"明細書中に記載の発明。発明の要旨本発明は、メッセンジャーRNAのクラスターまたはサブセットを通した遺伝情報の流れを利用する、遺伝子発現を決定するための新規のインビボ手段に関する。近年、複数の高分子事象を、これらの情報をコンピューター化で組織化する目標とともに、同時かつ並行に調べることは、呼称-omeが採られている。従って、ゲノムは、細胞の遺伝子全てを同定し、一方、トランスクリプトームは、ゲノムのメッセンジャーRNA相補体として規定され、そしてプロテオームproteomeは、ゲノムのタンパク質相補体として規定される図1を参照のこと。本発明者らは、トランスクリプトームのいくつかの物理的に組織化されたサブセットを規定し、そしてこれらをリボノームribonomeの動的単位として規定する。本明細書中に記載されるように、リボノームは、RNA結合タンパク質例えば、調節RNA結合タンパク質との会合に起因して、細胞中でクラスター化しているメッセンジャーRNAmRNAの多数の異なるサブセットからなる。細胞性リボノームのmRNA成分を同定することによって、細胞性トランスクリプトームは、細胞または組織の遺伝子発現状態を規定するために一緒に使用され得る一連のサブプロフィールに破壊され得る図2を参照のこと。例えば、高スループット手段と組み合わせ、そしてRNAプロセシングアレイと多重化することによって、本発明の方法は、複数の遺伝子転写物中で生じる変化を同時に決定する能力を提供する。従って、本明細書中の1つの局面は、内因性の細胞性mRNA結合タンパク質mRNP複合体を区別するインビボ方法である。1つの実施形態において、この方法は、少なくとも1つ以上のmRNP複合体を含む生物学的サンプルを、このmRNP複合体の成分に特異的に結合するリガンドと接触させる工程を包含する。生物学的サンプルは、例えば、組織サンプル、全組織、全器官、細胞培養物、または細胞抽出物もしくは溶解物であり得る。mRNP複合体の成分は、RNA結合タンパク質、RNA会合タンパク質、mRNA自身を含むmRNP複合体と会合する核酸、またはmRNP複合体と会合する別の分子もしくは化合物例えば、炭水化物、脂質、ビタミンなどであり得る。リガンドは、例えば、この成分に特異的に結合する抗体、この成分に結合する核酸例えば、アンチセンス分子、この成分に結合するRNA分子、またはこの複合体の成分に結合する任意の他の化合物もしくは分子であり得る。次いで、mRNP複合体は、リガンドをここではmRNP複合体に結合する、このリガンドを結合する結合分子に結合させることによって分離される。結合分子は、リガンドに直接的に結合してもすなわち、リガンドに対して特異的な抗体であり得る、リガンドに間接的に結合してもよいすなわち、リガンド上のタグに対する抗体または結合パートナーであり得る。結合分子は、当該分野で公知のように、固体支持体例えば、ビーズまたはプレートまたはカラムに付着される。従って、mRNP複合体は、リガンドおよび結合分子を介して固体支持体に付着される。次いで、mRNP複合体は、この複合体を固体支持体から取り外すことによって収集されるすなわち、この複合体は、適切な条件および溶媒を用いて固体支持体から洗浄して取り外される。次いで、mRNP複合体内に結合したmRNAの同一性が、例えば、mRNAをこの複合体から分離し、このmRNAをcDNAに逆転写し、そしてこのcDNAを配列決定することによって、決定され得る。従って、本発明の実施形態において、mRNP複合体は、エピトープタグの有りまたは無しで、mRNP複合体の直接的な免疫沈降によって単離され得るか、または他の生化学的な区別方法によって単離され得る。例えば、mRNP複合体に結合するかまたはmRNP複合体と会合している他のタンパク質は、mRNP複合体それに続いてこの複合体内の結合したmRNAを収集するために、免疫沈降され得る。当業者は、本発明の方法の実施形態が、同時にすなわち共に、連続して、またはバッチ式の様式で、多数のmRNA複合体の同定を可能にすることを理解する。あるいは、この方法は、1つの生物学的サンプルまたはその一部に対して多数回実行され得、この方法の工程は、異なるリガンドを利用する方法を各々反復することによって、連続様式で実施される。任意の記載された実施形態において、例えば、cDNAまたはゲノムマイクロアレイのグリッドが、本発明の方法によって単離されたmRNAをひとまとめに同定するために使用され得る。mRNAのサブセットは、mRNP複合体を特異的に結合するかまたはmRNP複合体と特異的に会合する、複数のmRNA転写物またはメッセージとして規定される。言い換えると、サブセットは、特定のmRNP複合体内に結合するかまたは特定のmRNP複合体に結合するその能力によって規定される。サブセットは、好ましくは、細胞の総mRNA集団の定量的画分または定性的画分である。さらに、mRNAサブセット内のサブセットは、本発明を用いて同定され得る。任意の特定の細胞または組織サンプルのmRNAサブセットの収集は、発現プロフィールであり、本明細書中において、この細胞または組織に関してリボノームプロフィールribonomicprofileとも称される。発現プロフィールが、サンプル中の細胞型例えば、細胞が何の種または組織型であるか、細胞の分化状態、細胞の病原性すなわち、この細胞が感染されているか否か、または細胞が有害な遺伝子例えば、癌遺伝子を発現しているか否か、またはこの細胞が特定の遺伝子を欠くか否か、mRNP複合体を単離するために使用される特定のリガンドなどに依存して、細胞サンプル間で異なることが理解される。従って、細胞の発現プロフィールは、細胞の同定因子として使用され得、当業者が異なる細胞のプロフィールを比較し、識別することを可能にする。他に示されない限り、リボノームプロフィールは、細胞の全体的なmRNAプロフィールのパターン認識サブセットを提供する。細胞の増殖状態が変化するすなわち、腫瘍化場合か、または細胞が病原体によって混乱されたすなわち、ウイルス感染場合、このプロフィールは変化し、そしてリボノームの混乱が、検出され得る。細胞が化合物すなわち、薬物で処理される場合、リボノームパターンは、所望の変化または所望されない変化を示す。従って、この新規方法は、多数の因子の細胞に対する影響毒性、加齢、アポトーシス、病原および細胞分化を含むを評価するための方法を提供する。新規である本発明は、RNAを区別する以前の方法よりもいくつかの利点を有する。第1に、mRNP複合体の区別は、インビボで実行され得、一方、以前の方法は、インビトロ適用に制限されていた。この新規方法は、十分に確固としており、その結果、一旦目的のcDNAが単離されたmRNAサブセットから逆転写されると、この目的のcDNAを同定するために増幅例えば、PCRによるか、または代替的に、Anticら1999GenesDev.13,449-461の方法に従うをする必要はない。本発明は、Gaoら前出に示されるような反復工程の使用を必要としない。最後に、例えば、ハイブリダイゼーションが細胞の発現プロフィールを分析するために例えば、マクロアレイアッセイまたはRNAse保護アッセイRPAにおいて使用される場合、定量的な決定が本発明において可能である。従って、特定の実施形態において、本発明は、当業者が、成熟遺伝子転写物の局在、活性、安定性、および生細胞のタンパク質成分への翻訳を決定するためにひとまとめにこの成熟遺伝子転写物を同定、モニター、および定量することを、好都合に可能にする。本明細書中に記載される方法は、内因性メッセンジャーRNA結合タンパク質を単離する方法、およびmRNP複合体中に含まれる細胞性mRNAのサブセットを同定する方法を、マイクロアレイまたは他の公知の手順を用いて提供することによって、機能的ゲノムに新規の手段を好都合に提供する。好ましい実施形態において、本発明の方法は、mRNA結合タンパク質およびmRNAサブセットを規定するための他のmRNP会合因子を用いることによって、増殖および分化のサイクルの間の機能的mRNAネットワークを研究しそしてこれらを決定する基礎を提供する。mRNAサブセットのパターンすなわち、発現プロフィールは、特定の化合物すなわち、薬物の存在下、または種々の疾患状態下で変更され得ることが、理解される。従って、特定の実施形態において、本発明の方法は、治療的用途がある化合物であり得る化合物をスクリーニングするため、およびこの化合物に対する適切な遺伝子標的を見出すために有用である。他の実施形態において、本発明の方法は、細胞の疾患状態を決定するのに有用であり、従って、疾患例えば、癌の存在または疾患の素因を分類または診断するための手段が提供される。遺伝子発現プロフィールはまた、複雑な組織例えば、腫瘍に存在する異なる細胞型間で異なる。いくつかのmRNA結合タンパク質は、特定の腫瘍細胞においてのみ存在し、そして腫瘍は、1より多い細胞型を含み得る。腫瘍または組織内の各細胞型についての遺伝子発現プロファイリングは、その組織の抽出物を作製し、そしてmRNP複合体の細胞特異的成分例えば、mRNAに付着しているRNA結合タンパク質をその抽出物から直接的にすなわち、インビボで免疫沈降することによって行われ得る。これらの免疫沈降したペレットは、その結合または会合した成分を含む、その同じ細胞中にのみ存在するmRNAを含む。従って、特定の実施形態において、本発明の方法は、複数の細胞型の遺伝子発現プロフィールどの細胞型が、その同じ複雑な組織中に共存し得るかを特徴付けそして区別するために使用され得る。これは、例えば、腫瘍細胞周辺の非腫瘍間質細胞および血液細胞におけるmRNAを分析する必要なく、これらの腫瘍細胞を腫瘍抽出物全体においてプロフィールするのを可能にし得る。このような特徴付けの結果は、例えば、処置の選択が、腫瘍に存在する組織の種類例えば、内皮血管組織に依存する場合の、腫瘍に罹患している患者の適切な処置の過程の決定において有用であり得る。別の実施形態において、本発明は、mRNP複合体と結合または会合するタンパク質を単離および必要に応じて同定するための方法を提供する。あるいは、および別の実施形態において、本発明の方法は、細胞における遺伝子発現を調節する能力について、試験化合物をスクリーニングするために使用され得る。このような方法は、遺伝子発現における異常に関連する障害癌を含むがこれらに限定されないの処置および/または予防において使用され得る、推定の薬物をスクリーニングするのに有用である。本発明は例えば、以下の項目を提供する。項目1内因性の細胞性mRNAタンパク質mRNP複合体を区別する方法であって、ここで、該方法が、以下:mRNAタンパク質mRNP複合体を含む生物学的サンプルを該mRNP複合体の少なくとも1つの成分を特異的に結合する少なくとも1つのリガンドと接触させる工程;該リガンドに対して特異的な結合分子を用いて該リガンドを結合することによって該mRNP複合体を分離する工程であって、ここで該結合分子が固体支持体に付着される、工程;および次いで、該固体支持体から該mRNP複合体を取り外すことによって該mRNP複合体を収集する工程、を包含する、方法。