SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421からなる群より選択される配列を含む単離されたポリヌクレオチド。以下からなる群より選択される配列を含む単離ポリヌクレオチド:aSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の相補体;bSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の逆相補体;ならびにcSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の逆配列。転写因子をコードする、以下からなる群より選択される配列を含む単離ポリヌクレオチド:aSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列と少なくとも75の同一性を有するヌクレオチド配列;bSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列と少なくとも90の同一性を有するヌクレオチド配列;cSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列と少なくとも95の同一性を有するヌクレオチド配列;dSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列と、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件でハイブリダイズするヌクレオチド配列;eSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の200量体であるヌクレオチド配列;fSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の100量体であるヌクレオチド配列;gSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の40量体であるヌクレオチド配列;hSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の20量体であるヌクレオチド配列;ならびにiSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列と縮重により同等であるヌクレオチド配列。SEQIDNO1591、11831912、および19312106の配列の10連続残基と相補的である少なくとも10連続残基を含むオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマー。請求項1~3のいずれか1項記載のポリヌクレオチドによってコードされる単離ポリペプチド。SEQIDNO592、594850、852930、932951、9531046、10481182、19131930、21072293、22962368、2372、2375、2378、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、および2422からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド。転写因子として機能する、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド:aSEQIDNO592、594850、852930、932951、9531046、10481182、19131930、21072293、22962368、2372、2375、2378、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、および2422の配列と少なくとも75の同一性を有する配列;bSEQIDNO592、594850、852930、932951、9531046、10481182、19131930、21072293、22962368、2372、2375、2378、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、および2422の配列と少なくとも90の同一性を有する配列;ならびにcSEQIDNO592、594850、852930、932951、9531046、10481182、19131930、21072293、22962368、2372、2375、2378、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、および2422の配列と少なくとも95の同一性を有する配列。請求項6および7のいずれか1項記載のポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド。請求項1~3のいずれか1項記載のポリヌクレオチドを含む遺伝子構築物。請求項9記載の遺伝子構築物を含むトランスジェニック細胞。以下を5から3方向に含む、遺伝子構築物:a遺伝子プロモーター配列;b以下の少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列:1592、594850、852930、932951、9531046、10481182、19131930、21072293、22962368、2372、2375、2378、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、および2422の配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;ならびに2請求項1~3のいずれか1項記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの非コード領域を含むポリヌクレオチド;ならびにc遺伝子終結配列。オープンリーディングフレームがセンス方向である、請求項11記載の遺伝子構築物。オープンリーディングフレームがアンチセンス方向である、請求項11記載の遺伝子構築物。請求項9および11のいずれか1項記載の遺伝子構築物を含むトランスジェニック植物細胞。請求項14記載のトランスジェニック植物細胞、またはその果実、もしくは種子、もしくは栄養体を含む、植物。樹木植物である、請求項15記載の植物。ユーカリ、マツ、アカシア、ポプラ、モミジバフウ、チーク、およびマホガニー種からなる群より選択される、請求項16記載の植物。請求項9および11のいずれか1項記載の遺伝子構築物を植物のゲノムに安定に組み入れる段階を含む、植物における遺伝子発現を修飾する方法。植物が樹木植物である、請求項18記載の方法。植物が、ユーカリ、マツ、アカシア、ポプラ、モミジバフウ、チーク、およびマホガニー種からなる群より選択される、請求項18記載の方法。以下の段階を含む、修飾された遺伝子発現を有する植物を産生する方法:a請求項9および11のいずれか1項記載の遺伝子構築物によって植物細胞を形質転換して、トランスジェニック細胞を提供する段階;およびbトランスジェニック細胞を、再生および成熟植物の生育を行う条件で栽培する段階。植物が樹木植物である、請求項21記載の方法。植物が、ユーカリ、マツ、アカシア、ポプラ、モミジバフウ、チーク、およびマホガニー種からなる群より選択される、請求項22記載の方法。請求項9および11のいずれか1項記載の遺伝子構築物を植物のゲノムに安定に組み入れる段階を含む、植物におけるポリペプチドの活性を修飾する方法。植物が樹木植物である、請求項24記載の方法。植物が、ユーカリ、マツ、アカシア、ポプラ、モミジバフウ、チーク、およびマホガニー種からなる群より選択される、請求項25記載の方法。SEQIDNO22792293および22962368からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むDNA結合ドメインを含む単離ポリペプチド。発明の詳細な説明本発明は、植物転写因子をコードする単離ポリヌクレオチドと共に、そのようなポリヌクレオチドによってコードされる単離ポリペプチドを提供する。先に考察したように、転写因子は、細胞の転写装置の成分であり、遺伝子発現の調節に関係している。転写因子は、植物の生長および発生において、ならびに環境要因および疾患病原体などの外部刺激に対する細胞応答において極めて重要な役割を果たすことが知られている。細胞転写プロセスに関係するタンパク質をコードするポリヌクレオチドによる植物の形質転換は、このように、リグニン沈着、花の発達、ならびに雄性および雌性不稔性などの特性を修飾するために使用されうる。二次木部または木質における導管または繊維細胞の形成を調節する転写因子を用いて、木質の特徴を変化させることができる。転写因子がリグニン生合成に関係する遺伝子をアップレギュレートする場合、転写因子の過剰発現は、木質のリグニン量を増加させることができるが、転写因子を抑制またはノックダウンすると、木質のリグニン量を減少させることができる。ある転写因子は、リグニン形成に関係する遺伝子の発現を阻害するが、これらの調節タンパク質の1つを過剰発現させれば、リグニンの低減が起こるであろう。キンギョソウのAmMYB308を過剰発現させると、トランスジェニックタバコにおいてリグニンの低減が起こったTamagnoneetalPlantCell101351541998。高いリグニンを有する木材は、燃やすまたは炭に変換させる燃料としておそらく有用であるが、低いリグニンを有する木材は、パルプ化またはエタノールへの変換にとって有用である。細胞壁生合成に関係する完全な組の遺伝子をアップレギュレートする転写因子を用いて、細胞壁の厚さおよび木材の密度を変化させることができる。転写因子の過剰発現は、細胞壁生合成遺伝子のより多くの産生または持続的な産生を引き起こすことができ、それによってより厚い細胞壁、およびより密度が高くてより強い木が得られる。Goicoecheaおよび共同研究者は、ユーカリのMYB遺伝子をタバコにおいて過剰発現させると、より厚い細胞壁および変化したリグニン組成が得られることを示したPlantJ435535672005。本発明の方法および材料を用いて、特異的転写因子の量は、植物などの標的生物のゲノムに、転写因子をコードするポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの断片のさらなるコピーを組み入れることによって、増加または低減されうる。同様に、転写因子の量の増加または減少は、そのような遺伝子のアンチセンスコピーによって標的植物を形質転換することによって得られうる。1つの態様において、本発明は、遺伝子発現の調節に関係する植物転写因子をコードするまたは部分的にコードする単離ポリヌクレオチドを提供する。本発明のポリヌクレオチドは、林業植物起源、すなわちユーカリグランディスおよびラジアータパインから単離されたが、それらはまた従来の合成技術を用いて合成されうる。特異的態様において、本発明の単離ポリヌクレオチドは、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定される配列;SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定される配列の相補体;SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定される配列の逆相補体;SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定される配列の逆配列;上記で言及した任意のポリヌクレオチドの少なくとも明記された数の連続残基を含む配列x量体;上記のポリヌクレオチドのいずれかに対応する伸長配列;上記のポリヌクレオチドのいずれかに対応するアンチセンス配列;ならびにその用語が本明細書において記述される上記の任意のポリヌクレオチドの変種からなる群より選択される配列を含む。