"以下の構造:[式中、Rは、-CH2n-RX1からなる群より選択され;RX1は:{式中、RX4は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;ハロゲンF、Cl、Br、I;ニトリルCN;ボロン酸BO2H2;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX2;一級アミドCONH2;二級アミドCONHRX2;三級アミドCONRX2RX3;スルホンアミドSO2NH2;N-アルキルスルホンアミドSONHRX2からなる群より選択され;ここでRX2、RX3は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;フェニルC6H5;RX4置換フェニル環RX4C6H4ここでRX4は、上記に定義される;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX5ここでRX5は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20である;及びシクロアルキルここでRX2=RX3=CH2nであるからなる群より独立して選択される}からなる群より選択され;ここで、n=0~10であり;式中、Xは、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドからなる群より選択され;式中、R’は、-OAc;-OBz、及び-OSiMe2tBuからなる群より選択され;式中、Rは、H、DMT、及び三リン酸-POOH-O-POOH-O-POOH2又はその塩からなる群より選択され;そして式中、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、並びにメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる]を有する化合物より選択される化合物又はその塩。以下の構造:を有する、請求項1に記載の化合物。以下の構造:を有する、請求項1に記載の化合物又はその塩。以下の構造:[式中、Xは、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドからなる群より選択され;そして式中、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、及びメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる]を有する化合物。オリゴヌクレオチドの一部として取り込まれている、請求項1又は4の化合物。オリゴヌクレオチドがリボ核酸又はデオキシリボ核酸より選択される、請求項5の化合物。前記オリゴヌクレオチドが、リボース位置、デオキシリボース位置、リン酸位置、及び塩基位置より独立して選択される1以上の位置での化学置換を含んでなる少なくとも1つの化学修飾をさらに含む、請求項6の化合物。前記化学修飾が、2’位の糖修飾、2’-アミノ2’-NH2、2’-フルオロ2’-F、2’-O-メチル2’-OMe、2’-O-エチル2’-OEt、2’-O-プロピル2’-OPr、及び2’-O-CH2CH2OCH3からなる群より独立して選択される、請求項7の化合物。アプタマーの一部として取り込まれている、請求項1又は4の化合物。アプタマーがリボ核酸又はデオキシリボ核酸より選択される、請求項9の化合物。前記アプタマーが、リボース位置、デオキシリボース位置、リン酸位置、及び塩基位置より独立して選択される1以上の位置での化学置換を含んでなる少なくとも1つの化学修飾をさらに含む、請求項10の化合物。前記化学修飾が、2’位での糖修飾:2’-アミノ2’-NH2、2’-フルオロ2’-F、2’-O-メチル2’-OMe、2’-O-エチル2’-OEt、2’-O-プロピル2’-OPr、及び2’-O-CH2CH2OCH3からなる群より独立して選択される、請求項11の化合物。以下の構造:[式中、Rは、-CH2n-RX1からなる群より選択され;RX1は:{式中、RX4は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;ハロゲンF、Cl、Br、I;ニトリルCN;ボロン酸BO2H2;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX2;一級アミドCONH2;二級アミドCONHRX2;三級アミドCONRX2RX3;スルホンアミドSO2NH2;N-アルキルスルホンアミドSONHRX2からなる群より選択され;ここでRX2とRX3は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;フェニルC6H5;RX4置換フェニル環RX4C6H4ここでRX4は、上記に定義される;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX5ここでRX5は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20である;及びシクロアルキルここでRX2=RX3=CH2nであるからなる群より独立して選択される}からなる群より選択され:ここでn=0~10であり;式中、Xは、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドからなる群より選択され;そして式中、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、及びメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる]を有する少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含んでなるオリゴヌクレオチド。リボ核酸又はデオキシリボ核酸より選択される、請求項13のオリゴヌクレオチド。リボース位置、デオキシリボース位置、リン酸位置、及び塩基位置より独立して選択される1以上の位置での化学置換を含んでなる少なくとも1つの化学修飾をさらに含む、請求項14のオリゴヌクレオチド。前記化学修飾が、2’位の糖修飾、2’-アミノ2’-NH2、2’-フルオロ2’-F、2’-O-メチル2’-OMe、2’-O-エチル2’-OEt、2’-O-プロピル2’-OPr、2’-O-CH2CH2OCH3、5位のピリミジン修飾、骨格修飾、メチル化、3’キャップ、及び5’キャップからなる群より独立して選択される、請求項15のオリゴヌクレオチド。以下の構造:[式中、Xは、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドからなる群より選択され;そして式中、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、及びメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる]より独立して選択される少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含んでなるオリゴヌクレオチド。リボ核酸又はデオキシリボ核酸より選択される、請求項17のオリゴヌクレオチド。リボース位置、デオキシリボース位置、リン酸位置、及び塩基位置より独立して選択される1以上の位置での化学置換を含んでなる少なくとも1つの化学修飾をさらに含む、請求項18のオリゴヌクレオチド。前記化学修飾が、2’位の糖修飾、2’-アミノ2’-NH2、2’-フルオロ2’-F、2’-O-メチル2’-OMe、2’-O-エチル2’-OEt、2’-O-プロピル2’-OPr、2’-O-CH2CH2OCH3、5位のピリミジン修飾、骨格修飾、メチル化、3’キャップ、及び5’キャップからなる群より独立して選択される、請求項19のオリゴヌクレオチド。以下の構造:[式中、Rは、-CH2n-RX1からなる群より選択され;RX1は、{式中、RX4は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;ハロゲンF、Cl、Br、I;ニトリルCN;ボロン酸BO2H2;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX2;一級アミドCONH2;二級アミドCONHRX2;三級アミドCONRX2RX3;スルホンアミドSO2NH2;N-アルキルスルホンアミドSONHRX2からなる群より選択され;式中、RX2とRX3は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;フェニルC6H5;RX4置換フェニル環RX4C6H4ここでRX4は、上記に定義される;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX5ここでRX5は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20である;及びシクロアルキルここでRX2=RX3=CH2nであるからなる群より独立して選択される}からなる群より選択され:ここでn=0~10であり;式中、Xは、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドからなる群より選択され;そして式中、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、及びメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる]を有する少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含んでなるアプタマー。リボ核酸又はデオキシリボ核酸より選択される、請求項21のアプタマー。