"嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス調節因子CFTR遺伝子またはタンパク質における表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異の存在を決定するために被験体から得た試料を検査する工程を含む方法であって、前記1つ以上の突然変異の存在が、前記被験体が嚢胞性線維症CFもしくはCF関連障害を有するか、CFもしくはCF関連障害を発症する危険性があるか、またはCFTR突然変異の保因者であることの指標となる、方法。前記1つ以上の突然変異が、表1、2または3から選択される、請求項1に記載の方法。前記1つ以上の突然変異が、表1または2から選択される、請求項1に記載の方法。前記1つ以上の突然変異が、表1から選択される、請求項1に記載の方法。前記1つ以上の突然変異が、CFTR突然変異パネルの一部である、請求項1に記載の方法。前記試料が、核酸を含む、前述の請求項のいずれか一項に記載の方法。前記検査する工程が、核酸配列決定を含む、請求項5に記載の方法。前記検査する工程が、ハイブリダイゼーションを含む、請求項5に記載の方法。前記ハイブリダイゼーションが、表1、表2、表3または表4から選択される前記1つ以上の突然変異に対応するCFTR遺伝子配列番号:1内の領域に特異的な1つ以上のオリゴヌクレオチドプローブを使用し、かつ単一ヌクレオチドミスマッチを許容しないように、十分にストリンジェントな条件下で行われる、請求項7に記載の方法。前記ハイブリダイゼーションが、マイクロアレイを用いて行われる、請求項7または8に記載の方法。前記検査する工程が、制限酵素消化を含む、請求項5に記載の方法。前記検査する工程が、PCR増幅を含む、請求項5に記載の方法。前記PCR増幅が、デジタルPCR増幅またはリアルタイムPCRである、請求項11に記載の方法。前記検査する工程が、プライマー伸長を含む、請求項5に記載の方法。前記プライマー伸長が、一塩基プライマー伸長である、請求項13に記載の方法。前記検査する工程が、マルチプレックス対立遺伝子特異的プライマー伸長ASPEを行うことを含む、請求項5に記載の方法。前記試料が、タンパク質を含む、請求項1に記載の方法。前記検査する工程が、アミノ酸配列決定を含む、請求項16に記載の方法。前記検査する工程が、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異に対応する1つ以上のエピトープを特異的に認識する1つ以上の抗体を使用してイムノアッセイを行うことを含む、請求項16に記載の方法。前記検査する工程が、プロテアーゼ消化を含む、請求項16に記載の方法。前記プロテアーゼ消化が、トリプシン消化である、請求項19に記載の方法。前記検査する工程が、2Dゲル電気泳動をさらに含む、請求項19に記載の方法。前記検査する工程が、質量分析を用いて前記1つ以上の突然変異の存在を決定することを含む、請求項1に記載の方法。前記質量分析の形式が、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化、飛行時間型MALDI-TOF、エレクトロスプレーES、IR-MALDI、イオンサイクロトロン共鳴ICR、フーリエ変換、およびそれらの組み合わせの中から選択される、請求項22に記載の方法。前記試料が、細胞、組織、全血、口内洗浄液、血漿、血清、尿、糞便、唾液、臍帯血、絨毛膜絨毛試料、絨毛膜絨毛試料培養物、羊水、羊水培養物、頚部洗浄液、およびそれらの組み合わせから得られる、請求項1に記載の方法。CFTR突然変異についての追加の検査と共に用いられる、請求項1に記載の方法。正常CFTR遺伝子には特異的に結合するが、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子には結合しない核酸プローブ。正常CFTR遺伝子には特異的に結合するが、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子には結合しない1つ以上のプローブを含むアレイ。表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子には特異的に結合するが、正常CFTR遺伝子には結合しない核酸プローブ。表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子には特異的に結合するが、正常CFTR遺伝子には結合しない1つ以上のプローブを含むアレイ。正常CFTRタンパク質には特異的に結合するが、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTRタンパク質には結合しない抗体。表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTRタンパク質には特異的に結合するが、正常CFTRタンパク質には結合しない抗体。正常CFTR遺伝子またはタンパク質と表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子またはタンパク質とを区別する1つ以上の試薬を含むキット。前記1つ以上の試薬が、1つ以上の核酸プローブを含む、請求項32に記載のキット。前記1つ以上の試薬が、1つ以上の抗体を含む、請求項32に記載のキット。前記1つ以上の試薬が、マイクロアレイの形態である、請求項32に記載のキット。プライマー伸長のための試薬をさらに含む、請求項32に記載のキット。健常個体の指標となる対照をさらに含む、請求項32に記載のキット。個体が、CFもしくはCF関連障害を有するかどうか、CFもしくはCF関連障害を発症する危険性があるかどうか、またはCFTR突然変異の保因者であるかどうかを決定する方法についての指示をさらに含む、請求項32に記載のキット。表1、表2、表3および表4に示す1つ以上の突然変異に対応する情報をコードするコンピュータ可読媒体。a被験体から得た試料を提供する工程;bCFTR遺伝子またはタンパク質における、表1、表2、表3または表4から選択される所定の位置での突然変異の存在について、前記試料を検査する工程を含む方法であって、前記所定の位置での前記突然変異の存在が、前記被験体のCFもしくはCF関連障害を発症する危険性が増大しているか、または前記被験体がCFTR突然変異の保因者であることの指標となる、方法。前記検査する工程が、表1、表2、表3または表4から選択される前記所定の位置でのヌクレオチドおよび/またはアミノ酸の正体を決定することを含む、請求項40に記載の方法。前記突然変異の存在が、前記所定の位置でのヌクレオチドおよび/またはアミノ酸の正体を対照と比較することによって決定される、請求項41に記載の方法。前記突然変異が表1、表2、表3または表4に載っているかどうかを決定する工程をさらに含む、請求項40に記載の方法。従って、白人CF患者の残りの30に存在する他のCFTR突然変異体対立遺伝子、ならびに他の人種および民族群において見いだされる他の対立遺伝子についての、より有効な遺伝子スクリーニングが必要とされている。そのような対立遺伝子についての知識は、スクリーニングおよび/または検査用のプローブを設計するために、ならびに他のスクリーニングおよび/または検査法を考案するために、用いることができる。CFTR突然変異体対立遺伝子に利用可能なプローブセットが完全であるほど、診断は正確になる。本発明は、CFおよびCF関連障害のより正確な診断に用いることができる、CFTR遺伝子において同定された新規突然変異に関する方法、製品およびシステムを提供する。1つの態様において、本発明は、CFTR遺伝子における突然変異について検査するための方法を提供し、この方法は、CFTR遺伝子またはタンパク質における表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異の存在を決定するために被験体から得た試料を検査することを含み、この検査において、前記1つ以上の突然変異の存在は、前記被験体がCFもしくはCFTR関連障害を有するか、CFもしくはCF関連障害を発症する危険性があるか、またはCFTR突然変異の保因者であることを示す。一部の実施形態において、前記1つ以上の突然変異は、表1、2または3から選択される。一部の実施形態において、前記1つ以上の突然変異は、表1または2から選択される。一部の実施形態において、前記1つ以上の突然変異は、表1から選択される。一部の実施形態において、表1、表2、表3または表4から選択される前記1つ以上の突然変異は、CFTR突然変異のパネルの一部である。本発明のさらに他の実施形態は、前記方法を行うためのシステムを含む。例えば、前記システムは、CFTR遺伝子またはタンパク質における表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異の存在を決定するために被験体から得た試料を検査するためのステーションまたはデバイスを具備することができ、この検査において、前記1つ以上の突然変異の存在は、前記被験体がCFもしくはCFTR関連障害を有するか、CFもしくはCF関連障害を発症する危険性があるか、またはCFTR突然変異の保因者であることを示す。一部の実施形態において、前記1つ以上の突然変異は、表1、2または3から選択される。一部の実施形態において、前記1つ以上の突然変異は、表1または2から選択される。一部の実施形態において、前記1つ以上の突然変異は、表1から選択される。一部の実施形態において、表1、表2、表3または表4から選択される前記1つ以上の突然変異は、CFTR突然変異のパネルの一部である。また、前記システムは、データの分析および/または解釈のためのデバイスを具備することができる。例えば、本発明の突然変異のうちの1つの存在についてのデータを分析するためのソフトウェアを有するコンピュータを前記システムに含めることができる。以下の実施形態を本発明の方法またはシステムのいずれかにおいて用いることができる。一部の実施形態において、前記試料は、単離された核酸を含有する。一部の実施形態において、前記検査する工程は、核酸配列決定を含む。一部の実施形態において、前記検査する工程は、ハイブリダイゼーションを含む。一部の実施形態において、前記ハイブリダイゼーションは、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異に対応するCFTR遺伝子配列番号:1図1内の領域に特異的な1つ以上のオリゴヌクレオチドプローブを使用して、および単一ヌクレオチドミスマッチを許容しないように、十分にストリンジェントな条件下で行われる。一部の実施形態において、前記ハイブリダイゼーションは、マイクロアレイを用いて行われる。一部の実施形態において、前記検査する工程は、制限酵素消化を含む。一部の実施形態において、前記検査する工程は、PCR増幅を含む。一部の実施形態において、前記PCR増幅は、デジタルPCR増幅である。一部の実施形態において、前記検査する工程は、プライマー伸長を含む。一部の実施形態において、前記プライマー伸長は、一塩基プライマー伸長である。一部の実施形態において、前記検査する工程は、マルチプレックス対立遺伝子特異的プライマー伸長multiplexallele-specificprimerextensionASPEを行うことを含む。さらに他の実施形態において、前記検査する工程は、リアルタイムPCRを行うことを含む場合がある。一部の実施形態において、前記試料は、精製または部分精製タンパク質を含有する。一部の実施形態において、前記検査する工程は、アミノ酸配列決定を含む。例えば、一定の実施形態において、前記システムは、アミノ酸配列決定用のデバイスを含む。一部の実施形態において、前記検査する工程は、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異に対応する1つ以上のエピトープを特異的に認識する1つ以上の抗体を使用してイムノアッセイを行うことを含む。一部の実施形態において、前記検査する工程は、プロテアーゼ消化例えば、トリプシン消化を含む。一部の実施形態において、前記検査する工程は、2Dゲル電気泳動を行うことを含む。一部の実施形態において、前記検査する工程は、質量分析を用いて前記1つ以上の突然変異の存在を決定することを含む。一部の実施形態において、前記質量分析の形式は、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化、飛行時間型MALDI-TOF、エレクトロスプレーES、IR-MALDI、イオンサイクロトロン共鳴ICR、フーリエ変換、およびそれらの組み合わせの中から選択される。一部の実施形態において、前記試料は、細胞、組織、全血、口内洗浄液、血漿、血清、尿、糞便、唾液、臍帯血、絨毛膜絨毛試料、絨毛膜絨毛試料培養物、羊水、羊水培養物、頚部洗浄液transcervicallavagefluid、およびそれらの組み合わせから得られる。さらなる実施形態において、前記試料は、該試料が含有する胎児核酸における1つ以上のCFTR突然変異の存在について該試料を検査するために、妊婦から得られる。例えば、一定の実施形態において、前記システムは、前記試料を処理するためのステーションを具備する。さらにもう1つの態様において、本発明は、CFTR突然変異についてスクリーニングおよび/または検査するための方法を提供し、この方法は、a被験体から得た試料を提供する工程;bCFTR遺伝子またはタンパク質における、表1、表2、表3または表4から選択される所定の位置での突然変異の存在について、前記試料を検査する工程を含み、前記所定の位置での突然変異の存在は、前記被験体のCFもしくはCF関連障害を発症する危険性が増大しているか、または前記被験体がCFTR突然変異の保因者であることの指標となる。本発明のさらに他の実施形態は、前記方法を行うためのシステムを含む。例えば、前記システムは、CFTR遺伝子またはタンパク質における表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異の存在を決定するために被験体から得た試料を検査するためのステーションまたはデバイスを具備することができ、この検査において、前記1つ以上の突然変異の存在は、前記被験体がCFもしくはCFTR関連障害を有するか、CFもしくはCF関連障害を発症する危険性があるか、またはCFTR突然変異の保因者であることを示す。一部の実施形態において、前記1つ以上の突然変異は、表1、2または3から選択される。一部の実施形態において、前記1つ以上の突然変異は、表1または2から選択される。一部の実施形態において、前記1つ以上の突然変異は、表1から選択される。一部の実施形態において、表1、表2、表3または表4から選択される前記1つ以上の突然変異は、CFTR突然変異のパネルの一部である。