"対象において前悪性甲状腺結節又は悪性甲状腺結節を検出するための方法であって、該対象に由来する甲状腺試料中の、miR-1274a、miR-1274b、miR-720、miR-1260、miR-206、miR-92b、miR-1202、miR-1300、miR-663、miR-149、miR-631、miR-936、miR-187、miR-1182、miR-198、miR-765、miR-648、miR-934、miR-142-5p、miR-146b-3p、miR-146b-5p、miR-181a-2、miR-7、miR-204、miR-135b、miR-1322、miR-145、miR-1470、miR-1227、miR-182、miR-372、miR-491-3p、miR-554、miR-1228、miR-1258、miR-130a、miR-1912、miR-200a、miR-376a又はmiR-379から選択される1種類以上のmiRNAの発現レベルを測定する工程を含み、基準レベルに対する該試料中のmiRNA発現レベルの変化が、前悪性甲状腺結節又は悪性甲状腺結節であることを示す、方法。基準レベルに対する前記試料中のmiR-1274a、miR-1274b、miR-720、miR-1260レベルの増加、又は基準レベルに対するmiR-206、miR-92b、miR-1202、miR-1300、miR-663、miR-149、miR-631、miR-936、miR-187、miR-1182、miR-198、miR-765、miR-648、若しくはmiR-934レベルの低下、又はそれらの組み合わせが、前悪性甲状腺結節又は悪性甲状腺結節であることを示す、請求項1に記載の方法。miR-1274a、miR-1274b、miR-720、miR-1260、miR-206、miR-92b、miR-1202、miR-1300、miR-663、miR-149、miR-631、miR-936、miR-187、miR-1182、miR-198、miR-765、miR-648、及びmiR-934のレベルを測定する、請求項2に記載の方法。前記悪性甲状腺結節が、甲状腺乳頭癌PTC、甲状腺濾胞癌FTC、又は甲状腺乳頭癌濾胞亜型FVPTCである、請求項1に記載の方法。基準レベルに対する前記試料中のmiR-142-5p、miR-146b-3p、miR-146b-5p、若しくはmiR-181a-2レベルの増加、又は基準レベルに対する該試料中のmiR-7、miR-204、miR-135b、miR-1322、miR-145、若しくはmiR-1470レベルの低下、又はそれらの組み合わせが、悪性甲状腺結節であることを示す、請求項4に記載の方法。miR-142-5p、miR-146b-3p、miR-146b-5p、miR-181a-2、miR-7、miR-204、miR-135b、miR-1322、miR-145、及びmiR-1470のレベルを測定する、請求項5に記載の方法。前悪性甲状腺結節が濾胞腺腫FAである、請求項1に記載の方法。基準レベルに対する前記試料中のmiR-1227、miR-182、miR-372、miR-491-3p、若しくはmiR-554レベルの増加、又は基準レベルに対する該試料中のmiR-1228、miR-1258、miR-130a、miR-1912、miR-200a、miR-376a若しくはmiR-379レベルの低下、又はそれらの組み合わせが、前悪性甲状腺結節であることを示す、請求項7に記載の方法。miR-1227、miR-182、miR-372、miR-491-3p、miR-554、miR-1228、miR-1258、miR-130a、miR-1912、miR-200a、miR-376a及びmiR-379のレベルを測定する、請求項1に記載の方法。前記基準レベルが、過形成結節NOD基準試料中の測定した前記miRNAの発現レベルの平均である、請求項1に記載の方法。前記基準レベルが、濾胞腺腫FA基準試料中の測定した前記miRNAの発現レベルの平均である、請求項1に記載の方法。miRNA発現の増加が、基準レベルの少なくとも4、6、8、10、20、又は40倍である、請求項1に記載の方法。前記試料が、甲状腺結節由来の、単離したRNA、新鮮な組織若しくは新鮮な細胞、凍結した組織若しくは凍結した細胞、固定した組織若しくは固定した細胞、又は包埋した組織若しくは包埋した細胞である、請求項1に記載の方法。前記試料が生検材料である、請求項1に記載の方法。前記生検が外科的切除又は微細針吸引である、請求項14に記載の方法。前記対象から試料を得る工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。前記試料由来のmiRNAを標識する工程をさらに含む、請求項16に記載の方法。標識した前記miRNAを1種類以上のmiRNAプローブにハイブリダイズさせる工程をさらに含む、請求項17に記載の方法。前記miRNAプローブが支持体に結合している、請求項18に記載の方法。前記支持体が、ガラス、プラスチック、金属、又はラテックスである、請求項19に記載の方法。前記支持体が平面である、請求項20に記載の方法。前記支持体がビーズである、請求項20に記載の方法。前記miRNAレベルのプロファイルが悪性甲状腺結節であることを示す場合に、対象が甲状腺癌であると診断する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。予後予測を提供する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。前記miRNAレベルの報告を提供する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。測定した前記miRNAレベルに基づいて悪性甲状腺結節を分類する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。治療に対する甲状腺結節の応答性を評価する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。前記miRNAの発現を、増幅アッセイ法又はハイブリダイゼーションアッセイ法によって測定する、請求項1に記載の方法。増幅アッセイ法が定量的増幅アッセイ法である、請求項28に記載の方法。前記定量的増幅アッセイ法が、定量的RT-PCRである、請求項29に記載の方法。前記ハイブリダイゼーションアッセイ法が、アレイハイブリダイゼーションアッセイ法又は溶液ハイブリダイゼーションアッセイ法である、請求項28に記載の方法。試料に関するmiRNAプロファイルを評価することによって甲状腺試料を解析するためのキットであって、請求項1に記載のmiRNAのうちの1種類以上を含む2つ以上のmiRNAハイブリダイゼーション試薬又はmiRNA増幅試薬を好適な容器中に含む、キット。miRNAハイブリダイゼーション試薬が、請求項1に記載のmiRNAに結合するハイブリダイゼーションプローブを含む、請求項32に記載のキット。miRNA増幅試薬が、請求項1に記載のmiRNAのための増幅用プライマーを含む、請求項32に記載のキット。発明の詳細な説明態様は、miRNAの調製及び特徴解析に関する組成物及び方法、並びに予後的な応用及び/又は診断的な応用、特に甲状腺疾患の評価及び/又は同定に関する方法及び組成物へのmiRNAの使用に関する。本発明は、甲状腺癌の診断のための、及び異なる型の甲状腺癌を区別するための新規miRNAマーカーの使用について記載することで、甲状腺癌の現行の診断技術を発展させる。I.甲状腺の状態甲状腺癌は前悪性疾患の1、神経内分泌腫瘍の90を構成する。人口の5~10が、生きている間に臨床上明らかな甲状腺結節を発症すると予測されている。甲状腺結節の患者を評価するために最も使用されている試験は微細針吸引生検FNAである。悪性のFNAの大部分は、乳頭甲状腺癌PTC又はその濾胞亜型FVPTCに由来する。これらは、それらが、豊富な細胞充実性、肥大した核を含む核内溝、及び封入体等の典型的な細胞学的な特徴を示す場合には容易に診断できる。実際に、これらの診断の3分の1はFNAで明らかになっている。甲状腺結節の微細針吸引生検は、甲状腺手術の必要性を大幅に減少させ、かつ、切除した結節中の悪性腫瘍の検出を増加させた。加えて、悪性甲状腺腫瘍の診断と有効な治療は合わせて、甲状腺癌による死亡率を著明に低下させた。残念なことに良性か悪性が確実でないため、多くの甲状腺FNAは未確定診断又は疑わしい診断となる。未確定なFNAの確率は様々であるが、一般的にはFNAの10~25である。通常、甲状腺FNAは、良性の病変と悪性の病変が重複していること若しくは形態学的な基準が不確定であること、又は重要な核異型が他の良性の標本にも含まれていることから、不確定となる。注目すべきは、悪性病変5の2倍多くの疑わしい病変の患者10に手術が勧められていることであるが、FNAの多くが良性であれば、手術が広く勧められるものではない。その結果、FNAでは診断が確定しない場合、これらの患者は疑わしい又は未確定の病変だけを有すると分類される。凍結切片の解析からは付加的な情報を得ることができない場合が多いということが周知である。術前及び術中の両方で診断が確定しない場合、外科医は、甲状腺肺葉切除をいつ行うか、どれが良性病変又は甲状腺の全摘出術に適しているか、どれが悪性病変に適しているかを決定する。FNAで疑わしいとされた全ての患者に対する最初の手術を甲状腺肺葉切除とすれば、癌患者は、甲状腺を完全に摘出するための第二の手術を受けることができる。反対に、FNAで疑わしいとされた全ての患者に対する甲状腺の全摘出術では、患者の大部分が不必要な手術を受け、手術固有の危険性に曝され、一生涯続く甲状腺ホルモンの補充を必要とすることになる。標準的な組織病理学的解析に基づく甲状腺癌の分類と治療に関するコンセンサスを明確に示すための複数の試みによって、診断と初期の疾患管理に関する指針が発表された。FNAによる甲状腺癌、特に疑わしい又は未確定の甲状腺病変の識別診断は、過去数十年の間、全く改善されていない。このことは、甲状腺病変の識別診断に対する新しいアプローチを探る必要があることを示唆している。従って、甲状腺結節を評価するための、より正確な初期診断試験の開発が切実に必要とされている。濾胞上皮細胞に由来する甲状腺癌は、最も一般的な内分泌癌である。甲状腺の悪性腫瘍全体の大部分を、甲状腺乳頭癌PTC及び甲状腺濾胞癌FTCが占める。成人人口の推定71999年には、米国単独で275,000人が、一生の間に臨床上有意な甲状腺結節を発症する。甲状腺超音波検査の登場によって診断される結節の数が増加し、現在では、一般集団の推定50に結節が認められ、無症状のレベルで検出されることが分かっている。II.miRNAレベルの評価甲状腺試料のmiRNAの解析には、多数のアッセイ法が使用できることが企図される。そのようなアッセイ法には、これらには限定されないが、アレイハイブリダイゼーション、溶液ハイブリダイゼーション、核酸増幅、ポリメラーゼ連鎖反応、定量的PCR、RT-PCR、insituハイブリダイゼーション、ノーザンハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーションプロテクションアッセイ法HPAGenProbe、分岐DNAbDNA法Chiron、ローリングサイクル型増幅法RCA、単一分子ハイブリダイゼーション検出singlemoleculehybridizationdetectionUSGenomics、インベーダーアッセイ法ThirdWaveTechnologies、及び/又はオリゴライゲーションアッセイ法OLA、ハイブリダイゼーション、及びアレイ解析が含まれる。