項目2前記生物学的サンプルが細胞培養物または細胞抽出物を含む、項目1に記載の方法。項目3前記生物学的サンプルが組織全体を含む、項目1に記載の方法。項目4前記生物学的サンプルが器官体全体を含む、項目1に記載の方法。項目5前記生物学的サンプルが腫瘍を含む、項目1に記載の方法。項目6前記生物学的サンプルが腫瘍細胞または腫瘍細胞抽出物を含む、項目1に記載の方法。項目7前記生物学的サンプルがニューロンの集団を含む、項目1に記載の方法。項目8前記リガンドが抗体である、項目1に記載の方法。項目9前記リガンドが癌を有する被験体の血清を使用して単離された抗体である、項目1に記載の方法。項目10前記リガンドが自己免疫障害を有する被験体の血清を使用して単離された抗体である、項目1に記載の方法。項目11前記結合分子が抗体である、項目1に記載の方法。項目12前記結合分子がプロテインA、プロテインG、およびストレプトアビジンからなる群より選択される、項目1に記載の方法。項目13前記mRNP複合体の成分が核酸である、項目1に記載の方法。項目14前記mRNP複合体の成分がRNAである、項目1に記載の方法。項目15前記mRNP複合体の成分がmRNAである、項目1に記載の方法。項目16前記mRNP複合体の成分が成熟mRNAである、項目1に記載の方法。項目17前記mRNP複合体の成分がRNA結合タンパク質である、項目1に記載の方法。項目18前記mRNP複合体の成分がRNA会合タンパク質である、項目1に記載の方法。項目19前記RNA会合タンパク質が前記mRNP複合体と約10-6~約10-9のKdで会合する、項目18に記載の方法。項目20前記RNA会合タンパク質が前記mRNP複合体と約10-7~約10-9のKdで会合する、項目18に記載の方法。項目21前記RNA会合タンパク質が前記mRNP複合体と約10-8~約10-9のKdで会合する、項目18に記載の方法。項目22前記mRNP複合体の成分が炭水化物、脂質、およびビタミンからなる群より選択される、項目1に記載の方法。項目23前記mRNP複合体から前記mRNAを分離することによって該mRNP内に結合される該mRNAを同定する工程、該mRNAのcDNAを得る工程、次いで該cDNAを配列決定する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。項目24前記同定する工程が、cDNAマイクロアレイ上で実施される、項目23に記載の方法。項目25前記リガンドが、HuA、HuB、HuCおよびHuDからなる群より選択されるELAV/Huタンパク質である、項目1に記載の方法。項目26前記リガンドが、前記mRNP複合体の少なくとも1つの成分に対して特異的な抗体であり、該mRNP複合体が免疫沈降によって分離される、項目1に記載の方法。項目27多数のリガンドが前記生物学的サンプルと接触され、多数のmRNP複合体を単離する、項目1に記載の方法。項目28前記mRNP複合体を前記リガンドと接触させる前に、該mRNP複合体を架橋させる工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。項目29前記mRNP複合体を前記リガンドと接触させた後に、該リガンドを該mRNP複合体と架橋させる工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。項目30mRNP複合体を結合するか、またはmRNP複合体に会合するタンパク質を単離する方法であって、ここで該方法が、以下:目的のRNAからcDNAを得る工程;タグ化DNAが細胞において発現される場合、リガンドに対する結合パートナーをコードする該タグ化DNAに、該cDNAを連結する工程;細胞において該cDNAおよび該タグ化DNAを発現させ、該リガンドに対する該結合パートナーを含むRNA融合分子を生成する工程;該細胞の溶解物を該リガンドと接触させる工程であって、ここで該リガンドが固体支持体に付着され、そして該結合パートナーを結合し、それによって該RNA融合分子を該支持体に付着する、工程;該支持体から該RNA融合分子を分離することによって該RNA融合分子を収集する工程;そして次いで、目的の該RNAを結合するかまたは該RNAに会合する任意のタンパク質を分離する工程、を包含する、方法。項目31目的の前記RNAを結合しているかまたは該RNAに会合している前記タンパク質を同定する工程をさらに包含する、項目30に記載の方法。項目32インビボにおける細胞の遺伝子発現プロフィールを作製する方法であって、ここで該方法が以下:項目1に記載の細胞から多数のmRNP複合体を区別する工程;該mRNP複合体を単離する工程であって、ここで各mRNPに結合されるmRNAが該細胞の該mRNAのサブセットを含む、工程;ならびに次いで、該mRNAの各サブセットを同定する工程であって、それによって該細胞の該遺伝子発現プロフィールがmRNAの各サブセットの存在およびmRNAの各サブセットの同一性を含む、工程、を包含する、方法。項目33細胞において遺伝子発現を調節する試験化合物の能力について該試験化合物をスクリーニングする方法であって、該方法が以下:項目32に記載の方法に従って細胞の第1の遺伝子発現プロフィールを作製する工程であって、ここで該細胞は試験化合物と接触している、工程;項目32に記載の方法に従って細胞の第2の遺伝子発現プロフィールを作製する工程であって、ここで、該細胞は該試験化合物と接触している、工程;および次いで、該第1の遺伝子発現プロフィールと該第2の遺伝子発現プロフィールとの間の差異を、存在する場合、観察する工程であって、該第1の遺伝子発現プロフィールと該第2の遺伝子発現プロフィールとの間の差異の存在が、該試験化合物が該細胞において遺伝子発現を調節し得ること示す、工程を包含する、方法。本発明の前述および他の局面は、以下に示す本明細書中において詳細に説明される。好ましい実施形態の詳細な説明ここで、本発明を、添付の図面ここでは、本発明の好ましい実施形態が示されるを参照してより十分に説明する。しかし、本発明は、異なる形態において具体化され得、そして本明細書中に示される実施形態に限定されるとみなされない。むしろ、これらの実施形態は、本開示が徹底的かつ完全であり、本発明の範囲を当業者に十分伝えるように提供される。本明細書中の本発明の説明において使用される用語は、特定の実施形態を記載することのみを目的とし、本発明を限定することを意図されない。本発明の説明および添付の特許請求の範囲において使用されるように、単数形態a、anおよびtheとは、他に明らかに示されない限り、複数形態もまた同様に含むことが意図される。他に定義されない限り、本明細書中で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって通常理解されるのと同じ意味を有する。本明細書中に言及される全ての刊行物、特許出願、特許および他の文献は、それらの全体が参考として援用される。他に示されなければ、標準的な方法が、本発明に従って、クローニングした遺伝子、発現カセット、ベクターならびに形質転換された細胞および植物の産生に使用され得る。このような方法は、当業者に公知である。例えば、J.Sambrookら、MolecularCloning:ALaboratoryManualSecondEditionColdSpringHarborLaboratory,ColdSpringHarbor,NewYork,1989;F.M.Ausubelら、CurrentProtocolsInMolecularBiologyGreenPublishingAssociates,Inc.andWiley-Interscience,NewYork,1991を参照のこと。ヌクレオチドおよびアミノ酸は、37C.F.R.§1.822および確立された使用法に従って、IUPAC-IUBBiochemicalNomenclatureCommissionによって推奨される様式で、またはアミノ酸について三文字コードで本明細書中に示される。例えば、PatentInUserManual,99-102Nov.1990米国特許商標局を参照のこと。ヌクレオチド配列は、5’から3’の方向に左から右へ一本鎖のみによって本明細書中に示される。本明細書中で使用される場合核酸配列とは、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチドまたはポリヌクレオチド、およびそれらのフラグメントをいい、そしてゲノム起源または合成起源のDNAまたはRNAこれらは、一本鎖または二本鎖であり得、そしてセンス鎖またはアンチセンス鎖を表し得るをいう。用語核酸とは、一本鎖形態または二本鎖形態にある、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドならびにそれらのポリマーをいう。特に限定されない限り、この用語は、その参照核酸と同様の結合特性を有しそして天然に存在するヌクレオチドと同様の様式で代謝される、天然のヌクレオチドの公知のアナログを含む核酸を包含する。他に示されない限り、特定の核酸配列にはまた、それらの保存的に改変された改変体例えば、縮重コドン置換および相補的配列が暗に包含され、そして同様に、その配列も明らかに示される。2つの核酸は、その2以上の核酸の各々由来の配列が、子孫核酸において合わせられている場合に、組換えられている。用語核酸または核酸配列はまた、遺伝子、cDNAおよび遺伝子にコードされるmRNAに関して使用され得る。用語遺伝子は、生物学的機能に関連する、DNAの任意のセグメントを言及するために広く使用される。従って、遺伝子は、コード配列および/またはそれらの発現に必要とされる調節配列を含む。遺伝子はまた、発現されないDNAセグメント例えば、他のタンパク質の認識配列を形成するを含む。遺伝子は、種々の供給源目的の供給源からのクローニングあるいは既知または推定の配列情報からの合成を含むから得られ得る。本明細書中で使用される場合、核酸分子は、RNA用語RNAは、全てのリボ核酸プレmRNA、mRNA、rRNA、hnRNA、snRNAおよびtRNAを含むがこれらに限定されないを包含する;DNA;ペプチド核酸PNA例えば、Nielsenらに対する米国特許第5,539,082号、およびArlinghausらに対する米国特許第5,821,060号に記載されるような;ならびにそれらのアナログおよび改変形態であり得る。好ましくは、核酸は、RNAであり、そしてより好ましくは、核酸分子は、メッセンジャーRNAmRNAである。