"下記工程を含む、早期原発性乳癌が、初期治療後の患者において再発し得ることを予後判定する方法:aヒト患者由来の試料中の表1に列挙されるタンパク質の少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現レベルを測定する工程であって、前記試料は、乳癌組織、乳癌細胞、または前記患者の乳癌前記試料由来のタンパク質を含有する体液、例えば血液もしくは腹水を含む、工程;およびb非再発性乳癌における表1に列挙されるタンパク質の前記少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現レベルと比較した場合の、再発性乳癌における表1に列挙されるタンパク質の前記少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現の増加および/または減少を決定し、原発性乳癌が前記患者において再発する傾向がより強いという可能性を示す工程。前記乳癌試料が乳房上皮細胞から本質的に構成される、請求項1に記載の方法。前記体液は、分画または非分画の血液、血清、血漿、リンパ液、または胸水貯留により採取された流体を含むが、これらに限定されない、請求項1に記載の方法。前記組織は生検または外科的処置により採取される、請求項1に記載の方法。前記組織は化学的に固定され、保存される、請求項4に記載の方法。前記化学的固定および保存はホルマリン固定およびパラフィン包埋を含む、請求項5に記載の方法。前記組織は凍結される、請求項4に記載の方法。前記タンパク質は、無傷な、全長タンパク質として測定され、または無傷な、全長タンパク質の断片化により得られる複数のまたは個々のペプチドを測定することにより測定される、請求項1に記載の方法。前記タンパク質は質量分析により検出され、前記タンパク質の測定発現レベルは、前記質量分析後のスペクトルカウント定量化により決定される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記タンパク質は質量分析により検出され、前記タンパク質の測定発現レベルは、選択反応モニタリングSRMアッセイにより決定される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記タンパク質は質量分析により検出され、前記タンパク質の測定発現レベルは、多重反応モニタリングMRMアッセイと呼ばれるマルチプレックスSRMアッセイにより決定され、この場合、1つを超えるタンパク質が単一の質量分析において検出され、定量化される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記質量分析は、LC-ESI-MS/MS、MALDI-MS、タンデムMS、TOF/TOF、TOF-MS、TOF-MS/MS、三連四重極型MS、および三連四重極型MS/MSからなる群より選択される、請求項8に記載の方法。前記質量分析は液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析を含む、請求項12に記載の方法。タンパク質マイクロアレイまたはイムノアッセイにより、前記タンパク質は検出され、それらの発現レベルが決定される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記イムノアッセイは、免疫組織化学、Westernブロット、ドットブロット、およびELISAからなる群より選択される、請求項14に記載の方法。下記工程を含む、初期治療後に再発する傾向の最も強い原発性乳癌の療法の選択を示す方法:aヒト患者由来の試料中の表1に列挙されるタンパク質の少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの存在を検出し、その発現レベルを測定する工程であって、前記試料は、乳癌組織、乳癌細胞、または前記患者の乳癌前記試料由来のタンパク質を含有する体液、例えば血液もしくは腹水を含む、工程;およびb非再発性乳癌における表1に列挙されるタンパク質の前記少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現レベルと比較した場合の、再発性乳癌における表1に列挙されるタンパク質の前記少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現の増加および/または減少を決定し、原発性乳癌が前記患者において再発する傾向がより強いという可能性を示す工程。表1の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のタンパク質またはそれらのペプチド断片の量を定量化することを含む、方法。表1の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、もしくは10以上のタンパク質、それらのペプチド、またはそれらに対する抗体を含む組成物。表1のタンパク質の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のペプチドを含み、各ペプチドは異なるタンパク質に由来する、請求項18に記載の組成物。前記ペプチドの各々は下記からなる群より独立して選択される1つ以上の同位体で標識される、請求項19に記載の組成物:18O、17O、34S、15N、13C、2Hまたはそれらの組み合わせ。2年以内に再発した原発性腫瘍由来の組織中で増加する、表1のタンパク質の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のペプチドを含む、請求項19または20に記載の組成物。2年以内に再発した原発性腫瘍由来の組織中で減少する、表1のタンパク質の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のペプチドを含む、請求項19または20に記載の組成物。2年で再発する原発性腫瘍に由来する組織中で減少する、表1のタンパク質の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のペプチドを含む、請求項21に記載の組成物。