。更に他の特定の実施形態は、例えば嚢胞性線維症、8トリソミ、9トリソミ、13トリソミ、18トリソミ、21トリソミ、22トリソミ、又は3倍性X染色体症候群から成る群から選択された1つ又は複数の障害等の遺伝子疾患の出生前診断に関する。特定の好適な一実施形態は、21トリソミの検出に関する。他の特定の実施形態は、13トリソミの検出に関する。更に他の特定の実施形態は、18トリソミの検出に関する。他の特定の実施形態は、嚢胞性線維症の検出に関する。更に他の特定の実施形態は、二分脊椎の出生前診断に関する。更に他の特定の実施形態は、口蓋裂の出生前診断に関する。更に他の特定の実施形態は、テイサックス病の出生前診断に関する。更に他の特定の実施形態は、鎌状赤血球貧血の出生前診断に関する。更に他の特定の実施形態は、サラセミアの出生前診断に関する。更に他の特定の実施形態は、嚢胞性線維症の出生前診断に関する。更に他の特定の実施形態は、脆弱性X症候群の出生前診断に関する。他の一実施形態は、例えば、男女の産み分け又は子供等の父親の判定等、一般に先天異常と見做されない特徴を判断する目的の胎児スクリーニングに関する。特定の一実施形態は、子供の性別判定の出生前検知に関する。他の特定の実施形態は、父親の出生前判定に関する。アンチセンス療法のモニタリングアンチセンス療法は、例えば遺伝性疾患又は感染症の治療の形態である。特定の遺伝子の遺伝子配列が特定の疾病の原因であることが知られている場合に、例えば、その遺伝子が生成するメッセンジャRNAとの結合により、その遺伝子を効果的にオフにすることで、遺伝子を不活性化する核酸の鎖を合成することができる。したがって、本発明の一実施形態は、アンチセンス療法において用いられるポリヌクレオチドを検出するための、本明細書に開示した方法の使用に関する。実施形態において、ポリヌクレオチドは、本明細書に定めたような、自然発生が知られていないヌクレオチドにより形成された標的ポリヌクレオチド、或いは、自然発生する標的ポリヌクレオチドと自然発生が知られていないヌクレオチドにより形成された標的ポリヌクレオチドとの混合物である。一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、LNA修飾DNA、LNA修飾RNA及び又はPNAを含む。特定の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、疾病の原因である遺伝子が生成するメッセンジャRNAに結合する。他の特定の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、premRNAのスプライシング部位に結合することにより、mRNAのエクソンの内容を修飾する。特定の実施形態において、アンチセンス療法は、本明細書に開示した1つ又は複数の癌、糖尿病、筋萎縮性側索硬化症、デュシェンヌ型筋ジストロフィ、サイトメガロウイルス性網膜と、喘息及び炎症性要素のある関節炎等の疾病との治療において使用するためのものである。血縁者の識別一実施形態において、本発明の方法は、それぞれのDNAプロフィールによる個体の識別に用いられる。本明細書に開示した方法が血縁者の識別に用いられる実施形態において、検出される標的ポリヌクレオチドは、1つ又は複数のDNA及び又はRNA等、自然発生するものである。具体的な実施形態は、例えばD21S11、D7S820、TH01、D13S317、及びD19S433をDNAマーカとして使用して、例えば子供の母親又は父親の識別等、血縁者とされる人の識別のために本発明による方法を使用することに関する。特定の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、例えば糞便、血液、精液、脳脊髄液、痰、膣液、尿、唾液、毛髪、他の体液、組織試料、全臓器、汗、涙、皮膚細胞、毛髪、骨、歯、或いは私物又は試料からの適切な液体又は組織、或いはヒト又は動物の他の部分構造から等、任意の生物材料から取得し得る。個別化医療個別化医療は、個々の患者に関する情報の系統的使用を重視して、その患者の予防的及び治療的処置を選択又は最適化する医学的モデルである。本発明は、個別化医療に関して使用することができる。1つ又は複数の特定の標的DNA配列の検出は、例えば、投与するべき薬剤及び又は薬剤投与量を決定するために用いることができる。分析対象の試料の種類本発明は、人体又は動物体からの試料等、任意の試料に由来するDNA等の標的ポリヌクレオチドの検出に関する。他の実施形態において。標的ヌクレオチドは、人間、動物、バクテリア、ウイルス、菌類、プリオン、原虫、及び又は植物に由来する。更に他の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、人体又は動物体からの試料から単離される。試料のソースは、人間、動物、鳥、昆虫、植物、藻類、菌類、酵母、ウイルス、バクテリア及びファージ、多細胞及び単細胞生物等を含め、生体及び非生体であるソースからの試料を含む。ヒト及び動物試料は、糞便、血液、精液、脳脊髄液、痰、膣液、尿、唾液、毛髪、他の体液、組織試料、全臓器、汗、涙、皮膚細胞、毛髪、骨、歯、或いは私物又は試料からの適切な液体又は組織、或いはヒト又は動物の他の部分構造を含む。試料は、したがって、固体、半固体、又は流動性試料となり得る。病原体のソースは、1つ又は複数のバクテリア、ウイルス、寄生虫、及び他の感染性微生物を含む。他のソースは、飲用水、下水、又は土等の環境試料となり得る。単離するべき試料は、侵襲性又は非侵襲性の試料となる場合がある。侵襲性の試料採取の例には、血液の採取、組織、臓器、又はその一部の切除、及び脳脊髄液の採取が含まれる。非侵襲性の試料採取の例には、外部に分泌された流体又は物質の採取が含まれる。分析対象となる試料は、DNAの単離、精製、又は濃縮のために処理することができる。診断又は検査対象の個人診断又は検査の対象となる個人は、男性又は女性等の人間にすることができる。診断対象の個人は、胎児、幼児、小児、又は成人等、あらゆる年齢の人間にすることができる。診断対象の胎児は、あらゆる週齢であってよく、例として妊娠8乃至40週、例えば妊娠12乃至25週、例として妊娠16乃至20週であってよい。診断対象の他の任意の個人は、新生児から120歳まで、あらゆる年齢であってよく、例えば0乃至6ヶ月、例として6乃至12ヶ月、例えば1乃至5歳、例として5乃至10歳、例えば10乃至15歳、例として15乃至20歳、例えば20乃至25歳、例として25乃至30歳、例えば30乃至35歳、例として35乃至40歳、例えば40乃至45歳、例として45乃至50歳、例えば50乃至60歳、例として60乃至70歳、例えば70乃至80歳、例として80乃至90歳、例えば90乃至100歳、例として100乃至110歳、例えば110乃至120歳であってよい。診断及び又は治療対象の個人は、白人、黒人、東南アジア人、モンゴロイド人種の人、エチオピア人種の人、黒人種の人、アメリカインディアン人種の人、又はマレー人種の人等、あらゆる人種にすることができる。診断及び又は治療対象の個人は、健康な状態、病気の状態、1つ又は複数の疾病と診断された状態である場合、1つ又は複数の疾病の1つ又は複数の症状を有する場合、無症状である場合、或いは、遺伝的に1つ又は複数の疾病になる傾向を揺する場合がある。診断対象の個人は、バクテリア、ウイルス、菌類、プリオン、原虫、及び又は植物から成る群から選択することができる。他の用途原則として、本発明は、DNA及び又はRNA等、自然発生ヌクレオチドにより形成され得る、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得るポリヌクレオチドの検出が関連する、任意の方法において使用し得る。法遺伝学本発明による方法は、実父確定検査又は実母確定検査を含め、法遺伝学のために使用し得る。本明細書に開示した方法が法遺伝学において使用される実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、自然発生ヌクレオチドにより形成される。したがって、本発明の一実施形態は、法遺伝学における本明細書に開示した方法の使用に関する。したがって、方法は、法制度において関心の対象となる問題に答えるために、広範囲の科学において使用し得る。特定の一実施形態は、犯罪又は民事訴訟に関連した本発明の方法の使用に関する。一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、被害者及び又は犯罪者により提供され得る。特定の一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、被害者により提供される。他の特定の実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、犯罪容疑者等、犯罪者により提供される。本発明の特定の一実施形態は、法医病理学における本明細書に開示した方法の使用に関する。したがって、方法は、死体の検査により死亡の原因を決定することに関する病理学の一分野において使用され得る。本発明の他の特定の一実施形態は、例えば犯罪被害者の小埋蔵物又は所持品の特定、犯罪者の小埋蔵物又は所持品の特定、及び又は、例えば墓地の可能性のある場所及び又は共同墓地に埋葬された場合等の人間の遺体の回収等、法考古学における本明細書に開示した方法の使用に関する。本発明の他の特定の一実施形態は、法医人類学を支援するための本明細書に開示した方法の使用に関する。したがって、実施形態は、例えば人種、性別、年齢、身長等、遺体に基づく特定の特徴の判定等、遺体の識別における方法の使用に関する。本発明の他の特定の一実施形態は、法植物学における本明細書に開示した方法の使用に関する。したがって、実施形態は、例えば、身体又は犯罪現場で発見された葉、種子、及び花粉等から、犯罪の可能性に関する情報を得るための方法の使用に関する。本発明の他の特定の一実施形態は、例えば、強姦犯の特定等、強姦の捜査における本明細書に開示した方法の使用に関する。本発明の他の特定の一実施形態は、実父確定検査又は実母確定検査における本明細書に開示した方法の使用に関する。定量的RNA解析本発明の他の用途は、人間又は動物における遺伝子発現の解析である。一実施形態において、本明細書に開示した方法は、定量的RNA解析、即ち、標的RNAの定量化のために用いることができる。微生物の検出本発明は、更に、微生物の分類に使用することもできる。したがって、標的DNA及び又はRNAは、1つ又は複数のバクテリア、1つ又は複数のウイルス、1つ又は複数の菌類、1つ又は複数のプリオン、及び又は1つ又は複数の原虫に由来し得る。更に、方法は、検査した個人からの試料において発見されたバクテリア、ウイルス、菌類、プリオン、及び又は原虫から、DNA及び又はRNA等の標的ポリヌクレオチドを検出するために使用し得る。したがって、一実施形態において、方法は、感染症を引き起こし得る特定の微生物を検出するために使用し得るが、しかしながら、本発明は、連鎖球菌又はサルモネラ菌の様々な血清型等、同じ科のバクテリアの様々な血清型を分類するためにも使用し得るものであり、下記を参照されたい。したがって、本発明の一実施形態は、例えば、寄生種による宿主生物のコロニー形成である感染症の検出に関する。特定の実施形態において、感染症は、例えば、1つ又は複数のバクテリア、1つ又は複数のウイルス、1つ又は複数の菌類、1つ又は複数のプリオン、及び又は1つ又は複数の原虫等の微生物又は寄生微生物により発生する感染症の診断は、特異的な兆候及び症状がまれであるため、困難となる場合がある。本発明の一実施形態は、例えば、不快感、発熱、及び悪寒等の症状を引き起こすバクテリア及びウイルス感染症の検出に関する。診断では、特異的感染症の原因を識別することが困難である場合が多い。実施形態において、本発明の方法は、以下の疾病群、即ち、ヘリコバクターピロリ、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌、骨髄炎、ライム病、クラミジア、ウイルスに起因する感染症、及びバクテリアに起因する感染症の1つ又は複数の診断に使用し得る。本発明の特定の一実施形態は、胃の炎症に関連し、胃潰瘍及び胃炎の一般的な原因となるヘリコバクターピロリを検出するための本明細書に開示した方法に関する。本発明の特定の一実施形態は、主に皮膚に影響を及ぼすメチシリン耐性黄色ブドウ球菌を検出するための本明細書に開示した方法に関する。本発明の特定の一実施形態は、様々なバクテリアに起因する骨感染症である骨髄炎を検出するための本明細書に開示した方法に関する。本発明の特定の一実施形態は、ボレリア属に属する少なくとも3種のバクテリアに起因するライム病を検出するための本明細書に開示した方法に関する。本発明の特定の一実施形態は、一般的な性感染症であり、女性生殖器に損傷を与え、永久不妊を引き起こす恐れがあるクラミジアを検出するための本明細書に開示した方法に関する。本発明の特定の一実施形態は、例えば、はしか、肝炎、ヘルペス、染性単核球症、HIV、肝炎、単純ヘルペス、及び、全ての哺乳類に共通である内在性レトロウイルス及びサイトメガロウイルスから成る非限定的な群から選択された感染症等、ウイルス感染に起因する感染症を検出するための本明細書に開示した方法に関する。