リボース位置、デオキシリボース位置、リン酸位置、及び塩基位置より独立して選択される1以上の位置での化学置換を含んでなる少なくとも1つの化学修飾をさらに含む、請求項22のアプタマー。前記化学修飾が、2’位の糖修飾、2’-アミノ2’-NH2、2’-フルオロ2’-F、2’-O-メチル2’-OMe、2’-O-エチル2’-OEt、2’-O-プロピル2’-OPr、2’-O-CH2CH2OCH3、5位のピリミジン修飾、骨格修飾、メチル化、3’キャップ、及び5’キャップからなる群より独立して選択される、請求項23のアプタマー。以下の構造:[式中、Xは、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドからなる群より選択され;そして式中、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、及びメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる]より独立して選択される少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含んでなるアプタマー。オリゴヌクレオチドがリボ核酸又はデオキシリボ核酸より選択される、請求項25のアプタマー。前記オリゴヌクレオチドが、リボース位置、デオキシリボース位置、リン酸位置、及び塩基位置より独立して選択される1以上の位置での化学置換を含んでなる少なくとも1つの化学修飾をさらに含む、請求項26のアプタマー。前記化学修飾が、2’位の糖修飾、2’-アミノ2’-NH2、2’-フルオロ2’-F、2’-O-メチル2’-OMe、2’-O-エチル2’-OEt、2’-O-プロピル2’-OPr、2’-O-CH2CH2OCH3、5位のピリミジン修飾、骨格修飾、メチル化、3’キャップ、及び5’キャップからなる群より独立して選択される、請求項27のアプタマー。C-5修飾アミノカルボニルピリミジンを製造するための方法であって:5位がトリフルオロエトキシカルボニルで修飾されたピリミジンを三級アミン塩基の存在下にアミンと反応させる工程;及び前記C-5修飾アミノカルボニルピリミジンを単離する工程を含んでなる、前記方法。前記トリフルオロエトキシカルボニルピリミジンが以下の構造:[式中、Xは、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドからなる群より選択され;そして式中、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、及びメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる]を有する、請求項29の方法。前記アミンが、RNH2からなる群より選択され、ここで、Rは、-CH2n-RX1からなる群より選択され;RX1は、[式中、RX4は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;ハロゲンF、Cl、Br、I;ニトリルCN;ボロン酸BO2H2;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX2;一級アミドCONH2;二級アミドCONHRX2;三級アミドCONRX2RX3;スルホンアミドSO2NH2;N-アルキルスルホンアミドSONHRX2からなる群より選択され;ここで、RX2とRX3は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;フェニルC6H5;RX4置換フェニル環RX4C6H4ここでRX4は、上記に定義される;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX5ここでRX5は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20である;及びシクロアルキルここでRX2=RX3=CH2nであるからなる群より独立して選択される]からなる群より選択され:そしてここでn=0~10である、請求項30の方法。前記アミンが、からなる群より選択される、請求項31の方法。前記塩基が、トリエチルアミン、ジイソプロピルアミン、又は関連した三級アミンより選択される、請求項29の方法。C-5修飾アミノカルボニルピリミジンの3’-ホスホロアミダイトを製造するための方法であって:前記C-5修飾アミノカルボニルピリミジンを、三級アミンの存在下でシアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミダイトと反応させる工程;及び前記3’-ホスホロアミダイトを単離する工程を含んでなる、前記方法。前記C-5修飾アミノカルボニルピリミジンが以下の構造:[式中、Rは、-CH2n-RX1からなる群より選択され;RX1は、{式中、RX4は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;ハロゲンF、Cl、Br、I;ニトリルCN;ボロン酸BO2H2;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX2;一級アミドCONH2;二級アミドCONHRX2;三級アミドCONRX2RX3;スルホンアミドSO2NH2;N-アルキルスルホンアミドSONHRX2からなる群より選択され;式中、RX2とRX3は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;フェニルC6H5;RX4置換フェニル環RX4C6H4ここでRX4は、上記に定義される;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX5ここでRX5は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20である;及びシクロアルキルここでRX2=RX3=CH2nであるからなる群より独立して選択される}からなる群より選択され;そしてここで、n=0~10であり;式中、Xは、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドからなる群より選択され;そして式中、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、及びメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる]を有する、請求項34の方法。Rが:からなる群より選択される、請求項35の方法。前記塩基が、トリエチルアミン、ジイソプロピルアミン、又は関連した三級アミンより選択される、請求項33の方法。C-5修飾アミノカルボニルピリミジンの5’-三リン酸塩を製造するための方法であって:a以下の式を有するC-5修飾アミノカルボニルピリミジン:[式中、Rは、-CH2n-RX1からなる群より選択され;RX1は、{式中、RX4は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;ハロゲンF、Cl、Br、I;ニトリルCN;ボロン酸BO2H2;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX2;一級アミドCONH2;二級アミドCONHRX2;三級アミドCONRX2RX3;スルホンアミドSO2NH2;N-アルキルスルホンアミドSONHRX2からなる群より選択され;式中、RX2とRX3は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;フェニルC6H5;RX4置換フェニル環RX4C6H4ここでRX4は、上記に定義される;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX5ここでRX5は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20である;及びシクロアルキルここでRX2=RX3=CH2nであるからなる群より独立して選択される}からなる群より選択され;そしてここで、n=0~10であり;式中、Xは、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドからなる群より選択され;そして式中、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、及びメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる]を、塩基の存在下で無水酢酸と反応させること、次いで、5’-DMT基の酸での切断によって、以下の構造:の3’-アセテートを生成する工程;b工程aの3-アセテートに対してルートヴィヒ-エックシュタインLudwigEckstein反応に続いてアニオン交換クロマトグラフィーを実施する工程;及びc以下の構造:を有するC-5修飾アミノカルボニルピリミジンの5’-三リン酸又はその塩を単離する工程を含んでなる、前記方法。Rが:からなる群より選択される、請求項37の方法。前記塩基が三級アミンである、請求項38の方法。前記三級アミンがピリジンである、請求項40の方法前記酸が、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、及び1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノールより選択される、請求項37の方法。請求項31の方法によって生成される化合物。請求項32の方法によって生成される化合物。請求項35の方法によって生成される化合物。請求項36の方法によって生成される化合物。請求項38の方法によって生成される化合物。請求項39の方法によって生成される化合物。前記トリフルオロエトキシカルボニルピリミジンが以下の構造:を有する、請求項29の方法。