乳癌患者に対する治療を決定する方法であって:該患者から腫瘍細胞及び非腫瘍形成性細胞を得る工程:該腫瘍細胞及び該非腫瘍形成性細胞におけるPTENタンパク質発現の定量的測定を行う工程;該腫瘍細胞におけるPTENタンパク質発現の該定量的測定値を該非腫瘍形成性細胞におけるPTENタンパク質発現の該定量的測定値と比較することによって、正規化PTENタンパク質発現スコアを算出する工程;及び該正規化PTENタンパク質発現スコアがPTENヌルである場合は、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤で該患者を治療すると決定する工程を含む、前記方法。前記非腫瘍形成性細胞が、間質細胞又は内皮細胞である、請求項1記載の方法。前記腫瘍細胞及び前記非腫瘍形成性細胞が、同じサンプルからのものである、請求項1記載の方法。前記panErbBチロシンキナーゼ阻害剤が、PIK3CAのErbBの細胞内部分への不可逆的な結合を防止する、請求項1記載の方法。前記panErbBチロシンキナーゼ阻害剤がネラチニブである、請求項1記載の方法。PTENタンパク質発現の前記定量的測定が:逆相タンパク質アレイ、ウエスタンブロット、又は半定量的もしくは定量的免疫組織化学IHCの1つ以上を含む、請求項1記載の方法。前記腫瘍細胞及び前記非腫瘍形成性細胞が、同じサンプルからのものである、請求項6記載の方法。PTENタンパク質発現の定量的測定を行う前記工程が、前記腫瘍細胞及び前記非腫瘍形成性細胞を染色する工程を含み、PTENタンパク質発現の定量的測定を行う該工程が、該染色細胞のデジタル画像を得る工程を任意に含む、請求項1記載の方法。前記正規化PTENヌルのスコアが015未満である、請求項1記載の方法。PTENタンパク質発現の前記定量的測定値が、PTENの光学濃度発現値である、請求項1記載の方法。患者の癌を治療する方法であって:該患者から腫瘍細胞及び非腫瘍形成性細胞を得る工程:該腫瘍細胞におけるPTENタンパク質発現の定量的測定を行う工程;該腫瘍細胞におけるPTENタンパク質発現の該定量的測定値を該非腫瘍形成性細胞におけるPTENタンパク質発現の定量的測定値と比較することによって、正規化PTENタンパク質発現スコアを算出する工程;及び該正規化PTENタンパク質発現スコアがPTENヌルである場合は、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤で該患者を治療する工程を含む、前記方法。前記非腫瘍形成性細胞が、間質細胞又は内皮細胞である、請求項11記載の方法。前記腫瘍細胞及び前記非腫瘍形成性細胞が、同じサンプルからのものである、請求項11記載の方法。前記panErbBチロシンキナーゼ阻害剤が、PIK3CAのErbBの細胞内部分への不可逆的な結合を防止する、請求項11記載の方法。前記panErbBチロシンキナーゼ阻害剤がネラチニブである、請求項11記載の方法。PTENタンパク質発現の前記定量的測定が:逆相タンパク質アレイ、ウエスタンブロット、又は半定量的もしくは定量的免疫組織化学IHCの1つ以上を含む、請求項11記載の方法。前記腫瘍細胞及び前記非腫瘍形成性細胞が、同じサンプルからのものである、請求項16記載の方法。PTENタンパク質発現の定量的測定を行う前記工程が、前記腫瘍細胞及び前記非腫瘍形成性細胞を染色する工程を含み、PTENタンパク質発現の定量的測定を行う該工程が、該染色細胞のデジタル画像を得る工程を任意に含む、請求項11記載の方法。前記正規化PTENヌルのスコアが、015未満のあらゆるスコアを含む、請求項11記載の方法。PTENタンパク質発現の前記定量的測定値が、PTENの光学濃度発現値である、請求項11記載の方法。本発明の開示では、PTENタンパク質発現におけるカットポイントは、定量的結果を用いて決定される。このカットポイントは、panErbB阻害剤治療の恩恵を受ける患者の正確な識別を可能にする。該カットポイントは、ヒト腫瘍生検サンプルにおけるPTEN遺伝子の2つの不活化対立遺伝子を有する腫瘍を正確に識別し、かつpan‐ErbB阻害剤に対する薬物応答を予測する。一実施態様では、本発明は、乳癌患者の治療を決定する方法に関する。