本発明の特定の一実施形態は、バクテリアに起因する感染症を検出するための本明細書に開示した方法に関する。実施形態において、本発明の方法は、飼料、食物、飲用水等の試料といった、飼料、食物、土、飲用水等の試料の微生物汚染を分析するために用いられる。一実施形態において、標的DNA及び又はRNAは、以下の表Fに列挙したバクテリアの1つ又は複数に由来するもの等、1つ又は複数のバクテリアに由来する。一実施形態において、標的DNA及び又はRNAは、以下の表Gに列挙したウイルスの1つ又は複数に由来する。したがって、実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、以下の表Gに列挙したウイルス群から選択されたウイルスに由来する。考古学及び古生物病理学考古学的発見及び化石における感染の証拠は、例えば、絶滅した生命体の負傷及び病気の発生を研究する古病理学者及び科学者にとって調査の対象となる。したがって、本発明の一実施形態は、考古学における本明細書に開示した方法の使用に関する。古生物病理学は、古代の疾病の研究である。したがって、本発明の一実施形態は、古生物病理学における本明細書に開示した方法の使用に関する。一実施形態は、本明細書に開示した方法の使用、或いは、例えば性別と、例えば結核又は梅毒等、個体がどのような種類の疾病を有した可能性があるかとを判定することに関する。考古学及び古生物病理学の分野において方法が用いられる一実施形態において、検査するポリヌクレオチドは、自然発生ヌクレオチドにより形成される。食品汚染食品汚染とは、例えば明示されていない食品成分、有害化学物質、及び消費者を病気にする恐れがある微生物等、対象となる食品内部に存在することが意図されていない何らかのものが食物内に存在することを示す。本明細書に開示した方法は、対象となる特定の食品内部に存在することが明示されていない標的ポリヌクレオチドを同定することにより、こうした食品汚染の検出に使用し得る。したがって、本発明の一実施形態は、例えば微生物汚染、遺伝子組み換え食品、及び非明示成分を含む食物等、食品汚染を検出するための本明細書に開示した方法の使用に関する。本明細書に開示した方法を食品汚染の検出に用いる一実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、自然発生ヌクレオチドにより形成され得るか、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る。本発明の特定の一実施形態は、食品内の微生物汚染を検出するための本明細書に開示した方法の使用に関する。特定の実施形態において、微生物汚染は、対象となる食品を汚染する病原菌、ウイルス、外毒素、又は寄生生物により発生する。他の特定の実施形態において、微生物汚染は、不適切な取り扱い、調製、又は食品保存により発生する。特定の実施形態において、微生物汚染は、食品調製前後及び調整中の良好な衛生習慣の欠如から生じる。一実施形態において、微生物汚染は、カンピロバクタージェジュニ、ウェルシュ菌、サルモネラ菌、大腸菌O157H7、セレウス菌、腸管侵入性、腸管病原性、腸内毒素原性、又は腸管凝集性等の大腸菌、リステリア菌、赤痢菌、黄色ブドウ球菌、ブドウ球菌腸炎、連鎖球菌、O1及び非O1を含むコレラ菌、腸炎ビブリオ、ビブリオバルニフィカス、腸炎エルシニア、仮性結核菌、ブルセラ菌、コリネバクテリウムウルセランス、Q熱コクシエラ、プレジオモナスシゲロイデス、ボツリヌス菌、ウェルシュ菌、黄色ブドウ球菌、及びセレウス菌から成る群から選択された細菌性食物由来病原体により発生する。本発明の他の特定の実施形態は、食品中の遺伝子組み換え材料を検出するための本明細書に開示した方法の使用に関する。遺伝子組み換え食品は、遺伝子組み換え生物に由来する食品である。特定の一実施形態は、例えば、大豆、トウモロコシ、キャノーラ、及び綿実油等のトランスジェニック植物性産物である遺伝子組み換え食品の識別に関する。他の特定の実施形態は、動物性産物である遺伝子組み換え食品の識別に関する。他の特定の一実施形態は、安全上の理由からの遺伝子組み換え食品の識別に関する。他の特定の実施形態は、生態学的な懸念からの遺伝子組み換え食品の識別に関する。本発明の更に他の特定の実施形態は、例えば牛肉、子牛肉、七面鳥の肉、鶏肉、羊肉又はラムとされているもの中の豚肉等、非明示成分を検出するための本明細書に開示した方法の使用に関する。環境汚染水質汚染は、水域の汚染である。水の汚染につながる具体的な汚染物質には、例えば、病原体が含まれる。したがって、本発明の一実施形態は、例えば家庭への給水、湖、河川、海の水、及び地下水等、水中の病原体の検出に関する。特定の実施形態は、家庭への給水における病原体の検出に関する。環境汚染の検出に標的ポリヌクレオチドが用いられる実施形態において、標的ポリヌクレオチドは、自然発生ヌクレオチド、或いは自然発生が知られていないヌクレオチド又はそれらの任意の混合物により形成され得る。コレラ及び腸チフス等の感染症は、汚染水を飲むことにより罹患する恐れがある。汚染水を定期的に消費した場合には、身体組織全体に多くの弊害が生じる。したがって、特定の実施形態において、本明細書に開示した方法は、例えば、類鼻疽菌、大腸菌群、クリプトスポリジウムパルバム、ランブル鞭毛虫、サルモネラ菌、ノロウイルス、及び他のウイルス及び寄生虫から成る群から選択された1つ又は複数の病原体等、試水中の1つ又は複数の病原体の検出に用いられる。特定の一実施形態は、試水中の類鼻疽菌を検出するための本発明による方法の使用に関する。他の特定の一実施形態は、試水中の大腸菌群を検出するための本発明による方法の使用に関する。他の特定の一実施形態は、試水中のクリプトスポリジウムパルバムを検出するための本発明による方法の使用に関する。他の特定の一実施形態は、試水中のランブル鞭毛虫を検出するための本発明による方法の使用に関する。他の特定の一実施形態は、試水中のサルモネラ菌を検出するための本発明による方法の使用に関する。他の特定の一実施形態は、試水中のノロウイルスを検出するための本発明による方法の使用に関する。他の特定の一実施形態は、試水中の寄生虫を検出するための本発明による方法の使用に関する。項目以下の項目1乃至92のそれぞれ、及びこれらの可能な組み合わせそれぞれは、本発明の意図に含まれる別個の実施形態であり、1つ又は複数の従属又は独立請求項の対象となり得る。1試料から一本鎖標的DNA又はRNA等のヌクレオチドを捕捉する方法であって、DNA又はRNA等の前記標的ポリヌクレオチドから塩基A、T、U、C、又はGのうち1つ又は複数の種類を除去することにより、1つ又は複数の脱塩基部位を生成するステップと、前記1つ又は複数の脱塩基部位のうち1つ又は複数に挿入可能な1個又は複数のインターカレータ分子を含む相補的プローブにより、DNA又はRNA等の前記標的ポリヌクレオチドを捕捉するステップと、を備える方法。1二本鎖標的DNAを提供するステップと、前記二本鎖標的DNAから塩基A、T、U、C、又はGのうち1つ又は複数の種類を除去して、前記二本鎖標的DNAを不安定化することにより、1つ又は複数の脱塩基部位を生成するステップと、前記不安定化した二本鎖標的DNAを変性させ、一本鎖標的DNAにするステップと、前記1つ又は複数の脱塩基部位に挿入可能な1個又は複数のインターカレータ分子を含む相補的DNAプローブにより、前記一本鎖標的DNAを捕捉するステップと、を備える、項目1記載の一本鎖標的DNAを捕捉する方法。2前記相補的プローブは、DNAプローブ、RNAプローブ、LNAプローブ、及びPNAプローブから成る群から選択することができる、先行項目の何れかに記載の方法。3更に、未結合DNA及び又はRNAを除去するために、1回又は複数回の洗浄ステップを備える、先行項目の何れかに記載の方法。4更に、前記二本鎖標的DNA及び又は一本鎖DNA及び又はRNA内の1つ又は複数の種類の塩基を、別の化学成分に変換することを含む、先行項目の何れかに記載の方法。5更に、前記二本鎖標的DNAから1つ又は複数の前記化学成分を除去して、前記二本鎖標的DNAを不安定化することを含む、項目5に記載の方法。6更に、前記標的DNA及び又はRNA内の1個又は複数のCを、1個又は複数のUに変換することを含む、先行項目の何れかに記載の方法。7前記標的DNA及び又はRNA内の1個又は複数のCから1個又は複数のUへの前記変換は、重亜硫酸塩処理により行われる、項目7に記載の方法。8前記二本鎖標的DNA及び又は一本鎖DNA及び又はRNAから、Aを除去する、先行項目の何れかに記載の方法。9前記二本鎖標的DNA及び又は一本鎖DNA及び又はRNAから、Tを除去する、先行項目の何れかに記載の方法。10前記二本鎖標的DNA及び又は一本鎖DNA及び又はRNAから、Cを除去する、先行項目の何れかに記載の方法。11前記二本鎖標的DNA及び又は一本鎖DNA及び又はRNAから、Gを除去する、先行項目の何れかに記載の方法。12前記二本鎖標的DNA及び又は一本鎖DNA及び又はRNAから、Uを除去する、先行項目の何れかに記載の方法。13前記除去は、1つ又は複数の酵素及び又は物理的応力により行われる、項目9乃至13の何れかに記載の方法。14Uの前記除去は、ウラシルデヒドロゲナーゼを用いて行われる、項目13記載の方法。15Aの前記除去は、pH値の調節により行われる、項目9記載の方法。16前記標的DNA及び又はRNAから、1、2、又は3種類の前記塩基を除去する、先行項目の何れかに記載の方法。17前記標的DNA及び又はRNAから除去する塩基の総数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上から成る群から選択することができる、先行項目の何れかに記載の方法。18前記相補的プローブは、1個又は複数のインターカレータ分子を含む、先行項目の何れかに記載の方法。19インターカレータ分子の総数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上から成る群から選択することができる、項目19記載の方法。20前記標的DNA及び又はRNA内の脱塩基部位の10乃至100、例として10乃至20、例えば20乃至30、例として30乃至40、例えば40乃至50、例として50乃至60、例えば60乃至70、例として70乃至80、例えば80乃至90、例として90乃至100、又はそれらの任意の組み合わせにおいて、インターカレータ分子が挿入された状態となる、先行項目の何れかに記載の方法。21前記標的DNA及び又はRNA内の脱塩基部位の10超、例として20超、例えば30超、例として40超、例えば50超、例として60超、例えば70超、例として80超、例えば90超、例として95超、例えば100において、インターカレータ分子が挿入された状態となる、先行項目の何れかに記載の方法。22前記インターカレータ分子の挿入により、前記標的DNA及び又はRNAと前記相補的プローブとから成るポリヌクレオチド二重鎖の融解温度が上昇する、項目21及び22記載の方法。23前記相補的プローブ内のインターカレータ分子の数と塩基の総数との間の比は150乃至12、例として150乃至140、例えば140乃至130、例として130乃至120、例えば120乃至110、例として110乃至15、例えば15乃至12、又はこれらの間隔の任意の組み合わせとなる、先行項目の何れかに記載の方法。24前記1つ又は複数のインターカレータ分子は、TINA、INA、orthoTINA、paraTINA、及びAMANYから成る群から選択することができる、先行項目の何れかに記載の方法。26前記インターカレータ分子の大きさは、20乃至400Å、例として20乃至40Å、例えば40乃至60Å、例として60乃至80Å、例えば80乃至100Å、例として100乃至120Å、例えば120乃至140Å、例として140乃至160Å、例えば160乃至180Å、例として180乃至200Å、例えば200乃至220Å、例として220乃至240Å、例えば240乃至260Å、例として260乃至280Å、例えば280乃至300Å、例として300乃至320Å、例えば320乃至340Å、例として340乃至360Å、例えば360乃至380Å、例として380乃至400Å、又はこれらの間隔の任意の組み合わせである、先行項目の何れかに記載の方法。26前記相補的プローブは、2種類以上のインターカレータ分子、例として2種類、3種類、4種類、5種類、又は5種類以上の異なるインターカレータ分子を含む、先行項目の何れかに記載の方法。27前記相補的プローブは、支持体に結合させる、先行項目の何れかに記載の方法。28前記支持体は、粒状物質、ビーズ、磁性ビーズ、非磁性ビーズ、ポリスチレンビーズ、磁性ポリスチレンビーズ、セファロースビーズ、セファクリルビーズ、ポリスチレンビーズ、アガロースビーズ、多糖類ビーズ、及びポリカーバメートビーズから成る群から選択される、項目28記載の方法。29前記支持体は、固体支持体である、項目29記載の方法。30前記固体支持体は、マイクロタイタープレート又は他のプレート形式、試薬チューブ、スライドガラス或いはアレイ又はマイクロアレイ解析に用いられる他の支持体、マイクロ流体チャンバ又はデバイスのチューブ又は導管類、及びBiacoreチップから成る群から選択することができる、項目30記載の方法。