"原料からアルコールを生成することが可能な組み換え微生物と;アルコールと;脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される少なくとも1種の抽出剤とを含む組成物であって;前記抽出剤が、前記原料から生成される組成物。前記抽出剤が、式RC=ONR’Rの1種またはそれ以上の脂肪アミドを含み、式中、Rが、独立して、1つまたはそれ以上の二重結合で場合により介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’およびRが、独立して、水素および1つまたはそれ以上のヒドロキシル基を場合により含むC1~C6のアルキル基からなる群から選択される、請求項1に記載の組成物。前記抽出剤は、式R-C=O-OCHR’CHR-OHの1種またはそれ以上の脂肪酸エステルを含み、式中、Rが、独立して、1つまたはそれ以上の二重結合で場合により介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’およびRが、独立して、水素およびC1~C4のアルキル基からなる群から選択される、請求項1に記載の組成物。前記抽出剤が、式R-C=O-OR’の1種またはそれ以上の脂肪酸エステルを含み、式中、Rが、独立して、1つまたはそれ以上の二重結合で場合により介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’が、8個以下の炭素を有するアルキル基である、請求項1に記載の組成物。前記抽出剤が、脂肪アミドの混合物であり、脂肪アミドの前記混合物が、リノレアミド、オレアミド、パルミトアミド、またはステアルアミドを含む、請求項1に記載の組成物。前記抽出剤が、脂肪アミドと脂肪酸との混合物であり、脂肪アミドと脂肪酸との前記混合物が、リノレアミド、リノール酸、オレアミド、オレイン酸、パルミトアミド、パルミチン酸、ステアルアミド、またはステアリン酸を含む、請求項1に記載の組成物。前記抽出剤が、水酸化トリグリセリド、アルコキシ化トリグリセリド、水酸化脂肪酸、アルコキシ化脂肪酸、水酸化脂肪アルコール、およびアルコキシ化脂肪アルコールから選択される、請求項1に記載の組成物。前記抽出剤が、飽和脂肪酸、不飽和脂肪酸、飽和脂肪アルコール、不飽和脂肪アルコール、飽和脂肪アミド、不飽和脂肪アミド、飽和脂肪酸エステル、不飽和脂肪酸エステル、およびそれらの混合物から選択される、請求項1に記載の組成物。前記アルコールが、C1~C8のアルキルアルコールである、請求項1に記載の組成物。前記原料が、ライ麦、小麦、トウモロコシ、サトウキビ、大麦、セルロース系材料、リグノセルロース系材料、またはそれらの混合物を含む、請求項1に記載の組成物。抽出剤を生成するための方法であって:油を含むバイオマスを提供する工程と;脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される抽出剤へと前記油を化学的に転化することが可能な1種またはそれ以上の物質と前記油を接触させ、それによって、前記油の少なくとも一部が、前記抽出剤に転化される工程とを含む方法。前記1種またはそれ以上の物質が、水酸化アンモニウム水溶液、無水アンモニア、酢酸アンモニウム、アンモニア水、過酸化水素、トルエン、氷酢酸、リパーゼ、およびカチオン交換樹脂から選択される、請求項11に記載の方法。前記抽出剤が、前記油が抽出剤に転化される前の生成物アルコールのための前記油の分配係数より高い、前記生成物アルコールのための分配係数を有する、請求項11に記載の方法。前記生成物アルコールが、C1~C8のアルキルアルコールである、請求項12に記載の方法。前記油を前記1種またはそれ以上の物質と接触させる工程の前に、前記バイオマスから前記油を分離する工程をさらに含む、請求項11に記載の方法。前記バイオマスが、トウモロコシの穀粒、トウモロコシの穂軸、トウモロコシの皮、トウモロコシの茎葉などの作物残渣、草、小麦、ライ麦、小麦のわら、大麦、大麦のわら、牧草、稲わら、スイッチグラス、古紙、サトウキビの絞りかす、ソルガム、サトウキビ、大豆、穀類の粉砕から得られる成分、セルロース系材料、リグノセルロース系材料、樹木、枝、根、葉、木質チップ、おがくず、潅木および低木、野菜、果物、花、動物の糞尿、およびそれらの混合物を含む、請求項11に記載の方法。生成物アルコールを生成するための方法であって:aオリゴ糖および油を含むバイオマスを提供する工程と;bオリゴ糖を単糖類へと転化することが可能な糖化酵素と前記バイオマスを接触させる工程と;caまたはbの前記バイオマスから前記油を分離する工程と;d前記分離された油を、1種またはそれ以上の反応剤または溶媒と接触させて、抽出剤を形成する工程と;e前記単糖類を生成物アルコールに転化することが可能な組み換え微生物を含む発酵ブロスと前記バイオマスを接触させ、それによって、生成物アルコールが生成される工程と;f前記生成物アルコールを前記抽出剤と接触させる工程とを含み、前記抽出剤が、前記生成物アルコールのための前記バイオマスの前記油の分配係数より高い、前記生成物アルコールのための分配係数を有する方法。前記抽出剤が、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物から選択される、請求項17に記載の方法。前記抽出剤が、式RC=ONR’Rの1種またはそれ以上の脂肪アミドを含み、式中、Rが、独立して、1つまたはそれ以上の二重結合で場合により介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’およびRが、独立して、水素および1つまたはそれ以上のヒドロキシル基を場合により含むC1~C6のアルキル基からなる群から選択される、請求項18に記載の方法。前記抽出剤が、式R-C=O-OCHR’CHR-OHの1種またはそれ以上の脂肪酸エステルを含み、式中、Rが、独立して、1つまたはそれ以上の二重結合で場合により介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’およびRが、独立して、水素およびC1~C4のアルキル基からなる群から選択される、請求項18に記載の組成物。前記抽出剤が、式R-C=O-OR’の1種またはそれ以上の脂肪酸エステルを含み、式中、Rが、独立して、1つまたはそれ以上の二重結合で場合により介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’が、8個以下の炭素を有するアルキル基である、請求項18に記載の組成物。前記抽出剤が、水酸化トリグリセリド、アルコキシ化トリグリセリド、水酸化脂肪酸、アルコキシ化脂肪酸、水酸化脂肪アルコール、およびアルコキシ化脂肪アルコールから選択される、請求項17に記載の方法。前記抽出剤が、飽和脂肪酸、不飽和脂肪酸、飽和脂肪アルコール、不飽和脂肪アルコール、飽和脂肪アミド、不飽和脂肪アミド、飽和脂肪酸エステル、不飽和脂肪酸エステル、およびそれらの混合物から選択される、請求項17に記載の方法。前記1種またはそれ以上の反応剤または溶媒が、水酸化アンモニウム水溶液、無水アンモニア、酢酸アンモニウム、アンモニア水、過酸化水素、トルエン、氷酢酸、リパーゼ、およびカチオン交換樹脂から選択される、請求項17に記載の方法。前記生成物アルコールが、C1~C8のアルキルアルコールである、請求項17に記載の方法。前記油が、獣脂油、トウモロコシ油、キャノーラ油、カプリン酸/カプリル酸トリグリセリド、ヒマシ油、ヤシ油、綿実油、魚油、ホホバ油、ラード、亜麻仁油、牛脚油、オイチシカ油、パーム油、ピーナッツ油、ナタネ油、米油、ベニバナ油、大豆油、ヒマワリ油、キリ油、ジャトロファ油、小麦油、ライ麦油、大麦油、および植物油ブレンドから選択される1種またはそれ以上の油を含む、請求項17に記載の方法。生成物アルコールを生成するための方法であって:a発酵槽中で生成物アルコールを生成することが可能な組み換え微生物を含む発酵ブロスを提供し、それによって、生成物アルコールが生成される工程と;b前記発酵ブロスを抽出剤と接触させて、水相および有機相を含む二相混合物を形成する工程であって、前記有機相が、前記生成物アルコールおよび前記油を含むように、前記生成物アルコールおよび前記油が、前記有機相中に分配される工程と;c前記水相から前記有機相を分離する工程と;d前記有機相から前記生成物アルコールを分離する工程とを含み;場合により工程bおよびcが同時に行われる方法。前記抽出剤が、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物から選択される、請求項27に記載の方法。前記抽出剤が、水酸化トリグリセリド、アルコキシ化トリグリセリド、水酸化脂肪酸、アルコキシ化脂肪酸、水酸化脂肪アルコール、およびアルコキシ化脂肪アルコールから選択される、請求項28に記載の方法。前記抽出剤が、飽和脂肪酸、不飽和脂肪酸、飽和脂肪アルコール、不飽和脂肪アルコール、飽和脂肪アミド、不飽和脂肪アミド、飽和脂肪酸エステル、不飽和脂肪酸エステル、およびそれらの混合物から選択される、請求項28に記載の方法。前記生成物アルコールが、C1~C8のアルキルアルコールである、請求項27に記載の方法。原料スラリーを生成する工程と;i水層、ii油層、およびiii固体層を生成するように前記原料スラリーを分離する工程と;前記水層を前記発酵槽に供給する工程とをさらに含む、請求項27に記載の方法。脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される抽出剤へと前記油を化学的に転化することが可能な1種またはそれ以上の物質と前記油層の前記油を接触させ、それによって、前記油の少なくとも一部が、前記抽出剤に転化される工程をさらに含む、請求項27に記載の方法。前記抽出剤が、前記生成物アルコールのための前記油層の前記油の分配係数より高い、前記生成物アルコールのための分配係数を有する、請求項27に記載の方法。前記生成物アルコールが、C1~C8のアルキルアルコールである、請求項27に記載の方法。前記油が、獣脂油、トウモロコシ油、キャノーラ油、カプリン酸/カプリル酸トリグリセリド、ヒマシ油、ヤシ油、綿実油、魚油、ホホバ油、ラード、亜麻仁油、牛脚油、オイチシカ油、パーム油、ピーナッツ油、ナタネ油、米油、ベニバナ油、大豆油、ヒマワリ油、キリ油、ジャトロファ油、小麦油、ライ麦油、大麦油、および植物油ブレンドから選択される1種またはそれ以上の油を含む、請求項27に記載の方法。抽出剤を生成するための方法であって:油を含むバイオマスを提供する工程と;前記油の少なくとも一部を、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される抽出剤へと転化する工程とを含む方法。前記油を抽出剤へと転化する工程が、テトラヒドロフランおよび水素化アルミニウムリチウムの存在下で前記油をインキュベートする工程;前記油を、水酸化ナトリウムを用いてインキュベートする工程;前記油を、硫酸およびメタノールを用いてインキュベートする工程;前記油を、酢酸アンモニウムの存在下で、無水アンモニアを用いてインキュベートする工程;前記油を、アンモニア水を用いてインキュベートする工程;前記油を、トルエン、カチオン交換樹脂、氷酢酸、リパーゼ、および過酸化水素と接触させる工程;前記油を高温条件下でインキュベートするか、または前記油を高圧条件下でインキュベートする工程のうちの1つまたはそれ以上を含む、請求項37に記載の方法。本発明は、ブタノールなどの生成物アルコールを生成するための方法であって、バイオマス中の脂質が、ISPRに使用され得る抽出剤へと転化され、原料とともに、および/または抽出剤の再利用の際に発酵槽に供給される脂質の量が減少される方法を提供することによって、上記の必要性を満たす。本発明は、以下の実施形態の説明によって明らかになるようなさらなる関連する利点を提供する。バイオマスに由来する脂質の、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、脂肪酸グリコールエステル、およびトリグリセリド、ならびにそれらの混合物を含む抽出剤本明細書において、まとめて脂肪酸抽出剤と呼ばれるへの化学的転化により、ISPR抽出剤中に存在する脂質の量を減少させることができる。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。脂肪酸抽出剤は、抽出剤相中へのイソブタノールなどの生成物アルコールの分配係数を脂質ほど低下させるとは予想されない。さらに、脂肪酸抽出剤は、ISPR抽出剤として使用することができる。脂肪酸抽出剤は、発酵槽に供給される発酵性炭素を供給するバイオマスに由来し得る。したがって、脂肪酸抽出剤は、アルコール生成プロセス中の工程において生成され、プロセス中に生成されない供給される外部からのISPR抽出剤外部から供給されるオレイルアルコールなどの代わりに、またはそれに加えて使用され得、それによって、ISPR抽出剤の原料コストを削減するかまたはなくすことさえできる。さらに、抽出剤はまた、高温および/または高圧条件を用いて、バイオマスに由来する油または原料を脂肪酸へと転化することによって生成され得る。さらに、バイオマスに由来する油または原料は、1つ以上のリパーゼで処理されて、脂肪酸が生成されるか、または水素化に供されて、脂肪アルコールが生成され得る。本発明は、原料からアルコールを生成することが可能な組み換え微生物と;アルコールと;脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される少なくとも1種の抽出剤とを含む組成物であって;抽出剤が、原料から生成される組成物に関する。一実施形態において、抽出剤は、脂肪アミドの混合物であり、さらなる実施形態において、脂肪アミドの混合物は、リノレアミド、オレアミド、パルミトアミド、またはステアルアミドを含む。別の実施形態において、抽出剤は、脂肪アミドと脂肪酸との混合物であり、さらなる実施形態において、脂肪アミドと脂肪酸との混合物は、リノレアミド、リノール酸、オレアミド、オレイン酸、パルミトアミド、パルミチン酸、ステアルアミド、またはステアリン酸を含む。一実施形態において、抽出剤は、水酸化トリグリセリド、アルコキシ化トリグリセリド、水酸化脂肪酸、アルコキシ化脂肪酸、水酸化脂肪アルコール、およびアルコキシ化脂肪アルコールから選択される。一実施形態において、トリグリセリドは、メトキシ化またはエトキシ化され得る。別の実施形態において、抽出剤は、飽和脂肪酸、不飽和脂肪酸、飽和脂肪アルコール、不飽和脂肪アルコール、飽和脂肪アミド、不飽和脂肪アミド、飽和脂肪酸エステル、不飽和脂肪酸エステル、およびそれらの混合物から選択される。一実施形態において、抽出剤は、液体または固体であり得る。さらなる実施形態において、抽出剤は、ビーズの形態であり得る。一実施形態において、アルコールは、C1~C8のアルキルアルコールである。別の実施形態において、原料は、ライ麦、小麦、トウモロコシ、サトウキビ、大麦、セルロース系材料、リグノセルロース系材料、またはそれらの混合物を含む。一実施形態において、抽出剤は、式RC=ONR’Rの1種以上の脂肪アミドを含み、式中、Rが、独立して、1つ以上の二重結合で任意に介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’およびRが、独立して、水素および1つ以上のヒドロキシル基を任意に含むC1~C6のアルキル基からなる群から選択される。別の実施形態において、抽出剤は、式R-C=O-OCHR’CHR-OHの1種以上の脂肪酸エステルを含み、式中、Rが、独立して、1つ以上の二重結合で任意に介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’およびRが、独立して、水素およびC1~C4のアルキル基からなる群から選択される。一実施形態において、抽出剤は、式R-C=O-OR’の1種以上の脂肪酸エステルを含み、式中、Rが、独立して、1つ以上の二重結合で任意に介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’が、8個以下の炭素を有するアルキル基である。本発明は、抽出剤を生成するための方法であって、油を含むバイオマスを提供する工程と;脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される抽出剤へと油を化学的に転化することが可能な1種以上の物質と油を接触させ、それによって、油の少なくとも一部が、抽出剤に転化される工程とを含む方法に関する。一実施形態において、トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。一実施形態において、抽出剤は、液体または固体であり得る。さらなる実施形態において、抽出剤は、ビーズの形態であり得る。一実施形態において、本方法は、油を1種以上の物質と接触させる工程の前に、バイオマスから油を分離する工程をさらに含む。一実施形態において、1種以上の物質は、水酸化アンモニウム水溶液、無水アンモニア、酢酸アンモニウム、アンモニア水、過酸化水素、トルエン、氷酢酸、リパーゼ、およびカチオン交換樹脂から選択される。別の実施形態において、抽出剤は、油が抽出剤に転化される前に、生成物アルコールのための油の分配係数より高い、生成物アルコールのための分配係数を有する。一実施形態において、生成物アルコールは、C1~C8のアルキルアルコールである。別の実施形態において、バイオマスは、トウモロコシの穀粒、トウモロコシの穂軸、トウモロコシの皮、トウモロコシの茎葉などの作物残渣、草、小麦、ライ麦、小麦のわら、大麦、大麦のわら、牧草、稲わら、スイッチグラス、古紙、サトウキビの絞りかす、ソルガム、サトウキビ、大豆、穀類の粉砕から得られる成分、セルロース系材料、リグノセルロース系材料、樹木、枝、根、葉、木質チップ、おがくず、潅木および低木、野菜、果物、花、動物の糞尿、およびそれらの混合物を含む。本発明は、生成物アルコールを生成するための方法であって:aオリゴ糖および油を含むバイオマスを提供する工程と;bオリゴ糖を単糖類へと転化することが可能な糖化酵素とバイオマスを接触させる工程と;caまたはbのバイオマスから油を分離する工程と;d分離された油を、1種以上の反応剤または溶媒と接触させて、抽出剤を形成する工程と;e単糖類を生成物アルコールに転化することが可能な組み換え微生物を含む発酵ブロスとバイオマスを接触させ、それによって、生成物アルコールが生成される工程と;f生成物アルコールを抽出剤と接触させる工程とを含み、抽出剤が、生成物アルコールのためのバイオマスの油の分配係数より高い、生成物アルコールのための分配係数を有する方法にも関する。一実施形態において、1種以上の反応剤または溶媒は、水酸化アンモニウム水溶液、無水アンモニア、酢酸アンモニウム、アンモニア水、過酸化水素、トルエン、氷酢酸、リパーゼ、およびカチオン交換樹脂から選択される。一実施形態において、抽出剤は、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物から選択される。一実施形態において、抽出剤は、水酸化トリグリセリド、アルコキシ化トリグリセリド例えば、メトキシ化、エトキシ化、水酸化脂肪酸、アルコキシ化脂肪酸、水酸化脂肪アルコール、およびアルコキシ化脂肪アルコールから選択される。別の実施形態において、抽出剤は、飽和脂肪酸、不飽和脂肪酸、飽和脂肪アルコール、不飽和脂肪アルコール、飽和脂肪アミド、不飽和脂肪アミド、飽和脂肪酸エステル、不飽和脂肪酸エステル、およびそれらの混合物から選択される。一実施形態において、抽出剤は、液体または固体であり得る。さらなる実施形態において、抽出剤は、ビーズの形態であり得る。一実施形態において、アルコールは、C1~C8のアルキルアルコールである。別の実施形態において、油は、獣脂油、トウモロコシ油、キャノーラ油、カプリン酸/カプリル酸トリグリセリド、ヒマシ油、ヤシ油、綿実油、魚油、ホホバ油、ラード、亜麻仁油、牛脚油、オイチシカ油、パーム油、ピーナッツ油、ナタネ油、米油、ベニバナ油、大豆油、ヒマワリ油、キリ油、ジャトロファ油、小麦油、ライ麦油、大麦油、および植物油ブレンドから選択される1種以上の油を含む。一実施形態において、抽出剤は、式RC=ONR’Rの1種以上の脂肪アミドを含み、式中、Rが、独立して、1つ以上の二重結合で任意に介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’およびRが、独立して、水素および1つ以上のヒドロキシル基を任意に含むC1~C6のアルキル基からなる群から選択される。別の実施形態において、抽出剤は、式R-C=O-OCHR’CHR-OHの1種以上の脂肪酸エステルを含み、式中、Rが、独立して、1つ以上の二重結合で任意に介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’およびRが、独立して、水素およびC1~C4のアルキル基からなる群から選択される。一実施形態において、抽出剤は、式R-C=O-OR’の1種以上の脂肪酸エステルを含み、式中、Rが、独立して、1つ以上の二重結合で任意に介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’が、8個以下の炭素を有するアルキル基である。本発明は、生成物アルコールを生成するための方法であって:a発酵槽中で生成物アルコールを生成することが可能な組み換え微生物を含む発酵ブロスを提供し、それによって、生成物アルコールが生成される工程と;b発酵ブロスを抽出剤と接触させて、水相および有機相を含む二相混合物を形成する工程であって、有機相が、生成物アルコールおよび油を含むように、生成物アルコールおよび油が、有機相中に分離する工程と;c水相から有機相を分離する工程と;d有機相から生成物アルコールを分離する工程とを含み;任意に工程bおよびcが同時に行われる方法に関する。一実施形態において、本方法は、原料スラリーを生成する工程と;i水層、ii油層、およびiii固体層を生成するように原料スラリーを分離する工程と;水層を発酵槽に供給する工程とをさらに含む。別の実施形態において、本方法は、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される抽出剤へと油を化学的に転化することが可能な1種以上の物質と油層の油を接触させ、それによって、油の少なくとも一部が、抽出剤に転化されることをさらに含む工程をさらに含む。一実施形態において、抽出剤は、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物から選択される。別の実施形態において、抽出剤は、水酸化トリグリセリド、アルコキシ化トリグリセリド例えば、メトキシ化、エトキシ化、水酸化脂肪酸、アルコキシ化脂肪酸、水酸化脂肪アルコール、およびアルコキシ化脂肪アルコールから選択される。一実施形態において、抽出剤は、飽和脂肪酸、不飽和脂肪酸、飽和脂肪アルコール、不飽和脂肪アルコール、飽和脂肪アミド、不飽和脂肪アミド、飽和脂肪酸エステル、不飽和脂肪酸エステル、およびそれらの混合物から選択される。一実施形態において、抽出剤は、液体または固体であり得る。さらなる実施形態において、抽出剤は、ビーズの形態であり得る。一実施形態において、生成物アルコールは、C1~C8のアルキルアルコールである。別の実施形態において、抽出剤は、生成物アルコールのための油層の油の分配係数より高い、生成物アルコールのための分配係数を有する。一実施形態において、生成物アルコールは、C1~C8のアルキルアルコールである。