"2つ以上の生体分子を検出するための方法において、前記方法が、a前記生体分子を含む細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生体分子の派生体を結合することができる成分を含むコンパートメントの中に前記細胞を空間分離する工程と、c前記細胞から前記生体分子を放出させる工程と、d前記生体分子の派生体を生成させる工程と、e前記生体分子の派生体が、前記生体分子の派生体を結合することができる前記成分に結合することを可能にする工程と、f前記生体分子の派生体を検出または同定する工程とを含むことを特徴とする方法。請求項1に記載の方法において、前記生体分子が、サブクラスであるポリペプチド、タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂肪酸、小分子、細胞小器官、または前述のいずれかの派生体、一部、もしくは組合せからなる群から選択されることを特徴とする方法。請求項2に記載の方法において、すべての生体分子が同じサブクラスに由来することを特徴とする方法。請求項3に記載の方法において、前記サブクラスが、ポリペプチドのサブクラスまたは核酸のサブクラスであることを特徴とする方法。請求項4に記載の方法において、前記ポリペプチドのそれぞれが、多量体のタンパク質または酵素の一部であるか、または前記核酸のそれぞれが、多量体のタンパク質または酵素の一部であるポリペプチドをコードすることを特徴とする方法。請求項5に記載の方法において、前記多量体タンパク質が、免疫グロブリンまたはその機能性断片であることを特徴とする方法。請求項1乃至6の何れか1項に記載の方法において、前記生体分子が、免疫グロブリンまたはその機能性断片の可変重鎖および可変軽鎖をコードする遺伝子であることを特徴とする方法。請求項2に記載の方法において、前記生体分子が異なるサブクラスに由来することを特徴とする方法。請求項1乃至8の何れか1項に記載の方法において、前記試料が、血液、骨髄、腫瘍、単一細胞生物、原核生物、または体液であるか、またはそれらに由来することを特徴とする方法。請求項9に記載の方法において、前記試料が患者に由来する試料であり、前記患者が健常患者、免疫患者、感染患者、または疾患もしくは障害を有する患者であることを特徴とする方法。請求項1乃至10の何れか1項に記載の方法において、前記細胞が単一B細胞などの単一細胞であることを特徴とする方法。請求項1乃至10の何れか1項に記載の方法において、前記細胞が、別の細胞、ウイルス、細菌、分子、もしくは生体分子、または前述のいずれかの派生体、断片、もしくは複合物と相互作用する細胞であることを特徴とする方法。請求項1乃至10の何れか1項に記載の方法において、前記細胞が、2つの化学的および/または生物学的ライブラリーの混合物を含み、第1ライブラリーの少なくとも1つのメンバーが、第2ライブラリーのメンバーと相互作用または結合することを特徴とする方法。請求項1乃至10の何れか1項に記載の方法において、前記細胞が、化学的および/または生物学的ライブラリーの少なくとも2つのメンバーと相互作用または結合する生体分子を含むことを特徴とする方法。請求項1乃至14の何れか1項に記載の方法において、前記コンパートメントが、キャビティー、ウェル、エマルション、相境界システム、疎水性スポット、粒子、物理力、または化学的架橋により形成されることを特徴とする方法。請求項15に記載の方法において、前記相境界が、空気中の水滴のように水と気体の間の相分離によって、または油中の水滴のように水と液体の間の相分離によって、またマイクロタイタープレート中の水滴のように水と固相の間の相分離によって実現されることを特徴とする方法。請求項15に記載の方法において、前記キャビティーまたは前記ウェルが、マイクロタイタープレート、ピコタイタープレート、または微小構造基材の上のキャビティーであることを特徴とする方法。請求項15に記載の方法において、前記エマルションが、油中水型または水中油型のエマルションであることを特徴とする方法。請求項15に記載の方法において、前記粒子が、シリカ、ガラス、アガロース、ポリマー、金属酸化物、またはそれらの複合物からなることを特徴とする方法。請求項15に記載の方法において、前記物理力が、静電力、電流力、誘電泳動力、電磁力、磁気、光学、温度、または密度効果であることを特徴とする方法。請求項1乃至20の何れか1項に記載の方法において、前記生体分子の派生体を結合することができる前記成分が、ビーズ、スライドガラス、マイクロタイタープレート、ピコタイタープレート、または前述のいずれかの蓋であることを特徴とする方法。請求項1乃至21の何れか1項に記載の方法において、工程cが化学的または物理的条件の変化により行われることを特徴とする方法。請求項22に記載の方法において、化学的条件の前記変化が、pH変化、塩濃度の変化、酵素の添加、細胞溶解剤の添加であることを特徴とする方法。請求項22に記載の方法において、物理的条件の前記変化が、加熱、凍結、電場、磁場または誘電場の印加、剪断力または遠心力、機械的変形、弛緩、超音波または任意の物理的な破断作用であることを特徴とする方法。請求項24に記載の方法において、物理的条件の前記変化が、溶液への粒子の溶解、生体ユニットのまわりの保護シェルの溶解、または酵素による誘導など、時間依存的にもたらされることを特徴とする方法。請求項1乃至25の何れか1項に記載の方法において、工程dが、前記生体ユニットのレプリケートまたは派生体の生成をもたらす増幅反応を含むことを特徴とする方法。請求項26に記載の方法において、前記増幅反応がPCRまたはRT-PCRであり、前記PCRまたはRT-PCRの間に、前記レプリケートまたは派生体が前記生体分子の派生体を結合することができる成分に結合することを可能にする[第1の]タグが加えられることを特徴とする方法。請求項27に記載の方法において、前記PCRまたはRT-PCRの間に、前記PCR産物またはRT-PCR産物のその後のシークエンシングを可能にする第2のタグが加えられることを特徴とする方法。請求項1乃至28の何れか1項に記載の方法において、工程eがDNAシークエンシングにより行なわれることを特徴とする方法。請求項29に記載の方法において、前記DNAシークエンシングが、前記PCR産物またはRT-PCR産物を連続または並行してシークエンシングすることにより行われることを特徴とする方法。請求項29または30に記載の方法において、前記DNAシークエンシングが、前記PCR産物もしくはRT-PCR産物を結合することができる成分上で、または前記成分のコピー上で前記PCR産物もしくはRT-PCR産物をシークエンシングすることにより行われることを特徴とする方法。請求項1乃至31の何れか1項に記載の方法において、前記生体分子が、前記核酸を結合することができる成分にハイブリダイゼーションにより結合する核酸であり、前記成分が固相粒子であり、かつ前記固相粒子が工程eのシークエンシングために使用されることを特徴とする方法。請求項1乃至32の何れか1項に記載の方法において、前記生体分子が、前記ポリペプチドまたはタンパク質を結合することができる成分の表面に直接結合するポリペプチドまたはタンパク質であり、前記成分が固相粒子であり、かつ前記固相粒子上の前記生体分子が工程eのイムノアッセイにより検出されることを特徴とする方法。請求項1乃至33の何れか1項に記載の方法において、前記生体分子またはそれらの派生体の検出または同定が同時に行なわれることを特徴とする方法。請求項1乃至34の何れか1項に記載の方法において、前記試料が、少なくとも103、少なくとも106、少なくとも109、または少なくとも1012の細胞を含み、前記細胞のそれぞれにおいて、少なくとも2つの生体分子が検出されることを特徴とする方法。請求項35に記載の方法において、前記細胞内の前記少なくとも2つのサブユニットの存在の相関が統計的に分析または判定されることを特徴とする方法。請求項1乃至36に記載の方法のいずれか1つを組み込んだまたは利用することを特徴とするイムノアッセイ。請求項1乃至37の何れか1項に記載の方法またはイムノアッセイを実施することを特徴とする装置。請求項1乃至37の何れか1項に記載の方法またはイムノアッセイを実施するための装置および説明書を含むことを特徴とするキット。一態様では、本発明は、2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a前記2つの相互作用する生体分子を含む細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生体分子の派生体を結合することができる成分を含むコンパートメントの中に前記細胞を空間分離する工程と、c細胞から生体分子を放出させる工程と、d前記生体分子/ユニットの派生体を生成させる工程と、e前記生体分子の派生体がストレージに結合することを可能にする工程と、生体分子の派生体を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。特定の態様では、前記試料は、前記2つの相互作用する生体分子を含む2つ以上の細胞を含む。好ましい態様では、前記2つの相互作用する生体分子は、前記2つ以上の細胞のうちの1つの細胞に含まれる。他の態様では、前記試料は、前記2つの相互作用する生体分子を含む少なくとも2つの細胞を含む。好ましい態様では、前記2つの相互作用する生体分子は、前記2つ以上の細胞のうちの1つの細胞に含まれる。好ましい態様では、前記2つの相互作用する生体分子は、前記2つ以上の細胞のうちの1つの細胞に含まれる。