前記タンパク質消化物中の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10以上の核酸のレベル量または配列を評価するおよび/または決定することをさらに含む、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記核酸は、約15、20、25、30、35、40、50、60、75、または100を超えるヌクレオチド長から独立して選択される長さを有する、請求項24に記載の方法。前記核酸は、約150、200、250、300、350、400、500、600、750、1,000、2,000、4,000、5,000、7,500、10,000、15,000、または20,000未満のヌクレオチド長から独立して選択される長さを有する、請求項25に記載の方法。レベル量または配列を評価するおよび/または決定することは、下記の任意の1つ以上により、核酸中のヌクレオチドの配列および/または核酸の特性のいずれかを決定することを含む、請求項24に記載の方法:核酸配列決定、制限断片多型解析の実施、別の核酸とのハイブリダイゼーションの実施、1つ以上の欠失および/または挿入の同定、および/または突然変異、例えば限定はされないが、一塩基対多型、移行および/またはトランスバージョンの存在の決定。1、2、3、4、5、6、7、8、9、10以上の核酸が表1のタンパク質をコードする、請求項24に記載の方法。前記核酸は下記配列番号のタンパク質をコードする、請求項26に記載の方法:表1の1-20、21-41、1-10、11-20、21-30、31-41またはそれらの断片。バイオマーカー臨床医学/病理学とプロテオミクスのインターフェースでの方法が使用され、早期、非再発性乳癌上皮細胞および早期、再発性乳癌上皮細胞の間で差別的に発現されたタンパク質が同定された。表1で提供されるタンパク質のタンパク質リストは、早期、非再発性乳癌組織および早期、再発性乳癌組織から得られた細胞の網羅的LC-MS/MSプロテオミクスプロファイリング;および早期、非再発性乳癌細胞において一貫して過剰発現または過小発現されたタンパク質を早期、再発性乳癌細胞と比較することにより決定した。注目すべきことは、これらのタンパク質の多くまたは全てが、乳癌細胞に由来する体液、例えば腹水または血液に由来する流体、例えば血漿および血清中で容易にアッセイされ得ることである。本明細書で記載されるリストからの特異タンパク質発現に対してアッセイすることにより、乳癌の診断的評価に対してアッセイされるのは、乳房由来組織、乳房上皮細胞、または体液のいずれかである。また、1つ以上の同じタンパク質が、薬物がこれらのタンパク質に向かって誘導される標的治療アプローチのための基礎を形成する。これらのタンパク質の同定は、被験体から採取した様々な生物試料、例えば固定および凍結組織、および血液および腹水の両方に由来する体液試料において、初期治療の後の時点にて再発する傾向が最も強い早期乳癌を検出する能力を提供する。疾患分析のための診断および予後エンドポイントは、単一分析物およびプロテオミクスパターンの両方を含む。プロテオミクスパターンは、多くの個々のタンパク質から構成することができ、その各々は、再発する傾向のある乳癌を個々に同定せず、集合的に、再発する確率が増加する乳癌を同定することができる。診断、予後、および再発乳癌の療法のために使用される個々のタンパク質、タンパク質のパターン、および/または複数のタンパク質の採取もまた提供される。本明細書で提供される方法は、原発性乳癌の再発の可能性の評価および乳癌を有する被験体患者に対する治療戦略を可能にする。方法は視覚的な組織学的方法により早期非侵襲性であるように見える乳癌が、乳癌の存在、非存在、性質および/または程度の第1の評価後、潜在的に再発するより侵襲性の進行期の乳癌となる可能性があるかどうかを決定するのに有用である。表1のタンパク質のリストから1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ以上のタンパク質を測定することにより、乳癌を被験体内で診断することができ、その被験体の予後を決定することができ、その被験体の疾患に特異的な薬物を選択することができる。組織の試料、例えば、被験体から外科的に獲得されまたは生検が行われ、凍結され、または化学的に固定されたもの、または体液、例えば血液、リンパ液、血清、血漿、および/または腹水が検査され、タンパク質発現が評価および測定される。非再発性である乳癌を有する被験体由来の生物試料対乳癌が再発性である被験体由来の生物試料で見いだされる表1のタンパク質のリストからのタンパク質における観察される差は、疾患タンパク質プロファイルを表し、患者における癌病理の存在、非存在、性質または程度を示す。1つの実施形態では、再発性乳癌タンパク質プロファイルと基準非再発性乳癌タンパク質プロファイルの間の差は、表1のリストからの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ以上のバイオマーカータンパク質の量の差を含む。被験体における乳癌病理を評価するための方法は、異なる疾患状態間または疾患状態と正常状態の間で区別することを含む。そのようなプロファイルはまた、予後を決定するために使用され、これは、ある被験体における乳癌の進行または退行の程度および予測をモニタすることを目的とする。このために、再発性乳癌タンパク質プロファイルは、被験体から前に入手された生物試料、例えば、治療前に、または一般健康スクリーニングの一部として入手された生物試料に由来することができる。方法はまた、治療決定、例えば薬物または手術の有効性を評価するように適合される。薬物療法の選択の場合、乳癌タンパク質プロファイル内の1つ以上のタンパク質が薬物治療のための標的として機能し得る。1つの実施形態では、薬物は特異的に表1のタンパク質のリストからの個々の、特異タンパク質と相互作用する。別の実施形態では、薬物は表1のリストからのタンパク質の結合パートナーと相互作用し、これにより表1のタンパク質の、その結合パートナーと相互作用するまたは生物学的機能を実行する能力を変化させる。