生体試料中のSrcタンパク質の濃度を測定する方法であって、質量分析法を使用して前記生体試料から調製されたタンパク質消化物中にSrc由来の少なくとも1つのフラグメントペプチドを検出し、前記試料中のSrcタンパク質の濃度を算出することを含み、前記Srcタンパク質の測定濃度が独立して相対的濃度または絶対定量濃度から選択される方法。前記ペプチドの検出前に前記タンパク質消化物を分画する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。前記分画工程がゲル電気泳動法、液体クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動法、ナノ逆相液体クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、等電分離クロマトグラフィーまたは逆相高速液体クロマトグラフィーからなる群から選択される、請求項2に記載の方法。前記生体試料の前記タンパク質消化物がLiquidTissue登録商標プロトコールおよび試薬により調製される、請求項1に記載の方法。前記タンパク質消化物がプロテアーゼ消化物を含む、請求項1に記載の方法。前記タンパク質消化物がトリプシン消化物を含む、請求項5に記載の方法。前記タンパク質消化物が2つ以上のプロテアーゼを含み、前記プロテアーゼの1つがトリプシンであり、またはトリプシンでない、請求項5に記載の方法。質量分析法はタンデム質量分析法を含む、請求項1に記載の方法。前記使用される質量分析法の様式が選択反応モニタリングSRM、高解像度選択反応モニタリングhSRM、多重選択反応モニタリングmSRM、多重反応モニタリングMRMおよび/または選択イオンモニタリングSIMである、請求項1および8に記載の方法。Srcフラグメントペプチドが、表1に示されているように、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15および配列番号16に示されるアミノ酸配列を含む、請求項1または請求項9に記載の方法。Srcペプチド同定および特徴がその特定の単同位体質量、特定の前駆体電荷状態、電荷比に対する特定の前駆体質量m/z、特定の生成物移動イオンm/zおよび特定のイオン型により表1に示されている様に、最適ペプチドにおいて定義される、請求項10に記載の方法。前記生体試料が血液、尿、血清、腹水、唾液、細胞または組織を含む、請求項1に記載の方法。前記組織がホルマリン固定組織である、請求項12に記載の方法。前記組織がパラフィン包埋組織である、請求項12または請求項13に記載の方法。前記組織が腫瘍から得られる、請求項12に記載の方法。前記腫瘍が原発性腫瘍から得られる、請求項15に記載の方法。前記腫瘍が続発性腫瘍から得られる、請求項15に記載の方法。さらにSrcフラグメントペプチド1つまたは複数を定量化することを含む、請求項1に記載の方法。Srcフラグメントペプチドの定量化は、約8~約15、約8~約25、約8~約35、約8~約45、約12~約15、約12~約25、約12~約35、約12~約45、約15~約20、約15~約25、約15~約35、約15~約45、約20~約25、約20~約35、約20~約45のSrcのアミノ酸残基からなる群から選択される範囲の長さを有するアミノ酸配列に対応するSrcフラグメントペプチドの量および、1つの試料中の配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15および配列番号16に示される各ペプチドの分析において同定された移動イオンと、様々な別個の原発性および/または続発性腫瘍1つまたは複数由来の様々な別個の生体試料中の同じSrcフラグメントペプチドの量を比較することを含む、請求項18に記載の方法。Srcフラグメントペプチドの定量化は、Srcフラグメントペプチドの量と、既知の量の内部標準物質のペプチドを比較することを含み、前記生体試料中のペプチドおよび前記内部標準物質のペプチドはともに約8~約15、約8~約25、約8~約35、約8~約45、約12~約15、約12~約25、約12~約35、約12~約45、約15~約20、約15~約25、約15~約35、約15~約45、約20~約25、約20~約35、約20~約45のSrcのアミノ酸残基からなる群から選択される範囲の長さを有する同じアミノ酸配列および配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15および配列番号16に示される各最適ペプチドの分析において同定された移動イオンに対応する、請求項18に記載の方法。