"ガードネレラバジナリスGardnerellavaginailsの標的配列を、試料中に存在する場合に検出するための方法であって、a少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーであって、配列番号20および配列番号21からなる群から選択されるガードネレラバジナリスのvly遺伝子の標的領域の少なくともある部分にアニールするオリゴヌクレオチドプライマーを用意するステップと、b前記少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーを、生物学的試料と合わせるステップと、c前記試料中に前記標的配列部分が存在すれば、前記標的配列部分の増幅を引き起こす条件下に、前記試料を置くステップと、d増幅した標的配列の有無を決定するステップと、を含むことを特徴とする方法。少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号3~13、配列番号3~13の相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも70の配列類似性を共有する配列のうちの1つから選択される標的結合配列を有することを特徴とする請求項1に記載の方法。少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号3~13、配列番号3~13の相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも80の配列類似性を共有する配列のうちの1つから選択される標的結合配列を有することを特徴とする請求項1に記載の方法。少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号3~13、配列番号3~13の相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも90の配列類似性を共有する配列のうちの1つから選択される標的結合配列を有することを特徴とする請求項1に記載の方法。前記少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーは、オリゴヌクレオチドプライマーのセットであり、a第1の増幅プライマーは、配列番号3、6、8または11から本質的になる標的結合配列を有し、b第2の増幅プライマーは、配列番号4、7、9または12の結合配列から本質的になる標的を有する、ことを特徴とする請求項1に記載の方法。前記増幅は、鎖置換増幅SDA反応およびポリメラーゼ連鎖反応PCRからなる群から選択される増幅反応により達成されることを特徴とする請求項1に記載の方法。前記増幅は、直接的な検出、ポリメラーゼ連鎖反応PCR、インサイツハイブリダイゼーション、転写媒介増幅TMA、自家持続配列複製3SRローリングサークル増幅または核酸配列ベース増幅NASBAからなる群から選択される増幅反応または検出反応により達成されることを特徴とする請求項1に記載の方法。前記増幅プライマーは、ヘアピン、G-四量体、制限部位、またはレポータープローブにハイブリダイズする配列をさらに含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。前記レポータープローブは、検出可能な標識をさらに含むことを特徴とする請求項8に記載の方法。前記標識は、蛍光標識であることを特徴とする請求項9に記載の方法。前記増幅プライマーは、制限エンドヌクレアーゼの認識部位またはRNAポリメラーゼのプロモーターをさらに含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。内部増幅対照IACを増幅するステップをさらに含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。ガードネレラバジナリスGardnerellavaginails標的配列を検出するための方法であって、a生物学的試料を用意するステップと、bガードネレラバジナリスのvly遺伝子の標的領域であって、配列番号21および配列番号22からなる群から選択される配列を有するガードネレラバジナリスのvly遺伝子の標的領域のための1つまたは複数の増幅プライマーを、生物学的試料と合わせるステップと、c前記1つまたは複数の増幅プライマーと合わせた前記生物学的試料を、前記1つまたは複数の増幅プライマーが前記ガードネレラバジナリスのvly遺伝子の前記標的領域にハイブリダイズする条件下に置くステップと、d前記生物学的試料中のハイブリダイズした増幅プライマーの有無を決定するステップと、を含むことを特徴とする方法。前記1つまたは複数の増幅プライマーは、配列番号3~13およびそれらの相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも70の配列類似性を共有する配列のうちのいずれか1つの標的結合配列を有することを特徴とする請求項13に記載の方法。前記1つまたは複数の増幅プライマーは、配列番号3~13およびそれらの相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも80の配列類似性を共有する配列のうちのいずれか1つの標的結合配列を有することを特徴とする請求項13に記載の方法。前記1つまたは複数の増幅プライマーは、配列番号3~13およびそれらの相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも90の配列類似性を共有する配列のうちのいずれか1つの標的結合配列を有することを特徴とする請求項15に記載の方法。少なくとも1つの増幅プライマーは、検出可能な標識をさらに含むレポータープローブであることを特徴とする請求項13に記載の方法。前記検出可能な標識は、TAMRA、6ROXまたは6FAMであることを特徴とする請求項17に記載の方法。増幅反応または検出反応のためのキットであって、配列番号3~13およびそれらの相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも70の配列類似性を共有する配列のうちのいずれか1つの標的結合配列から本質的になる標的結合配列を有するオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするキット。増幅反応または検出反応のためのキットであって、配列番号3~13およびそれらの相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも80の配列類似性を共有する配列のうちのいずれか1つの標的結合配列から本質的になる標的結合配列を有するオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするキット。増幅反応または検出反応のためのキットであって、配列番号3~13およびそれらの相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも90の配列類似性を共有する配列のうちのいずれか1つの標的結合配列から本質的になる標的結合配列を有するオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするキット。増幅反応または検出反応のためのキットであって、配列番号3~13およびそれらの相補鎖のうちのいずれか1つの標的結合配列から本質的になる標的結合配列を有するオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするキット。GVを検出するための、GVが産生する毒素の測定および検出については、多くの記載がある。しかし、GVが産生する毒素とは対照的に、GVをその微生物自体に基づいて検出するための方法の探求は続いている。したがって、偽陰性の結果の可能性を減少させるアッセイが求められている。本明細書における参考文献の引用または論述を、そのような参考文献が本発明の先行技術であることを認めるものであると解釈してはならない。