本発明の核酸分子は、線状または環状、遺伝子全体またはそのフラグメント、全長またはフラグメント化/消化されたもの、キメラそのセンス鎖において1種より多い核酸を含むであり得、そして一本鎖または二本鎖であり得る。任意の供給源由来の核酸が、本発明において使用され得る;つまり、本発明の核酸としては、ゲノム核酸、合成核酸、プラスミドから得られた核酸、cDNA、組換え核酸、ならびに公知の化学的方法によって改変された核酸本明細書中にさらに記載されるようなが挙げられるが、これらに限定されない。核酸はまた、インビトロ選択実験の産物アプタマーとも呼ばれるおよび他のリガンドに結合するかまたは結合される能力について有用な他の核酸分子であり得る。D.Kenan,TIBS19,57-641994;L.Goldら、Annu.Rev.Biochem.64,763-7981995;S.E.OsborneおよびA.D.Ellington,Chem.Rev.97,349-3701997を参照のこと。本発明の核酸は、細菌、ウイルス、真菌、植物および動物を含むが、これらに限定されない、任意の生物から得られ得、ここで、動物の核酸が好ましく、哺乳動物の核酸がより好ましく、そしてヒト核酸が最も好ましい。所望の場合、核酸は、当該分野で周知の、既知の核酸増幅方法のいずれか例えば、PCR、RT-PCR、QC-PCR、SDAなどに従って増幅され得る。本発明の核酸は、当該分野で公知の方法に従って精製され得、そして好ましくは、当該分野で公知の方法に従って精製される。上記に要約されるように、本発明は、細胞からmRNP複合体を区分化patitioningするためのインビボ方法に関する。本発明のmRNP複合体は、好ましくは、生物学的サンプル例えば、組織サンプル、組織全体、器官全体例えば、脳、肝臓、腎臓全体など、体液サンプル、細胞培養物、細胞溶解物、細胞抽出物など由来であり得る。好ましい実施形態において、この生物学的サンプルは、細胞の集団を含むかまたは細胞の集団から得られる。本明細書中で細胞の集団によって、少なくとも2つの細胞を意味され、ここで、少なくとも約103が好ましく、少なくとも約106が特に好ましく、そして少なくとも約108~109がとりわけ好ましい。この集団またはサンプルは、一次または二次培養物あるいは複合組織例えば、腫瘍のいずれか由来の異なる細胞型の混合物を含み得るか、あるいは単一の細胞型のみを含み得る。好ましい実施形態において、増殖している細胞が使用される。あるいは、増殖していない細胞が使用され得る。本発明の使用に好ましい細胞型としては、哺乳動物細胞動物げっ歯類、ウマ、ウシ、イヌ、ネコおよび霊長類細胞およびヒト細胞を含むが挙げられるが、これらに限定されず、ここで、ヒト細胞が、好ましい。非哺乳動物例えば、鳥類、魚類、爬虫類由来および植物由来の細胞もまた、本発明の実施において使用され得る。細胞は、任意の型の腫瘍乳房、皮膚、肺、頸部、結腸直腸および脳/CNSの腫瘍など由来の腫瘍細胞であり得る。さらに、任意の器官の非癌性細胞肝臓細胞、ニューロン、筋肉細胞などを含むが、使用され得る。mRNAとは、メッセージまたは転写物として、本明細書中で交換可能に称される。mRNAのサブセットは、特定のmRNA結合タンパク質複合体mRNP複合体内に特異的に結合する、複数のmRNAとして定義される。従って、サブセットは、特定のmRNP内または特定のmRNPに結合する、それらの能力によって規定される。mRNAサブセットは、好ましくは、この細胞の総RNA集団のうちのわずかなものであり得る。上記で要約されるように、本発明の1つの局面は、内因性細胞mRNA結合タンパク質mRNP複合体を区分かするインビボ方法である。内因性とは、このmRNP複合体が細胞中すなわち、インビボまたはインサイチュで形成することを意味するものとして、本明細書中で使用される。このmRNP複合体は、その細胞において天然に形成し得、すなわち、このmRNP複合体の成分が、その細胞中に存在し、そしてこのmRNP複合体を形成する。あるいは、この複合体の1以上の成分が、例えば、感染または形質転換によって細胞内に導入されても、このmRNP複合体は、その細胞中で形成する。例えば、このmRNP複合体の成分であるRNP結合タンパク質が、例えばこのタンパク質をコードする核酸を保持する発現ベクターを細胞に形質転換するかまたは感染させることによってこの細胞中に異所的に発現され、そしてそのタンパク質が結合するmRNP複合体が形成される場合に、mRNP複合体は、細胞中で内因的に形成する。1つの実施形態において、この方法は、少なくとも1つのmRNP複合体を含む生物学的サンプルに、そのmRNP複合体の成分を特異的に結合するリガンドを接触させる工程を包含する。このmRNP複合体の成分は、RNA結合タンパク質、RNA会合タンパク質、このmRNA自体を含むmRNP複合体と会合する核酸、あるいはこのmRNP複合体と会合する別の分子または化合物例えば、炭水化物、脂質、ビタミンなどであり得る。成分は、約10-6~約10-9のKdでこのmRNP複合体に結合するかまたは付着する場合に、mRNP複合体と会合するassociate。好ましい実施形態において、この成分は、約10-7~約10-9のKdでこの複合体に会合する。より好ましい実施形態において、この成分は、約10-8~約10-9のKdでこの複合体に会合する。このリガンドは、このmRNP複合体の成分を特異的に結合する任意の分子であり得る。例えば、リガンドは、この成分を特異的に結合する抗体、この成分を結合する核酸例えば、アンチセンス分子、この成分を結合するRNA分子、あるいはこの複合体のこの成分を特異的に結合する任意の他の化合物または分子であり得る。特定の実施形態において、リガンドは、mRNP複合体特異的抗体またはタンパク質の産生に関連することが公知の障害を有する被験体すなわち、ヒトまたは動物被験体の血清を使用して、得られ得る。これらの障害の例としては、自己免疫障害例えば、全身性エリテマトーデス狼瘡またはSLEおよび多くの癌が挙げられる。特定の実施形態において、リガンドは、このリガンドの分離、観察または検出を容易にするための別の化合物または分子で、タグ化され得る。本発明の1つの実施形態において、リガンドは、当該分野で公知のように、エピトープタグ化される。適切なタグは、当該分野で公知であり、そしてこれらには、ビオチン、MS2タンパク質結合部位配列、U1snRNA70k結合部位配列、U1snRNAA結合部位配列、g10結合部位配列Novagen,Inc.,Madison,Wisconsin,USAから市販される、およびFLAG-TAG登録商標SigmaChemical,St.Louis,Missouri,USAが挙げられるが、これらに限定されない。次いで、このmRNP複合体を、そのリガンドを特異的に結合する結合分子に、そのリガンドここでは、mRNP複合体に結合されているを結合させることによって分離する。この結合分子は、リガンドを直接結合し得るかすなわち、リガンドに特異的な抗体またはタンパク質であり得る、またはリガンドに間接的に結合し得るすなわち、リガンド上のタグに対する抗体または結合パートナーであり得る。適切な結合分子としては、プロテインA、プロテインG、ストレプトアビジンが挙げられるが、これらに限定されない。結合分子はまた、例えば、自己免疫障害または癌に罹患している被験体の血清を使用して得られ得る。特定の実施形態において、このリガンドは、そのFab領域を介してそのmRNP複合体の成分を結合する抗体であり、そして次いで、この結合分子は、この抗体のFc領域を結合する。結合分子は、当該分野で公知のような固体支持体例えば、ビーズ、ウェル、ピン、プレートまたはカラムに付着されている。従って、このmRNP複合体は、リガンドおよび結合分子を介して個体支持体に付着される。次いで、mRNP複合体を、固体支持体からmRNP複合体を取り出すことによって回収するすなわち、適切なストリンジェンシー条件下で、当業者によって決定され得る適切な溶媒を使用して、固体支持体から複合体を洗い流す。本発明の特定の実施形態では、mRNP複合体にリガンドを結合させる前に、mRNP複合体を、架橋によって安定化させ得る。本明細書中で使用される場合、架橋は、共有結合例えば、mRNP複合体の成分を共に共有結合することを意味する。架橋は、一般的に非共有結合であるリガンド-標的結合または結合分子-リガンド結合とは対照的であり得る。架橋は、物理的手段例えば、熱または紫外線照射による、または化学的手段例えば、複合体を、ホルムアルデヒド、パラホルムアルデヒドまたは他の公知の架橋剤と接触させることによるによって実施され得る。この手段は、当業者に公知であるかまたは当業者によって決定可能である。他の実施形態では、リガンドは、mRNP複合体を結合した後に、mRNP複合体に架橋され得る。さらなる実施形態では、結合分子は、リガンドに結合した後に、このリガンドに架橋され得る。さらに他の実施形態では、結合分子は、固体支持体に架橋され得る。当業者は、本発明の方法が、同時に例えば、ひとまとめに複数のmRNP複合体を同定することを可能にすることを理解する。例えば、生物学的サンプルを、異なるmRNP複合体成分に特異的な複数のリガンドと接触させ得る。サンプル由来の複数のmRNP複合体は、種々のリガンドを結合する。次いで、この複数のmRNP複合体を、適切な結合分子を使用して分離し得、このようにして、この複数のmRNP複合体を単離する。次いで、この複合体中に含まれるmRNP複合体とmRNAとを、本明細書中に記載される方法および当該分野において公知の方法によって特徴付け得、および/または同定し得る。あるいは、この方法は、多数の時間に1つのサンプルに対して実施され得、本発明の工程は、連続的な様式で実施され、各反復工程で異なるリガンドを利用する。上記に示したように、mRNAのサブセットは、このサンプル中のRNAの構造的または機能的ネットワークに特徴的なパターン認識プロフィールを同定する。任意の特定の細胞または組織のサンプルに関するmRNAサブセットの収集物は、この細胞または組織についての遺伝子発現プロフィール、そしてより詳細には、リボノミックribonomic遺伝子発現プロフィールを構成する。リボノミック発現プロフィールは、サンプル中の細胞型例えば、その細胞がどの種または組織型であるか、細胞の分化状態、細胞の生存能力すなわち、細胞が感染されているか否か、または細胞が有害な遺伝子例えば、オンコジーンを発現しているか否か、または細胞が特定の遺伝子を欠いているかもしくは特定の遺伝子を発現させていないか否か、mRNP複合体を単離するために使用された特定のリガンドなどに依存して、細胞ごとに異なり得ることが理解される。従って、細胞のリボノミック発現プロフィールは、細胞についての識別子として使用され得、当業者が、異なる細胞のプロフィールまたはサブプロフィールを比較および識別することを可能にする。