一態様では、本発明は、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体のためのストレージを追加して含むか、またはそれ自体がストレージである工程と、c場合によっては、生物学的実体から生体ユニットを放出させる工程と、d場合によっては、前記生体ユニットの派生体を生成させる工程と、e生体ユニットまたはそれらの派生体がストレージに結合することを可能にする工程と、f生体ユニットまたはそれらの派生体を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。この方法は図1に示される。他の態様では、本発明は、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニットまたは生体分子の派生体を結合することができる成分を含む工程と、c生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、d前記生体ユニットまたは生体分子の派生体を生成させる工程と、e生体ユニットまたは生体分子の派生体が、前記生体ユニットまたは生体分子の前記派生体を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、f生体ユニットまたは生体分子の派生体を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。工程cおよびdは任意選択であってよい。特定の実施形態では、工程cは必要ないこともある。これは、例えば、両方ともシークエンシングタグを含有する2つの抗体が同じ抗原の異なるエピトープに結合する場合である。そのような場合、抗体すなわち、生体ユニットまたは生体分子は、生物学的実体または細胞から予め放出されることなく、直接シークエンシングすなわち、検出または同定することができる。さらに、工程dは任意選択であってもよい。生体ユニットまたは生体分子を直接処理することができるか、またはさらなる処理のために生体ユニットまたは生体分子の派生体を生成させることができるかのいずれかである。これは特定の実施形態の下では有利となりうる。例えば、生体ユニットまたは生体分子それ自体が、相当不安定な場合例えば、mRNA、より安定な形態例えば、DNAへの変換が好ましい。一態様では、本発明は、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または前記細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分を含む工程と、c生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、d前記生体ユニットまたは生体分子の派生体を生成させる工程と、e生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体が、前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、f生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。一態様では、本発明は、2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a前記2つの相互作用する生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または前記細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分を含む工程と、c生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、d前記生体ユニットまたは生体分子の派生体を生成させる工程と、e生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体が、前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、f生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。代替態様では、本発明は、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分を含む工程と、c前記生体ユニットまたは生体分子の派生体を生成させる工程と、d生体ユニットまたは生体分子の派生体が、前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、e生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。代替態様では、本発明は、2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a前記2つの相互作用する生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分を含む工程と、c前記生体ユニットまたは生体分子の派生体を生成させる工程と、d生体ユニットまたは生体分子の派生体が、前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、e生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。さらなる代替態様では、本発明は、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離し、生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニットまたは生体分子に結合することができる成分を含む工程と、c生体ユニットまたは生体分子が、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、d生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。さらなる代替態様では、本発明は、2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a前記2つの相互作用する生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分を含む工程と、c生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、d生体ユニットまたは生体分子が、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、e生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。さらなる代替態様では、本発明は、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分を含む工程と、c生体ユニットが、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、d生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。さらなる代替態様では、本発明は、2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a前記2つの相互作用する生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記生物学的実体または細胞を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分を含む工程と、c生体ユニットが、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、d生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。本発明の少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子は、1つの生物学的実体の中に存在することができる。あるいは、本発明の少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子は、1つの細胞の中に存在することができる。特定の実施形態では、両方の生体ユニットまたは生体分子は、生物学的実体または細胞の内部に位置することができる。代替実施形態では、両方の生体ユニットまたは生体分子は、生物学的実体または細胞の上にまたはその外部に位置することができる。さらなる代替実施形態では、一方の生体ユニットまたは生体分子は、生物学的実体または細胞の内部に位置することができ、他方の生体ユニットまたは生体分子は、生物学的実体または細胞の上にまたはその外部に位置することができる。少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子はまた、任意の方法または形態で互いに相互作用する2つの生物学的実体または細胞の中に存在することができる。特定の実施形態では、第1の生体ユニットまたは生体分子は、第1の生物学的実体または細胞の内部に位置し、第2の生体ユニットまたは生体分子は、第2の生物学的実体または細胞の内部に位置する。他の実施形態では、第1の生体ユニットまたは生体分子は、第1の生物学的実体または細胞の上にまたはその外部に位置し、第2の生体ユニットまたは生体分子は、第2の生物学的実体または細胞の内部に位置する。さらに他の実施形態では、第1の生体ユニットまたは生体分子は、第1の生物学的実体または細胞の上にまたはその外部に位置し、第2の生体ユニットまたは生体分子は、第2の生物学的実体または細胞の上にまたはその外部に位置する。さらに他の実施形態では、第1の生体ユニットまたは生体分子は、第1の生物学的実体または細胞の上にまたはその外部に位置し、第2の生体ユニットまたは生体分子は、第2の生物学的実体または細胞の上にまたはその外部に位置し、かつ2つの生体ユニットまたは生体分子は、第3の分子、例えば第1の生体ユニットまたは生体分子および第2の生体ユニットまたは生体分子の両方に結合する生体ユニットまたは生体分子を介して間接的に相互作用している。