"哺乳類乳癌の予後の判定方法であって、a分子マーカーであるAAMP、AMFR、Bmp8、BMP9、ベータカテニン、CAR、Creb12、DRIM、EHMS、エンドムスチン2、FAK、FAP、アイソトポ1、Kiss1/ck19、Notch1、PAR1A、Par1A2、PLC-デルタ、Psoriasin、PTTG1、RhoC、Rock1、SDF1、SST1、ST15、TEM6、およびTEM7Rをコードする遺伝子の発現レベルを測定するために、個体からの乳癌組織の試料を検査することと、b該マーカーについて高レベルの発現が測定される場合、c前記組織の試料を採取した前記個体の癌再発可能性が高いと結論づけることを含む方法。aの部分は、分子マーカーであるアンジオテンシン2R1、ATF4、Bmp10、CASM、カセプシンS、CX43、エラスターゼPMN、GIRK、HAVR1、HIN、アイソトポ3、Kiss1、LOX12、NOS3、PMSA、S100A4、SEMP1、TACC2、ユビキチン、WISP2のうちの少なくとも1つをコードする遺伝子の発現レベルを測定することをさらに含む、請求項1に記載の方法。前記aの部分は、分子マーカーであるBmp3、IL22R、IL24、JAK1、PTP-RK、Rho8/GdiG、Snail、およびWASPをコードする遺伝子の発現レベルを測定することをさらに含み、b該マーカーについて低レベルの発現が測定される場合、c前記組織の試料を採取した個体の癌再発可能性が高いと結論づける、請求項1または2に記載の方法。aの部分は、分子マーカーであるATF3、Bmp4、BMPR1A、MEN1、パラセリンのうちの少なくとも1つをコードする遺伝子の発現レベルを測定することをさらに含む、請求項3に記載の方法。哺乳類乳癌の予後の判定方法であって、a分子マーカーであるBAF57、BNDF、CAR1、CASM、カセプシン-L、Creb1/2、CXCR10、DRIM、HERG、IL7R、IL-11、Kiss1、MKK1、PMNエラスターゼ、PTTP1、SDF5、TACC2、ユビキチン、VIPR1、およびVUDPをコードする遺伝子の発現レベルを測定するために、個体からの乳癌組織の試料を検査することと、b該マーカーについて高レベルの発現が測定される場合、c前記組織の試料を採取した前記個体が転移型の癌を有すると結論づけることを含む方法。aの部分は、分子マーカーであるアンジオモチン、BMP7、サイクリンD1、DNAリガーゼ-1、IGFBP7、LYVE1、NET2、RHO8、SRBC、Stath4、トランスグルタミナーゼTGAse-3、ビンクリン、WAVE2のうちの少なくとも1つをコードする遺伝子の発現レベルを測定することをさらに含む、請求項5に記載の方法。aの部分は、分子マーカーであるパラセリンをコードする遺伝子の発現レベルを測定することをさらに含み、b該マーカーについて低レベルの発現が測定される場合、c前記組織の試料を採取した前記個体が転移型の癌を有すると結論づける、請求項5または6に記載の方法。aの部分は、分子マーカーであるALCAM、Eplin、ERベータ、Glypic3、JAK1、MAGI-1、PEDF、PKC-イータ、Stathlin、WWOXのうちの少なくとも1つをコードする遺伝子の発現レベルを測定することをさらに含む、請求項7に記載の方法。前記癌組織はヒト由来である、請求項1から8のいずれか1つに記載の方法。前記癌組織は女性由来である、請求項1から9のいずれか1つに記載の方法。前記発現のレベルは、RNAまたはmRNAの存在を分析することにより決定される、請求項1から10のいずれか1つに記載の方法。前記発現のレベルは、分子マーカーによってコードされるタンパク質に対しての分析によって決定される、請求項1から11のいずれか1つに記載の方法。前記方法は、関連タンパク質に結合し、該タンパク質を同定する物質を使用することを伴う、請求項12に記載の方法。前記物質は抗体である、請求項13に記載の方法。部分aの実施前に、選択されたマーカーを増幅する、請求項1から10のいずれか1つに記載の方法。前記マーカーはPCRによって増幅されることを特徴とする請求項15に記載の方法。所与の分子マーカーの発現レベルは、対照試料を考慮して決定されるとともに、前記対照試料は、癌を有しない乳房組織の試料、癌が存在しない個体から採取した乳房組織の試料、または、正常な個体における各関連分子マーカーの発現の、認識されている標準のいずれかである、請求項1から16のいずれか1つに記載の方法。哺乳類の乳癌の予後を判定するキットであって、aAMFR、AAMP、ベータカテニン、Bmp8、BMP9、CAR、Creb12、DRIM、EHMS、エンドムスチン2、FAK、FAP、アイソトポ1、Kiss1/ck19、Notch1、PAR1A、Par1A2、PLC-デルタ、Psoriasin、PTTG1、RhoC、Rock1、SDF1、ST15、SST1、TEM6、およびTEM7Rからなるマーカー組内の各遺伝子からの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または測定方法を示す、試薬および説明書とを含むキット。