さらに別の実施形態では、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ以上のタンパク質の発現プロファイルは、薬物療法、および/または期間/レジメンを選択するために使用することができる。方法はさらに、再発性乳癌を有する疑いがある被験体由来の生物試料の検査タンパク質プロファイルと再発性乳癌を有しない被験体由来の生物試料からの基準タンパク質プロファイルの間の、表1のタンパク質リストからの1つ以上のタンパク質差に基づく分類モデルまたはアルゴリズムを含む。いくつかの実施形態では、再発性または非再発性乳癌タンパク質プロファイルまたは両方が、質量分析を用いて作成される。そのような実施形態では、使用される質量分析の方法は、都合良くイオントラップ機器または三連四重極型機器を使用し得る。一般に、質量分析による分析のために、無傷の全長タンパク質が、タンパク質試料のタンパク質分解酵素、例えばトリプシン、パパイン、キモトリプシン、などによる処理により個々のペプチドに低減され、よって複合タンパク質試料調製物がペプチドから構成される複合ライセートとされる。そのようなペプチドライセートは、質量分析による生物試料由来のタンパク質の分析のための試料の好ましい形態であり、ここで、特異な個々のペプチドの定量的存在は、ペプチドが誘導される無傷の全長タンパク質の定量的存在を示す。1つの実施形態では、網羅的様式での同時の全てのペプチドの分析は、イオントラップ質量分析機器上で都合良く実施され得る。1つの実施形態では、個々の特異ペプチド、よって、それらが由来するタンパク質にアッセイを特異的に集中させる標的ペプチドの分析は、三連四重極型質量分析機器上で実施される。三連四重極型質量分析による標的とされる定量的タンパク質分析の実施は、SRM/MRM方法を用いて達成され得る。その方法は、生物試料が獲得された被験体における再発性乳癌の可能性を調査するためのタンパク質プロファイルを作成するために使用することができる。質量分析による分析の前に、ライセート中のペプチドを質量分析によるそれらの分析および測定を促進する様々な技術に供してもよい。1つの実施形態では、ペプチドは、親和性技術、例えば免疫学に基づく精製例えば、免疫親和性クロマトグラフィー、イオン選択的媒質上でのクロマトグラフィーにより、またはペプチドが修飾されている場合、適切な媒質、例えば炭水化物修飾ペプチドの分離のためのレクチンを使用する分離により、分離することができる。1つの実施形態では、質量分光分析前にペプチドの免疫学的分離を採用するSISCAPA方法が使用される。SISCAPA技術は、例えば、米国特許第7,632,686号において記載される。他の実施形態では、レクチン親和性法例えば、親和性精製および/またはクロマトグラフィーが質量分析による分析前にライセートからペプチドを分離するために使用され得る。ペプチドの群の分離のための方法、例えばレクチンに基づく方法は、例えば、GengetalJChromatographyB752293306において記載される。免疫親和性クロマトグラフィー技術、レクチン親和性技術および他の形態の親和性分離および/またはクロマトグラフィー例えば、逆相、サイズに基づく分離、イオン交換は、質量分析によるペプチドの分析を促進するために任意の好適な組み合わせで使用され得る。別のアッセイ方法は、サンドイッチ型アッセイを含む抗体に基づく方法を使用してタンパク質を検出する前に、タンパク質および/またはタンパク質由来のペプチドを、マイクロアレイ上に固定する例えば、固定された抗体を使用してことを含む。他のアッセイ方法は、薄い組織切片上での抗体に基づくタンパク質検出方法を使用する免疫組織化学的分析を含み、この場合、タンパク質は組織切片内で全長のまま維持されるタンパク質分解を受けない。さらに他のアッセイ方法は、抗体に基づくWesternブロットおよびELISAタンパク質検出方法を含み、この場合、調べられるタンパク質調製物は無傷の全長タンパク質および/または誘導ペプチドである。これらの記載されるタンパク質検出方法はすべて、全体の無傷なタンパク質に由来する個々のポリペプチドを検出するために使用することができ、よって、これらの方法は必ずしも全体の無傷なタンパク質の検出を必要としないが、全体の無傷なタンパク質に由来するペプチドの検出を含むことはできる。これらの方法は、単独で、または任意の組み合わせで、例えば質量分析に基づく方法との組み合わせで使用することができる。当技術分野において知られている任意の好適な報告/検出システムは、そのようなアッセイと共に使用することができ、限定はされないが、蛍光、UV/Visクロマトフォア発現、プラズモン共鳴、金属染色、などが挙げられる。したがって、表1のタンパク質リストからのタンパク質およびこれらのタンパク質に由来するポリペプチドを検出するために有用な方法が提供される。患者における再発性乳癌疾患を示す乳癌病理の存在、非存在、性質または程度は、リストからの1つ以上の発現されたバイオマーカータンパク質および/または同じタンパク質からの1つまたは複数の誘導ペプチドの発現を考慮して評価することができる。さらに1つの実施形態では、表1で見られる1つ以上のタンパク質、またはそれらの誘導ペプチドの存在をアッセイすることにより、患者または患者の集団を乳癌に対してスクリーニングするための方法が提供される。使用されるアッセイ複数可は、質量分析アッセイ、免疫アッセイ、例えばWesternブロット、酵素結合免疫吸着測定法ELISA、または無傷な組織切片に対する免疫組織化学的方法、または任意のそれらの組み合わせを含み得る。上記のように、乳癌再発の可能性の増加に伴い増加または減少する複数例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ以上のタンパク質または誘導ペプチドを分析することができ、よって、スクリーニングアッセイの予測力が増加する。1つの実施形態では増加する、表1に列挙される1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ8以上のタンパク質が、減少する表1に列挙される1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ以上のタンパク質と組み合わせて検査される。