"撮像情報を取得するためのシステムであって、赤外線放射を生成するための赤外線出力装置と、撮像される試料の少なくとも部分を透過するための、前記試料から反射した又は前記試料を透過した前記赤外線放射を受け、拡大するための赤外線拡大器と、前記反射した又は透過した赤外線放射を受け、かつ、前記反射した又は透過した赤外線放射を拡大し、合焦させるための拡大及び合焦装置と、前記拡大及び合焦された赤外線放射を受け、分析のために処理装置に送るための赤外線検知装置と、を含むことを特徴とするシステム。前記赤外線出力装置は、コヒーレント光源レーザであることを特徴とする、請求項1に記載のシステム。前記レーザは、前記赤外線スペクトルにわたって波長によって徐々に可変であることを特徴とする、請求項2に記載のシステム。前記レーザは、和周波数生成又は差周波数生成により波長可変赤外線レーザ照射を生成する線形又は非線形の光学装置であることを特徴とする、請求項2に記載のシステム。前記レーザは、量子カスケードレーザであることを特徴とする、請求項2に記載のシステム。前記赤外線出力装置により生成される前記赤外線放射は、約5乃至10μmの少なくとも1つの離散波長における照射であることを特徴とする、請求項1に記載のシステム。前記赤外線拡大器は、カセグレン式源であることを特徴とする、請求項1に記載のシステム。前記拡大及び合焦装置は、カセグレン式対物レンズであることを特徴とする請求項1に記載のシステム。前記赤外線拡大器により拡大された前記赤外線放射を前記拡大及び合焦装置に再指向させるための再指向機構をさらに含むことを特徴とする、請求項1に記載のシステム。前記再指向機構は赤外線反射器であることを特徴とする、請求項9に記載のシステム。前記赤外線検知機構は、マイクロボロメータアレイ検知器であることを特徴とする、請求項1に記載のシステム。撮像情報を取得するためのシステムであって、赤外線放射を生成するための赤外線出力装置と、撮像される試料の少なくとも一部分を透過するための、前記試料から反射した又は前記試料を透過した前記赤外線放射を受け、拡大するための赤外線拡大器と、前記反射した又は透過した赤外線放射を受け、かつ、前記反射した又は透過した赤外線放射を拡大し、合焦させるための拡大及び合焦装置と、前記拡大され及び合焦された赤外線放射を受け、分析のために処理装置に伝送するための赤外線検知装置と、を含む赤外線撮像サブシステムと、前記撮像される試料の部分に対応するデータを前記赤外線検知装置から受信し、かつ、前記撮像される試料の前記組成の分析のために前記データを処理するよう構成された処理装置と、を含む制御サブシステムと、を含むことを特徴とするシステム。可視光発光源と、前記撮像される試料の少なくとも部分を透過させるための、前記試料から反射した又は前記試料を透過した可視光の出力を前記可視光発光源から受け、これを拡大するための可視光拡大器と、前記反射した又は透過した可視光を合焦させるためのレンズと、前記反射した又は透過した可視光出力を受けるための可視光検知装置と、を含む二次検知サブシステムをさらに含むことを特徴とする、請求項12に記載のシステム。前記可視光発光源は発光ダイオードであることを特徴とする、請求項13に記載のシステム。可視光出力を受け、拡大するための前記拡大器はカセグレン対物レンズであることを特徴とする、請求項13に記載のシステム。前記反射した又は透過した可視光を拡大するための拡大器をさらに含むことを特徴とする、請求項13に記載のシステム。前記反射した又は透過した可視光を拡大するための前記拡大器は、可視光対物レンズであることを特徴とする、請求項16に記載のシステム。前記可視光検知装置は電荷結合素子を含むことを特徴とする、請求項13に記載のシステム。前記制御サブシステムは、前記処理装置に動作可能に結合された運動制御装置をさらに含み、前記運動制御装置は、前記赤外線撮像サブシステムを前記撮像される試料に対して移動させるように構成されることを特徴とする、請求項13に記載のシステム。撮像情報を得るための方法であって、赤外線放射を赤外線出力装置から赤外線拡大器に送るステップと、前記赤外線拡大器が、前記赤外線放射を拡大し、前記照射を撮像される試料に送るステップと、拡大及び合焦装置が、前記拡大された放射を拡大し、これを合焦させ、前記拡大され、合焦された放射を送るステップと、を含み、前記赤外線放射は前記試料から反射されるか又は前記試料を透過し、前記反射した又は透過した放射を合焦装置に送出するステップと、前記放射を合焦させるステップと、前記合焦した照射を検知器に送り、前記撮像される試料に対応するデータ出力を生成するステップと、プロセッサが、前記受信したデータに基づいて、前記撮像された試料を評価するステップと、をさらに含むことを特徴とする方法。本出願は、2009年5月29日の国際出願日を有するMETHODOFRECONSTITUTINGCELLULARSPECTRAUSEFULFORDETECTINGCELLULARDISORDERSと題する特許協力条約PCT特許出願第PCT/US2009/045681号に基づいた、2010年11月24日に出願されたMETHODOFRECONSTITUTINGCELLULARSPECTRAUSEFULFORDETECTINGCELLULARDISORDERSと題する、本出願人の同時係属中の米国特許出願第12/994,647号にも関連し、2008年5月29日に出願されたMETHODOFRECONSTITUTINGCELLULARSPECTRAFROMMAPPINGDATAと題する米国特許出願第61/056,955号に対する優先権を主張し、さらに、2010年6月25日に出願されたDIGITALSTAININGOFHISTOPATHOLOGICALSPECIMENSVIASPECTRALHISTOPATHOLOGYと題する米国仮特許出願第61/358,606号に関連する。本明細書で述べられる全ての刊行物、特許出願、特許及び他の参考文献は、その全体が引用により組み入れられる。相反する場合、定義を含む本明細書が基準となる。さらに、材料、方法及び例は、単なる説明のためのものであり、制限することを意図するものではない。別段の定めがない限り、本明細書で用いられる全ての技術的及び科学的用語は、本発明の態様が属する技術分野の当業者が一般的に理解するのと同じ意味を有する。本明細書で述べられるものと類似又は同等の方法及び材料を、本発明の実施又は試験に用いることができるが、好適な例示的方法及び材料を以下に説明する。