"細菌の懸濁液から得られた細菌抽出物であって、前記懸濁液の細菌がβプロテオバクテリア網ナイセリア亜科に属する非病原性グラム陰性細菌であり、前記細菌の16SrRNA遺伝子のヌクレオチド配列が配列番号1の配列を含むことを特徴とする、細菌抽出物。前記細菌が、配列番号2の配列、または配列番号2の配列と少なくとも80の同一性を有する配列を含んでなる、少なくとも1つのプラスミドを含む、請求項1に記載の細菌抽出物。前記細菌が、2010年4月8日に、CNCMに参照番号I-4290として寄託された細菌、または該細菌の他の変異体である、請求項1または2に記載の細菌抽出物。細胞内成分を除去するという方法で前記細菌懸濁液を処理した後に得られる、請求項1~3のいずれか一項に記載の細菌抽出物。前記細胞内成分が少なくとも核酸を含む、請求項4に記載の細菌抽出物。少なくとも膜タンパク質、周辺質タンパク質、および鞭毛由来タンパク質を含んでなる画分E0を含む、請求項4または5に記載の細菌抽出物。前記膜タンパク質が、ポーリン、OmpA、リポ多糖、および/またはリポタンパク質からなる、請求項6に記載の細菌抽出物。少なくとも分泌されたペプチドおよびタンパク質、ならびに二次代謝産物を含んでなる画分S0を含む、請求項4または5に記載の細菌抽出物。少なくとも画分E0および画分S0を含んでなる画分ES0を含む、請求項4または5に記載の細菌抽出物。前記画分ES0が、SDS-PAGEにより得られる、それぞれ30kDa~36kDa、41kDa~45kDa、および47kDa~51kDaの範囲の分子量に相当する3つの主要バンドを含む、タンパク質プロフィールを有する、請求項9に記載の細菌抽出物。請求項1~3のいずれか一項で定義される細菌、および/または請求項1~7、9および10のいずれか一項に記載の細菌抽出物の、TLR2、TLR4およびTLR5アクチベーターとしての使用。請求項1~3のいずれか一項で定義される細菌、および/または請求項1~7、9および10のいずれか一項に記載の細菌抽出物の、Th1応答をホメオスタシスに回復させるための使用。請求項1~3のいずれか一項に定義される細菌、および/または請求項1~7、9および10のいずれか一項に記載の細菌抽出物の、Th2応答をホメオスタシスに回復させるための使用。請求項1~3のいずれか一項に記載の細菌、および/または請求項4~8および11のいずれか一項に記載の細菌抽出物の、Th17応答をホメオスタシスに回復させるための使用。請求項1~3のいずれか一項に定義される細菌、および/または請求項8、9および10のいずれか一項に記載の細菌抽出物の、PAR2アンタゴニストとしての使用。請求項1~3のいずれか一項に定義される細菌、および/または請求項1~10のいずれか一項に記載の細菌抽出物の、消化管および口腔炎症性疾患の治療および/または予防を目的とした組成物を調製するための使用。前記消化管および口腔炎症性疾患がクローン病、大腸炎、過敏性腸症候群、または歯周炎からなる、請求項16に記載の使用。少なくとも、有効成分として、請求項1~3のいずれか一項で定義される細菌、および/または請求項1~10のいずれか一項に記載の細菌抽出物を含んでなる、組成物。消化管および口腔炎症性疾患の治療のための、請求項18に記載の組成物。前記消化管および口腔炎症性疾患がクローン病、大腸炎、または歯周炎からなる、請求項19に記載の組成物。薬学的に許容可能な担体をさらに含んでなる、請求項18~20のいずれか一項に記載の医薬組成物。実施例1:細菌LMB64の選択および特性決定細菌LMB64を地下水から単離した。新規な細菌LMB64の分類学的位置を図1に提案する。より詳しくは、細菌LMB64は長さがおよそ2.3μm±0.3、幅がおよそ1.0μm±0.1の桿菌である。この細菌の顕著な特徴は、極鞭毛の存在である図2Aおよび2B。これらの画像からも分かるように、細菌LMB64は非糸状性細菌である。前述のように、細菌LMB64はおよそ11kpbの環状プラスミドを有する。このプラスミドは完全に配列決定がなされている配列番号2。