"ポリヌクレオチドプローブであって、高リスクHPV核酸のL1、L2、E1、E2、E4、E6及びE7の各々の少なくとも100個の連続塩基に対して70~100の相補性を有する少なくとも1つの配列を含み、低リスクHPV核酸と交差反応しない、ポリヌクレオチドプローブ。低リスクHPV核酸の少なくとも100個の連続塩基に対して約70~100の相補性を有する少なくとも100個の連続塩基の任意の配列を含有しないことを条件とする、請求項1に記載のポリヌクレオチドプローブ。低リスクHPV核酸が、配列番号18~配列番号43及びそれらの相補体からなる群から選択される、請求項1に記載のポリヌクレオチドプローブ。高リスクHPV核酸が、配列番号1~配列番号17、配列番号104~配列番号110、配列番号116及びそれらの相補体からなる群から選択される、請求項1に記載のポリヌクレオチドプローブ。配列番号44~配列番号57、配列番号111~配列番号115及びそれらの相補体に対して約70~100の同一性を有する任意の配列を含まない、請求項1に記載のポリヌクレオチドプローブ。配列番号97~配列番号103、配列番号117及びそれらの相補体からなる群から選択される配列に対して約70~100の同一性を有する配列を含む、請求項1に記載のポリヌクレオチドプローブ。配列番号97~配列番号103、配列番号117及びそれらの相補体からなる群から選択される配列から本質的になる、請求項1に記載のポリヌクレオチドプローブ。配列番号97~配列番号103、配列番号117及びそれらの相補体からなる群から選択される配列からなる、請求項1~7のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドプローブ。少なくとも1つの請求項1に記載のポリヌクレオチドプローブを含むキット。高リスクHPV核酸に特異的なポリヌクレオチドプローブを生成する方法であって、a該高リスクHPV核酸の少なくとも一部分と約70~100の同一性を有する、少なくとも1キロベース長の配列を含む鋳型核酸を準備することと、b該鋳型核酸の配列を少なくとも1つの低リスク核酸と比較することと、c該鋳型核酸を切断して、該低リスクHPV核酸の領域と100個の連続塩基対にわたって約70~100の同一性を有する、該鋳型核酸の任意の領域を除去する、切断することと、を含む、高リスクHPV核酸に特異的なポリヌクレオチドプローブを生成する方法。鋳型核酸を、欠失プライマーを用いて該鋳型核酸を増幅することによって切断する、請求項10に記載の方法。鋳型核酸を、該鋳型核酸を増幅する前にメチル化する、請求項11に記載の方法。メチル化された鋳型核酸を選択的に消化する、請求項12に記載の方法。請求項9に記載の方法に従って生成されるポリヌクレオチドプローブ。請求項1に記載のポリヌクレオチドプローブを断片化することによって生成される核酸プローブセット。請求項15に記載の核酸プローブセットを含むキット。サンプル中の標的核酸の存在を決定する方法であって、a請求項1~8及び13のいずれか一項に記載の少なくとも1つのポリヌクレオチドプローブを標的核酸分子とハイブリダイズさせ、二本鎖核酸ハイブリッドを形成する、ポリヌクレオチドプローブをハイブリダイズさせることと、b該二本鎖核酸ハイブリッドを、二本鎖核酸ハイブリッドに特異的な第1の抗体を含む支持体上に捕捉させることと、c該標的核酸分子を検出することと、を含む、サンプル中の標的核酸の存在を決定する方法。二本鎖核酸ハイブリッドがDNA:RNAハイブリッドである、請求項17に記載の方法。標的核酸が高リスクHPV核酸である、請求項17に記載の方法。サンプルが生物学的サンプルである、請求項17に記載の方法。ヒト及び病原菌に由来する遺伝子の核酸配列データは蓄積されているため、迅速で費用効果の高い簡便な試験の需要が増大している。サンプル中の標的核酸を更に迅速に決定するための新規の効果的な方法、組成物及びキットを提供する必要がある。本発明の方法及びアッセイはこれらの要求を満たし、ハイスループットの自動化されたシステムに使用することができる。別の態様では、方法及びアッセイは部分的に自動化されたシステムで実施することができる。一態様では、本開示は、高リスクHPV核酸とハイブリダイズすることが可能であるが、低リスクHPV核酸と交差反応しない、少なくとも1キロベース長のポリヌクレオチドプローブに関する。一態様では、ポリヌクレオチドプローブは、高リスクHPV核酸のL1、L2、E1、E2、E4、E6及びE7の各々の少なくとも100個の連続塩基に対して70~100の相補性を有する少なくとも1つの配列を含む。更なる態様では、ポリヌクレオチドプローブは、低リスクHPV核酸の少なくとも100個の連続塩基に対して約70~100の相補性を有する少なくとも100個の連続塩基の任意の配列を含有しない。別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは、配列番号44~配列番号57、配列番号111~配列番号115及びそれらの相補体に対して約70~100の同一性を有する任意の配列を含まない。また更なる態様では、ポリヌクレオチドプローブは、配列番号1~配列番号17及び配列番号104~配列番号110、配列番号116又はそれらの相補体からなる群から選択される高リスクHPV核酸に特異的である。別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは、配列番号97~配列番号103又はそれらの相補体からなる群から選択される配列に対して約70~100の同一性を有する配列を含む。また別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは配列番号97~配列番号103又はそれらの相補体からなる群から選択される配列から本質的になるか、又はそれからなる。一態様では、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号116、配列番号117又はそれらの相補体に対して70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する、少なくとも1キロベース長の配列を含む核酸を提供するが、但し、上記核酸は配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57又はそれらの相補体に対して70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する任意の配列を含まない。本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号116、配列番号117又はそれらの相補体に対して70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を含むか、それから本質的になるか、又はそれからなる1つ又は複数のプローブのプローブセットを提供するが、但し、上記核酸は配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57又はそれらの相補体に対して70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する任意の配列を含まない。一態様では、本開示は、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法であって、aサンプルを回収媒体に懸濁することと、b標的核酸分子をサンプルから回収媒体に放出させることと、c二本鎖標的核酸分子を一本鎖標的核酸分子に変換することと、d1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを、ポリヌクレオチドプローブと標的一本鎖標的核酸分子とがハイブリダイズして二本鎖核酸ハイブリッドを形成することを可能にする条件下で、一本鎖標的核酸分子に接触させることと、e二本鎖核酸ハイブリッドを捕捉させることと、f二本鎖核酸ハイブリッドを、結合していない一本鎖標的核酸分子から分離することと、g二本鎖核酸ハイブリッドを検出し、それにより標的核酸の存在が示される、二本鎖核酸ハイブリッドを検出することと、を含む、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法を提供する。一態様では、ポリヌクレオチドプローブは、欠失部分が低リスクHPV型に対して高い配列同一性又は交差反応性を有する、高リスクHPV核酸に特異的な戦略的に切断されたプローブである。一態様では、戦略的に切断された高リスクHPVプローブは、HPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型の1つ又は複数に特異的であるか、又はそれとハイブリダイズすることが可能であり、欠失部分が低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型の1つ又は複数に対して交差反応性又は特異性を示す。別の態様では、プローブの欠失部分は、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57に対して75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する配列を含む。別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103若しくはor配列番号117、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115又はそれらの相補体に対して75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する核酸配列である。別の態様は、本明細書中で開示されるプローブを用いたサンプル中の標的核酸分子の迅速な検出に関する。検出方法は完全に自動化されているか、又は部分的に自動化されている言い換えると、一部人手による入力を必要とする、自動化されたものであり得る。別の態様は、本明細書中で開示されるプローブを用いた、例えば機械又は一連の機械内で同時の又は非常に短い期間での、複数のサンプル中の標的核酸分子の検出に関する。別の態様は、本明細書中で開示されるプローブを含む、サンプル中の標的核酸分子を検出するためのキットに関する。本開示は、サンプル中の核酸分子の存在を迅速に決定するための方法、組成物、試薬、システム及びキットを含む。方法、組成物、試薬、システム及びキットは、病原菌の検出及び同定、並びに特定の疾患に対する遺伝的素因の検出を含むが、これらに限定されない臨床診断目的で使用することができる。一態様では、第2のHPV核酸と実質的に交差反応することなく、第1のHPV核酸を検出する能力を有する核酸プローブを開示する。一態様では、上記核酸プローブは、a第1の核酸と約70~100の同一性を有する、少なくとも1キロベース長の配列を含む鋳型核酸を準備することと、b該鋳型核酸の配列を第2の核酸の配列と比較することと、c第2の核酸の領域と約70~100の同一性を有する鋳型核酸の任意の領域を切断することとを含む方法によって生成する。一態様では、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号116、配列番号117又はそれらの相補体に対して70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する、少なくとも1キロベース長の配列を含む核酸を提供するが、但し、上記核酸は配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115又はそれらの相補体に対して70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する任意の配列を含まない。本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号116、若しくは配列番号117又はそれらの相補体に対して70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する、核酸を含むか、それから本質的になるか、又はそれからなる1つ又は複数のプローブのプローブセットも提供するが、但し、上記核酸は配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115又はそれらの相補体に対して70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する任意の配列を含まない。更なる態様では、プローブセットが、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、若しくは配列番号103、若しくは配列番号117、配列番号117又はそれらの相補体に対して70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する、配列を含むか、それから本質的になるか、又はそれからなる少なくとも1つの拡散プローブを含む。一態様では、本開示は、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、若しくは配列番号117、配列番号117又はそれらの断片若しくは相補体に対して75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する配列を含むか、それから本質的になるか、又はそれからなる核酸を提供する。一態様では、本開示は、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法を提供する。この方法は、a洗剤を含む回収媒体にサンプルを懸濁することと、b標的核酸分子を変性させることと、c1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを、プローブと標的核酸分子とがハイブリダイズすることにより二本鎖核酸ハイブリッドを形成することを可能にする条件下で、標的核酸分子に接触させることと、d二本鎖核酸ハイブリッドを、二本鎖ハイブリッド核酸ハイブリッドに特異的な第1の抗体をコーティングした固体支持体上に捕捉させ、それにより二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体複合体を形成する、二本鎖核酸ハイブリッドを捕捉させることと、e二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体複合体を、結合していない核酸から分離することと、f複合体に、二本鎖核酸ハイブリッドに特異的であるか、又は第1の抗体に特異的である、検出可能なマーカーで標識した第2の抗体をコンジュゲートし、二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体抗体複合体を形成する、第2の抗体をコンジュゲートすることと、g二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体抗体複合体を、洗剤を含む洗浄バッファで洗浄することと、h第2の抗体上の標識を検出することであって、検出が標的核酸分子の存在を示す、標識を検出すること、とを含む。