被験者に非生理的に存在する1つ以上の自己分子に関連する疾患を治療するための薬学的組成物であって、式5’プリンピリミジンXYピリミジンピリミジン3’のヘキサマー領域を含む免疫調節核酸と;薬学的に許容されうる担体とを含む組成物。免疫調節核酸が、ヘキサマー領域の5または3に結合したポリG領域をさらに含む、請求項1記載の組成物。免疫調節核酸が、ヘキサマー領域の5に結合した第1のポリG領域とヘキサマー領域の3に結合した第2のポリG領域とをさらに含む、請求項1記載の組成物。免疫調節核酸が滅菌バイアル中に存在する、請求項1記載の組成物。免疫調節核酸が、長さ約45ヌクレオチド未満である、請求項1記載の組成物。免疫調節核酸が、自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドをコードするポリヌクレオチド領域をさらに含む、請求項1記載の組成物。CpGモチーフ内に少なくとも1つのシトシンから非シトシンへの置換を有する核酸ベクターを含む核酸組成物であって、CpGモチーフが式5プリンピリミジンCGピリミジンピリミジン3または5プリンプリンCGピリミジンピリミジン3のものであり、シトシンから非シトシンへの置換がCpGジヌクレオチド内である核酸組成物。CpGモチーフが、式5プリンピリミジンCGピリミジンピリミジン3のものである、請求項7記載の核酸組成物。シトシンから非シトシンへの置換がシトシンからグアニンである、請求項7記載の組成物。核酸ベクターが、複数のシトシンから非シトシンへの置換を有する、請求項7記載の組成物。被験者に非生理的に存在する1つ以上の自己分子に関連する被験者の疾患を治療するための方法であって:式5’プリンピリミジンXYピリミジンピリミジン3’のヘキサマー領域を含む免疫調節核酸を被験者に投与する段階を含む方法。免疫調節核酸が、ヘキサマー領域の5または3に結合したポリG領域をさらに含む、請求項11記載の方法。免疫調節核酸が、ヘキサマー領域の5に結合した第1のポリG領域とヘキサマー領域の3に結合した第2のポリG領域とをさらに含む、請求項11記載の方法。疾患が自己免疫疾患である、請求項11記載の方法。疾患が多発性硬化症である、請求項14記載の方法。疾患が関節リウマチである、請求項14記載の方法。疾患がインスリン依存性糖尿病である、請求項14記載の方法。被験者に非生理的に存在する1つ以上の自己分子に関連する被験者の疾患を治療するための方法であって:式5’プリンプリンXYピリミジンピリミジン3’のヘキサマー領域を含む免疫調節核酸を被験者に投与する段階を含む方法。免疫調節核酸が、ヘキサマー領域の5または3に結合したポリG領域をさらに含む、請求項18記載の方法。免疫調節核酸が、ヘキサマー領域の5に結合した第1のポリG領域とヘキサマー領域の3に結合した第2のポリG領域とをさらに含む、請求項18記載の方法。疾患が自己免疫疾患である、請求項18記載の方法。疾患が多発性硬化症である、請求項21記載の方法。疾患が関節リウマチである、請求項21記載の方法。疾患がインスリン依存性糖尿病である、請求項21記載の方法。発明の詳細な説明本発明を詳細に記載する前に、本発明は、当然のことながら、変更しうる特定の製剤またはプロセスパラメーターに限定されないことが理解されるべきである。また、本明細書において使用する用語は本発明の特定の態様を記載するためだけであり、限定する意図のものではないことが理解されるべきである。定義本明細書において使用する核酸およびポリヌクレオチドは同義であり、ヌクレオチドのポリマーをいう。本明細書において使用するオリゴヌクレオチドとは、長さ約6~約175ヌクレオチド以上の核酸のサブセットをいう。典型的なオリゴヌクレオチドは、長さが最長約100ヌクレオチドである。オリゴヌクレオチドはオリゴリボヌクレオチドおよびオリゴデオキシリボヌクレオチドをいい、以降ODNと呼ばれる。ODNはオリゴヌクレオチドおよび他の有機塩基を含有するポリマーを含む。ヌクレオチドは、リン酸基および置換プリン、アデニンまたはイノシンまたは置換ピリミジン、シトシンまたはウラシルであってもよい交換可能な有機塩基に結合した糖を含む分子である。免疫調節配列。本明細書において使用する免疫調節配列またはIMSは、自己免疫疾患または炎症性疾患を調節することができる核酸または核酸領域のヌクレオチドの配列をいう。IMSは、例えば、オリゴヌクレオチドまたはベクターに組込まれたヌクレオチドの配列であってもよい。本明細書において使用する免疫調節核酸は、1つ以上のIMSを含む核酸分子を意味する。2つ以上の核酸またはポリペプチド配列に関する同一性または同一性の割合という用語は、例えば、PILEUPもしくはBLASTなどの配列比較アルゴリズムまたは同様のアルゴリズムを使用して測定するとき、一致が最大になるように比較整列するとき、同一であるまたは同一である特定の割合のアミノ酸残基またはヌクレオチドを有する2つ以上の配列またはサブ配列をいう。比較のための配列の最適な整列は、例えば、SmithWatermanAdvApplMath24821981の局所ホモロジーアルゴリズム、NeedlemanWunschJMolBiol484431970のホモロジーアラインメントアルゴリズム、PearsonLipmanProcNatlAcadSciUSA8524441988の類似性検索方法、これらのアルゴリズムのコンピュータによる実行または目視検査によって実施することができる。2つの核酸またはポリペプチドに関して実質的に同一であるというフレーズは、一致が最大になるように比較整列するとき、少なくとも60、好ましくは少なくとも70、さらに好ましくは少なくとも80、最も好ましくは少なくとも90または少なくとも95のヌクレオチドまたはアミノ酸残基の同一性を有する2つ以上の配列またはサブ配列をいう。好ましくは、実質的な同一性は長さが少なくとも約50残基である配列の領域に存在し、さらに好ましくは少なくとも約100残基の領域に存在し、最も好ましくは、配列は、少なくとも約150残基にわたって実質的に同一である。好ましい態様において、配列は、所定の核酸またはポリペプチドの全長にわたって実質的に同一である。本発明のある態様において、核酸またはポリペプチドは、本明細書に開示する特定の核酸またはポリペプチドと実質的に同一である。本明細書において使用する自己分子とは、自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾された自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチドまたは糖タンパク質を含む。自己タンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドまたは断片もしくは誘導体は、動物のゲノムにコードされているタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドを含み;動物内で作製もしくは形成され;動物の生涯のどこかで翻訳後修飾されることがあり;または動物に非生理的に存在する。本発明の自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドを記載するために使用する場合の非生理的なまたは非生理的にという用語は、動物におけるその自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドの正常な役割または過程からの逸脱または偏移を意味する。自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドを疾患に関連するまたは疾患に関与するという場合には、自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドは形態もしくは構造が改変されており、従ってその生理的役割もしくは過程を実施できない;または病態生理学を誘導することによって、病態生理学的過程を媒介もしくは促進することによっておよびまたは病態生理学的過程の標的であることによって状態もしくは疾患の病態生理学に関与することがあることを意味すると理解される。例えば、自己免疫疾患では、免疫系は、自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾された自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチドまたは糖タンパク質などの自己分子を異常に攻撃し、自己分子が発現されるおよびまたは存在する細胞および組織の損傷および機能不全を生じる。または、分子自体が、非生理的レベルで発現されるおよびまたは非生理的に機能することがある。例えば、神経変性性疾患では、自己タンパク質が異常に発現されて、脳の病巣に集まり、それによって神経の機能不全を生じる。他の場合では、自己分子は望ましくない状態または過程を悪化する。例えば、骨関節炎では、コラゲナーゼおよびマトリックスメタロプロテイナーゼを含む自己タンパク質は、関節面を覆う軟骨を異常に分解する。自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドの翻訳後修飾の例は、グリコシル化、脂質基の付加、ホスファターゼによる脱リン酸化、ジメチルアルギニン残基の付加、ペプチジルアルギニンデイミナーゼによるフィラグリンおよびフィブリンのシトルリン化;αBクリスタリンリン酸化;MBPのシトルリン化並びにカスパーゼおよびグランザイムによるSLE自己抗原タンパク質分解である。免疫学的には、自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドは全て宿主の自己抗原であると思われ、正常な生理的条件下では、免疫寛容と名づけられる過程により自己抗原を認識する能力を有する免疫細胞の排除、不活性化または活性化の欠如によって宿主の免疫系によって無視される。自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドは、免疫機能を調節する目的のために免疫系の細胞によって生理的、特異的および独占的に発現される分子である免疫タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドを含まない。免疫系は、動物界に住む無数の病原性であると思われる微生物に対して迅速で、高い特異性の防御応答をする手段を提供する防御機序である。免疫タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドの例は、T細胞受容体、免疫グロブリンを含むタンパク質、インターフェロンおよびIL10、TNFα、リンフォトキシンを含むI型インターロイキンおよびII型サイトカインを含むサイトカイン、マクロファージ炎症性タンパク質1αおよびβ、単球走化性タンパク質およびRANTESなどのケモカイン並びにFasリガンドなどの免疫機能に直接関与する他の分子である。本発明の自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドに含まれるある種の免疫タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドがあり、それらは:クラスIMHC膜糖タンパク質、クラスIIMHC糖タンパク質およびオステオポンチンである。自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドは、代謝的または機能的障害を生じる遺伝的または後天性不全によって完全または実質的に被験者に存在せず、そのタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドの投与またはそのタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドをコードするポリヌクレオチドの投与によって代えられるタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドを含まない。このような障害の例には、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、嚢胞性線維症、フェニルケトン尿症、ガラクトース血症、メープルシロップ尿症およびホモシスチン尿症が挙げられる。自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドは、悪性細胞のクローンを形成する遺伝子変化を有する1つの細胞の増殖を示すクロナリティ、増殖が適切に調節されていないことを示す自律性および退形成すなわち正常な協調的細胞分化の欠如を含む、正常な相手から識別する特徴を有する細胞によって特異的および独占的に発現されるタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドを含まない。