前記キットは、aアンジオテンシン2R1、ATF4、Bmp10、CASM、カセプシンS、CX43、エラスターゼPMN、GIRK、HAVR1、HIN、アイソトポ3、Kiss1、LOX12、NOS3、PMSA、S100A4、SEMP1、TACC2、ユビキチン、WISP2からなるマーカー組内の少なくとも1つの遺伝子による少なくとも1つの転写産物、および/またはBmp3、IL22R、IL24、JAK1、PTP-RK、Rho8/GdiG、Snail、およびWASPからなるマーカー組内の各遺伝子による少なくとも1つの転写産物、および/またはATF3、Bmp4、BMPR1A、MEN1、パラセリンからなるマーカー組内の少なくとも1つからの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または測定方法を示す、試薬および説明書とをさらに含むことを特徴とする請求項18に記載のキット。哺乳類の乳癌の予後を判定するキットであって、aBAF57、BNDF、CAR1、CASM、カセプシン-L、Creb1/2、CXCR10、DRIM、HERG、IL7R、IL-11、Kiss1、MKK1、PMNエラスターゼ、PTTP1、SDF5、TACC2、VIPR1、VUDP、およびユビキチンからなるマーカー組内の各遺伝子からの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または測定方法を示す、試薬および説明書とを含むキット。前記キットは、aアンジオモチン、BMP7、サイクリンD1、DNAリガーゼ-1、IGFBP7、LYVE1、NET2、RHO8、SRBC、Stath4、トランスグルタミナーゼTGAse-3、ビンクリン、WAVE2からなるマーカー組内、および/またはパラセリンからなるマーカー組内の少なくとも1つの遺伝子からの少なくとも1つの転写産物、および/またはALCAM、Eplin、ERベータ、Glypic3、JAK1、MAGI-1、PEDF、PKC-イータ、Stathlin、WWOXからなるマーカー組内の少なくとも1つからの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または測定方法を示す、試薬および説明書とをさらに含む、請求項20に記載のキット。生存可能性および/または乳癌の再発および/または患者内の癌の転移性を判定するキットであって、a請求項1~8に記載の分子マーカーを含む分子マーカーの組を同定するための少なくとも1組のプローブからなる少なくとも1つのマイクロアレイと、随意で、b癌を有しない個体または穏やかな予後を有する患者のいずれかにおける前記マーカーの発現レベルを示す内部標準において、同じ分子マーカーの組を同定するための複数のプローブからなる第2のマイクロアレイとを含むキット。請求項22に記載のマイクロアレイ。請求項18から21のいずれか1つに記載のプローブ組。よって、我々は、比較的容易に実施でき、効率的に実行でき、疾病の起こりそうな結果を正確に示す、所与の乳癌の予後を判定するための方法を開発した。我々の方法は、少ないが高い指示性を有し、したがって所与の癌の起こりうる結果を判定する際に特に正確なマーカー試料を使用する。さらに、我々の方法は、次の3つの要素に分割することができる。第1の要素は、乳癌の診察に来た個体の生存可能性を予測することであり、第2の要素は、乳癌の診察に来た個体における癌の再発の可能性を予測することであり、第3の要素は、癌の転移特性を予測することである。当業者には明らかであるように、第2の要素は、乳癌の診察に来た患者の無発症生存可能性を示し、第3の要素は、疾病の侵攻性を示す。まとめると、我々は、所与の乳癌の予後の判定するときに関連性を有する複数の分子サインを同定した。各分子サインは、その発現レベルが穏やかな予後後述の患者からの組織に関して高いか低いかのいずれかであり、所与の結果を示す、複数の遺伝的マーカーからなる。これに加えて、我々は、どの遺伝マーカーが所与の疾病の結果に対して最良の指標となるか、すなわち、分子サインの予測能力に最も寄与するかを同定するために、各分子サインについて分析した。このマーカーのサブセットは、正確な分子サインとして、まとめて知られる。たとえば、高発現が低生存率と相関する2組の分子マーカーからなる第1の分子サインが提供され、第1の組は、本願においては、第1の一次分子サイン[組A]AMF、ATF4、Cyr61、ER、マトリプターゼMatriptase2、MET、MLN64、MMP7、ネクチンNectin4、PAR1A、Psoriason、Pttg1、Rho-C、Scotin、SDF1、SEMP1、SPF45、SST1、ST15、TACC2、TBD10、TCF2、TEM6、TEM7R、ZO-3と総称される、低生存率の最も統計的に有意な指標である分子マーカーを含み、第2の組は、前記のものに加えて、第1の二次分子サイン[組B]バシジンBasigin、ベータカテニンBeta-catenin、BMP1、BMP10、カルパインラージCalpainlarge、CD44、CX43、サイクリンcyclinD2、EHMS、FAK、FAP、GIRK、HAVR1、アイソトポIsotopo3、JAK1、LOX12、NET-2、PAR1A2、PTHrP、Rho-G、S100A4、SPARC、TCF3、VECAD、Vilip、Wave2と総称される分子マーカーのうちの少なくとも1つを含む。上記および下記を参照願う。マーカーは、www.NCBI.LM.NIH.govデータベース上で完全な素性が入手できる命名済タンパク質が参照されるか、または当業者に周知である。