31更に、1つ又は複数の標識を含む相補的検出プローブの使用を含む、先行項目の何れかに記載の方法。32前記相補的プローブは、1つ又は複数の標識を含む、先行項目の何れかに記載の方法。33前記1つ又は複数の標識は、ビオチン、蛍光標識、5カルボキシフルオレセイン、5又は6カルボキシフルオレセイン、65カルボキシアミドヘキサン酸、フルオレセインイソチオシアナート、ローダミン、テトラメチルローダミン、染料、Cy2、Cy3、及びCy5、PerCP、フィコビリ蛋白質、Rフィコエリトリン、アロフィコエリトリン、テキサスレッド、プリンストンレッド、緑色蛍光タンパク質及びその類似体、Rフィコエリトリン又はアロフィコエリトリンのコンジュゲート、半導体ナノ結晶に基づく無機蛍光標識、Eu3及びSm3等のランタニドに基づく時間分解蛍光標識、ハプテン、DNP、ジゴキシゲニン、酵素標識、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータガラクトシダーゼ、グルコース6リン酸デヒドロゲナーゼ、βNアセチルグルコサミニダーゼ、βグルクロニダーゼ、インベルターゼ、キサンチンオキシダーゼ、ホタルルシフェラーゼ及びグルコースオキシダーゼ、発光標識、ルミノール、イソルミノール、アクリジニウムエステル、12ジオキセタン、ピリドピリダジン、放射能標識、ヨウ化物の同位体、コバルトの同位体、セレンの同位体、トリチウムの同位体、及びリンの同位体から成る群から選択することができる、項目32乃至33記載の方法。34前記ビオチンは、ストレプトアビジンRフィコエリトリンを用いて検出される、項目34記載の方法。35更に、前記検出プローブの添加前及び又は添加後に洗浄ステップを含む、項目34記載の方法。37相補的検出プローブは、1個又は複数のインターカレータ分子を含む、項目34乃至36の何れかに記載の方法。37インターカレータ分子の総数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上の異なる又は同一のインターカレータ分子から成る群から選択することができる、項目37記載の方法。38前記標的DNA及び又はRNAは、人間、動物、バクテリア、ウイルス、菌類、プリオン、原虫、及び又は植物に由来する、先行項目の何れかに記載の方法。39前記標的DNA及び又はRNAは、人体又は動物体からの試料から単離される、先行項目の何れかに記載の方法。40前記標的DNA及び又はRNAは、人間、動物、鳥、昆虫、植物、藻類、菌類、酵母、ウイルス、バクテリア及びファージ、多細胞及び単細胞生物から単離される、先行項目の何れかに記載の方法。41前記標的DNA及び又はRNAは、糞便、血液、精液、脳脊髄液、痰、膣液、尿、唾液、毛髪、他の体液、組織試料、全臓器、汗、涙、或いはヒト又は動物の他の部分構造から単離される、先行項目の何れかに記載の方法。42捕捉される異なる標的DNA配列の総数は、1、2乃至5、5乃至10、10乃至15、15乃至20、20乃至25、25乃至30、30乃至35、35乃至40、40乃至45、45乃至50、50乃至55、55乃至60、60乃至65、65乃至70、70乃至75、75乃至80、80乃至85、85乃至90、95乃至100、100乃至150、150乃至200、200乃至300、300乃至500、500乃至1000、及び1001種以上、又はこれらの間隔の任意の組み合わせから成る群から選択することができる、先行項目の何れかに記載の方法。43項目1乃至43の何れかに記載の方法の使用を含む、1つ又は複数の疾病を診断する方法。44前記診断は、検査した個体のゲノムからの標的DNA及び又はRNAの検出を含む、項目44記載の方法。45前記診断は、検査した個体のゲノムに由来しない標的DNA及び又はRNAの検出を含む、項目44乃至45の何れかに記載の方法。46前記診断は、バクテリア、ウイルス、菌類、プリオン、原虫、及び又は植物からの標的DNA及び又はRNAの検出を含む、項目44乃至46の何れかに記載の方法。47診断対象となる前記疾病は、1つ又は複数の遺伝性疾患、即ち、遺伝病であり、例としてCADASIL症候群、後期発症型多発性カルボキシラーゼ欠損症、家族性小脳網膜血管腫症、線維性狭窄型クローン病、フェニルアラニンヒドロキシラーゼ欠乏症、ファブリ病、遺伝性コプロポルフィリン症、色素失調症、小頭症、腎嚢胞、PHF8遺伝子における突然変異により生じるSiderius型X連鎖性精神遅滞症候群、及び軟骨発育不全症から成る群から選択された1つ又は複数の疾病である、項目44乃至47の何れかに記載の方法。48診断対象となる前記疾病は、遺伝性疾患、癌、及び感染症、頭痛、及び本発明の方法が有用となり得る他の疾病といった1つ又は複数の疾病である、項目44乃至47の何れかに記載の方法。49診断対象となる前記疾病は、癌である、項目44乃至47の何れかに記載の方法。50前記癌は、101F6、ABR、ADPRTL3、ANP32C、ANP32D、APC2、APC、ARF、ARHGAP8、ARHI、AT1G14320、ATM、ATP8A2、AXUD1、BAP1、BECN1、BIN1、BRCA1、BRCA2、BTG1、BTG2、C1orf11、C5orf4、C5orf7、Cables、CACNA2D2、CAP1、CARS、CAV1、CD81、CDC23、CDK2AP1、CDKN1A、CDKN1C、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2X、Ciao1pending、CLCA2、CREBL2、CTNNA1、CUL2、CW17R、DAB2、DAF18、DAPC、DBC2、DCC、DDX26、DEC1、DLC1、DLEC1、DLEU1、DLEU2、DLG1、DLGH1、DLGH3、DMBT1、DNAJA3、DOC1、DPC4、DPH2L、EGR1、FABP3、FAT、FGL1、FHIT、FLJ10506、FOXD1、FOXP1、FT、FUS1、FUS2、GAK、GAS1、GAS11、GLD1、GLTSCR1、GLTSCR2、GRC5、GRLF1、HDAC3、HEMK、HIC1、HRG22、HSAL2、HTS1、HYAL1、HYAL2、IFGBP7、IGSF4、ING1、ING1L、ING4、Itid、Imbn、Imbt、LAPSER1、LATS1、LATS2、LDOC1、LOH11CR2A、LRP1B、LUCA3、MAD、MAP2K4、MAPKAPK3、MCC、MDC、MEN1、ML1、MLH1、MRVI1、MTAP、MXI1、NAP1L4、NBR2、NF1、NF2、NORE1、NPR2L、NtRb1、OVCA2、PDGFRL、PHEMX、pHyde、PIG8、PIK3CG、PINX1、PLAGL1、PRDM2、PTCH、PTEN、PTPNI3、PTPRG、RASSF1、RB1、RBBP7、RBX1、RBM6、RECK、RFP2、RIS1、RPL10、RPS29、RRM1、S100A2、SEMA3B、SF1、SFRP1、SLC22A1L、SLC26A3、SMARCA4、ST7、ST7L、ST13、ST14、STIM1、TCEB2、THW、TIMP3、TP53、TP63、TRIM8、TSC2、TSG101、TSSC1、TSSC3、TSSC4、VHL、Vhlh、WFDC1、WIT1、WT1、及びWWOXから成る群内のタンパク質をコードする1つ又は複数の遺伝子における1つ又は複数の突然変異を特徴とする、項目50記載の方法。51前記癌は、αアクチニン4、ARTC1、BCRABL融合タンパク質、BRAF、CASP5、CASP8、βカテニン、Cdc27、CDK4、CDKN2A、COA1、dekcan融合タンパク質、EFTUD2、伸長因子2、ETV6AML1融合タンパク質、FLT3ITD、FN1、GPNMB、LDLRフコシルトランスフェラーゼAS融合タンパク質、HLAA2d、HLAA11d、hsp702、KIAAO205、MART2、ME1、MUM1f、MUM2、MUM3、neoPAP、ミオシンクラスI、NFYC、OGT、OS9、P53、pmlRARα融合タンパク質、PRDX5、PTPRK、Kras、Nras、RBAF600、SIRT2、SNRPD1、SYTSSX1又はSSX2融合タンパク質、トリオースリン酸イソメラーゼ、BAGE1、GAGE1、2、8、GAGE3、4、5、6、7、GnTVf、HERVKMEL、KKLC1、KMHN1、LAGE1、MAGEA1、MAGEA2、MAGEA3、MAGEA4、MAGEA6、MAGEA9、MAGEA10、MAGEA12、MAGEC2、ムチンk、NA88、NYESO1LAGE2、SAGE、Sp17、SSX2、SSX4、TRAG3、及びTRP2INT2gから成る群から選択された1つ又は複数の腫瘍抗原を特徴とする、項目50記載の方法。52前記癌は、RASSF2及びSFRP2から成る群から選択された1つ又は複数の遺伝子における1つ又は複数の突然変異を特徴とする、項目50記載の方法。53前記癌は、TFPI2、NDRG4、GATA4、又はGATA5から成る群から選択された1つ又は複数の遺伝子における1つ又は複数の突然変異を特徴とする、項目50記載の方法。54前記診断は、胎児の障害の診断含む、項目44記載の方法。55個別化医療に関する項目1乃至43の何れかに記載の方法の使用。56項目1乃至43の何れかに記載の方法の使用を含む、標的RNAを定量化する方法。57項目1乃至43の何れかに記載の方法の使用を含む、1つ又は複数の標的DNA及び又はRNAを検出する方法。58前記試料は、飼料、食物、又は飲用水である、項目58に記載の方法。59前記標的DNA及び又はRNAは、人間、動物、バクテリア、ウイルス、菌類、プリオン、原虫、及び又は植物に由来する、項目57乃至59の何れかに記載の方法。60前記バクテリアは、Acetobacteraurantius、アシネトバクター種Acinetobacterbaumannii、Acinetobactercalcoaceticus、Acinetobacterjohnsonii、Acinetobacterjunii、Acinetobacterlwoffii、Acinetobacterradioresistens、Acinetobactersepticus、Acinetobacterschindleri、Acinetobacterursingii、アクチノマイセス種Actinomycesbovis、Actinomycesbowdenii、Actinomycescanis、Actinomycescardiffensis、Actinomycescatuli、Actinomycescoleocanis、Actinomycesdentalis、Actinomycesdenticolens、Actinomyceseuropaeus、Actinomycesfunkei、Actinomycesgeorgiae、Actinomycesgerencseriae、Actinomycesgraevenitzii、Actinomyceshongkongensis、Actinomyceshordeovulneris、Actinomyceshowellii、Actinomyceshumiferus、Actinomyceshyovaginalis、Actinomycesisraelii、Actinomycesmarimammalium、Actinomycesmeyeri、Actinomycesnaeslundii、Actinomycesnasicola、Actinomycesneuii、Actinomycesodontolyticus、Actinomycesoricola、Actinomycesradicidentis、Actinomycesradingae、Actinomycesslackii、Actinomycesstreptomycini、Actinomycessuimastitidis、Actinomycessuis、Actinomycesturicensis、Actinomycesurogenitalis、Actinomycesvaccimaxillae、Actinomycesviscosus、アクチノバチルス種Actinobacillusactinomycetemcomitans、Actinobacillusarthritidis、Actinobacilluscapsulatus、Actinobacillusdelphinicola、Actinobacillusequuli、Actinobacillushominis、Actinobacillusindolicus、Actinobacilluslignieresii、Actinobacillusminor、Actinobacillusmuris、Actinobacilluspleuropneumoniae、Actinobacillusporcinus、Actinobacillusrossii、Actinobacillusscotiae、Actinobacillusseminis、Actinobacillussuccinogenes、Actinobacillussuis、Actinobacillusureae、アエロモナス種Aeromonasallosaccharophila、Aeromonasbestiarum、Aeromonasbivalvium、Aeromonasencheleia、Aeromonasenteropelogenes、Aeromonaseuchrenophila、Aeromonashydrophila、Aeromonasichthiosmia、Aeromonasjandaei、Aeromonasmedia、Aeromonasmolluscorum、Aeromonaspopoffii、Aeromonaspunctata、Aeromonassalmonicida、Aeromonasschubertii、Aeromonassharmana、Aeromonassimiae、Aeromonassobria、Aeromonasveronii、Afipiafelis、アグロバクテリウム種Agrobacteriumradiobacter、Agrobacteriumrhizogenes、Agrobacteriumrubi、Agrobacteriumtumefaciens、Agromonas種、アルカリゲネス種Alcaligenesaquatilis、Alcaligeneseutrophus、Alcaligenesfaecalis、Alcaligeneslatus、Alcaligenesxylosoxidans、Alishewanella種、Alterococcus種、Anaplasmaphagocytophilum、Anaplasmamarginale、Aquamonas種、Arcanobacteriumhaemolyticum、Aranicola種、Arsenophonus種、Azotivirga種、Azotobactervinelandii、Azotobacterchroococcum、Bacillarydysentery、バチルス種Bacillusabortus、Bacillusanthracis、Bacillusbrevis、Bacilluscereus、Bacilluscoagulans、Bacillusfusiformis、Bacillusglobigii、Bacilluslicheniformis、Bacillusmegaterium、Bacillusmycoides、Bacillusnatto、Bacillusstearothermophilus、Bacillussubtilis、Bacillussphaericus、Bacillusthuringiensis、バクテロイデス種Bacteroidesforsythus、Bacteroidesacidifaciens、Bacteroidesdistasonis、Bacteroidesgingivalis、Bacteroidesgracilis、Bacteroidesfragilis、Bacteroidesoris、Bacteroidesovatus、Bacteroidesputredinis、Bacteroidespyogenes、Bacteroidesstercoris、Bacteroidessuis、Bacteroidestectus、Bacteroidesthetaiotaomicron、Bacteroidesvulgatus、バルトネラ種Bartonellaalsatica、Bartonellabacilliformis、Bartonellabirtlesii、Bartonellabovis、Bartonellacapreoli、Bartonellaclarridgeiae、Bartonelladoshiae、Bartonellaelizabethae、Bartonellagrahamii、Bartonellahenselae、Bartonellakoehlerae、Bartonellamuris、Bartonellaperomysci、Bartonellaquintana、Bartonellarochalimae、Bartonellaschoenbuchii、Bartonellatalpae、Bartonellataylorii、Bartonellatribocorum、BartonellavinsoniisppArupensis、BartonellavinsoniisppBerkhoffii、BartonellavinsoniisppVinsonii、Bartonellawashoensis、BCG、Bergeyellazoohelcum、Bifidobacteriumbifidum、ブラストバクター種、Blochmannia種、ボルデテラ種Bordetellaansorpii、Bordetellaavium、Bordetellabronchiseptica、Bordetellahinzii、Bordetellaholmesii、Bordetellaparapertussis、Bordetellapertussis、Bordetellapetrii、Bordetellatrematum、ボレリア種、Borreliaburgdorferi、Borreliaafzelii、Borreliaanserina、Borreliagarinii、Borreliavalaisiana、Borreliahermsii、BorreliaParkeri、Borreliarecurrentis、Bosea種、Bradyrhizobium種、Brenneria種、ブルセラ種Brucellaabortus、Brucellacanis、Brucellamelitensis、Brucellaneotomae、Brucellaovis、Brucellasuis、Brucellapinnipediae、ブフネラ種、Budvicia種、バークホルデリア種Burkholderiacepacia、Burkholderiamallei、Burkholderiapseudomallei、Buttiauxella種、Calymmatobacteriumgranulomatis、カンピロバクター種Campylobactercoli、Campylobacterconcisus、Campylobactercurvus、Campylobacterfetus、Campylobactergracilis、Campylobacterhelveticus、Campylobacterhominis、Campylobacterhyointestinalis、Campylobacterinsulaenigrae、Campylobacterjejuni、Campylobacterlanienae、Campylobacterlari、Campylobactermucosalis、Campylobacterrectus、Campylobactershowae、Campylobactersputorum、Campylobacterupsaliensis、Capnocytophagacanimorsus、コリネバクテリウム種、Cardiobacteriumhominis、セデセア種、クラミジア種Chlamydiatrachomatis、Chlamydiamuridarum、Chlamydiasuis、クラミドフィラ種Chlamydophilapneumoniae、Chlamydophilapsittaci、Chlamydophilapecorum、Chlamydophilaabortus、Chlamydophilafelis、Chlamydophilacaviae、シトロバクター種Citrobacteramalonaticus、Citrobacterbraakii、Citrobacterfarmeri、Citrobacterfreundii、Citrobactergillenii、Citrobacterintermedius、Citrobacterkoseri別名Citrobacterdiversus、Citrobactermurliniae、Citrobacterrodentium、Citrobactersedlakii、Citrobacterwerkmanii、Citrobacteryoungae、クロストリジウム種Clostridiumbotulinum、Clostridiumdifficile、Clostridiumnovyi、Clostridiumsepticum、Clostridiumtetani、Clostridiumwelchii、コリネバクテリウム種Corynebacteriumdiphtheriae、Corynebacteriumamycolatum、Corynebacteriumaquaticum、Corynebacteriumbovis、Corynebacteriumequi、Corynebacteriumflavescens、Corynebacteriumglutamicum、Corynebacteriumhaemolyticum、Corynebacteriumjeikeiun、Corynebacteriumminutissimum、Corynebacteriumparvum、Corynebacteriumpseudodiptheriticum、Corynebacteriumpseudotuberculosis、Corynebacteriumpyogenes、Corynebacteriumurealyticum、Corynebacteriumrenale、Corynebacteriumstriatum、Corynebacteriumtenuis、Corynebacteriumulcerans、Corynebacteriumxerosis、Coxiellaburnetii、Cronobacter種Cronobactersakazakii、Cronobactermalonaticus、Cronobacterturicensis、Cronobactermuytjensii、Cronobacterdublinensis、Delftiaacidovorans、Dickeya種、エドワードシエラ種、Eikenellacorrodens、エンテロバクター種Enterobacteraerogenes、Enterobactercloacae、Enterobactersakazakii、エンテロコッカス種Enterococcusavium、Enterococcusdurans、Enterococcusfaecalis、Enterococcusfaecium、Enterococcussolitarius、Enterococcusgalllinarum、Enterococcusmaloratus、Ehrlichiachaffeensis、Erysipelothrixrhusiopathiae、エルウィニア種、エシェリキア種Escherichiaadecarboxylata、Escherichiaalbertii、Escherichiablattae、Escherichiacoli、Escherichiafergusonii、Escherichiahermannii、Escherichiavulneris、Ewingella種、フラボバクテリウム種Flavobacteriumaquatile、Flavobacteriumbranchiophilum、Flavobacteriumcolumnare、Flavobacteriumflevense、Flavobacteriumgondwanense、Flavobacteriumhydatis、Flavobacteriumjohnsoniae、Flavobacteriumpectinovorum、Flavobacteriumpsychrophilum、Flavobacteriumsaccharophilum、Flavobacteriumsalegens、Flavobacteriumscophthalmum、Flavobacteriumsuccinans、Francisellatularensis、Francisellanovicida、Francisellaphilomiragia、フゾバクテリウム種Fusobacteriumnecrophorum、Fusobacteriumnucleatum、Fusobacteriumpolymorphum、Fusobacteriumnovum、Fusobacteriummortiferum、Fusobacteriumvarium、Gardnerellavaginalis、Gemellahaemolysans、Gemellamorbillorum、Grimontella種、ヘモフィルス種Haemophilusaegyptius、Haemophilusaphrophilus、Haemophilusavium、Haemophilusducreyi、Haemophilusfelis、Haemophilushaemolyticus、Haemophilusinfluenzae、Haemophilusparacuniculus、Haemophilusparahaemolyticus、Haemophilusparainfluenzae、Haemophilusparaphrophilus、Haemophiluspertussis、Haemophiluspittmaniae、Haemophilussomnus、Haemophilusvaginalis、ハフニア種、Hafniaalvei、ヘリコバクター種Helicobacteracinonychis、Helicobacteranseris、Helicobacteraurati、Helicobacterbilis、Helicobacterbizzozeronii、Helicobacterbrantae、HelicobacterCanadensis、Helicobactercanis、Helicobactercholecystus、Helicobactercinaedi、Helicobactercynogastricus、Helicobacterfelis、Helicobacterfennelliae、Helicobacterganmani、Helicobacterheilmannii、Helicobacterhepaticus、Helicobactermesocricetorum、Helicobactermarmotae、Helicobactermuridarum、Helicobactermustelae、Helicobacterpametensis、Helicobacterpullorum、Helicobacterpylori、Helicobacterrappini、Helicobacterrodentium、Helicobactersalomonis、Helicobactertrogontum、Helicobactertyphlonius、Helicobacterwinghamensis、ヒト顆粒球エーリキア症、Humanmonocytotropicehrlichiosis、クレブシエラ種Klebsiellagranulomatis、Klebsiellamobilis、Klebsiellaornithinolytica、Klebsiellaoxytoca、Klebsiellaozaenae、Klebsiellaplanticola、Klebsiellapneumoniae、Klebsiellarhinoscleromatis、Klebsiellasingaporensis、Klebsiellaterrigena、Klebsiellatrevisanii、Klebsiellavariicola、Kingellakingae、クライベラ種、ラクトバチルス種Lactobacillusacetotolerans、Lactobacillusacidifarinae、Lactobacillusacidipiscis、Lactobacillusacidophilus、Lactobacillusagilis、Lactobacillusalgidus、Lactobacillusalimentarius、Lactobacillusamylolyticus、Lactobacillusamylophilus、Lactobacillusamylotrophicus、Lactobacillusamylovorus、Lactobacillusanimalis、Lactobacillusantri、Lactobacillusapodemi、Lactobacillusaviarius、Lactobacillusbifermentans、Lactobacillusbrevis、Lactobacillusbuchneri、Lactobacilluscamelliae、Lactobacilluscasei、Lactobacilluscatenaformis、Lactobacillusceti、Lactobacilluscoleohominis、Lactobacilluscollinoides、Lactobacilluscomposti、Lactobacillusconcavus、Lactobacilluscoryniformis、Lactobacilluscrispatus、Lactobacilluscrustorum、Lactobacilluscurvatus、Lactobacillusdelbrueckii、LactobacillusdelbrueckiisubspBulgaricus、LactobacillusdelbrueckiisubspLactis、Lactobacillusdiolivorans、Lactobacillusequi、Lactobacillusequigenerosi、Lactobacillusfarraginis、Lactobacillusfarciminis、Lactobacillusfermentum、Lactobacillusfornicalis、Lactobacillusfructivorans、Lactobacillusfrumenti、Lactobacillusfuchuensis、Lactobacillusgallinarum、Lactobacillusgasseri、Lactobacillusgastricus、Lactobacillusghanensis、Lactobacillusgraminis、Lactobacillushammesii、Lactobacillushamsteri、Lactobacillusharbinensis、Lactobacillushayakitensis、Lactobacillushelveticus、Lactobacillushilgardii、Lactobacillushomohiochii、Lactobacillusiners、Lactobacillusingluviei、Lactobacillusintestinalis、Lactobacillusjensenii、Lactobacillusjohnsonii、Lactobacilluskalixensis、Lactobacilluskefiranofaciens、Lactobacilluskefiri、Lactobacilluskimchii、Lactobacilluskitasatonis、Lactobacilluskunkeei、Lactobacillusleichmannii、Lactobacilluslindneri、Lactobacillusmalefermentans、Lactobacillusmali、Lactobacillusmanihotivorans、Lactobacillusmindensis、Lactobacillusmucosae、Lactobacillusmurinus、Lactobacillusnagelii、Lactobacillusnamurensis、Lactobacillusnantensis、Lactobacillusoligofermentans、Lactobacillusoris、Lactobacilluspanis、Lactobacilluspantheris、Lactobacillusparabrevis、Lactobacillusparabuchneri、Lactobacillusparacollinoides、Lactobacillusparafarraginis、Lactobacillusparakefiri、Lactobacillusparalimentarius、Lactobacillusparaplantarum、Lactobacilluspentosus、Lactobacillusperolens、Lactobacillusplantarum、Lactobacilluspontis、Lactobacilluspsitta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llaindigofera、ウィグルスウォーチア種、Wolbachiasecies、ゼノラブダス種、Yersiniaenterocolitica、Yersiniapestis、Yersiniapseudotuberculosis、及びYokenella種から成る群から選択される、項目39及び60記載の方法。61前記ウイルスは、アベルソンマウス白血病ウイルス、急性喉頭気管気管支炎、AdelaideRivervirus、アデノ随伴ウイルス群、アデノウイルス、Africanhorsesicknessvirus、Africanswinefevervirus、AIDSウイルス、アリューシャンミンク病、parvovirus、アルファルファモザイクウイルス、アルファヘルペスウイルス、アルファレトロウイルス、Alphavirus、alkhurmavirus、ALV関連ウイルス、Amaparivirus、Andeanpotatomottlevirus、Aphthovirus、Aquareovirus、アルボウイルス、アルボウイルスC、アルボウイルスA群、アルボウイルスB群、アレナウイルス群、アルゼンチン出血熱ウイルス、アルゼンチン出血熱ウイルス、Arterivirus、Astrovirus、Atelineherpesvirusgroup、オーエスキー病ウイルス、Auravirus、Ausdukdiseasevirus、Australianbatlyssavirus、アビアデノウイルス、トリ赤芽球症ウイルス、トリ伝染性気管支炎ウイルス、avianleukemiavirus、Avianleukosisvirus、トリリンパ腫症ウイルス、トリ骨髄芽球症ウイルス、トリパラミクソウイルス、avianpneumoencephalitisvirus、トリ細網内皮症ウイルス、トリ肉腫ウイルス、aviantypeCretrovirusgroup、トリヘパドナウイルス、アビポックスウイルス、Bウイルス、B19ウイルス、Babankivirus、baboonherpesvirus、細菌ウイルス、バキュロウイルス、オオムギ黄化萎縮ウイルス、BarmahForestvirus、beanpodmottlevirus、beanrugosemosaicvirus、Bebaruvirus、Berrimahvirus、ベータヘルペスウイルス、ベータレトロウイルス、鳥インフルエンザ、Birnavirus、Bittnervirus、BKvirus、BlackCreekCanalvirus、bluetonguevirus、ボリビア出血熱ウイルス、Bomadiseasevirus、borderdiseaseofsheepvirus、bornavirus、bovinealphaherpesvirus1、bovinealphaherpesvirus2、ウシコロナウイルス、ウシ流行熱ウイルス、ウシ免疫不全ウイルス、ウシ白血病ウイルス、bovineleukosisvirus、bovinemammillitisvirus、ウシ乳頭腫ウイルス、ウシ丘疹性口炎ウイルス、ウシパルボウイルス、ウシシンシチアウイルス、bovinetypeConcovirus、ウシウイルス性下痢症ウイルス、bracovirus、ソラマメモットルウイルス、broadbeanstainvirus、ブロムモザイクウイルス、Bromovirus、BuggyCreekvirus、bulletshapedvirusgroup、ブンヤムウェラウイルス、ブンヤウイルス、バーキットリンパ腫ウイルス、ブワンバ熱、Bwattanyheterovirus、CAウイルス、カリチウイルス、カリフォルニア脳炎ウイルス、ラクダ痘ウイルス、カナリア痘ウイルス、canidherpesvirus、イヌコロナウイルス、イヌジステンパーウイルス、イヌヘルペスウイルス、canineminutevirus、イヌパルボウイルス、CanoDelgaditovirus、カピロウイルス、caprinearthritisvirus、caprineencephalitisvirus、ヤギヘルペスウイルス、カプリポックスウイルス、カルジオウイルス、カーラウイルス、カーモウイルス、carrotmottlevirus、Cassiayellowblotchvirus、カリモウイルス、カリフラワーモザイクウイルス、caviidherpesvirus1、Cercopithecineherpesvirus1、Cercopithecineherpesvirus2、cerealyellowdwarfvirus、Chandipuravirus、Changuinolavirus、channelcatfishvirus、Charlevillevirus、水痘ウイルス、チクングニヤウイルス、チンパンジーヘルペスウイルス、Chordopoxvirinae、chubreovirus、chumsalmonvirus、クロステロウイルス、球菌ウイルス、Cohosalmonreovirus、coitalexanthemavirus、コロラドダニ熱ウイルス、ColtivirusColumbiaSKvirus、Commelinayellowmottlevirus、かぜウイルス、コモウイルス、Condylomataaccuminata、先天性サイトメガロウイルス、伝染性膿瘡ウイルス、伝染性膿疱性皮膚炎ウイルス、コロナウイルス、コリパルタウイルス、coryzavirus、ササゲクロロティックモットルウイルス、ササゲモザイクウイルス、ササゲウイルス、牛痘ウイルス、コクサッキーウイルス、CPV、cricketparalysisvirus、クリミアコンゴ出血性熱ウイルス、croupassociatedvirus、Crypotovirus、ククモウイルス、サイポウイルス、サイトメガロウイルス、細胞質多角体ウイルス、Cytorhabdovirus、deerpapillomavirus、デルタレトロウイルス、DeformedwingvirusDWV、デング熱、デンソウイルス、ディペンドウイルス、ドーリウイルス、ダイアンソウイルス、ジプロルナウイルス、DNAウイルス、DobravaBelgradeVirus、イヌインフルエンザ、DrosophilaCvirus、アヒルB型肝炎ウイルス、アヒル肝炎ウイルス1、アヒル肝炎ウイルス2、duovirus、Duvenhagevirus、easternequineencephalitisvirus、easternequineencephalomyelitisvirus、エボラウイルス、Ebolalikevirus、エコーウイルス、エコーウイルス10、エコーウイルス28、エコーウイルス9、エクトロメリアウイルス、EEEウイルス、EIAウイルス、EMCウイルス、Emilianiahuxleyivirus86、脳炎ウイルス、encephalomyocarditisvirus、内在性レトロウイルス、エンテロウイルス、Entomopoxvirinae、EntomopoxvirusA、EntomopoxvirusB、EntomopoxvirusC、enzymeelevatingvirus、epidemichemorrhagicfevervirus、流行性出血熱ウイルス、イプシロンレトロウイルス、エプスタインバーウイルス、equidalphaherpesvirus1、equidalphaherpesvirus4、equidherpesvirus2、ウマ流産ウイルス、ウマ動脈炎ウイルス、equineencephalosisvirus、ウマ伝染性貧血ウイルス、equinemorbillivirus、equinerhinopneumonitisvirus、ウマリノウイルス、Eubenanguvirus、Europeanelkpapillomavirus、Europeanswinefevervirus、Evergladesvirus、Eyachvirus、ファバウイルス、felidherpesvirus1、ネコカリチウイルス、felinefibrosarcomavirus、ネコヘルペスウイルス、felineimmunodeficiencyvirus、ネコ伝染性腹膜炎ウイルス、ネコ白血病肉腫ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ汎白血球減少症ウイルス、ネコパルボウイルス、ネコ肉腫ウイルス、felinesyncytialvirus、フィジウイルス、Filovirus、フランダーズウイルス、フラビウイルス、口蹄病ウイルス、FortMorganvirus、FourCornershantavirus、トリアデノウイルス1、鶏痘ウイルス、フレンドウイルス、フロウイルス、Gammaherpesvirinae、ガンマレトロウイルス、GBウイルスC、ジェミニウイルス、Germanmeaslesvirus、ゲタウイルス、テナガザル白血病ウイルス、ミドリザルウイルス、glandularfevervirus、ヤギ痘ウイルス、goldenshinnervirus、Gonometavirus、ガチョウパルボウイルス、granulosisvirus、グロスウイルス、groundsquirrelhepatitisBvirus、A群アルボウイルス、グアナリトウイルス、モルモットサイトメガロウイルス、guineapigtypeCvirus、ハンタウイルス、hardclamreovirus、harefibromavirus、HCMV、ヘルパーウイルス、hemadsorptionvirus2、hemagglutinatingvirusofJapan、出血熱ウイルス、ヘンドラウイルス、Henipaviruses、ヘパドナウイルス、A型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、D型肝炎ウイルス、E型肝炎ウイルス、E型肝炎ウイルス、G型肝炎ウイルス、非A非B型肝炎ウイルス、hepatoencephalomyelitisreovirus3、ヘパトウイルス、heronhepatitisBvirus、ヘルペスBウイルス、単純疱疹ウイルス、単純疱疹ウイルス1、単純疱疹ウイルス2、ヘルペスウイルス、帯状疱疹、ヘルペスウイルス6、ヘルペスウイルス7、ヘルペスウイルス8、Herpesvirusateles、Herpesvirushominis、Herpesvirussaimiri、Herpesvirussuis、Herpesvirusvaricellae、HighlandsJvirus、Hiramerhabdovirus、HIV1、豚コレラウイルス、ホルデイウイルス、HorseFlu、HTLV1、HTLV2、ヒトアデノウイルス2、ヒトアルファヘルペスウイルス1、ヒトアルファヘルペスウイルス2、ヒトアルファヘルペスウイルス3、humanBlymphotropicvirus、humanbetaherpesvirus5、ヒトコロナウイルス、HumanenterovirusA、HumanenterovirusB、HumanFlu、humanfoamyvirus、ヒトガンマヘルペスウイルス4、ヒトガンマヘルペスウイルス6、ヒトA型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス1型、ヒトヘルペスウイルス2型、ヒトヘルペスウイルス3型、ヒトヘルペスウイルス4型、ヒトヘルペスウイルス6型、ヒトヘルペスウイルス8型、ヒト免疫不全ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス1、ヒト免疫不全ウイルス2、Humanmetapneumovirus、ヒト乳頭腫ウイルス、ヒトT細胞白血病ウイルス、ヒトT細胞白血病ウイルスI型、ヒトT細胞白血病ウイルスII型、ヒトT細胞白血病ウイルスIII型、ヒトT細胞リンパ腫ウイルスI型、ヒトT細胞リンパ腫ウイルスII型、humanTcelllymphotropicvirustyp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aicvirus、Wildcucumbermosaicvirus、Wildpotatomosaicvirus、Wildbeestherpesvirus、Wineberrylatentvirus、Winterwheatmosaicvirus、WinterwheatRussianmosaicvirus、Wiseanacervinatavirus、Wiseanasignatavirus、Wiseanaumbraculatavirus、Wissadulamosaicvirus、Wisteriaveinmosaicvirus、Witwatersrandvirus、Wongalvirus、Wongorrvirus、WinterVomitingVirus、ウッドチャックB型肝炎ウイルス、Woodchuckherpesvirusmarmota1、ウーリーサル肉腫ウイルス、woundtumorvirus、WRSVvirus、WVUvirus2937、WWvirus71to212、WyeomyiasmithiiNPV、Wyeomyiavirus、XanthomonasphageCf、XanthomonasphageCflt、XanthomonasphageRR66、XanthomonasphageXf、XanthomonasphageXf2、XanthomonasphageXP5、XenopusvirusT21、Xiburemavirus、Xinguvirus、XylenacurvimaculaNPV、Y73sarcomavirus、ヤバサル腫瘍ウイルス、Yaba1virus、Yaba7virus、Yacaabavirus、Yammosaicvirus、Yaoundevirus、YaquinaHeadvirus、ヤタポックスウイルス、黄熱病ウイルス、Yoguevirus、Yokapoxvirus、Yokasevirus、YponomeutacognatellaNPV、YponomeutaevonymellaNPV、YponomeutamalinellusNPV、YponomeutapadellaNPV、Yuccabaciliformvirus、YugBogdanovacvirus、ZalivTerpeniyavirus、Zeamaysvirus、Zeglavirus、Zeirapheradinianavirus、ZeirapherapseudotsuganaNPV、Zikavirus、Zirqavirus、Zoysiamosaicvirus、Zucchiniyellowfleckvirus、ズッキーニ黄斑モザイクウイルス、及びZygocactusvirusから成る群から選択される、項目39及び60記載の方法。62相補的なRNA及び又はDNA標的との相互作用に適した、正確に1個のインターカレータ分子を含むポリヌクレオチドプローブ。63相補的なRNA及び又はDNA標的との相互作用に適した、少なくとも2個のインターカレータ分子を含むポリヌクレオチドプローブ。64前記ポリヌクレオチドプローブは、DNAプローブ、RNAプローブ、LNAプローブ、及びPNAプローブから成る群から選択することができる、項目63及び64の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。65インターカレータ分子の総数は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、及び21個以上から成る群から選択することができる、項目63乃至65の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。66前記インターカレータ分子の挿入により、前記標的DNA及び又はRNAと前記相補的プローブとから成るポリヌクレオチド二重鎖の融解温度が上昇する、項目63乃至66の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。67前記相補的プローブ内のインターカレータ分子の数と塩基の総数との間の比は150乃至12、例として150乃至140、例えば140乃至130、例として130乃至120、例えば120乃至110、例として110乃至15、例えば15乃至12、又はこれらの間隔の任意の組み合わせとなる、項目63乃至67の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。68前記唯一のインターカレータ分子は、TINA、INA、orthoTINA、paraTINA、及びAMANYから成る群から選択される、項目63乃至68の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。69前記インターカレータ分子は、TINAである、項目69記載のポリヌクレオチドプローブ。70前記インターカレータ分子は、INAである、項目69記載のポリヌクレオチドプローブ。71前記インターカレータ分子は、orthoTINAである、項目69記載のポリヌクレオチドプローブ。72前記インターカレータ分子は、paraTINAである、項目69記載のポリヌクレオチドプローブ。73前記インターカレータ分子は、AMANYである、項目69記載のポリヌクレオチドプローブ。74前記2個以上のインターカレータ分子は、TINA、INA、orthoTINA、paraTINA、及びAMANYから成る群から選択することができる、項目63乃至69の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。75前記ポリヌクレオチドプローブは、2種類以上のインターカレータ分子、例として2種類、3種類、4種類、5種類、又は5種類以上の異なるインターカレータ分子を含む、項目63乃至69の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。76前記相補的プローブは、支持体に結合させる、項目63乃至76の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。77前記支持体は、粒状物質、ビーズ、磁性ビーズ、非磁性ビーズ、ポリスチレンビーズ、磁性ポリスチレンビーズ、セファロースビーズ、セファクリルビーズ、ポリスチレンビーズ、アガロースビーズ、多糖類ビーズ、及びポリカーバメートビーズから成る群から選択される、項目77記載のポリヌクレオチドプローブ。78前記支持体は、固体支持体である、項目77乃至78の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。79前記固体支持体は、マイクロタイタープレート又は他のプレート形式、試薬チューブ、スライドガラス或いはアレイ又はマイクロアレイ解析に用いられる他の支持体、マイクロ流体チャンバ又はデバイスのチューブ又は導管類、及びBiacoreチップから成る群から選択することができる、項目79記載のポリヌクレオチドプローブ。80前記ポリヌクレオチドプローブは、1つ又は複数の標識を含む、項目63乃至76の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。