"配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される2つ以上の組換え核酸を含んでいる、宿主細胞。配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される3つの組換え核酸を含んでいる、請求項1に記載の宿主細胞。配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される4つの組換え核酸を含んでいる、請求項1に記載の宿主細胞。配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される5つの組換え核酸を含んでいる、請求項1に記載の宿主細胞。配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される6つの組換え核酸を含んでいる、請求項1に記載の宿主細胞。a配列番号3のポリペプチド[CaldicellulosiruptorbesciiのエンドキシラナーゼCb193]をコードする核酸、b配列番号7のポリペプチド[CaldicellulosiruptorbesciiのエンドキシラナーゼCb195]をコードする核酸、c配列番号13のポリペプチド[Caldicellulosiruptorbesciiのα-アラビノフラノシダーゼCb1172]をコードする核酸、d配列番号19のポリペプチド[Caldicellulosiruptorbesciiのα-グルクロニダーゼCb909]をコードする核酸、e配列番号27のポリペプチド[Caldicellulosiruptorbesciiのβ-キシロシダーゼCb2487]をコードする核酸、f配列番号33のポリペプチド[CaldicellulosiruptorbesciiのアセチルキシランエステラーゼCb162]をコードする核酸、およびg配列番号37のポリペプチド[シグナルペプチドを欠いたCaldicellulosiruptorbesciiのエンドキシラナーゼCb193]をコードする核酸:からなる群より選択される2つ以上の組換え核酸を含んでいる、宿主細胞。エンドキシラナーゼ、α-アラビノフラノシダーゼ、α-グルクロニダーゼ、β-キシロシダーゼ、およびアセチルキシランエステラーゼからなる群より選択される少なくとも2つの酵素を生産する方法であって、請求項1~6の何れか1項に記載の宿主細胞を、培養培地中、エンドキシラナーゼ、α-アラビノフラノシダーゼ、α-グルクロニダーゼ、β-キシロシダーゼ、およびアセチルキシランエステラーゼを生産するのに適当な条件下で培養することを含んでいる、方法。1つ以上の組換え核酸をさらに含んでおり、当該組換え核酸はCb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドからなる群より選択される1つ以上のポリペプチドをコードする、請求項1~6の何れか1項に記載の宿主細胞。2つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの2つ以上をコードする、請求項8に記載の宿主細胞。3つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの3つ以上をコードする、請求項8に記載の宿主細胞。4つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの4つ以上をコードする、請求項8に記載の宿主細胞。5つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの5つ以上をコードする、請求項8に記載の宿主細胞。6つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの6つをコードする、請求項8に記載の宿主細胞。上記Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128、および46からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61、および111からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121、および76からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87、および113からなる群より選択される配列を有し;上記Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119、および100からなる群より選択される配列を有し;上記Cb486ポリペプチドは、配列番号106の配列を有する、請求項8~13の何れか1項に記載の宿主細胞。上記Cb1952ポリペプチドは、配列番号46の配列を有し;上記Cb1953ポリペプチドは、配列番号111の配列を有し;上記Cb1954ポリペプチドは、配列番号76の配列を有し;上記Cb1946ポリペプチドは、配列番号113の配列を有し;上記Cb629ポリペプチドは、配列番号100の配列を有し;上記Cb486ポリペプチドは、配列番号106の配列を有する、請求項14に記載の宿主細胞。上記Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号45、115、125、127、129、および47からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号62、63、および110からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号116、75、および77からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号88、89、および112からなる群より選択される配列を有し;上記Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号99、120、および101からなる群より選択される配列を有し;上記Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107の配列を有する、請求項8~13の何れか1項に記載の宿主細胞。上記Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号47の配列を有し;上記Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号110の配列を有し;上記Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号77の配列を有し;上記Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号112の配列を有し;上記Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号101の配列を有し;上記Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107の配列を有する、請求項16に記載の宿主細胞。配列番号47、110、77、112、101、および107の配列を有する6つの組換え核酸をさらに含んでいる、請求項1~6の何れか1項に記載の宿主細胞。配列番号46、111、76、113、124、126、128、および100からなる群より選択される配列を有する1つ以上のポリペプチドをコードする、1つ以上の組換え核酸をさらに含んでいる、請求項1~6の何れか1項に記載の宿主細胞。1つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞であって、当該組換え核酸は、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドからなる群より選択される1つ以上のポリペプチドをコードする、宿主細胞。2つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの2つ以上をコードする、請求項20に記載の宿主細胞。3つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの3つ以上をコードする、請求項20に記載の宿主細胞。4つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの4つ以上をコードする、請求項20に記載の宿主細胞。5つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの5つ以上をコードする、請求項20に記載の宿主細胞。6つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は上記ポリペプチドのうちの6つをコードする、請求項20に記載の宿主細胞。上記Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128、および46からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61、および111からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121、および76からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87、および113からなる群より選択される配列を有し;上記Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119、および100からなる群より選択される配列を有し;上記Cb486ポリペプチドは、配列番号106の配列を有する、請求項20~25の何れか1項に記載の宿主細胞。上記Cb1952ポリペプチドは、配列番号46の配列を有し;上記Cb1953ポリペプチドは、配列番号111の配列を有し;上記Cb1954ポリペプチドは、配列番号76の配列を有し;上記Cb1946ポリペプチドは、配列番号113の配列を有し;上記Cb629ポリペプチドは、配列番号100の配列を有し;上記Cb486ポリペプチドは、配列番号106の配列を有する、請求項26に記載の宿主細胞。上記Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号45、115、125、127、129、および47からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号62、63、および110からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号116、75、および77からなる群より選択される配列を有し;上記Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号88、89、および112からなる群より選択される配列を有し;上記Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号99、120、および101からなる群より選択される配列を有し;上記Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107の配列を有する、請求項20~25の何れか1項に記載の宿主細胞。上記Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号47の配列を有し;上記Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号110の配列を有し;上記Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号77の配列を有し;上記Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号112の配列を有し;上記Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号101の配列を有し;上記Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107の配列を有する、請求項28に記載の宿主細胞。6つの組換え核酸を含んでいる宿主細胞であって、当該組換え核酸は配列番号47、110、77、112、101、および107の配列を有する、宿主細胞。1つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞であって、当該組換え核酸は配列番号46、111、76、113、124、126、128、および100からなる群より選択される配列を有する1つ以上のポリペプチドをコードする、宿主細胞。配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される2つ以上の組換え核酸をさらに含んでいる、請求項20~31の何れか1項に記載の宿主細胞。配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される3つの組換え核酸を含んでいる、請求項32に記載の宿主細胞。配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される4つの組換え核酸を含んでいる、請求項32に記載の宿主細胞。配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される5つの組換え核酸を含んでいる、請求項32に記載の宿主細胞。配列番号4、8、14、20、28、34、および38のヌクレオチド配列からなる群より選択される6つの組換え核酸を含んでいる、請求項32に記載の宿主細胞。a配列番号3のポリペプチド[CaldicellulosiruptorbesciiのエンドキシラナーゼCb193]をコードする核酸、b配列番号7のポリペプチド[CaldicellulosiruptorbesciiのエンドキシラナーゼCb195]をコードする核酸、c配列番号13のポリペプチド[Caldicellulosiruptorbesciiのα-アラビノフラノシダーゼCb1172]をコードする核酸、d配列番号19のポリペプチド[Caldicellulosiruptorbesciiのα-グルクロニダーゼCb909]をコードする核酸、e配列番号27のポリペプチド[Caldicellulosiruptorbesciiのβ-キシロシダーゼCb2487]をコードする核酸、f配列番号33のポリペプチド[CaldicellulosiruptorbesciiのアセチルキシランエステラーゼCb162]をコードする核酸、およびg配列番号37のポリペプチド[シグナルペプチドを欠いたCaldicellulosiruptorbesciiのエンドキシラナーゼCb193]をコードする核酸:からなる群より選択される2つ以上の組換え核酸をさらに含んでいる、請求項20~31の何れか1項に記載の宿主細胞。a請求項20~37の何れか1項に記載の宿主細胞を、培養培地中、上記組換え核酸の発現を支持するのに十分な条件下で培養すること;およびb上記培地および/または上記宿主細胞から、1つ以上のセルラーゼを回収すること:を含んでいる、1つ以上のセルラーゼを生産する方法。上記組換え核酸のうちの2つ以上が、連続的なポリデオキシリボヌクレオチド鎖に存在する、請求項1~6および8~37の何れか1項に記載の宿主細胞。Escherichia、Pseudomonas、Proteus、Ralstonia、Streptomyces、Staphylococcus、Lactococcus、Bacillus、Saccharomycescerevisiae、Schizosaccharomycespombe、Yarrowialipolytica、Hansenulapolymorpha、Kluyveromyceslactis、Pichiapastoris、Aspergillus、Chrysosporiumlucknowense、およびTrichodermareeseiからなる群より選択される、請求項1~6、8~37および39の何れか1項に記載の宿主細胞。請求項1~19の何れか1項に記載の宿主細胞と培養培地とを含んでいる、組成物。2つ以上の組換えタンパク質を含んでいる組成物であって、当該組換えタンパク質は配列番号3、7、13、19、27、33、および37のポリペプチド配列からなる群より選択される、組成物。6つの組換えタンパク質を含んでおり、当該組換えタンパク質は配列番号3、7、13、19、27、33、および37のポリペプチドからなる群より選択される、請求項42に記載の組成物。Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドからなる群より選択される1つ以上の組換えポリペプチドをさらに含んでいる、請求項42または43に記載の組成物。上記組換えCb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128、および46のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb1953ポリペプチドは、配列番号60、61、および111のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb1954ポリペプチドは、配列番号74、121、および76のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb1946ポリペプチドは、配列番号86、87、および113のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb629ポリペプチドは、配列番号98、119、および100のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドである、請求項44に記載の組成物。6つの組換えポリペプチドをさらに含んでおり、当該組換えポリペプチドは配列番号46、111、76、113、100、および106のポリペプチドである、請求項42または43に記載の組成物。1つ以上の組換えポリペプチドをさらに含んでおり、当該1つ以上の組換えポリペプチドは配列番号46、111、76、113、124、126、128、および100のポリペプチドからなる群より選択される、請求項42または43に記載の組成物。1つ以上の組換えポリペプチドを含んでいる組成物であって、当該1つ以上の組換えポリペプチドはCb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドからなる群より選択される、組成物。上記ポリペプチドのうちの2つ以上を含んでいる、請求項48に記載の組成物。上記ポリペプチドのうちの3つ以上を含んでいる、請求項48に記載の組成物。上記ポリペプチドのうちの4つ以上を含んでいる、請求項48に記載の組成物。上記ポリペプチドのうちの5つ以上を含んでいる、請求項48に記載の組成物。上記ポリペプチドのうちの6つ以上を含んでいる、請求項48に記載の組成物。上記組換えCb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128、および46のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb1953ポリペプチドは、配列番号60、61、および111のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb1954ポリペプチドは、配列番号74、121、および76のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb1946ポリペプチドは、配列番号86、87、および113のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb629ポリペプチドは、配列番号98、119、および100のポリペプチドからなる群より選択され;上記組換えCb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドである、請求項48~53の何れか1項に記載の組成物。上記組換えCb1952ポリペプチドは、配列番号46のポリペプチドであり;上記組換えCb1953ポリペプチドは、配列番号111のポリペプチドであり;上記組換えCb1954ポリペプチドは、配列番号76のポリペプチドであり;上記組換えCb1946ポリペプチドは、配列番号113のポリペプチドであり;上記組換えCb629ポリペプチドは、配列番号100のポリペプチドであり;上記組換えCb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドである、請求項53に記載の組成物。6つの組換えポリペプチドを含んでいる組成物であって、当該組換えポリペプチドは配列番号46、111、76、113、100、および106のポリペプチドである、組成物。1つ以上の組換えポリペプチドを含んでいる組成物であって、当該1つ以上の組換えポリペプチドは配列番号46、111、76、113、124、126、128、および100のポリペプチドからなる群より選択される、組成物。2つ以上の組換えタンパク質をさらに含んでおり、当該組換えタンパク質は配列番号3、7、13、19、27、33、および37のポリペプチド配列からなる群より選択される、請求項48~57の何れか1項に記載の組成物。6つの組換えタンパク質を含んでおり、当該組換えタンパク質は配列番号3、7、13、19、27、33、および37のポリペプチドからなる群より選択される、請求項58に記載の組成物。リグノセルロース含有材料を分解する方法であって、aリグノセルロース含有材料を、請求項1~6、8~37および39の何れか1項に記載の宿主細胞または請求項41~59の何れか1項に記載の組成物と接触させること;およびb上記宿主細胞または組成物とリグノセルロース含有材料とを、リグノセルロース分解を支持する条件下でインキュベートすることを含んでいる、方法。上記宿主細胞は、分解されたリグノセルロースを発酵産物に変換するのに必要な酵素をさらに含んでいる、請求項60に記載の方法。リグノセルロース含有材料を発酵産物に変換する方法であって、リグノセルロース含有材料を、請求項1~6、8~37および39の何れか1項に記載の宿主細胞と接触させること;および、当該宿主細胞を、リグノセルロース含有材料から発酵産物を生産するのに十分な条件下で培養することを含んでいる、方法。前処理されたリグノセルロース含有材料の粘度を低下させる方法であって、前処理されたリグノセルロース含有材料を、請求項1~6、8~37および39の何れか1項に記載の宿主細胞または請求項41~59の何れか1項に記載の組成物と接触させることを含んでいる、方法。上記リグノセルロースはヘミセルロースを含んでいる、請求項60~63の何れか1項に記載の方法。上記リグノセルロースはセルロースを含んでいる、請求項60~64の何れか1項に記載の方法。バイオマスを発酵産物に変換する方法であって、バイオマスを、請求項1~6、8~37および39の何れか1項に記載の宿主細胞または請求項41~59の何れか1項に記載の組成物と接触させて、糖溶液を得ること;および、当該糖溶液と発酵性微生物とを、発酵産物を生産するのに十分な条件下で培養することを含んでいる、方法。バイオマスを燃料に変換する方法であって、バイオマスを、請求項1~6、8~37および39の何れか1項に記載の宿主細胞または請求項41~59の何れか1項に記載の組成物と接触させて、糖溶液を得ること;および、当該糖溶液と発酵性微生物とを、燃料を生産するのに十分な条件下で培養することを含んでいる、方法。バイオマスを分解する方法であって、バイオマスを、請求項1~6、8~37および39の何れか1項に記載の宿主細胞または請求項41~59の何れか1項に記載の組成物と接触させて、糖溶液を得ることを含んでいる、方法。上記リグノセルロース含有材料またはバイオマスは、請求項1~6、8~37および40の何れか1項に記載の宿主細胞または請求項41~58の何れか1項に記載の組成物と接触させる前に前処理に供され、当該前処理は、アンモニア繊維爆発AFEX、水蒸気爆発、アルカリ性水溶液による処理、酸性溶液による処理、有機溶剤による処理、イオン性液体ILによる処理、電解水による処理、およびリン酸による処理からなる群より選択される1つ以上の処理を含んでいる、請求項60~68の何れか1項に記載の方法。上記リグノセルロース含有材料またはバイオマスは、植物材料である、請求項60~69の何れか1項に記載の方法。上記植物材料は、ススキMiscanthus、スイッチグラス、ミクリ、ライグラス、クサヨシ、エレファントグラス、ヨシ、麦わら、大麦わら、キャノーラわら、エンバクわら、トウモロコシわら、ダイズわら、エンバク穀、モロコシ、コメ穀、サトウキビバガス、トウモロコシ繊維、可溶性物質添加の乾燥蒸留穀物DDGS、ウシクサBlueStem、トウモロコシの穂軸、マツ、カバ、ヤナギ、アスペン、ポプラ材、およびエネルギーケインenergycaneからなる群より選択される、請求項70に記載の方法。少なくとも一部が40°C~80°Cの温度において行われる、請求項60~71の何れか1項に記載の方法。少なくとも一部が60°C~80°Cの温度において行われる、請求項72に記載の方法。ヘミセルロースを分解する方法であって、aヘミセルロースを含んでいる植物材料を用意する工程;およびb配列番号3、7、13、19、27、33、および37のポリペプチドからなる群より選択される2つ以上の酵素を用いて、上記ヘミセルロースを処理する工程:を含んでおり、上記ヘミセルロースは、β-1,4-結合を含むキシロース骨格と1つ以上の官能基とを含んでおり、上記処理する工程は、上記1つ以上の官能基を上記キシロース骨格から切断して、切断ヘミセルロースを形成させるものである、方法。ヘミセルロースを分解する方法であって、aヘミセルロースを含んでいる植物材料を用意する工程;およびb配列番号3、7、13、19、27、33、および37のポリペプチドからなる群より選択される2つ以上の酵素を分泌するトランスジェニック宿主細胞を用いて、上記ヘミセルロースを処理する工程:を含んでおり、上記ヘミセルロースは、β-1,4-結合を含むキシロース骨格と1つ以上の官能基とを含んでおり、上記処理する工程は、上記1つ以上の官能基を上記キシロース骨格から切断して、切断ヘミセルロースを形成させるものである、方法。上記1つ以上の官能基は、アラビノース、グルクロニル、およびアセチルからなる群より選択される、請求項74または75に記載の方法。上記処理する工程は、40°C~80°Cの温度において行われる、請求項74~76の何れか1項に記載の方法。上記処理する工程は、60°C~80°Cの温度において行われる、請求項74~76の何れか1項に記載の方法。Cb1581ポリペプチドをコードする組換え核酸をさらに含んでいる、請求項1~6、8~37および39~40の何れか1項に記載の宿主細胞。上記Cb1581ポリペプチドは、配列番号146の配列を有する、請求項79に記載の宿主細胞。Cb1581ポリペプチドをさらに含んでいる、請求項41~49の何れか1項に記載の組成物。上記Cb1581ポリペプチドは、配列番号146の配列を有する、請求項81に記載の組成物。上記リグノセルロース含有材料、バイオマス、植物材料、またはヘミセルロースを、Cb1581ポリペプチドと接触させることをさらに含んでいる、請求項60~78の何れか1項に記載の方法。上記Cb1581ポリペプチドは、配列番号146の配列を有する、請求項83に記載の方法。好ましい実施形態の詳細な説明本開示は、耐熱性のセルロース分解酵素およびヘミセルロース分解酵素と、セルロース含有材料、ヘミセルロース含有材料、ならびにセルロースおよびヘミセルロースを含有している材料を分解するための、これらの酵素を用いた方法とに関する。また、本開示は、本明細書に開示されている上記酵素をコードする核酸、および本明細書に開示されている種々の酵素を含有している酵素カクテルに関する。一局面において、本開示はセルラーゼ活性を有する酵素を提供する。野生型セルラーゼタンパク質を超えて向上されたセルラーゼ活性を有する短縮された酵素が、本明細書に示されている。また、野生型セルラーゼタンパク質と類似のセルラーゼ活性を有する短縮された酵素が、本明細書に示されている。短縮されたタンパク質は、例えば短縮されたタンパク質の生産のより低いコストまたは向上された容易さに起因し、野生型タンパク質より優れ得る。別の局面において、本開示はヘミセルラーゼ活性を有する酵素を提供する。本開示のヘミセルロース分解酵素は、単独または組合せにおいて使用されて、ヘミセルロースに存在する構成サブユニット間の結合または連結の切断によって、複数のその構造要素へと、ヘミセルロースを分解すなわちヘミセルロースを変換し得る。結合または連結としては、キシロースサブユニット間の結合、キシロースと複数の官能基との間の結合、または官能基間の結合が挙げられ得る。別の局面において、本開示は、セルラーゼ活性もしくはヘミセルラーゼ活性を有する酵素の活性を増強させる複数の酵素および/またはそれらの混合物を提供する。セルラーゼおよび/またはヘミセルラーゼの活性を増強させる酵素は、セルラーゼ、ヘミセルラーゼ、またはセルラーゼとヘミセルラーゼとの混合物に対して単独に供給される。本開示の方法を用いて処理されたセルロースまたはヘミセルロースは、少なくとも70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、または100分解され得る。分解産物としては、グルコース、セロビオース、セロデキストリン、キシロース、アラビノース、グルクロニル基およびアセチル基の他に、他の官能基および炭化水素が挙げられ得る。分解産物は、生物燃料または付加価値のある他の化合物としての用途を見出され得る。例えば、セルロースまたはヘミセルロースから遊離する糖は、エタノールの生産のために発酵され得る。本開示のセルロース分解酵素およびヘミセルロース分解酵素は、耐熱性であり、セルロースおよび/またはヘミセルロースを、糖例えば、グルコース、キシロースまたはアラビノースへと、約50°C以上の温度において好ましく分解可能である。さらに、約50°C以上の種々の温度に維持されている場合に、上記酵素は十分な活性を保持している。理論に縛られることなく、本明細書に記載の酵素カクテルの重要な別の特徴は、同じ生物にそれらが由来し、複数の上記酵素が互いに機能して、セルロースおよび/またはヘミセルロース分解することを保証することである。Caldicellulosiruptorbesciiは、セルロース、およびヘミセルロース例えばキシランを分解するための完全な酵素の一組を含んでいる。キシランは、多年生草本例えば、スイッチグラスにおける主要なヘミセルロースであり、おそらく大型の草本であるススキにおける主要なヘミセルロースである。一局面において、本開示は、ヘミセルロースを分解する耐熱性酵素のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列Cb193、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162が挙げられるを提供する。Cb193およびCb195はエンドキシラナーゼとして機能する。Cb1172は、α-アラビノフラノシダーゼとして機能する。Cb909はグルクロニダーゼとして機能する。Cb2487はβ-キシロシダーゼとして機能する。Cb162はアセチルキシランエステラーゼとして機能する。また、部分的または完全な活性を保持している種々の上記酵素は、本開示によって包含されている。本明細書に開示されている酵素は、種々の組合せにおいて使用され得る。一局面において、本開示は、セルロース含有材料の分解について改良された酵素混合物を提供する。セルロース含有材料の分解について改良された酵素混合物は、例えば、セルラーゼおよび/または短縮されたセルラーゼ酵素の改良された混合物を含んでいる。別の局面において、本開示は、セルロースおよびヘミセルロースの両方を含有している材料の分解用の酵素混合物を提供する。セルロースおよびヘミセルロースの両方を含有している本明細書に開示されている酵素混合物は、セルロースおよびヘミセルロースの両方を含有している植物材料に対する相乗的な活性という驚くべき結果をもたらす。例えば、後述の実施例15に示されているように、複数のセルラーゼの混合物および複数のヘミセルラーゼの混合物を含有している本明細書に記載の酵素カクテルは、セルラーゼ単独の同じ混合物より、植物材料に対して優れたセルラーゼ活性を有する。さらに、複数のセルラーゼの混合物および複数のヘミセルラーゼの混合物を含有している酵素カクテルは、ヘミセルラーゼ単独の同じ混合物より、植物材料に対して優れたセルラーゼ活性を有する。酵素の組合せすなわち酵素カクテルは、特定の供給原料のセルロース構造および/またはヘミセルロース構造に合わせて、分解レベルを向上させるために調製され得る。本明細書に記載されている酵素カクテルの初期の分析は、工業的な酵素混合物において重要な特性である長い貯蔵安定性を、成分が有することを示唆している。<略語/定義>以下の略語が本開示に使用されている:TLC薄層クロマトグラフィー;SWAX可溶性コムギアラビノキシラン;OSXオートスペルトキシラン;BWXカバ材キシラン;CMCカルボキシメチルセルロース;RAXライアラビノキシラン;MeGlcA4-O-メチル-D-グルクロノシル;pNP-Xパラニトロフェニル-β-D-キシロピラノシドGHグリコシドヒドロラーゼ;CBM炭水化物結合モジュール;SDS-PAGEドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動;PASCリン酸膨張セルロース;CMC-Naカルボキシメチルセルロースナトリウム;LBGローカストビーンガム;KGMコンニャクグルコマンナン;WAXコムギアラビノキシラン;HPAEC高速陰イオン交換クロマトグラフィー;HPLC高速液体クロマトグラフィー。本明細書に使用されるとき、ポリペプチドは、重合された連続する複数のアミノ酸残基例えば、重合された連続する少なくとも5つのアミノ酸残基の鎖である。本明細書に使用されるとき、用語ポリペプチド、タンパク質およびアミノ酸配列は、交換可能に使用される。本明細書に使用されるとき、セルラーゼ活性は、セルロースおよび/またはセロオリゴ糖におけるグルコース分子間の1-4β-D-グリコシド結合を切断する酵素活性を指す。セルラーゼ活性としては、エンドグルカナーゼ活性、エキソグルカナーゼ活性およびβ-グルコシダーゼ活性が挙げられる。本明細書に使用されるとき、ヘミセルラーゼ活性は、ヘミセルロースの構成要素である分子における結合を切断する酵素活性エンドキシラナーゼ活性、α-アラビノフラノシダーゼ活性、グルクロニダーゼ活性、β-キシロシダーゼ活性およびアセチルキシランエステラーゼ活性が挙げられるを指す。<本開示のポリペプチド>いくつかの局面において、本開示のポリペプチドは、好熱性真正細菌Caldicellulosiruptorbescii正式にはAnaerocellumthermophilumDSMZ6725の組換えポリペプチド、それらの短縮型およびバリアントに関する。一局面において、本開示は、セルロースの分解に関連している組換えポリペプチドを提供する。いくつかの局面において、本開示は、セルラーゼ活性を有する組換えのCb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドを提供する。一局面において、本開示は、ヘミセルロースの分解に関連している組換えポリペプチドを提供する。いくつかの局面において、本開示は、ヘミセルラーゼ活性を有する組換えのCb193、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162ポリペプチドを提供する。一局面において、本開示は、セルラーゼおよび/またはヘミセルラーゼを用いたセルロースおよび/またはヘミセルロースの処理の間におけるセルロースおよび/またはヘミセルロースの加水分解を促進する組換えポリペプチドを提供する。一局面において、本開示は、セルラーゼおよび/またはヘミセルラーゼを用いたセルロースおよび/またはヘミセルロースの処理の間におけるセルロースおよび/またはヘミセルロースの加水分解を促進するヒートショックタンパク質である組換えCb1581ポリペプチドを提供する。セルラーゼCb1952ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb1952ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb1952ポリペプチドは、配列番号44のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびセルラーゼ活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb1952ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドの何れか1つの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドの何れか1つのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、セルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号44のポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb1952遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号44のCb1952ポリペプチドは、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー9触媒ドメインセルラーゼドメイン、3つのファミリー3炭水化物結合モジュールCBM、および1つのGH5触媒ドメインマンナナーゼドメインを有するエンドセルラーゼである図18。また、本開示は、シグナルペプチド配列のない配列番号44のCb1952ポリペプチドである、配列番号114のCb1952ポリペプチドを包含している。上記シグナルペプチドは、翻訳された当初のCb1952タンパク質の一部として、細胞からの当該タンパク質の分泌を目的として生じるものであり、分泌過程の間に当該タンパク質から切断され得る。また、本開示は、ポリペプチド鎖の最初にメチオニン残基を有する配列番号114のCb1952ポリペプチドを包含している。本開示は、野生型Cb1952の短縮型変異体TMである配列番号46のCb1952ポリペプチドCb1952TM1をさらに包含している。Cb1952TM1ポリペプチドは、野生型Cb1952のセルラーゼドメインおよび複数のCBMを含んでいるが、マンナーゼドメインを含んでいない図18。また、本開示は、マンナーゼドメインもC末端にあるCBMも含んでいない野生型Cb1952の短縮型変異体である配列番号124のCb1952ポリペプチドCb1952TM2図18を包含している。また、本開示は、マンナーゼドメインも最もC末端にある2つのCBMも含んでいない野生型Cb1952の短縮型変異体である配列番号126のCb1952ポリペプチドCb1952TM3図18を包含している。また、本開示は、GH9セルラーゼドメインを含んでおり、何れのCBMもマンノースドメインも含んでいない野生型Cb1952の短縮型変異体である配列番号128のCb1952ポリペプチドCb1952TM4図18を包含している。本開示のCb1952ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb1952ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb1952ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも60保持している。Cb1953ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は組換えCb1953ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb1953ポリペプチドは、配列番号60のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびセルラーゼ活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb1953ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号60、61および111のポリペプチドの何れか1つの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。本明細書に使用されるとき、Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドの何れか1つのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸配列を有し、セルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号60のCb1953ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb1953遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号60のCb1953ポリペプチドは、セルロース由来のセロビオースを主に切断するエンドグルカナーゼであり、2つのグリコシドヒドロラーゼGHファミリー5触媒ドメイン、および3つの炭水化物結合モジュールCBMを有する図29。また、本開示は、シグナルペプチド配列なしの配列番号60のCb1953ポリペプチドである配列番号61のCb1953ポリペプチドを包含している。上記シグナルペプチドは、翻訳された当初のCb1953タンパク質の一部として、細胞からの当該タンパク質の分泌を目的として生じるものであり、分泌過程の間に当該タンパク質から切断され得る。また、本開示は、ポリペプチド鎖の最初にメチオニン残基を有する配列番号61のCb1953ポリペプチドを包含している。本開示は、野生型Cb1953の短縮型変異体TMである配列番号111のCb1953ポリペプチドCb1953TM2をさらに包含している。Cb1953TM2ポリペプチドは、野生型Cb1953のC末端のGH5ドメインおよび3つのCBMを含んでおり、N末端のGH5ドメインを含んでいない図29。本開示のCb1953ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb1953ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb1953ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度の少なくとも60を保持している。Cb1954ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb1954ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb1954ポリペプチドは、配列番号74のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物およびセルラーゼ活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb1954ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号74、121および76のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、セルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号74のCb1954ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb1954遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号74のCb1954ポリペプチドは、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー9触媒ドメインセルラーゼドメイン、3つの炭水化物結合モジュールCBM、および1つのGH48触媒ドメインを有するエンドグルカナーゼである図38。また、本開示は、シグナルペプチド配列なしの配列番号74のCb1954ポリペプチドである配列番号121のCb1954ポリペプチドを包含している。上記シグナルペプチドは、翻訳された当初のCb1954タンパク質の一部として、細胞からの当該タンパク質の分泌を目的として生じるものであり、分泌過程の間に当該タンパク質から切断され得る。また、本開示は、ポリペプチド鎖の最初にメチオニン残基を有する配列番号121のCb1954ポリペプチドを包含している。本開示は、野生型Cb1954の短縮型変異体TMである配列番号76のCb1954ポリペプチドCb1954TM3をさらに包含している。本開示のCb1954ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb1954ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb1954ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも60保持している。Cb1946ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb1946ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb1946ポリペプチドは、配列番号86のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびセルラーゼ活性を有する短縮型変異体のその相同物を指す。また、Cb1946ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号86、87および113のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号86のCb1946ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb1946遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号86のCb1946ポリペプチドは、N末端領域にグリコシドヒドロラーゼGHファミリー5触媒ドメイン、C末端領域にGHファミリー44触媒ドメイン、および2つのGH触媒ドメインの間に2つの炭水化物結合モジュールCBMを有するエンドグルカナーゼである図42。また、本開示は、シグナルペプチド配列なしの配列番号86のCb1946ポリペプチドである配列番号87のCb1946ポリペプチドを包含している。上記シグナルペプチドは、翻訳された当初のCb1946タンパク質の一部として、細胞からの当該タンパク質の分泌を目的として生じるものであり、分泌過程の間に当該タンパク質から切断され得る。また、本開示は、ポリペプチド鎖の最初にメチオニン残基を有する配列番号87のCb1946ポリペプチドを包含している。本開示は、野生型Cb1946の短縮型変異体TMである配列番号113のCb1946ポリペプチドCb1946TM2をさらに包含している。Cb1946TM2ポリペプチドは、野生型の、C末端のGH44ドメインおよび2つのCBMを含んでおり、N末端のGH5ドメインを含んでいない図42。本開示のCb1946ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb1946ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb1946ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも60保持している。Cb629ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb629ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb629ポリペプチドは、配列番号98のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびセルラーゼ活性を有する短縮型変異体のその相同物を指す。また、Cb629ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号98、119および100のポリペプチドの何れか1つの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号98のCb629ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb629遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号98のCb629ポリペプチドは、セルロースから、グルコース、セロビオースおよびセロトリオースを最初に切断するエンドセルラーゼであり、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー5触媒ドメイン、炭水化物結合モジュールCBMファミリー17_28ドメイン、および細胞表面への酵素のアンカリングにおそらく使用される3つの表層ホモロジーSLHモジュールを有する図47。また、本開示は、シグナルペプチド配列なしの配列番号98のCb629ポリペプチドである配列番号119のCb629ポリペプチドを包含している。上記シグナルペプチドは、翻訳された当初のCbタンパク質の一部として、細胞からの当該タンパク質の分泌を目的として生じるものであり、分泌過程の間に当該タンパク質から切断され得る。また、本開示は、ポリペプチド鎖の最初にメチオニン残基を有する配列番号119のCb629ポリペプチドを包含している。本開示は、野生型Cb629の短縮型変異体TMである配列番号100のCb629ポリペプチドCb629TM1をさらに包含している。Cb629TM1ポリペプチドは、野生型Cb629の、N末端のGH5ドメインおよびCBM17_28ドメインを含んでおり、C末端のSLHモジュールを含んでいない図47。本開示のCb629ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb629ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb629ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも60保持している。Cb486ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb486ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびセルラーゼ活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb486ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号106のポリペプチドの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号106のCb486ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号106のCb486ポリペプチドは、セロビオースグルコースの二糖の、2ユニットのグルコースへの加水分解を触媒するβ-グルコシダーゼであり、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー1触媒ドメインを有する図53A。本開示のCb486ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb486ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb486ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも60保持している。ヘミセルラーゼまた、本開示は、耐熱性のヘミセルロース分解酵素のポリペプチドCb193配列番号3、Cb195配列番号7、Cb1172配列番号13、Cb909配列番号19、Cb2487配列番号27およびCb162配列番号33、またはそれらの部分配列を提供する。本開示は、少なくとも約50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99以上の配列同一性、または完全な100の配列同一性を、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909またはCb162に対して有するアミノ酸配列を含んでいる単離されているポリペプチドまたは組換えポリペプチドをさらに提供する。本開示のヘミセルラーゼは1つ以上のグリコシドヒドロラーゼGHドメインを含み得る。また、ヘミセルラーゼは1つ以上の炭水化物結合モジュールCBMを含み得る。CBMモジュールは、GHドメインに割り込み得るか、または2つのGHドメインの間に配置され得る。また、ヘミセルラーゼは、アセチルキシランエステラーゼドメインを含み得る。特定の実施形態において、GH、CBMおよび/またはアセチルキシランエステラーゼドメインの配列は、ポリペプチドバリアントに保存されている。Cb193ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb193ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb193ポリペプチドは、配列番号3のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびヘミセルラーゼ活性その相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb193ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号3および/または37のポリペプチドの何れか1つの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。