"少なくとも1つのヌクレオシド、及び又は下記式:式中、R1は、HOH親水性基、又は疎水性基であり;Bは、少なくとも1つの単素環式環、少なくとも1つの複素環式環、少なくとも1つのアリール基、又はそれらの組合せであり;BGは、ブロッキング基であり;ZはO又はCH2であり;そしては、単又は二重結合を表わすを含んで成る少なくとも1つのヌクレオチドを含んで成り;ここで前記ヌクレオシド及び又はヌクレオチドがラベルされており;そして前記ヌクレオシド及び又はヌクレオチドがまた、G46EE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EL329AE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EE678GCS6DNAポリメラーゼ、ΔZ05Rポリメラーゼ、E615GTaqDNAポリメラーゼ、サーマスフラバスThermusflavusポリメラーゼ、TMA25ポリメラーゼ、TMA30ポリメラーゼ、TthDNAポリメラーゼ、サーマス種ThermusspeciesSPS17ポリメラーゼ、E615GTaqポリメラーゼ、サーマスZ05Rポリメラーゼ、T7DNAポリメラーゼ、KornbergDNAポリメラーゼI、KlenowDNAポリメラーゼ、TaqDNAポリメラーゼ、ミクロコッカルMicrococcalDNAポリメラーゼ、αDNAポリメラーゼ、逆転写酵素、AMV逆転写酵素、MMuLV逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、EコリEcoliRNAポリメラーゼ、SP6RNAポリメラーゼ、T3RNAポリメラーゼ、T4DNAポリメラーゼ、T7RNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼII、末端トランスフェラーゼ、ポリヌクレオチドホスホリラーゼ及びリボヌクレオチド組込みDNAポリメラーゼから成る群から選択された1又は複数のヌクレオチド組込み生触媒により非延長性にされる組成物。前記Bが、下記式:式中、X1及びX2は、CH及びNから独立して選択され;R2は、HOH又はNR4R5であり;R3は、HOH又はNR6R7であり;R4及びR5は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択され;そしてR6及びR7は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、X1及びX2は、CH及びNから独立して選択され;R2は、O又はSであり;R3は、HOH又はNR4R5であり;そしてR4及びR5は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、R2は、HOH又はNR4R5であり;R3は、HOH又はNR6R7であり;R4及びR5は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択され;そしてR6及びR7は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、XはCH又はNであり;R2及びR3は、HOH及びNHR4から独立して選択され;R4は、H、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せであり;そしてR5は、OHNH2SHハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はそれらの組合せであるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、Xは、CH又はNであり;R2は、O又はSであり;R3は、HOH又はNHR4であり;R4は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せであり;そしてR5は、OHNH2SHハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はそれらの組合せであるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、X1及びX2は、CH及びNから独立して選択され;R2は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択され;そしてR3は、O又はSであるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択され;そしてR4及びR5は、HNH2SHOH、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択され;そしてR4は、HNH2SHOH、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択されるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択されるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、下記式:式中、R2は、O又はSであり;R3及びR4は、HNH2、SH、OH、COOH、COOCH3、COOCH2CH3、CHO、NO2、CN、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基及びそれらの組合せから独立して選択される;そしてR5は、アルキル基、アルコキシ基、アルケニル基、アルケノキシ基、アルキニル基、アルキノキシ基、アリール基、アリールオキシ基、ベンジル基、ベンジルオキシ基、又はそれらの組合せであるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記BGが、負に荷電された基である請求項1記載の組成物。前記BGが、大きな基である請求項1記載の組成物。BGが、CN、NO2、N3、シリル基、ハロ基、アルコール基、エーテル基、アルデヒド基、酸基、エステル基、アミノ基及びそれらの組合せから成る群から選択される請求項1記載の組成物。BGが、下記式:式中、Xは、O、S、NR3、CR3R4、又はSiR3R4であり;Yは、CR5R6R7、SiR5R6R7、OR5、SR5、又はNHR5であり;R2は、H、OH、NHR8、SR8、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基、アルコキシ基、又はそれらの組合せであり;そしてR3R4R5R6R7及びR8は、H、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基又はそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項1記載の組成物。BGが、下記式:式中、Xは、CR3R4R5、SiR3R4R5、OR3、SR3、又はNHR3であり;R2は、HOHNHR6SR6アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基、アルコキシ基又はそれらの組合せであり;そしてR3R4R5及びR6は、H、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基又はそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項1記載の組成物。前記Bが、前記ラベルを含んで成るか、又は前記ラベルに結合される請求項1記載の組成物。前記ヌクレオシド及び又はヌクレオチドの糖成分が、前記ラベルを含んで成るか、又は前記ラベルに結合される請求項1記載の組成物。前記BGが、前記ラベルを含んで成るか、又は前記ラベルに結合される請求項1記載の組成物。リンカーが、前記ラベルを含んで成るか、又は前記ヌクレオシド及び又はヌクレオチドに前記ラベルを結合する請求項1記載の組成物。前記ヌクレオチドが、2’-一リン酸-3’-ヒドロキシル-5’-三リン酸ヌクレオシドを含んで成る請求項1記載の組成物。前記ヌクレオチド組込みを触媒の少なくとも1つが、延長されたプライマー核酸の末端で前記ヌクレオチドを組み込む延長されたプライマー核酸を生成するためにプライマー核酸を延長することができる請求項1記載の組成物。前記ヌクレオチドが、前記5’位置で結合される少なくとも1つのリン酸基を含んで成る請求項1記載の組成物。前記ヌクレオチドが、前記5’位置で結合される少なくとも2個のリン酸基を含んで成る請求項23記載の組成物。前記ヌクレオチドが、前記5’位置で結合される少なくとも3個のリン酸基を含んで成る請求項23記載の組成物。前記ラベルが、蛍光色素、弱い蛍光ラベル、非蛍光ラベル、比色ラベル、化学ルミネセンスラベル、生物ルミネセンスラベル、放射性同位体、抗体、抗原、ビオチン、ハプテン又は酵素を含んで成る請求項1記載の組成物。前記ラベルが、ローダミン色素、フルオレセイン色素、ハロフルオレセイン色素、ジクロロローダミン色素、エネルギー移行色素、Lucifer色素、OregonGreen及びシアニン色素から成る群から選択された蛍光色素である請求項27記載の組成物。前記ラベルが、JOE、VIC、TET、HEX、FAM、R6G、R110、TAMRA及びROXから成る群から選択された蛍光色素である請求項28記載の組成物。前記ラベルが、3H、14C、22Na、32P、33P、35S、42K、45Ca、59Fe、125I及び203Hgから成る群から選択された放射性同位体である請求項27記載の組成物。前記ラベルが、少なくとも1つの質量修飾基を含んで成る請求項1記載の組成物。前記質量修飾基が、重水素、F、Cl、Br、I、S、N3、XY、CH3、SPO4、BH3、SiY3、Si3、Si2、Si2、Si3、nCH3、nNY2、CH2CONY2、nOH、CH2F、CHF2、CF3及びホスホロチオエート基から成る群から選択され、ここでXが、ONHNYSNHCOCOnCOONHCOnCOOOSO2OOCOnNHCNHOCOnSOCOSNC4O2H2SOPO又はOPであり;nが1~20の整数であり;そしてYが、H、重水素、アルキル基、アルコキシ基、アリール基、ポリオキシメチレン基、モノアルキル化されたポリオキシメチレン基、ポリエチレンイミン基、ポリアミド基、ポリエステル基、アルキル化されたシリル基、ヘテロオリゴ、ポリアミノ酸、ヘテロオリゴポリアミノ酸基、又はポリエチレングリコール基である請求項31記載の組成物。ポリマーが、前記ヌクレオシド及び又はヌクレオチドを含んで成る請求項1記載の組成物。前記ポリマーが、オリゴデオキシヌクレオチド、オリゴリボヌクレオチド、ポリデオキシヌクレオチド、ポリリボヌクレオチド、アプタマー、DNA-RNAハイブリッド、アンチセンス核酸、RNAi、分子標識、核酸プローブ、核酸プライマー、PNA、PNADNA接合体又はPNARNA接合体を含んで成る請求項33記載の組成物。1又は複数の延長可能ヌクレオチドをさらに含んで成る請求項1記載の組成物。前記延長できるヌクレオチドが、リボヌクレオチド及び又はデオキシリボヌクレオチドを含んで成る請求項35記載の組成物。前記非延長性ヌクレオチド及び延長できるヌクレオチドが、1:1又はそれ以下のモル比で存在する請求項35記載の組成物。ラベルされた非延長性ヌクレオチドの生成方法であって、ヌクレオシドの糖成分の5’-位置に少なくとも1つのリン酸基を結合し;前記ヌクレオシドの糖成分の2’-位置に少なくとも1つのブロッキング基を結合し;そして前記ヌクレオシド糖成分、ブロッキング基、及び又は塩基に少なくとも1つのラベルを結合し、それにより、ラベルされた非延長性のヌクレオチドを生成することを含んで成り、前記ヌクレオチドが、G46EE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EL329AE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EE678GCS6DNAポリメラーゼ、ΔZ05Rポリメラーゼ、E615GTaqDNAポリメラーゼ、サーマスフラバスThermusflavusポリメラーゼ、Tma25ポリメラーゼ、Tma30ポリメラーゼ、TthDNAポリメラーゼ、サーマス種ThermusspeciesSPS17ポリメラーゼ、E615GTaqポリメラーゼ、サーマスZ05Rポリメラーゼ、T7DNAポリメラーゼ、KornbergDNAポリメラーゼI、KlenowDNAポリメラーゼ、TaqDNAポリメラーゼ、ミクロコッカルDNAポリメラーゼ、αDNAポリメラーゼ、逆転写酵素、AMV逆転写酵素、MMuLV逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、EコリEcoliRNAポリメラーゼ、SP6RNAポリメラーゼ、T3RNAポリメラーゼ、T4DNAポリメラーゼ、T7RNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼII、末端トランスフェラーゼ、ポリヌクレオチドホスホリラーゼ及びリボヌクレオチド組込みDNAポリメラーゼから成る群から選択された1又は複数のヌクレオチド組込み生触媒により非延長性にされる方法。前記ラベルされた非延長性のヌクレオチドが、特異的に又は選択的に生成される請求項38記載の方法。前記ブロッキング基が、負に荷電された基である請求項38記載の方法。前記ブロッキング基が、大きな基である請求項38記載の方法。ブロッキング基が、CN、NO2、N3、シリル基、ハロ基、アルコール基、エーテル基、アルデヒド基、酸基、エステル基、アミノ基及びそれらの組合せから成る群から選択される請求項38記載の方法。前記ブロッキング基が、下記式:式中、Xは、O、S、NR3、CR3R4、又はSiR3R4であり;Yは、CR5R6R7、SiR5R6R7、OR5、SR5、又はNHR5であり;R2は、H、OH、NHR8、SR8、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基、アルコキシ基、又はそれらの組合せであり;そしてR3R4R5R6R7及びR8は、H、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基又はそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項38記載の方法。前記ブロッキング基が、下記式:式中、Xは、CR3R4R5、SiR3R4R5、OR3、SR3、又はNHR3であり;R2は、HOHNHR6SR6アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基、アルコキシ基又はそれらの組合せであり;そしてR3R4R5及びR6は、H、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基又はそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項38記載の方法。リンカーが、前記ヌクレオシドの糖成分、ブロッキング基、又は塩基の少なくとも1つに、ラベルを結合する請求項38記載の方法。前記ヌクレオチド組込みを触媒の少なくとも1つが、延長されたプライマー核酸の末端で前記ヌクレオチドを組み込む延長されたプライマー核酸を生成するためにプライマー核酸を延長することができる請求項38記載の方法。請求項38記載の方法により生成される、ラベルされた非延長性ヌクレオチド。