別の態様では、本開示は、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法であって、洗剤を含む回収媒体にサンプルを懸濁することと、標的核酸分子を変性させることと、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを、プローブと標的核酸分子とがハイブリダイズ又は結合することを可能にする条件下で、標的核酸分子に接触させることと、二本鎖核酸ハイブリッドを、二本鎖ハイブリッド核酸ハイブリッドに特異的な第1の抗体をコーティングした固体支持体上に捕捉させることとを含む、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法を提供する。一態様では、本開示は、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法であって、洗剤を含む回収媒体にサンプルを懸濁することと、標的核酸分子を変性させることと、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを、プローブと標的核酸分子とがハイブリダイズ又は結合することを可能にする条件下で、標的核酸分子に接触させることと、二本鎖核酸ハイブリッドを、二本鎖ハイブリッド核酸ハイブリッドに特異的な第1の抗体をコーティングした固体支持体上に捕捉させることとと、二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体複合体を、結合していない核酸から分離することとを含む、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法を提供する。別の態様では、本開示は、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法であって、洗剤を含む回収媒体にサンプルを懸濁することと、標的核酸分子を変性させることと、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを、プローブと標的核酸分子とがハイブリダイズ又は結合することを可能にする条件下で、標的核酸分子に接触させることと、二本鎖核酸ハイブリッドを、二本鎖ハイブリッド核酸ハイブリッドに特異的な第1の抗体をコーティングした固体支持体上に捕捉させること、それにより二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持複合体を形成する、二本鎖核酸ハイブリッドを捕捉することと、二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体複合体を、結合していない核酸から分離することと、複合体に、二本鎖核酸ハイブリッドに特異的であるか、又は第1の抗体に特異的である第2の抗体をコンジュゲートし、二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体抗体複合体を形成する、第2の抗体をコンジュゲートすることとを含む、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法を提供する。別の態様では、本開示は、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法であって、洗剤を含む回収媒体にサンプルを懸濁することと、標的核酸分子を変性させることと、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを、プローブと標的核酸分子とがハイブリダイズ又は結合することを可能にする条件下で、標的核酸分子に接触させることと、二本鎖核酸ハイブリッドを、二本鎖ハイブリッド核酸ハイブリッドに特異的な第1の抗体をコーティングした固体支持体上に捕捉させること、それにより二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持複合体を形成する、二本鎖核酸ハイブリッドを捕捉することと、二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体複合体を、結合していない核酸から分離することと、複合体に、二本鎖核酸ハイブリッドに特異的であるか、又は第1の抗体に特異的である第2の抗体をコンジュゲートし、二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体抗体複合体を形成する、第2の抗体をコンジュゲートすることと、二本鎖核酸ハイブリッド/固体支持体抗体複合体を、洗剤を含む洗浄バッファで洗浄することとを含む、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法を提供する。別の態様では、本開示は、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法であって、a洗剤を含む回収媒体にサンプルを懸濁することと、bサンプル中の標的核酸分子を変性させることと、c少なくとも1つのポリヌクレオチドプローブを標的核酸分子に接触させることによって、二本鎖核酸ハイブリッドを形成することと、d二本鎖核酸ハイブリッドを、第1の抗体を含む支持体上に捕捉させることによって、二本鎖核酸ハイブリッド-支持体複合体を形成することと、e二本鎖核酸ハイブリッド-支持体複合体に、検出可能なマーカーで標識した第2の抗体を接触させることによって、二本鎖核酸ハイブリッド-支持体-第2の抗体の複合体を形成することと、f二本鎖核酸ハイブリッド-支持体-第2の抗体の複合体を洗浄バッファで洗浄することと、g第2の抗体上のマーカーを検出することであって、検出が標的核酸分子の存在を示す、マーカーを検出することと、を含む、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法を提供する。一態様では、本明細書に記載の方法に使用されるポリヌクレオチドプローブは、戦略的に切断された高リスクHPVプローブである。別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは、高リスクHPVプローブであり、欠矢部分は高い配列同一性又は低リスクHPV型との交差反応を示す。一態様では、高リスクHPVプローブは、HPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型の1つ又は複数に特異的であるか、又はそれとハイブリダイズすることが可能であり、欠失部分が低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型の1つ又は複数に対して交差反応性又は特異性を有する。別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、若しくは配列番号103若しくは配列番号117、配列番号117又はそれらの断片若しくは相補体に対して75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する配列を含むか、それからなるか、又はそれから本質的になる。一態様では、固体支持体は、二本鎖ハイブリッド核酸に免疫特異的な第1の抗体をコーティングするか、又は付着させた改質常磁性ビーズを含む。磁場を用いて、結合していない核酸から二本鎖核酸-磁性ビーズ-抗体複合体を分離することができる。一態様では、方法はサンプルの前処理工程を含まない。例えば、洗剤ベースの回収媒体によってサンプル調製時間の短縮が可能となり、それにより標的核酸分子の検出の加速がもたらされ得る。サンプルは本開示の方法、アッセイ又は装置によって直接アッセイ法で分析することができる。一例では、本開示のアッセイを用いた評価の前に、サンプルに対する精製工程を行わない。一態様では、本開示の方法、アッセイ又は装置によって粗溶解物を直接分析する。別の態様では、サンプルは標的増幅工程を受けない。一態様は、本明細書中で提供される方法、キット、アッセイ及び装置を利用することによって、がんを診断する方法に関する。一態様では、HPV及びHPV変異体に関連する核酸分子を同定することによって、子宮頸がんを検出する。別の態様では、本明細書中で提供される方法、キット、アッセイ及び装置を用いて、子宮頸部上皮内腫瘍CINをスクリーニングすることができる。続いて、検出されたがんを本明細書中で提供される方法、キット、アッセイ及び装置によって診断したbeingdiagnosed後、治療することができる。一態様では、診断されたがんは、子宮頸がん及びその変異型であり得る。一態様では、本開示は、a約0.5~約2.0のNP-40、約0.10~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、約25mM~約75mMのTris-HCl、約10mM~約50mMのEDTA、約50mM~約200mMのNaCl及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムに懸濁した生物学的サンプルと、b1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブと、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、a約0.5~約2.0のNP-40、約0.10~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、約25mM~約75mMのTris-HCl、約10mM~約50mMのEDTA、約50mM~約200mMのNaCl及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムを含む回収媒体に懸濁した生物学的サンプルと、b1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブと、c第1の抗体と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、a約0.5~約2.0のNP-40、約0.10~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、約25mM~約75mMのTris-HCl、約10mM~約50mMのEDTA、約50mM~約200mMのNaCl及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムを含む回収媒体に懸濁した生物学的サンプルと、b1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブと、c第1の抗体と、d第2の抗体と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、a約0.5~約2.0のNP-40、約0.10~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、約25mM~約75mMのTris-HCl、約10mM~約50mMのEDTA、約50mM~約200mMのNaCl及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムを含む回収媒体に懸濁した生物学的サンプルと、b1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブと、c第1の抗体をコーティングした支持体と、d第2の抗体と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、a少なくとも1つの洗剤を含む回収媒体に懸濁した生物学的サンプルと、b変性試薬と、c1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブと、d第1の抗体をコーティングした支持体と、e検出可能なマーカーで標識した第2の抗体と、を含む組成物を提供する。一態様では、本明細書に記載の組成物に使用されるポリヌクレオチドプローブは、戦略的に切断された高リスクHPVプローブである。別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは、高リスクHPVプローブであり、欠矢部分は高い配列同一性又は低リスクHPV型との交差反応を示す。一態様では、高リスクHPVプローブは、HPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型の1つ又は複数に特異的であるか、又はそれとハイブリダイズすることが可能であり、欠失部分が低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型の1つ又は複数に対して交差反応性又は特異性を有する。別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、若しくは配列番号103若しくは配列番号117、配列番号117又はそれらの断片若しくは相補体に対して75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する核酸配列である。本明細書中で使用される場合、高リスクHPVという語句は、がんを発症するリスクの上昇に関連する、当業者に既知のHPV型を指す。本明細書中で使用される場合、低リスクHPVという語句は、がんを発症するリスクの上昇に関連しない、当業者に既知のHPV型を指す。一態様では、上記のいずれの組成物も、本明細書中に記載のいずれの回収媒体とともに使用してもよい。一態様では、上記の組成物中の生物学的サンプルは、子宮頸部細胞サンプル又はヒト子宮頸部細胞サンプルである。別の態様では、生物学的サンプル中の核酸分子を変性させる。上記の組成物中の生物学的サンプルは、回収媒体中で少なくとも21日間33°Cで貯蔵した場合に安定性を示すことができる。一態様では、検出可能なマーカーで第2の抗体を標識する。生物学的サンプル本開示の方法を用いて、生物学的サンプル及び環境サンプルを含む、検体又は培養物例えば細胞培養物、微生物培養物及びウイルス培養物を含むが、これらに限定されないサンプルから標的核酸分子の存在を検出することができる。生物学的サンプルはヒトを含む動物由来のもの、流体、固体例えば糞便、又は組織、並びに乳製品、野菜、食肉及び食肉副産物等の液体又は固体の食品及び飼料の製品及び原料、並びに廃棄物であり得る。環境サンプルとしては、表層物質、土壌、水及び産業サンプル等の環境物質、並びに食品及び乳製品の加工用の機器、装置、設備、器具、使い捨て及び使い捨てではないnondisposable製品から得られるサンプルが挙げられる。生物学的サンプルとしては、子宮頸部上皮細胞例えば、子宮頸部スワブから得られるサンプル、アデノイド細胞、肛門上皮細胞、血液、唾液、脳脊髄液、胸膜液、乳汁、リンパ液、喀痰及び精液を挙げることができるが、これらに限定されない。サンプルは二本鎖核酸分子を含んでいても、又は一本鎖核酸分子を含んでいてもよい。二本鎖核酸分子が存在する場合、例えばアルカリを使用して、プロテイナーゼK/SDS、カオトロピック塩を使用して、当該技術分野で既知の様々な方法によってハイブリダイゼーション分析のためにこれを調製することができる。ハイブリダイゼーション分析のために二本鎖核酸分子を調製するプロセスは一般に、二本鎖核酸分子を一本鎖核酸分子に変換することを伴う。このプロセスは一般に変性として知られる。しかしながら、例えば三本鎖構築物によって、変性を行うことなく二本鎖核酸分子が検出され得ることも企図される。