"ダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子を含む植物を同定するための方法であって、植物から核酸分子を単離するステップと、ダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーに関して単離核酸分子をスクリーニングするステップとを含み、マーカーがNCSB_004074、BARC_010889_01691、およびrhg1-3995からなる群から選択されるマーカーと遺伝的に連鎖しており、マーカーの存在がダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子を示す方法。ダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーがLGG、LGA2、LGB1、およびLGIからなる群から選択されるダイズ連鎖群LG中にある、請求項1に記載の方法。ダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーがダイズ連鎖群G中にある、請求項2に記載の方法。単離核酸分子がゲノムDNAである、請求項1に記載の方法。SCN耐性表現型がSCNレース3に対するSCN耐性である、請求項1に記載の方法。ダイズ品種がダイズ品種98860-71である、請求項1に記載の方法。ダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーがNCSB_004074、BARC_010889_01691、およびrhg1-3995からなる群から選択される、請求項6に記載の方法。ダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーに関して単離核酸分子をスクリーニングするステップを、競合的対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応を使用して実施する、請求項1に記載の方法。ダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子がrhg1である、請求項6に記載の方法。ダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーに関する植物の遺伝子型を決定するステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。請求項1に記載の方法によって同定される植物。請求項1に記載のダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子を含み、グリシンマックスGlycinemaxではない植物。SCN耐性ダイズ植物を生産するための方法であって、SCN耐性の形質を有するダイズ植物を対象のダイズ品種由来のダイズ植物と交配させるステップと、マーカー支援型選択を使用して、SCN耐性の形質を有するダイズ植物またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーを含むF1ダイズ植物を同定するステップであって、マーカーがNCSB_004074、BARC_010889_01691からなる群から選択されるマーカーと遺伝的に連鎖しており、F1ダイズ植物が対象のダイズ品種の任意の望ましい形質を有するステップと、同定したF1ダイズ植物を繁殖させ、それによってSCN耐性ダイズ植物を生産するステップとを含む方法。SCN耐性の形質を有するダイズ植物またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーがLGG、LGA2、LGB1、およびLGIからなる群から選択されるダイズ連鎖群LG中にある、請求項13に記載の方法。SCN耐性の形質を有するダイズ植物またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーがダイズ連鎖群G中にある、請求項14に記載の方法。対象のダイズ品種がSCN感受性ダイズ品種である、請求項13に記載の方法。SCN耐性がSCNレース3に対する耐性である、請求項13に記載の方法。SCN耐性の形質を有するダイズ植物が品種98860-71のダイズ植物である、請求項13に記載の方法。SCN耐性の形質を有するダイズ植物またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーがNCSB_004074、BARC_010889_01691、およびrhg1-3995からなる群から選択される、請求項18に記載の方法。マーカー支援型選択を、競合的対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応を使用して実施する、請求項13に記載の方法。請求項13に記載の方法によって生産されるSCN耐性ダイズ植物。ダイズ植物にSCN耐性を導入するための方法であって、ダイズ品種98860-71またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーをSCN感受性ダイズ植物中に導入するステップを含む方法。ダイズ品種98860-71またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーがNCSB_004074、BARC_010889_01691、およびrhg1-3995からなる群から選択される、請求項22に記載の方法。配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、および配列番号9からなる群から選択されるプローブと実質的に同一である核酸プローブ。第18染色体上の塩基対1,674,511を含むWilliams82ダイズゲノム中の連続ヌクレオチドのストレッチと特異的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ。第18染色体上の塩基対1,663,671を含むWilliams82ダイズゲノム中の連続ヌクレオチドのストレッチと特異的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ。第18染色体上の塩基対1,714,741を含むWilliams82ダイズゲノム中の連続ヌクレオチドのストレッチと特異的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ。SCN耐性植物を生産するための方法であって、ダイズにおいてSCN耐性をもたらすための少なくとも1つの手段を対象の植物に導入し、それによってSCN耐性植物を生産するステップを含む方法。対象の植物を繁殖するステップをさらに含む、請求項28に記載の方法。対象の植物がマメ科植物である、請求項28に記載の方法。対象の植物がダイズ、緑莢インゲン、サヤインゲン、ドライビーンズ、赤インゲン豆、ライマメ、リョクトウ、ツルナシインゲンマメ、アズキマメ、サヤエンドウ、およびササゲからなる群から選択される、請求項30に記載の方法。ダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子を含む植物を同定するための方法であって、植物から核酸分子を単離するステップと、SCN耐性表現型を有するダイズ植物を同定するための手段と単離核酸分子を接触させて、植物中のダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子の存在を示す検出可能なシグナルを生成するステップとを含む方法。ダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子を移動させるための方法であって、aダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖した少なくとも1つのマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブで、ドナーの遺伝子型を有する第1の植物のゲノムDNAおよびレシピエントの遺伝子型を有する第2の植物のDNAを分析するステップと、b2つの親植物遺伝子型を有性交配して子孫集団を得るステップと、cダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖した少なくとも1つのマーカーの存在に関して子孫集団を分析するステップと、dダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖した少なくとも1つのマーカーを含む子孫集団由来の個体をレシピエントの遺伝子型と戻し交配させて、次世代集団を生成するステップと、e次世代集団のメンバーが、レシピエントの遺伝子型由来の望ましい形質およびダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーを含むかどうか決定するステップと、f次世代集団のメンバーが、レシピエントの遺伝子型由来の望ましい形質およびダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーを含まない場合、レシピエントの遺伝子型由来の望ましい形質およびダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーを含む個体が同定されるまでステップdおよびeを繰り返すステップとを含む方法。各交配および戻し交配ステップにおいて得られる個々の子孫を各世代でのSCNマーカー分析によって選択する、請求項33に記載の方法。ダイズ品種がダイズ品種98860-71である、請求項33に記載の方法。