また、前記システムは、データの分析および/または解釈のためのデバイスを具備することができる。例えば、本発明の突然変異のうちの1つの存在についてのデータを分析するためのソフトウェアを有するコンピュータを前記システムに含めることができる。以下の実施形態を本発明の方法またはシステムのいずれかにおいて用いることができる。一部の実施形態において、前記検査する工程は、表1、表2、表3または表4から選択される所定の位置でのヌクレオチドおよび/またはアミノ酸の正体を決定することを含む。一部の実施形態において、前記突然変異の存在は、前記所定の位置でのヌクレオチドおよび/またはアミノ酸の正体を対照と比較することによって決定される。一部の実施形態において、前記方法は、前記突然変異が表1、表2、表3または表4に載っているかどうかを決定する工程をさらに含む。もう1つの態様において、本発明は、本明細書に記載する新規CFTR突然変異を検出するための製品、例えば試薬、を提供する。そのような試薬を、タンパク質配列および/または核酸配列における本明細書に記載する突然変異の検出のために使用することができる。一部の実施形態において、本発明は、正常なCFTR遺伝子に特異的に結合するが、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子にはしない核酸プローブを提供する。一部の実施形態において、本発明は、多数のプローブ例えば、リアルタイムPCRもしくは配列決定のために使用することができるようなもの、または1つ以上のプローブを含有するアレイを提供し、これらのプローブは、正常なCFTR遺伝子に特異的に結合するが、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子にはしない。一部の実施形態において、本発明は、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子に特異的に結合するが、正常CFTR遺伝子にはしない核酸プローブを提供する。一部の実施形態において、前記アレイは、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子に特異的に結合するが、正常CFTR遺伝子にはしない1つ以上のプローブを含む。一部の実施形態において、本発明は、正常なCFTRタンパク質に特異的に結合するが、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTRタンパク質にはしない抗体を提供する。一部の実施形態において、本発明は、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTRタンパク質には特異的に結合するが、正常CFTRタンパク質には結合しない抗体を提供する。一部の実施形態において、本発明は、正常CFTR遺伝子またはタンパク質と表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子またはタンパク質とを識別する1つ以上の試薬を含むキットを提供する。そのようなキットは、例えばCFTR突然変異についてのスクリーニングおよび/または検査に、有用であり得る。一部の実施形態において、前記1つ以上の試薬は、1つ以上の核酸プローブを含む。一部の実施形態において、前記1つ以上の試薬は、1つ以上の抗体を含む。一部の実施形態において、前記1つ以上の試薬は、マイクロアレイの形態で備えられる。一部の実施形態において、前記キットは、プライマー伸長用の試薬をさらに含む。または、突然変異の検出用のプローブを備えさせることができる。一部の実施形態において、前記キットは、健常個体の指標となる対照をさらに含む。一部の実施形態において、前記キットは、個体が、CFもしくはCF関連障害を有するかどうか、CFもしくはCF関連障害を発症する危険性があるかどうか、またはCFTR突然変異の保因者であるかどうかを決定する方法についての指示を含む。さらにもう1つの態様において、本発明は、表1、表2、表3および表4に示す1つ以上の突然変異に対応する情報をコードするコンピュータ可読媒体を提供する。そのようなコンピュータ可読媒体は、本明細書に記載のシステムの一部であり得る。本発明の他の特徴、目的および利点は、後続の詳細な説明およびクレームでわかる。しかし、詳細な説明、図面およびクレームは、本発明の実施形態を示すものであるが、限定としてではなく単に実例として与えるものである。本発明の範囲内の様々な変更および変形が当業者に明らかになるだろう。定義本発明をより容易に理解するために、一定の用語を先ず定義する。以下の用語および他の用語についての追加の定義を本明細書中いたるところに示す。本願において、またはの使用は、別の言明がない限り、および/またはを意味する。本願において用いる場合、用語含むcompriseおよびこの用語の語尾変化形、例えば含む動名詞形:comprisingおよび含む三人称単数現在形:comprisesは、他の添加物、成分、整数または工程を除外しないためのものである。本願において用いる場合、用語約およびおおよそは、同義語として用いる。約/おおよそを伴うまたは伴わない、本願において用いるいずれの数詞も、当業者によって理解されている任意の通常のゆらぎをカバーすることを意図したものである。一定の実施形態において、用語おおよそまたは約は、別の言明がない限り、または別様に文脈から明白でない限りそのような数値が、可能な値の100を超える場合を除き、言明する参照値の両方向により大きいまたはより小さい25、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1、またはそれ未満の範囲内に入る値の範囲を指す。抗体:本願において用いる場合、用語抗体は、免疫グロブリン遺伝子または免疫グロブリン遺伝子のフラグメントによって実質的にコードされている1つ以上のポリペプチドから成るポリペプチドを指す。認知されている免疫グロブリン遺伝子としては、カッパ、ラムダ、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロンおよびミュー定常領域遺伝子、ならびに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子が挙げられる。軽鎖は、典型的にカッパまたはラムダのいずれかとして分類される。重鎖は、典型的にガンマ、ミュー、アルファ、デルタまたはイプシロンとして分類され、そしてまたこれらが、免疫グロブリンクラスIgG、IgM、IgA、IgDおよびIgEをそれぞれ規定する。典型的な免疫グロブリン抗体構造単位が四量体を構成することは公知である。各四量体は、ポリペプチド鎖の2つの同一のペアから成り、各ペアは、1本の軽鎖約25kDおよび1本の重鎖約50~70kDを有する。各鎖のN末端は、抗原認識を主として担当する約100から110以上のアミノ酸の可変領域を規定する。用語可変軽鎖VLおよび可変重鎖VHは、これらの軽および重鎖をそれぞれ指す。抗体は、特定の抗原に特異的であることができる。抗体またはその抗原は、分析物または結合パートナーのいずれかであり得る。抗体は、インタクト免疫グロブリンとして、または様々なペプチダーゼでの消化によって生成される多数の十分に特性づけされたフラグメントとして、存在する。従って、例えば、ペプシンは、ヒンジ領域内のジスルフィドリンケージより下で抗体を消化してFab’2を生成し、このFab’2はFabの二量体であり、このFabは、それ自体、ジスルフィド結合によってVH-CH1に連結されている軽鎖である。Fab’2を穏やかな条件下で還元して、ヒンジ領域内のジスルフィドリンケージを破壊し、それによってそのFab’2二量体をFab’単量体に変換することができる。Fab’単量体は、本質的に、ヒンジ領域の一部を伴うFabである抗体フラグメントのより詳細な説明については、FundamentalImmunology、W.E.Paul編、RavenPress、N.Y.1993を参照のこと。様々な抗体フラグメントが、インタクト抗体の消化の点から定義されているが、化学的にまたは組換えDNA方法論を利用することによってそのようなFab’フラグメントを新たに合成できることは当業者には理解されるであろう。従って、用語抗体は、本願において用いる場合、全長抗体の修飾によって生成された抗体フラグメント、または組換えDNA方法論を用いて新たに合成された抗体フラグメントも含む。一部の実施形態において、抗体は、可変重および軽鎖が互いに直接またはペプチドリンカーによって連結されて連続ポリペプチドを形成する一本鎖FvscFv抗体などの一本鎖抗体である。一本鎖FvscFvポリペプチドは、直接連結されているまたはペプチドをコードするリンカーによって連結されているVHをコードする配列とVLをコードする配列とを含む核酸から発現され得る、共有結合型VH::VLヘテロ二量体である例えば、Hustonら1988Proc.Nat.Acad.Sci.USA、85:5879-5883を参照;この全内容は参照により本明細書に援用されている。抗体V領域からの自然に凝集した、しかし化学的に分離された軽および重ポリペプチド鎖を、抗原結合部位の構造と実質的に同様の三次元構造にフォールディングすることとなるscFv分子に変換するために、多数の構造が存在する。例えば、米国特許第5,091,513号および同第5,132,405号および同第4,956,778号を参照のこと。対立遺伝子:本願において用いる場合、用語対立遺伝子は、同じ遺伝子座例えば遺伝子のヌクレオチド配列の異なるバージョンを指す。対立遺伝子特異的プライマー伸長ASPE:本願において用いる場合、用語対立遺伝子特異的プライマー伸長ASPEは、対応するDNA配列にハイブリダイズするプライマーであって、そのようなプライマーの3’末端ヌクレオチドのハイブリダイゼーション成功に依存して伸長されるものであるプライマーを利用する、突然変異検出方法を指す。典型的に、ターゲット配列との完全マッチを生じさせる3’末端ヌクレオチドを有する伸長プライマーを伸長させて、伸長生成物を形成する。修飾ヌクレオチドを伸長生成物に組み込むことができ、そのようなヌクレオチドは、検出のために伸長生成物を有効に標識する。あるいは、そうではなく、伸長プライマーは、ターゲット配列とのミスマッチを生じさせる3’末端ヌクレオチドを含むことがある。この場合、プライマー伸長は、伸長に用いられるポリメラーゼがエキソヌクレアーゼ活性を偶発的に有さない限り起こらない。増幅:本願において用いる場合、用語増幅は、ターゲット核酸をコピーするための方法であって、その結果、選択核酸配列のコピー数を増加させるものである当該技術分野において公知の任意のコピー方法を指す。増幅は、指数関数的であることもあり、または線形であることもある。ターゲット核酸は、DNAまたはRNAのいずれであってもよい。典型的に、このようにして増幅された配列は、アンプリコンを形成する。増幅は、ポリメラーゼ連鎖反応PCR、転写ベースの増幅、等温増幅、ローリングサークル増幅などをはじめとするしかしこれらに限定されない様々な方法で遂行することができる。プライマーペアの相対的に類似した量のそれぞれのプライマーを用いて増幅を行って、二本鎖アンプリコンを生じさせることができる。しかし、当該技術分野において周知であるように例えば、Poddarら、Molec.AndCell.Probes14:25-322000、非対称PCRを用いて、主としてまたは排他的に一本鎖生成物を増幅することができる。これは、それぞれのプライマーペアを、一方のプライマーの濃度をそのペアの他方のプライマーに対して有意に低減させること例えば、100倍の差によって使用して、果たすことができる。非対称PCRによる増幅は、一般に線形である。加えて、リアルタイムPCRなどの方法を利用することができる。当業者は、異なる増幅法を一緒に用いることができることがわかるであろう。動物:本願において用いる場合、用語動物は、動物界の任意の構成員を指す。一部の実施形態において、動物は、任意の発育段階のヒトを指す。一部の実施形態において、動物は、任意の発育段階の非ヒト動物を指す。一定の実施形態において、前記非ヒト動物は、哺乳類例えば、齧歯動物、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、および/またはブタである。一部の実施形態において、動物としては、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、昆虫、および/または蠕虫が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態において、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子改変動物、および/またはクローンであり得る。おおよそ:本願において用いる場合、用語おおよそまたは約は、関心のある1つ以上の値に適用するとき、言明する参照値に類似している値を指す。一定の実施形態において、用語おおよそまたは約は、別の言明がない限り、または別様に文脈から明白でない限りそのような数値が、可能な値の100を超える場合を除き、言明する参照値の両方向により大きいまたはより小さい25、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1、またはそれ未満の範囲内に入る値の範囲を指す。生体試料:本願において用いる場合、用語生体試料は、生物源から得られる任意の試料を包含する。生体試料としては、非限定的例として、血液、羊水、血清、尿、糞便、表皮試料、皮膚試料、チークスワブ、精液、羊水、培養細胞、骨髄試料および/または絨毛膜絨毛を挙げることができる。適便な生体試料は、例えば口腔前庭の表面から細胞を擦過採取することによって、得ることができる。用語生体試料は、本明細書に記載の検出のために核酸またはタンパク質を遊離するように処理したまたは別様に利用可能にした試料を包含する。例えば、生体試料としては、生体試料中の細胞からRNAの逆転写によって得たcDNAを挙げることができる。前記生体試料は、胎児、若年成人、成人およびこれらに類するものなどのライフステージから得ることができる。固定または凍結組織も使用することができる。保因者:用語保因者は、CFに関連して用いる場合、症状のない人であるが、彼の/彼女の子供に伝えられ得るCFTR突然変異を保有する人を指す。典型的に、保因者は、病因性突然変異を含有する1つのCFTR対立遺伝子と、正常であるまたは疾患に関連のない第二の対立遺伝子と保有する。