前記内部標準物質のペプチドが同位体的に標識されたペプチドである、請求項20のいずれかに記載の方法。前記同位体的に標識された内部標準物質のペプチドが18O、17O、34S、15N、13C、2Hまたはその組み合わせから選択される1つ以上の重安定同位体を含む、請求項21に記載の方法。さらに、被検体から前記生体試料を得ることを含み、前記タンパク質消化物中の前記Srcフラグメントペプチドの検出がSrcタンパク質の存在および前記被検体のがんとの関連を示す、請求項1に記載の方法。さらに、前記Srcフラグメントペプチドの検出量および定量と前記がんの診断的病期/グレード/状態を相関させることを含む、請求項23に記載の方法。Srcフラグメントペプチドを検出および定量化し、前記がんの診断的病期/グレード/状態を示すことは、他のタンパク質由来の他のペプチドを検出し、定量化することと多重に組み合わせることができ、そうして組み合わせた場合、前記がんの診断的病期/グレード/状態についてのさらなる情報を提供する、請求項23に記載の方法。さらに、前記タンパク質消化物中のSrcフラグメントペプチドの存在、非存在または定量化濃度に基づき前記被検体の治療を選択することを含む、請求項18~23のいずれか1つに記載の方法。さらに、特にSrcタンパク質またはSrcタンパク質の濃度を標的とした治療有効量の治療薬を投与することを含み、治療に使用される1つまたは複数の薬剤または前記1つまたは複数の薬剤の量に関する治療決定は、前記生体試料のSrcフラグメントペプチドの特定の濃度に基づく、請求項18~23のいずれか1つに記載の方法。治療薬が、特にSrcタンパク質に結合し、前記Srcの生物活性を阻害するものを含む、請求項27に記載の方法。Srcフラグメントペプチドを検出および定量化することは、他のタンパク質由来の他のペプチドを検出し、定量化することと多重に組み合わせることができ、そうして治療に使用される1つまたは複数の薬剤および/または前記1つまたは複数の薬剤の量に関する治療決定が前記生体試料の他のペプチド/タンパク質と組み合わせてSrcフラグメントペプチドの特定の濃度に基づく、請求項26~28に記載の方法。前記生体試料がLiquidTissue登録商標のプロトコールおよび試薬によるSrcフラグメントペプチドの定量分析において処理されているホルマリン固定の腫瘍組織である、請求項12および18に記載の方法。前記生体試料がホルマリン固定組織の試料であり、LiquidTissue登録商標のプロトコールがa80°C~100°C、10分~4時間にてホルマリン固定生体試料および反応緩衝液を含む組成物を加熱し、前記生体試料中に架橋しているタンパク質を反転または放出し、b得られた組成物を、トリプシン、キモトリプシンおよびエンドプロテイナーゼLys-Cからなる群から選択される、有効量のタンパク質分解酵素で30分間~24時間、37°C~65°Cにて処理し、前記生体試料の組織および細胞構造を破壊し、前記試料を液体化し、それによりタンパク質分析に適切な液状、可溶性、希釈可能な生体分子溶解物を生成し、前記溶解物のタンパク質量が前記生体試料のタンパク質総量を表す、請求項4に記載の方法。原則として、例えば、特異性が知られているプロテアーゼ例えば、トリプシンで消化することによるSrcタンパク質由来の予測ペプチドを代理レポーターとして使用し、質量分析系SRMアッセイに使用して、試料中のSrcタンパク質の存在量を決定することができる。同様に、Srcタンパク質の修飾の可能性のあることが知られている部位にアミノ酸残基を含有する予測ペプチド配列を試料中のSrcタンパク質の修飾範囲をアッセイするために使用し得る可能性もある。しかし、本発明者らは、多くの潜在的ペプチド配列が質量分析系SRMアッセイの使用に適切でないまたは効果がないことを発見したことに驚いている。ペプチドは、例えば、質量分析法による検出が困難であり、または親タンパク質由来のペプチドを得るために使用された条件に不安定であり得る。これは特に、米国特許第7473532号にあるLiquidTissue登録商標プロトコールを使用してホルマリン固定組織から調製されたタンパク質溶解物を調べる場合に見出される。Srcタンパク質の信頼性があり、正確なSRMアッセイを開発するために、実際のLiquidTissue登録商標溶解物中の好ましい修飾および非修飾ペプチドを実験的に同定することが有利であるとわかったことは予想外であった。ホルマリン固定組織のタンパク質の存在または非存在および/またはタンパク質の量を同定するなど本明細書に記載の質量分析法例えば、SRMの使用に好ましい修飾および非修飾ペプチドを、最適ペプチドと以下で称する。