サンプルにおける標的核酸分子はDNA若しくはRNA、又はDNA及びRNAの両方であってもよい。標的核酸分子はより大きな核酸分子内に含有されていてもよい。標的核酸分子又は標的核酸分子を含むより大きな核酸分子のいずれの検出も本開示で企図される。生物学的サンプルは子宮頸部細胞、特にヒト子宮頸部細胞を含み得る。サンプルは、DACRONチップスワブ等の化学的に不活性の回収デバイスを含む、当該技術分野で既知の任意の方法又はデバイスによって回収することができる。綿棒、子宮頸部ブラシ、フロックスワブDACRONスワブのような形状であるが、より多くの細胞の回収及び細胞のより容易な放出を可能にするナイロン繊維で作られているスワブ、子宮頸部ブルーム、ミニブルーム、洗浄液、又はパップスメア試験によく使用される任意の回収デバイスを含むが、これらに限定されない他の許容可能な回収デバイスを使用することができる。一態様では、方法は、少なくとも30歳の女性からサンプルを回収することを含む。方法は、パップスメア試験又は同等の試験によって、少なくとも30歳の女性からサンプルを回収することも含み得る。パップスメア試験又は同等の試験によって回収されるサンプルは、子宮頸部細胞サンプルであり得る。サンプルを回収した後、サンプルをサンプル管に入れることができる。汚染を防ぐために管を密封することができる。回収デバイススワブ、ブラシ等は、それをサンプル管内に入れた後に動かすことのできる機構を更に含有し得る。一態様では、回収デバイスは、磁石を用いて動かすことのできるインサートを含有する。一態様では、このインサートは金属を含む。別の態様では、このインサートは磁性材料を含む。磁性材料は常磁性、強磁性及び反磁性の材料を含む。回収デバイスをサンプル管内に入れた後に動かすことの利点の一つは、回収デバイスが任意のサンプル抽出デバイス又はサンプル検出デバイスに接触するのを回避することである。サンプル抽出デバイスの例としては、ピペット、自動分注器及びピペットチップが挙げられる。サンプル検出デバイスの例としては、プローブ及びプローブチップが挙げられる。サンプル管任意のタイプのサンプル管を使用することができる。汚染を最小限に抑えるためにサンプル管を閉鎖又は密封してもよい。クロージャーは永久的なものであっても、又は取り外し可能なものであってもよい。取り外し可能なクロージャーの例としては、スナップキャップ、スクリューキャップ、ゴム隔膜、ホイル及びフィルムが挙げられる。クロージャーは、穴を開けた場合に再封鎖可能な1つ又は複数の開口又は穿孔を含有し得る。かかる開口又は穿孔を含有するクロージャーの利点の一つは、例えばサンプル抽出デバイス又はサンプル検出デバイスによって穴を開けた場合に、クロージャーが無効にならないことである。サンプル抽出デバイス又はサンプル検出デバイスを取り外すと、クロージャーは再封鎖され、それにより汚染が最小限に抑えられる。生物学的サンプルの貯蔵サンプルをサンプル管内に入れた後、基質とともに、若しくは保存媒体中で、又はその両方で乾燥させることによって、サンプルを貯蔵することができる。乾燥保存Desiccationは加圧乾燥又は化学物質を用いた乾燥によって達成される。これによって水分の大部分が除去され、長期安定性に好適となる。代替的に、サンプルの安定性を確保するために、サンプルをトレハロース等の基質とともに凍結乾燥フリーズドライしてもよい。別の可能性は、サンプルを当業者に既知であり、明らかな保存媒体に懸濁することによって貯蔵し得ることである。保存媒体の目的は、分解し得る生物学的成分を保護することである。例えば、サンプル細胞、プローブ混合物、捕捉工程に使用される抗体:ビーズ複合体、及び検出工程に使用される二次抗体は全て分解を起こしやすい。回収の初期段階の保存媒体は、サンプルの安定性及び完全性をもたらすことが理想とされ、核酸を捕捉及び検出するプロセスの下流の工程に影響を及ぼし得る。回収媒体一態様では、サンプルを回収媒体に回収及び貯蔵することができる。回収媒体は、保存媒体と同様に核酸を保存すること、及び分析前の核酸の分解を防止するためにヌクレアーゼを阻害することを含む幾つかの機能を有する。一態様では、回収媒体は少なくとも1つの洗剤を含有する。別の態様では、回収媒体は少なくとも2つの洗剤、少なくとも3つの洗剤又は少なくとも4つの洗剤を含有する。一態様では、洗剤は各々異なる。別の態様では、洗剤ベースの回収媒体は、バックグラウンドシグナルを制御することが可能な或る洗剤と、磁性ビーズの挙動、例えば粘性サンプル中での移動、回収すなわち磁性ビーズがサンプルウェルの底部にどの程度集合するか、及び保持すなわちサンプルを含有する容器から上清を除去する際に、磁性ビーズがどの程度適所に留まるかを改善する別の洗剤の2つの異なる洗剤を含む。一態様では、アッセイのハイブリダイゼーション工程、捕捉工程及び検出工程中に熱を用いる。洗剤及び加熱を用いても、アッセイに使用される抗体は機能的であり続ける。洗剤ベースの回収媒体は、1つ、2つ、3つ若しくは4つ、又はそれ以上の洗剤を含んでいても、それから本質的になっていても、又はそれからなっていてもよい。洗剤は当該技術分野で既知であり、臭化セチルピリジニウム、臭化セチルトリメチルアンモニウム総じてセトリモニウム化合物として知られる、及び塩化アルキルベンジルジメチルアンモニウム総じてベンザルコニウム化合物として知られる、及びアルキルトリメチルアンモニウム塩等であるが、これらに限定されない陽イオン性洗剤、ドデシル硫酸ナトリウムSDS及びサルコシル等であるが、これらに限定されない陰イオン性洗剤、並びにNP-40等の非変性洗剤、並びに他の洗剤を挙げることができるが、これらに限定されない。NP-40は、ノニルフェノキシルポリエトキシルエタノールであるTergitolタイプのNP-40としても知られる。NP-40は核膜を破壊するほど強力ではないが、細胞膜を破壊することができる。そのため、NP-40を使用して、細胞培養物の細胞質内容物を得ることができる。他の洗剤及び洗剤の組合せを使用してもよく、その組合せによって、バックグラウンドノイズを制御する能力、及び磁性ビーズの挙動を改善する能力用いられる固体支持体が磁性ビーズを含む場合がもたらされる。或る特定の態様では、一方の洗剤が陰イオン性洗剤であり、第2の洗剤が非陰イオン性洗剤である。例えば一態様では、非イオン性洗剤と陰イオン性洗剤との組合せは、低バックグラウンドノイズを維持するのに役立つ。一態様では、洗剤ベースの回収媒体は、バックグラウンドノイズを制御するデオキシコール酸ナトリウム等の陰イオン性洗剤と、磁性ビーズの挙動を改善し得るNP-40とを含む。これら2つのタイプの洗剤の組合せは、2つの洗剤を合わせた単純な組合せに比べて、バックグラウンドノイズの制御、より良好なビーズの挙動、及びアッセイ速度の増加という相乗的な利益をもたらす。洗剤ベースの回収媒体中のこれらの洗剤の存在は、より迅速なアッセイ結果を達成する能力をもたらすが、下流の分析工程中に核酸又は捕捉抗体に悪影響を及ぼさない。加えて、洗剤ベースの回収媒体は、サンプルがより容易に溶解するために、回収デバイスからの検体の取り出しを改善する。加えて、洗剤ベースの回収媒体は、PRESERVCYT40メタノール溶液を用いる、STMカオトロピック剤を用いる及びアルコール等であるが、これらに限定されない他の回収媒体と比較して、サンプルの均一性を改善する。洗剤ベースの回収媒体はまた、手動又は自動での混合後のサンプルの粘度を低下させる。回収媒体中のNP-40の濃度は、約0.5~約2.0、約0.1~約1.0の範囲、及び列挙した範囲内の任意の濃度であり得る。或る特定の態様では、NP-40は約0.8~約1.5、約0.9~約1.2の濃度で存在し、或る特定の態様では約1.0である。別の態様では、NP-40は約0.1、約0.2、約0.3、約0.4、約0.5、約0.6、約0.7、約0.8、約0.9、約1.0、約1.1、約1.2、約1.3、約1.4、約1.5、約1.6、約1.7、約1.8、約1.9又は約2.0の濃度で存在する。回収媒体中のデオキシコール酸ナトリウムの濃度は、約0.10~約0.40、約0.20~約0.30の範囲、及び列挙した範囲内の任意の濃度であり得る。一態様では、デオキシコール酸ナトリウムの濃度は、約0.10、約0.15、約0.20、約0.25、約0.30、約0.35又は約0.40である。洗剤ベースの回収媒体はバッファ、2つの洗剤、キレート剤及び防腐剤を含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなっていてもよい。バッファは、約25mM~約75mM、約30mM~約60mM、約40mM~約50mM、及び約45mM~約55mM、並びに列挙した範囲内の任意の濃度のTris-HClであり得る。バッファはまた、約25mM、約30mM、約35mM、約40mM、約45mM、約50mM、約55mM、約60mM、約65mM、約70mM又は約75mMの濃度のTris-HClであり得る。任意の防腐剤を使用することができ、その選択は所望の機能性、副作用の最小化、コスト等の因子に依存し得る。好適な防腐剤としては、ゲンタマイシンgentamicin、ProClin、dimersol及びアジ化ナトリウムが挙げられる。回収媒体中の防腐剤の濃度は、防腐剤のタイプ、その効力、その副作用等の因子に依存する。例えば、アジ化ナトリウムについては、アジ化ナトリウムの濃度は、約0.01~約0.1、約0.025~約0.075、及び約0.04~約0.06の範囲、並びに列挙した範囲内の任意の濃度であり得る。防腐剤、例えばアジ化ナトリウムは、約0.01、約0.02、約0.03、約0.04、0.05、約0.06、約0.07、約0.08、約0.09又は約0.10存在していてもよい。一態様では、洗剤ベースの回収媒体は、1.0のNP-40、0.25のデオキシコール酸ナトリウム、50mMのTris-HCl、25mMのEDTA、150mMのNaCl及び0.09のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。別の態様では、洗剤ベースの回収媒体は、約0.5~約2.0のNP-40、約0.10~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、約25mM~約75mMのTris-HCl、約10mM~約50mMのEDTA、約50mM~約200mMのNaCl、及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。他の態様では、洗剤ベースの回収媒体は、約0.8~約1.5のNP-40、約0.20~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、約30mM~約60mMのTris-HCl、約20mM~約40mMのEDTA、約100mM~約200mMのNaCl、及び約0.025~約0.075のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。また別の態様では、洗剤ベースの回収媒体は、約0.9~約1.2のNP-40、約0.20~約0.30のデオキシコール酸ナトリウム、約30mM~約60mMのTris-HCl、約20mM~約30mMのEDTA、約100mM~約150mMのNaCl、及び約0.04~約0.06のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。一態様では、回収媒体はNP-40及びEDTAを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。別の態様では、回収媒体はNP-40、EDTA及びアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。一態様では、回収媒体はデオキシコール酸ナトリウム、EDTA及びアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。一態様では、回収媒体はNP-40、デオキシコール酸ナトリウム、EDTA及びアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。一態様では、回収媒体はNP-40、デオキシコール酸ナトリウム、Tris-HCl、EDTA及びアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。別の態様では、回収媒体は、0.5~約2.0のNP-40及び10mM~約50mMのEDTAを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。別の態様では、回収媒体は、0.5~約2.0のNP-40、10mM~約50mMのEDTA、及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。一態様では、回収媒体は、約0.10~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、10mM~約50mMのEDTA、及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。一態様では、回収媒体は、約0.5~約2.0のNP-40、約0.10~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、10mM~約50mMのEDTA、及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。一態様では、回収媒体は、約0.5~約2.0のNP-40、約0.10~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、約25mM~約75mMのTris-HCl、約10mM~約50mMのEDTA、及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。一態様では、回収媒体は非カオトロピック媒体である。すなわち、例えば回収媒体はカオトロピック媒体又はカオトロピック塩を含まない。限定されるわけではないが、一態様では、回収媒体は塩酸グアニジン又は尿素を含まない。非カオトロピックnonchaotropic回収媒体を使用することの潜在的利点は、カオトロピック媒体又はカオトロピック塩を含む媒体に比べて、より良好なサンプルの再懸濁、より再現性のある試験、及びより均一な試験アリコートである。洗剤ベースの回収媒体を使用することの利点は、それによりサンプルの安定性が保存されることである。開示のように洗剤ベースの回収媒体中で貯蔵したサンプルは、少なくとも31日間安定であり、15°C~33°Cの温度で保持した場合に、少なくとも21日間安定である。一態様では、サンプルは、-20°Cの洗剤ベースの回収媒体中で凍結した場合に少なくとも6ヶ月間安定である。別の態様では、子宮頸部細胞サンプルは、少なくとも31日間、15°C~33°Cの温度で保持した場合に少なくとも21日間、また、-20°Cの洗剤ベースの回収媒体中では少なくとも6ヶ月間安定である。洗剤ベースの回収媒体はまた、変性剤を含有する回収媒体に比べて、厳しいハイブリダイゼーション条件及び捕捉条件下例えば65°C~75°Cの温度でのアッセイのパフォーマンスの改善をもたらす。1つ、2つ、3つ、4つ又はそれ以上の洗剤の存在によってサンプルの粘度を低減することができ、これは磁性ビーズからの液相の除去の助けとなり、サンプルの混合の助けとなる。