もう1つの態様において、本発明は、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421のポリヌクレオチドによってコードされる単離ポリペプチドを提供する。ある特異的態様において、そのような単離ポリペプチドは、SEQIDNO5921182、19131930、21072278、2372、2375、2378、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、および2422からなる群より選択される配列を含む。本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、以下の表1に示されるように植物の転写および/または発現の調節に関係することが知られている形質転換因子に対して類似性を有することを証明している。表1本明細書において用いられるポリヌクレオチドという用語は、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド塩基の一本鎖または二本鎖ポリマーを意味し、いずれもセンスまたはアンチセンス鎖である、DNAならびにHnRNAおよびmRNA分子を含む対応するRNA分子を含み、cDNA、ゲノムDNAおよび組み換え型DNAのみならず、全合成または部分合成ポリヌクレオチドを包含する。HnRNA分子は、イントロンを含み、一般的に1対1でDNA分子に対応する。mRNA分子は、イントロンが切除されているHnRNAおよびDNA分子に対応する。ポリヌクレオチドは、全遺伝子またはその任意の部分からなりうる。機能的なアンチセンスポリヌクレオチドは、対応するポリヌクレオチドの断片を含みえて、それゆえポリヌクレオチドという定義は、そのような全ての操作可能なアンチセンス断片を含む。アンチセンスポリヌクレオチドおよびアンチセンスポリヌクレオチドを伴う技術は、当技術分野において周知であり、たとえばRobinsonBenionetalAntisensetechniquesMethodsinEnzymol254233633751995;およびKawasakietalArtificOrgans2088368481996において記述されている。本明細書において用いられる相補体、逆相補体および逆配列という用語の定義は、以下の例によって最もよく説明される。配列5AGGACC3の場合、相補体、逆相補体、および逆配列は以下のとおりである:相補体3TCCTGG5逆相補体3GGTCCT5逆配列5CCAGGA3好ましくは、具体的に列挙されたポリヌクレオチド配列の相補体である配列は、特異的ポリヌクレオチド配列の長さ全体にわたって相補的である。本明細書において用いられるポリペプチドという用語は、アミノ酸残基が共有ペプチド結合によって連結される完全長のタンパク質を含む任意の長さのアミノ酸鎖を包含する。本発明のポリペプチドは、天然の精製産物であってもよく、または組み換え技術を用いて部分的もしくは完全に産生されうる。本明細書において用いられるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドという用語は、本発明の部分的に単離されたDNA配列を含むヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドを含む。本明細書において記述されるポリヌクレオチドおよびポリペプチドは全て、それらの用語が当技術分野において一般的に用いられるとおりである単離および精製される。好ましくは、ポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、少なくとも約80純粋であり、より好ましくは少なくとも約90純粋であり、および最も好ましくは少なくとも約99純粋である。本発明のポリヌクレオチドのいくつかは、それらが完全長のポリペプチドをコードする完全長の遺伝子を表さないという点において、部分配列である。そのような部分配列は、プライマーおよび/またはプローブならびに周知のハイブリダイゼーションおよび/またはPCR技術を用いて、様々なDNAライブラリを分析およびシークエンシングすることによって伸長されうる。ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレーム、完全長のポリヌクレオチド、および/またはポリペプチドを発現することができる遺伝子、またはゲノムのもう1つの有用な部分が同定されるまで、部分配列を伸長させてもよい。完全長のポリヌクレオチドおよび遺伝子を含むそのような伸長した配列は、伸長ポリヌクレオチドがSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の1つまたはその変種の同定された配列もしくはその変種、もしくは同定された連続部分x量体を含む場合、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の1つ、もしくはその変種として同定される配列、またはSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421の配列の1つ、もしくはその変種の一部に対応するとして記述される。そのような伸長ポリヌクレオチドは、長さ約50個から約4000個の核酸または塩基対を有してもよく、および好ましくは長さ約4000個未満の核酸または塩基対を有してもよく、より好ましくはなおも長さ約3000個未満の核酸または塩基対を有してもよく、より好ましくはなおも長さ約2000個未満の核酸または塩基対を有してもよい。何らかの状況において、本発明の伸長ポリヌクレオチドは、長さ約1800個未満の核酸または塩基対、好ましくは約1600個未満の核酸または塩基対、より好ましくは約1400個未満の核酸または塩基対、より好ましくはなおも約1200個未満の核酸または塩基対、および最も好ましくは約1000個未満の核酸または塩基対を有しうる。同様に、本発明のポリヌクレオチドに対応するRNA配列、逆配列、相補的配列、アンチセンス配列およびその他は、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定されるcDNA配列を用いてルーチンにより確認されおよび得られうる。SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定されるポリヌクレオチドは、ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームORFまたは部分的オープンリーディングフレームを含みうる。オープンリーディングフレームは、当技術分野において周知の技術を用いて同定されうる。これらの技術には、たとえば、公知の開始および終止コドンの位置の分析、コドン頻度に基づく最も可能性が高い読み取り枠の同定等が挙げられる。ORF分析のための適したツールおよびソフトウェアには、たとえば、TheSangerCenterWellcomeTrustGenomeCampusHinxtonCambridgeCB101SAUnitedKingdomから入手可能なGeneWise;ComputationalBiologyCentersUniversityofMinnesotaAcademicHealthCenterUMHGBox43MinneapolisMN55455から入手可能なDiogenes;およびtheInformaticsGroupOakRidgeNationalLaboratoriesOakRidgeTennesseeTNから入手可能なGRAILが挙げられる。オープンリーディングフレームおよびオープンリーディングフレームの一部は、本発明のポリヌクレオチドにおいて同定されうる。部分的オープンリーディングフレームが同定されれば、完全なオープンリーディングフレームのポリヌクレオチドが同定されるまで、当技術分野において周知である技術を用いて、ポリヌクレオチドを部分的オープンリーディングフレームの領域に伸長させてもよい。このように、ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームは、本発明のポリヌクレオチドを用いて同定されうる。オープンリーディングフレームが発明のポリヌクレオチドにおいて同定されると、オープンリーディングフレームを単離および/または合成してもよい。当技術分野において周知であるオープンリーディングフレームおよび適したプロモーター、イニシエーター、ターミネーター等を含む発現可能な遺伝子構築物を構築してもよい。そのような遺伝子構築物を、オープンリーディングフレームによってコードされるポリペプチドを発現させるために宿主細胞に導入してもよい。適した宿主細胞は、植物細胞、哺乳動物細胞、細菌細胞、藻類およびその他を含む様々な原核細胞および真核細胞を含みうる。本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを発現させて、その生物活性を決定するために様々なアッセイにおいて用いてもよい。対応する相互作用タンパク質または他の化合物を単離するために、および相互作用タンパク質または他の化合物のレベルを定量的に決定するために、そのようなポリペプチドを用いて抗体を作製してもよい。本明細書において用いられる変種という用語は、1つまたは複数のヌクレオチドまたはアミノ酸残基が欠失、置換、または付加されている、特異的に同定された配列とは異なるヌクレオチドまたはアミノ酸配列を包含する。変種は、天然に存在する対立遺伝子変種または天然に存在しない変種でありうる。変種配列ポリヌクレオチド、またはポリペプチドは、本発明の配列に対して好ましくは少なくとも50、より好ましくは少なくとも75、より好ましくは少なくとも85、より好ましくは少なくとも90、および最も好ましくは少なくとも95の同一性を示す。同一性は、以下に記述されるように、比較させる2つの配列を整列させる段階、整列させた部分における同一の残基の数を決定する段階、その数を本発明の問い合わせ配列における残基の総数によって除する段階、およびその結果に100を乗じる段階によって決定される。例証目的に限られるが、220ヌクレオチドを有する本発明のポリヌクレオチドが、上記のパラメータを用いてBLASTNアルゴリズムによって得られたアラインメントにおける一続きの23ヌクレオチドに対して、520個のヌクレオチドを有するEMBLデータベース中の1つのポリヌクレオチド配列に対してヒットを有すると仮定する。23ヌクレオチドの領域は、21個の同一のヌクレオチド、1つのギャップ、および1つの異なるヌクレオチドを含む。この場合、EMBLライブラリにおけるそのヒットに対する本発明のポリヌクレオチドの同一性は、21220×100または95である。EMBLデータベースにおけるポリヌクレオチド配列は、このように本発明のポリヌクレオチドの変種ではない。ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列を整列させてもよく、明記された領域における同一の残基の百分率を、公共に入手可能なコンピューターアルゴリズムを用いてもう1つのヌクレオチドまたはポリペプチド配列に対して決定してもよい。ポリヌクレオチド配列を整列させてその類似性を同定するための2つの例示的なアルゴリズムは、BLASTNおよびFASTAアルゴリズムである。ポリヌクレオチドはまた、タンパク質配列データベースに対してヌクレオチド問い合わせ配列両方の鎖の6フレームの概念的翻訳産物を比較するBLASTXアルゴリズムを用いて分析してもよい。ポリペプチド配列の類似性を、BLASTPアルゴリズムを用いて調べてもよい。BLASTN、BLASTX、およびBLASTPプログラムは、NCBIアノニマスFTPサーバーにおいて、およびNationalCenterforBiotechnologyInformationNationalLibraryofMedicineBuilding38ARoom8N805BethesdaMD20894USAから入手可能である。