"固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルの遺伝子発現解析に用いるaRNAの調製方法であって、逆転写工程およびインビトロ転写工程を含むRNAの増幅工程を含み、該インビトロ転写工程で用いるヌクレオチド試薬に含まれる5-3-アミノアリルウリジン5’-三リン酸AA-UTPの割合が、ウリジン5’-三リン酸UTPと5-3-アミノアリルウリジン5’-三リン酸AA-UTPの総和に対して5モル以上25モル未満である、aRNAの調製方法。固定された組織または細胞がパラフィン包埋されてなる、請求項1に記載のaRNAの調製方法。aRNAのヌクレオチド長の平均値が200ヌクレオチド以上である、請求項1または2に記載のaRNAの調製方法。請求項1~3のいずれか1項に記載の方法により調製されたaRNAを用いる、固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルの遺伝子発現の解析方法。マイクロアレイを用いる、請求項4に記載の解析方法。前述の通り、RNAの増幅操作を複数回行うことは、少量のRNAサンプルから遺伝子発現解析を行うのに十分な量のRNAサンプルを得られるメリットがある。しかし、固定された組織や細胞から抽出されたRNAサンプルは、分解、断片化や修飾、架橋等が生じており、増幅されやすいものと増幅されにくいものとが混在している。そのため、増幅操作を繰り返して増幅倍率が大きくなるほど増幅バイアスが生じ、定量的な評価が困難であった。一方、RNAを逆転写反応とインビトロ転写反応を組み合わせて増幅する方法は、比較的増幅バイアスが生じにくいとされている。しかし、この方法において、増幅産物に蛍光標識を行うための官能基を導入する場合、インビトロ転写反応においてアミノアリル基等の官能基を有するヌクレオチド試薬を用いる必要があるが、この官能基を有するヌクレオチドの割合が多いと、増幅反応が阻害されてしまう。そのため、分解、断片化等が進んだ固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルを用いる場合には、遺伝子発現の解析を行うのに十分量の増幅産物が得られないということが課題であった。この場合、十分量の増幅産物を確保するために増幅反応を繰り返すと、増幅バイアスが増大するという問題があった。上記の課題を解決するために、発明者らは鋭意検討した結果、固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルの遺伝子発現解析を行うにあたり、インビトロ転写反応で用いるヌクレオチド試薬中のアミノアリル基を有するヌクレオチドの割合を特定範囲に設定することで、インビトロ転写反応の阻害が抑制され、かつ、遺伝子発現解析に必要となる十分な増幅産物量を確保できることを見出した。そして、この方法で調製された増幅RNAaRNAサンプルを用いて遺伝子発現解析を行うと、固定された組織、細胞から抽出したRNAサンプルを用いる場合にも、凍結組織から抽出した分解等のほとんどない無傷のインタクトなRNAサンプルを用いた場合と同等の定量性の高い解析結果が得られる、すなわち増幅バイアスの影響を低減することができることを見出し、本発明を完成させた。すなわち、本発明は、次の1~5で構成される。1固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルの遺伝子発現解析に用いるaRNAの調製方法であって、逆転写工程およびインビトロ転写工程を含むRNAの増幅工程を含み、該インビトロ転写工程で用いるヌクレオチド試薬に含まれる5-3-アミノアリルウリジン5’-三リン酸AA-UTPの割合が、ウリジン5’-三リン酸UTPと5-3-アミノアリルウリジン5’-三リン酸AA-UTPの総和に対して5モル以上25モル未満である、aRNAの調製方法。2固定された組織または細胞がパラフィン包埋されてなる、1に記載のaRNAの調製方法。3aRNAのヌクレオチド長の平均値が200ヌクレオチド以上である、1または2に記載のaRNAの調製方法。41~3のいずれか1項に記載の方法により調製されたaRNAを用いる、固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルの遺伝子発現の解析方法。5マイクロアレイを用いる、4に記載の解析方法。本発明のaRNAの調製方法を用いることにより、固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルを用いる遺伝子発現解析を行う場合に必要となる十分量のaRNAを得ることができる。また、本発明のaRNAの調製方法によれば、増幅バイアスの影響が低減されたaRNAが得られることから、元のRNAサンプル中の遺伝子の存在量が相当程度正確に反映された、定量性の高い遺伝子発現解析が可能となる。以下に、本発明をさらに具体的に説明する。本発明は、固定された組織または細胞以下、固定組織または細胞ということがあるから抽出されたRNAサンプル以下、RNAサンプルということがあるを遺伝子発現解析する際の、aRNAの調製方法に関する。本発明において、aRNAは、元のRNAを増幅工程に供することで増幅産物として得られる、増幅RNAamplifiedRNAを意味する。本発明のaRNAの調製方法では、固定組織または細胞から抽出されたRNAサンプルを増幅工程に供し、RNAサンプル中のメッセンジャーRNAmRNAを増幅する。本発明の増幅工程は、RNAの逆転写と、得られるDNAのインビトロ転写を組み合わせてRNAの増幅を行い、増幅産物としてaRNAを得るものである。ここで、逆転写は、一本鎖RNAを鋳型として逆転写酵素を用いて逆転写反応を行い、cDNA相補的DNAを得るものである。また、一般に、インビトロ転写は、インビトロにおいて、鋳型となるDNAからRNAポリメラーゼによって転写産物としてRNAを得るものである。逆転写反応によりRNAサンプルからcDNAを得て、二本鎖DNAを合成した後、インビトロ転写を行うことで、アンチセンス鎖のaRNAが合成される。逆転写工程の前に、予め逆転写反応の開始点となるプライマーをRNAにアニーリングさせる。ここで用いるプライマーは、RNAポリメラーゼがRNAを合成する際に3’-OHを供給する役割をもつ短い核酸の断片である。本発明においては、mRNAの3’-末端に存在するポリAとよばれる配列に対して相補的な鎖を有するオリゴdTプライマーや、mRNAの全ての領域からcDNAを合成する通常6~9塩基のランダムプライマーが好適に利用される。また、本発明で用いるプライマーは、プロモーター領域と呼ばれる配列を有することが好ましい。プロモーター領域とは、RNAを増幅する際に、RNAポリメラーゼが結合できるプロモーターの塩基配列からなる領域のことをいう。本発明で利用できるプロモーターとしては、例えばT7プロモーター、T3プロモーター、SP6プロモーターなどが挙げられる。プライマーをアニーリングさせるときの反応温度は、30~80°Cが好ましく、40~75°Cがより好ましい。また反応時間は、5~120分が好ましく、10~90分がより好ましい。次いで、逆転写工程として、上記で得られるプライマーをアニーリングしたRNAを鋳型として、逆転写酵素、デオキシヌクレオチドを用いて逆転写反応を行い、1本鎖cDNAファーストストランドcDNAを合成する。逆転写酵素は、逆転写反応を進行させるために必須である。本発明においては、例えば、AMVAvianMyeloblastosisVirus由来、MMLVMoloneyMurineLeukemiaVirus由来の酵素が利用可能であり、これらにポイントミューテーション、ディレーションミューテーションを入れることで、耐熱性や塩基の伸長性を高めたものも、好ましく利用できる。