"a配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列を含む核酸分子;b配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のコード領域を含むヌクレオチド配列;c配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列と少なくとも80の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子;d配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;e配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列と少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;及びfaからeのいずれかの相補体;からなる群から選択される単離された核酸分子。請求項1に記載の核酸分子を含むプラスミド。異種ポリペプチドをコードする核酸分子をさらに含む、請求項2に記載のプラスミド。請求項2に記載のプラスミドを含有する宿主細胞。細菌宿主細胞である、請求項4に記載の宿主細胞。a配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列を含むポリペプチド;b配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列と少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド;c配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列にコードされるポリペプチド;及びd配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列を含む核酸と少なくとも80同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされ、活性を保持しているポリペプチド;を含む群から選択された単離されたポリペプチド。異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項6に記載のポリペプチド。請求項6に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。ポリペプチドを作製する方法であって、前記ポリペプチドをコードする核酸分子が発現される条件下で請求項4に記載の宿主細胞を培養することを含み、前記ポリペプチドが、a配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列を含むポリペプチド;b配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169の核酸配列にコードされるポリペプチド;c配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列を有するポリペプチドと少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド;及びd配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169の核酸配列と少なくとも80の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされ、活性を保持しているポリペプチド;を含む群から選択される方法。試料中のポリペプチドの存在を検出する方法であって、ポリペプチドに選択的に結合する化合物に、前記試料を接触させることと、前記化合物が前記試料中の前記ポリペプチドに結合するかどうか判定することとを含み、前記ポリペプチドが、a配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169の核酸配列にコードされるポリペプチド;b配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169の核酸配列と少なくとも80の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされ、活性を保持しているポリペプチド;c配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列を含むポリペプチド;及びd配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列と少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド;を含む群から選択される方法。ポリペプチドに結合する化合物が抗体である、請求項10に記載の方法。試料中における請求項1に記載の核酸分子の存在を検出する方法であって、a前記核酸分子と選択的にハイブリダイズする核酸プローブ又はプライマーに、前記試料を接触させるステップ;とb前記核酸プローブ又はプライマーが、前記試料中の核酸分子に結合するかどうか判定するステップ;とを含む方法。試料が、mRNA分子を含み、かつ、核酸プローブと接触させられる、請求項12に記載の方法。FOS及び/又は他の複合糖質を代謝する、細菌の能力を増強する方法であって、生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、a配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列を含む核酸分子;b配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のコード領域を含むヌクレオチド配列;c配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列と少なくとも80の配列同一性を有し、そのポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列;d配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;及びe配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列と少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、前記ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列;を含む群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列を含む、方法。宿主の胃腸管でコロニー形成する細菌の能力を改変する方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、a配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列を含む核酸分子;b配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のコード領域を含むヌクレオチド配列;c配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列と少なくとも80の配列同一性を有し、そのポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列;d配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;及びe配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列と少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、前記ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列;を含む群より選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列を含む、方法。哺乳動物の胃腸管で有益な片利共生体の成長を刺激する方法であって、a配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列を含むポリペプチド;b配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列にコードされるポリペプチド;c配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170のアミノ酸配列と少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド;及びd配列番号:13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167又は169のヌクレオチド配列と少なくとも80の配列同一性を有するヌクレオチド配列にコードされ、活性を保持しているポリペプチド;を含む群より選択されるポリペプチドを発現する少なくとも1つの細菌を前記哺乳動物に導入することを含む、方法。野生型のラクトバシラス菌株と比較して、宿主の胃腸管でコロニー形成する改変された能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170に見出される1又は2以上の異種FOS関連ポリペプチドの過剰発現によるものである、ラクトバシラス菌株。1又は2以上の異種FOS関連ポリペプチドの不在下ではFOSを利用しない、請求項17に記載のラクトバシラス菌株。請求項17に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。野生型のラクトバシラス菌株と比較して、FOS及び/又は他の複合糖質を代謝する強化された能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記強化された能力が、配列番号:14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168又は170に見出される1又は2以上の異種FOS関連ポリペプチドの過剰発現によるものである、ラクトバシラス菌株。請求項20に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。調節制御エレメントを含む単離された核酸であって、a配列番号:173、174、175、353又は354のヌクレオチド配列;b配列番号:173、353又は354のヌクレオチド配列における、連続した少なくとも50ヌクレオチドの生物学的に活性な断片から本質的になるヌクレオチド配列;cストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、a又はbのヌクレオチド配列の相補体とハイブリダイズし、調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列;及びda又はbのヌクレオチド配列と少なくとも90の配列同一性を有し、調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列;を含む群より選択されたヌクレオチド配列を含む核酸。調節制御エレメントがFOS関連遺伝子の転写を活性化する、請求項22に記載の単離された核酸。調節制御エレメントがFOS関連遺伝子の転写を抑制する、請求項22に記載の単離された核酸。糖の存在下で発現を誘導することによって転写を調節する、請求項22に記載の単離されたヌクレオチド配列。糖がショ糖及びFOSからなる群より選択される、請求項25に記載の単離されたヌクレオチド配列。請求項22に記載の単離された核酸を含む単離されたヌクレオチド配列であって、作用可能に結合している目的異種ヌクレオチド配列の転写を調節するヌクレオチド配列。請求項27に記載の単離されたヌクレオチド配列を含む形質転換ベクター。詳細には、本発明は、配列番号:1~172配列番号:1~172のみに関して、核酸には奇数番号の配列番号を付しており、アミノ酸配列には、配列番号:1~172における偶数番号を付していることが理解されように示すヌクレオチド配列を含む、FOS関連ポリペプチドをコードする単離された核酸分子と、配列番号:1~172に示すアミノ酸配列をコードする単離された核酸分子とを提供する。さらに、配列番号:173、174、175、353、及び354に示すヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子も提供する。本明細書に記載の核酸分子によってコードされているアミノ酸配列を有する単離されているか、又は組換え体のポリペプチドも提供する。変種核酸分子、並びに、配列リストに記載するヌクレオチド配列及びアミノ酸配列に十分に同一なポリペプチドも本発明に包含される。さらに、これらのヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の断片と、それらに十分に同一な断片も包含される。本発明のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、又は本発明の配列にハイブリッド形成するヌクレオチド配列も包含される。配列番号:1~172のうちの奇数番号に示す、本発明のヌクレオチド配列は、開始部位上流の非コード領域を含む。したがって、配列番号:1~172のうちの奇数番号におけるコード領域を含むヌクレオチド配列も提供する。配列表、より詳細には配列番号:1~172のうちの奇数番号を調査することによってコード領域を同定することができるが、それらにおいては、ヌクレオチド配列の下に提供するアミノ酸翻訳によって、コード部分が示されている。組成物には、本明細書に記載する核酸分子の組換え体発現用のベクター及び宿主細胞もさらに含まれ、また、これらのベクターを含むトランスジェニック微生物群も含まれる。本発明のポリペプチドの組換え体を産生する方法、及びそれらの使用方法も含まれる。試料中における、本発明の核酸配列又はポリペプチド配列の存在を検出する方法及びキット、並びに、本発明のポリペプチドに結合する抗体もさらに含まれる。本発明の核酸は、他のラクトバチルス種、特に、さもなくばFOS又は他のFOS関連化合物を利用しないものを含めた他の乳酸菌などのプロバイオティック細菌に、より高いFOS利用能力を付与するのに有用である。そのようなプロバイオティック細菌におけるFOS利用能力の強化は、プロバイオティクスを摂取した対象、及びプロバイオティック細菌を投与された対象の胃腸管の中で、そのようなプロバイオティック細菌が他の細菌と競合する、或いはコロニー形成をする、或いは他の細菌に対する、個体数上のそれらの地位を維持する能力を強化するのに有用である。加えて、本発明の核酸は、FOSを利用する能力を有するものを得るために、他の細菌をスクリーニングする際のプローブとしても有用である。本発明のプローブによって同定され、本発明の配列のようなFOS関連配列を有することが判明している他の細菌詳細には乳酸菌、そして最も詳細にはラクトバチルス属における他の種は、ヒト対象又は動物対象に投与するためのプロバイオティック細菌として有用である。本発明は、アシドフィルス菌のフラクトオリゴ糖FOS関連分子に関する。これらの分子のヌクレオチド配列及びアミノ酸配列を提供する。これらの配列は、生物を改変して利点を促進するのに使用できる。FOS関連分子によって、FOS利用分子と、FOSによって誘導される分子とを意図する。FOS利用分子によって、何らかの方法で細胞によるフラクトオリゴ糖FOSの利用を促進するタンパク質を意図し、それらには、細胞によってエネルギー経路でさらに利用されるさらに小さい糖へのフラクトオリゴ糖又はその構成要素の分解を触媒する代謝経路分子又は異化経路分子;及び、代謝でさらに利用されるフラクトオリゴ糖の、細胞内への輸送を促進する輸送タンパク質が含まれるが、これらに限定されない。FOS利用分子は、例えば、配列番号:1、3、5、7、9、及び11に見出すことができる。FOSによって誘導される分子によって、FOSを利用している間に誘導される分子を意図する。本発明のFOS関連の分子には、一般に、アシドフィルス菌Lacidophilus由来のタンパク質分子、並びにそれらの変種及び断片が含まれる。FOS関連分子は、表1に記載の核酸分子と、それらによってコードされているポリペプチドとが含まれる。これらの新規のFOS関連タンパク質には、ATP結合タンパク質、溶質結合タンパク質、及びABC輸送体を含めた輸送系タンパク質;スクロースホスホリラーゼ;転写リプレッサー;ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼGARS;リボソームタンパク質;伸長因子タンパク質;キナーゼ;ATPアーゼ;トランスフェラーゼ;イソメラーゼ;脱水素酵素;アルドラーゼ;リガーゼ;ペプチダーゼ;シンターゼ;ホスファターゼ;及び、DNA結合タンパク質が含まれる。本明細書で使用する場合、遺伝子及び組換え体遺伝子という用語は、オープンリーディングフレームORF、とりわけFOS関連タンパク質をコードするものを含む核酸分子を指す。本発明の単離された核酸分子は、FOS関連タンパク質をコードする核酸配列と、配列番号:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170及び172に記載のアミノ酸配列以下、配列番号:1~172のうちの偶数と呼ぶをコードする核酸配列と、配列番号:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169及び171に記載の核酸配列以下、配列番号:1~172のうちの奇数と呼ぶと、これらの変種及び断片とを含む。本発明の単離された核酸分子はまた、配列番号:173、174、175、353及び354に記載の核酸配列を含む。本発明は、以下に記載するアンチセンス核酸分子も包含する。加えて、記載のヌクレオチド配列、並びにそれらの変種及び断片によってコードされている単離されたポリペプチド及びタンパク質も包含され、それらのポリペプチドを生成する方法も同様である。本発明に関しては、タンパク質とポリペプチドとが互換性をもって使用される。本発明のポリペプチドはFOS利用活性を有する。FOS利用活性は、標準的なアッセイ技法例えば実施例1を参照に従って、invivo又はinvitroで測定される生物活性又は機能活性を指す。一実施形態では、この活性は、さらに小さい糖へのフラクトオリゴ糖の分解を触媒する。別の実施形態では、この活性は、FOS関連分子を有する細胞の中へのフラクトオリゴ糖の輸送である。第3の実施形態では、プロモーター配列配列番号:173若しくはその断片限定されるものではないが、例えば配列番号:353及び354、又は、配列番号:174及び175に記載のカタボライト応答エレメントcre配列のうちの少なくとも1つを含む核酸配列を、異種遺伝子、及びそれらによってコードされているタンパク質の調節された発現に利用することができる。本発明によって包含される核酸組成物及びタンパク質組成物は、単離されているか、又は実質的に精製されている。単離されている又は実質的に精製されているによって、核酸若しくはタンパク質分子、又は生物学的に活性な断片若しくは変種が、天然の状態にある、それらの核酸又はタンパク質に、通常、付随して見出される成分を、実質的又は本質的に含まないことを意図する。そのような成分には、他の細胞物質と、組換え体生成における培地と、タンパク質又は核酸の化学合成に使用される様々な化学物質とが含まれる。本発明の単離されている核酸は、その核酸が由来した生物のゲノムDNA中で、注目している核酸に隣接している核酸配列5’又は3’末端に存在するコード配列などを含まないことが好ましい。しかし、これらの分子は、その組成物の基本特性に有害な影響を与えない塩基又は部分をいくらか追加して含んでもよい。例えば、様々な実施形態において、単離された核酸は、それが由来した細胞のゲノムDNAに、通常、付随している核酸配列を、5kb、4kb、3kb、2kb、1kb、0.5kb、又は0.1kb未満含有している。同様に、実質的に精製されているタンパク質は、乾燥重量で約30、20、10、5、又は1の混入タンパク質、又は非FOS関連タンパク質を有する。そのタンパク質が組換えによって生成されている場合には、培地が、そのタンパク質調製物の体積の30、20、10、又は5未満であることが好ましく、そして、そのタンパク質が化学的に生成されている場合には、その調製物は、乾燥重量で約30、20、10、又は5未満の化学前駆体、又は非FOS関連化学物質を有する。本発明の組成物及び方法は、アシドフィルス菌のFOS関連分子の機能を変調するのに使用することができる。変調する、変化させる、又は改変するによって、標的活性の上方制御、又は下方制御を意図する。本発明のタンパク質は、乳酸菌の能力を改変するのに有用であり、そのような細菌によって発酵された食物の栄養又は健康促進特性を改変するのにも有用である。本発明のヌクレオチド分子は、乳酸菌によって発現されるタンパク質の発現を変調するのに有用である。本発明のポリヌクレオチドからの発現の上方制御及び下方制御も包含される。上方制御は、多数の遺伝子コピーを提供することによって、或いは調節エレメントの改変によって発現を変調することによって、或いは転写又は翻訳の機構を促進することによって、或いは他の方法によって実現することができる。下方制御は、公知のアンチセンス技法及び遺伝子サイレンシング技法を用いることによって実現することができる。乳酸菌によって、エロコッカスAerococcus、カルノバクテリウムCarnobacterium、エンテロコッカス、ラクトコッカス、ラクトバチラス、ロイコノストックLeuconostoc、エノコッカスOenococcus、ペディオコッカスPediococcus、連鎖球菌、メリソコッカスMelissococcus、アロイオコッカスAlloiococcus、ドロシグラニュラムDolosigranulum、ラクトスフェラLactosphaera、テトラジェノコッカスTetragenococcus、バゴコッカスVagococcus、及びワイセーラWeissellaから選択された属の細菌を意図するHolzapfeletalAmJClinNutr73365S373SBergeysManualofSystematicBacteriologyVol21986WilliamsandWilkinsBaltimorepp10751079。ラクトバチルスによって、Lcasei、Lrhamnosus、Ljohnsonni、Lgasseri、Lacidophilus、Lplantarum、Lfermentum、Lsalivarius、Lbulgaricus、及び、WoodらHolzapfelWHNTheGeneraofLacticAcidBacteriaVol21995BrianJBWoodEdAspenPublishersIncによって概説された他の多数の種を含めるが、これら限定されないラクトバチルス属に属する任意の細菌を意味する。本発明のポリペプチド、又はそれらを発現する微生物は、栄養添加物又はサプリメントとして、また、乳製品及び発酵加工の添加物としても有用である。これらのポリヌクレオチドの配列、コードされているポリペプチド、及びそれらを発現する微生物は、チーズ、ヨーグルト、発酵乳製品、酸乳、及びバターミルクなどの乳から作られる製品の製造に有用である。本発明のポリペプチドを発現する微生物は、プロバイオティック生物でありうる。プロバイオティックによって、胃腸管を通過しても生き残っており、かつ、対象に対して有益な効果を有する、生きている微生物を意図する。対象によって、本発明のタンパク質を発現する微生物と接触する生物を意図する。対象は、ヒトを指す場合も、他の動物を指す場合もある。本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、乳から作られる製品を改変するのに有用である。これらの使用には、限定されるものではないが、対象の胃腸管でコロニー形成する細菌の能力を促進すること、胃腸管に滞留する有益な片利共生細菌の成長を刺激すること、及び、FOS化合物の発酵中に生成した産物を改変することが含まれる。本発明の核酸分子は、配列番号:1~172のうちの偶数番号に記載のアミノ酸配列を有するFOS関連タンパク質をコードする。本発明の単離された核酸分子は、本明細書に開示されているFOS関連ヌクレオチド配列、並びにそれらの断片及び変種に加えて、本明細書に開示されているFOS関連ヌクレオチド配列又はそれらの変種及び断片から得られた配列の全体又は部分とのハイブリッド形成によって、他の生物又は細胞から同定及び単離された相同DNA配列も包含する。断片及び変種本発明は、FOS関連タンパク質又はその変種及び断片を制御及びコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子を含み、さらに、それによってコードされているFOS関連タンパク質も提供する。FOS関連タンパク質によって、配列番号:1~172のうちの偶数に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質、並びにその断片、生物学的に活性な部分及び変種を意図する。ヌクレオチド又はタンパク質の断片によって、そのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の部分を意図する。核酸分子の断片は、FOS関連タンパク質をコードする核酸を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして、又はFOS関連核酸分子のPCR増幅又は変異誘発におけるプライマーとして用いることができる。核酸の断片は、物理的な基質に結合して、マクロアレイ又はマイクロアレイとみなせるものを構成することができる例えば、米国特許第5837832号;米国特許第5861242号;WO89/10977;WO89/11548;WO93/17126;米国特許第6309823号を参照。核酸のそのようなアレイは、遺伝子発現を研究するのに、又は標的配列に十分な同一性を有する核酸分子を同定するのに用いることができる。核酸分子によって、DNA分子例えば、cDNA又はゲノムDNA及びRNA分子例えば、mRNA並びにヌクレオチド類似体を用いて生成されるDNA類似体又はRNA類似体を意図する。核酸分子は、一本鎖でも、二本鎖でもよいが、二本鎖DNAであることが好ましい。FOS関連タンパク質のヌクレオチド断片は、生物学的に活性なタンパク質断片をコードするものでもよく、或いは、以下に記述するハイブリダイゼーションプローブ又はPCRプライマーとして用いてもよい。生物学的に活性なヌクレオチド断片は、本発明のヌクレオチド配列のうちの一配列の部分を単離し、FOS関連タンパク質がコードされている部分を発現し例えば、invitoでの組換え体発現によって、FOS関連タンパク質がコードされている部分の活性を評価することによって調製することができる。FOS関連核酸分子の断片は、少なくとも約15、20、50、75、100、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000ヌクレオチド、或いは、最大で、本明細書に開示されている、FOS関連完全長ヌクレオチド配列に存在するヌクレオチドの総数を含む例えば、配列番号:1では1314、配列番号:3では960など。本発明のヌクレオチド配列の断片は、FOS関連タンパク質の生物活性を保持するタンパク質断片をコードし、したがって、FOS利用タンパク質活性を保持するであろう。活性を保持するによって、配列番号:1~172のうちの偶数に開示する、FOS関連タンパク質活性の少なくとも約30、好ましくは少なくとも約50、より好ましくは少なくとも約70、さらにより好ましくは少なくとも約80を、その断片が有するであろうことを意図する。FOS利用活性を測定する方法は、当技術分野で周知である。機能アッセイの例としては、例えば、下記の実施例の項、又は使用の方法と題した項を参照のこと。アミノ酸配列の断片には、抗FOS関連抗体を産生する免疫原として使用するのに適したポリペプチド断片が含まれる。断片には、本発明の、FOS関連タンパク質のアミノ酸配列、又はその部分長タンパク質に十分に同一であるか、又はそれに由来するアミノ酸配列を含むペプチドであって、FOS関連タンパク質の少なくとも1つの活性を示すペプチドが含まれるが、これらのペプチドは、本明細書に開示されている完全長のFOS関連タンパク質より少ないアミノ酸を含む。通常、生物学的に活性な部分は、FOS関連タンパク質の活性の少なくとも1つを有するドメイン又はモチーフを含む。FOS関連タンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、連続した10、25、50、100、150、200アミノ酸の長さのポリペプチド、或いは、最大で、本発明のFOS関連完全長タンパク質に存在するアミノ酸の総数例えば、配列番号:2では415、配列番号:4では294などを含む。そのような生物学的に活性な部分は、組換え技法によって調製され、天然のFOS関連タンパク質の機能活性の1つ又は複数に関して評価することができる。本明細書で使用する場合、断片は、配列番号:1~172のうちの偶数における任意のものの、連続した少なくとも5アミノ酸を含む。しかし、本発明は、そのタンパク質における6、7、8、又は9アミノ酸より大きな断片の任意のものなど、他の断片も包含する。ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の変種も本発明に包含される。変種によって、十分に同一な配列を意図する。したがって、本発明は、配列番号:1~172のうちの偶数に示すFOS関連タンパク質をコードするヌクレオチド配列に十分に同一な単離された核酸分子、或いは、配列番号:1~172のうちの奇数の核酸分子、又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸分子を包含する。変種には、本発明のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチドも含まれる。さらに、本発明のポリペプチドは、配列番号:1~172のうちの偶数に記載のアミノ酸配列に十分に同一なアミノ酸配列を有する。十分に同一によって、あるアミノ酸配列又はヌクレオチド配列が、第2のアミノ酸配列又はヌクレオチド配列と比較して、十分な、又は最小限の数の等価又は同一のアミノ酸残基を含有しており、それによって、共通の構造ドメインの提供、及び/又は共通の機能活性の提示がされる。保存変種は、遺伝子コードの縮重によって異なる配列を含む。一般に、アミノ酸配列又はヌクレオチド配列は、標準的なパラメータを用いた、本明細書に記載のアラインメントプログラムの1つを用いて、それぞれ配列番号:1~172のうちの偶数のアミノ酸配列のいずれか、又は配列番号:1~172のうちの奇数のヌクレオチド配列のいずれかに対して、少なくとも約45、55、又は65の同一性、好ましくは約70又は75の同一性、より好ましくは約80、85、又は90、最も好ましくは約91、92、93、94、95、96、97、98、又は99の配列同一性を有する。当業者ならば、これらの値は、2つのヌクレオチド配列によってコードされているタンパク質の対応する同一性を判定するのに、コドン縮重、アミノ酸の類似性、リーディングフレームの位置付け、及び同様のものを考慮に入れることによって適切に調整できることを認識するであろう。本発明によって包含される変種タンパク質は、生物学的に活性であって、すなわち、天然タンパク質における望ましい生物活性、すなわち、本明細書に記載する、FOS利用活性を保持し続ける。活性を保持するによって、配列番号:1~172のうちの偶数に開示する、FOS関連タンパク質活性の少なくとも約30、好ましくは少なくとも約50、より好ましくは少なくとも約70、さらにより好ましくは少なくとも約80を、その変種が有するであろうことを意図する。FOS利用活性を測定する方法は、当技術分野で周知である。機能アッセイの例としては、例えば、下記の実施例の項、又は使用の方法と題した項を参照のこと。本発明のタンパク質の生物学的に活性な変種は、前者のタンパク質との相違が1~15アミノ酸残基という小さいものでもよく、6~10アミノ酸残基のもの、5アミノ酸残基という小さいもの、4、3、2、又は最小で1アミノ酸残基という小さいものなど、1~10アミノ酸残基という小さいものでもよい。自然発生の変種が集団例えば、アシドフィルス菌集団内に存在することもある。そのような変種は、以下に記述するポリメラーゼ連鎖反応PCR、及びハイブリダイゼーションなど、周知の分子生物学技法を用いることによって、同定することができる。合成によって得られたヌクレオチド配列、例えば、依然としてFOS関連タンパク質をコードしている、部位特異的変異誘発又はPCRに媒介された変異誘発によって生成された配列も、変種に含まれる。本明細書に開示するヌクレオチド配列又はアミノ酸配列に、1つ又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換、付加、又は欠失を導入して、それによって、コードされているタンパク質に置換、付加、又は欠失を導入することができる。付加挿入又は欠失トランケーションは、天然タンパク質のN末端又はC末端に行っても、或いは、天然タンパク質中の1つ又は複数の部位に行ってもよい。同様に、天然タンパク質中の1つ又は複数の部位で、1つ又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換を行ってもよい。例えば、保存的なアミノ酸置換を、予測されるアミノ酸残基、好ましくは非必須アミノ酸残基の1つ又は複数で行ってもよい。非必須アミノ酸残基は、あるタンパク質の野生型配列から、それの生物活性を変化させずに、変化させることができる残基であり、一方、必須アミノ酸は、生物活性に必要である。保存的なアミノ酸置換は、その際にそのアミノ酸残基が同様の側鎖を有するアミノ酸残基に置換されるものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で公知である。これらのファミリーには、塩基性側鎖例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン、酸性側鎖例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸、非荷電極性側鎖例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン、非極性側鎖例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン、ベータ分枝側鎖例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン、及び芳香族側鎖例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジンを有するアミノ酸が含まれる。そのような置換は、保存されているアミノ酸残基、又は保存されているモチーフ中に常在するアミノ酸残基がタンパク質活性に必須である場合、そのような残基には作製されないだろう。別法として、FOS関連コード配列の全長にわたって、又はその部分に、飽和変異誘発など、無作為に変異を生成することもできる。変異体は、組換え体発現して、FOS関連活性について、標準的なアッセイ技法を用いて検査することによって、生物活性を保有するものを求めて、スクリーニングすることができる。変異誘発及びヌクレオチド配列改変の方法は当技術分野で公知である例えば、KunkelProcNatlAcadSciUSA82488492KunkeletalMethodsinEnzymolMolecularBiology、及びそこに引用されている参考文献を参照のこと。自明のことであるが、変種をコードするDNA中に生成される変異は、リーディングフレームを破壊するものであってはならず、また、mRNAの二次構造を生成するかもしれない相補領域を生成しないものが好ましいであろう。欧州特許出願公開第75444号を参照のこと。注目しているタンパク質の生物活性に影響を与えない適切なアミノ酸置換に関する指導を、参照により本明細書に組み込まれている、DayhoffetalAtlasofProteinSequenceandStructureのモデルに見出すことができる。本発明が包含するタンパク質配列の欠失、挿入、及び置換は、タンパク質の特性に根本的な変化を生成しないと予測されるものである。しかし、置換、欠失、又は挿入の正確な影響を、事前に予測するのが困難である場合には、その影響が通常のスクリーニングアッセイによって評価されるであろうことを当業者は理解するであろう。すなわち、活性は、改変された配列の活性を、元の配列の活性に比較することによって、評価されることができる。本発明の変種ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、DNAシャッフルなど、変異誘発操作及び組換え体生成操作によって得られた配列も包含する。望ましい特性を有する新規のFOS関連タンパク質を生成するのに、そのような操作で、1つ又は複数の異なったFOS関連タンパク質のコード領域を用いることができる。この方法で、実質的な配列同一性を有し、invitro又はinvivoで相同組み換えしうる配列領域を含む、関連した配列のポリヌクレオチドの集団から、組換え体ポリヌクレオチドのライブラリーを生成する。例えば、酵素の場合におけるKmの増大など、注目している特性が改善されているタンパク質をコードする新規の遺伝子を得るために、このアプローチを用いて、本発明のFOS関連遺伝子と、既知の他のFOS関連遺伝子との間で、注目しているドメインをコードする配列モチーフをシャッフルすることができる。そのようなDNAシャッフルのストラテジーは当技術分野で公知である。例えば、StemmerProcNatlAcadSciUSA911074710751;StemmerNature370389391;CramerietalNatureBiotech15436438;MooreetalJMolBiol272336347;ZhangetalProcNatlAcadSciUSA9445044509;CramerietalNature391288291;並びに、米国特許第5605793号及び第5837458号を参照のこと。FOS関連タンパク質の変種は、FOS関連アゴニストミメティック、或いは、FOS関連アンタゴニストとして機能しうる。FOS関連タンパク質のアゴニストは、天然存在型のFOS関連タンパク質の生物活性に実質的に同一のもの、又はそれらのサブセットを保持しうる。FOS関連タンパク質のアンタゴニストは、例えば、FOS関連タンパク質を含む細胞シグナリングカスケードの下流又は上流のメンバーに競合的に結合することによって、天然存在型のFOS関連タンパク質の活性の1つ又は複数を阻害することができる。アゴニスト又はアンタゴニストのいずれかとして機能するFOS関連タンパク質の変種は、FOS関連タンパク質の変異体、例えばトランケーション変異体のコンビナトリアルライブラリーを、FOS関連タンパク質のアゴニスト又はアンタゴニスト活性に関してスクリーニングすることによって同定することができる。