バイオマーカーの同定タンパク質バイオマーカー例えば、表1のタンパク質は、手術後の再発性乳癌を引き起こした原発性腫瘍から得られた乳癌上皮細胞および現在または従来の治療に無関係である手術後に再発性乳癌を引き起こさなかった乳癌である原発性腫瘍から得られた乳癌上皮細胞で観察されたそれらの発現の差別的パターンに基づいて選択した。いくつかのタンパク質のレベルは、再発性乳癌組織から得られた癌細胞において増加し、他のタンパク質のレベルは再発性癌組織細胞において減少した。表1のデータは、の乳癌の再発および乳癌ではない癌の再発に苦しむ患者の組織および細胞に由来するタンパク質ライセートの質量分析により収集した。2つの患者集団の細胞から得られたタンパク質ライセートは、差別的タンパク質発現についての必要な情報全てを含む。それらの患者集団の細胞由来のタンパク質ライセートは、LiquidTissue商標プロトコルおよび試薬を用いて調製した。調製方法は、細胞組織試料を組織マイクロダイセクションにより管内へ収集すること、続いて細胞組織試料を昇温で、緩衝液中、長期間維持し例えば、約80°C~約100°Cで、約10分~約4時間の期間、タンパク質架橋結合を逆転または放出させることを含む。使用される緩衝液は、中性緩衝液例えば、トリスに基づく緩衝液、または界面活性剤を含む緩衝液であり、都合良く、質量分光分析を妨害しない緩衝液である。ホルマリンにより誘導された架橋結合がマイナスの影響を受けるとすぐに、その後、細胞は予測可能な様式で、プロテアーゼ例えば、トリプシンを使用して完全に消化される。加熱およびタンパク質分解の結果は、液体の、可溶性の、希釈可能な生体分子ライセートである。調製されたライセートはその後、網羅的プロテオミクス質量分析により分析され、データは最初、各タンパク質ライセート中のペプチドの総数の同定として提示される。可能な限り多くのペプチドが、単一ライセートの1回のMS分析において同定されるとすぐに、その後、ペプチドのそのリストが、研究セットにおける全てのライセートにわたって同定されたペプチドのリストと比較された。よって、質量分析による差別的タンパク質発現を決定するための開始点は、1つの試料および/または同様の試料の群で発現されたことが見いだされたペプチドのリストであり、第2の試料および/または同様の試料の群で発現されたことが見いだされたペプチドのリストと比較された。4つの4LiquidTissue商標試料の第1の群は、初期治療後少なくとも2年後に再発しなかった患者からの原発性乳癌組織に由来し、5つの5LiquidTissue商標試料の第2の群は、初期治療後2年以内に再発した患者からの早期原発性乳癌組織に由来した。これらの2つの患者の群間、再発性早期乳癌対非再発性早期乳癌で差別的に発現されたそれらのタンパク質の比較は、表1で説明されるタンパク質の初期研究セットを形成した。再発を患った患者および再発乳癌を患わなかった患者において見いだされたペプチドのリストからの差別的タンパク質発現の分類は、最初に、どのタンパク質が与えられたペプチドリストにより表されたかを決定し、その後、各タンパク質に対し同定されたペプチドの総数をカウントすることにより達成された。そのデータ照合方法は、スペクトルカウントSpectralカウント法SCとして知られている。よって、あるタンパク質に対するスペクトルカウントは、単一ライセート中のそのタンパク質に対し同定されたペプチドの総数に基づいており、それはMSにより分析されたライセート中のそのタンパク質の存在量に対する相対指標となる。スペクトルカウントは、1つの試料および/または同様の試料の群からのあるタンパク質に対する相対タンパク質存在量を、次の試料および/または同様の試料の群と比較する能力を提供する数学的方法である。このアプローチはまた、ある試料内の個々のタンパク質間でのタンパク質存在量を区別するために使用することができる。何千もの個々のタンパク質の間のスペクトルカウントが、再発乳癌を生じさせた複数の原発性の患者由来の腫瘍から得られた乳癌上皮細胞および再発乳癌を生じさせなかった複数の原発性の患者由来の腫瘍から得られた乳癌上皮細胞から得られた試料で、比較される。このように、タンパク質存在量は、ペプチドのスペクトルカウンティングSCを使用する、複数の乳癌組織由来のタンパク質ライセートの質量分析により得られた。さらに、その配列が複数のタンパク質アイソフォームに位置したペプチドは、節減の原理によりグループ分けされた。疾患期サブグループによる患者試料にわたるタンパク質存在量の統計学的に有意な変化を決定するために、非再発性II期NRII期対再発性疾患を有する期IIR期患者試料から同定されたペプチドの階層教師つきクラスター分析を実施した。この場合、同定された総スペクトルカウントペプチドの分散が、教師つき群における試料の60は、あるタンパク質に対し2以上の最小ペプチドカウントを有することを要求するフィルタ基準と対応されたMann-Whitney順位和検定有意性レベルp≦0.05、Fisherの正確確率検定を用いて決定された。表1におけるタンパク質の選択は、再発性疾患IIR期を示す患者からのII期乳癌組織対2年以内に再発性疾患NRII期を有さなかった患者からの乳癌組織において有意に有意性レベルp≦0.05、Fisherの正確確率検定高いまたは低いスペクトルカウント存在量を示したそれらのタンパク質に限定された。表1は41のタンパク質の名称を示し、31は存在量が増加し、11は減少したものであり、これらはNRII期対IIR期患者を有意に区別する。1つの実施形態では、予後方法は、増加したレベルを有する少なくとも1つ以上のタンパク質を使用し、別の実施形態では、減少したレベルを使用し、さらに別の実施形態では、増加した、および減少したレベルの組み合わせを使用する。さらに、予後方法は単一のアッセイにおいて、複数のタンパク質にわたる減少した発現および/または増加した発現の特定の組み合わせを含むことができ、早期再発性乳癌を示すおよびその予後となるタンパク質発現変化のパターンが与えられる。表1の最上部に沿って左から右へ示される情報は下記である:1Uniprotアクセッション番号、2再発性乳癌と非再発性乳癌の間のlog2比率スペクトルカウント変化、3タンパク質略称、および4タンパク質の名称。