2005年5月31日に出願の米国特許出願第11/141,707号、2007年9月19日出願の同第11/857,948号、2005年11月14日出願の同第11/273,640号、及び2006年12月8日に出願の米国仮特許出願第60/869,295号の全体は、参照により本明細書に組み込まれる。A.試料の調製組成物及び方法では内因性miRNAを企図しつつ、本明細書に記載の通り、組換えmiRNA、つまり内因性miRNA又は前駆miRNAに相補的な又は同一の核酸を含む組換えmiRNAもまた取扱い、分析する。試料は生体試料であってよく、そのような例では、生体試料は、洗浄、生検、微細針吸引、剥離物、血液、喀痰、組織、器官、精液、唾液、涙液、尿、髄液、体液、毛包、皮膚に由来してもよいか、又は目的の生体細胞を含むか或いはそれらからなるいずれの試料であってよい。特定の態様では、試料は、これらには限定されないが、新鮮な、凍結した、固定した、ホルマリン固定した、保存した、RNAlaterで保存した、パラフィン包埋した、又はホルマリンで固定しかつパラフィン包埋した、甲状腺試料であってよい。B.差次的な発現の解析方法を、2つの試料間の、又は試料と基準例えば、非癌性状態を表す、組織又は他の生物学的な基準又は計数的な基準の間のmiRNAの発現の差又はレベルの差を検出するために使用することができる。特に企図される用途としては、正常な試料と正常でない試料間の、癌性状態と非癌性状態の間の、又は異なる処理を行った2つの試料間例えば、治療前と治療後の試料のmiRNAの差の同定及び/又は定量が挙げられる。また、特定の治療、疾患、又は状態に感受性であると考えられている試料とその治療、疾患、又は状態に感受性でないと考えられている試料間でmiRNAを比較してもよい。正常でない試料とは、疾患又は状態の表現型形質を示している試料、或いはその疾患又は状態について正常でないと考えられている試料である。そのような試料を、その疾患又は状態について正常な細胞と比較してもよい。表現型形質には、構成要素が遺伝的なものである若しくは構成要素が遺伝的である可能性がある、若しくは構成要素が遺伝的ではない可能性がある疾患又は状態の症状、或いは、結節又は腫瘍などの、過剰増殖性の若しくは腫瘍性の細胞によって生じる疾患又は状態の症状が含まれる。疾患のステージ間の、例えば、過形成、新形成、全癌及び癌の間の、又は原発巣と転移巣の間の差を評価するために態様を使用してもよいことが特に企図される。表現型形質には、長命、死亡率、特定の薬剤若しくは治療薬物効果に対する感受性又は受容性、及び薬物毒性の危険性などの特徴もまた含まれる。特定の態様では、miRNAのプロファイルを生成し、それらのプロファイルを評価し、薬物動態と相関させてもよい。例えば、患者を治療する前又は治療中に患者の腫瘍及び血液試料に関するmiRNAのプロファイルを作製及び評価し、治療の結果と相関して発現するmiRNAがあるかを決定してもよい。miRNAの差の同定は、どのような投薬計画を患者に提供すべきかを決定するための腫瘍及び/又は血液試料の評価に使用することができるmiRNAを含む診断アッセイ法となる。加えて、それを用いて特定の臨床試験に好適な患者を同定又は選抜することができる。miRNAのプロファイルが薬効又は薬物毒性と相関していることが決定される場合には、その決定は、患者が、その薬剤又は特定の用量のその薬剤を投与されるのに適切な患者であったかどうかに関係すると考えられる。上述したアッセイ法に加えて、患者からの血液試料をmiRNAレベルに基づいて評価し、疾患又は状態、例えば転移性疾患を同定することができる。医師が疾患に罹患している個体又は疾患を発症するリスクのある個体を同定するために使用することができるプロファイルに基づいて、診断検査を作ることができる。あるいは、miRNAプロファイリングに基づいて治療を計画することができる。そのような方法及び組成物の例は、2005年5月23日に出願されたmiRNA及びmiRNA阻害分子を含む方法及び組成物MethodsandCompositionsInvolvingmiRNAandmiRNAInhibitorMoleculesという名称の米国仮特許出願に記載されおり、その全体はここで参照することにより組み込まれる。C.増幅miRNA、例えば成熟miRNA、前駆miRNA、及び初期miRNAの核酸配列の全体又は一部を増幅することによって、miRNAレベルを評価するための方法は数多く存在する。適した核酸の重合及び増幅技術としては、逆転写RT、ポリメラーゼ連鎖反応PCR、リアルタイムPCR定量的PCRq-PCR、核酸配列ベース増幅NASBA、リガーゼ連鎖反応、多様なライゲーション可能なプローブを用いる増幅multiplexligatableprobeamplification、インベーダーテクノロジーThirdWave、ローリングサイクル型増幅法、インビトロ転写IVT、鎖置換増幅、転写介在性増幅TMA、RNAEberwine増幅、及び当業者に知られている他の方法が挙げられる。特定の態様では例えば、逆転写の後のリアルタイムPCRのような、2種類以上の増幅方法を用いてもよいChenら、2005及び/又は2006年12月5日出願の米国特許出願第11/567,082号、その全体は参照することにより本明細書に組み込まれる。一般的なPCR反応には、複数の増幅工程、すなわち標的となる核酸種を選択的に増幅するサイクルが含まれる。一般的なPCR反応には3つの工程、すなわち、標的核酸が変性される変性工程、1組のPCRプライマーフォワードプライマーとリバースプライマーが相補的なDNA鎖にアニールするアニーリング工程、及び耐熱性のDNAポリメラーゼがプライマーを伸長させる伸長工程が含まれる。これらの工程を複数回繰り返すことで、DNA断片が増幅されて、標的DNA配列に相当する単位複製配列が生成される。一般的なPCR反応は、20回以上の、変性、アニーリング及び伸長のサイクルを含む。多くの場合、アニーリング工程と伸長工程は同時に実施することができ、そのような場合には、サイクルは2つの工程だけを含む。成熟miRNAは1本鎖であるため、PCR反応の前に、逆転写反応相補的なcDNA配列を生成する反応を行う。逆転写反応では、例えば、RNA依存性DNAポリメラーゼ逆転写酵素及びプライマーを使用する。PCR及びq-PCR法では例えば、各標的配列用の1組のプライマーが使用される。特定の態様では、プライマーの長さは、これらには限定されないが、所望されるプライマー間のハイブリダイゼーション温度、標的核酸の配列、及び増幅される異なる該標的核酸配列の複雑度を含む多くの因子に依存する。特定の態様では、プライマーの長さは約15~約35ヌクレオチドである。他の態様では、プライマーの長さは、15、20、25、30、又は35ヌクレオチド以下である。さらなる態様では、プライマーの長さは少なくとも35ヌクレオチドである。さらなる側面では、フォワードプライマーは、標的miRNAにアニールする少なくとも1つの配列を含むか、あるいはさらに5非相補的領域を含む場合がある。別の側面では、リバースプライマーを、逆転写されたmiRNAの相補鎖にアニールするように設計することができる。リバースプライマーはmiRNA配列に無関係であってもよく、同じリバースプライマーを使用して、複数のmiRNAが増幅される場合がある。あるいは、リバースプライマーはmiRNA特異的であってもよい。いくつかの態様では、単一の反応容積又は複数の反応容積中で2種類以上のmiRNA又は核酸が増幅される。特定の側面では、1種類以上のmiRNA又は核酸が、正規化のための正規化対照又は基準となる核酸として使用され得る。正規化は、他の増幅反応とは別々の又は同じ反応容積中で行うことができる。一側面は、一対以上のプライマー及び/又は1種類以上のプローブを使用することで、1つの反応容積中で、少なくとも1種類の目的とするmiRNAと少なくとも1種類の基準となる核酸を同時に増幅及び定量することができる、マルチプレックスq-PCR、例えばqRT-PCRを含む。プライマー対はそれぞれの核酸に特異的に結合する少なくとも1つの増幅プライマーを含み、かつ、プローブはそれぞれが区別できるように標識されているため、複数のmiRNAを同時に定量することができる。マルチプレックスqRT-PCRには、診断、予後予測、及び治療への応用のためのmiRNAの検出を含むがこれには限定されない研究用途及び診断用途がある。q-PCRとして1つにまとめられた反応は、1実験誤差の危険性を減少させるため、2アッセイ法間の変動を低下させるため、3標的又は産物が混入する危険性を減少させるため、及び4アッセイ速度を上げるために使用され得る。qRT-PCR反応はさらに、逆転写酵素と耐熱性のDNA依存性DNAポリメラーゼの両方を含めることよって、逆転写反応とまとめることができる。2種類のポリメラーゼを使用する場合には、アッセイ法の成績を最大にするためにホットスタート法を用いてもよい米国特許第5,411,876号及び同第5,985,619号。例えば、逆転写酵素の反応及びPCR反応の成分を1回以上の熱による活性化法又は化学的な変化によって不活性化し、重合効率を改善することができる米国特許第5,550,044号、同第5,413,924号、及び同第6,403,341号。マイクロRNAの発現を評価するために、リアルタイムRT-PCR検出を使用して、隣接する正常な組織NAT試料などだがこれには限定されない目的の試料及び関連する基準から単離された核酸又はRNAをスクリーニングすることができる。リアルタイムRT-PCRで定量するために、増幅標的のパネルを選抜する。パネル又は標的の選抜は、例えばmirVana商標miRNAバイオアレイV1Ambion、ヒトmiRNAマイクロアレイV3アジレント、miRLink商標アレイAsuragen、又は他の適したマイクロアレイのいずれかを用いたマイクロアレイによる発現解析の結果に基づく可能性がある。一側面では、標的のパネルは、本明細書に記載のmiRNAを1つ以上含む。正規化標的の一例としては5SrRNAがあり、その他の標的が含まれる場合もある。通常、逆転写RT反応の成分を氷上で合わせ、その後RNA鋳型を加える。トータルRNAの鋳型を加えて混合する。RT反応液を適切なPCRシステムに入れ、適切な温度15~30°C、その間の全ての値と範囲を含むで適切な時間、15~30分以上、次いで35~42~50°Cの温度で10~30~60分間、その後80~85~95°Cで5分間インキュベートし、その後氷浴中に置く。通常、逆転写反応の成分は、ヌクレアーゼを含まない水、逆転写用緩衝液、dNTP混合液、RTプライマー、リボヌクレアーゼ阻害剤、逆転写酵素、及びRNAを含む。通常、PCR反応の成分を氷上で合わせ、その後RT反応由来のcDNAを加える。PCR反応の成分を合わせたら、RT反応の一部をそのPCR混合液に移す。その後、PCR反応液は通常、PCRシステム中、高温例えば、95°Cで1分程度、次いで変性、アニーリング及び伸長のサイクルを何回も行う間例えば、95°Cで5秒及び60°Cで30秒のサイクルを40回インキュベートする。結果は、例えば、SDSV2.3アプライドバイオシステムズで解析することができる。通常、リアルタイムPCRの成分は、ヌクレアーゼを含まない水、MgCl2、PCR緩衝液、dNTP混合液、1種類以上のプライマー、DNAポリメラーゼ、RT反応由来のcDNA、及び1種類以上の検出可能な標識を含む。NormFinderAndersenら、2004などのソフトウェアツールを使用して、目的の標的及び組織試料のセットを用いて正規化に使用する標的を決定する。リアルタイムRT-PCRの結果を正規化するには、正規化標的のサイクル閾値Ct、対数値の幾何平均から、目的のマイクロRNAのCt値を引く。