本明細書に使用されるとき、Cb193ポリペプチドは、配列番号3および/または37のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号3のCb193ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号3または37のCb193ポリペプチドは、ヘミセルロースのキシロース骨格をランダムに切断して、β-1,4-結合を有するより短いキシロースの鎖を生成するエンドキシラナーゼである。これらのキシロオリゴ糖は2つ以上の糖サブユニットに及び得る。Cb193は、おそらく取り除かれ得るシグナルペプチド配列番号3のアミノ酸1~41に相当するを有する。シグナルペプチドなしのCb193タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号37に開示されている。当該タンパク質は、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー10触媒ドメイン内に挿入されている2つの推定炭水化物結合モジュールCBMを有する図2A。また、本開示は、シグナルポリペプチド配列なしの配列番号3のCb193ポリペプチドである配列番号37のCb193ポリペプチドを包含している。上記シグナルペプチドは、翻訳された当初のCbタンパク質の一部として、細胞からの当該タンパク質の分泌を目的として生じるものであり、分泌過程の間に当該タンパク質から切断され得る。また、本開示は、ポリペプチド鎖の最初にメチオニン残基を有する配列番号37のCb193ポリペプチドを包含している。本開示のCb193ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb193ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb193ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、酵素活性の初速度の少なくとも60を保持している。Cb195ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb195ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb195ポリペプチドは、配列番号7のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびヘミセルラーゼ活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb195ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号7のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb195ポリペプチドは、配列番号7のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号7のCb195ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号7のCb195ポリペプチドは、ヘミセルロースのキシロース骨格をランダムに切断して、β-1,4-結合を有するより短いキシロースの鎖を生成するエンドキシラナーゼである。これらのキシロオリゴ糖は、2つ以上の糖サブユニットを含む範囲に及び得る。本開示のCb195ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb195ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb195ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、酵素活性の初速度の少なくとも60を保持している。Cb1172ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb1172ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb1172ポリペプチドは、配列番号13のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびヘミセルラーゼ活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb1172ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号13のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb1172ポリペプチドは、配列番号13のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号13のCb1172ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号13のCb1172ポリペプチドは、ヘミセルロースのキシロース骨格または分枝もしくは脱分枝アラビナンからアラビノース部分を切断し、アラビノースを専ら生成するα-L-アラビノフラノシダーゼである。当該タンパク質は、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー51触媒ドメインを有する図6D。本開示のCb1172ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb1172ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb1172ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、酵素活性の初速度の少なくとも60を保持している。Cb909ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb909ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb909ポリペプチドは、配列番号19のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびヘミセルラーゼ活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb909ポリペプチドは、配列番号19のポリペプチドの配列と、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb909ポリペプチドは、配列番号19のポリペプチドの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号19のCb909ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号19のCb909ポリペプチドは、キシランの4-O-メチル-D-グルクロン酸およびβ-1,4-キシロシド結合骨格の間のα-1,2-グリコシド結合を切断するα-グルクロニダーゼである。本開示のCb909ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb909ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb909ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、酵素活性の初速度の少なくとも60を保持している。Cb2487ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb2487ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb2487ポリペプチドは、配列番号27のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびヘミセルラーゼ活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb2487ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号27のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb2487ポリペプチドは、配列番号27のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号27のCb2487ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号27のCb2487ポリペプチドはβ-キシロシダーゼである。本開示のCb2487ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb2487ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb2487ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、酵素活性の初速度の少なくとも60を保持している。Cb162ポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、組換えCb162ポリペプチドに関する。本明細書に使用されるとき、Cb162ポリペプチドは、配列番号33のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびヘミセルラーゼ活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb162ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号33のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb162ポリペプチドは、配列番号33のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドを指す。配列番号33のCb162ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。配列番号33のCb162ポリペプチドは、ヘミセルロースにおけるキシロースおよびアセチル基の側鎖の間における結合を切断して、他のヘミセルラーゼ例えば、キシラナーゼおよびβ-キシロシダーゼに対する接近容易性を、キシランの骨格に付与するアセチルキシランエステラーゼである。当該タンパク質は、アセチルキシランエステラーゼのシングルドメインを有する図10A。本開示のCb162ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb162ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。いくつかの局面において、本開示のCb162ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、酵素活性の初速度の少なくとも60を保持している。セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進させるポリペプチドいくつかの局面において、本開示は、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する組換えポリペプチドを提供する。一局面において、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する組換えポリペプチドは、組換えCb1581ポリペプチドである。本明細書に使用されるとき、Cb1581ポリペプチドは、配列番号146のポリペプチド、ならびにその短縮型変異体、その相同物、およびセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する活性を有するその相同物の短縮型変異体を指す。また、Cb1581ポリペプチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号146のポリペプチドの配列に対して有し、かつセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する活性を有するポリペプチドを指す。また、本明細書に使用されるとき、Cb1581ポリペプチドは、配列番号146のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する活性を有するポリペプチドを指す。配列番号146のCb1581ポリペプチドは、CaldicellulosiruptorbesciiにおけるCb遺伝子の産物であるここで、CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。Cb1581ポリペプチドは、小さいヒートショックタンパク質である。本開示のCb1581ポリペプチドは好熱性および耐熱性である。いくつかの局面において、本開示のCb1581ポリペプチドは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する活性のピークを有する。いくつかの局面において、本開示のCb1581ポリペプチドは、約55、60、65、70、75、80、85または90°Cの温度においてインキュベートされる場合に、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する活性の初速度を、少なくとも24時間にわたって少なくとも60保持している。タンパク質タグを有するポリペプチド本開示のポリペプチドは、ポリペプチドタグを有する、本明細書に開示されている任意の組換えポリペプチドさらに包含している。ポリペプチドタグは、遺伝子のクローニングを介して所望のタンパク質に付加され得、タグ付加タンパク質の、精製を容易にするか、可溶性を向上させるか、および/または安定性を向上させるために用いられ得るポリペプチドである。タンパク質タグは、当該分野に周知であり、当該タンパク質タグとしては、ポリヒスチジン例えば、連続する6つのHis-残基、グルタチオンSトランスフェラーゼGST、T7、FLAG、ヘマグルチニンHA、MYCおよびマルトース結合タンパク質MBPのタグが挙げられるが、これらに限定されない。ポリペプチドの生産上記ポリペプチドは、天然の宿主Caldicellulosiruptorbesciiにおいて発現され得、当該宿主から精製され得る。また、ポリペプチドは、トランスジェニック発現系において発現され得、当該発現系から精製され得る。トランスジェニック発現系は、原核生物または真核生物であり得る。トランスジェニック宿主細胞としては、酵母およびEcoliが挙げられる。トランスジェニック宿主細胞は、当該宿主細胞外に上記ポリペプチドを分泌し得る。特定の実施形態において、単離されたポリペプチドまたは組換えポリペプチドは、シグナル配列を欠いている。組換えポリペプチドの生産方法は後述されている。<本開示の核酸>本開示は、本明細書に開示されているポリペプチドの何れかをコードする組換え核酸をさらに提供する。また、ポリペプチドをコードする核酸は、本明細書において遺伝子と呼ばれる。ポリペプチドおよび当該ポリペプチドをコードする核酸との間の関連を決定する方法は、当該技術において周知である。同様に、ポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド配列を決定する方法は、当該技術において周知である。コドン縮重に起因して、複数の異なる核酸配列は同じポリペプチド配列をコードし得る。本明細書に使用されるとき、用語核酸、ポリヌクレオチドおよびそれらのバリアントは、ポリデオキシリボヌクレオチド2-デオキシ-D-リボースを含んでいる、ポリリボヌクレオチドD-リボースを含んでいる、プリン塩基もしくはピリミジン塩基のN-グリコシドであるポリヌクレオチドの任意の他の型、ならびに非ヌクレオチド骨格を含んでいる他の重合体ただし、当該重合体は、DNAおよびRNAに見られるような塩基対合および塩基スタッキングを許容する構成において核酸塩基を含んでいるに対して包括的である。したがって、これらの用語は、核酸配列修飾の公知の型例えば、天然に存在するヌクレオチドの、類似物を用いた置換、およびヌクレオチド間の修飾を包含している。本明細書に使用されるとき、ヌクレオチドおよびポリヌクレオチドに対する記号は、IUPACIUBCommissionofBiochemicalNomenclatureによって推奨されている記号である。本明細書に使用されるとき、2つ以上の核酸またはポリヌクレオチドは、単一の連続するポリデオキシリボヌクレオチド鎖/DNAの鎖に存在し得る。したがって、DNAの一本鎖例えば、プラスミドにおけるは、2つ以上の核酸またはポリヌクレオチドを含み得、したがって2つ以上の異なるポリペプチドをコードする配列を含み得る。核酸は、標準的な分子生物学的手法例えば、SambrookJetal2000MolecularCloningALaboratoryManualに記載の手法を用いて、合成され得るか、単離され得るか、または操作され得る。手法としては、クローニング、cDNAライブラリの発現、ならびにmRNAおよびゲノムDNAの増幅が挙げられる。本開示の核酸またはこれらの部分配列は、発現カセットまたはベクターを含んでいるクローニング媒体に組み込まれ得る。クローニング媒体は、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体であり得る。ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルスベクターを包含し得る。クローニング媒体は、真正細菌の人工染色体BAC、プラスミド、バクテリオファージP1由来のベクターPAC、酵母の人工染色体YAC、または哺乳類の人工染色体MACであり得る。核酸はプロモータと作動可能に連結され得る。プロモータは、ウイルスプロモータ、真正細菌プロモータ、哺乳類プロモータまたは植物プロモータであり得る。プロモータは、恒常的なプロモータ、誘導可能なプロモータ、組織特異的なプロモータ、または環境的に制御されるプロモータもしくは発生的に制御されるプロモータであり得る。セルラーゼをコードする核酸Cb1952ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb1952ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号44、114、124、126、128または46のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号45、115、125、127、129および47の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号45のポリヌクレオチドは配列番号44のポリペプチドをコードする。配列番号115のポリヌクレオチドは配列番号45のポリペプチドをコードする。配列番号47のポリヌクレオチドは配列番号46のポリペプチドをコードする。配列番号125のポリヌクレオチドは配列番号124のポリペプチド124をコードする。配列番号127のポリヌクレオチドは配列番号126のポリペプチドをコードする。配列番号129のポリヌクレオチドは配列番号128のポリペプチド128をコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号45、115、125、127、129および47の配列の何れかに対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号45、115、125、127、129および47の何れかの配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb1952ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb1953ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb1953ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号60、61または111のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号60、61および111のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号62、63または110の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号62のポリヌクレオチドは配列番号60のポリペプチドをコードする。配列番号63のポリヌクレオチドは配列番号61のポリペプチドをコードする。配列番号110のポリヌクレオチドは配列番号111のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号62、63および110の配列の何れかに対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号60、61および111のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号62、63または110の何れかの配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号60、61および111のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb1953ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb1954ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb1954ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号74、121または76のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号74、121および76のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号116、75または77の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号116のポリヌクレオチドは配列番号74のポリペプチドをコードする。配列番号75のポリヌクレオチドは配列番号121のポリペプチドをコードする。配列番号77のポリヌクレオチドは配列番号76のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号116、75および77の配列の何れかに対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号74、121および76のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号116、75および77の何れかの配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号74、121および76のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb1954ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb1946ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb1946ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号86、87または113のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号86、87および113のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号88、89または112の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号88のポリヌクレオチドは配列番号86のポリペプチドをコードする。配列番号89のポリヌクレオチドは配列番号87のポリペプチドをコードする。配列番号112のポリヌクレオチドは配列番号113のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号88、89および112の配列の何れかに対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号86、87および113のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号88、89または112の何れかの配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチド組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号86、87および113のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb1946ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的なポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb629ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb629ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号98、119または100のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号98、119または100のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、配列番号98、119または100のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号99、120または101の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号99のポリヌクレオチドは配列番号98のポリペプチドをコードする。配列番号120のポリヌクレオチドは配列番号119のポリペプチドをコードする。配列番号101のポリヌクレオチドは配列番号100のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号99、120または101の配列の何れかに対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号98、119または100のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号99、120または101の何れかの配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号98、119または100のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb629ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb486ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb486ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号106のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号106の配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、配列番号106のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号107の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号107のポリヌクレオチドは配列番号106のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号107の配列に対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号106のポリペプチドの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号107の配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号106のポリペプチドの配列に対して有し、かつセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb486ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。ヘミセルラーゼをコードする核酸本開示は、ヘミセルロース分解酵素Cb193配列番号4、Cb195配列番号8、Cb1172配列番号14、Cb909配列番号20、Cb2487配列番号28およびCb162配列番号34またはそれらの部分配列をコードするヌクレオチド配列を提供する。また、本開示は、少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99以上の配列同一性または完全な100配列同一性を、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162をコードする核酸配列に対して有するヌクレオチド配列を提供する。本開示のヌクレオチド配列は、1つ以上のグリコシドヒドロラーゼGHドメインを有するポリペプチドをコードし得る。また、ヌクレオチド配列は、1つ以上の炭水化物結合モジュールCBMを有するポリペプチドをコードし得る。CBMモジュールは、GHドメインに割り込み得るか、または2つのGHドメインの間に配置され得る。また、ヌクレオチド配列は、アセチルキシランエステラーゼドメインを有するポリペプチドをコードし得る。特定の実施形態において、GH、CBMおよび/またはアセチルキシランエステラーゼドメインの配列は、ヌクレオチドバリアントに保存されている。Cb193ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb193ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号3または37のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号3および/または37のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号3および/または37のポリペプチドの何れかのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は配列番号4または38の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号4のポリヌクレオチドは配列番号3のポリペプチドをコードする。配列番号38のポリヌクレオチドは配列番号37のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号4および/または38の配列の何れかに対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号3および/または37のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号4または38の何れかの配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号3および/または37のポリペプチドの何れかの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb193ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb195ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb195ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は配列番号7のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号7のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、配列番号7のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は配列番号8の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号8のポリヌクレオチドは配列番号7のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号8の配列に対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号7のポリペプチドの配列に対して有し、かつミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続する、配列番号8の配列のヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号7のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb195ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb1172ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb1172ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は配列番号13のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号13のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、配列番号13のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は配列番号14の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号14のポリヌクレオチドは配列番号13のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号14の配列に対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号13のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号14の配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号13のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb1172ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb909ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb909ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号19のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号19のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、配列番号19のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は配列番号20の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号20のポリヌクレオチドは配列番号19のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号20の配列に対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号19のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号20の配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該ポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号19のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb909ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb2487ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb2487ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号27のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示は、本開示のCb2487ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号27のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号27のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、配列番号27のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は配列番号28の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号28のポリヌクレオチドは配列番号27のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号28の配列に対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号27のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号28の配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号27のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb2487ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。Cb162ポリヌクレオチド本開示は、本開示のCb162ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号33のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号33のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号33のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は配列番号34の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号34のポリヌクレオチドは配列番号33のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号34の配列に対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号33のポリペプチドの配列に対して有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号34の配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の、配列番号33のポリペプチドの配列に対する同一性を有し、かつヘミセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb162ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進するポリペプチドをコードする核酸本開示は、本開示のCb1581ポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は、配列番号146のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号146の配列に対して有し、かつセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号146のポリペプチドのうちの少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも80、少なくとも100、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180または少なくとも200の連続するアミノ酸を有し、かつセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進するポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドを包含している。いくつかの局面において、本開示は配列番号147の組換えポリヌクレオチドを包含している。配列番号147のポリヌクレオチドは配列番号146のポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号147の配列に対して有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号146のポリペプチドの配列に対して有し、かつセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進するポリペプチドをコードする。また、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号147の配列のうちの少なくとも10、少なくとも12、少なくとも14、少なくとも16、少なくとも18、少なくとも20、少なくとも22、少なくとも24、少なくとも26、少なくとも28または少なくとも30の連続するヌクレオチドを有する組換えポリヌクレオチドを包含しており、当該組換えポリヌクレオチドは、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を、配列番号146のポリペプチドの配列に対して有し、かつセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進するポリペプチドをコードする。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に開示されているCb1581ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと相補的な組換えポリヌクレオチドをさらに包含している。タンパク質タグを有するポリヌクレオチドをコードする組換えポリヌクレオチドさらに、本明細書には、ポリペプチドタグを有する本開示のポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチドが開示されている。ポリペプチドタグをコードするポリヌクレオチドは、標準的な生物学のクローニング手法によって、本開示のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに付加され得る例えば、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManual3rdEdVol13ColdSpringHarborLaboratoryColdSpringHarborNYを参照すればよい。<バリアント、配列同一性および配列類似性>比較に関する配列のアラインメント方法は、当該技術において周知である。例えば、任意の2配列間における配列同一性のパーセンテージの決定は、数学的アルゴリズムを用いてなされ得る。そのような数学的アルゴリズムの非限定的な例は、MyersおよびMillerCABIOS41117のアルゴリズム;SmithetalAdvApplMath2482の部分的な相同性アルゴリズム;NeedlemanおよびWunschJMolBiol48443453の相同性アラインメントアルゴリズム;PearsonおよびLipmanProcNatlAcadSci8524442448の類似性検索法;KarlinおよびAltschulProcNatlAcadSciUSA9058735877のように変更されている、KarlinおよびAltschulProcNatlAcadSciUSA872264のアルゴリズムである。これらの数学的アルゴリズムのコンピュータによる実施は、配列同一性を決定するために、配列の比較に利用され得る。そのような実施としては、PCGeneプログラムにおけるCLUSTALIntelligeneticsMountainView、Califから入手可能;ALIGNプログラムVersion20ならびにWisconsinGeneticsSoftwarePackage、Version8におけるGAP、BESTFIT、BLAST、FASTAおよびTFASTAGeneticsComputerGroup575ScienceDrive、Madison、WisUSAから入手可能が挙げられるが、これらに限定されない。これらのプログラムを用いたアラインメントは、初期設定のパラメータを用いて実施され得る。CLUSTALプログラムは、HigginsetalGene73237244;HigginsetalCABIOS5151153;CorpetetalNucleicAcidsRes161088190HuangetalCABIOS815565;およびPearsonetalMethMolBiol24307331によって十分に説明されている。ALIGNプログラムは、上述のMyersおよびMillerのアルゴリズムに基づいている。アミノ酸配列を比較するときに、PAM120weightresiduetable、12のgaplengthpenaltyおよび4のgappenaltyが、ALIGNプログラムと共に使用され得る。AltschuletalJMolBiol215403のBLASTプログラムは、上述のKarlinおよびAltschulのアルゴリズムに基づいている。BLASTヌクレオチド検索は、本発明のタンパク質をコードするヌクレオチド配列と相同なヌクレオチド配列を得るために、BLASTNプログラム、score100、wordlength12を用いて実施され得る。BLASTタンパク質検索は、本発明のタンパク質またはポリペプチドと相同なアミノ酸配列を得るために、BLASTXプログラム、score50、wordlength3を用いて実施され得る。比較を目的としたギャップを入れたアラインメントを得るために、GappedBLASTBLAST20におけるは、ltschuletalNucleicAcidsRes253389に記載のように利用され得る。代替的に、PSIBLASTBLAST20におけるは、分子間の遠い関連性を検出する繰り返しの検索を実施するために使用され得る上述のAltschuletalを参照すればよい。BLAST、GappedBLASTまたはPSIBLASTを利用する場合に、それぞれのプログラム例えば、ヌクレオチド配列用のBLASTN、タンパク質用のBLASTXの初期設定パラメータが使用され得る。BLASTは、例えば、NationalCenterforBiotechnologyInformationNCBIから利用可能である。また、アラインメントは、検査によって手動で実施得る。本明細書に使用されるとき、配列同一性は、分析されるべき複数の配列における同じ位置において同じ残基のパーセンテージを指す。本明細書に使用されるとき、配列類似性は、分析されるべき複数の配列における同じ位置において類似の生物物理学的/生物化学的な特徴例えば、電荷、サイズ、疎水性を有する残基のパーセンテージを指す。酵素バリアントの機能的活性は、標準的な分子生物学的手法薄層クロマトグラフィーまたは還元糖アッセイが挙げられるを用いて評価され得る。酵素活性は、セルロース、ヘミセルロースまたは人工基質を用いて決定され得る。<組成物>本開示は、明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物をさらに包含している。いくつかの局面において、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に示されている。2つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物は、ポリペプチドおよび/または酵素のカクテルと呼ばれ得る。いくつかの局面において、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該1つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該2つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該3つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該4つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該5つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている6つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該6つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該1つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。当該Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。当該Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。当該Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。当該Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。当該Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。当該Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該2つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。当該Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。当該Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。当該Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。当該Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。当該Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。当該Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該3つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。当該Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。当該Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。当該Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。当該Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。当該Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。当該Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該4つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。当該Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。当該Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。当該Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。当該Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。当該Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。