"組換え体または単離された細菌であって、該細菌の表面上でのリポテイコ酸LTAの提示を減少させるように遺伝子改変されている、組換え体または単離された細菌。ホスホグリセロールトランスフェラーゼの発現を減少させるように遺伝子改変されている、請求項1に記載の組換え体または単離された細菌。配列番号1に示す核酸配列と少なくとも70、80、90、95、97、98または99の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように遺伝子改変されている、請求項1または2に記載の組換え体または単離された細菌。配列番号1に示すヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように遺伝子改変されている、請求項1または2に記載の組換え体または単離された細菌。プロバイオティック細菌である、前記請求項のいずれか一項に記載の組換え体または単離された細菌。前記プロバイオティック細菌が乳酸細菌である、請求項5に記載の組換え体または単離された細菌。前記乳酸細菌がLactobacillusである、請求項6に記載の組換え体または単離された細菌。前記LactobacillusがLactobacillusacidophilusである、請求項7に記載の組換え体細菌。前記遺伝子改変がLactobacillusacidophilusNCFMで実施された、請求項8に記載の組換え体または単離された細菌。前記Lactobacillusacidophilusが、ATCC受託番号PTA-11587の下で寄託されているLactobacillusacidophilusNCK2025である、請求項8に記載の組換え体または単離された細菌。細菌を、前記細菌の表面上のリポテイコ酸LTAの提示を減少させるように遺伝子改変することを含む、組換え体または単離された細菌の作製方法。前記組換え体または単離された細菌が、ホスホグリセロールトランスフェラーゼの発現を減少させるように改変されている、請求項11に記載の方法。前記組換え体または単離された細菌が、配列番号1に示すヌクレオチド配列と少なくとも70、80、90、95、97、98または99の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように遺伝子改変されている、請求項11または12に記載の方法。前記組換え体細菌がプロバイオティック細菌である、請求項11~13のいずれか一項に記載の方法。前記プロバイオティック細菌が乳酸細菌である、請求項14に記載の方法。前記乳酸細菌がLactobacillusである、請求項15に記載の方法。前記LactobacillusがLactobacillusacidophilusである、請求項16に記載の方法。前記遺伝子改変がLactobacillusacidophilusNCFMで実施された、請求項17に記載の方法。前記Lactobacillusacidophilusが、ATCC受託番号PTA-11587の下で寄託されているLactobacillusacidophilusNCK2025である、請求項17に記載の方法。前記Lactobacillusacidophilusが、配列番号1に示すヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように改変されている、請求項17~19のいずれか一項に記載の方法。被験体において炎症を減少させる方法であって、請求項1~10のいずれか一項に記載の組換え体または単離された細菌の治療的有効量を前記被験体に投与することを含む方法。被験体の胃腸管の炎症性障害を処置または予防する方法であって、請求項1~10のいずれか一項に記載の組換え体または単離された細菌の治療的有効量を被験体に投与することを含む方法。前記被験体が動物である、請求項21または22のいずれか一項に記載の方法。前記被験体が哺乳動物である、請求項23に記載の方法。前記被験体がヒトである、請求項24に記載の方法。前記被験体が家畜である、請求項23に記載の方法。前記被験体が農業動物である、請求項23に記載の方法。前記被験体が胃腸障害を有する、請求項21~27のいずれか一項に記載の方法。前記胃腸障害が、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される、請求項28に記載の方法。前記細菌が前記被験体における1つまたはそれより多くの抗炎症性サイトカインの生成を増加させる、請求項21~29のいずれか一項に記載の方法。前記抗炎症性サイトカインがIL-10である、請求項30に記載の方法。前記細菌が前記被験体における1つまたはそれより多くの炎症誘発性サイトカインの生成を減少させる、請求項21~31のいずれか一項に記載の方法。前記炎症誘発性サイトカインが、IL-12、IL-6、IFNγ、TNFαおよびその任意の組合せからなる群から選択される、請求項32に記載の方法。前記細菌の前記治療的有効量が約108から1012CFU/日である、請求項21~33のいずれか一項に記載の方法。請求項1~10のいずれか一項に記載の組換え体または単離された細菌を含む医薬組成物。医薬として使用するための、請求項1~10のいずれか一項に記載の組換え体または単離された細菌。請求項23~27のいずれか一項に記載の被験体などの被験体の胃腸管の炎症性障害の処置または予防で使用するための、請求項1~10のいずれか一項に記載の組換え体または単離された細菌。前記細菌が前記被験体における抗炎症性サイトカイン生成の増加を引き起こす、請求項36または37に記載の使用のための組換え体または単離された細菌。前記抗炎症性サイトカインがIL-10である、使用のための請求項38に記載の組換え体または単離された細菌。前記細菌が前記被験体における1つまたはそれより多くの炎症誘発性サイトカインの生成を減少させる、請求項36~39のいずれか一項に記載の使用のための組換え体または単離された細菌。前記炎症誘発性サイトカインが、IL-12、IL-6、IFNγ、TNFαおよびその任意の組合せからなる群から選択される、請求項40に記載の使用のための組換え体または単離された細菌。前記細菌が治療的有効量で被験体に投与されるために製剤化され、前記細菌の治療的有効量が約108から1012CFU/日である、請求項36~41のいずれか一項に記載の使用のための組換え体または単離された細菌。前記胃腸障害が、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される、請求項36~42のいずれか一項に記載の使用のための組換え体または単離された細菌。医薬の製造における、請求項1~10のいずれか一項に記載の細菌の使用。被験体、例えば請求項23~27のいずれか一項に記載の被験体の胃腸管の障害の処置または予防のための医薬の製造における、44に記載の細菌の使用。炎症性障害の処置のための医薬の製造における、請求項44または45に記載の細菌の使用。前記障害が、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される、請求項46に記載の細菌の使用。医薬としての、請求項1~10のいずれか一項に記載の細菌の使用。前記医薬が、被験体、例えば請求項23~27のいずれか一項に記載の被験体の胃腸管の障害の処置または予防のためである、請求項48に記載の細菌の使用。前記障害が炎症性障害である、請求項48または49に記載の細菌の使用。前記胃腸障害が、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される、請求項50に記載の細菌の使用。IBDなどの炎症性胃腸障害の処置を向上させるために、当技術分野でさらなる方法および組成物が必要である。被験体における炎症を低減するための方法および組成物が提供される。本組成物は、細胞表面のリポテイコ酸の提示displayを減少させるように遺伝子改変された組換え体細菌を含む。方法は、細胞表面のリポテイコ酸の提示を減少させるように改変された組換え体細菌を被験体に投与することを含む。組換え体細菌の投与は、所望の治療的応答を促進する。組換え体細菌は、単一の用量または一連の用量で投与することができる。方法は、例えば炎症性腸疾患、大腸炎またはクローン病を処置または予防することを含む、様々な炎症性障害を処置または予防することにおいて有益である。本発明はこれから添付図を参照して以下により完全に記載され、そこにおいて、全てではないがいくつかの本発明の実施形態が示される。実際、これらの発明は多くの異なる形で具現化することができ、本明細書に示される実施形態に限定されるものと解釈されるべきでない。むしろ、これらの実施形態は、この開示が、適用可能な法的要件を満たすように提供される。類似の数は、全体に類似のエレメントを指す。ここに示す本発明の多くの改変形態および他の実施形態は、上記記載および関連図に提示される教示の助けをかりて、これらの発明が関係する当業技術者に思いつくであろう。したがって、本発明は開示される具体的な実施形態に限定されず、改変形態および他の実施形態が添付の請求項の範囲内に含まれるものとされていることを理解すべきである。本明細書で特定の用語が使用されるが、それらは一般的および記述的な意味だけで用いられ、限定目的で用いられるものではない。概要炎症性障害を処置または予防するための方法および組成物を含む、被験体で炎症を減少させるための方法および組成物が提供される。そのような方法および組成物は、細菌細胞の表面でLTAの提示を減少させるように改変された組換え体細菌を用いて、胃腸管で炎症を低減するために使用することができる。胃腸管の顕在的炎症は、潰瘍性uncreative大腸炎およびクローン病を含むヒトIBDを代表する。細胞表面でLTAの提示を減少させることによって、本発明の組換え体細菌は、対応する野生型細菌細胞よりかなり多くの正味の炎症性応答を低減する。したがって、それを必要とする被験体で抗炎症サイトカインの生成を刺激し、炎症誘発性サイトカインの生成を制限することによって炎症性応答を低減する、様々な組換え体細菌およびそれらの使用方法が提供される。LTA提示の減少した組換え体細菌細胞細胞表面上のLTAの提示を減少させる方法および組成物が提供される。ここで用いられるように、細胞表面上のLTAの提示の減少は、適当な対照と比較したときの、細胞表面で提示されるLTAのレベルのいかなる統計的に有意な減少も含む。そのような減少には、例えば、細胞表面で提示されるLTAの量の少なくとも5、10、20、30、40、50、60、70、80、90または100の減少を含めることができる。細胞表面のLTAの量のアッセイ方法には、例えば、ブタノールおよび疎水性相互作用クロマトグラフィーMorathS、GeyerAおよびHartungT2001年JExpMed193巻3号:393~397頁または酵素結合免疫吸着検定法ELISATadlerら2005年JClinLabAnal1989年;3巻1号:21頁が含まれる。本明細書で用いる用語表面、細胞表面または細菌表面は、原形質膜を含む、その外側の細菌細胞の領域を指す。グラム陽性細菌は、その中にタイコ酸が散在する原形質膜の外側のペプチドグリカンの層を含む。グラム陰性細菌は、ペプチドグリカン層を覆う外膜をさらに含む。したがって、本発明による表面上のLTAの提示は、グラム陽性細菌の原形質膜もしくはペプチドグリカン層、またはグラム陰性細菌の原形質膜、ペプチドグリカン層もしくは外膜の中、またはその上であってよい。細胞表面上のLTAの提示を減少させるように遺伝子改変されている組換え体細菌細胞が提供される。本明細書で用いるように、用語組換え体細菌または組換え体細菌細胞は、対象の遺伝子に関して少なくとも1つの遺伝子変更が実行された細菌もしくは複数の細菌細胞、またはそのように変更された細胞の系統を引いてその遺伝子変更を含む細胞を指す。したがって、本明細書で用いるように、用語遺伝子改変されたまたは遺伝子改変は、対象の遺伝子または核酸配列に関して実行された欠失、付加または置換などの遺伝子変更を指す。一部の実施形態では、遺伝子変更は、人の手による組換え技術に起因する変更である。一部の実施形態では、遺伝子変更は、細菌細胞のゲノムへの異種ポリヌクレオチドの導入を含む。本明細書で用いるように、配列に関して異種とは、外来の種を起源とするか、同じ種を起源とする場合には故意のヒト介入によって組成および/またはゲノム遺伝子座がその天然形から実質的に改変される配列である。例えば、異種ポリヌクレオチドに作動可能に連結されるプロモーターは、ポリヌクレオチドが由来する種と異なる種に由来するか、または同種/類似種に由来する場合には、一方または両方はそれらの原形および/またはゲノム遺伝子座から実質的に改変されるか、または、プロモーターは作動可能に連結するポリヌクレオチドの天然のプロモーターでない。対象のいかなる細菌も、本明細書に記載される方法および組成物で用いることができる。具体的な実施形態では、細菌はプロバイオティック細菌を含む。本明細書で用いられる用語プロバイオティックは、適当量で投与されるときに宿主に健康上の有益性を付与する生きている微生物FAO2001:isappnetdocsProbioticDefinitionpdfのウェブサイトを参照または被験体の腸管の健康および均衡に寄与する少なくとも1つの生物体を指す。具体的な実施形態では、それはフレンドリー、有益または善玉細菌とも呼ばれ、それは、被験体によって摂取されると健康な腸管の維持を助け、病気および/または疾患の1つまたはそれより多くの症状の部分的または完全な緩和に役立つ。本明細書で用いるように、プロバイオティック特性は、腸の機能および安定性の強化;感染性および非感染性の疾患に対する保護の改善;免疫系調整;乳糖不耐性の緩和;消化および栄養素吸収の改善;血中コレステロールの低減;アレルギーリスクの低減;および尿路感染リスクの低減を含む。一部の実施形態では、プロバイオティック特性は、プロバイオティック細菌を受けとる被験体での抗炎症サイトカイン生成の増加、プロバイオティック細菌を受けとる被験体での炎症誘発性サイトカイン生成の減少、またはプロバイオティック細菌を受けとる被験体での抗炎症サイトカイン生成と炎症誘発性サイトカイン生成との比の増加を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載される細菌は、1つまたはそれより多くのプロバイオティック特性を強化するように改変されている。例えば、一部の実施形態では、胃腸上皮への接着を増加させるように改変され、細胞表面上のLTAの提示を減少させるようにさらに改変されている細菌が提供される。他の実施形態では、酸または胆汁への耐性を増加させるように改変され、細胞表面上のLTAの提示を減少させるようにさらに改変されている細菌が提供される。他の実施形態では、細菌は乳酸菌である。