"HCVに感染しているヒト対象のインターフェロンに基づく治療に対する早期ウイルス応答を予測するための方法であって、そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型rs12979860に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のrs12979860における少なくとも1つのC対立遺伝子の存在は、rs12979860に2つのT対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答の可能性がより高いことの指標となる方法。対象が遺伝子型-1HCVに感染している、請求項1に記載の方法。対象は以前にインターフェロンで治療されたことがない、請求項2に記載の方法。インターフェロンに基づく治療が、ペグインターフェロンアルファ-2a単剤療法、ペグインターフェロンアルファ-2aとリバビリン、またはインターフェロンアルファ-2bとリバビリンの群から選択される治療を含む、請求項3に記載の方法。対象は前回のペグインターフェロンアルファ-2bとリバビリンの治療から早期ウイルス応答を達成しなかった、請求項2に記載の方法。インターフェロンに基づく治療がペグインターフェロンアルファ-2aとリバビリンを含む、請求項5に記載の方法。HCVに感染しているヒト対象のインターフェロンに基づく治療に対する早期ウイルス応答を予測するための方法であって、そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型rs12979860に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のrs12979860における2つのT対立遺伝子の存在は、rs12979860に少なくとも1つのC対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答がない可能性がより高いことの指標となる方法。対象が遺伝子型-1HCVに感染している、請求項7に記載の方法。対象は以前にインターフェロンで治療されたことがない、請求項8に記載の方法。インターフェロンに基づく治療が、ペグインターフェロンアルファ-2a単剤療法、ペグインターフェロンアルファ-2aとリバビリン、またはインターフェロンアルファ-2bとリバビリンの群から選択される治療を含む、請求項9に記載の方法。対象は前回のペグインターフェロンアルファ-2bとリバビリンの治療から早期ウイルス応答を達成しなかった、請求項8に記載の方法。インターフェロンに基づく治療がペグインターフェロンアルファ-2aとリバビリンを含む、請求項11に記載の方法。HCVに感染しているヒト対象において持続的ウイルス応答を達成するためのインターフェロンに基づく治療期間を選択する方法において、インターフェロンに基づく治療が、ペグインターフェロンアルファ-2aとリバビリン、ペグインターフェロンアルファ-2aと直接作用型抗ウイルス薬、ペグインターフェロンアルファ-2aとリバビリンおよび直接作用型抗ウイルス薬、またはリバビリンと直接作用型抗ウイルス薬内因性インターフェロンを含むから選択される方法であって:そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型rs12979860に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のrs12979860における少なくとも1つのC対立遺伝子の存在は、rs12979860に2つのT対立遺伝子が存在する対象と比較して持続的ウイルス応答を達成するためのインターフェロンに基づく治療期間がより短いことの指標となる方法。対象が遺伝子型-1HCVに感染している、請求項13に記載の方法。直接作用型抗ウイルス薬がHCVプロテアーゼ阻害薬である、請求項14に記載の方法。HCVに感染しているヒト対象のペグインターフェロンアルファ-2a、リバビリンおよび直接作用型抗ウイルス薬による治療に対する応答を予測するための方法であって、そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型rs12979860に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のrs12979860における少なくとも1つのC対立遺伝子の存在は、その対象がその治療に対してrs12979860に2つのT対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答または持続的ウイルス応答を達成する可能性がより高いことの指標となる方法。対象が遺伝子型-1HCVに感染している、請求項16に記載の方法。直接作用型抗ウイルス薬がHCVプロテアーゼ阻害薬である、請求項17に記載の方法。HCVに感染しているヒト対象のペグインターフェロンアルファ-2A、リバビリンおよび直接作用型抗ウイルス薬による治療に対する応答を予測するための方法であって、そのヒト対象からの試料を用意し、一塩基多型rs12979860に存在するヌクレオチドを同定し、その際、対象のrs12979860における2つのT対立遺伝子の存在は、その対象がその治療に対してrs12979860に少なくとも1つのC対立遺伝子が存在する対象と比較して早期ウイルス応答または持続的ウイルス応答を達成しない可能性がより高いことの指標となる方法。対象が遺伝子型-1HCVに感染している、請求項19に記載の方法。直接作用型抗ウイルス薬がHCVプロテアーゼ阻害薬である、請求項20に記載の方法。定義本発明の理解を容易にするために、多数の用語を以下に定義する。本明細書中で定義する用語は、本発明に関係する分野の当業者が一般に理解している意味をもつ。a、anおよびtheなどの用語は、単一のものだけを表わすのではなくその全般的クラスを含むものとし、その特定の例を説明のために採用できる。本明細書中の専門用語は本発明の特定の態様を記述するために用いられるが、それらの使用が特許請求の範囲に示したもの以外に本発明を限定することはない。インターフェロンによる治療に対する応答という用語は、薬剤の投与に対する望ましい応答である。ウイルス学的エンドポイントには、下記のものが含まれる:早期ウイルス応答EVR:基点から12週目までの血清HCVRNAの≧2-log低下CobasAmplicorHCVMonitorTest,v2.0による,定量限界600IU/mLと定義、完全EVRcEVR:血清中にHCVRNAを検出できないCobasAmplicorHCVTestv2.0による,定量限界50IU/mLと定義、および/または持続的ウイルス応答SVR:24週間の非治療追跡期間の終了時にHCVRNAを検出できない<50IU/mLと定義。