図2に、可能なシナリオの一部を図示する。これらの技術領域で使用される従来技術の方法には、酵母ツーハイブリッドシステム、酵母スリーハイブリッドシステム、SIP技術自己感染性ファージ、PCAアッセイタンパク質-断片相補性アッセイ、およびスプリット-ユビキチンシステムが挙げられる。これらのアッセイおよびシステムはすべて、読み取りシグナルの高いバックグラウンドノイズが受け、不満足なシグナル対バックグラウンド比がもたらされる。ほとんどの場合、これは、これらのシステムで起こる非特異的な相互作用によるものである。読み取りシグナルの定量化によって、例えばカラー強度またはコロニーサイズの測定によって、これらの問題を回避することは、部分的にしか成功しておらず、依然として厄介で誤りがちなものとなっている。本発明は、これらの欠点に対して簡潔な解決法を提供する。数千または数百万もの相互作用または事象を分析することにより、統計的に有意な読み取りシグナルを受け取る問題は、分析される相互作用または事象の数を増加させることにより解決される。本発明は、大量の読み取りシグナルを分析することができるハイスループット法を提供する。これは、例えば、それぞれの表現型読み取りシグナルが低いシグナル対バックグラウンド比になる場合に、遺伝子型レベルで達成することができる。本発明はまた、ライブラリー対ライブラリー用途、例えば1つのライブラリーのメンバーと2番目のライブラリーのメンバーとの間の相互作用に対するスクリーニングで使用することができる。一例として、感染または疾患に応答したヒトの免疫レパートリーなど、生体の免疫応答を測定することができるであろう。統計的に有意でかつ満足すべき方法における免疫応答全体の複雑な分析は、本発明に記載の方法によってのみ可能になった。それぞれの実験手法を図3に示す。特定の態様では、前記生体ユニットは、サブクラスであるポリペプチド、タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂肪酸、小分子、細胞小器官、細胞、組織、または前述のいずれかの派生体、一部、もしくは組合せからなる群から選択される。特定の態様では、すべての生体ユニットは同じサブクラスに由来する。特定の態様では、生体ユニットは異なるサブクラスに由来する。特定の態様では、前記サブクラスは、ポリペプチドのサブクラスまたは核酸のサブクラスである。特定の態様では、前記サブクラスは、ポリペプチドのサブクラスである。特定の態様では、前記生体ユニットは生体分子である。特定の好ましい態様では、前記生体ユニットまたは生体分子は、タンパク質、ポリペプチド、またはペプチドである。代替態様では、前記生体分子は、DNAまたはRNAなどの核酸である。前記核酸は、一本鎖であっても二本鎖であってもよい。DNA分子は、RNAまたはDNAの鋳型から合成することができることは理解されよう。同様に、RNA分子も、RNAまたはDNAの鋳型から合成することができる。特定の態様では、前記生体ユニットまたは生体分子は、多量体のタンパク質または酵素の一部である。特定の態様では、前記生体ユニットまたは生体分子は、多量体のタンパク質または酵素の一部であるポリペプチドである。特定の態様では、前記生体ユニットまたは生体分子は、多量体のタンパク質または酵素の一部をコードする核酸である。特定の態様では、前記多量体タンパク質は、免疫グロブリンまたはその機能性断片である。特定の態様では、前記生体ユニットまたは生体分子は、免疫グロブリンまたはその機能性断片の可変重鎖および可変軽鎖をコードする遺伝子である。特定の態様では、本発明で使用される試料は、血液、骨髄、腫瘍、単一細胞生物、原核生物、または体液に由来した試料である。特定の態様では、前記試料は患者に由来する試料であり、前記患者は、健常患者、免疫患者、感染患者、または疾患もしくは障害を有する患者である。特定の態様では、本発明で使用される生物学的実体は、単一細胞である。特定の態様では、前記単一細胞は単一B細胞である。特定の態様では、生物学的実体は、別の細胞、ウイルス、細菌、分子、もしくは生体分子、または前述のいずれかの派生体、断片、もしくは複合物と相互作用する細胞である。特定の態様では、生物学的実体は、細胞、および前記細胞に感染するウイルスである。特定の態様では、生物学的実体は、細胞、および前記細胞に感染する細菌である。特定の態様では、生物学的実体は、細胞および別の細胞である。前記細胞は、ドナーおよびアクセプターの観点から、エフェクターおよび作用を受ける実体の観点から、または阻害剤および阻害される細胞の観点から互いに情報交換することができる。特定の態様では、生物学的実体は、2つの化学的および/または生物学的ライブラリー例えば、ファージライブラリーまたはリボソームディスプレイライブラリーなどの混合物を含み、そこでは、第1ライブラリーの少なくとも1つのメンバーが、第2ライブラリーのメンバーと相互作用または結合する。特定の態様では、第1ライブラリーの各メンバーは、第1ライブラリーに特異的なタグを含み、第2ライブラリーは、第2ライブラリーに特異的なタグを含む。特定の態様では、生物学的実体は、少なくとも1つの化学的および/または生物学的ライブラリー例えば、ファージライブラリーまたはリボソームディスプレイライブラリーなどの少なくとも2つのメンバーと相互作用または結合する分子を含む。特定の態様では、ライブラリーの各メンバーは、前記ライブラリーに特異的なタグを含む。代替態様では、本発明は、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子および前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程と、c場合によっては、生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、d生体ユニットまたは生体分子が、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、e前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。代替態様では、本発明は、2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a前記2つの相互作用する生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子および前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程と、c場合によっては、生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、d生体ユニットまたは生体分子が、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、e前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。代替態様では、本発明は、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる工程と、c場合によっては、生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、d生体ユニットまたは生体分子が、有効範囲またはコンパートメントに結合することを可能にする工程と、e有効範囲またはコンパートメントの上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。代替態様では、本発明は、2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a前記2つの相互作用する生体ユニットまたは生体分子を含む生物学的実体または細胞を含む試料を準備する工程と、b前記少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントが、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる工程と、c場合によっては、生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、d生体ユニットまたは生体分子が、有効範囲またはコンパートメントに結合することを可能にする工程と、e有効範囲またはコンパートメントの上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。一工程では、本発明の方法は、有効範囲またはコンパートメントの中への、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子および前記生体ユニットまたは生体分子のためのストレージを含む少なくとも1つの生物学的実体または細胞の捕捉を含む。前述のストレージは、前記生体ユニットもしくは生体分子またはそれらの派生体を結合することができる成分である。特定の実施形態では、前記ストレージは、前記生体ユニットまたは生体分子を結合することができる成分である。他の実施形態では、前記ストレージは、前記生体ユニットまたは生体分子の派生体を結合することができる成分である。前記生物学的実体または細胞、生体ユニットまたは生体分子、およびストレージの捕捉または空間分離は、捕捉または空間分離された生体ユニットまたは生体分子のその後の検出を可能にする任意の方法または形態で達成することができる。特定の実施形態では、これは、例えば油中水型エマルションなどのエマルションを介して達成することができる図4、パネルAを参照のこと。