光トモグラフィーシステムであって、対物レンズと、コンピューター制御式光源と、集光レンズアセンブリと、光学軸に沿って整列しているマイクロレンズアレイとを含む光照射野顕微鏡と、標本を収容する担体と、前記担体を回転させて前記標本の種々の視角を与えるように結合される回転ドライバーと、前記対物レンズから光子を受光するように配置される光センサーアレイと、前記コンピューター制御式光源及び前記集光レンズアセンブリ並びに前記回転ドライバーを制御するように接続され、前記光照射野顕微鏡が、前記標本の1組の種々の視角ごとに前記標本内の一連の焦点面を同時に捕捉する前記光センサーアレイから画像を受信するように結合されるコンピューターと、を備える、光トモグラフィーシステム。前記標本は、光学収差を低減するように、均一な媒体を提供する屈折率整合材料を用いた毛細管内に保持される、請求項1に記載のシステム。前記屈折率整合材料は、光学ゲル、油、体液、ポリマー及びエポキシからなる群から選択される材料を含む、請求項2に記載のシステム。前記標本は生物標本を含む、請求項1に記載のシステム。前記標本は、吸収性色素、吸収性及び光散乱性色素、抗体標識、金属粒子と接合した抗体、量子ドット、プラスチック微小球、蛍光標識及び分子マーカーからなる群から選択される少なくとも1つの染色剤で染色された生物標本を含む、請求項1に記載のシステム。前記担体は毛細管を含む、請求項1に記載のシステム。前記担体は細胞担体を含む、請求項1に記載のシステム。ここで図2を参照すると、回転する標本担体を用いる光照射野顕微鏡を含む、光トモグラフィーシステムの一例が示される。その光トモグラフィーシステムは、図1に関して実質的に上記で説明されたように構成される光照射野顕微鏡10Aを含む。光センサーアレイGによって撮像するための複数の種々の視点を与えるように、担体100が、標本を保持し、光学z軸に対して回転するように構成される。1つの有用な実施形態では、標本担体は、液体環境又はゲル環境において生体細胞を保持するようなサイズを有する毛管を備えることができ、液体又はゲルは、毛管を光トモグラフィーシステム内のレンズと整合させる光学特性を得るように選択される。Fauver他の光トモグラフィーシステムと比べて、本明細書において提示される光トモグラフィーシステムは、疑似投影画像を取得するのに対物レンズを走査する必要はない。これはシステムの複雑さを低減する。光照射野顕微鏡と比べて、本明細書において提示される光トモグラフィーシステムは、細胞担体を加えて、細胞周囲の全ての方向から画像を捕捉できるようにする。複数の画像が3D再構成の解像度を改善すると考えられる。本明細書では本発明の特定の実施形態を例示し説明したが、当業者であれば多数の変更及び変形を思いつくことが理解される。したがって、添付の特許請求の範囲は、本発明の真の趣旨及び範囲内にある全ての変更及び変形を網羅するように意図されることが理解されるべきである。