"疾患の治療で使用するための阻害性核酸であって、ポリコーム抑制複合体2PRC2に結合するRNA、所望により、配列番号17040のRNA、または表1~8のいずれかのRNA、または配列番号1~193,049のいずれかのRNAに特異的に結合し、またはそれに対して相補的であり、治療には前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが関与し、長さが5~40塩基の間であり、無菌組成物として製剤化される前記阻害性核酸。ポリコーム抑制複合体2PRC2に結合することが分っているRNAに特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸の製造方法であって、PRC2に結合するRNA配列、所望により、配列番号17040のRNA、または表1~8のいずれかのRNA、または配列番号1~193,049のいずれかのRNAに特異的に結合する、長さが5~40塩基の間の、所望により一本鎖の阻害性核酸を設計および/または合成する工程を含む、前記製造方法。前記製造方法が、前記阻害性核酸を設計および/または合成する前に、PRC2に結合するRNAを特定することをさらに含む、請求項2に記載の製造方法。PRC2に結合するRNAを特定することを含む工程によって前記RNAが特定されている、請求項2に記載の製造方法。前記の設計および/または合成された阻害性核酸の配列が、PRC2に結合する前記RNAの配列またはその一部に基づき、前記一部の長さが15~100の連続した塩基対である、請求項2に記載の製造方法。前記の設計および/または合成された阻害性核酸の配列が、PRC2に結合する前記RNAの配列に対して相補的である、またはその一部に対して相補的である核酸配列に基づき、前記一部の長さが5~40の連続した塩基対である、請求項2に記載の製造方法。前記阻害性核酸が、疾患の治療に使用するための医薬組成物または医薬品の製造に使用するためのものであり、所望により、治療には、PRC2に結合する前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが関与する、請求項2~6のいずれか一項に記載の製造方法。配列番号1~193,049のいずれか1つのRNA配列に特異的に結合するまたはそれに対して相補的であり、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが可能である阻害性核酸を含む無菌組成物。疾患の治療のために使用するための阻害性核酸であって、前記阻害性核酸が、配列番号1~193,049のいずれか1つのRNA配列に特異的に結合するまたはそれに対して相補的であり、治療には、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが関与する、前記阻害性核酸。配列番号1~193,049のいずれか1つのRNA配列に特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸を、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節するのに有効な量で哺乳類に投与することを含む、遺伝子発現を調節する方法。疾患の治療に使用される阻害性核酸であって、配列番号1~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合するまたはそれに対して相補的であり、治療には、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが関与する、前記阻害性核酸。疾患の治療に使用するための阻害性核酸であって、配列番号1~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合するまたはそれに対して相補的であり、前記ヒトRNA配列が、aマウスのゲノムからヒトのゲノムへと高度に保存された領域をマッピングすることもしくはシンテニー位置をマウスのゲノムからヒトのゲノムへマッピングすること、例えば、マウス対ヒトLiftOver解析によって入手可能であり、またはb前記マウスRNA配列に対して少なくとも15塩基にわたって少なくとも90同一であり、治療には、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが関与する、前記阻害性核酸。前記ヒトRNA配列が、配列番号12,604~21,582または191,089~193,049のいずれか1つである、請求項12に記載の阻害性核酸。配列番号1~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸を、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節するのに有効な量で哺乳類に投与することを含む、遺伝子発現を調節する方法。配列番号1~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸を、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節するのに有効な量で哺乳類に投与することを含み、前記ヒトRNA配列が、aマウスのゲノムからヒトのゲノムへと高度に保存された領域をマッピングすることもしくはシンテニー位置をマウスのゲノムからヒトのゲノムへマッピングすること、例えば、マウス対ヒトLiftOver解析によって入手可能であり、またはb前記マウスRNA配列に対して少なくとも15塩基にわたって少なくとも90同一である、遺伝子発現を調節する方法。前記ヒトRNA配列が、配列番号12,604~21,582または191,089~193,049のいずれか1つである、請求項15に記載の方法。無菌組成物であって、配列番号124,437~190,716もしくは190,934~191,086もしくは191,087のいずれかのヒトRNA配列、または配列番号21,583~124,436もしくは190,717~190,933もしくは191,088のいずれかのマウスRNA配列に特異的に結合し、またはそれに対して相補的であり、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが可能である阻害性核酸を含む無菌組成物。疾患の治療に使用するための阻害性核酸であって、配列番号124,437~190,716もしくは190,934~191,086もしくは191,087のいずれかのヒトRNA配列、または配列番号21,583~124,436もしくは190,717~190,933もしくは191,088のいずれかのマウスRNA配列に特異的に結合し、またはそれに対して相補的であり、治療には、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが関与する、前記阻害性核酸。配列番号124,437~190,716もしくは190,934~191,086もしくは191,087のいずれかのマウスRNA配列、または配列番号21,583~124,436もしくは190,717~190,933もしくは191,088のいずれかのマウスRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節するのに有効な量で哺乳類に投与することを含む、遺伝子発現を調節する方法。所望により、疾患の治療に使用するための、長さが約5~50塩基の阻害性核酸であって、配列番号1~21,582または191,089~193,049のRNAのいずれかの断片に特異的に結合し、またはそれに対して相補的であり、前記断片は長さが約500塩基または約100塩基であり、前記RNA断片が、配列番号124,437~190,716または190,934~191,086または191,087または配列番号21,583~124,436または190,717~190,933または191,088のいずれかの範囲内にある少なくとも5つの連続する塩基のストレッチと重複し、そして、それを含み、治療には、前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが関与する、前記阻害性核酸。前記RNAが標的とする遺伝子の発現を調節するのに有効な量で請求項20に記載の阻害性核酸を哺乳類に投与することを含む、遺伝子発現を調節する方法。前記の調節とは遺伝子発現を上方調節することであり、所望により、前記RNAが標的とする遺伝子が、表8に示される遺伝子の群から選択され、前記RNA配列が、表8に示されるような前記遺伝子を標的とするRNAの配列番号から選択される、請求項1~21のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。配列番号1~9,836または12,053~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を含む無菌組成物。配列番号1~9,836または12,053~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を含む無菌組成物。a前記ヒトRNA配列が、マウスのゲノムからヒトのゲノムへと高度に保存された領域をマッピングすることもしくはシンテニー位置をマウスのゲノムからヒトのゲノムへマッピングすること、例えば、マウス対ヒトLiftOver解析によって入手可能であり、またはb前記ヒトRNA配列が、前記マウスRNA配列に対して少なくとも15塩基にわたって少なくとも90同一である、請求項24に記載の無菌組成物。前記ヒトRNA配列が、配列番号12,604~19,236または21,195~21,582または191,089~192,885または192,980~193,049のいずれか1つである、請求項24に記載の無菌組成物。非経口投与用である、上記請求項のいずれか1項に記載の無菌組成物。前記阻害性核酸が前記RNAによって標的とされる遺伝子の発現を上方調節することができる、上記請求項のいずれか1項に記載の無菌組成物。腫瘍抑制因子の発現を上昇させる方法で使用するための、腫瘍増殖を阻害もしくは抑制する方法で使用するための、または癌を治療する方法で使用するための組成物であって、腫瘍抑制因子の発現を上昇させる方法で使用するための、腫瘍増殖を阻害もしくは抑制する方法で使用するための、または癌を治療する方法で使用するための、配列番号1~49または12,268~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を含む前記組成物。腫瘍抑制因子の発現を上昇させる方法で使用するための、腫瘍増殖を阻害もしくは抑制する方法で使用するための、または癌を治療する方法で使用するための組成物であって、配列番号1~49または12,268~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に対してオルソログであるヒトRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を含む前記組成物。腫瘍抑制因子の発現を上昇させることを、それを必要とする哺乳類において行う方法であって、前記腫瘍抑制因子の発現を上昇させるのに有効な量の、配列番号1~49または12,268~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を前記哺乳類に投与することを含む前記方法。腫瘍抑制因子の発現を上昇させることを、それを必要とする哺乳類において行う方法であって、前記腫瘍抑制因子の発現を上昇させるのに有効な量の、配列番号1~49または12,268~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を前記哺乳類に投与することを含む前記方法。腫瘍の増殖を阻害するまたは抑制することを、それを必要とする哺乳類において行う方法であって、腫瘍の増殖を抑制するまたは阻害するのに有効な量の、配列番号1~49または12,268~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を前記哺乳類に投与することを含む前記方法。腫瘍の増殖を阻害するまたは抑制することを、それを必要とする哺乳類において行う方法であって、腫瘍の増殖を抑制するまたは阻害するのに有効な量の、配列番号1~49または12,268~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を前記哺乳類に投与することを含む前記方法。癌の哺乳類を治療する方法であって、治療上有効な量の、配列番号1~49または12,268~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を前記哺乳類に投与することを含む前記方法。癌の哺乳類を治療する方法であって、治療上有効な量の、配列番号1~49または12,268~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を前記哺乳類に投与することを含む前記方法。a前記ヒトRNA配列が、マウスのゲノムからヒトのゲノムへと高度に保存された領域をマッピングすることもしくはシンテニー位置をマウスのゲノムからヒトのゲノムへマッピングすること、例えば、マウス対ヒトLiftOver解析によって入手可能であり、またはb前記ヒトRNA配列が、前記マウスRNA配列に対して少なくとも15塩基にわたって少なくとも90同一である、請求項29~36のいずれか一項に記載の組成物または方法。前記ヒトRNA配列が、配列番号12,604~12,632または21,338~21,582または192,874~192,885または193,007~193,049から成る群から選択される、請求項29~36のいずれか1項に記載の組成物または方法。幹細胞、所望により胚性幹細胞および所望によりiPS細胞の分化を高める方法であって、配列番号9,837~10,960のいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸に前記細胞を接触させることを含む前記方法。幹細胞、所望により胚性幹細胞および所望によりiPS細胞の分化を高める方法であって、配列番号9,837~10,960のいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸に前記細胞を接触させることを含む前記方法。a前記ヒトRNA配列が、マウスのゲノムからヒトのゲノムへと高度に保存された領域をマッピングすることもしくはシンテニー位置をマウスのゲノムからヒトのゲノムへマッピングすること、例えば、マウス対ヒトLiftOver解析によって入手可能であり、またはb前記ヒトRNA配列が、前記マウスRNA配列に対して少なくとも15塩基にわたって少なくとも90同一である、請求項40に記載の方法。前記の対応するヒトRNA配列が配列番号19,237~20,324または192,886~192,906のいずれか1つである、請求項40に記載の方法。所望により、前記幹細胞を特定の細胞種、所望により、神経、ニューロン、ドーパミン作動性ニューロン、筋肉、皮膚、心臓、腎臓、肝臓、肺、神経内分泌、網膜、網膜色素上皮、膵臓のαおよびβ細胞、造血系細胞、軟骨細胞、骨細胞、血液細胞、T細胞、B細胞、マクロファージ、赤血球、または血小板に分化させるために生体外で行われる、請求項39~42のいずれか一項に記載の方法。前記阻害性核酸の長さが5~40塩基所望により、長さが12~30、12~28、または12~25塩基である、請求項1~43のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸の長さが10~50塩基である、請求項1~44のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が、前記RNA配列の少なくとも10塩基に対して少なくとも90相補的である塩基配列を含む、請求項1~45のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が、前記RNA配列の、例えば、少なくとも5~30、10~30、15~30、20~30、25~30または5~40、10~40、15~40、20~40、25~40、または30~40塩基に対して少なくとも80または90相補的である塩基配列を含む、請求項1~46のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が、前記RNA配列の10、15、20、25または30塩基にわたる相補性塩基対形成において3つまでのミスマッチ例えば、1までまたは2つまでのミスマッチを有する塩基配列を含む、請求項1~47のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が、前記RNA配列の少なくとも10塩基に対して少なくとも80相補的である塩基配列を含む、請求項1~48のいずれか1項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が、前記RNA配列の15塩基にわたって3つまでのミスマッチを有する塩基配列を含む、請求項1~49のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が一本鎖である、請求項1~50のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が二本鎖である、請求項1~51のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が、修飾型糖部分、修飾型ヌクレオシド間結合、修飾型ヌクレオチドおよび/またはそれらの組み合わせを含む1つ以上の修飾を含む、請求項1~52のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が、アンチセンスオリゴヌクレオチド、LNA分子、PNA分子、リボザイムまたはsiRNAである、請求項1~53のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が、二本鎖であり、一方または双方の末端でオーバーハング所望により、2~6塩基の長さを含む、請求項1~54のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記阻害性核酸が、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、外部ガイド配列EGSオリゴヌクレオチド、siRNA化合物、マイクロRNAmiRNA、低分子一本鎖RNAstRNA、および一本鎖または二本鎖RNA干渉RNAi化合物から成る群から選択される、請求項1~55のいずれか一項に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記RNAi化合物が、低分子干渉RNAsiRNA、または低分子ヘアピンRNAshRNA、低分子RNA誘導性遺伝子活性化RNAaおよび低分子活性化RNAsaRNAから成る群から選択される、請求項56に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、アンチセンスRNA、アンチセンスDNA、キメラアンチセンスオリゴヌクレオチド、およびアンチセンスオリゴヌクレオチドから成る群から選択される、請求項54または56に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記修飾型ヌクレオシド間結合が、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホルアミデート、カルバメート、カルボネート、リン酸三エステル、アセトアミデート、カルボキシメチルエステルまたはそれらの組み合わせの少なくとも1つを含む、請求項53に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。前記修飾型糖部分が、2’-O-メトキシエチル修飾型糖部分、2’-メトキシ修飾型糖部分、2’-O-アルキル修飾型糖部分、または二環式糖部分を含む、請求項53に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。2’-OMe、2’-F、LNA、PNA、FANA、ENAまたはモルホリノ修飾を含む、請求項53に記載の阻害性核酸、製造方法、組成物または方法。配列番号1~12,603のいずれか1つのマウスRNA配列またはPRC2結合活性を保持する長さが少なくとも20塩基のその断片である単離された核酸を含む無菌組成物。配列番号12,604~21,582または191,089~193,049のいずれか1つのヒトRNA配列またはPRC2結合活性を保持する長さが少なくとも20塩基のその断片である単離された核酸を含む無菌組成物。癌遺伝子の発現を低下させる方法で使用するためのRNAであって、配列番号12,053~12,267のいずれか1つのマウスRNA配列、または配列番号21,195~21,337もしくは192,980~193,006のいずれか1つのヌクレオ塩基配列を所望により有する、対応するヒトRNA配列、またはPRC2結合活性を保持する長さが少なくとも20塩基のその断片を含む前記RNA。細胞における癌遺伝子の発現を低下させる方法であって、配列番号12,053~12,267のいずれか1つのマウスRNA配列、または配列番号21,195~21,337もしくは192,980~193,006のいずれか1つのヌクレオ塩基配列を所望により有する、対応するヒトRNA配列、またはPRC2結合活性を保持する長さが少なくとも20塩基のその断片に前記細胞を接触させることを含む前記方法。幹細胞、所望により胚性幹細胞および所望によりiPS細胞の多能性を高める方法で使用するためのRNAであって、配列番号9,837~10,960のいずれか1つのマウスRNA配列、または配列番号19,237~20,324または192,886~192,906のいずれか1つのヌクレオ塩基配列を所望により有する、対応するヒトRNA配列、またはPRC2結合活性を保持する長さが少なくとも20塩基のその断片を含む前記RNA。幹細胞、所望により胚性幹細胞および所望によりiPS細胞の多能性を高める方法であって、配列番号9,837~10,960のいずれか1つのマウスRNA配列、または配列番号19,237~20,324または192,886~192,906のいずれか1つのヌクレオ塩基配列を所望により有する、対応するヒトRNA配列、またはPRC2結合活性を保持する長さが少なくとも20塩基のその断片に前記細胞を接触させることを含む前記方法。クロマチン修飾因子を結合するlncRNAに対して相補的であり、それに特異的に結合するLNA分子。前記クロマチン修飾因子がポリコーム抑制複合体2である、請求項68に記載のLNA分子。長鎖非コードRNAlncRNAのその同族結合配列への結合を減らす方法であって、前記lncRNAに対して相補的であり、それに特異的に結合するロックド核酸LNAに前記lncRNAを接触させることを含む、前記方法。高分子の遺伝子間非コードRNAlincRNA、プロモーター関連低分子RNAPASR、内在性アンチセンスRNA、またはクロマチン修飾因子、例えば、ポリコーム複合体、例えば、ポリコーム抑制複合体2に結合するRNAであるlncRNAに対して相補的であり、それに特異的に結合するLNA分子。本明細書でRNA免疫沈降RIP‐シークエンシングと呼ばれる方法を用いて胚性幹細胞にてポリコーム抑制複合体2PRC2が相互作用する9,000超のRNAのゲノム全体のプール本明細書ではPRC2トランスクリプトームと呼ぶを特定した。トランスクリプトームには、アンチセンス転写物、遺伝子間転写物およびプロモーター関連転写物、ならびに多数の注釈が付けられていないRNAが含まれる。インプリント領域、癌遺伝子および腫瘍抑制因子の遺伝子座および幹細胞関連の二価のドメインの中で多数の転写物が生じる。いくつかはEzh2サブユニットを介した直接的なRNA/タンパク質の相互作用の証拠が提供される。これらのPRC2と相互作用するRNAに特異的に結合する阻害性オリゴヌクレオチドが、おそらくPRC2関連抑制を阻害することによって、様々な別々の、独立した例で遺伝子発現を上手く増加させることができるという証拠が提供される。Gtl2RNAは交互にインプリントされたDlk1コーディング遺伝子にPRC2を指し向けるPRC2補因子として特定された。従って、ポリコームタンパク質は、RNAのゲノム全体のファミリーと相互作用し、そのうちのいくつかはヒトの疾患の生体マーカーおよび治療標的として使用され得る。1つの態様において、本発明は、細胞核性リボ核酸nRNAのプールに相補的である複数の有効なcDNAを調製する方法を提供する。その方法は、細胞核性リボ核酸を含む試料、例えば、核の溶解物を含む、例えば、核タンパク質に結合するnRNAを含む試料を提供すること;細胞核性リボ核酸に結合することが知られている、または疑われている核タンパク質と特異的に結合する作用因子、例えば、抗体と試料を、その作用因子とそのタンパク質の間で複合体を形成するのに十分な条件下で接触させること;その複合体を単離すること;cDNAの最初の集団を提供するためにnRNAに相補的であるDNAを合成すること;必要に応じてストランド特異的なプライマーを用いてPCR増幅を行うこと;長さが少なくとも約20ヌクレオチドntの、例えば、長さが少なくとも25、50、75、100、150、200または250ntである精製したcDNAの集団を得るために、cDNAの最初の集団を精製すること;精製したcDNAの集団の少なくとも一部または実質的にすべての配列を決定すること;基準ゲノムに対してリードを並べ、アラインしたもののみを保持すること;例えば、1候補転写物が、100万リード当たりのキロベース当たりのリードRPKM単位で最小リード密度を有する例えば、所望の閾値を上回る、および2候補転写物が、好適な対照ライブラリー例えば、IgGプルダウンライブラリーまたはタンパク質-ヌルプルダウンライブラリーと比較して野生型ライブラリーにて濃縮される;という2つの基準に基づいて信頼の高いcDNA配列を選択すること;それによって複数のcDNAを調製することを含む。細胞核性リボ核酸に結合することが分っているまたは疑われる核タンパク質の一部の例には、Ezh27506KhaliletalProcNatlAcadSciUSA2009Jul141061166772Epub2009Jul1;G9a171720Epub2008Nov6;およびCbx766274が挙げられる。いくつかの実施形態において、本発明は、細胞核性リボ核酸nRNAのプールに相補的である複数の検証されたcDNAを調製する方法を含む。その方法は、細胞核性リボ核酸を含む試料、例えば、核の溶解物を含む試料、例えば、核タンパク質に結合するnRNAを含む試料を提供すること;細胞核性リボ核酸と結合することが知られている、または疑われている核タンパク質、例えば、Ezh2、G9aまたはCbx7に特異的に結合する作用因子、例えば、抗体と試料を、例えば、nRNAがタンパク質に結合したままでいるような、その作用因子とそのタンパク質の間で複合体を形成するのに十分な条件下で接触させること;複合体を単離すること;cDNAの最初の集団を提供するためにnRNAに相補的であるDNAを合成すること;所望により、ストランド特異的なプライマーを用いてcDNAのPCR増幅を行うこと;長さが少なくとも約20ヌクレオチドntの、例えば、長さが少なくとも25、50、100、150または200ntである精製したcDNAの集団を得るために、cDNAの最初の集団を精製すること;精製したcDNAの集団の少なくとも一部または実質的にすべての配列決定を行うこと;信頼性の高い配列を基準ゲノムと比較し、基準ゲノムの配列に対して高い程度の同一性、例えば、少なくとも95、98または99の同一性を有する、または10、5、2または1より少ないミスマッチを有する配列を選択すること;およびi所望の閾値を超える100万リード当たりのキロベース当たりのリードRPKMを有し、ii対照ライブラリータンパク質-ヌルライブラリーまたは並行して行われるIgGプルダウンから作製されるライブラリーと比較して、濃縮されるcDNAを選択すること;それによってcDNAのライブラリーを調製することを含む。いくつかの実施形態において、本方法を用いて対象タンパク質に関連するトランスクリプトームに対応するライブラリーを調製する。いくつかの実施形態において、作用因子は抗体であり、複合体を単離することは複合体を免疫沈降させることを含む。いくつかの実施形態において、ストランド特異的なアダプターを用いてcDNAを合成する。いくつかの実施形態において、前記方法はさらにcDNAの実質的にすべてを配列決定することを含む。別の態様において、本発明は、請求項1~4の方法によって調製される細胞核性リボ核酸nRNAのプールに相補的であるcDNAのライブラリーを特徴とする。いくつかの実施形態において、cDNAのそれぞれは、基材例えば、マイクロアレイ上の個々にアドレス指定可能なビーズまたは領域に連結される。別の態様において、本発明は、ポリコーム抑制複合体2PRC2に結合するRNA、例えば、配列番号1~193,049に特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸を特徴とする。本発明の理論に束縛されるものではないが、これらの阻害性核酸は、特定の染色体座位へのPRC2のリクルートを妨害することによってPRC2の結合および機能を妨害することができる。例えば、本明細書のデータは、lncRNAを特異的に結合するように設計された阻害性核酸の単回投与がlncRNAだけでなく、lncRNAに結合するPRC2も結合クロマチンから安定して移動させることができることを示す。移動の後、完全に補完的なPRC2は24時間まで回復しない。本明細書で提供されるデータはまた、PRC2の推定上のlncRNA結合部位は、保存された一次配列モチーフを示さず、他のlncRNAとのPRC2の相互作用を一般的に破壊することなく、単一のlncRNAとのPRC2の相互作用を妨害する特定の阻害性核酸の設計を可能にする。さらに、本明細書で提供されるデータはまた、lncRNAはシス方式でPRC2をリクルートすることができ、そのlncRNAが転写される特定の染色体座位にてまたはその近傍にて遺伝子発現を抑制し、したがって、PRC2の機能を阻害し、特定の標的遺伝子の発現を上昇させる阻害性核酸を設計するのを可能にすることを裏付けている。いくつかの実施形態において、その発現がPRC2結合RNAによって調節される遺伝子を意味する、PRC2結合RNAが標的とする遺伝子例えば、以下の表1~8で述べるようなインターセクティング遺伝子またはニアバイ遺伝子の発現を調節する方法に使用するために阻害性核酸が提供される。PRC2結合RNAまたはPRC2と結合するRNAという用語はPRC2関連RNAおよびPRC2相互作用RNAと互換的に使用され、PRC2複合体に直接または間接的に結合するlncRNA、RNA転写物またはその領域例えば、以下で記載されるようなピークを指す。そのような結合は、PRC2複合体の成分、例えば、Ezh2に対する抗体を用いる免疫沈降法によって決定され得る。配列番号1~193,049は、本明細書で記載されるRIP‐シークエンシング法を用いてPRC2を結合することが実験的に決定された部分を含有するマウスのRNA配列、またはこれらのマウスのRNA配列に対応するヒトのRNA配列を表す。遺伝子発現を調節するそのような方法は、インビトロ、エクスビボまたはインビボで実施され得る。表8はPRC2結合RNAが標的とする遺伝子を示し;PRC2結合RNAの配列番号が遺伝子名と同じ行に示される。いくつかの実施形態において、疾患、例えば、表9で述べられる疾患の部類を治療する方法で使用するために阻害性核酸が提供される。治療には、PRC2結合RNAが標的とする遺伝子の発現を上方または下方のいずれかに調節すること、好ましくは遺伝子発現を上方調節することを含む。阻害性核酸は、非経口投与用の無菌組成物として製剤化され得る。本記載を通して、化合物の使用に対するどのような言及も、疾患の治療に使用される医薬組成物または医薬品の調製でのその化合物の使用を考慮すると理解される。従って、1つの非限定例として、本発明のこの態様は、PRC2結合RNAが標的とする遺伝子の発現を増加させることを含む疾患の治療における用途のため、医薬品の調製にそのような阻害性核酸を使用することを含む。本発明に従って治療され得る疾患、障害または状態には、循環器系障害、代謝性障害、炎症性障害、骨の障害、神経性または神経変性障害、肺障害、肝臓障害、腎臓障害、尿生殖器障害、骨の障害、癌および/またはタンパク質欠損障害が挙げられる。疾患の部類の例が表9に示される。関連する態様において、本発明は、遺伝子発現を調節する阻害性核酸を調製する方法であって、PRC2に結合するとして特定されているRNA配列、所望により、表1~8または配列番号1~193,049のいずれかのRNAに特異的に結合する、またはそれに対して相補的である、長さが5~40塩基の間の阻害性核酸を合成する工程を含む前記方法を特色とする。本発明のこの態様は、所望により、本明細書で記載されるRIP‐シークエンシング法を介してPRC2に結合するRNA配列を特定する工程をさらに含む。本発明のさらなる態様において、ポリコーム抑制複合体2PRC2に結合するRNAに特異的に結合する阻害性核酸を調製する方法が提供され、その方法は、PRC2に結合するRNA配列、任意で表1~8または配列番号1~193,049のいずれかのRNAに特異的に結合する長さ5~40塩基の間で、所望により、一本鎖の阻害性核酸を設計するおよび/または合成する工程を含む。いくつかの実施形態において、阻害性核酸を合成する前に、方法はさらにPRC2に結合するRNAを特定することを含む。いくつかの実施形態において、RNAはPRC2に結合するRNAを特定することを含む方法によって特定されている。いくつかの実施形態において、阻害性核酸は、PRC2に結合する前記RNA配列における5~40塩基の間の連続する配列に対して少なくとも80相補的である。いくつかの実施形態において、設計されたおよび/または合成された阻害性核酸の配列は、PRC2に結合する前記RNA配列またはその一部に基づき、前記一部は5~40の連続塩基対の長さを有する。いくつかの実施形態において、設計されたおよび/または合成された阻害性核酸の配列は、PRC2に結合する前記RNA配列に対して相補的である、またはその一部に相補的である核酸配列に基づき、前記一部は5~40の連続塩基対の長さを有する。設計されたおよび/または合成された阻害性核酸は、それが結合するもしくは標的とする、または結合するもしくは標的とすることを意図するRNA配列の一部に対して少なくとも80相補性任意で、少なくとも90、95、96、97、98、99または100の1つにて相補性でであり得る。いくつかの実施形態において、それは、標的RNA配列またはその相補体それぞれの一部と比較して1、2または3の塩基ミスマッチを含有し得る。いくつかの実施形態において、それは、15塩基について3までのミスマッチ、または10塩基について2までのミスマッチを有し得る。PRC2に結合する阻害性核酸またはRNA配列の一部は、少なくとも8~40または10~50または5~50の塩基のうちの1つの長さ、例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または50の塩基を有し得る。前記阻害性核酸が、PRC2に結合するRNA配列、PRC2に結合する前記RNA配列に相補的である核酸配列またはそのような配列の一部に基づく場合、それは、その配列についての情報、例えば、公的に利用可能な科学出版物または配列データベースに含有される配列情報を含み得る記録形態または電子形態で利用可能な配列情報に基づき得る。設計および/または合成がそのような配列情報によって記載される核酸に対して相補的である配列の設計および/または合成を含む場合、当業者は、例えば、その分野で共通する一般的な知識の一部を形成するワトソン/クリックの塩基対形成規則の理解を介して相補性の配列を容易に決定することができる。上述の方法では、PRC2に結合するRNAを特定することを含む方法によってPRC2に結合するRNAを特定することができる、もしくは得ることができる、または、特定した、もしくは得た。そのような方法は以下の工程、すなわち、細胞核性リボ核酸を含有する試料を提供すること、PRC2またはそのサブユニットに特異的に結合する作用因子に試料を接触させて、試料において作用因子とタンパク質の間で複合体が形成できるようにすること、複合体を区分化すること、複合体に存在する核酸に対して相補的である核酸を合成することを含み得る。必要に応じて、方法はさらに合成された核酸を増幅する工程、および/または核酸または増幅された核酸を精製する工程、および/またはそのように得られた核酸の配列決定を行う工程、および/またはそのように得られた核酸を選別し/解析して確率の高いPRC2またはそのサブユニットと相互作用する転写物を特定する工程を含み得る。一実施形態において、方法は、本明細書で記載されるRip‐シークエンシング法を含む。上記によれば、いくつかの実施形態において、PRC2に結合するRNAは、PRC2を結合することが分っているものであってもよく、例えば、RNAの配列および/またはPRC2を結合するその能力に関する情報は、その情報に基づかれる阻害性核酸の設計および/または合成を可能にする記録形態または電子形態で一般に公開されている。従って、PRC2に結合するRNAは、既知の配列情報から選択され、阻害性核酸の設計および/または合成について情報を提供するのに使用され得る。他の実施形態において、PRC2に結合するRNAは、設計および/または合成の方法の一部としてPRC2と結合するものとして特定され得る。好ましい実施形態において、阻害性核酸の設計および/または合成には、当業者に既知の技法による出発物質からの核酸の製造が関与し、その際、合成はポリコーム抑制複合体2に結合することが分っているとして選択されているRNAまたはその一部の配列に基づき得る。阻害性核酸の設計および/または合成の方法は、PRC2に結合するRNA配列を特定する、および/または選択する工程;PRC2に結合するRNA配列の一部を特定する、および/または選択する工程:PRC2またはその一部に結合するRNA配列に対して所望の程度の配列同一性または相補性を有する核酸配列を設計する工程;設計した配列に核酸を合成する工程;合成した核酸を少なくとも1つの薬学上許容可能な希釈剤、担体または賦形剤と混合して医薬組成物または医薬品を形成する工程の1以上を含み得る。そのように設計されたおよび/または合成された阻害性核酸は本明細書で記載されるような遺伝子発現を調節する方法において有用であり得る。従って、阻害性核酸を調製する方法は、疾患の治療で使用するための医薬組成物または医薬品の製造にて使用するためである方法であり得、その際任意で、PRC2に結合するRNAが標的とする遺伝子の発現を調節することが治療に含まれる。さらに別の態様において、本発明は、表1、2、3、6および/または7、または表8、または、ここには添付されていないが、その全体が参照によって本明細書に組込まれる2010年12月20日に出願された米国仮特許出願第61/425,174号の別表Iにて参照される配列、または、たとえば別表Iで示されるような、少なくとも20ntを含むその断片を含む単離された核酸を提供する。いくつかの実施形態において、単離される核酸は合成ものである。さらなる態様において、本発明は、細胞における癌遺伝子の発現を低下させる方法を提供する。いくつかの実施形態において、方法には、表6で参照される長鎖非コードRNAもしくはそのPRC2結合断片、または表6で参照されるlncRNAもしくはそのPRC2結合断片に対して少なくとも約90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100相同である核酸配列に細胞を接触させることが含まれる。PRC2と結合するlncRNAの能力を保持する、マウスのlncRNAまたはヒトのlncRNAを含むオルソログlncRNAのPRC2結合断片が考えられている。いくつかの実施形態において、癌遺伝子はc-mycである。いくつかの実施形態において、長鎖非コードRNAはPvt1である。さらに別の態様において、本発明は、それを必要とする哺乳類、例えば、ヒトにおいて腫瘍抑制因子の発現を上昇させる方法を特徴とする。方法には、表7の腫瘍抑制因子遺伝子座に対応するヒトのPRC2と相互作用するlncRNAに特異的に結合するもしくは相補的である阻害性核酸、または表1のインプリント遺伝子に対応するヒトlncRNA、および/または表2の増殖抑制遺伝子に対応するヒトlncRNA、またはその少なくとも15例えば、少なくとも20、21、25、30、100の核酸塩基にわたってオルソログであるもしくは少なくとも90、例えば、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100同一である関連する天然に存在するlncRNAを、腫瘍抑制因子の発現を上昇させるのに有効な量で哺乳類に投与することが含まれる。従って、マウスのlncRNAに対応するヒトのオルソログlncRNAを決定する方法の1つは、マウスの配列の少なくとも15核酸塩基または少なくとも20、21、25、30、40、50、60、70、80、90または100に対して少なくとも90同一である対応するヒト配列を特定することである。追加の態様において、本発明は、表7の腫瘍抑制因子遺伝子座に対応するヒトのPRC2と相互作用するlncRNAに特異的に結合するもしくは相補的である阻害性核酸、または表1のインプリント遺伝子に対応するヒトlncRNA、および/または表2の増殖抑制遺伝子に対応するヒトlncRNA、またはその少なくとも15例えば、少なくとも20、21、25、30、50、70、100の核酸塩基にわたってオルソログであるもしくは少なくとも90、例えば、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100同一である関連する天然に存在するlncRNAを、腫瘍増殖を抑制するまたは阻害するのに有効な量で哺乳類に投与することを含む、前記哺乳類、例えば、癌のヒトにおいて腫瘍の増殖を抑制するまたは阻害する方法を提供する。別の態様において、本発明は、表7の腫瘍抑制因子遺伝子座に対応するヒトlncRNAに特異的に結合するもしくは相補的である阻害性核酸、または表1のインプリント遺伝子に対応するヒトlncRNA、および/または表2の増殖抑制遺伝子に対応するヒトlncRNA、またはその少なくとも15例えば、少なくとも20、21、25、30、50、70、100の核酸塩基にわたってオルソログであるもしくは少なくとも90、例えば、91、92、93、94、95、96、97、98、99、もしくは100同一である関連する天然に存在するlncRNAを、治療上有効な量で哺乳類に投与することを含む、前記哺乳類、例えば、癌のヒトを治療する方法を特徴とする。いくつかのまたは任意の実施形態において、阻害性核酸は、標的核酸の少なくとも一部とハイブリッドを形成し、その機能を調節するオリゴマー塩基化合物またはオリゴヌクレオチド模倣体である。いくつかのまたは任意の実施形態において、阻害性核酸は一本鎖または二本鎖である。様々な例となる阻害性核酸が当該技術で既知であり、記載されている。いくつかの例では、阻害性核酸は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ロックド核酸LNA分子、ペプチド核酸PNA分子、リボザイム、siRNA、アンタゴmiR、外部ガイド配列EGSオリゴヌクレオチド、マイクロRNAmiRNA、小分子一本鎖RNAstRNA、または一本鎖もしくは二本鎖RNA干渉RNAi化合物である。LNA分子という用語は、少なくとも1つのLNA修飾を含む分子を指すので、LNA分子は1以上のロックされたヌクレオチド立体構造上拘束されたおよび1以上のロックされないヌクレオチドを有し得ることが理解される。LNAという用語には、相補性RNAへの高い結合親和性、ヌクレアーゼ耐性、免疫刺激の欠如、および迅速な動態という所望の特性を保持する制約付きの糖を含むヌクレオチドが含まれることも理解される。例となる制約付きの糖には以下に列記されるものが挙げられる。同様に、PNA分子という用語は少なくとも1つのPNA修飾を含み、そのような分子は非修飾ヌクレオチドまたはヌクレオシド間結合を含み得ることが理解される。いくつかのまたは任意の実施形態において、阻害性核酸は、少なくとも1つのヌクレオチドおよび/またはヌクレオシドの修飾例えば、修飾された塩基、または修飾された糖部分を伴う、修飾されたヌクレオシド間結合および/またはそれらの組み合わせを含む。従って、阻害性核酸は、修飾されたヌクレオシドおよび結合、ならびに天然のヌクレオシドおよび結合を含むことができる。ハイブリッドまたはギャップマーを含むそのようなキメラ阻害性核酸の例は以下に記載される。いくつかの実施形態において、阻害性核酸は、修飾された糖部分、および/または修飾されたヌクレオシド間結合、および/または修飾されたヌクレオチドおよび/またはそれらの組み合わせを含む1以上の修飾を含む。いくつかの実施形態において、修飾されたヌクレオシド間結合は、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホルアミデート、カルバメート、カルボネート、リン酸三エステル、アセトアミデート、カルボキシメチルエステルまたはそれらの組み合わせのうちの少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態において、修飾された糖部分は、2’-O-メトキシエチル修飾の糖部分、2’-メトキシ修飾の糖部分、2’-O-アルキル修飾の糖部分、または二環式糖部分を含む。修飾の他の例には、ロックド核酸LNA、ペプチド核酸PNA、アラビノ核酸ANA任意で2’-F修飾を伴う、2’-フルオロ-D-アラビノ核酸FANA、ホスホルアミデートモルホリノオリゴマーPMO、エチレン架橋の核酸ENA任意で2’-O,4’-C-エチレン架橋を伴う、および二環式核酸BNAが挙げられる。さらなる他の例は以下で記載される、および/または当該技術で既知である。いくつかの実施形態において、阻害性核酸は長さ5~40塩基例えば、12~30、12~28、12~25である。阻害性核酸は長さ10~50または5~50塩基であってもよい。例えば、阻害性核酸は長さ5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または50塩基のうちのいずれか1つであり得る。いくつかの実施形態において、阻害性核酸は二本鎖であり、一方の末端または双方の末端でオーバーハング任意で長さ2~6の塩基を含む。他の実施形態において、阻害性核酸は二本鎖であり、平滑末端である。いくつかの実施形態において、阻害性核酸は、標的RNAの少なくとも5、10、15、20、25または30塩基もしくは30もしくは40までの塩基に対して少なくとも80または90相補的である配列を含む、もしくはそれから成る、または標的RNAの10、15、20、25または30塩基にわたって3までのミスマッチ例えば、1まで、または2までのミスマッチを有する塩基配列を含む。従って、阻害性核酸は、標的RNAの少なくとも10の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも15、もしくは15~30もしくは15~40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも20、もしくは20~30もしくは20~40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも25、もしくは25~30もしくは25~40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも30、もしくは30~40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。さらに、阻害性核酸は、標的RNAの少なくとも10の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも15、もしくは15~30もしくは15~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも20、もしくは20~30もしくは20~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも25、もしくは25~30もしくは25~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも30、もしくは30~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。同様に、阻害性核酸は、標的RNAの少なくとも5、10または15の連続塩基に対して完全に相補性ある塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。相補性は、上で言及したように、相補性の塩基の対形成におけるミスマッチの数という点でも参照することができる。従って、阻害性核酸は、標的RNAの10の連続塩基にわたって3までのミスマッチを有する、または標的RNAの15の連続塩基にわたって3までのミスマッチを有する、または標的RNAの20の連続塩基にわたって3までのミスマッチを有する、または標的RNAの25の連続塩基にわたって3までのミスマッチを有する、または標的RNAの30の連続塩基にわたって3までのミスマッチを有する塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。