試料中のガードネレラバジナリスの有無を定性的および/または定量的に検出するための方法を本明細書に記載し、前記方法は、a本明細書に開示するいずれかの増幅プライマーの標的結合配列から本質的になる配列を有する第1の増幅プライマーを使用して、標的配列を増幅するステップと、b増幅した標的配列を検出するステップとを含む。特定の実施形態ではまた、本明細書に開示するいずれかの増幅プライマーの標的結合配列から本質的になる第2の増幅プライマーの使用も記載する。本明細書に記載するオリゴヌクレオチドを使用して、毒素、すなわち、バジノリジンおよび細胞溶解素/ヘモリジンを産生する遺伝子中に見出される、増幅した核酸配列を選択することによって、GVの存在を検出することができる。この点に関して、本発明者らは、この標的をvly遺伝子と呼ぶことに決めるに至った。しかしまた、文献では、GVの細胞溶解素遺伝子およびヘモリジン遺伝子も指している。これらが異なる遺伝子であるかまたは同じ遺伝子についての単に異なる名前であるか否かは、本明細書に記載する本発明にとって重要ではない。本明細書においては、標的配列を、vly遺伝子またはvly標的と呼ぶが、本発明の焦点となるのは、標的自体すなわち、前述の毒素のうちの1つを産生する遺伝子であり、遺伝子標的の名前ではない。出願人らは、特定の理論に縛られる意図はないが、これらの毒素は全て、同じ遺伝子により産生されると考えている。しかし、本発明は、その中に標的配列が位置するGV遺伝子の名前に制限されるものではない。一実施形態では、ガードネレラバジナリスの標的配列を検出するための方法を本明細書に開示する。この方法においては、少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプライマーであって、GVのvly遺伝子の少なくともある部分を増幅するオリゴヌクレオチドプライマーを用意し、増幅の後に、増幅した標的配列を検出する。GVのvly遺伝子の例として、配列番号1、2、23、24および25が挙げられる。vly遺伝子の高度に保存された領域が同定されている。本明細書に記載する14018株、14019株および49145株については高度に保存された配列が、vly遺伝子上のおよそ塩基対328~523の間の場所にある。好ましい実施形態では、標的配列は、vly遺伝子の高度に保存された領域である。14018株、14019株および49145株それぞれ、GenBank受託番号EU522486、EU522487およびEU522488に相当するについての高度に保存された標的vly遺伝子は、配列番号1、23および24である。配列番号2および25は、2つのクローンそれぞれ、T10およびT11についての高度に保存された標的vly遺伝子である。クローンは、GenBank受託番号EU697811およびEU697812を有する。クローン中の高度に保存された領域の場所は、およそ塩基対331~526にある。vly遺伝子は、株およびクローンの間で高度に保存されているが、株およびクローンの間で変異がある。vly遺伝子内に、好都合な標的領域があり、それら自体が高度に保存されている。1つのそのような標的領域を、図1に示し、また、配列番号20と同定する。配列番号20は、配列番号1の塩基対325~524である。vlyの3つの株の間では、配列番号20中の変異はない。しかし、図1は、GVの株とクローンとの間には、この標的領域中の小さな配列の変異があることを示している。配列は、3つの株全てについて同一であるが、各株についての配列を、図1に100、110および120として示す。配列番号21は、2つのクローンT10およびT11についての標的領域の配列であり、2つのクローンのそれぞれについて同一である。しかし、配列番号20と配列番号21との間には、小さな差がいくつかある。配列番号21の配列番号20に関するこれらの変異を、図1の130および140に示す。変異は、非常に少なく、好都合な標的配列中、196個の塩基対中7つの塩基対である。また、変異は、全てについて、配列の同じ場所にある。当業者であれば、変異が見出される標的領域上の場所には整列しないプライマーおよびプローブを設計することができる。図1から認められるように、vly遺伝子の高度に保存された標的領域は、上記で同定した種々の株およびクローンについて、実質的に同一である。標的領域のセンス鎖のみを、図1に示す。アンチセンス鎖はセンス鎖の相補鎖であるので、アンチセンス鎖は、図1に具体的に示さないが、図1に示す配列から分かる。図1の配列は、配列番号20および21よりも4ヌクレオチド長いが、これ以外は同一である。標的配列の末端におけるプライマーと標的との間の関係をより明らかに示すために、図1には、これらの追加のヌクレオチドを示している。この高度に保存された領域を選択し、検出のための機構を提供するように設計するオリゴヌクレオチドのプローブのセットを本明細書に記載する。プローブのセットを、いくつかの要因に基づいて設計し、最も重要な要因は、プローブのセットを使用するアッセイである。DNA配列またはRNA配列の検出のためのアッセイは、当技術分野で周知である。これらのアッセイは典型的には、何らかのタイプの増幅または何らかのタイプの画像法を使用して、標的DNAの存在を確認する。増幅反応の例として、PCRポリメラーゼ連鎖反応、SDA鎖置換増幅、TMA転写媒介増幅transcriptionmediatedamplificationおよびLCRリガーゼ連鎖反応ligasechainreactionが挙げられる。一実施形態では、検出のために選択する増幅機構は、SDAである。SDAは、等温増幅機構であり、したがって、温度サイクリングが関与しない。したがって、SDAのプローブのセットを、所定の狭い範囲内の標的融解温度Tmについて設計する。標的融解温度Tmは、少なくとも50パーセントのオリゴヌクレオチドが、その完璧な相補鎖にアニールする温度である。当業者であれば、オリゴヌクレオチド配列のTmは、配列中の塩基対の数および配列中の塩基のタイプにより決定されることを知っている。オリゴヌクレオチドを設計するためのこれらの指針は、当業者に周知であり、本明細書に詳細には記載しない。本発明の一実施形態では、SDAアッセイのためのプライマーおよびプローブの部分が、配列番号20により示すvly遺伝子の標的領域に相補的である。最初に、標的を変性させる。順方向プライマーおよびプローブが、変性させた標的のアンチセンス鎖に結合しすなわち、変性させた標的のアンチセンス鎖に相補的である、逆方向プライマーが、変性させた標的のセンス鎖に結合するように、プローブのセットを構成する。SDAのプローブのセットの一実施形態についての標的に結合するプライマーおよびプローブの部分が、vly遺伝子の高度に保存された部分上のそれらの場所と併せて、以下の表1に列挙されている。vly遺伝子の高度に保存された領域は、種々のGV株について事実上同一であるので、それぞれの株またはクローンについてのvly遺伝子の高度に保存された領域を別個には示さない。本明細書に記載するオリゴヌクレオチドのSDAのプライマー/プローブのセットは、遺伝子のこれらの部分に十分に相補的であり、これらの部分に選択的に結合する。本明細書に記載するSDAの実施形態の場合、オリゴヌクレオチドのプローブのセットは、左および右のバンパープライマーbumperprimer、左および右の増幅プライマー、ならびにプローブを有する。上記に示したように、左または順方向のプライマーおよびプローブは、vly遺伝子のアンチセンス鎖に結合し、逆方向または右のプライマーは、センス鎖に結合する。したがって、これらのプライマーおよびプローブが結合するvly遺伝子の部分は、配列番号3~7の標的結合配列に十分に相補的であり、それらの配列に対するプライマーおよびプローブのハイブリダイゼーションを促進する。プライマーおよびプローブは、それらにつながる追加のヌクレオチドまたは配列を有することができる。また、プローブは、それに添付した追加のイメージング用の部分も有する。これらの部分は、標的DNA配列の検出を促進する。そのようなオリゴヌクレオチドのプローブのセットを使用して、ほとんどのGV株の有無を決定するために、SDAアッセイを試料に対して実施することができる。