一実施形態では、FOS関連変種の多様化されたライブラリーが、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発で生成され、多様化された遺伝子ライブラリーによってコードされている。FOS関連変種の多様化されたライブラリーは、例えば、遺伝子配列に合成オリゴヌクレオチドの混合物を酵素的に連結し、それによって、FOS関連の潜在的な配列の縮重セットを、個々のポリペプチドとして、或いは、その中にFOS関連配列のセットを含有するさらに大きな融合タンパク質例えば、ファージディスプレイ用のセットとして発現することによって生成することができる。縮重オリゴヌクレオチド配列からFOS関連の潜在的な変種のライブラリーを生成するのに使用できる様々な方法がある。縮重遺伝子配列の化学合成は、DNA自動合成機で行うことができ、その後、合成遺伝子を適切な発現ベクターに連結する。遺伝子の縮重セットを使用することによって、所望のセットの潜在的なFOS関連配列をコードする配列すべてを1つの混合物中に準備することが可能となる。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当技術分野で公知である例えば、NarangTetrahedron393;ItakuraetalAnnuRevBiochem53323;ItakuraetalScience1981056;IkeetalNucleicAcidRes11477。さらに、FOS関連タンパク質コード配列の断片のライブラリーは、FOS関連タンパク質の変種のスクリーニングと、その後の選別とを行うための、FOS関連断片の多様化された集団を生成するのに用いることもできる。一実施形態では、FOS関連コード配列の二本鎖のPCR断片を、ニッキングが1分子当たりおよそ一度だけ起こるような条件下に、ヌクレアーゼで処理すること、二本鎖DNAを変性させること、異なったニッキング産物のセンス/アンチセンス対を含むことができる二本鎖DNAが形成されるようにDNAを再生させること、S1ヌクレアーゼ処理によって、再形成された二本鎖分子から一本鎖部分を除去すること、及びこの結果得られた断片ライブラリーを発現ベクターに連結することによって、コード配列断片のライブラリーを生成することができる。この方法によって、FOS関連タンパク質の、様々な大きさのN末端断片及び内部断片をコードする発現ライブラリーを得ることができる。点突然変異又はトランケーションによって作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする技法、及び選択された特性を有する遺伝子産物を得るためにcDNAライブラリーをスクリーニングする技法が、いくつか当技術分野で知られている。そのような技法は、FOS関連タンパク質のコンビナトリアル変異誘発によって生成された遺伝子ライブラリーの急速スクリーニングに適合させることができる。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするのに最も広範に使用されている技法はハイスループット分析になじみやすいものであるが、それらは、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクターにクローニングすること、この結果得られたベクターのライブラリーで適当な細胞を形質転換すること、及び所望の活性の検出によって、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離が促進される条件下にコンビナトリアル遺伝子を発現することを通常含む。再帰的アンサンブル変異誘発RecursiveensemblemutagenesisREMは機能を有する変異体の、ライブラリー中における頻度を増大する技法であるが、FOS関連変種を同定するのに、スクリーニングアッセイと組み合わせて、この技法を用いることができるArkinandYourvanProcNatlAcadSciUSA8978117815;DelgraveetalProteinEngineering6327331。調節配列本発明の実施形態は、配列番号:173、353、及び354に記載のヌクレオチド配列を含む調節エレメントをコードする単離されたDNAと、配列番号:174及び175に示すcreエレメントの一方又は両方を含む単離された核酸分子とを提供することが理解されよう。本明細書で使用する場合、調節エレメント又は調節ヌクレオチド配列は、核酸の発現を転写レベルで調節するすなわち活性化及び/又は抑制する任意のDNA配列であり、制御可能な転写プロモーター、オペレーター、エンハンサー、転写ターミネーター、及び、翻訳調節配列など、他の発現制御エレメントが含まれるものとする例えば、シャイン-ダルガルノコンセンサス配列、開始コドン、及び終止コドン。プロモーターによって、一般的にはTATAボックスを含むDNAの調節領域を意図するが、TATAボックスは、所与のコード配列に適した転写開始部位でRNA合成を開始するように、RNAポリメラーゼIIに指示できる。プロモーターは、通常はTATAボックスの上流、すなわち5’に位置し、上流プロモーターエレメントと呼ばれる他の認識配列も含むことがある。本明細書に開示の調節領域又はプロモーター領域のヌクレオチド配列が同定されているので、5’非翻訳領域にある別の調節エレメントを、本明細書に同定されている特定の調節領域又はプロモーター領域から単離、同定することは、当業者の技能の範囲内にあることが理解されよう。カタボライト応答エレメント、cre配列、又はcre様配列によって、カタボライト抑制に関与するシス作用DNA配列を意図する。核酸の転写を活性化する、本明細書に開示の調節エレメントは、核酸の転写を少なくとも50、より好ましくは、少なくとも100、150、200、又は場合によっては300増大させ、核酸の転写を抑制する、本明細書に開示の調節エレメントは、少なくとも25、より好ましくは、少なくとも35、50、60、75、又は場合によっては85、若しくはそれより大きく核酸の転写を抑制する。本発明の調節エレメント配列番号:173、353、及び354は、msmE遺伝子配列番号:1の5’側約0.2kbのDNAの中に位置し、msmE遺伝子の5’UTRの一部である。例えば、限定されるものではないが、配列番号:174及び175のcre配列のうちの一方若しくは両方、配列番号:353及び354、又は、それらに小さな付加、欠失、若しくは置換が導入されているもの、例えば、部位特異的突然変異誘発の結果として得られるもの、及び合成によって派生した配列を含めた、上記の配列よりさらに長いか、若しくは短い、配列番号:173の他の配列断片であって、FOS関連調節エレメントも有するであろう配列断片を調製できることが明らかであろう。それらのすべてが本発明に包含される。本発明の好ましい一実施形態では、調節エレメントをコードする単離されたDNAが、配列番号:173、353又は354として示す配列を有する。他の好ましい実施形態では、調節エレメントをコードする単離されたDNAの配列は、限定されるものではないが、配列番号:173のヌクレオチド1から249、配列番号:353のヌクレオチド1から204、及び配列番号:354の1から198として示す連続したセグメントを含めた、配列番号:173、353又は354として示すDNAの中にある連続したDNAセグメントに対応している。プロモーター又は調節ヌクレオチド配列の断片である核酸分子は、少なくとも15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200ヌクレオチド、又は、本明細書に開示する完全長調節ヌクレオチド配列に存在するヌクレオチド数までのすなわち、配列番号:173では249、配列番号:353では204、そして、配列番号:354では198ヌクレオチドを含む。プロモーター配列の調節活性を有する、それらの断片は、本明細書に開示する特定のプロモーター又は調節ヌクレオチド配列における、連続した少なくとも30、35、40ヌクレオチド、好ましくは、連続した少なくとも50ヌクレオチド、より好ましくは、連続した少なくとも75ヌクレオチド、さらにより好ましくは、連続した少なくとも100ヌクレオチドを含む。好ましい断片の長さは、目的に依存し、かつ、特定のプロモーター又は調節配列によっても異なるであろう。そのような断片のヌクレオチドは、通常、特定のプロモーター配列のTATA認識配列を含むであろう。そのような断片は、制限酵素を使用して、本明細書に開示する天然存在のプロモーターヌクレオチド配列を切断することによって;天然に存在するプロモーターDNA配列からヌクレオチド配列を合成することによって;或いはPCR技法の使用を介して入手することができる。例えば、MullisetalMethodsEnzymol155335350andErlichedPCRTechnologyを参照されたい。部位特異的突然変異誘発によって得られるものなど、これらのプロモーター断片の変種も、本発明の組成物に包含される。本発明の調節エレメントには、FOS関連分子をコードする核酸の発現を調節して、かつ本明細書に開示の調節エレメントを含むDNA配列に実質的に相同な配列を有するDNA分子、詳細には、配列番号:173、353、及び354として本明細書に開示する調節エレメントが含まれる。本発明の調節エレメントには、FOS関連分子をコードする核酸の発現を調節して、かつ、配列番号:173、353、及び354の中にあるDNA配列に実質的に相同な配列を有するDNA分子も包含する。この定義には、配列番号:173、353、及び354の中にある調節エレメント及び配列を含むDNA配列の天然の変種が含まれるものとする。本明細書で使用される場合、ヌクレオチド配列又はポリペプチドにおける2つの領域が実質的に相同であるとみなされるのは、それらの配列相同性が少なくとも約50、60、から70、通常は、少なくとも約75、好ましくは、少なくとも約80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99である場合である。調節エレメントには、本明細書に開示の調節エレメント、とりわけ、本明細書に配列番号:173、353、及び354として示す配列を有し、かつ、FOS関連分子をコードする核酸の転写を調節できる調節エレメントに少なくとも約75パーセント相同より好ましくは、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は、場合によっては99相同であるものが含まれる。他の種に由来する調節エレメントには、限定されるものではないが、本明細書において配列番号:173のヌクレオチド1から249、配列番号:353のヌクレオチド1から204、及び配列番号:354のヌクレオチド1から198として示す連続したセグメントを含めた、本明細書において配列番号:173、353、及び354として定義する調節エレメンの連続したセグメントに少なくとも約75パーセント相同より好ましくは、80、85、90、又は、場合によっては95相同であり、かつ、FOS関連分子をコードする核酸の転写を調節できるものも含まれる。本発明は、異種DNAに作用可能に関連している調節エレメントを含む組み換え体DNAも提供する。調節エレメントは異種DNAに作用可能に関連し、そのため、調節エレメントは異種DNAに機能的に連結され、それによって、異種DNAの転写を変化させることができる。調節エレメントは、通常、異種DNAの5’に配置されるであろうが、それが異種DNAに作用可能に関連している限り、異種DNAの3’に配置することもできる。調節エレメントと異種DNAとの間の距離に関しては、それら2つのDNAセグメントが相互に作用可能に関連している限り、いかなる特定の上限も、下限もない。異種DNAセグメントは、宿主細胞によって発現されることが好ましいいかなるタンパク質又はペプチドをコードするものでもよい。通常、異種DNAは、宿主細胞内でのタンパク質又はペプチドの発現に必要な調節セグメントすなわちプロモーターエレメントを含む。適切な異種DNAは、原核細胞由来のものでも、真核細胞由来のものでもよい。本発明の異種DNAによってコードされる例示的なタンパク質及びペプチドには、酵素、ホルモン、成長因子、及びサイトカインが含まれる。異種DNAは、FOS関連のタンパク質をコードするものが好ましい。別法として、アンチセンスRNAを発現するのに、異種DNAを用いることができる。通常、アンチセンスは、合成の小さいオリゴヌクレオチドを使用して、相補配列を含有する標的mRNAの機能を阻害することによって、遺伝子発現を阻害することを指す。MilliganJFetalJMedChem3619231937。遺伝子発現は、ワトソン-クリックの塩基対形成の法則に従った水素結合による、特異的なmRNA標的中にあるコードセンス配列へのハイブリッド形成を介して阻害される。アンチセンス阻害の機構は、外因的に投与されたオリゴヌクレオチドが標的遺伝子のmRNA及びタンパク質のレベルを低下させるというものである。MilliganJFetalJMedChem3619231937。HeleneCandToulmeJBiochimBiophysActa104999125;CohenJSEdOLIGODEOXYNUCLEOTIDESASANTISENSEINHIBITORSOFGENEEXPRESSIONCRCPressBocaRatonFlaも参照のこと。FOS関連配列に関して上述した通り、他の種における他の相同配列を単離するのに本発明の調節ヌクレオチド配列を用いることができる。これらの技法では、既知のプロモーターの全体又は一部をプローブとして使用し、これは、選択された生物に由来するクローニングされたゲノムDNA断片又はcDNA断片の一群すなわちゲノムライブラリー又はcDNAライブラリーに存在する他のプロモーターと選択的にハイブリッド形成する。配列同一性FOS関連配列は、保存されている機能的な特徴を有する、複数の分子ファミリーのメンバーである。ファミリーによって、十分なヌクレオチド同一性又はアミノ酸配列同一性を有する2つ以上のタンパク質又は核酸分子を意図する。極めて多岐にわたるグループを含有するファミリーは、サブファミリーに分割することができる。クランは、共通の先祖を有すると考えられるファミリーの一群である。クランのメンバーは、類似した三次構造を有することが多い。配列同一性は、指定の比較ウィンドウにおいて一致が最大となるように2つの配列を整列させた際、同一となるヌクレオチド残基又はアミノ酸残基を意図するものである。比較ウィンドウによって、2つのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の最適アラインメントのための連続したセグメントを意図し、この際、第2の配列は、第1の配列と比較して、付加又は欠失すなわちギャップを含有してもよい。通常、核酸アラインメントでは、比較ウィンドウは、連続した少なくとも20ヌクレオチドの長さであり、任意選択で、30、40、50、100、又はさらに長くとることもできる。アミノ酸配列アラインメントでは、比較ウィンドウは、連続した少なくとも6アミノ酸の長さであり、任意選択で、10、15、20、30、又はさらに長くとることもできる。当業者ならば、ギャップの包含によって類似性が高くなるのを回避するために、通常、ギャップペナルティーが導入され、一致の数から減算されることを理解している。ファミリーメンバーは、同一種のものでも、異なった種のものでもよく、相同なタンパク質を含むことができ、また、明確に異なったタンパク質を含むこともできる。ファミリーメンバーは、共通の機能特性を示すことが多い。相同体の単離は、本明細書に開示するアシドフィルス菌FOS関連核酸配列に対するそれらの同一性に基づいて、cDNA又はその部分をハイブリダイゼーションプローブとして用いて、以下に開示するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件における標準的なハイブリダイゼーション技法に従って行うことができる。2つのアミノ酸配列又はヌクレオチド配列の同一性の比率を判定するためにアラインメントを実施する。2つの配列の同一性の比率は、比較ウィンドウ中の2つの配列によって共有されている同一残基数の関数であるすなわち、同一性の比率=同一残基数/総残基数X100。一実施形態では、これらの配列が同じ長さである。2つの配列間における同一性の比率を判定するのに、以下に述べるものと同様の方法を用いることができる。これら方法は、ギャップを許容する場合にも、許容しない場合にも用いることができる。アラインメントは、手操作の点検によっても実施できる。アミノ酸配列の相違が保存的な置換による場合、同一性の比率を上方調整して、置換の保存的性質に関する修正を行うこともできる。この調節を行う方法は当技術分野で公知である。通常、保存的な置換は、完全な不一致ではなく、部分的な不一致として計算され、それによって、配列同一性の比率が増大する。2つの配列の同一性比率を判定するのに数学的アルゴリズムを用いることができる。数学的アルゴリズムの非限定的な例には、KarlinandAltschulProcNatlAcadSciUSA9058735877において修正されている、KarlinandAltschulProcNatlAcadSciUSA872264のアルゴリズム;MyersandMillerCABIOS41117のアルゴリズム;SmithetalAdvApplMath2482の局所アラインメントアルゴリズム;NeedlemanandWunschJMolBiol48443453の全体的なアラインメントアルゴリズム;及びPearsonandLipmanProcNatlAcadSciUSA8524442448の局所アラインメント探索法searchforsimilaritymethodがある。これらの数学的アルゴリズムに基づく様々なコンピューターインプリメンテーションが、配列同一性の判定を可能にするために設計されている。AltschuletalJMolBiol215403のBLASTプログラムは、上記のKarlinandAltschulのアルゴリズムに基づいている。本発明のヌクレオチド配列に相同なヌクレオチド配列を得るための検索は、スコア=100、語長=12で、BLASTNプログラムを用いて実施することができる。本発明のタンパク質又はポリペプチドをコードする配列に相同なアミノ酸配列を得るには、スコア=50、語長=3で、BLASTXプログラムを用いることができる。AltschuletalNucleicAcidsRes253389に記載されているように、ギャップつきBLASTを用いることによって、ギャップつきアラインメントを得ることもできる。分子間の疎遠な関連性を検出するのに、PSI-BLASTを用いることもできる。上記のAltschuletalを参照のこと。すべてのBLASTプログラムに、各プログラムのデフォルトパラメータを用いることができる。wwwncbinlmnihgovを参照のこと。配列同一性の比率を判定するのに使用できる別のプログラムに、ALIGNプログラムバージョン2.0があるが、これは、上記のMyersandMillerの数学的アルゴリズムを用いたものである。アミノ酸配列の比較を行う場合、このプログラムで、PAM120重み残基表を用い、ギャップ長ペナルティーを12、そしてギャップペナルティーを4とすることができる。ALIGN及びBLASTプログラムに加えて、BESTFIT、GAP、FASTA、及びTFASTAプログラムが、Wisconsin遺伝学ソフトウェアパッケージAccelrysInc9685ScrantonRdSanDiegoCaliforniaUSAから入手可能の一部であり、配列アラインメントを実施するのに使用できる。好ましいプログラムはGAPバージョン10であるが、このプログラムは上記NeedlemanandWunschのアルゴリズムを用いている。別段の記載がない限り、本明細書に提示する配列同一性値は、以下のパラメータでGAPプログラム、又は任意のその同等のプログラムを用いて得られた値を指す。すなわち、ヌクレオチド配列の同一性及び類似性には、ギャップ重みを50、ギャップ長重みを3として、nwsgapdna.cmpスコアリングマトリツクスを用い;アミノ酸配列の同一性及び類似性には、ギャップ重みを8、ギャップ長重みを2として、BLOSUM62スコアリングマトリツクスを用いる。同等のプログラムによって、GAPバージョン10によって生成された対応するアラインメントと比較した際に、問題となるいかなる2つの配列に関しても、等しいヌクレオチド残基一致又はアミノ酸残基一致と、等しい同一性比率とを有するアラインメントを生成するいかなる配列比較プログラムも意図する。相同配列の同定及び単離本明細書に記載のFOS関連ヌクレオチド配列、又はそれらの断片及び変種に対する配列同一性に基づいて同定されたFOS関連ヌクレオチド配列も、本発明によって包含される。cDNA又はゲノムライブラリーから、例えば、本発明の配列に実質的に同一な配列を同定するのに、PCR又はハイブリダイゼーションなどの方法を用いることができる。例えば、SambrooketalMolecularCloningLaboratoryManualandInnisetalPCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplicationsを参照のこと。そのようなcDNAライブラリー及びゲノムライブラリーを構築するための方法は、当技術分野で一般に知られており、さらに、上記の参考文献にも開示されている。ハイブリダイゼーション技法において、ハイブリダイゼーションプローブは、ゲノムDNA断片、cDNA断片、RNA断片、又は他のオリゴヌクレオチドである場合があり、また、本明細書に開示する既知のヌクレオチド配列の全体からなる場合も、一部からなる場合もある。さらに、32Pなどの検出可能な官能基、或いは、他の放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、又は酵素補助因子など、いかなる他の検出可能なマーカーで、それらを標識してもよい。ハイブリダイゼーション用のプローブは、本明細書に開示する既知のFOS関連ヌクレオチド配列に基づいた合成オリゴヌクレオチドを標識することによって生成することができる。さらに、既知のFOS関連ヌクレオチド配列又はコードされているアミノ酸配列中で保存されているヌクレオチド残基又はアミノ酸残基に基づいて設計された縮重プライマーも用いることができる。ハイブリダイゼーションプローブは、本発明のFOS関連ヌクレオチド配列、又はその断片若しくは変種における、連続した少なくとも約10、好ましくは約20、より好ましくは、50、75、100、125、150、175、200、250、300、350、又は400ヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列の領域を通常含む。様々な状件下で特異的なハイブリッド形成を実現するために、そのようなプローブはFOS関連タンパク質配列の間で独特の配列を含む。ハイブリダイゼーション用のプローブ調製物は、当技術分野で一般に知られており、参照により本明細書に組み込まれているSambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualに開示されている。一実施形態では、FOS関連タンパク質をコードする全ヌクレオチド配列を、新規のFOS関連配列及びメッセンジャーRNAを同定するプローブとして用いる。別の実施形態では、このプローブは、本明細書に開示するヌクレオチド配列の断片である。実施形態の一部では、ストリンジェントな条件下でこのプローブにハイブリッド形成するヌクレオチド配列の長さが、少なくとも約300、325、350、375、400、425、450、500、550、600、650、700、800、900、1000又はそれ以上のヌクレオチドでありうる。実質的に同一な配列は、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリッド形成するであろう。ストリンジェントな条件によって、その条件下で、プローブがその標的配列にハイブリッド形成する程度が、他の配列に対してより、検出可能に大きい例えば、少なくともバックグランドの2倍ものとなる条件を意図する。通常、ストリンジェントな条件は、少なくとも約60、65、70、好ましくは75の配列同一性を有するヌクレオチドが、通常、その条件下で相互にハイブリッド形成したまま残るような、ハイブリダイゼーション及び洗浄の条件を包含する。ストリンジェントな条件は、当技術分野で公知であり、CurrentProtocolsinMolecularBiology631636に見出すことができる。ハイブリダイゼーションは、典型的には約24時間以内、通常は約4から約12時間の間に起こる。ストリンジェントな条件は、配列に依存し、異なった状況では相違するであろう。本発明によって包含される相同体及びオーソログを得るのに、完全長の核酸配列を用いる場合も、部分的な核酸配列を用いる場合もある。オーソログによって、共通の祖先遺伝子に由来する遺伝子であって、種分化の結果として異なった種に見出される遺伝子を意図する。異なった種に見出された遺伝子は、それらのヌクレオチド配列、及び/又はそれらにコードされているタンパク質配列が、本明細書の他の場所で定義する実質的な同一性を共有する場合にオーソログであるとみなされる。オーソログの機能は、種相互で強く保存されていることが多い。プローブを用いる際、ストリンジェントな条件とは、塩濃度が約1.5MNaイオン未満、典型的には、pH7.0から8.3で、約0.01から1.0MNaイオン濃度又は他の塩であり、かつ、温度が短いプローブ例えば10から50ヌクレオチド用には少なくとも約30°C、そして、長いプローブ例えば50ヌクレオチド超用には少なくとも約60°Cである条件であろう。ハイブリダイゼーション後の洗浄は、特異性を制御する手段となる。最終洗浄溶液のイオン強度及び温度が、2つの重要因子である。完全長か、又はほぼ完全長の標的配列にハイブリッド形成する配列の検出では、ストリンジェントな条件下にある温度は、所定のイオン強度及びpHにおける、特定の配列の融点温度Tmより約5°C低く選択する。しかし、ストリンジェントな条件は、本明細書において別の方法で認定する所望の程度のストリンジェンシーに応じて、Tmより1°Cから20°Cの範囲で低い温度を包含するであろう。DNA-DNAハイブリッドでは、MeinkothandWahlAnalBiochem138267284の方程式:Tm=81.5°C16.6logM0.41GC-0.61フォルム-500/Lを用いてTmを判定することができ;式中、Mは一価陽イオンのモル濃度であり、GCはDNA中のグアノシン及びシトシンヌクレオチドの割合であり、フォルムはハイブリダイゼーション溶液中のホルムアミドの割合であり、そして、Lはハイブリットの長さを塩基対で表したものである。Tmは、相補的な標的配列の50が、完全に一致したプローブにハイブリッド形成する温度特定のイオン強度及びpHの下でである。ハイブリダイゼーション条件及び/又は洗浄条件のストリンジェンシーを変えることによって、異なった程度の相同性を有する配列を検出する能力を得ることができる。100同一の配列を標的にする相同プロービングには、不一致を許容しないストリンジェンシー条件を得なければならない。ヌクレオチド残基の不一致が起こるのを許容することによって、より低い程度の類似性を有する配列を検出することができる異種プロービング。不一致が1あるごとに、Tmが約1°C低下し、したがって、標的とする同一性比率を有する配列のハイブリダイゼーションを許容するように、ハイブリダイゼーション条件及び/又は洗浄条件を操作することができる。例えば、>90の配列同一性を有する配列が好ましい場合、Tmが10°C低下しているものとすることができる。2つのヌクレオチド配列は、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一である場合には、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリッド形成しないにもかかわらず、実質的に同一であるかもしれない。このような状況は、例えば、遺伝コードにおける最大限のコドン縮重を用いて核酸のコピーを生成した場合に起こるかもしれない。低ストリンジェンシー条件の例には、30~35ホルムアミド、1MNaCl、1SDSドデシル硫酸ナトリウム、37°Cの緩衝溶液を用いたハイブリダイゼーション、及び1×から2×SSC20×SSC=3.0MNaCl/O.3Mクエン酸3ナトリウム中、50~55°Cでの洗浄が含まれる。中程度ストリンジェンシー条件の例には、40から45ホルムアミド、1.0MNaCl、1SDS中、37°Cでのハイブリダイゼーション、及び0.5×から1×SSC中、55から60°Cでの洗浄が含まれる。高ストリンジェンシー条件の例には、50ホルムアミド、1MNaCl、1SDS中、37°Cでのハイブリダイゼーション、及び0.1×SSC中、60から65°Cでの洗浄が含まれる。任意選択で、洗浄緩衝液は、約0.1から約1のSDSを含みうる。通常、ハイブリダイゼーションの時間は、一般的には24時間未満、通常は約4から約12時間である。核酸のハイブリダイゼーション行うための詳細なガイドが、TijssenLaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiologyHybridizationwithNucleicAcidProbesPartIChapter2AusubeletaledsCurrentProtocolsinMolecularBiologyChapter2に見出される。SambrooketatMolecularCloningALaboratoryManualを参照のこと。PCRアプローチでは、対応するDNA配列を、任意の注目している生物から抽出されたcDNA又はゲノムDNAから増幅するPCR反応で使用するために、オリゴヌクレオチドプライマーを設計することができる。PCRプライマーは、長さが少なくとも約10ヌクレオチドであることが好ましく、また、長さが少なくとも約20ヌクレオチドであることが最も好ましい。PCRプライマーを設計する方法、及びPCRクローニングの方法は、当技術分野で一般的に知られており、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualに開示されている。InnisetaledsPCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplications;InnisandGelfandedsPCRStrategies;及びInnisandGelfandedsPCRMethodsManualも参照のこと。公知のPCR法には、対にされたプライマー、入れ子にされたプライマー、単一の特異的プライマー、縮重プライマー、遺伝子特異的プライマー、ベクター特異的プライマー、部分的な不一致を有するプライマー、及び同様のものを用いた方法が含まれるが、これらに限定されるものではない。アッセイ試料中における開示のポリペプチド及び/又は核酸分子の発現、並びにそれらにおける開示の活性を検出する診断アッセイを開示する。試料中における開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の存在又は不在を検出する方法の一例では、食物製品/乳製品/飼料産物、発端培養母、種子、原体/セット、濃縮、乾燥、凍結乾燥、凍結、培養された食物製品/乳製品/飼料産物、栄養補助食品、バイオプロセスを行っている発酵物、又はプロバイオティック物質を摂取した対象から試料を取得し、開示のポリペプチド又は核酸例えば、開示の核酸、又はその断片を含むmRNA又はゲノムDNAを検出できる化合物又は薬剤に上記試料を、開示の配列の存在が試料中に検出されるように接触させる。食物、サプリメント、培養、産物、又は対象からの試料から得られた結果は、対照の培養、産物、又は対象からの試料から得られた結果と比較することができる。開示のヌクレオチド配列を含むmRNA又はゲノムDNAを検出する薬剤の1つは、開示のヌクレオチド配列のmRNA又はゲノムDNAにハイブリッド形成できる標識されている核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、長さが少なくとも15、30、50、100、250、又は500ヌクレオチドであって、かつ、開示の核酸配列を含むmRNA又はゲノムDNAにストリンジェントな条件下で特異的にハイブリッド形成するのに十分である核酸分子など、配列番号:1~172のうちの奇数の核酸又はその部分などの開示の核酸分子でありうる。本発明の診断アッセイで使用するための他の適当なプローブも本明細書に記述する。開示のポリペプチド配列を含むタンパク質を検出する薬剤の1つは、開示のポリペプチドに結合できる抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を備えた抗体である。抗体は、ポリクローナルでもよく、より好ましくはモノクローナルである。完全な抗体、又はその断片例えば、Fab又はFab’2を用いることができる。プローブ又は抗体に関して、標識されているという用語は、検出可能な物質をプローブ又は抗体に結合するすなわち、物理的に連結させることによって、プローブ又は抗体を直接標識することを包含し、また、直接的に標識されている別の試薬との反応性によって、プローブ又は抗体を間接標識することも包含するものとする。間接標識の例には、蛍光によって標識されている二次抗体を用いた一次抗体の検出と、蛍光標識されているストレプトアビジンで検出できるような、ビオチンによるDNAプローブの末端標識とが含まれる。試料という用語は、対象の中に存在するか、又は対象から単離された組織、細胞、及び生物体液を含み、さらに、発端培養からの細胞、又はそのような培養を随伴するか、或いはそのような培養の使用から得られる食物製品も含むものとする。すなわち、本発明の検出法は、試料中における、開示の配列を含むmRNA、タンパク質、又はゲノムDNAを、invitro及びinvivoの両方で検出するのに用いることができる。開示の配列を含むmRNAを検出するinvitro技法には、ノーザンハイブリダイゼーション及びinsituハイブリダイゼーションが含まれる。開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出のためのinvitro技法には、酵素結合免疫吸着検定法ELISA、ウェスタンブロット、免疫沈降反応、及び免疫蛍光が含まれる。開示のヌクレオチド配列を含むゲノムDNAを検出のためのinvitro技法には、サザンハイブリダイゼイションが含まれる。加えて、開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出するinvivo技法には、開示のポリペプチドに対する標識抗体を対象に導入することが含まれる。例えば、抗体を放射性マーカーで標識することができ、対象の中でのその存在及び位置を、標準的な映像化技法によって検出することができる。一実施形態では、試料は、プロバイオティック物質を摂取した試験対象からのタンパク質分子を含有する。別法として、試料は、発端培養からのmRNA又はゲノムDNAを含有するものでありうる。本発明は、試料中における、開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の存在を検出するキットも包含する。そのようなキットは、本発明の特定のポリペプチドを発現する微生物が、食物製品若しくは発端培養、又はプロバイオティック物質を摂取した対象の中に存在しているかどうか判定するのに用いることができる。例えば、キットは、試料中における、開示のポリペプチド又はmRNAを検出できる標識された化合物又は薬剤と、試料中における、開示のポリペプチドの量を測定する手段とを含むことがある例えば、開示のポリペプチドを認識する抗体、又は開示のポリペプチド、例えば、配列番号:1~172のうちの偶数のものをコードするDNAに結合するオリゴヌクレオチドプローブ。キットは、そのような化合物の使用に関して詳しく述べる説明書も含むことがある。抗体ベースのキットでは、キットは、例えば、1開示のポリペプチドに結合する第1の抗体例えば、固形担体に結合していると、任意選択で、2開示のポリペプチド、又は第1の抗体に結合し、かつ、検出可能な薬剤に結合している第2の異なった抗体とを含むものでありうる。オリゴヌクレオチドベースのキットでは、キットは、例えば、1開示の核酸配列にハイブリッド形成するオリゴヌクレオチド、例えば検出可能に標識されているオリゴヌクレオチド、又は2開示の核酸分子を増幅するのに有用な一対のプライマーを含むものでありうる。キットは、例えば、緩衝薬、保存剤、又はタンパク質安定化剤も含むことがある。キットは、検出可能な薬剤例えば酵素又は基質を検出するのに必要な構成要素を含むことがある。キットは、アッセイして、含まれている試験試料と比較することができる対照試料又は一連の対照試料も含むことがある。キットの各構成要素は、通常、個々の容器に入れられ、これらの様々な容器のすべてが、使用に関する説明書を伴った単一のパッケージの中にある。一実施形態では、キットは、例えば、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許第5412087号、第5545531号、及びWO95/00530に記載のものなど、アレイフォーマットの複数のプローブを含む。アレイで使用するためのプローブは、WO95/00530に開示されているように、アレイの表面で直接合成することもできるし、アレイの表面に固定する前に合成することもできる。プローブは、米国特許第5412087号に記載のものなど、当業者に周知の技法を用いて表面に固定することができる。プローブは、核酸配列若しくはペプチド配列、好ましくは精製されたもの、又は抗体でありうる。アレイは、生物、試料、又は産物を、特定の配列又はタンパク質の存在又は不在を含めた、それらのゲノムcDNA、ポリペプチド、又は抗体の内容の相違、そして、それらの物質の濃度の相違に関してスクリーニングするのに用いることができる。捕捉プローブに対する結合は、例えば、開示の核酸配列を含む核酸分子、開示のアミノ酸配列を含むポリペプチド、又は抗体に結合した標識から生成されるシグナルによって検出する。この方法は、開示の核酸、ポリペプチド、又は抗体を含む分子を、複数の捕捉プローブを有する第1のアレイ、及び異なった複数の捕捉プローブを有する第2のアレイと接触させることを含みうる。それぞれのハイブリダイゼーションの結果を比較して、第1の試料と、第2の試料との間の発現の相違を分析することができる。第1の複数の捕捉プローブは、対照試料、例えば、野生型の乳酸菌から得たもの、又は対照対象、例えば、食物、栄養補助食品、発端培養試料、又は生物体液から得たものでありうる。第2の複数の捕捉プローブは、実験試料、例えば変異体型乳酸菌から得たもの、或いはプロバイオティック物質、例えば、発端培養試料又は生物体液を摂取した対象から得たものでありうる。これらのアッセイは、微生物の選択と、不要物の検出を必須とする品質管理操作とに特に有用でありうる。特定のヌクレオチド配列又はポリペプチドの検出は、食物、発酵産物、若しくは産業微生物の遺伝子組成、又はプロバイオティクスを摂取した動物若しくはヒトの消化系に存在する微生物を判定するのに有用でありうる。