一般に、ペプチドは、ホルマリン固定の患者組織から得られた細胞から調製された複合LiquidTissue登録商標溶解物内のタンパク質のプロテアーゼ消化の経過において、Srcタンパク質から得られた。次いで、LiquidTissue登録商標溶解物を質量分析法により分析し、質量分析法で検出、分析に好ましいSrcタンパク質由来のこのようなペプチドを決定したすなわち、最適化された好ましい修飾および非修飾ペプチド。その結果を使用し、質量分析の適合性において選択された好ましいペプチドの特定の部分集合を同定する。使用される手法により、最も効率よくイオン化するペプチドまたはペプチドフラグメントの実験による決定が可能となり、得られたペプチド移動フラグメントイオンに適したデータが提供され、また、このイオンはホルマリン固定の患者組織由来のLiquidTissue登録商標調製物において同定および定量化されることができる。次いで、好ましい、または最適なペプチドおよび得られた移動フラグメントの存在を確認するために、これらの結果と、同じプロテアーゼ1つまたは複数で消化している組み換えタンパク質の質量分析により得られた結果を比較することができる。質量分析の適合性に加え、標識型の好ましいまたは、より具体的に最適なペプチドの、LiquidTissue登録商標調製物プロトコールに使用される条件に耐えるための能力は、質量分析例えば、SRMにより組織を定性的または定量的に分析するために好ましいまたはホルマリン固定の組織を使用する場合、最適であるペプチドにおいて重要な決定因子である。この後者の特性は、ペプチドのアミノ酸配列だけでなく、試料調製中の修飾形態におけるペプチド内の修飾残基の生存能にも依存する。以下に記載のアッセイ法を使用し、Srcタンパク質由来のペプチドを同定することができ、これらのペプチドは、患者試料、より具体的にはホルマリン固定組織由来の患者試料のタンパク質発現または修飾を質量分析系SRMアッセイにより同定および定量化するために好ましく、または最適である。Srcタンパク質由来のペプチドを同定するアッセイ法1.Srcタンパク質に好ましいまたは最適なフラグメントペプチド1つまたは複数の同定a.プロテアーゼ1つまたは複数を使用してトリプシンを含み得る、または含まない、LiquidTissue登録商標試薬およびプロトコールで精製Srcタンパク質を処理し、Srcタンパク質を消化する。タンデム質量分析法により、一部の例えば、10、20、30または40、ほとんどの例えば、50、60、70、80、90、95、98または99または全ての得られたタンパク質フラグメントを分析し、Srcタンパク質由来の全てのフラグメントペプチドを同定するが、この場合、個々のフラグメントペプチドはリン酸化またはグリコシル化などの何らかのペプチド修飾を含有しない。b.トリプシンを含み得る、または含まない精製Srcタンパク質を調製する場合に利用される同じプロテアーゼ1つまたは複数を使用して、ホルマリン固定の生体試料からLiquidTissue登録商標タンパク質溶解物を調製し、ほとんどの、または全てのタンパク質を消化する。タンデム質量分析法により混合物の一部の、ほとんどの、または全てのタンパク質から得られた一部の、ほとんどの、または全てのタンパク質フラグメントを分析し、特にSrcタンパク質由来の一部の、ほとんどの、または全てのフラグメントペプチドを同定するが、この場合、個々のフラグメントペプチドはリン酸化またはグリコシル化などの何らかのペプチド修飾を含有しない。タンデム質量分析法により一部の、ほとんどの、または全てのタンパク質から得られる一部の、ほとんどの、または全てのタンパク質フラグメントを分析し、例えば、リン酸化またはグリコシル化された残基などのペプチド修飾を実施するSrcタンパク質由来の一部の、ほとんどの、または全てのフラグメントペプチドを同定する。c.全長、つまり完全長のSrcタンパク質から、特定の消化方法により生成された一部の、ほとんどの、または全てのペプチドを測定することができる可能性があるが、好ましいペプチドは、精製タンパク質の分析から質量分析により同定されたペプチドであり、さらに、病理組織学的に固定された生体試料から調製された複合LiquidTissue登録商標タンパク質溶解物において直接同定されたペプチドである例えば、最適ペプチドは、組織がホルマリン固定される場合に測定することができる。翻訳後修飾されたペプチドおよびそれらの特異的フラグメントの特徴は、好ましい、または最適なペプチドと考えられることができ、修飾ペプチドの相対濃度がSrcタンパク質の未修飾ペプチドの相対量を決定するのと同じ方法で決定される場合に分析することができる。