本文中で用いる高または低発現とは、穏やかな予後を示すと推定される患者、すなわち標準予後指数であるノッティンガム予後指数NPIが3.4~5.4である患者における同一マーカーの発現レベルのことをいうが、ここで、NPI=0.2×腫瘍サイズ腫瘍グレード結節状態であり、NPI低は、3.4未満であり、86の患者が15年間生き延び、NPI中は、3.4~5.4であり、42の患者が15年間生き延び、NPI高は、5.4を超えるものであり、13の患者しか15年間生き延びられない。さらに、低発現が低生存率と相関する2組の分子マーカーからなる第2の分子サインが提供され、その第1の組は、本願においては、第2の一次分子サイン[組C]ARP2、Atf-3、HuR、MEN1、パラセリンParacellin、PTP-RKラディキシンRadixin、RHO8/gdiG-Ratioと総称される低生存率の最も統計的に有意な指標である分子マーカーを含み、第2の組は、前記のものに加えて、第2の二次分子サイン[組D]aMOT、Atf-1、Claudin-1、IL22R、Rock2、Veg1と総称される分子マーカーのうちの少なくとも1つを含む。さらに、高発現が低い癌無発症生存率と相関する2組の分子マーカーからなる第3の分子サインが提供され、その第1の組は、本願においては、第3の一次分子サイン[組E]AAMP、AMFR、Bmp8、BMP9、ベータカテニンBeta-catenin、CAR、Creb12、DRIM、EHMS、エンドムスチンEndomuscin2、FAK、FAP、アイソトポIsotopo1、Kiss1/ck19、Notch1、PAR1A、Par1A2、PLC-デルタdelta、Psoriasin、PTTG1、RhoC、Rock1、SDF1、SST1、ST15、TEM6、TEM7Rと総称される、低い癌無発症生存率の最も統計的に有意な指標である分子マーカーを含み、第2の組は、前記のものに加えて、第3の二次分子サイン[組F]アンジオテンシンAngiotensin2R1、ATF4、Bmp10、CASM、カセプシンcathepsinS、CX43、エラスターゼElastasePMN、GIRK、HAVR1、HIN、アイソトポIsotopo3、Kiss1、LOX12、NOS3、PMSA、S100A4、SEMP1、TACC2、ユビキチンUbiquitin、WISP2と総称される分子マーカーのうちの少なくとも1つを含む。さらに、低発現が低い癌無発症生存率と相関する2組の分子マーカーからなる第4の分子サインが提供され、その第1の組は、本願においては、第4の一次分子サイン[組G]Bmp3、IL22R、IL24、JAK1、PTP-RK、Rho8/GdiG、Snail、WASPと総称される、低い癌無発症生存率の最も統計的に有意な指標である分子マーカーを含み、第2の組は、前記のものに加えて、第4の二次分子サイン[組H]ATF3、Bmp4、BMPR1A、MEN1、パラセリンParacellinと総称される、分子マーカーのうちの少なくとも1つを含む。さらに、高発現が転移性癌と相関する2組の分子マーカーからなる第5の分子サインが提供され、その第1の組は、本願においては、第5の一次分子サイン[組I]BAF57、BNDF、CAR1、CASM、カセプシンCathepsin-L、Creb1/2、CXCR10、DRIM、HERG、IL7R、IL-11、Kiss1、MKK1、PMNエラスターゼelastase、PTTP1、SDF5、TACC2、ユビキチンUbiquitin、VIPR1、VUDPと総称される、転移性癌の最も統計的に有意な指標である分子マーカーを含み、第2の組は、前記のものに加えて、第5の二次分子サイン[組J]アンジオモチンAngiomotin、BMP7、サイクリンcyclinD1、DNAリガーゼligase-1、IGFBP7、LYVE1、NET2、RHO8、SRBC、Stath4、トランスグルタミナーゼTGAse-3、ビンクリンVinculin、WAVE2と総称される、分子マーカーのうちの少なくとも1つを含む。最後に、さらに、低発現が転移性癌と相関する2組の分子マーカーからなる第6の分子サインが提供され、第1の組は、本願においては、第6の一次分子サイン[組K]パラセリンParacellinと総称される、転移性癌の最も統計的に有意な指標である分子マーカーを含み、第2の組は、前記のものに加えて、第6の二次分子サイン[組L]ALCAM、Eplin、ERベータbeta、Glypic3、JAK1、MAGI-1、PEDF、PKC-イータeta、Stathlin、WWOXと総称される分子マーカーのうちの少なくとも1つを含む。したがって、我々は、乳癌の予後診断における用途を有する、12組の6組の一次と6組の二次分子マーカーからなる少なくとも6つの分子サインを決定した。これらのサインの解明には、10年以上の研究が伴い、この間に我々は数百の乳癌組織の試料とさらに数百単位の遺伝的分子マーカーを体系的かつ注意深く調べてきた。しかしながら、この大きな労力を要する作業を終えたところで、我々は驚くべきことに、所与の乳癌組織の試料に対する正確な予後診断を行うためには、少数の遺伝子しか調べる必要はないことを見いだした。さらに驚くべきことに、我々の分子サインの予測結果に最も寄与する分子マーカーを同定することにより、この数をさらに減らすことができた。たとえば、転移性癌に関連する分子サインの場合、20または21遺伝子しか調べる必要がない。