該方法は、該患者から腫瘍細胞及び非腫瘍形成性細胞を得る工程;該腫瘍細胞及び該非腫瘍形成性細胞におけるPTENタンパク質発現の定量的測定を行う工程;及びこれら2つのPTENタンパク質発現の定量的測定値を比較することによって、正規化PTENタンパク質発現スコアを算出する工程を含む。該正規化PTENタンパク質発現スコアがPTENヌルである場合は、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤で該患者を治療する。本発明の一部の実施態様では、非腫瘍形成性細胞は、間質細胞又は内皮細胞である。本発明の一部の実施態様では、該腫瘍細胞及び該非腫瘍形成性細胞が、同じサンプルからのものである。本発明の一部の実施態様では、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤は、PIK3CAのErbBの細胞内部分への不可逆的な結合を防止する。本発明の特定の実施態様では、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤はネラチニブである。本発明の一部の実施態様では、PTENタンパク質発現の該定量的測定は:逆相タンパク質アレイ、ウエスタンブロット、又は半定量的もしくは定量的免疫組織化学IHCの1つ以上を含む。本発明の特定の実施態様では、PTENタンパク質発現の該定量的測定はIHCを含む。一部の実施態様では、本発明の方法は、該腫瘍細胞及び該非腫瘍形成性細胞を染色する工程を含む、PTENタンパク質発現の定量的測定を行う工程を含む。本発明の一部の実施態様では、PTENタンパク質発現の定量的測定を行う工程は、該染色細胞のデジタル画像を得る工程をさらに含む。本発明の特定の実施態様では、PTENヌルスコアは015未満である。一実施態様では、本発明は、患者の癌を治療する方法に関する。該方法は、該患者から腫瘍細胞及び非腫瘍形成性細胞を得る工程:該腫瘍細胞及び該腫瘍形成性細胞におけるPTENタンパク質発現の定量的測定を行う工程;及びこれらのPTENタンパク質発現の定量的測定値を比較することによって、正規化PTENタンパク質発現スコアを算出する工程を含む。該正規化PTENタンパク質発現スコアがPTENヌルである場合は、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤で該患者を治療する。本開示は、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤治療の恩恵を受ける患者の正確な識別を可能にする、定量的結果を使用して識別される、カットポイントを提供する。一実施態様では、該定量的結果は、IHCを使用して得られる。正規化PTENスコアが015未満の患者PTENヌルと定義されるは、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤療法で治療される。一実施態様では、正規化PTENスコアは、腫瘍のPTEN光学濃度OD発現値opticaldensityexpressionvalueを良性組織のPTENOD発現値によって除すことによって算出される。一実施態様では、本方法は、デジタル画像を使用して、腫瘍細胞及び良性細胞の2つのPTENOD発現値を求める工程を含む。良性細胞例えば、間質細胞又は内皮細胞及び腫瘍細胞は、同じ組織切片中に含まれているものでも良い。全正規化PTENスコアは、腫瘍細胞で得られたPTENOD発現値を正常な良性細胞で得られたPTENOD発現値で除して得られる比として算出される。本発明によって定義されるカットポイントは、各患者サンプルを、PTENオフ正規化PTENスコアが0、PTEN減少正規化PTENスコアが0よりも大きいが015未満、及びPTENオン正規化PTENスコアが015以上として識別することができる。正規化PTENスコアがPTENオフスコアが0又はPTEN減少正規化スコアが0よりも大きいが015未満のいずれかに分類される患者は、PTENヌルと定義され、該患者は、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤で治療される。正規化PTENスコアがPTENオンである場合は、このような患者は、トラスツズマブで治療することができる。