特に、本発明の態様は、医療診断についての赤外線顕微鏡データの迅速な収集のために利用可能な器具、特徴及びシステムを説明し、これらを用いて、古典的な細胞病理学方法を用いて異常を診断できる前に、細胞における異常を検知することができる。定義便宜上、明細書、実施例及び添付の特許請求の範囲に用いられる特定の用語がここに集められる。本明細書における群又は用語に与えられた初期の定義は、特に示されない限り、個々の群又は用語に、又は別の群の部分として本明細書に適用される。冠詞1つのa及び1つのanは、本明細書においては、その冠詞の文法的目的語の1つ又は1つより多くすなわち、少なくとも1つのを指すために用いられる。例として、1つの要素は、1つの要素又は1つより多い要素を意味する。用語又はは、本明細書においては、文脈上明らかに他のことを示さない限り、用語及び/又はを意味するように用いられ、これと変換可能に用いられる。用語約は、本明細書においては、所定の数値の-又は20の値を意味するよう用いられる。従って、約60は60-20から6020までの値すなわち48から72までを意味する。用語実質的に同じは、本明細書においては、2つの比較対象が、共通の特徴の少なくとも90を共有することを意味するよう用いられる。特定の例においては、共通の特徴は少なくとも95とすることができる。他の特定の例においては、共通の特徴は少なくとも99とすることができる。用語強度は、本明細書においては、吸光率、透過率、反射吸光強度透過反射率等の測定値を含む、広義の通常の意味に従って用いられる。用語異常は、良性疾患、ウイルス疾患又はがんをもたらし得る疾患を有する細胞を指す。異常細胞は、正常細胞とは異なるように検出可能であるスペクトルから判断されたスペクトル及び基準を有し得る。これらの異常細胞は、形態学的に正常又は非病変に見えるが、疾患を発現させる傾向がある。正常細胞は、疾患を持たず、かつ対照細胞として使用することができる。正常細胞は、疾患を持たないか又は疾患が発現しない被験者から試料採取することができる。用語上皮細胞は、これらに限定されるものではないが、扁平、柱状又は立方形であり得る内皮細胞、中皮細胞、及び尿路上皮細胞を含む、器官の内側を覆う全ての細胞を含む。用語剥離細胞は、自然過程により又は物理的操作により組織表面から擦り落ちた、除去された、分離された、又は落ちた細胞を指す。剥離細胞を収集する例示的な方法は、これらに限定されるものではないが、口腔又は膀胱擦過子宮頸部へら又はブラシを使用、婦人科の診察、尿のろ過などを含む。本開示全体を通して使用されるときに、用語スペクトル細胞病理学SCPは、特に断らない限り、個々に複数の細胞の中間赤外線スペクトルデータを取得し、かつ正常から良性疾患、ウイルスが感染した状態、又は前がん状態、又はがん状態への移行中の細胞の組成変化を判断するために得られたスペクトルを分析するためにマイクロ分光計を使用する方法を意味するものとする。スペクトルによる組織切片の分析は、スペクトル組織病理学SHPと呼ばれる。本明細書で開示されるQCLベースの赤外線マイクロ分光計QCLIRMSは、大気温度におけるIR検知を実質的に改善し、SCP及びSHPに対するスペクトルデータセットの取得を加速し、それにより、とりわけ赤外線ベースの医療診断及び予後予測の速度、実用性及び一般的適用性を改善するために用いることができる。用語扁平、柱状及び立方形は、単純又は重層、角化又は非角化、及び/又は繊毛上皮細胞又は非繊毛上皮細胞のタイプを指す。単純扁平細胞は、血管、リンパ管、体腔の中皮、及び腎臓の上行の薄い肢の内側を覆うことが見出されている。重層扁平細胞は、硬口蓋、舌背、歯肉、食道、直腸、肛門、皮膚、頸部、膣、大陰唇、中咽頭、角膜、及び外尿道口を覆うことが見出されている。単純柱状細胞は、顎下腺、付着歯肉、小管、精巣上体、精管、精嚢、喉頭、気管、鼻、膜性尿道、陰茎尿道、胃、小腸と大腸、直腸、胆嚢、管上皮及び小葉上皮、卵管、子宮、子宮内膜、頸部、射精管、尿道球腺、及び前立腺の管内で見られる。重層柱状上皮細胞は、顎下腺付着歯肉、小管精巣上体、精管、精嚢、喉頭、気管、鼻、膜性尿道、及び陰茎尿道の管に見られる。単純立方形細胞は、甲状腺瀘胞、脳質上衣、卵巣、細管直筋、精巣網、呼吸細気管支、及び腎臓の近位及び遠位尿細管内に見られる。重層立方形細胞は、汗腺管内に見られる。用語試験細胞は、分析又は観察の対象になる生体内又は体外供給源から試料採取した細胞を指す。細胞の生理学的状態は、正常、異常に関わらず、その健康状態を指し、かつ細胞疾患に至る可能性がある形態上の異常、生化学的異常、遺伝子異常、又は他の異常を含む異常を発現させるその傾向を指す。所定の基準は正常な細胞又は異常な細胞の特性を示す値である。本発明の態様は、組織の試料から取得することができるようなデータを含む、スペクトルデータの検知及び分析と共に用いられるコヒーレント及び非コヒーレントな透過光源を提供するための方法、システム及び装置を含む。本発明の態様による1つの例示的な変形において、IR波長可変レーザがコヒーレント透過光源として用いられる。幾つかの変形において、波長可変レーザからのIR透過の波長は、関心のあるスペクトルにわたって別個のステップで変更され、スペクトルにわたる透過及び/又は反射した透過を検知し、画像分析に用いることができる。IR波長可変レーザを用いて得られた透過及び検知の大規模のために、こうした変更を行うことにより、とりわけ、検知器の冷却の使用及び関連した空間の必要性、並びに他のコストを大幅に削減することができる。本発明の態様により使用可能なレーザの一例は、量子カスケードレーザQCLであり、これは、例えば約6μmから10μmまでの間のIR波長出力例:IR放射の変更を可能にすることができる。他のタイプのレーザを用いて、類似の波長範囲にわたる出力を生成することもできる。しかしながら、多くのこうした他のレーザは、著しく高価であり、一般的には、生成された画像を評価することができる病理学者その他による使用には一般的に適しておらず、及び/又はQCLと比べて他の欠点を有する場合がある。1つの例示的な実施において、QCLを介してIR波長出力の変化をもたらし、観察される試料に対する出力を方向付け、適切に拡大及び/又は合焦させ、かつ透過した及び/又は反射したIR波長画像情報を検知するためのシステムコンポーネントのセット全体は、およそ1立方フィート又はそれ未満を囲む寸法を有するハウジング内に構成可能かつ収容可能である。