0020これから本発明の代表的な態様へ詳しく言及する。列挙される態様に関連して本発明について記載するが、本発明は、その態様に限定されるわけではないことが理解されよう。むしろ、本発明には、特許請求項によって明確化される本発明の範囲内に含まれ得る、すべての代替態様、変更態様、及び等価物が含まれると企図される。0021当業者は、本開示の実践の範囲で使用し得てその範囲内にある、本明細書に記載されるものと同様又は等価な多くの方法及び材料を認められよう。本開示は、記載される方法及び材料に決して限定されない。0022他に定義されなければ、本明細書において使用する技術及び科学の用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって通常理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと同様又は等価であるどの方法、デバイス、及び材料も本発明の実践又は検証に使用し得るが、好ましい方法、デバイス、及び材料についてこれから記載する。0023本開示で引用するすべての刊行物、公開特許文献、及び特許出願は、本開示が関連する技術分野複数の最高水準を示している。本明細書で引用するすべての刊行物、公開特許文献、及び特許出願は、それぞれ個別の刊行物、公開特許文献、又は特許出願が参照により組み込まれるものとして具体的かつ個別に示されるのと同じ程度で、参照により本明細書に組み込まれる。0024付帯の特許請求項が含まれる本開示に使用されるように、単数形の冠詞a、an及びtheには、その内容が明らかに他のことを指定しなければ、複数の言及が含まれ、少なくとも1つ及び1以上のと可換的に使用される。従って、アプタマーanaptamerへの言及には、アプタマーaptamersの混合物が含まれる、といった具合である。0025本明細書に使用するように、約という用語は、数値が関連する項目の基本機能が不変であるような、その数値の些細な変更又は変化を表す。0026それぞれのという用語は、本明細書において複数の項目に言及するために使用されるとき、その項目の少なくとも2つに言及すると企図される。その複数性を形成する必ずしもすべての項目が関連する追加の限定条件を満たすことが求められるわけではない。0027本明細書に使用するように、~を含む、~を含んでなる、~が含まれる、~が含まれている、~を含有する、~を含有しているという用語とこれらの変形には、ある要素又は要素のリストを含む、それらが含まれる、又はそれらを含有するプロセス、方法、プロセスによる製品、又は材料の組成物には、その要素だけが含まれるのではなくて、明白には収載されない他の要素、又はそのようなプロセス、方法、プロセスによる製品、又は材料の組成物に固有の他の要素も含まれる場合があるように、非排他的な包含が含まれると企図される。0028本明細書に使用するように、ヌクレオチドという用語は、リボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチド、又はこれらの修飾型、並びにこれらの類似体を意味する。ヌクレオチドには、プリン例、アデニン、ヒポキサンチン、グアニン、及びこれらの誘導体及び類似体、並びにピリミジン例、シトシン、ウラシル、チミン、及びこれらの誘導体及び類似体が含まれる分子種が含まれる。化合物00291つの態様において、本開示は、以下の式化合物を提供する:式中、Rは、-CH2n-RX1からなる群より選択され;RX1は:{式中、RX4は、限定されないが、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;ハロゲンF、Cl、Br、I;ニトリルCN;ボロン酸BO2H2;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX2;一級アミドCONH2;二級アミドCONHRX2;三級アミドCONRX2RX3;スルホンアミドSO2NH2;N-アルキルスルホンアミドSONHRX2が含まれる群より選択され;ここでRX2、RX3は、限定されないが、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;フェニルC6H5;RX4置換フェニル環RX4C6H4ここでRX4は、上記に定義される;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX5ここでRX5は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20である;及びシクロアルキルここでRX2=RX3=CH2nであるが含まれる群より独立して選択される}からなる群より選択され;ここで、n=0~10であり;式中、Xは、限定されないが、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドが含まれる群より選択され;式中、R’は、限定されないが、-OAc;-OBz、及び-OSiMe2tBuが含まれる群より選択され;式中、Rは、限定されないが、-H、4,4-ジメトキシトリチルDMT、及び三リン酸-POOH-O-POOH-O-POOH2又はその塩が含まれる群より選択され;そしてここで、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、並びにメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる。0030別の態様において、本開示は、以下の式の化合物又はその塩を提供する:式中、R、R、及びXは、上記に定義される通りである。この一般式の化合物は、修飾ヌクレオシドの化学合成によるオリゴヌクレオチドへの取込みに有用である。0031なお他の態様において、本開示は、以下の式の化合物又はその塩を提供する:式中、R、R’、及びXは、上記に定義される通りである。この一般式の化合物は、修飾ヌクレオシドの酵素合成によるオリゴヌクレオチドへの取込みに有用である。0032本明細書に使用されるように、C-5修飾カルボキシアミドウリジン又はC-5修飾アミノカルボニルウリジンという用語は、限定されないが、上記に例示したR部分が含まれる、ウリジンのC-5位でのカルボキシアミド-CONH-修飾があるウリジンを意味する。C-5修飾カルボキシアミドウリジンの例には、米国特許第5,719,273号及び5,945,527号、並びに、ヌクレアーゼ抵抗性のオリゴヌクレオチドNucleaseResistantOligonucleotidesと題した米国仮特許出願シリアル番号61/422,957’957出願2010年12月14日出願に記載されるものが含まれる。代表的なC-5修飾ピリミジンには、5-N-ベンジルカルボキシアミド-2’-デオキシウリジンBndU、5-N-ベンジルカルボキシアミド-2’-O-メチルウリジン、5-N-ベンジルカルボキシアミド-2’-フルオロウリジン、5-N-イソブチルカルボキシアミド-2’-デオキシウリジンiBudU、5-N-イソブチルカルボキシアミド-2’-O-メチルウリジン、5-N-イソブチルカルボキシアミド-2’-フルオロウリジン、5-N-トリプタミノカルボキシアミド-2’-デオキシウリジンTrpdU、5-N-トリプタミノカルボキシアミド-2’-O-メチルウリジン、5-N-トリプタミノカルボキシアミド-2’-フルオロウリジン、5-N-[1-3-トリメチルアンモニウムプロピル]カルボキシアミド-2’-デオキシウリジンクロリド、5-N-ナフチルメチルカルボキシアミド-2’-デオキシウリジンNapdU、5-N-ナフチルメチルカルボキシアミド-2’-O-メチルウリジン、5-N-ナフチルメチルカルボキシアミド-2’-フルオロウリジン、又は5-N-[1-2,3-ジヒドロキシプロピル]カルボキシアミド-2’-デオキシウリジンが含まれる。0033例示だけの目的のために本明細書に記載されるC-5修飾アミノカルボニルウリジンの具体例には、以下の化合物、並びに前記化合物の5’-三リン酸及び3’-ホスホロアミダイトとそれらの塩が含まれて、これらの合成については実施例1~5で記載する。0034本明細書に記載のC-5修飾ウリジンの化学修飾はまた、単独で、又はどの組合せでも、2’位の糖修飾、環外アミンでの修飾、及び4-チオウリジンの置換、等と組み合わせることができる。塩類0035化合物の対応する塩、例えば、医薬的に許容される塩を製造、精製、及び/又は処理することが簡便であるか又は望ましい場合がある。医薬的に許容される塩の例については、BergeetalPharmaceuticallyAcceptableSalts医薬的に許容される塩JPharmSci66119に考察されている。0036例えば、化合物がアニオン性であるか又はアニオン性になり得る官能基例えば、-COOHは、-COO-になり得るを有するならば、好適なカチオンとともに塩が生成され得る。好適な無機カチオンの例には、限定されないが、Na及びKのようなアルカリ金属イオン、Ca2及びMg2のようなアルカリ土類カチオン、及びAl3のような他のカチオンが含まれる。好適な有機カチオンの例には、限定されないが、アンモニウムイオン即ち、NH4と置換アンモニウムイオン例、NH3Rx、NH2Rx2、NHRx3、NRx4が含まれる。いくつかの好適な置換アンモニウムイオンの例は、エチルアミン、ジエチルアミン、ジシクロヘキシルアミン、トリエチルアミン、ブチルアミン、エチレンジアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、ピペリジン、ベンジルアミン、フェニルベンジルアミン、コリン、メグルミン、及びトロメタミン、並びにリジン及びアルギニンのようなアミノ酸より誘導されるものである。一般的な四級アンモニウムイオンの例は、NCH34である。0037化合物がカチオン性であるか又はカチオン性になり得る官能基例えば、-NH2は、-NH3になり得るを有するならば、好適なアニオンとともに塩が生成され得る。