別の実施形態において、油は、獣脂油、トウモロコシ油、キャノーラ油、カプリン酸/カプリル酸トリグリセリド、ヒマシ油、ヤシ油、綿実油、魚油、ホホバ油、ラード、亜麻仁油、牛脚油、オイチシカ油、パーム油、ピーナッツ油、ナタネ油、米油、ベニバナ油、大豆油、ヒマワリ油、キリ油、ジャトロファ油、小麦油、ライ麦油、大麦油、および植物油ブレンドから選択される1種以上の油を含む。ある実施形態において、発酵プロセスからバイオマスに由来する油を除去する方法は、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、トリグリセリドおよびそれらの混合物からなる群から選択される抽出剤へと油を化学的に転化することが可能な1種以上の物質と、所定の量の油を含むバイオマス原料流を接触させ、それによって、油の少なくとも一部が、抽出剤に転化される工程を含む。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。抽出剤は、発酵アルコールのための油の分配係数より高い、発酵アルコールのための分配係数を有する。ある実施形態において、バイオマス原料流は、粉砕されたトウモロコシであり、油はトウモロコシ油である。ある実施形態において、本方法は、抽出剤を有するバイオマス原料流を、発酵アルコールを含む発酵ブロスと接触させる工程であって、発酵アルコールが抽出剤中に分離する工程も含む。本発明は、抽出剤を生成するための方法であって、油を含むバイオマスを提供する工程と;油の少なくとも一部を、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸エステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される抽出剤へと転化する工程とを含む方法に関する。一実施形態において、油を抽出剤へと転化する工程は、テトラヒドロフランおよび水素化アルミニウムリチウムの存在下で油を培養する工程;油を、水酸化ナトリウムを用いて培養する工程;油を、硫酸およびメタノールを用いて培養する工程;油を、酢酸アンモニウムの存在下で、無水アンモニアを用いて培養する工程;油を、アンモニア水を用いて培養する工程;油を、トルエン、カチオン交換樹脂、氷酢酸、リパーゼ、および過酸化水素と接触させる工程;油を高温条件下で培養するか、または油を高圧条件下で培養する工程のうちの1つ以上を含む。ある実施形態において、生成物アルコールの原位置除去のための抽出剤を生成する原位置方法は、a発酵性糖および油を含むバイオマスを提供する工程であって、油がトリグリセリドを含む工程と;bバイオマスからaの油を分離する工程と;c脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪アミドと脂肪酸との混合物、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される反応生成物を得るようにトリグリセリドを化学的に反応させることが可能な1種以上の反応剤または溶媒と、分離された油を接触させて、それによって、油中のトリグリセリドが、反応生成物へと転化される工程とを含む。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。反応生成物は、生成物アルコールのためのバイオマスの油の分配係数より高い、生成物アルコールのための分配係数を有する発酵生成物抽出剤を形成する。ある実施形態において、ブタノールを生成するための方法は、aオリゴ糖および油を含むバイオマスを提供する工程であって、油がグリセリドを含む工程と;bオリゴ糖を単糖類へと転化することが可能な糖化酵素とバイオマスを接触させる工程と;caまたはbのバイオマスから油を分離する工程と;d分離された油を、1種以上の反応剤または溶媒を含む組成物と接触させ、それによって、油中のグリセリドが抽出剤を形成する工程と;e単糖類をブタノールに転化することが可能な組み換え微生物とバイオマスを接触させ、それによって、ブタノールを含む発酵生成物が生成される工程と;f発酵生成物を、dの抽出剤と接触させ、それによって、ブタノールが、発酵生成物から分離される工程とを含む。抽出剤は、ブタノールのためのバイオマスの油の分配係数より高い、ブタノールのための分配係数を有する。ある実施形態において、工程dの抽出剤は、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪アミドと脂肪酸との混合物、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。ある実施形態において、方法は、原料から生成物アルコールを生成するためのプロセス中の工程において、生成物アルコールのための植物由来油の分配係数より高い、生成物アルコールのための抽出剤分配係数を有する抽出剤に、植物由来油の少なくとも一部を転化する工程を含む。ある実施形態において、植物由来油は、上記の原料に由来する。ある実施形態において、生成物アルコールはイソブタノールであり、抽出剤分配係数は少なくとも約0.28である。ある実施形態において、イソブタノールのための抽出剤分配係数は少なくとも約1である。ある実施形態において、イソブタノールのための抽出剤分配係数は少なくとも約2である。ある実施形態において、原料から生成物アルコールを生成するための方法は、a原料スラリーを生成する工程と;bi水層、ii油層、およびiii固体層を含む生成物を生成するようにaの原料スラリーを分離する工程と;cbの水層を発酵槽に供給する工程とを含む。ある実施形態において、原料スラリーを分離する工程が、遠心分離によって行われる。ある実施形態において、油層は植物由来油層である。ある実施形態において、本方法は、植物由来油層から植物由来油の少なくとも一部を得る工程をさらに含む。ある実施形態において、本方法は、抽出剤を発酵槽に加えて、水相および生成物アルコール含有有機相を含む二相混合物を形成し、それによって、生成物アルコールが、生成物アルコール含有有機相中に分離する工程をさらに含む。ある実施形態において、本方法は、水相の糖を発酵させて、生成物アルコールを生成し、それによって、生成物アルコールが、生成物アルコール含有有機相中に分離する工程をさらに含む。ある実施形態において、発酵プロセスからバイオマスに由来する油を除去する方法は、a生成物アルコールおよびバイオマスに由来する油を含む発酵ブロスを提供する工程であって、油がグリセリドを含む工程と;b発酵ブロスを抽出剤と接触させて、水相および有機相を含む二相混合物を形成する工程であって、有機相が、生成物アルコールおよび油を含むように、生成物アルコールおよび油が、有機相中に分離する工程と;c水相から有機相を分離する工程と;d有機相から生成物アルコールを分離する工程と;e有機相を、1種以上の反応剤または溶媒を含む組成物と接触させ、それによって、油中のグリセリドが、さらなる抽出剤を形成する工程と;f発酵ブロスを、工程eのさらなる抽出剤と接触させることによって、工程bを繰り返す工程とを含む。ある実施形態において、さらなる抽出剤は、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。ある実施形態において、生成物アルコールはブタノールである。ある実施形態において、原位置発酵用の抽出剤を形成する組成物は、aバイオマスに由来する油と;b脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、およびトリグリセリドからなる群から選択される1種以上の生成物へと油を化学的に転化することが可能な1種以上の物質と;c組成物の約50重量~約99重量の量である1種以上の生成物とを含む。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。ある実施形態において、組成物は、ブタノールを生成することが可能な組み換え微生物と、ブタノールと、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される少なくとも1種の溶媒とを含む。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。ある実施形態において、組成物は、ブタノールを生成することが可能な組み換え微生物、ブタノール、および脂肪アルコールを含む。ある実施形態において、組成物は、ブタノールを生成することが可能な組み換え微生物、ブタノール、および脂肪アミドの混合物を含み、脂肪アミドの混合物は、リノレアミド、オレアミド、パルミトアミド、およびステアルアミドを含む。ある実施形態において、組成物は、ブタノールを生成することが可能な組み換え微生物、ブタノール、およびトウモロコシ油を含む組成物を含み、トウモロコシ油は、約28~約67水酸化される。本明細書に組み込まれ、本明細書の一部を成す添付の図面は、本発明を例示し、さらに、本明細書とともに、本発明の原理を説明し、関連技術分野の当業者が本発明を行い、使用できるようにする働きを果たす。特に定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。矛盾が生じた場合、定義を含めて本出願が優先するものとする。また、文脈上異なる解釈を要する場合を除き、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。本明細書に記載される全ての刊行物、特許、および他の参照文献は、あらゆる目的のために、全体が参照により本明細書に援用される。本発明をさらに定義するために、以下の用語および定義が、本明細書において提供される。本明細書において使用される際の含むcomprises、含むcomprising、含むincludes、含むincluding、有するhas、有するhaving、含有するcontains、または含有するcontainingという用語、またはそれらの任意の他の活用形は、記載される整数または整数の群を包含するが、任意の他の整数または整数の群を除外しないことを意味することが理解されよう。例えば、要素の列挙を含む組成物、混合物、プロセス、方法、物品、または装置は、必ずしもそれらの要素のみに限定されるわけではなく、明示的に列挙されていないかあるいはこのような組成物、混合物、プロセス、方法、物品、または装置に固有の他の要素を含み得る。さらに、相反する明示的な記載がない限り、またはは、排他的なまたはではなく包括的なまたはを指す。例えば、条件AまたはBは、以下のうちの1つによって満たされる:Aが真でありまたは存在するかつBが偽であるまたは存在しない、Aが偽でありまたは存在しないかつBが真であるまたは存在する、AおよびBの両方とも真であるまたは存在する。また、本発明の要素または構成要素の前にある不定冠詞aおよびanは、事例の数、すなわち、要素または構成要素の出現の数に関して限定されないことが意図される。したがって、aまたはanは、1つまたは少なくとも1つを含むものと読まれるべきであり、要素または構成要素の単数語形は、数値が単数であることを明白に意味しない限り、複数も含む。本明細書において使用される際の発明または本発明の用語は、非限定的な用語であり、特定の発明の任意の1つの実施形態を指すことは意図されず、本出願に記載される考えられる全ての実施形態を包含する。本明細書において使用される際の、用いられる本発明の成分または反応剤の量を修飾する約という用語は、例えば、現実の世界で濃縮物または溶液を作製するのに使用される典型的な測定および液体処理手順によって;これらの手順における不注意による誤りによって;組成物を作製するかまたは方法を行うのに用いられる成分の製造、供給源、または純度の差などによって起こり得る数量の変動を指す。約という用語は、特定の初期混合物から得られる組成物のための平衡条件が異なるために異なる量も包含する。約という用語によって修飾されているか否かにかかわらず、特許請求の範囲は、量に対する均等物を含む。一実施形態において、約という用語は、報告される数値の10以内、あるいは報告される数値の5以内を意味する。本明細書において使用される際のバイオマスは、トウモロコシ、サトウキビ、小麦、セルロース系またはリグノセルロース系材料ならびにセルロース、ヘミセルロース、リグニン、でんぷん、オリゴ糖、二糖類および/または単糖類、およびそれらの混合物を含む材料などの天然資源に由来する任意の糖類およびでんぷんを含む発酵性糖を提供する加水分解性多糖類を含有する天然産物を指す。バイオマスは、タンパク質および/または脂質などのさらなる成分も含み得る。バイオマスは、1つの供給源に由来してもよく、またはバイオマスは、2つ以上の供給源に由来する混合物を含み得る。例えば、バイオマスは、トウモロコシの穂軸とトウモロコシの茎葉との混合物、または草と葉との混合物を含み得る。バイオマスとしては、以下に限定はされないが、バイオエネルギー作物、農業残渣、都市固形廃棄物、産業固形廃棄物、製紙からの汚泥、庭ごみ、木くずおよび林業廃棄物が挙げられる。バイオマスの例としては、以下に限定はされないが、トウモロコシの穀粒、トウモロコシの穂軸、トウモロコシの皮、トウモロコシの茎葉などの作物残渣、草、小麦、ライ麦、小麦のわら、大麦、大麦のわら、牧草、稲わら、スイッチグラス、古紙、サトウキビの絞りかす、ソルガム、サトウキビ、大豆、穀類の粉砕から得られる成分、樹木、枝、根、葉、木質チップ、おがくず、潅木および低木、野菜、果物、花、動物の糞尿、およびそれらの混合物が挙げられる。例えば、マッシュ、絞り汁、糖蜜、または加水分解物が、粉砕、処理、および/または液化などによる発酵のためのバイオマスを処理するための当該技術分野において公知の任意の処理によって、バイオマスから形成され得、発酵性糖を含み、水を含み得る。例えば、セルロース系および/またはリグノセルロース系バイオマスは、当業者に公知の任意の方法によって発酵性糖を含有する加水分解物を得るように処理され得る。低アンモニア前処理が、参照により本明細書に援用される米国特許出願公開第2007/0031918A1号明細書に開示されている。セルロース系および/またはリグノセルロース系バイオマスの酵素的糖化は、通常、セルロースおよびヘミセルロースを分解して、グルコース、キシロース、およびアラビノースを含む糖類を含有する加水分解物を生成するために酵素群consortiumを利用する。セルロース系および/またはリグノセルロース系バイオマスに適した糖化酵素は、Lynd,etal.Microbiol.Mol.Biol.Rev.66:506-577,2002に概説されている。マッシュ、絞り汁、糖蜜、または加水分解物は、本明細書に記載される原料12および原料スラリー16を含み得る。水性原料流が、粉砕、処理、および/または液化などによる発酵のためのバイオマスを処理するための当該技術分野において公知の任意の処理によって、バイオマスから誘導または形成され得、発酵性炭素基質例えば、糖を含み、水を含み得る。水性原料流が、本明細書に記載される原料12および原料スラリー16を含み得る。本明細書において使用される際の原料は、発酵プロセスにおける原料であって、非溶解固体を含むかまたは含まずに発酵性炭素源を含有し、該当する場合、発酵性炭素源がでんぷんから遊離されたかあるいは液化、糖化、または他のプロセスなどによるさらなる処理によって複合糖類を分解することから得られる前または後に発酵性炭素源を含有する原料を意味する。原料は、バイオマスを含むかまたはバイオマスに由来する。好適な原料としては、以下に限定はされないが、ライ麦、小麦、トウモロコシ、サトウキビ、大麦、セルロース系材料、リグノセルロース系材料、またはそれらの混合物が挙げられる。トウモロコシ油に言及される場合、この用語が、本発明の他の実施形態において、所与の原料から生成される油を包含することが理解されよう。本明細書において使用される際の発酵ブロスは、水と、糖類と、溶解固体と、任意にアルコールを生成する微生物と、生成物アルコールと、存在する微生物による、アルコール、水、および二酸化炭素CO2への糖類の反応によって生成物アルコールが作製される発酵槽中に保持される材料の全ての他の成分との混合物を意味する。場合により、本明細書において使用される際の発酵培地および発酵された混合物という用語は、発酵ブロスと同義に使用することができる。本明細書において使用される際の発酵性炭素源または発酵性炭素基質は、発酵アルコールの生成について本明細書に開示される微生物によって代謝されることが可能な炭素源を意味する。好適な発酵性炭素源としては、以下に限定はされないが、グルコースまたはフルクトースなどの単糖類;ラクトースまたはスクロースなどの二糖類;オリゴ糖;でんぷんまたはセルロースなどの多糖類;一炭素基質;およびそれらの混合物が挙げられる。本明細書において使用される際の発酵性糖は、発酵アルコールの生成について本明細書に開示される微生物によって代謝されることが可能な糖を指す。本明細書において使用される際の発酵槽は、ブタノールなどの生成物アルコールが糖類から作製される発酵反応が行われる槽を意味する。本明細書において使用される際の液化槽は、液化が行われる槽を意味する。液化は、オリゴ糖が原料から遊離されるプロセスである。原料がトウモロコシである、ある実施形態において、オリゴ糖は、液化中にトウモロコシでんぷん含有物から遊離される。本明細書において使用される際の糖化槽は、糖化すなわち、オリゴ糖の単糖類への分解が行われる槽を意味する。発酵および糖化が同時に行われる場合、糖化槽および発酵槽は、同じ槽で1つであり得る。本明細書において使用される際の糖は、オリゴ糖、二糖類、および/または単糖類を指す。本明細書において使用される際の糖化酵素は、多糖類および/またはオリゴ糖、例えば、グリコーゲン、またはでんぷんのα-1,4-グルコシド結合を加水分解することが可能な1種以上の酵素を意味する。糖化酵素は、セルロース系またはリグノセルロース系材料を加水分解することが可能な酵素も含み得る。本明細書において使用される際の非溶解固体は、原料の非発酵性部分、例えば、胚芽、繊維、およびグルテンを意味する。本明細書において使用される際の生成物アルコールは、発酵性炭素基質の供給源としてバイオマスを用いる発酵プロセスにおいて微生物によって生成され得る任意のアルコールを指す。生成物アルコールとしては、以下に限定はされないが、C1~C8のアルキルアルコールが挙げられる。ある実施形態において、生成物アルコールはC2~C8のアルキルアルコールである。他の実施形態において、生成物アルコールはC2~C5のアルキルアルコールである。C1~C8のアルキルアルコールとしては、以下に限定はされないが、メタノール、エタノール、プロパノール、ブタノール、およびペンタノールが挙げられることが理解されよう。同様に、C2~C8のアルキルアルコールとしては、以下に限定はされないが、エタノール、プロパノール、ブタノール、およびペンタノールが挙げられる。アルコールはまた、生成物アルコールに関連して本明細書において使用される。本明細書において使用される際のブタノールは、特に、ブタノール異性体1-ブタノール1-BuOH、2-ブタノール2-BuOH、および/またはイソブタノールiBuOHまたはI-BUOH、2-メチル-1-プロパノールとしても知られているを、個々にまたはそれらの混合物として指す。本明細書において使用される際のプロパノールは、プロパノール異性体イソプロパノールまたは1-プロパノールを指す。本明細書において使用される際のペンタノールは、ペンタノール異性体1-ペンタノール、3-メチル-1-ブタノール、2-メチル-1-ブタノール、2,2-ジメチル-1-プロパノール、3-ペンタノール、2-ペンタノール、3-メチル-2-ブタノール、または2-メチル-2-ブタノールを指す。本明細書において使用される際のアルコール当量という用語は、所定の量のアルコールエステルの完全な加水分解および回収によって得られるであろうアルコールの重量を指す。本明細書において使用される際の水相力価という用語は、発酵ブロス中の特定のアルコール例えば、ブタノールの濃度を指す。本明細書において使用される際の有効力価という用語は、発酵によって生成される特定のアルコール例えば、ブタノールまたは発酵培地のリットル当たりの、アルコールエステル化によって生成されるアルコールエステルのアルコール当量の総量を指す。例えば、発酵の単位体積におけるブタノールの有効力価は:i発酵培地中のブタノールの量;ii有機抽出剤から回収されるブタノールの量;iiiガスストリッピングが使用される場合、気相から回収されるブタノールの量;およびiv有機相または水相中のブタノールエステルのアルコール当量を含む。本明細書において使用される際の原位置生成物除去ISPRは、生成物が生成される際に、生物学的プロセスにおける生成物濃度を制御するために、発酵などの生物学的プロセスから特定の発酵生成物を選択的に除去することを意味する。本明細書において使用される際の抽出剤またはISPR抽出剤は、ブタノール異性体などの任意の生成物アルコールを抽出するのに使用される有機溶媒を意味する。抽出剤は、発酵温度において固体または液体であり得る。場合により、本明細書において使用される際の溶媒という用語は、抽出剤と同義に使用することができる。本明細書において使用される際の脂肪酸抽出剤は、天然油中のグリセリドを、1種以上の溶媒または反応剤と化学的に反応させて、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択される1種以上の反応生成物を得ることによって、天然油から誘導される抽出剤を意味する。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。本明細書において使用される際の天然油は、植物例えば、バイオマスまたは動物から得られる脂質を指す。本明細書において使用される際の植物由来油は、特に植物から得られる脂質を指す。場合により、脂質は、油およびグリセリドと同義に使用することができる。天然油としては、以下に限定はされないが、獣脂、トウモロコシ油、キャノーラ油、カプリン酸/カプリル酸トリグリセリド、ヒマシ油、ヤシ油、綿実油、魚油、ホホバ油、ラード、亜麻仁油、牛脚油、オイチシカ油、パーム油、ピーナッツ油、ナタネ油、米油、ベニバナ油、大豆油、ヒマワリ油、キリ油、ジャトロファ油、および植物油ブレンドが挙げられる。本明細書において使用される際の脂肪酸という用語は、飽和または不飽和のいずれかである、C4~C28の炭素原子最も一般的にはC12~C24の炭素原子を有するカルボン酸例えば、脂肪族モノカルボン酸を指す。脂肪酸はまた、分枝鎖状または非分枝鎖状であってもよい。脂肪酸は、動物性または植物性脂肪、油、またはワックスに由来するか、あるいはそれらの中にエステル化された形態で含まれ得る。脂肪酸は、脂肪および脂肪油中のグリセリドの形態で天然に存在するものであってもよく、あるいは脂肪の加水分解によってまたは合成によって得られる。脂肪酸という用語は、単一の化学種または脂肪酸の混合物を表し得る。さらに、脂肪酸という用語は、遊離脂肪酸も包含する。本明細書において使用される際の脂肪アルコールという用語は、飽和または不飽和のいずれかである、C4~C22の炭素原子の脂肪族長鎖を有するアルコールを指す。本明細書において使用される際の脂肪アルデヒドという用語は、飽和または不飽和のいずれかである、C4~C22の炭素原子の脂肪族長鎖を有するアルデヒドを指す。本明細書において使用される際の脂肪アミドという用語は、飽和または不飽和のいずれかである、C4~C22の炭素原子の脂肪族長鎖を有するアミドを指す。本明細書において使用される際の脂肪酸エステルという用語は、飽和または不飽和のいずれかである、C4~C22の炭素原子の脂肪族長鎖を有するエステルを指す。水不混和性という用語は、1つの液相を形成するように、発酵ブロスなどの水溶液と混合することができない抽出剤または溶媒などの化学成分を指す。