同様に阻害性核酸は、標的RNAの10の連続塩基にわたって2までのミスマッチを有する、または標的RNAの15の連続塩基にわたって2までのミスマッチを有する、または標的RNAの20の連続塩基にわたって2までのミスマッチを有する、または標的RNAの25の連続塩基にわたって2までのミスマッチを有する、または標的RNAの30の連続塩基にわたって2までのミスマッチを有する塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。同様に阻害性核酸は、標的RNAの10、15、20、25または30の連続塩基にわたって1のミスマッチを有する塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。従って、いくつかの実施形態において、阻害性核酸は、標的lncRNAの少なくとも5~40塩基任意で10、15、20、25または30塩基のうちの1つ、または5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または50塩基のうちの1つの連続配列に対して少なくとも80の相補性任意で少なくとも90、95、96、97、98、99、もしくは100の相補性である塩基配列を含む、長さ約5~40、または10~50または5~50塩基配列を含み、またはそれから成る。従って、いくつかの実施形態において、阻害性核酸は、標的lncRNAに対して配列で完全に相補的である同じ長さのアンチセンス核酸の塩基の連続配列に対して80の同一性任意で少なくとも90、95、96、97、98、99、もしくは100の同一性を有する少なくとも5~40または5~50または10~50の塩基任意で10、15、20、25または30塩基のうちの1つまたは5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または50塩基のうちの1つの配列を含み得る、またはそれから成り得る。いくつかの実施形態において、阻害性核酸の配列は、標的lncRNAの10、15、20、25または30塩基任意で10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30のうちの1つにわたる標的lncRNA配列と比べて相補性の塩基対形成において1、2または3のミスマッチを含有し得る。いくつかのまたは任意の実施形態において、阻害性核酸は、長さ5~40または10~50塩基例えば、長さ12~30、12~28、12~25、5~25または10~25の塩基であり、15塩基にわたる相補性の塩基対形成において3までのミスマッチ、または10塩基にわたって2までのミスマッチを有する塩基配列を含む。いくつかの実施形態において、細胞は、インビトロまたはインビボ、例えば、対象における癌細胞、例えば、腫瘍細胞である。他の実施形態において、細胞は、阻害性核酸、PRC2結合lncRNA、またはその断片と生体外で接触させて、多能性を高め、分化を高め、または幹細胞の特定の細胞種、例えば、神経、ニューロン、ドーパミン作動性ニューロン、筋肉、皮膚、心臓、腎臓、肝臓、肺、神経内分泌、網膜、網膜色素上皮、膵臓のαおよびβ細胞、造血系細胞、軟骨細胞、骨細胞および/または血液細胞例えば、T細胞、B細胞、マクロファージ、赤血球、血小板等への分化を誘導する幹細胞である。いくつかの実施形態において、遺伝子はNkx2-1Titf1としても知られるである。いくつかの実施形態において、Nkx2-1に対する長鎖非コードアンチセンスRNAは、AK14300を含むNkx2-1プロモーター;またはNR_003367.1とおそらく重複しておよそ57,636,100~57,638,650の塩基対でマウスの第12染色体上にある。ヒトでは、類似のアンチセンス転写物は、ヒトNKX2-1遺伝子座に存在するヒト遺伝子BX161496;Chr14:ヒトのゲノムアセンブリバージョンGRCh37/hg19におけるbp36,988,521-36,991,722と、一致しないまでも、重複する。Nkx2-1は、腫瘍抑制因子および癌遺伝子の両方である。早い段階では、Nkx2-1は腫瘍を形成するために必要とされ、後になってその発現が失われ、その喪失が予後不良に相関する。そのため、Nkx2-1を標的とするlncRNAは少なくとも2つの用途を有する。すなわち、そのlncRNAは、投与されてそれ自体が癌の形成を阻止することができ、または後になってその発現を低下させてNKX2-1の発現を上げることができる。ヒトでは、NKX2-1は、肺腺癌にて増幅され、変異することが多く、肺の腫瘍形成と直接関連付けられている。それは癌発生の初期においては癌原遺伝子として説明されるが、同時にその発現の喪失は最終的に予後不良に関連する。従って、いくつかの実施形態において、プロモーターに関連するアンチセンス転写物を対象、例えば、癌、例えば、肺腺癌の対象に投与し、および/または腫瘍細胞に導入し、それによって、増幅したNKX2-1を発現した患者にてNKX2-1の発現を低下させる。或いは、NKX2-1の発現を喪失している予後不良の対象例えば、癌、例えば、肺腺癌の対象にて、LNA分子のような阻害性RNAを導入してPRC2と相互作用するアンチセンス転写物と拮抗させ、NKX2-1遺伝子の発現を再開させる。追加の態様において、本発明は幹細胞の多能性を高める方法を提供する。方法は、表3にあるような長鎖非コードRNAもしくはそのPRC2結合断片、表3にあるようなlncRNA配列もしくはそのPRC2結合断片に対して少なくとも約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99相同である核酸配列に細胞を接触させることを含む。マウスのlncRNA、またはヒトlncRNAを含むオルソログlncRNAのPRC2結合断片は前述の方法で企図される。さらなる態様において、本発明は、幹細胞の分化を高める方法を特徴とするが、該方法は、表3および表4にあるような長鎖非コードRNAに特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸に細胞を接触させることを含む。いくつかの実施形態において、幹細胞は胚性幹細胞である。いくつかの実施形態において、幹細胞はiPS細胞または成体幹細胞である。追加の態様において、本発明は、非経口投与のための、表1、2、6もしくは7もしくは8のlncRNAの少なくとも5、10、15、20、25または30塩基、または30もしくは40までの塩基に特異的に結合するもしくはそれに対して少なくとも90相補的である阻害性核酸、または表1、2、6もしくは7もしくは8のlncRNAの少なくとも15例えば、少なくとも20、21、25、30、100核酸塩基に対して少なくとも約90、91、92、93、94、95、96、97、98、99もしくは100同一である関連する天然に存在するlncRNAを含む無菌組成物を提供する。いくつかの実施形態において、阻害性核酸は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、外部ガイド配列EGSオリゴヌクレオチド、siRNA化合物、マイクロRNAmiRNA、小分子一本鎖RNAstRNA、および一本鎖もしくは二本鎖RNA干渉RNAi化合物から成る群から選択される。いくつかの実施形態において、RNAi化合物は、低分子干渉RNAsiRNA、または低分子ヘアピンRNAshRNA、低分子RNA誘導の遺伝子活性化RNAaおよび低分子活性化RNAsaRNAから成る群から選択される。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンチセンスRNA、アンチセンスDNA、キメラアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドから成る群から選択される。いくつかの実施形態において、阻害性核酸は、修飾された糖部分、修飾されたヌクレオシド結合、修飾されたヌクレオチドおよび/またはそれらの組み合わせを含む1以上の修飾を含む。いくつかの実施形態において、修飾されたヌクレオシド結合は、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホルアミデート、カルバメート、カルボネート、リン酸三エステル、アセトアミデート、カルボキシメチルエステルまたはそれらの組み合わせのうちの少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態において、修飾された糖部分は、2’-O-メトキシエチル修飾の糖部分、2’-メトキシ修飾の糖部分、2’-O-アルキル修飾の糖部分、または二環式糖部分を含む。修飾の他の例には、ロックド核酸LNA、ペプチド核酸PNA、アラビノ核酸ANA任意で2’-F修飾を伴う、2’-フルオロ-D-アラビノ核酸FANA、ホスホルアミデートモルホリノオリゴマーPMO、エチレン架橋の核酸ENA任意で2’-O,4’-C-エチレン架橋を伴う、および二環式核酸BNAが挙げられる。さらなる他の例は以下で記載されるおよび/または当該技術で既知である。以下で要約される配列表に示されるRNAのいずれのPRC2結合断片も考えられている。いくつかの態様において、断片はPRC2をリクルートし、PRC2活性を高め得るが、それによって遺伝子発現を抑制する一方で、他の例では、断片はPRC2上のlncRNA結合部位を覆い隠すことによってPRC2活性を妨害し得る。特に、本発明は、以下のRNA断片を使用して、表9で示す逆鎖の列または同鎖の列のいずれか部類のいずれかに記載される疾患、障害、状態または関連を治療するのに使用するために表1~8で示す遺伝子のいずれかの発現を調節することを特徴とする。さらに、以下で要約される配列表、配列番号1~193,049で示すRNAのいずれかに特異的に結合する阻害性核酸も考えられている。特に、本発明は、表9で示す表8の逆鎖の列または同鎖の列のいずれか部類のいずれかに記載される疾患、障害、状態または関連を治療するのに使用するために表1~8で示す遺伝子のいずれかの発現を上方調節するためのこれらの阻害性核酸の使用を特徴とし;いずれの部類において一緒に群分けされた一連の遺伝子の上方調節も考えられている。そのような阻害性核酸が、その遺伝子に対応するmRNAの発現を約50すなわち、正常の150または1.5倍または約2倍~約5倍高めたという証拠も本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、発現が、約15倍、20倍、30倍、40倍、50倍または100倍、または前述の数のいずれかの間の範囲に高められ得ることが考えられている。他の実験では、高められたmRNA発現は、高められたタンパク質発現と相関することが示されている。配列表における配列の要約を以下に示す。配列番号は、PRC2すなわち、阻害性核酸が指し向けられるRNAに会合する結合するRNAを指す。a表に記載された基準遺伝子、bこれらの遺伝子を標的とするの発現を調節するPrc2結合転写物またはピークすなわち、PRC2に結合するRNAのさらに小さい領域、およびcPRC2結合転写物またはピークに特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸のそれぞれは、以下の表9における番号によって表されるこれらの部類のうちのいずれか1つに好都合に群分けされ得る。疾患は、部類番号11、14、15、17、21、24、26、42、44、49、58、69、82、103、119、120、126、143、163、167、172、177、182、183、184、187、191、196、200、203、204、212、300~323のうちのいずれか1つ、または400~643のうちのいずれか1つによって指し示される。他の機能的な群は、部類番号10、12、13、16、18、19、20、22、23、25、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、43、45、46、47、48、50、51、52、53、54、55、56、57、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、121、122、123、124、125、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、164、165、166、168、169、170、171、173、174、175、176、178、179、180、181、185、186、188、189、190、192、193、194、195、197、198、199、201、202、205、206、207、208、209、210、211、213、214、215、216、217、または218よって指し示される。部類番号名称10アクチン細胞骨格組織化11急性骨髄性白血病12接着接合13脂肪サイトカインのシグナル伝達経路14加齢15アルツハイマー病16アミノ糖およびヌクレオチド糖の代謝17筋萎縮性側索硬化症ALS18血管新生19アポトーシス20アルギニンおよびプロリンの代謝21催不整脈性右心室心筋症ARVC22軸索誘導23B細胞受容体のシグナル伝達経路24基底細胞癌部類644にも該当25基底転写因子26膀胱癌部類644にも該当27血液凝固28血管の発生29骨の発達30カルシウムのシグナル伝達経路31心筋収縮32カチオンチャンネル活性33細胞接着34細胞周期35細胞周期36細胞運動37細胞表面受容体に連鎖したシグナル伝達38ストレスに対する細胞応答39チャンネル活性40ケモカインのシグナル伝達経路41コレステロールの代謝過程42慢性骨髄性白血病43クエン酸サイクルTCAサイクル44結腸直腸癌45補体および凝固のカスケード46サイトカイン活性47細胞骨格タンパク質結合48細胞質ゾル49拡張型心筋症50DNA結合51DNA修復52DNA複製53DNA複製54薬剤代謝55胎児性形態形成56エンドサイトーシス57エンドサイトーシス58子宮内膜癌59小胞体60ErbBのシグナル伝達経路61細胞外領域62眼の発生63脂肪酸の代謝64フルクトースおよびマンノースの代謝65Gタンパク質結合受容体タンパク質のシグナル伝達経路66配偶子の生成67ギャップ接合68miRNAによる遺伝子のサイレンシング69神経膠腫70グルコースの代謝過程71解糖/糖新生72ゴルジ装置73増殖因子の活性74GTP分解酵素の調節因子活性75心臓の発生76ヘッジホッグシグナル伝達経路77造血系細胞系列78造血79造血系またはリンパ系臓器の発生80ヒストン修飾81ハンチントン病82肥大型心筋症HCM83免疫応答84免疫系の発達85炎症反応86インスリンのシグナル伝達経路87細胞内のシグナル伝達カスケード88イオンチャンネルの活性89イオン輸送90Jak/STATシグナル伝達経路91学習または記憶92白血球活性化93白血球の経内皮移動94四肢の発達95運動器官の挙動96長期の強化97肺の発生98リソソーム99リソソーム100MAPKのシグナル伝達経路101MAPKKKのカスケード102メラニン形成103黒色腫104ミスマッチ修復105ミトコンドリア106ミトコンドリアの組織化107mTORのシグナル伝達経路108筋肉組織の発達109非コードRNAの代謝過程110ニューロンの発生111神経栄養因子のシグナル伝達経路112非小細胞肺癌部類644にも該当113ノッチのシグナル伝達経路114核小体115卵母細胞の減数分裂116酸化還元117酸化的リン酸化118p53のシグナル伝達経路119膵臓癌部類644にも該当120パーキンソン病121癌における経路部類644にも該当122ホスファターゼ活性123リンタンパク質ホスファターゼ活性124細胞性生合成過程の正の調節125PPARのシグナル伝達経路126前立腺癌部類644にも該当127プロテアソーム128タンパク質アミノ酸の脱リン酸化129タンパク質の折り畳み130タンパク質キナーゼ活性131タンパク質セリン/スレオニンキナーゼ活性132プリン代謝133ピリミジン代謝134Rasタンパク質のシグナル伝達135アクチン細胞骨格の調節136自食作用の調節137細胞死の調節部類644にも該当138細胞増殖の調節部類644にも該当139細胞の大きさの調節140タンパク質のユビキチン化の調節141Rasタンパク質のシグナル伝達の調節142転写の調節143腎細胞癌部類644にも該当144低酸素に対する応答145ステロイドホルモンの刺激に対する応答146ウイルスに対する応答147リボソーム148RNAの分解149RNAのプロセシング150エステル交換反応を介したRNAのスプライシング151分泌152骨格系の発達153骨格系の形態形成154小細胞肺癌部類644にも該当155低分子のGTP分解酵素調節因子の活性156精子形成157スフィンゴ脂質の代謝158スプライセオソーム159スプライセオソーム160幹細胞の分化161ステロイドの生合成162シナプス163全身性エリテマトーデス164T細胞活性化165T細胞受容体のシグナル伝達経路166TGF-βのシグナル伝達経路167甲状腺癌部類644にも該当168トール様受容体のシグナル伝達経路169転写活性化因子の活性170転写因子の活性171翻訳172II型糖尿病173ユビキチン介在性のタンパク質分解174血管平滑筋の収縮175血管系の発生176VEGFのシグナル伝達経路177ウイルス性心筋炎178Wntのシグナル伝達経路179アミノ酸の生合成180ankの反復181ブロモドメイン182心筋症183白内障184シャルコーマリーツース病185サイトカイン186サイトカイン受容体187難聴188疾患の変異189egf様ドメイン190エンドソーム191癲癇192糖タンパク質193増殖因子194増殖因子の結合195増殖因子受容体196魚鱗癬197免疫グロブリンドメイン198イオンチャンネル199ロイシンリッチ反復200大脳白質萎縮症201メチル化202メチルトランスフェラーゼ203神経変性204神経症205核206肥満207タンパク質ホスファターゼ208タンパク質ホスファターゼ阻害因子209癌遺伝子癌原遺伝子を含む部類644にも該当210分泌される211セリン/スレオニン特異的タンパク質キナーゼ212全身性エリテマトーデス213膜貫通214膜貫通タンパク質215腫瘍抑制因子部類644にも該当216チロシンタンパク質キナーゼ217ubl抱合経路218wd反復300膀胱癌において下方調節部類644にも該当301白血病において下方調節部類644にも該当302脳腫瘍において下方調節部類644にも該当303乳癌において下方調節部類644にも該当304子宮頸癌において下方調節部類644にも該当305結腸癌において下方調節部類644にも該当306食道癌において下方調節部類644にも該当307胃癌において下方調節部類644にも該当308頭頸部癌において下方調節部類644にも該当309腎臓癌において下方調節部類644にも該当310肝臓癌において下方調節部類644にも該当311肺癌において下方調節部類644にも該当312リンパ腫において下方調節部類644にも該当313黒色腫において下方調節部類644にも該当314多発性骨髄腫において下方調節部類644にも該当315卵巣癌において下方調節部類644にも該当316膵臓癌において下方調節部類644にも該当317前立腺癌において下方調節部類644にも該当318肉腫において下方調節部類644にも該当319非黒色腫の皮膚癌において下方調節部類644にも該当320部類644にもある子宮癌において下方調節部類644にも該当321中皮腫において下方調節部類644にも該当322副腎癌において下方調節部類644にも該当323副甲状腺癌において下方調節部類644にも該当400腎臓の明細胞肉腫において上方調節部類644にも該当401急性の肺損傷において上方調節402急性巨核芽球性白血病において上方調節部類644にも該当403急性骨髄性白血病において上方調節部類644にも該当404詳細不明の急性膵炎において上方調節405食道の腺癌において上方調節部類644にも該当406肺の腺癌において上方調節部類644にも該当407小腸の腺腫において上方調節部類644にも該当408アデノウイルス感染において上方調節409脳炎を伴ったAIDSにおいて上方調節410アルコール中毒症において上方調節411アレキサンダー病において上方調節412α-1アンチトリプシン欠乏症において上方調節413アルツハイマー病において上方調節414退形成性乏突起星細胞腫において上方調節部類644にも該当415アンドロゲン不感症症候群において上方調節416星状細胞腫において上方調節部類644にも該当417筋肉萎縮において上方調節418自己免疫性肝炎において上方調節419細菌感染において上方調節420バレット食道において上方調節421小腸のその場での癌腫において上方調節部類644eにも該当422心筋症において上方調節423慢性肉芽腫性疾患において上方調節424慢性リンパ性白血病において上方調節425慢性閉塞性気道疾患において上方調節426慢性多関節性若年性関節リウマチにおいて上方調節427肝硬変において上方調節428コカイン依存症において上方調節429複雑齲歯において上方調節430クローン病において上方調節431非代償性心不全において上方調節432脱水において上方調節433拡張型心筋症において上方調節434ウイルス性心筋炎に続発する拡張型心筋症において上方調節435表皮増殖において上方調節436中枢神経系の大腸菌感染において上方調節437本態性血小板血症において上方調節438過度の労作による消耗において上方調節439家族性低リン酸血症性骨疾患において上方調節440骨折において上方調節441大腿骨の骨折において上方調節442汎虚血性心筋機能障害において上方調節443膠芽腫において上方調節部類644にも該当444ハマンリッチ症候群において上方調節445ヘリコバクターピロリによる消化管の感染において上方調節446C型肝炎において上方調節447HIV感染において上方調節448ハンチントン病において上方調節449高コレステロール血症において上方調節450肥大において上方調節451特発性血小板減少性紫斑病において上方調節452腸炎エルシニアによる感染において上方調節453無精子症による不妊において上方調節454心臓の損傷において上方調節455ISM-皮膚のその場での黒色腫において上方調節456レーバーの黒内障において上方調節457肝癌において上方調節部類644にも該当458黄斑変性症において上方調節459悪性リンパ腫において上方調節部類644にも該当460子宮頸部の悪性腫瘍において上方調節部類644にも該当461十二指腸の悪性腫瘍において上方調節部類644にも該当462前立腺の悪性腫瘍において上方調節部類644にも該当463胃の悪性腫瘍において上方調節部類644にも該当464精巣の悪性腫瘍において上方調節部類644にも該当465結腸の悪性腫瘍において上方調節部類644にも該当466多発性良性色素細胞性母斑において上方調節467糖尿病性神経症において上方調節468非インスリン依存性糖尿病において上方調節469栄養欠乏において上方調節470閉塞性睡眠時無呼吸症において上方調節471乏突起膠腫において上方調節部類644にも該当472甲状腺乳頭癌において上方調節部類644にも該当473パーキンソン病において上方調節474ブタの腎症において上方調節475前子癇において上方調節476原発性心筋症において上方調節477原発性開放隅角緑内障において上方調節478原発性肺形成不全において上方調節479シュードモナス感染において上方調節480肺気腫において上方調節481肺高血圧症において上方調節482II型糖尿病に関連する腎障害において上方調節483腎損傷において上方調節484網膜色素変性症において上方調節485関節リウマチにおいて上方調節486有棘細胞癌において上方調節部類644にも該当487肺の有棘細胞癌において上方調節部類644にも該当488癲癇重積症において上方調節489全身性感染において上方調節490血小板減少症において上方調節491胸腺癌において上方調節部類644にも該当492移行上皮癌において上方調節部類644にも該当493その場での移行上皮癌において上方調節部類644にも該当494潰瘍性大腸炎において上方調節495子宮筋腫において上方調節496人工呼吸器関連の肺損傷において上方調節497心室肥大において上方調節498心室肥大[左]において上方調節499ビタミンA欠乏症において上方調節500腎臓の明細胞肉腫において下方調節部類644にも該当501急性肺損傷において下方調節502急性巨核芽球性白血病において下方調節部類644にも該当503急性骨髄性白血病において下方調節部類644にも該当504詳細不明の急性膵炎において下方調節505食道の腺癌において下方調節部類644にも該当506肺の腺癌において下方調節部類644にも該当507小腸の腺腫において下方調節部類644にも該当508アデノウイルス感染において下方調節509脳炎を伴ったAIDSにおいて下方調節510アルコール中毒症において下方調節511アレキサンダー病において下方調節512α-1アンチトリプシン欠乏症において下方調節513アルツハイマー病において下方調節514退形成性乏突起星細胞腫において下方調節515アンドロゲン不感症症候群において下方調節516星状細胞腫において下方調節部類644にも該当517筋肉の委縮において下方調節518自己免疫性肝炎において下方調節519細菌感染において下方調節520バレット食道において下方調節521小腸のその場での癌腫において下方調節部類644にも該当522心筋症において下方調節523慢性肉芽腫性疾患において下方調節524慢性リンパ性白血病において下方調節525慢性閉塞性気道疾患において下方調節526慢性多関節性若年性関節リウマチにおいて下方調節527肝硬変において下方調節528コカイン依存症において下方調節529複雑齲歯において下方調節530クローン病において下方調節531非代償性心不全において下方調節532脱水において下方調節533拡張型心筋症において下方調節534ウイルス性心筋炎に続発する拡張型心筋症において下方調節535表皮増殖において下方調節536中枢神経系の大腸菌感染において下方調節537本態性血小板血症において下方調節538過度の労作による消耗において下方調節539家族性低リン酸血症性骨疾患において下方調節540骨折において下方調節541大腿骨の骨折において下方調節542汎虚血性心筋機能障害において下方調節543膠芽腫において下方調節部類644にも該当544ハマンリッチ症候群において下方調節545ヘリコバクターピロリによる消化管の感染において下方調節546C型肝炎において下方調節547HIV感染において下方調節548ハンチントン病において下方調節549高コレステロール血症において下方調節550肥大において下方調節551特発性血小板減少性紫斑病において下方調節552腸炎エルシニアによる感染において下方調節553無精子症による不妊において下方調節554心臓の損傷において下方調節555ISM-皮膚のその場での黒色腫において下方調節部類644にも該当556レーバーの黒内障において下方調節557肝癌において下方調節部類644にも該当558黄斑変性症において下方調節559悪性リンパ腫において下方調節部類644にも該当560子宮頸部の悪性腫瘍において下方調節部類644にも該当561十二指腸の悪性腫瘍において下方調節部類644にも該当562前立腺の悪性腫瘍において下方調節部類644にも該当563胃の悪性腫瘍において下方調節部類644にも該当564精巣の悪性腫瘍において下方調節部類644にも該当565結腸の悪性腫瘍において下方調節部類644にも該当566多発性良性色素細胞性母斑において下方調節567糖尿病性神経症において下方調節568非インスリン依存性糖尿病において下方調節569栄養欠乏において下方調節570閉塞性睡眠時無呼吸症において下方調節571乏突起膠腫において下方調節572甲状腺乳頭癌において下方調節573パーキンソン病において下方調節574ブタの腎症において下方調節575前子癇において下方調節576原発性心筋症において下方調節577原発性開放隅角緑内障において下方調節578原発性肺形成不全において下方調節579シュードモナス感染において下方調節580肺気腫において下方調節581肺高血圧症において下方調節582II型糖尿病に関連する腎障害において下方調節583腎損傷において下方調節584網膜色素変性症において下方調節585関節リウマチにおいて下方調節586有棘細胞癌において下方調節部類644にも該当587肺の有棘細胞癌において下方調節部類644にも該当588癲癇重積症において下方調節589全身性感染において下方調節590血小板減少症において下方調節591胸腺癌において下方調節部類644にも該当592移行上皮癌において下方調節部類644にも該当593その場での移行上皮癌において下方調節部類644にも該当594潰瘍性大腸炎において下方調節595子宮筋腫において下方調節596人工呼吸器関連の肺損傷において下方調節597心室肥大において下方調節598心室肥大[左]において下方調節599ビタミンA欠乏症において下方調節600骨疾患に関連する601癌疾患に関連する部類644にも該当602循環器疾患に関連する603結合組織障害疾患に関連する604皮膚病に関連する605発達障害に関連する606耳、鼻、喉の疾患に関連する607内分泌疾患に関連する608消化器疾患に関連する609血液疾患に関連する610免疫疾患に関連する611代謝性疾患に関連する612多発性疾患に関連する613筋肉疾患に関連する614神経疾患に関連する615栄養性疾患に関連する616眼科疾患に関連する617他の疾患に関連する618精神疾患に関連する619腎臓疾患に関連する620呼吸器疾患に関連する621骨格疾患に関連する622骨疾患で低下する623癌疾患で低下する部類644にも該当624循環器疾患で低下する625結合組織障害疾患で低下する626皮膚疾患で低下する627発達障害で低下する628耳、鼻、喉の疾患で低下する629内分泌疾患で低下する630消化器疾患で低下する631血液疾患で低下する632免疫疾患で低下する633代謝性疾患で低下する634多発性疾患で低下する635筋肉疾患で低下する636神経疾患で低下する637栄養性疾患で低下する638眼科疾患で低下する639他の疾患で低下する640精神疾患で低下する641腎臓疾患で低下する642呼吸器疾患で低下する643骨格疾患で低下する644癌に関与する従って、様々な態様において、本発明は、表で示される部類の1つ以上の範囲内に入る基準遺伝子の群の発現を調節し、各基準遺伝子に関連する疾患を示す表9で示される部類の任意の1つ以上における対応する疾患、障害または状態を治療するための、表1~8のいずれかのRNA配列のいずれかに特異的に結合する阻害性核酸を特徴とする。別の態様において、本発明はまた、逆鎖の列または同鎖の列のいずれかで表8にて示される配列番号124437~190716または190934~191086または191087ヒトのピーク、または配列番号21583~124436または190717~190933または191088マウスのピークのRNA配列のいずれかに特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸も特徴とする。いくつかの実施形態において、PRC2結合RNAが標的とする遺伝子例えば、以下の表1~8で示されるインターセクティング遺伝子またはニアバイ遺伝子の発現を調節する方法における使用のために阻害性核酸が提供される。そのような方法は、インビトロ、エクスビボまたはインビボで実施することができる。いくつかの実施形態において、例えば、以下の表9で記載されるような疾患を治療する方法で使用するために阻害性核酸が提供される。治療には、PRC2結合RNAが標的とする遺伝子の発現を上方または下方のいずれかに調節すること、好ましくは遺伝子発現を上方調節することが関与する。いくつかの実施形態において、阻害性核酸は非経口投与用に無菌組成物として製剤化される。これらのRNA配列が標的とする基準遺伝子は表8で示され、表9における部類1~643に従って群分けされている。従って、1つの態様において、本発明は、部類1~643のうちのいずれか1つにおけるRNA配列、転写物またはピークのいずれかの群に特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸の群を記載する。特に、本発明は、表9で示される部類のいずれか例えば、部類番号11、14、15、17、21、24、26、42、44、49、58、69、82、103、119、120、126、143、163、167、172、177、182、183、184、187、191、196、200、203、204、212、300~323、および/または400~643のうちのいずれか1以上に記載される疾患、障害、状態または関連を治療するのに使用するための、表8で示される基準遺伝子のいずれかの発現を上方調節するためのそのような阻害性核酸の使用を特徴とする。非限定例として、部類45補体と凝固のカスケードには、TFPI、F2、F2R、CD46、PROS1、SERPINE1、A2M、C1S、C3AR1、BDKRB1、C1R、SERPING1、BDKRB2、F5、C8G、THBD、および/またはPLAUそれぞれ遺伝子ID7035、2147、2149、4179、5627、5054、2、716、719、623、715、710、624、2153、733、7056、および5328から成る群から選択される基準遺伝子が含まれる。次いで、TFPI、F2、F2R、CD46、PROS1、SERPINE1、A2M、C1S、C3AR1、BDKRB1、C1R、SERPING1、BDKRB2、F5、C8G、THBD、および/またはPLAUのそれぞれは、表8の適用可能な列で示される配列番号を有するPRC2結合RNAによって標的とされる。例えば、TFPIの配列番号には、表8に従って13245[F]、155228[F]、155229[F]、155230[F]、155231[F]、155232[F]、155233[F]、155234[F]、155235[F]、155236[F]、155237[F]、155238[F]、155239[F]、155240[F]、155241[F]、155242[F]、155243[F]、155244[F]、155245[F]、155246[F]、155247[F]、155248[F]、155249[F]、155250[F]、155251[F]、155252[F]、155255[F]、155256[F]、13245[66912]、155237[-806]、879[F]、68709[F]、68710[F]、68711[F]、68712[F]、68713[F]、68714[F]、68715[F]、68716[F]、68717[F]、68718[F]、68719[F]、68720[F]、68721[F]、68722[F]、68723[F]、68724[F]、68725[F]、68726[F]、68727[F]、68728[F]、68729[F]、68730[F]、68731[F]、68732[F]、68733[F]、68734[F]、68735[F]、68736[F]、68737[F]、68738[F]、68739[F]、68740[F]、68741[F]、68742[F]、68743[F]、68744[F]、68745[F]、68746[F]、68747[F]、68748[F]、68749[F]、および/または68713[-245]が含まれる。標的となる基準遺伝子TFPI、F2、F2R、CD46、PROS1、SERPINE1、A2M、C1S、C3AR1、BDKRB1、C1R、SERPING1、BDKRB2、F5、C8G、THBD、および/またはPLAUとして表8に列記されるこれらの配列番号のうちのいずれか1つに特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸から成る群から選択される阻害性核酸の群が、部類45補体と凝固のカスケードの疾患を治療することにおける使用を含むが、これらに限定されない本明細書で記載される組成物および方法のいずれかにおける使用について企図されるが、治療には、基準遺伝子TFPI、F2、F2R、CD46、PROS1、SERPINE1、A2M、C1S、C3AR1、BDKRB1、C1R、SERPING1、BDKRB2、F5、C8G、THBD、および/またはPLAUのいずれかの調節が関与する。同様に、部類643骨格疾患で低下するにおける遺伝子に特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸が、骨格疾患を治療することにおける使用を含むが、これらに限定されない本明細書で記載される組成物および方法のいずれかにおける使用について企図される。部類644癌に含まれるの一部でもある部類における遺伝子に特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸が、癌を治療することにおける使用を含むが、これらに限定されない本明細書で記載される組成物および方法のいずれかにおける使用について企図される。様々な態様において、本発明はさらに、互いに近傍の、例えば、互いに100塩基、200塩基、300塩基、400塩基、500塩基、1kbまたは2kbの範囲内である染色体座標に対応し、好ましくはi表9における同一基準遺伝子またはii表9における同一UCSC転写物に関連する1以上のピーク間でのRNA配列に結合する阻害性核酸を特徴とする。例えば、本発明は、配列番号1~21582または191089~193049のRNA転写物のいずれかの、長さ約2000、約1750、約1500または約1250ヌクレオチド、または好ましくは長さ約1000、約750、約500、約400、約300ヌクレオチド、または長さ約200、約150もしくは約100の断片に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸を特徴とし、その際、RNAの断片は、配列番号124437~190716または190934~191086または191087ヒトのピークまたは配列番号21583~124436または190717~190933または191088マウスのピークのいずれか、または本明細書に添付はされないが、その全体が参照によって本明細書に組込まれる米国仮特許出願第61/425,174号の別表IのcDNA配列のいずれかの逆相補配列内での少なくとも5つの連続するヌクレオチドのストレッチを含む。例となる実施形態において、RNAの断片は、配列番号124437~190716または190934~191086または191087ヒトのピークまたは配列番号21583~124436または190717~190933または191088マウスのピークのいずれか、または2010年12月20日に出願された米国仮特許出願第61/425,174号の別表IのcDNA配列のいずれかの逆相補配列内での少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49または50の連続したヌクレオチドを含む。いくつかのまたは任意の実施形態において、阻害性核酸は、例えば、長さ約5~40塩基、または10~50塩基、または5~50塩基である。いくつかの実施形態において、阻害性核酸は、標的RNAすなわち、配列番号1~193,049のいずれかの例えば、少なくとも5、10、15、20、25もしくは30塩基、または30もしくは40までの塩基に対して少なくとも80または90相補的である配列を含むまたはそれから成り、または標的RNAの10、15、20、25もしくは30塩基にわたって3までのミスマッチ例えば、1までの、または2までのミスマッチを伴った塩基配列を含む。従って、上で言及したように、阻害性核酸は、標的RNAの少なくとも10、もしくは10~30、もしくは10~40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも15、もしくは15~30、もしくは15~40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも20、もしくは20~30、もしくは20~40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも25、もしくは25~30、もしくは25~40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも30、もしくは30~40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である、または標的RNAの少なくとも40の連続塩基に対して少なくとも80相補的である塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。さらに、阻害性核酸は、標的RNAの少なくとも5、もしくは5~30、もしくは5~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも10、もしくは10~30、もしくは10~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも15、もしくは15~30、もしくは15~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも20、もしくは20~30、もしくは20~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも25、もしくは25~30、もしくは25~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも30、もしくは30~40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である、または標的RNAの少なくとも40の連続塩基に対して少なくとも90相補的である塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。同様に、阻害性核酸は、標的RNAの少なくとも5、10、または15の連続塩基に対して完全に相補的である塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。幾つかの追加の非相補性の塩基が含まれ得ることが理解される。記載された塩基のそのような配列を含む阻害性核酸は他の非相補性の塩基も含み得ることが理解される。例えば、阻害性核酸は、全長20塩基であり得るが、標的RNAの15塩基に対して完全に相補的である15塩基部分を含むことができる。同様に、阻害性核酸は、全長20塩基であり得るが、標的RNAの15塩基に対して少なくとも80相補的である15塩基部分を含むことができる。相補性は、上で言及したように、相補性の塩基対形成におけるミスマッチの数という点でも参照することができる。従って、阻害性核酸は、標的RNAの10の連続塩基にわたって3までのミスマッチ、または標的RNAの15の連続塩基にわたって3までのミスマッチ、または標的RNAの20の連続塩基にわたって3までのミスマッチ、または標的RNAの25の連続塩基にわたって3までのミスマッチ、または標的RNAの30の連続塩基にわたって3までのミスマッチを伴った塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。同様に、阻害性核酸は、標的RNAの10の連続塩基にわたって2までのミスマッチ、または標的RNAの15の連続塩基にわたって2までのミスマッチ、または標的RNAの20の連続塩基にわたって2までのミスマッチ、または標的RNAの25の連続塩基にわたって2までのミスマッチ、または標的RNAの30の連続塩基にわたって2までのミスマッチを伴った塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。同様に、阻害性核酸は、標的RNAの10、15、20、25、または30の連続塩基にわたって1つのミスマッチを伴った塩基配列を含むことができ、またはそれから成ることができる。本明細書例えば、要約、詳細な説明、または実施形態の実施例にてで記載される阻害性核酸またはそれを設計するもしくは合成する方法のいくつかのまたは任意の実施形態において、阻害性核酸は任意で、a作製され、実際に開示されるすなわち、特定の化学物質、一本鎖または二本鎖、特定の修飾および特定の塩基配列、以下の配列番号で示される特定の阻害性核酸の1以上;および/またはbaの阻害性核酸の1以上の塩基配列;および/またはcaの1以上の阻害性核酸と同じRNAの特定の部分連続塩基のストレッチに特異的に結合するまたはそれに対して相補的である阻害性核酸の群を除外し得、それらは以下の出版物の1つ以上で開示されるとおりである:標的HOTAIRRNARinnら、2007、Tsix、RepAまたはXistRNAZhaoら、2008配列番号194206~194210]、またはSarmaら、2010[配列番号194217~194226]またはZhaoら、2010[配列番号194227~194228]またはPrasanathら、2005[配列番号194213~194216]またはShamovskyら、2006[配列番号194212]またはMarinerら、2008[配列番号194211]またはSunwooら、2008またはBernardら、2010[配列番号194229]として;或いはPRC2調節因子として特定される50~200ntのターゲティング短鎖RNAKanhereら、2010;またはKuwabaraら、米国特許出願公開第2005/0226848号[配列番号194230~194231]またはLiら、米国特許出願公開第2010/0210707号[配列番号194232~194267]またはCoreyら,7,709,456[配列番号194268~194285]またはMattickら,国際公開第WO2009/124341号またはCoreyら、米国特許出願公開第2010/0273863号[配列番号194286~194305]、またはWahlstedtら、米国特許出願公開第2009/0258925号[配列番号193140~193206]、またはBACE:米国特許出願公開第2009/0258925号[配列番号193140~193206];ApoA1:米国特許出願公開第2010/0105760号/欧州特許第235283号[配列番号193207~193379],P73,p53,PTEN,国際公開第WO2010/065787A2号/欧州特許2370582号[配列番号193380~193425];SIRT1:国際公開第WO2010/065662A2号/欧州特許第09831068号[配列番号193426~193472];VEGF:国際公開第WO2010/065671A2号/欧州特許第2370581号[配列番号193473~193483];EPO:国際公開第WO2010/065792A2号/欧州特許第09831152号[配列番号193484~193492];BDNF:国際公開第WO2010/093904号[配列番号193493~193503],DLK1:国際公開第WO2010/107740号[配列番号193504~193510];NRF2/NFE2L2:国際公開第WO2010/107733号[配列番号193511~193518];GDNF:国際公開第WO2010/093906号[配列番号193519~193556];SOX2,KLF4,Oct3A/B,再プログラム因子:国際公開第WO2010/135329号[配列番号193557~193573];ジストロフィン:国際公開第WO2010/129861号[配列番号193574~193605];ABCA1,LCAT,LRP1,ApoE,LDLR,ApoA1:国際公開第WO2010/129799号[配列番号193606~193884];HgF:国際公開第WO2010/127195号[配列番号193885~193889];TTP/Zfp36:国際公開第WO2010/129746号[配列番号193890~193904];TFE3,IRS2:国際公開第WO2010/135695号[配列番号193905~193919];RIG1,MDA5,IFNA1:国際公開第WO2010/138806号[配列番号193920~193958];PON1:国際公開第WO2010/148065号[配列番号193959~193965];コラーゲン:国際公開第WO/2010/148050号[配列番号193966~193998];Dyrk1A,Dscr1,ダウン症候群遺伝子:国際公開第WO/2010/151674号[配列番号193999~194022];TNFR2:国際公開第WO/2010/151671号[配列番号194023~194029];インスリン:国際公開第WO/2011/017516号[配列番号194030~194039];ADIPOQ:国際公開第WO/2011/019815号[配列番号194040~194064];CHIP:国際公開第WO/2011/022606号[配列番号194065~194074];ABCB1:国際公開第WO/2011/025862号[配列番号194075~194082];NEUROD1,EUROD1,HNF4A,MAFA,PDX,KX6,膵臓発生遺伝子:国際公開第WO/2011/085066号[配列番号194083~194115];MBTPS1:国際公開第WO/2011/084455号[配列番号194116~194119];SHBG:国際公開第WO/2011/085347号[配列番号194120~194133];IRF8:国際公開第WO/2011/082409号[配列番号194134~194137];UCP2:国際公開第WO/2011/079263号[配列番号194138~194148];HGF:国際公開第WO/2011/079261号[配列番号194149~194156];GH:国際公開第WO/2011/038205号[配列番号194157~194161];IQGAP:国際公開第WO/2011/031482号[配列番号194162~194166];NRF1:国際公開第WO/2011/090740号[配列番号194167~194172];P63:国際公開第WO/2011/090741号[配列番号194173~194176];RNAseH1:国際公開第WO/2011/091390号[配列番号194177~194184];ALOX12B:国際公開第WO/2011/097582号[配列番号194185~194189];PYCR1:国際公開第WO/2011/103528号[配列番号194190~194193];CSF3:国際公開第WO/2011/123745号[配列番号194194~194198];FGF21:国際公開第WO/2011/127337号[配列番号194199~194205]として上述のものはその全体が参照によって本明細書に組込まれる。