用語試料または生体試料は、個体から摘出した組織または体液の試料を表わし、たとえば組織生検材料、血漿、血清、全血、髄液、リンパ液、外部切片皮膚、呼吸器管、腸管および尿生殖管の、涙液、唾液、乳汁、血球、腫瘍、臓器を含むが、これらに限定されない。インビトロ細胞培養構成要素の試料も含まれる培地中での細胞、ウイルス感染が推定される細胞、組換え細胞の増殖から得られる調整培地、および細胞成分を含むが、これらに限定されない。用語インターフェロンとインターフェロン-アルファは本明細書中で互換性をもって用いられ、ウイルス複製および細胞増殖を阻害し、免疫応答を調節する、相同性の高い種特異的タンパク質のファミリーを表わす。代表的な適切なインターフェロン類には下記のものが含まれるが、これらに限定されない:組換えインターフェロンアルファ-2b、たとえばIntron登録商標Aインターフェロン:ScheringCorporationニュージャージー州ケニルワースから入手されるもの;組換えインターフェロンアルファ-2a、たとえばRoferon登録商標-Aインターフェロン:Hoffmann-LaRocheニュージャージー州ナットレイから入手されるもの;組換えインターフェロンアルファ-2C、たとえばBerofor登録商標アルファ2インターフェロン:BoehringerIngelheimPharmaceutical,Inc.コネチカット州リッジフィールドから入手されるもの;インターフェロンアルファ-n1:天然アルファインターフェロン類の精製ブレンド、たとえばSumiferon登録商標:日本、住友から入手されるもの、もしくはWellferon登録商標インターフェロンアルファ-n1INS:Glaxo-WellcomeLtd.英国ロンドンから入手されるもの;またはコンセンサスアルファインターフェロン、たとえばUSPatNo4897471および4695623に記載のもの、ならびにAmgen,Inc.カリフォルニア州ニューベリーパークから入手される特定の製品;またはインターフェロンアルファ-n3、天然アルファインターフェロン類の混合物:InterferonSciencesが調製し、PurdueFrederickCo.コネチカット州ノーウォークからAlferonの商品名で入手されるもの。インターフェロンアルファ-2aまたはインターフェロンアルファ-2bの使用が好ましい。インターフェロン類には、下記に定義するPEG化インターフェロンを含めることができる。用語PEG化インターフェロン、PEG化インターフェロンアルファおよびペグインターフェロンは、本明細書中で互換性をもって用いられ、インターフェロンアルファ、好ましくはインターフェロンアルファ-2aおよびアルファ-2bのポリエチレングリコール修飾コンジュゲートを意味する。代表的な適切なPEG化インターフェロンアルファにはPegasys登録商標およびPeg-Intron登録商標が含まれるが、これらに限定されない。用語リバビリンは、化合物1-2R,3R,4S,5R-3,4-ジヒドロキシ-5-ヒドロキシメチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル-1H-[1,2,4]トリアゾール-3-カルボン酸アミドを表わし、これは合成のインターフェロン非誘導性広域抗ウイルス性ヌクレオシド類似体であり、Virazole登録商標およびCopegus登録商標の名称で入手できる。直接作用型抗ウイルス薬は、免疫機能とは無関係に特異的抗ウイルス効果を発揮する。HCVに対する直接作用型抗ウイルス薬の例にはプロテアーゼ阻害薬、ポリメラーゼ阻害薬、NS5A阻害薬、IRES阻害薬、およびヘリカーゼ阻害薬が含まれるが、これらに限定されない。慢性C型肝炎を伴う患者について現在推奨されている第1線治療は、遺伝子型1または4のウイルスを保有する患者には48週間、遺伝子型2または3のウイルスを保有する患者には24週間の、リバビリンと併用したPEG化インターフェロンアルファである。リバビリンとの併用治療は、1コース以上のインターフェロンアルファ療法後に再発した患者、およびそれまで未治療の患者において、インターフェロンアルファ単剤療法より効果が大きいことが見出された。しかしリバビリンは、催奇形性および発癌性を含めた著しい副作用を示す。さらに、リバビリンは約10~20の患者に溶血性貧血を引き起こし、用量低減またはリバビリン療法停止が必要となる;これは三リン酸リバビリンが赤血球に蓄積することと関係している可能性がある。したがって、治療コストおよび有害事象発生率を低下させるために、有効性を妨げることなく治療をより短期のものに適合させることが望ましい。PEG化インターフェロンアルファとリバビリンによる遺伝子型1患者に対する短縮した治療期間は、たとえば24週間であろう。PEG化インターフェロンアルファとリバビリンを直接作用型抗ウイルス薬と組み合わせたものによる遺伝子型1患者に対する短縮した治療期間は、8週間、12週間または16週間という短かいものである可能性がある。本明細書中で用いる用語対立遺伝子および対立遺伝子バリアントは、遺伝子またはその部分に関連する、イントロン、エキソン、イントロン/エキソンジャンクション、ならびに3’および/または5’非翻訳領域を含む別形態の遺伝子を表わす。一般に、、対立遺伝子は相同染色体上の同一の遺伝子座または位置を占める。対象が2つの同一の対立遺伝子または遺伝子をもつ場合、その対象をその遺伝子または対立遺伝子についてホモ接合性であると言う。対象が2つの異なる対立遺伝子または遺伝子をもつ場合、その対象をその遺伝子についてヘテロ接合性であると言う。ある特定の遺伝子の対立遺伝子は、1個のヌクレオチドまたは数個のヌクレオチドにおいて互いに異なる可能性があり、またヌクレオチドの置換、欠失および挿入を含む可能性がある。本明細書中で用いる用語多型性は、エキソンおよびイントロンまたはその部分たとえば、対立遺伝子バリアントを含む、1より多い形態の核酸の共存を表わす。少なくとも2つの異なる形態、すなわち2つの異なるヌクレオチド配列をもつ部分を、遺伝子の多型領域と呼ぶ。多型領域は単一ヌクレオチド、すなわち一塩基多型またはSNPである可能性があり、異なる対立遺伝子においてはその同一性が異なる。多型領域がヌクレオチド数個の長さである可能性もある。多型性を検出するための多数の方法が知られており、それらを本発明に関して使用できる。一般に、これらは基礎となる核酸配列における1以上の変異の直接同定たとえば、インサイチュハイブリダイゼーションまたは間接同定二次分子、たとえばタンパク質配列またはタンパク質結合に対する変化の同定を含む。