一態様では、血液又は剥離子宮頸部細胞検体等のサンプルを、洗剤ベースの回収媒体に回収し、懸濁することができる。サンプルは、DACRONチップスワブ等の化学的に不活性の回収デバイスを用いて回収することができる。ナイロン繊維スワブ等の任意の他の好適なスワブを使用してもよい。分析前の核酸の分解を防止し、サンプルの安定性を維持するために、洗剤ベースの回収媒体中にサンプルを貯蔵することができる。サンプルを他の既知の回収媒体に回収した後、本明細書中に記載の方法に使用することができる。他の回収媒体の例としては、PRESERVCYT、SUREPATH、DIGENE回収媒体DCM及びSTMサンプル/検体輸送媒体が挙げられる。或る特定の回収媒体は核酸に特異的である。例えば、標的核酸がRNAである場合にはDCMは使用されない。これらの媒体の一部に回収されたサンプルは、サンプル中の核酸を検出及び分析する前に処理を必要とし得る。サンプルを処理する様々な方法サンプルの調製としても知られるが当該技術分野で既知である。例えば、細胞学的分析のためにPRESERVCYT等の媒体に回収した子宮頸部細胞サンプルを、洗剤ベースの溶解バッファと合わせ、続いて核酸結合表面を備える磁性ビーズを添加してもよい。加えて、他の既知の一般に入手可能な回収媒体に回収した他の細胞サンプルを、洗剤ベースの溶解バッファと合わせ、続いて核酸結合表面を備える磁性ビーズを添加してもよい。別の態様では、溶解バッファは、150mMのTris-HCIpH8.0、0.09w/vのアジ化ナトリウム、6v/vのTritonx-100、300mMのジエタノールアミンw/vを、9.3~約9.5の最終pHで含む。また別の態様では、溶解バッファは、約100mM~約200mMのTris-HCIpH約7.5~約8.5、約0.05w/v~約0.10w/vのアジ化ナトリウム、約2.5v/v~約7.5v/vのTritonx-100、及び約200mM~約400mMのジエタノールアミンw/vを、9.0~約10.0の最終pHで含む。前処理一態様では、アッセイはサンプルの前処理調製工程を含まない。別の態様では、洗剤ベースの回収媒体を使用する場合、アッセイはサンプルの前処理調製を含まない。例えば、洗剤ベースの回収媒体が約0.5~約2.0のNP-40、約0.10~約0.40のデオキシコール酸ナトリウム、約25mM~約75mMのTris-HCl、約10mM~約50mMのEDTA、約50mM~約200mMのNaCl、及び約0.01~約0.10のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる場合、サンプルの前処理調製は必要とされない。これらの成分の任意の組合せも企図される。別の態様では、PRESERVCYT又はSUREPATHを回収媒体として使用する場合、アッセイはサンプルの前処理調製工程を含み得る。前処理は手作業で行なっても、又は自動化されていてもよい。自動化前処理機械の一例は、液状化検体細胞診LBCサンプルを含む生物学的サンプルを処理して、抽出されたサンプルの核酸を含有する標準的な96ウェルプレートとするのに適合させた事前分析システムPAS機器である。PASにおいては、抽出管ユニットETUと呼ばれる一連のastripof8本の試験管内で処理する。各々のETUは96ウェルプレートの列に対応する。一態様では、システムのスループットは、最初のETUの完了まで約35分かかり、後続のETUが約2分間隔で完了するようなものである。スループット要件を満たすために、機器はETUを並行して処理するものであってもよい。各々のETUは、処理が完了する前に10個の工程を経る。これらの工程は、同様の工程毎にまとめられ、ステーション記号で識別される6個の処理モジュールが作られる。ETUは、6軸ロボットによって6個のステーション間を約2分間隔で行き来する。インキュベーション時間のために、一部の工程では、ETUが約2分よりも長くステーションに留まることが必要とされる。この場合、先入先出プロセスに対応するために、更なる位置がステーションに設けられる。PASは、1ETU輸送機構、2ETU及びETUグリッパー、3常磁性ビーズを引き付ける磁気ステーション、並びに4濃縮された核酸をETUからプレートへ移動させる分注器ステーション等の幾つかの部品を備えていてもよい。PASにおいては、標的核酸分子の存在を決定する方法を行うように設計された機器内での続く分析のために、液状化検体細胞診サンプルから抽出されたDNAの最大10個の96ウェルプレートを、5時間足らずで作成することができる。PASは、必要とされるサンプルの容量4mL、自動化の制限、及び手動のサンプル変換プロトコルの低いスループットを含む、液状化検体細胞診試験サンプルからDNAを抽出することの現在の課題の一部に対処するように設計されている。標的核酸分子標的核酸分子としては、生物学的サンプル及び環境サンプルを含む検体又は培養物例えば細胞培養物、微生物培養物及びウイルス培養物中に見られる核酸分子が挙げられるが、これに限定されない。標的核酸分子は、ヒトを含む動物に由来する生物学的サンプル、流体、固体例えば糞便又は組織、並びに乳製品、野菜、食肉及び食肉副産物等の液体又は固体の食品及び飼料の製品及び原料、並びに廃棄物中に見られるものであり得る。標的核酸分子は環境サンプル中に見られるものであってもよく、環境サンプルには、表層物質、土壌、水及び産業サンプル等の環境物質、並びに食品及び乳製品の加工用の機器、装置、設備、器具、使い捨て及び使い捨てではない製品から得られるサンプルが挙げられる。生物学的サンプル中に見られる標的核酸分子としては、子宮頸部サンプル例えば、子宮頸部スワブから得られるサンプル又は子宮頸部細胞サンプル、アデノイド細胞、肛門上皮細胞、血液、唾液、脳脊髄液、胸膜液、乳汁、リンパ液、喀痰、尿及び精液中に見られるものが挙げられるが、これに限定されない。標的核酸分子は、他のウイルスvirus、細菌、抗酸菌又は変形体、例えばサイトメガロウイルスCMV、ヘルペスウイルス、HIVウイルス、H1N1ウイルス、クラミジア、淋菌gonorrhea、トリコモナスバギナリスTrichomonasvaginalis、スタフィロコッカスアウレウスStaphylococcusaureus、結核菌、SARS関連コロナウイルス又はインフルエンザウイルスに由来するものであってもよい。一態様では、標的核酸分子は、子宮頸部サンプル例えば、子宮頸部スワブから得られるサンプル又は子宮頸部細胞サンプル、アデノイド細胞、肛門上皮細胞、血液、唾液、脳脊髄液、胸膜液、乳汁、リンパ液、喀痰、尿及び精液、他のウイルス、細菌、抗酸菌又は変形体、例えばサイトメガロウイルスCMV、ヘルペスウイルス、HIVウイルス、H1N1ウイルス、クラミジア、淋菌、ナイセリアゴノレアNeisseriagonorrhoeaeGC、クラミジアトラコマチスChlamydiatrachomatisCT、トリコモナスバギナリス、スタフィロコッカスアウレウス、結核菌、SARS関連コロナウイルス又はインフルエンザウイルスのいずれか1つに関連する核酸分子に75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一である。一態様では、標的核酸分子はヒトパピローマウイルスHPVに由来し、HPVの遺伝的変異体に由来するものを含む。変異体としては、多型、突然変異体、誘導体、標的核酸の修飾形態、変形形態等が挙げられる。一態様では、標的核酸はHPV核酸である。別の態様では、HPV核酸は、高リスクHPV型のHPVDNAである。別の態様では、HPV核酸は高リスクHPV型のHPVRNAである。別の態様では、標的核酸は、高リスクHPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型のいずれか1つ、又は低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型のいずれか1つに由来するものである。別の態様では、標的核酸分子は、HPV、HPVの遺伝的変異体、高リスクHPV型のHPVDNA、又は高リスクHPV型のHPVRNAのいずれか1つに関連する核酸分子と75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一identicalである。別の態様では、標的核酸は、高リスクHPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型のいずれか1つ、又は低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型のいずれか1つに関連する核酸分子と75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一である。先に述べたように、標的核酸分子はDNA又はRNAであり得る。標的核酸分子がDNAである場合、プローブは好ましくはRNAであり、標的核酸がRNAである場合、プローブは好ましくはDNAである。しかしながら、DNAプローブをDNA標的核酸分子とともに使用することができ、RNAプローブをRNA標的核酸分子とともに使用することができる。同様に前述したように、標的核酸分子によって、使用される回収媒体を決定することができる。変性上記のようにサンプルを洗剤ベースの回収媒体に回収した後、サンプルを変性試薬で処理して、標的核酸分子をハイブリダイゼーションに利用しやすいものにしてもよい。一態様では、サンプルをアルカリ性溶液で変性させる。溶液のpHを約pH12、約pH13又は約pH14にすることができる任意のアルカリを使用することができる。さらに、溶液のpHを約pH12~約pH13、約pH12~約pH14、及び約pH13~約pH14の範囲にすることができる任意のアルカリを使用することができる。アルカリの好適な濃度としては、約1.0N~約2.0N、約1.25N~約1.75N、及び約1.25N~約1.5N、及び約1.5N、並びに列挙した範囲内の任意の濃度が挙げられる。限定されるわけではないが、好適なアルカリとしてはNaOH及びKOHが挙げられる。一例では、洗剤ベースの回収媒体に懸濁したサンプルを、約半分の容量の1.75NNaOH溶液で処理することができる。例えば、或る特定の態様では、およそ50μlアリコートを、洗剤ベースの回収媒体に懸濁したサンプルから取り出し、およそ25μlの1.75NNaOH溶液を、この50μlのアリコートサンプルに添加する。変性試薬で処理したサンプルを、手作業での混合、又は約800rpm、約900rpm、約1000rpm、約600rpm~約1000rpm、若しくは約600rpm~1200rpmでの機械的振盪によって混合することができる。一態様では、変性試薬の添加後のサンプルのpHは約14であり得る。別の態様では、pHは約pH12又はpH13であり得る。かかる塩基性pHは、検体中の核酸の大部分に切れ目を入れ、変性させる。加えて、アルカリ処理は、ペプチドと核酸との間の相互作用を妨げ、標的核酸の利用可能性を改善し、タンパク質を分解することができる。タンパク質のアルカリ処理により、検体が効率的にホモジナイズされ、所与のサンプルの分析結果の再現性が確保される。このアルカリ処理は、サンプルの粘度を低減し、動態を増大させ、サンプルをホモジナイズし、サンプルにおける任意の内因性の一本鎖RNA核酸、DNA-RNAハイブリッド又はRNA-RNAハイブリッドを破壊することによりバックグラウンドを低減させることもできる。またこのアルカリ処理は、サンプルに存在し得るRNアーゼ及びDNアーゼ等の酵素を不活性化するのを助ける。当業者は、RNAが標的核酸である場合DNAではないasopposedto、フェノール抽出及びTCA/アセトン沈殿、並びにチオシアン酸グアニジン-フェノール-クロロホルム抽出用の試薬を含むが、これらに限定されない異なる試薬が好まれ得ることを理解するであろう。加熱工程を利用する、例えばサンプルを約95°Cに加熱して、核酸の鎖を分離するといったような他の変性方法を用いることができる。ヘリカーゼ等の酵素を使用することもできる。油はシリコーン油であり得る。一実施形態では、油又は油系物質を加熱前にサンプルに添加する。油は約0.5Cst~約20Cst、約1.0Cst~約10Cst、又は約2.0Cst~約5Cstの粘度を有し得る。一態様では、容量は約5Cstである。一態様では、約10μl~約45μlの上記のシリコーン油を、1mL以上の回収媒体に添加し、自動化プラットフォーム上で評価する。油を添加することの利点の一つは、サンプルがより均等に加熱されることである。一態様では、1.5N~2.0NのNaOHをサンプルに添加し、加熱する。別の態様では、1.75NのNaOHをサンプルに添加し、加熱する。変性試薬を含むサンプルは、約60°C~約80°Cに約30分間、約65°C~約75°Cに約30分間、約67°C~約70°Cに約30分間、若しくは約70°Cに約30分間、又は列挙した範囲内の任意の温度に加熱することができる。別の態様では、変性試薬を含むサンプルを、約60°C~約80°Cに約20分間~約40分間、若しくは約65°C~約75°Cに約20分間~約40分間、約67°C~約70°Cに約20分間~約40分間、若しくは約70°Cに約30分間、又は列挙した範囲内の任意の温度に加熱することができる。記載の時間条件及び温度条件の目的は、残りのハイブリダイゼーション、捕捉、洗浄及び検出の工程を行うのに好適な条件に標的核酸を置いたままで、最低限の時間で最大限のサンプルの変性をもたらすことである。したがって、サンプルを変性試薬中、約5分間~約120分間、約10分間~約60分間、約20分間~約40分間、約30分間、又は列挙した範囲内の任意の時間で加熱することができる。当業者であれば、より低い温度でより長いインキュベーション期間、又はより高い温度でより短いインキュベーション期間によって均衡をとって、本明細書中に記載の条件に同様の効果をもたらすことができることを容易に理解するであろう。ハイブリダイゼーション及びプローブの結合核酸を含有するサンプルを変性させた後、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブと、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブがサンプル中の標的核酸とハイブリダイズして、二本鎖核酸ハイブリッドを形成するのに十分な条件下で接触させる。プローブは完全長DNA、切断DNA若しくは合成DNA、又は完全長RNA、切断RNA若しくは合成RNAであり得る。標的核酸がDNAであれば、プローブはRNAとすることができ、標的核酸がRNAであれば、プローブはDNAとすることができる。好ましくは、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを、塩基性変性試薬を中和する中和ハイブリダイゼーションバッファとしても働くことができる塩基性変性試薬を中和するプローブ希釈剤で希釈する。DNAプローブ又はRNAプローブに使用されるプローブ希釈剤は、RNAの安定性に対してDNAで必要される要件が異なることから、異なり得る。例えば、プローブがRNAである場合、NaOHがRNAを破壊する可能性があるため、サンプルを初めに中和し、次いでプローブを添加するのが好ましく、又は代替的にはRNAプローブ及び中和剤プローブ希釈剤をサンプルに同時に添加することができる。プローブ希釈剤は、プローブを溶解及び希釈するために使用することができ、ハイブリダイゼーションにより好都合な環境をもたらすために、サンプルをおよそ中性のpH、例えば約pH6~約pH9に戻すのにも役立つ。