本明細書で用いるように、乳酸菌は、以下から選択される属からの細菌を意味する:Aerococcus属、Carnobacterium属、Enterococcus属、Lactococcus属、Lactobacillus属、Leuconostoc属、Oenococcus属、Pediococcus属、Streptococcus属、Melissococcus属、Alloiococcus属、Dolosigranulum属、Lactosphaera属、Tetragenococcus属、Vagococcus属およびWeissella属Holzapfelら2001年AmJClinNutr73巻:365S~373S頁;Sneath編1986年Bergey’sManualofSystematicBacteriology2巻、Lippincott、WilliamsandWilkins、Hagerstown、MD。さらに他の実施形態では、Lactobacillus属が用いられる。Lactobacillus属は、それらに限定されないが、L.casei、L.paracasei、L.reuteri、L.rhamnosus、L.johnsonni、L.gasseri、L.acidophilus、L.plantarum、L.fermentum、L.salivarius、L.bulgaricusおよびWoodらHolzapfelおよびWood編1995年TheGeneraofLacticAcidBacteria、2巻、Springer、NewYorkによって概説される多数の他の種を含むLactobacillus属からの任意の細菌を意味する。具体的な実施形態では、細菌はL.acidophilusNCFMである。LTAの提示が減少した細菌の生成、そのような細菌の種培養の調製および基質、特にミルクなどの食物基質を発酵させる方法は、それらに限定されないが、MaeyraMaekinenおよびBigret1993年LacticAcidBacteriaSalminenおよびvonWright編MarcelDekkerIncNewYork65~96頁;Sandine1996年DairyStarterCulturesCoganおよびAccolas編VCHPublishers、NewYork191~206頁;Gilliland1985年BacterialStarterCulturesforFoodCRCPress、BocaRaton、Floridaに記載されるものを含む公知の技術に従って実行することができる。本明細書に記載される細菌細胞は、Sambrookら1989年MolecularCloningALaboratoryManual2版、ColdSpringHarborLaboratoryPress、ColdSpringHarbor、NewYorkに一般に記載されるような適する培地で培養することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載される菌株は、本明細書に記載されるような細胞表面のLTAの提示の減少をもたらす少なくとも1つの遺伝子変更を含む細菌の、生物学的に純粋な培養である。さらなる実施形態では、細菌は1つまたはいくつかのヌクレオチドの付加、欠失および/または置換を含む。これらの株には、それらに限定されないが以下のものが含まれてよい:Lactobacillusacidophilus、L.gasseri、L.johnsoniiまたはL.plantarum。生物学的に純粋なは、他の細菌細胞が90、95、96、97、98、99または100含まれないことを意味する。他の実施形態では、本明細書に記載される菌株は他の菌株と一緒に見出されて、混合培養を形成する。対照または対照細胞または対照細菌は、組換え体細菌細胞の表現型の変化を測定するための参照点を提供する。対照細菌は、例えば:a野生型細菌、すなわち、対象細菌をもたらした遺伝子変更のための出発材料と同じ遺伝子型のもの;またはb出発材料と同じ遺伝子型であるが、ヌル構築物ですなわち、マーカー遺伝子を含む構築物などの、対象の形質に及ぼす既知の影響がない構築物で形質転換されている細菌、を含むことができる。LTA関連のポリペプチドおよびポリヌクレオチド細胞表面上のLTA提示の減少した組換え体細菌を、少なくとも1つのLTA関連のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの活性レベルが調整されるすなわち増加または減少するように変更した。本明細書で用いるように、用語LTAは、リポテイコ酸、膜内に糖脂質が固定され、ポリグリセロリン酸Gro-P鎖が壁内に伸長している両性高分子を指す。一部の実施形態では、用語LTAまたはリポテイコ酸には、壁テイコ酸WTA、細胞壁のペプチドグリカン層と共有結合しているテイコ酸が含まれる。LTAの生合成は、細胞の内側の膜に固定される糖脂質を形成する、グリコシルトランスフェラーゼを通した炭水化物ユニットの移動から始まる。糖脂質は膜タンパク質を通して細胞から輸送され、細胞の外側の細胞膜に固定される。最後に、ホスホグリセロールトランスフェラーゼは固定された糖脂質にグリセロリン酸Gro-P単位を輸送して、細長いLTA図1を形成する。したがって、本発明のLTA関連のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、細胞表面上のLTAの生成、組成、輸送、アセンブリーおよび提示に関与するポリヌクレオチドおよびポリペプチドを包含すると理解される。一部の実施形態では、細菌を投与される被験体で炎症性応答を調整するために、細菌表面のLTAの提示が低減される。これらのLTA関連の配列の断片および変異体を、本明細書に記載される方法を実施するために用いることもできる。本明細書で用いるように、用語遺伝子および組換え体遺伝子は、オープンリーディングフレームを含む核酸分子、特にLTAの生成、アセンブリーまたは提示に関与するタンパク質をコードするものを指す。一実施形態では、LTA関連のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、配列番号1および2、またはその活性断片もしくは変異体を含む。さらなる実施形態では、LTA関連のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、配列番号3~16、またはその活性断片もしくは変異体を含む。LTA関連のポリヌクレオチドは、LTA関連のタンパク質をコードするコード配列だけでなく、プロモーターなどの調節配列の両方を含む。LTA関連のポリヌクレオチドは、リボゾーム結合部位などの、LTA関連のmRNAの正しい翻訳のために必須の部位をさらに含むことができる。LTA、細胞壁、細胞膜、細胞表面と関連するかまたは分泌される、単離ポリペプチドおよびタンパク質、ならびにその変異体および断片が包含される。本発明の目的上、用語タンパク質およびポリペプチドは互換的に用いられる。本明細書で用いる用語発現は、本発明の核酸断片に由来するセンスmRNAまたはアンチセンスRNAの転写を指す。発現は、mRNAのポリペプチドへの翻訳を指すこともできる。LTAの提示を減少させること標的のLTA関連のポリヌクレオチドの発現レベル濃度および/または活性を調整する方法および組成物が提供される。本明細書で用いるように、標的配列は、発現レベルを調整することを望む任意の配列を含む。標的配列には、ポリペプチドをコードする配列とそれをコードしない配列の両方が含まれる。機能的LTA関連のポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、細菌の表面上のLTAの生成、アセンブリー、輸送または提示を担うタンパク質、配列またはRNAをコードすると理解される。したがって、発現が低減されたLTA関連のポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、その野生型対応物と比較したとき、表面上のLTAの提示が減少した細菌をもたらすであろう。一部の実施形態では、表面上のLTAの提示が減少した細菌は、大腸炎などのIBDを起こしている被験体の炎症性応答を低減または予防することができる。ポリヌクレオチドまたはそれによってコードされるポリペプチドの発現レベルを低減するまたは低減することは、標的配列のポリヌクレオチドまたはポリペプチドレベルが、適当な対照中の同じ標的配列のポリヌクレオチドレベルまたはポリペプチドレベルより統計学的に低いことを意味するものとする。特定の実施形態では、現在開示されている対象物により標的配列のポリヌクレオチドレベルおよび/またはポリペプチドレベルを低減することは、適当な対照中の同じ標的配列のポリヌクレオチドレベル、またはそれによってコードされるポリペプチドのレベルの少なくとも95の減少、少なくとも90の減少、少なくとも80の減少、少なくとも70の減少、少なくとも60の減少、少なくとも50の減少、少なくとも40の減少、少なくとも30の減少、少なくとも20の減少、少なくとも10の減少、または少なくとも5の減少をもたらす。他の実施形態では、標的配列のポリヌクレオチドレベルおよび/またはポリペプチドレベルを低減することは、適当な対照と比較したとき、ポリヌクレオチドレベル、またはそれによってコードされるポリペプチドのレベルの約3~15、10~25、20~35、30~45、40~55、50~65、60~75、70~90、70~80、70~85、80~95、90~100の減少をもたらす。RNA転写産物のレベル、コードされたポリペプチドのレベルまたはポリヌクレオチドもしくはポリペプチドの活性のアッセイ方法は、本明細書の他の場所で議論される。一部の実施形態では、対象のポリヌクレオチドまたはポリペプチドのレベルを増加させることによって、細胞表面上のLTAの提示を減少させることができる。ポリヌクレオチドまたはそれによってコードされるポリペプチドの発現レベルを増加させるまたは増加させることは、標的配列のポリヌクレオチドまたはポリペプチドレベルが、適当な対照中の同じ標的配列のポリヌクレオチドレベルまたはポリペプチドレベルより統計学的に高いことを意味するものとする。特定の実施形態では、現在開示されている対象物により標的配列のポリヌクレオチドレベルおよび/またはポリペプチドレベルを増加させることは、適当な対照中の同じ標的配列のポリヌクレオチドレベル、またはそれによってコードされるポリペプチドのレベルの少なくとも95の増加、少なくとも90の増加、少なくとも80の増加、少なくとも70の増加、少なくとも60の増加、少なくとも50の増加、少なくとも40の増加、少なくとも30の増加、少なくとも20の増加、少なくとも10の増加、または少なくとも5の増加をもたらす。他の実施形態では、標的配列のポリヌクレオチドレベルおよび/またはポリペプチドレベルを増加させることは、適当な対照と比較したとき、ポリヌクレオチドレベル、またはそれによってコードされるポリペプチドのレベルの約3~15、10~25、20~35、30~45、40~55、50~65、60~75、70~90、70~80、70~85、80~95、90~100の増加をもたらす。RNA転写産物のレベル、コードされたポリペプチドのレベルまたはポリヌクレオチドもしくはポリペプチドの活性のアッセイ方法は、本明細書の他の場所で議論される。表面上のLTAの提示が減少している組換え体生物体は、様々な技術を用いて構築することができる。本発明では、LTAアセンブリー経路の1つの酵素の少なくとも1つ、例えばホスホグリセロールトランスフェラーゼまたはグリコシルトランスフェラーゼをコードするポリヌクレオチドまたはポリペプチドの発現を、本明細書に記載されるように減少させることができる。一実施形態では、ホスホグリセロールトランスフェラーゼを含むLTA関連のポリペプチドのレベルが低減される。特定の実施形態では、配列番号2に示すホスホグリセロールトランスフェラーゼまたはその活性断片もしくは変異体の発現が低減される。ホスホグリセロールトランスフェラーゼは、糖脂質へのGro-P単位の移動に関与し、それによってLTA鎖を伸長させるポリペプチドである。様々なホスホグリセロールトランスフェラーゼポリペプチドおよびこれらのポリペプチドをコードする遺伝子が公知である。本明細書で用いるように、ホスホグリセロールトランスフェラーゼは、LTA合成酵素LtaS、グリセリンホスホトランスフェラーゼ、グリセロホスホトランスフェラーゼ、およびLTAのポリグリセロールホスフェート骨格の形成のためにGro-P単位の移動を触媒する任意の他のポリペプチドを包含する。ホスホグリセロールトランスフェラーゼは、アルカリ性ホスファターゼスーパーファミリーMdoB[COG1368]ホスホグリセロールトランスフェラーゼのメンバーである。例えば、NCBI受託番号NZ_ACGX01000068.1およびNC_010609.1を参照。これらの参照の各々は、参照により本明細書に組み込まれる。別の実施形態では、LTA関連のポリペプチドは、グリコシルトランスフェラーゼを含むことができる。この実施形態では、グリコシルトランスフェラーゼのレベルは、本明細書の他の場所に記載されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドのレベルを低減する方法のいずれかを用いて低減される。一実施形態では、配列番号4または6に示すグリコシルトランスフェラーゼまたはその活性断片もしくは変異体の発現が低減される。グリコシルトランスフェラーゼは、糖脂質およびLTAの脂質アンカーの合成に関与するポリペプチドである。グリコシルトランスフェラーゼポリペプチドおよびこれらのポリペプチドをコードする遺伝子が公知である。本明細書で用いるように、用語グリコシルトランスフェラーゼは、糖脂質またはLTAの脂質アンカー、例えばYgpP、Ugt、BgsA、IagA、LafAまたはLafBなどの合成を触媒する任意のポリペプチドを指す。グリコシルトランスフェラーゼは、グリコシルトランスフェラーゼ_GTB_タイプのスーパーファミリー[cl10013]のメンバーである。様々なグリコシルトランスフェラーゼが公知である。例えば、NCBI受託番号NC_010609.1およびEF138835.1を参照。これらの参照の各々は、参照により本明細書に組み込まれる。テイコ酸におけるD-Ala置換の特質およびレベルは、細胞表面上のLTAの提示を減少させることができる。D-アラニル-LTAの合成は、dltオペロン、DltA、DltB、DltCまたはDltDによってコードされる4つのタンパク質を必要とする。したがって、一部の実施形態では、LTA関連のポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、配列番号9~16を含む、Dltオペロンに示されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含むことができる。