多型性を検出するための周知の1方法は、その変異または多型部位にオーバーラップしてその変異または多型領域の周囲の約5、10、20、25または30ヌクレオチドを含むプローブを用いる、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーションである。たとえばキットに使用するためには、一塩基多型などの対立遺伝子バリアントに特異的にハイブリダイズすることができる数種類のプローブ、あるいはさらに固相支持体、たとえばビーズまたはチップに付着させたものを利用者に提供する。一塩基多型rs12979860は、SNPsのデータベースdbSNP,wwwncbinlmnihgovSNP中にそのアクセス番号により同定されるSNPを表わし、ヒト第19染色体上のIL28b遺伝子のプロモーター領域に位置する。2つの大規模な多国籍研究実施例のセクションに記載から得たデータのこの分析結果は、Geetal12が最初に報告したIL-28領域のSNPsとペグインターフェロンリバビリンで治療した後のSVRとの顕著な関連性を確認および拡張する。今回の分析では、この最上位SNPrs1297980がEVRp=5.0×10-26およびSVRp=1.4×10-21の両方と関連づけられた。ペグインターフェロンアルファ-2a40KDリバビリンだけでなく、ペグインターフェロンアルファ-2a40KD単剤療法、および通常インターフェロンリバビリンの組合わせで治療した後にSVRを達成した患者、ならびに家系性が十分に調べられたノンレスポンダーの大規模サブグループを含めたことが、本研究の独自の長所である。この研究により、幾つか独自の示唆を得ることができる。第1に、本発明者らは、rs12979860の影響はSVRよりEVRに及ぶ可能性が最も大きいことを示唆する。SVRではなくEVRとの関連性は、治療に対するこれまでのノンレスポンダーにおいて、またペグインターフェロンアルファ-2a40KD単剤療法、または通常インターフェロンリバビリンで治療した患者にみられた。本発明者らはこれを、このSNPが作用する機序はより遅い第2相低減または肝細胞代謝回転とではなく血清HCVRNAレベルの迅速な第1相低減と関連することを意味すると解釈する。HCVRNAの第1相低減は、インターフェロンに基づく療法を開始した直後に起きる十分に文献記載された現象であり、インターフェロンに対する特定患者の感受性の指標であることが示唆されている19。次に、この研究に用いた特定のチップにより、rs12979860のほかに一連のSNPsの有意性をランク付けすることができた;それらはすべて先の研究で同定されたものである12,14,20,21。有意性の高い幾つかのマーカーがIL28b領域に同定されたが、それらはいずれもrs1297980に対して調整した後のSVRと有意な関連性はなかった。唯一のSNPrs8099917がrs12979860に対して調整した後のEVRと統計的に有意に関連していたが、その関連性は多重比較に対して調整した後には有意とみなされないと思われるものであった。さらに、rs12979860に対して調整することにより、本発明者らは、ウイルス応答を達成する確率に影響を及ぼす可能性のある潜在的な遺伝子-遺伝子相互作用の探索を開始することができた。前記のように、初期分析において同定したIL28b領域の他の高有意SNPsはいずれも、このプロセス後に保持されていなかった;しかし、第4染色体上に位置するこれまで報告されていない一連のSNPsが明らかになった。これを含めて幾つかの後向き研究で得られた結果12-14,20-23が一致したことにより、本発明者らはIL28bのプロモーター領域のSNPsがインターフェロンに基づく療法の治療成果と高い関連性をもつと確信をもって言える。この領域の多数のプロモーターのうちのひとつにおける変化は肝臓でのインターフェロンラムダの発現を変化させることが示唆された。インターフェロンラムダはIII型インターフェロンであり、これはI型インターフェロンインターフェロン-アルファを含むのJak/Stat経路とオーバーラップするシグナル伝達経路の引き金を引く24-26。本発明者らは、寛容SNPをもつ患者ではHCV感染がインターフェロン類-III型インターフェロン類たとえばIL28を含む-の局所産生を誘導するという仮説を立てている。その結果、肝臓でインターフェロン誘導遺伝子発現が生じる。この仮説は、インターフェロンに基づく療法に対するノンレスポンダーの肝臓では療法開始前にインターフェロン刺激遺伝子ISGの肝発現が増加して見掛け上の前活性化状態にあるという先のレポート27と一致する。内因性ISG誘導のレベルと後続のインターフェロンに基づく療法に対する応答性とのこの見掛け上の逆説的な関係は、明らかには説明されていない。ある研究者らは、プロテインキナーゼPKRと同様な軸上でのISG誘導の下流作用のうちあるものは真核細胞開始因子2アルファeIF2aのリン酸化により内因性タンパク質産生を抑制し、その結果、肝細胞は外来性インターフェロンによるそれ以上の刺激に対して不応性になるため、タンパク質産生をそれ以上減弱できない可能性があると推測した28。HCVRNAは内部リボソーム進入部位を介して翻訳され、部分的にeIF2a非依存性である。したがって、前活性化状態にもかかわらず、依然としてHCVRNAの複製および追加ウイルス粒子の組立ては衰えない28。この仮説は、基点ウイルス負荷の増大が治療成果不良の指標であることを示唆する先の分析6にもかかわらず、本発明者らの分析で応答性不良GWAS遺伝子型が治療可能性の大きい遺伝子型より低いウイルス負荷を伴う理由を説明している。内因性のインターフェロン産生は、ウイルス複製に部分的損傷を与えるが、同時にこれらの患者において宿主細胞タンパク質合成に損傷を与える。宿主細胞がタンパク質産生をそれ以上低減できないか、あるいはISGの刺激を増大できない閾値があると思われる。しかし、逆に外来性PEG化インターフェロンの投与は内因性インターフェロンに対する感受性がより低い患者を救済できない。遺伝子多型性はISG発現において役割を果たす可能性がある。これから本発明者らは、HCV根絶をもたらす、より好ましいISGプロフィールを得るために、最終的にはインターフェロン経路を選択的にターゲティングするのが可能であると推測する。第4染色体のSNPがSVRと関連するがEVRとは関連しない機序の可能性を説明するのはより難しい。最も単純な説明には、この領域の遺伝子がSVRのみと関連する肝細胞代謝回転などの現象に関与していることが必要であろう。両方の遺伝子座がそれらの作用を発揮する機序に、さらに他の宿主-宿主、または宿主-ウイルス遺伝子相互作用が関与している可能性があり、これはさらに慎重に評価する必要がある。IL28b領域のインターフェロン治療感受性遺伝子座の知見は、現在の標準治療SOC、すなわちペグインターフェロンリバビリンによる療法に対して密接な意味をもつ。