"配列番号1の337位から618位に示されるサトウキビ桿状ウイルスSCBVエンハンサーエレメント、またはその相同体の1つもしくは複数のコピー、ならびにそれに作動可能に連結して、RNAポリメラーゼ結合部位およびmRNA開始部位を含むプロモーターを含むキメラ転写調節領域であって、対象のヌクレオチド配列が前記キメラ転写調節領域の調節制御下で転写されると、転写産物の量が、前記プロモーターを含み前記SCBVエンハンサー配列複数可は含まないキメラ転写調節領域を用いて得られる転写産物の量と比べて増強されている、前記キメラ転写調節領域。プロモーターが、植物ウイルス遺伝子、細菌遺伝子、真菌遺伝子、植物核遺伝子、植物核外遺伝子、無脊椎動物遺伝子、または脊椎動物遺伝子の上流領域から得られる、請求項1に記載のキメラ転写調節領域。3’転写終結ポリヌクレオチド分子に作動可能に連結した転写可能なポリヌクレオチド分子に作動可能に連結した、請求項1に記載の転写開始領域を含む構築物。前記転写可能なポリヌクレオチド分子が、それが発現される植物に農業形質を与える、請求項3に記載の構築物。請求項3に記載の構築物で安定的に形質転換されたトランスジェニック植物。転写可能なポリヌクレオチド分子が、それが発現される植物に農業形質を与える、請求項5に記載のトランスジェニック植物。前記構築物を含む、請求項5に記載のトランスジェニック植物の種子。トウモロコシ植物である、請求項5に記載のトランスジェニック植物。請求項1に記載のキメラ転写調節領域を含むトランスジェニック植物細胞。請求項3に記載の構築物で植物細胞または組織を形質転換することを含む、トランスジェニック植物を生産する方法。トランスジェニック植物が双子葉植物である、請求項10に記載の方法。トランスジェニック植物が単子葉植物である、請求項10に記載の方法。請求項3に記載の構築物で形質転換された植物細胞または組織。双子葉植物由来である、請求項13に記載の植物細胞または組織。単子葉植物由来である、請求項13に記載の植物細胞または組織。請求項6に記載のトランスジェニック植物から導出することが可能な植物細胞、果実、葉、根、苗条、花、種子、挿し木および有性繁殖または無性繁殖に有用な他の生殖物質、F1ハイブリッドを含めた子孫植物、雄性不稔植物ならびに他のあらゆる植物および植物産物。配列番号1の337位から618位に示されるサトウキビ桿状ウイルスSCBVエンハンサーエレメント、またはその相同体の1つもしくは複数のコピーを含み、前記SCBVエンハンサーエレメントの前記1つまたは複数のコピーがトウモロコシ植物細胞、組織または植物体のゲノムに無作為な位置で挿入されている、トウモロコシ植物細胞、組織または植物体。SCBVエンハンサーが、前記SCBVエンハンサーが非存在下での対象のヌクレオチド配列の転写と比べて、前記SCBVエンハンサーの調節制御下にある対象のヌクレオチド配列の増強された転写を与える、請求項17に記載のトウモロコシ植物細胞、組織または植物体。本開示は、エンハンサードメインおよび前記エンハンサードメインの増強制御下で転写調節ドメインを含む新規の転写調節領域を記載する。前記エンハンサードメインは、天然であるが以前認識されていなかった縦一列に配置されたSCBVエンハンサーの複数たとえば、2つから4つまたはそれよりも多いのコピーを含む。本開示の転写調節領域プロモーターは、前記エンハンサードメインが非存在のプロモーターと比べた場合、増強された転写を提供する。一例では、配列番号1の337位から618位に示されるSCBVエンハンサーエレメントの1つまたは複数のコピーならびにそれに作動可能に連結して、RNAポリメラーゼ結合部位およびmRNA開始部位を含むプロモーターを含むキメラ転写調節領域であって、対象のヌクレオチド配列が前記キメラ転写調節領域の調節制御下で転写された場合、前記プロモーターは含むが前記SCBVエンハンサー配列は含まないキメラ転写調節領域を用いて得られる転写産物の量と比べて、転写産物の量が増強されている前記キメラ転写調節領域が開示される。記載された転写調節領域および転写されるDNA配列を含むDNA構築物も提供される。一例では、DNA構築物は、3’転写末端ポリヌクレオチド分子に作動可能に連結した転写可能なポリヌクレオチド分子に作動可能に連結した開示された転写開始領域を含む。前記DNA構築物は、転写されるDNA配列の増強された転写を提供する。前記開示された構築物を用いて形質転換されたトランスジェニック植物、植物細胞または組織たとえば、双子葉または単子葉植物、植物細胞または組織も開示される。開示されたトランスジェニック植物から誘導可能な植物種子、果実、葉、苗条、花、挿し木および有性繁殖または無性繁殖に有用な他の生殖物質、F1ハイブリッドを含めた子孫植物、雄性不稔植物ならびに他のあらゆる植物および植物産物も提供される。開示されたトランスジェニック植物、植物細胞または組織を生産する方法も本明細書において提供される。本開示の前述のおよび他の特長は、添付図を参照して開始する以下の詳細な説明からさらに明らかになる。配列表添付の配列表に収載されている核酸および/またはアミノ酸配列は、37C.F.R.1.822に定義される通りに、ヌクレオチド塩基を表す標準文字省略形およびアミノ酸を表す3文字コードを使用して示されている。それぞれの核酸配列の一方の鎖のみが示されているが、相補鎖は表示されている鎖を参照することにより含まれていると理解される。核酸配列配列表または本明細書の他の場所のは、標準の5’から3’方向に示されており、タンパク質配列は標準のアミノN末端からカルボキシC末端方向に示されている。配列番号1はSCBVプロモーターの核酸配列を示しているジェンバンク受託番号AJ277091.1SugarcanebacilliformIMviruscompletegenomeisolateIrengMalengの6758位~7596位に対応しており、この配列は2010年4月15日にオンラインで掲載された通りに参照によりその全体を本明細書に組み込まれる。本明細書に記載されるエンハンサーエレメントは、配列番号1の337位から618位までである。I.省略形3’UTR3’-非翻訳領域5’UTR5’-非翻訳領域Adh1アルコールデヒドロゲナーゼ1asRNAアンチセンスRNAcDNA相補的DNAdsRNA二本鎖RNAGAPDHグリセルアルデヒド3-リン酸デヒドロゲナーゼKBキロバイトkbpキロ塩基対LUCルシフェラーゼmiRNAマイクロRNAntヌクレオチドORFオープンリーディングフレームPCRポリメラーゼ連鎖反応RT-PCR逆転写およびPCRSCBVトウモロコシ桿状ウイルスsiRNA低分子干渉RNAssRNA一本鎖RNATm熱融解点UTR非翻訳領域II.用語他の方法で記述されなければ、専門用語は従来の用法に従って使用される。分子生物学における一般用語の定義は、BenjaminLewin、GenesV、publishedbyOxfordUniversityPress、1994Kendrewetal、TheEncyclopediaofMolecularBiology、publishedbyBlackwellScienceLtd、1994およびRobertAMeyers、MolecularBiologyandBiotechnologyaComprehensiveDeskReferencepublishedbyVCHPublishersInc、1995に見い出し得る。本発明の様々な実施形態の概説を促進するために、特定の用語の以下の説明が提供される。5’および/または3’:核酸分子たとえば、DNAおよびRNAは、モノヌクレオチドが反応して、一モノヌクレオチドペントース環の5’リン酸がリン酸ジエステル結合を介してその隣接するモノヌクレオチドの3’酸素に一方向に結合されるような形でポリヌクレオチドを作るために、5’末端および3’末端を有すると言われる。したがって、ポリヌクレオチドの一末端は、その5’リン酸がモノヌクレオチドペントース環の3’酸素に連結されていない場合は5’末端と呼ばれる。ポリヌクレオチドのもう一方の末端は、その3’酸素が別のモノヌクレオチドペントース環の5’リン酸に連結されていない場合は3’末端と呼ばれる。一モノヌクレオチドペントース環の5’リン酸がその隣接するモノヌクレオチドの3’酸素に結合されるにもかかわらず、内部の核酸配列は5’および3’末端を有すると言ってもよい。直鎖状でも環状核酸分子でも、別々の内部エレメントは、上流もしくは5’のエレメント、またはその下流もしくは3’のエレメントであると呼ばれる。DNAに関しては、この用語法は、転写がDNA鎖に沿って5’から3’方向に進行することを反映している。プロモーターおよびエンハンサーエレメントは、連結された遺伝子の転写を指示するが、一般にはコード領域の5’または上流に位置する。しかし、エンハンサーエレメントはプロモーターエレメントおよびコード領域の3’に位置している場合でもその効果を発揮することができる。転写終結およびポリアデニル化シグナルはコード領域の3’または下流に位置している。農業形質:植物形態、生理機能、成長発育、収量、栄養増強、疾患もしくは有害生物抵抗性、または環境もしくは薬剤耐性が含まれるがこれらに限定されない、植物の特徴的は、農業形質である。増強された農業形質は、非ストレス条件下での増加した収量および環境ストレス条件下での増加した収量を含む収量増加を含むがこれに限定されない農業形質の測定可能な改良を指す。ストレス条件には、たとえば、旱魃、日陰、菌類病、ウイルス病、細菌病、昆虫来襲、線虫来襲、低温露出、熱曝露、浸透ストレス、減少した窒素栄養分利用性、減少したリン栄養分利用性および高い植物密度が含まれ得る。収量は、草高、さや数、植物上のさや位置、節間の数、さや粉砕の発生率、粒径、結節形成および窒素固定の効率、栄養素同化の効率、生物および非生物ストレスへの抵抗性、炭素同化、植物構造、倒伏への抵抗性、パーセント種子発芽、苗力、ならびに未成熟形質を限定なく含む多くの特性により影響を受けることがある。収量は、発芽の効率ストレスを加えられた条件での発芽を含む、成長速度ストレスを加えられた条件での成長速度を含む、穂数、穂あたりの種子数、種子径、種子の組成デンプン、油、タンパク質および種子充填の特徴にも影響を受けることがある。収量の増加は、窒素、リンおよび炭水化物などの重要な生化学化合物の改良された利用から、または寒さ、暑さ、旱魃、塩および有害生物または病原体による攻撃などの環境ストレスに対する改良された応答から生じることもある。本開示において使用される組換えDNAを使用して、植物成長調節物質の発現が改変されるまたは細胞周期もしくは光合成経路が改変された結果として、成長発育が改良され最終的に収量が増加する植物を提供することも可能である。農業形質および植物におけるそのような形質を変更する追加の例は本明細書において提供されるおよび/または当業者により認識されるであろう。変更;ポリヌクレオチドたとえば、本発明の核酸によりコードされるポリペプチドにおける変更は、この用語が本明細書において使用されるときには、ポリヌクレオチド配列における任意の欠失、挿入および点変異を含む。この定義内に含まれるのは、ポリペプチドをコードするゲノムDNA配列に対する変更である。同様に、用語変更は、ポリペプチド配列における欠失、挿入および点変異を指すのに使用されることもある。産生または発現のレベルを変更する:核酸分子またはアミノ酸分子たとえば、siRNA、miRNA、mRNA、遺伝子、ポリペプチド、ペプチドの産生または発現のレベルを、産生または発現の対照レベルと比べて、増加させるまたは減少させることにより、変えること。増幅:核酸に関連して使用される場合、これは、試料または検体において核酸分子のコピー数を増加させる技法を指す。増幅の例はポリメラーゼ連鎖反応であり、対象から収集された生物学的試料を、試料中の核酸鋳型へのプライマーのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、一対のオリゴヌクレオチドプライマーに接触させる。前記プライマーは適切な条件下で伸長され、鋳型から解離され、次に再アニールされ、伸長され、解離されて核酸のコピー数を増幅する。インビトロ増幅の産物は、標準技法を使用して、電気泳動、制限エンドヌクレアーゼ切断パターン、オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションもしくはライゲーション、および/または核酸塩基配列決定により特徴付けることが可能である。インビトロ増幅法の他の例には、鎖置換増幅米国特許第5744311号参照、転写なし等温増幅米国特許第6033881号参照、修復連鎖反応増殖WO90/01069参照、リガーゼ連鎖反応増殖EP-A-320308参照、ギャップ充填リガーゼ連鎖反応増殖米国特許第5427930号参照、結合リガーゼ検出とPCR米国特許第6027889号参照、およびNASBA商標RNA転写なし増幅米国特許第6025134号参照が含まれる。アンチセンス、センスおよびアンチジーン:DNAは、2本の逆平行鎖、プラス鎖と呼ばれる5’→3’鎖およびマイナス鎖と呼ばれる3’→5’鎖を有する。RNAポリメラーゼは核酸を5’→3’方向に付加するために、DNAのマイナス鎖は転写中RNAに対して鋳型として働く。したがって、RNA転写物は、マイナス鎖に相補的であり、プラス鎖と同一である配列を有することになる例外として、Tの代わりにUが使われる。アンチセンス分子は、RNAまたはDNAのプラス鎖に特異的にハイブリダイズ可能であるまたは特異的に相補的である分子である。センス分子は、DNAのマイナス鎖に特異的にハイブリダイズ可能であるまたは特異的に相補的である分子である。アンチジーン分子は、DNA標的に向けられるアンチセンスまたはセンス分子である。アンチセンスRNAasRNAは、センスコード核酸分子に相補的なRNAの分子である。アンチセンス阻害:この用語は、翻訳されているmRNAの少なくとも一部に相補的であるRNA分子が細胞内に存在することに起因する遺伝子発現たとえば、宿主細胞ゲノムまたはウイルスなどの病原体のゲノムの発現の細胞質、核またはオルガネラ阻害に基づくクラスの遺伝子調節を指す。cDNA相補的DNA:内部非コードセグメントイントロンおよび転写調節配列を欠くDNAの断片。cDNAは、対応するRNA分子における翻訳制御に関与する非翻訳領域UTRも含むことがある。cDNAは通常、細胞または他の試料から抽出されたメッセンジャーRNAから逆転写により実験室で合成される。キメラのまたはキメラ:2つまたはそれよりも多い異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチド分子の部分の融合産物。たとえば、語句キメラ配列およびキメラ遺伝子は、少なくとも2つの異種部分に由来するヌクレオチド配列を指す。キメラ配列はDNAまたはRNAを含んでいてもよい。キメラ転写調節領域:それに作動可能に連結した核酸の転写を指示する核酸制御または調節配列のアレイであって、異なるポリヌクレオチド供給源から構築されるアレイ。たとえば、本明細書に記載されるキメラ転写調節領域は、既知のプロモーターまたは他のポリヌクレオチド分子の操作を通じて作製され得る。キメラ転写調節領域は、たとえば、第1の天然プロモーター由来の異種エンハンサードメインをそれ独自の部分的または完全な組の調節エレメント複数可を有する第2のプロモーターに融合させることにより、1つまたは複数のエンハンサードメインを1つまたは複数のプロモーターと組み合わせてもよい。本開示は、特に、植物複数可において活性なプロモーターに融合されたすなわち、動作可能に連結した少なくとも1つのSCBVエンハンサードメインを含有するキメラ転写調節領域を提供する。