本発明において好ましく使用される逆転写酵素製品としては、例えばSuperScriptIIIInvitrogen社、SuperScriptIIInvitrogen社、MegaScriptAmbion社、PrimeScript登録商標、タカラバイオ、ReverTraAce登録商標、東洋紡、TranscriptorReverseTranscriptaseRoche社が挙げられる。固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルは、架橋や修飾を受けて雑な二次構造を形成していることが多く、そのような構造を崩すために高温で処理すること必要となることがあるため、高温下でも高い活性を有するSuperScriptIIIが特に好ましく使用される。逆転写工程で用いられるヌクレオチドは、デオキシアデノシン三リン酸dATP、デオキシグアノシン三リン酸dGTP、デオキシチミジン三リン酸dTTP、デオキシシチジン三リン酸dCTPの4種のデオキシヌクレオシド三リン酸dNTPである。これらは、逆転写反応で合成されるcDNAの源になる。逆転写工程では、逆転写酵素が酸化して活性が低下するのを抑えるために、反応溶液に還元剤を添加することができる。還元剤としては、例えばジチオトレイトールDTTが好適に用いられる。また、鋳型となるRNAを保護するために、反応溶液にRNaseインヒビターを添加することが好ましい。また、反応溶液のpHを逆転写反応に適したpH7~9に調整するために、緩衝液を用いることができる。例えば、トリス-塩酸緩衝液、リン酸緩衝液が好ましく用いられる。さらに、反応溶液にはカリウム塩、マグネシウム塩が含まれることが好ましい。逆転写反応の温度は、25~60°Cが好ましく、30~50°Cがより好ましく、35~45°Cがさらに好ましい。また、逆転写反応の時間は、30~180分が好ましく、60~150分がより好ましい。逆転写反応後、氷上に移すなどして急冷することで、反応を停止させる。逆転写反応の終了後、リボヌクレアーゼRNaseによって逆転写反応の鋳型となったRNAの一部を分解させる。ここで使用する試薬としては、RNaseHが好適である。逆転写反応後の反応液にRNaseHを添加し、加熱反応させることで、RNAを分解させることができる。本分解反応の温度は、10~50°Cが好ましく、15~40°Cがより好ましい。また、本分解反応後に、逆転写酵素を失活させる工程として、例えば90~100°Cで1~10分間加熱する工程を加えてもよい。次いで、上記の逆転写工程によって得られた一本鎖cDNAファーストストランドcDNAを鋳型として、これに相補的なDNAセカンドストランドcDNAを合成する。プライマーとしては、逆転写工程において分解されなかった一部のRNAをプライマーとしてもよいし、必要に応じて外因性プライマーをアニーリングし、それをプライマーとして利用してもよい。鋳型となるcDNAにdNTPを加え、酵素としてDNAポリメラーゼを添加して反応を開始すると、ファーストストランドcDNAを鋳型にしてセカンドストランドcDNAが合成される。このセカンドストランドcDNAの合成反応の結果、プロモーター配列を有する二本鎖DNAが合成される。セカンドストランドcDNA合成反応で得られた、プロモーター配列を有する二本鎖DNAは、次のインビトロ転写工程において反応を阻害する塩や不純物を取り除くために、精製することが好ましい。例えば、エタノール沈殿や、市販のDNA精製用スピンカラムを用いる当業者に公知の方法により精製することができる。精製されたプロモーター配列を有する二本鎖DNAを用いて、インビトロ転写IVT工程を行い、RNAを増幅させると、目的とするaRNAが得られる。インビトロ転写工程は、プロモーター配列を有する二本鎖DNAに、アデノシン5’-三リン酸ATP、グアノシン5’-三リン酸GTP、シチジン5’-三リン酸CTP、ウリジン5’-三リン酸UTPおよび5-3-アミノアリルウリジン5’-三リン酸AA-UTPを含むヌクレオチド試薬、およびプロモーター配列を認識するRNAポリメラーゼを用いてインビトロ転写反応を行い、aRNAが得られる。ここで、インビトロ転写の反応温度は30~50°Cが好ましく、35~45°Cがより好ましい。また、インビトロ転写の反応時間は1~20時間が好ましく、2~16時間がより好ましい。インビトロ転写においては、適宜RNaseインヒビタージチオトレイトールなど、還元剤等を用いてもよい。上記のインビトロ転写工程で用いるヌクレオチド試薬には、調製されるaRNAを蛍光標識するために、アミノアリル基を有するヌクレオチドとして、ウリジン5’-三リン酸UTPをアミノアリル基で修飾した5-3-アミノアリルウリジン5’-三リン酸AA-UTPを用いる。本発明では、UTPとAA-UTPの総和に対するAA-UTPの含量割合、すなわちAA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量で求められる割合が、5モル以上25モル未満である。このAA-UTPの含量割合の下限は、好ましくは6モル以上、より好ましくは8モル以上、さらに好ましくは10モル以上である。また、このAA-UTPの含量割合の上限は、好ましくは24モル以下、より好ましくは23モル以下である。また、このAA-UTPの含量割合の範囲は、好ましくは6モル以上24モル以下、より好ましくは10モル以上23モル以下である。AA-UTPの含量割合が25モル以上であると、インビトロ転写反応の進行を阻害され、遺伝子発現解析に必要となる十分量のaRNAが得られないことがある。また、AA-UTPの割合が5モル未満であると、ヌクレオチドに対する蛍光標識量が少なくなり、検出感度が低下する結果、遺伝子発現解析において得られる遺伝子発現の情報が乏しくなってしまうことがある。インビトロ転写反応後、aRNA溶液に残存する二本鎖DNAを除去するため、DNaseを用いてこのDNAを分解させる。DNaseの添加量は、残存DNAを十分分解できる量であれば特に限定はない。例えば、DNaseとしてRNase-FreeDNaseI1MBU/μLMBU:MolecularBiologyUnitEpicentre社を使用する場合は、1μgのDNAを分解するために、37°Cで10分間の処理条件において1μLを使用すればよい。DNase処理は、通常、15~40°Cで10~60分加温することで、DNAを分解させることができる。以上のようにして調製されたaRNAは、DNase処理の後、遺伝子発現解析に供する前に精製することが好ましい。aRNAの精製方法としては、例えば、シリカメンブレンのスピンカラムを用いて、aRNAをメンブレンに吸着させ、洗浄して不要物を流去した後、吸着したaRNAを溶出させる方法を用いることが好ましい。この場合の洗浄液は、グアニジウム塩およびアルコール類を含む溶液を用いることが好ましい。また、溶出液としては、例えばヌクレアーゼフリー水、TEBufferが好適に用いられる。溶出液は、室温のまま用いてもよいし、加熱して用いてもよい。本発明の調製方法によって得られたaRNAの蛍光標識は、遺伝子発現解析におけるハイブリダイゼーション反応の前に行ってもよいし、後に行ってもよい。本発明の方法によって導入されたアミノアリル基に対して、N-ヒドロキシスクシンイミドNHS基を末端に持つ蛍光色素と容易にカップリングさせることができる。ここで用いることができる蛍光色素の例としては、Cy3、Cy5、Hyper5GEヘルスケア社、AlexaFluor登録商標シリーズMolecularProbes社、OysterシリーズDenovoBiolabels社、DyLightシリーズPierce社、Fluolid-Wシリーズアイエスティー社、HyLiteFluorシリーズAnaspec社、MegaStokesDyeDyomics社等が挙げられるが、これらに限定されるものではない。