前記ラベルが、蛍光色素、弱い蛍光ラベル、非蛍光ラベル、比色ラベル、化学ルミネセンスラベル、生物ルミネセンスラベル、放射性同位体、抗体、抗原、ビオチン、ハプテン又は酵素を含んで成る請求項38記載の方法。前記ラベルが、ローダミン色素、フルオレセイン色素、ハロフルオレセイン色素、ジクロロローダミン色素、エネルギー移行色素、Lucifer色素、OregonGreen及びシアニン色素から成る群から選択された蛍光色素である請求項48記載の方法。前記蛍光ラベルが、JOE、VIC、TET、HEX、FAM、R6G、R110、TAMRA及びROXから成る群から選択される請求項49記載の方法。前記放射性同位体が、3H、14C、22Na、32P、33P、35S、42K、45Ca、59Fe、125I及び203Hgから選択される請求項48記載の方法。前記ラベルが、少なくとも1つの質量修飾基を含んで成る請求項38載の方法。前記質量修飾基が、重水素、F、Cl、Br、I、S、N3、XY、CH3、SPO4、BH3、SiY3、Si3、Si2、Si2、Si3、nCH3、nNY2、CH2CONY2、nOH、CH2F、CHF2、CF3及びホスホロチオエート基から成る群から選択され、ここでXが、ONHNYSNHCOCOnCOONHCOnCOOOSO2OOCOnNHCNHOCOnSOCOSNC4O2H2SOPO又はOPであり;nが1~20の整数であり;そしてYが、H、重水素、アルキル基、アルコキシ基、アリール基、ポリオキシメチレン基、モノアルキル化されたポリオキシメチレン基、ポリエチレンイミン基、ポリアミド基、ポリエステル基、アルキル化されたシリル基、ヘテロオリゴ、ポリアミノ酸、ヘテロオリゴポリアミノ酸基、又はポリエチレングリコール基である請求項52記載の方法。2’-一リン酸ヌクレオシドの生成方法であって、下記式:式中、Pは、少なくとも1つのリン酸基であり;nは、0よりも大きな整数であり;R1は、HOH親水性基、又は疎水性基であり;Bは、少なくとも1つの単素環式環、少なくとも1つの複素環式環、少なくとも1つのアリール基、又はそれらの組合せであり;ZはO又はCH2であり;そしては、単又は二重結合を表わすを含んで成るヌクレオチドと、三ナトリウムトリメタホスフェートとを、2’-一リン酸ヌクレオシドを生成するための効果的な条件下で反応せしめることを含んで成る方法。前記ヌクレオチドが、2個のリン酸基を含んで成る請求項54記載の方法。前記ヌクレオチドが、3個のリン酸基を含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、X1及びX2は、CH及びNから独立して選択され;R2は、HOH又はNR4R5であり;R3は、HOH又はNR6R7であり;R4及びR5は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択され;そしてR6及びR7は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、X1及びX2は、CH及びNから独立して選択され;R2は、O又はSであり;R3は、HOH又はNR4R5であり;そしてR4及びR5は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項54記載のヌクレオシド。前記Bが、下記式:式中、R2は、HOH又はNR4R5であり;R3は、HOH又はNR6R7であり;R4及びR5は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択され;そしてR6及びR7は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、XはCH又はNであり;R2及びR3は、HOH及びNHR4から独立して選択され;R4は、H、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せであり;そしてR5は、OHNH2SHハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はそれらの組合せであるを含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、Xは、CH又はNであり;R2は、O又はSであり;R3は、HOH又はNHR4であり;R4は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せであり;そしてR5は、OHNH2SHハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はそれらの組合せであるを含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、X1及びX2は、CH及びNから独立して選択され;R2は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択され;そしてR3は、O又はSであるを含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択され;そしてR4及びR5は、HNH2SHOH、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択され;そしてR4は、HNH2SHOH、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択されるを含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択されるを含んで成る請求項54記載の方法。前記Bが、下記式:式中、R2は、O又はSであり;R3及びR4は、HNH2、SH、OH、COOH、COOCH3、COOCH2CH3、CHO、NO2、CN、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基及びそれらの組合せから独立して選択される;そしてR5は、アルキル基、アルコキシ基、アルケニル基、アルケノキシ基、アルキニル基、アルキノキシ基、アリール基、アリールオキシ基、ベンジル基、ベンジルオキシ基、又はそれらの組合せであるを含んで成る請求項54記載の方法。前記ヌクレオチド及び三ナトリウムトリメタホスフェートが、約14のpHでのアルカリ性溶液において反応される請求項54記載の方法。前記ヌクレオチド及び三ナトリウムトリメタホスフェートが、室温で反応される請求項54記載の方法。請求項54記載の方法により生成される2’-一リン酸ヌクレオシド。前記2-一リン酸ヌクレオシドが、3’-一リン酸プリンヌクレオシドを含んでなる混合物において生成される2’-一リン酸プリンヌクレオシドを含んで成り、そして前記方法がさらに、前記3’-一リン酸プリンヌクレオシドから前記2’-一リン酸プリンヌクレオシドを分離することを含んで成る請求項54記載の方法。前記2’-一リン酸プリンヌクレオシド及び3’-一リン酸プリンヌクレオシドが、液体クロマトグラフィーを用いて、お互い分離される請求項71記載の方法。前記2-一リン酸ヌクレオシドを、少なくとも1つのラベルによりラベリングすることをさらに含んで成る請求項54記載の方法。前記ラベルが、前記2’-一リン酸ヌクレオシドのBに結合される請求項73記載の方法。前記ラベルが、前記2’-一リン酸ヌクレオシドの糖成分に結合される請求項73記載の方法。前記ラベルが、前記2’-一リン酸ヌクレオシドの2’-一リン酸に結合される請求項73記載の方法。前記リンカーが、前記ラベルを前記2’-一リン酸ヌクレオシドに結合する請求項73記載の方法。前記ラベルが、蛍光色素、弱い蛍光ラベル、非蛍光ラベル、比色ラベル、化学ルミネセンスラベル、生物ルミネセンスラベル、放射性同位体、抗体、抗原、ビオチン、ハプテン又は酵素を含んで成る請求項73記載の方法。前記ラベルが、ローダミン色素、フルオレセイン色素、ハロフルオレセイン色素、ジクロロローダミン色素、エネルギー移行色素、Lucifer色素、OregonGreen及びシアニン色素から成る群から選択された蛍光色素である請求項78記載の方法。前記蛍光色素が、JOE、VIC、TET、HEX、FAM、R6G、R110、TAMRA及びROXから成る群から選択される請求項79記載の方法。前記ラベルが、放射性同位体を含んで成る請求項73記載の方法。前記放射性同位体が、3H、14C、22Na、32P、33P、35S、42K、45Ca、59Fe、125I及び203Hgから成る群から選択される請求項81記載の方法。前記ラベルが、少なくとも1つの質量修飾基を含んで成る請求項73記載の方法。前記質量修飾基が、重水素、F、Cl、Br、I、S、N3、XY、CH3、SPO4、BH3、SiY3、Si3、Si2、Si2、Si3、nCH3、nNY2、CH2CONY2、nOH、CH2F、CHF2、CF3及びホスホロチオエート基から成る群から選択され、ここでXが、ONHNYSNHCOCOnCOONHCOnCOOOSO2OOCOnNHCNHOCOnSOCOSNC4O2H2SOPO又はOPであり;nが1~20の整数であり;そしてYが、H、重水素、アルキル基、アルコキシ基、アリール基、ポリオキシメチレン基、モノアルキル化されたポリオキシメチレン基、ポリエチレンイミン基、ポリアミド基、ポリエステル基、アルキル化されたシリル基、ヘテロオリゴ、ポリアミノ酸、ヘテロオリゴポリアミノ酸基、又はポリエチレングリコール基である請求項83記載の方法。発明の詳細な論議:1定義:本発明を詳細に記載する前、本発明が、もちろん変化することができる、特定の組成物又は方法に制限されないことは、理解されるべきである。本明細書に使用される用語は、特定の態様のみの記載のためであり、そして制限を意図するものではないことがまた、理解されるべきである。さらに、特にことわらない限り、本明細書に使用されるすべての技法及び科学用語は、当業者により通常理解されるのと同じ意味を有する。本発明の記載においては、次の用語法及びその分法的変形が、下記に示される定義に従って使用されるであろう。用語核酸とは、ヌクレオチド例えば、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、2’-ターミネーターヌクレオチド、ジデオキシヌクレオチド、等、及び線状又は枝分かれされた態様で、一緒に共有結合されるそのようなヌクレオチドを含んで成るポリマー例えば、デオキシリボ核酸DNA、リボ核酸RNA、DNA-RNAハイブリッド、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、遺伝子、cDNA、アプタマー、アンチセンス核酸PNA、PNA-DNA接合体、PNA-RNA接合体、等を意味する。核酸は典型的には、一本鎖又は二本鎖であり、そして一般的にホスホジエステル結合を含むが、但し本明細書に概略されるように、いくつかの場合、他の主鎖、例えば次のものを包含する但し、それらだけには限定されない核酸類似体も包含される:ホスホラミドBeaucageなどTetrahedron491925及びそこにおける引例LetsingerJOrgChem353800SprinzlなどEurJBiochem81579LetsingerなどNuclAcidsRes143487SawaiなどChemLett805LetsingerなどJAmChemSoc1104470及びPauwelsなどChemicaScripta261419、ホスホロチオエートMagなどNucleicAcidsRes191437及びアメリカ特許第5644048号、ホスホロジチオエートBriuなどJAmChemSoc1112321、O-メチルホスホロアミジット連鎖EcksteinOligonucleotidesandAnaloguesAPracticalApproachOxfordUniversityPressを参照のこと、及びペプチド核酸主鎖及び連鎖EgholmJAmChemSoc1141895MeierなどChemIntEdEngl311008NielsenNature365566CarlssonなどNature380207を参照のことそれらの文献は、引用により本明細書に組み込まれる。他の核酸類似体は、正に荷電された主鎖DenpcyなどProcNatlAcadSciUSA926097;非イオン性主鎖アメリカ特許第5386023号第5637684号第5602240号第5216141号及び第4469863号AngewChemIntlEdEnglish30423LetsingerなどJAmChemSoc1104470LetsingerなどNucleosideNucleotide131597Chapters2and3ASCSymposiumSeries580CarbohydrateModificationsinAntisenseResearchEdYSSanghviandPDanCookMesmaekerなどBioorganicMedicinalChemLett4395JeffsなどJBiomolecularNMR3417TetrahedronLett37743、及び非-リボース主鎖を有するそれら、例えば引用により本明細書に組込まれる、アメリカ特許第5235033号及び第5034506号及びChapters6and7ASCSymposiumSeries580CarbohydrateModificationsinAntisenseResearchEdYSSanghviandPDanCookに記載されるそれらを包含する。1又は複数の炭素環式糖を含む核酸はまた、核酸の定義内に包含されるJenkinsなどChemSocRevppl69176を参照のこと。いくつかの核酸類似体はまた、引用におより本明細書に組み込まれる、RawlsCENewsJun21997page35に記載される。リボース-リン酸主鎖のそれらの修飾は、追加の成分、例えばラベルの付加を促進するために、又は生理学的環境におけるそのような分子の安定性及び半減期を変更するために行われ得る。核酸に典型的に見出されるそれらの天然に存在する複素環式塩基例えば、アデニン、グアニン、チミン、シトシン及びウラシルの他に、核酸類似体はまた、天然に存在しない複素環式塩基を有するそれらも包含し、それらの多くは、本明細書に記載されているか、又は他方では、言及されている。特に、多くの天然に存在しない塩基はさらに、例えばSeelaなどHelvChimActa741790GreinなどBioorgMedChemLett4971976及びSeelaなどHelvChimActa821640引用により本明細書に組込まれるに記載されている。さらに例示するために、溶融温度Tm調節体として作用するヌクレオチドに使用される一定の塩基が任意には包含される。例えば、それらのいくつかは、7-デアザプリン例えば、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、等、ピラゾロ3,4-dピリミジン、プロピニル-dN例えば、プロピニル-dU、プロピニル-dC等、及び同様のものを包含する。例えば、引用により本明細書に組み込まれる、1999年11月23日に発行された、SYNTHESISOF7DEAZA2DEOXYGUANOSINENUCLEOTIDESの表題のアメリカ特許第5990303号を参照のこと。