"サンプル内のLactobacillus細菌株を型決定するための方法であって、該方法は、a配列番号2~7および配列番号37~48に記載のヌクレオチド配列の少なくとも1つに対して少なくとも75の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むDNA領域を該サンプル内で増幅し、そして増幅されたDNAを作製する工程;およびb該増幅されたDNAに基づいて、該細菌株を型決定する工程、を包含する、方法。前記増幅されるべきDNA領域が、配列番号2~7および配列番号37~48に記載のヌクレオチド配列の少なくとも1つを含む、請求項1に記載の方法。前記サンプルは、食品、栄養補助食品、動物飼料および動物飼料栄養補助食品からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。前記Lactobacillusは、L.acidophilusである、請求項1に記載の方法。前記Lactobacillusは、L.brevisである、請求項1に記載の方法。前記Lactobacillusは、L.caseiである、請求項1に記載の方法。前記Lactobacillusは、L.delbrueckiiである、請求項1に記載の方法。前記増幅されたDNAは、PCRにより得られ、該PCRは、配列番号49または配列番号50に記載の配列を含む少なくとも1つのプライマーを使用して実行される、請求項1に記載の方法。請求項1に記載の方法であって、該方法はさらに、a前記増幅されたDNA内の1箇所以上の部位を認識する少なくとも1種の制限酵素を、該増幅されたDNAに添加する工程;b該制限酵素と該増幅されたDNAとを、制限フラグメントを形成するのに十分な時間にわたりインキュベートする工程;c該制限フラグメントの数と大きさとを決定する工程;そしてd該制限フラグメントの数と大きさとに基づいて、前記細菌株を型決定する工程、を包含する、方法。前記制限酵素は、AluI、MseIおよびTsp5091からなる群から選択される、請求項9に記載の方法。請求項1に記載の方法であって、該方法はさらに、a前記増幅されたDNAを配列決定して、配列決定の結果を得る工程;そしてb該配列決定の結果に基づいて、前記細菌株を型決定する工程、を包含する、方法。請求項1に記載の方法であって、前記増幅されたDNAは、a配列番号2~7および配列番号37~48のいずれかに記載の配列に結合する第一のプライマーを提供する工程;b配列番号2~7および配列番号37~48のいずれかに記載の配列の上流のDNAまたは下流のDNAに結合する第二のプライマーを提供する工程;そしてcPCR反応において、該第一のプライマーと該第二のプライマーとを使用して、該増幅されたDNAを作製する工程、により得られる、方法。請求項1に記載の方法であって、前記増幅されたDNAは、a配列番号2~7および配列番号37~48のいずれかに記載の配列の上流の領域に結合する第一のプライマーを提供する工程;b配列番号2~7および配列番号37~48のいずれかに記載の配列の下流の領域に結合する第二のプライマーを提供する工程;そしてcPCR反応において、該第一のプライマーと該第二のプライマーとを使用して、該増幅されたDNAを作製する工程、により得られる、方法。サンプル内のLactobacillusの存在を検出するための方法であって、該方法は、a配列番号2~48に記載の配列の少なくとも1つを含むDNA領域を増幅して、増幅されたDNAを作製する工程;そしてb該増幅されたDNAを検出する工程、を包含する、方法。前記増幅する工程は、配列番号49もしくは配列番号50に記載の配列を含む、少なくとも1つのプライマーを使用して実行される、請求項14に記載の方法。明細書中に記載の発明。Lactobacillus細菌特に、L.acidophilusを鑑別する方法は、その種レベルに対して正確でもなく、また技術的に厳密でもないので、Lactobacillus株を鑑別するための新規の方法の開発が望まれる。発明の要旨細菌特に、細菌のLactobacillus株例えば、Lactobacillusacidophilus株を検出および型決定するための組成物および方法が提供される。本発明の組成物としては、Lactobacillusacidophilusから単離された核酸分子が挙げられる。この核酸分子は、好ましくはDNAポリメラーゼIの遺伝子polAと推定上のホスホリボシルアミン-グリシンリガーゼの遺伝子purDとの間に位置し、約20~40塩基対例えば、約25~35塩基対または約27~30塩基対の反復DNA配列の1つ以上のコピーから構成される、DNA領域を含む。この反復DNA配列は、ほぼ同じ長さの非反復性のスペーサーで分散される。一実施形態において、単離された核酸分子は、32回存在する29塩基対の配列を含み、そして同じ数の32塩基対のスペーサーによって区分される。本発明の組成物としてはまた、Lactobacillusbrevis、LactobacilluscaseiおよびLactobacillusdelbrueckiissp.bulgaricusから単離された核酸分子も挙げられ、この核酸分子は、本来CRISPR領域において同定される反復配列を含む。一実施形態において、この単離された核酸分子は、L.brevis由来の28塩基対の配列を含む。別の実施形態において、この単離された核酸分子は、L.casei由来の28塩基対の配列を含む。さらに別の実施形態において、この単離された核酸分子は、L.delbrueckiissp.bulgaricus由来の28塩基対の配列を含む。このヌクレオチド配列に十分に同一な改変核酸分子もまた、本発明により包含される。加えて、このヌクレオチド配列のフラグメントおよび十分に同一なフラグメントが、包含される。特に、本発明は、配列番号1~50に見られるヌクレオチド配列の1つ以上を含む、単離された核酸分子を提供する。さらに、本発明は、本発明のヌクレオチド配列の1~140回の反復を含む単離された核酸分子、またはその改変体を提供する。いくつかの実施形態において、この単離された核酸分子は、本発明のヌクレオチド配列の5回より多い反復、10回より多い反復、50回より少ない反復もしくは35回より少ない反復、またはその改変体を含む。組成物はまた、Lactobacillus種L.acidophilus、L.brevis、L.caseiおよびL.delbrueckiiが挙げられるにおけるこの領域を増幅するためのPCRプライマーも含む。本発明のヌクレオチド配列に相補的であるかまたは、本発明の配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列もまた、包含される。さらに、サンプル内の本発明の核酸配列の存在を検出するための方法およびキットが包含され、そしてLactobacillus株特に、L.acidophilus株、L.brevis株、L.casei株およびL.delbrueckii株を含む細菌を型決定するための方法およびキットが包含される。CRISPR領域を有する細菌を型決定するための方法が提供される。これらの方法は、以下の工程を包含する:細菌を含むサンプルを得る工程;このサンプル内のCRISPR領域またはそのフラグメントを含むDNA領域を増幅して、増幅されたDNAを作製する工程;この増幅されたDNA内の1箇所以上の部位を認識する少なくとも1種の制限酵素を、この増幅されたDNAに添加する工程;この制限酵素とこの増幅されたDNAとを、制限フラグメントを形成するのに十分な時間でインキュベートする工程;これらの制限フラグメントの数とそれらの大きさとを決定する工程;そして、これらの制限フラグメントの数と大きさとに基づいて、この細菌を型決定する工程。Lactobacillus細菌株を型決定するための方法もまた提供される。この方法は、以下の工程を包含する:サンプルを得る工程;配列番号1~7および配列番号37~48に記載のヌクレオチド配列の少なくとも1つ、またはその改変体を含む、このサンプル内のDNA領域を増幅して、増幅されたDNAを作製する工程;そして、この増幅されたDNAに基づいて、細菌株を型決定する工程。これらの方法は、さらに以下の工程を含み得る:この増幅されたDNA内の1箇所以上の部位を認識する少なくとも1種の制限酵素を、この増幅されたDNAに添加する工程;この制限酵素とこの増幅されたDNAとを、制限フラグメントを形成するのに十分な時間でインキュベートする工程;これらの制限フラグメントの数とそれらの大きさとを決定する工程;そして、これらの制限フラグメントの数と大きさとに基づいて、この細菌株を型決定する工程。代替的に、これらの方法はさらに、この増幅されたDNAを配列決定して、配列決定の結果を得る工程、そしてこの配列決定の結果に基づいて、この細菌株を型決定する工程を含み得る。一実施形態において、このLactobacillusは、L.acidophilusである。この増幅されたDNAは、以下の工程により取得され得る:CRISPR領域内の反復配列に結合する第一のプライマーを提供する工程、このCRISPR領域に隣接するすなわち、このCRISPR領域の上流または下流のDNAに結合する第二のプライマーを提供する工程、PCR反応において、これらのプライマーを使用して、増幅されたDNAを作製する工程、この増幅されたDNAをゲル上で分離して、この増幅されたDNAの数と大きさとを示す識別可能なバンドパターンを生成する工程、そしてこのバンドパターンに基づいて、この細菌株を型決定する工程。これらのバンドの数および大きさは、この株の特徴である。