このような実施形態では、生物学的実体を細胞とすることができ、生体ユニットまたは生体分子をDNA配列例えば、抗体の可変重鎖および可変軽鎖とすることができ、ストレージをプライマーとすることができる例えば、抗体の可変重鎖に結合する1つのプライマーおよび同じ抗体の可変軽鎖に結合する別のプライマー。油中水型エマルションの代わりとして、水中油型エマルションを使用することができ、それによって有効範囲またはコンパートメントとして役立つミセルが形成される。他の実施形態では、前記生物学的実体または細胞、生体ユニットまたは生体分子、およびストレージの捕捉または空間分離は、マイクロタイタープレート、ピコタイタープレート、またはシークエンシングチップのウェルにおいて達成することができる図4、パネルBを参照のこと。有効範囲またはコンパートメントは壁および蓋により形成される。そのような実施形態では、生物学的実体を細胞とすることができ、生体ユニットまたは生体分子を抗原とすることができ、ストレージを、例えば、生体ユニット、すなわち抗原に特異的な抗体とすることができる。あるいは、マイクロタイタープレート、ピコタイタープレート、シークエンシングチップ、または前記容器の蓋は、それ自体ストレージであってもよく、またはストレージとして役立ってもよい。さらに、ストレージは少なくとも2つのバインダー、例えばプライマーを含む。本発明の特定の態様では、前記有効範囲またはコンパートメントは、キャビティー、ウェル、エマルション、相境界システム、疎水性スポット、粒子、固相粒子、物理力、または化学的架橋により形成される。本発明の特定の態様では、前記相境界は、空気中の水滴のように水と気体の間の相分離によって、または油中の水滴のように水と液体の間の相分離によって、またマイクロタイタープレート中の水滴のように固相によって実現される。本発明の特定の態様では、前記キャビティーまたは前記ウェルは、マイクロタイタープレート、ピコタイタープレート、または微小構造基材の上にある。本発明の特定の態様では、前記有効範囲は、化学的架橋で形成され、前記化学的架橋はホルムアルデヒドによる架橋である。本発明の特定の態様では、前記生体ユニットまたは生体分子および前記生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体に対する前記ストレージは、限界希釈によってまたはセルソーティングなどの任意の手段によるソーティングによって、有効範囲またはコンパートメントの中に捕捉または空間分離される。本発明の特定の態様では、有効範囲またはコンパートメントは、エマルションにより形成され、前記エマルションは、油中水型または水中油型のエマルションである。本発明の特定の態様では、有効範囲またはコンパートメントは、粒子または固相粒子により形成され、前記粒子は、シリカ、ガラス、アガロース、ポリマー、金属酸化物、またはそれらの複合物からなる。本発明の特定の態様では、有効範囲またはコンパートメントは、物理力により形成され、前記物理力は、静電力、電流力、誘電泳動力、電磁力、磁気、光学、温度、または密度効果である。本発明の特定の態様では、有効範囲またはコンパートメントは、光ピンセットにより生成される。本発明の特定の態様では、有効範囲またはコンパートメントは、ネブライザーにより形成される。本発明の特定の態様では、生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる前記ストレージまたは前記成分は、ビーズ、スライドガラスの表面上領域、マイクロタイタープレートもしくはピコタイタープレートのウェル、電場もしくは磁場、フィールド勾配もしくはフィールドケージ、または前述のいずれかの蓋上領域もしくは分離可能表面である。本発明の特定の態様では、生物学的実体または細胞からの生体ユニットまたは生体分子の放出は、化学的または物理的条件の変化により行われる。特定の態様では、化学的条件の変化は、pH変化、塩濃度の変化、酵素の添加、または細胞溶解剤の添加である。特定の態様では、物理的条件の変化は、加熱、凍結、電場、磁場もしくは誘電場の印加、剪断力または遠心力、機械的変形、弛緩、超音波、または任意の物理的な破断作用である。特定の態様では、物理的条件の変化は、加熱、例えば90°Cを超える加熱である。特定の態様では、前記物理的条件の変化は、溶液への粒子の溶解、生体ユニットまたは生体分子のまわりの保護シェルの溶解、または酵素による誘導など、時間依存的にもたらされる。別の工程では、本発明の方法は、生体ユニットまたは生体分子が、生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができるストレージまたは成分に結合することを可能にする工程を含む。この工程は、前記ストレージまたは前記成分への生体ユニットまたは生体分子の結合を可能にするのに十分な時間および方法で、生体ユニットまたは生体分子をインキュベートする工程を含む。こうすることにより、生体ユニットまたは生体分子は、生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができるストレージまたは成分により捕捉される。生体ユニットまたは生体分子の結合は、直接的であっても、生体ユニットまたは生体分子の派生体を介して間接的であってもよい。直接的結合は、例えばPCRまたは直接反応を介して達成することができる。間接的結合は、生体ユニットまたは生体分子の派生体の生成、およびそのような派生体を結合することができるストレージまたは成分への前記派生体の結合によって達成することができる。一例は、RNAからのcDNA鋳型の生成、およびストレージ、例えばプライマーへのcDNAの結合である。したがって、本発明の特定の態様では、工程dは、前記生体ユニットまたは生体分子のレプリケートまたは派生体の生成をもたらす増幅反応を含む。本発明の特定の態様では、前記増幅反応は、PCRまたはRT-PCRであり、前記PCRまたはRT-PCRの間に、前記レプリケートまたは派生体がそのような派生体を結合することができるストレージまたは成分に結合することを可能にする[第1の]タグが加えられる。本発明の特定の態様では、前記PCRまたはRT-PCRの間に、PCR産物またはRT-PCR産物のその後のシークエンシングを可能にする第2のタグが加えられる。本発明の特定の態様では、PCR反応はエマルションPCR反応である。代替態様では、RT-PCR反応はエマルションRT-PCRである。本発明の特定の態様では、検出される2つの核酸分子は、本方法の工程dで増幅される。別の工程では、本発明の方法は、生体ユニットまたは生体分子を結合することができるストレージ上または成分上の生体ユニットまたは生体分子を検出する工程を含む。これは、検出される生体ユニットまたは生体分子について公知の任意の適切な検出方法によって達成することができ、使用される方法は、生体ユニットまた生体分子それ自体の性質に主として依存する。例としては、並行または連続して実施される少なくとも2つのイムノアッセイ、少なくとも2つの色素による並行染色、及び並行シークエンシングがある。本発明の特定の態様では、生体ユニットまたは生体分子の検出は、DNAシークエンシングにより行われる。本発明の特定の態様では、前記DNAシークエンシングは、PCR産物またはRT-PCR産物を連続または並行してシークエンシングすることにより行われる。本発明の特定の態様では、前記DNAシークエンシングは、ストレージ上またはストレージのコピー上のPCR産物またはRT-PCR産物をシークエンシングすることにより行われる。本発明の特定の態様では、検出される生体ユニットまたは生体分子は核酸分子であり、種々の開始プライマーが核酸分子のシークエンシングおよび同定のために使用される。本発明の特定の態様では、シークエンシング反応は、エマルションPCRにより、好ましくはビーズ上で直接行われる。本発明の特定の態様では、2つのシークエンシング反応は、連続して行われる。例えば、第1のシークエンシングプライマーを利用する第1のシークエンシング反応、および第2のシークエンシングプライマーを利用する第2のシークエンシング反応である。特定の実施形態では、第1の核酸分子は、免疫グロブリン、抗体、またはその断片の重鎖をコードし、第2の核酸分子は、免疫グロブリン、抗体、またはその断片の軽鎖をコードする。本発明の方法の検出工程がシークエンシングにより行われる場合、特定の技術的変法が可能である。例えば、第2のシークエンシング反応のためのプライマーを酵素的に切断可能な保護基に連結することができよう。これは、保護基の切断の後でのみ、第2の核酸分子をシークエンシングすることが可能になることを保証する。これはシークエンシングエラーを低減するであろう。あるいは、第2のシークエンシングプライマーを続けて、すなわち第1のシークエンシング反応が行われた後に加えることができる。さらに、特定の核酸モチーフを使用して、検出される核酸分子に結合させることができる。これらの核酸モチーフを一種のZIPコードで使用して、核酸分子を同定またはマークする。本発明の方法で使用することができる代表的なシークエンシングシステムには、GSFLX454システムRocheおよびHiSeq2000システムIlluminaが含まれる。本発明の特定の態様では、試料は、少なくとも103、少なくとも106、少なくとも109、または少なくとも1012の生物学的実体または細胞を含む。本発明の特定の態様では、前記生物学的実体または細胞のそれぞれの中に、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも5つ、少なくとも10、少なくとも20、少なくとも50、少なくとも100、少なくとも500、または少なくとも1000の生体ユニットまたは生体分子が検出される。