各リボノミックパターンにおいて存在するRNAによって同定される遺伝子は、特定の細胞周期、分化段階、アポトーシスもしくはストレス誘導、ウイルス感染、または癌と関連付けられ得る、異なるサブセットとを形成する。cDNAを使用して、mRNP複合体の成分に特異的なリガンド1つまたは複数で区切られたmRNP複合体を同定し得る。例えば、cDNAマイクロアレイ格子を使用して、ひとまとめに、mRNAサブセットを同定し得る。マクロアレイは、正確に整列された格子であり、ここにおいて、各標的核酸例えば、遺伝子は、注意深くスポットされたcDNAのマトリクスに位置を有する。Gerholdら前出、Dugganら前出、およびBrownら前出を参照のこと。あるいは、ゲノムマイクロアレイ例えば、標的核酸がイントロンおよびエキソンを含み得るマイクロアレイを使用し得る。従って、マイクロアレイにおいて試験される各遺伝子または標的核酸は、位置づけられ得る正確な所在addressを有し、そしてその結合が定量され得る。ナイロンまたはニトロセルロース上におけるシリコンチップまたはcDNAブロットに基づくものの形態のマイクロアレイは市販されている。ガラススライドもまた、相補的RNA配列の検出のために、オリゴヌクレオチドまたはDNAでカスタマイズされ得る。これらのすべての場合において、ハイブリダイゼーションプラットフォームは、結合および洗浄のストリンジェンシーに基づいて、サンプル中のmRNAの同定を可能にする。これは、ハイブリダイゼーションによる配列決定と言及されている。マイクロアレイ技術は、分析の一方法であるが、これは、mRNAサブセット中のmRNAを同定および/または配列決定するための1つの方法にすぎない。代替的なアプローチとしては、ディファレンシャルディスプレイ、ファージディスプレイ/分析、SAGE、または単純に、mRNA調製物からのcDNAライブラリーの調製およびこのライブラリーのすべてのメンバーの配列決定が挙げられるが、これらに限定されない。当該分野において周知でありかつ一般的に利用可能なDNA配列決定方法を使用して、本発明の任意の実施形態を実施し得る。この方法は、DNAポリメラーゼIのクレノウフラグメント、SEQUENASE登録商標USBiochemicalCorp,Cleveland,Ohio、TaqポリメラーゼPerkinElmer,熱安定性T7ポリメラーゼAmersham,Chicago,lll,またはポリメラーゼとプルーフリーディングエキソヌクレアーゼ例えば、Gibco/BRLGaithersburg,Md.によって販売されるELONGASEAmplificationSystemにおいて見られるものとの組み合わせのような酵素を使用し得る。好ましくは、このプロセスは、HamiltonMicroLab2200Hamilton,Reno,Nev.,PeltierThermalCyclerPTC200;MJResearch,Watertown,Mass.およびABICatalystならびに373および377DNA配列決定装置PerkinElmerのような機器を用いて自動化される。好ましい実施形態では、本発明に従って単離されたmRNAおよび/またはこのmRNAから得られたcDNAの増幅は、核酸の同定の間に実施されず、そして本発明によって必要も要求もされない。しかし、当業者は、好みにより、便宜のために同定についての被験体である核酸例えば、マイクロアレイ分析および/または配列決定を介して同定された核酸を増幅するため、および/または特定の市販のマイクロアレイまたはマイクロアレイ分析システムの仕様書/説明書に従うために選択し得る。従って、所望される場合、核酸は、当該分野において周知である多数の公知の任意の核酸増幅方法例えば、PCR,RT-PCR,QC-PCR,SDAなどに従って増幅され得る。本発明の方法は、実施者および本発明を実施する目的の必要に応じて、いくつかの様式で実施され得る。例えば、1つの実施形態では、目的の細胞型に固有のmRNA-結合タンパク質複合体を同定する。このような実施形態の例では、mRNP複合体に特異的な抗体を使用して、この複合体をその会合のmRNAで免疫沈降し得る。次いで、RNAを同定して、その細胞型のリボノミック発現プロフィールを形成し得るか、あるいは例として薬物スクリーニングのために単離し得る。転写後調節についてのmRNA候補を、細胞周期または発達事象の間のmRNA安定性における変化について、サブセットとしてひとまとめに分析し得る。特定の実施形態では、この方法は、発達または細胞周期の変化を受けている細胞から核を単離する工程、公知技術に従って核流出アッセイを実施して転写したmRNAを得る工程、次いで、cDNAマイクロアレイを使用して、同一細胞中の全体的なmRNAレベルと転写したmRNAとを比較する工程によって実施され得る。従って、これらの方法は、ひとまとめに、定常状態のmRNAレベルに対する転写後効果から転写効果を識別する能力を提供する。別の実施形態では、培養物中の細胞を、RNA-結合タンパク質RBPまたは目的の細胞型のみにおける特定のmRNAと会合するRNA会合タンパク質RAPを発現させるように形質転換する。RBPまたはRAPをコードするDNAは、組換えベクター例えば、プラスミド、ウイルスベクターによって保持され得、そして公知の手段によって細胞に形質転換され得、その後、RBPまたはRAPは、細胞において発現される。任意のRBPまたはRAPが、本明細書中にさらに記載されるように、使用され得る。タンパク質は、そのネイティブな形態であり得るか、またはタンパク質は、細胞からの容易な回収のためにタグ化例えば、エピトープタグ化され得る。RBPまたはRAPと結合するかまたは会合する複数のRNA標的のインビボでの検出は、必要に応じて、アクセス可能なエピトープを使用することによって実施され得るが、好ましくは、タグを伴わずに実施される。RBPまたはRAPにおけるエピトープが、アクセス不能または不明である場合、異所的に発現された組換えタンパク質におけるエピトープタグが使用され得る。形質転換された細胞は、他の細胞型と混合され得るか、または動物もしくはヒト被験体中に移植され得る。タンパク質に特異的なリガンド例えば、抗体を使用して、形質転換細胞を含む組織の抽出物から、そのタンパク質を、その会合したメッセンジャーRNAにより免疫沈降し得る。次いで、mRNA複合体およびその会合RNAは、その細胞型の発現プロフィールを形成するために同定され得るか、さもなくば分析される例えば、薬物開発のため。なお別の実施形態では、動物における特定の細胞型を、1以上の細胞型特異的遺伝子プロモーターで操作して、目的の細胞型においてRBPまたはRAPを発現させる。上述のように、遺伝子プロモーターおよびRBPまたはRAPは、1以上のベクター上に保持され得、そして細胞に形質転換され得、この細胞において、RBPまたはRAPが発現される。1つの実施形態では、このタンパク質に特異的なリガンド例えば、抗体を使用して、目的の細胞型を含む組織の抽出物から、このタンパク質を、その付着または会合メッセンジャーRNAで免疫沈降し得る。次いで、RNAを同定して、その細胞型の発現プロフィールを形成するか、または例えば、薬物開発のために単離する。本発明の実施において有用なRNA結合タンパク質RBPおよびRNA会合タンパク質RAPは当該分野において公知であるか、あるいは、本明細書中に記載の方法によって同定および発見され得る。RNA結合タンパク質は、現在では、細胞の種々の調節および発達プロセス例えば、RNAプロセシングおよび区画化、RNA安定化、mRNA翻訳ならびにウイルス遺伝子発現の制御に関与していると考えられている。RNA結合タンパク質としては、ポリA結合タンパク質RABP、これは、総mRNA集団とは量的に異なる総mRNA集団のサブセットを生じるおよび他の一般的なRNA結合タンパク質、ならびに特定の細胞型においてわずか1つかまたは少数のメッセンジャーRNAに付着したRNA結合タンパク質が挙げられる。他の有用なタンパク質は、RNAおよびRNA結合タンパク質と反応性の自己抗体である。有用なRNA結合タンパク質の例としては、DrosophilaELAVRNA-結合タンパク質の4つのELAV/Hu哺乳動物ホモログGood1995Proc.Natl.Acad.Sci.USA92,4557-4561;AnticおよびKeene,前出が挙げられる。HuAHuRは、偏在的に発現されるが、HuB,HuCおよびHuDおよび、それらの個々の選択的にスプライシングされたアイソフォームは、ニューロン組織において優勢に見出されるが、これはまたいくつかの小細胞癌腫、神経芽腫および髄芽腫において腫瘍細胞特異的抗原として発現され得るKeene1999Proc.Natl.Acad.Sci.USA96,5-7において概説される。すべてのHuタンパク質が、3つのRNA認識モチーフRRMを含み、これはAREに対するその結合特異性を付与するAnticおよびKeene,前出;Kenanら1991TrendsBiochem.Sci.16,214-220;BurdおよびDreyfuss1994Science265,615-621。Huタンパク質によるARE結合の証拠は、組換えHuBによってスクリーニングされた無作為化コンビナトリアルRNAライブラリーからのAU富化結合コンセンサス配列の同定から始まったLevineら1993Mol.CellBiol.13,3494-3504;Gaoら1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211。これらのおよび他の研究によって、Huタンパク質が、インビトロにおいて、いくつかのARE含有ERGmRNAc-myc,c-fos,GM-CSFおよびGAP-43を含むに結合することが実証されたLevineら1993Mol.CellBiol.13,3494-3504;Gaoら1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211;Kingら1994J.Neurosci.14,1943-1952;Liuら1995Neurology45,544-550;Maら1996J.Biol.Chem.271,8144-8151;Abeら1996NucleicAcidsRes.24,2011-2016;Chungら1997J.Biol.Chem.272,6593-6598;FanおよびSteitz1998EMBOJ.17,3448-3460;Anticら1999GenesDev.13,449-461。ARE含有mRNAへのHuタンパク質の結合は、mRNA転写物の安定化および翻訳可能性の増加を生じ得るJainら1997Mol.CellBiol.17,954-962;Levyら1998J.Biol.Chem.273,6417-6423;FanおよびSteitz1998EMBOJ.17,3448-3460;Pengら1998EMBOJ.17,3461-3470。