代替的に、この増幅されたDNAは、以下の工程により取得され得る:CRISPR領域の上流のDNA領域に結合する第一のプライマーと、CRISPR領域の下流のDNA領域に結合する第二のプライマーとを提供する工程、PCR反応において、これらのプライマーを使用して、増幅されたDNAを作製する工程、この増幅されたDNAをゲル上で分離して、増幅されたCRISPRDNAの大きさを示すバンドを生成する工程、そしてこのバンドの大きさに基づいて、この細菌株を型決定する工程。この増幅されたDNAの大きさは、この株の特徴である。サンプル内のLactobacillus種の存在を検出するための方法が提供される。これらの方法は、以下の工程を包含する:サンプルを得る工程;配列番号1~7および配列番号37~48に記載のヌクレオチド配列の少なくとも1つ、またはその改変体を含むDNA領域を増幅して、増幅されたDNAを作製する工程;そして、この増幅されたDNAを検出する工程。これらの方法は、さらに以下の工程を含み得る:この増幅されたDNA内の1箇所以上の部位を認識する少なくとも1種の制限酵素を、この増幅されたDNAに添加する工程;この制限酵素とこの増幅されたDNAとを、制限フラグメントを形成するのに十分な時間でインキュベートする工程;これらの制限フラグメントの数とそれらの大きさとを決定する工程;そして、これらの制限フラグメントの数と大きさとに基づいて、Lactobacillus種の存在を検出する工程。代替的に、これらの方法はさらに、この増幅されたDNAを配列決定して、配列決定の結果を得る工程、そしてこの配列決定の結果に基づいて、Lactobacillus種の存在を検出する工程を含み得る。本発明の方法は、食品内、および栄養補助食品内動物飼料内、および動物飼料栄養補助食品内を含む、インビボサンプル内/インビトロサンプル内の細菌株L.acidophilus株、L.brevis株、L.casei株およびL.delbrueckii株のようなLactobacillus株が挙げられるの検出および型決定することのために、そして環境サンプル由来のこれらの種の天然の多様性を研究するために有用である。これらの方法はまた、新規細菌株特に、Lactobacillus株の製品開発および同定のために有用である。本発明は例えば、以下の項目を提供する。項目1a配列番号1に記載のヌクレオチド配列を含む核酸分子、または該核酸分子の相補体;b配列番号1に記載のヌクレオチド配列に対して少なくとも75の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子、または該核酸分子の相補体;c配列番号2~50のいずれかに記載のヌクレオチド配列を含む核酸分子、または該核酸分子の相補体;d配列番号2~50のいずれかに記載のヌクレオチド配列に対して少なくとも75の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子、または該核酸分子の相補体;e配列番号1~50のいずれかのフラグメントを含む核酸分子;およびf配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49に記載の少なくとも1つのヌクレオチド配列または該ヌクレオチド配列の改変体の1~140回の反復を含む核酸分子、からなる群から選択される、単離された核酸分子。項目2Lactobacillus細菌株を型決定するための方法であって、該方法は、aサンプルを得る工程;b配列番号1~7および配列番号37~48に記載のヌクレオチド配列の少なくとも1つに対して少なくとも75の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、DNA領域を該サンプル内で増幅し、そして増幅されたDNAを作製する工程;およびc該増幅されたDNAに基づいて、該細菌株を型決定する工程、を包含する、方法。項目3前記増幅されるべきDNA領域が配列番号1に記載の配列を含む、項目2に記載の方法。項目4前記増幅されるべきDNA領域が、配列番号1~7および配列番号37~48に記載のヌクレオチド配列の少なくとも1つを含む、項目2に記載の方法。項目5前記サンプルは、食品、栄養補助食品、動物飼料および動物飼料栄養補助食品からなる群から選択される、項目2に記載の方法。項目6前記Lactobacillusは、L.acidophilusである、項目2に記載の方法。項目7前記Lactobacillusは、L.brevisである、項目2に記載の方法。項目8前記Lactobacillusは、L.caseiである、項目2に記載の方法。項目9前記Lactobacillusは、L.delbrueckiiである、項目2に記載の方法。項目10前記増幅されたDNA領域は、PCRにより得られ、該PCRは、配列番号49または配列番号50に記載の配列を含む少なくとも1つのプライマーを使用して実行される、項目2に記載の方法。項目11項目2に記載の方法であって、該方法はさらに、a前記増幅されたDNA内の1箇所以上の部位を認識する少なくとも1種の制限酵素を、該増幅されたDNAに添加する工程;b該制限酵素と該増幅されたDNAとを、制限フラグメントを形成するのに十分な時間でインキュベートする工程;c該制限フラグメントの数と大きさとを決定する工程;そしてd該制限フラグメントの数と大きさとに基づいて、前記細菌株を型決定する工程、を包含する、方法。項目12前記制限酵素は、AluI、MseIおよびTsp5091からなる群から選択される、項目11に記載の方法。項目13項目2に記載の方法であって、該方法はさらに、a前記増幅されたDNAを配列決定して、配列決定の結果を得る工程;そしてb該配列決定の結果に基づいて、前記細菌株を型決定する工程、を包含する、方法。項目14項目2に記載の方法であって、前記増幅されたDNAは、a配列番号2~7および配列番号37~48のいずれかに記載の配列に結合する第一のプライマーを提供する工程;b配列番号2~7および配列番号37~48のいずれかに記載の配列の上流のDNAまたは下流のDNAに結合する第二のプライマーを提供する工程;そしてcPCR反応において、該第一のプライマーと該第二のプライマーとを使用して、該増幅されたDNAを作製する工程、により得られる、方法。項目15項目2に記載の方法であって、前記増幅されたDNAは、a配列番号2~7および配列番号37~48のいずれかに記載の配列の上流の領域に結合する第一のプライマーを提供する工程;b配列番号2~7および配列番号37~48のいずれかに記載の配列の下流の領域に結合する第二のプライマーを提供する工程;そしてcPCR反応において、該第一のプライマーと該第二のプライマーとを使用して、該増幅されたDNAを作製する工程、により得られる、方法。項目16ポリメラーゼ連鎖反応のプライマーであって、該プライマーのヌクレオチド配列は、配列番号49に記載の配列または該配列の改変体を含む、プライマー。項目17ポリメラーゼ連鎖反応のプライマーであって、該プライマーのヌクレオチド配列は、配列番号50に記載の配列または該配列の改変体を含む、プライマー。項目18サンプル内のLactobacillus種の存在を検出するためのキットであって、該キットは、項目16および17に記載のポリメラーゼ連鎖反応のプライマーと使用説明書とを備える、キット。項目19サンプル内のLactobacillus株を型決定するためのキットであって、該キットは、増幅されたDNAを作製する工程での使用のための項目16および17に記載のポリメラーゼ連鎖反応のプライマーと、該増幅されたDNA内の1箇所以上の部位を認識する少なくとも1つの制限酵素と、使用説明書とを備える、キット。項目20サンプル内のLactobacillus種の存在を検出するための方法であって、該方法は、aサンプルを得る工程;b配列番号1~48に記載の配列の少なくとも1つまたは該配列の改変体を含むDNA領域を増幅して、増幅されたDNAを作製する工程;そしてc該増幅されたDNAを検出する工程、を包含する、方法。項目21前記増幅する工程は、配列番号49もしくは配列番号50に記載の配列または該配列の改変体を含む、少なくとも1つのプライマーを使用して実行される、項目20に記載の方法。項目22CRISPR領域を有する細菌を型決定するための方法であって、該方法は、a該細菌を含むサンプルを得る工程;b該サンプル内のCRISPR領域または該領域のフラグメントを含むDNA領域を増幅して、増幅されたDNAを作製する工程;c該増幅されたDNA内の1箇所以上の部位を認識する少なくとも1種の制限酵素を、該増幅されたDNAに添加する工程;d該制限酵素と該増幅されたDNAとを、制限フラグメントを形成するのに十分な時間でインキュベートする工程;e該制限フラグメントの数と大きさとを決定する工程;そしてf該制限フラグメントの数と大きさとに基づいて、該細菌を型決定する工程、を包含する、方法。発明の詳細な説明本発明は、Lactobacillus株Lactobacillusacidophilus、L.brevis、L.caseiおよびL.delbrueckiiが挙げられるのような細菌株を検出および/または型決定するための方法および組成物に関する。これらの方法は、医療の安全性診断もしくは食品の安全性診断、または研究において使用され得る。型決定または鑑別により、細菌株の同定ヌクレオチド配列に基づいてすなわち、制限酵素消化によりもたらされるバンドパターンを分析することにより、細菌株が他の株と異なることを同定することを含むが意図される。検出により、サンプル内の細菌種の存在または不在の確認が意図される。本発明の組成物としては、CRISPR遺伝子座の一部であり、L.acidophilus、L.brevis、L.caseiおよびL.delbrueckiiから単離された、核酸分子が挙げられる。