表1由来の少なくとも一つの遺伝子が、個体の腸内ミクロビオームに不在であるか否かを判定するステップを含む、肥満診断方法。表1の遺伝子の少なくとも50、75または90が、前記個体の腸内ミクロビオームに不在である、請求項1に記載の方法。前記個体の糞便から微生物DNAを得るステップを含む、請求項1に記載の方法。治療を必要としている患者における肥満治療の有効性をモニタリングする方法において、前記患者のミクロビオームに少なくとも1つの遺伝子が不在であるか否かを最初に判定するステップと、治療を施すステップと、前記少なくとも一つの遺伝子が患者のミクロビオーム中に存在するか否かを判定するステップとを含む方法。表1の遺伝子の少なくとも50、75または90が、治療前に前記個体の腸内ミクロビオームに不在である、請求項4に記載の方法。前記個体の糞便から微生物DNAを得る少なくとも一つのステップを含む、請求項4に記載の方法。表1の遺伝子の少なくとも10、25、50、75、90、95、97.5または99にハイブリダイズするプローブを含むマイクロアレイ。請求項7に記載のマイクロアレイまたは表1の遺伝子の少なくとも10、25、50、75、90、95、97.5もしくは99に特異的な増幅プライマーを含む、肥満診断用キット。これまでは微生物叢の組成および/または多様性に限定されてきたものの、複数の疾患について腸内毒素症が疑われてきており、例えば肥満などいくつかの症例において、すでに部分的に記載されている。実際、我々のミクロビオームおよび健康表現型を直接変調させる上で決定的役割を果たしているのは、栄養である。バランスの悪い食生活は、腸内ミクロビオームを、健康のパートナーから慢性疾患における病原体へと変えてしまう可能性がある。証拠を積み重ねることにより、食生活が崩壊させた腸内微生物叢によって誘発される低悪性度の全身性かつ慢性の炎症を原因として、肥満および関連する代謝性疾患が発現するという仮説が裏づけられる。したがって、肥満を一貫性ある形で診断できるようにする新規の信頼性の高い方法に対するニーズがなおも存在する。大部分の腸内片利共生生物は、培養不能である。この制限を克服するためにゲノム戦略が開発されてきたHamadyおよびKnight、GenomeRes、19:1141-ll52、2009。これらの戦略は、微生物叢のゲノムに含まれる遺伝子の集合体としてミクロビオームを定義づけすることを可能にしたTurnbaughら、Nature、449:804-8010、2007;HamadyおよびKnight、GenomeRes.、19:1141-1152、2009。ヒト腸内微生物叢の系統発生学上の核を構成する全ての個体が共有する少数の種の存在が、実証されているTapら、EnvironMicrobiol.、1110:2574-2584、2009。近年、メタゲノム解析は、576.7ギガベースの配列に対応するヒトの腸の330万個の非冗長微生物遺伝子の広範なカタログを同定するに至ったQinら、Nature、2010、doi:10.1038/nature08821。発明者らは、異なる個体におけるヒトの糞便由来のDNA断片の単離および配列決定に基づく方法を使用した。腸由来の微生物遺伝子の広範なカタログが現在入手可能であることからQinら、Nature、2010、doi:10.1038/nature08821、特定の個体群例えば肥満を患う患者群における特定の配列のコピー数および頻度を計算することができる。こうして、特定の遺伝子の存在または不在と特定の病状の存在または不在との間の任意の相関関係を同定することが可能である。さらに、個体内の特定の遺伝子のコピー数を決定することが可能である。発明者らは、肥満患者群と痩せ型の健康な人の対照群との間で著しく異なっている遺伝子を同定することができた。これらの遺伝子は表1に列挙されている。前記遺伝子は、患者の場合よりも痩せ型の個体の場合の方が多い。この観察結果は、微生物遺伝子の総数が両方の個体群において異なるものでないため、統計学的に有意である。