"増大されたYap1転写因子活性を含む、非トランスジェニック油性酵母の含油率と比較して増加した含油率を有するトランスジェニック油性酵母株。増大されたYap1転写因子活性が、Yap1転写因子活の過剰発現、前記転写因子と前記転写因子を活性化することができるタンパク質との相互作用を増大すること、又は両者の組合せによって起こる、請求項1に記載のトランスジェニック油性酵母。前記転写因子を活性化することができる前記タンパク質が、Gpx3、Ybp1及びTsa1からなる群から選択される、請求項2に記載のトランスジェニック油性酵母。Yap1転写因子が、転写因子活性を有し、かつ、abZIPロイシンジッパーモチーフ;b少なくとも6つのアミノ酸で隔てられた少なくとも2つのシステイン残基の配列を含むN末端Cysリッチドメイン;及びc少なくとも8つのアミノ酸で隔てられた少なくとも2つのシステイン残基の配列を含むC末端Cysリッチドメイン、を含むポリペプチド、をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項2に記載のトランスジェニック油性酵母。Yap1転写因子の配列が、配列番号2及び配列番号4からなる群から選択される、請求項4に記載のトランスジェニック油性酵母。Gpx3タンパク質が、aYap1転写因子と相互作用してYap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、前記ポリペプチドは、配列番号26[ScGpx3]又は配列番号28[YlGpx3]からなる群から選択される配列と比較してBLASTPアラインメント方法に基づき、少なくとも70アミノ酸同一性を有する、前記ヌクレオチド配列;bYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号25[ScGpx3]又は配列番号27[YlGpx3]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTNアラインメント方法に基づき、少なくとも70配列同一性を有する、前記ヌクレオチド配列;又は、ca若しくはbのヌクレオチド配列の相補体であって、前記相補体と前記ヌクレオチド配列は、同じ数のヌクレオチドから構成され、100相補的である前記相補体、を含む、請求項3に記載のトランスジェニック油性酵母。Tsa1タンパク質が、a前記Yap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、前記ポリペプチドは、配列番号34[ScTsa1]又は配列番号36[YlTsa1]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTPアラインメント方法に基づき、少なくとも70アミノ酸同一性を有する、前記ヌクレオチド配列;b前記Yap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号33[ScTsa1]又は配列番号35[YlTsa1]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTNアラインメント方法に基づき、少なくとも70配列同一性を有する、前記ヌクレオチド配列;又は、ca若しくはbの前記ヌクレオチド配列の相補体であって、前記相補体と前記ヌクレオチド配列は、同じ数のヌクレオチドから構成され、100相補的である、前記相補体、を含む、請求項3に記載のトランスジェニック油性酵母。Ybp1タンパク質が、aYap1転写因子と相互作用してYap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、前記ポリペプチドは、配列番号38[ScYbp1]又は配列番号40[YlYbp1]からなる群から選択される、前記ヌクレオチド配列;又は、bYap1転写因子と相互作用してYap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、前記ポリペプチド配列は、保存ドメインの分析方法に基づき、kinetochor_Ybp2スーパーファミリーに分類される、前記ヌクレオチド配列;又は、ca若しくはbの前記ヌクレオチド配列の相補体であって、前記相補体と前記ヌクレオチド配列は、同じ数のヌクレオチドから構成され、100相補的である、前記相補体、を含む、請求項3に記載のトランスジェニック油性酵母。トランスジェニック油性酵母が、ヤロウィアYarrowia、カンジダCandida、ロドトルラRhodotorula、ロドスポリジウムRhodosporidium、クリプトコッカスCryptococcus、トリコスポロンTrichosporon、及びリポミセスLipomycesからなる群から選択される属に由来する、請求項1に記載のトランスジェニック油性酵母。トランスジェニック油性酵母が、ヤロウィアリポリティカである、請求項8に記載のトランスジェニック油性酵母。トランスジェニック油性酵母が、少なくとも1種の多価不飽和脂肪酸を産生する、請求項1に記載のトランスジェニック油性酵母。油性酵母中の含油率を増加させる方法であって、aiYap1転写因子;ii前記転写因子を活性化することができるタンパク質;iiii及びiiの組合せからなる群から選択されるタンパク質を過剰発現させるように前記油性酵母を改変するステップ;並びにb非トランスジェニック油性酵母の含油率と比較して含油率の増加をもたらすような好適な条件下で、前記油性酵母を増殖させるステップ、を含む、前記方法。ROSは、好気的代謝を実施する細胞中に頻繁に生成されており、しかも、ROSは、細胞障害及び細胞死を招く可能性があることから、当業者は、組換えにより作製された生物のROSからの防御能力を増強する方法を理解している。これは、特に、微生物油を産生する生物に該当することである。というのは、特定の菌株において、これらの油を産生中にROSが生成されると、収量の低下及び/又は微生物油生産の効率の低下を招きうるからである。増大されたYap1転写因子活性を有すると同時に、PUFAを生成するように油性酵母を作製することにより、脂質含有率[TFADCW]及び平均PUFA力価[PUFADCW]の両方の増加が達成されることがわかっている。本発明は、非トランスジェニック油性酵母細胞の含油率と比較して増加した含油率を有するトランスジェニック油性酵母を提供する。一実施形態において、本発明は、増大されたYap1転写因子活性を含む、増加した含油率を有するトランスジェニック油性酵母に関し、ここで、増加した含油率は、非トランスジェニック油性酵母細胞の含油率と比較したものである。第2の実施形態では、増大されたYap1転写因子活性は、Yap1転写因子を過剰発現すること、前記転写因子と前記転写因子を活性化することができるタンパク質との相互作用を増大すること、又は両者の組合せによって起こる。第3の実施形態では、転写因子を活性化することができるタンパク質は、Gpx3、Ybp1及びTsa1からなる群から選択される。第4の実施形態では、Yap1転写因子は、転写因子活性を有し、かつ以下:abZIPロイシンジッパーモチーフ;b少なくとも6つのアミノ酸で隔てられた少なくとも2つのシステイン残基の配列を含むN末端Cysリッチドメイン;及びc少なくとも8つのアミノ酸で隔てられた少なくとも2つのシステイン残基の配列を含むC末端Cysリッチドメイン、を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。第5の実施形態では、Gpx3タンパク質は、以下を含む:aYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このポリペプチドは、配列番号26[ScGpx3]又は配列番号28[YlGpx3]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTPアラインメント方法に基づき、少なくとも70アミノ酸同一性を有する;bYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このヌクレオチド配列は、配列番号25[ScGpx3]又は配列番号27[YlGpx3]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTNアラインメント方法に基づき、少なくとも70配列同一性を有する;及びca又はbのヌクレオチド配列の相補体この相補体と上記ヌクレオチド配列は、同じ数のヌクレオチドから構成され、100相補的である。第6の実施形態では、Tsa1タンパク質は、以下を含む:aYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このポリペプチドは、配列番号34[ScTsa1]又は配列番号36[YlTsa1]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTPアラインメント方法に基づき、少なくとも70アミノ酸同一性を有する;bYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このヌクレオチド配列は、配列番号33[ScTsa1]又は配列番号35[YlTsa1]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTNアラインメント方法に基づき、少なくとも70の配列同一性を有する;及びca又はbのヌクレオチド配列の相補体この相補体と上記ヌクレオチド配列は、同じ数のヌクレオチドから構成され、100相補的である。第7の実施形態では、Ybp1タンパク質は、以下を含む:aYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このポリペプチドは、配列番号38[ScYbp1]又は配列番号40[YlYbp1]からなる群から選択される;bYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このポリペプチド配列は、保存ドメインの分析方法に基づき、kinetochor_Ybp2スーパーファミリーに分類される;又はca若しくはbのヌクレオチド配列の相補体この相補体と上記ヌクレオチド配列は、同じ数のヌクレオチドから構成され、100相補的である。第8の実施形態では、トランスジェニック油性酵母細胞は、以下からなる群から選択される属:ヤロウィアYarrowia、カンジダCandida、ロドトルラRhodotorula、ロドスポリジウムRhodosporidium、クリプトコッカスCryptococcus、トリコスポロンTrichosporon、及びリポミセスLipomycesに由来する。好ましくは、トランスジェニック油性酵母は、アルカン資化酵母Yarrowialipolytica:ヤロウィアリポリティカである。第9の実施形態では、トランスジェニック油性酵母細胞は、少なくとも1種の多価不飽和脂肪酸を産生する。第10の実施形態では、本発明は、油性酵母中の含油率を増加する方法に関し、この方法は、以下のステップを含む:aiYap1転写因子;ii上記転写因子を活性化することができるタンパク質;iiii及びiiの組合せからなる群から選択されるタンパク質を過剰発現させるように油性酵母を改変するステップ;並びにb非トランスジェニック油性酵母の含油率と比較して、含油率の増加をもたらすような好適な条件下で、油性酵母を増殖させるステップ。以下の配列は、37C.F.R.セクション1.821~1.825RequirementsforPatentApplicationsContainingNucleotideSequencesand/orAminoAcidSequenceDisclosures-theSequenceRulesに従い、世界知的所有権機関WIPO:WorldIntellectualPropertyOrganizationStandardST.251998並びにEPO及びPCTの配列一覧要件Rules5.2及び49.5a-bis、及びAdministrativeInstructionsのSection208及びAnnexCに従う。ヌクレオチド及びアミノ酸配列データに用いる記号及びフォーマットは、37C.F.R.セクション1.822に記載の規則に従う。配列番号1~47は、表1に同定するように、遺伝子、タンパク質若しくはその部分、プライマー又はプラスミドをコードするORFである。表1.核酸及びタンパク質配列番号の概要本明細書に引用するすべての特許、特許出願、及び刊行物は、その全文を参照として本明細書に組み込むものとする。本明細書において、多数の用語及び略称を用いる。以下に、それらの定義を記載する。オープンリーディングフレームは、ORFと略記する。ポリメラーゼ連鎖反応は、PCRと略記する。アメリカ合衆国培養細胞系統保存機関AmericanTypeCultureCollectionは、ATCCと略記する。多価不飽和脂肪酸は、PUFAと略記する。トリアシルグリセロールは、TAGと略記する。総脂肪酸は、TFAと略記する。脂肪酸メチルエステルは、FAMEと略記する。乾燥細胞重量は、DCWと略記する。質量パーセントは、wtと略記する。活性酸素種は、ROSと略記する。過酸化水素は、H2O2と略記する。本明細書及び添付の特許請求の範囲で用いられる場合、単数形1つa、1つan、及びそのtheは、文面で明確に別途記載していない限り、複数形の指示内容も含む。従って、例えば、1つの細胞と言うとき、1つ以上の細胞、並びに当業者には公知のその同等物なども含まれる。転写因子とは、DNA調節エレメントと相互作用して、構造遺伝子の発現又は第2調節遺伝子の発現に作用するタンパク質又はそのタンパク質をコードするDNAを指す。さらに具体的には、転写因子単独で又は他のタンパク質との複合体でのいずれかは、例えば、転写開始の活性化又は抑制によって、DNAのmRNAへの転写に影響を与える。転写因子は、それらが調節する遺伝子に隣接するDNAの特定の配列に結合する1つ以上のDNA結合ドメインを含みうる。