評価する試料のdCtTを対応する正常な基準のdCtNから引き、各試料に関するddCtT-N値を算出することで倍率変化foldchangeを決定することができる。全試料にわたるddCtT-Nの平均値を2ddCtで倍率変化に変換する。試料及び正常の基準のdCt値から、対応のあるスチューデントの両側t検定によって代表的なp値を決定する。D.核酸アレイ特定の側面は、miRNAアレイ又はmiRNAプローブアレイの調製及び使用に関する。miRNAアレイ又はmiRNAプローブアレイは、特注のマイクロアレイであるか或いは、複数のmiRNA分子又は前駆miRNA分子に完全に若しくはほぼ相補的な、又は同一の核酸分子プローブが、支持体又は支持体基盤上に空間的に分離して配置されたマクロアレイである。マクロアレイは一般的にニトロセルロース又はナイロンのシートであり、その上にプローブがスポットされている。マイクロアレイでは、核酸プローブはより高密度で配置されており、通常、1~4平方センチメートルあたり、最大で10,000の核酸分子を搭載させることができる。マイクロアレイを調製するための代表的な方法及び装置は、例えば、米国特許第5,143,854号;同第5,202,231号;同第5,242,974号;同第5,288,644号;同第5,324,633号;同第5,384,261号;同第5,405,783号;同第5,412,087号;同第5,424,186号;同第5,429,807号;同第5,432,049号;同第5,436,327号;同第5,445,934号;同第5,468,613号;同第5,470,710号;同第5,472,672号;同第5,492,806号;同第5,503,980号;同第5,510,270号;同第5,525,464号;同第5,527,681号;同第5,529,756号;同第5,532,128号;同第5,545,531号;同第5,547,839号;同第5,554,501号;同第5,556,752号;同第5,561,071号;同第5,571,639号;同第5,580,726号;同第5,580,732号;同第5,593,839号;同第5,599,695号;同第5,599,672号;同第5,610;287号;同第5,624,711号;同第5,631,134号;同第5,639,603号;同第5,654,413号;同第5,658,734号;同第5,661,028号;同第5,665,547号;同第5,667,972号;同第5,695,940号;同第5,700,637号;同第5,744,305号;同第5,800,992号;同第5,807,522号;同第5,830,645号;同第5,837,196号;同第5,871,928号;同第5,847,219号;同第5,876,932号;同第5,919,626号;同第6,004,755号;同第6,087,102号;同第6,368,799号;同第6,383,749号;同第6,617,112号;同第6,638,717号;同第6,720,138号,並びにWO93/17126;WO95/11995;WO95/21265;WO95/21944;WO95/35505;WO96/31622;WO97/10365;WO97/27317;WO99/35505;WO09923256;WO09936760;WO0138580;WO0168255;WO03020898;WO03040410;WO03053586;WO03087297;WO03091426;WO03100012;WO04020085;WO04027093;EP373203;EP785280;EP799897及びUK8803000に記載されており、その全ての開示は参照することにより本明細書に組み込まれる。さらに、当業者はアレイを用いて生成されたデータを容易に解析することができる。そのようなプロトコールは上記で開示されており、かつ、WO9743450;WO03023058;WO03022421;WO03029485;WO03067217;WO03066906;WO03076928;WO03093810;WO03100448A1これらは全て具体的に参照することにより組み込まれるに見られる情報を含む。E.ハイブリダイゼーションアレイ又は1セットのmiRNAプローブを調製し、試料中のmiRNAを標識した後、標的核酸の集団をハイブリダイゼーション条件下でアレイ又はプローブと接触させる。そのような条件は必要に応じて、行われる特定のアッセイ法を考慮して、特異性のレベルを最適化するために調整することができる。適したハイブリダイゼーション条件は当業者に周知であり、かつ、Sambrookら2001及びWO95/21944に見られる。ハイブリダイゼーションを行う間、多くの態様ではストリンジェント条件が使用されることに注意する。当業者は、ストリンジェント条件を理解している。III.核酸特定の側面では、核酸、例えばmiRNAは、通常、配列の一部分又はマイクロRNAmiRNA又はmiR分子に相補的な配列を含む。マイクロRNAmiRNA又はmiR分子としては、16~35までのヌクレオチドの長さのものが報告されているが、通常は21~22ヌクレオチドの長さである。miRNAはそれぞれ、より長い前駆RNA分子前駆miRNAからプロセシングされる。前駆miRNAはタンパク質をコードしていない遺伝子から転写される。前駆miRNAは相補的な2つの領域を含み、それによって、ステムループ様又はフォールドバック様構造を形成することができる。これらの構造は、動物において、ダイサーと呼ばれるリボヌクレアーゼIII様の酵素によって切断される。プロセシングされたmiRNAは通常はステムの一部分である。プロセシングされたmiRNA成熟miRNAとも呼ばれるは、大きな複合体の一部分となり、特定の標的遺伝子を下方制御する。動物のmiRNAの例としては、標的とは完全に一致していないが翻訳を停止させるものが挙げられるOlsenら、1999;Seggersonら、2002。siRNA分子もまた、長い二本鎖RNA分子からダイサーによってプロセシングされる。siRNAは動物細胞中に天然には見られないが、これらはRNA誘導サイレンシング複合体RISCを介してmRNA標的の配列-特異的な開裂を行うことができるDenliら、2003。特定の側面では、いくつかの態様における核酸はRNA又はRNA類似体である。いくつかの態様では、合成miRNA又は単離されたmiRNAは、17~130残基の範囲の長さである。態様は、少なくとも或いは最大でも15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、140、145、150、160、170、180、190、200残基以上この中のいずれの整数又はここから誘導可能な任意の範囲をも含む残基の長さの合成miRNA分子又は非合成miRNA分子に関する。特定の態様において核酸は、a5から3の配列が、成熟miRNA配列の全体又はセグメントと同一のmiRNA領域、及び/又はb5から3の配列が、そのmiRNA配列と60~100相補的な相補領域を有する。特定の態様ではこれらの合成miRNAもまた、上述のように単離される。用語miRNA領域は、天然に存在する成熟miRNA配列の配列全体と、少なくとも75、80、85、90、95、又は100この間の全ての整数を含む相同な合成miRNA上の領域を指す。特定の態様では、miRNA領域は、天然に存在するmiRNAの配列と90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2、99.3、99.4、99.5、99.6、99.7、99.8、99.9若しくは100同一であるか、又は、天然に存在するmiRNAの配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2、99.3、99.4、99.5、99.6、99.7、99.8、99.9若しくは100同一である。あるいはmiRNA領域は、当該分野で周知の配列整列アルゴリズム及び方法によって比較した場合に、天然に存在するmiRNAと同じ位置にある18、19、20、21、22、23、24、25、26、27以上のヌクレオチドを含む場合がある。用語相補領域は、合成miRNAのある領域であって、そのmiRNA領域が同一である、天然に存在する成熟miRNAの配列と60相補的な又は少なくとも60相補的な合成miRNAの領域を指す。相補領域は、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2、99.3、99.4、99.5、99.6、99.7、99.8、99.9若しくは100ここから誘導可能な任意の範囲も含む相補的であるか、又は少なくとも60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2、99.3、99.4、99.5、99.6、99.7、99.8、99.9若しくは100ここから誘導可能な任意の範囲も含む相補的である。一本鎖ポリヌクレオチド配列は、miRNA領域と相補領域との化学結合の結果、ヘアピンループ構造をとる場合がある。他の態様では、相補領域は、miRNA領域とは別の核酸分子上の領域である。この場合、相補領域は相補的鎖上にあり、かつ、miRNA領域が活性鎖上にある。合成miRNAが置換、糖修飾、又は非相補的な設計のうちの1つ以上を有する場合があることも企図される。特定の例では、合成RNA分子はそれらのうちの2つを有するが、別の例ではこれらの分子は、所定の位置に3つ全ての設計を有する。RNA分子が一本鎖ポリヌクレオチドの場合、miRNA領域と相補領域の間にはリンカー領域がある。いくつかの態様において一本鎖ポリヌクレオチドは、miRNA領域と相補領域との化学結合の結果、ヘアピンループ構造を形成することができる。リンカーはヘアピンループを構成する。いくつかの態様では、リンカー領域は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、若しくは40残基の長さ、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、若しくは40残基の長さ、又は最大でも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、若しくは40残基の長さ、又はここから誘導可能な任意の範囲であると企図される。特定の態様では、リンカーは3~30残基全ての整数を含むの長さである。miRNA領域と相補領域を有することに加えて、領域の5又は3末端のいずれかに隣接配列がある場合もある。いくつかの態様では、これらの領域の一方又は両方の末端に、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上、若しくはここから誘導可能な任意の範囲のヌクレオチド、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上、若しくはここから誘導可能な任意の範囲のヌクレオチドが隣接している。いくつかの態様では、miRNAを含む方法及び組成物は、miRNA及び/又は他の核酸に関する場合がある。核酸は、少なくとも又は最大でも、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、441、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、又は1000ヌクレオチドの長さ、若しくはここから誘導可能な任意の範囲の長さであってよい。そのような長さは、プロセシングされたmiRNA、miRNAプローブ、前駆miRNA、miRNA含有ベクター、対照核酸、並びに他のプローブ及びプライマーの長さを対象として含む。