本明細書において使用される際の水相という用語は、発酵ブロスを水不混和性有機抽出剤と接触させることによって得られる二相混合物の水相を指す。発酵抽出を含む本明細書に記載されるプロセスの一実施形態において、発酵ブロスという用語は、この場合、二相性発酵抽出における水相を特に指す。本明細書において使用される際の有機相という用語は、発酵ブロスを水不混和性有機抽出剤と接触させることによって得られる二相混合物の非水相を指す。本明細書において使用される際の分離という用語は、回収と同義であり、初期混合物から化学化合物を除去して、初期混合物中の化合物の純度または濃度より高い純度またはより高い濃度の化合物を得ることを指す。本明細書において使用される際の組み換え微生物は、例えば、ブタノールなどのアルコールを生成するための生合成経路などの生合成経路を含むように宿主細胞を改変することによる、組み換えDNA技術の使用によって改変される、細菌または酵母などの微生物を指す。本発明は、バイオマスに由来する油の化学的転化によって得られる抽出剤および抽出剤を生成する方法を提供する。特に、油中のグリセリドは、本明細書において、まとめて脂肪酸抽出剤と呼ばれる、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、およびトリグリセリド、ならびにそれらの混合物を含む1種以上の生成物へと化学的に転化され得る。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。脂肪酸抽出剤は、発酵ブロスからの、ブタノールなどの生成物アルコールの原位置除去のための抽出剤として働き得る。したがって、本発明は、バイオマス油から生成された抽出剤を用いた抽出発酵によって、ブタノールなどの生成物アルコールを生成するための方法も提供する。本発明は、原料に由来する油を分離することによって、アルコール発酵プロセスから油を除去するための方法も提供する。原料は、油の除去のまえに、液化されて、スラリーが形成され得る。したがって、スラリーは、発酵性炭素源、油、および非溶解固体を含む。油、およびある実施形態において、非溶解固体は、スラリーが発酵槽に供給される前にスラリーから除去され得る。油およびある実施形態において、非溶解固体の除去により、発酵槽中の油およびある実施形態において固体の存在に起因する経時的な抽出剤の分配係数の減少、低下を抑えることができる。さらに、分離された油は、脂肪酸抽出剤へと化学的に転化され得、それが発酵槽に供給され得る。脂肪酸抽出剤は、発酵アルコールのための油の分配係数より高い、発酵アルコールのための分配係数を有し得る。さらに、脂肪酸抽出剤は、本発明の方法にしたがって上記原料から化学的に転化されなかったオレイルアルコールなどの市販の外部からの抽出剤の代わりにまたはそれに加えて使用され得る。したがって、本発明の方法により、原料に由来する油の化学的転化によって、発酵プロセス中の工程において抽出剤を生成することによって、外部からの抽出剤に関連する原料コストを削減することができる。本発明は、図を参照して説明される。図1は、本発明の一実施形態に係る発酵アルコールの生成のための例示的なプロセス流れ図を示す。図示されるように、原料12は、液化槽10の入口に導入され、液化されて、原料スラリー16が生成され得る。原料12は、発酵性炭素源例えば、グルコースなどの発酵性糖を供給する加水分解性でんぷんを含有し、以下に限定はされないが、ライ麦、小麦、トウモロコシ、サトウキビ、大麦、セルロース系材料、リグノセルロース系材料、またはそれらの混合物などのバイオマスであり得、あるいはバイオマスに由来し得る。ある実施形態において、原料12は、分画されたバイオマスの1つ以上の成分であり得、他の実施形態において、原料12は、粉砕された、分画されていないバイオマスであり得る。ある実施形態において、原料12は、乾式粉砕された、分画されていないトウモロコシの実などのトウモロコシであり得、非溶解粒子は、胚芽、繊維、およびグルテンを含み得る。非溶解固体は、原料12の非発酵性部分である。図に示される実施形態を参照した本明細書における説明のために、原料12は、非溶解固体が分離されていない、粉砕された、分画されていないトウモロコシであるものとして説明されることが多い。しかしながら、当業者に明らかなように、本明細書に記載される例示的な方法およびシステムは、分画されるか否かにかかわらず様々な原料向けに変更することができることを理解されたい。ある実施形態において、原料12は、高オレイン酸トウモロコシであり得るため、それに由来するトウモロコシ油は、少なくとも約55重量のオレイン酸のオレイン酸含量を有する高オレイン酸トウモロコシ油である。ある実施形態において、約24重量である通常のトウモロコシ油中のオレイン酸含量と比較して、高オレイン酸トウモロコシ油中のオレイン酸含量は、最大で約65重量であり得る。油の加水分解により、発酵ブロスと接触させるための高いオレイン酸含量を有する脂肪酸抽出剤を得ることができるため、高オレイン酸油は、本発明の方法に使用するのにいくつかの利点を提供し得る。ある実施形態において、脂肪酸またはその混合物は、不飽和脂肪酸を含む。不飽和脂肪酸の存在は、融点を低下させ、取り扱いの際の利点を提供する。不飽和脂肪酸のうち、単不飽和であるもの、すなわち、1つの炭素-炭素二重結合を有するものが、プロセス検討の際に好適な熱安定性および酸化安定性を犠牲にせずに融点に関する利点を提供し得る。原料12を液化するプロセスは、原料12中のでんぷんを、例えば、デキストリンおよびオリゴ糖を含む糖類へと加水分解することを含み、従来のプロセスである。酸プロセス、酸-酵素プロセス、または酵素プロセスを含むがこれらに限定されない、当業界で通常用いられる任意の公知の液化プロセス、ならびに対応する液化槽が使用され得る。このようなプロセスは、単独でまたは組み合わせて使用され得る。ある実施形態において、酵素プロセスを用いることができ、適切な酵素14、例えば、α-アミラーゼが、液化槽10の入口に導入される。水も液化槽10に導入することができる。原料12の液化から生成される原料スラリー16は、原料に由来する糖、油、および非溶解固体を含む。原料スラリー16は、液化槽10の出口から排出され得る。ある実施形態において、原料12は、トウモロコシまたはトウモロコシの実であるため、原料スラリー16はトウモロコシマッシュスラリーである。原料スラリー16は、原料スラリー16中に存在する油の一部、または好ましくは実質的に全てを除去するように構成される分離器20の入口に導入される。除去された油は、流れ26として反応槽40に提供され、糖および水を含む残りの原料は、水流22として発酵槽30に排出される。水流22は、スラリー16の非溶解固体を含み得るが、油26が分離器20によって除去されたため、発酵槽30中の発酵ブロスには、減少された量の油が残っている。分離器20から排出される油流26は、所定の量のグリセリド、特にトリグリセリドを有し、それが、反応槽40中で1種以上の物質42と接触される。物質42は、油26中のグリセリドの少なくとも一部を脂肪酸抽出剤28へと化学的に転化することが可能な反応剤または溶媒である。ある実施形態において、物質42によるグリセリドの化学的転化からの油中の脂肪酸抽出剤28の量は、少なくとも約17重量、少なくとも約20重量、少なくとも約30重量、少なくとも約40重量、少なくとも約50重量、少なくとも約60重量、少なくとも約65重量、少なくとも約70重量、少なくとも約75重量、少なくとも約80重量、少なくとも約85重量、少なくとも約90重量、少なくとも約95重量、または少なくとも約99重量であり得る。分離器20は、以下に限定はされないが、サイフォニング、吸入、デカンテーション、遠心分離、重力沈降器の使用、膜支援相分離などを含む、水性原料流から油を除去するための、当該技術分野において公知の任意の好適な分離器であり得る。ある実施形態において、分離器20は、原料スラリー16中の非溶解固体も除去し、非溶解固体を固相またはウェットケーキ24として排出し得る。例えば、ある実施形態において、分離器20は、フィルタープレス、真空ろ過、または原料スラリー16から非溶解固体を分離するための遠心分離機を含み得る。例えば、ある実施形態において、分離器20は、糖および水を含有する水層すなわち、流れ22、非溶解固体を含有する固体層すなわち、ウェットケーキ24、および油層すなわち、油流26を含む遠心分離生成物を生成するように原料スラリー16を撹拌または回転させるトリカンターtricanter遠心分離機20を含む。スラリー16がトウモロコシマッシュスラリーである場合、油は26は、フリートウモロコシ油freecornoilである。本明細書において使用される際のフリートウモロコシ油という用語は、トウモロコシの胚芽を含まないトウモロコシ油を意味する。原料スラリー16としてのトウモロコシマッシュスラリーについて、ウェットケーキ24は、原料スラリー中に存在する少なくとも約50重量の非溶解粒子、原料スラリー中に存在する少なくとも約55重量の非溶解粒子、原料スラリー中に存在する少なくとも約60重量の非溶解粒子、原料スラリー中に存在する少なくとも約65重量の非溶解粒子、原料スラリー中に存在する少なくとも約70重量の非溶解粒子、原料スラリー中に存在する少なくとも約75重量の非溶解粒子、原料スラリー中に存在する少なくとも約80重量の非溶解粒子、原料スラリー中に存在する少なくとも約85重量の非溶解粒子、原料スラリー中に存在する少なくとも約90重量の非溶解粒子、原料スラリー中に存在する少なくとも約95重量の非溶解粒子、または原料スラリー中に存在する約99重量の非溶解粒子を含む。ウェットケーキ24が、遠心分離機20によって除去される場合、ある実施形態において、原料がトウモロコシである場合トウモロコシ油などの原料12に由来する油の一部が、ウェットケーキ24中に残る。このような場合、ウェットケーキ24は、ウェットケーキ24の乾燥固形分の約20重量未満の量のトウモロコシ油を含む。ウェットケーキ24は、遠心分離機20の底部の近くに位置する出口から排出され得る。ウェットケーキ24は、発酵性炭素の一部および水も含み得る。水溶液22が遠心分離機20から排出されてから、ウェットケーキ24は、遠心分離機においてさらなる水で洗浄され得る。ウェットケーキ24の洗浄により、ウェットケーキ中に存在する糖例えば、オリゴ糖を回収し、回収された糖および水は、液化槽10に再利用され得る。洗浄後、ウェットケーキ24は、任意の好適な公知の方法によって、乾燥されて、可溶物含有乾燥穀類蒸留粕DDGSが形成され得る。遠心分離機20において形成されるウェットケーキ24からのDDGSの形成にはいくつかの利点がある。非溶解固体が発酵槽に送られず、DDGSは、捕捉された抽出剤および/またはブタノールなどの生成物アルコールを有さないため、発酵槽の条件に供されず、発酵槽中に存在する微生物と接触しない。これらの利点により、例えば動物飼料としてのDDGSの処理および販売が容易になる。遠心分離によって原料16から非溶解固体を除去するための方法およびシステムが、全体が参照により本明細書に援用される、2010年6月18日に出願された、同時係属中の、同一出願人が所有する米国仮特許出願第61/356,290号明細書に詳細に記載されている。ある実施形態において、油26は、ウェットケーキ24から別々に排出されず、むしろ、油26は、ウェットケーキ24の一部として含まれ、最終的にDDGS中に存在する。このような場合、油は、DDGSから分離され、同じかまたは異なるアルコール発酵プロセスにおいてその後の使用のために脂肪酸抽出剤に転化され得る。いずれの場合も、発酵槽中に存在する油が、ISPR抽出剤を希釈し得、有機相中への発酵アルコールの分配係数を低下させ得るため、原料の油成分の除去が、ブタノール生成などのアルコール生成に有利である。また、油は、脂肪酸およびグリセリンへと分解され得、それが水中に蓄積し、システム全体を通して再利用のために利用可能な水の量を減少させ得る。したがって、原料の油成分の除去により、システムを通して再利用され得る水の量を増加させることによって、生成物アルコール生成の効率を高めることもできる。水流22および微生物32が、発酵槽30中に保持される発酵ブロスに含まれるべく発酵槽30に導入される。発酵槽30は、水流22を発酵させて、ブタノールなどの生成物アルコールを生成するように構成される。特に、微生物32は、スラリー16中の発酵性糖を代謝し、生成物アルコールを排出する。微生物32は、細菌、シアノバクテリア、糸状菌、および酵母からなる群から選択される。ある実施形態において、微生物32は、大腸菌E.coliなどの細菌であり得る。ある実施形態において、微生物32は、発酵性組み換え微生物であり得る。水溶液22は、例えばオリゴ糖の形態の糖、および水を含んでいてもよく、約20g/L未満のモノマーグルコース、より好ましくは約10g/L未満または約5g/L未満のモノマーグルコースを含み得る。モノマーグルコースの量を決定するための好適な方法は、当該技術分野において周知である。当該技術分野において公知のこのような好適な方法は、HPLCを含む。ある実施形態において、流れ22中の複合糖類例えば、オリゴ糖を、微生物32によって容易に代謝され得る単糖類へと分解するために、水流22が、糖化プロセスに供される。酸プロセス、酸-酵素プロセス、または酵素プロセスを含むがこれらに限定されない、当業界で通常用いられる任意の公知の糖化プロセスが使用され得る。ある実施形態において、同時糖化発酵SSFは、発酵槽30の内部で行われ得る。ある実施形態において、でんぷんを、微生物32によって代謝可能なグルコースに分解するために、グルコアミラーゼなどの酵素38が、発酵槽30の入口に導入され得る。原位置生成物除去ISPRを用いて、生成物アルコールが微生物32によって生成されるにつれて、生成物アルコールを発酵槽30から除去することができる。抽出発酵では、このようなISPRは液液抽出を含む。液液抽出は、開示内容の全体が、本明細書に援用される米国特許出願公開第2009/0305370号明細書に記載される方法にしたがって行われ得る。米国特許出願公開第2009/030537号明細書には、抽出発酵を用いて発酵ブロスからブタノールを生成し、回収するための方法が記載され、この方法は、発酵ブロスを水不混和性抽出剤と接触させる工程を含む。通常、抽出剤は、水相および有機相を含む二相混合物を形成するための、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪アミドと脂肪酸との混合物、脂肪酸のエステル、脂肪アルデヒド、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、トリグリセリドおよびそれらの混合物からなる群から選択される有機抽出剤であり得る。図1の実施形態を参照すると、発酵槽30は、槽40からの脂肪酸抽出剤28を含む1種以上の水不混和性ISPR抽出剤を受け入れるための1つ以上の入口を有する。脂肪酸抽出剤28は、発酵ブロスと接触し、水相および有機相を含む二相混合物を形成する。発酵ブロス中に存在する生成物アルコールは、有機相中に分離する。二相混合物は、流れ39として発酵槽30から除去され、槽35に導入され得、その中で、水相および有機相の分離が行われて、アルコール含有有機相36および水相34が生成される。アルコール含有有機相36は、以下に限定はされないが、サイフォニング、デカンテーション、遠心分離、重力沈降器の使用、膜支援相分離などを含む当該技術分野において公知の方法を用いて、二相混合物39の水相34から分離される。水相34の全てまたは一部が、発酵培地図示されるとして発酵槽30中に再利用されるか、あるいは廃棄され、新しい培地と交換されるか、または残っている生成物アルコールを除去するために処理され、次に発酵槽30へと再利用され得る。アルコール含有有機相36は、生成物アルコールを回収するように処理され、次に、得られたアルコール希薄抽出剤が、生成物アルコールのさらなる抽出のために、通常、新鮮な補給make-up抽出剤28と通常組み合わされて、発酵槽30中に戻されて再利用され得る図示せず。あるいは、新鮮な抽出剤28は、二相混合物流39中で除去された抽出剤の代わりに発酵槽に連続して加えられ得る。ある実施形態において、図3~5の実施形態に示される抽出剤29などの1種以上のさらなるISPR抽出剤は、発酵槽30に導入されて、水相および有機相を含む二相混合物が形成され得、生成物アルコールは、有機相中に分離する。このような1種以上のさらなる抽出剤29は、オレイルアルコール、ベヘニルアルコール、セチルアルコール、ラウリルアルコール、ミリスチルアルコール、ステアリルアルコール、1-ウンデカノール、オレイン酸、ラウリン酸、ミリスチン酸、ステアリン酸、ミリスチン酸メチル、オレイン酸メチル、ウンデカナール、ラウリン酸アルデヒド、20-メチルウンデカナール、およびそれらの混合物などの別の脂肪酸抽出剤および/または外部からの有機抽出剤であり得る。ある実施形態において、ISPR抽出剤29は、カルボン酸であり得、ある実施形態において、ISPR抽出剤29は、遊離脂肪酸であり得る。ある実施形態において、カルボン酸または遊離脂肪酸は、4~28個の炭素、他の実施形態において4~22個の炭素、他の実施形態において8~22個の炭素、他の実施形態において10~28個の炭素、他の実施形態において7~22個の炭素、他の実施形態において12~22個の炭素、他の実施形態において4~18個の炭素、他の実施形態において12~22個の炭素、さらに他の実施形態において12~18個の炭素の鎖を有し得る。ある実施形態において、ISPR抽出剤29は、以下の脂肪酸:アゼライン酸、カプリン酸、カプリル酸、ヒマシ油、ヤシ油すなわち、例えば、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、カプリル酸、カプリン酸、ステアリン酸、カプロン酸、アラキジン酸、オレイン酸、およびリノール酸を含む脂肪酸の天然に存在する組合せとして、二量体酸、イソステアリン酸、ラウリン酸、亜麻仁油、ミリスチン酸、オレイン酸、パーム油、パルミチン酸、パーム核油、ペラルゴン酸、リシノール酸、セバシン酸、大豆油、ステアリン酸、トール油、獣脂、および12ヒドロキシステアリン酸のうちの1つ以上である。ある実施形態において、ISPR抽出剤29は、二酸、例えば、アゼライン酸およびセバシン酸のうちの1つ以上である。したがって、ある実施形態において、ISPR抽出剤29は、2種以上の異なる脂肪酸の混合物であり得る。ある実施形態において、ISPR抽出剤29は、例えば、2010年7月28日に出願された、同時係属中の、同一出願人が所有する米国仮特許出願第61/368,444号明細書に記載されるバイオマス脂質などの天然油の酵素加水分解から生成される遊離脂肪酸であり得る。このような実施形態において、抽出剤29を生成するためのバイオマス脂質は、原料12が得られる同じかまたは異なるバイオマス源に由来し得る。例えば、ある実施形態において、抽出剤29を生成するためのバイオマス脂質は、大豆に由来し得るが、原料12のバイオマス源はトウモロコシである。当業者に明らかであるはずであるように、原料12に対する抽出剤29のための異なるバイオマス源の考えられるあらゆる組合せを使用することができる。図1の実施形態において、生成物アルコールは、発酵ブロスから原位置で抽出され、二相混合物39の分離が、別個の槽35で起こる。原位置抽出発酵は、発酵槽30中でバッチモードまたは連続モードで行われ得る。原位置抽出発酵では、有機抽出剤を、発酵の開始時点で発酵培地と接触させ、二相発酵培地を形成することができる。あるいは、微生物が所望の量の増殖培地の光学密度を測定することによって決定され得るを達成した後、有機抽出剤を発酵培地と接触させることができる。さらに、発酵培地中の生成物アルコールレベルが、予め選択したレベルに達した時点で、有機抽出剤を発酵培地と接触させることができる。例えば、ブタノール生成の場合、ブタノール濃度が、有毒なレベルに達する前の時点で、ISPR抽出剤を発酵培地と接触させることができる。発酵培地をISPR抽出剤と接触させた後、ブタノール生成物が抽出剤中に分離し、微生物を含有する水相中のブタノールの濃度が低下し、それによって、抑制性のブタノール生成物への生成微生物の曝露が抑えられる。使用されるISPR抽出剤の体積は、後述されるように、発酵培地の体積、発酵槽のサイズ、ブタノール生成物のための抽出剤の分配係数、および選択される発酵モードを含むいくつかの要因に応じて決まる。抽出剤の体積は、発酵槽の使用体積の約3~約60であり得る。抽出の効率に応じて、発酵培地中のブタノールの水相力価は、例えば、約5g/L~約85g/L、約10g/L~約40g/L、約10g/L~約20g/L、約15g/L~約50g/Lまたは約20g/L~約60g/Lであり得る。理論に制約されるものではないが、より高いブタノール力価は、抽出発酵方法を用いて、発酵培地から毒性ブタノール生成物を除去し、それによって、微生物に対して有毒なレベルより低いレベルを保つことから得られると考えられる。原位置抽出発酵のバッチモードにおいて、所定の体積の有機抽出剤が発酵槽に加えられ、抽出剤は、プロセス中に除去されない。このモードは、発酵培地中の抑制性のブタノール生成物の濃度を最小限に抑えるために、より大きい体積の有機抽出剤を必要とする。その結果、発酵培地の体積は、より小さく、生成される生成物の量は、連続モードを用いて得られる量より少ない。例えば、バッチ式モードにおける抽出剤の体積は、一実施形態において発酵槽の使用体積の20~約60であり、別の実施形態において約30~約60であり得る。ガスストリッピング図示せずを、有機抽出剤と同時に用いて、生成物アルコールを発酵培地から除去することができる。ある実施形態において、二相混合物の分離は、後述される図4および5の実施形態に示されるように、発酵槽で行うことができる。特に、原位置抽出発酵の連続モードにおいて、一実施形態において、抽出剤28は、発酵槽30に導入されて、その中で二相混合物が得られ、アルコール含有有機相流36が、発酵槽30から直接出る。水相流34も発酵槽30から直接出ることができ、一切の残っている生成物アルコールを除去するために処理され、再利用され、または廃棄され、新しい発酵培地と交換され得る。ISPR抽出剤によるアルコール生成物の抽出は、発酵ブロスからの微生物32の除去を伴うかまたは伴わずに行うことができる。微生物32は、以下に限定はされないが、ろ過または遠心分離を含む、当該技術分野において公知の手段によって、発酵ブロスから除去され得る。例えば、水相流34は、酵母などの微生物32を含み得る。微生物32は、例えば、遠心分離機図示せずにおいて、水相流から容易に分離され得る。その後、微生物32は、発酵槽30に再利用することができ、発酵槽30は、時間の経過とともにアルコール生成の生成速度を上げ、それによって、アルコール生成の効率を高めることができる。原位置抽出発酵の連続モードにおいて、抽出剤の体積は、一実施形態において発酵槽の使用体積の約3~約50であり、別の実施形態において約3~約30であり、別の実施形態において3~約20であり;別の実施形態において3~約10であり得る。生成物は、反応器から連続して除去されるため、より小さい体積の抽出剤が必要とされ、より大きい体積の発酵培地の使用が可能になる。原位置抽出発酵の代わりとして、生成物アルコールは、発酵槽30の下流の発酵ブロスから抽出され得る。このような場合、発酵ブロスは、発酵槽30から除去され、槽35に導入され得る。次に、抽出剤28は、槽35に導入され、発酵ブロスと接触されて、槽35中で二相混合物39が得られ、次に、これは、有機相36と水相34とに分離される。あるいは、抽出剤28は、槽35に導入される前に、別個の槽図示せず中で発酵ブロスに加えられ得る。