Yap1転写因子活性とは、Yap1転写因子、すなわち、酸化ストレス応答を制御する細胞経路に関与するAP-1ファミリーの転写制御因子の結果として起こる活性を指す。増大したYap1転写因子活性によって、1つのファミリーのタンパク質の調節が行われるが、これは、典型的には、ROSに対する耐性の増大を可能にする例えば、H2O2ストレスが起こった場合。本明細書に記載する本発明によれば、増大したYap1転写因子活性は、含油率の増加をもたらす。Yap1転写因子活性とは、Yap1転写因子活性を有する転写因子を指す。一般に、このようなタンパク質は、以下を有していなければならない:abZIPロイシンジッパーモチーフ;b少なくとも6つのアミノ酸で隔てられた少なくとも2つのシステイン残基の配列を含むN末端Cysリッチドメイン;及びc少なくとも8つのアミノ酸で隔てられた少なくとも2つのシステイン残基の配列を有するC末端Cysリッチドメイン。bZIPロイシンジッパーモチーフは、以下i約14~16アミノ酸におよぶ塩基性DNA結合領域すなわち、アルギニン及びリシン残基を含む;及びii隣接するロイシンリッチジッパー領域すなわち、二量体化を可能にする均一に間隔をあけたロイシンを含むを含むものとして特徴付けられるHurst,H.C.Transcriptionfactors1:bZIPproteins.ProteinProfile,2:101-1681995。一般的には、ロイシン残基は、7アミノ酸の間隔で配置されているが、メチオニン、イソロイシン、バリン及びフェニルアラニンのような他の疎水性アミノ酸は、ロイシンと一緒にジッパーを形成することが報告されている。用語ScYAP1配列番号1;GenBankアクセッション番号:NM_001182362.1は、配列番号2によりコードされる、サッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeS288cから単離されるAP-1ファミリーのYap1転写因子を指す。GenBankにアノテーションがつけられているように、ScYAP1は、H2O2により、酸化ストレス耐性に必要であり、ジスルフィド結合の多段階形成及び細胞質から核への移行を介して活性化される。ScYAP1はまた、カドミウムに対する抵抗性も媒介する。用語YlYAP1配列番号4;YALI0F03388p;GenBankアクセッション番号:XP_504945は、本明細書に記載の配列番号3によってコードされる、ヤロウィアリポリティカYarrowialipolyticaから単離されたYap1転写因子を指す。用語Yap1転写因子を活性化することができるタンパク質とは、Yap1転写因子の酸化を促進するような様式で、Yap1転写因子と相互作用するタンパク質を指し、これにより、この転写因子は、少なくとも1つの分子内ジスルフィド結合を含み、このようにして活性化状態となる。Yap1転写因子を活性化することができる好ましいタンパク質としては、Yap1結合タンパク質Ybp1並びにペルオキシレドキシンタンパク質、Gpx3及びTsa1が挙げられるが、これを、本明細書に記載の本発明を限定するものとして解釈すべきではない。Yap1結合タンパク質又はYbp1は、Yap1転写因子と結合する結合タンパク質を指す。Gulshan,K.etal.J.Biol.Chem.,28639:34071-340812011に記載されているように、Yap1とYbp1は、細胞内で直接相互作用するようであるが、相互作用の部位又はドメインの詳しい位置決定はまだ達成されていない。用語ScYbp1配列番号38;GenBankアクセッション番号:NP_009775.1は、本明細書に記載の配列番号37によってコードされる、サッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeS288cから単離されたYap1結合タンパク質を指すVeal,E.A.etal.,JBiolChem.,27833:30896-309042003;Gulshan,K.etal.、前掲。GenBankにアノテーションが付けられているように、ScYbp1は、転写因子Yap1pの特定のシステイン残基の酸化に必要であり、ストレスに応答してYap1pの核局在化を起こすタンパク質として機能する。用語YlYbp1配列番号40;YALI0B03762g;GenBankアクセッション番号:XP_500469.1は、本明細書では、配列番号39によりコードされる、ヤロウィアリポリティカから単離されたYap1結合タンパク質を指す。ペルオキシレドキシンタンパク質又はPrxタンパク質は、酸化還元活性システイン残基を含む。触媒作用中、この酸化還元活性システインは、スルフェン酸に酸化され例えば、H2O2により、分解システイン残基と共に縮合して、ジスルフィドを形成する分解システイン残基は、同じPrx分子内か、又は別のPrx分子内に存在し、二量体形成をもたらす。このジスルフィド結合は、チオレドキシンによって還元され、活性Prxを再生する。従って、Prxタンパク質は、チオオレドキシン及びチオレドキシンレダクターゼを介してNADPHから電子を受け取り、酸化還元サイクルにおいて活性である。T.Tachibanaetal.J.Biol.Chem.,2847:4464-44722009によって記載されているように、発芽酵母においてチオレドキシン依存的ペルオキシダーゼ活性を示すタンパク質としては、5つのPrxファミリータンパク質[すなわち、Tsa1、Tsa2、Prx1、Ahp1、Dot5]及び2つのグルタチオンペルオキシダーゼGpx様タンパク質[すなわち、Gpx2、Gpx3]が挙げられるが、Prxは、本明細書では、Prxタンパク質及びGpx様タンパク質の両方を指すのに用いられる。Yap1転写因子を活性化することができる好ましいPrxタンパク質としては、Gpx3及びTsa1がある。用語ScGpx3配列番号26;GenBankアクセッション番号:NM_001179559.1;E.C.1.11.1.15は、配列番号25によってコードされる、サッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeS288cから単離されたチオールペルオキシダーゼを指す。GenBankにアノテーションが付けられているように、ScGpx3は、細胞内H2O2レベルを感知して、Yap1p転写因子にレドックスシグナルを伝達するためのヒドロペルオキシド受容体として機能する。用語YlGpx3配列番号28;YALI0E02310p;GenBankアクセッション番号:XP_503454は、本明細書に記載の配列番号27によってコードされる、ヤロウィアリポリティカから単離されたチオールペルオキシダーゼを指す。用語ScTsa1配列番号34;E.C.1.11.1.15;GenBankアクセッション番号:NP_013684は、本明細書に記載の配列番号33によってコードされる、サッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeS288cから単離したチオレドキシンペルオキシダーゼを指すTrotter,E.W.etal.,BiochemJ.,4121:73-802008。GenBankにアノテーションが付けられているように、ScTsa1は、ペルオキシレドキシンPRX2-Cysサブファミリーに属し、ペルオキシレドキシンは、チオール特異的抗酸化TSAタンパク質として機能し、これは、H2O2、ペルオキシニトリル、及び有機ヒドロペルオキシドを還元することによって、そのペルオキシダーゼ活性により細胞内での保護的役割を付与する。用語YlTsa1配列番号36;YALI0B15125g;GenBankアクセッション番号:XP_500915.1は、本明細書に記載の配列番号35によってコードされる、ヤロィアリポリティカから単離されたチオレドキシンペルオキシダーゼを指す。一般に、用語油性とは、エネルギー源を油の形態で蓄積する傾向がある生物を指すWeete,In:FungalLipidBiochemistry,2ndEd.,Plenum,1980。この過程では、油性微生物の細胞含油率は、概ねシグモイド曲線に従い、脂質の濃度は、後期対数又は初期安定成長期の最大値に達するまで増加し、その後、後期安定及び死滅期の間に徐々に減少するYongmanitchaiandWard,Appl.Environ.Microbiol.,57:419-251991。本出願の目的のために、用語油性は、油として、その乾燥細胞重量[DCW]の少なくとも約25を蓄積することができる微生物を指す。用語油性酵母とは、油を生成することができるすなわち、そのDCWの約25超の油を蓄積することができる酵母として分類される油性微生物を指す。油性酵母の例としては、何ら限定されないが、以下の属:ヤロウィアYarrowia、カンジダCandida、ロドトルラRhodotorula、赤色酵母Rhodosporidium、クリプトコッカスCryptococcus、トリコスポロンTrichosporon及びリポミセスLipomycesが挙げられる。酵母のDCWの約25を超える油を蓄積することができる能力は、組換え操作の取り組み又は生物の天然の能力によって達成されうる。用語トランスジェニック油性酵母とは、概して、形質転換手順の結果としての、外来又は異種核酸フラグメントを含む油性酵母を指す。しかし、本発明の目的のために、用語トランスジェニック油性酵母は、特に、形質転換手順の結果としての、外来又は異種核酸フラグメントを含む油性酵母を指すが、ここで、外来又は異種核酸フラグメントの発現によって、油性酵母中のYap1転写因子活性の増大が起こる。従って、例えば、本明細書に記載する本発明のトランスジェニック油性酵母は、Yap1転写因子又はYap1転写因子を活性化することができるタンパク質のいずれかをコードするキメラ遺伝子を過剰発現するように遺伝子的に改変してもよく、ここで、Yap1転写因子又はYap1転写因子を活性化することができるタンパク質は、ネイティブ遺伝子nativegene又は外来遺伝子のいずれかである。対照的に、本明細書において、非トランスジェニック油性酵母とは、トランスジェニック油性酵母中のYap1転写因子活性増大をもたらす外来又は異種核酸で形質転換されておらず、従って、この特定の外来又は異種核酸が欠如していること以外はトランスジェニック油性酵母と同じ遺伝子型を有する油性酵母を指す。明瞭にするために、本明細書に記載する本発明の非トランスジェニック油性酵母は、少なくとも1つの外来又は異種核酸を発現してもよいが、これによって、Yap1転写因子活性の増大は生じない。形質転換とは、宿主生物中への核酸分子の移入を指す。核酸分子は、自律的に複製するプラスミドであってもよいし;又は、これは、宿主生物のゲノムに組み込んでもよい。形質転換された核酸フラグメントを含む宿主生物は、トランスジェニック若しくは組換え体又は形質転換生物若しくは形質転換体と呼ばれる。用語脂質とは、任意の脂溶性すなわち、親油性の、天然に存在する分子を指す。脂質についての概説は、米国特許出願公開第2009-0093543-A1号明細書その表2を参照のことに記載されている。用語油とは、25°Cで液体である脂質物質を指し;また、油は、疎水性であるが、有機溶媒には可溶性である。油性生物において、油は、全脂質の大部分を占める。油は、主にトリアシルグリセロール[TAG]から構成されるが、他の中性脂質、リン脂質及び遊離脂肪酸を含んでいてもよい。油中の脂肪酸組成と全脂質の脂肪酸組成は、概ね類似しており;従って、全脂質中の脂肪酸濃度の増加又は減少は、油中の脂肪酸濃度の増加又は減少に対応し、その逆も然りである。中性脂質は、細胞内で、貯蔵脂肪としての脂肪体中に一般にみられる脂質であり、細胞のpHで、脂質が荷電基をまったく持っていないためにそう呼ばれる。一般に、中性脂質は、水に対して親和性がなく、完全に非極性である。中性脂質は、一般に、脂肪酸を含むグリセロールのモノ-、ジ-、及び/又はトリエステルを指し、それぞれ、モノアシルグリセロール、ジアシルグリセロール若しくはトリアシルグリセロールとも呼ばれ、あるいは、集合的に、アシルグリセロールと呼ばれる。アシルグリセロールから遊離脂肪酸を放出するためには、加水分解反応が起こらなければならない。用語トリアシルグリセロール[TAG]とは、グリセロール分子にエステル化した3つの脂肪アシル残基から構成される中性脂質を指す。TAGは、長鎖の多価不飽和及び飽和脂肪酸、並びに、より短鎖の飽和及び不飽和脂肪酸を含みうる。本明細書において、用語総脂肪酸[TFA]とは、所与のサンプル例えば、バイオマス又は油でよい中で塩基エステル交換方法当分野では公知のによって脂肪酸メチルエステル[FAME]に誘導体化することができる全ての細胞脂肪酸の総和である。従って、総脂肪酸には、中性脂質画分ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール及びTAGなど由来の脂肪酸、及び極性脂質画分例えば、ホスファチジルコリン及びホスファチジルエタノールアミン画分など由来の脂肪酸が含まれるが、遊離脂肪酸は含まれない。用語全脂質含有率及び含油率は、本明細書では、置換え可能に用いられ、TFAの測度として、乾燥細胞重量[DCW]のパーセントで表される細胞の脂質/油含有率を指すが、全脂質含油率は、FAMEの測度として、DCWのパーセント[FAMEDCW]として概算することもできる。従って、全脂質含油率[TFADCW]は、例えば、DCW100ミリグラム当たりの総脂肪酸ミリグラムに相当する。本発明のトランスジェニック油性酵母の含油率は、同等の増殖条件例えば、炭素源の種類/量、窒素源の種類/量、炭素:窒素比、ミネラルイオンの量、酸素レベル、増殖温度、pH、バイオマス生産期の長さ、油蓄積期の長さ、及び細胞回収の時期/方法下で、本発明の非トランスジェニック油性酵母の含油率と比較しなければならない。