細胞は、腫瘍、癌または悪性細胞といわれる上記の3つの基準の1つ以上を有する。プラスミドおよびベクターは、小文字のpに続く文字およびまたは数字によって示される。出発のプラスミドは購入可能であり、自由に公的に入手可能であり、または報告されている手法に添って入手可能なプラスミドから構築することができる。また、記載されているものと等価なプラスミドは当技術分野において既知であり、当業者に明らかである。ベクターまたはプラスミドは、宿主細胞に存在する場合に、適切な制御および調節要素を含むことによって複製することができる任意の遺伝的要素をいう。本発明の目的のために、ベクターまたはプラスミドの例には、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルス等が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において使用するネーキッド核酸とは、被包されておらず、核酸に結合するまたは核酸に接合する分子と複合体を形成しない核酸分子をいう。疾患または障害を治療する、疾患または障害の治療または療法とは、本発明の免疫調節核酸の投与によって、臨床症状または診断症状の減少、停止または排除によって明らかなように、確立した疾患の進行を遅くすること、停止することまたは回復させることを意味する。確立した疾患は、免疫系が活発で、罹患組織に炎症が見られ、白血球およびリンパ球の異常な浸潤が見られることを意味する。疾患または障害を治療する、疾患または障害の治療または療法は、また、免疫調節核酸を自己分子と併用して投与することによって疾患の進行を遅くすること、停止することまたは回復させることを意味する。本明細書において使用する自己分子は、自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾された自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチドまたは糖タンパク質をいう。疾患または障害を治療する、疾患または障害の治療または療法は、免疫調節核酸を免疫調節治療薬と併用して投与することによって疾患の進行を遅くすること、停止することまたは回復させることをさらに意味する。免疫調節核酸および別の化合物、例えば、自己タンパク質、ペプチドまたはポリペプチドをコードするDNAを含む治療法をいう場合の併用は、2つ以上の化合物が別個であるが、バイアルでの同時投与のように物理的に一体として投与されこと、例えば、接合によって一体として結合されること、1つ以上のベクターのDNAによってコードされることまたは異なる部位に別個に投与されるが、併用投与されると当業者に考えられるように時間的に近接して一体として投与されることを含む。本明細書において使用される疾患を軽減することと疾患を治療することは等価である。本発明に関して使用する疾患または障害を予防する、疾患または障害の予防または予防とは、疾患もしくは障害または疾患もしくは障害の症状の一部もしくは全ての出現または発症を予防するため、または疾患もしくは障害の発症の可能性を低下するために、免疫調節配列を単独または本明細書に記載する別の化合物と併用して投与することをいう。本発明に関して使用する疾患または障害を予防する、疾患または障害の予防または予防は、疾患もしくは障害または疾患もしくは障害の症状の一部もしくは全ての出現または発症を予防するため、または疾患もしくは障害の発症の可能性を低下するために、免疫調節配列を自己分子と併用して投与することをいう。本発明に関して使用する疾患または障害を予防する、疾患または障害の予防または予防は、疾患もしくは障害または疾患もしくは障害の症状の一部もしくは全ての出現または発症を予防するため、または疾患もしくは障害の発症の可能性を低下するために、免疫調節配列を免疫調節治療薬と併用して投与することをいう。本明細書において使用する免疫調節治療薬は、被験者に投与されるとき、免疫調節または調整機能を有するような分子をいう。このような免疫調節治療薬には、サイトカイン、ケモカイン、ステロイドまたは抗原もしくは自己抗原に対する抗体が挙げられる。被験者とは、例えば、ヒト、ヒト以外の霊長類、ウマ、ウシ、イヌ、ネコ、マウス、ラット、モルモットまたはウサギなどの任意の動物をいう。自己免疫疾患本明細書に記載する組成物および方法は自己免疫疾患の治療または予防に有用である。動物に非生理的に存在する自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾された自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、糖タンパク質または自己分子の誘導体を含む自己分子に関連する自己免疫疾患の例のいくつかは以下の表に記載されており、以下に記載されている。表1多発性硬化症:多発性硬化症は中枢神経系の最も一般的な脱髄性障害であり、350000人の米国人および世界の100万人が罹患している。症状の発症は、典型的には、20~40歳に生じ、一側性の視覚障害、筋脱力、知覚異常、失調症、眩暈、尿失禁、構語障害または精神障害の急性または亜急性発作として発現する。このような症状は、軸索伝導の遅延による負の伝導異常および異所性活動電位発生による正の伝導異常を生じる脱髄の局所性病変によって生じる。MSの診断は、時間的に間隔があり、神経学的機能不全の他覚的臨床徴候を生じ、CNS白質の別個の領域に関係する神経学的機能不全の少なくとも2回の別個の発作を含む病歴に基づく。MSの診断を裏付ける追加の他覚的証拠を提供する実験室における研究は、CNS白質病変の核磁気共鳴画像法、脳脊髄液のIgGのオリゴクローナルバンドおよび異常な誘導電位応答が挙げられる。ほとんどの患者は、徐々に進行する再発寛解型疾患経過を経験するが、MSの臨床経過は個人によって大きく異なり、生涯にわたって軽度の発作が数回しか起こらないものから劇症型の慢性進行性疾患まで多岐にわたる。IFNγを分泌する能力を有するミエリン自己反応性T細胞の定量的な増加がMSおよびEAEの病因に関連している。関節リウマチ:関節リウマチは、世界人口の08が罹患している慢性自己免疫性炎症性滑膜炎である。関節リウマチは、びらん性関節破壊を生じる慢性炎症性滑膜炎によって特徴づけられる。RAは、T細胞、B細胞およびマクロファージによって媒介される。T細胞がRAに重大な役割を果たす証拠には、多量のCD4T細胞が滑膜に浸潤すること、シクロスポリンなどの薬物によりT細胞機能の抑制に関連する臨床症状の改善がみられることおよびRAとある種のHLADR対立遺伝子の関連が挙げられる。RAに関連するHLADR対立遺伝子は、ペプチド結合およびT細胞への提示に関与するβ鎖の第3の高頻度可変領域の67~74位に同様の配列のアミノ酸を含有する。RAは、宿主の滑膜関節等に存在する自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾される自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチドもしくは糖タンパク質または未同定の自己生体分子を認識する自己反応性T細胞によって媒介される。自己抗原とも言われる本発明の自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドはRAにおいて標的とされ、II型コラーゲン;hnRNP;A2RA33;Sa;フィラグリン;ケラチン;シトルリン;gp39を含む軟骨タンパク質;I、III、IV、V、IX、XI型コラーゲン;HSP6560;IgM;RNAポリメラーゼ;hnRNPB1;hnRNPD;カルジオリピン;アルドラーゼA;シトルリン修飾フィラグリンおよびフィブリン由来のエピトープを含む。修飾アルギニン残基を含有するフィラグリンペプチドを認識する自己抗体は、大多数のRA患者の血清中で同定されている。自己反応性TおよびB細胞応答が共に、免疫優性の同一のII型コラーゲンのペプチド257~270に向かう患者もいる。インスリン依存性糖尿病:ヒトI型すなわちインスリン依存性糖尿病は、膵臓のランゲルハンス島のベータ細胞の自己免疫的な破壊によって特徴づけられる。B細胞が欠損すると、血中のグルコース濃度を調整することができなくなる。血中のグルコース濃度が特定の濃度、通常約250mgdlを超えると顕性の糖尿病が生じる。ヒトでは、長期間の前駆症状期間が糖尿病発症の前に存在する。この期間中に、膵臓のベータ細胞の機能が徐々に損失する。疾患の発症は、本発明による自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドの各々の例として、インスリン、グルタミン酸脱炭酸酵素およびチロシンホスファターゼIA2に対する自己抗体の存在に関係する。前駆症状段階中に評価することができるマーカーは、膵臓における膵島炎の存在、島細胞抗体のレベルおよび頻度、島細胞表面抗体、膵臓のベータ細胞におけるクラスIIMHC分子の異常な発現、血中グルコース濃度並びに血漿インスリン濃度である。膵臓におけるTリンパ球の数、島細胞抗体および血中グルコースの増加は、インスリン濃度の増加と同様に、疾患を示す。非肥満性糖尿病マウスは、ヒトIDDMに共通する多数の臨床的、免疫学的および組織病理学的特徴を有する動物モデルである。NODマウスは島の炎症およびベータ細胞の破壊を自然に生じ、高血糖および顕性の糖尿病を生じる。糖尿病を発症させるためにはCD4およびCD8T細胞が必要であるが、各々の役割は不明である。負荷条件下でタンパク質として投与するとき、疾患を予防し、他の自己抗原に対する応答をダウンレギュレーションすることができるのはインスリンおよびGADを用いて示されている。重要なことには、NODマウスは、清潔な無菌の飼育室で、無菌環境において自己免疫性糖尿病を発症する。ヒトIDDMは、現在、組換えインスリンの注射またはポンプを利用した送達をガイドするために、血中グルコース濃度をモニタリングすることによって治療される。食事および運動療法は、適当な血中グルコースコントロールの達成に貢献する。自己免疫性ブドウ膜炎:自己免疫性ブドウ膜炎は、米国で400000人が罹患していると推定され、年間43000人の発現頻度で新たな症例が報告されている眼の自己免疫疾患である。自己免疫性ブドウ膜炎は、現在、ステロイド、メトトレキセートおよびシクロスポリンなどの免疫抑制剤、静注免疫グロブリン並びにTNFαアンタゴニストで治療されている。実験的自己免疫ブドウ膜炎は、眼の網膜神経、ブドウ膜および関連組織を標的とするT細胞媒介性の自己免疫疾患である。EAUは、ヒト自己免疫性ブドウ膜炎と多数の臨床的および免疫学的特徴が共通しており、ブドウ膜炎誘発性ペプチドを完全フロイントアジュバントに乳化したものを抹消投与することによって誘発される。ヒト自己免疫性ブドウ膜炎において自己免疫応答が標的とする自己タンパク質には、S抗原、光受容体間レチノイド結合タンパク質、ロドプシン、リカバリンを挙げることができる。原発性胆汁性肝硬変:原発性胆汁性肝硬変は、40~60歳の女性が主に罹患する臓器特異的自己免疫疾患である。このグループで報告されている有病率は1000人あたりについて1人に近い。PBCは、肝内小胆管の下層の肝内胆管上皮細胞の進行性の破壊によって特徴づけられる。これにより、胆汁分泌が閉塞され、妨害されて、結果として肝硬変が生じる。シェーグレン症候群、CREST症候群、自己免疫性甲状腺疾患および関節リウマチを含む、上皮の被覆/分泌系の損傷によって特徴付けられる他の自己免疫疾患との関連が報告されている。実験的自己免疫性胆管炎のマウスモデルは、雌SJLJマウスへのほ乳類PDCの腹腔内感作を使用して、非可能性破壊性胆管炎およびAMAの産生を誘導する。SLEのMRLlprマウスモデルも、αケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ複合体に対する自己抗体の形成によって特徴付けられるPBC様疾患を発症することが示されている。他の自己免疫疾患および関連する自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチド:重症筋無力症の自己抗原には、アセチルコリン受容体内のエピトープを挙げることができる。尋常性天疱瘡で標的とされる自己抗原には、デスモグレイン3を挙げることができる。シェーグレン症候群抗原には、SSA;SSBおよびフォドリンを挙げることができる。