本発明の態様によるシステムのこの例において、各々の要素が室温において30×30μmの範囲の領域を検知する検知器の構成例えば、配列が用いられる。こうした検知器の配置は、例えば、こうした検知器の320×280のこうした検知器のアレイとし、89,600のこうした検知器の画像スペースを生成することができるこうしたアレイ検知器の例は、本明細書において、焦点面アレイFPA検知器のマイクロボロメータ検知器又はMBAと交換可能に称される。動作において、本発明の態様による特徴を用いた最小倍率で、QCLからのビーム出力は、30×30μm検知器による検知のために、試料の各領域を約10×10μmの範囲で適切に照射することができる。従って、本発明の態様によるシステムは、IR顕微鏡とは異なる特徴及び動作を有する。本発明の態様による1つの例示的な実施において、QCLのビームは、赤外線反射又は透過スライド上の巨視的スポット直径約5-8mmを照射するよう光学的に調整され、そのスライド上で赤外線ビームは試料と相互作用する。反射した又は透過した赤外線ビームは、好適な結像光学系を介して赤外線アレイ検知器に投射され、概ね解析限界のピクセルサイズ空間解像度で照射領域全体を試料採取する。例えば、試料は、生体組織検査からの組織のミクロトーム切片、又は剥離細胞の試料からの細胞の堆積からなることができる。しかしながら、本開示はこれらの生体試料に制限されるものではなく、空間解像赤外線分光計情報が所望されるいずれの試料を含むこともできる。本方法を用いて、様々な細胞を試験することができる。こうした細胞は、上皮細胞を含む剥離細胞とすることができる。上皮細胞は、扁平上皮細胞単純又は重層、及び角質化又は非角質化、柱状上皮細胞単純、重層、又は擬似重層、及び繊毛性又は非繊毛性、及び立方上皮細胞単純又は重層、繊毛性又は非繊毛性に分類される。これらの上皮細胞は、腸、卵巣、男性胚組織、呼吸器系、角膜、鼻及び腎臓などの身体全体の種々の器官の内側を覆う。内皮細胞は、咽頭、胃、血管、リンパ系及び舌の内張りに見られる上皮細胞の一種である。中皮細胞は、体腔の内張りに見られる上皮細胞の一種である。尿路上皮細胞は、膀胱の内張りに見られる上皮細胞の一種である。これらの細胞の種類は、本明細書で説明される方法により区別されている。組織又は細胞のボクセルの赤外線スペクトルは、試料ボクセルの化学組成又は生化学的組成全体のスナップ写真を表す。この組成は、正常な状態からがん状態への移行中に変化し、疾病は、細胞又は組織から収集されたスペクトルの多変量統計解析又は他の数学的方法により検知することができる。従って、多変量解析の好適な方法と併せて、赤外線顕微分光法を用いて、人体細胞の健康状態又は組織の切片におけるがん領域の存在を監視することができる。SCPは、口腔及び子宮頸部細胞の両方における前がん、がん及びウイルス感染の診断に用いられる例えば、DiemのPCT出願第US2009/0481号を参照されたい。さらに、細胞の核からの赤外線波長のミー散乱及び反射の寄与の結果得られる光学的効果を含む、幾つかの光学的効果が説明され、これらは共鳴ミー散乱と呼ばれている効果を介する吸収特性と混合される。これらの光学的効果の理解に続いて、汚染されたスペクトルを修正する方法を説明する。こうした大きな変化を有するデータセットに対して開発された分析方法は、二方向からの手法を用いる。第一に、教師なし多変量解析の方法を採用して、データセットが定量化可能な差異を含有するか否かを調査した。このために、主成分分析PCAを用いた。個々の細胞からスペクトルデータセットを解析するための第2のアプローチは、訓練された又は教師ありアルゴリズムを用いるものである。教師なし方法でスペクトルパターンを区別できる場合は、標準的な細胞病理学又は細胞生物学からのスペクトルデータ及び相関関係に基づいて細胞を分類することができる判別アルゴリズムを考案することができる。この方法で、人工神経網ANN及び/又は利用可能なスペクトルデータのサブセット上で訓練された他の装置及び/又はアルゴリズムを介して、細胞周期の異なる段階における上皮細胞の判別を実行することができる。成熟した子宮頸部細胞を、未熟なヒトの子宮頸部細胞と区別することもできるだけでなく、更年期の女性からの細胞を、更年期開始よりかなり前のものと区別することもできる。正常剥離細胞のデータリポジトリを構築して、子宮頸部、口腔及び尿試料内に見られる細胞の正常な分布を確立した。この結果、スペクトル細胞病理学のあらゆる将来の応用の基本が形成され、細胞の成熟及び分化、及び疾病の段階に向けたスペクトル細胞学の優れた感度を実証した。SCP及びSHPは、疾病の検知及び診断に対する必要な感度及び特異度を有する。これらのスペクトル方法は、古典的な細胞学及び病理学に優る幾つかの重要な利点を有し、それらは現在、染色細胞及び組織の目視顕微鏡検査により実行されている。SCP及びSHPの結果は、高い再現性及び反復性を有する分光計を介した物理的測定に基づいており、これらはデジタル方式で記録及び格納される。測定されたスペクトルの解釈は、利用可能な最良のコンセンサスベースの金基準に対して訓練された自己学習アルゴリズムにより実行され、再現可能かつ反復可能な基準によりスペクトルデータを評価する。スペクトル測定及びデータ解析の両方とも完全に機械ベースであり、オペレータの疲労及び専門知識に左右されない。SCP及びSHPは、適切な器具の検証及びアルゴリズムの訓練の後は、世界中で同じ結果を生成する。また、正常、異型、低悪性度腫瘍、高悪性度腫瘍、及びがんのような視覚的割り当て基準に依存するのではなく、各細胞についてのスペクトル細胞学の結果は、適切な規模の数値指標により表すことができる。データの品質を保持及び改善しながら、従来のシステムに比べて少なくとも10倍のデータ取得における削減を得ることができる。このデータ削減は、光子束、検知素子の検知感度、レーザ同調速度及びアレイ検知器の読み出し速度を考慮した計算を用いて得られる。データ取得時間の削減は、がん、前がん及びウイルス感染のスクリーニングするための、剥離細胞の自動分析を実用的にする。さらに、同じ又は類似の器具のプラットフォームを用いて、改善された子宮頸部がんスクリーニング試験などの多くの組織病理学的手順のための組織切片を撮像することができる。標準的な細胞学的子宮頸部試験の全体的な精度は、約65である。さらに、例えば、類似の方法を用いて、異なる診断アルゴリズムにより、口腔の扁平細胞がんなどの口腔がんを診断することができる。これらのがんは、喫煙の直接的副産物であり、増加している。