このことは、我々の方法が迅速な適用性をもち、臨床状況において迅速かつ常套的に実施可能であることを意味する。実際、我々が提案するのは、我々の方法が乳癌患者の標準的な治療形態の一部を成すことにより、関係する癌専門医が早期段階において特定の疾病の結果を判断し、それに応じた治療を行えるようにすることである。このように、たとえば、低生存率または結節転移の指標となるサインを示す個体の場合すなわち、癌が広がっている可能性のある、迅速かつ攻撃的な形の治療を処方する必要がある。同様に、個体が低い無病生存率の指標となるサインを示す場合、したがって、疾病の再発の可能性がより高い場合には、より頻繁な追跡訪問と検査が必要となる場合もある。反対に、個体が、転移が無いことの指標となるサインを示す場合には、癌専門医は、侵襲性と攻撃性のより少ない治療を処方して、患者を、不要な苦痛と望ましくない副作用から救うようにすることができる。したがって、我々の方法は、個体が各々の遺伝的構成に合わせられた治療を受けられるようにするだけでなく、必要な状態にある者だけに攻撃的な治療を処方することにより、治療中の患者の生活の質を改善することもできる。したがって、本発明の1つの態様において、哺乳類乳癌の予後の判定方法が提供され、該方法は、a組A内の分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定するために、個体からの乳癌組織の試料を検査することと、b該マーカーについて高レベルの発現が測定される場合、c組織の試料を採取した個体の生存可能性が低いと結論づけることを含む。本発明のさらなる好ましい実施形態において、前記方法は、そのaの部分において、当該遺伝子が高い発現レベルを有するかどうかを判定するために、組B内の少なくとも1つの分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、および/または当該遺伝子が抑制発現されているかを判定するために、組C内の分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、および/または、当該遺伝子が抑制発現されているかを判定するために、組D内の少なくとも1つの分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、上記発現パターンが確認された場合に、当該個体の生存可能性が低いと結論づけることをさらに含む。本発明のさらなる態様において、哺乳類乳癌の予後の判定方法が提供され、該方法は、a組C内の分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定するために、個体からの乳癌組織の試料を検査することと、b該マーカーについて低レベルの発現が測定される場合、c組織の試料を採取した個体の生存可能性が低いと結論づけることを含む。本発明のさらなる好ましい実施形態において、前記方法は、そのaの部分において、当該遺伝子が抑制発現されているか否かを判定するために、組D内の少なくとも1つの分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、されている場合、当該個体の生存可能性が低いと結論づけることを、付加的にまたは代替的に含む。本発明の本態様のさらなる好ましい実施形態において、前記方法は、そのaの部分において、当該遺伝子が過剰発現されているか否かを判定するために、組A内の遺伝子および/または組B内の少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを測定することと、されている場合、当該個体の生存可能性が低いと結論づけることをさらに含む。本発明のさらなる態様において、哺乳類乳癌の予後の判定方法が提供され、該方法は、a組E内の分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定するために、個体からの乳癌組織の試料を検査することと、b該マーカーについて高レベルの発現が測定される場合、c組織の試料を採取した個体の癌再発可能性が高いと結論づけることを含む。本文中で用いる癌再発という用語は、胸部内での局所的または遠隔部位における癌の再発、または転移を含む。本発明のさらなる好ましい実施形態において、前記方法は、そのaの部分において、当該遺伝子が高い発現レベルを有するかどうかを判定するために、組F内の少なくとも1つの分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、および/または当該遺伝子が抑制発現されているかを判定するために、組G内の分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定すること、および/または、当該遺伝子が抑制発現されているかを判定するために、組H内の少なくとも1つの分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、上記発現パターンが確認された場合に、当該個体の癌再発可能性が高いと結論づけることをさらに含む。本発明のさらなる態様において、哺乳類乳癌の予後の判定方法が提供され、該方法は、a組G内の分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定するために、個体からの乳癌組織の試料を検査することと、b該マーカーについて低レベルの発現が測定される場合、c組織の試料を採取した個体の癌再発可能性が高いと結論づけることを含む。