近い将来、ある患者においては療法開始前にIL28b遺伝子型を判定し、それらの患者を、HCV遺伝子型によって-現在推奨されているように1-だけでなく、ヒト遺伝子型によっても層別化することを考慮できるであろう。現在の治療パラダイムと対照的に、初期治療計画はウイルスとヒト両方の遺伝子型に基づくであろう。これに関して、リバビリンの推測上の役割に前向き調査で取り組む必要があろう。この知見は、現在行なわれているHCV療法のための直接作用型抗ウイルス薬の開発プログラムに対しても密接な意味をもつ。直接作用型抗ウイルス薬は、免疫機能とは無関係に特異的な抗ウイルス作用を発揮するが、開発中の薬物クラスのうち少なくともあるものは相加的相乗的ではなくともな固有の免疫調節作用が利点となる可能性があると考えられる。実際には、耐性HCVの出現を阻止する必要があるのでインターフェロンに基づく療法は依然として治療の主力になると思われる29。HCVRNAはI型インターフェロンの誘導を阻害することができる特異的タンパク質をコードする。たとえば、HCVのNS3-4Aプロテアーゼは、インターフェロン調節因子3IRF-3のリン酸化を阻害することにより、dsRNA誘導によるインターフェロン産生を遮断する30。したがってNS3-4Aプロテアーゼは二重の療法標的であり、それを阻害するとウイルス複製が遮断されてIRF-3によるHCVRNA複製制御が回復する可能性がある。第2の小分子または標準治療と組み合わせて投与した場合に強力な抗ウイルス効果をもつテラプレビルなどのプロテアーゼ阻害薬は、HCVが宿主のインターフェロン応答に損傷を与えるプロテアーゼ機能も阻害する。インターフェロン不応性表現型をもつ患者とインターフェロン感受性IL28b表現型をもつ患者において、直接作用型の抗ウイルス薬をペグインターフェロンリバビリンと組み合わせた場合に治療成果が同様であるかどうかを観察することが重要であろう。インターフェロン不応患者は、三重療法直接作用型抗ウイルス薬ペグインターフェロンリバビリンに対しては、彼らが直接作用型抗ウイルス薬のみによる単剤療法を受けているかのように応答する可能性がある。もしそうであれば、インターフェロン不応性IL28b表現型をもつ患者は、テラプレビルのような薬物による治療に際して耐性変異の選択をはるかに受けやすいという可能性がある31。これらの可能性は、インターフェロン感受性SNPrs12979860をもつ患者はペグインターフェロンとリバビリンによる短縮治療が有益であり、インターフェロン不応性表現型をもつ患者は治療期間延長および/またはより強力な治療計画の候補となる可能性があるというシナリオを示唆する。あるいは、インターフェロン不応性表現型をもつ患者はインターフェロンを含まない直接作用型抗ウイルス薬の併用計画がより適切な可能性がある。PEG化インターフェロンによる標準治療に対して過去にノンレスポンダーであった患者についてのペグインターフェロンアルファ-2aリバビリン療法の登録試行を含めた本発明者らの独自のデータセットにより、rs12979860SNPとSVRではなくEVRとの相関性が強調される。言い換えると、このSNPは療法に対する最終応答ではなくインターフェロンに対する患者の応答性を判定し、したがってEVRを達成する可能性があるという理由でSVRになる可能性がある患者またはその可能性がない患者を同定する補助となる。それがEVRとは無関係にSVRを予測することは考えられない。これは直接作用型抗ウイルス薬をインターフェロンと一緒に使用することに対してきわめて密接な意味をもつ。インターフェロン応答性についての基点遺伝子予測子の利用により、直接作用型抗ウイルス療法およびインターフェロンによる標準治療の個別化が可能になる。インターフェロン応答性不良すなわちrs12979860に2つのT対立遺伝子と判定された患者は、内因性または外来性インターフェロン仲介経路の相加効果または相乗効果に依存する小分子療法の候補としては劣る-特にこれらがSOCに加えて単剤として投与される場合。懸念されるのは、これらの患者が有効な単剤療法の結果として薬物耐性変異を発現するリスクが高いことであろう。逆に、インターフェロン応答性表現型すなわちrs12979860に2つのC対立遺伝子をもつ患者は、SOCのみ、または小分子と組み合わせた、短縮療法コースの卓越した候補となるであろう。インターフェロン応答性に対する遺伝的素因によって可能になるさらに他の考慮事項は、直接作用型抗ウイルス薬の組合わせの同調である。許容できる内因性インターフェロン応答性をもつと予測された患者は、ウイルス機能をターゲティングする薬物-たとえば、内因性インターフェロン応答に対しても阻害性の役割をもつプロテアーゼ阻害薬-に対する卓越した候補であり、ウイルスPAMP療法2種類の直接作用型抗ウイルス薬をペグインターフェロンとリバビリンに追加、または3剤療法SOCと1種類のDAAの候補となる可能性がある。方法患者試料の採集およびウイルス学的エンドポイント2つの大規模ランダム化多国籍第III相試験に参加した慢性C型肝炎患者サブセットからの試料を分析した3,15。1つの試験では、インターフェロンナイーブ患者を、ペグインターフェロンアルファ-2a40KD単剤もしくはリバビリンとの組合わせ、または通常インターフェロンアルファ-2bリバビリンによる、48週間の治療にランダム化した3。前回のペグインターフェロンアルファ-2b12KDリバビリンの12週間コースに対するノンレスポンダーのみが第2の試験に適格であり、患者を標準または誘導用量計画のいずれかのペグインターフェロンアルファ-2a40KDによる48または72週間のいずれかの治療にランダム化したすべての患者に標準用量のリバビリンを投与15。これらの試験の試験設計、包含および除外の基準、ならびに一次結果は他に公表されている3,15。遺伝子分析への参加に同意した患者から採集した血液試料を、RocheClinicalSamplerepositoryに保存した。DNAをRocheClinicalSamplerepositoryで抽出し、50ng/μLに標準化した。試料につき最初にY染色体特異的TaqManAssayAppliedBiosystems,カリフォルニア州フォスターシティーを用いた品質検査を行ない、DNA品質および臨床データとの性別一致の両方を評価した。ウイルス学的エンドポイントには下記のものが含まれる:早期ウイルス応答EVR:血清中にHCVRNAを検出できないCobasAmplicorHCVTestv2.0による,定量限界50IU/mLまたは基点から12週目までの血清HCVRNAの低下≧2-logCobasAmplicorHCVMonitorTest,v2.0による,定量限界600IU/mLと定義、および持続的ウイルス応答SVR:24週間の非治療追跡期間の終了時にHCVRNAを検出できない<50IU/mLと定義。