多くの態様においてmiRNAは、19~24ヌクレオチドの長さであり、miRNAプローブは、5、10、15、19、20、25、30~35ヌクレオチドの長さである。長さは、プロセシングされたmiRNA及び付加される任意の隣接領域の長さに応じて、この間の全ての数値及び範囲を含む。ヒトのmiRNA前駆体は通常、62~110ヌクレオチドである。態様で使用される核酸は、別の核酸と同一の又は相補的な領域を含んでいてもよい。相補的な又は同一な領域は少なくとも5つの連続した残基である可能性があると企図されるが、この領域は特に、少なくとも又は最大でも、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、又は110個の連続したヌクレオチドであると企図される。さらに、前駆miRNAの中に含まれる、又はmiRNAプローブとmiRNA若しくはmiRNA遺伝子の間の相補性の長さもこのような長さであると理解されたい。さらに、プローブと標的の間の相補性が、プローブの全長にわたって90以上同一であるということをいう、百分率で相補性を表してもよい。いくつかの態様では、相補性は90、95又は100同一であるか、又は少なくとも90、95又は100同一である。そのような長さは具体的には、本明細書で開示される任意の核酸中に認められる核酸配列を含む、いずれもの核酸に適用され得る。組換えという用語が使用される場合があり、この用語は通常、インビトロで操作された分子、又は複製された分子、若しくはそのような分子の発現産物を指す。用語miRNAは通常一本鎖の分子を指すが、特定の態様においては、別々の態様で完成された分子は、同じ一本鎖分子の別の領域又は別の核酸に部分的に鎖の全長にわたって10~50相補的な、実質的に鎖の全長にわたって50を超えるが100未満相補的な又は完全に相補的な領域又は別の鎖を含んでいてもよい。従って核酸は、1種類以上の相補的な若しくは自己相補的な鎖を含む分子、又は分子を含む特定の配列の相補鎖を包含し得る。例えば、前駆miRNAは、最大で100相補的な自己相補領域を含んでいてもよい。miRNAプローブ又は核酸は、標的に対して60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99若しくは100の相補性を含んでいてもよいか、標的に対して60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99若しくは100相補的であることができるか、又は標的に対して少なくとも60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99若しくは100相補的であることができる。当業者に知られているいずれの技術によって核酸を作製してもよい。そのような技術には例えば、化学合成、酵素を用いた製造又は生物学的な生産がある。いくつかの態様では、miRNAプローブの化学合成を特に企図する。いくつかの態様では、miRNAを生体試料から回収又は単離する。miRNAは、組み換えたものであってもよいか、又は細胞にとって天然の若しくは内因性のその細胞のゲノムから生産されたものであってもよい。miRNAなどのRNA小分子の回収を高めるような方法で生体試料を処理してもよいことを企図する。米国特許出願第10/667,126号にはそのような方法が記載されており、具体的に参照することにより本明細書に組み込まれる。通常、方法は、グアニジンと界面活性剤を含む溶液で細胞を溶解する工程を含む。A.核酸の単離核酸は当業者に周知の方法で単離することができるが、特定の態様では、核酸小分子を単離するための方法及び/又はRNA分子を単離するための方法を用いることもできる。クロマトグラフィーは、タンパク質又は他の核酸から核酸を分離又は単離するために多用される方法である。そのような方法は、ゲルマトリックスを用いた電気泳動、フィルターカラム、アルコール沈殿、及び/又は他のクロマトグラフィーを含む場合がある。細胞由来のmiRNAを使用又は評価する場合には、方法は通常、カオトロピック剤例えばグアニジンイソチオシアネート及び/又は界面活性剤例えば、N-ラウロイルサルコシンで細胞を溶解する工程を含み、その後、特定のRNA集団を単離するための方法を実施する。他の核酸からmiRNAを分離する特定の方法では、ゲルマトリックスはポリアクリルアミドを使用して調製されるが、アガロースもまた使用可能である。ゲルは濃度勾配があるものでも又は均一なものであってもよい。プレート又は管を使用して、電気泳動用のゲルマトリックスを保持することができる。核酸の分離には一般的に、一次元電気泳動が用いられる。平面のゲルの調製にはプレートが、管状のゲルの調製には管一般的にはガラス又はゴムが用いられる。管電気泳動という句は、ゲルを作製するのにプレートの代わりに管又は管状材料を使用することを指す。当業者は管電気泳動を実施するための材料を容易に調製することができるか、又はC.B.S.ScientificCo.,Inc.或いはScie-Plasなどから購入することができる。方法は、特にmiRNAが使用される本発明の方法及び組成物では、有機溶媒及び/又はアルコールを使用して核酸を単離してもよい。米国特許出願第10/667,126号にいくつかの態様が記載されており、この出願はここで参照することにより組み込まれる。この開示は基本的に、細胞からRNA小分子を効率的に単離するための方法を提供しており、この方法は、細胞溶解物にアルコール溶液を添加する工程、及びアルコールと溶解物の混合物を固相支持体に添加する工程、次いで固相支持体からRNA分子を溶出する工程を含む。いくつかの態様では、細胞溶解物に加えられるアルコールの量によって、アルコールの濃度は約55~60となる。様々なアルコールを使用することができるが、エタノールがよく効果を現す。固相支持体は、ビーズ、フィルター、及びカラムなど、どのような構造であってもよく、電気陰性基を有する鉱物支持体又は重合体支持体を含んでいてもよい。このような単離方法では、ガラス繊維のフィルター又はカラムが特によく効果を現す。特定の態様では、miRNAの単離方法には、aグアニジンを含む溶解溶液を使用して、試料に含まれる細胞を溶解する工程であって、少なくとも約1Mの濃度のグアニジンを含む溶解物が生じる、工程、bフェノールを含む抽出溶液を使用して、溶解物からmiRNA分子を抽出する工程、c溶解物をアルコール溶液に添加して、溶解物/アルコール混合物を形成する工程混合物中のアルコール濃度が約35~約70、アルゴリズムが正確度と精密度の理想的なバランスをもたらすことを発見した。VSNの利点の一つは、一般的なlog2変換を使用することによって、負の値を調節することである。一般的なlog2変換:正規化後のデータスケールは、一般化されたlog2データとして報告される。マイクロアレイデータの分布は通常、対数正規であるすなわち、log変換の後には、正規分布のパターンをとる傾向にある。正規分布データは、t-検定及び1要因の若しくは2要因のANOVAを含む、従来型の統計処理で修正することができる。統計的仮説検定には、等分散を仮定した2標本t検定を適用した。この検定は、偽陽性の割合falsediscoveryrateを0.05に設定して、どのプローブの発現が有意に異なったか、又は意味があるかを明らかにするために使用した。加えて、発現の差を、標準的なスチューデントのt検定によって評価し、p値が0.05以下の場合に統計的に有意であると見なした。31種類の正常な甲状腺及び様々な甲状腺新生物の新鮮な凍結組織試料を、アステランドデトロイト、ミシガン、米国から購入した。試料は、正常な甲状腺組織NOR5種類、過形成結節NOD4種類、濾胞腺腫FA5種類、甲状腺濾胞癌FTC5種類、甲状腺乳頭癌PTC5種類、甲状腺乳頭癌濾胞亜型FVPTC4種類、退形成性甲状腺癌ATC1種類、及び甲状腺髄様癌MTC3種類に由来するものであった表2。表2甲状腺組織試料に関する組織病理学的データ及び患者情報。正常な甲状腺組織NOR、過形成結節NOD、濾胞腺腫FA、甲状腺濾胞癌FTC、甲状腺乳頭癌PTC、甲状腺乳頭癌濾胞亜型FVPTC、退形成性甲状腺癌ATC、甲状腺髄様癌MTC。マイクロアレイ解析で決定した各群におけるmiRNAの平均発現レベルを表3に示す。表3甲状腺各組織試料群におけるmiRNA発現に関する正規化したアレイデータ。Avg、試料のセットにおける平均発現レベル;SD、標準偏差;、バックグランドよりも高い発現レベルを示した試料のパーセンテージ。実施例2miRNA発現のプロファイリングは正常な甲状腺組織と過形成甲状腺結節を区別する正常な甲状腺組織試料では、合計415種類のヒトmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、ヒトmiRNAの48がアレイ上に存在していることを示している。過形成甲状腺結節試料では、合計409種類のmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、アレイ上に47のmiRNAが存在していることを示している。正常な組織試料と過形成結節試料の間では、合計173種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表4。NORと比較してNODでは、これらのうち、89種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差NOD対NOR≧1、14種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差NOD対NOR≦1。これらのうち、hsa-miR-1202、-934、及び-663が、NODではNORより5倍を超えて高く発現した。表4NOD及びNOR試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例3miRNA発現のプロファイリングは正常な甲状腺組織と濾胞腺腫を区別する正常な甲状腺組織試料では、合計で415種類のヒトmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、ヒトmiRNAの48がアレイ上に存在していることを示している。濾胞腺腫試料では、合計で334種類のmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、アレイ上に39のmiRNAが存在していることを示している。正常な試料とFA試料の間では、合計で114種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表5。NORと比較してFAでは、これらのうち、6種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差FA対NOR≧1、且つ79種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差FA対NOR≦1。これらのうち、5種類のmiRNAhsa-miR-200a、-206、-200b、-429、及び-199b-5pが、FAではNORよりも10~20倍高く発現し、6種類のmiRNAhsa-miR-200b、-486-3p、-376a、-200a、-376c、及び-381の発現がFA試料ではNOR試料よりも5分の1~10分の1に低下していた表5。表5FA及びNOR試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例4miRNA発現のプロファイリングは正常な甲状腺組織と甲状腺濾胞癌を区別する正常な甲状腺組織試料では、合計で415種類のヒトmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、ヒトmiRNAの48がアレイ上に存在していることを示している。