当該Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該5つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。当該Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。当該Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。当該Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。当該Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。当該Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。当該Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている6つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該6つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドより選択される。当該Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。当該Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。当該Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。当該Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。当該Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。当該Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該2つ以上のポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が本明細書に開示されている。当該3つ以上のポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該4つ以上のポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該5つ以上のポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている6つの組換えポリペプチドを含有している組成物が、本明細書に開示されている。当該6つのポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドである。本明細書に開示されている1つ以上の組換えセルラーゼを含有している本明細書に開示されている組成物は何れも、1つ以上の組換えヘミセルラーゼをさらに含有し得る。ヘミセルラーゼとしては、エンドキシラナーゼ、エキソキシラナーゼ、α-アラビノフラノシダーゼ、グルクロニダーゼ、β-キシロシダーゼおよびアセチルキシランエステラーゼが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの局面において、ヘミセルラーゼは、配列番号3、7、13、19、27、33または37うちの何れかのアミノ酸配列を含んでいるポリペプチドを包含している。本明細書に開示されている1つ以上の組換えセルラーゼを含有している本明細書に開示されている組成物は何れも、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素をさらに含有し得る。一局面において、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素は、配列番号146のアミノ酸配列を含んでいる。本開示は、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列の1つ以上と組み合わせてか、または単独に、Cb193の組換えアミノ酸配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列の1つ以上と組み合わせてか、または単独に、Cb195の組換えアミノ酸配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb195、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列の1つ以上と組み合わせてか、または単独に、Cb1172の組換えアミノ酸配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列の1つ以上と組み合わせてか、または単独に、Cb909の組換えアミノ酸配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb909およびCb162の組換えアミノ酸配列の1つ以上と組み合わせてか、または単独に、Cb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487およびCb909の組換えアミノ酸配列の1つ以上と組み合わせてか、または単独に、Cb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列の2つ以上を含んでいる組成物を提供する。1つの組成物は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb909およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb909およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb1172、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb1172、Cb909およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb1172、Cb909およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb1172、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb1172、Cb909およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb1172、Cb909およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb909およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb909およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb1172およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb1172およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195、Cb1172およびCb909の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb909、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb1172、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb1172、Cb909およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb1172、Cb909およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb909およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb909およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb1172およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb1172およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195、Cb1172およびCb909の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb909およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb909およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb1172およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb1172およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb1172およびCb909の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195およびCb909の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193、Cb195およびCb1172の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195およびCb909の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193およびCb195の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193およびCb1172の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193およびCb909の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb193およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195およびCb1172の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb195およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb1172およびCb909の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb1172およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb1172およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb909およびCb2487の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb909およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。別の組成物は、Cb2487およびCb162の組換えアミノ酸配列を含んでいる。組成物は、トランスジェニック宿主細胞を含み得、当該宿主細胞は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162をコードするアミノ酸配列の1つ以上を含んでいる。1つ以上のポリペプチドは、トランスジェニック宿主細胞から分泌され得る。本開示は、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162をコードする1つ以上の組換えヌクレオチド配列と組み合わせてか、または単独に、Cb193をコードする組換えヌクレオチド配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162をコードする1つ以上の組換えヌクレオチド配列と組み合わせてか、または単独に、Cb195をコードする組換えヌクレオチド配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb195、Cb909、Cb2487およびCb162をコードする1つ以上の組換えヌクレオチド配列と組み合わせてか、または単独に、Cb1172をコードする組換えヌクレオチド配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487およびCb162をコードする1つ以上の組換えヌクレオチド配列と組み合わせてか、または単独に、Cb909をコードする組換えヌクレオチド配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb909およびCb162をコードする1つ以上の組換えヌクレオチド配列と組み合わせてか、または単独に、Cb2487をコードする組換えヌクレオチド配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487およびCb909をコードする1つ以上の組換えヌクレオチド配列と組み合わせてか、または単独に、Cb162をコードする組換えヌクレオチド配列を含んでいる組成物を提供する。また、本開示は、Cb162、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487およびCb909をコードする2つ以上の組換えヌクレオチド配列を含んでいる組成物を提供する。組成物は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の1つ以上をコードするヌクレオチド配列を含んでいるベクターを含み得る。本明細書に開示されている組換えヘミセルラーゼを1つ以上含有している本明細書に開示されている組成物は何れも、1つ以上の組換えセルラーゼをさらに含有し得る。いくつかの局面において、セルラーゼとしては、配列番号44、114、124、126、128、46、60、61、111、74、121、76、86、87、113、98、119、100および106の何れかのアミノ酸配列を含んでいるポリペプチドが挙げられる。本明細書に開示されている組換えヘミセルラーゼを1つ以上含有している本明細書に開示されている組成物は何れも、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素をさらに含有し得る。一局面において、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素は、配列番号146のアミノ酸配列を含んでいる。本明細書に開示されている組換えポリペプチドを1つ以上含有している本明細書に開示されている組成物は、任意の形態においてタンパク質を含有し得る。いくつかの局面において、上記ポリペプチドは液体の溶液中にある。いくつかの局面において、上記ポリペプチドは凍結乾燥されている。いくつかの局面において、追加の材料が、本明細書に開示されている組換えポリペプチドを1つ以上含有している組成物に含められて、上記ポリペプチドの安定性の持続に役立っている。いくつかの局面において、追加の材料が、本明細書に開示されている組換えポリペプチドを1つ以上含有している組成物に含められて、上記ポリペプチドの安定性の持続に役立っており、ここで、当該追加の材料は、さらなるポリペプチドである。いくつかの局面において、上記組成物は少なくとも6か月にわたって安定である。いくつかの局面において、上記組成物は少なくとも1年にわたって安定である。<宿主細胞>本開示は、本開示の組換えポリペプチドをコードする組換え核酸を含んでいる宿主細胞をさらに提供する。いくつかの局面において、本開示は、本開示の2つ以上の組換えポリペプチドをコードする2つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を提供する。宿主細胞および宿主微生物は、本明細書において交換可能に使用されて、組換えDNAまたは組換えRNAの組込みを介して形質転換され得る生物学的な生細胞を指す。そのような組換えDNAまたは組換えRNAは発現ベクター内にあり得る。本明細書に記載の宿主生物または宿主細胞は、原核生物または真核細胞であり得る。任意の原核生物または真核生物の宿主細胞は、核酸の配列を用いて形質転換された後に生存性を維持する限り、本開示に使用され得る。上記宿主細胞は、必須の核酸配列の形質導入、続くタンパク質例えばトランスポータの発現、および生じた中間体によって、悪影響を受けないことが好ましい。いくつかの局面において、上記宿主細胞は原核細胞である。組換えポリペプチドの発現に好適な任意の原核細胞は、本開示の組換えポリペプチドを生産するために使用され得る。本開示の原核生物の宿主細胞としては、Escherichiacoli、Bacillussubtilis、Corynebacteriumspp、Pseudomonasspp、Proteusspp、Ralstoniaspp、Streptomycesspp、Staphylococcusspp、Lactococcusspp、Zymomonasmobilis、Clostridiumspp、Thermoanaerobacteriumspp、CaldicellulosiruptorsppおよびKlebsiellasppが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの局面において、上記宿主細胞は真核細胞である。組換えポリペプチドの発現に好適な任意の真核細胞は、本開示の組換えポリペプチドを生産するために使用され得る。好適な真核細胞としては、真菌細胞、植物細胞、昆虫細胞または哺乳類細胞が挙げられるが、これらに限定されない。特定の局面において、上記宿主細胞は真菌株である。本明細書に使用されるとき、真菌としては、子嚢菌門、担子菌門、ツボカビ菌門および接合菌門の他に、卵菌門および全ての栄養胞子形成菌が挙げられる。特定の実施形態において、上記真菌宿主は酵母株である。本明細書に使用されるとき、酵母は、出芽または分裂によって無性的に生殖する単一細胞の任意の菌類を指し、当該酵母としては、子嚢菌門および担子菌門が挙げられる。特定の実施形態において、上記真菌宿主は、酵母菌属、分裂酵母属、ロイコスポリジウム属、デケラ/ブレタノミセス属、ジゴサッカロミセス属、ヤロウィア属、ハンセヌラ属、クルイベロミセス属、シェッフェルソミセス属ピキア属、パンカビ属およびカンジダ属に属する。いくつかの局面において、上記宿主細胞は好熱性微生物である。本開示の上記宿主細胞は、当該宿主細胞に組換え核酸が導入されている点において遺伝的に改変され得、したがって遺伝的に改変されている宿主細胞は天然に存在しない。好適な宿主細胞は、異なる機能のための1つ以上のタンパク質をコードする1つ以上の核酸コンストラクトを発現可能な宿主細胞である。本明細書に使用されるとき、組換え核酸、異種核酸、組換えポリヌクレオチド、組換えヌクレオチドまたは組換えDNAは、以下a~eの少なくとも1つにあてはまる、核酸の重合体を指す。a核酸の上記配列は、所定の宿主細胞にとって外来性であるすなわち天然に見られない;b上記配列は、宿主細胞において天然にみられるが、異常な例えば、予想を超えた量である;c核酸の上記配列は、互いに同じ関連において天然にみられない2つ以上の部分配列を含んでいる;d上記ポリヌクレオチドは、当該ポリヌクレオチドが天然に存在する生物から単離されている;またはe上記ポリヌクレオチドは合成的に調製されている。例えば、cの場合について、組換え核酸配列は、新たな機能の核酸を作るために並べられている、無関係な遺伝子に由来する2つ以上の配列を有する。特に本開示は、宿主細胞への発現ベクターの導入について説明している。当該発現ベクターは、通常、宿主細胞に見られないタンパク質をコードする核酸配列、または通常、宿主細胞に見られるが、異なる制御配列の制御下にあるタンパク質をコードする核酸を含んでいる。上記宿主細胞のゲノムに関して、上記タンパク質をコードする上記核酸配列は組換え体である。本明細書に使用されるとき、用語組換えポリペプチドは、上述した組換え核酸、異種核酸、組換えポリヌクレオチド、組換えヌクレオチドまたは組換えDNAから生成されたポリペプチドを指す。いくつかの局面において、上記宿主細胞は、本開示のポリヌクレオチドによってコードされるタンパク質を必然的に生産する。所望のタンパク質をコードする遺伝子は、上記宿主細胞にとって異種であり得るか、または当該遺伝子は当該宿主細胞にとって内因性であり得るが、異種のプロモータおよび/または制御領域と作動可能に連結されており、上記宿主細胞における上記遺伝子のより高い発現を生じる。宿主細胞の構成要素いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、1つ以上の組換え核酸を含んでいる。当該組換え核酸は、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される1つ以上のポリペプチドをコードする。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、2つ以上の組換え核酸を含んでいる。当該組換え核酸は、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される2つ以上のポリペプチドをコードする。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、3つ以上の組換え核酸を含んでいる。当該組換え核酸は、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される3つ以上のポリペプチドをコードする。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、4つ以上の組換え核酸を含んでいる。当該組換え核酸は、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される4つ以上のポリペプチドをコードする。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、5つ以上の組換え核酸を含んでいる。当該組換え核酸は、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される5つ以上のポリペプチドをコードする。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、6つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該組換え核酸は、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドより選択される6つ以上のポリペプチドをコードする。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、1つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該1つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドをコードする。当該1つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、2つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該2つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドをコードする。2つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、3つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該3つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドをコードする。3つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、4つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該4つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドをコードする。4つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、5つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該5つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドをコードする。5つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、6つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該6つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている6つ以上の組換えポリペプチドをコードする。6つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択される。Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択される。b1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択される。Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択される。Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択される。Cb486ポリペプチドは配列番号106のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドをコードする2つ以上の組換え核酸を含んでおり、ここで、2つ以上のポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドをコードする3つ以上の組換え核酸を含んでおり、ここで、3つ以上のポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドをコードする4つ以上の組換え核酸を含んでおり、ここで、4つ以上のポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドをコードする5つ以上の組換え核酸を含んでおり、ここで、5つ以上のポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、本明細書に開示されている6つの組換えポリペプチドをコードする6つの組換え核酸を含んでおり、ここで、6つのポリペプチドは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、1つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該1つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドをコードする。1つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核は、配列番号45、115、125、127、129および47のポリヌクレオチドより選択される。Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核は、配列番号62、63および110のポリヌクレオチドより選択される。Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号116、75および77のポリヌクレオチドより選択される。Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号88、89および112のポリヌクレオチドより選択される。Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号99、120および101のポリヌクレオチドより選択される。Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107のポリヌクレオチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、2つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該2つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドをコードする。2つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号45、115、125、127、129および47のポリヌクレオチドより選択される。Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号62、63および110のポリヌクレオチドより選択される。Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号116、75および77のポリヌクレオチドより選択される。Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号88、89および112のポリヌクレオチドより選択される。Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号99、120および101のポリヌクレオチドより選択される。Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107のポリヌクレオチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、3つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該3つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドをコードする。3つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号45、115、125、127、129および47のポリヌクレオチドより選択される。Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号62、63および110のポリヌクレオチドより選択される。Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号116、75および77のポリヌクレオチドより選択される。Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号88、89および112のポリヌクレオチドより選択される。Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号99、120および101のポリヌクレオチドより選択される。Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107のポリヌクレオチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、4つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該4つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドをコードする。4つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号45、115、125、127、129および47のポリヌクレオチドより選択される。Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号62、63および110のポリヌクレオチドより選択される。Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号116、75および77のポリヌクレオチドより選択される。Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号88、89および112のポリヌクレオチドより選択される。Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号99、120および101のポリヌクレオチドより選択される。Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107のポリヌクレオチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、5つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該5つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドをコードする。5つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号45、115、125、127、129および47のポリヌクレオチドより選択される。Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号62、63および110のポリヌクレオチドより選択される。Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号116、75および77のポリヌクレオチドより選択される。Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号88、89および112のポリヌクレオチドより選択される。Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号99、120および101のポリヌクレオチドより選択される。Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107のポリヌクレオチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、6つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該6つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている6つ以上の組換えポリペプチドをコードする。6つ以上の組換えポリペプチドは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドより選択される。Cb1952ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号45、115、125、127、129および47のポリヌクレオチドより選択される。Cb1953ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号62、63および110のポリヌクレオチドより選択される。Cb1954ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号116、75および77のポリヌクレオチドより選択される。Cb1946ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号88、89および112のポリヌクレオチドより選択される。Cb629ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号99、120および101のポリヌクレオチドより選択される。Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸は、配列番号107のポリヌクレオチドである。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、2つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該2つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドをコードする。2つ以上の組換え核酸は、配列番号47、110、77、112、101および107のポリヌクレオチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、3つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該3つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドをコードする。3つ以上の組換え核酸は、配列番号47、110、77、112、101および107のポリヌクレオチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、4つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該4つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドをコードする。4つ以上の組換え核酸は、配列番号47、110、77、112、101および107のポリヌクレオチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、5つ以上の組換え核酸を含んでおり、当該5つ以上の組換え核酸は、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドをコードする。5つ以上の組換え核酸は、配列番号47、110、77、112、101および107のポリヌクレオチドより選択される。いくつかの局面において、本明細書に開示されている宿主細胞は、6つの組換え核酸を含んでおり、当該6つの組換え核酸は、本明細書に開示されている6つの組換えポリペプチドをコードする。6つの組換え核酸は、配列番号47、110、77、112、101および107のポリヌクレオチドである。本明細書に開示されている1つ以上の組換えセルラーゼをコードする1つ以上の組換え核酸を含んでいる、本明細書に開示されている宿主細胞は何れも、1つ以上の組換えヘミセルラーゼをコードする1つ以上の組換え核酸をさらに含み得る。いくつかの局面において、ヘミセルラーゼをコードするポリヌクレオチドは、配列番号4、8、14、20、28、34または38の何れかのポリヌクレオチド配列を含んでいる核酸を含んでいる。本明細書に開示されている1つ以上の組換えセルラーゼを含んでいる、本明細書に開示されている宿主細胞は、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素をさらに含み得る。一局面において、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素は、配列番号146のアミノ酸配列を含んでいる。本開示は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162をコードする1つ以上の核酸を含んでいる、形質転換されたトランスジェニック宿主細胞をさらに提供する。形質転換細胞としては、真正細菌細胞、哺乳類細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、形質転換細胞はEcoliである。特定の実施形態において、形質転換細胞は好熱性の微生物である。本明細書に開示されている1つ以上の組換えヘミセルラーゼをコードする1つ以上の組換え核酸を含んでいる、本明細書に開示されている宿主細胞は何れも、1つ以上の組換えセルラーゼをコードする1つ以上の組換え核酸をさらに含み得る。いくつかの局面において、セルラーゼをコードするポリヌクレオチドは、配列番号44、114、124、126、128、46、60、61、111、74、121、76、86、87、113、98、119、100および106の何れかのポリヌクレオチド配列を含んでいる核酸を含んでいる。本明細書に開示されている1つ以上の組換えヘミセルラーゼを含んでいる、本明細書に開示されている宿主細胞は何れも、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素をさらに含み得る。一局面において、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素は、配列番号146のアミノ酸配列含んでいる。本開示の宿主細胞を作製し、培養する方法本開示の宿主細胞を作製し、培養する方法は、本開示の組換え核酸を含んでいる発現ベクターの、宿主細胞への導入または移入を包含し得る。発現ベクターを宿主細胞に移入するそのような方法は当業者にとって周知である。例えば、発現ベクターを用いて細胞を形質転換する1つの方法は、塩化カルシウム処理を包含しており、当該発現ベクターは、カルシウム沈殿を介して導入される。また、他の塩例えばリン酸カルシウムは、類似の手法にしたがって使用され得る。さらに、エレクトロポレーションすなわち核酸配列に対する細胞の透過性を向上させるための電流の印加は、宿主細胞をトランスフェクトするために使用され得る。また、細胞は、スフェロプラストの使用によって形質転換され得るSchweizerMProcNatlAcadSci7850865090。また、核酸配列のマイクロインジェクションは、宿主細胞をトランスフェクトする能力をもたらす。また、他の手段例えば、脂質複合体、リポソームおよびデンドリマーが採用され得る。当業者は、これらまたは他の方法を利用して、所望の配列を用いて宿主細胞をトランスフェクトし得る。いくつかの場合に、細胞は、形質転換の前にプロトプラストまたはスフェロプラストとして調製される。プロトプラストまたはスフェロプラストは、例えば細胞壁を分解する酵素を用いて細胞壁を有する細胞を処理することによって、調製され得る。真菌細胞は、例えばチモリアーゼまたはキチナーゼを用いて処理され得る。ベクターは、自律的に複製するベクターすなわち染色体外要素として存在するベクターであり、当該ベクターの複製は染色体の複製から独立している例えば、プラスミド、染色体外エレメント、微小染色体または人工染色体であり得る。上記ベクターは自己複製を保証するための任意の手段を含み得る。代替的に、上記ベクターは、宿主に導入された場合に染色体に組み込まれ、組み込まれた染色体と共に複製されるベクターであり得る。さらに、宿主のゲノムまたはトランスポゾンに導入されるべき全てのDNAを共に含んでいる単一のベクターもしくはプラスミド、または2つ以上のベクターもしくはプラスミドが、使用され得る。上記ベクターは、形質転換宿主の容易な選択を可能にする1つ以上の選択マーカーを好ましく含んでいる。選択マーカーは、例えばその産物が殺生剤耐性、ウイルス耐性、重金属に対する耐性、および栄養要求株に対する原栄養性などを与える遺伝子である。真正細菌細胞の選択は、遺伝子例えば、amp、gpt、neo、tet、camRおよびhyg遺伝子によって与えられている抗生物質耐性に基づき得る。真菌宿主細胞における使用のための選択マーカーとしては、amdSアセタミダーゼ、argBオルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ、barホスフィノスリシンアセチルトランスフェラーゼ、hphハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ、niaD硝酸還元酵素、pyrGオロチジン-5-リン酸デカルボキシラーゼ、sC硫酸アデニルトランスフェラーゼ、およびtrpCアントラニル合成酵素、ならびにこれらの同等物が挙げられるが、これらに限定されない。Scerevisiae宿主にとって好適なマーカーとしては、例えば、ADE2、HIS3、LEU2、LYS2、MET3、TRP1およびURA3が挙げられる。上記ベクターは、宿主ゲノムへの当該ベクターの組込みまたは細胞におけるゲノムと独立した当該ベクターの自律的な複製を可能にする複数のエレメントを含み得る。宿主ゲノムへの組込みのために、上記ベクターは、相同性組換えまたは非相同性組換えによるゲノムへのベクターの組込みのための、遺伝子配列または任意の他のエレメントに依存し得る。代替的に、上記ベクターは、宿主のゲノムへの相同性組換えによる組込みに関するさらなるヌクレオチド配列を含み得る。上記さらなるヌクレオチド配列は、複数の染色体上の複数の正確な部位において、宿主ゲノムへ上記ベクターが組み込まれることを可能にする。正確な部位における組込みの可能性を向上させるために、組込みエレメントは、相同性組換えの確率を上昇させるための対応する標的配列と高度に相同である十分な数の核酸例えば、100~1000塩基対、400~10000塩基対、800~10000塩基対を含んでいる。組込みエレメントは、宿主のゲノムにおける標的配列と相同である任意の配列であり得る。さらに、組込みエレメントは、エンコードしてないnonencodingヌクレオチド配列またはエンコードしているencodingヌクレオチド配列であり得る。一方で、上記ベクターは、非相同性組換えによって宿主のゲノムに組み込まれ得る。自律的な複製のために、上記ベクターは、問題の宿主において当該ベクターを自律的に複製可能にする複製開始点をさらに含み得る。複製開始点は、細胞において機能的かつ自律的な複製を媒介する任意のプラスミドレプリケータであり得る。用語複製開始点またはプラスミドレプリケータは、プラスミドまたはベクターをインビボにおいて複製可能にする配列と、本明細書において定義される。上記ベクターは、ベクターにおける組換え核酸の発現制御用のプロモータをさらに含み得る。遺伝子の発現制御用のプロモータは、当該技術において周知であり、恒常的なプロモータおよび誘導可能なプロモータを包含している。プロモータは、例えばSambrooketalMolecularCloningALaboratoryManual3rdeditionColdSpringHarborLaboratoryPressに記載されている。いくつかの局面において、Saccharomycessppにおける使用のためのベクターは、恒常的かつ強力なプロモータであるTDH1またはPGK1プロモータを含んでいる。2コピー以上の遺伝子が、遺伝子産物の産生を向上させるために宿主に挿入され得る。遺伝子のコピー数の増加は、少なくとも1コピーのさらなる遺伝子を宿主に組み込むこと、または増幅可能な選択マーカー遺伝子をヌクレオチド配列と共に含めることによって実現され得、ここで、増幅されたコピー数の選択マーカー遺伝子、したがってさらなる多コピーの遺伝子を含んでいる細胞は、適切な選択薬剤の存在下において細胞を培養することによって選択され得る。上述した要素を連結して、本発明の組換え発現ベクターを構築するために使用される手法は、当業者にとって周知である例えば、上述のSambrooketal2001を参照すればよい。宿主細胞が発現ベクターを用いていったん形質転換されると、宿主細胞は培養される。培地における宿主細胞の培養は発酵過程を含み得る。本開示の方法は、宿主細胞における組換え核酸が発現されるように当該宿主細胞を培養することを含み得る。培養に好適な培地、温度範囲および他の条件は当該技術において公知である。<本開示の組換えポリペプチドの発現>本開示は、本開示のポリペプチドの発現をさらに提供する。本開示のポリペプチドは、標準的な分子生物学的な手法例えば、本明細書に記載の手法およびSambrooketalMolecularCloningALaboratoryManual3rdeditionColdSpringHarborLaboratoryPressに記載の手法よって調製され得る。組換えポリペプチドは、トランスジェニック発現系において発現され得、当該発現系において精製され得る。トランスジェニック発現系は、原核生物または真核生物であり得る。いくつかの局面において、トランスジェニック宿主細胞は、当該宿主細胞外にポリペプチドを分泌し得る。いくつかの局面において、トランスジェニック宿主細胞は、当該宿主細胞に発現されたポリペプチドを保持し得る。特定の局面において、本開示の組換えポリペプチドは、宿主細胞または当該宿主細胞の成長培地から、部分的または実質的に単離されている。特定の局面において、本開示の組換えポリペプチドは、タンパク質の精製を容易にするためのタンパク質タグ例えば、GSTタグまたはポリHisタグを伴って調製されている。いくつかの局面において、本開示の組換えポリペプチドは、ポリペプチドの細胞外への輸送に関するシグナル配列を伴って調製されている。いくつかの局面において、組換えポリペプチドは、部分的にのみ精製され得る例えば、<80の純度、<70の純度、<60の純度、<50の純度、<40の純度、<30の純度、<20の純度、<10の純度、<5の純度。いくつかの局面において、本開示の組換えポリペプチドは、高い純度例えば、>99の純度、>98の純度、>95の純度、>90の純度などまで精製され得る。組換えポリペプチドは、当業者にとっての公知の種々の手法例えば、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィーおよびアフィニティークロマトグラフィーを介して精製され得る。一局面において、組換え本明細書に開示されているポリペプチドセルラーゼ、ヘミセルラーゼ、ならびにセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素が挙げられるの何れかを生産する方法は、以下の工程:A本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドをコードする1つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを含んでいる。一局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドをコードする1つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを包含しており、ここで、1つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドをコードする2つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを包含しており、ここで、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドをコードする3つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを包含しており、ここで、3つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドをコードする4つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを包含しており、ここで、4つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドをコードする5つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを包含しており、ここで、5つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A本明細書に開示されている6つ以上の組換えポリペプチドをコードする6つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを包含しており、ここで、6つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A配列番号46、76、100、106、111および113の1つ以上の組換えポリペプチドをコードする1つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを含んでいる。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A配列番号46、76、100、106、111および113の2つ以上の組換えポリペプチドをコードする2つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを含んでいる。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A配列番号46、76、100、106、111および113の3つ以上の組換えポリペプチドをコードする3つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを含んでいる。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A配列番号46、76、100、106、111および113の4つ以上の組換えポリペプチドをコードする4つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを含んでいる。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A配列番号46、76、100、106、111および113の5つ以上の組換えポリペプチドをコードする5つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを含んでいる。別の局面において、セルラーゼを生産する方法は、以下の工程:A配列番号46、76、100、106、111および113の6つ以上の組換えポリペプチドをコードする6つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞を、培地中、複数の組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で培養すること、ならびに上記培地および/または宿主細胞から1つ以上のポリペプチドを回収することを含んでいる。