植物細胞のゲノムにおいて予め定められた部位に外来DNA分子を導入するための方法であって、a.前記の予め定められた部位において二本鎖DNA切断を誘導する工程;b.前記の植物細胞に前記の外来DNA分子を導入する工程;およびc.前記の外来DNAが前記の予め定められた部位に導入されている植物細胞を選択する工程を含み、前記の予め定められた部位は、ストレプトミセスハイグロスコピクスStreptomyceshygroscopicusによってコードされるホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼをコードするDNA領域内barコード領域に含まれ、そして前記の二本鎖DNA切断は、前記の予め定められた部位を認識しそして前記の二本鎖切断を誘導する一本鎖メガヌクレアーゼの導入か、または前記の予め定められた部位を協調して認識しそして前記の二本鎖切断を誘導するメガヌクレアーゼの対の導入かによって誘導されることを特徴とする、前記方法。前記の予め定められた部位が、配列番号1または配列番号2のヌクレオチド配列を含む、請求項1記載の方法。前記のbarをコードする領域が、配列番号3のヌクレオチド配列を含む、請求項1または請求項2記載の方法。植物細胞のゲノムにおいて予め定められた部位に外来DNA分子を導入するための方法であって、a.前記の予め定められた部位において二本鎖DNA切断を誘導する工程;b.前記の植物細胞に前記の外来DNA分子を導入する工程;およびc.前記の外来DNAが前記の予め定められた部位に導入されている植物細胞を選択する工程を含み、前記の予め定められた部位は、配列番号1または配列番号2のヌクレオチド配列を含み、そして前記の二本鎖DNA切断は、前記の予め定められた部位を認識しそして前記の二本鎖切断を誘導する一本鎖メガヌクレアーゼの導入か、または前記の予め定められた部位を協調して認識しそして前記の二本鎖切断を誘導するメガヌクレアーゼの対の導入かによって誘導されることを特徴とする、前記方法。前記のメガヌクレアーゼまたは前記のメガヌクレアーゼの対がI-CreIに由来し、そして以下のアミノ酸がメガヌクレアーゼユニット1に存在し:a.32位におけるS;b.33位におけるY;c.38位におけるE;d.40位におけるR;e.66位におけるK;f.80位におけるQ;g.42位におけるT;h.77位におけるR;i.68位におけるR;j.70位におけるR;k.44位におけるQ;l.24位におけるI;m.26位におけるS;n.28位におけるS;o.30位におけるR、そして以下のアミノ酸が、メガヌクレアーゼユニット2に存在する:p.70位におけるR;q.44位におけるT;r.24位におけるI;s.26位におけるS;t.28位におけるS;u.30位におけるN;v.32位におけるS;w.33位におけるR;x.38位におけるQ;y.80位におけるQ;z.40位におけるR;aa.66位におけるK;bb.42位におけるT;cc.77位におけるR;dd.68位におけるR、請求項1~4のいずれか1項記載の方法。前記のメガヌクレアーゼの対は義務的にヘテロダイマーを形成するか、または前記メガヌクレアーゼは、リンカーによって共有結合的に接続されたI-CreIに由来する2つのドメインを含む一本鎖メガヌクレアーゼである、請求項1~5のいずれか1項記載の方法。前記のメガヌクレアーゼの対がそれぞれ配列番号5および配列番号6のアミノ酸配列を含むか、または前記の一本鎖のメガヌクレアーゼが、配列番号18の1位から167位までおよび206位から362位までのアミノ酸配列を含む、請求項1~6のいずれか1項記載の方法。前記のメガヌクレアーゼの対が、配列番号4のヌクレオチド2004位からヌクレオチド2525位までまたは2522位までのヌクレオチド配列、および配列番号4のヌクレオチド4885位からヌクレオチド5405位までまたは5403位までのヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされるか、あるいは、前記の一本鎖メガヌクレアーゼが、配列番号17のヌクレオチド1267位から1605位までおよび1795位から1956位までおよび2071位から2541位までのヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされるか、あるいは、前記の一本鎖メガヌクレアーゼが、配列番号17の1267位から1605位までおよび1795位から2541位までのヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされる、請求項1~7のいずれか1項記載の方法。