好適な無機アニオンの例には、限定されないが、以下の無機酸:塩酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、硫酸、亜硫酸、硝酸、亜硝酸、リン酸、及び亜リン酸より誘導されるものが含まれる。0038好適な有機アニオンの例には、限定されないが、以下の有機酸:2-アセトキシ安息香酸、酢酸、アスコルビン酸、アスパラギン酸、安息香酸、カンファースルホン酸、桂皮酸、クエン酸、エデト酸、エタンジスルホン酸、エタンスルホン酸、フマル酸、グルコヘプト酸、グルコン酸、グルタミン酸、グリコール酸、ヒドロキシマレイン酸、ヒドロキシナフタレンカルボン酸、イセチオン酸、乳酸、ラクトビオン酸、ラウリル酸、マレイン酸、リンゴ酸、メタンスルホン酸、ムコ酸、オレイン酸、シュウ酸、パルミチン酸、パモ酸、パントテン酸、フェニル酢酸、フェニルスルホン酸、プロピオン酸、ピルビン酸、サリチル酸、ステアリン酸、コハク酸、スルファニル酸、酒石酸、トルエンスルホン酸、及び吉草酸より誘導されるものが含まれる。好適なポリマー有機アニオンの例には、限定されないが、以下のポリマー酸:タンニン酸、カルボキシメチルセルロースより誘導されるものが含まれる。0039他に特定しなければ、特別な化合物への言及には、その塩型も含まれる。オリゴヌクレオチドの製造00401つの側面において、本開示は、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドを、単独で、又は他の修飾ヌクレオシド及び/又は天然に存在するヌクレオシドと組み合わせて使用して、修飾オリゴヌクレオチドを製造する方法を提供する。オリゴデオキシヌクレオシドの自動合成は、多くの研究室で定型的な作業である例えば、その内容が参照により本明細書に組み込まれる、MatteucciMDandCaruthersMHJAmChemSoc10331853191を参照のこと。オリゴリボヌクレオシドの合成についてもよく知られている例えば、参照により本明細書に組み込まれる、ScaringeSAetalNucleicAcidsRes1854335441を参照のこと。上記で注目されるように、ホスホロアミダイトは、修飾ヌクレオシドをオリゴヌクレオチドへ化学合成によって取り込むのに有用であって、三リン酸塩は、修飾ヌクレオシドをオリゴヌクレオチドへ酵素合成によって取り込むのに有用である例えば、VaughtJVetalJAmChemSoc13241414151GaitMJオリゴヌクレオチド合成:実践アプローチOligonucleotideSynthesisapracticalapproachIRLプレスイギリス、オックスフォードHerdewijnPオリゴヌクレオチド合成OligonucleotideSynthesisヒュマナプレス、ニュージャージー州トトワを参照のこと。これらのいずれもその全体が参照により本明細書に組み込まれる。0041本明細書に使用されるように、修飾する、修飾された、修飾という用語とそのあらゆる変形は、オリゴヌクレオチドに関連して使用されるとき、オリゴヌクレオチドの4つの構成ヌクレオチド塩基即ち、A、G、T/U、及びCの少なくとも1つが天然に存在するヌクレオチドの類似体又はエステルであることを意味する。いくつかの態様において、修飾ヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドにヌクレアーゼ抵抗性を付与する。追加の修飾には、骨格修飾、メチル化、イソ塩基のイソシチジン及びイソグアニジンのような異常な塩基対合の組合せ、等を含めることができる。修飾には、キャッピングのような3’及び5’修飾も含めることができる。他の修飾には、天然に存在するヌクレオチドの1以上を類似体で置換すること、例えば、非荷電連結例、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメート、等及び荷電連結例、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、等での修飾のようなヌクレオチド間の修飾、挿入剤例、アクリジン、ソラレン、等での修飾、キレート形成剤例、金属、放射活性金属、ホウ素、酸化金属、等を含有する修飾、アルキル化剤を含有する修飾、及び修飾連結例、α-アノマー核酸、等での修飾を含めることができる。さらに、通常はヌクレオチドの糖に存在するヒドロキシル基のいずれも、ホスホネート基又はリン酸基に置き換える;標準的な保護基によって保護する;又は、追加のヌクレオチド又は固体支持体への追加の連結を製造するために活性化することができる。5’及び3’末端OH基も、リン酸化し得るか、又はアミン、約1~約20の炭素原子の有機キャッピング基の部分、ポリエチレングリコールPEGポリマー1つの態様では、約10~約80kDaの範囲に及ぶ、PEGポリマー別の態様では、約20~約60kDaの範囲に及ぶ又は、他の親水性又は疎水性の生体又は合成ポリマーで置換し得る。0042ポリヌクレオチドはまた、当該技術分野で一般的に知られている、2’-O-メチル、2’-O-アリル、2’-O-エチル、2’-O-プロピル、2’-O-CH2CH2OCH3、2’-フルオロ-、又は2’-アジド、炭素環式糖類似体、α-アノマー糖、エピマー糖アラビノース、キシロース、又はリキソースのような、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及び非塩基性ヌクレオシド類似体メチルリボシドのようなが含まれる、リボース又はデオキシリボース糖の類似形態を含有することができる。上記に注目されるように、1以上のホスホジエステル連結を代替的な連結基に置き換えてよい。これらの代替連結基には、リン酸がPOSチオエート、PSSジチオエート、ONRx2アミデート、PORx、POORx’、CO又はCH2ホルムアセタール[ここでそれぞれのRx又はRx’は、独立して、Hであるか、又はエーテル-O-連結を含有してもよい置換又は未置換アルキルC1-C20、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、又はアラルジルaraldylである]によって置き換えられた態様が含まれる。ポリヌクレオチド中のすべての連結が同一である必要はない。糖、プリン、及びピリミジンの類似形態の置換は、最終産物を設計するときに有利であり得る例えば、ポリアミド骨格のような代替的な骨格構造が有利であり得るように。0043存在する場合、ヌクレオチド構造への修飾は、ポリマーの組立ての前でも後でも付与することができる。ヌクレオチドの配列を非ヌクレオチド成分によって中断することができる。ポリヌクレオチドは、標識成分とのコンジュゲーションによるように、ポリマー化の後でさらに修飾することができる。0044本明細書に使用されるように、核酸、オリゴヌクレオチド、及びポリヌクレオチドは、ヌクレオチドのポリマーに言及するのに可換的に使用されて、DNA、RNA、DNA/RNAハイブリッド、及び上記の種類の核酸、オリゴヌクレオチド、及びポリヌクレオチドの修飾物が含まれて、ここでは、様々な実体又は部分をどの位置でもヌクレオチド単位へ付加することが含まれる。ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、及び核酸という用語には、二本鎖又は一本鎖の分子だけでなく、三本鎖のらせん分子も含まれる。核酸、オリゴヌクレオチド、及びポリヌクレオチドは、アプタマーという用語より広義の用語であるので、核酸、オリゴヌクレオチド、及びポリヌクレオチドという用語には、アプタマーであるヌクレオチドのポリマーが含まれるが、核酸、オリゴヌクレオチド、及びポリヌクレオチドという用語は、アプタマーに限定されない。0045本明細書に使用されるように、少なくとも1つのヌクレオチドという用語は、核酸の修飾に言及するとき、核酸中の1つ、数個、又はすべてのヌクレオチドを意味して、核酸中のありとあらゆるA、C、T、G又はUのありとあらゆる出現物が修飾されていてもいなくてもよいことを示す。0046他の側面において、本開示は、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドを単独で、又は他の修飾ヌクレオシド及び/又は天然に存在するヌクレオシドと組み合わせて使用して、アプタマー及びSOMAマー下記に記載するを製造するための方法を提供する。具体的な態様では、下記に記載のような一般的なSELEX又は改良SELEX法を使用して、アプタマー及びSOMAマーを製造する。0047本明細書に使用されるように、核酸リガンド、アプタマー、SOMAマー、及びクローンは、可換的に使用されて、標的分子に対して望まれる作用を有する、天然に存在しない核酸を意味する。望まれる作用には、限定されないが、標的に結合すること、標的を触媒的に変化させること、標的又は標的の機能活性を修飾するか又は改変させるやり方で標的と反応すること、標的へ共有結合的に付加すること自殺阻害剤におけるように、及び標的と別の分子の間の反応を促進することが含まれる。1つの態様において、この作用は、標的分子に特異的な結合アフィニティーであり、そのような標的分子は、ワトソン/クリック塩基対合又は三重らせん形成とは無関係である機序を介して核酸リガンドへ結合する、ポリヌクレオチド以外の三次元化学構造体であり、ここでアプタマーとは、標的分子によって結合される既知の生理学的機能を有する核酸ではない。所与の標的へのアプタマーには、a標的と候補混合物を接触させることここでは、候補混合物中の他の核酸に比べて標的への増加したアフィニティーを有する核酸をその候補混合物の残りより分別することができる;bアフィニティーが増加した核酸をその核酸混合物の残りより分別すること;及びcこのアフィニティーが増加した核酸を増幅して、リガンド濃縮された核酸の混合物を産生することこれにより、標的分子のアプタマーを同定するを含んでなる方法によって、核酸の候補混合物より同定される核酸が含まれ、ここでアプタマーは、標的のリガンドである。