構築物:任意の供給源に由来し、ゲノム組込みまたは自律複製が可能であり、1つまたは複数の転写可能なポリヌクレオチド分子が作動可能に連結しているポリヌクレオチド分子を含む、プラスミド、コスミド、ウイルス、自律的に複製するポリヌクレオチド分子、ファージ、または直鎖状もしくは環状一本鎖もしくは二本鎖DNAもしくはRNAポリヌクレオチド分子などの任意の組換えポリヌクレオチド分子。対照植物:トランスジェニック植物においてたとえば増強されたまたは変更された農業形質を与える組換えDNAを含有していない植物は、たとえば、トランスジェニック植物において増強されたまたは変更された農業形質を同定するために、比較のためのベースラインとして使用される。適切な対照植物はトランスジェニック植物を生み出すために使用される親系統の非トランスジェニック植物、または試験中の特定の形質には少なくとも非トランスジェニックである植物でもよいつまり、対照植物は、他の異種配列または組換えDNA分子を含有するように操作されていてもよい。したがって、対照植物は、いくつかの場合には、試験植物において、空のベクターまたはマーカー遺伝子を含むが、組換えDNAを含有していない、または組換えDNAのすべてを含有しているわけではないトランスジェニック植物系統であってもよい。コサプレッション:内在性遺伝子に対して実質的な相同性を有する外来異種遺伝子を発現し、外来性遺伝子と内在性遺伝子の両方の発現を抑制すること。DNAデオキシリボ核酸:DNAは大半の生物の遺伝物質を構成する長鎖ポリマーである一部のウイルスはリボ核酸RNAを含む遺伝子を有する。DNAポリマーにおける繰り返し単位は4種の異なるヌクレオチドであり、そのそれぞれが、リン酸基が結合しているデオキシリボース糖に結合している4種の塩基、アデニン、グアニン、シトシンおよびチミンのうちの1つを含む。ヌクレオチドのトリプレットコドンと呼ばれるは、ポリペプチドにおけるそれぞれのアミノ酸を、または停止シグナルをコードしている。コドンという用語は、DNA配列が転写されてできるmRNAにおける3種のヌクレオチドの対応するおよび相補的な配列を表すのにも使用される。他の方法で明記されていなければ、DNA分子へのいかなる言及もそのDNA分子の逆相補体を含む。一本鎖であることが本明細書の本文により要求されている場合を除けば、DNA分子は一本鎖のみを描写するように書かれているが、二本鎖DNA分子の両方の鎖を包含する。コードする:ポリヌクレオチドは、その天然状態でまたは当業者には公知の方法により操作される場合に、前記ポリヌクレオチド分子が転写されるおよび/または翻訳されて、mRNAおよび/またはポリペプチドもしくはその断片を産生するならば、ポリペプチドをコードしていると言われる。アンチセンス鎖は、そのような核酸の相補体であり、コード配列はそこから推定することが可能である。エンハンサードメイン:遺伝子発現の全体的制御の側面を与えるシス作用性転写調節エレメントシスエレメントとしても知られる。エンハンサードメインは、転写を調節するトランス作用性タンパク質因子である転写因子に結合するように機能し得る。一部のエンハンサードメインは1よりも多い転写因子に結合し、転写因子は1よりも多いエンハンサードメインと異なる親和性で相互作用することがある。エンハンサードメインは、欠失解析5’末端または内部からプロモーターまでの1つまたは複数のヌクレオチドを欠失させる、DNアーゼIフットプリント法を使用するDNA結合タンパク質解析、メチル化干渉法、電気泳動移動変化アッセイ、ライゲーション媒介PCRによるインビボゲノムフットプリント法、および他の従来のアッセイを含むいくつかの技法により、または従来のDNA配列比較法を使用する既知のシスエレメントモチーフとのDNA配列比較により同定することが可能である。エンハンサードメインの微細構造は、1つもしくは複数のヌクレオチドの変異誘発または置換により、または他の従来の方法によりさらに研究することが可能である。エンハンサードメインは、化学合成によりまたはそのようなエレメントを含むプロモーターからの単離により得ることができ、それに続く操作を促進する有用な制限酵素部位を含有する追加の隣接ヌクレオチドを用いて合成することが可能である。遺伝子発現:DNA分子の転写されたRNA分子への転写のこと。さらに一般的には、遺伝子にコードされた情報が細胞内において存在し機能する構造物に転換されるプロセスのこと。発現された遺伝子には、mRNAに転写されその後タンパク質に翻訳される遺伝子およびRNAに転写されるがタンパク質には翻訳されない遺伝子たとえば、siRNA、トランスファーRNAおよびリボソームRNAが含まれる。したがって、遺伝子または遺伝子のプロモーター領域などの標的配列の発現により、mRNA、タンパク質または両方を発現することができる。標的配列の発現は阻害するまたは増強する減少させるまたは増加させることができる。遺伝子発現は、時間的、空間的、発生的、または形態的性質ならびに定量的または定性的表示に関連して記載し得る。遺伝子調節活性:作動可能に連結した転写可能なまたは翻訳可能なポリヌクレオチド分子の転写または翻訳に影響を与えるポリヌクレオチドの能力のこと。遺伝子調節活性を有する単離されたポリヌクレオチド分子は、時間的もしくは空間的発現を与えるまたは作動可能に連結した転写可能なポリヌクレオチド分子の発現のレベルおよび速度を調節し得る。遺伝子調節活性を有する単離されたポリヌクレオチド分子には、プロモーター、イントロン、リーダー、または3’転写終結領域が含まれ得る。遺伝子サイレンシング:遺伝子サイレンシングは、クロマチン再構成などのゲノムDNAレベルでのまたは転写安定性もしくは翻訳に対する効果を通じた転写後レベルでの効果に限定されないがその結果としての遺伝子発現の欠如または減少を指す。現在の証拠では、RNA干渉RNAiが転写および転写後遺伝子サイレンシングに関与する主要プロセスであることが示唆される。RNAiは転写および/または転写後レベルでその効果を発揮するために、RNAiを使用して同じ遺伝子からの別の転写物を特異的に阻害することができると考えられている。異種の:通常ではたとえば、野生型配列では第2の配列に隣接して見出されることのない種類の配列のこと。一実施形態では、前記配列は、ウイルスまたは生物または種などの、前記第2の配列とは異なる遺伝子供給源由来である。ハイブリダイゼーション:オリゴヌクレオチドおよびその類似体は、ワトソン-クリック、フーグスティーンまたは逆フーグスティーン水素結合を含む水素結合により、相補的塩基間においてハイブリダイズする。一般に、核酸は、ピリミジンシトシンC、ウラシルUおよびチミンTまたはプリンアデニンAおよびグアニンGである窒素含有塩基からなる。これらの窒素含有塩基はピリミジンとプリンとの間において水素結合を形成し、ピリミジンのプリンへの結合は塩基対合と呼ばれる。さらに具体的には、AはTまたはUに水素結合し、GはCに結合する。RNA分子では、GはUにも結合する。相補的であるとは、2つの異なる核酸配列または同じ核酸配列の2つの異なる領域間で起きる塩基対合を指す。特定の程度の厳密性を生じるハイブリダイゼーション条件は、一般に好まれるハイブリダイゼーション法の性質ならびにハイブリダイズする核酸配列の組成および長さに応じて変化することになる。一般に、ハイブリダイゼーションの温度およびハイブリダイゼーションバッファーのイオン強度特に、Na濃度がハイブリダイゼーションの厳密性を決定する。特定の程度の厳密性を達成するのに必要なハイブリダイゼーション条件に関する計算はSambrooketal、MolecularCloningALaboratoryManual、2nded、vol13、ColdSpringHarborLaboratoryPress、ColdSpringHarbor、NY、1989、chapters9and11により考察されており、この文献は参照により本明細書に組み込まれる。以下はハイブリダイゼーション条件の模範的な組であり、限定的であることを意図していない。超高厳密性90配列同一性を共有する配列を検出するハイブリダイゼーション:5×SSCで65°C、16時間洗浄2回:それぞれ2×SSCで室温RT、15分間洗浄2回:それぞれ0.5×SSCで65°C、20分間高厳密性80またはそれよりも大きい配列同一性を共有する配列を検出するハイブリダイゼーション:5×~6×SSCで65°C~70°C、16~20時間洗浄2回:それぞれ2×SSCでRT、5~20分間洗浄2回:それぞれ1×SSCで55°C~70°C、30分間低厳密性50よりも大きい配列同一性を共有する配列を検出するハイブリダイゼーション:6×SSCでRTから55°C、16~20時間洗浄少なくとも2回:それぞれ2×~3×SSCでRT~55°C、20~30分間シスで:2つの配列がRNAまたはDNAの同じ断片上に配置されていることを示す。トランスで:2つの配列がRNAまたはDNAの異なる断片上に配置されていることを示す。産業用農作物:主にヒトもしくは動物による消費用にまたは工業工程においてたとえば、製造用脂肪酸またはアルコール生産用の糖の供給源として使用するために栽培される作物。多くの例では、植物または植物から生産される産物たとえば、甘味料、油、小麦粉または穀物は消費することが可能であり、したがって、産業用農作物のサブセットは食用作物であることは理解されるであろう。食用作物の例には、トウモロコシ、ダイズ豆、イネ、コムギ、アブラナ、ワタ、カラスムギ、オオムギ、およびジャガイモ植物が含まれるが、これらに限定されない。産業用農作物食用作物を含むの他の例は本明細書に収載されている。標的配列の発現を妨害するまたは阻害する:この語句は、標的配列を担持する分子の発現および/または安定性を測定可能な程度に減少させるsiRNAもしくはmiRNAなどの小型RNAまたは他の分子の能力を指す。標的配列は、遺伝子もしくは遺伝子のプロモーター領域などのDNA配列、またはmRNAなどのRNA配列を含むことができる。発現を妨害するまたは阻害するは、遺伝子または配列の最終産物、たとえば、コードされたタンパク質もしくはタンパク質、核酸、他の生体分子の発現もしくは機能、または標的配列により影響を受ける生物学的機能の減少を企図しており、したがって、mRNA転写物または他の標的配列の量または寿命の減少を含む。いくつかの実施形態では、小型RNAまたは他の分子は、標的配列の発現を阻害するクロマチン修飾を導く。前記語句は相対的であり、配列の絶対的阻害抑制を必要としないことは理解されている。したがって、ある種の実施形態では、標的配列の発現を妨害するまたは阻害するは、小型RNAまたは他の分子たとえば、1つもしくは複数の小型RNAをコードするベクターまたは他の構築物の適用に続いて、前記配列は、適用前よりも少なくとも5低く、少なくとも10低く、少なくとも15低く、少なくとも20低く、少なくとも25低く、またはそれよりもはるかに減少して発現されることを必要とする。したがって、いくつかの特定の実施形態では、小型RNAまたは他の分子の適用により、標的配列の発現が約30、約40、約50、約60、またはそれよりも多く減少する。小型RNAまたは他の分子が特に効果的である特定の例では、発現は70、80、85、90、95、またはそれよりもはるかに多く減少する。単離された:単離された生物学的成分たとえば、核酸、ペプチドまたはタンパク質は、前記成分が天然に存在する生物の細胞における他の生物学的成分、たとえば、他の染色体および染色体外DNAおよびRNA、ならびにタンパク質から実質的に分離されている、これらから離れて産生されている、またはこれらから精製されている。したがって、単離されている核酸、ペプチドおよびタンパク質には、標準精製法により精製された核酸およびタンパク質が含まれる。前記用語は、宿主細胞において組換え発現により調製された核酸、ペプチドおよびタンパク質ならびに化学的に合成された核酸も包含する。メタボローム:単一の生物、試料、組織、細胞または何であれ他の区分に分割されるものに存在する比較的低分子量の分子代謝物の全数のこと。例として、メタボロームは、代謝中間体、ホルモンおよび他のシグナル伝達分子ならびに二次代謝産物を含み得る。代表的なメタボロームは、植物、植物部分もしくは植物試料などの生物学的試料内に、またはその懸濁液もしくは抽出物に見出される代謝物の全数を含む。そのような分子の例には、酸および関連する化合物;モノ-、ジ-およびトリ-カルボン酸飽和、不飽和、脂肪族および環状、アリル、アルカリール;アルド酸、ケト酸;ラクトン形;ジベレリン;アブシジン酸;アルコール、ポリオール、誘導体および関連する化合物;エチルアルコール、ベンジルアルコール、メタノール;プロピレングリコール、グリセロール、フィトール;イノシトール、フルフリルアルコール、メントール;アルデヒド、ケトン、キノン、誘導体および関連する化合物;アセトアルデヒド、ブチルアルデヒド、ベンズアルデヒド、アクロレイン、フルフラール、グリオキサール;アセトン、ブタノン;アントラキノン;炭水化物;モノ-、ジ-、トリ-サッカライド;アルカロイド、アミンおよび他の塩基;ピリジンニコチン酸、ニコチンアミドを含む;ピリミジンシチジン、チミンを含む;プリングアニン、アデニン、キサンチン/ヒポキサンチン、キネチンを含む;ピロール;キノリンイソキノリンを含む;モルフィナン、トロパン、シンコナン;ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、誘導体および関連する化合物;グアノシン、シトシン、アデノシン、チミジン、イノシン;アミノ酸、オリゴペプチド、誘導体および関連する化合物;エステル;フェノールおよび関連する化合物;複素環式化合物および誘導体;ピロール、テトラピロールコリノイドおよびポルフィン/ポルフィリン、w/w/o金属イオン;フラボノイド;インドール;脂質脂肪酸およびトリグリセリドを含む、誘導体および関連する化合物;カロテノイド、フィトエン;ならびにステロール、テルペンを含むイソプレノイドが含まれるが、これらに限定されない。マイクロRNAmiRNA:およそ21ヌクレオチド長で、動物および植物を含む多様な生物に見出される小型の非コードRNA遺伝子産物。miRNAは、miRNA遺伝子に由来する構造化したフォールドバック形成前駆体転写物から生じること以外はsiRNAに構造的に似ている。miRNA遺伝子の一次転写物はヘアピン構造を形成し、多ドメインRNaseIII様ヌクレアーゼDICERおよびDROSHA動物においてまたはDICER-LIKE1DCL1;植物においてによりプロセシングされてmiRNA二重鎖を産生する。成熟miRNAは、二重鎖巻き戻し後にRISC複合体に組み込まれる。植物miRNAは、完全なまたはほぼ完全な相補性を有するそのRNA標的と相互作用する。ヌクレオチド:ヌクレオチドという用語には、ピリミジン、プリンもしくはその合成類似体などの糖に連結している塩基、またはペプチド核酸PNAにおけるように、アミノ酸に連結している塩基を含むモノマーが含まれるが、これらに限定されない。ヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド/ポリヌクレオチドにおける一モノマーである。ヌクレオチド配列は、オリゴヌクレオチド/ポリヌクレオチドにおける塩基の配列を指す。DNAの主なヌクレオチドは、デオキシアデノシン5’-三リン酸dATPまたはA、デオキシグアノシン5’-三リン酸dGTPまたはG,デオキシシチジン5’-三リン酸dCTPまたはCおよびデオキシチミジン5’-三リン酸dTTPまたはTである。