アルゴリズムの説明書に記述されて、アルゴリズムと共に配布されるデフォルトパラメータに設定したBLASTNアルゴリズム、バージョン2041998年2月24日およびバージョン2061998年9月16日は、本発明に従うポリヌクレオチド変種の決定において用いるために好ましい。BLASTPアルゴリズムは、本発明に従うポリペプチド変種の決定において用いるために好ましい。BLASTN、BLASTP、およびBLASTXを含むBLASTファミリーのアルゴリズムを用いることは、NCBIのインターネットウェブサイトにおいて記述され、AltschuletalNucleicAcidsRes25338934021997の刊行物において記述されている。コンピューターアルゴリズムFASTAは、インターネット上で、およびDavidHudsonAssistantProvostforResearchUniversityofVirginiaPOBox9025CharlottesvilleVAに連絡することによってUniversityofVirginiaから入手可能である。アルゴリズムの説明書に記述され、アルゴリズムと共に配布されるデフォルトパラメータに設定したバージョン20u41996年2月を、本発明に従う変種の決定に用いてもよい。FASTAアルゴリズムを用いることは、PearsonandLipmanProcNatlAcadSciUSA85244424481988;およびPearsonMethodsinEnzymol18363981990において記述されている。ポリヌクレオチド配列のE値およびパーセント同一性に寄与する以下の実行パラメータは、BLASTNを用いるアラインメントおよび類似性の決定にとって好ましい:Unix実行命令:blastallpblastndembldbe10GOE0r1v30b30iqueryseqoresults;パラメータは:pプログラム名String;dデータベースString;e期待値EReal;Gギャップを開始させるためのコストゼロは、デフォルト行動を呼び出すInteger;Eギャップを伸長させるためのコストゼロはデフォルト行動を呼び出すInteger;rヌクレオチドマッチに関する報酬blastnのみInteger;vonelinedescriptionの数VInteger;bBを示すためのアラインメントの数Integer;i問い合わせファイルFileIn;およびoBLAST報告出力ファイルFileOutオプショナルである。ポリペプチド配列のE値およびパーセント同一性に寄与する以下の実行パラメータは、BLASTPを用いるアラインメントおよび類似性の決定にとって好ましい:blastallpblastpdswissprotdbe10G0E0v30b30iqueryseqoresults;パラメータは:pプログラム名String;dデータベースString;e期待値EReal;Gギャップを開始させるためのコストゼロはデフォルト行動を呼び出すInteger;Eギャップを伸長させるためのコストゼロはデフォルト行動を呼び出すInteger;vonelinedescriptionの数vInteger;bbを示すためのアラインメントの数Integer;I問い合わせファイルFileIn;oBLAST報告出力ファイルFileOutオプショナルである。BLASTN、FASTA、BLASTPまたは類似のアルゴリズムによって生じた問い合わせ配列による1つまたは複数のデータベース配列に対するヒットは、配列の類似の部分を整列させて同定する。ヒットを、類似性の程度および配列のオーバーラップの長さの順に整列させる。データベース配列に対するヒットは一般的に、問い合わせ配列の配列の長さの一分画のみに対するオーバーラップを表す。BLASTN、FASTA、およびBLASTPアルゴリズムはまた、アラインメントに関する期待値を生じる。期待値Eは、ある大きさのデータベースを検索する場合に偶然に、ある数の連続配列を見ると期待することができるヒットの数を示す。期待値は、好ましいEMBLデータベースなどのデータベースに対するヒットが真の類似性を示すか否かを決定するための有意性の閾値として用いられる。たとえば、ポリヌクレオチドのヒットに割付されるE値01は、EMBLデータベースのサイズのデータベースにおいて、類似のスコアを有する配列の整列させた部分に対して単なる偶然に01のマッチを見ると期待することを意味すると解釈される。この規準により、整列させてマッチさせたポリヌクレオチド配列の部分は、同じである確率90を有する。整列させてマッチさせた部分に対して001またはそれ未満のE値を有する配列に関して、EMBLデータベースにおいて偶然にマッチを発見する確率は、BLASTNまたはFASTAアルゴリズムを用いて1またはそれ未満である。1つの態様に従って、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの各々に関する変種ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、好ましくは、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの各々と同数であるか、またはそれより少ない核酸またはアミノ酸を有し、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと比較した場合に001またはそれ未満のE値を生じる配列を含む。すなわち、変種ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、先に記述したパラメータに設定されたBLASTN、FASTA、またはBLASTPアルゴリズムを用いて001またはそれ未満のE値を有すると測定される、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと同じである確率少なくとも99を有する任意の配列である。または、本発明の変種ポリヌクレオチドは、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421において列挙されるポリヌクレオチド配列、またはそれらの配列の相補体、逆配列、もしくは逆相補体と、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする。本明細書において用いられるストリンジェントな条件は、6×SSC、02SDS溶液中での前洗浄;65°C、6×SSC、02SDSでの終夜ハイブリダイゼーション;その後1×SSC、01SDS中で65°Cで各30分間の2回の洗浄後、02×SSC、01SDS中で65°Cで各30分間の2回の洗浄を指す。本発明はまた、開示の配列とは異なるが、遺伝コードの縮重の結果として、本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと同じであるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを包含する。このように、保存的置換の結果として、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421において列挙されるポリヌクレオチド配列、またはその相補体、逆配列、もしくは逆相補体とは異なる配列を含むポリヌクレオチドが本発明によって企図され、本発明に包含される。加えて、配列の全長の全体で10未満の欠失および/または挿入の結果として、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421において列挙されるポリヌクレオチド配列、またはその相補体、逆相補体、もしくは逆配列とは異なる配列を含むポリヌクレオチドも同様に、本発明によって企図され、本発明に包含される。同様に、配列の全長の全体で10未満のアミノ酸置換、挿入、および/または欠失の結果として、SEQIDNO5921182、19131930、21072278、2372、2375、2378、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、および2422において列挙されるポリペプチド配列とは異なる配列を含むポリペプチドも、本発明によって企図され、本発明に包含される。本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列に対して明記されたパーセント同一性を有することに加えて、変種ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは好ましくは、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと共通してさらなる構造および/または機能的特色を有する。本発明のポリペプチドに対して明記された同一性の程度を有するポリペプチドは、その一次構造において高い程度の類似性を共有し、実質的に類似の機能特性を有する。本発明のポリヌクレオチドに対してその一次構造において高い程度の類似性を共有することに加えて、本発明のポリヌクレオチドに対して明記された同一性の程度を有する、またはハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドは、好ましくは以下の特色の少なくとも1つを有する:iそれらは、本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと実質的に同じ機能的特性を有するポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームもしくは部分的オープンリーディングフレームを含む;またはiiそれらは共通の同定可能なドメインを含む。このように、好ましい態様において、本発明のポリペプチドの変種は、本発明のポリペプチドの生物活性と同じ、または類似である生物活性を保有する。そのような変種ポリペプチドは、転写因子として機能して、このように植物において遺伝子発現を修飾することができる。同様に、変種ポリヌクレオチドは、転写因子として機能するポリペプチドをコードしうる。本発明のポリヌクレオチドはまた、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定されるポリヌクレオチド、そのような配列の相補体、逆配列、および逆相補体、ならびにそれらの変種のいずれかの少なくとも明記された数の連続残基x量体を含むポリヌクレオチドも包含する。同様に、本発明のポリペプチドは、SEQIDNO5921182、19131930、21072278、2372、2375、2378、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、および2422、ならびにその変種として同定されたポリペプチドのいずれかの少なくとも明記された数の連続残基x量体を含むポリペプチドを包含する。本明細書において用いられる、明記された値xに関するx量体という用語は、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定されるポリヌクレオチド、またはSEQIDNO5921182、19131930、21072278、2372、2375、2378、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、および2422として同定されるポリペプチドのいずれかの少なくとも明記された数xの連続残基を含む配列を指す。好ましい態様に従って、xの値は、好ましくは少なくとも20、より好ましくは少なくとも40、より好ましくはなお少なくとも60、および最も好ましくは少なくとも80である。