甲状腺濾胞癌試料では、合計で353種類のmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、アレイ上に41のmiRNAが存在していることを示している。正常な試料と濾胞癌試料の間では、合計で100種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表6。NORと比較してFTCでは、これらのうち、13種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差FTC対NOR≧1、36種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差FTC対NOR≦1。これらのうち、8種類のmiRNAhsa-miR-375、-200a、-200b、-429、-873、-200b、-199b-5p、及び-200aの発現が、FTC試料ではNOR試料よりも5分の1~10分の1に低下していた表6。表6FTC及びNOR試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例5miRNA発現のプロファイリングは正常な甲状腺組織と甲状腺乳頭癌を区別する正常な甲状腺組織試料では、合計で415種類のヒトmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、ヒトmiRNAの48がアレイ上に存在していることを示している。甲状腺乳頭癌試料では、合計で354種類のmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、アレイ上に41のmiRNAが存在していることを示している。正常な試料と乳頭癌試料の間では、合計で219種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表7。NORと比較してPTCでは、これらのうち、22種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差PTC対NOR≧1、121種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差PTC対NOR≦1。これらのうち、hsa-miR-146b-5pの発現がPTC試料では110倍を超えて増加し;5種類のmiRNAhsa-miR-551b、-146b-3p、-222、-221、及び-221の発現がPTC試料では10~30倍増加し、3種類のmiRNAhsa-miR-31、-31、及び-21の発現がPTC試料では5~10倍増加していた。PTC試料では、PTC試料で平均レベルより低い発現を示したmiRNAのうち、6種類のmiRNAhsa-miR-1、-7、-206、-7、-2、-873、及び-204の発現が10分の1~20分に低下し、13種類のmiRNAの発現が5分の1~10分の1に低下していた。表7PTC及びNOR試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例6miRNA発現のプロファイリングは正常な甲状腺組織と乳頭甲状腺癌濾胞亜型を区別する正常な甲状腺組織試料では、合計で415種類のヒトmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、ヒトmiRNAの48がアレイ上に存在していることを示している。甲状腺乳頭癌濾胞亜型の試料では、合計で346種類のmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、アレイ上に40のmiRNAが存在していることを示している。正常な試料と乳頭癌濾胞亜型の試料の間では、合計で126種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05。NORと比較してFVPTCでは、これらのうち、14種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差FVPTC対NOR≧1、50種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差FVPTC対NOR≦1表8。FVPTC試料では、これらのうち、hsa-miR-146b-5pの発現が50倍増加し、hsa-miR-222、-551b、-221、及び-146b-3pの発現がFVPTC試料で10~14倍増加し、hsa-miR-221、-31、及び-31の発現がFVPTC試料で5~10倍増加していた。FVPTC試料で平均レベルより低い発現を示したmiRNAのうち、hsa-miR-7及び-873のFVPTC試料中の発現が10分の1~20分の1に低下し、hsa-miR-204、-7-2、及び-199b-5pのFVPTC試料中の発現が5分の1~10分の1に低下していた。表8FVPTC試料とNOR試料との間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例7miRNA発現のプロファイリングは正常な甲状腺組織と退形成性甲状腺癌を区別する正常な甲状腺組織試料では、合計で415種類のヒトmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、ヒトmiRNAの48がアレイ上に存在していることを示している。退形成性甲状腺癌試料では、合計で330種類のmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、アレイ上に38のmiRNAが存在していることを示している。正常な試料と退形成性甲状腺癌試料の間では、合計で178種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05。NORと比較してATCでは、これらのうち、32種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差ATC対NOR≧1、124種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差ATC対NOR≦1。これらのうち、hsa-miR-582-3p及びhsa-miR-9の発現はATC試料で30~40倍高く、hsa-miR-582-5p、-34c-5p、124の発現がATC試料で10~20倍高く、hsa-miR-9、-34b、-21、及び-210の発現がATC試料で5~10倍高かった表9。NOR試料と比較してATC試料では、ATC試料で平均レベルより低い発現を示したmiRNAのうち、8種類miR-429、-141、-200c、200a、-200b、-135b、-135a、及び-205の発現が100分の1~420分の1に低下し、hsa-miR-138及びhsa-miR-7-2の発現が50分の1~100分の1に低下し、22種類のmiRNAの発現レベルが10分の1から40分の1の範囲に低下していた表9。表9ATC及びNOR試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例8miRNA発現のプロファイリングは正常な甲状腺組織と甲状腺髄様癌を区別する正常な甲状腺試料では、合計で415種類のヒトmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、ヒトmiRNAの48がアレイ上に存在していることを示している。甲状腺髄様癌試料では、合計で418種類のmiRNAがバックグランドレベルよりも高く発現していた。このことは、アレイ上に48のmiRNAが存在していることを示している。正常な試料と甲状腺髄様癌の間では、合計で165種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表10。MTCとNORを比較すると、これらのうち、91種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差MTC対NOR≧1、30種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差MTC対NOR≦1。これらのうち、hsa-miR-375とhsa-miR-124の発現がMTC試料で100~520倍増加し、21種類のmiRNAの発現がMTC試料では10~54倍増加し、31種類のmiRNAの発現がNOR試料と比較してMTC試料では5~10倍増加していた。MTC試料で平均レベルより低い発現を示したmiRNAのうち、hsa-miR-31及びhsa-miR-31の発現がMTC試料では10分の1に低下し、6種類のmiRNAhsa-miR-138、-7-2、-204、-30a、-30c-2、及び-30aの発現がMTC試料で5分の1~10分の1に低下していた表10。表10MTC及びNOR試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例9miRNA発現のプロファイリングは過形成甲状腺結節と濾胞腺腫を区別する過形成結節試料と濾胞腺腫の間では、合計で160種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表11。NOD試料と比較してFA試料では、これらのうち、11種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差FA対NOD≧1、128種類が少なくとも2分の1に低下していたLog2差FA対NOD≦1。NOD試料と比較してFA試料では、これらのうち、hsa-miR-1274a、-720、及び-1274bが5~6倍高い発現を示した。FA試料で平均レベルより低い発現を示したmiRNAのうち、hsa-miR-206とhsa-miR-1202の発現がFA試料で20分の1~50分の1に低下し、16種類のmiRNAの発現が10分の1~20分の1に低下し、47種類のmiRNAの発現がNOD試料と比較してFA試料では5分の1~10分の1に低下していた。表11FA及びNOD試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例10miRNA発現のプロファイリングは過形成甲状腺結節と甲状腺濾胞癌を区別する過形成結節試料と甲状腺濾胞癌試料の間では、合計で150種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05。NOD試料と比較してFTC試料では、これらのうち、24種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差FTC対NOD≧1、126種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差FTC対NOD≦1表12。これらのうち、hsa-miR-1274aの発現はFTC試料で10倍を超えて高く、6種類のmiRNAhsa-miR-1274b、-1260、-720、-182、-142-3p、及び-96の発現が5~10倍増加していた。表12FTC及びNOD試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例11miRNA発現のプロファイリングは過形成甲状腺結節と乳頭甲状腺癌を区別する過形成結節試料と甲状腺乳頭癌試料の間では、合計で262種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表13。