本発明のさらなる好ましい実施形態において、前記方法は、そのaの部分において、当該遺伝子が抑制発現されているか否かを判定するために、組H内の少なくとも1つの分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、されている場合、当該個体の癌再発可能性が高いと結論づけることを、付加的にまたは代替的に含む。本発明の本態様のさらなる好ましい実施形態において、前記方法は、そのaの部分において、当該遺伝子が過剰発現されているか否かを判定するために、組E内の遺伝子および/または組F内の少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを測定することと、されている場合、当該個体の癌再発可能性が高いと結論づけることをさらに含む。本発明のさらなる態様において、哺乳類乳癌の予後の判定方法が提供され、該方法は、a組I内の分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定するために、個体からの乳癌組織の試料を検査することと、b該マーカーについて高レベルの発現が測定される場合、c組織の試料を採取した個体が転移型の癌を有すると結論づけることを含む。本発明のさらなる好ましい実施形態において、前記方法は、そのaの部分において、当該遺伝子が高い発現レベルを有するかどうかを判定するために、組J内の少なくとも1つの分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、および/または当該遺伝子が抑制発現されているかを判定するために、組K内の分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、および/または、当該遺伝子が抑制発現されているかを判定するために、組L内の少なくとも1つの分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、上記発現パターンが確認された場合に、当該個体が転移型の癌を有すると結論づけることをさらに含む。本発明のさらなる態様において、哺乳類乳癌の予後の判定方法が提供され、該方法は、a組K内の分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定するために、個体からの乳癌組織の試料を検査することと、b該マーカーについて低レベルの発現が測定される場合、c組織の試料を採取した個体が転移型の癌を有すると結論づけることを含む。本発明のさらなる好ましい実施形態において、前記方法は、そのaの部分において、当該遺伝子が抑制発現されているか否かを判定するために、組L内の少なくとも1つの分子マーカーをコードする遺伝子の発現レベルを測定することと、されている場合、当該個体が転移型の癌を有すると結論づけることを付加的にまたは代替的に含む。本発明の本態様のさらなる好ましい実施形態において、前記方法は、そのaの部分において、当該遺伝子が過剰発現されているか否かを判定するために、組I内の遺伝子および/または組J内の少なくとも1つの遺伝子の発現レベルを測定することと、されている場合、当該個体が転移型の癌を有すると結論づけることをさらに含む。本発明のさらなる態様において、前記すべての方法の任意の組み合わせが提供される。本発明の上記方法のそれぞれにおいて、分析は、理想的にはヒト乳癌組織、さらに好ましくは女性のヒト乳癌組織に対して行われる。本発明の上記方法のそれぞれにおいて、分析される組織の試料は、理想的にはRNAの存在、好ましくは全RNA、さらにより好ましくはmRNAの量について分析される。RNA含量を測定するために利用できる技術は周知であり、実際のところ、臨床診断分野の当業者によって常套的に実施されているものであることが当業者には明らかである。本発明の代替実施形態において、本方法は、分子マーカーのそれぞれによってコードされるタンパク質を分析することを包含し、したがって、典型的には、限定されるものではないが、当該タンパク質に結合する物質を使用して該タンパク質を同定することを包含する。一般的な物質は抗体であり、特に理想的には、有益には適切なタグによって標識され、結合した抗体の存在を判定できるようにしたモノクローナル抗体である。タンパク質同定のための分析の技術は、当業者によって周知であり、実際のところ、臨床診断の分野の従事者によって日常的に使用されているものである。さらに、本発明の方法は、選択されたマーカーをその同定前に増幅することを含んでもよく、この場合、典型的には、増幅は、該マーカーの存在と、増幅度を考慮した量とを決定する前に該マーカーを増幅させるために、関心のある分子マーカーに特異的なオリゴヌクレオチドプローブを用いたPCR反応によって行われる。本発明を行うさらなる好ましい方法において、所与の分子マーカーの発現レベルは、対照試料を考慮して決定され、対照試料は、癌を有さない乳房組織の試料であるか、ここで同定されるように穏やかな予後を示す患者に由来する試料である。より理想的には、乳房組織のこの試料は、この疾病を示さない個体から採取される。あるいは、対照は、正常な個体における各関連遺伝子の発現の、認識されている標準である。