SVRについてのGWAS分析において、レスポンダーグループは、インターフェロンナイーブ被験集団からのSVRを伴う遺伝子型-1患者すべてから構成された。ノンレスポンダーは、1PEG化インターフェロン治療により再攻撃した被験集団からの遺伝子型-1非SVR患者すべて、2PEG化インターフェロンとリバビリンで治療したインターフェロンナイーブ被験集団からの遺伝子型-1非SVR患者から構成された。したがって、PEG化インターフェロンにより再攻撃した被験集団からのレスポンダーすべてを本発明者らの分析から除外した。EVRについてのGWAS分析において、EVRグループは、インターフェロンナイーブ被験集団からのEVRを伴う遺伝子型-1患者すべてから構成された。非EVRグループは、1PEG化インターフェロン治療により再攻撃した被験集団からの患者すべて、および2PEG化インターフェロンリバビリンで治療した治療ナイーブ被験集団からの遺伝子型-1非EVR患者から構成された。非遺伝子型-1患者中の自己申告による白人のIL28B領域SNPで、各試験において別個に追加の探査分析を行なった詳細は結果のセクションを参照。遺伝子型データ分析1,016,423のマーカーにつき、IlluminaInfinium登録商標HDAssaySuperで、HumanOmni1Quadv1.0チップおよびiScanスキャナーを用いて、試料を遺伝子型判定した。重複試料間の不一致呼出し、過剰のヘテロ接合性、低い呼出し率<0.95、クラスター分離、GenTrainスコア、強度およびクラスター幅についてSNPをゼロ設定するために、初期品質管理を行なった。合計25の試料が品質検査またはその後の遺伝子型判定試験に不合格であった。品質管理後に、遺伝子型呼出しをもつ1,002,139のSNPsが得られた。自己申告による白人集団について、染色体当たりのSNPsの数、対立遺伝子頻度分布、およびHardyWeinberg平衡を計算した。統計分析ウイルス応答EVRまたはSVRと基点変数連続変数として挿入した年齢、肥満指数[BMI]、HCVRNAレベルおよびALT商、カテゴリー変数として挿入した性別、HCV遺伝子型、組織診[肝硬変の有無]および人種との関連性を、一変量ロジスティック回帰モデルにおいて評価した。ロジスティック回帰PROCLOGISTIC,SASv9.2を用いて、基点BMI、性別、年齢、ウイルス負荷、ALT商および主成分分析PCA成分につき調整した後に、個々のSNPsと応答/非応答との関連性を調べた。家系の分析は、Purcelletal16が提唱したPCAを基礎とし、全集団を用いて作製した家系データセットを使用したpgt。全集団に11の多様な人種の対象セットからのHapMapPhaseIII創始者を補充し、SASJMPGenomicsSASInstituteInc.,米国ノースカロライナ州ケアリーで分析した。PCA成分を、異常値を含めて、または含めずに比較した。異常値は、その家系が上位10の推論した変動軸のひとつにおいて平均から少なくとも6の標準偏差をもつ個体と定義された。XおよびY染色体上またはミトコンドリアDNA中にあったSNPsは、HapMapPhaseIII創始者中の判定されなかった遺伝子型SNPsと共に除かれリリース数27、あるいは既知の高い連鎖不平衡をもつ領域にあったChr5,44~51.5Mb;Chr6,24~36Mb;Chr8,8~12Mb;Chr11,42~58Mb;Chr17,40~43Mb。残りのSNPsは、PLINK16を用いてウインドウサイズ1000、r2<0.25およびウインドウシフト100で間引かれた。ウイルス応答EVRまたはSVRと個々のSNPsとの関連性を、ロジスティック回帰分析により調べた。基点特性BMI、性別、年齢、基点HCVRNAレベル、ALT商およびPCA成分につき調整を行なった。有意性を尤度比検定LRTにより評価した。ゼロモデルを下記のとおり定義した:ウイルス応答=BMI性別年齢HCVRNAレベルALT商PCA成分ゼロモデルにおいては、SNPsの遺伝的影響をゼロと仮定した。対立モデルを下記のとおり定義した:ウイルス応答=BMI性別年齢HCVRNAレベルALT商PCA成分SNPLRTを用いて、それぞれの対立モデルすなわち、SNPsを含むについての最大尤度推定値を対応するゼロモデルすなわち、SNPsを含まないと比較した:識別パラメーター数に等しいχ2分布および自由度をもつもの。SNPsを連続変数0、1、2としてモデルに挿入した。PCA成分は分析集団の上位5成分に相当していた。同様なモデルを自己申告による白人集団および非遺伝子型1集団において実行した。白人pgt集団においてIL-28領域の有意SNPsp<10-5間の連係不均衡LDを計算した。r2のLDプロットをHaploviewv4.117で作製し、LDブロックをGabrieletal18の方法により推論した。結果合計406人の治療ナイーブ患者、および前回のペグインターフェロンアルファ-2b12KDによる治療コースに応答しなかった426人の患者について試料を入手した。EVRの分析は800人の患者からのデータに基づき、これにはEVRを達成した363人の個体45およびEVRを達成しなかった437人の個体55が含まれていた。SVRの分析は663人の患者からのデータに基づき、これにはSVRを達成した245人の患者37およびSVRを達成しなかった418人63が含まれていた。EVRおよびSVRの分析に含めた患者の基点特性を表1に示す。基点因子の一変量ロジスティック回帰モデルは、HCV遺伝子型p=1.50×10-25、年齢5.80×10-18、ALT商p=7.50×10-10、人種p=9.20×10-7、BMIp=4.70×10-5および組織診p=1.30×10-5がEVRと有意に相関すること、ならびにHCV遺伝子型p=4.30×10-27、年齢p=5.50×10-18、ALT商p=2.10×10-8、人種p=2.10×10-8、組織診p=5.40×10-7、BMIp=7.20×10-6およびHCVRNAレベルp=0.0022がSVRと有意に関連することを示した。注目すべきことに、性別はEVRまたはSVRのいずれとも有意に関連せず、HCVRNAレベルはSVRと有意に関連しなかった。遺伝子型1集団全体におけるGWAS結果遺伝子型について分析した合計4つの試料を、血縁係数が高い高い近親度を示すという理由で除外した。遺伝子型1患者からのデータの分析には、EVR状態が分かっている627人の患者215人のレスポンダー[34.3]および412人のノンレスポンダー[65.7]、およびSVR状態が分かっている516人の患者128人のレスポンダー[24.8]および388人のノンレスポンダー[75.2]が含まれていた。