本発明の一部の実施態様では、PTENOD発現値は、正常組織OD発現値の15未満であり、正規化PTENスコアが015未満となり、PTEN減少の指定分類となる。例えば、突然変異分析、DNAコピー数、及び遺伝子もしくはタンパク質発現パターンによる腫瘍の分類が利用可能である。トラスツズマブの承認以来、米国食品医薬品局によって承認された腫瘍を治療する全ての新規化合物のほぼ半分が、ある種の患者選択バイオマーカーに関連している。これらの例は、主に、腫瘍サンプルにおける標的生物学の測定に重点を置いている。患者の選択における最近の進展は、特定の作用物質から臨床的恩恵を受ける患者と臨床的恩恵を受けない患者とを区別する薬物耐性機構の同定である。例えば、VKiras2カーステンラット肉腫[KRAS]突然変異状態は、大腸癌において、抗体ベースの上皮成長因子受容体EGFR阻害剤の添加の恩恵を受ける患者を同定するAllegraCJ、JessupJM、SomerfieldMRらの文献米国臨床腫瘍学会の暫定的な臨床的見解:抗上皮成長因子受容体モノクローナル抗体治療に対する応答を推定する、転移性結腸直腸癌患者におけるKRAS遺伝子突然変異の検査AmericanSocietyofClinicalOncologyprovisionalclinicalopiniontestingforKRASgenemutationsinpatientswithmetastaticcolorectalcarcinomatopredictresponsetoantiepidermalgrowthfactorreceptormonoclonalantibodytherapy。ErbBRTKファミリーのメンバーEGFR、HER2、HER3、HER4は、複数のヒト癌型においてシグナル伝達活性化をもたらす遺伝的事象を受け;乳癌で最も頻繁に言及される遺伝的事象には、増幅、突然変異、及び転写活性化で一定の役割を有するイントロン反復が含まれる。PI3Kは、膜における発癌RTK複合体が関与するいくつかのシグナル伝達カスケードの1つであり、重要な治療標的となり得るEngelmanJAの文献癌におけるPI3Kシグナル伝達を標的とする:機会、課題、及び制約TargetingPI3Ksignallingincanceropportunitieschallengesandlimitationsによって近年再検討された。癌におけるこのシグナル伝達ノードsignalingnodeの極めて重要な役割は、カスケードの構成要素をコードする遺伝子、すなわちPIK3CA、PTEN、PDK1、及びAKTに遺伝子損傷のあるヒト悪性腫瘍の割合によって明らかである。様々な腫瘍における構成的経路の活性化をもたらす遺伝子損傷は、両端部に存在する。例えば、PIK3CA遺伝子のp110αサブユニットにおける機能獲得もしくは活性化突然変異、又は該サブユニットの増幅が、一部の腫瘍で観察され、シグナル伝達カスケードの促進因子として機能する一方、機能喪失事象すなわち、欠失、プロモーターメチル化、又は突然変異が、PTENで一般的に見られ、系におけるブレーキとして機能する。この経路を標的とする乳癌における現在の治療アプローチには、ErbB経路阻害剤例えば、トラスツズマブ、ラパチニブ、ネラチニブ、BIBW2992、PI3K阻害剤例えば、XL147、PX866、mTOR阻害剤例えば、テムシロリムス、エベロリムス、及び二重PI3KmTOR阻害剤例えば、BEZ235が含まれる。PI3K経路の活性化は、乳癌におけるErbB2標的治療に対する耐性、及び細胞毒に対する耐性に関連している。複数の治療選択肢が存在すること、及びPI3K活性が多くの設定で薬物耐性を予測することから、臨床開発用の保存されたヒト腫瘍組織サンプルにおけるPI3K経路の活性化の予測を可能にするアッセイを開発できるか否かについての疑問が生じる。ネラチニブHKI272とも呼ばれるは、ErbB受容体及び下流基質のリン酸化を阻害し;前臨床モデルにおけるこの活性により、ネラチニブは、PI3K複合体のリン酸化及び活性化を阻害することが分かっている。例えば、国際公開第09052264号の6~7頁;米国特許出願公開第20070104721号の段落7及び21;及び米国特許第7399865号を参照されたい。PTENタンパク質発現の減少は、Her2乳癌のトラスツズマブによる治療に対する耐性に関連している。