遺伝子形質転換により宿主生物中にダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子を導入するための方法であって、ダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブで植物のゲノムDNAを分析して、植物中のダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子を同定するステップと、ダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブと特異的にハイブリダイズする植物のゲノムDNAのセグメントを単離するステップと、宿主生物中にゲノムDNAの単離セグメントを導入するステップと、ダイズ品種またはその同等物におけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブで宿主生物のDNAを分析して、宿主生物中のダイズ品種におけるSCN耐性の少なくとも1つの決定因子を同定するステップとを含む方法。DNAの単離セグメントを宿主生物のゲノムに安定的に組み込む、請求項36に記載の方法。宿主生物がマメ科植物である、請求項37に記載の方法。宿主生物がダイズ、緑莢インゲン、サヤインゲン、ドライビーンズ、赤インゲン豆、ライマメ、リョクトウ、ツルナシインゲンマメ、アズキマメ、サヤエンドウ、およびササゲからなる群から選択される、請求項38に記載の方法。SCN表現型と連鎖した分子マーカーを使用して、ダイズにおけるSCN耐性形質に関するマーカー支援型選択を容易にすることができる。マーカー支援型選択は、SCN表現型決定と比較して、時間、コスト、および労力に関して重大な利点をもたらす。驚くことに、親遺伝子型において多形であったダイズゲノム中のSCN疾患耐性QTL領域内または近辺で同定した15個のSNPマーカーの中で、わずか3個がSCN耐性形質と連鎖したことが本明細書において開示される。したがって、これら3個のSNPマーカーは、SCN耐性ダイズ品種のマーカー支援型選択において優れた有用性をもたらす。SCN耐性表現型と連鎖した例えば連鎖した、密接に連鎖した、または非常に密接に連鎖した核酸分子マーカーを本明細書中に記載する。特定の例において、分子マーカーはSNPマーカーであってよい。例えば非制限的に、SCN耐性表現型を有する植物を同定するため、例えば、マーカー支援型品種改良または遺伝子形質転換によって新たな植物遺伝子型にSCN耐性表現型を導入するため、およびSCN耐性表現型を有し得る植物を栽培するための、SCN耐性表現型と連鎖した核酸分子マーカーの使用法も、本明細書中に記載する。ダイズにSCN表現型を導入するための手段、およびSCN表現型を有する植物を同定するための手段をさらに記載する。いくつかの例では、ダイズにSCN表現型を導入するための手段は、SCN表現型と連鎖した例えば連鎖した、密接に連鎖した、または非常に密接に連鎖したマーカーであってよい。いくつかの例では、SCN表現型を有する植物を同定するための手段は、SCN表現型と連鎖した例えば連鎖した、密接に連鎖した、または非常に密接に連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブであってよい。本明細書中に記載する分子マーカーを使用して同定した、SCN表現型を有する植物およびその植物に由来する植物材料も、本明細書中に記載する。したがって、SCN耐性表現型と連鎖した1つまたは複数の分子マーカー複数可を使用するマーカー支援型選択によって生成するダイズ植物を記載する。配列表添付の配列表中に列挙する核酸配列は、37C.F.R.§1.822において定義されるのと同様に、ヌクレオチド塩基に関する標準的な文字略語を使用して示す。各核酸配列の一方の鎖のみを示すが、相補鎖は示した鎖に対する任意の参照によって含まれると理解される。添付の配列表中:配列番号1は、rhg1-3995対立遺伝子に特異的なKBiosciences競合的対立遺伝子特異的PCRSNP遺伝子型決定システムKASPar商標アッセイ中で使用したプライマー配列を示す。GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGAATTATGTTGGGTTTTTTTTCTTTCTGT配列番号2は、rhg1-3995対立遺伝子に特異的なKASPar商標アッセイ中で使用した第2のプライマー配列を示す。GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAATTATGTTGGGTTTTTTTTCTTTCTGG配列番号3は、rhg1-3995に関するKASPar商標アッセイ中で使用した共通リバースプライマー配列を示す。GCCCAGAAAAAAGGGATAAATAACGGATA配列番号4は、NCSB_004074対立遺伝子に特異的なKASPar商標アッセイ中で使用したプライマー配列を示す。GAAGGTGACCAAGTTCATGCTATTATGTTGTAACACAAATTTGCACCTCAT配列番号5は、NCSB_004074対立遺伝子に特異的なKASPar商標アッセイ中で使用した第2のプライマー配列を示す。GAAGGTCGGAGTCAACGGATTATGTTGTAACACAAATTTGCACCTCAG配列番号6は、NCSB_004074に関するKASPar商標アッセイ中で使用した共通リバースプライマー配列を示す。CTATACAACTAAATCGTAATTCCATTGTAT配列番号7は、BARC_010889-01691対立遺伝子に特異的なKASPar商標アッセイ中で使用したプライマー配列を示す。GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAAAAAATAAAATTGATCATCACATATGGTTAG配列番号8は、BARC_010889-01691対立遺伝子に特異的なKASPar商標アッセイ中で使用した第2のプライマー配列を示す。GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAAAAAATAAAATTGATCATCACATATGGTTAA配列番号9は、BARC_010889-01691に関するKASPar商標アッセイ中で使用した共通リバースプライマー配列を示す。TAAGTGAGGGCAATGTATTAGTATYAAGTA配列番号10は、マーカーNCSB_004074配列を示す。CACGATTTTGTTGTGTTACATAAATTACTATACAACTAAATCGTAATTCCATTGTATTAC[A/C]TGAGGTGCAAATTTGTGTTACAACATAATTGTAATTTTATTGTACGATAAAAACTATAAC配列番号11は、マーカーBARC_01088901691配列を示す。CTCTTCACACCTTTAAGGAAGTTAGTACCATTCCACTATTCAAGTATTTTTTTTAATTCAAAATTATTAAGTGAGGGCAATGTATTAGTATNAAGTA[C/T]TAACCATATGTGATGATCAATTTTATTTTTTCATGGCTTTGTCGAAAGTAACATTATATTGTGGTTTTAAATGAAAATCTGTGATTTGCAT配列番号12は、マーカーrhg1-3995配列を示す。TCTGATAACTATGACAGCATCTTCCAAGATAATGACTTCCAAGTTCCAACACTGGCTCTGTACATTTGAACTAATTTTATATCATTTATCTATTGTGATTGAAATATAAAATTGAAGTGATGTGAACAATACAAATCACATCTTGAATTAAAATATCTAACAACTGGAACAAATAAGAGGCCCAGAAAAAAGGGATAAATAACGGATAACAAG[A/C]CAGAAAGAAAAAAAACCCAACATAATTCCAACTTCAAAATTCACTCAATAAAAAGTTTAACATGTAAATTTACTTGGAAACAAAACTCATAACCAATAATAATAATAATAAAAGAAATCAGTTTTATAGCATTAATTTGGGATGCTCTGCTTGTATGCAAATGGCACAACCTTACCCTCAAGATTGCAAAACACAGATGAGTAACAGATGCAATGTGAATCAATAAAAAGTATTGTTGCGTTGTTGATGACACAACCTTACTCATAAAAAATGCATI.いくつかの実施形態の概要特定の実施形態は、96の試験ダイズ株においてダイズシストセンチュウSCN耐性形質との同時分離を示す、3個の例示的なSNPマーカーrhg1-3995、BARC_010889_01691、およびNCSB_004074を含む。SCN耐性と同時分離するマーカーはこの形質と連鎖しており、したがってマーカー支援型選択および品種改良において有用であり得る。SCN耐性と連鎖したこれら3個の例示的なSNPマーカーを同定するために使用する戦略も、本明細書中に開示する。グリシンマックスGlycinemaxゲノム中の、これら3個の例示的なSNPマーカーの物理的マップ位置を提供する。本明細書中に記載する3個の例示的なSNPマーカーを使用し、KBiosciences競合的対立遺伝子特異的PCRSNP遺伝子型決定システムKASPar商標を使用する特異的アッセイを開発して、SCN耐性形質を有する植物を迅速かつ正確に同定した。SCN耐性と連鎖した3個の例示的なSNPマーカーに関して本発明の実施形態を記載するが、当業者は、本明細書中に記載する技法を使用して、追加の同等なマーカーを同定することができることを理解するであろう。SCN耐性と連鎖したSNPマーカーを、例えばSCN遺伝子型決定において使用して、ダイズ品種改良集団からSCN耐性個体を選択することができる。ダイズシストセンチュウSCN耐性は非常に複雑な形質である。SCNの侵入は1つまたは複数の異なるヘテロデラグリシネスHeteroderaglycinesレースによって引き起こされる可能性があり、その各々の耐性は異なる連鎖群に位置する異なる耐性遺伝子を必要とし得る。表1参照。