尋常性天疱瘡の主な自己抗原にはデスモグレイン3を挙げることができる。筋炎のパネルには、tRNA合成酵素;Ku;Scl;SSA;U1snリボ核タンパク質;Mi1;Mi1;Jo1;KuおよびSRPを挙げることができる。強皮症のパネルには、Scl70;セントロメア;U1snリボ核タンパク質およびフィブリラリンを挙げることができる。悪性貧血のパネルには、内因子および胃のHKATPaseの糖タンパク質βサブユニットを挙げることができる。全身性エリテマトーデスの抗原であるエピトープには、DNA;リン脂質;核抗原;U1リボ核タンパク質;Ro60;Ro52;La;カルレチクリン;Grp78;Scl70;ヒストン;Smタンパク質;セリンアルギニンスプライシング因子およびクロマチン等を挙げることができる。グレーブス病では、エピトープには、NaI共輸送体;甲状腺刺激ホルモン受容体;TgおよびTPOを挙げることができる。他の疾患動物に非生理的に存在する自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドに関連する他の疾患のいくつかの例を表に記載し、以下に記載する。炎症性疾患骨関節炎および変性性関節疾患:骨関節炎は60歳以上の30が罹患しており、ヒトの最も一般的な関節疾患である。骨関節炎は滑膜関節の変性および不全を示し、関節軟骨の破壊に関係する。軟骨は、主に、硬さおよび負荷に耐える能力を提供するプロテオグリカンと垂直の力に対する伸張性および抵抗性を提供するコラーゲンを含む。軟骨細胞は、各々が単独または組合わせて、本発明の自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾される自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチドまたは糖タンパク質である潜在型コラゲナーゼ、潜在型ストメライシン、潜在型ゲラチナーゼ、組織プラスミノーゲンアクチベーターおよび他の関連酵素を産生し、分泌することによって正常な軟骨をターンオーバーし、再構築する。メタロプロテイナーゼの組織阻害因子およびプラスミノーゲンアクチベーター阻害因子を含むいくつかの阻害因子も軟骨細胞によって産生され、中性のメタロプロテイナーゼ、組織プラスミノーゲンアクチベーターおよび他の酵素の分解作用を制限する。これらの分解酵素および阻害因子は、単独または組合わせて、本発明の自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドである。これらの分解酵素および阻害因子は、正常な軟骨の再構築および維持を調整する。OAでは、この過程の調節不全により、軟骨の劣化および分解が生じる。ほとんどのOA患者は、関節の熱感および腫脹を含むある程度の炎症も有する。初期OAでは、コラーゲン線維の配列およびサイズの異常な変更が見られる。単独または組合わせて、本発明の自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾される自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチドまたは糖タンパク質であるメタロプロテイナーゼ、カテプシン、プラスミンおよび他の自己分子は、軟骨基質のかなりの損失を生じる。軟骨細胞によるプロテオグリカンおよび軟骨の産生が最初に増加すると、関節軟骨は通常より厚くなる。次いで、単独または組合わせて、本発明の自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾される自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチドまたは糖タンパク質であるコラゲナーゼ、ストロメライシン、ゲラチナーゼ、組織プラスミノーゲンアクチベーターおよび他の関連酵素を含む分解酵素の作用の結果として関節軟骨は薄くなり、軟らかくなる。IL1、カテプシンおよびプラスミンなどの炎症分子は、単独または組合わせて軟骨の変性および分解を促進することがあり、本発明の自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾される自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチドまたは糖タンパク質である。軟らかく薄くなった軟骨は、機械的ストレスによる損傷をはるかに受けやすい。これらの要因により、軟骨表面が崩壊し、垂直の割れ目が生じる。軟骨表面のびらんが形成し、末期疾患では骨に及ぶ。軟骨細胞は、最初は、複製し、クラスターを形成するが、末期では、軟骨は低細胞である。骨の再構築および肥大はOAの重要な特徴である。OAの現在の治療法には、安静、関節を支える筋肉を強化する理学療法、関節を安定させるための装具および他の支持装置、非ステロイド性抗炎症剤、アセトアミノフェンおよび他の鎮痛薬が挙げられる。膝または股関節などの日常生活の活動に重要な関節の末期の骨が擦れ合うOAでは、外科的関節置換が実施される。脊椎損傷:米国では毎年約11000例の脊椎損傷の新たな症例が報告され、全体的な罹病率は現在米国において合計183000~230000例であると推定される。脊椎損傷からの回復は非常に悪く、悲惨な回復不可能な神経性の身体障害が生じる。急性脊椎損傷の現在の治療は、例えば、外科的介入による損傷部位の機械的安定化および非経口的ステロイドの投与を含む。これらの介入は、脊椎損傷による永久的な麻痺の発現を低下するためにはほとんど効を奏していない。慢性脊椎損傷の治療は、疼痛、痙縮および膀胱機能の管理などの生活の質の管理に集中している。現在利用可能な治療は神経機能の回復に対処していない。損傷直後の急性期では、炎症は顕著で、脊椎損傷に関連する膨潤が罹病状態の主要な原因である。この炎症は、高用量の全身コルチコステロイドで一部抑制される。移植片対宿主病:ヒトへの組織および臓器移植の最も大きな限界の1つは、レシピエントの免疫系による移植組織の拒絶である。ドナーとレシピエントのMHCクラスIおよびIIの一致性が大きいほど、移植片の生存は良好であることが確率されている。移植片対宿主病は、同種間の造血細胞を含む移植を受けた患者の大きな罹病率および死亡率を生ずる。これは、一部には、皮膚および他の標的臓器の炎症による。造血細胞は、骨髄移植、幹細胞移植および他の移植に存在する。HLA一致兄弟姉妹からの移植を受けた患者の約50は中等度から重症のGVHDを発症し、その発現頻度は非HLA一致移植片でははるかに高い。中程度から重症のGVHDを発症する患者の13は結果として死亡する。ドナー移植片のTリンパ球および他の免疫細胞が、アミノ酸配列におけるポリペプチドの変異、特にヒトの第6染色体の主要組織適合性抗原複合体遺伝子複合体中にコードされているタンパク質の変異を発現するレシピエント細胞を攻撃する。同種造血細胞に関係する移植においてGVHDに最も影響力のあるタンパク質は、高度多形性クラスIタンパク質およびクラスIIタンパク質である。MHCクラスI対立遺伝子がドナーとレシピエント間で血清学的に一致する場合でも、DNA配列は、症例の30では対立遺伝子レベルのミスマッチがあることを明らかにしており、ドナーレシピエント一致ペアにおけるクラスI誘導性GVHDの基礎を提供している。GVHDは、しばしば、皮膚、腸、肝臓、肺および膵臓への損傷を生じる。GVHDは、グルココルチコイド、シクロスポリン、メトトレキセート、フルダラビンおよびOKT3で治療される。組織移植拒絶:肺、心臓、肝臓、腎臓、膵臓並びに他の臓器および組織を含む組織移植の免疫拒絶は、移植された臓器に対する移植レシピエントにおける免疫応答によって媒介される。同種移植された臓器は、移植レシピエントのアミノ酸配列と比較すると、アミノ酸配列に変異があるタンパク質を含有する。移植される臓器のアミノ酸配列は移植レシピエントのアミノ酸配列と異なるので、しばしば移植される臓器に対するレシピエントの免疫応答を誘発する。免疫応答は自然および獲得免疫系による反応を含み、標的臓器の炎症によって特徴づけられる。移植される臓器の拒絶は主な合併症であり、組織移植を制限し、レシピエントにおいて移植される臓器の不全を生じることがある。拒絶によって生じる慢性炎症は、移植される臓器の機能不全を生じることが多い。移植レシピエントは、拒絶を予防し、抑制するために、現在種々の免疫抑制剤で治療されている。これらの薬剤には、グルココルチコイド、シクロスポリンA、セルセプト、FK506およびOKT3が挙げられる。免疫調節核酸および関連組成物一局面において、本発明の免疫調節核酸は以下のコアヘキサマーを含む:5プリンピリミジンXYピリミジンピリミジン3または5プリンプリンXYピリミジンピリミジン3。ジヌクレオチドモチーフを含む免疫調節配列モチーフと本明細書において言われるIMSのコアヘキサマーは、任意の組成または数のヌクレオチドまたはヌクレオシドが5または3に隣接していてもよい。好ましくは、免疫調節配列モチーフを含む免疫調節核酸は、サイズが6~100塩基対、好ましくはサイズが16~50塩基対のオリゴヌクレオチドである。免疫調節核酸は、100~100000塩基対のさらに大きいDNAの一部として送達されてもよい。IMSはDNAプラスミド、ウイルスベクターおよびゲノムDNAに組み込まれてもまたはすでに存在してもよい。免疫調節核酸は、サイズが6~10000塩基対以上の範囲であってもよい。ヘキサマーコアに隣接して存在する配列は、任意の既知の免疫抑制配列に存在する隣接配列と実質的に一致するように構築することができる。例えば、配列TGACTGTGプリンピリミジンXYピリミジンピリミジンAGAGATGAを有するIMSは、隣接配列TGACTGTGおよびAGAGATGAを含む。別の好ましい隣接配列は、個々のピリミジンの2回以上の反復または長さ2以上の異なるピリミジンの混合物としてピリミジンシリーズを組込む。異なる隣接配列は、抑制性調節配列を試験する際に使用されている。抑制性核酸の隣接配列のさらに別の例は、以下の参照文献に含まれている:米国特許第6225292号および同第6339068号;Zeunerら、ArthritisandRheumatism462219242002。本発明の特定のIMSは以下のヘキサマー配列を含む:1GGジヌクレオチドコア:等を含有する5プリンピリミジンXYピリミジンピリミジン3IMS;2GCジヌクレオチドコア:等を含有する5プリンピリミジンXYピリミジンピリミジン3IMS;3グアニンおよびイノシンがアデニンと置換し、およびまたはウリジンがシトシンまたはチミンと置換し、そのような置換は、上記のガイドラインに基づいて記載されているように作製することができる。以前に開示されている免疫抑制配列またはIISは、コアジヌクレオチド、CpGを含有する免疫活性化配列の作用を阻害することが示された。米国特許第6225292号。このIISは、ISSの非存在下において、単独またはDNAポリヌクレオチド治療と併用して自己免疫疾患を予防および治療することが本発明によって初めて示された。このIISは、配列AAGGTTを有するコアヘキサマー領域を含有した。その配列は、免疫調節配列またはIMSと本明細書において言われる。本発明のIMSに含まれるものと同様のモチーフを有する他の関連するIISは以下である:1GGジヌクレオチドコア:等を含有する5プリンプリンXYピリミジンピリミジン3IMS;2GCジヌクレオチドコア:等を含有する5プリンプリンXYピリミジンピリミジン3IMS;3アデニンのグアニンおよびイノシン置換ならびにまたはシトシンもしくはチミンのウリジン置換は、上記のガイドラインに基づいて記載されているように作製することができる。本発明のある態様において、IMSのコアヘキサマー領域は5もしくは3末端のどちらかまたは両方にポリG領域が隣接している。本明細書において使用するポリG領域またはポリGモチーフは、少なくとも2つの隣接グアニン塩基、典型的には2~30または2~20の隣接グアニンを含有する核酸領域を意味する。いくつかの態様において、ポリG領域は2~10、4~10または4~8の隣接グアニン塩基を有する。ある種の好ましい態様において、隣接するポリG領域はコアヘキサマーに隣接する。さらに他の態様において、ポリG領域は、非ポリG領域によってコアヘキサマーに連結する;典型的には、非ポリGリンカー領域はわずか6つ、さらに典型的にはわずか4つのヌクレオチドを有し、最も典型的には、わずか2つのヌクレオチドを有する。免疫調節核酸は、ゲノムDNA、プラスミドDNA、ウイルスDNAおよびcDNAを含む既存の核酸源から入手することができる。