本明細書で用いる場合、単離された核酸フラグメントは、一本鎖若しくは二本鎖のRNA又はDNAのポリマーであり、これは、合成、非天然、又は改変されたヌクレオチド塩基を含んでいてもよい。DNAのポリマーの形態の単離された核酸フラグメントは、cDNA、ゲノムDNA又は合成DNAの1つ以上のセグメントからなるものであってもよい。アミノ酸又はヌクレオチド配列の実質的部分は、当業者による配列の手動での評価、又はBLASTBasicLocalAlignmentSearchTool;Altschul,S.F.,etal.,J.Mol.Biol.215:403-4101993などのアルゴリズムを用いたコンピューター自動化配列比較及び同定のいずれかによって、当該ポリペプチド又は遺伝子を推定的に同定する上で、十分な量のポリペプチドのアミノ酸配列又は遺伝子のヌクレオチド配列を含む部分である。一般に、既知のタンパク質又は遺伝子に対して相同的なものとしてポリペプチド又は核酸配列を推定的に同定するためには、10個以上の隣接したアミノ酸又は30個以上のヌクレオチドの配列が必要である。さらに、ヌクレオチド配列に関しては、20~30個の隣接したヌクレオチドを含む遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを、遺伝子同定の配列依存的方法例えば、サザンハイブリダイゼーション及び単離例えば、細菌コロニー又はバクテリオファージプラークのinsituハイブリダイゼーションに用いることができる。さらに、12~15塩基の短いオリゴヌクレオチドをポリメラーゼ連鎖反応PCRでの増幅プライマーとして用いて、これらのプライマーを含む特定の核酸フラグメントを取得することもできる。従って、ヌクレオチド配列の実質的部分は、その配列を含む核酸フラグメントを具体的に同定及び/又は単離するのに十分な量の配列を含む。用語相補的とは、逆平行配向でアラインメントしたとき、ワトソンクリック塩基対合が可能なヌクレオチド塩基の2つの配列同士の関係を表す。例えば、DNAに関しては、アデノシンは、チミンと塩基対合することができ、また、シトシンは、グアニンと塩基対合することができる。コドンの縮重とは、コードされたポリペプチドのアミノ酸配列に影響を及ぼすことなく、ヌクレオチド配列の改変を可能にする遺伝子コードの性質を指す。当業者であれば、所与のアミノ酸を指定するためのヌクレオチドコドンの使用頻度において、特定の宿主細胞によって示されるコドンバイアスを十分認識している。従って、宿主細胞での発現改善のための遺伝子を合成する場合、コドン使用の頻度が、宿主細胞の優先されるコドン使用の頻度に近似するように、遺伝子を設計することが望ましい。合成遺伝子は、当業者には公知の手順を用いて、化学的に合成されるオリゴヌクレオチドビルディングブロックからアセンブリングすることができる。これらのビルディングブロックは、連結及びアニーリングされて、遺伝子セグメントを形成し、次にこれらが、酵素によりアセンブリングされて、遺伝子全体を構築する。従って、遺伝子は、宿主細胞のコドンバイアスを表すように、ヌクレオチド配列の最適化に基づいて、最適な遺伝子発現のために調整することができる。当業者であれば、コドン使用が、宿主によって優先されるコドンに偏っている場合の、遺伝子発現成功の可能性を理解している。優先されるコドンの決定は、配列情報が入手可能な宿主細胞に由来する遺伝子の調査に基づいて行うことができる。例えば、Y.リポリティカのコドン使用プロフィールは、米国特許第7,125,672号明細書本明細書に参照として組み込むに記載されている。遺伝子とは、特定のタンパク質を発現する核酸フラグメントを指すが、これは、コード領域だけを指す場合もあり、あるいは、コード配列に先行する調節配列5’非コード配列及び後続の調節配列3’非コード配列を含むこともある。ネイティブ遺伝子とは、それ自身の調節配列と共に天然に存在する遺伝子を指す。キメラ遺伝子とは、ネイティブ遺伝子ではない任意の遺伝子を指し、天然には一緒に存在しない調節配列及びコード配列を含む。従って、キメラ遺伝子は、異なる供給源に由来する調節配列及びコード配列、又は同じ供給源に由来するが、天然に存在するのとは異なる様式で配列された調節配列及びコード配列を含みうる。内在性遺伝子とは、生物のゲノム内でのその天然の位置にあるネイティブ遺伝子を指す。外来遺伝子又は外因性遺伝子とは、遺伝子移入により、宿主生物に導入された遺伝子を指す。外来遺伝子は、非ネイティブ生物に挿入されたネイティブ遺伝子、ネイティブ宿主内の新しい位置に導入されたネイティブ遺伝子、又はキメラ遺伝子を含みうる。トランスジーンは、形質転換手順によりゲノムに導入された遺伝子である。コドン最適化遺伝子は、宿主細胞の優先されるコドン使用の頻度を模倣するように設計されたコドン使用の頻度を有する遺伝子である。コード配列とは、特定のアミノ酸配列をコードするDNA配列を指す。好適な調節配列とは、コード配列の上流5’非コード配列、コード配列内、又はコード配列の下流3’非コード配列に位置して、結合したコード配列の転写、RNAプロセシング若しくは安定性、又は翻訳に影響を与えるヌクレオチド配列を指す。調節配列としては、プロモーター、エンハンサー、サイレンサー、5’非翻訳リーダー配列例えば、転写開始部位と翻訳開始コドンの間、イントロン、ポリアデニル化認識配列、RNAプロセシング部位、エフェクター結合部位及びステム-ループ構造を挙げることができる。プロモーターとは、コード配列又は機能性RNAの発現を制御することができるDNA配列を指す。一般に、コード配列は、プロモーター配列に対して3’側に位置する。プロモーターは、その全体が、ネイティブ遺伝子に由来するものであっても、又は天然に存在する異なるプロモーターに由来する様々なエレメントから構成されるものであってもよく、あるいは、合成DNAセグメントを含んでもよい。当業者であれば、様々なプロモーターが、異なる組織若しくは細胞型において、又は異なる発生段階で、又は異なる環境若しくは生理的条件に応答して、遺伝子の発現を指令しうることは理解されよう。ほとんどの細胞型においてほとんどいつでも遺伝子を発現させるプロモーターは、一般に、構成的プロモーターと呼ばれる。また、ほとんどの場合、調節配列の正確な境界は、完全には規定されていないので、異なる長さのDNAフラグメントが同じプロモーター活性を有しうることも認識されよう。用語3’非コード配列、転写終結因子及びターミネーターは、本明細書において置換え可能に用いられ、コード配列の3’側下流に位置するDNA配列を指す。これは、ポリアデニル化認識配列、並びに、mRNAプロセシング又は遺伝子発現に影響を与えることができる調節シグナルをコードする他の配列を含む。ポリアデニル化認識シグナルは、通常、mRNA前駆体の3’末端へのポリアデニル酸部分の付加に影響を与えることを特徴とする。3’領域は、結合したコード配列の転写、RNAプロセシング若しくは安定性、又は翻訳に影響を与えうる。用語機能的に連結されたとは、一方の機能が他方によって影響されるような、核酸配列と単一の核酸フラグメントの結合を指す。例えば、プロモーターは、コード配列の発現に作用することができる場合、そのコード配列と機能的に連結されている。すなわち、コード配列は、プロモーターの転写制御下にある。コード配列は、センス又はアンチセンス配向で調節配列に機能的に連結することができる。本明細書で用いる場合、用語発現とは、センスmRNA又はアンチセンスRNAの転写及び安定な蓄積を指す。また、発現は、mRNAのポリペプチドへの翻訳を指すこともある。安定な形質転換とは、遺伝学的に安定した遺伝をもたらすすなわち、核酸フラグメントが、安定に組み込まれる、宿主生物のゲノム核及び細胞小器官ゲノムのいずれも含むへの核酸フラグメントの移入を指す。対照的に、一過性形質転換とは、宿主生物の核、又はDNA含有細胞小器官への核酸フラグメントの移入を指し、これによって、組込み又は安定な遺伝を伴わない遺伝子発現が起こる。用語プラスミド及びベクターとは、細胞の中心代謝の一部ではない遺伝子を保有することが多いと共に、通常、環状二本鎖DNAフラグメントの形態をしている染色体外エレメントを指す。このようなエレメントは、自律的に複製する配列、ゲノム組込み配列、ファージ若しくはヌクレオチド配列であってよく、また、任意の供給源に由来する、線状若しくは環状の、一本鎖若しくは二本鎖DNA又はRNAであってよく、ここで、いくつかのヌクレオチド配列は結合されているか、又は細胞に発現カセットを導入することができる特有の構造に組換えられている。用語発現カセットとは、選択された遺伝子のコード配列と、選択された遺伝子産物の発現に必要なコード配列に先行する調節配列5’非コード配列及び後続の調節配列3’非コード配列を含む、DNAのフラグメントを指す。従って、発現カセットは、典型的に、以下から構成される:1プロモーター配列;2コード配列すなわち、オープンリーディングフレームORF;及び33’非翻訳領域すなわち、ターミネーターこれは、真核生物では、通常、ポリアデニル化部位を含む。発現カセットは、クローニング及び形質転換を促進するために、通常、ベクター内に含有させる。各宿主について適正な調節配列が用いられている限り、異なる発現カセットを、様々な生物細菌、酵母、植物及び哺乳動物の細胞などに形質転換させることができる。用語配列分析ソフトウエアとは、ヌクレオチド又はアミノ酸配列の分析に有用な任意のコンピューターアルゴリズム又はソフトウエアプログラムを指す。配列分析ソフトウエアは、市販のものであってもよいし、独立に開発されたものでもよい。典型的な配列分析ソフトウエアとしては、限定されないが、以下のものが挙げられる:1GCGプログラム一式WisconsinPackageVersion9.0,GeneticsComputerGroupGCG,Madison,WI;2BLASTP、BLASTN、BLASTXAltschuletal.,J.Mol.Biol.215:403-4101990;3DNASTARDNASTAR,Inc.Madison,WI;4SequencherGeneCodesCorporation,AnnArbor,MI;及び5Smith-Watermanアルゴリズムを組み込んだFASTAプログラムW.R.Pearson,Comput.MethodsGenomeRes.,[Proc.Int.Symp.]1994,MeetingDate1992,111-20.Editors:Suhai,Sandor.Plenum:NewYork,NY。本願に関して、配列分析ソフトウエアが分析のために用いられる場合、分析の結果は、別途記載のない限り、言及したプログラムのデフォルト値に基づくことは理解されたい。本明細書で用いる場合、デフォルト値とは、最初に初期化する際、ソフトウエアに初めから設定されている任意のセットの値又はパラメーターを意味する。核酸又はポリペプチド配列に関連して、配列同一性又は同一性とは、指定の比較ウィンドウにわたって最大限に一致するようにアラインメントされたとき、同一である2つの配列中の核酸塩基又はアミノ酸残基を指す。従って、配列同一性のパーセンテージ又は同一性とは、比較ウィンドウにわたって最適にアラインメントされた2つの配列を比較することによって決定される値を意味し、ここで、比較ウィンドウ内のポリヌクレオチド又はポリペプチド配列の部分は、2つの配列の最適なアラインメントのために、参照配列これは付加又は欠失を含まないと比較して、付加又は欠失すなわち、ギャップを含みうる。パーセンテージは、両配列に同一の核酸塩基又はアミノ酸残基が存在する位置の数を決定して、マッチ位置の数を取得し、このマッチ位置の数を比較ウィンドウ内の位置の総数で割り、その結果に100をかけて配列同一性のパーセンテージを得ることによって、計算される。同一性又は類似性を決定するための方法は、一般公開されているコンピュータープログラムに体系化されている。同一性及び類似性は、以下を含む公知の方法によって容易に計算することができるが、これらに限定されるわけではない:1ComputationalMolecularBiologyLesk,A.M.,Ed.OxfordUniversity:NY1988;2Biocomputing:InformaticsandGenomeProjectsSmith,D.W.,Ed.Academic:NY1993;3ComputerAnalysisofSequenceData,PartIGriffin,A.M.,andGriffin,H.G.,Eds.Humania:NJ1994;4SequenceAnalysisinMolecularBiologyvonHeinje,G.,Ed.Academic1987;及び5SequenceAnalysisPrimerGribskov,M.andDevereux,J.,Eds.Stockton:NY1991。配列アラインメント及び同一性又は類似性の計算は、相同性配列を検出すべく設計された様々な比較方法を用いて、決定することができる。配列の多重アラインメントは、Clustalアラインメント方法を用いて実施することができるが、この方法は、同アルゴリズムの複数の変種、例えば、ClustalVアラインメント方法及びClustalWアラインメント方法Higgins及びSharpにより記載、CABIOS,5:151-1531989;Higgins、D.G.etal.,Comput.Appl.Biosci.,8:189-1911992や、MegAlign商標バージョン8.0.2プログラム前掲にみいだされるものを包含する。いずれかのClustalプログラムを用いた配列のアラインメント後、プログラム中の配列距離表を調べることによって、同一性を取得することができる。用語保存ドメイン又はモチーフとは、進化的に関連するタンパク質のアラインメントされた配列に沿って、特定の位置で保存されているアミノ酸の1セットを意味する。相同性タンパク質同士で、他の位置のアミノ酸は変動しうるが、特定の位置で高度に保存されているアミノ酸は、タンパク質の構造、安定性、又は活性に必須のアミノ酸を意味する。