他の代表的な複素環式塩基は、ヒポキサンチン、イノシン、キサンチン;2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、2-アミノ-6-クロロプリン、ヒポキサンチン、イノシン及びキサンチンの8-アザ誘導体;アデニン、グアニン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、2-アミノ-6-クロロプリン、ヒポキサンチン、イノシン及びキサンチンの7-デアザ-8-アザ誘導体;6-アザシトシン;5-フルオロシトシン;5-クロロシトシン;5-ヨードシトシン;5-ブロモシトシン;5-メチルシトシン;5-プロピニルシトシン;5-ブロモビニルウラシル;5-フルオロウラシル;5-クロロウラシル;5-ヨードウラシル;5-ブロモウラシル;5-トリフルオロメチルウラシル;5-メトキシメチルウラシル;5-エチニルウラシル;5-プロピニルウラシル及び同様のものを包含する。ヌクレオシドとは、糖成分例えば、リボース糖、等、糖成分の誘導体、又は糖成分の機能的同等物例えば、類似体、例えば炭素環式環に共有結合される塩基又は塩基性基例えば、少なくとも1つの単素環式環、少なくとも1つの複素環式環、少なくとも1つのアリール基、及び又は同様のものを含んで成るを含んで成る核酸成分を意味する。例えば、ヌクレオシドが糖成分を含む場合、塩基は典型的には、その糖成分の1’-位置に結合される。上記に記載されるように、塩基は、天然に存在するか例えば、プリン塩基、例えばアデニンA又はグアニンG、ピリミジン塩基、例えばチミンT、シトシンC又はウラシルU、又は天然に存在しない例えば、7-デアザプリン塩基、ピラゾロ3,4-dピリミジン塩基、プロピニル-dN塩基、等。典型的なヌクレオシドは、リボヌクレオシド、デオキシリボヌクレオシド、ジデオキシリボヌクレオシド、炭素環式ヌクレオシド、等を包含する。ヌクレオチドとは、ヌクレオシドのエステル、例えばヌクレオシドのリン酸エステルを意味する。例えば、ヌクレオチドは、ヌクレオシドの糖成分の5’位置に共有結合される、1,2,3又はそれ以上のリン酸基を含むことができる。プリンヌクレオチドとは、プリン塩基を含んで成るヌクレオチドを意味し、そしてピリミジンヌクレオチドとは、ピリミジン塩基を含んで成るヌクレオチドを意味する。オリゴヌクレオチドは、少なくとも2個のヌクレオチド、典型的には3個よりも多くのヌクレオチド及びより典型的には10個よりも多くのヌクレオチドを含む核酸を意味する。オリゴヌクレオチドの正確なサイズは一般的に、種々の要因、例えばオリゴヌクレオチドの究極的機能又は使用に依存する。オリゴヌクレオチドは任意には、いずれかの適切な方法、例えば適切な配列のクローニング及び制限消化、又は1つの方法、例えば当業界において知られている他の方法の中で、NarangなどMethEnzvmol689099のホスホトリエステル方法;BrownなどMethEnzymol68109151のホスホジエステル方法;BeaucageなどTetrahedronLett2218591862のジエチルホスホラミジット方法;MatteucciなどJAmChemSoc10331853191のトリエステル方法;自動化された合成方法;又はアメリカ特許第4458066号の固体支持方法による直接的な化学合成により調製される前記文献は、引用により本明細書に組込まれる。プライマー核酸とは典型的には、鋳型にハイブリダイズし、そして適切な反応条件下で、例えばヌクレオチド組込み生触媒、例えば熱安定性ポリメラーゼを用いて、鎖延長又は拡張を可能にする核酸である。プライマー核酸は典型的には、天然又は合成オリゴヌクレオチド例えば、一本鎖オリゴデオキシリポヌクレオチド、等である、他のプライマー核酸の長さが任意には使用されるが、それらは典型的には、15~35個のヌクレオチドの範囲である。短いプライマー核酸は一般的に鋳型核酸と十分に安定したハイブリッド複合体を形成するためには、より低い温度を使用する。鋳型核酸の副配列に対して少なくとも部分的に相補的であるプライマー核酸は、典型的には、存在する延長のための鋳型核酸とハイブリダイズするのに十分である。プライマー核酸は所望により、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的又は化学的技法により検出されるラベルを組込むことによりラベルされ得る。例示によれば、有用なラベルは、放射性同位体、蛍光色素、電子濃試薬、酵素ELISAにおいて通常使用されるような、ビオチン又はハプテン、及び抗血清又はモノクローナル抗体が利用できるタンパク質を包含する。それらの及び他のラベルの多くは、さらに本明細書に記載されており、そして又は他方では、当業界において知られている。さらに、プライマー核酸は、単に、鋳型依存性態様でヌクレオチド組込み生触媒のための基質を提供することができる。延長されたプライマー核酸とは、1又は複数の追加のヌクレオチドが付加されているか、又は他方では、組込まれている例えば、共有結合されたプライマー核酸を意味する。鋳型核酸とは、プライマー核酸がハイブリダイズされ、そして延長され得る核酸を意味する。従って、鋳型核酸は、プライマー核酸に対して少なくとも部分的に相補的である副配列を包含する。鋳型核酸は、実質的にいずれかの源に由来することができる。例示すると、鋳型核酸は任意には、例えば培養された微生物、培養されていない微生物、複雑な生物学的混合物、組織、血清、プールされた血清又は組織、多くの種の集合体、古代の、化石化された又は他の非生存性生物学的残骸、環境単離物、土壌、地下水、廃棄施設、深海環境物、又は同様のものから誘導されるか、又は単離される。さらに、鋳型核酸は任意には、例えば個々のcDNA分子、クローン化されたcDNA組、cDNAライブラリー、抽出されたRNA、天然のRNA、インビトロ転写されたRNA、特徴づけられているか又は特徴づけられていないゲノムDNA、クローン化されたゲノムDNA、ゲノムDNAライブラリー、酵素的にフラグメント化されたDNA又はRNA、化学的にフラグメント化されたDNA又はRNA、物理的にフラグメント化されたDNA又はRNA、又は同様のものを包含するか、又はそれらから誘導される。鋳型核酸はまた、当業界において知られている技法を用いて、化学的に合成され得る。さらに、鋳型核酸は任意には、遺伝子の少なくとも一部に対応するか、又はそれらに対して相補的である。本明細書において使用される場合、遺伝子とは、生物学的機能に関連するDNAのいずれかのセグメントを意味する。従って、遺伝子は、コード配列、及び任意には、それらの発現のために必要とされる調節配列を包含する。遺伝子はまた、任意には、例えば他のタンパク質のための認識配列を形成する非発現DNAセグメントを包含する。核酸は、追加のヌクレオチド又は他の類似分子が核酸中に組込まれる場合、延長されるか又は拡張される。例えば、核酸は任意には、ヌクレオチド組込み生触媒、例えば典型的には、核酸の3’末端でヌクレオチドを付加するポリメラーゼにより延長される。延長できるヌクレオチドとは、少なくとも1つの他のヌクレオチドが、例えばその延長できるヌクレオチドがヌクレオチドポリマー中に組込まれると、ヌクレオチド組込み生触媒により触媒される反応において、付加されるか又は共有結合され得るヌクレオチドを意味する。延長できるヌクレオチドの例は、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドを包含する。延長できるヌクレオチドは典型的には、その延長できるヌクレオチドの糖成分の3’-位置でもう1つのヌクレオチドを付加することにより延長される。非延長性ヌクレオチドとは、核酸中への組込みに基づいて、例えば少なくとも1つのヌクレオチド組込みを生触媒により、核酸のさらなる延長を妨げるヌクレオチドを意味する。2’-ターミネーターヌクレオチドとは、ヌクレオチドの糖成分の2’-位置でブロッキング基BGを含んで成るヌクレオチド類似体を意味する。ブロッキング基とは、典型的には、核酸の延長を妨げる化学基又は成分を意味するすなわち、2’-ターミネーターヌクレオチドは典型的には、1又は複数のヌクレオチド組込み生触媒により延長できない。すなわち、2’-ターミネーターヌクレオチドが核酸中に組込まれると例えば、核酸の3’-末端で、ブロッキング基は、例えばG46EE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EE678GCS6DNAポリメラーゼ、ΔZ05Rポリメラーゼ、E615GTaqDNAポリメラーゼ、サーマスフラバスThermusflavusポリメラーゼ、TMA25ポリメラーゼ、TMA30ポリメラーゼ、TthDNAポリメラーゼ、サーマス種ThermusspeciesSPS17ポリメラーゼ、E615GTaqポリメラーゼ、サーマスZ05Rポリメラーゼ、T7DNAポリメラーゼ、KornbergDNAポリメラーゼI、KlenowDNAポリメラーゼ、TaqDNAポリメラーゼ、ミクロコッカスDNAポリメラーゼ、αDNAポリメラーゼ、逆転写酵素、AMV逆転写酵素、MMuLV逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、EコリEcoliRNAポリメラーゼ、SP6RNAポリメラーゼ、T3RNAポリメラーゼ、T4DNAポリメラーゼ、T7RNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼII、末端トランスフェラーゼ、ポリヌクレオチドホスホリラーゼ、リボヌクレオチド組込みDNAポリメラーゼ、及び又は同様のものから選択された、少なくとも1つのヌクレオチド組込みを生触媒により核酸のさらなる延長を妨げる。典型的なブロッキング基は、リン酸基である。他の代表的なブロッキング基はまた、本明細書に記載される。典型的な2’-ターミネーターヌクレオチドは、2’-一リン酸-3’-ヒドロキシル-5’-三リン酸ヌクレオシド及び2’-一リン酸-3’-ヒドロキシル-5’-二リン酸ヌクレオシドを包含する。他の2’-ターミネーターヌクレオチドはまた、本明細書に記載されている。四リン酸ヌクレオチドとは、4個のリン酸基を含むヌクレオチドを意味する。典型的な四リン酸ヌクレオチドは、2’-一リン酸-5’-三リン酸ヌクレオシド及び3’-一リン酸-5’-三リン酸ヌクレオシドを包含する。負に荷電されたブロッキング基とは、少なくとも1つの負の電荷を含んで成るブロッキング基を意味し、この負の電荷は、入って来るヌクレオチドの静電反発により、それが結合されるヌクレオチドの延長できない性質に少なくとも寄与する。例示すると、本発明のヌクレオチドの2’-位置での負に荷電されたブロッキング基は任意には、典型的には、イオン化に基づいて少なくとも1つの負の電荷を含んで成る、本明細書に言及されるリン酸、カルボキシ又は他の基を包含する。確かな態様においては、複数の要因が、例えばブロッキング基の電荷及びサイズを包含する、本発明のヌクレオチドの延長できない性質に寄与することができる。大きなブロッキング基とは、入って来るヌクレオチドの組込みを立体的に阻止するのに十分なサイズを有するブロッキング基を意味し、それによれば、ブロッキング基が結合されるヌクレオチドの延長できない性質に少なくとも寄与する。上記に示されるように、本発明のいくつかの態様においては、複数の要因が、例えばブロッキング基の電荷及びサイズを包含する、2’-ターミネーターヌクレオチドの延長できない性質に寄与することができる。成分又は基とは、何か、例えば分子が分割される部分の1つ例えば、官能基、置換基又は同様のものを意味する。例えば、ヌクレオチドは典型的には、塩基性基例えば、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、ウラシル、又は類似する塩基性基、糖成分例えば、糖環又はその類似体を含んで成る成分、及び1又は複数のリン酸基を含んで成る。質量修飾基は、前記基を含んで成る分子の、典型的にはドルトンとしての分子量に関して測定される質量を修飾する。例えば、サイズ又は配列における単一の塩基差異により少なくとも2個の核酸間の識別を高める質量修飾基は、例えば分子量決定を用いて配列決定を促進するために使用され得る。複素環式環とは、飽和、不飽和又は芳香族のいずれかであり、そして窒素、酸素及び硫黄から独立して選択された1又は複数のヘテロ原子を含んで成る、単環式又は二環式環を意味する。複素環式環は、ヘテロ原子又は炭素原子を通して本発明のヌクレオチドの糖成分又はその類似体に結合され得る。典型的な複素環式環は、モルホリニル、ピロリジノニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ヒダントイニル、バレロラクタミル、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロピリジニル、テトラヒドロイミジニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、テトラヒドロピリミジニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、フリル、ベンゾフラニル、チオフェニル、ベンゾチオフェニル、ピロリル、インドリル、イソインドリル、アザインドリル、ピリジル、キノリニル、イソキノリニル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、ベンズオキサゾリル、ピラゾリル、イミダゾリル、ベンズイミダゾリル、チアゾリル、ベンゾチアゾリル、イソチアゾリル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、トリアジニル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル及び同様のものを包含する。単素環式環とは、飽和又は不飽和しかし、芳香族ではない炭素環式環、例えばシクロプロパン、シクロブタン、シクロペンタン、シクロヘキサン、シクロヘプタン、シクロヘキセン及び同様のものを意味する。アルキル基とは、線状、枝分かれ鎖又は環状飽和炭化水素成分を意味し、そしてすべての位置異性体、例えば次のものを包含する:メチル、エチル、プロピル、1-メチルエチル、ブチル、1-メチルプロピル、2-メチルプロピル、1,1-ジメチルエチル、ペンチル、1-メチルブチル、2-メチルブチル、3-メチルブチル、2,2-ジメチルプロピル、1-エチルプロピル、ヘキシル、1,1-ジメチルプロピル、1,2-ジメチルプロピル、1-メチルペンチル、2-メチルペンチル、3-メチルペンチル、4-メチルペンチル、1,1-ジメチルブチル、1,2-ジメチルブチル、1,3-ジメチルブチル、2,2-ジメチルブチル、2,3-ジメチルブチル、3,3-ジメチルブチル、1-エチルブチル、2-エチルブチル、1,1,2-トリメチルプロピル、1,2,2-トリメチルプロピル、1-エチル-1-メチルプロピル及び1-エチル-2-メチルプロピル、n-ヘキシル、シクロヘキシル、n-ヘプチル、n-オクチル、2-エチルヘキシル、n-ノニル、n-デシル及び同様のもの。アルキル基は典型的には、約1~20個の炭素原子を含んで成り、そしてより典型的には、約2~15個の炭素原子を含んで成る。アルキル基は、置換され得るか、又は非置換性であり得る。アルケニル基とは、1又は複数の炭素-炭素二重結合を有する、線状、枝分れ鎖又は環状不飽和炭化水素成分を意味する。