16SrRNAの遺伝子コードも、配列決定がなされている配列番号1。細菌は、合成培地中で、発酵槽内で培養した。増殖速度は、培地の炭素基質濃度が低い場合に、より速くなる。試験された培養培地はR3、MS-グルコース、およびLB培地であり、その組成は以下の表1a、1b、および1cにそれぞれ記載されている。培養培地の関数としての細菌LMB64の増殖速度は以下の表2に示した。増殖の最適条件は、温度、pH、およびR3培養培地の塩分の関数として決定した図3。細菌によって吸収可能な炭素源は、API50CHギャラリーインキュベーション温度:25°Cを用いて特性決定を行った。結果は、以下の表3にまとめた。APIZYMギャラリーに示された酵素活性は、アルカリ性ホスファターゼ、エステラーゼC4、エステラーゼ/リパーゼC8、ロイシンアリールアミダーゼ、バリンアリールアミダーゼ、酸性ホスファターゼ、ナフトール-AS-BI-ホスフォヒドロラーゼ、およびα-グルコシダーゼであった。以下の表4に見られるように、細菌LMB64は、試験したすべての抗生物質に対して感受性を示した。実施例2:E0、S0およびES0画分の抽出のための方法前培養:AV13株を、250mlのMSグルコースピルビン酸培地以下の表5参照を含むエルレンマイヤーフラスコに播種した後、30°CpH7にて200rpmで撹拌しながら、OD600が約1.5となるまでおよそ40時間インキュベーションした。培養:前培養物を3.7lのMSピルビン酸培地114mlの20グルコース溶液を含有する発酵装置Applikon中に播種する。温度センサーは、好ましくは30°C付近に温度を制御する。酸素センサーAppliSensを用い、培地中に溶解した酸素濃度を18~25に維持する。pHセンサーAppliSensを用い、一定流速のポンプを介して10NH4OHを加えることにより、pHを7に維持する。ウェッジウッド分析センサーを用い、光学密度の変化をリアルタイムでモニターする。培養は流加モードでプログラムし、様々な流速のポンプを介して、培養物に20グルコース溶液を供給する。一般におよそ30時間後、OD600約22~26となった時に発酵を停止させる。抽出物S0:4°Cおよび4000gで1時間の遠心分離により、バイオマスから上清を分離する。抽出物E0:湿潤バイオマスをNaCl溶液1Mに取る。4°Cおよび9000gで15分間遠心分離した後、上清を捨て、ペレットを1MのNaCl溶液に取る。次に、サンプル試験管を、電力設定50~60Wの、冷却した超音波浴に数分間浸漬する。4°Cおよび6000gで30分間遠心分離した後、ペレットを捨て、上清を回収する。2容量の低温エタノールを加えて、懸濁液を4°Cにて一晩静置する。4°Cおよび6000gで30分間遠心分離した後、上清を捨て、ペレットを25mMのTrisバッファーpH8.8に取る。抽出物ES0:塩基性バッファーを用いて培養物を塩基性のpHとするpH9~11。次の工程で、4°Cの温度で5時間撹拌しながらインキュベーションを行う。遠心分離後、上清を前置フィルターで濾過し、残存しているバイオマス残渣を除去した後、0.2μmのフィルターで濾過する。透明な黄色い溶液が得られるES0。タンパク質は、DCタンパク質アッセイキットIIBio-Radプロトコールに従ってアッセイする。糖類は、フェノール/硫酸法に従って、グルコース当量でアッセイする。例として、以下の表6に、上述の条件で得られた、抽出物ES0のある特有の特性を示す。本明細書に記載された上記のデータは、単に例示のためであることは、明らかに理解される。より正確には、SDS-PAGEにより得られたタンパク質プロフィールに関するデータは、3つの主要バンドを示している。SDS-PAGEプロトコール:抽出物ES0をバッファー20mMTris-HCl、pH8.0;1mMEDTA;2.5SDSおよび0.01ブロモフェノールブルーおよび1MDTT1,4-ジチオトレイトールに取る。サンプルおよび分子量マーカーWesternC、Bio-Radの混合物を、それぞれ8~16のSDS-PAGEアクリルアミドゲルGeBaGel、GeneBio-Applicationのウェルに注入した。