表1中に開示する3個のマーカーはいずれも連鎖群G中に位置する。連鎖群G中のSCN耐性遺伝子複数可は、レース3および14に対する耐性を担うと考えられる。本明細書中に記載する戦略を使用して、SCN耐性と連鎖した他の連鎖群例えば、A2、B1、およびI中のマーカーを同定する。したがって、このようなマーカーを同定するための方法も提供する。一般的な戦略を使用して、他の対象の形質をマッピングすることもできる。この戦略は従来のマッピング戦略より有効であり、分子的品種改良プログラムにおいて特に有用であり得る。II.用語マッピング集団:本明細書中で使用する用語マッピング集団は、ゲノムマッピングに使用する植物集団を指すことができる。マッピング集団は、典型的には、制御された親遺伝子型の交配から得られる。マッピング集団の開発用の親および交配設計の選択、および使用するマーカーの型に関する決定は、マッピングする遺伝子、マーカーの有用性、および分子マップに依存する。マッピング集団内の植物の親は、核酸配列レベルと表現型レベルの両方で、対象の形質複数可に関して十分な変異がなければならない。親の核酸配列の変異を使用して、マッピング集団の植物における組換え事象を追跡する。情報を与える多型マーカーの有用性は、核酸配列変異の量に依存する。戻し交配:戻し交配法を使用して、植物中に核酸配列を導入することができる。植物中に新たな形質を導入するため、戻し交配技法は数十年間広く使用されている。NJensenEdPlantBreedingMethodologyJohnWileySonsInc1988。典型的な戻し交配プロトコールでは、対象の原型品種再現親株を、移動させる対象の遺伝子を有する第2の品種非再現親株と交配させる。この交配から生じた子孫は、次いで再現親株と再度交配させ、非再現親株由来の移動遺伝子以外に、再現植物のほぼ全ての望ましい形態学的および生理学的特徴が変換型植物において取り戻された植物を得るまで、そのプロセスを繰り返す。KBiosciences競合的対立遺伝子特異的PCRSNP遺伝子型決定システムKASPar商標:KASPar商標は、SNP遺伝子型を決定するための市販の均一蛍光システムであるKBiosciencesLtd.、Hoddesdon、UK。KASPar商標アッセイは、3個の非標識プライマーを含有するSNP特異的アッセイ混合物、および他の必要とされる全構成要素、例えば、共通蛍光レポートシステムを含有する反応混合物を含む。これらの混合物以外に、ユーザーは、特にFRET可能プレートリーダー、マイクロタイタープレート複数可、および約5ng/LのDNAを含有するDNAサンプルを提供する。典型的なKASPar商標アッセイは、例えば、KBiosciencesのウエブサイトにおいてインターネット経由で無料で利用可能な、PrimerPicker商標を使用した対立遺伝子特異的プライマー設計、対立遺伝子特異的プライマーを含む反応混合物の調製、マイクロタイタープレートにおけるDNAサンプルと反応混合物の混合、熱循環、蛍光プレートリーダーにおけるプレートの読み取り、ならびに蛍光データのプロットおよびスコア化のステップを含む。それぞれのサンプルからのデータは、x軸とy軸がFAMおよびVIC蛍光値に相当する二次元グラフ上に、一緒にプロットする。同じSNP遺伝子型を有するサンプルをプロット上に1つに集めるすなわち、A/A、A/a、およびa/a。一般的な問題に対する解決策の指針を含めた、KASParシステムに関する一層の技術情報は、KBiosciencesLtd.例えば、theKASParSNPGenotypingSystemReagentManualから入手可能である。連鎖した、密接に連鎖した、および非常に密接に連鎖した:本明細書中で使用する遺伝子またはマーカー間の連鎖は、染色体上の遺伝子またはマーカーが次世代中の個体に一緒に継代される測定可能な確率を示す現象を指すことができる。2つの遺伝子またはマーカーが互いに接近するほど、この確率は接近した状態になる1。したがって、用語連鎖は、マーカー/遺伝子が異なる染色体上に位置する独立した一団から予想される0.5を超える確率で、1つの遺伝子と一緒に継代される1つまたは複数の遺伝子またはマーカーを指すことができる。遺伝子の存在が個体における表現型に貢献するとき、遺伝子と連鎖したマーカーは表現型と連鎖していると言うことができる。したがって、用語連鎖は、マーカーと遺伝子の間の関係、またはマーカーと表現型の間の関係を指すことができる。染色体上の2つの遺伝子またはマーカーの近接性は、遺伝子またはマーカーが次世代中の個体に一緒に継代される確率と直接関連するので、用語連鎖は、本明細書中では、同じ染色体上で互いに約2.0Mb以内に位置する1つまたは複数の遺伝子またはマーカーを指すこともできる。したがって、2つの連鎖遺伝子またはマーカーは、約2.1Mb、2.00Mb、約1.95Mb、約1.90Mb、約1.85Mb、約1.80Mb、約1.75Mb、約1.70Mb、約1.65Mb、約1.60Mb、約1.55Mb、約1.50Mb、約1.45Mb、約1.40Mb、約1.35Mb、約1.30Mb、約1.25Mb、約1.20Mb、約1.15Mb、約1.10Mb、約1.05Mb、約1.00Mb、約0.95Mb、約0.90Mb、約0.85Mb、約0.80Mb、約0.75Mb、約0.70Mb、約0.65Mb、約0.60Mb、約0.55Mb、約0.50Mb、約0.45Mb、約0.40Mb、約0.35Mb、約0.30Mb、約0.25Mb、約0.20Mb、約0.15Mb、約0.10Mb、約0.05Mb、約0.025Mb、および約0.01Mb離れている可能性がある。ダイズにおけるSCN表現型と連鎖したマーカーの特定の例には、ダイズゲノムの第18染色体上のヌクレオチド配列がある。本明細書中で使用する用語密接に連鎖したは、同じ染色体上で互いに約0.5Mb以内に位置する1つまたは複数の遺伝子またはマーカーを指すことができる。したがって、2つの密接に連鎖した遺伝子またはマーカーは、約0.6Mb、約0.55Mb、0.5Mb、約0.45Mb、約0.4Mb、約0.35Mb、約0.3Mb、約0.25Mb、約0.2Mb、約0.15Mb、約0.1Mb、および約0.05Mb離れている可能性がある。本明細書中で使用する用語非常に密接に連鎖したは、同じ染色体上で互いに約100kb以内に位置する1つまたは複数の遺伝子またはマーカーを指すことができる。したがって、2つの非常に密接に連鎖した遺伝子またはマーカーは、約125kb、約120kb、約115kb、約110kb、約105kb、100kb、約95kb、約90kb、約85kb、約80kb、約75kb、約70kb、約65kb、約60kb、約55kb、約50kb、約45kb、約40kb、約35kb、約30kb、約25kb、約20kb、約15kb、約10kb、約5kb、および約1kb離れている可能性がある。ダイズにおけるSCN表現型と非常に密接に連鎖したマーカーの特定の例には、rhg1-3995、BARC_010889_01691、およびNCSB_004074がある。前述の事項を鑑みて、特定遺伝子または表現型と連鎖したマーカーには、その遺伝子または表現型と密接に連鎖したマーカー、およびその遺伝子または表現型と非常に密接に連鎖したマーカーがあることは理解される。SCN表現型の連鎖した、密接に連鎖した、および非常に密接に連鎖した遺伝マーカーは、SCN耐性ダイズ品種の同定、およびこの形質を他のダイズ品種に品種改良してSCN耐性を与えるための、マーカー支援型品種改良プログラムにおいて有用であり得る。遺伝子座:本明細書中で使用する用語遺伝子座は、測定可能な特徴例えば、形質に対応するゲノム上の位置を指す。SNP遺伝子座は、遺伝子座内に含有されるDNAとハイブリダイズするプローブによって定義される。マーカー:本明細書中で使用するマーカーは、特定の対立遺伝子を有する植物を同定するために使用することができる、遺伝子またはヌクレオチド配列を指す。マーカーは、所与のゲノム遺伝子座における変異として記載することができる。遺伝マーカーは、一塩基対の変化一塩基多型、またはSNPが周囲にある配列などの短いDNA配列、または長いDNA配列、例えば、マイクロサテライト/単純反復配列SSRであってよい。マーカー対立遺伝子は、個々の個体中に存在するマーカーの型を指す。本明細書中で使用する、用語マーカーは、ダイズ染色体DNAのクローンセグメント例えば、rhg1-3995、BARC_010889_01691、またはNCSB_004074を含むセグメントを指すことができ、ダイズ染色体DNAのクローンセグメントと相補的なDNA分子例えば、rhg1-3995、BARC_010889_01691、またはNCSB_004074を含むセグメントと相補的なDNAをさらに、または代替的に指すことができる。いくつかの実施形態では、植物中のマーカーの存在を、核酸プローブの使用によって検出することができる。プローブはDNA分子またはRNA分子であってよい。RNAプローブは、当技術分野で知られている手段、例えばDNA分子鋳型の使用によって合成することができる。プローブは、マーカーのヌクレオチド配列、および植物ゲノム由来の追加の連続ヌクレオチド配列の全部または一部を含有し得る。これを本明細書中では連続プローブと呼ぶ。追加の連続ヌクレオチド配列は、従来理解されているように、植物染色体由来の連続ヌクレオチド配列が原型マーカーの5’または3’側に存在するかどうかに応じて、原型マーカーの上流または下流と呼ばれる。当業者によって理解されるように、マーカー中に含めるための追加の連続ヌクレオチド配列を得る方法は、ほぼ無限に繰り返すことができ染色体の長さによってのみ制限される、それによって染色体に沿った追加のマーカーを同定することができる。本発明のいくつかの実施形態において、全ての前に記載したマーカーを使用することができる。オリゴヌクレオチドプローブ配列は合成によって、またはクローニングによって調製することができる。適切なクローニングベクターは当業者によく知られている。