典型的なアルケニル基は次のものを包含する:エテニル、2-プロペニル、2-ブテニル、3-ブテニル、1-メチル-2-プロペニル、2-メチル-2-プロペニル、2-ペンテニル、3-ペンテニル、4-ペンテニル、1-メチル-2-ブテニル、2-メチル-2-ブテニル、3-メチル-2-ブテニル、1-メチル-3-ブテニル、2-メチル-3-ブテニル、3-メチル-3-ブテニル、1,1-ジメチル-2-プロペニル、1,2-ジメチル-2-プロペニル、1-エチル-2-プロペニル、2-ヘキセニル、3-ヘキセニル、4-ヘキセニル、5-ヘキセニル、1-メチル-2-ペンテニル、2-メチル-2-ペンテニル、3-メチル-2-ペンテニル、4-メチル-2-ペンテニル、1-メチル-3-ペンテニル、2-メチル-3-ペンテニル、3-メチル-3-ペンテニル、4-メチル-3-ペンテニル、1-メチル-4-ペンテニル、2-メチル-4-ペンテニル、3-メチル-4-ペンテニル、4-メチル-4-ペンテニル、1,1-ジメチル-2-ブテニル、1,1-ジメチル-3-ブテニル、1,2-ジメチル-2-ブテニル、1,2-ジメチル-3-ブテニル、1,3-ジメチル-2-ブテニル、1,3-ジメチル-3-ブテニル、2,2-ジメチル-3-ブテニル、2,3-ジメチル-2-ブテニル、2,3-ジメチル-3-ブテニル、3,3-ジメチル-2-ブテニル、1-エチル-2-ブテニル、1-エチル-3-ブテニル、2-エチル-2-ブテニル、2-エチル-3-ブテニル、1,1,2-トリメチル-2-プロペニル、1-エチル-1-メチル-2-プロペニル、1-エチル-2-メチル-2-プロペニル及び同様のもの。アルケニル基は典型的には、約1~20個の炭素原子及びより典型的には約2~15個の炭素原子を含んで成る。アルケニル基は、置換されるか、又は非置換性であり得る。アルキニル基とは、1又は複数の炭素-炭素三重結合を有する、線状、枝分れ鎖又は環状の不飽和炭化水素成分を意味する。代表的なアルキニル基は次のものを包含する:2-プロピニル、2-ブチニル、3-ブチニル、1-メチル-2-プロピニル、2-ペンチニル、3-ペンチニル、4-ペンチニル、1-メチル-2-ブチニル、1-メチル-3-ブチニル、2-メチル-3-ブチニル、1,1-ジメチル-2-プロピニル、1-エチル-2-プロピニル、2-ヘキシニル、3-ヘキシニル、4-ヘキシニル、5-ヘキシニル、1-メチル-2-ペンチニル、1-メチル-3-ペンチニル、1-メチル-4-ペンチニル、2-メチル-3-ペンチニル、2-メチル-4-ペンチニル、3-メチル-4-ペンチニル、4-メチル-2-ペンチニル、1,1-ジメチル-2-ブチニル、1,1-ジメチル-3-ブチニル、1,2-ジメチル-3-ブチニル、2,2-ジメチル-3-ブチニル、3,3-ジメチル-1-ブチニル、1-エチル-2-ブチニル、1-エチル-3-ブチニル、2-エチル-3-ブチニル、1-エチル-1-メチル-2-プロピニル及び同様のもの。アルキニル基は典型的には、約1~20個の炭素原子及び典型的には約2~15個の炭素原子を含んで成る。アルキニル基は、置換され得るか、又は非置換性であり得る。アルコキシ基とは、酸素原子を含んで成るアルキニル基を意味し、そして例えば、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、ブトキシ、ペントキシ、ヘプチルオキシ、オクチルオキシ及び同様のものを包含する。ハロ基とは、ハロゲン原子、例えばFClBr又はIを含んで成る基を意味する。アリール基とは、芳香族化合物に由来する原子又は成分の置換基を意味する。典型的なアリール基は、例えばフェニル基、ベンジル基、トリル基、キシリル基又は同様のものを包含する。アリール基は任意には、複数の芳香族環例えば、ジフェニル基、等を包含する。さらに、アリール基は、置換され得るか、又は非置換性であり得る。アリールオキシ基とは、酵素原子を含んで成るアリール基を意味し、そしてフェノキシ、クロロフェノキシ、メチルフェノキシ、メトキシフェノキシ、ブチルフェノキシ、ペンチルフェノキシ、ベンジルオキシ及び同様のものを包含する。アルキル-アリール基とは、アルキル及びアリール成分を含んで成る基を意味する。エーテル基とは、単一の酸素原子に結合される2個の炭素原子を含んで成る、線状、枝分れ鎖又は環状成分を意味する。典型的にはエーテル基は、例えばメトキシメチル、メトキシエチル、メトキシプロピル、エトキシエチル及び同様のものを包含する。チオエーテル基とは、単一の硫黄原子に結合される2個の炭素原子を含んで成る、線状、枝分れ鎖又は環状成分を意味し、そして例えばメチルチオメチル、メチルチオエチル、メチルチオプロピル、及び同様のものを包含する。アルキルアミン基とは、少なくとも1つのアルキル基を含んで成るアミノ基を意味する。アルケニルアミン基とは、少なくとも1つのアルケニル基を含んで成るアミノ基を意味する。アルキニルアミン基とは、少なくとも1つのアルキニル基を含んで成るアミノ基を意味する。エステル基とは、一般式RCOOR’式中、R及びR’は、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アリール基、又はそれらの組合せから独立して選択されるを包含する種類の有機化合物を意味する。ポリアミノ酸とは、複数のアミノ残基を含んで成る化合物又は基を意味する。典型的なポリアミノ酸は、ヘプチド、ポリペプチド、タンパク質及び同様のものを包含する。ヘテロオリゴとは、複数の異なったヌクレオチド残基を含んで成るオリゴヌクレオチドを意味する。ヘテロオリゴポリアミノ酸基とは、少なくとも1つのヘテロオリゴ成分及び少なくともポリアミノ酸成分の両者を含んで成るハイブリッド基を意味する。アルデヒド基とは、式CHOを包含する有機基を意味する。アルコール基とは、少なくとも1つのヒドロキシ基を包含する有機基を意味する。シリル基とは、一般式SiRR’R’’式中、RR’及びR’’は独立して、H、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アリール基又はそのような基の組合せであるを包含する種類の化合物を意味する。反応又は一連の反応は、それらが、他の可能性ある異性体生成物よりも卓越したすなわち、大部分であるが、しかし100以下1つの異性体生成物を生成する場合、選択的として記載される。例示によれば、3’-一リン酸-2’-ヒドロキシル-5’-三リン酸ヌクレオシドよりも卓越して2’-一リン酸-3’-ヒドロキシル-5’-三リン酸ヌクレオシドを生成する反応又は一連の反応は選択的である。用語特異的とは、1つの異性体生成物が反応又は一連の反応において独占的に形成される場合に使用される。核酸の配列とは、核酸におけるヌクレオチドの順序及び識別を意味する。配列は、典型的には、5’→3’方向で読み取られる。十分な長さの配列とは、参照配列、又はその参照配列に対して少なくとも部分的に相補的である核酸配列と、少なくとも実質的に同じ数のヌクレオチドを含んで成る核酸配列を意味する。本発明の確かな態様においては、延長されたプライマー核酸は、鋳型核酸の十分な長さの配列、又は他の参照配列に対して相補的である。副配列又はフラグメントとは、完全な核酸配列のいずれかの部分を意味する。遺伝子型とは、細胞又は対象、又は細胞又は対象グループの遺伝子構成のすべて又は一部を意味する。例えば、遺伝子型は、所定の遺伝子座で存在するか又はゲノムに分布される、特定の突然変異及び又は対立遺伝子例えば、多形現象SNP又は同様のものを包含する。用途結合されたとは、相互作用、例えば共有結合、イオン結合、化学吸収、物理吸収、及びそれらの組合せを意味するが、但しそれらだけには限定されない。リンカーとは、固体支持体、もう1つの化合物又は基、又は同様のものに化合物又は置換基を共有又は非共有例えば、イオン、等結合する化学成分を意味する。例えば、リンカーは任意には、ラベル例えば、蛍光色素、放射性同位体、等を、2’-ターミネーターヌクレオチド又は同様のものに結合せしめる。リンカーは典型的には、二官能価の化学成分であり、そして確かな態様においては、それらは、例えば固体支持体、もう1つの化合物、等から材料又は化合物を放すために、例えば熱、酵素、化学剤、電磁線、等により分離され得る分解性結合対を含んで成る。リンカーの注意した選択は、化合物及びアッセイ方法の安定性と適合できる適切な条件下での分解の実施を可能にする。一般的に、リンカーは、化学的種を一緒に連結するために、又はそのような種間の最小距離又は他の空間的関係を保存するために以外、特異的な生物学的活性を有さない。しかしながら、リンカーの構成成分は、結合される化学的種のいくつかの性質、例えば三次元コンホメーション、実効電荷、疎水性、等に影響を及ぼすよう選択され得る。リンカー分子のさらなる記載は、例えばLyttleなどNucleicAcidsRes242793ShchepinoなどNucleosidesNucleotidesNucleicAcids20369DoroninaなどNucleosidesNucleotidesNucleicAcids201007TrawickなどBioconjugateChem12900OlejnikなどlMethodsinEnzvmolosv291135PljevaljcicなどJAmChemSoc1253486Wardなどアメリカ特許第4711955号Stavrianopoulosアメリカ特許第4707352号、及びStavrianopoulosアメリカ特許第4707440号引用により本明細書に組み込まれるに提供される。ヌクレオチド組込み生触媒とは、核酸中へのヌクレオチドの組込みを触媒する触媒を意味する。ヌクレオチド組込み生触媒は典型的には酵素である。酵素は、他の化合物又は基質を包含する、化学反応の活性化エネルギーを低めるよう作用する、タンパク質に基づく触媒である。ヌクレオチド組込み酵素とは、核酸中へのヌクレオチドの組込みを触媒する酵素である。典型的なヌクレオチド組込み酵素は、例えばDNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、末端トランスフェラーゼ、逆転写酵素、テロメラーゼ、ポリヌクレオチドホスホリラーゼ及び同様のものを包含する。他の生触媒は、DNAに基づくかDNAzymes又はRNAに基づくリボザイム。熱安定性酵素とは、選択された時間、高温にゆだねられる場合、熱に対して安定性でありすなわち、分解又は変性に対して耐性である、そして十分な触媒活性を保存する酵素を意味する。例えば、熱安定性ポリメラーゼは、二本鎖核酸の変性をもたらすのに必要な時間、高温にゆだねられる場合、続くプライマー延長反応をもたらすために十分な活性を保持する。核酸変性のために必要な加熱条件は、当業界において良く知られており、そして引用により本明細書に組込まれる、アメリカ特許第4683202号及び第4683195号に例示される。本明細書において使用される場合、熱安定性ポリメラーゼは典型的には、温度循環反応、例えばポリメラーゼ鎖反応PCRへの使用のために適切である。熱安定性ヌクレオチド組込み酵素に関しては、酵素活性は、鋳型核酸に対して相補的であるプライマー延長生成物を形成するために適切な態様でのヌクレオチドの組合せの触媒作用を言及する。本明細書において言及される他の熱安定性酵素は、高温にゆだねられる場合、例えば加ピロリン酸分解を最少にするのに十分な活性を同様に保持する熱安定性ピロホスファターゼを包含する。酵素に類似して、DNAzymes及びリボザイムもまた、熱安定性である。修飾された酵素は、モノマー配列の少なくとも1つのモノマーが、2種の配列が最大の識別のために一列整列される場合、参照におけるモノマーとは異なる、モノマー配列を含んで成る酵素、例えば生来の又は野生型の酵素又はもう1つの修飾された形の酵素を意味する。典型的な修飾は、モノマー挿入、欠失及び置換を包含する。本発明の修飾された酵素すなわち、タンパク質又は核酸に基づく触媒は、種々の多様性生成方法により創造されており、又は任意には創造される。実質的にいずれかの方法が修飾された酵素を生成するために使用され得るが、確かな典型的な技法は、1又は複数の親酵素をコードする複数の核酸を組換えすること例えば、反復性組換え、合成組換え又は同様のものを通して、又は反復性全体的突然変異誘発、カセット突然変異誘発、ランダム突然変異誘発、インビボ突然変異誘発、特定部位の突然変異誘発又は同様のものを用いて、酵素をコードする1又は複数の核酸を突然変異誘発することを包含する。親酵素をコードする核酸は典型的には、転写及び翻訳の機構を通して、親酵素、例えば生来形の酵素に対応するアミノ酸配列を生成する遺伝子を包含する。修飾された酵素はまた、複数の親に由来する識別できる成分配列例えば、構造的及び又は機能的ドメイン、等を有するキメラを包含する。参照配列に対して化学的修飾例えば、結合された置換基、変更された置換基、等を含んで成るそれら酵素もまた、修飾された酵素の定義内に包含される。酵素に類似して、DNAzymes及びリボザイムもまた、類似する修飾を含んで成ることができる。ラベルとは、分子に結合されるか共有又は非共有、又は結合され得る成分を意味し、この成分は、分子についての情報例えば、説明、識別、等を提供するか、又は提供することができる。典型的なラベルは、蛍光ラベル、弱い蛍光ラベル、非蛍光ラベル、比色ラベル、化学ルミネセンスラベル、生物ルミネセンスラベル、放射性ラベル、質量修飾基、抗体、抗原、ビオチン、ハプテン又は酵素例えば、ペルオキシダーゼ、ホスファターゼ、等を包含する。II2’―ターミネーターヌクレオシド及びヌクレオチド:本発明は、2’-ターミネーターヌクレオチド及び又はヌクレオシドの生成方法、及びそれを含んで成る組成物に関する。手短に言及すれば、本発明のヌクレオチド及び又はヌクレオシドは、典型的には、損なわれていない糖環の3’-位置でヒドロキシル基、及び糖成分の2’-位置でブロッキング基例えば、負に荷電されたブロッキング基、大きなブロッキング基、及び又は同様のものを包含する。本明細書に記載される一定のヌクレオチド組込み生触媒は、鋳型指図された態様でそれらの2’-ターミネーターヌクレオチドによりプライマー核酸を延長する能力を含んで成る。プライマー核酸の3’-末端での2’-ターミネーターヌクレオチドの組込みに基づいて、核酸は典型的には、ヌクレオチド組込み生触媒により非延長性にされる。従って、本発明のターミネーターヌクレオチドは、他の用途の中でも、配列決定ラダーの生成及び3’-ラベリングのために使用され得る。さらに、2’-ターミネーターヌクレオチドを含んで成る延長されたプライマー核酸は一般的に、プルーフリーディング酵素活性例えば、3’-5’エキソヌクレアーゼ活性、等に対して耐性である。結果的に、例えば本発明のターミネーターヌクレオチドを使用する核酸配列決定プロトコールに使用されるヌクレオチド組込み生触媒は、低められたプルーフリーディング活性を欠いているか又は有する触媒を使用するアプローチに関する配列適合を改良するために3-5’エキソヌクレアーゼ活性又はプルーフリーディング活性を包含することができる。本発明のヌクレオチド及びヌクレオシドに関連する、配列決定方法、システム及び他の観点に関する追加の詳細胞は、例えば、引用により本明細書に組み込まれる、Galfandなどにより2003年6月30日に出願された、2TERMINATORNUCLEOTIDERELATEDMETHODSANDSYSTEMSと称するアメリカ仮特許出願第60483861号に提供される。本発明のヌクレオシド及びヌクレオチドは、一般的に、下記式:式中、R1は、HOH親水性基、又は疎水性基であり;Bは、少なくとも1つの単素環式環、少なくとも1つの複素環式環環外へテロ原子を有するか、又は有さない、少なくとも1つのアリール基、又はそれらの組合せであり;BGは、ブロッキング基であり;ZはO又はCH2であり;そしては、単又は二重結合を表わすを包含する。さらに、本発明のヌクレオシド又はヌクレオチドは典型的には、ラベルされる。さらに、本発明のヌクレオチドは一般的に、5’位置で結合される、1,2,3又はそれ以上のリン酸基を含んで成る。本発明の1つの態様においては、ヌクレオチドは、2’-一リン酸-3’-ヒドロキシ-5’-三リン酸ヌクレオシドを含んで成る。図1A-Dは、本発明の確かな態様に従っての2’-ターミネーターヌクレオチドを図示する。