例示的な一実施形態では、vly遺伝子のおよそ144個の塩基対の領域を、vly遺伝子のおよそ塩基対343からおよそ塩基対486のvly遺伝子のセクションの間において増幅する。本発明のその他の実施形態は、上記記載のvly遺伝子の領域に結合する、異なるオリゴヌクレオチド配列を使用する。プライマー/プローブのセットを、vly遺伝子のこの領域中に選択的に結合するのみならず、vly遺伝子配列の何らかの部分を増幅して、検出を行うように構成する。本明細書に記載するオリゴヌクレオチドは、変性させた標的核酸配列のセンス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかに十分に相補的であり、オリゴヌクレオチドが標的に結合するのを可能にする配列を有する。また、本明細書に記載するオリゴヌクレオチドは、単独でまたは組み合わせてのいずれかで使用して、vly遺伝子の核酸配列の増幅による検出を促進することもできる。一実施形態では、遺伝子の標的部分に対してTaqman登録商標リアルタイムPCRアッセイを実施するように、プローブを設計する。Taqman登録商標リアルタイムPCRアッセイのために使用する2つのプローブのセットの例を、それらのオリゴヌクレオチド配列の観点から記載する。PCRアッセイにおいては、順方向プライマーおよびプローブは、標的核酸のアンチセンス鎖に適切な条件下でハイブリダイズするのに十分に相補的であり、逆方向プライマーは、標的核酸のセンス鎖に適切な条件下でハイブリダイズするのに十分に相補的である。図2は、表2に記載したプライマーおよびプローブの結合する場所を、標的配列のセンス鎖に関して示す配列のボックスで示した部分により、ボックスと関連がある特異的なプライマー/プローブの場所を示す。さらに別の実施形態では、オリゴヌクレオチドを、試料中のGVの有無を検出するための方法において使用することができる。さらなる実施形態では、この方法は、核酸増幅反応中で標的配列に特異的な1つまたは複数のオリゴヌクレオチドを使用して、試料を処理するステップと、増幅された核酸生成物の有無を検出するステップとを含む。例示的な一実施形態では、SDAを、増幅反応として選択する。この実施形態の状況においては、SDAアッセイにおいて使用するのに適切であると本明細書に記載するオリゴヌクレオチドを、増幅プライマー、バンパープライマー、およびそのアッセイ中の検出体として組み合わせて使用する。別の実施形態では、キットを、GVの検出のために提供する。キットは、本明細書に記載するオリゴヌクレオチドであって、GVのvly遺伝子に選択的に結合し、その微生物の検出のために使用することができる標的配列を増幅することが可能であるオリゴヌクレオチドのうちの1つまたは複数を含む。キットは、オリゴヌクレオチドのうちの1つまたは複数および増幅アッセイを実施するための緩衝剤試薬を備える。キットの一態様では、SDAのためのオリゴヌクレオチドおよび試薬を提供することができる。この態様では、2つのオリゴヌクレオチドを、増幅プライマーとして提供し、2つのオリゴヌクレオチドを、バンパープライマーとして提供し、1つのオリゴヌクレオチドを、検出体として使用するために提供することができる。キットのさらに別の態様では、SDAのためのオリゴヌクレオチドを、乾燥したまたは液体のフォーマットで提供することができる。乾燥したフォーマットでは、試料および適切なSDA用緩衝液を添加して、アッセイを実施することができる適切な容器に、組成物を適用することができる。キットのさらに別の態様では、TaqmanPCRのためのオリゴヌクレオチドおよび試薬を提供することができる。この態様では、3つのオリゴヌクレオチドを提供する。3つのうち2つは、増幅プライマーであり、第3のオリゴヌクレオチドは、検出体として構成する。例示的な実施形態では、増幅反応または検出反応のためのキットは、配列番号3~13およびそれらの相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも70の配列類似性を共有する配列のうちのいずれか1つである標的結合配列を有するオリゴヌクレオチドを有する。その他の実施形態では、キットは、配列番号3~13およびそれらの相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも80の配列類似性を共有する配列のうちのいずれか1つである標的結合配列を有するオリゴヌクレオチドを有する。その他の実施形態では、キットは、配列番号3~13およびそれらの相補鎖ならびに配列番号3~13およびそれらの相補鎖と少なくとも90の配列類似性を共有する配列のうちのいずれか1つである標的結合配列を有するオリゴヌクレオチドを有する。その他の実施形態では、キットは、配列番号3~13およびそれらの相補鎖のうちのいずれか1つである標的結合配列を有するオリゴヌクレオチドを有する。また、本発明は、ガードネレラバジナリスの標的配列を検出するための方法も提供し、この方法は、a本明細書に開示する1つまたは複数の増幅プライマーを、GVについての標的vly遺伝子中の標的配列にハイブリダイズさせるステップと、b前記ハイブリダイズさせた増幅プライマーを検出するステップとを含む。この方法においては、少なくとも1つの増幅プライマーが、検出可能な標識をさらに含むレポータープローブである。検出可能な標識の例として、TAMRA、6ROXまたは6FAMが挙げられる。定義はいずれも、明確にするために提供するものであって、限定するためのものであるとみなしてはならない。記載がない限り、本明細書において使用する科学技術用語は、本発明が関係する当業者が一般に理解するのと同じ意味を有することを意図する。ガードネレラバジナリスGVの核酸配列の検出および/または定量化のための核酸増幅の方法およびアッセイを本明細書に記載する。本発明は、1つまたは複数のオリゴヌクレオチドであって、ガードネレラバジナリスの核酸配列に相補的であるかまたはガードネレラバジナリスの核酸配列にアニールするオリゴヌクレオチドを用意して、前記配列を増幅および/または検出する。本発明の一実施形態では、内部増幅対照IACを提供する。IACを、本発明の核酸増幅アッセイにおいて使用して、アッセイの条件が標的配列の増幅および/または検出に許容されるかどうかを決定することができる。オリゴヌクレオチドを、全てタイプの増幅反応、例えば、鎖置換増幅SDA、ポリメラーゼ連鎖反応PCR、リガーゼ連鎖反応、核酸配列ベース増幅NucleicAcidSequenceBasedAmplificationNASBA、ローリングサークル増幅RollingCircleAmplificationRCA、転写媒介増幅TMA、およびQBレプリカーゼに媒介された増幅QBReplicase-mediatedamplification等において使用することができる。本発明の方法は、微生物自体を検出するので、微生物自体ではなく微生物が産生する毒素例えば、バジノリジンを検出する先行技術の検出方法およびキットを使用する、ガードネレラバジナリスの検出のために使用される伝統的な方法よりも特に好都合である。アッセイの感度は、偽陰性の許容度に関係する。実際には試料が標的配列を含有するが、試験結果は陰性である場合、試験結果は偽陰性である。アッセイが検出できる標的配列の量がより少ないほど、アッセイはより高い感度を有する。アッセイの特異性は、偽陽性の許容度に関係する。実際には試料が標的配列を含有しないが、試験結果は陽性であるが、場合、試験結果は偽陽性である。したがって、アッセイがより特異的であるほど、偽陽性の結果のレベルはより低い。本発明のある実施形態によれば、IACを活用する、試料中のガードネレラバジナリスを検出するためのアッセイの結果を、表3の記載に従って解釈することができる。従来の増幅対照ACの代わりにおよび/または従来の増幅対照ACに加えて、IACを使用することができる。当業者であれば、従来のAC反応は、試験しようとする試料とは別個の反応混合物中で実施されることを理解する。従来のAC反応は、増幅試薬および標的DNAを含む。AC反応における標的DNAの増幅および/または検出が抑制される場合、標的配列が試験試料に存在しないことが指し示されるのは、反応中の阻害性のシグナルによるものである恐れがある。