アフィニティーの相互作用は、程度の問題であると認識されているが、本文脈では、その標的に対するアプタマーの特異的な結合アフィニティーとは、アプタマーがその標的に対して、一般的には、混合物又は試料中の他の非標的成分へ結合するよりずっと高い度合いのアフィニティーで結合することを意味する。アプタマー、SOMAマー、又は核酸リガンドは、特別なヌクレオチド配列を有する一定又は一種の核酸分子のコピーのセットである。アプタマーには、どの好適な数のヌクレオチドも含めることができる。アプタマーは、1より多いそのような分子のセットを意味する。異なるアプタマーは、同数のヌクレオチドを有しても、異数のヌクレオチドを有してもよい。アプタマーは、DNAでもRNAでもよく、一本鎖、二本鎖であっても、二本鎖又は三本鎖の領域を含有してもよい。0048本明細書に使用されるように、SOMAマー又は遅いオフ速度修飾アプタマーSlowOffRateModifiedAptamerは、改善されたオフ速度特性を有するアプタマーを意味する。SOMAマーは、オフ速度が改善されたアプタマーを産生するための方法MethodforGeneratingAptamerswithImprovedOffRatesと題した米国特許出願公開公報20090004667号に記載の改良SELEX法を使用して産生することができる。0049本明細書に使用されるように、タンパク質は、ペプチド、ポリペプチド、又はペプチド断片と同義的に使用される。精製されたポリペプチド、タンパク質、ペプチド、又はペプチド断片は、そのアミノ酸配列が入手される細胞、組織、又は無細胞供給源に由来する細胞材料も他の混在タンパク質を実質的に含まないか又は、化学的に合成されるときは、化学前駆体も他の化学品も実質的に含まない。SELEX法0050SELEX及びSELEX法という用語は、本明細書において可換的に使用されて、1標的分子と望ましいやり方で相互作用する例えば、高いアフィニティーでタンパク質へ結合する核酸の選択と、2そのような選択された核酸の増幅の組合せを一般に意味する。SELEX法を使用して、特定の標的分子又はバイオマーカーへの高いアフィニティーがあるアプタマーを同定することができる。0051SELEXには、一般に、核酸の候補混合物を製造すること、この候補混合物を所望の標的分子へ結合させてアフィニティー複合体を生成すること、このアフィニティー複合体を未結合の候補核酸より分離させること、このアフィニティー複合体より結合核酸を分離して単離すること、その核酸を精製すること、及び特異的なアプタマー配列を同定することが含まれる。この方法には、選択されるアプタマーのアフィニティーをさらに純化させるために、多数のラウンドを含めてよい。この方法には、この方法中の1以上の時点で増幅工程を含めることができる。例えば、核酸リガンドNucleicAcidLigandsと題した米国特許第5,475,096号を参照のこと。SELEX法を使用して、その標的へ共有結合するアプタマーだけでなく、その標的へ非共有的に結合するアプタマーも産生することができる。例えば、指数的濃縮による核酸リガンドの系統進化法:Chemi-SELEXSystematicEvolutionofNucleicAcidsLigandsbyExponentialEnrichmentChemiSELEXと題した、米国特許第5,705,337号を参照のこと。0052SELEX法を使用して、例えば、改善されたinvivo安定性又は改善された送達特性のような改善された特性をアプタマーに付与する修飾ヌクレオチドを含有する高アフィニティーアプタマーを同定することができる。そのような修飾の例には、リボース及び/又はリン酸及び/又は塩基の位置での化学的な置換が含まれる。修飾ヌクレオチドを含有する、SELEX法で同定されるアプタマーについては、ピリミジンの5’及び2’位で化学的に修飾されたヌクレオチド誘導体を含有するオリゴヌクレオチドについて記載する、修飾ヌクレオチドを含有する高アフィニティー核酸リガンドHighAffinityNucleicAcidLigandsContainingModifiedNucleotidesと題した米国特許第5,660,985号に記載されている。米国特許第5,580,737号上記参照は、2’-アミノ2’-NH2、2’-フルオロ2’-F、及び/又は2’-O-メチル2’-OMeで修飾された1以上のヌクレオチドを含有するきわめて特異的なアプタマーについて記載する。拡張された物理及び化学特性を有する核酸ライブラリーとSELEX及び光SELEXにおけるそれらの使用について記載する、SELEXと光SELEXSELEXandPHOTOSELEXと題した米国特許出願公開公報20090098549号も参照のこと。0053SELEXはまた、望ましいオフ速度特性を有するアプタマーを同定するために使用することができる。標的分子へ結合し得るアプタマーを産生するための改善されたSELEX法について記載する、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、オフ速度が改善されたアプタマーを産生するための方法MethodforGeneratingAptamerswithImprovedOffRatesと題した米国特許出願公開公報20090004667号を参照のこと。そのそれぞれの標的分子からの解離速度がより遅いアプタマー及び光アプタマーを産生するための方法が記載されている。この方法は、候補混合物を標的分子と接触させること、核酸-標的複合体の形成が生じることを可能にすること、及び遅いオフ速度濃縮法を実施することを伴うが、ここでは解離速度が速い核酸-標的複合体が解離して再形成されない一方で、解離速度が遅い複合体はインタクトなままである。その上、この方法には、オフ速度性能が改善されたアプタマーを産生する、候補核酸混合物の産生における修飾ヌクレオチドの使用が含まれる。SELEXと光SELEXSELEXandPHOTOSELEXと題した米国特許出願公開公報20090098549号も参照のこと。また、米国特許第7,855,054号と米国特許出願公開公報20070166740号も参照のこと。上記出願のいずれも、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。0054標的又は標的分子、又は標的は、本明細書において、核酸が望ましいやり方で作用することができるあらゆる化合物を意味する。標的分子は、限定なしに、タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂質、多糖、糖タンパク質、ホルモン、受容体、抗原、抗体、ウイルス、病原体、有毒物質、基質、代謝産物、遷移状態類似体、補因子、阻害剤、薬物、色素、栄養素、増殖因子、細胞、組織、及び上述のいずれものあらゆる部分又は断片、等であり得る。ほとんどどの化学品も生体エフェクターも好適な標的であり得る。どの大きさの分子も、標的として役立つ可能性がある。また標的をあるやり方で修飾して、標的と核酸の間の相互作用の可能性又は強度を高めることができる。標的には、タンパク質の場合、例えば、アミノ酸配列のわずかな変異、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、又は他のあらゆる操作又は修飾分子の同一性を実質的には改変しない、標識成分とのコンジュゲーションのようなといった、特別な化合物又は分子のあらゆるわずかな変種も含めることができる。標的分子又は標的は、アプタマーへ結合することが可能である分子又は多分子構造の1種又は数種のコピーのセットである。標的分子又は標的は、1より多いそのような分子のセットを意味する。標的がペプチドであるSELEX法の態様については、精製タンパク質を伴わない修飾SELEX法ModifiedSELEXProcessesWithoutPurifiedProteinと題した米国特許第6,376,190号に記載されている。化学合成0055本開示に提供する化合物の化学合成の方法について本明細書に記載する。これらの、及び/又は他のよく知られた方法を既知のやり方で修飾及び/又は適用して、本開示で提供する追加の化合物の合成を促進してよい。0056スキーム1に言及すると、1つのアプローチで、5位がトリフルオロエトキシカルボニルで修飾されたピリミジンを塩基の存在下にアミンと反応させる工程;及び、前記C-5修飾アミノカルボニルピリミジンを単離する工程によって、本開示のC-5位修飾アミノカルボニルピリミジンを製造する。0057いくつかの態様において、このトリフルオロエトキシカルボニルピリミジンは、限定されないが、以下の構造の化合物が含まれる化合物群より選択される:式中、Xは、限定されないが、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、及び-アジドが含まれる群より選択され;そしてここで、は、炭素環状糖類似体、α-アノマー糖、アラビノース、キシロース、又はリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環状類似体、並びにメチルリボシドのような非塩基性ヌクレオシド類似体で置き換えることができる。いくつかの態様において、このアミンは、限定されないが、式:RNH2の化合物が含まれる群より選択され、式中、Rは、-CH2n-RX1からなる群より選択され;RX1は:からなる群より選択され、ここで、、RX4は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;ハロゲンF、Cl、Br、I;ニトリルCN;ボロン酸BO2H2;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX2;一級アミドCONH2;二級アミドCONHRX2;三級アミドCONRX2RX3;スルホンアミドSO2NH2;N-アルキルスルホンアミドSONHRX2からなる群より選択され;ここで、RX2、RX3は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20;フェニルC6H5;RX4置換フェニル環RX4C6H4ここでRX4は、上記に定義される;カルボン酸COOH;カルボン酸エステルCOORX5ここでRX5は、分岐鎖又は直鎖の低級アルキルC1-C20である;及びシクロアルキルここでRX2=RX3=CH2nであるからなる群より独立して選択され;ここで、n=0~10である。