"変形性関節症を検出、診断、モニタリング又は予後診断するためのキットであって、GANABにより発現されるmRNA、又はGANABにより発現されるmRNAに対応する核酸の選択的増幅のためのプライマーと、TNFAIP6により発現されるmRNA、又はTNFAIP6により発現されるmRNAに対応する核酸の選択的増幅のためのプライマーとを含む上記キット。GANABにより発現されるmRNAに対応する核酸が、GANABにより発現されるmRNAのcDNAである、請求項1に記載のキット。TNFAIP6により発現されるmRNAに対応する核酸が、TNFAIP6により発現されるmRNAのcDNAである、請求項1又は2に記載のキット。GANABにより発現されるmRNA、又はGANABにより発現されるmRNAに対応する核酸の選択的増幅のためのプライマーが、配列番号51に示されるプライマーを含む、請求項1、2又は3に記載のキット。GANABにより発現されるmRNA、又はGANABにより発現されるmRNAに対応する核酸の選択的増幅のためのプライマーが、配列番号52に示されるプライマーを含む、請求項1、2、3又は4に記載のキット。TNFAIP6により発現されるmRNA、又はTNFAIP6により発現されるmRNAに対応する核酸の選択的増幅のためのプライマーが、配列番号55に示されるプライマーを含む、請求項1、2、3、4又は5に記載のキット。TNFAIP6により発現されるmRNA、又はTNFAIP6により発現されるmRNAに対応する核酸の選択的増幅のためのプライマーが、配列番号56に示されるプライマーを含む、請求項1、2、3、4、5又は6に記載のキット。逆転写酵素をさらに含む、請求項1、2、3、4、5、6又は7に記載のキット。耐熱性DNAポリメラーゼをさらに含む、請求項1、2、3、4、5、6、7又は8に記載のキット。dNTPをさらに含む、請求項8又は9に記載のキット。バッファーをさらに含む、請求項8、9又は10に記載のキット。基準対照RNAをさらに含む、請求項8、9、10又は11に記載のキット。混入対照RNAをさらに含む、請求項8、9、10、11又は12に記載のキット。したがって、変形性関節症の種々のステージを検出する単純な非侵襲性の診断試験、及び治療に対する患者の応答を有効にモニターする予後診断試験の必要がある。3.発明の概要本発明は、変形性関節症及び/又は変形性関節症の特定のステージで示差的に発現される新たなバイオマーカーの同定及び選択、並びに新たなバイオマーカーの組み合わせの同定及び選択に関し、同様に新たなバイオマーカーの組み合わせを選択する手段にも関する。本発明のバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせの産物の発現を測定すると、以下のうち1つ又は複数において特定の利点が示される:a個体を変形性関節症であると診断すること、b変形性関節症OAの2つのステージを区別すること、及びc個体を変形性関節症OAの特定のステージであると診断すること。理解されているように、本発明のバイオマーカーの産物を測定するために、本発明のバイオマーカーの産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチド及びタンパク質もまた、a個体を変形性関節症であると診断すること、b変形性関節症OAの2つのステージを区別すること、及びc個体を変形性関節症OAの特定のステージであると診断することに使用する前記ポリヌクレオチド及びタンパク質を含むキットと同様に本発明の範囲に包含される。個体の疾患の進行をモニターし、治療法の効力をモニターするための、本発明のバイオマーカーの産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチド及びタンパク質の使用が、さらに本発明に包含される。本発明はまた、変形性関節症の新たな治療標的の同定において本発明のバイオマーカーの産物を使用する方法の同定をも提供する。本発明はまた、本発明の遺伝子と結合し及び/又はその活性をモジュレートする化合物の同定において本発明のバイオマーカーの産物を使用する方法の同定をも提供する。そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症及び変形性関節症の進行を研究するアッセイの開発に有用である。さらに、そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症又はその症状の予防、治療、管理及び/又は改善のための予防及び治療用の組成物の開発におけるリード化合物として有用である。他の実施形態では、個体がOAであるかどうかを決定する方法は、a被験者から総細胞タンパク質を単離するステップと、b抗体標的として使用する本発明の1又はそれ以上のバイオマーカー、あるいはその一部によってコードされるポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を生成するステップと、cステップbの抗体標的をアレイにスポットするステップと、d被験者の総細胞タンパク質を前記アレイとインキュベートするステップと、eアレイ上の各固有の位置での結合量を測定するステップと、fその組み合わせを同定するのに使用された数学的モデルによって定義される診断を決定するために、結合量の測定値を、その数学的モデルによって作成された複数の式への入力に使用するステップを含む。一実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質InhibitorofkappalightpolypeptidegeneenhancerinBcellskinasecomplexassociatedprotein、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼNedd4likeubiquitinproteinligase、B細胞性CLL/リンパ腫6BcellCLLlymphoma6、補体成分1q副成分受容体1Complementcomponent1qsubcomponentreceptor1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1ATPbindingcassettesubfamilyAmember1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1ATPbindingcassettesubfamilyGmember1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーを提供する。一実施形態では、本発明は、基本的に図1に示す19遺伝子からなる単離されたバイオマーカーを提供する。一実施形態では、本発明は、図2に示す腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、αグルコシダーゼIIαサブユニット、及びB細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーを提供する。一実施形態では、本発明は、図3に示すジンクフィンガーRNA結合タンパク質及びWD反復ドメイン9の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーを提供する。一実施形態では、本発明は、図4に示すPeriod1Drosophila、EBNA1結合タンパク質2、6番染色体オープンリーディングフレーム151、及びラミニンγ1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーを提供する。一実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の5’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。