脂肪酸抽出剤28は、生成物アルコールのための油26の分配係数より高い、生成物アルコールのための分配係数を有する。例えば、原料12がトウモロコシである場合、トウモロコシ油26は、発酵ブロス中に存在する場合、約0.28未満の生成物アルコールのための分配係数を有し得る一方、トウモロコシ油26に由来する脂肪酸抽出剤28は、約0.28以上の分配係数を有し得る。一実施形態において、脂肪酸抽出剤28は、少なくとも約1、別の実施形態において少なくとも約2、別の実施形態において少なくとも約2.5、別の実施形態において少なくとも約2.75、別の実施形態において少なくとも約3の、ブタノールなどの生成物アルコールのための分配係数を有する。したがって、原料の油成分の除去により、ISPR抽出剤の分配係数の低下に対するおそれを軽減するだけでなく、油自体より生成物アルコールを水相からより多く分離し得る脂肪酸抽出剤の生成のための原料としての役割も果たすことによって、抽出発酵における生成物アルコール生成の効率を高める。さらに、原料12中の油26に由来する脂肪酸抽出剤28は、単独でまたは外部からの抽出剤例えば、外部から供給されるオレイルアルコールと組み合わせて使用することができ、それによって、外部からの抽出剤に関連するコストを削減するかまたはなくすことができる。さらに、脂肪酸抽出剤28が遊離脂肪酸を含む場合、発酵槽30中の微生物32によるグルコース消費率は、このような遊離脂肪酸がない場合よりこのような遊離脂肪酸の存在下でより高くなり得る。したがって、本発明のある実施形態において、発酵ブロスは、遊離脂肪酸を有する脂肪酸抽出剤と接触させることができ、それによって、遊離脂肪酸は、遊離脂肪酸例えば、オレイルアルコールを伴わないISPR抽出剤が抽出発酵において使用される場合のグルコース取り込みと比較して、微生物32によるグルコース取り込みを増加させ得る。例えば、後述される実施例2の表1に示されるように、抽出発酵において脂肪酸抽出剤として使用される脂肪アミド/脂肪酸混合物は、オレイルアルコールを抽出剤として用いた場合より、サッカロマイセス属Saccharomycesブタノロジェンbutanologenによる高いグルコース取り込み率を提供し得る。発酵プロセスから生成物アルコールを生成するための方法であって、遊離脂肪酸がプロセス中の工程において生成され、微生物増殖速度およびグルコース消費を向上するために発酵槽中の微生物培地と接触される方法が、全体が参照により本明細書に援用される、2010年7月28日に出願された、同時係属中の、同一出願人が所有する米国仮特許出願第61/368,451号明細書に記載されている。当業者に明らかであるはずであるように、ある実施形態において、図1のシステムおよび方法は、発酵槽30中の同時糖化発酵が、分離器20と発酵槽30との間の別個の糖化槽60に置き換えられるように変更され得る。さらに他の実施形態において、例えば図2の実施形態に示されるように、糖化が、分離器20と液化槽10との間に位置する別個の糖化槽60で行われ得る。図2は、酵素38を受け入れる別個の糖化槽60を含み、油流26が、液化され、糖化された原料流62から分離される以外は図1とほぼ同一である。原料スラリー16が、グルコアミラーゼなどの酵素38とともに糖化槽60に導入され、それによって、スラリー16中のオリゴ糖の形態の糖類が、単糖類へと分解され得る。液化され、糖化された原料流62が、糖化槽60を出て、分離器20に導入される。原料流62は、原料に由来する、単糖類、油、および非溶解固体を含む。分離器20において、原料流62は、油流26および実質的に水流23中に分離され、それが発酵槽30に供給される。示される実施形態において、水流23は非溶解固体を含む。あるいは、図1の実施形態を参照して記載されるように、固体は、分離器20においてウェットケーキ24として取り出され得る。分離器20から排出される油流26は、所定の量のグリセリド、特にトリグリセリドを有し、それが、反応槽40において1種以上の物質42と接触される。物質42は、油26に由来するグリセリドの少なくとも一部を脂肪酸抽出剤28へと化学的に転化し、それが、発酵槽30に供給される。図2の実施形態の残りのプロセス作業は、図1と同一であるため、再度詳細に説明しない。本発明のある実施形態において、例えば図3の実施形態に示されるように、抽出発酵は、原料12のバイオマス源と同じかまたは異なるバイオマス源に由来するが、原料12に含まれる実際の油に由来しない脂肪酸抽出剤28’を用い得る。例えば、原料12がトウモロコシである場合、脂肪酸抽出剤28’は、トウモロコシ油に由来し得るが、抽出剤28’を生成するトウモロコシ油は、原料12に含まれるトウモロコシ油ではなく、図1の実施形態において提供される反応槽40に分離される。別の例として、脂肪酸抽出剤28’は、バイオマス源としてのダイズまたは大豆に由来し得る一方、原料12のバイオマス源はトウモロコシである。当業者に明らかであるはずであるように、原料12に対して抽出剤28’の異なるバイオマス源の考えられるあらゆる組合せを使用することができる。ある実施形態において、脂肪酸抽出剤28’は、任意の天然油に由来するため、バイオマス源あるいは、動物源のいずれかに由来し得る。図3の実施形態において、液化された水流22が、糖化酵素38および微生物32とともに発酵槽30に供給され、それによって、生成物アルコールが、同時糖化発酵SSFによって生成される。ある実施形態において、糖化は、例えば図2の実施形態を参照して記載されるものなどの別個の槽で行われ得る。ある実施形態において、好ましくは、液化された水流22は、分離器20図1を参照によって取り出された油26を少なくとも有し、ある実施形態において、発酵槽30図1を参照に導入する前に、ウェットケーキ24として取り出される非溶解固体も有する。植物由来油などの天然油が、油26’の少なくとも一部を脂肪酸抽出剤28’に化学的に転化するための物質42とともに流れ26’として反応槽40に導入される。油流26’は、上流の原料スラリー16図1を参照に由来する油26ではない。任意の植物由来油またはISPR用の脂肪酸抽出剤28’に化学的に転化され得る他の天然油が、油流26’の供給源であり得る。次に、反応槽40からの脂肪酸抽出剤28’は、発酵槽30に導入され、それによって、生成物アルコールは、脂肪酸抽出剤28’中にかなり分離するため、生成物アルコールは、油26’が発酵槽中に存在する場合、その中に分離するであろう。したがって、ある実施形態において、生成物アルコールは、原料12によってプロセスに元々導入されるのと同じ油26ではない植物由来油26’から得られる脂肪酸抽出剤28’を用いて抽出される。任意に、1種以上のさらなる抽出剤29が、水相から生成物アルコールを優先的に分離するための発酵槽30に導入され得る。1種以上のさらなる抽出剤29は、プロセスにおいて生成されなかった外部から供給されるオレイルアルコールなどの外部からの抽出剤であり得、および/または別の脂肪酸抽出剤であり得る。ある実施形態において、このような他の脂肪酸抽出剤29は、発酵槽原料流22および油流26’のバイオマス源のいずれかと同じかまたは異なるバイオマス源に由来する油から生成され得る。図3の実施形態の残りのプロセス作業は、水相34が発酵槽30に戻って供給されるものとして示されていないことを除いて図1および2と同一であるため、再度詳細に説明しない。しかしながら、本明細書に示される実施形態のいずれにおいても、図1を参照して上述したように、水相34の全てまたは一部が再利用され、廃棄され、および/または生成物アルコールを除去するようにさらに処理され得ることを理解されたい。本発明のある実施形態において、原料12に由来する油は、分離器20において分離されないが、例えば、液化前または液化中のいずれかで原料12中で、スラリー16中で、または糖化流62図2を参照中で、原位置で脂肪酸抽出剤へと化学的に転化される。例えば図4の実施形態において、原料12は、原料12中のでんぷんを加水分解して、液化された原料を生成するための適切な酵素14、例えば、α-アミラーゼとともに液化槽10に供給される。原料12の液化前、液化中、または液化後のいずれかに、原料12中に存在する油を脂肪酸抽出剤28に化学的に転化するための1種以上の物質42も液化槽10に導入される。物質42は、酵素14の添加前または添加後のいずれかに液化槽10に導入され得、原料12中の油は、原料12の液化前、液化中、または液化後のいずれかに、抽出剤28に転化され得る。いずれの場合も、二相流18が液化槽10を出るように、原料12中の油が、脂肪酸抽出剤28に転化される。二相流18は、脂肪酸抽出剤28ならびに液化された水相22を形成する糖、水、および非溶解固体の両方を含む。ある実施形態において、脂肪酸抽出剤が脂肪酸を含む場合、二相流18の水相22は、油中のグリセリドの、脂肪酸への転化に由来するグリセロールグリセリンを含み得る。ある実施形態において、このようなグリセロールが存在する場合、それは、発酵槽30中に導入される前に流れ18から除去され得る。図4を参照すると、二相流18すなわち、流れ22、28が、発酵槽30中で発酵ブロスと接触されて、二相混合物が形成される。発酵槽30において、SSFによって生成される生成物アルコールは、脂肪酸抽出剤28を含む有機相中へと分離する。あるいは、ある実施形態において、プロセスは、図2に関連して説明されるように、別個の糖化槽を含むように変更され得る。二相混合物の分離は、発酵槽30中で行われ、それによって、アルコール含有有機相流36および水相流34が、発酵槽30から直接出る。あるいは、二相混合物の分離は、図1~3の実施形態において提供されるように、別個の槽35中で行われ得る。任意に、1種以上のさらなる抽出剤29が、発酵槽30に導入されて、水相から生成物アルコールを優先的に分離する有機相が形成され得る。図4の実施形態の残りのプロセス作業は、上述した図と同一であるため、再度詳細に説明しない。本発明のある実施形態において、原料12中に存在するバイオマス油は、アルコール発酵の後の工程においてプロセス流から分離され得る。次に、発酵後に分離された油は、脂肪酸抽出剤に転化され、発酵槽中でISPR抽出剤として導入され得る。例えば図5の実施形態において、原料12は、液化されて、原料に由来する油26を含む原料スラリー16が生成される。原料スラリー16は、原料に由来する非溶解固体も含み得る。あるいは、非溶解固体は、遠心分離機図示せずなどの分離器によってスラリー16から分離され得る。油26を含有する原料スラリー16は、糖化酵素38および微生物32を含む発酵ブロスを含む発酵槽30に直接導入される。生成物アルコールが、発酵槽30中のSSFによって生成される。あるいは、ある実施形態において、プロセスは、図2に関連して説明されるように、別個の糖化槽を含むように変更され得る。ISPR抽出剤29が、発酵槽30に導入されて、二相混合物が形成され、生成物アルコールは、ISPR抽出剤29の有機相中に分離することによって除去される。油26も有機相中に分離する。ISPR抽出剤29は、天然油例えば、オレイルアルコールに由来しない1種以上の脂肪酸抽出剤および/または外部からの有機抽出剤であり得る。抽出剤29が脂肪酸抽出剤である場合、抽出剤29は、原料12によってプロセスに元々導入されるのと同じ油ではない植物由来油などの天然油から生成される脂肪酸抽出剤28’図3を参照であり得る。二相混合物の分離は、発酵槽30中で行われ、それによって、アルコール含有有機相流36および水相流34が、発酵槽30から直接出る。あるいは、二相混合物の分離は、図1~3の実施形態において提供されるように、別個の槽35中で行われ得る。油26を含む有機相流36は、分離器50に導入されて、抽出剤29から生成物アルコール54が回収される。得られたアルコール希薄抽出剤27は、回収された抽出剤29および油26を含む。油26を含む抽出剤27は、反応槽40に導入され、1種以上の物質42例えば、反応剤および/または溶媒と接触され、それが、油26の少なくとも一部を脂肪酸抽出剤28へと化学的に転化する。次に、脂肪酸抽出剤28を含む抽出剤27は、発酵槽30中に戻って再利用され得る。このような再利用される抽出剤流27は、別個の流れまたは新鮮な、補給抽出剤流29と組み合わされた流れであり得る。次に、アルコール含有有機相36の後の引き抜きは、油26および生成物アルコールに加えて、脂肪酸抽出剤28およびISPR抽出剤29を含み得る。次に、有機相36は、生成物アルコールを回収するように処理され、油と反応して脂肪酸抽出剤を形成し、得られたアルコール希薄脂肪酸抽出剤28およびアルコール希薄抽出剤29として発酵槽30中に戻って再利用され得る。ある実施形態において、プロセス自体が生成物アルコールを抽出するための十分な量の脂肪酸抽出剤28を生成し得るため、発酵プロセスが時間とともに運転されるにつれて、抽出剤29の使用を段階的に停止することができる。したがって、ISPR抽出剤は、反応槽40を介して補給ISPR抽出剤としての、再利用される抽出剤27および脂肪酸抽出剤28であり得る。あるいは、ある実施形態において、油26を含む有機相流36が、分離器50中の生成物アルコールの回収54の前に、反応槽40に導入され得る。このような実施形態において、有機相流36は、反応槽50に導入され、脂肪酸抽出剤28を生成するための1種以上の物質42と接触され得る。次に、脂肪酸抽出剤28を含む得られた有機相流36は、分離器50に導入されて、生成物アルコール54が回収され得、次に、得られたアルコール希薄抽出剤が、脂肪酸抽出剤28を含む抽出剤流27として発酵槽30中に戻って再利用され得る。さらに他の実施形態において、脂肪酸抽出剤28を生成するための物質42と油26を接触させる前に、油26は、有機相流36または抽出剤流27から分離され得る。次に、脂肪酸抽出剤28は、発酵槽30、異なる発酵槽例えば、アルコール製造プラント中で発酵槽30と並行してまたは連続して動作するに供給されるISPR抽出剤として使用され、または後の使用のために貯蔵され得る。したがって、図1~5は、発酵プロセスを含む方法およびシステムの様々な非限定的な実施形態およびバイオマス由来の油26から生成される脂肪酸抽出剤28、および抽出発酵において生成物アルコールを除去するのに使用され得る植物由来油26’などの天然油から生成される脂肪酸抽出剤28’を提供する。これらの脂肪酸抽出剤28および28’は、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪アミド、脂肪酸メチルエステル、脂肪酸グリコールエステル、トリグリセリド、およびそれらの混合物からなる群から選択され得る。トリグリセリドは、水酸化またはアルコキシ化例えば、メトキシ化、エトキシ化され得る。天然油から本明細書に記載される脂肪酸抽出剤へのグリセリドの化学的転化は、当該技術分野において公知の任意の反応スキームを用いて行うことができる。例えば、トウモロコシ油などの植物由来油に関して、ある実施形態において、脂肪酸抽出剤28または28’としての水酸化トリグリセリドが、油26または26’としてのトウモロコシ油を様々な反応剤および溶媒42詳細については以下の実施例1を参照と接触させて、式Iに示される水酸化を行うことによって生成され得る:ある実施形態において、例えば、Roe,etal.,Am.OilChem.Soc.29:18-22,1952に記載され、式IIに示されるように、油26または26’としてのトウモロコシ油トリグリセリドが、反応剤42としての水酸化アンモニウム水溶液と反応されて、脂肪アミドおよび脂肪酸が得られ、それを一緒にまたは別々に、脂肪酸抽出剤28または28’として使用することができる:ある実施形態において、水酸化アンモニウム水溶液は、約28重量のアンモニア水である。ある実施形態において、式IIにしたがって生成されるトウモロコシ油脂肪アミドとトウモロコシ油脂肪酸との混合物は、単一の脂肪酸抽出剤28または28’を生成するのに使用され得る。ある実施形態において、脂肪アミドと脂肪酸との混合物は、リノレアミド、リノール酸、オレアミド、オレイン酸、パルミトアミド、パルミチン酸、ステアルアミド、およびステアリン酸を含み得る。このような実施形態において、このような混合物は、約37重量のリノレアミド、約18のリノール酸、約19重量のオレアミド、約9重量のオレイン酸、約8.7重量のパルミトアミド、約4.3重量のパルミチン酸、約1.2重量のステアルアミド、および約0.7重量のステアリン酸から構成され得る。他の組成物の量が可能であり、使用されるトウモロコシ油中のリノール酸、オレイン酸、パルミチン酸、およびステアリン酸の天然に存在する量に応じて変わり得ることを理解されたい。例えば、油26または26’としての高オレイン酸トウモロコシ油例えば約65重量以下のオレイン酸含量を有し得るは、オレイン酸含量が約24重量である通常のトウモロコシ油を用いた場合に生成され得るより、式IIの反応にしたがって、オレアミドおよびオレイン酸がより多い混合物を生成するであろうことが予測されるであろう。ある実施形態において、式IIにしたがって生成されるトウモロコシ油脂肪アミドおよびトウモロコシ油脂肪酸を、脂肪酸と混合して、脂肪酸抽出剤28または28’中の脂肪アミド対脂肪酸の比率を変化させることができる。ある実施形態において、脂肪アミド対脂肪酸の混合物は、約2:1~約1:2の混合物の比率であり得る。ある実施形態において、例えば、Kohlhase,etal.,J.Am.OilChem.Soc.48:265-270,1971に記載されるように、物質42として、反応剤としての無水アンモニアを、触媒としての酢酸アンモニウムとともに用いて、脂肪酸抽出剤28または28’としての純粋なトウモロコシ油脂肪アミドが、油26または26’としてのトウモロコシ油から合成され得る。ある実施形態において、純粋なトウモロコシ油脂肪アミドは、リノレアミド、オレアミド、パルミトアミド、およびステアルアミドを含み得る。このような実施形態において、純粋なトウモロコシ油脂肪アミドは、約55重量のリノレアミド、約28重量のオレアミド、約13重量のパルミトアミド、および約2重量のステアルアミドから構成され得る。上述したように、他の組成物の量が可能であり、使用されるトウモロコシ油中のリノール酸、オレイン酸、パルミチン酸、およびステアリン酸の天然に存在する量に応じて変わり得ることを理解されたい。ある実施形態において、脂肪酸抽出剤28または28’は、式RC=ONR’Rの脂肪アミドを含むことができ、式中、Rが、独立して、1つ以上の二重結合で任意に介在されるC3~C27のアルキル基からなる群から選択され、R’およびRが、独立して、水素および1つ以上のヒドロキシル基を任意に含むC1~C6のアルキル基からなる群から選択される。ある実施形態において、脂肪酸抽出剤28または28’としてのトウモロコシ油脂肪酸は、例えば式IIIの反応にしたがって、物質42としてNaOHおよび水例えば、以下の実施例4を参照を用いた塩基加水分解によって、油26または26’としてのトウモロコシ油から合成され得る:ある実施形態において、純粋なトウモロコシ油脂肪アミドおよび純粋なトウモロコシ油脂肪酸は、混合されて、単一の脂肪酸抽出剤28または28’が生成され得る。脂肪アミド対脂肪酸のこのような混合物は、例えば、2:1の混合物、他の実施形態において1:2の混合物であり得る。ある実施形態において、例えば式IVの反応にしたがって、物質42としてテトラヒドロフランTHFおよびLiAlH4例えば、以下の実施例3を参照を用いた還元によって、脂肪酸抽出剤28または28’としての脂肪アルコールは、油26または26’としてのトウモロコシ油から生成され得る:ある実施形態において、油26または26’としてのトウモロコシ油は、物質42としてのメタノールおよび酸触媒と接触されて、脂肪酸抽出剤28または28’としての脂肪酸エステルが生成され得る。例えば、トウモロコシ油は、式Vの反応にしたがって、硫酸の存在下で、限定はされないが、8個以下の炭素を有するアルコールを含むアルコールと反応されて、脂肪酸エステル例えば、以下の実施例4を参照が得られる:ある実施形態において、例えば式VIの反応にしたがって、脂肪酸メチルエステルFAME上記の式Vを参照を生成し、さらなる物質42例えば、以下の実施例5を参照としてのエチレングリコールとFAMEをさらに反応させることによって、油26または26’としてのトウモロコシ油は、脂肪酸抽出剤28または28’としてのトウモロコシ油エチレングリコールエステルFAGEに転化され得る:ある実施形態において、脂肪アルコールは、水酸化されてもよく、抽出剤として使用され得る。例えば、脂肪アルコールは、過酢酸と、次に酸水溶液と反応されて、式VIIに示されるように、鎖に沿って二重結合が水酸化され得る例えば、実施例8を参照:ある実施形態において、抽出剤は、液体またはビーズなどの固体であり得る。ビーズなどの固体の形態で得られるであろう抽出剤は、製造プロセス中、容易に取り扱うことができるであろう。さらに、生成物アルコール例えば、ブタノールは、例えば、ガスストリッピング、別の溶媒への溶解、または当業者に公知の任意の他の利用可能な方法によって、この抽出剤から回収され得る。図1~5を参照して記載される上述した実施形態のいずれかを含むある実施形態において、発酵槽30中の発酵ブロスは、少なくとも1つの発酵性炭素源からブタノールへの生合成経路を介してブタノールを生成するように遺伝子組み換えすなわち、遺伝子操作された少なくとも1種の組み換え微生物32を含む。特に、組み換え微生物は、好適な炭素基質を含有する発酵ブロス中で増殖され得る。さらなる炭素基質としては、以下に限定はされないが、フルクトースなどの単糖類;ラクトース、マルトース、またはスクロースなどのオリゴ糖;でんぷんまたはセルロースなどの多糖類;あるいはそれらの混合物、ならびに乳清透過液、コーンスティープリカー、サトウダイコン糖蜜、および大麦麦芽などの再生可能な原料からの精製されていない混合物が挙げられる。他の炭素基質としては、エタノール、乳酸塩、コハク酸塩、またはグリセロールが挙げられる。さらに、炭素基質は、主要な生化学中間体への代謝的転化が示された、二酸化炭素またはメタノールなどの一炭素基質でもあり得る。一炭素基質および二炭素基質に加えて、メチロトローフ生物は、メチルアミン、グルコサミン、および代謝活性のための様々なアミノ酸などのいくつかの他の炭素含有化合物を用いることも知られている。例えば、メチロトローフ酵母は、メチルアミンからの炭素を用いて、トレハロースまたはグリセロールを形成することが知られているBellion,etal.,Microb.GrowthC1Compd.,[Int.Symp.],7th1993、415-32,Editors:Murrell,J.Collin;Kelly,DonP.Publisher:Intercept,Andover,UK。同様に、カンジダ属Candidaの様々な種が、アラニンまたはオレイン酸を代謝するSulter,etal.,Arch.Microbiol.153:485-489,1990。したがって、本発明に用いられる炭素の供給源が、多種多様な炭素含有基質を包含してもよく、生物の選択のみによって限定されると考えられる。上記の炭素基質およびそれらの混合物の全てが好適であると考えられるが、ある実施形態において、炭素基質は、グルコース、フルクトース、およびスクロース、あるいはこれらと、C5糖類を使用するように改変された酵母細胞のためのキシロースおよび/またはアラビノースなどのC5糖類との混合物である。スクロースは、サトウキビ、サトウダイコン、キャッサバ、スイートソルガム、およびそれらの混合物などの再生可能な糖源に由来し得る。グルコースおよびデキストロースは、トウモロコシ、小麦、ライ麦、大麦、オート麦、およびそれらの混合物などの穀類を含むでんぷんベースの原料の糖化によって、再生可能な穀類源から誘導され得る。