このように、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、SEQIDNO12372、2374、2375、2377、2378、2385、2386、2387、2388、2389、2390、2391、2392、2393、2394、2395、2396、2397、2398、2399、2400、2401、2402、2403、2404、2405、2406、2407、2408、2409、2410、2411、2412、2413、2414、2415、2416、2417、2418、2419、2420、2421、および2422として同定されるポリヌクレオチドまたはポリペプチド、およびその変種の20量体、40量体、60量体、80量体、100量体、120量体、150量体、180量体、220量体、250量体、300量体、400量体、500量体、または600量体を含む。本発明のポリヌクレオチドは、以下の実施例1および2に記述されるように、ユーカリグランディスおよびラジアータパインから調製されたcDNAライブラリのハイスループットシークエンシングによって単離されうる。または、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421に提供される配列に基づくオリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブを、以下に詳述されるように調製して、ハイブリダイゼーションまたはPCR技術によってユーカリグランディスおよびラジアータパインからのcDNAまたはゲノムDNAライブラリのいずれかにおける陽性クローンを同定するために用いてもよい。プローブは、本明細書において提供される配列より短くてもよいが、長さが少なくとも約10、好ましくは少なくとも15、および最も好ましくは少なくとも約20ヌクレオチドであるべきである。そのようなオリゴヌクレオチドについて用いるために適したハイブリダイゼーションおよびPCR技術は、当技術分野において周知であり、Sambrookら、同書によって教示される技術を含む。陽性クローンを、制限酵素消化、DNAシークエンシングまたはその他によって分析してもよい。本発明のポリヌクレオチドは、または、当技術分野において周知である技術を用いて合成してもよい。ポリヌクレオチドは、たとえば、50個までまたはそれより多くの核酸のポリヌクレオチドセグメントを得るために、自動オリゴヌクレオチドシンセサイザーたとえば、BeckmanOligo1000MDNAシンセサイザーを用いて合成してもよい。次に、複数のそのようなポリヌクレオチドセグメントを、分子生物学の技術分野において周知である標準的なDNA操作技術を用いてライゲートしてもよい。1つの従来のおよび例示的なポリヌクレオチド合成技術は、たとえば核酸80個を有する一本鎖ポリヌクレオチドセグメントを合成する段階、および5ヌクレオチドのオーバーハングを産生するために、合成された相補的な核酸85個のセグメントにそのセグメントをハイブリダイズする段階を伴う。反対鎖上に5ヌクレオチドのオーバーハングが得られるように、次のセグメントを類似のように合成してもよい。2つの部分をハイブリダイズする場合、付着末端は適切なライゲーションを確保する。このようにして、本発明の完全なポリヌクレオチドをもっぱらインビトロで合成してもよい。ある態様において、本発明の遺伝子構築物は、本発明のポリペプチドまたはその変種の少なくとも機能的部分をコードするオープンリーディングフレームを含む。本明細書において用いられるポリペプチドの機能的部分は、遺伝子発現を調節するために必須である活性部位を含むその部分、すなわち、発現させる遺伝子のプロモーターに結合することができる、または相互作用することができる分子のその部分である。本発明のあるポリペプチドのDNA結合ドメインを以下の表2に同定する。これらのDNA結合ドメインは、PROSITE150パターンまたはPROSITEデータベースに記載されるプロファイル配列を用いて同定された。PROSITEは、インターネット上で入手可能であり、その使用は、HofmanetalNucleicAcidsRes272152191999;およびBairochNucleicAcidsRes20Suppl201320181992において記述されている。表2ポリペプチドの機能的部分はまた、当技術分野において周知のプロトコールによる標的化変異誘発および修飾タンパク質産物のスクリーニングによって決定されうるSolanoetalJBiolChem2722889951997。活性部位は一般的に、高い基質特異性を示すであろう。本発明のポリペプチドの一部は、合成または組み換え手段によって生成されうる。アミノ酸約100個未満を有する、および一般的にアミノ酸約50個未満を有する合成ポリペプチドが、当業者に周知の技術を用いて生成されうる。たとえば、そのようなポリペプチドは、生長しつつあるアミノ酸鎖にアミノ酸が連続的に付加されるMerrifield固相合成法などの市販の固相合成技術のいずれかを用いて合成されうる。MerrifieldJAmChemSoc85214921541963を参照されたい。ポリペプチドの自動合成のための設備は、PerkinElmerAppliedBioSystemsIncFosterCityCAなどの供給元から販売されており、製造元の説明書に従って操作されうる。オープンリーディングフレームは、遺伝子構築物による標的植物の形質転換が野生型植物と比較してポリペプチドの量の変化を引き起こすように、遺伝子構築物においてセンスまたはアンチセンス方向に挿入されうる。センス方向のオープンリーディングフレームを含む遺伝子構築物による形質転換によって、一般的に選択された遺伝子の過剰発現が起こるが、アンチセンス方向のオープンリーディングフレームを含む遺伝子構築物による形質転換によって一般的に、選択された遺伝子の発現の低減が起こるであろう。センスまたはアンチセンス方向のいずれかの本発明のオープンリーディングフレームを含む遺伝子構築物によって形質転換された植物集団を、当業者に周知の技術を用いて当該遺伝子の発現の増加または低減に関してスクリーニングしてもよく、このようにして所望の表現型を有する植物を単離してもよい。または、植物転写因子をコードする遺伝子の発現は、遺伝子構築物においてセンスまたはアンチセンス方向に本発明のオープンリーディングフレームの一部を挿入することによって阻害されうる。そのような部分は、完全長である必要はないが、本発明のDNA配列の少なくとも25、より好ましくは少なくとも50個の残基を含む。完全なオープンリーディングフレームに対応するより長い部分または完全長のDNAさえ使用してもよい。オープンリーディングフレームの部分は、標的遺伝子の阻害を達成するために十分な配列類似性が存在する限り、内因性の配列と正確に同じである必要はない。このように、1つの種に由来する配列は、異なる種における遺伝子の発現を阻害するために用いられうる。センスまたはアンチセンス方向のいずれかに本発明のオープンリーディングフレームを含む遺伝子構築物によって形質転換された植物集団を、当業者に周知の技術を用いて当該遺伝子の発現の増加または低減に関してスクリーニングしてもよく、このようにして、所望の表現型を有する植物が単離されうる。もう1つの態様において、本発明の遺伝子構築物は、本発明のポリペプチドをコードする遺伝子の非翻訳もしくは非コード領域を含むDNA配列、またはそのような非翻訳領域に対して相補的なDNA配列を含む。そのような構築物において有用に使用されうる非翻訳領域の例には、イントロンおよび5非翻訳リーダー配列が挙げられる。そのような遺伝子構築物による標的植物の形質転換によって、たとえばNapolietal、およびdeCarvalhoNiebeletalが考察した様式と類似の様式で、共抑制プロセスにより植物において発現されるポリペプチドの量の低減が起こる可能性がある。または、ポリペプチド発現の調節は、リボザイム構築物に適切な配列または小配列たとえば、DNAまたはRNAを挿入することによって達成することができるMcIntyreandMannersTransgenicRes542572621996。リボザイムは、各々が本発明のポリヌクレオチドの1つによってコードされるmRNA分子において少なくとも5連続ヌクレオチドを含む、2つの領域に対して相補的なハイブリダイズ領域を含む合成RNA分子である。リボザイムは、自触反応によってmRNAを切断する非常に特異的なエンドヌクレアーゼ活性を保有する。本発明の遺伝子構築物はさらに、遺伝子の発現を制御する、転写されるDNA配列に機能的に連結した遺伝子プロモーター配列および遺伝子終結配列を含む。遺伝子プロモーター配列は一般的に、転写されるDNA配列の5末端に位置し、DNA配列の転写を開始するために用いられる。遺伝子プロモーター配列は一般的に、遺伝子の5非翻訳領域において見いだされるが、それらはオープンリーディングフレームの下流の、イントロンLuehrsenMolGenGenet22581931991において、またはたとえば植物防御遺伝子DouglasetalEMBOJ10176717751991のようにコード領域に存在しうる。構築物が、センス方向にオープンリーディングフレームを含む場合、遺伝子プロモーター配列はまた、オープンリーディングフレームの翻訳を開始する。アンチセンス方向または非翻訳領域にオープンリーディングフレームを含む遺伝子構築物の場合、遺伝子プロモーター配列はRNAポリメラーゼ結合部位を有する転写開始部位のみからなりうる。本発明の遺伝子構築物において有用に用いられうる多様な遺伝子プロモーター配列が当技術分野において周知である。遺伝子プロモーター配列、および同様に遺伝子終結配列は標的植物宿主に対して内因性であってもよく、または標的宿主においてプロモーターが機能的である限り、外因性であってもよい。たとえば、プロモーターおよび終結配列は、他の植物種、植物ウイルス、細菌プラスミドおよびその他に由来してもよい。好ましくは、遺伝子プロモーターおよび終結配列は、本発明の配列そのものに由来する。プロモーターの選択に影響を及ぼす要因は、構築物の所望の組織特異性、ならびに転写および翻訳の時期を含む。たとえば、35SカリフラワーモザイクウイルスCaMV35Sプロモーターなどの構成的プロモーターは、植物の全ての部分における酵素の活性に影響を及ぼすであろう。組織特異的プロモーターを用いることによって、関心対象組織に限って所望のセンスまたはアンチセンスRNAの産生が起こるであろう。誘導型遺伝子プロモーター配列を使用する遺伝子構築物の場合、RNAポリメラーゼ結合および開始の速度を、光、熱、嫌気性ストレス、栄養条件の変化およびその他などの外部刺激によって調整することができる。時間的に調節されるプロモーターは、形質転換細胞の発生の際の特異的時間でRNAポリメラーゼの結合および開始速度の調整を行うために用いることができる。好ましくは、当該酵素遺伝子からの本来のプロモーター、またはユーカリもしくはマツなどの形質転換される生物における特異的組織標的化遺伝子からのプロモーターが用いられる。本発明において有用に使用されうる遺伝子プロモーターの他の例には、マンノピンシンターゼmas、オクトピンシンターゼocs、およびChuaetalによって論評されるプロモーターが挙げられる。転写されるDNA配列の3に位置する遺伝子終結配列は、遺伝子プロモーター配列と同じ遺伝子に由来してもよく、または異なる遺伝子に由来してもよい。アグロバクテリウムツメファシエンスノパリンシンターゼ遺伝子の3末端などの当技術分野において公知の多くの遺伝子終結配列が本発明において有用に用いられうる。しかし、好ましい遺伝子ターミネーター配列は、本来の遺伝子に由来する配列または形質転換される標的種に由来する配列である。本発明の遺伝子構築物はまた、本発明の構築物を含む形質転換細胞の検出を可能にするために、植物などの標的生物の細胞において有効である選択マーカーを含みうる。そのようなマーカーは、当技術分野において周知であり、典型的に1つまたは複数の毒素に対する抵抗性を付与する。