アンチセンスヌクレオチド配列本発明は、アンチセンス核酸分子、すなわち、タンパク質をコードするセンス核酸に相補的な分子、例えば、二本鎖cDNA分子のコーディング鎖に相補的な分子、又はmRNA配列に相補的な分子も包含する。したがって、アンチセンス核酸はセンス核酸に水素結合できる。アンチセンス核酸は、FOS関連コード鎖全体又はその一部、例えば、タンパク質コード領域又はオープンリーディングフレームの全体又は一部のみに相補的なものでありうる。アンチセンス核酸分子は、FOS関連タンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の非翻訳領域に対してアンチセンスである場合もある。非翻訳領域は、コード領域に隣接し、かつ、アミノ酸に翻訳されない5’及び3’の配列である。アンチセンスヌクレオチド配列は、標的遺伝子の発現を破壊するのに有用である。対応する配列に対して70、好ましくは80、より好ましくは85の配列同一性を有するアンチセンスコンストラクトを用いることができる。本明細書に開示する、FOS関連タンパク質をコードするコード鎖配列例えば、配列番号:1~172のうちの偶数を考えて、本発明のアンチセンス核酸は、ワトソン及びクリックの塩基対合法則に従って設計することができる。アンチセンス核酸分子は、FOS関連のmRNAのコード領域全体に相補的なものである場合もあるが、FOS関連のmRNAのコード領域又は非翻訳領域の一部のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドがより好ましい。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、FOS関連のタンパク質のmRNAにおける翻訳開始部位の周辺領域に相補的なものでありうる。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さが約5、10、15、20、25、30、35、40、45、50ヌクレオチドのものである場合もあり、或いは、長さが100、200ヌクレオチド、又はさらに長い場合もある。本発明のアンチセンス核酸は、当技術分野で公知の化学合成操作、及び酵素連結操作を用いて構築することができる。例えば、アンチセンス核酸例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、天然に存在するヌクレオチド、又は限定されるものではないが、例えばホスホロチオエート誘導体及びアクリジン置換ヌクレオチドを含めた、分子の生物学的安定性を増大させるため、若しくは、アンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成された二本鎖分子の物理的安定性を増大させるために様々に修飾されたヌクレオチドを用いて、化学的に合成することができる。別法として、核酸がアンチセンスの方向にサブクローニングされているすなわち、挿入されている核酸から転写されるRNAが注目している標的核酸に対してアンチセンスの方向のものになるであろう発現ベクターを用いて、アンチセンス核酸を生物学的に生成することもできる。本発明のアンチセンス核酸分子は、α-アノマー核酸分子でありうる。α-アノマー核酸分子は、相補的なRNAと特異的な二本鎖ハイブリットを形成し、その中では、通常のβ-ユニットとは反対に、鎖がお互いに対して平行に走っているNucleicAcidsRes1566256641。アンチセンス核酸分子は、2’-o-メチルリボヌクレオチドInoueetalNucleicAcidsRes1561316148、又はキメラRNA-DNA類似体InoueetalFEBSLett215327330を含む場合もある。本発明はリボザイムも包含する。リボザイムは、mRNAなどの一本鎖核酸に対してそれが相補的な領域を有する場合に、その一本鎖核酸を切断することができるリボヌクレアーゼ活性を有する触媒RNA分子である。リボザイム例えばハンマーヘッド型リボザイムHaselhoffandGerlachNature334585591に記載は、FOS関連のmRNA転写物を触媒作用によって切断して、それによって、FOS関連のmRNAの翻訳を阻害するのに用いることができる。FOS関連コード核酸に対する特異性を有するリボザイムは、本明細書に開示のFOS関連のcDNAのヌクレオチド配列例えば配列番号:1~172のうちの奇数に基づいて設計することができる。例えば、Cechetalの米国特許第4987071号、及びCechetalの米国特許第5116742号を参照のこと。別法として、特定のリボヌクレアーゼ活性を有する触媒RNAをRNA分子のプールから選択するのに、FOS関連のmRNAを用いることもできる。例えば、BartelandSzostakScience26114111418を参照のこと。本発明は、三重ら旋構造を形成する核酸分子も包含する。例えば、FOS関連遺伝子発現は、FOS関連タンパク質の調節領域例えば、FOS関連プロモーター及び/又はエンハンサーに相補的なヌクレオチド配列を標的として、標的細胞内のFOS関連遺伝子の転写を阻止する三重ら旋構造を形成させることによって阻害できる。HeleneAnticancerDrugDes6569HeleneAnnNYAcadSci66027;及びMaherBioassays14807を一般に参照のこと。一部の実施形態では、例えば分子の安定性、ハイブリダイゼーション、又は溶解性改善するために、本発明の核酸分子を塩基部分、糖部分、又はリン酸骨格で修飾することがある。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を修飾して、ペプチド核酸を生成することができるHyrupetalBioorganicMedicinalChemistry45を参照。本明細書で使用する場合、ペプチド核酸又はPNAという用語は、デオキシリボースリン酸骨格が疑似ペプチドバックボーンによって置換され、天然の4つの核酸塩基のみが保持されている核酸模倣体、例えばDNA模倣体を指す。PNAの中性バックボーンは、低イオン強度条件下でのDNA及びRNAに対する特異的なハイブリッド形成を可能にすることが示されている。PNAオリゴマーの合成は、例えば、上記のHyrupetal;PerryOKeefeetalProcNatlAcadSciUSA9314670に記載の標準的な固相ペプチド合成プロトコールを用いて実施できる。PNAは、例えば転写又は翻訳の停止を誘導するか、或いは複製を阻害することによって、遺伝子発現の配列特異的な変調を行うためのアンチセンス薬剤又は抗原薬剤として用いることができる。本発明のPNAは、例えば、PNAを標的としたPCRクランプ法によって;他の酵素、例えばS1ヌクレアーゼと併用した際の人工制限酵素としてHyrup、同上;又はDNA配列及びハイブリダイゼーション用のプローブ又はプライマーとしてHyrup、同上;PerryOKeefeetal、同上、例えば、遺伝子内の単一塩基対変異の分析に用いることができる。別の実施形態では、例えば、それらの安定性、特異性、又は細胞内取込みを促進するために、親油基又は他の補助基helpergroupをPNAに結合させることによって、PNA-DNAキメラを形成させることによって、或いは、リポソーム、又は当技術分野で公知の、薬物送達の他の技法を使用することによって、FOS関連分子のPNAを修飾することができる。PNA-DNAキメラの合成は、Hyrup、同上;FinnetalNucleicAcidsRes24335763;MagetalNucleicAcidsRes175973;及びPetersonetalBioorganicMedChemLett51119に記載されている通りに実施できる。融合タンパク質本発明は、FOS関連キメラタンパク質又は融合タンパク質も含む。FOS関連のキメラタンパク質又は融合タンパク質は、非FOS関連ポリペプチドに作用可能に連結したFOS関連ポリペプチドを含む。FOS関連ポリペプチドは、FOS関連タンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドを指し、一方、非FOS関連ポリペプチドは、FOS関連タンパク質に実質的に同一ではないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、同じ生物又は異なった生物に由来するポリペプチドを指す。FOS関連融合タンパク質の内部で、FOS関連ポリペプチドは、FOS関連タンパク質の全体に対応することも、その部分に対応することもあるが、FOS関連タンパク質における少なくとも1つの生物学的に活性な部分を含むことが好ましい。この融合タンパク質の内部で、作用可能に連結したという用語は、FOS関連ポリペプチドと、非FOS関連ポリペプチドとが、インフレームで相互に融合していることを示すものとする。非FOS関連ポリペプチドは、FOS関連ポリペプチドのN末端に融合する場合も、C末端に融合する場合もある。連結されているコード配列を発現することによって、融合タンパク質を形成する、連結されている2つの異種アミノ酸配列が結果として得られる。担体配列非FOS関連ポリペプチドは、細菌宿主における融合タンパク質の発現を増強又は増大させる担体ポリペプチドをコードする。融合タンパク質における、担体配列によってコードされている部分すなわち担体ポリペプチドは、タンパク質断片、機能性部分の全体、又はタンパク質配列全体でありうる。加えて、担体領域すなわち担体ポリペプチドは、その担体ポリペプチドに特異的な抗体又はアフィニティー精製を用いた、融合タンパク質の精製に使用されるように設計することもできる。同様に、融合タンパク質の選択的な精製を可能にするために、担体ポリペプチドの物理学的特性を利用することもできる。具体的な当該の担体ポリペプチドには、スーパーオキシドジスムターゼSOD、マルトース結合タンパク質MBP、グルタチオン-S-トランスフェラーゼGST、N末端ヒスチジンHisタグ、及び同様のものが含まれる。このリストは、FOS関連タンパク質の発現を増強するいかなる担体ポリペプチドとしても、本発明の方法において使用できる融合タンパク質としても、限定するものではない。一実施形態では、融合タンパク質が、GST-FOS関連の融合タンパク質であり、その中では、FOS関連配列がGST配列のC末端に融合している。別の実施形態では、融合タンパク質が、FOS関連免疫グロブリンとの融合タンパク質であり、その中では、FOS関連タンパク質の全体又は一部が免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合している。本発明のFOS関連免疫グロブリンとの融合タンパク質は、抗FOS関連抗体を、対象で生成するための免疫原として用いたり、FOS関連リガンドを精製するのに用いたり、FOS関連タンパク質と、FOS関連リガンドとの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイに用いたりすることができる。本発明の一実施形態では、融合タンパク質は、細菌細胞の機能上の特性を改変する能力を有する。機能上の特性によって、付着、免疫刺激、又は溶菌に関連したものなど、本来存在しないある種の機能を実行する細菌の能力を意図する。非FOS関連タンパク質には、抗体、酵素、ワクチン抗原、殺菌活性を有するタンパク質、又は受容体結合活性を有するタンパク質が含まれるが、これらに限定されない。殺菌活性によって、1つ又は複数の細菌を殺す能力を意図する。受容体結合活性によって、細胞膜上、細胞表面、又は溶液中の受容体に結合する能力を意図する。グラム陽性菌の表面に発現された融合タンパク質が有する、ワクチンとして使用されるための能力を評価する方法は当技術分野で公知である例えば、FischettietalCurrOpinBiotechnol7659666;PouwelsetalIntJFoodMicrobiol41155167を参照されたい。当業者ならば、具体的な担体ポリペプチドは、精製スキームを考慮して選択されることを認めるであろう。例えば、Hisタグ、GST、及びマルトース結合タンパク質は、容易に利用できるアフィニティーカラムであって、それにそれらのポリペプチドを結合させて、溶出することができるアフィニティーカラムが存在する担体ポリペプチドを代表するものである。したがって、担体ポリペプチドがヘキサヒスチジンHis6タグなどのN末端Hisタグである場合、FOS関連融合タンパク質を、金属キレート樹脂、例えば、ニッケルニトリロ三酢酸Ni-NTA、ニッケルイミノ二酢酸Ni-IDA、及びコバルト含有樹脂Co樹脂を含むマトリックスを用いて精製することができる。例えば、参照により本明細書に全体として組み込まれている、SteinertetalQIAGENNews41115を参照のこと。担体ポリペプチドがGSTである場合には、FOS関連融合タンパク質を、グルタチオンアガロースビーズSigma社製又はPharmaciaBiotech社製を含むマトリックスを用いて精製することができ;担体ポリペプチドがマルトース結合タンパク質MBPである場合には、FOS関連融合タンパク質を、アミロースによって誘導体化されたアガロース樹脂を含むマトリックスを用いて精製することができる。本発明のキメラタンパク質又は融合タンパク質は、標準的な組換えDNA技法で生成することが好ましい。例えば、異なったポリペプチド配列をコードするDNA断片を1つにインフレームに連結してもよく、或いは、DNA自動合成機などで融合遺伝子を合成することもできる。別法として、遺伝子断片のPCR増幅は、後で、アニーリングして、さらに再増幅することでキメラ遺伝子配列を生成することができる、連続した2つの遺伝子断片の間に相補的なオーバーハングをもたらすアンカープライマーを用いて実行することもできる例えば、AusubeletaledsCurrentProtocolsinMolecularBiologyを参照。さらに、FOS関連タンパク質コード核酸を、市販されている発現ベクターに、既存の融合部分にインフレームに連結されるようにクローニングすることもできる。融合タンパク質発現ベクターは、通常、担体ポリペプチドを除去するのが容易で、FOS関連タンパク質が、それに付随する天然の生物活性を保持できるように設計する。融合タンパク質を切断する方法は当技術分野で公知である。例えば、AusubeletaledsCurrentProtocolsinMolecularBiologyを参照のこと。融合タンパク質の化学的切断は、臭化シアン、2-2-ニトロフェニルスルフェニル-3-メチル-3’-ブロモインドレニン、ヒドロキシルアミン、又は低pHなどの試薬で実行できる。化学的切断は、そうしないと不溶性となる融合タンパク質を切断するために、変性条件下で実行することが多い。FOS関連ポリペプチドを担体ポリペプチドから分離することが望しく、かつ、これらの融合ポリペプチド間の接合部の切断部位が天然には存在しない場合、特異的なプロテアーゼ切断部位を含有して、担体ポリペプチドの酵素による切断及び除去が促進されるように融合コンストラクトを設計することができる。この様にして、所定の酵素に特異的な切断部位を有するペプチドのコード配列を含むリンカー配列を、担体ポリペプチド例えば、MBP、GST、SOD、又はN末端Hisタグのコード配列と、FOS関連ポリペプチドのコード配列との間にインフレームに融合させることができる。切断部位に対する特異性を有する適当な酵素には、因子Xa、トロンビン、エンテロキナーゼ、レミンremin、コラゲナーゼ、及びタバコエッチウイルスTEVプロテアーゼが含まれるが、これらに限定されない。これらの酵素の切断部位は当技術分野で周知である。したがって、例えば、担体ポリペプチドを、FOS関連ポリペプチドから切断するのに、因子Xaを用いる場合には、因子Xaに感受性の切断部位、例えば、IEGRという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる例えば、参照により本明細書に組み込まれている、NagaiandThogersenNature309810812;NagaiandThogersenMethEnzymol153461481;及びPryorandLeitingProteinExprPurif10309319を参照のこと。担体ポリペプチドを、FOS関連ポリペプチドから切断するのにトロンビンを用いる場合には、トロンビンに感受性の切断部位、例えば、LVPRGS又はVIAGRという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる例えば、それぞれ、PryorandLeitingProteinExprPurif10309319、及びHongetalChinMedSciJ12143147を参照のこと;これらの開示を参照により本明細書に組み込む。TEVプロテアーゼの切断部位は当技術分野で公知である。例えば、参照により全体として本明細書に組み込まれている米国特許第5532142号に記載の切断部位を参照のこと。AusubeletaledsCurrentProtocolsinMolecularBiologyChapter16の考察も参照のこと。抗体FOS関連タンパク質に特異的に結合する抗体を生成するか、又はinvivoで抗体の産生を刺激するイムノゲンとして、本発明の単離されているポリペプチドを用いることができる。イムノゲンとして、完全長のFOS関連タンパク質を用いることもできるし、或いはその代わりに、本明細書に記載の、FOS関連タンパク質の抗原性ペプチド断片を用いることもできる。FOS関連タンパク質の抗原性ペプチドは、配列番号:1~172のうちの偶数に示されているアミノ酸配列でも、そのうちの少なくとも8、好ましくは10、15、20、又は30アミノ酸残基を含み、かつ、FOS関連タンパク質のエピトープを包含して、それによって、そのペプチドに対して産生された抗体が、FOS関連タンパク質と特異的な免疫複合物を形成する。抗原性ペプチドに包含される好ましいエピトープは、FOS関連タンパク質の領域であって、そのタンパク質の表面に位置している領域、例えば、親水性の領域である。組換え体の発現ベクター本発明の核酸分子は、ベクター、好ましくは発現ベクターに含まれていてもよい。ベクターは、それが連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。発現ベクターは、1つ又は複数の調節配列を含み、それらが操作可能に連結されている遺伝子の発現を指示する。操作可能に連結されているによって、注目しているヌクレオチド配列が、そのヌクレオチド配列の発現が可能になるように例えば、invitroの転写系/翻訳系で、或いは、ベクターが宿主細胞に導入される場合には、宿主細胞で、調節配列に連結されていることを意図する。調節配列又は調節エレメントという用語には、制御可能な転写プロモーター、オペレーター、エンハンサー、転写ターミネーター、及び翻訳調節配列など、他の発現制御エレメントが含まれるものとする例えば、シャイン-ダルガルノコンセンサス配列、開始コドン、及び終止コドン。これらの調節配列は、例えば使用される宿主細胞に応じて、異なるであろう。ベクターは、宿主細胞内で自律的に複製されることもあるしエピソームベクター、或いは、宿主細胞のゲノムに組み込まれて、宿主ゲノムと共に複製されることもある非エピソープ哺乳類ベクター。組み込み型ベクターは、通常、細菌染色体に相同な配列を少なくとも1つ含有し、それによって、ベクターと、細菌染色体とにある相同なDNAの間で組み換えが起こるのを可能にしている。組み込み型ベクターは、バクテリオファージ又はトランスポゾンの配列も含むことがある。エピソームベクター又はプラスミドは、その中にDNAセグメントを追加して連結することができる環状の二本鎖DNAループである。組み換えDNA技法を用いる場合には、通常、宿主内での安定した維持が可能なプラスミドが、発現ベクターの好ましい形態である。本発明に包含される発現コンストラクト又はベクターは、宿主細胞内での核酸の発現に適した形態にある本発明の核酸コンストラクトを含む。加えて、FOSオペロンの調節領域をコードする核酸配列を含み、これは、発現ベクター中のプロモーターエレメントとして用いることができる。原核細胞の宿主細胞における発現も、本発明に包含される。発現ベクターの設計が、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質発現レベルなどの因子に依存しうることを、当業者ならば理解するであろう。本発明の発現ベクターを宿主細胞に導入して、それによって、融合タンパク質又はペプチドを含めた、本明細書に記載の核酸によってコードされているタンパク質又はペプチド例えば、FOS関連タンパク質、変異体型のFOS関連タンパク質;融合タンパク質などを生成することができる。調節配列には、ヌクレオチド配列の構成的な発現を指示するものと、ある特定の環境条件下でのみヌクレオチド配列の誘導性の発現を指示するものとが含まれる。細菌性RNAポリメラーゼに結合して、mRNAへのコード配列例えば構造遺伝子の転写を下流3’で開始することができるいかなるDNA配列も、細菌性プロモーターである。プロモーターは転写開始領域を有するであろう。そして、転写開始領域は、通常、コード配列の5’末端近傍に配置される。この転写開始領域は、通常、RNAポリメラーゼ結合部位と、転写開始部位とを含む。細菌性プロモーターは、オペレーターと呼ばれる第2のドメインも有することがある。オペレーターは、RNA合成が始まる、隣接のRNAポリメラーゼ結合部位と重複する場合もある。オペレーターは、負に調節された誘導性転写を可能にするが、それは、遺伝子リプレッサータンパク質がオペレーターに結合して、それによって特定の遺伝子の転写を阻害する可能性があるためである。構成的な発現は、オペレーターなどの負の調節エレメントの非存在下に起こりうる。さらに、遺伝子活性化タンパク質結合配列によって、正の調節が実現される場合もある。この配列は、存在する場合には、通常、RNAポリメラーゼ結合配列の近傍5’にある。遺伝子活性化タンパク質の一例に、カタボライト遺伝子活性化タンパク質CAPがあるが、これは、大腸菌Escherichiacoliのlacオペロンの転写開始を補助するAnnuRevGenet18173。したがって、調節性の発現は、正の場合も、負の場合もあり、それによって転写が促進されるか、又は抑制される。正及び負の調節エレメントの他の例は当技術分野で周知である。タンパク質発現系に含めることのできる様々なプロモーターには、T7/LacOハイブリッドプロモーター、trpプロモーター、T7プロモーター、ラクトースプロモーター、及びバクテリオファージλプロモーターが含まれるが、これらに限定されない。在来のプロモーター又は異種プロモーターを含めた、いかなる適当なプロモーターも、本発明を実行するのに使用できる。異種プロモーターは、構成的に活性であることも、誘導性であることもある。異種プロモーターの非限定な例は、Kullen及びKlaenhammerの米国特許第6242194号に示されている。代謝経路の酵素をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する。それらの例には、ガラクトース、ラクトースlacNature1981056、及びマルトースなど、糖を代謝する酵素に由来するプロモーター配列が含まれる。追加の例には、トリプトファンなどの生合成酵素trpに由来するプロモーター配列GoeddeletalNucleicAcidsRes84057YelvertonetalNucleicAcidsRes9731;米国特許第4738921号;欧州特許公開第36776号及び第121775号が含まれる。ベータラクタマーゼblaプロモーターシステムWeissmannTheCloningofInterferonandOtherMistakesinInterferon3;バクテリオファージラムダPLShimatakeetalNature292128;アラビノース誘導性araBプロモーター米国特許第5028530号;及びT5米国特許第4689406号プロモーターシステムも有用なプロモーター配列を提供する。大腸菌Ecoliの発現系について論じている、BalbasMalBiotech19251267も参照のこと。さらに、天然には存在しない合成プロモーターも細菌性プロモーターとして機能する。例えば、ある細菌性プロモーター又はバクテリオファージプロモーターの転写活性化配列を、別の細菌性プロモーター又はバクテリオファージプロモーターのオペロン配列に連結されて、合成のハイブリッドプロモーターを生成することもできる米国特許第4551433号。例えば、tacプロモーターAmannetalGene25167deBoeretalProcNatlAcadSci8021、及びtrcプロモーターBrosiusetalJBiolChem26035393541は、trpプロモーターと、ラックリプレッサーによって調節されるlacオペロン配列との両方で構成されるハイブリッドtrp-lacプロモーターである。tacプロモーターは、誘導性調節配列としての追加の機能も有する。したがって、tacプロモーターに作用可能に連結されているコード配列の発現は、細胞培養で、例えば、イソプロピル-1-チオ-β-D-ガラクトシドIPTGを添加することによって、誘導することができる。さらに、細菌性プロモーターは、細菌性RNAポリメラーゼに結合して、さらに転写を開始する能力を有する、細菌以外の出自の、天然に存在するプロモーターを含むこともある。原核生物の何らかの遺伝子の発現を高レベルに生成するために、細菌以外の出自の、天然に存在するプロモーターを、適合性のあるRNAポリメラーゼと共役させることもできる。バクテリオファージT7RNAポリメラーゼ/プロモーターシステムは、共役プロモーターシステムの例であるStadieretalJMolBiol189113TaboretalProcNatlAcadSci821074。加えて、ハイブリッドプロモーターは、バクテリオファージプロモーターと、大腸菌Ecoliオペレーター領域とで構成されることもある欧州特許第267851号。ベクターは、そのプロモーターのリプレッサー又は誘導物質をコードする遺伝子をさらに含有しうる。例えば、本発明の誘導性ベクターは、LacIリプレッサータンパク質をコードする遺伝子を発現することによって、LacオペレーターLacOからの転写を調節するものでありうる。他の例には、pRecAの発現を調節するためのlexA遺伝子の使用、及びptrpを調節するためのtrpOの使用が含まれる。抑制の程度を増強する例えば、lacIqか、或いは誘導の様式を改変する例えば、λpLに熱誘導性を与えるλCI857、又はλpLに化学誘導性を与えるλCIそのような遺伝子のアレルを利用することもできる。機能的なプロモーター配列に加えて、効率的なリボソーム結合部位も、融合コンストラクトの発現に有用である。原核生物では、リボソーム結合部位は、シャイン-ダルガルノSD配列と呼ばれ、開始コドンATGと、開始コドンの3~11ヌクレオチド上流にある長さ3~9ヌクレオチドの配列とを含むShineetalNature25434。SD配列は、SD配列と細菌16SリボソームRNAの3’末端との間の塩基対合によって、リボソームに対するmRNAの結合を促進すると考えられているSteitzetalGeneticSignalsandNucleotideSequencesinMessengerRNAinBiologicalRegulationandDevelopmentGeneExpressionFEBSLett151159I64GhrayebetalEMBOJ324372442、及び大腸菌Ecoliアルカリホスファターゼシグナル配列phoAOkaetalProcNatlAcadSci827212など、細菌の分泌タンパク質の遺伝子から得ることができる。他の原核細胞シグナルには、例えば、ペニシリン分解酵素Ippからのシグナル配列;又は熱安定性エンテロトキシンIIのリーダー配列が含まれる。アシドフィルス菌Lacidophilusなどの細菌は、通常、開始コドンATGを利用し、これはアミノ酸のメチオニンこれは、原核生物内でN-ホルミルメチオニンに修飾されるを指定する。細菌は、GTG及びTTGというコドンのなど、代替の開始コドンも認識するが、これらはそれぞれ、バリンと、ロイシンとをコードする。しかし、それらが開始コドンとして使用される場合、通常、これらのコドンは、それらがコードしているアミノ酸ではなくメチオニンの取込みを指示する。アシドフィルス菌NCFMは、これらの代替のスタート部位を認識して、メチオニンを最初のアミノ酸として組み込む。通常、細菌によって認識される転写終結配列は、翻訳終止コドンの3’に位置する調節領域であり、したがって、プロモーターと共にコード配列を挟み込む。これらの配列は、DNAによってコードされている、ポリペプチドに翻訳可能なmRNAの転写を指示する。転写終結配列は、頻写の終了を補助するステムループ構造を形成できるDNA配列約50ヌクレオチドのを含むことが多い。これらの例には、大腸菌Ecoliのtrp遺伝子、そして、他の生合成遺伝子など、強いプロモーターを有する遺伝子に由来する転写終結配列が含まれる。発現ベクターは、FOS関連タンパク質配列が調節領域の転写調節下となるように、その配列を挿入するための複数の制限部位を有する。ベクターを確実に細胞内に維持するための選択的マーカー遺伝子も、発現ベクターに含めることができる。好ましい選択的マーカーには、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カナマイシンネオマイシン、及びテトラサイクリンなどの薬物に対する抵抗性を与えるものが含まれるAnnuRevMicrobial32469。選択的マーカーは、最少培地上で、又は毒性代謝物質の存在下で細胞が増殖するのを可能にするものでもよく、これには、ヒスチジン、トリプトファン、及びロイシンの生合成経路の遺伝子など、生合成遺伝子が含まれる。調節領域は、本発明の宿主、細胞、及び/又はヌクレオチド配列にとって、在来同種のものであることも、或いは外来異種のものであることもある。調節領域は、天然のものであることも、合成であることもある。その領域が、宿主細胞にとって外来、すなわち異種である場合には、その領域が導入される、自然状態の細胞で、その領域が見出されないことが意図されている。その領域が本発明のFOS関連ヌクレオチド配列に外来、すなわち異種である場合、作用可能に連結している、本発明のFOS関連ヌクレオチド配列にとって、その領域は、在来のものでも、天然に存在する領域でもないことが意図されている。そのような領域は、例えば、ファージ由来のものでありうる。これらの配列は、異種の調節領域を用いて発現するのが望ましいが、在来の領域を用いることもできる。場合によっては、そのようなコンストラクトによって、宿主細胞におけるFOS関連タンパク質の発現レベルが変化を受けることも予測されよう。したがって、宿主細胞の表現型が変化を受けることもあろう。発現カセットを調製する際には、適切な配向性を有し、必要に応じて、適当なリーディングフレーム中にあるDNA配列を提供するために、様々なDNA断片が操作されることがある。このような目的で、DNA断片を連結するのに、アダプター又はリンカーが利用されることがあり、或いは、好都合な制限部位、不必要なDNAの除去、制限部位の除去、又は同様のもの提供するのに、他の操作が行われることもある。このために、invitro変異誘発、プライマー修復、制限、アニーリング、再置換、例えば、転移及び転換が行われこともある。本発明は、その発現ベクターにアンチセンスの方向にクローニングされている本発明のDNA分子を含む組換え体発現ベクターも提供する。すなわち、このDNA分子は、FOS関連mRNAに対してアンチセンスのRNA分子の発現DNA分子の転写によるが可能となる様式で、調節配列に作用可能に連結している。アンチセンスの方向にクローニングされた核酸に作用可能に連結している調節配列は、アンチセンスRNA分子の連続的又は誘導性の発現を指示するように選択することができる。アンチセンス発現ベクターは、組換え体のプラスミド又はファージミドの形態をとりうるが、この形態において、アンチセンス核酸が高効率の調節領域の制御下に生成され、この調節領域の活性は、ベクターがその中に導入された細胞型によって決定されることがある。アンチセンス遺伝子を用いた遺伝子発現の調節に関する考察には、WeintraubetalReviewsTrendsinGeneticsVol1を参照のこと。別法として、上記の構成要素のいくつかを、形質転換ベクターに併せて入れることもできる。形質転換ベクターは、通常、選択的マーカーで構成され、複製単位によって維持されるか、或いは、上述のように、組み込み型ベクターへと展開される。微生物又は細菌宿主細胞指定の核酸配列又はタンパク質を含有する細菌の生成、そのような細菌の発端培養の調製、及び基質、特に乳などの食物基質を発酵させる方法は、公知の技法に従って実行することができる。例えば、GillilandSEBacterialStarterCulturesforFoodCRCpress1985205pp;ReadGPrescottandDunnsIndustrialMicrobiology4thEdAVIPublishingCompanyInc1982883pp;PepplerJJandPerlmanDMicrobialTechnologyVolumeIIFermentationTechnologyAcademicPress1979536ppを参照。発酵によって、微生物による有機化合物のエネルギー供給性代謝分解を意図し、これは通常、嫌気性条件下で進行し、気体の放出を伴う。核酸分子に関する場合、導入によって、従来の形質転換又は形質移入の技法、或いはファージを媒介にした感染によって、原核細胞に導入することを意図する。本明細書で使用する場合、形質転換、形質導入、接合、及び原形質融合は、リン酸カルシウム若しくは塩化カルシウム共沈殿、DEAEデキストランを媒介にした形質移入、リポフェクション、又はエレクトロポレーションを含めた、宿主細胞に外来核酸例えばDNAを導入する、当技術分野技術で承認されている様々な技法を指すものとする。宿主細胞を形質転換又は形質移入するのに適した方法は、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManual、及び他の実験室マニュアルに見出すことができる。本発明のポリペプチド又は微生物に関する場合、導入によって、食物摂取、局所適用、鼻腔内、座薬、泌尿生殖器、又は経口適用によってポリペプチド又は微生物を宿主に導入することを意図する。本発明のFOS関連ポリペプチドを生成するのに使用される細菌細胞は、概ね、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualに記載されている適当な培地中で培養する。機能及びアッセイ細菌の高親和性輸送系は、細胞質膜を通した溶質の能動輸送に関与する。これらの輸送系のタンパク質構成成分には、1つ又は2つの膜貫通タンパク質構成成分、1つ又は2つの膜結合性ATP結合タンパク質、及び高親和性周辺質溶質結合タンパク質が含まれる。グラム陽性菌は、単一の膜によって囲まれ、したがって周辺質領域をもたないが、これらの細菌では、対応するタンパク質がN末端脂質アンカーを介して膜に結合している。これらの相同タンパク質は、輸送過程における不可欠な役割をそれ自体で果たしているのではなく、おそらく受容体として働いて、流出系の内在性膜タンパク質の外部部位に結合することによって、膜を通した溶質の移行を刺激又は開始する。加えて、少なくとも一部の溶質結合タンパク質は、知覚の伝達経路の開始において機能している。これらの溶質結合タンパク質の大部分は、配列の類似性に基づいて8ファミリーのクラスターに分類することができ、これらのクラスターは、結合する溶質の性質と概ね相関しているTamandSaierMicrobiolRev57320346。ファミリー1PFAMアクセッション番号PF01547には、現在、腸内細菌科Enterobacteriaceaeの周辺質タンパク質麦芽糖/マルトデキシトリン結合タンパク質遺伝子malESharffetalJMolBiol246813及び肺炎連鎖球菌malX;ストレプトコッカスミュータンスStreptococcusmutans遺伝子msmEの多重オリゴ糖結合タンパク質;大腸菌Escherichiacoliのグリセロール3リン酸結合タンパク質;セラチアマルセッセンス鉄結合タンパク質遺伝子sfuA並びに、インフルエンザ菌Haemophilusinfluenzae及びナイセリア属の相同タンパク質遺伝子fbp;並びに、大腸菌のチアミン結合タンパク質遺伝子tbpAが含まれる。本発明のファミリー1の溶質結合タンパク質には、配列番号:2、及び60のものが含まれる。細菌の結合タンパク質依存性の輸送系は、通常、周辺質基質結合タンパク質と、1つ又は2つの相互的に相同的な内在性膜タンパク質と、エネルギーを活性の輸送系と共役させる1つ又は2つの表在性膜ATP結合タンパク質とで構成される多成分システムであるAmesAnnuRevBiochem55397425HigginsetalJBioenergBiomembr22571592。内在性膜タンパク質PFAMアクセッション番号PF00528は、膜を通して基質を移行させる。これらのタンパク質の大部分は、それらのC末端より80から100残基の辺りに位置する保存された領域を含有することが示されているDassaandHofnungEMBOJ422872293SaurinetalMolMicrobiol129931004。この領域は、2つの膜貫通ドメインの間の細胞質ループで位置するようであるPearceetalMolMicrobiol64757。保存されている領域を別にすると、これらのタンパク質の配列は、かなり多岐にわたり、それらの膜貫通へリックスの数は可変的であるが、それらは、それぞれ、araH、cysTW、fecCD、hisMQ、livHM、malFG、及びoppBCと呼ばれる7つのファミリーに分類することができる。本発明の内在性膜タンパク質には、配列番号:4及び6のものが含まれる。輸送活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、HungetalNature396703707HigginsetalJBioenergBiomembr22571592を参照。O-グリコシル加水分解酵素などのグリコシル加水分解酵素EC3.2.1.-は、2つ以上の炭化水素の間、又は炭化水素と非炭化水素部分との間にあるグリコシド結合を加水分解する酵素の広範なグループである。グリコシル加水分解酵素ファミリー32PFAMアクセッションPF00251は、いくつかの既知の活性を有する酵素、すなわち、インベルターゼEC:3.2.1.26;イヌリナーゼEC:3.2.1.7;レバナーゼEC:3.2.1.65;エキソイヌリナーゼEC:3.2.1.80;スクロース:スクロース1-フルクトシルトランスフェラーゼEC:2.4.1.99;及びフルクタン:フルクタン1-フルクトシルトランスフェラーゼEC:2.4.1.100を含む。本発明のグリコシル加水分解酵素ファミリー32タンパク質には、配列番号:8のタンパク質が含まれる。加水分解酵素活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、AvigadandBauerMethodsEnzymol8621628NeumannandLampenBiochemistry6468475HenryandDarbyshirePhytochemistry1910171020を参照。