これらは、タンパク質相同体のファミリーのアラインメントされた配列における、高度な保存によって識別されるため、新しく決定された配列のタンパク質が、以前同定されたタンパク質ファミリーに属するか否かを決定するための識別因子、又はシグネチャーとして用いることができる。用語保存ドメインの分析方法とは、国立生物工学情報センターNationalCenterforBiotechnologyInformation[NCBI]のIdentifyConservedDomainsツールを指すが、これは、CD検索を用いて、タンパク質配列内の保存ドメインを検出するMarchler-Bauer,A.andS.H.Bryant,NucleicAcidsRes.,32W327-3312004;Marchler-Bauer,A.etal.,NucleicAcidsRes.,37D205-2102009;及びMarchler-Bauer,A.etal.,NucleicAcidsRes.,39D225-2292011。用語kinetochor_Ybp2スーパーファミリーとは、Pfamタンパク質データベースに記載されているタンパク質のPfam08568ファミリーを指すFinn,R.D.etal.,NucleicAcidsRes.,36Databaseissue:D281-D2882008。本明細書で用いる標準的組換えDNA及び分子クローニング技術は、当分野では公知であり、以下:Sambrook,J.,Fritsch,E.F.及びManiatis,T.,により、MolecularCloning:ALaboratoryManual,2nded.,ColdSpringHarborLaboratory:ColdSpringHarbor,NY1989以降Maniatis;Silhavy,TJ.BennanML及びEnquist,L.W.,により、ExperimentswithGeneFusions,ColdSpringHarborLaboratory:ColdSpringHarbor,NY1984;並びに、Ausubel,F.M.etal.,により、CurrentProtocolsinMolecularBiology,publishedbyGreenePublishingAssoc.andWiley-Interscience,Hoboken,NJ1987に記載されている。アクチベータータンパク質1[AP-1]は、少なくとも3つの異なる癌原遺伝子ファミリー:Junc-Jun、v-Jun、JunB、JunD、Fosc-Fos、v-Fos、FosB、FosB2、Fra-1、Fra-2及び活性化転写因子B-ATF、ATF2、ATF3/LRF1ファミリーの産物であるサブユニットから構成されるヘテロ二量体タンパク質である転写因子である。AP-1は、様々な刺激例えば、サイトカイン、成長因子、ストレス、並びに細菌及びウイルス感染などに応答して遺伝子発現を調節する。従って、AP-1は、TGAC/GTCAとして記載される配列を有する、AP-1認識エレメントを含む遺伝子の転写を上方制御することにより、多数の細胞プロセスを制御する。AP-1は、塩基性アミノ酸領域を介して上記のDNA配列に結合するのに対し、二量体構造は、ロイシンジッパーにより形成される。YAP1は、S.セレビシエSaccharomycescerevisiaeのAP-1同等物であり、酸化ストレス応答についてのマスター転写因子として機能するという結論が出されているMoye-Rowleyetal.,GenesDev.,:283-2921989配列番号2。構造的には、このタンパク質は、ロイシンリッチジッパー領域及び隣接する塩基性領域すなわち、アルギニン及びリシン残基を含む、さらにはN末端Cysリッチドメインすなわち、Cys303、Cys310及びCys315並びにC末端Cysリッチドメインすなわち、Cys598、Cys620及びCys629から構成されるbZip構造モチーフを有する。機能的に、少なくとも1つの分子内ジスルフィド結合が、H2O2ストレスに応答して、Cys303とCys598の間に形成され、これは、Yap1の多段階の配座変化及びYap1の核蓄積核外搬出シグナルに対する改変によるを引き起こす。この活性酸化形態では、Yap1は、少なくとも32の異なるタンパク質の大きなレギュロンの発現を制御するが、このようなタンパク質としては、細胞抗酸化因子並びにグルタチオン及びペントースリン酸経路の酵素があるLee,J.etal.,J.Biol.Chem.,274:16040-160461999。Yap1-制御チオレドキシンによる酵素的還元によって、Yap1の非活性化が起こり、このようにして、自動制御の作用機序がもたらされる。S.セレビシエS.cerevisiaeYap1の酸化は、H2O2に直接応答して起こるのではなく;構成的に発現されたチオールペルオキシダーゼタンパク質例えば、Gpx3;配列番号26が、H2O2シグナルを伝達し、これによって、Yap1内に分子内ジスルフィド結合の形成の触媒が起こるInoueetal.,J.Biol.Chem.,274:27002-270091999;Delaunay,A.,etal.,Cell,111:471-4812002。このグルタチオンペルオキシダーゼGpx様タンパク質のCys36は初め、ジスルフィド結合によってYap1のCys598と架橋するが、このジスルフィド結合は、Yap1分子内ジスルフィド結合に変換される図1:Tachibana,T.etal.,J.Biol.Chem.,284:4464-44722009;Okazakietal.,Mol.Cell,27:675-6882007から再現。Yap1と反応しないGpx3タンパク質は、H2O2を直接水に還元することができるため、GPX3タンパク質のCys36及びCys82の間に分子内ジスルフィド結合の形成が起こる。また、Yap1活性化のためのGpx3とは独立した経路も周知であるAzevedo,D.,etal.,FreeRadic.Biol,Med.,35:889-9002003。Gpx3の他に、少なくとも1つの酸化還元活性システイン残基を含む、1組の他のペルオキシレドキシンPrxタンパク質もYap1転写因子を活性化することができると考えられる直接又は間接的手段により。特に、T.TachibanaらJ.Biol.Chem.,2847:4464-44722009は、発芽酵母中にチオレドキシン依存的ペルオキシダーゼ活性を有するものとして、5つのPrxファミリータンパク質[すなわち、Tsa1、Tsa2、Prx1、Ahp1、Dot5]と、2つのGpx様タンパク質[すなわち、Gpx2、Gpx3]を同定しているこれらのすべてを、本明細書では包括的にPrxタンパク質と呼ぶ。これらのタンパク質が、Yap1と相互作用する厳密な性質については研究が続けられている。T.TachibanaらJ.Biol.Chem.,284:4464-44722009は、S.セレビシエS.cerevisiaeTsa1配列番号34が、Cys-48及びCys-171に基づき、Gpx3と類似の様式で、Yap1と相互作用することを報告している。Yap1とYbp1が相互作用する厳密な作用機序は不明だが、Ybp1は、Yap1転写因子の活性化にも影響を及ぼすことが明らかにされている。Gulshan,K.らJ.Biol.Chem.,28639:34071-340812011は、S.セレビシエS.cerevisiae及びカンジダグラブラータCandidaglabrataの両方において、Ybp1とYap1の間の相互作用を研究し、Yap1とYbp1は、細胞中で直接相互作用するようである...これら2つのタンパク質の相互作用モチーフをさらに位置決定しようとする取り組みは失敗したと報告している。この中で、Yap1とYbp1の相互作用には、複数の低親和性相互作用が含まれているようであり、Yap1の酸化は、Ybp1パートナーからの折りたたまれたタンパク質の放出をトリガーするようであると仮定されている。また、S.セレビシエS.cerevisiaeにおけるYbp1の過剰生産もH2O2耐性の増大をもたらすと報告されている。酸化ストレス応答の作用機序は、比較的よく保存されており種によっていくらか差があるが、Yap1p相同体、例えば、カンジダアルビカンスCandidaalbicans中のCap1p、及びシゾサッカロミセスポンベSchizosaccharomycespombe中のPap1もまた、酸化ストレスに応答して、いくつかの抗酸化遺伝子を転写により調節することが知られているIkner,A.andK.Shiozaki,Mutat.Res.,569:13-272005。しかし、油性酵母において酸化ストレス応答が機能する手段については、これよりはるかに特性決定されていない。油性酵母は、油合成及び蓄積を自然にすることができ、総含油率は、乾燥細胞重量[DCW]の約25超、より好ましくはDCWの約30超、より好ましくはDCWの約40超、さらに好ましくはDCWの約50超、そして最も好ましくはDCWの約60超を含みうるここで、この油蓄積の割合は、本明細書に記載の本発明に従い、酵母中のネイティブYap1転写因子活性を増大するあらゆる取り組みに先立つものである。様々な酵母が、そのまま油性酵母として分類されるが、別の実施形態では、非油性生物を遺伝子的に改変することにより、油性にすることができ、そのような生物として、例えば、サッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeのような酵母がある国際出願公開第2006/102342号パンフレットを参照。典型的に油性酵母として識別される属として、限定されないが、以下のものが挙げられる:ヤロウィアYarrowia、カンジダCandida、ロドトルラRhodotorula、ロドスポリジウムRhodosporidium、クリプトコッカスCryptococcus、トリコスポロンTrichosporon、及びリポミセスLipomyces。より詳細には、油合成酵母の例として、以下を挙げることができる:ロドスポリジウムトルロイデスRhodosporidiumtoruloides、リポミセススタルケイLipomycesstarkeyii、L.リポフェルスL.lipoferus、カンジダレブカウフィCandidarevkaufi、C.プルクエリーマC.pulcherrima、C.トロピカリスC.tropicalis、C.ユチリスC.utilis、トリコスポロンプランスTrichosporonpullans、T.クタネウムT.cutaneum、ロドトルラグルチヌスRhodotorulaglutinus、R.グラミニスR.graminis、及びヤロウィアリポリティカYarrowialipolytica限定されないが、例えば、ATCC20362、ATCC8862、ATCC18944、ATCC76982及び/又はLGAMS71と称されるヤロウィアリポリティカ株PapanikolaouS.,andAggelisG.,Bioresour.Technol.,821:43-92002。好気的代謝を行う他の生物、従って、ROS呼吸中に水への酸素の不完全な還元によって発生するに対する防御に依存する他の生物と同様に、無条件的好気性油性酵母もまた酸化ストレスを感知し、これに応答する様々な手段を必要とする。本発明では、S.セレビシエS.cerevisiaeの相同体Yap1、Gpx3、Tsa1及び/又はYbp1遺伝子が、以下の表にまとめるように、油性酵母、ヤロウィアリポリティカに同定されている。各タンパク質対のアラインメントは、CLUSTALW1.81多重配列アラインメントThompsonJ.D.,etal.,NucleicAcidsRes.22:4673-46801994を用いて実施した。表2.Yap1、Gpx3、Tsa1及びYbp1相同体驚くことに、Y.リポリティカYap1[YlYap1]及びGpx3[YlGpx3]タンパク質を過剰発現させることにより、Yap1転写因子活性を増大させると、トランスジェニックY.リポリティカは、非トランスジェニックY.リポリティカ中の含油率と比較して、増加した含油率TFADCWとして測定されるを有することがわかった。従って、本発明は、増大したYap1転写因子活性を含む、増加した含油率を有するトランスジェニック油性酵母に関し、ここで、前記増加した含油率は、非トランスジェニック油性酵母の含油率と比較したものである。本明細書では、増大したYap1転写因子活性が酸化ストレスに対する抵抗性を増強させるため、増加した含油率がトランスジェニック油性酵母に観察されると仮定する。こうした酸化ストレスに対する抵抗性の増強の1つの有益な成果は、脂質過酸化からの保護の増大であり、これによって、トランスジェニック油性酵母中の油/脂質含油率増加がもたらされる。脂質分子の中でも、PUFAは特にROSに対して敏感であり、脂質の過酸化に対する脂肪酸の感受性は、脂肪アシル鎖不飽和の度合いに応じて増加することが明らかにされたPorter,N.A.etal.,Lipids,30:277-2901995。脂質の過酸化は、膜の完全性に作用する極性ヒドロペルオキシドの生成によって、細胞生存性に影響を及ぼすことがわかっているHowlett,N.G.andS.V.Avery,Appl.Microbiol.Biotechnol.,484:539-5451997;Howlett,N.G.andS.V.Avery,Appl.Environ.Microbiol.,638:2971-29761997。しかし、これまで、含油率におけるYap1転写因子過剰発現の効果を証明した研究はなかった。好ましくは、本発明のトランスジェニック油性酵母は、非トランスジェニック油性酵母の含油率より少なくとも10~25高い含油率を産生することができる。より好ましくは、含油率の増加は、非トランスジェニック油性酵母の含油率より、少なくとも25~45高く、最も好ましくは、含油率の増加は、非トランスジェニック油性酵母の含油率より、少なくとも45~65高い。