RNAの主なヌクレオチドは、アデノシン5’-三リン酸ATPまたはA、グアノシン5’-三リン酸GTPまたはG,シチジン5’-三リン酸CTPまたはCおよびウリジン5’-三リン酸UTPまたはUである。イノシンも、ヌクレオチドにおいてDNAまたはRNAに組み込まれることができる塩基であるそれぞれdITPまたはITP。植物の油生産種:トリアシルグリセロールを生産し、特定の器官に、主に種子に貯蔵する植物種。そのような種には、ダイズ豆、ナタネおよびキャノーラたとえば、セイヨウアブラナ、ブラッシカラパおよびハクサイ、ヒマワリ、ワタ、トウモロコシ、ココアカカオ、ベニバナ、アブラヤシギニアアブラヤシ、ココヤシ、アマ、トウゴマ、ならびにピーナッツが含まれるが、これらに限定されない。オリゴヌクレオチド:オリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステル結合により結合された複数のヌクレオチドであり、約6から約300ヌクレオチド長である。オリゴヌクレオチド類似体は、オリゴヌクレオチドに類似して機能するが、天然には存在しない部分を有する化合物を指す。たとえば、オリゴヌクレオチド類似体は、変更された糖部分などの天然には存在しない部分またはホスホロチオエートオリゴデオキシヌクレオチドなどの糖間結合を含有することができる。天然に存在するポリヌクレオチドの機能的類似体はRNAまたはDNAに結合することができる。作動可能に連結した:この用語は、成分、特にヌクレオチド配列の、前記成分の正常な機能が遂行され得るような近接した配置を指す。したがって、第1の核酸配列は、前記第1の核酸配列が第2の核酸配列と機能的な関係に配置されている場合は、第2の核酸配列と作動可能に連結している。たとえば、プロモーターは、前記プロモーターがコード配列の転写または発現に影響を与えるならば、コード配列に作動可能に連結している。一般に、作動可能に連結したDNAは近接しており、2つのタンパク質コード領域を結合させることが必要な場合には、同じ読み枠にある。調節配列複数可に作動可能に連結しているコード配列は、前記コード配列を前記調節配列の調節制御たとえば、転写および/または翻訳制御下で発現することができるヌクレオチド配列の配置を指す。ORFオープンリーディングフレーム:終結コドンがない、アミノ酸をコードする一連のヌクレオチドトリプレットコドン。これらの配列は通常、ペプチドに翻訳可能である。パーセント配列同一性:2つの配列が最適に整列された場合適切なヌクレオチド挿入、欠失またはギャップが総数で比較のウィンドウにわたり基準配列の20未満である、試験対象ポリヌクレオチド分子またはその相補鎖と比べた、基準クエリーポリヌクレオチド分子またはその相補鎖の直鎖状ポリヌクレオチド配列における同一のヌクレオチドのパーセント。比較ウィンドウを整列させるための配列の最適整列化は当業者には周知であり、スミスとウォーターマンの局所的相同性アルゴリズム、ニードルマンとブンシュの相同性整列化アルゴリズム、ピアソンとリップマンの類似性探索法などのツールを使用して行い得る。そのような比較は、好ましくは、GAP、BESTFIT、FASTAおよびGCG登録商標WisconsinPackage登録商標AccelrysInc.、Burlington、Mass.の一部として入手可能なTFASTAなどのこれらアルゴリズムのコンピュータ化された実装を使用して実施される。試験配列と基準配列の整列されたセグメントに対する同一性割合は、前記2つの整列された配列に共有される同一成分の数割る基準配列セグメントにおける成分の総数すなわち、全基準配列または基準配列の小さいほうの定義された部分である。パーセント配列同一性は、同一性割合掛ける100として表される。1つまたは複数のポリヌクレオチド配列の比較は、完全長ポリヌクレオチド配列もしくはその一部まで、またはさらに長いポリヌクレオチド配列までであり得る。実質的なパーセント配列同一性は、少なくとも約80配列同一性、少なくとも約90配列同一性、または約98もしくは約99配列同一性などのさらに大きな配列同一性である。植物:任意の植物およびその子孫。前記用語は、種子、挿し木、塊茎、果実、花、等を含む植物の部分も含む。様々な実施形態では、植物という用語は、トウモロコシ、ワタ、キャノーラ、ヒマワリ、ダイズ豆、モロコシ、アルファルファ、コムギ、イネ、果実および野菜を生産する植物などの栽培植物種ならびに芝生および鑑賞植物種を指す。本明細書で使用される、植物細胞という用語は、プロトプラストおよびその周囲の細胞壁からなる植物の構造的および生理的単位を指す。本明細書で使用される、植物器官という用語は、根、茎、葉または胚などの植物の異なる明白に区別される部分を指す。さらに一般的には、植物組織という用語は、植物体内または培養下における植物の任意の組織を指す。この用語は、全植物、植物細胞、植物器官、プロトプラスト、細胞培養物、または構造的および機能的単位に組織される植物細胞の任意の群を含む。ポリヌクレオチド分子:ゲノムまたは合成起源の一本鎖または二本鎖DNAまたはRNA、すなわち、5’上流末端から3’下流末端に読み取られる、それぞれデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド塩基のポリマー。ポリペプチド分子:モノマーが、アミド結合を通じて互いに結合しているアミノ酸残基であるポリマー。アミノ酸がアルファアミノ酸の場合、L-光学異性体でもD-光学異性体でも使用することが可能であり、L-異性体のほうが好ましい。本明細書で使用される、ポリペプチドまたはタンパク質という用語は、任意のアミノ酸配列を包含し、糖タンパク質などの修飾された配列を含む。ポリペプチドという用語は、天然に存在するタンパク質ならびに組換え的にまたは合成的に産生されるタンパク質を含むように特に意図されている。転写後遺伝子サイレンシングPTGS:阻害機構が転写後に生じる遺伝子サイレンシングの一種。これにより、特定のRNA標的の定常状態レベルが減少するまたは翻訳が阻害されることがある。前記文献では、RNA干渉RNAiおよび転写後同時抑制という用語は、多くの場合、転写後遺伝子サイレンシングを示すのに使用される。プロモーター:たとえば、RNAポリメラーゼIIおよび他のタンパク質トランス作用性転写因子を認識し結合して転写を開始することにより核酸の転写を指示する一連の核酸制御配列。プロモーターは、ポリメラーゼII型プロモーターの場合のTATAエレメントなどの、転写開始部位近くに不可欠な核酸配列を含む。最小限で、プロモーターは典型的には、少なくともRNAポリメラーゼ結合部位を一緒に含み、転写因子による占有に応答して転写を調節する1つまたは複数の転写因子結合部位も含み得る。プロモーターおよび組み立ててプロモーターを産生することができるエレメントの代表例が本明細書には記載されている。プロモーターは、その時間的、空間的または発生的発現パターンにより定義し得る。植物プロモーターは、植物細胞において機能的である天然のまたは非天然のプロモーターである。タンパク質:遺伝子により発現されアミノ酸からなる生体分子、たとえば、ポリペプチド。プロトプラスト:形質転換されるおよび/または細胞培養物もしくは全植物に再生される潜在力を有する、細胞壁のない単離された植物細胞。精製された:精製されたという用語は、絶対的純度を必要とせず、むしろ、相対語として意図されている。したがって、たとえば、精製された融合タンパク質調製物は、その生成環境において、たとえば、細胞内または生化学反応室において、融合タンパク質のほうがタンパク質よりも濃縮されている調製物である。好ましくは、融合タンパク質の調製物は、融合タンパク質が前記調製物の全タンパク質含有量の少なくとも50に相当するように精製されている。組換え体:組換え核酸は、天然には存在しない配列を有する、または配列の2つの別の方法で分離されたセグメントを人為的に組み合わせることにより作製される配列を有する核酸である。この人為的組合せは、化学合成によりまたは、さらに一般的には、核酸の単離されたセグメントの人為的操作により、たとえば、遺伝子操作技法により実現されることが多い。同様に、組換えタンパク質は、組換え核酸分子によりコードされたタンパク質である。調節可能なプロモーター:その活性が、転写因子、化学化合物、環境条件、または核酸分子などの作用因子により調節される直接的にまたは間接的にプロモーター。遺伝子発現を調節する:遺伝子発現に影響を与える作用因子の発現、産生または活性を増加させるまたは減少させることにより遺伝子の発現を制御するプロセスのこと。作用因子は、遺伝子もしくはその上流の調節配列または前記遺伝子にコードされたmRNAと接触すると、遺伝子発現を増加させるまたは減少させる、転写因子などのタンパク質、またはmiRNAもしくはsiRNAなどの核酸分子でもよい。調節配列またはエレメント:これらの用語は、一般に、作動可能に連結した転写可能なポリヌクレオチド分子の転写または翻訳、およびそれによって遺伝子の発現に影響を与えるまたは制御するクラスのポリヌクレオチド分子たとえば、DNA配列を有するDNA分子を指す。前記用語に含まれるのは、プロモーター、エンハンサー、リーダー、イントロン、遺伝子座調節領域、境界エレメント/インシュレーター、サイレンサー、マトリックス付着領域スキャフォールド付着領域とも呼ばれる、リプレッサー、転写ターミネーター転写終結領域としても知られる、複製起点、セントロメアおよび減数分裂組換えホットスポットである。プロモーターは、RNAポリメラーゼへの結合部位として機能しそこから転写が開始される遺伝子の5’末端近くのDNAの配列である。エンハンサーは、通常、プロモーターからのエンハンサーの配向または距離とは無関係にプロモーターからの転写レベルを上昇させる制御エレメントである。遺伝子座調節領域LCRは、それが連結している遺伝子に組織特異的なおよび時間的に調節された発現を与える。LCRは遺伝子に対するその位置とは無関係に機能するが、コピー数依存性である。LCRは、ヌクレオソーム構造を開くように機能し、したがって他の因子がDNAに結合することができると考えられている。LCRは、複製タイミングおよび開始点使用にも影響を与え得る。インシュレーター境界エレメントとしても知られるは、周囲のクロマチンの影響を遮断することにより、遺伝子の転写の活性化または不活化を妨げるDNA配列である。サイレンサーおよびリプレッサーは、遺伝子発現を抑制する制御エレメントであり、遺伝子からのその配向または距離とは無関係に遺伝子に作用する。マトリックス付着領域MARは、スキャフォールド付着領域としても知られるが、核スキャフォードに結合するDNA内の配列である。マトリックス付着領域は、おそらく染色体を調節ドメインに分離することにより、転写に影響を与えることができる。MARは、染色体内で高次ループ構造を媒介すると考えられている。転写ターミネーターは、RNAポリメラーゼが鋳型から放出される遺伝子近傍内の領域である。複製起点は、DNA合成または細胞分裂の複製段階中に、DNAの複製過程を開始するゲノムの領域である。減数分裂組換えホットスポットは、減数分裂中に平均よりも頻繁に組換えを行うゲノムの領域である。調節領域内の特定のヌクレオチドは複数の機能を果たし得る。たとえば、特定のヌクレオチドはプロモーターの一部であり、転写活性化因子タンパク質の結合に関与し得る。細胞内たとえば、植物または植物細胞内で機能する単離された調節エレメントは、たとえば、遺伝子操作を通じて、植物表現型を改変するのに有用である。RNA:リン酸ジエステル結合により連結されたリボ核酸モノマーの典型的な直鎖状ポリマー。天然に存在するRNA分子は3つの一般的クラス、すなわち、メッセンジャーmRNA、タンパク質をコードしている、リボソームrRNA、リボソームの成分およびトランスファーtRNA、タンパク質合成中リボソームにアミノ酸モノマーを運ぶのに関与している分子に分類される。メッセンジャーRNAは、ヘテロ核hnRNAおよび膜結合性ポリソームRNA粗面小胞体に結合しているを含む。全RNAは、あらゆる種類のRNA分子の異種混合物を指す。RNA干渉RNAi:小型RNAmiRNAおよびsiRNAを含むを伴う遺伝子サイレンシング機構は、RNAiという広義の用語の下で言及されることが多い。RNAiの天然の機能には、トランスポゾンおよびウイルスなどの可動遺伝子エレメントによる侵入に対するゲノムの保護ならびに遺伝子発現の調節が含まれる。RNA干渉により、生物内の遺伝子の発現は不活化されるまたは抑制される。RNAiは、2つの一般的経路のうちの1つにより引き起こすことができる。第一に、RNAiは、抑制のための標的であるRNAに相補的な配列を有する低分子干渉RNAsiRNA、通常約21ヌクレオチド長であり、2つの不対ヌクレオチドがそれぞれの3’末端にあるdsRNA二重鎖の形で送達されるの直接細胞送達により引き起こすことができる。第二に、RNAiは、siRNAが様々な種類の設計され発現される遺伝子からインビボで形成されるいくつかの方法の1つにより引き起こすことができる。これらの遺伝子は典型的には、分子内または分子間二重鎖dsRNAを形成するRNA分子を発現し、この二重鎖は天然の酵素DICERまたはDCLによりプロセッシングされてsiRNAを形成する。いくつかの場合、これらの遺伝子は、完全なまたはほぼ完全な塩基対合したヘアピン形成RNA転写物を発現し、不完全なヘアピン形成転写物の一部がマイクロRNAmiRNAと名付けられた特殊な小型RNAを生じる。どちらの一般的方法でも、RNA分解酵素RISCと名付けられるに標的RNAを切断するまたはサイレンスするよう指示するガイド配列として機能するのはsiRNAまたはmiRNAである。いくつかの場合、RNAi誘導遺伝子をトランスジェニック生物のゲノムに組み込むのは有益である。例は、RNAi誘導トランスジーンにより特定の遺伝子を抑制するよう改変されている植物であろう。現在実施中の大半の方法では、RNAiは、dsRNA2つの転写物がアニールしてdsRNAを形成する分子内もしくはヘアピン、または分子間を発現するトランスジーンによりトランスジェニック植物において引き起こされる。RNAサイレンシング:RNAベースの遺伝子サイレンシングまたはRNAiを示すのに使用される一般用語。配列同一性:2つの核酸配列または2つのアミノ酸配列間の類似性は配列間の類似性の観点から表され、他の点では配列同一性と呼ばれる。配列同一性はパーセンテージ同一性または類似性または相同性の観点から測定されることが多く、パーセンテージが高くなるに従って、2つの配列の類似性も多くなる。SCBVエンハンサーエレメントの相同体などの、本明細書で言及されるまたは開示される配列の相同体は、標準法を使用して整列される場合は比較的高い程度の配列同一性を有することになる。比較のための配列の整列化の方法は当技術分野では周知である。様々なプログラムおよび整列化アルゴリズムが、SmithandWatermanNeedlemanandWunschPearsonandLipmanHigginsandSharpHigginsandSharpCorpetetalHuangetalおよびPearsonetalに記載されている。Altschuletalは、配列整列化法および相同性計算の詳細な検討を提示している。整列化ツールALIGNまたはLFASTAを使用して配列比較を実施し得る。ALIGNは全配列を互いに比較し、LFASTAは局所的類似性の領域を比較している。これらの整列化ツールおよびその指導書はインターネットのbiologyncsauiuceduで入手可能である。