81前記1つ又は複数の標識は、ビオチン、蛍光標識、5カルボキシフルオレセイン、5又は6カルボキシフルオレセイン、65カルボキシアミドヘキサン酸、フルオレセインイソチオシアナート、ローダミン、テトラメチルローダミン、染料、Cy2、Cy3、及びCy5、PerCP、フィコビリ蛋白質、Rフィコエリトリン、アロフィコエリトリン、テキサスレッド、プリンストンレッド、緑色蛍光タンパク質及びその類似体、Rフィコエリトリン又はアロフィコエリトリンのコンジュゲート、半導体ナノ結晶に基づく無機蛍光標識、Eu3及びSm3等のランタニドに基づく時間分解蛍光標識、ハプテン、DNP、ジゴキシゲニン、酵素標識、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータガラクトシダーゼ、グルコース6リン酸デヒドロゲナーゼ、βNアセチルグルコサミニダーゼ、βグルクロニダーゼ、インベルターゼ、キサンチンオキシダーゼ、ホタルルシフェラーゼ及びグルコースオキシダーゼ、発光標識、ルミノール、イソルミノール、アクリジニウムエステル、12ジオキセタン、ピリドピリダジン、放射能標識、ヨウ化物の同位体、コバルトの同位体、セレンの同位体、トリチウムの同位体、及びリンの同位体から成る群から選択することができる、項目81記載のポリヌクレオチドプローブ。82前記インターカレータのインターカレーティング単位は、好ましくは、ポリアロメート及びヘテロポリアロメートから成る群から選択された化学基を含む、項目63乃至76の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。83前記ポリアロメート及びヘテロポリアロメートは、少なくとも2個の芳香環から成り、例として3個、例えば4個、例として5個、例えば6個、例として7個、例えば8個、例として9個以上の芳香環から成る、項目83記載のポリヌクレオチドプローブ。84前記ヘテロポリアロメートは、少なくとも1個の炭素原子が窒素及び酸素から選択されたヘテロ原子に置き換わった少なくとも1個の芳香環を含む、項目83乃至84記載のポリヌクレオチドプローブ。85前記ヘテロポリアロメートは、少なくとも2個のヘテロ原子、例として3個のヘテロ原子、例えば4個のヘテロ原子、例として5個のヘテロ原子、例えば6個以上のヘテロ原子を含む、項目83乃至84記載のポリヌクレオチドプローブ。86前記ヘテロポリアロメートは、酸素を唯一のヘテロ原子として含む、項目83乃至84及び86記載のポリヌクレオチドプローブ。87前記ヘテロポリアロメートは、窒素を唯一のヘテロ原子として含む、項目83乃至84及び86記載のポリヌクレオチドプローブ。88前記ヘテロポリアロメートは、窒素及ぶ酸素の両方をヘテロ原子として含む、項目83乃至84及び86記載のポリヌクレオチドプローブ。89前記ポリアロメート及びヘテロポリアロメートは、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシル、及び又はアミドから成る群から選択された1個又は複数の置換基により置換される、項目83乃至84に記載のポリヌクレオチドプローブ。90前記インターカレータのインターカレーティング単位は、ポリヌクレオチド二重鎖構造の安定性を高めることが可能なポリアロメート及びヘテロポリアロメートから成る群から選択される、項目83乃至90の何れかに記載のポリヌクレオチドプローブ。91前記インターカレータの前記インターカレーティング単位は、フェナントロリンと、フェナジンと、フェナントリジンと、ピレンと、アントラセンと、ナフタレンと、フェナントレンと、ピセンと、クリセンと、ナフタセンと、ベンズアントラセンと、スチルベンと、ポルフィリンと、ヒドロキシル、ハロゲン、メルカプト、チオ、シアノ、アルキルチオ、複素環、アリール、ヘテロアリール、カルボキシル、カルボアルコイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ニトロ、アミノ、アルコキシル、及びアミドから成る群から選択された1個又は複数の置換基により置換された前述のインターカレータの何れかと、から成る群から選択される、項目84乃至91に記載のポリヌクレオチドプローブ。融解曲線の取得によるTmに関する脱塩基部位の評価LightCycler20上の蛍光共鳴エネルギ移動システムを用いて、2つの異なるオリゴポリヌクレオチド配列における塩基ミスマッチ又は脱塩基部位により生じる融解温度の変化を評価した。オリゴヌクレオチドは、IBAGmbH又はDNATechnologyASから、02μmol合成スケールで、高速液体クロマトグラフィ精製及びその後の品質制御を施されたものを購入した。オリゴヌクレオチドを3’aminomodifierC7に合成し、その後ATTO495NHSエステル又は5’aminomodifierC6に結合させ、その後ATTO590NHSエステルに結合させた。ATTO495はFRETのドナーの役割を果たすものであり、励起極大495nm及び発光極大527nmのアクリジンオレンジの修飾体である。ATTO590は、ローダミン染料の誘導体であり、励起極大594nm、発光極大624nmを有する。ATTO495ATTO590のFRETペアを、470nmでLightCycler20において励起し、蛍光発光を640nmで検出した。ウラシル含有オリゴヌクレオチドのウラシルDNAグリコシラーゼ処理の評価のため、Tmの判定前に、前培養ステップを実施した。10μMオリゴヌクレオチドを、20mMTrisHCl、10mMNaCl、1mMEDTAにおいて、オリゴヌクレオチド50pmol当たりUNG1単位を含む状態又は含まない状態で、37°Cで1時間培養した。融解曲線実験は、LightCycler20において、20μLLightCyclerキャピラリを用いて実施した。オリゴヌクレオチド各10μMを、pH70のリン酸ナトリウム緩衝液に混合した。Tmの測定は、傾斜率02°C秒で37°Cから95°Cとし、95°Cで5分間保持する解離ステップと、傾斜率005°C秒で95°Cから37°Cとし、継続的に蛍光を測定するアニーリングと、37°Cでの5分間の保持と、傾斜率005°C秒で37°Cから95°Cとし、継続的に蛍光を測定する変性とによる標準プログラムを用いて実施した。アニーリング及び変性曲線の両方の蛍光データをTmの判定に用いており、ヒステリシスは観測されなかった。Tmは、融解曲線解析用のLightCyclerソフトウェア41を使用して特定し、一次導関数のピークとした。全ての融解曲線の判定は、単一のキャピラリによる測定として実施した。Tmの判定前に、各測定では、フルオロフォアのバックグラウンド蛍光を減算することにより色補正を行った。結果を表1乃至3に示す。単一の脱塩基部位は、Tmを平均10°C低下させた。2つのミスマッチ又は2つの脱塩基部位を有するオリゴヌクレオチドでは、2つのミスマッチについて、平均157°CのTmの低下が観察された一方、2つの脱塩基部位により、Tmは平均238°C低下した。脱塩基部位は、平均すると、ミスマッチ塩基と比較してTmを更に52低下させた78100。表3は、UNG処理した場合又はしない場合のウラシル含有オリゴヌクレオチドの前培養の影響を示す。UNG処理しない場合、2つのミスマッチについて、Tmは平均174°C低下し、一方、2つのUNG処理ウラシル塩基により、Tmは平均213°C低下した。結論として、脱塩基部位は、オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを、塩基ミスマッチよりも52効率的に不安定化させることが明らかになった。更に、塩基ミスマッチ部位と比較した脱塩基部位の影響は、安定した脱塩基部位に対してだけではなく、UNG処理ウラシル塩基に対しても認められることが明らかとなった。ウラシル含有標的のUNG処理及びparaTINA含有オリゴヌクレオチド又は従来のDNAオリゴヌクレオチドによる特異的捕捉この実験の目的は、dsDNAから特異的塩基を除去し、その後、相補的塩基をparaTINAにより置換したオリゴヌクレオチドによりDNAを捕捉することとした。オリゴヌクレオチドは、IBAGmbH又はDNATechnologyASから、02μmol合成スケールで、高速液体クロマトグラフィ精製及びその後の品質制御の施されたものを購入した。大腸菌からのSTX2遺伝子の塩基対230乃至300を標的配列とした。オリゴヌクレオチドは、STX2230300F5’GCUGUGGAUAUACGAGGGCUUGAUGUCUAUCAGGCGCGUUUUGACCAUCUUCGUCUGAUUAUUGAGCAAAA3’及びSTX2230300R5’UUUUGCUCAAUAAUCAGACGAAGAUGGUCAAAACGCGCCUGAUAGACAUCAAGCCCUCGUAUAUCCACAGC3’であり、チミンは、デオキシウラシルにより置換されている。捕捉用オリゴヌクレオチドは、従来のDNAオリゴヌクレオチドSTX2A003C5’CGTTTTGACCATCTTCGTCTGATTAAHEXCXNH23’又はparaTINAオリゴヌクレオチドSTX2A004C5’CGTTTTGXCCXTCTTCGTCTGXTTAAHEXCXNH23’とした。HEGは、ヘキサエチレングリコールスペーサであり、CXNH2は、アミノ修飾したシクロヘキサンスペーサであり、Xは、paraTINAである。検出は、従来のDNAオリゴヌクレオチドSTX2A001BbioGGGCTTGATGTCTATCAGGC3’又はparaTINAオリゴヌクレオチドSTX2A002BbioGGGCTTGXTGTCTXTCXGGC3’を用いて行った。Bioは、C6ビオチンスペーサであり、Xは、paraTINAである。dsDNAの前培養及びUNG処理dsDNAを形成するため、100pmolのSTX2230300Rを160pmolのSTX2230300Fと、20mMTrisHCl、10mMNaCl、1mMEDTA中において混合し、95°Cまで5分間加熱した。再アニーリングを、60°Cで15分間、その後15分間、25°Cで行った。該当する場合には、1単位のウラシルDNAグリコシラーゼを添加し、37°Cで1時間培養した。UNG処理したdsDNAは、20mMTrisHCl、10mMNaCl、及び1mMEDTA中において、101012molウェルから101018molウェルまで10倍希釈単位で希釈した。オリゴヌクレオチドのLuminexMagPlexTMミクロスフェアとの結合従来のDNA捕捉オリゴヌクレオチドをMagPlexTMC磁性カルボキシル化ミクロスフェアと、Luminex社の推奨にしたがって結合させた。つまり、25×106のミクロスフェアを01MMESにおいて活性化し、02nmoleのオリゴヌクレオチド及び25μgのEDCを添加した。結合反応のため、30分間暗所で培養し、25μgのEDCを添加して、再度30分間培養した。10mLの002Tween20を添加し、上清を除去する前に、DynaMagTM2MagneticParticleConcentratorにおいて1分間、磁気分離を行った。1mLの01SDSを添加し、ボルテックスした後、磁気分離を行い、100μLのTrisEDTA緩衝液に再懸濁させ、冷蔵庫で保存した。paraTINA修飾オリゴヌクレオチドは、新たな独自のカルボジイミドスルホNHS結合手順を用いて結合させた。25×106のマイクロスフェアを低保持量の微量遠心管に移した。マイクロスフェアを100μLの01MMESにおいて洗浄及び活性化後、35μL緩衝液に再懸濁させた。125μgのスルホNHSを添加した後、625μgのEDCを添加した。マイクロスフェアを暗所で15分間培養し、625μgのEDCを添加後、更に15分間培養した。活性化緩衝液を除去し、97μLの01Mリン酸緩衝液を添加後、03nmolのオリゴヌクレオチドを添加した。マイクロスフェアは、ThermoshakerTS100において、900rpmで2時間、室温で培養した。培養は、振盪せずに一晩継続した。マイクロスフェアを100μLの01Mリン酸緩衝液において一度洗浄した後、50mMエタノールアミンを含む01Mリン酸緩衝液においてブロッキングし、ThermoshakerTS100において、900rpmで、15分間室温で培養した。マイクロスフェアを分離し、100μLTrisEDTA緩衝液に再懸濁し、5°Cで保存した。全ての分離ステップは、微量遠心管を磁気分離機内に1分間配置することで行い、遠心管は、各緩衝液又は試薬の添加後、低速で20秒間ボルテックスしたカルボジイミド及びカルボジイミドスルホNHS結合手順の両方で等しい結合効率を確保するため、paraTINAを含む又は含まないビオチン化オリゴヌクレオチドを、各結合プロトコルに含めた。結合効率は、02μLのマイクロスフェアを、05μgのStreptavidinRPhycoErythrinPremGradにより、10μgのAlbuminfractionV、003TritonX100、及び200mMNaClを含む10mMリン酸緩衝液と共に培養することで評価した。反応混合物は、iEMSIncubatorShakerHTにおいて、900rpmで15分間、25°Cで培養した。200mMNaCl及び003TritonX100を含む10mMリン酸緩衝液により3回洗浄後、Luminex200TM装置において350個のマイクロスフェアを計数した。両方の手順を用いて同様の結合効率が認められた。