泳動バッファーは、2.5mMのTris、19.2mMのグリシン、および0.01のSDSw/vを含有する。泳動は、160Vの定電圧下でおよそ1時間行ったGeBaGelシステム。次に、タンパク質バンドをクーマシーブルーInstantBlue、Expedeonを用いて染色した。サイズは、既知の標準STDとの関連で計算した。得られたゲルを図10に示す。本発明の一つの実施態様によれば、この3つのバンドはそれぞれ、およそ34kDa、43kDa、および49kDaの分子量を有している。実施例3:画分E0およびES0の薬理学的活性の実証ランゲルハンス細胞LCは、FrenchNationalBloodServicePyreneesMediterraneeからのバッフィーコートポーチから単離したヒト単球よりinvitroで作製した:フィコール勾配リンパ球分離媒体、密度1.077g/mlでの単離、および磁気免疫選択MiltenyiBiotecによる精製;LCの分化は、サイトカインカクテルGM-CSF/IL-4/TGFβ存在下、6日間にわたって行う。24ウェルプレートに分注したRPMI-5FCS培養培地中のLCを、抽出物ES0とともに24時間インキュベートする。表面分子は三重または四重染色を用いてフローサイトメトリーFACSCalibur、BDBiosciencesにより分析しCD1a/CD54/CD80/CD83/CD86/FcεRI;培養上清中に分泌されたサイトカインはサイトメトリービーズアレイカタログ番号550749、BDを用いてフローサイトメトリーにより分析するIL-6、IL-8、TNF、IL-4、IL-10、IL-12。3.1ランゲルハンス細胞の成熟およびIgE受容体FcεRI阻害抽出物E0は、表面分子CD80、CD86、CD83、およびCD54の用量依存的誘導により観察される、ランゲルハンス細胞の成熟を誘導する図4。同様に、抽出物E0は、用量依存効果によりIgE受容体FcεRIの発現を阻害する図5。3.2Toll様受容体TLRの活性化ES0のTLR活性を、TLR2、TLR4、またはTLR5の遺伝子およびリポーター遺伝子NFκB-sAP分泌型アルカリ性ホスファターゼをコトランスフェクトしたHEK293細胞のモデルを用いて、TLR2、TLR4、およびTLR5について評価した。リガンドの、そのTLRへの結合は転写因子NFκBの活性化をもたらし、sAP遺伝子は、NFκBにより誘導され得るプロモーターの制御下に置かれる。このリポーター遺伝子は、TLRを介して細胞シグナル伝達をモニターすることを可能にする。すなわち、ES0により誘導され、比色定量アッセイにより測定されたsAPの放出は、TLR2、TLR4、またはTLR5アゴニストとしてのこの有効成分の活性を測定することを可能にする。この試験は、以下のヒト胎児腎細胞系統HEK293について実施した。TLR2のためのHEK-Blue商標-2細胞TLR4のためのHEK-Blue商標-4細胞TLR5のためのHEK-Blue商標-5細胞これらの細胞系統は、HEK-Blue商標選択10FCS培養培地中で維持した後、ES0存在下、HEK-Blue商標検出培地の入った96ウェルプレートに分注し、18時間維持する。熱量測定法を用いて620nmにてプレートを読み取る。3.2.1TLR2の活性化抽出物ES0は、100ng/mlで最大活性を示す用量依存効果に従って、TLR2の活性化を誘導する図6。3.2.2TLR4の活性化抽出物ES0は、10ng/mlで最大活性を示すTLR4の活性化を誘導する図7。3.2.3TLR5の活性化抽出物ES0は、用量依存的にTLR5の活性化を誘導する。この活性は、抗TLR5抗体の存在下で阻害され、抽出物ES0のTLR5に対する活性化特異性を示している図8。3.3PAR2の阻害抽出物ES0によるプロテアーゼ活性化受容体の阻害を、細胞系統HaCaT由来のヒトケラチノサイトにおいて、角質層トリプシン酵素SCTEを用いるPAR2の特異的な刺激後に誘導される細胞内カルシウム流入を測定することにより評価する。