開示されている配列のオルソログまたはパラログさらに一般的には相同体は典型的には、デフォルトパラメータに設定されたALIGNを使用してそれが比較される配列との完全長整列化にわたって計測される75よりも大きな配列同一性を有することにより特徴付けられる。基準配列とのはるかに大きな類似性を有する配列は、この方法により評価される場合、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも92、少なくとも95、または少なくとも98配列同一性などの、パーセンテージ同一性が増加していくことになる。さらに、配列同一性は、開示された融合タンパク質の1つのまたは両方の結合ドメインの完全長にわたって比較することが可能である。そのような場合、パーセンテージ同一性は、完全長配列同一性について考察される同一性に基本的に類似することになる。全配列より著しく少ない配列が配列同一性について比較されている場合、相同体は典型的には、10~20アミノ酸の短いウィンドウにわたり少なくとも80の配列同一性を有することになり、基準配列とのその類似性に応じて、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95、または少なくとも99の配列同一性を有し得る。そのような短いウィンドウにわたる配列同一性は、LFASTAを使用して決定することが可能であり、方法はワールドワイドウェブアドレスbiologyncsauiuceduに見出すことができる。当業者であれば、これらの配列同一性の範囲は指導のためのみに提供され、提供された範囲外に分類される極めて重要な相同体が得られることが完全にあり得ることを認識するであろう。本開示は、上に記載されるペプチド相同体のみならず、そのような相同体をコードする核酸分子も提供する。2つの核酸分子は密接に関係していることを別に示すものは、前記2つの分子が厳密な条件下で互いにハイブリダイズすることである。厳密な条件は配列依存性であり、異なる環境パラメータ下では異なる。一般に、定義されたイオン強度およびpHで、特定の配列についての熱融点Tmよりも約5°Cから20°C低い厳密な条件が選択される。Tmは、標的配列の50が完全に適合するプローブとハイブリダイズする温度である定義されたイオン強度およびpH下で。核酸ハイブリダイゼーションの条件および厳密性の計算は、SambrooketalおよびTijssenに見出すことができる。厳密な条件下で開示されているSCBVエンハンサー配列にハイブリダイズする核酸分子は典型的には、65°C、0.2×SSC、0.1SDSの洗浄条件下で、全融合タンパク質コード配列、全結合ドメインまたは前記コード配列の他の選択された部分のいずれかに基づくプローブにハイブリダイズするであろう。高度な同一性を示さない核酸配列が、それにもかかわらず、遺伝コードの縮重により類似するアミノ酸配列をコードすることがある。この縮重を使用して核酸配列に変化を加えて、それぞれが実質的に同じタンパク質をコードする複数の核酸配列を作製することができることは理解されている。低分子干渉RNAsiRNA:DICER酵素動物においてまたはDCL酵素植物においてによりdsRNAからプロセシングされるおよそ21~25ヌクレオチドのRNA。最初のDICERまたはDCL産物は二本鎖であり、前記2本の鎖は典型的には21~25ヌクレオチド長であり、それぞれの3’末端に2つの不対塩基を含有する。前記二本鎖siRNA構造内の個々の鎖は分離され、次に典型的には、前記siRNAの1つがマルチサブユニット複合体であるRNAi-誘導サイレンシング複合体RISCと会合する。siRNAの典型的な機能は、塩基対相補性に基づいてRISCを標的まで導くことである。転写可能なポリヌクレオチド分子:RNA分子に転写されることができる任意のポリヌクレオチド分子。転写可能なポリヌクレオチド分子が、翻訳されてしたがってタンパク質産物として発現される機能的mRNA分子に転写されるように構築物を細胞内に導入するための方法は当業者には公知である。対象の特定のRNA分子の翻訳を阻害するために、アンチセンスRNA分子を発現することができる構築物も構築し得る。構築物および宿主細胞を調製し使用するための従来の組成物および方法は当業者には周知である。転写:DNA配列の相補的コピーとしてRNAポリメラーゼによりRNA分子を産生すること。転写終結領域:転写物の3’末端の形成を制御する配列。自己切断リボザイムおよびポリアデニル化配列は転写終結配列の例である。転写遺伝子サイレンシングTGS:遺伝子プロモーター領域および時にはコード領域と相同であるdsRNAの形成により引き起こされる現象。TGSにより、DNAおよびヒストンメチル化ならびにクロマチン再構築が生じ、それによってRNA分解ではなく転写阻害が引き起こされる。TGSもPTGSもdsRNAに依存しており、dsRNAは低分子21~25ヌクレオチド干渉RNAに切断される。トランスジェニック:この用語は、普通このタイプ/種の実体には見出されることはなく、人的操作により問題の実体にまたは前記実体の前駆体に導入されている組換え遺伝物質すなわち、異種遺伝物質を含有する植物/真菌/細胞/他の実体または生物を指す。したがって、形質転換により組換えDNAを導入される植物細胞形質転換された植物細胞から栽培される植物はトランスジェニック植物であり、性的であれ無性生殖的に生産されるのであれ導入されたトランス遺伝子を含有する植物のすべての子孫も同じである。形質転換:異種DNAがレシピエント細胞に入りそれを変化させるプロセス。形質転換は、天然の条件下でまたは当技術分野で周知の様々な方法を使用する人為的条件下で起きてもよい。形質転換は外来核酸配列を原核または真核宿主細胞に挿入するための任意の公知の方法に頼ってもよい。方法の選択は形質転換される宿主細胞に影響され、ウイルス感染、電気穿孔、リポフェクションおよび微粒子銃が含まれ得るが、これらに限定されない。形質転換された:形質転換細胞は、分子生物学技法により核酸分子を導入されている細胞である。形質転換細胞には、挿入されたDNAが自律的に複製するプラスミドとしてまたは宿主染色体の一部として複製することができる安定的に形質転換された細胞が含まれる。形質転換細胞には、限られた期間挿入されたDNAまたはRNAを一過性に発現する細胞も含まれる。本明細書で使用されるように、形質転換という用語は、ウイルスベクターを用いるトランスフェクション、プラスミドベクターを用いた形質転換ならびに電気穿孔、リポフェクションおよび微粒子銃加速による裸のDNAの導入を含む、核酸分子をそのような細胞に導入し得るあらゆる技法を包含する。トランスポゾン:位置を移動させるまたは遺伝子、染色体もしくはゲノム内を移動することができるDNAまたはRNA配列などのヌクレオチド配列。トランスジェニック植物:その核ゲノムまたはオルガネラゲノム内に挿入された外来異種ヌクレオチド配列を含有する植物。トランスジーン:形質転換技法により宿主細胞単数または複数内に挿入される核酸配列。ベクター:宿主細胞に導入され、それによって形質転換宿主細胞を作製する核酸分子。ベクターは、複製起点などの、宿主細胞においてベクターを複製させる核酸配列を含み得る。ベクターは、1つまたは複数の治療遺伝子および/または選択可能マーカー遺伝子ならびに当技術分野で公知の他の遺伝子エレメントも含み得る。ベクターは、細胞を形質導入する、形質転換するまたは感染し、それによって前記細胞に固有の核酸および/またはタンパク質以外の核酸および/またはタンパク質を発現させることができる。ベクターは、任意選択で、ウイルス粒子、リポソーム、タンパク質コーティングまたは同種のものなどの、核酸の細胞への侵入を達成するのを支援する物質を含む。他の方法で説明されていなければ、本明細書で使用されるすべての専門用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般的に理解されているのと同じ意味を有する。単数語a、anおよびtheは、文脈が他の方法で明白に示していなければ、複数の指示対象を含む。同様に、語またはは、文脈が他の方法で明白に示していなければ、およびを含むことが意図されている。したがって、AまたはBを含むは、AまたはBまたはAおよびBを含むことを意味する。核酸またはポリペプチドについて与えられるすべての塩基サイズまたはアミノ酸サイズおよびすべての分子量または分子質量値は近似であり、記載のために提供されていることはさらに理解されるべきである。本明細書に記載される方法および材料に類似するまたは等価である方法および材料を本発明の実施または試験において使用することが可能であるが、適切な方法および材料は下に記載されている。本明細書で言及されるすべての出版物、特許出願、特許および他の参考文献は、参照によりその全体を組み込まれる。対立する場合は、用語の説明を含む本明細書が支配することになる。さらに、材料、方法および実施例は一例にすぎず、限定することを意図するものではない。III.いくつかの実施形態の概要本開示は、エンハンサードメインおよび前記エンハンサードメインの増強する制御下で転写調節ドメインを含む新規の転写開始領域を説明する。前記エンハンサードメインは、天然であるがこれまで認識されていなかった直列に配置されたSCBVエンハンサーの複数たとえば、2個から4個またはそれよりも多いのコピーを含む。本開示の転写調節領域プロモーターは、前記エンハンサードメインの非存在のプロモーターと比べた場合、増強された転写を与える。一実施形態では、配列番号1の337位から618位に示されるSCBVエンハンサーエレメントまたはその相同体の1つまたは複数のコピー、ならびにそれに作動可能に連結して、RNAポリメラーゼ結合部位およびmRNA開始部位を含むプロモーターを含むキメラ転写調節領域であって、対象のヌクレオチド配列が前記キメラ転写調節領域の調節制御下で転写される場合、転写産物の量が、前記プロモーターは含むが前記SCBVエンハンサー配列複数可は含まないキメラ転写調節領域を用いて得られる転写産物の量と比べて、増強されている前記キメラ転写調節領域が開示される。一部の実施形態では、前記キメラ転写調節領域は、植物ウイルス遺伝子、細菌遺伝子、真菌遺伝子、植物核遺伝子、植物核外遺伝子、無脊椎動物遺伝子または脊椎動物遺伝子の上流領域から得られるプロモーターを含む。記載された転写調節領域および転写されるDNA配列を含むDNA構築物も提供される。一部の実施形態では、3’転写終結ポリヌクレオチド分子に作動可能に連結した転写可能なポリヌクレオチド分子に作動可能に連結した転写開始領域を含むDNA構築物が開示される。一実施形態では、転写可能なポリヌクレオチド分子は前記分子が発現される植物に農業形質を与える。トランスジェニック植物も提供される。一実施形態では、トランスジェニック植物は開示されたDNA構築物で安定的に形質転換される。一部の実施形態では、トランスジェニック植物は双子葉植物である。他の実施形態では、トランスジェニック植物は単子葉植物である。一特定の実施形態では、トランスジェニック植物はトウモロコシ植物である。開示されたトランスジェニック植物の種子がさらに提供される。一実施形態では、前記種子は開示されたDNA構築物を含む。トランスジェニック植物細胞または組織がさらに提供される。一実施形態では、トランスジェニック植物細胞または組織は、開示されたキメラ転写調節領域を含む。一部の実施形態では、前記植物細胞または組織は双子葉植物由来である。他の実施形態では、前記植物細胞または組織は単子葉植物由来である。一特定の実施形態では、前記植物細胞または組織はトウモロコシ植物由来である。開示されたトランスジェニック植物、植物細胞、種子または組織を生産する方法も提供される。一部の実施形態では、前記方法は、開示されたDNA構築物で植物細胞または組織を形質転換することを含む。開示されたトランスジェニック植物から導出することが可能な植物細胞、果実、葉、根、苗条、花、種子、挿し木および有性または無性繁殖において有用な他の生殖材料、F1雑種を含む子孫植物、雄性不稔植物ならびに他のあらゆる植物および植物産物も提供される。配列番号1の337位から618位に示されるSCBVエンハンサーエレメントの1つまたは複数のコピーを含むトウモロコシ植物細胞、組織または苗木も開示される。一実施形態では、トウモロコシ植物細胞、組織または苗木は、配列番号1の337位から618位に示されるSCBVエンハンサーエレメントの1つまたは複数のコピーであって、前記トウモロコシ植物細胞、組織または苗木のゲノムに無作為な位置で挿入されるSCBVエンハンサーエレメントの前記1つまたは複数のコピーを含む。一部の実施形態では、SCBVエンハンサーは、SCBVエンハンサーが非存在の対象のヌクレオチド配列の転写と比べた場合、SCBVエンハンサーの調節制御下にある対象のヌクレオチド配列の増強された転写を与える。IV.SCBVエンハンサーおよびその使用本開示は、そのエンハンサーが、転写効率を増強して前記エンハンサーの制御下でのDNA配列の転写を増強するのに有用である、サトウキビ桿状バドナウイルスSCBVゲノム由来のこれまで認識されていなかったエンハンサー領域を提供する。特に興味深いのは、宿主と同じ遺伝子起源でも外来起源でもよく、天然に存在する配列センスとアンチセンス配向の両方においてでも合成的に調製された配列でもよい遺伝子配列の増強された転写である。主題のエンハンサーは、これまで認識されていなかった天然のSCBVエンハンサードメインその配列は配列番号1の337位から618位に提供されているの2つまたはそれよりも多いコピーのうちの多数を含む。前記エンハンサーは、エンハンサードメイン配列の少なくとも2つのコピーを含み、一部の実施形態では、直列に配置された3つまたは4つまたはさらに多くのコピーを含む。相同なエンハンサーも企図されている。いかなる点でも限定されることを意図せずに、代表的な相同配列は、他のSCBVプロモーター由来の、たとえば、BraithwaiteetalPlantCellRep23319326、2004;参照によりその全体を本明細書に組み込まれるにまたは米国特許第5994123号参照によりその全体を本明細書に組み込まれるに記載される単離物などの異なるSCBV単離物由来の配列を含み得る。天然のエンハンサーは、それ本来の環境においてプロモーターの上流でありプロモーターから約600bp内にあるDNA配列を含む。mRNAの開始ヌクレオチドを0とすると、エンハンサーを含有する配列は、約-50から約-1000bp、通常は、約-50から-950bpであり、一般には約-100から-800bpを含む。エンハンサードメインはシス作用性であり、望ましくは増強される転写開始配列から約10000bp、通常は約2000bp内に位置しており、さらに通常では約1000bpに隣接するまたはその内部に位置している。エンハンサーは、転写開始配列に対してどちらの配向でもよく、そのエンハンサーが増強するプロモーターに対して上流または下流に位置することが可能であるが、通常は上流にある。本開示のエンハンサードメインは、天然には、たとえば、シス位置のエンハンサーの制御下に見出されるプロモーター隣接していて相同である、ならびに通常は特定のエンハンサーと関連していないプロモーターたとえば、異種のを含む、多種多様な開始配列と一緒に使用法が見つかる。エンハンサードメインと転写開始ドメインは、同じまたは異なる界、科または種由来でもよい。対象の種には、細菌、植物、昆虫、哺乳動物等などの原核生物および真核生物が含まれる。組合せには、記載されたSCBVウイルスエンハンサードメイン複数可とSCBVたとえば、サトウキビ由来の宿主、別の植物種たとえば、同じまたは異なる科の、昆虫、脊椎動物、細菌、真菌その他の構造遺伝子の転写開始領域が含まれる。