CFおよびCF関連障害は、常染色体劣性疾患であり、これは、突然変異が、非疾患関連対立遺伝子を伴うヘテロ接合構造で存在するとき表現型効果を殆どまたはまったく生じさせないが、人が、ホモ接合性である、すなわち両方のCFTR対立遺伝子が同じ病因性突然変異を含有する突然変異体対立遺伝子である、または複合ヘテロ接合性である、すなわち両方のCFTR対立遺伝子が2つの異なる病因性突然変異を含有する突然変異体対立遺伝子である、とき疾病状態を生じさせることを意味する。保因者ステータスは、ある人が保因者であるか否かである。コード配列対非コード配列:本願において用いる場合、用語コード配列は、転写および/または翻訳されて、mRNAをおよび/またはそのポリペプチドもしくはそのポリペプチドのフラグメントについてのmRNAを生成させることができる、核酸もしくはその補体の配列、またはそれらの一部を指す。コード配列は、細胞の生化学的機構によって互いに連結されて成熟mRNAを生じさせる、ゲノムDNAまたは未成熟一次RNA転写産物内のエキソンを含む。アンチセンス鎖は、そのような核酸の補体であり、コード配列をそこから推論することができる。本願において用いる場合、用語非コード配列は、インビボでアミノ酸に転写されない、またはtRNAがアミノ酸を配置するように相互作用しないもしくはアミノ酸を配置するように試みない、核酸もしくはその補体の配列、またはその一部を指す。非コード配列は、ゲノムDNAまたは未成熟一次RNA転写産物内のイントロン配列と、プロモーター、エンハンサー、サイレンサーなどのような遺伝子付随配列の両方を含む。補体:本願において用いる場合、用語補体、相補的および相補性は、ワトソン/クリック対合規則によるヌクレオチド配列の対合を指す。例えば、配列5’-GCGGTCCCA-2’は、5’-TGGGACCGC-3’の相補的配列を有する。相補的配列は、DNA配列に相補的なRNAの配列である場合もある。天然核酸において一般に見いだされない一定の塩基が、イノシン、7-デアザグアニン、ロックド核酸LNAおよびペプチド核酸PNAをはじめとするしかしこれらに限定されない相補的核酸の中に含まれていることがある。補体は、完全である必要はない;安定したデュプレックスが、ミスマッチ塩基対、変性したまたはマッチしていない塩基を含有することもある。核酸技術分野の技術者は、例えばオリゴヌクレオチドの長さ、オリゴヌクレオチドの塩基組成および配列、イオン強度ならびにミスマッチ塩基対の発生率を含む多数の変数を考慮して、経験的にデュプレックス安定性を決定することができる。対照:本願において用いる場合、用語対照は、結果を比較する標準物質であるという、その技術分野で了解されている意味を有する。典型的に、対照は、変数を分離することによるそのような変数について推断するための実験において完全性を増大させるために用いられる。一部の実施形態において、対照は、比較対照を得るために検査反応またはアッセイと同時に行われる、反応またはアッセイである。1つの実験では、検査すなわち、検査される変数を適用する。第二の実験対照では、検査される変数を適用しない。一部の実施形態において、対照は、歴史的対照すなわち、以前に行われた検査もしくはアッセイのもの、または既知である量もしくは結果である。一部の実施形態において、対照は、印刷されたまたは別様に保存された記録である、または前記記録を含む。対照は、陽性対照であることもあり、または陰性対照であることもある。粗製の:本願において用いる場合、用語粗製のは、生体試料に関連して用いるとき、実質的に未精製状態試料を指す。例えば、粗製試料は、細胞溶解産物または生検組織試料であり得る。粗製試料は、溶解状態で存在することもあり、または乾燥標本として存在することもある欠失:本願において用いる場合、用語欠失は、天然に存在する核酸から1つ以上のヌクレオチドを除去する突然変異を包含する。エピトープ:本願において用いる場合、用語エピトープは、特定の抗体または抗体様タンパク質と接触する、分子または分子化合物例えば、ポリペプチドもしくはタンパク質複合体のフラグメントまたは一部分を指す。家族歴:本願において用いる場合、用語家族歴は、親および兄弟を含む、個人の直近の血縁関係の家族immediatefamilymenberに関係する事象例えば、CF疾患、CF関連障害またはCFTR突然変異保因者の存在を概して指す。時として、家族歴は、祖父母も含むことがある。隣接する:本願において用いる場合、隣接するは、プライマーが、ターゲット核酸にハイブリダイズして、該ターゲット上の増幅しようとする関心のある領域と隣り合うことを意味する。好ましいプライマーは、適するDNAポリメラーゼによってヌクレオチドがプライマーの3’末端に付加され得るように、関心のある領域ターゲット二本鎖DNA分子のそれぞれの鎖に1つから3’にハイブリダイズするプライマーのペアであることは、当業者にはわかるであろう。例えば、突然変異体CTFR配列に隣接するプライマーは、実際には該突然変異体配列にアニールするのではなく、むしろ該突然変異体配列と隣り合う配列にアニールする。一部のケースでは、CFTRエキソンに隣接するプライマーは、一般に、該エキソン配列にアニールするのではなく、むしろ該エキソンと隣り合う配列例えば、イントロン配列にアニールするように設計される。しかし、一部のケースでは、増幅プライマーがエキソン配列にアニールするように設計され得る。遺伝子型:本願において用いる場合、用語遺伝子型は、生物の遺伝子構造を指す。より具体的には、この用語は、個体内に存在する対立遺伝子の同一性を指す。個体またはDNA試料の遺伝子型決定は、既知多型部位に個体が有する2つの対立遺伝子の、ヌクレオチド塩基の点からの、性質を同定することを指す。ヘテロ接合性:本願において用いる場合、用語ヘテロ接合性またはHETは、同じ遺伝子の2つの異なる対立遺伝子を有する個体を指す。本願において用いる場合、用語ヘテロ接合性は、複合ヘテロ接合性または複合ヘテロ接合性突然変異体を包含する。本願において用いる場合、用語複合ヘテロ接合性は、2つの異なる対立遺伝子を有する個体を指す。本願において用いる場合、用語複合ヘテロ接合性突然変異体は、対立遺伝子の2つの異なるコピーを有する個体を指し、このような対立遺伝子は、遺伝子の突然変異体形態として特徴づけられる。用語突然変異体は、本願において用いる場合、突然変異した、またはことによると非機能性の遺伝子形態を指すCFTR遺伝子の突然変異を参照のこと。ホモ接合性:本願において用いる場合、用語ホモ接合性は、同じ対立遺伝子の2つのコピーを有する個体を指す。本願において用いる場合、用語ホモ接合性突然変異体は、同じ対立遺伝子の2つのコピーを有する個体を指し、このような対立遺伝子は、遺伝子の突然変異体形態として特徴づけられる。用語突然変異体は、本願において用いる場合、突然変異した、またはことによると非機能性の遺伝子形態を指す。ハイブリダイズ:本願において用いる場合、用語ハイブリダイズまたはハイブリダイゼーションは、2つの相補的核酸鎖が、適度にストリンジェントな条件下で互いにアニールするプロセスを指す。ハイブリダイゼーションに適するオリゴヌクレオチドまたはプローブは、典型的に、長さ10~100ヌクレオチド例えば、長さ18~50、12~70、10~30、10~24、18~36ヌクレオチドを有する。核酸ハイブリダイゼーション技術は、当該技術分野において周知である。例えば、Sambrookら、1989、MolecularCloning:ALaboratoryManual、第二版、ColdSpringHarborPress、Plainview、N.Y.を参照のこと。当業者は、少なくとも所望のレベルの相補性を有する配列は安定的にハイブリダイズするが、より低い相補性を有するものはしないようにハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーをどのように推定または調整するか承知している。ハイブリダイゼーション条件およびパラメータの例については、例えば、Sambrookら、1989、MolecularCloning:ALaboratoryManual、第二版、ColdSpringHarborPress、Plainview、N.Y.;Ausubel,F.M.ら、1994、CurrentProtocolsinMolecularBiology、JohnWileySons、Secaucus、N.J.を参照のこと。挿入または付加:本願において用いる場合、用語挿入または付加は、天然に存在する分子と比較して、それぞれ、1つ以上のアミノ酸残基またはヌクレオチドの付加を生じさせる結果となる、アミノ酸またはヌクレオチド配列の変化を指す。インビトロ:本願において用いる場合、用語インビトロは、多細胞生物の体内でではなく、人工的環境で、例えば、試験管または反応容器内、細胞培養などで、発生する事象を指す。インビボ:本願において用いる場合、用語インビボは、非ヒト動物などの多細胞生物の体内で発生する事象を指す。単離された:本願において用いる場合、用語単離されたは、1天然にであろうと、および/または実験環境でであろうと最初に生産されたときに会合していた成分のうちの少なくとも一部から分離された、および/または2人の手によって生産、調製および/または製造された、物質および/またはエンティティーを指す。単離された物質および/またはエンティティーは、それらが当初会合していた他の成分の少なくとも約10、約20、約30、約40、約50、約60、約70、約80、約90、約95、約98、約99、実質的に100、または100から分離され得る。一部の実施形態において、単離された薬剤は、約80より高く、約85、約90、約91、約92、約93、約94、約95、約96、約97、約98、約99、実質的に100、または100純粋である。本願において用いる場合、物質は、他の成分が実質的にないとき、純粋である。本願において用いる場合、用語単離された細胞は、多細胞生物に含有されていない細胞を指す。標識された:用語標識されたおよび検出可能薬剤または部分で標識されたは、エンティティー例えば、核酸プローブ、抗体などを、例えば別のエンティティー例えば、核酸、ポリペプチドなどへの結合後に、可視化することができることを明記するために本明細書では交換可能に用いている。測定できるシグナルであって、その強度が結合されたエンティティーの量に関係づけられる例えば比例するものであるシグナルを生じさせるような検出可能薬剤または部分を選択することができる。タンパク質およびペプチドを標識および/または検出するための多種多様なシステムが当該技術分野において公知である。標識されたタンパク質およびペプチドは、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的、化学的または他の手段により検出可能である標識の組み込みまたは前記標識へのコンジュゲーションによって、調製することができる。標識または標識部分は、直接検出可能であることがあるすなわち、それは、検出可能であるためにいずれのさらなる反応もしくは操作を必要としない;例えば、蛍光体は直接検出可能である、または間接的に検出可能であることがあるすなわち、検出可能である別のエンティティーとの反応もしくは結合によってそれを検出可能にする;例えば、ハプテンは、蛍光体などのレポーターを含む適切な抗体との反応後、免疫染色によって検出可能である。適する検出可能薬剤としては、放射性核種、蛍光体、化学発光剤、マイクロ粒子、酵素、比色標識、磁性標識、ハプテン、分子ビーコン、アプタマービーコン、およびこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定されない。マルチプレックスPCR:本願において用いる場合、用語マルチプレックスPCRは、別個のプライマーペアを使用してそれぞれプライミングされる、2つ以上の領域の増幅を指す。マルチプレックスASPE:本願において用いる場合、用語マルチプレックスASPEは、多型を検出するための、マルチプレックスPCRと対立遺伝子特異的プライマー伸長を併用するアッセイを指す。典型的には、マルチプレックスPCRを用いて、ASPEプライマーのためのターゲット配列としての役割を果たすDNAの領域を先ず増幅する。対立遺伝子特異的プライマー伸長の定義を参照のこと。CFTR遺伝子の突然変異:本願において用いる場合、用語CFTR遺伝子の突然変異は、野生型CFTR遺伝子配列と比較して1つ以上の異常な核酸配列を指す。CFTR遺伝子の突然変異を突然変異体CF配列とも呼ぶ。CFTR遺伝子の突然変異は、置換例えば、一塩基多型SNP、欠失、挿入、付加および/または重複を包含する。プライマー:本願において用いる場合、用語プライマーは、核酸試料中の相補的配列にハイブリダイズすることができる短い一本鎖オリゴヌクレオチドを指す。典型的に、プライマーは、テンプレート依存性DNA合成のための開始点としての役割を果たす。デオキシリボヌクレオチドをDNAポリメラーゼによってプライマーに付加させることができる。一部の実施形態において、プライマーへのそのようなデオキシリボヌクレオチド付加は、プライマー伸長としても公知である。用語プライマーは、本願において用いる場合、ペプチド核酸プライマー、ロックド核酸プライマー、ホスホロチオアート修飾プライマー、標識プライマーおよびこれらに類するものを含めて、合成することができるすべての形態のプライマーを含む。PCR反応のためのプライマーペアまたはプライマーセットは、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを概して含む1セットのプライマーを概して指す。本願において用いる場合、フォワードプライマーは、dsDNAのアンチセンス鎖にアニールするプライマーを指す。リバースプライマーは、dsDNAのセンス鎖にアニールする。多型:本願において用いる場合、用語多型は、1つ以上の形態の遺伝子またはその一部分の共存を指す。純粋なまたは実質的に純粋な:本願において用いる場合、用語純粋なまたは実質的に純粋なは、天然に随伴する成分から分離されている化合物、例えばタンパク質またはポリペプチド、を指す。典型的に、化合物は、試料中の全材料の容量で、湿潤もしくは乾燥重量で、またはモルパーセントもしくはモル分率で少なくとも10、さらに好ましくは少なくとも20、さらに好ましくは少なくとも50、さらに好ましくは少なくとも60、さらに好ましくは少なくとも75、さらに好ましくは少なくとも90、および最も好ましくは少なくとも99が、関心のある化合物であるとき、実質的に純粋である。純度は、任意の適切な方法により、例えば、ポリペプチドの場合はカラムクロマトグラフィー、ゲル電気泳動またはHPLC分析により、測定することができる。化合物、例えばタンパク質は、天然に会合している成分が本質的にないときも、またはその天然状態ではそれに随伴する生得の不純物から分離されているときも、実質的に精製されている。