UNG処理dsDNAのLuminexによる検出02μLのSTX2A003C又はSTX2A004Cビーズを、円錐底の96MicroWellTMプレートにおいて、検出用オリゴとしての10pmolウェルのSTX2A001B又はSTX2A002Bと、100mMNaCl、01mMEDTA、及び003TritonX100を含む50mMNaH2PO4Na2HPO4中において混合し、UNG又は非UNG処理dsDNAを101012molウェル乃至101018molウェルの10倍希単位で添加した。混合物は、iEMSIncubatorShakerHTにおいて、69°Cで10分間、900rpmで、その後、35°Cで15分間、900rpmで培養した。培養後、プレートを96ウェル磁気分離器に配置して、上清を除去した後、25mMNaCl、25μMEDTA、及び003TritonX100を含むpH70の125mMNaH2PO4Na2HPO4を添加することにより3回洗浄した。各ウェルに05μgのStreptavidinRPhycoErythrinPremGradを、100mMNaCl、01mMEDTA、及び003TritonX100を含む50mMNaH2PO4Na2HPO4中の10μgのAlbuminfractionVと共に追加した。プレートを、iEMSIncubatorShakerHTにおいて、15分間、35°C、900rpmで培養した。培養後、プレートを以前に説明したように3回洗浄した。25mMNaCl、25μMEDTA、及び003TritonX100を含むpH70の125mMNaH2PO4Na2HPO4を添加し、プレートを30分、35°Cで培養後、Luminex200TM装置により解析し、各マイクロスフェアセットにおいて150個を計数した。35°Cの最終ステップは、不均一なサイズのマイクロスフェアの沈降によるLuminex解析全体でのバックグラウンド蛍光の減少を回避するために必要となるVarianceinmultiplexsuspensionarrayassaysmicrospheresizevariationimpactTheorBiolMedModel431。表4及び図8では、非UNG及びUNG処理dsDNAからのLuminexの測定値を両方において比較している。UNG処理しない従来のDNAオリゴヌクレオチドでは、dsDNAの濃度を高めることでMFIの増加が見られ、これは69°Cの培養温度でdsDNAの僅かな部分しか変性しないためである。この信号の増加は、UNG処理により取り除かれており、デオキシウラシル塩基がdsDNAから切断され、従来のオリゴヌクレオチドがストリンジェントな緩衝液条件でアニーリングできない脱塩基部位が残されたことを示している。paraTINA含有オリゴヌクレオチドでは、UNG処理していないdsDNAでは信号が観測されず、これはparaTINAがデオキシウラシル塩基の正反対に配置されていることから予期されるものである。UNG処理後、paraTINA含有オリゴヌクレオチドではMFIの直線的な濃度依存性の増加が観測され、これはUNGによりデオキシウラシルが除去され、脱塩基部位が残され、dsDNA螺旋のアニーリング温度が低下することから予期されるものである。結論として、デオキシウラシル塩基をdsDNAから切断し、不安定化されたdsDNAを残すことが可能であり、不安定化されたdsDNAは、変性後に、アデニン塩基がparaTINAにより置換されたオリゴヌクレオチドとのアニーリングに使用し、DNA鎖とのアニーリングにおいてインターカレータを特定の塩基にすることができることが明らかとなった。非修飾標的配列に対向して配置された場合のプローブ内の核酸塩基ミスマッチ及び脱塩基部位の融解温度に対する影響、及びオリゴヌクレオチド標的配列において脱塩基部位に対向して配置された場合のプローブ内の核酸塩基ミスマッチ、脱塩基部位、及びorthoTINA分子の影響LightCycler20上の蛍光共鳴エネルギ移動システムを用いて、プローブ内の核酸塩基ミスマッチ又は脱塩基部位により生じる融解温度の変化を評価した。同様に、脱塩基部位を有する標的オリゴヌクレオチドを、脱塩基部位、orthoTINA分子、又は天然DNAヌクレオチドを含む相補的プローブとのハイブリダイゼーションにおいて評価した。オリゴヌクレオチドは、Eurofinsから02μmol合成スケールで購入した。オリゴヌクレオチドは、ABI3900において合成され、逆相高速液体クロマトグラフィ精製及び質量分析による最終品質制御を施した後、凍結乾燥した。オリゴヌクレオチドをストック濃度100μMで再蒸留水に再溶解し、使用前に5°Cで一晩置いた。オリゴヌクレオチドを3’aminomodifierC7に合成し、その後ATTO647NNHSエステル又は5’aminomodifierC6に結合させ、その後ATTO488NHSエステルに結合させた。ATTO488ATTO647NのFRETペアを、470nmでLightCycler20において励起し、蛍光発光を670nmで検出した。融解曲線の実験は、LightCycler20において、20μLLightCyclerキャピラリを用いて実施した。オリゴヌクレオチド各10μMを、pH70のリン酸ナトリウム緩衝液に混合した。Tmの測定は、傾斜率02°C秒で37°Cから95°Cとし、95°Cで5分間保持する解離ステップと、傾斜率005°C秒で95°Cから37°Cとし、継続的に蛍光を測定するアニーリングと、37°Cでの5分間の保持と、傾斜率005°C秒で37°Cから95°Cとし、継続的に蛍光を測定する変性とによる標準プログラムを用いて実施した。アニーリング及び変性曲線の両方の蛍光データをTmの判定に用いており、ヒステリシスは観測されなかった。Tmは、古典的なTm判定方法により、開始蛍光平坦域と、終了蛍光平坦域とを特定することにより特定した。Tmは、これら2つの平坦域間の中間蛍光として判定した。全ての融解曲線の判定は、単一のキャピラリによる測定として実施した。Tmの判定前に、各測定では、実験に使用した緩衝液のフルオロフォアのバックグラウンド蛍光を減算することにより色補正を行った。結果を表4乃至13に示す。表4乃至8は、プローブ配列内の1乃至3個の核酸塩基ミスマッチ又は脱塩基部位のTmに対する影響を示す。一般に、中心の核酸塩基ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの末端側の核酸塩基ミスマッチと比較して、Tmをより大きく低下させることが観測される。同様に、二重鎖のオリゴヌクレオチドの長さを30から18ヌクレオチドに減少させると二重鎖のTmは低下するが、核酸塩基ミスマッチによるTmの変化は増加するため、ミスマッチ、オリゴ長、及びΔTmの従来の法則が守られる。あらゆる場合において、プローブの脱塩基部位は、核酸塩基ミスマッチよりも実質的に大きくTmを低下させる。単一の核酸塩基ミスマッチを有する30merの二重鎖プローブでは、一致するオリゴヌクレオチドのTmと比較して、平均Tmは、59°C低下した。脱塩基部位によるTmの低下の平均は、96°Cであり、即ち、単一の核酸塩基ミスマッチと比較して、脱塩基部位では63の低下が追加された。同様に、22merの二重鎖では、単一の核酸塩基ミスマッチによるTmの低下の平均は、85°Cであるのに対し、脱塩基部位では129°Cであり、即ち、単一の核酸塩基ミスマッチの代わりとして、脱塩基部位により52の低下が追加された。表4及び表5長さ18乃至30ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドについて判定した単一の核酸塩基ミスマッチ又は脱塩基部位によるTmへの影響2つの核酸塩基ミスマッチを有する30merの二重鎖プローブでは、一致するオリゴヌクレオチドプローブのTmと比較して、平均Tmは、132°C低下した。2つの脱塩基部位によるTmの低下の平均は、216°Cであり、即ち、2つの核酸塩基ミスマッチと比較して、2つの脱塩基部位では64の低下が追加された。同様に、22merの二重鎖プローブでは、2つの核酸塩基ミスマッチによるTmの低下の平均は、182°Cであるのに対し、2つの脱塩基部位では209°Cを超えた。表6及び表7長さ22乃至30ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドについて判定した2つの核酸塩基ミスマッチ又は2つの脱塩基部位によるTmへの影響3つの核酸塩基ミスマッチを有する30merの二重鎖プローブでは、一致するオリゴヌクレオチドプローブのTmと比較して、平均Tmは、215°C低下した。3つの脱塩基部位によるTmの低下の平均は、314°Cであり、即ち、3つの核酸塩基ミスマッチと比較して、3つの脱塩基部位では46の低下が追加された。同様に、22merの二重鎖プローブでは、3つの核酸塩基ミスマッチによるTmの低下の平均は、263°C超であるのに対し、3つの脱塩基部位では303°Cを超えた。表8長さ22乃至30ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドについて判定した3つの核酸塩基ミスマッチ又は3つの脱塩基部位によるTmへの影響表9乃至13は、A、T、C、又はGヌクレオチド、脱塩基部位、又はoTINA分子が脱塩基部位と相補的に配置された相補的オリゴヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションおける、オリゴヌクレオチド標的配列内の1つ乃至3つの脱塩基部位の組み合わせのTmに対する影響を占めす。天然核酸塩基の1つに対向して配置された脱塩基部位を有する30merの二重鎖標的では、一致塩基対のTmと比較して、Tmは、平均53°C低下した。二重鎖の両方の鎖が脱塩基部位を有する場合、Tmは、平均88°C低下し、即ち、核酸塩基に対向する脱塩基部位と比較して、66の低下が追加された。標的内の脱塩基部位に対向して、プローブ内にorthoTINA分子を配置することにより、一致塩基対を有するオリゴヌクレオチドのTmと比較して、Tmは、平均16°C低下した。22merの二重鎖標的では、プローブ内の核酸塩基に対向して標的内の脱塩基部位が配置された際のTmにおける、Tmの低下の平均は、58°Cとなった。プローブ内の脱塩基部位に対向して、標的内の脱塩基部位が配置された場合、Tmの低下は、平均94°Cであり、即ち、核酸塩基に対向する脱塩基部位と比較して、62の低下が追加された。22merの二重鎖標的内の脱塩基部位に対向して、プローブ内でorthoTINA分子を配置することにより、Tmは、一致塩基対を有する二重鎖でのTmと比較して、平均16°C低下した。表9及び表10プローブ内の核酸塩基ミスマッチ、他の脱塩基部位、又はorthoTINA分子に対向して配置された標的内の単一の脱塩基部位によるTmへの影響プローブ内の2個の核酸塩基に対向して配置された2つの脱塩基部位を有する30merの二重鎖標的では、一致塩基対を有する二重鎖のTmと比較して、Tmは、平均135°C低下した。二重鎖の両方の鎖が2つの脱塩基部位を有する場合、Tmは、平均177°C低下し、即ち、核酸塩基に対向する2つの脱塩基部位と比較して、31の低下が追加された。標的内の脱塩基部位に対向して、プローブ内に2つのorthoTINA分子を配置することにより、一致塩基対を有するオリゴヌクレオチドのTmと比較して、Tmは、平均45°C低下した。22merの二重鎖標的では、プローブ内の核酸塩基に対向して2つの脱塩基部位が配置された際のTmにおける、Tmの低下の平均は、159°Cとなった。標的内の脱塩基部位に対向して、プローブ内の2つの脱塩基部位が配置された場合、Tmの低下は、平均196°Cであり、即ち、核酸塩基に対向する2つの脱塩基部位と比較して、23の低下が追加された。22merの二重鎖標的内の脱塩基部位に対向して、プローブ内で2個のorthoTINA分子を配置することにより、Tmは、一致塩基対を有する二重鎖でのTmと比較して、平均58°C低下した。表11及び表12プローブ内の核酸塩基ミスマッチ、他の脱塩基部位、又はorthoTINA分子に対向して配置された標的内の2つの脱塩基部位によるTmへの影響プローブ内の3個の核酸塩基に対向して配置された3つの脱塩基部位を有する30merの二重鎖標的では、一致塩基対を有する二重鎖のTmと比較して、Tmは、平均227°C低下した。二重鎖の両方の鎖が3つの脱塩基部位を有する場合、Tmは、274°C低下し、即ち、核酸塩基に対向する3つの脱塩基部位と比較して、21の低下が追加された。標的内の脱塩基部位に対向して、プローブ内に3つのorthoTINA分子を配置することにより、一致塩基対を有するオリゴヌクレオチドのTmと比較して、Tmは、85°C低下した。22merの二重鎖標的では、プローブ内の核酸塩基に対向して3つの脱塩基部位が配置された際のTmにおける、Tmの低下の平均は、279°Cとなった。標的内の脱塩基部位に対向して、プローブ内の3つの脱塩基部位が配置された場合、Tmの低下は、303°Cを超えた。22merの二重鎖標的内の脱塩基部位に対向して、プローブ内で3個のorthoTINA分子を配置することにより、Tmは、一致塩基対を有する二重鎖でのTmと比較して、118°C低下した。表13プローブ内の核酸塩基ミスマッチ、他の脱塩基部位、又はorthoTINA分子に対向して配置された標的内の3つの脱塩基部位によるTmへの影響