この形態の対照の反応は、有効であるが、最も望ましいものではない。AC反応は、別個に実施されるので、試験試料を含有する反応の条件を厳密には反映し得ない。本発明の方法は、IACを有し、対照の反応を、標的配列の増幅および/または検出と同一の空間的および時間的な条件下で実施し、それにより、人的エラーが最低限に留まるという点で、特に有用である。標的配列すなわち、ガードネレラバジナリスの配列にアニールする増幅プライマーを本明細書に記載する。IACを使用する実施形態では、IACにアニールする増幅プライマーを提供する。本発明のいくつかの実施形態では、表1または図1、3および4に記載したバンパープライマーまたはそのそれぞれの標的結合配列を、増幅プライマーとして使用することができる。本発明のいくつかの実施形態では、増幅プライマーを、本明細書の開示に従って、表1および2、または図1~4に記載した増幅プライマーから選ぶ。本発明の別の実施形態では、増幅プライマーを、本明細書の開示に従って、図1~4に記載した増幅プライマーの標的結合配列から選ぶ。増幅方法本明細書に開示するオリゴヌクレオチドを、当技術分野で公知の核酸増幅の任意の方法において使用することができる。適切な増幅方法として、これらに限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応PCR;文献を参照されたい例えば、特許文献1、特許文献2、特許文献3および特許文献4参照、鎖置換増幅SDA;文献を参照されたい例えば、非特許文献5、非特許文献6およびその開示全体が参照により本明細書に組み込まれている特許文献5を参照、好熱性鎖置換増幅thermophilicStrandDisplacementAmplificationtSDA;文献を参照されたい例えば、特許文献6参照、自家持続配列複製Self-SustainedSequenceReplication3SR;文献を参照されたい例えば、非特許文献7参照、核酸配列ベース増幅NASBA;文献を参照されたい例えば、特許文献7参照、Qβレプリカーゼ系文献を参照されたい例えば、非特許文献8参照;リガーゼ連鎖反応LCR;文献を参照されたい例えば、特許文献8参照;ローリングサークル増幅文献を参照されたい例えば、非特許文献9参照、ならびに転写ベース増幅transcriptionbasedamplification文献を参照されたい例えば、非特許文献10参照が挙げられる。本発明の増幅プライマーを使用して、PCR、SDAまたはtSDAを実施することができる。伝統的に、核酸増幅の技法は、増幅プロセスの温度要件に従って分類される。等温増幅は、高い温度と低い温度との間におけるサイクリングを必要とする増幅とは対照的に、一定温度で実施する。等温増幅の技法の例は、SDA、3SR、Qβレプリカーゼ系、ならびに文献例えば、特許文献9および特許文献10参照に開示されている技法である。温度サイクリングを必要とする技法の例は、PCR、LCR、転写ベース増幅、および制限増幅restrictionamplification例えば、特許文献11参照である。SDAは一般に、以下の経路に沿って進行する。第1に、増幅プライマーが、標的配列に結合するか、またはこれまでに重合している、置換された一本鎖伸長生成物に結合する。第2に、5’-3’エキソヌクレアーゼ欠損ポリメラーゼが、α-チオデオキシヌクレオシド三リン酸α-チオdNTPを、伸長生成物中に組み込む。例えば、α-チオdNTPがα-チオdCTPである場合、α-チオdCTPは、鋳型中に相補的なG残基がある限りその場所で、伸長生成物中に組み込まれる。制限エンドヌクレアーゼの認識部位における伸長生成物中へのα-チオdNTPの組込みにより、半修飾されたhemimodified部位、すなわち、伸長生成物鎖上のみにおいて修飾された部位が生み出される。次いで、制限エンドヌクレアーゼが、半修飾された二本鎖の制限部位に切れ目を入れる。次に、制限エンドヌクレアーゼが、切れ目の部位から解離する。最後に、5’-3’エキソヌクレアーゼ活性が欠損しているポリメラーゼにより、切れ目の3’末端から伸長し、下流のDNA鎖を置換する。切れ目からの伸長部が、切れ目を入れることが可能な別の制限部位を再生するので、切れ目を入れること、鎖の伸長、および鎖の置換が、同時かつ連続的に生じる。一対の増幅プライマーであって、それぞれが、標的配列を含む二本鎖の二重鎖の2つの鎖のうちの1つにハイブリダイズする増幅プライマーを使用する場合、増幅は指数関数的であり、その理由は、センス鎖およびアンチセンス鎖の両方が、増幅の各回において鋳型として働くからである。単一の増幅プライマーを使用する場合、増幅は線形であり、その理由は、1つの鎖のみが、プライマーの伸長のための鋳型として働くからである。α-チオdNTPが組み込まれると、それらの二本鎖の認識部位に切れ目を入れる、SDAに適している制限エンドヌクレアーゼの例として、BsoB1、BsrI、BstNI、BsmAI、BstOI、Bs1I、AvaI、HincIIおよびNciIが挙げられる。SDAは、文献例えば、特許文献5、特許文献12および特許文献13参照にさらに記載されており、それらの全体が、参照により本明細書に組み込まれている。SDAアッセイは、これらに限定されないが、伝統的なまたは従来のSDAそれぞれが、参照により本明細書に組み込まれている文献例えば、非特許文献11、特許文献14、特許文献15および特許文献16参照に記載されている、好熱性SDASDA、それぞれが、参照により本明細書に組み込まれている文献例えば、非特許文献12、特許文献13および特許文献16参照に記載されている、ならびに均一リアルタイム蛍光好熱性SDA参照により本明細書に組み込まれている文献例えば、特許文献17参照に記載されているであり得る。試薬、ピペット操作デバイスおよび実験室表面中のこれまでの増幅反応から持ち越された増幅生成物による相互汚染を、伸長生成物中に種々の残基を組み込むことによって低下させることができる。例えば、文献例えば、特許文献18参照の教示に従って、チミンを、2’-デオキシウリジン5’三リン酸dUで置換することができる。増幅生成物中に組み込まれているdUの切除が、ウラシルDNAグリコシラーゼUDGにより触媒され、この反応により、dUを含有する増幅生成物のさらなる増幅が不可能になる。適切であれば、UDG自体を不活性化して、増幅を継続することができる。tSDAの場合には、プライマーおよびそれらの標的配列を、好ましくは、それらのGC含有量が全ヌクレオチド組成の70未満となるように選択して、標的の増幅効率を制限する恐れがある二次構造の相互作用およびプライマー間の相互作用を最小限に留める。tSDAに適切な増幅プライマーは、プローブの3’末端から5’末端の順番に、標的結合配列、制限エンドヌクレアーゼの認識部位、およびテールを含む。標的結合配列は、標的核酸の相補配列に特異的にハイブリダイズする。文献例えば、非特許文献5および非特許文献6参照により記載されているように、制限エンドヌクレアーゼの認識部位は、認識部位の半修飾されると、DNA二重鎖の1つの鎖に切れ目を入れる制限エンドヌクレアーゼにより認識される。tSDAの間に、増幅プライマーの残部に切れ目が入り、置換されると、5’テールは、ポリメラーゼのリプライミング部位として機能する。テールのリプライミングの機能により、tSDA反応が維持され、単一の標的分子からの複数のアンプリコンの合成が可能になる。テールが、切れ目が入った後に、標的にハイブリダイズした状態を維持し、標的結合配列またはその他のプライマーのいずれかにハイブリダイズする配列を含有しないならば、テール領域の長さおよび配列は変化し得る。いくつかの増幅方法、例として、tSDAは、バンパープライマーまたは外部プライマーを使用して、プライマーの伸長生成物を置換する。バンパープライマーまたは外部プライマーは、増幅反応中の増幅プライマーおよびその伸長生成物を置換するために使用するプライマーである。バンパープライマーは、増幅プライマーの上流の標的配列にアニールし、したがって、バンパープライマーの伸長により、下流の増幅プライマーおよびその伸長生成物が置換される。