したがって別の実施形態では、DltA、DltB、DltCまたはDltDのレベルは、本明細書の他の場所に記載されるLTA関連のポリヌクレオチドまたはポリペプチドのレベルを低減する方法のいずれかを用いて低減される。dltオペロンの様々なメンバーが公知である。例えば、NCBI受託番号AAF09201DltA;NCBI受託番号AAB17658.1DltB;NCBI受託番号CAR86674.1DltC;およびNCBI受託番号CAQ65981.1DltDを参照。これらの参照の各々は、参照により本明細書に組み込まれる。LTAの構造は、公知の技術を用いてNMRおよびMSで測定することができる。例えば、MorathS、GeyerAおよびHartungT2001年JExpMed193巻3号:393~397頁を参照。LTA関連のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの発現の減少は、当技術分野で周知の様々な技術によって達成することができる。例えば、遺伝子発現は突然変異によって減少させることができる。突然変異は、その突然変異が、細胞表面上のLTAの提示が減少するように機能的LTA関連のタンパク質の発現の減少につながるか、LTA関連のポリヌクレオチドの発現の減少をもたらす限り、挿入、欠失、置換またはその組合せであってよい。LTAの提示の減少した細菌は、被験体の炎症性応答を低減し、それによって大腸炎などの炎症性腸疾患を処置または予防するために用いることができる。染色体上の特定の部位に突然変異を導入するために、組換えDNA技術を用いることができる。そのような突然変異は、突然変異させられた遺伝子が、細胞表面上のLTAの提示が減少するように機能的LTA関連のタンパク質の発現の減少につながるか、LTA関連の遺伝子の発現の減少をもたらす限り、挿入、欠失、1つのヌクレオチドの別のヌクレオチドによる置換またはその組合せであってよい。そのような突然変異は、いくつかの塩基対の欠失によって作ることができる。一実施形態では、そのような突然変異の結果、他の塩基対は正しいリーディングフレーム内にもはやないので、1つの単一の塩基対の欠失は、LTA関連のタンパク質を機能しないようにし、それによって細菌表面上のLTAの提示を減少させることができた。他の実施形態では、多数の塩基対、例えば100塩基対が除去される。さらに他の実施形態では、LTA関連遺伝子の全長を欠失させる。LTA関連遺伝子の発現を低減するために、オープンリーディングフレームに終止コドンを導入する突然変異、またはオープンリーディングフレームでフレームシフトを引き起こす突然変異を用いることができた。LTAの提示を減少させるためにLTA関連遺伝子の発現を減少させる他の技術は、当技術分野で周知である。例えば、技術には、部位特異的突然変異誘発、制限酵素消化とその後の再ライゲーション、PCRに基づく突然変異誘発技術、対立遺伝子の交換、対立遺伝子の置換、RNA干渉または翻訳後修飾による遺伝子配列の改変を含めることができる。プラスミドにLTA関連の遺伝子をクローニングすること、制限酵素による遺伝子の消化、その後のエンドヌクレアーゼ処理、再ライゲーション、および相同組換えなどの標準組換えDNA技術は全て当技術分野で公知であり、Maniatis/SambrookSambrookJらMolecularcloningalaboratorymanualISBN0-87969-309-6に記載されている。Clontechから販売されているTRANSFORMERキットを用いて、invitro部位特異的突然変異誘発によって部位特異的突然変異を生成することができる。PCR技術は、DieffenbachおよびDreksler;PCRprimersalaboratorymanualISBN0-87969-447-3およびISBN0-87969-447-5に広範囲に記載されている。コード領域での突然変異、およびプロモーターなどの調節配列を含む正しい転写および翻訳のために必須のそれらの配列での突然変異も、本発明の範囲内に入るとみなされる。特定の実施形態では、組換え体細菌は、表面上のLTAの提示が減少するように、部位特異的突然変異誘発によって改変される。他の実施形態では、LTAの提示が減少した細菌は、細菌集団から単離される。本明細書で用いる単離という用語は、その天然の環境から分離される細菌を指すと理解されよう。これは、例えば、混合細菌集団または環境試料からの精製によるものであってよい。単離細菌は、その細菌の天然の環境の他の細菌種および構成要素を実質的に含まない。天然の環境の他の細菌種および構成要素を実質的に含まない細菌には、天然の環境の混入細菌種または構成要素の約30未満、20、10、5または1を有する細菌調製物が含まれる。アッセイ開示されるポリペプチドおよび/または核酸分子の発現を検出するアッセイには、LTAの検出および/または定量を含めることができる。LTAの検出のための方法は、本明細書の他の場所に記載されている。細菌細胞表面上のLTAの提示の減少は、細菌にさらされる宿主細胞の抗炎症応答の増加または炎症誘発性応答の減少をもたらすことができる。本発明のLTA関連のポリペプチドの発現を評価するために、例えば抗炎症応答または炎症誘発性応答を測定するアッセイを用いることもできる。炎症性応答を測定する方法も、本明細書の他の場所に記載されている。断片および変異体文脈に従い、断片はポリペプチドもしくはタンパク質のアミノ酸配列の一部、またはポリペプチドもしくはタンパク質のアミノ酸配列の一部をコードするポリヌクレオチドを指す。断片は元のタンパク質の活性を保持することができ、したがって、そのような活性断片には、例えば、ホスホグリセロールトランスフェラーゼ活性を保持する配列番号2の断片などの、LTA関連のタンパク質の断片が含まれる。活性ホスホグリセロールトランスフェラーゼをコードする配列番号1の断片などの、LTA関連のヌクレオチド配列の断片は、生物学的に活性であるタンパク質断片をコードすることができる。さらに、LTA関連のタンパク質の断片には、配列番号2、4、6、8、10、12、14および16の断片が含まれる。生物学的に活性なヌクレオチド断片は、LTA関連のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの一部を単離し、LTA関連のタンパク質のコードされた部分を発現させ、LTA関連のタンパク質のコードされた部分の活性を評価することによって調製することができる。他の実施形態では、LTA関連のタンパク質のヌクレオチド配列の断片は、生物学的に活性なポリペプチドをコードする必要がないが、発現されたときに標的のLTA関連のポリペプチドの発現を抑制するすなわちセンス、アンチセンス、miRNAまたはsiRNA抑制ポリヌクレオチドを含むことができた。LTA関連のポリヌクレオチドの断片には、配列番号1、3、5、7、9、11、13および15の断片が含まれる。LTA関連の核酸分子の断片は、少なくとも約15、20、50、75、100、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000ヌクレオチド、または本明細書で開示される完全長LTA関連のヌクレオチド配列に存在するヌクレオチドの総数まで含む。アミノ酸配列の断片には、LTA関連のタンパク質、または部分長のタンパク質のアミノ酸配列に十分に同一であるかそれに由来するアミノ酸配列を含み、LTA関連のタンパク質の少なくとも1つの活性を示すすなわち、細胞表面で提示されるLTAのレベルを調整するが、本明細書で開示される完全長LTA関連のタンパク質より少ないアミノ酸を含むペプチドが含まれる。LTA関連のタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば長さが10、25、50、100、150、200個の連続したアミノ酸であるか、または本発明の完全長LTA関連のタンパク質すなわち、配列番号2、4、6、8、10、12、14または16に存在するアミノ酸の総数までであるポリペプチドであってよい。そのような生物学的に活性な部分は組換え技術によって調製することができ、ホスホグリセロールトランスフェラーゼ活性などの天然のLTA関連のタンパク質の機能的活性の1つまたはそれより多くについて評価することができる。ここで用いられるように、断片は、配列番号2、4、6、8、10、12、14または16の少なくとも5つの連続したアミノ酸を含む。しかし、本発明は、6、7、8または9個を超えるアミノ酸のタンパク質中の任意の断片などの他の断片を包含する。一部の実施形態では、本明細書の他の場所で提供されるヌクレオチドおよびアミノ酸配列の変異体の発現を低減するように改変されている組換え体細菌が提供される。変異体は、十分に同一の配列を意味する。したがって、本発明は、配列番号2、4、6、8、10、12、14もしくは16中のLTA関連のタンパク質をコードするヌクレオチド配列と十分に同一である核酸分子、または配列番号1、3、5、7、9、11、13もしくは15のヌクレオチド配列もしくはその相補配列を含む核酸分子の発現を低減するように改変された細菌を包含する。変異体ポリヌクレオチドには、1つまたはいくつかの付加、欠失または置換を含む配列がさらに含まれる。変異体には、本発明のヌクレオチド配列によってコードされる変異体ポリペプチドも含まれる。さらに、本発明のポリペプチドは、配列番号2、4、6、8、10、12、14または16に示されるアミノ酸配列と十分に同一であるアミノ酸配列を有する。十分に同一のは、1つのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列が、第2のアミノ酸配列またはヌクレオチド配列と比較して十分であるか最小限の数の同等または同一のアミノ酸残基またはヌクレオチドを含み、このように、共通の構造ドメインを提供すること、および/またはLTA関連の生体活性などの共通の機能的活性を示すことを意味する。保存的な変異体には、遺伝子コードの変性のために異なるヌクレオチド配列が含まれる。一般に、配列番号2、4、6、8、10、12、14もしくは16のアミノ酸配列のいずれかと、または配列番号1、3、5、7、9、11、13もしくは15のヌクレオチド配列のいずれかと、それぞれ少なくとも約45、55または65の同一性、好ましくは少なくとも約70または75の同一性、より好ましくは少なくとも約80、85または90、最も好ましくは少なくとも約91、92、93、94、95、95、96、97、98、99、または99.5の配列同一性を有するアミノ酸配列またはヌクレオチド配列は、本明細書で十分に同一であると定義される。本発明によって包含される変異体タンパク質は生物学的に活性であり、すなわち、それらは配列番号2のホスホグリセロールトランスフェラーゼ活性などの、天然のタンパク質の所望のLTA関連の生体活性を保持する。例えば、Varcamontiら2003年ApplEnvironMicrobiol69巻:1287~1289頁を参照。タンパク質の生物学的に活性な変異体は、そのタンパク質とわずか1~15アミノ酸残基、わずか1~10、例えば6~10、わずか5、わずか4、3、2アミノ酸残基、または1アミノ酸残基が異なることさえもある。LTA関連のポリペプチドは、アミノ酸置換、欠失、切断および挿入を含む様々な方法で変更することができる。突然変異誘発およびポリヌクレオチド変更のための方法は、当技術分野で周知である。例えば、Kunkel1985年ProcNatlAcadSciUSA82巻:488~492頁;Kunkelら1987年MethodsinEnzymol154巻:367~382頁;米国特許第4,873,192号;WalkerおよびGaastra編1983年TechniquesinMolecularBiologyMacMillanPublishingCompany、NewYorkおよびその中の引用文献を参照。対象のタンパク質の生体活性に影響しないアミノ酸置換に関する指針は、参照により本明細書に組み込まれるDayhoffら1978年AtlasofProteinSequenceandStructureNatlBiomedResFound、Washington、DCのモデルに見出すことができる。1つのアミノ酸を類似した特性を有する別のものと交換することなどの、保存的な置換を生成することができる。当業技術者は、本明細書で開示されるLTA関連のポリペプチドの活性は、本明細書の他の場所に記載されるものなどの、慣用されるスクリーニングアッセイによって評価することができることを理解する。本明細書で用いるように、天然配列のポリペプチドは、自然に由来する対応するポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。そのような天然配列のポリペプチドは、自然から単離することができるか、組換えおよび/または合成手段によって生成することができる。用語天然配列は、具体的にはポリペプチドの天然に存在する切断された、可溶性のまたは分泌された形、天然に存在する変異形、および天然に存在する対立遺伝子変異体を包含する。本明細書で用いるように、2つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列との関連で配列同一性または同一性は、特定の比較ウインドウでの最大対応のために整列させたときに同じである、2つの配列中の残基を指す。配列同一性の百分率がタンパク質に関して用いられるとき、同一でない残基位置はしばしば保存的アミノ酸置換で異なり、そこでは、類似した化学特性例えば、電荷または疎水性を有する他のアミノ酸残基のためにアミノ酸残基が置換され、したがってその分子の機能的特性を変化させないと認識される。配列が保存的な置換で異なる場合、置換の保存的な性質について補正するために、配列同一性パーセントを上方向に調整することができる。そのような保存的な置換で異なる配列は、配列類似性または類似性を有すると言われる。この調整のための手段は、当業者に周知である。一般的に、これは、保存的な置換を、完全ではなく部分的なミスマッチとしてスコアリングすることを含み、それによって配列同一性百分率を増加させる。したがって、例えば、同一のアミノ酸が1のスコアを与えられ、非保存的な置換が0のスコアを与えられる場合、保存的な置換は0から1の間のスコアが与えられる。保存的な置換のスコアリングは、例えば、プログラムPC/GENEIntelligenetics、MountainView、Californiaで実施される通りに計算される。