以下のもの:すなわち、口腔がんスクリーニングSCP、子宮頸部がんスクリーニングSCP、HPV試験、口腔/頸部SCP、乳がんの腋窩リンパ節転移SHP、乳がん-周縁部の退縮SHP、乳がん-細針吸引SHP、及び肺がん細針吸引SHPは、SCP/SHPの例示的な商業用途である。これらの細胞試料のいずれにも影響を与える疾患は、本発明の態様による方法、システム及び装置を用いて検知可能である。例えば、本明細書における方法の変形を用いて、これらに限定されるものではないが、単純ヘルペス、HPV及びエプスタインバーウイルスなどのウイルス感染、がんを示す形成異常及び悪性疾患に関連した変化、並びに過形成、化生及び炎症を含む良性反応性変化などの前疾病状態を示し得る細胞の成熟及び分化の変化を検知することができる。幾つかの実験を行って、上述の方法及びシステムにより生成された再構成されたスペクトルの有用性を確立した。例えば、再構成されたスペクトルは、3つの広義の細胞区分:すなわちa正常な患者から収集された正常細胞、b疾患を有することが分かっている患者から収集された形態学的に正常に見える細胞、c疾患を有すること分かっている患者から収集された形態学的に異常に見える細胞について生成された。従来の形態学的分析は、タイプaとcすなわち、形態学的に正常に見える細胞及び形態学的に異常に見える細胞を区別することはできる。しかしながら、従来の形態学的分析は、タイプaとbすなわち、正常細胞と、疾患を有することが分かっている患者から収集された視覚的に正常に見える細胞は区別しない。しかしながら、以下に述べるように、タイプbすなわち、疾患を有することが分かっている患者から収集された視覚的に正常にみえる細胞の細胞の再構成されたスペクトルは、タイプaの細胞すなわち、正常細胞のものとは異なり、これと区別することができる。以下に説明する方法は、タイプaの細胞とタイプbの細胞とを容易にかつ自動的に区別し、これにより、従来の形態学的技術を用いて可能なよりも早くかつ信頼できる診断が可能になる。例示的な実施図4は、本発明の態様による例示的なQCLIRMSの種々の特徴の代表的なブロック図である。ここで導入される器具の概念は、SCP及びSHPに対して等しく適用可能である。示される例において、波長可変QCLなどのコヒーレントIR透過光源50は、幾つかの従来装置の熱源黒色本体及び干渉計と置き換えられる。場合によっては、例えば、広帯域波長可変1800乃至900cm1、すなわち5.5乃至11μmQCLは、最初に低可変範囲のQCLを用いる場合があるが、試料を適切に励起することができる。例えば0.5cm1の帯域において、スペクトル範囲全体にわたって20mWより大きいコヒーレント波長レーザ出力を与えることができる。こうした適切なレーザは容易に入手可能である。こうしたレーザのビームの直径は、例えば、5mmより大きいとすることができる。レーザは、波長範囲にわたって電子的に波長可変であり、数msの範囲内で波長を選択することができる。随意的ビーム調整光学系55を動作させて、レーザ出力を所望のサイズ及びビームプロファイルに合焦させることができる。次いで、例えば反射及び/又は透過スライド上に取り付けられた又は堆積された組織を含むことができる試料60に、出力を向けることができる。試料60により透過、反射及び/又は透過反射される出力を、収集し、例えば結像光学系65などにより合焦させ、反射器64などにより、640×480ピクセルのマイクロボロメータアレイMPAなどの室温検知器70に随意的に向けることができる。VOxマイクロボロメータアレイの比検出度Dは、約2×108cmHz12Wとすることができる。こうしたレベルの検出度は、QCLの高出力と併せて、従来のシステムよりも改善した信号対ノイズ比S/Nを有するスペクトルを容易に生成することができる。図4の画像収集システム75は、例えば、約12インチ×6インチの設置面積、約10インチの高さを有し、水蒸気の干渉を削減するために不活性ガスで充填された恒久的に密封された容器内に収容することができる。顕微鏡スライドは、反射面/試料を下向きにして、手作業で又は自動スライドフィーダにより、ユニット上部のスライドホルダ内に配置することができる。次いで、以下にさらに説明するように、検知器70から受信したデータを、端末又は他のデータ取得ユニットDAなどの処理装置80により処理することができる。図5を参照して以下にさらに説明するように、赤外線撮像モードにおいて、QCLから発せられた光を、カセグレン源を介して合焦させ、カセグレン対物レンズ内に合焦させて、例えば、円形開口部の半分だけが照射されるようにすることができる。レーザ光は、銀で被覆された反射スライドlow-eeスライド上に取り付けられた試料により透過反射される前に、例えばフッ化バリウムを含む赤外線透明窓を通過することができる。カセグレンの他の半分は、受け取った反射出力を再収集し、その出力をカセグレン検知器の上に合焦し、カセグレン検知器は、例えば縁部上で7μmの試料ピクセルが検知素子を満たすように画像を拡張し、試料ピクセルは、使用される検知器アレイによって、例えば、縁部上で17×17μmから25×25μmまでの間とすることができる。別個の可視の撮像モードにおいて、カセグレン対物レンズの前に45度ミラーを挿入して、非常に明るいLEDにより生成できるような可視光により対物レンズの開口部全体を照らすことができる。この可視光は、試料によりlow-eスライドに透過し、試料についての視覚画像データを収集する、標準的なCCDのような検知器に合焦させることができる。図5に示すように、例えば、本発明の態様は、波長可変レーザ例えばQCLなどの波長可変IR出力装置105を含むIR源サブシステム100を含むことができ、波長可変IR出力装置の出力106例えば、任意の所与の設定における単一の波長ビームは、カセグレン源SCなどの整流装置110内に透過される。例えば、こうしたレンズ系がIR透過性材料から構築されていない限りは、IRの透過に対してこうしたレンズは不適当であるので、こうした装置110に対して顕微鏡レンズを使用することはできない。出力106が整流装置110を出ると、随意的に、出力106は、IR反射器などの再指向機構115を介して、カセグレン対物レンズCOなどの拡大又は縮小装置120に再指向することができる。拡大縮小装置120から、合焦した後の出力106は、スライド上の組織試料などの撮像される試料125に向けることができる。