<酵素の耐熱性>本開示の酵素は好熱性および耐熱性である。本明細書に使用されるとき、好熱性は、高い温度例えば、50°Cより高いにおいて活性のピークを有する酵素の特性を指す。本明細書に使用されるとき、耐熱性は、高い温度例えば、50°Cより高いにおいて相当な期間、活性を維持する酵素の特性を指す。本開示のCb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドについて、酵素活性は、セルラーゼ活性β-グルコシダーゼ活性が挙げられるを指す。本開示のCb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162ポリペプチドについて、酵素活性はヘミセルラーゼ活性を指す。本開示のCb1581ポリペプチドについて、酵素活性は、セルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する活性を指す。セルラーゼ特定の局面において、本開示のCb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629およびCb486ポリペプチドの1つ以上は、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、セルロース含有材料またはセルロースに対する酵素活性のピーク速度を有する。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、セルロース含有材料またはセルロースに対する酵素活性のピーク速度を有する。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、セルロース含有材料またはセルロースに対する酵素活性のピーク速度を有する。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有しており、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、当該カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。別の局面において、酵素カクテルが本明細書に示されており、ここで、当該カクテルは、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有しており、かつ約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。ヘミセルラーゼ特定の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の1つ以上は、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、酵素活性のピーク速度を有する。他の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、ヘミセルロースまたはヘミセルロース由来基質に対する酵素活性のピーク速度を有する。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において、ヘミセルロースまたはヘミセルロース由来基質に対する酵素活性のピーク速度を有する。本開示の酵素は、高い温度において相当な期間、有効な酵素活性を保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を含有している酵素カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも90保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも75保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも50保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約55°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約60°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約65°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約70°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約75°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。一実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを含有している酵素カクテルは、約80°Cの温度においてインキュベートされる場合に、少なくとも24時間にわたって酵素活性の初速度を少なくとも25保持している。本明細書に開示されている好熱特性および熱安定特性を有する、本明細書に開示されているセルラーゼカクテルは何れも、本明細書に開示されているヘミセルラーゼの何れか、および/またはセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素をさらに含有し得る。さらに、本明細書に開示されている好熱特性および熱安定特性を有する、本明細書に開示されているヘミセルラーゼカクテルは何れも、本明細書に開示されているセルラーゼの何れか、並びに/またはセルロースおよび/もしくはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進する酵素をさらに含有し得る。<用途>セルロース含有材料を分解する方法一局面において、セルロース含有材料を分解する方法が本明細書に示されている。一局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、1つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、3つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、4つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、5つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている6つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、6つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。当該方法において、1つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択され、Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択され、Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択され、Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択され、Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択され、Cb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドである。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。当該方法において、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択され、Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択され、Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択され、Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択され、Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択され、Cb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドである。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。当該方法において、3つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択され、Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択され、Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択され、Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択され、Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択され、Cb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドである。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。当該方法において、4つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択され、Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択され、Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択され、Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択され、Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択され、Cb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドである。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。当該方法において、5つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択され、Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択され、Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択され、Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択され、Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択され、Cb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドである。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている6つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。当該方法において、6つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択され、Cb1952ポリペプチドは、配列番号44、114、124、126、128および46のポリペプチドより選択され、Cb1953ポリペプチドは、配列番号60、61および111のポリペプチドより選択され、Cb1954ポリペプチドは、配列番号74、121および76のポリペプチドより選択され、Cb1946ポリペプチドは、配列番号86、87および113のポリペプチドより選択され、Cb629ポリペプチドは、配列番号98、119および100のポリペプチドより選択され、Cb486ポリペプチドは、配列番号106のポリペプチドである。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの1つ以上を含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの2つ以上を含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの3つ以上を含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの4つ以上を含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの5つ以上を含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの6つを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドをコードする1つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、1つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドをコードする2つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドをコードする3つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、3つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドをコードする4つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。4つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドをコードする5つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、5つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、本明細書に開示されている6つ以上の組換えポリペプチドをコードする6つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、6つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の1つ以上の組換えポリペプチドをコードする1つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、1つまたは複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の2つ以上の組換えポリペプチドをコードする2つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の3つ以上の組換えポリペプチドをコードする3つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の4つ以上の組換えポリペプチドをコードする4つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の5つ以上の組換えポリペプチドをコードする5つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の6つの組換えポリペプチドをコードする6つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物を、セルロース含有材料と接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、複数のポリペプチドおよびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、1つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチドまたはCb629ポリペプチドより選択され、当該組成物はCb486ポリペプチドを含有していない。別の局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドをコードする1つ以上の組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、1つまたは複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させること、ならびにセルロース分解を支持する条件下で、細胞およびセルロース含有材料をインキュベートすることを包含しており、ここで、1つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチドまたはCb629ポリペプチドより選択され、当該宿主細胞は、Cb486ポリペプチドをコードする組換え核酸を含んでいない。セルロース含有材料を、本明細書に開示されている、Cb486ではない1つ以上のセルラーゼと接触させることは、セルロース含有材料の分解の間にセロビオースおよび/または他のオリゴ糖の蓄積を導き得る。セロビオースおよび/またはオリゴ糖を含有している産物は、セロビオースおよび/またはオリゴ糖を効率的に利用して所望の最終産物例えば生物燃料を生成する生物または処理にとっての供給原料として有用であり得る。本明細書に使用されるとき、セルロース含有材料は、セルロースを含有している任意の材料バイオマスが挙げられるを指す。ここに開示されている方法を用いた使用に好適なバイオマスとしては、任意のセルロース含有材料が挙げられ、セルロース含有材料としては、ススキMiscanthus、スイッチグラス、ミクリ、ライグラス、クサヨシ、エレファントグラス、ヨシ、麦わら、大麦わら、キャノーラわら、エンバクわら、トウモロコシわら、ダイズわら、エンバク穀、モロコシ、コメ穀、サトウキビバガス、トウモロコシ繊維、可溶性物質添加の乾燥蒸留穀物DDGS、ウシクサBlueStem、トウモロコシの穂軸、マツ、カバ、ヤナギ、アスペン、ポプラ材、エネルギーケインenergycane、古紙、おがくず、林業の廃棄物、都市ごみ、古紙、収穫物の残余物、他の草本および他の木材が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの局面において、バイオマスはリグノセルロース材料である。また、セルロース含有材料はヘミセルロースを一般的に含有している。例えば、未処理の植物材料または部分的に処理された植物材料は一般的にヘミセルロースを含有している。いくつかの局面において、本明細書に開示されているセルロース含有材料を分解する方法は何れも、セルロース含有材料を、1つ以上のヘミセルラーゼと接触させることをさらに含み得る。セルロース含有材料を分解する本明細書に開示されている方法であって、セルロース含有材料を、1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つ以上のポリペプチドを含有している組成物と接触させることを含んでおり、かつ当該ポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される方法は何れも、セルロース含有材料を、配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドの1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上または6つと接触させることをさらに含み得る。一局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドならびに配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させることを含み得る。一局面において、バイオマス含有材料を分解する方法が、本明細書に示されており、当該方法は、1セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドならびに配列番号3、7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、ならびに2セルロース分解を支持する条件下で、上記ポリペプチドおよびバイオマス含有材料をインキュベートすることを含んでいる。セルロース含有材料を分解する本明細書に開示されている方法であって、セルロース含有材料を、本明細書に開示されている1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つの組換えポリペプチドをコードする1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つの組換え核酸を含んでいる宿主細胞と、培地中、複数の上記組換え核酸の発現を支持するために必要な条件下で接触させることを含んでおり、1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される方法は何れも、セルロース含有材料を、1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上または6つ以上の配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドと接触させることをさらに含み得る。一局面において、セルロース含有材料を分解する方法は、セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドならびに配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドをコードする組換え核酸を含有している宿主細胞と接触させることを含んでいる。一局面において、バイオマス含有材料を分解する方法が、本明細書に示されており、当該方法は、1セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドならびに配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドをコードする組換え核酸を含有している宿主細胞と接触させること、ならびに2セルロース分解を支持する条件下で、宿主細胞およびバイオマス含有材料をインキュベートすることを含んでいる。いくつかの局面において、セルロース含有材料を分解する、本明細書に開示されている方法は何れも、高い温度において実施され得る。いくつかの局面において、セルロース含有材料を分解する、本明細書に開示されている方法は何れも、約50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cにおいて、実施され得る。いくつかの局面において、セルロース含有材料を分解する、本明細書に開示されている方法は何れも、約50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cにおいて、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、16、18、20、22または24時間にわたって、実施され得る。セルロース含有材料を分解する、本明細書に開示されている方法が、高い温度において実施され、かつ組換え本明細書に開示されているポリペプチドを発現する宿主細胞を使用する場合に、いくつかの局面において、当該宿主細胞は好熱性生物である。前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法前処理されたバイオマスの粘度を低下させる方法が、本明細書にさらに示されている。構成要素の糖またはオリゴ糖への分解に使用されるバイオマスは、バイオマスのセルロース成分の加水分解を阻害し得る高レベルのリグニンを含有し得る。典型的に、バイオマスは、セルロース成分の加水分解の受けやすさを向上させるために、例えば高温および/または高圧を用いて前処理される。他の前処理としては、アンモニア繊維爆発AFEX、水蒸気爆発、ならびにアルカリ性水溶液、酸性溶液、有機溶剤、イオン性液体IL、電解水、リン酸またはこれらの組合せによる処理が挙げられるが、これらに限定されない。しかし、前処理は、高い粘度のバイオマス混合物を一般的に生じる。前処理されたバイオマス混合物の高い粘度は、前処理されたバイオマス混合物を取り扱う困難性を増大させ得、また、前処理されたバイオマス混合物の効率的な加水分解を妨げ得る。有利なことに、本明細書に開示されている組換えポリペプチドは、バイオマスのさらなる分解の前に、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させるために使用され得る。したがって、本開示の特定の局面は、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法に関する。当該方法は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、および前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることを含んでおり、1つ以上のポリペプチドは、セルラーゼ、ヘミセルラーゼ、ならびにセルロースおよび/またはヘミセルロースの酵素的加水分解を促進するポリペプチドの1つ以上より選択される。本開示の特定の局面は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、本明細書に開示されている1つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、および前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法に関する。ここで、1つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、本明細書に開示されている2つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、および前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。ここで、2つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、本明細書に開示されている3つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、および前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。ここで、3つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、本明細書に開示されている4つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、および前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。ここで、4つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、本明細書に開示されている5つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、および前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。ここで、5つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、本明細書に開示されている6つ以上の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、および前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。ここで、6つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの1つ以上を含有している組成物と接触させること、ならびに前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの2つ以上を含有している組成物と接触させること、ならびに前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの3つ以上を含有している組成物と接触させること、ならびに前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの4つ以上を含有している組成物と接触させること、ならびに前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドの5つ以上を含有している組成物と接触させること、ならびに前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。別の局面において、本開示は、初期の粘度を有する前処理されたバイオマス混合物を、配列番号46、76、100、106、111および113の6つの組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、ならびに前処理されたバイオマス混合物の初期の粘度を低下させる十分な条件下で、接触させたバイオマス混合物をインキュベートすることによって、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法を包含している。いくつかの局面において、開示されている上記方法は前処理過程の一部として実施される。前処理過程は、バイオマスを前処理するステップの後に、前処理されたバイオマス混合物に対して、本明細書に開示されている組換えポリペプチドの1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つ以上を含有している組成物を加えること、ならびに混合物の粘度を低下させる十分な条件下で、前処理されたバイオマスをポリペプチドと共にインキュベートすることのさらなる工程を含み得る。ここで、1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。混合物の温度が高いときにか、または混合物の温度が下がった後に、ポリペプチドまたは組成物は、前処理されたバイオマス混合物に加えられ得る。いくつかの局面において、上記方法は、前処理が実施された同じ容器vesselまたは入れ物containerにおいて実施される。いくつかの局面において、上記方法は、前処理が実施されたのとは別の容器または入れ物において実施される。いくつかの局面において、上記方法は、高濃度の塩の存在下例えば、飽和濃度の塩を含んでいる溶液少なくとも0.1M、0.2M、0.3M、0.4M、0.5M、1M、1.5M、2M、2.5M、3M、3.5Mもしくは4M、または約0.1M、0.2M、0.3M、0.4M、0.5M、1M、1.5M、2M、2.5M、3M、3.5Mまたは4Mの濃度における塩化ナトリウムNaClまたは0.1M、0.2M、0.3M、0.4M、0.5M、1M、1.5M、2M、2.5M、3.0Mもしくは3.2Mまたは約0.1M、0.2M、0.3M、0.4M、0.5M、1M、1.5M、2M、2.5M、3.0Mまたは3.2Mの濃度における塩化カリウムKClを含んでいる溶液、および/またはイオン性液体例えば、1,3-ジメチルイミダゾリウムジメチルホスフェート[DMIM]DMPまたは[EMIM]OAcまたは界面活性剤例えば、SDS、CHAPS、スルフィドリル試薬例えば、飽和の硫酸アンモニウムまたは0~1Mもしくは約0~1Mの硫酸アンモニウムの存在下において実施される。いくつかの局面において、上記方法は、約50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89または90°Cの温度において実施される。いくつかの局面において、上記方法は、広範な温度範囲例えば、20°C~50°C、25°C~55°C、30°C~60°C、40°C~80°C、60°C~80°Cもしくは60°C~100°C、または約20°C~50°C、約25°C~55°C、約30°C~60°C、約40°C~80°C、約60°C~80°Cもしくは約60°C~100°Cおいて実施される。いくつかの局面において、上記方法は、広範なpH範囲例えば、約4.5~8.75のpH、7を超えるpH、8.5のpH、または少なくとも5.0、5.5、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0もしくは8.5のpHにおいて実施される。前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる本明細書に開示されている方法であって、前処理されたバイオマス混合物を、ポリペプチドの1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つ以上を含有している組成物と接触させることを含んでおり、かつ当該ポリペプチドが、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される方法は何れも、前処理されたバイオマス混合物を、配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドの1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上または6つと接触させることをさらに含み得る。一局面において、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法は、前処理されたバイオマス混合物を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドならびに配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させることを含んでいる。一局面において、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させる方法が本明細書に示されている。ここで、当該方法は、1前処理されたバイオマス混合物を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドならびに配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること、ならびに2前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させるために、上記ポリペプチドをインキュベートし、前処理されたバイオマス混合物の粘度を低下させることを含んでいる。セルロース含有材料を発酵産物に変換する方法セルロース含有材料を発酵産物に変換する方法が、さらに本明細書に示されている。一局面において、セルロース含有材料を発酵産物に変換する方法は、以下の工程:Aセルロース含有材料を、1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つ以上のポリペプチドを含有している組成物と接触させること;B1つ、2つ、3つ、4つ、5つまたは6つ以上のポリペプチドを含有している組成物と共に、セルロース分解を支持する条件下で、糖を得るためにセルロース含有材料をインキュベートすること;ならびにC発酵産物を生産するのに十分な条件下で、発酵微生物と共に糖を培養することを含んでいる。ここで、上記ポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、セルロース含有材料を発酵産物に変換する方法は、Aセルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有している組成物と接触させること;B配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドを含有している組成物と共に、セルロース分解を支持する条件下で、糖を得るためにセルロース含有材料をインキュベートすること;ならびにC発酵産物を生産するのに十分な条件下で発酵微生物と共に糖を培養することを含んでいる。セルロース含有材料を発酵産物に変換する本明細書に開示されている方法は何れも、前処理されたバイオマス混合物を、配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドの1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上または6つと接触させることをさらに含み得る。一局面において、セルロース含有材料を発酵産物に変換する方法は、セルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドならびに配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させることを含んでいる。一局面において、セルロース含有材料を発酵産物に変換する方法が、本明細書に示されており、当該方法は、以下の工程:Aセルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113の組換えポリペプチドならびに配列番号7、13、19、27、33および37の組換えポリペプチドを含有している組成物と接触させること;B配列番号46、76、100、106、111、113、7、13、19、27、33および37のポリペプチドを含有している組成物と共に、セルロース分解を支持する条件下で、糖を得るためにセルロース含有材料をインキュベートすること;ならびにC発酵産物を生産するのに十分な条件下で、発酵微生物と共に糖を培養することを含んでいる。セルロース含有材料の分解から得られる糖としては、グルコース、セロビオース、キシロース、アラビノース、ガラクトース、グルクロン酸およびマンノースが挙げられるが、これらに限定されない。セルロース含有材料の分解から得られる糖から生産され得る発酵産物としては、エタノール、n-プロパノール、n-ブタノール、イソ-ブタノール、3-メチル-1-ブタノール、2-メチル-1-ブタノール、3-メチル-1-ペンタノールおよびオクタノールが挙げられるが、これらに限定されない。発酵微生物としては、Saccharomycessppが挙げられるが、これらに限定されない。統合されたバイオプロセシング方法統合されたバイオプロセシングによってセルロース含有材料を発酵産物に変換する方法が、さらに本明細書に示されている。統合されたバイオプロセシングは、酵素生成、バイオマスの加水分解および生物燃料の生産を1段階に組み合わせる。一局面において、統合されたバイオプロセシングによってセルロース含有材料を発酵産物に変換する方法は、以下の工程:Aセルロース含有材料を、1つ、2つ、3つ、4つ、5つもしくは6つ以上のポリペプチドをコードする組換え核酸および生物燃料の生産のための生化学的な経路に関与する1つ以上のポリペプチドをコードする1つ以上の組換え核酸を有する細胞と、これらの核酸の発現を支持するのに十分な条件下で接触させること;Bセルロース分解および発酵を支持する条件下で、発酵産物を生産するためにセルロース含有材料を、組換え核酸を発現する細胞と共にインキュベートすることを含んでいる。ここで、1つ、2つ、3つ、4つ、5つもしくは6つ以上のポリペプチドは、Cb1952ポリペプチド、Cb1953ポリペプチド、Cb1954ポリペプチド、Cb1946ポリペプチド、Cb629ポリペプチドまたはCb486ポリペプチドより選択される。別の局面において、統合されたバイオプロセシングによってセルロース含有材料を発酵産物に変換する方法は、以下の工程:Aセルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111および113のポリペプチドをコードする組換え核酸、および生物燃料の生産のための生化学的な経路に関与する1つ以上のポリペプチドをコードする1つ以上の組換え核酸を有する細胞と、これらの核酸の発現を支持するのに十分な条件下で接触させること;Bセルロース分解および発酵を支持する条件下で、発酵産物を生産するためにセルロース含有材料を、組換え核酸を発現する細胞と共にインキュベートすることを含んでいる。別の局面において、統合されたバイオプロセシングによってセルロース含有材料を発酵産物に変換する方法は、以下の工程:Aセルロース含有材料を、配列番号46、76、100、106、111、113、7、13、19、27、33および37のポリペプチドをコードする組換え核酸、および生物燃料の生産のための生化学的な経路に関与する1つ以上のポリペプチドをコードする1つ以上の組換え核酸を有する細胞と、これらの核酸の発現を支持するのに十分な条件下で接触させること;Bセルロース分解および発酵を支持する条件下で、発酵産物を生産するためにセルロース含有材料を、組換え核酸を発現する細胞と共にインキュベートすることを含んでいる。セルロース含有材料の分解にから得られる糖から生産され得る発酵産物としては、エタノール、n-プロパノール、n-ブタノール、イソ-ブタノール、3-メチル-1-ブタノール、2-メチル-1-ブタノール、3-メチル-1-ペンタノールおよびオクタノールが挙げられるが、これらに限定されない。<ポリペプチドの濃度>特定の局面において、本開示のポリペプチドは、各ポリペプチドについて少なくとも0.01nMの濃度において基質に供給される。特定の局面において、上記ポリペプチドは、各ポリペプチドについて少なくとも0.1nMの濃度において基質に供給される。特定の局面において、上記ポリペプチドは、各ポリペプチドについて少なくとも1nMの濃度において基質に供給される。特定の局面において、上記ポリペプチドは、各ポリペプチドについて少なくとも10nMの濃度において基質に供給される。特定の局面において、上記ポリペプチドは、各ポリペプチドについて少なくとも0.1μMの濃度において基質に供給される。特定の局面において、上記ポリペプチドは、各ポリペプチドについて少なくとも10μMの濃度において基質に供給される。特定の局面において、上記ポリペプチドは、各ポリペプチドについて少なくとも100μMの濃度において基質に供給される。<耐熱性セルラーゼの、耐熱性のヘミセルロース分解酵素との組合せ>いくつかの局面において、本開示の耐熱性のセルロース分解酵素は、耐熱性ヘミセルラーゼに供給される。セルロースおよびヘミセルロースの両方を含有している材料例えば、陸上植物に由来するバイオマスの分解を向上させるために、耐熱性ヘミセルラーゼは、本開示の耐熱性のセルロース分解酵素に供給され得る。本明細書に開示されているいくつかの局面において、本開示のセルラーゼの混合物は、ヘミセルラーゼの混合物と組み合わせられている場合に、驚くべき相乗効果を示す。そのような例において、複数のセルラーゼを含有している混合物は、複数のヘミセルラーゼを含有している混合物を有するカクテルにおいて混合されている場合に、セルラーゼの上記混合物が複数のヘミセルラーゼを含有している混合物と組み合わせられていない場合と比べて、より高いセルラーゼ活性を有する。また、いくつかの例において、ヘミセルラーゼを含有している混合物は、複数のセルラーゼを含有している混合物を有するカクテルにおいて組み合わせられている場合に、複数のセルラーゼを含有している混合物と組み合わせられていない場合のヘミセルラーゼの混合物の活性と比べて、より高いヘミセルラーゼ活性を有する。したがって、本明細書に示されているセルラーゼおよびヘミセルラーゼの混合物は、驚くべき相乗効果を有し得、ここで、酵素の各混合物は、他の混合物と組み合わせられている場合に、酵素の混合物の何れかが基質に対して単独に供給されている場合より高い活性を有する。耐熱性ヘミセルラーゼは、ヘミセルロースを分解可能な生物から入手され得る。一局面において、耐熱性ヘミセルラーゼは、セルロースを分解可能な生物から直接的に単離され得る。別の局面において、耐熱性ヘミセルラーゼは、宿主細胞および耐熱性ヘミセルラーゼ遺伝子を含んでいる発現ベクターの使用によって、組換え的に生産される。耐熱性ヘミセルラーゼおよび/または耐熱性ヘミセルラーゼをコードする遺伝子は、ヘミセルロースを分解可能な種々の生物古細菌、真正細菌、真菌および原生動物の生物が挙げられるが、これらに限定されないから単離され得る。いくつかの局面において、耐熱性ヘミセルラーゼは、Cbesciiの耐熱性ヘミセルラーゼと関連する組換えポリペプチドである。いくつかの局面において、耐熱性ヘミセルラーゼは、配列番号3、7、13、19、27、33および37の何れかのアミノ酸配列を含んでいる。いくつかの局面において、耐熱性ヘミセルラーゼをコードするポリヌクレオチドは、配列番号4、8、14、20、28、34および38の何れかの核酸配列を含んでいる。<ヘミセルラーゼの酵素活性の相乗効果>特定の実施形態において、本開示の酵素は、酵素カクテルとして提供される。ここで、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上は、ヘミセルロースまたはヘミセルロース由来基質を分解するために、共に提供される。特定の実施形態において、複数の上記酵素は、相乗的に機能し、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上の組合せは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、単一の酵素の活性より効率的である。同様に、特定の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の3つ以上を有する酵素カクテルは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、1つまたは2つの酵素を有する酵素カクテルより効率的である。特定の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の4つ以上を有する酵素カクテルは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、1つ、2つまたは3つの酵素を有する酵素カクテルより効率的である。特定の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の5つ以上を有する酵素カクテルは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、1つ、2つ、3つまたは4つの酵素を有する酵素カクテルより効率的である。特定の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを有する酵素カクテルは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、1つ、2つ、3つ、4つまたは5つの酵素を有する酵素カクテルより効率的である。他の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の2つ以上を有する酵素カクテルは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、酵素ユニットの総量が同じであるが1種のみの酵素を有する酵素カクテルより効率的である。他の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の3つ以上を有する酵素カクテルは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、酵素ユニットの総量が同じであるが1種もしくは2種のみの酵素を有する酵素カクテルより効率的である。他の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の4つ以上を有する酵素カクテルは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、酵素ユニットの総量が同じであるが1種、2種もしくは3種のみの酵素を有する酵素カクテルより効率的である。他の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の5つ以上を有する酵素カクテルは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、酵素ユニットの総量が同じであるが1種、2種、3種もしくは4種のみの酵素を有する酵素カクテルより効率的である。他の実施形態において、酵素Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の6つ全てを有する酵素カクテルは、ヘミセルロースの分解およびヘミセルロースからの単糖の遊離において、酵素ユニットの総量が同じであるが1種、2種、3種、4種もしくは5種のみの酵素を有する酵素カクテルより効率的である。<ヘミセルロースおよびヘミセルロースを含有している材料の処理方法>上述したヘミセルラーゼ酵素およびバリアントは、キシロース骨格から1つ以上の官能基を切断することによってヘミセルロースを分解し、切断ヘミセルロースを形成させるために、単独で、または組合せにおいて使用され得る。本開示の方法を用いて処理されたヘミセルロースは、少なくとも91、92、93、94、95、96、97、98、99または100分解されている。ヘミセルロースに存在するサブユニット間に存在する結合または連結を酵素が切断する場合に、ヘミセルロース基質は分解される。分解産物は、キシロース、アラビノース、グルクロニル基、アセチル基に加えて、他の官能基および炭化水素を含み得る。一局面において、ヘミセルロースを含有している植物材料または単離されたヘミセルロースは、上述の酵素例えば、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162の1つ以上を用いて処理される。一実施形態において、ヘミセルロースは、1つ以上の酵素Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162が挙げられると組み合わせて、Cb193を用いて処理される。一実施形態において、ヘミセルロースは、1つ以上の酵素Cb193、Cb1172、Cb909、Cb2487およびCb162が挙げられると組み合わせて、Cb195を用いて処理される。理論に縛られることなく、出願人は、本開示の方法が以下の機序を介してヘミセルロースを分解すると考えている。エンドキシラナーゼCb193、Cb195またはバリアントを用いたヘミセルロースの処理は、キシロース骨格におけるβ-1,4-キシロース結合を切断して、β-1,4-結合におけるキシロースのより短い鎖を生成する。α-L-アラビノフラノシダーゼCb1172またはバリアントを用いたヘミセルロースの処理は、ヘミセルロースのキシロース骨格または分枝もしくは脱分枝アラビナンからアラビノース部分を切断し、アラビノースを専ら生成する。α-グルクロニダーゼCb909またはバリアントを用いたヘミセルロースの処理は、キシランの4-O-メチル-D-グルクロン酸およびβ-1,4-キシロシド結合骨格の間のα-1,2-グリコシド結合を切断する。β-キシロシダーゼCb2487またはバリアントを用いたヘミセルロースの処理は、キシロース骨格におけるβ-1,4-キシロシド結合を切断する。Cb162またはバリアントを用いたヘミセルロースの処理は、ヘミセルロースにおけるキシロースとアセチル基の側鎖との間の結合を切断して、他のヘミセルラーゼ例えば、キシラナーゼおよびβ-キシロシダーゼに対するより良好な接近容易性をキシランの骨格に付与する。組合せすなわち2つ以上の酵素を使用することは、相乗的なヘミセルラーゼの分解活性をもたらすと考えらえる。特定の実施形態において、ヘミセルロースを含有している植物材料または単離されたヘミセルロースは、少なくとも約50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99以上、または完全な100の配列同一性/配列類似性を、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162に対して有するアミノ酸配列を含んでいる、単離されたポリペプチドまたは組換えポリペプチドの1つ以上を用いて処理され得る。上記ポリペプチドは、単独で、または組成物として直接的に使用され得る。本開示の他の方法において、ヘミセルロースは、1つ以上のポリペプチドCb193、Cb195、Cb1172、Cb2487、Cb909およびCb162が挙げられるを分泌するトランスジェニック宿主細胞との接触によって分解される。いくつかの実施形態において、トランスジェニック宿主細胞は、Escherichia、Pseudomonas、Proteus、Ralstonia、Streptomyces、Staphylococcus、Lactococcus、Bacillus、Saccharomycescerevisiae、Schizosaccharomycespombe、Yarrowialipolytica、Hansenulapolymorpha、Kluyveromyceslactis、Pichiapastoris、spergillus、ChrysosporiumlucknowenseまたはTrichodermareeseiであり得る。いくつかの実施形態において、トランスジェニック宿主細胞は、好熱性微生物であり得る。一実施形態において、好熱性の宿主細胞は、Caldicellulosiruptorbesciiである。トランスジェニック宿主細胞は、Cb193、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487、Cb162またはそれらのバリアントをコードするベクターを含み得る。いくつかの実施形態において、ヘミセルロースは、Cb195、Cb1172、Cb909、Cb2487、Cb162およびそれらのバリアントの1つ以上と組み合わせてか、または単独に、Cb193またはバリアントを用いて処理することによって分解される。いくつかの実施形態において、ヘミセルロースは、Cb193、Cb1172、Cb909、Cb2487、Cb162およびそれらのバリアントの1つ以上と組み合わせてか、または単独に、Cb195またはバリアントを用いて処理することによって分解される。本開示の方法は、ヘミセルロースを含有している任意の植物材料を用いて実施され得る。