"式Ia、Ib、Ic又はId:式中、Jは、H、、又はであり、はJがO原子に結合する位置を示し;Qは、a結合基及び切断されてヒドロキシ基を形成することが可能なスペーサーからなる担体;又はb脂肪族鎖、芳香族基、置換若しくは非置換芳香族、置換若しくは非置換フェノキシ、又はレブリニルであり;R1は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R2は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;又は、R1とR2は、それらが結合している窒素原子と一緒になって、4~7員環の非芳香族ヘテロシクリルを形成し、形成されたヘテロシクリルは、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R3は、リン酸保護基であり;R4は、--ハロ、--R5、--NR7R8、--OR9、--SR10、又は2’-ブロッキング基であるか;又は、構造式Ia又はIbがII又はIIIである場合:R4はさらにO-SiR113又はO-CH2-SiR113から選択され;又は、構造式Ia又はIbがIV又はVである場合:R4はさらに-OC=OR12から選択され;R5は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換フェニルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル及びフェニル基は、NH、NR5、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;また-NR7R8、C1-C4アルキルアミノ、ジC1-C4アルキルアミノ、-OR9、C1-C6アルコキシ、ベンジル若しくは置換ベンジル、-SR10;又は-S-C1-C6アルキル基で終端していてもよく;R6は、-H又は-O-Zであり;R7は、それぞれ独立して、フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;NR8C=O-フタルイミド;置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R8は、それぞれ、H又は置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R9は、それぞれ独立して、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R10は、それぞれ独立して、-SC1-C6アルキル、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R11は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R12は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換アリール基であり;Zは、酸分解性保護基であり;Bnは、水素、又は各環外アミンがアミン保護基で官能化されていてもよい、置換されていてもよい核酸塩基であり、ここで、核酸塩基は以下から選択され:N6,N6-ジメチルアデニン、N6-ベンゾイルアデニン、N-1-メチルアデニン、7-デアザアデニン、7-デアザ-8-アザアデニン、3-デアザアデニン、エテノアデニン、イソグアニン、N1-メチルグアニン、7-ヨード-7-デアザグアニン、7-デアザ-7-ヨードアデニン、7-デアザ-7-ヨード-6-オキソプリン、5-ヨード-5-メチル-7-デアザグアニン、-C≡CCH21-8-フタルアミドpthlamideで置換された7-デアザグアニン、7-デアザ-8-アザグアニン、8-メチルグアニン、8-ブロモグアニン、8-アミノグアニン、ヒポキサンチン、6-メトキシプリン、7-デアザ-6-オキソプリン、6-オキソプリン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、8-ブロモプリン、8-アミノプリン、8-アルキルアミノプリン、8-アルキルアミノプリン、チミン、N-3メチルチミン、5-アセトキシメチルシトシン、5-アザシトシン、イソシトシン、N-4C1-C6アルキルシトシン、N-3C1-C6アルキルシチジン、5-プロピニルシトシン、5-ヨード-シトシン、5-C1-C6アルキルシトシン、5-アリールC1-C6アルキルシトシン、5-トリフルオロメチルシトシン、5-メチルシトシン、エテノシトシン、-CH=CH-C=ONHC1-C6アルキルで置換されたシトシン及びウラシル、-C≡C-CH2-フタルイミドで置換されたシトシン及びウラシル、NHC1-C6アルキル、4-チオウラシル、2-チオウラシル、N3-チオベンゾイルエチルウラシル、5-プロピニルウラシル、5-アセトキシメチルウラシル、5-フルオロウラシル、5-クロロウラシル、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、4-チオウラシル、N-3-C1-C6アルキルウラシル、5-3-アミノアリル-ウラシル、5-C1-C6アルキルウラシル、5-アリールC1-C6アルキルウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、4-トリアゾリル-5-メチルウラシル、2-ピリドン、2-オキソ-5-メチルピリミジン、2-オキソ-4-メチルチオ-5-メチルピリミジン、2-チオカルボニル-4-オキソ-5-メチルピリミジン、及び4-オキソ-5-メチルピリミジン;ここで、核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子は、以下により置換されていてもよく:フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=OOPh;-C=OC1-C16アルキル;-C=OCH2CH2CH=CH2;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOH;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOC1-C6アルキル;=CR8NC1-C6アルキル2;-C=O-NR8-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-NR8CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;及びここで、核酸塩基内の置換可能な酸素原子は、-C=ONC1-C6アルキル2-C=ONフェニル2で置換されていてもよいで表される化合物。式Ia、Ib、Ic又はId:式中、Jは、H、、又はであり、はJがO原子に結合する位置を示し;Qは、a結合基及び切断されてヒドロキシ基を形成することが可能なスペーサーからなる担体;又はb脂肪族鎖、芳香族基、置換若しくは非置換芳香族、置換若しくは非置換フェノキシ、又はレブリニルであり;R1は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R2は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;又は、R1とR2は、それらが結合している窒素原子と一緒になって、4~7員環の非芳香族ヘテロシクリルを形成し、形成されたヘテロシクリルは、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R3は、リン酸保護基であり;R4は、--ハロ、--R5、--NR7R8、--OR9、--SR10、又は2’-ブロッキング基であるか;又は、構造式Ia又はIbがII又はIIIである場合:R4はさらにO-SiR113又はO-CH2-SiR113から選択され;又は、構造式Ia又はIbがIV又はVである場合:R4はさらに-OC=OR12から選択され;R5は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換フェニルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル及びフェニル基は、NH、NR5、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;また-NR7R8、C1-C4アルキルアミノ、ジC1-C4アルキルアミノ、-OR9、C1-C6アルコキシ、ベンジル若しくは置換ベンジル、-SR10;又は-S-C1-C6アルキル基で終端していてもよく;R6は、-H又は-O-Zであり;R7は、それぞれ独立して、フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;NR8C=O-フタルイミド;置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R8は、それぞれ、H又は置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R9は、それぞれ独立して、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R10は、それぞれ独立して、-SC1-C6アルキル、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R11は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;ただし、R4が-O-SiR113であって、2つのR11基がともにメチルである場合、もう1つのR11基はt-ブチルでなく、又は、R4が-O-CH2-SiR113である場合、3つのR11基のすべてがイソプロピルとなることはなく;R12は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換アリール基であり;Zは、酸分解性保護基であり;Bnは、水素、又は各環外アミンがアミン保護基で官能化されていてもよい、置換されていてもよい核酸塩基であるで表される化合物。Jが又はであり、は、JがO原子に結合する位置を示す、請求項1に記載の化合物。式Ia又はIb:で表される、請求項1に記載の化合物又はその塩。Zが非置換若しくは置換アリール基、非置換若しくは置換トリアリールメチル基、非置換若しくは置換トリチル基、非置換若しくは置換テトラヒドロピラニル基、又は非置換若しくは置換9-フェニルキサンチルである、請求項1に記載の化合物。Zがジ-p-アニシルフェニルメチル、p-フルオロフェニル-1-ナフチルフェニルメチル、p-アニシル-1-ナフチルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、p-トリルジフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、又はp-トリルジフェニルメチルである、請求項5に記載の化合物。Zが下記の構造式:式中、は3’酸素原子への結合を示し、Ra、Rb及びRcは独立して以下の構造式から選択される:で表される、請求項5に記載の化合物。Zが4-メトキシトリチル、4,4’-ジメトキシトリチル、又は4,4’,4-トリメトキシトリチルである、請求項5に記載の化合物。核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子が、=CHNCH32;C=OCHCH32;-C=OCH3、=CCH3NCH32;-C=OOPh;-C=OCH2CH2CH=CH2;-C=OCH2CH2-C=OOC1-C6アルキル;-C=O-NR8-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-NR8CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド、及びにより置換されていてもよい、請求項1に記載の化合物。R3が、-CH2CH2CN、-CH2CH2-SiCH32C6H5、-CH2CH2-SO2-CH2CH3、-CH2CH2-C6H4-NO2、-CH2CH2-NH-CO-C6H5、又は-CH2CH2-O-C6H4-COCH3であり、R4が--O-SiR113である、請求項4に記載の化合物。R4が-O-SiCH32CCH33又は-O-CH2-SiCHCH323である、請求項10に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項1に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項12に記載の化合物。R3が-CH2CH2CNである、請求項13に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項14に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項1に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項16に記載の化合物。R3がCH2CH2CNである、請求項17に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項18に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項1に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項20に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項1に記載の化合物。以下の構造式の1つ:で表される化合物、又はその塩である、請求項22に記載の化合物。以下の構造式の1つで表される化合物:式中、Yは、それぞれ独立して、酸素又は硫黄であり;Qは、a結合基及び切断されてヒドロキシ基を形成することが可能なスペーサーからなる担体;又はb脂肪族鎖、芳香族基、置換若しくは非置換芳香族、置換若しくは非置換フェノキシ、又はレブリニルであり;R1は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R2は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;又は、R1とR2は、それらが結合している窒素原子と一緒になって、4~7員環の非芳香族ヘテロシクリルを形成し、形成されたヘテロシクリルは、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R3は、リン酸保護基であり;R4は、--ハロ、--R5、--NR7R8、-OR9、--SR10、又は2’-ブロッキング基であるか;又は、R4がリボース構造の中にある場合、R4はさらにO-SiR113又はO-CH2-SiR113から選択され;又は、R4がアラビノース構造の中にある場合、R4はさらに-OC=OR12から選択され;R5は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換フェニルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル及びフェニル基は、NH、NR5、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;また-NR7R8、C1-C4アルキルアミノ、ジC1-C4アルキルアミノ、-OR9、C1-C6アルコキシ、ベンジル若しくは置換ベンジル、-SR10;又は-S-C1-C6アルキル基で終端していてもよく;R6は、-H又は-O-Zであり;R7は、それぞれ独立して、フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;NR8C=O-フタルイミド;置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R8は、それぞれ、H又は置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R9は、それぞれ独立して、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R10は、それぞれ独立して、-SC1-C6アルキル、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R11は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R12は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換アリール基であり;Zは、酸分解性保護基であり;Bnは、水素、又は各環外アミンがアミン保護基で官能化されていてもよい、置換されていてもよい核酸塩基であり、ここで、核酸塩基は以下から選択され:N6,N6-ジメチルアデニン、N6-ベンゾイルアデニン、N-1-メチルアデニン、7-デアザアデニン、7-デアザ-8-アザアデニン、3-デアザアデニン、エテノアデニン、イソグアニン、N1-メチルグアニン、7-ヨード-7-デアザグアニン、7-デアザ-7-ヨードアデニン、7-デアザ-7-ヨード-6-オキソプリン、5-ヨード-5-メチル-7-デアザグアニン、-C≡CCH21-8-フタルアミドpthlamideで置換された7-デアザグアニン、7-デアザ-8-アザグアニン、8-メチルグアニン、8-ブロモグアニン、8-アミノグアニン、ヒポキサンチン、6-メトキシプリン、7-デアザ-6-オキソプリン、6-オキソプリン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、8-ブロモプリン、8-アミノプリン、8-アルキルアミノプリン、8-アルキルアミノプリン、チミン、N-3メチルチミン、5-アセトキシメチルシトシン、5-アザシトシン、イソシトシン、N-4C1-C6アルキルシトシン、N-3C1-C6アルキルシチジン、5-プロピニルシトシン、5-ヨード-シトシン、5-C1-C6アルキルシトシン、5-アリールC1-C6アルキルシトシン、5-トリフルオロメチルシトシン、5-メチルシトシン、エテノシトシン、-CH=CH-C=ONHC1-C6アルキルで置換されたシトシン及びウラシル、-C≡C-CH2-フタルイミドで置換されたシトシン及びウラシル、NHC1-C6アルキル、4-チオウラシル、2-チオウラシル、N3-チオベンゾイルエチルウラシル、5-プロピニルウラシル、5-アセトキシメチルウラシル、5-フルオロウラシル、5-クロロウラシル、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、4-チオウラシル、N-3-C1-C6アルキルウラシル、5-3-アミノアリル-ウラシル、5-C1-C6アルキルウラシル、5-アリールC1-C6アルキルウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、4-トリアゾリル-5-メチルウラシル、2-ピリドン、2-オキソ-5-メチルピリミジン、2-オキソ-4-メチルチオ-5-メチルピリミジン、2-チオカルボニル-4-オキソ-5-メチルピリミジン、及び4-オキソ-5-メチルピリミジン;ここで、核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子は、以下により置換されていてもよく:フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=OOPh;-C=OC1-C16アルキル;-C=OCH2CH2CH=CH2;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOH;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOC1-C6アルキル;=CR8NC1-C6アルキル2;-C=O-NR8-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-NR8CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;及びここで、核酸塩基内の置換可能な酸素原子は、-C=ONC1-C6アルキル2-C=ONフェニル2で置換されていてもよく;R20は、H、-O-Z、又はR21であり;R21は、3’官能基であり;Zは、酸分解性保護基であり;そして、nは、0~150である]又は、その塩。R21が、aシアノエチルホスフェート-ポリエチレングリコールv、ここで、vは2~100で、グリコール単位の数を表す;bコレステロール、ビオチン、フルオレセイン類、シアニン色素類、ソラレン、テトラメチルローダミン色素、ダブシル色素、C-3ジスルフィド、C-6ジスルフィド、対称及び非対称炭化水素鎖C2-C50、CF3C=O又はフタルアミド又はFMOCで保護された末端アミノ基を有する対称及び非対称炭化水素鎖C2-C50、アミン保護基で保護されたC1-C16アルキレン-アミン、アジド基で保護されたC1-C5アルキレン-アミン、アセチレンC≡CH基で保護されたC1-C5アルキレン-アミン、と結合されたシアノエチルホスフェート-リンカー;cDMT基又は他の酸分解性基で保護されたシアノエチルホスフェート-エタン-2-オール-、DMT基又は他の酸分解性基で保護されたシアノエチルホスフェート-プロパン-3-オール-;d末端ヒドロキシを有するC1-C50アルキレン;e脂質、カルボキシル基、又はペプチド;又は、f分枝ホスホルアミダイトである、請求項24に記載の化合物。nが5~75である、請求項24に記載の化合物。97を超える純度を有し、5’ホスホルアミダイトヌクレオシドから合成した、合成RNA分子。