0058特定の態様において、このアミンは:からなる群より選択される。0059いくつかの態様において、この塩基は、トリエチルアミン、ジイソプロピルアミン、等からなる群より選択される三級アミンである。0060スキーム1に言及すると、本開示はまた、C-5修飾アミノカルボニルピリミジンの3’-ホスホロアミダイトの合成の方法を提供し、該方法は、前記C-5修飾アミノカルボニルピリミジンを塩基の存在下にシアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミダイトと反応させる工程;及び前記3’-ホスホロアミダイトを単離する工程を含んでなる。いくつかの態様において、C-5修飾アミノカルボニルピリミジンは、以下の構造:を有し、式中、RとXは、上記に定義される通りである。いくつかの態様において、塩基は、トリエチルアミン、ジイソプロピルアミン、等からなる群より選択される三級アミンである。0061スキーム1に再び言及すると、本開示はまた、以下の工程を含んでなる、C-5修飾アミノカルボニルピリミジンの5’-三リン酸塩の合成方法を提供する:a式:[式中、RはとXは、上記に定義される通りである]を有するC-5修飾アミノカルボニルピリミジンを、塩基の存在下に無水酢酸と反応させることに続き、5’-DMT基の酸での切断で、以下の構造:の3’-アセテートを生成する工程;b工程aの3-アセテートに対してルートヴィヒ-エックシュタイン反応を、続いてアニオン交換クロマトグラフィーを実施する工程;及びc以下の構造:を有するC-5修飾アミノカルボニルピリミジンの5’-三リン酸又はその塩を単離する工程。0062使用する塩基は、限定されないが、三級アミンが含まれる群より選択される。いくつかの態様において、塩基は、ピリジンである。工程aにおいて使用する酸は、限定されないが、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、及び1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノールが含まれる群より選択される。0063代わりのアプローチにおいて、トリフルオロエトキシカルボニルピリミジンは、以下の構造:を有する。スキーム2に言及すると、この化合物は、パラジウム触媒及び塩基の存在下での一酸化炭素及びトリフルオロエタノールとスキーム2の化合物7の反応によって生成される。塩基は、限定されないが、トリエチルアミン、等より選択される三級アミンが含まれる群より選択される。0064本開示には、上記に記載の方法のそれぞれによって製造される化合物が含まれる。0065以下の実施例は、例解の目的のためにのみ提供されるのであって、付帯の特許請求項によって規定されるような本出願の範囲を制限することを企図しない。本明細書に記載のすべての実施例は、当業者によく知られていて定型的である標準技術を使用して行った。以下の実施例に記載される定型的な分子生物学の技術は、Sambrooketal分子クローニング:実験マニュアルMolecularCloningALaboratoryManual第3版、コールドスプリングラボラトリープレス、ニューヨーク州コールドスプリングハーバー2001のような標準実験マニュアルに記載のように行うことができる。0066以下の一般手順を利用して、実施例1~3及び5に記載される修飾ヌクレオシドを生成した。本明細書で使用する命名法は、MatsudaetalNucleicAcidsResearch19972527842791に記載される体系に基づく。実施例1.5’-O-DMT-dU-5-カルボキサミド3a~eの合成00675’-O-ジメトキシトリチル-5-4-フルオロベンジルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン3a。出発材料の5’-O-ジメトキシトリチル-5-トリフルオロエトキシカルボニル-2’-デオキシウリジン1は、MatsudaetalNomuraYUenoYMatsudaANucleicAcidResearch19972527842791ItoTUenoYMatsudaANucleicAcidResearch20033125142523の手順によって製造した。19.85g,15ミリモル、4-フルオロベンジルアミン2a2.25g,18ミリモル、1.3当量、トリエチルアミン4.2mL,30ミリモル、及び無水アセトニトリル30mLの溶液を不活性雰囲気下に60~70°Cで2~24時間加熱した。薄層クロマトグラフィーシリカゲル60,5メタノール/ジクロロメタン又はHPLCによって、1のアミド3aへの定量的な変換を確認した。この反応混合物を真空で濃縮して、1トリエチルアミン/99酢酸エチル中0~3メタノールの溶出液を使用するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーStillWCKahnMMitraAJOrgChem1978432923によって残渣を精製した。純粋な生成物を含有する画分を合わせて、蒸発させた。無水アセトニトリルとの同時蒸発によって微量の残留溶媒を除去して、高真空下での乾燥を続けて、3a6.57g,収率64を白色の固形物として得た。1HNMRδ220240328376401426430448611685746703736858901。MSC38H36FN3O8の計算値:68125;実測値:6804MH。00685’-O-ジメトキシトリチル-5-R-2-フルフリルメチルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン3b。化合物3bは、R-2-フルフリルメチルアミン2bを使用して3aに記載のように製造して、白色の固形物として単離した9.3g,収率94。クロマトグラフィーの溶出液は、1トリエチルアミン/4メタノール/95酢酸エチルであった。1HNMRδ151157184194218238325352366393378397402424429612686747854883。MSC36H39N3O9の計算値:65727;実測値:6565MH。00695’-O-ジメトキシトリチル-5-S-2-フルフリルメチルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン3c。化合物3cは、S-2-フルフリルメチルアミン2cを使用して3bに記載のように製造して、白色の固形物として単離した9.9g,収率99。1HNMRδ150159184195218240324350369397378398402425430614687747854884。MSC36H39N3O9の計算値:65727;実測値:6565MH。00705’-O-ジメトキシトリチル-5-2-4-モルホリノエチルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン3d。化合物3dは、2-4-モルホリノ-エチルアミン2dを使用して3aに記載のように製造して、白色の固形物として単離した8.2g,収率80。クロマトグラフィーの溶出液は、5メタノール/2トリエチルアミン/93ジクロロメタンであった。1HNMRδ221239239241248327329341361364378398402425430610686747855879。MSC37H42N4O9の計算値:68630;実測値:6857MH。00715’-O-ジメトキシトリチル-5-2-N-ベンゾイミダゾロニルエチルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン3e。化合物3eは、N-ベンゾイミダゾロニル-2-エチルアミン2eCASRN64928-88-7を使用して3aに記載のように製造した。クロマトグラフィーの溶出液は、2メタノール/1トリエチルアミン/97ジクロロメタンであった。純粋な生成物8.2g,収率74.5を黄褐色の固形物として単離した。1HNMRδ22023632732936037583762397398402427430609686748691710852876。MSC40H39N5O9の計算値:73327;実測値7320MH。実施例2.5’-O-DMT-ヌクレオシドCE-ホスホロアミダイト4a~4eの合成00725’-O-ジメトキシトリチル-5-4-フルオロベンジルアミノカルボニル-3’-O-[2-シアノエチルN,N-ジイソプロピルアミノホスフィニル]-2’-デオキシウリジン4a。DMT-保護化ヌクレオシド3a4.00g,5.9ミリモルの無水ジクロロメタン40mL溶液を乾燥アルゴンの雰囲気下にほぼ-10°Cへ冷やした。ジイソプロピルエチルアミン3.1mL,17.6ミリモル、3当量を加え、2-シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミダイト1.7mL,7.7ミリモル、1.3当量の滴下を続けた。この溶液を1時間撹拌して、薄層クロマトグラフィーシリカゲル60,酢酸エチル/ヘキサンによって完全な反応を確認した。この反応混合物を氷冷2重炭酸ナトリウム溶液200mLと酢酸エチル200mLの間で分配した。有機層を塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過して、濃縮した。