さらに、発酵性糖は、例えば、参照により本明細書に援用される米国特許出願公開第2007/0031918A1号明細書に記載されるような、前処理および糖化のプロセスによって、再生可能なセルロース系またはリグノセルロース系バイオマスから誘導され得る。適切な炭素源水流22からのに加えて、発酵ブロスは、培養物の成長およびジヒドロキシ酸デヒドラターゼDHADを含む酵素経路の促進に適した、当業者に公知の、好適な無機物、塩、補因子、緩衝液および他の成分を含有しなければならない。生合成経路を介してブタノールを生成する組み換え微生物としては、クロストリジウム属Clostridium、ザイモモナス属Zymomonas、エシェリキア属Escherichia、サルモネラ属Salmonella、セラチア属Serratia、エルウイニア属Erwinia、クレブシエラ属Klebsiella、赤痢菌属Shigella、ロドコッカス属Rhodococcus、シュードモナス属Pseudomonas、バチルス属Bacillus、乳酸杆菌属Lactobacillus、エンテロコッカス属Enterococcus、アルカリゲネス属Alcaligenes、クレブシエラ属Klebsiella、パエニバチルス属Paenibacillus、アルスロバクター属Arthrobacter、コリネバクテリウム属Corynebacterium、ブレビバクテリウム属Brevibacterium、シゾサッカロマイセス属Schizosaccharomyces、クルイベロマイセス属Kluyveromyces、ヤロウイア属Yarrowia、ピヒア属Pichia、カンジダ属Candida、ハンゼヌラ属Hansenula、またはサッカロマイセス属Saccharomycesのメンバーが挙げられる。一実施形態において、組み換え微生物は、大腸菌Escherichiacoli、ラクトバチルスプランタルムLactobacillusplantarum、およびサッカロマイセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeからなる群から選択され得る。一実施形態において、組み換え微生物は、サッカロマイセス属Saccharomyces、ジゴサッカロマイセス属Zygosaccharomyces、シゾサッカロマイセス属Schizosaccharomyces、デッケラ属Dekkera、トルロプシス属Torulopsis、ブレタノマイセス属Brettanomyces、およびカンジダ属Candidaのいくつかの種から選択されるクラブトリー陽性酵母である。クラブトリー陽性酵母の種としては、以下に限定はされないが、サッカロマイセスセレビシエSaccharomycescerevisiae、サッカロマイセスクルイベリSaccharomyceskluyveri、シゾサッカロマイセスポンベSchizosaccharomycespombe、サッカロマイセスバイアヌスSaccharomycesbayanus、サッカロマイセスミカタエSaccharomycesmikatae、サッカロマイセスパラドキサスSaccharomycesparadoxus、ジゴサッカロマイセスルーキシィZygosaccharomycesrouxii、およびカンジダグラブラタCandidaglabrataが挙げられる。例えば、微生物による発酵を用いたブタノールの生成、ならびにブタノールを生成する微生物は公知であり、例えば、参照により本明細書に援用される、米国特許出願公開第2009/0305370号明細書に開示されている。ある実施形態において、微生物は、ブタノール生合成経路を含む。好適なイソブタノール生合成経路は、当該技術分野において公知である例えば、参照により本明細書に援用される米国特許出願公開第2007/0092957号明細書を参照。ある実施形態において、経路の基質-生成物転化を触媒する少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、または少なくとも4つのポリペプチドが、微生物中の異種のポリヌクレオチドによってコードされる。ある実施形態において、経路の基質-生成物転化を触媒する全てのポリペプチドが、微生物中の異種のポリヌクレオチドによってコードされる。ある実施形態において、微生物は、ピルビン酸デカルボキシラーゼ活性の減少または消失を含む。ピルビン酸デカルボキシラーゼ活性を実質的に含まない微生物が、参照により本明細書に援用される米国特許出願公開第2009/0305363号明細書に記載されている。GPD2などのNAD依存性グリセロール-3-リン酸デヒドロゲナーゼ活性を有する酵素を実質的に含まない微生物も、この文献に記載されている。実施例に使用されるものを含む特定の株の構造が、本明細書に提供される。サッカロマイセスセレビシエSaccharomycescerevisiae株BP1064およびイソブタノロジェンisobutanologenBP1083NGCI-070の作成株BP1064は、CEN.PK113-7DCBS8340;CentraalbureauvoorSchimmelculturesCBSFungalBiodiversityCentre,Netherlandsから得られ、以下の遺伝子の欠失を含む:URA3、HIS3、PDC1、PDC5、PDC6、およびGPD2。BP1064を、プラスミドpYZ090配列番号1、その作成が、参照により本明細書に援用される、2009年9月29日に出願された米国仮特許出願第61/246,844号明細書に記載されているおよびpLH468配列番号2で形質転換して、イソブタノロジェン株NGCI-070BP1083を生成した。標的遺伝子および形質転換体の選択のためのG418耐性マーカーまたはURA3遺伝子のいずれかの上流および下流の相同領域を含むPCR断片による相同的組み換えによって、全コード配列を完全に除去した欠失を作り出した。loxP部位が側面にあるG418耐性マーカーを、Creリコンビナーゼを用いて除去した。URA3遺伝子を相同的組み換えによって除去して、無瘢痕scarless欠失を作り出し、またはloxP部位が側面にある場合、Creリコンビナーゼを用いて除去した。無瘢痕欠失の手順を、Akada,etal.,Yeast23:399-405,2006から適応させた。一般に、各無瘢痕欠失のためのPCRカセットを、PCRを重複させることによって、4つの断片、A-B-U-Cを組み合わせることによって作製した。PCRカセットは、プロモーターURA3遺伝子の上流の250bpおよびターミネーターURA3遺伝子の下流の150bpとともに、天然CEN.PK113-7DURA3遺伝子からなる、選択可能な/対抗選択可能なcounter-selectableマーカー、URA3断片Uを含有していた。それぞれ長さ500bpの断片AおよびCは、標的遺伝子のすぐ上流の500bp断片Aおよび標的遺伝子の3’500bp断片Cに対応していた。断片AおよびCを、相同的組み換えによる、染色体へのカセットの組み込みに使用した。断片Bに対応する配列の直接の繰り返しが、染色体へのカセットの組み込みの際に生成された際、断片B長さ500bpは、標的遺伝子のすぐ下流の500bpに対応し、それを、相同的組み換えによる、染色体からのURA3マーカーおよび断片Cの切除に使用した。PCR産物ABUCカセットを用いて、URA3マーカーを、相同的組み換えによって、まず染色体に組み込み、次に染色体から切除した。最初の組み込みにより、3’500bpを除いて、遺伝子を欠失させた。切除の際、遺伝子の3’500bp領域も欠失させた。この方法を用いた遺伝子の組み込みでは、組み込まれる遺伝子が、断片AとBとの間のPCRカセットに含まれていた。URA3の欠失内因性URA3コード領域を欠失させるために、ura3::loxP-kanMX-loxPカセットを、pLA54鋳型DNA配列番号3からPCRで増幅した。pLA54は、K.ラクチスK.lactisTEF1プロモーターおよびkanMXマーカーを含有し、Creリコンビナーゼによる組み換えおよびマーカーの除去を可能にするloxP部位が側面にある。Phusion登録商標DNAポリメラーゼNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAならびにプライマーBK505およびBK506配列番号4および5を用いて、PCRを行った。loxP-kanMX-loxPマーカーの組み込みが、URA3コード領域の置換をもたらすように、各プライマーのURA3部分を、URA3プロモーターの上流の5’領域およびコード領域の下流の3’領域から得た。標準的な遺伝子組み換え技術MethodsinYeastGenetics,2005,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY、pp.201-202を用いて、PCR産物をCEN.PK113-7Dへと形質転換し、30°CでG418100μg/mLを含有するYPDにおいて形質転換体を選択した。プライマーLA468およびLA492配列番号6および7ならびに指定されるCEN.PK113-7DΔura3::kanMXを用いたPCRによって、形質転換体をスクリーニングして、正確な組み込みを確認した。HIS3の欠失無瘢痕HIS3欠失のためのPCRカセットの4つの断片を、Phusion登録商標HighFidelityPCRMasterMixNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAおよびGentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact、キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製された、鋳型としてのCEN.PK113-7DゲノムDNAを用いて増幅した。HIS3断片Aを、HIS3断片Bの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP452配列番号14およびプライマーoBP453配列番号15を用いて増幅した。HIS3断片Bを、HIS3断片Aの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP454配列番号16、およびHIS3断片Uの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP455配列番号17を用いて増幅した。HIS3断片Uを、HIS3断片Bの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP456配列番号18、およびHIS3断片Cの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP457配列番号19を用いて増幅した。HIS3断片Cを、HIS3断片Uの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP458配列番号20、およびプライマーoBP459配列番号21を用いて増幅した。PCR産物を、PCRPurificationキットQiagen,Valencia,CAを用いて精製した。HIS3断片AおよびHIS3断片Bを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP452配列番号14およびoBP455配列番号17を用いて増幅することによって、HIS3断片ABを生成した。HIS3断片UおよびHIS3断片Cを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP456配列番号18およびoBP459配列番号21を用いて増幅することによって、HIS3断片UCを生成した。得られたPCR産物を、アガロースゲル、続いてGelExtractionキットQiagen,Valencia,CAにおいて精製した。HIS3断片ABおよびHIS3断片UCを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP452配列番号14およびoBP459配列番号21を用いて増幅することによって、HIS3ABUCカセットを生成した。PCR産物を、PCRPurificationキットQiagen,Valencia,CAを用いて精製した。CEN.PK113-7DΔura3::kanMXのコンピテント細胞を作製し、Frozen-EZYeastTransformationII商標キットZymoResearchCorporation,Irvine,CAを用いてHIS3ABUCPCRカセットで形質転換した。形質転換混合物を、30°Cで2のグルコースが補充されたウラシル欠損合成完全培地において平板培養plateした。Gentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製されたゲノムDNAを用いて、プライマーoBP460配列番号22およびoBP461配列番号23によるPCRによって、his3ノックアウトを有する形質転換体をスクリーニングした。正確な形質転換体を、株CEN.PK113-7DΔura3::kanMXΔhis3::URA3として選択した。Δura3部位からのKanMXマーカー除去およびΔhis3部位からのURA3マーカー除去Frozen-EZYeastTransformationII商標キットZymoResearchCorporation,Irvine,CAを用いて、pRS423::PGAL1-cre配列番号66、米国仮特許出願第61/290,639号明細書に記載されるでCEN.PK113-7DΔura3::kanMXΔhis3::URA3を形質転換し、30°Cで2のグルコースが補充されたヒスチジンおよびウラシル欠損合成完全培地において平板培養することによって、KanMXマーカーを除去した。形質転換体を、30°Cで約6時間にわたって1のガラクトースが補充されたYP中で増殖させて、CreリコンビナーゼおよびKanMXマーカー切除を誘発し、回収のために30°CでYPD2のグルコースプレートに平板培養した。分離株を、YPD中で一晩増殖させ、30°Cで5-フルオロ-オロチン酸5-FOA、0.1を含有する合成完全培地において平板培養して、URA3マーカーを喪失した分離株を選択した。5-FOA耐性分離株を、pRS423::PGAL1-creプラスミドを除去するために、YPDにおいて増殖させ、平板培養した。YPDG418プレート、ウラシル欠損合成完全培地のプレート、およびヒスチジン欠損合成完全培地のプレートにおける増殖をアッセイすることによって、KanMXマーカー、URA3マーカー、およびpRS423::PGAL1-creプラスミドの損失について分離株を調べた。G418に対して感受性であり、かつウラシルおよびヒスチジンに対して栄養要求性であった正確な分離株を、株CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3として選択し、BP857として表した。Gentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製されたゲノムDNAを用いて、Δura3についてはプライマーoBP450配列番号24およびoBP451配列番号25、およびΔhis3についてはプライマーoBP460配列番号22およびoBP461配列番号23によるPCRおよび配列決定によって、欠失およびマーカー除去を確認した。PDC6の欠失無瘢痕PDC6欠失のためのPCRカセットの4つの断片を、Phusion登録商標HighFidelityPCRMasterMixNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAおよびGentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製された、鋳型としてのCEN.PK113-7DゲノムDNAを用いて増幅した。PDC6断片Aを、PDC6断片Bの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP440配列番号26およびプライマーoBP441配列番号27を用いて増幅した。PDC6断片Bを、PDC6断片Aの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP442配列番号28、およびPDC6断片Uの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP443配列番号29を用いて増幅した。PDC6断片Uを、PDC6断片Bの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP444配列番号30、およびPDC6断片Cの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP445配列番号31を用いて増幅した。PDC6断片Cを、PDC6断片U3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP446配列番号32、およびプライマーoBP447配列番号33を用いて増幅した。PCR産物を、PCRPurificationキットQiagen,Valencia,CAを用いて精製した。PDC6断片AおよびPDC6断片Bを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP440配列番号26およびoBP443配列番号29を用いて増幅することによって、PDC6断片ABを生成した。PDC6断片UおよびPDC6断片Cを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP444配列番号30およびoBP447配列番号33を用いて増幅することによって、PDC6断片UCを生成した。得られたPCR産物を、アガロースゲル、続いてGelExtractionキットQiagen,Valencia,CAにおいて精製した。PDC6断片ABおよびPDC6断片UCを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP440配列番号26およびoBP447配列番号33を用いて増幅することによって、PDC6ABUCカセットを生成した。PCR産物を、PCRPurificationキットQiagen,Valencia,CAを用いて精製した。CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3のコンピテント細胞を作製し、Frozen-EZYeastTransformationII商標キットZymoResearchCorporation,Irvine,CAを用いてPDC6ABUCPCRカセットで形質転換した。形質転換混合物を、30°Cで2のグルコースが補充されたウラシル欠損合成完全培地において平板培養した。pdc6ノックアウトを有する形質転換体を、Gentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製されたゲノムDNAを用いて、プライマーoBP448配列番号34およびBP449配列番号35によるPCRによってスクリーニングした。正確な形質転換体を、株CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6::URA3として選択した。CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6::URA3を、YPD中で一晩増殖させ、30°Cで5-フルオロ-オロチン酸0.1を含有する合成完全培地において平板培養して、URA3マーカーを喪失した分離株を選択した。Gentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製されたゲノムDNAを用いて、プライマーoBP448配列番号34およびoBP449配列番号35によるPCRおよび配列決定によって、欠失およびマーカー除去を確認した。PDC6、oBP554配列番号36およびoBP555配列番号37のコード配列に特異的なプライマーを用いた陰性PCR結果によって、分離株からのPDC6遺伝子がないことを実証した。正確な分離株を、株CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6として選択し、BP891として表した。PDC1欠失ilvDSm組み込みPDC1遺伝子を欠失させ、ミュータンス連鎖球菌StreptococcusmutansATCCNo.700610に由来するilvDコード領域で置換した。A断片、続いて、PDC1欠失-ilvDSm組み込みのためのPCRカセットのミュータンス連鎖球菌Streptococcusmutansに由来するilvDコード領域を、Phusion登録商標HighFidelityPCRMasterMixNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAおよびGentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.kitQiagen,Valencia,CAを用いて調製された、鋳型としてのNYLA83本明細書および米国仮特許出願第61/246,709号明細書に記載されるゲノムDNAを用いて増幅した。PDC1断片A-ilvDSm配列番号138を、PDC1断片Bの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP513配列番号38およびプライマーoBP515配列番号39を用いて増殖した。PDC1欠失-ilvDSm組み込みのためのPCRカセットのB、U、およびC断片を、Phusion登録商標HighFidelityPCRMasterMixNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAおよびGentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製された、鋳型としてのCEN.PK113-7DゲノムDNAを用いて増幅した。PDC1断片Bを、PDC1断片A-ilvDSmの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP516配列番号40、およびPDC1断片Uの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP517配列番号41を用いて増幅した。PDC1断片Uを、PDC1断片Bの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP518配列番号42、およびPDC1断片Cの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP519配列番号43を用いて増幅した。PDC1断片Cを、PDC1断片Uの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP520配列番号44、およびプライマーoBP521配列番号45を用いて増幅した。PCR産物を、PCRPurificationキットQiagen,Valencia,CAを用いて精製した。PDC1断片A-ilvDSmおよびPDC1断片Bを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP513配列番号38およびoBP517配列番号41を用いて増幅することによって、PDC1断片A-ilvDSm-Bを生成した。