RNAオリゴマー及びそのエナンチオマーの合成のための、5’-から3’-方向への結合形成によるオリゴヌクレオチドの作製方法であって、以下の工程を含む方法:a下記の構造式で表される担体に結合した化合物から、Z保護基を切断し、これにより、構造式XXで表される化合物を形成する;b構造式XXで表される化合物を、構造式XXIの化合物と反応させ、これにより、下記構造式で表される2-mer化合物を形成する;c2-mer化合物をキャッピング剤と反応させる;d2-mer化合物の三価の亜リン酸基を酸化又は硫化し、構造式XXIIの化合物を形成する;e構造式XXIIで表される化合物からZ保護基を切断し、構造式XXIIIの化合物を形成する;f構造式XXIIIで表される化合物を、下記の構造式で表される化合物と反応させ:これにより、下記構造式XXIVで表される3-merを形成する;e構造式XXIVで表される化合物からZ保護基を切断する;g工程aからeをn回繰り返し、下記構造式で表されるオリゴヌクレオチド又はその塩を形成する:式中、Jは、又はであり、はJがO原子に結合する位置を示し;Qは、a結合基及び切断されてヒドロキシ基を形成することが可能なスペーサーからなる担体;又はb脂肪族鎖、芳香族基、置換若しくは非置換芳香族、置換若しくは非置換フェノキシ、又はレブリニルであり;R1は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R2は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;又は、R1とR2は、それらが結合している窒素原子と一緒になって、4~7員環の非芳香族ヘテロシクリルを形成し、形成されたヘテロシクリルは、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R3は、リン酸保護基であり;R4は、--ハロ、--R5、--NR7R8、--OR9、--SR10、又は2’-ブロッキング基であるか;又は、構造式Ia又はIbがII又はIIIである場合:R4はさらにO-SiR113又はO-CH2-SiR113から選択され;又は、構造式Ia又はIbがIV又はVである場合:R4はさらに-OC=OR12から選択され;R5は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換フェニルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル及びフェニル基は、NH、NR5、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;また-NR7R8、C1-C4アルキルアミノ、ジC1-C4アルキルアミノ、-OR9、C1-C6アルコキシ、ベンジル若しくは置換ベンジル、-SR10;又は-S-C1-C6アルキル基で終端していてもよく;R6は、-H又は-O-Zであり;R7は、それぞれ独立して、フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;NR8C=O-フタルイミド;置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R8は、それぞれ、H又は置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R9は、それぞれ独立して、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R10は、それぞれ独立して、-SC1-C6アルキル、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R11は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R12は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換アリール基であり;Zは、酸分解性保護基であり;Bnは、水素、又は各環外アミンがアミン保護基で官能化されていてもよい、置換されていてもよい核酸塩基であり、ここで、核酸塩基は以下から選択され:N6,N6-ジメチルアデニン、N6-ベンゾイルアデニン、N-1-メチルアデニン、7-デアザアデニン、7-デアザ-8-アザアデニン、3-デアザアデニン、エテノアデニン、イソグアニン、N1-メチルグアニン、7-ヨード-7-デアザグアニン、7-デアザ-7-ヨードアデニン、7-デアザ-7-ヨード-6-オキソプリン、5-ヨード-5-メチル-7-デアザグアニン、-C≡CCH21-8-フタルアミドpthlamideで置換された7-デアザグアニン、7-デアザ-8-アザグアニン、8-メチルグアニン、8-ブロモグアニン、8-アミノグアニン、ヒポキサンチン、6-メトキシプリン、7-デアザ-6-オキソプリン、6-オキソプリン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、8-ブロモプリン、8-アミノプリン、8-アルキルアミノプリン、8-アルキルアミノプリン、チミン、N-3メチルチミン、5-アセトキシメチルシトシン、5-アザシトシン、イソシトシン、N-4C1-C6アルキルシトシン、N-3C1-C6アルキルシチジン、5-プロピニルシトシン、5-ヨード-シトシン、5-C1-C6アルキルシトシン、5-アリールC1-C6アルキルシトシン、5-トリフルオロメチルシトシン、5-メチルシトシン、エテノシトシン、-CH=CH-C=ONHC1-C6アルキルで置換されたシトシン及びウラシル、-C≡C-CH2-フタルイミドで置換されたシトシン及びウラシル、NHC1-C6アルキル、4-チオウラシル、2-チオウラシル、N3-チオベンゾイルエチルウラシル、5-プロピニルウラシル、5-アセトキシメチルウラシル、5-フルオロウラシル、5-クロロウラシル、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、4-チオウラシル、N-3-C1-C6アルキルウラシル、5-3-アミノアリル-ウラシル、5-C1-C6アルキルウラシル、5-アリールC1-C6アルキルウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、4-トリアゾリル-5-メチルウラシル、2-ピリドン、2-オキソ-5-メチルピリミジン、2-オキソ-4-メチルチオ-5-メチルピリミジン、2-チオカルボニル-4-オキソ-5-メチルピリミジン、及び4-オキソ-5-メチルピリミジン;ここで、核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子は、以下により置換されていてもよく:フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=OOPh;-C=OC1-C16アルキル;-C=OCH2CH2CH=CH2;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOH;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOC1-C6アルキル;=CR8NC1-C6アルキル2;-C=O-NR8-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-NR8CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;及びここで、核酸塩基内の置換可能な酸素原子は、-C=ONC1-C6アルキル2-C=ONフェニル2で置換されていてもよく;nは1~150である;又はその塩。Y基が、それぞれ独立して、硫化により導入されてホスホロチオエート結合を形成するか、又は酸化により導入されてリン酸結合を形成する、請求項28に記載の方法。R3基が酸化後に脱離してリン酸結合を形成する、請求項29に記載の方法。R3基が硫化後に脱離してホスホロチオエート結合を形成する、請求項29に記載の方法。核酸塩基保護基が塩基で脱保護される、請求項31に記載の方法。塩基がアンモニア水、メタノール性アンモニア、又はエタノール性アンモニアから選択される、請求項32に記載の方法。R4が-OSiR113である、請求項32に記載の方法。-OSiR113をフッ化物塩で切断する工程をさらに含む、請求項34に記載の方法。フッ化物塩がフッ化テトラエチルアンモニウムである、請求項35に記載の方法。下記の構造式:で表される化合物を3’官能基と反応させ、これにより下記の構造式:式中、R21は3’官能基又はその塩であるで表される化合物を形成する工程をさらに含む、請求項28に記載の方法。R21が、aシアノエチルホスフェート-ポリエチレングリコールv、ここで、vは2~100で、グリコール単位の数を表す;bコレステロール、ビオチン、フルオレセイン類、シアニン色素類、ソラレン、テトラメチルローダミン色素、ダブシル色素、C-3ジスルフィド本発明は、3’末端で効率的に修飾可能な高純度のRNAを合成するための基盤的要素と方法を提供する。本明細書に開示する逆方向RNAアミダイトを用いた自動オリゴ合成では、工程ごとのカップリング効率が向上し、これにより、より高純度を実現し、非常に長いオリゴヌクレオチドを生産する能力が向上している。本発明の合成プロセスにおける逆方向RNAホスホルアミダイトの利用により、N1種を含まないオリゴヌクレオチドが得られる。N1種は、HPLC分析/精製又はゲル精製の際に所望のピークが広がる不純物につながる。N1種は、同一のカップリングサイクル中に、1つの核酸塩基ではなく2つの核酸塩基が付加することで生じる。第1の実施形態では、本発明は式Ia、Ib、Ic又はIdに示す化合物、又はその塩に関する:式中、Jは、H、、又はであり、はJがO原子に結合する位置を示し;Qは、a結合基及び切断されてヒドロキシ基を形成することが可能なスペーサーからなる担体;又はb脂肪族鎖、芳香族基、置換若しくは非置換芳香族、置換若しくは非置換フェノキシ、又はレブリニルであり;R1は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R2は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;又は、R1とR2は、それらが結合している窒素原子と一緒になって、4~7員環の非芳香族ヘテロシクリルを形成し、形成されたヘテロシクリルは、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R3は、リン酸保護基であり;R4は、--ハロ、--R5、--NR7R8、--OR9、--SR10、又は2’-ブロッキング基であるか;又は、構造式Ia又はIbがII又はIIIである場合:R4はさらにO-SiR113又はO-CH2-SiR113から選択され;又は、構造式Ia又はIbがIV又はVである場合:R4はさらに-OC=OR12から選択され;R5は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換フェニルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル及びフェニル基は、NH、NR5、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;また-NR7R8、C1-C4アルキルアミノ、ジC1-C4アルキルアミノ、-OR9、C1-C6アルコキシ、ベンジル若しくは置換ベンジル、-SR10;又は-S-C1-C6アルキル基で終端していてもよく;R6は、-H又は-O-Zであり;R7は、それぞれ独立して、フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;NR8C=O-フタルイミド;置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R8は、それぞれ、H又は置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R9は、それぞれ独立して、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R10は、それぞれ独立して、-SC1-C6アルキル、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R11は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R12は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換アリール基であり;Zは、酸分解性保護基であり;Bnは、水素、又は各環外アミンがアミン保護基で官能化されていてもよい、置換されていてもよい核酸塩基であり、ここで、核酸塩基は以下から選択され:N6,N6-ジメチルアデニン、N6-ベンゾイルアデニン、N-1-メチルアデニン、7-デアザアデニン、7-デアザ-8-アザアデニン、3-デアザアデニン、エテノアデニン、イソグアニン、N1-メチルグアニン、7-ヨード-7-デアザグアニン、7-デアザ-7-ヨードアデニン、7-デアザ-7-ヨード-6-オキソプリン、5-ヨード-5-メチル-7-デアザグアニン、-C≡CCH21-8-フタルアミドpthlamideで置換された7-デアザグアニン、7-デアザ-8-アザグアニン、8-メチルグアニン、8-ブロモグアニン、8-アミノグアニン、ヒポキサンチン、6-メトキシプリン、7-デアザ-6-オキソプリン、6-オキソプリン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、8-ブロモプリン、8-アミノプリン、8-アルキルアミノプリン、8-アルキルアミノプリン、チミン、N-3メチルチミン、5-アセトキシメチルシトシン、5-アザシトシン、イソシトシン、N-4C1-C6アルキルシトシン、N-3C1-C6アルキルシチジン、5-プロピニルシトシン、5-ヨード-シトシン、5-C1-C6アルキルシトシン、5-アリールC1-C6アルキルシトシン、5-トリフルオロメチルシトシン、5-メチルシトシン、エテノシトシン、-CH=CH-C=ONHC1-C6アルキルで置換されたシトシン及びウラシル、-C≡C-CH2-フタルイミドで置換されたシトシン及びウラシル、NHC1-C6アルキル、4-チオウラシル、2-チオウラシル、N3-チオベンゾイルエチルウラシル、5-プロピニルウラシル、5-アセトキシメチルウラシル、5-フルオロウラシル、5-クロロウラシル、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、4-チオウラシル、N-3-C1-C6アルキルウラシル、5-3-アミノアリル-ウラシル、5-C1-C6アルキルウラシル、5-アリールC1-C6アルキルウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、4-トリアゾリル-5-メチルウラシル、2-ピリドン、2-オキソ-5-メチルピリミジン、2-オキソ-4-メチルチオ-5-メチルピリミジン、2-チオカルボニル-4-オキソ-5-メチルピリミジン、及び4-オキソ-5-メチルピリミジン;ここで、核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子は、以下により置換されていてもよく:フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=OOPh;-C=OC1-C16アルキル;-C=OCH2CH2CH=CH2;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOH;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOC1-C6アルキル;=CR8NC1-C6アルキル2;-C=O-NR8-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-NR8CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;及びここで、核酸塩基内の置換可能な酸素原子は、-C=ONC1-C6アルキル2-C=ONフェニル2で置換されていてもよい。第2の実施形態では、本発明は式Ia、Ib、Ic又はIdに示す化合物、又はその塩に関する:式中、Jは、H、、又はであり、はJがO原子に結合する位置を示し;Qは、a結合基及び切断されてヒドロキシ基を形成することが可能なスペーサーからなる担体;又はb脂肪族鎖、芳香族基、置換若しくは非置換芳香族、置換若しくは非置換フェノキシ、又はレブリニルであり;R1は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R2は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;又は、R1とR2は、それらが結合している窒素原子と一緒になって、4~7員環の非芳香族ヘテロシクリルを形成し、形成されたヘテロシクリルは、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R3は、リン酸保護基であり;R4は、--ハロ、--R5、--NR7R8、--OR9、--SR10、又は2’-ブロッキング基であるか;又は、構造式Ia又はIbがII又はIIIである場合:R4はさらにO-SiR113又はO-CH2-SiR113から選択され;又は、構造式Ia又はIbがIV又はVである場合:R4はさらに-OC=OR12から選択され;R5は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換フェニルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル及びフェニル基は、NH、NR5、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;また-NR7R8、C1-C4アルキルアミノ、ジC1-C4アルキルアミノ、-OR9、C1-C6アルコキシ、ベンジル若しくは置換ベンジル、-SR10;又は-S-C1-C6アルキル基で終端していてもよく;R6は、-H又は-O-Zであり;R7は、それぞれ独立して、フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;NR8C=O-フタルイミド;置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R8は、それぞれ、H又は置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R9は、それぞれ独立して、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R10は、それぞれ独立して、-SC1-C6アルキル、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R11は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;ただし、R4が-O-SiR113であって、2つのR11基がともにメチルである場合、もう1つのR11基はt-ブチルでなく、又は、R4が-O-CH2-SiR113である場合、3つのR11基のすべてがイソプロピルとなることはなく;R12は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換アリール基であり;Zは、酸分解性保護基であり;Bnは、水素、又は各環外アミンがアミン保護基で官能化されていてもよい、置換されていてもよい核酸塩基である。逆方向RNAモノマーホスホルアミダイトは、5’→3’方向のRNA合成のために開発されたもので、これにより、高純度のオリゴ合成ができ、3’末端に様々な修飾をクリーンにかつ効率的に導入することが可能である。関連出願本出願は、米国を指定国として2009年9月8日に提出され、英語で公開され、2008年9月6日に提出された米国仮特許出願第61/191,065号の権利を主張する、国際特許出願第PCT/US2009/005063号の一部継続出願である、2010年2月19日に提出された米国特許出願第12/708,827号に基づく優先権を主張する。上記出願は、参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。本発明の例示的実施形態の説明を以下に示す。ここに記載するすべての特許文献、公開出願、及び参考文献は、参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。第1又は第2の実施形態の1つの態様では、Jは又はであり、ここで、はJがO原子に結合する位置を示す。第1又は第2の実施形態の1つの態様では、化合物は、式Ia又はIb:で表されるか、又はその塩である。第1又は第2の実施形態の別の態様では、Zは、非置換若しくは置換アリール基、非置換若しくは置換トリアリールメチル基、非置換若しくは置換トリチル基、非置換若しくは置換テトラヒドロピラニル基、又は非置換若しくは置換9-フェニルキサンチルである。第1又は第2の実施形態の別の態様では、Zは、ジ-p-アニシルフェニルメチル、p-フルオロフェニル-1-ナフチルフェニルメチル、p-アニシル-1-ナフチルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、p-トリルジフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、又はp-トリルジフェニルメチルである。第1又は第2の実施形態のさらに別の態様では、Zは、下記の構造式で表され:式中、は3’酸素原子への結合を示し、Ra、Rb及びRcは独立して以下の構造式から選択される:第1又は第2の実施形態の1つの態様では、Zは、4-メトキシトリチル、4,4’-ジメトキシトリチル、又は4,4’,4-トリメトキシトリチルである。第1又は第2の実施形態の別の態様では、核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子は、=CHNCH32;C=OCHCH32;-C=OCH3、=CCH3NCH32;-C=OOPh;-C=OCH2CH2CH=CH2;-C=OCH2CH2-C=OOC1-C6アルキル;-C=O-NR8-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-NR8CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド、及びにより置換されていてもよい。第1又は第2の実施形態のさらに別の態様では、R3は、-CH2CH2CN、-CH2CH2-SiCH32C6H5、-CH2CH2-SO2-CH2CH3、-CH2CH2-C6H4-NO2、-CH2CH2-NH-CO-C6H5、又は-CH2CH2-O-C6H4-COCH3であり、R4は--O-SiR113である。第1又は第2の実施形態のさらに別の態様では、R4は、-O-SiCH32CCH33又は-O-CH2-SiCHCH323である。第1又は第2の実施形態の1つの態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第1又は第2の実施形態の別の態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第1又は第2の実施形態のさらに別の態様では、R3は-CH2CH2CNである。第1又は第2の実施形態の1つの態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第1又は第2の実施形態の1つの態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第1又は第2の実施形態の別の態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第1又は第2の実施形態のさらに別の態様では、R3はCH2CH2CNである。第1又は第2の実施形態の1つの態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第1又は第2の実施形態の1つの態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第1又は第2の実施形態の1つの態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第1又は第2の実施形態の別の態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第1又は第2の実施形態の別の態様では、化合物は以下の構造式の1つで表されるか:又はその塩である。