本発明のaRNAの調製方法に適用される固定組織または細胞は、固定化されたものである。組織または細胞の固定に用いる固定液としては、ホルムアルデヒド溶液、パラホルムアルデヒド溶液、エタノール等のアルコール、アセトン、クロロホルムを含む溶液、ピクリン酸や重クロム酸カリウム等の酸を含む溶液、酢酸亜鉛、塩化亜鉛、硫酸亜鉛等の金属を含む溶液が挙げられるが、ホルムアルデヒド溶液、パラホルムアルデヒド溶液が好適に使用される。ホルムアルデヒド溶液は、市販のホルマリンホルムアルデヒド濃度37を水で希釈したものを使用してもよいし、水で希釈したホルマリン溶液を炭酸カルシウム、炭酸マグネシウム等を加えてpHを中性に調整したものや、リン酸緩衝液で希釈してpHを中性に調整したものを使用することも好ましい。ホルムアルデヒド溶液中のホルムアルデヒド含量は、1~30が好ましく、2~20がより好ましい。固定組織または細胞はパラフィンで包埋されていてもよい。例えば、ホルマリン固定されたパラフィン包埋FFPE組織または細胞を好ましく用いることができる。固定組織または細胞は、当業者に公知である一般的な手法でパラフィン包理することができる。例えば、固定組織または細胞をアルコールで置換して脱水し、次いでキシレン、ベンゼン等で置換した後、熱して液化したパラフィンを流し入れた型枠に組織または細胞を入れて包埋し、パラフィンブロックとする。パラフィン包埋された組織または細胞からRNAサンプルを抽出する場合は、回転式ミクロトーム、滑走式ミクロトーム等のミクロトームを用いて薄切したものを使用することができる。この場合の薄切片の厚さは特に限定されないが、1~100μmが好ましく、2~50μmがより好ましい。固定組織または細胞の包埋は、パラフィンの代わりに、主に凍結組織切片作製に用いられるOCTOpticalCuttingTemperatureコンパウンドを用いてもよい。また、パラフィン包埋された固定組織または細胞は、1~20μmの厚さに薄切し、スライドガラスに貼付したものを作製して、一部の組織または細胞のみを切り出して使用してもよい。この方法により、遺伝子発現解析の対象として意図する目的の組織または細胞のみを解析することができるため好ましい。特に、ホルマリン固定パラフィン包埋FFPE組織または細胞の場合、組織または細胞が固定されているため、上記の操作に適した検体といえる。組織または細胞を切り出す方法としては、レーザーキャプチャーマイクロダイセクションLCMが用いられる。LCMで組織または細胞を採取する場合、通常、採取される組織または細胞の量が少ないため、抽出できるRNA量も少なくなることから、少量のRNAから解析できることが好ましい。固定組織または細胞は、特に上記のように遺伝子発現解析の対象として意図する目的の組織または細胞のみを採取するときは、組織または細胞の形状や性質等を判別できるようにするために、染色がなされていてもよい。染色液としては、例えばクレシルバイオレット、トルイジンブルー、ヘマトキシリン、ヌクレアファストレッドが好ましく用いられる。本発明のaRNAの調製方法に適用される固定組織または細胞は、外科手術により摘出された臓器組織、生体組織診断等のために針生検で採取された臓器組織、各種実験動物の臓器組織、初代培養細胞、細胞株などが挙げられる。固定組織または細胞からRNAを抽出する方法としては、脱パラフィンを行うための試薬例えばキシレン、リモネン、アルコール類例えばエタノール、組織又は細胞のタンパク質を消化するための酵素例えばProteinaseK、および抽出されたRNAの精製手段例えばシリカ系カラムを利用する公知の方法を適用することができる。また、市販品では、例えば、RecoverAllTMTotalNucleicAcidIsolationKitforFFPEAmbion社製、RNeasyFFPEKitQiagen社製、ISOGENPBKitニッポンジーン株式会社製、FFPERNAPurificationKitNorgen社製、PureLinkTMFFPERNAIsolationKitInvitrogen社製、HighPureFFPERNAMicroRocheAppliedScience社製等のホルマリン固定パラフィン包埋組織用RNA抽出キットを好適に用いることができる。本発明のaRNAの調製方法において、RNA増幅工程に供するRNAの量は、上記のようにして抽出されたトータルRNAとして10~2000ngが好ましく、50~1500ngがより好ましい。また、本発明のaRNAの調製方法において、増幅工程の実施回数は1回とすることが好ましい。増幅反応を2回以上繰り返すと、1回目の増幅反応により増幅産物にわずかでもバイアスが生じた場合、2回目以降そのバイアスが増大する場合がある。本発明のaRNAの調製方法において用いる固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルとしては、前記のような分解、断片化あるいは修飾、架橋の発生が比較的少ない、ある程度の品質を保っているものを使用することが、遺伝子発現解析により有用な結果を得ることができる点で好ましい。例えば、抽出したRNAサンプルを、バイオアナライザ2100アジレントテクノロジー社を用いて電気泳動したときのサイズ分布において、1000~4000ヌクレオチドの割合Aと4000ヌクレオチドを超えるサイズの割合Bとを比べたとき、A≧BであるRNAサンプルを用いることが好ましい。RNAサンプルがこの条件を満たす場合、修飾、架橋したRNAの割合が相対的に少なく、有用な解析結果が得られる可能性が高くなる。また、例えば、抽出したRNAサンプルを、バイオアナライザ2100を用いて電気泳動したときのサイズ分布において、1000~4000ヌクレオチドの割合Aが大きいほど、修飾、架橋や分解、断片化が生じたRNAの割合が少ないRNAであり、無傷のインタクトなRNAサンプルにより近い状態であるといえることから、有用な解析結果が得られる可能性が高くなる。具体的には、1000~4000ヌクレオチドの割合Aは、好ましくは15以上、より好ましくは20以上、さらに好ましくは25以上であるRNAサンプルを用いることができる。上記のRNAサンプルのサイズ分布を測定するには、例えばRNA6000NanochipまたはRNA6000Picochipともにアジレントテクノロジー社を用いて、取扱説明書に記載された方法でRNAの電気泳動を行った後、専用ソフトウェアに備えられたSmear解析の機能を用いて、得られた泳動パターンを解析することで、特定の分子量範囲におけるRNAの存在割合を求めることができる。なお、この方法において、分解が生じていないRNAインタクトなRNAを分析した場合、約4700ヌクレオチドといわれているリボソームRNAが、4000ヌクレオチドよりやや小さい分子量をピークとしたバンドとして示されることがある。これは、28Sの分子には2本鎖領域が多く含まれているため、構造がコンパクトになっており、電気泳動においては実際の分子量より泳動速度が速くなるためと考えられる。この現象に関して、アジレントテクノロジー社ホームページのFAQにおいても、同様の記載がみられる。したがって、本方法においては、リボソームRNAの28Sは、電気泳動における1000~4000ヌクレオチドの範囲に実質上含まれるものとみなす。また、18Sの分子量は1874ヌクレオチドであり、電気泳動においても1000~4000ヌクレオチドの範囲にバンドが見られることから、当該範囲に含まれる。本発明のRNAサンプルの遺伝子発現の解析方法は、前記の本発明の調製方法によって調製されたaRNAを用いるものである。