本明細書で用いるように、配列同一性の百分率は、比較ウインドウで2つの最適に整列させた配列を比較することによって判定される値を意味し、そこで、比較ウインドウでのポリヌクレオチド配列の部分は、2つの配列の最適整列の参照配列付加または欠失を含まないと比較して、付加または欠失すなわち、ギャップを含むことができる。両方の配列で同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が起こる位置の数を判定してマッチしている位置の数を与え、マッチしている位置の数を比較ウインドウ内の位置の総数で割り、その結果に100を掛け算して配列同一性の百分率を与えることによって、百分率は計算される。特に明記しない限り、本明細書で提供される配列同一性/類似性の値は、以下のパラメーター:50のギャップウェイトおよび3の長さウェイト、およびnwsgapdna.cmpスコアリングマトリックスを用いるヌクレオチド配列のための同一性および類似性;8のギャップウェイトおよび2の長さウェイト、およびBLOSUM62スコアリングマトリックスを用いるアミノ酸配列のための同一性および類似性;を用いるGAPバージョン10、またはその任意の同等のプログラムを用いて得られる値を指す。同等プログラムは、問題の任意の2つの配列について、GAPバージョン10によって生成される対応する整列と比較したときに、同一のヌクレオチドまたはアミノ酸残基のマッチおよび同一の配列同一性パーセントを有する整列を生成する、任意の配列比較プログラムを意味する。処置および予防の方法本明細書の他の場所に記載される組換え体細菌の投与を含む、被験体で炎症を減少させる方法が提供される。一部の実施形態では、LTAの提示が減少した組換え体細菌の投与は、被験体で大腸炎などのIBDの症状を改善することができる。他の実施形態では、LTAの提示が減少した組換え体細菌の投与は、被験体で大腸炎などのIBDの開始を予防することができる。一部の実施形態では、例えば配列番号1またはその活性断片もしくは変異体の発現の減少を含む、例えばホスホグリセロールトランスフェラーゼを含むLTA関連のタンパク質の発現が減少した組換え体細菌は、細胞表面上のLTAの提示が減少し、確立された大腸炎の症状を改善することおよび大腸炎の開始を予防することができる。下記の実施例1を参照されたい。一部の実施形態では、被験体において胃腸管で炎症を局所的に処置および/または予防する方法、胃腸管の炎症性障害を処置および/または予防する方法、ならびに腸で疼痛を局所的に処置する方法が提供される。本明細書で処置は、胃腸障害を有する被験体の健康状態または症状を治癒させるか、治すか、緩和するか、軽減するか、変更するか、直すか、改善するか、向上させるかまたは影響を及ぼすことと定義される。処置される被験体は、例えば炎症性腸疾患を起こしているか、炎症性腸疾患を起こす危険があることを含む、胃腸障害を起こしているか起こす危険があってよい。組換え体細菌の投与は、予防的目的または治療的目的のいずれのためであってよい。予防することは、組換え体細菌が予防的に提供されること、すなわち細菌がいかなる症状にも先立って提供されることを意味する。組換え体細菌の予防的投与は、任意の以降の症状を予防するか弱める役目を果たす。治療的に提供される場合、細菌は症状の開始時または直後に提供される。物質の治療的投与は、任意の実際の症状を弱くする役目を果たす。被験体は、動物を意味する。具体的な実施形態では、被験体は哺乳動物、例えば霊長類またはヒトである。他の実施形態では、被験体には、ネコもしくはイヌなどの家畜、または反芻動物、ウマ、ブタ、家禽もしくはヒツジなどの農業動物が含まれる。具体的な実施形態では、本発明の医薬製剤による処置を受ける被験体は、ヒトである。一部の実施形態では、処置を受けるヒトは、新生児、小児、幼児、思春期直前の子供、若者または成人であってよい。本発明の被験体は、胃腸障害の症状を起こしていてもよく、または胃腸障害の危険があってもよい例えば抗生物質処置を受けた被験体。胃腸障害本発明の方法および組成物は、炎症性胃腸障害の処置に関する。本明細書で用いるように、用語炎症性胃腸障害または胃腸障害または胃腸管の炎症性障害は、免疫系または免疫系の細胞によって媒介される、胃腸管または腸の疾患を指す。炎症性胃腸障害には、例えば炎症性腸疾患IBD、例えばクローン病および潰瘍性大腸炎、リンパ性大腸炎、顕微鏡的大腸炎、コラーゲン蓄積大腸炎、自己免疫性腸疾患、アレルギー性胃腸疾患および好酸性胃腸疾患、ならびに下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛または便秘が含まれる。特定の実施形態では、本発明の方法は、肥満、またはIBD、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛または便秘を含む肥満の症状の処置または予防に関する。例えば、参照により本明細書に組み込まれるKadookaYら2010年EurJClinNutr64巻6号:636~43頁を参照。一部の実施形態では、炎症の減少には、腸管の完全性の刺激;腸管の透過性の低減;ムチンの合成、分泌および/または質の向上;腸管上皮の成熟および分化の向上;栄養吸収の向上;抗微生物活性を運搬する可溶性因子の生成の増加;感染抵抗性の刺激、向上または支援;ウイルスまたは細菌性感染に対する細胞性または体液性応答の支援;細胞傷害性の増加抗ウイルス性と抗腫瘍の両方;全身および/または粘膜ワクチン接種応答の支援;細胞性および/または体液性免疫の増加または支援;自然免疫好中球、食細胞、マクロファージおよびナチュラルキラー細胞活性を含むの増加または支援;適応的TおよびB細胞免疫の増加または支援;ヘルパーT細胞1Th1サイトカインパターンの刺激IL-1、IL-2、IFN-ガンマ、IL-12、TNF-アルファ;ヒト白血球抗原-DrHLA-Drの発現の増加;炎症の抑制または全身および粘膜炎症媒介物質サイトカインおよび/またはケモカインを含むの生成;全体のおよび/またはアレルゲン特異的なIgEを低減することによる感作の低減;アレルギー性サイトカインの産生の低減;Th2支援免疫グロブリンプロファイルの低減;ならびにその組合せを含めることができる。本明細書で用いるように、用語抗炎症性サイトカインは、そのサイトカインの受容体を有する細胞で抗炎症応答を導き出す、天然に存在するか組み換え型のタンパク質、その類似体またはその断片を指す。本発明の抗炎症性サイトカインは、炎症誘発性サイトカイン応答を制御する免疫調節性分子であってよい。本発明の抗炎症性サイトカインには、インターロイキンIL-1受容体アンタゴニスト、IL-4、IL-10、IL-11およびIL-13、IL-16、IFN-アルファ、TGF-ベータ、G-CSFが含まれる。本明細書で用いるように、用語炎症誘発性サイトカインは、炎症を有利にする免疫調節性サイトカインを指す。本発明の炎症誘発性サイトカインには、IL1-アルファ、IL1-ベータ、TNF-アルファ、IL-2、IL-3、IL-6、IL-7、IL-9、IL-12、IL-17、IL-18、TNF-アルファ、LT、LIF、オンコスタチンまたはIFN-アルファ,IFN-ベータ、IFN-ガンマが含まれる。一部の実施形態では、組換え体細菌の投与は、抗炎症性サイトカイン生成の増加をもたらす。本明細書で用いるように、抗炎症性サイトカイン生成の増加または増加させることは、適当な対照と比較したときの、抗炎症性サイトカインレベルの統計的に有意な任意の増加を含む。そのような増加には、例えば、抗炎症性サイトカインレベルの少なくとも5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200またはそれ以上の増加を含めることができる。そのような増加には、例えば、抗炎症性サイトカインレベルの少なくとも約3~15、10~25、20~35、30~45、40~55、50~65、60~75、70~85、80~95、90~105、100~115、105~120、115~130、125~150、140~160、155~500またはそれ以上の増加を含めることもできる。抗炎症性サイトカインレベルのレベルのアッセイ方法は公知である。例えば、LengSら、2008年JGerontolABiolSciMedSci63巻8号:879~884頁を参照。抗炎症性サイトカインの生成のアッセイ方法には、多重ビーズアッセイ、ELISPOTおよびフローサイトメトリーが含まれる。例えば、Maeckerら2005年BMCImmunology6巻:13頁を参照。方法および組成物には、炎症性応答を減少させるか予防することができる、炎症誘発性サイトカイン生成を減少させるものも含まれる。本明細書で用いるように、炎症誘発性サイトカイン生成のレベルの減少は、適当な対照と比較したときの、被験体での炎症誘発性サイトカイン生成のレベルの統計的に有意ないかなる減少も含む。そのような減少には、例えば、炎症誘発性サイトカインのレベルの少なくとも5、10、20、30、40、50、60、70、80、90または100の減少を含めることができる。サイトカインレベルのアッセイ方法は公知であり、例としては、LengSら、2008年JGerontolABiolSciMedSci63巻8号:879~884頁が含まれる。炎症誘発性サイトカインの生成のアッセイ方法には、多重ビーズアッセイ、ELISPOTおよびフローサイトメトリーが含まれる。例えば、Maeckerら2005年BMCImmunology6巻:13頁を参照。炎症性サイトカイン生成は、抗炎症性サイトカイン生成と炎症誘発性サイトカイン生成の比をアッセイすることによって測定することもできる。具体的な態様では、抗炎症性サイトカイン生成と炎症誘発性サイトカイン生成の比は、適当な対照と比較して約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、300、600、900、1000倍またはそれ以上増加する。他の態様では、抗炎症性サイトカイン生成と炎症誘発性サイトカイン生成の比は、適当な対照と比較して約1から5倍、約5から10倍、約10から20倍、約20から30倍、約30から40倍、約40倍から60倍、約60倍から80倍、約80倍から約100倍、約100から200倍、約200倍から300倍、約300から400倍、約400から約500倍、約500から約500倍、約500倍から約700倍、約700倍から800倍、約800倍から約1000倍またはそれ以上増加する。抗炎症性サイトカイン生成と炎症誘発性サイトカイン生成の比の判定方法は、例えばLengSら、2008年JGerontolABiolSciMedSci63巻8号:879~884頁に見出すことができる。サイトカインの生成のアッセイ方法には、多重ビーズアッセイ、ELISPOTおよびフローサイトメトリーが含まれる。例えば、Maeckerら2005年BMCImmunology6巻:13頁を参照。炎症性障害一部の実施形態では、本明細書の他の場所に記載される組成物および方法を用いて炎症を減少させることによって、免疫性および炎症性の障害を処置または予防することができる。例えば、本明細書に記載される方法および組成物によって処置または予防することができるであろう障害には、それらに限定されないが以下のものが含まれる:関節炎慢性関節リウマチ、若年性関節リウマチ、骨関節炎、乾癬性関節炎、乾癬、アトピー皮膚炎を含む皮膚炎;慢性自己免疫性じんま疹、多発筋炎/皮膚筋炎、中毒性表皮壊死症、全身の強皮症および硬化、呼吸窮迫症候群、成人呼吸不全症候群ARDS、髄膜炎、アレルギー性鼻炎、脳炎、ブドウ膜炎、大腸炎、糸球体腎炎、アレルギー性状態、湿疹、喘息、T細胞の浸潤および慢性炎症性応答を含む状態、アテローム硬化症、自己免疫性心筋炎、白血球接着欠乏、全身性ループスエリテマトーデスSLE、ループス腎炎、非腎臓、円板状、脱毛症を含む、若年性糖尿病、多発硬化症、アレルギー性脳脊髄炎、サイトカインおよびTリンパ球によって媒介される急性および後発性過敏性と関連する免疫応答、結核、サルコイドーシス、肉芽腫症、例えばヴェーゲナー肉芽腫症、無顆粒球症、血管炎ANCAを含む、無形成性貧血、クームス陽性貧血、ダイヤモンド-ブラックファン貧血、免疫性溶血性貧血、例えば自己免疫性溶血性貧血AIHA、悪性貧血、赤芽球癆PRCA、第VIII因子欠乏、血友病A、自己免疫性好中球減少、汎血球減少、白血球減少、白血球漏出を含む疾患、CNS炎症性障害、多臓器損傷症候群、重症筋無力症、抗原抗体複合体媒介性の疾患、抗糸球体基底膜疾患、抗リン脂質抗体症候群、アレルギー性神経炎、ベーチェット病、キャッスルマン症候群、グッドパスチャー症候群、ランバート-イートン筋無力症症候群、レイノー症候群、シェーグレン症候群、スチーブンス-ジョンソン症候群、固形臓器移植拒絶高パネル反応性抗体価、組織でのIgA沈着、その他のための前処置を含む、移植片対宿主病GVHD、水疱性類天疱瘡、天疱瘡全て落葉状、尋常性を含む、自己免疫性多腺性内分泌障害、ライター病、スティッフマン症候群、巨細胞性動脈炎、免疫複合体性腎炎、IgA腎症、IgM多発性ニューロパシーまたはIgM媒介性神経病、特発性血小板減少性紫斑病ITP、血栓性血小板減少性紫斑病TTP、自己免疫性血小板減少、自己免疫性精巣炎および卵巣炎を含む精巣および卵巣の自己免疫性疾患、原発性甲状腺機能低下症;自己免疫性甲状腺炎、慢性甲状腺炎橋本甲状腺炎、亜急性甲状腺炎、特発性の甲状腺機能低下症、アジソン病、甲状腺機能亢進症、自己免疫性多腺症候群または多腺内分泌症候群、インスリン依存型糖尿病IDDMとも呼ばれるI型糖尿病およびシーハン症候群を含む自己免疫性内分泌疾患;自己免疫性肝炎、リンパ系間質性肺臓炎HIV、閉塞性細気管支炎非移植性対NSIP、ギラン-バレー症候群、大血管血管炎リウマチ性多筋痛および巨細胞高安の動脈炎を含む、中間血管血管炎川崎病および結節性多発動脈炎を含む、強直性脊椎炎、ベルジェ病IgA腎症、急速進行性糸球体腎炎、原発性胆汁性肝硬変症、セリアック病グルテン性腸症、寒冷グロブリン血、ALSまたは冠状動脈疾患。具体的な実施形態では、被験体で炎症を減少させることによって、心臓の障害を処置または予防する。