あるいは、プライマーの伸長生成物を、加熱することによって置換してもよい。増幅プライマーの上流にあり、増幅プライマーの結合部位に十分に近く、バンパープライマーの伸長時に、増幅プライマーの伸長生成物を置換する標的配列のいずれかに、バンパープライマーはハイブリダイズすることができる。バンパープライマー配列と標的配列との間のミスマッチは一般に、バンパープライマーが標的配列に依然としてハイブリダイズするならば、増幅効率に影響を及ぼさない。さらに、標的配列のその他の核酸に優先する増幅についてのSDA系の特異性は、標的核酸に対するハイブリダイゼーションについてのバンパープライマー複数可の特異性に依存しない。標的配列についてのSDA系の特異性は、増幅した生成物の検出のために使用するSDAのプライマーおよびプローブまたはオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションの忠実度に由来する。本発明に従って使用する増幅反応がtSDA反応である場合、使用することができるポリメラーゼとして、これらに限定されないが、exo-VentNewEnglandBiolabs、exo-DeepVentNewEnglandBiolabs、BstBioRad、exo-PfuStratagene、BcaPanvera、およびSequencingGradeTaqPromegaが挙げられる。その他ポリメラーゼを、前述の伸長アッセイを使用して日常的に同定することができる。ポリメラーゼであるTthBoehringer、TfiEpicentre、REPLINASEDuPontおよびREPLITHERMEpicentreは、切れ目から鎖を置換することが可能であるが、これらのポリメラーゼはまた、5’-3’エキソヌクレアーゼ活性も有する。これらのポリメラーゼは、エキソヌクレアーゼ活性を、例えば、遺伝子工学により除去した後に、本発明の方法に有用になる。好熱性の制限エンドヌクレアーゼの熱安定性は一般に、65°C未満に制限されるので、この温度付近またはこの温度未満で最適な活性を示す好熱性ポリメラーゼ例えば、BstおよびBcaが、反応中の好熱性の制限エンドヌクレアーゼに、より適合する。各構成成分を、乾燥させ、必要に応じて、当技術分野で公知の任意の技法を使用することによって水を加えて元に戻すことができるであろう形態に、本発明の構成成分を最適化することができる。参照により本明細書に組み込まれている文献を参照されたい例えば、非特許文献13参照。プライマーの設計増幅プライマーは、標的配列に対するハイブリダイゼーションの後のオリゴヌクレオチドの伸長によってか、または標的配列にハイブリダイズした場合に隣接する複数のオリゴヌクレオチドのライゲーションによって、標的配列を増幅するためのオリゴヌクレオチドである。増幅プライマーの少なくとも一部が、標的配列にハイブリダイズする。この部分を標的結合配列と呼び、この部分がプライマーの標的特異性を決定する。本発明において例示する標的結合配列はまた、GVの検出のための多様なその他の方法において使用することもできることを理解すべきである。例えば、代わって、本明細書に開示する標的結合配列を、事前の増幅なしでまたは増幅後のアッセイにおいて、GVの直接的な検出のためのハイブリダイゼーションのプローブとして使用してもよい。そのようなハイブリダイゼーションの方法は、当技術分野で周知であり、典型的には、標的結合配列と結合するまたは標的結合配列に連結する検出可能な標識を利用して、ハイブリダイゼーションの検出を促進する。増幅プライマーの設計を、それぞれの増幅方法について最適化することができる。増幅反応を推進するのに特別な配列も構造も必要としないので、ポリメラーゼ連鎖反応PCRのための増幅プライマーは、鋳型に結合する配列のみからなり得る。しかし、その他の増幅反応は、反応が進行するためには、標的結合配列に加えて、特殊化したヌクレオチド配列を必要とする。例えば、SDAアッセイにおいて使用するための増幅プライマーは、制限エンドヌクレアーゼの認識部位を、標的結合配列に対して5’にさらに含む文献を参照されたい例えば、特許文献12および特許文献5参照。また、増幅プライマーは、3’-OH基を含むこともでき、この基は、増幅プライマーの鋳型結合配列が標的配列にアニールすると、DNAポリメラーゼにより伸長可能になる。対照的に、自家持続配列複製3SRおよび核酸配列ベースアッセイNASBAのための増幅プライマーは、RNAポリメラーゼのプロモーターを、5’末端付近に含む。3SRアッセイは、文献例えば、非特許文献7参照に記載されている。プロモーターは、標的結合配列に付加され、鋳型の複数のRNAコピーの転写を導くことによって増幅反応を推進するために働く。標的結合配列に加えて、特定の増幅反応に必要となるそのような配列は、当技術分野で周知である。本発明の増幅プライマーおよびバンパープライマーを設計する際には、当技術分野で公知の一般的な懸念を考慮に入れるべきである。例えば、多数のGCリピートおよびATリピートを含む標的配列を、プライマーを設計するために使用する場合には、二量体の相互作用の可能性を最小限に留めて、プライマーの自己ハイブリダイゼーションを回避するように注意を払うべきである。自己と4つ以上の連続した結合を形成することまたはその他のプライマーと8つ以上の鎖間結合を形成することができるプライマーは一般に、回避すべきである。とりわけ、3’二量体を形成することができるプライマーは回避すべきであり、その理由は、プライマーの3’末端におけるハイブリダイゼーションは、一過性であっても、ポリメラーゼの作用によるプライマーの伸長をもたらし、プライマーを台無しにするであろうという理由からである。特定のコンピュータソフトウエアプログラム例えば、Oligo商標、NationalBiosciences,Inc.、Plymouth、Minnを、プライマーを設計する際に使用して、問題を回避することができる。また、プライマーの組合せもスクリーニングして、最適条件を得る。また、当技術分野で公知であるように、相補的な核酸配列および部分的に相補的な核酸配列のアニーリングまたはハイブリダイゼーションを、反応条件を調節して例えば、緩衝液の温度または塩含有量を調節する、厳密度を増加または減少させることによって得ることもできる。本発明は、開示する配列のそのような改変、および条件の任意の必要な調節を網羅する。緩衝液の条件に関連する情報を、全体が参照により本明細書に組み込まれている文献例えば、非特許文献14参照に見出すことができる。IACを展開する実施形態、すなわち、ダイプレクス増幅反応においては、増幅プライマーを、GV標的配列およびIAC配列の両方にハイブリダイズすることが可能であり、増幅プライマーがハイブリダイズする配列を増幅するように設計する。この状態を、GV標的配列とIAC配列との間で共有される核酸配列を使用することによって達成して、増幅プライマーを設計する。選択された増幅反応の性能に必要であれば、本明細書の開示に従って、その他の配列を増幅プライマーに場合により追加してもよい。例として、限定されないが、SDAアッセイにおいて使用するための増幅プライマーは一般に、3’鋳型結合配列、鋳型結合配列に対して5’の、切れ目を入れることが可能な制限エンドヌクレアーゼの認識部位、および制限エンドヌクレアーゼの認識部位に対して5’の、約10~25ヌクレオチド長のテール配列を含む。そのような増幅プライマーは、制限エンドヌクレアーゼBsoBIのための認識部位を含有することができ、この認識部位には、SDA反応の間に切れ目が入る。切れ目を入れることが可能な制限エンドヌクレアーゼのその他の認識部位が、BsoBIの認識部位の代わりになり得ることは当業者に明らかであろう。テール配列は、SDAのために使用する制限部位も、それ自体の標的結合配列またはその他のプライマー例えば、バンパープライマーのいずれかにアニールする配列も含有してはならない。いくつかの実施形態では、一対の増幅プライマーを使用し、それぞれのプライマーが、二本鎖の標的配列またはIAC配列の2つの鎖のうちの1つにアニールする。この場合には、増幅は指数関数的であり、その理由は、センス鎖およびアンチセンス鎖の両方が、増幅のその後の回において、反対のプライマーのための鋳型として働くからである。