第3の実施形態では、本発明は、以下の構造式の1つで表される化合物又はその塩に関する:式中、Yは、それぞれ独立して酸素又は硫黄であり;Qは、a結合基及び切断されてヒドロキシ基を形成することが可能なスペーサーからなる担体;又はb脂肪族鎖、芳香族基、置換若しくは非置換芳香族、置換若しくは非置換フェノキシ、又はレブリニルであり;R1は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R2は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;又は、R1とR2は、それらが結合している窒素原子と一緒になって、4~7員環の非芳香族ヘテロシクリルを形成し、形成されたヘテロシクリルは、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R3は、リン酸保護基であり;R4は、--ハロ、--R5、--NR7R8、-OR9、--SR10、又は2’-ブロッキング基であるか;又は、R4がリボース構造の中にある場合、R4はさらにO-SiR113又はO-CH2-SiR113から選択され;又は、R4がアラビノース構造の中にある場合、R4はさらに-OC=OR12から選択され;R5は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換フェニルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル及びフェニル基は、NH、NR5、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;また-NR7R8、C1-C4アルキルアミノ、ジC1-C4アルキルアミノ、-OR9、C1-C6アルコキシ、ベンジル若しくは置換ベンジル、-SR10;又は-S-C1-C6アルキル基で終端していてもよく;R6は、-H又は-O-Zであり;R7は、それぞれ独立して、フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;NR8C=O-フタルイミド;置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R8は、それぞれ、H又は置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R9は、それぞれ独立して、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R10は、それぞれ独立して、-SC1-C6アルキル、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R11は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R12は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換アリール基であり;Zは、酸分解性保護基であり;Bnは、水素、又は各環外アミンがアミン保護基で官能化されていてもよい、置換されていてもよい核酸塩基であり、ここで、核酸塩基は以下から選択され:N6,N6-ジメチルアデニン、N6-ベンゾイルアデニン、N-1-メチルアデニン、7-デアザアデニン、7-デアザ-8-アザアデニン、3-デアザアデニン、エテノアデニン、イソグアニン、N1-メチルグアニン、7-ヨード-7-デアザグアニン、7-デアザ-7-ヨードアデニン、7-デアザ-7-ヨード-6-オキソプリン、5-ヨード-5-メチル-7-デアザグアニン、-C≡CCH21-8-フタルアミドpthlamideで置換された7-デアザグアニン、7-デアザ-8-アザグアニン、8-メチルグアニン、8-ブロモグアニン、8-アミノグアニン、ヒポキサンチン、6-メトキシプリン、7-デアザ-6-オキソプリン、6-オキソプリン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、8-ブロモプリン、8-アミノプリン、8-アルキルアミノプリン、8-アルキルアミノプリン、チミン、N-3メチルチミン、5-アセトキシメチルシトシン、5-アザシトシン、イソシトシン、N-4C1-C6アルキルシトシン、N-3C1-C6アルキルシチジン、5-プロピニルシトシン、5-ヨード-シトシン、5-C1-C6アルキルシトシン、5-アリールC1-C6アルキルシトシン、5-トリフルオロメチルシトシン、5-メチルシトシン、エテノシトシン、-CH=CH-C=ONHC1-C6アルキルで置換されたシトシン及びウラシル、-C≡C-CH2-フタルイミドで置換されたシトシン及びウラシル、NHC1-C6アルキル、4-チオウラシル、2-チオウラシル、N3-チオベンゾイルエチルウラシル、5-プロピニルウラシル、5-アセトキシメチルウラシル、5-フルオロウラシル、5-クロロウラシル、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、4-チオウラシル、N-3-C1-C6アルキルウラシル、5-3-アミノアリル-ウラシル、5-C1-C6アルキルウラシル、5-アリールC1-C6アルキルウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、4-トリアゾリル-5-メチルウラシル、2-ピリドン、2-オキソ-5-メチルピリミジン、2-オキソ-4-メチルチオ-5-メチルピリミジン、2-チオカルボニル-4-オキソ-5-メチルピリミジン、及び4-オキソ-5-メチルピリミジン;ここで、核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子は、以下により置換されていてもよく:フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=OOPh;-C=OC1-C16アルキル;-C=OCH2CH2CH=CH2;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOH;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOC1-C6アルキル;=CR8NC1-C6アルキル2;-C=O-NR8-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-NR8CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;及びここで、核酸塩基内の置換可能な酸素原子は、-C=ONC1-C6アルキル2-C=ONフェニル2で置換されていてもよく;R20は、H、-O-Z、又はR21であり;R21は、3’官能基であり;Zは、酸分解性保護基であり;そして、nは、0~150である;又は、その塩。第3の実施形態の1つの態様では、R21は、aシアノエチルホスフェート-ポリエチレングリコールv、ここで、vは2~100で、グリコール単位の数を表す;bコレステロール、ビオチン、フルオレセイン類、シアニン色素類、ソラレン、テトラメチルローダミン色素、ダブシル色素、C-3ジスルフィド、C-6ジスルフィド、対称及び非対称炭化水素鎖C2-C50、CF3C=O又はフタルアミド又はFMOCで保護された末端アミノ基を有する対称及び非対称炭化水素鎖C2-C50、アミン保護基で保護されたC1-C16アルキレン-アミン、アジド基で保護されたC1-C5アルキレン-アミン、アセチレンC≡CH基で保護されたC1-C5アルキレン-アミン、と結合されたシアノエチルホスフェート-リンカー;cDMT基又は他の酸分解性基で保護されたシアノエチルホスフェート-エタン-2-オール-、DMT基又は他の酸分解性基で保護されたシアノエチルホスフェート-プロパン-3-オール-;d末端ヒドロキシを有するC1-C50アルキレン;e脂質、カルボキシル基、又はペプチド;又は、f分枝ホスホルアミダイト、である。第3の実施形態の別の態様では、nは5~75である。あるいは、nは76~150である。あるいは、nは10~25である。あるいは、nは25~50である。あるいは、nは50~75である。あるいは、nは75~100である。第3の実施形態の別の態様では、Zは、非置換若しくは置換アリール基、非置換若しくは置換トリアリールメチル基、非置換若しくは置換トリチル基、非置換若しくは置換テトラヒドロピラニル基、又は非置換若しくは置換9-フェニルキサンチルである。第3の実施形態の別の態様では、Zは、ジ-p-アニシルフェニルメチル、p-フルオロフェニル-1-ナフチルフェニルメチル、p-アニシル-1-ナフチルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、p-トリルジフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、又はp-トリルジフェニルメチルである。第3の実施形態のさらに別の態様では、Zは、下記の構造式で表され:式中、は3’酸素原子への結合を示し、Ra、Rb及びRcは独立して以下の構造式から選択される:第3の実施形態の1つの態様では、Zは、4-メトキシトリチル、4,4’-ジメトキシトリチル、又は4,4’,4-トリメトキシトリチルである。第3の実施形態の別の態様では、核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子は、=CHNCH32;C=OCHCH32;-C=OCH3、=CCH3NCH32;-C=OOPh;-C=OCH2CH2CH=CH2;-C=OCH2CH2-C=OOC1-C6アルキル;-C=O-NR8-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-NR8CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド、及びにより置換されていてもよい。第3の実施形態のさらに別の態様では、R3は、-CH2CH2CN、-CH2CH2-SiCH32C6H5、-CH2CH2-SO2-CH2CH3、-CH2CH2-C6H4-NO2、-CH2CH2-NH-CO-C6H5、又は-CH2CH2-O-C6H4-COCH3であり、R4は--O-SiR113である。第3の実施形態のさらに別の態様では、R4は、-O-SiCH32CCH33又は-O-CH2-SiCHCH323である。第3の実施形態のさらに別の態様では、R3は、-CH2CH2CNである。本発明の第4の実施形態は、97を超える純度を有する、5’ホスホルアミダイトヌクレオシドから合成した合成RNA分子である。第1及び第2の実施形態、並びにその態様の化合物は、以下の方法において用いることができる。本発明の第5の実施形態は、RNAオリゴマー及びそのエナンチオマーの合成のための、5’-から3’-方向への結合形成によるオリゴヌクレオチドの作製方法であって、該方法は以下の工程を含む:a下記の構造式で表される担体に結合した化合物から、Z保護基を切断し、これにより、構造式XXで表される化合物を形成する;b構造式XXで表される化合物を、構造式XXIで表される化合物と反応させ、これにより、下記構造式で表される2-mer化合物を形成する;c2-mer化合物を、例えば酸無水物などのキャッピング剤と反応させ、未反応の3’ヒドロキシ基をブロックする;d2-mer化合物の三価の亜リン酸基を酸化又は硫化し、構造式XXIIの化合物を形成する;e構造式XXIIで表される化合物からZ保護基を切断し、構造式XXIIIの化合物を形成する;f構造式XXIIIで表される化合物を、下記の構造式で表される化合物と反応させ:これにより、酸化又は硫化の後、下記構造式XXIVで表される3-merを形成する;e構造式XXIVで表される化合物からZ保護基を切断する;g工程aからeをn回繰り返し、下記構造式で表されるオリゴヌクレオチド又はその塩を形成する:式中、Jは、又はであり、はJがO原子に結合する位置を示し;Qは、a結合基及び切断されてヒドロキシ基を形成することが可能なスペーサーからなる担体;又はb脂肪族鎖、芳香族基、置換若しくは非置換芳香族、置換若しくは非置換フェノキシ、又はレブリニルであり;R1は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R2は、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキル基、又は置換若しくは非置換C3-C20シクロアルキルC1-C12アルキル基であり、ここで、アルキル基又はシクロアルキル基は、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;又は、R1とR2は、それらが結合している窒素原子と一緒になって、4~7員環の非芳香族ヘテロシクリルを形成し、形成されたヘテロシクリルは、NH、NR7、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;R3は、リン酸保護基であり;R4は、--ハロ、--R5、--NR7R8、--OR9、--SR10、又は2’-ブロッキング基であるか;又は、構造式Ia又はIbがII又はIIIである場合:R4はさらにO-SiR113又はO-CH2-SiR113から選択され;又は、構造式Ia又はIbがIV又はVである場合:R4はさらに-OC=OR12から選択され;R5は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換フェニルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル及びフェニル基は、NH、NR5、O及びSから独立して選択される介在ヘテロ原子を含んでいてもよく;また-NR7R8、C1-C4アルキルアミノ、ジC1-C4アルキルアミノ、-OR9、C1-C6アルコキシ、ベンジル若しくは置換ベンジル、-SR10;又は-S-C1-C6アルキル基で終端していてもよく;R6は、-H又は-O-Zであり;R7は、それぞれ独立して、フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;NR8C=O-フタルイミド;置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R8は、それぞれ、H又は置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R9は、それぞれ独立して、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R10は、それぞれ独立して、-SC1-C6アルキル、-C=O-CH21-16CH3;置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R11は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基であり;R12は、それぞれ独立して、置換若しくは非置換C1-C12アルキル基、置換若しくは非置換C2-C12アルケニル基、置換若しくは非置換C2-C12アルキニル基、又は置換若しくは非置換アリール基であり;Zは、酸分解性保護基であり;Bnは、水素、又は各環外アミンがアミン保護基で官能化されていてもよい、置換されていてもよい核酸塩基であり、ここで、核酸塩基は以下から選択され:N6,N6-ジメチルアデニン、N6-ベンゾイルアデニン、N-1-メチルアデニン、7-デアザアデニン、7-デアザ-8-アザアデニン、3-デアザアデニン、エテノアデニン、イソグアニン、N1-メチルグアニン、7-ヨード-7-デアザグアニン、7-デアザ-7-ヨードアデニン、7-デアザ-7-ヨード-6-オキソプリン、5-ヨード-5-メチル-7-デアザグアニン、-C≡CCH21-8-フタルアミドpthlamideで置換された7-デアザグアニン、7-デアザ-8-アザグアニン、8-メチルグアニン、8-ブロモグアニン、8-アミノグアニン、ヒポキサンチン、6-メトキシプリン、7-デアザ-6-オキソプリン、6-オキソプリン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、8-ブロモプリン、8-アミノプリン、8-アルキルアミノプリン、8-アルキルアミノプリン、チミン、N-3メチルチミン、5-アセトキシメチルシトシン、5-アザシトシン、イソシトシン、N-4C1-C6アルキルシトシン、N-3C1-C6アルキルシチジン、5-プロピニルシトシン、5-ヨード-シトシン、5-C1-C6アルキルシトシン、5-アリールC1-C6アルキルシトシン、5-トリフルオロメチルシトシン、5-メチルシトシン、エテノシトシン、-CH=CH-C=ONHC1-C6アルキルで置換されたシトシン及びウラシル、-C≡C-CH2-フタルイミドで置換されたシトシン及びウラシル、NHC1-C6アルキル、4-チオウラシル、2-チオウラシル、N3-チオベンゾイルエチルウラシル、5-プロピニルウラシル、5-アセトキシメチルウラシル、5-フルオロウラシル、5-クロロウラシル、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、4-チオウラシル、N-3-C1-C6アルキルウラシル、5-3-アミノアリル-ウラシル、5-C1-C6アルキルウラシル、5-アリールC1-C6アルキルウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、4-トリアゾリル-5-メチルウラシル、2-ピリドン、2-オキソ-5-メチルピリミジン、2-オキソ-4-メチルチオ-5-メチルピリミジン、2-チオカルボニル-4-オキソ-5-メチルピリミジン、及び4-オキソ-5-メチルピリミジン;ここで、核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子は、以下により置換されていてもよく:フルオレニルメチルオキシカルボニル;-C=OOPh;-C=OC1-C16アルキル;-C=OCH2CH2CH=CH2;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOH;-C=OC1-C16アルキレン-C=OOC1-C6アルキル;=CR8NC1-C6アルキル2;-C=O-NR8-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-CH21-16NR8C=OCF3;-C=O-NR8CH21-16NR8C=O-フタルイミド;-C=O-CH21-16-フタルイミド;及びここで、核酸塩基内の置換可能な酸素原子は、-C=ONC1-C6アルキル2-C=ONフェニル2で置換されていてもよく;そしてnは1~150である;又は、その塩。別の態様では、Y基は、それぞれ独立して、硫化により導入されてホスホロチオエート結合を形成するか、又は酸化により導入されてリン酸結合を形成する。別の態様では、R3基は酸化後に脱離してリン酸結合を形成する。別の態様では、R3基は硫化後に脱離してホスホロチオエート結合を形成する。別の態様では、核酸塩基保護基は塩基で脱保護される。別の態様では、塩基はアンモニア水、メタノール性アンモニア、又はエタノール性アンモニアから選択される。別の態様では、R4は-OSiR113である。別の態様では、方法は、-OSiR113をフッ化物塩で切断する工程をさらに含む。別の態様では、フッ化物塩はフッ化テトラエチルアンモニウムである。別の態様では、下記の構造式:で表される化合物を3’官能基と反応させ、これにより下記の構造式:式中、R21は3’官能基又はその塩であるで表される化合物を形成する工程をさらに含む。別の態様では、R21は、aシアノエチルホスフェート-ポリエチレングリコールv、ここで、vは2~100で、グリコール単位の数を表す;bコレステロール、ビオチン、フルオレセイン類、シアニン色素類、ソラレン、テトラメチルローダミン色素、ダブシル色素、C-3ジスルフィド、C-6ジスルフィド、対称及び非対称炭化水素鎖C2-C50、CF3C=O又はフタルアミド又はFMOCで保護された末端アミノ基を有する対称及び非対称炭化水素鎖C2-C50、アミン保護基で保護されたC1-C16アルキレン-アミン、アジド基で保護されたC1-C5アルキレン-アミン、アセチレンC≡CH基で保護されたC1-C5アルキレン-アミン、と結合されたシアノエチルホスフェート-リンカー;cDMT基又は他の酸分解性基で保護されたシアノエチルホスフェート-エタン-2-オール-、DMT基又は他の酸分解性基で保護されたシアノエチルホスフェート-プロパン-3-オール-;d末端ヒドロキシを有するC1-C50アルキレン;e脂質、カルボキシル基、又はペプチド;又は、f分枝ホスホルアミダイト、である。別の態様では、本特許請求された方法により作製され、HPLC、イオン交換クロマトグラフィー、又は逆相クロマトグラフィーによる合成RNA分子の精製後の純度が97以上のRNA分子である。略語の一覧:mA=2’-O-メチルアデノシンrA=アデノシンrC=シチジンrU=ウリジンrG=グアノシン2’-OMe=2’-O-メチルBTT=5-ベンジルチオ-1-H-テトラゾールホスホロチオエート=硫黄によりP=Sとして五価の酸化状態であるリンMe-THIO=ホスホチオエートCE=キャピラリー電気泳動MW=分子量ESI/MS=エレクトロスプレーイオン化質量分析DMT=4,4’-ジメトキシトリチルTBDMS=tert-ブチルジメチルシリルAc=アセチル-COCH3Bz=ベンゼンiBu=イソブチル2-メチルプロピルTOM=トリイソプロピルシロキシメチルTHIO=ホスホロチオエート、すなわち、リンVに結合した硫黄P=S本発明の化合物は、下記で表される化合物:又はその塩である。特定の実施形態では、化合物は以下の構造式で表され:それぞれβ-D-リボース、β-L-リボース、α-D-リボース及びα-L-リボースに相当する。別の実施形態では、化合物は以下の構造式で表され:それぞれβ-D-アラビノース、β-L-アラビノース、α-D-アラビノース、α-L-アラビノースに相当する。ある実施形態では、R6は-H又は-O-Zである。特定の実施形態では、R6は-O-Zであり、化合物は以下の構造式で表される:ある実施形態では、Zは酸分解性保護基である。酸分解性保護基は、ブレンステッド酸又はルイス酸と接触することで取り除くことができる保護基である。酸分解性保護基は、当業者に周知である。トリチル基は、通常、アルコキシ基などの電子供与性置換基によって置換される。好適な酸分解性保護基は、例えば4,4’-ジメトキシトリチル以下DMTなどの置換又は非置換トリチルである。特定の実施形態では、Zは、非置換若しくは置換アリール基、非置換若しくは置換トリアリールメチル基、非置換若しくは置換トリチル基、非置換若しくは置換テトラヒドロピラニル基、又は非置換若しくは置換9-フェニルキサンチルである。より具体的な実施形態では、Zは以下の群から選択される:トリチルトリフェニルメチル、Tr、メトキシトリチル[4-メトキシフェニルジフェニルメチル、MMT、ジメトキシトリチル[ビス-4-メトキシフェニルフェニルメチル、DMT]、4,4’,4-トリメトキシトリチル、及び9-フェニルキサンチル。別の特定の実施形態では、Zは4-メトキシトリチル、4,4’-ジメトキシトリチル、又は4,4’,4-トリメトキシトリチルである。別の実施形態では、Zは、ジ-p-アニシルフェニルメチル、p-フルオロフェニル-1-ナフチルフェニルメチル、p-アニシル-1-ナフチルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、p-トリルジフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、又はp-トリルジフェニルメチルである。別の特定の実施形態では、Zは下記の構造式で表される:式中、は3’酸素原子への結合を示し、Ra、Rb及びRcは独立して以下の構造式から選択される:アルキルエステル基とは、-CO-部分を介して分子の残りの部分に結合しているC1-C18の炭素鎖を意味する。炭素鎖は、直鎖でも分岐鎖でもよく、飽和でも不飽和でもよく、またO、NH、NR4、又はSなどの介在ヘテロ原子を含んでいてもよい。脂肪族基は、本明細書において、完全に飽和した、又は1以上の非共役二重結合を含む、直鎖若しくは分岐C1-C18炭化水素、又は、完全に飽和した、又は1以上の非共役二重結合を含む、環状C3-C18炭化水素を含む。アルキル基は、完全に飽和した直鎖若しくは分岐C1-C8炭化水素又はC3-C8環状炭化水素である。脂肪族基は、好適にはアルキル基である。アルキルとは、単独で使用された場合、又は、アリールアルキルやシクロアルキルアルキルなどのより大きな部分の一部として使用された場合、1~18個の炭素原子を有する直鎖又は分岐炭化水素ラジカルを意味し、例えば、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、n-ブチル、sec-ブチル、イソブチル、tert-ブチル、n-ペンチル、i-ペンチル、n-へキシル、n-ヘプチル、n-オクチル、n-ノニル、n-デシルなどが含まれる。アルキレンとは、1~18個の炭素原子を有する直鎖又は分岐炭化水素ジラジカルを意味し、例えば、メチレン-CH2-、エチレン-CH2CH2-などが含まれる。アルケニルとは、1~18個の炭素原子と1以上の二重結合を有する直鎖又は分岐炭化水素ラジカルを意味する。アルキニルとは、1~18個の炭素原子と1以上の三重結合を有する直鎖又は分岐炭化水素ラジカルを意味する。