いくつかのまたは任意の実施形態において、本発明から任意で除外されるのは、以下の領域のうちの1以上に特異的に結合する、またはそれに対して相補的である阻害性核酸である:配列番号193208のヌクレオチド1~932;配列番号193386のヌクレオチド1~1675;配列番号193387のヌクレオチド1~518;配列番号193388のヌクレオチド1~759;配列番号193389のヌクレオチド1~25892;配列番号193390のヌクレオチド1~279;配列番号193391のヌクレオチド1~1982;配列番号193392のヌクレオチド1~789;配列番号193393のヌクレオチド1~467;配列番号193427のヌクレオチド1~1028;配列番号193428のヌクレオチド1~429;配列番号193429のヌクレオチド1~156;配列番号193430のヌクレオチド1~593;配列番号193475のヌクレオチド1~643;配列番号193476のヌクレオチド1~513;配列番号193486のヌクレオチド1~156;配列番号193494のヌクレオチド1~3175;配列番号193506のヌクレオチド1~1347;配列番号193513のヌクレオチド1~5808;配列番号193520のヌクレオチド1~237;配列番号193521のヌクレオチド1~1246;配列番号193522ヌクレオチド1~684;配列番号193553のヌクレオチド1~400;配列番号193554のヌクレオチド1~619;配列番号193555のヌクレオチド1~813;配列番号193560のヌクレオチド1~993;配列番号193560のヌクレオチド1~401;配列番号193561のヌクレオチド1~493;配列番号193562のヌクレオチド1~418;配列番号193576のヌクレオチド1~378;配列番号193577のヌクレオチド1~294;配列番号193578のヌクレオチド1~686;配列番号193579のヌクレオチド1~480;配列番号193580のヌクレオチド1~501;配列番号193613のヌクレオチド1~1299;配列番号193614のヌクレオチド1~918;配列番号193615のヌクレオチド1~1550;配列番号193616のヌクレオチド1~329;配列番号193617のヌクレオチド1~1826;配列番号193618のヌクレオチド1~536;配列番号193619ヌクレオチド1~551;配列番号193620ヌクレオチド1~672;配列番号193621のヌクレオチド1~616;配列番号193622のヌクレオチド1~471;配列番号193623ヌクレオチド1~707;配列番号193624のヌクレオチド1~741;配列番号193625のヌクレオチド1~346;配列番号193626のヌクレオチド1~867;配列番号193627のヌクレオチド1~563;配列番号193892のヌクレオチド1~970;配列番号193893のヌクレオチド1~1117;配列番号193894のヌクレオチド1~297;配列番号193907のヌクレオチド1~497;配列番号193923のヌクレオチド1~1267;配列番号193924のヌクレオチド1~586;配列番号193925ヌクレオチド1~741;配列番号193926のヌクレオチド1~251;配列番号193927のヌクレオチド1~681;配列番号193928のヌクレオチド1~580;配列番号193960ヌクレオチド1~534;配列番号193969のヌクレオチド1~387;配列番号193970のヌクレオチド1~561;配列番号193971のヌクレオチド1~335;配列番号193972のヌクレオチド1~613;配列番号193973のヌクレオチド1~177;配列番号193974のヌクレオチド1~285;配列番号194001のヌクレオチド1~3814;配列番号194002のヌクレオチド1~633;配列番号194003のヌクレオチド1~497;配列番号194004のヌクレオチド1~545;配列番号194306のヌクレオチド1~413;配列番号194307のヌクレオチド1~413;配列番号194308のヌクレオチド1~334;配列番号194309のヌクレオチド1~582;配列番号194310のヌクレオチド1~416;配列番号194311のヌクレオチド1~3591;配列番号194312のヌクレオチド1~875;配列番号194313のヌクレオチド1~194;配列番号194314のヌクレオチド1~2074;配列番号194315のヌクレオチド1~1237;配列番号194316のヌクレオチド1~4050;配列番号194317のヌクレオチド1~1334;配列番号194318のヌクレオチド1~1235;配列番号194319のヌクレオチド1~17,964;配列番号194320のヌクレオチド1~50,003;配列番号194321のヌクレオチド1~486;配列番号194322のヌクレオチド1~494;配列番号194323のヌクレオチド1~1992;配列番号194324のヌクレオチド1~1767;配列番号194325のヌクレオチド1~1240;配列番号194326のヌクレオチド1~3016;配列番号194327のヌクレオチド1~1609;配列番号194328のヌクレオチド1~312;配列番号194329のヌクレオチド1~243;配列番号194330のヌクレオチド1~802;配列番号194331のヌクレオチド1~514;配列番号194332のヌクレオチド1~936;配列番号194333のヌクレオチド1~1075;配列番号194334のヌクレオチド1~823;配列番号194335のヌクレオチド1~979;配列番号194336のヌクレオチド1~979;配列番号194337のヌクレオチド1~288;配列番号194338のヌクレオチド1~437;配列番号194339のヌクレオチド1~278;配列番号194340のヌクレオチド1~436;配列番号194341のヌクレオチド1~1140;配列番号194342のヌクレオチド1~2082;配列番号194343のヌクレオチド1~380;配列番号194344のヌクレオチド1~742;配列番号194345のヌクレオチド1~4246。いくつかのまたは任意の実施形態において、表3のマウスのRNA配列の1以上が除外され得る。いくつかのまたは任意の実施形態において、表3のヒトのRNA配列の1以上が除外され得る。いくつかのまたは任意の実施形態において、表4のマウスのRNA配列の1以上が除外され得る。いくつかのまたは任意の実施形態において、表4のヒトのRNA配列の1以上が除外され得る。いくつかのまたは任意の実施形態において、表5のマウスのRNA配列の1以上が除外され得る。いくつかのまたは任意の実施形態において、表5のヒトのRNA配列の1以上が除外され得る。本明細書に記載される阻害性核酸またはそれらを設計するもしくは合成する方法のいくつかのまたは任意の実施形態において、阻害性核酸は遺伝子発現を上方調節し、タンパク質をコードする基準遺伝子と同じ鎖から転写されるPRC2結合RNAに特異的に結合し得る、またはそれと特異的にハイブリッド形成し得る、またはそれに対して相補的であり得る。阻害性核酸は、基準遺伝子refGeneのタンパク質をコードするセンス鎖のイントロン、エクソン、イントロン/エクソン接合部、5’UTR、3’UTR、翻訳開始領域、または翻訳終止領域の範囲内を起源とするまたはそれと重複するPRC2結合RNAの領域に結合し得る。本明細書に記載される阻害性核酸またはそれらを設計するもしくは合成する方法のいくつかのまたは任意の実施形態において、阻害性核酸は遺伝子発現を上方調節し、タンパク質をコードする基準遺伝子に比べて反対側の鎖アンチセンス鎖から転写されるPRC2結合RNAに特異的に結合し得る、またはそれと特異的にハイブリッド形成し得る、またはそれに対して相補的であり得る。本明細書に記載される阻害性核酸は修飾され得る、例えば、修飾された糖部分、修飾されたヌクレオシド間結合、修飾されたヌクレオチドおよび/またはそれらの組み合わせを含み得る。加えて、阻害性核酸は、1以上の以下の特性を示すことができる、すなわち、標的RNAの実質的な切断または分解を誘導しない;標的RNAの実質的に完全な切断または分解を引き起こさない;RNA分解酵素Hの経路を活性化しない;RISCを活性化しない;いかなるアルゴノートファミリータンパク質をもリクルートしない;ダイサーによって切断されない;選択的スプライシングに介在しない;免疫刺激性ではない;ヌクレアーゼ耐性である;修飾されていないオリゴヌクレオチドに比べて改善された細胞取り込みを有する;細胞または哺乳類にとって毒性ではない;改善されたエンドソームの出口を有し得る;PRC2、好ましくはEzh2であるが、任意でSuz12、Eed、RbAp46/48サブユニットまたは例えば、Jarid2のようなアクセサリ分子とのlncRNAの相互作用に干渉する;H3-リシン27のメチル化を低下させるおよび/または遺伝子発現を上方調節する。本明細書に記載される阻害性核酸またはそれらを設計するもしくは合成する方法のいくつかのまたは任意の実施形態において、阻害性核酸は任意で、Kuwabaraらの米国特許出願公開第2005/0226848号またはLiらの米国特許出願公開第2010/0210707号またはCoreyらの米国特許第7,709,456号またはMattickらの国際公開第WO2009/124341号に記載されるようなプロモーター領域のDNAを結合するもの、またはCoreyらの米国特許出願公開第2010/0273863号に記載されるような3’UTR領域のDNAを結合するものを除外し得る。RNAと相互作用して遺伝子発現を調節するように設計される阻害性核酸は、標的DNAを結合するように設計されるもの例えば、RNAが転写される根底にあるゲノムDNA配列に対して相補的であるとは区別される塩基配列のサブセットである。本明細書に記載されるのはまた、従来のノックダウン法にあまり従わないRNAのサブクラスである核の長鎖非コードRNAを標的とするロックド核酸LNA分子の使用方法であるJepsenetalOligonucleotides14130146KhaliletalPNAS1061167511680。本明細書で記載されるように、LNA分子は、同族の結合配列すなわち、同族の結合相手、例えば、染色体またはPRC2から速い動態でlncRNAを外すのに使用することができる。従って、1つの態様において、本発明は、長鎖非コードRNAlncRNAに対して相補的であるか、またはそれに特異的に結合するロックド核酸LNAを提供する。別の態様において、本発明は、その同族の結合相手から長鎖非コードRNAlncRNAを解離させる例えば、結合を破壊するまたは結合親和性を低下させる方法を特徴とする。方法には、lncRNAに対して相補的であるか、またはそれに特異的に結合するロックド核酸LNAにlncRNAを接触させることが含まれる。いくつかの実施形態において、lncRNAは、高分子遺伝子間非コードRNAli非コードRNA、プロモーターに関連する短鎖RNAPASR、内在性のアンチセンスRNA、またはクロマチン修飾因子、例えば、ポリコーム複合体、例えば、ポリコーム抑制複合体2と結合するRNAである。いくつかの実施形態において、lncRNAは核に局在する。いくつかの実施形態において、LNA分子は、既知のRNA局在化モチーフを含むlncRNAの領域に対して相補的である。いくつかの実施形態において、LNA分子は、少なくとも1つのロックされない分子を含む。そのようなLNA分子は1以上のロックされたヌクレオチドおよび1以上のロックされないヌクレオチドを有し得る。用語LNAには、相補性RNAへの高い親和性、ヌクレアーゼ耐性、免疫刺激の欠如、および速い動態という所望の特性を保持する制約付きの糖を含むヌクレオチドが含まれる。例となる制約付きの糖には以下に列記されるものが挙げられる。特に定義されない限り、本明細書で使用される技術用語および科学用語はすべて本発明が属する技術の当業者によって一般に理解されるものと同一の意味を有する。本発明で使用するために方法および材料が本明細書に記載されるが;当該技術で既知の他の好適な方法および材料も使用することができる。材料、方法および実施例は例示説明のためにすぎず、限定を意図するものではない。本明細書で言及される出版物、特許出願、特許、配列、データベース登録項目および他の参照はすべて、その全体が参照によって本明細書に組込まれる。矛盾が生じる場合、定義を含めて本明細書が優先される。本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明、図面からおよび特許請求の範囲から明らかとなるであろう。コンパクトディスク上に提示される配列表への参照本出願は配列表を含有するコンパクトディスクを含む。配列表は以下のようにコンパクトディスクで特定される。配列表の全体が参照により本明細書に組込まれる。表1:PRC2トランスクリプトームによってヒットするインプリント領域PRC2トランスクリプトームのインプリント遺伝子座標geneimprintcomにおいてオンラインにより入手可能との積集合。PRC2結合転写物によって標的とされるマウスインプリント遺伝子すなわち、インターセクティング遺伝子またはニアバイ遺伝子が列1に示される。列1はまたマウスインプリント遺伝子の染色体鎖を示すサインは遺伝子がトップ鎖またはプラス鎖から転写されることを示し、-サインはPRC2結合転写物がボトム鎖またはマイナス鎖から転写されることを示す。PRC2結合転写物のmm9における染色体位置座標とヌクレオチド座標、ならびにPRC2結合転写物がトップ鎖から転写されるのかプラス鎖ヒット、またはボトム鎖から転写されるのかマイナス鎖ヒット示すサインまたは-サインが列2に示される。列3はマウスPRC2結合転写物の配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列2のマウスの染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。列4は、メイン州のバーハーバーにあるジャクソンラボラトリーのマウスゲノムインフォマティクス内のマウスゲノムデータベースMGD、ワールドワイドウェッブ、から得た、列1のマウスインプリント遺伝子に対応するヒト遺伝子の名前を示す。列2のマウス染色体座標のマウス対ヒトLiftOverが、本明細書において記載されるようにUCSCゲノムブラウザにおいて実行されて、列5に現れるオルソロガスなヒト染色体座標を作成した。LiftOver解析のために50保存が用いられた。マウスゲノムからヒトゲノムへ非常に保存された、または相同な領域をマップすることによりさらなるヒト染色体座標が作成された。列6は予想されるヒトPRC2結合転写物の配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列5のヒト染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。PRC2相互作用転写物が列1のインプリント基準遺伝子と比較して反対の鎖から転写されるとき、そのことは、PRC2相互作用性RNAが基準インプリント遺伝子に対して相補的である、または方向についてアンチセンス鎖逆鎖であることを意味している。PRC2結合転写物は必ずしも基準インプリント遺伝子そのものではなく、位置についてオーバーラップする別個の転写物であることに留意すること。表2:PRC2トランスクリプトームマウスES細胞においてPRC2と結合する9,788転写物が示される。WTライブラリーにおけるリードをマップするために、連結型UCSCトランスクリプトームが使用された。リードがヒットしたUCSC転写物は列1に示されるMTRは連結された遺伝子の名前である。列2はUCSC転写物の染色体鎖を示すサインはトップ鎖またはプラス鎖を示し、-サインはボトム鎖またはマイナス鎖を示す。PRC2結合転写物のmm9における染色体位置座標とヌクレオチド座標、ならびにPRC2結合転写物がトップ鎖から転写されるのかプラス鎖ヒット、またはボトム鎖から転写されるのかマイナス鎖ヒット示すサインまたは-サインが列3に示される。0.4以上のRPKM値がヒットとみなされた。列4はマウスPRC2結合転写物の配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列3のマウス染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。列3のマウス染色体座標のマウス対ヒトLiftOverが、本明細書において記載されるようにUCSCゲノムブラウザにおいて実行されて、列5に現れるオルソロガスなヒト染色体座標を作成した。マウスゲノムからヒトゲノムへ非常に保存された、または相同な領域をマップすることによりさらなるヒト染色体座標が作成された。列6は予想されるヒトPRC2結合転写物の配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列5のヒト染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。LiftOver解析のために50保存が用いられた。重複遺伝子の方向に関わらず、リードがマッチする染色体鎖に基づいてリードのアラインメントが報告されている。基準転写物の反対の鎖に対する単一のヒットは、PRC2結合RNAが基準転写物に対して相補的である、または方向についてアンチセンス鎖逆鎖であることを意味している。列2のマウスPRC2結合転写物によって、方向に関わらず、標的とされるどのオーバーラップしているrefGeneすなわち、インターセクティング遺伝子またはニアバイ遺伝子も列7に示される。表3:二価ドメインbivalentdomainと関連のPRC2相互作用転写物PRC2トランスクリプトームのES細胞の二価ドメインbivalentdomainとの積集合。この解析のために、Mikkelsenら2007年のmm8座標がmm9に変換された。列1は、鎖の方向に関わらず列2のPRC2結合転写物によって標的とされる、オーバーラップするrefGeneすなわち、インターセクティング遺伝子またはニアバイ遺伝子を示す。PRC2結合転写物の染色体座標mm9、ならびにPRC2結合転写物がトップ鎖プラス鎖から転写されるのか、またはボトム鎖マイナス鎖から転写されるのか示すサインまたは-サインが列2に示される。列3はマウスPRC2結合RNAの配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列2のマウス染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。列2のマウス染色体座標のマウス対ヒトLiftOverLiftOver解析のために50保存が用いられたが、本明細書において記載されるようにUCSCゲノムブラウザにおいて実行されて、列4に現れるオルソロガスなヒト染色体座標を作成した。マウスゲノムからヒトゲノムへ非常に保存された、または相同な領域をマップすることによりさらなるヒト染色体座標が作成された。列5は予想されるヒトPRC2結合RNAの配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列3のヒト染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。表4:PRC2結合部位と関連のPRC2相互作用転写物PRC2トランスクリプトームとES細胞中の既知のSuz12結合部位との積集合。Boyerら2006年のmm8座標がmm9に変換された。列1は、鎖の方向に関わらず列2のPRC2結合転写物によって標的とされる、オーバーラップするrefGeneすなわち、インターセクティング遺伝子またはニアバイ遺伝子を示す。PRC2結合転写物の染色体座標、ならびにPRC2結合転写物がトップ鎖プラス鎖から転写されるのか、またはボトム鎖マイナス鎖から転写されるのか示すサインまたは-サインが列2に示される。列3はマウスPRC2結合転写物の配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列2のマウス染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。列2のマウス染色体座標のマウス対ヒトLiftOverLiftOver解析のために50保存が用いられたが、本明細書において記載されるようにUCSCゲノムブラウザにおいて実行されて、列4に現れるオルソロガスなヒト染色体座標を作成した。マウスゲノムからヒトゲノムへ非常に保存された、または相同な領域をマップすることによりさらなるヒト染色体座標が作成された。列5は予想される対応するヒトPRC2結合転写物の配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列4のヒト染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。表5:PRC2トランスクリプトームと交わりを持つ長鎖遺伝子間非コードRNAlincRNAドメインPRC2トランスクリプトームのマウス長鎖遺伝子間非コードRNAlincRNAドメインとの積集合。mm6からmm9への直接的LiftOverがないので、座標がmm6からmm8へ、その後、mm9へ変換された。長鎖遺伝子間非コードRNAlincRNAドメインのどちらかの鎖に対してヒットが生じうる。PRC2結合転写物の染色体座標、ならびにPRC2結合転写物がトップ鎖プラス鎖から転写されるのか、またはボトム鎖マイナス鎖から転写されるのか示すサインまたは-サインが列1に示される。列2はマウスPRC2結合RNAの配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列1のマウス染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。列1のマウス染色体座標のマウス対ヒトLiftOverLiftOver解析のために50保存が用いられたが、本明細書において記載されるようにUCSCゲノムブラウザにおいて実行されて、列3に現れるオルソロガスなヒト染色体座標を作成した。マウスゲノムからヒトゲノムへ非常に保存された、または相同な領域をマップすることによりさらなるヒト染色体座標が作成された。列4は予想される対応するヒトPRC2結合転写物の配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列3のヒト染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。列1のマウスPRC2結合転写物によって、方向に関わらず、標的とされるオーバーラップしているrefGeneすなわち、インターセクティング遺伝子またはニアバイ遺伝子は列5に示される。表6:癌遺伝子座内でのPRC2トランスクリプトームへのヒットPRC2トランスクリプトームの既知の癌遺伝子座との積集合。この解析のために、最初にrefGene中の当該の名前の遺伝子を有する同鎖および同染色体上の座標をマージし、次に、大文字の使用を顧慮せずに、癌遺伝子の同一の名前をrefGene中の遺伝子の名前とインターセクトすることにより、ヒト癌遺伝子座がマウス座標にマップされた。列1は、PRC2結合転写物によって標的とされる列6のヒト癌遺伝子に対応するマウス遺伝子の名前を示す。メイン州のバーハーバーにあるジャクソンラボラトリーのマウスゲノムインフォマティクス内のマウスゲノムデータベースMGDwwwinformaticsjaxorgから対応するマウスとヒトの遺伝子の名前を獲得した。列1はまたマウス癌遺伝子の染色体鎖を示すサインは遺伝子がトップ鎖またはプラス鎖から転写されることを示し、-サインは遺伝子がボトム鎖またはマイナス鎖から転写されることを示す。PRC2結合転写物のmm9における染色体位置座標とヌクレオチド座標、ならびにPRC2結合転写物がトップ鎖プラス鎖から転写されるのか、またはボトム鎖マイナス鎖から転写されるのか示すサインまたは-サインが列2に示される。列3はマウスPRC2結合転写物の配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列2のマウス染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。列2のマウス染色体座標のマウス対ヒトLiftOverLiftOver解析のために50保存が用いられたが、本明細書において記載されるようにUCSCゲノムブラウザにおいて実行されて、列4に現れるオルソロガスなヒト染色体座標を作成した。マウスゲノムからヒトゲノムへ非常に保存された、または相同な領域をマップすることによりさらなるヒト染色体座標が作成された。列5は予想される対応するヒトPRC2結合転写物の配列番号を示すすなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、列4のヒト染色体座標および染色体鎖から転写されるヌクレオチド配列。列6は、列2のマウスPRC2結合転写物によって標的とされる各マウス癌遺伝子のヒトrefGene名すなわち、インターセクティング遺伝子またはニアバイ遺伝子を示す。PRC2結合転写物がrefGeneと反対の鎖にあるとき、それは、PRC2相互作用性RNAが基準癌遺伝子に対して相補的である、または方向についてアンチセンス鎖逆鎖であることを意味している。PRC2相互作用転写物は必ずしもrefGeneそのものである必要はなく、位置についてrefGeneとオーバーラップする別個の転写物であることに留意すること。癌遺伝子と関連がある癌は列7に示されている。表7:腫瘍抑制遺伝子座内でのPRC2トランスクリプトームへのヒットPRC2トランスクリプトームの既知の腫瘍抑制遺伝子座を示す。ヒト遺伝子の名前は全て大文字として現れるが、マウス遺伝子の名前は最初の1文字のみが大文字で現れる。列1は、基準NCBI遺伝子と同じ鎖から転写される同鎖PRC2結合RNAの配列番号を示す例えば、NCBI遺伝子が染色体のマイナス鎖から転写される場合、PRC2結合RNAもまたマイナス鎖から転写される。列2は、基準NCBI遺伝子と比較して反対の鎖、またはアンチセンス鎖から転写される逆鎖PRC2結合RNAの配列番号を示す。配列番号1から21582まで、または配列番号191089から192972までは転写物を表すが、配列番号21583から191088まではピークを表す。列1および2において、a転写物座標またはピーク座標とbNCBI遺伝子座標の間の重複程度が角括弧中に現れている。正の数は2つの間でオーバーラップするヌクレオチドの数を示し、そして、負の数は2つの間でのギャップのサイズすなわち、2つの間で離れているヌクレオチドの数を表す。ピークについて、角括弧内のFは、ピーク座標が遺伝子座標と完全に重なることを示す。転写物について、角括弧内のFは、転写物座標が遺伝子座標と完全に重なること、またはその逆を示す。表9:PRC2結合RNAの部類、RNAによって標的とされる遺伝子、および疾患の治療における使用法列1はNCBI遺伝子の名前と唯一の遺伝子IDを示す。列2は、遺伝子の機能的グループおよびこれらの遺伝子に関係があり、そして、それらの発現を調節することにより治療され得る疾患、障害または病気の部類である。列3はNCBI由来の遺伝子の説明である。その全体が参照により本明細書に組み込まれる、2010年12月20日に提出された米国特許仮出願第61/425,174号の別表Iは完全なRIP‐シークエンシングデータセットの表であり、そのデータセット中のリードの全てを示す。別表Iは本明細書に添付されてはいない。別表Iにおける配列リードはイルミナGA‐IIゲノムアナライザーから直接由来するものであり、PRC2結合転写物の逆相補鎖の方向である。別表Iは、バイオインフォマティクスの選別がアダプター/プライマーダイマー、ミトコンドリアRNA、rRNA、ホモポリマ、未確定性ヌクレオチドを有するリード、および短縮型リード15ヌクレオチド未満を除去した後のリード全ての選別済みサブセットである。詳細な説明本明細書に記載のRNA免疫沈降RIP‐シークエンシング技術が、PRC2複合体と結合する長鎖転写物>200ntのゲノムワイドなプールを捕捉するために直接または間接的に使用された。本明細書に記載のPRC2トランスクリプトームは、マウストランスクリプトーム全体の実際の大きさに応じて、おそらくマウスの発現した配列の5~25を占める、マウスES細胞内の約10000のRNAからなる。トランスクリプトームの特性は、今後、バイオマーカーおよび治療標的として使用され得る、数十のインプリント遺伝子座、数百の癌遺伝子および腫瘍抑制遺伝子座および多数の幹細胞関連ドメインを含む、医学的に重要な標的のクラスを特定している。マウスPRC2-転写物の全てではないにしても多くはヒトエピゲノムの直接の対応物を有する。本明細書に実証されるように、少なくともRNAのサブセットはインビボでポリコームタンパク質と相互作用し、多くの場合、相互作用するサブユニットはEzh2である。最近の研究では、Suz12もRNAと相互作用することが示されているKanhereetal2010。細菌性とバキュロウイルスにより生成されたサブユニットとの間の違いは、結合特性の効果を有する転写後修飾物を生じることである。しかし、PRC2の多数のサブユニットをRNAにより制御することができ特に、ともに核酸結合モチーフを有する、Ezh2およびSuz12、これにより、PRC2サブユニット間の結合、クロマチンのPRC2の結合親和性および/またはEzh2触媒速度を調節することができる。このシナリオは、ポリコームを制御するRNAにより可能性のある機構の数を増幅する。本試験は、RIP‐シークエンシングに、特にPRC2複合体の一部として使用されるおとりであるEzh2の何千ものRNA補因子を示唆する。本発明者らの知る限り、Ezh2は、標識されたEzh2を使用する生化学的精製としてポリコーム複合体に存在するのみであり、ポリコーム関連ポリペプチドのみを特定しLietal2010、PRC2の他のサブユニットをノックアウトすることによりEzh2の急速な分解を生じるPasinietal2004Montgomeryetal2005Schoeftneretal2006。シスおよびトランスの機構はともに、PRC2トランスクリプトームのRNAにより使用され得る。HOTAIRがトランスで作用することが前提であったがRinnetal2007Guptaetal、トランスクリプトームの多くのアンチセンス転写物は、Tsixなどの多くがシスで重複または結合されたコード遺伝子座にPRC2を指向することにより機能し得ることが示唆されている。本明細書において、シスでH3K27トリメチル化を指向するDlk1遺伝子座にPRC2と結合し、標的とする結合RNAであるGtl2の例を挙げる。本明細書に挙げる証拠により、RNA補因子がポリコーム制御の一般的特徴であり、PRC2トランスクリプトームのRNAを標的とする本明細書の記載の抑制性核酸が恐らくPRC2関連抑制を阻害することにより遺伝子発現を上方制御することに成功することができることが実証されている。アンチセンス鎖の配向または同鎖の配向のいずれかにおいて、およびPRC2結合RNAの配置から1kb以上伸長する場合に、シスで遺伝子を制御することができる。RNAによる制御は、ポリコームタンパク質に特異的である必要はない。RIP‐シークエンシング技術を利用し、他のクロマチン修飾因子のRNA補因子を特定することができ、異なる細胞型は発達プロフィールと一致した個別のトランスクリプトームを有する。PRC2などのクロマチン修飾因子は幹細胞の多能性を維持する中心的な役割を果たし、癌において、制御RNAのゲノムワイドなプロフィールが疾患の診断および処置を求める中で貴重な手助けとなるだろう。RIP‐シークエンシング、長鎖非コードRNAを生成する方法本明細書において、lncRNAのライブラリーを生成する方法について記載する。このような方法を使用して、PRC2複合体のEzh2部分と結合するRNAを特定したが、他のPRC2サブユニットまたは関連のタンパク質との接触は排除されていない。いくつかの実施形態において、このような方法は、図1Aに示されるステップを含み、当業者であれば、他の技法と示されるものと置き換えることができることが理解されるだろう。いくつかの実施形態において、その方法には、細胞核性リボ核酸nRNAを含む試料、例えば核溶解物を含む、例えば核タンパク質に結合するnRNAを含む試料を得、試料と物質、例えば細胞核性リボ核酸に結合すると知られており、または疑われる核タンパク質に特異的に結合する抗体と接触させることを含む。細胞核性リボ核酸に結合すると知られており、または疑われる核タンパク質のいくつかの例として、Ezh2ZhaoetalScience2008Oct313227506KhaliletalProcNatlAcadSciUSA2009Jul141061166772Epub2009Jul1、G9aNaganoetalScience2008Dec12322171720Epub2008Nov6およびCbx7YapetalMolCell2010Jun113866274が挙げられる。いくつかの実施形態において、前記方法は、物質とタンパク質との間で複合体を形成するために十分な条件下で適用され、以下の一部または全てを含む:複合体の単離、nRNAに相補的なDNAを合成し、cDNAの初期集団を得、必要であれば、鎖特異的プライマーを使用したPCR増幅、cDNAの初期集団を精製し、長さが少なくとも20ヌクレオチドntであるcDNAの精製集団を得、そして、精製したcDNAの集団のハイスループットシークエンシングを行う。ホモポリマーのリードが選別され、ミトコンドリアゲノムおよびリボソームRNAとアラインするリードを次の分析全てから除外する。基準ゲノムに1以下のミスマッチでアラインするリードを保持し、ミトコンドリアゲノムおよびリボソームRNAにアラインするリードであるホモポリマーは除外する。次いで、可能性の高いPRC2相互作用転写物を2つの基準、すなわち1候補転写物がRPKMに関して百万のリード毎のキロベース当たりのリード数で最小リード量を有し、および/または2候補転写物が適切な対照ライブラリー例えば、タンパク質-ヌルライブラリーまたは並行して行われたIgGプルダウンから作製されたライブラリーに対して野生型ライブラリーにおいて増加されることに基づき分類する。一般に、RIP‐シークエンシングライブラリーを構築するため、細胞核を調製し、デオキシリボヌクレアーゼで処理し、対照IgG反応を並行して行うとともに、対象のクロマチン関連因子に対して指向された抗体とインキュベーションする。次いでRNAタンパク質複合体をアガロースビーズ、磁性ビーズまたは溶液中もしくは固体マトリクス上の任意の他のプラットフォーム例えば、カラム、マイクロ流体デバイスを用いて免疫沈降させる。標準的な技法を使用してRNAを抽出する。全てのRNAポリARNAだけではないを捕捉し、鎖情報を保存するため、非対称なプライマーを使用し、RNAテンプレートからcDNAを生成し、この場合、ファーストストランドcDNAを作製する第1アダプターアダプター1は3’末端にランダムマルチマー配列例えば、ランダムヘキサマーを含有する。逆転写酵素を使用して、ファーストストランドを作製する。別個の第2アダプターアダプター2を使用してセカンドストランドを作製する。一例は以下の通りである:SuperscriptIIを使用する場合、非テンプレートCCC3’オーバーハングを追加し、次いで、その非テンプレートCCCオーバーハングにアニーリングするGGGを3’末端に含む第2アダプターにハイブリダイズするようにそれを使うことができる。セカンドストランドを作製する他の方法と置き換えることができる。次いで、アダプター1およびアダプター2に特異的なプライマーペアを使用するPCRを行ってcDNAを合成し、ハイスループットシークエンシングの標準的な方法により生成物の配列を決定した。シークエンシングの前に、例えば、NuSieveアガロースゲルまたはアクリルアミドゲルでのゲル電気泳動または例えば、マイクロ流体デバイスもしくは標準的な生化学用カラムでの精製などの他の精製方法による分離後に所望のサイズのRNAまたはcDNAを切り出すサイズ選択ステップを所望の場合組み込むことができる。lncRNAおよびlncRNAライブラリー本発明は、本明細書に記載の個々のlncRNAならびに本明細書に記載の方法により生成されたlncRNAのライブラリーを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリーは溶液中に存在し、または凍結乾燥される。いくつかの実施形態において、ライブラリーは基材に結合している。例えば、この場合、ライブラリーの各メンバーは個々のアドレス指定可能なメンバー、例えばアレイ例えば、マイクロアレイ上の個々の領域またはビーズに結合している。非コードであるが、PRC2と相互作用するRNA転写物は、適切な位置でタンパク質コード基準遺伝子例えば、発現がシスで調節される遺伝子と重複する個別の転写物である場合にタンパク質コード塩基配列を含むことができる。一実施形態において、lncRNAは、本明細書において例えば表2、3、4または5に示されるlncRNA配列の全長またはその少なくとも20ntを含む断片例えば、少なくともその25、30、35、40、50、60、70、80、90または100nt、例えば全長lncRNAの少なくとも5、10、15、20、25、30、35、40、50以上に少なくとも約85以上相同または同一であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド配列は、本明細書に示されるlncRNA配列に少なくとも約90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100相同または同一である。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド配列は、本明細書に記載のlncRNA配列に少なくとも約85相同または同一であり、例えば少なくとも約90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100相同または同一であるが、その断片またはリピートAなどのより多く保存される領域において、その領域外の配列同一性は低い。マウス対ヒトLiftOver解析およびシンテニー位置のUCSCゲノムブラウザにおける分析は、ヒトゲノムに類似の転写物の存在を示す。この方法およびLiftOver鎖は一般にKentetalProcNat’lAcadSci1001148411489に記載されている。マウスの転写物とヒトの転写物との間の地理的類似性および配列類似性について考慮すると、同様な数のPRC2-相互作用転写物がヒト系において生じていると思われる。例えば、以下に記載のPvt1転写物はヒトにおいて十分に保存されている。ヒトPVT1もまた、MYC遺伝子の近くに生じ、同様な発現プロファイルを有する。形質細胞腫において、ヒトPVT1が分断されることが多く、バーキットリンパ腫においても分断され得る。マウスGtl2およびXistもヒト系GTL2/MEG3およびXISTにおいて十分に保存されている。従って、データは、マウスPRC2-転写物の全てではないにしても多くがヒトエピゲノムにおいて直接の対応物を有することを示唆する。他の種のこのような直接の対応物を本明細書においてオルソロガスと称する。lncRNAは、総合的ヌクレオチド同一性のレベルでは高度に保存されていないが機能的に保存され得る。例えば、マウスXistは、スライディング21bpウインドウを使用し、ヒトXISTとの全体のヌクレオチド同一性が76のみ、または60のみの全体の配列同一性を示す。しかし、リピートAなどの特定の機能ドメイン内において、保存の程度は異なる哺乳類動物種の間で70超であり得る。リピートAの重要なモチーフは、繰り返しにより形成された二次構造である。それ故、PRC2と相互作用するlncRNAは、全体の保存において同様に低い可能性があるが、それでもなお、RNAの特定のドメイン内の二次構造に保存され、それによりPRC2のリクルートに関し、機能的保存を示す。配列間の相同性および配列同一性これらの用語は本明細書において同じ意味で使用されるの算出は以下のように行われる。2つの核酸配列の同一性の割合を決定するため、配列は最適な比較のためにアラインされる例えば、ギャップを第1および第2のアミノ酸の1つまたは両方に導入し、または最適アラインメントの核酸配列および非相同配列を比較のため無視することができる。比較のためにアラインされた基準配列の長さは、基準配列の少なくとも80の長さであり、いくつかの実施形態において、少なくとも90または100である。次いで、対応するアミノ酸の位置またはヌクレオチドの位置の各ヌクレオチドを比較する。第1の配列の位置が第2の配列の対応する位置と同じヌクレオチドにより占められている場合、次いでその位置の分子は同一である本明細書で使用される核酸の同一性は、核酸の相同性に等しい。2つの配列間の同一性の割合は、2つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要があるギャップの数および各ギャップの長さを考慮しながら、各配列により共有される同一の位置の数の関数である。本発明の目的として、配列の比較および2つの配列間の同一性の割合の決定を、ギャップペナルティが12、ギャップ伸長ペナルティが4およびフレームシフトギャップペナルティが5のブロッサム62スコアリングマトリクスを使用して達成することができる。PRC2トランスクリプトームにおいて本明細書に記載のlncRNAの可能性がある使用法がいくつかある:RNA自体またはアンタゴmiRおよびこれらに対して設計された小分子を利用してポリコーム標的遺伝子の発現を上方または下方のいずれかに調節することができる。LNA分子による長鎖ncRNAの標的化に関するものを含む様々な関連の態様において、長鎖ncRNAには、長さが60ntよりも長い、例えば100ntよりも長い、例えば200ntよりも長く、長さが100アミノ酸よりも長いプラス鎖のオープンリーディングフレームを持たず、実験証拠によりlncRNAとして特定され、そして、既知の低分子の機能的RNAクラスリボソーマルRNA、トランスファーRNAおよび低分子核/核小体RNA、siRNA、piRNAおよびmiRNAを含むがこれらに限定されないから区別される内在性細胞性RNAが含まれ得る。例えば、LipovichetalMacroRNAunderdogsinamicroRNAworldEvolutionaryregulatoryandbiomedicalsignificanceofmammalianlongnonproteincodingRNABiochimicaetBiophysicaActadoi101016jbbagrm201010001PontingetalCell136629641JiaetalRNA1614781487DingeretalNucleicAcidsRes371685D122D126データベースの号およびそれらに引用された参考文献を参照のこと。lncRNAは、長鎖RNA、大分子RNA、マクロRNA、遺伝子間RNAおよび非コード転写物とも呼ばれている。本明細書に記載の方法を使用して、核局在性lncRNAを標的とすることができる。lncRNAの既知のクラスとして、大分子の遺伝子間非コードRNAlincRNA、例えば、GuttmanetalNature2009Mar124582237Epub2009Feb1これは哺乳類動物における1000以上の例の高度に保存された非コードRNAについて記載されているおよびKhaliletalPNAS1061167511680を参照のこと、プロモーター関連短鎖RNAPASR、例えば、SeilaetalScience2008Dec19322184951Epub2008Dec4KanhereetalMolecularCell38675688を参照のこと、内在性アンチセンスRNA例えば、NumataetalBMCGenomics10392OkadaetalHumMolGenet17163140NumataetalGene392134141およびRosokandSioudNatBiotechnol221048を参照のことおよびPRC2およびLSD1などのクロマチン修飾因子と結合するRNA例えば、TsaietalScience2010Aug632968993Epub2010Jul8andZhaoetalScience2008Oct313227506を参照のことが挙げられる。lncRNAの例として、XIST、TSIX、MALAT1、RNCR2およびHOTAIRが挙げられる。17000以上の長鎖ヒトncRNAの配列が、InvitrogenのウェブサイトのNCode商標LongncRNAデータベースにおいて見出され得る。さらなる長鎖ncRNAは、例えば、既刊参考文献のマニュアル、マウス機能アノテーションFANTOM3プロジェクト、ヒト完全長cDNAアノテーション共同研究H-Invitationalプロジェクト、コンピュータパイプラインを使用したマウスおよびヒトのcDNAおよびESTデータベースによるアンチセンスncRNAZhangetalNuclAcidsRes35D156D161EngstrometalPLoSGenet2e47、snoRNA-LBME-dbであるRNAz由来のヒトsnoRNAおよびscaRNAWashietletal2005、非コードRNA探索Torarinssonetal2006およびEvoFoldPedersenetal2006を使用して特定することができる。遺伝子発現の調節方法遺伝子治療またはエピジェネティック治療のために細胞、例えば、癌細胞、幹細胞または他の正常な細胞種で遺伝子の発現を調節するため、本明細書に記載のlncRNAと長さが少なくとも20ntのその断片、および抑制性核酸およびそれらを標的とする例えば、それらに相補的な小分子を使用することができる。細胞は、エクスビボを含むインビトロまたはインビボ例えば、癌、例えば腫瘍を有する対象においてであってよい。本明細書に記載の方法を、癌遺伝子および細胞、例えば癌細胞の腫瘍抑制因子の発現を調節するために使用することができる。例えば、細胞の癌遺伝子の発現を低下させるため、その方法は、表6に記載の癌遺伝子、表1のインプリント遺伝子および/または表2の他の成長促進遺伝子を制御する、長鎖非コードRNAおよびそのPRC2結合断片を細胞に導入することを含む。別の例として、細胞の腫瘍抑制因子の発現を増加させるため、前記方法は、表7に記載の腫瘍抑制因子を標的とする長鎖非コードRNA、表1のインプリント遺伝子および/または表2の他の成長抑制遺伝子例えば、癌を有する対象、例えば肺腺癌患者のNkx2-1またはTitf-1に特異的に結合し、または相補的な抑制性核酸または小分子を細胞に導入することを含む。いくつかの実施形態において、方法は、表1に記載のインプリント遺伝子を標的とする長鎖非コードRNAに特定的に結合し、または相補的な抑制性核酸を細胞に導入することを含む。特異的に結合する核酸は、おもに標的lncRNAまたは関連lncRNAに結合し、lncRNAの制御機能を阻害するが、他の非標的RNAの機能は阻害しない。従って、核酸相互作用の特異性とは、そのハイブリダイゼーション能力よりむしろその機能例えば、遺伝子発現のPRC2関連抑制を阻害を指す。抑制性核酸は、他の制御タンパク質の結合に干渉せず、非特定的結合したRNAの分解を生ずることなく、ゲノムの他の部位または他のmRNAに非特異的に結合し得る。従って、この非特異的結合は、他の非標的RNAの機能に大きく影響することなく、重度の有害作用も生じない。これらの方法を使用して、lncRNA例えば、癌促進癌遺伝子またはインプリント遺伝子を阻害するlncRNAを含む例えば、本明細書に記載の組成物またはそのPRC2-結合断片および/または長鎖非コードRNAに結合する抑制性核酸例えば、表2の腫瘍抑制因子または癌抑制インプリント遺伝子および/または他の成長抑制遺伝子を阻害するlncRNAに結合する抑制性核酸を対象に投与することにより、対象の癌を処置することができる。癌に関与する遺伝子および癌の分類の例を表9に示す。細胞増殖障害および/または細胞分化障害の例として、癌、例えば癌腫、肉腫、転移性障害または造血新生物障害、例えば白血病がある。転移性腫瘍は、前立腺、結腸、肺、乳房および肝臓由来の腫瘍を含むがそれらに限定されない無数の原発性腫瘍型から生じ得る。本明細書で使用される場合、処置することは、疾患の危険のある患者の疾患の兆候または症状の発生を減少させ、または予防するもしくはその危険を減少させることを意味する予防処置および疾患と診断された患者の疾患の兆候または症状を減少させ、疾患の進行を遅らせ、疾患の重症度を低下させることを意味する治療処置を含む。