この解析は、蛍光標識されたaRNAを、発現解析を行いたい目的RNAと直接的又は間接的に選択的に結合しうる物質である選択結合性物質の結合反応によって行うことができる。例えば、選択結合性物質が表面に固定化されたマイクロアレイを用いることが好ましい。選択結合性物質としては、核酸または他の抗原性化合物が挙げられる。ここでいう核酸には、デオキシリボ核酸DNA、リボ核酸RNA、ペプチド核酸PNA、相補的DNAcDNA、相補的RNAcRNAなどが含まれる。選択結合性物質としては核酸が好ましく、aRNA中の解析目的遺伝子と相補的な配列の一部を有するDNAまたはRNAのオリゴマーがより好ましく、RNAとより強固に結合するDNAオリゴマーがさらに好ましい。DNAオリゴマーの長さは、20~100merが好ましく、40~80merがより好ましい。選択結合性物質は、市販のものでもよいし、合成したもの、生体組織又は細胞などの天然源から調製したものでもよい。また、マイクロアレイを用いる場合、アレイ上に固定化された選択結合性物質は、すべて異なる配列を有することが好ましい。RNAサンプルの遺伝子発現の解析においては、上記の選択結合性物質と解析目的RNAとの結合性を高めるために、aRNAは断片化されていることが好ましい。断片化されたaRNAのサイズは、平均値が100~200ヌクレオチドであることが好ましい。aRNAとマイクロアレイに固定化された選択結合性物質を結合させる方法としては、特に選択結合性物質が核酸である場合、ハイブリダイゼーション反応によって結合させることが好ましい。ハイブリダイゼーションで用いられる反応液には、溶液のpHを安定させるための緩衝成分例えばリン酸緩衝液、SSC等や融解温度Tmを下げる働きを持つホルムアミド、界面活性剤ラウリル硫酸塩、ラウロイルサルコシン塩など、非特異結合を防ぐブロッキング剤デンハルト試薬、断片化サケ精子DNA、Cot1DNA、tRNA等が含まれることが好ましい。蛍光標識したaRNAを含む反応液をマイクロアレイにアプライしてハイブリダイゼーション反応をする場合、使用するマイクロアレイに適した条件で実施することが好ましい。また、マイクロアレイに固定化された選択結合性物質と結合したaRNAの核酸量を検出する方法としては、マイクロアレイ用の蛍光スキャナ装置、例えばGenePix登録商標4000BMolecularDevices、ScanArrayLite、ScanArrayExpress以上、ParkinElmer、CRBIOIIe登録商標日立ソフト、3D-Gene登録商標Scanner東レ等により、核酸に標識した蛍光の強度を読み取ることで検出測定することができる。検出した蛍光強度より、各遺伝子の発現量が定量される。aRNAをマイクロアレイで解析する場合に使用されるマイクロアレイとしては、ガラス、セラミックス、シリコンなどの無機材料、ステンレス、金めっきなどの金属類、ポリエチレンテレフタレート、ポリメチルメタクリレートPMMA、酢酸セルロース、ポリカーボネート、ポリスチレン、ポリジメチルシロキサン、シリコンゴムなどの高分子材料からなる基板に、選択結合性物質が結合されてなるマイクロアレイを用いることができる。また、市販のマイクロアレイも利用できる。本発明で用いられるマイクロアレイの好ましい例としては、基板表面に凹凸部を具備していてもよく、さらに凸部の上面にカバーが設けられていてもよい。このとき、カバーには、液体を注入するために、空隙に連通する1つ以上の貫通孔を備えることが好ましい。マイクロアレイとカバーの間の空隙に微粒子が封入されたマイクロアレイは、空隙に検体溶液をアプライし、マイクロアレイに振動、振盪、回転、磁力、重力等を加えて封入した微粒子を検体溶液中で移動させることにより検体溶液を攪拌することができ、その結果ハイブリダイゼーション反応が促進されるため、特に好ましい。ここで、微粒子の材質は特に限定されないが、例えばガラス、セラミックス例えばイットリア安定化ジルコニア、金属類、ポリマー例えばナイロン、ポリスチレン、磁性体などが好適に用いられる。増幅工程の実施回数は1回とすることが好ましい。増幅反応を2回以上繰り返すと、1回目の増幅反応により増幅産物にわずかでもバイアスが生じた場合、2回目以降そのバイアスが増大する場合がある。aRNAをマイクロアレイにより解析する場合、aRNAの増幅倍率は2~20倍であることが好ましい。増幅倍率が2倍に満たない増幅産物しか得られないようなRNAは、RNAの分解、断片化が激しく、RNA鎖長が非常に短くなっているため、あるいはRNA分子間またはRNAとタンパク質間で生じる架橋や、固定の際にホルムアルデヒド等の固定液由来物質がRNAに結合することで生じる付加修飾物の影響で、増幅反応が阻害されるため、増幅しないまたは増幅反応が不十分となる可能性があり、その結果として正確なマイクロアレイ解析ができないことがある。また、増幅産物が20倍を超える増幅倍率である場合、分解等の程度の差による影響として増幅バイアスが顕著に現れる可能性がある。増幅倍率を2~20倍とする方法としては、RNAの増幅工程に使用する酵素やプライマー、基質等の濃度を増減させることで、試薬の組成を最適化する方法が挙げられるが、これらに限らない。また、反応時間を調整する方法もある。例えば、比較的増幅倍率の大きい試薬を用いて固定組織または細胞から抽出したRNAサンプルを増幅する場合、反応時間を所定の時間より短くするとよい。本発明の増幅工程によってRNAサンプルを増幅した結果の増幅倍率は、増幅前後におけるRNA重量比として求めることができる。具体的には、光路長10mmのセルを用いて分光光度計で測定したときの波長260nmにおける蛍光強度値および溶液量から、下式Aより増幅前後の溶液中のRNA重量を求め、下式Bより増幅倍率を算出すればよい。式A:RNA重量=260nmの蛍光強度値×40ng/μL×溶液量μL式B:増幅倍率=増幅後のRNA重量/増幅前のRNA重量。本発明のaRNAの調製方法によって、固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルから、分解のない無傷のインタクトなRNAに近い遺伝子発現解析の結果が得られるaRNAが調製できたか否かを判断する基準の一つとして、aRNAのサイズを確認する方法が挙げられる。RNAサンプルが激しく分解していたり、RNAに修飾、架橋が生じていたりすると、逆転写反応で得られるcDNAの鎖長が短くなり、その結果得られるaRNAの鎖長も短くなる。このようなRNAサンプルは、増幅倍率がかなり低くなる傾向があり、また遺伝子発現解析を行った場合、分解のない無傷のインタクトなRNAと比較して有効スポット数が少なく、かつ両者間の相関関係が悪くなる傾向がある。aRNAのサイズは、電気泳動、液体クロマトグラフィーなどを用いることで確認できる。例えば、Agilent2100バイオアナライザアジレントテクノロジー社のようなチップ電気泳動システムを用いて測定するのが好ましい。この方法により増幅産物であるaRNAのサイズ分布を調べて、分布のピークにあたるサイズヌクレオチドの長さを確認し、それが200ヌクレオチド[nt]以上であれば、分解のない無傷のインタクトなRNAの場合と相関性の高い遺伝子発現解析ができる可能性が高いといえる。逆に、分布のピークが200[nt]を下回る場合は、もとのRNAサンプルの品質が悪かったことが示唆され、遺伝子発現解析に供しても妥当性の高い結果が得られない可能性が高い。本発明を以下の実施例によってさらに詳細に説明する。もっとも、本発明は下記実施例に限定されるものではない。参考例1AA-UTP、UTPの定量5-3-アミノアリルウリジン5’-三リン酸AA-UTPおよびUTPの含量は、以下の通りLC/MS分析により定量した。