本発明の態様による1つの例示的な変形において、撮像される試料125は、組織試料を含有し、裏塗り例えば、薄い銀ベース塗装を有して、出力106を反射させて透過反射transflection測定を可能にする。こうした被膜は、例えば可視スペクトル透過性とすることができる。撮像される試料125から。透過した及び/又は反射した出力126は、カセグレン検知器DCなどの合焦及び拡大装置140に向けられる。本発明の態様による1つの例示的な変形において、出力126は、反射器などの再指向機構130により再指向することができる。合焦及び拡大装置140内で、出力126を拡大し、MBAなどの検知装置150に向けることができる。例えば、拡大は、出力126が検知装置150内の1つの検知器のサイズに合致するような大きさにすることができる例えば、試料の10×10μmの面積の反射出力126を3倍に拡大し、例えば約5×7mmのサイズとすることができる検知装置150全体の中の対応する30×30μm検知器による検知のために受けられるように撮像された領域を拡大する。図5には、サブシステム100と併せて使用可能な、可視光検知サブシステムなどの随意的な二次検知サブシステム200も示される。随意的な二次検知サブシステム200は、例えば、撮像される試料125とIR検知サブシステム100との間に、全体的に又は部分的に動作可能に配置可能であり、移動させて、そのように配置されたときに、対応するIR検知サブシステムの移動をもたらすように設計することができる。例えば、二次検知サブシステム200は、ユーザが、二次検知サブシステム200を視覚的に配置し、撮像される試料を可視の照明源に対して適切に位置合わせすることを可能にし、その結果、これに対応してIR検知サブシステム100からのIR出力を撮像される試料125と位置合わせするように、ユーザが可視試料情報を取得できるようにする可視光検知構成部を含むことができる例えば、1つの目的は、赤外線画像と可視画像の相関及び共存を可能にする可視画像を収集することとすることができる。図5に示されるように、サブシステム200は、例えば、可視光源例えば、1つ又はそれ以上の発光ダイオードすなわちLEDなどの可視出力装置205を含むことができる。可視出力装置205からの出力206は、可視光を合焦させるための、COなどの合焦装置220に向けることができる注意:幾つかの変形においては、サブシステム200のための合焦装置220は、サブシステム100において用いられる合焦装置120と同じとすることができる。出力206は、随意的に、例えば再指向装置215例えば、ミラーを介して、合焦装置220に再指向させることもできる。出力206は、合焦装置215により合焦した後、撮像される試料125例えば、スライド上の組織試料を透過する、及び/又は、これに反射することができる。次に、透過された及び/又は合焦された出力226は、可視光対物レンズVOなどの可視光拡大装置240に向けることができる。拡大装置240から、出力206を、随意的に、例えば反射装置245例えば、ミラー及び合焦レンズ250を介して、可視光検知器例えば、電荷結合素子すなわちCCDカメラなどの検知装置260にさらに向けることができる。図5のシステムは、1つ又はそれ以上のパーソナルコンピュータPC、ミニコンピュータ、メインフレームコンピュータ、マイクロコンピュータ、電話装置、又はシステムの動作を制御し、データを受信、格納及び処理するための、携帯情報端末PDA又は手持ち式無線装置のような無線装置などの、1つ又はそれ以上の端末300を含む制御サブシステムをさらに含むことができる。1つ又はそれ以上の端末300は、プロセッサ、データリポジトリ、及び/又は、例えばインターネット若しくはイントラネットなどの、例えばネットワークを介するデータのためのリポジトリへの結合を含むことができる。この結合は、例えば、有線、無線、又は光ファイバーリンクを含むことができる。1つ又はそれ以上の端末300は、IR出力装置105、検知装置150、検知装置260、及び/又は1つ又はそれ以上の運動制御装置310例えば、サーボモータの1つ又はそれ以上に結合して例えば、結合301、出力106及び/又は出力226に対して撮像される試料125の位置を制御することができ、これらの全て又は一部は、制御サブシステムの部分を含むこともできる。作動において、1つ又はそれ以上の端末300は、例えば、二次検知サブシステム200が検知装置260からデータを受信できるようになったとき、受信したデータを処理し、撮像される試料125を透過した可視光に対応する出力を生成する例えば、ディスプレイ上に画像を表示する。撮像される試料125の第1の10×10μmの部分について、撮像される試料125をIR検知サブシステム100に対して正しく配置すると、1つ又はそれ以上の端末300により、IR出力装置105が、1つ又はそれ以上の波長設定を順に行って、各波長について特定の時間だけ対応する出力106を生成し、各出力波長に対応する検知器150からいずれかのデータ出力を取得及び格納し、次に、相対位置を移動させ、撮像される試料の残りの10×10μmの部分の各々に対応する取得されたデータを同様に再撮像及び格納する。作動において、例えば、IR出力の範囲例えば、1800乃至900cm1をもつ波長可変QCLは、MBAの各検知素子におけるスライド上の組織試料の又は、例えば細胞についての照射領域全体における範囲の第1の波長例えば1799.5cm1において第1の透過を生成するよう設定することができる。この波長例えば、1799.5cm1に対応する画像は、端末上のデータリポジトリ内に格納される。このプロセスは、QCLの次の波長増分例えば、1790.0cm1について反復され、試料の10×10μmの部分の全てについての、QCLの波長範囲全体にわたって反復される。異なるレーザ波長で収集された、検知素子の各ピクセルについての強度値は、結合されて特定のピクセル位置に対応する赤外線スペクトルを形成する。それぞれのピクセル位置により参照される全てのスペクトルが結合されて、スペクトル超立方体として知られるデータ構造となる。取得された全データからデータの全体性は、本明細書において、スペクトル超立方体及び/又はハイパーデータセットと交換可能に呼ばれる、初期プロセスを実行し、データを、例えば試料中の特定の化学成分が多いことを強調する一変量マップすなわち化学的画像に再構成する。例えば、その内容全体を引用により本明細書に組み入れる非特許文献2を参照されたい。