オリゴヌクレオチドプローブは標識または非標識状態であってよい。例えば、利用するヌクレオチドを例えば放射性32Pで標識する、ニックトランスレーション、ランダムプライミング、ターミナルデオキシトランスフェラーゼによるテーリングなどによる放射能標識を非制限的に含む、核酸分子を標識するための広く様々な技法が存在する。使用することができる他の標識には、例えば非制限的に、フルオロフォア例えば、FAMおよびVIC、酵素、酵素基質、酵素補因子、酵素阻害剤などがある。あるいは、単独で、または他の反応物質と共に検出可能なシグナルをもたらす標識の使用を、例えば、前に示した標識により標識される受容体と結合するリガンドに置き換えて、単独で、または他の試薬と共に検出可能なシグナルをもたらすことができる。例えば、LearyetalProcNatlAcadSciUSA8040459を参照。プローブは、原型マーカーのヌクレオチド配列と不連続なヌクレオチド配列を含有することができ、このプローブは本明細書中では不連続プローブと呼ぶ。不連続プローブの配列は、ゲノム上の原型マーカーの配列と十分密接して位置し、したがって不連続プローブは同じ遺伝子または形質例えば、SCN耐性と遺伝的に連鎖している。例えば、いくつかの実施形態では、不連続プローブは、ダイズゲノム上の原型マーカーの500kb、450kb、400kb、350kb、300kb、250kb、200kb、150kb、125kb、100kb、0.9kb、0.8kb、0.7kb、0.6kb、0.5kb、0.4kb、0.3kb、0.2kb、または0.1kb以内に位置する。プローブは、検出するマーカーの正確なコピーであってよい。プローブは、対象生物例えばダイズの染色体DNAのクローンセグメントと実質的に同一であるヌクレオチド配列を含む、またはそれからなる核酸分子であってもよい。本明細書中で使用する用語実質的に同一であるは、85を超えて同一であるヌクレオチド配列を指すことができる。例えば、実質的に同一であるヌクレオチド配列は、参照配列と85.5、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または99.5同一であってよい。プローブは、検出するマーカーの正確なコピーDNA標的と特異的にハイブリダイズ可能であるまたは特異的に相補的である核酸分子であってもよい。特異的にハイブリダイズ可能であると特異的に相補的であるは、核酸分子とDNA標的の間で安定的かつ特異的な結合が生じるような、十分な程度の相補性を示す用語である。核酸分子は、特異的にハイブリダイズ可能であるその標的配列と100相補的である必要はない。特異的結合が望ましい条件下、例えばストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、核酸と非標的配列の非特異的結合を回避するのに十分な程度の相補性があるとき、核酸分子は特異的にハイブリダイズ可能である。個々の程度のストリンジェンシーをもたらすハイブリダイゼーション条件は、選択するハイブリダイゼーション法の性質、ならびにハイブリダイズする核酸配列の組成および長さに応じて変化する。一般に、ハイブリダイゼーションの温度、およびハイブリダイゼーションバッファーのイオン強度特にNaおよび/またはMg濃度がハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを決定するが、洗浄時間もストリンジェンシーに影響を与える。個々の程度のストリンジェンシーを得るのに必要なハイブリダイゼーション条件に関する計算は当業者に知られており、例えば、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManual2ndedvol13ColdSpringHarborLaboratoryPressColdSpringHarborNY1989chapters9and11およびHamesandHigginsNucleicAcidHybridizationIRLPressOxford1985において論じられる。核酸のハイブリダイゼーションに関するさらなる詳細な説明および指針は、例えば、TijssenOverviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyofnucleicacidprobeassaysinLaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiologyHybridizationwithNucleicAcidProbesPartIChapter2ElsevierNY1993およびAusubeletalEdsCurrentProtocolsinMolecularBiologyChapter2GreenePublishingandWileyInterscienceNY1995において見ることができる。本明細書中で使用するストリンジェントな条件は、ハイブリダイゼーション分子とDNA標的の間に50未満のミスマッチがある場合のみ、その下でハイブリダイゼーションを行う条件を包含する。ストリンジェントな条件は、特定レベルのストリンジェンシーをさらに含む。したがって、本明細書中で使用する適度なストリンジェンシー条件は、その下で50を超える配列ミスマッチがある分子がハイブリダイズしない条件であり、高いストリンジェンシーの条件は、その下で20を超えるミスマッチがある配列がハイブリダイズしない条件であり、非常に高いストリンジェンシーの条件は、その下で10を超えるミスマッチがある配列がハイブリダイズしない条件である。以下は代表的な、非制限的なハイブリダイゼーション条件である。少なくとも90の配列同一性を共有する配列を検出する非常に高いストリンジェンシー。16時間65°Cにおいて5×SSCバッファー中でのハイブリダイゼーション、それぞれ15分間室温において2×SSCバッファー中での二回の洗浄、およびそれぞれ20分間65°Cにおいて0.5×SSCバッファー中での二回の洗浄。少なくとも80の配列同一性を共有する配列を検出する高いストリンジェンシー。16~20時間65~70°Cにおいて5×~6×SSCバッファー中でのハイブリダイゼーション、それぞれ5~20分間室温において2×SSCバッファー中での二回の洗浄、およびそれぞれ30分間55~70°Cにおいて1×SSCバッファー中での二回の洗浄。少なくとも50の配列同一性を共有する配列を検出する適度なストリンジェンシー。16~20時間室温~55°Cにおいて6×SSCバッファー中でのハイブリダイゼーション、それぞれ20~30分間室温~55°Cにおいて2×~3×SSCバッファー中での少なくとも二回の洗浄。前に論じた全てのプローブに関して、プローブは、追加の核酸配列、例えばプロモーター、転写シグナル、および/またはベクター配列を含むことができる。前に論じた任意のプローブを使用して、SCN耐性と関連がある遺伝子と密接に連鎖した追加のマーカーを定義することができ、このように同定したマーカーは、本開示中で命名した例示的なマーカーと同等である可能性があり、したがって本発明の範囲内にある。マーカー支援型品種改良:本明細書中で使用する用語マーカー支援型品種改良は、1つまたは複数の複雑な形質例えば、SCN耐性に関して直接品種改良するための手法を指すことができる。現行では、植物生産者は、農業経済学的に望ましい形質と連鎖した、花の色、種皮の外見、またはアイソザイム変異などの、容易に検出可能な形質を確認しようと試みる。したがって植物生産者は、容易に検出可能な形質の分離を追求することにより分離、品種改良集団において農業経済学的に望ましい形質を追求する。しかしながら、植物の品種改良に使用することができるこのような連鎖関係は非常に少ない。マーカー支援型品種改良は、植物品種を改良するための、時間およびコスト効率の良い方法をもたらす。マーカー支援型品種改良の適用のいくつかの例は、アイソザイムマーカーの使用に関する。例えば、TanksleyandOrtonedsIsozymesinPlantBreedingandGeneticsAmsterdamElsevierを参照。一例は、トマトにおける線虫疫病に耐性がある遺伝子と関係があるアイソザイムマーカーである。Miという名称の遺伝子によって制御される耐性はトマトの第6染色体上に位置し、Aps1、酸性ホスファターゼアイソザイムと非常に密接に連鎖している。Mi遺伝子を間接的に選択するためのAps1アイソザイムマーカーの使用は、標準的な電気泳動技法により集団の分離を明確に決定することができ、アイソザイムマーカーを実生組織においてスコア化し、植物を成熟状態に維持する必要をなくすことができ、アイソザイムマーカー対立遺伝子の共同優占はホモ接合体とヘテロ接合体の区別を可能にするという利点を与えた。RickinTanksleyandOrton上記を参照。量的形質遺伝子座:本明細書中で使用する用語量的形質遺伝子座QTLは、様々な程度で量的形質、もしくは表現型の根底をなし、2つ以上のDNA配列例えば遺伝子、非コード配列、および/または遺伝子間配列の間の相互作用の原因となり得る、考えられるDNA配列例えば遺伝子、非コード配列、および/または遺伝子間配列として同定されているDNAのストレッチ、またはDNAの発現産物およびそれらの環境を指すことができる。量的形質遺伝子座QTLを分子的に同定して、量的形質の指定に関与する配列を含有するゲノム領域のマッピングを手助けすることができる。本明細書中で使用する用語QTL間隔は、QTL形質の根底をなす遺伝子と連鎖したDNAのストレッチを指すことができる。QTL間隔は、典型的には、ただし必ずではないが、QTL自体より大きい。QTL間隔は、QTLに関して5’および/または3’であるDNAのストレッチを含有することができる。配列同一性:2つの核酸またはポリペプチド配列の文脈で、本明細書中で使用する用語配列同一性または同一性は、指定比較ウインドウにわたり最大対応性でアラインメントをとるとき同一である、2つの配列中の残基を指すことができる。