AA-UTPAmbion社、UTPRoche社の標準品を用いてそれぞれ濃度希釈系列を作成した。HPLC装置としてProminenceHE-UV島津製作所、質量分析計としてLCMS-IT-TOF島津製作所をそれぞれ用い、カラムはCapcelPakC18AQ資生堂を用いてLC/MS/MS測定を行った。LCにおいて検出されるUTP、AA-UTPに由来するピークの保持時間のマススペクトルにおいて、UTP由来のイオンの理論m/z値=482.9607、及びAA-UTP由来のイオンの理論m/z値=538.0029に近い値のピークの面積値から検量線を作成した。そして、測定対象の試料を用いて、同様にマスクロマトグラムを描いてピークの面積値を求めることで、検量線から試料中のUTP濃度、AA-UTP濃度を定量した。参考例2FFPEサンプルからRNAの抽出および品質の確認1RNAサンプルA~Cマウス7週齢、雄、Slc:ICRの肝臓および小脳組織の固定パラフィン包埋FFPEブロックのサンプルとして、以下のFFPEA~Cを準備した。FFPEA:10中性緩衝ホルマリン溶液で2日間固定後パラフィン包埋し、室温で約6ヶ月間保管されたものFFPEB:10中性緩衝ホルマリン溶液で2日間固定後パラフィン包埋し、室温で約1年間保管されたものFFPEC:4パラホルムアルデヒド溶液で1日間固定後パラフィン包埋し、室温で約6ヶ月間保管されたもの。上記FFPEA~Cのパラフィンブロック肝臓、小脳から、ミクロトームを用いて10μm厚の薄切片を肝臓は2枚、小脳は10枚採取し、それぞれ1.5mLのチューブに入れた。キシレン1mLを加えて攪拌し、パラフィンを溶解させた。16,000×gで5分間遠心した後、ピペットでキシレンを除いた。次いで、エタノール1mLを加えて攪拌し、16,000×gで2分間遠心した後、ピペットでエタノールを十分に除去する操作を2回繰り返した。チューブの蓋を開けた状態にして約10分間風乾させ、各組織に含まれるエタノールを除いた。プロテイナーゼK溶液500μg/mL100μLを添加して各組織を懸濁させ、37°Cで16時間静置した。16,000×gで2分間遠心して残渣を除いた後、シリカカラムを用いてRNAを精製した。以上のようにして、FFPEA、FFPEB、FFPECから、それぞれRNAA、RNAB、RNACを得た。RNAA~Cの純度波長280nmでの強度に対する波長260nmでの強度比を分光光度計NanoDrop社により測定した結果、表1にそれぞれ示す通り、これらのRNAサンプルの純度が高いことがわかった。また、Agilent2100バイオアナライザRNA6000Nanochipアジレントテクノロジー社を用いて電気泳動を行った結果、図1の1~3に示す通り、サンプルによってRNAの分解挙動は異なっていた。上記により抽出されたRNAA~Cの品質を次のようにして評価した。Agilent2100バイオアナライザの専用ソフトウェアに備えられた、Smear解析の機能を用いて、各RNAサンプルの電気泳動のパターンにおける1000~4000ヌクレオチドの割合Aおよび4000ヌクレオチドを超える割合Bをそれぞれ求め、そのAとBの比B/Aを算出し、これらを品質の指標とした。ここで、Aが大きいほど品質が高いといえ、またB/Aが1以下であれば、RNAの品質は比較的高いといえる。その結果を表1に示す。RNAA~Cの品質は、良好であった。2コントロール用RNAサンプルDコントロールとして、マウス7週齢、雄、Slc:ICRの肝臓、小脳それぞれの新鮮凍結組織からコントロール用RNAサンプルとしてRNADを抽出した。上記1と同様にして、RNAサンプルの純度および品質を評価した結果を表2に示す。また、上記1と同様にして電気泳動を行った結果、図1の4に示す通り、肝臓、小脳ともに、リボゾームRNAの18S、28Sのバンドが明確に確認できる非常に品質の良いものであった。3RNAサンプルA’~C’FFPEA~Cの各パラフィンブロックから10μm厚の切片を作製し、レーザーマイクロダイセクション専用のスライドガラスに貼付した。脱パラフィンして、常法によりクレシルバイオレットで染色した後、レーザーマイクロダイセクションLMD装置ライカ社製で組織の一部を採取した。このとき、採取面積は、約10,000,000μm2であった。ProteinaseK溶液の添加量を25μLとした以外は、上記1と同様にしてRNAを抽出し、それぞれRNAサンプルとしてRNAA’、RNAB’、RNAC’を得た。上記1と同様にして、これらRNAサンプルの純度および品質の測定を行った。純度および品質は表3に示すとおり、対応する各RNAA~Cとほぼ同等であった。また、RNAA’~C’について、Agilent2100バイオアナライザRNA6000Picochipアジレントテクノロジー社を用いて電気泳動を行った結果図示せず、それぞれRNAA~Cの場合図1の1~3とほぼ同様の結果であった。実施例11aRNAの調製抽出したRNAの増幅工程参考例2で抽出したマウス肝臓、小脳のRNAAおよびRNAD各1μgをPCR用チューブにとり、T7プロモーター領域を含むプライマーを添加して70°Cで1時間反応させ、アニーリングした。逆転写酵素SuperScriptIIIInvitrogen社、dNTPdATP、dGTP、dTTP、dCTP、RNaseインヒビター、DTTを加えて十分に混和し、42°Cで90分反応させて、FirststrandcDNAを合成した。反応後氷上で急冷することで、反応を停止させた。RNaseHを加えて混和し、37°Cで30分インキュベートし、さらに95°Cで5分インキュベートした。次に、DNA合成酵素、dNTPを添加して、FirststrandcDNAに相補的なSecondstrandcDNA合成を行った。シリカゲルベースのカラムで、合成したcDNAを精製した後、ヌクレオチド試薬ATP、GTP、CTP、UTPおよびAA-UTPの混合物、RNaseインヒビター、DTT、およびT7プロモーター配列を認識するRNAポリメラーゼを添加して、静かに混和した後、42°Cで10時間反応させることで、T7RNAポリメラーゼを用いたインビトロ転写反応を行い、アミノアリル基を導入したaRNAの増幅反応を行った。参考例1の方法により、本インビトロ転写反応に用いたヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を定量した結果、16であった。増幅したaRNAを、シリカゲルベースのカラムを用いて精製し、分光光度計NanoDrop社により収量を求めた結果、肝臓FFPE:3.5μg、小脳FFPE:4.8μg、肝臓凍結組織:10.9μg、小脳凍結組織:12.7μgであった各増幅倍率は、3.5、4.8、10.9、12.7倍表4。Agilent2100バイオアナライザアジレントテクノロジー社を用いてaRNAのサイズを電気泳動により確認したところ、FFPEA由来のRNAAから得られたaRNAは、図2の1のとおり、肝臓、小脳ともに200~300[nt]に、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAは図2の2のとおり、肝臓、小脳ともに約500[nt]にピークがみられる分布をそれぞれ示した。2aRNAの蛍光標識、フラグメンテーション遠心濃縮機MV-100トミー精工を用いて各増幅aRNA溶液を濃縮し、約1μLとした。そこに3D-Gene登録商標HybridizationBuffer東レ株式会社のキットに添付のSodiumBicarbonateBufferを2.5μL添加してピペッティングにより攪拌し、さらにDMSOに溶解させたCy5-NHSGEヘルスケア社を2.5μL加えてピペッティングにより攪拌して、40°Cで1時間インキュベートすることでカップリング反応させた。