本発明の特定の態様では、試料は、少なくとも103、少なくとも106、少なくとも109、または少なくとも1012の生物学的実体または細胞を含み、前記生物学的実体または細胞のそれぞれの中に、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも5つ、少なくとも10、少なくとも20、少なくとも50、少なくとも100、少なくとも500、または少なくとも1000の生体ユニットまたは生体分子が検出される。本発明の特定の態様では、前記生物学的実体もしくは細胞の中の前記少なくとも2つの生体ユニットもしくは生体分子の存在について、または前記2つの生体ユニットもしくは生体分子の相互作用についての相関が統計的に分析および決定される。適切な統計分析ツールは当業者に公知である。適切な統計ツールの非限定例としては、ブラベ-ピアソンによるまたはスピアマンによる共分散または相関係数の分析または決定が挙げられる。本発明の特定の態様では、前記生体ユニットまたは生体分子は、粒子にハイブリダイゼーションにより結合する核酸であり、前記粒子は、工程eにおけるシークエンシングのために使用される。本発明の特定の態様では、前記生体ユニットまたは生体分子は、粒子の表面に直接結合するポリペプチド、ペプチド、またはタンパク質であり、前記粒子上の前記生体ユニットまたは生体分子は、工程eにおいてイムノアッセイにより検出される。特定の実施形態では、本発明は、生物学的実体または細胞における、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a有効範囲またはコンパートメントの中に、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子および前記生体ユニットまたは生体分子のためのストレージを含む少なくとも1つの生物学的実体または細胞を捕捉または空間分離する工程と、b場合によっては、生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、c生体ユニットまたは生体分子がストレージに結合することを可能にする工程と、dストレージ上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。代替実施形態では、本発明は、生物学的実体または細胞における、2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a有効範囲またはコンパートメントの中に、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子および前記生体ユニットまたは生体分子のためのストレージを含む少なくとも1つの生物学的実体または細胞を捕捉または空間分離する工程と、b場合によっては、生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、c生体ユニットまたは生体分子がストレージに結合することを可能にする工程と、dストレージ上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。他の実施形態では、本発明は、生物学的実体または細胞における、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の検出のための方法であって、前記方法が、a有効範囲またはコンパートメントの中に、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む少なくとも1つの生物学的実体または細胞を捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントがストレージでもある工程と、b場合によっては、生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、c生体ユニットまたは生体分子がストレージに結合することを可能にする工程と、dストレージ上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。他の実施形態では、本発明は、生物学的実体または細胞における、2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a有効範囲またはコンパートメントの中に、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子を含む少なくとも1つの生物学的実体または細胞を捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントがストレージでもある工程と、b場合によっては、生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、c生体ユニットまたは生体分子がストレージに結合することを可能にする工程と、dストレージ上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。前記少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子は、互いに相互作用しても、相互作用しなくてもよい。前記生体ユニットまたは生体分子は、それぞれの生物学的実体、例えば細胞の中に存在するだけでよく、互いに直接相互作用しなくてもよい。しかしながら、それらは、例えば特定の遺伝子の発現およびそれぞれのポリペプチドのその後の産生を誘発する刺激など、共通の事象を介して連結することができる。前記生体ユニットまたは生体分子は、互いに相互作用する生体ユニットまたは生体分子であってもよい。例としては、互いに結合するか、互いとまたは第3の分子を介して複合体を形成する2つのポリペプチドがある。別の例としては、多量体タンパク質例えば、抗体などの免疫グロブリンの可変重鎖および可変軽鎖のサブユニットがある。少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子が互いに相互作用する場合、本発明によって提供される方法は、生物学的実体または細胞における、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a有効範囲またはコンパートメントの中に、少なくとも2つの相互作用する生体ユニットまたは生体分子および前記生体ユニットまたは生体分子のためのストレージを含む少なくとも1つの生物学的実体または細胞を捕捉または空間分離する工程と、b生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、c生体ユニットまたは生体分子がストレージに結合することを可能にする工程と、dストレージ上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法として言い直すことができる。あるいは、本発明は、生物学的実体または細胞における、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a有効範囲またはコンパートメントの中に、少なくとも2つの相互作用する生体ユニットまたは生体分子および生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分を含む少なくとも1つの生物学的実体または細胞を捕捉または空間分離する工程と、b生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、c生体ユニットまたは生体分子が、生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、d生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分上の生体ユニットまたは生体分子を検出または同定する工程とを含む方法を提供する。代替実施形態では、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子が互いに相互作用する場合、本発明によって提供される方法は、生物学的実体または細胞における、少なくとも2つの生体ユニットまたは生体分子の相互作用の検出のための方法であって、前記方法が、a有効範囲またはコンパートメントの中に、少なくとも2つの相互作用する生体ユニットまたは生体分子を含む少なくとも1つの生物学的実体または細胞を捕捉または空間分離する工程であって、前記有効範囲またはコンパートメントがストレージでもある工程と、b生物学的実体または細胞から生体ユニットまたは生体分子を放出させる工程と、c生体ユニットまたは生体分子が、生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分に結合することを可能にする工程と、d生体ユニット、生体分子、またはそれらの派生体を結合することができる成分上の生体ユニットまたは派生体を検出または同定する工程とを含む方法として言い直すことができる。この方法は、第1ライブラリーに含まれる生体ユニットまたは生体分子と第2ライブラリーに含まれる生体ユニットまたは生体分子との間の相互作用のスクリーニングに適合させることができる。主として、例えば、所与の生体または細胞の中のタンパク質-タンパク質相互作用をすべて同定することが可能である。本発明の特定の実施形態では、特に、生体ユニットまたは生体分子がそれぞれのライブラリーに含まれる場合に、ディスプレイ技術が、本発明の生体ユニットまたは生体分子を提示するために使用される。ファージディスプレイ技術およびリボソームディスプレイ技術は、タンパク質、ポリペプチド、またはペプチドなどのタンパク質性の生体ユニットまたは生体分子のディスプレイに特に有用である。本明細書において上記のように、本発明を使用して、生体ユニットまたは生体分子の第2ライブラリーに対して、生体ユニットまたは生体分子の第1ライブラリーをスクリーニングすることができる。