CRISPR領域またはCRISPR遺伝子座により、ヌクレオチド配列の反復性ストレッチが意図され、この反復は、長さ約20~約40塩基対であり、ほぼ同じ長さの非反復性のDNAスペーサーと交互にされる。頭字語CRISPR、SPIDR、VNTRおよびSRVRは、間隙を有する反復を持つヌクレオチド配列を説明するために各々使用されている。加えて、本発明は、細菌株特に、L.acidophilus、L.brevis、L.caseiおよびL.delbrueckiiを含むLactobacillus株の間の類似性および/または相違を決定するために使用され得る、細菌の型決定のための方法およびキット、ならびに、サンプル内のLactobacillus種の存在または不在を検出するための方法およびキットを提供する。より詳細には、この方法は、原核生物の株例えば、L.acidophilusの検出および/または型決定のための迅速かつ半自動化的な方法に関する。この方法において、CRISPRのDNA配列は、増幅され、そして、Lactobacillus株間を鑑別するため、またはLactobacillus種の検出のために使用される。本発明の単離された核酸分子は、配列番号1~50に記載のヌクレオチド配列ならびにその改変体およびフラグメントを含む。本発明はまた、これらの核酸配列に相補的な分子またはこれらの配列にハイブリダイズする分子も包含する。本発明により包含される核酸分子組成物は、単離されるか、または実質的に精製される。単離されるまたは実質的に精製されるにより、核酸分子または生物学的に活性なフラグメントもしくは改変体が、実質的にかまたは本質的に、この核酸の天然の状態においてこの核酸とともに通常見出される構成要素を、含まないことが意図される。このような構成要素としては、他の細胞物質、組換え生産由来の培地およびこの核酸を化学合成することにおいて使用される種々の化学物質が挙げられる。好ましくは、本発明の単離された核酸は、この核酸が由来する生物のゲノムDNAにおいて、目的の核酸に隣接する核酸配列例えば、その5’末端または3’末端に存在するコード配列を含まない。しかしながら、この分子は、この組成物の基本的な特徴に悪影響を与えない、数個のさらなる塩基または部分を含み得る。例えば、種々の実施形態において、単離された核酸は、この核酸が由来する細胞において、通常ゲノムDNAと関係する核酸配列の5kb、4kb、3kb、2kb、1kb、0.5kbまたは0.1kb未満の配列を含む。本発明の組成物および方法は、研究室または商品の両方において、Lactobacillus種L.acidophilus、L.brevis、L.caseiおよびL.delbrueckiiが挙げられるを検出するか、または細菌株ごく近縁のL.acidophilus株が挙げられるを型決定するために使用され得る。このことは、製品開発ならびに細菌種の多様性および進化の研究のために有用であり、そして新規細菌株新規Lactobacillus株が挙げられるの同定において有用である。細菌株の検出および鑑別CRISPR遺伝子座は、最初にE.coliにおいて認識された、分散型の短い配列の反復SSRの明確なクラスであるIshinoら1987J.Bacteriol.169:5429~5433;Nakataら1989J.Bacteriol.171:3553~3556。同様の分散型SSRが、Haloferaxmediterranei、Streptococcuspyogenes、AnabaenaおよびMycobacteriumtuberculosisで同定されているGroenenら1993Mol.Microbiol.10:1057~1065;Hoeら1999Emerg.Infect.Dis.5:254~263;Masepohlら1996Biochim.Biophys.Acta1307:26~30;Mojicaら1995Mol.Microbiol.17:85~93。CRISPR遺伝子座は、反復の構造により他のSSRと異なり、短く規則的に間隔の空いた反復SRSRと称されているJansenら2002OMICSJ.Integ.Biol.6:23~33;Mojicaら2000Mol.Microbiol.36:244~246。これらの反復は、一定の長さを有する特有の介在配列により、常に規則的に間隔を空けられる、クラスター内に生じる短いエレメントであるMojicaら2000Mol.Microbiol.36:244~246。これらの反復配列は株間において高く保存されるが、分散型の反復の数およびスペーサー領域の配列は、株間で異なるvanEmbdenら2000J.Bacteriol.182:2393~2401。CRISPR領域を同定するための方法は、当該分野において周知である例えば、上記引用文献これらの全体が、本明細書において参考として援用されるならびに実施例1において使用される方法を参照のこと。本発明の方法は、L.acidophilusに関する実験により、本明細書において例示されるが、当業者は、これらの方法が、CRISPR領域を有するあらゆる細菌の検出および/または株の同定のために使用され得ることを認識する。1つの反復内のヌクレオチドの個数は、一般的に約20~約40塩基対であるが、約20~約39塩基対、約20~約37塩基対、約20~約35塩基対、約20~約33塩基対、約20~約30塩基対、約21~約40塩基対、約21~約39塩基対、約21~約37塩基対、約23~約40塩基対、約23~約39塩基対、約23~約37塩基対、約25~約40塩基対、約25~約39塩基対、約25~約37塩基対、約25~約35塩基対、または約28もしくは29塩基対であり得る。反復の数は、以下の範囲であり得る:約1回~約140回、約1回~約100回、約2回~約100回、約5回~約100回、約10回~約100回、約15回~約100回、約20回~約100回、約25回~約100回、約30回~約100回、約35回~約100回、約40回~約100回、約45回~約100回、約50回~約100回、約1回~約135回、約1回~約130回、約1回~約125回、約1回~約120回、約1回~約115回、約1回~約110回、約1回~約105回、約1回~約100回、約1回~約95回、約1回~約90回、約1回~約80回、約1回~約70回、約1回~約60回、約1回~約50回、約10回~約140回、約10回~約130回、約10回~約120回、約10回~約110回、約10回~約95回、約10回~約90回、約20回~約80回、約30回~約70回、約30回~約60回、約30回~約50回、約30回~約40回、または約32回。本明細書で開示されるヌクレオチド配列は、Lactobacillus種を検出するため、および/または細菌株を鑑別する他のL.acidophilus株からL.acidophilusNCFM登録商標株を鑑別することが挙げられるために使用され得る。検出および/または鑑別は、L.acidophilusNCFM登録商標、L.brevis、L.caseiおよびL.delbrueckii亜種bulgaricusにおける新規CRISPR領域の同定に基づく。これらのCRISPR領域は株特異的であるので、これらの特異的な配列の存在についてアッセイする任意の方法が、本発明により包含される。本発明は、医療試験、食品試験、農業試験および環境試験に適用可能である。サンプル内の核酸分子の存在を検出する診断アッセイが開示される。これらの方法は、以下の工程を包含する:サンプルを得る工程;配列番号1~7および配列番号37~48に記載の配列の少なくとも1つまたはその改変体を含む、DNA領域を増幅して、増幅されたDNAを作製する工程;そして増幅されたDNAを検出する工程。増幅されたDNAの検出は、Lactobacillus種に対して特異的である。Lactobacillus種の異なる株例えば、L.acidophilus種は、異なる大きさの増幅されたDNAを有し得る。それゆえ、この方法はまた、株の鑑別のための手段としても使用され得る。さらに、この方法は、この増幅されたDNAを配列決定する工程、そして配列決定の結果に基づいて、Lactobacillus種例えば、L.acidophilus、L.brevis、L.caseiまたはL.delbrueckiiの存在を検出する工程を含み得る。代替的に、この方法は、さらに以下の工程を包含し得る:増幅されたDNA内の1箇所以上の部位を認識する少なくとも1種の制限酵素を、増幅されたDNAに添加する工程;制限酵素と増幅されたDNAとを、制限フラグメントを形成するのに十分な時間でインキュベートする工程;制限フラグメントの数と大きさとを決定する工程;そして、これらの制限フラグメントの数と大きさとに基づいて、Lactobacillus種例えば、L.acidophilus、L.brevis、L.caseiまたはL.delbrueckiiの存在を検出する工程。Lactobacillus細菌株を型決定するための方法が提供される。これらの方法は、以下の工程を包含する:サンプルを得る工程;配列番号1~7および配列番号37~48に記載のヌクレオチド配列の少なくとも1つまたはその改変体を含むDNA領域を、サンプル内で増幅して、増幅されたDNAを作製する工程;そして増幅されたDNAに基づいて、細菌株を型決定する工程。この型決定は、以下の工程により行われ得る:増幅されたDNA内の1箇所以上の部位を認識する少なくとも1種の制限酵素を、増幅されたDNAに添加する工程;制限酵素と増幅されたDNAとを、制限フラグメントを形成するのに十分な時間でインキュベートする工程;制限フラグメントの数と大きさとを決定する工程;そして、これらの制限フラグメントの数と大きさとに基づいて、細菌株を型決定する工程。