ゲルろ過スピンカラムバイオラッド社を用いて未反応のCy5を除去して各反応溶液を精製した後、ヌクレアーゼフリーの水で32μLにメスアップした。そこに3D-GeneHybridizationBuffer東レ株式会社のキットに添付の5×FragmentationBufferをそれぞれ8μL加え、軽くピペッティングして攪拌し、94°Cで15分間処理した。各サンプルをクラッシュアイスで3分間急冷し、マイクロコンYM-10ミリポア社で精製した。3マイクロアレイ解析標識、精製後の各aRNAについて、以下の操作によりマイクロアレイ解析を行った。各1000ng分のRNAを含む溶液をヌクレアーゼフリー水で16μLに調製し、3D-Gene登録商標HybridizationBuffer東レ株式会社のHybridizationBufferAを2μL加えて、95°Cで5分間熱処理した。クラッシュアイスで3分間急冷した後、HybridizationBufferBを232μL加えて、穏やかにピペッティングで攪拌して、250μLの検体溶液を調製した。検体溶液を減圧下で脱気した後、3D-Geneマウス全遺伝子型DNAチップ東レ株式会社に210μLアプライした。カバーの孔4箇所をシールして塞ぎ、バイオシェーカー東京理化器械株式会社;MMS-210の天板に固定したハイブリダイゼーションチャンバータカラバイオ株式会社;TX711にセットした。チャンバー庫内の温度を37°Cとし、250rpmで旋回回転させて攪拌しながら、16時間ハイブリダイゼーション反応を行った。4蛍光シグナル値の測定ハイブリダイゼーション反応後、分析用チップのカバー部材を脱離させ、基板を洗浄、乾燥した。DNAチップ用のスキャナAxonInstruments社製GenePix4000Bに上記基板をセットし、レーザー出力33、フォトマルチプライヤーの電圧設定を500にした状態で、ハイブリダイゼーション反応した蛍光標識RNAのシグナル値蛍光強度、バックグラウンドノイズを測定した。全スポットのうち、1750個をバックグラウンド蛍光値測定用のネガティブコントロールスポットとし、個々のシグナル値からバックグラウンドシグナル値を差し引いて各スポットの真のシグナル値を算出した。ここで、真のシグナル値が正の場合を有効スポットとした。有効スポット数は、表4のとおり、肝臓FFPE:15571、小脳FFPE:14897、FFPEの共通有効スポット:12597、肝臓凍結組織:17937、小脳凍結組織:19582、凍結組織の共通有効スポット:16671であった。FFPEサンプルA、凍結組織それぞれについて、各遺伝子の小脳、肝臓のシグナル比小脳/肝臓を求め、共通有効遺伝子11985種について、凍結組織におけるシグナル比を縦軸に、FFPEサンプルAにおけるシグナル比を横軸にプロットして作成した散布図を図3に示した。FFPEA由来のRNAAから得られたaRNAと、コントロールである凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、上記の共通有効遺伝子におけるシグナル比の相関係数Rは0.905であった表4。ここで、相関係数Rは、2つのデータ群の相互関係の強さを定量的に表す指標であって、-1から1の間をとり、正の値であれば正の相関、負の値であれば負の相関、ゼロの時は無相関という。一般に、絶対値が0.5以上なら相関がある、0.5未満なら相関がないと判断することができ、2つのデータ群の相関の度合いが強いほど、その絶対値は1に近づく。なお、相関係数をMicrosoftOfficeExcelマイクロソフト社で求める場合は、correlという関数を使用すればよい。本発明においては、上記の、固定された組織または細胞から抽出されたRNAサンプルから調製されたaRNAと、コントロールである凍結組織由来のRNAサンプルから得られたaRNAの両者間で、共通に発現が確認さられた遺伝子について、上記のシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rが0.7以上であるときに相関が高いと判断した。相関係数Rは、0.8以上であることが好ましく、0.9以上であることがさらに好ましい。本実施例1においては、両者の相関が非常に高かったことから、本発明の方法により、固定されたFFPEサンプルにおいても、増幅バイアスの影響が低減されたaRNAが得られ、その結果定量性の高い遺伝子発現解析が可能であることがわかった。実施例2ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を23モルとした以外は、実施例1と同様の方法で、FFPEA肝臓、小脳から抽出されたRNAA、凍結組織肝臓、小脳から抽出されたRNAD各1μgから、それぞれaRNAを調製した。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:2.1μg、小脳FFPE:2.9μg、肝臓凍結組織:8.5μg、小脳凍結組織:10.1μgであった各増幅倍率は、2.1、2.9、8.5、10.1倍表4。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認したところ、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに200~300[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに約500[nt]にそれぞれピークがみられた図示せず。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。表4に示すとおり、有効スポット数は、肝臓FFPE:15910、小脳FFPE:16229、FFPEの共通有効スポット:13391、肝臓凍結組織:18601、小脳凍結組織:20186、凍結組織の共通有効スポット:17109であった。RNAAから得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.863であり、両者の相関が非常に高かった表4。実施例3RNAサンプルとして、RNAAの代わりにRNAA’を用い、ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を10モルとした以外は、実施例1と同様の方法で、FFPEA肝臓、小脳から抽出したRNAA’、凍結組織肝臓、小脳から抽出されたD各250ngから、それぞれaRNAを調製した。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:1.9μg、小脳FFPE:2.4μg、肝臓凍結組織:3.5μg、小脳凍結組織:4.3μgであった各増幅倍率は、7.6、9.5、14.1、17.3倍表4。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに200~300[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに約500[nt]にそれぞれピークがみられた図示せず。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。表4に示すとおり、有効スポット数は、肝臓FFPE:12385、小脳FFPE:13960、FFPEの共通有効スポット:11401、肝臓凍結組織:16832、小脳凍結組織:17968、凍結組織の共通有効スポット:15598であった。RNAA’から得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.809であり、両者の相関が高かった表4。