これは、第1ライブラリーの生体ユニットまたは生体分子と第2ライブラリーの生体ユニットまたは生体分子との間のすべての相互作用の同定に導く。このようなライブラリー対ライブラリー手法の別の適用は、両方が共通のターゲットタンパク質に結合する2つの生体ユニットまたは生体分子の同定である。そのように同定された生体ユニットまたは生体分子は、同じターゲット分子であるが、前記ターゲット分子の異なるエピトープに結合することになる。そのような生体ユニットまたは生体分子のそれぞれの対は、例えば、ELISAアッセイに有用である。実験的には、タグを含むターゲット分子を、2つのライブラリー、例えばファージディスプレイライブラリーとともに、前記ライブラリーのメンバーが前記ターゲット分子に結合することを可能にする条件でインキュベートする。ターゲット分子と、前記ターゲットに結合する、前記ライブラリーのファージディスプレイメンバーとを含む複合体は、ビーズに親和性を有する前記ターゲット分子上のタグを介して単離される。本発明に記載のさらなる処理は、ターゲット分子に同時に、すなわち同時かつ互いに干渉することなく、結合する2つの生体ユニットまたは生体分子の同定に導くことになる。本発明で唯一可能となる、高い冗長性およびハイスループットにより、従来技術の同様の実験で同定されることが極めて多い、非特異的または粘着性バインダーの同定の問題が解決される。ライブラリー対ライブラリー手法の別の適用は、酵素の1つのイソ酵素形態にのみ相互作用または結合する生体ユニットまたは生体分子の同定である。例えば、生体ユニットまたは生体分子の第1ライブラリーを、所与の酵素の第1のアイソフォームとインキュベートする。次いで、生体ユニットまたは生体分子の第2ライブラリーを前記酵素の第2のアイソフォームとインキュベートする。ここで前記第2ライブラリーのメンバーはタグを含む。次いで、第1ライブラリーが第2ライブラリーより過剰に存在するように、2つのライブラリーを混合する。次に、タグに親和性を有するビーズを加えて、第1のアイソフォームには結合せずに第2のアイソフォームにのみ結合するファージを単離する。ライブラリー対ライブラリー手法の別の適用は、細菌、例えば様々な種または亜種の細菌の混合集団に対する抗体ライブラリーのスクリーニングである。細菌の集団を抗体ライブラリーと混合する。ここで、それぞれの抗体はDNAタグを含む。DNAタグを介して抗体-細菌複合体を単離する。単離された細菌は、その16SrRNAまたは細菌の遺伝子同定に適した任意の他の配列のシークエンシングにより同定することができる。これは、混合集団から単離された特定の細菌に特異的な抗体の同定に導くことになり、同時に、細菌の種および亜種についての情報を収集することができる。この方法の他の使用には、酵母ツーハイブリッド及び酵母スリーハイブリッド用途での使用がある。統計的に意味のあるデータ分析を可能にする、高度に並行形態の本発明の技術に大きな利点がある。本発明の方法の文脈中で使用することができる他の適切な技術としては、SIP技術自己感染性ファージ、PCAタンパク質相補性アッセイ、またはタンパク質-タンパク質、若しくはタンパク質-リガンドの相互作用、例えば病原体-宿主、宿主-共生体、もしくは宿主-寄生体の相互作用の同定に適した他の技術がある。さらに、本発明を使用して、同時に、例えば特定の刺激または環境における特定の条件の変化に応答して、発現される遺伝子を同定することができる。そのような分析は、定性的または定量的に実施することができる。定量的分析は、本発明が使用することができる高度な並行形態によって可能である。分析される細胞または他の生物学的実体は、癌細胞であっても、特定の病原体に感染した細胞であっても、特定の医薬品で処理された細胞であってもよい。本発明の方法で検出することができる事象としては、遺伝子またはポリペプチドの共発現、例えば感染に応答した特定遺伝子の発現の検出、細胞の抵抗性パターン、異なる組織における細胞の差次的発現が挙げられる。さらに本発明を使用して、B細胞などの細胞、組織、または生体のイムノームを同定しかつ特徴づけることができる。具体的には、免疫グロブリンのいずれの可変重鎖がいずれの可変軽鎖と対になるかを同定することが可能である。この情報を使用して、生体の免疫レパートリーを特徴づけることができる。さらに、このような情報を使用して、健常患者の免疫レパートリーを病人または感染患者の免疫レパートリーと比較することができる図2を参照のこと。さらに、本発明を使用して、経路を同定、精査、および特徴づけることができる。所与の経路にある2つ以上の遺伝子の定量的シークエンシングは、例えば薬物ライブラリーの作用様式を評価するための標準として使用することができる。薬物の効果は、転写物の定量により直接測定することができる。レポーター遺伝子による間接的かつ不正確な定量は必要ではない。さらに、本発明を使用して、核酸シークエンシングに関連した困難および落とし穴を克服することができる。明らかに、本発明は、ハイスループットかつ高度な並行シークエンシングの利点を提供する。これは、全ゲノム、イムノーム、またはSNP一塩基多型の分析など、高度に複雑な配列集団の生成を可能にする。さらに、本発明の中ですでに論述されているように、前処理対後処理、健常対病人、または比較する必要のある核酸分子の任意の他のプールなど、核酸分子の異なる集団を比較することが可能である。本発明はまた、読み取りの長さにおける標準シークエンシング技術の能力に限界があるという問題点を克服する。それぞれのハイブリダイゼーションプライマーを使用することにより、あるいはシークエンシングされる遺伝子の公知の配列ストレッチを代替的に使用することにより、両末端からそれぞれの核酸分子をシークエンシングし、それによって共通の読み取り長を基本的に再現することが可能になる図5を参照のこと。本発明の別の可能性は、酵素鎖の同定および特徴づけである。細胞に2つの異なるプラスミドを形質移入する:プラスミド1はタグ1を含む酵素1をコードし、プラスミド2はタグ2を含む酵素2をコードする。有効範囲またはコンパートメントの中に細胞を捕捉または空間分離して溶解する。次いで、両方のタグ、すなわちタグ1およびタグ2に対して特異性を有するビーズを使用して、それぞれの酵素を捕捉する。次いでビーズについて酵素活性を試験する。例えば、酵素1の基質を加え、その基質を酵素1によりそれぞれの第1生成物に変換する。この第1生成物を直接検出することができない場合には、別の検出可能な、酵素2による生成物にさらに変換することができる。すなわち、第1の酵素反応の生成物は、第2の酵素反応のための遊離体になり、最終生成物が検出可能な、例えば蛍光物質になる。さらに、この方法の変法を使用して、天然または合成の補酵素の同定、細胞内のイソ酵素の検出および/またはイソ酵素比の定量、補因子、補酵素、もしくはアロステリック阻害物質などの阻害物質の同定を行うことができる。本発明の他の可能性として、試料または患者のMHCアイソタイプの決定、または特定の性質を有するMHC反応性抗体、例えばT細胞応答を抑制または促進するMHC反応性抗体の同定を目的とするMHCスクリーニングなど、MHCに関する検討が挙げられる。本発明のさらに他の用途は、DNAまたはRNAなどの核酸、プロモーター、アクチベーター、サイレンサー、または調節エレメントなどの任意の他の因子の結合モチーフの決定および特徴づけに関するものである。これには、遺伝子療法などのsiRNAベースの介入のための結合モチーフのスクリーニングが含まれる。他の関連する使用は、アプタマースクリーニングに関するものである。本発明のさらに他の用途は、目的の所与の分子のターゲット分子、例えばターゲットタンパク質の同定に関するものである。さらに、公知の相互作用に対する分子の効果、例えば、患者の第1ポリペプチドと第2ポリペプチドの間の公知の相互作用に対して、特定の化合物が有する効果を研究することも可能である。本発明のさらに他の用途は、卵母細胞または精細胞などの生殖細胞の分析に関するものである。これには、例えば胚の性別の判定または遺伝的素因に関する判定を目的とした、1つまたは複数の遺伝子または1つまたは複数の対立遺伝子の同定が含まれる。本発明のさらに他の用途は、一般に、阻害物質、誘導物質、変異、または観察されるもしくは観察を目的とする特定の効果を誘発するかまたはそれに関連する任意の他の変化の同定に関するものである。本発明の方法は、種々のタイプのアッセイ、例えばイムノアッセイに組み込むことができる。したがって、特定の態様では、本発明は、本発明の方法のいずれかを組み込むかまたは利用するアッセイ、例えばイムノアッセイを提供する。特定の態様では、本発明は、本発明の方法またはイムノアッセイを実施するための装置を提供する。特定の態様では、本発明は、本発明の方法またはイムノアッセイを実施するための装置および説明書を含むキットを提供する。さらに他の態様では、本発明の方法は、特定の情報、製品、または後に続く種々の方法のためにそれら自体使用することができる特定の製品についての情報を提供する。本発明が提供する方法は、数多くの用途に適合させることができる。特定の態様では、本発明は、細胞における、2つ以上の生体分子の検出のための方法を提供する。前記細胞を、検出される生体分子が同じ細胞に由来するという情報を保持させるために分離する。特定の態様では、前記生体分子の派生体を生成させることが好ましい。本発明の特定の態様では、前記細胞中に検出される生体分子は、前記細胞中で互いに相互作用する。後者の態様に対する例としては、多量体酵素のサブユニット、例えば免疫グロブリンまたはその断片の重鎖ポリペプチドおよび軽鎖ポリペプチドの検出がある。任意の生体分子をこの方法で検出することができる。好ましい生体分子は、ペプチド、ポリペプチド、およびタンパク質などのポリペプチド性生体分子、ならびにリボ核酸またはデオキシリボ核酸などの核酸である。本発明による典型的な派生体は、逆転写transcribinRNA分子、例えばmRNAにより調製されるcDNA分子である。