従って、当業者は、含油率の増加が、非トランスジェニック油性酵母の含油率と比較して、10から100以上までの任意の整数のパーセンテージ又はその分数であってよく、すなわち、具体的には、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、又は100の含油率の増加を含むことを理解されよう。前述したように、微生物油には、トリアシルグリセロール長鎖の多価不飽和及び/又は飽和脂肪酸と、より短鎖の飽和及び/又は不飽和脂肪酸を含む、並びにその他の中性脂質、リン脂質及び/又は遊離脂肪酸が含まれる。一実施形態では、増加した含油率を有するトランスジェニック油性酵母におけるYap1転写因子活性の増大は、Yap1転写因子の過剰発現によって起こる。好適なYap1転写因子は、好ましくは、転写因子活性を有し、かつ以下:abZIPロイシンジッパーモチーフ;b少なくとも6つのアミノ酸によって隔てられる少なくとも2つのシステイン残基の配列を含むN末端Cysリッチドメイン;及びc少なくとも8つのアミノ酸によって隔てられる少なくとも2つのシステイン残基の配列を含むC末端Cysリッチドメイン、を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。bZIPロイシンジッパーモチーフは、約14~16アミノ酸におよぶ塩基性DNA結合領域すなわち、アルギニン及びリシン残基を含むと、隣接するロイシンリッチジッパー領域すなわち、二量体化を可能にする均一な間隔で配置されたロイシンを含むを含むHurst,H.C.,ProteinProfile,2:101-1681995。1つの好ましいYap1転写因子は、配列番号4に示されるように、ヤロウィアリポリティカYarrowialipolyticaYap1[YlYap1]ポリペプチド配列である。代替的実施形態では、ScYAp1配列番号2又は表4実施例1に示す配列のいずれかであり、あるいは、その相同体若しくはコドン最適化誘導体も本発明で用いることができる。別の実施形態では、増加した含油率を有するトランスジェニック油性酵母におけるYap1転写因子活性の増大は、転写因子と、転写因子を活性化することができるタンパク質との相互作用を増大することによってすなわち、転写因子を活性化することができるタンパク質自体を過剰発現させることによって達成する。好ましくは、転写因子を活性化することができるタンパク質は、Gpx3、Ybp1及びTsa1からなる群から選択される。例えば、好適なGpx3タンパク質は、以下を含む:aYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このポリペプチドは、配列番号26[ScGpx3]又は配列番号28[YlGpx3]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTPアラインメント方法に基づき、少なくとも70のアミノ酸同一性を有する;bYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このヌクレオチド配列は、配列番号25[ScGpx3]又は配列番号27[YlGpx3]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTNアラインメント方法に基づき、少なくとも70の配列同一性を有する;又はca若しくはbのヌクレオチド配列の相補体この相補体と上記ヌクレオチド配列は、同じ数のヌクレオチドから構成され、100相補的である。好適なGpx3タンパク質は、少なくとも1つの酸化還元活性システイン残基、例えば、ScGpx3配列番号26のCys36及びCys82を含む。好ましくは、Gpx3をコードするポリペプチド配列は、配列番号28YlGpx3に示される。別の実施形態では、Gpx3をコードするポリペプチド配列は、配列番号26又は配列番号28と比較して、CLUSTALWアラインメント方法に基づき、少なくとも70の配列同一性を有する。すなわち、このポリペプチドは、上記の配列と比較して、少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、又は100の同一性を有しうる。別の実施形態では、表9実施例5に記載の配列、又はその相同体若しくはコドン最適化された誘導体を本発明で用いてもよい。同様に、好適なTsa1タンパク質は、以下を含む:aYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このポリペプチドは、配列番号34[ScTsa1]又は配列番号36[YlTsa1]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTPアラインメント方法に基づき、少なくとも70のアミノ酸同一性を有する;bYap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列このヌクレオチド配列は、配列番号33[ScTsa1]又は配列番号35[YlTsa1]からなる群から選択される配列と比較して、BLASTNアラインメント方法に基づき、少なくとも70の配列同一性を有する;又はca若しくはbのヌクレオチド配列の相補体この相補体と上記ヌクレオチド配列は、同じ数のヌクレオチドから構成され、100相補的である。好適なTsa1タンパク質は、少なくとも1つの酸化還元活性システイン残基、例えば、ScTsa1配列番号34のCys48及びCys171を含む。好ましくは、Tsa1をコードするポリペプチド配列は、配列番号36YlTsa1に示される。別の実施形態では、Tsa1をコードするポリペプチド配列は、配列番号34又は配列番号36と比較して、CLUSTALWアラインメント方法に基づき、少なくとも70の配列同一性を有する。すなわち、このポリペプチドは、上記の配列と比較して、少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、又は100の同一性を有しうる。別の実施形態では、表12実施例9に記載の配列、又はその相同体若しくはコドン最適化された誘導体を本発明で用いてもよい。好適なYbp1タンパク質は、Yap1転写因子と相互作用して、Yap1転写因子活性を増大させることができるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、このポリペプチド配列は、保存ドメインの分析方法に基づき、kinetochor_Ybp2スーパーファミリーに分類される。好ましくは、Ybp1をコードするポリペプチド配列は、配列番号40に示されるYlYbp1。別の実施形態では、ScYbp1配列番号38又は表13若しくは表14に記載の配列実施例10、すなわち配列番号43~48を含むのいずれか、又はそれらの相同体若しくはコドン最適化誘導体を本発明で用いてもよい。明瞭にするために、トランスジェニック油性酵母中のYap1転写因子活性の増大は、ネイティブYap1転写因子、外来Yap1転写因子、この転写因子を活性化することができるネイティブタンパク質、この転写因子を活性化することができる外来タンパク質、又はこれらの任意の組合せの過剰発現によって達成することができる。過剰発現は、例えば、多コピープラスミドを用いて、宿主細胞に適切な遺伝子のさらなるコピーを導入することによって起こりうる。このような遺伝子は、それらのコードされた機能の活性増大をもたらす適切な調節配列と一緒に、染色体に組み込んでもよい。標的遺伝子は、非ネイティブプロモーター又は改変されたネイティブプロモーターの制御下に置かれるように改変してもよい。外因性プロモーターは、変異、欠失、及び/又は置換により、invivoで改変することができる。前述したように、目的の油性酵母の発現のために、上に記載したYap1、Gpx3、Tsa1又はYbp1タンパク質のいずれか1つを、コドン最適化するのが望ましい。例えば、Y.リポリティカにおける発現のために、表4、9、12、13若しくは14に記載の配列のいずれかをコドン最適化することができる。これは、Y.リポリティカコドン使用プロフィールの以前の決定、優先されるコドンの同定、及びATG開始コドンの周囲の共通配列の決定に基づいて実施可能である米国特許第7,238,482号明細書を参照。別の実施形態では、配列分析ソフトウエアを用いて、同じ又は別の種においてYap1、Gpx3、Tsa1又はYbp1相同体を検索するために、表4、9、12、13若しくは14に記載の配列、又はそれらの部分を用いることもできる。一般に、このようなコンピューターソフトウエアは、様々な置換、欠失、及びその他の改変物に、相同性の度合いを割り当てることによって、類似の配列をマッチさせる。ソフトウエアアルゴリズム、例えば、低複雑配列フィルター及び以下のパラメーター:期待値=10、マトリクス=Blosum62Altschul,etal.,NucleicAcidsRes.,25:3389-34021997を用いたBLASTPアラインメント方法の使用は、表4、9、12、13若しくは14に記載のYap1、Gpx3、Tsa1若しくはYbp1タンパク質を、核酸若しくはタンパク質配列のデータベースと比較して、好ましい生物内での類似した既知の配列を同定するための手段として公知である。既知の配列のデータベースを綿密に調べるためのソフトウエアアルゴリズムの使用は、一般公開されているYap1、Gpx3、Tsa1又はYbp1配列に対して比較的低い同一性を有する相同体、例えば、表4、9、12、13若しくは14に記載のものを単離するのに特に適している。一般公開されているYap1、Gpx3、Tsa1又はYbp1配列に対して少なくとも約70~75の同一性、より好ましくは少なくとも約80~85の同一性を有するYap1、Gpx3、Tsa1又はYbp1相同体については、単離が比較的容易であることが推定できる。さらに、少なくとも約85~90の同一性である配列は、特に単離に適しており、また、少なくとも約90~95の同一性である配列は、最も容易に単離される。また、いくつかのYap1、Gpx3、Tsa1又はYbp1相同体は、これら酵素に特有のモチーフを用いることによって単離されている。当業者には理解されるように、これは、複数の保存配列モチーフを共有しているものの、互いに比較的低い配列相同性を共有する転写因子について、特に有用である。モチーフ例えば、bZIPロイシンリッチジッパーモチーフの塩基性DNA結合領域及び隣接するロイシンリッチジッパー領域、Yap1転写因子のN末端Cysリッチドメイン及びC末端Cysリッチドメインは、タンパク質相同体のファミリーのアラインメントされた配列における高い保存の度合いによって同定される。特有のシグネチャーとして、これらは、新たに決定された配列を含むタンパク質が、以前同定されたタンパク質ファミリーに属するか否かを決定することができる。同様に、Gpx3及びTsa1相同体は、タンパク質配列内の相対的位置が保存されている少なくとも1つの酸化還元活性システイン残基を含むと予想される。これらのモチーフは、新しい相同性遺伝子の迅速な同定のための診断ツールとして有用である。同じ又は別の種に由来する相同性タンパク質をコードする遺伝子を単離するのに、本明細書に記載する、又は公開文献に記載されているYap1、Gpx3、Tsa1又はYbp1核酸フラグメントのいずれを用いてもよい。配列依存的プロトコルを用いた相同性遺伝子の単離が当分野では公知である。配列依存的プロトコルの例として、限定されないが以下のものが挙げられる:1核酸ハイブリダイゼーションの方法;2DNA及びRNA増幅の方法、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応[PCR]米国特許第4,683,202号明細書;リガーゼ連鎖反応[LCR]Tabor,S.etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,82:10741985;又は鎖置換型増幅[SDA]Walker,etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,89:3921992などの各種核酸増幅技術の使用により例示されるもの;並びに、3ライブラリー構築方法及び相補性によるスクリーニング方法。本発明はまた、油性酵母中の含油率を増加する方法にも関し、この方法は、以下を含む:aiYap1転写因子;ii上記転写因子を活性化することができるタンパク質;iiii及びiiの組合せからなる群から選択されるタンパク質を過剰発現させるように油性酵母細胞を改変するステップ;及びb非トランスジェニック油性酵母の含油率と比較して増加した含油率をもたらすのに適した条件下で、油性酵母を増殖させるステップ。当業者は、以下の事項を記載する標準的情報資源を認識するであろう:1DNA分子、プラスミドなどの高分子の構築、操作及び単離についての具体的条件及び手順;2組換えDNAフラグメント及び組換え発現構築物の作製;3クローンのスクリーニング及び単離。上に引用したような、Maniatis、Silhavy、及びAusubelを参照されたい。一般に、組換え発現構築物に組み込む配列の選択は、所望の発現産物、宿主細胞の性質、並びに形質転換細胞と非形質転換細胞を分離する提案された方法に応じて異なる。典型的には、ベクターは、少なくとも1つの発現カセット、選択マーカー、及び自律的複製又は染色体組込みを可能にする配列を含む。好適な発現カセットは、典型的に、プロモーター、選択された遺伝子例えば、その発現によって、Yap1転写因子活性の増大が起こるポリペプチドをコードする遺伝子のコード配列、及びターミネーターすなわち、キメラ遺伝子を含む。好ましくは、いずれの制御領域も、形質転換した宿主細胞に由来する。本明細書に記載する本発明のポリペプチドをコードするORFの発現を指令することができる実質的にあらゆるプロモーターすなわち、ネイティブ、合成、又はキメラが好適であるが、Y.リポリティカ由来の転写及び翻訳領域が特に有用である。発現は、誘導又は構成的方式で達成することができる。