そのようなマーカーの1つの例は、その発現によって、通常、中等度の濃度で植物細胞に対して毒性であるカナマイシンまたはヒグロマイシン抗生物質に対する抵抗性が得られるNPTII遺伝子であるRogersetalinWeissbachAandWeissbachHedsMethodsforPlantMolecularBiologyAcademicPressIncSanDiegoCA1988。形質転換細胞をこのようにして、当該抗生物質を含む培地での生育能によって同定することができる。または、形質転換細胞における所望の構築物の存在を、サザンおよびウェスタンブロットなどの当技術分野において周知の他の技術によって決定することができる。転写開始部位は、転写される配列がそのような部位を欠損する場合に、さらに遺伝子構築物に含められる。本発明の遺伝子構築物の成分を機能的に連結させる技術は当技術分野において周知であり、たとえばSambrooketalによって記述される1つまたは複数の制限エンドヌクレアーゼ部位を含む合成リンカーを用いることを含む。本発明の遺伝子構築物を、少なくとも1つの複製システムを有するベクター、たとえば大腸菌Ecoliに連結してもよく、それによって各操作後、得られた構築物をクローニングおよびシークエンシングして、操作の正確性を決定することができる。本発明の遺伝子構築物は、植物を含むがこれらに限定されない多様な標的生物を形質転換するために用いられうる。本発明の構築物を用いて形質転換されうる植物には、単子葉被子植物たとえば、イネ科植物、トウモロコシ、穀草、オートムギ、コムギ、およびオオムギ、および双子葉被子植物たとえば、アラビドプシス、タバコ、マメ科植物、アルファルファ、オーク、ユーカリ、カエデ、および裸子植物たとえば、ヨーロッパアカマツ;AronenFinnishForestResPapersVol5951996;ホワイトスプルースEllisetalBiotechnology1184891993;およびカラマツHuangetalInVitroCell272012071991が挙げられる。好ましい態様において、本発明の遺伝子構築物は、その幹が何年ものあいだ生存して、木質組織を加えることによって毎年直径が増加する高木または低木として本明細書において定義される樹木植物を形質転換するために使用される。好ましくは、標的植物は、ユーカリおよびマツ種からなる群より選択され、最も好ましくはユーカリグランディスおよびラジアータパインからなる群より選択される。本発明の遺伝子構築物によって有用に形質転換されうる他の種には:パイヌスバンクシアナPinusbanksiana、パイヌスブルチアPinusbrutia、パイヌスカリバエPinuscaribaea、パイヌスクラウサPinusclausa、パイヌスコントルタPinuscontorta、パイヌスコウルテリPinuscoulteri、パイヌスエチナタPinusechinata、パイヌスエルダリカPinuseldarica、パイヌスエリオチPinusellioti、パイヌスジェフレイPinusjeffreyi、パイヌスラムベルチアナPinuslambertiana、パイヌスモンチコラPinusmonticola、パイヌスニグラPinusnigra、パイヌスパルストルスPinuspalustrus、パイヌスピナステルPinuspinaster、パイヌスポンデローサPinusponderosa、パイヌスレシノサPinusresinosa、パイヌスリギダPinusrigida、パイヌスセロチナPinusserotina、ストローブマツPinusstrobus、パイヌスシルベストリスPinussylvestris、テーダマツPinustaeda、パイヌスビルギニアナPinusvirginianaなどのマツ;アビエスアマビリスAbiesamabilis、アビエスバルサメアAbiesbalsamea、アビエスコンコロルAbiesconcolor、アビエスグランディスAbiesgrandis、アビエスラシオカルパAbieslasiocarpa、アビエスマグニフィカAbiesmagnifica、アビエスプロセラAbiesprocera、カメシパリスラウソニオナChamaecyparislawsoniona、カメシパリスノートカテンシスChamaecyparisnootkatensis、カメシパリスシオイデスChamaecyparisthyoides、エンピツビャクシンHuniperusvirginiana、ラリキスデシデュアLarixdecidua、ラリキスラリシナLarixlaricina、ラリキスレプトレピスLarixleptolepis、ラリキスオクシデンタリスLarixoccidentalis、ラリキスシベリカLarixsiberica、リボセドラスデクレンスLibocedrusdecurrens、オウシュウトウヒPiceaabies、エンゲルマントウヒPiceaengelmanni、カナダトウヒPiceaglauca、マリアナトウヒPiceamariana、コロラドトウヒPiceapungens、ピセアルベンスPicearubens、シトカトウヒPiceasitchensis、シュードツガメンジエシPseudotsugamenziesii、セコイアギガンテアSequoiagigantea、セコイアセンペルビレンスSequoiasempervirens、タキソジウムジスチクムTaxodiumdistichum、カナダツガTsugacanadensis、アメリカツガTsugaheterophylla、ツガメルテンシアナTsugamertensiana、ニオイヒバThujaoccidentalis、ツジャプリカタThujaplicataなどの他の裸子植物;ならびにユーカリプタスアルバEucalyptusalba、ユーカリプタスバンクロフチEucalyptusbancroftii、ユーカリプタスボチロイデスEucalyptusbotyroides、ユーカリプタスブリッジシアナEucalyptusbridgesiana、ユーカリプタスカロフィラEucalyptuscalophylla、ユーカリプタスカマルデュレンシスEucalyptuscamaldulensis、ユーカリプタスシトリオドラEucalyptuscitriodora、ユーカリプタスクラドカリクスEucalyptuscladocalyx、ユーカリプタスコキフェラEucalyptuscoccifera、ユーカリプタスクルチシEucalyptuscurtisii、ユーカリプタスダルリンプレアナEucalyptusdalrympleana、ユーカリプタスデグルプタEucalyptusdeglupta、ユーカリプタスデラガテンシスEucalyptusdelagatensis、ユーカリプタスジベルシカラーEucalyptusdiversicolor、ユーカリプタスデュニイEucalyptusdunnii、ユーカリプタスフィチフォリアEucalyptusficifolia、ユーカリプタスグロブルスEucalyptusglobulus、ユーカリプタスゴンフォセファラEucalyptusgomphocephala、ユーカリプタスグニイEucalyptusgunnii、ユーカリプタスヘンリイEucalyptushenryi、ユーカリプタスレボピネアEucalyptuslaevopinea、ユーカリプタスマカルスリEucalyptusmacarthurii、ユーカリプタスマクロリンカEucalyptusmacrorhyncha、ユーカリプタスマクラタEucalyptusmaculata、ユーカリプタスマルギナタEucalyptusmarginata、ユーカリプタスメガカルパEucalyptusmegacarpa、ユーカリプタスメリオドラEucalyptusmelliodora、ユーカリプタスニコリイEucalyptusnicholii、ユーカリプタスニテンスEucalyptusnitens、ユーカリプタスノバアングリカEucalyptusnovaanglica、ユーカリプタスオブリクアEucalyptusobliqua、ユーカリプタスオブツシフロラEucalyptusobtusiflora、ユーカリプタスオレアデスEucalyptusoreades、ユーカリプタスパウシフロラEucalyptuspauciflora、ユーカリプタスポリブラクテアEucalyptuspolybractea、ユーカリプタスレグナンスEucalyptusregnans、ユーカリプタスレシニフェラEucalyptusresinifera、ユーカリプタスロブスタEucalyptusrobusta、ユーカリプタスルディスEucalyptusrudis、ユーカリプタスサリグナEucalyptussaligna、ユーカリプタスシデロキシロンEucalyptussideroxylon、ユーカリプタススツアルチアナEucalyptusstuartiana、ユーカリプタステレチコルニスEucalyptustereticornis、ユーカリプタストレリアナEucalyptustorelliana、ユーカリプタスウルニゲラEucalyptusurnigera、ユーカリプタスウロフィラEucalyptusurophylla、ユーカリプタスヴィミナリスEucalyptusviminalis、ユーカリプタスヴィリディスviridis、ユーカリプタスワンドゥーEucalyptuswandoo、およびユーカリプタスユーマンニEucalyptusyoumanniなどのユーカリEucalypt;ならびにこれらの任意の種のハイブリッドが挙げられるがこれらに限定されるわけではない。標的植物のゲノムに遺伝子構築物を安定に組み入れる技術は、当技術分野において周知であり、これには、アグロバクテリウムツメファシエンスによる導入、電気穿孔、プロトプラスト融合、生殖器官への注入、未成熟胚への注入、高速発射物導入およびその他が挙げられる。技術の選択は、形質転換される標的植物に依存するであろう。たとえば、双子葉植物およびある単子葉植物および裸子植物は、たとえば、BevanNucleicAcidsRes12871187211984によって記述されるアグロバクテリウムTiプラスミド技術によって形質転換されうる。本発明の遺伝子構築物を導入するための標的には、葉組織、解離した細胞、プロトプラスト、種子、胚、分裂組織領域などの組織;子葉、胚軸、およびその他が挙げられる。ユーカリおよびマツを形質転換するための好ましい方法は、花粉を用いるバイオリスティック法たとえば、AroneninFinnishForestResPapers595531996を参照されたいまたは容易に再生可能な胚組織である。細胞を形質転換すると、本発明の遺伝子構築物をそのゲノムに組み入れた細胞は、先に考察したカナマイシン抵抗性マーカーなどのマーカーによって選択されうる。次に、トランスジェニック細胞を適切な培地において培養して、当技術分野において周知の技術を用いて植物全体を再生してもよい。プロトプラストの場合、適切な浸透圧条件下で細胞壁を再形成させる。種子または胚の場合、適切な発芽またはカルス開始培地を使用する。外植体の場合、適切な再生培地を用いる。植物の再生は、多くの種に関して十分に確立されている。森林樹木の再生に関する論評に関しては、DunstanetalSomaticembryogenesisinwoodyplantsinThorpeTAedInvitroembryogenesisofplantsを参照されたい。トウヒを再生するための特異的プロトコールは、Robertsetalによって考察されている。所望の表現型を有する形質転換植物を、当技術分野において周知の技術を用いて選択してもよい。得られた形質転換細胞を、当技術分野において周知の方法を用いて有性または無性生殖させて、トランスジェニック植物のその後に続く世代を得てもよい。先に考察したように、標的細胞におけるRNAの産生は、プロモーター配列を選択することによって、または機能的コピーの数もしくは標的宿主のゲノムに組み入れられるDNA配列の組み込み部位を選択することによって制御することができる。標的生物を、本発明の1つより多くの遺伝子構築物によって形質転換してもよく、それによって1つより多くの転写因子の活性を調整してもよく、たとえば1つより多くの組織における、または標的生物の発生の際の1つより多くの時期で遺伝子発現に影響を及ぼしてもよい。