シクロアルキルとは、3~20個の炭素原子を有する、単環式、二環式若しくは三環式の飽和炭化水素環を意味し、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロへキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル、ビシクロ[2.2.2]オクチル、ビシクロ[2.2.1]ヘプチル、スピロ[4.4]ノナン、アダマンチルなどが含まれる。アルキル基、アセチル基、又はシクロアルキル基は、NH、NR5、O及びSから独立して選択されえる介在ヘテロ原子を含んでいてもよい。アルキル又はシクロアルキルは、最大10個の介在ヘテロ原子を含むことができる。具体的には、介在ヘテロ原子の数は、1、2、3、又は4個であり得る。介在ヘテロ原子を有するアルキル基の例としては、-OCH2CH2-OH、-OCH2CH2-OCH3、-OCH2CH2-OCH2CH3、-OCH2CH2-OCH2CH2OH、-OCH2CH2-OCH2CH2OCH3、-OCH2CH2-OCH2CH2OCH2CH3、-CH2CH2-NH2、-SCH2CH2-OCH3などが含まれる。介在ヘテロ原子を含むシクロアルキル基の例としては、ピペリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、モルホリニル、ピロリジニル、イミダゾリジニル、テトラヒドロフラニル、チザオリジニルthizaolidinylなどが含まれる。アリールとは、単独で使用された場合、又は、アリールアルキルなどのより大きな部分の一部として使用された場合、6~10員の炭素環式芳香族単環式又は多環式環構造を意味する。例としては、フェニル及びナフチルが含まれる。また、アリールには、非芳香族炭素環又はヘテロシクリル基と融合したフェニル環も含まれる。アリールは、芳香族基、アリール環、芳香族環、アリール基及び芳香族基の用語と互換的に用いられる場合がある。ヘテロとは、環構造中の少なくとも1員の炭素原子が、N、S及びOから選択される少なくとも1つのヘテロ原子で置換されていることを意味する。ヘテロ環は、1、2、3又は4員の炭素原子がヘテロ原子で置換されていてもよい。ヘテロシクリルとは、3~20個、3~12個、又は3~8個の原子からなる、飽和又は不飽和の非芳香族単環式又は多環式環構造であって、O、N及びSから選択される1から4個の環ヘテロ原子を含んでいるものを意味する。例としては、ヘテロシクリルには、ピロリジン、ピロリジン-2-オン、1-メチルピロリジン-2-オン、ピペリジン、ピペリジン-2-オン、2-ピリドン、4-ピリドン、ピペラジン、1-2,2,2-トリフルオロエチルピペラジン、ピペラジン-2-オン、5,6-ジヒドロピリミジン-4-オン、ピリミジン-4-オン、テトラヒドロフラン、テトラヒドロピラン、テトラヒドロチオフェン、テトラヒドロチオピラン、イソオキサゾリジン、1,3-ジオキソラン、1,3-ジチオラン、1,3-ジオキサン、1,4-ジオキサン、1,3-ジチアン、1,4-ジチアン、オキサゾリジン-2-オン、イミダゾリジン-2-オン、イミダゾリジン-2,4-ジオン、テトラヒドロピリミジン-21H-オン、モルフォリン、N-メチルモルフォリン、モルフォリン-3-オン、1,3-オキサジナンoxazinan-2-オン、チオモルフォリン、チオモルフォリン1,1-ジオキシド、テトラヒドロ-1,2,5-チアオキサゾール1,1-ジオキシド、テトラヒドロ-2H-1,2-チアジン1,1-ジオキシド、ヘキサヒドロ-1,2,6-チアジアジン1,1-ジオキシド、テトラヒドロ-1,2,5-チアジアゾール1,1-ジオキシド、及びイソチアゾリジン1,1-ジオキシドが含まれる。ヘテロシクリルはさらにヘテロアリール基を含む。ヘテロアリールとは、5~10員の一価のヘテロ芳香族単環式及び多環式環ラジカルであって、N、O及びSから独立して選択される1~4個のヘテロ原子を含んでいるものを意味する。また、ヘテロアリールには、非芳香族炭素環又はヘテロシクリル基と融合した単環式ヘテロアリール環も含まれる。ヘテロアリール基には、フリル、チエニル、チオフェニル、ピロリル、オキサゾリル、チアゾリル、イミダゾリル、ピラゾリル、イソオキサゾリル、イソチアゾリル、オキサジアゾリル、トリアゾリル、チアジアゾリル、ピリジニル、ピリジニル-N-オキシド、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、インドリル、イソインドリル、ベンゾ[b]フリル、ベンゾ[b]チエニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、プリニル、4H-キノリジニル、キノリニル、イソキノリニル、キナゾリニル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、2,3-ジヒドロベンゾフラニル、ベンゾジオキソリル、ベンズイミダゾリル、インダゾリル、ベンズイソオキサゾリル、ベンズオキサゾリル、ベンゾチアゾリル、シンノリニル、フタルジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、1,8-ナフチリジニル、1,2,3-トリアゾリル、1,2,4-トリアゾリル、1,3,4-オキサジアゾリル、1,2,5-チアジアゾリル、1,2,5-チアジアゾリル-1-オキシド、1,2,5-チアジアゾリル-1,1-ジオキシド、1,3,4-チアジアゾリル、1,2,4-トリアジニル、1,3,5-トリアジニル、テトラゾリル、及びプテリジニルが含まれる。本明細書において、ヘテロアリール、ヘテロアリール環及びヘテロアリール基は互換的に用いられる。アミン保護基、ヒドロキシ保護基、及びチオール保護基は、当業者において周知である。アミン保護基の例については、GreeneetalProtectiveGroupsinOrganicSynthesisJohnWileySonsIncの309~405ページを参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。好適には、アミンはアミド又はカルバメートとして保護される。ヒドロキシ保護基の例については、同文献の10~142ページを参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。好適なヒドロキシ保護基は、t-ブチルジメチルシリル基である。チオール保護基の例については、同文献の277~308ページを参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。本明細書において、環外アミンとは、ヌクレオシドの塩基に結合しているアミンを意味する。例えば、アデニンの環外アミンは下記のように示される。環外アミンは、例えばベンゾイルで保護されるか、又はホルムアミジンとして保護され得る例えば、-N=CH-NCH32。オリゴヌクレオチドとは、本明細書において、天然のオリゴヌクレオチド、例えばリボ核酸以下、RNAという、及び修飾糖部分、修飾リン酸部分、又は修飾核酸塩基を含む核酸が含まれる。糖部分の修飾は、ヘキソース環、シクロペンチル環、又はシクロへキシル環によるリボース環の置換を含む。さらに、天然の核酸のD-リボース環はL-リボース環で置換することができ、天然の核酸のβ-アノマーは、α-アノマーで置換することができる。また、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の脱塩基部分を含む場合がある。修飾リン酸部分は、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、メチルホスフェート、及びホスホルアミデートを含む。これらの核酸類似体は当業者に周知である。上記のものを2つ以上混合して含むオリゴヌクレオチドも作製でき、例えば、デオキシリボ-及びリボヌクレオシドの混合物を含むオリゴヌクレオチド、特にデオキシリボヌクレオシドと2’-O-置換リボヌクレオシド、例えば2’-O-メチル又は2’-O-メトキシエチルリボヌクレオシドとの混合物が挙げられる。ヌクレオシドの混合物を含むオリゴヌクレオチドの例としては、リボザイムなどがある。キメラオリゴヌクレオチドは、配列内にホスホジエステル及びホスホロチオエート結合の両方、及び/又はリボース若しくはアラビノース糖又は修飾ヌクレオシドを有するオリゴヌクレオチドであり、例えば、2’-フルオロ、2’-Oメチル、2’-O-,4’-C-メチレンリボヌクレオシド、逆脱塩基、逆チミジンを配列内又は末端に有する。合成オリゴヌクレオチドは、好適には、2~約150個の核酸塩基を有する。より好適には、合成オリゴヌクレオチドは、2~約75個の核酸塩基を有する。現在の治療用途の合成オリゴヌクレオチドの多くは、8~40個の核酸塩基からなる。ヌクレオシド塩基本発明の化合物は、Bnで表されるヌクレオシド塩基を含む。Bnは、水素、又は、各環外アミンがアミン保護基で官能化されていてもよい、置換されていてもよい核酸塩基である。ヌクレオシド塩基には、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、ウラシルなどの天然の塩基と、以下などの修飾塩基がある:a以下から選択される1から3個の基で置換されたアデニン又はグアニン:ハロゲン、ヒドロキシ、C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、-CH2mC=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OOC1-C6アルキル、-CH2mOC=OC1-C6アルキル、-CH2mNR10C=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OOC2-C6アルケニル、-CH2mOC=OC2-C6アルケニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OC2-C6アルキニル、-CH2mOC=OC2-C6アルキニル、-CH2mC=OOC2-C6アルキニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルキニル、-SiC1-C6アルキル3、-O-SiC1-C6アルキル3、アリールC1-C4アルキル、ハロC1-C6アルキル、アミノ、C1-C6アルキルアミノ、ジC1-C6アルキルアミノ、トリアゾリル、及びアミノアリル、ここで、アルキル、アルケニル又はアルキニルは、-C=ONHR14;-CH2m-アミノC1-C6アルキル、-CH2m-アミノ-ハロC1-C6アルキル、-CH2m-フタルイミドで置換されていてもよいb以下から選択される1から3個の基で置換されたウラシル又はシトシン:ハロゲン、ヒドロキシ、C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、-CH2mC=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OOC1-C6アルキル、-CH2mOC=OC1-C6アルキル、-CH2mNR10C=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OOC2-C6アルケニル、-CH2mOC=OC2-C6アルケニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OC2-C6アルキニル、-CH2mOC=OC2-C6アルキニル、-CH2mC=OOC2-C6アルキニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルキニル、-SiC1-C6アルキル3、-O-SiC1-C6アルキル3、アリールC1-C4アルキル、ハロC1-C6アルキル、オキソ、アミノ、C1-C6アルキルアミノ、ジC1-C6アルキルアミノ、トリアゾリル、及びアミノアリル、ここで、アルキル、アルケニル又はアルキニルは、-C=ONHR14;-CH2m-アミノC1-C6アルキル、-CH2m-アミノ-ハロC1-C6アルキル、又は-CH2m-フタルイミドで置換されていてもよいc以下により置換されていてもよいチミン、ピリミジン又はピリドン:ハロゲン、ヒドロキシ、C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、-CH2mC=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OOC1-C6アルキル、-CH2mOC=OC1-C6アルキル、-CH2mNR10C=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OOC2-C6アルケニル、-CH2mOC=OC2-C6アルケニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OC2-C6アルキニル、-CH2mOC=OC2-C6アルキニル、-CH2mC=OOC2-C6アルキニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルキニル、-SiC1-C6アルキル3、-O-SiC1-C6アルキル3、アリールC1-C4アルキル、ハロC1-C6アルキル、オキソ、アミノ、C1-C6アルキルアミノ、ジC1-C6アルキルアミノ、トリアゾリル、及びアミノアリル、ここで、アルキル、アルケニル又はアルキニルは、-C=ONHR14;-CH2m-アミノC1-C6アルキル、-CH2m-アミノ-ハロC1-C6アルキル、又は-CH2m-フタルイミドで置換されていてもよく、ただし、形成される核酸塩基はウラシル又はシトシンではない;d以下により置換されていてもよいプリン:ハロゲン、ヒドロキシ、C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、-CH2mC=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OOC1-C6アルキル、-CH2mOC=OC1-C6アルキル、-CH2mNR10C=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OOC2-C6アルケニル、-CH2mOC=OC2-C6アルケニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OC2-C6アルキニル、-CH2mOC=OC2-C6アルキニル、-CH2mC=OOC2-C6アルキニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルキニル、-SiC1-C6アルキル3、-O-SiC1-C6アルキル3、アリールC1-C4アルキル、ハロC1-C6アルキル、オキソ、アミノ、C1-C6アルキルアミノ、ジC1-C6アルキルアミノ、トリアゾリル、及びアミノアリル、whereintheアルキル、アルケニルorアルキニルisoptionallysubstitutedwith-C=ONHR14;-CH2m-アミノC1-C6アルキル、-CH2m-アミノ-ハロC1-C6アルキル、or-CH2m-フタルイミド;ここで、アルキル、アルケニル又はアルキニルは、-C=ONHR14;-CH2m-アミノC1-C6アルキル、-CH2m-アミノ-ハロC1-C6アルキル、又は-CH2m-フタルイミドで置換されていてもよく;ただし、形成される核酸塩基はアデニン又はグアニンではない;又はeN6,N6-ジメチルアデニン、N6-ベンゾイルアデニン、N-1-メチルアデニン、7-デアザアデニン、7-デアザ-8-アザアデニン、3-デアザアデニン、エテノアデニン、イソグアニン、N1-メチルグアニン、7-ヨード-7-デアザグアニン、7-デアザ-7-ヨードアデニン、7-デアザ-7-ヨード-6-オキソプリン、5-ヨード-5-メチル-7-デアザグアニン、-C≡CCH21-8-フタルイミドpthlamideで置換された7-デアザグアニン、7-デアザ-8-アザグアニン、8-メチルグアニン、8-ブロモグアニン、8-アミノグアニン、ヒポキサンチン、6-メトキシプリン、7-デアザ-6-オキソプリン、6-オキソプリン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、8-ブロモプリン、8-アミノプリン、8-アルキルアミノプリン、8-アルキルアミノプリン、チミン、N3メチルチミン、5-アクロキシメチルシトシン、5-アザシトシン、イソシトシン、N4C1-C6アルキルシトシン、N3C1-C6アルキルシチジン、5-プロピニルシトシン、5-ヨード-シトシン、5-C1-C6アルキルシトシン、5-アリールC1-C6アルキルシトシン、5-トリフルオロメチルシトシン、5-メチルシトシン、エテノシトシン、-CH=CH-C=ONHC1-C6アルキルで置換されたシトシン及びウラシル、-C≡C-CH2-フタルイミドで置換されたシトシン及びウラシル、NHC1-C6アルキル、4-チオウラシル、2-チオウラシル、N3-チオベンゾイルエチルウラシル、5-プロピニルウラシル、5-アクロキシメチルウラシル、5-フルオロウラシル、5-クロロウラシル、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、4-チオウラシル、N-3-C1-C6アルキルウラシル、5-3-アミノアリル-ウラシル、5-C1-C6アルキルウラシル、5-アリールC1-C6アルキルウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、4-トリアゾリル-5-メチルウラシル、2-ピリドン、2-オキソ-5-メチルピリミジン、2-オキソ-4-メチルチオ-5-メチルピリミジン、2-チオカルボニル-4-オキソ-5-メチルピリミジン、及び4-オキソ-5-メチルピリミジン;ここで、これらはそれぞれ以下により置換されていてもよい:ハロゲン、ヒドロキシ、C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、-CH2mC=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OOC1-C6アルキル、-CH2mOC=OC1-C6アルキル、-CH2mNR10C=OC1-C6アルキル、-CH2mC=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OOC2-C6アルケニル、-CH2mOC=OC2-C6アルケニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルケニル、-CH2mC=OC2-C6アルキニル、-CH2mOC=OC2-C6アルキニル、-CH2mC=OOC2-C6アルキニル、-CH2mNR10C=OC2-C6アルキニル、-SiC1-C6アルキル3、-O-SiC1-C6アルキル3、アリールC1-C4アルキル、ハロC1-C6アルキル、オキソ、アミノ、C1-C6アルキルアミノ、ジC1-C6アルキルアミノ、トリアゾリル、及びアミノアリル、ここで、アルキル、アルケニル又はアルキニルは、-C=ONHR14;-CH2m-アミノC1-C6アルキル、-CH2m-アミノ-ハロC1-C6アルキル、又は-CH2m-フタルイミドで置換されていてもよい;ここで、群a、b、c、d又はeにおける、核酸塩基内又は環外アミン上の置換可能な窒素原子は、イソブチリル、フェノキシアセチル、tert-ブチルフェノキシアセチル、イソプロピルフェノキシアセチル、アセチル、-COOCH3、ジC1-C6アルキルホルムアミジン、p-クロロベンゾイル、o-クロロベンゾイル、o-ニトロベンゾイル、p-ニトロベンゾイル、フルオレニルメチルオキシカルボニル、ニトロフェニルエチル、フタロイル、ベンジルBn基、p-メトキシベンジルPMB、3,4-ジメトキシベンジルDMPM、p-メトキシフェニルPMP基、及び=CR15NC1-C6アルキル2、により置換されていてもよく、R14又はR15は、それぞれ、独立して、置換若しくは非置換C1-C6アルキル基、置換若しくは非置換C2-C6アルケニル基、又は置換若しくは非置換C2-C6アルキニル基であり;そして、mは、それぞれ独立して、0~12である。保護化ヌクレオシド塩基は、塩基の反応性官能基が保護されているヌクレオシド塩基である。同様に、保護化ヘテロ環は、ヘテロ環の反応性置換基が保護されているヘテロ環である。一般的に、ヌクレオシド塩基又はヘテロ環は、アミド又はカルバメートなどのアミン保護基で保護可能なアミン基を有する。例えば、アデニン及びシトシンのアミン基は、一般的に、それぞれベンゾイル及びアルキルエステル保護基で保護されており、グアニンのアミン基は、一般的に、イソブチリル基、アセチル基、又はt-ブチルフェノキシアセチル基で保護されている。一方、他の保護方法も利用することができる。例えば、迅速な脱保護化のためには、アデニン及びグアニンのアミン基はフェノキシアセチル基で保護され、シトシンのアミン基はイソブチリル基又はアセチル基で保護される。核酸塩基保護基又はヘテロ環保護基の除去のための条件は、用いられる保護基によって異なる。アミド保護基が用いられる場合は、濃縮水酸化アンモニウム溶液、N-メチルアミン溶液、又はt-ブチルアミンの水酸化アンモニウム溶液などの塩基溶液でオリゴヌクレオチドを処理することで除去することができる。また、ヌクレオシド塩基には、イソシチジンisoC及びイソグアノシンIsoGも含まれる。IsoCとIsoGは、ワトソンクリック型の塩基対形成機構を利用するために用いられ、これは以下に示すようにisoCとisoGの間に3つの水素結合が形成される:これらの塩基は、平行及び逆平行の二本鎖の両方で対を形成することができ、また、鎖の伸長やPCR等において、DNA配列内でDNAポリメラーゼによって認識される。そのため、これらの分子は、診断及び治療用途のRNA配列の一部として、非常に重要であるSCJurczyketalHelveticaChimicaActa817938111998;及びCRobertsetalTetrahedronLett3621360136041995参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。また、ヌクレオシド塩基には、7-デアザ-リボヌクレオシド類も含まれる。これらの7-デアザ-リボヌクレオシド類7-デアザグアノシン、アデノシン、イノシンを含むは、さらに7位に様々な置換基を導入することで修飾することができる。例えば、修飾には、ハロゲンフルオロ、クロロ、ブロモ、又はヨードなど、アルキニル、トリメチルシリルアルキニル、プロピニルアミノトリフルオロメチル、又はプロピニルアミノフタルアミドの付加が含まれ得る。XiaohuaPengandFrankSeelaInternationalRoundTableonNucleosidesNucleotidesandNucleicAcidsIRTXVIISep372006page82BernSwitzerland参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。特に、7-デアザ-2’-デオキシヌクレオシドは、RNA配列内で、dグアノシン塩基に代えて組み込むことができ、その結果、オリゴデオキシヌクレオチドの固定clampingが減少し、それにより配列解析での分解能が向上する。この修飾は、相補的配列にハイブリダイゼーションさせる際の配列のtm値を低下させない。この修飾は、DNA及びRNAの診断及び治療分野のための重要な生物学的性質を多く有するNRamazaevaetalXIIIInternationalRoundTableNucleosidesNucleotidesandTheirBiologicalApplicationMontpellierFranceSep6101998poster304;RamazaevaNetalHelvChimActa1997801809及び同文献内で参照される参考文献;SheelaFetalHelveticaChimicaActa7318791990参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。