"aR1-N-R2、式中、Nは5CTGGATCGATGGAGAGGTGT35TCCGGTCTTTCCTCCTCTTT35CTACCGTCAGCGATCTCTCC35TTCCTTTGCCAAATAGTCCG35GACGTCGGGTCATTTGAAGT35ACTGCAATTCCAACACCACA35ATGTCCTGGATAACGCAAGG35CTCCTCCAACTGCGAGAAAC35ATCGCGCTTGGAATAGCTTA35GACAGCCGTTCCAATGATCT35AGGCCGGGTAGAGATTGACT35CCTGCAGCACCAATCTGTTA35CAGTGTTTATGGTGGCATCG35GGCATCGTGATAAGCCATTT35TGGCAGAGCTTGACATTGAC35GCCGTTCTCTCAATCCACAT35ATACTGGGGCAGTGTCAAGG35TAACGTTCTTGCCAGGTTCC35GGCTGAAGCACTGAGAGGAC35ACAGGTTGTAGTTCGGCACC35CCAGGCACTTCAGATCCATT35CTAGGCACAAACCAAACCGT35GATTGACGCCAGGGTGTACT35ATGTCTTCCCCATGAAGTGC35CGCAGACAGACAACCAGCTA35TTGACCTCAATTCTTTGCCC35GACGTCCCAGAATTAGAGGGC35TCCGGCTTCTCGTACTGTCT35CTCTGTTTGGAACGCAACAA35GCCCCACCTCTTTTTAGTCC35AGTCGAGCTTCAGGCAATGT35TGGTGTCTGAGTTGAGCAGG35TGAGTACAGTTCGACGTGGC35TTGAGAGGAGCCTGACCACT35AGCTAAGGTGCTTGAGCTGC35ATGACGGTTCTTCCATCAGC35ACATCCAAGAGTGGAAACCG35CGAGCTCTGCCTACCAATTC35GCAGGAGGAGAGTGGATGAC35TTCTCCACTGGGGTTITGTC35GGGTTAACAAAGGCAAACCA35CCCTGACCTACAGCTTCAG35TAGTTCGCCTGTGTGAGCTG35TTTTAGCATATTGACAGCCCG35TTGATTGGACTGAAGAGGGC35GCAATTGCTGTGAACCTGAA35GCTGAAGCTGTAGGTCAGGG35CTGGTTGTGCAGAGCAGAAG35GGAGAGTGCAGTCTGCGATA35GTCTCCTCTAACCTCTAGTCC35GCCACCGGAAGTTGAGTAGA35GAGACGGTTCTGAGGGCTTAC35TGGATTTGGTCTCACCAGCACTCGGATGTT35ACATCCGCAGTGCCCAGAGAACATAATGGA35ACGGGTTCACTACTACTGCATCTAGAGACA35CCGGTAATGGTGTTAAACCAGGGCGAAAGGA35CAGGAGGACTGGGTTAACAAAGGCAAACCA3および5ATCACTTCGCGGCTTTGTTCACCCAGTCCT3からなる群から選択されるオリゴヌクレオチドNであり;R1はオリゴヌクレオチドNの5末端に共有結合した図1配列番号1に示す西ナイルウイルスコンセンサス配列中におけるオリゴヌクレオチドNの5末端の直ぐ上流の該コンセンサス配列の0~20個の連続した塩基のオリゴヌクレオチド配列であるが、ただしオリゴヌクレオチドNが該コンセンサス配列に相補的である時、R1は該コンセンサス配列の相補鎖から選択され;そしてR2はオリゴヌクレオチドNの3末端に共有結合した該コンセンサス中におけるオリゴヌクレオチドNの3末端の直ぐ下流の該コンセンサス配列の0~20個の連続した塩基のオリゴヌクレオチド配列であるが、ただしオリゴヌクレオチドNが該コンセンサス配列に相補的である時、R2は該コンセンサス配列の相補鎖から選択されるものである;で表されるオリゴヌクレオチド、またはbaのオリゴヌクレオチドと少なくとも80の配列同一性を有する単離されたオリゴヌクレオチド;またはcaまたはbの完全長相補鎖である単離されたオリゴヌクレオチド、を含んでなる単離されたオリゴヌクレオチド。