このリスト中の全てのタンパク質は、それらの有意性を示す0.05未満のP値の基準を満たし、よって、これらのタンパク質の各々が、再発する傾向が最も強く、かつ侵襲性乳癌の診断、予後、または治療標的のために使用することができる乳癌の候補バイオマーカーとして同定される。本方法は、表1に列挙されるタンパク質を使用する診断、予後、治療処置の方法および組成物だけでなく、関連タンパク質を使用するものを含む。1つの実施形態では、関連タンパク質は、少なくともいくつかのアミノ酸配列を表1のタンパク質と共有するタンパク質/ポリペプチドを含み、これらは、表1のタンパク質をコードする遺伝子からの別の転写物または別に処理された転写物の翻訳により生成される。別の実施形態では、関連タンパク質は、翻訳または翻訳後レベルでの変更例えば、翻訳後修飾により生成された、表1のタンパク質と少なくともいくらかのアミノ酸配列を共有するタンパク質/ポリペプチドを含む。いずれかの実施形態では、関連タンパク質は、表1のタンパク質で見出される配列と同一である、5、6、7、8、10、12、15、18または20を超える隣接アミノ酸を含み得る。本明細書で提供される実施形態は、1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、8つ以上、または10以上の表1のタンパク質、またはそれらのポリペプチド断片を含有する組成物を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、または7つ以上の、表1で見出されるタンパク質またはそれらのタンパク質のペプチド断片に特異的に結合する抗体を含む。ペプチドを含む組成物は、同位体標識された1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、8つ以上、または10以上のペプチドを含み得る。ペプチドの各々は、下記からなる群より独立して選択される1つ以上の同位体で標識され得る:18O、17O、34S、15N、13C、2Hまたはそれらの組み合わせ。同位体標識されたかどうかに関係なく、表1のタンパク質のいずれか由来のペプチドを含む組成物は、いずれかの与えられたタンパク質由来のペプチドを全て例えば、トリプシンペプチドの完全な組含む必要はない。いくつかの実施形態では、組成物は表1または表2に現れる2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10以上のタンパク質に対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、または7つのペプチドのみを含む。ペプチドを含む組成物は、乾燥または凍結乾燥材料、液体例えば、水性溶液または懸濁液、アレイ、またはブロットの形態をとることができる。バイオマーカーの使用本明細書で記載されるタンパク質バイオマーカーは、乳癌を有する患者の治療を改善するのに有利に使用することができる。再発性乳癌対非再発性乳癌における1つ以上のタンパク質の過剰発現および/または過小発現ならびに生物試料におけるこの過剰発現および/または過小発現をアッセイする能力を使用して、乳癌を有する者が、再発する傾向のある癌の型を有するかどうかを決定することができる。患者が再発する傾向のある乳癌の形態を有することを示唆するタンパク質プロファイルの場合、結果はまた、非再発性乳癌を有する患者のために使用されるものとは異なる、療法および/または治療レジメンの選択を示し得る。さらに、複数のタンパク質の変化した発現に基づく決定は、1つまたは2つのタンパク質の個々の評価よりも、再発性乳癌の指標として効果的である可能性が高い。本方法は、乳癌の再発型に苦しめられる疑いがある個体からの単一の生物試料における、同時の複数のタンパク質の評価および相関を含み、それらを提供する。再発性乳癌対非再発性乳癌における1つ以上のタンパク質の過剰発現および/または過小発現ならびに生物試料におけるこの過剰発現および/または過小発現をアッセイする能力を使用して、疾患治療の最も良好な過程を達成するためにどの治療薬が選択されるのかを決定するのを助けることができる。1つ以上の、本明細書で示されるタンパク質は、薬物により直接標的させることができ、よって、乳癌細胞は、1つ以上のこれらのタンパク質を発現していない組織中の正常細胞の代わりに優先的に死滅させることができる。1つ以上のこれらのタンパク質を、再発乳癌のバイオマーカーとして使用してアッセイされる生物試料の型は、生検が行われた組織または外科的に除去された組織を含む。組織は新鮮であり、凍結され、および/または化学的に固定させることができ、例えばホルマリンおよび他の同様の化学固定液中で保存されるものである。とることができる別の形態の生物試料は、分画または非分画の生物流体試料、例えば血清、血漿、全血、および腹水である。患者由来の生物試料のこれらの形態の全てが、表1の1つ以上のタンパク質の発現についてアッセイされ得る。核酸およびタンパク質はどちらも、本明細書で使用される同じ生体分子ライセート調製物から分析することができる例えば、米国特許第7,473,532ので、同じ試料から、疾患診断および薬物治療決定についての追加の情報を作成させることができる。例えば、細胞の状態およびそれらの非制御増殖、潜在的な薬物耐性、および癌の発生についての可能性に関する追加の情報がそれらのライセート調製物から核酸を分析することにより得られ得る。タンパク質/ペプチド分析および核酸分析の両方にライセート調製物を使用することにより、任意の1、2、3、4、5つ以上の遺伝子および/または核酸、および/またはそれらがコードするタンパク質の状態についての情報例えば、mRNA分子およびそれらの発現レベルまたはスプライス変異を、同じ生体分子ライセート調製物から入手することができる。例えば、表1の任意の1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以上のペプチド、およびまたはそれらが由来するタンパク質またはそれらのタンパク質をコードする核酸についての情報が評価され得る。