特に、図1Aは、アデノシン四リン酸ターミネーターヌクレオチドを図示し、図1Bは、グアノシン四リン酸ターミネーターヌクレオチドを図示し、図1Cは、ウリジン四リン酸ターミネーターヌクレオチドを図示し、そして図1Dは、シチジン四リン酸ターミネーターヌクレオチドを図示する。A塩基:水素結合又は塩基スタッキング機能を通して、もう1つの核酸と塩基対合することができる実質的にいずれかの複素環又はアリール基すなわち、塩基又はB基としては任意には、本発明のヌクレオシド及びヌクレオチドの糖成分の1位置で包含される。従って、使用され得るすべての可能な基を記載する試みは行われない。しかしながら、確かな代表的B基が、本発明をさらに例示するために提供される。いくつかの態様において、Bは、下記式:式中、X1及びX2は、CH及びNから独立して選択され;R2は、HOH又はNR4R5であり;R3は、HOH又はNR6R7であり;R4及びR5は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択され;そしてR6及びR7は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る。他の態様においては、Bは、下記式:式中、X1及びX2は、CH及びNから独立して選択され;R2は、O又はSであり;R3は、HOH又はNR4R5であり;そしてR4及びR5は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る。いくつかの態様においては、Bは、下記式:式中、R2は、HOH又はNR4R5であり;R3は、HOH又はNR6R7であり;R4及びR5は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択され;そしてR6及びR7は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る。いくつかの態様においては、Bは、下記式:式中、XはCH又はNであり;R2及びR3は、HOH及びNHR4から独立して選択され;R4は、H、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せであり;そしてR5は、OHNH2SHハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はそれらの組合せであるを含んで成る。他の態様においては、Bは、下記式:式中、Xは、CH又はNであり;R2は、O又はSであり;R3は、HOH又はNHR4であり;R4は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せであり;そしてR5は、OHNH2SHハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はそれらの組合せであるを含んで成る。確かな態様においては、Bは、下記式:式中、X1及びX2は、CH及びNから独立して選択され;R2は、Hアルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基及びそれらの組合せから独立して選択され;そしてR3は、O又はSであるを含んで成る。他の態様においては、Bは、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択され;そしてR4及びR5は、HNH2SHOH、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る。いくつかの態様においては、Bは、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択され;そしてR4は、HNH2SHOH、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基及びそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る。他の態様においては、Bは、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択されるを含んで成る。いくつかの態様においては、Bは、下記式:式中、R2及びR3は、O及びSから独立して選択されるを含んで成る。他の態様においては、Bは、下記式:式中、R2は、O又はSであり;R3及びR4は、HNH2、SH、OH、COOH、COOCH3、COOCH2CH3、CHO、NO2、CN、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基及びそれらの組合せから独立して選択される;そしてR5は、アルキル基、アルコキシ基、アルケニル基、アルケノキシ基、アルキニル基、アルキノキシ基、アリール基、アリールオキシ基、ベンジル基、ベンジルオキシ基、又はそれらの組合せであるを含んで成る。Bブロッキング基:糖成分の2’位置で使用されるブロッキング基BCはまた、種々の態様を包含する。いくつかの態様においては、例えばBCは、負に荷電された基及び又は大きな基である。更なる例示によれば、BGは任意には、例えばCNNO2N3シリル基、ハロ基、アルコール基、エーテル基、アルデヒド基、酸性基、エステル基、アミノ基及びそれらの組合せから選択される。より特定には、BGは任意には、下記式:式中、Xは、O、S、NR3、CR3R4、又はSiR3R4であり;Yは、CR5R6R7、SiR5R6R7、OR5、SR5、又はNHR5であり;R2は、H、OH、NHR8、SR8、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基、アルコキシ基、又はそれらの組合せであり;そしてR3R4R5R6R7及びR8は、H、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基又はそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る。図2Aは、この式を有するブロッキング基を含んで成る1つのヌクレオチドを図示する。さらなる例示によれば、BGは任意には、下記式:式中、Xは、CR3R4R5、SiR3R4R5、OR3、SR3、又はNHR3であり;R2は、HOHNHR6SR6アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基又はそれらの組合せであり;そしてR3R4R5及びR6は、H、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルケニル基、アルキニル基又はそれらの組合せから独立して選択されるを含んで成る。図2Bは、この式を有するブロッキング基を含んで成る1つの2’-ターミネーターヌクレオチドを図示する。Cラベリング:本発明の2’-ターミネーター核酸は典型的には、少なくとも1つのラベルを含んで成る。例えば、ラベルは任意には、例えばアミド、エステル、チオエステル、エーテル、チオエーテル、炭素-炭素、又は他のタイプの共有結合を通して、例えば単素環式環、複素環式環、又は2’-ターミネーターヌクレオチドのアリール基にピリミジンのC5、シチジンのN4、プリンのN7、アデノシンのN6、プリンのC8、又は当業界において知られているもう1つの結合部位を通して、結合される。さらに、又は他方では、ラベルは、2’-ターミネーターヌクレオチドの糖成分例えば、リボース糖、等、又はその類似体例えば、炭素環式環、等、及び又は2’-ターミネーターヌクレオチドのリン酸基に、例えばアミド、エステル、チオエステル、エーテル、チオエーテル、炭素-炭素、又は他の結合である共有結合により結合される。共有結合は典型的には、ラベルの求電子基及び求核基と本発明のヌクレオチドとの間での反応において形成される。ある態様においては、ラベル及びヌクレオチドは、お互い直接的に結合される例えば、単、二重、三重又は芳香族炭素-炭素結合、又は炭素-窒素結合、窒素-窒素結合、炭素-酸素結合、炭素-硫黄結合、リン-酸素結合、リン-窒素結合、等を通して。任意には、リンカーはラベルを2’-ターミネーターヌクレオチドに結合せしめる。広範囲の種類のリンカーが、ラベル及びヌクレオチドの結合への使用のために使用されるか、又は適合され得る。本明細書に言及されるようなリンカーは、非制限的な例示である。さらなる例示によれば、図3A-Cは、本発明の確かな態様に従っての色素ラベルされた四リン酸を図示する。特に、図3Aは、リンカー基を通して2’-ターミネーターヌクレオチドの塩基に結合されるレポーター色素を図示し、図3Bは、リンカー基を通して2’-ターミネーターヌクレオチドのブロッキング基に結合されるレポーター色素を図示し、そして図3Cは、リンカー基を通して2’-ターミネーターヌクレオチドの糖成分に結合されるレポーター色素を図示し、ここでXは、HOHNHR1SR1アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルキル-アリール基、アルケニル基、アルキニル基、アルコキシ基又は同様のものであるかここで、R1は、H、アルキル基、ベンジル基、アリール基、アルキル-アリール基、アルケニル基、アルキニル基又は同様のものである、又はOSNC又は同様のものを含んで成り、Yは、OR2、SR2NHR2又は同様のものでありここで、R2は、H、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アリール基、アルキル-アリール基又は同様のものである、そしてZは、OSNCSi又は同様のものを含んで成る。図4A及びBはまた、本発明のいくつかの態様に従ってのラベルされたヌクレオシド四リン酸を図示する。より特定には、図4A及びBは、ヌクレオシド四リン酸の塩基にリンカーを通して結合されるラベルを図示し、ここでRは、HOH、アルキル基、アリール基、枝分れアルキル基、枝分れアルキル-アリール基、アルケニル基、及びアルキニル基から成る群から選択される。さらに、図5は、本発明の1つの態様に従ってリンカーを通してヌクレオシド四リン酸に結合されるラベルを図示する。図6A-Lはまた、本発明の確かな態様に従ってヌクレオチドの塩基に結合された蛍光色素を有する種々の2’-ターミネーターヌクレオチドを図示する。特に、図6A-Cは、R6G-ラベルされたアテノシン四リン酸を図示し、図6D-Fは、R110-ラベルされたグアノシン四リン酸を図示し、図6G-Iは、TAMRA-ラベルされたウリジン四リン酸を図示し、そして図6J-Lは、ROX-ラベルされたシチジン四リン酸を図示する。もちろん、ラベルは、本明細書に記載されるように、リンカーを通して、他の位置で2’-ターミネーターヌクレオチドに結合され得る。例示によれば、図7は、リンカーの1つの態様を図示する。いくつかの態様においては、図6C6F6I及び6Lの2’-ターミネーターヌクレオチドは、図7のリンカーを包含する。実質的にいずれかのラベルが任意には、本発明のヌクレオチド及びヌクレオシドをラベルするために使用される。いくつかの態様においては、例えばラベルは、蛍光色素、例えば、ローダミン色素例えば、R6G、R110、TAMRA、ROX、等、フルオレセイン色素例えば、JOE、VIC、TET、HEX、FAM、等、ハロフルオレセイン色素、シアニン色素例えば、CY3、CY35、CY5、CY55、等、BODIPY商標色素例えば、FL530550TRTMR等、ALEXAFLUO商標色素、ジクロロローダミン色素、エネルギー移行色素例えば、BIGDYETMv1色素、BIGDYETMv2色素、BIGDYETMv3色素、等、Lucifer色素例えば、Luciferイエロー、等、CASCADEBLUE商標、OregonGreen及び同様のものを含んで成る。蛍光色素に関する追加の詳細は、例えばHauglandMoleculerProbesHandbookofFluorescentProbesandResearchProductsNinthEd及びそこにおける最初データそれらは引用により本明細書に組込まれるに提供される。蛍光色素は一般的に、種々の商業的供給者、例えばMolecularProbesIncAmershamBiosciencesCorpAppliedBiosystems等から容易に入手できる。他のラベルは、例えばビオチン、弱い蛍光ラベルYinなどApplEnvironMicrobiol693938BavendureなどAnalBiochem317及びJankowiakなどChemResToxicol16304、非蛍光ラベル、非色ラベル、化学ルミネセントラベルWilsonなどAnalyst128480及びRodaなどLuminescence1872、Ramanラベル、電子化学ラベル、生物ルミネセントラベルKitayamaなどPhotochemPhotobiol77333ArakawaなどAnalBiochem314206及びMaedaJPharmBiomedAnal301725、及び例えば、2002年11月22日に出願されたアメリカ仮特許出願第60428484号に記載されるようなα-メチル-PEGラベリング試薬を包含する前記引例は、本明細書に組み込まれる。ある態様においては、ラベルは、放射性同位体、例えば3H、14C、22Na、32P、33P、35S、42K、45Ca、59Fe、125I、203Hg、又は同様のものを含んで成る。さらなる例示によれば、ラベルはまた任意には、少なくとも1つの質量修飾基を包含する。例えば、質量修飾基は任意には例えば重水素、F、Cl、Br、I、S、N3、XY、CH3、SPO4、BH3、SiY3、Si3、Si2、Si2、Si3、nCH3、nNY2、CH2CONY2、nOH、CH2F、CHF2、CF3及びホスホロチオエート基から選択され、ここでXは、ONHNYSNHCOCOnCOONHCOnCOOOSO2OOCOnNHCNHOCOnSOCOSNC4O2H2SOPO又はOPであり;nは1~20の整数であり;そしてYは、H、重水素、アルキル基、アルコキシ基、アリール基、ポリオキシメチレン基、モノアルキル化されたポリオキシメチレン基、ポリエチレンイミン基、ポリアミド基、ポリエステル基、アルキル化されたシリル基、ヘテロオリゴ、ポリアミノ酸、ヘテロオリゴポリアミノ酸基、又はポリエチレングリコール基である。核酸ラベリング及び配列分析に関する追加の詳細は、例えばSterkyなどSequenceanalysisofgenesandgenomesJBiotech761SensenBiotechnologyVolume5BGenomicsandBioinformaticsJohnWileySonsInc及びSensenEssentialsofGenomicsandBioinfonnaticsJohnWileySonsInc引用により本明細書に組み込まれるに提供される。多くの種類のリンカーが、核酸にラベルを結合するために入手でき、そして当業者に明らかであろう。リンカーは一般的に、核酸中への組込みのために立体的及び電子的に適切である構造のものである。リンカーは任意には、例えばエーテル、チオエーテル、カルボキサミド、スルホンアミド、ウレア、ウレタン、ヒドラジン又は他の成分を包含する。さらなる例示によれば、リンカーは一般的に、CNOPSiS、等から選択された、約1~約25個の非水素原子を包含し、そして例えばエーテル、チオエーテル、アミン、エステル、カルボキサミド、スルホンアミド、ヒドラジド結合、及び芳香族又は複素芳香族結合のいずれかの組合せを実質的に含んで成る。いくつかの態様においては、例えばリンカーは、単一の炭素-炭素結合、及びカルボキサミド又はチオエーテル結合の組合せを含んで成る。リンカーのより長い線状セグメントが任意には使用されるが、最長の線状セグメントは典型的には、1又は複数のヘテロ原子を包含する、約3~約15個の非水素原子を含む。