PDC1断片UおよびPDC1断片Cを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP518配列番号42およびoBP521配列番号45を用いて増幅することによって、PDC1断片UCを生成した。得られたPCR産物を、アガロースゲル、続いて、GelExtractionキットQiagen,Valencia,CAにおいて精製した。PDC1断片A-ilvDSm-BおよびPDC1断片UCを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP513配列番号38およびoBP521配列番号45を用いて増幅することによって、PDC1A-ilvDSm-BUCカセット配列番号139を生成した。PCR産物を、PCRPurificationキットQiagen,Valencia,CAを用いて精製した。CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6のコンピテント細胞を作製し、Frozen-EZYeastTransformationII商標キットZymoResearchCorporation,Irvine,CAを用いてPDC1A-ilvDSm-BUCPCRカセットで形質転換した。形質転換混合物を、30°Cで2のグルコースが補充されたウラシル欠損合成完全培地において平板培養した。pdc1ノックアウトilvDSm組み込みを有する形質転換体を、Gentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製されたゲノムDNAを用いて、プライマーoBP511配列番号46およびoBP512配列番号47によるPCRによってスクリーニングした。PDC1、oBP550配列番号48およびoBP551配列番号49のコード配列に特異的なプライマーを用いた陰性PCR結果によって、分離株からのPDC1遺伝子がないことを実証した。正確な形質転換体を、株CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6Δpdc1::ilvDSm-URA3として選択した。CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6Δpdc1::ilvDSm-URA3を、YPD中で一晩増殖させ、30°Cで5-フルオロ-オロチン酸0.1を含有する合成完全培地において平板培養して、URA3マーカーを喪失した分離株を選択した。PDC1の欠失、ilvDSmの組み込み、およびマーカー除去を、Gentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製されたゲノムDNAを用いて、プライマーoBP511配列番号46およびoBP512配列番号47によるPCRおよび配列決定によって確認した。正確な分離株を、株CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6Δpdc1::ilvDSmとして選択し、BP907として表した。PDC5欠失sadB組み込みPDC5遺伝子を欠失させ、アクロモバクターキシロソキシダンスAchromobacterxylosoxidansに由来するsadBコード領域で置換した。PDC5欠失-sadB組み込みのためのPCRカセットのセグメントを、まずプラスミドpUC19-URA3MCSにクローニングした。pUC19-URA3MCSは、pUC19をベースとしており、多重クローニング部位MCSに位置するサッカロマイセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeに由来するURA3遺伝子の配列を含む。pUC19は、pMB1レプリコンおよび大腸菌Escherichiacoliにおける複製および選択のためのβ-ラクタマーゼをコードする遺伝子を含む。URA3のためのコード配列に加えて、この遺伝子の上流および下流の配列が、酵母におけるURA3遺伝子の発現のために含まれていた。ベクターを、クローニングプロセスに使用することができ、酵母組み込みベクターとして使用することができる。サッカロマイセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeCEN.PK113-7DゲノムDNAに由来するURA3コード領域の上流の250bpおよび下流の150bpとともにURA3コード領域を含むDNAを、Phusion登録商標HighFidelityPCRMasterMixNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAを用いて、BamHI、AscI、PmeI、およびFseI制限部位を含有するプライマーoBP438配列番号12、およびXbaI、PacI、およびNotI制限部位を含有するoBP439配列番号13を用いて増幅した。ゲノムDNAを、Gentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製した。PCR産物およびpUC19配列番号140を、BamHIおよびXbaIによる消化の後、T4DNAリガーゼを用いてライゲートして、ベクターpUC19-URA3MCSを生成した。プライマーoBP264配列番号10およびoBP265配列番号11によるPCRおよび配列決定によって、ベクターを確認した。sadBおよびPDC5断片Bのコード配列を、pUC19-URA3MCSにクローニングして、PDC5A-sadB-BUCPCRカセットのsadB-BU部分を生成した。AscI制限部位を含有するプライマーoBP530配列番号50、およびPDC5断片Bの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP531配列番号51とともに、鋳型としてpLH468-sadB配列番号67を用いて、sadBのコード配列を増幅した。PDC5断片Bを、sadBの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP532配列番号52、およびPmeI制限部位を含有するプライマーoBP533配列番号53を用いて増幅した。PCR産物を、PCRPurificationキットQiagen,Valencia,CAを用いて精製した。sadBおよびPDC5断片BPCR産物を混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP530配列番号50およびoBP533配列番号53を用いて増幅することによって、sadB-PDC5断片Bを生成した。得られたPCR産物を、AscIおよびPmeIによって消化させ、適切な酵素による消化の後、T4DNAリガーゼを用いてpUC19-URA3MCSの対応する部位にライゲートした。得られたプラスミドを、PDC5断片Cの5’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP536配列番号54およびoBP546配列番号55を用いて、sadB-断片B-断片Uの増幅のための鋳型として使用した。PDC5断片Cを、PDC5sadB-断片B-断片Uの3’末端に対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP547配列番号56、およびプライマーoBP539配列番号57を用いて増幅した。PCR産物を、PCRPurificationキットQiagen,Valencia,CAを用いて精製した。PDC5sadB-断片B-断片UおよびPDC5断片Cを混合することによってPCRを重複させ、プライマーoBP536配列番号54およびoBP539配列番号57を用いて増幅することによって、PDC5sadB-断片B-断片U-断片Cを生成した。得られたPCR産物を、アガロースゲル、続いて、GelExtractionキットQiagen,Valencia,CAにおいて精製した。天然のPDC5コード配列のすぐ上流の50ヌクレオチドに対して相同性を有する5’テールを含むプライマーoBP542配列番号58、およびoBP539配列番号57を用いてPDC5sadB-断片B-断片U-断片Cを増幅することによって、PDC5A-sadB-BUCカセット配列番号141を生成した。PCR産物を、PCRPurificationキットQiagen,Valencia,CAを用いて精製した。CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6Δpdc1::ilvDSmのコンピテント細胞を作製し、Frozen-EZYeastTransformationII商標キットZymoResearchCorporation,Irvine,CAを用いてPDC5A-sadB-BUCPCRカセットで形質転換した。形質転換混合物を、30°Cで1のエタノールグルコースではないが補充されたウラシル欠損合成完全培地において平板培養した。pdc5ノックアウトsadB組み込みを有する形質転換体を、Gentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAによって調製されたゲノムDNAを用いて、プライマーoBP540配列番号59およびoBP541配列番号60によるPCRによってスクリーニングした。PDC5、oBP552配列番号61およびoBP553配列番号62のコード配列に特異的なプライマーを用いた陰性PCR結果によって、分離株からのPDC5遺伝子がないことを実証した。正確な形質転換体を、株CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6Δpdc1::ilvDSmΔpdc5::sadB-URA3として選択した。CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6Δpdc1::ilvDSmΔpdc5::sadB-URA3を、YPE1のエタノール中で一晩増殖させ、エタノールグルコースではないが補充され、かつ30°Cで5-フルオロ-オロチン酸0.1を含有する合成完全培地において平板培養して、URA3マーカーを喪失した分離株を選択した。PDC5の欠失、sadBの組み込み、およびマーカー除去を、Gentra登録商標Puregene登録商標Yeast/Bact.キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製されたゲノムDNAを用いて、プライマーoBP540配列番号59およびoBP541配列番号60によるPCRによって確認した。正確な分離株を、株CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6Δpdc1::ilvDSmΔpdc5::sadBとして選択し、BP913として表した。GPD2の欠失内因性GPD2コード領域を欠失させるために、gpd2::loxP-URA3-loxPカセット配列番号142を、鋳型DNAとしてloxP-URA3-loxP配列番号68を用いて、PCRで増幅した。loxP-URA3-loxPは、loxPリコンビナーゼ部位が側面にあるATCCNo.77107に由来するURA3マーカーを含有する。Phusion登録商標DNAポリメラーゼNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAならびにプライマーLA512およびLA513配列番号8および9を用いて、PCRを行った。loxP-URA3-loxPマーカーの組み込みが、GPD2コード領域の置換をもたらすように、各プライマーのGPD2部分を、GPD2コード領域の上流の5’領域およびコード領域の下流の3’領域から得た。PCR産物をBP913に形質転換し、形質転換体を、1のエタノールグルコースではないが補充されたウラシル欠損合成完全培地において選択した。プライマーoBP582およびAA270配列番号63および64を用いたPCRによって、形質転換体をスクリーニングして、正確な組み込みを確認した。pRS423::PGAL1-cre配列番号66を用いた形質転換、および30°Cで1のエタノールが補充されたヒスチジン欠損合成完全培地における平板培養によって、URA3マーカーを再利用した。形質転換体を、1のエタノールが補充され、かつ5-フルオロ-オロチン酸0.1を含有する合成完全培地においてストリークしstreak、30°Cで培養して、URA3マーカーを喪失した分離株を選択した。5-FOA耐性分離株を、pRS423::PGAL1-creプラスミドの除去のためにYPE1のエタノール中で増殖させた。欠失およびマーカー除去を、プライマーoBP582配列番号63およびoBP591配列番号65によるPCRによって確認した。正確な分離株を、株CEN.PK113-7DΔura3::loxPΔhis3Δpdc6Δpdc1::ilvDSmΔpdc5::sadBΔgpd2::loxPとして選択し、PNY1503BP1064として表した。BP1064を、プラスミドpYZ090配列番号1およびpLH468配列番号2で形質転換して、株NGCI-070BP1083;PNY1504を生成した。株NYLA74およびNYLA83の作成S.セレヴィシエS.cerevisiaeの内因性PDC1およびPDC6遺伝子の挿入不活化。PDC1、PDC5、およびPDC6遺伝子は、以下に記載されるピルビン酸デカルボキシラーゼの3つの主なアイソザイムをコードする:pRS425::GPM-sadBの作成アクロモバクターキシロソキシダンスAchromobacterxylosoxidansに由来するブタノールデヒドロゲナーゼをコードするDNA断片配列番号70米国特許出願公開第2009/0269823号明細書に開示されているをクローニングした。第2級アルコールデヒドロゲナーゼのためのsadBと呼ばれるこの遺伝子のコード領域配列番号69を、それぞれ順方向および逆方向プライマーN473およびN469配列番号74および75を用いてグラム陰性菌のために推奨されるプロトコルにしたがって、Gentra登録商標Puregene登録商標キットQiagen,Valencia,CAを用いて調製される、A.キシロソキシダンスA.xylosoxidansゲノムDNAから、標準条件を用いて増幅した。PCR産物を、pCR登録商標4BLUNTInvitrogen商標,Carlsbad,CAへとTOPO登録商標-Bluntでクローニングを行って、pCR4Blunt::sadBを生成し、それを、大腸菌E.coliMach-1細胞へと形質転換した。次に、プラスミドを4つのクローンから単離し、配列を確認した。sadBコード領域を、pCR4Blunt::sadBからPCR増幅した。PCRプライマーは、酵母GPM1プロモーターおよびADH1ターミネーター配列番号76および77として提供されるN583およびN584と重複し得る追加の5’配列を含んでいた。次に、PCR産物を、以下のように、サッカロマイセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeにおけるギャップ修復gaprepair方法を用いてクローニングしたMa,etal.,Gene58:201-216,1987。GPM1プロモーター配列番号72、乳酸連鎖球菌Lactococcuslactisに由来するkivDコード領域配列番号71、およびADH1ターミネーター配列番号73を含有する酵母-大腸菌E.coliシャトルベクターpRS425::GPM::kivD::ADH米国特許出願公開第2007/0092957A1号明細書の実施例17に記載されるを、BbvCIおよびPacI制限酵素で消化して、kivDコード領域を放出した。約1μgの残っているベクター断片を、1μgのsadBPCR産物とともに、S.セレヴィシエS.cerevisiae株BY4741へと形質転換した。形質転換体を、ロイシン欠損合成完全培地において選択した。pRS425::GPM-sadB配列番号124を生成する適切な組み換え事象を、プライマーN142およびN459配列番号108および109を用いたPCRによって確認した。pdc6::PGPM1-sadB組み込みカセットの作成およびPDC6の欠失:pdc6::PGPM1-sadB-ADH1t-URA3r組み込みカセットを、pRS425::GPM-sadB配列番号78に由来するGPM-sadB-ADHtセグメント配列番号79を、pUC19-URA3rに由来するURA3r遺伝子に結合することによって作製した。pUC19-URA3r配列番号80は、インビボででの相同的組み換えおよびURA3マーカーの除去を可能にする、75bpの相同反復配列が側面にあるpRS426ATCCNo.77107に由来するURA3マーカーを含む。2つのDNAセグメントを、Phusion登録商標DNAポリメラーゼNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAおよびプライマー114117-11A~114117-11D配列番号81、82、83、および84、ならびに114117-13Aおよび114117-13B配列番号85および86とともに、pRS425::GPM-sadBおよびpUC19-URA3rプラスミドDNAを鋳型として用いたSOEPCRHorton,etal.,Gene77:61-68,1989に記載されるによって結合した。SOEPCR114117-13Aおよび114117-13Bのための外部プライマーは、それぞれPDC6プロモーターおよびターミネーターの上流および下流の領域に相同な約50bpの5’および3’領域を含んでいた。標準的な遺伝子組み換え技術MethodsinYeastGenetics,2005,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,pp.201-202を用いて、完成されたカセットPCR断片を、BY4700ATCCNo.200866へと形質転換し、形質転換体を、30°Cで2のグルコースが補充されたウラシル欠損合成完全培地上で維持した。形質転換体を、プライマー112590-34Gおよび112590-34H配列番号87および88、ならびに112590-34Fおよび112590-49E配列番号89および90を用いたPCRによってスクリーニングして、PDC6コード領域の欠失を有するPDC6遺伝子座における組み込みを確認した。標準プロトコルにしたがい、URA3rマーカーを、30°Cで2のグルコースおよび5-FOAが補充された合成完全培地において平板培養することによって再利用した。5-FOAプレートからのコロニーを、SD-URA培地上にパッチして、増殖がないことを確認することによって、マーカーの除去を確認した。得られた同定株は、遺伝子型:BY4700pdc6::PGPM1-sadB-ADH1tを有する。pdc1::PPDC1-ilvD組み込みカセットの作成およびPDC1の欠失:Phusion登録商標DNAポリメラーゼNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAならびにプライマー114117-27A~114117-27D配列番号110、111、112、および113とともに、pLH468およびpUC19-URA3rプラスミドDNAを鋳型として用いたSOEPCRHorton,etal.,Gene77:61-68,1989によって記載されるによって、pLH468配列番号2に由来するilvD-FBA1tセグメント配列番号91を、pUC19-URA3rに由来するURA3r遺伝子に結合することによって、pdc1::PPDC1-ilvD-FBA1t-URA3r組み込みカセットを作製した。SOEPCR114117-27Aおよび114117-27Dのための外部プライマーは、PDC1プロモーターの下流およびPDC1コード配列の下流の領域に相同な約50bpの5’および3’領域を含んでいた。標準的な遺伝子組み換え技術MethodsinYeastGenetics,2005,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,pp.201-202を用いて、完成されたカセットPCR断片を、BY4700pdc6::PGPM1-sadB-ADH1tへと形質転換し、形質転換体を、30°Cで2のグルコースが補充されたウラシル欠損合成完全培地上で維持した。形質転換体を、プライマー114117-36Dおよび135配列番号92および93、ならびにプライマー112590-49Eおよび112590-30F配列番号90および94を用いたPCRによってスクリーニングして、PDC1コード配列の欠失を有するPDC1遺伝子座における組み込みを確認した。標準プロトコルにしたがい、URA3rマーカーを、30°Cで2のグルコースおよび5-FOAが補充された合成完全培地において平板培養することによって再利用した。5-FOAプレートからのコロニーをSD-URA培地上にパッチして、増殖がないことを確認することによって、マーカーの除去を確認した。得られた同定株NYLA67は、遺伝子型:BY4700pdc6::PGPM1-sadB-ADH1tpdc1::PPDC1-ilvD-FBA1tを有する。HIS3の欠失内因性HIS3コード領域を欠失させるために、his3::URA3r2カセットを、URA3r2鋳型DNA配列番号95からPCR増幅した。URA3r2は、インビボでの相同的組み換えおよびURA3マーカーの除去を可能にする、500bpの相同反復配列が側面にあるpRS426ATCCNo.77107に由来するURA3マーカーを含む。Phusion登録商標DNAポリメラーゼNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAならびにプライマー114117-45Aおよび114117-45B配列番号96および97を用いてPCRを行い、約2.3kbのPCR産物を生成した。各プライマーのHIS3部分は、URA3r2マーカーの組み込みがHIS3コード領域の置換をもたらすように、HIS3プロモーターの上流の5’領域およびコード領域の下流の3’領域から得られた。標準的な遺伝子組み換え技術MethodsinYeastGenetics,2005,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY、pp.201-202を用いて、PCR産物を、NYLA67へと形質転換し、形質転換体を、30°Cで2のグルコースが補充されたウラシル欠損合成完全培地上で選択した。形質転換体をスクリーニングして、30°Cで2のグルコースが補充されたヒスチジン欠損合成完全培地において形質転換体をレプリカ平板培養することによって、正確な組み込みを確認した。標準プロトコルにしたがい、30°Cで2のグルコースおよび5-FOAが補充された合成完全培地において平板培養することによって、URA3rマーカーを再利用した。5-FOAプレートからのコロニーをSD-URA培地上にパッチして、増殖がないことを確認することによって、マーカーの除去を確認した。NYLA73と呼ばれる得られた同定株は、遺伝子型:BY4700pdc6::PGPM1-sadB-ADH1tpdc1::PPDC1-ilvD-FBA1tΔhis3を有する。pdc5::kanMX組み込みカセットの作成およびPDC5の欠失:pdc5::kanMX4カセットを、Phusion登録商標DNAポリメラーゼNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAならびにプライマーPDC5::KanMXFおよびPDC5::KanMXR配列番号98および99を用いて株YLR134W染色体DNAATCCNo.4034091からPCR増幅し、約2.2kbのPCR産物を生成した。