本明細書で用いるように、心臓の障害には、それらに限定されないが以下のものが含まれる:心不全、例えば、それらに限定されないが、心臓肥大、左心不全および右心不全;虚血性心疾患、例えば、それらに限定されないが、狭心症、心筋梗塞、慢性虚血性心疾患および突然心臓死;高血圧性心疾患、例えば、それらに限定されないが、全身左側の高血圧性心疾患および肺右側の高血圧性心疾患;心臓弁膜症、例えば、それらに限定されないが、カルシウム沈着によって引き起こされる弁変性、例えば石灰化大動脈弁狭窄症、先天的二尖性の大動脈弁のカルシウム沈着および僧帽弁の輪状カルシウム沈着、ならびに僧帽弁の粘液腫様変性僧帽弁脱出、リウマチ熱およびリウマチ性心疾患、感染性心内膜炎および非感染性増殖、例えば全身性ループスエリテマトーデスの非細菌性血栓性心内膜炎および心内膜炎リブマン-サックス心内膜炎、カルチノイド心疾患および人工弁の合併症;心筋疾患、例えば、それらに限定されないが、拡張型心筋症、肥大型心筋症、収縮性心筋症および心筋炎;心膜疾患、例えば、それらに限定されないが、心膜流出および心膜血腫および心外膜炎、例えば急性心外膜炎および治癒した心外膜炎、およびリウマチ様心疾患;新生物心疾患、例えば、それらに限定されないが、原発性心臓腫瘍、例えば粘液腫、脂肪腫、乳頭状弾性線維腫、横紋筋腫および肉腫、ならびに非心臓性新生物の心臓への影響;先天心疾患、例えば、それらに限定されないが、左右シャント-後期のチアノーゼ、例えば心房中隔欠損症、心室中隔欠損症、動脈管開存および房室中隔欠損症、右左シャント-早期のチアノーゼ、例えばファローの四徴症、大動脈の転位、総動脈幹、三尖弁閉鎖および全体の肺静脈結合異常、閉塞性先天奇形、例えば大動脈の縮窄、肺動脈狭窄症および閉鎖症、ならびに大動脈狭窄症および閉鎖症、ならびに心臓移植に関わる障害。医薬組成物一部の実施形態では、LTAの提示が減少した細菌株は、栄養補助剤および/または食品添加物などの機能性食品組成物の形で被験体に投与される。具体的な実施形態では、医薬組成物は、ホスホグリセロールトランスフェラーゼ配列番号1および2に示すポリヌクレオチドおよびポリペプチドなどをコードするポリヌクレオチドまたはポリペプチドの発現を減少させるように改変されている組換え体細菌を含む。他の実施形態では、抽出物が医薬組成物の形で被験体に投与される。本明細書の他の場所に記載されるように、投与は単一用量または多回用量投与を含むことができる。医薬組成物は、液体製剤または固体製剤であってよい。医薬組成物が固体製剤である場合は、それは錠剤、吸引錠剤、噛み錠剤、チューインガム、カプセル、小袋、粉末、顆粒剤、被覆粒子、被覆錠剤、腸溶被覆錠剤、腸溶被覆カプセル、融解ストリップまたはフィルムとして製剤化することができる。医薬組成物が液体製剤である場合は、それは経口溶液、懸濁液、乳剤またはシロップとして製剤化することができる。前記組成物は、それらに限定されないが、乳酸発酵食品、発酵乳製品、耐性デンプン、食物繊維、炭水化物、タンパク質およびグリコシル化タンパク質からなる群から独立して選択される担体材料をさらに含むことができる。本明細書で用いるように、用語医薬組成物は、要求される効果、すなわち胃腸管の炎症性障害の治療または予防が達成される限り、食品組成物、栄養補助食品、機能性食品、医療食品または栄養製品として製剤化することができよう。前記食品組成物は、飲料、ヨーグルト、ジュース、アイスクリーム、パン、ビスケット、クラッカー、シリアル、ヘルスバー、スプレッドおよび栄養製品からなる群から選択することができる。食品組成物は、乳酸発酵食品、発酵乳製品、耐性デンプン、食物繊維、炭水化物、タンパク質およびグリコシル化タンパク質からなる群から選択される担体材料をさらに含むことができる。本発明により用いられるか本発明により生成される、本発明による医薬組成物は、不活性のビヒクルまたは薬剤として許容されるアジュバント、担体、保存料などの周知である他の物質を含むこともできる。本開示は、組換え体細菌のお互いとの組合せ、および/または胃腸管の炎症性障害の処置で有益な1つまたはそれより多くの他の剤との組合せも含む。例えば、本発明の細菌は、胃腸管の炎症性障害の処置のための従来の抗炎症剤、例えばプレドニゾン、メサラミン、アザチオプリン、TNF阻害剤、メトトレキセートまたは6-メルカプトプリンの有効な用量と併用投与することができる。用語併用投与は、活性剤の同時投与と逐次的投与の両方を指す。当然ながら併用療法は本明細書で提供される剤に限定されず、炎症性障害の処置のための任意の組成物が含まれる。治療的有効量治療的有効用量、治療的有効量または有効量は、被験体に投与されるときに炎症性応答を減少させるか、炎症性応答の増加を予防する、LTAの提示が減少した組換え体細菌の量を意味する。陽性治療応答は、例えば、炎症性胃腸障害の症状の少なくとも1つの状態を向上させることを指す。治療薬の有効量は、意図する目標に基づいて決定される。用語単位用量は、被験体で使用するのに適する物理的に別個の単位を指し、各単位は、その投与、すなわち適当な経路および処置療法に関連して所望の応答を生成するように計算される、治療組成物の所定量を含む。処置回数と単位用量の両方によって投与される量は、処置される被験体、被験体の状態および所望の保護によって決まる。治療組成物の正確な量も、医者の判断によって決まり、各個体に固有である。一般に、組換え体細菌の投薬量は、患者の年齢、体重、身長、性別、一般的な医学的状態および過去の病歴などの因子によって異なる。具体的な実施形態では、約104から約1012CFU、105から1011CFU、106から1010CFU、108から1010CFUまたは108から1012CFUの範囲で細菌を投与することが望ましいかもしれない。本発明の一部の実施形態では、本方法は細菌の多回用量の投与を含む。本方法は、本明細書に記載される細菌を含む組成物の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40またはそれ以上の回数の治療的有効用量の投与を含むことができる。一部の実施形態では、用量は、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、14日、21日、30日または30日を超える期間中に投与される。組成物の多回用量の投与の頻度および継続期間は、炎症性応答を低減または予防し、それによって胃腸障害を処置または予防するようなものである。さらに、本発明の組換え体細菌の治療的有効量による被験体の処置には、単回処置を含めることができるか、一連の処置を含めることができる。処置のために用いられる細菌の有効投薬量は、特定の処置の過程で増減することができることも理解される。投薬量の変化は、当技術分野で公知であり、本明細書に記載される炎症を検出するための診断アッセイの結果から得ること、および明らかになることができる。寄託出願人は、2011年1月10日に、AmericanTypeCultureCollectionATCC、Manassas、VA20110USAに、ATCC寄託番号PTA-11587でLactobacillusacidophilusNCK2025を寄託した。2011年1月10日にATCCに寄託された細菌培養は、本出願の出願日の前からNorthCarolinaStateUniversity、100SchaubHall、CampusBox7624、Raleigh、NorthCarolina、27695によって維持されていた寄託物からとられた。この寄託物へのアクセスは、出願の係属中、請求により、特許商標庁長官および長官によってその権利があると決定される者が利用できる。出願中のいかなる請求項の許可の後、出願人は米国特許法施行規則第1.808章に従って寄託物を一般に利用できるようにする。LactobacillusacidophilusNCK2025のこの寄託物は、公的な受託所であるATCC受託機関において、30年間か、最近の請求から5年間か、または特許施行期間のいずれかのうちで最も長い期間にわたって維持され、その期間中に生存能力が無くなった場合には交換される。さらに、出願人は、寄託後のサンプルの生存能力の表示を提供することを含む、米国特許法施行規則第1.801~1.809章の要件の全てを有するか満たす。出願人は、生物学的材料の移動または商業でのその輸送に関する法律によって課されるいかなる規制も回避する権限を有しない。上で提供される記載を考慮して、以下の実施形態が提供される:番号をつけた実施形態:1.細菌の表面上のリポテイコ酸LTAの提示を減少させるように遺伝子改変されている、組換え体または単離された細菌。2.ホスホグリセロールトランスフェラーゼの発現を減少させるように遺伝子改変されている、実施形態1の組換え体または単離された細菌。3.配列番号1に示す核酸配列と少なくとも70、80、90、95、97、98または99の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように遺伝子改変されている、実施形態1または2の組換え体または単離された細菌。4.配列番号1に示すヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように遺伝子改変されている、実施形態1または2の組換え体または単離された細菌。5.プロバイオティック細菌である、前記実施形態のいずれか一つの組換え体または単離された細菌。6.前記プロバイオティック細菌が乳酸細菌である、実施形態5の組換え体または単離された細菌。7.前記乳酸細菌がLactobacillusである、実施形態6の組換え体または単離された細菌。8.前記LactobacillusがLactobacillusacidophilusである、実施形態7の組換え体細菌。9.前記遺伝子改変がLactobacillusacidophilusNCFMで実施された、実施形態8の組換え体または単離された細菌。10.前記Lactobacillusacidophilusが、ATCC受託番号PTA-11587の下で寄託されているLactobacillusacidophilusNCK2025である、実施形態8の組換え体または単離された細菌。11.細菌を、前記細菌の表面上のリポテイコ酸LTAの提示を減少させるように遺伝子改変することを含む、組換え体または単離された細菌の作製方法。12.前記組換え体または単離された細菌が、ホスホグリセロールトランスフェラーゼの発現を減少させるように改変されている、実施形態11の方法。13.前記組換え体または単離された細菌が、配列番号1に示すヌクレオチド配列と少なくとも70、80、90、95、97、98または99の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように遺伝子改変されている、実施形態11または12の方法。14.前記組換え体細菌がプロバイオティック細菌である、実施形態11~13のいずれか一つの方法。15.前記プロバイオティック細菌が乳酸細菌である、実施形態14の方法。16.前記乳酸細菌がLactobacillusである、実施形態15の方法。17.前記LactobacillusがLactobacillusacidophilusである、実施形態16の方法。18.前記遺伝子改変がLactobacillusacidophilusNCFMで実施された、実施形態17の方法。19.前記Lactobacillusacidophilusが、ATCC受託番号PTA-11587の下で寄託されているLactobacillusacidophilusNCK2025である、実施形態17の方法。20.前記Lactobacillusacidophilusが、配列番号1に示すヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように改変されている、実施形態17~19のいずれか一つの方法。21.被験体において炎症を減少させる方法であって、実施形態1~10のいずれか一つの組換え体または単離された細菌の治療的有効量を前記被験体に投与することを含む方法。22.被験体の胃腸管の炎症性障害を処置または予防する方法であって、実施形態1~10のいずれか一つの組換え体または単離された細菌の治療的有効量を被験体に投与することを含む方法。23.前記被験体が動物である、実施形態21または22のいずれか一つの方法。24.前記被験体が哺乳動物である、実施形態23の方法。25.前記被験体がヒトである、実施形態24の方法。26.前記被験体が家畜である、実施形態23の方法。27.前記被験体が農業動物である、実施形態23の方法。28.前記被験体が胃腸障害を有する、実施形態21~27のいずれか一つの方法。29.前記胃腸障害が、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される、実施形態28の方法。30.前記細菌が前記被験体における1つまたはそれより多くの抗炎症性サイトカインの生成を増加させる、実施形態21~29のいずれか一つの方法。31.前記抗炎症性サイトカインがIL-10である、実施形態30の方法。32.前記細菌が前記被験体における1つまたはそれより多くの炎症誘発性サイトカインの生成を減少させる、実施形態21~31のいずれか一つの方法。33.前記炎症誘発性サイトカインが、IL-12、IL-6、IFNγ、TNFαおよびその任意の組合せからなる群から選択される、実施形態32の方法。34.前記細菌の前記治療的有効量が約108から1012CFU/日である、実施形態21~33のいずれか一つの方法。35.実施形態1~10のいずれか一つの組換え体または単離された細菌を含む医薬組成物。36.医薬として使用するための、実施形態1~10のいずれか一つの組換え体または単離された細菌。37.実施形態23~27のいずれか一つの被験体などの被験体の胃腸管の炎症性障害の処置または予防で使用するための、実施形態1~10のいずれか一つの組換え体または単離された細菌。38.前記細菌が前記被験体における抗炎症性サイトカイン生成の増加を引き起こす、実施形態36または37の使用のための組換え体または単離された細菌。39.前記抗炎症性サイトカインがIL-10である、使用のための実施形態38の組換え体または単離された細菌。40.前記細菌が前記被験体における1つまたはそれより多くの炎症誘発性サイトカインの生成を減少させる、実施形態36~39のいずれか一つの使用のための組換え体または単離された細菌。41.前記炎症誘発性サイトカインが、IL-12、IL-6、IFNγ、TNFαおよびその任意の組合せからなる群から選択される、実施形態40の使用のための組換え体または単離された細菌。42.前記細菌が治療的有効量で被験体に投与されるために製剤化され、前記細菌の治療的有効量が約108から1012CFU/日である、実施形態36~41のいずれか一つの使用のための組換え体または単離された細菌。43.前記胃腸障害が、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される、実施形態36~42のいずれか一つの使用のための組換え体または単離された細菌。44.医薬の製造における、実施形態1~10のいずれか一つの細菌の使用。45.被験体、例えば実施形態23~27のいずれか一つの被験体の胃腸管の障害の処置または予防のための医薬の製造における、44の細菌の使用。46.炎症性障害の処置のための医薬の製造における、実施形態44または45の細菌の使用。47.前記障害が、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される、実施形態46の細菌の使用。48.