本明細書中で使用する用語配列同一性の割合は、比較ウインドウにわたる2つの最適アラインメント配列例えば、核酸配列の比較によって決定される値を指すことができ、比較ウインドウ中の配列の一部分は、2配列の最適アラインメントに関して付加または欠失を含まない参照配列と比較して付加または欠失即ちギャップを含む可能性がある。その割合は、同一ヌクレオチドまたはアミノ酸残基が両配列中に存在する位置の数を決定して一致位置の数を得ること、比較ウインドウ中の位置の総数で一致位置の数を割ること、およびその結果に100を掛けて配列同一性の割合を得ることによって計算される。比較用配列のアラインメントをとるための方法は当技術分野でよく知られている。様々なプログラムおよびアラインメントアルゴリズムは、例えば、SmithandWatermanAdvApplMath2482NeedlemanandWunschJMolBiol48443PearsonandLipmanProcNatlAcadSciUSA852444HigginsandSharpGene7323744HigginsandSharpCABIOS51513CorpetetalNucleicAcidsRes161088190HuangetalCompApplBiosci815565PearsonetalMethodsMolBiol2430731TatianaetalFEMSMicrobiolLett17424750中に記載される。配列アラインメント法および相同性の計算の詳細な考察は、例えば、AltschuletalJMolBiol21540310において見ることができる。国立生物工学情報センターTheNationalCenterforBiotechnologyInformationNCBIのBasicLocalAlignmentSearchToolBLAST商標;Altschuletalを、いくつかの配列分析プログラムと共に使用するため、国立生物工学情報センターBethesda、MDを含めたいくつかの供給源から、およびインターネットで利用可能である。このプログラムを使用した配列同一性の決定の仕方に関する記載は、BLAST商標のヘルプセクションの下においてインターネットで利用可能である。核酸配列の比較のため、デフォルトパラメーターに設定したデフォルトBLOSUM62マトリックスを使用して、BLAST商標BlastnプログラムのBlast2sequences機能を利用することができる。参照配列とさらに高い類似性を有する核酸配列は、この方法によって評価すると高い割合の同一性を示す。一塩基多型:本明細書中で使用する用語一塩基多型SNPは、個体におけるゲノムまたは他の共有配列中の一ヌクレオチドが種または対の染色体のメンバー間で異なるときに存在する、DNA配列変異を指すことができる。集団内で、特定集団において観察される遺伝子座での最小対立遺伝子頻度であるわずかな対立遺伝子頻度を、SNPに割り当てることができる。これは単に、一塩基多型に関する2つの対立遺伝子頻度の低い方である。異なる集団は、少なくとも若干異なる対立遺伝子頻度を示すと予想される。特定集団は、有意に異なる対立遺伝子頻度を示し得る。いくつかの例では、SCN耐性と連鎖したマーカーはSNPマーカーである。SNPは遺伝子のコード配列内、遺伝子の非コード領域内、または遺伝子間の遺伝子内領域内に入り得る。コード配列内のSNPは、遺伝コードの縮重のため、生成されるタンパク質のアミノ酸配列を必ずしも変えるわけではない。両型が同じポリペプチド配列をもたらすSNPは同義的と呼ばれる時折サイレント突然変異と呼ばれる。異なるポリペプチド配列が生成する場合、それらは非同義的と呼ばれる。非同義的変化はミスセンスまたはナンセンスのいずれかであってよく、ミスセンス変化は異なるアミノ酸をもたらし、ナンセンス変化は早期の停止コドンをもたらす。タンパク質コード領域に存在しないSNPは、遺伝子スプライシング、転写因子結合の産物、または非コードRNAの配列を依然有し得る。SNPは通常2対立遺伝子であり、したがって植物および動物において容易にアッセイされる。SachidanandamNature40992833。形質または表現型:用語形質と表現型は、本明細書中では交互に使用する。本開示の目的では、特定対象の形質はSCN耐性である。III.対象の形質と連鎖したマーカーのQTLベースの同定A.概要いくつかの実施形態では、従来のマッピング手法と異なる戦略を使用して、形質例えば、SCN耐性をマッピングする。例えば、便宜上、4ステップを含むものとして記載することができる戦略に従い、形質をマッピングすることができる。第1のステップでは、マッピングする形質に相当するQTL間隔の標的領域を決定することができる。第2のステップでは、標的ゲノム例えば、ダイズゲノムの決定したQTL間隔内または近辺に位置するマーカー例えば、SNPマーカーを選択することができる。第3のステップでは、選択したマーカーに関する個々の対象の遺伝子型決定を容易にする、特異的プライマーを設計することができる。特定の例では、KASPar商標遺伝子型決定アッセイ中で使用するための特異的プライマーを設計する。第4のステップでは、形質の分離を示す集団を特異的プライマーを使用してスクリーニングし、形質と連鎖したマーカーを同定することができる。B.対象の形質と連鎖したマーカーおよびそれらの同定QTL間隔の標的領域の決定およびマーカーの同定。当業者に利用可能な任意の技法により、QTLを決定することができる。例えば、特定形質に貢献することが知られている遺伝子の位置を参照することによって、対象の特定形質に対応するQTLの物理的位置を最初に決定することができる。いくつかの実施形態では、それぞれ第8、11、18、および20染色体上の少なくとも4領域においてSCN耐性遺伝子を同定することができる。例えば、ConcibidoetalTheorApplGenet9323441ConcibidoetalCropSci3725864MeksemetalTheorApplGenet99113142QuietalTheorApplGenet9835664MeksemetalMolBreeding76371LietalMolBreeding246376WuetalTheorApplGenet1181093105、米国特許第5,491,081号、同第6,096,944号、同第6,162,967号、同第6,271,437号、同第6,284,948号、同第6,300,541号、同第6,538,175号、同第7,154,021号、同第7,485,770号、U.S.S.N.20020129402、20020144310、20030005491、20030135881、20060225150、20060253919、20080072352、および20090100537、ならびに国際PCT公開WO1995020669A2、WO2001051627A2、およびWO2008153804A2を参照。いくつかの実施形態では、最初に同定したQTLを、最初に同定したQTLの境界と同じまたは異なる境界をゲノム内に有し得るQTLの、低複雑性または広範囲の一覧にグループ分けまたは分類する。いくつかの実施形態では、QTL形質と連鎖するマーカーを含有する可能性がある、DNAの領域を選択することができる。この領域はQTL間隔と呼ぶことができる。例えば、QTL間隔は、5’方向と3’方向の一方または両方に、QTLおよびQTL付近に存在する追加のゲノムDNAを含むDNAの領域であってよい。いくつかの実施形態では、QTL間隔は、約4Mb、約3.5Mb、約3Mb、約2.5Mb、約2Mb、約1.5Mb、または約1Mbであってよい。特定の実施形態では、標的ゲノムを検索して、QTL、およびQTL間隔内部、その近辺、またはその間に物理的に位置するマーカーを同定することができる。知られているマーカーの位置を含有する参照マップが標的ゲノムに利用可能である場合、その参照マップを使用してマーカーを同定することができる。標的ゲノムの核酸配列は、例えばBLAST商標などのソフトウエアによって検索することもできる。いくつかの実施形態では、SNPマーカーを同定することができる。いくつかの実施形態では、SCN耐性形質に対応するダイズゲノムのQTL、およびQTL間隔内部、その近辺、またはその間に物理的に位置する、マーカーを同定することができる。特定の例では、SCN耐性形質に対応するダイズゲノムのQTL、およびQTL間隔内部、その近辺、またはその間に物理的に位置する、同定するSNPマーカーは、表2中に列挙するマーカーからなる群から選択することができる。他の実施形態では、対象の形質に対応するQTL、およびQTL間隔内部、その近辺、またはその間に物理的に位置する、同定したマーカーから、特定マーカーを選択することができ、そこからマッピング集団を作製する親株の間で、それらのマーカーは多型である。親株間の所与のマーカーの多型は、親株から生じるマッピング集団中の組換え事象を追跡する能力と直接関係がある。特定の例では、親ダイズ株間の多型マーカーを選択しSCN耐性マッピング集団をスクリーニングして、存在する場合、どの多型マーカーがSCN耐性形質と連鎖しているか決定する。このようなマーカーは、SNPマーカーの1つの対立遺伝子がSCN耐性個体中にのみ出現し、かつSNPマーカーの他の対立遺伝子がSCN感受性個体中にのみ出現するように分離し得る。マッピング集団は、SCN耐性である一品種をSCN感受性である別の品種と交配させることによって作製することができる。いくつかの実施形態では、マッピング集団は、約10、約20、約30、約40、約50、約60、約70、約80、約90、約95、約100、約150、約200、約250、約300、約350、約400、約450、約500、またはそれより多くの個体を含むことができる。いくつかの実施形態では、SCN耐性ダイズ生殖質98860-71を1つまたは複数のSCN感受性生殖質複数可例えば、75213および6CH026-035と交配して、マッピング集団を作製することができる。