各プライマーのPDC5部分は、kanMX4マーカーの組み込みがPDC5コード領域の置換をもたらすように、PDC5プロモーターの上流の5’領域およびコード領域の下流の3’領域から得られた。標準的な遺伝子組み換え技術MethodsinYeastGenetics,2005,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,pp.201-202を用いて、PCR産物を、NYLA73へと形質転換し、形質転換体を、30°Cで1のエタノールおよびジェネティシンgeneticin200μg/mLが補充されたYP培地上で選択した。形質転換体をPCRによってスクリーニングして、プライマーPDC5koforおよびN175配列番号100および101を用いたPDC5コード領域の置換によりPDC遺伝子座における正確な組み込みを確認した。同定された正確な形質転換体は、遺伝子型:BY4700pdc6::PGPM1-sadB-ADH1tpdc1::PPDC1-ilvD-FBA1tΔhis3pdc5::kanMX4を有する。株はNYLA74と称された。HXK2ヘキソキナーゼIIの欠失:hxk2::URA3rカセットを、Phusion登録商標DNAポリメラーゼNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAならびにプライマー384および385配列番号102および103を用いてURA3r2鋳型上記からPCR増幅し、約2.3kbのPCR産物を生成した。各プライマーのHXK2部分は、URA3r2マーカーの組み込みがHXK2コード領域の置換をもたらすように、HXK2プロモーターの上流の5’領域およびコード領域の下流の3’領域から得られた。標準的な遺伝子組み換え技術MethodsinYeastGenetics,2005,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,pp.201-202を用いて、PCR産物を、NYLA73へと形質転換し、形質転換体を、30°Cで2のグルコースが補充されたウラシル欠損合成完全培地上で選択した。形質転換体をPCRによってスクリーニングして、プライマーN869およびN871配列番号104および105を用いたHXK2コード領域の置換によりHXK2遺伝子座における正確な組み込みを確認した。標準プロトコルにしたがい、30°Cで2のグルコースおよび5-FOAが補充された合成完全培地において平板培養することによって、URA3r2マーカーを再利用した。5-FOAプレートからのコロニーをSD-URA培地上にパッチして、増殖がないことを確認することによって、およびPCRによって、プライマーN946およびN947配列番号106および107を用いて正確なマーカーの除去を確認することによって、マーカーの除去を確認した。NYLA83と称される、得られた同定株は、遺伝子型:BY4700pdc6::PGPM1-sadB-ADH1tpdc1::PPDC1-ilvD-FBA1tΔhis3Δhxk2を有する。NYLA93の作成S.セレビシエS.cerevisiaeの内在性PDC1、PDC5、およびPDC6遺伝子の挿入不活性化が後述される。PDC1、PDC5、およびPDC6遺伝子は、ピルビン酸デカルボキシラーゼの3つの主要なアイソザイムをコードする。得られたPDC不活性化株を、発現ベクターpYZ067配列番号129およびpYZ090配列番号1のための宿主として使用した。その作成は、参照により本明細書に援用される、2009年9月29日に出願された米国仮特許出願第61/246,844号明細書に記載されている。NAD依存性グリセロール3-リン酸デヒドロゲナーゼの欠失gpd2::loxP-URA3-loxPカセットを、Phusion登録商標DNAポリメラーゼNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAおよびプライマーLA512およびLA513配列番号8および9を用いてpUC19::loxP-URA3-loxPプラスミド鋳型からPCR増幅し、約1.6kbのPCR産物を生成した。pUC19::loxP-URA3-loxP配列番号130は、loxPリコンビナーゼ部位が側面にあるATCCNo.77107からのURA3マーカーを含む。各プライマーのGPD2部分は、loxP-URA3-loxPマーカーの組み込みがGPD2コード領域の置換をもたらすように、GPD2プロモーターの上流の5’領域およびコード領域の下流の3’領域から得られた。標準的な遺伝子組み換え技術MethodsinYeastGenetics,2005,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,pp.201-202を用いて、PCR産物を、NYLA83へと形質転換し、形質転換体を、30°Cで2のグルコースが補充されたウラシル欠損合成完全培地上で選択した。形質転換体をPCRによってスクリーニングして、プライマーLA516およびN175配列番号132および101を用いたHXK2コード領域の置換によりGPD2遺伝子座における正確な組み込みを確認した。URA3マーカーを、pRS423::PGAL1-cre配列番号131による形質転換および30°Cで2のグルコースが補充されたヒスチジン欠損合成完全培地における平板培養によって再利用した。コロニーを30°CでYP1のガラクトースプレート上にパッチして、URA3マーカーの除去を誘発し、回収のために30°CでYPDプレートに移した。YPDプレートからのコロニーをウラシル欠損合成完全培地上にパッチして、増殖がないことを確認することによって、URA3マーカーの除去を確認した。同定された正確なクローンは、遺伝子型:BY4700pdc6::PGPM1-sadB-ADH1tpdc1::PPDC1-ilvD-FBA1tΔhis3Δhxk2Δgpd2::loxPを有する。株はNYLA92と称された。pdc5::loxP-kanMX-loxP組み込みカセットの作成およびPDC5の欠失pdc5::loxP-kanMX-loxPカセットを、Phusion登録商標DNAポリメラーゼNewEnglandBioLabsInc.,Ipswich,MAおよびプライマーLA249およびLA397配列番号136および137を用いてプラスミドpUC19::loxP-kanMX-loxP配列番号135からPCR増幅し、約2.2kbのPCR産物を生成した。pUC19::loxP-kanMX-loxP配列番号135は、pFA6に由来するkanMX遺伝子Wach,etal.,Yeast10:1793-1808,1994ならびにloxPリコンビナーゼ部位が側面にあるK.ラクチスK.lactisTEF1プロモーターおよびターミネーターを含む。各プライマーのPDC5部分は、loxP-kanMX-loxPマーカーの組み込みがPDC5コード領域の置換をもたらすように、PDC5プロモーターの上流の5’領域およびコード領域の下流の3’領域から得られた。標準的な遺伝子組み換え技術MethodsinYeastGenetics,2005,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,pp.201-202を用いて、PCR産物を、NYLA92へと形質転換し、形質転換体を、30°Cで1のエタノールおよびジェネティシン200μg/mlが補充されたYP培地上で選択した。形質転換体をPCRによってスクリーニングして、プライマーLA363およびLA364配列番号133および134を用いたPDC5コード領域の置換によりPDC5遺伝子座における正確な組み込みを確認した。同定された正確な形質転換体は、遺伝子型:BY4700pdc6::PGPM1-sadB-ADH1tpdc1::PPDC1-ilvD-FBA1tΔhis3Δhxk2Δgpd2::loxPΔpdc5:loxP-kanMX-loxPを有する。株はNYLA93と称された。NYLA93pYZ067/pYZ090プラスミドベクターpYZ067およびpYZ090を、標準的な遺伝子組み換え技術MethodsinYeastGenetics,2005,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NYを用いて、株NYLA93BY4700pdc6::PGPM1-sadB-ADH1tpdc1::PPDC1-ilvD-FBA1tΔhis3Δhxk2Δgpd2::loxPΔpdc5:loxP-kanMX-loxPへと同時に形質転換し、得られた株イソブタノロジェンNYLA93、NGCI-065とも呼ばれるを、30°Cで1のエタノールが補充されたヒスチジンおよびウラシル欠損合成完全培地において維持した。発現ベクターpLH468pLH468プラスミド配列番号2を、酵母におけるDHAD、ケトイソ吉草酸デカルボキシラーゼKivDおよびウマ肝臓アルコールデヒドロゲナーゼHADHの発現のために作成した。乳酸連鎖球菌Lactococcuslactisのケトイソ吉草酸デカルボキシラーゼKivDおよびウマ肝臓アルコールデヒドロゲナーゼHADHのためのコード領域それぞれ配列番号71および117を、サッカロマイセスセレビシエSaccharomycescerevisiaeにおける発現のために最適化されたコドンに基づいて、DNA2.0,Inc.によって合成し、プラスミドpKivDy-DNA2.0およびpHadhy-DNA2.0において提供した。コードされるタンパク質は、それぞれ配列番号116および118である。KivDおよびHADHのための個々の発現ベクターを作成した。pLH467pRS426::PTDH3-kivDy-TDH3tを構築するために、ベクターpNY8配列番号120;pRS426.GPD-ald-GPDtとも称され、参照により本明細書に援用される米国特許出願公開第2008/0182308号明細書の実施例17に記載されているを、AscIおよびSfiI酵素で消化し、それによって、GPDプロモーターおよびaldコード領域を切断した。5’プライマーOT1068および3’プライマーOT1067配列番号122および123を用いて、5’末端にAscI部位および3’末端にSpeI部位を付加するために、pNY8に由来するTDH3プロモーター断片配列番号121をPCR増幅した。AscI/SfiIで消化されたpNY8ベクター断片を、AscIおよびSpeIで消化されたTDH3プロモーターPCR産物とライゲートし、コドン最適化されたkivDコード領域を含むSpeI-SfiI断片を、ベクターpKivD-DNA2.0から単離した。3通りのライゲーションにより、ベクターpLH467pRS426::PTDH3-kivDy-TDH3tが生成された。pLH467を、制限マッピングrestrictionmappingおよび配列決定によって確認した。pLH435pRS425::PGPM1-Hadhy-ADH1tは、参照により本明細書に援用される米国仮特許出願第61/058970号明細書の実施例3に記載されるベクターpRS425::GPM-sadB配列番号78から得られた。pRS425::GPM-sadBは、GPM1プロモーター配列番号72、アクロモバクターキシロソキシダンスAchromobacterxylosoxidansのブタノールデヒドロゲナーゼに由来するコード領域sadB;DNA配列番号69;タンパク質配列番号70:米国特許出願公開第2009/0269823号明細書に開示されている、およびADH1ターミネーター配列番号73を含むキメラ遺伝子を有するpRS425ベクターATCCNo.77106である。pRS425::GPMp-sadBは、sadBコード領域の5’および3’末端においてそれぞれBbvIおよびPacI部位を含む。プライマーOT1074およびOT1075配列番号125および126を用いた部位特異的突然変異誘発法によって、NheI部位をsadBコード領域の5’末端に付加して、ベクターpRS425-GPMp-sadB-NheIを生成し、それを配列決定によって確認した。pRS425::PGPM1-sadB-NheIをNheIおよびPacIで消化して、sadBコード領域を除外し、ベクターpHadhy-DNA2.0に由来するコドン最適化されたHADHコード領域を含むNheI-PacI断片とライゲートして、pLH435を生成した。単一のベクター中でKivDおよびHADH発現カセットを組み合わせるために、酵母ベクターpRS411ATCCNo.87474を、SacIおよびNotIで消化し、3通りのライゲーション反応において、PGPM1-Hadhy-ADH1tカセットを含むpLH435に由来するSalI-NotI断片とともに、PTDH3-kivDy-TDH3tカセットを含むpLH467に由来するSacI-SalI断片とライゲートした。これにより、ベクターpRS411::PTDH3-kivDy-PGPM1-HadhypLH441が生成され、それを制限マッピングによって確認した。低級イソブタノール経路における全ての3つの遺伝子:ilvD、kivDy、およびHadhyのための同時発現ベクターを生成するために、IlvD遺伝子の供給源として、米国仮特許出願第61/100,792号明細書に記載されるpRS423FBAilvDStrep配列番号127を使用した。このシャトルベクターは、大腸菌E.coliにおける維持のためのF1複製起点nt1423~1879および酵母における複製のための2ミクロンの起点nt8082~9426を含む。ベクターは、FBA1プロモーターnt2111~3108;配列番号119およびFBAターミネーターnt4861~5860;配列番号128を有する。さらに、ベクターは、酵母における選択のためのHisマーカーnt504~1163および大腸菌E.coliにおける選択のためのアンピシリン耐性マーカーnt7092~7949を有する。ミュータンス連鎖球菌StreptococcusmutansUA159ATCCNo.700610に由来するilvDコード領域nt3116~4828;配列番号1154;タンパク質配列番号115は、FBAプロモーターとFBAターミネーターとの間にあり、発現のためのキメラ遺伝子を形成する。さらに、ilvDコード領域nt4829~4849に融合されたlumioタグがある。第1の工程は、SacIおよびSacIISacII部位はT4DNAポリメラーゼを用いて平滑末端化されたを用いて、pRS423FBAilvDStreppRS423-FBASpeI-IlvDミュータンス連鎖球菌Streptococcusmutans-Lumioとも呼ばれるを線状化して、9,482bpの全長を有するベクターを得ることであった。第2の工程は、SacIおよびKpnIKpnI部位はT4DNAポリメラーゼを用いて平滑末端化されたを用いて、kivDy-hADHyカセットをpLH441から単離し、6,063bpの断片を得ることであった。この断片を、pRS423-FBASpeI-IlvDミュータンス連鎖球菌Streptococcusmutans-Lumioに由来する9,482bpのベクター断片とライゲートした。これにより、ベクターpLH468pRS423::PFBA1-ilvDStrepLumio-FBA1t-PTDH3-kivDy-TDH3t-PGPM1-hadhy-ADH1tが生成され、それを、制限マッピングおよび配列決定によって確認した。pYZ090およびpYZ067pYZ090を、アセト乳酸シンターゼALSの発現のために、酵母CUP1プロモーターnt2~449、続いてCYC1ターミネーターnt2181~2430から発現される枯草菌Bacillussubtilisに由来するalsS遺伝子のコード領域nt位置457~2172を有するキメラ遺伝子、およびケト酸レダクトイソメラーゼKARIの発現のために、酵母ILV5プロモーター2433~3626、続いてILV5ターミネーターnt4670~5292から発現される乳酸連鎖球菌Lactococcuslactisに由来するilvC遺伝子のコード領域nt3634~4656を有するキメラ遺伝子を含むように作成した。pYZ067を、以下のキメラ遺伝子:1DHADの発現のための、酵母FBA1プロモーターnt1161~2250、続いてFBAターミネーターnt4005~4317から発現されるミュータンス連鎖球菌S.mutansUA159に由来するilvD遺伝子のコード領域nt位置2260~3971、2アルコールデヒドロゲナーゼの発現のための、酵母GPMプロモーターnt5819~6575、続いてADH1ターミネーターnt4356~4671から発現されるHADHのためのコード領域nt4680~5807、および3ケトイソ吉草酸デカルボキシラーゼの発現のための、酵母TDH3プロモーターnt8830~9493、続いてTDH3ターミネーターnt5682~7161から発現される乳酸連鎖球菌Lactococcuslactisに由来するKivD遺伝子のコード領域nt7175~8821を含むように作成した。さらに、本発明の様々な実施形態を上に説明してきたが、それらは例として示されたに過ぎず、限定するものではないことを理解されたい。本発明の趣旨および範囲から逸脱せずに本発明の形態および細部の様々な変更を行うことができることが、関連技術の当業者に明らかであろう。したがって、本発明の広さおよび範囲は、上述した例示的実施形態のいずれによって限定されるものでもなく、以下の特許請求の範囲およびそれらの均等物のみにしたがって規定されるものである。本明細書に記載される全ての刊行物、特許および特許出願は、本発明が関する技術分野の当業者の技能のレベルを示し、それぞれの個々の刊行物、特許または特許出願が参照により援用されることが具体的にかつ個々に示されているのと同程度に、参照により本明細書に援用される。以下の非限定的な実施例は、本発明をさらに例示し、実施例において、ブタノールのための脂肪酸抽出剤の分配係数が示される。上記の化学的転化および以下の実施例が、脂肪酸抽出剤を生成するための植物由来油としてトウモロコシ油を含む一方、本発明から逸脱せずに、植物由来油などの他の天然油が使用され得ることを理解されたい。上記の説明およびこれらの実施例から、当業者は、本発明の本質的な特徴を確認することができ、本発明から逸脱せずに様々な用途および条件に適合させるように本発明の様々な変形および変更を行うことができる。本明細書において使用される際、使用される略語の意味は以下のとおりであった:gはグラムを意味し、kgはキログラムを意味し、Lはリットルを意味し、mLはミリリットルを意味し、mL/Lはミリリットル/リットルを意味し、mL/分はミリリットル/分を意味し、μLはマイクロリットルを意味し、DIは脱イオン化されていることを意味し、uMはマイクロメートルを意味し、nMはナノメートルを意味し、w/vは重量/体積を意味し、GCはガスクロマトグラフを意味し、ODは光学密度を意味し、OD600は600nMの波長における光学密度を意味し、dcwは乾燥菌体重量を意味し、rpmは毎分回転数を意味し、°Cは摂氏温度を意味し、°C/分は摂氏温度/分を意味し、slpmは標準リットル/分を意味し、ppmは百万分率を意味し、pdcはピルビン酸デカルボキシラーゼ酵素を意味し、後ろに酵素番号が付く。実施例1~6は、トウモロコシ油を以下の脂肪酸抽出剤へと化学的に転化するための例示的な方法を説明する:水酸化トリグリセリド実施例1、脂肪アミドおよび脂肪酸との混合物実施例2、脂肪アルコール実施例3、脂肪酸実施例4、脂肪酸メチルエステル実施例5;および脂肪酸グリコールエステル実施例6。例7は、表3および7~10に列挙される水不混和性抽出剤を用いて行った抽出発酵実験の一連の比較例を提供し、性能データが、表11にまとめられている。実施例1トウモロコシ油に由来する水酸化トリグリセリドA.トウモロコシ油の水酸化63の水酸化機械的撹拌器および滴下漏斗を備えた500mLの三つ口フラスコに、トウモロコシ油50.0g、トルエン25.0mL、AmberlyteIR-120樹脂12.5g、および氷酢酸7.5gを加えた。得られた混合物を60°Cまで加熱し、次に、過酸化水素水中41.8gの30のH2O2を1時間かけて滴下して加えた。混合物を60°Cで2時間撹拌し、その時点で反応混合物を以下のように処理した:樹脂をろ過によって除去し、ろ液を酢酸エチル75mLと水50mLとに分液した。層を分離した後、有機層を、飽和NaHCO3水溶液50mL、および塩水50mLで洗浄した。有機層を無水Na2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮したところ、48.9gの黄色の油が得られた。粗反応生成物の1HNMR分析により、二重結合の63がエポキシ化されたことが示された。500mLの丸底フラスコに、エポキシ化トウモロコシ油20.0g、テトラヒドロフランTHF100.0mL、および硫酸50mLの1.7Mの水溶液を加えた。濁った混合物を50°Cで2時間撹拌し、次に、水100mLと酢酸エチル200mLとに分液することによって処理した。有機層を、水3×50mL、次に塩水50mLで洗浄した。有機層を無水Na2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮したところ、19.9gの暗黄色の油63の水酸化トウモロコシ油が得られた。B.トウモロコシ油の水酸化47の水酸化機械的撹拌器および滴下漏斗を備えた500mLの三つ口フラスコに、トウモロコシ油50.0g、トルエン25.0mL、AmberlyteIR-120樹脂12.5g、および氷酢酸7.5gを加えた。得られた混合物を60°Cまで加熱し、次に、過酸化水素水中41.8gの30のH2O2を1時間かけて滴下して加えた。混合物を60°Cで1時間撹拌し、その時点で反応混合物を以下のように処理した:樹脂をろ過によって除去し、ろ液を酢酸エチル75mLと水50mLとに分液した。層を分離した後、有機層を、飽和NaHCO3水溶液50mL、および塩水50mLで洗浄した。有機層を無水Na2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮したところ、49.8gの黄色の油が得られた。粗反応生成物の1HNMR分析により、二重結合の47がエポキシ化されたことが示された。500mLの丸底フラスコに、エポキシ化トウモロコシ油20.0g、THF100.0mL、および硫酸50mLの1.7Mの水溶液を加えた。濁った混合物を50°Cで2時間撹拌し、次に、水100mLと酢酸エチル200mLとに分液することによって処理した。有機層を、水3×50mL、次に塩水50mLで洗浄した。有機層を無水Na2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮したところ、19.2gの暗黄色の油47の水酸化トウモロコシ油が得られた。C.トウモロコシ油の水酸化28の水酸化機械的撹拌器および滴下漏斗を備えた500mLの三つ口フラスコに、トウモロコシ油50.0g、トルエン25.0mL、AmberlyteIR-120樹脂12.5g、および氷酢酸7.5gを加えた。得られた混合物を60°Cまで加熱し、次に、過酸化水素水中41.8gの30のH2O2を1時間かけて滴下して加えた。混合物を60°Cで2時間撹拌し、その時点で反応混合物を以下のように処理した:樹脂をろ過によって除去し、ろ液を酢酸エチル75mLと水50mLとに分液した。層を分離した後、有機層を、飽和NaHCO3水溶液50mL、および塩水50mLで洗浄した。有機層を無水Na2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮したところ、47.2gの黄色の油が得られた。粗反応生成物の1HNMR分析により、二重結合の28がエポキシ化されたことが示された。500mLの丸底フラスコに、エポキシ化トウモロコシ油20.0g、THF100.0mL、および硫酸50mLの1.7Mの水溶液を加えた。