5CTGGATCGATGGAGAGGTGT35TCCGGTCTTTCCTCCTCTTT35CTACCGTCAGCGATCTCTCC35TTCCTTTGCCAAATAGTCCG35GACGTCGGGTCATTTGAAGT35ACTGCAATTCCAACACCACA35ATGTCCTGGATAACGCAAGG35CTCCTCCAACTGCGAGAAAC35AGGCCGGGTAGAGATTGACT35CCTGCAGCACCAATCTGTTA35CAGTGTTTATGGTGGCATCG35GGCATCGTGATAAGCCATTT35TGGCAGAGCTTGACATTGAC35GCCGTTCTCTCAATCCACAT35ATACTGGGGCAGTGTCAAGG35TAACGTTCTTGCCAGGTTCC35CCAGGCACTTCAGATCCATT35CTAGGCACAAACCAAACCGT35GATTGACGCCAGGGTGTACT35ATGTCTTCCCCATGAAGTGC35CGCAGACAGACAACCAGCTA35TTGACCTCAATTCTTTGCCC35CTCTGTTTGGAACGCAACAA35GCCCCACCTCTTTTTAGTCC35AGTCGAGCTTCAGGCAATGT35TGGTGTCTGAGTTGAGCAGG35TGAGTACAGTTCGACGTGGC35TTGAGAGGAGCCTGACCACT35AGCTAAGGTGCTTGAGCTGC35ATGACGGTTCTTCCATCAGC35ACATCCAAGAGTGGAAACCG35CGAGCTCTGCCTACCAATTC35GCAGGAGGAGAGTGGATGAC35TTCTCCACTGGGGTTTTGTC35TAGTTCGCCTGTGTGAGCTG35TTTTAGCATATTGACAGCCCG35TTGATTGGACTGAAGAGGGC35GCAATTGCTGTGAACCTGAA35GCTGAAGCTGTAGGTCAGGG3および5CTGGTTGTGCAGAGCAGAAG3からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドからなるか、または該オリゴヌクレオチドを含んでなる単離されたオリゴヌクレオチド。オリゴヌクレオチドが検出可能な標識をさらに含んでなる請求項2に記載のオリゴヌクレオチド。上記検出可能な標識が5末端に結合した蛍光分子である請求項3に記載のオリゴヌクレオチド。3末端に消光剤分子をさらに含んでなる請求項4に記載のオリゴヌクレオチド。5CTGGATCGATGGAGAGGTGT3と5TCCGGTCTTTCCTCCTCTTT35CTACCGTCAGCGATCTCTCC3と5TTCCTTTGCCAAATAGTCCG35GACGTCGGGTCATTTGAAGT3と5ACTGCAATTCCAACACCACA35ATGTCCTGGATAACGCAAGG3と5CTCCTCCAACTGCGAGAAAC35ATCGCGCTTGGAATAGCTTA3と5GACAGCCGTTCCAATGATCT35AGGCCGGGTAGAGATTGACT3と5CCTGCAGCACCAATCTGTTA35CAGTGTTTATGGTGGCATCG3と5GGCATCGTGATAAGCCATTT35TGGCAGAGCTTGACATTGAC3と5GCCGTTCTCTCAATCCACAT35ATACTGGGGCAGTGTCAAGG3と5TAACGTTCTTGCCAGGTTCC35GGCTGAAGCACTGAGAGGAC3とSACAGGTTGTAGTTCGGCACC35CCAGGCACTTCAGATCCATT3と5CTAGGCACAAACCAAACCGT35GATTGACGCCAGGGTGTACT3と5ATGTCTTCCCCATGAAGTGC35CGCAGACAGACAACCAGCTA3と5TTGACCTCAATTCTTTGCCC35GACGTCCCAGAATTAGAGCGC3と5TCCGGCTTCTCGTACTGTCT35CTCTGTTTGGAACGCAACAA3と5GCCCCACCTCTTTTTAGTCC35AGTCGAGCTTCAGGCAATGT3と5TGGTGTCTGAGTTGAGCAGG35TGAGTACAGTTCGACGTGGC3と5TTGAGAGGAGCCTGACCACT35AGCTAAGGTGCTTGAGCTGC3と5ATGACGGTTCTTCCATCAGC35ACATCCAAGAGTGGAAACCG3と5CGAGCTCTGCCTACCAATTC35GCAGGAGGAGAGTGGATGAC3と5TTCTCCACTGGGGTTTTGTC35GGGTTAACAAAGGCAAACCA3と5CCCTGACCTACAGCTTCAG35TAGTTCGCCTGTGTGAGCTG3と5TTTTAGCATATTGACAGCCCG35TTGATTGGACTGAAGAGGGC3と5GCAATTGCTGTGAACCTGAA35GCTGAAGCTGTAGGTCAGGG3と5CTGGTTGTGCAGAGCAGAAG35GGAGAGTGCAGTCTGCGATA3とSGTCTCCTCTAACCTCTAGTCC3、ならびに5GCCACCGGAAGTTGAGTAGA3と5GAGACGGTTCTGAGGGCTTAC3からなる群から選択される一対の単離されたオリゴヌクレオチド。試験サンプル中の西ナイルウイルスの検出法であって:該試験サンプル中の西ナイルウイルスの核酸を増幅させ;そして増幅した核酸を検出する工程を含んでなり、ここで増幅した核酸の検出が該試験サンプル中の西ナイルウイルスの存在を示し、該方法が西ナイルウイルスの核酸を増幅または検出するために請求項1~6のいずれかに記載の少なくとも1つのオリゴヌクレオチドを使用する上記方法。請求項1~6のいずれかに記載の少なくとも1つのオリゴヌクレオチドを含んでなるキット。実施例1西ナイルウイルスWNVの配列分析:コンセンサス配列WNVは、約11kbの1本鎖の陽極性RNAゲノムである。GenBankの調査は、米国で確認された単離物から8種のほぼ完全長のWNVゲノム配列の同定をもたらしたGenBank寄託番号:AF196835、AF260967、AF202541、AF206518、AF404753、AG404754、AF404755およびAF404756。配列のアライメントおよび比較は、VectorNtiSuite7.0インフォマックスInforMax、フレデリック、メリーランド州、米国を使用して行い、そしてコンセンサス配列はこれら8種の配列の分析に由来した全WNVコンセンサス配列は図1に列挙する。現在知られているWNVの米国の単離物は、ヌクレオチドレベルで高い相同性を有し、ほとんどが米国におけるウイルスの最近の創始者効果感染の結果らしい。米国の株に対してヨーロッパおよび他のさらに祖先の単離物に関するWNV配列比較は、ヌクレオチドレベルで一層高い多様性を明らかにする。実施例22.1PCR増幅プライマーの設計:WNVコンセンサス配列から、8種の完全長の米国WNV単離物に由来する最高に配列が保存された10944bp領域を、PCR増幅プライマーの設計に選択した。この相同性領域を系統的に500bp区画に破壊し、そして各区分中に1対の増幅プライマーがPrimer3PCRプライマーデザインソフトウェアホワイトヘッドインスティチュートフォバイオメディカルリサーチ、ケンブリッジ、マサチューセッツ州を使用して選択された。Primer3を使用したプライマー設計のためのデフォルト設定は、100~150bpのアンプリコンについて至適化され、55~60°Cの範囲のプライマーTm融解温度、およびG/C含量は、二重標識蛍光プローブに基づくアッセイTaqManアッセイについて至適化されたアプライドバイオシステムズ、フォスターシティ、カリフォルニア州。