RNA分子は二次構造を形成する傾向が強いため、RNAではG-C塩基対形成の効果がより強く表れている。7-デアザ-リボグアノシンによるグアノシンの置換は、RNA治療及び診断において非常に重要である。7-置換-7-デアザ-リボヌクレオシドは、G-C塩基対形成の特性を阻害することなく、様々なリガンドや発色基を7位に付加する可能性を有するため、重要である。7-デアザ-リボヌクレオシドの合成は、提案する3’-DMT-2’-TBDMS-N-保護-β-D-7デアザ-グアノシン-5’-ホスホルアミダイトを介して達成することができるスキーム1:スキーム1:2’-TBDMS-3’-DMT-7-デアザ-r-Gの合成:化合物iiの合成;トリクロロ酢酸及びジクロロメタンを溶媒として用いて、化合物iからDMTを選択的に除去し、iiを得る。化合物iii;工程a;塩化ベンゾイル1.1当量/ピリジン溶媒10倍v/vを用いて、0~5°Cで選択的5’-ベンゾイル化を行い、5’-ベンゾイル基を生成し;続いて検査とカラム精製を行う;iii;工程b;次に、ピリミジン中、DMTクロリド反応を室温で24時間行い、続いて検査を行う;その後、カラムクロマトグラフィーにより、化合物iiiが得られる。化合物iv;ピリジンを溶媒として、ivを2NのNaOH水溶液と反応させ、2NのNaOH水溶液との選択的反応により、5’-ベンゾイルの選択的除去を行い、その後、ピリジニウムDowexカチオン交換樹脂による中和、続いてDowex樹脂を除去するための濾過を行い、粗生成のivの水溶液を得て、その後クロマトグラフィーにより精製したivを得る。化合物v;THF中、n,n-ジイソプロピル-2-シアノエチル-クロロ試薬1.1当量のジイソプロピルエチルアミン2当量溶液でivをホスフィチル化し、粗生成のviを得て、その後クロマトグラフィーを行い、純粋なホスホルアミダイトvを得る。3’-DMT-L-リボヌクレオシドオリゴヌクレオチドの合成は、適切に環外アミンを保護したL-リボヌクレオシドを介して達成することができる。3’-DMT-L-r-G-5’-ホスホルアミダイトの典型的な例を以下に示す:7-デアザ-リボヌクレオシドの合成は、3’-DMT-2’-TBDMS-N-保護-β-L-7-デアザ-グアノシン-5’-ホスホルアミダイトを介して達成することができるスキーム2:スキーム2:O-アセチル-トリ-O-ベンゾイル-L-リボースiiを、1-アセチル-トリ-O-ベンゾイル-D-リボースの合成と同様に合成した。N-イソブチリルグアニンは、まず、ビスシリルトリメチルアセトアミダイトacetamiditeBSA;5当量で処理して、シリル誘導体に変換する。その後、L-糖iiiを、SnCl4SnIV塩化物の存在下で、シリル化n-イソブチリル-グアニンと融合させ、完全に保護された粗生成のトリ-O-ベンゾイル-N-イソブチリル-L-グアノシンを生成した。この化合物を、シリカゲルメッシュサイズ70~230;Merckシリカゲルを用いたカラムクロマトグラフィーで精製した。次に、完全に保護された精製中間化合物を、調整された加水分解条件下、2NのNaOHのピリジン/メタノール80:20溶液で、20分、5~10°Cで選択的に加水分解し、続いて、反応混合物をDowex-ピリジニウムカチオン交換樹脂で中和し、5’,3’,2’-トリヒドロキシ-L-グアノシンn-ibuを生成した。粗生成化合物を酢酸エチル、続いてジエチルエーテルで洗い、溶媒と副生成物の安息香酸を除去し、純粋な5’,3’,2’-トリ-ヒドロキシ-L-グアノシンn-ibuを得た。次に、乾燥させた化合物を、DMT-クロリドDMTクロリド;1.2当量の無水ピリジン5’,3’,2’-トリヒドロキシ-L-グアノシンn-ibuに対して10倍溶液により、5°Cで3~4時間処理し、粗生成の5’-DMT-2’,3’-ジヒドロキシ-L-グアノシンn-ibuivを得た。これをシリカゲル70~230メッシュ、Merck等級カラムで精製した。純粋な画分をまとめ、純粋な5’-DMT-2’,3’-ジヒドロキシ-L-グアノシンn-ibuiv;トリヒドロキシ化合物からの収率70~75を得た。2’及び3’-TBDMS保護ヌクレオシドの混合物を得るため、2’-シリル化を行い、これからカラムクロマトグラフィーによって純粋な5’-DMT-2’-シリル-L-Gn-ibuヌクレオシドvを分離した。この化合物から、トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液3溶液v/vを用いて、室温で10分間処理して、DMT基を選択的に除去した。反応混合物を、10炭酸水素ナトリウム水溶液により0°Cで反応停止し、中和して、粗生成の5,3’-ジヒドロキシ-2’-TBDMS-L-G-N-ibuを得た。この化合物を、シリカゲル70~230メッシュ;Merck等級を用いたカラムクロマトグラフィーで精製し、純粋な5’,3’-ジヒドロキシ-2’-TBDMS-L-G-N-ibuを得た。この化合物を、塩化ベンゾイル1.1当量;-10~0°Cにより1.5時間処理して選択的5’-ベンゾイル化を行い、化合物viを得た。この化合物を同様に精製し、純粋な5’-O-ベンゾイル-3’-ヒドロキシ-2’-TBDMS-L-G-N-ibu化合物viを得た。続いて、十分に乾燥させた化合物viを、DMT-クロリド2.5当量;ピリジンw/v;1:10と室温で24時間反応させ、化合物viiを得た。精製したviiをシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製した。その後、精製したviiを2NのNaOHにより5°Cで30分間、選択的加水分解を行い、続いて反応混合物をDowex-ピリジニウムカチオン交換樹脂で中和し、5’-OH,3’-DMT-2’-TBDMS-L-rG-n-ibu化合物viiiを得た。粗生成化合物をシリカゲルカラム70~230メッシュ、Merckシリカゲルクロマトグラフィーで精製した。純粋なviiiを得るための次のクロマトグラフィーは、THF中、n,n-ジイソプロピル-2-シアノエチル-クロロ試薬1.1当量のジイソプロピルエチルアミン2当量溶液を用いたviiiのホスフィチル化によって行い、粗生成のixを得て、その後、クロマトグラフィーを行って純粋な5’-ホスホルアミダイトixを得た。ヌクレオシド塩基には、脱塩基ヌクレオシドも含まれる。DNAの脱塩基部位は、糖分解結合が失われることにより、化学的又は酵素的に発生する。結果として生じるプリン/ピリミジン部位はコード情報を失い、ポリメラーゼによる塩基の誤取り込みにつながり、また、突然変異誘発に重要な役割を果たしている可能性がある。これらは最終的に、メチレン基で2’-デオキシリボースの1位が修飾されたテトラヒドロフラン誘導体に変換される。アミダイトを有する2デオキシ及び2-ヒドロキシ-D-リボースのCEホスホルアミダイトは、ともにすでに合成されている。逆方向RNA修飾により、このようなRNA、RNA/DNAキメラ、修飾RNAの効率的な合成が可能になるTakeshitsaMetalJBiolChem19872621017110179;及び、KalnikMWetalBiochemistry198827924931を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。脱塩基ヌクレオシドは、3’-DMT-2’-TBDMS-N-保護ヌクレオシドホスホルアミダイトに同様に適用可能な方法により合成でき、以下のスキームで示される:スキーム:1,1ジヒドロ-Dリボース-3-DMT-2’-シリル-ホスホルアミダイト。化合物iはChemGenesCorp.より入手;ii標準条件でTBDMSクロリドの選択的導入を達成この段階で形成される異性体は簡便に分離可能;iii及びiv5-DMT基の選択的除去の後、5-位の選択的ベンゾイル化;vDMTクロリド反応により3-位にDMTを導入;vi5-位のベンゾイルを除去した後、リン酸化し、クロマトグラフィーで精製。ヌクレオシド塩基には、2-アミノプリンヌクレオシドも含まれる。2-アミノプリンは、その蛍光特性から、変異原性の研究のためのオリゴヌクレオチドに組み入れられる修飾核酸塩基類似体である。アデニン及びグアニンとの構造的類似性により、配列中のアデノシン又はグアノシンに代えて置換することで、酵素学研究における重要なツールとされているSchmidtSetalNucleosidesNucleotides14144514521995;及びMcLaughlinLWetalNucleicAcidsRes1988165631参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。2-アミノプリンヌクレオシドの代表的構造の1つは、2-アミノプリン3’-DMT-2’-シリル-5’-ホスホルアミダイトであり、以下の構造式で表される:ヌクレオシド修飾体:5-ヒドロキシメチルウリジン及びシチジンは、本発明に含まれるヌクレオシド修飾体である。5’ヒドロキシメチル修飾体は、-OAc-O-C=OCH3によって保護され、5-アセトキシメチルシトシン及び5-アセトキシメチルウラシルを生成する。5-ヒドロキシメチルシトシンを含むオリゴデオキシヌクレオシドの固相合成及び制限酵素切断については、例えば、CytosinemethylationandstudyofitseffectSeverineTardyPlanechaudJuneFujimotoSusanSLinandLawrenceCSowersNucleicAcidsResearchVol25No3553558などに記載されている参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。他の修飾核酸塩基としては、1,N6-エテノアデノシン、3,N4-エテノシチジン、C-5rU及びrCピレン修飾、C-5rU及びrCペリレン修飾、C-5rU及びrCアクリレート-C-6アミノリンカーTFA保護、C-5rU及びrCアクリレート-C-2アミノリンカーTFA保護、C-5rU及びrCアクリレート-C-6アミノリンカーFMOC保護、5’-PT修飾因子担体、C-5ピレン-r-ウリジン、C-5ペリレン-r-ウリジン、5,6-ピロール-r-シチジンが含まれる。核酸塩基修飾体を含む本発明の代表的化合物を以下に示す:8-メチルグアノシン:8-メチルグアノシンが、オリゴヌクレオチドアプタマーの設計及びZDNA安定化剤に関して非常に有用な修飾体であるといういくつかの報告が発表されている。例えば、8MethylguanosineAPowerfulDNAStabilizerYanXuReikoIkedaandHiroshiSugiyamaJAMChemSoc2003125135191352413519を参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。8-メチルグアノシンを含む本発明の代表的化合物の1つを以下に示す:5-アザシチジン:5-アザシチジンは、逆方向RNAシントンとしての利用が提案されている。5-アザ-シチジンは、周知の抗癌剤である。5-アザシチジンを含む本発明の代表的化合物の1つを以下に示す:2,6-ジアミノプリンリボシド;例として、PasternakANucleicAcidsResearch20073540554063を参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。該文献では、2,6-ジアミノプリンリボシドと組み合わせた2’-O,4’-C-メチレンリボヌクレオシド塩基の使用、並びに、2’-O-メチルRNA-RNAヘテロ二本鎖の熱力学的特性に対する2,-O-メチル-2,6-ジアミノプリン及びLNA-2,6-ジアミノプリンリボシドの影響が報告されている。核酸塩基保護基核酸塩基の保護基は、当技術分野において公知である。例えば以下を参照:1.ジメチルホルムアミドDMF及びn-イソブチリル保護基の利用に関して、RNAsynthesisusingphosphoramiditeswithLabileBaseProtectionUsersBulletinAppliedBiosystemsNumber69Instructionsfor380B392and394synthesizers参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。2.オリゴヌクレオチドプローブ及び修飾LCAA長鎖アルキルアミノ-CPG細孔制御ガラス担体を含むリンカーの調製のための新たな反応中間体としてのN6フェノキシアセチルデオキシアデノシン誘導体の合成は、EdytaKrzymanskaOlejnikandRyszardWAdamiakNucleosidesNucleotides10595597に記載されている参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。プロパルギル修飾オリゴヌクレオチドの合成に関しては、逆方向合成プロセスによって、2’-プロパルギル-3’-DMT-5’-ホスホルアミダイトシントンを配列内に組み込むことができる。ホスホルアミダイトは、さらに、様々なレポータープローブを導入する試薬と反応することができるフリーなヘキシルリンカーを有する前駆オリゴヌクレオチドを得るために、2’-ヘキシン末端基を有していると考えられる。米国特許第5,744,595号、Srivastavaetalを参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。3.固相合成した、部分的にメチルホスホン酸で修飾したオリゴデオキシ-ヌクレオチドの合成のために、容易に除去可能な2-アセトキシ-メチルベンゾイルAMB基を塩基保護基として用いることで固相合成した、部分的にメチルホスホン酸で修飾したオリゴデオキシ-ヌクレオチドの利用は、当技術分野において公知である。例えば、WHAKuijpersetalNucleicAcidsResearch1993Vol21No1534933500を参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。AMB保護基は、メタノール炭酸カリウム中で生成された。しかし、メチルホスホン酸結合の炭酸カリウム/メタノールに対する不安定性から、この脱保護試薬の使用は除外された。その後、別のAMB除去試薬として、飽和アンモニアメタノール溶液が見出された。AMB保護基とアンモニア/メタノールの脱保護試薬との組み合わせは、メチルホスホン酸修飾DNAフラグメントの合成を顕著に向上させることが実証された。室温で一晩、穏やかに処理することで、AMB基の完全な除去が十分にでき、これに対し、従来法により保護したオリゴヌクレオチドは、より長時間、高温で塩基性条件にさらす必要がある。本発明者らの逆方向RNAシントンについて提案するAMB-保護核酸塩基4.以下の核酸塩基保護基は、非常に有用であることが見出され、本発明者らの発明Npent4enoylGroupAsaUniversalNucleobaseProtectorのモノマーの核酸塩基保護に取り入れられることが期待される。例えば、ApplicationsintheRapidandFacileSynthesisofOligonucleotidesAnalogsandconjugatesRadhakrishanPetalTetrahedronVol53No8pp273127501997を参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。上記文献には、PNTヌクレオシドホスホルアミダイトをPNTヌクレオシドH-ホスホン酸及びPNTヌクレオシドホスホンアミダイトと共に用いた、アンチセンス薬としての欠失骨格オリゴヌクレオチドMBOの合成、並びに、生物可逆的オリゴヌクレオチド複合体の調製におけるPNT基の利用が記載されている。ペンタ-4-エノイル基:新規アミン保護基;例として、RobertMadsenCarmichaelRobertsandBertFraserReidJOrgChem6079207926を参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。一級及び二級アミンをN-ペンタ-4-エノイル誘導体として保護することで、N-ペンタ-4-エンアミドが生成され、結晶性が高いことが見出された。脱保護は、THF水溶液中、3当量のヨードを用いて緩やかな条件で処理することで、迅速かつ効率的に行われた。脱保護に酸化剤が必要であるが、p-メトキシベンジルエーテル及び硫化アルキルを含む酸化可能な官能基性は生じない。ペンタ-4-エノイル基を含む、本発明の代表的化合物の1つを以下に示す:環外アミン保護基としてのスクシニル基。環外アミン上のスクシニル基は、オリゴヌクレオチドの固相合成において、さらに誘導体化する/様々な担体を付着させるために利用することができる。スクシニル基を含む、本発明の代表的化合物の1つを以下に示す:さらに、3’,5’保護ヌクレオシドの環外アミンは、5’→3’方向の合成において、固体担体に付着可能なスクシンイミジル基によって、下記構造3などのように誘導体化することができる。逆方向RNA合成プロセスを用いた、ロック核酸登録商標2’-O,4’-C-メチレンリボヌクレオシド及びホスホルアミダイトLNAともよばれるの取り込み:立体構造的に制限されたオリゴヌクレオチド類似体の新規のクラスである2’-O,4’-C-メチレンリボヌクレオシド及びホスホルアミダイト構造1~6は、相補的DNA及びRNA配列に対して高い結合能を有することが示されている。多様な治療及び診断用途の合成DNA、RNA及びキメラ体の評価に向けて、現在、様々な2’-O,4’-C-メチレンリボヌクレオシド及びホスホルアミダイトの評価が行われている1-5。所定配列のオリゴヌクレオチドの合成に用いられる最も一般的なホスホルアミダイトシントンは、LNA-Cn-bz-5’-DMT-3’-シアノエチルホスホルアミダイト1、LNA-Cn-ac-5’-DMT-3’-シアノエチルホスホルアミダイト2、LNA-チミジン-5’-DMT-3’-シアノエチルホスホルアミダイト3、LNA-An-bz-5’-DMT-3’-シアノエチルホスホルアミダイト4、LNA-Gn-ジメチルホルムアミジン-5’-DMT-3’-シアノエチルホスホルアミダイト5;R;ジメチルホルムアミジンである。2’-O,4’-C-メチレンリボヌクレオシド及びホスホルアミダイトオリゴは、遺伝子調節、遺伝子発現、アンチセンス、siRNA、及び細胞へのRNAの送達のためのオリゴヌクレオチドの設計や効率向上に役立つことが示されている。また、DNA及びRNAの安定性を高めることが示されている1-5。当技術分野で現在報告されている2’-O-4’-C-メチレンリボヌクレオシド及びホスホルアミダイトは、5’-DMT及び3’ホスホルアミダイト官能基を有している6。これらのユニットをオリゴヌクレオチド及びシントンに有し、3’-DMT及び5’ホスホルアミダイト構造7を構成する、当技術分野で報告されている本発明者らの発明において提案される2’-O-4’-C-メチレンリボヌクレオシドの組込みは、本発明者らの発明による逆方向RNA合成に従う。2’-O,4’-C-メチレンリボヌクレオシド及びホスホルアミダイトを含む、本発明の化合物を以下に示す:2’-O-4’-C-メチレンリボヌクレオシド-3’-DMTヌクレオシド、5’-ホスホルアミダイト、及び5’-担体の合成スキーム:以下の参考文献の内容は、参照により本明細書に取り込まれる:1.AAKoshlinSKSinghPNielsenVKRajwanshiRKumarMMeldgaardCEOlsenandJWengelTetrahedron1998m54360736302.SKSinghPNeilsenAAKoshkinandJWengelChemComm19984554563.DABraaschDRCoreyBiochemistry200241450345104.JSJespenMDSorensenandJWengelOligonucleotide2004141301465.BVesterandJWengelBiochemistry20044313233416.SObikaDNanbuYHariJiAndohKiMorioTDoiTImanashiTetLett39540141998オリゴヌクレオチドへの糖の導入糖本発明の化合物は、例えばリボース又はアラビノースを含んでいてもよい。アラビノースヌクレオシドは、リボースヌクレオシドに関して説明したものと同様の方法により作製することができる。合成の例を以下のスキームに示す:スキーム:2’-アラビノース逆方向アミダイト合成:3’ヒドロキシ基の保護:一連のトリアリールメチル基は、これまでに、デオキシヌクレオシドの5’-ヒドロキシ保護基として研究され、オリゴヌクレオチド合成におけるトリチルの除去に関して評価が行われていた。得られた異なる色のカチオンは、比色観察及びオリゴ合成に用いられたヌクレオシドの識別に非常に有用であったColorcodedtriarylmethylprotectinggroupsusefulfordeoxypolynucleotidesynthesisEFFisherandMHCaruthersNucleicAcidsResearchVol11515891599を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。本発明で用いられるトリアリールメチル基には、ジ-p-アニシルフェニルメチル、p-フルオロフェニル-1-ナフチルフェニルメチル、p-アニシル-1-ナフチルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、p-トリルジフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、及びp-トリルジフェニルメチルが含まれる。また、トリアリールメチル3’ヒドロキシ保護基は下記式で表され;式中、は3’酸素原子への結合を示し、Ra、Rb及びRcは独立して以下の構造式から選択される:3’ヒドロキシ保護剤としてのテトラヒドロピラニル及びメトキシテトラヒドロピラニル基、並びに酸性条件下での除去。例として、Synthesisofoligonucleotideswithsequencesidenticalwithoranalogoustothe3endof16SribosomalRNAofEcolipreparationACCUCCviamodifiedphosphotriestermethodJHvanBoomPMJBoomPMJBurgersGvanderMarelCHMVerdegaalandMrsGWilleを参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。1つの代表的な3’メトキシテトラヒドロピラニル基を以下に示す:リン酸保護基R3で表す本明細書において、リン酸保護基とは、本発明の分子中に存在する場合、オリゴヌクレオチドの形成の後に脱離する部分を意味する。例えば、リン酸部分はシアノエチル保護基で保護することができる。ヌクレオチド間リン酸形成のためのシアノエチル保護基は、β脱離機構によって脱離し、アクリロニトリル及びホスホジエステルオリゴヌクレオチドがもたらされることは、周知であるスキーム3。スキーム3.塩基:Bを介したシアノエチルリン酸基の脱離リン酸保護基には、-CH2CH2CN、-CH2CH2-SiCH32C6H5、-CH2CH2-SO2-CH2CH3、-CH2CH2-C6H4-NO2、-CH2CH2-NH-CO-C6H5、又は-CH2CH2-O-C6H4-COCH3が含まれ、そして、R4は--O-SiR53である。その他のリン酸保護基も当技術分野で公知であり、2-アセトキシフェノキシエチルAPOECheruvallathZSetalOrgProcessResDev200610pp251256を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる、及び、2-ベンズアミドエチル基GuzaevAPJAmChemSoc2001Feb712378393を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれるが含まれる。