誘導発現は、目的の遺伝子例えば、Yap1、Gpx3、Tsa1又はYbp1に機能的に連結された調節可能なプロモーターの活性を誘導することによって達成することができ、また、構成的発現は、目的の遺伝子に機能的に連結された構成性プロモーターの使用によって達成することができる。ターミネーターは、プロモーターを取得した遺伝子の3’領域、又は異なる遺伝子に由来するものでよい。多数のターミネーターが周知であり、これらは、その由来する同じ属及び種、並びに異なる属及び種のいずれで使用する場合でも、多種の宿主において満足に機能する。ターミネーターは、通常、特定の特性のためにというより、便宜上選択される場合が多い。好ましくは、ターミネーターは、酵母遺伝子に由来する。また、当業者は、ターミネーターを設計及び合成するための入手可能な情報を利用できることから、ターミネーターは合成のものであってもよい。ターミネーターは、必要ではない場合もあるが、その存在は極めて好ましい。限定する意図はないが、組換えY.リポリティカで使用するのに好ましいプロモーター及びターミネーターは、以下の文献に教示されているものである:米国特許出願公開第2009-0093543-A1号明細書、米国特許出願公開第2010-0068789-A1号明細書、米国特許出願公開第2011-0059496-A1号明細書、米国仮特許出願第61/469,933号明細書代理人整理番号:CL4736USPRV、2011年3月31日出願、米国仮特許出願第61/470,539号明細書代理人整理番号:CL5380USPRV、2011年4月1日出願、米国仮特許出願第61/471,736号明細書代理人整理番号:CL5381USPRV、2011年4月5日出願、及び米国仮特許出願第61/472,742号明細書代理人整理番号:CL5382USPRV、2011年4月7日出願。尚、上記文献の各々の開示内容は、参照として本明細書に組み込むものとする。より具体的には、好ましいプロモーターとして、以下が挙げられる:GPD、GPDIN、GPM、GPM/FBAIN、FBA、FBAIN、FBAINm、GPAT、YAT1、EXP1、DGAT2、EL1、ALK2、及びSPS19。高い発現率を達成するために、多くの専門化した発現ベクターが作製されている。このようなベクターは、転写、RNA安定性、翻訳、タンパク質安定性及び位置、並びに宿主細胞からの分泌を制御する特定の特性を調節することによって作製される。これらの特性として、以下のものが挙げられる:関連転写プロモーター及びターミネーター配列の性質;コピー及びクローン化遺伝子の数ここで、単一の発現構築物に追加コピーをクローン化してもよいし、及び/又はプラスミドコピー数を増加するか、若しくはクローン化した遺伝子のゲノムへの多重組込みにより、追加コピーを宿主細胞に導入してもよい;遺伝子が、プラスミド由来か、又は宿主細胞ゲノムに組み込まれているか;宿主生物におけるタンパク質の翻訳及び正しい折りたたみの効率;宿主細胞内のクローン化遺伝子のmRNA及びタンパク質の固有安定性;並びにクローン化遺伝子内のコドン使用その頻度が、宿主細胞の優先コドン使用の頻度に近似するように。油性酵母での発現に好適なDNAカセット例えば、プロモーター、その発現によって、Yap1転写因子活性の増大が起こるポリペプチド[例えば、Yap1、Gpx3、Tsa1又はYbp1をコードするORF及びターミネーターを含む、キメラ遺伝子を含むをいったん取得したら、宿主細胞において自律的複製が可能なプラスミドベクターに導入するか、又はこのキメラ遺伝子を含むDNAフラグメントをゲノムに直接組み込む。発現カセットの組込みは、宿主ゲノム内でランダムに実施してもよいし、あるいは、特定の遺伝子座に組換えをターゲティングするのに十分なゲノムとの相同性の領域を含む構築物を用いて、ターゲティングしてもよい。構築物を内在性遺伝子座にターゲティングする場合には、転写及び翻訳調節領域の全部又は一部を内在性遺伝子座によって付与することもできる。目的のキメラ遺伝子を含む構築物は、任意の標準的技術によって油性酵母に導入することができる。こうした技術には、形質転換例えば、酢酸リチウム形質転換[MethodsinEnzymology,194:186-1871991]、パーティクルガン、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、又は目的の遺伝子を宿主細胞に導入する他の任意の方法が含まれる。Y.リポリティカに適用可能な、さらに詳細な教示としては、以下の文献がある:米国特許第4,880,741号明細書及び米国特許第5,071,764号明細書、並びにChen,D.C.etal.Appl.Microbiol.Biotechnol.,482:232-2351997。好ましくは、宿主のゲノムへの線状DNAフラグメントの組込みは、Y.リポリティカ宿主細胞の形質転換において有利である。ゲノム内の複数の位置への組込みは、高レベルの遺伝子発現が所望されるとき、特に有用となりうる。好ましい遺伝子座としては、米国特許出願公開第2009-0093543-A1号明細書に教示されているものがある。用語形質転換された、形質転換体又は組換え体は、本明細書において置換え可能に用いられる。形質転換された宿主は、発現構築物の少なくとも1つのコピーを有するが、発現カセットがゲノムに組み込まれたか、増幅されたか、又は複数のコピー数を有する染色体外エレメントに存在するのかに応じて、2つ以上を有しうる。形質転換宿主細胞は、導入された構築物に含まれるマーカーについての選択によって同定することができる。あるいは、多くの形質転換技術は、多数のDNA分子を宿主細胞に導入するため、個別のマーカー構築物を所望の構築物と一緒に共形質転換することもできる。典型的には、形質転換宿主は、選択培地抗生物質を含んでもよいし、又は、非形質転換宿主の増殖に必要な因子、例えば、栄養素又は成長因子が欠如していてもよい上で増殖するそれらの能力について選択する。導入されるマーカー遺伝子は、抗生物質抵抗性を付与したり、又は必須成長因子若しくは酵素をコードしたりすることができるため、これらが形質転換宿主に発現されると、選択培地上で増殖が可能になる。形質転換宿主の選択はまた、発現されたマーカータンパク質を直接又は間接的のいずれかで検出することができる場合にも、行うことができる。さらに別の選択技術は、米国特許第7,238,482号明細書、米国特許第7,259,255号明細書、及び国際公開第2006/052870号パンフレットに記載されている。油性酵母に組み込まれたDNAフラグメントの安定性は、個々の形質転換体、受容株及び用いたターゲティングプラットフォームに応じて変動する。従って、所望の発現レベル及びパターンを展示する株を取得するために、特定の組換え微生物宿主細胞の複数の形質転換体をスクリーニングしなければならない。DNAブロットのサザン分析Southern,J.Mol.Biol.,98:5031975、mRNA発現のノーザン分析Kroczek,J.Chromatogr.Biomed.Appl.,6181-2:133-1451993、タンパク質発現のウエスタン分析、表現型分析又はGC分析が、好適なスクリーニング方法である。本発明で用いるのに好適な宿主細胞は、上に定義したように、そのDCWの約25を超える油を蓄積することができる油性酵母である。本明細書のある実施形態では、油性酵母宿主は、野生型株であり;別の実施形態では、油性酵母宿主は、ネイティブのYap1転写因子活性レベルに影響を及ぼさない発現構築物による形質転換に事前に供された形質転換株又は組換え株である。例えば、ある実施形態では、油性酵母は、少なくとも1つの目的の非ネイティブ産物を産生することができるように、事前に改変されており、目的の好適な非ネイティブ産物の例としては、例えば、多価不飽和脂肪酸、カロテノイド、アミノ酸、ビタミン、ステロール、フラボノイド、有機酸、ポリオール及びヒドロキシエステル、キノン由来の化合物並びにレスベラトロールが挙げられるが、これらに限定する意図はない。油性酵母は、その微生物油内に多価不飽和脂肪酸又はPUFAを産生しうる天然の能力又は遺伝子改変のいずれかによりことに留意されたい。PUFA、特にω-3及びω-6PUFAに関連する健康効果は、十分に立証されているが、これらの分子は、複数の二重結合を含み、その間に、特に反応性の水素を有するメチレン-CH2-基が存在することから、細胞内で脂質過酸化を特に被りやすい。より具体的には、PUFAは、本明細書において、少なくとも18個の炭素原子と、2個以上の二重結合を有する脂肪酸を指す。用語脂肪酸は、約C12~C22の様々な長さの長鎖脂肪酸アルカノン酸を指すが、より長い又はより短い鎖長の酸も周知である。主な鎖長は、C16~C22である。脂肪酸の構造は、X:Yの単純な表記法によって表すが、ここで、Xは、特定の脂肪酸中の炭素[C]原子の総数であり、Yは二重結合の数である。飽和脂肪酸と不飽和脂肪酸との違い、一価不飽和脂肪酸と多価不飽和脂肪酸[PUFA]との違い、並びにω-6脂肪酸[n-6]とω-3脂肪酸[n-3]の違いについて、さらに詳細には、米国特許第7,238,482号明細書参照として本明細書に組み込むに記載されている。米国特許出願公開第2009-0093543-A1号明細書、表3には、ω-3及びω-6PUFA並びにそれらの前駆体の化学名及び一般名、さらには一般に用いられている略称が記載されている。しかし、PUFAのいくつかの例として、限定されないが、以下のものが挙げられる:リノール酸[LA、18:2ω-6]、γリノール酸[GLA、18:3ω-6]、エイコサジエン酸[EDA、20:2ω-6]、ジホモγリノール酸[GLA、20:3ω-6]、アラキドン酸[ARA、20:4ω-6]、ドコサテトラエン酸[DTRA、22:4ω-6]、ドコサペンタエン酸[DPAn-6、22:5ω-6]、αリノール酸[ALA、18:3ω-3]、ステアリドン酸[STA、18:4ω-3]、エイコサトリエン酸[ETA、20:3ω-3]、エイコサテトラエン酸[ETrA、20:4ω-3]、エイコサペンタエン酸[EPA、20:5ω-3]、ドコサペンタエン酸[DPAn-3、22:5ω-3]及びドコサヘキサエン酸[DHA、22:6ω-3]。PUFA生産のためのY.リポリティカの株を作製することに多大な労力が投じられてきた。例えば、米国特許第7,238,482号明細書では、上記の酵母においてω-6及びω-3脂肪酸を生産する実現可能性が証明された。米国特許第7,932,077号明細書は、組換え体による総脂肪酸の28.1EPAの生産を立証し;米国特許第7,588,931号明細書は、組換え体による総脂肪酸の14ARAの生産を立証し;米国特許第7,550,286号明細書は、組換え体による総脂肪酸の5のDHAの生産を立証し;また、米国特許出願公開第2009-0093543-A1号明細書は、EPA生産のための最適化組換え株を記載し、組換え体による総脂肪酸の55.6のEPAの生産を立証している。米国特許出願公開第2010-0317072-A1号明細書には、さらに最適化された組換えY.リポリティカ株が記載されており、この株は、TFAの50以下のEPAを含み、しかも、リノール酸に対するEPAの比TFAの重量として測定が少なくとも3.1である微生物油を産生する。形質転換体Y.リポリティカは、PUFA産生のためのデサチュラーゼすなわち、Δ-12デサチュラーゼ、Δ-6デサチュラーゼ、Δ-8デサチュラーゼ、Δ-5デサチュラーゼ、Δ-17デサチュラーゼ、Δ-15デサチュラーゼ、Δ-9デサチュラーゼ、Δ-4デサチュラーゼ、及びエロンガーゼすなわち、C14/16エロンガーゼ、C16/18エロンガーゼ、C18/20エロンガーゼ、C20/22エロンガーゼ及びΔ-9エロンガーゼ遺伝子の様々な組合せを発現する。表3に、上に引用した参照文献に記載されている特定のY.リポリティカ株のいくつかここで、前記株はデサチュラーゼとエロンガーゼの様々な組合せを有するについての情報を記載する。これらは、本明細書に記載の本発明で好適な宿主細胞として用いることができる株の例であるが、特定の株及び産生された特定のPUFA若しくはその量は、本発明を何ら限定するものではないことは理解すべきである。表3.ω-3/ω-6PUFAを産生するように改変された典型的アルカン資化酵母Y.lipolytica株の脂質プロフィール表3注釈用語脂質プロフィール及び脂質組成物は、置き換え可能であり、特定の脂質画分例えば、全脂質又は油中に含まれる個別の脂肪酸の量を指し、その量は、TFAの重量として表される。混合物中に存在する個別の脂肪酸の総和は100でなければならない。用語総脂肪酸TFAとは、所定のサンプル例えば、バイオマス又は油であってよい中での塩基エステル交換方法当分野では公知のによって、脂肪酸メチルエステルFAMEに誘導体化することができる全ての細胞脂肪酸の総和を指す。従って、総脂肪酸は、中性脂質画分ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール及びトリアシルグリセロール由来の脂肪酸及び極性脂質画分由来の脂肪酸を含むが、遊離脂肪酸は含まない。全脂質中の1脂肪酸の濃度は、ここでは、TFAの重量[TFA]、例えば、TFA100ミリグラム当たりの所定の脂肪酸のミリグラムとして表される。本明細書に別途明示されていない限り、全脂質に対する所定の脂肪酸のパーセントについて述べるとき、これは、TFAとして表される脂肪酸の濃度に相当する例えば、全脂質のEPAは、EPATFAに相当する。脂肪酸は、以下のものである:16:0パルミチン酸塩、16:1パルミトレイン酸、18:0ステアリン酸、18:1オレイン酸、18:2リノール酸、18:3ALAすなわち、αリノール酸、GLAγリノール酸、20:2EDAすなわち、エイコサジエン酸、DGLAジホモ-γリノール酸、ARAアラキドン酸、ETAエイコサテトラエン酸、EPAエイコサペンタエン酸、DPAドコサペンタエン酸及びDHAドコサヘキサエン酸。当業者には、少なくとも1種のPUFAを産生する油性酵母中の活性酸素種[ROS]を低減する手段が、特に望ましいことは明らかであろう。