NOD試料と比較してPTC試料では、これらのうち、48種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差NOD対PTC≦1、152種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差NOD対PTC≧1。NOD試料と比較してPTC試料では、これらのうち、hsa-miR-146b-5pの発現が100倍を超えて増加し、7種類のmiRNAhsa-miR-146b-3p、-551b、-221、-222、-221、-31、及び-31の発現が10~30倍増加し、8種類のmiRNAhsa-miR-1274a、-1274b、-142-3p、-375、-720、-21、-21、-181a-2の発現が5~10倍増加していた。NOD試料と比較してPTC試料では、PTC試料で平均レベルより低い発現を示したmiRNAのうち、hsa-miR-206の発現が少なくとも40分の1に低下し、34種類のmiRNAの発現が10分の1~20分の1に低下し、47種類のmiRNAの発現が5分の1~10分の1に低下していた。表13PTC及びNOD試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例12miRNA発現のプロファイリングは過形成甲状腺結節と甲状腺乳頭癌濾胞亜型を区別する過形成結節試料と甲状腺乳頭癌濾胞亜型の試料の間では、合計で195種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表14。NOD試料と比較してFVPTCでは、これらのうち、40種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差FVPTC対NOD≧1、117種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差FVPTC対NOD≦1。FVPTC試料では、これらのうち、hsa-miR-146b-5pの発現が40倍を超えて増加し、11種類のmiRNAhsa-miR-551b、-146b-3p、-31、-221、-31、-222、-221、-1274a、-1274b、-720、及び-503の発現が5~10倍増加していた。NOD試料と比較してFVPTC試料では、PTC試料で平均レベルより低い発現を示したmiRNAのうち、4種類hsa-miR-92b、-631、-551b、及び-934の発現が10分の1~20分の1に低下し、33種類のmiRNAの発現が5分の1~10分の1に低下していた。表14FVPTC及びNOD試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例13miRNA発現のプロファイリングは過形成甲状腺結節と退形成性甲状腺癌を区別する過形成結節試料と退形成性甲状腺癌の間では、合計で166種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05。NOD試料と比較してATC試料では、これらのうち、29種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差ATC対NOD≧1、121種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差ATC対NOD≦1表15。NOD試料と比較してATC試料では、これらのうち、hsa-miR-9、-582-3p、及び-582-5pの発現が30~50倍増加し、6種類のmiRNAhsa-miR-1274a、-155、-720、-1274b、-9、及び-1260の発現が10~30倍増加し、6種類のmiRNAhsa-miR-34c-5p、-592、-10a、-21、-21、及び-210の発現が5~10倍増加していた。NOD試料と比較してATC試料では、ATC試料で平均レベルより低い発現を示したmiRNAのうち、9種類hsa-miR-200c、-141、-429、-200a、-200b、-135a、-135b、-138、及び-205の発現が80分の1~300分の1に低下し、6種類のmiRNAhsa-miR-92b、-7-2、-512-3p、-934、-200b、及び-141の発現が20分の1~35分の1に低下し、10種類のmiRNAの発現が10分の1~20分の1に低下し、40種類のmiRNAの発現が5分の1~10分の1に低下していた。表15ATC及びNOD試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例14miRNA発現のプロファイリングは過形成甲状腺結節及び髄様甲状腺癌を区別する過形成結節試料と甲状腺髄様癌の間では、合計で222種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05。NOD試料と比較してMTC試料では、これらのうち、108種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差MTC対NOD≧1、79種類の発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差MTC対NOD≦1表16。NOD試料と比較してMTC試料では、これらのうち、hsa-miR-375の発現が900倍を超えて増加し、6種類のmiRNAhsa-miR-153、-323-3p、-124、-487b、-410、及び-592の発現が50~110倍増加し、35種類のmiRNAの発現が10~30倍増加し、23種類のmiRNAの発現が5~10倍増加していた。MTC試料では、MTC試料で平均レベルより低い発現を示したmiRNAのうち、hsa-miR-92b及びhsa-miR-1202の発現が10分の1~15分の1に低下し、19種類のmiRNAの発現が5分の1~10分の1に低下していた。表16MTC及びNOD試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例15miRNA発現のプロファイリングは濾胞腺腫と甲状腺濾胞癌を区別する濾胞腺腫と甲状腺濾胞癌の間では、合計で19種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表17。これらのうち、4種類hsa-let-7g及びhsa-miR-196a、-595、及び-1227の発現がFAではFTCよりも少なくとも2倍のレベルに増加しLog2差FA対FTC≧1、7種類のmiRNAhsa-miR-32、-19a、-105、-20a、-20b、-17、及び-1208の発現が、FTC試料と比較してFA試料では、少なくとも2分の1に低下していたLog2差FA対FTC≦1。表17FA及びFTC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例16miRNA発現のプロファイリングは濾胞腺腫と乳頭甲状腺癌を区別する濾胞腺腫試料と乳頭癌試料の間では、合計で76種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表18。FA試料と比較してPTC試料では、これらのうち、34種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加しLog2差FA対PTC≦1、15種類のmiRNAの発現が少なくとも2分の1に低下していた表18。FA試料と比較してPTC試料では、PTC試料で高いレベルで発現したmiRNAのうち、1種類のmiRNAhas-miR-146b-5pの発現が50倍を超えて増加し;5種類のmiRNAhsa-miR-31、-31、-375、-200a、-200bの発現が20~40倍増加し;3種類のmiRNAhsa-miR-146b-3p、-429、及び-551bの発現が15~20倍増加し、3種類のmiRNAhsa-miR-200a、-200b、及び-222の発現が5~10倍増加し、及び22種類のmiRNAの発現が2~5倍増加していた。FA試料と比較してPTC試料では発現レベルが低かったmiRNAのうち、hsa-mir-885-5pの発現が5分の1未満に低下し、14種類のmiRNAの発現が2分の1~5分の1に低下していた。表18FA及びPTC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例17miRNA発現のプロファイリングは濾胞腺腫と甲状腺乳頭癌濾胞亜型を区別する濾胞腺腫試料と甲状腺乳頭癌濾胞亜型試料の間では、合計で32種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表19。FA試料と比較してFVPTC試料では、これらのうち、17種類のmiRNAの発現が2倍高いレベルであったLog2差FA対FVPTC≦1。FA試料と比較してFVPTC試料では、これらのうち、hsa-miR-31の発現が30倍増加し、5種類のmiRNAhsa-miR-31、-146b-5p、-200b、-200a、及び-429の発現が20~30倍増加し、2種類のmiRNAhsa-miR-375、及び-200bの発現が10~20倍増加し、及び9種類のmiRNAhsa-miR-200a、-146b-3p、-222、-923、-449a、-21、-503、-135a、及びhsa-let-7iの発現が2~10倍増加していた。表19FA及びFVPTC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例18miRNA発現のプロファイリングは濾胞腺腫と退形成性甲状腺癌を区別する濾胞腺腫試料と退形成性甲状腺癌試料の間では、合計で43種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表20。FA試料と比較してATC試料では、これらのうち、21種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍高いレベルであったLog2差ATC対FA≧1。FA試料と比較してATC試料では、これらのうち、hsa-miR-9の発現が75倍増加し、3種類のmiRNAhsa-miR-582-3p、-582-5p、及び-9の発現が20~30倍増加し、4種類のmiRNAhsa-miR-34c-5p、-210、-124、及び-34c-3pの発現が10~20倍増加し、13種類のmiRNAの発現が2~10倍増加していた。表20FA及びATC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例19miRNA発現のプロファイリングは退形成性甲状腺癌と髄様甲状腺癌を区別する退形成性甲状腺癌試料と甲状腺髄様癌試料の間では、合計で114種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表21。ATC試料では、これらのうち、4種類のmiRNAhsa-miR-582-3p、-582-5p、-155、及び-7bの発現がMTC試料よりも2~15倍高かったLog2差ATC対MTC≧1。MTC試料と比較してATC試料ではさらに、99種類のmiRNAの発現が少なくとも2分の1に低下していた。MTC試料と比較してATC試料では、これらのうち、hsa-miR-375の発現が6,000分の1未満に低下し、5種類のmiRNAhsa-miR-429、-200a、-200b、-200c、及び-141の発現が500分の1~1,000分の1に低下し、4種類のmiRNAhsa-miR-135b、-135a、-323-3p、及び-205の発現が50分の1~200分の1に低下し、39種類のmiRNAの発現が10分の1~50分の1に低下し、50種類のmiRNAの発現が2分の1~50分の1に低下していた。