2’-ブロッキング基は、下記の構造式で表される2-O-無水核酸塩基である:3’官能基本発明は、高純度のRNAの合成、具体的には合成RNAのオリゴヌクレオチドの3’-末端に選択した基を導入することを目的としている。このようなRNA分子は、治療学、診断学、薬剤設計、及び細胞環境内でのRNA配列の選択的阻害による細胞内に存在する異なる種類のRNAの機能遮断などに適用することができる。オリゴヌクレオチドは、哺乳類細胞で非常に容易に取り込まれることが確認されている。取り込みは、核集積を引き起こすことが確認されている。脂溶性分子をオリゴヌクレオチドに付加すると、取り込みの特性が大幅に向上することが確認されている。具体的には、コレステロールとポリ-L-リジンの付加について詳細な研究が行われている。その他のRNA複合体には、ペプチド-RNA複合体が含まれる。ペプチド転移RNA分子は、リボソーム内で起きるタンパク質の生合成、及び遺伝子コードから機能性タンパク質への翻訳における重要な分子である。これらは、一般的に、RNAを固定して区分化する上で重要な役割を果たし、リポソーム中に集まっているLazarAetalInternationalRoundTableonNucleosidesNucleotidesandNucleicAcidsIRTXVIISep372006page47BernSwitzerlandを参照;参照によりその内容が本明細書に取り込まれる。これらの官能基のペプチド付加は、一般的に3’-末端で起こり、3’官能基と呼ばれる。本明細書において、3’官能基とは、RNA分子の3’末端に付加した部分を意味する。本明細書に記載する逆方向合成方法は、オリゴヌクレオチド鎖の末端に、ある部分を付加する。3’官能基は、脂肪酸やコレステロールなどの脂質、ステロイド、ペプチド、酵素、標識蛍光、化学発光、又は放射標識の部分を含むなどを含んでもよい。3’官能基は、以下に示すホスホルアミダイトリンカーの反応によって導入されてもよい:1.RNAへの3’官能基の付加により、両親媒性の3’-ペプチジル-RNA複合体を得る。このような分子は、天然ペプチド-トランスファーRNAによく似ている。このようなRNAの合成は、上記参照の著者らによって固体担体上で実施されている。RNAは、様々なペプチドとのアミド結合によって、1つのペプチドに連結される。例えば、下記の構造式で表される化合物は、本明細書に開示する逆方向合成方法を用いて、3’末端に付加させることができる:2.RNAの3’-末端へのビオチンの付加ビオチンアミダイトを介した3’-ビオチン付加は、単一の工程で可能であり、ビオチンCPGは使用しない。一般的に、高純度のオリゴヌクレオチドを得るため、固相オリゴヌクレオチド合成によるビオチン付加に、保護されたビオチンアミダイトが用いられる。保護ビオチンは当技術分野で公知である。例えば、UPielesBSSproatandGMLammNucleicAcidsResearchVol18No154355を参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。本発明において用いることができる代表的な保護ビオチンの1つを以下に示す:3.3’官能基のためのジスルフィドリンカー本発明者らによる発明のオリゴヌクレオチドは、-SH基を作ることができるジスルフィドリンカーによって、3’-末端で誘導体化することができる。続いて、末端SH官能基又は活性化スルフィドを有する酵素とカップリングすることで、ジスルフィド結合オリゴ-酵素複合体が得られる。代表的なジスルフィドリンカーの1つを以下に示す:これらのジスルフィドリンカーホスホルアミダイトは、オリゴヌクレオチドの3’-末端に簡便に付加することができる。リン酸を介して3’-末端に付加された付加ジスルフィドは、その後、当技術分野で公知のスルフィドカップリング又は交換反応によって、様々なペプチド、酵素と結合することができる。3’-チオール修飾の付加に関しては、容易に利用できるアミダイト、すなわちC-3ジスルフィド、C-6ジスルフィドからの3’-ジスルフィドを用いることができる。フリーなスルフヒドリル基を含むオリゴヌクレオチド、及びその後のチオール特異的プローブの付加についてはすでに示されており、3’末端へのチオ基の付加に変更することができるConnollyBANAR131244851985を参照;参照によりその内容が本明細書に取り込まれる。5’-末端にフリーなスルフヒドリル基を含むオリゴヌクレオチドプローブは合成されており、チオ特異的プローブによるさらなる誘導体化も行われている。S-トリフェニル-O-シアノエチルホスホルアミダイト-2-メルカプトエタノール及び他のアルキル鎖は合成可能で、オリゴヌクレオチドの3’-末端に取り込むことができる。4.複数の基を付加するための3’-分枝リンカー核酸アッセイのシグナル増幅マルチマーとしての分枝オリゴヌクレオチドの合成は、THornetalNucleotidesandNucleotides8956875877に記載されている参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。酵素プローブは、HighlysensitivedetectionofDNAusingenzymelinkedDNAprobesusingcolorimetricandfluorometricdetectionAkiraMurakaietalNucleicAcidsResearchVol17No145587に記載されている参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。分枝ホスホルアミダイトは、オリゴヌクレオチド末端に付加することができる。分枝ホスホルアミダイトは、様々なレポーター分子、発色団、酵素、リガンド、ポリエチレングリコール、ペプチド、又は本明細書に記載するその他の3’官能基の付加に用いることができる。分枝オリゴヌクレオチドは、糖の3’-ヒドロキシを下記構造式の化合物と反応させることで作製される:DMT保護基は、本明細書に記載する他の適切なヒドロキシ保護基で置換することができる。オリゴヌクレオチドの3’-末端への対称分枝アミダイトの付加は、その後、リガンドによって修飾することができる。これらは、様々なレポーター分子、発色団、酵素、ジスルフィド結合、リガンド、ポリエチレングリコール、ペプチドなどの付加に利用することができる。熱量測定や蛍光定量の検出には、単一又は複数ユニットの酵素を付加することができる。このような分枝アミダイトは、オリゴヌクレオチド3’-末端への付加に非常に大きな可能性をもたらす。代表的な化合物としては以下のものが含まれる:分枝アミダイトI:分枝アミダイトI;配列番号5分枝アミダイトIは、オリゴヌクレオチドの3’-末端に付加したDMT基を置換した後のポリエチレングリコールの付加を示す。このようなオリゴヌクレオチドは、PAGE分析により精製及び解析されている図12。また、オリゴヌクレオチドの3’-末端への付加には、膨大な数の応用が可能である。コレステロールや、C-18、トリエチレングリコール、ヘキサエチレングリコールなどの長鎖脂肪族鎖などの大きな分子は、RNAの3’-末端に直接カップリングによって付加することができる。PEG2000アミドやPEG4000アミダイトなど、RNAの3’-末端へのポリエチレングリコールの付加が達成されている。SiRNAのセンス鎖3’-末端のオーバーハングの修飾は、アンチセンスSiRNA鎖が標的認識を誘導するため、標的mRNAの認識には影響しないと考えられる。SiRNAの送達を向上するための有用な修飾の設計が可能である。蛍光、化学発光、及び酵素標識オリゴヌクレオチドプローブを用いた、非放射性同位体ハイブリダイゼーション分析方法や診断への適用が、当技術分野で公知であるUrdeaMetalNAR16111988を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。また、放射性標識のポリヌクレオチドプローブは、特異的ハイブリダイゼーションによる相補的核酸の検出に幅広く応用されている。本明細書に開示する逆方向合成方法は、長鎖オリゴヌクレオチド100個の塩基を含むものなどの標識に用いることができる。本明細書に開示する逆方向合成方法により付加できる標識としては、例えば、フルオレセイン;テキサスレッド;ローダミン;イソルミノールなどの化学発光分子;西洋わさびペルオキシダーゼなどの酵素;アルカリホスファターゼ標識;及び酵素が含まれる。2’置換基2’シリルエーテルは広く開発が行われ、優れた安定性を有することが知られている。シリルエーテルの加溶媒分解は広く研究され、高分子のアルキルシリルエーテルは高い安定性を有することが知られている;BazaniBandChvalowskiVChemistryofOrganosiliconCompoundsVol1AcademicPressNewYork1965を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。その後、Ogilvieらにより、オリゴリボヌクレオチド合成のための2’-ヒドロキシ保護基として、詳細な研究が実施されたOgilvieKKetalTetrahedronLetters15286128641974;及びOgilvieKKetalJCarbohydrateNucleosidesNucleotides31972271976;OgilvieKKProceedingsofthe5thInternationalRoundTableonNucleosidesNucleotidesandTheirBiologicalApplicationsRideoutJLHenryDWandBeachamLMIIIedsAcademicLondonpp2092561983を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。リボヌクレオシドの2’-ヒドロキシル上のt-ブチルジメチルシリル保護基は、3’-ホスホルアミダイトの作製、及び、オリゴヌクレオチド合成への利用に最適な基とされており、3’-ヒドロキシル位に非常に容易に移動することが示されているOgilvieKKandEntwistleDWCarbohydrateRes892032101981;及びWuTandOgilvieKKJOrgChem55471747341990を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。このような移動は、所望のホスホルアミダイトの合成を複雑化し、対応する異性体をきれいに分離して最終モノマーの混成を防ぐ効率的な方法が必要とされている。一方、3’ヒドロキシルへの移動は、逆方向5’→3’合成では要因とならない。代表的な2’アミノ保護基は、以下の構造式で表される化合物を含む:2’-フルオロ-3’-DMT-ヌクレオシド-5’-ホスホルアミダイト2’-フルオロ置換基は、下記の提案する3’-DMT-2’-フルオロ-N-保護-ヌクレオシド-5’-ホスホルアミダイトの合成により取り込むことができる:また、2’-フルオロ置換基は、下記の提案する2’-フルオロ-3’-DMT-N-保護短時間で脱保護する基を用いるヌクレオシド-5’-ホスホルアミダイトの合成により取り込むことができる:選択的5’-レブリニル保護に続いて結晶化を行い、化合物iiを得る;DMT-Cl反応により化合物iiiを得て、続いてアンモニアと4~5分間反応させて化合物ivを得る。その後、標準的なホスフィチル化の化学プロセスにより5’-ホスホルアミダイトを合成してvを得ることができる。標準的なJonesプロセスは、2’-アラビノースフルオロヌクレオシドFANAの調製にも用いることができる。このプロセスは以下を含む:iをiiに変換する工程;a;TMSクロリドによる過渡保護;続いてフェノキシアセチルクロリド/ピリジンと反応;b;アンモニア水溶液で2~4分間処理してTMS基を選択的に除去;c;フェノキシアセチル保護-2’-フルオロヌクレオシドを結晶化。ヌクレオシドの糖部分の2’-フルオロ修飾2’-リボフルオロ-2’-デオキシ又は2’-アラビノフルオロ-2’-デオキシ-ヌクレオシドのいずれかFANAは、アンチセンス、microRNA、siRNA、アプタマーなどの様々なクラスのDNA及びRNAの設計に、重要な用途を有することが見出されている。これらのユニットをオリゴヌクレオチドに選択的に導入するには、固相オリゴヌクレオチド合成の後に、慎重な脱保護が必要となる。アンモニア脱保護を荒く行った場合、オリゴヌクレオチドの脱ピリミジン化が起こり、糖部分からフッ素が失われることが実証されている。従って、オリゴヌクレオチド内のすべての修飾ヌクレオシドユニットが、緩和な塩基脱保護に適合するような、ヌクレオシドの環外官能基の最適化された保護基の開発が、全般的に必要とされている。そのため、フルオロヌクレオシドユニットからフッ素が失われることを最小限に抑えるために、FMOC、フェノキシアセチル、第三級ブチルフェノキシアセチルt-BPAC、イソプロピルフェノキシアセチルisoPrPAC及び、窒素がアセチルで保護されたグアノシンN-2N-アセチルグアノシンなどのいくつかの保護基が利用されている。そのため、逆方向RNA合成ユニットは、不安定な保護基で保護されている必要があり、これにより、オリゴヌクレオチド合成後に緩和な脱保護条件で除去することができる。DNA及びRNA合成における当技術の現状では、同様に、シアノエチルホスホルアミダイトの化学反応などの緩和なリン酸脱保護基が用いられている。FMOC保護基の脱保護は、様々な非常に緩和な塩基性反応条件で実施されている。HeikkilaJandChattopadhyayaJActaChemScandB37No32632651983を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。FMOC保護基の求核性置換が起きるアンモニア水条件の脱保護か、以下に示すような、FMOC-活性水素基のB-脱離が起きるトリエチルアミンなどの非求核性塩基による方法のどちらも用いることができる:FMOC-β-脱離の機構従って、オリゴヌクレオチドからのFMOC保護基を除去する条件は調節することができ、塩基保護基としてのFMOCは、β-脱離のプロセスにより、シアノエチル基を除去するβ-脱離プロセスと同様にして、取り除くことができる。例えばフェノキシアセチル基又はアルキル化フェノキシアセチル基などを含む他の保護基も、本明細書に記載する逆方向合成方法に用いることができ、高純度の脱保護オリゴヌクレオチドを生成することができる。そのため、本プロセスは、アンモニアを含まないオリゴ合成の利用に対して非常に魅力的な可能性をもたらす。さらに、本プロセスは、固体担体上のオリゴの完全な脱保護に向けたデオキシオリゴヌクレオチドを提供する可能性も有する。本技術又はプロセスは、microRNA、SiRNA,RNAチップのための高純度オリゴヌクレオチドだけでなく、チップを用いた技術に必要とされるようなリボヌクレオチドも提供する可能性を有する。従って、これらの塩基保護基は、シアノエチルリン酸保護基とともに、合成したデオキシオリゴヌクレオチド及びリボオリゴヌクレオチドから担体上で、好適には非水性塩基を用いて、N-保護基及びシアノエチル基の両方を完全に取り除く可能性を提供し、多くの診断用途を支援する。FMOC保護基は、ペプチド合成において非常によく確立されており、段階的ペプチド合成におけるアミノ酸のα-アミノ基のアミノ基保護に関して好適な試薬の1つであるCarpinoLAandHanGYJAmerChemSoc9257481970を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。別のN-保護基は、シチジン、アデノシン、グアノシン、及び対応する2’-デオキシリボヌクレオシドのアミノ官能基を保護する2-ニトロフェニルスルフェニルNPSであるJHeikkilaJetalActaChemScandB378578641983を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。NPSの環外アミンへの付加は、下記の構造式で表される:ホスホルアミダイトジアルキルアミノホスホルアミダイトを用いたRNA合成におけるヌクレオチド間n結合の形成に関する研究;GGasparuttoDMolkoRTeouleNucleosidesNucleotides910871098、参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。オリゴヌクレオチド合成においてテストした様々な5’-DMT-2’-TBDMS-U-3’-n,n-ジアルキルアミノシアノエチルホスホルアミダイトのうち、n,n-ジエチル及びn-エチル,n-メチルアミノ保護が、4分間のカップリングによるrUのホモポリマーを形成した際に、平均97の最も良いカップリング結果を示すことが、上記著者らにより見出された。例えば、5’ジエチルアミノ-シアノエチルを、本明細書に開示する発明に用いることができる。クリックケミストリーを用いた逆方向RNA合成プロセスによる2’又は3’官能基の付加第一銅を触媒とした、アジドと末端アルキンとのヒュスゲン1,3-双極性環化付加は、クリックケミストリーで用いられるクリック反応の確立された例であるBrogglJetalInternationalRoundTableConferenceonNucleosidesNucleotidesandNucleicvacidsSep372006BernSwitzerlandp348を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。本発明の3’-DMT-2’-アルキン-5’-ホスホルアミダイト化合物は、RNAの3’-末端の修飾及び様々な高分子の付加の更なる優位性をもたらすと考えられる。逆方向RNA合成プロセスは、固相オリゴヌクレオチド合成において、オリゴの3’-末端及び内部位置での様々な修飾の導入を可能にすると考えられる:5’-固体担体を用いて、逆方向アミダイト、すなわち3’-DMT-2’-アルキン-5’-ホスホルアミダイトのオリゴ合成が起きる。発色団、リガンド、生物学的に重要なポリペプチド、コレステロール、及びポリエチレングリコールなどの高分子は、クリックケミストリーによって位置特異的に付加することができる:固相担体上でのクリックケミストリープロセスでは、すべての反応物が取り除かれたクリーンな環化付加生成物が得られ、続いてオリゴヌクレオチドの遊離が起こる。修飾体には、分子センサーに用いられ、クリックケミストリーによりオリゴヌクレオチドに付加される高効率のクエンチャー色素が含まれる。クリックケミストリーで用いることができる、本発明の化合物のための提案する合成を、以下のスキームに示す:コンビナトリアルクリックケミストリーのための構成要素が開発されている;複数サイクルのクリック反応を行い、様々な発色団及び他の高分子を単一又は複数ユニット有するオリゴヌクレオチドを生成する。本発明者らは、固体担体を用いたオリゴヌクレオチド自動合成で高純度のDNA/RNAベースのプローブを合成するためのクリック反応に向けた、触媒による1,3-環化付加の効率を向上させた。また、分子センサーに用いられ、クリックケミストリーによりオリゴヌクレオチドに付加される、新規の高効率のクエンチャー色素の開発も行った。以下の引用文献は、参照によりその内容が本明細書に取り込まれる:1.VVRostovtsevLGGreenVVFokinKBSharplessAngewChemIntEd200241259625992.AVUstinovetalTetrahedron200764146714733.AgnewBetal米国特許出願第20080050731/A1号4.XMingPLeonardDHeindleandFSeelaNucleicAcidSymposiumSeriesNo5247147220085.SrivastavaSetal米国特許第5,744,595号6.MManohoranKLTivelandPDCookTetrahedronLett199536365136547.GSRuleJFrimJEThompsonJRLepockandJKruuvCryobiology1978154084148.CJYuYWanHYowantoJliCTaoMDJamesCLTanGFBlackburnandTJMeadeJAmChemSoc20011231115511161RNAの3’-末端へのビオチン付加一般的に、保護されたビオチンアミダイトは、高純度のオリゴヌクレオチドを得るために、固相オリゴヌクレオチド合成によるビオチンの付加に用いられる。保護ビオチンは当技術分野で公知であるUPielesBSSproatandGMLammNucleicAcidsResearchVol18No154355を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。3’-ヒドロキシの保護:1.別のトリアリールメチル保護基:例えば、ColorcodedtriarylmethylprotectinggroupsusefulfordeoxypolynucleotidesynthesisEFFisherandMHCaruthersNucleicAcidsResearchVol11515891599を参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。報告されているトリアリールメチル基としては、ジ-p-アニシルフェニルメチル、p-フルオロフェニル-1-ナフチルフェニルメチル、p-アニシル-1-ナフチルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、p-トリルジフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシル-1-ナフチルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、ジ-o-アニシルフェニルメチル、ジ-p-アニシルフェニルメチル、p-トリルジフェニルメチルが含まれる。別のトリアリールメチル保護基は、下記の構造式で表される:式中、は3’酸素原子への結合を示し、Ra、Rb及びRcは独立して以下の構造式から選択される:2.保護剤としてのテトラヒドロピラニル基及びメトキシテトラヒドロピラニル基の利用と、3’-保護基のための酸性条件下での除去。この保護基は酸性条件下で除去することができる。例えば、Synthesisofoligonucleotideswithsequencesidenticalwithoranalogoustothe3endof16SribosomalRNAofEcolipreparationACCUCCviamodifiedphosphotriestermethodJHvanBoomPMJBoomPMJBurgersGvanderMarelCHMVerdegaalandMrsGWilleを参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。メトキシテトラヒドロピラニルを含む、本発明の代表的な化合物の1つを以下に示す:逆方向RNA法の優位性本発明者らは、BTTを活性化剤として用いて、カップリング時間2分で完全長オリゴを合成した。得られた粗生成オリゴの純度は、HPLCで78.95であった。ETTを活性化剤として用いて、カップリング時間4分で行うことも可能で、得られた粗生成オリゴの純度は89.09であった。逆方向プロセスによる粗生成オリゴの純度は、通常90の範囲である。本発明者らは、逆方向RNA法を大規模合成12umolスケールに用いて、カップリング時間6分で同様の結果を得た粗生成オリゴは約92、精製オリゴは約98。本発明者らは、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド及びホスホロチオエート/ホスフェート混合骨格鎖を、カップリング効率やオリゴヌクレオチドの質を低下させることなく合成することができた。