濁った混合物を50°Cで2時間撹拌し、次に、水100mLと酢酸エチル200mLとに分液することによって処理した。有機層を、水3×50mL、次に塩水50mLで洗浄した。有機層を無水Na2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮したところ、20.3gの暗黄色の油28の水酸化トウモロコシ油が得られた。分配係数の測定5mLの容器に、0.910gの67の水酸化トウモロコシ油、および0.910mLの3重量のiBuOH水溶液を加えた。二相混合物を、VortexGenie登録商標を用いて10分間、激しく撹拌した。混合した直後、FisherScientificCentrific228遠心分離機3300rpmを用いて混合物を10分間遠心分離することによって層の分離を補助した。0.100gの両方の層を取った。有機上層を、エチレングリコールジエチルエーテル10.1mg/mLのトルエン溶液で1.00mLまで希釈し、水層を、エチレングリコールジエチルエーテル10.2mg/mLのメタノール溶液で1.00mLまで希釈した。両方の相中のi-BuOHの濃度を、較正されたガスクロマトグラフGCを用いて測定した。同じ手順を、47および28の水酸化トウモロコシ油について繰り返した。このように測定された分配係数は、67の水酸化トウモロコシ油について3.2、47の水酸化トウモロコシ油について2.3、28の水酸化トウモロコシ油について2.1であった。上で概説した手順を、6のi-BuOH水溶液を用いて繰り返した。67、47、および28の水酸化トウモロコシ油についての分配係数は、それぞれ2.9、2.9、および2.0であった。実施例2トウモロコシ油に由来する脂肪アミドおよび脂肪酸、および純粋な脂肪アミドRoe,etal.,J.Am.OilChem.Soc.29:18-22,1952によって記載されるのと同様の方法で、トウモロコシ油を、水酸化アンモニウム水溶液と反応させた。Mazola登録商標トウモロコシ油0.818L、755gを、1ガロンのステンレス鋼反応器に入れ、この反応器に、1.71L1540gの水酸化アンモニウム水溶液NH3として28を加えた。反応器を、撹拌しながら160°Cまで加熱し、撹拌しながら7時間その温度に保ち、その間に圧力が400psiに達した。反応器を冷却し、生成物である、乳白色の固体を取り出し、反応器を酢酸エチルですすいだ。生成物を、5Lの酢酸エチルに溶解させ、それぞれ500mLの水で5回洗浄し、それをH2SO4で中和した。次に、酢酸エチルを無水Na2SO4上で乾燥させ、ロータリーエバポレータで溶媒を除去したところ、淡褐色の軟質の固体が残った。CDCl3中の13CNMRにより、生成物が脂肪アミド対脂肪酸の約2:1の比率を含み、生成物へのトウモロコシ油の転化が定量的であったことが示された。生成物は57~58°Cの融点を有していたが、水で飽和される場合、約11°C低下した。触媒としての酢酸アンモニウムとともに無水アンモニアを用いて、Kohlhase,etal.,J.Am.OilChem.Soc.48:265-270,1971にしたがって、純粋なトウモロコシ油脂肪アミドをトウモロコシ油から合成した。3グラムの酢酸アンモニウムを、400mLのステンレス鋼振とう器管に入れ、それに51.8gのトウモロコシ油を加えた。次に、無水アンモニア89.7gを加え、反応器を密閉し、125°Cで7時間加熱し、その間に圧力が1300psiに達した。反応器を冷却し、淡色の固体を除去し、反応器を酢酸エチルですすいだ。次に、酢酸エチルに溶解させた生成物を、上記の脂肪アミド/脂肪酸混合物の場合と同様に処理した。脂肪酸を、実施例4に後述されるようにNaOHを用いた塩基加水分解によって、トウモロコシ油から合成した。3つの調製物:1アンモニア水からのトウモロコシ油脂肪アミドとトウモロコシ油脂肪酸との2:1混合物、2純粋なトウモロコシ油脂肪アミド:純粋なトウモロコシ油脂肪酸の2:1混合物、および3純粋なトウモロコシ油脂肪アミド:トウモロコシ油脂肪酸の1:2混合物の全てを、3の水溶液からイソブタノールを抽出するそれらの能力について試験した。それぞれ700ミリグラムを、20mLのシンチレーション容器中の3のイソブタノールを含有する2.1mLの水に加え、30°Cで一晩回転振とう器に入れた。3つの場合の全てにおいて、有機相は、この温度で液体になり、これは、イソブタノールの取り込みによる融点のさらなる低下を示す。50マイクロリットルの上相を、GC標準としてエチレングリコールジエチルエーテル10.068mg/mLを含有する200μLのトルエンまたは同じ濃度のエチレングリコールジエチルエーテルを含有する200μLのイソプロパノールのいずれかで希釈した。50マイクロリットルの下相を、同じ濃度のエチレングリコールジエチルエーテルを含有する150μLのメタノールおよび50μLのイソプロパノールで希釈した。両方の相中のイソブタノールの濃度を、較正されたGCを用いて測定した。測定された分配係数は:1について3.81、2について4.31、3について3.58であった。脂肪アミド/脂肪酸アンモニア水の調製物1、および純粋なトウモロコシ油脂肪酸と1:1で混合された調製物1によって構成される調製物1a1:2の脂肪アミド:脂肪酸に相当するを、3部のブロス対1部のアミド/酸混合物の比率でサッカロマイセス属SaccharomycesブタノロジェンNGCI-070を含有する発酵ブロスを入れた振とうフラスコ中で培養した。調製物1は軟質の固体であった一方、調製物1aは30°Cで液体であった。次に、8.35g/Lのグルコース濃度から開始して、振とうフラスコを、培養器振とう器において25時間培養し、グルコースの消費を、時間の関数として追跡した。表1は、両方の比率における脂肪アミド/脂肪酸混合物が、ブタノロジェンに対して有毒でなかったことを示し、オレイルアルコールを用いた場合より高いグルコース取り込み率も示した。実施例3トウモロコシ油に由来する脂肪アルコールトウモロコシ油から脂肪アルコールを生成するための上式IVの反応を参照して、機械的撹拌器、N2源を備えた還流冷却器、滴下漏斗、内部熱電対、およびゴム隔膜を備えた22Lの丸底フラスコを、窒素下で火力乾燥させた。フラスコに、132g3.30モルの95水素化アルミニウムリチウム粉末を投入し、それをドライボックス中で秤量し、固体滴下漏斗に入れた。22Lのフラスコを氷浴で冷却し、9.0リットルの無水THFを、カニューレを介して反応器に加えた。得られたスラリーを、0~5°Cに冷却し、1.00リットルの無水THF中の956g1.10モルのWesson登録商標トウモロコシ油の溶液を、反応温度を5~20°Cに保持しながら2~3時間かけて滴下して加えた。トウモロコシ油を加えた後、スラリーを、周囲温度で一晩撹拌した。TLCクロマトグラフィーによって確認した際に、反応が終わったとき、370mLのTHFに溶解させた130gの水の溶液の滴下添加によってそれを急冷した。次に、130gの15のNaOH水溶液を加えた後、400gの水を加えた。混合物を、室温に温めながら激しく撹拌し、白色の粒状の固体を生成した。フリットガラスのろ過用漏斗を用いて、固体をろ過して取り除き、さらなるTHFで洗浄した。THFをロータリーエバポレータで除去し、残渣を、3.00リットルの酢酸エチル中に取った。生成物溶液を、2×1.00Lの水、1×1.00Lの塩水で洗浄し、Na2SO4上で乾燥させ、ろ過し、減圧下で濃縮したところ、836g97の脂肪アルコールが黄色の油として得られた。次に、粗脂肪アルコール混合物を蒸留し140°C/1mmHg、以下の分配係数の実験に使用した。分配係数の実験5つの5mLの容器のそれぞれに、1mLの脂肪アルコール混合物、および1mLの3重量のiBuOH水溶液を加えた。二相混合物を、VortexGenie登録商標を用いて、それぞれ10分間、20分間、30分間、40分間、および60分間、激しく撹拌した。混合した直後、FisherScientificCentrific228遠心分離機3300rpmを用いて混合物を10分間遠心分離することによって層の分離を補助した。0.100mLの両方の層を取った。有機上層を、エチレングリコールジエチルエーテルのトルエン溶液で1.00mLまで希釈し、水層を、エチレングリコールジエチルエーテルのメタノール溶液で1.00mLまで希釈した。両方の相中のi-BuOHの濃度を、較正されたGCを用いて測定した。このように測定された分配係数は2.70であった。上述したのと同じ分配係数の測定を、6重量のi-BuOH濃度について実行した。このように測定された分配係数3.06であった。以下の実施例4~6において、抽出剤の分配係数を決定するのに使用される方法は、静的quiescent方法であった。静的方法では、5mLの3または6w/vのいずれかの、水中のイソブタノールの溶液をバイアルに入れ、5mLの対象の溶媒を、物理相を混合しないように、水溶液の上に注意深く加えた。指定の期間の後、溶媒相および水相の透明部分の試料を取り出し、GCによってイソブタノール含量について分析した。あらゆるエマルジョン層をこの分析では無視した。GC分析では、100uLの試料を400uLのイソプロパノールに加えた。500uLの、ジエチレングリコールジエチルエーテルの溶液内部標準を加え、FID検出器を用いて溶液をCarbowax登録商標カラムに噴射し、イソブタノールの濃度を測定した。当該技術分野において公知の他の方法も、本発明にしたがって抽出剤の分配係数を決定するのに使用することができる。例えば、振とう方法を使用することができる。振とう方法の例として、5mLの、3または6w/vのいずれかの、水中のイソブタノールの溶液が、5mLの対象の溶媒とともに遠心分離管に加えられ得る。管は、1分間激しく振とうされ得る。次に、管は、遠心分離機において約12500Gで15分間回転され得る。透明の溶媒層および透明の水層の試料が、除去され、上記の方法によってイソブタノールについて分析され得る。実施例4トウモロコシ油脂肪酸丸底フラスコ5Lは、機械的撹拌器、熱電対、加熱マントル、凝縮器、および窒素ティーnitrogenteeを備えていた。500gの食品グレードのトウモロコシ油、1Lの水および75gの水酸化ナトリウムを投入した。混合物を90°Cまで加熱し、3時間保持し、その間に、混合物は、1つの高粘度の、エマルジョン状の単相になった。この時間の終了時に、TLCは、混合物中に残っているトウモロコシ油がないことを示す。次に、混合物を72°Cに冷却し、500mLの25の硫酸を加えて、混合物を酸性化した。次に、混合物を室温に冷まし、2Lのジエチルエーテルを加えた。エーテル層を、1の硫酸で洗浄し3×1L、飽和塩水で洗浄し1×1L、MgSO4上で乾燥させ、ろ過した。エーテルをロータリーエバポレータrotovapによって除去し、次に、油を窒素で一晩パージしたところ、470gの黄色の油が得られ、それを一晩部分的に結晶化させた。AOCS方法Ca5a-40による遊離脂肪酸の滴定により、オレイン酸として表される95の脂肪酸含量が示される。104mgを1mLの乾燥ピリジン中の100uLのN-メチル-N-トリメチルシリルトリフルオロアセトアミドと反応させることによって、試料をシラン処理した。シラン処理された生成物のガスクロマトグラフィー-質量分析GCMSは、16:0、18:2、18:1、18:0、および20:0の酸のTMS誘導体の存在を示す。静的方法によって測定した際の168時間後の初期の6のI-BuOH濃度におけるCOFA/水系中のイソブタノールの分配係数は2.8である。実施例5トウモロコシ油脂肪酸メチルエステルFAME丸底フラスコ5Lは、機械的撹拌器、熱電対、加熱マントル、凝縮器、および窒素ティーを備えていた。1500gの食品グレードのトウモロコシ油、1500gのメタノール、および30gの濃硫酸を投入した。混合物を24時間還流させた後、薄層クロマトグラフィーを行った。次に、反応物を冷却し、層を分離した。有機層を、水1×1L、飽和炭酸水素ナトリウム1×1L、水2×1L、飽和塩水1×1Lで洗浄し、次にMgSO4上で乾燥させた。収量は1416gの淡黄色の油であった。GCMS分析は、酸16:0、18:2、18:1、18:0、20:1、および20:0のメチルエステルの存在を示す。AOCS方法Ca5a-40による遊離脂肪酸の滴定により、オレイン酸として表される0.2の脂肪酸含量が示される。静的方法によって測定した際の236時間後の初期の6のI-BuOH濃度におけるFAME/水系中のイソブタノールの分配係数は1.06である。実施例6トウモロコシ油エチレングリコールエステルFAGE丸底フラスコ3Lは、機械的撹拌器、熱電対、加熱マントル、ディーンスタークトラップ、凝縮器、窒素パージ、および窒素ティーを備えており;このフラスコに、1000gのトウモロコシ油脂肪酸メチルエステルFAMEおよび1000gのエチレングリコールを投入した。2gの清浄なナトリウムを混合物に加え、60°Cまで加熱する。90分後、温度を100°Cまで上昇させ、窒素を反応物中に表面下でゆっくりとスパージする。メタノールを、ディーンスタークトラップに収集する。温度を3時間かけて160°Cまでゆっくりと上昇させると、メタノールは、反応物から蒸留し続ける。さらに2時間後、合計で100mLのメタノールを収集した。反応物を室温に冷まし、20gの25の硫酸で中和した。層を分離し、上層を4×200mlの10の塩化カルシウム溶液で洗浄した。エマルジョンが形成されたが、時間とともに分離するであろう。有機層を、250mLの飽和塩水で洗浄し、MgSO4上で乾燥させ、ろ過したところ、916gの透明の黄色の油が得られた。AOCS方法Ca5a-40による遊離脂肪酸の滴下により、オレイン酸として表される2.9の酸が存在していることが示される。109mgを、1mLの乾燥ピリジン中の100uLのN-メチル-N-トリメチルシリルトリフルオロアセトアミドと反応させることによって、試料をシラン処理した。シラン処理された生成物のGCMS分析は、16:0、18:2、18:1、および18:0のエチレングリコールモノエステルとともに、16:0、18:2、および18:1の酸のTMS誘導体の存在を示す。静的方法によって測定した際の192時間後の初期の6のI-BuOH濃度におけるFAGE/水系中のイソブタノールの分配係数は2.3である。例7発酵の比較例表2に列挙される材料を、例7の比較例に使用した。全ての市販の試薬を、入手したままの状態で使用した。トウモロコシ油から合成された溶媒を、入手したままの状態で使用した。一般的な方法光学密度を、AmershamBiosciencesUltrospec2100Pro分光光度計を用いて測定した。測定は、通常、600ナノメートルの波長で行った。グルコース濃度を、YSILifeSciences2700SelectBiochemistryAnalyzerを用いて測定した。発酵試料を、1.7mLの微小遠心分離管において13,200rpmで2分間遠心分離し、水性の上清をグルコース濃度について分析した。発酵条件:30のpO2;温度:30°C;pH5.5特に断りのない限り;初期バッチグルコース:20g/L、これらは生成中に維持される。HPLCおよびGC分析の両方を、それぞれ水相および溶媒相中のイソブタノールの量子化quantizationに使用した。水相中のイソブタノールを、以下の条件下で、HPLCAgilent1100,Agilent,SantaClara,CAを用いて、0.2umのナイロンフィルターによるろ過の後に測定した:カラム:Bio-Rad、AminexHPX-87H、No.125-0143移動相:0.01MのNa2HPO4、pH=8.0注入量:10uL流量:0.6mL/分実行時間:22.5分間カラム温度:65°C検出器:屈折率検出器温度:40°CUV検出:210nm、4nmの帯域幅、Ref360nm、100nmの帯域幅。溶媒相を、以下の条件下で、GCHP6890,Agilent,SantaClara,CAを用いて測定した:カラム:JWScientificDBWaxter50m×0.32mmの内径ID、1umのフィルムガス担体:ヘリウム4mL/分注入量:2uL補給流量:40mL/分実行時間:29分間オーブン温度:40°Cで5分間、10°C/分で40°C~230°C、230°Cで5分間注入器スプリット:250°Cで1:5炎イオン化検出:250°C。トウモロコシ油に由来する抽出剤およびそれらの成分の比較例:GLNOR635A~640A一連の比較例を、表3に列挙される水不混和性抽出剤を用いて行った。発酵の期間にわたって培地を溶媒に曝す時間がゼロの時点で、抽出剤を発酵ブロスに加えた。水相および有機相の両方におけるイソブタノール濃度を測定して、抽出溶媒の分配係数を計算した。グルコースの利用を用いて、抽出剤に対する微生物の生体適合性を測定した。発酵を、株NGCI-065に関して記載されるように行った。接種材料を2段階で調製し、培養振とう器Innova4200,NewBrunswickScientific,Edison,NJにおいて30°Cおよび250rpmで培養した。第1の段階またはプレシードpre-seedを、冷凍されたグリセロールシードストックから接種し、2つのバイアルを、30mLのろ過滅菌したプレシード培地表4を入れた250mLのフラスコに入れ、ODが約2になるまで24時間増殖させた。次に、24時間培養する第2の段階のために、15mLのプレシードを、270mLのろ過滅菌したシード培地表5を入れた2Lのフラスコに移した。次に、30mLのろ過滅菌した10XYEPおよび300mLのろ過滅菌した90~95のオレイルアルコールを加え、シード培地の水相中の最終的なODが約5~10になるまでさらに24時間培養した。例GLNOR639およびGLNOR640では、pHは4.5であった。発酵槽ApplikonAD1010Bioreactor,ApplikonBiotechnology,Dover,NJを、脱イオン水diH2Oで30分間殺菌したAmscoRenaissance3033RevasSteamSterilizer,SterisCorporation,Mentor,OH。オートクレーブ中で槽の殺菌を終えてから、30°Cに冷却し、殺菌した脱イオン水diH2Oを除去し、ろ過滅菌した発酵培地を、280mLの体積に加えた。最終的な水性体積が350mLになるように、第2の段階のシードフラスコからの70mLの水相を発酵槽に加えた。接種の直後、最終的な溶媒対ブロスの比率が約1:1になるように、450mLのそれぞれの抽出溶媒だけでなく、100mLの10XYEP培地の補充を追加した。発酵設定値条件は、30°Cの温度、pO230、GLNOR635A-638AについてpH5.5およびGLNOR639A~640AについてpH4.5であった。発酵物を、接種の時点から約8時間ごとに採取して、グルコース濃度を監視し、それを、50w/wのグルコース溶液の添加によって5~20g/Lに維持し、水相および抽出剤相の両方におけるイソブタノール蓄積について分析した。各時点で十分な試料の体積を取って、相の両方からの試料を得て、次に、それらの試料を、それぞれの明確な輪郭を確実にするために遠心分離した。トウモロコシ油に由来する抽出剤およびそれらの成分の比較例:GLNOR661A~666A比較例GLNOR661A~666Aを、表7に列挙される水不混和性抽出剤を用いて行った。この組の例を、菌株、pH、およびゼロの時点での補充添加を除いて、上記の例GLNOR635A~640Aと同じように行った。株NGCI-070を使用し、pH設定値は5.5であり、4mLのニコチン酸/チアミン培地の補充を、この一連の例についての100mLの酵母抽出物ペプトンの代わりに追加した。トウモロコシ油に由来する抽出剤およびそれらの成分の比較例:GLNOR690A~695A比較例GLNOR690A~695Aを、表8に列挙される水不混和性抽出剤を用いて行った。この組の例を、上記の例GLNOR661A~666Aと同じように行った。株NGCI-070を使用した。トウモロコシ油に由来する抽出剤およびそれらの成分の比較例GLNOR721A~726A比較例GLNOR721A~726Aを、表9に列挙される水不混和性抽出剤を用いて行った。この組の例を、上記の例GLNOR690A~695Aと同じように行った。株NGCI-070を使用した。トウモロコシ油に由来する抽出剤およびそれらの成分の比較例:GLNOR749A~754A比較例GLNOR749A~754Aを、表10に列挙される水不混和性抽出剤を用いて行った。この組の例を、上記の例GLNOR721A-726Aと同じように行った。株NGCI-070を使用した。発酵例GLNOR635A~640A、GLNOR661A~666A、GLNOR690A~695A、GLNOR721A~726A、GLNOR749A~754Aについての性能データが、表11にまとめられており、表11は、オレイルアルコールおよびIsofol商標の従来の市販の溶媒と比較した際の、例示的なトウモロコシ油に由来する抽出剤およびそれらの成分についての、水性イソブタノール濃度g/L、溶媒イソブタノール濃度g/L、および溶媒の分配係数Kpを示す。実施例8脂肪アルコールの水酸化65の水酸化機械的撹拌器および滴下漏斗を備えた250mLの三つ口フラスコに、脂肪アルコール混合物43g、0.16mmol、トルエン25.0mL、AmberlyteIR-120樹脂12.5g、および氷酢酸7.5gを加えた。得られた混合物を60°Cまで加熱し、次に、過酸化水素41.8gの水中30のH2O2を、30分間にわたって滴下して加えた。混合物を60°Cで2時間撹拌し、その時点で反応混合物を処理した:樹脂をろ過によって除去し、ろ液を酢酸エチル75mLと水50mLとに分液した。層を分離した後、有機層を、飽和NaHCO3水溶液50mL、および塩水50mLで洗浄した。有機層を無水Na2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮したところ、50gの黄色の油が得られた。粗反応生成物の1HNMR分析により、二重結合の65がエポキシ化されたことが示された。得られた混合物を、精製せずに次の工程に使用した。500mLの丸底フラスコに、エポキシ化脂肪アルコール14.5g、THF200.0mL、および硫酸100mLの1.7Mの水溶液を加えた。濁った混合物を50°Cで一晩撹拌し、次に、水100mLと酢酸エチル200mLとに分液することによって処理した。有機層を、水2×100mL、続いて飽和NaHCO3水溶液100mL、次に塩水100mLで洗浄した。有機層を無水Na2SO4上で乾燥させ、減圧下で濃縮したところ、14.7gの高粘度の透明の液体と白色の固体との混合物が得られた。分配係数の測定水中の3のi-BuOH溶液の1mLの溶液に、1mLの水酸化脂肪アルコール混合物を加え、得られた二相混合物を、10分間にわたってボルテックスを用いて激しく撹拌した。6のi-BuOH溶液においても同様に、実験を2通り行った。混合後、層を分離し、試料を両方の層から取って、GCを用いてi-BuOH濃度を測定した表12。3.7の分配係数が観察された。本発明の様々な実施形態を上に説明してきたが、それらは例として示されたに過ぎず、限定するものではないことを理解されたい。本発明の趣旨および範囲から逸脱せずに本発明の形態および細部の様々な変更を行うことができることが、関連技術の当業者に明らかであろう。したがって、本発明の広さおよび範囲は、上述した例示的実施形態のいずれによって限定されるものでもなく、以下の特許請求の範囲およびそれらの均等物のみにしたがって規定されるものである。本明細書に記載される全ての刊行物、特許および特許出願は、本発明が関する技術分野の当業者の技能のレベルを示し、それぞれの個々の刊行物、特許または特許出願が参照により援用されることが具体的にかつ個々に示されているのと同程度に、参照により本明細書に援用される。"