これにより、検出することができる、極めて安定な分子がもたらされるだけでなく、同時に、検出される生体分子または派生体のコピー数を増加させるために、例えばPCRによりその分子を増幅し、それによってそれぞれの方法の感度を増大させることができる。これは、生体分子またはその派生体を結合し、それによってその後の分析および検出のためにコンパートメントの中に生体分子または派生体を保持することができる成分によりさらに容易になる。本発明のこの態様に含まれる例としては、例えばB細胞における、抗体の重鎖および軽鎖をコードする核酸の検出が挙げられる。成熟B細胞は、1つの抗体種を生成し、それによって大量の各自のmRNAを生成する。多数のB細胞例えば、特定のタイプの疾患または障害を有する患者のB細胞の代表的な大集団における、重鎖および軽鎖をコードするmRNAの検出によって、いずれの重鎖mRNAおよびいずれの軽鎖mRNAがそのような細胞によって生成されるかについての情報が提供されるだけでなく、個々それぞれのB細胞において、抗体のいずれの重鎖がいずれの軽鎖と対になるかについての価値ある情報も提供される。これは、直接デノボ合成し、それぞれの抗体について、効果、例えば治療効果を試験するための理論的根拠を提供する。同様に、任意の他のmRNA分子も、同じ手法により検出することができる。本発明の方法で達成することができるハイスループットにより、調査される特定の疾患、障害、または任意の他の症状と特定のmRNAの出現を関連づけることを可能にする統計分析を使用することができる。したがって、この方法は、そのような疾患、障害、または症状のためのバイオマーカーの同定に適している。そのようなバイオマーカーが既知の場合、本発明を使用して、任意の所与の試料、例えば、喀痰、唾液、髄液、血液、または任意の他の体液など、患者から得られる試料の中のそのようなバイオマーカーの出現または存在を同定することができる。この方法のハイスループットにより、そのような試料中の特定のバイオマーカーの存在を定量することが可能になる。例えば、特定の疾患では、特定のバイオマーカーを保持する細胞の数、すなわち全細胞数の中の割合を理解することが重要である。そのような情報は、癌など数多くの疾患の病期分類およびモニタリングの基礎になり、使用される治療に直接関係する。共出現するmRNA種細胞の検出の他の用途は、当業者には、自ずと明らかであろう。本発明はまた、細胞における2つ以上のDNA種の検出を提供する。例えば、第1のDNA種を第1の遺伝子または遺伝子断片とすることができ、第2のDNA種を第2の遺伝子または遺伝子断片とすることができる。そのような遺伝子断片は、一塩基多型SNPであっても他のゲノムマーカーであってもよい。したがって、本発明によれば、2つ以上のSNPまたは他のゲノムマーカーの出現を検出することができる。多数のマーカーを検出する場合、本発明は、患者からの試料など、任意の所与の試料におけるDNA試料を同時にスクリーニング、検出、または特徴づけるための方法を提供する。したがって、本発明の方法は、遺伝物質を特徴づけるための便利な方法を提供する。そのような情報は、診断および医療分野に有用である。例えば、特定の抵抗性マーカーの検出は、異なる治療オプションについて決定する際に価値あるパラメーターとなる。多くの白血病およびリンパ腫では、そのような抵抗性マーカーのパーセントが時間経過とともに増加する。したがって、本発明の方法は、前記抵抗性マーカーを定量し、それによって適切な治療オプションを指示する価値あるツールを提供する。T細胞受容体、補体、免疫系の他の可変部分、または遺伝子モザイクの特徴づけなど、特定の遺伝子の編成または再編成の特徴づけおよび定量を含む、同様の他の使用が可能である。他の態様では、本発明の方法を使用して、DNAメチル化パターンの検出および特徴づけを行うことができる。そのようなメチル化パターンもまた、疾患進行および治療オプションのための価値あるマーカーとなる。本発明はまた、細胞における2つ以上のペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の検出を提供する。本明細書において上記されているように、ペプチド、ポリペプチド、およびタンパク質もまた、特定の疾患、障害、症状、または特定の病期のための指標となる。したがって、2つ以上のペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の同時検出もまた、多くの用途のための価値あるツールとなる。特定の実施形態では、本発明は、2つ以上の生体分子の相互作用を検出するための方法を提供する。特定の態様では、前記生体分子の相互作用が細胞の中に存在する。他の態様では、前記生体分子の相互作用が、細胞外部に、細胞表面上に、または無細胞環境中に存在する。図2にいくつかのシナリオを示す。例えば、本発明の方法を使用して、細胞-細胞相互作用、抗体-抗原相互作用、例えば、ファージディスプレイライブラリーと抗原との相互作用、または細胞とホルモン、増殖因子、または他の分子などの他の生体分子との相互作用を検出および同定することができる。実施例1:ストレージおよびバインダーのカップリングシークエンシングビーズは、特定配列これ以降、配列Aの小型アダプター連結一本鎖DNA断片を含有する。代表的なビーズは、454LifeSciences現在、Rocheの子会社製のシステムによるシークエンシングのために購入することができるものである。あるいは、任意の他のビーズを購入して、特定配列のDNA断片を負荷することができる。小型アダプター連結一本鎖DNA断片を負荷されたそのようなビーズは、ストレージとして役立つ。バインダーとして、シークエンシングビーズ配列A’のDNA断片に相補的なDNA断片配列Aを、そのC末端またはそのN末端に含む抗体を使用する。そのような抗体は市販されているか、またはデノボ生成することができる。この実施例では、B細胞に特異的な抗体を使用する。これにより、選択の抗体ここでは、B細胞に特異的な抗体を保持および提示するビーズが生じる。そのような抗体負荷ビーズの生成は図6に示される。実施例2:生物学的実体の捕捉この実施例では、特定の病原体に感染したか、特定の疾患または障害を有する個体のB細胞を、実施例1から得られたビーズに捕捉する。実施例1で生成したビーズは、B細胞に特異的であり、したがって、適切な条件でインキュベートすると試料のB細胞に結合する。これは確率過程であるので、種々の生成物、すなわち、空のビーズ、1つのB細胞を結合するビーズ、2つ以上のB細胞を結合するビーズ、単独B細胞いかなるビーズにも捕捉されなかったB細胞が形成されうる。この工程は図7に示される。実施例3:有効範囲またはコンパートメントの生成捕捉された生物学的実体を含むビーズを、遠心分離によりピコタイタープレートのキャビティーに充填する。キャビティーのサイズにより、それぞれのキャビティーは1つ以下のビーズを含有することができる。これもまた確率過程であるので、以下のシナリオが起こりうる:1キャビティーは、1つの細胞を有するビーズを含有する、2キャビティーは、2つ以上の細胞を有するビーズを含有する、3キャビティーは、1つまたは複数の細胞を含有するが、ビーズを含有しない、そして4キャビティーは空である。この工程は図8に示される。キャビティーをビーズで充填した後、ピコタイタープレートを洗浄して、PCR混合物を加える詳細は、実施例4を参照のこと。蓋を加えて、有効範囲またはコンパートメントを生成する。ビーズ、ピコタイタープレートの壁、または蓋はいずれも、ストレージとして役立ちうる。次に、生体ユニットまたは生体分子を生物学的実体から放出させる。これは、95°Cで細胞を溶解することにより達成される。細胞は破裂し、生体ユニットまたは生体分子が放出されることになる。さらに、抗体はビーズから分離し、シークエンシング反応に利用可能になる。本実施例の生体ユニットまたは生体分子は、2つの遺伝子、より具体的には、抗体の可変重鎖をコードする1つの遺伝子遺伝子1および同じ抗体の可変軽鎖をコードする遺伝子遺伝子2である。実施例4:生体ユニットまたは生体分子のストレージへの結合および増幅実施例1で概説したように、ビーズは、抗体上の配列A’に相補的な配列Aを含有する。AとA’との間のまったく同じ相補性を、本実施例の生体ユニットまたは生体分子のストレージへの結合において使用する。実施例3で加えられたPCR混合物は、遺伝子1の順方向プライマーP1、遺伝子1の逆方向プライマーR1、遺伝子2の順方向プライマーP2、および遺伝子2の逆方向プライマーR2を含む。プライマーP1は、以下の3つの領域を含有する:-配列A’、ビーズ上の配列に相補的である、-配列C’、後にシークエンシングのために使用される、-配列X’、遺伝子1の配列Xに相補的である。プライマーR1は、遺伝子1の領域R1’に相補的である。ピコタイタープレートのキャビティーにおけるPCR増幅は、生成物A-C-X-遺伝子1-R1をもたらす。プライマーP2は以下の3つの領域を含有する:-配列A’、ビーズ上の配列に相補的である、-配列D’、後にシークエンシングのために使用される、-配列Y’、遺伝子2の配列Yに相補的である。プライマーR2は、遺伝子2の領域R2’に相補的である。ピコタイタープレートのキャビティーにおけるPCR増幅は、生成物A-D-Y-遺伝子2-R2をもたらす。この工程は、図9、10および11に示される。実施例5:生体ユニットまたは生体分子の検出遺伝子1の領域Cに相補的なシークエンシングプライマーC’を使用して、標準シークエンシング反応を実施する。核酸鎖全体の核酸配列は、標準技術、例えば454シークエンサーによるピロシークエンシングを用いて決定する。同様に、遺伝子2は、遺伝子2の領域Dに相補的なプライマーD’を利用してシークエンシングする。この工程は図12に示される。