単一の増幅プライマーを使用する場合、増幅は線形であり、その理由は、1つの鎖のみが、プライマーの伸長のための鋳型として働くからである。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、配列番号3および4またはそれらのそれぞれの標的結合配列から本質的になるヌクレオチド配列を含む増幅プライマーを包含する。その他の実施形態では、本発明の方法は、少なくとも2つの増幅プライマーを包含し、第1の増幅プライマーは、配列番号3またはそのそれぞれの標的結合配列から本質的になるヌクレオチド配列を含み、第2の増幅プライマーは、配列番号4またはそのそれぞれの標的結合配列から本質的になるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、1つまたは複数のバンパープライマーを包含する。バンパープライマーは、増幅反応中の増幅プライマーおよびその伸長生成物を置換するために使用するプライマーである。バンパープライマーは、増幅プライマーの上流の標的配列にアニールし、したがって、バンパープライマーの伸長により、下流の増幅プライマーおよびその伸長生成物が置換される。また、バンパープライマーは、増幅プライマーとして機能することもできる。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、1つまたは複数のバンパープライマーを包含する。特定の実施形態では、バンパープライマーは、配列番号6または7を含む配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。一実施形態では、バンパープライマーは、配列番号6または7の部分的な配列または完全な配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。別の実施形態では、本発明の方法は、少なくとも2つのバンパープライマーを包含し、第1のプライマーは、配列番号6から本質的になるヌクレオチド配列を含み、第2のプライマーは、配列番号7から本質的になるヌクレオチド配列を含む。本明細書に記載するプライマー/プローブは、それらの標的結合配列に100相補的であるとして記載する。しかし、上記に記載した、プライマーの設計条件に基づくと、プライマーおよびプローブは、標的配列に、それらの領域とのプライマーおよびプローブの相補性が100未満であるにもかかわらず結合することができる。相補性の必要な程度は、結合条件の厳密度を含めた、多様な要因に依存する。利用する厳密度の条件に応じて、プライマーおよびプローブを、それらの配列中に異なる塩基を含み、依然として十分に相補的であり、標的領域に結合するように改変することができる。十分に相補的は、本明細書で使用する場合、70以上の相補性を含む。好ましい実施形態では、プライマー/プローブのそれらの標的配列に対する相補性は、プライマー/プローブの結合部分の長さにわたり、少なくとも80である。より好ましくは、プライマーおよびプローブのそれらの標的配列に対する相補性は、90以上である。標的配列標的または標的配列は、増幅および/または検出しようとするGV核酸配列を指す。標的または標的配列は、増幅しようとするGV核酸配列および任意の相補的な第2の鎖を含む。いくつかの実施形態では、標的配列は、一本鎖であってもまたは二本鎖であってもよく、二本鎖の場合、一方の鎖または両方の鎖のいずれかが、増幅プライマーに結合することができる。また、標的または標的配列は、アダプターオリゴヌクレオチドが認識するヌクレオチド配列すなわち、アダプター結合配列も含むことができる。本発明のプライマーは、GVのvly遺伝子の、配列番号1、2および23~25中に同定する領域にアニールするように設計する。標的配列は、好ましくは、配列番号20および21中に同定する標的領域である。内部増幅対照内部増幅対照、IACまたはIAC配列は、増幅プライマーにアニールする配列および標的配列とは別個に検出することができる配列を含む核酸配列を指す。当技術分野で公知の任意の検出方法を利用することができる。本発明に従って、核酸配列を、GV標的配列と共有するように、IAC配列を設計し、したがって、同じ増幅プライマー複数可が、IAC配列が試料中に存在する場合には、IAC配列および標的配列の両方を増幅することができる。また、GV標的配列とは異なるいくつかの核酸配列を有するようにも、IAC配列を設計し、したがって、IAC配列の検出と標的配列の検出とを差別化することができる。IAC配列を、標的配列と同じ反応混合物中で増幅および/または検出するので、ダイプレクスアッセイは、人的エラー、または阻害性反応条件、例えば、阻害剤の存在もしくは重要な意味をもつ試薬の不在を検出する利点を有する。IACが、試験しようとする試料と同じ反応中に存在することよって、現在のモノプレックスmonoplexSDAアッセイが必要とするような別個の増幅対照反応の必要性が排除される。特定の作用機構に縛られる意図はないが、IACが標的配列と同じ反応中に存在することによって、本発明の増幅アッセイにより、反応の阻害剤および/または偽陰性の結果を示す恐れがある条件の存在を検出するのが可能になる。本明細書で使用する場合、偽陰性の結果は、標的配列が検出されないことを示す結果を指すが、そのような結果が示されるのは、試料中の標的配列の不在に起因するのではなく、しかし、人的エラーまたは反応条件、例えば、重要な意味をもつ反応要素の欠如もしくは反応の阻害剤の存在またはアッセイの実施における誤りに起因する。標的配列の増幅生成物とIAC配列の増幅生成物とを差別化する検出方法を使用する。一実施形態では、標的配列の増幅生成物およびIACの増幅生成物を、異なる色素で標識した検出プローブにより検出することができる。1つの例では、フルオレセインを使用して、標的配列の増幅生成物を検出し、ローダミンの蛍光を使用して、IACの増幅生成物を検出する。いくつかの実施形態では、IAC配列を、その3’末端または5’末端のいずれかが、GVのDNA配列と共通する配列を含有するように設計する。いくつかのその他の実施形態では、IACを、3’末端および5’末端の両方が、増幅プライマーが結合するDNA配列と共通する配列を含有するように設計する。また、IAC配列を、増幅しようとするGV標的配列とは異なる核酸配列を含むようにも設計し、したがって、IACの増幅生成物の検出と標的配列の検出とを差別化することができる。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、配列番号19から本質的になるヌクレオチド配列を含むIACを活用する。配列番号19は、検出体GVvlyACD2bがIAC標的に結合する領域を除いて、配列番号20および21好ましい標的結合配列に極めて類似することに留意されたい。本明細書においては、GVvlyACD2bを、配列番号22と同定する。検出体以外は、IAC標的についてのバンパーおよびプライマーは、SDAについてのバンパーおよびプライマーと同じである配列番号14~17。上記に記載したプライマーは、それらの標的結合配列に100相補的であるとして記載する。下記に記載するように、プライマーおよびプローブは、標的配列に、それらの領域とのプライマーおよびプローブの相補性が100未満であるにもかかわらず結合することができる。相補性の必要な程度は、結合条件の厳密度を含めた、多様な要因に依存する。利用する厳密度の条件に応じて、プライマーおよびプローブを、それらの配列中に異なる塩基を含み、依然として十分に相補的であり、標的vly遺伝子に結合するように改変することができる。十分に相補的は、本明細書で使用する場合、70以上の相補性を含む。好ましい実施形態では、プライマー/プローブのそれらの標的配列に対する相補性は、プライマー/プローブの結合部分の長さにわたり、少なくとも80である。より好ましくは、プライマーおよびプローブのそれらの標的配列に対する相補性は、90以上である。本明細書に記載するオリゴヌクレオチドは、十分に相補的であり、それらのそれぞれの部分の標的に結合しなければならないが、ある時点で、オリゴヌクレオチドの配列は、標的配列に対する相補性が低下し、その他の核酸配列に結合する恐れがあることが認識されている。