したがって、肥満を患う個体においては特定のヒト腸内微生物遺伝子の喪失が存在する。本発明の第1の態様は、少なくとも一つの遺伝子が個体の腸内ミクロビオームに不在であるか否かを判定するステップを含む、肥満診断方法である。個体の腸内ミクロビオームとは、本明細書において、前記個体の微生物叢を構成する全ての遺伝子のことである。したがって、個体の腸内ミクロビオームという用語は、前記個体の腸内に存在する全ての細菌の全ての遺伝子に対応する。遺伝子は、ミクロビオーム中のそのコピー数が一定の閾値よりも低い場合に、ミクロビオームに不在である。本発明によると、閾値とは、問題の遺伝子のコピー数が個体のミクロビオーム中のコピー数の高低に対応している試料の判別を可能にする値を意味するように意図されている。詳細には、コピー数が閾値以下である場合には、ミクロビオーム中のこの遺伝子のコピー数は低いとみなされ、一方コピー数が閾値を超える場合には、ミクロビオーム中のこの遺伝子のコピー数は高いとみなされる。低いコピー数とは、遺伝子がミクロビオームに不在であることを意味し、一方、高いコピー数は、遺伝子がミクロビオーム中に存在することを意味する。各々の遺伝子で、そして遺伝子のコピー数の測定に用いられる方法に応じて、最適な閾値は変動する場合がある。しかしながら、当業者であれば、コピー数高低がこの特定の遺伝子について公知である複数の個体のミクロビオームの解析に基づいて、かつ対照遺伝子のコピー数との比較に基づいて、それを容易に判定できる。本発明の方法はこうして、当業者が個体の腸内ミクロビオーム由来の遺伝子の存在または不在のみに基づいて病状を診断できるようにする。特定の遺伝子のコピー数とこの遺伝子を有する細菌細胞の数との間には直接的相関関係が存在する。本発明の方法はこうして、当業者がミクロビオームの解析により、腸内毒素症、すなわち微生物の平衡失調を検出できるようにする。腸内の種は、大部分が培養不能であるため、その全てが同定されているわけではなく、また同定は困難である。さらに、所与の個体の腸内に発見される大部分の種は希有であり、そのため、それらの検出は困難になっているHamadyおよびKnight、GenomeRes.、19:1141-1152、2009。本発明のこの第1の態様において、前記遺伝子が帰属する細菌種の事前の同定は全く必要とされない。したがって、本発明の診断方法は、公知の腸内細菌種の個体群における変化を判定することに制限されず、分類学的にまだ特徴づけされていない細菌をも包含する。前記個体の腸内微生物DNAの試料を得るための方法はいくつか存在するSokolら、Inflamm.BowelDis.、146:858-867、2008。例えば、結腸鏡検査によって得られる粘膜標本または生検材料を調製することが可能である。しかしながら、結腸鏡検査は、研究毎の採取手順が明確に定義されていない侵襲的処置である。同様にして、外科的処置を通して生検材料を得ることもまた可能である。しかしながら、結腸鏡検査よりもさらに増して、外科的処置は侵襲的処置であり、微生物個体群に対するその影響は未知である。好適であるのは、糞便分析であり、これは当該技術分野において信頼されて使用されてきた手順であるBullockら、CurrIssuesIntestMicrobiol.;52:59-64、2004;Manichanhら、Gut、55:205-211、2006;Bakirら、IntJSystEvolMicrobiol、565:931-935、2006;Manichanhら、Nucl.AcidsRes.、3616:5180-5188、2008;Sokolら、Inflamm.BowelDis.、146:858-867、2008。この手順の一例は、実験例の方法の節で記載されている。糞便は、1グラム湿重量あたり約1011個の細菌細胞を含み、細菌細胞は糞塊の約50を構成する。糞便の微生物叢は、主に遠位大腸の微生物学を代表するものである。したがって、個体の糞便由来の微生物DNAを大量に単離し解析することは可能である。