ニューロン特異的Huタンパク質は、ニューロンの分化を誘導するためのレチノイン酸RA処理後に、奇形癌細胞において生成される最も初期のニューロンマーカーの1つであるAnticら,前出;GaoおよびKeene1996J.CellSci.109,579-589。1つの実施形態では、本発明を実施するために使用されるリガンドは、プレメッセンジャーRNAプロセシングに関与する細胞性タンパク質のRNA認識モチーフRRMファミリーから選択されるRNA結合タンパク質である。このようなタンパク質の1つの例が、U1AsnRNPタンパク質である。RRMスーパーファミリーの200を超えるメンバーが、現在までに報告されており、この大半が、偏在的に発現され、そして系統発生的に保存されているQueryら,Cell198957:89-101;Kenanら,TrendsBiochem.Sci.199116:214-220。大半が、ポリアデニル化mRNAまたは核内低分子リボ核酸例えば、U1、U2など転移RNA、5SRNAまたは7SRNAに対して結合特異性を有することが公知である。これらとしては、hnRNPタンパク質A,B,C,D,E,F,G,H,I,K,L,RRMタンパク質CArG,DT-7,PTB,K1,K2,K3,HuD,HUC,rbp9,eIF4B,sxl,tra-2,AUBF,AUF,32KDタンパク質,ASF/SF2,U2AF,SC35,および他のhnRNPタンパク質が挙げられるが、これらに限定されない。RRMファミリーの組織特異的なメンバーは、さほど共通しておらず、これには、IMP,Bruno,AZP-RRMI,X16これは、プレB細胞pre-Bcellにおいて発現される,Bj6これは、パフ特異的なDrosophilaタンパク質であるおよびELAV/Huこれは、ニューロン特異的であるが挙げられる。本発明の実施において有用なRNA結合タンパク質およびRNA会合タンパク質としては、自己免疫患者および癌患者の血清を使用して単離されるタンパク質が挙げられる。本発明の実施において有用なRNA結合タンパク質およびRNA会合タンパク質の非包括的なリストを、表1において以下に示す。新たなすなわち、新規な、以前に知られていないRNA結合タンパク質RBPおよびRNA会合タンパク質の同定が、本発明の別の局面である。従って、本発明の1つの実施形態では、目的のRNARNAYとして図8に示されるは、新たなRBPまたはRAPを捕捉するための餌baitとして使用される。好ましい実施形態では、RNAYは、標準的な分子生物学的技術を使用して、最初にcDNAへと変換され、そして引き続き、本発明のリガンド図8において、タンパク質Xとして図示されたリガンドを結合する配列例えば、RNAをコードするDNAの別のフラグメント本明細書中では、タグ化DNAと言及されるに対して3’末端または5’末端で連結される。換言すると、タグ化DNAは、リガンドの結合パートナーをコードする。有用なリガンドは、いくつかの実施形態では、mRNP複合体特異的抗体またはタンパク質の産生に関連していることが公知の障害自己免疫障害および癌を含むを有している被験体すなわち、ヒトまたは動物被験体の血清からすなわち、血清を使用することによって獲得され得る。有用な結合パートナーとしては、リガンドに対する抗体が挙げられる。得られたDNAキメラを、発現ベクター例えば、プラスミド中においてプロモーターに融合し、そして生細胞例えば、細胞培養物中において発現させて、RNA融合分子を生成する。代替的な実施形態では、発現ベクターを、ウイルス好ましくは、組換えウイルスによって、細胞中に感染させる。この培養物からの無細胞抽出物を調製し、そして固体支持体に固定されたリガンド例えば、タンパク質Xと接触させる。インキュベーション期間の後、このリガンドおよび付着/会合したRNA融合分子、ならびにその会合RBPまたはRAPを洗浄して、残留した細胞性物質を除去する。洗浄工程後、RBPまたはRAPを、RNA-タンパク質複合体から取り出し、そして分析する例えば、微小配列決定の標準的な方法を使用して配列決定する。一旦、部分的なタンパク質配列が得られれば、対応する遺伝子は、cDNAおよびゲノム配列を含む公知のデータベースから同定され得る。好ましくは、遺伝子が単離され、タンパク質が発現され、そして抗体が、公知の技術を用いて組換えタンパク質に対して作製される。次いでこの抗体を用いて、内因性のRBPまたはRAPを回収し、そして同一性を確認する。続いて、この抗体をリボノミックribonomic分析以下の実施例を参照のことのために使用し、RNAYとクラスター化しているすなわち結合している細胞RNAのサブセットを決定し得る。さらに、RBPまたはRAPは、RNAYによりコードされるタンパク質の翻訳を調節する能力について試験され得、そして薬物標的としてのバリデーションについて試験され得る。さらに、RNAYとクラスター化した細胞RNAによりコードされるタンパク質は、本明細書中にさらに記載されるように、薬物標的としてのバリデーションについて試験され得る。したがって、mRNP複合体と特異的に結合する抗体は、本発明の1つの局面である。mRNP複合体に対する抗体は、当該分野で周知の方法を用いて作製され得る。このような抗体として、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、単鎖、Fabフラグメント、およびFab発現ライブラリーにより生成されるフラグメントが挙げられ得るが、これらに限定されない。抗体およびこれらのフラグメントはまた、抗体ファージ発現提示技術antibodyphageexpressiondisplaytechniquesを用いて生成され得る。これは、当該分野において公知である。抗体の生成のために、ヒツジ、ウサギ、ラット、マウス、ヒト、およびその他を含む種々の宿主が、mRNP複合体もしくは免疫原性の特性を有するこれらの任意のフラグメントまたは構成成分の注射により免疫され得る。宿主の種に基づき、種々のアジュバンドが、免疫応答を増大させるために用いられ得る。このようなアジュバンドとして、Freund’s、無機質ゲル例えば、水酸化アルミニウム、および表面活性物質例えば、リゾレシチン、pluronicポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油、エマルジョン、キーホールリンペットヘモシニアン、およびジニトロフェノールが挙げられるがこれらに限定されない。ヒトにおいて使用されるアジュバンドの中では、BCGBacilliCalmette-GuerinおよびCorynebacteriumparvumが特に好ましい。mRNP複合体の構成成分に対するモノクローナル抗体は、培養物中の継続的な細胞系により抗体分子の生成を提供する任意の技術を用いて調整され得る。これらとしては、ハイブリドーマ技術、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術、およびEBVハイブリドーマ技術が挙げられるがこれらに限定されないKohler,G.ら1975Nature256:495-497;Kozbor,D.ら1985J.Immunol.Methods81:31-42;Cote,R.J.ら1983Proc.Natl.Acad.Sci.80:2026-2030;Cole,S.P.ら1984Mol.Cell.Biol.62:109-120。詳細には、この手順は次のようなものである:動物を、mRNP複合体もしくはこれらの免疫原性フラグメントまたは接合体を用いて免疫する。次いで、リンパ細胞例えば、脾臓リンパ球を、免疫された動物から獲得し、そして不死化細胞例えば、ミエローマまたはヘテロミエローマと融合してハイブリッド細胞を生成する。このハイブリッド細胞をスクリーニングして、所望の抗体を産生する細胞を同定する。抗体はまた、文献に開示されるように、リンパ球集団におけるインビボでの産生を誘導することによるか、もしくは免疫グロブリンライブラリーまたは高い特異性の結合剤のパネルをスクリーニングすることにより生成され得るOrlandi,R.ら,Proc.Natl.Acad.Sci.86,3833-38371989;Winter,G.ら,1991Nature349,293-2991991。mRNP複合体に対する特異的な結合部位を含む抗体フラグメントもまた作製され得る。例えば、このようなフラグメントとして、抗体分子のペプシン消化により生成され得るFab’2フラグメントおよびFab’2フラグメントのジスルフィド架橋の還元により生成され得るFabフラグメントが挙げられるがこれらに限定されない。あるいは、Fab発現ライブラリーが構築されて、所望の特異性を有するモノクローナルFabフラグメントの迅速で容易な同定が可能にされ得るHuse,W.D.ら1989Science254:1275-1281。種々の免疫アッセイが、mRNPに対する所望の特異性を有する抗体を同定するためのスクリーニングに用いられ得る。確立された特異性を有するポリクローナル抗体かまたはモノクローナル抗体のいずれかを用いる競合結合アッセイまたは免疫放射線アッセイのための多くのプロトコルは、当該分野で周知である。代表的にこのような免疫アッセイは、mRNP複合体の構成成分とそれに特異的な抗体との間の複合体形成の測定に関する。2つの非干渉性のエピトープに反応するモノクローナル抗体を用いる2つの部位の、モノクローナルベースの免疫アッセイは好ましいが、競合結合アッセイもまた用いられ得る。キット、もしくは種々のmRNP複合体に対する抗体またはこれらの構成成分例えば、RNA結合タンパク質に対する抗体がその中に固定されているカラムを含むデバイス例えば、流体デバイスは、本発明の別の局面である。この抗体は、公知の技術例えば、沈降に基づき、診断アッセイに適切な個体支持体例えば、ラテックスまたはポリスチレンのような物質から作られたビーズ、プレート、スライド、またはウェルに結合され得る。同様に抗体は、公知の技術に基づき、検出可能な基例えば、放射性標識例えば、35S、125I、131I、酵素標識例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼおよび蛍光標識例えば、フルオレセインに結合され得る。好ましくは本発明のデバイスは、mRNA結合タンパク質に対する抗体とそのタンパク質自体との間の結合を検出する特異性を有する少なくとも1つの試薬を含む。この試薬はまた、補助的な試薬例えば、緩衝試薬およびタンパク質安定化試薬例えば、多糖類などを含み得る。このデバイスはさらに、必要な場合は、試験におけるバックグラウンドの干渉を減少させる試薬、制御する試薬、試験を実施するための装置などを含み得る。このデバイスは、試験を実施するための印刷された説明書をともに、単一の容器中に、代表的には多くのエレメントを含み、任意の適切な様式でパッケージされ得る。