型決定はまた、増幅されたDNAを配列決定する工程、そして配列決定の結果に基づいて細菌株を型決定する工程によっても行われ得る。一実施形態において、増幅されるべきDNA領域は、配列番号1に記載の配列を含む。別の実施形態において、DNA領域は、配列番号1~7および配列番号37~48に記載の配列の少なくとも1つに対して少なくとも75の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。増幅されたDNAは、以下の工程により取得され得る:CRISPR領域に隣接するDNA領域例えば、CRISPR領域の上流のDNAに結合する第一のプライマーおよびCRISPR領域に隣接するDNA領域例えば、CRISPR領域の下流のDNAに結合する第二のプライマーを提供する工程;PCR反応において、これらのプライマーを使用して、増幅されたDNAを作製する工程;この増幅されたDNAをゲル上で分離して、増幅されたCRISPRDNAの大きさを示すバンドを生成する工程;そしてこのバンドの大きさに基づいて、細菌株を型決定する工程。この増幅されたDNAの大きさは、Lactobacillus株の特徴である。一実施形態において、第一のプライマーはCRISPR領域の上流のDNA領域例えば、配列番号49に記載のDNAに結合し、そして第二のプライマーはCRISPR領域の下流のDNA領域例えば、配列番号50に記載のDNAに結合する。代替的に、増幅されたDNAは、以下の工程により取得され得る:CRISPR領域内の反復配列に結合する第一のプライマーを提供する工程;このCRISPR領域に隣接するすなわち、このCRISPR領域の上流または下流のDNAに結合する第二のプライマーを提供する工程;PCR反応において、これらのプライマーを使用して、増幅されたDNAを作製する工程;この増幅されたDNAをゲル上で分離して、この増幅されたDNAの数と大きさとを示す識別可能なバンドパターンを生成する工程;そしてこのバンドパターンに基づいて、細菌株を型決定する工程。これらのバンドの数および大きさは、Lactobacillus株の診断に役立つ。一実施形態において、第一のプライマーは配列番号2~7および配列番号37~48に記載の配列のいずれかに結合し、そして第二のプライマーは配列番号2~7および配列番号37~48に記載の配列のいずれかに隣接するDNAに結合する。1つのプライマーが配列番号2~7および配列番号37~48に記載の配列のいずれかに結合する、この方法は、固定されたプライマーに対応した反復の数と間隔とに依存して、多くの異なる大きさのバンドを生成する。例えば、反復領域が5回存在する場合、この反復領域に相補的であるプライマーは、5箇所に結合し、そしてアガロースゲルまたはポリアクリルアミドゲル上でフィンガープリントfingerprintとして可視化され得る5つのバンドを生成する。PCR産物は、異なる程度に増幅され得、これにより生じるバンドのいくつかは、あるとしても他のバンドと同じほど容易に可視化され得ない。識別可能なバンドパターンは、増幅されたDNAの数と大きさとを示し、Lactobacillus株L.acidophilus株、L.brevis株、L.casei株およびL.delbrueckii株が挙げられるを特徴付けるために使用され得る。用語サンプルは、被験体に存在するか、または被験体から単離される組織、細胞および生物学的流体ならびに出発培養物母培養物、種培養物、バルク/セットの培養物、濃縮培養物、乾燥培養物、凍結乾燥培養物、凍結培養物由来の細胞またはこのような培養物を保持するか、もしくはこのような培養物の使用から得られる食品/乳製品/飼料製品を含むことが意図される。サンプルは、栄養補助食品、バイオプロセス発酵物fermentate、またはこのヌクレオチド配列を含む物質を摂取した被験体であり得る。すなわち、本発明の検出方法は、インビトロおよびインビボの両方において、サンプル内の開示されるヌクレオチド配列を含むゲノムDNAを検出するために使用され得る。開示されるヌクレオチド配列を含むゲノムDNAの検出のためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられるが、これに限定されない。食品、栄養補助食品、培養物、製品または被験体由来のサンプルにより得られる結果は、コントロールの培養物、製品または被験体由来のサンプルにより得られる結果と比較され得る。一実施形態において、サンプルは、出発培養物由来のゲノムDNAを含む。所望のDNA領域の増幅は、当該分野において公知の任意の方法により達成され得、それとしては、ポリメラーゼ連鎖反応PCRが挙げられる。増幅により、核酸配列のさらなるコピーの生成が意図される。このことは、一般的に、当該分野において周知のPCR技術を使用して実行され得るDieffenbachおよびDveksler1995PCRPrimer、aLaboratoryManualColdSpringHarborPress、Plainview、NewYork。ポリメラーゼ連鎖反応またはPCRにより、方法例えば、米国特許第4,683,195号および同第4,683,202号本明細書において参考として援用されるに開示される方法が意図され、これらの特許は、クローニング化も精製もすることなく、ゲノムDNAの混合物内の標的配列のセグメントの濃度を増大させるための方法を記載する。所望の標的配列の増幅されたセグメントの長さは、相互についての2つのオリゴヌクレオチドプライマーの相対的な位置により決定される。したがって、この長さは、制御可能なパラメーターである。このプロセスの反復する局面の理由で、この方法はPCRと呼ばれる。標的配列の所望の増幅されたセグメントは、混合物内で、優勢な配列となる濃度の点からので、これらのセグメントはPCR増幅されたと呼ばれる。PCRアプローチにおいて、オリゴヌクレオチドプライマーは、CRISPR遺伝子座の全てまたは一部を増幅するPCR反応における使用のために設計され得る。プライマーにより、精製された制限消化物内に自然に生じようと合成的に生成されようと、オリゴヌクレオチドが意図される。このオリゴヌクレオチドは、核酸鎖に相補的であるプライマー伸長産物の合成が誘導される条件すなわち、ヌクレオチドおよびDNAポリメラーゼのような誘発剤の存在かつ適切な温度およびpHに置かれる場合に、合成の開始点として作用し得る。プライマーは、増幅における最大限の効率のために好ましくは一本鎖であるが、代替的に二本鎖でもよい。二本鎖である場合、プライマーは、伸長産物を調製するために使用される前に、その鎖を分離させるように、まず処理される。好ましくは、プライマーはオリゴデオキシリボヌクレオチドである。プライマーは、誘発剤の存在下で伸長産物の合成を開始するために、十分に長くあるべきである。プライマーの正確な長さは、多くの因子温度、プライマーの供給源およびこの方法の使用に依存する。PCRプライマーは、好ましくは少なくとも約10ヌクレオチドの長さであり、そして最も好ましくは少なくとも約20ヌクレオチドの長さである。本発明の組成物は、これらの反復領域を増幅するために使用され得るオリゴヌクレオチドプライマーを含む。本発明の方法において使用され得るPCRプライマーの例としては、CRISPR領域に隣接するゲノムDNAの領域例えば、配列番号49または50に見出される領域に結合するプライマー、配列番号36に記載の配列に結合するプライマーまたはCRISPR領域内に結合するプライマー、あるいはそれらの組み合わせが挙げられる。順方向forwardプライマーおよび逆方向reverseプライマーは、CRISPR領域の全てまたは一部を増幅するために設計される。隣接するにより、配列の5’上流領域または3’下流領域が意図される。いくつかの実施形態において、少なくとも1つのプライマーは、CRISPR領域に隣接するDNA配列に結合する。いくつかの実施形態において、1つのプライマーは、第一の反復配列例えば、配列番号2に結合し、そして1つのプライマーは、隣接するDNA配列例えば、配列番号36に結合する。それゆえ、全体のCRISPR領域が増幅される。いくつかの実施形態において、両方のプライマーは、CRISPR領域に隣接するDNA領域に結合する。CRISPR領域に隣接するDNAに結合するように設計されるプライマーは種特異的である。それは、この隣接するDNAが、全てのLactobacillus種の間で十分な配列同一性を共有するとは予想されないからである。これらのCRISPR領域内の反復配列は、互いにヌクレオチド相同性を示す図7を参照のこと。L.acidophilusの反復配列は、互いに少なくとも86一致する。L.brevisの反復配列は、互いに少なくとも82一致する。L.delbrueckiissp.bulgaricusの反復配列は互いに少なくとも89一致する。L.acidophilusの反復配列は、L.brevisの反復配列と少なくとも57一致する。L.acidophilusの反復配列は、L.caseiの反復配列と少なくとも71一致する。L.acidophilusの反復配列は、L.delbrueckiiの反復配列と少なくとも75一致する。L.brevisの反復配列は、L.caseiの反復配列と少なくとも64一致する。L.brevisの反復配列は、L.delbrueckiiの反復配列と少なくとも64一致する。L.caseiの反復配列は、L.delbrueckiiの反復配列と少なくとも71一致する。CRISPR領域に隣接するDNA配列が公知である場合、当業者は、この公知の隣接する配列に基づいてCRISPR領域を増幅するためのプライマーを設計し得る。