ある種の好ましい態様において、免疫調節核酸は、オリゴヌクレオチド合成によって作製される合成オリゴヌクレオチドである。IMSは、1本鎖または2本鎖DNA、RNAおよびまたはオリゴヌクレオチドの一部であってもよい。免疫調節核酸は、主に、非メチル化GpGオリゴヌクレオチドを含有する1つ以上のIMS領域を有する核酸である。別の態様において、IMS領域のアデニンまたはシトシン残基の1つ以上はメチル化されている。真核細胞では、典型的には、シトシンおよびアデニン残基はメチル化されていることがある。免疫調節核酸は安定化およびまたは不安定化されたオリゴヌクレオチドであってもよい。安定化されたオリゴヌクレオチドは、エキソヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼおよび他の分解経路によるインビボにおける分解を比較的受けないオリゴヌクレオチドを意味する。好ましい安定化オリゴヌクレオチドは修飾されたリン酸骨格を有し、最も好ましいオリゴヌクレオチドは、リン酸塩の酸素の少なくとも1つが硫黄で置換されているホスホロチオエート修飾リン酸骨格を有する。メチルホスホネート、ホスホロチオエート、ホスホロアミデートおよびホスホロジチオネートヌクレオチド間結合を含む骨格のリン酸基修飾はIMSに抗菌作用を提供することができる。免疫調節核酸は、好ましくは、安定化オリゴヌクレオチドであり、主にホスホロチオエート安定化オリゴヌクレオチドを使用する。別の安定化オリゴヌクレオチドには:荷電酸素がアルキル化されているアルキルホスホトリエステルおよびホスホジエステル;荷電ホスホネートの酸素がアリールまたはアルキル基で置換されている非イオン性DNA類似物であるアリールホスホネートおよびアルキルホスホネートおよびまたは一方または両方の末端にヘキサエチレングリコールもしくはテトラエチレングリコールまたは別のジオールを含有するオリゴヌクレオチドが挙げられる。IMS領域のヌクレオシド塩基に糖部分を結合するために別の立体配座を使用してもよい。調節ジヌクレオチドに隣接するIMS領域のヌクレオチド塩基は、既知の天然型塩基または合成非天然塩基であってもよい。オリゴヌクレオチドは、結合ポイントとして、すなわち自己分子を含む他の化合物のために他の分子を結合もしくは連結するための手段としてまたは追加の免疫調節治療法のための結合ポイントとして使用するために従来の技法を使用してIMSONの内部領域およびまたは末端に組み込まれてもよい。IMSONの塩基、糖部分、リン酸基および末端は、IMSONの調節作用以外に望ましい特性を有するIMSONを構築するために、当業者に既知の任意の方法で修飾することもできる。例えば、任意の立体配座において糖部分をIMSONのヌクレオチド塩基に結合することができる。オリゴヌクレオチドにこれらのリン酸基を修飾するための技法は当技術分野において既知であり、詳細な説明は必要ない。このような有用な技法の概略は、標的オリゴヌクレオチド産物のための中間体リン酸トリエステルを製造し、ヨウ素水溶液または無水アミンなどの他の薬剤で天然型リン酸トリエステルに酸化する。得られたオリゴヌクレオチドホスホルアミデートは硫黄で処理してホスホロチオエートを産生することができる。同じ一般的な技法を適用して、メチルホスホネートからメチルホスホアミダイトを産生することができる。リン酸基修飾技法に関するさらに詳細な説明については、当業者は、免疫調節核酸の組成物および製造に関する当技術分野の知識レベルを例示するために開示内容が本明細書に組み入れられている、米国特許第4425732号;同第4458066号;同第5218103号および同第5453496号並びにTetrahedronLettの21414925、75575、251437並びにJournalAmChemSoc936657を参考にすることを希望することができる。特に有用なリン酸基修飾は、IMSONオリゴヌクレオチドのホスホロチオエートまたはホスホロジチオエート型への変換である。ホスホロチオエートおよびホスホロジチオエートは、未修飾のオリゴヌクレオチド対応物と比較してインビボにおいて分解されにくく、本発明のIMSONを宿主により利用可能にする。IMSONは、当技術分野において既知の技法および核酸合成装置を使用して合成することができる。これに関する参照文献は、例えば、Ausubelら、CurrentProtocolsinMolecularBiology、2章および4章;Maniatisら、MolecularCloning:ALaboratoryManual;米国特許第4458066号および米国特許第4650675号を参照されたい。これらの参照文献は、合成オリゴヌクレオチドの製造に関する当技術分野における知識レベルを実証するために参照として本明細書に組み入れられている。または、IMSONは、天然型CpGモチーフおよび隣接ヌクレオチドを競合するジヌクレオチドに置換するように、単離した微生物ISSOSNを突然変異することによって得ることができる。核酸ハイブリダイザーションを使用するスクリーニング手法により、適当なプローブまたは抗体が入手可能である場合には、任意の生物から任意のポリヌクレオチド配列を単離することができる。関心対象のタンパク質をコードする配列の一部に対応するオリゴヌクレオチドプローブは化学的に合成することができる。これには、短いオリゴペプチド鎖のアミノ酸配列が既知でなければならいことが必要となる。タンパク質をコードするDNA配列は遺伝コードから推定することもできるが、遺伝コードの縮重を考慮しなければならない。例えば、ISS含有ポリヌクレオチドを含有すると考えられるcDNAライブラリーは、cDNA由来の種々のmRNAを卵母細胞に注入し、cDNA遺伝子産物の発現を十分な時間生じさせ、例えば、関心対象のポリヌクレオチドがコードするペプチドに特異的な抗体を使用することによってまたは関心対象のポリヌクレオチドがコードするペプチドに特徴的な反復モチーフのプローブおよび組織発現パターンを使用することによって、望ましいcDNA発現産物の存在について試験することによってスクリーニングすることができる。または、cDNAライブラリーは、ペプチドに特異的な抗体を使用して、少なくとも1つのエピトープを有する関心対象のペプチドの発現について間接的にスクリーニングすることができる。このような抗体はポリクローナルまたはモノクローナル由来であってもよく、関心対象のcDNAの存在を示す発現産物を検出するために使用することができる。ISS含有ポリヌクレオチドが得られたら、例えば、従来の技法を使用する酵素消化によって望ましい長さに短くすることができる。次いで、CpGモチーフを、本発明の方法を使用して同定される抑制作用のあるジヌクレオチドに置換するようにISSODNオリゴヌクレオチド産物のCpGモチーフを突然変異させる。既知の配列を有するDNAの特定部位に置換突然変異を生じる技法は既知であり、例えば、PCRによるM13プライマー突然変異誘発がある。IMSは非コード性であるので、置換突然変異を生ずる際にオープンリーディングフレームを維持することに関する懸念はない。しかし、インビボにおいて使用するためには、ポリヌクレオチド出発物質、ISSODNオリゴヌクレオチド中間体またはIMS突然変異産物は実質的に純粋にされなければならない。本発明の免疫調節核酸は、IMSを単独または他の核酸領域とシスまたはトランス配置で、例えば、組換え発現ベクターによって送達可能な任意の自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドをコードすることができる組換え自己ベクターに組み込まれて含有することができる。ある態様において、IMSは、ベクターに組込まれないで投与される。または、他の態様において、IMSは、例えば、当業者に既知の従来の技法を使用して実施することができる例えば、発現ベクターなどのベクターに組込まれる。例えば、組換え発現ベクターの構築は標準的なライゲーション技法を使用する。ベクターに正しい配列が構築されたことを確かめる分析は、ライゲーション混合物を使用して宿主細胞を形質転換し、形質転換の成功を適宜抗生物質抵抗性で選択することができる。形質転換体からベクターを作製し、制限によって分析およびまたは例えば、Messingら、NucleicAcidsRes、93091981の方法、Maxamら、MethodsinEnzymology654991980の方法または当業者に既知の他の好適な方法によって配列決定される。切断断片のサイズ分離は、例えば、Maniatisら、MolecularCloning、133~134、1982年によって記載されている従来のゲル電気泳動を使用して実施される。宿主細胞に本発明の発現ベクターを形質転換して、プロモーターを誘導し、形質転換体を選択するまたは遺伝子を増幅するために適宜改変した従来の栄養培地で培養することができる。温度、pH等などの培養条件は、発現について選択する宿主細胞に以前から使用されているものであり、当業者に明らかである。組換えベクターを本発明のIMSONの担体として使用する場合には、プラスミドおよびコスミドは、病原性がないので、特に好ましい。しかし、プラスミドおよびコスミドはウイルスと比較してインビボにおいて分解が早いので、炎症性疾患または自己免疫疾患を予防または治療するのに十分な投与量のIMSONを送達することができない。関連のある局面において、式5プリンピリミジンCGピリミジンピリミジン3または5プリンピリンCGピリミジンピリミジン3の1つ以上のCpGの代わりに非CpGジヌクレオチドが置換している核酸ベクターが提供され、それによってIIS関連免疫活性化作用が低下されるベクターを作製する。このようなベクターは、例えば、免疫調節核酸を投与するための方法およびまたは自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドを1つ以上コードする自己ベクターを投与するための方法において有用である。例えば、CpGジヌクレオチドのシトシンをグアニンと置換することができ、それによって、式5プリンピリミジンCGピリミジンピリミジン3または5プリンプリンGGピリミジンピリミジン3のGpGモチーフを有するIMS領域を作製することができる。シトシンはまた、任意の他の非シトシンヌクレオチドと置換することもできる。置換は、例えば、部位特異的突然変異誘発を使用して実施することができる。典型的には、置換CpGモチーフは、ベクターの重要な制御領域に位置しないようなCpGである。また、CpGが発現ベクターのコード領域内に位置する場合には、非シトシン置換は、典型的には、サイレント突然変異またはコードされるアミノ酸の保存置換に対応するコドンを作製するように選択される。例えば、ある態様において、式5プリンピリミジンCGピリミジンピリミジン3の1つ以上のCpGジヌクレオチドが、CpGジヌクレオチドのシトシンを非シトシンヌクレオチドと置換することによって突然変異化される修飾pVAX1ベクターが提供される。pVAX1ベクターは当技術分野において既知であり、Invitrogenから購入可能である。1つの例示的な態様において、修飾pVAX1ベクターは、CpGモチーフ内に以下のシトシンから非シトシン置換を有する:ヌクレオチド784、1161、1218および1966においてシトシンからグアニンへ;ヌクレオチド1264、1337、1829、1874、1940および1997においてシトシンからアデニンへ;ヌクレオチド1963および1987においてシトシンからチミンへ;追加として、ヌクレオチド1831、1876、1942および1999においてシトシンからグアニンへの突然変異。。IMSの機能的特性IMSの免疫調節特性を説明する機序はいくつかあり、これらには、ISS媒介性免疫活性化に関係ない機序が含まれる。本明細書において使用する免疫応答の調節、免疫応答を調節または変更することは、免疫調節核酸の投与の結果として生ずる、核酸、脂質、リン脂質、炭水化物、自己タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、タンパク質複合体、リボ核タンパク質複合体またはそれらの誘導体を含むが、これらに限定されない自己分子に対する既存の免疫応答または起こりうる免疫応答の任意の変更をいう。このような調節には、免疫応答に関与するまたは関与することができる任意の免疫細胞の存在、能力または機能の任意の変更を含む。免疫細胞には、B細胞、T細胞、NK細胞、NKT細胞、プロフェッショナル抗原提示細胞、ノンプロフェッショナル抗原提示細胞、炎症細胞または免疫応答に関与もしくは影響することができる任意の他の細胞が挙げられる。調節は、既存の免疫応答、進行性の免疫応答、起こりうる免疫応答または免疫応答を誘発する、調節する、免疫応答に影響するもしくは応答することができる能力に与えられる任意の変化を含む。