癌に関して、処置することは、腫瘍細胞増殖を阻害し、腫瘍細胞死または致死を増加させ、腫瘍細胞増殖または転移の速度を阻害し、腫瘍の大きさを減少させ、腫瘍数を減少させ、転移数を減少させ、1年または5年生存率を増加させることを含む。本明細書で使用する用語癌、過剰増殖および新生物は、自律的な増殖の能力、すなわち、急速に細胞増殖が急増することを特徴とする異常状態または症状を有する細胞を指す。過剰増殖および新生物疾患の状態は、病的、すなわち疾患状態を特徴づけまたは構成するとして分類され得るか、または非病的、すなわち正常からの逸脱であるが、疾患状態と関連しないとして分類され得る。この用語は、組織病理学的種類または非侵襲性の段階に関係なく、全ての種類の癌の増殖または癌遺伝子の過程、転移性組織または悪性形質転換細胞、組織または器官を含むことを意味する。病的な過剰増殖細胞は、悪性腫瘍増殖により特徴づけられる疾患状態に生じる。非病的過剰増殖細胞の例として、創傷修復に関連した細胞の増殖を含む。用語癌または新生物は様々な器官系の悪性腫瘍を含み、例えば、肺を冒すもの例えば、小細胞癌、非小細胞癌、扁平上皮癌、腺癌、乳癌、甲状腺癌、リンパ種、胃腸癌、尿生殖路癌、腎臓癌、膀胱癌、肝臓癌例えば、肝細胞癌、膵臓癌、卵巣癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、子宮癌、前立腺癌、脳腫瘍ならびに悪性腫瘍を含む腺癌、例えば、ほとんどの結腸癌、結直腸癌、腎細胞癌、前立腺癌および/または精巣腫瘍、肺の非小細胞癌、小腸の癌および食道癌等である。用語癌は当分野で認識されており、呼吸器系癌、胃腸管系癌、尿生殖路癌、精巣癌、乳癌、前立腺癌、内分泌系癌および黒色腫を含む上皮または内分泌組織の悪性腫瘍を指す。いくつかの実施形態において、疾患は腎臓癌または黒色腫である。癌の例として、子宮頚部、肺、前立腺、乳房、頭頚部、結腸および卵巣の組織から形成されるものがある。この用語は癌肉腫を含み、例えば癌性および肉腫性組織からなる悪性腫瘍を含む。腺癌は、腺組織由来の癌または腫瘍細胞が認識可能な腺構造を形成することを指す。用語肉腫は当分野で認識されており、間葉由来の悪性腫瘍を指す。増殖性障害のさらなる例として、造血新生物障害がある。本明細書で使用される造血新生物障害という用語は、造血細胞由来の過形成/新生物性細胞を含み、例えば、骨髄、リンパ球または赤血球系またはその前駆体細胞から生じる疾患を含む。好ましくは、疾患は、分化不良の急性白血病、例えば赤芽球性白血病および急性巨核芽球性白血病から生じる。骨髄性障害のさらなる例として、急性前骨髄球性白血病APML、急性骨髄性白血病AMLおよび慢性骨髄性白血病CMLが挙げられるが、それらに限定されずVaickusLCritRevinOncolHemotol1126797に概説、リンパ球悪性腫瘍は、B細胞系ALLおよびT細胞系ALLを含む急性リンパ芽球性白血病ALL、慢性リンパ性白血病CLL、前リンパ球性白血病PLL、有毛細胞白血病HLLおよびワルデンシュトレームマクログロブリン血症WMを含むがそれらに限定されない。悪性リンパ腫のさらなる形態は、非ホジキンリンパ腫およびその異型、末梢T細胞リンパ腫、成人T細胞白血病/成人T細胞リンパ腫ATL、皮膚T細胞リンパ腫CTCL、大顆粒リンパ球性白血病LGF、ホジキン病およびリードステルンベルグ病を含むが、それらに限定されない。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法を使用して処置することができる特定の癌を例えば表6または9に挙げ、乳房、肺、前立腺、中枢神経系例えば、神経膠腫、唾液腺、前立腺、卵巣の癌および白血病例えば、ALL、CMLまたはAMLを含むがそれらに限定されない。これらの遺伝子と特定の癌の関連は当技術分野で知られており、例えばFutrealetalNatRevCancer2004417783参照により本明細書に組み込まれており、例えば表1を参照のことおよびCOSMIC癌における体細胞突然変異カタログデータベースおよびウェブサイト、BamfordetalBrJCancer2004913558に記載されており、さらにForbesetalCurrProtocHumGenet2008Chapter10Unit1011ならびにCOSMICデータベース、例えばv.502010年11月30日を参照のこと。例えば、表6または9の任意の特定の種類の癌の参照は、他の種類の癌、すなわち、一般の癌の患者が処置され得ることを意味することが理解される。さらに、本明細書に記載の方法を、幹細胞の多能性を調節する例えば、強化または低下させるために、かつ内胚葉、中胚葉、外胚葉および発達派生物を生成する特定の分化経路に幹細胞を下方に指向させるために使用することができる。多能性を増加、維持または強化するため、方法は、表3に記載の長鎖非コードRNAに特異的に結合し、または相補的な抑制性核酸を細胞に導入することを含む。幹細胞の多能性を低下させ、または分化を強化するため、方法は、表3に記載の長鎖非コードRNAを細胞に導入することを含む。本明細書に記載の方法に有用な幹細胞は、成人幹細胞例えば、対象、例えば処置される対象の内耳、骨髄、間葉、皮膚、脂肪、肝臓、筋肉または血液から得た成人幹細胞;胎盤または臍帯から得られた胚性幹細胞または幹細胞;始原細胞例えば、内耳、骨髄、間葉、皮膚、脂肪、肝臓、筋肉または血液由来の始原細胞;および人工多能性幹細胞例えば、iPS細胞を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、組成物、例えば、表1、2、3、6もしくは7または表8に記載の、本明細書に記載のlncRNAに相補的な抑制性核酸を含む殺菌組成物を投与することを含む。本明細書に記載の方法の実施に使用される抑制性核酸はshRNAまたはsiRNAを含むが、それらに限定されないアンチセンスRNAまたは低分子干渉RNAであってよい。いくつかの実施形態において、抑制性核酸は、修飾された核酸ポリマー例えば、ロックド核酸LNA分子である。抑制性核酸は、ヒトを含む動物の疾患状態の処置における治療成分として使用されている。抑制性核酸は、細胞、組織および動物、特にヒトの処置のための処置方法に有用であるよう構成されることができる有用な治療モダリティーであり得る。治療剤として、癌を有すると疑われる動物、好ましくはヒトを、本発明に従ってlncRNAまたは抑制性核酸を投与することにより処置する。例えば、非限定的な一例において、方法は、本明細書に記載の治療有効量のlncRNAまたは抑制性核酸を、処置を必要とする動物に投与するステップを含む。抑制性核酸本方法および組成物に有用な抑制性核酸は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、外部ガイド配列EGSオリゴヌクレオチド、siRNA化合物、siRNA化合物などの一本鎖または二本鎖RNA干渉RNAi化合物、修飾塩基を含む分子、ロックド核酸分子LNA分子、アンタゴmiR、ペプチド核酸分子PNA分子および標的核酸の少なくとも一部にハイブリダイズし、かつその機能を調節する他のオリゴマー化合物またはオリゴヌクレオチド模倣物を含む。いくつかの実施形態において、抑制性核酸は、アンチセンスRNA、アンチセンスDNA、キメラアンチセンスオリゴヌクレオチド、修飾系を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド、干渉RNARNAi、短鎖干渉RNAsiRNA;マイクロ干渉RNAmiRNA;小分子一本鎖RNAstRNA;または短鎖ヘアピンRNAshRNA;低分子RNA誘導性遺伝子活性化RNAa;低分子活性化RNAsaRNAあるいはその組み合わせを含む。例えば、国際公開第WO2010040112号を参照のこと。いくつかの実施形態において、抑制性核酸は、10~50、13~50または13~30ヌクレオチドの長さである。当業者であれば、これが10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49または50ヌクレオチドの長さまたはその任意の範囲のアンチセンス相補性部分を有するオリゴヌクレオチドを具体化することが理解されるだろう。非相補性塩基をこのような抑制性核酸に含むことができ、例えば、30ヌクレオチドの長さの抑制性核酸は標的化RNAに相補的である15塩基の一部を有し得ることが理解される。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは15ヌクレオチドの長さである。いくつかの実施形態において、本発明のアンチセンスまたはオリゴヌクレオチド化合物は12または13~30ヌクレオチドの長さである。当業者であれば、これが12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30ヌクレオチドの長さのアンチセンス相補性部分を有する抑制性核酸を具体化することが理解されるだろう。好ましくは、抑制性核酸は、修飾糖部分および/または修飾ヌクレオシド間結合および/または修飾ヌクレオチドおよび/またはその組み合わせを含む1つ以上の修飾物を含む。所与のオリゴヌクレオチドの全ての位置が均一に修飾される必要はなく、実際に本明細書に記載の2つ以上の修飾物を一本鎖オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド内の単一のヌクレオシド内でも組み込むことができる。いくつかの実施形態において、抑制性核酸は、2つ以上の化学的に個別の領域を含有し、それぞれが少なくとも1つのヌクレオチドからなるキメラオリゴヌクレオチドである。これらのオリゴヌクレオチドは、典型的に1つ以上の有益な性質例えば、ヌクレアーゼ抵抗性の増加、細胞への取り込みの増加、標的の結合親和性の増加を与える修飾ヌクレオチドの少なくとも1つの領域およびRNA:DNAまたはRNA:RNAハイブリッドを切断することができる酵素のための基質である領域を含有する。本発明のキメラ抑制性核酸を、2つ以上のオリゴヌクレオチド、修飾オリゴヌクレオチド、上記のオリゴヌクレオシドおよび/またはオリゴヌクレオチド模倣体の複合体構造として形成することができる。このような化合物はまた、当技術分野においてハイブリッドまたはガンパーとして呼ばれている。このようなハイブリッド構造の調製を教示する代表的な米国特許は、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第5013830号、同第5149797号、同第5220007号、同第5256775号、同第5366878号、同第5403711号、同第5491133号、同第5565350号、同第5623065号、同第5652355号、同第5652356号および同第5700922号を含むがそれらに限定されない。いくつかの実施形態において、抑制性核酸は、糖の2’位で修飾された少なくとも1つのヌクレオチド、最も好ましくは2’-O-アルキル、2’-O-アルキル-O-アルキルまたは2’-フルオロ-修飾ヌクレオチドを含む。他の好ましい実施形態において、RNA修飾物は、ピリミジンのリボースに2’-フルオロ、2’-アミノおよび2’O-メチル修飾物、RNAの3’末端に非塩基性残基または逆位塩基を含む。このような修飾物は、日常的にオリゴヌクレオチドに組み込まれ、これらのオリゴヌクレオチドは所与の標的に対して2’-デオキシオリゴヌクレオチドに比べTmが高いすなわち、標的結合親和性が高いことが示されている。多くのヌクレオチドおよびヌクレオシド修飾物が、それらが組み込まれるオリゴヌクレオチドを、天然のオリゴデオキシヌクレオチドに比べヌクレアーゼ消化に対してより耐性にさせ、これらの修飾オリゴが未修飾のオリゴヌクレオチドに比べより長時間無傷のまま残ることが示されている。修飾オリゴヌクレオチドの特定の例として、修飾骨格、例えば、ホスホロチオエート、ホスホトリエステル、メチルホスホン酸、短鎖アルキルまたはシクロアルキル糖間結合あるいは短鎖ヘテロ原子またはヘテロ環糖間結合を含むものがある。最も好ましいのは、ホスホロチオエート骨格を有するオリゴヌクレオチドおよびヘテロ原子骨格を有するもの、特にCH2-NH-O-CH2、CH、~NCH3~O~CH2メチレンメチルイミノまたはMMI骨格として知られる、CH2--O--NCH3-CH2、CH2-NCH3-NCH3-CH2およびO-NCH3-CH2-CH2骨格を有するものであり、ここで、天然のホスホジエステル骨格は、O-P--O-CHとして表される;アミド骨格DeMesmaekeretalAceChemRes199528366374を参照のこと;モルホリノ骨格構造SummertonandWeller米国特許第5,034,506号を参照のこと;ペプチド核酸PNA骨格ここで、オリゴヌクレオチドのホスホジエステル骨格がポリアミド骨格と置き換えられ、ヌクレオチドはポリアミド骨格のアザ窒素原子に直接的または間接的に結合する、NielsenetalScience19912541497を参照のこと。リン含有結合には、正常な3’-5’結合を有するホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’アルキレンホスホネートおよびキラルホスホネートを含むメチルおよび他のアルキルホスホンネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホルアミデートおよびアミノアルキルホスホルアミデートを含むホスホルアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルリン酸トリエステル、およびボラノホスフェート、これらの2’-5’結合類似体、ならびにヌクレオシド単位の隣接する対が3’-5’から5’-3’または2’-5’から5’-2’に結合する、逆転した極性を有するものが含まれるが、それらに限定されない。米国特許第3687808号、同第4469863号、同第4476301号、同第5023243号、同第5177196号、同第5188897号、同第5264423号、同第5276019号、同第5278302号、同第5286717号、同第5321131号、同第5399676号、同第5405939号、同第5453496号、同第5455233号、同第5466677号、同第5476925号、同第5519126号、同第5536821号、同第5541306号、同第5550111号、同第5563253号、同第5571799号、同第5587361号および同第5625050号を参照のこと。モルホリノ系オリゴマー化合物は、DwaineABraaschandDavidRCoreyBiochemistry20024145034510Genesisvolume30issue32001HeasmanJDevBiol2002243209214NaseviciusetalNatGenet200026216220LacerraetalProcNatlAcadSci20009795919596および1991年6月23日に交付された米国特許第5,034,506号に記載されている。いくつかの実施形態において、モルホリノ系オリゴマー化合物は、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーPMO例えば、それらの開示は、全体を参照により本明細書に組み込まれる、IversonCurrOpinMolTher32352382001およびWangetalJGeneMed123543642010に記載である。シクロヘキセニル核酸オリゴヌクレオチド模倣体は、WangetalJAmChemSoc200012285958602に記載されている。リン原子を含まない修飾オリゴヌクレオチド骨格は、短鎖アルキルまたはシクロアルキルヌクレオシド間結合、混合ヘテロ原子およびアルキルまたはシクロアルキルヌクレオシド結合あるいは1つ以上の短鎖ヘテロ原子もしくはヘテロ環ヌクレオシド間結合により形成される骨格を有する。これらは、モルホリノ結合ヌクレオシドの糖部分から一部形成される、シロキサン骨格、スルフィド、スルホキシドおよびスルホン骨格、ホルムアセチルおよびチオホルムアセチル骨格、メチレンホルムアセチルおよびチオホルムアセチル骨格、アルケン含有骨格、スルファミン酸骨格、メチレンイミノおよびメチレンヒドラジノ骨格、スルホネートおよびスルホンアミド骨格、アミド骨格および混合N、O、SおよびCH2構成要素部分を有する他のものを含みむ。それぞれが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第5034506号、同第5166315号、同第5185444号、同第5214134号、同第5216141号、同第5235033号、同第5264562号、同第5264564号、同第5405938号、同第5434257号、同第5466677号、同第5470967号、同第5489677号、同第5541307号、同第5561225号、同第5596086号、同第5602240号、同第5610289号、同第5602240号、同第5608046号、同第5610289号、同第5618704号、同第5623070号、同第5663312号、同第5633360号、同第5677437号および同第5677439号を参照のこと。修飾されたオリゴヌクレオチドはまた、アラビノヌクレオチドまたは修飾アラビノヌクレオチド残基系またはこれらから構成されるオリゴヌクレオチドを含むことが知られている。アラビノヌクレオシドはリボヌクレオシドの立体異性体であり、糖環の2’位の立体構造においてのみ異なる。いくつかの実施形態において、2’-アラビノ修飾物は、2’-Fアラビノである。いくつかの実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは2’-フルオロ-D-アラビノ核酸FANAである例えば、これらの開示は、全体を参照により本明細書に組み込まれる、LonetalBiochem41345734672002およびMinetalBioorgMedChemLett12265126542002に記載。。同様の修飾が、糖の他の位置、特に3’末端ヌクレオシドの糖の3’位または2’-5’結合オリゴヌクレオチドにおよび5’末端ヌクレオチドの5’位になされ得る。PCT国際公開公報第WO99/67378号は、相補的メッセンジャーRNAへの会合を介して遺伝子発現の配列特異的抑制を向上させるアラビノ核酸ANAオリゴマーおよびその類似体を開示している。他の好ましい修飾物は、エチレン架橋核酸ENAを含む例えば、それらの開示は全体を参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第WO2005/042777号、MoritaetalNucleicAcidResSuppl12412422001SuronoetalHumGeneTher157497572004KoizumiCurrOpinMolTher81441492006およびHorieetalNucleicAcidsSympSer491711722005。好ましいENAは、2’-O,4’-C-エチレン-架橋核酸を含むが、それだけに限定されない。LNAの例は、国際公開第WO2008/043753号に記載され、以下の式の化合物を含む。式中、XおよびYは独立して、-O-、-S-、-NH-、NR-、-CH2-または-CH-二重結合の一部である場合、-CH2-O-、-CH2-S-、-CH2-NH-、-CH2-NR-、-CH2-CH2-または-CH2-CH-二重結合の一部である場合、-CH=CH-からなる群から選択され、Rは水素およびC1-4アルキルから選択され、ZおよびZは独立してヌクレオシド間結合、末端基または保護基から選択され、Bは天然または非天然ヌクレオチド塩基部分を構成し、非対称基はいずれかの配向でも見出すことができる。好ましくは本発明のオリゴマーで使用されるLNAは、以下の式のいずれかにおいて少なくとも1つのLNA単位を含む。式中、Yは-O-、-S-、-NH-またはNRHであり、ZおよびZは独立してヌクレオシド間結合、末端基または保護基から選択され、Bは天然または非天然ヌクレオチド塩基部分を構成し、RHは水素およびC1-4アルキルから選択される。好ましくは、本発明の、アンチセンスオリゴヌクレオチドなどのオリゴマー化合物で使用されるロックド核酸LNAはPCT出願第DK2006/000512号のスキーム2に示される式のいずれかにおいてロックド核酸LNA単位を含む少なくとも1つのヌクレオチドを含む。好ましくは、本発明のオリゴマーで使用されるLNAは、-0-PO2-O-、-O-PO,S-O-、-0-PS2-O-、-S-PO2-O-、-S-PO,S-O-、-S-PS2-O-、-0-PO2-S-、-O-PO,S-S-、-S-PO2-S-、-O-PORH-O-、O-POOCH3-O-、-O-PONRH-O-、-O-POOCH2CH2S-R-O-、-O-POBH3-O-、-O-PONHRH-O-、-O-PO2-NRH-、-NRH-PO2-O-、-NRH-CO-O-から選択されるヌクレオシド間結合を含み、式中、RHは、水素およびC1-4アルキルから選択される。特に好ましいLNA単位をスキーム2に示す。スキーム2チオ-LNAという用語は、上記の一般式のXまたはYのうちの少なくとも1つがSまたは-CH2-S-から選択されるロックドヌクレオチドを含む。チオ-LNAはβ-Dおよびα-L-立体構造の両方であることができる。アミノ-LNAという用語は、上記の一般式のXまたはYのうちの少なくとも1つが-NH-、NR-、CH2-NH-および-CH2-NR-から選択されるロックドヌクレオチドを含み、式中、Rは水素およびC1-4アルキルから選択される。アミノ-LNAはβ-Dおよびα-L-立体構造の両方であることができる。オキシ-LNAという用語は、上記の一般式のXまたはYのうちの少なくとも1つが-O-または-CH2-O-を表すロックドヌクレオチドを含む。オキシ-LNAはβ-Dおよびα-L-立体構造の両方であることができる。ena-LNAという用語は、上記の一般式のYが-CH2-O-であるロックドヌクレオチドを含む式中、-CH2-O-の酸素原子は塩基Bに対して2’位に結合する。LNAをさらに以下に詳述する。1つ以上の置換糖部分を、例えば2’位に以下の1つを含めることができる:OH、SH、SCH3、F、OCN、OCH3OCH3、OCH3OCH2nCH3、OCH2nNH2またはOCH2nCH3、式中、nは1~約10であり、Ci~C10低級アルキル、アルコキシアルキル、置換低級アルキル、アルカリールまたはアラルキル、Cl、Br、CN、CF3、OCF3、O-、S-またはN-アルキル、O-、S-またはN-アルケニル、SOCH3、SO2CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、RNA切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を改善する基またはオリゴヌクレオチドの薬力学特性を改善する基および類似の特性を有する他の置換基。好ましい修飾物は、2’-メトキシエトキシ[2’-0-CH2CH2OCH32’-O-2-メトキシエチルとしても知られる]MartinetalHeIvChimActa199578486を含む。他の好ましい修飾物は、2’-メトキシ2’-0-CH3、2’-プロポキシ2’-OCH2CH2CH3および2’-フルオロ2’-Fを含む。類似の修飾もオリゴヌクレオチドの他の位置、特に3’末端ヌクレオチドの糖の3’位および5’末端ヌクレオチドの5’位でなされ得る。オリゴヌクレオチドはまた、ペントフラノシル基に代わり、シクロブチルなどの糖模倣体を有し得る。抑制性核酸はまた、追加して、または代替的にヌクレオ塩基当技術分野において多くの場合、単に塩基と呼ばれる修飾物または置換物を含み得る。本明細書で使用される未修飾または天然のヌクレオ塩基は、アデニンA、グアニンG、チミンT、シトシンCおよびウラシルUを含む。修飾ヌクレオ塩基は、天然の核酸に稀にまたは一時的にのみ見出されるヌクレオ塩基、例えば、ヒポキサンチン、6-メチルアデニン、5-Meピリミジン、特に、5-メチルシトシン5-メチル-2’デオキシシチジンとも呼ばれ、当技術分野において、多くの場合、5-Me-Cと呼ばれる、5-ヒドロキシメチルシトシンHMC、グリコシルHMCおよびゲントビオシルHMC、イソシトシン、プソイドイソシトシンならびに合成ヌクレオ塩基、例えば、2-アミノアデニン、2-メチルアミノアデニン、2-イミダゾリルアルキルアデニン、2-アミノアルキルアミノアデニンまたは他のヘテロ置換アルキルアデニン、2-チオウラシル、2-チオチミン、5-ブロモウラシル、5-ヒドロキシメチルウラシル、5-プロピニルウラシル、8-アザグアニン、7-デアザグアニン、N66-アミノヘキシルアデニン、6-アミノプリン、2-アミノプリン、2-クロロ-6-アミノプリンおよび2,6-ジアミノプリンまたは他のジアミノプリンを含む。例えば、KornbergDNAReplicationWHFreemanCoSanFrancisco1980pp7577およびGebeyehuGetalNuclAcidsRes154513を参照のこと。イノシンなどの、当技術分野で知られているユニバーサル塩基も含むことができる。5-Me-C置換は、0.6~1.2Cだけ核酸の二重鎖安定性を増大させることが示されSanghviinCrookeandLebleuedsAntisenseResearchandApplicationsCRCPressBocaRaton1993pp276278、現在好ましい塩基置換物である。所与のオリゴヌクレオチドは全て位置で均一に修飾される必要はなく、事実上、本明細書に記載の修飾の2つ以上が単一のオリゴヌクレオチドに、またはオリゴヌクレオチド内の単一のヌクレオシド内にさえも組み込まれ得る。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド単位の、糖とヌクレオシド間結合はともに、すなわち、骨格は新規の基に置き換えられる。塩基単位を適切な核酸標的化合物とのハイブリダイゼーションのために維持する。優れたハイブリダイゼーション特性を有することが示されているオリゴヌクレオチド模倣体であるそのようなオリゴマー化合物の1つは、ペプチド核酸PNAと呼ばれる。PNA化合物において、オリゴヌクレオチドの糖骨格がアミド含有骨格、例えば、アミノエチルグリシン骨格で置き換えられる。ヌクレオ塩基が保持され、直接または間接的に骨格のアミド部分のアザ窒素原子に結合する。PNA化合物の調製を教示する代表的な米国特許は、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第5539082号、同第5714331号および同第5719262号を含むが、それらに限定されない。さらに、PNA化合物の教示は、NielsenetalScience199125414971500に見出すことができる。抑制性核酸はまた、1つ以上のヌクレオ塩基当技術分野において、多くの場合、単に塩基と呼ばれる修飾物または置換物を含むことができる。本明細書で使用される未修飾または天然のヌクレオ塩基は、プリン塩基のアデニンA、グアニンG、ピリミジン塩基のチミンT、シトシンCおよびウラシルUを含む。修飾ヌクレオ塩基は、他の合成および天然のヌクレオ塩基、例えば、5-メチルシトシン5-me-C、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンおよびグアニンの6-メチルおよび他のアルキル誘導体、アデニンおよびグアニンの2-プロピルおよび他のアルキル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミンおよび2-チオシトシン、5-ハロウラシルおよびシトシン、5-プロピニルウラシルおよびシトシン、6-アゾウラシル、シトシンおよびチミン、5-ウラシルプソイドウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシおよび他の8-置換アデニンおよびグアニン、5-ハロ、特に5-ブロモ、5-トリフルオロメチルおよび他の5-置換ウラシルおよびシトシン、7-メチルクアニンおよび7-メチルアデニン、8-アザグアニンおよび8-アザアデニン、7-デアザグアニンおよび7-デアザアデニンおよび3-デアザグアニンおよび3-デアザアデニンを含む。さらに、ヌクレオ塩基は、米国特許第3687808号に開示されているもの、TheConciseEncyclopediaofPolymerScienceAndEngineeringpages858859KroschwitzedJohnWileySons1990に開示されているもの、EnglischetalAngewandleChemieInternationalEdition199130page613によって開示されているものおよびにSanghviChapter15AntisenseResearchandApplicationspages289302CrookeandLebleuedsCRCPress1993よって開示されているものを含む。これらのヌクレオ塩基のうちのある特定のものは、特に、本発明のオリゴマー化合物の結合親和性の増大に有用である。これらは、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジンおよびN-2、N-6および0-6置換プリンを含み、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシルおよび5-プロピニルシトシンを含む。5-メチルシトシン置換物は、0.6~1.2Cだけ核酸の二重鎖安定性を増大させることが示されSanghvietaledsAntisenseResearchandApplicationsCRCPressBocaRaton1993pp276278、現在、さらにより具体的には、2’-O-メトキシエチル糖修飾物と組み合わせる場合に好ましい塩基置換物である。修飾ヌクレオ塩基は、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第3687808号ならびに同第4845205号、同第5130302号、同第5134066号、同第5175273号、同第5367066号、同第5432272号、同第5457187号、同第5459255号、同第5484908号、同第5502177号、同第5525711号、同第5552540号、同第5587469号、同第5596091号、同第5614617号、同第5750692号および同第5681941号に記載されている。いくつかの実施形態において、抑制性核酸はオリゴヌクレオチドの活性、細胞分布または細胞の取り込みを強化する1つ以上の部分または複合体に化学結合する。例えば、同じまたは異なる種類の1つ以上の抑制性核酸は互いに複合体化することができ、または抑制性核酸は、細胞の種類または組織の種類の特異性が強化された標的とする部分と複合体化することができる。このような部分は、コレステロール部分などの脂質部分LetsingeretalProcNatlAcadSciUSA19898665536556、コール酸ManoharanetalBioorgMedChemLet1994410531060、チオエーテル、例えばヘキシル-S-トリチルチオールManoharanetalAnnNYAcadSci1992660306309ManoharanetalBioorgMedChemLet1993327652770、チオコレステロールOberhauseretalNuclAcidsRes199220533538、脂肪族鎖、例えばドデカンジオールまたはウンデシル残基KabanovetalFEBSLett1990259327330SvinarchuketalBiochimie1993754954、リン脂質、例えばジ-ヘキサデシル-rac-グリセロールまたはトリエチルアンモニウム1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-H-リン酸ManoharanetalTetrahedronLett19953636513654SheaetalNuclAcidsRes19901837773783、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖MancharanetalNucleosidesNucleotides199514969973または酢酸アダマンタンManoharanetalTetrahedronLett19953636513654、パルミチル部分MishraetalBiochimBiophysActa19951264229237、あるいはオクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ-カルボニル-t-オキシコレステロール部分CrookeetalJPharmacolExpTher1996277923937を含むがそれらに限定されない。さらに、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第4828979号、同第4948882号、同第5218105号、同第5525465号、同第5541313号、同第5545730号、同第5552538号、同第5578717号、同第5580731号、同第5580731号、同第5591584号、同第5109124号、同第5118802号、同第5138045号、同第5414077号、同第5486603号、同第5512439号、同第5578718号、同第5608046号、同第4587044号、同第4605735号、同第4667025号、同第4762779号、同第4789737号、同第4824941号、同第4835263号、同第4876335号、同第4904582号、同第4958013号、同第5082830号、同第5112963号、同第5214136号、同第5082830号、同第5112963号、同第5214136号、同第5245022号、同第5254469号、同第5258506号、同第5262536号、同第5272250号、同第5292873号、同第5317098号、同第5371241号、同第5391723号、同第5416203号、同第5451463号、同第5510475号、同第5512667号、同第5514785号、同第5565552号、同第5567810号、同第5574142号、同第5585481号、同第5587371号、同第5595726号、同第5597696号、同第5599923号、同第5599928号および同第5688941号を参照のこと。これらの部分または複合体は、1級または2級ヒドロキシル基などの官能基と共有結合する結合基を含むことができる。本発明の結合基は、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、オリゴマーの薬力学特性を強化する基およびオリゴマーの薬物動態特性を強化する基を含む。典型的な結合基は、コレステロール、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、ヨウ酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリンおよび染料を含む。本発明の文脈において、薬力学特性を強化する基は、標的核酸の取り込みを改善し、分解に対する耐性を強化し、および/または配列特異的ハイブリダイゼーションを強化する基を含む。本発明の文脈において、薬物動態特性を強化する基は、本発明の化合物の取り込み、分布、代謝または排出を改善する基を含む。代表的な結合基は、参照により本明細書に組み込まれる、1992年10月23日出願の国際特許出願第PCT/US92/09196号および米国特許第6287860号に開示されている。結合部分は、コレステロール部分などの脂質部分、コール酸、チオエーテル、例えば、ヘキシル-5-トリチルチオール、チオコレステロール、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールまたはウンデシル残基、リン脂質、例えば、ジ-ヘキサデシル-rac-グリセロールまたはトリエチルアンモニウム1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-H-リン酸、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖または酢酸アダマンタン、パルミチル部分またはオクタデシルアミンあるいはヘキシルアミノ-カルボニル-オキシコレステロール部分を含むがそれらに限定されない。例えば、米国特許第4828979号、同第4948882号、同第5218105号、同第5525465号、同第5541313号、同第5545730号、同第5552538号、同第5578717号、同第5580731号、同第5580731号、同第5591584号、同第5109124号、同第5118802号、同第5138045号、同第5414077号、同第5486603号、同第5512439号、同第5578718号、同第5608046号、同第4587044号、同第4605735号、同第4667025号、同第4762779号、同第4789737号、同第4824941号、同第4835263号、同第4876335号、同第4904582号、同第4958013号、同第5082830号、同第5112963号、同第5214136号、同第5082830号、同第5112963号、同第5214136号、同第5245022号、同第5254469号、同第5258506号、同第5262536号、同第5272250号、同第5292873号、同第5317098号、同第5371241号、同第5391723号、同第5416203号、同第5451463号、同第5510475号、同第5512667号、同第5514785号、同第5565552号、同第5567810号、同第5574142号、同第5585481号、同第5587371号、同第5595726号、同第5597696号、同第5599923号、同第5599928および同第5688941号を参照のこと。本方法において有用な抑制性核酸は、標的lncRNAと十分に相補的であり、例えば、所望の効果を得るため十分にハイブリダイズし、十分な生物学的官能特異性を有する。相補的は、天然または非天然由来の例えば、上記のように修飾された塩基ヌクレオシドまたはその類似体を含む2つの配列間の塩基スタッキングおよび特異的水素結合を介して対合する能力を指す。例えば、抑制性核酸の一つの位置の塩基がlncRNAの対応する位置で塩基と水素結合することができるならば、その塩基はその位置で互いに相補的であるとみなされる。100の相補性は必要としない。上記のように、抑制性核酸は、ユニバーサル塩基または水素結合にプラスまたはマイナスに寄与することがない不活性非塩基性スペーサーを含むことができる。塩基対合は、規範的なワトソン-クリック塩基対合および非ワトソン-クリック塩基対合例えば、ゆらぎ塩基対合およびフーグスティーン塩基対合をともに含むことができる。相補的塩基対合について、アデノシン型塩基Aはチミジン型塩基Tまたはウラシル型塩基Uに相補的であり、シトシン型塩基Cはグアノシン型塩基Gに相補的であり、3-ニトロピロールまたは5-ニトロインドールなどのユニバーサル塩基は、任意のA、C、UまたはTにハイブリダイズすることができ、かつ相補的である考えられることが理解される。NicholsetalNature1994369492493およびLoakesetalNucleicAcidsRes19942240394043。イノシンIはまた、当技術分野においてユニバーサル塩基であると考えられており、任意のA、C、UまたはTに相補的である考えられる。WatkinsandSantaLuciaNuclAcidsResearch20053362586267を参照のこと。いくつかの実施形態において、抑制性核酸がハイブリダイズする標的lncRNAの位置は、タンパク質結合パートナーが結合する標的領域として定義される。これらの領域を別表Iにおいて提出したデータを総括し、データセットに強化された領域を特定することにより特定することができ、これらの領域はタンパク質結合配列を含む可能性が高い。ピークと呼ばれる、このような領域の特定を以下の実施例8に記載する。日常的な方法を使用して、十分な特異性を有するこの配列に結合する抑制性核酸を設計することができる。いくつかの実施形態において、方法は、当技術分野で公知のバイオインフォマティクス方法を使用し、2次構造、例えば1、2以上のステムループ構造またはプソイドノットの領域を特定すること、および抑制性核酸を用いて標的とするこれらの領域を選択することを含む。特定の例示的標的セグメントの特定の配列が本明細書に記載されるが、当業者であれば、これらが本発明の範囲内で特定の実施形態を例示説明し、記載することに役立つ役割を果たしていることを認識するだろう。さらなる標的セグメントが、本開示の点を見て、当業者により容易に特定可能である。タンパク質結合領域内の少なくとも5連続ヌクレオチドの伸長を含む5~500ヌクレオチドの長さの標的セグメントまたはその真隣が十分に標的に適していると考えられる。標的セグメントは、タンパク質結合領域の1つの5’末端から少なくとも5連続ヌクレオチドを含む配列を含むことができる残りのヌクレオチドは、結合セグメントの5’末端のすぐ上流で開始され、抑制性核酸が約5~約100ヌクレオチドを含有するまで継続する同じRNAを連続的に伸長する。同様に、好ましい標的セグメントは、例次説明となる好ましい標的セグメントの1つの3’末端から少なくとも5連続ヌクレオチドを含むRNA配列により表される残りのヌクレオチドは、標的セグメントの3’末端のすぐ下流で開始され、抑制性核酸が約5~約100ヌクレオチドを含有するまで継続する同じlncRNAを連続的に伸長する。本明細書に挙げる配列を使用する当業者であれば、過度の実験を行うことなく、相補的な抑制性核酸を用いて標的とするさらに好ましいタンパク質結合領域を特定することができるだろう。本開示の文脈において、ハイブリダイゼーションは、塩基スタッキングおよび水素結合を意味し、これは相補的ヌクレオシドまたはヌクレオチド塩基間のワトソン-クリック、フーグスティーンまたは逆フーグスティーン水素結合であり得る。例えば、アデニンおよびチミンは、水素結合の形成を介して対となる相補的ヌクレオ塩基である。当技術分野で使用される場合、相補的は、2つのヌクレオチド間の正確に対合する能力を指す。例えば、オリゴヌクレオチドの特定の位置のヌクレオチドは、lncRNA分子の同じ位置のヌクレオチドと水素結合することができるならば、抑制性核酸およびlncRNAはその位置で互いに相補的であるとみなされる。抑制性核酸およびlncRNAは、塩基を介して互いに水素結合することができるヌクレオチドにより、それぞれの分子の対応する位置が十分な数を占める場合、互いに相補的である。従って、特異的にハイブリダイズするおよび相補的は抑制性核酸とlncRNA標的との間で安定した特異的結合が生じるといった、十分な相補性または正確な対合の程度を示すために使用される用語である。例えば、抑制性核酸のある位置の塩基が対応するlncRNAの位置の塩基と水素結合することができる場合、塩基はその位置で互いに相補的であると考えられる。100の相補性は必要としない。当技術分野において、相補的核酸配列が特異的にハイブリダイズするその標的核酸のものと100相補的である必要はないことが理解される。本方法の目的の相補的な核酸配列は、標的lncRNA分子への配列の結合が標的lncRNAの正常な機能と干渉し、活性の損失を生じる場合例えば、PRC2関連の抑制が阻害され、その結果、遺伝子発現が上方制御されるに特異的にハイブリダイズすることが可能であり、非特異的結合の回避が望まれる条件下、例えば、インビボのアッセイまたは治療的処置の場合およびインビトロのアッセイの場合の生理学的条件下、アッセイを適切なストリンジェンシー条件下で行う条件下において、非標的lncRNA配列への配列の非特異的結合を回避するための十分な相補的な程度となる。例えば、ストリンジェントな塩濃度は、通常、約750mMNaClおよび75mMクエン酸三ナトリウム未満、好ましくは約500mMNaClおよび50mMクエン酸三ナトリウム未満およびより好ましくは約250mMNaClおよび25mMクエン酸三ナトリウム未満であるだろう。低ストリンジェントのハイブリダイゼーションは、有機溶剤、例えばホルムアミドの非存在下において得ることができ、一方で高ストリンジェントのハイブリダイゼーションは、少なくとも約35ホルムアミドおよびより好ましくは約50ホルムアミドの存在下において得ることができる。ストリンジェントな温度条件は、通常、少なくとも30°C、より好ましくは少なくとも約37°Cおよび最も好ましくは少なくとも約42°Cを含むだろう。ハイブリダイゼーション時間、界面活性剤の濃度、例えばドデシル硫酸ナトリウムSDSおよび担体DNAの選択または除外などの様々な追加のパラメーターは当業者に公知である。様々なストリンジェントのレベルは、必要に応じてこれらの様々な条件を組み合わせることにより達成される。好ましい実施形態において、ハイブリダイゼーションは、30°Cにて750mMNaCl、75mMクエン酸三ナトリウムおよび1SDSにおいて生じる。より好ましい実施形態において、ハイブリダイゼーションは、37°Cにて、500mMNaCl、50mMクエン酸三ナトリウムおよび1SDS、35ホルムアミドおよび100μg/ml変性サケ精子DNAssDNAにおいて生じる。最も好ましい実施形態において、ハイブリダイゼーションは、42°Cにて、250mMNaCl、25mMクエン酸三ナトリウムおよび1SDS、50ホルムアミドおよび200μg/mlのssDNAにおいて生じる。これらの条件に有用な変動は当業者に容易に明らかであるだろう。ほとんどの用途において、ハイブリダイゼーションに続く洗浄ステップもストリンジェントの程度において異なるだろう。洗浄ストリンジェント条件は、塩濃度によりおよび温度により定義され得る。上記のように、洗浄ストリンジェントの程度は、塩濃度の減少によりまたは温度の上昇により増大させることができる。例えば、洗浄ステップのストリンジェントな塩濃度は、好ましくは約30mMNaClおよび3mMクエン酸三ナトリウム未満であり、最も好ましくは約15mMNaClおよび1.5mMクエン酸三ナトリウム未満である。洗浄ステップのストリンジェントな温度条件は、通常少なくとも約25°C、より好ましくは少なくとも42°Cおよびさらにより好ましくは少なくとも約68°Cを含む。好ましい実施形態において、洗浄ステップは、25°Cにて30mMNaCl、3mMクエン酸三ナトリウムおよび0.1SDSで生じる。より好ましい実施形態において、洗浄ステップは、42°Cにて15mMNaCl、1.5mMクエン酸三ナトリウムおよび0.1SDSで生じる。より好ましい実施形態において、洗浄ステップは、68°Cにて15mMNaCl、1.5mMクエン酸三ナトリウムおよび0.1SDSで生じる。これらの条件のさらなる変動は、当業者に容易に明らかである。ハイブリダイゼーション技法は、当業者に公知であり、例えば、BentonandDavisGrunsteinandHognessAusubeletalBergerandKimmelandSambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualColdSpringHarborLaboratoryPressNewYorkに記載されている。一般に、本明細書に記載の方法に有用な抑制性核酸は、標的核酸内の標的領域に少なくとも80配列相補性、例えば、lncRNA内の標的領域に90、95または100配列相補性を有する。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドの20ヌクレオ塩基のうち18は相補的であり、それ故、標的領域に特異的にハイブリダイズするであろうアンチセンス化合物は、90の相補性を表す。標的核酸の領域を有する抑制性核酸の相補性は、基本的な局所的アラインメント検索ツールBLASTプログラムを使用して日常的に決定することができるAltschuletalJMolBiol1990215403410ZhangandMaddenGenomeRes19977649656。lncRNAにハイブリダイズする本発明のアンチセンスおよび他の化合物は日常的な実験を介して特定される。一般に、抑制性核酸は、標的の特異性を保持する、すなわち、目的の標的以外の転写物に直接結合せず、またはその発現レベルに直接重要な影響を与えないかのいずれかである必要がある。対応する標的特異的な機能的生物学的影響を有する標的特異的な効果は、抑制性核酸が多くの非標的RNAに非特異的な結合を示す場合でも可能である。例えば、lncRNAに完全に相補的な短鎖8塩基の長鎖抑制性核酸は、ゲノム中の何百もの配列に対して複数の100の一致を有し得るが、それでも、標的特異的な効果、例えばPRC2活性の阻害を介した特定の標的遺伝子の上方制御を生じ得る。8塩基の抑制性核酸は、高度の特異性およびオフターゲット効果を減少をもってエキソンスキッピングを防止することが報告されている。SinghetalRNABiol20096341350を参照のこと。8塩基の抑制性核酸は、有意なオフターゲット効果無しでmiRNA活性と干渉することが報告されている。ObadetalNatureGenetics201143371378を参照のこと。抑制性核酸に関するさらなる開示については、米国特許第2010/0317718号アンチセンスオリゴ、;米国特許第2010/0249052号二本鎖リボ核酸dsRNA;米国特許第2009/0181914号および米国特許第2010/0234451号LNA分子;米国特許第2007/0191294号siRNA類似体;米国特許第2008/0249039号修飾siRNA;および国際公開第WO2010/129746号および国際公開第WO2010/040112号抑制性核酸を参照されたい。