核酸は、例えば、下記により検査することができる:1つ以上の配列決定方法、制限断片多型分析の実施、別の核酸とのハイブリダイゼーションの実施、欠失、挿入の同定および/または突然変異、例えば限定はされないが、一塩基対多型、移行および/またはトランスバージョンの存在の決定。そのような検査は、任意の好適なフォーマット、例えば限定はされないが、アレイ、マイクロアレイ、ブロット上、または溶液中例えば、ポリメラーゼ連鎖反応PCRまたはリガーゼ連鎖反応LCRによるで実施することができる。別の核酸とのハイブリダイゼーションが使用される場合、アッセイまたは検査は、任意の好適なフォーマット例えば、アレイ/マイクロアレイ、ブロット、などで、核酸を、特異結合を得るために好適なストリンジェンシーの条件下で接触させることにより実施することができる。ハイブリダイゼーション反応の要求されるストリンジェンシーは当業者により決定可能であり、一般にプローブ長、洗浄温度、および塩濃度に依存する経験的計算を含む。一般に、プローブが長いほど、適正なアニーリングに対してより高い温度が必要とされ、プローブが短いほど、必要とされる温度が低い。ハイブリダイゼーションは一般に、変性DNAの、相補鎖が、それらの融解温度より低い環境に存在した場合、これとアニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の所望の相同性度が高いほど、使用することができる相対温度が高くなり、相対温度が高いほど、ハイブリダイゼーション反応をよりストリンジェントにする傾向があり、逆の場合も同じである。例えば、AusubeletalCurrentProtocolsinMolecularBiologyWileyIntersciencePublishersを参照されたい。ハイブリダイゼーション反応は典型的にはストリンジェントな条件または中程度にストリンジェントな条件を使用する。ストリンジェントな条件は、典型的には、低いイオン強度、変性剤例えば、ホルムアミドありまたはなし、および洗浄のための高温、例えば、50°Cの0.015M塩化ナトリウム/0.0015Mクエン酸ナトリウム/0.1ドデシル硫酸ナトリウムを使用する。中程度にストリンジェントな条件は、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualNewYorkColdSpringHarborPress1989により記載されるように特定することができ、上記で記載されるものよりもストリンジェントでない洗浄溶液およびハイブリダイゼーション条件例えば、温度、イオン強度およびSDSの使用を含むことができる。中程度にストリンジェントな条件の一例は、37°Cでの、下記を含む溶液中での一晩中のインキュベーション:20ホルムアミド、5XSSC150mMNaCl、15mMクエン酸三ナトリウム、50mMリン酸ナトリウムpH7.6、5Xデンハート液、10デキストラン硫酸、および20mg/ml変性せん断サケ精子DNA、続いて、1XSSC中、約37-50°Cでの洗浄である。当業者であれば、因子、例えばプローブ長などを適応させため、必要に応じて温度、イオン強度、などを調節する方法を認識するであろう。1つの実施形態では、試料は、表1のタンパク質から生成された1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ以上のペプチド、および/または、1つ以上のそれらのペプチドまたはそれらがタンパク質分解により得られるタンパク質をコードする核酸に対して分析される。一実施形態では、試料は、表1のタンパク質から生成された2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ以上のペプチド、および/または表1からのタンパク質をコードする2、3、4、5、6、7、8、9以上の核酸に対して分析され、ここで、表1からのタンパク質は、下記配列番号により表される任意の範囲のタンパク質から選択される:表1の1-20、21-41、1-10、11-20、21-30、31-41。実施例乳癌を2年以内に再発した患者から得られた5つの5ホルマリン固定乳癌組織試料および乳癌を2年以内に再発しなかった患者から得られた4つ4の乳癌組織試料を、癌と相関する差別的タンパク質発現について調べた。これらのタンパク質は、乳癌の診断、予後、および療法を改善するために使用され得る。組織切片を組織学的分析のために各組織から調製し、上皮癌細胞の獲得を、組織マイクロダイセクションにより実施した。可溶性タンパク質ライセートを顕微解剖した乳癌組織試料から、LiquidTissue商標MSProteinPrepKitExpressionPathology,Inc.を用いて調製した。各ライセートは、プロテアーゼトリプシンにより予測可能なペプチド断片に消化された、顕微解剖された細胞の総タンパク質量から構成された。この形態で、各および全てのタンパク質ライセートは、各ライセート中に存在するタンパク質の同定および定量のための質量分析の技術により評価することできる。さらに、全ての試料にわたる総質量分析データを使用して、個々の試料間および非再発性乳癌患者由来の原発性腫瘍と再発性乳癌を有する患者由来の原発性腫瘍の間の差別的タンパク質発現を決定する。各トリプシン消化タンパク質ライセートの質量分析を、下記に従い実施した。液体クロマトグラフィーLCを、オンラインでThermoFisher線形イオントラップ質量分析計MSに結合されたDionexUltimate3000システムを用いて実施した。試料の分離を、75μmIDx360μmODx10cm長融解石英キャピラリーカラム5μm、300Å細孔サイズJupiterC-18固定相を用いて実施した。5μlの再懸濁タンパク質ライセートの注入後、カラムを98移動相A0.1ギ酸を含む水で30分間洗浄し、ペプチドを2移動相B0.1ギ酸を含むアセトニトリル~42移動相Bの直線勾配を用いて、140分で、その後、98Bでさらに20分全て250nL/分の一定流速溶出させた。線形イオントラップ質量分析計LIT-MSをデータ依存MS/MSモードで動作させ、この場合、各フルMSスキャンm/z350-1800のプリカーサイオン選択スキャン範囲後、7のMS/MSスキャンが続き、ここで、7つの最も豊富なペプチド分子イオンが、35の相対衝突誘起解離CIDエネルギーを使用するタンデムMSのために選択された。