本開示は、主題の転写開始領域および転写開始領域の制御下で、転写されるDNA配列を含むDNA構築物も企図している。前記DNA配列は、転写された5’と3’隣接領域を含む天然のオープンリーディングフレームを含んでいてもよい。代わりに、前記DNA配列は、RNA分子またはその一部の相補体をコードしている点でアンチセンス配列を含み得る。構築物がタンパク質をコードするオープンリーディングフレームORFを含んでいる場合、増強された転写開始速度が得られ、通常は遺伝子のポリペプチド発現産物の量が増加する。構築物がアンチセンス配列を含む場合、野生型に相補的なRNAの転写が増強されると野生型mRNAの発現が抑制され、それによってポリペプチド発現産物の量は減少する。問題の野生型mRNAは、宿主細胞の天然mRNAまたはウイルスもしくは真菌などの病原体のmRNAに一致し得ることが企図されている。様々な実施形態では、転写されるDNA配列には、遺伝子のタンパク質コード配列複数可たとえば、植物、動物、細菌、ウイルスまたは真菌由来のが含まれ、この配列には、タンパク質産物をコードする天然のオープンリーディングフレーム複数可、遺伝子によりコードされるmRNA由来の相補的DNAcDNA配列、目的のコード配列複数可を与える合成DNA、エクソンライゲーションにより産生されるオープンリーディングフレーム複数可などの天然の遺伝子のエクソン由来のタンパク質コード配列複数可、および/またはそれらの任意の2つもしくはそれよりも多い組合せが含まれ得る。これらの配列に結合しているのは、適切な転写終結/ポリアデニル化配列;一次RNA産物をコードしエクソンとイントロンからなる天然の遺伝子由来のたとえば、植物、動物、細菌、ウイルスまたは真菌由来の配列たとえば、真核生物の天然のポリメラーゼIIおよびポリメラーゼIII転写される遺伝子;特定のRNAまたはタンパク質産物をコードする合成DNA配列;変異誘発たとえば、部位特異的変異誘発および/もしくは他の遺伝子工学技術により既知のコード配列たとえば、天然の遺伝子配列から改変されるDNAの配列;融合タンパク質をコードするキメラを含む、DNA断片のライゲーションにより達成される上記のいずれかのキメラ;ならびに/またはRNA分子の相補体またはその部分をコードするDNA配列である。植物における増強された転写は、植物に特徴的なタンパク質内在性の、すなわち通常、野生型宿主に見出されるまたは他の遺伝子供給源由来のタンパク質外来性の、すなわち通常は野生型宿主に見出されないの産生を増強するのに使用法を見出し得る。本明細書に記載されるエンハンサーおよびキメラ転写調節領域から発現される類の配列の例には、アンチセンスまたは低分子量阻害性RNA遺伝子抑制のために;栄養的に重要なタンパク質;成長促進因子;ある種の環境条件下で植物に保護を与えるタンパク質、たとえば、金属、塩または他の毒性に対する抵抗性を与えるタンパク質;極端な温度、凍結等に対する耐性を与えるストレス関連タンパク質;植物に有害生物または感染関連保護を与えるタンパク質、たとえば、細菌、真菌もしくは他の微生物感染に対する抵抗性、または昆虫による捕食に対するたとえば、バチルスチューリンゲンシス毒素または他の無脊椎もしくは脊椎動物に対する抵抗性を与えるタンパク質;植物の外で医学的に重要な化合物、たとえば、抗微生物、抗腫瘍、等;特定の商業的価値のあるタンパク質または他の化合物;増加したレベルのタンパク質、たとえば、代謝経路たとえば、ポリフェノール化合物または他の二次代謝産物の生成のための経路の酵素;植物宿主にとり構造的価値のある増加したレベルの産物、その他が含まれる。転写される対象の配列は、少なくとも約8bp、少なくとも約12bp、少なくとも約20bpになり、1または複数のキロ塩基対kbp長であってもよい。V.構築物本開示の構築物は典型的には、プロモーター通常は少なくともRNAポリメラーゼ結合部位およびmRNA開始部位を含有するに作動可能に連結した提供されるSCBVエンハンサーエレメントの1つまたは複数のコピーを含むキメラ転写調節領域であって、3’転写終結ポリヌクレオチド分子に作動可能に連結した転写可能なポリヌクレオチド分子に作動可能に連結している前記キメラ転写調節領域を含有する。さらに、構築物は、植物遺伝子の3’非翻訳領域3’UTRたとえば、ジャガイモのPI-II終結領域またはオクトピンもしくはノパリンシンターゼ3’終結領域などのmRNAのmRNA安定性を増加させる3’UTR由来の追加の調節ポリヌクレオチド分子を含んでもよいがこれに限定されない。構築物は、翻訳開始において重要な役割を果たすことができ、植物発現構築物における遺伝子成分にもなれるmRNAポリヌクレオチド分子の5’非翻訳領域5’UTRを含んでもよいがこれに限定されない。たとえば、熱ショックタンパク質遺伝子由来の非翻訳5’リーダーポリヌクレオチド分子は、植物において遺伝子発現を増強することが実証されているたとえば、米国特許第5659122号および米国特許第5362865号参照。これら特許文献はそれぞれが参照によりその全体を組み込まれる。構築物に存在するそのような追加の上流および下流調節ポリヌクレオチド分子は、構築物上に存在するその他のエレメントに対して生来であるまたは異種である供給源由来であってもよい。したがって、一実施形態は、前記構築物を植物細胞に導入すると前記転写可能なポリヌクレオチド分子の転写を、目的のレベルでおよび/または目的の組織もしくは発生パターンで指示するように、転写可能なポリヌクレオチド分子に作動可能に連結したプロモーターに作動可能に連結した配列番号1の337位から618位に示されるSCBVエンハンサーエレメントまたはその相同体の1つまたは複数のコピーたとえば、2、3、4またはそれよりも多いコピーをそれ自体が含むキメラ転写調節領域を含む構築物である。一部の例における転写可能なポリヌクレオチド分子は、遺伝子のタンパク質コード領域を含み、キメラ転写調節領域は、翻訳されタンパク質産物として発現される機能的mRNA分子の構築物からの転写を与える。別の実施形態では、転写可能なポリヌクレオチド分子は、遺伝子のアンチセンス領域を含み、キメラ転写調節領域は、標的宿主細胞において対象の特定のRNA分子の発現を阻害するために、アンチセンスRNA分子または他の類似の阻害性RNAの転写に影響を与える。本開示のさらに多くの例となる構築物には、アグロバクテリウム細胞により与えられるトランスファー分子と共に、T-DNAの植物細胞のゲノムへの組込みを可能にする、T-DNAを含むアグロバクテリウムツメファシエンスから単離されたTiプラスミドの右境界RBまたはAGRtuRBおよび左境界LBまたはAGRtuLB領域を有する二重Tiプラスミド境界DNA構築物が含まれる。前記構築物は、細菌細胞において複製機能および抗生物質選択を与えるプラスミド骨格DNAセグメント、たとえば、ori322などの大腸菌複製起点、oriVまたはoriRiなどの広域宿主複製起点、およびスペクチノマイシンもしくはストレプトマイシンに対する耐性を与えるTn7アミノグリコシドアデニルトランスフェラーゼaadAをコードするSpec/Strpなどの選択可能マーカーまたはゲンタマイシンGm、Gent選択可能マーカー遺伝子のコード領域を含有してもよい。植物形質転換では、代表的な宿主細菌株には、アグロバクテリウムツメファシエンスABI、C58またはLBA4404が含まれるが、植物形質転換の分野の当業者には公知の他の株を使用することが可能である。少なくとも1つのSCBVエンハンサーエレメント任意選択で、キメラ転写調節領域という文脈においてを含み、活性化タギング構築物である構築物も企図されている。活性化タギングは、遺伝子がゲノム全域にわたる規模で無作為に強力に上方調節され、その後特定の表現型についてスクリーニングされて選択される方法である。様々な種類の活性化タギング構築物に有用な成分が知られており、たとえば、Waldenetal、PlantMolBiol2615218、1994タバコ細胞培養において遺伝子を活性化して、植物成長ホルモンの非存在下で細胞を増殖させるのに使用される活性化T-DNAタギング構築物を記載しているMiklashevichsetal、PlantJ1248998、1997Harlingetal、EMBOJ16585566、1997Waldenetal、EMBOJ13472936、1994T-DNAタグに隣接している植物ゲノム配列から単離され、植物成長ホルモン応答に関与していると推定される遺伝子の報告Schelletal、TrendsPlantSci3130、1998一群の関連研究の調査を考察しているKardailskyetal、Science28619621965、1999活性化T-DNAタギングおよび初期顕花表現型についての植物のスクリーニングを記載しているKonczetal、ProcNatlAcadSciUSA86846771、1989増殖している細胞においてのみ活性であり、その発現に影響を与えるためには植物遺伝子に直接隣接して挿入しなければならないアグロバクテリウム遺伝子5プロモーターpg5を使用する活性化タギングを記載しているWilsonetal、PlantCell8659671、1996CaMV35Sプロモーターおよびnos::hpt選択カセットを担持している改変されたDsトランスポゾンを利用する活性化タギングおよびSchafferetal、Cell9312191229、1998隣接する植物遺伝子を上方調節して、優性機能獲得型変異1996を生じるのに使用される同じシステムを例示しているおよびWeigeletal、PlantPhysiology、12210031013、2000形態的表現型について何万個もの形質転換された植物をスクリーニングするのに有用な活性化タギングベクターを例示しているを参照されたい。VI.転写増強のためのヌクレオチド配列本明細書に提供される構築物への組込みによる転写増強のための例となる転写可能なポリヌクレオチド分子には、たとえば、同じ種と一緒に生じまたは同じ種に存在するが、古典的な繁殖または育種法ではなく遺伝子操作法によりレシピエント細胞に組み込まれる標的種または遺伝子以外の種由来のポリヌクレオチド分子または遺伝子が含まれる。前記種類のポリヌクレオチド分子は、標的植物細胞に既に存在しているポリヌクレオチド分子、別の植物由来のポリヌクレオチド分子、異なる生物由来のポリヌクレオチド分子、あるいは遺伝子のアンチセンスメッセージを含有するポリヌクレオチド分子または人為的に、合成的にもしくは他の方法で改変されたトランスジーンをコードするポリヌクレオチド分子などの外部的に作製されたポリヌクレオチド分子を含むことができるが、これらに限定されない。一実施形態では、配列番号1の337位から618位に示されるポリヌクレオチド分子またはその2つもしくはそれよりも多いコピーたとえば、キメラ転写開始領域という文脈においては、記載されたSCBVエンハンサー配列または一連の2つもしくはそれよりも多いそのような配列が農学的に興味深い遺伝子または他の発現配列さらに一般的には、対象のヌクレオチド配列である転写可能なポリヌクレオチド分子に作動可能に連結するように、構築物に組み込まれる。本明細書で使用されるように、用語農学的に興味深い遺伝子は、植物形態、生理機能、成長と発達、収量、栄養増強、疾病または有害生物抵抗性、または環境もしくは薬剤耐性に関連する望ましい特徴を与える遺伝子を含むが、これに限定されない転写可能なポリヌクレオチド分子を指す。農学的に興味深い遺伝子の発現は、たとえば、農業的に重要な形質を与えるために望ましい。作物植物に有益な農業形質を与える農学的に興味深い遺伝子は、たとえば、遺伝子を発現する植物に、除草剤抵抗性たとえば、米国特許第6803501号、米国特許第6448476号、米国特許第6248876号、米国特許第6225114号、米国特許第6107549号、米国特許第5886775号、米国特許第5804425号、米国特許第5633435号、米国特許第5463175号、および米国特許出願公開第2003/0135879号および米国特許出願公開第2003/0115626号参照、増収たとえば、米国特許第USRE38446号、米国特許第6716474号、米国特許第6663906号、米国特許第6476295号、米国特許第6441277号、米国特許第6423828号、米国特許第6399330号、米国特許第6372211号、米国特許第6235971号、米国特許第6222098号、米国特許第5716837号参照、昆虫防除たとえば、米国特許第6809078号、米国特許第6713063号、米国特許第6686452号、米国特許第6657046号、米国特許第6645497号、米国特許第6642030号、米国特許第6639054号、米国特許第6620988号、米国特許第6593293号、米国特許第6555655号、米国特許第6538109号、米国特許第6537756号、米国特許第6521442号、米国特許第6501009号、米国特許第6468523号、米国特許第6326351号、米国特許第6313378号、米国特許第6284949号、米国特許第6281016号、米国特許第6248536号、米国特許第6242241号、米国特許第6221649号、米国特許第6177615号、米国特許第6156573号、米国特許第6153814号、米国特許第6110464号、米国特許第6093695号、米国特許第6063756号、米国特許第6063597号、米国特許第6023013号、米国特許第5959091号、米国特許第5942664号、米国特許第5942658号、米国特許第5880275号、米国特許第5763245号、米国特許第5763241号参照、真菌病抵抗性たとえば、米国特許第6653280号、米国特許第6573361号、米国特許第6506962号、米国特許第6316407号、米国特許第6215048号、米国特許第5516671号、米国特許第5773696号、米国特許第6121436号、米国特許第6316407号、米国特許第6506962号参照、ウイルス抵抗性たとえば、米国特許第6617496号、米国特許第6608241号、米国特許第6015940号、米国特許第6013864号、米国特許第5850023号、米国特許第5304730号参照、線虫抵抗性たとえば、米国特許第6228992号参照、細菌病抵抗性たとえば、米国特許第5516671号参照、植物の成長と発達たとえば、米国特許第6723897号、米国特許第6518488号参照、デンプン生産たとえば、米国特許第6538181号、米国特許第6538179号、米国特許第6538178号、米国特許第5750876号、米国特許第6476295号参照、改変された油生産たとえば、米国特許第6444876号、米国特許第6426447号、米国特許第6380462号参照、高い油生産たとえば、米国特許第6495739号、米国特許第5608149号、米国特許第6483008号、米国特許第6476295号参照、改変された脂肪酸含有量たとえば、米国特許第6828475号、米国特許第6822141号、米国特許第6770465号、米国特許第6706950号、米国特許第6660849号、米国特許第6596538号、米国特許第6589767号、米国特許第6537750号、米国特許第6489461号、米国特許第6459018号参照、繊維生産たとえば、米国特許第6576818号、米国特許第6271443号、米国特許第5981834号、米国特許第5869720号参照、高いタンパク質生産たとえば、米国特許第6380466号参照、果実成熟たとえば、米国特許第5512466号参照、改良された消化性たとえば、米国特許第6531648号参照、改良された風味たとえば、米国特許第6011199号参照、低いラフィノースたとえば、米国特許第6166292号参照、増強された動物および/またはヒト栄養たとえば、米国特許第6723837号、米国特許第6653530号、米国特許第6541259号、米国特許第5985605号、米国特許第6171640号参照、環境ストレス抵抗性たとえば、米国特許第6072103号参照、望ましいペプチドたとえば、製薬または分泌可能なペプチドたとえば、米国特許第6812379号、米国特許第6774283号、米国特許第6140075号、米国特許第6080560号参照、改良された加工特質たとえば、米国特許第6476295号参照、工業用酵素生産たとえば、米国特許第5543576号参照、窒素固定たとえば、米国特許第5229114号参照、雑種種子生産たとえば、米国特許第5689041号参照、生体高分子たとえば、米国特許第USRE37543号、米国特許第6228623号、米国特許第5958745号および米国特許出願公開第2003/0028917号参照およびバイオ燃料生産たとえば、米国特許第5998700号参照を与える1つまたは複数の配列であってもよい。