初期プロセスは、例えば、試料内の細胞についての細胞スペクトルの再構成を含むことができ、以下のように生成することができる例えば、Diem他のPCT出願第US2009/0481号を参照されたい。赤外線マイクロ分光計からの生データセットを、好ましくは各細胞について9から100までの間の、マッピングモードで収集された個々の細胞のスペクトルを再構成するソフトウェアに取り込むことができる。これは、どのピクセルスペクトルが画像マップの所定の細胞に属するかを確立することによって行われる。このプロセスは、個々の細胞に属する隣接する領域が識別されるバイナリマスクを構成することによって達成される。このマスクは、アミドI強度の閾値を定めることによって確立することができる。細胞により占有される各隣接する領域に対して、最大アミドI強度を有するスペクトルから始まる細胞スペクトルを計算する。このスペクトルは、恐らく常に最大たんぱく質強度を示す細胞の核からのものである。ひとたびバイナリマスクによりスペクトルが細胞と関連付けられると、全てのスペクトルは、続いて相互追加されco-add、スペクトル品質を保証するために幾つかの制約を受ける。これらの基準は、分散アーチファクトにより汚染される場合がある細胞の縁部からのスペクトルのような細胞スペクトルを汚染する不良の信号対ノイズ比をもつ非常に弱いスペクトルの相互追加を防止するために課せられる。次に、相互追加された細胞スペクトル、並びに各細胞の座標を更なるデータ分析のためにエクスポートする。ここでこの方法が次のようにより詳細に説明される。データセットを生成するために、顕微鏡スライド上で細胞試料の赤外線スペクトルデータを全ての試料領域から収集する。ピクセルごとに、あらゆる強度オフセットを除去し、かつ、全てのスペクトルが正の強度値を有することを確実にするように、同じピクセルのスペクトル内の各強度値から、各ピクセルのスペクトルの最低強度値を減算する。例えば、ピクセルPは、測定値のセットI1、I2、...INを含むことができ、ここで各測定値INは、特定の波数での強度を表している。IjがこれらのN値で最も低い場合、このステップの後に、ピクセルPは、値I1-Ij、I2-Ij、...IN-Ijを有する。この正規化ステップが、各ピクセルに対して実行される。前のステップにおいて生成された減算されたスペクトルデータを用いて、全てのサンプリング領域のスペクトルマップが作成される。スペクトルマップ内のピクセルの数は、所定のピクセルサイズで走査した試料領域に基づいている。スペクトルマップは、各ピクセルにグレイスケール値を割り当てることによって作成することができる。このグレイスケール値は、アミドI帯域の積分領域に基づくことができ、これは、全てのタンパク質の赤外線スペクトル内の波数およそ1640cm1と1670cm1との間で発生する。アミドI帯域に高い積分強度を有するピクセルには、白色又は薄い灰色の色調が割り当てられ、最低強度を有するピクセルには、黒色又は濃い灰色の色調が割り当てられる。最高強度値と最低強度値との間の強度を有するピクセルは、黒と白の間のグレイスケール尺度上に線形にマッピングすることができる。スペクトルマップは、グレイスケールの代わりに、カラー画像として生成することもできる。グレイスケール値は、例えば、スペクトル領域内のあらゆる帯域の強度、スペクトル領域内の2つの強度点の間の比率、スペクトル領域内の2つの強度点の間の積分領域、又は2つのスペクトル領域間の積分領域の比率に基づくこともできる。ピクセルのアミドI強度を判断する方法をここで説明する。1650cm1のピークは、細胞タンパク内のペプチド骨格のカルボニル伸縮振動から生じるものであり、かつ細胞の存在を示すものである。従って、アミドI強度は、波数1650cm1に最も近い強度ピークの位置を見つけることによって判断される。最小アミドI強度閾値値を設定する。例えば、最小アミドI強度閾値値は、明確なタンパク質をもたないあらゆるピクセルを拒否するために0.15吸光立単位に設定することができ、従って細胞によるものではない。この閾値のための0.15の値は、検知器により受信したビームの強度を試料に入射するビームの強度で割ったものが0.15に等しい状況に対応する。閾値を用いて、グレイスケールマップをバイナリマップに変換する。バイナリマップの各ピクセルは、スペクトルマップ内の1つのピクセルに対応し、バイナリマップ内の各ピクセルを2つの値例えば、白色又は黒色の一方に設定することができる。スペクトルマップからピクセルを選択し、ピクセルスペクトル内のアミドI強度値を識別する。アミドI強度値を最小アミドI強度閾値値と比較する。アミドI強度値が閾値よりも大きいか又はそれに等しい場合、バイナリマップ内の対応するピクセルに白色を割り当てる。アミドI強度値が閾値より小さい場合、バイナリマップ内の対応するピクセルに黒色を割り当てる。スペクトルマップ内の全てのピクセルが選択されるまで、このプロセスを繰り返す。バイナリマップ内の隣接する白色領域を識別し、細胞又は細胞の塊と関連付ける。次に、隣接する白色領域の群に基づいて、バイナリマップ内の初期細胞数を識別する例えば、隣接する白色領域の数をカウントする。各ピクセルの位置座標を格納する。バイナリマップは、細胞の塊及び/又は汚染物質と関連付けられたピクセルを除去することによって精緻化することができる。例えば、1つの細胞に寄与するピクセルの数の上限及び下限を設定し、バイナリマップから直径約60μmを超える重なり合う扁平細胞に寄与するピクセルを除去することができる。一例として、90ピクセルという上限値により、バイナリマップにおいて、大きな成熟した扁平細胞に対応するか、又は重なり合う細胞の大きな塊に対応する隣接する白色ピクセルが、さらに分析されることが防止される。細胞を定めるピクセル数の下限値は、汚染物質に相当するバイナリマップ内の隣接する白色ピクセルがさらに分析されることを防止するために、約15に設定することができる。従って、本方法は、関心のある細胞になるには大きすぎるか又は小さすぎるバイナリマップ内の隣接する白色ピクセル域の領域を選別して除去する。これらのステップでは、事実上、大きすぎるか又は小さすぎる領域を廃棄することにより、精緻化されたバイナリマップを生成する。結果として得られるバイナリマップは、試料内の関心のある細胞に属するピクセルを示し得る。精緻化したバイナリマップにおいて識別した細胞の数と等しくなるよう、試料内の細胞の数を更新する。バイナリマップにおいて識別された各細胞のスペクトルを、個々のピクセルスペクトルから再構成する。