ここに開示されている方法を用いた使用に好適な植物材料としては、ススキ、スイッチグラス、ミクリ、ライグラス、クサヨシ、エレファントグラス、ヨシ、麦わら、大麦わら、キャノーラわら、エンバクわら、トウモロコシわら、ダイズわら、エンバク穀、モロコシ、コメ穀、サトウキビバガス、トウモロコシ繊維、可溶性物質添加の乾燥蒸留穀物DDGS、ウシクサBlueStem、トウモロコシの穂軸、マツ、カバ、ヤナギ、アスペン、ポプラ材、およびエネルギーケインが挙げられる。また、上記方法は、単離されたヘミセルロースに対して実施され得る。特定の実施形態において、本開示の耐熱性酵素は、各酵素について少なくとも0.01nM酵素の濃度において基質に供給される。特定の実施形態において、本開示の耐熱性酵素は、各酵素について少なくとも0.1nM酵素の濃度において基質に供給される。特定の実施形態において、本開示の耐熱性酵素は、各酵素について少なくとも1nM酵素の濃度において基質に供給される。特定の実施形態において、本開示の耐熱性酵素は、各酵素について少なくとも10nM酵素の濃度において基質に供給される。特定の実施形態において、本開示の耐熱性酵素は、各酵素について少なくとも0.1μM酵素の濃度において基質に供給される。特定の実施形態において、本開示の耐熱性酵素は、各酵素について少なくとも10μM酵素の濃度において基質に供給される。特定の実施形態において、本開示の耐熱性酵素は、各酵素について少なくとも100μM酵素の濃度において基質に供給される。本開示の方法は、ヘミセルロースが分解され得る任意のpHおよび温度において実施され得る。しかしながら、特定の実施形態において、本開示の方法は、約5~約7のpH範囲、および約60~約80°Cの温度もしくは約60~約80°Cの間の温度において実施される。<耐熱性のヘミセルロース分解酵素の、耐熱性セルラーゼとの組合せ>いくつかの実施形態において、本開示の耐熱性のヘミセルロース分解酵素は、耐熱性セルラーゼに供給される。セルラーゼはセルロースを加水分解し得る酵素であり、セルラーゼとしては、エキソグルカナーゼ、エンドグルカナーゼおよびβ-グルコシダーゼが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの局面において、耐熱性セルラーゼは約55°Cの温度において最良の酵素活性を有する。耐熱性セルラーゼは、セルロースおよびヘミセルロースの両方を含有している材料例えば、陸上植物に由来するバイオマスの分解を促進するために、本開示の耐熱性のヘミセルロース分解酵素に供給され得る。例えば限定することなく、一局面において、本開示のヘミセルロース分解酵素および耐熱性セルラーゼを発現する微生物が提供され得る。また、一局面において、本開示のヘミセルロース分解酵素を含有している組成物は、耐熱性セルラーゼを含有し得る。他の局面において、バイオマスを分解する方法、バイオマスを発酵産物に変換する方法、およびバイオマスを燃料に変換する方法が提供され、これらの方法において、バイオマスは、本開示のヘミセルロース分解酵素および耐熱性セルラーゼと接触させられる。耐熱性セルラーゼは、セルロースを分解可能な生物から入手され得る。一局面において、耐熱性セルラーゼは、セルロースを分解可能な生物から直接的に入手される。別の局面において、耐熱性セルラーゼは、宿主細胞、および耐熱性セルラーゼをコードする遺伝子を含んでいる発現ベクターの使用を介して組換え的に生産される。耐熱性セルラーゼ、および/または耐熱性セルラーゼをコードする遺伝子は、セルロースを分解可能な種々の生物例えば、古細菌、真正細菌、真菌および原生動物の生物が挙げられるが、これらに限定されないから単離され得る。セルロースを分解可能な生物としては、例えば、以下の属Aquifex、Bacillus、Rhodothermus、Thermobifida、Thermotoga、naerocellum、Sulfolobus、PyrococcusandCaldicellulosiruptorに属する生物が挙げられるが、これらに限定されない。Ecoliにおいて生産されたAquifexaeolicusの耐熱性の組換えエンドグルカナーゼは、100°Cにおいて2時間の半減期を伴って、80°CおよびpH7.0において最大の活性を示したKimJSLeeYYTorgetRWCellulosehydrolysisunderextremelylowsulfuricacidandhightemperatureconditionsApplBiochemBiotechnol9193331340。AnaerocellumthermophilumおよびCaldicellulosiruptorsaccharolyticusによって生産されたエンドグルカナーゼは、プロリン-スレオニンリッチ領域によって炭水化物結合ドメインに連結されている2つの触媒ドメインから構成されているマルチドメイン酵素であるZverlovVMahrSRiedelKBronnenmeierKPropertiesandgenestructureofabifunctionalcellulolyticenzymefromtheextremethermophileAnaerocellumthermophilumwithseparateglycosylhydrolasefamily9and48catalyticdomainsMicrobiology144457465TeoVSSaulDJBergquistPLcelAanothergenecodingforamultidomaincellulasefromtheextremethermophileCaldocellumsaccharolyticumApplMicrobiolBiotechnol43291296Sauletal1990。Rhodothermusmarinusの組換えエンドグルカナーゼは、6.0~7.0の至適pHおよび100°Cに至適温度を有するHalldorsdottirSThorolfsdottirETSpilliaertRJohanssonMThorbjarnardottirSHPalsdottirAHreggvidssonGOKristjanssonJKHolstOEggertssonGCloningsequencingandoverexpressionofaRhodothermusmarinusgeneencodingathermostablecellulaseofglycosylhydrolasefamily12ApplMicrobiolBiotechnol49277284。また、好気性の好熱性真正細菌であるhermuscaldophilusは、産物としてセロビオースおよびセロトリオースを伴って、CMCに対する高い活性を示すエンドグルカナーゼを生産するKimDParkBHJungBWKimMKHongSILeeDSIdentificationandmolecularmodelingofafamily5endocellulasefromThermuscaldophilusGK24acellulolyticstrainofThermusthermophilusIntJMolSci7571589。また、耐熱性セルラーゼは、Bacillussubtilis由来のセルラーゼMawadzaCHattiKaulRZvauyaRandMattiassonB2000PurificationandcharacterizationofcellulasesproducedbytwoBacillusstrainsJBiotechnol83pp177187、Pyrococcusfuriosus由来のセルラーゼKengenSLuesinkEStamsAandZehnderA1993PurificationandcharacterizationofanextremelythermostableβglucosidasefromthehyperthermophilicarchaeonPyrococccusfuriosusEurJBiochem213pp305312、Pyrococcushorikoshi由来のセルラーゼAndoSIshidaHKosugiYandIshikawaK2002HyperthermostableendoglucanasefromPyrococcushorikoshiApplEnvironMicrobiol68pp430433、Rhodothermusmarinus由来のセルラーゼHreggvidssonGOKaisteEHoistOEggertssonGPalsdottirAandKristjanssonJK1996AnextremelythermostablecellulasefromthethermophiliceubacteriumRhodothermusmarinusApplEnvironMicrobiol62pp30473049、Thermatogamaritema由来のセルラーゼBronnenmeierKKernALibelWandStaudenbauerW1995PurificationofThermatogamaritemaenzymesforthedegradationofcellulosematerialsApplEnvironMicrobiol61pp13991407、およびThermatoganeapolitana由来のセルラーゼBokJGoersSandEveleighD1994CellulaseandxylanasesystemsofThermatoganeapolitanaACSSympSer566pp5465BokJDieneshAYernoolDandEveleighD1998PurificationcharacterizationandmolecularanalysisofthermostablecellulasesCeIAandCeIBfromThermatoganeapolitanaApplEnvironMicrobiol64pp47744781について説明されている。いくつかの局面において、耐熱性セルラーゼは、Cb1952、Cb1953、Cb1954、Cb1946、Cb629またはCb486ポリペプチドの何れかである。いくつかの局面において、本明細書に示されているセルラーゼとの、ヘミセルラーゼまたはヘミセルラーゼの任意の混合物は、Cb1581ポリペプチドをさらに供給され得る。<さらなる用途>本明細書に記載の方法は、リグノセルロース材料を生物燃料に変換するために有用な他の方法と組み合わせて、実施され得る。例えば、植物材料は前処理に供され得、当該前処理としては、アンモニア繊維爆発AFEX、水蒸気爆発、アルカリ性水溶液による処理、酸性溶液による処理、有機溶剤による処理、イオン性液体ILによる処理、電解水による処理、リン酸による処理およびこれらの組合せが挙げられる。植物材料からリグニンを除去する前処理は、ヘミセルロースから遊離する糖の全体量を向上させ得る。セルラーゼが植物の細胞壁からグルコースを遊離させるために使用される場合の特定の実施形態において、本開示のヘミセルラーゼ酵素カクテルは、植物材料のヘミセルロース成分を加水分解し、植物材料のセルロース部分に対するセルラーゼカクテルの接近容易性を向上させるために使用され得る。典型的に、本開示の組成物および方法は、生物燃料または特殊化学製品を生産するために使用される。一局面において、本開示の組成物および方法は、ヘミセルロースを発酵性糖に分解するために使用される。発酵性糖は、それから生物燃料成分例えば、エタノール、プロパノールおよびブタノールまたは特殊化学製品例えば、ケトンおよびアルデヒドに変換される。本明細書に記載のヘミセルロースに関連する方法は、セルラーゼと組み合わせて実施され得る。さらなる方法は、単胃動物の農業ブタおよび家禽の生産が挙げられるにとっての飼料添加物としてのポリペプチドおよび組成物の使用のために、提供される。実施例以下に示す例は、単なる説明に過ぎず、いかなる方法による本発明のいかなる側面の制限を意図するものではない。<実施例1:エンドキシラナーゼCb193配列番号3および4>エンドキシラナーゼCb193を、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。この酵素は、Cb193の遺伝子産物である。Cbは、Cbesciiを意味する。エンドキシラナーゼは、ヘミセルロースのキシロース骨格をランダムに切断し、β-1,4-結合を有するより短いキシロースの鎖を生成させる。これらのキシロオリゴ糖は、2つ以上の糖サブユニットに渡り得る。Cb193タンパク質は、671のアミノ酸長であり、かつ、77.7kDaの分子量を有するHis-tag短縮型Cb193タンパク質。このタンパク質は、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー10触媒ドメイン図2A内に挿入された、2つの推定炭水化物結合モジュールCBMを有する。Cb193のクローニングCb193遺伝子を、iProofHFDNAポリメラーゼBIORADを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiのゲノムDNAから増幅した。Cb193遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した。Cb193For5’GACGACGACAAGATGAACTTTGAAGGAAGAGAC3’配列番号134Cb193Rev5’GAGGAGAAGCCCGGTTATTTTTTAGCCTTTAC3’配列番号135ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCR増幅の後、Cb193遺伝子の増幅を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。次いで、精製したPCR産物にT4DNAポリメラーゼNovagenを添加し、適合するオーバーハングを生成させた。反応の後、pET46Ek/LICベクターを用いて、以下のアニーリング反応を行った。インキュベーションの後、反応物にEDTAを添加した。Cb193-pET46Ek/LICのアニーリング混合物を、エレクトロポレーションによって大腸菌EcoliJM109に導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、3つのコロニーを選んで、10mLのLB-アンピシリン培地に植えつけた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、ミニプレップを細胞培養物から作製した。次いで、プラスミド/インサートDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを1アガロースゲル上で電気泳動した。次いで、ヌクレオチドのシークエンシングによって、遺伝子の完全性を確かめた。遺伝子発現のため、プラスミドの1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコールおよびアンピシリンを100μg/mlおよび50μg/mlで添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5~6つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した3mlのLBブロスに植えつけ、4時間培養した。1mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した500mlのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.25に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.5mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。タンパク質精製培養物を遠心分離し、細胞ペレットを回収した。次いで、ペレットを、溶解バッファー50mMTris-HClpH7.5、300mMNaClに懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするための遠心分離の後、上清を、コバルト導入レジンTALON、CloneTechにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために数回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン標識化Cb193を、次いで、150mMのイミダゾールを添加した溶解バッファーからなる溶出バッファーを用いて、レジンから溶出した。Cb193の遺伝子産物は、短縮型として発現した。シグナルペプチドを表す最初の41アミノ酸は除去した。野生型の生物Cbesciiでは、シグナルペプチドは、Cb193の細胞外への輸送を容易にするため、培地中において、そのターゲット基質キシランまたは植物細胞壁に作用し得る。通常、シグナルペプチドは、細胞外に輸送された後、タンパク質からプロセシング切断される。シグナルペプチドは、組換えタンパク質を作製する際、しばしば問題になり得る。この潜在的な問題に対処するため、すなわち、タンパク質のペリプラズムへの分泌を回避するために、PCRプライマーは、シグナルペプチドを取り除くように設計される。シグナルペプチドは、触媒活性に影響を与えない。また、PCRプライマーの設計によって、プラスミドにコードされた6-ヒスチジンにタンパク質が融合することを確実にした。6つのヒスチジンは、ニッケル導入レジンまたはコバルト導入レジンに結合する。結合したタンパク質は、イミダゾールを含んでいるバッファーを用いて、レジンから除去できる。この方法によって、目的のタンパク質を素早く精製することできる。Cb193アミノ酸配列Cb193[エンド-1,4-βキシラナーゼA前駆体EC3.2.1.8]アミノ酸配列は、配列番号3に開示されている。配列番号3のCb193のアミノ酸番号1~41に対応する、Cb193のシグナルペプチドを、Cb193タンパク質発現ベクターを作製するために除去した。シグナルペプチドのないCb193タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号37に開示されている。Cb193ヌクレオチド配列Cb193のヌクレオチド配列は、配列番号4に開示されている。Cb193のシグナルペプチドに対応する、配列番号4のヌクレオチド番号1~123は、Cb193を作製するためにクローンされた遺伝子には存在しなかった。最初の123個のヌクレオチドを欠いたCb193遺伝子は、配列番号38に開示されており、配列番号37のアミノ酸配列をコードする。Cb193遺伝子をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングするための処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。この短いタンパク質は、配列番号15の最初の15個のアミノ酸を含んでいる。配列番号6をコードするヌクレオチド配列は、配列番号5である。Cb193遺伝子を、大腸菌において発現させた。そして、タンパク質を、3つの工程TALONアフィニティクロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過によって精製した。図2Bは、精製したCb193のSDS-PAGEを示す。分子マーカーは、Mが付されたレーンにある。酵素活性Cb193の酵素活性を、Morag,E.,Bayer,E.A.,およびLamed,R.の方法RelationshipofcellulosomalandnoncellulosomalxylanasesofClostridiumthermocellumtocellulosedegradingenzymesJBacteriol199017260986105に従って測定した。1μLのサンプル上清酵素と反応させた基質を、TLCプレートにスポットした。それぞれ0.2μLの1キシロース/キシロビオース/キシロトリオース/キシロテトラオース/キシロペンタオースを組み合わせて、マーカー混合物を作製した。全ての糖を、Megazymeから購入した。スポットを乾燥させ、それから、TLCプレートを、養成タンク内で1時間養成した。プレートを、チャンバー内で30分間乾燥させた。結果を可視化するために、プレートに可視化試薬をスプレーし、5~10分間、75°Cでインキュベートした。図2Cは、TLC分析を用いた、天然基質におけるCb193の酵素活性を示す。様々な基質を試した:可溶性コムギアラビノキシランSWAX、オートスペルトキシランOSX、カバ材キシランBWX、カルボキシメチルセルロースCMC、リケナン、グルコマンナン、1,4β-マンナン、アラビナンである。SWAX、OSX、およびBWXの場合、Cb193の存在下では、短いキシロース鎖が遊離した。マイナス-レーンでは酵素を添加しなかったため、加水分解産物は遊離しなかった。X1キシロース単量体、X2キシロース二量体または二糖、X3三糖、X4四糖、五糖X5を、第1レーンMにマーカーとしてロードした。結果は、この酵素が、複合基質SWAX、OSX、およびBWXから、より短い鎖またはオリゴ糖を遊離させたことを示した。SWAXおよびOSXの酵素的加水分解の後、Lever,M.の方法AnewreactionforcolorimetricdeterminationcarbohydratesAnalBiochem197247273279に従って、グルコース同等物の濃度を決定した。1.5mLのマイクロ遠心チューブを、化学天秤においてゼロに合わせた。次いで、5±0.1mgのSWAXまたはOSXを各チューブに添加し、重量を測定して記録した。各チューブに添加する必要がある体積は、重量に基づき算出した。反応バッファーをはじめとして、リン酸ナトリウム反応バッファーおよび酵素を、各チューブに添加した。チューブを、ロティセリエ式チューブミキサー内において、37°Cで15時間、連続的に混合しながらインキュベートした。チューブを、10,000rpm、4°Cで5分間遠心分離した。100μLのサンプル上清を、pHBAHアッセイのためのきれいな1.5mL遠心チューブに移し、150μLのクエン酸ナトリウム反応バッファーを添加して、最終体積を250μLにした。1mLのグルコースのストック溶液を、クエン酸ナトリウムバッファーにおける濃度が20mMになるように作製し、次の各濃度20mM、10mM、5mM、2.5mM、1.25mM、0.625mM、0.3125mMになるように、クエン酸ナトリウムバッファーにおいて連続的な希釈を行った。50mgのpHBAHを、最終濃度が0.1w/vになるように、50mLの氷冷クエン酸/NaOH溶液に溶かし、この溶液を氷上に保持した。112.5μLのpHBAH溶液を、37.5μLのサンプルおよびグルコース標準溶液に添加し、チューブを100°Cで10分間インキュベートした。チューブを、室温で5分間インキュベートした。標準およびサンプルにおける、410nmにおける波長を測定した。A410nmとグルコース濃度とを、互いに対してプロットし、線形回帰を用いて、データに対してフィットする線を求めた。相関係数R2値は、0.98と1.0との間であった。標準カーブからの式を用いて、サンプルにおける吸光度に基づきサンプルの還元末端の濃度を算出した。図2Eは、還元糖アッセイからの、天然基質におけるCb193の酵素活性を示す。この実験では、基質からの産物の遊離を決定するために、還元糖についての別のアッセイを用いた。既知のグルコース濃度およびパラヒドロキシ安息香酸ヒドラジドの存在下におけるそれらの吸光度発色に基づいて、標準を定めたCannetal1999JBacterial18116431651および上述の他の参考文献LaverM1972。酵素を基質とインキュベートすることによって、グルコース同等物の濃度として定量化される産物が遊離した。図3は、Cb193の熱安定性を示す。最終5nMのCb193を、70~90°Cの種々の温度においてインキュベートした。Cb193酵素は、70°C、75°C、80°C、85°C、および90°Cでインキュベートした。インキュベートした酵素を、一定の時点0時間、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間、16時間、24時間において取り出し、直ちにコムギアラビノキシラン最終1,w/vと共にインキュベートし、酵素活性を測定した。反応の初速度を算出した。各サンプルの活性を、ゼロ点における初期活性で割ることによって、残存活性を算出した。バーは独立した3回の実験についての標準誤差に関して示されている。図4は、コムギアラビノキシラン、オートスペルトキシラン、およびカバ材キシランにおけるCb193の反応速度データを示す。同様に、Km、kcat、およびkcat/Kmも示されている。パートAでは、50mMのクエン酸バッファーpH6.0を用いて、75°Cにおいて、実験を行った。パートBでは、50mMのクエン酸バッファーpH6.0を用いて、85°Cにおいて、実験を行った。キシラン基質最終2.5~50mg/mLをCb193コムギアラビノキシランについては最終5nM、オートスペルトキシランおよびカバ材キシランについては最終50nMと共にインキュベートした。反応の初速度を算出した。次いで、初速度をキシラン基質の濃度に対してプロットした。Graphpadソフトウェアを用いた非線形フィッティングによって、Kmおよびkcatを算出した。バーは独立した3回の実験についての標準誤差に関して示されている。<実施例2:エンドキシラナーゼCb195配列番号7および8>エンドキシラナーゼCb195を、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。この酵素は、Cb195の遺伝子産物である。Cbは、Cbesciiを意味する。エンドキシラナーゼは、ヘミセルロースのキシロース骨格をランダムに切断し、β-1,4-結合を有するより短いキシロースの鎖を生成させる。これらのキシロオリゴ糖は、2つ以上の糖サブユニットに渡り得る。Cb195タンパク質は、351のアミノ酸長であり、かつ、41.9kDaの分子量を有するHis-tagCb195タンパク質図2A。Cb195のクローニングCb195遺伝子を、iProofHFDNAポリメラーゼBIORADを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiのゲノムDNAから増幅した。ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCR増幅の後、Cb195遺伝子の増幅を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。次いで、精製したPCR産物にT4DNAポリメラーゼNovagenを添加し、適合するオーバーハングを生成させた。反応の後、pET46Ek/LICベクターを用いて、以下のアニーリング反応を行った。インキュベーションの後、反応物にEDTAを添加した。Cb195-pET46Ek/LICのアニーリング混合物を、エレクトロポレーションによって大腸菌JM109に導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、3つのコロニーを選んで、10mLのLB-アンピシリン培地に植えつけた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、ミニプレップを細胞培養物から作製した。プラスミド/インサートDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。次いで、ヌクレオチドのシークエンシングによって、遺伝子の完全性を確かめた。遺伝子発現のため、プラスミドの1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコールおよびアンピシリンを100μg/mlおよび50μg/mlで添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5~6つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した3mlのLBブロスに植えつけ、4時間培養した。1mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した500mLのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.25に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.5mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。タンパク質精製培養物を遠心分離し、細胞ペレットを回収した。次いで、ペレットを、溶解バッファー50mMTris-HCLpH7.5、300mMNaClに懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするための遠心分離の後、上清を、コバルト導入レジンTALON、CloneTechにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために数回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン標識化Cb195を、次いで、150mMのイミダゾールを添加した溶解バッファーからなる溶出バッファーを用いて、レジンから溶出した。タンパク質を、3つの工程TALONアフィニティクロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過によって精製した。図2Bは、精製したCb195のSDS-PAGEを示す。分子マーカーは、Mが付されたレーンにある。Cb195[エンド-1,4-βキシラナーゼA前駆体EC3.2.1.8]アミノ酸配列は、配列番号7に開示されている。Cb195をコードするヌクレオチド配列は、配列番号8に開示されている。タンパク質発現のため、Cb195をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングした。Cb195-pET46Ek/LICのアミノ酸配列は、配列番号10である。配列番号10のアミノ酸番号1~15は、pET46Ek/LICプラスミドからのものであり、タンパク質精製を容易にするための一続きの6つのヒスチジンを含んでいる。配列番号10をコードするヌクレオチド配列は、配列番号9に開示されている。配列番号9のヌクレオチド番号1~45は、pET46Ek/LICプラスミドからのものである。酵素活性Cb195の酵素活性を、Morag,E.,Bayer,E.A.,およびLamed,R.らの方法RelationshipofcellulosomalandnoncellulosomalxylanasesofClostridiumthermocellumtocellulosedegradingenzymesJBacteriol199017260986105によって測定した。1μLのサンプル上清酵素と反応させた基質を、TLCプレートにスポットした。それぞれ0.2μLの1キシロース/キシロビオース/キシロトリオース/キシロテトラオース/キシロペンタオースを組み合わせて、マーカー混合物を作製した。全ての糖を、Megazymeから購入した。スポットを乾燥させ、それから、TLCプレートを、養成タンク内で1時間養成した。プレートを、チャンバー内で30分、乾燥させた。結果を可視化するために、プレートに可視化試薬をスプレーし、5~10分間、75°Cでインキュベートした。図2Dは、TLC分析を用いた、天然基質におけるCb195の酵素活性を示す。様々な基質を試した:可溶性コムギアラビノキシランSWAX、オートスペルトキシランOSX、カバ材キシランBWX、カルボキシメチルセルロースCMC、リケナン、グルコマンナン、1,4β-マンナン、アラビナンである。SWAX、OSX、およびBWXの場合、Cb195の存在下では、短いキシロース鎖が遊離した。マイナス-レーンでは酵素を添加しなかったため、加水分解産物は遊離しなかった。X1キシロース単量体、X2キシロース二量体または二糖、X3三糖、X4四糖、五糖X5を、第1レーンMにマーカーとしてロードした。結果は、この酵素が、複合基質SWAX、OSX、およびBWXから、より短い鎖またはオリゴ糖を遊離したことを示した。可溶性コムギアラビノキシランSWAXおよびオートスペルトキシランOSXの酵素的加水分解の後、Lever,M.の方法AnewreactionforcolorimetricdeterminationcarbohydratesAnalBiochem197247273279に従って、グルコース同等物の濃度を決定した。1.5mLのマイクロ遠心チューブを、化学天秤においてゼロに合わせた。次いで、5±0.1mgのSWAXまたはOSXを各チューブに添加し、重量を測定して記録した。各チューブに添加する必要がある体積は、重量に基づき算出した。反応バッファーをはじめとして、リン酸ナトリウム反応バッファーおよび酵素を、各チューブに添加した。チューブを、ロティセリエ式チューブミキサー内において、37°Cで15時間、連続的に混合しながらインキュベートした。チューブを、10,000rpm、4°Cで5分間遠心分離した。100μLのサンプル上清を、pHBAHアッセイのためのきれいな1.5mL遠心チューブに移し、150μLのクエン酸ナトリウム反応バッファーを添加して、最終体積を250μLにした。1mLのグルコースのストック溶液を、クエン酸ナトリウムバッファーにおける濃度が20mMになるように作製し、次の各濃度20mM、10mM、5mM、2.5mM、1.25mM、0.625mM、0.3125mMになるように、クエン酸ナトリウムバッファーにおいて連続的な希釈を行った。50mgのpHBAHを、最終濃度が0.1w/vになるように、50mLの氷冷クエン酸/NaOH溶液に溶かし、この溶液を氷上に保持した。112.5μLのpHBAH溶液を、37.5μLのサンプルおよびグルコース標準溶液に添加し、チューブを100°Cで10分間インキュベートした。チューブを、室温で5分間インキュベートした。標準およびサンプルにおける、波長410nmにおける波長を測定した。A410nmとグルコース濃度とを、互いに対してプロットし、線形回帰を用いて、データに対してフィットする線を求めた。相関係数R2値は、0.98と1.0との間であった。標準カーブからの式を用いて、サンプルにおける吸光度に基づきサンプルの還元末端の濃度を算出した。図2Eは、還元糖アッセイからの、天然基質におけるCb195の酵素活性を示す。この実験では、基質からの産物の遊離を測定するために、還元糖についての別のアッセイを用いた。既知のグルコース濃度およびパラヒドロキシ安息香酸ヒドラジドの存在下におけるそれらの吸光度発色に基づいて、標準を定めたCannetal1999JBacterial18116431651および上述の他の参考文献LaverM1972。酵素を基質とインキュベートすることによって、グルコース同等物の濃度として定量化される産物が遊離した。図3Bは、Cb195の熱安定性を示す。最終5nMのCb195の、65~80°Cの種々の温度においてインキュベートした。Cb195酵素を、65°C、70°C、75°C、および80°Cでインキュベートした。インキュベートした酵素を、一定の時点0時間、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間、16時間、24時間おいて取り出し、直ちにコムギアラビノキシラン最終1,w/vと共にインキュベートし、酵素活性を測定した。反応の初速度を算出した。各サンプルの活性を、ゼロ点における初期活性で割ることによって、残存活性を算出した。バーは独立した3回の実験についての標準誤差に関して示されている。図5は、コムギアラビノキシラン、オートスペルトキシラン、およびカバ材キシランの加水分解におけるCb195の反応速度データを示す。Km、kcat、およびkcat/Kmを同様に示す。パートAでは、実験は、50mMのクエン酸バッファーpH6.0を用いて、75°Cで行った。パートBでは、実験は、50mMのリン酸ナトリウムバッファーpH6.5を用いて、75°Cで行った。キシラン基質最終2.5~50mg/mLを、Cb195コムギアラビノキシランについては最終濃度5nM、オートスペルトおよびカバ材キシランについては最終濃度50nMと共にインキュベートした。反応の初速度を算出した。次いで、初速度をキシラン基質に対してプロットした。Graphpadソフトウェアを用いた非線形フィッティングによって、Kmおよびkcatを算出した。バーは独立した3回の実験についての標準誤差に関して示されている。<実施例3:α-L-アラビノフラノシダーゼCb1172配列番号13および14>α-L-アラビノフラノシダーゼCb1172を、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。この酵素は、Cb1172の遺伝子産物である。Cbは、Cbesciiを意味する。α-L-アラビノフラノシダーゼは、ヘミセルロースのキシロース骨格または分枝もしくは脱分枝アラビナンからアラビノース部分を切断し、アラビノースを専ら生成させる。Cb1172タンパク質は、505のアミノ酸長であり、かつ、59.6kDaの分子量を有するHis-tagCb1172タンパク質。このタンパク質は、グルコシドヒドロラーゼGHファミリー51触媒ドメインを有する図6D。Cb1172のクローニングCb1172遺伝子を、iProofHFDNAポリメラーゼBIORADを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TのゲノムDNAから増幅した。Cb1172遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した。Cb1172Forward5’GACGACGACAAGATGAAAAAAGCAAAAGTCATCTAC3’配列番号136Cb1172Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTAATTTTCTTTCTTCTTTAACCTG3’配列番号137ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCR増幅の後、Cb1172遺伝子の増幅を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。ゲルにおける、予想されるバンドに一致するDNAを切り出し、ゲルからDNAを抽出するため、QiagenGelExtractionキットにアプライした。精製したDNAを処理するために、NovagenのpET46Ek/LICキットを用い、精製したDNAをpET46Ek/LICベクターにライゲーションした。精製したDNAの処理は、次の通りである:反応の後、75°Cで20分間インキュベートすることによって、酵素を失活させた。以下のプロトコールを用いて、pET46Ek/LICベクターにインサートをアニールした。Cb1172-pET46Ek/LICのライゲーション混合物を、エレクトロポレーション法によって大腸菌JM109に導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、4つのコロニーを選んで、6mLのLB-アンピシリン培地に植えつけた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、プラスミドミニプレップQIAGENを細胞培養物から作製した。次いで、プラスミドDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。プラスミドインサート遺伝子の配列を読み、その同一性を確かめた。遺伝子発現のため、プラスミドの1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコール100μg/mlおよびアンピシリン50μg/mlを添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5~6つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した3mlのLBブロスに植えつけ、4時間培養した。1mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した500mlのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.25に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.01mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。タンパク質精製培養物を遠心分離し、細胞ペレットを回収した。次いで、ペレットを、溶解バッファー25mMTris-HCL、pH7.8、750mMNaCl、5グリセロール、20mMイミダゾール、1.25Tween-20に懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするための遠心分離の後、上清を、コバルト導入レジンTALON、CloneTechにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために3回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン標識化Cb1172を、次いで、溶出バッファー50mMTris-HCl、pH7.5、250mMイミダゾールを用いて、レジンから溶出した。Cb193の遺伝子産物は、全長型として発現した。PCRプライマーの設計によって、プラスミドにコードされた6-ヒスチジンにタンパク質が融合することを確実にした。6つのヒスチジンは、ニッケル導入レジンまたはコバルト導入レジンに結合する。結合したタンパク質は、イミダゾールを含んでいるバッファーを用いて、レジンから除去できる。この方法によって、目的のタンパク質を素早く精製することできる。Cb1172[α-L-アラビノフラノシダーゼEC3.2.1.55]アミノ酸配列は、配列番号13に開示されている。Cb1172をコードするヌクレオチド配列は、配列番号14に開示されている。タンパク質発現のため、Cb1172をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングした。Cb1172-pET46Ek/LICのアミノ酸配列は、配列番号16である。配列番号16のアミノ酸番号1~15は、pET46Ek/LICプラスミドからのものであり、タンパク質精製を容易にするための一続きの6つのヒスチジンを含んでいる。配列番号16をコードするヌクレオチド配列は、配列番号15に開示されている。配列番号15のヌクレオチド番号1~45は、pET46Ek/LICプラスミドからのものである。Cb1172遺伝子を大腸菌細胞で発現させ、プラスミドによってコードされた6-ヒスチジンを用いたTALONレジン精製固定化金属アフィニティクロマトグラフィ工程と、HitrapQカラムを用いた陰イオン交換工程とを含んでいる2つの工程によって、タンパク質を精製した。図6Aは、精製したCb1172のSDS-PAGEを示す。酵素活性図6Bは、還元糖アッセイからの、天然基質におけるCb1172の酵素活性を示す。5つの異なる基質を試した:アラビナンサトウダイコン、可溶性コムギアラビノキシランSWAX、ライアラビノキシランRAX、オートスペルトキシランOSX、および脱分枝アラビナンである。酵素を基質と共にインキュベートすることによって、アラビノース同等物として定量化される産物が遊離した。アラビナンテンサイの加水分解は、他の天然基質の加水分解に比べて高かった。アラビナンテンサイ、ライアラビノキシランRAX、可溶性コムギアラビノキシランSWAX、オートスペルトキシランOSX、および脱分枝アラビナンの酵素加水分解の後、Lever,M.の方法AnewreactionforcolorimetricdeterminationcarbohydratesAnalBiochem197247273279に従って、アラビノース同等物の濃度を決定した。1.5mLのマイクロ遠心チューブを、化学天秤においてゼロに合わせた。次いで、2±0.1mgのアラビナンテンサイ、SWAX、RAX、OSX、および脱分枝アラビナンを各チューブに添加し、重量を測定して記録した。各チューブに添加する必要がある体積は、重量に基づき算出した。反応バッファーをはじめとして、リン酸ナトリウム反応バッファーおよび酵素を、各チューブに添加した。チューブを、ThermomixerREppendorf内において、反応バッファーと共に、75°Cで16時間、連続的に混合しながらインキュベートした。チューブを、10,000rpm、4°Cで5分間遠心分離した。50μLのサンプル上清を、pHBAHアッセイのためのきれいな1.5mL遠心チューブに移した。1mLのアラビノースのストック溶液を、クエン酸ナトリウムバッファーにおける濃度が100mMになるように作製し、次の各濃度50mM、25mM、12.5mM、および6.25mMになるように、クエン酸ナトリウムバッファーにおいて連続的な希釈を行った。50mgのpHBAHを、最終濃度が0.1w/vになるように、50mLの氷冷クエン酸/NaOH溶液に溶かし、この溶液を氷上に保持した。150μLのpHBAH溶液を、50μLのサンプルおよびアラビノース標準溶液に添加し、チューブを100°Cで10分間インキュベートした。チューブを、室温で5分間インキュベートした。標準およびサンプルにおける、波長410nmにおける波長を測定した。A410nmおよびアラビノース濃度を、互いに対してプロットし、線形回帰を用いて、データに対してフィットする線を求めた。相関係数R2値は、0.98と1.0との間であった。標準カーブからの式を用いて、サンプルにおける吸光度に基づきサンプルの還元末端の濃度を算出した。図6Cは、HPLC分析を用いた天然基質におけるCb1172の酵素活性を示す。5つの異なる基質を試した:アラビナンテンサイ、可溶性コムギアラビノキシランSWAX、ライアラビノキシランRAX、オートスペルトキシランOSX、および脱分枝アラビナンである。それぞれの場合において、Cb1172の存在下では、アラビノースが遊離した。Cb1172の非存在下では、脱分枝アラビナンについてはごくわずかな量のアラビノースが遊離した。他の天然多糖については、加水分解産物は遊離しなかった。この結果は、この酵素が、複合基質アラビナン、SWAX、RAX、OSX、および脱分枝アラビナンからアラビノースを遊離させることを示す。図6Eは、Cb1172の熱安定性を示す。Cb1172は、70°C、75°C、80°C、および85°Cで24時間インキュベートした後、それぞれ57、45、35、および22の活性を有する。50nMのCb1172を、異なる温度70°C、75°C、80°C、85°C、および90°Cに保持した。サンプルを、次の一定の時点0時間、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間、および24時間おいて取り出し、直ちに酵素活性測定に供した。酵素活性を、Cary300UV-Vis分光光度計Varianを用いて85°Cで測定した。1.25mMのpNP-α-L-アラビノフラノシド基質100μLを、85°Cに3分間保持し、平衡化した。それから、25μLのタンパク質サンプルを基質に添加し、数回ピペッティングすることによって混合した。400nmにおける光学密度を、分光光度計によって、2.5分間記録した。そして、最初の1分間において反応の初速度を算出した。時間0における反応の初速度を100とし、次いで0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間、および24時間における反応の初速度を、時間0における反応の初速度で割って100を掛けることによって、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間、および24時間における残存活性を、それぞれ算出した。図7は、pNP-α-L-アラビノフラノシドを加水分解した場合の、Cb1172の反応速度データを示す。Km、kcat、およびkcat/Kmを同様に示す。パートAでは、実験は90°Cで行った;パートBでは、実験は75°Cで行った。100μLのpNp-α-アラビノフラノシド基質を、85°Cに3分間保持し、平衡化した。それから、25μLのタンパク質サンプルを基質に添加し、数回ピペッティングすることによって混合した。400nmにおける光学密度を、Cary300UV-Visible分光光度計によって、2.5分間記録した。最初の1分間において反応の初速度を算出した。次いで、初速度を、pNP-α-L-アラビノフラノシダドの濃度に対してプロットした。Graphpadソフトウェアを用いた非線形フィッティングによって、Kmおよびkcatを算出した。<実施例4:α-グルクロニダーゼCb909配列番号19および20>α-グルクロニダーゼCb909を、Caldicellulosiruptorbsciiにおいて同定した。α-グルクロニダーゼは、キシランにおける、4-O-メチル-D-グルクロン酸とβ-1,4-キシロシド結合骨格との間のα-1,2-グリコシド結合を切断する。Cb909遺伝子を、iProofTMHighFidelityDNAPolymeraseを用いたPCRによって増幅し、EkLICCloningKitsNovagenを用いてpET46EkLICベクターにサブクローニングした。フォーワードForプライマー配列およびリバースRevプライマー配列は次の通りである。CB909For5GACGACGACAAGATGATTTTATCAAGGAGCAGTAAC3配列番号138CB909Rev5GAGGAGAAGCCCGGTTACGGATATATTAGTCTTC3配列番号139PCR混合物および増幅の手順は、次の通りである:上述したPCR増幅の後、1アガロースゲル電気泳動によって、Cb909遺伝子の増幅を確認した。次いで、精製したPCR産物にT4DNAポリメラーゼNovagenを添加し、適合するオーバーハングを生成させた。反応の後、pET46Ek/LICベクターを用いて、以下のアニーリング反応を行った。インキュベーションの後、アニーリング反応を停止させるために、EDTAを添加した。Cb909-pET46Ek/LICのアニーリング混合物を、エレクトロポレーションによって大腸菌JM109に導入し、細胞を、LB-アンピシリンプレート上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、3つのコロニーを選んで、10mLのLB-アンピシリン培地に植えつけるためにそれぞれを用いた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、プラスミドミニプレップを各細胞培養物から作製した。プラスミド/インサートDNAのサイズを確かめるために、個々のプラスミド調製物を次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。次いで、ヌクレオチドのシークエンシングによって、遺伝子の完全性を確かめた。Cb909α-グルクロニダーゼのアミノ酸配列は、配列番号19に開示されている。Cb909をコードするヌクレオチド配列は、配列番号20に開示されている。タンパク質発現のため、Cb909をpET46Ek/LICにクローニングした。Cb909-pET46Ek/LICのアミノ酸配列は、配列番号24である。配列番号24のアミノ酸番号1~15は、pET46Ek/LICプラスミドからのものであり、タンパク質精製を容易にするための一続きの6つのヒスチジンを含んでいる。配列番号24をコードするヌクレオチド配列は、配列番号23に開示されている。配列番号23のヌクレオチド番号1~45は、pET46Ek/LICプラスミドからのものである。図8Aは、Cb909の推定ドメイン構造を示す。図8Bは、精製したCb909のSDS-PAGEを示す。図8Cは、Cb909の活性を示す。基質は、アルドウロン酸であり、これは、4-O-メチル-D-グルクロノシルMeGlcAによって修飾されたキシロオリゴ糖の混合物である。Cb909と共に75°Cで60分間インキュベートした後、Cb909によってMeGlcA基がアルドウロン酸から切断され、産物として、非修飾のキシロース、キシロビオース、キシロトリオース、およびキシロテトラオースが遊離した。反応の条件は次の通りであった:6nMCb909、50mMリン酸バッファーpH6.0、150mMNaCl、1mg/mlアルドウロン酸。図8Dは、Cb909についての至適pHアッセイの結果を示す。最大活性はpH5.5において検出された。このアッセイを、次のように行った:1mg/mlのアルドウロン酸溶液を、6nMのCb909と共に、75°Cで10分間、各pHにおいてインキュベートした。150mMのNaClを含んでいる50mMのクエン酸バッファーを、pH5~pH6の範囲で用いた。150mMのNaClを含んでいる50mMのリン酸バッファーを、pH6~pH7の範囲で用いた。反応後、温度を100°Cに急上昇させ、反応を終了させた。産物の量をHPLCによって検出した。図8Eは、至適温度アッセイの結果を示す。Cb909の最大活性は、75°Cにおいて検出されたキシロビオースおよびキシロトリオース。キシロースは70°Cにおいて最も効率的に生成したが、70°Cおよび75°Cでのキシロース産物の量は、ほとんど同じであった。このアッセイは、次のように行った:1mg/mlのアルドウロン酸溶液を、6nMのCb909と共に、150mMのNaClを含んでいる50mMのクエン酸バッファー中でインキュベートした。反応後、温度を100°Cに急上昇させ、反応を終了させた。産物の量をHPLCによって検出した。<実施例5:β-キシロシダーゼCb2487配列番号27および28>酵素カクテルにおける別の酵素は、Caldicellulosiruptorbsciiから増幅したβ-キシロシダーゼ、Cb2487である。Cb2487遺伝子を、iProofTMHighFidelityDNAPolymeraseを用いたPCRによって増幅し、EkLICCloningKitsNovagenを用いてpET46EkLICベクターにサブクローニングした。フォーワードForプライマー配列およびリバースRevプライマー配列は次の通りである。CB2487For5’GACGACGACAAGATGTCAATTGAAAAAAGGGTAAAC3’配列番号140CB2487Rev5’GAGGAGAAGCCCGGTTATTCACACCATGCA3’配列番号141PCR混合物および増幅の手順は、次の通りである:上述したPCR増幅の後、1アガロースゲル電気泳動によって、Cb2487遺伝子の増幅を確認した。