十分な容量のプローブ希釈剤、好ましくは2分の1容量のサンプルを用いて、塩基処理サンプルを中和することができる。一態様では、プローブ希釈剤はバッファ、ポリアクリル酸、NaOH及びアジ化ナトリウムを含む。プローブ希釈剤は酢酸を含んでいてもよい。一態様では、プローブ希釈剤は、2.2MのBESN,N-ビス2-ヒドロキシエチル-2-アミノエタンスルホン酸、2.6のポリアクリル酸PAA、0.7NのNaOH及び0.09のアジ化ナトリウムを含む。プローブ希釈剤は、約1.2M~約2.6MのBES、約1.5M~約2.5MのBES、約1.75M~約2.25MのBES、約2M~2.4MのBES、又は約2.2MのBES、及び列挙した範囲内の任意の濃度のBESを含有し得る。一態様では、プローブ希釈剤は、約2~約3.0のPAA、及び列挙した範囲内の任意の濃度のPAAを含有し得る。別の態様では、PAA濃度は約2.2~約2.7である。また別の態様では、PAA濃度は約2.6である。更なる態様では、プローブ希釈剤は、約0.6N~約0.8NのNaOH、例えば約0.7NのNaOHを含有し得る。NaOHの濃度は一般に、BESの量が増大するにつれて増大する。プローブ希釈剤は、自動分注法によるその正確な分配を可能とする粘度を有する。言い換えると、プローブ希釈剤の粘度は、所望の容量が正確かつ自動的に分注されるように調整する。粘度が低過ぎると、プローブ希釈剤は安定な液滴を形成することができない。一方、粘度が高過ぎると、プローブ希釈剤の液滴は大きくなり過ぎる。かかる液滴がサンプル管に入ると、例えば、サンプル管の壁への液飛びによってサンプル管内に既に存在する内容物の顕著な撹乱を引き起こし得る。完全長プローブでは、加熱したアルカリ溶液をサンプルに添加し、次いでプローブ希釈剤を室温でサンプルに添加した後、サンプルを再加熱するものとする。かかるプロセスは二次構造が形成されるのを抑えることができる。抗体は二次構造を有する構造体と不可逆的に結合する傾向がある。切断プローブ又は合成プローブ等の不完全長プローブを使用する場合、二次構造の問題が存在しないため、溶液又はサンプルの加熱の必要はないとされる。一態様では、切断プローブ又は合成プローブとともに使用する場合、サンプルは加熱しない。変性試薬による処理の後、一定量の中和バッファ、一態様では1つ又は複数のプローブが溶解した記載のプローブ希釈剤を、プローブと少なくとも1つの標的核酸とのハイブリダイゼーション又は結合が起こるのに適切な条件下でサンプルに添加することができる。中和バッファは単一緩衝塩を含有し得る。一態様では、中和バッファは単一緩衝塩以外含有しない。ハイブリダイゼーション条件は、サンプルにおいて1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを、存在する場合に対応する相補的な核酸配列とアニーリングして、二本鎖核酸ハイブリッドを形成するのに十分なものである。本明細書に記載される特定のプローブ及び希釈剤に好適なハイブリダイゼーション条件が利用される。例えば、プローブ及びサンプル核酸を、ハイブリダイゼーション時間、好ましくは少なくとも約5分間~約30分間、約5分間~約20分間、又は約7分間~約15分間、又は約10分間、及び1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブが対応する相補的な核酸配列とアニーリングするのに十分な上述の範囲内のいずれかの時間number、インキュベートすることができる。ハイブリダイゼーション条件には、少なくとも約65°C、約68.5°C及び約67°C~約70°C、並びに上述の範囲内のいずれかの温度numberのハイブリダイゼーション温度が含まれ得る。所与の標的核酸及び所与のプローブでは、当業者は、日常的な実験により所望のハイブリダイゼーション条件を容易に決定することができる。当業者は更に、ハイブリダイゼーションの時間と温度とを互いに最適化させなければならないことを理解するであろう。このため、より高いハイブリダイゼーション温度であれば、より短期間でハイブリダイゼーションを行うことができ、その逆もまた同様である。限定するものではないが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、温度の増大、0.5M超へのイオン条件の増大例えばNaCl、又はPAAの濃度の低減により制御することができる。非限定的な例として、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件には、高温、例えば少なくとも約65°C、少なくとも約68.5°C、約67°C~約70°C、及び約69°C~約70°Cの高温でハイブリダイゼーション反応を行うことが含まれ得る。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件には、高温、例えば少なくとも約65°C、少なくとも約68.5°C、約67°C~約70°Cの高温も含まれ得る。非限定的な態様では、プローブは、HPV、HPVの遺伝的変異体、高リスクHPV型のHPVDNA、又は高リスクHPV型のHPVRNA、又は高リスクHPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型のいずれか1つ、又は低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型のいずれか1つに関連する核酸分子と75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な核酸分子とハイブリダイズ又は結合することが可能である。別の態様では、プローブは、HPV、HPVの遺伝的変異体、高リスクHPV型のHPVDNA、高リスクHPV型のHPVRNA、又は高リスクHPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型のいずれか1つ、又は低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型のいずれか1つと相補的である。別の態様では、プローブは、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、若しくは配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、若しくは配列番号103、若しくは配列番号117、又はそれらの相補体と75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な戦略的に切断されたプローブである。一態様では、サンプルを洗剤ベースの回収媒体に懸濁し、標的核酸を、変性試薬を用いて変性させ、中和バッファに懸濁した核酸プローブとハイブリダイズする。別の態様では、中和バッファは本発明のプローブ希釈剤である。プローブ希釈剤は、2.2MBESN,N-ビス2-ヒドロキシエチル-2-アミノエタンスルホン酸、2.6ポリアクリル酸、0.7NNaOH及び0.09アジ化ナトリウムを含む。捕捉プローブを標的核酸分子とハイブリダイズさせ、二本鎖核酸ハイブリッドを形成した後、二本鎖核酸ハイブリッドに特異的な分子によってハイブリッドを捕捉させる。二本鎖核酸ハイブリッドに特異的な分子としては、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、タンパク質RNアーゼRNaseH等であるが、これに限定されない、核酸アプタマーを含むが、これに限定されない、又は配列特異的な核酸が挙げられるが、これらに限定されない。アプタマーは、標的とハイブリダイズし、ハイブリダイズしたアプタマーを増幅して、この選抜プロセスを繰り返すことにより、配列のライブラリーから連続的に選択したランダム配列の短いストレッチである。一態様では、二本鎖核酸ハイブリッドに特異的な分子は、抗ハイブリッド抗体として知られる抗体により捕捉される。一態様では、第1の抗ハイブリッド抗体を、当該技術分野で標準的な技法を用いて支持体に固定する。好適な支持体への結合の例としては、共有結合若しくは吸着、例えばタンパク質間相互作用、プロテインGビーズ、ビオチン-ストレプトアビジン相互作用、カルボキシル基若しくはトシル基等へのEDACの結合、又はアフィニティーカラム内での例えば配列特異的な核酸を用いた固体支持体への直接のハイブリダイゼーションが挙げられる。支持体としては、ビーズ、磁性ビーズ先に示されるように常磁性ビーズ、反磁性ビーズ、強磁性ビーズ、強磁性ビーズ、反磁性ビーズを含む、カラム、プレート、ろ紙、ポリジメチルシロキサンPDMS及びディップスティックが挙げられるが、これらに限定されない。液相の抽出が可能であり、結合抗体と結合していない抗体とを分離する能力があれば、あらゆる支持体を使用することができる。ビーズを固定するのに、磁場を印加する場合、磁性ビーズが、溶液中に残り、液相を抽出又はデカンテーションすることができるという点で特に有用である。小さく、高い表面積を有するビーズ、例えば直径が約1μmのビーズが好ましい。電荷の切り替え又はシリカ捕捉を利用する磁場を印加しない他のビーズを使用することもできる。固定された抗ハイブリッド抗体が二本鎖核酸ハイブリッドを捕捉するのに十分な時間、ハイブリッドを支持体に付着した抗ハイブリッド抗体とインキュベートする。一態様では、支持体はビーズである。抗ハイブリッド抗体はモノクローナル抗体又はポリクローナル抗体であり得る。一態様では、抗体はモノクローナル抗体である。一態様では、抗体は、1-エチル-3-[3-ジメチルアミノプロピル]カルボジイミドヒドロクロリドEDACリンカーにより支持体に結び付く。一態様では、支持体はポリスチレンビーズである。一態様では、抗体と結び付いた支持体又はビーズをビーズ希釈バッファで希釈する。ビーズ希釈バッファは、ビーズ上のタンパク質変性を最小限に抑えるのに有用である。ビーズ希釈バッファの一例は、6カゼイン、100mMTris-HCl、300mMNaCl及び0.05アジ化ナトリウムを含む。一態様では、抗ハイブリッド抗体でコーティングされたビーズを、約67°C~約70°Cで約30分間、サンプルとインキュベートする。別の態様では、ビーズ及びサンプルを約68°C~約69°Cで約30分間、インキュベートする。更に別の態様では、ビーズ及びサンプルを約68.5°Cで30分間インキュベートする。インキュベーション時間は、約5分間~約60分間、約15分間~約45分間、約20分間~約40分間、又は上述の範囲内のいずれかの時間の範囲とすることができ、一般的に温度とは反比例関係である。インキュベーション時間、温度及び/又は振盪条件を、所望のように代替的な捕捉動態を達成するように変更することができることが、当業者により理解されるであろう。上記のような標的核酸/プローブハイブリッドの捕捉の後に、捕捉されていない核酸を洗い流すことにより、残りのサンプルから捕捉されたハイブリッドを分離することができる。コンジュゲーション方法の別の工程は、同様に二本鎖核酸ハイブリッドに特異的な、又は代替的には第1の抗体に特異的な第2の抗体を調製することを含み得る。第2の抗体は直接的又は関接的に検出可能に標識することができ、モノクローナル抗体であっても、又はポリクローナル抗体であってもよい。一態様では、第2の抗体はモノクローナル抗体である。別の態様では、第2の抗体は検出可能なマーカーで直接標識され、モノクローナル抗体である。第2の抗体は、二本鎖核酸ハイブリッドの存在を検出するために使用される。一態様では、第2の抗体は、基質と反応して、検出することのできるシグナルを生じる必要のある標識を有する。第2の抗体は好適なバッファに溶解することができる。一態様では、バッファは100mMのTrisHClpH7.4、0.5MのNaCl、0.1mMのZnCl2、1.0mMのMgCl2、0.25のTween20、0.2mg/mlのRNアーゼA、4のヒドロキシプロピル-β-シクロデキストリンシクロデキストリン、先に論考した30のビーズ希釈バッファ、0.05のヤギIgG、0.09のアジ化ナトリウムを含む。一態様では、コンジュゲーション反応は室温で行われる。別の態様では、コンジュゲーション反応は約37°C、約45°C又は約50°Cで行われる。一態様では、コンジュゲーション反応は約37°C、約45°C又は約50°C、35°C~約40°C、40°C~約50°Cで約20分間~40分間行われる。一態様では、コンジュゲーション反応は約37°C、約45°C又は約50°Cで約20分間~40分間行われる。別の態様では、コンジュゲーション反応は約45°Cで約30分間行われる。当業者であれば、例えば酵素、放射性分子、蛍光分子、又は金粒子等の金属粒子であるが、これらに限定されない任意の検出可能な標識を使用することができることを理解するであろう。或る特定の態様では、検出可能な標識はアルカリホスファターゼである。標識を抗体にコンジュゲートする方法は既知である。例えば、抗体をジチオスレイトールDTTで還元して、一価抗体断片を得ることができる。次いで、IshikawaetalJImmunoassay4209237及びMeansetalChem1212の方法その各々の内容全体が参照により本明細書中に援用されるによって、還元抗体をマレイン化アルカリホスファターゼに直接コンジュゲートすることができ、得られるコンジュゲートをHPLCによって精製することができる。任意のタイプのサイズ排除クロマトグラフィーを用いてコンジュゲートを精製してもよい。精製の利益の一つは、或るタンパク質と或る抗体とのコンジュゲートを、他のタンパク質対抗体比を有するこれらのコンジュゲートから分離することができることである。別の態様では、二本鎖核酸ハイブリッドは、直接標識されない第2の抗ハイブリッド抗体を用いて検出することができる。例えば、第2の抗体は、標識したヤギ抗マウス抗体によって検出されるマウス免疫グロブリンであり得る。洗浄第2の抗体とのコンジュゲーション後、サンプルを塩基性のbased洗浄バッファで洗浄する。洗浄バッファは1つ若しくは複数の洗剤を含有していても、又は洗剤を含まなくてもよい。洗浄バッファが洗剤を含有する場合、洗剤はイオン性洗剤であっても、又は非イオン性洗剤であってもよい。非イオン性洗剤の一例はTriton-Xである。洗剤は洗浄バッファ中に、約0.05~約1.5、若しくは約0.075~約1.0、若しくは約0.1~約0.75、若しくは約0.5、又は列挙した範囲内の任意の濃度で存在し得る。好適な洗浄バッファの一例は、40mMのTrispH8.2、100mMのNaCl、0.5のTriton-X100及び0.05のアジ化ナトリウムを含む。一態様では、洗浄バッファは、約7.5~約8.5のpHで、0.5mM~約2.0mMのTris及び0.02~0.10のアジ化ナトリウムを含有する。別の態様では、洗浄バッファは、約7.5~約8.5のpHで、約0.5mM~約2.0mMのTris及び0.02~0.10のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。また別の態様では、洗浄バッファは、約1.0mMのTris及び約0.09のアジ化ナトリウムを含むか、それらから本質的になるか、又はそれらからなる。一態様では、洗浄バッファは約7.6~約8.4のpHを有する。サンプルは、1回~10回、若しくは3回~7回、若しくは4回~6回、4回、若しくは5回、又は列挙した範囲内の任意の回数で、洗浄バッファで洗浄することができる。一態様では、サンプルを2つの異なる洗浄バッファで少なくとも4回洗浄する。