アンチセンスいくつかの実施形態において、抑制性核酸は、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、典型的に転写、翻訳またはスプライシングのレベルにて、標的に結合し、発現を停止させることにより、DNAまたはRNA標的の発現を遮断するよう設計される。本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロでlncRNAにストリンジェントな条件下においてハイブリダイズするよう設計された相補的核酸配列であり、インビボでPRC2の活性を阻害することが期待される。従って、標的に十分相補的である、すなわち、十分にハイブリダイズし、十分な生物学的機能的特異性を有して、所望の効果を与えるオリゴヌクレオチドが選択される。ロックド核酸LNAを含む修飾塩基いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法に使用される抑制性核酸は、1つ以上の修飾結合または塩基を含む。修飾塩基は、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ペプチド核酸またはロックド核酸LNAを含む。好ましくは、修飾ヌクレオチドは、[α]-L-LNAを含むロックド核酸分子の一部である。LNAは、リボ核酸類似体を含み、ここで、リボース環は、2’酸素と4’炭素との間のメチレン架橋、すなわち、少なくとも1つのLNAモノマーを含有するオリゴヌクレオチド、すなわち、1つの2’-O,4’-C-メチレン-β-D-リボフラノシルヌクレオチドによりロックされている。LNA塩基は、標準的なワトソン-クリック塩基対を形成するが、ロックド立体構造は、塩基対反応の速度および安定性を増大させるJepsenetalOligonucleotides14130146。LNAはまた、DNAと比較するとRNAの塩基対に対する増加した親和性も有する。これらの特性が、蛍光インサイチュハイブリダイゼーションFISHおよび比較ゲノムハイブリダイゼーションのプローブとして、miRNAのノックダウンツールとして、およびmRNAまたは他のRNA、例えば本明細書に記載のlncRNAを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドとして、LNAを特に有用なものとする。修飾塩基/LNA分子は、各鎖において10~30、例えば、12~24、例えば、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30ヌクレオチドを含む分子を含むことができ、ここで、鎖の1つがlncRNAの標的領域に対して実質的に同一、例えば少なくとも80以上、例えば85、90、95または100同一であり、例えば、3、2、1または0個のミスマッチヌクレオチドを有する。修飾塩基/LNA分子は当技術分野で公知の方法を使用して化学合成することができる。修飾塩基/LNA分子を当技術分野で知られている任意の方法を使用して設計することができ、多くのアルゴリズムが知られており、市販されている例えば、インターネットにおいて、例えばexiqon.comにて。例えば、YouetalNucAcidsRes34e60McTigueetalBiochemistry435388405andLevinetalNucAcidsRes34e142を参照のこと。例えば、アンチセンスオリゴを設計するため使用されるものと類似の遺伝子歩行法を使用して、修飾塩基/LNA分子の阻害活性を最適化することができ、例えば、標的lncRNAの長さにわたる、10~30ヌクレオチドの一連のオリゴヌクレオチドを調製後、活性を試験することができる。任意で、例えば5~10ヌクレオチド以上のギャップをLNAの間に残し、合成および試験のオリゴヌクレオチドの数を減らすことができる。GC量は、約30~60が好ましい。修飾塩基/LNA分子を設計するための一般的なガイドラインは、当技術分野において公知であり、例えば、LNA配列は他のLNA配列と非常に密接に結合するため、LNA分子内で有意な相補性を回避することが好ましい。3つ以上のGまたはCあるいは4つ以上のLNA残基を隣接して行うことは、可能な場合例えば、非常に短い例えば約9~10ntオリゴヌクレオチドでは可能ではないは回避すべきである。いくつかの実施形態において、LNAはキシロ-LNAである。いくつかの実施形態において、修飾塩基/LNA分子を、lncRNAの特異的領域を標的とするよう設計することができる。例えば、特異的機能的領域、例えば公知のRNA局在モチーフを含む領域すなわち、lncRNAが作用する標的核酸と相補的な領域または既知のタンパク質結合領域を含む領域、例えばポリコーム例えば、H3K27メチラーゼEZH2、SUZ12およびEEDからなるポリコーム抑制複合体2PRC2あるいはLSD1/CoREST/REST複合体結合領域例えばTsaietalScience2010Aug632968993Epub2010Jul8andZhaoetalScience2008Oct313227506を参照のことを標的とすることができる。SarmaetalLockednucleicacidsrevealsequencerequirementsandkineticsofXistRNAlocalizationtotheXchromosomePNAS、印刷前の出版、2010年12月6日doi101073pnas1009785107。あるいは、または、加えて、高度に保存された領域を、例えば霊長類例えば、ヒトおよびげっ歯類例えば、マウスなどの異なる種由来の配列をアラインすることにより特定される領域を標的とすることができ、高度の同一性を有する領域を探索することができる。同一性を基本的な局所的アラインメント検索ツールBLASTプログラムAltschuletalJMolBiol1990215403410ZhangandMaddenGenomeRes19977649656を使用して、例えばデフォルトパラメーターを使用して日常的に決定することができる。さらなるLNA分子に関する情報については、米国特許第6268490号、同第6734291号、同第6770748号、同第6794499号、同第7034133号、同第7053207号、同第7060809号、同第7084125号および同第7572582号ならびに米国特許付与前公報第20100267018号、同第20100261175号および同第20100035968号KoshkinetalTetrahedron5436073630ObikaetalTetrahedronLett3954015404JepsenetalOligonucleotides14130146KauppinenetalDrugDiscToday2287290andPontingetalCell136629641およびその中に引用されている参照文献を参照のこと。関連の態様において、本開示は、速度の速いシス作用で細胞核性長鎖ncRNAを取り除くLNA分子の能力例えば、本明細書に記載の2、5、10秒から60分までの染色体からのRNA/PRC2の解離、つまりこれまでに可能ではなかった方法において長鎖ncRNAの機能の修飾および試験を可能にする特性を示す。モデルとして17kbのXistRNAを使用して、本発明者らは、転写物を特異的に標的とするよう設計されたLNA分子が、不活性X染色体からの極めて迅速なRNAの排除を導くことを示した。興味深いことに、RNAは取り除かれるが、転写物の安定性は影響されなかった。異なるXist領域を標的化することにより、局在ドメインの特定を可能にし、ポリコーム抑制複合体2PRC2がXistとともに排除させられることを示す。従って、PRC2は、クロマチンを最初に標的とすることと、それとの安定した会合の両方においてRNAに依存する。RNA再局在の時間経過分析は、XistおよびPRC2が同時にXに沿って拡大するが、24時間で飽和レベルに達することがないことを示唆し、必要な場合、クロマチンの再プログラムする好機を提供する。17kbRNA内の小領域を標的とすることにより、そのような劇的な効果をもたらすことができることは注目に値することである。その迅速な効果は、XistRNA‐タンパク質複合体がリピートCを介して不活性型X染色体Xiクロマチンに固定され得ることを示唆する。あるいは、リピートCへのLNA分子の結合がRNA構造を変化させ、リモート固定ドメインを干渉する可能性がある。速い動態でRNA排除が起こる一方、回復期間が延長される。完全なもや状のXistは8時間以内に復元するが、完全なPRC2の補完物は最大24時間の間回復されない。X染色体不活性化XCIが拡大する間、前記RNAの合成は律速段階ではなく、むしろ、律速段階はPRC2などの関連のサイレンシングタンパク質のリクルートであることをこのことは意味する。Xistの迅速な排除および回復の遅い動態によって、PRC2のパターンに対するXistの拡大パターンを調査するための絶好の機会が提供された。回復相の間の時間経過分析は、XistRNAが最初にXist遺伝子座付近に最も強く結合するが、同時にXi染色体の残りに拡大することを示す。同様に、PRC2は、X染色体全体を通して同期してリクルートされる。興味深いことに、Xistの被覆が8時間の時点まで完了せず、PRC2の結合が24時間の時点までピークに達しないので、XistレベルもPRC2レベルもすぐには飽和に達しない。まとめると、この分析は、染色体ワイドなサイレンシングの確立が比較的ゆっくりとしている可能性があることを意味する。本明細書において示されるように、LNA分子を、長鎖核ncRNAを操作し、その分析を助けることができる貴重なツールとして使用することができる。LNA分子に基づくシステムにより提供される利点は、相対的にコストが低く、送達が容易であり、作用が迅速であることである。他の抑制性核酸がより長鎖時間の後に効果を示し得るが、LNA分子は、より迅速であり、例えば、比較的早期の活性の開始、新たなlncRNAの合成後の回復期間後は完全に可逆的であり、そして、実質的なまたは実質的に完全なRNA切断またはRNA分解を引き起こすことなく生じる効果を示す。1つ以上のこれらの設計特性は、本発明の抑制性核酸の所望の特性であり得る。さらに、LNA分子は、より長鎖の核転写物内のドメインの系統的な標的を可能とする。PNA系システムは早くに記載されていたが、Xi染色体への効果は、24時間後にしか現れなかった13。LNA技術が長鎖非コードRNAの機能的分析のためのハイスループットスクリーンを可能にし、さらに治療的用途のためインビボでクロマチン状態を操作する新たなツールを提供する。様々な関連の態様において、本明細書に記載の方法は、例えばインビトロまたはインビボで特異的lncRNAの機能をプローブするための検索ツールとしてなど、多くの用途においてlncRNAを標的とするためLNA分子を使用することを含む。方法は、1つ以上の所望のRNAを選択すること、lncRNAを標的とする1つ以上のLNA分子を設計すること、設計されたLNA分子を提供すること、および細胞または動物にLNA分子を投与することを含む。方法は、場合により、lncRNAの領域を選択することおよびlncRNAのその領域を標的とする1つ以上のLNA分子を設計することを含むことができる。異常なインプリント遺伝子の発現は、QT延長症候群、ベックウィズ‐ヴィーデマン症候群、プラダーウィリー症候群およびアンジェルマン症候群ならびに行動障害および発癌などのいくつかの疾患に関与することが示されている例えば、FallsetalAmJPathol154635647LalandeAnnuRevGenet30173195HallAnnuRevMed483544を参照のこと。LNA分子を作製し、このようなインプリント疾患を処置することができる。一例として、QT延長症候群は、Kcnq1によりコードされるKゲートカルシウムチャンネルにより生じ得る。この遺伝子は、そのアンチセンス対応物である長鎖非コードRNAのKcnq1ot1により制御されるPandeyetalMolCell2008Oct243223246。Kcnq1ot1が異常に発現するときに疾患が生じる。Kcnq1ot1を下方制御するLNA分子を作製し、それによりKcnq1の発現を復元することができる。別の例として、LNA分子は、ポリコーム複合体クロマチン修飾因子のlncRNA補因子を阻害し、インプリント欠損を反転させることができる。商業的な観点および臨床的な観点から、約1~24時間の時点が、エピジェネティクス的リプログラミングの機会を定義する可能性がある。LNA系の利点は、それが素早く作用し、限定された半減期を有し、それ故、LNAの分解によって可逆的であること、同時に、それが、その間にエピジェネティクス的操作を行うことができる個別の時間枠を提供することである。細胞核性長鎖ncRNAを標的とすることにより、治療目的のためにその下にある座位を変化させるのに十分長い間、調節性RNAおよび結合タンパク質を一時的に排除することによって培養中または生体内の細胞のクロマチン状態を操作するために、LNA分子または類似のポリマー、例えば、キシロ‐LNAを活用することができる。特に、PRC2結合lncRNAに特異的に結合し、または相補的であるLNA分子または類似のポリマーは特定の染色体座位へのPRC2のリクルートを遺伝子特異的に防ぐことができる。LNA分子はまた、限定されないが、癌、神経障害、感染、炎症および筋強直性ジストロフィーなどの他のヒト疾患を処置するため、インビボで投与され得る。例えば、成長促進性または発癌性長鎖細胞核性ncRNAの生物学的活性を下方制御するためにLNA分枝を腫瘍細胞に送達し得る例えば、転移に関連したlncRNAであり、多くの場合癌において上方制御されるGtl2またはMALAT1101224。腫瘍抑制因子を下方制御する抑制性lncRNAも、再発現を促進するためLNA分子により標的され得る。例えば、INK4b/ARF/INK4a腫瘍抑制因子の遺伝子座の発現は、PRC1およびPRC2を含むポリコーム群のタンパク質によって制御され、アンチセンス非コードRNAであるANRILにより抑制されるYapetalMolCell2010Jun113866274。INK4b/ARF/INK4a腫瘍抑制因子の再発現を促進するためにLNA分子よってANRILが標的とされ得る。いくつかのlncRNAは、癌遺伝子の陽性調節因子であり得る。このような活性化lncRNAが最近説明されている例えば、Jpx390403およびその他4658。それ故、癌遺伝子を下方制御するためこれらの活性化lncRNAにLNA分子を指し向けることができる。また、炎症反応または免疫反応を調節する調節性lncRNAを下方制御するため炎症細胞にLNA分子を送達することもできる例えば、LincRNACox2GuttmanetalNature4582237Epub2009Feb1を参照のこと。さらに他の関連の態様において、例えば、エピジェネティクス性の変化の結果としての遺伝子発現の変化に関連した症状の動物モデルまたは細胞モデルを作製するために、本明細書に記載のlncRNAを標的とするLNA分子を使用することができる。例えば、X染色体の変化が女性生殖器の癌にしばしば認められていることが、約半世紀前に最初に認められた。およそ70の乳癌は、不活性型X染色体Xiの細胞学的特徴であるバール小体を欠き、代わりに2つ以上の活性型X染色体Xaを保有する。XXY男性クラインフェルター症候群はBRCA1バックグランドで乳癌の危険が20~50倍増加するので、さらなるX染色体は男性においても危険因子である。X染色体はまた、多くの癌遺伝子を保有することが知られている。過剰なXaは、予後不良に相関し、生殖器癌だけでなく、男女両性の白血病、リンパ腫および生殖細胞腫瘍における最も一般的な細胞学的異常の1つとして存在する。例えば、LiaoetalCancerInvest2164158SpatzetalNatRevCancer461729BarretalProcCanCancerConf2316BorahetalJSurgOncol1317CamargoandWangHumGenet55815DutrillauxetalIntJCancer384759GhoshandShahCancerGenetCytogenet426974GhoshandShahMedHypotheses71099104GhoshetalActaCytol272023HuangetalMolCancerTher176976KawakamietalLancet363402KawakamietalJUrol169154652KawakamietalOncogene2361639MooreandBarrBrJCancer924652MooreandBarrBrJCancer1138490MooreetalJExpZool13510125RosenetalAnnClinLabSci74919SirchiaetalCancerRes65213946TavaresLancet2689489TavaresMedico1297100TavaresActaCytol6904WangetalCancerGenetCytogenet4627180およびGanesanetalColdSpringHarbSympQuantBiol70937を参照のこと。小児の急性リンパ芽球性白血病ALLのおよそ60も過剰なX染色体を示す。慢性好中球性白血病では、X染色体の増加が唯一の明確な異常である場合もあり、そして、急性転化の進行に関連する例えば、HeinonenandMahlamakiCancerGenetCytogenet871236HeinonenetalMedPediatrOncol323605およびYamamotoetalCancerGenetCytogenet134847を参照のこと。これらの観察は、今のところ、相関的なだけであるが、まとめると、X染色体が発癌に加担し得ることを示唆する。それ故、Xistは腫瘍抑制因子であり得る。雌雄マウスの特定の系列でXistを削除後に得た予備データにより、B細胞増殖の増加がマウスのサブセットで起こる対照では起こらない、n=9ことが示されている。理論に束縛されることを望まないが、1つの考えられる機序として、細胞でのXistの欠如がX染色体の再活性化またはXa染色体の二倍化につながり、細胞内にXaXa状態が生じる。結果として生じるX染色体上の癌遺伝子の発現の増加が前癌状態およびさらなるエピジェネティクス性/遺伝的変化の蓄積例えば、後に癌になる、ゲノムワイドな変化を誘発する。従って、Xistは腫瘍抑制因子であり得る。細胞または組織でおよび発生的に特異的な方法でXISTを除去するためにXIST-LNA、例えば本明細書に記載のXISTLNAを使用することにより、特定の癌例えば、当技術分野で公知であり、X染色体の変化に関連している上記の癌の動物モデルを作製することができる。本明細書に記載の方法はまた、例えば、上記のような異常なインプリント遺伝子の発現と関連する他の症状の動物モデルまたは細胞モデルの作製に有用であり得る。様々な関連の態様において、本明細書に記載の結果は、例えば、生体外でクロマチン状態をリプログラミングするために一時的にクロマチンを破壊するため、長鎖ncRNAを標的とするLNA分子の利用を実証している。LNA分子は数時間安定してRNAを排除し、クロマチンはその後、数時間再構築されないため、LNA分子は、例えば、幹細胞治療の前のhiPSおよびhESCのリプログラミングのため、生体外で特定の座位のエピジェネティクス性状態を操作する絶好の機会をつくる。例えば、Gtl2は、DLK1の発現を制御し、これはiPS細胞の多能性を調節する。低Gtl2および高DLK1は、ヒトiPS細胞の多能性および安定性の増加と相関している。従って、Gtl2を標的とするLNA分子を使用して、iPS細胞の分化を阻害し、多能性および安定性を増加させることができる。全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第61/412862号も参照のこと。アンタゴmiRいくつかの実施形態において、抑制性核酸はアンタゴmiRである。アンタゴmiRは、lncRNAを標的とすることができる化学修飾されたアンチセンスオリゴヌクレオチドである。例えば、本明細書に記載の方法で使用するアンタゴmiRは約12~25ヌクレオチド、好ましくは約15~23ヌクレオチドのlncRNA標的配列にハイブリダイズするのに充分相補的であるヌクレオチド配列を含むことができる。いくつかの実施形態において、アンタゴmiRは、例えば3’末端にコレステロール部分を含む。いくつかの実施形態において、アンタゴmiRは、リボヌクレアーゼ保護ならびに組織取込および細胞取込の向上などの薬理学的特性のために様々な修飾を有する。例えば、上記のアンチセンスオリゴの修飾に加え、アンタゴmiRは、糖および/またはホスホロチオエート骨格の1つ以上の完全または部分2’-O-メチル化を有することができる。ホスホロチオエート修飾は、リボヌクレアーゼまたは他のヌクレアーゼ活性に対する保護を提供し、その親油性は組織の取り込み強化に寄与する。いくつかの実施形態において、アンタゴmiRは6つのホスホロチオエート骨格修飾を含むことができ、2つのホスホロチオエートは5’末端に位置し、4つは3’末端に位置するが、ホスホロチオエート修飾の他のパターンも通常使用され、有効である。例えば、KrutzfeldtetalNature438685689CzechNEnglJMed200635411941195RobertsonetalSilence110MarquezandMcCaffreyHumGeneTher192738vanRooijetalCircRes103919928およびLiuetalIntJMolSci9978999を参照のこと。Krutzfeldら2005は、アンタゴmiRと名付けた化学操作したオリゴヌクレオチドについて記載し、これは、マウスの内在性miRNAの効率のよい特定のサイレンサーであることが報告されている。一般に、アンタゴmiRの設計は、分子内に存在する修飾された糖に起因して、標的RNAの分解を回避する。未修飾の糖の連続したストリングの存在によりリボヌクレアーゼHリクルートおよび酵素活性が支持される。従って、典型的に、アンタゴmiRの設計は、末端に修飾糖例えば、LNAを含有し、または天然のリボースまたはデオキシリボースヌクレオ塩基を散在させる塩基を含む。本発明に有用なアンタゴmiRを、アンタゴmiRを作製するヌクレオチドの長さまたは数において修飾することもできる。いくつかの実施形態において、アンタゴmiRは、標的に特異性を保持する必要があり、すなわち、目的の標的以外の転写物に直接結合してはならず、またはその発現レベルに直接重要な影響を及ぼしてはならない。いくつかの実施形態において、アンタゴmiRは、顕著な望ましくない生物学的効果を生成しない非特異的結合を示し得、例えば、アンタゴmiRは、非標的転写物の発現レベルもしくは制御タンパク質または制御RNAとの関連に影響しない。siRNA/shRNAを含む干渉RNAいくつかの実施形態において、lncRNAに相補的である抑制性核酸配列は低分子干渉RNAsiRNAまたは低分子ヘアピンRNAshRNAを含むがそれらに限定されない干渉RNAであることができる。干渉RNAを構築する方法は、当技術分野において周知である。例えば、干渉RNAは、2つの個別のオリゴヌクレオチドから組み立てることができ、一方の鎖がセンス鎖であり、もう一方アンチセンス鎖であり、アンチセンスおよびセンス鎖は自己相補性でありすなわち、各鎖が一方の鎖のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、その結果、アンチセンス鎖およびセンス鎖は二重または二本鎖構造を形成する、アンチセンス鎖は標的核酸分子またはその一部のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス鎖は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を含む。あるいは、干渉RNAは単一のオリゴヌクレオチドから組み立てられ、自己相補的であるセンスおよびアンチセンス領域は、核酸系または非核酸系リンカーを用いて結合される。干渉RNAは二重、非対称二重、ヘアピンまたは非対称ヘアピン二次構造を有するポリヌクレオチドであることができ、自己相補的であるセンスおよびアンチセンス領域を有することができ、この場合、アンチセンス領域は、別個の標的核酸分子またはその一部のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有する。干渉は、2つ以上ループ構造を有する環状一本鎖ポリヌクレオチドであってよく、自己相補的であるセンスおよびアンチセンス領域を含む幹細胞であってよく、この場合、アンチセンス領域は、標的核酸分子またはその一部のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有し、環状ポリヌクレオチドはインビボまたはインビトロのいずれかで処理され、RNA干渉を介在することができる活性siRNA分子を生成することができる。いくつかの実施形態において、干渉RNAをコードする領域は、センス領域、アンチセンス領域およびループ領域を有する自己相補的RNA分子をコードする。そのようなRNA分子は、望んだように発現するとヘアピン構造を形成し、そして、本明細書においてshRNAと呼ばれる。ループ領域は一般に、約2~約10ヌクレオチドの長さである。いくつかの実施形態において、ループ領域は約6~約9ヌクレオチドの長さである。いくつかの実施形態において、センス領域およびアンチセンス領域は、約15~約20ヌクレオチドの長さである。転写後プロセッシングの後、リボヌクレアーゼIIIファミリーのメンバーである酵素Dicerが介在する切断事象によって、低分子ヘアピンRNAがsiRNAに変換される。siRNAはそこで、相同性を共有する遺伝子の発現を阻害することができる。詳細は、BrummelkampetalScience296550553LeeetalNatureBiotechnol20500505MiyagishiandTairaNatureBiotechnol20497500PaddisonetalGenesDev16948958PaulNatureBiotechnol20505508SuiProcNatlAcadSdUSA9955155520YuetalProcNatlAcadSciUSA9960476052を参照のこと。siRNAにより誘導された標的RNA切断反応は、非常に配列特異的である。一般に、標的核酸の一部と同一のヌクレオチド配列を含有するsiRNAは阻害に好ましい。しかし、siRNAと標的遺伝子との間の100配列同一性は、本発明の実施に必要とされない。したがって、本発明は、遺伝突然変異、株間多型または進化的多様化により予期され得る配列多様性を許容することができるという利点を有する。例えば、標的配列に対して挿入、削除および単一点突然変異を有するsiRNAも、阻害に有効であることがわかっている。あるいは、ヌクレオチド類似体置換または挿入を有するsiRNA配列が阻害に有効であり得る。一般に、siRNAは標的に対する特異性を保持する必要があり、すなわち、目的の標的以外の転写物に直接結合してはならず、またはその発現レベルに直接重要な影響を与えてはならない。リボザイムいくつかの実施形態において、抑制性核酸はリボザイムである。トランス切断酵素性核酸分子も使用することができ、ヒト疾患の治療剤として効果が期待されているUsmanMcSwiggen1995AnnRepMedChem30285294ChristoffersenandMarr1995JMedChem3820232037。細胞性RNAのバックグラウンド内で特異的lncRNA標的を切断するように、酵素性核酸分子を設計することができる。このような切断事象がlncRNAを機能できないものとする。一般に、RNA切断活性を有する酵素性核酸は、最初に標的RNAに結合することにより作用する。このような結合は、標的RNAを切断するよう作用する分子の酵素部分に近接して保持される酵素性核酸の標的結合部分を介して起きる。従って、酵素性核酸は相補的塩基対合を介して標的RNAを最初に認識し、次いでそれに結合し、正確な部位に結合すると、酵素的に作用して標的RNAを切断する。このような標的RNAの戦略的切断は、そのコードされるタンパク質の合成を指揮する能力を破壊する。酵素性核酸は、そのRNA標的に結合してそれを切断した後、そのRNAから放出され、別の標的を探索し、新たな標的に繰り返し結合し、切断することができる。インビトロ選択進化方法などのいくつかの手法Orgel1979ProcRSocLondonB205435を使用して、ホスホジエステル結合およびアミド結合の切断およびライゲーションなどの様々な反応を触媒することができる新たな核酸触媒を進化させているJoyce1989Gene828387Beaudryetal1992Science257635641Joyce1992ScientificAmerican2679097Breakeretal1994TIBTECH12268Barteletal1993Science26114111418Szostak1993TIBS178993Kumaretal1995FASEBJ91183Breaker1996CurrOpBiotech1442。触媒活性に最適なリボザイムの開発は、遺伝子発現を制御するためにRNA-切断リボザイムを使用する任意の方法に非常に寄与している。例えば、ハンマーヘッド型リボザイムは、飽和10MM濃度のMg2補因子の存在下において約1/分の触媒速度kcatで機能する。人工的なRNAリガーゼリボザイムは、約100/分の速度で対応する自己修飾反応を触媒することが示されている。さらに、DNAで作られた基質結合腕を有する特定の改変型ハンマーヘッドリボザイムは、100/分に近い多数の回転率でRNA切断を触媒することが知られている。抑制性核酸の作製および使用本明細書に記載の方法を実施するために使用される核酸配列は、RNA、cDNA、ゲノムDNA、ベクター、ウイルスまたはそのハイブリッドであろうとなかろうと、様々な供給源から単離され、遺伝的に操作され、増幅され、および/または組換え技術により発現/生成されることができる。所望により、本発明の核酸配列を送達ベクターに挿入し、そのベクター内の転写単位から発現させることができる。組換えベクターはDNAプラスミドまたはウイルスベクターであることができる。ベクターコンストラクトの作製は、例えば、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualCoffinetalandRNAVirusesAPracticalApproachに記載されているように、PCR、オリゴヌクレオチド合成、制限エンドヌクレアーゼ消化、ライゲーション、形質転換、プラスミド精製およびDNAシークエンシングの標準的技法を含むがそれらに限定されない当技術分野で周知の任意の適切な遺伝的操作技法を使用して達成されることができる。好ましくは、本発明の抑制性核酸は化学的に合成される。本発明を実施するために使用される核酸配列を、例えばAdamsJAmChemSoc105661BelousovNucleicAcidsRes2534403444FrenkelFreeRadicBiolMed19373380BlommersBiochemistry3378867896NarangMethEnzymol6890BrownMethEnzymol68109BeaucageTetraLett221859米国特許第4458066号;国際公開第WO/2008/043753号および国際公開第WO/2008/049085号ならびにその中に引用されている参照文献に記載の公知の化学合成技法によりインビトロで合成することができる。本発明の核酸配列を、ヌクレオチド修飾などの修飾の組み込みなどにより核酸分解に対して安定化させることができる。例えば、本発明の核酸配列は、ヌクレオチド配列の5’または3’末端で少なくとも一次、二次または三次ヌクレオチド間結合でホスホチオエートを含む。別の例として、核酸配列は、2’-修飾ヌクレオチド、例えば、2’-デオキシ、2’-デオキシ-2’-フルオロ、2’-O-メチル、2’-O-メトキシエチル2’-O-MOE、2’-O-アミノプロピル2’-O-AP、2’-O-ジメチルアミノエチル2’-O-DMAOE、2’-O-ジメチルアミノプロピル2’-O-DMAP、2’-O-ジメチルアミノエチルオキシエチル2’-O-DMAEOEまたは2’-O--N-メチルアセトアミド2’-O--NMAを含むことができる。別の例として、核酸配列は、少なくとも1つの2’-O-メチル-修飾ヌクレオチドを含むことができ、いくつかの実施形態において、ヌクレオチド全てが2’-O-メチル-修飾を含む。いくつかの実施形態において、核酸はロックされ、すなわち、リボース環が2’-O原子および4’-C原子を結合するメチレン架橋によりロックされている核酸類似体を含む例えば、KaupinnenetalDrugDiscToday2287290KoshkinetalJAmChemSoc1201325213253を参照のこと。さらなる修飾について、米国特許第20100004320号、米国特許第20090298916号および米国特許第20090143326号を参照のこと。本明細書に記載の修飾化学物質または抑制性核酸の形式のいずれをも互いに組み合わせ、1、2、3、4、5、またはそれ以上の異なる種類の修飾を同じ分子内に含むことができる。本発明を実施するために使用される核酸の操作方法、例えば、サブクローニング、標識プローブ例えば、クレノウポリメラーゼ、ニックトランスレーション、増幅を使用して標識するランダムプライマー、シークエンシング、ハイブリダイゼーションなどは、科学および特許文献に十分記載されており、例えば、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManual3dedCurrentProtocolsinMolecularBiologyAusubeletaledsKrieglerGeneTransferandExpressionALaboratoryManualLaboratoryTechniquesInBiochemistryAndMolecularBiologyHybridizationWithNucleicAcidProbesPartITheoryandNucleicAcidPreparationTijssenedElsevierNYを参照のこと。医薬組成物本明細書に記載の方法は、lncRNAを標的とするよう設計された抑制性核酸配列を含む医薬組成物および製剤の投与を含むことができる。いくつかの実施形態において、組成物を薬学的に許容される担体と共に製剤される。医薬組成物および製剤を、腸管外、局所、経口または局所投与、例えば、エアロゾルまたは経皮により投与することができる。医薬組成物を任意の方法で製剤することができ、症状または疾患および病気の程度、各患者の一般的医学状態、得られた好ましい投与方法などに応じて、様々な単位剤形で投与することができる。医薬の製剤および投与の技法の詳細は、科学文献および特許文献にかなり記載されており、例えば、RemingtonTheScienceandPracticeofPharmacy21sted2005を参照のこと。抑制性核酸を単独または医薬製剤組成物の成分として投与することができる。ヒトまたは家畜用医薬品に使用するための任意の簡便な方法での投与のために化合物を製剤することができる。湿潤剤、乳化剤および滑沢剤、例えば、ラウリル硫酸ナトリウムおよびステアリン酸マグネシウムならびに着色剤、離型剤、被覆剤、甘味剤、香料および芳香剤、防腐剤および抗酸化剤も組成物に含むことができる。本発明の組成物の製剤には、皮内、吸入、経口/鼻腔、局所、腸管外、直腸および/または膣内投与に適切なものが含まれる。製剤は単位剤形の形態で簡便に提供されてよく、そして、薬学分野において公知の任意の方法により調製されることができる。単一剤形を製造するために担体材料と組み合わせることができる活性成分例えば、本発明の核酸配列の量は、処置される宿主、皮内投与または吸入などの特定の投与様式に応じて異なる。単一剤形を製造するために担体材料と組み合わせることができる活性成分の量は、一般に、抗原特異的T細胞反応または体液性応答などの治療効果をもたらす化合物の量である。医薬品の製造分野で公知の任意の方法に従って、本発明の医薬製剤を調製することができる。このような薬剤は甘味剤、香料、着色剤および防腐剤を含有することができる。製剤を、製造に適した非毒性の薬学的に許容される賦形剤と混合することができる。製剤は、1つ以上の希釈剤、乳化剤、防腐剤、緩衝剤、賦形剤などを含むことができ、液体、粉末、乳液、凍結粉末、スプレー、クリーム、ローション、除放性製剤、錠剤、ピル、ゲル、パッチ、インプラントなどの形態で提供され得る。当技術分野で周知の薬学的に許容される担体を使用して適当および適切な用量で経口投与のための医薬製剤を製剤することができる。このような担体が、、患者の摂取に適した、錠剤、ピル、粉末、糖衣錠、カプセル、液体、トローチ、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などのような単位剤形に医薬品が製剤されることを可能にする。所望により、適切なその他の化合物を添加した後に、場合により、結果生じる混合物を粉砕し、そして、顆粒の混合物を処理して錠剤または糖衣丸のコアを得て、経口使用のための医薬製剤を固体賦形剤として製剤することができる。適切な固体賦形剤は、炭水化物またはタンパク質充填剤であり、例えば、ラクトース、スクロース、マンニトールまたはソルビトールなどの糖、トウモロコシ、小麦、米、ジャガイモまたは他の植物由来のデンプン、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースまたはナトリウムカルボキシメチルセルロースなどのセルロースおよびアラビアガムおよびトラガカントガムなどのガムならびに例えばゼラチンおよびコラーゲンなどのタンパク質を含む。架橋ポリビニルピロリドン、寒天、アルギン酸またはその塩、例えば、アルギン酸ナトリウムなどの崩壊剤または可溶化剤を添加することができる。押し出し型カプセルは、ラクトースまたはデンプンなどの充填剤または結合剤、タルクまたはステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤および任意で安定化剤と混合した活性薬剤を含有することができる。軟性カプセルにおいて、活性薬剤を適切な液体、例えば、脂肪油、液状パラフィンまたはポリエチレングリコール液に、安定化剤を含み、または含まずに溶解または懸濁させることができる。水性懸濁液は、例えば、水性皮内注射用の水性懸濁液の製造に適した賦形剤と混合して活性剤例えば、本発明の核酸配列を含有することができる。このような賦形剤には、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、アルギン酸ナトリウム、ポリビニルピロリドン、トラガカントガムおよびアラビアガムなどの懸濁剤、および天然のホスファチド例えば、レクチン、アルキレンオキシドと脂肪酸の縮合生成物例えば、ステアリン酸ポリオキシエチレン、エチレンオキシドと長鎖脂肪族アルコールの縮合生成物例えば、ヘプタデカエチレンオキシセタノール、エチレンオキシドと脂肪酸およびヘキシトール由来の部分エステルの縮合生成物例えば、ポリオキシエチレンソルビトールモノオレエートまたはエチレンオキシドと脂肪酸およびヘキシトール無水物由来の部分エステルの縮合生成物例えば、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエートなどの分散剤または湿潤剤を含む。水性懸濁液は、1つ以上の防腐剤、例えば、エチルまたはn-プロピルp-ヒドロキシ安息香酸、1つ以上の着色剤、1つ以上の香料および1つ以上の甘味剤、例えば、スクロース、アスパルテームまたはサッカリンも含有することができる。製剤をモル浸透圧濃度について調節することができる。いくつかの実施形態において、油系医薬品を本発明の核酸配列の投与のために使用する。落花生油、オリーブ油、ゴマ油またはココナッツ油などの植物油または液状パラフィンなどの鉱物油あるいはそれらの混合物に活性剤を懸濁させることにより油系懸濁液を製剤することができる。例えば、経口投与された疎水性医薬化合物のバイオアベラビリティを向上させ、個体間および個体内の多様性を減少させるために精油または精油成分を使用することが記載されている米国特許第5716928号を参照のことさらに米国特許第5858401号を参照のこと。油懸濁液は、ミツロウ、硬性パラフィンまたはセチルアルコールなどの増粘剤を含有することができる。グリセロール、ソルビトールまたはスクロースなどの甘味剤を添加し、飲みやすい経口製剤を提供することができる。これらの製剤を、アスコルビン酸などの抗酸化剤を添加することにより保存することができる。注射可能な油ベヒクルの例として、MintoJPharmacolExpTher28193102を参照のこと。医薬製剤は、水中油型乳液の形態であってもよい。油相は、上記の植物油または鉱物油あるいはこれらの混合物であってよい。適切な乳化剤は、天然由来のガム、例えばアカシアガムおよびトラガカントガム、天然由来のホスファチド、例えば大豆レクチン、脂肪酸およびヘキシトール無水物由来のエステルまたは部分エステル、例えばソルビタンモノオレエートおよびこれらの部分エステルとエチレンオキシドの縮合生成物、例えばポリオキシエチレンソルビタンモノオレエートを含む。乳液はまた、シロップおよびエリキシル剤の製剤などで、甘味剤および香料を含有することができる。このような製剤はまた、粘滑剤、防腐剤または着色剤を含有することができる。代替の実施形態において、本発明のこれらの注射可能な水中油型乳液は、パラフィン油、ソルビタンモノオレエート、エトキシレート化ソルビタンモノオレエートおよび/またはエトキシレート化ソルビタントリオレエートを含む。医薬化合物はまた、座剤、吹送、粉末およびエアロゾル製剤を含む鼻腔内、眼内および膣内経路により投与することができる。例えば、ステロイド吸入剤の例として、RohatagiJClinPharmacol3511871193TjwaAnnAllergyAsthmaImmunol75107111を参照のこと。座剤製剤を、薬剤を、通常の温度では固体であるが、体温では液状となるため、体内で溶融してその薬剤を放出する、適切な非刺激賦形剤と混合することにより調製することができる。このような材料はココアバターおよびポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態において、アプリケータースティック、溶液、懸濁液、乳液、ゲル、クリーム、軟膏、ペースト、ゼリー、塗料、粉末およびエアロゾルとして製剤された医薬化合物を、局所経路により経皮送達することができる。いくつかの実施形態において、医薬化合物は体内に徐放のためのミクロスフィアとして送達することもできる。例えば、ミクロスフィアを皮下にゆっくり放出する薬剤の皮内注射を介して投与することができ、RaoJBiomaterSciPolymEd7623645を参照し、生分解性および注射可能なゲル製剤として、例えばGaoPharmRes12857863を参照し、または経口投与のためのミクロスフィアとして例えばEylesJPharmPharmacol49669674を参照のこと。いくつかの実施形態において、医薬化合物は、例えば静脈内IV投与または体腔または器官の内腔への投与により腸管外投与することができる。これらの製剤は、薬学的に許容される担体に溶解した活性剤の溶液を含むことができる。使用されることができる許容されるベヒクルおよび溶剤は、水およびリンゲル液、等張塩化ナトリウムである。さらに、滅菌不揮発性油を溶剤または懸濁媒体として使用することができる。この目的のため、任意の無刺激不揮発性油を合成モノグリセリドまたはジグリセリドを含めて使用することができる。さらに、オレイン酸などの脂肪酸は、同様に注射液の製剤に使用することができる。これらの溶液は無菌であり、一般に望ましくない物質は含有していない。これらの製剤は、従来の既知の滅菌技法により滅菌され得る。製剤は、適切な生理学的条件に必要とされる薬学的に許容される補助物質、例えば、pH調節剤および緩衝剤、毒性調節剤、例えば酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、乳酸ナトリウムなどを含有することができる。これらの製剤の活性剤の濃度は広範囲に変化し得、おもに、選択された特定の投与様式および患者の必要性に従い、液量、粘度、体重などに基づき選択されるだろう。IV投与のために、製剤は、滅菌注射製剤、例えば滅菌注射水溶液または油性懸濁液であってよい。この懸濁液を、これらの適した分散剤または湿潤剤および懸濁剤を使用して製剤することができる。滅菌注射製剤は非毒性の腸管外に許容される希釈剤または溶剤の懸濁液、例えば1,3-ブタンジオール溶液であってもよい。投与は、ボーラスまたは連続注入によりなされ得る例えば、特定の期間、血管に実質的に中断せずに導入。いくつかの実施形態において、医薬化合物および製剤を凍結乾燥させることができる。抑制性核酸を含む安定した凍結乾燥製剤を、本発明の製剤および増量剤、例えばマンニトール、トレハロース、ラフィノースおよびスクロースまたはその混合物を含む溶液を凍結乾燥させることにより作製することができる。安定した凍結乾燥製剤を調製するための方法は、約2.5mg/mLタンパク質、約15mg/mLスクロース、約19mg/mLNaClおよび5.5以上であるが6.5未満のpHを有するクエン酸ナトリウム緩衝剤の溶液を凍結乾燥することを含む。例えば、米国特許第20040028670号を参照のこと。組成物および製剤を、リポソームを使用することにより送達することができる。リポソームを使用することにより、特に、リポソーム表面が標的細胞に特異的なリガンドを担持し、またはそうでなければ、好ましくは特定の器官に指向される場合、インビボで標的細胞に活性剤の送達に焦点をあてることができる。例えば、米国特許第6063400号、同第6007839号AlMuhammedJMicroencapsul13293306ChonnCurrOpinBiotechnol6698708OstroAmJHospPharm4615761587を参照のこと。本発明で使用される用語リポソームは2層または複数の2層に配置された両親媒性脂質からなるベシクルを意味する。リポソームは、親油性材料および送達される組成物を含有する水性の内部から形成される膜を有する単層または多層ベシクルである。陽イオン性リポソームは、正に荷電されたリポソームであり、負に荷電されたDNA分子と相互作用し、安定した複合体を形成すると考えられる。pH感受性であり、または負に荷電したリポソームは、DNAと複合体を形成するのではなく、DNAを捕捉すると考えられる。陽イオン性および非陽イオン性リポソームは両方とも、DNAを細胞に送達するために使用されている。リポソームはまた、立体的に安定したリポソーム、すなわち、1つ以上の特別な脂質を含むリポソームを含むことができる。リポソームに組み込まれる場合、これらの特別な脂質は、そのような特別な脂質が欠如しているリポソームに比して強化された循環寿命を有するリポソームを生じる。立体的に安定したリポソームの例として、リポソームのベヒクル形成脂質部分の一部が1つ以上の糖脂質を含み、または1つ以上の親水性のポリマー、例えばポリエチレングリコールPEG部分で誘導体化されるものである。リポソームおよびその使用はさらに米国特許第6287860号に記載されている。本発明の製剤を予防および/または治療処置のために投与することができる。いくつかの実施形態において、治療用途のため、組成物を、トリグリセリド濃度を低下させる必要があるか、または本明細書に記載の障害の危険があり、または本明細書に記載の障害を有する対象に、治療有効量と呼ばれ得る、障害またはその合併症の臨床徴候を治癒、軽減または部分的に停止するために十分な量で投与する。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の医薬組成物を対象のトリグリセリドの血清濃度を低下させるために十分な量で投与する。これを達成するために十分な医薬組成物の量は、治療有効用量である。この使用に有効な投与計画および量、すなわち、投与方法は、疾患または状態の段階、疾患または状態の重症度、患者の健康の一般状態、患者の身体状態、年齢などを含む様々な因子に依存するだろう。患者の投与方法を算出する際、投与様式も考慮される。投与計画は、当技術分野で周知の薬物動態パラメーター、すなわち、活性剤の吸収速度、バイオアベラビリティ、代謝、クリアランスなども考慮する例えば、HidalgoAragonesJSteroidBiochemMolBiol58611617GroningPharmazie51337341FotherbyContraception545969JohnsonJPharmSci8411441146RohatagiPharmazie50610613BrophyEurJClinPharmacol24103108RemingtonTheScienceandPracticeofPharmacy21sted2005を参照のこと。最新技術は、臨床医が各個人の患者の投与方法、処置される活性剤および疾患または状態を決定することを可能にする。医薬品として使用される類似の組成物のために提供されるガイドラインをガイダンスとして使用し、投与計画、すなわち、本発明の方法を実施するために投与される投与の予定および用量レベルが正確かつ適切であることを決定することができる。