蛍光プローブFluo-4/AMを用いるが、そのエステル化された形態は、細胞における受動拡散により、その浸透を容易にし;カルシウムイオンに結合する脱エステル化された形態のみが485nm蛍光で励起し、535nmで発光する。蛍光プローブを、96ウェルプレートに播種した細胞中に30分間取り込ませた後、抽出物ES0を30分間インキュベートする。SCTEの注入前後の速度論に従って、ウェル毎にリアルタイムで、カルシウム流入を測定する。プレートをMithrasLB940商標リーダーBertholdTechnologies登録商標を用いて読み取る。抽出物ES0は、ヒトSCTEにより誘導されたPAR2活性化を用量依存的に阻害する図9。実施例4:歯周炎の治療のための抽出物ES0の使用歯周疾患は、歯周組織の破壊につながり得る慢性炎症性疾患である。ポルフィロモナスジンジバリスPgなどの病原性の好気性菌株を含んでなる細菌叢に変化が起きる。これらの菌株は抗微生物ペプチドに対して感受性を有し、少なくともhBD-3に関しては、歯周疾患に苦しむ被験体の歯肉溝浸出液において少量見られるReducedhumanBetadefensin3inindividualswithperiodontaldiseaseJDentRes90241245。本実験において、本発明者らは抽出物ES0が口腔ケラチノサイトにおいて抗微生物ペプチドを誘導し得ることを実証した。初代ヒト口腔ケラチノサイトを、それぞれのTLR:TLR2aTLR2、TLR4aTLR4、またはTLR5aTLR5を特異的に遮断する抗体1μg/mlの存在下または不在で、10μg/mlのES0を用いて48時間刺激した。様々な抗微生物ペプチド以下の表7のmRNAの発現を、リアルタイムPCRで定量化した。48時間の刺激の後、細胞を溶解させて全RNAを抽出した後、NanoDropN1000分光光度計ThermoFisherScientificを用いてアッセイした。1μgのRNAからcDNAを合成した。96ウェルプレートの中で、SYBRグリーンSYBRGreenPCRCoreReagentskit,AppliedBiosystemsを用いて、定量的PCR増幅工程を行った。用いたプライマーのDNA配列を、以下の表8に示す。サイクル閾値Ctの値を参照遺伝子GAPDH:グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ;PPIA:ペプチジルプロリルイソメラーゼA;YWHAZ:チロシン3/トリプトファン5-モノオキシゲナーゼ;RPLP0:リボゾームタンパク質P0に関してノーマライズした。目的の遺伝子の発現レベルは、下式:ΔCt:ΔCt=Ct目的の遺伝子-Ct参照遺伝子で示される。目的の各遺伝子のメッセンジャーRNAの相対量RQは、相当する未処理対照細胞に関して計算される。RQ=2-ΔΔCt、式中、ΔΔCt=ΔCt処理細胞-ΔCt対照細胞目的の遺伝子の発現は、RQ≧2誘導またはRQ≦0.5阻害である場合に制御されると考えられる。培養上清中のhBD-2濃度は、製造業者PeproTechの推奨に従って、市販のキットを用いてELISAで決定した。結果は、平均±標準偏差で表し、誘導された産生の阻害パーセントが有意に変化した場合は、太字の青字で示した抗体を用いずに誘導された産生との関連で評価したABなし。結果は、ES0が、試験した抗微生物ペプチド総ての発現の強力なインデューサーであることを示す図11、ABなし。DEFB4遺伝子の過剰発現は、hBD-2タンパク質分泌の著しい増加と相関していた図12。細胞と抗TLR2または抗TLR4抗体とのプレインキュベーションの後、ペプチド発現は影響を受けない。一方、抗TLR5抗体の存在下、DEFB103、DEFB4、S100A7、およびRNアーゼ7の発現は強く抑制される:それぞれ71、94、99、および82図11。同様に、hBD-2分泌は抗TLR5抗体単独とともに82と大幅に減少する図12。