動的排除を使用して、CIDのためのペプチドの冗長な選択を最小に抑えた。ペプチド同定は、EuropeanBioinformaticsInstituteEBIから得られたUniProt由来ヒトプロテオームデータベースバージョン10/08、56,301タンパク質エントリーに対し、下記パラメータを使用して、72ノードBeowulfクラスター上でSEQUESTBioWorks、v3.2、ThermoScientificを使用してLC-MS/MSデータを調べることにより得た:トリプシンKR;全酵素的切断;2つの欠損した切断部位;1.5Daペプチド質量耐性ペプチド耐性、0.5Da断片イオン耐性およびメチオニン酸化のための様々な修飾m/z15.99492。得られたペプチド同定を、特定のSEQUESTスコアリング基準に従いフィルタリングした:δ相関ΔCn≧0.08および荷電状態依存相互相関Xcorr≧1.9[MH]1、≧2.2[M2H]2、および≧3.5[M3H]3補足表1。これらの基準により、全データセットをタンパク質配列が逆転されたデコイヒトデータベースに対して調べることにより決定されるように同定された全てのペプチドに対し、5.84の誤った発見率FDRとなった。タンパク質存在量を、スペクトルカウンティングSCにより誘導し、その配列が複数のタンパク質アイソフォームに位置したペプチドを、節減の原理によりグループ分けした。疾患期サブグループにより、患者試料にわたるタンパク質存在量における統計学的に有意な変化を決定するために、非再発性疾患II期IINR期対再発性疾患IIR期を有するII期患者試料から同定されたペプチドの階層的制御クラスター分析を実施し、ここで、同定された総スペクトルカウントペプチドの分散を、教師つき群における試料の60は、あるタンパク質に対し2以上の最小ペプチドカウントを有することを要求するフィルタ基準と対応されたMann-Whitney順位和検定有意性レベルp≦0.05、Fisherの正確確率検定を用いて決定した。高信頼ペプチドデータを使用して、試料に対するペプチドリストを組み合わせ、冗長なペプチド同定を排除して、特有のペプチドのリストを作成させた。リスト中の各ペプチドは、タンパク質とすでに関連しており、そのため、リストはタンパク質のリストに容易に変換され、特定的に、特有のタンパク質リストが、各患者試料に対して作成された。これらのデータに基づいて、再発性乳癌と非再発性乳癌の間の差別的タンパク質発現を決定する定量的分析を、スペクトルカウント定量方法を用いて実施した。スペクトルカウント定量は、各タンパク質と関連する特有のペプチドの数をカウントするプロセスである。タンパク質名の傍らの4という値は、その特定のタンパク質と関連する4つの特有のペプチドが存在することを反映する。個々のペプチドのいずれかに対しては多くの反復同定が存在し得るが、カウントは特有のペプチドに基づき、総ペプチドには基づかなかった。このカウントは直接、各特定のタンパク質の相対存在量と相関し、よってあるタンパク質に対し同定された特有のペプチドが多いほど、そのタンパク質の任意の特定の試料における相対発現が多くなる。このデータ分析の目標は、それ由来の定量的発現レベルが再発性乳癌と非再発性乳癌試料の間の発現において有意の差を示したそれらのタンパク質を同定することであった。非再発性乳癌細胞よりも再発性乳癌細胞においてはるかに多数の特有のペプチドにより同定されるそれらのタンパク質が、侵襲性の再発性乳癌の新規バイオマーカーの最も可能性のある候補となるため、これらの基準を確立した。クラスター分析は2つの別個の群間でどのアイテムが有意に異なるかを決定する統計学的方法であり、再発性乳癌細胞と非再発性乳癌の間で差別的に発現された41のタンパク質を同定し、これらは表1に列挙される。患者組織の分析のための選択反応モニタリングアッセイ本明細書で記載されるSRM/MRMアッセイは、表1に列挙される1つ以上のタンパク質に由来する1つ以上の特異ペプチドの相対または絶対定量的レベルを測定することができる。この方法を使用して、ある1つのペプチド、複数のペプチド、タンパク質、または複数のタンパク質の量を、患者の生物試料、例えば体液から得られるあるペプチド/タンパク質調製物またはホルマリン固定パラフィン包埋組織に由来するLiquidTissue商標ライセートでの質量分析により測定する手段を提供する。SRM/MRMアッセイは、患者組織試料、例えばホルマリン固定癌患者組織から調製した複合タンパク質ライセート中で直接ペプチドを測定することができる。ホルマリン固定組織からタンパク質試料を調製する方法は、米国特許第7,473,532号その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるにおいて記載される。その特許において記載される方法は、ExpressionPathology,Inc.Rockville,MDから入手可能なLiquidTissue商標試薬を用いて実施することができる。SRM/MRMアッセイからの結果を使用して、ある1つのペプチド、複数のペプチド、タンパク質、または複数のタンパク質の正確で的確な定量的レベルを、生物試料が採取された患者の特定の癌と相関させることができる。これは、癌についての診断情報を提供するだけでなく、医師または他の医療専門家に患者に対する適切な療法を決定させることができる。そのようなアッセイは、罹患組織または他の患者試料、例えば体液におけるタンパク質発現レベルについての診断的にかつ治療的に重要な情報を提供し、コンパニオン診断アッセイと呼ばれる。例えば、そのようなアッセイは、癌の病期または程度を診断し、患者が応答する可能性が最も高く、前向きな結果が得られる治療薬、または療法過程を決定するように設計することができる。SRM/MRMアッセイは、ある1つのタンパク質、またはタンパク質由来の特定の未修飾ペプチドの相対または絶対レベルを測定し、また、タンパク質由来の特定の修飾ペプチドの絶対または相対レベルを測定することができる。