医薬としての、実施形態1~10のいずれか一つの細菌の使用。49.前記医薬が、被験体、例えば実施形態23~27のいずれか一つの被験体の胃腸管の障害の処置または予防のためである、実施形態48の細菌の使用。50.前記障害が炎症性障害である、実施形態48または49の細菌の使用。51.前記胃腸障害が、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される、実施形態50の細菌の使用。番号のついていない実施形態第一の態様により、細菌の表面上のリポテイコ酸LTAの提示を減少させるように遺伝子改変されている、組換え体または単離された細菌が提供される。一実施形態では、組換え体または単離された細菌は、ホスホグリセロールトランスフェラーゼの発現を減少させるように遺伝子改変されている。具体的な実施形態では、組換え体または単離された細菌は、非改変対照と比較したとき、ホスホグリセロールトランスフェラーゼの発現を約3~15、10~25、20~35、30~45、40~55、50~65、60~75、70~90、70~80、70~85、80~95、90~100だけ減少させるように遺伝子改変されている。さらなる実施形態では、組換え体または単離された細菌は、配列番号1、3、5、7、9、11、13または15のいずれかに示す核酸配列またはその断片もしくは変異体と、少なくとも70、80、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように遺伝子改変されている。さらなる実施形態では、組換え体または単離された細菌は、配列番号1、3、5、7、9、11、13または15のヌクレオチド配列またはその断片もしくは変異体を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように遺伝子改変されている。第二の態様により、細菌を、細菌の表面上のリポテイコ酸の提示を減少させるように遺伝子改変することを含む、組換え体または単離された細菌の作製方法が提供される。具体的な実施形態では、細菌は部位特異的突然変異誘発によって改変される。さらなる実施形態では、前記組換え体または単離された細菌は、ホスホグリセロールトランスフェラーゼの発現を減少させるように改変されている。ホスホグリセロールトランスフェラーゼの発現の減少は、DNA、RNAまたは翻訳後のレベルでの破壊の結果であってよいことが理解され、発現のそのような減少を達成するのに適する方法は当技術分野で公知であり、本明細書でさらに詳細に議論される。別の実施形態では、前記組換え体または単離された細菌は、配列番号1、3、5、7、9、11、13または15のいずれかに示す核酸配列またはその断片もしくは変異体と、少なくとも70、80、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように遺伝子改変されている。さらなる実施形態では、Lactobacillusacidophilusは、配列番号1、3、5、7、9、11、13または15に示すヌクレオチド配列またはその断片もしくは変異体を含むポリヌクレオチドの発現を減少させるように改変されている。さらなる実施形態では、組換え体または単離された細菌は、プロバイオティック細菌である。具体的には、乳酸細菌。より具体的には、Lactobacillus、特にLactobacillusacidophilus。さらにより具体的には、遺伝子改変はL.acidophilusNCFMで実施される。具体的な実施形態では、組換え体または単離された細菌は、ATCC受託番号PTA-11587の下で寄託されているLactobacillusacidophilusNCK2025である。第三の態様では、本明細書の他の場所に記載される組換え体または単離された細菌の治療的有効量を被験体に投与することを含む、被験体で炎症を減少させる方法が提供される。一実施形態では、炎症の減少は、冠状動脈疾患または心不全などの心臓の疾患を処置または予防する。第四の態様では、本明細書の他の場所に記載される組換え体または単離された細菌の治療的有効量を被験体に投与することを含む、胃腸管の炎症性障害を処置または予防する方法が提供される。一実施形態では、被験体は動物、より具体的には哺乳動物である。別の実施形態では、被験体はヒトである。さらなる実施形態では、被験体は家畜である。さらなる実施形態では、被験体は農業動物である。さらなる実施形態では、被験体は胃腸障害を有する。具体的な実施形態では、胃腸障害は、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される。細菌は、被験体で1つまたはそれより多くの抗炎症性サイトカインの生成を増加させることができることが理解されよう。具体的な実施形態では、抗炎症性サイトカインはIL-10である。別の実施形態では、細菌は、被験体で1つまたはそれより多くの炎症誘発性サイトカインの生成を減少させる。さらなる実施形態では、炎症誘発性サイトカインは、IL-12、IL-6、IFNγ、TNFαまたはその任意の組合せからなる群から選択される。さらなる実施形態では、細菌は治療的有効量で投与され、そこで、細菌の治療的有効量は約108から1012CFU/日である。第五の態様により、本明細書に記載される組換え体または単離された細菌を含む医薬組成物が提供される。第六の態様により、医薬として使用するための、本明細書に記載される組換え体または単離された細菌が提供される。第七の態様により、被験体の胃腸管の障害の処置または予防で使用するための、本明細書に記載される組換え体または単離された細菌が提供される。具体的には、障害は炎症性障害である。より具体的には、胃腸障害は、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される。別の実施形態では、本明細書に記載される方法によって用いるための組換え体または単離された細菌は、被験体において抗炎症性サイトカイン生成を増加させる。一実施形態では、抗炎症性サイトカインはIL-10である。別の実施形態では、本明細書に記載される方法によって用いるための組換え体または単離された細菌は、被験体において1つまたはそれより多くの炎症誘発性サイトカインの生成を減少させる。さらなる実施形態では、炎症誘発性サイトカインは、IL-12、IL-6、IFNγ、TNFαまたはその任意の組合せからなる群から選択される。細菌は治療的有効量で提供され、そこで、細菌の治療的有効量は約108から1012CFU/日であることが理解されよう。第八の態様により、医薬の製造における、本明細書の他の場所に記載される細菌の使用が提供される。具体的な実施形態では、医薬は、被験体の胃腸管の障害を処置または予防するためのものである。さらなる実施形態では、障害は炎症性障害である。さらなる実施形態では、胃腸障害は、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される。第九の態様により、医薬としての、本明細書に記載される細菌の使用が提供される。具体的な実施形態では、医薬は、被験体の胃腸管の障害を処置または予防するためのものである。さらなる実施形態では、障害は炎症性障害である。さらなる実施形態では、障害は、炎症性腸疾患、クローン病、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、肥満、下痢、鼓脹、膨満、腹部けいれん、腹部疼痛、便秘およびその任意の組合せからなる群から選択される。本明細書に記載される任意の態様に関して、被験体は、任意の適する被験体、例えば上の第四の態様に関して記載される被験体であってよいことが明らかとなる。さらなる態様が上に記載される。特別に記載されていないか明らかに不適合でない限り、1つの特定の態様に関して記載される任意の特徴が全ての他の態様に等しく適用できることは、当分野の技術者に容易に明らかになる。以下の実施例は例示として提供され、限定するためではない。実施例1LactobacillusacidophilusでLTAの提示を減少させること。L.acidophilusNCFMNCK56で;遺伝子LBA0444~LBA0447が同定され、LTA生合成でのそれらの推定上の役割についてアノテートされた図1B。遺伝子LBA0444およびLBA0448は、推定上のrho非依存性ターミネーターが隣接しておりKingsfordC、AyanbuleKおよびSalzbergS2007年GenomeBiology8巻2号:R22頁、これらの2つの遺伝子が同時転写されてオペロンとして機能することを示す。LBA0444~LBA0447遺伝子はLTA生合成で推定上の役割を有するが、LBA0448はこのカスケードで役割を果たさないようである仮定的タンパク質である。Lactobacillus属の種は、次にT細胞免疫応答を誘導するDCで様々なシグナルを効果的に活性化することができるMohamadzadehMら、2005年ProcNatlAcadSciUSA102巻8号:2880~2885頁;KonstantinovSRら、2008年ProcNatlAcadSciUSA105巻49号:19474~19479頁。DC機能の改変に関与する分子機構をさらに調査するために、我々はL.acidophilusNCK56でホスホグリセロールトランスフェラーゼ遺伝子LBA0447を特異的に欠失させた。このゲノム領域のPCR分析は、欠失突然変異体NCK2025が2kbpを失ったことを示した図1C~D。この領域の配列決定は、LBA0447の消去を確認した。親NCK56および突然変異体NCK2025の細胞壁抽出物のクロマトグラフ分析は、ホスホグリセロールトランスフェラーゼ遺伝子が欠失している突然変異体におけるLTAの不在を実証した。NCK2025処理DC。DCとNCK56またはLTA陰性突然変異体NCK2025との共培養は、NCK2025がDC表面でMHCII、CD40、CD80およびCD86を下方制御することを示した図2A。さらに、NCK56によるDCの処理はTLR1および2の転写を誘導したが、これらの2つのパターン認識受容体PRRはNCK2025処理DCでは活性化されなかった図2B。両方の株は、DCでIL-10生成を誘導した;しかし、このサイトカインの生成は、NCK2025と共培養したDCで有意に増加した図2C。同時に、IL-12およびTNFαは、NCK2025処理DCで有意に低減された図2C。腸間膜LN由来のT細胞をNCK56またはNCK2025で処理した骨髄由来DCと共培養することによって、T細胞増殖を判定した。T細胞増殖は、NCK56と比較して、T細胞と共培養されたNCK2025処理DCで有意に抑止された図2D。興味深いことに、NCK2025処理DCの上清に抗IL-10抗体を加えることはT細胞の増殖を部分的に回復させ、IL-10がDC:T細胞共培養でT細胞の増殖を調節する重要な因子であり得ることを示している。DC:T細胞共培養から収穫された上清の分析は、IL-10はT細胞で高度に誘導されたが、IFNγ、IL-2およびTNFαは、NCK2025で処理されたマウスのT細胞から最小限に放出されたことを示した図2E。DSSによって誘導された大腸炎のNCK2025による改善。NCK2025の免疫調節特性をinvivoで判定するために、3DSSへの曝露の前予防的か後治療的の4日間連続でNCK56またはNCK2025で処理したマウスで、DSSによって誘導された大腸炎を分析した。データは、DSSがベースライン図3Bと比較して未処理のC57BL/6マウス図3A、Cで臨床的および組織学的大腸炎を誘導したことを示す。臨床的には、マウスは9日目後に体重が減り始め、13日目までにおよそ10の全体重減少があり、10日目から11日目頃に重度の出血性下痢を起こした図3A。対照的に、NCK2025によるマウスの経口接種は、体重減少を有意に予防し、下痢および潜血陽性を低減させた図3A。全体として、疾患活動性指数DAIは2日目から有意に低減された。さらに、NCK2025によるマウスの前処理は、組織学的大腸炎スコアを9021.5±1.4から2.3±0.5までまで低減した図3B~F。したがって、図3Eは、粘膜に限られた限定的な炎症を有する、無傷の非潰瘍上皮を表す。NCK2025による大腸炎の予防におけるLTA欠失の役割に特に対処するために、第3群のマウスをNCK56で処理した。野生型L.acidophilusNCK56は大腸炎の開始を予防せず図3Aおよび3D、マウスは無処理マウスと類似した臨床的および組織学的大腸炎を起こした。結腸組織によって発現されるサイトカインを解明するために、結腸をマウスの各群から抽出して一晩培養した。結腸サイトカインの分析は、IL-6、IL-12、TNFαおよびIFNγのレベルがNCK56およびDSSで処理されたマウスに由来する結腸でより高かったことを示す図3G。対照的に、IL-10生成は、NCK2025処理マウスに由来する結腸培養で有意に上昇した。IL-12、IL-6、IFNγおよびTNFαは、NCK2025処理マウスの結腸で有意に低減された図3G。さらに、DSSによって誘導された大腸炎でNCK2025に対してNCK56を接種されたマウスの遠位および近位領域での遺伝子の調査は、免疫刺激性すなわち、CD40、CCL11、シグナル伝達すなわち、Stat1、Stat4および増殖/アポトーシス/血管形成/プロテイナーゼすなわち、TIMP1、FASL、ICAM1遺伝子の上方制御を明らかにし、NCK2025ではなくNCK56で処理されたマウスでの活性炎症性応答を示唆している図7Aおよび7B。興味深いことには、様々な調節、シグナル伝達および抗炎症性の遺伝子[すなわち、血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼPLA2G7、血清反応因子SRF、TGFβ、p21活性化キナーゼPAK1、RAF1、マトリックスメタロプロテイナーゼの組織阻害剤TIMP1、Tyk2]が、NCK56またはDSS単独ではなくNCK2025で処理されたマウスの結腸遠位近位でない領域で高く調節された図7A。このことは、DSSによって誘導された大腸炎がより重度である遠位結腸でそれらの調節機能を発揮するために、そのような遺伝子がかなり活性化されることを意味する。DSSによって誘導された大腸炎に及ぼすNCK2025の治療的効果。確立された大腸炎を有するマウスでNCK2025曝露の効果に取り組むために、マウスを3DSSに先ず曝露させた後に、NCK56またはNCK2025で処理した。疾患の症状が起こると、マウスはNCK56またはNCK2025を4日連続で受けた図4A。データは、NCK56とNCK2025の両方が、確立された大腸炎を有意に異なる程度に弱毒化したことを示す。