いくつかの実施形態では、多型マーカーは、対象のSCN耐性形質に対応する遺伝子またはQTLと連鎖しているかまたは内部に存在する一塩基多型SNPであってよい。これらのSNPマーカーは、それだけには限られないが、対象領域全体の短いもしくは長い配列の読み取りを可能にするサンガーの配列決定法またはハイスループット配列決定次世代方法を含めた、当技術分野で知られている任意のDNA配列決定法を使用して、遺伝子またはQTLを含有する領域全体の配列決定により検出することができる。配列決定による遺伝子型決定をSNPマーカーの検出に使用する、このような実施形態では、対象の遺伝子またはQTLにおけるSNPを含有する領域の隣接配列に対応するプライマーを配列決定性に利用して、対象領域全体を配列決定することができる。このような実施形態では、本明細書中に例示するSNPの検出のため対象領域全体の配列決定に異なる遺伝子型を使用するとき、本明細書中に例示するSNP以外の他のSNPを同定することができる。このような実施形態では、本明細書中に例示するSNP自体個々のSNPまたは例示した配列と連鎖した他のSNPとの組合せハプロタイプを、対象のSCN耐性形質に関する植物のマーカー支援型選択のため、遺伝子型を区別するのに利用することができる。プライマー設計および連鎖のスクリーニング。オリゴヌクレオチドプローブ例えばプライマーを設計して、対象の形質に対応するQTL、およびQTL間隔内部、その近辺、またはその間に物理的に位置するマーカーを特異的に検出することができる。一般に、マーカーの1対立遺伝子のみと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブを設計することができる。いくつかの実施形態では、各々が他のプローブが特異的にハイブリダイズしないSNP対立遺伝子と特異的にハイブリダイズするように、2つのオリゴヌクレオチドプローブを設計してSNPマーカーを検出する。当業者によって理解されるように、個々のマーカーに関するオリゴヌクレオチドプローブの長さまたは組成は、プローブをマーカーの1対立遺伝子に非特異的にせずに、確立した原理に従い変えることができる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブはプライマーであってよい。具体的な実施形態では、KASPar商標遺伝子型決定アッセイにおいてマーカーを検出するための、プライマーを設計することができる。特定の実施形態では、KASPar商標遺伝子型決定アッセイを使用してダイズにおけるSCN耐性表現型と連鎖したマーカーを検出するための、プライマーを設計することができる。これらおよびさらなる実施形態では、検出システムはマッピング集団における個体の遺伝子型を決定するためのハイスループットで好都合な形式をもたらすことができ、それによって特定遺伝子または形質を有する個体の同定を非常に容易にすることができ、マーカー支援型選択プログラムの実施または実行を非常に容易にすることもできる。具体的な実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、TAQMAN登録商標遺伝子型決定アッセイにおいてマーカーを検出するように設計されたプライマーであってよい。この方法は、SCN耐性遺伝子と密接に連鎖したマーカーに特異的なプライマー、および一塩基多型SNPを含有する蛍光標識プローブを利用する。耐性と関係があるSNPプローブはFAMなどの蛍光色素で標識し、一方感受性と関係があるプローブはVICなどの異なる蛍光色素で標識する。データは蛍光色素シグナルの有無として分析する。検出システムはマッピング集団における個体遺伝子型決定の多重化などの、ハイスループットで好都合な形式をもたらすことができ、それによって特定遺伝子または形質を有する個体の同定を非常に容易にすることができ、マーカー支援型選択プログラムの実施または実行を非常に容易にすることもできる。例えば例示的マーカーと追加のマーカーの間の組換え頻度を決定することによって、本明細書中で命名する任意の例示的マーカー例えば、表3中に列挙するマーカー、例えばrhg1-3995、BARC_010889_01691、およびNCSB_004074などの同等物として、追加のマーカーを同定することができる。このような決定は、MatherTheMeasurementofLinkageinHeredityMethuenCoLondonの方法に基づく正射影法、次に組換え頻度を決定するための最大尤度試験を利用することができる。AllardHilgardia2423578。組換え頻度の値が0.10すなわち10以下である場合、追加のマーカーは、本開示の方法中で使用する目的の特定の例示的マーカーと、同等であると考えられる。本発明のいくつかの実施形態では、任意および全てのSCN耐性遺伝子と連鎖したマーカーを同定することができる。さらに、本発明のいくつかの実施形態では、全てのSCNHG種に関する任意および全ての耐性に貢献する遺伝子座を制御するマーカーを同定することができる。ダイズにおけるSCN耐性をもたらすための手段はSNPマーカー対立遺伝子であってよく、生殖質98860-71に属するかまたは由来するダイズ植物における、そのSNPマーカー対立遺伝子の検出は、その核酸配列を含む植物がSCN耐性表現型を有する、強力な指標を少なくとももたらす。いくつかの例では、ダイズにおけるSCN耐性をもたらすための手段は、表3中に列挙するマーカーからなる群から選択されるマーカーである。特定の例では、ダイズにおけるSCN耐性をもたらすための手段は、rhg1-3995、BARC_010889_01691、およびNCSB_004074からなる群から選択されるマーカーである。SCN耐性表現型を有するダイズ植物を同定するための手段は、SCN耐性遺伝子型を有する生殖質9886071に属するかまたは由来するダイズ植物から得たサンプルに加えると検出可能なシグナルを示す分子であってよいが、SCN耐性表現型を有さない生殖質98860-71に属するかまたは由来するダイズ植物から得たサンプルに加えると、その手段は検出可能なシグナルを示さない。核酸の特異的ハイブリダイゼーションは検出可能なシグナルであり、SCN耐性表現型と連鎖したSNPマーカー対立遺伝子と特異的にハイブリダイズする核酸プローブは、したがってSCN耐性表現型を有するダイズ植物を同定するための手段であり得る。いくつかの例では、SCN耐性表現型を有するダイズ植物を同定するための手段は、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブである。C.対象の形質と連鎖したマーカーを使用する方法対象の形質例えば、ダイズにおけるSCN耐性と連鎖した核酸分子マーカーを使用して対象の形質を有する植物を同定する方法は、植物生産者にコスト節約をもたらすことができる。このような方法は、例えば、SCN耐性を有するダイズ植物品種を脆弱性植物品種と交配させることによって開発中に生じる個々の植物を、表現型決定する必要性を除去することができるからである。特定の実施形態では、ダイズにおけるSCN耐性と連鎖したマーカーを使用して、SCN耐性の1つまたは複数の決定因子を含有するDNAのセグメント複数可を移動させることが可能である。特定の実施形態では、表3中に列挙するマーカーおよびそれらの同等物であるマーカーを含むマーカーの群から、マーカーを選択することができる。いくつかの実施形態では、rhg1-3995、BARC_010889_01691、およびNCSB_004074からなる群からマーカーを選択することができる。いくつかの実施形態では、ダイズにおけるSCN耐性と連鎖したマーカーを使用してSCN耐性の1つまたは複数の決定因子を含有するDNAのセグメント複数可を移動させる方法は、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブで、2つの親植物のゲノムDNAを分析するステップと、2つの親植物遺伝子型を有性交配して子孫集団を得るステップと、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーの存在に関してこれらの子孫を分析するステップと、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーを含有する子孫をレシピエントの遺伝子型と戻し交配させて第1の戻し交配集団を生成するステップと、次いで、親の遺伝子型およびSCN耐性表現型によって示される任意の望ましい形質複数可を含む最終子孫を得られるまで、戻し交配プログラムを続けるステップとを含むことができる。特定の実施形態では、各交配および戻し交配ステップにおいて得られる個々の子孫は、各世代でのSCNマーカー分析によって選択する。いくつかの実施形態では、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブを用いた2つの親植物のゲノムDNAの分析によって、一方の親植物が、プローブが特異的にハイブリダイズする少数の連鎖マーカーを含むこと、またはプローブが特異的にハイブリダイズする連鎖マーカーを含まないことが明らかになる。いくつかの実施形態では、各交配および/または戻し交配において得られる個々の子孫は個々の植物の配列変異によって選択する。いくつかの実施形態では、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーを使用して、遺伝子形質転換により植物例えばダイズ中にSCN耐性の1つまたは複数の決定因子を導入することができる。