リアルタイムPCR:本願において用いる場合、用語リアルタイムPCRは、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応Q-PCR/qPCR/qrt-PCRまたはキネティックポリメラーゼ連鎖反応KPCRを指し、PCRに基づく実験室技術であって、ターゲットにしたDNA分子を増幅し、同時に定量するために用いられる。それは、DNA試料中の1つ以上の特異的配列の検出とコピーの絶対数、またはDNAインプットもしくは追加の正規化用遺伝子に正規化したときの相対量としての定量の両方を可能にする。センス鎖対アンチセンス鎖:本願において用いる場合、用語センス鎖は、機能性タンパク質のコード配列の少なくとも一部分を含む、二本鎖DNAdsDNAの鎖を指す。本願において用いる場合、用語アンチセンス鎖は、センス鎖の逆補体である、dsDNAの鎖を指す。特異的:本願において用いる場合、用語特異的は、オリゴヌクレオチドプライマーに関連して用いるとき、適切なハイブリダイゼーションまたは洗浄条件下で、関心のあるターゲットにはハイブリダイズすることができ、関心のない核酸には実質的にハイブリダイズすることができない、オリゴヌクレオチドまたはプライマーを指す。高い配列同一性レベルが好ましく、それらとしては、少なくとも60、65、70、75、80、85、90、95、98、99、または100配列同一性が挙げられる。一部の実施形態において、特異的オリゴヌクレオチドまたはプライマーは、ハイブリダイズまたは増幅される核酸の部分と配列同一性の少なくとも4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、35、40、45、50、55、60、65、70塩基またはより多くの塩基を、該オリゴヌクレオチドと該核酸をアラインしたとき、含有する。被験体:本願において用いる場合、用語被験体は、ヒトまたは任意の非ヒト動物を指す。被験体は患者であり得、患者は、疾患の診断または処置のために医療従事者に診察を受けに行くヒトを指す。ヒトは、出生前および出生後形態を含む。特に好ましい被験体は、CFTR保因者状態、CF疾患またはCF関連障害状態の存在について検査を受けるヒトである。実質的に:本願において用いる場合、用語実質的には、関心のある特性または性質の全またはほぼ全程度または度合を呈示するという質的条件を指す。生物学的および化学的現象は、完了まで行くおよび/または完全まで進むまたは絶対的結果に達するまたは絶対的結果を回避することがあるにせよ滅多にないことは、生物技術分野の当業者にはわかるであろう。従って、用語実質的には、多くの生物学的および化学的現象に固有の完全性の潜在的欠如をとらえるために本明細書では用いている。実質的に相補的:本願において用いる場合、用語実質的に相補的は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることができる2つの配列を指す。実質的に相補的な配列が、それらの全長に沿ってハイブリダイズする必要がないことは、当業者にはわかるであろう。一部の実施形態において、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、次のものと少なくとも同様にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を指す:50ホルムアミド、5×SSC、50mMNaH2PO4、pH6.8、0.5SDS、0.1mg/mL超音波処理サケ精子DNAおよび5×デンハルト溶液中、42°Cで一晩のハイブリダイゼーション;45°Cで2×SSC、0.1SDSでの洗浄;および45°Cで0.2×SSC、0.1SDSでの洗浄。一部の実施形態において、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、20連続ヌクレオチドのストレッチに関して2塩基より多く異なる2つの核酸のハイブリダイゼーションを可能にしないはずである。置換:本願において用いる場合、用語置換は、1つ以上のアミノ酸またはヌクレオチドの、それぞれ、その天然に存在する分子と比較して異なるアミノ酸またはヌクレオチドによる置換を指す。に罹患している:疾患、障害および/または病態に罹患している個体は、その疾患、障害および/または病態と診断されており、その疾患、障害および/または病態の1つ以上の症状を示す。に罹患しやすい:疾患、障害および/または病態に罹患しやすい個体は、その疾患、障害および/または病態と診断されていない。一部の実施形態において、疾患、障害および/または病態に罹患しやすい個体は、その疾患、障害および/または病態の症状を呈示しないことがある。一部の実施形態において、疾患、障害および/または病態に罹患しやすい個体は、その疾患、障害および/または病態を発症するであろう。一部の実施形態において、疾患、障害および/または病態に罹患しやすい個体は、その疾患、障害および/または病態を発症しないであろう。野生型:本願において用いる場合、用語野生型は、天然に存在する典型的なまたは最も一般的な形態を指す。例えば、野生型CFTR遺伝子またはタンパク質は、天然集団中に存在するCFTR遺伝子またはタンパク質の典型的なまたは最も一般的な形態を指す。本願において用いる場合、野生型を天然に存在すると交換可能に用いる。一部の実施形態において、野生型CFTR遺伝子またはその遺伝子座は、NCBIGenBank遺伝子座IDM58478HUMCFTC配列番号:4図4において見つけられるCFTR遺伝子配列を指す。CFTR遺伝子は、染色体7上に位置し、これは、NCBIGenBank遺伝子座AC000111およびAC000061において見つけることができる;これらの内容はそれら全体が参照により本明細書に援用されている。CFTR遺伝子のcDNAは、Audrezetら、Hum.Mutat.2004234、343-357において見つけられる。詳細な説明本発明は、数ある中でも、CFおよびCF関連疾患についてのスクリーニングおよび/または検査の際に嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス調節因子cysticfibrosistransmembraneconductanceregulatorCFTR遺伝子における新規突然変異を使用する方法、製品およびシステムを提供する。例えば、本明細書において提供する新規突然変異は、CF疾患、CF関連疾患、障害もしくは病態、または保因者ステータスの臨床診断を支援するために、および遺伝子カウンセリングのために例えば、CFを発症することまたはCFTR突然変異の保因者であることについての個体の危険度の評価のために使用することができる。本明細書において提供する新規突然変異は、CFTR突然変異のパネルの一部として単独使用することまたは他の公知CFTR突然変異と併用することができる。本発明の様々な態様を以下のセクションで詳細に説明する。セクションの使用は、本発明を限定することを意図したものではない。各セクションが本発明の任意の態様にあてはまり得る。本願において、またはの使用は、別の言明がない限り、および/またはを意味する。CFTR遺伝子における新規突然変異CFTR遺伝子は、染色体7にマッピングされており、例えば、米国特許第6,201,107号および同第5,776,677号に記載されている;これらの開示は、それら全体が参照により本明細書に援用されている。CFTRゲノム配列は、GenBankAccession番号NC_000007範囲:117120016..117308718;この全内容が参照により本明細書に援用されているに記載されている配列番号:1図1。CFTR遺伝子は、27エキソンを含有する。これらのエキソンに1、2、3、4、5、6a、6b、7、8、9、10、11、12、13、14a、14b、15、16、17a、17b、18、19、20、21、22、23および24という番号をつける。CFTRcDNA配列は、GenBankアクセッション番号AR016032.1に記載されている配列番号:2図2。CFTRタンパク質は、例えば米国特許第5,543,399号に記載されている;この開示は、その全体が参照により本明細書に援用されている。CFTRタンパク質配列もGenBankアクセッション番号AAC90840.1に記載されている配列番号:3図3。実施例1において説明するように、本願の発明者らは、CFTR遺伝子における様々な新規突然変異を同定した表5。CFに罹患していることもしくは家族歴のため保因者である可能性が高いことがわかっていたまたは他のCF検査に基づきCFに罹患している疑いがあった個体から得た、臨床検査のために提出された検体におけるCFTRの配列分析により、これらの突然変異を同定した表5に載せる臨床適応を参照のこと。患者試料からのCFTR遺伝子配列を野生型CFTR遺伝子またはタンパク質配列配列番号:1~3を参照と比較することにより、突然変異を同定した。表5に示すように、これらの突然変異を保有する患者は、白人、アフリカ系アメリカ人、ラテンアメリカ人およびアジア人を含む異なる民族群からの者であった。従って、これらの突然変異は、非白人人種群からの患者についてのより有効な遺伝子検査の開発に特に有用であり得る。本明細書に記載する新規突然変異は、イントロン例えば、イントロン3、イントロン6a、イントロン11、イントロン14a、イントロン19、イントロン20、イントロン21、およびイントロン23およびエキソン例えば、エキソン2、エキソン3、エキソン4、エキソン5、エキソン6a、エキソン6b、エキソン7、エキソン9、エキソン10、エキソン11、エキソン12、エキソン13、エキソン14a、エキソン14b、エキソン15、エキソン16、エキソン17a、エキソン17b、エキソン19、エキソン20、エキソン21、エキソン22、およびエキソン24内に位置する。前記新規突然変異の一部は、ナンセンス突然変異、すなわち、停止コドンを生じさせる結果となる突然変異である。前記新規突然変異の一部は、ミスセンス突然変異、すなわちアミノ酸置換を生じさせる結果となる突然変異、である。前記新規突然変異の一部は、インフレーム挿入および/または欠失の原因となる。前記新規突然変異の一部は、リーディングフレーム内でのシフトをもたらすような様式で1つ以上のヌクレオチドを欠失させる。前記新規突然変異の一部は、スプライス接合部、例えばコンセンサススプライス部位ag/gtまたは他のスプライス部位、の配列を改変させる。従って、本明細書に記載する新規突然変異の大部分は、CFTR遺伝子またはタンパク質発現または機能を破壊する可能性が高い。ACMGrecommendationsforstandardsforinterpretationandreportingofsequencevariations:Revisions2007RichardsSCら、GeneticsinMedicine、10:294-300;これは参照により本明細書に援用されているには、本明細書に記載する新規突然変異を以下のグループに分類するための追加の検査結果および臨床情報と共に、使用することができる配列変異の解釈上のカテゴリーおよび定義が提供されている。グループI:患者は、ACMGガイドラインに従ってカテゴリー2に分類することができる新規配列変化すなわち、ナンセンス、フレームシフトFS、コンセンサススプライス部位ag/gtを有する。患者は、別の十分に確立されたCF病因性突然変異すなわち、F508、W1282Xなどを有する。患者の適応症は、CFを有する疑いがある、CFに罹患していることがわかっている、または新生児スクリーニングによって同定される。特に関心があるグループI突然変異を表1に示す。これらの突然変異は、CFまたはCF関連疾患、障害もしくは病態を引き起こすと予想される。グループIIA:患者は、ACMGガイドラインに従ってカテゴリー3に分類することができる新規配列変化すなわち、ミスセンス、インフレームins/del、他のスプライス部位突然変異などを有する。患者は、別の十分に確立されたCF病因性突然変異すなわち、F508、W1282Xなどを有する。患者は、CFを有する疑いがある、CFに罹患していることがわかっている、または新生児スクリーニングで陽性であることによって同定される。グループIIA突然変異を表2にサブセクショングループIIAに示す。グループIIB:患者Patentは、ACMGガイドラインに従ってカテゴリー3に分類することができる新規配列変化すなわち、ミスセンス、インフレームins/del、他のスプライス部位突然変異などを有する。患者は、CFを有する疑いがある、CFに罹患していることがわかっている、または新生児スクリーニングで陽性であることによって同定される。グループIIB突然変異を表2にサブセクショングループIIBに示す。グループIII:患者は、ACMGガイドラインに従ってカテゴリー3に分類することができる新規配列変化すなわち、ミスセンス、インフレーム挿入/欠失、他のスプライス部位突然変異などを有する。患者は、別の十分に確立されたCF病因性突然変異すなわち、F508、W1282Xなどを有する。患者は、CFを有する疑いがある、CFに罹患していることがわかっている、または新生児スクリーニングによって同定される。患者は、臨床的有意性不明の追加の変化単数または複数を有する。グループIII突然変異を表3に示す。グループIV:上で定義したグループI、IIおよびIII突然変異以外の突然変異。グループIV突然変異を表4に示す。しかし、本発明による新規CFTR突然変異は、表1~4において確認される特異的ヌクレオチドまたはアミノ酸変異に限定されず、表1~4において確認されるいずれかの位置に存在し得る、野生型CFTR遺伝子またはタンパク質配列と比較して、異常な任意のヌクレオチドまたはアミノ酸残基を包含する。CFTR突然変異の検出本発明にて開示するCFTR遺伝子突然変異を検出するために当該技術分野において公知の様々な方法を用いることができる。例えば、以前に同定されたCFTR遺伝子突然変異を検出するために用いられた方法は、記載されており、本発明との使用に適応可能である。例えば、Audrezetら、GenomicrearrangementsintheCFTRgene:extensiveallelicheterogeneityanddiversemutationalmechanisms、HumMutat.、2004April;234:343-57;SpiegelmanおよびLemによるMethodforthedetectionofmultiplegenetictargetsと題する、PCT国際公開第2004/040013号A1および対応米国出願第20040110138号;DunlopらによるApproachestoidentifycysticfibrosisと題する、米国特許第出願公開第2003/0235834号;およびN.BroudeによるNovelcompositionsandmethodsforcarryingoutmultiplePCRreactionsonasinglesampleと題する米国特許出願公開第2004/0126760号を参照のこと;これらの各々の内容全体は、参照により本明細書に援用されている。