調節は、免疫応答の一部として免疫細胞内の遺伝子、タンパク質およびまたは他の分子の発現およびまたは機能の任意の変更を含む。免疫応答の調節には、免疫細胞の排除、欠損または隔離;自己反応性リンパ球、APCまたは炎症細胞などの他の細胞の機能的能力を調節することができる免疫細胞の誘導または作製;アネルギーと名づけられる、免疫細胞の反応欠如状態の誘導;これらの細胞によって発現されるタンパク質のパターンの変更を含むが、これに限定されない免疫細胞の活性もしくは機能またはそうする能力の増加、低下または変更が挙げられるが、これらに限定されない。例として、サイトカイン、ケモカイン、増殖因子、転写因子、キナーゼ、同時刺激分子もしくは他の細胞表面受容体などのあるクラスの分子の産生およびまたは分泌の変更またはこれらの調節事象の任意の組み合わせが挙げられる。免疫応答は、IL12およびIFNγを含むサイトカインを産生するヘルパーT細胞および免疫応答によって特徴づけられ、あるアイソタイプの抗体を産生するB細胞に関連する。Th1型免疫応答は自己免疫疾患において優位であり、自己免疫媒介性の組織損傷に関連する。一方、Th2免疫応答は、IL4およびIL10を含むサイトカインを産生するヘルパーT細胞および免疫応答によって特徴づけられ、あるアイソタイプの抗体を産生するB細胞に関連する。Th2型免疫応答は、齧歯類およびヒトの自己免疫における自己免疫媒介性の組織損傷に対する防御に関連する。免疫調節核酸は、望ましくない免疫応答を媒介するもしくは媒介することができる免疫細胞を排除、隔離もしくは遮断することによって;防御免疫応答を媒介するもしくは媒介することができる免疫細胞を誘導、形成もしくはターンオンすることによって;免疫細胞の物理的もしくは機能的特性を変更することによってまたはこれらの影響の組合わせてによって免疫応答を調節することができると思われる。免疫応答の調節の測定の例には、免疫細胞集団の有無の調査;分析;B細胞増殖アッセイを使用するなどの信号に応答して増殖もしくは分裂する能力または信号に応答する増殖もしくは分裂への抵抗性を含む免疫細胞の機能的能力の測定;他の細胞を死滅または溶菌する能力の測定;サイトカイン、ケモカイン、細胞表面分子、抗体および細胞の他の産物の測定;免疫細胞の活性化または免疫細胞内の信号伝達経路の生化学マーカーの測定;アポトーシス、壊死または他の機序による細胞死の測定;免疫細胞によって産生される遺伝子、タンパク質および他の分子の測定;および自己免疫疾患、神経変性性疾患および他の疾患の成果の改善などの臨床成果の測定が挙げられるが、これらに限定されない。他の研究者らは、IISの作用機序を評価する実験を実施している。中和または抑制性IISモチーフはISS免疫活性化を遮断することをそれらの研究者らは実証した。そのような実験におけるIISは、ISSの影響を相殺、阻害、競合または克服するために使用された。ISSおよびIISは同じ細胞に流入することが示されており、IISがISSを阻害する機序は同一細胞内の直接的な競合によることを示唆している。投与方法免疫調節核酸は、薬学的に許容されうる担体を含む組成物として作製される。本発明の免疫調節核酸に使用するのに好ましい薬学的に許容されうる担体には、滅菌水性または非水性溶液、懸濁液およびエマルジョンを挙げることができる。非水性溶媒の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油などの植物油およびオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルである。水性担体には、生理食塩液および緩衝媒体を含む、水、アルコール/水溶液、エマルジョンまたは懸濁液が挙げられる。非経口基剤には、塩化ナトリウム溶液、リンガーのデキストロース、デキストロースおよび塩化ナトリウム、乳酸加リンガーまたは不揮発性油が挙げられる。静注基剤には、液体および栄養補充薬、電解質補充薬等が挙げられる。例えば、抗菌剤、抗酸化剤、キレート剤および不活性ガス等などの保存剤および他の添加剤が存在してもよい。免疫調節核酸の組成物は、本発明によりその後再構成して使用するために、当技術分野において既知の手段を使用して凍結乾燥してもよい。個々のIMSの多数のコピー、異なるIMSの組み合わせ、各々が同じ相対モル濃度で存在するIMSの組合わせ、各々が異なる相対モル濃度で存在するIMSの組合わせ含有する免疫調節核酸を混合して薬学的組成物を形成しても、または個々のIMSおよびまたは異なるIMSを、組換え発現ベクタープラスミド、鎖状ポリヌクレオチド、ウイルスおよびウイルスベクター、細菌およびオリゴヌクレオチドを含有する他の生、不活性化または合成組成物に組込んでもよい。本発明の免疫調節核酸は、薬剤として使用するための塩を用いて製剤化することができる。免疫調節核酸は、非毒性の無機または有機塩基を用いて製剤化することができる。無機塩基塩には、ナトリウム、カリウム、亜鉛、カルシウム、アルミニウム、マグネシウム等が挙げられる。無毒性の有機塩基には、一級、二級および三級アミン等の塩が挙げられる。このような免疫調節核酸は、滅菌水溶液または塩溶液などの、送達前に再構成するために凍結乾燥された形態で製剤化することができる。または、免疫調節核酸は、送達のための水性または油性基剤に関係する溶液、懸濁液またはエマルジョンの形態で製剤化することができる。免疫調節核酸を凍結乾燥し、投与前に滅菌水で再構成することができる。当業者には既知であるように、被験者に核酸を送達するために多種多様の方法が存在する。いくつかの態様において、免疫調節核酸はネーキッド核酸として投与される。例えば、ある態様において、ウイルス粒子に、投与前にネーキッド核酸を混合して、核酸を封入するのではなく、送達を容易にするウイルス粒子を含有する製剤を作製する。または、他の態様において、免疫調節核酸を、陽イオン物質などの、核酸に結合する分子で封入または複合体を形成する。例えば、リポソームは、オリゴヌクレオチドおよびまたは自己ポリヌクレオチドを製剤化し、送達するための効果的な手段である。他の具体的な態様において、免疫調節核酸を、薬理学的な送達のためのウイルスベクター、ウイルス粒子または細菌に組込む。ウイルスベクターは感染能力があっても、弱毒化型であってもまたは複製欠損型であってもよい。他の態様において、核酸は、注射、吸入または微粒子銃送達によって送達することができる金粒子、多糖系支持体または他の粒子もしくはビーズを含む固相支持体に結合される。核酸製剤を送達する方法は当技術分野において既知である。例えば、米国特許第5399346号、同第5580859号、同第5589466号を参照されたい。数多くのウイルス系システムがほ乳類細胞に導入するために開発されている。例えば、レトロウイルスシステムが記載されている数多くのアデノウイルスベクターも記載されており、例えば、を参照されたい。アデノ随伴ウイルスベクターシステムも核酸送達のために開発されている。AAVベクターは、当技術分野において既知の技法を使用して容易に構築することができる。例えば、米国特許第5173414号および同第5139941号;国際公開公報第9201070号および国際公開公報第9303769号;を参照のこと。本発明のIMSはベクターを用いないで送達することもできる。例えば、被験者に送達する前に、分子をリポソームに封入することができる。脂質封入化は、一般に、安定して核酸に結合または核酸を封入して保持することができるリポソームを使用して達成される。核酸を送達するための担体としてリポソームを使用するための概略は、;Straubingerら、MethodsofEnzymology、101巻、512~527ページ、1983年を参照されたい。例えば、本発明により使用することができる脂質には、DOPE、コレステロールおよびCUDMEDANNジメチルエチレンジアミンが挙げられるが、これらに限定されない。一例として、DNAを、以下の陽イオンリポソーム製剤の1つを含有する溶液の形態で投与することができる:Lipofectin、Transfast、Tfx50、Tfx10またはTfx20。免疫調節核酸の治療的に有効な量は、本発明の教示内容により投与され、例えば、疾患の症状およびまたは原因を軽減または排除することによって、疾患を治療または予防するのに十分である。例えば、治療的に有効な量は広い範囲に入り、臨床試験によって決定され、特定の患者には、疾患の重症度、患者の体重、年齢および他の因子を含む、通常に技術のある臨床医に既知の因子に基づいて決定される。免疫調節核酸の治療的に有効な量は約0001マイクログラム~約1グラムの範囲内である。免疫調節核酸の好ましい治療量は、各々の約5マイクログラム~約1000マイクログラムの範囲内である。免疫調節核酸の最も好ましい治療量は、約50~200マイクログラムの範囲内である。免疫調節核酸治療は、毎日、1日おきに、1週間に2回、毎週、2週間ごとにまたは毎月継続的に送達される。自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドをコードするポリヌクレオチド治療と併用して送達される場合には、治療法は6~12ヶ月などの種々の期間にわたって投与することができ、次いで維持投与として3~12ヶ月ごとに投与することができる。別の治療法は、疾患の重症度、患者の年齢、投与される自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドをコードするオリゴヌクレオチドおよびまたはポリヌクレオチド並びに担当医が考慮すると思われる他の因子に応じて作製することができる。一態様において、免疫調節核酸は筋肉内注射によって送達される。別の態様において、免疫調節核酸は鼻腔内送達、経口送達、皮下送達、皮内送達、静脈内送達、皮膚への押し付け、眼球内送達、関節内送達、膣内送達、直腸内送達、粘膜送達または皮膚に送達されるもしくは皮膚を通過して送達される金粒子に結合される。または、核酸は、リポソームまたは荷電脂質を使用するまたは使用しない局所適用によって皮膚細胞に送達することができる。さらに別の方法は、核酸を吸入剤として送達することである。免疫調節核酸と自己タンパク質、ポリペプチド、またはペプチドをコードするポリヌクレオチドの投与を含む併用療法の場合には、免疫調節核酸およびポリヌクレオチドは同じ部位または異なる部位に、同時にまたは別の時間に投与することができる。免疫調節核酸を送達する前に、その後のポリヌクレオチド治療の送達を増強することができるブピバカイン、カルジオトキシンまたは別の薬剤で処理することによって事前調整することができる。このような事前調整療法は、一般に、治療用ポリヌクレオチドの送達の12~96時間前に送達され、さらにしばしば治療用免疫調節核酸の送達の24~48時間前に送達される。または、IMS治療の前に、事前調整処理を行わない。免疫調節核酸およびまたは自己タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む自己ベクターは、薬剤、アジュバント、サイトカイン、自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾される自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、糖タンパク質、DNAを用いる治療などの他の物質と併用してまたはサイトカインをコードするベクターの送達と併用して投与することができる。別の態様において、免疫調節核酸は他の治療と併用投与される。このような治療には、例えば、ポリヌクレオチド治療の場合には、自己分子をコードするDNAを含むが、これらに限定されない自己分子と併用投与される、免疫調節核酸、または自己脂質、自己タンパク質、自己ペプチド、自己ポリペプチド、自己糖脂質、自己炭水化物、自己糖タンパク質および翻訳後修飾される自己タンパク質、ペプチド、ポリペプチドまたは糖タンパク質または自己免疫疾患を治療するために使用される任意の他の治療用化合物と併用投与される免疫調節核酸が挙げられる。本発明のさらなる理解は、例示的な態様を記載する以下の説明を参照することによって得られる。実施例1:IMSがISS誘導性リンパ球活性化を阻害し、実験的自己免疫性脳脊髄炎の誘発を予防することを示す以前の検討の確認一連の実験を実施して、ISSを含有する配列による刺激をIMSが阻害することができることを示す種々の以前の検討を確認する。そのような実験は以下のとおりである。刺激性CpGODNは、樹状細胞、マクロファージ、T細胞およびB細胞を含む脾臓由来の免疫細胞を活性化することが知られている。