実施例6:2つ以上の生物学的実体または細胞を含むキャビティーからの配列データの除去実施例3に記載のように、キャビティーは、2つ以上の細胞を有するビーズを含有する可能性がある。そのようなキャビティーは、シークエンシングが混合したシグナル、すなわち、異なる配列の2つまたはそれ以上の核酸分子に由来するシグナルを伝えることになるので、容易に解釈することができないシークエンシングデータ実施例4を生成することになる。そのようなキャビティーは、シークエンシングのために使用されるプライマーに較正配列を挿入することにより同定することができる。較正配列は、配列A’、すなわちビーズ上の配列に相補的なプライマーの一部と、遺伝子1遺伝子2の配列XYに相補的な配列X’またはY’との間に位置する。その最も簡単な形態では、較正配列は単に4つの異なるヌクレオチドA、C、G、およびTを含有するものである。しかしながら、それはまた、任意の順序で追加の重複性ヌクレオチドを含みうるが、4つのヌクレオチドのそれぞれは、較正配列内に少なくとも1回存在することが好ましい。シークエンシング中、各核酸分子は、個々の分子がその後に異なる遺伝子を保持しても、すなわちPCR混合物中に異なる遺伝子Xがあっても、同じ較正配列で始まる。キャビティーが2つ以上の細胞を有するビーズを含有する場合、この状況が起こることになる。その後のシークエンシング過程では、シグナルは較正配列で得られたものと異なるので、そのようなキャビティーは同定することができる。すなわち、シークエンシングシグナルは較正配列で得られるものより低下することになり、かつ混合したシグナルになる。すなわち、2つ以上のヌクレオチドに対するシグナルが得られることになるそのようなキャビティーを同定し、更なる分析を免除することができる。この方法は図13に示される。実施例7:油中エマルション本発明の方法はまた、ピコタイタープレートを使用するのではなく、油中水型エマルションを使用して実行することができる。そのために、実施例1および2を、本明細書で上記したように実施する。実施例3を続ける代わりに、油エマルションを調製する。水滴は、細胞およびPCR混合物を有するビーズを含む。水と油の間の相境界は、有効範囲を生成し画定する。図14を参照されたい。生体ユニットまたは生体分子のストレージへの結合、増幅、および検出は、実施例4および5に記載のように実施する。標準PCRの代わりに、エマルションPCRを実施する。この実施形態はまた、較正配列を用いて実行することができる実施例6を参照のこと。実施例8:ライブラリー対ライブラリスクリーニングこの実施例では、第2ライブラリーに対して第1ライブラリーをスクリーニングするための技術的手法を記載する。それによって、第1ライブラリーに含有される生体ユニットまたは生体分子と第2ライブラリーに含有される生体ユニットまたは生体分子との間のすべての相互作用を同定することが可能である。第1ファージライブラリーは遺伝子ライブラリーを含み、このライブラリーの遺伝子をコードする核酸はそれぞれ少なくとも以下の3つの領域を含有する:-配列C、後にシークエンシングのために使用される、-配列X、ライブラリーの遺伝子Xをコードする、-配列R1、これも後にシークエンシングのために使用される。第1ライブラリーのファージはまた、その表面上にタグを含有する。このタグは、任意の実体、好ましくは、そのようなタグを保持するファージを捕捉および単離するために使用することができるペプチド配列であってよい。そのようなタグは、それぞれの抗体により認識される任意のエピトープであってよい。この抗体は、シークエンシングビーズ上のDNA断片配列A’に相補的なDNA断片AをそのC末端に含む。詳細については、実施例1を参照されたい。第2ファージライブラリーは遺伝子ライブラリーを含み、このライブラリーの遺伝子をコードする核酸はそれぞれ少なくとも以下の3つの領域を含有する:-配列D、後にシークエンシングのために使用される、-配列Y、ライブラリーの遺伝子Yをコードする、-配列R2、これも後にシークエンシングのために使用される。第1の工程では、目的の遺伝子産物を発現する2つのファージライブラリーを、第1ライブラリーの遺伝子産物と第2ライブラリーの遺伝子産物との間の相互作用の形成を可能にする条件下で混合する。それぞれのファージ対を形成させた後、第1ファージライブラリー上に提示されたタグに対して特異性を有する抗体を加える。そのC末端配列を介して、この抗体は、ビーズ上の対応する配列に結合し、それによって、ビーズ、抗体、および2つのファージを含む複合体が形成されることになる。しかしながら、これは確率過程であるので、以下の種々の生成物が形成されうる抗体は、単に技術的なビヒクルとして使用するので、載せていない:1空のビーズ、2第1ライブラリーのファージを含有するビーズ、3第1ライブラリーのファージおよび第2ライブラリーのファージを含有するビーズ、および4第1ライブラリーの2つ以上のファージおよび/または第2ライブラリーの2つ以上のファージを含有するビーズ。PCRシークエンシングは、遺伝子Xに対するプライマーP1およびR1ならびに遺伝子Yに対するプライマーP2およびR2を利用して実施する。プライマーP1は以下の2つの領域を含有する:ビーズ上の配列に相補的な配列A’、および配列C。プライマーR1は、配列R1に相補的な配列R1’を含有する。プライマーP2は以下の2つの領域を含有する:ビーズ上の配列に相補的な配列A’、および配列D。プライマーR2は、配列R2に相補的な配列R2’を含有する。以下の配列が、上記に列挙した形成生成物に応じて、得られることになる:ケース1空のビーズ:シグナルなし、すなわち配列なし、ケース2ビーズファージ1:適正な配列であるが、第1ライブラリーのファージに対してのみ、すなわち相互作用パートナーはなし、ケース3ビーズファージ1および2:2つの相互作用するポリペプチドの適正な配列ケース4数個のファージを有するビーズ:混合したシグナル、解釈は可能でない。図15に、ライブラリー対ライブラリーのスクリーニング手法を概説する。実施例9:酵母ツーハイブリッドY2Hシステムの改善酵母ツーハイブリッドシステムFieldsSong,Nature1989,340,245-6は、相互作用するタンパク質の同定に使用される。鍵となる原理は以下のとおりである。原論文の転写因子の一部GAL4-BDを、レポーター酵母株UASプロモーターインタクトなGALタンパク質により活性化されるの上流にlacZを含有するにおいて、あるタンパク質に融合しいわゆるベイト、このレポーター酵母を、GAL4-ADと命名された、GALタンパク質の2つの第2ドメインに融合された潜在的な相互作用パートナーのライブラリーいわゆるプレイライブラリーで形質転換する。プレイとベイトタンパク質が相互作用すると、機能的なGALタンパク質が組み立てられ、lacZの転写が起こって、増殖寒天に加えられたX-gal5-ブロモ-4-クロロ-3-インドリル-β-D-ガラクトシドの青い沈澱物が放出される。青いコロニーを採集し、プレイ配列を分析して、ベイト配列に対する潜在的な相互作用パートナーとして同定する。改善された方法では、JoungらPNAS200097,7382-7は、HIS3遺伝子の産物により付与されるスペクチノマイシン抵抗性に基づいたレポーターシステムを開発した。本発明内に記載の方法は、この方法を著しく改善することになる。記載の方法は、酵母ツーハイブリッドライブラリー対ライブラリーを、ハイスループットで、かつこれまでにないようなシグナル対バックグラウンド比およびシグナル対ノイズ比で可能にするであろう。ベイトライブラリーを酵母株に形質転換し、かつこのライブラリーをプレイライブラリーと同時形質転換する。次いで、正の選択システム、例えばJoungらが記載のシステムを適用する例えば、液体培養中で。それぞれのプレイ/ベイト対合を維持しながら、酵母細胞を単離し、シークエンシングする。ベイトライブラリーは、例えば、HIS3遺伝子がUASプロモーターの制御下にある酵母の中の遺伝子ライブラリーを含み、このライブラリーの遺伝子をコードする核酸はそれぞれ、少なくとも以下の3つの領域を含有する:-配列C、後にシークエンシングのために使用される、-配列X、それぞれのベイト調節配列部分、例えばGAL4-BDに融合した、ライブラリーの遺伝子Xをコードする、-配列R1、これも後にシークエンシングのために使用される。第2ライブラリープラスミドコードはプレイ遺伝子ライブラリーをコードし、このライブラリーの遺伝子をコードする核酸はそれぞれ、少なくとも以下の3つの領域を含有する:-配列D、後にシークエンシングのために使用される、-配列Y、転写因子の相補性部分例えばGAL4-ADに融合した、ライブラリーの遺伝子Yをコードする、および-配列R2、これも後にシークエンシングのために使用される。酵母ベイトライブラリーを、プレイライブラリーと同時形質転換し、それぞれの正の選択条件下例えば、スペクチノマイシンの存在下で増殖させる。増殖する酵母細胞を、限界稀釈手法を使用してビーズ上に固定する。PCRシークエンシングは、遺伝子Xに対するプライマーP1およびR1ならびに遺伝子Yに対するプライマーP2およびR2を利用して実施する。プライマーP1は以下の2つの領域を含有する:ビーズ上の配列に相補的な配列A’、および配列C。プライマーR1は、配列R1に相補的な配列R1’を含有する。プライマーP2は以下の2つの領域を含有する:ビーズ上の配列に相補的な配列A’、および配列D。プライマーR2は、配列R2に相補的な配列R2’を含有する。以下の配列が、上記に列挙した形成生成物に応じて、得られることになる:ケース1空のビーズ:シグナルなし、すなわち配列なし、ケース2ビーズベイト酵母:適正な配列であるが、ベイトに対してのみであり、偽陽性は正の選択圧により起こらないはずである、ケース3ビーズベイトおよびプレイ:2つの相互作用するポリペプチドの適正な配列、ケース4数個のプレイ配列を有するビーズ:おそらく2つ以上の酵母を固定化したことに起因する。"