遺伝子発現のレベルは、Jiangら2003aまたはParrおよびJiang、2004に開示される方法を用いて、リアルタイム定量的PCRによって測定してもよい。生存可能性は、患者が今後10年間に生存するであろう可能性を意味する。再発可能性は、癌が10年以内に再発する可能性を意味する。転移型癌とは、その癌が元の器官または組織から、体の他の部位に広がるであろうことを意味する。本発明のさらなる態様によれば、前記方法の任意の1つ以上を実施するキットが提供され、前記キットは、a前記方法において記載される分子マーカーの少なくとも1組を検出する複数のプローブと、b随意で、前記プローブの使用に関する試薬および説明書とを含む。本発明のさらなる好ましい態様において、哺乳類の乳癌の予後を判定するキットが提供され、該キットは、a組A内の各遺伝子からの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または決定方法を示す試薬および説明書とを含む。本発明のさらなる実施形態において、前記キットは、a組C内の各遺伝子からの少なくとも1つの転写産物、および/または組BまたはD内の少なくとも1つの遺伝子からの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または決定方法を示す試薬および説明書とをさらに含む。本発明のさらなる好ましい態様において、哺乳類の乳癌の予後を判定するキットが提供され、該キットは、a組E内の各遺伝子からの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または決定方法を示す試薬および説明書とを含む。本発明のさらなる実施形態において、前記キットは、a組G内の各遺伝子からの少なくとも1つの転写産物、および/または、組FまたはH内の少なくとも1つの遺伝子からの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または決定方法を示す試薬および説明書とをさらに含む。本発明のさらなる好ましい態様において、哺乳類の乳癌の予後を判定するキットが提供され、該キットは、a組I内の各遺伝子からの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または決定方法を示す試薬および説明書とを含む。本発明のさらなる実施形態において、前記キットは、a組K内の各遺伝子からの少なくとも1つの転写産物、および/または、組JまたはL内の少なくとも1つの遺伝子からの少なくとも1つの転写産物を同定する複数のプローブと、b随意で、前記各遺伝子の発現レベルを測定するか、または決定方法を示す試薬および説明書とをさらに含む。本発明のさらなる態様によれば、前記分子マーカーを同定するために、前記プローブの組の任意の選択された組み合わせを含むキットが提供される。本発明のさらなる態様によれば、前記分子マーカーの組の任意の1つ以上の発現レベルを同定するために、前記プローブの組の任意の1つ以上を含むマイクロアレイが提供される。本発明の別の態様において、生存可能性、および/または、乳癌の再発、および/または、患者内の癌の転移性を判定するキットが提供され、該キットは、a上記方法に記載の分子マーカーの少なくとも1組を同定するための複数のプローブを含む少なくとも1つのマイクロアレイと、随意で、b前記マーカーの正常な発現レベルを示す内部標準において、同じ分子マーカーの組を同定するための複数のプローブを含む第2のマイクロアレイとを含む。本発明は、上述のようなマイクロアレイまたはプローブ組をも提供する。本発明は、表1~3および図1~4を参照して、以下の実施例によって説明する。組織と細胞乳房腫瘍組織および関連する正常組織は、外科手術後に迅速に回収し、使用まで冷凍した。これは、地元の倫理委員会の承認の下に、主に1991~1994年の間に行い、限られた数のものについては、1995~1996年の間に行った。本解析は、2004年6月における10年間の追跡の中央値に基づいている。本研究では、乳癌組織n=120と正常なバックグラウンド組織n=32とを用いた。ヒト乳癌細胞系列MCF-7およびMDAMB231、ヒト線維芽細胞系列MRC-5は、theEuropeanCollectionofAnimalCellCulturesECACCSalisburyEnglandから購入した。ヒト臍静脈内皮細胞HUVECは、TCSBiologicalsOxfordEnglandより購入した。外科手術の最中および後の病状についての情報、臨床情報、患者の臨床結果は、外科手術の直後または追跡のときに得た。組織処理乳房組織は凍結切片化した。切片は、常套的組織学に供する部分と、免疫組織化学に供する部分と、RNAの調製に供する部分との3つの部分に分割した。細胞および組織からのRNA抽出およびcDNA合成組織の凍結切片は、5~10μmの厚みに裁断し、免疫組織化学および常套的組織学のために保存したJiangetal2003a。さらに15~20枚の切片を手持ち式ホモジナイザーを用いて氷冷RNA抽出溶液中でホモジナイズした。RNAの濃度は、UV分光光度計を用いて決定した。逆転写は、AbGene商標によって供給されるアンカードオリゴdtプライマー付のRTキットを用いて、1μgの全RNAを用いて、96ウェルプレート中で行った。cDNAの質は、β-アクチンプライマーを用いて確認した。