SVRおよびEVRのゲノムワイドな関連結果を染色体により図1に示す。有意性の高い一連のp値が第19染色体の上のIL-28領域に同定された。四分位点-四分位点プロットは、第19染色体に関連するp値についての幾つかの大きな偏差を除いて、期待p値と観察p値が近接することを示した図2。SVRおよびEVRについてのロジスティック回帰分析により、p<10-5をもつそれぞれ12および19のSNPsが明らかになった表2。それぞれSVRおよびEVRに関連する上位6つのSNPsは同一であり、第19染色体のIL-28領域に含まれていた。SVRおよびEVRに関連する上位2つのSNPsは、rs12979860それぞれ、p=1.4×10-21およびp=5.0×10-26およびrs12980275それぞれ、p=5.8×10-18およびp=4.9×10-23であった。SVRに関連する残り6つのSNPs表2のうち、EVRに関連するものはなく、第19染色体上に位置するものはなく、4つrs943897、rs17671102、rs4961441およびrs1892723は稀なホモ接合体クラスにおける少数の観察BB<10人の個体であるので、偽関連の可能性がある。EVRに関連する残り13のSNPs表2のうち、SVRに関連するものはなく、1つだけrs4803223が第19染色体上に位置し、2つrs1189800およびrs4975629は偽関連の可能性がある。SVRおよびEVRのいずれかのモデルについてp<10-5をもつすべてのSNPsのロジスティック回帰分析を、全集団および自己申告による白人サブグループに関して表3に示す。rs12979860の影響に対して調整した後に分析を反復した場合、SVRと有意に関連するマーカーはなく、1つのマーカーだけがEVRと有意に関連していたrs8099917,p=0.0130。続いて行なった表3に提示するIL-28領域のSNPs間の連係不均衡の調査により、高度の連係不均衡をもつ1クラスターrs12979860とrs12980275の間,r2=0.98、ならびにrs12980275、rs12979860、rs8109886およびrs8099917から構成される下流SNPsの第2クラスターが立証された図3。rs12979860に対して調整した後のSVRについてのゲノムワイドな結果を図1cに示す。rs12979860に対して調整し、さらにノンレスポンダーを包含した後のSVRについてのロジスティック回帰分析の結果により、p<10-5をもつさらに10のSNPsが明らかになった表4。興味深いことに、それらのうち最も顕著な5つのうち3つrs10009948、rs10023606、およびrs7673763は、第4染色体上に位置する。不思議なことに、これらはSVRのみと関連し、EVRとは関連性がなかった。自己申告による白人集団におけるrs12979860の探査分析IL28B間の関連性をより良く解明および理解するために、まず自己申告による白人集団における非遺伝子型1中のrs12979860間の関連性を探査する。GWASの場合と同じロジスティック回帰モデルで、SVRとrs12979860C対立遺伝子番号の間に、名目上の第1種過誤5で境界線上の有意な関連性がみられるOR=1.88,95CI=[0.97;3.67],p=0.06。同様に、EVRとrs12979860C対立遺伝子番号の間に有意の関連性がみられるOR=2.27,95CI[1.12;4.70],p=0.02。さらに、これら2試験におけるrs12979860間の関連性も別に記載する。ナイーブ治療集団に、EVRとrs12979860C対立遺伝子の間にほぼ5のORで関連性がみられるOR=4.9895CI[2.35;10.53],p=2.6×10-5。この関連性は、3つの治療階層すべてに常にみられる。PEG化インターフェロン療法が無効であった患者集団においては、持続的ウイルス応答について関連性がみられなかった。しかし、EVRN=185と非EVRN=154を比較すると、依然としてrs12979860との関連性があるOR=1.91[1.22;2.96],p=0.003。この関連性は、基点のウイルス負荷、性別、年齢、治療およびALT商とは無関係であった。本明細書に開示し、特許請求の範囲に記載したすべての組成物および/または方法は、本発明の開示内容を考慮すれば多大な実験を行なうことなく調製および実施できる。本発明の組成物および方法を好ましい態様に関して記載したが、それらの組成物および/または方法あるいは本明細書に記載した工程の順序を本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく変更できることは当業者に自明であろう。当業者に自明のそのような類似の置換および改変はすべて、特許請求の範囲に定めた本発明の概念、精神および範囲に含まれるものとする。参考文献1GhanyMGStraderDBThomasDLSeeffLBDiagnosismanagementandtreatmentofhepatitisCAnupdateHepatology200949133513742MannsMPMcHutchisonJGGordonSCRustgiVKShiffmanMReindollarRGoodmanZDKouryKLingMAlbrechtJKPeginterferonalfa2bplusribavirincomparedwithinterferonalfa2bplusribavirinforinitialtreatmentofchronichepatitisCarandomisedtrialLancet20013589589653FriedMWShiffmanMLReddyKRSmithCMarinosGGoncalesFLJrHaussingerDDiagoMCarosiGDhumeauxDCraxiALinAHoffmanJYuJPeginterferonalfa2aplusribavirinforchronichepatitisCvirusinfectionNEnglJMed20023479759824HadziyannisSJSetteHJrMorganTRBalanVDiagoMMarcellinPRamadoriGBodenheimerHJrBernsteinDRizzettoMZeuzemSPockrosPJLinAAckrillAMPeginterferonalpha2aandribavirincombinationtherapyinchronichepatitisCarandomizedstudyoftreatmentdurationandribavirindoseAnnInternMed20041403463