本発明の特定の実施形態は、細胞または組織サンプルのリボノミックプロフィールに対する化合物の効果に基づき、治療、診断、または薬学的使用のための試験化合物をスクリーニングする方法に関する。このような実施形態の例として、細胞が試験化合物と接触しないすなわち、この細胞は処理されない条件下で細胞を増殖させる。次いでこの細胞型のリボノミックプロフィールが生成され、そしてmRNAサブセットが同定される。次いで未処理細胞のリボノミックプロフィールを、試験化合物で処理された同じ細胞型のリボノミックプロフィールと比較する。2つのプロフィールの間の任意の相違は、試験化合物が、細胞の特定の遺伝子の発現に対して直接的にかまたは間接的に効果を有することの指標であり、そして試験化合物が治療または診断使用のための候補であることの指標であり得る。あるいは、遺伝子発現をもたらす化合物の能力は、その遺伝子をさらなる試験の標的として同定し得る。プロフィールにおける相違とは、2つのプロフィールの間の発現における任意の改変または変化をいう。改変とは、発現における増加、発現における減少、存在する発現のタイプまたは種類における変化、完全な発現の停止すなわち、発現の欠失、または発現の誘因について言及し得る。用いられ得る適切な化合物として、タンパク質、核酸、低分子、ホルモン、抗体、ペプチド、抗原、サイトカイン、成長因子、化学療法に関する薬理学的薬剤、発癌性物質、または他の細胞すなわち、細胞-細胞の接触、が挙げられるがこれらに限定されない。細胞はまた、正常な遺伝子発現に対する環境的または生理的な因子例えば、放射線、活動電位、などの効果についてスクリーニングされ得る。本発明の別の実施形態において、mRNP構成成分自体、その触媒性もしくは免疫原性フラグメントまたはそれらのオリゴペプチドは、種々の薬物スクリーニング技術のいずれかによって、化合物のライブラリーをスクリーニングするために用いられ得る。このようなスクリーニングに用いられるフラグメントは、溶液中で遊離しているか、個体支持体に添加されているか、細胞表面に保有されているか、または細胞内に位置し得る。mRNP複合体と試験される化合物との間の結合が測定され得る。使用され得る薬物スクリーニングのための別の技術は、目的のタンパク質に対する適切な結合親和性を有する化合物の高スループットのスクリーニングを提供する。これについては、公開されたPCT出願WO84/03564に記載される。1つの実施形態において、mRNP複合体に適用されるように、複数の異なる試験化合物が個体基質例えば、プラスチックピンまたは他のいくつかの表面上で合成されるか、または個体基質に添付される。この試験化合物は、mRNP複合体もしくはこれらのフラグメントおよび/または構成成分と反応し、そして洗浄される。次いで、結合したmRNP複合体またはこれらの構成成分は、当該分野で周知の方法で検出される。要約すると、本発明は、細胞のリボノミックプロフィールを決定し、そして同一のものにおける変化を検出するための強力なインビボでの方法を提供する。本発明は多くの用途を有する。腫瘍の発達、成長の状態または発達の状態、生物システムの摂動例えば、疾患、薬物または毒素処置、および細胞加齢または死の状態のモニタリングが挙げられるが、これらに限定されない。本発明はまた、生物例えば、植物、真菌、細菌、ウイルス、原生動物、または動物種間のリボノミックプロフィールの識別における使用を見出す。本発明は、転写および遺伝子発現に対する翻訳後の寄与とを識別し、RNP複合体を通じたRNAの動きRNP複合体におけるRNAとタンパク質の組み合わせの相互作用を含むを追跡するために用いられ得る。したがって、本発明は、RNAの安定性の調節を研究するために用いられ得る。本発明は、活性ポリゾームへの漸増mRNAを追跡することにより、mRNAの一連の、秩序だてられた発現を測定することにより、および複数のmRNAの同時の、協調的な発現を測定することにより、単一または複数の種でのmRNAの翻訳の活性を研究するために用いられ得る。本発明はまた、他の細胞成分と接触したときのRNA自体のトランス作用性機能を決定するために用いられ得る。これらおよび多くの他の用途は、本発明の明細書および請求の範囲の研究により、当業者に明らかにされる。次の実施例は、本発明を説明するために示されるのであって、これらの限定と解釈されるべきではない。実施例1マルチプローブシステムにおけるRNase保護:物質および方法g10エピトープタグを用いるHuBHel-N1の免疫沈降は、mRNAの同時免疫沈降を引き起こし、そしてこのmRNAをRT-PCRにより増殖し、そして配列決定してNF-Mタンパク質をコードすることを見出したことが以前に報告されているAntic,1999,前出。この実施例において、同じアプローチを拡張し、マルチプローブRNase保護アッセイに用いて、異なるmRNA結合タンパク質を含む種々の内因性mRNAタンパク質mRNP複合体の免疫沈降を迅速に最適化する。このマルチプローブシステムにおいて、mRNPペレット由来の多くのmRNAは、ポリアクリルアミドゲルの単一のレーンでアッセイされ得る。細胞培養および形質転換マウスP19胚癌細胞をATCCから獲得し、そしてフェノールレッドGibco-BRL41061-029を含まない、7.5子ウシ血清、2.5胎仔血清Hycloneおよび100Uペニシリン/ストレプトマイシンを補充したα-MEMを用いる単層培養で維持した。細胞を組織培養フラスコまたはプレート0.1ゼラチンSigmaChemicalsでプレコートし、使用前に除去したで培養した。単層細胞培養物を37°C、5CO2で維持した。P19細胞を、SV40プロモーター駆動のpAlpha2-gene10-HuBプラスミドを用いて安定にトランスフェクトした。このプラスミドは、Hel-N2と命名された、gene10タグ付加された神経特異的HuBタンパク質を異所的に発現するGaoら1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211。トランスフェクトしたプラスミドを、0.2mg/mlG418SigmaChemicalsを加えた培地を補充することにより維持した。これは、Hel-N1のRNA認識モチーフRRM2および3と連結するヒンジ領域から13のアミノ酸を欠損しているが、RRMは同一であり、そしてインビトロでの結合実験は、Hel-N1およびHel-N2のAUリッチのRNA結合特性における差異を示さなかったGaoら1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211;Abeら1996NucleicAcidsRes.24,2011-2016;公開していない結果。抗体モノクローナル抗体-gene10g10抗体を、以前に記載されたように生成したGaoら1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211;Anticら1999GenesDev.13,449-461。HuAと反応性のポリクローナル血清を、以前に記載されたように生成したLevineら1993Mol.Cell.Biol.13,3494-3504;Atasoyら1998J.CellSci.111,3145-3156。ポリA結合タンパク質PABPに反応性の抗体を、親切にもMcGillUniversityカナダのDr.N.Sonenbergに提供していだだいた。無細胞抽出物の調製細胞を、ラバースクレイパーを用いて組織培養プレートから回収し、そして冷PBSで洗浄した。この細胞を、およそ2ペレット容量のポリゾーム溶解緩衝液PLB;100mMKCl、5mMMgCl2、10mMHEPESpH7.0、および0.5NP-40、1mMDTT、100U/mLPNaseOUTGIBCO-BRL、0.2バナジルリボヌクレオシド複合体VRCGIBCO-BRL、0.2mMPMSF、1mg/mLペプスタチンA、5mg/mLベスタチン、および20mg/mLロイペプチン使用時に新鮮なものを添加したを含むに懸濁した。次いで、溶解した細胞を凍結して、-100°Cで保存した。使用時に、細胞溶解物を解凍し、そして卓上微量遠心管で12,000rpm、4°Cで10分間遠心分離した。上清を回収し、そして卓上微量遠心管で16,000rpm、4°Cで5分間、二度遠心分離してから氷上で保存するかまたは-100°Cで凍結させた。このmRNP細胞溶解物は、およそ30~50mg/mlの総タンパク質を含んでいた。免疫沈降免疫沈降のために、プロテインAセファロースビーズSigmaBiochemicalsを、5ウシ血清アルブミンを補充したNT2緩衝液50mMTrispH7.4、150mMNaCl、1mMMgCl2および0.05NP-40中で1.5v/vに膨張させた。1.5v/vの予め膨張させたプロテインAビーズのスラリーのアリコート300μLを、免疫沈降反応ごとに用い、そして過剰な免疫沈降抗体代表的には5~20μL、試薬に基くと4°Cで一晩インキュベートした。抗体でコーティングされたプロテインAビーズを、氷冷NT2緩衝液で5回洗浄し、そして100U/mLRNaseOUT、0.2VRC、1mMDTT、および20mMEDTAを補充したNT2緩衝液900μLに再懸濁した。このビーズを穏やかにボルテックスし、そして100μLのmRNP細胞溶解物を加えた。このビーズを直ちに遠心分離し、そして100μLの上清を回収し、総mRNP細胞溶解物とした本質的には、mRNP免疫沈降に用いられた溶解物の量の1/10である。免疫沈降反応および総mRNP溶解物を表わすために回収されたアリコートを、0から2時間までの間、室温でタンブルした。インキュベーション後、プロテインAビーズを、氷冷NT2緩衝液で4回洗浄した後に、1M尿素を補充したNT2緩衝液で2回洗浄した。洗浄されたビーズを、0.1SDSおよび30μgプロテイナーゼKを補充した100μLのNT2緩衝液に再懸濁し、そして55°Cの水槽で30分間インキュベートした。プロテイナーゼK消化後、免疫沈降したRNAを、2回のフェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール抽出およびエタノール沈殿で単離した。RNase保護アッセイmRNP複合体を細胞溶解物およびRNA結合抽出物から免疫沈降した後、PharMingenRiboquantアッセイSanDiego,CAを用い、製造者の説明書に従って、RNase保護によりアッセイした45014K。詳細には、抽出されたRNAを、L32、GAPDH、種々のマウスMyc関連タンパク質テンプレートセット45356Pおよびサイクリンテンプレートセット45620PをコードするmRNAに特異的なテンプレートから生成された過剰な32P-標識リボプローブとハイブリダイズさせた。