半定量的免疫組織化学IHCアッセイを使用して、これらの変化が、乳癌におけるトラスツズマブ耐性に関連付けられているBernsKらCancerCell395402を参照されたい。PTENの消失は、典型的にはC末端タンパク質エピトープを認識する抗体を用いる標準的なIHCアプローチを使用して、診療所で日常的に検査されている。該タンパク質のC末端に対する抗体を使用すると、切断型の該タンパク質を生じさせる突然変異を有する腫瘍では、シグナルが殆ど又は全く生成されなくなる。IHCによる既知の遺伝子消失事象とPTEN発現との間の一致と不一致の様々な例が文献に存在し;これは、基本的な生物学の解釈に疑義を生じさせ得るBoseSらの文献PTENの発現の減少は乳癌の進行に相関するReducedexpressionofPTENcorrelateswithbreastcancerprogressionHumPathol33405409、及びBettendorfOらの文献腺管内癌、上皮内新生物、及び侵襲性の前立腺腺癌における染色体不均衡、ヘテロ接合性の消失、並びにTP53、RB1、及びPTENの免疫組織化学的発現ChromosomalimbalanceslossofheterozygosityandimmunohistochemicalexpressionofTP53RB1andPTENinintraductalcancerintraepithelialneoplasiaandinvasiveadenocarcinomaoftheprostateGenesChromosomesCancer47565572。遺伝子損傷を有する患者の割合とタンパク質レベルが低下した患者の割合との間の不一致について、考えられ得る説明がいくつか存在する。理論にとらわれずに、IHC法は、定量的又は半定量的とすることができ、解釈の相違は、異なる結果をもたらし得る。IHC法は、全種の完全長タンパク質機能性又は機能不全性を検出し、低いタンパク質レベルは、不安定化突然変異、miRNAの発現、又は共発現安定化タンパク質から起こり得る一方、十分な量のPTENタンパク質は、ホスファターゼドメインにおける点突然変異と共に観察され得るMaehamaTの文献PTENその分解及び腫瘍形成PTENitsderegulationandtumorigenesis、及びYimEKPengGDaiHらの文献Rakは、PTENタンパク質の安定性及び機能を調節することによって腫瘍抑制因子として機能するRakfunctionsasatumorsuppressorbyregulatingPTENproteinstabilityandfunction又は自動定量分析腎細胞癌におけるmTOR経路の予後の関連性:標的治療ついての分子による患者選択の意義PrognosticrelevanceofthemTORpathwayinrenalcellcarcinomaimplicationsformolecularpatientselectionfortargetedtherapyCancer10922572267;及びHagerMらの文献腎細胞癌及び好酸性顆粒細胞腺腫におけるPTEN発現並びに予後PTENexpressioninrenalcellcarcinomaandoncocytomaandprognosisPathology39482485を参照されたい。2つのPTEN対立遺伝子が、10q23遺伝子座に存在する。多くの腫瘍では、両方の遺伝子座は、不活化のいくつかの機構の1つ、例えば、プロモーターメチル化、遺伝子欠失、又は突然変異の影響を受ける。PTEN遺伝子の対立遺伝子の両方がヒットし、従って機能性PTENタンパク質が最小限からゼロである腫瘍を確実に識別するPTENタンパク質発現におけるカットポイントが決定される。乳癌では、突然変異、遺伝子欠失、及びmiRNAもしくは後成的サイレンシングによる転写下方制御を含め、PTENの機能喪失の複数の機構が実証された。