前記メガヌクレアーゼまたは前記のメガヌクレアーゼの対が、前記植物の前記細胞における発現のためにコドン最適化された核酸によってコードされる、請求項1~8のいずれか1項記載の方法。前記の外来DNAが、直接的なDNA導入によって導入される、請求項1~9のいずれか1項記載の方法。前記の外来DNAが、さらに他のDNAを全く用いずに導入される、請求項1~10のいずれか1項記載の方法。前記の外来DNAが修復DNA内に含まれ、前記の修復DNAは、配列番号1のヌクレオチド配列の上流または下流の配列に相同な少なくとも1つのフランキングヌクレオチド配列を含む、請求項1~11のいずれか1項記載の方法。前記メガヌクレアーゼまたは前記のメガヌクレアーゼの対が、キメラ遺伝子またはキメラ遺伝子の対から発現され、各々が、前記メガヌクレアーゼまたは前記のメガヌクレアーゼの対の1つをコードするコード領域に作動可能に連結され、そしてさらに、植物細胞において機能する転写終結およびポリアデニル化に関与するDNA領域に作動可能に連結された、植物で発現可能なプロモーターを含む、請求項1~12のいずれか1項記載の方法。前記キメラ遺伝子が、前記植物細胞に一過性に導入される、請求項13記載の方法。前記キメラ遺伝子が、前記植物細胞に安定に導入される、請求項14記載の方法。前記の外来DNAが選択マーカー遺伝子を含む、請求項1~15のいずれか1項記載の方法。前記の外来DNAが、対象の植物で発現可能な遺伝子を含む、請求項1~16のいずれか1項記載の方法。前記の対象の植物で発現可能な遺伝子が、除草剤耐性遺伝子、昆虫耐性遺伝子、疾病耐性遺伝子、非生物的ストレス耐性遺伝子、油生合成、炭水化物生合成に関与する酵素、線維の強度または線維の長さに関与する酵素、二次代謝物の生合成に関与する酵素の群から選択される、請求項17記載の方法。前記の植物細胞がさらに植物へと再生される、請求項1~18のいずれか1項記載の方法。請求項1~19のいずれか1項記載の方法によって得られた、前記の外来DNAが前記の予め定められた部位に導入されている植物細胞。請求項19に記載の方法によって得られた、前記の外来DNAが前記の予め定められた部位に導入されている植物。請求項21の植物からの、前記の予め定められた部位に組み込まれた前記の外来DNAを含む植物の種子または繁殖部分。化学物質を前記植物に、または前記植物が成長している基質に適用する工程を含む、請求項21記載の植物を成長させる方法。請求項20の植物細胞から実質的になる植物を、別の植物またはそれ自体と交雑させ、そして場合により種子を収穫する工程を含む、barコード領域に組み込まれた外来DNAを含む植物を産生するためのプロセス。化合物を、請求項21の植物に適用する工程を含む、田畑において植物を成長させるプロセス。化合物を、請求項22記載の植物の種子に適用する工程を含む、処理された種子を産生するプロセス。外来DNAをbarコード領域に導入するための請求項1~15のいずれか1項に記載の通りのメガヌクレアーゼまたはメガヌクレアーゼの対の使用。対象の外来DNAを植物細胞において予め定められた部位に導入するためのカスタムメイドのメガヌクレアーゼの使用。植物細胞のゲノムにおいて予め定められた部位に外来DNA分子を導入するための方法であって、a.前記の予め定められた部位に二本鎖DNA切断を誘導する工程;b.前記の植物細胞に前記の外来DNA分子を導入する工程;およびc.前記の外来DNAが前記の予め定められた部位に導入されている植物細胞を選択する工程を含み、前記の二本鎖DNA切断は、協調して前記の予め定められた部位を認識し、そして前記の二本鎖切断を誘導する天然には存在しない一本鎖メガヌクレアーゼの導入か、または天然には存在しないメガヌクレアーゼの対の導入かによって誘導されることを特徴とする、前記方法。トランスジェニック植物細胞のゲノムにおいて予め定められた部位に外来DNA分子を導入するための方法であって、a.前記の予め定められた部位に二本鎖DNA切断を導入する工程;b.前記の植物細胞に前記の外来DNA分子を導入する工程;およびc.前記の外来DNAが前記の予め定められた部位に導入されている植物細胞を選択する工程を含み、前記の予め定められた部位は、天然に存在するメガヌクレアーゼのための認識部位とは異なるヌクレオチド配列であり、前記の予め定められた部位は、トランスジェニック植物において導入遺伝子の一部として一般的に導入されるヌクレオチド配列であり、そして二本鎖DNA切断は、前記の予め定められた部位を認識しそして前記の二本鎖切断を誘導する天然には存在しない一本鎖メガヌクレアーゼの導入か、または前記の予め定められた部位を協調して認識しそして前記の二本鎖切断を誘導する天然には存在しないメガヌクレアーゼの対の導入かによって誘導されることを特徴とする、前記方法。