同様に、本発明のポリペプチドをコードする1つより多くのオープンリーディングフレーム、またはそのようなポリペプチドをコードする遺伝子の1つより多くの非翻訳領域を含む遺伝子構築物を組み立ててもよい。本発明のポリヌクレオチドはまた、転写因子をコードする他の公知の配列と組み合わせて使用されうる。本発明のポリヌクレオチドはまた、RNA干渉RNAiおよびクエリングquellingなどの標的遺伝子の産物の合成を遮断するために転写後に操作する方法によって、遺伝子発現を特異的に抑制するために用いられうる。遺伝子抑制技術の論評に関しては、Science288137013722000を参照されたい。例示的な遺伝子サイレンシング法はまた、WO9949029およびWO9953050に提供される。転写後の遺伝子サイレンシングは、配列関連遺伝子の転写物の急速な分解が起こる配列特異的RNA分解プロセスによってもたらされる。研究により、二本鎖RNAが配列特異的遺伝子サイレンシングのメディエータとして作用しうるという証拠が提供されているたとえば、MontgomeryandFireTrendsinGenetics142552581998による論評を参照されたい。自己相補的領域を有する転写物を産生する遺伝子構築物は、遺伝子サイレンシングにおいて特に有効である。この転写後遺伝子サイレンシング経路の独自の特徴は、サイレンシングが開始される細胞に、サイレンシングが限定されないことである。遺伝子サイレンシング効果は、生物の他の部分にも広がって、生殖系列を通して数世代にわたって伝播する可能性すらある。本発明のポリヌクレオチドは、従来の当技術分野において公知の方法によって林業用樹木組織などの植物組織に送達することができる、遺伝子サイレンシング構築物および/または遺伝子特異的自己相補的RNA配列を生成するために用いられうる。遺伝子構築物において、イントロン配列が転写物のプロセシングの際に除去されて、センスおよびアンチセンス配列がスプライス結合配列と共に結合して二本鎖RNAを形成するように、センスおよびアンチセンス配列を、ドナーおよびアクセプタースプライシング部位と共に適切なスプライシング方向でイントロン配列に隣接する領域に置くことができる。または、様々な長さのスペーサー配列を用いて、構築物中の配列の自己相補性領域を分離してもよい。遺伝子構築物転写物のプロセシングの際に、イントロン配列はスプライシングにより除去されて、センスおよびアンチセンス配列はスプライス結合配列と共に二本鎖RNAを形成することができる。選択したリボヌクレアーゼは、二本鎖RNAに結合してこれを切断し、それによって特異的mRNA遺伝子配列の分解に至る事象のカスケードを開始して、特異的遺伝子をサイレンシングする。または、自己相補的RNA配列を発現させるために遺伝子構築物を用いるのではなくて、遺伝子特異的二本鎖RNAセグメントを1つまたは複数の標的領域に送達して、細胞質にインターナライズさせて、遺伝子サイレンシング効果を発揮させる。本発明のポリヌクレオチドを含む遺伝子サイレンシングRNA配列は、所望の表現型を有する遺伝子改変植物を作製するためのみならず、遺伝子を特徴付けするためたとえば、配列のハイスループットスクリーニングにおいておよび無傷の生物におけるその機能を調べるために有用である。SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421、ならびにそれらの配列の変種に対して相補的であるおよび/またはそれらに対応するオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーも同様に、本発明によって包含される。そのようなオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーは、関心対象ポリヌクレオチドに対して実質的に相補的である。本明細書において用いられるオリゴヌクレオチドという用語は、一般的にヌクレオチド6個から60個を含むポリヌクレオチド配列の比較的短いセグメントを指し、ハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いるためのプローブ、およびポリメラーゼ連鎖反応によるDNAの増幅において用いるためのプライマーの双方を包含する。オリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーは、オリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーまたはその相補体が、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として記載される配列の1つまたは明記された配列の1つの変種の中に含まれる場合、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として記載される配列の1つ、またはその変種を含む本発明のポリヌクレオチドに対応するとして記述される。2つの一本鎖配列は、適切なヌクレオチド挿入および/または欠失によって最適に整列させて比較した1つの鎖のヌクレオチドが他の鎖のヌクレオチドの少なくとも80、好ましくは少なくとも90から95、およびより好ましくは少なくとも98から100と対を形成する場合に、実質的に相補的であると言われる。または、第一のDNA鎖がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で第二のDNA鎖に選択的にハイブリダイズする場合に、実質的な相補性が存在する。相補性を決定するためのストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、約1M未満、より通常、約500mM、および好ましくは約200mM未満の塩条件を含む。ハイブリダイゼーション温度は、5°Cもの低さでありうるが、一般的に約22°Cより高く、より好ましくは約30°Cより高く、および最も好ましくは約37°Cより高い。より長いDNA断片は、特異的ハイブリダイゼーションのためにより高いハイブリダイゼーション温度を必要としうる。ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーは、プローブの組成、有機溶媒の存在、および塩基ミスマッチの程度などの他の要因によって影響を受ける可能性があることから、パラメータを組み合わせることは、いずれか1つのみの絶対的な測定より重要である。植物または植物材料を含む試料もしくは産物からのDNAは、ゲノムDNA、または試料中に存在するRNAからcDNAを調製することに由来するDNAのいずれかでありうる。DNADNAハイブリダイゼーションに加えて、DNARNAまたはRNARNAハイブリダイゼーションアッセイも同様に可能である。第一の場合、発現された遺伝子のmRNAが、ゲノムDNAまたは試料のmRNAに由来するcDNAの代わりに検出されるであろう。第二の場合では、RNAプローブを用いることができるであろう。加えて、標的配列に特異的にハイブリダイズするDNAの人工的アナログも同様に用いることができるであろう。特異的態様において、オリゴヌクレオチドプローブおよび/またはプライマーは、本発明のポリヌクレオチド配列と相補的な、少なくとも約6連続残基、より好ましくは少なくとも約10連続残基、および最も好ましくは少なくとも約20連続残基を含む。本発明のプローブおよびプライマーは、長さが約8から100塩基対、好ましくは長さが約10から50塩基対、またはより好ましくは長さが約15から40塩基対でありうる。プローブは、DNADNAハイブリダイゼーションのストリンジェンシー、アニーリングおよび融解温度、およびループ形成の可能性ならびに当技術分野において周知であるその他の要因を考慮に入れて、当技術分野において周知の技法を用いて容易に選択することができる。プローブおよびPCRプライマーを設計するために適したツールおよびソフトウェアは、インターネット上で入手可能である。プローブを設計するために、および特にPCRプライマーを設計するために適した例示的なソフトウェアプログラムは、PremierBiosoftInternational3786CorinaWayPaloAltoCA943034504から入手可能である。PCRプライマーを設計するための好ましい技術はまた、DieffenbachandDykslerPCRprimeralaboratorymanualCSHLPressColdSpringHarborNY1995においても開示されている。本発明のポリヌクレオチドに対応する複数のオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーは、キットの形で提供されうる。そのようなキットは一般的に、各々のプローブがポリヌクレオチド配列に対して特異的である、多数のDNAまたはオリゴヌクレオチドプローブを含む。本発明のキットは、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定されるポリヌクレオチド配列を含む、本発明のポリヌクレオチドに対応する1つまたは複数のプローブまたはプライマーを含みうる。ハイスループットアッセイにとって有用な1つの態様において、本発明のオリゴヌクレオチドプローブキットは、各々のプローブが固相基質の表面上の既定の空間的に位置特定可能な位置で固定されるアレイフォーマットで多数のプローブを含む。本発明において有用に使用されうるアレイフォーマットは、たとえばその開示が参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第5412087号、第5545531号、およびPCT公開番号WO9500530において開示される。植物の育種および品質管理操作などの応用では、多数の種子ロットおよび植物苗木を同定すること、望ましくない植物材料に関して試料もしくは産物を調べること、検疫目的等のために植物または植物材料を含む試料もしくは産物を同定すること、または植物または植物材料を含む試料もしくは産物の真の起源を確認することが必要であることから、ハイスループットスクリーニングシステムの重要性は明らかである。植物をタグ付けするための識別番号として用いられる本発明のポリヌクレオチドの有無に関するスクリーニングは、植物育種における遺伝子流動の量、散布された花粉による遺伝子移入等を後に検出するために貴重である。このようにして、本発明のオリゴヌクレオチドプローブキットは、異なる材料を含む異なる試料または産物において、迅速にしかも費用効果的に、本発明のポリヌクレオチドの有無または混合物の場合には相対量を調べるために使用されうる。本発明を用いて調べられうる植物種の例には、マツおよびユーカリ種などの林業種、他の樹木種、穀物およびまぐさ植物を含む農業用植物、ならびに園芸植物が挙げられる。本発明のもう1つの局面は、本発明のポリヌクレオチドのコレクションを伴う。本発明のポリヌクレオチド、特にSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定されるポリヌクレオチド、ならびにその変種およびx量体のコレクションを、保存媒体に記録および/または保存してもよく、その後分析、比較等の目的のためにアクセスしてもよい。適した保存媒体には、磁気ディスケット、磁気テープ、CDROM保存媒体、光学保存媒体、およびその他などの磁気媒体が挙げられる。適した保存媒体ならびに情報を記録および保存する方法のみならず、そのような媒体に記録されるポリヌクレオチド配列などの情報にアクセスする方法は、当技術分野において周知である。保存媒体に保存されるポリヌクレオチド情報は、好ましくはコンピューター読み取り可能であり、ポリヌクレオチド情報を分析および比較するために用いられうる。