WNV増幅用に同定されたプライマー配列は、化学的に合成した。個別の増幅プライマー対の各々は、逆転写およびポリメラーゼ連鎖反応RT-PCR;Brilliant商標PlusSingleStepQRT-PCRシステム、ストラタジーンStratagene、ラジョラ、カリフォルニア州、米国を使用して、WNVRNAを増幅する能力についてアッセイした。反応は各31個のWNV増幅プライマー対を、鋳型無しの負のPCR対照と一緒に使用して設定した。RT-PCR反応を完了した後、全50μlの反応容量の5μlを4-20ポリアクリルアミドゲルでの電気泳動に使用して、RT-PCRが成功したかどうかを決定した。予想されるサイズのPCRアンプリコンが、行った31反応の28で観察された。アンプリコンを生成しなかったプライマーを除いたプライマーを表1に示す。2.2WNVの蛍光に基づくPCR検出のためのプローブ設計:WNVゲノムのコンセンサス配列内で同定された28個の陽性PCR増幅プライマー対の中の6組を、溶液中で低濃度のWNV標的を増幅する能力に基づき、核酸の蛍光検出の開発で考慮するために選択した表2。このために、これら6個のWNVアンプリコンの配列は、PrimerQuestsmソフトウェアインテグレイティッドDNAテクノロジーズIntegratedDNATechnologies、コーラルヴィル、アイオワ州、米国を使用して評価して、WNVアンプリコン内でハイブリダイズする最適な蛍光プローブを同定した。ソフトウェアを行うためのデフォルト設定は、最適なプローブサイズ=30nt;最適なプローブTm=70°C;そして最適なプローブGC=50であった。プローブの配置は増幅プライマーの最大20ヌクレオチドの3’内となるように優先順位をつけ、そして両鎖を分析して、6個の各WNVアンプリコン内で確認できる1つの最適プライマーを同定した。選択したプローブを表2に示す。5’末端に5-カルボキシフルオレセインFAMを、そして3’末端にブラックホール消去剤Bhqencher;バイオサーチテクノロジーズBioSerchTechnologies、ノバト、カリフォルニア州、米国を含有する蛍光WNVプローブを合成した。6種の各増幅プライマー対/蛍光プローブの組み合わせはこれを表2に示す、RT-PCRBrilliant商標PlusSingleStepQRT-PCRシステム、ストラタジーン、ラジョラ、カリフォルニア州、米国により、正常ヒト血漿NHP中で希釈した標的濃度のWNVの検出について試験した。標的は1:20、1:100、1:200、1:1,000,1:2000および1:10,000に希釈した。6種すべての増幅プライマー対/蛍光プローブの組み合わせは、ヒト血漿中のWNVを検出することができた。実施例33.1ヒト血漿からWNV核酸単離の至適化:核酸の単離は、イソチオシアン酸グアニジン溶解/アルコール沈殿法AmpliScreen商標MultiprepSpecimenProcessingProcedure、ロッシュダイアグノスティックスRocheDiagnostics、バーゼル、スイスを使用して既知濃度のWNVRNAでスパイクした正常ヒト血漿で行った。ポリアクリルアミド担体をRNAのイソプロパノール沈殿前に加えた。単離毎に1mL容量の血漿を使用し、そして沈殿した核酸を全容量200μLの溶出バッファーに懸濁した。全単離容量の2550μLを各RT-PCR反応に使用した。3.2ヒト血漿からWNVを検出するためのRT-PCR条件の至適化:販売元の推薦からわずかに修飾したBrilliant商標PlusSingleStepQRT-PCRシステムストラタジーン、ラジョラ、カリフォルニア州、米国を、核酸の増幅に使用した。ウシ血清アルブミンBSAをRT-PCR反応に加えた。リアル-タイムPCRをABI7900HTDNADetectionSystemアプライドバイオシステムズ、フォスターシティ、カリフォルニア州で行った。