表21MTC及びATC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例20miRNA発現のプロファイリングは甲状腺濾胞癌と甲状腺乳頭癌を区別する甲状腺濾胞癌試料と甲状腺乳頭癌試料の間では、合計で79種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表22。PTC試料と比較してFTC試料では、これらのうち、27種類のmiRNAの発現が少なくとも2分の1に低下していたLog2差FTC対PTC≦1。これらのうち、hsa-miR-146b-5pの発現がFTC試料では80分の1未満に低下し、5種類のmiRNAhsa-miR-551b、-375、-146b-3p、-200b、及び-31の発現がFTCでは10分の1~33分の1のレベルに低下し;7種類のmiRNAhsa-miR-31、-200a、-429、-200a、-200b、-222、及び-514の発現がFTC試料では5分の1~10分の1のレベルに低下し、14種類のmiRNAの発現が、PTC試料と比較してFTC試料では2分の1~5分の1に低下していた。加えて、合計で33種類のmiRNAの発現が、PTC試料と比較してFTC試料では、2~5倍高いレベルであった。表22FTC及びPTC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例21miRNA発現のプロファイリングは甲状腺濾胞癌と乳頭甲状腺癌濾胞亜型を区別する甲状腺濾胞癌試料と甲状腺乳頭癌濾胞亜型の試料の間では、合計で47種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表23。FVPTC試料と比較してFTC試料では、これらのうち、7種類のmiRNAhsa-miR-148a、-148a、-22、-1295、-32、-152、及び-1260の発現が少なくとも2倍高いレベルであったLog2差FTC対FVPTC-1。FVPTC試料と比較してFTC試料中では、FVPTC試料中よりもFTC試料中での発現が低かったmiRNAのうち、2種類のmiRNAhsa-miR-146b-5p及びhsa-miR-375の発現が20分の1~40分の1に低下し、4種類のmiRNAhsa-miR-551b、-200b、-146b-3p、及び-31の発現が10分の1~20分の1に低下し、6種類のmiRNAhas-miR-429、-200b、-200a、-200a、-31、及び-133bの発現が5分の1~10分の1に低下し、9種類のmiRNAの発現が2分の1~5分の1に低下していた。表23FTC及びFVPTC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例22miRNA発現のプロファイリングは甲状腺濾胞癌と退形成性甲状腺癌を区別する甲状腺濾胞癌試料と退形成性甲状腺癌試料の間では、合計で73種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表24。ATC試料と比較してFTC試料では、これらのうち、45種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加していたLog2差FTC対ATC≧1。これらのうち、4種類のmiRNAhsa-miR-141、-200c、-135b、及び135aの発現がFTCでは200~600倍増加し、3種類のmiRNAhsa-miR-141、-138、-及び200cの発現がFTCでは10~60倍増加し、12種類のmiRNAhsa-miR-125b、-7i、-99a、-145、-148、-126、-218、-145、-143、-32、-452、及び551bの発現がFTCでは5~10倍増加し、26種類のmiRNAの発現がATC試料に比べてFTC試料では2~5倍増加していた。加えて、15種類のmiRNAの発現レベルが、ATC試料に比べてFTC試料では低下していた。これらのうち、6種類のmiRNAhsa-miR-9、-582-3p、-124、-9、-10a、及び34c-5pの発現がFTC試料では10分の1~40分の1に低下し、9種類のmiRNAの発現が、ATC試料に比べてFTC試料では2分の1~10分の1に低下していた。表24FTC及びATC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例23miRNA発現のプロファイリングは甲状腺濾胞癌と甲状腺髄様癌を区別する甲状腺濾胞癌試料と甲状腺髄様癌MTC試料の間では、合計で136種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表25。MTC試料と比較してFTC試料では、これらのうち、17種類のmiRNAの発現が2~10倍増加していたLog2差FTC対MTC≧1。加えて、100種類のmiRNAの発現レベルが、FTC試料ではMTC試料よりも低下していた。これらのうち、hsa-miR-375の発現がFTC試料では1000分の1未満に低下し、3種類のmiRNAの発現がFTC試料では100分の1~300分の1に低下し、44種類のmiRNAの発現が10分の1~100分の1に低下し、52種類のmiRNAの発現がMTC試料よりもFTC試料では、2分の1~10分の1に低下していた。表25FTC及びMTC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例24miRNA発現のプロファイリングは甲状腺乳頭癌と甲状腺乳頭癌濾胞亜型を区別する甲状腺乳頭癌試料と甲状腺乳頭癌濾胞亜型の試料の間では、合計で48種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表26。PTC試料と比較してFVPTC試料では、これらのうち、28種類のmiRNAの発現が2~5倍増加していたLog2差FVPTC対PTC≧1表26。表26FVPTC及びPTC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例25miRNA発現のプロファイリングは甲状腺乳頭癌と退形成性甲状腺癌を区別する甲状腺乳頭癌試料と退形成性甲状腺癌試料の間では、合計で154種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表27。ATC試料と比較してPTC試料では、これらのうち、89種類の発現が少なくとも2倍増加していたLog2差PTC対ATC≧1。これらのうち、8種類のmiRNAhsa-miR-141、-429、-200c、-20、-200a、-135b、-551b、及び-135aの発現がFTC試料では100~500倍増加し、8種類のmiRNAhsa-miR-146b-3p、-141、-375、-146b-5p、-200b、-200a、-138、-及び-31の発現がPTC試料では20~60倍の間で増加し、73種類のmiRNAの発現がATC試料よりもPTC試料で2~20倍増加していた。加えて、42種類のmiRNAの発現が、ATC試料と比較してPTC試料では低かった。これらのうち、2種類のmiRNAhsa-miR-582-3p及び-9の発現がPTC試料では30分の1~50分の1に低下し、8種類のmiRNAhsa-miR-582-5p、-873、-124、-9、-34c-5p、-204、-34c-3p、及び-34bの発現がPTC試料では10分の1~30分の1に低下し、32種類のmiRNAの発現がATC試料よりもPTC試料では2分の1~10分の1に低下していた。検出された全プローブについての教師なしクラスタリング並びに主成分解析PCA図1からは、正常な甲状腺Normと過形成結節Nodとの間の分離及び、異なる細胞由来の腫瘍に関連するC細胞対濾胞細胞、甲状腺髄様癌MED試料と濾胞細胞由来の全新生物FA、FTC、PTC、及びfvPTCとの間分離が明らかになった。異なる試料群間のペアワイズ比較により、以下の実施例で議論するような、発現に違いのあるmiRNAを同定することができた。表27PTC及びATC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例26miRNA発現のプロファイリングは甲状腺乳頭癌及び甲状腺髄様癌を区別する甲状腺乳頭癌試料と甲状腺髄様癌試料の間では、合計で188種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表28。MTC試料と比較してPTC試料では、これらのうち、29種類のmiRNAの発現レベルが少なくとも2倍増加していたLog2差MTC対PTC≦1。これらのうち、hsa-miR-146b-5pの発現レベルはMTC試料と比較してPTC試料では100倍を超えて高く、4種類のmiRNAhsa-miR-551b、-31、-31、及び-146b-3pの発現がPTC試料では25~100倍増加し、24種類のmiRNAの発現がMTC試料と比較してPTC試料では2~10倍増加していた。加えて、124種類のmiRNAの発現が、MTC試料と比較してPTC試料では低下していた。これらのうち、hsa-miR-124、-375、及び-323-3pの発現がPTCでは100分の1~300分の1に低下し、5種類のmiRNAhsa-miR-7、-153、-410、-129-3p、及び-129-5pの発現がPTCでは50分の1~100分の1に低下し、19種類のmiRNAの発現がPTCでは20分の1~50分の1に低下し、97種類のmiRNAの発現が、MTC試料と比較してPTC試料では2分の1~20分の1に低下していた。表28PTC及びMTC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例27miRNA発現のプロファイリングは退形成性甲状腺癌と甲状腺乳頭癌濾胞亜型を区別する退形成性甲状腺癌試料ATCと甲状腺乳頭癌濾胞亜型試料の間では、合計で93種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表29。FVPTC試料と比較してATC試料では、これらのうち、27種類のmiRNAの発現が少なくとも2倍増加していたLog2差ATC対FVPTC≧1。これらのうち、1種類のmiRNAhsa-miR-9の発現はATCでは70倍を超えて高く、6種類のmiRNAhsa-miR-582-5p、-582-3p、-9、-124、-34c-3p、及び-210の発現はATCでは10~30倍増加し、20種類のmiRNAの発現がFVPTC試料と比較してATC試料では2~10倍増加していた。加えて、FVPTC試料と比較してATC試料では53種類のmiRNAの発現が少なくとも2分の1に低下していた。これらのうち、8種類のmiRNAhsa-miR-429、-200b、-141、-200a、-200c、-135b、-135a、及び-205の発現がATCでは100分の1~600分の1に低下し、8種類のmiRNAhsa-miR-551b、-200b、-141、-375、-200a、-138、-31、及び-1の発現がATCでは20分の1~80分の1に低下し、6種類のmiRNAhsa-miR-146b-5p、-512-3p、-125b、-222、-7i、及び-99aの発現がATCでは10分の1~20分の1に低下し、31種類のmiRNAの発現がFVPTC試料と比較してATC試料では、2分の1~10分の1に低下していた。