別の態様では、サンプルを、或るバッファを用いて行う3回の洗浄及び異なるバッファを用いて行う別の洗浄工程によって少なくとも4回洗浄する。サンプルはまた、単一の洗浄バッファ又は複数の洗浄バッファで洗浄することができる。各々の洗浄に同じ洗浄バッファを使用しても、又は異なる洗浄バッファを使用してもよい。例えば、洗剤を含有する洗浄バッファを或る洗浄に使用し、洗剤を含まない洗浄バッファを別の洗浄に使用してもよい。一態様では、洗浄バッファのうち1つがTritonを含まない。検出第2若しくは第3、又はそれ以上の抗体に存在する標識が検出されることにより、標的核酸分子の存在が示される。様々な標識を検出する方法が当該技術分野で既知である。例えば、比色分析、放射能、表面プラズモン共鳴又は化学発光法が、例えばCoutleeetalJClinMicrobiol2710021007その内容全体が参照により本明細書中に援用されるによって記載されている。例えば、結合したアルカリホスファターゼコンジュゲートを、検出器、例えばE/LUMINA照度計SourceScientificSystemsInc,GardenGrove,CA、OPTOCOMPILuminometerMGMInstruments,Hamden,CT等、例えばTurnerBiosystems製のVeritasMicroplateLuminometerを用いて、LUMI-PHOS530試薬Lumigen,Detroit,MI又はDR2AppliedBiosystems,FosterCity,CA等の試薬による化学発光によって検出することができる。一態様では、コンジュゲートを検出するために蛍光光度計を使用してもよい。多重検出法を順に又は並行して使用してもよい。例えば、コンジュゲートは化学発光及び蛍光によって検出することができる。別の態様では、コンジュゲートは化学発光によって検出することができる。異なるコンジュゲート検出法を用いた検出器を、サンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法を行うことが可能な機械に、例えばモジュール方式で可逆的にreversibly又は不可逆的に取り付けてもよい。本明細書中に記載されるように、第2の抗体上の標識の検出は、サンプル中の1つ又は複数のプローブに相補的な標的核酸分子の1つ又は複数の存在を示す。洗浄の後、サンプルを、例えば第2の抗体上の標識の基質を含有する検出バッファに懸濁する。一態様では、サンプルは子宮頸部細胞を含む。子宮頸部細胞のサンプル中の標的核酸分子の存在を決定する方法は、サンプルを洗剤ベースの回収媒体に懸濁することと、手作業での混合によって混合することとを含む。別の態様では、混合は機械によるものである。およそ50μlアリコートのサンプルを取り出し、約25μlの変性試薬と混合する。サンプルを手作業での混合又は機械的振盪によって、約600rpm~約1200rpmで約30秒間~約60秒間混合し、約70°Cで約30分間加熱する。高リスクHPVRNAプローブを希釈剤中で調製し、約375ng/mlに希釈する。約40μlの希釈したプローブを、70°Cの加熱ブロック上のサンプルに添加する。サンプルを約1150rpmで約30分間振盪しながら、およそ68.5°Cで更にインキュベートする。上清は、ドロッパーボトル又は他のローテクデバイスによって除去することができる。約35μlの検出試薬をサンプルに添加する。検出試薬は標識された第2の抗体を含有する。第2の抗体は二本鎖核酸ハイブリッドに特異的である。検出試薬を含有するサンプルを、約45°Cで約30分間インキュベートし、約30秒間~3分間磁気ラック上に置き、上清をデカンテーションする。別の態様では、検出試薬を含有するサンプルを室温でインキュベートする。次いで、サンプルを洗浄バッファで約4回又は5回洗浄する。抗ハイブリッド抗体本発明に従って形成した二本鎖核酸ハイブリッドを捕捉させ、二本鎖核酸ハイブリッドに特異的な抗体を用いて検出することができる。抗体は、RNA-DNA、DNA-DNA、RNA-RNA及びその模倣物等であるが、これらに限定されない二本鎖ハイブリッドに特異的であり、ここで模倣物とは、RNA-DNA、DNA-DNA又はRNA-RNAのハイブリッドと同様に振る舞う分子を指す。利用される抗二本鎖核酸ハイブリッド抗体、すなわち抗ハイブリッド抗体は、形成される二本鎖核酸ハイブリッドのタイプによって異なる。一態様では、抗ハイブリッド抗体はRNA-DNAハイブリッドに免疫特異的である。当業者であれば、ポリクローナル又はモノクローナルの抗ハイブリッド抗体を、下記に記載されるように本発明のアッセイにおいて使用し、及び/又はビーズに連結し、及び/又は支持体に固定することができることを理解するであろう。標準的な技法を用いて調製したモノクローナル抗体を、ポリクローナル抗体の代わりに使用することができる。モノクローナル抗体は、当該技術分野で標準的な方法によって作製することができる。一態様では、標的核酸の捕捉及び検出に使用される抗体はモノクローナル抗体である。一態様では、モノクローナル抗体は、捕捉工程における高ストリンジェンシーのインキュベーション温度を支持する。限定されるわけではないが、捕捉工程における高ストリンジェンシーのインキュベーション温度は、約65°C~約75°C又は約68°C~約75°Cであり得る。第1及び第2の抗体は、捕捉及び検出について同じであってもすなわち、同じハイブリッド骨髄腫細胞株によって産生される、又は異なっており、異なるハイブリッド骨髄腫細胞株によって産生されたものであってもよい。一態様では、捕捉及び/又は検出に使用される第1及び第2のモノクローナル抗体は同じであり、RNA-DNAハイブリッドに特異的である。抗体の結合領域を含有する、二本鎖ハイブリッドに特異的な抗体の免疫断片又は誘導体も含まれる。例えば、RNA-DNAハイブリッドで免疫化した脾臓細胞と融合させた骨髄腫細胞から誘導された、モノクローナル抗RNA-DNAハイブリッド抗体を使用することができる。ハイブリッド特異的抗体は、例えばKitawagaetalMolImmunology19413及び米国特許第4,732,847号その各々の内容全体が参照により本明細書中に援用されるに記載されるように、固体支持体に固定したRNA-DNAハイブリッドに対するアフィニティー精製によって精製することができる。例えば組換え抗体例えば一本鎖Fv若しくはFab、又はそれらの他の断片をライブラリから選択する方法、又はヒト抗体レパートリーを産生することが可能なトランスジェニック動物例えばマウスの免疫化に基づく方法例えば、JakobovitsetalProcNatlAcadSciUSA902551、JakobovitsetalNature362255、並びに米国特許第5,545,806号及び米国特許第5,545,807号その各々の内容全体が参照により本明細書中に援用されるを参照されたいを含むヒト抗体又は人工抗体を含む抗体を作製又は単離する他の好適な方法を使用することができる。一態様では、検出対象の標的核酸はDNA例えば、HPVのゲノムDNA又はcDNA又はRNA例えばmRNA、リボソームRNA、核RNA、トランスファーRNA、ウイルスRNA、ヘテロ核RNAであり、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブは、それぞれポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドである。好ましい態様では、二本鎖核酸ハイブリッドは、標的DNAとプローブRNAとのハイブリダイゼーションによって形成されたDNA-RNAハイブリッドであり、RNA-DNAハイブリッドに免疫特異的な抗体を用いて検出することができる。本発明の一態様では、ハイブリドーマ細胞株から誘導されたモノクローナル抗RNA-DNAハイブリッド抗体が使用される。かかるハイブリドーマ細胞株は、米国特許第4,865,980号、米国特許第4,732,847号及び米国特許第4,743,535号その各々の内容全体が参照により本明細書中に援用されるに記載されている。ハイブリッド特異的モノクローナル抗体は、当該技術分野で標準的な技法を用いて調製することができる。ハイブリッド特異的モノクローナル抗体は、標的核酸の捕捉及び検出の両方に使用することができる。任意の脊椎動物を、ポリクローナル抗RNA-DNAハイブリッド抗体の調製に用いることができるが、ヤギ又はウサギが好ましい。好ましくは、従来の注射手順に従ってハイブリッドを動物に注射することによって、ヤギ又はウサギを合成ポリA-ポリdTハイブリッドで免疫化する。既知の抗体単離法に従って、免疫化した動物の種に特異的な抗体を含む動物の血液からポリクローナル抗体を回収し、精製することができる。モノクローナル抗体の作製については、十分な時間経過の後、動物から脾臓を取り出し、脾細胞を適切な骨髄腫細胞と融合させて、ハイブリドーマを作製することができる。次いで、ハイブリドーマを、抗ハイブリッド抗体を分泌する能力についてスクリーニングすることができる。次いで、選択したハイブリドーマを、腹水の産生のために第2の動物の腹腔内への注射に使用してもよく、腹水を抽出し、参照により本明細書中に援用される所望のモノクローナル抗体の濃縮供給源として使用することができる。ポリヌクレオチドプローブポリヌクレオチドプローブは、標的核酸分子とハイブリダイズ又は結合するように設計される。別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは標的核酸分子に結合するように設計される。一態様では、プローブは、HPV及びHPV高リスク変異体とハイブリダイズ又は結合することが可能である。更なる態様では、ポリヌクレオチドプローブはHPV及びHPV高リスク変異体に特異的である。高リスクHR核酸プローブは、高リスクHPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型のプローブを含み得る。別の態様では、高リスク核酸プローブは、高リスクHPV16型、18型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型及び82型のプローブを含み得る。他の態様では、RNAプローブ又はDNAプローブは断片である。一態様では、プローブは長さ約6キロベース~約8キロベース、約7.5キロベースであり、BLUESCRIPTベクターを用いたプラスミド鋳型を用いて作製することができる。しかしながら、他のプラスミド、ベクター及び方法が当該技術分野で既知であり、同様に本明細書中に記載のRNAプローブを作製するために使用することができる。プローブの量は、アッセイ毎に1つのHPV型当たり約7.5ng~約60ng、若しくはアッセイ毎に1つのHPV型当たり約20ng~約45ngと異なっていてもよく、又はアッセイ毎に各HPV型のプローブ約30ngが使用される。このため、一態様では、HRプローブは高リスクHPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型、又は低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型の1つ又は複数のプローブからなるか、又はそれから本質的になり、各プローブ約30ngが標的核酸分子の検出のためのアッセイ毎に使用される。別の態様では、核酸分子の組合せ又はセットが標的とされる。例えば、標的核酸分子のセットは高リスクHPV16型、18型及び45型を含み得る。一態様では、標的とされる核酸分子のセットは、高リスクHPV16型、18型及び45型のみを含む。さらに、標的核酸分子のセットは、高リスクHPV16型、18型及び45型とハイブリダイズするか、又はそれらに特異的なポリヌクレオチドプローブを含むか、それから本質的になるか、又はそれからなり、本明細書中で開示される方法のいずれにも使用することができる。RNAプローブは、標的核酸分子のみに特異的に結合する短い合成RNAプローブであってもよい。2009年4月17日付けで出願された米国特許出願公開第12/426,076号その内容全体が参照により本明細書中に援用されるに例が記載されている。或る特定の態様では、所望の標的核酸の混合物のいずれか1つを同時にスクリーニングするために、複数セットのプローブを含むプローブ混合物が使用される。例えば、生物学的サンプルを任意のHRHPV型の存在についてスクリーニングすることが望ましい場合がある。かかる状況では、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、又は配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、又は配列番号103、又は配列番号117、配列番号117と75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一なプローブセットが使用され得る。例えば、プローブ混合物を、全てのHRHPVについてプローブセットを提供するように設計することができ、1回の試験を行うことによって、サンプルが任意のHRHPV標的核酸を有するか否かを同定することができる。戦略的に切断されたプローブ一態様では、戦略的に切断されたプローブは、高リスクHPV型とハイブリダイズする、結合することが可能であるか、又はそれに特異的である。別の態様では、戦略的に切断されたプローブは、高リスクHPV型とハイブリダイズする、結合することが可能であるか、又はそれに特異的であり、欠失部分は低リスクHPV型に対して高い配列同一性又は交差反応性を示す。別の態様では、戦略的に切断されたプローブは、LR型との同一性が最も高い傾向がある、HPV配列のE1位置及びE2位置の両方で切断されたものである図1~図9を参照されたい。戦略的に切断されたプローブは、低リスク型と高い配列同一性を示すHPVゲノムの領域において、プラスミドのE1位置、E2位置及びL1位置で切断されていても図1、図4、図7~図8を参照されたい、又はプラスミドのE1位置、E2位置及びL2位置で切断されていてもよい図9を参照されたい。更なる態様では、1つX又は2つXXの欠失中の欠失配列の総量は、およそ1.4Kb~2.4Kbの範囲である。別の態様では、欠失は約100塩基対~約200塩基対、約150塩基対~約300塩基対、約200塩基対~約500塩基対、約500塩基対~約1000塩基対、約1200塩基対~約1500塩基対、又は約1000塩基対~約2000塩基対である。別の態様では、第1の欠失は約150塩基対~約300塩基対、又は約200塩基対~約500塩基対であり、第2の欠失は約1200塩基対~約1500塩基対、又は約1000塩基対~約2000塩基対である。別の態様では、欠失部分は低リスクHPV型、例えば低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型に対して高い配列同一性、交差反応性を示すか、又はそれとハイブリダイズする。別の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号116、又は配列番号117と約75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な戦略的に切断されたプローブである。一態様では、戦略的に切断されたプローブは、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号116又は配列番号117の連続塩基対長が約100塩基対~約200塩基対、約150塩基対~約300塩基対、約200塩基対~約500塩基対、約500塩基対~約1000塩基対、約1200塩基対~約1500塩基対、又は約1000塩基対~約2000塩基対の断片である。一態様では、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブは、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、若しくは配列番号103、若しくは配列番号116若しくは配列番号117に対して少なくとも約75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する1つ又は複数のプローブのプローブセットである。本開示は、1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上又は5つ以上の本明細書中に記載のプローブを含むプローブセットも提供する。一態様では、戦略的に切断されたプローブは、低リスクHPV型との交差反応、ハイブリダイゼーション又は結合を低減することが可能である。別の態様では、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102又は配列番号103の1つ又はor複数の戦略的に切断されたプローブは、1つ又は複数の低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型との交差反応性を低減することが可能である。一態様では、本開示は、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、若しくは配列番号103若しくは配列番号117又はそれらの断片若しくは相補体に対して約50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一性である単離ポリヌクレオチドを提供する。一態様では、本開示は、配列番号87又は配列番号9726XX、それらの断片又は相補体と50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な配列を含む、HPV26とハイブリダイズするか、又は特異的に結合することが可能な単離ポリヌクレオチド;配列番号88又は配列番号9833X、それらの断片又は相補体と少なくとも50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な配列を含む、HPV33とハイブリダイズするか、又は特異的に結合することが可能な単離ポリヌクレオチド;配列番号89又は配列番号9939XX、それらの断片又は相補体と少なくとも50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な配列を含む、HPV39とハイブリダイズするか、又は特異的に結合することが可能な単離ポリヌクレオチド;配列番号90又は配列番号10052X、それらの断片又は相補体と50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な配列を含む、HPV52とハイブリダイズするか、又は特異的に結合することが可能な単離ポリヌクレオチド;配列番号91又は配列番号10156XX、それらの断片又は相補体と50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な配列を含む、HPV56とハイブリダイズするか、又は特異的に結合することが可能な単離ポリヌクレオチド;配列番号92又は配列番号10258X、それらの断片又は相補体と50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な配列を含む、HPV58とハイブリダイズするか、又は特異的に結合することが可能な単離ポリヌクレオチド;配列番号93又は配列番号10366XX、それらの断片又は相補体と50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な配列を含む、HPV66とハイブリダイズするか、又は特異的に結合することが可能な単離ポリヌクレオチド;配列番号94又は配列番号10468XX、それらの断片又は相補体と50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な配列を含む、HPV68とハイブリダイズするか、又は特異的に結合することが可能な単離ポリヌクレオチド;及び配列番号95又は配列番号10573XX、それらの断片又は相補体と50以上、75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100同一な配列を含む、HPV73とハイブリダイズするか、又は特異的に結合することが可能な単離ポリヌクレオチドを提供する。別の態様では、低リスクHPV配列に対して交差反応性又は特異性を示す高リスクHPV配列を標的欠失のために同定する。交差反応性は、任意の既知の配列同定データベース、例えば本明細書中に記載のバイオインフォマティクスツールのいずれかを用いた配列アラインメントによる同一度percentidentityによって予測することができる。一態様では、低リスクHPV配列に対して交差反応性又は同一性を示す高リスクHPV配列を、標的欠失のために同定した後、低リスクHPV配列に対して交差反応性又は同一性を示す配列部分を除去する。第1の欠失後も顕著な交差反応性が存在する場合に、第2、第3、第4、第5又はそれ以上の欠失を行なってもよい。別の態様では、InvitrogenのGeneTailor商標Site-DirectedMutagenesisSystemを用いて欠失を開始する。バイオインフォマティクスツールを用いて、1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを決定することができる。例えば、特異的なオリゴヌクレオチドを設計するソフトウェアプログラムであるOligoarray2.0を利用することができる。Oligoarray2.0は、RouillardetalNucleicAcidsResearch3130573062参照により本明細書中に援用されるによって記載されている。Oligoarray2.0は、BLASTBasicLocalAlignmentSearchTool及びMfoldGeneticsComputerGroup,Madison,WIの機能性を兼ね備えたプログラムである。KarlinandAltschulによる統計的マッチング理論ProcNatlAcadSciUSA872264、ProcNatlAcadSciUSA905873を実行するBLASTは、所与のクエリ配列にマッチするヌクレオチド配列を迅速に検出するために広く使用されているプログラムである。当業者であれば、例えば高リスク及び低リスクのHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、16型、26型、30型、31型、33型、34型、35型、39型、40型、42型、43型、44型、45型、51型、52型、53型、54型、56型、58型、59型、61型、62型、66型、67型、68型、69型、70型、71型、72型、73型、74型、81型、82型、83型、84型及び89型に対して照合される配列のデータベースを準備することができる。次いで、関心の標的配列、例えばHPV18を、そのデータベースに対するBLASTにかけ、同一性の任意の領域を検索する。次いで、融解温度Tm及びGCを特定の長さの1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブについて計算し、パラメータと比較することができる、その後二次構造を検査することもできる。関心の全てのパラメータが満足された後、交差ハイブリダイゼーションを、BLASTによって決定された類似性を用いて、Mfoldパッケージによって照合することができる。様々なプログラムを適合させて、所望の特異性要件を満たす1つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを決定することができる。例えば、プログラムのパラメータは、25ntの長さ、55°C~95°CのTm範囲、35~65のGC範囲であり、55°C以下で二次構造又は交差ハイブリダイゼーションを有しないポリヌクレオチドが作製されるように設定することができる。交差反応性本発明は、HPVHRプローブセットと低リスクHPV型との間の交差反応性が、FDAに認可された標準的なHPVのアッセイ及びプローブセットと比較して劇的に低減したアッセイ組成物、プローブ及び条件も提供する。一態様では、HPVHRプローブセットは、高リスクHPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型、又は低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型からなる群から選択される。本発明のアッセイをこれらのHRHPVプローブと用いると、低リスクHPV型と高リスクHPVプローブとの間の交差反応性が低減する。例えば、米国特許出願公開第12/426,076号を参照されたい。本発明は、サンプル中のHPV等の標的核酸分子の存在を、上記で論考した方法を用いて、少なくとも10個のサンプルについて約2時間以内、約2.5時間以内、約3時間以内、約3.5時間以内、約4時間以内、約5時間以内、約6時間以内、約7時間以内、約8時間以内、約12時間以内、約24時間以内、他の態様では約3.5時間未満で決定する方法も提供する。HPV又は他の標的核酸分子の存在を短時間で決定することができる理由の一つは、この方法では標的核酸分子を検出前に増幅しないことである。標的増幅の代わりに、シグナル増幅を、HPV又は他の標的核酸分子の存在を正確に検出するために使用することができる。一態様では、本開示の方法はシグナル増幅工程を含み得る。一態様では、本開示の方法は標的増幅工程を含まない。別の態様では、本開示の方法はシグナル増幅工程を含むが、標的増幅工程を含まないものであり得る。本開示は、サンプル中のHPV等の標的核酸分子の存在を、上記で論考した方法及びアッセイを用いて、少なくとも10個のサンプルについて約2時間以内、約2.5時間以内、約3時間以内、約3.5時間以内、約4時間以内、約5時間以内、約6時間以内、約7時間以内、約8時間以内、約12時間以内、約24時間以内、他の態様では約3.5時間未満で検出することによって、がん、例えば子宮頸がんを検出する方法及びアッセイも提供する。当業者であれば、本発明を管、ディップスティック、マイクロアレイ、マイクロプレート、384ウェルプレート、他のマイクロタイタープレート及びマイクロ流体システムを含むが、これらに限定されない多数のプラットフォーム上で行うことができることを理解するであろう。当業者であれば、本発明の方法を自動化することができることを理解するであろう。本発明の別の態様は、標的核酸を含有するサンプルを回収する回収媒体を提供する。回収媒体は数日間、数週間又は数ヶ月間のサンプル安定性をもたらす。例えば、回収媒体は、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも4週間、少なくとも1ヶ月間、少なくとも2ヶ月間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも4ヶ月間、少なくとも5ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、約1週間~約4週間、約1ヶ月間~約3ヶ月間、約3ヶ月間~約4ヶ月間、又は約3ヶ月間~6ヶ月間のサンプル安定性をもたらすことができる。別の態様では、回収媒体は、33°Cで少なくとも21日間、又は20°Cで少なくとも6ヶ月間のサンプル安定性をもたらす。一態様では、上記のサンプルは、子宮頸部細胞サンプル又はヒト子宮頸部細胞サンプルである。好適な回収媒体は本明細書中に記載される。一態様では、回収媒体はNP-40、デオキシコール酸塩、Tris-HCl、EDTA、NaCl及びアジ化ナトリウムを含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的になる。他の態様では、回収媒体は1.0のNP-40、0.25のデオキシコール酸ナトリウム、50mMのTris-HCl、25mMのEDTA、150mMのNaCl、及び0.09のアジ化ナトリウムを含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的になる。別の態様は、40mMのTrispH8.2、100mMのNaCl、0.1~0.5のTritonX-100、及び0.09のアジ化ナトリウムを含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的になる、洗剤を含有する洗浄バッファである。また別の態様は、40mMのTrispH8.2、100mMのNaCl、及び0.09のアジ化ナトリウムを含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的になる、洗剤を含まない洗浄バッファである。ハイスループットアッセイ一態様は、本明細書中に記載の方法又は組成物のいずれかを用いて実行することが可能なハイスループットアッセイ及び装置に関する。ハイスループットアッセイは、多数のサンプルを短期間で正確かつ迅速に処理することが可能である。一態様では、ハイスループットアッセイは、少なくとも300個のサンプルを3時間未満で、900個のサンプルを約5時間で、少なくとも1000個のサンプルを約6時間で、又は少なくとも1500個のサンプルを約8時間で処理することが可能である。別の態様では、ハイスループットアッセイは、少なくとも10個のマイクロタイタープレート例えば96ウェルプレートを約5時間で、少なくとも15個のマイクロタイタープレート例えば96ウェルプレートを約7時間で、又は少なくとも20個のマイクロタイタープレート例えば96ウェルプレートを約8時間で処理することが可能である。一態様では、サンプルの処理は、方法又はアッセイの初めから完了まで行われる。キットサンプル中の標的核酸分子の検出のためのキットであって、a回収媒体と、b変性試薬と、cポリヌクレオチドプローブと、d第1の抗ハイブリッド抗体をコーティングしたビーズと、e検出可能に標識された第2の抗ポリハイブリッド抗体を含む検出試薬と、f洗浄バッファと、g第2の抗体上の標識の基質を含む第2の検出試薬と、を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的になる、キットも提供する。回収媒体、変性試薬、ビーズ、第1及び第2の抗体、ポリヌクレオチドプローブ、検出試薬並びに洗浄バッファについては先に記載している。一態様では、キットは1つ又は複数のHPV高リスクプローブを含みincludes、欠失部分は低リスクHPV型に対して高い配列同一性又は交差反応性を有する。一態様では、HPV高リスクプローブはHPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型、73型及び82型の1つ又は複数に特異的であるか、又はそれとハイブリダイズすることが可能であり、欠失部分は低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型の1つ又は複数と交差反応性又は特異性を有する。