ABC輸送体PFAMアクセッションPF00005は、様々な化合物の、生体膜を通した移行の原因となるタンパク質の大ファミリーを形成している。それらは、異分泌物質allocriteの結合及び輸送の原因となる2つの膜貫通ドメインTMDと、ATP加水分解エネルギーを、TMDにおける立体配座変化に共役させる原因となる2つのヌクレオチド結合ドメインNBDとを備えた最少4ドメインで構成される。NBDは両方ともATP加水分解を行うことができ、一方のNBDにおける加水分解を阻害することによって、もう一方での加水分解が効果的に抑制される。このファミリーに属するタンパク質は、1コピー又は2コピーのAコンセンサス配列WalkeretalEMBOJ1945951、又はPループSarasteetalTrendsBiochemSci15430434も含有する。ATPの結合及び輸送を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、HungetalNature396703707;HigginsetalJBioenergBiomembr22571592を参照。本発明のABC輸送体タンパク質には、配列番号:10が含まれる。ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼGARSEC:6.3.4.13ホスホリボシルアミングリシンリガーゼは、プリンの新規生合成における第2ステップを触媒するAibaandMizobuchiJBiolChem2642123921246。ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼによって触媒される反応は、グリシンに5-ホスホリボシルアミンをATP依存的に付加して、5’-ホスホリボシルグリシンアミドを生成するものである。ATP補足ATPgraspAドメインPFAMアクセッション番号PF01071は、ビオチンカルボキシラーゼ/カルバモイルリン酸シンセターゼのATP補足ドメインに関連している。BドメインファミリーPFAMアクセッション番号PF02842は、ビオチンカルボキシラーゼ/カルバモイルリン酸シンセターゼに関連している。CドメインファミリーPFAMアクセッション番号PF02843は、ビオチンカルボキシラーゼ/カルバモイルリン酸シンセターゼのC末端ドメインに関連している。NドメインファミリーPFAMアクセッション番号PF02844は、ビオチンカルボキシラーゼ/カルバモイルリン酸シンセターゼのN末端ドメインに関連している。GARSは、細菌では一機能性酵素purD遺伝子にコードされているであり、酵母では、ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシクロリガーゼAIRSを有する二機能性酵素ADE5、7遺伝子にコードされているの部分であり、高等真核生物では、AIRS及びホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼGARTを有する三機能性酵素GARS-AIRS-GARTの部分である。ホスホリボシルアミングリシンリガーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、AibaandMizobuchiJBiolChem2642123921246を参照。本発明のホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼタンパク質には、配列番号:14のものが含まれる。メチルグリオキサールシンターゼEC:4.2.3.3MGSPFAMアクセッション番号PF02142は、ジオキシアセトンリン酸からメチルグリオキサール及びリン酸への変換を触媒するSaadatandHarrisonStructureFoldDes7309317。それは、トリオースリン酸イソメラーゼに代わる、ジオキシアセトンリン酸を代謝する代替手段を細菌に提供する。メチルグリオキサールシンターゼは、他の酵素にも共有されているドメインを含有している。このドメインを含有する他のタンパク質には、プリン生合成タンパク質PurHと、カルバモイルリン酸シンセターゼとが含まれる。触媒活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である例えば、RayandRayJBiolChem25662306233を参照。本発明のメチルグリオキサールシンターゼ様タンパク質には、配列番号:16のものが含まれる。AICARFT/IMPCHアーゼ二酵素ファミリーPFAMアクセッション番号PF01808は、新規のプリン生合成における最後の2ステップを触媒する二機能性酵素のファミリーである。この二機能性酵素は、原核生物及び真核生物の両方で見出されている。最後から2番目のステップは、5-アミノイミダゾール-4-カルボキシアミドリボヌクレオチドホルミルトランスフェラーゼEC:2.1.2.3AICARFTによって触媒される。この酵素は、FAICAR及びテトラヒドロ葉酸を生成する、AICARの、10-ホルミルテトラヒドロ葉酸によるホルミル化を触媒するAkiraetalGene197289293。最後のステップはIMPイノシン一リン酸シクロヒドロラーゼEC:3.5.4.10IMPCHアーゼによって触媒され、FAICAR5-ホルミルアミノイミダゾール-4-カルボキシアミドリボヌクレオチド環化して、IMPにするAkiraetalsupra。ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼ活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である例えば、RayletalJBiolChem27122252233を参照。本発明のホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキサミドホルミルトランスフェラーゼタンパク質には、配列番号:16のものが含まれる。ホルミルトランスフェラーゼPFAMアクセッション番号PF00551には、新規のプリン生合成における第3ステップである、5’-ホスホリボシルグリシンアミドへのホルミル基の転移を触媒するグリシンアミドリボヌクレオチドトランスホルミラーゼと;ホルミルテトラヒドロ葉酸からギ酸を生成するホルミルテトラヒドロ葉酸デホルミラーゼと;ホルミル基をメチオニルアミノアシル-tRNAのアシル部分のアミノ末端に転移するメチオニルtRNAホルミルトランスフェラーゼとが含まれる。ホルミル基は、N-ホルミルメチオニルtRNAの発動因子アイデンティティに関して、IF2によるそれの認識の促進することによる役割と、EFTU-GTPに対する結合の障害となることによる役割との二役を果たしているようである。ホルミルテトラヒドロ葉酸からギ酸を生成するホルミルテトラヒドロ葉酸脱水素酵素も含まれる。このファミリーは、これらの酵素のN末端ドメインを包含し、C末端ドメインの上流に見出される。トランスフェラーゼ活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である例えば、LeeetalProteinSci1222062214を参照。本発明のホルミルトランスフェラーゼには、配列番号:18のものが含まれる。N末端ドメインファミリーPFAMアクセッション番号PF00586及びC末端ドメインファミリーPFAMアクセッション番号PF02769を含めたAIRシンターゼ関連タンパク質ファミリーのメンバーには、NifEヒドロゲナーゼの成熟過程に関与しているであろう水素発生/形成タンパク質HypEと;新規のプリン生合成に関与するAIRシンターゼEC:6.3.3.1及びFGAMシンターゼEC:6.3.5.3PFAMアクセッション番号PF02700と;セレン化物及びATPからセレノリン酸を合成する酵素であるセレン化物、水ジキナーゼEC:2.7.9.3とが含まれる。AIRシンターゼのN末端ドメインは、タンパク質の二量体界面を形成し、推定上のATP結合領域であると提案されているLietalStructureFoldDes711551166。シンターゼ活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である例えば、SaxildandNygaardMicrobiology146807814;及び、PeltonenandMantsalaMolGenGenet2613141を参照。本発明のAIRシンターゼ関連タンパク質には、配列番号:20、24、26、及び28で示すものが含まれる。生合成酵素の1つの大きなグループは、グルタミンからのアンモニア基の除去と、このアンモニア基を基質に転移して新規の炭素窒素基を形成する反応とを触媒できる。この触媒能活性は、グルタミンアミドトランスフェラーゼGATアーゼEC:2.4.2として知られているBuchananAdvEnzymolRelatAreasMolBiol3991183。GATアーゼドメインは、別々のポリペプチドサブユニットとして、或いは、様々な方法でシンターゼドメインに融合している、より大きなポリペプチドの一部として存在している。配列類似性に基づいて、2つのクラスのGATアーゼドメイン、すなわちクラスItrpG型としても知られているPFAMアクセッション番号PF00310及びクラスIIpurF型としても知られているPFAMアクセッション番号PF00310が同定されているWengandZalkinJBacteriol16930233028NyunoyaandLustyJBiolChem25997909798。クラスIIのGATアーゼドメインを含有する酵素には、プリン生合成の第1ステップを触媒するアミドホスホリボシルトランスフェラーゼグルタミンホスホリボシルピロリン酸アミドトランスフェラーゼEC:2.4.2.14細菌では遺伝子purF、酵母ではADE4と;果糖-6-リン酸及びグルタミンからのグルコサミン-6-リン酸の生成を触媒するグルコサミン-果糖-6-リン酸アミノトランスフェラーゼEC:2.6.1.16大腸菌では遺伝子glmS、リゾビウムではnodM、酵母ではGFA1と;アスパラギン酸及びグルタミンからのアスパラギンの合成を行うアスパラギンシンテターゼグルタミン加水分解性EC:6.3.5.4とが含まれる。これらすべての酵素の成熟型におけるN末端に、システインが存在する。トランスフェラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、BeraetalJBacteriol18237343739を参照。本発明のホスホリボシルピロリン酸アミドトランスフェラーゼには、配列番号:22のものが含まれる。ホスホリボシルトランスフェラーゼPRTファミリーPFAMアクセッション番号PF00156のメンバーは、ヌクレオチド合成及びサルベージに関与する触媒タンパク質及び調節タンパク質である。ホスホリボシルトランスフェラーゼ酵素は、リボース-5-リン酸の活性形態であるPRPPにおけるホスホリル連鎖転移反応を行う。すべてのPRTタンパク質が酵素であるというわけではない。例えば、一部の細菌では、プリン及びピリミジン合成遺伝子の発現を、PRTタンパク質が調節する。このファミリーのメンバーは、タンパク質の折りたたみによって、正確にも、PRPP結合部位であると予測された短い配列モチーフによって定義される。PRT配列モチーフは、ヌクレオチドの合成及びサルベージ経路のPRTアーゼにおいてのみ見出されている。トリプトファン、ヒスチジン、及びニコチンアミドの合成及びサルベージ経路における、他のPRTアーゼは、PRT配列モチーフがなく、このファミリーのメンバーではない。トランスフェラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、BeraetalJBacteriol18237343739参照。本発明のホスホリボシルトランスフェラーゼには、配列番号:22のものが含まれる。ホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼEC:6.3.2.6SAICAR合成酵素PFAMアクセッション番号PFO1259は、新規のプリン生合成経路における第7のステップと;5’-ホスホリボシル-5-アミノイミダゾール-4-カルボン酸及びアスパラギン酸からSAICARへのATP依存性の変換とを触媒するZalkinandDixonProgNucleicAcidResMolBiol42259287。SAICAR合成酵素は、細菌遺伝子purC、真菌遺伝子ADE1、及び植物では、一機能性タンパク質であり;動物では、ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシラーゼAIRC活性も触媒する二機能性酵素のN末端ドメインである。ホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、TyagietalJBiochemBiophysMethods2123132を参照。本発明のホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼには、配列番号:30のものが含まれる。細菌性ホスホエノールピルビン酸:糖ホスホトランスフェラーゼ系PTSは、様々な代謝過程及び転写過程の調節に関与する多タンパク質システムである。ホスホエノールピルビン酸依存性の糖ホスホトランスフェラーゼ系PTSにおける糖特異性透過酵素は、構造が異なる少なくとも3つのドメインIIA、IIB、及びIICからなり、これらは、単一ペプチド鎖中に併せて融合されている場合も、相互作用する2又は3本の鎖として存在する場合もあるSaierandReizerJBacteriol17414331438。IIAドメインPFAMアクセッション番号PF00359は、第1の透過酵素特異的リン酸化部位、すなわちホスホ-HPrによってリン酸化されるヒスチジンを有する。第2のドメインIIBPFAMアクセッション番号PF00367は、透過酵素に応じて、ホスホ-IIAによって、システイニル残基又はヒスチジル残基でリン酸化される。最後に、IICドメインPFAMアクセッション番号PF02378によって触媒される過程によって、このホスホリル基が、IIBドメインから糖基質に転移され、この過程は、糖の膜貫通輸送と共役している。本発明のホスホエノールピルビン酸PTSタンパク質には、配列番号:72のものが含まれる。PTSは、細菌の主要炭水化物輸送系であって、糖基質のリン酸化を、それらが細胞膜を横切って流入してくるのと同時に触媒するMeadowetalAnnuRevBiochem59497542;及び、PostmaetalMicrobiolRev57543594。PTSの一般機構は次の通りである。すなわち、ホスホエノールピルビン酸PEPのホスホリル基がPTSの酵素IEIに転移され、次にこの酵素Iが、それをホスホリル担体タンパク質HPrに転移させる。その後、ホスホ-HPrが糖特異性透過酵素にホスホリル基を転移させる。PTS系タンパク質の触媒活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である。本発明のPTS系タンパク質には、配列番号:32、34、50、56、及び58のものが含まれる。MIP主要内在性タンパク質ファミリータンパク質PFAMアクセッション番号PF00230は、1アクアポリンによる特異的な水透過、及び2グリセロール促進物質によるグリセロール輸送などの、小さな中性溶質の輸送という、本質的には2つの異なったタイプのチャンネル特性を示すFrogeretalProteinSci714581468。細菌のグリセロール促進タンパク質遺伝子glpFは、細胞質膜を横切るグリセロールの移動を促進するものであり、このファミリーのメンバーである。MIPファミリータンパク質は、6つのTMドメインを含有すると考えられている。輸送活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、LuetalBiophysJ8529772987を参照。本発明のMIP様タンパク質には、配列番号:36のものが含まれる。ABC輸送体PFAMアクセッションPF00005は、様々な化合物の、生体膜を通した移行の原因となるタンパク質の大ファミリーを形成している。それらは、異分泌物質allocriteの結合及び輸送の原因となる2つの膜貫通ドメインTMDと、ATP加水分解エネルギーを、TMDにおける立体配座変化に共役させる原因となる2つのヌクレオチド結合ドメインNBDとを備えた最少4ドメインで構成される。NBDは両方ともATP加水分解を行うことができ、そして、一方のNBDにおける加水分解を阻害することによって、もう一方での加水分解が効果的に抑制される。このファミリーに属するタンパク質は、1コピー又は2コピーのAコンセンサス配列WalkerofalEMBOJ1945951、又はPループSarasteetalTrendsBiochemSci15430434を含有する。ATPの結合及び輸送を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、HungetalNature396703707;HigginsetalJBioenergBiomembr22571592を参照。本発明のABC輸送体タンパク質には、配列番号:40及び42が含まれる。細菌の結合タンパク質依存性輸送系は、通常、周辺質基質結合タンパク質と、1つ又は2つの相互に相同な内在性膜タンパク質PFAMアクセッション番号PF00528と、エネルギーを能動輸送系に共役させる、1つ又は2つの表在膜ATP結合タンパク質とで構成される多成分系であるAmesAnnuRevBiochem55397425HigginsetalJBioenergBiomembr22571592。内在性膜タンパク質は、基質を、膜を横切って移行させる。これらのタンパク質の大部分は、それらのC末端から80~100残基の辺りに位置する保存領域を含有することが示されているDassaandHofnungEMBOJ422872293SaurinetalMolMicrobiol29931004。この領域は、2つの膜貫通ドメインの間の細胞質ループに位置するものと考えられるPearceetatMolMicrobiol64757。輸送を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、HungetalNature396703707HigginsetalJBioenergBiomembr22571592を参照。本発明のABC輸送体タンパク質には、配列番号:44及び46のものが含まれる。透過酵素ファミリーPFAMアクセッション番号PF00860のメンバーは、10本の膜貫通ヘリックスを有すると予測されている。輸送を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、HungetalNature396703707HigginsetalJBioenergBiomembr22571592を参照。本発明の透過酵素タンパク質には、配列番号:48のものが含まれる。ヘリックスターンヘリックスモチーフを介してDNAに結合する多くの細菌性転写調節タンパク質は、配列類似性に基づいてサブファミリーに分類することができる。あるそのようなファミリーPFAMアクセッション番号PF00392は、gntR、hutC、korA、ntaR、大腸菌タンパク質A、P30、fadR、exuR、farR、dgoR、及びphnFを含めた様々なタンパク質を1つに分類するHaydonandGuestFEMSMicrobiolLett63291295BuckandGuestBiochemJ260737747WeizeretalMolMicrobiol510811089。このファミリーでは、HTHモチーフがN末端側に位置している。転写因子の活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、参照。本発明の転写調節タンパク質には、配列番号:52のものが含まれる。アルファアミラーゼPFAMアクセッションPF00128はグリコシル加水分解酵素のファミリー13として分類される。アルファアミラーゼの構造は、活性部位を含有する8本のアルファ/ベータバレルと、これを中断し、ベータ鎖3及びアルファヘリックス3の間に突出する約70アミノ酸のカルシウム結合ドメインと、C末端のギリシアキーベータバーレルドメインとからなる。アルファアミラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、DasetalBiotechnolApplBiochemMar25GrzybowskaetalMolBiotechnol26101110を参照。本発明のα-アミラーゼタンパク質には、配列番号:54のものが含まれる。リボソームは、すべての生物においてmRNAによって指示されたタンパク質合成を触媒する粒子である。mRNAのコドンは、tRNA結合を可能とするようにリボソーム上で露出する。これが、遺伝情報に従って、成長中のポリペプチド鎖へのアミノ酸の取込みに至る。入ってくるアミノ酸単量体は、伸長因子TuEF-Tu及びGTPと複合体を形成したアミノアシルーtRNAの形態でリボソームA部位に入る。次に、ペプチジルtRNAとしてP部位に位置している成長中のポリペプチド鎖が、アミノアシルーtRNAに移行し、1残基伸長された新規のペプチジルtRNAが、延長因子GEF-G及びGTPの補助を用いて、P部位に移行し、その際、脱アシル化されたtRNAは、リボソームから1つ又は複数の出口部位で遊離されるRamakrishnanandMooreCurrOpinStructBiol11144154MaguireandZimmermannCell104813816。リボソームの質量の約2/3がRNAからなり、1/3がタンパク質からなる。タンパク質は、それらが属するリボソームのサブユニット、スモールS1からS31まで及びラージL1からL44までに応じて命名されている。通常それらは、サブユニットのrRNAコアを装飾する。本発明のリボソームS様、及びL様のタンパク質には、配列番号:100、108、118、122、134、150、152、158、164、166、及び168のものが含まれる。多くのリボソームタンパク質、特にラージサブユニットのものは、rRNAコアの構造を安定させるためにその中に伸長する長い指型の突出を有する、球形の、表面に露出したドメインで構成されている。タンパク質の大部分は、複数のRNAエレメントと相互作用し、異なったドメインからのエレメントと相互作用することも多い。ラージサブユニットでは、23SリボソームRNAヌクレオチドのうち約1/3が、タンパク質と少なくともファンデルワール接触を有し、L22は、23SリボソームRNAの6つのドメインすべてと相互作用する。タンパク質S4及びS7は、16SリボソームRNAの組み立てを開始するが、これらは、それぞれ、5本及び4本のRNAヘリックスの接合部に位置する。このようにして、タンパク質はリボソームRNAの三次構造を組織化して、安定化させる働きがある。解読及びペプチド転送における重要な活性はRNAベースであるが、タンパク質は、タンパク質合成の過程を能率化するように進化してきたかもしれない機能において積極的な役割を果たしている。多くのリボソームタンパク質は、リボソーム中でのそれらの機能に加えて、リボソームの外での何らかの機能を有するMaguireandZimmermannsupraChandraandLiljasCurrOpinStructBiol10633636。本発明のリボソームS4様及びS7様のタンパク質には、配列番号:116及び120のものが含まれる。リボソームタンパク質S12PFAMアクセッション番号PF00164は、スモールリボソームサブユニットのタンパク質の1つである。大腸菌では、S12が翻訳開始段階に関与していることが知られている。それは120~150のアミノ酸残基の極めて塩基性のタンパク質である。S12は、配列類似性に基づいて分類されたリボソームタンパク質ファミリーの1つに属する。このタンパク質は、通常、細菌ではS12として、真核生物ではS23として、古細菌ではS12又はS23のいずれかとして知られている。本発明のリボソームS12様タンパク質には、配列番号:62のものが含まれる。エノラーゼ2-ホスホ-D-グリセラート加水分解酵素は、2-ホスホグリセレートとホスホエノールピルビン酸との相互変換を触媒する、解糖系の必須酵素であるLaletalPlantMolBiol16787795PeshavariaandDayBiochemJ275427433。エノラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、WhitingetalJMedMicrobiol51837843を参照。本発明のエノラーゼ様タンパク質には、配列番号:66のものが含まれる。伸長因子は、タンパク質の生合成中においてリボソームA部位へのアミノアシルーtRNAのGTP依存性結合を促進するタンパク質の1ファミリーに属し、A部位からP部位への合成したタンパク質鎖の移行を触媒する。これらのタンパク質は、それらのC末端近傍において、すべてのものが比較的に類似しており、リゾビウムメリロチRhizobiummelilotiの根粒形成Qタンパク質、細菌のテトラサイクリン耐性タンパク質LeBlancetalJBacteriol17036183626、及び、酵母の全能抑制タンパク質2omnipotentsuppressorprotein2を含めた一連のタンパク質にも強い類似性を示す。原核生物及び真核生物の両方で、3つの明確なタイプの伸長因子がある。すなわち、EF-1アルファEF-Tuは、GTP及びアミノアシルーtRNAに結合して、後者をリボソームのA部位に送達し;EF-1ベータEF-Tsは、EF-1a/EF-Tuと相互作用して、GDPを置換除去し、それによって、GTP-EF-1aの再生を可能にし;EF-2EF-Gは、GTP及びペプチジルtRNAに結合して、後者をA部位からP部位に移行させる。EF-1では、特定の領域が、GTPからGDPへの加水分解によって媒介される立体配座変化に関与すること示されているMolleretalBiochimie69983989。この領域は、EF-1アルファ/EF-Tuの両方で、さらにEF-2/EF-2Gでも保存されており、したがって、非開始性のtRNAをリボソームに結合させるGTP依存性タンパク質に典型的なものと考えられる。延長因子Tuは3つの構造ドメインからなる。EF-Tuタンパク質PFAMアクセッションPF00009のGTP結合ドメインはPループモチーフを含有する。第2のドメインPFAMアクセッションPF03144は、バレル構造をとり、負荷されたtRNANissenetalsupraへの結合に関与する。このドメインは、延長因子Gや翻訳開始因子IF-2などの他のタンパク質でも見出されている。第3のドメインPFAMアクセッションPF03143は、ベータバレル構造をとり、負荷されたtRNAへの結合NissenetalScience27014641472と、EF-Tsへの結合WangetalNatStructBiol4650656との両方に関与する。伸長因子活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、HunterandSpremulliBiochemistry4369176927を参照。本発明の伸長因子Tu様タンパク質には、配列番号:68のものが含まれる。使用の方法FOS又は複合糖質を代謝できて、伝統的又は新規の代謝産物を生成して、それによって、より効率的又は経済的なバイオプロセスを可能にする菌株、或いは、その菌株をプロバイオティック細菌として投与する宿主動物の胃腸管での、生存、増殖、コロニー形成、又は常在をよりよくできる菌株を提供するために、発酵に用いられる微生物の特性を改変する方法が提供される。一実施形態では、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドの発現又は過剰発現によって、細菌の成長速度を変調することができる。成長速度は、生物又は培養物の成長速度における一尺度を意図する。微生物が連続的な液体培養中で指数関数的な増殖速度で成長する場合、細胞質量の増大は、特定の増殖速度定数μ:dP/dt=μ×Pで表すことができ、式中、Pは細胞質量であり、tは時間である。過剰発現は、野生型の細菌で生産されたものとの比較において、改変された細菌で生成される、注目しているタンパク質の量が増大していることを意図する。細菌の成長速度を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、BruinenbergetalApplEnvironMicrobiol587884を参照。別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドは、FOS及び/又は他の複合糖質を代謝する、細菌の能力を増強するのに有用である下記、実施例1を参照。別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドは、宿主の胃腸管でコロニー形成する細菌の能力を改変するのに有用である。さらに別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドは、哺乳動物の胃腸管で有益な片利共生体の成長を刺激するのに有用である。以下の実施例は、本発明をより完全に例示するために提供するものであって、本発明の限定として理解するべきではない。アシドフィルス菌によるフルクトオリゴ糖利用に関与するオペロンの機能及び比較ゲノム解析宿主によって消化されない基質を利用する、選択された腸微生物の能力は、哺乳動物の胃腸GI管で成功裏にコロニー形成する、それらの能力において重要な役割を果たしているであろう。様々な炭水化物の代謝可能性は、口腔におけるミュータンス連鎖球菌の齲食原性活性1、様々な環境適所へのラクトバシラスプランタルムの適応2、及び大腸におけるビフィオバクテリアムロンガムの常在3に関連しており、複合炭水化物を利用することの競合的な恩恵を例示するものである。プレバイオティクスは、宿主腸に常在する有益な微生物菌株の成長及び/又は活性を、選択的に刺激する消化されない食品成分である4。プレバイオティクスとして認定されている糖の中で、フラクトオリゴ糖FOSは、食品製品及び栄養補給剤で商業的に使用されているフルクトースポリマーの多様性のあるファミリーであり、それらは、長さが異なり、単純なフルクトースポリマーの誘導体である場合も、ショ糖分子に結合したフルクトース部分である場合もある。連結及び重合度は大きく変動しうる通常は2から60の部分ものであって、イヌリン、レバン、オリゴフルクトース、及びネオシュガなど、いくつかの名前が、それに応じて使用される。主に小麦、タマネギ、アーティチョーク、バナナ、及びアスパラガスに由来するそのような化合物4、5の平均的な一日当たり摂取量は、かなり多く、平均的なアメリカ人の食事で、ほぼ2.6gのイヌリン、及び2.5gのオリゴフルクトースが消費される5。FOSは、上部胃腸管内では消化されず、ヒトの下部胃腸管に常在する4、10様々な乳酸菌によって分解することができる6~9。FOS及び他のオリゴ糖は、腸の微生物相の組成を有益に変調すること、特にビフィズス菌及び乳酸菌を増加させることがinvivoで示されている4、10、11。特に様々なアシドフィルス菌株が、アラビノガラクタン、アラビノキシラン、及びFOS6、9などのいくつかの多糖及びオリゴ糖を利用することが示されている。アシドフィルス菌NCFMゲノムの中の特定の遺伝子座をinsilico分析することによって、プレバイオティクスの輸送及び加水分解に関与している可能性のあるタンパク質をコードする遺伝子クラスターの存在が明らかになった。アシドフィルス菌NCFMによる、FOSの輸送及び異化の遺伝学的基礎を明らかにするために、この特定のクラスターに関して、コンピューターによる分析と、機能的な分析とを行った。菌株及び培地この研究で用いられた菌株はアシドフィルス菌NCFMである12。培養は、MRSブロスDifco社製中、37°Cで、好気的に増殖させた。準合成培地は、1バクトペプトンw/vDifco社製、0.5の酵母抽出物w/vDifco社製、0.2リン酸二カリウムw/vFisher社製、0.5酢酸ナトリウムw/vFisher社製、0.2アンモニウムクエン酸w/vSigma社製、0.02硫酸マグネシウムw/vFisher社製、0.005硫酸マンガンw/vFisher社製、0.1トゥイーン80v/vSigma社製、0.003ブロムクレゾールパープルv/vFisher社製、及び1の糖w/vからなるものであった。添加した炭水化物は、グルコースブドウ糖Sigma社製、果糖Sigma社製、ショ糖Sigma社製、又はFOSであった。2つのタイプの複合炭水化物をFOSとして用いた。すなわち、β-2,1で連結された2、3、又は4つのフルクトシル部分にα-1,2で連結されたグルコース単量体からなり、それぞれ、ケストースGF2、ニストースGF3、及びフラクトフラノシル-ニストースGF4を形成するGFn混合物RHutkins社製;並びに、イヌリン加水分解に由来するラフティロースraftiloseOrafti社製からなるFn混合物である。炭水化物補足がない場合、準合成培地は、OD600nm約0.2を超えるまで細菌増殖を維持することができなかった。推定上のmsmオペロンのコンピューター分析推定上のmsm多重糖代謝オペロンを含有する、10kbpのDNA遺伝子座が、アシドフィルス菌NCFMゲノム配列から同定された。オープンリーディングフレームの予測は、4つのコンピュータプログラム、すなわち、Glimmer13、14、CloneManagerScientificandEducationalSoftware社製、NCBIORFcaller、及びGenoMaxInforMaxInc社製、MDによって実行した。Glimmerは、公共のデータベースで利用可能なアシドフィルス菌の遺伝子1セットを用いて事前に訓練した。予測されたオープンリーディングフレームを推定タンパク質に翻訳して、BlastP分析に提出した15。RNAの単離及び分析全RNAは、販売会社の説明書に従って、TRIzolGibcoBRL社製を用いて単離した。細胞をログフェーズの中間で遠心2分間、14,000rpmによって採取して、氷上で冷却した。ペレットをTRIZOLでボルテックスすることによって再懸濁し、1分のビーズ殴打beadbeatingと、氷上での1分とのサイクルを5回行った。次に、3回のクロロホルム抽出を用いて核酸を精製し、イソプロパノールを用いて沈殿させ、12,000rpmで10分間、遠心を行った。RNAペレットを、70エタノールで洗浄し、DEPC処理水に再懸濁した。RNA試料を販売会社BoehringerMannheim社の説明書に従ってDNアーゼIで処理した。第1鎖cDNAは、販売会社の説明書に従って、Invitrogen社製RT-PCRキットを用いて合成した。次に、cDNA産物を、注目している遺伝子の内部にあるプライマーでPCRを用いて増幅した。RNAスロットブロットには、スロットブロット装置BioDotSF、BioRad社製を用いて、RNA試料をニトロセルロース膜BioRad社製に転写して、このRNAをUVで膜に架橋結合させた。PCRによって生成されて、アガロースゲルから精製GeneCleanIIIキット、MidwestScientific社製されたDNA断片を用いて、ブロットのプロービングを行った。プローブは、Amersham社製Multiprimeキットを用いてα-32Pで標識したが、これらは、msmE及びbfrA遺伝子の内部の、それぞれ700bp及び750bpの断片からなるものであった。ハイブリダイゼーション及び洗浄は、販売会社BioDot精密濾過装置、BioRad社製の説明書に従って行い、放射性シグナルはKodak社製Biomaxフィルムを用いて検出した。プライマーは、表3に記載する。比較ゲノム解析コンピューターによるアシドフィルス菌NCFMゲノムのデータマイニングの後に、フルクトシダーゼ遺伝子を有する遺伝子クラスターを選択した。加えて、フルクトシダーゼEC3.2.1.26のオーソログを含有するか、或いは、α-ガラクトシダーゼEC3.2.1.22と関連したABC輸送系を有する微生物クラスターも、公共データベースNCBI、TIGRから選択した。ショ糖オペロンは、3つ又は4つのエレメント、すなわち、調節因子、ショ糖PTS輸送体、ショ糖加水分解酵素、場合によっては、フルクトキナーゼからなる広範に分布したクラスターである。2つの遺伝子クラスターアラインメントが生成した。すなわち、iショ糖加水分解酵素を伴うPTS輸送系を有するショ糖オペロンに類似性を示すPTSアラインメント;及び、ii通常、ガラクトシダーゼに関連したABC輸送系を有する多重糖代謝クラスターに類似性を示すABCアラインメントである。配列情報は表4で得ることができる。進化系統樹ヌクレオチド配列及びタンパク質配列のアラインメントは、CLUSTALWアルゴリズム16を用いてコンピューターで行った。多重アラインメントの結果は、MEGA217を用いて、ルートなしのunrooted近隣結合進化系統樹を生成するのに用いた。16SrRNA遺伝子から得られた進化系統樹に加えてABC輸送体、PTS輸送体、転写調節因子、フルクトシダーゼ、及びフルクトキナーゼの系統樹も生成させた。遺伝子不活性化遺伝子不活性化は、相同組換を介した、アシドフィルス菌染色体への部位特異的なプラスミド組込によって行った18。msmE及びbfrA遺伝子の内部断片は、大腸菌を宿主として用いてpORI28にクローニングし19、次に、コンストラクトを精製して、アシドフィルス菌NCFMの形質転換に用いた。様々な炭水化物基質で成長する、突然変異株の能力は、成長曲線を用いて調査した。菌株は、0.5w/vの炭水化物が補足された準合成培地で成長させた。msmオペロンのコンピューター分析4つのORF呼び出しORFcallingプログラムを用いたmsm遺伝子座の分析によって、7つの推定上のORFの存在が明らかになった。コードされているタンパク質の大部分は、ミュータンス連鎖球菌に存在しているmsmオペロンのもの20に相同であったので、同様の遺伝子命名法を用いた。予測されたORFの分析によって、LacIリプレッサーファミリーの転写調節因子であるMsmR配列番号:172;ATP結合カセットABCファミリーの4成分輸送系であるMsmEFGK配列番号:2、4、6、10;並びに、糖質代謝に関与する2つの酵素、すなわち、フルクトシダーゼEC3.2.1.26、BfrA配列番号:8;及び、スクロースホスホリラーゼEC2.4.1.7、GtfA配列番号:12の存在を示した。推定上のシャインダルガーノ配列である、5’AGGAGG3’は、msmE開始コドンの上流10bp以内に見出された。2回対称解析dyadsymmetryanalysisによって、推定上のRho非依存性転写ターミネーターとして作用するかもしれない2つのステムループ構造の存在が明らかになった。これらのうちの1つは、msmKとgtfAとの間bp6986と7014との間にあり、自由エネルギーが13.6kcal.mol-1であるが、もう1つは、推定上のオペロンにおける最後の遺伝子の20bp下流bp8,500と8,538との間にあり、自由エネルギーが16.5kcal.mol-1である。オペロン構造は図1に示す。調節因子配列番号:172は、2つの異なるドメイン、すなわち、予測上のヘリックス回転ヘリックスモチーフpfam00354を有する、アミノ末端のDNA結合ドメインと、カルボキシ末端pfam00532の糖結合性ドメインとを含有するものであった。