乳癌におけるPTENタンパク質のレベルの減少が、免疫組織化学IHCを使用して観察されている;様々な研究が、患者の15~48でPTENが減少していることを報告しているDepowskiPLRosenthalSI及びRossJSの文献PTEN遺伝子のタンパク質産物の発現消失は、乳癌の不良転帰に関連しているLossofexpressionofthePTENgeneproteinproductisassociatedwithpooroutcomeinbreastcancerModPathol14672676;BoseSらの文献染色体10q23の対立遺伝子の消失は、乳癌における腫瘍進行に関連しているAlleliclossofchromosome10q23isassociatedwithtumorprogressioninbreastcarcinomasOncogene1712312734;PerezTenorioGらの文献PIK3CA突然変異及びPTEN消失は、類似の予後因子に相関し、乳癌では相互に排他的ではないPIK3CAmutationsandPTENlosscorrelatewithsimilarprognosticfactorsandarenotmutuallyexclusiveinbreastcancerClinCancerRes1335773584;SaalLHらの文献PIK3CA突然変異は、ホルモン受容体、リンパ節転移、及びERBB2に相関し、ヒト乳癌におけるPTEN消失と相互に排他的であるPIK3CAmutationscorrelatewithhormonereceptorsnodemetastasisandERBB2andaremutuallyexclusivewithPTENlossinhumanbreastcarcinomaCancerRes6525542559;及びPerrenAらの文献乳房の原発性管腺癌におけるPTEN発現消失の免疫組織化学的証拠ImmunohistochemicalevidenceoflossofPTENexpressioninprimaryductaladenocarcinomasofthebreastAmJPathol15512531260。不活化の機構としての様々なPTENの突然変異、遺伝子欠失、及び後成的事象は、腫瘍生物学の興味深い研究を提示し、これらの不活化機構の変更可能な組み合わせが、観察されたPTEN発現の減少に関する既刊文献の多様性の一因である可能性が高い。PTEN遺伝子における突然変異は、悪性腫瘍、例えば、子宮内膜癌及びグリア芽腫ではかなり一般的である;しかしながら、このような突然変異は、乳癌患者の約5でしか見られない。これらの突然変異の殆どは、PTEN遺伝子が翻訳され得る能力を維持している場合、不安定なタンパク質を頻繁にもたらすフレームシフト突然変異である。対照的に、乳癌におけるPTEN不活化の主要な機構は、PTEN遺伝子の欠失であると思われる。遺伝子消失や突然変異以外のPTEN消失の複数の別の機構が同定されており、これらの機構は、腫瘍における第2の非欠失対立遺伝子の調節異常の機構である場合が多い。転写レベルにおいて、プロモーターメチル化による後成的サイレンシング、又はmiRNA発現例えば、miR21が説明されている。PTEN発現を減少させる別の機構は、PTENをリン酸化し、従ってユビキチン介在性分解からPTENを保護する安定化タンパク質、例えば、Rakを消失させる。本発明の実施に使用される、PTENタンパク質の発現を評価する代替の方法も考えられる。定量的方法、例えば、逆相タンパク質マイクロアレイ技術又は定量的IHC法は、標準的なIHCでは検出されない、タンパク質レベルの僅かな変化を検出することができる。これらの方法は、PTENタンパク質レベルの解釈と遺伝学との間の良好な一致を示しているYimEらの文献Rakは、PTENタンパク質の安定性及び機能を調節することによって腫瘍抑制因子として機能するRakfunctionsasatumorsuppressorbyregulatingPTENproteinstabilityandfunctionCancerCell15304314;StemkeHaleKらの文献乳癌におけるPIK3CA、PTEN、及びAKT突然変異の統合的なゲノムプロテオーム解析AnintegrativegenomicandproteomicanalysisofPIK3CAPTENandAKTmutationsinbreastcancerCancerRes6860846091;ZhouJらの文献乳癌幹様細胞におけるPTENmTORSTAT3経路の活性化は生存と維持に必要であるActivationofthePTENmTORSTAT3pathwayinbreastcancerstemlikecellsisrequiredforviabilityandmaintenanceProcNatlAcadSciUSA1041615816163。