CRISPR領域に隣接するDNA配列がまだ公知でない場合、当業者は、当該分野において公知の方法を使用してこの隣接する配列を決定し得る。L.acidophilusNCFMの全ゲノムは、米国仮出願第60/622,712号およびAltermannら2005Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.102:3906~3912これらの全体が本明細書において参考として援用されるにおいて提供される。L.plantarumのゲノムは、Kleerebezemら2003Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.100:1990~1995において提供される。L.johnsoniiの全ゲノムは、Pridmoreら2004Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.101:2512~2517において提供される。PCRプライマーを設計するための方法およびPCRクローニングのための方法は、一般的に当該分野において公知であり、そしてSambrookら1989MolecularCloning:ALaboratoryManual第2版、ColdSpringHarborLaboratoryPress、Plainview、NewYorkにおいて開示される。Innisら、編1990PCRProtocols:AGuidetoMethodsandApplicationsAcademicPress、NewYork;InnisおよびGelfand、編1995PCRStrategiesAcademicPress、NewYork;ならびにInnisおよびGelfand、編1999PCRMethodsManualAcademicPress、NewYorkもまた参照のこと。PCRの公知の方法としては、対のプライマー、ネステッドプライマーnestedprimer、単一の特異的なプライマー、縮重プライマー、遺伝子特異的プライマー、ベクター特異的プライマーおよび部分的ミスマッチプライマーmismatchedprimerなどを使用する方法が挙げられるが、これらに限定されない。PCRにより、単一のコピーの特定の標的配列を、いくつかの異なる方法論例えば、標識プローブを用いるハイブリダイゼーション;ビオチン化プライマーの取り込みとそれに続くアビジン-酵素結合体の検出;増幅されるセグメントへの32P標識デオキシヌクレオチド三リン酸例えば、dCTPまたはdATPの取り込みにより検出可能なレベルまで増幅することが可能である。ゲノムDNAに加えて、任意のオリゴヌクレオチド配列が、プライマー分子の適切なセットにより増幅され得る。特に、PCRプロセス自体により作製される増幅されるセグメントは、それら自体が、続くPCR増幅のための効果的なテンプレートである。PCRにおける増幅は、ポリメラーゼ、プライマーおよびテンプレート以外の、増幅を実行するために必要な全ての試薬として本明細書で定義されるPCR試薬またはPCRの材料を必要とする。PCR試薬は、通常、核酸前駆物質dCTP、dTTPなどおよび緩衝液を含む。一旦、CRISPR遺伝子座またはその一部を含むDNAが増幅されると、次に、それは、制限酵素により消化切断され得る。本明細書で使用される場合、用語制限エンドヌクレアーゼおよび制限酵素は、細菌酵素をいい、制限酵素の各々は、特定のヌクレオチド配列においてか、またはその近くで二本鎖DNAを切断する。制限酵素は当該分野において周知であり、そして例えば、種々の商業供給源例えば、NewEnglandBiolabs、Inc.、Beverly、Massachusettsから容易に取得され得る。同様に、制限酵素を使用するための方法はまた、当該分野において一般的に周知かつ日常的である。好ましい制限酵素は、CRISPR遺伝子座例えば、配列番号1を切断する場合に、10個~24個のDNAフラグメントを生成する制限酵素である。このような酵素の例としては、AluI、MseIおよびTsp5091が挙げられるが、これらに限定されない。制限酵素を使用して得られるDNAフラグメントは、例えば、ゲル電気泳動によるバンドとして検出され得る。制限酵素は、RestrictionFragmentLengthPolymorphismsRFLPを作製するために使用され得る。RFLPは、本質的に、完全な染色体ゲノムであろうと、その一部例えば、本発明において開示される新規L.acidophilusのCRISPR遺伝子座を含むゲノム領域であろうと、DNA断片の固有のフィンガープリントのスナップショットsnapshotである。RFLPは、制限エンドヌクレアーゼによりDNA分子を切断する制限することによって生成される。天然において、このような酵素が細菌により生成されているので、数百種類のこのような酵素が単離されている。本質的に、細菌は、この細菌細胞に侵入し得る例えば、ウイルス感染任意の外来のDNA分子を認識し、そして切断する制限する防御システムとしてこのような酵素を使用する。数百種類の異なる制限酵素の各々は、全てのDNA分子を構成する4種の塩基ヌクレオチドA、T、G、Cの異なる配列においてDNAを切断するすなわち、切断するcleaveまたは制限することが見出されている。例えば、1つの酵素は、特異的に、かつ唯一、配列A-A-T-G-A-Cを認識し得る一方で、別の酵素は、特異的に、かつ唯一、配列G-T-A-C-T-Aを認識し得る、などである。関連する固有の酵素に依存して、このような認識配列は、4ヌクレオチド程度の短いものから21ヌクレオチド程度の長いものまで、その長さにおいて変化し得る。認識部位が長ければ長いほど、DNA全体にわたってこの部位が反復して見出される可能性はより低くなるので、認識配列が長ければ長いほど、生じる制限フラグメントは少なくなる。消化に続いて、生じる個々のフラグメントは、それらの大きさに基づいて互いに分離される。DNAを分離するために適切な任意の方法は、本発明の方法により包含され、それらとしては、ゲル電気泳動、高性能液体クロマトグラフィHPLC、質量分析および微量流体microfluidicデバイスの使用が挙げられるが、これらに限定されない。一実施形態において、DNAフラグメントは、アガロースゲル電気泳動により分離される。ゲル電気泳動は、電流の影響下において、異なる大きさの荷電した分子を、静止したゲルを通るそれらの移動速度により分離する。これらの分離されたDNAフラグメントは、例えば、臭化エチジウムにより染色し、そしてゲルをUV照明の下で見ることにより容易に可視化され得る。バンディングのパターンは、制限消化されたDNAの大きさを反映する。代替的に、増幅されたCRISPR遺伝子座においてRFLPを実行するために、増幅されたDNAの配列が、当該分野において公知の任意の方法により取得され得、この方法としては、自動の配列決定法および手動の配列決定法が挙げられる。例えば、Sambrookら1989MolecularCloning:ALaboratoryManual第2版、ColdSpringHarborLaboratoryPress、Plainview、NewYork;Roeら1996DNAIsolationandSequencingEssentialTechniquesSeries、JohnWileySonsを参照のこと。本発明の新規CRISPR反復領域を利用して、Lactobacillus株を検出および/または型決定するための他の方法もまた、本発明により包含される。これらの方法としては、本発明の核酸分子をプローブとして使用するか、または本発明において開示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズし得る核酸分子を使用するかのいずれかによる、ハイブリダイゼーション方法が挙げられる。例えば、Sambrookら1989MolecularCloning:ALaboratoryManual第2版、ColdSpringHarborLaboratoryPress、Plainview、NewYorkを参照のこと。ハイブリダイゼーション技術において、ハイブリダイゼーションプローブは、ゲノムDNAフラグメント、PCR増幅された産物または他のオリゴヌクレオチドであり得、そして、本明細書において開示される公知のヌクレオチド配列の全てまたは一部を含み得る。加えて、プローブは、32Pのような検出可能な基または任意の他の検出可能なマーカー例えば、他の放射性同位体、蛍光性化合物、酵素または酵素補因子により標識され得る。用語標識されるは、プローブに関して、プローブに検出可能な物質を連結するすなわち、物理的に連結するlinkingことによるプローブの直接標識化、ならびに直接標識される別の試薬との反応性によるプローブの間接標識化を包含することが意図される。間接標識化の例としては、蛍光標識されたストレプトアビジンにより検出され得るような、ビオチンによるDNAプローブの末端標識化が挙げられる。ハイブリダイゼーションのためのプローブは、本明細書において開示される公知のCRISPR領域のヌクレオチド配列に基づく合成オリゴヌクレオチドを標識化することにより作製され得る。一実施形態において、L.acidophilusのCRISPR領域のヌクレオチド配列配列番号1全体が、L.acidophilus株を検出および/または鑑別するためのプローブとして使用される。別の実施形態において、プローブは、本明細書で開示されるヌクレオチド配列のフラグメント例えば、配列番号2~7および配列番号37~48のいずれかにおいて見られるような、単回の反復配列からなるプローブである。さらに別の実施形態において、プローブは、スペーサー領域例えば、配列番号8~35のいずれかにおいて見出される配列である。