輸送エレメントは、典型的なABC輸送系の異なるサブユニットに特徴的である、周辺質溶質結合タンパク質pfam01547、2回膜貫通型透過酵素pfam00528、及び細胞質ヌクレオチド結合タンパク質pfam00005からなるものであった21。推定上のアンカリングモチーフLSLTG配列番号:201は、基質結合タンパク質のアミノ末端に存在していた。各透過酵素は、計算によって予測される5箇所の膜貫通領域を含有してした22。最近になって配列決定された微生物ゲノムにおけるABC輸送体の分析によって、4つの特徴的な配列モチーフが定義された23、24。予測上のMsmK配列番号:10タンパク質は、ABCにおける4つの保存されているモチーフすべて、すなわち、ウォーカーWalkerA:GPSGCGKST配列番号:202コンセンサスGxxGxGKST、配列番号:203、又は[AG]xxxxGK[ST]、配列番号:204;ウォーカーB:IFLMDEPLSNLD配列番号:205コンセンサスhhhhDEPT、配列番号:206、又はDexxxxxD、配列番号:207;ABCシグニチャー配列signaturesequence:LSGG配列番号:208;、リントンとヒギンズのモチーフLintonandHigginsmotif:IAKLHQ配列番号:209コンセンサスhhhhH/-、配列番号:210、hは疎水性、/-は荷電残基を含んでいた。推定上のフルクトシダーゼ配列番号:8は、グリコシルヒドロラーゼpfam00251に高い類似性を示した。推定上のスクロースホスホリラーゼ配列番号:12は、ミュータンス連鎖球菌のものと63の残基同一性を共有していた。近接した遺伝子の糖誘導及び同時発現RT-PCR及びRNAスロットブロットを用いたmsmオペロンの転写分析は、ショ糖、及び両方のタイプのオリゴフルクトースGFn及びFnが、msmE配列番号:2及びbfrA配列番号:8の発現を誘導できることを示した図2A。対照的に、グルコース及び果糖は、それらの遺伝子の転写を誘導しなかった。これは、容易に発酵されない糖に対する特異性と、炭水化物利用性に基づく調節システムの存在を示すものである。FOSと、容易に発酵可能な糖との両方が存在する状態では、グルコースによって、msmE配列番号:2の発現が、低濃度で存在する場合でさえ抑制されており、一方、果糖はそのようではなかった図2B。オリゴフルクトースによって誘導された転写産物の分析は、このオペロンにある全遺伝子がミュータンス連鎖球菌msmオペロン25と一致した方法で同時発現されることを示した図6。変異体表現型分析様々な炭水化物で成長するbfrAフルクトシダーゼ配列番号:8変異体株と、msmEABC輸送体配列番号:2変異体株の能力を、600nmの光学濃度及びコロニー形成単位cfuの両方によってモニターした。これら変異体は、グルコース、果糖、ショ糖、ガラクトース、ラクトース、及びFOS-GFnにおいて、対照株、すなわち、同様にプラスミド組込によって生成されたアシドフィルス菌親株であるlacZ変異体図7と同様の様態で増殖する能力を保持していた18。この菌株は、同様に、遺伝子不活性化に用いられたプラスミドを1コピー、ゲノム中に組み込んで、有しているので選択した。対照的に、bfrA配列番号:8変異体、及びmsmE配列番号:2変異体の両方が、おそらく準合成培地からの単炭水化物使い果たして、FOS-Fnでの成長を未熟な状態で停止した図3。msmE配列番号:2変異体は、1回の継代の後で、FOS-Fnでの成長の遅延を示し、一方、bfrA配列番号:8変異体は成長することができなかった図3。さらに、FOS-Fnで育てられた終夜培養物の最終細胞数は、変異体が有意に低く、特に1回継代させた後に低かった図7。比較ゲノム解析及び遺伝子座アラインメントアシドフィルス菌、ミュータンス連鎖球菌、肺炎連鎖球菌、枯草菌、及びバシラスハロデュランスの間における遺伝子構造の比較ゲノム解析は、中核の糖ヒドロラーゼを除いて、msmクラスター中に高度のシンテニーがあることを明らかにした図4A。対照的に、ショ糖オペロンでは、遺伝子含量は一貫していたが、遺伝子順序はあまり保存されていなかった図4B。乳酸菌は様々なショ糖オペロンを示し、調節因子及びヒドロラーゼは、輸送体及びフルクトキナーゼと反対方向に転写される。対照的に、プロテオバクテリアでは遺伝子構造が可変であった。カタボライト応答エレメントcre分析msmE配列番号:2遺伝子上流のプロモーター-オペレーター領域の分析は、30ヌクレオチド離れた2つの17bpの回文構造の存在を明らかにしたが、これは、グラム陽性菌、特に枯草菌のカタボライト抑制を制御するシス作用部位のコンセンサス配列と高い類似性を示すものであった27~29。枯草菌及びミュータンス連鎖球菌27-30で見出されているものによく類似したいくつかのcre様配列も、アシドフィルス菌NCFMショ糖オペロンのプロモーター-オペレーター領域から得られており、また、他のmsm遺伝子座でも同様であった表2。興味深いことに、アシドフィルス菌のmsmオペロンで見出されたcre様エレメントにほとんど同一の配列が、肺炎連鎖球菌におけるmsm遺伝子座のプロモーター-オペレーター領域で見出された表2。このプロモーターエレメントは、GFn及びFnによって誘導可能であるが、グルコースによって抑制されることが判明した図1。調節タンパク質ORF500配列番号:172と、プロモーター領域及びcre調節エレメント配列番号:174及び175をコードする、ORF500及び502の間の遺伝子間領域とを、異種配列例えば、アンチセンスRNA、遺伝子、及びタンパク質の制御された誘導性発現用の発現ベクターに使用できるかもしれない。考察アシドフィルス菌NCFMのmsmオペロンは、フルクトシダーゼと随伴したABC輸送体をコードしており、これらは両方とも、FOSの存在下で誘導される。ショ糖、及び両方のタイプのオリゴフルクトースは、このオペロンの発現を誘導したが、グルコース及びフルクトースは誘導しなかった。さらに、グルコースはオペロンの発現を抑制し、これは利用性に基づいて好まれる炭水化物の利用を調節する機構が存在することを示していた。FOS及びショ糖による特異的誘導、並びにグルコースによる抑制は、転写制御の存在を示し、これは、枯草菌28及びミュータンス連鎖球菌30で見出されているものと同様に、おそらくオペレーター-プロモーター領域に存在するcreを介するものであった。カタボライト抑制は、グラム陽性菌において広範に分布しており、通常、カタボライト応答エレメントによってcisに、LacIファミリーのリプレッサーによってtransに媒介される機構であって、容易に発酵させることができる糖29、31、32の存在下で分解酵素をコードする遺伝子の転写抑制の原因となる。微生物によるフラクトオリゴ糖の利用には、様々な酵素、すなわち、フルクトシダーゼEC3.2.1.2633、34、イヌリナーゼEC3.2.1.735~37、レバナスlevanaseEC3.2.1.6538、フルクトフラノシダーゼEC3.2.1.2639、40、41、フルクタナーゼEC3.2.1.807、及びレバンビオヒドラーゼlevanbiohydrolaseEC3.2.1.6442、43が関与している。意味論的に多様ではあるが、これらの酵素は、機能的に関係しており、グリコシルファミリー32及び6844の両方のメンバーを組み込んだ、同じβ-フルクトシダーゼスーパーファミリーのメンバーであるとみなすべきである。それらの酵素はすべて、保存モチーフH-x2-P-x4-[LIVM]-N-D-P-N-G配列番号:211を共有しており、かつ、すべてが、フルクトースを遊離させる、β-D-フルクトシド連結の加水分解に関与している。一般的には、属の異なるフルクトシダーゼでは、約25~30の同一性、及び35~50の類似性30を共有し、いくつかの領域は、グリコシルヒドロラーゼ32ファミリー44全体で広く保存されている。フルクタンヒドロラーゼの酵素活性に関与していることが示されている2つの残基、すなわちAsp47及びCys23033、45も、NDPNG配列番号:212、FRDP配列番号:213、ECPモチーフ33、44などの、ベータフルクトシダーゼスーパーファミリーで強く保存されているモチーフと同様に、すべてのフルクトシダーゼ配列において極めてよく保存されていた図8B。アシドフィルス菌フルクトシダーゼが、サーモトガマリチマTmaritima及びミュータンス連鎖球菌のFruAという、オリゴフルクトース加水分解に実験的に関連づけられている二酵素33、34に類似していた図5Bを参照ので、発明者らは、BfrAがFOS加水分解に関与しているものと仮定した。誘導及び遺伝子不活性化のデータは、msm遺伝子座とFOSの関連物との相関関係を確認するものであった。アシドフィルス菌のBfrAフルクトシダーゼは、サーモトガマリチマのものに最も類似しているが、この酵素は、エキソ型の様式で、ショ糖、ラフィノース、レバンβ2,6、及びイヌリンβ2,1から果糖を遊離させる能力を有する33。この酵素は、実験的に特徴付けられている他の酵素にもよく類似しており、ミュータンス連鎖球菌30及びラエバニフォルマンス菌Mlaevaniformans43によるFOS化合物の加水分解にも関与していた。ミュータンス連鎖球菌によるFOS分解の分析は、FruAがレバン、イヌリン、ショ糖、及びラフィノース7、20、30、34の加水分解に関与していることを示した。さらに、この遺伝子の発現がカタボライト応答エレメントによって調節されていること30、32、及びfruAの転写は、レバン、イヌリン、及びショ糖によって誘導されるが、容易に代謝できるヘキソースによって抑制されることが示された30、34。FruAは、ミュータンス連鎖球菌では、LPxTG配列番号:214モチーフ46によって細胞壁に固着される細胞外酵素であって、細胞外で利用可能な複合炭水化物の分解を触媒することが示された。加えて、ラエバニフォルマンス菌のLevM43や、ストレプトマイセスエクスフォリアタスSexfoliatusのレバンビオヒドロラーゼlevanbiohydrolase42などのFOS加水分解に関連している微生物フルクトシダーゼも、細胞外酵素として報告されている。対照的に、アシドフィルス菌のNCFMフルクトシダーゼは、アンカリングシグナルを含有しておらず、したがって、細胞膜を横切る基質の輸送を必要とする細胞質酵素のようである。アシドフィルス菌のゲノム配列では、さらなる分泌性のレバナーゼlevanaseもイヌリナーゼも見出されてはいない。輸送体遺伝子は、輸送される化合物47の代謝に関与する遺伝子と同時発現されることが多いので、msmオペロンのインシリコ分析は、フルクトシダーゼの基質がABC輸送系によって輸送されることを示す。これはかなり珍しいことであるが、それは、フルクトシダーゼ遺伝子は、フルクトシダーゼが細胞外にない時には、通常、ショ糖PTS輸送体に付随しており図4、これはラクトコッカス、連鎖球菌、及び桿菌48、49で著しく、或いは、ビフィオバクテリアムロンガムのように主要促進物質ファミリーのショ糖透過酵素に付随しているからである。PTS輸送体に付随しているそれらのフルクトシダーゼは、通常、FOSを同種基質cognatesubstrateとして有さないショ糖-6-リン酸ヒドロラーゼである。したがって、アシドフィルス菌NCFMでは、通常、α-ガラクトシダーゼを随伴しているABC輸送系を、msm遺伝子座で、フルクトシダーゼと連結しているのかもしれない。NCFMの遺伝子構造は、一見したところ特徴的なもので、もっぱら肺炎連鎖球菌のものに類似している。さらに、ラクトバシラスパラカゼイLparacaseiにおける最近の証拠は、ABC輸送系がFOS関連のものに関与しているかもしれないことを示唆した50が、これは、アシドフィルス菌ではFOSがABC輸送体によって輸送されるという仮説を支持するものである。細菌ゲノムでは、横の遺伝子移行LGTによってかなりの数の遺伝子が説明されることを示すものが日に日に増加しており51、これは、ピロリ菌Hpylori52、カンピロバクタージェジュニCjejuni53、肺炎連鎖球菌54、及びサーモトガマリチマ55で示されているように、微生物で見出される株特異的な遺伝子の大部分を説明するものかもしれない。とりわけ、サーモトガマリチマでは、糖輸送及び多糖分解に関与する遺伝子がバリアブル遺伝子の大部分を表し、ABC輸送体が最も高い遺伝子水平伝播頻度を有する55。加えて、最近になって、ビフィオバクテリアムロンガムのオリゴ糖異化能は、ヒト胃腸管3への適応の一部として、水平移動によって拡大されること、及びラクトバシラスプランタルムにおける大きなセットの糖摂取及び糖利用の遺伝子は、LGTを介して取得される2ことが示唆された。複合的で消化されない糖の輸送及び異化に関連した遺伝子クラスターを取得すれば、腸の微生物は大きな恩恵を受けるであろうし、特に、それらが宿主の胃腸管で成功裏にコロニー形成するための競争力が与えられた場合にはことさらであろう。アシドフィルス菌は、ラフィノースオペロン由来のABC輸送系を、β-フルクトシダーゼと併せて、FOSを含めたプレバイオティック化合物の輸送及び異化に関与する異なった遺伝子クラスターを形成した。これは、糖の異化システムを、他の複合糖質に向けて適応させることが可能であると示唆するものであった。このオペロンの異化特性は、ラフィノースオペロンやショ糖オペロン図9のものとは異なるかもしれない。バリアブル遺伝子に関しては、環境要因や生態が系統学よりも優性かもしれないという理論55の観点に照らせば、アシドフィルス菌は、横の遺伝子移行を介してFOS関連の能力を取得したか、或いは、ヒト胃腸管でのコロニー形成に向けて競争力を養うために、最終的には、より有益な微生物相に寄与するプレバイオティック化合物を用いることによって、遺伝子構造の再編成を行った可能性がある。この経路は、複合炭水化物が、個々の糖残基例えばフルクトースの細胞内加水分解の前に、細菌によって内在化される点で独特である。この過程は、他の競合微生物に利用可能な、細胞外の発酵性糖を最少にするものである。対照的に、FOSを利用する他の機構では、細胞外でのFOS加水分解を促進する。その結果、アシドフィルス菌のFOS関連の機構は、プレバイオティクスが利用可能である場合には、腸のプロバイオティック生物に、競合における明確な有利性を付加することができる。FOSオペロンを他の有益なプロバイオティック細菌又は乳酸菌に移行させることによって、発酵基質として複合糖質を有する様々な生態系で、FOS様のプレバイオティック化合物を内在化して、その後利用しそれらの競争を改善する能力を与えることができる。アミノ酸配列のギャップつきBlastP結果ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:2415アミノ酸における、アミノ酸1~415がアシドフィルス菌Lactobacillusacidophilusの基質結合タンパク質MsmEであるタンパク質アクセッション番号AAO21856.1と約94の同一性、アミノ酸3~415が肺炎連鎖球菌StreptococcuspneumoniaeのABC輸送体基質結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_359212.1と約48の同一性、アミノ酸20~407がアグロバクテリウムツメファシエンスAgrobacteriumtumefaciensの糖結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_396198.1と約26の同一性、アミノ酸70~391がネンジュモ属諸種Nostocspの糖ABC輸送体糖結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_488317.1と約25の同一性、アミノ酸70~391がノストックパンクチフォルムNostocpunctiformeのABC型糖輸送系、周辺質成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00112296.1と約25の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:4294アミノ酸における、アミノ酸1~294がアシドフィルス菌の膜貫通透過酵素MsmFであるタンパク質アクセッション番号AAO21857.1と約90の同一性、アミノ酸10~269が肺炎連鎖球菌のABC輸送体膜貫通型透過酵素-糖輸送体であるタンパク質アクセッション番号NP_359211.1と約57の同一性、アミノ酸11~268がサーモアナエロバクターテンコジェネシスThermoanaerobactertengcongensisのABC型糖輸送系、透過酵素成分であるタンパク質アクセッション番号NP_622453.1と約40の同一性、アミノ酸32~268がリステリアモノサイトゲネスListeriamonocytogenesの推定上の糖ABC輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質アクセッション番号NP_464293.1と約40の同一性、アミノ酸32~268がリステリアイノクアListeriainnocuaの推定上の糖ABC輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質アクセッション番号NP_470102.1と約40の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:6285アミノ酸における、アミノ酸1~285がアシドフィルス菌の膜貫通透過酵素MsmGであるタンパク質アクセッション番号AAO21858.1と約96の同一性、アミノ酸12~285が肺炎連鎖球菌のABC輸送体膜貫通型透過酵素-糖輸送体であるタンパク質アクセッション番号NP_359210.1と約56の同一性、アミノ酸13~281がリステリアモノサイトゲネスのABC輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質アクセッション番号NP_464294.1と約31の同一性、アミノ酸13~285がリステリアイノクアのABC輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質アクセッション番号NP_470103.1と約31の同一性、アミノ酸10~281がリステリアモノサイトゲネスの糖ABC輸送体、透過酵素タンパク質に類似したタンパク質アクセッション番号NP_463711.1と約32の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:8430アミノ酸における、アミノ酸1~430がアシドフィルス菌のベータ-フルクトシダーゼであるタンパク質アクセッション番号AAO21859.1と約96の同一性、アミノ酸2~429が肺炎連鎖球菌の推定上のショ糖-6-リン酸ヒドロラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_346228.1と約34の同一性、アミノ酸2~429が肺炎連鎖球菌のショ糖-6-リン酸ヒドロラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_359209.1と約34の同一性、アミノ酸12~406が巨大菌Bacillusmegateriumのベータ-フルクトシダーゼFruAに類似したタンパク質アクセッション番号AAM19071.1と約31の同一性、アミノ酸18~373がサーモトガマリチマThermotogamaritimaのベータ-フルクトシダーゼに類似したタンパク質アクセッション番号NP_463711.1と約34の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:10368アミノ酸における、アミノ酸1~368がアシドフィルス菌のATP結合タンパク質MsmKであるタンパク質アクセッション番号AAO21860.1と100の同一性、アミノ酸1~366がラクトバシラスジョンソニLactobacillusjohnsoniiの多重糖ABC輸送体ATPアーゼ成分であるタンパク質アクセッション番号NP_964231.1と約86の同一性、アミノ酸1~366がラクトバシラスガセリLactobacillusgasseriのABC型糖輸送系、ATPアーゼ成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047081.1と約86の同一性、アミノ酸1~366がラクトバシラスプランタルムLactobacillusplantarumの多重糖ABC輸送体、ATP結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_786829.1と約74の同一性、アミノ酸1~368がアシドフィルス菌のATP結合タンパク質MsmK2であるタンパク質アクセッション番号AAO21866.1と約73の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:12490アミノ酸における、アミノ酸11~490がアシドフィルス菌のスクロースホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号AAO21861.1と100の同一性、アミノ酸11~490がアシドフィルス菌のスクロースホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号AAO21868.1と約69の同一性、アミノ酸11~490がラクトバシラスジョンソニのスクロースホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964279.1と約86の同一性、アミノ酸11~490がミュータンス連鎖球菌Streptococcusmutansのスクロースホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号AAA26937.1と約63の同一性、アミノ酸11~489がミュータンス連鎖球菌のgtfAタンパク質であるタンパク質アクセッション番号BWSOGMと約63の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:14421アミノ酸における、アミノ酸11~421がブタ連鎖球菌Streptocossussuisのホスホリボシルアミングリシン合成酵素であるタンパク質アクセッション番号BAB63438.1と47の同一性、アミノ酸11~421がホスホリボシルアミングリシン合成酵素であるタンパク質アクセッション番号Q9ZF44と約46の同一性、アミノ酸11~421がラクトコッカスラクチスLactococcuslactisのホスホリボシルアミングリシン合成酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_267669.1と約46の同一性、アミノ酸11~421がブタ連鎖球菌のホスホリボシルアミングリシン合成酵素であるタンパク質アクセッション番号Q9F1S9と約46の同一性、アミノ酸11~489がラクトコッカスラクチスのpurDであるタンパク質アクセッション番号CAA04374.1と約63の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:16513アミノ酸における、アミノ酸1~513がエンテロコッカスファエシウムEnterococcusfaeciumのAICARトランスホルミラーゼ/IMPシクロヒドラーゼPurHであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036573.1と64の同一性、アミノ酸1~513がエノコッカスエニOenococcusoeniのAICARトランスホルミラーゼ/IMPシクロヒドラーゼPurHであるタンパク質アクセッション番号ZP_00069316.1と約64の同一性、アミノ酸2~513がラクトコッカスプランタルムLactococcusplantarumの二機能性タンパク質:ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシアミドホルミルトランスフェラーゼ;IMPシクロヒドラーゼであるタンパク質アクセッション番号CAD64957.1と約46の同一性、アミノ酸2~513がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシアミドホルミルトランスフェラーゼ/IMPシクロヒドラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_815479.1と約63の同一性、アミノ酸2~513の二機能性プリン生合成タンパク質purHであるタンパク質アクセッション番号Q8DWK8と約61の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:18200アミノ酸における、アミノ酸1~194がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_815480.1と42の同一性、アミノ酸1~189がエンテロコッカスファエシウムの葉酸依存性ホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼPurNであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036574.1と約44の同一性、アミノ酸2~188がブタ連鎖球菌のホスホリボシルグリシンアミドトランスホルミラーゼ-Nであるタンパク質アクセッション番号BAB20826.1と約45の同一性、アミノ酸2~191がバシラスハロデュランスBacillushaloduransのホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_241498.1と約43の同一性、アミノ酸2~189が枯草菌Bacillussubtilisのホスホリボシルグリシンアミドホルミルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_388533.1と約38の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:20345アミノ酸における、アミノ酸4~338がビフィオバクテリアムロンガムBifidobacteriumlongumのホスホリボシルアミノイミダゾールAIRシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00120963.1と60の同一性、アミノ酸2~335がリステリアイノクアのホスホリボシルアミノイミダゾールシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_471213.1と約60の同一性、アミノ酸2~335がリステリアモノサイトゲネスのホスホリボシルアミノイミダゾールシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_465292.1と約59の同一性、アミノ酸2~345がストレプトコッカスアガラクティエStreptococcusagalactiaeの未知タンパク質アクセッション番号NP_734496.1と約56の同一性、アミノ酸2~335が肺炎連鎖球菌のホスホリボシルホルミルグリシンアミドシクロリガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_344596.1と約57の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:22488アミノ酸における、アミノ酸10~488がビフィオバクテリアムロンガムのアミドホスホリボシルトランスフェラーゼ前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_696292.1と64の同一性、アミノ酸10~484がエンテロコッカスファエシウムのアミドホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_815482.1と約64の同一性、アミノ酸10~478が化膿連鎖球菌Streptococcuspyogenesの推定上のホスホリボシルピロホスフェートアミドトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_268443.1と約63の同一性、アミノ酸10~478が化膿連鎖球菌の推定上のホスホリボシルピロホスフェートアミドトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_606357.1と約63の同一性、アミノ酸10~478が化膿連鎖球菌の推定上のホスホリボシルピロホスフェートアミドトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_663825.1と約63の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:24742アミノ酸における、アミノ酸6~732がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンFGAMシンターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036504.1と58の同一性、アミノ酸1~742がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼIIであるタンパク質アクセッション番号NP_815483.1と約56の同一性、アミノ酸6~739がリステリアモノサイトゲネスのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンセターゼIであるタンパク質アクセッション番号NP_465294.1と約56の同一性、アミノ酸8~742が枯草菌のホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンセターゼIであるタンパク質アクセッション番号NP_388530.1と約56の同一性、アミノ酸2~739がラクトバシラスプランタルムのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼIIであるタンパク質アクセッション番号NP_786110.1と約54の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:26223アミノ酸における、アミノ酸1~219がリステリアイノクアのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンセターゼIIに類似したタンパク質アクセッション番号NP_471216.1と63の同一性、アミノ酸1~219がリステリアモノサイトゲネスのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼIIに類似したタンパク質アクセッション番号NP_465295.1と約63の同一性、アミノ酸1~218がリステリアモノサイトゲネスのGATase、グルタミンアミドトランスフェラーゼ、クラスIであるタンパク質アクセッション番号NP_654225.1と約61の同一性、アミノ酸1~218がセレウス菌Bacilluscereusのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_388530.1と約61の同一性、アミノ酸1~218が枯草菌のホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンセターゼIIであるタンパク質アクセッション番号NP_388529.1と約61の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:2884アミノ酸における、アミノ酸1~84がラクトコッカスラクチスの推定上のタンパク質L177031に類似したタンパク質アクセッション番号NP_267688.1と41の同一性、アミノ酸1~84がラクトコッカスラクチスの保存されている推定上のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号T51699と約41の同一性、アミノ酸1~81がエノコッカスエニのCOG1828:ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンFGAMシンターゼ、PurS成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00069323.1と約34の同一性、アミノ酸1~82がエンテロコッカスファエシウムのCOG1828:ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンFGAMシンターゼ、PurS成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00036502.1と約38の同一性、アミノ酸1~80がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシンターゼ、PurSタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_815485.1と約38の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:30238アミノ酸における、アミノ酸2~233がリステリアイノクアのホスホリボシルアミノイミダゾールサクシノカルボキシアミドシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_471218.1と52の同一性、アミノ酸5~236がビフィオバクテリアムロンガムの推定上のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00120946.1と約50の同一性、アミノ酸3~234がフゾバクテリウムナクレタムFusobacteriumnucleatumのホスホリボシルアミドイミダゾールサクシノカルボキシアミドシンターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00144346.1と約49の同一性、アミノ酸3~237がエンテロコッカスファエシウムのCOG0152:ホスホリボシルアミノイミダゾールサクシノカルボキシアミドSAICARシンターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036501.1と約50の同一性、アミノ酸1~233がミュータンス連鎖球菌の推定上のホスホリボシルアミノイミダゾール-サクシノカルボキシアミドシンターゼSAICARシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_720512.1と約52の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:32649アミノ酸における、アミノ酸1~649がアシドフィルス菌のショ糖PTS輸送体であるタンパク質アクセッション番号AAO38866.1と93の同一性、アミノ酸1~646がラクトバシラスジョンソニのホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系EIIABC、ショ糖特異的タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_965736.1と約75の同一性、アミノ酸1~645がミュータンス連鎖球菌の推定上のPTS系、ショ糖特異的IIABC成分であるタンパク質アクセッション番号NP_722158.1と約60の同一性、アミノ酸1~645がエンテロコッカスファエシウムのPTS系、IIABC成分であるタンパク質アクセッション番号NP_816989.1と約57の同一性、アミノ酸1~646がラクトバシラスプランタルムのショ糖PTS、EIIBCAタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_784017.1と約54の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:34175アミノ酸における、アミノ酸126~173が未知タンパク質[環境配列]アクセッション番号EAB82951.1と約31の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:36250アミノ酸における、アミノ酸1~250がラクトバシラスジョンソニのグリセロール摂取促進タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_964552.1と72の同一性、アミノ酸1~250がラクトバシラスプランタルムのグリセロール摂取促進タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_786656.1と約63の同一性、アミノ酸1~248がエンテロコッカスファエシウムのグリセロール摂取促進物質であるタンパク質主要内在性タンパク質ファミリー、アクセッション番号ZP_00035848.1と約50の同一性、アミノ酸76~249がラクトバシラスガセリのグリセロール摂取促進物質であるタンパク質主要内在性タンパク質ファミリー、アクセッション番号ZP_00047280.1と約68の同一性、アミノ酸1~646がビフィオバクテリアムロンガムのグリセロール摂取促進物質であるタンパク質主要内在性タンパク質ファミリー、アクセッション番号ZP_00120881.1と約54の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:38393アミノ酸における、アミノ酸18~392がラクトバシラスガセリの推定上の透過酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046992.1と71の同一性、アミノ酸18~151が大腸菌O157:H7の推定上の受容体タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_311279.1と約58の同一性、アミノ酸18~151が大腸菌O157:H7の推定上の受容体タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_288942.1と約58の同一性、アミノ酸18~124が大腸菌のSwissProtアクセッション番号P45869に類似したタンパク質アクセッション番号BAA16244.1と約58の同一性、アミノ酸18~266がストレプトミセスアベルミチリスStreptomycesavermitilisの推定上の輸送膜内在性タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_822690.1と約23の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:40313アミノ酸における、アミノ酸4~313がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ0129であるタンパク