核酸分析一定の実施形態において、本明細書において開示するCFTR遺伝子突然変異は、核酸レベルで検出される。例えば、配列決定、ハイブリダイゼーション、PCR増幅、制限酵素消化、プライマー伸長、例えば一塩基プライマー伸長またはマルチプレックス対立遺伝子特異的プライマー伸長ASPEによって、核酸を分析することができる。ゲノムDNA、メッセンジャーRNA、および/またはcDNAを用いて核酸分析を行うことができる。多くの実施形態において、核酸は、生体試料から抽出される。一部の実施形態において、核酸は、増幅せずに分析される。一部の実施形態において、核酸は、当該技術分野において公知の技術例えば、ポリメラーゼ連鎖反応PCRを用いて増幅され、増幅された核酸は、その後の分析において使用される。プライマーペアの多数のセットを使用して幾つかのアンプリコン例えば、異なるゲノム領域からのものが同時に増幅されるマルチプレックスPCRを利用してもよい。加えて、当該技術分野において公知であるようなリアルタイムPCRなどの方法を用いて核酸分析を行ってもよい。一部の実施形態において、核酸は、野生型対立遺伝子についての増幅生成物が突然変異体対立遺伝子のものとサイズの点で異なるような様式で、増幅される。従って、増幅生成物のサイズの差を例えば電気泳動ゲルで検出することにより、特定の突然変異体対立遺伝子の存在または不在を決定することができる。例えば、CFTR遺伝子領域の欠失または挿入は、サイズに基づくアプローチの使用に特に適しているだろう。一定の例示的核酸分析法を下で詳細に説明する。対立遺伝子特異的増幅一部の実施形態において、CFTR遺伝子突然変異は、対立遺伝子特異的増幅アッセイを用いて検出される。このアプローチは、特異的対立遺伝子のPCR増幅PASASarkarら、1990Anal.Biochem.186:64-68、対立遺伝子特異的増幅ASAOkayamaら、1989、J.Lab.Clin.Med.、114:105-113、対立遺伝子特異的PCRASPCRWuら、1989、Proc.Natl.Acad.Sci.USA.、86:2757-2760、および増幅困難な突然変異系ARMSNewtonら、1989、NucleicAcidsRes.、17:2503-2516と様々に呼ばれる。これらの参考文献のそれぞれの全内容は、本明細書に援用されている。この方法は、一塩基置換および微小欠失/挿入に適用可能である。例えば、PCRベースの増幅法については、異なる対立遺伝子間の例えば、野生型対立遺伝子と突然変異体対立遺伝子との区別ができるように、増幅プライマーを設計することができる。従って、増幅生成物の存在不在を用いて、CFTR遺伝子突然変異が所与の核酸試料に存在するかどうかを決定することができる。一部の実施形態では、増幅生成物の存在がCFTR遺伝子突然変異を示すように対立遺伝子特異的プライマーを設計することができる。一部の実施形態では、増幅生成物の不在がCFTR遺伝子突然変異を示すように、対立遺伝子特異的プライマーを設計することができる。一部の実施形態において、2つの相補的反応が用いられる。一方の反応は、野生型対立遺伝子に特異的なプライマーを利用し野生型特異的反応、他方の反応は、突然変異体対立遺伝子のためのプライマーを利用する対立遺伝子特異的反応。これら2つの反応は、共通の第二のプライマーを利用することができる。特定の対立遺伝子例えば、野生型対立遺伝子または突然変異体対立遺伝子に特異的なPCRプライマーは、一般に、そのターゲットの一方の対立遺伝子変異体と完全にマッチするが、他方の対立遺伝子例えば、突然変異体対立遺伝子または野生型対立遺伝子にはミスマッチする。このミスマッチをプライマーの3’末端に/付近に配置して、完全マッチ対立遺伝子の優先的増幅をもたらすことができる。増幅生成物を一方の反応から検出できるのか、または両方の反応から検出できるのかが、突然変異体対立遺伝子の不在または存在を示す。野生型特異的反応のみからの増幅生成物の検出は、野生型対立遺伝子のみの存在例えば、野生型対立遺伝子のホモ接合性を示す。突然変異特異的反応のみからの増幅生成物の検出は、突然変異体対立遺伝子のみの存在例えば、突然変異体対立遺伝子のホモ接合性を示す。両方の反応からの増幅生成物の検出は、例えば、ヘテロ接合体を示す。本願において用いる場合、このアプローチを対立遺伝子特異的増幅ASAと呼ぶこととする。その接合部を部分的に越えてハイブリダイズするプライマーを使用することにより、対立遺伝子特異的増幅を用いて重複、挿入または逆位を検出することができる。接合部オーバーラップの程度を変えて、特異的増幅を可能にすることができる。サイズによって核酸を分離するために例えば電気泳動によってゲルの中を泳動させた核酸のバンドを例えば、1つ以上の色素で可視化することによる方法を含めて、当該技術分野において公知の方法により、増幅生成物を調査することができる。対立遺伝子特異的プライマー伸長一部の実施形態では、対立遺伝子特異的プライマー伸長ASPEアプローチが、CFTR遺伝子突然変異を検出するために用いられる。ASPEは、対立遺伝子間の例えば、突然変異体対立遺伝子と野生型対立遺伝子との区別ができる対立遺伝子特異的プライマーを伸長反応に利用するので、伸長生成物は、特定の対立遺伝子例えば、突然変異体対立遺伝子または野生型対立遺伝子の存在下でのみ得られる。伸長生成物は、例えば、標識されたデオキシリボヌクレオチドを伸長反応に利用することにより、検出可能であり得、または検出可能にすることができる。放射性標識、蛍光標識、化学発光標識、酵素標識などをはじめとするしかしこれらに限定されない任意の様々な標識がこれらの方法での使用に対応できる。一部の実施形態において、ヌクレオチドは、後に検出可能標識を直接または間接的に結合させることができるエンティティー、例えば、ストレプトアビジンコンジュゲート型蛍光色素を結合させることができるビオチン分子、で標識される。一部の実施形態において、反応は、例えば同じ伸長反応において多くの対立遺伝子特異的プライマーを使用して、マルチプレックスで行われる。一部の実施形態において、伸長生成物は、数ある中でもビーズ、マトリックス、ゲルなどの、固体または半固体支持体にハイブリダイズされる。例えば、伸長生成物に特定の核酸配列例えば、対立遺伝子特異的プライマーの一部として含まれるものでタグ付けすることができ、および固体支持体を抗タグ例えば、前記増幅生成物中のタグに相補的な核酸配列を取り付けることができる。その固体支持体を用いて伸長生成物を捕捉および検出することができる。例えば、ビーズを選別し、検出することができる。このようにして用いることができる1つのそのようなシステムは、LuminexCorporationによる嚢胞性繊維状突然変異検出に適応させることができるおよび汎用ビーズアレイTAG-IT商標として市販されている、LUMINEX商標MAPシステムである例えば、実施例2を参照のこと。追加のASPE法および試薬は、例えば、米国特許出願公開第2008/0138803号A1に記載されている;この全内容が参照により本明細書に援用されている。単一ヌクレオチドプライマー伸長一部の実施形態では、1つだけのヌクレオチドが伸長されるようにプライマーを設計する、単一ヌクレオチド伸長SNuPEアッセイが用いられる。このような方法において、プライマーの3’末端のすぐ下流例えば3’のヌクレオチドの同一性は既知であり、突然変異体対立遺伝子におけるものは野生型対立遺伝子と比較して異なる。1つの特定の種類のデオキシヌクレオチドだけが標識される例えば、標識dATP、標識dCTP、標識dGTP、または標識dTTP伸長反応を用いて、SNuPEを実施することができる。従って、検出可能な伸長生成物の存在を、関心のある位置例えば、プライマーの3’末端のすぐ下流の位置でのヌクレオチドの同一性の指標として、および従って、その位置での突然変異の存在または不在の指標として、使用することができる。SNuPEは、米国特許第5,888,819号;米国特許第5,846,710号;米国特許第6,280,947号;米国特許第6,482,595号;米国特許第6,503,718号;米国特許第6,919,174号;Piggee,Cら、JournalofChromatographyA7811997、367-375頁CapillaryElectrophoresisfortheDetectionofKnownPointMutationsbySingle-NucleotidePrimerExtensionandLaser-InducedFluorescenceDetection;Hoogendoom,B.ら、HumanGenetics1999104:89-93GenotypingSingleNucleotidePolymorphismbyPrimerExtensionandHighPerformanceLiquidChromatographyに記載されているように行うことができる;これらのそれぞれの全内容が参照により本明細書に援用されている。一部の実施形態では、突然変異の存在または不在の正確で迅速な検出のためにプライマー伸長を質量分析と併用することができる。Haffらの米国特許第5,885,775号一塩基多型分析の質量分析による分析;Kosterの米国特許第7,501,251号質量分析に基づくDNA診断を参照のこと;これら両方の教示は参照により本明細書に援用されている。適する質量分析形式としては、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化、飛行時間型MALDI-TOF、エレクトロスプレーES、IR-MALDI、イオンサイクロトロン共鳴ICR、フーリエ変換、およびそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイOLAまたはOLが用いられる。OLAは、ターゲット分子の単一鎖の隣接配列にハイブリダイズすることができるように設計される2つのオリゴヌクレオチドを利用する。典型的に、前記オリゴヌクレオチドの一方はビオチン化され、他方は、例えばストレプトアビジンコンジュゲート型蛍光部分で、検出可能に標識される。的確な相補的配列がターゲット分子内で見つけられると、オリゴヌクレオチドは、それらの末端が隣接するようにハイブリダイズし、ライゲーション基質を作り、この基質を捕捉および検出することができる。例えば、Nickersonら1990Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.、87:8923-8927、Landegren,U.ら1988Science241:1077-1080、および米国特許第4,998,617号を参照のこと;これらの全内容は、それら全体が参照により本明細書に援用されている。ハイブリダイゼーションアプローチ一部の実施形態において、核酸は、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異に対応するCFTR遺伝子配列番号:1内の領域に特異的な1つ以上のオリゴヌクレオチドプローブを使用する、および単一オリゴヌクレオチドミスマッチを許さない十分にストリンジェントな条件下での、ハイブリダイゼーションによって分析される。一定の実施形態において、適する核酸プローブは、正常CFTR遺伝子と、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子とを区別することができる。例えば、適する核酸プローブは、正常CFTR遺伝子に特異的に結合するが、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子にはしない。あるいは、核酸プローブは、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子に特異的に結合するが、正常CFTR遺伝子にはしない。本発明のプローブは、表1、表2、表3または表4に載せた1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR対立遺伝子と特異的にハイブリダイズすることができるものを含む。本発明のプローブは、CFTR遺伝子の特定の領域内の正常対立遺伝子と特異的にハイブリダイズすることができる、従って、正常対立遺伝子と表1、表2、表3または表4に載せた1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR対立遺伝子とを区別することができるものも含む。それ故、例えば、当業者は、個体が特定の対立遺伝子についてホモ接合性であるのか、またはヘテロ接合性であるのかを決定するために本発明のプローブを使用することができよう。核酸ハイブリダイゼーション技術は、当該技術分野において周知である。例えば、Sambrookら、1989、MolecularCloning:ALaboratoryManual、第二版、ColdSpringHarborPress、Plainview、N.Y.を参照のこと。当業者は、少なくとも所望のレベルの相補性を有する配列は安定的にハイブリダイズするが、より低い相補性を有するものはしないようなハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーをどのように推定または調整するか承知している。ハイブリダイゼーション条件およびパラメータの例については、例えば、Sambrookら、1989、MolecularCloning:ALaboratoryManual、第二版、ColdSpringHarborPress、Plainview、N.Y.;Ausubel,F.M.ら、1994、CurrentProtocolsinMolecularBiology、JohnWileySons、Secaucus、N.J.を参照のこと。一部の実施形態において、突然変異体または野生型CFTR配列にハイブリダイズするプローブ分子は、増幅生成物中のそのような配列を液相または、さらに好ましくは、固相ハイブリダイゼーションにより検出するために使用することができる。固相ハイブリダイゼーションは、例えばマイクロチップにCFTRプローブを取り付けることによって、果たすことができる。核酸プローブは、リボ核酸および/またはデオキシリボ核酸を含むことがある。一部の実施形態において、提供される核酸プローブは、オリゴヌクレオチドすなわち、オリゴヌクレオチドプローブである。一般に、オリゴヌクレオチドプローブは、CFTR遺伝子の相同領域に特異的に結合するに足る長さであるが、該プローブと検査される試料との間の1ヌクレオチドの差がハイブリダイゼーションを中断させるに足る短さである。