このように、本発明のもう1つの局面は、本発明のポリヌクレオチドのコレクション、特にSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定されるポリヌクレオチド、ならびにその変種のみならず、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421のポリヌクレオチドのx量体、ならびにSEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421のポリヌクレオチドを含むまたはそれらに対応する伸長配列、プローブ、およびプライマーのコレクションを記録する保存媒体を伴う。1つの態様に従って、保存媒体は、少なくとも20、好ましくは少なくとも50、より好ましくは少なくとも100、および最も好ましくは少なくとも200個の本発明のポリヌクレオチド、好ましくは、SEQIDNO1591、11831912、19312106、2371、2374、2377、2385、2387、2389、2391、2393、2395、2397、2399、2401、2403、2405、2407、2409、2411、2413、2415、2417、2419、および2421として同定されるポリヌクレオチド、またはそのようなポリヌクレオチドの変種のコレクションを含む。以下の実施例は説明するために提供され、制限するためではない。実施例1ユーカリグランディスからのcDNAクローンの単離および特徴付けユーカリグランディスcDNA発現ライブラリ成熟したシュート芽、早材篩部、花組織、葉組織独立した2つのライブラリ、細根、構造根、木部、または早材木部のいずれかから調製した9個を構築して以下のようにスクリーニングした。Changetalのプロトコールを用いて植物組織から全RNAを抽出した。PolyQuikmRNA単離キットStratageneLaJollaCA、またはDynalBeadsOligo25DynalSkogenNorwayのいずれかを用いて、mRNAを全RNA調製物から単離した。逆転写酵素合成の後にZAPExpresscDNA合成キットStratageneを用いて製造元のプロトコールに従って、得られたcDNAクローンをラムダZAPに挿入することによって、精製mRNAからcDNA発現ライブラリを構築した。得られたcDNAを、ライブラリに応じて5μlのライゲーション反応からのアリコート1~5μlを用いてGigapackIIPackagingExtractStratageneを用いてパッケージングした。ExAssistヘルパーファージStratageneと共にXL1BlueMRF細胞、およびXLOLR細胞Stratageneを用いて、ライブラリのmassexcisionを行った。切り出したファージミドをNZYブロスGibcoBRLGaithersburgMDによって希釈して、XgalおよびイソプロピルチオβガラクトシドIPTGを含むLBカナマイシン寒天プレートにおいて平板培養した。平板培養してDNAミニプレップのために採取したコロニーの中で、99がシークエンシングにとって適したインサートを含んだ。カナマイシンを有するNZYブロス中で陽性コロニーを培養して、cDNAを、アルカリ溶解およびポリエチレングリコールPEG沈殿によって精製した。1アガロースゲルを用いて、染色体の混入に関してシークエンシング鋳型をスクリーニングした。TurboCatalyst800機器PerkinElmerAppliedBiosystemsDivisionFosterCityCAを用いて、製造元のプロトコールに従って色素プライマー配列を調製した。陽性クローンのDNA配列を、PerkinElmerAppliedBiosystemsDivisionPrism377シークエンサーを用いて得た。cDNAクローンを最初に5末端からシークエンシングして、いくつかの場合において、同様に3末端からもシークエンシングした。いくつかのクローンに関して、エキソヌクレアーゼIII欠失分析を用いてpBKCMVにおいて異なるサイズのサブクローンのライブラリを得るか、または関心対象遺伝子の同定された領域に対して設計された遺伝子特異的プライマーを用いて直接シークエンシングすることによって、内部配列を得た。決定されたcDNA配列を、コンピューターアルゴリズムFASTAおよび/またはBLASTNを用いて、EMBLデータベース1999年7月中期までにおける公知の配列と比較した。重複配列の多数のアラインメントを用いて、信頼できるコンセンサス配列を構築した。決定されたcDNA配列を、SEQIDNO1331、11831536、18961901、1905、1906、19081910、19321968、20012036、20742079、および2104に提供する。他の植物種からの公知の配列に対する類似性に基づいて、単離されたDNA配列を、先の表1に詳述するように、コードする転写因子として同定した。SEQIDNO1331、18961901、1905、1906、1908、1909、1910、19321968、20012036、20742079、および2104のDNA配列に対応する予想されるアミノ酸配列をそれぞれ、SEQIDNO592922、19141919、1923、1924、19261928、21082142、21752210、22472252、および2276に提供する。実施例2ラジアータパインからのcDNAクローンの単離および特徴付けラジアータパインのcDNA発現ライブラリシュート芽組織、懸濁培養細胞、早材木部独立した2つのライブラリ、針葉束分裂組織、雄球花、根不明の系列、細根、構造根、雌球花、錐原基、受容雌錐femalereceptiveconeおよび木部独立した2つのライブラリのいずれかから調製した14個を構築して、実施例1において先に記述したようにスクリーニングした。陽性クローンのDNA配列を、PerkinElmerAppliedBiosystemsDivisionPrism377シークエンサーにおいてフォワードおよびリバースプライマーを用いて得て、決定した配列を、先に記述したデータベースにおける公知の配列と比較した。他の植物種からの公知の配列との類似性に基づいて、単離されたDNA配列SEQIDNO332591、15371894、1895、19021904、1907、1911、1912、1931、19692000、20372073、20802103、2105、および2106を、上記の表1で詳述したようにコード転写因子として同定した。SEQIDNO332591、1895、19021904、1907、1911、1912、1931、19692000、20372073、20802103、2105、および2106のDNA配列に対応する予想アミノ酸配列をそれぞれ、SEQIDNO9231182、1913、19201922、1925、19291930、2107、21432174、22112246、22532275、2277、および2278に提供する。実施例3植物における遺伝子発現を修飾するためのMyb転写因子遺伝子の使用ユーカリグランディスMyb転写因子遺伝子によるタバコ植物の形質転換を以下のように行う。SEQIDNO2076のMyb転写因子のコード領域を含むDNA配列を含むセンスおよびアンチセンス構築物を含む遺伝子構築物を構築して、公表された方法AnGEbertPRMitraAHaSBBinaryvectorsinGelvinSBandSchilperoortRAedsPlantMolecularBiologyManualKluwerAcademicPublishersDordrecht1988を参照されたいを用いる直接形質転換によって、アグロバクテリウムツメファシエンスに挿入した。センスDNAの構築物を、pART7プラスミドにおけるcDNAインサートのクローニングによりPBKCMVプラスミドからの直接クローニングによって作製し、次にこれをNotI酵素によって切断して、35SInsertOCS3UTRをpART27植物発現ベクターに入れるGleavePlantMolecularBiology20120312071992を参照されたい。トランスジェニック構築物の存在および完全性を、制限酵素消化およびDNAシークエンシングによって確認する。たばこニコチアナタバクムcvサムスンNicotianatabacumcvSamsun葉の切片を、HorschetalScience227122912311985の方法を用いてセンスおよびアンチセンス構築物によって形質転換する。シロイヌナズナ生態型:コロンビアの植物全体を、真空浸潤法BechtoldetalCRAcad316119411991992、またはフローラルディップ技法CloughandBentThePlantJournal167357431998のいずれかを用いて、センスおよびアンチセンス構築物によって形質転換する。適切な構築物を含む形質転換植物を、サザンブロット実験を用いて確認する。形質転換植物におけるユーカリのMyb転写因子遺伝子の発現を、Myb転写因子遺伝子のセンスおよびアンチセンス構築物によって作製した各々の独立した形質転換植物株からの全RNAを単離することによって確認する。RNA試料をノザンブロット実験において分析して、各々の形質転換株におけるトランスジーンの発現レベルを決定する。センスおよびアンチセンス構築物によって作製された各々の形質転換植物株に関して、ユーカリのMyb転写因子遺伝子および内因性のMyb転写因子遺伝子によってコードされるMyb転写因子の発現レベルを、野生型対照植物のレベルと比較する。植物内で転写因子が異所で構成的に発現される場合に一般的に観察される可能性がある致死性表現型を阻止するために、構成的または細胞特異的プロモーターの制御下で、MYB転写因子MYBTFの5末端DNA結合ドメインを発現する構築物を生成することができる。切断されたMYBTFの異所発現が、内因性のMYBTFおよびトランスジーン産物に関する植物内での競合的シナリオを作製するという仮説が立てられる。関連する活性化ドメインを有しないこのDNA結合ドメイン産物が結合すると、内因性のTFが適切なシスエレメントに結合する能力を阻害するかまたは重度に低減させ、および下流の遺伝子の転写活性化を阻害して、それによってノックアウト様の表現型効果が起こる。SEQIDNO2076に与えられるユーカリグランディス転写因子は、他の植物種からのMYB転写因子遺伝子とアミノ酸配列同一性を有する。この遺伝子は、ユーカリグランディスの花芽に由来するcDNAライブラリから同定された。PROSITEおよびInterProなどの公共に入手可能なツールを用いるアミノ酸配列の分析により、SEQIDNO2076に存在する推定のDNA結合ドメインが容易に同定されたJinandMartinPlantMolBiol415778851999を参照されたい。同定されたDNA結合ドメインのアミノ酸配列をSEQIDNO2346および2347に示す。従来の制限酵素に基づくプロトコールを用いてクローニングを容易にするために5および3末端の双方にXbaI制限部位を付加して、および3末端のみに終止コドンTAGを付加する目的で、隣接する推定のDNA結合ドメインを、ポリメラーゼ連鎖反応PCRによって1つの断片として増幅した。これらのプライマーは、SEQIDNO2076の21番目から424番目のヌクレオチドを増幅した。得られたDNA結合ドメイン断片を、35S構成的プロモーターの下で植物内で発現させるために、pART7pART27植物バイナリベクターシステムGleavePlantMolBiol20120312071992においてクローニングした。バイナリベクターを、シロイヌナズナに関して記述されたCloughandBentPlantJ167357431998標準的なフローラルディップ技法を用いて、アグロバクテリウムツメファシエンスによる形質転換によって、シロイヌナズナに導入した。得られたT2植物トランス株以下の表1を参照されたいの表現型分析は、DNA結合ドメインセンス方向の過剰発現に関連する植物内でのMYBTF活性のダウンレギュレーションにより、紡錘形の花序のとう立ちを伴う矮性表現型野生型WTまたはpART27空ベクター対照と比較して高さのおよそ40減少が起こることを示した。