図1aに示すヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされるポリペプチド、または、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で図1aを含むヌクレオチド配列にハイブリダイズし、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子の、該ポリペプチドの活性を調節する薬剤を同定するための使用。プロテアーゼ阻害活性を有する薬剤の同定のためのスクリーニング方法であって、i以下からなる群から選択される核酸分子によってコードされるポリペプチドを提供する、a図1aに示すヌクレオチド配列を含む核酸分子、bストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で上記に示す配列にハイブリダイズし、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子ii試験する少なくとも一の候補薬剤を提供するiii上記のとの組み合わせである調製物を形成する、そして、iv該ポリペプチドの活性に対する該薬剤の効果を試験する工程を含む方法。前記ポリペプチドが、図1bのアミノ酸配列またはその活性な一部を含むかまたはそれからなる、請求項2に記載のスクリーニング方法。プロテアーゼポリペプチドと薬剤との結合を決定するためのモデリング方法であって、i図1bのアミノ酸配列を含むかこれからなるポリペプチドと薬剤とのフィッティング操作を行うための演算手段を提供する、そして、ii該フィッティング操作の結果を分析し、薬剤とポリペプチドとの結合を定量化する工程を含む方法。i図1aに示すヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドまたはその抗原性断片、iiに定義されるヌクレオチド配列に遺伝コードの結果として生成されるヌクレオチド配列によってコードされ、プロテアーゼ活性を有するポリペプチド、iii図1bに示す、少なくとも一のアミノ酸残基の付加、欠失または置換によって修飾されているアミノ酸配列を含み、ワクチンとして使用するためのポリペプチドからなる群から選択されるポリペプチド。前記ポリペプチドが、図1aに示すヌクレオチド配列によってコードされる、請求項5に記載のポリペプチド。前記ポリペプチドが、図1bのアミノ酸配列またはその抗原性部分を含むかまたはそれからなる、請求項5に記載のポリペプチド。ワクチンとして使用するための、図1bのアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるポリペプチドをコードする核酸分子。微生物感染に対するワクチン接種に用いられるワクチン組成物であって、i図1aに示すヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドまたはその抗原性断片、iiに定義されるヌクレオチド配列に遺伝コードの結果として生成されるヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド、iii図1bに示す、少なくとも一のアミノ酸残基の付加、欠失または置換によって修飾されているアミノ酸配列を含み、プロテアーゼ活性を有するポリペプチド、からなる群から選択されるポリペプチドを含有し、場合によってアジュバントおよび/またはキャリアを含有する、ワクチン組成物。前記組成物がアジュバントおよび/またはキャリアを含む、請求項9に記載のワクチン組成物。前記アジュバントが、GMCSF、インターフェロンγ、インターフェロンα、インターフェロンβ、インターロイキン12、インターロイキン23、インターロイキン17、インターロイキン2、インターロイキン1、TGF、TNFαおよびTNFβからなる群から選択されるサイトカインからなる群から選択される、請求項9または10に記載のワクチン組成物。前記アジュバントが、TLRアゴニスト、例えばCpGオリゴヌクレオチド、フラジェリン、一リン酸化リピドA、ポリI:Cおよびこれらの誘導体である、請求項9または10に記載のワクチン組成物。前記アジュバントが、ムラミルジペプチドMDPおよび/またはトレハロースジコリノミコラートTDMなどの細菌細胞壁誘導体である、請求項9または10に記載のワクチン組成物。少なくとも一の更なる抗菌薬を含有する、請求項9から13のいずれか一に記載のワクチン組成物。前記薬剤が、第二の異なるワクチンおよび/または免疫原性薬である、請求項14に記載のワクチン組成物。微生物感染または状態の治療に用いるための、請求項9から15のいずれか一に記載のワクチン組成物。前記微生物感染がクロストリジウム属の細菌種によって生じる、請求項16に記載の使用。前記細菌種が、Cディフィシレ、Cボツリヌス、CパーフリンジェンスまたはCテタニからなる群から選択される、請求項17に記載の使用。前記クロストリジウム種がCディフィシレである、請求項18に記載の使用。前記状態が、大腸炎、偽膜性大腸炎、下痢、壊疽、ボツリヌス菌中毒または破傷風からなる群から選択される、請求項16から19のいずれか一に記載の使用。sortaseノックアウトのための設定およびクローニングは成功し、プラスミドの第一選別は、チアムフェニコールを用いて成功裏に行ったpMTL007-CD2718プラスミドの存在について選択する。しかしながら、イントロンの染色体への統合リンコマイシン選別およびプラスミドの喪失についてのその後の選別は成功しなかった。これは、3回別々に繰り返したが、リンコマイシン選別ではコロニーは検出されなかった。これは、イントロンの再標的化が成功しなかったことを示す。他の標的は、sortaseCD2718の標的化と並行して成功裏に変異した。例えば、p-クレゾール産生に関与する遺伝子の2つの標的は成功裏に標的化され、変異体が同定された。したがって、Cディフィシレ株Δ630ermおよびR202912006年のストークマンデヴィル病院発生由来の株での遺伝子不活性化変異体の構築は成功した。これは、sortaseが微生物の生存に必須であり、それゆえに変異ができなかったことを示す。参考文献1.SebaihiaMetatThemultidrugresistanthumanpathogenClostridiumdifficilehasahighlymobilemosaicgenomeNatGenet38779786。2.HeapJTPenningtonOJCartmanSTCarterGPMintonNPTheClosTronAuniversalgeneknockoutsystemforthegenusClostridiumJournalofMicrobiologicalMethods70452464。