一方、従来3’→5’方向の合成では、粗生成オリゴの純度は80の範囲であり、純度を約90に高めるためにはいくつかの精製工程が必要となる。従来のRNA合成では、所望のバンドの両側に不純物が生じる。逆方向RNA合成では、カップリング時間2分でもN1不純物が一切生じず、HPLCによる追跡では、ピークの右側は極めて直線的である。以前は、逆方向RNA合成;5’→3’は、オリゴヌクレオチドの粗生成純度が、HPLCで約80であった。現在、逆方向RNA合成;5’→3’は、おそらく、モノマーシントンの純度の向上、及び/又は、ETTを活性化剤として用いることでカップリング時間が10分から4分に短縮されたことにより、粗生成オリゴの純度は90程度である。逆方向RNA合成方法を用いた、オリゴヌクレオチドへの発色団及びクエンチャー色素の付加の代表的例:1.2’-プロパルギルシントン及びアジド結合クエンチャー色素ChemGeneが所有するクエンチャービスアゾ色素を用いた逆方向RNA合成:2.2’-プロパルギルシントン及びアジド結合発色団6-FAMを用いた逆方向RNA合成複数内部組み込み:2.2’-プロパルギルシントン及びアジド結合発色団フェロシンFerrocineを用いた逆方向RNA合成;3’-末端付加4.2’-プロパルギルシントン及びアジド結合発色団6-FAMを用いた逆方向RNA合成単一内部組み込み:リンカーLは2工程のプロセスで付加することができる。a3’-末端塩基が、簡便に除去されてフリーな3’-ヒドロキシル基を生じる保護基を有する、bスクシンイミジルカーボネートによりフリーな3’-ヒドロキシル基を活性化し、続いてスクシンイミジルカーボネートとアミン末端リンカーの反応により構造2を得る。構造1は、ホスホルアミダイト官能基を有するリンカーとの最終的なカップリングにより得られる。リンカー、発色団のリストL1及びL2と呼ぶLは、ヌクレオシドに付加されたリンカー、発色団、蛍光色素、蛍光ヌクレオシド、蛍光分子に由来し、またホスホルアミダイトとして結合することができ、又はNHSエステルなどの活性エステルに由来することができる。リストには以下のものが含まれる:3’-末端又は内部位置でのオリゴのさらなる誘導体化のための官能基;アミノ修飾因子C-3、アミノ修飾因子C-6、アミノ修飾因子C-12、アミノ修飾因子C-5-dU、アミノ修飾因子C-5-dU、3’-チオール修飾因子C-6スペーサー、チオール修飾因子C6-ジスルフィド、カルボキシ修飾因子及びスペーサー、カルボキシ修飾因子C-10スペーサー、C-8アミノ修飾因子-C6-スペーサー-r-アデノシン、FMOC保護アミノ修飾因子-5-rシチジンスペーサー、FMOC保護アミノ修飾因子-C-5ウリジンスペーサー、3’-チオール修飾因子C-3スペーサージスルフィドオリゴヌクレオチドの3’-化学リン酸化ホスフェート-オン-リン酸化試薬スルホニルジエタノールモノDMT、モノホスホルアミダイト、ビスシアノエチルリン酸化試薬オリゴヌクレオチドへの3’-アルデヒド付加:3’-アルデヒド修飾因子C-2スペーサー、ホルミルインドールオリゴヌクレオチドへのスペーサー付加:オリゴヌクレオチドの3’-末端と、ペプチド、アミノ酸、発色団、ポリエチレングリコール、非対称ダブラーdoubler、対称ダブラー、長鎖トレブラーtrebler、トレブラーなどのその後の付加との間にスペースを生じさせる配列上の3’末端又は配列内での発色団、色素の付加:本発明のプロセスにより合成したオリゴヌクレオチドの内部位置又は3’-末端への発色団、色素及びスペーサーの付加は、簡便に行うことができる;ダブシル及びスペーサー、ダブシル-C-5ウリジン又は2’-デオキシウリジン、ビオチン及びスペーサー、ビオチン及びテトラエチレングリコールスペーサー、ビオチン-C-5デオキシチミジン、ビオチン-C-5ウリジン、ビオチンテトラエチレングリコールスペーサー、5-スペーサーフルオレセイン、6-スペーサーフルオレセイン6-FAM、5-スペーサーヘキサクロロフルオレセイン、5-スペーサーテトラクロロフルオレセイン、6-スペーサーヘキサクロロフルオレセイン、6-スペーサーテトラクロロフルオレセイン、フルオレセイン-C-5デオキシチミジン、フルオレセイン-C-5-rU、テトラメチルローダミンTAMRA、Cy5登録商標、Cy5.5登録商標、Cy3登録商標、Cy3.5登録商標cy色素は、GeneralElectricの登録商標;GE-Amersham、EpochRichmondRed登録商標、EpochKokimoYellow登録商標、EpochGigHarborGreen登録商標、EpockEclipseQuencher登録商標Eclipse色素はEpochBiosciencesInc.の登録商標、BHQ-0登録商標、BHQ-1登録商標、BHQ-2登録商標、BHQ-3登録商標BHQ色素はBiosearchTechnologies,Inc.の登録商標。その他の様々な色素付加、例えば、C-5ピレン-r-ウリジン、C-5ペリレン-r-ウリジン、5,6-ピロール-r-シチジン、スペーサーに付加したアクリジン色素、スペーサーに付加したジニトロフェニルアミン、3-OHを介してスペーサーに付加したコレステロールテトラエチレングリコール、フラン環を介してスペーサーに付加したソラレン、スペーサーを介して付加したエチレンジアミン四酢酸EDTA、ピューロマイシン。その他のリンカーとしては、C-5rU及びrCアクリレートビオチン、C-5rU及びrCフルオレセイン、6-FAM、5-FAM、Tamra、ローダミン、アクリレートが含まれる。活性化剤の使用。本発明の5’-ホスホルアミダイトとヒドロキシ基との間にオリゴヌクレオチド結合を形成する方法におけるカップリングの工程で、活性化剤を添加することができる。活性化剤は選択されたもので、アミダイト窒素の活性化及びその後のプロトン化を行うことができる。活性化剤は、テトラゾール、ベンジルチオテトラゾール、エチルチオテトラゾール、ジシアノジイミダゾールから選択される。ヒドロキシル基先端とカップリングする反応のためのアミダイト結合を活性化させる活性化剤は、リン酸塩を形成する。microRNA合成への逆方向RNA合成の利用microRNAmiRNAは、一般的に、高度に保存された、20~25ヌクレオチドの長さを有する非コードRNAで、メッセンジャーRNAの3’非翻訳領域UTRに配列特異的にハイブリダイズし、標的のメッセンジャーRNAの翻訳を阻害するか又は直接分解することで、標的遺伝子の発現を調節しており、植物や動物などに存在する。この新たなクラスのRNAは、1993年にDrVictorAmbroseの研究室でCelegansにおいて最初に発見されたLeeRCetal14Cell75843854;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。現在では、これらのRNAは、ヒトにおけるmicroRNAの発見を含め、ほぼすべての種において確認されているLimLPetalScience2991540;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。各miRNAは複数の遺伝子を調節していると考えられ、高等真核生物では数百ものmiRNA遺伝子が存在すると予測されることから、miRNAがもたらす可能性のある調節回路は膨大な数となる。いくつかの研究グループから、miRNAは、初期発生と同程度に多様なプロセスReinhart2000、細胞増殖及び細胞死Brennecke2003、アポトーシス及び脂質代謝Xu2003において、主要な制御因子として機能する可能性があるという根拠が示されている。microRNAは、免疫応答、細胞周期調節、代謝、ウイルス複製、幹細胞分化、及びヒト発生を含む多数の生物学的プロセスにおいて、不可欠な役割を担っていることが示されている。多くのmicroRNAは、複数の種にわたって保存されており、重要な生物学的経路の調節因子としてのこれらの分子の進化上の重要性が示されている。一方で、microRNAの発現又は機能は、癌、心不全、及びウイルス感染などを含む多くの病態で大きく変化している。miRNAを用いた薬剤によるヒト疾患の標的経路は、強力な新しい治療方法の可能性を意味する。逆方向RNA合成方法は、これらのRNAの合成において、細胞内環境でのこれらのRNAの安定性を高めるための修飾を行い、また、取り込みと治療展開のためのリガンド又は輸送剤の組み込みを行う可能性を提供する。RNAi合成への逆方向RNA合成の利用RNA干渉RNAiによる遺伝子発現のサイレンシングは、選択的遺伝子阻害、及び様々な生化学的、薬理学的プロセスの制御及び管理への利用の可能性をもたらす方法として研究が進んできた。初期の研究では、CaenorhabditiselegansにおけるRNA干渉は、21及び22ヌクレオチドのRNA配列によってもたらされることが示されているFireetalNature3918068111998を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。これは、さらに、小分子の二本鎖RNAによる遺伝子発現の特異的阻害が21及び22ヌクレオチドのRNAによってもたらされるという一般的現象として確認されたGenesDev151882002001を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。その後、上記研究は多くの研究により確認され、RNAiは、選択的で特異性の高い遺伝子阻害及び制御の強力なツールとして確立されたNishikuraKCell1074154182001;NykanenAetalCell1073093212001;TuschlTNatBiotechnol204464482002;MittalVNatureRev53553652004;ProcNatlAcadSciUSA99604760522002;DonzeOPicardDNuclAcidsRes30e462002;SuiGetalProcNatlAcadSciUSA99551555202002;及びPaddisonPJetalGenesDev169489592002を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。天然の二本鎖dsRNA配列に限らず、siRNAの作用のために2’-デオキシ-2’-フルオロ-β-D-アラビノ核酸FANAを配列に導入して化学修飾したRNAも、哺乳類細胞内で同様又はより高いRNA干渉を引き起こすことが示されているDowlerTetalNuclAcidsRes34166916752006を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。siRNAの特性を向上するため、骨格化学の変化、2’-糖修飾、及び核酸塩基修飾などを含むその他の様々な修飾が研究され、そのうちのいくつかは最近レビューされているNawrotBandSipaKCurrTopMedChem69139252006;及びManoharanMCurrOpinChemBiol85705792004を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。siRNAのPS修飾は耐用性が高いが、毒性の増加や多少の効率の低下が一部の報告で指摘されているHarborthJAntisenseNucleicAcidDrugDev13831052003を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。また、2’-O-メチル修飾も挙げられるが、A形RNA様らせんを維持しており、配列内のこのような修飾の数により、siRNA活性を保持又は低下させることが示されているChiuYLRanaTMRNA9103410482003を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。また、センス鎖において、siRNA活性を失わずに、配列の広範囲な2’-O-メチル修飾が可能であることも示されているKraynackBABakerBFRNA12163176200を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。担体及び結合基担体物質本明細書の構造式において、Qで表すは、非膨潤性の固体担体である。担体物質は、固体、液体、又はゲルの形態があり得る。結合基は、ヌクレオシドを担体に連結するカルボニルなどの部分であり、適した結合基は以下の項に記載する。担体物質Qは、a結合基と、切断されてヒドロキシ基を形成しうる、例えばスクシニル、ヒドロキノリル、オキサリルなどのスペーサーとからなる担体、又は、b脂肪族鎖、芳香族基、置換若しくは非置換芳香族、置換若しくは非置換フェノキシ、又はレブリニルである。また、不可逆性のリンカーも用いることができる。結合基及びスペーサーは、ヌクレオシドを担体に連結するカルボニルなどの部分であり、適した結合基は以下の項に記載する。最もよく用いられる2つの固相物質は、細孔制御ガラスCPGとマクロ多孔性ポリスチレンMPPSである。CPGは、通常、その孔径で定義される。オリゴヌクレオチドの化学的性質では、500Å、1000Å、1500Å、2000Å及び3000Åの孔径が、それぞれ、約50-mer、80-mer、100-mer、150-mer及び200-merのオリゴヌクレオチドの調製に用いることができる。さらなる処理に適した天然のCPGを作製するには、材料の表面を3-アミノプロピルトリエトキシシランで処理し、アミノプロピルCPGを得ることができる。アミノプロピルのアームをさらに伸長させて、長鎖アミノアルキルLCAACPGを得ることもできる。該アミノ基は、その後、オリゴヌクレオチド合成に適したリンカーの基準点として用いることができる。オリゴヌクレオチド合成に適したMPPSは、低膨潤性で、高度に架橋されたポリスチレンであり、ジビニルベンゼンmin60、スチレン、及び4-クロロメチルスチレンを孔形成剤の存在下で重合させることで得られる。得られたマクロ多孔性クロロメチルMPPSは、アミノメチルMPPSに変換される。担体物質をオリゴヌクレオチド合成に適したものにするため、非ヌクレオシドリンカー汎用担体又はヌクレオシドスクシネートを、常法により、固体担体物質中で共有結合によって反応性アミノ基に付加する。残った未反応のアミノ基は、無水酢酸でキャップされる。例えば、合成は、非ヌクレオシドリンカーが担体物質に付加した汎用担体から開始する。5’-末端ヌクレオシド残基のそれぞれのホスホルアミダイトは、標準的手順によるオリゴヌクレオチド鎖構築の1回目の合成サイクルで、汎用担体に結合される。その後、鎖構築を完了するまで継続し、続いて、担体が結合したオリゴヌクレオチドが脱保護される。汎用固体担体の特性は、オリゴヌクレオチドの放出が5’-末端ヌクレオチド残基の5’-Oを汎用リンカーに付加するP-O結合の加水分解により起こることである。この方法の重要な利点は、合成するオリゴヌクレオチドの配列に関わらず、同じ担体が使える点である。また、5’-末端ヌクレオチド残基の5’-ヒドロキシ基は、最も多くの場合、5’-O-スクシニルアームを介して担体に付加している。オリゴヌクレオチド鎖構築は、5’-末端から2番目のヌクレオチド残基のそれぞれのホスホルアミダイト構成要素のカップリングから開始する。ヌクレオシド担体上で合成されたオリゴヌクレオチドの5’-末端ヒドロキシ基は、汎用担体に適用される条件よりも幾分緩和された条件で、脱保護される。別の結合基としては、ヒドロキノンスペーサーであるQ-担体が含まれ、スクシニル担体と比べて簡便に切断されるUniversityTechnologiesInternationalLPPublicationRTPonandSYYuTetrahedronLett19973833273330を参照;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。構造式は:担体-NH-C=O-CH2-C6H4-CH2-C=O-O-5’-ヌクレオシドであり、以下の構造式で表される:オリゴヌクレオチド合成のための固体担体現在、オリゴヌクレオチド合成に用いることができる担体は、非常に様々なものがあり、異なるタイプのオリゴヌクレオチドに採用するものを選択することができる。重要な担体技術及び説明の一部を以下の項に記載する。RichardTPonCurrentProtocolsinNucleicAcidChemistryUnit31Feb2000を参照参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。担体の物理的及び化学的特性、並びにオリゴヌクレオチド合成の様々な化学的性質に対する適合性は、このマニュアルに記載されている。汎用担体は、オリゴヌクレオチドでの重要な利用が見出されている。IsisPharmaceuticalsが開発したUnyLinker技術は、個々のDNA又はRNA塩基の誘導体化に比べて、単一分子を用いたオリゴヌクレオチドの合成が可能である。Unylinker分子の切断は穏やかに行われ、3’-末端ヌクレオシド上のフリーな3’-末端ヒドロキシル基を組み込む。本発明は、このUnylinker分子を、本発明者らの5’-→3’-オリゴヌクレオチド合成プロセスのオリゴヌクレオチドの5’-末端に導入することを提案した。固相オリゴヌクレオチド合成の後、汎用担体は簡便に取り除かれ、フリーな5’-末端ヒドロキシ基を生成する。IsisPharmaceuticaltechnologyは、3’-→5’-オリゴヌクレオチド合成の実施に対して、この分子の知的財産権を有しており、下記の特許に含まれている;参照によりその全体が本明細書に取り込まれる:2003年11月13日に提出された米国特許出願第60/520.179号DVCM0009US.L名称:Supportsforoligomersynthesis;2003年12月16日に提出された米国特許出願第60/530.477号DVCM0010US.L名称:Supportsforoligomersynthesis。この汎用担体技術に関するIsisPharmaceuticalの研究者らによる後続の公表文献が報告されている。ある汎用担体が、AMChemicals,LLCによって述べられている。同社では、様々なリガンド、官能基を3’-末端に導入することができる、変換可能な固体担体について述べている。本発明では、この固体担体を、本発明者らの5’-位での官能基化のプロセスに用いることを提案した。汎用担体について示したAMChemicals,LLCの文献では、3’-→5’-方向のオリゴヌクレオチド合成に関する適用の詳細について述べられている:AconformationallyPreorganizedUniversalSupportforEfficientOligonucleotideSynthesisAndrePGuzaevMuthiahManoharanJAmChemSoc200312523802381参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。NittoPhaseR日東電工テクニカルコーポレーションの登録商標。NittoPhaseR担体は、治療用途レベルのDNA及びRNAの合成に利用できる可能性が実証されている。NittoPhaseR担体は、日東電工テクニカルコーポレーションの完全所有子会社であるKinovateLifeSciencesが販売している。この担体は、本発明者らのプロセス及び発明において、ヌクレオシドの5’-位付加の担体として用いることができる。本発明者らの優れた逆方向RNA合成プロセスとこの担体を組み合わせることで、高品質のオリゴヌクレオチドの合成が期待される。PrimeSynthesisInc.は、細孔制御ガラスCPGのビーズ表面への付加に関して、様々なリンカー/スペーサーのCPGの利用について報告しているPrimeSynthesisInc.のウェブサイトを参照。GEGeneralElectricの一部門であるGEHealthCareは、PrimerSupport200として知られる、オリゴヌクレオチド合成のためのカスタム担体について述べているapczechczpdfdfprimersupportpdf。この担体は、DNA合成、RNA合成、オリゴヌクレオチド合成及びオリゴヌクレオチド鎖伸長におけるカスタム塩基付加、フルオレセイン、ダブシル、リン酸-オン試薬などの様々な発色団のラべリングに適していることが、GEHealthCareによって示されている。PrimerSupportは、20~250umole/gレベルから処理される。しかし、本発明者らが知る限りでは、5’-→3’方向RNA合成は知られていないか、又は提案されていない。以下の化合物は、本発明の化合物ではない:合成スキームの詳細をスキーム1に示す:式中、B=aAN-Bz、bCN-Bz、cCN-Ac、dGN-iBu;eAN-tBPac、fCN-tBPac、gGN-tBPac、hAN-Pac、iCN-Pac、jGN-Pac、kU。2’,3’-イソプロピリデン官能基を用いて、n-保護リボヌクレオシドのリボースの2’,3’ヒドロキシル基を保護する。スキーム1には、複数の好適なn-保護基が示されている。続いて、5’-ヒドロキシル基を、好適にはベンゾイル基で保護し、一般構造21の化合物を得る。その後、イソプロピリデン基を、当技術分野で公知の緩和な酸性条件下で、選択的に取り除く。この工程により、一般式22の化合物を得る。続いて、TBDMシリルクロリドtert-ブチルジメチルシリルクロリドとの反応により、一般式23のモノシリル化合物を得る。本発明者らは、このプロセスでは3’-TBDMS基、すなわち24の構造の化合物の形成は好ましくないことを観察した。ほとんどの場合、化学的及び分析的手法により23の構造であることが確認されたクリーンな生成物が観察された。精製は、上記プロセスの各工程で、結晶化又はカラムクロマトグラフィーによって行う。その後、ピリジン中、ジメトキシトリチルクロリドDMT-クロリドとの反応により、一般構造26の3’-DMT-2’-TBDMS-n-保護ヌクレオシドを得る。各化合物は、カラムクロマトグラフィーにより完全に精製した。本発明者らはTBDMS基を用いて2’-TBDMSエーテルを生成したが、この工程では他のシリルエーテルも用いることができる。水性/メタノール性NaOHの加水分解を入念に行い、フリーな5’-ヒドロキシル基を有する一般構造27の化合物を得た。水性又はメタノール性塩基を用いた5’-ベンゾイルの選択的除去は、当技術分野で公知である。化合物3’-DMT-2’-TBDMS-n-保護ヌクレオシド構造27をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製した。精製した化合物構造27は、続いて、n,n-ジイソプロピルアミノシアノエチルホスホンアミドクロリド又は2-シアノエチル,n,n,n,n-テトライソプロピルホスファンなどのリン酸化試薬でリン酸化し、対応するホスホルアミダイト構造16を生成する。n,n-ジイソプロピルアミノシアノエチルホスホンアミドクロリド又は2-シアノエチル,n,n,n,n-テトライソプロピルホスファンのリン酸化試薬は、ともにChemGenesCorp.が製造したものが市販されており、対応するホスホルアミダイトを生成するリン酸化の方法は、当技術分野で公知である。逆方向RNA合成のための高純度な3’-DMT-2’-TBDMS-ヌクレオシド-5’-ホスホルアミダイトの大規模合成。70~100gの量のホスホルアミダイトの典型的な合成を、以下の例で説明する。それぞれのホスホルアミダイト合成プロセスは、31PNMR分析で100の純度、高圧液体クロマトグラフィーHPLC分析で98を超える純度が示される。品質管理データは、別の表に示す。3’-ODMT-2’OTBDMS-7-デアザrGn-ibu-5’-OPの合成工程a:5’ODΜΤ-2’TBDMS-7-デアザrGn-ibuを、文献に記載された公知の方法により作製する。工程b:5’OΗ-2’-TBDMS-7-デアザrG-n-ibu:5’-O-DΜΤ-2’-TBDMS-7-デアザrGn-ibu;30gmを、トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液3溶液、w/v;2当量に取り、5’-位からのDMT基の選択的除去を行った。