実施例4RNAサンプルとして、RNAAの代わりに、FFPEB肝臓、小脳から抽出されたRNABを用いて、実施例1と同様にして、ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を16モルとして、RNAB、D各1μgから、それぞれaRNAを調製した。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:2.9μg、小脳FFPE:3.9μg、肝臓凍結組織:10.5μg、小脳凍結組織:12.6μgであった各増幅倍率は、2.9、3.9、10.5、12.6倍表5。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに200~300[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに500[nt]付近にそれぞれピークがみられた。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。表5に示すとおり、有効スポット数は、肝臓FFPE:15910、小脳FFPE:16229、FFPEの共通有効スポット:13391、肝臓凍結組織:18601、小脳凍結組織:20186、凍結組織の共通有効スポット:17109であった。RNABから得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.863であり、両者の相関が非常に高かった表5。実施例5ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を23モルとした以外は、実施例4と同様にして、FFPEB肝臓、小脳から抽出されたRNAB、凍結組織肝臓、小脳から抽出されたRNAD各1μgから、それぞれaRNAを調製した。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:2.0μg、小脳FFPE:2.7μg、肝臓凍結組織:9.6μg、小脳凍結組織:10.5μgであった各増幅倍率は、2.0、2.7、9.6、10.5倍表5。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに200~300[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに500[nt]付近にそれぞれピークがみられた図示せず。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。表5に示すとおり、有効スポット数は、肝臓FFPE:14287、小脳FFPE:15816、FFPEの共通有効スポット:12814、肝臓凍結組織:18821、小脳凍結組織:20105、凍結組織の共通有効スポット:17501であった。RNABから得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.851であり、両者の相関が非常に高かった表5。実施例6RNAサンプルとして、RNABの代わりにRNAB’を用い、ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を10モルとした以外は、実施例4と同様にして、FFPEB肝臓、小脳から抽出したRNAB’、凍結組織肝臓、小脳から抽出されたD各250ngから、それぞれaRNAを調製した。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:1.6μg、小脳FFPE:2.0μg、肝臓凍結組織:3.8μg、小脳凍結組織:4.2μgであった各増幅倍率は、6.3、8.1、15、16.9倍表5。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに200~300[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに500[nt]付近にそれぞれピークがみられた図示せず。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。表5に示すとおり、有効スポット数は、肝臓FFPE:11984、小脳FFPE:13107、FFPEの共通有効スポット:10835、肝臓凍結組織:16914、小脳凍結組織:17819、凍結組織の共通有効スポット:15681であった。RNAB’から得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.803であり、両者の相関が高かった表5。実施例7RNAサンプルとして、RNAAの代わりに、FFPEC肝臓、小脳から抽出されたRNACを用いて、実施例1と同様にして、ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を16モルとして、RNAC、D各1μgから、それぞれaRNAを調製した。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:3.9μg、小脳FFPE:5.1μg、肝臓凍結組織:10.3μg、小脳凍結組織:12.1μgであった各増幅倍率は、3.9、5.1、10.3、12.1倍表6。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに200~300[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに500[nt]付近にそれぞれピークがみられた図示せず。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。表6に示すとおり、有効スポット数は、肝臓FFPE:15328、小脳FFPE:16540、FFPEの共通有効スポット:14309、肝臓凍結組織:17899、小脳凍結組織:19316、凍結組織の共通有効スポット:16850であった。RNACから得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.925であり、両者の相関が非常に高かった表6。実施例8ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を23モルとした以外は、実施例7と同様にして、FFPEC肝臓、小脳から抽出されたRNAC、凍結組織肝臓、小脳から抽出されたRNAD各1μgから、それぞれaRNAを調製した。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:2.9μg、小脳FFPE:3.8μg、肝臓凍結組織:10.3μg、小脳凍結組織:12.1μgであった各増幅倍率は、2.9、3.8、10.3、12.1倍表6。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに200~300[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに500[nt]付近にそれぞれピークがみられた図示せず。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。表6に示すとおり、有効スポット数は、肝臓FFPE:15944、小脳FFPE:17027、FFPEの共通有効スポット:14895、肝臓凍結組織:18782、小脳凍結組織:20799、凍結組織の共通有効スポット:17244であった。RNACから得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.893であり、両者の相関が非常に高かった表6。