生成された精緻化されたバイナリマップにおいて識別された細胞から単一の細胞を選択し、最大アミドI強度値を有する細胞内のピクセルを識別する。次に、同じ細胞と関連付けられ、そのピクセルに隣接する白色ピクセルを識別する。選択したピクセルの2つの基準その両方を以下で説明するを検査する。ピクセルが両方の基準を満たす場合、選択したピクセルのスペクトルは、前のピクセルのスペクトルに相互追加される。この相互追加されたスペクトルは再構成されたスペクトルである。例えば、スペクトル領域内のあらゆる帯域の強度、スペクトル領域内の2つの強度点の間の比率、スペクトル領域内の2つの強度点の間の積分領域、又は2つのスペクトル領域間の積分領域の比率により、ピクセルを選択することができる。2つの基準のうちの第1のものは、ピクセル内のアミドI強度を閾値強度値と比較し、アミドI強度がその閾値強度値よりも大きいか又はこれに等しいかを判断するための検査である。閾値は、最大アミドI強度を有していた細胞内のピクセルの値の百分率の所定の百分率例えば66パーセントに設定することができる。ピクセルの値が閾値より小さい場合、そのピクセルを廃棄するすなわち、そのスペクトルは、細胞内の他のピクセルのスペクトルに相互追加されない。この評価では、全体的に薄く、かつ弱いノイズがあるスペクトルに関連している原形質の外縁に関連付けられたピクセルスペクトルを除去する。ピクセルがアミドI強度基準を満たす場合、ピクセル内のアミドI強度に対応する波数が、細胞内の最大アミドI強度に対応する波数と比較される。値が等しくない場合、最大値からの値のシフトが判断され、値を閾値アミドI波数シフト値と比較する。例えば、閾値波数シフト値は、4cm1に設定することができる。ピクセルのアミドI波数シフトが閾値波数シフト値未満であるか又はこれに等しい場合、ピクセルのスペクトルを細胞内の他のピクセルのスペクトルに相互追加する。他の場合には、ピクセルは、廃棄されて他のピクセルに相互追加されない。細胞の位置座標と共に各細胞の相互追加されたスペクトルを格納する。細胞スペクトルは、典型的には、約30乃至約70個の個々のピクセルスペクトルを相互追加することによって構成することができる。代替的に、再構成されたスペクトルは、いずれかの波数で強度を測定する、bいずれかの波数で2つの強度値の間の比率を計算する、cいずれかの波数で2つの強度値の間の積分領域を計算する、又はdいずれかの波数で2つの強度値の間の積分領域の比率を計算することのいずれかによって生成することができる。スペクトルマップは、アミドI帯域の強度又は積分領域だけに対していずれかの選択した強度に基づくことができる。同様に、アミドI強度値に対して最小閾値を、ピクセルのいずれかの選択した値と比較することができる。また、いずれかの選択した波数で最大値を有することに基づいて、ピクセルを選択することができ、アミドIに対応する波数は用いる必要がない。次に、ピクセルは、特定の波数での強度に基づいて保持又は廃棄され、ここでもまた、アミドIに対応する波数は用いる必要がない。ひとたび全てのデータが取得され、格納され、初期の処理がなされると、全体データパターンを評価する。例えば、撮像される試料が組織試料である場合は、その組織試料についてのスペクトルデータパターンを、疾病のある組織に対して評価し、疾病が存在する尤度を判断することができる。例えば、こうした評価は、試料内の化学組成の空間的変化の分析を含むことができる例えば、組織におけるがんの存在は、健康な組織と比較して、異常な組成のスペクトルを生成し得る。本発明の態様は、ハードウェア、ソフトウェア又はそれらの組み合わせを用いて実施することができ、かつ1つ又はそれ以上のコンピュータシステム又は他の処理システムにおいて実施することができる。本発明の1つの態様において、特徴は、本明細書において説明される機能を実行することができる1つ又はそれ以上のコンピュータシステムに向けられる。こうしたコンピュータシステム400の例を図6に示す。コンピュータシステム400は、プロセッサ404などの1つ又はそれ以上のプロセッサを含む。プロセッサ404は、通信インフラ406例えば通信バス、クロスオーバーバー、又はネットワークに結合される。種々のソフトウェア態様が、この例示的なコンピュータシステムに関連して説明される。本説明を読めば、他のコンピュータシステム及び/又はアーキテクチャを用いて本発明の態様をどのように実施するかが、当業者には明らかになるであろう。コンピュータシステム400は、ディスプレイユニット430上に表示するために、グラフィックス、テキスト及び他のデータを通信インフラ406又は、図示されないフレームバッファから転送するディスプレイインターフェース402を含むことができる。コンピュータシステム400は、好ましくはランダムアクセスメモリRAMであるメインメモリ408を含むことができ、二次メモリ410を含むこともできる。二次メモリ410は、例えば、ハードディスクドライブ412及び/又は、フロッピーディスクドライブ、磁気テープドライブ、光学ディスクドライブなどを表す取り外し可能ストレージドライブを含むことができる。取り外し可能ストレージドライブ414は、周知の方法で取り外し可能ストレージユニット418との間で読み出し及び/又は書き込みを行うことができる。取り外し可能ストレージユニット418は、取り外し可能ストレージドライブ414との間で読み出し及び書き込みを行うことができる、フロッピーディスク、磁気テープ、光学ディスクなどを表す。理解されるように、取り外し可能ストレージユニット418は、コンピュータソフトウェア及び/又はデータが内部に格納されるコンピュータ使用可能ストレージ媒体を含むことができる。本発明の代替的な態様は、二次メモリ410を含むことができ、かつコンピュータプログラム又は他の命令をコンピュータシステム400内にロードすることを可能にするための他の類似の装置を含むことができる。こうした装置は、例えば、取り外し可能ストレージユニット422及びインターフェース420を含むことができる。こうした例としては、プログラムカートリッジ及びカートリッジインターフェースビデオゲーム装置に見られるものなど、取り外し可能メモリチップ消去可能プログラム可能読み出し専用メモリEPROM、又はプログラム可能読み出し専用メモリPROMなど及び関連したソケット、並びに、ソフトウェア及びデータを取り外し可能ストレージユニット422からコンピュータシステム400に転送するのを可能にする他の取り外し可能ストレージユニット422及びインターフェース420を挙げることができる。