質アクセッション番号NP_964145.1と71の同一性、アミノ酸7~313がラクトバシラスガセリのABC型リン酸/ホスホン酸輸送系、周辺質成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046815.1と約60の同一性、アミノ酸7~313がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ1815であるタンパク質アクセッション番号NP_965794.1と約60の同一性、アミノ酸28~312が黄色ブドウ球菌Staphylococcusaureusの推定上のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_370667.1と約63の同一性、アミノ酸28~312が黄色ブドウ球菌のアルカリホスホン酸ABC輸送体に類似した推定上のタンパク質アクセッション番号NP_644932.1と約63の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:42257アミノ酸における、アミノ酸3~257がラクトバシラスガセリのABC型リン酸/ホスホン酸輸送系、ATPアーゼ成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046960.1と86の同一性、アミノ酸3~257がラクトバシラスジョンソニのリン酸/ホスホン酸ABC輸送体ATPアーゼ成分であるタンパク質アクセッション番号NP_964146.1と約84の同一性、アミノ酸7~247が表皮ブドウ球菌Staphylococcusepidermidisの輸送系タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_765810.1と約64の同一性、アミノ酸6~247が炭疽菌BacillusanthracisのABC輸送体であるタンパク質アクセッション番号NP_657589.1と約63の同一性、アミノ酸6~247がセレウス菌のホスホン酸ABC輸送体、ATP結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_980019.1と約62の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:44265アミノ酸における、アミノ酸3~265がラクトバシラスガセリのABC型リン酸/ホスホン酸ABC輸送体系、透過酵素成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046959.1と80の同一性、アミノ酸3~265がラクトバシラスジョンソニのリン酸/ホスホン酸ABC輸送体系、透過酵素成分であるタンパク質アクセッション番号NP_964147.1と約78の同一性、アミノ酸10~263が炭疽菌のGeneMarkにより予想される推定上のタンパク質アクセッション番号NP_657588.1と約46の同一性、アミノ酸10~263がセレウス菌のホスホン酸ABC輸送体、透過酵素タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_980018.1と約46の同一性、アミノ酸22~263が表皮ブドウ球菌のホスホン酸輸送透過酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_644932.1と約49の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:46270アミノ酸における、アミノ酸1~270がラクトバシラスガセリの-型リン酸/ホスホン酸輸送系、透過酵素成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046958.1と78の同一性、アミノ酸1~270がラクトバシラスジョンソニのリン酸/ホスホン酸ABC輸送体透過酵素成分であるタンパク質アクセッション番号NP_964148.1と約79の同一性、アミノ酸12~270がセレウス菌のホスホン酸ABC輸送体、透過酵素タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_980017.1と約46の同一性、アミノ酸15~270が炭疽菌のGeneMarkにより予想される推定上のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_657587.1と約46の同一性、アミノ酸12~270がセレウス菌のホスホン酸輸送系透過酵素タンパク質phnEであるタンパク質アクセッション番号NP_833411.1と約46の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:48435アミノ酸における、アミノ酸1~419がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ1827であるタンパク質アクセッション番号NP_965806.1と85の同一性、アミノ酸1~419がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ1829であるタンパク質アクセッション番号NP_965808.1と約69の同一性、アミノ酸4~419がエンテロコッカスフェカーリスEnterococcusfaecalisのキサンチン/ウラシル透過酵素ファミリータンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_816553.1と約66の同一性、アミノ酸4~419がエンテロコッカスファエシウムの透過酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00037212.1と約65の同一性、アミノ酸1~419がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ1830であるタンパク質アクセッション番号NP_965809.1と約63の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:50667アミノ酸における、アミノ酸33~667がラクトバシラスジョンソニのホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系EIIABCであるタンパク質アクセッション番号NP_964612.1と72の同一性、アミノ酸24~573がラクトバシラスガセリのホスホトランスフェラーゼ系IIC成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00045979.1と約70の同一性、アミノ酸25~663がラクトバシラスプランタルムのベータグルコシドPTS、EIIABCであるタンパク質アクセッション番号NP_784082.1と約48の同一性、アミノ酸30~665がラクトバシラスプランタルムのベータグルコシドPTS、EIIABCであるタンパク質アクセッション番号NP_786509.1と約46の同一性、アミノ酸25~661がラクトバシラスプランタルムのベータグルコシドPTS、EIIABCであるタンパク質アクセッション番号NP_784083.1と約42の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:52241アミノ酸における、アミノ酸19~240がラクトバシラスジョンソニのトレハロースオペロンリプレッサーであるタンパク質アクセッション番号NP_964611.1と63の同一性、アミノ酸19~240がラクトバシラスガセリの転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00045980.1と約62の同一性、アミノ酸21~238が枯草菌のGntRファミリーの転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号NP_388663.1と約47の同一性、アミノ酸22~239がエンテロコッカスファエシウムのGntRファミリーの転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号NP_816762.1と約43の同一性、アミノ酸22~237がリステリアイノクアのGntRファミリーの転写調節因子に類似したタンパク質アクセッション番号NP_470558.1と約43の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:54570アミノ酸における、アミノ酸17~568がラクトバシラスガセリのグリコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00045981.1と77の同一性、アミノ酸17~568がラクトバシラスジョンソニのトレハロース-6-リン酸加水分解酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_964610.1と約77の同一性、アミノ酸18~566がラクトバシラスプランタルムのアルファ-ホスホトレハラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784081.1と約66の同一性、アミノ酸23~568が肺炎連鎖球菌のデキストラナーゼであるタンパク質アクセッション番号H98083と約57の同一性、アミノ酸23~568が肺炎連鎖球菌の推定上のデキストラングルコシダーゼDexSであるタンパク質アクセッション番号NP_346315.1と約57の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:56269アミノ酸における、アミノ酸1~269がラクトバシラスジョンソニのおそらくマンノース特異性のホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系EIICであるタンパク質アクセッション番号NP_965751.1と60の同一性、アミノ酸1~269がラクトバシラスガセリのホスホトランスフェラーゼ系、マンノース/果糖/N-アセチルガラクトサミン特異性成分IICであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046853.1と約60の同一性、アミノ酸1~269がエノコッカスエニのホスホトランスフェラーゼ系、マンノース/果糖/N-アセチルガラクトサミン特異性成分IICであるタンパク質アクセッション番号ZP_00069944.1と約57の同一性、アミノ酸1~269がエンテロコッカスフェカーリスのPTS系、マンノース特異性IIC成分であるタンパク質アクセッション番号NP_813832.1と約53の同一性、アミノ酸1~269がリステリアイノクアのPTS系マンノース特異性因子IICに類似したタンパク質アクセッション番号NP_469489.1と約52の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:58307アミノ酸における、アミノ酸4~284がラクトバシラスガセリのホスホトランスフェラーゼ系、マンノース/果糖/N-アセチルガラクトサミン特異性成分IIDであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046854.1と75の同一性、アミノ酸4~284がラクトバシラスジョンソニのおそらくマンノース特異性のホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系EIIDであるタンパク質アクセッション番号NP_965750.1と約74の同一性、アミノ酸5~284がエンテロコッカスフェカーリスのPTS系、マンノース特異性IID成分であるタンパク質アクセッション番号NP_813833.1と約72の同一性、アミノ酸5~284がリステリアイノクアのマンノース特異性PTS系因子IIDに類似したタンパク質アクセッション番号NP_469490.1と約68の同一性、アミノ酸5~284がリステリアモノサイトゲネスのマンノース特異性PTS系因子IIDに類似したタンパク質アクセッション番号NP_463631.1と約68の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:60432アミノ酸における、アミノ酸1~432がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ0453であるタンパク質アクセッション番号NP_964478.1と64の同一性、アミノ酸1~432がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ0659であるタンパク質アクセッション番号NP_965596.1と約55の同一性、アミノ酸1~432がラクトバシラスガセリのABC型糖輸送系、周辺質成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046334.1と約53の同一性、アミノ酸1~432がラクトバシラスガセリのABC型糖輸送系、周辺質成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046816.1と約52の同一性、アミノ酸1~432がエンテロコッカスフェカーリスのABC輸送体、基質結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_816521.1と約47の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:62135アミノ酸における、アミノ酸1~134がラクトバシラスジョンソニの30Sリボソームタンパク質S12であるタンパク質アクセッション番号NP_964355.1と91の同一性、アミノ酸1~134がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質S12であるタンパク質アクセッション番号NP_784720.1と約86の同一性、アミノ酸1~134がストレプトコッカスゴルドニーStreptococcusgordoniiの30Sリボソームタンパク質S12であるタンパク質アクセッション番号Q9F0R4と約85の同一性、アミノ酸1~134がオセアノバシラスイヘエンシスOceanobacillusiheyensisの30Sリボソームタンパク質S12であるタンパク質アクセッション番号NP_691035.1と約84の同一性、アミノ酸1~134がストレプトコッカスゴルドニーのリボソームタンパク質S12であるタンパク質アクセッション番号AAG35708.1と約84の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:64444アミノ酸における、アミノ酸49~444がアシドフィルス菌のS-層タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号P35829と90の同一性、アミノ酸49~443がラクトバシラスヘルベティカスLactobacillushelveticusの表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号P38059と約67の同一性、アミノ酸49~443がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号CAB46984.1と約67の同一性、アミノ酸49~443がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号CAB46985.1と約66の同一性、アミノ酸49~443がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号CAB46986.1と約66の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:66443アミノ酸における、アミノ酸6~433がラクトバシラスジョンソニのエノラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965216.1と88の同一性、アミノ酸6~433がラクトバシラスガセリのエノラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046557.1と約88の同一性、アミノ酸6~408がラクトバシラスプランタルムのホスホピルビン酸ヒドラターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785460.1と約70の同一性、アミノ酸11~433がラクトバシラスジョンソニのエノラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965101.1と約67の同一性、アミノ酸49~443がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号CAB46986.1と約66の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:68405アミノ酸における、アミノ酸10~405がラクトバシラスジョンソニの伸長因子TuEFTuであるタンパク質アクセッション番号NP_964865.1と88の同一性、アミノ酸13~405がラクトバシラスプランタルムの伸長因子Tuであるタンパク質アクセッション番号NP_785632.1と約82の同一性、アミノ酸10~405がエノコッカスエニのGTPアーゼ-翻訳伸長因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00069609.1と約80の同一性、アミノ酸13~405がジェオバシラスステアロサーモフィラスGeobacillusstearothermophilusの伸長因子Tuであるタンパク質アクセッション番号050306と約73の同一性、アミノ酸13~403がラクトコッカスラクチスの伸長因子Tuであるタンパク質アクセッション番号NP_268018.1と約73の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:70589アミノ酸における、アミノ酸1~589がラクトバシラスガセリのホスホヒスチジン回転ドメインであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046514.1と85の同一性、アミノ酸1~589がラクトバシラスジョンソニのピルビン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964936.1と約85の同一性、アミノ酸1~589がデルブリュック菌Lactobacillusdelbrueckiiのラクチス亜種subspLactisのピルビン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号CAD56497.1と約83の同一性、アミノ酸1~589がデルブリュック菌のピルビン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号P34038と約83の同一性、アミノ酸1~589がカセイ菌Lactobacilluscaseiのピルビン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号AAP72039.1と約65の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:72665アミノ酸における、アミノ酸1~665がラクトバシラスジョンソニのおそらく果糖特異性のホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系EIIABCであるタンパク質アクセッション番号NP_965683.1と75の同一性、アミノ酸1~665がラクトバシラスガセリのホスホトランスフェラーゼ系、果糖特異性IIC成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046644.1と約75の同一性、アミノ酸1~656がラクトバシラスプランタルムの果糖PTS、EIIABCであるタンパク質アクセッション番号NP_785611.1と約56の同一性、アミノ酸1~659がオセアノバシラスイヘエンシスのPTS系果糖特異性酵素IIBC成分であるタンパク質アクセッション番号NP_691759.1と約48の同一性、アミノ酸1~657がミュータンス連鎖球菌のIIABC果糖/キシリトール-PTSであるタンパク質アクセッション番号AAM73727.1と約45の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:74304アミノ酸における、アミノ酸1~303がラクトバシラスジョンソニの果糖-1-リン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965684.1と79の同一性、アミノ酸1~303がラクトバシラスガセリの果糖-1-リン酸キナーゼと関連した果糖-6-リン酸キナーゼPfkBであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046643.1と約78の同一性、アミノ酸1~304がラクトバシラスプランタルムの1-ホスホフルクトキナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785610.1と約55の同一性、アミノ酸1~304がリステリアモノサイトゲネスの果糖-1-リン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_465859.1と約51の同一性、アミノ酸1~304がリステリアイノクアの果糖-1-リン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_471760.1と約51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:76371アミノ酸における、アミノ酸1~323がラクトバシラスヘルベティカスのL-乳酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号O32765と87の同一性、アミノ酸5~323がラクトバシラスガセリのリンゴ酸/乳酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047012.1と約84の同一性、アミノ酸5~323がラクトバシラスジョンソニのL-乳酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_964291.1と約84の同一性、アミノ酸1~323がラクトバシラスサケイLactobacillussakeiのL-乳酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号P50934と約64の同一性、アミノ酸8~323がカセイ菌のL-乳酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号P00343と約64の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:78238アミノ酸における、アミノ酸3~233がリステリアイノクアのホスホリボシルアミノイミダゾールサクシノカルボキシアミドシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_471218.1と52の同一性、アミノ酸5~236がビフィオバクテリアムロンガムの推定上のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00120946.1と約50の同一性、アミノ酸3~234がフゾバクテリウムナクレタムのホスホリボシルアミドイミダゾールサクシノカルボキシアミドシンターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00144346.1と約49の同一性、アミノ酸3~237がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルアミノイミダゾールサクシノカルボキシアミドSAICARシンターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036501.1と約50の同一性、アミノ酸1~233がミュータンス連鎖球菌の推定上のホスホリボシルアミノイミダゾール-サクシノカルボキシアミドシンターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_720512.1と約52の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:80251アミノ酸における、アミノ酸1~251がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ0570であるタンパク質アクセッション番号NP_965685.1と51の同一性、アミノ酸1~251がラクトバシラスガセリの糖代謝の転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046642.1と約52の同一性、アミノ酸1~230が枯草菌の転写調節因子DeoRファミリーであるタンパク質アクセッション番号NP_389321.1と約40の同一性、アミノ酸1~230がバシラスハロデュランスの転写リプレッサーであるタンパク質アクセッション番号NP_241692.1と約38の同一性、アミノ酸1~232がウェルシュ菌Clostridiumperfringensのおそらく転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号NP_561502.1と約37の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:82248アミノ酸における、アミノ酸19~248がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質L1であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047144.1と84の同一性、アミノ酸19~248がラクトバシラスジョンソニの50Sリボソームタンパク質L1であるタンパク質アクセッション番号NP_964436.1と約82の同一性、アミノ酸19~243がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質L1であるタンパク質アクセッション番号NP_816350.1と約68の同一性、アミノ酸19~247がリステリアモノサイトゲネスのリボソームタンパク質L1であるタンパク質アクセッション番号NP_463780.1と約63の同一性、アミノ酸19~247がリステリアイノクアのリボソームタンパク質L1であるタンパク質アクセッション番号NP_469626.1と約62の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:84349アミノ酸における、アミノ酸13~349がラクトバシラスガセリの乳酸脱水素酵素と関連した脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046778.1と93の同一性、アミノ酸13~349がラクトバシラスジョンソニのL-乳酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_964061.1と約93の同一性、アミノ酸13~349がラクトバシラスヘルベティカスのD-乳酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号P30901と約91の同一性、アミノ酸13~342がラクトバシラスブルガリカスLactobacillusBugaricusのD-乳酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号P26297と約83の同一性、アミノ酸13~342がデルブリュック菌のD-乳酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号CAA42781.1と約83の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:86457アミノ酸における、アミノ酸1~457がアシドフィルス菌のSBタンパク質であるタンパク質アクセッション番号CAA61561.1と88の同一性、アミノ酸1~457がアシドフィルス菌のS-層タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号P35829と約51の同一性、アミノ酸1~456がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号CAB46985.1と約44の同一性、アミノ酸1~456がラクトバシラスヘルベティカスのS-層タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号P38059と約44の同一性、アミノ酸1~456がラクトバシラスヘルベティカスの表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号CAA63409.1と約44の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:88577アミノ酸における、アミノ酸1~576がラクトバシラスガセリのホスホエノールピルビン酸プロテインキナーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046903.1と83の同一性、アミノ酸1~576がラクトバシラスジョンソニのホスホエノールピルビン酸タンパク質ホスホトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964672.1と約83の同一性、アミノ酸1~573がラクトバシラスサケイのホスホエノールピルビン酸タンパク質ホスホトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号O07126と約68の同一性、アミノ酸1~568がカセイ菌の酵素Iであるタンパク質アクセッション番号AAF74347.1と約68の同一性、アミノ酸1~575が好熱乳酸杆菌Streptococcusthermophilusの酵素Iであるタンパク質アクセッション番号AAP05990.1と約67の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:90230アミノ酸における、アミノ酸1~230がラクトバシラスジョンソニのホスホグリセリン酸転位酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_964180.1と97の同一性、アミノ酸1~230がラクトバシラスガセリのホスホグリセリン酸転位酵素1であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047243.1と約97の同一性、アミノ酸1~228がラクトバシラスプランタルムのホスホグリセリン酸転位酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_786452.1と約83の同一性、アミノ酸1~228がエノコッカスエニのホスホグリセリン酸転位酵素1であるタンパク質アクセッション番号AAF74347.1と約70の同一性、アミノ酸1~225がエンテロコッカスフェカーリスのホスホグリセリン酸転位酵素1であるタンパク質アクセッション番号NP_813994.1と約67の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:92320アミノ酸における、アミノ酸1~319がラクトバシラスジョンソニの6-ホスホフルクトキナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964935.1と75の同一性、アミノ酸1~319がデルブリュック菌の6-ホスホフルクトキナーゼであるタンパク質アクセッション番号P80019と約72の同一性、アミノ酸1~288がラクトバシラスガセリの6-ホスホフルクトキナーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046515.1と約76の同一性、アミノ酸1~318がカセイ菌のホスホフルクトキナーゼであるタンパク質アクセッション番号AAP72038.1と約59の同一性、アミノ酸1~318がラクトバシラスプランタルムのホスホフルクトキナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785441.1と約61の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:94296アミノ酸における、アミノ酸1~296がラクトバシラスガセリの細菌で保存されている未特定のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046513.1と75の同一性、アミノ酸1~296がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ1081であるタンパク質アクセッション番号NP_964937.1と約69の同一性、アミノ酸1~295がラクトバシラスプランタルムの未知タンパク質アクセッション番号NP_785438.1と約46の同一性、アミノ酸1~285がエンテロコッカスフェカーリスの保存されている推定上のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_815243.1と約49の同一性、アミノ酸2~279がロイコノストックメセンテロイデスLeuconostocmesenteroidesの細菌で保存されている未特定のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00064296.1と約45の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:96697アミノ酸における、アミノ酸1~697がラクトバシラスジョンソニの伸長因子Gであるタンパク質アクセッション番号NP_964357.1と96の同一性、アミノ酸1~694がラクトバシラスプランタルムの伸長因子Gであるタンパク質アクセッション番号NP_784722.1と約78の同一性、アミノ酸5~693がエノコッカスエニの翻訳伸長因子GTPアーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00069473.1と約71の同一性、アミノ酸5~696がエンテロコッカスフェカーリスの翻訳伸長因子Gであるタンパク質アクセッション番号NP_813999.1と約70の同一性、アミノ酸5~696がミュータンス連鎖球菌の翻訳伸長因子GEF-Gであるタンパク質アクセッション番号NP_720811.1と約71の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:98598アミノ酸における、アミノ酸1~598がラクトバシラスヘルベティカスのエンドペプチダーゼFであるタンパク質アクセッション番号AAQ72430.1と86の同一性、アミノ酸1~598がラクトバシラスガセリのオリゴエンドペプチダーゼFであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046654.1と約76の同一性、アミノ酸1~598がラクトバシラスジョンソニのオリゴエンドペプチダーゼFであるタンパク質アクセッション番号NP_965674.1と約71の同一性、アミノ酸3~598がエンテロコッカスフェカーリスのオリゴエンドペプチダーゼF、プラスミドであるタンパク質アクセッション番号NP_813999.1と約49の同一性、アミノ酸3~596がラクトバシラスプランタルムのオリゴエンドペプチダーゼFであるタンパク質アクセッション番号NP_720811.1と約50の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:100131アミノ酸における、アミノ酸1~131がラクトバシラスジョンソニの30Sリボソームタンパク質S9であるタンパク質アクセッション番号NP_964392.1と89の同一性、アミノ酸22~131がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質S9であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047472.1と約86の同一性、アミノ酸4~131がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質S9であるタンパク質アクセッション番号NP_784764.1と約75の同一性、アミノ酸4~131が表皮ブドウ球菌の30Sリボソームタンパク質S9であるタンパク質アクセッション番号NP_765345.1と約71の同一性、アミノ酸4~131が黄色ブドウ球菌の30Sリボソームタンパク質S9であるタンパク質アクセッション番号NP_372741.1と約70の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:102338アミノ酸における、アミノ酸1~338がラクトバシラスジョンソニのグリセロアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ/エリトロース-4-リン酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047412.1と91の同一性、アミノ酸1~338がデルブリュック菌のグリセルアルデヒド3-リン酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号O32755と約86の同一性、アミノ酸1~338がラクトバシラスプランタルムのグリセルアルデヒド3-リン酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_784534.1と約79の同一性、アミノ酸1~338がエンテロコッカスフェカーリスのグリセルアルデヒド3-リン酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_815245.1と約73の同一性、アミノ酸1~338がロイコノストックメセンテロイデスのグリセロアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ/エリトロース-4-リン酸脱水素酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