実施例9RNAサンプルとして、RNACの代わりにRNAC’を用い、ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を10モルとした以外は、実施例7と同様にして、FFPEC肝臓、小脳から抽出したRNAC’、凍結組織肝臓、小脳から抽出されたD各250ngから、それぞれaRNAを調製した。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:2.2μg、小脳FFPE:2.5μg、肝臓凍結組織:3.7μg、小脳凍結組織:4.3μgであった各増幅倍率は、8.5、10.1、14.8、17倍表6。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに200~300[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに500[nt]付近にそれぞれピークがみられた図示せず。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。表6に示すとおり、有効スポット数は、肝臓FFPE:12543、小脳FFPE:14139、FFPEの共通有効スポット:11734、肝臓凍結組織:16640、小脳凍結組織:17693、凍結組織の共通有効スポット:15342であった。RNAC’から得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.861であり、両者の相関が高かった表6。比較例1ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を34モルとし、RNAの増幅工程を2回行った以外は、実施例1と同様の方法で、FFPEA肝臓、小脳から抽出されたRNAA、凍結組織肝臓、小脳から抽出されたRNAD各1μgから、次のようにしてそれぞれaRNAを調製した。マウス小脳、肝臓のRNAA各10ngから、逆転写酵素SuperScriptIIIInvitrogen社を用いてFirststrandcDNAを合成し、次にDNA合成酵素を添加してFirststrandDNAに相補的なSecondstrandcDNA合成を行った。シリカゲルベースのカラムを用いて合成したcDNAを精製した後、T7RNAポリメラーゼを用いたインビトロ転写反応を42°C、8時間行い、aRNAの増幅反応を行った。ここで得られた増幅産物を用いて、同様にFirststrandcDNA合成、secondstrandcDNA合成を行い、AA-UTPを含む試薬を用いてインビトロ転写反応を42°C、10時間行い、アミノアリル基を導入したaRNAの増幅反応を行った。本インビトロ転写反応に用いたヌクレオチド試薬に含まれるUTPAA-UTPに対するAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量は、34であった。増幅したaRNAを、シリカゲルベースのカラムを用いて精製し、分光光度計NanoDrop社により収量を求めた結果、肝臓FFPE:37.1μg、小脳FFPE:36.6μg、肝臓凍結組織:53.5μg、小脳凍結組織:70.7μgであった各増幅倍率は、3710、3660、5350、7070倍表7。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに100~200[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに400~500[nt]の間にそれぞれピークがみられた図示せず。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。表7に示すとおり、有効スポット数は、肝臓FFPE:13457、小脳FFPE:14138、FFPEの共通有効スポット:10852、肝臓凍結組織:15824、小脳凍結組織:16699、凍結組織の共通有効スポット:13647であった。また、FFPE、凍結組織それぞれについて、各遺伝子の小脳、肝臓のシグナル比小脳/肝臓を求め、共通有効遺伝子9556種について、凍結組織におけるシグナル比を縦軸に、FFPEサンプルAにおけるシグナル比を横軸にプロットして作成した散布図を図4に示した。RNAAから得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.495であり、両者の相関が低かった表7。比較例2ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を50モルとした以外は、実施例1と同様にして、FFPEA肝臓、小脳から抽出されたRNAA、凍結組織肝臓、小脳から抽出されたRNAD各1μgから、それぞれaRNAを調製した。しかし、RNAAにおいては、1μgのRNAから増幅を開始しても十分量のaRNAを得ることができなかったため、RNA量を3μgに変更して増幅工程を行った。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:3.6μg、小脳FFPE:5.1μg、肝臓凍結組織:5.4μg、小脳凍結組織:7.7μgであった各増幅倍率は、1.2、1.7、5.4、7.7倍表7。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEの場合は肝臓、小脳ともに100~200[nt]の間に、凍結組織の場合は肝臓、小脳ともに400~500[nt]の間にそれぞれピークがみられた。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。有効スポット数は、表7に示すとおり、肝臓FFPE:15091、小脳FFPE:16209、FFPEの共通有効スポット:13622、肝臓凍結組織:18669、小脳凍結組織:20871、凍結組織の共通有効スポット:17049であった。RNAAから得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.687であり、両者の相関が低かった表7。比較例3ヌクレオチド試薬に含まれるAA-UTPの割合AA-UTPのモル量/UTPのモル量AA-UTPのモル量を3モルとした以外は、実施例1と同様にして、FFPEA肝臓、小脳から抽出されたRNAA、凍結組織肝臓、小脳から抽出されたRNAD各1μgから、それぞれaRNAを調製した。得られたaRNAの収量は、肝臓FFPE:9.5μg、小脳FFPE:13.0μg、肝臓凍結組織:18.8μg、小脳凍結組織:21.3μgであった各増幅倍率は、9.5、13、18.8、21.3倍表7。aRNAのサイズを実施例1と同様にして確認した結果、FFPEは肝臓、小脳ともに100~200[nt]の間に、凍結組織は肝臓、小脳ともに400~500[nt]の間にそれぞれピークがみられた。実施例1と同様の条件にて、マイクロアレイ解析を実施し、各遺伝子のシグナル値を算出した。有効スポット数は、表7に示すとおり、肝臓FFPE:6036、小脳FFPE:7312、FFPEの共通有効スポット:5011、肝臓凍結組織:12789、小脳凍結組織:14871、凍結組織の共通有効スポット:11049であった。本比較例で有効スポット数が少なかった原因として、インビトロ転写反応におけるアミノアリル基の導入量が少なかったため、蛍光標識体であるCy5の標識量が少なくなり、バックグラウンド値が高くなったことが考えられた。RNAAから得られたaRNAと、凍結組織由来のRNADから得られたaRNAとの間の、共通有効遺伝子におけるシグナル比小脳/肝臓の相関係数Rは0.653であり、両者の相関が低かった。"