非二重鎖RNAを、RNaseAT1で処理することにより消化した。生じたフラグメントを、変性ポリアクリルアミド/尿素ゲル電気泳動により分離した。各mRNA種に対するリボプローブの長さは固有の大きさなので、サンプル中のすべての検出可能なmRNA種を単一のゲルレーンで分離し得た。保護されたリボプローブフラグメントを、24時間の露光後にホスホイメージングスクリーンMolecularDynamicsで可視化した。ホスホイメージを、MolecularDynamicsSTORM860Systemを用いて100ミクロンの解像度でスキャンし、MolecularDynamicsImageQuantSoftwareV1.1を用いて分析した。実施例2多重プローブ系におけるRNase保護:実験結果図3は、g10-HuBcDNAで安定してトランスフェクトしたマウスP19細胞の抽出物由来のHuBとポリA結合タンパク質PABP-mRNP複合体との免疫沈降を示す。ポリクローナルの予め出血させたウサギ血清を用いて図3Aおよび3B、レーン3か、またはこのアッセイで試験された多数の他のウサギ、マウス、および正常なヒト血清を用いてデータは示されていない、免疫沈降したペレットにおいて、mRNAは検出されなかった。HuBmRNP複合体と会合したmRNAのプロフィールは、n-myc、1-myc、b-myc、maxおよびcylinsA2、B1、C、D1、およびD2を含むが、sin3、cyclinD3、cyclinB2、L32またはGAPDHmPNAを含まない図3Aおよび3B、レーン4。対照的に、PABP-mRNP複合体から抽出されたmRNAのプロフィールは、総RNAのプロフィールに類似するが、濃縮したレベルのL32およびGAPDHを示し、減少したレベルのsin3mRNAを示した図3Aおよび3B、レーン5。これらの細胞性RNA結合タンパク質と反応性の抗体は、mRNP複合体を免疫沈降し、そしてそれらが特異的に会合しているmRNAを回収するために使用され得ると結論付けられた。これらの結果は、細胞増殖および分化の間に転写後の遺伝子発現を調節する際のHuタンパク質の仮定の役割と一貫しているJainら1997Mol.Cell.Biol.17,954-962;Levyら、1998J.Biol.Chem.273,6417-6423;FnaおよびSteitz1998EMBOJ.17,3448-3460;Pengら、1998EMBOJ.17,3461-3470;AnticおよびKeene1997Am.J.Hum.Genet.61,273-278;Levineら、1993Mol.CellBiol.13,3494-3504;Gaoら、1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211;Kingら1994J.Neurosci.14,1943-1952;Liuら、1995Nurology45,544-550;Maら、1996J.Biol.Chem.271、8144-8151;Abeら、1996Nucl.AcidsRes.24,2011-2016;Anticら、1999GenesDev.13,449-461;Chungら、1997J.Biol.Chem.272,6593-6598;Akamatsuら、1999Proc.Natl.Acad.Sci.USA96,9884-9890;Sachsら、1997Cell89,831-838;Aranda-Abreuら、1999J.Neurosci.19,6907-6917。実施例3cDNAアレイを使用するRNA結合タンパク質と一緒に会合したmRNAサブセットの同定:材料および方法内因性mRNP複合体で会合したmRNAを同定するための能力をさらに拡大するために、この実施例は、増幅または反復性選択なしでmRNAサブセットを検出するための高度に特異的および感受性の方法としてのcDNAアレイフィルターの使用を記載する図4。抗体。モノクローナル抗遺伝子10g10抗体を以前に記載されるように産生した例えば、D.Tsaiら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89,8864-88681992;Gaoら、1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211;Anticら、1999GenesDev.13,449-461。Huタンパク質と反応性のポリクローナル血清を以前に記載されるように産生したLevineら、1993Mol.Cell.Biol.13,3494-3504;Atasoyら、1998J.CellSci.111,3145-3156。5’キャップ結合タンパク質elF-4Eに対する抗体をTransductionLaboratiriesSanDiego,CAから獲得した。ポリA結合タンパク質PABPと反応性の抗体は、McGillUniversityカナダのN.Sonenberg博士から親切に提供して下さった。細胞培養物および分化。トランスジェニック細胞の調製を実施例1に記載のようであった。レチノイン酸RAでの化学処理を使用して、GaoおよびKeene1996において記載されるように、0.5μMRASigmaChemicals,St.Louis,MO,USA,NumberR2625とともに、60mmのペトリ皿に静置してFisherScientific,Pittsburgh,PA,USA、Number8-757-13A、5×105P19細胞を処理することによって、ニューロンの分化を誘導した。2日後、凝集塊を形成した細胞の25を除去し、新しいペトリ皿に配置し、そして、新鮮な培地およびRAで補充した。さらに2日後、細胞凝集をリン酸緩衝化生理食塩水PBSで1度洗浄し、そしてトリプシン処理した。次いで、細胞を2つの100mmのゼラチンコート組織培養プレートに配置した。さらに4日後、細胞を回収した。RA処理したHuBHel-N2で安定してトランスフェクトしたP19細胞は、神経突起を成長し、そして、特徴的なニューロンマーカーおよび形態を示したが、終末分化せず、そして、有糸分裂インヒビターを有する死滅に感受性のままであった。無細胞抽出物および免疫沈降を実施例1に記載のようであった。cDNAアレイ分析。cDNAアレイ分析を、ナイロン膜上に並んで2連にスポットした全597cDNAセグメントを含むAtlasTMMouseArraysClontech,Inc.,PaloAlto,CAを使用して行なった。cDNAアレイのプロービングをClontechAtlasTMcDNAExpressionArraysUserManualPT3140-1に記載されるように行なった。手短に言うと、HuBで安定してトランスフェクトしたP19胚性癌細胞からRNAを抽出し、そして、逆転写プローブを生成するために使用した。アレイ上に示された遺伝子に相補的な、プールしたセットのプライマーを、逆転写プローブ合成のために使用し、これを、32Pα-dATPで放射線標識した。放射線標識プローブをCHROMASPINTM-200カラムClontech,Inc.,PaloAlto,CAを通過させることによって精製し、ExpressHybTMハイブリダイゼーション溶液Chontech、Inc.、PaloAlto,CAを使用してアレイ膜と一晩インキュベートした。ハイブリダイゼーション後、アレイ膜を洗浄し、そして、ホスホイメージングphosphorimagingスクリーンMolecularDynamics,Sunnyvale,California,USA上で可視化した。ホスホイメージをMolecularDynamicsSTORM860Systemを使用して100ミクロンの解像度で走査し、そして、ファイルとして保管した。イメージをAtlasImageTM1.0および1.01ソフトウェアClontech,Inc.PaloAlto,CAを使用して分析した。任意の所定の遺伝子についてのシグナルは、2つの2連のcDNAスポットからシグナルの平均として計算した。AtlasImageTM1.0ソフトウェアマニュアルClontech,Inc.,PaloAlto,CAにおいて記載されるように、デフォールト外部バックグラウンド設定を、バックグラウンドベースのシグナル閾値と組み合わせて使用して、遺伝子シグナルの有意性を決定した。遺伝子についてのシグナルは、その調節された強度全シグナル-バックグラウンドがそのときのバックグラウンドシグナルの2倍を超える場合、バックグラウンドを有意に超えると考えられた。多重cDNAアレイイメージの比較を、アレイ全体的な正規化globalnormalization上のすべての遺伝子シグナルの平均を使用して行ない、アレイ間のシグナル強度を正規化した。レチノイン酸に応答するHuBmRNP複合体のmRNAプロフィールにおける変化は、それらが4倍を超える場合遺伝子発現変化の有意性を確立するために代表的に使用されるストリンジェンシーの2倍、有意であると考えられる。cDNAアレイ画像およびオーバーレイをAdobePhotoshop登録商標5.0.2SanJose,California,USAを使用して調製した。実施例4cDNAアレイを使用するRNA結合タンパク質と一緒に会合したmRNAサブセットの同定:実験結果結果。HubでトランスフェクトしたP19細胞トランスクリプトームtranscriptomeの全体の遺伝子発現プロフィールを評価した後、HuBおよびPABPmRNA複合体、ならびにelf-4EmRNP複合体を別々に免疫沈降し、そして、捕獲されたmRNAをcDNAアレイ上で同定した。これらのアレイの最初のアライメントをアレイ膜の底の6つのDNAスポットにハイブリダイズする放射線標識したλファージマーカーとのハイブリダイゼーション反応を加えることによって容易にした。一旦アライメントレジスタが確立されると、引き続くブロットは、配向についての与えられたλマーカーの使用を必要としない。ウサギの予め出血させた血清での免疫沈降から作製されたアレイを、アレイの底部で観察された与えられたλマーカーを除き、基本的に盲検であった図5A。免疫沈降したHuBmRNPおよびelf-4EmRNP複合体は各々、総細胞RNAにおいて検出される10をわずかに超えるmRNAを含んだが、お互いにかなり異なっていた図5B、5C、および5E。HuBおよびelF-4Eのように、PABPは、mRNA安定化および翻訳を容易にすることに関与するRoss1995Microbiol.Rev.59,423-450;Ross1996TrendsGenet.12,171-175;Wickensら、1996Translationalcontrol,Hershey編、J.W.B,Mthews,M.B.Sonenberg、N.ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,411-450頁;Sachsら、1997Cell89,831-838。