従って、ES0は、抗微生物ペプチド発現および分泌の強力なアクチベーターである。この効果はTLR5の活性化と関連している。現在までに知られている唯一のTLR5リガンドは、フラジェリンである。従って、ES0中に含まれているLMB64フラジェリンがTLR5の活性化および抗微生物ペプチドの産生を担っている可能性がある。実施例5:慢性炎症性腸疾患IBD治療のための抽出物ES0の使用ES0の効果を、実験的大腸炎における炎症性反応で評価した。TNBS2,4,6-トリニトロベンゼンスルホン酸により誘発された急性大腸炎のラットモデルは、クローン病によく似ていることが知られている。ES0は、消化管通過時のその分解を避けるために、直腸内に投与した。本明細書では、ES0がミエロペルオキシダーゼMPOの阻害を介して炎症を阻止し得ることが示されている。予防的手段としての、生存細菌LMB64の経口経路による効果も、IBDにおいて評価した。すなわち、LMB64株の効果を、TNBSにより誘発された急性大腸炎のラットモデルにおいて評価した。生存LMB64株を、経口経路で投与した。5.1抽出物ES0実験的大腸炎において、炎症性反応に対するES0の効果を評価した。TNBS2,4,6-トリニトロベンゼンスルホン酸により誘発された急性大腸炎のラットモデルは、クローン病によく似ていることが知られている。ES0は、消化管通過時のその分解を避けるために、直腸内に投与した。10匹のWistarラットの群に、試験0日目D0に、30mgのTNBSを直腸内投与した。様々な用量のES07.5、0.75、および0.075mgタンパク質/kgを、試験0日目から6日目D0~D6まで毎日投与した。試験7日目D7に動物を犠牲にして、好中球中に存在する酵素ミエロペルオキシダーゼMPOをアッセイすることにより、局所炎症性反応を判定した。要するに、結腸の切片をホモジナイズし、分光学的定量法により上清のMPO活性を定量化した。結果は、平均±標準偏差として表す。データの統計学的分析は、一元配置ANOVAの後にボンフェローニの検定を用いて行った。TNBSの投与は、未処置の対照群と関連して、有意な活性の増大を誘導した。最も高い用量ではなく、0.75mg/kgまたは0.075mg/kgの用量のES0を投与されたラットにおいて、TNBS処理陽性対照群と比較して、MPO活性は有意に阻害された。MPO活性が正常に戻った、すなわちTNBSで処理していない陰性対照群の活性と類似しているため、ES0の効果は強力である図13。5.2慢性炎症性腸疾患における予防的手段としての細菌LMB64LMB64株の効果を、TNBSにより誘発された急性大腸炎のラットモデルにおいて評価した。LMB64培養物を遠心分離し、生理学的バッファーを用いて洗浄した。細菌を、0.9NaCl生理学的バッファーに再懸濁する。LMB64の細菌数の濃度検定を行った溶液を、動物に経口投与した。10匹のWistarラットの群に、試験0日目D0に、30mgのTNBSを直腸内投与した。様々な用量のLMB64108または109個の生存細菌を、試験6日前から0日目まで毎日投与した。同じプロトコールに従って、参照分子として用いた3mg/kgのプレドニゾロンを投与したラットの群も含めた。動物は、試験7日目に犠牲にした。下表9に記載したパラメーターに基づくスコアで、肉眼的病変を評価および表示した。局所炎症性反応は、上記のようにMPOアッセイで判定した。結果は、平均±標準偏差として表す。データの統計学的分析は、一元配置ANOVAの後にボンフェローニの検定を用いて行った。結果は、驚くことに、LMB64はMPO活性により表される炎症性反応を阻害することを示す図14B。この効果は用量依存的であり、最大活性は細菌LMB64が109の場合に得られる。この用量において、LMB64株は、参照分子であるプレドニゾロンよりも効果的であった。LMB64もまた、病変スコアを大幅に低減したが、それは細菌LMB64の109の用量においてのみであった図14A。この場合もやはり、参照分子、プレドニゾロンよりも効果的であるということが証明された。"