上に収載される特許および公開された出願に記載される遺伝子エレメント、方法およびトランスジーンは参照により本明細書に組み込まれる。代わりに、転写可能なポリヌクレオチド分子は、内在性遺伝子の発現の標的阻害を引き起こすアンチセンスまたはRNA分子をコードすることにより、たとえば、アンチセンス、阻害性RNARNAiまたは同時抑制媒介機構を介して上記のまたは他の植物特徴または表現型に影響を与えることができる。前記RNAは、目的の内在性mRNA産物を切断するよう操作された触媒RNA分子リボザイムであってもよい。したがって、対象の表現型、生化学的または形態変化に影響を与える転写されるRNA分子をコードする任意の転写可能なポリヌクレオチド分子は、本明細書に提供される配列および構築物により可能になる転写増強から利益を得ることができる。記載されたSCBVエンハンサーまたはその1つもしくは複数のコピーを含むキメラ転写調節領域は、1つまたは複数のマーカー遺伝子その発現についてスクリーニングするまたはある方法で点数化することができる任意の転写可能なポリヌクレオチド分子と一緒に構築物に組み込み、一過性のまたは安定した植物解析において試験し、安定したトランスジェニック植物における調節エレメントの遺伝子発現パターンの指標を与えることが可能である。そのような実施形態の実行において使用するためのマーカー遺伝子には、βグルクロニダーゼ米国特許第5599670号に記載されるGUSおよび緑色蛍光タンパク質米国特許第5491084号および米国特許第6146826号に記載されるGFP、抗生物質耐性を与えるタンパク質、または除草剤耐性を与えるタンパク質をコードする転写可能なポリヌクレオチド分子が含まれるが、これに限定されない。カナマイシンnptII、ハイグロマイシンBaphIV、ストレプトマイシンまたはスペクチノマイシンaad、spec/strepおよびゲンタマイシンaac3およびaacC4に対する耐性を与えるコードタンパク質を含む、有用な抗生物質耐性マーカーは、当技術分野では公知である。トランスジェニック植物耐性が実証され、本発明の方法を提供することが可能な除草剤には、グリホサート、グルホシネート、スルホニル尿素、イミダゾリノン、ブロモキシニル、デラポン、シクロヘキサンジオン、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ阻害剤、およびイソキサスフルトール除草剤が含まれるが、これらに限定されない。除草剤耐性に関与するタンパク質をコードするポリヌクレオチド分子は、当技術分野では公知であり、5-エノールピルビルシキミ酸-3-リン酸シンターゼをコードするポリヌクレオチド分子米国特許第5627061号、米国特許第5633435号、米国特許第6040497号に記載されるEPSPSおよびグリホサート耐性については米国特許第5094945号に;グリホサートオキシドレダクターゼおよびグリホサート-N-アセチルトランスフェラーゼをコードするポリヌクレオチド米国特許第5463175号に記載されるGOXおよび米国特許出願公開第2003/0083480号に記載されるGAT;ブロモキシニルニトリラーゼをコードするポリヌクレオチド分子ブロモキシニル耐性について米国特許第4810648号に記載されるBxn;ノルフルラゾン耐性についてMisawaetalおよびMisawaetalに記載されるフィトエンデサチュラーゼcrtIをコードするポリヌクレオチド分子;スルホニル尿素除草剤に対する耐性についてSathasiivanetalに記載されるアセトヒドロキシ酸シンターゼAHAS、別名ALSをコードするポリヌクレオチド分子;ジカンバ分解オキシゲナーゼ酵素をコードするポリヌクレオチド分子ジカンバ耐性について米国特許出願公開第2003/0135879号および米国特許出願公開第2003/0115626号に記載される;ならびにグルホシネートおよびビアラホス耐性についてDeBlocketalに記載されるbar遺伝子が含まれるが、これらに限定されない。本開示の調節エレメントは、ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ、グリホサート耐性EPSPS、アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ、ヒドロキシフェニルピルビン酸デヒドロゲナーゼ、ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ、ダラポンデハロゲナーゼ、ブロモキシニル耐性ニトリラーゼ、アントラニル酸シンターゼ、グリホサートオキシドレダクターゼおよびグリホサート-N-アセチルトランスフェラーゼをコードする転写可能なポリヌクレオチド分子を発現することができる。対象のマーカー遺伝子または他のヌクレオチド配列に作動可能に連結した少なくとも1つのSCBVエンハンサーたとえば、キメラ転写調節領域という文脈においてを含有する構築物は、組織に送達し得たとえば、形質転換される、前記組織は、転写されているマーカーまたは配列に応じて、適切な機構により分析し得る。そのような定量的または定性的分析は、安定した植物において農業的に興味深い遺伝子に作動可能に連結した場合、調節エレメントの潜在的発現プロファイルを評価するためのツールとして使用し得る。マーカー遺伝子は一過性アッセイにおいて使用することが可能であり、一過性アッセイにおいてマーカー遺伝子発現に対する試験法は当業者には公知である。マーカー遺伝子の一過性発現は、様々な植物、組織およびDNA送達システムを使用して報告されている。たとえば、一過性分析システムには、対象の任意の植物種を使用する任意の一過性植物アッセイにおいて組織の電気穿孔または微粒子銃を介した直接遺伝子送達が含まれるが、これに限定されない。そのような一過性システムは、様々な組織供給源由来のプロトプラストの電気穿孔または対象の特定の組織の微粒子銃が含まれると考えられるが、これらに限定されない。本開示は、マーカー遺伝子または農業的に興味深い遺伝子を含むが、これらに限定されない任意の転写可能なポリヌクレオチド分子に作動可能に連結した調節エレメントを評価するための任意の一過性発現システムの使用を包含する。適切な送達システムを介したトランジエントにおいて試験することを想定される植物組織の例には、葉脚組織、カルス、子葉、根、胚乳、胚、花組織、花粉、および表皮組織が含まれると考えられるが、これらに限定されない。VII.植物形質転換本明細書に記載されているなどのエンハンサーエレメントまたはその複数のコピーまたはキメラ転写調節領域を含有する植物形質転換構築物は、任意の植物形質転換法を使用して植物に導入し得る。本発明の実施に際して植物発現構築物を植物ゲノムに導入することにより植物を形質転換するための方法および材料は、電気穿孔たとえば、米国特許第5384253号、微粒子銃たとえば、米国特許第5015580号、米国特許第5550318号、米国特許第5538880号、米国特許第6160208号、米国特許第6399861号、および米国特許第6403865号、アグロバクテリウム媒介形質転換たとえば、米国特許第5824877号、米国特許第5591616号、米国特許第5981840号、および米国特許第6384301号、およびプロトプラスト形質転換たとえば、米国特許第5508184号を含む、周知の実証された方法のいずれでも含むことができる。いくつかの形質転換方法論は、任意の数の対象の標的作物由来の安定したトランスジェニック植物の生産のために使用し改変することが可能であることは当業者には明らかであろう。双子葉植物を形質転換するための特定の方法は当業者には公知である。例として、形質転換および植物体再生法は、ワタ、ダイズ豆、ピーナッツおよびアブラナ属のメンバーを含むが、これらに限定されないいくつかの作物について記載されている。同様に、単子葉植物を形質転換するための特定の方法も当業者には公知である。例として、オオムギ;トウモロコシ;カラスムギ;オーチャードグラス;イネ;モロコシ;サトウキビ;トールフェスク;芝生種たとえば、コヌカグサ、ナガハグサ、イヌシバ;コムギ;およびアルファルファを含むが、これらに限定されないいくつかの作物について記載されている。形質転換された植物は、対象の遺伝子複数可の存在ならびに本明細書に記載されるキメラ転写調節領域により与えられる発現レベルおよび/またはプロファイルについて分析され得る。形質転換された植物の分析のために、多数の方法が当業者は利用可能である。たとえば、植物分析のための方法には、サザンおよびノーザンブロット分析、PCRベースまたは他の核酸増幅ベースのアプローチ、生化学分析、表現型スクリーニング法、現地評価、ならびに免疫診断アッセイたとえば、タンパク質の検出、局在化、および/または定量化が含まれる。記載されたSCBVエンハンサーを使用する遺伝子の増強された発現はトウモロコシにおいて実証されているが、前記エンハンサーは、おそらく単子葉植物だけでなく双子葉植物も含む他の植物種において機能すると予想される。SCBV上流領域の4コピーを有するエンハンサーエレメントは、本明細書で研究された組合せのなかで最も高いレベルの発現を提供した。前記上流領域のもっと少ないまたはもっと多いコピーならびに他の供給源由来のエンハンサーエレメントとの組合せも、遺伝子発現を調節するのに利点を与えることができるであろう。同じ活性化因子、構築物およびアプローチは、そのゲノム配列が入手可能であるまたは進行中であるためにその遺伝子を同定し得るモロコシ、コムギ、オオムギ、アワ、サトウキビ、ミスカンザスギガンテウスを含む、もしくは将来のゲノム塩基配列決定努力もしくは染色体シンテニーによりその活性化された遺伝子を同定し得るカラスムギ、ライムギ、トウジンビエ、シコクビエ、野生キビ、テフキビを含む他の作物種に、またはそのゲノム配列が入手可能であるまたは進行中であるセイヨウヤマカモジ、エノコログサを含むモデル草種に有用になり得る。以下の実施例はある種の特定の特長および/または実施形態を説明するために提供される。これらの実施例は、本発明を記載される特定の特長または実施形態に限定すると解釈されるべきではない。サトウキビ桿状ウイルスSCBVプロモーターのエンハンサーエレメントを含む配列の同定この実施例は、SCBVプロモーターエンハンサーエレメントを含む配列の同定を実証する。SCBVジェンバンク受託番号AJ277091およびGeijskesetal、ArchVirol、14723932404、2002により記載されるのゲノム由来のプロモーター断片は、最初に、プロモーター配列のどの領域がエンハンサーエレメント配列を含有するのかを決定するための一過性発現アッセイにより調べられた。プロモーター分析研究では、転写開始部位1位と定義されるから-839から106bpプラスミドpSCBV839、-576から106bpプラスミドpSCBV576、および-333から106bpプラスミドpSCBV333の配列を含有するSCBVプロモーター配列番号1由来の断片はホタルルシフェラーゼLUCレポータータンパク質のコード領域の上流にクローニングされた。転写は、1コピーのノパリンシンターゼNos3’UTR領域ジェンバンク受託番号V00087.1の塩基1847から2103この塩基配列はこれによって参照によりその全体を組み込まれる、および図1に開示されているにより終結された。これらの構築物の一過性転写活性は、トウモロコシHi-II懸濁細胞への微粒子銃により細胞を形質転換し下の実施例2において詳細に記載されている、LUCレポーター遺伝子の活性をモニターすることにより試験された。ルシフェラーゼ活性は、SCBV:LUC構築物を含有するプラスミドDNAおよびGUSベータグルクロニダーゼコード領域の発現を推進し、トウモロコシPer53’UTR終結因子米国特許第6699984号に開示されている。この特許文献はこれによって参照によりその全体を組み込まれている;たとえば、構築物ubi1:GUSにより終結される、トウモロコシユビキチン1ubi1遺伝子プロモーター米国特許第5510474号に開示されている。この特許文献はこれによって参照によりその全体を組み込まれている;基本的にジェンバンク受託番号S94464.1の塩基7から1990であり、この塩基配列はこれによって参照によりその全体を組み込まれているからなる構築物を宿す基準プラスミドのDNAを当モル量用いて同時形質転換することによりそれぞれの実験において正規化された。照射の2日後、全タンパク質は形質転換された細胞から単離され、LUC酵素活性ルシフェラーゼ単位LU/mgタンパク質で表されるおよびGUS酵素活性GUS活性単位GU/μgタンパク質で表されるは、たとえば、に見出される方法により測定された。これら3種のSCBV:LUC構築物における試験プロモーターの相対活性は、LUCレベルをLU/mgタンパク質対GU/μgタンパク質の比としてGUSレベルに正規化することにより比較された。一過性試験結果によれば、LUC活性は照射されたプラスミドDNAの濃度の増加と共に直線的に増加することが示され、LUC活性が転写物レベルと相関していることを示していた。さらに、転写開始部位の-576bp上流から106下流までの配列を含有するSCBVプロモーター断片は、完全長プロモーター断片ここでは、開始部位の-839bp上流から106下流までの配列を含有すると定義されたの活性の66±2を有していた。これとは対照的に、転写開始部位の-333bp上流から106下流までの配列を含有するプロモーター断片は、完全長プロモーターの活性の17±1のみを有していた。したがって、SCBVプロモーター活性の大部分を表す配列は転写開始部位から-333bpの上流に属する。SCBVプロモーター配列のうち異種最小プロモーター配列により推進される転写を増強することができる部分が調べられた。これらの実験により定義されるように、エンハンサーエレメントは、異種最小プロモーター配列の5’近位に置かれると、一過性または安定した形質転換系のどちらで試験された場合でも再現性のある測定可能な形で前記異種最小プロモーターの発現活性を増加させる短い200から300bpシス作用性DNA配列TATAボックスを欠くとして機能的に同定される。さらに、直列重複の前記エンハンサーエレメントは、単一コピーのエンハンサーエレメントよりも異種最小プロモーターのはるかに高レベルの発現活性を与える。