IMSの影響は、未処理の脾細胞の全体的な増殖を測定することによって評価した。本発明者らは、ヌクレアーゼ分解からDNAを保護するためにホスホロチオエート骨格を有する1本鎖5AACGTT3またはIMS5AAGGTT3配列を含有する22merのオリゴヌクレオチド配列を構築した。IMSの添加が刺激性CpGODNの影響を相殺するかどうかを判定するために、単離した未処理の全脾細胞を5μgmlの刺激性CpGODN単独および濃度を増加させたIMSと共に培養した。48時間後、全脾細胞の増殖は、1μgmlのIMSの添加の結果、2倍低下し、5μgmlおよび10μgmlのIMSの添加により3倍低下した。TLR9は細菌DNACpGモチーフを認識することが示されている。CからGへの塩基対の単純なスイッチがこの認識を変更したかどうかを判定するために、TLR9野生型マウスおよびTRL9ノックアウトマウスから単離した未処理の全脾細胞を、CpGODN、IMSおよび両者の組み合わせと共に別々に培養した。別個の対照として、リポポリサッカライドを添加して、TLR9KO脾細胞が非特異的な分裂促進刺激に対して増殖することができることを示した。刺激性CpGODNの添加により、IMSの添加によって有意に抑制される強力な増殖応答を生じた。LPSを刺激性CpGODNと併用すると、LPS刺激単独と比較して、脾細胞増殖を増加した。しかし、IMSの調節作用は、LPSを添加する場合でも明らかであった。TLR9KO脾細胞からTLR9受容体を欠損させると、TLR9WT脾細胞と比較して、CpGODNの増殖作用が無効になった。同様に、TLR9KO脾細胞はIMSに応答しなかった。TLR9KO脾細胞にLPSを添加すると、IMS単独および刺激性CpGODNとの併用は、TLR9WT脾細胞と比較したとき、増殖応答に影響を与えなかった。これは、IMSは、刺激性CpGODNにTLR9信号伝達経路を介して進行しないようにしていることを示している。TLR9による刺激性CpGODNの認識は、NFκB活性化に達する細胞信号伝達経路の誘導を誘発する。刺激性CpGODNに対するIMSの機序を解明するために、IκBαのセリン32のリン酸化によるNFκB活性の役割を検討した。示したオリゴで活性化した脾細胞の抽出物のウェスタンブロット分析は、刺激性CpGODNによるIκBαのセリン32のリン酸化を確認する。従って、IMSはIκBαのセリン32のリン酸化を誘発しない。興味深いことに、刺激性CpGODNとIMSの併用は、IκBαのセリン32のリン酸化の顕著な低下を生じた。この結果は、IMSが機能する機序は、TLR9信号伝達経路の要素による認識および結合について刺激性CpGPDNと競合することであることを示している。CpGODNはMHCクラスII発現を増加することが示されている。MHCクラスII分子のメッセージの相対的濃度を定量するためには、定量PCRを、全脾細胞培養物の精製RNA試料のcDNAについて実施した。信号は、βアクチンのメッセージの量に対して正規化した。MHCクラスIImRNAはCpGODNと共にインキュベーションした刺激性脾細胞では増加したが、IMSと共にインキュベーションした脾細胞では増加しなかった。IMSによるMHCクラスII細胞表面発現のダウンレギュレーションは、蛍光活性化細胞スキャン分析によって確認した。IMSは、刺激性CpGODNによるMHCクラスII細胞表面発現の活性化を用量依存的に抑制した。IMSが抗原提示細胞活性化を低下するかどうかを判定するために、種々のAPC活性化マーカーの細胞表面発現も分析した。未処理の脾細胞を、示した濃度の抑制性、刺激性または関連のない対照オリゴヌクレオチドと共に72時間インキュベーションした。FACScan分析は、IMSは、CD40、CD80およびCD86の刺激性CpGODN誘導性の細胞表面発現を用量依存的に抑制したことを示す。一方、糖脂質提示分子、CD1dの発現はIMSによって用量依存的に増加された。免疫調節オリゴヌクレオチドによる免疫細胞のサイトカイン産生に対する影響をプロファイリングするために、未処理の脾細胞を動物から取り出し、示した濃度のIMS、刺激性CpGODNまたは関連のない対照オリゴヌクレオチドと共に72時間インキュベーションした。IMS単独はIL6およびIL12p40の産生を誘導しなかったが、刺激性CpGODNと併用すると、サイトカイン産生を用量依存的に抑制した。実験的自己免疫性脳脊髄炎は、多発性硬化症のTh1媒介性動物疾患モデルである。EAE疾患において誘導される中枢神経系の炎症は、白質の炎症性浸潤および脱髄の結果として麻痺が増加する。EAEの活発な誘発には、熱死滅させた放線菌を含有する完全フロイントアジュバントにミエリン抗原またはペプチドを加えたもので動物を免疫化する必要がある。次いで、本発明者らは、EAE誘導の予防方法として、IMSのインビボにおける投与を検討した。SJLJマウスに、CFAにPLP139151ペプチドを加えたものによる疾患の誘導のために皮下注射して免疫化した。同時に、リン酸緩衝生理食塩液に示したオリゴヌクレオチドを再懸濁したものを単回注射として腹腔内に投与した。抑制性IMSの単回注射で処理したマウスは、PBS処理マウスおよび刺激性CpGODN処理マウスと比較して、疾患の重症度の全体的な低下を示した。実施例2:IMSは、ISSが存在しない場合に、防御的Th2細胞を調節し、自己反応性Th1細胞を抑制し、実験的自己免疫性脳脊髄炎の誘導を予防する本発明者らは、IMSは未処理の分化系列未決定ミエリン特異的T細胞を抑制することを実証したので、それが、CpGODNの非存在下および存在下において分化系列決定済みのTh1またはTh2細胞に識別的な影響を与えるかどうかを試験した。刺激性CpGODNはPLP139151特異的Th1細胞系統の増殖を増加したが、IMSはその増殖を抑制した。IMSと刺激性CpGODNの併用は、CpGODN単独によって生じるPLP139151特異的Th1細胞増殖の増加を低下した。PLP139151特異的Th2細胞系統を用いて同様の検討を行った。刺激性CpGODNは、PLP139151特異的Th2細胞系統の増殖を抑制した。驚くべきことに、IMSはTh2細胞系統の増殖を増加した。従って、CpGODNはPLP139151特異的Th2細胞の阻害剤として作用するが、IMS単独、すなわちISSが存在しない場合、PLP139151特異的Th2細胞を調節する。共に考慮すると、これらの予測されず、驚くべき結果は、本発明のIMSは、ISSODNと関係なく、自己免疫性Th1細胞を阻害し、Th2細胞の防御機能を増加することを確立している。IMSは、CFAにPLP139151を加えたものでEAEを誘発する14日前および7日前にSJLマウスに投与した。このプロトコールは、ISSがまったく添加されない場合に免疫系にIMSを2週間導入する。IMSで治療したマウスは、未処理のマウスと比較して、疾患発症の遅延を示し、疾患の重症度の全体的な低下を示した。実施例3GpGによるポリヌクレオチド治療はプラスミドベクター骨格を修飾した疾患の重症度を低下し、自己反応性T細胞集団のTh2シフトを生じる際のGpG配列の利点を実証するIMSオリゴヌクレオチドを用いた結果に基づいて、本発明者らは、ベクターの骨格内にGpG配列を組込んだ修飾ベクターを作製した。本発明者らは、本発明者らのEAE実験に主に使用されるプラスミドベクターであり、ヒトに使用するための規制要件を全て満足するように設計されているpVAX1ベクターから開始した。本発明者らは、次いで、免疫刺激のための既知のヒトCpGモチーフコンセンサスにマッチするCpGモチーフのベクター、すなわちPuPyCGPyPyを調査した。本発明者らは、pVAX1の一方の鎖に、このようなCpG要素が16存在することを求めた。部位特異的突然変異を使用して、本発明者らは、表1に要約する部位の12を修飾した。残りのCpG部位は、ベクターの重要な制御領域内に存在したので、修飾しなかった。可能な場合には、CpGモチーフのCを、IMSオリゴヌクレオチドに使用するGpGオリゴ配列の配列モチーフにマッチするように、Gに変更した。これは12の修飾部位のうち4箇所で実施した。他の8箇所の部位はGpGではなく、CpGモチーフ内のCがAまたはTのどちらかに変更されるような方法で修飾した。この方法では、Th1を誘導すると思われる免疫活性化CpGモチーフは除去された。このように構築したベクターはpBHT1と名づけられた。表2配列はpBHT1の突然変異誘発部位およびヌクレオチド変更の種類を確認したナンバリングシステムは、InvitrogenのpVAX1配列のオリジナルナンバリングシステムに基づいている実際に修飾されていないpVAX1と比較して、免疫活性化の程度が低下されるかどうかを判定するために、pBHT1ベクターをインビトロアッセイによって試験した。アッセイは、免疫細胞源としてSJLJマウスの新鮮な全脾細胞を使用して実施した。刺激性CpGオリゴヌクレオチドは、樹状細胞、マクロファージ、T細胞およびB細胞を含む脾臓由来の免疫細胞を活性化することが知られているので、全脾細胞を使用した。実施したアッセイには、増殖アッセイ、FACS分析およびサイトカイン産生についてのELISAが挙げられる。CpGオリゴヌクレオチドは免疫活性化の対照として使用し、GpGIMSオリゴヌクレオチドは免疫抑制の対照として使用した。対照アッセイでは、増殖は、単離した脾細胞を10μgmlのCpGオリゴまたはCpGIMSオリゴと共に24時間インキュベーションすることによって実施した。また、脾細胞を、図7に示す3つの異なる濃度のpVAX1空ベクターまたはpBHT1空ベクターと共に24時間インキュベーションした。刺激指数で示されるように、pVAX1ベクターは、ベクター濃度の各々のpBHT1ベクターと比較して、増殖の程度が高かった。刺激の大きさは小さいが、得られた刺激の傾向は、2つのオリゴで観察されるものと相関していた。すなわち、GpGIMSオリゴではあまり刺激されず、pBHT1ベクターでもあまり刺激されない。GpGIMSオリゴヌクレオチドが抗原提示細胞活性化を低下するかどうかを判定するために、APC活性化のマーカーとしてCD1632の細胞表面発現を分析した。未処理の脾細胞を10μgmlのCpGオリゴまたはGpGIMSオリゴと共に48時間インキュベーションした。細胞を回収し、CD1632発現についてFACScan分析で測定した。CpGオリゴはCD1632の活性化を生じたが、免疫調節性GpGIMSオリゴはCD1632の細胞表面発現を、培地単独のレベル近くまで抑制した。次いで、本発明者らは、修飾pBHT1ベクターはCD1632活性化に関して同様に挙動するかどうかを判定した。脾細胞を、100μgmlのpVAX1空ベクターまたはpBHT1空ベクターと共に48時間インキュベーションした。この場合も、APCの活性化の低下で示されるように、pBHT1ベクターによりCD1632の活性化が低下した。CpGオリゴヌクレオチドは、多数のサイトカインの分泌が増加されるように免疫細胞の活性化を生ずることが知られている。本発明者らは、脾細胞をCpGオリゴまたはGpGIMSオリゴと共に示した時間の間インキュベーションし、種々のサイトカインの分泌をサンドイッチELISAで測定する上記のアッセイを実施した。また、pBHT1の修飾がサイトカイン産生に同様の影響を与えるかどうかを判定するために、脾細胞をpVAX1およびpBHT1空ベクターと共にインキュベーションした。図9に示すように、CpGオリゴは、未処理の脾細胞からのIL6、IL10およびIFNγの分泌を誘導する。しかし、GpGIMSオリゴは、これらのサイトカインのいずれの産生も誘導しない。pVAX1ベクターによって誘導されるサイトカインをpBHT1ベクターによるものと比較すると、pBHT1によるIL6、IL10およびIFNγの産生の低下に同様の傾向が見られる。サイトカイン誘導がほとんどないGpGIMSと対照的に、pBHT1によるサイトカイン産生の誘導はわずかに増加されるが、誘導の程度はpVAX1によるものよりはるかに小さい。この低い程度の誘導は、修飾が不可能であったので、ベクター骨格のままであるCpG配列によると思われる。実際、本発明者らは、免疫誘導を生じないまったく無害のベクターを望んでいない。その理由は、このようなベクターは、DNAワクチンに望ましい方法で免疫系を反応させる上で効果がないからである。pBHT1ベクター内の自己抗原を使用する免疫寛容性ポリヌクレオチドDNA治療法の効果を評価するインビボ実験をEAEモデルにおいて実施した。自己抗原であるマウスPLPをコードするDNAをpBHT1ベクターに組込み、SJLマウスに筋肉内投与した。