製剤の単回または複数回投与は、例えば、患者により必要とされ、忍容される用量および頻度、各投与後に生成される治療効果の程度および量例えば、腫瘍の大きさまたは増殖などに応じてなされ得る。製剤は、状態、疾患または症状を有効に処置、予防または軽減するために十分な量の活性剤を提供すべきである。代替の実施形態において、経口投与のための医薬製剤は、1日量が約1~100mg/体重kg/日またはそれ以上である。経口投与とは対照的に、低用量を血流に、体腔に、または器官の内腔に注入して使用することができる。大幅に高用量を、局所または経口投与あるいは粉末、噴霧または吸入により投与する場合に使用することができる。腸管外または非腸管外投与可能な製剤を調製する実際の方法は、当業者によく知られており、または明らかであり、RemingtonTheScienceandPracticeofPharmacy21sted2005などの刊行物により詳細に記載されている。様々な試験は、相補的核酸配列を使用する成功した哺乳類動物の投与について報告している。例えば、EsauCetalCellMetabolism38798は4週間、週2回12.5~75mg/kgのmiR-122アンチセンスオリゴヌクレオチドの腹腔内投与を用いた正常なマウスの投与について報告した。マウスは、処置の終わりに健常および正常に見え、体重の減少または食餌摂取の低下はなかった。血漿トランスアミナーゼ濃度は、miR-122ASOの75mg/kg用量を除いて全ての用量で正常範囲AST3/445、ALT3/435であり、ALTおよびAST濃度の非常に軽度の増加が示された。50mg/kgが効果的、非毒性用量である結果となった。KruetzfeldtJetalNature438685689による別の試験は、総用量80、160または240mg/体重kgを使用してマウスのmiR-122をサイレンシングするためアンタゴmiRを注入した。最も高い用量でmiR-122シグナルが完全に消失した。さらに別の試験において、miR-122をサイレンシングするため霊長類にロックド核酸分子LNA分子を適用することに成功した。ElmenJetalNature452896899は、miR-122の効果的なサイレンシングが霊長類で10mg/kgLNAアンチmiRの3回の投与により達成され、試験動物においてLNA関連毒性または組織病理学的変化についてのいかなる徴候もなく、総血漿中コレステロールの持続的および可逆的減少を生じることを報告している。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、他の薬剤または医薬品、例えばコレステロールホメオスタシスを提供するための組成物と共投与することを含むことができる。例えば、抑制性核酸は本明細書に記載の障害の処置または危険を減少させるための薬剤と共投与することができる。以下の実施例において本発明がさらに説明されるが、それらは特許請求の範囲に記載される本発明の範囲を限定するものではない。材料と方法次の材料と方法が以下に示される実施例1~7において用いられた。RNA免疫沈降‐シークエンシング107個の野生型16.7ES細胞およびEzh2-/-ES細胞を使用してRNA免疫沈降を行った。RNA免疫沈降‐シークエンシングライブラリーを構築するために、細胞核を単離し、核溶解液を調製し、400U/mlのDNAseで処理し、そして、抗Ezh2抗体ActiveMotifまたは対照IgGCellSignalingTechnologyと共にインキュベートした。プロテインAアガロースビーズを使用してRNA‐タンパク質複合体を免疫沈降し、そして、トリゾールInvitrogenを使用してRNAを抽出した。鎖の情報を保護するために、ライブラリーの構築のためにテンプレートスイッチングを用いた。SuperscriptII逆転写キットInvitrogenを用いるファーストストランドcDNA合成のために20~150ngのRNAとアダプター15’‐CTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTNNNNNN‐3’;配列番号193050を使用した。SuperscriptIIは、非鋳型CCC3’オーバーハングを付加するが、それらはアダプター2‐GGGテンプレートスイッチプライマー5’‐CAAGCAGAAGACGGCATACGAGCTCTTCCGATCTGGG‐3’;配列番号193051にハイブリダイズするために使用された。ファーストストランドcDNA合成では、試料はアダプター1と20°Cで10分間、続いて37°Cで10分間、そして、42°Cで45分間インキュベートされた。次に、変性されたテンプレートスイッチプライマーが添加され、そして、各チューブを42°Cで30分間、続いて75°Cで15分間インキュベートした。生じたcDNAをフォワードイルミナプライマー5’‐AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT‐3’;配列番号193052およびリバースイルミナプライマー5’‐CAAGCAGAAGACGGCATACGAGCTCTTCCGATCT‐3’;配列番号193053により増幅した。PhusionポリメラーゼBioRadによりPCRを次のように行った:98°Cで30秒、[98°Cで10秒、65°Cで30秒、72°Cで30秒]を20~24サイクル、そして、72°Cで5分間。サイズ選別のために3のNuSieveゲルにPCR産物を負荷し、そして、200~1,200bpの産物を切り取り、QIAEXIIアガロースゲル抽出キットQiagenにより抽出した。逆転写無しの試料は全般的に産物を生じなかった。PicoGreenによりDNAの濃度を定量した。マサチューセッツ総合病院MGHの分子生物学部門のシークエンシングコア施設がイルミナGAIIで5~10mlの2~20nMのcDNA試料をシークエンシングした。バイオインフォマティクス解析完全なRNA免疫沈降‐シークエンシングのデータセットはGEOを介してシリーズGSE17064によりアクセス可能である。後述の場合を除き、自作のCプログラムを使用して全ての解析を行った。イルミナパイプラインを使用して画像処理とベースコーリングを実行した。クロスマッチにより3’アダプター配列を検出し、そして、5塩基以上のマッチを整え、ホモポリマーリードが選別され、そして、ミトコンドリアゲノムおよびリボソーマルRNAにマッチするリードがその後の解析全てから排除された。次に、shortQueryLookupを使用して残りの配列がmm9マウス基準ゲノムにアラインされた。1以下の誤差を有するアラインメントが保持された。ライブラリー構築とシークエンシングによってPRC2結合RNAの逆鎖から配列が作成されるので、さらなる解析全てにおいて、我々は各リードを、それが逆相補されたかのように扱った。オリジナルの抗Ezh2RNA免疫沈降‐シークエンシングライブラリーをその技術的反復物および生物学的反復物と、ならびにまたEzh2-/-対照細胞株のRNA免疫沈降‐シークエンシングと比較する相関係数を決定ために、我々は2つの試料の間での遺伝子当たりのリード数を比較し、そして、各ペアについては、我々は、各refGeneにマップされたリード数の間のピアソン相関を計算した。すなわち、各試料について、我々は、各refGeneにマップされたリードのカウントについてのベクトルを作成し、そして、全てのペアのベクトル間でピアソン相関を計算した。mm9RepeatMaskerにおける反復配列の位置をUCSCゲノムブラウザデータベース9961006FujitaetalTheUCSCGenomeBrowserdatabaseupdate2011NucleicAcidsRes2010Oct18から得た。RepeatMaskerデータの座標をリードアラインメントの座標とインターセクトすることによりPRC2トランスクリプトームリードのこれらのリピートとのオーバーラップを得た。UCSCトランスクリプトームは全般的な参照物として使用された。この正規化は様々な長さの転写物の間の比較、および様々なシークエンシングの深度の試料間の比較を考慮している。プロモーターマップを作成するために、プロモーター領域はrefGeneカタログ、UCSCゲノムブラウザから得たTSSに対して-10,000~2000塩基と定義された。10アラインメントという制限を緩和したことを例外として、我々はプロモーター領域とオーバーラップするリードカウントをプロットした。図1Hと図7~12の染色体のアラインメントについて、リード数は各染色体上の非重複的で連続的な100kbのウインドウ全てについて計算された。n箇所に対応するリードが各位置でn分の1リードとして数えられるようにリードを正規化した。Rで記述した自作のスクリプトを使用してグラフをプロットした。表3~7を作成するために、WT試料とEzh2-/-試料での全ての転写物についての各鎖でのRPKMスコアを比較することにより濃縮された全ての転写物のリストが見いだされた。次に、それらの座標を対象の特徴の座標とインターセクトした。NCBI37/mm9マウスアッセンブリーに無い特徴の座標がUCSCのLiftOverユーティリティーを用いてそれらの座標に変換されたliftOverユーティリティーは効果的に1つのゲノムを別のゲノムにマップし、同じ種の歴代のアッセンブリー間での、または2つの別個の種の間での対象の領域の急速な同定を可能にする。genomeucsceducgibinhgLiftOverにおいてオンラインにより入手可能。座標が変換可能であった特徴のみが示されている。RNA免疫沈降/qRT‐PCR説明されているように、5μlのウサギ抗マウスEzh2抗体ActiveMotifまたは通常のウサギIgGMilliporeを使用して妥当性確認用のRNA免疫沈降を実行した。RNA免疫沈降に続いてICYCLERIQ商標リアルタイム検出システムBioRadを用いる定量的ストランド特異的RT‐PCRを行った。遺伝子特異的PCRプライマーペアは以下の通りである:Malat1フォワードプライマー5’GCCTTTTGTCACCTCACT3’;配列番号193054リバースプライマー5’CAAACTCACTGCAAGGTCTC3’;配列番号193055Malat1asフォワードプライマー5’TACTGGGTCTGGATTCTCTG3’;配列番号193056リバースプライマー5’CAGTTCCGTGGTCTTTAGTG3’;配列番号193057Foxn2asフォワードプライマー5’GGCTATGCTCATGCTGTAAC;配列番号193058リバースプライマー5’GTTACTGGCATCTTTCTCACA3’;配列番号193059Ly6easフォワードプライマー5’CCACACCGAGATTGAGATTG3’;配列番号193060リバースプライマー5’GCCAGGAGAAAGACCATTAC3’;配列番号193061Bgnasフォワードプライマー5’TGTGAACCCTTTCCTGGA3’;配列番号193062リバースプライマー5’CTTCACAGGTCTCTAGCCA3’;配列番号193063Gtl2フォワードプライマー5’CGAGGACTTCACGCACAAC3’;配列番号193064リバースプライマー5’TTACAGTTGGAGGGTCCTGG3’;配列番号193065Gtl2asフォワードプライマー5’CACCCTGAACATCCAACA3’;配列番号193066リバースプライマー5’CATCTGCTTTTCCTACCTGG3’;配列番号193067Hapa1upstreamフォワードプライマー5’GGTCCAAAATCGGCAGT3’;配列番号193068リバースプライマー5’GTCCTCAAATCCCTACCAGA3’;配列番号193069Htr6downstreamフォワードプライマー5’ACACGGTCGTGAAGCTAGGTA3’;配列番号193070リバースプライマー5’CAGTTGGAGTAGGCCATTCCC3’;配列番号193071NespasTR019501フォワードプライマー5’AGATGAGTCCAGGTGCTT3’;配列番号193072リバースプライマー5’CAAGTCCAGAGTAGCCAAC3’;配列番号193073Xist‐Forward3F5プライマーとXist‐Reverse2Rプライマーは説明されている。ストランド特異的cDNA合成については、リバースプライマーが使用され、SYBRグリーンBioRadを用いてqPCRが行われ、そして、閾値交点Ctが記録された。各値はインプットRNAレベルに対して正規化された。ノーザンブロット分析5μgのポリARNAを16.7ES細胞から単離し、ホルムアルデヒド含有0.8アガロースゲルで分離し、Hybond‐XLGEHealthcareにブロットし、そして、UltrahybAmbionを使用して42°Cでプローブにハイブリダイズした。STRIP‐EZPCRキットAmbionを使用してプローブを作製したが、それらはMalat1ASF、5’TGGGCTATTTTTCCTTACTGG3’;配列番号193074Malat1ASR、5’GAGTCCCTTTGCTGTGCTG3’;配列番号193075Meg3F、5’GCGATAAAGGAAGACACATGC3’;配列番号193076Meg3R、5’CCACTCCTTACTGGCTGCTC3’;配列番号193077Meg3dsF3、5’ATGAAGTCCATGGTGACAGAC3’;配列番号193078Meg3dsR2、5’ACGCTCTCGCATACACAATG3’;配列番号193079Rtl1F、5’GTTGGGGATGAAGATGTCGT3’;配列番号193080Rtl1R、5’GAGGCACAAGGGAAAATGAC3’;配列番号193081NespasdsF、5’TGGACTTGCTACCCAAAAGG3’;配列番号193082NespasdsR、5’CGATGTTGCCCAGTTATCAG3’;配列番号193083BgnASF、5’CAACTGACCTCATAAGCAGCAC3’;配列番号193084BgnASR、5’AGGCTGCTTTCTGCTTCACA3’;配列番号193085Htr6upF、5’ATACTGAAGTGCCCGGAGTG3’;配列番号193086Htr6upR、5’CAGGGGACAGACATCAGTGAG3’;配列番号193087を使用してゲノムDNAから増幅された。UV架橋RNA免疫沈降RT‐PCR用に全長RNAを保護するためにRNAの単離前にリボヌクレアーゼ処理によりRNA‐タンパク質複合体中の転写物をトリミングしなかったことを例外として、説明されているようにUV架橋IPを実行した。254nm、400mJ/cm2StratageneのSTRATALINKERを使用のUVをマウスES細胞に照射し、超音波破砕処理によりRSB‐TRITON緩衝液10mMトリス塩酸、100mMNaCl、2.5mMMgCl2、35μg/mLジギトニン、0.5トリトンX‐100に細胞核を溶解した。サケ精子DNA/タンパク質アガロースビーズを4°Cで1時間用いて核溶解液を前清澄処理し、そして、抗体と一晩インキュベートした。次に、プロテインADYNABEADSInvitrogenを用いてRNA/抗体複合体を沈殿させ、最初に低強度緩衝液1×PBS[150mMNaCl]、0.1SDS、0.5デオキシコール酸、0.5NP‐40で洗浄し、次に高強度高塩濃度緩衝液5×PBS[750mMNaCl]、0.1SDS、0.5デオキシコール酸、0.5NP‐40で二回洗浄し、そして、プロテアーゼKで処理した。トリゾールInvitrogenを使用してRNAを抽出し、そして、上記のようにRT‐qPCRを行った。ヒトPRC2成分の発現と精製ヒトPRC2サブユニットの発現のために、pFastBac1中のN末端FLAGタグ化EZH2およびSUZ12をSf9細胞で発現させた。PRC2複合体全体の発現のため、FLAGタグ化EZH2はタグを着けていないSUZ12、EEDおよびRBAP48と共発現した。BC300緩衝液20mMHEPESpH7.9、300mMKCl、0.2mMEDTA、10グリセロール、1mMDTT、0.2mMPMSF、および完全プロテアーゼ阻害剤Roche中での4回の凍結融解サイクルにより抽出物を作製し、そして、4時間M2ビーズに結合させ、そして、BC2000で洗浄した後に0.4mg/mlのflagペプチドを有するBC300中で溶出を行った。EZH2とPRC2を100mMKClに調節し、そして、HiTrapヘパリンFF1mlカラムに負荷し、そして、100~1000mMKClの濃度勾配を用いて溶出した。Amiconウルトラ10kDaMWCO濃縮器Milliporeを使用してピーク画分を濃縮し、そして、BC300で平衡化したSuperose6カラムに負荷した。ピーク画分を回収し、濃縮した。SUZ12については、flag溶出画分を濃縮し、そして、BC300で平衡化したSuperdex200カラムに負荷した。電気泳動移動度シフトアッセイEMSA以前に説明されたようにRNA‐EMSAを実行した。30ヌクレオチドのHes‐1プローブアンチセンス方向にTSSから約270bp下流をゲルシフト用に使用した。T4ポリヌクレオチドキナーゼAmbionを使用して[γ‐33p]ATPでRNAプローブを放射標識した。精製したPRC2タンパク質1μgを標識したプローブと4°Cで1時間インキュベートした。0.5×TBE中の4非変性ポリアクリルアミドゲルでRNAタンパク質複合体を250V、4°Cで1時間分離した。ゲルを乾燥させ、そして、コダックのBioMaxフィルムに露光させた。RNAプルダウンアッセイ我々は、RepA、Xistエクソン1および短縮型Gtl2のPCR産物用のフォワードプライマーにT7プロモーター配列を組み込んだ。全長型Gtl2はpYX‐ASCに、そして、XistE1はpEF1/V5/HisBInvitrogenにクローン化された。具体的なプライマー配列は、RepAFTAATACGACTCACTATAGGGAGAcccatcggggccacggatacctgtgtgtcc;配列番号193088RepARtaataggtgaggtttcaatgatttacatcg;配列番号193089TruncatedGtl2FTAATACGACTCACTATAGGGAGATTCTGAGACACTGACCATGTGCCCAGTGCACC;配列番号193090TruncatedGtl2RCGTCGTGGGTGGAGTCCTCGCGCTGGGCTTCC;配列番号193091XistE1Fatgctctgtgtcctctatcaga;配列番号193092XistE1Rgaagtcagtatggagggggt;配列番号193093であった。次に、MegaScriptT7Ambionを使用してRNAを転写し、トリゾールを使用して精製し、そして、二次構造形成を促進するためにゆっくりと冷却した。プルダウンアッセイのために、3μgのFlag‐PRC2またはFlag‐GFPと20UのRNAsinが追加された5pmolのRNAを氷上で30分間インキュベートした。10μlのflagビーズを添加し、そして、ローテーター上で4°Cで1時間インキュベートした。150mMのKCl、25mMトリスpH7.4、5mMのEDTA、0.5mMのDTT、0.5NP40と1mMのPMSFを含有する200μlの緩衝液で3回ビーズを洗浄した。35μlの0.2MグリシンpH2.5を添加することによりRNA‐タンパク質複合体をflagビーズから溶出した。10分の1量の1MトリスpH8.0を添加して溶離液を中和し、そして、ゲル電気泳動により分析した。ノックダウン解析とqRT‐PCRshRNAオリゴをMISSIONpLKO.1‐puroSigma‐Aldrichベクターにクローン化し、そして、リポフェクタミン2000Invitrogenにより野生型マウスES細胞に形質移入した。ピューロマイシン選別の10日後に細胞を回収し、そして、RNAノックダウンを確認するためにqRT‐PCRを行った。対応するスクランブル配列MISSION非ターゲットshRNAを対照Scrとして使用した。Gtl2用のshRNAオリゴ:トップ鎖5’CCGGGCAAGTGAGAGGACACATAGGCTCGAGCCTATGTGTCCTCTCACTTGCTTTTTG3’;配列番号193094、ボトム鎖5’AATTCAAAAAGCAAGTGAGAGGACACATAGGCTCGAGCCTATGTGTCCTCTCACTTGC3’;配列番号193095。Gtl2RNAとGtl2‐asRNA用のqPCRプライマーは上記のとおりである。Dlk1RNA用のプライマー:フォワード5’ACGGGAAATTCTGCGAAATA3’;配列番号193096リバース5’CTTTCCAGAGAACCCAGGTG3’;配列番号193097。別のGtl2shRNAをOpenBiosystemsV2MM_97929より購入した。このshRNAを用いるノックダウン後のEzh2レベルをqPCRZhaoetal2008により試験した。複数のクローンを試験した後に、我々は、Gtl2は初期の継代クローンでノックダウンされ得るが50~70、ノックダウンクローンは長期の培養での位置が困難であると結論した。DNAChIPおよびリアルタイムPCR説明されるようにChIPを実行した。5μlの抗Ezh2抗体ActiveMotif39103、通常のウサギIgGUpstate12‐370および抗K27トリメチル化ヒストンH3抗体Upstateを各IPに使用した。Gtl2‐近位DMRについてprGtl2F/prGtl2Rを用いて、Gtl2‐遠位DMRについてDMR‐F/DMR‐Rを用いて、Dlk1プロモーターについてprDlk1F/prDlk1Rを用いて、そして、GapdhプロモーターについてprGAPDH‐F/prGAPDH‐Rを用いてChIPDNAのリアルタイムPCRを行った。プライマー配列は次の通りである。proximalDMR、5’CATTACCACAGGGACCCCATTTT;配列番号193098proximalDMR、5’GATACGGGGAATTTGGCATTGTT;配列番号193099prDlk1F、5’CTGTCTGCATTTGACGGTGAAC;配列番号193100prDlk1R、5’CTCCTCTCGCAGGTACCACAGT;配列番号193101distalDMRF、5’GCCGTAAAGATGACCACA;配列番号193102distalDMRR、5’GGAGAAACCCCTAAGCTGTA;配列番号193103prGAPDHF、5’AGCATCCCTAGACCCGTACAGT;配列番号193104prGAPDHR、5’GGGTTCCTATAAATACGGACTGC;配列番号193105prActinF、5’GCAGGCCTAGTAACCGAGACA;配列番号193106prActinR、5’AGTTTTGGCGATGGGTGCT;配列番号193107次の材料と方法が以下に示される実施例10~15において使用された。LNAヌクレオフェクション2×106個のSV40T形質転換MEF細胞を100μlのMefヌクレオフェクター溶液Lonzaに再懸濁した。Cy3標識化LNA分子を2μMの終濃度まで添加した。T‐20プログラムを用いて細胞を形質移入した。細胞に2mlの培地を添加し、そして、100μlのこの懸濁液を各時点でゼラチンコードした10ウェルスライドにプレーティングした。Exiqonソフトウェアexiqoncomで入手可能を使用してLNA配列を設計した。標的親和性Tmを最大化する一方、自己ハイブリダイゼーションスコアを最小化するために修飾型LNA塩基を戦略的に導入した。LNA分子配列5’から3’へは次の通りであった。LNAScr、GTGTAACACGTCTATACGCCCA;配列番号193108LNAC1、CACTGCATTTTAGCA;配列番号193109LNAC2、AAGTCAGTATGGAG;配列番号193110LNAB、AGGGGCTGGGGCTGG;配列番号193111LNAE、ATAGACACACAAAGCA;配列番号193112LNAF、AAAGCCCGCCAA;配列番号193113LNA4978、GCTAAATGCACACAGGG;配列番号193114LNA5205、CAGTGCAGAGGTTTTT;配列番号193115LNA726、TGCAATAACTCACAAAACCA;配列番号193116LNA3’、ACCCACCCATCCACCCACCC;配列番号193117リアルタイムPCRトリゾールInvitrogenを使用して、ヌクレオフェクション後に総RNAを抽出した。SuperscriptIIキットを使用して逆転写反応を実行し、そして、icyclerSYBRグリーン化学Bioradを使用してcDNA試料に対してリアルタイムPCRを実行した。ChIPヌクレオフェクション後の様々な時点で細胞を1ホルムアルデヒド溶液中で固定した。グリシンを0.125Mまで添加することにより固定を停止させ、そして、以前に説明されたように28、ChIPを実行し、そして、qPCRにより定量を行った。抗体様々なエピトープに対する抗体を次のように購入した。H3K27me3、ActiveMotif39535。Ezh2、ActiveMotif39639およびBDPharmingen612666。免疫染色には、H3K27me3抗体は1:100希釈で使用され、Ezh2抗体BDPharmingenは1:500希釈で使用された。Alexa‐Fluor二次抗体はInvitrogenから購入した。ウェスタンブロットには、Ezh2抗体BDPharmingenは1:2000希釈で使用された。アクチン抗体SigmaA2066は1:5000希釈で使用された。DNAFISH、RNAFISHおよび免疫染色細胞はゼラチンコートしたガラススライド上で培養されるか、サイトスピンにかけられた。RNAFISH、DNAFISH、連続RNA‐DNAFISH、免疫染色および免疫FISHは説明された24ように実行された。ニックトランスレーションしたpSx9‐3プローブかXistリボプローブカクテルを使用してXistRNAFISHを実行した。XistDNAFISHのプローブとしてpSx9‐3を使用した。中期染色体スプレッドのために、コルヒチンを細胞に1時間添加した。細胞をトリプシン処理し、そして、3mlの0.056MKClに室温で30分間再懸濁し、遠心分離してメタノール:酢酸3:1固定液中に再懸濁した。何回か固定液を変えた後に細胞を冷却したスライドガラスに滴下し、RNAFISHまたはDNAFISHの処理を行った。実施例1.RNA免疫沈降‐シークエンシングによるPRC2トランスクリプトームの収集以前、未変性RNA免疫沈降RNA免疫沈降によりRepA、XistおよびTsixがPRC2相互作用性RNAとして特定された。今回、我々は、未変性RNA免疫沈降とRNAシークエンシングを組み合わせることによりこの方法は本明細書においてRNA免疫沈降‐シークエンシングと称される。例示的な図1Aを参照のこと、PRC2に結合したゲノムワイドなプールを収集する方法を開発した。抗Ezh2抗体により免疫沈降した核RNAをマウスES細胞とEzh2-/-対照から単離し図1B、ストランド特異的アダプターを使用してcDNAを作製し、そして、200~1,200ヌクレオチドのcDNAを精製し、そして、イルミナシークエンシングにかけた図1C。パイロット実験では、我々は107個のES細胞に対してRNA免疫沈降を行い、そして、抗Ezh2プルダウンの特異性を評価するためにいくつかの対照RNA免疫沈降を実験に含めた。野生型プルダウンならびにその技術的反復および生物学的反復では、抗Ezh2抗体は107個のES細胞から70~170ngのRNAを沈殿し、そして、200ヌクレオチドより大きいcDNAのスメアを生じた図1C、図7A。リボヌクレアーゼでの処理によりこの範囲のサイズの産物が除去され図7B、そして逆転写無しの試料は産物を生じなかった。これらのことは、免疫沈降した物質が実際にRNAであったことを示唆する。Ezh2-/-プルダウンのとき約14ngとIgGにより野生型細胞が免疫沈降したとき約24ngは、存在するRNAが約10倍少なかった。モックRNA免疫沈降対照細胞無しに対する500倍の濃縮もまた観察された。200ヌクレオチドより大きいサイズの範囲について、対照RNA免疫沈降ヌル細胞、IgGプルダウン、モックではRNAがさらに少なく、これらの試料ではアダプターダイマーおよびプライマーダイマーがもっぱらであった。我々は、アダプター/プライマーダイマー、rRNA、ミトコンドリアRNA、18ヌクレオチド未満または未確定のヌクレオチドを有するリード、および15塩基を越えるホモポリマー鎖を計算により除去した図7。同等の数の細胞からでは、対照RNA免疫沈降ではリードが著しく少なかった図7D。野生型ライブラリーでは、231,880~120万リードが選別の後に残った。対照的に、対照ではわずかに4,888~73,691リードが残った図1D、列2および3。対照での転写物の圧倒的多数は疑わしいものであったアダプター/プライマーダイマー、ホモポリマーなど。したがって、野生型RNA免疫沈降は、対照RNA免疫沈降と比較して、かなりのRNA濃縮とより高度のRNAの複雑性を示した。野生型ライブラリーでの全てのリードのおよそ半分が3回以上現れた。潜在的なPCRによる人為産物を回避するために重複配列を除去した後でさえ、野生型ライブラリーは301,427個の別個のリードを含有し技術的反復および生物学的反復では、それぞれ、98,704個および87,128個、一方、対照試料は1,050個IgGおよび17,424個ヌル図1Dを生じるのみであった。野生型ライブラリーは互いに非常に類似しており、相関係数CCは、Ezh2-/-対照およびIgG対照に対して、それぞれ、比較したときの0.27~0.01と比較して、0.71~0.90であった図1E。ゲノム当たり10コピーより多い反復配列に対応するリードは全野生型リードの20未満を占め図1F、単純リピートは最も一般的であり、85.714を占めたが、LINE、SINEおよびLTRは相対的に過小評価された図1G。10以下のアラインメントを有するリードが大部分なので、我々はこれ以降これらのリードの解析に焦点を当てる10以下のカットオフはコピー数のゲノム重複が少ない遺伝子を保持する。我々は、次に、別個のリードを染色体の位置の関数としてプロットすることによりそれらのゲノム上の分布を調査した図8~12。PRC2結合RNAは野生型ライブラリーでは全ての染色体上に存在することがアラインメントにより示された。IgG対照とEzh2-/-対照についてのアラインメントではほとんどリードが示されず、単発的なリードが示された。したがって、我々のRNA免疫沈降‐シークエンシングは、PRC2トランスクリプトームについて特異的で再現性が有るプロファイルをもたらした。多数の野生型リードはX染色体にヒットし図1H、そして、我々の正の対照、すなわち、TsixRNA、RepARNAおよびXistRNAはそれぞれ数十回現れることがX染色体不活性化センターの拡大物により示された図1I。我々のRNA免疫沈降‐シークエンシング検出の高感受性はRepAとXistの表示によって示唆されたが、それらは総計でES細胞あたり10コピー未満の割合で発現する。一方、X染色体不活性化センターの他の非コードRNA内にヒットは存在しなかった。したがって、RNA免疫沈降‐シークエンシング技術は感受性が高く、且つ、特異的であった。実施例2.PRC2トランスクリプトーム飽和的な包括度を得るために、我々はシークエンシングを拡大し、オリジナルの野生型試料について3190万リード、およびその生物学的反復については3640万リードを得た。図7Aに示されるように重複配列を除去、選別にかけた後に、それぞれのライブラリーについて、1,030,708個および852,635個の、アラインメントが10回以下の別個のリードが残った。その後、以降の解析のためにこれらのリードをパイロット野生型リードと組合せこれ以降は、WTライブラリー、そして、Ezh2-/-ライブラリーを対照として使用して全ての解析を行った。転写物をPRC2トランスクリプトームのメンバーであると呼ぶための閾値を決定するために、我々は、真正のPRC2相互作用転写物であればバックグラウンドよりも高いリード密度を有するであろうという原則に基づき、i転写物毎の別個のリードの数、および真正の陽性であればWTで濃縮されるであろうことを理由に、iiWTライブラリーとヌルライブラリーの間での相対的表出に基づきストラテジーを設計した。我々は、遺伝子の長さとシークエンシングの深度を正規化する方法として100万リード当たりのキロベースあたりのリード数RPKMを使用して遺伝子的表出を計算し、次に、UCSC連結型トランスクリプトーム中の39,003転写物全てをそれらのWTRPKM値x軸とそれらのヌルRPKM値y軸により散布図にマップした図2A。両方のライブラリーで0表出または0に近い表出を有する転写物は大多数のデータポイントを占めた[0、0での青色のもや]。非0のx‐値と0のy‐値を有する転写物はWTプルダウンのみで現れた集団を示す図2A、y=0線。我々は、対照転写物を校正点として使用することにより最小密度を確証した。Xist/RepAは4.19というRPKMを収めたが、これは、100万あたり126個の別個のリードを意味する。Tsixのスコアは10.35であり、Bsn‐pasr約300ヌクレオチドのBsnプロモーター関連転写物のスコアは0.95であった。インプリントアンチセンス転写物であるKcnq1ot1はPRC2と相互作用すると主張されているが、直接的に相互作用するかどうかは分かっていない。Kcnq1ot1のスコアは1.17であった。負の対照について、我々は、WTライブラリーには演繹的に存在しないであろう転写物を用いた。例えば、Hotairは尾部の組織のみで発生後期に発現する。それのスコアは0.25であったが、これは100万あたり1つだけの表出を意味する。他の2つのプロモーター関連RNAであるHey1‐pasrとPax3‐pasrは200ヌクレオチド未満であり、我々のサイズ選別計画から漏れた。それらのスコアは、それぞれ、0.28と0.11であったが、これらは100万当たりはるかに1未満の別個のリードを示唆する。PRC2相互作用性であると期待されない細胞質に局在するタンパク質をコードするmRNAもまた低いRPKMを示した[Insl6:0.27、Ccdc8:0.22]。我々はこれらの低い表出をバックグラウンドとみなす。校正点に基づいて、我々は最小RPKMをx=0.40に設定したが、それは正の対照と負の対照の値の間にある。適切な濃縮閾値を決定するために、我々は、同じキャリブレーターについてWT/ヌルRPKM比を調査した。Xist/RepAのスコアは4.18/0であったが、これはWTライブラリーでの数百から数千の表出を意味するが、ヌルライブラリーでは表出がなかったことを意味する。Tsixのスコアは10.35/3.27であり、Bsn‐pasrのスコアは0.95/0であり、そして、Kcnq1ot1のスコアは1.17/0であった。負の対照のスコアは低い比率であったが、Pax3‐pasrのスコアは0.11/0.26であり、Hey1‐pasrのスコアは0.28/0であり、Hotairのスコアは0.25/0であり、Insl6のスコアは0.27/3.09であり、そして、Ccdc8のスコアは0.22/5.04であった。これに基づき、我々は濃縮カットオフを3:1に設定した。転写物の包括についての基準の組合せ[RPKMWT0.4、RPKMWT/RPKMヌル3.0]が、確立した対照のセットを使用するWTライブラリーとヌルライブラリーの間の直接比較に基づき、偽陽性を排除し、そして、バックグラウンドを控除すると期待される。これらの基準により、我々はPRC2トランスクリプトームを9,788RNAと推定した表2。連結型UCSCトランスクリプトーム39,003転写物中の約4,446転写物が我々のPRC2トランスクリプトームに含まれた図2B。別の3,106UCSC転写物にヒットがあったが、リバース鎖上のみであり、このことは、以前に注釈がついていなかった3,106アンチセンスRNAの存在を示す。約1,118UCSC転写物に両方向でヒットがあったが、これは、2,236個のさらなる別個の転写物の存在を意味する。リードの19がUCSCデータベースでヒットしなかった。これらのオーファンリードは、トランスクリプトームが他の新規の転写物を含み得ることを示唆する。したがって、9,788はES細胞における実際のPRC2トランスクリプトームでの下限を表す。総マウストランスクリプトームは40,000から200,000のあたりと考えられているので、PRC2トランスクリプトームは、総トランスクリプトームの実際のサイズに応じて、全マウス転写物の5~25を含む。実施例3.エピジェネティクス的特徴我々は具体的なエピジェネティクス的特徴を調査した図2B、表I、3~7。興味深いことに、Ezh2フットプリント候補と一致する領域である、Xist内のRepA領域とTsixの3’末端が多数回現れた図2C。メタジーン解析において、我々は、リード数を距離の関数としてプロットすることにより転写開始部位TSSに対する転写物の関係を求めた図2D。フォワード鎖では、-2.0~0.001kbで濃縮が観察された。リバース鎖では、-0.5~0.1kbでピークが認められた。バックグラウンドを越えて濃縮が生じたヌル、IgG対照図7C。プロモーターでの短い転写物の存在、PRC2のプロモーター近傍での優先的な占有、およびPRC2に結合するいくつかのTSS関連RNAの特定を考慮すると、TSSとの関連は顕著である。次に、我々は、PRC2トランスクリプトームのどれくらいがES細胞においてPRC2結合部位および二価ドメインbivalentdomainと交わりを持つのか求めた。顕著なことに、2,704箇所の二価ドメインbivalentdomainのうちの562箇所21および1,800箇所のSuz12結合部位のうちの330箇所18に少なくとも1つのRNAとのヒットがあったが図2B、表3、4、これは、結合部位と対照幹細胞運命のサブセットにおいてRNAがポリコーム複合体のリクルートまたは保持に関与し得るという可能性を示唆する。我々のトランスクリプトームと交わりを持たない部位は他の機序を用いてPRC2をリクルートする可能性がある。我々はまた、長鎖遺伝子間非コードRNAlincRNAと称される一群の遺伝子間非コードRNAとの重複の程度を求めた。2,127個のマウス長鎖遺伝子間非コードRNAlincRNAを我々の9,788個の転写物とインターセクトすることにより216個の重複が明らかになったが図2B、表5、これは、長鎖遺伝子間非コードRNAlincRNAがPRC2トランスクリプトームの約2を占めることを示す。ヒト長鎖遺伝子間非コードRNAlincRNAのうち、260個がPRC2と結合する可能性を持ち得る。260個のヒト長鎖遺伝子間非コードRNAlincRNAが我々のPRC2トランスクリプトーム中の216個のマウス長鎖遺伝子間非コードRNAlincRNAと重複するか問うために、我々はLiftOvergenomeucsceducgibinhgLiftOverにおいてワールドワイドウェッブにて入手可能によりマウスにおけるシンテニー座標をマップしたが、2つのサブセット間で認識可能な相同性は見出さなかった。したがって、我々のトランスクリプトームはPRC2相互作用性RNAの大きくて別個のセットを表す。ポリコームタンパク質の誤制御はしばしば癌と関連があるので、我々はPRC2相互作用性RNAを癌遺伝子座および腫瘍抑制遺伝子座とインターセクトした。興味深いことに、441癌遺伝子と793腫瘍抑制遺伝子のうちcbiomskccorgCancerGenesにおいてワールドワイドウェッブにて入手可能、それぞれ、182遺伝子41と325遺伝子41でどちらかの方向の少なくとも1つのPRC2相互作用転写物があり図2B、表6、7、このことは、RNAが癌におけるポリコームのリクルートの誤制御に役割を果たすことを示唆している。顕著な例にはc‐Myc、Brca1、Klf4およびDnmt1が含まれる。結局、X染色体不活化のように、ゲノムインプリンティングはシスに制御されているに違いない。インプリント遺伝子は、親特異的発現を規定するシス作用性インプリント制御領域ICRによって制御される。興味深いことに、ICRは一般的に長鎖の転写物と関連があるが、その多くがPRC2トランスクリプトーム中に見出された図2B、表2。それらにはH19、Gtl2、Kcnq1ot1およびNespasが含まれる。複数のヒットがNespasRNA/TR019501にあったが図3A、主要ICRからのアンチセンスRNAがNesp/Gnasクラスターを調節すると考えられている。また、Gtl2で繰り返しヒットがあったが図3B、その座位は、アンチ‐Rtl1およびGtl2のアンチセンス相対物ここではGtl2‐asと称されると共にDlk1のインプリンティングを制御すると考えられている。ICR関連長鎖転写物内でのヒットは、RNAがPRC2をターゲティングすることによりインプリント化クラスターを調節し得ることを示唆する。実施例4.RNA‐PRC2相互作用の検証我々は次に、RNA‐タンパク質相互作用をいくつかのアプローチにより検証した。第1に、我々はRNA免疫沈降‐qPCRを行い、候補RNAがIgGプルダウンと比較して抗Ezh2プルダウンにおいて著しく濃縮されていることを見出した図4A。インプリント化Gtl2、そのアンチセンス相対物であるGtl2‐as/Rtl1およびNespas/TR019501について強力な陽性プルダウンが観察された。Hspa1a‐asHsp70に対するアンチセンス、Malat‐1‐asMalat‐1に対するアンチセンス、Bgn‐asBgnに対するアンチセンス、Ly6e‐asリンパ球抗原6複合体座Eに対するアンチセンス、Foxn2‐asFoxn2に対するアンチセンスおよびHtr6セロトニン受容体の上流にあるRNAを含む、疾患関連の座位に関連する、多数の以前は知られていなかったアンチセンス転写物またはRNAもまた濃縮された。第2に、我々は、抗Ezh2抗体によってプルダウンされたRNAの量をWTのES細胞とEzh2-/-ES細胞の間で比較した図4B。全ての場合において、RNAは顕著にもWTでより濃縮された。対照的に、負の対照であるMalat‐1センス転写物では濃縮は示されなかった。第3に、我々は、RNAを0オングストロームに近い距離にあるタンパク質に架橋するUVの能力に基づく、RNA‐タンパク質相互作用をインビボで試験する別の方法であるUV架橋‐RNA免疫沈降を行った。短い範囲でのみ架橋が生じ、そして、超音波破砕処理と高塩濃度洗浄を用いて複合体が単離されるので、この方法は直接的RNA‐タンパク質相互作用をよりよく検出し、そして、RNA単離中の再会合人為産物を回避することができる。この方法を用いて、候補RNAの濃縮が同様に観察された図4C。まとめると、これらのデータは、RNA免疫沈降‐シークエンシングの特異性を裏付け、そして、RNAとEzh2間の直接的相互作用を示唆する。RNA免疫沈降‐シークエンシングで特定された転写物の半分近くが以前には注釈が付けられていなかった図2B。それらの存在を検証するために、我々はノーザン分析を行い、そして、ES細胞における別個の転写物を見出した図4D。抗Ezh2抗体によって沈殿した核酸の性質を確認するために、我々は、異なる基質特異性を有するリボヌクレアーゼを用いて核抽出液を前処理した。一本鎖特異的リボヌクレアーゼリボヌクレアーゼIおよび二本鎖特異的リボヌクレアーゼリボヌクレアーゼV1での消化によりRNAプルダウンが消失したが、RNA:DNAハイブリッド中のRNA鎖を分解するリボヌクレアーゼHとデオキシリボヌクレアーゼIでの消化は何の効果も無かった図4E。したがって、PRC2との複合体中のRNAは一本鎖と二本鎖の特徴を有する。実施例5.RNAのPRC2への直接的結合我々は次に、精製した組換えヒトPRC2サブユニットであるEED、EZH2、SUZ12およびRBAP48を用いるインビトロ生化学的解析により、RNAがPRC2に直接結合するのかという問題に取り扱った図5A。Hes1Notchシグナル伝達経路の転写因子の新しく特定されたアンチセンスRNAは、RepAでも見られるモチーフである二重ステムループ構造を含む図5B。RNA電気泳動移動度シフトアッセイEMSAにおいて、28ヌクレオチドのRepAプローブと30ヌクレオチドのHes1‐asプローブの両方がPRC2によってシフトしたが、Xistの他の領域に由来するRNADsI、DsIIはシフトしなかった。ステムループ構造の変異によりPRC2の結合が減少した。PRC2のどのサブユニットがHes1‐asに結合するのか決定するために、我々は具体的なサブユニットを用いてEMSAを実行した図5A、D、E。EZH2は野生型Hes1‐asRNAを強くシフトしたが、変異型Hes1‐asRNAではシフトしなかった。一方、SUZ12もEEDもHes1‐asをシフトしなかった。PRC2全体が使用されたとき、RNA‐タンパク質のシフトは常により離散的であったが、これは、他のサブユニットが相互作用安定化することを示唆する。これらの結果は、Hes1‐asRNAがPRC2と直接的および特異的に相互作用すること、およびEzh2がRNA結合サブユニットであることを示す。我々はまたGtl2RNAを調査した。Gtl2は1.7~4.3kbでありEMSAにより試験するには大きすぎるので、我々はRNAプルダウンアッセイを実行した図5F。我々はGtl2、短縮型5’末端から1.0kb、RepAおよびXistエクソン1負の対照をインビトロで転写し、そして、Flag‐PRC2またはFlag‐GFPタンパク質を使用するプルダウンアッセイで等モル量のそれぞれのRNAを試験した。PRC2プルダウンにおいて、全長型および短縮型のGtl2RNAの両方が一貫して濃縮された。RepARNAもまた濃縮されたが、Xistエクソン1は濃縮されなかった。Gtl2RNA、多分、その近位の1.0kbがPRC2に直接的および特異的に結合することがこれらの結果により示された。実施例6.Gtl2‐PRC2相互作用がDlk1‐Gtl2で遺伝子発現を調節するRNA免疫沈降‐シークエンシングが新しい機能の発見に成功したか調べるために、我々は、ヒツジでのCallipyge臀部過成長、マウスでの成長調節不全、およびヒトでの癌に関連するインプリント病座位であるDlk1‐Gtl2でのGtl2‐PRC2相互作用に焦点を当てた。母親由来の染色体から発現するGtl2はICRと関係があり図6A、そして、父親由来の染色体から発現するDlk1を調節すると主張されているが、現在の所、作用機序は不明である。Gtl2転写物それ自体がDlk1を調節するのか判定するために、我々はES細胞でGtl2をノックダウンして、Dlk1の2倍の発現増加を観察したが、これは、Dlk1が一対立遺伝子の発現から二対立遺伝子の発現に変化したという考えに合う図6B。Gtl2‐asもまた発現増加した。shRNAは転写後にRNAを分解のために標的とするので、Gtl2はRNAとして機能することがこれらの実験により示される。RNAがPRC2をDlk1に誘引することにより機能するのかという問題を取り扱うために、我々は抗Ezh2抗体および抗K27トリメチル化ヒストンH3抗体を使用する定量的クロマチン免疫沈降ChIPを行った。実際には、Gtl2RNAがノックダウンされると、我々はDlk1プロモーターへのEzh2のリクルートの2倍の低下およびシス領域でのヒストンH3‐K27トリメチル化の同程度の低下を検出したが図6C、これはDlk1の発現の上昇と一致する図6B。我々はまた、Gtl2の近位にあるICRのメチル化可変領域DMRでのEzh2のリクルートとヒストンH3‐K27トリメチル化の低下に気づいたが、遠位DMR図6Cでは影響が少ないことが分かった。遠位DMRは遺伝学的にGtl2の上流にあるので、我々はGtl2による調節を予期しなかった。Gapdh対照およびアクチン対照はGtl2のノックダウン後に顕著な減少を示さず、そして、Dlk1へのEzh2のリクルートの低下はGtl2ノックダウン細胞において全般的に低下したEzh2レベルの結果ではなかった図6D。Gtl2が実際にPRC2をDlk1に誘引することにより機能することをこれらのデータは示す。さらなる裏付けとしては、Ezh2の消失により、Gtl2レベルに相対的なDlk1の発現が約3倍上昇し図6E、表現型がGtl2ノックダウンの表現型と似ることになった。直接的Gtl2‐PRC2相互作用図5およびGtl2がノックダウンされたときのDlk1でのEzh2/ヒストンH3‐K27トリメチル化の消失図6を考慮して、Gtl2‐PRC2相互作用がシスでDlk1にPRC2をターゲティングすることによりDlk1を調節すると我々は結論している。実施例7.癌遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の長鎖非コードRNAによる調節本明細書中、先に記載されたように、RNA免疫沈降‐シークエンシング方法の適用が、PRC2トランスクリプトームに結合する長鎖非コードRNA転写物のゲノムワイドのプールを作成した。別個のリードを染色体位置の関数としてプロットすることにより、同定された転写物のゲノム上の分布が調査された。結果として、癌遺伝子と腫瘍抑制遺伝子の両方を調節する長鎖非コードlncRNAが特定された。図13は、c‐Myc癌遺伝子赤色の棒の周囲の領域を示すプロットを図示する。c‐Myc癌遺伝子の周囲のリードの拡大図がPRC2結合の印象的なピークを示す染色体座標61,870,000での背の高い赤色のピーク。このlncRNAはPvt1であることがさらなる解析により明らかになったGenBankアクセッション番号Z12002.1マウス、またはNR_003367.1ヒト。Pvt1はバーキットリンパ腫のいくつかの症例において、ならびに形質細胞腫において例えば、別の染色体からの転座によって破壊されることが当技術分野において知られている。したがって、Pvt1は、その発現を抑制するためにc‐MycにPRC2をターゲティングすることにより作用する可能性がある。