リンカー成分の非制限的例は、置換された例えば、官能化された又は置換されていない基、例えばイミダゾールビオチンリンカー、ポリメチレン基、アリーレン基、アルキルアリーレン基、アリーレンアルキル基、アリールチオ基、アミドアルキル基、アルキニルアルキル基、アルケニルアルキル基、アルキル基、アルコキシル基、チオ基、アミノアルキル基、モルホリン誘導されたホスフェート、ペプチド核酸例えば、N-2-アミノエチルグリシン、等、及び同様のものを包含する。それらの及び他のリンカーは、例えばアメリカ特許第6339392号Hauglandなどアメリカ特許第5047519号HobbsJrなどアメリカ特許第4711958号Iizukaなどアメリカ特許第5175269号Stavrianopoulosアメリカ特許第4711955号Wardなどアメリカ特許第5241060号Engelhardtなどアメリカ特許第5328824号Wardなど及びアメリカ特許出願番号20020151711号Khanなどによる引用により本明細書に組み込まれるに記載されている。核酸ラベリング及びリンカーに関する追加の詳細は、例えば引用により本明細書に組み込まれるHermansonBioconjugateTechniquesElsevierScienceに提供される。ある態様においては、適切なリンカーは、光分解性成分、例えば2-ニトロベンジル成分、α-置換された2-ニトロベンジル成分たとえば、1-2-ニトロフェニルエチル成分、3,5-ジメトキシベンジル成分、チオヒドロキサム酸、7-ニトロインドリン成分、9-フェニルキサンチル成分、ベンゾイン成分、ヒドロキシフェナシル成分、NHS-ASA成分及び同様のものを含んで成る。光分解性リンカーは、例えばOlejnikなどによるアメリカ特許公開番号20030099972号引用により本明細書に組み込まれるにさらに記載される。いくつかの態様においては、リンカーは金属、例えば白金原子を包含する。それらはさらに、例えばHouthoffなどによるアメリカ特許第5714327号引用により本明細書に組込まれるに記載される。種々の長さの多くのリンカーは、種々の供給者、例えばQiagenOperonTechnologiesIncBDBiosciencesClontech及びMolecularBioSciencesから市販されている。III.合成:本発明はまた、本明細書に記載されるヌクレオチド及びヌクレオシドを合成するための種々の方法を提供する。例えば、ラベルされた非延長性ヌクレオチドの1つの生成方法は、少なくとも1つのリン酸基を、ヌクレオシド例えば、リボヌクレオシド、炭素環式ヌクレオシド、等の糖成分の5’-位置に結合し、そして少なくとも1つのブロッキング基を、ヌクレオシドの糖成分の2-位置に結合することを包含する。この方法に使用されるヌクレオシドに任意に包含される典型的なブロッキング基及び塩基が本明細書に記載される。前記方法はまた、ヌクレオシドの糖成分、ブロッキング基、及び又は塩基に少なくとも1つのラベルを結合することを包含する。適切なラベルは、さらに上記及び下記例に記載される。さらに、本発明はまた、下記式:式中、Pは、少なくとも1つのリン酸基であり;nは、0よりも大きな整数であり;R1は、HOH親水性基、又は疎水性基であり;Bは、少なくとも1つの単素環式環、少なくとも1つの複素環式環、少なくとも1つのアリール基、又はそれらの組合せであり;ZはO又はCH2であり;そしては、単又は二重結合を表わすを含んで成るヌクレオチドと、三ナトリウムトリメタホスフェートとを、2’-一リン酸ヌクレオシドを生成するための効果的な条件下で反応せしめることを包含する、2’-一リン酸ヌクレオチドの生成方法を提供する。確かな態様においては、例えばヌクレオチドは2個のリン酸基を含んで成り、そして他においては、ヌクレオチドは、3個又はそれ以上のリン酸基を含んで成る。ヌクレオチドを生成するための効果的条件は一般的に、アルカリ性pHでの溶液において反応を行うことを包含する。例えば、合成は典型的には、約80以上のpHで、より典型的には、約100以上のpHで、及びさらにより典型的には、約120以上例えば、約125130135又は140のpHで行われる。種々の塩基性化合物、例えば当業界において良く知られている多くの他のものの中でKOH及びNaOHが、反応混合物のpHを調節するために使用され得る。ヌクレオチドは典型的には、制限試薬である。他の温度条件が任意には、使用されるが、それらの合成反応は一般的に、室温すなわち、約20~約30°C、例えば約23°C、24°C、25°C、26°C等で又はその近くで行われる。さらに、それらの反応は一般的に、少なくとも約4時間、典型的には、少なくとも約6時間、及びさらにより典型的には、少なくとも約16時間、進められる。本発明のさらなる例示によれば、図8は、5’-三リン酸-3’-一リン酸ヌクレオシド及び5’-三リン酸-2’-一リン酸ヌクレオシドの混合物例えば、約50:50のモル比を生成する合成反応を図示する。プリンヌクレオチドの混合物の合成は、下記例において提供される。特異的又は少なくとも選択的な合成路がまた、本明細書において記載される。ヌクレオチドの混合物が生成される態様においては、前記方法は典型的にはさらに、5’-三リン酸-3’-一リン酸ヌクレオシドから5’-三リン酸-2’-一リン酸ヌクレオシドを分離することを分離することを包含する。種々の分離技法、例えば液体クロマトグラフィーが、5’-三リン酸-2’-一リン酸ヌクレオシドを他の化合物又は不純物から分離するために使用され得る。ヌクレオチド合成生成物の精製において有用である種々の分離技法はさらに、例えば引用により本明細書に組み込まれる、SkoogなどPrinciplesofInstrumentalAnalysis5EdHarcourtBraceCollegePublishersandCurrellAnalyticalInstrumentationPerformanceCharacteristicsandQualityJohnWileySonsIncに記載される。さらに、多くのポリメラーゼ、例えばG46EE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EE678GCS6DNAポリメラーゼ、及びΔZ05Rポリメラーゼは、プライマー延長反応において、例えば5’-三リン酸-3’-一リン酸-2’-デオキシヌクレオシドのプライマー核酸中への組込みを触媒せず、その結果、それらの方法により生成される混合物は任意には、そのような続く使用の剤、分離されない。これは典型的には、生成物分離段階を包含するそれらの工程に関してヌクレオチド合成に関連する生成費用を減じる。しかしながら、それらの混合物における成分の分類はまた、一定の利点を提供することができる。例示によれば、両ヌクレオチド生成物がラベルされる態様においては、使用の前、2種のヌクレオチドの分離は、例えばラベルされた3’-一リン酸-2’-デオキシヌクレオチドをサンプルから排除することにより、検出上でのバックグラウンドシグナルを最少にすることができる。さらに、試薬費用は典型的には、2-ターミネーターヌクレオチド生成物のみがラベルされる場合、低められる。従って、生成物分離は、そのような選択的ラベリングを提供する。上記で言及されたように、本発明はまた、位置特異的又は少なくとも位置選択的合成路を提供し、その結果、生成物の精製は一般的に、完全には排除されない場合、最少にされる。典型的には、糖成分の3’-位置で種々の保護基例えば、TBDMBSiRTOMBOC等の使用を包含するそれらの合成路が、さらに下記に記載される。本発明の合成路は、例えば本発明の1つの態様に従ってのウリジン四リン酸についての固相合成路における一定の段階を図示する図9に例示される。さらに、図10は、本発明の1つの態様に従ってのTAMRA-ウリジン四リン酸についての位置特異的合成路における一定の段階を図示する。本発明のヌクレオチドの生成に関連する追加の合成路及び他の観点は、下記例に提供される。本発明の合成プロトコールへの使用のために適合され得る種々の合成技法は一般的に知られており、そして例えば引用により本明細書に組込まれる、MarchAdvancedOrganicChemistryReactionsMechanismsandStructure4thEdJohnWileySonsIncandCareyandSundbergAdvancedOrganicChemistryPartAStructureandMechanism4thEdPlenumPressに記載されている。本発明のヌクレオチドの合成において有用な化学出発材料及び他の反応成分は、例えばSigmaAldrichIncStLouisNOを包含する種々の会社から容易に入手できる。IVヌクレオチド組込み生触媒:本発明のヌクレオチドの核酸中への組込みに基づいて、その核酸は典型的には、次のものから選択された少なくとも1つのヌクレオチド組込み生触媒により非延長にされる:G46EE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EL329AE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EE678GCS6DNAポリメラーゼ、ΔZ05Rポリメラーゼ、E615GTaqDNAポリメラーゼ、T7DNAポリメラーゼ、KornbergDNAポリメラーゼI、KlenowDNAポリメラーゼ、TaqDNAポリメラーゼ、ミクロコッカスDNAポリメラーゼ、αDNAポリメラーゼ、AMV逆転写酵素、MMuLV逆転写酵素、逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、EコリEcoliRNAポリメラーゼ、SP6RNAポリメラーゼ、T3RNAポリメラーゼ、T4DNAポリメラーゼ、T7RNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼII、末端トランスフェラーゼ、ポリヌクレオチドホスホリラーゼ、リボヌクレオチド組込みDNAポリメラーゼ、及び同様のもの。従って、本発明の2’-ターミネーターヌクレオチドは、核酸配列決定、3’ラベリング及び同様のものに使用され得る。それらのヌクレオチド組込み生触媒の配列は、種々の源、例えばGenBank商標及び同様のものから入手できる。本発明の観点のさらなる例示によれば、図11は、本発明の組込まれたシチジン四リン酸ヌクレオチドと共に、鋳型核酸及びプライマー核酸に結合されるポリメラーゼを図示する。本発明の2’-ターミネーターヌクレオチドを組み込むことができるが、しかし一般的に延長することができない1つのタイプのポリメラーゼは、酵素のヘリックスOにおけるF→Y突然変異を欠いているか、又は他方では、前記酵素による3’-デオキシヌクレオチドの組込みを増強する突然変異を欠いている。任意には、酵素は、3’-5’エキソヌクレアーゼ活性を含んで成り、そして又は熱安定性酵素である。酵素は典型的には、次の生物から誘導される:サーマスアントラニキアニThermusantranikianii、サーマスアクアチカスThermusaquaticus、サーマスカルドフィラスThermuscaldophilus、サーマスクリアロフィラスThermuschliarophilus、サーマスフィリホルミスThermusfiliformis、サーマスフラバスThermusflavus、サーマスイグニテラエThermusigniterrae、サーマスラクテウスThermuslacteus、サーマスオシマイThermusoshimai、サーマスルベルThermusruber、サーマスルベンスThermusrubens、サーマススコトダクタスThermusscotoductus、サーマスシルバヌスThermussilvanus、サーマス種Z05ThermusspeciesZ05、サーマス種sps17Thermusspeciessps17サーマスサーモフィラスThermusthermophilus、サーモトガマリチマThermotogamaritima、サーモトガネアポリタナThermotoganeapolitana、サーモシホアフリカナスThermosiphoafricanus、アナエロセラムサーモフィラムAnaerocellumthermophilum、バチルスカルドテナクスBacilluscaldotenax、バチルスステアロサーモフィラスBacillusstearothermophilus、又は同様のもの。いくつかの態様においては、酵素は修飾される。典型的な修飾された酵素は、例えばG46EE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EL329AE678GCS5DNAポリメラーゼ、G46EE678GCS6DNAポリメラーゼ、ΔZ05Rポリメラーゼ、E615GTaqDNAポリメラーゼ、及び同様のものを包含する。それらの修飾された酵素は一般的に、修飾されていない酵素に関して、2’-ターミネーターヌクレオチドを組込む高められた能力を含んで成る。すなわち、修飾された酵素は典型的には、リボヌクレオチドの組込みを増強する突然変異、リボヌクレオチドの2’-修飾された類似体の組込みを強調する突然変異、及び又はそれらの1又は複数の突然変異を欠いている酵素に関して、5’-3’エキソヌクレアーゼ活性を低めるか、又は排除する突然変異を含んで成る。本発明の方法の実施において有用なヌクレオチド組込みを生触媒に関する追加の詳細は、例えば次の文献に提供される:Gelfandなどに1999年8月17日に発行された、THERMOSTABLEDNAPOLYMERASESHAVINGREDUCEDDISCRIMINATIONAGAINSTRIBONTPSと称するアメリカ特許第5939292号;Gelfandなどに1989年12月26日に発行された、PURIFIEDTHERMOSTABLEENZYMEと称するアメリカ特許第4889818号;Gelfandなどに1994年12月20日に発行されたDNAENCODINGATHERMOSTABLENUCLEICACIDPOLYMERASEENZYMEFROMTHERMOTOGAMARITIMAと称するアメリカ特許第5374553号;Gelfandなどに1995年5月30日に発行されたMUTATEDTHERMOSTABLENUCLEICACIDPOLYMERASEENZYMEFROMTHERMOTOGAMARITIMAと称するアメリカ特許第5420029号;Abramsonなどに1995年10月3日に発行されたMUTATEDTHERMOSTABLENUCLEICACIDPOLYMERASEENZYMEFROMTHERMUSSPECIESZ05と称するアメリカ特許第5455170号;Abramsonなどに1995年11月14日に発行された5TO3EXONUCLEASEMUTATIONSOFTHERMOSTABLEDNAPOLYMERASESと称するアメリカ特許第5466591号;Gelfandなどに1997年4月8日に発行されたRECOMBINANTEXPRESSIONVECTORSANDPURIFICATIONMETHODSFORTHERMUSTHERMOPHILUSDNAPOLYMERASEと称するアメリカ特許第5618711号;Gelfandなどに1997年4月29日に発行されたPURIFIEDTHERMOSTABLENUCLEICACIDPOLYMERASEENZYMEFROMTHERMOTOGAMARITIMAと称するアメリカ特許第5624833号;Abramsonなどに1997年10月7日に発行されたDNAENCODINGTHERMOSTABLENUCLEICACIDPOLYMERASEENZYMEFROMTHERMUSSPECIESZ05と称するアメリカ特許第5674738号;Gelfandなどに1998年8月4日に発行されたRECOMBINANTEXPRESSIONVECTORSANDPURIFICATIONMETHODSFORTHERMUSTHERMOPHILUSDNAPOLYMERASEと称するアメリカ特許第5789224号;Abramsonなどに1998年8月18日に発行された5TO3EXONUCLEASEMUTATIONSOFTHERMOSTABLEDNAPOLYMERASESと称するアメリカ特許第5795762号;Smithなどにより2002年1月31日に公開されたHIGHTEMPERATUREREVERSETRANSCRIPTIONUSINGMUTANTDNAPOLYMERASESと称するアメリカ特許第出願公開番号20020012970号及び2003年3月26日に出願されたアメリカ特許第出願公開番号10401403号それらは、引用により本明細書に組み込まれる。