063906.1と約69の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:104309アミノ酸における、アミノ酸5~308がラクトバシラスガセリの推定上のN-アセチルグルコサミンキナーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046339.1と76の同一性、アミノ酸5~308がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ0664であるタンパク質アクセッション番号NP_965591.1と約75の同一性、アミノ酸2~292がラクトバシラスガセリの推定上のN-アセチルグルコサミンキナーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046810.1と約35の同一性、アミノ酸5~294がラクトバシラスプランタルムの推定上のN-アセチルグルコサミンキナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_786717.1と約35の同一性、アミノ酸5~258がセレウス菌のATPアーゼファミリータンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_832159.1と約32の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:106479アミノ酸における、アミノ酸1~479がアシドフィルス菌のF1F0-ATPアーゼサブユニットベータであるタンパク質アクセッション番号AAF22498.1と94の同一性、アミノ酸1~478がラクトバシラスジョンソニのATPシンターゼベータ鎖であるタンパク質アクセッション番号NP_964795.1と約86の同一性、アミノ酸2~468がカセイ菌のATPシンターゼベータ鎖であるタンパク質アクセッション番号Q03234と約78の同一性、アミノ酸1~464がラクトバシラスプランタルムのH輸送体2セクターATPアーゼ、ベータサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_785830.1と約77の同一性、アミノ酸1~465がATPシンターゼベータ鎖であるタンパク質アクセッション番号P43451と約77の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:108224アミノ酸における、アミノ酸1~223がラクトバシラスジョンソニの30Sリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号NP_964365.1と80の同一性、アミノ酸1~223がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047371.1と約80の同一性、アミノ酸1~212がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号NP_814010.1と約70の同一性、アミノ酸1~223がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号NP_784730.1と約67の同一性、アミノ酸1~212がエンテロコッカスファエシウムリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号ZP_00035541.1と約69の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:108224アミノ酸における、アミノ酸1~223がラクトバシラスジョンソニの30Sリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号NP_964365.1と80の同一性、アミノ酸1~223がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047371.1と約80の同一性、アミノ酸1~212がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号NP_814010.1と約70の同一性、アミノ酸1~223がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号NP_784730.1と約67の同一性、アミノ酸1~212がエンテロコッカスファエシウムリボソームタンパク質S3であるタンパク質アクセッション番号ZP_00035541.1と約69の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:110430アミノ酸における、アミノ酸13~425がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ1829であるタンパク質アクセッション番号NP_965808.1と86の同一性、アミノ酸13~383がラクトバシラスガセリの透過酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047460.1と約87の同一性、アミノ酸13~423がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ1827であるタンパク質アクセッション番号NP_965806.1と約66の同一性、アミノ酸13~428がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ1830であるタンパク質アクセッション番号NP_965809.1と約64の同一性、アミノ酸13~428がラクトバシラスガセリの透過酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047457.1と約63の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:112403アミノ酸における、アミノ酸1~402がラクトバシラスジョンソニのリボソームタンパク質S1であるタンパク質アクセッション番号NP_964946.1と77の同一性、アミノ酸1~241がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質S1であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046504.1と約79の同一性、アミノ酸2~401がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質S1であるタンパク質アクセッション番号NP_785427.1と約44の同一性、アミノ酸4~403がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質Slであるタンパク質アクセッション番号NP_815265.1と約44の同一性、アミノ酸1~399がリボソームタンパク質S1相同体であるタンパク質アクセッション番号AAA77669.1と約44の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:114408アミノ酸における、アミノ酸6~408がラクトバシラスジョンソニのホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964728.1と93の同一性、アミノ酸6~408がラクトバシラスガセリの3-ホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047411.1と約92の同一性、アミノ酸6~408がデルブリュック菌のホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号O32756と約87の同一性、アミノ酸6~408がデルブリュック菌のラクチス亜種のホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号Q8GIZ5と約86の同一性、アミノ酸6~408がラクトバシラスプランタルムのホスホグリセリン酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784535.1と約71の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:116235アミノ酸における、アミノ酸21~235がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質S1と関連したタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046255.1と81の同一性、アミノ酸33~235がラクトバシラスジョンソニの30Sリボソームタンパク質S4であるタンパク質アクセッション番号NP_964806.1と約82の同一性、アミノ酸76~325がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質S4であるタンパク質アクセッション番号NP_816682.1と約76の同一性、アミノ酸13~234がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質S4であるタンパク質アクセッション番号NP_785803.1と約76の同一性、アミノ酸33~235が化膿連鎖球菌のリボソームタンパク質S4であるタンパク質アクセッション番号NP_270088.1と約71の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:11881アミノ酸における、アミノ酸1~79がラクトバシラスジョンソニの50Sリボソームタンパク質L31であるタンパク質アクセッション番号NP_964285.1と88の同一性、アミノ酸1~79がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質L31であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047005.1と約88の同一性、アミノ酸1~80がストレプトコッカスアルガラクティエStreptococcusalgalactiaeのリボソームタンパク質L31であるタンパク質アクセッション番号NP_687565.1と約70の同一性、アミノ酸1~80が肺炎連鎖球菌のリボソームタンパク質L31であるタンパク質アクセッション番号NP_785803.1と約68の同一性、アミノ酸1~80がミュータンス連鎖球菌の50Sリボソームタンパク質L31であるタンパク質アクセッション番号NP_721669.1と約68の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:120156アミノ酸における、アミノ酸1~156がラクトバシラスジョンソニの30Sリボソームタンパク質S7であるタンパク質アクセッション番号NP_964356.1と92の同一性、アミノ酸1~156がセレウス菌のSSUリボソームタンパク質S7Pであるタンパク質アクセッション番号NP_830007.1と約74の同一性、アミノ酸1~156が炭疽菌のリボソームタンパク質S7であるタンパク質アクセッション番号NP_842674.1と約74の同一性、アミノ酸1~156がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質L31であるタンパク質アクセッション番号NP_784721.1と約75の同一性、アミノ酸1~156がミュータンス連鎖球菌のリボソームタンパク質S7であるタンパク質アクセッション番号P22744と約74の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:120156アミノ酸における、アミノ酸1~156がラクトバシラスジョンソニの30Sリボソームタンパク質S7であるタンパク質アクセッション番号NP_964356.1と92の同一性、アミノ酸1~156がセレウス菌のSSUリボソームタンパク質S7Pであるタンパク質アクセッション番号NP_830007.1と約74の同一性、アミノ酸1~156が炭疽菌のリボソームタンパク質S7であるタンパク質アクセッション番号NP_842674.1と約74の同一性、アミノ酸1~156がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質L31であるタンパク質アクセッション番号NP_784721.1と約75の同一性、アミノ酸1~156がミュータンス連鎖球菌のリボソームタンパク質S7であるタンパク質アクセッション番号P22744と約74の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:122103アミノ酸における、アミノ酸1~103がラクトバシラスジョンソニの50Sリボソームタンパク質L21であるタンパク質アクセッション番号NP_965358.1と57の同一性、アミノ酸1~103がバシラスハロデュランスの50Sリボソームタンパク質L21であるタンパク質アクセッション番号NP_243877.1と約51の同一性、アミノ酸1~103がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質L21であるタンパク質アクセッション番号NP_785185.1と約50の同一性、アミノ酸1~103がアゾトバクタービネランジーAzotobactervinelandiiのリボソームタンパク質L21であるタンパク質アクセッション番号ZP_00092023.1と約48の同一性、アミノ酸1~103が枯草菌のリボソームタンパク質L21であるタンパク質アクセッション番号NP_390674.1と約51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:124324アミノ酸における、アミノ酸1~319がラクトバシラスガセリのホスホリボシルピロホスフェートシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047087.1と85の同一性、アミノ酸1~319がラクトバシラスジョンソニのリボースリン酸ピロホスホキナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964225.1と約85の同一性、アミノ酸9~323がラクトバシラスプランタルムのリボースリン酸ピロホスホキナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784259.1と約77の同一性、アミノ酸9~317がエンテロコッカスファエシウムのホスホリボシルピロホスフェートシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036337.1と約73の同一性、アミノ酸9~317がエンテロコッカスフェカーリスのリボースリン酸ピロホスホキナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_816767.1と約70の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:126176アミノ酸における、アミノ酸5~116がラクトバシラスジョンソニの一本鎖結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_964022.1と90の同一性、アミノ酸5~116がラクトバシラスガセリの一本鎖DNA結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046746.1と約89の同一性、アミノ酸5~114がラクトバシラスプランタルムの一本鎖結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_783874.1と約79の同一性、アミノ酸5~116がエノコッカスエニの一本鎖DNA結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00069201.1と約74の同一性、アミノ酸5~116がロイコノストックメセンテロイデスLeuconostocmesenteroidesの一本鎖DNA結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063879.1と約74の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:128445アミノ酸における、アミノ酸3~445がラクトバシラスガセリのグルコース-6-リン酸イソメラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046229.1と81の同一性、アミノ酸3~445がラクトバシラスジョンソニのグルコース-6-リン酸イソメラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964779.1と約81の同一性、アミノ酸1~445がラクトバシラスプランタルムのグルコース-6-リン酸イソメラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785941.1と約70の同一性、アミノ酸1~445が発酵乳酸杆菌Lactobacillusfementumのグルコース-6-リン酸イソメラーゼであるタンパク質アクセッション番号Q83XM3と約65の同一性、アミノ酸1~445が肺炎連鎖球菌のグルコース-6-リン酸イソメラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_359473.1と約66の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:130601アミノ酸における、アミノ酸1~601がラクトバシラスガセリのチアミンピロリン酸要求性酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047198.1と72の同一性、アミノ酸1~601がラクトバシラスジョンソニのピルビン酸オキシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965831.1と約68の同一性、アミノ酸1~568がラクトバシラスプランタルムのピルビン酸オキシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784584.1と約59の同一性、アミノ酸1~563がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種のピルビン酸オキシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_268201.1と約48の同一性、アミノ酸2~572がラクトバシラスプランタルムのピルビン酸オキシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_786788.1と約39の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:132585アミノ酸における、アミノ酸1~585がラクトバシラスガセリのABC型ジペプチド輸送系、周辺質成分であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047309.1と76の同一性、アミノ酸1~585がラクトバシラスジョンソニのオリゴペプチドABC輸送体溶質結合成分であるタンパク質アクセッション番号NP_965324.1と約75の同一性、アミノ酸1~585がラクトバシラスジョンソニのオリゴペプチドABC輸送体溶質結合成分であるタンパク質アクセッション番号NP_965325.1と約70の同一性、アミノ酸82~585がラクトバシラスガセリのABC型ジペプチド輸送系、周辺質成分であるタンパク質アクセッション番号NP_ZP_00047310.1と約73の同一性、アミノ酸1~585がデルブリュック菌のオリゴペプチド結合タンパク質OppA1であるタンパク質アクセッション番号AAK72116.1と約64の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:13490アミノ酸における、アミノ酸6~88がラクトバシラスジョンソニの30Sリボソームタンパク質S20であるタンパク質アクセッション番号NP_964861.1と73の同一性、アミノ酸6~88がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質S20であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046297.1と約73の同一性、アミノ酸6~88がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質S20であるタンパク質アクセッション番号NP_816091.1と約57の同一性、アミノ酸6~84がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質S20であるタンパク質アクセッション番号NP_785638.1と約59の同一性、アミノ酸6~88がリステリアイノクアのリボソームタンパク質S20であるタンパク質アクセッション番号NP_470851.1と約59の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:136343アミノ酸における、アミノ酸1~342がデルブリュック菌のYgaPタンパク質であるタンパク質アクセッション番号T09632と63の同一性、アミノ酸1~343がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ0871であるタンパク質アクセッション番号NP_964726.1と約56の同一性、アミノ酸1~343がラクトバシラスガセリのσ因子に関連したN末端ドメインを含有する転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047413.1と約56の同一性、アミノ酸1~342がエンテロコッカスフェカーリスの転写調節因子、SorCファミリーであるタンパク質アクセッション番号NP_815641.1と約40の同一性、アミノ酸6~88がリステリアモノサイトゲネスにおける枯草菌CggRの推定上の転写調節因子に類似したタンパク質アクセッション番号NP_465983.1と約59の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:1381213アミノ酸における、アミノ酸2~1212がラクトバシラスガセリのDNA依存性RNAポリメラーゼ、ベータサブユニット/140kDサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047415.1と85の同一性、アミノ酸4~1212がラクトバシラスジョンソニのDNA依存性RNAポリメラーゼベータ鎖であるタンパク質アクセッション番号NP_964352.1と約56の同一性、アミノ酸2~1170がラクトバシラスプランタルムのDNA依存性RNAポリメラーゼ、ベータサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_784717.1と約77の同一性、アミノ酸2~1170がエンテロコッカスファエシウムのDNA依存性RNAポリメラーゼベータ鎖であるタンパク質アクセッション番号Q8GCR4と約75の同一性、アミノ酸2~1170がエンテロコッカスファエシウムのDNA依存性RNAポリメラーゼベータ鎖であるタンパク質アクセッション番号Q8GCR6と約75の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:140235アミノ酸における、アミノ酸1~231がラクトバシラスプランタルムのグリセロール摂取促進タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_784003.1と73の同一性、アミノ酸1~230がリステリアモノサイトゲネスのグリセロール摂取促進タンパク質に類似したタンパク質アクセッション番号NP_464692.1と約56の同一性、アミノ酸1~230がリステリアイノクアのグリセロール摂取促進タンパク質に類似したタンパク質アクセッション番号NP_470468.1と約55の同一性、アミノ酸4~228がリステリアイノクアのグリセロール摂取促進物質に類似したタンパク質アクセッション番号NP_470910.1と約51の同一性、アミノ酸1~225がオセアノバシラスイヘエンシスのグリセロール摂取促進物質であるタンパク質アクセッション番号NP_693397.1と約51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:142506アミノ酸における、アミノ酸4~506がアシドフィルス菌のF1F0-ATPアーゼサブユニットアルファであるタンパク質アクセッション番号AAF22496.1と99の同一性、アミノ酸1~506がラクトバシラスガセリのF0F1型ATPシンターゼ、アルファサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046243.1と約85の同一性、アミノ酸4~506がラクトバシラスジョンソニのATPシンターゼアルファ鎖であるタンパク質アクセッション番号NP_964793.1と約85の同一性、アミノ酸4~501がエンテロコッカスフェカーリスのATPシンターゼFl、アルファサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_816249.1と約80の同一性、アミノ酸4~501のATPシンターゼアルファ鎖であるタンパク質アクセッション番号P26679と約78の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:144288アミノ酸における、アミノ酸2~288がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ0170であるタンパク質アクセッション番号NP_964186.1と約60の同一性、アミノ酸2~288がラクトバシラスガセリの推定上のブドウ糖摂取透過酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047239.1と約60の同一性、アミノ酸2~284がラクトバシラスヘルベティカスの膜貫通タンパク質であるタンパク質アクセッション番号CAA05490.1と約39の同一性、アミノ酸2~287がラクトバシラスプランタルムの糖運搬体タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_786013.1と約37の同一性、アミノ酸2~287がリステリアモノサイトゲネスのブドウ糖摂取タンパク質に類似したタンパク質アクセッション番号NP_463702.1と約36の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:146320アミノ酸における、アミノ酸1~320がアシドフィルス菌のF1F0-ATPアーゼサブユニットガンマであるタンパク質アクセッション番号AAF22497.1と約97の同一性、アミノ酸1~320がラクトバシラスジョンソニのATPシンターゼガンマ鎖であるタンパク質アクセッション番号NP_964794.1と約65の同一性、アミノ酸25~320がラクトバシラスガセリのF1F0型ATPシンターゼ、ガンマサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046244.1と約62の同一性、アミノ酸2~320がラクトバシラスプランタルムのATPシンターゼF1、ガンマサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_816248.1と約46の同一性、アミノ酸1~320がエンテロコッカスファエシウムのF0F1型ATPシンターゼ、ガンマサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036478.1と約46の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:148237アミノ酸における、アミノ酸1~237がアシドフィルス菌のF1F0-ATPアーゼサブユニットであるタンパク質アクセッション番号AAF22492.1と約97の同一性、アミノ酸2~237がラクトバシラスジョンソニのATPシンターゼA鎖であるタンパク質アクセッション番号NP_964789.1と約70の同一性、アミノ酸84~237がラクトバシラスガセリのF1F0型ATPシンターゼ、サブユニットaであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046239.1と約72の同一性、アミノ酸8~237がラクトバシラスプランタルムのH輸送2セクターATPアーゼ、Aサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_785836.1と約49の同一性、アミノ酸7~232がロイコノストックメセンテロイデスのF0F1型ATPシンターゼ、サブユニットaであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063080.1と約52の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:1501217アミノ酸における、アミノ酸1~1217がラクトバシラスジョンソニのDNA依存性RNAポリメラーゼベータ’鎖であるタンパク質アクセッション番号NP_964353.1と約79の同一性、アミノ酸10~1217がラクトバシラスガセリのDNA依存性RNAポリメラーゼ、ベータ’サブユニット/160kDサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047416.1と約80の同一性、アミノ酸1~1217がラクトバシラスプランタルムのDNA依存性RNAポリメラーゼ、ベータ’サブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_784718.1と約67の同一性、アミノ酸1~1214がエンテロコッカスファエシウムのDNA依存性RNAポリメラーゼ、ベータ’サブユニット/160kDサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00037903.1と約64の同一性、アミノ酸1~1217がエンテロコッカスファエシウムのDNA依存性RNAポリメラーゼ、ベータプライムサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_816835.1と約64の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:152212アミノ酸における、アミノ酸1~209がラクトバシラスジョンソニの50Sリボソームタンパク質L3であるタンパク質アクセッション番号NP_964359.1と約87の同一性、アミノ酸1~209がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質L3であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047377.1と約87の同一性、アミノ酸1~207がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質L3であるタンパク質アクセッション番号NP_814004.1と約69の同一性、アミノ酸1~207がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の50Sリボソームタンパク質L3であるタンパク質アクセッション番号NP_268256.1と約68の同一性、アミノ酸1~207がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質L3であるタンパク質アクセッション番号NP_784724.1と約68の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:154182アミノ酸における、アミノ酸1~182がアシドフィルス菌のF1F0-ATPアーゼサブユニットデルタであるタンパク質アクセッション番号AAF22495.1と約100の同一性、アミノ酸1~180がラクトバシラスジョンソニのATPシンターゼデルタ鎖であるタンパク質アクセッション番号NP_964792.1と約51の同一性、アミノ酸1~180がラクトバシラスガセリのF1F0型ATPシンターゼ、デルタサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046242.1と約50の同一性、アミノ酸3~179がジェオバシラスステアロサーモフィラスのATPシンターゼデルタ鎖であるタンパク質アクセッション番号P42008と約37の同一性、アミノ酸1~178がATPシンターゼデルタ鎖であるタンパク質アクセッション番号P26680と約35の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:156431アミノ酸における、アミノ酸1~431がラクトバシラスジョンソニのプレタンパク質転位酵素SecYであるタンパク質アクセッション番号NP_964379.1と約83の同一性、アミノ酸1~431がラクトバシラスガセリのプレタンパク質転位酵素サブユニットSecYであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047358.1と約83の同一性、アミノ酸1~431がラクトバシラスプランタルムのプレタンパク質転位酵素、SecYサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_784744.1と約61の同一性、アミノ酸1~430がエンテロコッカスフェカーリスのプレタンパク質転位酵素、SecYサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_814024.1と約58の同一性、アミノ酸1~430がロイコノストックメセンテロイデスのプレタンパク質転位酵素サブユニットSecYであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063524.1と約56の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:158170アミノ酸における、アミノ酸1~166がラクトバシラスジョンソニの50Sリボソームタンパク質L10であるタンパク質アクセッション番号NP_964440.1と約83の同一性、アミノ酸1~169がミュータンス連鎖球菌の50Sリボソームタンパク質L10であるタンパク質アクセッション番号NP_721355.1と約58の同一性、アミノ酸1~166がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質L10であるタンパク質アクセッション番号NP_816349.1と約58の同一性、アミノ酸1~169がストレプトコッカスアルガラクティエのリボソームタンパク質L10であるタンパク質アクセッション番号NP_688300.1と約55の同一性、アミノ酸1~166が肺炎連鎖球菌のリボソームタンパク質L10であるタンパク質アクセッション番号NP_345813.1と約55の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:16098アミノ酸における、アミノ酸1~98がラクトバシラスジョンソニの30Sリボソームタンパク質L7であるタンパク質アクセッション番号NP_964021.1と約77の同一性、アミノ酸1~98がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質S6であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046745.1と約76の同一性、アミノ酸4~97がロイコノストックメセンテロイデスのリボソームタンパク質S6であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063878.1と約59の同一性、アミノ酸5~97がミュータンス連鎖球菌の30Sリボソームタンパク質S6であるタンパク質アクセッション番号NP_722175.1と約60の同一性、アミノ酸1~95がリステリアモノサイトゲネスのリボソームタンパク質S6であるタンパク質アクセッション番号NP_463577.1と約56の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:162312アミノ酸における、アミノ酸1~312がラクトバシラスガセリのDNA依存性RNAポリメラーゼ、アルファサブユニット/40kDサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047113.1と約75の同一性、アミノ酸1~312がラクトバシラスジョンソニのDNA依存性RNAポリメラーゼアルファ鎖であるタンパク質アクセッション番号NP_964385.1と約75の同一性、アミノ酸1~312がラクトバシラスプランタルムのDNA依存性RNAポリメラーゼ、アルファサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_784750.1と約61の同一性、アミノ酸1~312がエンテロコッカスフェカーリスのDNA依存性RNAポリメラーゼ、アルファサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_814030.1と約60の同一性、アミノ酸1~312がロイコノストックメセンテロイデスのDNA依存性RNAポリメラーゼ、アルファサブユニット/40kDサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063519.1と約57の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:164180アミノ酸における、アミノ酸1~180がラクトバシラスジョンソニの50Sリボソームタンパク質L5であるタンパク質アクセッション番号NP_964371.1と約87の同一性、アミノ酸1~180がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質L5であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047365.1と約86の同一性、アミノ酸1~180がラクトバシラスプランタルムのリボソームタンパク質L5であるタンパク質アクセッション番号NP_784736.1と約80の同一性、アミノ酸1~180がロイコノストックメセンテロイデスのリボソームタンパク質L5であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063531.1と約81の同一性、アミノ酸1~180がミュータンス連鎖球菌のリボソームタンパク質L5であるタンパク質アクセッション番号NP_722312.1と約77の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:166176アミノ酸における、アミノ酸1~176がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質L6P/L9Eであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047363.1と約82の同一性、アミノ酸1~176がラクトバシラスガセリのレクチン様タンパク質LA2-20であるタンパク質アクセッション番号BAA97125.1と約82の同一性、アミノ酸1~176がラクトバシラスジョンソニの50Sリボソームタンパク質L6であるタンパク質アクセッション番号NP_964374.1と約81の同一性、アミノ酸1~176がエンテロコッカスファエシウムのリボソームタンパク質L6P/L6Eであるタンパク質アクセッション番号ZP_00035549.1と約59の同一性、アミノ酸1~176がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質L6であるタンパク質アクセッション番号NP_814019.1と約60の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:168168アミノ酸における、アミノ酸17~168がラクトバシラスガセリのリボソームタンパク質S5であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047361.1と約76の同一性、アミノ酸17~163が好熱乳酸杆菌の30Sリボソームタンパク質S5であるタンパク質アクセッション番号P02357と約68の同一性、アミノ酸17~163がエンテロコッカスフェカーリスのリボソームタンパク質S5であるタンパク質アクセッション番号NP_814021.1と約67の同一性、アミノ酸17~163がエンテロコッカスファエシウムのリボソームタンパク質L6P/L6Eであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036067.1と約66の同一性、アミノ酸17~163が枯草菌のリボソームタンパク質S5であるタンパク質アクセッション番号NP_388014.1と約66の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:170181アミノ酸における、アミノ酸7~181がラクトバシラスガセリのアデニン/グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼと関連したPRPP結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046567.1と約87の同一性、アミノ酸7~181がラクトバシラスジョンソニのアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965276.1と約86の同一性、アミノ酸9~178がエンテロコッカスフェカーリスのアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_815395.1と約60の同一性、アミノ酸7~178がラクトバシラスプランタルムのアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785602.1と約56の同一性、アミノ酸9~178が黄色ブドウ球菌のアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号AAP15446.1と約58の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号:172334アミノ酸における、アミノ酸1~334がアシドフィルス菌の転写リプレッサーMsmRであるタンパク質アクセッション番号AAO21855.1と約100の同一性、アミノ酸4~334が肺炎連鎖球菌のショ糖オペロンリプレッサーであるタンパク質アクセッション番号NP_359213.1と約48の同一性、アミノ酸4~334が肺炎連鎖球菌のLacIファミリーの糖結合性転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号NP_346232.1と約46の同一性、アミノ酸10~333がラクトバシラスジョンソニの推定上のタンパク質LJ0744であるタンパク質アクセッション番号NP_964596.1と約37の同一性、アミノ酸10~334がラクトバシラスガセリの転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047431.1と約36の同一性を有することを示した。