花の発達および成熟は時間的レベルでは影響を受けなかった。しかし、重度の生長遅延を示す株では花の異常の証拠が観察された。他のトランス株の全体的な表現型分析から、野生型またはpART27空ベクター対照と比較して有意ではない表現型が得られ、この観察された表現型が、仮説どおりDNA結合ドメインのセンス発現によることを示している。T2の観察は、構築物あたり独立して5個の形質転換株からの植物15個について行った。表335SユーカリグランディスMYBTFDNA結合ドメインまたは全ORFの表現型分析35SMYBDNA結合ドメインセンス方向構築物によって形質転換してフロログルシノールおよびMauleによって染色した植物の組織の組織学分析は、空ベクターによって形質転換した対照と比較した場合に、明白な木部細胞の崩壊を伴う、形態学的異常および導管構造の木化を示した。SEQIDNO2076のDNA結合ドメインによって形質転換した植物からの花序とう立ち部分は、維管束の細胞集団が低減されて、維管束自体のおおまかなサイズが全体的に低減されたと決定された。組織学データは、SEQIDNO2076の結合ドメインの導入センス方向によって、導管構造の発達の乱れが起こることを示した。MW2株215の個々の子孫のT3世代を詳しく分析したところ、異常な表現型が安定に受け継がれ、分析した植物15例中11例が、紡錘形の表現型を表すことが示された。これらの試験は、SEQIDNO2076の配列が転写因子をコードすること、およびSEQIDNO2076の結合ドメインを含む遺伝子構築物のセンス方向での植物への導入を用いることにより、植物の表現型の修飾に成功する可能性があることを証明している。実施例4木材の品質を変化させるためのトランスジェニックハコヤナギにおけるSHAQKYMYB転写因子の発現SEQIDNO1953に対応するユーカリ由来cDNAを分析して、完全なDNA配列SEQIDNO2371を得た。このcDNAは、MYB転写因子ファミリーの異なるメンバーである、完全長のタンパク質配列SEQIDNO2372をコードする。MYBドメインにおけるより通常のR2R3リピートの代わりに、このタンパク質は、SHAQKYモチーフの変種を含む1つのMYBリピートを含むMercyetalJExpBot54111711192003。cDNAを、制限酵素消化およびライゲーションなどの標準的な方法を用いてバイナリ形質転換ベクター中の発現カセットにおいてクローニングした。発現カセットにおいて用いたプロモーターは、テーダマツの4CLプロモーターであり、これは木部選択的発現を示すことが証明されている米国特許第6252135号。得られたプラスミドpWVK249のマップを図1に示す。pWVK249の完全なDNA配列はSEQIDNO2373であり、cDNAはプラスミドの8537番目から9774番目の領域に対応する。プラスミドのTDNA領域左側と右側境界のあいだもまた、形質転換植物のカナマイシン選択のためのNPTIIカセットを含む。プラスミドをアグロバクテリウム株GV2260に移入して、次にこれを用いて、Cheetalと類似の方法で、東部ハコヤナギアメリカクロヤマナラシPopulusdeltoidesを形質転換した。シュートの生成、根の発達、土壌への移植および寒さに曝して強くした後、形質転換ハコヤナギ植物を圃場試験に移して、そこで3年間生長させた。レポーター遺伝子によって形質転換した対照木を試験に含めた。収穫後、樹木からの木材を、密度、またはより厳密に言えば基礎比重basicgravityに関して特徴付けした。基礎比重の決定は、体積およそ10から25cm3の木材の小片について行った。基礎比重は、完全に乾燥させた場合の木材重量÷飽和させた場合に木によって置換される水の重量として計算した。pWVK249株の半数が対照試料のいずれよりも大きい基礎比重を有することが見いだされた。結果を図2に示す。pWVK249の組の平均値は、対照の平均値よりおよそ4大きく、最もよい株は、対照の平均値より密度が10大きい。類似の結果を、ポプラ属アスペンおよびハコヤナギの他のメンバー、ユーカリ属のメンバー、および他の堅木についても見いだすことができる。木材密度の増加はまた、本発明の方法を用いてマツおよび他の針葉樹についても達成されうる。本明細書において用いられる導管選択的プロモーターを、他の公知の導管選択的プロモーターに置換することができる。導管選択的プロモーターの例は、米国特許第7442786号に見いだすことができる、ラジアータパインセルロースシンターゼおよびユーカリグランディスアラビノガラクタンタンパク質である。実施例5木材性質を変化させるためのトランスジェニックマツにおけるSHAQKYMYB転写因子の発現SEQIDNO2373に提供される構築物を、ConnettPorcedduetal2007年1月2日に公表された米国特許第7157620号によって記述されるように、テーダマツの胚形成カルス培養物に形質転換する。胚を発芽させて、土壌に植える。苗木の高さがおよそ6インチになると、戸外に移して保護されない条件に馴化させ、2から3ヶ月後、それらを圃場試験においておよそ10フィート×8フィートの間隔で定植する。少なくとも2年間生長させた後、植物を収穫して、木材を収集し、増加量を決定するために、基礎比重の測定を行う。実施例6トランスジェニック樹木におけるマツ転写因子の過剰発現SEQIDNO341、377、388、396、413、434、454、458、462、497、504、573、1551、1675、および1910に対応するマツ由来cDNAを分析して、完全長またはほぼ完全長の転写物と同等のDNA配列を得た。cDNAを、本来のクローンの配列と重なり合う部分的シークエンシングcDNA発現された配列タグまたはESTの検索によって選択した。重なり合うESTの各組またはクラスタもしくはコンティグを調べることによって、転写物の5末端の最も近くで始まるcDNAを同定することが可能であった。樹木の生長および発達に及ぼすこれらの遺伝子の過剰発現の効果を証明するために、完全長のcDNAをバイナリ形質転換ベクターにおいてクローニングした。多様な基本ベクターを、過剰発現カセットの構築に用いた。ベクターpOX1SEQIDNO2423は、挿入された配列を作動させるために、導管選択的マツ4CLプロモーターを用いた。ベクターpOX28SEQIDNO2424は、挿入された配列を作動させるために、構成的なマツポリユビキチンプロモーターを用いた。pAGSM49SEQIDNO2425は、花粉形成を防止するためのカセットを加えることによって、pOX28から誘導した。pAGSM50は、pAGSM49と非常に類似であり、マルチクローニング領域のみが異なった。pOX28およびpAGSM49において、マルチクローニング領域配列は、であり、pAGSM50において、クローニング領域配列は、であった。プラスミドは全て、形質転換植物のカナマイシン選択のためにTDNA領域にNPTIIカセットを含んだ。SEQIDNO2385を、先に提供したベクターとは異なる3つの基本ベクターにおいてクローニングして、SEQIDNO2426、2427、および2428を生じた。SEQIDNO2387をpOX28SEQIDNO2424およびpAGSM49SEQIDNO2425においてクローニングした。SEQIDNO2389を、pAGSM50においてクローニングした。SEQIDNO2391を、pOX28SEQIDNO2424およびpAGSM49SEQIDNO2425においてクローニングした。SEQIDNO2393をpAGSM50においてクローニングした。SEQIDNO2395をpOX1SEQIDNO2423においてクローニングした。SEQIDNO2401を、pOX28SEQIDNO2424およびpAGSM49SEQIDNO2425においてクローニングした。SEQIDNO2403を、pOX1SEQIDNO2423およびpOX28SEQIDNO2424においてクローニングした。SEQIDNO2409を、pOX1SEQIDNO2423およびpOX28SEQIDNO2424においてクローニングした。SEQIDNO2411を、pOX1SEQIDNO2423においてクローニングした。以下の表4は、部分的および完全長の配列ならびに完全長の配列の予想される翻訳産物の対応を示す。表4実施例7トランスジェニック樹木におけるマツ転写因子の発現の低減完全長のcDNA、SEQIDNO2393、2395、2397、2399、2405、2407、および2421の各々に関して、cDNAの断片を、PCR、制限酵素消化、およびライゲーションなどの標準的な方法を用いてバイナリ形質転換ベクター中の推移的transitiveRNAiカセットにおいてクローニングした。推移的RNAiでは、RNA依存的RNAポリメラーゼが標的配列の中に伸長することができ、標的配列と相同性を有するsiRNAが生成されるように、非標的配列の逆方向反復を標的遺伝子のセグメントの3に連結させるFilichkinetalPlantBiotechnolJ56156262007。基本の推移的RNAiベクターの配列をSEQIDNO2429として提供する。表5は、完全長のSEQIDNOの一覧であり、構築物において用いられる各々の完全長の配列のセグメントに関する終点を提供する。表5断片を、5末端でBamHI制限部位を付加するように、および3末端でSpeI制限部位を付加するように設計したプライマーを用いて、PCRによって増幅した。精製された断片を、ベクターのBamHIとSpeI部位のあいだSEQIDNO2429の9297番目の位置から9644番目の位置に挿入した。標的遺伝子断片を挿入する前にベクターの制限酵素消化を行うと、9320~9642番目の位置を含む短いスタッファー断片が欠失した。推移的RNAiカセットを作動させるために用いられるプロモーターは、テーダマツの4CLプロモーターであった。プラスミドのTDNA領域左側および右側境界のあいだも同様に、形質転換植物のカナマイシン選択のためのNPTIIカセットを含んだ。SEQIDNO2415を標的とする抑制構築物を、強い構成的プロモーターによって作動する標的遺伝子の逆方向反復を含むように構築した。cDNA断片の逆方向反復は、2つの反復配列間に非コードDNAの短いスペーサーを含んだ。同様に、スペーサーとしてイントロン、たとえばSEQIDNO2384において用いられたシロイヌナズナのYABBY遺伝子からのイントロンを用いることも可能であろう。SEQIDNO2415の断片の逆方向反復を有するプラスミドの配列を、SEQIDNO2430として提供する。記述の抑制プラスミドの各々を、電気穿孔によってアグロバクテリウムに導入した後、ConnettPorcedduetal2007年1月2日に公布された米国特許第7157620号によって記述される胚形成マツカルス培養物において形質転換させた。トランスジェニック植物を産生して、温室または圃場試験のいずれかの土壌で生長させて、新規表現型の存在に関して特徴付けした。標的遺伝子の発現に及ぼす抑制プラスミドの効果を、存在する標的遺伝子RNAの量を決定することによって特徴付けする。RNAハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、または定量的逆転写PCRqPCRまたはRTPCRなどの方法を一般的に用いて、特異的遺伝子に関するRNAレベルを測定する。AppliedBiosystemsのTaqManアッセイは、標的遺伝子のレベルを内部標準と比較することができるリアルタイム型のPCRである。SEQIDNO12430を添付の配列表に記載する。添付の配列表において用いられる、記号nおよびXaaを含むヌクレオチドおよびアミノ酸配列のコードは、WIPOStandardST25、別紙2、表1と一致する。本発明は、理解を明快にする目的で、説明および例によっていくぶん詳細に記述してきたが、変化および改変を行うことができ、それらも特許請求の範囲によってのみ制限されると意図される本発明の範囲に含まれる。