したがって、Pvt1またはその断片の外来性投与が様々な癌の原因となるPvt1の機能欠損表現型を救済できるであろう。図14は、Nkx2‐1遺伝子Titf1としても知られる;Genbankアクセッション番号NM_001079668.2ヒトmRNAおよびNM_001146198.1マウスmRNA;ゲノム配列はNC_000014.8ヒト、NT_026437.12、NC_000078.5マウスまたはNC_000078.5マウスであるの周囲の領域を示すプロットを図示する。ヒトでは、NKX2‐1は肺腺癌においてしばしば増幅または変異し、そして、肺癌形成に直接関連付けられている。それは初期癌発生を推進する癌原遺伝子と説明されるが、しかし同時に、その発現の消失が最終的には予後不良と関連する。したがって、患者においてNKX2‐1発現を調節するためにその調節エレメントを使用することができるかもしれないので、NKX2‐1の調節は特に関心が高い。プロットの円で囲った領域は、マウスのTitf1としても知られるNkx2‐1遺伝子内のアンチセンスlncRNAに結合するPRC2の位置を表す。ヒットのパターンと密度に基づくと、アンチセンスRNAは、マウスゲノムアッセンブリーバージョンNCBI37/mm9のNkx2‐1のプロモーターとAK14300を含むようであるマウス12番染色体の57,636,100~57,638,250bpの間隔配列番号191088内にある。Nkx2‐1の5’末端にあるRNA種は、Nkx2‐1プロモーターとオーバーラップし、そして、二価ドメイン内にあるプロモーター関連アンチセンス転写物である。先に記したように、マウスとヒトのRNAは、長鎖非コードRNA例えば、PVT1、XIST、GTL2についてさえもよく保存されている。マウス対ヒトLiftOver解析とシンテニー位置についてのUCSCゲノムブラウザでの解析により、ヒトNKX2‐1/TITF1座ヒト遺伝子BX161496;ヒトゲノムアッセンブリーバージョンGRCh37/hg19の14番染色体:36,988,521~36,991,722bp配列番号191087と一致しないとしてもオーバーラップする可能性があるについて、同様の非コードアンチセンスプロモーター関連転写物の存在が示される。遺伝子構造の類似性と上流RNA配列の存在がUCSCゲノムブラウザにおいて明らかである。ヒト座位の制御がマウスでのそれと同様であり得ることがこれらの点より示唆される。このアンチセンス転写物のレベルが調節されてNKX2‐1の発現に影響を与えることができる。プロモーター結合アンチセンス転写物が、NKX2‐1の発現を低下させるために、増幅したNKX2‐1の発現を有する対象、例えば、肺腺癌の患者に投与されるか、および/または、腫瘍細胞に導入される。あるいは、NKX2‐1の発現が消失した予後不良の患者において、NKX2‐1アンチセンスlncRNA内の領域に特異的に結合するLNA分子などの阻害性RNAが導入され、それがPRC2相互作用アンチセンス転写物と拮抗し、そして、NKX21遺伝子の発現を再開させる。実施例8.別表IからのPRC2結合ピークの特定いくつかの、または任意の実施形態において、タンパク質結合パートナー例えば、PRC2が結合するRNAの領域は、阻害性核酸がハイブリダイズするように設計された、その標的lncRNA上の代表的な位置のうちの1つである。例えば、別表I中のデータを再吟味し、そして、データセット中で濃縮されている領域を特定することによりこれらの領域を特定することができる。これらの領域はPRC2結合配列を含む可能性がある。別表Iにおける配列リードはイルミナGA‐IIゲノムアナライザーから直接由来するものであり、PRC2結合転写物の逆相補鎖の方向である。別表Iは、バイオインフォマティクスの選別がアダプター/プライマダイマー、ミトコンドリアRNA、rRNA、ホモポリマ、未確定性ヌクレオチドを有するリード、および短縮型リード15ヌクレオチド未満を除去した後のリード全ての選別済みサブセットである。それらは、上記の実施例1に記載されるRNA免疫沈降とその後のRNA精製工程RNA免疫沈降‐シークエンシング方法の間に内在性ヌクレアーゼから最もよく保護された領域を表す可能性があり、したがって、PRC2または結合タンパク質もしくは複合体に結合するRNAの候補領域を表す。WTとヌルの間で3:1に濃縮され[RPKMWT/RPKMヌル3.0]、そして、0.4という最小RPKM値を有する転写物に対応して、リードが別表Iから抽出された。次に、我々はリードの連続パイルアップピークを用いてPRC2結合転写物の領域を特定し、そして、それらをRNA内のPRC2の候補接触領域とみなす。別表Iにおける配列リードは、ブロード研究所のArachneアライナーのShortQueryLookupを用いて基準ゲノムに対する配列包括度を作成するために使用されたが、それは基準ゲノムのkマーK=12の辞書の作成、および、ゲノム中のマッチするkマーの位置に基づくリードの候補位置に対する局所的Smith‐Watermanアラインメントの実行に基づく。前記アライナーはマルチプルプレイスメントを実行する。最良のアラインメントは多くとも1誤差を有することが可能であり、そして、最良のアラインメントの誤差数と1まで異なるアラインメントもまた許容される。包括度は、リードがアラインする位置の数で除算することにより正規化される例えば、1つのリードが4か所にアラインする場合、その4か所の塩基のそれぞれに0.25が加えられる。標的ピークを得るために、次の方法論が使用された。トランスクリプトームの野生型の包括度がEzh2-/-トランスクリプトームの包括度の少なくとも3倍濃縮されており、そして、少なくとも0.4の最小RPKM包括度を有する領域の塩基レベルのマウスmm9包括度ファイルが出発点として働く。その包括度はストランド特異的である。次に、100bp長の非重複的連続ウインドウにおいて、ピーク値とそれらの位置が決定される。次に、ピーク位置は、ウインドウのエッジにあり、より大きいピークの側にあると判断されるピークについて補正される。それらのピークはより大きいピークの先端に移動される。次に、重複したピーク位置が除去される。平坦域にあるピーク位置は平坦域の中央に移動される。次に、σ=5.0であるGaussカーネルを用いて包括度が平滑化される。次に、平滑化した包括度が最大包括度の3分の1以下であるように最も近位の位置をピークに置くことによりピーク幅が決定される。ピーク間の中央点でそれらの間に境界を置くことにより、互いに重なり合う隣接するピークが分離される。次に、位置、幅、最大振幅、およびピークの幅の下にある未平滑化包括度の合計と共にピークが表に出力される。mm9におけるマウスピークの対応するヌクレオチド配列TをUで置換することによりRNAに変換されるは配列表に配列番号21583~124436または配列番号190717~190933として現れる。これらのマウスピークのマウス染色体座標および染色体鎖のマウス対ヒトLiftOverが、本明細書において記載されるようにUCSCゲノムブラウザにおいて実行されて、オルソロガスなヒト染色体座標を作成した。この処理とLiftOverチェーンはKentetalProcNat’lAcadSci1001148411489に全般的に記載されている。各マウスピークのマウス座標mm9が対応するヒトhg19座標に変換されたとき、マッチが起きたときはいつでも、50、65、75および95のマッピングパーセンテージにより基本的に同一の位置および長さの結果がもたらされた。結果として、50のマッピングパラメータを使用した。対応するヒトピークRNA配列すなわち、TをUで置換することによりRNAに変換される、ヒト染色体座標と染色体鎖のヌクレオチド配列はそれぞれ配列表に配列番号124437~190716または配列番号190934~191086として現れる。PRC2結合RNAによって標的とされる遺伝子すなわち、インターセクティング遺伝子またはニアバイ遺伝子を同定するために、これらのヒトピークとヒトPRC2トランスクリプトームすなわち、表1~7において言及されるPRC2結合転写物のヒト配列をNCBIデータベースに由来する既知の遺伝子とインターセクトした。表8はマウスピークおよびヒトピークの注釈と各ピークに近い、または各ピークとインターセクトした遺伝子の名前を示す。ヒト遺伝子1番目に記載されるまたはマウス遺伝子2番目に記載されると関連する唯一のNCBI遺伝子IDが遺伝子名に隣接する括弧の中に表される。ピーク座標と遺伝子座標の間のオーバーラップの程度が角括弧の中に表される。正の数は2つの間でオーバーラップするヌクレオチドの数を示し、そして、負の数は2つの間でのサイズのギャップすなわち、2つの間で離れているヌクレオチドの数を表す。ピークについて、角括弧内のFは、ピーク座標が遺伝子座標と完全に重なることを示す。ピークについて、角括弧内のFは、転写物座標が遺伝子座標と完全に重なること、またはその逆を示す。RNA転写物またはピークは逆鎖列中の基準遺伝子に対してアンチセンスであるが、RNA転写物またはピークは同鎖列中の基準遺伝子と同じセンス方向である。平均的なピークは、阻害性核酸の最初の設計に良好なサイズである、約40~60塩基であることがバイオインフォマティクス分析により示される。表2のマウストランスクリプトームにおいて100,000を超えるピークが特定された。これらのピークのそれぞれは、別表Iに由来するオーバーラップする逆相補リードの断片に対応するので、別表Iの逆相補リードによって完全に表される。センス方向でもアンチセンス方向でも、コーディング遺伝子内のどの位置でもピークを見出すことができる。プロモーター/5’UTR領域、イントロン、内部エクソンおよび3’UTRなどにピークを見出すこともできる。PRC2相互作用転写物はタンパク質コードmRNAではなく、別個の転写物またはmRNA配列とオーバーラップする転写物であることが解析により強く示唆される。多くがそれまで記載がない新規のRNAである。充分な特異性を持って標的の位置または断片に結合するか、所望の効果をもたらすように標的RNAに対して充分に相補的である阻害性核酸を設計するために日常の方法を用いることができる。いくつかの実施形態において、前記方法には二次構造、例えば、1つ、2つ、またはそれ以上のステムループ構造またはシュードノットの領域を特定するための当技術分野において公知のバイオインフォマティクス方法を用いること、および阻害性核酸を用いてターゲティングするための領域を選択することが含まれる。ピーク内の少なくとも5連続ヌクレオチドを含むかそれに直に隣接する、5~500ヌクレオチドの長さ、または約5~約100ヌクレオチドの長さのさらなる標的断片が同様にターゲティングに適切であると考えられる。実施例9.mRNA発現の発現増加に対する阻害性オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果A.ApoEApoEの発現を増加させるために表8に示されるようなlncRNAを標的とするように阻害性オリゴヌクレオチドを設計した。オリゴヌクレオチドは16塩基未満の長さであり、非修飾型DNAと複数のロックド核酸修飾型塩基を含み、全てチオリン酸エステル結合によって連結された。以下に簡単に述べるように形質移入とデータ解析を行った。デオキシリボヌクレアーゼ工程を省いてPromegaSV96全RNA単離システムを使用してHep3B細胞からRNAを収集した。別のパイロット実験で50ngのRNAが逆転写酵素反応に充分な鋳型である判断された。Hep3B細胞から収集されたRNAが正規化され、50ngのRNAが各逆転写反応に投入された。この限界に達するには非常に希釈されていた少数の試料については、最大限の投入量が付加された。次に、定量的PCR評価を完結した。先に概説したように、定量的PCRによりベースラインレベルのApoEmRNAの発現を決定した。恒常的に発現している様々なハウスキーピング遺伝子のmRNAについてもベースラインレベルを決定した。ApoEmRNAとおよそ同じレベルのベースライン発現を有する対照ハウスキーピング遺伝子がApoEとの比較目的のために選択された。24ウェルプレートの各ウェルに500μL当たり25,000細胞の密度でHep3B細胞を蒔き、そして、リポフェクタミンおよび阻害性オリゴヌクレオチドを用いて形質移入を行った。対照ウェルはリポフェクタミンのみを含んだ。形質移入後48時間で、約200μLの細胞培養上清をELISA用に-80°Cで保存した。形質移入後48時間で、Hep3B細胞からRNAを収集し、そして、先に概説したように定量的PCRを行った。対照リポフェクタミンのみの存在下でのmRNAレベルに対して阻害性オリゴヌクレオチドが存在下でのmRNAレベルを正規化することにより各阻害性オリゴヌクレオチドによるApoEmRNA発現の誘導率が決定された。対照ハウスキーピング遺伝子のmRNA発現の上昇と並べてこれを比較した。試験した総計26オリゴヌクレオチドが表2の配列番号15050に対して相補的であった。これらの26オリゴヌクレオチドのうち、7オリゴヌクレオチドが、対照ハウスキーピング遺伝子と比較したApoEmRNAレベルの増加により示されるように、ヒトHep3B細胞においてapoEの発現を増加させた。ヒト近位尿細管上皮細胞RPTECを使用して上記の方法を繰り返した。表2の配列番号15050に対して相補的な26オリゴヌクレオチドのうち、5オリゴヌクレオチドが腎臓細胞において、対照ハウスキーピング遺伝子と比較して、ApoEmRNAレベルを増加させた。レベルはベースライン発現に対して約1.5~約5倍増加した。さらに、apoEに関連する表8のピークに対して相補的である11オリゴヌクレオチドのうち、3オリゴヌクレオチドがapoEの発現を増加させた。わずか8ヌクレオチド長の阻害性オリゴヌクレオチドが遺伝子発現を増加させることが示された。B.Nkx2‐1Nkx2‐1の発現を増加させるために表8に示されるようなlncRNAを標的とするように設計された阻害性オリゴヌクレオチドについて、上記の実施例9Aに記載されるように実験を繰り返した。試験した総計13オリゴヌクレオチドが表2の配列番号17040に対して相補的であった。これらの13オリゴヌクレオチドのうち、3オリゴヌクレオチドが、ベースラインと比較したNkx2‐1mRNA発現の上昇により示されるように、Nkx2‐1の発現を増加させたが、対照ハウスキーピング遺伝子はNkx2‐1と、低いレベルの本来の発現のため、つき合わせることができなかった。さらに、Nkx2‐1に関連する表8のピークに対して相補的である9オリゴヌクレオチドのうち、3オリゴヌクレオチドがNkx2‐1の発現を増加させた。C.Brca1Brca1の発現を増加させるために表8に示されるようなlncRNAを標的とするように設計された阻害性オリゴヌクレオチドについて、上記の実施例9Aに記載されるように実験を繰り返した。試験した総計30オリゴヌクレオチドが表2の配列番号192,309および配列番号192,965に対して相補的であった。これらの30オリゴヌクレオチドのうち、5オリゴヌクレオチドがBrca1の発現を増加させた。これらの30オリゴヌクレオチドのうち、13オリゴヌクレオチドがまた、Brca1に関連する表8のピークに対して相補的であった。これらのピークに対して相補的な13オリゴヌクレオチドのうち、2オリゴヌクレオチドがBrca1の発現を増加させた。レベルはベースライン発現に対して約2~約3倍増加した。D.Smad7Smad7の発現を増加させるために表8に示されるようなlncRNAを標的とするように設計された阻害性オリゴヌクレオチドについて、以下を例外として上記の実施例9Aに記載されるように実験を繰り返した。腎臓細胞株RPTECをHepB3の代わりに使用した。試験した総計28オリゴヌクレオチドが表2の配列番号18602に対して相補的であった。これらの28オリゴヌクレオチドのうち、4オリゴヌクレオチドがSmad7の発現を増加させた。さらに、Smad7に関連する表8のピークに対して相補的である28オリゴヌクレオチドのうち、4オリゴヌクレオチドがSmad7の発現を増加させた。E.SirT6SirT6の発現を増加させるために表8に示されるようなlncRNAを標的とするように設計された阻害性オリゴヌクレオチドについて、上記の実施例9Aに記載されるように実験を繰り返した。試験した総計25オリゴヌクレオチドが表2の配列番号192,182に対して相補的であった。これらの25オリゴヌクレオチドのうち、3オリゴヌクレオチドがSirT6の発現を増加させた。試験した総計2オリゴヌクレオチドが表2の配列番号130,694に対して相補的であった。これらの2オリゴヌクレオチドのうち、1オリゴヌクレオチドがSirT6の発現を増加させた。試験した総計2オリゴヌクレオチドが表2の配列番号130,695に対して相補的であった。これらの2オリゴヌクレオチドのうち、どちらもSirT6の発現を増加させなかった。レベルはベースライン発現に対して2~6倍増加した。さらに、SirT6に関連する表8のピークに対して相補的である6オリゴヌクレオチドのうち、1オリゴヌクレオチドがSirT6の発現を増加させた。F.Serpinf1Serpinf1の発現を増加させるために表8に示されるようなlncRNAを標的とするように設計された阻害性オリゴヌクレオチドについて、上記の実施例9Aに記載されるように実験を繰り返した。試験した総計38オリゴヌクレオチドが表2の配列番号16698および配列番号16699に対して相補的であった。これらの38オリゴヌクレオチドのうち、3オリゴヌクレオチドがSerpinF1の発現を増加させた。レベルはベースライン発現に対して1.2~2倍増加した。さらに、Serpinf1に関連する表8のピークに対して相補的である32オリゴヌクレオチドのうち、3オリゴヌクレオチドがSerpinF1の発現を増加させた。実施例10.XistリピートCを標的とするLNA分子がXi染色体からXistRNAを急速に排除するGeneiousGeneiousv51、geneiouscomにおいてインターネットにより入手可能を使用してリピートCをアラインさせ、そして、高い程度のリピート間保存性を有する2つの領域に対するLNA分子を合成した図15A。第1のLNA分子は14リピートすべてに保存性を示しLNA‐C1、そして、第2のLNA分子は14リピートのうちの13リピートに保存性を示したLNA‐C2図15A。形質転換したマウス胚性線維芽細胞MEFにLNA分子を別々にヌクレオフェクトし、そして、その細胞をスライドクラス上に接着させ、そして、ヌクレオフェクション後の0分ヌクレオフェクション直後と8時間の間の様々な時点で細胞をインサイチュで固定した。XistRNAへの効果を調査するため、Xist特異的プローブを使用してRNA蛍光インサイチュハイブリダイゼーションFISHを実行した。MEF細胞は形質転換のため四倍体である。各四倍体細胞は2本のXa染色体と2本のXi染色体を有する。スクランブルLNA分子LNA‐Scrで形質移入した対照では、強固なXistのもやが全ての時点で80~90の細胞で見られた図15C。興味深いことに、LNA‐C1かLNAC2のどちらかの導入によりXi染色体からのXistRNAの急速な消失がもたらされた図15B;LNA‐C1が示される。LNA‐C1およびLNA‐C2について同様の結果である。。0時点でさえLNA導入直後、数秒から数分の間に固定された細胞、約10の核がほぐれたXistRNAのクラスターを示し、そのクラスターはぼんやりとして拡散しているように見えた図15C、最も薄い灰色の棒n=149。完全なXistのもやを有する核のパーセンテージは最初の1時間の間減少し続け、60分で最小に達した21、n=190。これらの発見は、LNA分子が導入されて直ぐにXistのクロマチンへの結合を乱したことを示す。しかしながら、未分化の胚性幹ES細胞に見られる新生転写物に典型的なXistRNAのピンポイントが3時間で見えたので図15C、最も濃い灰色の棒1時間の時点では18、n=190;3時間の時点では36、n=123、Xi染色体からのXistの消失は一過性のものであった。Xistのもやの完全な回復はヌクレオフェクション後8~24時間まで見られなかった8時間で81、n=117。次の実験は、細胞が培養中に分化するとき、XCIを再び繰り返す、確立された生体外モデルであるマウスES細胞において同様の効果をLNA分子が持つかどうかという問題を扱った。未分化状態では、野生型雌性ES細胞は、RNAFISHによってピンポイントシグナルとして認められる低レベルのXistRNAを発現する。分化誘導第6日までに、約40の細胞で、通常、XistRNAの発現があるであろう。第6日にES細胞がLNA‐C1でヌクレオフェクトされたとき、Xistの排除が急速に起き、1時間で最大に達し、そして、8時間までに回復した。したがって、LNA分子はES細胞ならびに体細胞で有効であった。これらの結果は、同じXistの領域に対するsiRNAまたはshRNAでヌクレオフェクトされたMEFから得られた結果と鋭く契約と結んだ。siRNAもshRNAも1、3または24時間での時点ではXistの消失をもたらさず、48時間の時点でのみXistのもやの部分的な減少が起きた1時間で83、n=84;24時間で80、n=106。したがって、複数の細胞種でsiRNAまたはshRNAの作用よりもずっと速い、非常に速い動態でXistなどの長鎖細胞核性非コードRNAを効率的に標的とするために、LNA分子を使用することができる。LNA分子の特異性を試験するために、リピートCLNA分子でヒト293細胞をヌクレオフェクトした。マウスとヒトのXist/XIST間の配列比較により、LNA‐C1により標的とされる領域は15ヌクレオチド中10ヌクレオチドが保存されており、LNA‐C2については14ヌクレオチド中10ヌクレオチドが保存されていることが明らかになった図15C。ヒト細胞でのスクランブルLNA分子のヌクレオフェクションに続くXISTRNAFISHによりほぼ全ての細胞で2つの正常なXISTのもやが示された92、n=108。同様に、LNA‐C1かLNAC‐2のどちらかでのヌクレオフェクションではXISTのもやが変化しなかったLNA‐C1、89、n=126;LNA‐C2、85、n=139。したがって、マウスリピートCのLNA分子はヒトXISTの局在に影響せず、これは、それらが種特異的に機能することを示唆する。ヒトリピートCがヒトXISTを排除することができるか判定するために、我々はヒトリピートCに対して相補的なLNA分子を293細胞にヌクレオフェクトしたが、XISTのもやの消失を観察することはなかった1時間で91、n=103;3時間で87、n=95、そして、8時間で92、n=85。この発見は、リピートCはヒトにおいて役割を果たすかもしれないが、RNAの局在化に別のヒトの要素が機能することを示している。マウスのリピートCは14回存在するが、ヒトのリピートは1回のみ存在する8、9。実施例11.XistRNAは転写物を不安定化することなく排除されるいくつかの機序でXistの消失を説明できるであろう。LNA分子は相補領域にアニールし、そして、分解のためにXistを標的とし得るだろう。あるいは、LNA分子に対するハイブリダイゼーションが転写物の安定性に影響することなくXi染色体からXistRNAを排除することができるのであろう。これらの可能性を区別するために、様々な時点でqRT‐PCRによりGadphレベル対照に相対的なXistレベルを定量した。Xistのもやがもはや見えなかった1時間の時点では、Xistレベルはスクランブル対照で見られるレベルに匹敵していた図16。3時間および8時間の時点でさえ、Xistレベルはあまり変化しなかった。これらの結果により、Xistの排除はRNAを完全に分解することなく起きることが示された。したがって、LNA分子は、RNAの安定性を変化させるというよりもXistのクロマチンとの相互作用を妨害することにより機能する。Xistの急速な排除と回復のゆっくりとした動態によって、Xistの局在化の機序に関する未だ解答されていない問題を調査する機会が提供された。Xi染色体上のXistの再出現は排除されたXist分子の再局在化によるのか、それとも新しく合成されたRNAのコーティングによるのか問うために、我々はRNAポリメラーゼIIの阻害剤であるアクチノマイシンDActDの存在下でタイムコース解析を実行した。細胞でのXistの半減期は約4~6時間であることが以前の研究により示されている14~16。0~8時間のActDでの細胞処理がこの時間枠の間、XistRNAの新規の合成を妨げ、それ故、Xistのもやの再出現は排除されたRNAのXi染色体への再局在を意味するということが論理的に考えられた。LNA分子が細胞に導入され、次に、ActDを含む培地中でその細胞が回復するに任せた。スクランブル対照では、ActDを用いない全ての時点でXistのもやが明らかに認められた。ActDを用いると、Xistのもやは1時間と3時間の時点では明白であったが、8時間までに消失した。これは4~6時間の半減期と一致する。LNA‐C1またはLNA‐C2処理試料がActD無しで回復するに任され、Xistのピンポイントが3時間で認められ、そして、8時間の時点までにXistのもやが復元された。しかしながら、ActDを用いると、Xistのもやは、全体的にも部分的にも、決して復元しなかった。したがって、Xi染色体からのLNA分子介在性排除の後のXistの回復は新規のRNA合成によるものであり、排除された転写物の再局在によらない。実施例12.XistRNAは最初にX染色体不活性化センター近傍で局在化する急速な排除とゆっくりとした回復をさらに利用して、Xistは小刻みに広がるのか、それともXi染色体上に一度に局在するのかという長きにわたる問題を問うた。1つの仮説は、コーティングはXist遺伝子座近傍で始まり、X17に局在するブースターエレメントを介して染色体の両端に向かって進行するというものである。あるいは、局所的な拡散を促進するであろう複数のX連鎖シーディング点を介してコーティングが一度に起こり得る。3~8時間の回復の期間で中期染色体でのXistの局在が解析された。スクランブルLNA分子で処理された細胞では、XistRNAで覆われた全ての中期染色体はこれまでの研究18~20に記載される不均一パターンと類似のバンドパターンを示した。対照的に、LNA‐C1処理細胞は中間のパターンをもたらした。1時間の時点では、XistRNAの被覆を示す中期染色体はなかった0、n=41。間期の細胞でピンポイントとしてXistRNAを見ることができた3時間の時点では、中期染色体の真ん中にある1本の明るいバンドとX染色体上のどこかにある少数の非常にかすかなバンドの組合せが主なパターンであった52、n=46。XistRNAは最初は局所的に結合するということをこの結果は示唆した。高い強度のRNAバンドがXist領域に局在するのかどうか判定するために、XistRNAFISHが非変性細胞核に対して行われ、続いて変性とXistプローブへのハイブリダイゼーションが行われた。実際に、3時間の段階での限局性のRNAバンドはXist領域と共存した。5時間の時点では、中程度のコーティングと強度を見ることができた68、n=38。8時間の時点では、対照細胞に典型的な染色体全体のペインティングパターンが主なパターンであった78、n=38。対照では、中間のパターンはいずれの時にも観察されなかった。これらの発見は、XistRNAが、FISH技術の時間的および空間的解像度の範囲で、最初、近くに結合するが同時にXi染色体の残りの部分に拡がるように見えることを示す。実施例13.XistRNAの排除はPRC2の局在の消失を伴うXi染色体に結合するポリコーム抑制複合体2PRC2のパターンが、そのEzh2サブユニットがリシン27でのヒストンH3のトリメチル化H3K27me3を触媒するので、特に興味深い。ES細胞でのXistの欠失が細胞分化の間のPRC2のリクルートを不可能にし、そして、MEF細胞でのXistの条件的欠失がXi染色体上のPRC2の消失をもたらすので21~24、PRC2がXi染色体にXist依存的に局在することがいくつかの研究により示されている。しかしながら、PRC2がX染色体にリクルートされ、そして、X染色体から消失する動態は分かっていない。XistRNAはPRC2を直接リクルートするので12、LNA分子介在性のXistの排除がPRC2の即時の消失をもたらすか、LNA分子の送達後にMEFでEzh2を免疫染色することにより問うた。リピートCのLNA分子で処理すると、Ezh2が急速に消失した。XistとPRC2の消失の間にはほぼ完ぺきな一致が存在した。1時間と3時間の時点で、Xistが消失した細胞核ではEzh2のフォーカスは決して観察されず、逆に、Xistのもやが復元した細胞核では常に観察された。Xi染色体上でのEzh2の消失はEzh2タンパク質の代謝回転によるものであった下記のウェスタン分析を参照のこと。しかしながら、1~8時間の時間枠内で、PRC2の一過的な排除は明らかなH3K27me3の消失には至らない。したがって、Xi染色体へのPRC2の局在は、最初のターゲティングとXCIが確立した後の安定的な結合の両方について、絶対的にXistRNAに依存するが、XistとPRC2が排除されるとき、H3K27me3マークは短い期間では安定している。これを考慮して、LNAがジーンサイレンシングに影響するかどうかを問うた。Xistの排除が最大になる3時間の時点で、XistとXCIを受ける2つのX連鎖遺伝子であるPgk1かHprtのどちらかについてRNAFISHを実行した。対照ヌクレオフェクトLNA‐Scr細胞では、XistのもやがXi染色体から観察され、新生Pgk1転写物または新生Hprt転写物がXa染色体から観察された。対照の79n=39およびLNA‐C1処理細胞の80n=36でPgk1転写物の2つのフォーカスがなお見られ、そして、対照の84n=44およびLNA‐C1処理細胞の79n=35でHprtRNAの2つのフォーカスが見られるように、LNA‐C1とLNA‐4978でのヌクレオフェクションは発現パターンを変えなかった。Pgk1転写物またはHprt転写物の4つのフォーカスは決して見られなかった。したがって、H3K27me3の保持と一貫して、XistおよびPRC2の一過的な消失によってサイレンシングは乱されなかった。実施例14.リピートCの周辺の広いドメインがXistの局在に必要である次の実験でXist内の他の保存的リピートを調べた。リピートAはPRC2のターゲティングに必須であることが既に示されているので、リピートB、EおよびFに実験の焦点を当て、そして、いずれかのリピートを個々に、または、組み合わせてターゲティングしてもXistの局在は影響を受けないことを見出した図17A。LNA‐726リピートAとFの間、LNA‐4978およびLNA‐5205リピートCとDの間およびLNA‐3’Xistの遠位末端図17Aを含む、Xistのユニークな保存的領域もまた試験した。リピートCの280bp下流に位置する15ヌクレオチドのエレメントに対応するLNA‐4978を例外として、Xistの局在に影響するものはなかった。LNA‐4978はLNA‐C1/C2に類似する効果をもたらしたが、そのよりゆっくりとした動態という点で異なった。1時間の時点では、Xistのもやはなお認められたが、ぼんやりとして拡散しているように見えた78、n=125。3時間の時点ではもやの数は最小になった25、n=158。8時間の時点では、Xistは小さいピンポイントとして認められた39、n=123。24時間の時点まで回復は完了しなかった。リピートCのLNA分子については、Xistの消失は、qRT‐PCRにより判定されたように、RNAの代謝回転によるものではなく図17B、そして、H3K27me3に影響することなく、または、Ezh2タンパク質レベルを変えることなくEzh2が排除される図17C。したがって、Xistのクロマチンへの局在にはリピートCとそのリピートの直下のユニークな領域の両方を包含する広い領域が関与する。2つのモチーフが協働するか判定するために、MEFにLNA‐4978とLNA‐C1を別々に、または一緒にヌクレオフェクトした。予想通り、LNA‐C1のみでの処理の結果、1時間までにXistRNAが消失し、そして、3時間の時点で回復が始まり、LNA‐4978での処理は、それぞれ、3時間と8時間の時点での消失と回復を示した。両方のLNA分子での処理はXist消失のウィンドウを拡張した。XistRNAとEzh2の消失がLNA‐C1のみの場合のように1時間までに観察され、そして、回復はLNA‐4978のみの場合のように8時間の時点まで始まらなかった。したがって、Xist消失の時間窓を拡張すること以外に効果が増大されることはなかったので、LNA分子の効果は、相乗的ではなく、相加的であった。実施例15.LNA分子ヌクレオフェクション後のEzh2の回復はゆっくりとしているが、Xi染色体に沿って均一である最後に、回復期でのXistRNAの小刻みの再局在化の直ぐ後にXi染色体へのEzh2の再ターゲティングが続くのかどうか問うた。PRC2は全般的にプロモーターの近傍に結合するので25、26、X染色体上の遺伝子のプロモーターでのEzh2の局在が定量的クロマチン免疫沈降により解析されたqChIP図18A。雌性細胞は2本のX染色体を持ち、そして、抗体によりプルダウンされるEzh2エピトープは理論的にはXa染色体かXi染色体に由来し得るが、ほとんどのEzh2とH3K27me3はXi染色体に結合しているということを示す証拠がある21~24。実際、Ezh2はXi染色体上のサイレンシングを受ける遺伝子例えば、Xmr、Pgk1のプロモーターで濃縮されたが、XCIを免れる遺伝子例えば、Jarid1cのプロモーターでは濃縮されなかった図18B。次に、LNA‐C1でMEF細胞をヌクレオフェクトし、そして、1時間と24時間の間で抗Ezh2抗体を用いてqChIPを実行した。1時間の時点では、試験した標的遺伝子プロモーター全てでEzh2レベルがバックグラウンドレベルにまで劇的に低下したが図18C、これは、Xi染色体でのXistの排除のすぐ後にプロモーター結合Ezh2の消失が続いたことを示す。3時間および8時間の時点では、全ての遺伝子にわたってEzh2レベルが徐々に、均一に増加し、8時間の時点までに多くの遺伝子でEzh2が飽和量に達したように見えた。0時間の時点で最高レベルのEzh2を有するプロモーターでは図18B、Ezh2レベルは24時間まで完全には回復しなかった図18C。したがって、ChIPプルダウン物の起源は、ほぼ独占的ではないにしても、主にXi染色体であると予想された。対照的に、公知の常染色体上のPRC2の標的であるEn1対照27でのEzh2レベルはあまり変化しなかった図18D。したがって、Ezh2レベルはXi染色体全体を通じて同様の動態で増減する。1時間と8時間の間でのXistRNAとEzh2の結合の消失は、その間に新しいエピジェネティック状態を達成するために細胞が再プログラム化され得るであろう好機を提供する。参考文献1KapranovPWillinghamATGingerasTRGenomewidetranscriptionandtheimplicationsforgenomicorganizationNatRevGenet84134232MercerTRDingerMEMattickJSLongnoncodingRNAsinsightsintofunctionsNatRevGenet101551593KrutzfeldtJetalSilencingofmicroRNAsinvivowithantagomirsNature4386856894OromUAKauppinenSLundAHLNAmodifiedoligonucleotidesmediatespecificinhibitionofmicroRNAfunctionGene3721371415MorrisKVRNAmediatedtranscriptionalgenesilencinginhumancellsCurrTopMicrobiolImmunol3202112246PetersenMWengelJLNAaversatiletoolfortherapeuticsandgenomicsTrendsBiotechnol2174817PennyGDKayGFSheardownSARastanSBrockdorffNRequirementforXistinXchromosomeinactivationNature3791311378BrockdorffNetalTheproductofthemouseXistgeneisa15kbinactiveXspecifictranscriptcontainingnoconservedORFandlocatedinthenucleusCell715155269BrownCJetalThehumanXISTgeneanalysisofa17kbinactiveXspecificRNAthatcontainsconservedrepeatsandishighlylocalizedwithinthenucleusCell7152754210ClemsonCMMcNeilJAWillardHFLawrenceJBXISTRNApaintstheinactiveXchromosomeatinterphaseevidenceforanovelRNAinvolvedinnuclearchromosomestructureJCellBiol13225927511WutzARasmussenTPJaenischRChromosomalsilencingandlocalizationaremediatedbydifferentdomainsofXistRNANatGenet3016717412ZhaoJSunBKErwinJASongJJLeeJTPolycombproteinstargetedbyashortrepeatRNAtothemouseXchromosomeScience32275075613BeletskiiAHongYKPehrsonJEgholmMStraussWMPNAinterferencemappingdemonstratesfunctionaldomainsinthenoncodingRNAXistProcNatlAcadSciUSA989215922014SheardownSAetalStabilizationofXistRNAmediatesinitiationofXchromosomeinactivationCell919910715SunBKDeatonAMLeeJTAtransientheterochromaticstateinXistpreemptsXinactivationchoicewithoutRNAstabilizationMolCell2161762816PanningBDausmanJJaenischRXchromosomeinactivationismediatedbyXistRNAstabilizationCell9090791617GartlerSMRiggsADMammalianXchromosomeinactivationAnnuRevGenet1715519018DuthieSMetalXistRNAexhibitsabandedlocalizationontheinactiveXchromosomeandisexcludedfromautosomalmaterialincisHumMolGenet819520419ChadwickBPWillardHFMultiplespatiallydistincttypesoffacultativeheterochromatinonthehumaninactiveXchromosomeProcNatlAcadSciUSA101174501745520ClemsonCMHallLLByronMMcNeilJLawrenceJBTheXchromosomeisorganizedintoagenerichouterrimandaninternalcorecontainingsilencednongenicsequencesProcNatlAcadSciUSA1037688769321PlathKetalRoleofhistoneH3lysine27methylationinXinactivationScience30013113522KohlmaierAetalAchromosomalmemorytriggeredbyXistregulateshistonemethylationinXinactivationPLoSBiol2E17123SilvaJetalEstablishmentofhistoneh3methylationontheinactiveXchromosomerequirestransientrecruitmentofEedEnx1polycombgroupcomplexesDevCell448149524ZhangLFHuynhKDLeeJTPerinucleolartargetingoftheinactiveXduringSphaseevidenceforaroleinthemaintenanceofsilencingCell12969370625BoyerLAetalPolycombcomplexesrepressdevelopmentalregulatorsinmurineembryonicstemcellsNature44134935326KuMetalGenomewideanalysisofPRC1andPRC2occupancyidentifiestwoclassesofbivalentdomainsPLoSGenet4e100024227BrackenAPDietrichNPasiniDHansenKHHelinKGenomewidemappingofPolycombtargetgenesunravelstheirrolesincellfatetransitionsGenesDev201123113628BlaisAetalAninitialblueprintformyogenicdifferentiationGenesDev19553569AxelsonHTheNotchsignalingcascadeinneuroblastomaroleofthebasichelixloophelixproteinsHASH1andHES1CancerLett204171178BatzoglouSJaffeDBStanleyKButlerJGnerreSMauceliEBergerBMesirovJPandLanderESARACHNEawholegenomeshotgunassemblerGenomeRes12177189BernardiRandPandolfiPPStructuredynamicsandfunctionsofpromyelocyticleukaemianuclearbodiesNatRevMolCellBiol810061016BernsteinBEMikkelsenTSXieXKamalMHuebertDJCuffJFryBMeissnerAWernigMPlathKetalAbivalentchromatinstructuremarkskeydevelopmentalgenesinembryonicstemcellsCell125315326BernsteinEandAllisCDRNAmeetschromatinGenesDev1916351655BernsteinEDuncanEMMasuiOGilJHeardEandAllisCDMousepolycombproteinsbinddifferentiallytomethylatedhistoneH3andRNAandareenrichedinfacultativeheterochromatinMolCellBiol2625602569BoyerLAPlathKZeitlingerJBrambrinkTMedeirosLALeeTILevineSSWernigMTajonarARayMKetalPolycombcomplexesrepressdevelopmentalregulatorsinmurineembryonicstemcellsNature441349353CarninciPKasukawaTKatayamaSGoughJFrithMCMaedaNOyamaRRavasiTLenhardBWellsCetalThetranscriptionallandscapeofthemammaliangenomeScience30915591563CloonanNForrestARKolleGGardinerBBFaulknerGJBrownMKTaylorDFSteptoeALWaniSBethelGetalStemcelltranscriptomeprofilingviamassivescalemRNAsequencingNatMethods5613619CoombesCArnaudPGordonEDeanWCoarEAWilliamsonCMFeilRPetersJandKelseyGEpigeneticpropertiesandidentificationofanimprintmarkintheNespGnasxldomainofthemouseGnasimprintedlocusMolCellBiol2354755488CoreLJWaterfallJJandLisJTNascentRNAsequencingrevealswidespreadpausinganddivergentinitiationathumanpromotersScience32218451848DenisenkoOShnyrevaMSuzukiHandBomsztykKPointmutationsintheWD40domainofEedblockitsinteractionwithEzh2MolCellBiol1856345642EdwardsCAandFergusonSmithACMechanismsregulatingimprintedgenesinclustersCurrOpinCellBiol19281289EdwardsCAMungallAJMatthewsLRyderEGrayDJPaskAJShawGGravesJARogersJDunhamIetalTheevolutionoftheDLK1DIO3imprinteddomaininmammalsPLoSBiol6e135FrancisNJSaurinAJShaoZandKingstonREReconstitutionofafunctionalcorepolycombrepressivecomplexMolCell8545556GuptaRAShahNWangKCKimJHorlingsHMWongDJTsaiMCHungTArganiPRinnJLetalLongnoncodingRNAHOTAIRreprogramschromatinstatetopromotecancermetastasisNature46410711076GuttmanMAmitIGarberMFrenchCLinMFFeldserDHuarteMZukOCareyBWCassadyJPetalChromatinsignaturerevealsoverathousandhighlyconservedlargenoncodingRNAsinmammalsNatureKanhereAViiriKAraujoCCRasaiyaahJBouwmanRDWhyteWAPereiraCFBrookesEWalkerKBellGWetalShortRNAsAreTranscribedfromRepressedPolycombTargetGenesandInteractwithPolycombRepressiveComplex2MolCell38675688KapranovPChengJDikeSNixDADuttaguptaRWillinghamATStadlerPFHertelJHackermullerJHofackerILetalRNAmapsrevealnewRNAclassesandapossiblefunctionforpervasivetranscriptionScience31614841488KhalilAMGuttmanMHuarteMGarberMRajARiveaMoralesDThomasKPresserABernsteinBEvanOudenaardenAetalManyhumanlargeintergenicnoncodingRNAsassociatewithchromatinmodifyingcomplexesandaffectgeneexpressionProcNatlAcadSciUSAKuMKocheRPRheinbayEMendenhallEMEndohMMikkelsenTSPresserANusbaumCXieXChiASetalGenomewideanalysisofPRC1andPRC2occupancyidentifiestwoclassesofbivalentdomainsPLoSGenet4e1000242LeeJTLessonsfromXchromosomeinactivationlongncRNAasguidesandtetherstotheepigenomeGenesDev2318311842LeeJTTheXasmodelforRNAsnicheinepigenomicregulationColdSpringHarbPerspectBiol2a003749LeeJTandLuNTargetedmutagenesisofTsixleadstononrandomXinactivationCell994757LeeTIJennerRGBoyerLAGuentherMGLevineSSKumarRMChevalierBJohnstoneSEColeMFIsonoKetalControlofdevelopmentalregulatorsbyPolycombinhumanembryonicstemcellsCell125