次いで、精製したPCR産物にT4DNAポリメラーゼNovagenを添加し、適合するオーバーハングを生成させた。反応の後、pET46Ek/LICベクターを用いて、以下のアニーリング反応を行った。インキュベーションの後、反応を停止させるためにEDTAを添加した。Cb2487-pET46Ek/LICのアニーリング混合物を、エレクトロポレーションによって大腸菌JM109に導入し、細胞を、LB-アンピシリンプレート上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、3つのコロニーを選んで、10mLのLB-アンピシリン培地に植えつけるためにそれぞれを用いた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、プラスミドミニプレップを細胞培養物から作製した。プラスミド/インサートDNAのサイズを確かめるために、個々のプラスミド調製物を次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。次いで、ヌクレオチドのシークエンシングによって、遺伝子の完全性を確かめた。Cb2487β-キシロシダーゼのアミノ酸配列は、配列番号27に開示されている。Cb2487をコードするヌクレオチド配列は、配列番号28に開示されている。タンパク質発現のため、Cb2487をpET46Ek/LICにクローニングした。Cb2487-pET46Ek/LICのアミノ酸配列は、配列番号30である。配列番号30のアミノ酸番号1~15は、pET46Ek/LICプラスミドからのものであり、タンパク質精製を容易にするための一続きの6つのヒスチジンを含んでいる。配列番号30をコードするヌクレオチド配列は、配列番号29に開示されている。配列番号29のヌクレオチド番号1~45は、pET46Ek/LICプラスミドからのものである。図9Aは、Cb2487の推定ドメイン構造を示す。図9Bは、精製したCb2487のSDS-PAGEを示す。図9Cは、Cb2487の至適pHを決定するための生化学アッセイを示す。図9Dは、Cb2487の至適温度を決定するための生化学アッセイを示す。図9Eは、pNP-β-D-キシロピラノシドを基質とした場合のCb2487の反応速度パラメータを示す。図9Fは、薄膜クロマトグラフィーによる、キシロオリゴ糖の加水分解産物の分析を示す。図9Gは、Cb2487についての熱安定性アッセイを示す。図9Hは、β-キシロシダーゼCb2487およびα-グルクロニダーゼCb909の相乗作用を示す。図9Aは、Cb2487の推定ドメイン構造を示す。Cb2487の推定保存ドメインは、NCBIConservedDomainsDatabaseサーチツールを用いて解析したものである。図9Bは、精製したCb2487のSDS-PAGEを示す。MWの隣のレーンは、タンパク質分子量マーカーを示す。Cb2487レーンは、精製したタンパク質を示す。Cb2487の精製のため、細胞ペレットを結合バッファー50mMTris-HCl、300mMNaCl、pH7.5に再懸濁し、次いで、EmulsiFlexC-3細胞ホモジナイザーを通過させることによって、溶解した。細胞残骸を取り除くため、上清を4°Cで20分間、20,000×gで遠心分離した。上清を75°Cで30分間インキュベートし、それから4°Cで15分間、20,000×gで遠心分離して、熱に不安定なタンパク質を取り除いた。加熱後の上清を、結合バッファーで予め平衡化したTalon金属アフィニティレジンによって精製し、4°Cで1時間、インキュベートした。レジンを50カラム量の結合バッファーで洗浄し、次いで、10カラム量の溶出バッファー50mMのTris-HCl、300mMのNaCl、250mMのイミダゾール、pH7.5で溶出した。溶出画分をプールし、AmiconUltra-15遠心分離フィルタユニット50,000MMCOで濃縮して、3回の連続する濃縮および希釈サイクルによってTris-HClバッファー20mM、pH7.5に交換し、それからHitrapQHPカラムによって精製した。溶出画分をプールし、AmiconUltra-遠心分離フィルタユニット50,000MMCOで濃縮して、Tris-HClバッファー50mM、pH7.5、300mMのNaClに交換した。次いで、タンパク質を、UV検知器を備えたAKTAxpressシステムを用いたSuperdexTM200HiloadTM16/60サイズ排除カラムによって、精製した。図9Cは、Cb2487の至適pHを決定するための生化学アッセイを示す。至適pHアッセイのために、パラニトロフェニル-β-D-キシロピラノシドpNP-X、0.8mMを、種々のバッファー:pH4.0~6.0クエン酸バッファー、50mM、150mMNaCl、pH6.0~8.0リン酸バッファー、50mM、150mMNaCl、pH8.5~9.0Tris-HCl、50mM、150mMNaClを用いて、75°Cで、10nMの濃度のCb2487と共に、インキュベートした。図9Dは、Cb2487の至適温度を決定するための生化学アッセイを示す。至適温度アッセイのため、pNP-X0.8mMを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMNaCl中、種々の温度40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100°CでCb248710nMと共にインキュベートした。図9Eは、pNP-β-D-キシロピラノシドを基質とした場合のCb2487の反応速度パラメータの決定を示す。左側のパネルでは、反応速度パラメータを、pH6.0、90°Cで決定した。右側のパネルでは、反応速度パラメータを、pH6.0、75°Cで決定した。これらのアッセイでは、異なる濃度のpNP-X0.08~24mMを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMNaCl中、それぞれ75°Cおよび90°CでCb248710nMと共にインキュベートした。図9Fは、キシロオリゴ糖におけるCb2487の加水分解活性を示す。Cb24870.5μMを、75°Cで15時間、種々のキシロオリゴ糖X2-6と共にインキュベートし、次いで産物をTLCによって分離した。図9Gは、Cb2487の熱安定性アッセイを示す。基質を添加せずに、異なる温度70、75、80、85、90、および95°Cで、クエン酸バッファーpH6.0、50mM中で、Cb2487をインキュベートし、タンパク質を異なる時点0、10分、30分、1時間、3時間、4時間、8時間、12時間、24時間において取り出し、pNP-Xを基質として残存活性をアッセイした。図9Hは、β-キシロシダーゼCb2487およびα-グルクロニダーゼCb909の相乗作用を示す。アルドウロン酸を、75°Cで一晩、クエン酸バッファーpH6.0中で、Cb24870.5μM、Cb9090.5μMと共にインキュベートし、それから、HPLCによってアッセイした。Cb909の添加によって、アルドウロン酸におけるメチルグルクロン酸修飾が切断され、キシロースおよびキシロオリゴ糖が遊離した。Cb2487の添加によって、利用可能なβ-1,4-キシロシド結合が切断され、より多くのキシロースが遊離した。2つの酵素を混合することによって、Cb909によって遊離したキシロオリゴ糖が、Cb2487によって、キシロースに転換した。<実施例6:アセチルキシランエステラーゼCb162配列番号33および34>アセチルキシランエステラーゼCb162を、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。この酵素は、Cb162の遺伝子産物である。Cbは、Cbesciiを意味する。アセチルキシンラエステラーゼは、ヘミセルロースにおけるキシロースとアセチル基の側鎖との間の結合を切断して、他のヘミセルラーゼ例えば、キシラナーゼおよびβ-キシロシダーゼに対する接近容易性を、キシランの骨格に付与する。Cb162タンパク質は、321のアミノ酸長であり、かつ、38.7kDaの推定分子量を有するHis-tagCb162タンパク質。このタンパク質は、アセチルキシランエステラーゼのシングルドメインを有する図10A。Cb162のクローニングCb162遺伝子を、PrimeSTARHSDNAポリメラーゼTaKaRaを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiのゲノムDNAから増幅した。Cb162遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した。Cb162Fw5’GACGACGACAAGATGGTTTTTGAAATGCCACTTGAAAAG3’配列番号142Cb162Rv5’GAGGAGAAGCCCGGTTATTTTATCATCTCCATAAGATACATAAATATCTTGTC3’配列番号143ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:Ek/LICキットNovagenを用いた。増幅した遺伝子断片の両末端を、dATPの存在下で、T4DNAポリメラーゼの3’-5’エキソヌクレアーゼ活性によって、分解した。結果として得た断片を、pET46Ek/LICベクターにアニールした。Cb162-pET46Ek/LICのライゲーション混合物を、ヒートショック法によって大腸菌JM109に導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、4つのコロニーを選んで、10mLのLB-アンピシリン培地に植えつけるために、それぞれ用いた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、ミニプレップを細胞培養物から作製した。プラスミドDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。遺伝子発現のため、プラスミドの1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコールおよびアンピシリンを100μg/mlおよび50μg/mlで添加したLBプレート上にプレーティングして、一晩、37°Cでインキュベートした。5~6つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した3mlのLBブロスに植えつけ、4時間培養した。1mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した500mlのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.25に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.1mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。タンパク質精製培養物を遠心分離し、細胞ペレットを回収した。次いで、ペレットを、溶解バッファー50mMTris-HCL、pH7.5、20mMイミダゾール、および300mMのNaClに懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするための遠心分離の後、上清を、ニッケル導入レジンGEHealthcareにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために数回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン標識化Cb162を、次いで、250mMのイミダゾールを添加した溶解バッファーからなる溶出バッファーを用いて、レジンから溶出した。溶出したタンパク質を、50mMのNa2HP04-HClpH6.5および100mMのNaClバッファーの下で、Hiload16/20prepgradeゲル濾過カラムGEHealthcareを通過させることによって、さらに精製した。Cb162アセチルキシランエステラーゼアミノ酸配列は、配列番号33に開示されている。Cb162をコードするヌクレオチド配列は、配列番号34に開示されている。タンパク質発現のため、Cb162をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングした。Cb162-pET46Ek/LICのアミノ酸配列は、配列番号36である。配列番号36のアミノ酸番号1~15は、pET46Ek/LICプラスミドからのものであり、タンパク質精製を容易にするための一続きの6つのヒスチジンを含んでいる。配列番号36をコードするヌクレオチド配列は、配列番号35に開示されている。配列番号35のヌクレオチド番号1~45は、pET46Ek/LICプラスミドからのものである。図10Aは、Cb162のドメイン構造を示す;タンパク質は、アセチルキシランエステラーゼドメインを有する。Cb162遺伝子を大腸菌において発現させ、プラスミドにコードされた6-ヒスチジンを利用することによって、タンパク質を2つの工程において精製した。図10Bは、精製したCb162のSDS-PAGEを示す。分子量マーカーは、精製したCb162の隣にある。図10Cは、パラニトロフェノール付加アセテートpNP-アセテートを基質として用いた、異なるpHにおけるCb162の酵素活性を示す。Synergy2MicroplateリーダーBioTekを用いて、遊離したpNPを400nmの吸光度で、継続的にモニターした。加水分解の初速度を、酵素活性として採用した。図は、pNP-アセテートにおけるCb162のpHプロファイルを示す。Cb162におけるpHの影響を、150mMのNaClを含む、50mMのクエン酸-NaOHpH4.0~6.0または50mMのNa2HPO4-HClpH6.0~8.0の存在下、50°Cにおいて試験した。このアッセイには、0.1μMの精製したCb162および2mMのpNP-アセテートを用いた。図10Dは、pNP-アセテートにおけるCb162の温度プロファイルを示す。温度プロファイルは、pH7.0で50mMのNa2HPO4-HClと150mMのNaClとの存在下において、40°Cと75°Cとの間の温度で5°C刻みで行った。このアッセイには、0.04μMの精製したCb162および2mMのpNP-アセテートを用いた。図10Eは、pNP-アセテートにおけるCb162の熱安定性プロファイルを示す。50mMのNa2HPO4-HClpH7.0、150mMのNaCl中の0.02μMの精製したCb162を、60°Cと80°Cとの温度の間で5°C間隔で、0~24時間、インキュベートし、残存活性を測定した。図10Fは、pNP-アセテートにおけるCb162の反応速度実験を示す。50mMのNa2HPO4-HClpH6.0、150mMのNaCl中の0.04μMの精製したCb162を、様々な濃度のpNP-アセテートと共にインキュベートし、加水分解の初速度をグラフ上にプロットした。反応速度パラメータは、GraphPadPrismv5.01GraphPadSoftwareを用いたミカエリス-メンテンの式によって決定した。<実施例7:1種類のエンドキシラナーゼを含んでいるCaldicellulosiruptorbesciiヘミセルラーゼの酵素カクテルによる多糖の加水分解>エンドキシラナーゼCb193、α-アラビノフラノシダーゼCb1172、β-キシロシダーゼCb2487、α-グルクロニダーゼCb909、およびアセチルキシランエステラーゼCb162酵素のうち1つ以上の混合物を、水溶性コムギアラビノキシラン、カバ材キシラン、およびオートスペルトキシランの多糖と共にインキュベートした。各基質において、エンドキシラナーゼCb193、α-アラビノフラノシダーゼCb1172、β-キシロシダーゼCb2487、α-グルクロニダーゼCb909、およびアセチルキシランエステラーゼCb162酵素の全てを含んでいるカクテルと共に基質をインキュベートすると、全ての酵素よりも少ない酵素を含んでいる酵素カクテルと共に基質をインキュベートした場合に比べて、キシランからより多くの単糖が遊離した。図11は、可溶性コムギアラビノキシランSWAXの加水分解におけるCbesciiのヘミセルラーゼ酵素の相乗作用を示す。SWAX8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMNaCl中、75°Cで15時間、異なるヘミセルラーゼ混合物と共にインキュベートし、還元糖[パートA]およびHPLC[パートB]分析に供した。用いたヘミセルラーゼとしては、Cb1930.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μMが挙げられる。図12は、オートスペルトキシランOSXの加水分解におけるCbesciiのヘミセルラーゼ酵素の相乗作用を示す。OSX8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMのNaCl中、75°Cで15時間、異なるヘミセルラーゼ混合物と共にインキュベートし、還元糖[パートA]およびHPLC[パートB]分析に供した。用いたヘミセルラーゼとしては、Cb1930.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μMが挙げられる。図13Aは、異なる温度におけるヘミセルラーゼカクテルによるSWAXの加水分解を示す。SWAX8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMのNaCl中、65°C、70°C、75°C、および80°Cで15時間、Cb1930.5μM、Cb24874μM、Cb11720.5μM、Cb1620.5μM、およびCb9090.5μMと共にインキュベートし、還元糖アッセイに供した。図13Bは、異なる温度におけるヘミセルラーゼカクテルによるBWXの加水分解を示す。BWX8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMNaCl中、65°C、70°C、75°C、および80°Cで15時間、Cb1930.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μMと共にインキュベートし、還元糖アッセイに供した。図13Cは、異なる温度におけるヘミセルラーゼカクテルによるOSXの加水分解を示す。OSX8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMのNaCl中、65°C、70°C、75°C、および80°Cで15時間、Cb1930.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μMと共にインキュベートし、還元糖アッセイに供した。<実施例8:2種類のエンドキシラナーゼを含んでいるCaldicellulosiruptorbesciiヘミセルロースの酵素カクテルによる多糖の加水分解>α-アラビノフラノシダーゼCb1172、β-キシロシダーゼCb2487、α-グルクロニダーゼCb909、アセチルキシランエステラーゼCb162、および一方または両方のエンドキシラナーゼCb193およびCb195酵素を含んでいる混合物を、水溶性コムギアラビノキシラン、カバ材キシラン、およびオートスペルトキシランの多糖と共にインキュベートした。各基質において、両方のエンドキシラナーゼCb193およびCb195を含んでいるカクテルと共に基質をインキュベートすると、エンドキシラナーゼの一方のみを含んでいる酵素カクテルと共に基質をインキュベートする場合に比べて、キシランからより多くの単糖が遊離した。図14Aは、ヘミセルラーゼ混合物中に2つのキシラナーゼCb195およびCb193を添加することによってSWAXの加水分解が向上したことを示す。SWAX8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMNaCl中、75°Cで15時間、異なるヘミセルラーゼ混合物と共にインキュベートし、還元糖アッセイに供した。種々のヘミセルラーゼ混合物を加水分解において用いた:混合物I:Cb1950.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μM;混合物II:Cb1930.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μM;混合物III:Cb1950.25μM、Cb1930.25μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μM。図14Bは、ヘミセルラーゼ混合物中に2つのキシラナーゼCb195およびCb193を添加することによってBWXの加水分解が向上したことを示す。BWX8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMのNaCl中、75°Cで15時間、異なるヘミセルラーゼ混合物と共にインキュベートし、還元糖アッセイに供した。種々のヘミセルラーゼ混合物を加水分解において用いた:混合物I:Cb1950.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μM;混合物II:Cb1930.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μM;混合物III:Cb1950.25μM、Cb1930.25μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μM。図14Cは、ヘミセルラーゼ混合物中に2つのキシラナーゼCb195およびCb193を添加することによってOSXの加水分解が向上したことを示す。OSX8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMNaCl中、75°Cで15時間、異なるヘミセルラーゼ混合物と共にインキュベートし、そして、還元糖アッセイに供した。種々のヘミセルラーゼ混合物を加水分解において用いた:混合物I:Cb1950.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μM;混合物II:Cb1930.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μM;混合物I:Cb1950.25μM、Cb1930.25μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb9090.5μM、およびCb1620.5μM。図15は、Caldicellulosiruptorbesciiのヘミセルラーゼカクテルによる可溶性コムギアラビノキシランの加水分解を示す。異なる濃度のSWAX1.0、2.0、4.0、6.0、8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMNaCl中、75°Cで15時間、Cb1930.5μM、Cb1950.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb1620.5μM、およびCb9090.5μMと共にインキュベートし、還元糖アッセイに供した。パートAは、コントロールおよび加水分解混合物における還元糖を示し、パートBは、異なる基質濃度での加水分解混合物における、計算上の還元糖と実際の還元糖の平均との比較を示す。図16は、Caldicellulosiruptorbesciiのヘミセルラーゼカクテルによるカバ材キシランの加水分解を示す。異なる濃度のBWX1.0、2.0、4.0、6.0、8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMNaCl中、75°Cで15時間、Cb1930.5μM、Cb1950.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb1620.5μM、およびCb9090.5μMと共にインキュベートし、還元糖アッセイに供した。パートAは、コントロールおよび加水分解混合物における還元糖を示し、パートBは、異なる基質濃度での加水分解混合物における、計算上の還元糖と実際の還元糖の平均との比較を示す。図17は、Caldicellulosiruptorbesciiのヘミセルラーゼカクテルによるオートスペルトキシランの加水分解を示す。異なる濃度のOSX1.0、2.0、4.0、6.0、8.0、w/vを、クエン酸バッファー50mM、pH6.0、150mMNaCl内において、75°Cで15時間、Cb1930.5μM、Cb1950.5μM、Cb11720.5μM、Cb24874μM、Cb1620.5μM、およびCb9090.5μMと共にインキュベートし、還元糖アッセイに供した。パートAは、コントロールおよび加水分解混合物における還元糖を示し、パートBは、異なる基質濃度での加水分解混合物における、計算上の還元糖と実際の還元糖の平均との比較を示す。<実施例9:エンドセルラーゼ/マンナナーゼCb1952>エンドセルラーゼ/マンナナーゼCb1952を、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。この酵素は、Cb1952の遺伝子産物である。Cbは、Caldicellulosiruptorbesciiを意味する。このタンパク質は、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー9触媒ドメインセルラーゼドメイン、3つのファミリー3炭水化物結合モジュールCBM1つのCBM3cおよび2つのCBM3bモジュール、および1つのGH5触媒ドメインマンナナーゼドメインを有する図18。シグナルペプチドを欠いた野生型Cb1952タンパク質、およびいくつかの短縮型変異体TM1、TM2、TM3、TM4、TM5、TM6、およびTM7を、機能解析のために体系的に構築した図18。図18に示すように、TM1は、GH9モジュールおよび3つのCBMを含み、TM2は、GH9モジュールおよび2つのCBMを含み、TM3は、G9モジュールおよび1つのCBMCBM3cを含み、TM4は、GH9モジュールのみで構成されていた。短縮型変異体TM5は、GH5モジュールに結合した3つのCBMによって構成されている一方、TM6およびTM7は、それぞれ、CBM3cおよびCBM3bによって構成されていた。図19におけるSDS-PAGE結果は、全てのタンパク質構築物が、水溶性タンパク質としてうまく発現されかつ高い純度を有していたことを示す。Cb1952野生型のクローニングCb1952野生型遺伝子を、PrimeSTARDNAポリメラーゼTaKaRaを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TゲノムDNAから増幅した。Cb1952野生型遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した。Cb1952wildtypeForward5’GACGACGACAAGATGGCAACAACCTTTAACTATGGTGAAGCTC3’配列番号39Cb1952wildtypeReverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTATTCAGCACCAATCGCATTAGTTTTATACC3’配列番号40ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:Cb1952TM1のクローニングCb1952TM1遺伝子を、PrimeSTARDNAポリメラーゼTaKaRaを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TゲノムDNAから増幅した。Cb1952TM1遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した。Cb1952TM1Forward5’GACGACGACAAGATGGCAACAACCTTTAACTATGGTGAAGCTC3’配列番号41Cb1952TM1Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTAGCTAGTATCTATCTTCACTATTCCACTG3’配列番号42ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:Cb1952TM5のクローニングCb1952TM5遺伝子を、PrimeSTARDNAポリメラーゼTAKARAを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TゲノムDNAから増幅した。Cb1952TM5遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した。Cb1952TM5Forward5’GACGACGACAAGATGAATTTCAAAGCTATCGAAAAGCCAAC3’配列番号44Cb1952TM5Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTATTCAGCACCAATCGCATTAGTTTTATACC3’配列番号40ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCR増幅の後、Cb1952野生型遺伝子、Cb1952TM1遺伝子、およびCb1952TM2遺伝子の増幅を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。ゲルにおける、予想されるバンドに一致するDNAを切り出し、ゲルからDNAを抽出するため、QiagenGelExtractionキットにアプライした。精製したDNAを処理するために、NovagenのpET46Ek/LICキットを用い、精製したDNAをpET46Ek/LICベクターにライゲーションした。精製したDNAの処理は、次の通りである:反応の後、75°Cで20分間インキュベートすることによって、酵素を失活させた。以下のプロトコールを用いて、pET46Ek/LICベクターにインサートをアニールした。Cb1952野生型-pET46Ek/LIC、Cb1952TM1-pET46Ek/LIC、またはCb1952TM5-pET46Ek/LICのライゲーション混合物を、化学的な形質転換法によって大腸菌NovaBlueコンピテントセルに導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、4つのコロニーを選んで、6mLのLB-アンピシリン培地に植えつけるために、それぞれを用いた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、ミニプレップQIAGENを細胞培養物から作製した。プラスミドDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。遺伝子がプラスミドに挿入されていることを確かめた後、遺伝子の配列を読み、その同一性を確かめた。正しい挿入配列を有するプラスミドを、組換えタンパク質の生産のために選んだ。Cb1952TM2、Cb1952TM3、Cb1952TM4、Cb1952TM6およびCb19527を、適切に異なる工程例えば、プライマー配列を伴う、上述と同様の工程によって調製した。各酵素の発現のため、野生型、TM1、TM2、TM3、TM4、TM5、TM6、またはTM7を含んでいるプラスミドを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコール100μg/mlおよびアンピシリン50μg/mlを添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5~6つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した10mlのLBブロスに植えつけ、6時間培養した。10mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した1000mlのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.3に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.1mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。タンパク質精製培養物を遠心分離し、細胞ペレットを回収した。Cb1952野生型では、次いで、ペレットを溶解バッファー25mMTris-HCL、pH7.8、750mMNaCl、5グリセロール、20mMイミダゾール、1.25Tween-20に懸濁した。Cb1952TM1では、次いで、ペレットを溶解バッファー25mMTris-HCL、pH7.8、100mMNaCl、10グリセロール、10mMイミダゾール、1.25Tween-20に懸濁した。他のCb1952TM変異体では、次いで、ペレットをイミダゾールなしの溶解バッファー25mMTris-HCL、pH7.5、300mMNaClに懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするための遠心分離の後、上清を、コバルト導入レジンTALON、CloneTechにアプライ、結合していないタンパク質を除去するために3回洗浄した。結合したタンパク質を、次いで、溶出バッファー50mMTris-HCl、pH7.5、250mMイミダゾールを用いて、レジンから溶出した。PCRプライマーの設計によって、各タンパク質が、プラスミドにコードされた6-ヒスチジンにタンパク質が融合することを確実にした。6つのヒスチジンは、ニッケル導入レジンまたはコバルト導入レジンに結合する。結合したタンパク質は、イミダゾールを含んでいるバッファーを用いて、レジンから除去できる。この方法によって、目的のタンパク質を素早く精製することできる。全ての組換えタンパク質を、製造者の取扱説明書に従って、TALONレジンClonetec、MountainView、CAを用いた固定化金属イオンアフィニティクロマトグラフィーIMACによって精製した。Cb1952野生型では、溶出タンパク質を、タンパク質保存バッファー50mMTris-HCl、150mMNaCl、pH7.5に対して透析させた。熱に不安定な宿主のタンパク質の共溶出を容易にするために、タンパク質を75°Cで10分、加熱して、16,400rpmで20分間遠心分離した。組換えタンパク質は、Hiload16/60Superdex200カラムGEHealthcare、Piscataway、NJを備えたAKTAxpressTWIN高速タンパク質液体クロマトグラフィーFPLCシステムを用いたゲル濾過によって、さらに精製した。Cb1952TM1では、溶出タンパク質を、タンパク質保存バッファーに対して透析させた。タンパク質は次いで、75°Cで10分間加熱して、16,400rpmで20分間遠心分離した。上清を、上述したゲル濾過によって、さらに精製した。他の変異体では、TALONレジンから溶出した組換えタンパク質は、均一に近い精製のため、直接ゲル濾過に供した。図19は、精製したCb1952タンパク質のSDS-PAGEを示す。Cb1952WT、Cb1952TM1、およびCb1952TM5の遺伝子およびタンパク質配列Cb1952の全長アミノ酸配列全長のCb1952エンドセルラーゼ/マンナナーゼEC3.2.1.4/EC3.2.1.78のアミノ酸配列は、配列番号44に開示されている。配列番号44のアミノ酸番号1~28に対応する、Cb1952のシグナルペプチドは、全てのPCR増幅の間に取り除かれた。それゆえ、発現した野生型Cb1952タンパク質は、配列番号44のアミノ酸番号1~28を含んでいなかった。シグナルペプチドのないCb1952タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号114に開示されている。野生型Cb1952遺伝子シグナルペプチドなしをプラスミドpET46Ek/LICにクローニングする処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。この短いペプチドを備えた野生型Cb1952アミノ酸配列シグナルペプチドなしは、配列番号51に開示されている。短いペプチドのアミノ酸は、配列番号51のアミノ酸1~14である。Cb1952の全長ヌクレオチド配列全長Cb1952ヌクレオチド配列は、配列番号45に開示されている。配列番号45のヌクレオチド番号1~84に対応する、Cb1952のシグナルペプチドは、全てのPCR増幅の間に取り除かれた。それゆえ、野生型Cb1952タンパク質を発現させるために用いられるヌクレオチド配列は、配列番号45のアミノ酸番号1~84を含んでいなかった。シグナルペプチドなしの野生型Cb1952タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列番号115に開示されている。プラスミドpET46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を有する野生型Cb1952ヌクレオチド配列シグナルペプチドなしは、配列番号50に開示されている。短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号50のヌクレオチド1~42である。Cb1952TM1の全長アミノ酸配列Cb1952TM1エンドセルラーゼEC3.2.1.4のアミノ酸配列は、配列番号46に開示されている。Cb1952遺伝子TM1をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングする処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。この短いペプチドを備えたCb1952TM1アミノ酸配列は、配列番号53に開示されている。短いペプチドのアミノ酸は、配列番号53のアミノ酸1~14である。Cb1952TM1のヌクレオチド配列Cb1952TM1ヌクレオチド配列は、配列番号47に開示されている。プラスミドpET46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を有するCb1952TM1ヌクレオチド配列は、配列番号52に開示されている。短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号52の核酸1~42である。Cb1952TM5の全長アミノ酸配列Cb1952TM5のアミノ酸配列は、配列番号48に開示されている。Cb1952遺伝子TM5をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングする処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。この短いペプチドを備えたCb1952TM1アミノ酸配列は、配列番号55に開示されている。短いペプチドのアミノ酸は、配列番号55のアミノ酸1~14である。Cb1952TM5のヌクレオチド配列Cb1952TM5ヌクレオチド配列は、配列番号49に開示されている。プラスミドpET46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を有するCb1952TM1ヌクレオチド配列は、配列番号54に開示されている。短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号54の核酸1~42である。酵素活性至適pH、至適温度、および熱安定性の決定PASCを基質とした場合のCb1952WT、TM1、TM2、およびTM3の至適pHは、pH5.0~5.5の範囲にあり、これらのタンパク質の至適温度は、85°Cであった。TM4の場合、PASCに対する至適pHおよび至適温度は、それぞれ6.5および55°Cであった。セルラーゼ活性を有する野生型および短縮型変異体において、熱安定性アッセイを行った。80°Cおよび85°Cでは、24時間インキュベートの後におけるWT、TM1、およびTM2の残存活性は20未満であったが、例外としてTM3は61.8の活性を維持していた。75°Cでは、24時間のインキュベートする後におけるWT、TM1、TM2、およびTM3の残存活性は、それぞれ43.1、75.7、53.6、および101.7.であった。CBM3cの消失によって、酵素の熱安定性は劇的に低下した。短縮型変異体TM4は、45°Cおよび50°Cでも安定性を維持していたが、55°C以上ではこの酵素は急激にその活性を失った図81C。至適pHおよび温度は、マンナン基質の加水分解についても決定した。野生型酵素では、マンナンの加水分解に対する至適pHおよび温度は、それぞれ5.5~6、5および90°Cであり、TM5では、値はそれぞれ6.5および90°Cであったデータは示さず。Cb1952およびその変異体によるリン酸膨張セルロース、セロ多糖、およびマンノ多糖の加水分解野生型Cb1952、ならびに、そのTM1およびTM5変異体3つのCBMと共にGH9モジュールを有する変異体および3つのCBMと共にGH5モジュールを有する変異体である図18の、PASC加水分解に対する能力を、経時変化アプローチによって調べた。図78のクロマトグラフに示すように、ほとんどがセロビオースおよびグルコースである産物の遊離が、野生型AおよびGH9モジュールを含んでいるTM1変異体Bにおいて観察された。TM5CGH5モジュールを備えた構成では、PASCの加水分解はほんのわずか検知されたか、またはまったく検知されなかった。セロ多糖の加水分解をさらに試験することによって、GH9モジュールにβ-1,4-グルコース切断活性が存在することが確認された図23。マンノ多糖の加水分解では、野生型およびTM5は、3以上の重合度DPの多糖の切断活性を示した図24。興味深いことに、活性が野生型酵素およびTM5変異体に比べて低かったにも関わらず、TM1もまた、5以上のDPの基質に対する活性を示した図24。グルコース、セロ多糖、マンノース、およびマンノ多糖に対する野生型、TM1、およびTM5によるグリコシル転移活性は認められなかった。セルロース性基質に対するCb1952およびその変異体の活性および反応速度パラメータモデル結晶セルロースであるアビセルおよび濾紙を基質とした場合の、野生型タンパク質および各変異体の比活性を決定した。アビセルでは、個々のCBMを除去すると、短縮型変異体TM1、TM2、およびTM3の比活性が減少した表1。2つまたは1つのCBM3bを有する短縮型変異体それぞれTM1およびTM2では、WT酵素に比べて、比活性の減少はほんのわずかであった。それに対して、2つのCBM3bを除去すると、アビセルに対するWTタンパク質の半分未満の比活性のタンパク質が得られた。濾紙を基質とした場合の比活性にも同様の傾向がみられたが、活性減少の程度はより低かった表1。両方の基質において、GH9触媒モジュール単独からなる構築物は、アビセルおよび濾紙におけるWTタンパク質について観察された活性の、それぞれ3.8および16.2の活性のみを有していた。WTタンパク質およびその変異体の反応速度パラメータを試験するため、アビセル由来のリン酸膨張セルロースを用いた表1。WTについて見積もられたkcat2.58s-1およびその短縮型変異体について見積もられたkcat2.12~3.09s-1は、非常に小さかった。興味深いことに、TM1は、野生型に比べて2倍より大きい触媒効率を示した。これは、GH9およびGH5モジュールの触媒活性が機能的に共役していることを示唆している。同様の、単一ポリペプチド内の異なる触媒モジュールの機能的共役は、別の植物細胞璧分解酵素PrevotellaruminicolaXyn10D-Fae199、深海二枚貝Calyptogenakaikoi由来の2ドメインアルギニンキナーゼ40、およびChaetopterusvariopedatus由来の繊毛クレアチンキナーゼ13においても提唱されていた。GH9モジュールのみを有するタンパク質であるTM4の反応速度パラメータは、CBMに結合したタンパク質に比べて非常に小さかった。このことは、Cb1952の機能に対するこれらの補助モジュールの重要性を示唆している。マンナン様基質に対するCb1952およびその変異体の活性および反応速度パラメータマンナン様基質に対するCb1952およびその変異体の活性も、同様に調べた。試した基質は、ローカストビーンガム、グアーガム、およびコンニャクグルコマンナンであった。野生型酵素は、試した全てのマンノース型基質に対して、非常に高いkcatを示した。ローカストビーンガム、グアーガム、およびコンニャクグルコマンナンにおいて、kcat値はそれぞれ1420s-1、1068s-1、および696s-1であった表2。表2のデータに基づくと、マンナンおよびマンノース構成基質を分解する触媒活性は、GH5モジュールに位置する。ポリペプチドからGH9モジュールを切断してTM5変異体を作製することによって、この変異体のkcatが、野生型に比べて、ローカストビーンガム、グアーガム、およびコンニャクグルコマンナンについて、それぞれ、2.4倍、2.8倍、1.6倍に上昇することが観察された。なお、グアーガムでは、kcatの標準誤差が非常に大きかった。各マンノース構成基質におけるTM5のKmの対応する上昇によって、触媒効率が、野生型タンパク質について決定された触媒効率よりも低くなった。3つ全てのCBMに加えてGH9触媒モジュールを有する短縮型変異体TM1、またはCBM3cのみに加えてGH9触媒モジュールを有する短縮型変異体TM3は、ローカストビーンガムおよびグアーガムに対してほとんど活性を有していなかった。しかしながら、これらの変異体は、コンニャクグルコマンナンに対しては、非常に高い活性を示した。部位特異的突然変異誘発GH9モジュールの構造的多様性は、テーマA、B、C、およびDとして知られる4つの異なるグループに割り当てられてきた19。Cb1952では、GH9触媒モジュールはC末端において、補助的なCBM3cと結合しており、これはテーマB1のメンバーの構造である。テーマB1では、プロセッシブ型エンドグルカナーゼ7、12、34および非プロセッシブ型エンドグルカナーゼ2、10が存在する。セルラーゼで加水分解された濾紙の可溶性画分および不溶性画分における還元末端の分布は、セルラーゼのプロセッシブ性を見積もるために一般的に用いられる17。そのような実験に基づく我々の結果は、Cb1952およびその短縮型変異体TM1、TM2、TM3、およびTM4の末端産物が40~50の不溶性還元末端を含んでいたため、これらが、プロセッシブ型GH9触媒モジュールを有しないことを明らかにした表3。Cb1952のGH9ドメインと、ClostridiumcellulolyticumCel9G非プロセッシブ型エンドグルカナーゼおよびThermobifidafuscaCel9Aプロセッシブ型エンドグルカナーゼのGH9ドメインとのアミノ酸配列アラインメントを試験した。これらのCcellulolyticumタンパク質およびTfuscaタンパク質は、酵素-セロ多糖共結晶の構造が解明された26、34、2つのタイプのファミリー9テーマB1エンドグルカナーゼを代表する。アミノ酸配列アラインメントによって、セルラーゼ基質の結合に関連する残基のほとんどが、Cb1952のGH9モジュールによく保存されていることが示された図79。しかしながら、サブサイト-3における疎水性スタッキングに寄与する2つの芳香族残基TfuscaではTrp-209、CcellulolyticumではPhe-308は何れも、Cb1952には存在しなかった。基質との疎水性スタッキング相互作用に関わる芳香族残基は、結晶性基質の加水分解中における酵素のプロセッシブ性に寄与するため、我々は、Gly-208をTrp-208に変えることによって、または、Gly-208の前にトリプトファンを挿入することによって、Cb1952TM3における対応するアミノ酸残基を芳香族残基に置換して、TM3G208WおよびTM3G208WG変異体をそれぞれ得た。これらの変異体は、Tfuscaの酵素を模倣するものであった。加えて、T-298をPhe-298に変えることによって、TM3T298F変異体も得た。これは、Ccellulolyticum酵素を模倣するものであった。円偏光二色性CDスキャンによって明らかにされたように、3つの変異体の二次構造は、Cb1952TM3と比べた、いかなる全体的な違いも示さなかった表4。これは、変異が、Cb1952TM3と比べたタンパク質の二次構造要素における全体的な変化をもたらさなかったことを示唆している。タンパク質TM3に比べて、アビセルおよび濾紙に対する3つの変異体の比活性は異ならなかった表1。可溶性還元末端と不溶性還元末端との比率に変わりがなかったことから、変異は、TM3をプロセッシブ型エンドグルカナーゼに改変する手助けにはならなかった表3。PASCを基質とした場合の変異体のkcat値は、2倍に上昇した。しかしながら、Km値も上昇したため、触媒効率kcat/KmはCb1952TM3のものと同様のままであった表1。予想外なことに、ローカストビーンガムおよびグアーガムを基質とした場合のTM3G208WGのkcat値は、TM3について決定された値に比べて15倍および100倍に上昇した表2。さらに、ローカストビーンガムおよびグアーガムに対するこの変異体の触媒効率も、それぞれ34倍および10倍に上昇した表2。TM3短縮型変異体の部位特異的突然変異誘発によっても、コンニャクグルコマンナンにおけるTM3短縮型変異体のkcatが2倍またはそれ以上に上昇した表2。不溶性セルロース基質へのCb1952の結合3つ全てのCBM1つのCBM3cおよび2つのCBM3bを有するCb1952野生型、TM1、およびTM5は、アビセル図80AおよびPASC図80Bに強く結合した。CBM3cおよび1つのCBM3bを有する短縮型変異体TM2もまた、2つのセルロース性基質に強く結合した。GH9モジュールおよびCBM3cからなるTM3の、不溶性セルロースに対する結合は、野生型、TM1、TM2、およびTM5に比べて弱かった図80A、B。減損結合等温式を用いて、TM3のアビセルに対する解離定数および最大結合能を、それぞれ0.52±0.20M-1および423.9±50.7nmolタンパク質/gアビセルであると見積もった。TM3の2つの構成要素、すなわちGH9モジュールおよびCBM3cが、不溶性セルロースに弱く結合することが観察された図80A、B。CbCel9AMan5BTM6のCBM3cの、不溶性セルロースに対する結合は期待されなかった。この方法によって特徴付けられる他のCBM3cおいてこの結合がみられなかったからである7、10、12、16。しかしながら、結合は弱かったため、GH9およびCBM3cモジュールのアビセルに対する結合定数を得る妨げとなった。CBM3bTM7もまた、結合定数は決められなかったが、アビセルおよびPASCに結合した図80A、B。Cb1952ポリペプチドに用いた方法Cb1952ポリペプチドに対する上記の実験に用いた方法は、次のものを含んでいる:至適pHおよび温度の決定:Cb1952のpHプロファイリングのために、2つのバッファーを用いた:50mMクエン酸ナトリウム、150mMNaClpH4.0~pH6.0および50mMNa2HPO4-NaH2PO4、150mMである。セルロース基質に対する酵素の至適pHを決定するために、0.5μMのCb1952野生型またはその短縮型変異体を、75°Cかつ規定のpHの各バッファー中、2.5mg/mlのPASCと共にインキュベートし、10分間のアッセイにおける活性を測定した。遊離した還元糖を、pPBAHアッセイを用いて測定した。至適温度を決定するために、0.5mMの各酵素を、40°C~90との温度の間で5°C間隔で、2.5mg/mlのPASCと共にpH5.5でインキュベートした。マンノース活性における至適pHおよび温度は、基質としてPASCをマンナンに変え、かつ、酵素濃度を12.5nMに変えた上で、上述した通りに決定した。酵素アッセイ:アビセルおよび濾紙に対するCb1952野生型およびその変異体の比活性を、酵素に対して最適なバッファー中、75°Cで決定した。各タンパク質の酵素濃度は、TM45μMを除き、0.3μMであった。90分間のアッセイにおける異なる時間間隔においてサンプルを取り出し、遊離した産物を、反応混合物に存在する還元末端の量として決定した。比活性を、還元糖と時間との関係が直線である領域において、決定した。PASC、ローカストビーンガム、グアーガム、およびコンニャクグルコマンナンに対するCb1952野生型およびその変異体の反応速度を、30分間のアッセイにおいて決定した。異なる濃度の酵素を、75°Cで、一定範囲の濃度の基質と共にインキュベートした。GraphPadPrism5.01ソフトウェアGrapPad、SanDiego、CAを用いて、還元末端の遊離速度を決定し、基質の濃度に対してプロットして、反応速度パラメータを見積もった。リン酸膨張セルロースPASCの加水分解の経時変化:2.5mg/mlのPASCを、0.5μMのCb1952WT、TM1、およびTM5と共に、75°Cでインキュベートした。異なる時間間隔0分、2分、10分、60分、4時間、および24時間において、サンプルを取り出して、先に記述したとおり29、HPAEC-PAD分析に供した。オリゴ糖の加水分解およびグリコシル転移活性の分析:最終濃度が各1mg/mlのグルコース、セロ多糖セロビオース、セロトリオース、セロテトラオース、セロペンタオース、およびセロヘキサオース、マンノース、およびマンノ多糖マンノビオース、マンノトリオース、マンノテトラオース、マンノペンタオース、およびマンノヘキサオースを、0.1μMのCb1952野生型、Cb1952TM1、およびCb1952TM5と共に、クエン酸バッファー10mMクエン酸ナトリウム、150mMNaCl、pH5.5中、75°Cで14時間、インキュベートした。反応液の全量は40μlであった。反応産物を、SpeedVac濃縮器ThermoFisherScientific、Pittsburgh、PAを用いて乾燥させ、3.5μlのH2Oに溶かし、1μlの産物を、250μmの厚さのWhatmanシリカゲル60AMaidstone、Englandを用いた薄膜クロマトグラフィーTLCによって分析した。TLC法は、我々の以前の報告に記載されているものと同様である29。熱安定性アッセイ:セルラーゼ活性を有するCb1952およびその短縮型変異体の熱安定性を、Veriti96-wellサーマルサイクラーAppliedBiosystems、カールスバッド、CAにおいて、酵素を75°C、80°C、および85°CWT、TM1、TM2、およびTM3でインキュベートすることによって、または、45°C、50°C、および55°CTM4でインキュベートすることによって、決定した。