2’-ターミネーターヌクレオチドを組込むための増強された効率を有する修飾された酵素の生成は、種々の方法、例えば特定部位の突然変異誘発、化学的修飾、等により達成され得る。より特定には、特定部位の突然変異誘発は一般的に、部位-特異的プライマー指図された突然変異誘発により達成される。この技法は典型的には、所望する突然変異誘発を表わす制限されたミスマッチを除く、突然変異誘発されるべき一本鎖ファージDNAに対して相補的な合成オリゴヌクレオチドプライマーを用いて行われ得る。手短に言及すれば、合成オリゴヌクレオチドは、プラスミド又はファージに対して相補的な鎖の合成を指図するためのアプライマーとして使用され、そしてその得られる二本鎖DNAは、ファージ支持の宿主細胞中に形質転換される。得たれる細菌は、所望する突然変異誘発された遺伝子配列を担持するそれらのプラークを同定するために、例えばDNA配列分析又はプローブハイブリダイゼーションによりアッセイされ得る。さらなる例示によれば、核酸を修飾するための多くの他のアプローチ、例えば組換えPCR方法がまた利用され得る。本発明の実施においては例えば、修飾された酵素の生成、配列決反応の実施、等、分子生物学及び組換えDNAにおける多くの従来の技法が任意には、使用される。それらの技法は良く知られており、そして例えばCurrentProtocolsinMolecularBiologyVolumesIIIandIII1997Sambrookなど2001MolecularCloningALaboratoryManualThirdEditionColdSpringHarborLaboratoryPressColdSpringHarborNYBergerandKimmelGuidetoMolecularCloningTechniquesMethodsinEnzymologyvolume152AcademicPressIncSanDiegoCADNACloningAPracticalApproachVolumesIandII1985OligonucleotideSynthesis1984NucleicAcidHybridization1985TranscriptionandTranslation1984AnimalCellCulture1986ImmobilizedCellsandEnzymes1986Perbal1984APracticalGuidetoMolecularCloningtheseriesMethodsinEnzymologyGeneTransferVectorsforMammalianCells1987MethodsinEnzymologyVol154andVol155に説明されている。Vキット:本発明の2-ターミネーターヌクレオチドは典型的には、例えば配列決定反応においてプライマー核酸を延長するために、末端ラベリング反応を行うために、及び同様のために、キットに供給される。キットは一般的に、2’-ターミネーターヌクレオチドの他に、本明細書に記載されるようなヌクレオチド組込み生触媒を包含する。例えば、2’-ターミネーターヌクレオチドは任意には、ラベル例えば、放射性同位体、蛍光色素、質量修飾基、又は同様のものを包含する。いくつかの態様においては、キットはさらに、延長できるヌクレオチドを包含し、そして任意には、延長できるヌクレオチドの少なくとも1つは本明細書に記載されるようなラベルを含んで成る。任意には、キットはさらに、加ピロリン酸分解を最少にすることへの使用のための少なくとも1つのプロホスファターゼ例えば、熱安定性ピロホスファターゼ、持ち越される汚染に対する保護が所望される用途への使用のためのウラシルN-グリコシラーゼUNG例えば、熱不安定性UNGを包含する。典型的には、キットはまた、前記ヌクレオチド組込み生触媒及び前記ラベルされた2’-ターミネーターヌクレオチドにより前記プライマー核酸を延長するための1組の説明書を包含する。さらに、キットは典型的にはまた、前記ヌクレオチド組込み生触媒、前記ラベルされた2’-ターミネーターヌクレオチド、及び前記1組の説明書をパッキングするための少なくとも1つの容器を包含する。さらなる例示によれば、本発明のキットは任意には、1又は複数の延長可能ヌクレオチド、1又は複数の2’-ターミネーターヌクレオチド、緩衝液、及び1又は複数のヌクレオチド組込み生触媒を含んで成る1又は複数の予備製造された反応混合物を包含する。確かな態様においては、キットはさらに、鋳型核酸及び又はプライマー核酸例えば、ラベルされたプライマー核酸を包含する。任意には、鋳型核酸又はプライマー核酸は、固体支持体に結合される。次の例は、単なる例示により提供され、そして本発明の範囲を制限するものではない。例1:ウリジン四リン酸の位置特異的合成:図12は、本発明の1つの態様に従ってのウリジン四リン酸についての位置特異的合成路を図示する。括弧内の数字はこの例における図12に示される化合物を意味することを注意すること。5’-O-DMT-3’-O-TBDMSウリジン2’-O-ビスシアノエチルホスフィット[2]の合成:化合物[1]ChemGenesカタログANP-48450680g0790mモルを、アセトニトリルAldrich無水、10mlに取った。1-H-テトラゾールAldrich0211g、301mモルを、一部、前記溶液に添加し、続いて3-ヒドロキシプロピオニトリルAldrich0109ml158mモルを添加した。溶媒を回転蒸発器上で除去した。残渣をEtOAcに取り、そして得られる溶液を、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液2×20mlにより洗浄した。有機層を分離し、そして硫酸マグネシウム上で乾燥した。粗生成物を、濾過により得、続いて溶媒を蒸発した。Biotageフラッシュ40Sカトリッジを、生成物混合物を負荷する前、CH2Cl2200ml中、2Et3Nの溶液を溶出することにより再条件付けした。生成物混合物を、最少量のCH2Cl2中、溶液として、Biotageカラムの上部に負荷した。生成物を、2Et3N98CH2C12、05メタノール2Et3N975CH2C12、1メタノール2Et3N97CH2C12から成る段階づけされたグラジエントにより溶出することにより精製した。精製された生成物を、05-10メタノール溶媒強度画分に溶出した。精製された生成物を含む画分を組合し、そして溶媒を回転蒸発器上で除去した。精製された生成物[2]を、白色発泡体0510g、78の収率として、この態様で得た。5’-OH-3’-O-TBDMSウリジン2’-O-ビスシアノエチルホスフェート[4]の合成:化合物[2]0335g、0403mモルを、室温でTHFAldrich無水、67mlに溶解した。ピリジンTHF水002M、22:68:1;GlenResearch24ml048mモル中、I2の溶液を、攪拌しながら、前記混合物に添加した。得られる溶液を、周囲温度で20分間、攪拌した。亜硫酸水素ナトリウムの水溶液3mlの水中、1gを、I2の色が溶液において消えるまで、滴下した。揮発性溶媒を、回転蒸発器上で除去した。その溶液をEtOAcにより希釈し、100mlの合計体積にした。その溶液を飽和炭酸水素ナトリウム水溶液50mlにより注意して洗浄した。有機層を分離し、そして硫酸マグネシウム上で乾燥した。その溶液を濾過し、そして溶媒を回転蒸発器上で除去し、化合物[3]を得た。この粗材料[3]を、攪拌しながら、CH2Cl28mlに取った。得られる溶液を30°Cに冷却した。CH2Cl24ml中、トリクロロ酢酸Fisher0487g298mモルの溶液を、ヌクレオシドの冷却された攪拌溶液に添加した。トリチルカチオンの赤褐色特徴がすぐに出現した。攪拌を30°Cで20分間、続け、この後、トリクロロ酢酸を添加した。メタノール15mlを添加し、そして得られる溶液を分離用漏斗に移した。その溶液を、CH2Cl275mlにより希釈した。得られる溶液を飽和炭酸水素ナトリウム水溶液2×30mlにより洗浄した。有機層を分離し、そして硫酸ナトリウム上で乾燥した。その溶液を濾過し、そして溶媒を回転蒸発器上で除去した。粗生成物を、Biotage40Sカートリッジを用いて、シリカゲル上でのフラッシュカラムクロマトグラフィーにより精製した。生成物を、最少量のCH2Cl2中、溶液としてBiotageカラムの上部に負荷した。生成物を、EtOAc、EtOAc中、1MeOH、EtOAc中、2MeOH、EtOAc中、3MeOH、EtOAc中、4MeOH、EtOAc中、5MeOH及びEtOAc200ml中、10MeOHの段階づけされたグラジエントを用いて溶出した。生成物は、10メタノール溶媒強度を用いて溶出した。精製された生成物を含む画分を組合し、そして溶媒を回転蒸発器上で除去した。粗生成物[4]を、白色発泡体0145g、66の収率として、この態様で得た。化合物[4]のその対応する三リン酸[7]への転換:5’-OH-3’-O-TBDMSウリジン2’-O-ビスシアノエチルホスフェート化合物[4]、00335g、00615mモルを、ピリジン3×02mlとの同時-蒸発により乾燥した。得られる材料を、ピリジンAldrich無水、70μl及びDMFAldrich無水、180μlに取った。DMF中、サリチルホスホロクロリジットの溶液05M137μl、00677mモルを、前記攪拌溶液に添加した。得られる反応混合物を、周囲温度で20分間、攪拌した。トリ-N-ブチルアミノAldrich、38μl、0160mモルを添加し、続いて、DMF中、テトラブチルアンモニウムピロホスフェートの溶液05M185μl、00925mモルを添加した。得られる反応混合物を、周囲温度で20分間、攪拌した。ピリジン水THF中、I2の溶液002MGlenResearch36ml、0072mモルを添加し、そしてその得られる反応混合物を、周囲温度で、さらに20分間、攪拌した。過剰のヨウ素を、ヨウ素の特徴的色彩が消出するまで、亜硫酸水素ナトリウム溶液3mlの水中、1gのNaHSO3の滴下により除去した。得られる溶液を、周囲温度で一晩、放置した。-20°Cでの72時間にわたる静置は、環状三リン酸の線状三リン酸への同じ転換を達成することを注意すること。この点で、環状三リン酸は、流れ注入質量分光計MSにより検出できなかった。得られる線状三リン酸を、逆相HPLCカラムZorbaxSBC18212mmx25cm溶媒A01MTEAA25CH3CNpH70溶媒BCH3CN流速100mL分グラジエントt0分100At15分50A50Bt20分100Bt25分100Bt2501分100At30分100A;t滞留時間209分により単離した。3’-O-TBDMS-ウリジン四リン酸[8]の合成:ウリジン2’-O-ビスO-シアノエチルリン酸[7]9mg00117mモルを、メタノール3×5ml、CH2Cl23×5ml及び最終的に、無水CH3CN1×5mlと共に連続的に同時蒸発した。次に、その材料を、CH3CNAldrich無水、225mlに取った。1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデク-7-エンDBUAldrich175μl、117mモル及びクロロトリメチルシランAldrich59μl、0468mモルを、前記攪拌溶液に添加した。反応混合物を、周囲温度で2時間、攪拌した。水1mlを添加し、そして揮発性材料を回転蒸発器により除去した。得られる生成物を、逆相HPLCカラムZorbaxSBC18212mmx25cm溶媒A01MTEAA25CH3CNpH70溶媒BCH3CN流速100mL分グラジエントt0分100At15分50A50Bt20分100Bt25分100Bt2501分100At30分100A;t滞留時間136分により精製した。凍結乾燥の後、この態様で得られた化合物[8]を、UVにより定量化した8mg。ウリジンのモル消衰計数εmaxは10mM1cm1であり、そしてその吸光度λmaxは262nmであった:ウリジン四リン酸[9]の合成:3’-O-TBDMS-ウリジン四リン酸[8]255mg、000376mモルを、CH3CNAldrich無水、160μlに取った。THF中、弗化四ブチルアンモニウム10M、Aldrich113μl、0113mモル及びHOAc氷酢酸、22μl、00376mモルを、前記溶液に添加した。得られる反応混合物を、周囲温度で21時間、攪拌した。この時点での反応のHPLC分析は、残存するシリルエーテルを示されなかった。揮発材料を、回転蒸発器上で除去した。生成物混合物を水に再懸濁し、そして生成物を、逆相HPLCカラムZorbaxSBC1894mmx25cm溶媒A01MTEAA25CH3CNpH70溶媒BCH3CN流速40mL分グラジエントt0分100At15分75A25Bt1501分100Bt20分100At27分100A;t滞留時間705分により精製した。精製された材料を凍結乾燥した。得られる材料を、再懸濁し、そして凍結乾燥し合計5度、TEAA塩の完全な除去を確めた。最終の凍結乾燥の後、材料を、UVにより定量化した200mg、94の収率。この態様で得られる化合物[9]は、白色固形物であった。例II:アデノシン四リン酸の合成:概略:この例は、本発明の1つの合成反応に従ってのアデノシン四リン酸の合成を示す。図13に図示されるように、合成反応は、5’-三リン酸-3’-一リン酸アデニンヌクレオシド及び5’-三リン酸-2’-一リン酸アデニンヌクレオシドの混合物を生成した。合成反応においては、ATPを室温で、1NのKOH中、三ナトリウムトリメタホスフェート3と反応せしめた。反応混合物を、8時間、進行せしめた。5’-四リン酸-一リン酸アデニンヌクレオシド:5’-三リン酸-2’-一リン酸アデニンヌクレオシドのモル比は、約50:50であった。図14A-Cは、種々のアデノシンヌクレオチドの検出を示すHPLCトレース横座標-滞留時間分;縦座標-260nmでの吸光度単位AUである。トレースは、イオン-対合RP-HPLCクロマトグラフィーを用いてのヌクレオチド分離に従って生成された。特に、分析及び精製を、TEAA-アセトニトリル緩衝液により、SynunetryShieldTM逆相カラム上で行った。図14Aは、アデノシン四リン酸反応のHPLC分析を示し、そして図14B及びCは、精製されたアデノシン四リン酸画分のHPLC分析を示すそれぞれ、滞留時間:4166及び452分。さらに下記に記載される別のNMR分析31PNMR2DProtonPhosphorusNMRは、433分で溶出するピークが2’-PO4-ATPに対応し、そして465分でのピークが3’-PO4-ATPに対応することを示した図14Aを参照のこと。