微生物DNAとは、本明細書において、ヒトの腸の常在細菌集団のいずれかに由来するDNAのことである。微生物DNAという用語は、コード配列と非コード配列の両方を包含する。詳細には、それは、完全な遺伝子に限定されず、コード配列のフラグメントをも含む。したがって、糞便の分析は非侵襲的処置であり、患者毎に直接比較可能で一貫性のある結果を提供する。したがって、好ましい実施形態においては、本発明の方法は、前記個体の糞便に由来する微生物DNAを得るステップを含む。さらに好ましい実施形態においては、前記個体由来の糞便が採取され、DNAが抽出され、個体の腸内ミクロビオームにおける少なくとも一つの遺伝子の存在または不在が判定される。遺伝子の存在または不在は、当業者にとって公知のあらゆる方法によって判定されてよい。例えば、前記個体のミクロビオーム全体の配列を決定し、前記遺伝子の存在または不在を、バイオインフォマティクスの手法を用いて検索してよい。このような戦略の一例は、実験例の方法の節で記載されている。代替的には、問題の遺伝子を、特異的プローブでのハイブリダイゼーション、例えばサザンハイブリダイゼーションによってミクロビオーム中で探してもよい。この特定の実施形態においてはサザンハイブリダイゼーションが完璧に適してはいるものの、それでもマイクロアレイを使用する方がさらに便利でかつ高感度であるということは、当業者には直ちに明らかである。さらに別の実施形態において、問題の遺伝子の存在は、増幅、詳細には定量的PCRqPCRによって検出されてよい。これらの技術サザン、マイクロアレイ、qPCRなどは現在、当業者が日常的に使用しているものであり、したがってここで詳述する必要はない。別の好ましい実施形態において、個体の腸内ミクロビオームでの不在または存在が判定される遺伝子は、表1に列挙されている遺伝子群から選択される。当業者であれば、テストされる遺伝子の数が多くなればなるほど結果の信頼度は高くなるということを難なく理解するであろう。別のさらなる好ましい実施形態によると、本発明の方法は、表1に列挙される遺伝子の少なくとも50、より好ましくは表1の遺伝子の少なくとも75、さらに一層好ましくは表1の遺伝子の少なくとも90の存在または不在を決定するステップを含む。微生物叢内に見出される多数の細菌種が同定されていないものの、大部分の細菌がBacteroides、Clostridium、Fusobacterium、Eubacterium、Ruminococcus、Peptococcus、PeptostreptococcusおよびBifidobacteriumの属に帰属することがわかっている。EscherichiaおよびLactobacillusなどの他の属は、より少ない程度で存在する。これらの属に帰属する個別の種の中には同定されているものもあり、これらの種の遺伝子の一部は公知である。330万個の非冗長微生物遺伝子の同定を導いた広範なメタゲノム研究から、大部分の新しい配列の割当ても同様に可能になった。所与の種に帰属する遺伝子は、前記種の他の全ての遺伝子と同じ頻度で一個体内に存在する。こうして、本発明の方法を通して同定された遺伝子の各々について、さまざまな個体内で特定の細菌種に属することが公知である一組の遺伝子の存在または不在と前記遺伝子の存在または不在との間に、相関関係が存在するか否かを判定することが可能である。このような相関関係は、未知の遺伝子が前記特定の細菌種に帰属することを表す。したがって、発明者らは、一部の細菌種が肥満と連関し、一方、他の細菌種は痩せ型の表現型と連関する、ということを示した。肥満の表現型は、前記種の線形組合せによって予測され得る。すなわち、一個体の腸内に肥満の表現型と連関する細菌種が多く存在すればするほど、また前記個体の腸内の痩せ型の表現型と連関する種が少なければ少ないほど、前記個体が肥満を患う確率が高くなる。