典型的に、オリゴヌクレオチドプローブのサイズは、おおよそ10から100ヌクレオチドまで様々である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、長さが15から90、15から80、15から70、15から60、15から50、15から40、15から35、15から30、18から30、または18から26ヌクレオチドまで様々である。当業者には理解されるように、オリゴヌクレオチドプローブの最適な長さは、そのオリゴヌクレオチドプローブが利用され得る特定の方法および/または条件に依存し得る。一部の実施形態において、核酸プローブは、例えば核酸増幅および/または伸長反応のための、プライマーとして有用である。一部の実施形態において、核酸プローブは、本明細書に記載の検出可能部分で標識される。アレイ本明細書において言及する様々な方法を、数セットの突然変異を1回の実験で分析および/または検出することを可能にするアレイとの使用に適応させることができる。例えば、本明細書例えば、表1、表2、表3または表4に記載する多数の新規CFTR突然変異を同時に分析することができる。加えてまたは代替的に、本明細書例えば、表1、表2、表3または表4に記載する1つ以上の新規CFTR突然変異を、当該技術分野において公知の他のCFTR突然変異と一緒に、同時に分析することができる。詳細には、核酸試薬例えば、プローブ、プライマー、オリゴヌクレオチドなどの使用を伴う方法は、アレイベースのプラットホーム例えば、マイクロアレイへの適応に特に適している。一部の実施形態において、本明細書例えば、表1、表2、表3または表4に記載するCFTR突然変異の検出に特異的な1つ以上のプローブを含有するアレイを設計し、本明細書に記載する様々な方法に適応させることができる。加えてまたは代替的に、本明細書例えば、表1、表2、表3または表4に記載するCFTR突然変異の検出に特異的なプローブを、当該技術分野において公知のCFTR突然変異に特異的なプローブと併用することができる。一部の実施形態において、多数のプローブを含有するアレイは、突然変異体パネルとして公知である。例えば、Wallら、A31-mutationassayforcysticfibrosistestingintheclinicalmoleculardiagnosticslaboratory、HumanMutation、1995;54:333-8を参照のこと;この全内容が参照により本明細書に援用されている。他の方法としては、本明細書に記載のCFTR突然変異を検出するためのプローブを用いるリアルタイムPCRの使用を挙げることができる。タンパク質ベースの分析一定の実施形態において、CFTR突然変異は、タンパク質またはペプチドもしくはポリペプチドレベルで検出される、すなわち、CFTR遺伝子突然変異からの遺伝子産物が分析される。例えば、CFTRタンパク質またはそのフラグメントを、アミノ酸配列決定法によって、または本明細書例えば、表1、2、3もしくは4に記載する1つ以上の新規突然変異に対応する1つ以上のエピトープを特異的に認識する1つ以上の抗体を使用するイムノアッセイによって、分析することができる。CFTRタンパク質をプロテアーゼ消化例えば、トリプシン消化によって分析することもでき、一部の実施形態では、それらの消化されたタンパク質生成物を2Dゲル電気泳動によってさらに分析することができる。突然変異体タンパク質の抗体検出例えば、正常CFTRタンパク質と突然変異体CFTRタンパク質とを識別することができる特異的抗体を、当該技術分野において公知の任意の様々な方法で利用して、CFTR突然変異を検出することができる。一定の実施形態において、適する抗体は、正常CFTRタンパク質と、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異oneormutationsを含有する突然変異体CFTRタンパク質とを区別することができる。例えば、適する抗体は、正常CFTRタンパク質には特異的に結合するが、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTRタンパク質には結合しない。あるいは、適する抗体は、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTRタンパク質には特異的に結合するが、正常CFTRタンパク質には結合しない。特定のエピトープに対する抗体、ポリペプチドおよび/またはタンパク質例えば、突然変異体もしくは正常CFTRタンパク質を、当該技術分野における任意の様々な公知の方法を用いて生じさせることができる。例えば、抗体が望まれるエピトープ、ポリペプチドまたはタンパク質を生成し、動物、典型的には哺乳類例えば、ロバ、マウス、ウサギ、ウマ、ニワトリなどに注射し、その動物によって生産された抗体をその動物から回収することができる。不死細胞系を用いて関心のある抗体を発現するハイブリドーマを産生させることにより、モノクローナル抗体を生産することもできる。CFTR突然変異を検出するための抗体の生産方法および使用に関するさらなる詳細については、例えば、米国特許第5,776,677号を参照のこと;この全内容が参照により本明細書に援用されている。一部の実施形態において、抗体は、本明細書に記載の検出可能部分で標識される。抗体検出方法は当該技術分野において周知であり、それらとしては、酵素結合イムノソルベントアッセイELISAおよびウエスタンブロットが挙げられるが、これらに限定されない。一部のそのような方法は、アレイ形式で行うことに適している。例えば、それぞれがCFTRタンパク質内の異なるエピトープに特異的である様々な異なる抗体をアレイに固定し、ELISAなどのアッセイで使用することができる。検出可能部分一定の実施形態において、本発明に従って使用されるおよび/または本発明によって提供される一定の分子例えば、核酸プローブ、抗体などは、1つ以上の検出可能エンティティーまたは部分を含む、すなわち、そのような分子は、そのようなエンティティーまたは分子で標識されている。任意の多種多様な検出可能薬剤を本発明の実施に使用することができる。適する検出可能薬剤としては、様々なリガンド、放射性核種;蛍光色素;化学発光剤例えば;アクリジニウムエステル、安定化ジオキセタン、およびこれらに類するものなど;生物発光剤;スペクトル分解可能な無機蛍光半導体ナノ結晶すなわち、量子ドット;マイクロ粒子;金属ナノ粒子例えば、金、銀、銅、白金など;ナノクラスタ;常磁性金属イオン;酵素;比色標識例えば、色素、コロイド金、およびこれらに類するものなど;ビオチン;ジオキシゲニン;ハプテン;および抗血清またはモノクローナル抗体を利用できるタンパク質が挙げられるが、それらに限定されない。一部の実施形態において、前記検出可能部分は、ビオチンである。ビオチンをアビジン例えば、ストレプトアビジンに結合させることができ、該アビジンは、概して、それら自体が検出可能である他の部分例えば、蛍光部分に直接または間接的にコンジュゲートしている。他の検出可能部分の一部の非限定的な例を下に記載する。蛍光色素一定の実施形態において、検出可能部分は、蛍光色素である。多種多様な化学構造および物理的特性の非常に多数の公知蛍光色素が、本発明の実施の際の使用に適する。蛍光検出可能部分をレーザーによって刺激して、放射光を検出器によって捕獲することができる。前記検出器は、その強度を記録する、電荷結合デバイスCCDまたは共焦点顕微鏡であり得る。適する蛍光色素としては、フルオレセインおよびフルオレセイン色素例えば、フルオレセインイソチオシアニン、すなわちFITC、ナフトフルオレセイン、4’,5’-ジクロロ-2’,7’-ジメトキシフルオレセイン、6-カルボキシフルオレセイン、すなわちFAM、など、カルボシアニン、メロシアニン、スチリル色素、オキソノール色素、フィコエリトリン、エリスロシン、エオシン、ローダミン色素例えば、カルボキシテトラメチル-ローダミン、すなわちTAMRA、カルボキシローダミン6G、カルボキシ-X-ローダミンROX、リサミンローダミンB、ローダミン6G、ローダミングリーン、ローダミンレッド、テトラメチルローダミンTMRなど、クマリンおよびクマリン色素例えば、メトキシクマリン、ジアルキルアミノクマリン、ヒドロキシクマリン、アミノメチルクマリンAMCAなど、オレゴングリーン色素例えば、オレゴングリーン488、オレゴングリーン500、オレゴングリーン514など、テキサスレッド、テキサスレッド-X、SPECTRUMRED商標、SPECTRUMGREEN商標、シアニン色素例えば、CY-3商標、CY-5商標、CY-3.5商標、CY-5.5商標など、ALEXAFLUOR商標色素例えば、ALEXAFLUOR商標350、ALEXAFLUOR商標488、ALEXAFLUOR商標532、ALEXAFLUOR商標546、ALEXAFLUOR商標568、ALEXAFLUOR商標594、ALEXAFLUOR商標633、ALEXAFLUOR商標660、ALEXAFLUOR商標680など、BODIPY商標色素例えば、BODIPY商標FL、BODIPY商標R6G、BODIPY商標TMR、BODIPY商標TR、BODIPY商標530/550、BODIPY商標558/568、BODIPY商標564/570、BODIPY商標576/589、BODIPY商標581/591、BODIPY商標630/650、BODIPY商標650/665など、IRDye例えば、IRD40、IRD700、IRD800など、ならびにこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定されない。適する蛍光色素のより多くの例、ならびに蛍光色素を他の化学エンティティー、例えばタンパク質およびペプチド、にカップリングさせるための方法については、例えば、TheHandbookofFluorescentProbesandResearchProducts、第9版、MolecularProbes,Inc.、Eugene、ORを参照のこと。蛍光標識剤の好適な性質としては、高いモル吸光係数、高い蛍光量子収率、および光安定性が挙げられる。一部の実施形態において、標識用蛍光体は、スペクトルの紫外すなわち、400nmより低い領域ではなく可視すなわち、400nmと750nmの間の領域での吸収および発光波長を呈示する。例えば、リアルタイムPCR手順での使用に適する色素としては、SYBRグリーンを挙げることができる。検出可能部分は、1つより多くの化学エンティティー、例えば蛍光共鳴エネルギー移動FRETにおけるもの、を含むことがある。共鳴移動は、発光強度の総合的強化をもたらす。例えば、Juら1995Proc.Nat’lAcad.Sci.USA92:4347を参照のこと;この全内容は、参照により本明細書に援用されている。共鳴エネルギー移動を果たすために、第一の蛍光分子ドナー蛍光体は、光を吸収し、励起された電子の共鳴によってそれを第二の蛍光分子アクセプター蛍光体に移動させる。1つのアプローチでは、ドナー色素とアクセプター色素の両方を互いに連結させ、オリゴプライマーに取り付けることができる。ドナーおよびアクセプター色素を核酸に連結させる方法は、以前に、例えばLeeらの米国特許第5,945,526号に記載されている;この全内容が参照により本明細書に援用されている。使用することができる色素のドナー/アクセプターペアとしては、例えば、フルオレセイン/テトラメチルローダミン、IAEDANS/フルオレセイン、EDANS/DABCYL、フルオレセイン/フルオレセイン、BODIPYFL/BODIPYFL、およびフルオレセイン/QSY7色素が挙げられる。例えば、Leeらの米国特許第5,945,526号を参照のこと。これらの色素の多くが、例えばMolecularProbesInc.オレゴン州ユージーンから、市販されている。適するドナー蛍光体としては、6-カルボキシフルオレセインFAM、テトラクロロ-6-カルボキシフルオレセインTET、2’-クロロ-7’-フェニル-1,4-ジクロロ-6-カルボキシフルオレセインVIC、およびこれらに類するものが挙げられる。酵素一定の実施形態において、検出可能部分は、酵素である。適する酵素の例としては、ELISAの際に使用されるもの、例えばホースラディッシュペルオキシダーゼ、ベータ-ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼなどが挙げられるが、これらに限定されない。他の例としては、ベータ-グルクロニダーゼ、ベータ-D-グルコシダーゼ、ウレアーゼ、グルコースオキシダーゼなどが挙げられる。リンカー基、例えばカルボジイミド、ジイソシアナート、グルタルアルデヒドおよびこれらに類するもの、を使用して、酵素を分子にコンジュゲートさせることができる。放射性同位体一定の実施形態において、検出可能部分は、放射性同位体である。例えば、分子を同位体標識することができすなわち、自然界で通常見出される原子質量もしくは質量数とは異なる原子質量もしくは質量数を有する原子によって置換されている1つ以上の原子を含有することができ、または同位体を分子に取り付けることができる。分子に組み込むことができる同位体の非限定的な例としては、水素、炭素、フッ素、リン、銅、ガリウム、イットリウム、テクネチウム、インジウム、ヨウ素、レニウム、タリウム、ビスマス、アスタチン、サマリウムおよびルテチウムの同位体すなわち、3H、13C、14C、18F、19F、32P、35S、64Cu、67Cu、67Ga、90Y、99mTc、111In、125I、123I、129I、131I、135I、186Re、187Re、201Tl、212Bi、213Bi、211At、153Sm、177Luが挙げられる。一部の実施形態において、シグナル増幅は、標識されたデンドリマーを検出可能部分として使用して果たされる例えば、PhysiolGenomics、3:93-99、2000を参照;この全内容は、それら全体が参照により本明細書に援用されている。蛍光標識されたデンドリマーは、Genisphereニュージャージー州モントベールから入手できる。これらを当該技術分野において公知の方法によってオリゴヌクレオチドプライマーに化学的にコンジュゲートさせることができる。キット一定の実施形態において、本発明は、本発明に従って使用するためのキットを提供する。一般に、本発明のキットは、正常CFTR遺伝子またはタンパク質と、表1、表2、表3または表4から選択される1つ以上の突然変異を含有する突然変異体CFTR遺伝子またはタンパク質とを識別する1つ以上の試薬を含む。例えば、キットは、本明細書に記載の1つ以上の試薬例えば、試薬の組み合わせ、および場合により追加の成分を含むことができる。例えば、本発明によるキットは、当該技術分野において周知の他のCFTR突然変異を検出することができる試薬も含むことができる。