混合物を勢いよく振とうし、反応が進むと暗紫色になる透明な溶液を得た。溶液を室温でさらに10分間撹拌した。その後、反応混合物を、炭酸水素ナトリウムの10水溶液05°Cに予冷により、0°Cで反応停止し、pHを7~8に中和した。有機層を飽和食塩水で1回洗い、次に無水硫酸ナトリウムを通し、真空中で濃縮した。残渣をシリカゲル70~230メッシュ;Merck等級のカラムクロマトグラフィーで精製し、純粋な5’,3’-ジヒドロキシ-2’-TBDMS-7デアザrGn-ibuを得た;収量15gm85;tlcrf.=0.2溶媒系5:3:2:Chl:Hex:アセトン。工程c:5’-OBz-2’TBDMS-7-デアザrG-n-ibu:5’OΗ-2’-TBDMS-7-デアザrG-n-ibuを5’-位で選択的にベンゾイル化した。5’OΗ-2’-TBDMS-7-デアザrG-n-ibu15gmを無水ピリジン中10倍w/v;150mlに取り、無水条件で-10~0°Cにした。塩化ベンゾイル1.1当量、4.10mlを一度に加え、混合物を同じ温度で1.5時間撹拌した。混合物を低温のメタノールで反応停止し、真空中で溶媒を除去した。混合物をクロロホルムで抽出し、飽和炭酸水素水溶液で洗い、次に飽和食塩水で1回洗った。有機層を無水硫酸ナトリウムに通し、その後、低真空下で溶媒を除去した。残渣をエチルエーテルと酢酸エチルの混合物中で結晶化させて精製し、17gmの純粋な化合物を得た。HPLC純度99。rf.=0.5。溶媒系5:3:2:Chl:Hex:アセトン。工程d:5’-OBz-3’-ODMT-2’-TBDMS-7-デアザrGn-ibu前工程の化合物;5’-OBz-2’TBDMS-7-デアザrG-n-ibu17gを無水ピリジンで2回乾燥させ、ピリジンw/v;1:10、170mlに取り、溶液を水分から保護して0~5°Cにした。DMT-クロリド25.2g;2.5当量を溶液に加え、反応混合物を室温で24時間撹拌し、冷却したメタノールで反応停止した。溶液を真空中で蒸発させ、酢酸エチルに抽出してまとめた。有機層を飽和炭酸水素ナトリウム、次に飽和食塩水で洗い、その後、有機層を無水硫酸ナトリウムに通した。溶液を濃縮し、残渣をカラムクロマトグラフィーシリカゲル70~230メッシュ、E.Merckで精製して、9gmの純粋産物をHPLCの純度98で得るとともに、未反応の出発物質8gmも回収された。工程e:5’-;OH-3’-ODMT-2’-TBDMS-7-デアザrGn-ibu前工程で得られた化合物6.0gを、2NのNaOHのピリジン:メタノール60ml80:20溶液の管理加水分解条件のもと、5~10°Cで30分間、選択的に加水分解し、続いて反応混合物をDowex-ピリジニウムカチオン交換樹脂で中和し、その後、濾過してDowex樹脂を取り除き、粗生成物を得た。溶媒を蒸発させ、続いて残渣をカラムクロマトグラフィーで精製し、純粋な化合物を得た;収量4.0g。HPLC純度98.5、Mass及び1HNMR。工程f:3’-ODMT-2’-TBDMS-7-デアザrGn-ibu-5’-シアノエチルホスホルアミダイト:前工程で得られた化合物を無水アセトニトリルで2回、完全に脱水した。脱水した生成物を、乾留したテトラヒドロフランに加えた。続いて、ジイソプロピルエチルアミン2.0当量を、無水条件で撹拌しながら、反応混合物に加えた。反応混合物にジイソプロピル2-シアノエチルクロロ試薬1.1当量を加えた。混合物を室温で2.0時間撹拌した。粗反応混合物を飽和炭酸水素ナトリウム0°Cに冷却で反応停止し、過量の酢酸エチルで希釈した。有機層を飽和食塩水で1回洗った。有機層を無水硫酸ナトリウムに通した。溶媒を真空中で除去し、粗反応混合物をカラムクロマトグラフィーシリカゲル230~400メッシュ、E.Merck等級で精製し;精製の溶媒系;クロロホルム:酢酸エチル:トリエチルアミン=45:45:10、純粋なホスホルアミダイトを得た。HPLC純度>98。31PNMR、1HNMR、MASShnmrmassHPLC。カップリング効率の試験は、>98のカップリングを示した。3’-O-DMT-2’-TBDMS-L-rUホスホルアミダイトの合成工程a1-OAc-2,3,5-トリ-O-bz-L-リボースシリル化ウラシルの使用当技術分野で公知の1-アセチル-トリ-O-ベンゾイル-D-リボースの合成と同様の方法で、1-O-アセチル-トリ-O-ベンゾイル-L-リボースiを合成した。工程b:2’,3’,5’-トリ-O-ベンゾイル-L-ウリジンヘキサメチルジシラザンヘキサメチルジシラザン;HMDS;20当量による処理で、シリル化ウラシルを生成した。その後、シリル化ウラシルを、塩化スズIVの存在下で1-O-アセチル-トリ-O-ベンゾイル-L-リボースと融合させた触媒としてSnCl4。粗生成物を固体の炭酸水素ナトリウムで中和し、その後、アセトニトリルと濾過した。固体を取り除いた。濾液を真空中で蒸発させた。粗化合物をシリカゲルカラムE.Merck;70~230メッシュのカラムクロマトグラフィーで精製した。純粋な画分を蒸発させ、生成物の特徴をHPLC、UV及びESI/MSで調べた。工程c:2,3,5-トリ-ヒドロキシ-L-ウリジンL-ウリジン:工程bで得られた、純粋な完全に保護された中間化合物を、水性アンモニア29のピリジン溶液50:50;v/wにより、37°Cで36時間加水分解し、粗生成物を得た。粗化合物をジエチルエーテル、次に酢酸エチルで洗い、溶媒と安息香酸を除去した。その後、化合物をエタノール中で結晶化した。乾燥した純生成物の収率80。生成物をHPLC、UV及びESI/MSで分析した。工程d2’,3’-イソプロピリジン-L-rU乾燥した化合物を、蒸留したアセトン前駆物質の乾燥重量に対して6倍に加えた。触媒量のH2SO4を加えた後、混合物を室温で撹拌し、続いて2,2,ジメトキシプロパンL-rUに対して4当量を加え、さらにアセトンで希釈し、1時間撹拌した。その後、炭酸ナトリウムを反応混合物に加え、pHを中性にした。混合物を濾過して固体を除去し、濾液を真空中で濃縮した。粗生成の2’,3’イソプロピリデン-LrUをカラムクロマトグラフィーシリカゲル70~230メッシュサイズで精製し、純粋な化合物を得た。溶媒系;CHCl3:MeOH90:10、収率85。生成物の特徴をUV、JPLC及びESI/MSで調べた。Tlc;CHCl3:MeOH9:1;rf.0.45;純度、乾燥化合物の>98。工程e5’-O-Bz-2’,3’-イソプロピリジン-L-rU:工程dで得られた生成物を無水ピリジン10倍に入れ、塩化ベンゾイル1.1当量を0~5°Cで加え、反応混合物を0~5°Cで1.5時間撹拌した。反応混合物を低温のメタノールで反応停止した後、粗反応混合物をまとめ、溶媒を除去した。その後、粗反応生成物をカラムクロマトグラフィーで精製した;溶媒系Chl:ヘキサン:アセトン=50:30:20。純粋な乾燥生成物の特徴をUV、HPLC及びESI/MSで調べた。収率;80。工程f5’-O-Bz-L-rU前工程で得られた生成物をジオキサン純粋な乾燥固体に対して5倍に入れ、2NのHCl5倍V;Vを加えた。混合物を室温で一晩撹拌した。混合物を、固体の炭酸水素ナトリウムによって、0°CでpHが中性になるまで加えて反応停止した。溶媒を濾過し、濾液を蒸発乾固させた。残渣をアセトニトリル中で結晶化し、純粋な生成物を乾燥させて、UV、HPLC及びESI/MSで特徴を調べた。収率75。工程g5’-O-Bz-2’-TBDMS-L-rU:前記生成物を無水テトラヒドロフラン10倍w/vに入れ、撹拌しながら乾燥条件で硝酸銀/ピリジン複合体を加え、次にTBDMS-クロリド1.1当量を加えた。反応混合物を室温で8時間撹拌した。粗生成のTLCでは、2つの大きなスポットが形成された。反応混合物を100倍の過量の酢酸エチルで希釈した。有機層を飽和重炭酸塩、次に飽和食塩水で洗った。有機層を、無水硫酸ナトリウムを通して濾過した。その後、有機層を蒸発乾固させ、残渣をカラムクロマトグラフィーで精製した。純物質のバンドについて、UV、HPLC、1HNMR及びESI/MSで特徴を調べた。所望の2’-異性体の収率は約55。工程h5’-O-Bz-2’-TBDMS-3’-O-DMT-L-rU十分に乾燥させた前記工程の化合物を無水ピリジン10倍;w/vに入れ、溶液にDMT-クロリドDMTクロリド;2.5当量を加えた。反応混合物を24時間撹拌し、粗生成物を得た。冷却したメタノール反応に用いたDMT-クロリドに対して2当量で反応を停止した。その後、粗混合物を真空中で濃縮し、残渣をカラムクロマトグラフィーシリカゲル;230~400メッシュ、Merck等級で精製した。純物質の画分をまとめ、濃縮し、得られた生成物の特徴をUV、HPLC、1HNMR及びESI/MSにより調べた。収率;85。工程i5’-OΗ-2’-TBDMS-3’-O-DMT-L-rU前記工程で得られた純生成物をピリジン/メタノール50:50V;V中に入れ、2NNaOHを用いて、5°Cで30分間処理し、その間、pHは12.5~13に維持した。30分後、反応混合物にDowex-ピリジニウムカチオン交換樹脂を加えて中和し、粗生成物を得た。粗化合物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製したシリカゲル230~400メッシュ、E.Merck等級。純物質の画分をまとめ、溶媒を除去した。乾燥させた生成物を、HPLC、UV、1-HNMR及びESI/MSで分析し、特徴を調べた。収率;90。工程j3’-O-DMT-2’-TBDMS-L-rU-5’-シアノエチルホスホルアミダイト純粋な乾燥生成物を、THF中、n,n-ジイソプロピル-2-シアノエチルクロロ試薬1.1当量のジイソプロピルエチルアミン溶液2当量で、1.5時間、室温で反応させてホスフィチル化した。粗反応物は一般的方法で行い、続いてカラムクロマトグラフィーにより純生成物を得た。生成物を、UV、HPLC、1HNMR、ESI/MS及び31PNMRで分析し、特徴を調べた。オリゴヌクレオチド1の合成:オリゴヌクレオチド1は、5’→3’方向のREV-RNAホスホルアミダイト化学作用を用いて、1μmolスケールで合成した。合成は、Expedite8900合成装置により、標準的なRNA1μmolサイクル、及びモノマーと固体担体のカップリング時間4.0分で行った。用いたアミダイト用いた活性化剤の表を参照:1N6-ベンゾイル-2’-O-TBDMS-3’-O-DMT-アデノシン-5’-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル-ホスホルアミダイトA-N-Bz、LOTAL300-22N4-アセチル-2’-O-TBDMS-3’-O-DMT-シチジン-5’-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル-ホスホルアミダイトC-N-Ac、LOTNS143-193N2-イソブトリル-2’-O-TBDMS-3’-O-DMT-グアノシン-5’-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル-ホスホルアミダイトG-N-Ibu、LOTNS42-1942’-O-TBDMS-3’-O-DMT-ウリジン-5’-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル-ホスホルアミダイト、LOTNS147-19用いた製品:52’-O-TBDMS-3’-O-DMT-ウリジン-5’-スクシニルCPG1000A、トリチル値;28.4um/gm、LOTNS24-196DDTTジメチルアミノ-メチリデンアミノ-3H-1,2,4-ジチアゾリン-3-チオン、LOTAGO157エチルチオテトラゾールETT;0.25M、LOTDP152-41.0umolホスホジエステル及びホスホロチオエートに関する一般的手順:上述したアミダイト固体は、それぞれ、20mLの促進ボトルexpeditebottleに入れ、無水アセトニトリルに溶解して0.075Mの溶液を作る。ボトルはアルゴンで洗い、ねじ蓋で密閉したのち素早く振とうし、固体を完全に溶解させる。G-N-Ibuの無水アセトニトリルへの溶解度は限られているため、G-N-Ibuを50無水ジクロロメタンに溶解し、続いて無水アセトニトリルを加え、50:50のジクロロメタン:アセトニトリル溶液を作製する。モノマー溶液のボトルは、以下のように合成装置に回して取り付ける:アミダイトNo.1をポート番号6;アミダイトNo.2をポート番号7;アミダイトNo.3をポート番号8;アミダイトNo.4をポート番号9。また、製品番号5を入れた1.0umの促進カラムexpeditecolumnを用意し、合成装置に取り付けた。表に示す主要な特徴の概要に従って合成を完了した後、細孔制御ガラスCPG固体担体を3.0mlのジエチルエーテルで洗い、2mlのマイクロチューブに移した。オリゴヌクレオチド1は、1mlの40メチルアミン水溶液中で、30分間、65°Cでインキュベートすることで、CPGから切断し、脱保護を行った。上清を取り除き、CPGを1mlの水で洗った;上清はまとめて乾燥させた。t-ブチル-ジメチルシリル保護基は、新鮮な12.0のフッ化テトラエチルアンモニウムのDMSO溶液500ulにより、45°Cの超音波浴で1時間処理することで、RNA残渣から取り除いた。オリゴヌクレオチド1は、1.5mlのn-ブタノールに沈殿させた;試料を-20°Cで1時間冷却し、その後、10,000gで10分間遠心分離を行った。上清をデカントし、ペレットをn-ブタノールでもう1回洗い、最後に500ulのエタノールで洗い、再度、10000rpmで5分間遠心分離を行い、上清をデカントした。ペレットを1000ulのMQ水に溶解し、ODを調べた粗脱塩。その後、イオン交換HPLCにより、バッファーA=10.0、0.5Mトリス及び10.0ACN、pH7.5とバッファーBバッファーAに1.0M塩化リチウムを加えたものの直線濃度勾配を用いて、オリゴヌクレオチド1を精製した。試料全量をSource15Qカラム1.0cmx25cmに充填し、5~75のアセトニトリルの直線濃度勾配を用いて、40分で溶離させた。試料は260nmで測定し、所望のオリゴヌクレオチド種に対応するピークを回収し、2LiClO4のアセトン溶液を5.0ボリューム加えて沈殿させ、10,000gで10分間遠心分離した。上清をデカントし、ペレットはエタノールで洗った。オリゴヌクレオチド2:オリゴヌクレオチド2は、5’→3’方向のREV-RNAホスホルアミダイト化学作用を用いて、1μmolスケールで合成した。合成は、Expedite8900合成装置により、標準的なRNA1μmolサイクル、及びモノマーと固体担体のカップリング時間4.0分で行った。用いたアミダイト用いた活性化剤の表を参照:1.N6-ベンゾイル-2’-O-TBDMS-3’-O-DMT-アデノシン-5’-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル-ホスホルアミダイトrA、LOTAL300-22.N4-アセチル-2’-O-TBDMS-3’-O-DMT-シチジン-5’-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル-ホスホルアミダイトrC、LOTNS143-193.N2-イソブトリル-2’-O-TBDMS-3’-O-DMT-グアノシン-5’-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル-ホスホルアミダイトrG、LOTNS42-194.2’-O-TBDMS-3’-O-DMT-ウリジン-5’-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル-ホスホルアミダイトrU、LOTNS147-195.N6-ベンゾイル-2’-O-Me-3’-O-DMT-アデノシン-5’-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル-ホスホルアミダイト、LOT133-8SS6.2’-O-TBDMS-3’-O-DMT-ウリジン-5’-スクシニルCPG1000ArU、TV-8.4um/gm、LOTNS24-197.エチルチオテトラゾールETT;0.25M、LOTDP152-4上述したアミダイト固体は、それぞれ、20mLの促進ボトルexpeditebottleに入れ、無水アセトニトリルに溶解して0.075Mの溶液を作る。G-N-Ibuの無水アセトニトリルへの溶解度は限られているため、G-N-Ibuを50無水ジクロロメタンに溶解し、続いて無水アセトニトリルを加え、50:50のジクロロメタン:アセトニトリル溶液を作製する。モノマー溶液のボトルは、以下のように合成装置に回して取り付ける:アミダイトNo.1をポート番号6;アミダイトNo.2をポート番号7;アミダイトNo.3をポート番号8;アミダイトNo.4をポート番号9;アミダイトNo.5をポート番号5。また、製品番号6を入れた1.0umの促進カラムexpeditecolumnを用意し、合成装置に取り付けた。オリゴヌクレオチド2では、硫化試薬のジメチルアミノ-メチリデンアミノ-3H-1,2,4-ジチアノゾリン-3-チオンDDTTをピリジン:アセトニトリル90:10に溶解し、0.1Mの溶液を作製した。この試薬は、合成装置の補助ポートに置いた。合成の後、細孔制御ガラスCPG固体担体を3.0mlのジエチルエーテルで洗い、2mlのマイクロチューブに移した。オリゴヌクレオチドは、1mlの40メチルアミン水溶液中で、30分間、65°Cでインキュベートすることで、CPGから切断し、脱保護を行った。上清を取り除き、CPGを1mlの水で洗った;上清はまとめて乾燥させた。t-ブチル-ジメチルシリル保護基は、新鮮な12.0のフッ化テトラエチルアンモニウムのDMSO溶液500uLにより、45°Cの超音波浴で1時間処理することで、RNA残渣から取り除いた。オリゴヌクレオチドは、1.5mlのn-ブタノールに沈殿させた;試料を-20°Cで1時間冷却し、その後、10,000gで10分間遠心分離を行った。上清をデカントし、ペレットをn-ブタノールでもう1回洗い、500ulのエタノールで洗い、10000rpmで5分間遠心分離を行った。遠心分離後、上清をデカントした。ペレットは1000ulのMQ水に溶解し、ODを調べた粗脱塩。オリゴヌクレオチドは、その後、イオン交換HPLCにより、バッファーA=10.0、0.5Mトリス及び10.0ACN、pH7.5とバッファーBバッファーAに1.0M塩化リチウムを加えたものの直線濃度勾配を用いて精製した。試料全量をSource15Qカラム1.0cmx25cmに充填し、15~95の直線濃度勾配を用いて、40分で溶離させた。試料は260nmで測定し、所望のオリゴヌクレオチド種に対応するピークを回収し、2LiClO4のアセトン溶液を5.0ボリューム加えて沈殿させ、10,000gで10分間遠心分離した。上清をデカントし、ペレットはエタノールで洗った。逆方向合成方法により合成したオリゴヌクレオチドの配列逆方向RNA方法により合成した76merホスホジエステルREV-ホスホジエステル76merホスホジエステルREV-ホスホジエステル-OLIGO-76merrGrCrCrCrGrGrArUrArGrCrUrCrArGrUrCrGrGrUrArGrArGrCrArUrCrArGrArCrUrUrUrUrUrArUrCrUrGrArGrGrGrUrCrCrArGrGrGrUrUrCrArArGrUrCrCrCrUrGrUrUrCrGrGrGrCrGrCrCrA配列番号4は、カップリング時間6分で合成された。従来法3’→5’と逆方向RNA合成方法5’→3’方向の両方により合成された76merを比較するため、Page分析を行った。分析結果のゲルでは、従来法により合成した76merに比べて、逆方向RNA合成方法により合成した76merは、欠失配列例えば、75mer、74merなどが少ないことが示された。大規模オリゴヌクレオチド合成:末端に2’-O-メチル塩基配列番号2を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの12umolスケールの合成を行った。次のデータが得られているaトリチルのヒストグラム;b合成された粗生成オリゴのCEキャピラリーゲル電気泳動;c精製したオリゴヌクレオチドのCE及びHPLC;d分子量決定のためのESI-MS分析。一般的手法12.0umolのホスホロチオエートオリゴヌクレオチド:オリゴヌクレオチド1及び2に関する上記のものと同様にして、アミダイト及び製品を準備し、Expedite8900合成装置による合成を行った。スケール、モノマー、カップリング時間、活性化剤、DDTT/ヨード試薬について、下記の表に記載する。カップリング時間4分及び6分でのオリゴ合成の表表に示す主要な特徴の概要に従って合成を完了した後、細孔制御ガラスCPG固体担体を15mlのジエチルエーテルで洗い、8x2mlのマイクロチューブに移した。オリゴヌクレオチドは、1mlの40メチルアミン水溶液中で、30分間、65°Cでインキュベートすることで、CPGから切断し、脱保護を行った。上清を取り除き、CPGを1mlの水で洗った;上清はまとめて乾燥させた。t-ブチル-ジメチルシリル保護基は、新鮮な12.0のフッ化テトラエチルアンモニウムのDMSO溶液500ulにより、45°Cの超音波浴で1時間処理することで、RNA残渣から取り除いた。オリゴヌクレオチドを1.5mlのn-ブタノールに沈殿させた;試料を-20°Cで1時間冷却し、その後、10,000gで10分間遠心分離を行った。上清をデカントし、ペレットをn-ブタノールでもう1回洗い、最後に500ulのエタノールで洗い、再度、10000rpmで5分間遠心分離を行い、上清をデカントした。ペレットを1000ulのMQ水に溶解し、OD’sを調べた粗脱塩。上記で得られた粗生成RNAの純度は、HPLC又はCE分析により、90~92の範囲であった。続いてイオン交換又は逆相HPLCによる精製を行う。精製の結果、RNAの純度は92~98となる。精製の詳細オリゴヌクレオチドは、その後、イオン交換HPLCにより、バッファーA10.0、0.5Mトリス及び10.0ACN、pH7.5とバッファーBバッファーAに1.0M塩化リチウムを加えたものの直線濃度勾配を用いて精製した。試料全量をSource15Qカラム1.0cmx25cmに充填し、60~100のバッファーBの直線濃度勾配を用いて、40分間で溶離させた。試料は260nmで測定し、所望のオリゴヌクレオチドピークに対応するピークを回収し、2LiClO4のアセトン溶液を5.0ボリューム加えて沈殿させ、10,000gで10分間遠心分離した。上清をデカントし、ペレットはエタノールで洗った。収率:343.0OD260nm;純度CE分析;98.01。配列表:略記:mA;2’-Oメチル-r-アデノシン;rC;r-シチジン;rGr-グアノシン;rUr-ウリジンREV-RNA-Me-配列メトキシあり配列:rUmrArCrCrArGrCrUrCrUrArCrArUrArCrGrArCrAmrA配列番号1REV-RNA-Me-THIO-カップリング時間4分配列:rU-psmrA-psrC-psrC-psrA-psrG-psrC-psrU-psrC-psrU-psrA-psrC-psrA-psrU-psrA-psrC-psrG-psrA-psrC-psrA-psmrA-ps配列番号2REV-RNA-カップリング時間4分メトキシなし配列:rUrArCrCrArGrCrUrCrUrArCrArUrArCrGrArCrArC配列番号376MER配列:rGrCrCrCrGrGrArUrArGrCrUrCrArGrUrCrGrGrUrArGrArGrCrArUrCrArGrArCrUrUrUrUrUrArUrCrUrGrArGrGrGrUrCrCrArGrGrGrUrUrCrArArGrUrCrCrCrUrGrUrUrCrGrGrGrCrGrCrCrA配列番号4本発明は、例示的実施形態を参照して具体的に記載及び説明されているが、当業者においては、添付の特許請求の範囲に包含される本発明の範囲から逸脱することなく、形態や詳細の様々な変更を行い得ることが理解されよう。"