この実施例において利用される異種最小プロモーターエレメントは、トウモロコシアルコールデハイドロゲナーゼ1Adh1遺伝子プロモーターの塩基-100から106を含むジェンバンク受託番号X04049の塩基997から1202に相当する。この塩基配列は2010年8月30日に一般に公表されたので、これによって参照によりその全体を組み込まれる。転写開始部位に対して-503から-222bpおよび-758から-222bpの配列を含む、SCBVプロモーター由来の2つの断片は、ホタルルシフェラーゼLUCタンパク質をコードするコード領域に融合された最小トウモロコシAdh1プロモーターを含む配列の5’にクローニングされた。キメラ遺伝子の転写は、上記のNos3’UTRにより終結された。トウモロコシHi-II懸濁培養細胞は、LUCおよびGUS構築物を宿すプラスミドのDNAを用いて微粒子銃により形質転換され、酵素活性は上記の通りに測定され比較された。前記-503から-222配列または-758から-222配列が前記最小Adh1プロモーターの5’に置かれたLUC構築物を含有するプラスミドは、SCBV配列が付加されていない最小Adh1プロモーターと比べてそれぞれ6倍および4倍のLUC活性を示した。したがって、SCBVプロモーターのこれらの断片内の配列は、異種トウモロコシプロモーターにより媒介される転写活性を増強する。最小Adh1プロモーターにより媒介される発現を増加させる前記-503から-222bpのSCBVエンハンサー領域の複数のコピーの能力は、前記-502から-222bp配列の1、2または4コピーを、LUCコード領域に融合された最小トウモロコシAdh1プロモーターの5’にクローニングすることにより試験された図3A。前記構築物を宿すプラスミドDNAならびに基準ubi1:GUS構築物を有するプラスミドDNAはトウモロコシHi-II懸濁培養細胞に照射され、LUCおよびGUS活性は上記の通りに測定され比較された。1コピー、2コピーまたは4コピーのSCBVエンハンサー配列領域を含有する構築物を照射された細胞は、SCBVエンハンサー配列を欠く類似する最小Adh1プロモーター構築物を照射された細胞のそれぞれ5倍、6倍および10倍を超えるLUC活性を有していた図3B。配列番号1に提供されるSCBVプロモーターの-502から-222bpを含む核酸塩基は、植物プロモーターに優れた発現特徴を与えることができる転写活性化活性をコードしている。さらに、転写活性化活性は、配列番号1に提供されるSCBVプロモーターの-502から-222bpを含む塩基の複数の直列コピーのスタッキングにより増加される。さらに、本明細書に提供される方法および試薬は、転写活性化活性を保持するさらに短い配列を提供するようにさらに調べ利用し得る、または他の転写活性化因子エレメントおよび植物プロモーターと新しい組合せで組合せ得る。トウモロコシHi-II懸濁培養細胞におけるSCBV:LUCおよびub1:GUS構築物の一過性発現試験この実施例は、トウモロコシHi-II懸濁培養細胞におけるSCBV:LUCおよびub1:GUS構築物の一過性発現試験を説明する。トウモロコシHi-II懸濁培養細胞は、上記の通りに構築されたLUCおよびGUS構築物を宿すプラスミドのDNAを用いて微粒子銃により形質転換され、酵素活性が測定され比較された。プラスミドDNAの大量の調製物は、QiAfilter商標PlasmidMaxiKitsQiagen、Germantown、Marylandを使用して調製され、量と質は標準分子法を使用して解析された。照射のためのトウモロコシHi-II懸濁培養細胞の調製Hi-II細胞は、28°C、暗所でH9CP培地中125rpmの攪拌器上で維持されたH9CP培地は、MS塩4.3gm/L、ショ糖3、カザミノ酸200mg/L、ミオイノシトール100mg/L、2.4-D2mg/L、NAA2mg/L、1000×MSビタミン1mL/L、L-プロリン700mg/LおよびココナツジュースSigmaAldrich、St.Louis、MO62.5mL/L、pH6.0からなる。照射に先立って、2日目のHi-II培養物はG-N6培地CHUN6培地3.98g/L、CHUN6ビタミン1mL/L両方ともPhytoTechnologyLaboratories登録商標、Lenexa、KS製のCHU成分、ミオイノシトール100mg/L、2.4-D2mg/Lおよびショ糖3、pH6.0に移され、24時間増殖させた。照射当日、G-N6増殖細胞2.5gmの細胞は、0.5MD-ソルビトールおよび0.5MD-マンニトールを含有するG-N6培地上に置かれた無菌WhatmanNo.1フィルターディスク55mmに移され、4時間インキュベートされた。浸透圧的に調整された細胞が照射のために使用される。プラスミドDNAを有する金粒子の調製および照射アッセイ金粒子1μm径、BioRad、Hercules、CAは10分間70エタノールで、次に減菌水で3回洗浄された。前記粒子は120mg/mLの濃度で50グリセロール中に分注された。典型的な実験では、150μL18mgの金粒子、およそ5μgのプラスミドDNA、150μLの2.5MCaCl2および30μLの0.2Mスペルミジンが組み合わされた。反応全容量375μLは室温で10分間インキュベートされ、時折穏やかにボルテックスされた。DNA被膜金粒子は短時間遠心分離され、420μLの70エタノールで、次に420μLの100エタノールで洗浄された。最終ペレットは110μLの100エタノールに再懸濁され、Branson1450ソニケーターを用いて短時間超音波処理それぞれ3秒の3回バースト、バースト間は1分に供された。DNAを被膜された金粒子12.2μLのアリコットは9個のマクロキャリアーBioRad、Hercules、CAのそれぞれの上に広げられ、BioRadPDS1000/Heシステムを使用する照射アッセイにおいて使用された。懸濁培養細胞は、3510psiディスクを使用して9cmの標的距離で形質転換され、各プレートは3回照射された。照射に続いて、細胞は28°C暗所で、最初はD-ソルビトールおよびD-マンニトール培地を含有するG-N6上で12時間、次にG-N6プレート上でさらに36時間インキュベートされた。細胞はプレートから収集され、ブロットされてバッファーを除去し、300μLの2×CCLTLUC抽出バッファーPromegaCorporation、Madison、WIを用いて抽出された。遠心分離後、約600μLのタンパク質抽出物が収集された。タンパク質濃度はBradfordアッセイを使用して推定された。LUC酵素活性ルシフェラーゼ単位LU/mgタンパク質で表されるおよびGUS酵素活性GUS活性単位GU/μgタンパク質で表されるは、たとえば、Maligaetal、MethodsinPlantMolecularBiologyALaboratoryCourseManualColdSpringHarborLaboratoryPress、1995に見出される方法により測定された。SCBV:LUC構築物における試験プロモーターの相対活性は、LUCレベルをLU/mgタンパク質対GUS/μgタンパク質の比としてGUSレベルに正規化することにより比較された。トウモロコシ植物における活性化タギングのためのプラスミドこの実施例はアグロバクテリウムスーパーバイナリープラスミドの作製を説明する。スーパーバイナリーシステムはアグロバクテリウムシャトルベクター/相同組換えシステムKomarietal、MethMolBiol3431541、2006、Komarietal、PlantPhysiol11411551160、2007欧州特許第604662号および米国特許第7060876号も参照。これら文献のそれぞれが参照によりその全体を組み込まれるの特殊化した例である。スーパーバイナリーシステムで用いられるアグロバクテリウムツメファシエンス宿主株は、LBA4404pSB1である。LBA4404pSB1株は、2つの独立して複製するプラスミド、pAL4404とpSB1を宿している。pAL4404は無傷のセットのvir遺伝子TiプラスミドpTiACH5由来を含有するが、T-DNA領域がないしたがって、T-DNA左および右境界反復配列がないTiプラスミド由来ヘルパープラスミドである。プラスミドpSB1はpTiBo542由来のvir遺伝子の追加の部分的セットを供給する。スーパーバイナリーシステムにおいて使用されるシャトルベクターの一例はpSB11であり、これは、植物細胞形質転換に向かうことになっており右と左のT-DNA境界反復配列に隣接する遺伝子の導入部位として働くクローニングポリリンカーを含有する。シャトルベクターpSB11は、アグロバクテリウムにおいて独立して複製することはできないが、pSB1とpSB11上に存在する共通の配列間での相同組換えによってpSB1に組み込まれると共組み込み体プラスミドとしてその場所に安定的に維持される。したがって、改変されたpSB11ベクター上のLBA4404pSB1に導入された完全に改変されたT-DNA領域は、2つの異なるアグロバクテリウムTiプラスミド供給源pTiACH5とpTiBo542由来のVirタンパク質により増殖性に作用を受け植物細胞内に移される。スーパーバイナリーシステムは単子葉植物種の形質転換において特に有用であることが判明している。活性化タグ付きトウモロコシ植物を生産するための形質転換プラスミドは、スーパーバイナリープラスミドのpSB1とpEPP1088との間の相同組換えにより形成され、pSB11ベクター骨格を有する共組み込み体を含むことができる欧州特許第604662号および米国特許第7060876号参照。これら特許文献はそれぞれこれによって参照により組み込まれる。共組み込み体プラスミドは、pSB1::pEPP1088またはZeaTAGベクターと呼ばれる。pEPP1088の構造は、制限酵素分析および構築物の選択された領域のDNA配列決定により確証された。pEPP1088は、pSB11プラスミドにより提供される左LBと右RBT-DNA境界配列間に位置して、4コピーの上記-502から-222bpSCBVエンハンサー配列および関連するイントロン1と5’UTRを有するイネアクチン遺伝子プロモーターを含む選択可能マーカー遺伝子基本的に、ジェンバンク受託番号EU155408.1の塩基12から1411として開示されている。前記塩基はこれによって参照によりその全体を組み込まれている、米国特許出願公開第2009/0093366号に開示されているAAD-1除草剤耐性タンパク質に対するコード配列ならびに基本的にジェンバンク受託番号gb|L35913.1|MZELIPASEの塩基921から1277としておよび米国特許第7179902号に開示されている前記塩基配列と特許文献はそれぞれがこれによって参照によりその全体を組み込まれているトウモロコシリパーゼ遺伝子由来の3’UTRターミネーター配列を含有する。pEPP1088のおよびpSB1::pEPP1088に存在するT-DNAは、アグロバクテリウム媒介形質転換によりトウモロコシ細胞内に導入されると、トウモロコシ染色体の無作為な位置で組み込まれる。形質転換されたトウモロコシ細胞の選択は、T-DNAにおいて構成的に発現されるAAD1選択可能マーカー遺伝子により提供される。直列コピーの強力な-502から-222bpSCBV転写エンハンサー活性化因子エレメントを担持するT-DNAは、組込み部位近くの天然の遺伝子の異常な発現を引き起こし、それによって一部の例では、形質転換された組織から再生する植物に新しい同定可能な形質を与える。アクセプター部位近くの影響を受けた遺伝子の単離および同定を促進し、したがって、さらなる利用のために単離された遺伝子を提供する現代分子生物学の方法が利用可能である。トウモロコシのアグロバクテリウム媒介形質転換この実施例は、トウモロコシのアグロバクテリウム媒介形質転換の作製を説明する。未成熟胚生産。B104近交系由来の種子は、SunshineCustomBlend登録商標160SunGroHorticulture、Bellevue、WAを含有する4ガロン鉢に蒔かれた。植物体は、高圧ナトリウムとメタルハライドランプの16対8時間の明対暗の光周期を組み合わせて温室で栽培した。形質転換のための未成熟胚を得るために、調節されたシブ受粉が実施された。未成熟胚は、胚がおよそ1.4から2.0mmの大きさになる受粉の10から13日後に単離された。感染および共培養。トウモロコシ穂は、Tween20500mLあたり1または2滴を含む50市販の漂白剤に10分間浸すことにより表面殺菌され、減菌水でトリプルにすすがれた。スーパーバイナリーベクター共組み込み体プラスミドを含有するアグロバクテリウム細胞の懸濁液は、50mg/Lのスペクチノマイシン、10mg/Lのリファンビシン、および50mg/Lのストレプトマイシンを含有するYEP固形培地上、28°Cで3日間または25°Cで4日間増殖させた1または2ループの細菌を、100μMのアセトシリンゴンを含有する5mLの液体感染培地MS塩、ISUModifiedMSビタミン、3.3mg/Lのジカンバ、68.4gm/Lのショ糖、36gm/Lのグルコース、700mg/LのL-プロリン、pH5.2に移すことにより調製された。前記溶液は、均一な懸濁液が実現されるまで、無菌5mLピペットを使用して穏やかに上下にピペッティングし、濃度はUltrospec10CellDensityMeterGEHealthcare/AmershamBiosciences、Piscataway、NJを使用して600nmOD600で0.3から0.5の光学密度に調整された。未成熟胚は、2mLの感染培地を含有するマイクロ遠心分離管に直接単離された。前記培地は取り除かれ、1から2mLの新鮮な感染培地で2度置き換えられ、次に取り除かれ、1.5mLのアグロバクテリウム溶液で置き換えられた。アグロバクテリウムと胚溶液は室温で5分間インキュベートされ、その後、MS塩、ISUModifiedMSビタミン、3.3mg/Lのジカンバ、30gm/Lのショ糖、700mg/LのL-プロリン、100mg/Lのミオイノシトール、100mg/Lのカゼイン酵素加水分解物、15mg/LのAgNO3、100μMのアセトシリンゴン、および2.3から3gm/LのGelzan商標Sigma-Aldrich、St.Louis、MOをpH5.8で含有する共培養培地に移された。共培養インキュベーションは、暗闇または24時間白色蛍光灯条件およそ50μEm-2s-1下、25°Cで3から4日間であった。静止および選択。共培養後、胚は、MS塩、ISUModifiedMSビタミン、3.3mg/Lのジカンバ、30gm/Lのショ糖、700mg/LのL-プロリン、100mg/Lのミオイノシトール、100mg/Lのカゼイン酵素加水分解物、15mg/LのAgNO3、0.5gm/LのMES2-N-モルフォリノエタンスルホン酸一水和物;PhytoTechnologiesLabr.、Lenexa、KS、250mg/Lのカルベニシリン、および2.3gm/LのGelzan商標をpH5.8で含有する非選択MSベースの静止培地に移された。インキュベーションは、暗闇または24時間白色蛍光灯条件およそ50μEm-2s-1下、28°Cで7日間継続された。7日間の静止期間に続いて、胚は選択培地に移された。植物発現可能AAD1選択可能マーカー遺伝子を含有するスーパーバイナリープラスミドで形質転換されたトウモロコシ組織を選択するために、MSベースの静止培地上記がハロキシホップを補充して使用された。胚は、最初に100nMハロキシホップを含有する選択培地に移され、1から2週間インキュベートされ、その後500nMハロキシホップに移され、さらに2から4週間インキュベートされた。形質転換された単離物は、暗闇または24時間白色蛍光灯条件およそ50μEm-2s-1下、28°Cでおよそ5から8週間の間に得られた。