適する試薬としては、核酸プローブおよび/または抗体もしくはそれらのフラグメントを挙げることができる。一部の実施形態では、適する試薬は、アレイ、例えばマイクロアレイ、またはCFTR突然変異パネルの形態で提供される。一部の実施形態において、提供されるキットは、本明細書に記載する様々な検出法例えば、配列決定、ハイブリダイゼーション、プライマー伸長、マルチプレックスASPE、イムノアッセイなどを行うための試薬をさらに含む。例えば、本発明によるキットは、本明細書に記載する方法において使用するための、例えば、プライマー誘導型増幅primer-directedamplificationによる核酸の増幅、ELISA実験の実施、などのための、緩衝液、酵素および/または試薬を場合により含有することがある。一部の実施形態において、提供されるキットは、健常個体の指標となる対照、例えば、CFまたはCF関連障害と関連づけられるCFTR突然変異を保有しない個体からの核酸および/またはタンパク質試料、をさらに含む。一部の実施形態において、提供されるキットは、公知CFTR突然変異体対立遺伝子例えば、ΔF508を示す対照をさらに含む。キットは、個体が、CFもしくはCF関連障害を有するかどうか、CFもしくはCF関連障害を発症する危険性があるかどうか、またはCFTR突然変異の保因者であるかどうかを決定する方法についての指示も含有することができる。一部の実施形態では、表1、表2、表3および表4に示す1つ以上の突然変異に対応する情報をコードするコンピュータ可読媒体を提供する。そのようなコンピュータ可読媒体を本発明のキットに含めることができる。システム1つの実施形態において、本発明は、本発明の分析を行うためのシステムを提供する。従って、1つの実施形態において、本発明は、本明細書に記載する方法についてのプログラミングコードをコードしているコンピュータ可読媒体を含む。また、1つの実施形態において、本発明は、コンピュータ可読媒体と通信しているプロセッサであって、本明細書に記載する方法を行うように設定されたものであるプロセッサを具備するシステムを含むことができる。本発明の様々な実施形態に適するプロセッサおよびコンピュータ可読媒体を、より詳細に下で説明し、図5に図示する。従って、一定の実施形態において、本発明は、少なくとも1つの遺伝子の活性を予測するためのシステムを含み、このシステムは、コンピュータ可読媒体と、該コンピュータ可読媒体と通信しているプロセッサとを具備し、該プロセッサは、少なくとも1つの遺伝子における個々の突然変異の影響を推定するように設定されたものである。前記プロセッサは、一定の実施形態では、少なくとも1つの遺伝子の一部分についての多数の配列に関するデータを含むデータベースとさらに通信していることがあり、この場合、前記プロセッサは、被験体から得た生体試料中の少なくとも1つの遺伝子の一部分に突然変異があるかどうかを決定するために前記少なくとも1つの遺伝子の一部分の核酸および/またはアミノ酸配列と前記少なくとも1つの遺伝子の一部分についての多数の配列に関するデータとを比較するように設定される。他の実施形態において、本発明は、少なくとも1つの遺伝子の活性を予測するためのプログラムコードをコードしているコンピュータ可読媒体を含み、該プログラムコードは、該少なくとも1つの遺伝子における個々の突然変異の影響を推定するためにモデルを適用するためのコードを含む。一定の実施形態において、前記プログラミングコードは、被験体から得た生体試料中の少なくとも1つの遺伝子の一部分に突然変異があるかどうかを決定するために前記少なくとも1つの遺伝子の一部分のアミノ酸および/または核酸配列とデータベースに記憶された前記少なくとも1つの遺伝子の一部分についての多数の配列に関するデータとを比較するように設定されたコードを含む。本発明のシステムおよびコンピュータ可読媒体の一部の実施形態を様々な遺伝子に適用することができる。一定の実施形態において、前記少なくとも1つの遺伝子は、CFTR遺伝子を含む。本明細書において述べるように、特定の被験体について評定したときの少なくとも1つの遺伝子の一部分の配列および関心のある生物活性を、多数の被験体について評定したときのアミノ酸および/または核酸配列ならびに生物活性のデータベースと比較することができる。従って、前記システムおよびコンピュータ可読媒体の一定の実施形態において、前記データベースは、前記少なくとも1つの遺伝子の一部分の配列を決定した多数の試料に関して測定したときの生物活性についてのデータを含む。本主題の態様による実施形態をデジタル電子回路部品、コンピュータハードウェア、ファームウェア、ソフトウェア、または前述のものの組み合わせに実装することができる。1つの実施形態において、コンピュータは、プロセッサ単数または複数を具備することができる。前記プロセッサは、該プロセッサに連結されたランダムアクセスメモリなどのコンピュータ可読媒体を具備することができる、または該コンピュータ可読媒体にアクセスできる。前記プロセッサは、サンプリングルーチンを含む1つ以上のコンピュータプログラムの実行、および本明細書に詳細に記載する分析を生じさせるためのアウトプットの生成に適するプログラミングなどの、メモリに記憶されたコンピュータ実行可能プログラム命令を実行することができる。そのようなプロセッサは、マイクロプロセッサ、デジタルシグナルプロセッサDSP、特定用途向け集積回路ASIC、フィールドプログラム可能ゲートアレイFPGA、およびステートマシンを具備することができる。そのようなプロセッサは、プログラム可能電子デバイス、例えば、PLC、プログラム可能割り込みコントローラPIC、プログラム可能論理デバイスPLD、プログラム可能読み取り専用メモリPROM、電子的プログラム可能読み取り専用メモリEPROMもしくはEEPROM、または他の同様のデバイスをさらに具備することができる。そのようなプロセッサは、媒体、例えば、そのプロセッサによって実行されたときに本明細書にプロセッサによって行われるまたは支援されると記載する工程をそのプロセッサに実施させることができる命令を記憶することができる有形コンピュータ可読媒体、を具備することができる、または前記媒体と通信状態にあることができる。コンピュータ可読媒体の実施形態は、ウェブサーバー内のプロセッサなどのプロセッサにコンピュータ可読命令を与えることができるすべての電子、光学、磁気または他の記憶デバイスを含むが、これらに限定されない。媒体の他の例は、フロッピー登録商標ディスク、CD-ROM、磁気ディスク、メモリーチップ、ROM、RAM、ASIC、設定されたプロセッサ、すべての光学媒体、すべての磁気テープもしくは他の磁気媒体、またはコンピュータプロセッサが読み取ることができる任意の他の媒体を含むが、これらに限定されない。また、様々な他のデバイスは、コンピュータ可読媒体、例えばルーター、私設もしくは公衆ネットワーク、または他の伝送装置を含むことができる。前記プロセッサおよびその処理は、1つ以上の構造のものである場合があり、および1つ以上の構造によって分散される場合がある。前記プロセッサは、本明細書に記載する方法または方法の部分のうちの1つ以上を行うためのコードを具備することができる。前記システムは、データコンパイリングシステム、および分析が進むにつれてユーザーが該システムと対話するための手段を含むことができる。従って、1つの実施形態において、本発明は、多数のアッセイ測定からのデータを読み込むおよび/またはコンパイルする、および/またはデータを順序づける、およびデータをコンピュータに送信するためのシステム、ならびに分析結果をユーザーに送信するためのシステムを含むことができる。本発明のシステムを、DNAおよび/またはアミノ酸配列決定データの高スループット分析用に設計することができる。従って、1つの実施形態において、前記多数の測定シグナルは、少なくとも1つの細胞タイプから単離された多数の公知DNA配列を含む。図5は、本発明のソフトウェアを具備するシステムにおける情報の流れの実施形態を示す。上で論じたように、コンピュータプロセッサまたはCPUは、例えば、インプットを処理すること、アルゴリズムを実行すること、およびタッチセンシティブインプットデバイスから受け取ったインプットに反応して必要に応じてアウトプットを生じさせることができる、デジタル論理プロセッサを含むことができる。本明細書において詳述するように、そのようなプロセッサは、マイクロプロセッサ、例えばASIC、およびステートマシン、および/または他の構成要素を含むことができる。そのようなプロセッサは、そのプロセッサによって実行されたとき、そのプロセッサに本明細書に記載する工程を実施させる命令を記憶する媒体、例えばコンピュータ可読媒体、を含む、または前記媒体と通信状態にあることができる。従って、1つの実施形態において、起点は、正常CFTR遺伝子100Aおよび突然変異体CFTR遺伝子100Bを含むことができる、データ100を含むことができる。前記データが読み込まれたら110、必要に応じて任意の標準的な表計算ソフトウェア、例えばMicrosoftExcel、FoxPro、Lotusまたはこれらに類するもの、を使用してそれをコンパイルすること120および/または変換することができる。1つの実施形態において、前記データは、各実験のためのシステムに入力される。あるいは、前の試行からのデータがコンピュータメモリ150に記憶され、必要に応じて使用される。前記分析の各時点で、ユーザーは、キーボード180、フロッピー登録商標ディスク、リモートアクセス例えば、インターネット経由190、または他のアクセス手段によって命令をインプットすることができる。ユーザーは、試行のオプション、レポートをプリントアウトすべきかどうか、およびこれらに類することをはじめとする命令を入力することができる。また、各分析工程で、当該技術分野において一般的な記憶デバイス、例えばディスク、ドライブまたはメモリ150、を使用してコンピュータにデータを記憶させることができる。当該技術分野において承知されているように、プロセッサ160およびI/Oコントローラ170は、コンピュータ機能の多数の態様に必要とされる。また、1つの実施形態では、1つより多くのプロセッサが存在し得る。ノイズを除去するようにデータを処理することもできる130。一部のケースでは、ユーザーは、キーボード180、フロッピー登録商標ディスクまたはリモートアクセス190によって、分析のために変数または制約を、例えばノイズを決定するための閾値として、インプットすることを望むことがある。その後、分析結果を、ユーザーによる見直しのための形式でコンパイルし、提供することができる140。以下の実施例は、本発明の例証に役立つ。これらの実施例は、いかなる点においても、本発明の範囲を限定するためのものでない。実施例1CFTR遺伝子における新規突然変異の同定CF全配列決定アッセイを用いてCFTR遺伝子における新規突然変異を同定した。典型的に、CF全配列決定アッセイのために提出された試料は、CF突然変異パネルにおける検査に情報価値がなかったまたは部分的に情報価値がなかった個体からのものであった。これらの個体としては、1特発性慢性膵炎を有する患者;2先天性両側精管欠損症CBAVDを有する患者;3突然変異分析により陽性/陰性の検査結果を示すカップル;41つの突然変異が同定されたまたは突然変異が同定されなかった、CFに罹患しているまたはCFが疑われる患者;5まれな家族性突然変異の絶対保因者;6他の方法論による突然変異分析が陰性である、CFの家族歴を有する患者;7CF関連疾患または病態を有する患者が挙げられる。患者遺伝子配列を野生型遺伝子配列と比較することにより、CFTR遺伝子における配列変化を同定した。以前に報告されていないCFTR遺伝子における新規突然変異を表5にまとめる。表5に示すように、これらの新規突然変異を保有する患者は、白人、アフリカ系アメリカ人、ラテンアメリカ人およびアジア人を含む、異なる民族群からの患者であった。前記突然変異の一部は、イントロン例えば、イントロン3、イントロン6a、イントロン11、イントロン14a、イントロン19、イントロン20、イントロン21、およびイントロン23内に位置する。前記突然変異の一部は、エキソン例えば、エキソン2、エキソン3、エキソン4、エキソン5、エキソン6a、エキソン6b、エキソン7、エキソン9、エキソン10、エキソン11、エキソン12、エキソン13、エキソン14a、エキソン14b、エキソン15、エキソン16、エキソン17a、エキソン17b、エキソン19、エキソン20、エキソン21、エキソン22、およびエキソン24内に位置する。表5に示すように、同定された新規突然変異の大部分は、CFTR遺伝子発現および/またはタンパク質機能に影響を及ぼす可能性が高い、コドン変化または改変された遺伝子スプライシング部位を生じさせる結果となる。詳細には、前記突然変異の一部は、ナンセンス突然変異すなわち、停止コドンの導入を生じさせる結果となると予想される突然変異である。前記突然変異の一部は、コンセンサススプライス部位ag/gtに影響を及ぼす。これらの突然変異の一部は、少なくとも1ヌクレオチドの挿入または欠失である。これらの突然変異は、ACMGガイドラインによるとカテゴリー2突然変異であり、CFまたはCF関連疾患、障害もしくは病態の原因となると予想されるタイプのものである。一部の突然変異は、ミスセンス突然変異である。一部は、インフレーム挿入および/または欠失の原因となると予測される。一部は、スプライス部位に影響を及ぼす可能性が高い。これらの突然変異は、ACMGガイドラインによるとカテゴリー3突然変異である。従って、本明細書において提供する新規突然変異は、保因者検査を含むCFTR検査アッセイにおいてCFまたはCF関連障害を検出するために、単独で用いることができ、または他の公知CF突然変異と併用することができる。実施例2CFTR突然変異検出アッセイ本実施例は、マルチプレックスASPEアッセイを用いて、本明細書に記載する新規嚢胞性線維症突然変異を検出することができることを実証するものである。マルチプレックスASPEは、マルチプレックスPCRと対立遺伝子特異的プライマー伸長を兼ね備えている。マルチプレックスPCRを行って、試料中のゲノムDNAからの本明細書に記載する新規配列変異体を含有するCFTR遺伝子内のターゲット領域を増幅する。次に、対立遺伝子特異的プライマーを使用してマルチプレックスプライマー伸長反応を行って、すなわち、前記ターゲット配列と完全補体を形成する3’末端ヌクレオチドを有する伸長プライマーを伸張して、伸長生成物を形成し、検出のために修飾ヌクレオチド例えば、ビオチン化dCTPをその伸長生成物に組み込む。あるいは、伸長プライマーは、その代りに、ターゲット配列とミスマッチを形成する3’末端ヌクレオチドを含有することがある。この場合、プライマー伸長は起こらない。