2.Srcタンパク質由来のフラグメントペプチドの質量分析アッセイa.Srcタンパク質由来のLiquidTissue登録商標溶解物において同定されたそれぞれ個々の好ましい、または最適なフラグメントペプチドの選択反応モニタリングSRMつまり多重反応モニタリングMRMとも知られるアッセイを、三連四重極質量分析計で行い、以下のように進めることができる:i.ゲル電気泳動法、液体クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動法、等電分離クロマトグラフィー、ナノ逆相液体クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、または逆相高速液体クロマトグラフィーを含むがそれらに限定されない少なくとも1つの適切な分画方法における、Srcの各フラグメントペプチドの保持時間を決定する。ii.適切なフラグメント移動イオンを同定し、病理組織学的に固定された組織例えば、ホルマリン固定組織から調製されたLiquidTissue登録商標試料に使用する、反復分析中の最大信号/ノイズの比および/または最小標準偏差に基づき、1つ以上のフラグメントペプチドをモニターする。b.SRM/MRM分析を行い、そうしてSrcタンパク質のフラグメントペプチド1つまたは複数の量がSRM/MRM質量分析からの特定のピーク面積または適切な場合は高さの関数として検出され、これが具体的なLiquidTissue登録商標溶解物の相対的および絶対タンパク質の量をともに反映する。i.相対的定量化は以下により得られる:フラグメントペプチドの例えば、電気泳動、クロマトグラフィーのピーク面積と、様々な、別個の生体源由来の他の試料中の他のタンパク質由来の同じフラグメントペプチドまたは他のフラグメントペプチドのピーク面積を比較するが、この場合、ペプチドフラグメントの試料間のクロマトグラフィーピーク面積比較を、各試料で分析されたタンパク質量に正規化する。所与のフラグメントペプチドの分離ピーク面積と、同じ試料内の様々なタンパク質由来の他のフラグメントペプチドからの分離ピーク面積の比較を行い、一タンパク質濃度の、様々な条件下例えば、細胞条件において発現レベルが変化しない他のタンパク質濃度への変化を正規化することができる。相対的定量化を未修飾フラグメントペプチドおよび修飾フラグメントペプチドに行うことができ、この場合、修飾はリン酸化および/またはグリコシル化を含むがそれらに限定されず、修飾ペプチドの相対濃度を未修飾ペプチドの相対量を決定するのと同じ方法で決定する。ii.所与のペプチドの絶対定量化は、個々の生体試料中の所与のフラグメントペプチドのピーク面積と、生体試料由来のタンパク質溶解物にスパイクしたフラグメントペプチドの内部標準物質のピーク面積を比較することにより得られる。所与のペプチドおよび試料にスパイクした標準物質の分析を同時に行うことができる。内部標準物質は、調べているフラグメントペプチドの正確なアミノ酸配列からなる標識型例えば、標識合成型であってよい。標識された標準物質を既知の量の試料にスパイクし、フラグメントペプチドの内部標準物質の、および生体試料中の天然のフラグメントペプチドの各クロマトグラフィーピーク面積をそれぞれ決定後、各ピーク面積を比較し、スパイクしたペプチド標準物質の絶対量と比較した場合に天然ペプチドの絶対量を得ることができる。絶対的定量化を未修飾フラグメントペプチドおよび修飾フラグメントペプチドに行うことができ、この場合、修飾はリン酸化および/またはグリコシル化を含むがそれらに限定されず、修飾ペプチドの絶対濃度を未修飾ペプチドの絶対濃度を決定するのと同じ方法で決定することができる。3.フラグメントペプチド定量化とがん診断および/または治療の関連付けa.Srcタンパク質のフラグメントペプチド濃度の相対的および/または絶対定量化を行い、その結果と患者腫瘍組織のがんの病期/グレード/状態を関連付け、かつ/または、b.Srcタンパク質のフラグメントペプチド濃度の相対的および/または絶対定量化を行い、特異的および様々な治療方法と相関させるが、この場合、この相関が例証されており、または今後例証され、患者およびこれらの患者由来の組織のコホートにおける相関研究により様々な治療方法に対する予後と相関させることができる。これまでに確立された相関をこのアッセイで確認し、または新たな相関を確立した場合、このアッセイ法を使用して、患者組織のSrcタンパク質の定量的結果と、より有効な患者の治療方法を関連付けることができる。