555ConjeevaramHSFriedMWJeffersLJTerraultNAWileyLucasTEAfdhalNBrownRSBelleSHHoofnagleJHKleinerDEHowellCDPeginterferonandribavirintreatmentinAfricanAmericanandCaucasianAmericanpatientswithhepatitisCgenotype1Gastroenterology20061314704776DienstagJLMcHutchisonJGAmericanGastroenterologicalAssociationtechnicalreviewonthemanagementofhepatitisCGastroenterology20061302312647MissihaSHeathcoteJArenovichTKhanKImpactofasianraceonresponsetocombinationtherapywithpeginterferonalpha2aandribavirininchronichepatitisCAmJGastroenterol2007102218121888ReddyKRMessingerDPopescuMHadziyannisSJPeginterferonalpha2aandribavirincomparableratesofsustainedvirologicalresponseinsubsetsofolderandyoungerHCVgenotype1patientsJViralHepat2009167247319FerenciPFriedMWShiffmanMLSmithCIMarinosGGoncalesFLJrHaussingerDDiagoMCarosiGDhumeauxDCraxiAChaneacMReddyKRPredictingsustainedvirologicalresponsesinchronichepatitisCpatientstreatedwithpeginterferonalpha2aribavirinJHepatol20054342543310MartinotPeignouxMMaylinSMoucariRRipaultMPBoyerNCardosoACGiuilyNCastelnauCPouteauMSternCAuperinABedossaPAsselahTMarcellinPVirologicalresponseat4weekstopredictoutcomeofhepatitisCtreatmentwithpegylatedinterferonandribavirinAntivirTher20091450151111AsselahTBiecheISabbaghABedossaPMoreauRVallaDVidaudMMarcellinPGeneexpressionandhepatitisCvirusinfectionGut20095884685812GeDFellayJThompsonAJSimonJSShiannaKVUrbanTJHeinzenELQiuPBertelsenAHMuirAJSulkowskiMMcHutchisonJGGoldsteinDBGeneticvariationinIL28BpredictshepatitisCtreatmentinducedviralclearanceNature200946139940113SuppiahVMoldovanMAhlenstielGBergTWeltmanMAbateMLBassendineMSpenglerUDoreGJPowellERiordanSSheridanDSmedileAFragomeliVMullerTBahloMStewartGJBoothDRGeorgeJIL28BisassociatedwithresponsetochronichepatitisCinterferonalphaandribavirintherapyNatGenet2009411100110414TanakaYNishidaNSugiyamaMKurosakiMMatsuuraKSakamotoNNakagawaMKorenagaMHinoKHigeSItoYMitaETanakaEMochidaSMurawakiYHondaMSakaiAHiasaYNishiguchiSKoikeASakaidaIImamuraMItoKYanoKMasakiNSugauchiFIzumiNTokunagaKMizokamiMGenomewideassociationofIL28BwithresponsetopegylatedinterferonalphaandribavirintherapyforchronichepatitisCNatGenet2009411105110915JensenDMMarcellinPFreilichBAndreonePDiBABrandaoMelloCEReddyKRCraxiAMartinAOTeuberGMessingerDThommesJATietzARetreatmentofpatientswithchronichepatitisCwhodonotrespondtopeginterferonalpha2barandomizedtrialAnnInternMed200915052854016PurcellSNealeBToddBrownKThomasLFerreiraMABenderDMallerJSklarPdeBakkerPIDalyMJShamPCPLINKatoolsetforwholegenomeassociationandpopulationbasedlinkageanalysesAmJHumGenet20078155957517BarrettJCFryBMallerJDalyMJHaploviewanalysisandvisualizationofLDandhaplotypemapsBioinformatics20052126326518GabrielSBSchaffnerSFNguyenHMooreJMRoyJBlumenstielBHigginsJDefeliceMLochnerAFaggartMLiuCorderoSNRotimiCAdeyemoACooperRWardRLanderESDalyMJAltshulerDThestructureofhaplotypeblocksinthehumangenomeScience20022962225222919NeumannAULamNPDahariHGretchDRWileyTELaydenTJPerelsonASHepatitisCviraldynamicsinvivoandtheantiviralefficacyofinterferonalphatherapyScience199828210310720ThomasDLThioCLMartinMPQiYGeDOhuiginCKiddJKiddKKhakooSIAlexanderGGoedertJJKirkGDDonfieldSMRosenHRToblerLHBuschMPMcHutchisonJGGoldsteinDBCarringtonMGeneticvariationinIL28BandspontaneousclearanceofhepatitisCvirusNature200946179880121RauchAKutalikZDescombesPCaiTDiIJMuellerTBochudMBattegayMBernasconiEBorovickaJColomboSCernyADufourJFFurrerHGunthardHFHeimMHirschelBMalinverniRMoradpourDMullhauptBWitteckABeckmannJSBergTBergmannSNegroFTelentiABochudPYGeneticVariationinIL28BIsAssociatedWithChronicHepatitisCandTreatmentFailureAGenomewideAssociationStudyGastroenterology201022McCarthyJJLiJHThompsonASuchindranSLaoXQPatelKTillmannHLMuirAJMcHutchisonJGReplicatedassociationbetweenaninterleukin28BgenevariantandasustainedresponsetopegylatedinterferonandribavirinmanuscriptinpressGastroenterology201023MontesCanoMetalIL28BgeneticvariantsandhepatitisvirusinfectionbydifferentviralgenotypesmanuscriptinpressHepatology201024MarcelloTGrakouiABarbaSpaethGMachlinESKotenkoSVMacDonaldMRRiceCMInterferonsalphaandlambdainhibithepatitisCvirusreplicationwithdistinctsignaltransductionandgeneregulationkineticsGastroenterology20061311887189825RobekMDBoydBSChisariFVLambdainterferoninhibitshepatitisBandCvirusreplicationJVirol2005793851385426SirenJPirhonenJJulkunenIMatikainenSIFNalpharegulatesTLRdependentgeneexpressionofIFNalphaIFNbetaIL28andIL29JImmunol20051741932193727AsselahTBiecheINarguetSSabbaghALaurendeauIRipaultMPBoyerNMartinotPeignouxMVallaDVidaudMMarcellinPLivergeneexpressionsignaturetopredictresponsetopegylatedinterferonplusribavirincombinationtherapyinpatientswithchronichepatitisCGut20085751652428EstebanMHepatitisCandevasionoftheinterferonsystemaPKRparadigmCellHostMicrobe2009649549729AsselahTBenhamouYMarcellinPProteaseandpolymeraseinhibitorsforthetreatmentofhepatitisCLiverInt200929Suppl1576730FoyELiKWangCSumpterRJrIkedaMLemonSMGaleMJrRegulationofinterferonregulatoryfactor3bythehepatitisCvirusserineproteaseScience20033001145114831ReesinkHWZeuzemSWeeginkCJForestierNvanVAvandeWeteringdeRooijMcNairLPurdySKauffmanRAlamJJansenPLRapiddeclineofviralRNAinhepatitisCpatientstreatedwithVX950aphaseIbplacebocontrolledrandomizedstudyGastroenterology2006131997100232GaneERobertsSStedmanCAngusPRitchieBElstonRIpeDMorcosPNajeraIChuTBerreyMBradfordWLaughlinMShulmanNSmithPCombinationtherapywithanucleosidepolymeraseandproteaseinhibitorinHCVsafetypharmacokineticsandvirologicresultsfromINFORM1abstract193Hepatology2009503945A33AskariehGAlsioAPugnalePNegroFFerrariCNeumannAUPawlotskyJMSchalmSWZeuzemSNorkransGWestinJSoderholmJHellstrandKLaggingMSystemicandintrahepaticinterferongammainducibleprotein10kDapredictsthefirstphasedeclineinhepatitisCvirusRNAandoverallviralresponsetotherapyinchronichepatitisCHepatology200934LanfordREHildebrandtEriksenESPetriAPerssonRLindowMMunkMEKauppinenSOrumHTherapeuticsilencingofmicroRNA122inprimateswithchronichepatitisCvirusinfectionScience2010327198201。"