従って、本発明の一実施形態は、増加した含油率を有し、少なくとも1種のPUFAを産生するトランスジェニック油性酵母に関し、前記トランスジェニック油性酵母は、増大したYap1転写因子活性を含み、ここで、増加した含油率は、非トランスジェニック油性酵母の含油率と比較したものである。Yap1転写因子活性自体の過剰発現による、又はYap1転写因子を活性化することができるタンパク質例えば、Gpx3、Tsa1、Ybp1の過剰発現によるYap1転写因子活性の増大は、さらに、乾燥細胞重量の質量パーセント[DCW]として表される、細胞中の所定のPUFAの含油率増加ももたらしうる。例えば、EPA生産性又はEPA力価[EPADCW]の測定値は、以下の式に従って決定する:EPATFATFADCW/100。主としてEPAを産生する、表3に記載した株のいずれにおいても、酵母中のYap1転写因子活性の増大をもたらす遺伝子操作によって、含油率[TFADCW]の増加及びEPA力価[EPADCW]の増加の両方が達成されると予想される。好ましい実施形態では、少なくとも1種のPUFAを産生する本発明のトランスジェニック油性酵母は、非トランスジェニック油性酵母すなわち、そのYap1転写因子活性が増大されていない中のDCWの質量パーセントとしての所定のPUFAの含油率より、少なくとも10~25高い含油率の所定のPUFAを産生することができる。より好ましくは、所定のPUFAの増加は、少なくとも25~45であり、最も好ましくは、所定のPUFAの増加は、少なくとも45~65超である。従って、当業者であれば、DCWの質量パーセントとしての所定のPUFAの増加が、10から100以上の任意の整数のパーセンテージ又はその分数であってよく、すなわち、具体的には、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、又は100でありうることを理解されよう。形質転換宿主細胞は、キメラ遺伝子例えば、その発現が、Yap1転写因子活性の増大をもたらすポリペプチド[例えば、Yap1、Gpx3、Tsa1、Ybp1]をコードするの発現を最適化し、最大かつ最高の経済的収量の微生物油を生産する条件下で、増殖させることができる。一般に、最適化することができる培地条件としては、以下のものが挙げられる:炭素源の種類及び量、窒素源の種類及び量、炭素:窒素比、様々なミネラルイオンの量、酸素レベル、増殖温度、pH、バイオマス産生期の長さ、油蓄積期の長さ、細胞回収時期及び方法。油性酵母は、複合培地例えば、酵母エキス-ペプトン-デキストロースブロスYPD又は増殖に必要な成分が欠如しているため、所望の発現カセットの選択を強制する規定の最少培地例えば、YeastNitrogenBase酵母窒素原礎培地DIFCOLaboratories,Detroit,MIで増殖させる。本明細書に記載の方法及び宿主細胞のための発酵培地は、好適な炭素源を含んでいなければならず、このようなものとして、米国特許第7,238,482号明細書及び米国特許出願公開第2011-0059204-A1号明細書に教示されているものがある。本発明で使用する炭素源が、多様な炭素含有供給源を含みうることが考慮されるが、好ましい炭素源は、糖、グリセロール及び/又は脂肪酸である。最も好ましいものは、10~22個の炭素を含むグルコース、スクロース、転化スクロース、フルクトース及び/又は脂肪酸である。窒素は、無機例えば、NH42SO4又は有機例えば、尿素、グルタミン酸、又は酵母エキス供給源から供給してよい。スクロース及び窒素源に加えて、発酵培地は、好適な鉱物、塩、補因子、バッファー、ビタミン、並びに微生物の増殖及び微生物油産生に必要な酵素経路の促進に好適な、当業者には公知の他の成分も含む。特に、脂質及びPUFAの合成を促進する複数の金属イオン例えば、Fe2、Cu2、Mn2、Co2、Zn2、Mg2が注目されているNakahara,T.etal.,Ind.Appl.SingleCellOils,D.J.KyleandR.Colin,eds.pp61-971992。本発明において好ましい増殖培地は、一般の市販されている調製培地、例えば、YeastNitrogenBaseDIFCOLaboratories,Detroit,MIである。その他の規定又は合成増殖培地を用いてもよく、特定の微生物の増殖に適した培地は、微生物学又は発酵科学の分野の当業者には周知であろう。発酵に好適なpHの範囲は、典型的に、約pH4.0~pH8.0であり、初期増殖条件の範囲としてはpH5.5~pH7.5が好ましい。発酵は、好気性又は嫌気性条件下で行ってよいが、微好気性条件が好ましい。典型的には、代謝状態は、増殖と脂肪の合成/貯蔵の間で均衡していなければならないため、油性酵母細胞中の高レベルのPUFAの蓄積には、2段階発酵方法が必要である。従って、最も好ましくは、油性酵母細胞中のPUFAの生産には、2段階発酵方法を使用する。この方法は、増殖中の様々な好適な発酵方法設計すなわち、バッチ、供給バッチ及び連続方式及び研究と同様に、米国特許第7,238,482号明細書に記載されている。米国特許出願公開第2009-0093543-A1号明細書の実施例10はまた、組換えYarrowialipolytica及び株Y4184UGpx3中の脂質含有率及び組成Y4184Uにおける、遺伝子座YALI0E02310gに一致するYlGPX3配列番号27の過剰発現によって、株Y4184UUraと比較して、脂質含有率[TFADCW]が約47増加し、平均EPA力価[EPADCW]が約40増加した。従って、ヤロウィアリポリティカのPUFA産生株におけるYlGpx3の過剰発現は、酸化ストレスに対する耐性の増大をもたらしたようである。酸化ストレスに対する耐性増大の1つの有益な成果は、脂質過酸化からの保護の強化であり、これによって、脂質及びPUFA含有率が増加した。実施例7高EPA産生のためのヤロウィアリポリティカ株Y4184及びY4184Uの作製実施例4及び6での宿主として、Y.リポリティカ株Y4184Uを用いた。株Y4184Uは、Y.リポリティカATCC20362に由来するものであり、Δ-9エロンガーゼ/Δ-8デサチュラーゼ経路の発現による全脂質に対して、高いEPAを産生することができる。この株は、Ura表現型を有し、その構築については、国際公開第2008/073367号パンフレット本明細書に参照として組み込むの実施例7に記載されている。株Y4184Uの作製には、以下の株を必要とした:Y2224、Y4001、Y4001U、Y4036、Y4036U、Y4069、Y4084、Y4084U1、Y41272007年11月29日にアクセッション番号:ATCCPTA-8802で、アメリカ合衆国培養細胞系統保存機関AmericanTypeCultureCollectionに寄託、Y4127U2、Y4158、Y4158U1、Y4184。野生型ヤロウィアリポリティカATCC20362に関する株Y4184全脂質の30.7EPAを産生の最終遺伝子型は、以下のものであった:不明1-、不明2-、不明4-、不明5-、不明6-、不明7-、YAT1::ME3S::Pex16、EXP1::ME3S::Pex202コピー、GPAT::EgD9e::Lip2、FBAINm::EgD9eS::Lip2、EXP1::EgD9eS::Lip1、FBA::EgD9eS::Pex20、YAT1::EgD9eS::Lip2、GPD::EgD9eS::Lip2、GPDIN::EgD8M::Lip1、YAT1::EgD8M::Aco、EXP1::EgD8M::Pex16、FBAINm::EgD8M::Pex20、FBAIN::EgD8M::Lip12コピー、GPM/FBAIN::FmD12S::Oct、EXP1::FmD12S::Aco、YAT1::FmD12::Oct、GPD::FmD12::Pex20、EXP1::EgD5S::Pex20、YAT1::EgD5S::Aco,YAT1::Rd5S::Oct、FBAIN::EgD5::Aco、FBAINm::PaD17::Aco、EXP1::PaD17::Pex16、YAT1::PaD17S::Lip1、YAT1::YlCPT1::Aco、GPD::YlCPT1::Aco。上に挙げた略称は以下の通りである:ME3Sは、モルチエレラアルピナMortierellaalpina由来の、コドン最適化C16/18エロンガーゼ遺伝子[米国特許第7,470,532号明細書]であり、;EgD9eは、ユーグレナグラリシスEuglenagracilisΔ-9エロンガーゼ遺伝子[米国特許第7,645,604号明細書]であり;EgD9eSは、ユーグレナグラリシスEuglenagracilis由来の、コドン最適化Δ-9エロンガーゼ遺伝子[米国特許第7,645,604号明細書]であり;EgD8Mは、ユーグレナグラリシスEuglenagracilis[米国特許第7,256,033号明細書]由来の、合成変異Δ-8デサチュラーゼ[米国特許第7,709,239号明細書]であり;FmD12は、フザリウムモニフォルメFusariummoniliformeΔ-12デサチュラーゼ遺伝子[米国特許第7,504,259号明細書]であり;FmD12Sは、フザリウムモニフォルメFusariummoniliforme由来の、コドン最適化Δ-12デサチュラーゼ遺伝子[米国特許第7,504,259号明細書]であり;EgD5は、ユーグレナグラリシスEuglenagracilisΔ-5デサチュラーゼ[米国特許第7,678,560号明細書]であり;EgD5Sは、ユーグレナグラリシスEuglenagracilis由来の、コドン最適化Δ-5デサチュラーゼ遺伝子[米国特許第7,678,560号明細書]であり;RD5Sは、ペリジウム種[Peridiniumsp.]CCMP626由来の、コドン最適化Δ-5デサチュラーゼ[米国特許第7,695,950号明細書]であり;PaD17は、ピシウムアファニデルマータムPythiumaphanidermatumΔ-17デサチュラーゼ[米国特許第7,556,949号明細書]であり;PaD17Sは、ピシウムアファニデルマータムPythiumaphanidermatum由来の、コドン最適化Δ-17デサチュラーゼ[米国特許第7,556,949号明細書]であり;並びにYlCPT1は、ヤロウィアリポリティカジアシルグリセロールコリンホスホトランスフェラーゼ遺伝子[米国特許第7,932,077号明細書]である。最後に、株Y4184のUra3遺伝子を破壊するために、構築物pZKUE3S国際公開第2008/073367号パンフレット、その中の配列番号78を用いて、EXP1::ME3S::Pex20キメラ遺伝子を株Y4184中のUra3遺伝子に組み込むことにより、それぞれ、株Y4184U1全脂質の11.2EPA、株Y4184U2全脂質の10.6EPA及び株Y4184U4全脂質の15.5EPAが得られた集合的に、Y4184U。国際公開第2008/073367号パンフレットは、増殖条件の違いによる、Y418430.7とY4184U平均12.4において定量されたEPATFAの相違を記載している。実施例8高EPA産生のためのヤロウィアリポリティカ株Y9502及びY9502Uの作製実施例4で、宿主として、Y.リポリティカ株Y9502Uを用いた。株Y9502Uは、Y.リポリティカATCC20362に由来するものであり、Δ-9エロンガーゼ/Δ-8デサチュラーゼ経路の発現による全脂質と比較して高いEPAを産生することができる。この株は、Ura表現型を有する。ヤロウィアリポリティカ株Y9502の遺伝子型株Y9502の作製は、米国特許出願公開第2010-0317072-A1号明細書に記載されている。Y.リポリティカATCC20362に由来する株Y9502は、Δ-9エロンガーゼ/Δ-8デサチュラーゼ経路の発現による全脂質に対して約57.0EPAを産生することができた。野生型ヤロウィアリポリティカATCC20362に関する株Y9502の最終遺伝子型は、以下のものであった:Ura、Pex3-、不明1-、不明2-、不明3-、不明4-、不明5-、不明6-、不明7-、不明8-、不明9-、不明10-、YAT1::ME3S::Pex16、GPD::ME3S::Pex20、YAT1::ME3S::Lip1、FBAINm::EgD9eS::Lip2、EXP1::EgD9eS::Lip1、GPAT::EgD9e::Lip2、YAT1::EgD9eS::Lip2、FBAINm::EgD8M::Pex20、EXP1::EgD8M::Pex16、FBAIN::EgD8M::Lip1、GPD::EaD8S::Pex162コピー、YAT1::E389D9eS/EgD8M::Lip1、YAT1::EgD9eS/EgD8M::Aco、FBAINm::EaD9eS/EaD8S::Lip2、GPD::FmD12::Pex20、YAT1::FmD12::Oct、EXP1::FmD12S::Aco、GPDIN::FmD12::Pex16、EXP1::EgD5M::Pex16、FBAIN::EgD5SM::Pex20、GPDIN::EgD5SM::Aco、GPM::EgD5SM::Oct、EXP1::EgD5SM::Lip1、YAT1::EaD5SM::Oct、FBAINm::PaD17::Aco、EXP1::PaD17::Pex16、YAT1::PaD17S::Lip1、YAT1::YlCPT1::Aco、YAT1::MCS::Lip1、FBA::MCS::Lip1、YAT1::MaLPAAT1S::Pex16。