別の態様では、ポリヌクレオチドプローブは、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103又は配列番号117に対して75以上、80以上、85以上、90以上、95以上、98以上又は100の同一性を有する核酸配列である。装置一態様は、本明細書中に記載の方法又は組成物のいずれかを用いて実行することが可能なハイスループット装置に関する。一態様では、本明細書中に記載の組成物、方法、アッセイ及びキットを、米国特許出願公開第12/508,304号、米国特許出願公開第12/508,306号、米国特許出願公開第12/622,131号、米国特許出願公開第12/605,540号及び同第12/605,605号その各々の内容全体が参照により本明細書中に援用されるに記載の装置とともに使用する。米国特許出願公開第12/508,304号、米国特許出願公開第12/508,306号、米国特許出願公開第12/622,131号、米国特許出願公開第12/605,540号及び同第12/605,605号に記載の機器は広範にわたる用途を有し、多数のサンプルを短期間で正確かつ迅速に処理することが可能である。限定されるわけではないが、米国特許出願公開第12/508,304号、米国特許出願公開第12/508,306号、米国特許出願公開第12/622,131号、米国特許出願公開第12/605,540号及び同第12/605,605号に記載のシステム及び機器は、子宮頸部サンプル例えば、子宮頸部スワブから得られるサンプル又は子宮頸部細胞サンプル、アデノイド細胞、肛門上皮細胞、血液、唾液、脳脊髄液、胸膜液、乳汁、リンパ液、喀痰、尿及び精液、他のウイルス、細菌、抗酸菌又は変形体、例えばサイトメガロウイルスCMV、ヘルペスウイルス、HIVウイルス、H1N1ウイルス、クラミジア、淋菌、ナイセリアゴノレアGC、クラミジアトラコマチスCT、トリコモナスバギナリス、スタフィロコッカスアウレウス、結核菌、SARS関連コロナウイルス又はインフルエンザウイルスのいずれか1つに関連する核酸分子を検出及び分析するために使用することができる。さらに、米国特許出願公開第12/508,304号、米国特許出願公開第12/508,306号、米国特許出願公開第12/622,131号、米国特許出願公開第12/605,540号及び同第12/605,605号に記載のシステム及び機器は、HPV、HPVの遺伝的変異体、高リスクHPV型のHPVDNA、高リスクHPV型のHPVRNA、又は高リスクHPV16型、18型、26型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型及び82型のいずれか1つ、又は低リスクHPV1型、2型、3型、4型、5型、6型、8型、11型、13型、30型、34型、40型、42型、43型、44型、53型、61型、67型、69型、70型、71型、72型、74型、81型、83型、84型及び89型のいずれか1つに関連する核酸分子を検出及び分析するために使用することができる。実施例1LR-HPVと交差反応するリスクが最小のHR-HPVに特異的なプローブを生成するために、各々のHR-HPVゲノムの欠失プラスミドを生成した。これらの戦略的に切断されたプラスミドは、LR-HPV核酸と比較的高度の相同性を有する或る特定の領域を除いた各々のHR-HPVの完全長配列を含む。1.欠失の標的の選択15個のHR-HPV型HPV16、HPV18、HPV31、HPV33、HPV35、HPV39、HPV45、HPV51、HPV52、HPV56、HPV58、HPV58、HPV59、HPV66、HPV68及びHPV82と、28個のLR-HPV型HPV1、HPV2、HPV3、HPV4、HPV5、HPV6、HPV8、HPV11、HPV13、HPV30、HPV34、HPV40、HPV42、HPV43、HPV44、HPV53、HPV54、HPV61、HPV67、HPV69、HPV70、HPV71、HPV72、HPV74、HPV81、HPV83、HPV84及びHPV89とを比較する配列アラインメントを行い、全体的な配列類似性を決定する。使用するHR-HPV配列及びLR-HPV配列を下記表1に記載する。この配列アラインメントの結果を図30に示す。LR型と最も高率の同一性を示すHR配列を標的の欠失に特定する。これに基づき、HPV26、HPV33、HPV39、HPV52、HPV56、HPV58、HPV66、HPV68及びHPV73を、LR交差反応性を低減する配列除去の候補プラスミドとして選択する。2.部位特異的突然変異誘発HR/LR配列アラインメントの結果に基づいて、各々のHR-HPVにおいて最も相同な領域を初めに欠失させる。関心の完全長HR-HPV配列を含むBluescriptプラスミドを、37°Cで1時間メチル化する。次いで、重複増幅プライマーを用いてプラスミドを増幅する。増幅プライマーの一方は欠失に選択される標的の領域と重複するが、他方は重複しない。これにより得られる増幅産物は、欠失に選択される配列を除いた標的配列に対応する非メチル化線状アンプリコンである。次いで、標的配列及びアンプリコンを、メチル化された標的を消化し、非メチル化線状アンプリコンを環状化及び増幅する大腸菌株にトランスフェクトする。この方法の例示的なワークフローを図22~図29に実証する。欠失の標的とした部位の配列を、下記表2に記載する。次いで、プラスミドから線状プローブを生成する。これは、プラスミドを例えば制限エンドヌクレアーゼで切断すること、及び/又はプラスミドの一部分を、例えば配列特異的ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することを含むが、これらに限定されない多数の方法で達成することができる。一実施形態では、プローブを、1制限エンドヌクレアーゼを用いてプラスミドを線状化した後、2ポリメラーゼ及びポリメラーゼ特異的プロモーターを用いてプラスミドのプローブ部分を増幅することによって生成する。例えば、線状化RNAプローブは、図22~図29のプラスミドから、初めにプラスミドをXhoI制限エンドヌクレアーゼで切断し、次いでHPV核酸に特異的な部分をT7RNAポリメラーゼで転写することによって生成することができる。これを図31に示す。3.LR-HPVとの交差反応性の試験切断プラスミドから生成したinvitro転写RNAプローブセットを、プローブセットに対する実施例1に記載の方法に従って試験し、LR-HPVとの交差反応性が低減又は排除されているか否かを決定した。第1の欠失後も顕著な交差反応性が依然として明らかな場合に第2の欠失を作り出した。欠失プライマー配列を以下の表に記載する。選択したプラスミドのうち、1つX又は2つXXの欠失に含有される欠失配列の総量は、およそ1.4Kb~2.4Kbの範囲であった。最終プラスミド構築物は、単一の欠失を有するHPV33X、HPV52X、HPV58X、並びに二重欠失を有するHPV26XX、HPV39XX、HPV56XX、HPV66XX、HPV68XX及びHPV73XXを生じた。プラスミドの制限酵素地図及び得られたプローブを図10~図18に記載する。例示的な欠失を上記の表2に示す。4.HPV26の二重欠失のための例示的なワークフロー二重の戦略的に切断されたHPV26プラスミドを生成するこのワークフローの一例を図19及び図20に示す。GenBankアクセッション番号X74472によるHPV26配列を保有するpBluescriptIIKSプラスミドを、出発物質として使用した。メチル化の後、以下の欠失プライマー対を用いてプラスミドを増幅する:フォワードプライマー配列番号58:5’GTATTTCAATTGCCTGCCATGCCGTGTAACACTGTTTACATGTGTGTC3’リバースプライマー配列番号118:5’ACGGCATGGCAGGCAATTGAAATACATATAGCATTGCAGTCG3’この増幅の結果、プラスミドの1510塩基対部分が欠失し、E1領域及びE2領域の切断が生じた。次いで、このアンプリコンを、活性形態のMcrBCヌクレアーゼを保有するDH5α商標-T1R大腸菌の株InvitrogenCorp,Carlsbad,Californiaにトランスフェクトし、戦略的に切断されたHPV26Xプラスミドを生成する。次いで第2の増幅は、以下の欠失プライマー対を用いて実行される:フォワードプライマー配列番号60:5’GTTTCGGCCGTGTAACCAGTATGGCTTATTAAATAGTTGT3’リバースプライマー配列番号119:5’ACTGGTTACACGGCCGAAACTAGGCACCAAACGTCCCTTA3’この増幅の結果、プラスミドの490塩基対部分が欠失し、L1領域の切断が生じた。次いで、このアンプリコンを、活性形態のMcrBCヌクレアーゼを保有するDH5α商標-T1R大腸菌の株InvitrogenCorp,Carlsbad,Californiaにトランスフェクトした。McrBCがメチル化した鋳型を消化する一方で、大腸菌によってアンプリコンが環状化され、戦略的に切断されたHPV26XXプラスミドが生成する。HPV26XXプラスミドを制限酵素地図化し、構造及びサイズを確認した。プラスミドを、1XhoIのみ、2XhoI及びNotI、3BamHI及びSpeI、並びに4HindIIIで消化した。結果を図21に示す。このプラスミドは下記表3に記載の特徴を有する。実施例2:子宮頸部サンプル及びHPVプローブを用いたアッセイ合計324個の医師によって採取された子宮頸部サンプルを、洗剤ベースの回収媒体に回収し、高リスクHPVの存在について試験した。1mlのサンプルをボルテックスしてサンプルをホモジナイズし、50μlアリコートを取り出し、アッセイマイクロプレート内の25μlの変性試薬1.75NのNaOHと合わせた。これを振盪して混合し、70°Cで30分間インキュベートして一本鎖DNAを作り出した。これに、16個のHPV型に対するRNAプローブを含有する40μlの中和バッファプローブ希釈剤;2.2MのBES、2.6のPAA、0.7NのNaOH及び0.09のアジ化ナトリウムを添加して中性pHを生じさせ、68.5°Cで10分間インキュベートした。その後、10μlの抗体コンジュゲート常磁性ビーズおよそ1μmのThermoFisher製カルボキシル化SERADYNビーズを反応混合物に添加し、68.5°Cで更に30分間インキュベートした。互いに相補的なRNAプローブとDNA標的分子とが結合し、RNA-DNAハイブリッドが生じる。次いで、常磁性SERADYNビーズにコーティングしたRNA-DNAハイブリッド特異的抗体によってハイブリッドを捕捉させた。インキュベーションの後、常磁性ビーズを磁場への曝露によって液相/上清から分離する。デカンテーションによって上清廃液を除去し、35μlの検出試薬1アルカリホスファターゼにコンジュゲートしたモノクローナル抗RNA-DNAハイブリッド抗体を含む二次抗体コンジュゲート酵素を添加し、45°Cで30分間インキュベートする。二次抗体は、RNA-DNAハイブリッド抗体コンジュゲート常磁性ビーズ複合体に結合する。結合していない二次抗体を、洗剤ベースの洗浄バッファ40mMのTrispH8.2、100mMのNaCl、0.1のTriton-X100、及び0.09のアジ化ナトリウムを用いて洗い流した。基質DCPStarと呼ばれるABI製のジオキセタンベースの基質、EmeraldIIエンハンサーを添加を洗浄したビーズに添加すると、高リスクHPVDNAを含有するウェルは、照度計によって検出可能であり、RLU相対発光量で測定される光を生じる。1pg/mlのHPVDNAを含有するアッセイ陽性標準を用いて、陽性カットオフを確立する。全てのサンプルのRLU値を陽性標準のRLU値で除し、RLU/COカットオフ値に対するRLUを得る。結果をRLU/COで報告し、1.0以上の値を陽性とみなす。実施例3:安定性試験初期試験に続いて、サンプルを室温及び33°Cで貯蔵し、サンプルの安定性を観察した。回収後21日目まで試験を行った。図3及び図4は、各々のサンプルのRLU/CO値が21日目まで経時的に変化しないことを実証する。ベースラインの結果と、21日間の貯蔵後の結果とを比較する2×2分析、及び散布図分析によって、RLU/CO値の経時的な直線性が実証された。これらのデータに基づいて、回収し、室温又は33°Cで21日目まで貯蔵したサンプルが、ベースラインでの試験と同等のRLU/CO値をもたらすと結論付けることが可能である。貯蔵温度に対するRLU/CO値の線形混合モデル比較を用いると、P値は室温については0.8803、33°Cで貯蔵したサンプルについては0.9517であり、これらの値が同等であることが示される。実施例4本実施例では、検出限界LOD、C95濃度、並びに再設計したHYBRIDCAPTURE化学、並びに高リスクHR及び低リスクLRのHPVプラスミドDNA構築物を用いた交差反応性実験について記載する。LODは、ウイルスが検出されるか否かを特定するのに必要とされるコピー数として定義される。C95濃度は、95の時間で検体のシグナルが推定臨床カットオフを超えるか否かを特定するのに必要とされるコピー数として定義される。HPV16又はHPV18、及びHPV45のDNAとハイブリダイズする完全長相補的RNAプローブを用いた2回の独立したアッセイを行った。HPV16、HPV18及びHPV45のゲノムDNAの段階希釈、並びに相補的RNAプローブによる試験を用いて、LOD及びC95濃度を決定した。1反応当たりおよそ1×107コピーまで希釈した、LR及びHRのHPV型に由来するゲノムDNA、並びにHPV16、HPV18及びHPV45のRNAプローブによる試験を用いて、交差反応性を決定した。表5:検出限界及びC95濃度表6:高リスク型の交差反応性表7:低リスク型の交差反応性子宮頸部検体を外部臨床現場で採取し、日常的な臨床手順によってdigene回収媒体DCMに入れた。検体をハイブリッド捕捉HRHPVDNAスクリーニングアッセイを用いて試験し、反応性の検体、及び非反応性の検体のサブセットを、ハイブリッド捕捉HPV16及びHPV18/HPV45ジェノタイピングアッセイを用いてアッセイした。反応性の検体のサブセットを、同様にGP5/6PCRに続くLuminex検出によるHPVジェノタイピングを用いて評価した。本明細書中に記載の洗剤ベースの回収媒体のいずれを使用してもよい。例えば、媒体は1.0のNP-40、0.25のデオキシコール酸ナトリウム、50mMのTris-HCl、25mMのEDTA、150mMのNaCl及び0.05のアジ化ナトリウムを含有し得る。実施例5本実施例は、8個の低リスクHPV型について、戦略的に切断されたプローブカクテルB17XXと比較した17完全長B17FLプローブカクテルの交差反応性の低下を実証する。低リスクHPVプラスミド30型、40型、53型、61型、67型、69型、71型及び81型を、試験される濃度:0.5ng/mL、1ng/mL及び2ng/mLで標的として使用した。結果を下記表9にまとめる。読み取り値はRLU/COで示す。1以上のRLU/COを有する全ての反応を、高度の交差反応性を有するものとみなす。明らかなように、全ての場合で、完全長プローブカクテルは、対応する戦略的に切断されたプローブカクテルよりも高い交差反応性を示した。加えて、以下の完全長プローブは高度の交差反応性を示した:2ng/mLでのHPV30、1ng/mLでのHPV53、及び0.5ng/mL未満でのHPV67。この高い交差反応性は、戦略的に切断されたプローブによって低減又は排除された。"