使用したRT-PCR熱循環条件は、45°Cで30分間;95°Cで8分間;次いで95°Cで15秒間と55°Cで1分間との間を交互に60サイクルであった。限定されるものでないが、本発明の特徴または態様のうち主要なものを次に挙げておく。態様1:aR1-N-R2、ここでNはからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドNであり;R1はオリゴヌクレオチドNの5末端に共有結合した図1配列番号1に示す西ナイルウイルスコンセンサス配列中におけるオリゴヌクレオチドNの5末端の直ぐ上流の該コンセンサス配列の0~20個の連続した塩基のオリゴヌクレオチド配列であるが、ただしオリゴヌクレオチドNが該コンセンサス配列に相補的である時、R1は該コンセンサス配列の相補鎖から選択され;そしてR2はオリゴヌクレオチドNの3末端に共有結合した該コンセンサス中におけるオリゴヌクレオチドNの3末端の直ぐ下流の該コンセンサス配列の0~20個の連続した塩基のオリゴヌクレオチド配列であるが、ただしオリゴヌクレオチドNが該コンセンサス配列に相補的である時、R2は該コンセンサス配列の相補鎖から選択されるものである;baで規定するオリゴヌクレオチドNの単離されたフラグメントであって、ここで該フラグメントは10~19塩基長であるもの;cR1-X-R2、ここでXはaで規定するオリゴヌクレオチドNの少なくとも10個の連続した塩基であり、そしてR1およびR2はaで規定する通りであり、ここでR1が存在する時、R2は存在せず、そしてXはXの5末端の塩基がオリゴヌクレオチドNの5末端の塩基と同じとなるように選択され;そしてR2が存在する時、R1は存在せず、そしてXはXの3末端の塩基がNの3末端の塩基と同じとなるように選択されるものである;da、bまたはcのオリゴヌクレオチドと少なくとも80の配列同一性を有する単離されたオリゴヌクレオチド;またはea、b、cまたはdの完全長相補鎖である単離されたオリゴヌクレオチド、を含んでなる単離されたオリゴヌクレオチド。態様2:上記オリゴヌクレオチドがからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドを含んでなる、態様1に記載のオリゴヌクレオチド。態様3:上記オリゴヌクレオチドがからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドからなる、態様1に記載のオリゴヌクレオチド。態様4:上記オリゴヌクレオチドがからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドを含んでなる、態様2に記載のオリゴヌクレオチド。態様5:上記オリゴヌクレオチドがからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドを含んでなる、態様4に記載のオリゴヌクレオチド。態様6:上記オリゴヌクレオチドがからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドを含んでなる、態様1に記載のオリゴヌクレオチド。態様7:上記オリゴヌクレオチドがを含んでなる態様6に記載のオリゴヌクレオチド。態様8:上記オリゴヌクレオチドが検出可能な標識をさらに含んでなる態様6に記載のオリゴヌクレオチド。態様9:上記検出可能な標識が5末端に結合した蛍光分子である態様8に記載のオリゴヌクレオチド。態様10:3末端に消光剤分子をさらに含んでなる態様9に記載のオリゴヌクレオチド。態様11:からなる群から選択される一対の単離されたオリゴヌクレオチド配列。態様12:上記対がからなる群から選択される、態様11に記載の一対の単離されたオリゴヌクレオチド配列。態様13:上記対がである態様11に記載の一対の単離されたオリゴヌクレオチド配列。態様14:上記対がである態様11に記載の一対の単離されたオリゴヌクレオチド配列。態様15:からなる群から選択される1組のオリゴヌクレオチド。