RNA抽出キットおよびRTキットは、AbGeneLtdSurryEnglandUKより得た。PCRプライマーは、BeaconDesignerCaliforniaUSAを用いて設計し、合成はInvitrogen商標LtdPaisleyScotlandUKで行われた。分子生物学グレードアガロースおよびDNAラダーは、Invitrogenより得た。常套的なPCRおよび定量的PCR用のマスターミックスはAbGeneより得た。遺伝的マーカーの定量分析上記調製したcDNAのCCNファミリーメンバーの転写産物のレベルは、以前に報告された方法Jiangetal2003aおよび2003bに修正を加えたAmplifuor商標技術Nazarenkoetal1997に基づいて、リアルタイム定量的PCRを用いて決定した。すなわち、BeaconDesignerソフトウェアバージョン2、CaliforniaUSAを用いてPCRプライマー対を設計した。プライマーの1つに対して、我々の研究室では常套的にアンチセンスプライマーに対して、ユニバーサルZプローブNazarenkoetal1997IntergenInc.EnglandUKに相補的なZ配列5’actgaacctgaccgtaca’3として知られる付加的配列を加えた。βアクチン検出用のTaqman商標検出キットは、Perkin-Elmer商標より購入した。反応は、ホットスタートQ-マスターミックスAbgene、10pmolの特異的順方向プライマー、1pmolのZ配列を有した逆方向プライマー、10pmolのFAM-標識プローブIntergenInc.、および約50ngRT反応における出発RNAから計算RNAからのcDNAを用いて行った。反応は、96反応のリアルタイム検出を可能にする光学ユニットを備えたIcyclerIQ商標Bio-Rad商標を用いて、94°C12時間、94°C15秒間と55°C40秒間と72°C20秒間からなるサイクルを50サイクルJiangetal2003b、2003c、ParrおよびJiang、2004の条件で行った。転写産物のレベルは、試料を用いて同時に増幅させた内部標準Jiangetal2003aから得た。結果は、等量のRNAに基づいた転写産物の濃度、または標的/CK19比の二通りの方法で示す。分子の適時免役組織化学的染色乳房腫瘍およびバックグラウンド組織の凍結切片は、クリオスタットを用いて6μmの厚みに裁断したJiangetal2003c。切片をスーパーフロストプラス顕微鏡スライド上に載せ、風乾し、50アセトンと50メタノールの混合物中で固定した。次に切片をOptimax洗浄バッファ中に5~10分間放置して再水和させた。切片を0.6BSAブロッキング溶液中で20分間インキュベートし、一次抗体を用いて検証した。よく洗浄した後、切片を二次ビオチン化抗体マルチリンクブタ抗ヤギ/マウス/ウサギ免疫グロブリン、DakoInc.中で30分間インキュベートした。洗浄に続いて、AvidinBiotinComplexVectorLaboratoriesを切片に塗布し、よく洗浄した。DiaminobenzidinechromogenVectorLabsを切片に加えて、5分間暗中でインキュベートした。その後切片をGill’sHaematoxylin中で対比染色して、キシレン中で洗浄する前にメタノールのグレードを上げながら再水和させて、カバースリップを被せた。それぞれのタンパク質の細胞質染色は、我々が以前に開示Daviesetal2000、Kingetal2004したOptimas6.0ソフトウェアを用いて定量化し、本願では相対染色強度として示す。統計的解析統計的解析は、Mann-WhitneyUテストとKruskal-Wallisテストとを用いて行った。生存率解析は、カプランマイヤー生存曲線と単変量解析SPSS11を用いて行った。結果スクリーニング対象分子我々は453の分子について、10年間の追跡を含む完全な臨床情報に対しての定量化を行った。生存率および疾病の再発の発生に対する解析に続いて、我々は3つのサイン、すなわち生存分子サインおよび発症予測分子サインおよび転移性分子サインを開発した。生存の分子サイン表1に示すように、51個の分子が低生存率との正相関を有し、14個の分子が低生存率との逆相関を有することが判明した。図1は、本願で良好なサイン表1の左列の分子に高い発現が見られず、表1の右列の分子に抑制発現が見られないと称されるものを有する個体の92.2が、148.9ヶ月まで生き延びると予測されるが、本願で不良なサイン表1の左列の分子に高い発現が見られ、表1の右列の分子に抑制発現が見られると呼ぶものを有する個体の8.3しか、40ヶ月まで生き延びられないと予測されることを示す。この結果は、p値が0.00001未満であり、統計的に有意である。カプランマイヤー生存曲線と単変量解析を用いて、統計的精度に最も寄与する分子を同定することにより、我々は分子サインを絞り込んだ表1においてで識別される。我々は、低生存率と正の相関性を有する25個と、低生存率と負の相関性を有する8個との合計33個の一次分子マーカーが、統計的有意性の大部分を占めることを発見した。図2は、第1の一次および第2の一次分子サインを用いた予測生存曲線を示しており、良好なサインを有する個体の93.2が、149.69ヶ月まで生き延びると予測され、不良なサインを有する個体のわずか14.4しか、52.3ヶ月まで生き延びないと予測されるp<0.000001。