特定の実施形態では、表3中に列挙するマーカーおよびそれらの同等物であるマーカーを含むマーカーの群から、マーカーを選択することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子組換えにより植物中にSCN耐性の1つまたは複数の決定因子を導入するための方法は、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブで植物例えばダイズのゲノムDNAを分析して、植物中のSCN耐性の1つまたは複数の決定因子を同定するステップと、例えばゲノムDNAを抽出し1つまたは複数の制限エンドヌクレアーゼ酵素でそのゲノムDNAを消化することによって、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーを含む植物のゲノムDNAのセグメントを単離するステップと、DNAの単離セグメントを場合によっては増幅するステップと、宿主植物の細胞または組織中にDNAの単離セグメントを導入するステップと、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブで宿主植物のDNAを分析して、宿主植物中のSCN耐性の1つまたは複数の決定因子を同定するステップとを含むことができる。特定の実施形態では、DNAの単離セグメントを、それが宿主植物のゲノムに安定的に組み込まれるように宿主植物中に導入することができる。いくつかの実施形態では、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーを使用して、他の生物、例えば植物中にSCN耐性の1つまたは複数の決定因子を導入することができる。特定の実施形態では、表3中に列挙するマーカーおよびそれらの同等物であるマーカーを含むマーカーの群から、マーカーを選択することができる。いくつかの実施形態では、ダイズ以外の生物中にSCN耐性の1つまたは複数の決定因子を導入するための方法は、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブで植物例えばダイズ植物のゲノムDNAを分析して、植物中のSCN耐性の1つまたは複数の決定因子を同定するステップと、例えばゲノムDNAを抽出し1つまたは複数の制限エンドヌクレアーゼ酵素でそのゲノムDNAを消化することによって、SCN耐性の1つまたは複数の決定因子を含む植物のゲノムDNAのセグメントを単離するステップと、DNAの単離セグメントを場合によっては増幅するステップと、ダイズ以外の生物中にDNAの単離セグメントを導入するステップと、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能であるプローブでダイズ以外の生物のDNAを分析して、生物中のSCN耐性の1つまたは複数の決定因子を同定するステップとを含むことができる。他の実施形態では、DNAの単離セグメントを、それが生物のゲノムに安定的に組み込まれるように生物中に導入することができる。いくつかの実施形態では、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーを使用して、SCN耐性の1つまたは複数の決定因子を有する植物を同定することができる。いくつかの実施形態では、植物はダイズ植物であってよい。例えば、植物は生殖質98860-71のダイズ植物であってよい。特定の実施形態では、核酸分子例えば、ゲノムDNAまたはmRNAを植物から抽出することができる。抽出した核酸分子は、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーと特異的にハイブリダイズ可能である1つまたは複数のプローブと、次いで接触させることが可能である。抽出した核酸分子と1つまたは複数のプローブの特異的ハイブリダイゼーションは、植物におけるSCN耐性の1つまたは複数の決定因子の存在を示す。いくつかの実施形態では、SCN耐性の多数の決定因子と連鎖したマーカーを同時に使用することができる。他の実施形態では、1つのSCN耐性の決定因子のみと連鎖したマーカーを使用することができる。具体的な例では、1つまたは複数の特定SCNHGレース例えば、レース1、レース2、レース3、レース5、およびレース14に関してSCN耐性と連鎖したマーカーを同時に使用することができる。例えば、異なるSCNHGレースに関してSCN耐性と連鎖した複数のマーカーを同時に使用することができる。実施例以下の実施例は、特定の個々の特徴および/または実施形態を例示するために示される。これらの実施例は、記載する個々の特徴または実施形態に対する開示を制限するものと解釈すべきではない。材料および方法24個のダイズ栽培種およびSCNマッピング親を使用して、SCN耐性表現型と連鎖したマーカーを同定した。14の栽培種、75110、75155、75163、99630、99726、95895-755PRU、99345-31、75192、75209、75159、Essex、Williams82、75213、および6CH026-035がSCN感受性であった。10の栽培種、Maverick、Peking、PI209332、PI437654、99811、99294、Forrest、PI88788、PI437654、および98860-71がSCN耐性であった。SCNバイオアッセイ:SCNバイオアッセイを実施して、SCN耐性ダイズ品種98860-71とSCN感受性ダイズ品種75213および6CH026-035の交配によって生じたマッピング集団の表現型の情報を得た。使用したマッピング集団の表現型の情報は表3中に列挙する。当技術分野は、ダイズ品種における耐性レベルを分類するための均一な手法を有していない。したがって、耐性レベルはSCNスコアの点で分類した。SCNスコア0~10=R耐性、SCNスコア10.1~29.9=MR中程度の耐性、SCNスコア30.0~59.9=MS中程度の感受性、および60=S感受性。周知の感受性および耐性株と試験株を比較することによって、SCN指数値を測定した。指数スコアは、サンプルに関して観察したSCN感受性の割合に直接基づいた。例えば、試験株が9植物の各々において10の嚢子を有し、Williams感受性が9植物の各々において100の嚢子を有した場合、試験株は10の指数で分類した。最終指数は9植物のスコアの平均であった。KASPar商標反応:SNPを有するDNA配列を提供することにより、KLIMS商標KBioscienceLaboratoryManagementSystemにおいてPrimerPicker商標ツールを使用してKASPar商標プライマーを設計した。3つのプライマー、A1対立遺伝子特異的プライマー1、A2対立遺伝子特異的プライマー2、およびC一般的なリバースプライマーを、KASPar商標の化学的性質に基づき各々のSNP配列用に設計した。各KASPar商標反応のアッセイ混合物は、KASPar商標SNP遺伝子型決定システムv2.0中と同様に調製した。最終反応体積は反応当たり5μLであり、1μLのDNA鋳型5ng/μL、2.5μLの2×反応混合物、0.06875μLのアッセイ混合物、0.04μLの50mMMgCl2、および1.39125μLのddH2Oを含んでいた。アッセイは384ウエル形式で実施した。アッセイ中に使用した熱循環条件は製造者の説明書に従った。94°Cで15分間、20サイクルの94°Cで10秒間、57°Cで5秒間、および72°Cで10秒間、ならびに22サイクルの94°Cで10秒間、57°Cで20秒間、および72°Cで40秒間。PCR用プレートを遠心分離し、対立遺伝子特異的FAMとVICの強度を室温において分光蛍光計TecanGENios商標、Mannedorf、スイスで読み取った。データは直接ロードし、KlusterCaller商標を使用してKLIMS商標で分析した。SCN耐性遺伝子と連鎖したQTLおよびQTL間隔の物理的位置の同定SCN耐性に関与するQTLを、SCNに関する文献を研究することにより初期に同定した。SCNに関する文献中に見られる初期に同定したSCN関連QTLは、図1a、図1a-1、図1b及び図1b-1図1a-1は図1aの続き、図1b-1は図1bの続き中に列挙する。SCNに関する文献中で初期に同定されたQTLの一覧から、異なるSCNレースに対する耐性に関与するいくつかの異なるQTL間隔を、ダイズゲノムマップとの参照によって決定した。例えば図2を参照。例えば、図3中に示すように連鎖群LGGにおけるQTL間隔を決定し、図4中に示すようにLGA2におけるQTL間隔を決定し、図5中に示すようにLGB1におけるQTL間隔を決定し、図6中に示すようにLGIにおけるQTL間隔を決定した。表2は、異なるSCNレースに対する耐性に関与する、例示的QTLおよびそれらの対応する決定したQTL間隔を列挙する。SCN耐性遺伝子と連鎖したQTLおよびQTL間隔の内部/近辺/間に物理的に位置するSNPマーカーの同定決定したQTL間隔の内部、その近辺、またはその間に物理的に位置するSNPマーカーに関して、BLAST商標を使用してダイズゲノムを検索した。これらのSNPマーカーのいくつかは、SCN耐性表現型と連鎖している可能性があると仮定した。合計79個のSNPマーカーを、24個のダイズ株14のSCN感受性と10のSCN耐性を使用する初期スクリーニング用に選択して、存在する場合、これらのSNPマーカーのどれがSCN耐性表現型と連鎖しているかを決定した。79個のマーカーの25個がLGGに位置し、マーカーの12個がLGA2に位置し、マーカーの22個がLGB1に位置し、マーカーの20個がLGIに位置した。79個の選択したマーカーの全てを表2中に列挙する。KASPar商標アッセイの開発24個の親株における79個のSNPマーカーの初期スクリーニングを、KASPar商標遺伝子型決定アッセイを使用して実施した。75個のSNPマーカーを確認した。LGGGm18において21個のSNPマーカーを確認した。NCSB_004072、BARC_015277_01929、NCSB_004073、NCSB_004074、NCSB_004075、NCSB_004076、NCSB_004077、NCSB_004078、NCSB_004079、NCSB_004080、NCSB_004081、NCSB_004082、NCSB_004083、NCSB_004084、NCSB_004085、NCSB_004086、NCSB_004097、NCSB_004098、NCSB_004107、NCSB_004108、およびNCSB_004109。