次に、プライマー伸長生成物を、捕捉および検出のために、抗タグ配列タグ配列に相補的な配列を有する汎用アレイビーズにハイブリダイズさせる。一部のケースでは、本明細書に記載する新規突然変異を、他の公知CF突然変異、例えば、米国遺伝子学会AmericanCollegeofGeneticsおよび米国産婦人科学会AmericanCollegeofObstericiansandGynecologyistによって推奨されている突然変異、ならびに他の一般的で臨床的に意義のある突然変異、例えばΔF508エキソン10、G542Xエキソン11、G551Dエキソン11、R117Hエキソン4、W1282Xエキソン20、N1303Kエキソン21、3905insTエキソン20、384910KbC>Tイントロン19、G85Eエキソン3、R334Wエキソン7、A455Eエキソン9、18981G>Aエキソン12および/または2184delAエキソン13など、と併せて検出することができる。様々なASPEキットを使用して、本明細書に記載する検出方法を行うことができる。例えば、LuminexのTAG-IT商標キットおよびDataAnalysisソフトウェアを修正して、本明細書に記載する1つ以上の新規突然変異を含むCF突然変異のパネルを検出することができる。突然変異検出キットは、非同位体蛍光技術、および結果分析と遺伝子型呼び出しとを自動化するような自動化に対応できる96ウエルアッセイ形式を用いることができる。対立遺伝子特異的プライマー当該技術分野において公知の様々な方法およびソフトウェアを用いて、表5に示す配列変異体およびCFTRゲノム配列エキソンおよびイントロン配列を含むに基づき、対立遺伝子特異的プライマーを設計することができる。汎用タグ配列を対立遺伝子特異的プライマーに付加させることができる。検体およびアッセイ形式分析すべきゲノムDNAを含有する検体は、次の源しかしこれらに限定されないから得ることができる:全血例えば、EDTA、ACD-A、ACD-B中の全血、新鮮または凍結組織、羊水、CVS絨毛膜絨毛試料採取組織、培養細胞例えば、CVS、羊水、線維芽細胞、POC妊娠産物、血斑、臍帯血、口内洗浄液、外部研究所によって抽出されたゲノムDNA。血液および血斑DNA試料を、典型的には、未希釈で5μLインプット容量で試行する。5から200ngの量のDNAをインプットとして使用する。出生前試料および口内洗浄液試料を検査するために、一般に、20ngと150ngの間、例えば、約20ng、25ng、30ng、35ng、40ng、45ng、50ng、55ng、60ng、65ng、70ng、75ng、80ng、85ng、90ng、95ng、100ng、110ng、120ng、130ng、140ngまたは150ngをインプットとして使用する。96ウエルアッセイプレートを使用する。2つのゲノムDNA対照を各アッセイプレートに含める。特異的対照をアッセイプレートを通して順次交替させる。各アッセイプレートは、2つのカクテルブランクおよびASPE対立遺伝子特異的プライマー伸長対照も含む。較正用96ウエルフィルタープレートもデータ獲得中に使用する。単一ウエルマルチプレックスPCRコンセンサス隣接イントロン配列を使用して、マルチプレックスPCRを行って、本明細書に記載する突然変異を含有するエキソンを増幅する。一般に、アンプリコンは、サイズが約150bpと600bpの間両終点を含むの範囲である。典型的に、当該技術分野において公知のPCR増幅条件または常例的な実験を用いて最適化/修正されたPCR増幅条件を用いて、5ng~200ngのDNAを増幅して、多数のアンプリコンを含有する生成物を生成する。PCR後の酵素的クリーンアップPCR生成物をエキソヌクレアーゼIおよびエビのアルカリホスファターゼで処理して、対立遺伝子特異的プライマー伸長反応に干渉するであろう残留プライマーを除去する。標準的なプロトコル、または当業者によって容易に発展させられる修正プロトコルに従って、PCR生成物を酵素と共にインキュベートし、その後、酵素を熱不活性化する。単一ウエル対立遺伝子特異的プライマー伸長ASPE反応Luminexビーズセットを使用して、典型的に100以下の配列変異体を単一ウエル反応において区別することができる。例えば、タグ配列を有する1セットの対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドASOプライマー野生型対照ASOを含むを使用する。当該技術分野において公知のまたは当業者によって容易に修正されるPCR反応条件を用いて、Exo-SAP処理PCR生成物を、タグ付きプライマーとビオチン化dCPTとを含有する対立遺伝子特異的プライマー伸長反応に付す。汎用アレイ選別および検出各ビーズをタグ配列ASPEプライマーに相補的な抗タグ配列とカップリングさせる。従って、存在する場合には任意のASPE生成物を遺伝子型分析のために捕捉することができる。各アンプリコンについての野生型対照を含める。野生型対立遺伝子からのシグナルは、各アンプリコンについての対照として役立ち、および検出された突然変異についての対立遺伝子比計算典型的に、野生型対立遺伝子のシグナルに対する突然変異体対立遺伝子のシグナルの比を計算することによって得られるのための情報を提供する。ASPEプライマーに対する抗タグを含有する汎用ビーズアレイにASPE生成物を添加し、ハイブリダイゼーションのためにインキュベートする。その後、ビーズを捕捉し、ビオチンを含有する一切のハイブリダイズしていないASPE生成物を除去するフィルターを用いて、ハイブリダイゼーション反応物を洗浄する。ビーズハイブリダイゼーション条件は、当該技術分野において公知であり、当業者によって容易に適応され得る。ストレプトアビジンR-フィコエリトリンコンジュゲートをそのフィルタープレート上のハイブリダイズした生成物に添加し、室温でインキュベートし、その後、ビーズを選別し、検出する。例えば、修正したLUMINEX商標100IS商標または200IS商標を使用することができる。LUMINEX商標100IS商標をテキストファイルまたはバーコードからサンプルシートにアップロードすることができる。検出時間は、1ウエルにつき平均20~100秒である。結果LUMINEX商標システムにおいて、結果を<.csv>ファイルとして生じさせ、バッチでエクスポートする。TAG-IT商標DataAnalysisSoftwareTDASバージョン6.0におけるバッチアウトプットファイル.csvを開き、一定の個々に検査された突然変異に関しては対立遺伝子比についての所定のアルゴリズムに基づいて、および残りの突然変異に関してはシグナルの存在または不在に基づいて、結果を自動的に生じさせる。突然変異確認本明細書に記載する任意の突然変異について陽性の試料を第二のアッセイ試行によって確認することができる。陽性試料を直接DNA配列決定によって確認することもできる。実施例3嚢胞性線維症配列決定アッセイ嚢胞性線維症全配列決定アッセイおよび単一エキソン配列アッセイを用いて、直接、患者試料中のCFTR遺伝子における突然変異を検出することができる。嚢胞性線維症全配列決定アッセイおよび単一エキソン配列アッセイは、CFスクリーニングパネルを補足するために用いることもでき、および/または多重突然変異について陽性である試料もしくはCF突然変異検出アッセイにおいて正常な対応物のない試料についての確認アッセイとして役立つように用いることもできる。CF全配列決定アッセイは、CFTR遺伝子の全コード領域に加えて各イントロンの3’末端の15bpel7bについては公知突然変異をカバーするために30bpおよび各イントロンの5’の初めの6bpを配列決定する。加えて、前記アッセイは、エキソン2、3欠失、18111.6kbでのA>G突然変異、および384910kbでのC>T突然変異の同定に有用なイントロン1、3、11および19の部分を含む。典型的に、前記アッセイは、31のアンプリコン:el、il、e2、e3、i3、e4、e5、e6a、e6b、e7、e8、e9、e10、e11、e12、e13a、e13b、e14a、e14b、e15、e16、e17a、e17b、e18、e19、i19、e20、e21、e22、e23およびe24、の分析を含む。各アンプリコンは、エキソンの大きなサイズのためアンプリコンが2つのフラグメントに分割される13.1および13.2を除き、エキソンの完全コード領域を含む。CFシグナルエキソン配列決定アッセイは、必要に応じて、個々の塩基でだが、同じプライマーを使用する。この実施例におけるCF単一エキソン配列決定アッセイで検査した試料としては、1CF突然変異アッセイ例えば、実施例2において説明したようなマルチプレックスASPEアッセイにおいて陽性の検査結果を有したが、確認を必要とする個体;2CF全配列決定アッセイにおいて陽性の検査結果を有したので反復検査を必要とする個体;3既知家族性突然変異単数もしくは複数について検査を受けている個体;および/または4実施例2のCF突然変異検出アッセイにおいて検出可能でない突然変異について検査を受けている個体からのものが挙げられる。検体およびアッセイ形式分析すべき検体は、次の源しかしこれらに限定されないから抽出されるゲノムDNAであり得る:全血例えば、EDTA、ACD-A、ACD-B中の全血、血斑、羊水、絨毛膜絨毛試料CVS単一エキソン配列決定のためのみ、培養細胞例えば、CVS、羊水、線維芽細胞、POC、口内洗浄液単一エキソン配列決定のためのみ。96ウエル形式を用いる。カクテルブランクを各アッセイ時にすべてのアプリコンについて試行する。PCR増幅本明細書に記載する突然変異を含有するターゲット領域を、先ず、PCR増幅によって増幅する。典型的に、5ng~200ngのDNAを25μL容量の反応で増幅する。PCRプライマーは、5’UPSタグ-フォワードプライマーのためのUPS1およびリバースプライマーのためのUPS2を含む。表6は、一定の例示的ターゲットエキソンまたはイントロン領域の増幅に使用した例示的プライマーの配列を提示するものである。PCR条件は表7に示すとおりである。PCR後の酵素的クリーンアップPCR生成物をエキソヌクレアーゼIExoおよびエビのアルカリホスファターゼSAPで処理して、配列決定に干渉し得る残留プライマーを除去する。以下のインキュベーション条件を用いる:30分間37°C酵素消化15分間99°C酵素不活性化保管まで8°Cで保持生成物を、例えば-80°Cまたは-20°Cで、保管することができる。配列決定Exo-SAP処理生成物を水で1:2希釈し、3μLを、BigDyev3.1ABIを含有する7μLのフォワードおよびリバース配列カクテルそれぞれに添加する。二方向配列決定結果を得るために、UPS1プライマーとUPS2プライマーの両方を使用して、各アンプリコンにつき2配列決定反応を行う。遺伝子特異的プライマーを使用する追加のフォワード配列決定反応をエキソン6bおよび9について行って、繰り返し領域を超えて読み取り可能な配列を得る。表8に示す条件を用いてサーモサイクラーでサイクル配列決定を行う。アッセイプレートを、例えば-80°Cで2週間まで、分析されるまたはさらに操作されるまで、保管することができる。配列決定後の精製PerformaDTRUltra96WellPlateEdgeBiosystemsを使用してシークエンス生成物を精製する。配列決定反応物を1:2希釈し、10μLをEdgePlateによって精製する。配列決定試行:ABI3730遺伝子分析装置およびデータ分析3730x1遺伝子分析装置を用いて1kV/14秒注入を行う。POP7ポリマーおよび50cmアレイを最適分解のために使用する。典型的な配列決定試行についてのパラメータを表9に示す。SEQSCAPE商標ソフトウェアABIを使用してシークエンスデータ分析を行う。等価物当業者は、本明細書に記載する本発明の特定の実施形態の多くの等価物を思い出すだろう、または常例的な実験以上のものを用いずにそれらを突きとめることができるだろう。本発明の範囲を上の説明に限定することを意図せず、むしろ本発明の範囲は添付のクレームに示すとおりである。冠詞a、anおよびtheは、本願において本明細書およびクレームにて用いる場合、相反する明確な指示がない限り、複数の指示対象を含むと解釈すべきである。グループの1つ以上の構成員間にまたはを含むクレームまたは説明は、相反する指示がない限り、または別様に文脈から明らかでない限り、前記グループ構成員の1つ、1つより多く、またはすべてが、所与の生成物またはプロセスに存在する、利用される、または別様に関連している場合、履行されると考えられる。本発明は、前記グループのまさに1つの構成員が、所与の生成物またはプロセスに存在する、利用される、または別様に関連している実施形態を含む。本発明は、前記グループ構成員の1つより多く、またはすべてが、所与の生成物またはプロセスに存在する、利用される、または別様に関連している実施形態も含む。さらに、本発明は、別の指示がない限り、または矛盾もしくは不一致が生ずることが当業者に明らかでない限り、1つ以上のクレームからの1つ以上の制限、要素、節、記述的用語などが同じ基本クレームまたは、関連性がある場合には、任意の他のクレームに従属する別のクレームに導入される変型、組み合わせおよび順列を包含すると解釈しなければならない。要素がリストとして、例えばマーカッシュグループまたは類似の形式で、提示されている場合、前記要素の各サブグループも開示されていると、および任意の要素単数または複数が前記グループから除去され得ると解釈しなければならない。一般に、本発明、または本発明の態様、が特定の要素、特徴などを含むと言われている場合、本発明の一定の実施形態または本発明の態様は、そのような要素、特徴などから成る、または本質的に成る。明快さのために、それらの実施形態は、あらゆるケースに関して、本明細書に具体的に示されてはいない。本発明のいずれの実施形態も、例えば先行技術の中で見つけられるいずれの実施形態も、具体的な除外が本明細書において述べられているかどうかにかかわらず、本請求項から明示的に除外される場合があることも理解すべきである。相反する明確な指示がない限り、1つより多くの行為を含む本願において特許請求するいずれの方法においても、前記方法の行為の順序は、前記方法の行為が列挙されている順序に必ずしも限定されず、本発明は、前記順序がそのように限定されない実施形態を含むことも理解すべきである。さらに、本クレームが組成物を述べるものである場合、本発明は、該組成物の使用方法および該組成物の作製方法を包含する。本クレームが組成物を述べるものである場合、本発明は、該組成物の使用方法および該組成物の作製方法を包含すると解釈すべきである。参考文献の援用本願に引用されるすべての出版物および特許文献は、個々の出版物または特許文献それぞれの内容が本願に援用されているのと同程度に、それら全体が参照により援用される。"