態様16:上記組がであるである態様15に記載の組。態様17:上記組がである態様15に記載の組。態様18:試験サンプル中の西ナイルウイルスの検出法であって:該試験サンプル中の西ナイルウイルスの核酸を増幅させ;そして増幅した核酸を検出する工程を含んでなり、ここで増幅した核酸の検出が該試験サンプル中の西ナイルウイルスの存在を示し、該方法が西ナイルウイルスの核酸を増幅または検出するために態様1に記載の少なくとも1つのオリゴヌクレオチドを使用する上記方法。態様19:試験サンプル中の西ナイルウイルスの検出法であって:試験サンプル中の西ナイルウイルスの核酸を、態様2に記載の少なくとも1つのオリゴヌクレオチドを使用して増幅させ;そして増幅した核酸を検出する工程を含んでなり、ここで増幅した核酸の検出が該試験サンプル中の西ナイルウイルスの存在を示す上記方法。態様20:試験サンプル中の西ナイルウイルスの検出法であって:該試験サンプル中の西ナイルウイルスの核酸を増幅させ;そして態様6に記載したオリゴヌクレオチドを使用して増幅した核酸を検出する工程を含んでなり、ここで増幅した核酸の検出が該試験サンプル中の西ナイルウイルスの存在を示す上記方法。態様21:試験サンプル中の西ナイルウイルスの検出法であって:そのようなウイルスを含有する該試験サンプル中の西ナイルウイルスの核酸を、態様11に記載の一対のオリゴヌクレオチドを使用して増幅させ;そして増幅した核酸を検出する工程を含んでなり、ここで増幅した核酸の検出が該試験サンプル中の西ナイルウイルスの存在を示す上記方法。態様22:試験サンプル中の西ナイルウイルスの検出法であって:該試験サンプル中の西ナイルウイルスの核酸を増幅させ;そして増幅した核酸を検出する工程を含んでなり、ここで増幅した核酸の検出が該試験サンプル中の西ナイルウイルスの存在を示し、該増幅工程および該検出工程が態様15に記載の1組を用いて行われる上記方法。態様23:上記増幅工程および上記検出工程が、のオリゴヌクレオチド組を用いて行われる、態様22に記載の方法。態様24:上記増幅および上記検出工程が、のオリゴヌクレオチド組を用いて行われる、態様19に記載の方法。態様25:試験サンプル中の西ナイルウイルスの検出法であって、態様1に記載の少なくとも1つのオリゴヌクレオチドを、試験サンプル中の西ナイルウイルスの核酸とハイブリダイズさせ;そして態様1に記載の該少なくとも1つのオリゴヌクレオチドと西ナイルウイルス核酸とのハイブリダイゼーションを検出する、工程を含んでなる上記方法。態様26:上記試験サンプルがヒト血漿を含んでなる、態様18ないし25のいずれかの1に記載の方法。態様27:図1配列番号1に示す配列の約15から約75個の連続した塩基またはその相補鎖を含んでなる単離されたオリゴヌクレオチドであって、該オリゴヌクレオチドが北米またはイスラエル以外からの西ナイルウイルスの単離物よりも、北米またはイスラエルからの西ナイルウイルスの単離物に由来する核酸に大きな親和性で結合する、上記の単離されたオリゴヌクレオチド。態様28:上記オリゴヌクレオチドが、図1配列番号1に示す西ナイルウイルスのコンセンサス配列の約15から約50個の連続した塩基またはその相補鎖を含んでなる、態様27に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。態様29:上記オリゴヌクレオチドが、図1配列番号1に示す西ナイルウイルスのコンセンサス配列の約15から約25個の連続した塩基またはその相補鎖を含んでなる請求項27に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。態様30:上記オリゴヌクレオチドが米国またはイスラエル以外からの西ナイルウイルス単離物よりも北米またはイスラエルの西ナイルウイルス単離物に由来する核酸に大きな親和性で結合する、態様1に記載のオリゴヌクレオチド。態様31:態様1に記載の少なくとも1つのオリゴヌクレオチドを含んでなるキット。"