LGA2Gm08において12個のSNPマーカーを確認した。BARC_025911_05089、BARC_019419_02921、NCSB_001710、NCSB_001711、NCSB_001712、NCSB_001713、NCSB_001714、NCSB_001715、NCSB_001716、NCSB_001717、NCSB_001718、およびNCSB_001719。LGB1Gm11において22個のSNPマーカーを確認した。NCSB_002644、NCSB_002645、NCSB_002646、NCSB_002647、NCSB_002648、NCSB_002649、NCSB_002650、NCSB_002651、NCSB_002652、NCSB_002653、NCSB_002654、NCSB_002655、NCSB_002656、NCSB_002657、BARC_007704_00091、BARC_010269_00537、BARC_904050_01007、BARC_019557_03202、BARC_018649_03221、BARC_025703_04999、BARC_013547_01157、およびBARC_035379_07178。LGIGm20において20個のSNPマーカーを確認した。NCSB_004974、NCSB_004975、NCSB_004977、NCSB_004979、NCSB_004882、NCSB_004883、NCSB_004884、NCSB_004886、NCSB_004887、NCSB_004889、NCSB_004880、NCSB_004882、NCSB_004883、NCSB_004884、NCSB_004885、NCSB_004887、NCSB_004888、NCSB_004899、NCSB_004900、およびNCSB_004903。初期スクリーニングは、24個の親株間で44個のSNPマーカーを多型として同定した。SCN耐性ダイズ品種98860-71とSCN感受性ダイズ品種75213および6CH026-035の交配によって生じたマッピング集団に関するさらなる連鎖試験用に、24個の多型マーカーNCSB_001716LGA2、NCSB_002645B1、NCSB_002646B1、NCSB_002648B1、NCSB_002651B1、NCSB_002652B1、NCSB_002654B1、NCSB_002656B1、BARC_013547_01157B1、NCSB_004073G、NCSB_004074G、NCSB_004078G、NCSB_004080G、NCSB_004084G、NCSB_004085G、NCSB_004097G、NCSB_004109G、BARC_012237_01755G、rgh1-689G、rgh1-757G、rgh1-2564G、rgh1-3995G、およびNCSB_004900Iを選択した。図7は、4個の多型マーカーに関するKASPar商標アッセイからの、代表的な遺伝子型決定データを示す。SCN耐性親と感受性親の間で15個のSNPマーカーが多型であった。これらの15個の多型SNPマーカーは、マッピング集団中の93の個体に対して後にスクリーニングした。マッピング集団の個体に対して試験した親株間で、多型であった15個のSNPマーカーの中で、3個のSNP、NCSB_004074、BARC_010889_01691、およびrhg1-3995のみがSCN耐性形質との同時分離を示した。図8。これら3個のマーカーに関して個体の遺伝子型を決定するのに使用したKASPar商標プライマー配列は、表3中に列挙する。参照としてダイズ栽培種Williams82のゲノム核酸配列を使用すると、BARC_010889_01691は1,674,511塩基対で第18染色体上に位置し、NCSB_004074は1,663,671塩基対で第18染色体上に位置し、rgh1-3995は1,714,741塩基対で第18染色体上に位置する。3個の連鎖マーカーNSCB_004074、BARC_010889_01691、およびrhg1-3995は全て、rhg1遺伝子座内rhg1-3995、または連鎖群Gにおいてその近辺BARC_010889_01691およびNCSB_004074のいずれかに位置する。耐性および中程度の耐性の表現型に関して、3個の連鎖マーカー全ての遺伝子型が表現型と一致した。感受性株に関しては、BARC_010889_01691は表現型と5つのミスマッチがあり、NSCB_004074は9つのミスマッチがあり、rhg1-3995は6つのミスマッチがあった。表4参照。本発明者らが、これら3個のSNPマーカーを用いて任意の感受性遺伝子型を同定した後、偽陰性率は0である。言い換えると、本発明者らは、3個のマーカーを使用して、SCN感受性表現型を完璧な精度で同定することができる。本発明者らは、約10~18の偽陽性率でSCN耐性遺伝子型を予測することもできる51、感受性サンプルの合計数割る5または9。したがって、同定されたSCN耐性遺伝子型の中で、それらの5~9のみがSCN感受性表現型を示すと予想される。SCN耐性表現型と連鎖したLGA2、LGB1、およびLGIにおけるSNPマーカー連鎖群A2、B1、およびIにおけるSCN耐性と関連があるQTL間隔の内部、その近辺、またはその間に物理的に位置するSNPマーカーに関して、BLAST商標を使用してダイズゲノムを検索する。SNPマーカーの一覧はBLAST商標検索によって作製する。複数のSNPマーカーを、SCN感受性およびSCN耐性ダイズ株を使用する初期スクリーニング用に選択して、存在する場合、連鎖群A2、B1、およびIにおけるこれらのSNPマーカーのどれがSCN耐性表現型と連鎖しているかを決定する。親株において選択したSNPマーカーの初期スクリーニングを、KASPar商標遺伝子型決定アッセイを使用して実施する。一組の選択したSNPマーカーを確認し、その部分集合は親株間の多型として同定する。多型SNPマーカーの少なくとも1つを、SCN耐性ダイズ品種と1つまたは複数のSCN感受性ダイズ品種の交配によって生じたマッピング集団に関する連鎖試験用に使用する。1つまたは複数のこれらの多型SNPマーカーは、マッピング集団中の個体に対してスクリーニングする。マッピング集団の個体においてSCN耐性形質と同時分離するSNPは、SCN耐性親品種においてSCN耐性と連鎖する連鎖群A2、B1、およびIにおけるマーカーとして同定する。連鎖マーカーの遺伝子型は、マッピング集団の個体において観察される表現型と一致する。生殖質JTN-5109におけるSCN耐性表現型と連鎖したSNPマーカーSCN耐性と関連があるQTL間隔の内部、その近辺、またはその間に物理的に位置する複数のSNPマーカー例えば、表3中に列挙するマーカーの群から選択されるSNPマーカーを、SCN耐性ダイズ品種JTN-5109とSCN感受性ダイズ株を使用する初期スクリーニング用に選択して、存在する場合、これらのSNPマーカーのどれがダイズ品種JTN-5109においてSCN耐性表現型と連鎖しているかを決定する。親株において選択したSNPマーカーの初期スクリーニングを、KASPar商標遺伝子型決定アッセイを使用して実施する。一組の選択したSNPマーカーを確認し、その部分集合はダイズ品種JTN-5109およびSCN感受性親株間の多型として同定する。多型SNPマーカーの少なくとも1つを、ダイズ品種JTN-5109と1つまたは複数のSCN感受性ダイズ品種の交配によって生じたマッピング集団に関する連鎖試験用に使用する。これらの1つまたは複数の多型SNPマーカーは、マッピング集団中の個体に対してスクリーニングする。マッピング集団の個体においてSCN耐性形質と同時分離するSNPは、ダイズ品種JTN-5109においてSCN耐性と連鎖するマーカーとして同定する。連鎖マーカーの遺伝子型は、マッピング集団の個体において観察される表現型と一致する。レース3以外のHGレースにおけるSCN耐性表現型と連鎖したSNPマーカーPI88788、Peking、PI437654、PI90763、PI438489B、PI89772、PI209332、PUSCN14、Hartwig、Forrest、およびPyramidからなる群から選択されるSCN耐性ダイズ品種を1つまたは複数のSCN感受性ダイズ品種と交配させることによって、マッピング集団をレース3以外のHGレースに特異的に開発する。特異的HGレースに関してSCN耐性と関連があるQTL間隔の内部、その近辺、またはその間に物理的に位置するSNPマーカーに関して、BLAST商標を使用してダイズゲノムを検索する。SNPマーカーの一覧はBLAST商標検索によって作製する。複数のSNPマーカーを、選択SCN耐性ダイズ品種とSCN感受性品種を使用する初期スクリーニング用に選択して、存在する場合、特異的HGレースに関して、これらのSNPマーカーのどれがSCN耐性表現型と連鎖しているかを決定する。親株において選択したSNPマーカーの初期スクリーニングを、KASPar商標遺伝子型決定アッセイを使用して実施する。一組の選択したSNPマーカーを確認し、その部分集合は親株間の多型として同定する。多型SNPマーカーの少なくとも1つを、選択したSCN耐性ダイズ品種と1つまたは複数のSCN感受性ダイズ品種の交配によって生じたマッピング集団に関する連鎖試験用に使用する。これらの1つまたは複数の多型SNPマーカーは、マッピング集団中の個体に対してスクリーニングする。マッピング集団の個体においてSCN耐性形質と同時分離するSNPは、特異的HGレースに関してSCN耐性親品種において、SCN耐性と連鎖するマーカーとして同定する。連鎖マーカーの遺伝子型は、マッピング集団の個体において観察される表現型と一致する。"