したがって、オリゴヌクレオチドのプローブは、そのそれぞれの部分の標的と十分に相補的である状態を維持し、そのそれぞれの標的結合部位についての選択性を失わないことが望ましい。核酸の検出1つまたは複数の本発明のプライマーを使用して生成した増幅生成物を、当技術分野で公知の任意の方法により検出することができる。本明細書で使用する場合、増幅生成物は、増幅した標的配列および増幅したIAC配列の両方を含む。従来の技法を使用する、標識したプローブに対するハイブリダイゼーションにより、増幅生成物を検出することができ、例えば、1つのプローブは、増幅プライマー間に存在する配列において、増幅した核酸にハイブリダイズする。あるいは、増幅生成物を、それらの特徴的なサイズにより、例えば、電気泳動、続いて、核酸を可視化するための臭化エチジウム染色を行うことによって検出することもできる。さらなる選択肢として、標識した増幅プライマーも使用される。その上さらなる選択肢として、文献例えば、非特許文献5または非特許文献6参照による記載に従って、標識した増幅プライマー/内部プローブを、標的配列上で伸長する。別の実施形態では、文献例えば、特許文献19および特許文献20参照の記載に従って、標識したレポータープローブのハイブリダイゼーションおよび伸長により、検出を直接達成する。また、検出方法は、化学発光の方法も含み、文献例えば、特許文献21参照の記載に従って、ビオチン化した捕捉プローブおよび酵素をコンジュゲートした検出体プローブを使用して、増幅した生成物を検出する。これら2つのプローブを、2つの増幅プライマー結合部位の間の異なる部位でハイブリダイズさせた後、複合体を、ストレプトアビジンでコーティングしたマイクロタイタープレート上に捕捉し、化学発光シグナルを、発生させ、ルミノメーター中で読み取る。本発明ある実施形態では、検出方法は、標的の増幅生成物および存在する場合にはIACの増幅生成物の両方を検出し、検出した増幅生成物間で差別化を行うべきである。この目的を達成することが可能である当技術分野で公知の任意の方法を使用することができる。例えば、文献例えば、非特許文献12、特許文献13、特許文献14、特許文献22、特許文献19、特許文献23および特許文献24参照それらのそれぞれが、参照により本明細書に組み込まれているに開示されている検出方法を、本発明に従って使用することができる。別の実施形態では、核酸の検出のための普遍的なプローブおよび方法を使用する参照により本明細書に組み込まれている文献を参照されたい例えば、特許文献17参照。当技術分野で公知の多くのドナー/クエンチャー色素の対が本発明に有用である。これらとして、限定されないが、例えば、フルオレセインイソチオシアネートFITC/テトラメチルローダミンイソチオシアネートTRITC、FITC/TexasRed.MolecularProbes、FITC/ローダミンX、FITC/テトラメチルローダミンTAMRA、6-カルボキシフルオセイン6FAM/TAMRA、およびその他が挙げられる。特定のドナー/クエンチャーの対を選択することは重要な意味をもたない。エネルギー移動による消光機構のためには、ドナーの発蛍光団の放射波長が、クエンチャーの励起波長と重複することのみが必要であり、すなわち、2つの色素間に、効率的なエネルギー移動、電荷移動または蛍光の消光を可能にするのに十分なスペクトルオーバーラップがなければならない。P-ジメチルアミノフェニルアゾ安息香酸DABCYLは、非蛍光性のクエンチャー色素であり、この色素は、隣接する発蛍光団、例えば、フルオレセインまたは5-2’-アミノエチルアミノナフタレンEDANSからの蛍光を有効に消光する。本発明の検出プローブにおいて蛍光の消光をもたらす任意の色素の対を、消光が生じる機構にかかわらず、本発明のこの方法において使用することができる。また、末端および内部を標識する方法も当技術分野で公知であり、それらの方法を日常的に使用して、ドナーおよびクエンチャーの色素を、検出プローブ中のそれらのそれぞれの部位において連結することができる。本発明は、配列番号5、10または13および標識を含む一本鎖オリゴヌクレオチドである検出プローブを提供する。特定の実施形態では、標識は、オリゴヌクレオチドに連結する少なくとも1つの蛍光ドナー/クエンチャーの対を含み、蛍光部分は、TAMRAまたは6-FAMである。IACの場合、蛍光部分はROXである。いくつかの実施形態では、本発明は、ダイプレクス、均一、リアルタイム、蛍光、好熱性SDAtSDAを提供する。均一、リアルタイム、蛍光、好熱性SDAは、改変されたtSDAであり、このSDAは、核酸標的配列を、蛍光を消光する機構により検出する例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれている文献を参照されたい例えば、特許文献17参照。例えば、一実施形態では、検出プローブが、蛍光ドナー/アクセプターの対を含むことができ、したがって、蛍光の消光が、標的配列の不在下で生じる。特定の作用機構に縛られる意図はないが、検出プローブの、標的配列の増幅により生成される第2のオリゴヌクレオチドに対するハイブリダイゼーションが生じなければ、ドナーとクエンチャーとを空間的に密接に近接させ、その結果、ドナーの蛍光が消光する立体構造をプローブはとる。プローブは、折り畳まれ、秩序ある二次構造例えば、G-四量体、ヘアピンもしくは三重らせん、ランダムコイル、またはドナーとクエンチャーとを十分に密接に近接させて、蛍光の消光をもたらす任意のその他の立体構造をなすことができる。しかし、検出プローブが、第2のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすると、検出プローブの分子内で塩基対を形成する二次構造が開き、または直線化し、この変化により、ドナーとクエンチャーとの間の距離が増加し、それによって、蛍光の消光が低下するかまたは排除される。あるいは、検出プローブを、直鎖の検出プローブとして設計することができすなわち、検出プローブは、二次構造に折り畳まれない、ドナーとクエンチャーとの間の距離は、十分に短く、蛍光の消光をもたらす。この場合にはおよび場合により、本明細書に記載する非直鎖の検出プローブを使用する事例では、検出プローブはまた、蛍光ドナー/クエンチャーの対の間に、制限エンドヌクレアーゼの認識部位RERSも含有する。検出プローブと第2のオリゴヌクレオチドとの間の分子間における塩基対の形成により、RERSが二本鎖になり、それによって、制限エンドヌクレアーゼにより、切断可能または切れ目を入れることが可能になる。特定の作用機構に縛られる意図はないが、制限エンドヌクレアーゼによる切断または切れ目によって、ドナーとアクセプターとが別個の核酸断片上に分離され、この分離により、消光が減少する。本発明の方法に従って、蛍光パラメータの関連の変化例えば、ドナーの蛍光強度の増加、アクセプターの蛍光強度の減少、またはドナーの蛍光強度および/またはアクセプターの蛍光強度の比をモニターして、標的配列の存在を検出および/またはモニターすることができる。通常、ドナーの蛍光強度の変化をモニターするのが好ましく、その理由は、この変化が典型的には、アクセプターの蛍光強度の変化よりも大きいからである。また、その他の蛍光パラメータ、例として、蛍光寿命の変化を、本発明に従ってモニターしてもよい。キットまた、本発明は、GV核酸の増幅および/または検出のためのキットも提供し、これらのキットは、配列番号8~18またはそれらのそれぞれの標的結合配列から本質的になる1つまたは複数の増幅プライマー、およびそのようなプライマーを含有する少なくとも1つの容器を含む。キットは、場合により、IAC、アダプターオリゴヌクレオチドまたは検出プローブのうちのいずれか1つまたは複数を含んでもよい。キットは、ハイブリダイゼーションまたは増幅反応、例として、サザンハイブリダイゼーション、ドットブロットハイブリダイゼーション、PCRまたはSDAを実施するためのその他の構成成分および試薬をさらに含んでもよい。