NCK2025によるマウスの処理は、体重の安定化ならびに下痢および血液損失の急速な解消をもたらしたが、NCK56処理マウスは、より遅い速度であるものの体重が減り続け、下痢および血液損失を解消するのが有意により遅かった図4A。組織学的分析は進行中の活動的な大腸炎および潰瘍を明らかにし、13日目のDSS処理マウスでは16.8±2.2の大腸炎スコアであった図4B、E。NCK2025で処理されたマウスは有意に向上した大腸炎スコア8.4±2.2、p=0.01を有し、稀な潰瘍、再生した陰窩構造体および主に粘膜に限定された炎症を含む、加速された治癒を実証した図4D、E。再び、NCK56処理は組織学的大腸炎スコアを穏やかに向上させ14.7±2.0、p=NS、上皮の原状回復があったが、粘膜および粘膜下組織の中では陰窩再生が限定的で進行中の活動的炎症があった図4C、E。興味深いことに、NCK2025処理マウスのサイトカイン分析は、これらのマウスの結腸でIL-10の上方制御ならびにIL-12、TNFα、IL-6およびIFNγの最小限の放出を示す図4F。対照的に、NCK56またはDSS単独で処理されたマウスの結腸ではIL-12、TNFα、IFNγおよびIL-6が高度に誘導され、IL-10はこれらの群のマウスで最小限に放出された図4F。NCK2025による結腸CD4FoxP3T細胞の誘導。自身へのおよび片利共生の微生物叢への脱制御された免疫応答を抑制することにおける、CD4Treg細胞の役割が最近強調されているFontenotJD、GavinMAおよびRudenskyAY2003年NatImmunol4巻4号:330~336頁。したがって、NCK56と比較して、C57BL/6マウスでそれが結腸CD4FoxP3Treg細胞を増強するかどうか判定するために、DCおよび処理マウスの結腸微小環境でIL-10を誘導するNCK2025を調査した。実際に、NCK56と比較して、NCK2025で処理されたマウスの結腸でTreg細胞が有意に誘導されたことを図5AおよびBは示し、これらの細胞のサプレッサー効果が粘膜でDSSによって誘導される誇張された炎症に影響を与えることができることを示唆している。IL-10の調節効果。invitro試験からのデータ、ならびにinvivoサイトカイン分析は、大腸炎を改善するNCK2025の効果が粘膜でのIL-10の誘導に依存することを示唆するKuhnR、LohlerJ、RennickD、RajewskyKおよびMullerW1993年Cell75巻2号:263~274頁。これらの観察を確認するために、予防的および治療的な試験をIL-10-/-マウスで上記のように実施した。IL-10-/-マウスは片利共生細菌への曝露の結果自然発生のTh1媒介性の大腸炎を起こし、ヒトクローン病に類似する深部の経壁潰瘍病変を伴うBergDJら、1996年JClinInvest98巻4号:1010~1020頁。大腸炎の開始の前に、マウスをNCK56またはNCK2025または対照群として無処理により4日間連続で接種した。大腸炎の開始は、前記のようにピロキシカム処理によって誘導した。臨床的には、体重減少を28日間監視し、組織学的大腸炎の程度を評価するために屠殺の後結腸を単離した。NCK56またはNCK2025のいずれによっても、誘導された大腸炎の最初の2週間に見られる、予想された体重減少からの保護はなかった図6A。総合すると、3群の全ては類似した組織学的大腸炎および大腸炎スコアを生じ図6B~E、NCK2025の免疫調節特性のために内在性IL-10が必要とされることを示唆した。考察腸管の免疫寛容を制御する免疫機構の崩壊は、慢性IBDにつながるMacdonaldTTおよびMonteleoneG2005年Science307巻5717号:1920~1925頁;MacDonaldTTおよびGordonJN2005年GastroenterolClinNorthAm34巻3号:401~412頁、vii~viii。CDを有する患者の粘膜固有層でのIFNγT細胞の数の増加は、無制御の腸炎症および組織破壊PowrieF1995年Immunity3巻2号:171~174頁につながる、IBDの発病におけるTh1分極化の関与を強く示唆するFussIJら、1996年JImmunol157巻3号:1261~1270頁;25~27;NeurathMF、DuchmannRおよびMeyerzumBuschenfeldeKH1996年DtschMedWochenschr121巻22号:735~741頁inger;NeurathMFら、1996年JExpMed183巻6号:2605~2616頁。CD8CheroutreH2006年Gastroenterology131巻2号:667~670頁;VezysVおよびLefrancoisL2002年JImmunol169巻12号:6677~668頁およびCD4T細胞ElsonCOら、2005年ImmunolRev206巻:260~276頁;WirtzSおよびNeurathMF2000年IntJColorectalDis15巻3号:144~160頁の両方は、高度活性化DCから放出される炎症性サイトカインすなわちIL-12によって末梢で活性化されるときに、腸管の炎症を誘発する。したがって、効果的な免疫療法は、調節シグナルによって一般に持続する免疫寛容崩壊の基礎をなす免疫シグナル伝達機構に関する深い知識を必要とするWirtzSら、1999年JImmunol162巻4号:1884~1888頁。近年では、L.acidophilusゲノムの配列決定および注釈が、最終的に治療的適用につながる、粘膜の細胞性および分子事象に影響を及ぼすことができるこの細菌の細胞表面構成要素の遺伝子操作を可能にしたKonstantinovSRら、2008年ProcNatlAcadSciUSA105巻49号:19474~19479頁;AltermannEら、2005年ProcNatlAcadSciUSA102巻11号:3906~3912頁。L.acidophilusの細胞壁および細胞表面タンパク質は、細胞形状の維持およびDCを含む免疫細胞の活性化のために重要である構成要素を含むKonstantinovSRら、2008年ProcNatlAcadSciUSA105巻49号:19474~19479頁。細菌と自然免疫細胞innatecellすなわちDCとの間の複雑なクロストークおよび大腸炎とのその関連性を研究するために、L.acidophilusでLTAのグリセロール鎖を合成するホスホグリセロールトランスフェラーゼをコードする遺伝子を欠失させた。データは、L.acidophilusのLTA陰性変異株であるNCK2025が、マウスDCで調節シグナルすなわちIL-10およびより少ない副刺激分子CD40、CD86を誘導し、事実上これらの細胞を調節DCに変換したことを示すBelkaidYおよびOldenhoveG2008年Immunity29巻3号:362~371頁。そのような調節DCとCD4T細胞との以降の相互作用は、T細胞活性化をかなり変化させた。さらに、NCK2025処理は、DSSで誘導された大腸炎を改善し、この細菌株による動物の前処置が、結腸組織学、体重減少、低減された下痢および潜血陽性によって実証されるようなDSSチャレンジに抵抗する調節免疫を誘導したことを示している。粘膜の中で明白な炎症性応答を調節する機構の1つは、IL-10であるKrausTAら、2005年JClinInvest115巻8号:2234~2243頁;KrausTAおよびMayerL2005年CurrOpinGastroenterol21巻6号:692~696頁。このサイトカインが、DCだけでなくNCK2025処理マウスの結腸組織によっても高度に分泌されることを我々のデータは明らかに示し、この現象はDSS大腸炎の治療のための予防的戦略でも治療的戦略でも見られる。IL-10が、抗炎症性効果を発揮するその能力を通して自然免疫応答および適応免疫応答の両方を調整することが以前に示されているMooreKW、deWaalMalefytR、CoffmanRLおよびO’GarraA2001年AnnuRevImmunol19巻:683~765頁;TrinchieriG2007年JExpMed204巻2号:239~243頁。DCにおけるMHCII、副刺激分子およびIL-12の生成を下方制御することによって、このサイトカインはT細胞を機能的に抑制し、その全てはT細胞の分化および活性化に強く関与しているMooreKW、deWaalMalefytR、CoffmanRLおよびO’GarraA2001年AnnuRevImmunol19巻:683~765頁;deWaalMalefytR、AbramsJ、BennettB、FigdorCGおよびdeVriesJE1991年JExpMed174巻5号:1209~1220頁。さらに、IL-10は、リンパ球でJak1、Tyk2およびStat3経路を含む多数のシグナル伝達カスケードを開始するその活性化IL-10受容体を通してFinbloomDSおよびWinestockKD1995年JImmunol155巻3号:1079~1090頁、CD8細胞傷害性T細胞CTL、B細胞およびTh1分極化も調節するMooreKWdeWaalMalefytRCoffmanRLおよびO’GarraA2001年AnnuRevImmunol19巻:683~765頁。これらの観察は、粘膜寛容の調節および維持が、病原性CD4T免疫応答を著しく改変するIL-10によってきわどく支配されることを実証し、ここで提示される知見と一貫する。さらに、重度の大腸炎を起こすIL-10欠損マウスを用いて、無害な抗原に応じてのIL-10の重要な役割が最近実証されたKuhnR、LohlerJ、RennickD、RajewskyKおよびMullerW1993年Cell75巻2号:263~274頁。上で見られるように、NCK2025の免疫調節効果は、IL-10-/-で確立された大腸炎を完全に元に戻すのに十分でなかった;しかし、予防的/治療的な方法で与えられたときにそれは大腸炎の誘導を実際に抑止し、炎症の開始の調節におけるIL-10の重要な役割を鮮明にした。重要なことに、IL-10分泌Treg細胞が、効率的なT細胞免疫の誘導を次に調節して付随的な組織傷害を制御するMatareseG、DeRosaVおよびLaCavaA2008年TrendsImmunol29巻1号:12~17頁DCの炎症特性を制御するという考えを、益々多くの証拠が裏づけるLundJM、HsingL、PhamTTおよびRudenskyAY2008年Science320巻5880号:1220~1224頁。この点に関しては、L.acidophilusLTA陰性変異株処置が、マウスの結腸でCD4FoxP3Treg細胞数を増加させたことを我々は示す。FoxP3遺伝子での突然変異がTh1およびTh2サイトカインシグナルの無制御の増殖およびかなりの上昇をもたらすヒトと齧歯動物の両モデルで以前に実証されているように、これらの観察は炎症性障害におけるTreg細胞の重要な役割を強く裏づけるFontenotJD、GavinMAおよびRudenskyAY2003年NatImmunol4巻4号:330~336頁。IL-10を調節することができる追加の機構ならびに自然免疫細胞およびT細胞に対するその以降の効果は、未定のままである。L.acidophilusでのLTA合成に関与する遺伝子全体の完全な欠失は、腸管の微小環境にかなりの影響を及ぼして、調節シグナルすなわちIL-10、Treg細胞を誘導し、誘導された炎症性免疫応答の間に細胞共存を回復することができる誘導細菌をもたらす。L.acidophilusは、DC機能を著しく変更するS層タンパク質の特異な提示を表すKonstantinovSRら、2008年ProcNatlAcadSciUSA105巻49号:19474~19479頁、MohamadzadehM、DuongT、SandwickSJ、HooverTおよびKlaenhammerTR2009年ProcNatlAcadSciUSA106巻11号:4331~4336頁。L.acidophilusのS層は3つのS層A、BおよびX遺伝子からなりGohYJら、2009年ApplEnvironMicrobiol75巻10号:3093~3105頁、GohYJおよびKlaenhammerTR2009年FrontBiosci14巻:1362~1386頁、そこで、自己集合S層タンパク質AまたはBはこの細菌の表面を覆う主要なタンパク質である。腸に永久に定着しない外来細菌での遺伝子改変は、プロバイオティック微生物を投与することによって免疫応答が調節されているすなわち活動的IBDか、平静が保たれているすなわち腸管感染場合に、より多くの治療選択肢を提供することができる。これは、経口免疫応答の調節を最適化することができる治療用ビヒクルの開発を促進する。したがって、自己免疫性疾患に対してそのようなプロバイオティック介入を確立することは、より良い臨床転帰を達成するために、様々な免疫学的観点から慎重に編成されなければならない。第1に、炎症は通常の免疫の一部であるので、炎症の支配的な調節は恒常的であるべきでないNathanC2002年Nature420巻6917号:846~852頁。腸に定着する細菌は、腸管の調節/副刺激免疫の均衡を維持するために必要とされる免疫応答を害し得る。例えば、感染の間、炎症過程は、感染からの回復を促進する病原体の認識、ならびに自然免疫応答および適応免疫応答の活性化を可能にする。したがって、微生物排除を達成し、様々な免疫カスケードおよび病原体の存在による不必要な組織傷害をさらに予防するために、連続する事象を編成する炎症は、適切に段階づけされ、調節されなければならない。そのような炎症過程は、炎症性応答の拡大、抑制または調節を引き起こすことができる特異的なチェックポイントおよびフィードバックループを通して制御することができる。そのような正および負のフィードバックループは、炎症性応答を媒介し、その制御で調節的な役割を最終的に演ずる様々な分子に依存する。重要なことに、細菌のクリアランスの方へシグナルを動員する能動免疫は、炎症性シグナルによって部分的に誘導される調節シグナルすなわちIL-10によって制御される最適な細胞性同時刺激を必要とする。第2には、一過性調節免疫を達成するために、細菌種を含む手段は慎重に選択され、用いられなければならない。この点に関しては、炎症を弱めるための、広く用いられているプロバイオティック微生物L.acidophilusNCFMのLTA欠失誘導体の遺伝子構築は、我々の手法で助けになった。この細菌は新しい遺伝子またはDNA配列を抱えず、腸に永久に定着しないので、それは、経口的に接種されたときに調節免疫応答を誘導するための理想的なビヒクルの役割をすることができる。このことは、炎症を低減させる目標が達成されると、腸で正常な免疫を再確立するためにプロバイオティックサプリメントのいずれも停止することができることを意味する。