別の実施形態において、プローブは、隣接する領域例えば、配列番号36の領域である。ハイブリダイゼーションプローブは、代表的に、ストリンジェントな条件下で、以下にハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む:本発明のCRISPR領域のヌクレオチド配列またはそのフラグメントもしくは改変体のうちの、少なくとも約10、好ましくは約20、より好ましくは約50、75、100、125、150、175、200、250、300、350または400の連続するヌクレオチド。ハイブリダイゼーションのためのプローブの調製は、一般的に当該分野において公知であり、そしてSambrookら1989MolecularCloning:ALaboratoryManual第2版、ColdSpringHarborLaboratoryPress、Plainview、NewYork本明細書において参考として援用されるにおいて開示される。実質的に同一な配列は、ストリンジェントな条件下で、互いにハイブリダイズする。ストリンジェントな条件により、プローブが、他の配列に比べ、検出可能なより大きい程度例えば、バックグラウンドよりも少なくとも2倍大きくその標的配列にハイブリダイズする条件が意図される。ストリンジェントな条件は、当該分野において公知であり、そして、CurrentProtocolsinMolecularBiologyJohnWileySons、NewYork1989、6.3.1~6.3.6において見出され得る。プローブを使用する場合、ストリンジェントな条件は、塩濃度が、pH7.0~8.3において約1.5M未満のNaイオン濃度、代表的に約0.01M~約1.0MのNaイオンまたは他の塩濃度であり、かつ温度が、短いプローブ例えば、10~50ヌクレオチドに対して少なくとも約30°C、そして長いプローブ例えば、50ヌクレオチドより長いに対して少なくとも約60°Cである条件である。ハイブリダイゼーション後の洗浄は、特異性を制御するための手段となる。2つの決定的な要素は、最終洗浄溶液のイオン強度および温度である。全長またはほぼ全長の標的配列にハイブリダイズする配列の検出のために、ストリンジェントな条件下の温度は、規定のイオン強度およびpHにおける特定の配列についての熱融点Tmよりも約5°C低いように選択される。しかしながら、ストリンジェントな条件は、所望の程度のストリンジェンシーに依存し、それ以外は本明細書中で適切とされる場合、Tmよりも1°C~20°C低い範囲の温度を包含する。DNA-DNAハイブリッドについて、Tmは、MeinkothおよびWahl1984Anal.Biochem.138:267~284に記載の以下の式を使用して決定され得る:Tm=81.5°C16.6logM0.41GC-0.61form-500/Lここで、Mは、一価の陽イオンのモル濃度であり、GCは、DNA中のグアノシンヌクレオチドとシトシンヌクレオチドとのパーセンテージであり、formは、ハイブリダイゼーション溶液中のホルムアミドのパーセンテージであり、そして、Lは、塩基対のハイブリッドの長さである。Tmは、相補的な標的配列のうちの50が、完全に一致するプローブにハイブリダイズする温度規定のイオン強度およびpHの下でである。異なる程度の相同性を持つ配列を検出する能力は、ハイブリダイゼーション条件および/または洗浄条件のストリンジェンシーを変更することにより取得され得る。100一致する配列を標的とする相同的探索homologousprobingために、ミスマッチを許容しないストリンジェンシーの条件が得られるはずである。生じるヌクレオチド残基のミスマッチを許容することにより、類似性の程度の低い配列が検出され得る非相同的探索heterologousprobing。ミスマッチの1毎に対して、Tmは、約1°C低くされ、それゆえハイブリダイゼーションおよび/または洗浄の条件は、標的のパーセンテージ同一性の配列へのハイブリダイゼーションを許容するように操作される。例えば、90以上の配列同一性を有する配列が好ましい場合、Tmは、10°C低くされ得る。模範的な低ストリンジェンシーの条件としては、以下が挙げられる:37°Cにおいて、30~35ホルムアミド、1MNaCl、1SDSドデシル硫酸ナトリウムの緩衝溶液を用いるハイブリダイゼーション、そして50°C~55°Cにおいて、1×SSC~2×SSC20×SSC=3.0MNaCl/0.3Mクエン酸三ナトリウムによる洗浄。模範的な中程度のストリンジェンシーの条件としては、以下が挙げられる:37°Cにおいて、40~45ホルムアミド、1.0MNaCl、1SDSによるハイブリダイゼーション、そして55°C~60°Cにおいて、0.5×SSC~1×SSCによる洗浄。模範的な高ストリンジェンシーの条件としては、以下が挙げられる:37°Cにおいて、50ホルムアミド、1MNaCl、1SDSによるハイブリダイゼーション、そして60°C~65°Cにおいて、0.1×SSCによる洗浄。必要に応じて、洗浄緩衝液は、約0.1~約1のSDSを含み得る。ハイブリダイゼーション時間は、一般的に約24時間未満であり、通常約4時間~12時間である。核酸のハイブリダイゼーションについての広範な手引が、Tijssen1993LaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiology-HybridizationwithNucleicAcidProbes、第I部、第2章Elsevier、NewYork;およびAusubelら、編1995CurrentProtocolsinMolecularBiology、第2章GreenePublishingandWiley-Interscience、NewYorkにおいて見出される。Sambrookら1989MolecularCloning:ALaboratoryManual第2版、ColdSpringHarborLaboratoryPress、Plainview、NewYorkを参照のこと。細菌株を検出または鑑別するためのハイブリダイゼーション技術を包含する方法もまた包含される。これらとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:サザンブロット法例えば、VanEmbdenら1993J.Clin.Microbiol.31:406~409を参照のこと、シフト移動度アッセイshiftmobilityassay例えば、米国公開出願第20030219778号を参照のこと、オリゴヌクレオチドアレイを使用する配列決定アッセイ例えば、Peaseら1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA91:5022~5026を参照のこと、スポリゴタイピングspoligotyping例えば、Kamerbeekら1997J.Clin.Microbiol.35:907~914を参照のこと、FlourescentInSituHybridizationFISH例えば、Amannら1990J.Bacteriol.172:762~770を参照のことおよびヘテロ二本鎖追跡アッセイまたはヘテロ二本鎖移動度アッセイ例えば、Whiteら2000J.Clin.Micro.38:477~482を参照のこと。本発明はまた、サンプル内の本発明の核酸の存在を検出するためのキットも包含する。このようなキットは、例えば、食品もしくは出発培養物または共生物質を摂取した被験体において、存在するLactobacillus株の型決定または検出のために使用され得る。例えば、キットは、CRISPR遺伝子座の増幅のためのPCRプライマーならびにDNA増幅における使用のためのポリメラーゼおよび他のPCRの材料を備え得る。キットはまた、RFLP分析における使用のための1種以上の制限酵素も備え得る。キットはまた、サンプル内の開示される核酸配列を検出し得る標識化合物または標識薬剤、およびサンプル内の開示される核酸配列の量を決定するための手段例えば、本発明の核酸配列例えば、配列番号1~50に記載の配列のいずれかに結合するオリゴヌクレオチドプローブも含み得る。オリゴヌクレオチドに基づくキットについて、このキットは、例えば以下を備える:1開示される核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド例えば、検出可能な標識オリゴヌクレオチド、または2開示される核酸分子を増幅するために有用なプライマーの組。キットはまた、例えば、緩衝化剤、保存剤またはタンパク質安定化剤も含み得る。キットはまた、検出可能な因子例えば、酵素または基質を検出するために必要な構成要素も含み得る。キットはまた、コントロールサンプルまたは一連のコントロールサンプル陽性および陰性の両方も含み得、これらのコントロールサンプルは、アッセイされ得、そして含まれる試験サンプルと比較され得る。キットの各々の構成要素は、通常、個別の容器内に同封される。そして、種々の容器の全ては、使用のための説明書とともに単一の包装内にある。一実施形態において、キットは、アレイの形式による複数のプローブ例えば、米国特許第5,412,087号および同第5,545,531号ならびに国際公開第WO95/00530号これらは参考として援用されるに記載されるプローブを含む。アレイにおける使用のためのプローブは、国際公開第WO95/00530号に開示されるようにアレイの表面上に直接的に合成され得るか、またはアレイ表面上への固定化の前に合成され得るかのいずれかであるGait編1984OligonucleotideSynthesisaPracticalApproachIRLPress、Oxford、England。