ハイブリダイゼーションによる検出の場合、ハイブリダイゼーションを実施するのに適切な溶液、例えば、0.3MNaCl、0.03Mクエン酸ナトリウム、0.1SDSを含むことができる。また、検出方法のための構成成分、例えば、第2のプローブ、放射標識、酵素の基質、抗体等を、キット中に含めることもできる。また、核酸増幅の方法に関して使用するのに適切な試薬も含むことができる。典型的には、本明細書において開示する方法の選択された特定の実施形態を実施するための指示を含めて、キットの構成成分を、共通の容器中に一緒に包装する。実施例SDAのプライマーのセットの設計GVについては、vly遺伝子の部分を、増幅アッセイによる標的とするために、配列決定し、特徴付けするに至った。このアッセイのために、以前には増幅アッセイのための標的とされたことがないGVゲノムの一部すなわち、vly遺伝子を選択した。GVゲノムのこのサブ領域を、現在のGenBankデータベース中で、GVの特異性について分析した。GVについてのvly遺伝子を、配列番号1、2および23~25により示す。表1に記載するように、GV標的配列を増幅するために、増幅プライマーを設計した。選択したオリゴヌクレオチド増幅プライマー、バンパープライマーおよびアダプターオリゴヌクレオチドがアニールするGVのvly遺伝子の領域の位置を、図1、3および4に示す。SDAのプライマーおよびプローブのセットの1つの例を、下記の表4に記載する。プライマー配列/プローブ配列の下線を引いた部分は、標的結合配列を示す。制限エンドヌクレアーゼの認識部位RERSの部位を太字で示す。3つのGV株を用いる感度試験GVのvlyのアッセイの感度を、検出限界LOD実験を実施することによって決定した。3つのGV株から単離されたゲノムDNAを試験し、LODを、各株について計算した。各標的レベルについて24回の反復を行い、BectonDickinsonCo.製のLOD計算機を使用して、データを分析した。データは、アッセイが、感度が高く、かつGVに特異的であることを示している。3つの株全てについて、DNAを、10mMTris、1mMEDTA、pH8.0中に希釈し、5分間沸騰させ、10分間放置して冷却した。DNAを、下記の表5に記載する溶出液中で、適切な作業希釈度まで希釈した。試験した標的レベルは、100、50、20、5、1および0コピー/反応c/rxnであった。試料159μLを、適切な延長用マイクロウエルに添加した。マイクロウエルプレートを、72°Cの加熱ブロックに移動させた。対応する増幅用マイクロウエルプレートを、54°Cの加熱ブロック上に置いた。次いで、マイクロウエルを10分間インキュベートした。予備刺激反応から、一定分量100μLのマイクロウエルの内容物を、増幅用マイクロウエルに移動させた。増幅用マイクロウエルの内容物を、3×50uLで混合した。増幅用マイクロウエルを密封し、マイクロウエルプレートを、FranklinLakes、NewJerseyのBectonDickinsonCo.により供給されたBDProbeTec商標ET計測器中に移動させた。最終的な反応条件は、以下の通りであった。外来のヒトDNAを伴わない、きれいな、非抽出系中の各株について計算した検出レベルLODは、以下の通りであった。であった。GVのvlyのアッセイの感度を、表7に示す。このアッセイは、試験した3つのGV株を検出することが可能である。データから、本発明に記載するSDAアッセイは、1反応当たり、ガードネレラバジナリスゲノムの少なくとも58コピーを検出することができ、この場合、95LODは、1反応当たり、ゲノムの55コピーとなるであろうことが示されている。交差反応性試験交差反応性のスクリーニングを実施した。34個の微生物から得られた核酸を、抽出し、ViperXTR機器上で試験した。それぞれについて、陰性の結果を得た。微生物を、ブロス培養液中で1マクファーランドまで増殖し、直接プレートをカウントすることによって定量した。細胞ペレットを、一定分量のブロス培養液を遠心分離することによって調製して、細胞を収集した。上清を廃棄した後、細胞ペレットを、-70°Cで保存した。この実験のために、細胞ペレットを、1mLの試料用希釈液中に再懸濁した。ViperXTR機器上でプロセスした後、各試料を、およそ2×l07CFU/反応で試験した。その濃度では、表9に列挙する微生物を、2つの微生物を除いて試験した。腟トリコモナスT.vaginalisは、ブロス培養液中で増殖し、直接カウントすることによって定量化し、2×l05細胞/反応で試験した。クラミジアトラコマティスC.trachomatisは、BGMK細胞中で培養し、超音波処理および分画遠心により収集し、免疫細胞化学的検査により定量した。クラミジアトラコマティスは、5×l06EB/反応で試験した。陽性対照の試料を、GVのゲノムDNAを1000コピー/mLの濃度まで希釈することによって調製して、陽性対照として使用した。未添加の試料用希釈液表8を、陰性対照として使用した。試料棚を、114°Cで15分間あらかじめ温め、次いで、室温で15分間冷却した。調製した試料を、FranklinLakes、NewJerseyのBectonDickinsonCo.製のViper商標XTR機器に移動させて、抽出および分析を行った。ViperXTRシステム中で、核酸を、試料から、磁気粒子を使用して抽出した。磁気粒子による分離によって、試料の非核酸性の構成要素が除去される。次いで、核酸を、磁気粒子から、表5に記載する溶液を使用して溶出した。次いで、溶出液を、SDAを使用して、上記の表4に記載するプローブのセットを用いて試験した。交差反応性パネルは、表9の微生物を含んでいた。結果から、検出された微生物は、GV陽性対照だけであったことが実証されている。その他の微生物は検出されず、このことにより、上記の表4に記載するSDAのプライマーのプローブのセットは、他の微生物と非常に低い交差反応性を有することが実証された。カンジダ属の6つの種に対する追加の交差反応性の試験臨床の場において、細菌性膣炎と膣カンジダ症とを識別することが可能であることが、臨床医にとって重要である。GVのSDAアッセイが、そうした識別に有用であることを実証するために、SDAアッセイを、カンジダ属の6つの医学的に関連性のある種から得られたゲノムDNAを用いて評価した。GVのSDAアッセイは、試験したカンジダ属の種のうちのいずれとも交差反応しなかった。具体的には、カンジダ属の6つの種から得られたゲノムDNAを、上記の実施例1に記載したGVのvlyのアッセイにおいて試験した。それぞれの標的について、6回の反復を行った。使用した微生物の種を、下記の表10に列挙する。DNAを、10mMTris、1mMEDTA、pH8.0中に希釈し、5分間沸騰した。溶液を、10分間放置して冷却した。次いで、DNAを、表5に記載する溶出液を使用して希釈した。試料159μLを、適切な延長用マイクロウエルに添加した。マイクロウエルプレートを、72°Cの加熱ブロックに移動させた。対応する増幅用マイクロウエルプレートを、54°Cの加熱ブロック上に置いた。次いで、マイクロウエルを10分間インキュベートした。延長反応から、一定分量100uLのマイクロウエルの内容物を、増幅用マイクロウエルに移動させた。増幅用マイクロウエルを密封し、マイクロウエルプレートを、FranklinLakes、NewJerseyのBectonDickinsonCo.により供給されたBDProbeTecET計測器中に移動させた。引用した参考文献および均等物本明細書に引用する参考文献は全て、それぞれの個々の刊行物または特許もしくは特許出願の全体が全ての目的のために参照により組み込まれていることを具体的かつ個々に示すのと同じ程度に、それらの全体が全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれている。本発明の多くの改変形態および変更形態を、本発明の精神および範囲から逸脱することなく作製することができ、このことは、当業者には明らかである。本明細書に記載した特定の実施形態は、例示のためのみに提供し、本発明は、添付の特許請求の範囲により権利を与えられる均等物の完全な範囲と併せて、そのような特許請求の範囲の条項によってのみ限定されるものとする。"