アミノ酸配列のPFAM結果配列番号:2は、およそアミノ酸28から403に位置する推定のSBP_bac_1ドメインを含有し、細菌の細胞外溶質結合タンパク質ファミリーSBP_bac_1SBP_bacterial_1PFAMアクセッションPF01547のメンバーである。配列番号:4は、およそアミノ酸179から256に位置する推定のBPD_transp_1ドメインを含有し、結合タンパク質依存性輸送系内膜成分ファミリーBPD_transp_1BPD_transpPFAMアクセッションPF00528のメンバーである。配列番号:6は、およそアミノ酸168から244に位置する推定のBPD_transp_1ドメインを含有し、結合タンパク質依存性輸送系内膜成分ファミリーBPD_transp_1BPD_transpPFAMアクセッションPF00528のメンバーである。配列番号:8は、およそアミノ酸24から409に位置する推定のGlyco_hydro_32ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー32ファミリーGlyco_hydro_32PFAMアクセッションPF00251のメンバーである。配列番号:10は、およそアミノ酸31から212に位置する推定のABC_tranドメインを含有し、ABC輸送体ファミリーABC_tranPFAMアクセッションPF00005のメンバーである。配列番号:14は、およそアミノ酸9から109に位置する推定のGARS_Nドメイン、およそアミノ酸111から186に位置する推定のGARS_Bドメイン、およそアミノ酸189から328に位置する推定のGARSドメイン、およそアミノ酸330から422に位置する推定のGARS_Cドメインを含有し、ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼATP把握AドメインファミリーGARS_AGARSPFAMアクセッションPF01071のメンバー、ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼNドメインファミリーGARS_NPFAMアクセッションPF02844のメンバー、ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼBドメインファミリーGARS_BPFAMアクセッションPF02842のメンバー、ホスホリボシルグリシンアミドシンセターゼCドメインファミリーGARS_CPFAMアクセッションPF02843のメンバーである。配列番号:16は、およそアミノ酸4から128に位置する推定のMGSドメイン、およそアミノ酸133から447に位置する推定のAICARFT_IMPCHasドメインを含有し、AICARFT/IMPCHアーゼ二酵素ファミリーAICARFT_IMPCHasPFAMアクセッションPF01808のメンバー、及びMGS様ドメインファミリーMGSPFAMアクセッションPF02142のメンバーである。配列番号:18は、およそアミノ酸1から185に位置する推定のformyl_transf_Nドメインを含有し、ホルミルトランスフェラーゼファミリーformyl_transf_NPFAMアクセッションPF00551のメンバーである。配列番号:20は、およそアミノ酸1から161に位置する推定のAIRSドメイン、およそアミノ酸171から343に位置する推定のAIRS_Cドメインを含有し、AIRシンターゼ関連タンパク質、N末端ドメインファミリーAIRSPFAMアクセッションPF00586のメンバー、及びAIRシンターゼ関連タンパク質、C末端ドメインファミリーAIRS_CPFAMアクセッションPF02769のメンバーである。配列番号:22は、およそアミノ酸18から200に位置する推定のGATase_2ドメイン、およそアミノ酸258から415に位置する推定のPribosyltranドメインを含有し、グルタミンアミドトランスフェラーゼクラスIIファミリーGATase_2PFAMアクセッションPF00310のメンバー、及びホスホリボシル転移酵素ドメインファミリーPribosyltranPFAMアクセッションPF00156のメンバーである。配列番号:24は、およそアミノ酸45から195及び408から565に位置する推定のAIRSドメイン、およそアミノ酸206から364及びアミノ酸576から715に位置する推定のAIRS_Cドメインを含有し、AIRシンターゼ関連タンパク質、N末端ドメインファミリーAIRSPFAMアクセッションPF00586のメンバー、及びAIRシンターゼ関連タンパク質、C末端ドメインファミリーAIRS_CPFAMアクセッションPF02769のメンバーである。配列番号:28は、およそアミノ酸3から81に位置する推定のPurCドメインを含有し、ホスホリボシルホルミルグリシンアミドFGAMシンターゼファミリーPurCPFAMアクセッションPF02700のメンバーである。配列番号:30は、およそアミノ酸1から235に位置する推定のSAICAR_syntドメインを含有し、SAICAR合成酵素ファミリーSAICAR_syntPFAMアクセッションPF01259のメンバーである。配列番号:32は、およそアミノ酸7から40に位置する推定のPTS_EIIBドメイン、およそアミノ酸110から404に位置する推定のPTS_EIICドメイン、およそアミノ酸517から621に位置する推定のPTS_EIIA_1ドメインを含有し、ホスホトランスフェラーゼ系、EIICファミリーPTS_EIICPFAMアクセッションPF02378のメンバー、ホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系のEIIA1ファミリーPTS_EIIA_1PFAMアクセッションPF00358のメンバー、ホスホトランスフェラーゼ系、EIIBファミリーPTS_EIIBPFAMアクセッションPF00367のメンバーである。配列番号:36は、およそアミノ酸1から244に位置する推定のMIPドメインを含有し、主要内在性タンパク質ファミリーMIPPFAMアクセッションPF00230のメンバーである。配列番号:42は、およそアミノ酸33から227に位置する推定のABC_tranドメインを含有し、ABC輸送体ファミリーABC_tranPFAMアクセッションPF00005のメンバーである。配列番号:44は、およそアミノ酸161から237に位置する推定のBPD_transp_1ドメインを含有し、結合タンパク質依存性輸送系内膜成分ファミリーBPD_transp_1PFAMアクセッションPF00528のメンバーである。配列番号:48は、およそアミノ酸18から397に位置する推定のxan_ur_透過酵素ドメインを含有し、透過酵素ファミリーxan_ur_透過酵素PFAMアクセッションPF00860のメンバーである。配列番号:50は、およそアミノ酸49から153に位置する推定のPTS_EIIA_1ドメイン、およそアミノ酸197から231に位置する推定のPTS_EIIBドメイン、およそアミノ酸301から587に位置する推定のPTS_EIICドメインを含有し、ホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系、EIIA1ファミリーPTS_EIIA_1PFAMアクセッションPF00358のメンバー、ホスホトランスフェラーゼ系、EIICファミリーPTS_EIICPFAMアクセッションPF02378のメンバー、ホスホトランスフェラーゼ系、EIIBファミリーPTS_EIIBPFAMアクセッションPF00367のメンバーである。配列番号:52は、およそアミノ酸9から68に位置する推定のgntRドメインを含有し、細菌性調節タンパク質、gntRファミリーGntRPFAMアクセッションPF00392のメンバーである。配列番号:54は、およそアミノ酸28から429に位置する推定のα-アミラーゼドメインを含有し、α-アミラーゼ、触媒ドメインファミリーalpha-amylasePFAMアクセッションPF00128のメンバーである。配列番号:60は、およそアミノ酸51から420に位置する推定のSBP_bac_1ドメインを含有し、細菌性細胞外溶質結合タンパク質ファミリーSBP_bac_1PFAMアクセッションPF01547のメンバーである。配列番号:62は、およそアミノ酸1から135に位置する推定のRibosomal_S12ドメインを含有し、リボソームタンパク質S12ファミリーRibosomal_S12PFAMアクセッションPF00164のメンバーである。配列番号:66は、およそアミノ酸10から427に位置する推定のEnolase_Cドメインを含有し、エノラーゼ、C末端TIMバーレルドメインファミリーEnolase_CPFAMアクセッションPF00113のメンバーである。配列番号:68は、およそアミノ酸20から214に位置する推定のGTP_EFTUドメイン、およそアミノ酸226から305に位置する推定のGTP_EFTU_D2ドメイン、およそアミノ酸309から404に位置する推定のGTP_EFTU_D3ドメインを含有し、伸長因子TuGTP結合ドメインファミリーGTP_EFTUPFAMアクセッションPF00009のメンバー、伸長因子TuのC末端ドメインファミリーGTP_EFTU_D3PFAMアクセッションPF03143のメンバー、及び伸長因子Tuドメイン2ファミリーGTP_EFTU_D2PFAMアクセッションPF03144のメンバーである。配列番号:70は、およそアミノ酸1から346に位置する推定のPKドメイン、およそアミノ酸360から475に位置する推定のPK_Cドメイン、およそアミノ酸490から579に位置する推定のPEP-utilizersドメインを含有し、ピルビン酸キナーゼバーレルドメインファミリーPKPFAMアクセッションPF00224のメンバー、ピルビン酸キナーゼアルファ/ベータドメインファミリーPK_CPFAMアクセッションPF02887のメンバー、PEP利用酵素可動ドメインファミリーPEP-utilizersPFAMアクセッションPF00391のメンバーである。配列番号:72は、およそアミノ酸5から149に位置する推定のPTS_EIIA_2ドメイン、およそアミノ酸183から285に位置する推定のPTS_IIB_frucドメイン、およそアミノ酸315から597に位置する推定のPTS_EIICドメインを含有し、ホスホエノールピルビン酸依存性糖ホスホトランスフェラーゼ系、EIIA2ファミリーPTS_EIIA_2PFAMアクセッションPF00359のメンバー、PTS系フルクトース特異性IIBサブユニットファミリーPTS_IIB_frucPFAMアクセッションPF02379のメンバー、及びホスホトランスフェラーゼ系EIICファミリーPTS_EIICPFAMアクセッションPF02378のメンバーである。配列番号:74は、およそアミノ酸5から292に位置する推定のPfkBドメインを含有し、PfkBファミリー炭水化物キナーゼファミリーPfkBPFAMアクセッションPF00294のメンバーである。配列番号:76は、およそアミノ酸5から147に推定のLdhドメイン、およそアミノ酸149から317に推定のLdh_Cドメインを含有し、乳酸/リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、NAD結合ドメインファミリーLdh_1_NPFAMアクセッションPF00056のメンバー、乳酸/リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、アルファ/ベータC末端ドメインファミリーLdh_1_CPFAMアクセッション02866のメンバーである。配列番号:78は、およそアミノ酸1から235にSAICAR_syntドメインを含有し、SAICARシンターゼファミリーSAICAR_syntPFAMアクセッション01259のメンバーである。配列番号:80は、およそアミノ酸6から231に推定のDeoRドメインを含有し、細菌性調節タンパク質、deoRファミリーDeoRPFAMアクセッション00455のメンバーである。配列番号:82は、およそアミノ酸33から239に推定のRibosomal_L1ドメインを含有し、リボソームタンパク質L1p/L10eファミリーRibosomal_L1PFAMアクセッションPF00687のメンバーである。配列番号:84は、およそアミノ酸15から113に推定の2-Hacid_DHドメイン、及びおよそアミノ酸115から309に推定の2-Hacid_DH_Cドメインを含有し、D-アイソマー特異性2-ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ、触媒ドメインファミリー2-Hacid_DHPFAMアクセッションPF00389のメンバー、D-アイソマー特異性2-ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ、NAD結合ドメインファミリー2-Hacid_DH_CPFAMアクセッションPF02826のメンバーである。配列番号:86は、およそアミノ酸1から456に推定のSLAPドメインを含有し、細菌性表層タンパク質ファミリーSLAPPFAMアクセッションPF03217のメンバーである。配列番号:88は、およそアミノ酸146から227に推定のPEP-utilizersドメイン、およそアミノ酸252から546に推定のPEP-utilizers_Cドメインを含有し、PEP利用酵素、可動ドメインファミリーPEP-utilizersPFAMアクセッションPF00391のメンバー、PEP利用酵素、TIMバーレルドメインファミリーPEP_utilizers_CPFAMアクセッションPF02896のメンバーである。配列番号:90は、およそアミノ酸2から226に推定のPGAMドメインを含有し、ホスホグリセリン酸ムターゼファミリーPGAMPFAMアクセッションPF00300のメンバーである。配列番号:92は、およそアミノ酸1から234に推定のPFKドメインを含有し、ホスホフルクトキナーゼファミリーPFKPFAMアクセッションPF00365のメンバーである。配列番号:96は、およそアミノ酸10から218に推定のGTP_EFTUドメイン、およそアミノ酸313から392に推定のGTP_EFTU_D2ドメイン、およそアミノ酸513から684に推定のEFG_Cドメインを含有し、伸長因子TuGTP結合ドメインファミリーGTP_EFTUPFAMアクセッションPF00009のメンバー、伸長因子Tuドメイン2ファミリーGTP_EFTU_D2PFAMアクセッションPF03144のメンバー、伸長因子G_C末端ファミリーEFG_CPFAMアクセッションPF00679のメンバーである。配列番号:98は、およそアミノ酸9から278に推定のPeptidase_M3ドメインを含有し、ペプチダーゼファミリーM3Peptidase_M3PFAMアクセッションPF01432のメンバーである。配列番号:100は、およそアミノ酸11から131に推定のRibosomal_S9ドメインを含有し、リボソームタンパク質S9/S16ファミリーRibosomal_S9PFAMアクセッションPF00380のメンバーである。配列番号:102は、およそアミノ酸に2から256に推定のGp_dh_Nドメイン、およそアミノ酸157から318に推定のGp_dh_Cドメインを含有し、グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ、NAD結合ドメインファミリーGp_dh_NPFAMアクセッションPF00044のメンバー、及びグリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ、C末端ドメインファミリーGp_dh_CPFAMアクセッションPF02800のメンバーである。配列番号:106は、およそアミノ酸6から75に推定のATP-synt_ab_Nドメイン、およそアミノ酸78から352に推定のATP-synt_abドメイン、およそアミノ酸355から466にATP-synt_ab_Cドメインを含有し、ATPシンターゼアルファ/ベータ、ベータバーレルドメインファミリーATP-synt_ab_NPFAMアクセッション_PF02874のメンバー、ATPシンターゼアルファ/ベータ、ヌクレオチド結合ドメインファミリーATP-synt_abPFAMアクセッションPF0006のメンバー、ATPシンターゼアルファ/ベータ、C末端ドメインファミリーATP-synt_ab_CPFAMアクセッションPF00306のメンバーである。配列番号:108は、およそアミノ酸1から61に推定のRibosomal_S3_Nドメイン、およそアミノ酸64から111に推定のKH_1ドメイン、およそアミノ酸118から201に推定のRibosomal_S3Cドメインを含有し、リボソームタンパク質S3C末端領域ファミリーRibosomal_S3PFAMアクセッションPF00417のメンバー、KHドメインファミリーKH_1PFAMアクセッションPF00013のメンバー、リボソームタンパク質S3、及びN末端ドメインファミリーRibosomal_S3_CPFAMアクセッションPF00189のメンバーである。配列番号:110は、アミノ酸30から409に推定のXan_ur_透過酵素ドメインを含有し、透過酵素ファミリーXan_ur_permeasePFAMアクセッションPF00860のメンバーである。配列番号:112は、およそアミノ酸108から177に推定のS1RNA結合ドメインを含有し、S1RNA結合ドメインファミリーS1PFAMPF00575のメンバーである。配列番号:114は、およそアミノ酸4からから408に推定のPGKドメインを含有し、ホスホグリセリン酸キナーゼファミリーPGKPFAMアクセッションPF00162のメンバーである。配列番号:116は、およそアミノ酸33から124に推定のRibosomal_S4ドメイン、およそアミノ酸125から172に推定のS4ドメインを含有し、リボソームタンパク質S4/S9N末端ドメインファミリーRibosomal_S4PFAMアクセッションPF00163のメンバー、及びS4ドメインファミリーS4PFAMアクセッションPF01479のメンバーである。配列番号:118は、およそアミノ酸1から80に推定のRibosomal_L31ドメインを含有し、リボソームタンパク質L31ファミリーRibosomal_L31PFAMアクセッションPF01197のメンバーである。配列番号:120は、およそアミノ酸1から156に推定のRibosomal_S7ドメインを含有し、リボソームタンパク質S7p/S7eファミリーRibosomal_S7PFAMアクセッションPF00177のメンバーである。配列番号:122は、およそアミノ酸1から96に推定のRibosomal_L21pドメインを含有し、原核細胞リボソームL21タンパク質ファミリーRibosomal_L21pPFAMアクセッションPF00829のメンバーである。配列番号:124は、およそアミノ酸138から275に推定のPribosyltranドメインを含有し、ホスホリボシル転移酵素ドメインファミリーPribosyltranPFAMアクセッションPF00156のメンバーである。配列番号:126は、およそアミノ酸6から108に推定のSSBドメインを含有し、一本鎖結合タンパク質ファミリーSSBPFAMアクセッションPF00436のメンバーである。配列番号:128は、およそアミノ酸7から442に推定のPGIドメインを含有し、ホスホグルコースイソメラーゼファミリーPGIPFAMアクセッションPF00342のメンバーである。配列番号:130は、およそアミノ酸2から174に推定のTPP_enzyme_Nドメイン、およそアミノ酸190から340に推定のTPP_enzyme_Mドメイン、およそアミノ酸357から530に推定のTPP_enzyme_Cドメインを含有し、チアミンピロリン酸酵素、N末端TPP結合ドメインファミリーTPP_enzyme_NPFAMアクセッションPF02776のメンバー、チアミンピロリン酸酵素、中枢ドメインファミリーTPP_enzyme_MPFAMアクセッションPF00205のメンバー、及びチアミンピロリン酸酵素、C末端TPP結合ドメインファミリーTPP_enzyme_CPFAMアクセッションPF02775のメンバーである。配列番号:132は、およそアミノ酸12から583に推定のSBP_bac_5ドメインを含有し、細菌性細胞外溶質結合タンパク質、ファミリー5中央ファミリーSBP_bac_5PFAMアクセッションPF00496のメンバーである。配列番号:134は、およそアミノ酸7から90に推定のRibosomal_S20pドメインを含有し、リボソームタンパク質S20ファミリーRibosomal_S20pPFAMアクセッションPF01649のメンバーである。配列番号:140は、およそアミノ酸1から231に推定のMIPドメインを含有し、主要内在性タンパク質ファミリーMIPPFAMアクセッションPF00230のメンバーである。配列番号:142は、アミノ酸27から95に推定のATP-synt_ab_Nドメイン、アミノ酸98から373に推定のATP-synt_abドメイン、アミノ酸375から473に推定のATP-synt_ab_Cドメインを含有し、ATPシンターゼアルファ/ベータ、ベータバーレルドメインファミリーATP-synt_ab_NPFAMアクセッションPF02874のメンバー、ATPシンターゼアルファ/ベータ、ヌクレオチド結合ドメインファミリーATP-synt_abPFAMアクセッションPF0006のメンバー、ATPシンターゼアルファ/ベータ、C末端ドメインファミリーATP-synt_ab_CPFAMアクセッションPF00306のメンバーである。配列番号:146は、およそアミノ酸3から319に推定のATP-syntドメインを含有し、ATPシンターゼファミリーATP-syntPFAMアクセッションPF00231のメンバーである。配列番号:148は、およそアミノ酸72から232に推定のATP-synt_Aドメインを含有し、ATPシンターゼA鎖ファミリーATP-synt_APFAMアクセッションPF00119のメンバーである。配列番号:150は、およそアミノ酸224から838に推定のRNA_pol_Aドメイン、およそアミノ酸893から1184に推定のRNA_pol_A2ドメインを含有し、RNAポリメラーゼアルファサブユニットファミリーRNA_pol_Aのメンバー、RNAポリメラーゼA/ベータ’/Aサブユニットファミリーのメンバーである。配列番号:152は、およそアミノ酸9から202に推定のRibosomal_L3ドメインを含有し、リボソームタンパク質L3ファミリーRibosomal_L3PFAMアクセッションPF00297のメンバーである。配列番号:154は、およそアミノ酸8から178に推定のOSCPドメインを含有し、ATPシンターゼデルタOSCPサブユニットファミリーOSCPPFAMアクセッションPF00213のメンバーである。配列番号:156は、およそアミノ酸68から416に推定のSecYドメインを含有し、真正細菌secYタンパク質ファミリーSecYPFAMアクセッションPF00344のメンバーである。配列番号:158は、およそアミノ酸4から104に推定のRibosomal_L10ドメインを含有し、Ribosomal_L10タンパク質ファミリーRibosomal_L10PFAMアクセッションPF00466のメンバーである。配列番号:160は、およそアミノ酸4から96に推定のRibosomal_S6ドメインを含有し、リボソームタンパク質S6ファミリーPFAMアクセッションPF01250のメンバーである。配列番号:162は、およそアミノ酸18から219に推定のRNA_pol_A_bacドメイン、およそアミノ酸236から303に推定のRNA_pol_A_CTDドメインを含有し、RNAポリメラーゼRbp3/RpoA挿入ドメインRNA_pol_A_bacPFAMアクセッションPF01000のメンバー、及び細菌性RNAポリメラーゼ、α鎖C末端ドメインファミリーRNA_pol_A_CTDPFAMアクセッションPF03118のメンバーである。配列番号:164は、およそアミノ酸25から81に推定のRibosomal_L5ドメイン、およそアミノ酸85から179に推定のRibosomal_L5_Cドメインを含有し、リボソームタンパク質L5ファミリーRibosomal_L5PFAMアクセッションPF00281のメンバー、及びリボソームL5PファミリーC末端ファミリーRibosomal_L5_CPFAMアクセッションPF00673のメンバーである。配列番号:166は、およそアミノ酸11から176に推定のRibosomal_L6ドメインを含有し、リボソームタンパク質L6ファミリーRibosomal_L6PFAMアクセッションPF00347のメンバーである。配列番号:168は、およそアミノ酸21から149に推定のRibosomal_S5ドメインを含有し、リボソームタンパク質S5、N末端ドメインファミリーRibosomal_S5PFAMアクセッションPF00333のメンバーである。配列番号:170は、およそアミノ酸26から179に推定のPribosyltranドメインを含有し、ホスホリボシル転移酵素ドメインファミリーPribosyltranPFAMアクセッションPF00156のメンバーである。配列番号:172は、およそアミノ酸9から36に推定のLacIドメイン、およそアミノ酸68から331に推定のPeripla_BP_1ドメインを含有し、細菌性調節タンパク質、lacIファミリーLacIPFAMアクセッションPF00356のメンバー、及びLacIファミリーの周辺質結合タンパク質及び糖結合ドメインPeripla_BP_1PFAMアクセッションPF00532のメンバーである。[参考文献]1AjdicDMcShanWMMcLaughlinRESavicGChangJCarsonMBPrimeauxCTianRKentonSJiaHLinSQianYLiSZhuHNajarFLaiHWhiteJRoeBAFerrettiJJProcNatlAcadSciUSA9914434144392KleerebezemMBoekhorstJvanKranenburgRMolenaarDKuipersOPLeerRTarchiniRPetersSASandbrinkHMFiersMWStiekemaWLankhorstRMBronPAHofferSMGrootMNKerkhovenRdeVriesMUrsingBdeVosWMSiezenRJProcNatlAcadSciUSA100199053SchellMAKarmirantzouMSnelBVilanovaDBergerBPessiGZwahlenMCDesiereFBorkPDelleyMPridmoreRDArigoniFProcNatlAcadSciUSA9914422144274GibsonGRRoberfroidMBJNutr125140114125MoshfeghAJFridayJEGoldmanJPAhujaJKCJNutr1291407s1411s6KaplanHHutkinsRWApplEnvironMicrobiol66268226847HarteminkRQuataertMCJVanlaereKMJNoutMJRRomboutsFMJApplBacteriol795515578HarteminkRVanLaereKMJRomboutsFMJApplMicrobiol833673749VanLaereKMHarteminkRBosveldMScholsHAVoragenAGJAgricFoodChem4816445210OrrhageKSjostedtSNordCEJAntimicrobChemother466031211RycroftCEJonesMRGibsonGRRastallRAJApplMicrobiol918788712BarefootSFKlaenhammerTRApplEnvironMicrobiol4518081513SalzbergSLDelcherALKasifSWhiteONucleicAcidsRes26544814DelcherALHarmonDKasifSWhiteOSalzbergSLNucleicAcidsRes2746364115AltschulSFGishWMillerWMyersEWLipmanDJJMolBiol2154031016ThompsonJDHigginsDGGibsonTJNucleicAcidsRes224673468017KumarSTamuraKJakobsenIBNeiMBioinformatics171244518RussellWMKlaenhammerTRApplEnvironMicrobiol674361419LawJBuistGHaandrikmanAKokJVenemaGLeenhoutsKJBacteriol1777011820RussellRRBAduseopokuJSutcliffeICTaoLFerrettiJJJBiolChem2674631463721QuentinYFichantGDenizotFJMolBiol2874678422KroghALarssonBvonHeijneGSonnhammerELJMolBiol3055678023BraibantMGilotPContentJFEMSMicrobiolRev244496724LintonKJHigginsCFMolMicrobiol2851325McLaughlinREFerrettiJJFemsMicrobiolLett14026126426NguyenCCSaierMHJrFEBSLett3779810227YamamotoHSerizawaMThompsonJSekiguchiJJBacteriol18351102128MiwaYNakataAOgiwaraAYamamotoMFujitaYNucleicAcidsRes2812061029WeickertMJChamblissGHProcNatlAcadSciUSA8762384230BurneRAWenZTChenYYMPendersJECJBacteriol1812863287131HueckCJHillenWSaierMHJrResMicrobiol1455031832WenZTBurneRAJBacteriol1841263333LieblWBremDGotschlichAApplMicrobiolBiotechnol50556434BurneRASchillingKBowenWHYasbinREJBacteriol1694507451735OnoderaSShiomiNAgricBiolChem522569257636XiaoRTanidaMTakaoSJFermentBioeng6733133437MckellarRCModlerHWApplMicrobiolBiotechnol3153754138MenendezCHernandezLSelmanGMendozaMFHeviaPSotolongoMArrietaJGCurrMicrobiol4551239OdaYItoMCurrMicrobiol41392540PerrinSGrillJPSchneiderFJApplMicrobiol889687441MuramatsuKOnoderaSKikuchiMShiomiNBiosciBiotechBiochem561451145442SaitoKKondoKKojimaIYokotaATomitaFApplEnvironMicrobiol66252643SongEKKimHSungHKChaJGene291455544NaumoffDGProteins42667645ReddyVAMaleyFJBiolChem265108172046BurneRAPendersJEInfectImmun6046213247LambertAOsterasMMandonKPoggiMCLeRudulierDJBacteriol1834709471748HiratsukaKWangBSatoYKuramitsuHInfectImmun6637364349LuesinkEJMaruggJDKuipersOPdeVosWMJBacteriol1811924650KaplanHandHutkinsRWApplEnvironMicrobiol692217222251KooninEVMakarovaKSAravindLAnnuRevMicrobiol5570974252SalamaNGuilleminKMcDanielTKSherlockGTompkinsLFalkowSProcNatlAcadSciUSA97146687353DorrellNManganJALaingKGHindsJLintonDAlGhuseinHBarrellBGParkhillJStokerNGKarlyshevAVButcherPDWrenBWGenomeRes1117061554HakenbeckRBalmelleNWeberBGardesCKeckWdeSaizieuAInfectImmun6924778655NesboCLNelsonKEDoolittleWFJBacteriol184447588以上の説明と付随の図面とに提示した教示の恩恵により、これらの発明に関係する分野の当業者ならば、本明細書に示した本発明の、多くの変更形態及び他の実施形態が想起されよう。したがって、本発明は、開示された特定の実施形態に限定されないこと、変更形態及び他の実施形態は、付随の実施形態の範囲に含まれると意図されていることが理解されよう。本明細書では特定の用語を用いたが、それらは包括的及び説明的な意味でのみで用いられており、限定を目的としたものではない。本明細書中に言及されたすべての出版物及び特許出願は、本発明が関係する当業者の技術水準を示すものである。すべての出版物及び特許出願は、それぞれ個々の出版物又は特許出願が、具体的かつ個別に参照により本明細書に組み込まれると示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。理解を明快にすることを目的として、例示による方法と、実例とによって、上記の発明をある程度詳細に記述したが、添付されている特許請求の範囲内において、ある程度の変更及び修正を行うことができるのは明らかであろう。"