修飾の例としては、ペプチド上に存在するリン酸化アミノ酸残基およびグリコシル化アミノ酸残基が挙げられる。ある1つのペプチド、複数のペプチド、タンパク質、または複数のタンパク質の相対定量的レベルをSRM/MRM方法により決定し、この場合、1つの生物試料におけるある1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の個々のペプチド、または複数のペプチドの質量分析により誘導されたシグネチャーピーク面積またはピークが十分、分離されている場合、ピーク高さが、1つ以上の追加のおよび異なる生物試料において同じ方法を用いて、同じ1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の同じ同一の1つのペプチド、または複数のペプチドに対して決定されたシグネチャーピーク面積と比較される。このように、ある1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の特定の1つのペプチド、または複数のペプチドの量は、同じ1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の同じ1つのペプチド、または複数のペプチドに対して、2以上の生物試料にわたって、同じ実験条件下で決定される。さらに、相対定量は単一の試料内の単一のタンパク質由来のある1つのペプチド、または複数のペプチドに対して、そのあるタンパク質に対するそのペプチドに対するシグネチャーピーク面積をSRM/MRM方法により、生物試料由来の同じタンパク質調製物内の異なる1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の別の、異なる1つのペプチド、または複数のペプチドに対するシグネチャーピーク面積と比較することにより決定することができる。このように、あるタンパク質由来の特定のペプチドの量、およびよって、そのあるタンパク質の量は、同じ試料内で互いに対して決定される。これらのアプローチは、ある1つのタンパク質由来の個々の1つのペプチド、または複数のペプチドの、別の1つのペプチド、または複数のペプチドの量に対する、試料間および試料内での定量を生成させ、この場合、生物試料由来のタンパク質調製物中のペプチドの絶対重量対体積または重量対重量量に関係なく、シグネチャーピーク面積により決定される量は互いに相対的である。異なる試料間の個々のシグネチャーピーク面積についての相対定量的データを、一試料につき分析されるタンパク質の量に対して基準化させる。相対定量は、多くのペプチドにわたって同時に、単一試料において、および/または多くの試料にわたって実施することができ、相対タンパク質量、他のペプチド/タンパク質に関する1つのペプチド/タンパク質についての見識が得られる。ある1つのタンパク質、または複数のタンパク質の絶対定量的レベルをSRM/MRM方法により決定し、この場合、1つの生物試料内のあるタンパク質由来の個々のペプチドのSRM/MRMシグネチャーピーク面積が、公知の量の添加された内標準のSRM/MRMシグネチャーピーク面積と比較される。1つの実施形態では、内標準は、1つ以上の重同位体で標識される1つ以上のアミノ酸残基を含む同じ正確なペプチドの合成バージョンである。そのような同位体標識された内標準は、質量分析が、天然ペプチドシグネチャーピークとは異なり、区別される、予測可能な、一貫したSRM/MRMシグネチャーピークを生成させるように合成され、それは、比較器ピークとして使用することができる。よって、内標準が、公知の量で、生物試料由来のタンパク質またはペプチド調製物優に添加され、質量分析により分析される場合、天然ペプチドのシグネチャーピーク面積は、内標準ペプチドのシグネチャーピーク面積と比較され、この数値比較は、生物試料由来の元のタンパク質調製物中に存在する天然ペプチドの絶対モル濃度および/または絶対重量のいずれかを示す。断片ペプチドに対する絶対定量的データは一試料につき分析されるタンパク質の量に従い表示される。絶対定量は、多くのペプチド、よってタンパク質にわたって、単一の試料中および/または多くの試料にわたって同時に実施することができ、個々の生物試料および個々の試料のコホート全体における絶対タンパク質量についての見識が得られる。SRM/MRMアッセイ方法は、例えば、患者由来の組織、例えばホルマリン固定組織において直接、癌の病期の診断を助ける、および、その患者の治療に使用するのに最も有利である治療薬、および/または治療戦略を決定するのを助けるために使用することができる。例えば、部分または全腫瘍の治療的除去のための手術により、または疑わしい疾患の存在または非存在を決定するために実施された生検手順により、患者から除去された癌組織が分析され、1つの特異タンパク質、または複数のタンパク質、およびどの形態のタンパク質がその患者組織に存在するかどうかが決定される。さらに、1つ以上のタンパク質の発現レベルを決定し、健康な組織または癌の異なる病期/段階を示す組織において見出される正常または基準レベルと比較することができる。この情報はその後、病期または段階を特定の癌に割り当てるために使用することができ、決定された特異タンパク質のレベルに基づいて患者を治療するための戦略に適合させることができる。SRM/MRMアッセイにより決定されたある1つのタンパク質、または複数のタンパク質のレベルについての特定の情報を、患者に由来する癌細胞中のこれらのタンパク質のレベルに基づく治療戦略に適合させることは、疾患治療への個別化医療アプローチと呼ばれるものを規定する。本明細書で記載されるSRM/MRMアッセイ方法は、患者自体の組織由来のタンパク質の分析を診断および治療決定のための源として使用することにより、個別化医療アプローチの基礎を形成する。本明細書で記載されるSRM/MRM法を使用して、表1のタンパク質を特異的にアッセイすることができる。本発明について、そのある実施形態に関連して記載してきたが、多くの詳細は、説明目的のために記載されたものであり、本発明は追加の実施形態を起こしやすいこと、および本明細書で記載される詳細のいくつかは本明細書で記載される発明の基本原理から逸脱せずにかなり変更され得ることは当業者には明らかであろう。"