例えば、ある人の腸内のBacteronidespectinophilus、EubacteriumsiraeumおよびClostridiumphytofermentansの不在およびAnaerotruncuscolihominisの存在は、この人が肥満を患っていることを表す。当業者にとっては、本発明の遺伝子を、例えば肥満を患う患者の治療中に、バイオマーカーとして使用できるということは明白である。したがって、別の実施形態においては、本発明は、肥満治療の有効性をモニタリングするための方法を含む。治療が肥満に有効である場合、当初観察された腸内毒素症は漸進的に消失する。前記個体が肥満である場合、この個体の腸には一部の特異的遺伝子例えば表1の遺伝子が不在であるが、これらの遺伝子は治療中に再度出現する。したがって、この実施形態において、本発明の方法は、前記患者のミクロビオームに少なくとも一つの遺伝子が不在であるか否かをまず判定するステップと、治療を施すステップと、前記少なくとも一つの遺伝子が患者のミクロビオーム中に存在するか否かを判定するステップとを含んでいる。好ましい一実施形態において、本発明の方法は、治療の前と後に前記個体の糞便から微生物DNAを得るステップを含んでいる。さらに好ましい実施形態においては、前記個体由来の糞便は治療の前と後に採取され、DNAが抽出され、個体の腸内ミクロビオームにおける少なくとも一つの遺伝子の存在または不在が判定される。別の好ましい実施形態において、個体の腸内ミクロビオームでの不在または存在が判定される遺伝子は、表1に列挙されている遺伝子群から選択される。特定の一実施形態において、本発明の方法は、表1に列挙されている遺伝子の少なくとも50、より好ましくは表1の遺伝子の少なくとも75、さらに一層好ましくは表1の遺伝子の少なくとも90の存在または不在を判定するステップを含む。本発明は同様に、肥満を患う患者の体内には不在であり痩せ型の健康な人の体内には存在する全ての遺伝子を含む、本発明の方法の実施に専用のキットをも含んでいる。詳細には、本発明は、肥満を患う患者の体内には不在であり痩せ型の人の体内には存在する全ての遺伝子に結合するプローブを含む、本発明に係る方法の実施に専用のマイクロアレイに関する。好ましい実施形態において、前記マイクロアレイは、核酸マイクロアレイである。本発明によると、核マイクロアレイは、マイクロチップ、スライドガラスまたはミクロスフェアサイズのビーズであり得る基材に付着された異なる核酸プローブで構成されている。マイクロチップは、ポリマー、プラスチック、樹脂、多糖類、シリカもしくはシリカベースの材料、炭素、金属、無機ガラスまたはニトロセルロースで構成されていてよい。プローブは、核酸、例えばcDNAcDNAマイクロアレイまたはオリゴヌクレオチドオリゴヌクレオチドマイクロアレイ、なおオリゴヌクレオチドの長さは約25~約60塩基対以下であるであり得る。核酸技術の代替として、定量的PCRも使用してよく、したがって試験すべき遺伝子に特異的な増幅プライマーも本発明に係る方法を実施するために非常に有用である。したがって、本発明はさらに、肥満を患う患者の体内では不在であり健康な人の体内には存在する遺伝子に特異的な増幅プライマーまたは上述の通りの専用マイクロアレイを含む、患者の肥満診断専用キットに関する。これらのキットは、当業者が前記遺伝子の10、25、50または75を検出できるようにすることもあるが、前記遺伝子の90、95、97.5さらには99の検出を可能にする場合に最も有用である。したがって、本発明に係るマイクロアレイは、前記遺伝子の少なくとも10、25、50または75、好ましくは90、95、97.5そしてさらに一層好ましくは少なくとも99に結合するプローブを含む。同様にして、定量的PCR用のキットは、前記遺伝子の少なくとも10、25、50または75、好ましくは90、95、97.5そしてさらに一層好ましくは少なくとも99の増幅を可能にするプライマーを含むものである。好ましい実施形態において、肥満患者の体内には不在であり、痩せ型の人の体内には存在する遺伝子は、表1に列挙されている遺伝子である。