この残渣を、1トリエチルアミン/99酢酸エチルの移動相を使用するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーによって精製した。純粋な生成物を含有する画分を合わせて、真空<30°Cで蒸発させた。微量の残留クロマトグラフィー溶媒を無水アセトニトリルとの同時蒸発によって除去し、高真空で乾燥させて、4a4.10g,収率80を白色の固体フォームとして得た。1HNMRδ10211622725725126232533735037937383742413416437443444447609610683744701730858860898924。31PNMRδ1480114806。19FNMRδ11765。MSC47H53FN5O9Pの計算値:88136;実測値:8803MH。00735’-O-ジメトキシトリチル-5-R-2-フルフリルメチルアミノカルボニル-3’-O-[2-シアノエチルN,N-ジイソプロピルアミノホスフィニル]-2’-デオキシウリジン4b。化合物4bは、4aに記載のように製造した。ジアステレオマーのホスホロアミダイトの1:1混合物3.15g,収率62を白色の固体フォームとして単離した。クロマトグラフィーの溶出液は、1トリエチルアミン/20ヘキサン/79酢酸エチルであった。1HNMRδ11412715115918619422725925426532733834439737823786411418439448611613696747858860875936。31PNMRδ1480914813。MSC45H56N5O10Pの計算値:85738;実測値:8566MH。00745’-O-ジメトキシトリチル-5-S-2-フルフリルメチルアミノカルボニル-3’-O-[2-シアノエチルN,N-ジイソプロピルアミノホスフィニル]-2’-デオキシウリジン4c。化合物4cは、4bに記載のように製造した。ジアステレオマーのホスホロアミダイトの1:1混合物3.74g,収率74を白色の固体フォームとして単離した。1HNMRδ11412715115918619422825125326532534134441437833786412419440449611613686748858860875936。31PNMRδ1480914813。MSC45H56N5O10Pの計算値:85738;実測値:8565MH。00755’-O-ジメトキシトリチル-5-2-4-モルホリノエチルアミノカルボニル-3’-O-[2-シアノエチルN,N-ジイソプロピルアミノホスフィニル]-2’-デオキシウリジン4d。化合物4dは、精製に1トリエチルアミン/5無水エタノール/94酢酸エチルのクロマトグラフィー溶出液を使用すること以外は、4aに記載のように製造した。ジアステレオ異性体のホスホロアミダイトの1:1混合物3.9g,収率75を白色の固体フォームとして単離した。1HNMRδ10411922825924324725326432737636136537813789412419439449611613686748858860878978。31PNMRδ1480814811。MSC46H59N6O10Pの計算値:8864;実測値:8857MH。00765’-O-ジメトキシトリチル-5-2-N-ベンゾイミダゾロニルエチルアミノカルボニル-3’-O-[2-シアノエチルN,N-ジイソプロピルアミノホスフィニル]-2’-デオキシウリジン4e。化合物4eは、精製に1トリエチルアミン/10無水メタノール/89酢酸エチルのクロマトグラフィー溶出液を使用すること以外は、4aに記載のように製造した。ジアステレオマーのホスホロアミダイトの1:1混合物1.6g,収率31を白色の固体フォームとして単離した。1HNMRδ103118227257252263327337349380373237353738400412418430447608610685748693709857860882883948。31PNMRδ1480714810。実施例3.3’-O-アセチル-ヌクレオシド5a~5eの合成00775-4-フルオロベンジルアミノカルボニル-3’-O-アセチル-2’-デオキシウリジン5a0078ヌクレオシド3a3.00g,4.4ミリモルを無水ピリジン30mL及び無水酢酸3mLの溶液に溶かした。この溶液を一晩撹拌して真空で濃縮して、3’-O-アセチル-ヌクレオシドを得た。残留溶媒を無水トルエン10mLとの同時蒸発によって除去した。この残渣を無水ジクロロメタン10mLに溶かして、ジクロロメタン中3トリクロロ酢酸58mLで処理した。この赤色の溶液を一晩撹拌すると、この時間の間に生成物が結晶化した。このスラリーを-20°Cへ冷やし、濾過して、ジエチルエーテルで洗浄した。この残渣を真空で乾燥させて、5a1.10g,収率59を灰白色の固形物として得た。1HNMRδ207233238250252363364410446519526615715731738879914119519FNMRδ11602。MSC19H20FN3O7の計算値:42113;実測値:4198MH。00795-R-2-フルフリルメチルアミノカルボニル-3’-O-アセチル-2’-デオキシウリジン5b0080化合物5bは、4bより、5aについて記載の手順によって製造して、ジクロロメタン及び酢酸エチルの混合物からの沈殿によって白色の固形物として単離した1.27g,収率73。1HNMRδ157202212246250303343364375397378410420421540542635891917944。MSC17H23N3O8の計算値:39715;実測値:3961MH。00815-S-2-フルフリルメチルアミノカルボニル-3’-O-アセチル-2’-デオキシウリジン5c0082化合物5cは、4cより、5aについて記載の手順によって製造して、ジクロロメタン及びジエチルエーテルの混合物からの沈殿によってやや橙色の固形物として単離した1.35g,収率77。1HNMRδ157203212247251298340368378395390412420421539542633890915937。MSC17H23N3O8の計算値:39715;実測値:3959MH。00835-2-4-モルホリノエチルアミノカルボニル-3’-O-アセチル-2’-デオキシウリジン5d0084ヌクレオシド3d1.00g,1.37ミリモルを無水ピリジン10mL及び無水酢酸1mLの溶液に溶かした。この溶液を一晩撹拌して真空で濃縮して、3’-O-アセチル-ヌクレオシドを得た。残留溶媒を無水トルエン10mLとの同時蒸発によって除去した。この残渣を1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール20mLLeonardNJTetrahedronLetters1995367833に溶かして、ほぼ50°Cで3時間加熱した。DMT基の完全な切断をtlcによって確かめた。この赤色の溶液混合物を、十分に撹拌したメタノール200mLへ注ぐことによって反応停止させた。生じる黄色の溶液を真空で濃縮して、残渣を熱い酢酸エチル20mLに溶かした。冷やすとすぐに生成物が結晶化して、生じるスラリーを-20°Cで維持して、濾過と酢酸エチルでの洗浄を続けた。この3’-O-アセチル-ヌクレオシド5d0.46g,収率79を白色の固形物として単離した。1HNMRδ2072322452492523333403573603634095175256148748891190。MSC18H26N4O8の計算値:42618;実測値:4250MH。00855-2-1-3-アセチル-ベンゾイミダゾロニルエチルアミノカルボニル-3’-O-アセチル-2’-デオキシウリジン5e0086化合物5eは、DMT-切断反応物をメタノールへ注ぐときに生成物をすぐに結晶させること以外は、5dに記載のように製造した。このジアセチルヌクレオシド5e0.55g,収率78は、濾過によって白色の固形物として単離した。1HNMRδ2072302372492522633333553643994095155256137117227338028058838711187。MSC23H25N5O9の計算値:51517;実測値:5139MH。実施例4.3’-O-アセチル-ヌクレオシド5a~5dの代替合成法00873’-O-アセチル-ヌクレオシド5a~dはまた、出発材料の3’-O-アセチル-5’-O-ジメトキシトリチル-5-ヨード-2’-デオキシウリジン7VaughtJDBockCCarterJFitzwaterTOtisMSchneiderDRolandoJWaughSWilcoxSKEatonBEJAmChemSoc201013241414151より、代替経路スキーム2によって合成した。簡潔には、スキーム2に言及すると、このヨウ化物のパラジウムII-触媒化トリフルオロエトキシカルボニル化によって、活性化エステル中間体8を得た。アミン2a~d1.3当量、トリエチルアミン3当量、アセトニトリルと8の縮合60~70°C,2~24時間に続く、5’-O-DMT-保護基の切断3トリクロロ酢酸/ジクロロメタン又は1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール、室温によって、中間体3a~dスキーム1より製造される生成物に一致した5a~dを得た。00883’-O-アセチル-5’-O-ジメトキシトリチル-5-2,2,2-トリフルオロエトキシカルボニル-2’-デオキシウリジン8。500mLの厚肉ガラス圧力反応器をアルゴンで充たして、3’-O-アセチル-5’-O-ジメトキシトリチル-5-ヨード-2’-デオキシウリジン715.9g,22.8ミリモル、無水アセトニトリル200mL、トリエチルアミン7.6mL,54.7ミリモル、及び2,2,2-トリフルオロエタノール16.4mL,228ミリモルを入れた。生じる溶液を激しく撹拌して、100mmHg未満まで2分間の真空化によって脱気した。このフラスコをアルゴンで充たして、ビスベンゾニトリルジクロロパラジウムII175mg,0.46ミリモルを加えた。