NMR分析:上記に記載される、HPLC分析において433分でピークを有するアデノシン四リン酸の1H及び31P化学シフトが表Iに示されている。プロトン化学シフトの評価は、COSYスペクトル、及びプロトンH-1’が、わずか1つのプロトンカップリングを有し、そしてリボースプロトンの最も遠いダウンフィールドであったので、用意に同定され得る事実により、容易にされた。プロトン脱カップリングを有する31Pスペクトル及びそれを有さない31Pスペクトルをまた得た。4種のリン酸ピークが、31Pスペクトルにおいて観察された。-2244、-1069及び-992ppmでの3種のピークが、31P-31Pカップリングを示し、そしてそれらはリボース環の5’-位置で三リン酸基に属した。087ppmでの4番目のピークは、31P-31Pカップリングを示さず、そしてそれは一リン酸に属した。しかしながら、一リン酸の31P化学シフトは、両アデノシン四リン酸すなわち、433及び465分でのピークにおいて非常に類似しそれぞれ、087及び108ppm、そして従って、リン酸基の位置の決定において有用ではなかった。さらに、一リン酸及び三リン酸ピークの線幅は、31P-1Hカップリングがプロトン脱カップリングを伴わないで得られた31Pスペクトルにおいて解決されないほど広かった。アデノシン-5’-リン酸、アデノシン2’-一リン酸、及びアデノシン四リン酸のH2’及びH-3’化学シフトの比較433分でのピークは、一リン酸が433分でピークを有するアデノシン四リン酸のC-2’で結合されることを示した表IIを参照のこと。さらに、2主の隣接するプロトンを有し、そして従って、ダブレットのブレット又はトリプレットであることが予測されるH-2’は、トリプレットのダブレットであった。追加の88Hzカップリングは、3つの結合31P-1Hカップリングである正しい大きさである。それらの結果に基づいて、433分でピークを有するアデノシン四リン酸の構造を決定し、そして2’-PO4-ATPに対応する。2’-PO4-ATPの構造は、図13に図示される。465分でのピークを有するサンプルは、ヌクレオチドの混合物であり、そして多量のトリエチルアミン塩であることがわかった。1H及び31Pスペクトルから測定されるように、ヌクレオチドの1H及び31P化学シフト、及び測定されたスプリッティングが、表IIIに示される。433分でピークを有するアデノシン四リン酸のように、プロトン化学シフトの評価は、COSYスペクトル、及びプロトンH-1’が、わずか1つのプロトンカップリングを有し、そしてリボースプロトンの最も遠いダウンフィールドであったので、用意に同定され得る事実により、容易にされた。カップリングされた及び脱カップリングされた31Pスペクトルは、433分でピークを有するアデノシン三リン酸についての上記で論じられた同じ理由のために有用ではなかった。H2’及びH3’の化学シフトは、465分でピークを有するアデノシン四リン酸サンプルに関して、両者とも約48ppmであった。従って、H2’は、アデノシン5’-リン酸475ppmにおけるH2’の化学シフトに接近して、上方に移動した表IIを参照のこと。H3’は、アデノシン5’-リン酸451ppm及びアデノシン四リン酸433分でのピーク467ppmの両者におけるH3’の化学シフトに対して下方に移動した表IIを参照のこと。それらの観察に基づいて、465分でピークを有するアデノシン四リン酸の構造を決定し、そして3’-PO4-ATPに対応する。3’-PO4-ATPの構造は図13に図示される。例III:TAMRAラベルされた2’-一リン酸-ウリジン三リン酸及び3’-一リン酸-ウリジン三リン酸の合成:この例は、本発明の1つの態様に従ってのTAMRAラベルされた2’-一リン酸-ウリジン三リン酸及び3’-一リン酸-ウリジン三リン酸の合成路を例示する。さらなる例示によれば、図15は、この例に記載される路における一定の段階を図示する。括弧内の数字は、この例における図15に示される化合物を意味することを注意すること。化合物[3]を、水300μlに取り、そしてこの溶液100μlを、円錐状のバイアルに添加した。その円錐状バイアルにおける溶液を、10mlの1NのKOHにより希釈した。ナトリウムトリメタホスフェート50mgを添加し、そしてその溶液を、周囲温度で1時間、攪拌した。50mgのナトリウムトリメタホスフェートを添加し、そして攪拌をさらに2時間、続けた。次に、追加の50mgのナトリウムトリメタホスフェートを添加し、そして攪拌を周囲温度で一晩、続けた。次の日、80μlの氷酢酸を添加し、pHを約70にした。得られる反応混合物を、RP-HPLCにより精製した。最初に、ヌクレオシドを含む反応混合物の一部を、塩から分離した。凍結乾燥の後、四リン酸を出発材料から分離した。図16は、それらの四リン酸の検出を示すクロマトグラム横座標-滞留時間分;縦座標-290nmでの吸光度単位AUである。特に、159及び161分で溶出したピークは、四リン酸に対応し、そして168分でのピークは、出発材料に対応する。7mgの四リン酸異性体混合物化合物[4]及び[5]を、周囲温度で200μlのトリフルオロ酢酸TFAに取った。得られる溶液を30分間、攪拌した。次に、その溶液を、液体窒素において冷却し、そしてTFAを凍結乾燥により除いた。前記材料を、さらなる操作を伴わないで、カルボキシテトラメチルローダミンスクシンイミジルエステルTAMRA-SEとの反応にゆだねた。TAMRA-SE原液を、5mgのTAMRA-SEを、350μlのジメチルホルムアミドDMFに溶解することにより調製した。さらに、四リン酸原液化合物[6]及び[7]を含むを、6mgの四リン酸混合物を100μlの水に溶解することにより調製した。TAMRA-SE原液を、175μlの水と共に、円錐状のバイアルに移した。さらに、1875μlのラベリング緩衝液01Mの四硼酸ナトリウム及び四リン酸原液を、前記混合物に添加した。得られる反応混合物を、周囲温度で一晩、暗室アルミ箔により被覆された円錐状バイアルにおいて攪拌した。次の日、100μlの反応混合物のHPLC分離は、ラベルされた四リン酸異性体化合物[8]及び[9]であると思われる、約17分で溶出する2つのピークを示した。それらのピークに対応する画分を、RP-HPLCにより、反応混合物の残りから単離した。集められたサンプルの凍結乾燥による濃縮の後、流れ注入分析-質量分光法FIA-MSは、1質量単位、予測されるイオンの質量からずれた、10278でのイオンを示した。反応混合物の残りを、周囲温度で一晩、攪拌した。蛍光ラベルは正に荷電されるので、1つのプロトンMHの除去が全体的な中性分子を生成すると思われる。従って、M2Hは、-1の質量:電荷比としてMSにより検出できる分子を導く。これは、上記に言及される、観察される分子イオンを説明することができる。追加のラベルされた四リン酸についての他の典型的な合成路が、図17-19に図示される。特に図17は、ROXラベルされたシチジン四リン酸についての合成路における一定の段階を図示する。図18は、R6Gはラベルされたアデニン四リン酸についての合成路における一定の段階を図示する。図19は、R110ラベルされたグアニン四リン酸についての合成路における一定の段階を図示する。例IV:2’-ターミネーターヌクレオチドを用いてのプライマー核酸延長の終結:この例は、2種のプライマー核酸延長反応の比較を示す。それらの分析に使用される、鋳型及びプライマー核酸の配列が図20に示され、それぞれ配列名称NJS115及びNJS01に対応する。図20A及びBは、ターミネーターヌクレオチドに影響しない反応において、NJS01中へのアデニン及びグアニン基の組込みを示す電気泳動図トレースである。対照的に、図20C及びDは、NJS01が本発明のアデノシン四リン酸ターミネーターヌクレオチドの組込みに基づいて、非延長性にされることを示す電気泳動図トレースである。例V:修飾された熱安定性DNAポリメラーゼ及び蛍光プライマーを用いての自動化された循環DNA配列決定:この例は、自動化された色素プライマー循環DNA配列決定に、本発明の2’-ターミネーターヌクレオチドの適用を例示する。特に、M13mp18DNA鋳型を、リボヌクレオシド2’-一リン酸5’-三リン酸を用いて配列決定した。循環配列決定反応を、リボヌクレオチド類似体、色素プライマー、及びリボヌクレオシド2’-一リン酸5’-三リン酸類似体の組込みのために修飾されたG46EE678GCS5DNAポリメラーゼ上記に言及されるにより行った。反応は、50mMのトリシンpH8540mMのKOAc4mMのMg2100μMの個々のdATPdCTPdTTP150μMのc7dGTP05単位μlのG46EE678GCS5DNAポリメラーゼ10単位μlのrTth熱安定性ピロホスファターゼ及び20ngμlのM13mpl8鋳型から成った。4種の個々の反応1つは個々の塩基のためであるを行った。個々の塩基のための反応は、上記のもの及び次の試薬を含んだ:アデノシン反応10μl:35μMのアデノシン2’-一リン酸5’-三リン酸01μMのFR686NHEXプライマーシチジン反応10μl:75μMのシチジン2’-一リン酸5’-三リン酸01μMのFR686NFAMプライマーグアノシン反応20μl:5μMのグアノシン2’-一リン酸5’-三リン酸01μMのFR686NTAMRAプライマーウリジン反応20μl:10μMのウリジン2’-一リン酸5’-三リン酸01μMのFR686NROXプライマーアデノシン反応においては、アデノシン2’-一リン酸5’-三リン酸は約95の純度であったすなわち、約5は、アデノシン3’-一リン酸5’-三リン酸であった。シチジン反応においては、シチジン2’-一リン酸5’-三リン酸及びシチジン3’-一リン酸5’-三リン酸は、5050混合物として存在した。グアノシン反応においては、グアノシン2’-一リン酸5’-三リン酸は、約94の純度であったすなわち、約6はグアノシン3’-一リン酸5’-三リン酸であった。ウリジン反応においては、ウリジン2’-一リン酸5’-三リン酸は、100の純度であった。オリゴヌクレオチドプライマー配列は、次の通りであった:FR686NFAM:FCGCCAGGGTTTTCCCAGTEAE2アミノCF5FAMABDFR686NHEX:ICGCCAGGGTTTTCCCAGTEAE2アミノCI5HEXABDFR686NROX:JCGCCAGGGTTTTCCCAGTEAE2アミノCJ6ROXFR686NTAMRA:LCGCCAGGGTTTTCCCAGTEAE2アミノCLC6アミノTAMRA4種の反応の個々を、PerkinElmerGeneAmpOPCRシステム9600熱サイクラーに配置し、そして95°Cで45秒、及び次に95°Cで15秒、55°Cで15秒、70°Cで90秒20サイクル、続いて95°Cで15秒、70°Cで90秒20サイクルにゆだねた。4種の反応をプールし、そして4°Cで15分間、144μlの100エタノール及び6μlの3MのNaOAcpH52の添加により沈殿せしめた。プールされた反応を、4°Cで15分間、微小遠心分離し、DNAを沈殿し、そして上清液を除いた。ペレットを、350μlの冷70エタノールにより洗浄し、4°Cで5分間、微小遠心分離し、上清液を除き、そしてDNAペレットを乾燥した。沈殿されたDNAを、10μlのHi-DiホルムアミドAppliedBiosystemsFosterCityCAパート4311320に再懸濁し、90°Cで3分間、加熱し、そして氷上に配置した。2μlの個々のサンプルを、予備電気泳動された48cmの425アクリルアミド:ビス29:1、6Mのウレアゲル上に負荷し、そしてABIPRISMTM377DNASequencer上で7時間、電気泳動した。データを、プライマーファイルDP4Ac{KS}、半適応性ベースカラーバージョン331b2、及びAppliedBiosystemsマニュアルパート903436における方法に従って生成される、上記で使用される色素プライマーに対して特異的なマトリックスファイルを用いて、SequencingAnalysisSoftware341により分析した。分析ソフトウェアによる自動化されたベースコーリングは、M13mp18参照配列に比較する場合、配列決定プライマーからの塩基18~739について100正確であった。図21は、この配列分析からのデータのスペクトルプロフィールを提供する。例VI:修飾された熱安定性DNAポリメラーゼ及び色素-ラベルされたリボヌクレオシド2’-一リン酸5’-三リン酸を用いての循環されたDNAプライマー延長:熱循環されたプライマー延長反応を、リボヌクレオチド類似体、ラベルされていないプライマー及びTAMRA色素-ラベルされたウリジン2’-一リン酸5’-三リン酸の組込みのために修飾されたG46EE678GCSSDNAポリメラーゼにより行った。20μlの反応は、50mMのトリシンpH7525mMのKOAc25mMのMg2100μMの個々のdATPdCTP及びdTTP150μMのdITP05単位μlのG46EE678GCS5DNAポリメラーゼ10単位μlのrTth熱安定性無機ピロホスファターゼ5ngμlのM13mpl8鋳型015μMのプライマー及び025μMのTAMRAウリジン2リン酸5三リン酸から成った。対照反応を、AmpliTaqDNAポリメラーゼ、FSラベルされていないプライマー及びTAMRA色素-ラベルされたddTTPにより行った。20μlの反応は、50mMのトリスpH92mMのMgCl2100μMの個々のdATPdCTP及びdTTP150μMのdITP05単位μlのAmpliTaqDNAポリメラーゼFS10単位μlのrTth熱安定性無機ピロホスファターゼ5ngμlのM13mpl8鋳型015μMのFR686Nプライマー及び02μMのTAMRAddTTPから成った。FR686N:CGCCAGGGTTTTCCCAGTEAE2アミノC反応を、PerkinElmerGeneAmpOPCRシステム9600熱サイクラーに配置し、そして96°Cで20秒、及び次に96°Cで10秒、50°Cで5秒、60°Cで4分25サイクルにゆだねた。循環の後、組込まれなかった色素-ラベルされたターミネーターを、SephadexG50カラムを通しての700×gで2分間の遠心分離により、反応から除去した。サンプルを、95°Cで3分間、加熱し、そして氷上に配置した。サンプルを、50cmの細管アレイ及びPOP6ポリマーを用いてStdSeq50POP6DefaultModuleパラメーターに従ってGeneScanアプリケーションを用いてのAppliedBiosystems3100GeneticAnalyzer上で電気泳動した。データを、AppliedBiosystemsGeneScan37フラグメント分析ソフトウェアにより分析した。図22は、プライマーFR686NからのTピーク77~273個の塩基についてのフラグメントパターンを示す。より特定には、対照AmpliTaqDNAポリメラーゼ、FS及びTAMRA-ddTTPにより生成されたフラグメントパターンパネルAに対する、G46EE678GCS5DNAポリメラーゼ及びTAMRA-ウリジン2’-一リン酸5’-三リン酸により生成されたフラグメントパターンパネルBの比較は、ピークの類似するパターンを示した。前述の発明は、明確性及び理解のために、いくらか詳細に記載されて来たが、種々の変更が本発明の範囲内で行われ得ることは、この開示の解釈から当業者に明らかであろう。例えば、上記に記載されるすべての技法及び装置は種々の組合せで使用され得る。本出願に引用されるすべての出版物、特許、特許出願又は他の書類は、あたかも個々の出版物、特許、特許出願又は他の書類が特異的に及び個別にその全体が参考として組込まれるのと同じレベルで、その全体が参照として本明細書に組み込まれるものである。"