上に用いた略称で、実施例7に記載していないものは以下の通りである:EaD8Sは、ユーグレナアナベナEuglenaanabaena由来の、コドン最適化Δ-8デサチュラーゼ遺伝子[米国特許第7,790,156号明細書]であり;E389D9eS/EgD8Mは、ユートレプティラ種Eutreptiellasp.CCMP389由来の、コドン最適化Δ-9エロンガーゼ遺伝子E389D9eS米国特許第7,645,604号明細書を、Δ-8デサチュラーゼEgD8M前掲に連結することにより作出されたDGLAシンターゼ[米国特許出願公開第2008-0254191-A1号明細書]であり;EgD9eS/EgD8Mは、Δ-9エロンガーゼ遺伝子EgD9eS前掲を、Δ-8デサチュラーゼEgD8M前掲に連結することにより作出したDGLAシンターゼ[米国特許出願公開第2008-0254191-A1号明細書]であり;EaD9eS/EgD8Mは、ユーグレナアナベナEuglenaanabaena由来の、コドン最適化Δ9エロンガーゼ遺伝子[米国特許第7,794,701号明細書]をΔ-8デサチュラーゼEgD8M前掲に連結することにより作出したDGLAシンターゼ[米国特許出願公開第2008-0254191-A1号明細書]であり;EgD5M及びEgD5SMは、ユーグレナグラリシスEuglenagracilis由来の変異体HPG配列番号41モチーフ[米国特許出願公開第2010-0075386-A1号明細書]を含む合成変異体Δ-5デサチュラーゼ遺伝子[米国特許第7,678,560号明細書]であり;EaD5SMは、ユーグレナアナベナEuglenaanabaena由来の、変異体HaGG配列番号42モチーフ[米国特許出願公開第2010-0075386-A1号明細書]を含む合成変異体Δ-5デサチュラーゼ遺伝子[米国特許第7,943,365号明細書]であり;MCSは、リゾビウムレグノサルムbv.ビシアエRhizobiumleguminosarumbv.viciae3841由来の、コドン最適化マロニル-CoAシンテターゼ遺伝子[米国特許出願公開第2010-0159558-A1号明細書]であり、並びにMaLPAAT1Sは、モルチエレラアルピナMortierellaalpina由来の、コドン最適化リゾホスファジン酸アシルトランスフェラーゼ遺伝子[米国特許第7,879,591号明細書]である。株Y9502中の全脂質含量及び組成を詳細に分析するために、フラスコアッセイを以下のように実施し、そこで、細胞を2段階で、合計7日にわたり増殖させた。分析に基づき、株Y9502は、3.8g/LDCW、37.1TFADCW、21.3EPADCWを産生し、脂質プロフィールは以下の通りであったここで、各脂肪酸の濃度は、TFAの重量[TFA]として表す:16:0パルミチン酸塩-2.5、16:1パルミトレイン酸-0.5、18:0ステアリン酸-2.9、18:1オレイン酸-5.0、18:2LA-12.7、ALA-0.9、EDA-3.5、DGLA-3.3、ARA-0.8、ETrA-0.7、ETA-2.4、EPA-57.0、その他-7.5。ヤロウィアリポリティカ株Y9502Uの遺伝子型株Y9502のUra3遺伝子を破壊するために、SalI/PacI消化構築物pZKUM米国特許出願公開第2009-0093543-A1号明細書、その中の表15、配列番号133及び図8Aを参照を用いて、GeneralMethodsに従い、Ura3変異遺伝子を株Y9502のUra3遺伝子に組み込んだ。合計27の形質転換体8つの形質転換体を含む第1群、8つの形質転換体を含む第2群、及び11の形質転換体を含む第3群から選択されるを最少培地5-フルオロオロチン酸[MM5-FOA]選択プレートで増殖させ、30°Cで2~5日維持した。MM5-FOAは、リットル当たり:20gのグルコース、6.7gのYeastNitrogenbase、75mgのウラシル、75mgのウリジン及び、100mg/L~1000mg/Lの濃度範囲に対するFOA活性試験に基づいて供給業者から受領する各バッチ内で変動が起こるため、適量のFOAZymoResearchCorp.,Orange,CAを含む。さらなる実験により、第3群の形質転換体だけが、実際のUra表現型を有することが明らかになった。MM5-FOAプレートから、Ura細胞をこすり取り、GeneralMethodsに従い、脂肪酸分析に付した。これにより、GC分析から、第3群のMM5-FOAプレートで増殖させたpZKUM形質転換体1、3、6、7、8、10及び11中の28.5、28.5、27.4、28.6、29.2、30.3及び29.6EPAのTFAが、それぞれ存在することが明らかになった。これら7つの株は、それぞれ株Y9502U12、Y9502U14、Y9502U17、Y9502U18、Y9502U19、Y9502U21及びY9502U22集合的に、Y9502Uと称する。実施例9サッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeTsa1遺伝子に対して相同性を有するヤロウィアリポリティカ遺伝子の同定YeastprojectGenolevuresCenterforBioinformatics,LaBRI,TalenceCedex,Franceまた、Dujon,B.etal.,Nature,4306995:35-442004も参照の一般公開Y.リポリティカタンパク質データベースに対して、クエリー配列としてScTsa1を用いて、BLAST検索を実施することにより、ヤロウィアリポリティカにおいて、S.セレビシエS.cerevisiaeTsa1GenBank登録商標アクセッション番号:NP_013684;配列番号34[ScTsa1]に対するオーソログを同定した。Y.リポリティカタンパク質の中で、ScTsa1に対して最高の相同性期待値1e-82を有するタンパク質配列、YALI0B15125gGenBankアクセッション番号:XP_500915.1;配列番号36にYlTsa1という名称を与えた。YALI0B15125gは、GenBankでuniprot|P34760サッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeYML028wTSA1YDR453Cのオーソログチオレドキシンペルオキシダーゼに高度に類似し、リボソーム関連及び遊離細胞質抗酸化因子の両方として作用するというアノテーションが付けられていた。ScTsa1と推定YlTsa1のアラインメントを図7に示す。鉛直のボックスは、分子間及び分子内相互作用に重要な、ScTsa1のCys48及びCys171を強調しているTachibana,T.etal.,J.Biol.Chem.,284:4464-44722009。前者のCys残基は、YlTsa1に保存されているが、後者は、ScTsa1と比較すると、YlTsa1において2アミノ酸上流に転位している。実施例1に記載した方法に従い、BLASTnrデータベース内に類似性を有する配列を同定するために、YALI0B15125g配列番号36をコードするタンパク質配列を用いて、NCBIBLASTP2.2.26検索を実施した。YALI0B15125g配列番号36に対する有意な類似性を共有するとして、多数のタンパク質が同定された。表12に、2e-102]以上の期待値と、具体的にそのタンパク質を同定したというすなわち、仮想タンパク質へのヒットは除外されるアノテーションを有するこれらのヒットの概要の一部を記載するが、これは本明細書の開示内容を限定するものとして考えるべきではない。表12に記載するタンパク質は、配列番号36と95~100のクエリーカバレッジを共有する。表12.YlTsa1配列番号36との類似性を共有する遺伝子BLASTP検索によれば、YALI0B15125g配列番号36は、クラビスポラルシタニエClavisporalusitaniaeATCC42720GenBank登録商標アクセッション番号:XP_002616355.1由来のTsa1ペルオキシレドキシンと、81同一性及び92類似性、並びに期待値4e-117で、最高の類似性を共有し、次に、メエロジーマグイリエルモンディMeyerozymaguilliermondiiATCC6260由来のTSA1ペルオキシレドキシン80同一性及び91類似性、並びに期待値3e-115であった。前述の分析に基づき、配列番号35は、Y.リポリティカのTSA1ペルオキシレドキシンYlTsa1このタンパク質配列は、配列番号36として示されるをコードすると仮定された。本明細書において、ヤロウィアリポリティカのPUFA産生株におけるYlTsa1の過剰発現は、酸化ストレスに対する耐性の増大をもたらすと想定される。酸化ストレスに対する耐性増大の1つの有益な成果は、脂質過酸化からの保護の強化であり、これによって、脂質及びPUFA含有率が増加することになる。実施例10サッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeYbp1遺伝子に対して相同性を有するヤロウィアリポリティカ遺伝子の同定YeastprojectGenolevuresCenterforBioinformatics,LaBRI,TalenceCedex,Franceまた、Dujon,B.etal.,Nature,4306995:35-442004も参照の一般公開Y.リポリティカタンパク質データベースに対して、クエリー配列としてScYbp1を用いて、BLAST検索を実施することにより、ヤロウィアリポリティカにおいて、S.セレビシエS.cerevisiaeYbp1GenBank登録商標アクセッション番号:NP_009775.1;配列番号38[ScYbp1]に対するオーソログを同定した。Y.リポリティカタンパク質の中で、ScYbp1に対して最高の相同性期待値5e-22を有するタンパク質配列、YALI0B03762gGenBankアクセッション番号:XP_500469.1;配列番号40にYlYbp1という名称を与えた。YALI0B03762gは、GenBankで有糸分裂進行を媒介する、uniprot|P53169サッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeYGL060wYBP2YBR216Cのオーソログ中心動原体関連タンパク質にやや類似するというアノテーションが付けられていた。ScYbp1と推定YlYbp1のアラインメントを図8に示すが、両タンパク質の間にはほとんど配列保存がみとめられない。実施例1に記載した方法に従い、BLASTnrデータベース内に類似性を有する配列を同定するために、YALI0B03762g配列番号40をコードするタンパク質配列を用いて、NCBIBLASTP2.2.26検索を実施した。YALI0B03762g配列番号40に対する類似性を共有するとして、複数のタンパク質が同定された。表13に、2e-37以上の期待値と、具体的にそのタンパク質を同定したというすなわち、仮想タンパク質及びサッカロミセスセレビシエSaccharomycescerevisiae由来のタンパク質へのヒットは除外されるアノテーションを有するこれらのヒットの概要の一部を記載するが、これは、本明細書の開示内容を限定するものとして考えるべきではない。表13に記載するタンパク質は、配列番号40と74~93のクエリーカバレッジquerycoverageを共有する。表13.YlYbp1配列番号40との類似性を共有する遺伝子BLASTP検索によれば、YALI0B03762g配列番号40は、クラビスポラルシタニエClavisporalusitaniaeATCC42720GenBank登録商標アクセッション番号:XP_002618921.1由来の仮想タンパク質CLUG_00080と、28同一性及び48類似性、並びに期待値1e-54で、最高の類似性を共有した。既知機能を有するタンパク質のうち、最高のヒットは、30同一性及び49類似性、並びに期待値6e-53のシェフェルソミセススチピチスScheffersomycesstipitisCBS6054GenBank登録商標アクセッション番号:XP_001386941.2であり、次に、28同一性及び47類似性、並びに期待値3e-48のカンジダテヌイスCandidatenuisATCC10573GenBank登録商標アクセッション番号:EGV63342.1由来のYAP1結合タンパク質2であった。前述の分析に基づき、配列番号39は、Y.リポリティカのYAP1結合タンパク質YlYbp1タンパク質配列は、配列番号40として示されるをコードすると仮定された。YlYbp1をさらに評価するために、CLUSTALW1.81多重配列アラインメント図9;ThompsonJ.D.,etal.,NucleicAcidsRes.22:4673-46801994を用いて、配列番号40に示すタンパク質配列を、以下の表14に示すタンパク質とアラインメントした。これらのタンパク質の各々は、Ybp1の相同体をコードすることが仮定される。表14.YlYbp1配列番号40とアラインメントしたタンパク質アラインメントの視覚検査では、タンパク質の間には、比較的わずかな配列保存領域しか観察されなかった。しかし、CD検索Marchler-Bauer,A.andS.H.Bryant,NucleicAcidsRes.,32W327-3312004;Marchler-Bauer,A.etal.,NucleicAcidsRes.,37D205-2102009;及びMarchler-Bauer,A.etal.,NucleicAcidsRes.,39D225-2292011を用いて、タンパク質配列内に検出された保存ドメインを観察するために、国立生物工学情報センターNationalCenterforBiotechnologyInformation[NCBI]のIdentifyConservedDomainsツールを用いた分析時には、7タンパク質の各々が、kinetochor_Ybp2スーパーファミリーPfam08568;中心動原体に一体的に関与するタンパク質のファミリーとして記載される内に含まれていた。従って、この明確な特徴は、他の生物由来の他のYbp1タンパク質を同定する手段として有用となりうる。本明細書において、ヤロウィアリポリティカのPUFA産生株におけるYlYbp1の過剰発現は、酸化ストレスに対する耐性の増大をもたらすことが仮定される。酸化ストレスに対する抵抗性増大の1つの有益な成果は、脂質過酸化からの保護の強化であり、これによって、脂質及びPUFA含有率が増加することになる。"