生じる黄色の溶液を再び脱気してから、中間ヘッダーgasmanifoldからの一酸化炭素99.9有毒ガスに注意で充たした。1~10psiのCO圧力を維持しながら、この反応混合物を激しく撹拌して、60~65°Cで12時間加熱した。冷やした反応混合物を濾過して有毒ガスに注意黒色の沈殿を除去して、真空で濃縮した。橙色の残渣をジクロロメタン120mLと10重炭酸ナトリウム80mLで分配した。有機層を水40mLで洗浄して硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過して濃縮すると、橙色のフォーム17gが残った。この粗生成物は、そのまま使用し得るか又は30ヘキサン/1トリエチルアミン/69酢酸エチルの溶出液でのシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーによってさらに精製して、812.7g,収率80を無色の固体フォームとして得る。1HNMRδ20323725633633837841541943745552152660968474685319FNMRδ7407。MSC35H33F3N2O10の計算値:69821;実測値:6974MH。実施例5.ヌクレオシド5’-O-三リン酸塩の合成00895-4-フルオロベンジルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン-5’-O-三リン酸塩トリス-トリエチルアンモニウム塩6a。この三リン酸塩6aは、3’-O-アセチル-ヌクレオシド5aより、ルートヴィヒ及びエックシュタインの手法LudwigJandEcksteinFJOrgChem198954631によって500マイクロモルスケール5xで合成した。この粗製の三リン酸塩生成物は、アンモニア分解と蒸発の後で、一般手順下記に記載のように、アニオン交換クロマトグラフィーによって精製した。0090ヌクレオシド三リン酸のアニオン交換HPLC精製の一般手順。分取用HPLCシステムに取り付けた、SourceQ樹脂GEHealthcare充填HPLCカラムを278nmでの検出で使用するアニオン交換クロマトグラフィーによって、ヌクレオシド三リン酸を精製した。この線形溶出勾配は、2種の緩衝液緩衝液A:10mM重炭酸トリエチルアンモニウム/10アセトニトリル、及び緩衝液B:1M重炭酸トリエチルアンモニウム/10アセトニトリルを、溶出の経過にわたって低含量の緩衝液Bから高含量の緩衝液Bへ周囲温度で操作する勾配で利用した。所望される生成物は、典型的には、このカラムより溶出される最終の物質であって、ほぼ10分~12分の保持時間に及ぶブロードピークとして観測された早期溶出生成物には、多様な反応副生成物が含まれて、最も重要なものは、ヌクレオシド二リン酸であった。生成物溶出の間にいくつかの画分を採取した。WatersSymmetryカラムPN:WAT054215の付いたWaters2795HPLCでの逆相HPLCによって画分を分析した。純粋な生成物含有画分典型的には>90をGenevacVC3000Dエバポレータで蒸発させて、無色~淡褐色の樹脂を得た。画分を脱イオン水に戻して、最終分析用にプールした。ヒューレットパッカード8452Aダイオードアレイ分光光度計を278nmで使用する分析によって、生成物の定量を実施した。生成物の収量を式:A=εCLここでAは、UV吸光度であり、εは、推定吸光係数であって、Lは、路程1cmであるより計算した。0091粗生成物6aをほぼ5mLの緩衝液Aに溶かした表1:分取用HPLC条件1。それぞれの精製注入は、この溶液のほぼ1mLの濾過アリコートをResourceQ6mLカラムGEHealthcare製品コード:17-1179-01を取り付けた486検出器付きWaters625HPLCへ注入して、0~100緩衝液Bの移動相勾配により12mL/分で50分溶出することとした。6a[εest.13,700cm-1M-1]では、単離した精製生成物は、130マイクロモル収率26であった。1HNMRδ11523223730740641744244945347061269672684519FNMRδ11618。31PNMRδ105811452329。MSC17H21FN3O15P3の計算値:61902;実測値:6180MH。00925-R-2-フルフリルメチルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン-5’-O-三リン酸塩トリス-トリエチルアンモニウム塩6b。この三リン酸塩6bは、3’-O-アセチル-ヌクレオシド5bより、6aについて記載のように合成した。この粗生成物6bは、196mLのSource15Q樹脂GEHealthcare製品コード:17-0947-05を充填したWatersAP5カラムWatersPN:WAT023331,50mmx100mmを使用するWaters2489検出器付きのWaters2767分取用システムへの単回注入で精製した。上記と同じ緩衝液を使用したが、溶出勾配は、50mL/分で90分の溶出において25~80の緩衝液Bへ変更した表2:分取用HPLC条件2。C18HPLCカラムで二回目の精製を実施して、残留不純物を除去した表4:分取用HPLC条件4。6b[εest.10,200cm-1M-1]では、単離した精製生成物は、325マイクロモル収率65であった。1HNMRδ117149163177202234239285383308401419452456470615848。31PNMRδ105011512325。MSC15H24FN3O16P3の計算値:59504;実測値:5941MH。00935-S-2-フルフリルメチルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン-5’-O-三リン酸塩トリス-トリエチルアンモニウム塩6c。この三リン酸塩6cは、3’-O-アセチル-ヌクレオシド5cより、6aについて記載のように合成した。この粗生成物6cは、196mLのSource15Q樹脂GEHealthcare製品コード:17-0947-05を充填したWatersAP5カラムWatersPN:WAT023331,50mmx100mmを使用するWaters2489検出器付きのWaters2767分取用システムへの単回注入で精製した。上記と同じ緩衝液を使用したが、溶出勾配は、50mL/分で90分の溶出において25~80の緩衝液Bへ変更した表2:分取用HPLC条件2。C18HPLCカラムで二回目の精製を実施して、残留不純物を除去した表4:分取用HPLC条件4。6c[εest.10,200cm-1M-1]では、単離した精製生成物は、255マイクロモル収率51であった。1HNMRδ117149163178201234239285382309401419452456470615848。31PNMRδ106011422325。MSC15H24FN3O16P3の計算値:59504;実測値:5941MH。00945-2-4-モルホリノエチルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン-5’-O-三リン酸塩ビス-トリエチルアンモニウム塩6d。この三リン酸塩6dは、3’-O-アセチル-ヌクレオシド5dより、6aについて記載のように合成した。この粗生成物6dは、6aで使用したのと同じ機器及び緩衝液で精製したが、勾配は、生成物の分割を改善するために、50分の溶出の間に15~60の緩衝液Bを操作するように変更した表3:分取用HPLC条件3。6d[εest.10,200cm-1M-1]では、単離した精製生成物は、54マイクロモル収率11であった。1HNMRδ117237241291298309320327387390363368410418456460470615848。31PNMRδ99911902319。MSC16H27N4O16P3の計算値:62406;実測値6231MH。00955-2-N-ベンゾイミダゾロニルエチルアミノカルボニル-2’-デオキシウリジン-5’-O-三リン酸塩ビス-トリエチルアンモニウム塩6e。この三リン酸塩6eは、3’-O-アセチル-ヌクレオシド5eより、6aについて記載のように合成した。この粗生成物6eは、6aで使用したのと同じ機器及び緩衝液で精製したが、勾配は、生成物の分割を改善するために、50分の溶出の間に15~60の緩衝液Bを操作するように変更した表3:分取用HPLC条件3。6e[εest.13,700cm-1M-1]では、単離した精製生成物は、101マイクロモル収率20であった。1HNMRδ117217236309360373401403415445450470604695712802。31PNMRδ103511402323。MSC19H24N5O16P3の計算値:67104;実測値6701MH。0096上述の態様及び実施例は、例としてのみ企図されている。どの特別な態様も、実施例も、そして特別な態様又は実施例の要素も、特許請求項のいずれもの決定的、必須的、又は本質的な要素又は特徴として解釈してはならない。さらに、本明細書に記載のどの要素も、本質的又は決定的と明確に記載されなければ、付帯の特許請求項の実施に必須ではない。開示の態様に対しては、付帯の特許請求項によって規定される、本出願の範囲より逸脱することなく、様々な改変、修飾、代替、及び他の変更を施すことができる。実施例が含まれる本明細書は、制限的なやり方ではなくて、例示的なやり方で考慮されるべきなので、そのようなすべての変更態様及び代替態様は、本出願の範囲内に含まれると企図される。従って、本出願の範囲は、上記に示した実施例によってではなくて、付帯の特許請求項とその法的等価物によって決定されるべきである。例えば、方法又はプロセスの特許請求項のいずれでも引用される工程は、どの実行可能な順序で実行してもよく、態様、実施例、又は特許請求項のいずれでも提示される順序に限定されるものではない。"