本明細書において使用するモデルは、マウスはCFAにペプチドPLP139151を加えたもので最初にEAEを誘導し、次いで疾患発症の数日後に、種々の治療グループに無作為に分割したという点において、予防モデルではなく治療モデルである。次いで、pBHT1ベクターにコードされた50μgのマウスPLPまたは50μgの空のpBHT1ベクター対照を3つの異なる投与頻度で筋肉内投与した。図10に示すように、全ての治療グループにおいてEAE平均疾患スコアが低下し、2週間ごとまたは4週間ごとの頻度において最も顕著である。自己抗原ポリヌクレオチド治療を非pBHT1ベクターと共に使用する以前の検討は、この種類のEAE治療モデルにおける再発率の低下を実証している。しかし、そのような以前の検討は、pBHT1ベクターに自己抗原ポリヌクレオチド治療を用いて本明細書において実証されているように、治療モデルにおいてEAE重症度のこのパラメーターの低下を実証していない。本発明者らの結果は、本発明のpBHT1ベクターは、MSなどのTh1媒介性自己免疫疾患の治療に使用するためにさらに最適化されているということである。従って、ヒト疾患においてポリヌクレオチド治療として使用するためのpBHT1ベクターにヒト自己抗原遺伝子をクローニングする。実施例4:IMSを、多数の自己タンパク質をコードするDNAと併用使用する多発性硬化症の動物モデルの治療ミエリンの4つの主要な要素、MBP、MAG、MOGおよびPLPをコードする完全長のcDNAを含むDNAポリヌクレオチド治療は、最初の疾患発症後に投与すると、EAE動物モデルにおける再発疾患を治療した。さらに、ミエリンDNAポリヌクレオチド治療にIL4をコードするDNAを加えると、再発速度を低下することによって治療効果はさらに増強される。しかし、再発の低下にもかかわらず、全体的な疾患の重症度は対照グループと同じである。雌SJLJマウスを、IFAおよび05mgの熱不活性化結核菌を含有するCFAに100μgのPLP139151をPBSを用いて乳化したものを皮下注射して免疫化した。免疫化の12日後の疾患発症時に、マウスの両側の四頭筋に、025ブピバカインHCLのPBS溶液の合計01mlを注射した。2日後、完全長のマウスPLP、MAG、MOGおよびMBPをコードするする4つの別個のpTARGETプラスミド各25μgプラス完全長のマウスIL4をコードする50μgのpTARGETプラスを全容量02ml中に含有するDNAカクテル混合物を、選択したマウスの両方の四頭筋に筋肉内注射した。DNAの注射は6週間毎週実施した。最初のDNAワクチン化と同じ時に、容量200μlのPBSに50μgのIMSを加えたものを単独またはDNAワクチン化と併用して腹腔内に投与した。IMSは6週間にわたり2週間ごとに投与した。未処理のマウスおよびDNAポリヌクレオチド治療プラスIL4をコードするプラスで治療したマウスと比較して、IMS単独で治療したマウスは、疾患経過全体にわたって平均疾患重症度を全体的に低下した。全体的な平均疾患重症度の低下は、マウスを、DNAカクテルIL4をIMSと併用して治療すると、有意にさらに劇的となった。EAE疾患誘導から57日後、マウスを犠牲にし、マウスの鼠径部および腋窩リンパ節を摘出し、それぞれのグループ別にプールした。細胞を単離し、10FCSを含有する富栄養化RPMI培地に10μgmlのPLP139151を加えたもので刺激した。再刺激の3日後、上清を回収し、サンドイッチELISAによってIFNγ、IL4およびIL10産生についてスクリーニングした。未治療のマウスおよびIMS単独またはDNAポリヌクレオチド治療プラスIL4との併用で治療したマウスのサイトカインプロファイルは全て、IFNγ産生が増加するTh1偏りを示した。DNAポリヌクレオチド治療プラスIMSを併用したIL4で治療したグループは、IL4およびIL10産生が増加するTh2偏りを示した。マウスに10緩衝ホルマリンを灌流し、その後脳および脊髄を切除し、さらに10緩衝ホルマリンで固定することによって、このインビボ実験の脳および脊髄を組織学的分析のために単離した。パラフィン包埋した試料をヘマトキシリンエオシンおよびルクソールファースト青染色並びにビールショウスキー含浸で染色した。表2に要約するように、髄膜および実質における炎症性病巣の総数並びに脱髄病巣の数は、対照グループと比較してIMS治療グループでは有意に低かった。DNAポリヌクレオチド治療およびIL4プラスCpGで治療したマウスにおける髄膜および実質における炎症性病巣の総数並びに脱髄病巣の数は、対照グループと比較して有意に高かった。DNAポリヌクレオチド治療およびIL4で治療したグループの炎症性病巣の総数および脱髄病巣の数は減少が見られた。炎症性病巣の数および脱髄病巣の数は、DNAポリヌクレオチドおよびIL4プラスIMSで治療したグループではさらに低下した。表3図11において治療したマウスから57日目に採取した血清試料を、疾患と対照試料のミエリン自己抗体応答の特異性の大規模プロファイリングを可能にする新規タンパク質マイクロアレイ技術によって分析した。アレイ分析を実施し、SAMを使用して、抗原の特徴を同定し、整理するための階層的なクラスター分析を作製した。図13では、対照マウス並びにIMS単独で治療したマウスおよびDNAポリヌクレオチド治療およびIL4で治療したマウスと比較して、DNAポリヌクレオチド治療およびIL4プラスCpGを用いた治療によって、ミエリン自己抗体エピトープの拡散に有意な増加が見られた。DNAポリヌクレオチド治療およびIL4プラスIMSによる治療は、ミエリン自己抗体エピトープの拡散をさらに増加した。このインビボ実験を反復し、同様の結果を得た。図14Aでは、急性EAEのピーク時に、マウスを50μg用量のIMSまたはCpGで2週間ごとに治療した。57日の経過にわたって、PBS治療したマウスおよびCpGで治療したマウスと比較して、IMSで治療したマウスにおいて全体的な平均疾患の重症度の有意な低下が見られた。図14Bでは、急性EAEのピーク時に、マウスを、DNAポリヌクレオチド治療およびIL4、DNAポリヌクレオチド治療およびIL4プラスCpGまたはDNAポリヌクレオチド治療およびIL4プラスIMSを毎週注射して治療した。57日の経過にわたって、DNAポリヌクレオチド治療およびIL4プラスCpGで治療したマウスの全体的な疾患の重症度はPBS治療マウスと同じであった。PBS治療マウスと比較したとき、DNAポリヌクレオチド治療およびIL4で治療したマウスにおける全体的な平均疾患重症度の有意な低下が見られた。DNAポリヌクレオチド治療およびIL4プラスIMSで治療したマウスでは、全体的な平均疾患の重症度はさらに低下した。実施例5:IMSと、自己タンパク質インスリンをコードするDNAと併用使用するインスリン依存性糖尿病の治療非肥満性糖尿病マウスは、自然発症的な自己免疫性糖尿病を発症し、ヒトインスリン依存性糖尿病の多数の臨床的、免疫学的および組織病理学的特徴を有する。この疾患は、膵臓のランゲルハンス島の炎症およびベータ細胞の破壊を生じ、高血糖および顕性の糖尿病を生じる。糖尿病を発症させるためにはCD4およびCD8T細胞が必要である。インスリン、IA2およびグルタミン酸脱炭酸酵素を含むいくつかの自己抗原に対する反応性が同定されている。自己タンパク質インスリンをコードするDNAを併用したIMS治療の効果は侵襲性膵島炎中であるが、IDDMが完全に発症する前に見られた。7週齢のNODLt雌マウスを入手し、立ち入りを制限した飼育質で飼育した。ワンタッチウルトラブラッドグルコースモニタリングシステムを使用して、血中グルコール濃度の上昇について10週齢から毎週マウスを試験した。BGLが200~250mgdlになったとき治療を開始した。マウスは、15週齢から開始して、利用可能になったら各グループに逐次的に追加した。PBSに025ブピバカインHCLを加えたもの合計02mlをマウスの両側の四頭筋に注射した。2日後、マウスの両側の四頭筋に、50μg用量のpVAX1ベクターまたは完全長のマウスプレプロインスリン1、プレプロインスリン2およびIL4をコードする3つの別個のpVAX1プラスミド各50μgを合計容量02mlのPBSに含有するDNAカクテル混合物を筋肉内注射した。注射は4週間にわたって毎週実施した。最初のDNA治療と同じ時に、容量200μlのPBSに50μgのIMSを加えたものを単独またはDNAワクチン化と併用して腹腔内に投与した。IMSは4週間にわたり毎週投与した。糖尿病の割合は、BGLが持続的に250mgdlを超えるマウスと規定される。4回の治療注射後、各グループの生存率が観察された。9週まででは、対照グループの生存率は10であり、IMS単独グループの生存率は20であり、プラスミド単独グループの生存質は54であり、DNAポリヌクレオチドプラスIL4の併用の生存率は45であり、DNAポリヌクレオチドプラスIL4およびIMSの併用の生存率は73であった。それぞれの治療プロトコールに対するマウスの週齢を比較すると、IMS単独を投与したマウスは、29週まででは糖尿病の発現頻度が800であった。空のpVAX1プラスミドを投与したマウスは糖尿病の発現頻度は454であった。自己抗原をコードするDNAポリヌクレオチドおよびサイトカインIL4並びに免疫調節配列の併用で治療したマウスは、29週までに未処理のグループにおける糖尿病の発現頻度が90であることに比較して、糖尿病の発現頻度はわずか273であった。この実験では、DNAプラスミドは筋肉内注射したが、IMSは腹腔内注射しており、DNAプラスミドとIMSは異なる細胞集団を標的としていたことを強く示唆している。さらに、NODマウスはこの検討ではISSに接触させなかった。合わせて考慮すると、この予測されなかった驚くべき結果は、IMSが自然発症した自己免疫疾患を効果的に治療することを実証している。追加の治療グループを含めてこの検討を繰り返し、治療経過は8週間毎週に変更した。治療グループは、1PBS治療、2200μg用量の空pVAX1プラスミド、350μg用量のIMSの筋肉内投与、4空pVAX1プラスミドプラスIMSの組み合わせ、5DNAポリヌクレオチドの組合せ、6DNAポリヌクレオチドプラスIMSの組合せ、7DNAポリヌクレオチドプラスIL4の組合せ、8DNAポリヌクレオチドプラスIL4プラスIMSの組合せ、9DNAポリヌクレオチドプラスIL4およびIMSの別個の腹腔内注射の組合せであった。図16に示すように、核グループの生存率は、1PBS治療、2空pVAX1プラスミド、3IMSの筋肉内投与、4空pVAX1プラスミドプラスIMSの組み合わせ、5DNAポリヌクレオチドの組合せ、6DNAポリヌクレオチドプラスIMSの組合せ、7DNAポリヌクレオチドプラスIL4の組合せ、8DNAポリヌクレオチドプラスIL4プラスIMSの組合せ、9DNAポリヌクレオチドプラスIL4およびIMSの別個の腹腔内注射の組合せであった。実施例6:IMSと、自己タンパク質II型コラーゲン全体およびIL4をコードするDNAを併用して使用する、コラーゲン誘導性関節炎の治療マウスコラーゲン誘導性関節炎は、関節リウマチの動物モデルである。CIAは、遺伝的に罹患しやすい株のマウスに、全II型コラーゲンを完全フロイントアジュバントに乳化したものを注射することによって誘発した。可動性の関節の軟骨の主要な構成タンパク質であるCIIは、RAの主な炎症部位である。得られる重症の多発関節炎は、滑膜炎ならびにRAに組織学的に類似している軟骨および骨の慢性びらんによって特徴づけられる6666681980。RAと同様に、齧歯類におけるCIAの罹患しやすさは、特定の主要組織適合性抗原複合体クラスII分子。自己タンパク質である全II型コラーゲンおよびIL4をコードするDNAを併用したIMS治療の効果を検討した。20匹の6週齢の雄DBA1マウスのグループに、PBSに025ブピバカインHCLを加えたもの合計02mlを両側の四頭筋に筋肉内注射した。2日後、マウスに、示したDNAワクチンの各々の50μg用量を両側の四頭筋に筋肉内注射し、最初のDNAワクチン化と同じときに、50μgのIMSを200μlのPBSに加えたものを腹腔内投与した。治療グループは:1PBSのみ、2pTargetプラスミドおよびpTargetに組込んだIL4、3pTargetプラスミドおよびpTargetに組込んだIL4プラスIMS、4pTargetに組込んだ全CIIおよびpTargetに組込んだIL4、5pTargetに組込んだ全CIIおよびpTargetに組込んだIL4プラスIMSであった。完全フロイントアジュバントにCIIを乳化したものでCIAを誘発する14日前および7日前に治療を行った。CIAの誘発から1週間後にマウスに3回目のDNA寛容ワクチン投与およびまたはIMS投与を行った。