驚くことではないが、PABPmRNPは、HuBまたはelF-4EmRNPについて観察されるよりも多数のmRNAを含んでいた図5D。予想されるように、これらの細胞由来のPABPmRNP中のmRNAのプロフィールは、トランスクリプトームのプロフィールと密接に類似していた。しかし、HuBおよびelF-4EmRNPにおいて観察されるように、いくつかのmRNAは、総RNAと比較してPABP-mRNPにおいて濃縮または枯渇されている図5Dおよび5E。これらのmRNP複合体において検出されるmRNAのプロフィールおよび相対量は、高度に再現可能であるが、ホスホイメージ上で検出可能なmRNA種の絶対数は、プローブの特定の活性における差異の結果として時折変化する。総RNAを使用することに由来するcDNAアレイは、mRNP免疫沈降について使用される溶解物の量の10分の1を使用して作製されるので、総RNAにおいて観察されるmRNP複合体において検出された各mRNAの絶対量の比較は行なわれない。より正確な結果が、各マイクロアレイ内のお互いに対して各mRNA種の相対量を比較することによって獲得された。例えば、β-アクチンおよびリボソーマルタンパク質S29図5、それぞれ、矢印aおよびbをコードするmRNAの相対量は総細胞性RNAにおよそ等しいが、mRNP複合体の各々の間で劇的に変化する。この特徴の多数の他の例は、図4において容易に明らかである。これらの発見は、HuB、elF-4E、およびPABPmRNP複合体において検出されるmRNAプロフィールが、お互いに別個でありトランスクリプトームのそれとは、離れていることを示す。実施例5レチノイン酸RAに応答するmRNP複合体における変更Hubは主に、ニューロンの分化を調節する際に役割を果たすと考えられているニューロンタンパク質であり、HuBmRNP複合体において検出されるmRNA集団がRAニューロンの分化のインデューサーに応答して変化するか否かを調査するために研究が行なわれた。HuBでトランスフェクトしたP19細胞をRAで処理し、ニューロン分化の開始を誘導し、HuBmRNP複合体を免疫沈降し、次いで、会合したmRNAをcDNAアレイ上に同定した。RA処理の前および後にHuBmRNPから抽出されたmRNAプロフィールの比較は、18のmRNAが、RA処理されたHuBmRNPにおいて排他的に存在するか、または非常に濃縮されている4倍以上かのいずれかであるであることを明らかにする図6A、6B、および6C、赤い棒。さらに、3つのmRNAT-リンパ球活性化タンパク質、DNA結合タンパク質SATB1、およびHSP84は、RA処理に応答して、4倍量以上減少する図6C、青い棒。HuBmRNA複合体のmRNAプロフィールにおいて観察される変化が独特であるか否かを決定するために、遍在的に発現されたELAVファミリーメンバーHuAHuRを、これらの処理細胞から免疫沈降させた。RAでの処理後にHuAmRNPプロフィールに対する少数の変化が存在するが、それらは、HuBと比較して大して重要でない。RA処理に応答するHuB-会合mRNAプロフィールにおける変化は、単に総細胞性mRNAにおける変化を反映するのではない図6G、6H、および6I。HuBmRNP複合体において検出された差次的に濃縮されたかまたは枯渇したmRNAの多数のサンプルが、図6Cおよび6Iを比較して明らかである。比較の目的のために、これは、代表的なスポットの再アライメントおよび拡大によって、図7において記載される。例えば、IGF-2mRNAは、RA処理細胞由来の総RNAおよびHuBmRNP複合体のみで検出可能である図7。しかし、他のHuBmRNP結合mRNA例えば、インテグリンβ、サイクリンD2、およびHsp84は、RA処理後、総RNAプロフィールにおけるそれらの変化に不釣合いな量で、増加するかまたは減少する図7。総RNAおよびHuBmRNPのmRNAプロフィールにおける変化間の不同性は、RA処理に応答するmRNP複合体を通って動的に流動するmRNAの区画化における変化からおそらく生じる。これらのmRNP複合体に由来するmRNAプロフィールが、動的であり、そして成長の状態、ならびに、レチノイン酸のような生物学的インデューサーに応答する細胞性環境における変化を反映し得る。実施例6RNA-結合タンパク質についての優先度インビボ標的配列優先度GenBankおよびESTデータベースを使用して、RA処理したHuB-mRNP複合体において濃縮されたmRNAから、3’UTR配列を同定した表2。表2その3’UTR配列が利用可能なmRNAの多数は、インビトロでHuタンパク質に結合することが以前に見出されているような同様のウリジレートリッチuridylate-richモチーフを含むLevineら、1993Mol.CellBiol.13,3494-3504;Gaoら、1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211:Kingら、1994J.Neurosci.14,1943-1952;Liuら、1995Neurology45,544-550;Maら、1997NucleicAcidsRes.25,3564-3569;Fanら、1997GenesDev.11,2557-2568。さらに、これらのmRNAの大部分は、ニューロン組織において発現されるか、またはRAで誘導したニューロン分化後に上方制御されることが公知であるBeckら、1995Neuron14,717-730;ColonandRossant1992Development116,357-368;Grahamら、1991Development112、255-264;Hirschら、1994Dev.Dyn.201、108-120;Huntら、1991Development112,43-50;Janssen-Timmenら、1989Gene80、325-336;Kondoら、1992NucleicAcidsRes.20,5729-5735;Konishiら、1994BrainRes.649,53-61;Neumanら、1993Eur.J.Neurosci.5,311-318;Okudaら、1995Genomics29,623-630;Soosaarら、1994BranRes.Mol.BrainRes.25,176-180;Takechiら、1992Eur.J.Biochem.206,323-329;Telfordら、1990Mol.Reprod.Dev.27,81-92;Zwartkriusら、1993Exp.CellRes.205、422-425;Tomaselliら、1988Neuron1、33-43;Redies1995Exp.CellRes.220,243-256;Rossら1996J.Neurosci.16.210-219。表3に示される配列アライメントは、HuBについてのコンセンサスRNA結合配列を誘導するためにインビトロ選択を使用するLevineら、1993Mol.CellBiol.13,2494-3504およびGaoら、1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91、11207-11211の以前の結果と一致している。本明細書中に記載の方法を使用して、他のRNA結合配列についてのインビボ標的配列優先度を区別することが可能である。実施例7cDNAアレイ分析を使用する、内因性mRNP複合体を精製するためのそして一緒に会合したmRNAを同定するためのmRNA結合タンパク質の使用ハイスループット方法を使用してHubタンパク質のmRNA標的を同定するための初期の試みは、RT-PCR増幅およびインビトロ反復性選択およびニューロン組織由来の同定されたいくつかの構造的に関連したERGmRNAを必要とするGaoら、1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211;AndrewsおよびKeene1999MethodsMol.Biol.118,233-244。これらのmRNAの大部分は、それらの3’UTRにARE様配列を含み、これは、ERGmRNAに特徴的であるKeene1999Proc.Natl.Acad.Sci.USA96,5-7;Levineら、1993Mol.CellBiol.13,3494-3504;Gaoら、1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91、11207-11211;Kingら、1994J.Neurosci.14,1943-1952。Huタンパク質は、ERGmRNAを結合し得、そして、それらの安定性および/または翻訳活性化に影響し得ることが実証されているJainら、1997Mol.CellBiol.17、854-962;Levyら、1998J.Biol.Chem.273,6417-6423;FanおよびSteitz1998EMBOJ.17、3448-3460;Pengら、1998EMBOJ.17,3461-3470;Keene1999Proc.Natl.Acad.Sci.USA96,5-7;Levineら、1993Mol.CelBiol.13,3494-3504;Gaoら、1994Pro.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211;Kingら、1994J.Neurosci.14、1943-1952;Liuら、1995Neurology45,544-550;Chungら、1997J.Biol.Chem.272、6593-6598;Anticら、1999GenesDev.13,449-461;Maら、1997NucleicAcidsRes.25,3564-3569;Aranda-Abreuら、1999J.Neurosci.19,6907-6917。Gaoら1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91,11207-11211のインビトロアプローチは、ERG配列特徴を有するヒト脳および髄芽腫から別個のmRNAサブセットを生じた。このより直接的なインビボアプローチは、インビトロ結合およびPCR増幅についての必要性を取り除く。さらに、この新しいアプローチは、連鎖した構造的および機能的性質を有するmRNA転写の同定を可能とするが、それらの多数は、インビトロ技術を使用して検出されないそして検出され得ない。さらに、認識可能なHuBタンパク質-RNA結合配列は、インビボで捕獲されたmRNAサブセット内に同定される表2。前述の実施例は、本発明を例示するものであって、それを制限するものとして解釈されるべきではない。本発明は、上記の特許請求の範囲によって記載され、特許請求の範囲の等価物は、そこに含まれるべきである。"