301313LiGMargueronRKuMChambonPBernsteinBEandReinbergDJarid2andPRC2partnersinregulatinggeneexpressionGenesDev24368380LiGMargueronRKuMChambonPBernsteinBEandReinbergDJarid2andPRC2partnersinregulatinggeneexpressionGenesDev24368380LinSPYoungsonNTakadaSSeitzHReikWPaulsenMCavailleJandFergusonSmithACAsymmetricregulationofimprintingonthematernalandpaternalchromosomesattheDlk1Gtl2imprintedclusteronmousechromosome12NatGenet3597102MercerTRDingerMEandMattickJSLongnoncodingRNAsinsightsintofunctionsNatRevGenet10155159MikkelsenTSKuMJaffeDBIssacBLiebermanEGiannoukosGAlvarezPBrockmanWKimTKKocheRPetalGenomewidemapsofchromatinstateinpluripotentandlineagecommittedcellsNature448553560MiremadiAOestergaardMZPharoahPDandCaldasCCancergeneticsofepigeneticgenesHumMolGenet16SpecNo1R2849MontgomeryNDYeeDChenAKalantrySChamberlainSJOtteAPandMagnusonTThemurinepolycombgroupproteinEedisrequiredforglobalhistoneH3lysine27methylationCurrBiol15942947MortazaviAWilliamsBAMcCueKSchaefferLandWoldBMappingandquantifyingmammaliantranscriptomesbyRNASeqNatMethods5621628PandeyRRMondalTMohammadFEnrothSRedrupLKomorowskiJNaganoTManciniDinardoDandKanduriCKcnq1ot1antisensenoncodingRNAmediateslineagespecifictranscriptionalsilencingthroughchromatinlevelregulationMolCell32232246PasiniDBrackenAPJensenMRLazzeriniDenchiEandHelinKSuz12isessentialformousedevelopmentandforEZH2histonemethyltransferaseactivityEMBOJ2340614071PasiniDCloosPAWalfridssonJOlssonLBukowskiJPJohansenJVBakMTommerupNRappsilberJandHelinKJARID2regulatesbindingofthePolycombrepressivecomplex2totargetgenesinEScellsNature464306310PengJCValouevASwigutTZhangJZhaoYSidowAandWysockaJJarid2JumonjiCoordinatesControlofPRC2EnzymaticActivityandTargetGeneOccupancyinPluripotentCellsCell13912901302PietersenAMandvanLohuizenMStemcellregulationbypolycombrepressorspostponingcommitmentCurrOpinCellBiol20201207RajasekharVKandBegemannMConcisereviewrolesofpolycombgroupproteinsindevelopmentanddiseaseastemcellperspectiveStemCells2524982510RingroseLandParoREpigeneticregulationofcellularmemorybythePolycombandTrithoraxgroupproteinsAnnuRevGenet38413443RinnJLKerteszMWangJKSquazzoSLXuXBrugmannSAGoodnoughLHHelmsJAFarnhamPJSegalEetalFunctionaldemarcationofactiveandsilentchromatindomainsinhumanHOXlocibynoncodingRNAsCell12913111323SchoeftnerSSenguptaAKKubicekSMechtlerKSpahnLKosekiHJenuweinTandWutzARecruitmentofPRC1functionattheinitiationofXinactivationindependentofPRC2andsilencingEmboJ2531103122SchuettengruberBChourroutDVervoortMLeblancBandCavalliGGenomeregulationbypolycombandtrithoraxproteinsCell128735745SchwartzYBKahnTGNixDALiXYBourgonRBigginMandPirrottaVGenomewideanalysisofPolycombtargetsinDrosophilamelanogasterNatGenet38700705SchwartzYBandPirrottaVPolycombcomplexesandepigeneticstatesCurrOpinCellBiol20266273SeilaACCalabreseJMLevineSSYeoGWRahlPBFlynnRAYoungRAandSharpPADivergenttranscriptionfromactivepromotersScience32218491851ShenXLiuYHsuYJFujiwaraYKimJMaoXYuanGCandOrkinSHEZH1mediatesmethylationonhistoneH3lysine27andcomplementsEZH2inmaintainingstemcellidentityandexecutingpluripotencyMolCell32491502ShenXWoojinKFujiwaraYSimonMDLiuYMysliwiecMRYuanGCLeeYandOrkinSHJumonjiModulatesPolycombActivityandSelfRenewalversusDifferentiationofStemCellsCell13913031314SimonJAandLangeCARolesoftheEZH2histonemethyltransferaseincancerepigeneticsMutatRes6472129SingAPannellDKaraiskakisASturgeonKDjabaliMEllisJLipshitzHDandCordesSPAvertebratePolycombresponseelementgovernssegmentationoftheposteriorhindbrainCell138885897SparmannAandvanLohuizenMPolycombsilencerscontrolcellfatedevelopmentandcancerNatRevCancer6846856TaftRJGlazovEACloonanNSimonsCStephenSFaulknerGJLassmannTForrestARGrimmondSMSchroderKetalTinyRNAsassociatedwithtranscriptionstartsitesinanimalsNatGenet41572578TakahashiNOkamotoAKobayashiRShiraiMObataYOgawaHSotomaruYandKonoTDeletionofGtl2imprintednoncodingRNAwithitsdifferentiallymethylatedregioninduceslethalparentorigindependentdefectsinmiceHumMolGenet1818791888ThorvaldsenJLandBartolomeiMSSnapShotimprintedgeneclustersCell130958UleJJensenKMeleAandDarnellRBCLIPamethodforidentifyingproteinRNAinteractionsitesinlivingcellsMethods37376386WanLBandBartolomeiMSRegulationofimprintinginclustersnoncodingRNAsversusinsulatorsAdvGenet61207223WilliamsonCMTurnerMDBallSTNottinghamWTGlenisterPFrayMTymowskaLalanneZPlaggeAPowlesGloverNKelseyGetalIdentificationofanimprintingcontrolregionaffectingtheexpressionofalltranscriptsintheGnasclusterNatGenet38350355WooCJKharchenkoPVDaheronLParkPJandKingstonREAregionofthehumanHOXDclusterthatconfersPolycombgroupresponsivenessCell14099110YapKLLiSMunozCabelloAMRaguzSZengLMujtabaSGilJWalshMJandZhouMMMolecularinterplayofthenoncodingRNAANRILandmethylatedhistoneH3lysine27bypolycombCBX7intranscriptionalsilencingofINK4aMolCell38662674ZhaoJSunBKErwinJASongJJandLeeJTPolycombproteinstargetedbyashortrepeatRNAtothemouseXchromosomeScience322750756PrasanthetalCell1232492632005KhaliletalProcNatlAcadSciUSA1061166716722009BernardetalEMBOJ29308230932010MarineretalMolecCell294995092008ShamovskyetalNature4405565602006SunwooetalGenomeRes193473592009KanhereetalMolecCell386753882010SarmaetalProcNatlAcadSciUSA10722196222012010実施形態の例本明細書に記載の実施形態の例として、以下を含むがそれらに限定されない。1.細胞核性リボ核酸nRNAのプールに相補的な複数の有効なcDNAを調製する方法であって、細胞核性リボ核酸を含む試料、例えば、核タンパク質に結合するnRNAを含む核溶解物を含む試料を提供し、試料と、物質、例えば、nRNAがタンパク質に結合したままといった、物質とタンパク質との間で複合体を形成するために十分な条件下において、例えばEzh2、G9aまたはCbx7の細胞核性リボ核酸に結合することが知られ、または疑われる核タンパク質に特異的に結合する抗体と接触させ、複合体を単離し、nRNAに相補的なDNAを合成し、cDNAの初期の集団を提供し、任意で、鎖特異的プライマーを使用してcDNAをPCR増幅し、cDNAの初期集団を精製し、例えば、長さが少なくとも25、50、100、150または200ntなどの長さが少なくとも約20ヌクレオチドntであるcDNAの精製集団を得、cDNAの精製集団の少なくとも一部または実質的に全てを配列決定し、信頼性の高い配列と基準ゲノムを比較し、基準ゲノムの配列に対して高い同一性を有する、例えば、少なくとも95、98または99同一性を有する、または10、5、2または1より少ないミスマッチを有する配列を選択し、i所望の閾値以上の百万のリード毎のキロベース当たりのリードRPKMおよびii対照ライブラリー例えば、タンパク質-ヌルライブラリーまたはパラレルに行われたIgGプルダウンから作製されたライブラリーと比較した場合増加しているこれらのcDNAを選択し、それによりcDNAのライブラリーを調製することを含む方法。2.物質が抗体であり、複合体を単離することは、複合体を免疫沈降させることを含む、実施形態1の方法。3.cDNAが鎖特異的アダプターを使用して合成される、実施形態1の方法。4.さらに実質的に全てのcDNAの配列決定を含む、実施形態1の方法。5.実施形態1~4の方法により調製された細胞核性リボ核酸nRNAのプールに相補的なcDNAのライブラリー。6.cDNAのそれぞれが個々に処理可能なビーズまたは基質上の領域に結合する、実施形態5のライブラリー。7.表1、2、3、6および/または7に参照される配列を含む単離核酸またはその少なくとも20ntを含む断片。8.細胞と、長鎖非コードRNAもしくは表6に参照されるそのPRC2結合断片またはlncRNA配列に約90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100相同である核酸配列あるいは表6に参照されるそのPRC2-結合断片を接触させることを含む、細胞の癌遺伝子の発現を減少させる方法。9.癌遺伝子がc-mycである、実施形態8の方法。10.長鎖非コードRNAがPvt1である、実施形態9の方法。11.哺乳類動物に、表7の腫瘍抑制因子遺伝子座に対応するヒトlncRNAに特異的に結合する抑制性核酸、もしくは表1のインプリント遺伝子に対応するヒトlncRNAおよび/または表2の成長抑制遺伝子に対応するヒトlncRNAあるいはオルソロガスであり、またはその少なくとも15例えば、少なくとも20、21、25、30、100ヌクレオ塩基に対して少なくとも90例えば、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100同一である関連の天然由来のlncRNAを、腫瘍抑制因子発現を増加させるために有効な量で投与することを含む、腫瘍抑制因子発現を増加させることを、それを必要とする哺乳類動物、例えばヒトにおいて行う方法。12.哺乳類動物に、表7の腫瘍抑制因子遺伝子座に対応するヒトlncRNAに特異的に結合する抑制性核酸、もしくは表1のインプリント遺伝子に対応するヒトlncRNAおよび/または表2の成長抑制遺伝子に対応するヒトlncRNAあるいはオルソロガスであり、またはその少なくとも15例えば、少なくとも20、21、25、30、50、70、100ヌクレオ塩基に対して少なくとも90例えば、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100同一である関連の天然由来のlncRNAを、腫瘍増殖を抑制または阻害させるために有効な量で投与することを含む、癌を有する哺乳類動物、例えばヒトの腫瘍増殖を阻害または抑制する方法。13.哺乳類動物に、表7の腫瘍抑制因子遺伝子座に対応するヒトlncRNAに特異的に結合する抑制性核酸、もしくは表1のインプリント遺伝子に対応するヒトlncRNAおよび/または表2の成長抑制遺伝子に対応するヒトlncRNAあるいはオルソロガスであり、またはその少なくとも15例えば、少なくとも20、21、25、30、50、70、100ヌクレオ塩基に対して少なくとも90例えば、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100同一である関連の天然由来のlncRNAを、治療有効量で投与することを含む、癌を有する哺乳類動物、例えばヒトを処置する方法。14.抑制性核酸が一本鎖または二本鎖である、実施形態11~13のいずれかの方法。15.抑制性核酸がアンチセンスオリゴヌクレオチド、LNA、PNA、リボザイムまたはsiRNAである、実施形態11~14のいずれかの方法。16.抑制性核酸が5~40塩基例えば、12~30、12~28、12~25の長さである、実施形態11~15のいずれかの方法。17.抑制性核酸が二本鎖であり、1つまたは両方の末端にオーバーハング場合により、2~6塩基の長さを含む、実施形態14の方法。18.抑制性核酸が少なくとも80または90相補的な塩基配列例えば、少なくとも5、10、15、20、25もしくは30塩基または最大30または40を含み、または10、15、20、25または30塩基に対して最大3のミスマッチ例えば、最大1または最大2のミスマッチを有する塩基配列を含む、実施形態1~17のいずれかの方法。19.細胞がインビトロまたはインビボ、例えば、対象の癌細胞、例えば腫瘍細胞である、実施形態8~18の方法。20.遺伝子がNkx2-1である、実施形態8~19の方法。21.長鎖非コードRNAが、マウスゲノムアセンブリバージョンNCBI37/mm9配列番号191088のbp57636100~57638250のマウス染色体12またはヒトゲノムアセンブリバージョンGRCh37/hg19配列番号191087のbp36988521~36991722の染色体14のヒトNKX2-1遺伝子座にある、実施形態20の方法。22.細胞と、長鎖非コーディングRNAもしくは表3に参照されるそのPRC2結合断片またはlncRNA配列に少なくとも約90、91、92、93、94、95、96、97、98または99相同である核酸配列あるいは表3に参照されるそのPRC2結合断片を接触させることを含む、幹細胞の多様性を強化する方法。23.細胞と、表3に参照される長鎖非コードRNAに特異的に結合する抑制性核酸を接触させることを含む、幹細胞の分化を強化する方法。24.幹細胞が胚性幹細胞である、実施形態22または23の方法。25.幹細胞がiPS細胞である、実施形態22または23の方法。26.腸管外投与のために、表1、2、6または7のlncRNAの少なくとも5、10、15、20、25もしくは30塩基または最大30もしくは40塩基に特異的に結合し、または少なくとも90相補的である抑制性核酸または表1、2、6または7のlncRNAの少なくとも15例えば、少なくとも20、21、25、30、100ヌクレオ塩基に少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100同一である関連の天然由来のlncRNAを含む滅菌組成物。27.抑制性核酸がアンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、外部ガイド配列EGSオリゴヌクレオチド、siRNA化合物、マイクロRNAmiRNA、小分子一本鎖RNAstRNAおよび一本鎖または二本鎖RNA干渉RNAi化合物からなる群から選択される、実施形態26の組成物。28.RNAi化合物が短鎖干渉RNAsiRNAまたは短鎖ヘアピンRNAshRNA、低分子RNA-誘導遺伝子活性化RNAaおよび低分子活性化RNAsaRNAからなる群から選択される、実施形態26の組成物。29.アンチセンスオリゴヌクレオチドがアンチセンスRNA、アンチセンスDNA、キメラアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドからなる群から選択される、実施形態26の組成物。30.抑制性核酸が修飾糖部分、修飾ヌクレオシド間結合、修飾ヌクレオチドおよび/またはその組み合わせを含む1つ以上の修飾物を含む、実施形態26~29のいずれかの組成物。31.修飾ヌクレオシド間結合がアルキルホスホネート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホルアミデート、カルバメート、炭酸塩、リン酸トリエステル、アセトアミド酸、カルボキシメチルエステルまたはその組み合わせのうちの少なくとも1つを含む、実施形態30の組成物。32.修飾糖部分は、2’-O-メトキシエチル修飾糖部分、2’-メトキシ修飾糖部分、2’-O-アルキル修飾糖部分または二環性糖部分を含む、実施形態30の組成物。実施形態のさらなる他の例は以下を含むがそれらに限定されない。1A.長鎖非コードRNAlncRNAに相補的であり、特異的に結合するロックド核酸LNA分子。これらの実施形態に関して、lncRNAは、60nt以上の長さ、例えば100nt以上、例えば200nt以上である内在性細胞RNAを含み、100アミノ酸以上の長さのプラス鎖オープンリーディングフレームがなく、実験的証拠によりlncRNAとして同定され、既知のより小さな機能的RNAクラスリボソーム、転写因子および小核/核小体RNA、siRNA、piRNAおよびmiRNAを含むがそれらに限定されないと区別される。例えば、LipovichetalMacroRNAunderdogsinamicroRNAworldEvolutionaryregulatoryandbiomedicalsignificanceofmammalianlongnonproteincodingRNABiochimicaetBiophysicaActadoi101016jbbagrm201010001PontingetalCell136629641JiaetalRNA1614781487DingeretalNucleicAcidsRes371685D122D126データベースの号およびその中に引用されている参照文献を参照のこと。lncRNAは長鎖RNA、大分子RNA、マクロRNA、遺伝子間RNAおよび非コード転写物とも呼ばれている。2A.lncRNAが大分子、遺伝子間非コードRNAlincRNA、プロモーター関連短鎖RNAPASR、内在性アンチセンスRNAまたはクロマチン修飾因子、例えばポリコーム複合体、例えばポリコーム抑制複合体2と結合するRNAである、実施形態1Aの分子。3A.lncRNAが核に局在する、実施形態1Aの分子。4A.LNA分子が公知のRNA局在モチーフを含むlncRNAの領域に相補的である、実施形態1Aの分子。5A.LNAが少なくとも1つのノンロックドヌクレオチドを含む、実施形態1Aの方法。6A.lncRNAと、lncRNAに相補的であり、特異的に結合するロックド核酸LNA分子を接触させることを含む、その同族結合配列から長鎖非コードRNAlncRNAを解離する方法。7A.lncRNAと、lncRNAに相補的であり、特異的に結合するロックド核酸LNA分子を接触させることを含む、その同族結合配列への長鎖非コードRNAlncRNAの結合を減少させる方法。8A.lncRNAが大分子、遺伝子間非コードRNAlincRNA、プロモーター関連短鎖RNAPASR、内在性アンチセンスRNAまたはクロマチン修飾因子に結合するRNAである、実施形態6Aまたは7Aの方法。9A.lncRNAが核に局在する、実施形態6Aまたは7Aの方法。10A.LNA分子が既知のRNA局在モチーフを含むlncRNAの領域に相補的である、実施形態6Aまたは7Aの方法。11A.LNAが少なくとも1つのノンロックドヌクレオチドを含む、実施形態6Aまたは7Aの方法。実施形態のさらに他の例は以下を含むがそれらに限定されない。1B.疾患の処置に使用のための、ポリコーム抑制複合体2PRC2に結合することが知られるRNA、任意で配列番号17040のRNAまたは表1~8のいずれかのRNAあるいは配列番号1~193049のいずれかのRNAと特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸であって、処置はRNAにより標的とされる遺伝の発現を調節することを含み、5~40塩基の長さであり、滅菌組成物として製剤される、抑制性核酸。2B.5~40塩基の長さの抑制性核酸、任意でPRC2に結合するRNA配列に特異的に結合する一本鎖、任意で配列番号17040のRNAもしくは表1~8のいずれかのRNAまたは配列番号1~193049のいずれかのRNAを設計し、および/または合成するステップを含む、ポリコーム抑制複合体2PRC2に結合することが知られているRNAに特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を調製するプロセス。3B.抑制性核酸を設計し、および/または合成する前に、さらにPRC2に結合するRNAを特定することを含む、実施形態2Bのプロセス。4B.RNAがPRC2に結合するRNAを特定することを含む方法により同定されている、実施形態2Bのプロセス。5B.設計され、および/または合成された抑制性核酸の配列が、PRC2に結合するRNA配列またはその一部に基づき、一部が15~100連続塩基対の長さを有する、実施形態2Bのプロセス。6B.設計され、および/または合成された抑制性核酸の配列が、PRC2に結合するRNA配列に相補的であり、またはその一部に相補的である核酸配列に基づき、一部が5~40連続塩基対の長さを有する、実施形態2Bのプロセス。7B.抑制性核酸が、疾患の処置に使用される医薬組成物または医薬品の製造に使用され、任意で、処置がPRC2に結合するRNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節することを含む、実施形態2B~6Bのうちのいずれか1つのプロセス。8B.配列番号1~193049のうちのいずれか1つのRNA配列に特異的に結合し、または相補的であり、RNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節することができる抑制性核酸を含む滅菌組成物。9B.抑制性核酸が配列番号1~193049のうちのいずれか1つのRNA配列に特異的に結合し、または相補的であり、処置がRNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節することを含む、疾患の処置に使用のための抑制性核酸。10B.哺乳類動物に、配列番号1~193049のうちのいずれか1つのRNA配列と特異的に結合し、または相補的ある抑制性核酸を、RNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節するために有効な量で投与することを含む、遺伝子発現を調節する方法。11B.抑制性核酸が表1~7の、例えば配列番号1~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合し、または相補的であり、処置がRNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節することを含む、疾患の処置に使用のための抑制性核酸。12B.抑制性核酸が表1~7の、例えば配列番号1~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合し、または相補的であり、ヒトRNA配列がaマウスからヒトゲノムまでの高度に保存された領域のマッピングによりまたはマウスからヒトゲノムまでのシンテニー位置のマッピング、例えばマウス対ヒトLiftOver解析により得ることができ、またはbマウスRNA配列に対して少なくとも15塩基または少なくとも20、21、25、30または100塩基に対して少なくとも90同一であり、処置がRNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節することを含む、疾患の処置に使用のための抑制性核酸。13B.ヒトRNA配列が表1~7の、例えば配列番号12604~21582または191089~193049に記載のヒトRNAのうちのいずれか1つである、実施形態12Bの抑制性核酸。14B.哺乳類動物に、表1~7の、例えば配列番号1~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列と特異的に結合し、または相補的ある抑制性核酸を、RNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節するために有効な量で投与することを含む、遺伝子の発現を調節する方法。15B.哺乳類動物に、表1~7の、例えば配列番号1~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を、RNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節するために有効な量で投与することを含む、遺伝子の発現を調節する方法であって、ヒトRNA配列がaマウスからヒトゲノムまでの高度に保存された領域のマッピングによりまたはマウスからヒトゲノムまでのシンテニー位置のマッピング、例えばマウス対ヒトLiftOver解析により得ることができ、またはbマウスRNA配列に対して少なくとも15塩基または少なくとも20、21、25、30または100塩基に対して少なくとも90同一である方法。16B.ヒトRNA配列が表1~7の、例えば配列番号12604~21582または191089~193049に記載のヒトRNAのうちのいずれか1つである、実施形態15Bの方法。17B.例えば配列番号124437~190716または190934~191086あるいは191087に記載のヒトピークのいずれかのヒトRNA配列または例えば配列番号21583~124436または190717~190933あるいは191088に記載のマウスピークのいずれかのマウスRNA配列に特異的に結合し、または相補的であり、RNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節することができる、抑制性核酸を含む滅菌組成物。18B.例えば配列番号124437~190716または190934~191086あるいは191087に記載のヒトピークのいずれかのヒトRNA配列または例えば配列番号21583~124436または190717~190933あるいは191088に記載のマウスピークのいずれかのマウスRNA配列に特異的に結合し、または相補的であり、処置がRNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節することを含む、疾患の処置に使用のための抑制性核酸。19B.哺乳類動物に、例えば配列番号124437~190716または190934~191086あるいは191087に記載のヒトピークのいずれかのマウスRNA配列または例えば配列番号21583~124436または190717~190933あるいは191088に記載のマウスピークのいずれかのマウスRNA配列に特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を、RNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節するために有効な量で投与することを含む、遺伝子の発現を調節する方法。20B.場合により疾患の処置に使用される、配列番号1~21582または191089~193049のRNAのいずれかの断片に特異的に結合し、または相補的であり、断片が約2000、1750、1500、1250、1000、750、500、400、300、200または約100塩基の長さであるまたは任意のこれらの数の任意の範囲、約5~50塩基の長さの抑制性核酸であって、RNAの断片が例えば配列番号124437~190716または190934~191086あるいは191087に記載のヒトピークのいずれかの範囲または例えば配列番号21583~124436または190717~190933あるいは191088に記載のマウスピークのいずれかの範囲の少なくとも5、10、15、20、25、30、35、40、45または50連続塩基の伸長と重なりかつ含み、処置がRNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節することを含む、抑制性核酸。21B.哺乳類動物に、実施形態20Bの抑制性核酸を、RNAにより標的とされる遺伝子の発現を調節するために有効な量で投与することを含む、遺伝子の発現を調節する方法。22B.調節が遺伝子発現を上方制御し、任意で、RNAにより標的とされる遺伝子が表8に記載の遺伝子の群から選択され、RNA配列が表8に示される遺伝子を標的とするRNAの配列番号から選択される、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、方法、組成物または方法。23B.表1、2、6または7の、例えば配列番号1~9836または12053~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を含む滅菌組成物。24B.表1、2、6または7の、例えば配列番号1~9836または12053~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を含む滅菌組成物。25B.aヒトRNA配列がマウスからヒトゲノムまでの高度に保存された領域のマッピングによりまたはマウスからヒトゲノムまでのシンテニー位置のマッピング、例えばマウス対ヒトLiftOver解析により得ることができ、またはbそのヒトRNA配列がマウスRNA配列に対して少なくとも15塩基または少なくとも20、21、25、30または100塩基に対して少なくとも90同一である、実施形態24Bの滅菌組成物。26B.ヒトRNA配列が表1、2、6または7の、例えば配列番号12604~19236もしくは21195~21582または191089~192885あるいは192980~193049に記載のヒトRNAのうちのいずれか1つである、実施形態24Bの滅菌組成物。27B.腸管外投与のためである、先行する実施形態のいずれかの滅菌組成物。28B.抑制性核酸がRNAにより標的とされる遺伝子の発現を上方制御することができる、先行する実施形態のいずれかの滅菌組成物。29B.腫瘍抑制因子の発現を増加させる方法で使用のための、腫瘍増殖を阻害または抑制する方法で使用のための、または癌を処置する方法で使用のための組成物であって、表1または7の、例えば配列番号1~49または12268~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を含み、腫瘍抑制因子の発現を増加させる方法で使用のための、腫瘍増殖を阻害または抑制する方法で使用のための、または癌を処置する方法で使用のための組成物。30B.腫瘍抑制因子の発現を増加させる方法で使用のための、腫瘍増殖を阻害または抑制する方法で使用のための、または癌を処置する方法で使用のための組成物であって、表1または7の、例えば配列番号1~49または12268~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列にオルソロガスなヒトRNA配列に特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を含む組成物。31B.哺乳類動物に、表1または7の、例えば配列番号1~49または12268~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列と特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を、腫瘍抑制因子の発現を増加させるために有効な量で投与することを含む、腫瘍抑制因子の発現を増加させることを、それを必要とする哺乳類動物において行う方法。32B.哺乳類動物に、表1または7の、例えば配列番号1~49または12268~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列と特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を、腫瘍抑制因子の発現を増加させるために有効な量で投与することを含む、腫瘍抑制因子の発現を増加させることを、それを必要とする哺乳類動物において行う方法。33B.哺乳類動物に、表1または7の、例えば配列番号1~49または12268~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列と特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を、腫瘍増殖を抑制し、または阻害するために有効な量で投与することを含む、腫瘍増殖を阻害し、または抑制することを、それを必要とする哺乳類動物において行う方法。34B.哺乳類動物に、表1または7の、例えば配列番号1~49または12268~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列と特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を、腫瘍増殖を抑制し、または阻害するために有効な量で投与することを含む、哺乳類動物の腫瘍増殖を阻害し、または抑制するすることを、それを必要とする哺乳類動物において行う方法。35B.哺乳類動物に、表1または7の、例えば配列番号1~49または12268~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列と特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を、治療有効量で投与することを含む、癌を有する哺乳類動物を処置する方法。36B.哺乳類動物に、表1または7の、例えば配列番号1~49または12268~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列と特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を、治療有効量で投与することを含む、癌を有する哺乳類動物を処置する方法。37B.aヒトRNA配列がマウスからヒトゲノムまでの高度に保存された領域のマッピングによりまたはマウスからヒトゲノムまでのシンテニー位置のマッピング、例えばマウス対ヒトLiftOver解析により得ることができ、またはbヒトRNA配列がマウスRNA配列に対して少なくとも15塩基または少なくとも20、21、25、30または100塩基に対して少なくとも90同一である、実施形態29B~36Bのいずれかの組成物または方法。38B.ヒトRNA配列が表1または7の、例えば配列番号12604~12632もしくは21338~21582または192874~192885あるいは193007~193049に記載のヒトRNAのうちのいずれか1つである、実施形態29B~36Bのいずれかの組成物または方法。39B.細胞と、表3の、例えば配列番号9837~10960に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を接触させることを含む、幹細胞、任意で胚性幹細胞および場合によりiPS細胞の分化を強化する方法。40B.細胞と、表3の、例えば配列番号9837~10960に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列に対応するヒトRNA配列に特異的に結合し、または相補的である抑制性核酸を接触させることを含む、幹細胞、任意で胚性幹細胞および場合によりiPS細胞の分化を強化する方法。41B.aヒトRNA配列がマウスからヒトゲノムまでの高度に保存された領域のマッピングによりまたはマウスからヒトゲノムまでのシンテニー位置のマッピング、例えばマウス対ヒトLiftOver解析により得ることができ、またはbヒトRNA配列がマウスRNA配列に対して少なくとも15塩基または少なくとも20、21、25、30または100塩基に対して少なくとも90同一である、実施形態40Bの方法。42B.対応するヒトRNA配列が表3の、例えば配列番号19237~20324または192886~192906に記載のヒトRNAのうちのいずれか1つである、実施形態40Bの方法。43B.任意で、幹細胞を特定の細胞型、任意で神経、ニューロン、ドーパミン作動性ニューロン、筋肉、皮膚、心臓、腎臓、肝臓、肺、神経内分泌、網膜、網膜色素上皮、膵臓αまたはβ細胞、造血細胞、軟骨細胞、骨細胞、血液細胞、T細胞、B細胞、マクロファージ、赤血球または血小板に分化させるため、エクスビボで行われる実施形態39B~42Bのいずれかの方法。44B.抑制性核酸が5~40塩基の長さ任意で12~30、12~28または12~25塩基の長さである、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。45B.抑制性核酸が10~50塩基の長さである、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。46B.抑制性核酸が、例えば少なくとも5~30、10~30、15~30、20~30、25~30または5~40、10~40、15~40、20~40、25~40または30~40塩基のRNA配列に少なくとも80または90相補的な完全に相補的を含む塩基配列を含む、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。相補性は、例えば、5~30個の連続塩基など、連続的な塩基に対して決定されると理解される。47B.抑制性核酸が、少なくとも10塩基のRNA配列に少なくとも90相補的な塩基配列を含む、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。48B.抑制性核酸が、10、15、20、25または30塩基のRNA配列に対する相補的な塩基対合において最大3のミスマッチ例えば最大1または最大2のミスマッチを有する塩基配列を含む、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。49B.抑制性核酸が、少なくとも10塩基のRNA配列に少なくとも80相補的な塩基配列を含む、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。50B.抑制性核酸が、15塩基のRNA配列に対して最大3のミスマッチを有する塩基配列を含む、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。51B.抑制性核酸が一本鎖である、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。52B.抑制性核酸が二本鎖である、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。53B.抑制性核酸が、修飾糖部分、修飾ヌクレオシド間結合、修飾ヌクレオチドおよび/またはその組み合わせを含む1つ以上の修飾を含む、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。54B.抑制性核酸が、アンチセンスオリゴヌクレオチド、LNA分子、PNA分子、リボザイムまたはsiRNAである、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。55B.抑制性核酸が、二本鎖であり、1つまたは両方の末端にオーバーハング場合により2~6塩基の長さを含む、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。56B.抑制性核酸が、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、外部ガイド配列EGSオリゴヌクレオチド、siRNA化合物、マイクロRNAmiRNA、小分子一本鎖RNAstRNAおよび一本鎖または二本鎖RNA干渉RNAi化合物からなる群から選択される、先行する実施形態のいずれかの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。57B.RNAi化合物が、短鎖干渉RNAsiRNAまたは短鎖ヘアピンRNAshRNA、低分子RNA誘導遺伝子活性化RNAaおよび低分子活性化RNAsaRNAからなる群から選択される、実施形態56Bの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。58B.アンチセンスオリゴヌクレオチドが、アンチセンスRNA、アンチセンスDNA、キメラアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドからなる群から選択される、実施形態54Bまたは56Bの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。59B.修飾ヌクレオシド間結合が、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、ホスホルアミデート、カルバメート、炭酸塩、リン酸トリエステル、アセトアミド酸、カルボキシメチルエステルまたはその組み合わせのうちの少なくとも1つを含む、実施形態53Bの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。60B.修飾糖部分が、2’-O-メトキシエチル修飾糖部分、2’-メトキシ修飾糖部分、2’-O-アルキル修飾糖部分または二環性糖部分を含む、実施形態53Bの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。61B.2’-OMe、2’-F、LNA、PNA、FANA、ENAまたはモルホリノ修飾物を含む、実施形態53Bの抑制性核酸、プロセス、組成物または方法。62B.表1~7の、例えば配列番号1~12603に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列またはPRC2結合活性を保持する少なくとも20塩基の長さのその断片である単離された核酸を含む滅菌組成物。63B.表1~7の、例えば配列番号12604~21582または191089~193049に記載のヒトRNAのうちのいずれか1つのヒトRNA配列またはPRC2結合活性を保持する少なくとも20塩基の長さのその断片である単離された核酸を含む滅菌組成物。64B.表6の、例えば配列番号12053~12267に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列または任意で配列番号21195~21337または192980~193006のうちのいずれか1つのヌクレオ塩基配列を有する対応するヒトRNA配列あるいはPRC2結合活性を保持する少なくとも20塩基の長さのその断片を含む癌遺伝子の発現を減少させる方法に使用のためのRNA。65B.細胞と、表6の、例えば配列番号12053~12267に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列または任意で配列番号21195~21337または192980~193006表6参照のうちのいずれか1つのヌクレオ塩基配列を有する対応するヒトRNA配列あるいはPRC2結合活性を保持する少なくとも20塩基の長さのその断片を接触させることを含む、細胞の癌遺伝子の発現を減少させる方法。66B.表3の、例えば配列番号9837~10960に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列または任意で配列番号19237~20324または192886~192906表3参照のうちのいずれか1つのヌクレオ塩基配列を有する対応するヒトRNA配列あるいはPRC2結合活性を保持する少なくとも20塩基の長さのその断片を含む、幹細胞、任意で胚性幹細胞、および任意でiPS細胞の多能性を強化する方法で使用のためのRNA。67B.細胞と、表3の、例えば配列番号9837~10960に記載のマウスRNAのうちのいずれか1つのマウスRNA配列または任意で配列番号19237~20324または192886~192906表3参照のうちのいずれか1つのヌクレオ塩基配列を有する対応するヒトRNA配列あるいはPRC2結合活性を保持する少なくとも20塩基の長さのその断片を接触させることを含む、幹細胞、任意で胚性幹細胞、および任意でiPS細胞の多能性を強化する方法。68B.クロマチン修飾因子に結合するlncRNAに相補的であり、特異的に結合するLNA分子。69B.クロマチン修飾因子がポリコーム抑制複合体2である、実施形態68BのLNA分子。70B.lncRNAとlncRNAに相補的であり、特異的に結合するロックド核酸LNA分子を接触させることを含む、同族結合配列、例えばPRC2または染色体への長鎖非コードRNAlncRNAの結合を減少させる方法。71B.大分子、遺伝子間非コードRNAlincRNA、プロモーター関連短鎖RNAPASR、内在性アンチセンスRNAまたはクロマチン修飾因子、例えば、ポリコーム複合体、例えば、ポリコーム抑制複合体2に結合するRNAであるlncRNAに相補的であり、かつ特異的に結合するLNA分子。本発明は、その詳細な説明と併せて記載されているが、上記の説明は図示することを目的とし、本発明の範囲を制限せず、その範囲は、添付の特許請求の範囲により限定されることが理解される。他の態様、利点および変更は、以下の特許請求の範囲内である。"