生物学的試料から調製されたタンパク質消化物中の、Her2タンパク質の存在を検出し、Her2タンパク質のレベル及びHer2タンパク質の切断バージョンの度合いを測定する方法であって、質量分析法を使用して、前記生物学的試料から調製されたタンパク質消化物中の前記Her2タンパク質から特定のペプチドを検出することと、前記試料中の前記Her2タンパク質のこれら2つのバージョンのレベルを計算すること、とを含んでなり、前記レベルが、前記Her2タンパク質の双方のバージョンの絶対レベルである、方法。前記ペプチドを検出することに先立って、前記タンパク質消化物を分画する工程を更に含む、請求項1に記載の方法。前記分画の工程が、ゲル電気泳動、液体クロマトグラフィー、毛管電気泳動、ナノ逆相液体クロマトグラフィー、高性能液体クロマトグラフィー、又は逆相高性能液体クロマトグラフィーからなる群から選択される、請求項2に記載の方法。前記生物学的試料の前記タンパク質消化物が、前記液体組織プロトコルによって調製される、請求項1に記載の方法。前記タンパク質消化物が、プロテアーゼ消化物を含む、請求項1に記載の方法。前記タンパク質消化物が、トリプシン消化物を含む、請求項5に記載の方法。質量分析法が、直列型質量分析法、イオントラップ質量分析法、トリプル四重極質量分析法、MALDI-TOF質量分析法、MALDI質量分析法、及び/又は飛行時間型質量分析法を含む、請求項1に記載の方法。前記使用される質量分析法のモードが、選択反応モニタリングSRM、多重反応モニタリングMRM、及び/又は多重選択反応モニタリングmSRMである、請求項7に記載の方法。前記Her2断片ペプチドが、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、及び配列番号9に記載される前記アミノ酸配列を含む、請求項1及び8に記載の方法。前記生物学的試料が、血液試料、尿試料、血清試料、腹水試料、唾液試料、細胞、又は固形組織である、請求項1に記載の方法。前記組織がホルマリン固定組織である、実施例10に記載の方法。前記組織がパラフィン包埋組織である、請求項10に記載の方法。前記組織が腫瘍から得られる、請求項10に記載の方法。前記腫瘍が一次腫瘍である、請求項13に記載の方法。前記腫瘍が二次腫瘍である、請求項13に記載の方法。10個10全てのHer2断片ペプチドを検出及び定量化することを更に含む、請求項1に記載の方法。前記10個のHer2断片ペプチドを定量化することが、1つの生物学的試料中の配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、及び配列番号10に示されるHer2の約8個~約45個のアミノ酸残基のアミノ酸配列に対応するそれぞれのHer2断片ペプチドの量を、異なる別個の生物学的試料中の同一のHer2断片ペプチドの前記量と比較することを含む、請求項16に記載の方法。前記Her2断片ペプチドを定量化することが、既知の量のスパイクされた内部標準ペプチドと比較することによって、生物学的試料中の前記10個のHer2断片ペプチドのうちの1つ以上の前記量を決定することを含み、前記生物学的試料中の天然ペプチドと前記内部標準ペプチドの双方が、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、及び配列番号10に示されるHer2の約8個~約45個のアミノ酸残基の前記同一のアミノ酸配列に対応する、請求項16に記載の方法。前記内部標準ペプチドが、同位元素によりラベルされたペプチドである、請求項18に記載の方法。前記同位元素によりラベルされた内部標準ペプチドが、18O、17O、34S、15N、13C、2H又はこれらの組み合わせから選択される1つ以上の重安定同位体元素を含む、請求項19に記載の方法。被験体から前記生物学的試料を得ることを更に含み、前記タンパク質消化物中の前記10個の非修飾Her2断片ペプチドのうちの1つ以上を検出かつ定量化することが、前記完全長Her2タンパク質の存在、前記完全長Her2タンパク質の切断バージョン複数可の存在、並びに/又はこれら双方の前記存在及び前記被験体における癌の関連の組み合わせを示唆する、請求項1に記載の方法。前記Her2断片ペプチドの検出されかつ定量化された量を、前記癌の前記診断的ステージ/グレード/進行状況に相関させることを更に含む、請求項21に記載の方法。前記タンパク質消化物中の前記10個のHer2断片ペプチドのうちの1つ以上の前記存在、不在、又はその定量されたレベルに基づいて前記被験体のための治療を選択することを更に含む、請求項16~22のいずれか一項に記載の方法。前記Her2タンパク質を特異的に標的化する治療薬の治療的有効量を投与することを更に含み、どの薬剤がどれほどの量で治療に使用されるかについての前記治療決定が、前記生物学的試料中の前記完全長Her2タンパク質又は前記Her2タンパク質の切断バージョンの特定のレベルに基づく、請求項16~22のいずれか一項に記載の方法。治療薬が、前記完全長Her2タンパク質又は前記Her2タンパク質の切断バージョンのいずれか若しくはその生物学的活性に特異的に結合しかつそれを阻害するよう設計されたものを含み、例えば、ハーセプチン、トラスツズマブ、及びラパチニブが挙げられるが、前記薬剤に限定されない、請求項23に記載の方法。前記Her2タンパク質の前記完全長又は前記完全長の切断バージョンを検出かつ定量化することが、他のタンパク質からの他のペプチドを検出及び定量化することと多重的に組み合わされることが可能であることで、どの薬剤がどれほどの量で治療に使用されるかについての前記治療決定が、前記生物学的試料中の他のペプチド/タンパク質と組み合わせて前記Her2断片ペプチドの特定のレベルに基づく、請求項24に記載の方法。前記生物学的試料が、前記液体組織プロトコル及び試薬による前記修飾された又は非修飾のHer2断片ペプチドの定量分析用に処理加工されたホルマリン固定腫瘍組織である、請求項10及び21に記載の方法。2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、又は9つ以上の配列番号1~10の単離したペプチドを含む、組成物。i1つ以上、2つ以上、3つ以上、又は4つ以上のHer2細胞内ペプチドと、ii1つ以上、2つ以上、3つ以上、又は4つ以上のHer2細胞外ペプチドと、を含む組成物であって、前記細胞内ペプチドと細胞外ペプチドが、配列番号1~10の前記配列を有するペプチドから選択される、組成物。前記組成物が、前記Her2に由来の他のペプチドを含まない又は実質的に含まない、請求項28又は29に記載の組成物。前記ペプチドが、18O、17O、34S、15N、13C、2H又はこれらの組み合わせから選択される1つ以上、2つ以上、又は3つ以上の重安定同位体元素を含む同位体元素でラベルされた内部標準ペプチドである、請求項30に記載の組成物。前記組成物が、実質的に純粋であるか、又は他の細胞構成成分を含まない、請求項28又は29に記載の組成物。