最後に、これらの研究は、感染などの疾患で効果的な免疫活性化に必要な副刺激シグナルを無視することなく、L.acidophilusでのLTAの欠失がどのように自然免疫細胞で調節機構を開始するかを証明する。全体として、標的の予防的または治療的な戦略は、細胞性相互作用が深く理解され、自己免疫、炎症または抗炎症性応答で頂点に達する重要な分子が同定されるときに有効になる。方法試薬。ピロキシカムおよびスリンダクは、SigmaSt.Louis、MOから得られた。デキストラン硫酸ナトリウムDSSは、MPBiochemicalsSolon、OHから得られた。NS-398は、CaymanChemicalCompanyAnnArbor、MIから得られた。CD4、CD25、FoxP3、CD3、CD11c、CD11b、CD40、CD80、CD86、IL-10およびマウスGM-CSFのためのモノクローナル抗体は、InvitrogenCarlsbad、CaliforniaおよびeBioscienceSanDiego、CAから購入された。細菌株。L.acidophilusのNCK56およびNCK2025を1で接種し、deMan、RogosaおよびSharpeブロスMRS、Difcoにおいて37°Cで15時間増殖させた。その後、各培養の1mlを50mlの新鮮なMRSに移し、37°Cで18時間インキュベートした。L.acidophilus株のコロニー形成単位CFUの数は、600nmで光学濃度を測定することによって判定したGreeneJDおよびKlaenhammerTR1994年ApplEnvironMicrobiol60巻12号:4487~4494頁。細胞を遠心分離によって収穫し、滅菌PBSで2回洗浄し、20グリセロールを含むPBSに5×108CFU/mlで再懸濁し、その後invitroで未熟なDC1:1を刺激するために用いるまで、-80で保存した。マウスの経口接種のために、48時間増殖させた細菌を滅菌PBSで2回洗浄し、PBSに5×109/mlで再懸濁し、マウスの経口接種のために用いた5×108cfu/100μlPBS/マウス。マウス。6~8週齢のC57BL/6、およびIL-10-/-C57BL/6バックグラウンドマウスが、JacksonLaboratoriesBarHarbor、MEおよびGermantown、NYから購入された。マウスは、NorthwesternUniversityの動物管理施設で、特定病原体除去、無ヘリコバクター条件の下で、マイクロアイソレーターケージで維持した。IL-10-/-マウスの結腸で、炎症のいかなる自然発生の徴候も観察されなかった。実験は、GuideforCareandUseofLaboratoryAnimalsNIH-72-23のNIHガイドラインに従って公認機関で実施され、動物プロトコルは地域の倫理委員会の承認を得た。ホスホグリセロールトランスフェラーゼを標的にする。標準の組込みおよび切除方法、手段および株を用いて、ホスホグリセロールトランスフェラーゼLBA0447の欠失により、L.acidophilusNCK56の突然変異株を構築したPfeilerEAおよびKlaenhammerTR2009年ApplEnvironMicrobiol75巻18号:6013~6016頁、RussellWMおよびKlaenhammerTR2001年ApplEnvironMicrobiol67巻9号:4361~4364頁。LBA0447に隣接する2つの標的断片、Del1_SphIおよびDel2_BglIIを含む、pORI28欠失ベクターを構築した。二重交差組込みおよび切除事象の後、ゲノムでLBA0447の1,984bpの欠失を有するNCK2025が回収された。NCK2025のLBA0447領域でのPCRアンプリコンおよびDNA配列決定は、約2kbpの欠損を確認し、欠失を囲む遺伝子で追加の突然変異を明らかにしなかった。LTA生化学分析。L.acidophilusのNCK565×108/cfu/10mlおよびNCK20255×108/cfu/10mlを、ERMなしのdeMan、RogosaおよびSharpeブロスMRS、Difco、Lawrence、KSの冷凍保存株-80°Cから37°Cで増殖させた。その後、NCK56およびNCK2025でのLTAの発現を、以前に記載されているように分析したMorathS、GeyerAおよびHartungT2001年JExpMed193巻3号:393~397頁。簡潔には、株NCK56とNCK2025の両方の冷凍抽出物をpH4.7のクエン酸緩衝液0.05Mで溶解し、その後15分間のシンジケート化が続いた。室温で20分間撹拌しながら、細菌溶解物30mlをn-ブタノールの等量と混合した。40分の遠心分離17,200×gの後、2回目の抽出のために新鮮なクエン酸緩衝液を添加する前に水相を収集した。この再抽出を2回実行し、3つの水相をプールして凍結乾燥した。クロマトグラフィー出発緩衝液35ml、0.1M酢酸アンモニウム中の15n-プロパノール、pH4.7への試料の再懸濁の後、全ての試料を遠心分離26,900×gで1時間にかけて、濾過した0.2μm。両方の細菌株からの凍結乾燥材料を0.7トリフルオロ酢酸で溶解し、各株からの0.45mgの抽出物をHPLCによって分析した。吸光度を260nmで連続的に監視して、クロマトグラフを得た。細胞培養。マウス大腿骨を切り取り、周囲の組織から機械的に精製し、冷たいPBSを用いて骨髄を洗い流した。赤血球を溶解するために、細胞をトリス緩衝塩化アンモニウムで処理した。その後、CD19、CD3、MHCIIおよびGr-1に対する特異抗体PharMingen、SanDiego、CAによって、B細胞、T細胞、IA細胞およびGr-1-顆粒球を明確に取り出した。残りの細胞はI-A-であり、6穴プレートで、マウスGM-CSFだけ25ng/mlを含む10ウシ胎児血清FBSを加えたRPMI1640完全培地で6日間培養した。一日おきに、培養にGM-CSFを含む新鮮な培地を供給した。6日目に細胞を収穫して、異なる実験のために用いた。T細胞の活性化および増殖を試験するために、NCK56またはNCK2025を4日連続でC57BL/6マウスに投与した5×108CFU/100μl/マウス。1週後に、マウスを屠殺して、各群のマウスの腸間膜LNを単離した。腸間膜T細胞は、負磁気ビーズ除去によって濃縮した。T細胞の活性化および増殖をアッセイするために、NCK56またはNCK2025で処理されたDCおよび未処理のDC96穴プレートに104/ウェルを、無血清培地で5日間、単離腸間膜LNCD4T細胞105/ウェルと段階的な用量で培養した。その後、96穴プレートの各ウェルの25μlを収穫して、サイトカイン分析のために冷凍した。次に最後の16時間、細胞をウェルにつき0.5μCi[3H]チミジンでパルスしたNewEnglandNuclearPulendranBら、2004年EurJImmunol34巻1号:66~73頁。一部の実験では、抗IL-10抗体最終濃度100ng/mlをDC:T細胞共培養でそれぞれ用いた。DSS誘導大腸炎。ワクチン接種/予防試験のために、C57BL/6マウスの群マウス10匹/群に、NCK56またはNCK20255×108cfu/100μlPBS/マウスを4日間連続で経口接種した。これらの群のマウスおよび対照マウスは、6日周期の飲料水中の3DSSを1回受け、続いて通常の飲料水を1日受け、その後8日目に屠殺された。非接種群でDSSの第1周期の後に急性の大腸炎が観察された。体重減少、下痢および糞便の潜血陽性FOBを含む疾患の進行が、試験の全期間中に監視された。その後、マウスを屠殺し、結腸断面スイスロールを10ホルムアルデヒドで固定し、パラフィンに包埋した。組織切片4μmをヘマトキシリン-エオジンHEで染色し、以前に記載されているように盲目的にスコアリングしたCooperHSら、1993年LabInvest69巻2号:238~249頁、MurthySNら、1993年DigDisSci38巻9号:1722~1734頁。0から28のスケールに基づく格付けは、炎症性浸潤の程度、びらん、潰瘍または壊死の存在、ならびに病変の深さおよび表面伸展を考慮する。処理試験のために、3群のC57BL/6マウス10匹/群は大腸炎を開始するために5日周期の3DSSを最初に受け、群の2匹はその後4日間連続でNCK56またはNCK2025による経口栄養5×108cfu/100μlPBS/マウスを通して処理された。上のようにマウスが屠殺されて結腸が調査されたプロトコルの13日目まで、疾患の進行が監視された。結腸組織培養。結腸組織培養を、前述のとおりに実施したSellonRKら、1998年InfectImmun66巻11号:5224~5231頁。簡潔には、3DSS適用の前か後にL.acidophilus株で処理された各マウス群の結腸組織を、冷PBSで完全に洗った。組織を1cm片に切断し、280rpmで30分間、ゲンタマイシン50μg/mlを含む完全RPMI1640中で振盪させた。5ウシ胎仔血清FCS、50μg/mlゲンタマイシンおよび1ペニシリン/ストレプトマイシン/アムホテリシンBを追加したRPMI1640培地で、結腸組織を37°Cで18時間培養した。上清を次に収集し、サイトカイン分析のために用いるまで-80°Cで保存した。IL-10-/-大腸炎。C57BL/6IL-10-/-の群10/群を、病原体除去ハウジングから従来のハウジングに移し、1週間順応させた。次にマウスにNCK56またはNCK20255×108cfu/100μlPBS/マウスを4日間連続で接種し、次に、大腸炎の開始を速め、同調させるために、以前に記載されているようにBergDJら、2002年Gastroenterology123巻5号:1527~1542頁、低用量のピロキシカムを1週間与え、続いて高用量のピロキシカムを1週間与えた。標準飼料を2週間与えた後28日目、マウスを屠殺し、結腸断面スイスロールを10ホルムアルデヒドで固定し、パラフィンに包埋した。以前に記載されるとおりBergDJら、2002年Gastroenterology123巻5号:1527~1542頁、組織切片4μmをHEで染色し、0から4のスケールで盲目的にスコアリングした。フローサイトメトリー。L.acidophilus処理および未処理のDC5×105を表面マーカーモノクローナル抗体と一緒に4°Cで30分間インキュベートし、0.1FCSを加えた大量のPBSで洗浄し、0.1パラホルムアルデヒドで固定し、標準のCELLQUEST獲得分析ソフトウェアBectonDickinsonを用いることによってFACSCalibur4レーザーサイトメトリーで分析した。1条件につき少なくとも104個のゲート付事象が得られた。一部の実施形態では、結腸リンパ球を導くために、マウスの群マウス5匹/群に、NCK56またはNCK20255×108cfu/100μlの無菌PBS/マウスを4日間連続で接種した。以前に記載されるとおりHaddadWら、2003年JExpMed198巻3号:369~377頁、マウスを屠殺し、結腸を洗い、単一の細胞を粘膜固有層から単離した。リンパ球をPercolを用いて濃縮し、抗CD4FITC、CD25APC抗体および7AADで染色した。その後、染色された細胞を固定し、透過性化させ、抗FoxP3PEまたはアイソタイプ抗体で染色し、FACSCaliburによって分析した。リアルタイムPCR。RNeasyミニキットQiagen、MDを用いて、骨髄DCから全RNAを単離した。5μgのRNAからcDNAを合成するために高容量cDNA逆転写キットを用い、TLR1およびTLR2遺伝子の発現は、PowerSyberグリーン2×PCRマスターミックスを備えたABI7500リアルタイムPCRシステムAppliedBiosystems、FosterCity、CAを用いてリアルタイム半定量PCRで判定した。ゲノムDNAの増幅を排除するために、TLR1フォワード-TTAATGAGTGTTTGTGAATGCAGTTG;リバース-GAGCATTGCCACATGGGTATAGおよびTLR2フォワード-CAAAGCGTCAAATCTCAGAGGAT;リバース-ACACCCCAGAAGCATCACATGのためのプライマーを、イントロン接合部にわたる領域のために選択した。結果は、内因性の対照フォワード-GTCGTGGATCTGACGTGCC;リバース-TGCCTGCTTCACCACCTTCとしてGapdhを用いるddCT法を用いる対照試料と比較した、増加倍数を反映する。低比重cDNAマイクロアレイ:DSS単独、NCK56-DSSまたはNCK2025-DSSで処理された各群のマウス5×/群の結腸遠位および近位領域をPBSで洗い流し、RNA安定化のためにRNALaterQiagen、MDに直ちに浸漬した。RNeasyミニキットQiagen、MDでRNAを抽出し、AgilentNanochipBioanalysisAgilent、SantaClara、CAを用いて質を評価した。用いた全ての試料は、7を超えるRNAインテグリティ番号RINを有していた。マイクロアレイのための逆転写およびハイブリダイゼーションは、製造業者EppendorfDualChipmicroarray、Germanyによって記載されているとおりに実行した。簡潔には、最初にオリゴdT12~18プライマーInvitrogenと一緒に70°Cで10分間試料をインキュベートし、続いてRTミックスSuperscriptIII、dNTPInvitrogen、ビオチン標識ATPおよびCTPPerkinElmer、Waltham、Massachusettsを加え、42°Cで90分間、次に70°Cで15分間インキュベートすることによって、6ugのRNAを逆転写した。RNアーゼHを加え、試料を37°Cで20分間、続いて95°Cで3分間インキュベートして反応を終了させた。生じたcDNAをハイブリダイゼーションチャンバーに加え、エッペンドルフサーモミキサーで1400rpmで混合しながら60°Cで一晩インキュベートした。製造業者Eppendorf、Germanyによって記載されているとおりに、スライドを洗浄し、Silverquant検出系を用いてビオチン組込みを検出することによってRNAレベルを判定した。分析は、Silverquant分析ソフトウェアEppendorf、Germanyを用いて、試料と同じ結腸領域からの対照との比較によって実施された。本明細書で指摘した全ての刊行物および特許出願は、本発明が関連する分野の技術者のレベルを示すものである。全ての刊行物および特許出願は、各個々の刊行物または特許出願が参照により組み込まれることが具体的におよび個々に示されるのと同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。上記の発明は理解の明快性のために例示および例として多少詳細に記載されたが、添付の請求項の範囲内で特定の変更および改変を実施することができることは明らかになる。"