コンピュータシステム400はまた、通信インターフェース424を含むこともできる。通信インターフェース424は、ソフトウェア及びデータをコンピュータシステム400及び外部装置の間で転送することを可能にできる。通信インターフェース424の例として、モデム、ネットワークインターフェースイーサネットカードなど、通信ポート、パーソナルコンピュータメモリカード国際協会PCMCIAスロット及びカード等を挙げることができる。通信インターフェース424を介して転送されるソフトウェア及びデータは、信号428の形態とすることができ、この信号428は、電子信号、電磁信号、光信号、又は通信インターフェース424により受信することができる他の信号とすることができる。これらの信号428は、通信パス例えば、チャネル426を介して通信インターフェース424に提供することができる。このパス426は、信号428を伝達し、ワイヤ又はケーブル、光ファイバ、電話回線、携帯リンク、無線周波数RFリンク及び/又は他の通信チャネルを用いて実装することができる。本明細書で用いられるコンピュータプログラム媒体及びコンピュータ使用可能媒体という用語は、一般的に、取り外し可能ストレージドライブ480、ハードディスクドライブ470内に取り付けられたハードディスク及び/又は信号428などの媒体を指す。これらコンピュータプログラム製品は、ソフトウェアをコンピュータシステム400に提供することができる。本発明の態様は、こうしたコンピュータプログラム製品に向けられる。コンピュータプログラムコンピュータ制御論理とも呼ばれるは、メインメモリ408及び/又は二次メモリ410内に格納することができる。コンピュータプログラムは、通信インターフェース424を介して受信することもできる。こうしたコンピュータプログラムは、実行されるとき、コンピュータシステム400が、本明細書で説明された本発明の態様による特徴を実行することを可能にする。特に、コンピュータプログラムは、実行されるとき、プロセッサ410が本発明の態様による特徴を実行することを可能にする。従って、こうしたコンピュータプログラムは、コンピュータシステム400のコントローラを表すことができる。ソフトウェアを用いて本発明の態様を実施できる場合、ソフトウェアは、コンピュータプログラム製品内に格納し、取り外し可能ストレージドライブ414、ハードドライブ412又は通信インターフェース424を用いてコンピュータシステム400にロードすることができる。制御論理ソフトウェアは、プロセッサ404によって実行されるとき、プロセッサ404に本明細書で説明された機能を実行させることができる。本発明の別の態様において、システムは、主として、例えば特定用途向け集積回路ASICなどのハードウェア部品を用いてハードウェアに実装することができる。本明細書で説明された機能を実行させるためのハードウェア状態機械の実装は、当業者には明らかになるであろう。更に別の変形において、ハードウェア及びソフトウェア両方の組み合わせを用いて、本発明の態様を実施することができる。実施例現在利用されているデータ取得のためのSCP及びSHP器具による方法文献の調査により、干渉計の原則に基づいた市販の又は修正された分光計を用いて収集された信頼できるSHP及びSCP結果が近年出版されたことが分かった。これらの器具においては、広帯域光源からの赤外線典型的には、1300Kから2000Kまでの間に加熱された黒体放射体がマイケルソン型干渉計により変調され、カセグレン対物レンズを介して試料上に合焦され、同じ又は別のカセグレンを介して収集され、焦点面において検知器の上に合焦される。市販の器具は、64×64素子から256×256素子までの様々なサイズがある光起電HgCdTe検知器アレイ、又は、8×2素子の光伝導性HgCdTe検知器のいずれかを用いる。これら検知器のタイプの両方とも、典型的には77°Kの極低温で動作させる必要がある。各検知素子及び結果的に、各々のピクセル領域について収集された干渉写真が、フーリエ変換され、背景スペクトルに対して比例化されて、各々の試料点の透過又は吸収スペクトルを生成する。調査した最新の報告は、可視スペクトル範囲においては透明であるが、赤外線においては完全に反射性の特別に被覆された顕微鏡スライド上に調製された試料についての吸収-反射透過反射としても知られるモードで実行された。これらのlow-eスライドは、低価格で市販されている例えば、オハイオ州Chesterland所在のKevleyTechnologies。赤外線データ取得の時点で、染色剤がスペクトルデータ取得を妨げるので、試料はまだ染色されていない。以下の説明においては、識別される器具は、例としてのみ提供され、説明はこれらの器具に限定されるものではない。SHPの場合、未染色の組織の領域をIR顕微鏡により視覚的に選択してデータ取得することができる。その後、器具は、サイズが6.25μm×6.25μmの個々のピクセルからスペクトルデータを収集する。信号品質を改善するために、各ピクセルについて複数のデータ取得が可能である。最終データセットは、固有の器具フォーマットで格納され、遠隔処理のためエクスポートされる。最大数平方ミリメートルに至る領域の画像データ取得は、SHPにおける標準的手法であるが、データ取得を単純化しスピードアップするSCPに対する撮像手法を用いることもできる。この手法の実施の1つの例においては、細胞堆積物のサンプリング領域全体が、約6.25μm×6.25μmのピクセルサイズでマッピングされる。この例示的な方法のアルゴリズムは、後に個々のピクセルスペクトルから細胞スペクトルを再構成する。これら器具は、概ね満足できるデータを提供するが、医学的に重要なデータセットの取得には、病理学者又は細胞学者が単一のスライドにかかる時間よりも、大幅に長い時間がかかる。SHPにおいて、所望の信号品質における1×1mmの組織切片のデータ取得には、6.25μmのピクセルサイズにおいて25,600のスペクトルの収集を必要とし、約40分かかる。データ取得のための装置は、液体窒素などの低温冷却剤の使用を回避するために室温の検知器を使用すべきであり、かつ押しボタン式操作可能なものであるべきである。ここで本発明の例示的な態様が上記の利点に従って説明された。これらの例は、単に本発明の例証であることが理解される。当業者には、多くの変形及び修正が明らかであろう。"