表29FVPTC及びATC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例28miRNA発現のプロファイリングは甲状腺乳頭癌濾胞亜型と甲状腺髄様癌を区別する甲状腺乳頭癌濾胞亜型の試料と甲状腺髄様癌試料の間では、合計で142種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05表30。MTC試料と比較してFVPTC試料では、これらのうち、19種類のmiRNAの発現レベルが少なくとも2倍高かったLog2差FVPTC対MTC≧1。これらのうち、4種類のmiRNAhas-miR-31、-31、146b-5p、及び-55bの発現はFVPTCで40~90倍増加し、hsa-miR-146b-3pの発現がFVPTCでは少なくとも10倍高く、14種類のmiRNAの発現がMTC試料と比較してFVPTC試料では2~10倍増加していた。加えて、96種類のmiRNAの発現が、MTC試料と比較してFVPTC試料では、少なくとも2分の1に低下していた。これらのうち、4種類のmiRNAhsa-miR-124、-375、-323-3p、及び-7の発現がFVPTCでは100分の1~250分の1に低下し、6種類のmiRNAhsa-miR-129-5p、-153、-410、-487b、-432、及び-433の発現がFVPTCでは400分の1~100分の1に低下し、17種類のmiRNAの発現がFVPTCでは20分の1~40分の1に低下し、17種類のmiRNAの発現がFVPTCでは10分の1~20分の1に低下し、52種類のmiRNAの発現が、MTC試料と比較してFVPTC試料では、2分の1~10分の1に低下していた。表30FVPTC及びMTC試料間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。AVG、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例29miRNA発現のプロファイリングは過形成結節NODと濾胞細胞由来の新生物FA、FTC、PTC、及びFVPTCを区別する本発明者らは、miRNAが良性の過形成結節NODと病気になった甲状腺結節FA、FTC、PTC、及びFVPTCを区別することができるか否かの決定を試みた。この区別は、術前評価及び甲状腺結節患者の管理に関する臨床用途に重要なものである。過形成結節NODのmiRNAの発現プロファイルと、最も一般的な濾胞細胞由来の新生物FA、FTC、PTC、及びFVPTCのmiRNAの発現プロファイルを比較した。過形成結節試料と濾胞細胞由来の新生物試料との間では、合計で201種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05。濾胞細胞由来の新生物試料と比較してNOD試料では、これらのうち、144種類のmiRNAの発現レベルが少なくとも2倍増加しLog2差NOD対FA、FTC、PTC、及びFVPTC≧1、22種類のmiRNAの発現レベルが少なくとも2分の1に低下していた表31。NOD中の発現レベルの平均が高かったmiRNAのうち、hsa-miR-206の発現が27倍増加し、13種類のmiRNAhsa-miR-92b、-1202、-1300、-663、-149、-631、-936、-187、-1182、-198、-765、-648、及び-934の発現が10~20倍増加し、45種類のmiRNAの発現が5~10倍増加し、85種類のmiRNAの発現が2~5倍増加していた。NOD中の発現レベルの平均が低かったmiRNAのうち、5種類hsa-miR-1274a、-1274b、-221、-720、及び-1260の発現が少なくとも5分の1に低下し、17種類のmiRNAの発現が2分の1~5分の1に低下していた表31。表31NODと濾胞細胞由来の新生物FA、FTC、PTC、及びFVPTCとの間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。Avg、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例30miRNA発現のプロファイリングは良性及び前悪性病変NOD及びFAと濾胞細胞由来の分化型腫瘍FTC、PTC、FVPTCとを区別する本発明者らはさらに、miRNAの発現レベルが、良性及び前悪性状態の甲状腺と、悪性の甲状腺癌とを区別することができるか否かの決定を試みた。良性過形成結節NODと前悪性の濾胞腺腫FA試料のmiRNAの発現プロファイルと、悪性甲状腺癌、具体的には分化型甲状腺癌FTC、PTC、及びFVPTCのmiRNAの発現プロファイルを比較した。NODFA試料と濾胞細胞由来の腫瘍FTC、PTC、FVPTC試料との間では、合計で111種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05。CANCER試料に対してNODFA試料では、これらのうち、39種類のmiRNAの発現レベルが少なくとも2倍増加しLog2差NODFA対CANCER≧1、21種類のmiRNAの発現レベルが少なくとも2分の1に低下していた表32。NODFA試料中の発現レベルの平均が高かったmiRNAのうち、hsa-miR-1308の発現が5倍増加し、38種類のmiRNAの発現が2~5倍増加していた。NODFA試料中の発現レベルの平均が低かったmiRNAのうち、hsa-let-7iの発現が少なくとも10分の1に低下し、3種類のmiRNAhsa-miR-1244及び-1246、及びhsa-let-7iの発現が5分の1~10分の1に低下し、17種類のmiRNAの発現が2分の1~5分の1に低下していた表32。表32NODFAと濾胞細胞由来の分化型腫瘍CANCERとの間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。Avg、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例31miRNA発現のプロファイリングは過形成結節NODと濾胞細胞由来の分化型腫瘍FTC、PTC、FVPTCを区別する過形成結節NOD試料と濾胞細胞由来の腫瘍FTC、PTC、FVPTC試料との間では、合計で291種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05。NOD試料では、これらのうち180種類のmiRNAの発現レベルが少なくとも2倍増加しLog2差NOD対CANCER≧1、30種類のmiRNAの発現レベルが少なくとも2分の1に低下していた表33。NOD試料中では、NOD中の発現レベルの平均が高かったmiRNAのうち、hsa-miR-206の発現が20倍増加し、13種類のmiRNAhsa-miR-92b、-631、-1202、-1300、-149、-633、-936、-765、-648、-187、-934、-1182、及び-198の発現が10~20倍増加し、45種類のmiRNAの発現が5~10倍増加し、121種類のmiRNAの発現が2~5倍増加していた。NOD中の発現レベルの平均が低かったmiRNAのうち、hsa-miR-146b-5pの発現が少なくとも15分の1低下し、9種類のmiRNAhsa-miR-1274a、-221、-1274b、-720、-146b-3p、-221、-222、-142-3p、及び-1260の発現が5分の1~10分の1に低下し、20種類のmiRNAの発現が2分の1~5分の1に低下していた表33。表33過形成結節NODと濾胞細胞由来の分化型腫瘍CANCERとの間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。Avg、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例32miRNA発現のプロファイリングは濾胞腺腫FAと濾胞細胞由来の分化型腫瘍FTC、PTC、FVPTCを区別する濾胞腺腫試料と濾胞細胞由来の腫瘍FTC、PTC、FVPTC試料との間では、合計で94種類のヒトmiRNAの発現が有意に異なっていたp<0.05。FA試料では、これらのうち、19種類のmiRNAの発現レベルが2~5倍高かったLog2差FA対CANCER≧1。加えて、13種類のmiRNAの発現レベルがFA試料では少なくとも2分の1に低下していた表34。FA試料では、これらのうち、5種類のmiRNAhsa-miR-31、-31、-200a、-200b、及び-429の発現が8分の1~20分の1に低下し、8種類のmiRNAの発現が2分の1~5分の1に低下していた表34。表34濾胞腺腫と濾胞細胞由来の分化型腫瘍CANCERとの間で発現に有意な差のあるマイクロRNA。Avg、一群の試料における発現の平均;SD、標準偏差。実施例33発現に差があったmiRNAのQRT-PCR解析正常な甲状腺組織と病気になっている甲状腺組織の8種類のサブグループ間で、発現に最も共通して差があった33種類のmiRNAについてqRT-PCR反応を行った。TaqMane登録商標マイクロRNAアッセイ法アプライドバイオシステムズ、フォスターシティー、カリフォルニア、米国を使用し、製造業者の説明に従ってqRT-PCR反応を実施した。反応液には一反応当たり5ngのトータルRNAを加え、7900HTFastリアルタイムPCRシステムアプライドバイオシステムズでインキュベートした。qRT-PCRにおいても、miRNAのマイクロアレイ発現解析で最初に評価した、31人の患者試料について解析した。加えて、11人の患者の甲状腺試料NOD1人、FA2人、膨大性FA1人、PTC4人、FVPTC1人、膨大性FTC1人、及び橋本甲状腺炎Hash1人の独立したセットについてもqRT-PCRで解析した。42種類の甲状腺試料について得られたqRT-PCRの生データを表35に示す。qRT-PCRのデータを用いて、2つの解析を行った。本発明者らはまず、NOD試料中とFA試料中でのmiR-206及びmiR-1300図2Aについて示したように、異なる試料群間においてそれぞれ個別のmiRNAの発現レベルを比較した。これらの実験に関しては、8種類の試料サブグループ間での発現レベルが非常に類似していたmiR-191を標準としてmiRNAの発現レベルを正規化した。次に本発明者らは、2種類の試料群間における発現が逆方向であった2種類のmiRNA間すなわち、一方の発現は増加し、もう一方の発現が低下していたmiRNA間の発現の差を決定した。この型の評価では正規化が必要とされず、特定の2種類の試料群間の違いが大きくなる。甲状腺結節と甲状腺の濾胞細胞由来の新生物FA、FTC、PTC、及びFVPTCを区別するmiRNAに関する2種類のmiRNA間の発現の違いの例を、図2B及び図3A~Cに示す。突然変異及び遺伝子の再編成が甲状腺癌の病理発生に重要なため、AsuragenのLuminex-basedResearchアッセイ法を使用し、甲状腺癌によく見られるDNAの変異BRAFV600E、NRAS、HRAS、及びKRAS又は転座RET/PTC1及び3、並びにPAX8/PPARγの有無について42種類の試料を解析した。試料の変異状態にかかわらず試料を正確に分類したということが重要である図3。miRNAの発現レベルの相対差は、アレイデータとqRT-PCRデータの両方で全体的に非常に類似しており、このことは2つのプラットフォームの間に非常に良い相関があることを示している。表3542個の甲状腺試料中の33種類のmiRNAの発現に関するQRT-PCRデータ参考文献以下の参考文献は、本明細書に示した説明の例となる手順の詳細又は捕捉となる他の詳細を提供する範囲において、参照することにより具体的に組み込まれる。"