2週間後に、不完全フロイントアジュバントにCIIを乳化したものを用いてマウスに追加免疫投与した。CurrentProtocolsinImmunologyに記載されている目視によるスコアリングシステムを使用して関節炎をスコアリングした。全II型コラーゲンをコードするDNAプラスIL4をコードするDNAを用い、IMSを併用しておよびIMSを併用しないで治療したマウスは、DNAワクチンベクターIL4を用い、IMSを併用しておよびIMSを併用しないで治療した対照グループと比較して、関節炎の平均重症度が有意に低下した。全体の疾患発現頻度の割合を全てのグループにおいて比較した。変性全CIIに対するT細胞の増殖は、全ての治療グループにおいてCII反応性T細胞の存在を示した。サイトカイン分析は、IMSを併用する場合および併用しない場合にDNAプラスミドを用いた治療は、IL6およびTNFα産生を抑制し、IL4産生を増加する際に大きな効果を有することを示した。2番目のインビボ実験において、IMS治療単独および自己タンパク質全II型コラーゲンをコードするDNAとの併用の効果を調査した。20匹の6週齢の雄DBA1マウスのグループに、PBSに025ブピバカインHCLを加えたもの合計02mlを両側の四頭筋に筋肉内注射した。2日後、マウスに、示したDNAワクチンの各々の50μg用量を両側の四頭筋に筋肉内注射し、最初のDNAワクチン化と同じときに、50μgのIMSを200μlのPBSに加えたものを腹腔内投与した。治療グループは:1PBSのみ、2IMSのみおよび3pTargetに組込んだ全CIIプラスIMSであった。完全フロイントアジュバントにCIIを乳化したものでCIAを誘発する14日前および7日前に治療を行った。CIAの誘発から1週間後にマウスに3回目のDNA寛容ワクチン投与およびまたはIMS投与を行った。CurrentProtocolsinImmunologyに記載されている目視によるスコアリングシステムを使用して関節炎をスコアリングした。IMS治療単独は、対照グループおよび全CIIとIMSの併用で治療したグループと比較して、関節炎の平均重症度が有意に低下し、疾患の発現頻度が低下した。実施例7:IMSは初代B細胞に対するCpGの刺激作用を遮断する初代成熟B細胞では、CpGDNAは、免疫グロブリン産生およびB細胞増殖を増幅することによって、特異的な抗原の存在下において同時刺激因子として機能することが示されている。ヤギ抗マウスIgGおよびIgM重鎖および軽鎖特異的抗体を使用し、担体タンパク質としてヤギγグロブリンを用いる標準的なB細胞パニング技法によって初代B細胞を脾臓から単離し、B220細胞が純度97であることをFACScan分析で求めた。初代B細胞を、5μgmlの示すオリゴと共に72時間培養した。LPSは100ngmlの濃度で同時培養した。培養の最後の16時間にウェルに1μCi3HTdRを加えてパルス標識してから、組込まれた放射能を測定した。各データ点は、トリプリケートで実施したウェルの平均SDを示す。図21に図示するように、濃縮B細胞増殖アッセイは、CpGは着実な増殖を生じることができるが、IMSは成熟B細胞に対するCpGODNの作用を抑制することができることを確認した。B細胞をLPSおよびCpGODNと共に同時培養すると、IMSの添加によって抑制されるが、対照オリゴによって抑制されないさらなる増殖作用を有すると思われた。サイトカイン分析は、CpGODNによるIL6、IFNγ、IL10およびIL12の産生の増加は、IMSの添加によって効果的に低下されることを示した。実施例8:IMS単独および細胞内高分子に対する自己タンパク質をコードするDNAとの併用を使用する全身性エリテマトーデスの治療ヒト狼瘡と多数の特徴を共有する自然発症型および誘導型狼瘡様疾患のいくつかのマウスモデルがある。これらには、自然発症型ニュージーランドハイブリッドモデル、自然発症型MRLlprlprモデルおよびプリスタン誘導性Balbcモデルが挙げられる。ヌクレオソーム、DNAおよび核内低分子リボ核タンパク質などの細胞内高分子に対する自己抗体の産生は、組織損傷および糸球体腎炎の発病機序に重要な役割を果たしている。IMS治療単独および自己タンパク質である核内低分子リボ核タンパク質U1AまたはU1CをコードするDNAとの併用の効果をBalbc雌マウスにおいて試験した。10匹の6週齢の雌Balbcマウスのグループに、PBSに025ブピバカインHCLを加えたもの合計02mlを両側の四頭筋に筋肉内注射した。2日後、マウスに、示したDNAワクチンを両側の四頭筋に筋肉内注射した;1pTargetプラスミド;2pTargetに組込んだU1Aプラス空pTarget;3pTargetに組み込んだU1Cプラス空pTarget;および4U1AとU1Cの併用。最初のDNAワクチン化と同じ時に、容量200μlのPBSに50μgのIMSまたはCpGを加えたものを単独またはDNAワクチン化と併用して腹腔内に投与した。注射は2週間にわたり毎週投与した。SLEの誘発は、05mlのプリスタンを腹腔内に単回注射することによった。次いで、SLE誘導の1週間後に、マウスに3回目のDNA寛容ワクチン投与およびまたはオリゴ投与を行った。同じ治療法の毎月の注射を合計9ヶ月間継続する予定である。SLEの進行は、尿中タンパク質レベルを毎月モニタリングすることによって評価する。実験の終了時に、腎組織損傷を、ヘマトキシリンおよびエオシン、過ヨウ素酸シッフ、トリクロムおよび銀ベースのレチクリン染色による組織染色によって評価する。腎臓の病変は、メサンギウムの過形成、メサンギウム基質の増加、小葉の強調化並びにIgGおよびC3の染色程度についてスコアリングする。IMS治療単独並びに自己タンパク質である核内低分子リボ核タンパク質U1A、U1CおよびU170並びにヌクレオソームヒストンH2BおよびH3をコードするDNAとの併用の効果をMRLMpJFASlpr雌マウスにおいて試験した。10匹の6週齢の雌MRLMpJFASlprマウスのグループに、PBSに025ブピバカインHCLを加えたもの合計02mlを両側の四頭筋に筋肉内注射した。2日後、マウスに、示したDNAワクチンの各々50μg用量を両側の四頭筋に3週間筋肉内注射した。ベクターpBHT1は実施例3に記載されている。最初のDNAワクチン化と同じ時に、容量200μlのPBSに50μgのIMSまたはCpGを加えたものを単独またはDNAワクチン化と併用して腹腔内に投与した。マウスに、DNA寛容ワクチン投与およびまたはオリゴ投与を月2回以上注射した。SLEの進行は、尿中タンパク質レベルを毎月モニタリングすることによって評価する。実験の終了時に、腎組織損傷を、ヘマトキシリンおよびエオシン、過ヨウ素酸シッフ、トリクロムおよび銀ベースのレチクリン染色による組織染色によって評価する。腎臓の病変は、メサンギウムの過形成、メサンギウム基質の増加、小葉の強調化並びにIgGおよびC3の染色程度についてスコアリングする。IMS治療単独および自己タンパク質ヌクレオソームヒストンH2BまたはH3をコードするDNAとの併用の効果をF1ハイブリッド雌マウスにおいて試験する。10匹の6月齢の雌F1ハイブリッドマウスのグループに、PBSに025ブピバカインHCLを加えたもの合計02mlを両側の四頭筋に筋肉内注射した。2日後、マウスに、示したDNAワクチンの各々50μg用量を両側の四頭筋に3週間筋肉内注射した。最初のDNAワクチン化と同じ時に、容量200μlのPBSに50μg用量のIMSまたはCpGを加えたものを単独またはDNAワクチン化と併用して腹腔内に投与した。SLEの進行は、尿中タンパク質レベルを毎月モニタリングすることによって評価する。実験の終了時に、腎組織損傷を、ヘマトキシリンおよびエオシン、過ヨウ素酸シッフ、トリクロムおよび銀ベースのレチクリン染色による組織染色によって評価する。腎臓の病変は、メサンギウムの過形成、メサンギウム基質の増加、小葉の強調化並びにIgGおよびC3の染色程度についてスコアリングする。実施例9:IMS単独および自己タンパク質ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体およびIL4をコードするDNAとの併用を使用する原発性胆汁性肝硬変の治療原発性胆汁性肝硬変は、CD4T細胞媒介性の自己免疫性慢性胆汁うっ滞性肝疾患である。実験的自己免疫性胆管炎は、自己抗原、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体で感作したSJLマウスの小肝内胆管の下層の胆管上皮細胞のPBC様病変を作製する動物疾患である。IMS単独および自己タンパク質であるPDCのジヒドロリポアミドアセチルトランスフェラーゼおよびE3結合タンパク質要素をコードするDNAとの併用の効果をSJLJ雌マウスにおいて試験した。15匹の8週齢のSJLJマウスのグループに、PBSに025ブピバカインHCLを加えたもの合計02mlを両側の四頭筋に筋肉内注射した。2日後、マウスに、示したDNAワクチンの各々50μg用量を両側の四頭筋に週3回筋肉内注射した。最初のDNAワクチン化と同じ時に、容量200μlのPBSに50μgのIMSまたはCpGを加えたものを単独またはDNAワクチン化と併用して腹腔内に投与した。マウスは、株H37RAを含有するCFAでPDCE2ペプチドGDLLAEIETDKATIを11の割合で乳化したものを、200μlを腹腔内に単回注射して誘導した。感作の30週後にEACを評価する。HE染色した肝臓切片を、壊死炎症反応および胆管損傷を形態学的に評価するために使用する。実施例10:自己免疫疾患を調節することが予測される追加のIMSオリゴヌクレオチドのスクリーニングさらに別のIMSオリゴヌクレオチドは、自己免疫疾患の経過を変更する際に同様の効果または改善された効果を有することが予測される。これらの追加のIMSオリゴヌクレオチドの配列は、以前に記載されているIMSオリゴヌクレオチドを用いて得られた効果のデータに基づいている。同様の効果または改善された効果を有することが予測される追加のIMSは以下のパターン:を表し、Yはピリミジンを表し、αおよびβはCpGまたは非CpGジヌクレオチドであるをとる。コンセンサスが、齧歯類系において最もアクティブであると報告されているものに準拠するとき、これらのオリゴヌクレオチドは齧歯類アッセイにおいて最も着実な効果を有することが予測される。これらのIMSオリゴヌクレオチドの完全なリストを表4に掲載する。表においてIはイノシンを表す。同様に、同様の効果または改善された効果を有することが予測される追加のIMSオリゴヌクレオチドは以下のパターン:を表し、Yはピリミジンを表し、αおよびβはGpGまたは非GpGジヌクレオチドであるをとる。コンセンサスが、ヒト系において最もアクティブであると報告されているものに準拠するとき、これらのオリゴヌクレオチドはヒトアッセイにおいて最も着実な効果を有することが予測される。これらのIMSオリゴヌクレオチドの完全なリストを表5に掲載する。表においてIはイノシンを表す。全てのオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの安定性を増加するために、ありとあらゆるヌクレオチドにホスホチオエート骨格を用いて合成する。これらのオリゴヌクレオチドは、免疫細胞活性化に対する影響についてインビトロアッセイによって個別にスクリーニングする。これらのスクリーニングには、細胞増殖アッセイ、サイトカイン分泌プロファイルおよびFACSによる細胞表面マーカー発現の分析が挙げられる。次いで、抑制性免疫作用を示す候補IMSオリゴヌクレオチドを、免疫調節作用についてインビボアッセイを使用してアッセイする。これらのインビボアッセイには、動物および自己免疫疾患モデルにIMSオリゴヌクレオチドを投与した後に上記の活性化パラメーターによって免疫細胞を分析することが挙げられる。表4および表5には、コアヘキサマー周囲の5および3隣接配列の例を示す。このコアヘキサマーを囲む追加の隣接配列は、隣接配列を任意の長さの任意のヌクレオチド配列と置換することによって作製される。これは以下の配列:で表される。具体的な例には、以下のオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない:表4表5先の実施例は、本発明を実施するための具体的な態様である。例は例示的な目的のためだけに提供されており、いかなる意味においても本発明の範囲を限定する意図のものではない。本発明の他の形態は当業者に容易に明らかであり、添付の特許請求の範囲に含まれる。本明細書に引用されている全ての文献、特許、特許出願および他の参照文献はに参照として本明細書に組み入れられている。