異なる時点において、反応混合物から一部を取り出し、PASCを基質とした場合の残存酵素活性を決定した。部位特異的突然変異誘発および円偏光二色性:部位特異的突然変異誘発のため、QuikChangeMultiSite-DirectedMutagenesisKitStratagene、LaJolla、CAを、製造者の取扱説明書に従って用いた。Cb1952TM3をコードする100ngのプラスミドを、PCR増幅のテンプレートとして用いた。反応混合物は、100ngの突然変異プライマー、1μlのdNTP混合物、0.75μlのQuikSolution、および1μlのQuikChangeMuitl酵素混合物を含んでいた。突然変異のために用いた突然変異プライマーのヌクレオチド配列を、補足表1に示す。PCR増幅工程を、次のように行った:最初の変性を95°Cで1分間行い、次いで95°Cで1分間、55°Cで1分間、および65°Cで15分間の30サイクルを行った。親プラスミドDNAを分解するために、PCR産物を、DpnINewEnglandBiolabsを用いて、37°Cで4時間消化した。GenePulserXcellエレクトロポレーションシステムBioRAD、Hercules、CAを用いたJM109コンピテントセルの電気的形質転換に、DpnI消化からの産物を用いた。大腸菌細胞を、100μg/mlのアンピシリンを含んでいるLBプレート上にプレーティングして、37°Cで一晩、インキュベートした。シングルコロニーを、100μg/mlのアンピシリンを添加した7mlのLB培地に植え付け、10時間培養した。組換え大腸菌細胞からプラスミドを抽出し、インサートの配列を読みW.M.Keck比較機能遺伝学センター、UIUC、所望の変異の存在を確かめた。変異体タンパク質の円偏向二色性スキャンを、我々の以前の報告に記載した通りに行った。加水分解した濾紙の可溶性画分および不溶性画分における還元糖の測定:濾紙の加水分解産物の可溶性画分および不溶性画分における還元糖を、Irwinら17によって記述された通りに決定した。Cb1952野生型およびその変異体各0.5μM、ただしTM4は1.0μMを、WhatManNo.1濾紙直径0.6cmの5つのプレート共に、200μlのクエン酸バッファーpH5.5内において、75°CただしTM4は低い熱安定性を有するので、TM4では45°Cでインキュベートした。混合物を、16時間、往復振とうした。反応産物を遠心分離し、上清可溶性画分を、還元末端の量について分析した。不溶性画分における還元糖の決定のため、濾紙をまず、それぞれ1mlのクエン酸バッファーで4回洗浄した。200μlのクエン酸バッファーを次いで、不溶性画分沈殿した濾紙に添加した。続けて、pHBAH法によって還元末端についてアッセイを行った。Cb1952野生型およびその短縮型変異体の、セルロースへの結合:各ポリペプチドのセルロースへの結合能力の定性的測定するために、30μgのCb1952野生型およびその変異体を、50mMTris-HCl、150mMのNaClpH7.5中、40mg/mlのアビセルセルロースまたは2.5mg/mlのPASCと共にインキュベートした。混合物を、4°Cで1時間、往復振とうした。次いで、16,400rpmにおいて混合物を3分間遠心分離することによって、結合したタンパク質および結合していないタンパク質を分離した。セルロースペレットを、1mlのバッファー50mMTris-HCl、150mMNaCl、pH7.5で4回洗浄した。70μgの1×SDS-PAGEローディングバッファーをペレットに添加し、5分間煮沸して、結合したタンパク質を遊離させた。上清の1/10の体積に存在するタンパク質結合していないタンパク質およびセルロースペレットに存在するタンパク質結合したタンパク質を、12SDS-PAGEによって試験した。定量的結合アッセイのため、異なる濃度のタンパク質を、2mlチューブ内の50mMのTris-HCl、150mMのNaCl、pH7.5バッファー内において、2mg/mlのアビセルに混合した。コントロールとして、同じ濃度のタンパク質を、チューブ内において、アビセルなしでインキュベートした。4°Cにおいて1.5時間、往復させながらインキュベートした後、混合物を3分間、16,400で遠心分離した。ビシンコニン酸BCAタンパク質アッセイ試薬キットThermoScientific、Rockford、ILを用いて、上清におけるタンパク質濃度を決定した。セルロースなしのチューブからのタンパク質濃度を全タンパク質として、結合したタンパク質の濃度を、全タンパク質濃度から、セルロースありのサンプルのタンパク質濃度を除算することによって、決定した。結合パラメータを決定するために、我々の以前の報告46に記述したミカエリス/ラングミュア方程式qad/q=Kp×qmax/1Kp×qを用いた。方程式におけるqadは、結合したタンパク質の量タンパク質nmol/アビセルgを表す。qは、フリーのタンパク質μMであり、そしてqmaxはアビセルに結合したタンパク質の最大量である。結合パラメータ算出は、GraphadPrism5.01を用いて行った。アミノ酸配列アラインメント:ClostridiumcellulolyticumCel9GGenBankアクセッション番号AAA7386826のファミリー9グリコシドヒドロラーゼ触媒モジュールのアミノ酸配列、および、ThermobifidafuscaCel9AGenBankアクセッション番号AAAB4215534のファミリー9グリコシドヒドロラーゼ触媒モジュールのアミノ酸配列を、CarbohydrateActiveenZYmeデータベースおよびGenBankデータベースから取得し、ClustalXを用いて、Cb1952のGH9配列とアラインメントした。同様に、公知文献における別のバクテリア源の特徴付けされたセルラーゼに由来するCBM3cモジュールのアミノ酸配列もアラインメントした。これらには次のものが含まれる:ADQ45731:Caldicellulosiruptorkronotskyensisの推定セルラーゼ;ABP66693:Caldicellulosiruptorsaccharolyticusの推定セルラーゼ;ADL42950Caldicellulosiruptorobsidiansisの推定セルラーゼ/マンナンエンド-1,4-β-マンノシダーゼ;AAK06394:CaldicellulosiruptorspTok7B1のCelE11;AAA73868ClostridiumcellulolyticumのCel9G26;AAC38572:ClostridiumcellulovoransのEngH38;CAA39010:ClostridiumstercorariumのCel9Z18;ABX43720:ClostridiumphytofermentansのCel939、48;ABN51860:ClostridiumthermocellumDSM1313のCel9I50;CAB38941PaenibacillusbarcinonensisnのCel9B32;BAB33148:ClostridiumthermocellumF1のCelQ2;AAA23086:CellulomonasfimiのCenB27;AAW62376:CellulomonasflavigenaのCBP10528;AAB42155:ThermobifidafuscaのCel9A16、34。アラインメントした配列は、BOXSHADE3.21を用いて、配列パラメータの比をデフォルト設定の0.5にして解析した。追加的なアッセイ図20は、還元糖アッセイからの、天然基質に対するCb1952野生型の酵素活性を示す。12の異なる基質を試した:アビセル、リン酸膨張セルロースPASC、カルボキシメチルセルロースナトリウムCMC-Na、リケニン、マンナン、ローカストビーンガムLBG、グアーガム、コンニャクグルコマンナンKGM、コムギアラビノキシランWAX、カバ材キシランBWX、オートスペルトキシランOSX、およびキシログルカンを用いた。酵素を、アビセル、PASC、CMC-Na、リケニン、マンナン、LBG、グアーガム、KGM、WAX、およびOSX基質と共にインキュベートすると、グルコース同等物として定量化される産物が遊離した。Cb1952野生型は、主にグルコース構成基質およびマンノース構成基質を加水分解するが、キシロース構成基質は加水分解しない。図21は、還元糖アッセイからの、天然基質に対するCb1952TM1の酵素活性を示す。12の異なる基質を試した:アビセル、リン酸膨張セルロースPASC、カルボキシメチルセルロースナトリウムCMC-Na、リケニン、マンナン、ローカストビーンガムLBG、グアーガム、コンニャクグルコマンナンKGM、コムギアラビノキシランWAX、カバ材キシランBWX、オートスペルトキシランOSX、およびキシログルカンを用いた。酵素を、アビセル、PASC、CMC-Na、リケニン、マンナン、LBG、グアーガム、KGM、WAX、BWX、OSX、およびキシログルカン基質と共にインキュベートすると、グルコース同等物として定量化される産物が遊離した。この結果は、Cb1952TM1が、主にグルコース構成基質を加水分解することを示す。Cb1952TM1は、また、マンノース構成基質に対しても、ある程度の活性を有する。Cb1952TM1のキシロース構成基質に対する活性は低かった。図22は、還元糖アッセイからの、天然基質に対するCb1952TM5の酵素活性を示す。12の異なる基質を試した:アビセル、リン酸膨張セルロースPASC、カルボキシメチルセルロースナトリウムCMC-Na、リケニン、マンナン、ローカストビーンガムLBG、グアーガム、コンニャクグルコマンナンKGM、コムギアラビノキシランWAX、カバ材キシランBWX、オートスペルトキシランOSX、およびキシログルカンを用いた。酵素を、CMC-Na、リケニン、マンナン、LBG、グアーガム、およびKGM基質と共にインキュベートすると、マンノース同等物として定量化される産物が遊離した。Cb1952TM5は、主にマンノース構成基質を加水分解するが、グルコース構成基質およびキシロース構成基質に対する明らかな活性は有しない。図23は、薄膜クロマトグラフィーTLCからの、Cb1952野生型、Cb1952TM1、およびCb1952TM5の、グルコースおよびセロオリゴ糖に対する酵素活性を示す。グルコースおよび異なる5つのセロオリゴ糖を用いた:セロビオース、セロトリオース、セロテトラオース、セロペンタオース、およびセロヘキサオース。Cb1952野生型およびCb1952TM1は、セロトリオース、セロテトラオース、セロペンタオース、およびセロヘキサオースを、グルコースおよびセロビオースに加水分解するが、セロビオースに対しては活性を有しない。Cb1952TM5は、グルコースおよび試した何れのセロオリゴ糖に対しても活性を有しない。何れの酵素もグルコースおよびセロオリゴ糖に対するグリコシル転移活性を有しない。図24は、薄膜クロマトグラフィーTLCからの、Cb1952野生型、Cb1952TM1、およびCb1952TM5のマンノースおよびマンノオリゴ糖に対する酵素活性を示す。マンノースおよび異なる5つのマンノオリゴ糖を用いた:マンノビオース、マンノトリオース、マンノテトラオース、マンノペンタオース、およびマンノヘキサオース。Cb1952野生型およびCb1952TM5は、マンノトリオース、マンノテトラオース、マンノペンタオース、およびマンノヘキサオースを、マンノースおよびマンノビオースに加水分解するが、マンノビオースに対しては活性を有しない。Cb1952TM1は、マンノペンタオースおよびマンノヘキサオースを、より小さいマンノオリゴ糖に加水分解するが、マンノビオース、マンノトリオース、マンノテトラオース、およびマンノペンタオースに対する加水分解活性を有しない。何れの酵素も、マンノースおよびマンノオリゴ糖に対するグリコシル転移活性を有しない。天然多糖の酵素的加水分解の後、Lever,M.の方法AnewreactionforcolorimetricdeterminationcarbohydratesAnalBiochem197247273279に従って、グルコースおよびマンノース同等物の濃度を決定した。1.5mLのマイクロ遠心チューブを、化学天秤においてゼロに合わせた。次いで、2±0.1mgのアビセルまたはマンナンを、各チューブに添加し、重量を測定して記録した。各チューブに添加する必要がある体積は、重量に基づき算出した。CMC-NaおよびPASCでは、CMC-Na2およびPASC6.11mg/mlの基質ストック溶液を用いた。リケニン、KGM、WAX、BWX、OSXおよびキシログルカンでは、2ストック溶液を用いた。LBGおよびグアーガムでは、0.5ストック溶液を用いた。反応バッファーをはじめとして、クエン酸ナトリウム反応バッファーおよび酵素を、各チューブに添加した。チューブを、ThermomixerREppendorf内において、75°Cで16時間、連続的に混合しながらインキュベートした。チューブを、10,000rpm、4°Cで5分間遠心分離した。50μLのサンプル上清を、pHBAHアッセイのためのきれいな1.5mL遠心チューブに移した。1mLのグルコースのストック溶液を、クエン酸ナトリウムバッファーにおける濃度が100mMになるように作製し、次の各濃度20mM、10mM、および5mMになるように、クエン酸ナトリウムバッファーにおいて連続的な希釈を行った。50mgのpHBAHを、最終濃度が0.1w/vになるように、50mLの氷冷クエン酸/NaOH溶液に溶かし、この溶液を氷上に保持した。150μLのpHBAH溶液を、50μLのサンプルおよびグルコース標準溶液に添加し、チューブを100°Cで10分間インキュベートした。チューブを、室温で5分間インキュベートした。標準およびサンプルについて、410nmにおける波長を測定した。A410nmとグルコース濃度とを、互いに対してプロットし、線形回帰を用いて、データに対してフィットする線を求めた。相関係数R2値は、0.98と1.0との間であった。標準カーブからの式を用いて、サンプルにおける吸光度に基づきサンプルの還元末端の濃度を算出した。図25は、HPLC分析を用いたセルロース基質に対するCb1952TM1の酵素活性を示す。3つの異なる基質を試した:アビセル、CMC-Na、およびPASC。それぞれの場合において、Cb1952TM1の存在下では、グルコースおよびセロビオースが遊離した。Cb1952TM1の非存在下では、全ての基質について、グルコースおよびセロビオースの遊離は観察されなかった。この結果は、酵素のこの部分またポリペプチドが、セルロース性基質アビセル、CMC-Na、およびPASCから、グルコースおよびセロビオースを、最終産物として切断することを示すものであった。図26は、Cb1952TM1によるPASCの経時的な加水分解を示す。100nMのCb1952TM1を、2.5mg/mlのPASC共に、75°Cでインキュベートした。異なる時間間隔0、0.5分、2分、10分、1時間、4時間、および24時間において、サンプルを取り出し、直ちに10分間煮沸して、酵素を失活させた。遠心分離の後、サンプルの上清を水で適当に希釈して、HPLC分析にアプライした。結果は、Cb1952TM1が最初にグルコース、セロビオース、セロトリオース、およびセロテトラオースを遊離させることを示す。時間がより経過すると、反応混合物にはグルコースおよびセロビオースのみが残った。図27は、活性測定の基質としてPASCを用いた場合のCb1952野生型の熱安定性を示す。Cb1952野生型は、70°C、75°C、80°C、および85°Cでの24時間のインキュベートの後、それぞれ75、43、17、および12の活性を有する。500nMのCb1952野生型を、異なる温度70°C、75°C、80°C、および85°Cに保持した。サンプルを異なる時点0時間、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間、および24時間で取り出し、直ちに酵素活性測定に用いた。酵素活性は、サーモミキサーにおいて、pH5.5かつ85°Cで測定した。最終濃度が2.5mg/mlのPASCを測定に用いた。8.31μlのタンパク質サンプルを基質に添加し、数回ピペッティングすることによって混合した。全量は100μlであった。グルコース同等物に相当する還元末端を、Lever,M.の方法上掲に従って測定した。10分間における反応速度を算出した。時間0における反応速度を100とし、次いで0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての反応速度を、時間0における反応速度で割って100を掛けることによって、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての残存活性パーセンテージをそれぞれ算出した。図28は、活性測定に基質としてPASCを用いた場合のCb1952TM1の熱安定性を示す。Cb1952TM1は、70°C、75°C、80°C、および85°Cでの24時間のインキュベートの後、それぞれ94、76、18、および13の活性を有する。500nMのCb1952TM1を、異なる温度70°C、75°C、80°C、および85°Cに保持した。サンプルを異なる時点0時間、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間、および24時間で取り出し、直ちに酵素活性測定に用いた。酵素活性は、サーモミキサーにおいて、pH5.5かつ85°Cで測定した。最終濃度が2.5mg/mlのPASCを測定に用いた。8.31μlのタンパク質サンプルを基質に添加し、数回ピペッティングすることによって混合した。全量は100μlであった。グルコース同等物に相当する還元末端を、Lever,M.の方法上掲に従って測定した。10分間における反応速度を算出した。時間0における反応速度を100とし、次いで0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての反応速度を、時間0における反応速度で割って100を掛けることによって、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての残存活性パーセンテージをそれぞれ算出した。Cb1952ポリペプチドの結果に関する考察Cb1952は、GH9-CBM3cモジュールに結合する2つのタンデム型CBM3bによって特徴付けられた、最初のGH9セルラーゼである。CBM3bモジュールTM7は、不溶性セルロースに結合する図80AおよびB。TM1から1つのCBM3bを除去してもTM2、これらの基質に対する結合に顕著な影響はなかった図80AおよびB。したがって、TM1およびTM2の比活性および反応パラメータは、セルロース基質について類似している表1。他のCBM3bをさらに除去するとTM3、不溶性基質に対する結合と、アビセルおよび濾紙についての比活性との両方が減少した表1。したがって、CBM3bモジュールは、Cb1952による結晶セルロースの分解を容易にする。Cb1952およびその短縮型変異体、特にはTM3、は75°Cで24時間インキュベートした後でも、顕著な活性を維持した。他の超好熱性エンドグルカナーゼについては、ThermoanaerobactertengcongensisのCel5Aは、60°Cで24時間インキュベートした後、80を超える残存活性を有し24、ClostridiumstercorariumのアビセラーゼIは、80°Cで12時間インキュベートした後、60を超える残存活性を有し6、そして、CaldicellulosiruptorsaccharolyticusのCelBは、70°Cで29時間の半減期を有する35。多機能酵素の熱安定性プロファイルによって、セルロース性基質から発酵性糖を遊離することに多機能酵素を用いる間のリサイクルを容易にすることができる。セルロースからのエタノール生産に酵素リサイクル工程を導入することによって、付加価値のある産物の生産コストを劇的に下げることができる。CbesciiCb1954CelAORF1954、GenBankアクセション番号ACM60955は、このバクテリアから明らかになった最初のセルラーゼである49。これは、Cbesciiがアビセル培地において増殖するときに最も多く分泌されるセルラーゼである25。Cb1954は、Cb1952に類似するが一致しているわけではなく、N末端に位置するGH9モジュール、C末端に位置するGH48モジュール、およびこれら2つの触媒ドメインの間にある3つのCBM3モジュールによって構成されている。アビセルに対するCb1952の比活性10.15μmol糖/分/μmol酵素は、全長Cb1954/CelAのそれ55.0μmol糖/分/μmol酵素と比べて非常に低かったが、GH9触媒モジュールおよびCBMを含んでいる短縮型変異体CelA’の比活性18.0μmol糖/分/μmol酵素に比べるとわずかに低いだけであった49。他の超好熱性エンドグルカナーゼに比べると、Cb1952のこの比活性は、ThermoanaerobactertengcongensisのCel5Aの比活性60.0μmol糖/分/μmol酵素24および、ClostridiumstercorariumのアビセラーゼIの比活性30.2μmol糖/分/μmol酵素6よりも低く、PyrococcushorikoshiiのEGPhの比活性12.7μmol糖/分/μmol酵素1に匹敵するが、しかしCsaccharolyticusのCelBの比活性12.7μmol糖/分/μmol酵素41に比べると非常に高かった。濾紙に対するCb1952の比活性は、ThermotoganeapolitanaのCelBの比活性20.8μmol糖/分/μmol酵素5、ThermoanaerobactertengcongensisのCel5Aの比活性18.5μmol糖/分/μmol酵素24、およびPyrococcusfuriousのEglAの比活性18.7μmol糖/分/μmol酵素3に並ぶが、ThermotoganeapolitanaのCelAの比活性3.2μmol糖/分/μmol酵素5およびCsaccharolyticusのCelBの比活性1.8μmol糖/分/μmol酵素41に比べると非常に高かった。なお、これらの比活性に対するアッセイ条件反応温度、バッファー、反応時間、還元糖の測定方法、および実験室設備は、上述した酵素間で異なり得る。それにも関わらず、Cb1952は、セルロース基質から発酵性糖を高温において遊離する効果的な酵素である。興味深いことに、Cb1952をコードする遺伝子が位置する遺伝子クラスター内の9つの遺伝子のうちの7つの遺伝子もまた、Cb1952のCBM3bと一致するかまたは非常に類似したCBM3bモジュール一致率は98を超えるを含んでいる。遺伝子クラスター内の6つのポリペプチドは、2つまたは3つの繰り返しタンデム型CBM3bを有する。これらのCBM3bモジュールが、植物細胞壁の加水分解を手助けすると推定することは、合理的である。Cb1952のマンナナーゼ活性は、主に、GH5モジュールにある;しかしながら、限定的なマンナナーゼ活性が、GH9モジュールを触媒モジュールとして含んでいる構築物においても観察された。大半の場合、ファミリー9グリコシドヒドロラーゼは、エンドグルカナーゼ10、16、セロビオヒドロラーゼ36、1,4-β-D-グルカングルコヒドロラーゼ33、β-グルコシダーゼ30、およびエキソ-β-グルコサミニダーゼ14と説明される。BacilluslicheniformisのCel9は、このファミリーのうち、マンナナーゼ活性を有することが報告された唯一のメンバーである42;しかしながら、マンノース構成基質に対するその反応速度データおよび加水分解パターンは未知である。GH9が、最小で5つの鎖長を必要とし、最短の最終産物としてマンノビオースを遊離した一方、GH5は、最小で3つの鎖長を必要とし、最短の最終産物としてマンノースを遊離した点において、Cb1952のTM1変異体は、TM5変異体に比べて異なる加水分解パターンを示した。Cb1952のGH9モジュールにおけるマンノース構成基質を加水分解する能力は、触媒モジュールが、グルコースのエクアトリアルなC-2ヒドロキシルを収容することと、マンノースのアキシャルなC-2ヒドロキシルを許容することとの両方が可能であることを示唆している。-3サブサイト疎水性相互作用にトリプトファンが存在しないことは、GH9セルラーゼのプロセッシブ性を阻害し得る非生産的な結合を不安定にすることが、提案された31。しかしながら、G208およびT298に芳香族残基を挿入する変異TM3G208WG、TM3G208W、およびTM3T298Fは、可溶性還元末端と不溶性還元末端との比率に変わりがないこととして表されるように、TMの3プロセッシブ性を変えなかった。結晶セルロースアビセルおよび濾紙における変異体の比活性もまた、元のTM3のものに匹敵した。しかしながら、非結晶PASCでは、変異体の全てのターンオーバー数は、約2倍に向上する一方で、触媒効率は変わらなかった。結晶セルロースと非結晶セルロースとの構造の違いが、これらの酵素のパフォーマンスに影響した可能性がある。変異体の1つであるTM3G208WGでは、ローカストビーンガムに対する基質特異性が35倍に増加したTM3:[kcat/Km]LBG/[kcat/Km]PASC=7.4×10-3、TM3G208WG:[kcat/Km]LBG/[kcat/Km]PASC=0.26。このことは、サブサイト-3相互作用のための残基が、基質選択に関与している可能性があることを示唆している。CBM3cがセルロースリガンドに緩やかに結合して、セルロース鎖をGH9触媒モジュールへ送り込むことが、提唱されている34。しかしながら、この結合について、生化学的データは提供されなかった。セロオリゴ糖との複合体におけるファミリー9セルロースの共結晶構造では、セロオリゴ糖のCBM3cへの結合は、全くみられなかった26、34。我々の結果は、CBM3cは確かに不溶性セルロースに結合することができるが、その結合は明らかに弱いことを示唆している。Cb1952とそのホモログとの配列アラインメントによって、Cb1952CBM3cとそのホモログとの間において、リガンドに結合すると提唱されたアミノ酸残基に顕著な相違があることが明らかになった19、22、23。Cb1952のCBM3cでは、リガンドに結合すると提唱されたThefuCel9Aにおける保存Q553、R557、E559、およびR563残基が、それぞれ、対応するE545、K549、Q561、およびK565に置き換わっている図82。この観察は、Caldanaerobiuspolysaccharolyticusファミリー16CBM3モジュールにおいて、リガンドとの水素結合に関与する1つの極性残基を変異するQ121からE121ことによって示された微調整37に類似する可能性がある。E545、K549、Q561、およびK565残基は、同族の微生物であるCkronotskyensis、Csaccharolyticus、Cobsidiansis、およびCaldicellulosiruptorspTok7B1由来の4つのCBM3モジュールにおいても見出される図82。リガンドとの複合体におけるCBM3cの三次元構造は、未だ明らかではなく、それゆえ、リガンド結合に重要な残基が正確にはどれなのか、わかっていない。CBM3cモジュールに多様性がある19ため、結晶においてこの複合体を捉えるほど十分強固にセロオリゴ糖を保持することができるCBM3cの他の変異体が存在し得ると想像する余地がある。<実施例10:エンド-グルカナーゼ/マンナナーゼCb1953>推定エンドグルカナーゼCb1953WTを、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。この酵素は、cb1953の遺伝子産物である。Cbは、Caldicellulosiruptorbesciiを意味する。エンドグルカナーゼは、主に、セルロース由来のセロビオースを切断する。Cb1953WTタンパク質は、1391のアミノ酸長であり、かつ、153.6kDaの分子量を有するHis-tagCb1953タンパク質。Cb1953WTは、2つのグリコシドヒドロラーゼGHファミリー5触媒ドメインと、3つの炭水化物結合タンパク質とを有する図29。図29に示されるように、各GH5モジュールの活性を決定するために、2つの短縮型変異体を作製した。これら短縮型変異体に関して、図29に示されるように、Cb1953TM1961アミノ酸、103.9kDaは、3つの炭水化物結合モジュールと共にN末端にGH5触媒ドメインを有する一方、Cb1953TM21108アミノ酸、121.7kDaは、3つの炭水化物結合モジュールと共にC末端にGH5触媒ドメインを有する。Cb1953WTのPCR増幅この遺伝子を、PrimeSTARDNAポリメラーゼTAKARAを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TのゲノムDNAから増幅した。Cb1953WT、Cb1953TM1、およびCb1953TM2をコードする配列はそれぞれ、以下のプライマーセットを用いて増幅した。Cb1953WTForward5’GACGACGACAAGATGGCTACATCTAATGATGGAGTAGTGAAG3’配列番号56Cb1953WTReverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTAATTTTGCGGCTGGAACTGGCGCTGGTTC3’配列番号57ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:Cb1953TM1のクローニングCb1953TM1Forward5’GACGACGACAAGATGGCTACATCTAATGATGGAGTAGTGAAG3’配列番号56Cb1953TM1Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTATGGCATTGGTATTACTGTCTGCACCGG3’配列番号58ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:Cb1953TM2のクローニングCb1953TM2Forward5’GACGACGACAAGATGGGTGCCTCTTCAGTACCTACTTCAACACC3’配列番号59Cb1953TM2Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTAATTTTGCGGCTGGAACTGGCGCTGGTTC3’配列番号57ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCR増幅の後、Cb1953WT、Cb1953TM1、およびCb1953TM2の産物を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。ゲル上の予想されるバンドに一致するDNAを切り出し、QiagenGelExtractionkitを用いて、ゲルからDNAを抽出した。NovagenのpET46Ek/LICキットを用いて、精製した各DNAを処理し、pET46Ek/LICベクターにライゲーションした。精製したDNAの処理は、次の通りである:以下のプロトコールを用いて、pET46Ek/LICベクターにインサートをアニールした:Cb1953-pET-46Ek/LICのライゲーション混合物を、エレクトロポレーションによって大腸菌JM109に導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、4つのコロニーを選んで、6mLのLB-アンピシリン培地に植えつけた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、ミニプレップQIAGENを細胞培養物から作製した。プラスミドDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。遺伝子がプラスミドに挿入されていることを確認した後、インサートの配列を読んでそれらの配列の完全性を確かめた。遺伝子発現のため、プラスミドの1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコール100μg/mlおよびアンピシリン50μg/mlを添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5~6つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した3mlのLBブロスに植えつけ、4時間培養した。1mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した500mlのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.25に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.1mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。Cb1953WT、Cb1953TM1、およびCb1953TM2の遺伝子およびタンパク質配列野生型Cb1953のアミノ酸配列野生型Cb1953のアミノ酸配列は、配列番号60に開示されている。Cb1953のシグナルペプチドは、配列番号60におけるアミノ酸番号1~38に対応し、全てのPCR増幅中に除去された。それゆえ、発現する野生型Cb1953タンパク質は、配列番号60におけるアミノ酸番号1~38を含まない。シグナルペプチドを有さない野生型Cb1953タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号61に開示されている。野生型Cb1953シグナルペプチドなしの遺伝子をプラスミドpET-46Ek/LICにクローニングする処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。この短いペプチドを含んでいる野生型Cb1953のアミノ酸配列シグナルペプチドなしは、配列番号65に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号65におけるアミノ酸1~14である。野生型Cb1953のヌクレオチド配列野生型Cb1953のヌクレオチド配列は、配列番号62に開示されている。Cb1953のシグナルペプチドは、配列番号62におけるヌクレオチド番号1~114に対応し、全てのPCR増幅中に除去された。それゆえ、野生型Cb1953タンパク質を発現するために用いられるヌクレオチド配列は、配列番号62におけるヌクレオチド番号1~114を含まない。シグナルペプチドを有さない野生型Cb1953タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列番号63に開示されている。プラスミドpET-46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を有する、野生型Cb1953のヌクレオチド配列シグナルペプチドなしは、配列番号64に開示されている。この短いペプチドをコードする核酸は、配列番号64における核酸1~42である。Cb1953TM1のアミノ酸配列Cb1953TM1のアミノ酸配列は、配列番号122に開示されている。Cb1953TM1の遺伝子をプラスミドpET-46Ek/LICにクローニングする処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。pET-46Ek/LIC由来の短いペプチドを有するCb1953TM1のアミノ酸配列は、配列番号67に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号67におけるアミノ酸1~14である。Cb1953TM1のヌクレオチド配列Cb1953TM1のヌクレオチド配列は、配列番号123に開示されている。プラスミドpET-46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を有する、Cb1953TM1のヌクレオチド配列は、配列番号66に開示されている。この短いペプチドをコードする核酸は、配列番号66における核酸1~42である。Cb1953TM2のアミノ酸配列Cb1953TM2のアミノ酸配列は、配列番号111に開示されている。Cb1953TM2の遺伝子をプラスミドpET-46Ek/LICにクローニングする処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。この短いペプチドを有するCb1953TM2のアミノ酸配列は、配列番号69に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号69におけるアミノ酸1~14である。Cb1953TM2のヌクレオチド配列Cb1953TM2のヌクレオチド配列は、配列番号110に開示されている。プラスミドpET-46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を有する、Cb1953TM2のヌクレオチド配列は、配列番号68に開示されている。短いペプチドをコードする核酸は、配列番号68における核酸1~42である。Cb1953WTタンパク質、Cb1953TM1タンパク質、およびCb1953TM2タンパク質の精製Cb1953WT、Cb1953TM1、Cb1953TM2を、ヒートショック法によって、大腸菌BL-21codonplusDE3RILコンピテントセル内で発現させた。次いで、組換え細胞を、クロラムフェニコール100μg/mlおよびアンピシリン50μg/mlを添加したLBアガープレートにおいて一晩生育させた。8時間後、スターター培養液を、600nmにおける吸光度が0.5に達するまで、通気しながら、クロラムフェニコール100μg/mlおよびアンピシリン50μg/mlを添加した新たなLBに希釈した。次いで、IPTGを0.1mMの最終濃度で添加することによって遺伝子発現を誘導し、培養温度を16°Cまで下げた。16時間後、細胞ペレットを回収するため、細胞を遠心分離した。次いで、ペレットを、溶解バッファー25mMTris-HCLpH7.8、750mMNaCl、5グリセロール、20mMイミダゾール、1.25Tween-20に懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするための遠心分離の後、上清を、コバルト導入レジンTALON、CloneTechにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために3回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン標識化された標的タンパク質を、次いで、溶出バッファー50mMTris-HCLpH7.5、250mMイミダゾールを用いて、レジンから溶出した。次いで、溶出画分を65°Cで30分間熱処理し、沈殿したタンパク質を除去するために遠心分離した。次いで、Tris-HCl溶出バッファー50mMTris-HCl、150mMNaCl、pH7.5によるゲル濾過クロマトグラフィーHiLoad1620Superdex200、GEHealthcareによって、タンパク質を精製した。ドデシル硫酸ナトリウム-ポリアクリルアミドゲル電気泳動SDS-PAGEによって、溶出画分の一部を分析し、CoomassiebrilliantblueG-250を用いて染色することによって、タンパク質のバンドを可視化した図30。酵素活性図31は、カルボキシメチルセルロースCMCにおけるCb1953WT、Cb1953TM1、Cb1953TM2のザイモグラムを示す。CMC基質最終0.1、w/vと共に標準的なドデシル硫酸ポリアクリルアミドゲル電気泳動SDS-PAGEをして、ゲルを準備した。電気泳動によるタンパク質の分画後、ゲルを蒸留水で2回洗浄し、30mLのリフォールディングバッファー20mMクエン酸バッファーpH6.0、2.5TritonX-100、2mMジチオスレイトール、2.5mMCaCl2中で25°C1時間インキュベートし、新たなバッファー中で、37°Cで一晩保持した。ゲルを50mMクエン酸バッファーpH6.0で2回洗浄し、次いで、結果物を、0.1コンゴレッドで染色し1MNaClで脱染することによって可視化した。図31に示されるように、Cb1953WTおよびCb1953TM2は、予想されるサイズの位置において、セルラーゼ活性を意味する顕著な白いバンドを示したが、Cb1953TM1タンパク質は示さなかった。図32および33は、還元糖アッセイからの、天然基質におけるCb1953WT、Cb1953TM1、およびCb1953TM2の酵素活性を示す。7つの異なる基質を試験した:アビセル、リン酸膨張セルロースPASC、カルボキシメチルセルロースCMC、コムギアラビノキシランWAX、リケニン、コンニャクグルコマンナン、およびマンナン。これら基質と酵素とのインキュベーションによって、グルコース同等物の濃度として定量化される産物が遊離した。ThermomixerREppendorfにて連続的に混合しながら、チューブを75°Cにおいて16時間インキュベートした。チューブを、4°Cにおいて5分間、10,000rpmで遠心分離した。pHBAHアッセイのために、50μLのサンプル上清を、きれいな1.5mL遠心チューブへ移した。標準およびサンプルについて、410nmにおける波長を測定した。A410nmとグルコース濃度とを、互いに対してプロットし、線形回帰を用いて、データに対してフィットする線を求めた。反応物を薄層クロマトグラフィーTLCによって分析した。n-ブタノール:酢酸:H2Oが10:5:1vol/vol/volからなる移動相、および10cm×20cmプレートを用いた。還元糖アッセイ図32およびTLC図33の結果は、Cb1953WTおよびCb1953TM2がセルラーゼ活性を有するのに対して、Cb1953TM1はマンナナーゼ活性を有することを示す。様々な基質に対する、ザイモグラム、還元アッセイ、およびTLC分析を通して、Cb1953WTにおけるC末端のGH5はセルラーゼとして機能するのに対して、N末端のGH5はマンナナーゼとして機能すると結論付けた。図34は、HPLC分析を用いた、PASCに対するCb1953TM2の酵素活性の時間経過を示す。加水分解産物の分析については、高速陰イオン交換クロマトグラフィーHPAECによってサンプルを分析した。HPAEC分析について、100μLのサンプル希釈液を、SystemdGoldHPLC装置BeckmanCoulter社FullertonCAに注入した。SystemGoldHPLC装置は、DionexCorporationSunnyvale、CA社のCarboPac商標PA1guard4×50mmおよび分析4x250mmカラム、並びにESABiosciences社ChelmsfordMAのCoulochemIII電気化学検出器を備えている。TLC分析およびHPLC分析のために、標準として、グルコース、および5つの異なるセロオリゴ糖セロビオース、セロトリオース、セロテトラオース、セロペンタオース、およびセロヘキサオースを用いた。反応において、Cb1953は、セロオリゴ糖C2-C4を遊離させ始め、次いでグルコースを遊離させた。この結果から、この酵素は、PASCから主にセロビオースを遊離させることが示された。図35および36は、PASCにおけるCb1953WTおよびCb1953TM2の熱安定性を示す。50nMのCb1953WTおよびCb1953TM2を異なる温度70°C、75°C、80°C、85°C、および90°Cに保持した。サンプルは、一定の時点0時間、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間、および24時間において取り出し、直ちに酵素活性測定に用いた。Cary300UV-Vis分光光度計Varianを用いて、酵素活性を85°Cで測定した。最初の1分間において反応の初速度を算出した。時間0における反応の初速度を100とし、次いで0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての反応の初速度を、時間0における反応の初速度で割って100を掛けることによって、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての残存活性パーセンテージを算出した。この結果から、Cb1953WT図35およびCb1953TM2図36は、70°Cおよび75°Cで非常に安定であり、熱処理していないタンパク質の75~90の活性を維持していた。図37は、PASCにおけるCb1953WTおよびCb1953TM2の反応速度実験を示す。50mMNa2HPO4-HClpH6.0および150mMNaCl中の0.05μMの精製したCb1953WTまたはCb1953TM2を、様々な濃度のリン酸膨張セルロースPASCと共にインキュベートした。そして、加水分解の初速度を基質濃度に対してプロットした。データをミカエリス-メンテンの式に当てはめるGraphPadPrismv5.01ことによって、反応速度パラメータCb1953WTについては、Km:7.603mg/mL、kcat:7.513s-1、およびkcat/Km0.988s-1mL/mg、Cb1953TM2については、Km:3.032mg/mL、kcat:5.411s-1およびkcat/Km:1.785s-1mL/mgを決定した。<実施例11:エンドセルラーゼCb1954>推定エンドセルラーゼCb1954を、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。Cbは、Caldicellulosiruptorbesciiを意味する。このタンパク質は、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー9触媒ドメイン推定セルラーゼドメイン、3つのファミリー3炭水化物結合モジュールCBM、および1つのGH48触媒ドメインを有する図38。Cb1954野生型は、1746アミノ酸長であり、193.6kDaHis-tagCb1954野生型タンパク質の推定分子量を有する。酵素Cb1954TM3およびCb1954TM5は、Cb1954の遺伝子産物の短縮型変異体である。Cbは、Caldicellulosiruptorbesciiを意味する。エンドセルラーゼは、セルロースから、最終産物としてグルコースおよびセロビオースを切断する。Cb1954TM3タンパク質は、709アミノ酸長であり、78.57kDaHis-tagCb1954TM3タンパク質の分子量を有する。このタンパク質は、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー9触媒ドメインおよび1つのファミリー3炭水化物結合モジュールCBM3を有する。Cb1954TM5タンパク質は、1294アミノ酸長であり、142.82kDaHis-tagCb1954TM5タンパク質の分子量を有する。このタンパク質は、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー48触媒ドメインおよび3つのファミリー3炭水化物結合モジュールCBM3を有する。Cb1954野生型のクローニングCb1954野生型の遺伝子を、PrimeSTARDNAポリメラーゼTAKARAを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TのゲノムDNAから増幅した。Cb1954野生型遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した:Cb1954野生型遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した:Cb1954wildtypeForward5’GACGACGACAAGATGCAAGAGGTTAGGGCTGGTTCGTTTAAC3’配列番号70Cb1954wildtypeReverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTATTGATTGCCAAACAGTATTTCATATG3’配列番号71ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:Cb1954TM3のクローニングCb1954の遺伝子を、PfuTurboTMDNAポリメラーゼを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TのゲノムDNAから増幅した。Cb1954TM3遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した:Cb1954TM3Forward5’GACGACGACAAGATGCAAGAGGTTAGGGCTGGTTCGTTTAAC3’配列番号70Cb1954TM3Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTATACCTTTATCTGTCCACCTGCTAC3’配列番号72ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:Cb1954TM5のクローニングCb1954の遺伝子を、PfuTurboTMDNAポリメラーゼを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TのゲノムDNAから増幅した。Cb1954TM3遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した:Cb1954TM5Forward5’GACGACGACAAGATGTTCAAAGCTATTGAAACTCCAACAAAC3’配列番号73Cb1954TM5Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTATTGATTGCCAAACAGTATTTCATATG3’配列番号71ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCRの後、Cb1954野生型、Cb1954TM3およびCb1954TM5遺伝子の増幅産物を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。ゲル上の予想されるバンドに一致するDNAを切り出し、QiagenGelExtractionkitを用いて、ゲルから増幅フラグメントを抽出した。NovagenのpET46Ek/LICキットを用いて、精製したDNAを処理し、pET46Ek/LICベクターにライゲーションした。精製したDNAの処理は、次の通りである:以下のプロトコールを用いて、pET46Ek/LICベクターにインサートをアニールした:Cb1954野生型-pET-46Ek/LIC、Cb1954TM3-pET-46Ek/LICまたはCb1954TM5-pET-46Ek/LICのライゲーション混合物を、化学的な形質転換法によって大腸菌NovaBlueコンピテントセルへ導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、4つのコロニーを選んで、6mLのLB-アンピシリン培地に植えつけた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、細胞培養物からミニプレップQIAGENを作製した。プラスミドDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。遺伝子がプラスミドに挿入されていることを確認した後、遺伝子の配列を読み、その同一性を確かめた。Cb1954の全て構築物について、Cb1954TM3のみをクローニングすることができた。そして、このタンパク質の発現のために、組換えプラスミドのうち1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコール50μg/mlおよびアンピシリン100μg/mlを添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した3mlのLBブロスに植えつけ、4時間培養した。1mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した500mlのLBブロスに添加し、600nmにおける吸光度が0.25に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.1mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。タンパク質精製培養物を遠心分離し、細胞ペレットを回収した。次いで、ペレットを、溶解バッファー50mMTris-HCLpH7.5、300mMNaClに懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするための遠心分離の後、上清を、コバルト導入レジンTALON、CloneTechにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために3回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン標識化Cb1954TM3を、次いで、溶出バッファーを用いて、レジンから溶出した。PCRプライマー設計によって、プラスミドにコードされた6-ヒスチジンにタンパク質が融合することを確実にした。6つのヒスチジンは、ニッケル導入レジンまたはコバルト導入レジンに結合する。結合したタンパク質は、イミダゾールを含んでいるバッファーを用いて、このレジンから除去できる。この方法によって、目的のタンパク質を素早く精製することできる。Cb1954TM3遺伝子を、大腸菌において発現させた。そして、タンパク質を、プラスミドによってコードされた6-ヒスチジンを利用したTALONレジン精製工程、HitrapQカラムを用いた陰イオン交換工程、およびHiload1660Superdex200カラムを用いたゲル濾過工程を含んでいる、3つの工程によって精製した。図39Aは、精製したCb1954TM3のSDS-PAGEを示す。Cb1954WT、Cb1954TM3、およびCb1954TM5の、遺伝子およびタンパク質配列野生型Cb1954のアミノ酸配列野生型Cb1954エンドセルラーゼEC3.2.1.4のアミノ酸配列は、配列番号74に開示されている。Cb1954のシグナルペプチドは、配列番号74におけるアミノ酸番号1~27に対応する。シグナルペプチドがない野生型Cb1954タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号121に開示されている。