これらの新規な定量的タンパク質測定法は、保存されたサンプルに適用可能であり、このようなアッセイは、基本的な経路生物学の研究において、標準的なIHCと比較してより信頼性が高いであろう。代替の定量的方法、例えば、RPPAもまた、PTENタンパク質発現スコアのカットポイントの開発を必要とする。実施例1本発明は、乳癌患者の治療を決定する方法に関する。全組織切片を患者から得て、PTENタンパク質のC末端ドメインを認識する抗体を使用して、PTENタンパク質の発現を調べるために免疫組織化学IHCにより該組織切片を染色する。染色組織のデジタル画像を得て、サンプルにおける腫瘍細胞と正常組織細胞を識別する。腫瘍細胞発現OD値を得、そして正常な良性発現OD値を得る。腫瘍細胞におけるPTENタンパク質発現ODと正常組織細胞におけるPTENタンパク質発現ODとの比較により、正規化PTENスコアPTEN腫瘍細胞ODPTEN正常組織ODが得られる。正規化PTENスコアは、一般に0~1の範囲となる。正規化PTENスコアに基づいて、患者は、PTENオフ、PTEN減少、又はPTENオンに分類される。正規化PTENスコアが0の患者は、PTENオフに分類される。PTENヌルの臨床指定分類には、PTENタンパク質を全く発現しない患者、及びIHCによって検出できないほどPTENタンパク質発現OD値が低い患者正規化PTENスコアが0又はPTENオフが含まれる。正規化PTENスコアが0よりも大きいが015未満である又は正常組織発現OD値の15未満であるPTEN腫瘍発現OD値を有する患者は、PTEN減少に分類される。PTENオフ群及びPTEF減少群は共に、2つのPTEN対立遺伝子のヒットによるPTEN遺伝子機能のほぼ完全な喪失と相関する。PTEN対立遺伝子の少なくとも一方の正常な機能は、少なくとも015の正規化スコアをもたらす。正規化PTENスコアが少なくとも015である患者は、PTENオンに分類される。PTENヌルPTENオフもしくはPTEN減少に分類されているか、又は015未満の正規化PTENスコアを有すると識別された患者は、ネラチニブで治療し、PTENオンと識別された患者は、異なる治療法で治療することができる。実施例2PTEN間質良性手動スコア及びPTEN腫瘍手動スコアを、病理学者が標準的な半定量的方法を使用して決定した。PTEN間質ODスコア及びPTEN腫瘍ODスコアを、デジタル画像システム、例えば、Aperioデジタル画像システムを用いて決定した。Aperioデジタル画像システムは、組織の光学濃度OD及び選択される染色パラメータを生成する。良性細胞すなわち、間質細胞及び腫瘍細胞は、通常は同じ組織切片に含まれている。正規化PTEN比スコアを、腫瘍細胞で得られたPTENODスコアを間質細胞で得られたPTENODスコアで除して求めた。27人の患者群のPTENスコア及び比を表Aに示す:本発明によって定義されるカットポイントにより、各患者サンプルをPTENオフPTEN比スコアが0、PTEN減少PTEN比スコアが0よりも大きいが015未満、及びPTENオンPTEN比スコアが015以上として識別することができる。PTENヌルPTENオフもしくはPTEN減少に分類されているか、又は015未満のPTEN比スコアを有する-表Aではが付されていると識別された患者は、panErbBチロシンキナーゼ阻害剤、例えば、ネラチニブで治療する。PTENオンと識別された患者は、様々な治療、例えば、トラスツズマブで治療することができる。本明細書で言及した全ての出版物及び特許出願は、本発明の属する分野の技術者のレベルを示すものである。本明細書で言及した全ての出版物及び特許出願は、個々の出版物及び特許出願が具体的かつ個別に引用によって本明細書中に組み込まれるのと同程度に、引用によって本明細書中に組み込まれるものとする。本発明は、理解しやすいようにするために説明及び例によってかなり詳細に説明したが、添付の特許請求の範囲内で特定の変更及び修正を加えることができる。