プローブは、当業者に周知の技術例えば、米国特許第5,412,087号に記載される技術を使用して、その表面上に固定化され得る。プローブは、核酸配列またはペプチド配列であり得、好ましくは精製され得る。アレイは、生物、サンプルまたは製品をスクリーニングし、Lactobacillus株間を鑑別するためか、またはLactobacillus種例えば、L.acidophilusNCFM登録商標の存在を確認するために使用され得る。捕捉プローブへの結合は、例えば、開示される核酸配列を含む核酸分子に付着した標識から生成されるシグナルにより検出される。この方法は、開示される核酸配列を含む分子と、複数の捕捉プローブを有する第一のアレイおよび複数の異なる捕捉プローブを有する第二のアレイとを接触させる工程を包含し得る。各々のハイブリダイゼーションの結果は、第一のサンプルと第二のサンプルとの間の含量における相違を分析するために比較され得る。第一の複数の捕捉プローブは、コントロールサンプル例えば、L.acidophilusNCFM登録商標を含むことが公知のサンプル由来であり得るか、またはコントロール被験体例えば、食品動物飼料または動物飼料栄養補助食品を含む、栄養補助食品、出発培養物サンプルまたは生物学的流体由来であり得る。第二の複数の捕捉プローブは、実験サンプル例えば、共生物質を摂取した被験体、出発培養物サンプル、食品または生物学的流体由来であり得る。これらのアッセイは、微生物の選択、および好ましくない物質の検出が必須である品質管理手順において、特に有用であり得る。特定のヌクレオチド配列の検出はまた、食品、発酵産物もしくは産業用微生物の遺伝的組成、または共生物を摂取した動物もしくはヒトの消化器系内に存在する微生物を決定することにおいて、有用であり得る。フラグメントおよび改変体本発明は、L.acidophilus、L.brevis、L.casei、L.delbrueckii由来のCRISPR遺伝子座のヌクレオチド配列またはその改変体およびフラグメントを含む単離された核酸分子を含む。核酸分子のフラグメントにより、ヌクレオチド配列の一部が意図される。核酸分子のフラグメントは、種々の細菌Lactobacillus種が挙げられる由来のCRISPR領域を検出および/または鑑別するためのハイブリダイゼーションプローブとして使用され得るか、あるいはCRISPR領域のPCR増幅におけるプライマーとして使用され得る。核酸のフラグメントはまた、マクロアレイまたはマイクロアレイとみなされ得るものを含む物理的な基板に結合され得る例えば、米国特許第5,837,832号および同第5,861,242号。このような核酸のアレイは、標的配列に対する十分な同一性で核酸分子を同定するために使用され得る。核酸分子により、DNA分子例えば、cDNAまたはゲノムDNAおよびRNA分子例えば、mRNAならびに、ヌクレオチド類似体を使用して生成されるDNA類似体またはRNA類似体が意図される。核酸分子は、単鎖または二本鎖であり得るが、好ましくは二本鎖DNAである。ヌクレオチドフラグメントは、上記のようなハイブリダイゼーションプローブまたはPCRプライマーとして使用され得る。CRISPR領域の核酸分子のフラグメントは、少なくとも約15、20、50、75、100、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、1900ヌクレオチドまたは本明細書に開示される全長CRISPR領域のヌクレオチド配列に存在する全ヌクレオチドの個数以下例えば、配列番号1についての1953を含む。ヌクレオチド配列の改変体が、本発明により包含される。改変体により、十分に同一な配列が意図される。したがって、本発明は、以下と十分に一致する単離された核酸分子を包含する:配列番号1~50に記載のヌクレオチド配列のいずれか、またはストリンジェントな条件下で、配列番号1~50に記載のヌクレオチド配列のいずれかもしくはその相補体にハイブリダイズする核酸分子。一般的に、配列番号1~50に記載のヌクレオチド配列のいずれかに対して、以下の配列同一性を有するヌクレオチド配列は、十分に同一であるとして、本明細書において定義される:少なくとも約45、55もしくは65の同一性、好ましくは少なくとも約70もしくは75の同一性、より好ましくは少なくとも約78、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89もしくは90の同一性、最も好ましくは少なくとも約91、92、93、94、95、96、97、98もしくは99の同一性。天然に発生する改変体は、集団例えば、L.acidophilusの集団内に存在し得る。このような改変体は、周知の分子生物学技術例えば、PCRおよび上記のハイブリダイゼーションを使用することにより同定され得る。合成により得られるヌクレオチド配列例えば、部位特異的変異誘発またはPCR媒介性変異誘発により生成される配列であって、依然として株の鑑別または検出を可能にする配列もまた、改変体として含まれる。1つ以上のヌクレオチド置換、付加または欠失は、これらの置換、付加または欠失が株を鑑別する能力に影響しないように本明細書において開示されるヌクレオチド配列に導入され得る。ここで、株の鑑別は、本明細書で開示される方法または当該分野において公知の方法のいずれかに基づき、これらの方法としては、RFLP、配列決定およびハイブリダイゼーションが挙げられるが、これらに限定されない。CRISPR反復領域の改変体の例は、配列番号2~7および配列番号37~48において見出され得る。配列同一性本発明により包含されるヌクレオチド配列は、特定の配列同一性を有する。配列同一性により、指定の比較ウィンドウwindowにより最大の一致について2つの配列を整列させる場合に、同一であるヌクレオチド残基が意図される。比較ウィンドウにより、最適な整列のための、2つのヌクレオチド配列の隣接するセグメントが意図される。ここで、第二の配列は、第一の配列と比較されるように、付加または欠失すなわち、ギャップを含み得る。一般的に、核酸アラインメントについて、比較ウィンドウは少なくとも20個の長さの隣接するヌクレオチドであり、必要に応じて、30、40、50、100、またはそれ以上の長さであり得る。当業者は、ギャップを含むことに起因する高い類似性を回避するために、代表的に、ギャップペナルティが導入され、そしてこれが一致の個数から減算されることを理解する。2つのヌクレオチド配列のパーセント同一性を決定するために、アラインメントが実行される。2つの配列のパーセント同一性は、比較ウィンドウにおいて2つの配列により共有される同一残基の個数の関数であるすなわち、パーセント同一性=同一残基の個数/全残基の個数×100。一実施形態において、配列は同じ長さである。下記の方法に類似する方法は、2つの配列間のパーセント同一性を決定するために使用され得る。これらの方法は、ギャップの許容を伴うか、または伴わないで使用され得る。数学的アルゴリズムが、2つの配列のパーセント同一性を決定するために使用され得る。数学的アルゴリズムの非限定的な例は、以下のアルゴリズムである:KarlinおよびAltschul1990Proc.Natl.Acad.Sci.USA87:2264のアルゴリズムKarlinおよびAltschul1993Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:5873~5877において、改良された;MyersおよびMiller1988CABIOS4:11~17のアルゴリズム;Smithら1981Adv.Appl.Math.2:482の局所的な相同性アルゴリズム;NeedlemanおよびWunsch1970J.Mol.Biol.48:443~453の全体的なアラインメントアルゴリズム;および、PearsonおよびLipman1988Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:2444~2448の局所アラインメントの探索方法。これらの数学的アルゴリズムに基づく、種々のコンピュータ実行は、配列同一性の決定を可能にするように設計されている。Altschulら1990J.Mol.Biol.215:403のBLASTNプログラムは、上記のKarlinおよびAltschul1990のアルゴリズムに基づく。本発明のヌクレオチド配列に相同なヌクレオチド配列を得るための探索は、BLASTプログラムスコア=100、ワード長さ=12により実行され得る。ギャップ付きアラインメントは、Altschulら1997NucleicAcidsRes.25:3389に記載されるGappedBLASTBLAST2.0におけるを使用することにより取得され得る。分子間のかすかな関連性を検出するために、PSI-BLASTが使用され得る。Altschulら1997上記を参照のこと。全てのBLASTプログラムについて、それぞれのプログラムの初期パラメーターが使用され得る。www.ncbi.nlm.nih.govを参照のこと。アラインメントはまた、目視により手動で実行され得る。パーセント配列同一性を決定するために使用され得る別のプログラムは、MyersおよびMiller1988上記の数学的アルゴリズムを使用するALIGNプログラムバージョン2.0である。ALIGNプログラムおよびBLASTプログラムに加えて、BESTFITプログラム、GAPプログラム、FASTAプログラムおよびTFASTAプログラムが、GCGWisconsinGeneticsSoftwarePackage、Version10AccelrysInc.