野生型Cb1954のヌクレオチド配列野生型Cb1954のヌクレオチド配列は、配列番号116に開示されている。Cb1954のシグナルペプチドは、配列番号116におけるヌクレオチド番号1~81に対応する。シグナルペプチドがない野生型Cb1954タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列番号75に開示されている。Cb1954TM3のアミノ酸配列Cb1954TM3のアミノ酸配列は、配列番号76に開示されている。Cb1954TM3の遺伝子をプラスミドpET-46Ek/LICへクローニングする処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列が、遺伝子に融合する。pET-46Ek/LIC由来の短いペプチドを有するCb1954TM3のアミノ酸配列は、配列番号81に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号81におけるアミノ酸1~14である。Cb1954TM3のヌクレオチド配列Cb1954TM3のヌクレオチド配列は、配列番号77に開示されている。プラスミドpET-46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を有する、Cb1954TM3のヌクレオチド配列は、配列番号80に開示されている。短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号80におけるヌクレオチド1~42である。Cb1954TM5のアミノ酸配列Cb1954TM5のアミノ酸配列は、配列番号78に開示されている。Cb1954TM5のヌクレオチド配列Cb1954TM5のヌクレオチド配列は、配列番号79に開示されている。酵素活性図39Bは、還元糖アッセイからの、天然基質におけるCb1954TM3の酵素活性を示す。3つの異なる基質を試験した:アビセル、カルボキシメチルセルロースナトリウムCMC-Na、およびリン酸膨張セルロースPASC。これら基質と酵素とのインキュベーションによって、グルコース同等物の濃度として定量化される産物が遊離した。PASCの加水分解は、他の基質の加水分解よりも高かった。アビセル、CMC-NaおよびPASCの酵素的加水分解の後、Lever,M.の方法に従って、グルコース同等物の濃度を決定した。1.5mLのマイクロ遠心チューブを、化学天秤においてゼロに合わせた。次いで、2±0.1mgのアビセルを各チューブに添加し、質量を測定して記録した。CMC-NaおよびPASCについては、CMC-Na2およびPASC6.11mg/mlの基質ストック溶液を用いた。反応バッファーをはじめとして、クエン酸ナトリウム反応バッファーおよび酵素を、各チューブに添加した。チューブを、ThermomixerREppendorf内において、75°Cで16時間、連続的に混合しながらインキュベートした。チューブを、10,000rpm、4°Cで5分間遠心分離した。酵素によって遊離した還元末端を決定するために、50μLのサンプル上清を、pHBAHアッセイのためのきれいな1.5mLの遠心チューブに移した。1mLのグルコースのストック溶液を、クエン酸ナトリウムバッファーにおける濃度が100mMになるように作製し、次の各濃度20mM,10mM,および5mMになるように、クエン酸ナトリウムバッファーにおいて連続的な希釈を行った。50mgのpHBAHを、最終濃度が0.1w/vになるように、50mLの氷冷クエン酸/NaOH溶液に溶かし、この溶液を氷上に保持した。150μLのpHBAH溶液を、50μLのサンプルおよびグルコース標準溶液に添加し、チューブを100°Cで10分間インキュベートした。チューブを、室温で5分間インキュベートした。標準およびサンプルについて、410nmにおける波長を測定した。A410nmおよびグルコースの濃度を、互いに対してプロットして、線形回帰を用いて、データに対してフィットする線を求めた。相関係数R2値は、0.98と1.0との間であった。標準カーブからの式を用いて、サンプルにおける吸光度に基づきサンプルの還元末端の濃度を算出した。図40は、HPLC分析を用いた、セルロース性基質におけるCb1954TM3の酵素活性を示す。3つの異なるセルロース基質を試験した:アビセル、CMC-NaおよびPASC。それぞれの場合において、Cb1954TM3の存在下では、グルコースおよびセロビオースが遊離した。Cb1954TM3の非存在下では、全ての基質について、グルコースもセロビオースもみられなかった。この結果は、この酵素が、セルロース性基質CMC-NaおよびPASCから、グルコースおよびセロビオース、同様により長鎖のオリゴ糖を、最終産物として遊離させることを示すものであった。図41は、Cb1954TM3の熱安定性を示す。70°C、75°C、80°Cおよび85°Cで24時間インキュベートした後、Cb1954TM3は、それぞれ、75、87、64、および7の活性を有する。500nMのCb1954TM3を異なる温度70°C、75°C、80°Cおよび85°Cで保持した。pH5.5およびサーモミキサーにおいて95°Cで、酵素活性を測定した。測定のために、2.5mg/mlの最終濃度のPASCを用いた。10μlのタンパク質サンプルを基質に添加し、数回ピペッティングすることによって混合した。全量は100μlであった。Lever,M.の方法上掲に従って、グルコース同等物に相当する還元末端を測定した。10分間における反応速度を算出した。時間0における反応時間を100とし、次いで0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての反応速度を、時間0における反応速度で割って100を掛けることによって、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての残存活性パーセンテージをそれぞれ算出した。<実施例12:エンド-グルカナーゼCb1946>推定エンドグルカナーゼCb1946WTを、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。この酵素は、Cb1946WTの遺伝子産物である。Cbは、Caldicellulosiruptorbesciiを意味する。Cb1946WTタンパク質は、1271アミノ酸長および139.8kDaHis-tagCb1946タンパク質の分子量を有する。Cb1946WTは、N末端領域にグリコシドヒドロラーゼGHファミリー5触媒ドメイン、および、C末端領域にグリコシドヒドロラーゼGHファミリー44触媒ドメインを有する。2つの炭水化物結合モジュールは、2つの触媒ドメインの間に位置する図42。短縮型変異体に関して、図42に示すように、Cb1946TM1653アミノ酸、71.3kDaは、2つの炭水化物結合モジュールと共にN末端にGH5触媒ドメインを有する一方、Cb1946TM21015アミノ酸、111.0kDaは、2つの炭水化物結合モジュールと共にC末端にGH44触媒ドメインを有する。Cb1946WTのクローニング野生型遺伝子およびその2つの短縮型変異体図42を、PrimeSTARDNAPolymeraseTAKARAを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TのゲノムDNAから増幅した。Cb1946WT、Cb1946TM1、およびCb1946TM2をコードするヌクレオチド配列を、下記のプライマーの組合せおよび手順を用いて増幅した:Cb1946WTForward5’GACGACGACAAGATGGCTACATCTAATGATGGAGTAGTGAAG3’配列番号82Cb1946WTReverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTAATTTAGTTTGTACTGAGGTTGAATATAAAACGATATGG3’配列番号83ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:Cb1946TM1のクローニングCb1946TM1Forward5’GACGACGACAAGATGGCTACATCTAATGATGGAGTAGTGAAG3’配列番号82Cb1946TM1Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTAGTTAAACCTTATCTGTATCTCCCCTGTGTC3’配列番号84ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:Cb1946TM2のクローニングCb1946TM2Forward5’GACGACGACAAGATGGTAGGGTACTTGGACATGGTAAACAATTGGGA3’配列番号85Cb1946TM2Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTAATTTAGTTTGTACTGAGGTTGAATATAAAACGATATGG3’配列番号83ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCRの後、Cb1946遺伝子の増幅を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。ゲルにおける予想されるバンドに一致するDNAを切り出し、QiagenGelExtractionkitを用いて、ゲルからDNAを抽出した。NovagenのpET46Ek/LICキットを用いて、精製した各DNAを処理し、pET46Ek/LICベクターにライゲーションした。精製したDNAの処理は、次の通りである:以下のプロトコールを用いて、pET46Ek/LICベクターにインサートをアニールした。Cb1946-pET46Ek/LICのライゲーション混合物を、エレクトロポレーションによって大腸菌JM109に導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、4つのコロニーを選んで、6mLのLB-アンピシリン培地に植えつけた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、ミニプレップQIAGENを細胞培養物から作製した。プラスミドDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。プラスミドにおけるインサートの確認後、遺伝子またはコード配列の配列を読み、それらの同一性および完全性を確かめた。遺伝子発現のため、プラスミドの1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコールおよびアンピシリンを50μg/mlおよび100μg/mlで添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した3mlのLBブロスに植えつけ、4時間培養した。1mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した500mLのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.25に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.1mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。Cb1946WT、Cb1946TM1およびCb1946TM2の遺伝子およびタンパク質の配列Cb1946野生型のアミノ酸配列野生型Cb1946のアミノ酸配列は、配列番号86に開示されている。配列番号86のアミノ酸番号1~38に対応するCb1946のシグナルペプチドを、全てのPCR増幅中に除去した。それゆえ、発現させた野生型Cb1946タンパク質は、配列番号86の1~38番のアミノ酸を含んでいなかった。シグナルペプチドのない野生型Cb1946タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号87に開示されている。野生型Cb1946シグナルペプチなしの遺伝子をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングするための処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。短いペプチドを含んでいる野生型Cb1946シグナルペプチなしのアミノ酸配列は、配列番号91に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号91のアミノ酸1~14である。Cb1946野生型のヌクレオチド配列野生型Cb1946のヌクレオチド配列は、配列番号88に開示されている。配列番号88のヌクレオチド番号1~114に対応するCb1946のシグナルペプチドを、全てのPCR増幅中に除去した。それゆえ、野生型Cb1946タンパク質を発現させるために用いたヌクレオチド配列は、配列番号88のヌクレオチド番号1~114を含まない。シグナルペプチドを含まない野生型Cb1946タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列番号89に開示されている。プラスミドpET46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を有する、野生型Cb1946のヌクレオチド配列シグナルペプチドなしは、配列番号90に開示されている。この短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号90のヌクレオチド1~42である。Cb1946TM1のアミノ酸配列Cb1946TM1のアミノ酸配列は、配列番号117に開示されている。Cb1946TM1遺伝子をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングするための処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。短いペプチドを含んでいるCb1946TM1のアミノ酸配列は、配列番号93に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号93のアミノ酸1~14である。Cb1946TM1のヌクレオチド配列Cb1946TM1のヌクレオチド配列は、配列番号118に開示されている。プラスミドpET46Ek/LICに由来する短いペプチドをコードする配列を含んでいるCb1946TM1ヌクレオチド配列は、配列番号92に開示されている。短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号92のヌクレオチド1~42である。Cb1946TM2のアミノ酸配列Cb1946TM2のアミノ酸配列は、配列番号113に開示されている。Cb1946TM2遺伝子をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングするための処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。短いペプチドを含んでいるCb1946TM2アミノ酸配列は、配列番号95に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号95のアミノ酸1~14である。Cb1946TM2のヌクレオチド配列Cb1946TM2のヌクレオチド配列は、配列番号112に開示されている。プラスミドpET46Ek/LICに由来する短いペプチドをコードする配列を含んでいるCb1946TM2ヌクレオチド配列は、配列番号94に開示されている。短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号94のヌクレオチド1~42である。Cb1946WT、Cb1946TM1およびCb1946TM2タンパク質の精製Cb1946WT、ならびに、その短縮型変異体Cb1946TM1およびCb1946TM2を、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILコンピテントセルにおいて発現させた。次いで、アンピシリン100μg/mLおよびクロラムフェニコール50μg/mlを添加したLBアガーにおいて、組換え細胞を37°Cで一晩増殖させた。8時間後、スターター培養液を、600nmにおける吸光度が0.5に達するまで、通気しながら、クロラムフェニコール100μg/mlおよびアンピシリン50μg/mlを添加した新たなLBに希釈した。次いで、IPTGを0.1mMの最終濃度で添加することによって遺伝子発現を誘導し、培養温度を16°Cまで下げた。16時間後、細胞ペレットを回収するため、細胞を遠心分離した。次いで、ペレットを、溶解バッファー25mMTris-HCLpH7.8、750mMNaCl、5グリセロール、20mMイミダゾール、1.25Tween-20に懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするための遠心分離の後、上清を、コバルト導入レジンTALON、CloneTechにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために3回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン-標識化された標的タンパク質を、次いで、溶出バッファー50mMTris-HCL、pH7.5、250mMイミダゾールを用いて、レジンから溶出した。次いで、溶出画分を65°Cで30分間熱処理し、沈殿したタンパク質を除去するために遠心分離した。次いで、Tris-HCl溶出バッファー50mMTris-HCl、150mMNaCl、pH7.5によるゲル濾過クロマトグラフィーHiLoad1620Superdex200、GEHealthcareによって、タンパク質を精製した。ドデシル硫酸ナトリウム-ポリアクリルアミドゲル電気泳動SDS-PAGEによって、溶出画分の一部を分析し、CoomassiebrilliantblueG-250を用いて染色することによって、タンパク質のバンドを可視化した図43。酵素活性図44は、カルボキシルメチルセルロースCMCアガープレートにおけるCb1946WT、Cb1946TM1およびCb1946TM2のザイモグラムを示す。アガープレートは、CMC基質最終0.25、w/vを用いて調製した。1μgの各タンパク質をアガー-CMCプレート上にスポットした後、プレートを37°Cにおいて一晩インキュベートし、次いで0.1のコンゴレッドによる染色および1MのNaClによる脱色によって、ゲルを可視化した。図44に示されるように、Cb1946WTおよびCb1946TM2は、アガープレート上に、セルラーゼ活性を意味する顕著なハローを示したが、Cb1953TM1タンパク質は示さなかった。図45は、リン酸膨脹セルロースPASCにおけるCb1946WT、Cb1946TM1およびCb1946TM2の酵素活性を示している。それぞれの酵素最終0.5μMを、50mMクエン酸-150mMNaClにおいて1最終濃度のリン酸膨脹セルロースPASCと、75°C、16時間で反応させた。この反応物を、薄層クロマトグラフィーTLCによって分析した。n-ブタノール:酢酸:H2Oが10:5:1vol/vol/volからなる移動相、および10cm×20cmプレートを用いた。加水分解の生成物のさらなる定量分析のために、高速陰イオン交換クロマトグラフィーHPAECによってサンプルを分析した図46。HPAEC分析のために、100μLの希釈した各サンプルを、SystemdGoldHPLC装置BeckmanCoulter社FullertonCAに注入した。SystemGoldHPLC装置は、DionexCorporationSunnyvale、CA社のCarboPacTMPA1guard4x50mmおよび分析4x250mmカラムanalytical4x250mmcolumnsならびにESABiosciences社ChelmsfordMAのCoulochemIII電気化学検出器を備えている。TLC分析およびHPLC分析のために、標準として、グルコースおよび5つの異なるセロオリゴ糖を用いた:セロビオース、セロトリオース、セロテトラオース、セロペンタオースおよびセロヘキサオース。TLCおよびHPLCの結果に基づくと、Cb1953WTおよびCb1953TM2は、PASC基質からの、グルコース、セロビオース、セロトリオース、およびセロテトラオースなどの産物の顕著な遊離を示し、Cb1946WTおよびCb1953TM2がセルラーゼ活性を有することを示したが、Cb1953TM1は示さなかった。<実施例13:エンドセルラーゼCb629>エンドセルラーゼCb629を、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。酵素Cb629TM1は、Cb629の遺伝子産物の短縮型変異体である。Cbは、Caldicellulosiruptorbesciiを意味する。エンドセルラーゼは、セルロースからグルコース、セロビオースおよびセロトリオースを初めに切断する。Cb629TM1タンパク質は5621アミノ酸長および63.7kDaHis-tagCb629TM1タンパク質の分子量を有する。このタンパク質は、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー5触媒ドメイン、および、炭水化物結合モジュールCBMファミリー17_28ドメインを有する図47。さらに、分泌のためにN末端シグナルペプチドSPおよび細胞表面に対する酵素の固定に用いられていると考えられる3つの表層ホモロジーSLHモジュールが存在する。SPおよびSLHは触媒ではないため、下記に示すPCR増幅を通して、それらをポリペプチドから切断した。この遺伝子産物をCb629TM1と名付けた。Cb629TM1のクローニングCb629TM1の遺伝子を、PrimeSTARDNAPolymeraseTAKARAを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TのゲノムDNAから増幅した。Cb629TM1遺伝子を下記のプライマーの組合せを用いて増幅した:Cb629TM1Forward5’GACGACGACAAGATGCAGAGCATACTGTATGAAAAGG3’配列番号96Cb629TM1Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTACTCAAAAAGGATATTGGTAAATC3’配列番号97ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCR増幅の後、Cb629TM1の増幅を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。ゲルにおける予想されるバンドに一致するDNAを切り出し、QiagenGelExtractionkitを用いて、ゲルからDNAを抽出した。NovagenのpET46Ek/LICキットを用いて、精製した各DNAを処理し、pET46Ek/LICベクターにライゲーションした。精製したDNAの処理は、次の通りである:以下のプロトコールを用いて、pET46Ek/LICベクターにインサートをアニールした。Cb629TM1-pET46Ek/LICのライゲーション混合物を、化学的な形質転換法によって大腸菌NovaBlueコンピテントセルに導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、4つのコロニーを選んで、6mLのLB-アンピシリン培地に植えつけた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、ミニプレップQIAGENを細胞培養物から作製した。プラスミドDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。遺伝子がプラスミドに挿入されていることを確認した後、遺伝子の配列を読んで、コーディング配列の完全性を確かめた。遺伝子発現のため、プラスミドの1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコール100μg/mlおよびアンピシリン50μg/mlを添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5~6つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した10mlのLBブロスに植えつけ、6時間培養した。10mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した1000mLのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.3に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.1mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。タンパク質精製培養物を遠心分離し、細胞ペレットを回収した。次いで、ペレットを溶解バッファー50mMTris-HCLpH7.5、300mMNaClに懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットにするための遠心分離の後、上清を、コバルト導入レジンTALON、CloneTechにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために3回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン標識化Cb629TM1を、次いで、溶出バッファー50mMTris-HCL、pH7.5、250mMイミダゾールを用いて、レジンから溶出した。PCRプライマーの設計によって、タンパク質がプラスミドにコードされた6-ヒスチジンに融合することを確実にした。6つのヒスチジンは、ニッケル導入レジンまたはコバルト導入レジンに結合する。結合したタンパク質は、イミダゾールを含んでいるバッファーを用いて、レジンから除去できる。この方法によって、目的のタンパク質を素早く精製することできる。Cb629WTおよびCb629TM1の遺伝子およびタンパク質の配列Cb629野生型のアミノ酸配列野生型Cb629エンドセルラーゼEC3.2.1.4のアミノ酸配列は、配列番号98に開示されている。Cb629のシグナルペプチドは、配列番号98のアミノ酸番号1~29に対応する。シグナルペプチドを備えない野生型Cb629タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号119に開示されている。Cb629野生型のヌクレオチド配列野生型Cb629のヌクレオチド配列は、配列番号99に開示されている。Cb629のシグナルペプチドは、配列番号99のヌクレオチド番号1~87に対応する。シグナルペプチドを備えていない野生型Cb629タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列番号120に開示されている。Cb629TM1のアミノ酸配列Cb629TM1エンドセルラーゼEC3.2.1.4のアミノ酸配列は、配列番号100に開示されている。Cb629TM1遺伝子をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングするための処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。この短いペプチドを備えているCb629TM1アミノ酸配列は、配列番号103に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号103のアミノ酸番号1~14である。Cb629TM1のヌクレオチド配列Cb629TM1のヌクレオチド配列は、配列番号101に開示されている。プラスミドpET46Ek/LICに由来する短いペプチドをコードする配列を含んでいるCb629TM1ヌクレオチド配列は、配列番号102に開示されている。短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号102のヌクレオチド1~42である。Cb629TM1をコードする配列を大腸菌において発現させた。そして、1工程すなわち、プラスミドによってコードされている6-ヒスチジンを利用するTALONレジン精製工程においてタンパク質を精製した。図48は、精製したCb629TM1のSDS-PAGEを示す。酵素活性図49は、還元糖アッセイを用いて測定した産物による、基質に対するCb629TM1の酵素活性を示す。3つの異なるセルロース基質を試した:アビセル、カルボキシルメチルセルロースナトリウムCMC-Naおよびリン酸膨脹セルロースPASC。酵素を基質とインキュベーションすることによって、グルコース同等物の濃度として定量化される産物が遊離した。PASCの加水分解は、他の基質の加水分解よりも高かった。アビセル、CMC-NaおよびPASCの酵素的加水分解の後、Lever,Mの方法上掲に従って、グルコース同等物の濃度を測定した。分析の対照においては、1.5mLマイクロ遠心チューブを、化学天秤においてゼロに合わせた。次いで、2±0.1mgのアビセルをそれぞれのチューブに添加し、重量を測定して記録した。各チューブに添加する必要がある体積は、重量に基づき算出した。CMC-NaおよびPASCでは、CMC-Na2およびPASC6.11mg/mlの基質ストック溶液を用いた。反応バッファーをはじめとして、クエン酸ナトリウム反応バッファーおよび酵素を、各チューブに添加した。チューブを、ThermomixerREppendorf内において、75°Cで16時間、連続的に混合しながらインキュベートした。チューブを、10,000rpm、4°Cで5分間遠心分離した。50μLのサンプル上清を、pHBAHアッセイのためのきれいな1.5mL遠心チューブに移した。1mLのグルコースのストック溶液を、クエン酸ナトリウムバッファーにおける濃度が100mMになるように作製し、次の各濃度20mM、10mM、および5mMになるように、クエン酸ナトリウムバッファーにおいて連続的な希釈を行った。50mgのpHBAHを、最終濃度が0.1w/vになるように、50mLの氷冷クエン酸/NaOH溶液に溶かし、この溶液を氷上に保持した。150μLのpHBAH溶液を、50μLのサンプルおよびグルコース標準溶液に添加し、チューブを100°Cで10分間インキュベートした。チューブを、室温で5分間インキュベートした。標準およびサンプルについて、410nmにおける波長を測定した。A410nmとグルコース濃度とを、互いに対してプロットし、線形回帰を用いて、データに対してフィットする線を求めた。相関係数R2値は、0.98と1.0との間であった。標準カーブからの式を用いて、サンプルにおける吸光度に基づきサンプルの還元末端の濃度を算出した。図50は、HPLC分析を用いた基質に対するb629TM1の酵素活性を示す。3つの異なるセルロースの基質を試した:アビセル、CMC-NaおよびPASC。それぞれの場合において、Cb629TM1の存在下では、グルコースおよびセロビオースが遊離した。Cb629TM1の非存在下では、全ての基質について、グルコースもセロビオースもみられなかった。この結果は、この酵素が、セルロース性基質アビセル、CMC-NaおよびPASCから、グルコースおよびセロビオースを、最終産物として遊離させることを示すものであった。図51は、この酵素が、セロオリゴ糖から二糖セロビオースおよびグルコースを主に遊離させることもできることを示す。この酵素は、加水分解セロビオースを切断しない図におけるG2。図52は、Cb629TM1の熱安定性を示す。60°C、65°C、70°C、75°Cおよび80°Cで24時間インキュベートした後、Cb629TM1は、それぞれ、109、99、96、83および34の活性を有する。500nMのCb629TM1を異なる温度60°C、65°C、70°C、75°Cおよび80°Cに保持した。サンプルを異なる時間0時間、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間においてサンプルを取り出し、直ちに酵素活性測定に用いた。酵素活性を、サーモミキサーにおいて、pH5.5および70°Cにおいて測定した。測定のために、2.5mg/mlの最終濃度のPASCを用いた。8.31μlのタンパク質サンプルを基質に添加し、数回ピペッティングすることによって混合した。全量は100μlであった。Lever,M.の方法上掲に従って、グルコース同等物に相当する還元末端を測定した。10分間における反応速度を算出した。時間0における反応時間を100とし、次いで0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての反応速度を、時間0における反応速度で割って100を掛けることによって、0.5時間、1時間、2時間、4時間、7時間、11時間および24時間についての残存活性パーセンテージをそれぞれ算出した。<実施例14:β-グルコシダーゼCb486>推定β-グルコシダーゼCb486を、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。この酵素は、Cb483の遺伝子産物である。Cbは、Caldicellulosiruptorbesciiを意味する。β-グルコシダーゼは、セロビオースグルコースの二糖の、2ユニットのグルコースへの加水分解を触媒する。Cb486タンパク質は、466のアミノ酸長であり、かつ、54.9kDaの推定分子量を有するHis-tagCb486タンパク質。このタンパク質は、グリコシドヒドロラーゼGHファミリー1触媒ドメインを有する図53A。Cb486の遺伝子を、iProofTMHighFidelityDNAポリメラーゼBIORADを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TのゲノムDNAから増幅した。Cb486の遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した:Cb486Forward5’GACGACGACAAGATGAGTTTACCAAAAGGATTTCTGTGGGGTGC3’配列番号104Cb1172Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTATGAGTTTTCCTTTATATACTGCTG3’配列番号105ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCR増幅の後、Cb486遺伝子の増幅を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。ゲル上の予想されるバンドに一致するDNAを切り出し、QiagenGelExtractionkitを用いて、ゲルからDNAを抽出した。NovagenpET46Ek/LICkitを用いて、精製したDNAを処理し、pET46Ek/LICベクターにライゲーションした。精製したDNAの処理は、次の通りである:以下のプロトコールを用いて、pET46Ek/LICベクターにインサートをアニールした。Cb486-pET46Ek/LICライゲーション混合物を、エレクトロポレーションによって大腸菌JM109に導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、4つのコロニーを選んで、6mLのLB-アンピシリン培地に植えつけた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、ミニプレップQIAGENを細胞培養から作製した。プラスミドDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。遺伝子がプラスミドに挿入されていることを確認した後、インサートの配列を読み、それらの配列の同一性および完全性を確かめた。遺伝子発現のため、プラスミドの1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3RILに形質転換し、そして、クロラムフェニコール100μg/mlおよびアンピシリン50μg/mlを添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5~6つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した3mlのLBブロスに植えつけ、4時間培養した。1mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した500mlのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.25に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.1mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。タンパク質精製培養物を遠心分離し、細胞ペレットを回収した。次いで、ペレットを、溶解バッファー25mMTris-HCLpH7.8、750mMNaCl、5グリセロール、20mMイミダゾール、1.25Tween-20に懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするための遠心分離の後、上清を、コバルト導入レジンTALON、CloneTechにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために数回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン標識化Cb486を、次いで、溶出バッファー50mMTris-HCL、pH7.5、250mMイミダゾールを用いて、レジンから溶出した。Cb486の遺伝子産物は、完全長型として発現した。PCRプライマーの設計によって、プラスミドにコードされた6-ヒスチジンにタンパク質が融合することを確実にした。6つのヒスチジンは、ニッケル導入レジンまたはコバルト導入レジンに結合する。結合したタンパク質は、イミダゾールを含んでいるバッファーを用いて、レジンから除去できる。この方法によって、目的のタンパク質を素早く精製することできる。Cb486WTの遺伝子およびタンパク質の配列Cb486野生型のアミノ酸配列野生型Cb486のβ-グルコシダーゼEC3.2.1.21のアミノ酸配列は、配列番号106に開示されている。野生型Cb486遺伝子をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングするための処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。この短いペプチドを含んでいる野生型Cb486アミノ酸配列は、配列番号109に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号109のアミノ酸1~14である。Cb486野生型のヌクレオチド配列野生型Cb486のヌクレオチド配列は、配列番号107に開示されている。プラスミドpET46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を含んでいる野生型Cb486のヌクレオチド配列は、配列番号108に開示されている。この短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号108のヌクレオチド1~42である。Cb486遺伝子を、大腸菌において発現させた。そして、プラスミドによってコードされている6-ヒスチジンを利用するTALONレジン精製工程を用いた1工程においてタンパク質を精製した。図53Bは、精製したCb486のSDS-PAGEを示す。酵素活性図54は、薄層クロマトグラフィーTLC分析による、キシロオリゴ糖X2-X6に対するCb486の酵素活性を示す。以下のキシロオリゴ糖X2-X6を試した:キシロビオース、キシロトリオース、キシロテトラオース、キシロペンタオース、およびキシロヘキサオース。これは、キシロオリゴ糖を一晩加水分解し、続いてTLCを用いて産物を分析することによって行った。それぞれの場合において、Cb486の存在下では、キシロースおよびキシロビオースが遊離した。Cb486の非存在下では、キシロビオースに関して、ごくわずかな量のキシロースがみられた;他のキシロオリゴ糖については、加水分解産物は遊離しなかった。この結果は、この酵素が、キシロオリゴ糖キシロビオース、キシロトリオース、キシロテトラオース、キシロペンタオース、およびキシロヘキサオースから、キシロースおよびキシロビオースを遊離させることを示すものであった。図55は、この酵素が、セロビオースβ-1,4-結合によって2ユニットのグルコースが結合しているからセロヘキサオースβ-14-結合によって6ユニットのグルコースが共に連結しているまでのセロオリゴ糖を、グルコースに切断できることを示す。したがって、この酵素を、グルコースの短い鎖を遊離させるエンドグルカナーゼと組み合わせることで、短い鎖を単糖グルコースへ変換することができるはずである。この多機能的活性異なる結合の切断によって、この酵素は、複雑な多糖類を加水分解するために用いる酵素混合物における重要な酵素となるはずである。図56Aと56Bは、それぞれ、Cb486の活性のpHプロファイルおよび温度プロファイルを示す。<実施例15:ススキの加水分解のためのCaldicellulosiruptorbescii由来のセルラーゼ混合物>上記の分析に基づいて、Cb629TM1、Cb486、Cb1946TM2、Cb1952TM1、Cb1953TM2、およびCb1954TM3を含んでいるセルラーゼ混合物を、Caldicellulosiruptorbesciiのセルラーゼに代わるものとして再構成した図57。また、セルラーゼ混合物との相乗的な効果を試験するために、以前に再構成したCaldicellulosiruptorbesciiのヘミセルラーゼ図58も用意した。全ての酵素混合物各0.5μMを、50mMcitrate-150mMNaClバッファーpH6.5中、2、5、および8の前処理オートクレーブされたススキおよび1のNaOH処理マイクロ波を照射されたススキしたサンプルと反応させた。この反応は、75°Cで一晩振とうさせて行った。反応物を、薄層クロマトグラフィーTLCにより分析した。n-ブタノール:酢酸:H2O=10:5:1からなる移動相、および10cm×20cmプレートを用いた図59、61、63、および65。加水分解産物をさらに分析するために、8基質の反応サンプルを、高速陰イオン交換クロマトグラフィーHPAECを用いて分析した図60、62、64、および66;例えば、図60は、図59からのサンプルのHPAECデータであり、図62は、図61からのサンプルのHPAECデータである。HPAEC分析は、DionexCorporationSunnyvale、CA製のCarboPacTMPA1ガードカラム4×50mmおよび分析カラム4×250mmと、ESABiosciencesChelmsford、MA製のCoulochemIII電気化学検出器と、を装備する、BeckmanCoulterFullerton、CA製のSystemGoldHPLC装置に、各希釈されたサンプルを100μL注入して行った。TLC図59、61、63、および65およびHPLC図60、62、64、および66では、標準として、グルコースC1および5つの異なるセロオリゴ糖:セロビオースC2、セロトリオースC3、セロテトラオースC4、セロペンタオースC5、およびセロヘキサオースC6を用いた。キシロースとグルコースとを分離するために、AminexHPX-87Hカラム300×7.8mm、BioRadをLC-20ATHPLCSHIMADZUに装備して行った。この分析では、5mMの硫酸を移動相として用い、流速0.6mL/mL、65°Cで行った。図59~62におけるTLCおよびHPLCのデータに基づくと、セルラーゼとヘミセルラーゼとの両方が存在する場合、前処理されたススキのサンプルにおいて、より多くのグルコースおよびキシロースを相乗的に遊離させた。すなわち、セルラーゼとヘミセルラーゼとの混合物を用いた場合、同じセルラーゼ混合のみによって遊離するグルコース量、あるいは、同じヘミセルラーゼ混合物のみによって遊離するキシロース量に比べて、より多くのグルコースおよびキシロースを相乗的に遊離させた。例えば、図60に示すように、マイクロ波前処理されたススキから、より多くのグルコースを遊離したのは、セルラーゼ混合物が単独でススキに作用した場合レーン2、C1ピーク;~7mMよりも、ヘミセルラーゼ混合物が存在する時のセルラーゼ混合物レーン4、C1ピーク;~11mMであった。また、図60に示すように、より多くのキシロースを遊離したのは、ヘミセルラーゼ混合物が単独でススキに作用した場合レーン2、X1ピーク;~3mMよりも、セルラーゼ混合物が存在する時のヘミセルラーゼ混合物レーン4、X1ピーク;~6mMであった。図61および62に示すように、オートクレーブ前処理されたススキについても、セルラーゼ混合物とヘミセルラーゼ混合物との間の相乗的な効果が得られた。したがって、本明細書において提供される結果物は、本明細書に開示されたセルラーゼ混合物と、本明細書に開示されたヘミセルラーゼ混合物とを含んでいる酵素カクテルが、セルラーゼ混合物とヘミセルラーゼ混合物との間における相乗的な活性を示す、という驚くべき結果を示している。図59~62の結果は、また、オートクレーブ前処理されたススキのサンプル図61および62からよりも、マイクロ波前処理されたススキ図59および図60からの方が、多くの産物が遊離することを示している図61および62。図63~66では、Cb486β-グルコシダーゼを含まない酵素混合物を、両方の前処理されたサンプルにおいて試験した。その結果、Cb486β-グルコシダーゼを含まない混合物の場合、酵素混合物は主にセロビオースを遊離させた。図63および図64のレーン4における結果は、ヘミセルラーゼとβ-グルコシダーゼを含まないセルラーゼとの混合物が、マイクロ波を照射されたサンプルから、キシロースおよび主にセロビオースを生じさせるころを示す。オートクレーブ前処理されたススキを基質とした同じ実験においても同様のデータが得られる図65および66。<実施例16:ヒートショックタンパク質Cb1581>小さなヒートショックタンパク質Cb1581を、Caldicellulosiruptorbesciiにおいて同定した。このタンパク質はCb1581の遺伝子産物である。CbはCaldicellulosiruptorbesciiを意味する。このタンパク質は、162アミノ酸長であり、かつ、19.68kDaの分子量を有するHis-tagCb1581タンパク質。Cb1581のクローニングCb1581の遺伝子を、PrimeSTARDNAポリメラーゼTAKARAを用いたPCRによって、CaldicellulosiruptorbesciiDSM6725TのゲノムDNAから増幅した。cb1581遺伝子は、以下のプライマーセットを用いて増幅した:Cb1581Forward5’GACGACGACAAGATGCTCAGAGACATAGTTCCATTTGGC3’配列番号144Cb1581Reverse5’GAGGAGAAGCCCGGTTATTCTATATCAATTGTTCTTACATC3’配列番号145ポリメラーゼ連鎖反応の混合物は、以下のものを含んでいた:ゲノムDNAから遺伝子を増幅するために、以下のPCRサイクルを用いた:上述したPCR反応の後、cb1581遺伝子の増幅を、1アガロースゲル電気泳動によって確かめた。ゲル上の予想されるバンドに一致するDNAを切り出し、QiagenGelExtractionkitを用いて、ゲルからDNAを抽出した。NovagenのpET46Ek/LICキットを用いて、精製した各DNAを処理し、pET46Ek/LICベクターにライゲーションした。精製したDNAの処理は、次の通りである:以下のプロトコールを用いて、pET46Ek/LICベクターにインサートをアニールした。cb1581-pET46Ek/LICライゲーション混合物を、エレクトロポレーション法によって大腸菌XL10-Goldに導入し、細胞を、LB-アンピシリン上にプレーティングした。37°Cにおいて一晩インキュベートした後、4つのコロニーを選んで、6mLのLB-アンピシリン培地に植えつけた。16時間の激しい通気によって培養物を37°Cで増殖させ、ミニプレップQIAGENを細胞培養物から作製した。プラスミドDNAのサイズを確かめるために、プラスミドを次いで1アガロースゲル上で電気泳動した。遺伝子がプラスミドに挿入されていることを確認した後、遺伝子の配列を読んで、その完全性を確かめた。遺伝子発現のため、プラスミドの1つを、ヒートショック法によって大腸菌BL21codonplusDE3-RIPLに形質転換し、そして、クロラムフェニコール50μg/mlおよびアンピシリン100μg/mlを添加したLBプレート上にプレーティングし、一晩、37°Cでインキュベートした。5~6つのコロニーを、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した10mlのLBブロスに植えつけ、6時間培養した。10mLの培養物を、同じ濃度の2つの抗生物質を添加した1000mlのLBブロスに植えつけ、600nmにおける吸光度が0.3に達するまで、37°Cで培養した。誘導因子であるIPTGを次いで、0.1mMの最終濃度で添加し、培養を16°Cで一晩続けた。タンパク質精製培養物を遠心分離し、細胞ペレットを回収した。次いで、ペレットを、溶解バッファー50mMTris-HCl、300mMNaCl、pH7.5に懸濁した。細胞中のタンパク質を、フレンチプレス細胞粉砕機を通じて遊離させた。細胞残骸をペレットするために10000rpmで30分間遠心分離した後、上清を、コバルト導入レジンTALON、Clonetechにアプライし、結合していないタンパク質を除去するために3回洗浄した。結合したタンパク質6-ヒスチジン標識化Cb1581を、次いで、溶出バッファー50mMTris-HCl、300mMNaCl、250mMイミダゾール、pH7.5を用いて、レジンから溶出した。PCRプライマーの設計によって、タンパク質がプラスミドにコードされた6-ヒスチジンに融合することを確実にした。6つのヒスチジンは、ニッケル導入レジンまたはコバルト導入レジンに結合する。結合したタンパク質は、イミダゾールを含んでいるバッファーを用いて、レジンから除去できる。この方法によって、目的のタンパク質を素早く精製することできる。Cb1581の遺伝子およびタンパク質の配列Cb1581野生型のアミノ酸配列野生型Cb1581のアミノ酸配列は、配列番号146に開示されている。野生型Cb1581遺伝子をプラスミドpET46Ek/LICにクローニングするための処理によって、6つのヒスチジンを含んでいるペプチドをコードする短いヌクレオチド配列に、遺伝子が融合する。この短いペプチドを含んでいる野生型Cb486のアミノ酸配列は、配列番号149に開示されている。この短いペプチドのアミノ酸は、配列番号149のアミノ酸1~14である。Cb1581野生型のヌクレオチド配列野生型Cb1581のヌクレオチド配列は、配列番号147に開示されている。プラスミドpET46Ek/LIC由来の短いペプチドをコードする配列を含んでいる野生型Cb1581のヌクレオチド配列は、配列番号148に開示されている。この短いペプチドヌクレオチドをコードするヌクレオチドは、配列番号148のヌクレオチド1~42である。cb1581遺伝子を、大腸菌において発現させた。そして、プラスミドによってコードされている6-ヒスチジンを利用するTALONレジン精製工程を用いた1工程においてタンパク質を精製した。図83は、精製したCb1581のSDS-PAGEを示す。マイクロ波前処理されたススキの酵素的加水分解の向上図84は、マイクロ波前処理されたススキの酵素的加水分解を、70°CAまたは80°CBにおいて、Cb1581が向上させる効果を示している。加水分解を、pH6.0で、基質として10のススキを添加して全量500μL中に、各0.5μMのセルラーゼ/ヘミセルラーゼ酵素混合物を用いて行った。酵素混合物に含まれる酵素は、Cb1946TM2、Cb1952TM1、Cb1953TM2、Cb1954TM3、Cb629TM1、Cb486、Cb193、Cb195、Cb2487、Cb1172、Cb909、およびCb162である。2mLのマイクロ遠心チューブを、化学天秤においてゼロに合わせた。次いで、50±0.2mgのマイクロ波前処理されたススキを各チューブに添加した。これらのチューブを、EchoThermTMRT11VariableSpeedRotatingMixersTorreyPinesScientificにより連続回転させて、70°Cまたは80°Cで24時間、インキュベートした。マイクロ波前処理されたススキを酵素によって加水分解した後に、Lever,M.の方法AnewreactionforcolorimetricdeterminationcarbohydratesAnalChem197247273279に従って、グルコース同等物の濃度を測定した。反応後、チューブを、10,000rpm、4°Cで5分間遠心分離した。45μLの水および5μLのサンプル上清を、pHBAHアッセイのためのきれいな1.5mL遠心チューブに移した。1mLのグルコースのストック溶液を、クエン酸ナトリウムバッファーにおける濃度が20mMになるように作製し、次の各濃度20mM、10mM、5mMになるように、クエン酸ナトリウムバッファーにおいて連続的な希釈を行った。50mgのpHBAHを、最終濃度が0.1w/vになるように、50mLの氷冷クエン酸/NaOH溶液に溶かし、この溶液を氷上に保持した。150μLのpHBAH溶液を、50μLのサンプルおよびグルコース標準溶液に添加し、チューブを100°Cで10分間インキュベートした。チューブを、室温で5分間インキュベートした。標準およびサンプルについて、410nmにおける波長を測定した。A410nmとグルコース濃度とを、互いに対してプロットし、線形回帰を用いて、データに対してフィットする線を求めた。相関係数R2値は、0.98と1.0との間であった。標準カーブからの式を用いて、サンプルにおける吸光度に基づきサンプルの還元末端の濃度を算出した。70°Cおよび80°Cの何れにおいても、反応混合物におけるCb1581の量が増加するに従って、糖の遊離は向上した。"