無発症予測分子サイン表2に示すように、48個の分子が発症の発生再発および転移との正相関を有し、13個の分子が発症の発生との逆相関を有することが判明した。図3は、本願で良好なサイン表2の左列の分子に高い発現が見られず、表2の右列の分子に抑制発現が見られないと称されるものを有する個体のうちの94.5が、150.4ヶ月まで疾病の再発がないすなわち、無疾病生存と予測されるが、一方で、本願で不良なサイン表2の左列の分子に高い発現が見られ、表2の右列の分子に抑制発現が見られると称されるものを有する個体のうち34.5だけしか、72.4ヶ月まで無疾病で生きられないと予測されることを示すp<0.00001。上記生存率サインと同様に、我々は本サインについても絞り込みを行い、再発と正の相関性を有する28個と、再発と負の相関性を有する8個との合計36個の一次分子マーカー表2においてで識別が、統計的有意性の大部分を占めることを発見した。図4は、本願で良好なサインと称されるものを有する個体のうちの91.7が、148.4ヶ月まで疾病の再発がないと予測されるが、本願で不良なサインと称されるものを有する個体のわずか5.88しか、44.2ヶ月まで無疾病で生きられないと予測されることを示す。p<0.000001。結節転移の分子サイン表3に示すように、37個の分子が結節転移との正相関を有し、10個の分子が結節転移との逆相関を有することが判明した。これらの37個の分子の組み合わせでは、不良なサインを示したすなわち、表3の左列の分子に高い発現が見られ、表3の右列の分子に抑制発現が見られる腫瘍の91が、結節転移に進展した。さらに、良好なサインを示したすなわち、表3の左列の分子に高い発現が見られず、表3の右列の分子に抑制発現が見られない腫瘍の88.9に、一切の結節転移が認められなかった。p=0.00024。上述のように、我々は組み合わせを絞り込むことによりこのサインを修正し、結節転移と正の相関性を有する20組と、結節転移と負の相関性を有する1組との合計21組の一次遺伝子表3においてで識別が、よく予測していたことを発見した。不良なサインを有する腫瘍の89.1が結節転移を有し、良好なサインを有する腫瘍の86.8が結節転移を全く有しなかったp=0.000025。参考文献Daviesら、2000:DaviesG,JiangWG,MasonMD.ヒトプロテアーゼ癌における細胞間付着とシグナリング中間体Cell-celladhesionandsignallingintermediatesinhumanprostatecancerJournalofUrology,2000,163,985~992頁。Jiangら、2003a:JiangWG,WatkinsG,LaneJ,Douglas-JonesA,CunnickGH,MokbelM,ManselRE.Rhoファミリーの予後診断価値および乳癌におけるrho-GDIPrognosticvalueofRhofamilyandandrho-GDIsinbreastcancerClinicalCancerResearch,2003,917,6432~6440頁。Jiangら、2003b:JiangWG,Douglas-JonesA,およびManselRE.ヒト乳癌におけるPPAR-ガンマの発現レベルと、そのコアクチベータPPAR-GCALevelofexpressionofPPAR-gammaanditsco-activatorPPAR-GCAinhumanbreastcancerInternationalJournalofCancer,2003,106,752~757頁。Jiangら、2003c:JiangWG,GrimshawD,LaneJ,MartinTA,ParrC,DaviesG,LaterraJ,およびManselRE.cMETへのレトロウィルスハンマーヘッド導入遺伝子および線維芽細胞によって誘導される乳房腫瘍のHGF/SF阻害増殖RetroviralhammerheadtransgenestocMETandHGF/SFinhibitedgrowthofbreasttumour,inducedbyfibroblastsClinicalCancerResearch,2003,9,4274~4281頁。Kingら、2004:KingJAC,Ofori-AcquahAF,StevensT,Al-MehdiAB,FodstadO,JiangWG.ヒト乳癌におけるALCAMの予後診断価値PrognosticvalueofALCAMinhumanbreastcancerBreastCancerResearch,2004,R478~487頁。Nazarenkoら、1997:NazarenkoIA,BhatnagarSK,HohmanRJ.エネルギー転移に基づいたDNAの増幅および検出のための閉管方式AclosedtubeformatforamplificationanddetectionofDNAbasedonenergytransferNucleicAcidsRes1997;25:2516~21頁。ParrおよびJiang2004:ParrCandJiangWG.ヒト乳癌におけるノッチ受容体、ノッチ-1およびノッチ-2TheNotchreceptors、Notch-1andNotch-2,inhumanbreastcancersInternationalJournalofMolecularMedicine,2004Nov;145:779~786頁。"