、9685ScrantonRd.、SanDiego、CA、USAから利用可能の一部であり、そして配列アラインメントを実行するために使用され得る。好ましいプログラムは、NeedlemanおよびWunsch1970上記のアルゴリズムを使用するGAPバージョン10である。別に記載されない限り、本明細書で提供される配列同一性の値は、以下のパラメーターによるGAPバージョン10を使用することにより得られる値をいう:GAPウェイト50および長さウェイト3ならびにnwsgapdna.cmpスコアリングマトリクスを使用する同一性。他の同等なプログラムもまた使用され得る。同等なプログラムにより、任意の配列比較プログラムが意図される。このプログラムは、GAPバージョン10により生成される対応するアラインメントと比較される場合に、任意の2つの問題の配列に対して、同一のヌクレオチド残基の一致を有するアラインメントと同一のパーセント配列同一性とを生成する。以下の実施例は、例示として提供されるのであって、限定として提供されるのではない。実験実施例1.DNA分析反復DNAについて、AppliedMaths’Kodonsoftwarepackageを使用する反復および一致の分析により、LactobacillusacidophilusNCFM登録商標由来のゲノムDNA配列を分析した。CRISPR遺伝子座の特徴を有するとして、DNAポリメラーゼIpolAORF1550と推定上のホスホリボシルアミン-グリシンリガーゼpurDORF1551との間の1つの遺伝子間領域を同定した。この領域は、約2.4kbの長さであり、そして32塩基対のスペーサーにより区分される32回の完全な29塩基対の反復を含む図1および図2を参照のこと。CRISPR領域の多くの特徴が、図2において見出され得る。29塩基対の反復が強調される。反復の最初のヌクレオチドは、AまたはGのいずれかである。反復の最後のヌクレオチドは、反復番号21においてTからCに変わる。1つの不完全な逆方向反復が、最後の反復において下線により示される。最初の反復は、2つのA→Tの塩基置換を含む。第26番目の反復は、1つのC→Tの塩基置換を含む。2つの配列が、スペーサー領域において反復される:1つは2回反復され太活字かつ縁どり、そして1つは3回反復される太活字かつ大文字。第16番目のスペーサー領域は、その他のものと比べ、1塩基長い。実施例2.遺伝子間領域のPCRpolAとpurDとの間の遺伝子間領域全体予想される産物の大きさ=2582塩基対を増幅するように、プライマーを設計した。プライマーは、以下の2つである:各々の反応のために、PCR反応混合物AccuPrimeSuperMixII2×濃度25.0μl;各々のプライマー20μM1.0μl;テンプレート300ng/μl1μl;H2Oで全量を50.0μlにするを調製した。反応条件は、以下の条件であった:95°Cで5分間を1サイクル;95°Cで30秒間の第一工程と、54°Cで30秒間の第二工程と、68°Cで3分間の第三工程とを40サイクル;68°Cで7分間を1サイクル。このPCRを、16個のL.acidophilus株について実行した。以前に他の手段すなわち、PFGE、マイクロアレイ、16S配列決定などによりL.acidophilusNCFM登録商標と同一であると示された、全てのL.acidophilus株は、同じ大きさのPCRアンプリコンを生成した。以前にNCFM登録商標と異なることが示された、3つの株ATCC4356、ATCC4357および株Bは、異なる大きさのアンプリコンを示した。試験されたLactobacillushelveticus株、Lactobacillusgasseri株およびLactobacillusplantarum株は、PCR産物を生成しなかった。4つの株はPCR産物を生成しないことが見出された:L.acidophilusATCC521、L.acidophilus株F、L.acidophilus株GおよびL.acidophilus株H。これらの株を、同定のためにMIDILabsに送付し、以下のように同定された:6つの株についてのPCRの結果を図3Aに示す。異なる大きさのバンドは、数種の株のCRISPR領域において顕著な相違があることを示す。実施例3.PCR増幅方法は、Lactobacillusacidophilusの検出に特異的である実施例2に記載されるように、23種の細菌サンプルについてPCRを実行した。試験された全てのL.acidophilus株のPCR増幅は、PCRアンプリコンをもたらした一方で、試験された全ての他の種は、PCRアンプリコンをもたらさなかった図4を参照のこと。全ての試験された株を、16S配列決定を使用して確認した。それゆえ、この方法は、L.acidophilusに対し特異的である。実施例4.遺伝子間領域の制限消化各々の株についてより特色のあるパターンを生成するために、CRISPRのPCR産物を、10本~24本の間のバンドを生成した3種の酵素による制限消化に供した:AluI-10本のバンド;MseI-19本のバンド;Tsp509I-24本のバンド。AluI:6つのCRISPRのPCR産物を、AluIにより消化し、そして2アガロースゲル上で分離した図3B。3つの株ATCC4356、ATCC4357および株Bは、バンディングのパターンにおいて相違を示した。これらの結果は、これらの3つの株が固有であることを示唆する他の試験マイクロアレイ、トランスポザーゼ-PCR、PFGEの結果と一致するデータは示していない。MseI:6つのCRISPRのPCR産物を、MseIにより消化し、そして3アガロースゲル上で分離した図3C。Tsp509I:6つのCRISPRのPCR産物を、Tsp509Iにより消化し、そして3アガロースゲル上で分離した図3D。実施例5.PCR増幅とそれに続く酵素消化は、L.acidophilus株を鑑別し得る実施例2および4に記載されるように、14株のL.acidophilus株を、CRISPR遺伝子座の増幅および制限酵素消化の両方に供した。7つの異なるバンドパターンが生成され、この方法が株間を鑑別し得ることを示唆した図5を参照のこと。実施例6.PCR/消化の産物は、PFGEの結果と一致する実施例5において議論される14株のL.acidophilus株に対して、PFGEを実行した。PFGEの結果により、実施例2~5に記載されるPCR/消化方法を使用することにより得られた結果を確かにした図6を参照のこと。NCFM登録商標株およびLac-1株は、同一のPFGEおよびPCR/消化の結果を示したが、Lac-3およびATCC4356とは異なっていた。実施例7.他のLactobacillus種におけるCRISPR領域の同定実施例1に記載されるように、CRISPR配列について、他のLactobacillus種を分析した。CRISPR配列は、L.brevis、L.caseiおよびL.delbrueckiissp.bulgaricusにおいて見出された。反復配列を図7に示し、改変ヌクレオチドを主配列の下に示す。分析された領域内において、L.acidophilusでは32回の反復が存在し、L.brevisでは12回の反復が存在し、L.caseiでは21回の反復が存在し、そしてL.delbrueckiissp.bulgaricusでは17回の反復が存在した。実施例8.Lactobacillus種の株型決定L.delbrueckiissp.bulgaricusの全CRISPR領域を増幅するように、プライマーを設計した。実施例2に記載されるように、PCR反応混合物を調製し、そして10株のL.delbrueckiissp.bulgaricus株についてPCRを実行した。PCR産物を、実施例4に記載されるように、AluI、MseIおよびTsp509Iによる制限消化に供した。DNAをゲル電気泳動により分離し、そしてバンドパターンを分析した。異なるバンドパターンの検出は、L.delbrueckiissp.bulgaricusの異なる株の存在を示唆する。結論:NCFM登録商標内の固有なCRISPR領域の同定は、検出方法および鑑別方法の開発のための有望な発見である。試験された20株L.acidophilusとして指定されるのうち、16株が、設計されたプライマーによりCRISPR-PCRフラグメントを生成した。フラグメントが増幅されなかった4つの株は、MIDILabsにより、L.acidophilus特異的であるこのCRISPR遺伝子座の位置を増強されたものの誤認として確認された。残りの16株を、CRISPR-PCRフラグメントの制限分析に供し、12株が同一の制限パターンを有し、そして3株が固有のパターンを有することを明らかにした。これらの結果は、比較ゲノムマイクロアレイ分析、トランスポゼース-PCR分析およびPFGEにより独立に生成されたデータにより支持される。まとめると、比較的迅速かつ容易なCRISPR-PCR/制限分析は、試験される真に異なるL.acidophilus株に対して固有の切断パターンを生成した。この方法はまた、他のLactobacillus種L.brevis、L.caseiおよびL.delbrueckiiが挙げられるにおいても適用され得る。本明細書において言及される全ての刊行物および特許出願は、本発明が属する分野での当業者の技術レベルを指示する。各々の個別の刊行物または特許出願が、参考として援用されることを具体的かつ個別に示されるように、本明細書において、全ての刊行物および特許出願は、その同一の範囲まで参考として援用される。上記の発明は、明瞭な理解の目的のための例示および例として、多少詳細に記載されたが、特定の変更および改変が、添付の特許請求の範囲内において実施され得ることは明白である。"