回収された単離物は、再生およびさらなる分析のために、1から2週間の間隔をあけて新鮮な選択培地に移されることにより増大された。トウモロコシ形質転換の分野の当業者であれば、他の植物発現可能選択可能マーカー遺伝子たとえば、除草剤耐性遺伝子が使用される場合には、形質転換された植物の他の選択方法が利用可能であることを理解するであろう。プレ再生。選択プロセスに続いて、24時間照明レジームに曝露された培養物は、MS塩、ISUModifiedMSビタミン、45gm/Lのショ糖、350mg/LのL-プロリン、100mg/Lのミオイノシトール、50mg/Lのカゼイン酵素加水分解物、1mg/LのAgNO3、0.25gm/LのMES、0.5mg/Lのナフタレン酢酸、2.5mg/Lのアブシジン酸、1mg/Lの6-ベンジルアミノプリン、250mg/Lのカルベニシリン、2.5gm/LのGelzan商標、および500nMのハロキシホップをpH5.8で含有するMSベースの前再生培地に移された。インキュベーションは、24時間白色蛍光灯条件およそ50μEm-2s-1下、28°Cで7日間継続された。再生および小植物単離。再生のために、前記培養物は、MS塩、ISUModifiedMSビタミン、60gm/Lのショ糖、100mg/Lのミオイノシトール、125mg/Lのカルベニシリン、2.5gm/LのGelzan商標、および500nMのハロキシホップをpH5.8で含有するMSベースの一次再生培地に移された。暗闇または24時間白色蛍光灯条件およそ50μEm-2s-1下、28°Cで2週間後、組織は、500nMのハロキシホップ有りまたはなしで、MS塩、ISUModifiedMSビタミン、30gm/Lのショ糖、100mg/Lのミオイノシトール、3gm/LのGelzan商標、pH5.8で構成されたMSベースの二次再生培地に移された。再生/選択は、16時間または24時間白色蛍光灯条件およそ50μEm-2s-1下、28°Cで2週間継続された。小植物が3から5cm長に到達すると、切除され、二次再生培地上記の通り、しかしハロキシホップなしに移され、16時間白色蛍光灯条件およそ50μEm-2s-1下、25°Cでインキュベートされて、苗条および根のさらなる成長発育を可能にした。種子生産。植物体はMetro-Mix登録商標360無土壌生育培地SunGroHorticultureに移植され、生育部屋で寒さに慣れさせた。次に、植物体はSunshineCustomBlend160土壌混合物に移植し、開花まで温室で栽培された。種子生産のための調節受粉が行われた。安定的に形質転換されたトウモロコシ細胞におけるSCBVエンハンサー活性ゲノムDNAは、形質転換されたB104未成熟胚から再生された10のT0植物から単離されQiagenDNeasy登録商標PlantMiniキット;Qiagen、Germantown、Maryland、pSB1::pEPP1088から移入された組み込まれたT-DNAの遺伝子位置は、逆PCRクローニングおよび逆PCR増幅産物のDNA塩基配列決定により決定された。10kbの4×SCBVエンハンサー内に位置する隣接コード領域により表される遺伝子の同一性は、クエリー配列として隣接配列を使用して、BLAST検索により決定された。BLAST結果の解析により、T-DNA、したがって4×SCBVエンハンサーは10の系統それぞれにおいて異なる遺伝子位置に組み込まれていることが明らかになり、したがって4×SCBVエンハンサーはそれぞれの系統において異なる遺伝子に隣接している表1。全RNAは10のT0系統の葉組織から単離されたQiagenDNeasy登録商標PlantMiniキット;Qiagen、Germantown、Maryland。同定された隣接遺伝子の転写物蓄積は、4×SCBVエンハンサーに隣接する関連する遺伝子に特異的なプライマーを使用して、逆転写およびRT-PCRリアルタイムPCRにより適切なT0植物と非形質転換対照植物間で比較された。対照として、内在性GAPDH遺伝子の転写物蓄積も決定された。RT-PCR産物により、これらの系統における3つの異なる隣接遺伝子から生じる転写物の蓄積が増加することが明らかになった。4×SCBVエンハンサーは、T0系統のうちの2つでは影響を受ける隣接遺伝子の2.6kbおよび2.8kb上流に、第3のT0系統では影響を受ける隣接遺伝子の478bp下流に位置している。したがって、これらの結果から、T-DNAにより送達される4×SCBVエンハンサーが組込み部位近くの遺伝子転写物の蓄積の鎖非依存性増加を引き起こすことが示される。表1は、同定された隣接遺伝子およびその転写レベルの解析結果を示している。トウモロコシ遺伝学および植物分子生物学の分野の当業者であれば、影響を受ける遺伝子の性質に応じて、4×SCBVエンハンサーにより誘導される隣接する遺伝子の発現の増加が一部の場合に、トランスジェニック植物に新しい価値のある形質を与えることを理解するであろう。まとめると、4×SCBVエンハンサーを有する植物体はZeaTAGの付いた集団を表す。前記形質は、たとえば、種子における栄養的に望ましいタンパク質の蓄積の増加のような、影響を受ける遺伝子にコードされたタンパク質それ自体の蓄積の増加の結果、または即時に影響を受ける遺伝子の遺伝子産物が1つまたは多数の他の遺伝子たとえば、転写活性化因子/リプレッサー遺伝子の場合のようなの発現を制御する下流効果の結果でもよい。導入されたT-DNAの組込み場所の無作為性は、標準植物育種法と相俟って、トウモロコシゲノム内のすべてのまたは大半の遺伝子から効果的距離内に活性化因子エレメントが配置されているT-DNA担持植物体のライブラリーを含む植物体の大集団を確立するのに使用し得、したがって、すべてのまたは大半のトウモロコシ遺伝子が転写的に活性化される機会を与える。経済的に重要な表現型を求める植物体レベルのスクリーニングは、グロースチャンバー、温室またはフィールド環境下で可能である。ここで明らかにされるように、逆PCRなどの分子生物学方法により、組み込まれたT-DNAおよび前記組み込まれたT-DNAに隣接する相当な長さのゲノムDNAを望ましい表現型を示す植物体から単離することが可能である。さらに、ゲノムウォーキング法などの方法により、はるかに広範囲な領域のゲノムDNA配列を決定することが可能であり、したがって、導入された活性化因子エレメントに近接して存在する遺伝子の同定が可能になる。マイクロアレイ解析などのハイスループット法およびさらに多くの遺伝子特異的解析法により、影響を受ける転写物レベルの同定および定量化が可能になる。したがって、関連のある農業形質に関与する候補遺伝子が同定され、単離され、さらに特徴付けられ、利用されて、新しい価値ある種類の作物が提供され得る。逆に言えば、新しい形質は、4×SCBVエンハンサーを有するT-DNAがトウモロコシ遺伝子のコード領域または発現調節領域に組み込まれたことによりトウモロコシ遺伝子機能が破壊される結果である可能性がある。それが事実であれば、4×SCBVエンハンサーを有するT-DNAと周辺のゲノム領域を単離してさらに特徴付けることが可能である。ZeaTAG集団のフォワード遺伝学的スクリーニングこの実施例は、変更された表現型を求めるZeaTAG集団のフォワード遺伝学的スクリーニングを説明する。乾燥ストレススクリーニング乾燥耐性を与える変異を含有するZeaTAG系統を同定するために、個々のZeaTAG事象由来の植物体をフィールドに植える。成長周期の生殖相中、すなわち開花に先立つおよそ2週間から開花後およそ2週間は、乾燥ストレスを与えるために水は控える。標的は開花期に4週間のストレス期間を達成することになる。環境モデリングを使用して、土壌水分モニタリングおよび気象データ気温、飽差、風速、および純放射量に基づいて正確なトウモロコシ蒸発散需要を予測する。目視による葉ローリング、赤外線温度計による葉温度の増加、葉緑素蛍光による光合成の減少および穀物生産量を測定することによる収量の減少などの旱魃徴候について植物体をモニターする。水分ストレス条件下で有意に少ない葉ローリング、低下した葉温度、上昇した光合成速度を示すまたは有意に増大した収量のある植物体が同定され、それに続くスクリーニングに使用される。有意に増大した乾燥耐性を示すZeaTAG事象を、乾燥耐性表現型を確認するために複製実地試験に導入する。これらの事象を、少なくとも3つの複製を用いて、無作為化分割ブロック計画に導入する。1つのブロックには、水分ストレスを予防するのに十分な水がまかれる。もう一方のブロックは、上記の通りに水不足条件下で栽培される。上記の通りに葉ローリング、葉温度の増加、光合成の減少および収量の減少について植物体をモニターする。非形質転換対照植物体よりも葉ローリングが有意に少なく、葉温度が低く、光合成が多くまたは収量が多い植物体は二次スクリーニングを通過したと見なされる。窒素利用効率スクリーニング非トランスジェニック対照植物よりも窒素利用効率が大きいZeaTAG事象を同定するために、一次スクリーニングが実施される。およそ40000のZeaTAG含有事象を含有する植物体は、窒素不足条件下、フィールドで栽培される。植物体は、1エーカーあたりNが35lbs未満のフィールドで栽培される。目視検査による白化、赤外線温度計による葉温度の増加、および穀物収穫による収量の減少について植物体をモニターする。これらのパラメータは、非トランスジェニック対照植物体と比較される。非トランスジェニック対照系統よりも白化が少なく、葉温度が低く、光合成速度が大きくまたは収量が多いZeaTAG系統は二次スクリーニングにおいて評価される。二次スクリーニングとして、有意に大きな窒素利用効率を示すZeaTAG事象を、前記表現型を確認するための複製実地試験に導入する。これらの事象を、少なくとも3つの複製を用いて、無作為化分割ブロック計画に導入する。1つのブロックには、窒素ストレスを予防するのに十分な窒素肥料がまかれる。もう一方のブロックは、上記の通りに窒素不足条件下で栽培される。目視検査による白化、赤外線温度計による葉温度の増加、および穀物収穫による収量の減少について植物体をモニターする。非形質転換対照植物体よりも白化が少なく、葉温度が低く、光合成速度が大きくまたは収量が多い植物体は二次スクリーニングを通過したと見なされる。二次スクリーニングにおいて表現型が確認されると、前記表現型は、非形質転換親系統とZeaTAG系統間の交配種の子孫をスクリーニングすることにより、ZeaTAG挿入を有する遺伝連鎖について試験される。ZeaTAGエレメントを含有する植物体が前記表現型を示し、ZeaTAGエレメントを含有しない植物体が前記表現型を示さない場合、表現型はインサートに遺伝的に関連しており、ZeaTAGエレメントによって引き起こされる可能性があると見なされる。その発現がZeaTAGエレメントにより影響を受ける可能性のある遺伝子を同定するために、ゲノム内のZeaTAGエレメントの位置が決定される。ZeaTAGエレメントの遺伝子位置は、ZeaTAGエレメントに隣接するゲノム配列を単離しこれらの配列をトウモロコシのゲノム配列と比較することにより決定される。ZeaTAGエレメントに隣接する配列は、逆PCRiPCR、TAILおよびライゲーション媒介PCRLMPCRProdhometal、FEMSMicrobiolLett1587581、1998を含むがこれらに限定されないいくつかの分子生物学技法により決定することが可能である。これらの配列は、ゲノム内のZeaTAGエレメントの位置を同定するために、BLASTなどの配列整列化ツールによるゲノム配列と比較される。ZeaTAGエレメントに隣接しているまたは中断される遺伝子は、注釈付のゲノムを調べることにより決定される。ZeaTAGエレメントに隣接する遺伝子の転写は、変異体表現型に関与している可能性がある。これらの遺伝子は、類似の表現型を与えることができるかどうかを試験するために野生型トウモロコシにおいて過剰発現され得る。これを試験するため、前記遺伝子は強力なプロモーターによりまたは隣接して転写を増強するエンハンサー配列を有するそれ自体のプロモーターにより推進される形質転換ベクターにクローニングされる。これらのベクターは、形質転換により野生型トウモロコシに導入され、この形質転換から生じる植物体を前記表現型について試験する。同様に、ZeaTAGエレメントにより中断される遺伝子は前記表現型を引き起こし得る。前記エレメントにより中断された遺伝子が前記表現型に関与していることを確かめるために、前記遺伝子の発現を妨害することができ、この妨害を含有する植物体は前記表現型について試験することが可能である。特定の遺伝子の発現の妨害は、アンチセンスRNA、人工的マイクロRNAおよびTILLINGによる遺伝子中の変異の同定を含むがこれらに限定されない当業者には公知のいくつかの方法により実現することができる。ZeaTAG集団の逆遺伝子スクリーニングこの実施例は、変異についてのZeaTAG集団の逆遺伝子スクリーニングを説明する。逆遺伝子スクリーニングは、特定の遺伝子に影響を与える変異を探し、それに続いて変異体表現型について同定された系統を試験する。ZeaTAG集団は、前記集団を表す隣接配列タグのコレクションを作製するおよびZeaTAG集団からDNAのプールされた試料の指標付コレクションを作製するを含むが、これらに限定されないいくつかの方法で逆遺伝子解析において使用することができる。隣接配列タグのコレクションは、ZeaTAG集団から葉組織を試料採取し、それぞれからDNAを単離し、インサートに隣接する配列を同定し、配列をそれが由来する事象に関連付けられる検索可能なデータベースに前記配列を保存することにより作製される。ゲノムDNAは、製造業者が推奨するプロトコールを使用してQiagenDNAeasyPlantキットQiagen、Germantown、Marylandを使用して単離される。インサートに隣接する配列は、YephremovおよびSaedlerにより改変されたライゲーション媒介PCRを使用して同定される。手短に言えば、ZeaTAG系統由来のゲノムDNAは、断片化された制限酵素消化であり変性される。ZeaTAGエレメントの末端の配列に相補的なビオチン化されたオリゴヌクレオチドプライマーは、断片化されたDNAにハイブリダイズされ、DNAポリメラーゼにより伸長される。ストレプトアビジン被膜磁気ビーズは混合物に添加されて、このプライマーから伸長されたDNA断片を含有するDNA断片に結合する。既知の配列の二本鎖DNAアダプターは未知の末端にライゲートされる。これらの断片は、ZeaTAGエレメント内の配列に相補的なオリゴヌクレオチドともう一方の末端のDNAアダプターを使用してPCR増幅される。次に、PCR断片の配列は、BLASTにより決定され、トウモロコシゲノム配列にマッピングされる。これらの配列はZeaTAGエレメントの挿入部位を位置付ける。約10kbp内の遺伝子は、ZeaTAGエレメント内のエンハンサー配列により上方調節され得る。表現型を引き起こすと仮定されている遺伝子内にまたは近くに挿入を含有する植物体は、データベースを検索することにより同定することが可能である。これらの事象を含有する植物体は、表現型について試験することができる。開示された発明の原理を適用し得る多くの可能な実施形態の点から見て、例証された実施形態は本発明の好ましい実施例にすぎず、本発明の範囲を限定すると解釈するべきではないことは認識されるべきである。むしろ、本発明の範囲は以下の特許請求の範囲により定義される。したがって、我々は、これらの特許請求の範囲の範囲と精神内に収まるすべてのものを我々の発明として主張する。"