一実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の3’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。一実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の内部コード領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の5’領域、3’領域又は内部コード領域から増幅される1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の5’領域、3’領域又は内部コード領域のエクスプレスドシークエンスタグExpressedSequenceTagである1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、基本的に図1に示す19遺伝子によってコードされるポリペプチド配列からなる単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図2に示す腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、αグルコシダーゼIIαサブユニット、及びB細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図3に示すジンクフィンガーRNA結合タンパク質及びWD反復ドメイン9の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図4に示すPeriod1Drosophila、EBNA1結合タンパク質2、6番染色体オープンリーディングフレーム151、及びラミニンγ1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の5’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ末端ポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の3’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされるカルボキシ末端ポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の内部コード領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされる内部ポリペプチド領域の配列を含む単離されたバイオマーカーを提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブを含む組成物を提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、基本的に図1に示す19遺伝子からなる単離されたバイオマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブを含む組成物を提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図2に示す腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、αグルコシダーゼIIαサブユニット、及びB細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブを含む組成物を提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図3に示すジンクフィンガーRNA結合タンパク質及びWD反復ドメイン9の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブを含む組成物を提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図4に示すPeriod1Drosophila、EBNA1結合タンパク質2、6番染色体オープンリーディングフレーム151、及びラミニンγ1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブを含む組成物を提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の5’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列を含む単離されたバイオマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブを含む組成物を提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の3’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列を含む単離されたバイオマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブを含む組成物を提供する。他の実施形態では、本発明はさらに、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の内部コード領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列を含む単離されたバイオマーカーと特異的にハイブリダイズするプローブを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、一本鎖又は二本鎖RNA、あるいは一本鎖又は二本鎖DNAであるプローブを提供する。一実施形態では、本発明は、補体成分1q副成分受容体1の遺伝子を含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、6番染色体オープンリーディングフレーム151の遺伝子を含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、WD反復ドメイン9の遺伝子を含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、補体成分1q副成分受容体1の遺伝子によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、6番染色体オープンリーディングフレーム151の遺伝子によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、WD反復ドメイン9の遺伝子によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子によってコードされるポリヌクレオチド配列を含む単離されたバイオマーカーの遺伝子によってコードされるポリペプチドと特異的に結合するリガンドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、基本的に図1に示す19遺伝子によってコードされるポリペプチド配列からなる単離されたバイオマーカーの遺伝子によってコードされるポリペプチドと特異的に結合するリガンドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、図2に示す腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、αグルコシダーゼIIαサブユニット、及びB細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの遺伝子によってコードされるポリペプチドと特異的に結合するリガンドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、図3に示すジンクフィンガーRNA結合タンパク質及びWD反復ドメイン9の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの遺伝子によってコードされるポリペプチドと特異的に結合するリガンドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、図4に示すPeriod1Drosophila、EBNA1結合タンパク質2、6番染色体オープンリーディングフレーム151、及びラミニンγ1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの遺伝子によってコードされるポリペプチドと特異的に結合するリガンドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の5’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ末端ポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの遺伝子によってコードされるポリペプチドと特異的に結合するリガンドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の3’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされるカルボキシ末端ポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの遺伝子によってコードされるポリペプチドと特異的に結合するリガンドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本発明は、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の内部コード領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされる内部ポリペプチド領域の配列を含む単離されたバイオマーカーの遺伝子によってコードされるポリペプチドと特異的に結合するリガンドを含む組成物を提供する。他の実施形態では、本発明は、モノクローナル抗体であるリガンドを提供する。他の実施形態では、本発明は、上述の1又はそれ以上の被験体から単離されたバイオマーカーのうち1個の単離されたバイオマーカー、及びそのパッケージング手段を含むキットを提供する。他の実施形態では、本発明は、固相支持体に結合した、上述の1又はそれ以上の被験体から単離されたバイオマーカーのうち1個の単離されたバイオマーカーを含むマイクロアレイを提供する。他の実施形態では、本発明は、支持体に結合したリガンドを含むマイクロアレイを提供し、そのリガンドは、上述の1又はそれ以上の被験体から単離されたバイオマーカーと特異的に結合する。他の実施形態では、そのリガンドはモノクローナル抗体である。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の同じバイオマーカーの発現レベルと比較して血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、基本的に図1に示す19遺伝子からなる単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の同じバイオマーカーの発現レベルと比較して血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の軽度の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の同じバイオマーカーの発現レベルと比較して血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から軽度の変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の軽度の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、基本的に図1に示す19遺伝子からなる単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の同じバイオマーカーの発現レベルと比較して血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から軽度の変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の中程度の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図2に示す腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、αグルコシダーゼIIαサブユニット、及びB細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の同じバイオマーカーの発現レベルと比較して血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から中程度の変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の中程度から顕著な変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図3に示すジンクフィンガーRNA結合タンパク質及びWD反復ドメイン9の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、中程度の変形性関節症である個体の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から顕著な変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の顕著から重篤な変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図4に示すPeriod1Drosophila、EBNA1結合タンパク質2、6番染色体オープンリーディングフレーム151、及びラミニンγ1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、顕著な変形性関節症である個体の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から重篤な変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、基本的に図1に示す19遺伝子によってコードされるポリペプチド配列からなる単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図2に示す腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、αグルコシダーゼIIαサブユニット、及びB細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図3に示すジンクフィンガーRNA結合タンパク質及びWD反復ドメイン9の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図4に示すPeriod1Drosophila、EBNA1結合タンパク質2、6番染色体オープンリーディングフレーム151、及びラミニンγ1の遺伝子からなる群から選択される2以上の遺伝子によってコードされるポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の5’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ末端ポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の3’領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされるカルボキシ末端ポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、個体の変形性関節症を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a個体の血液サンプル中での、図1に示すβ-2-ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビターキナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd-4様ユビキチン-タンパク質リガーゼ、B細胞性CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1、及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモサピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセットサブファミリーAABC1メンバー1ABCA1、ATP結合カセットサブファミリーGWHITEメンバー1の遺伝子からなる群から選択される遺伝子の内部コード領域の1又はそれ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされる内部ポリペプチド配列を含む単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaに従った、対照の血液サンプル中での同じバイオマーカーの発現レベルと比較して、血液サンプル中でのバイオマーカーの発現レベルの差を検出するステップとを含み、発現レベルの差から変形性関節症が示唆され、又は予測される。本発明の他の態様は、変形性関節症の進行を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a中程度の変形性関節症である個体の血液サンプル中での、図3に示す単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaのレベルを、顕著な変形性関節症である個体の対応する単離されたバイオマーカーの発現レベルと比較するステップとを含み、そのレベルの差から、中程度の変形性関節症から顕著な変形性関節症への変形性関節症の進行が示唆される。本発明の他の態様は、変形性関節症の進行を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a顕著な変形性関節症である個体の血液サンプル中での、図4に示す単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaのレベルを、重篤な変形性関節症である個体の対応する単離されたバイオマーカーの発現レベルと比較するステップとを含み、そのレベルの差から、顕著な変形性関節症から重篤な変形性関節症への変形性関節症の進行が示唆される。本発明の他の態様は、変形性関節症の進行を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a中程度の変形性関節症である個体の血液サンプル中での、図3で開示される遺伝子の1つを含むバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaのレベルを、顕著な変形性関節症である個体の対応する単離されたバイオマーカーの発現レベルと比較するステップとを含み、そのレベルの差から、中程度の変形性関節症から顕著な変形性関節症への変形性関節症の進行が示唆される。本発明の他の態様は、変形性関節症の進行を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a顕著な変形性関節症である個体の血液サンプル中での、図4で開示される遺伝子の1つを含むバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaのレベルを、重篤な変形性関節症である個体の対応する単離されたバイオマーカーの発現レベルと比較するステップとを含み、そのレベルの差から、顕著な変形性関節症から重篤な変形性関節症への変形性関節症の進行が示唆される。本発明の他の態様は、変形性関節症の退行を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a顕著な変形性関節症である個体の血液サンプル中での、図3に示す単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaのレベルを、中程度の変形性関節症である個体の対応する単離されたバイオマーカーの発現レベルと比較するステップとを含み、そのレベルの差から、顕著な変形性関節症から中程度の変形性関節症への変形性関節症の退行が示唆される。本発明の他の態様は、変形性関節症の退行を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a重篤な変形性関節症である個体の血液サンプル中での、図4に示す単離されたバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaのレベルを、顕著な変形性関節症である個体の対応する単離されたバイオマーカーの発現レベルと比較するステップとを含み、そのレベルの差から、重篤な変形性関節症から顕著な変形性関節症への変形性関節症の退行が示唆される。本発明の他の態様は、変形性関節症の退行を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a顕著な変形性関節症である個体の血液サンプル中での、図3で開示される遺伝子の1つを含むバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaのレベルを、中程度の変形性関節症である個体の対応する単離されたバイオマーカーの発現レベルと比較するステップとを含み、そのレベルの差から、顕著な変形性関節症から中程度の変形性関節症への変形性関節症の退行が示唆される。本発明の他の態様は、変形性関節症の退行を診断又は予後診断する方法に関し、その方法は、a重篤な変形性関節症である個体の血液サンプル中での、図4で開示される遺伝子の1つを含むバイオマーカーの発現レベルを決定するステップと、bステップaのレベルを、顕著な変形性関節症である個体の対応する単離されたバイオマーカーの発現レベルと比較するステップとを含み、そのレベルの差から、重篤な変形性関節症から顕著な変形性関節症への変形性関節症の退行が示唆される。本発明の他の態様は、患者の変形性関節症を治療する薬物の効力をモニターする方法に関し、その方法は、a治療前に患者から血液サンプルを得、治療後に患者から第2の血液サンプルを得るステップと、b第1及び第2の血液サンプル中での、図3で開示される単離されたバイオマーカーの発現レベルを検出し、第1のサンプルと第2のサンプルのバイオマーカーの発現レベルを比較するステップとを含み、第2のサンプルと比較した第1のサンプルのバイオマーカーの発現レベルの示差的な発現から、患者の変形性関節症を治療する薬物の効力が示唆される。本発明の他の態様は、患者の変形性関節症を治療する薬物の効力をモニターする方法に関し、その方法は、治療前に患者から血液サンプルを得、治療後に患者から第2の血液サンプルを得るステップと、第1及び第2の血液サンプル中での、図4で開示される単離されたバイオマーカーの発現レベルを検出するステップと、第1のサンプルと第2のサンプルのバイオマーカーの発現レベルを比較するステップとを含み、第2のサンプルと比較した第1のサンプルのバイオマーカーの発現レベルの示差的な発現から、患者の変形性関節症を治療する薬物の効力が示唆される。本発明の他の態様は、患者の変形性関節症を治療する薬物の効力をモニターする方法に関し、その方法は、治療前に患者から血液サンプルを得、治療後に患者から第2の血液サンプルを得るステップと、第1及び第2の血液サンプル中での、図3で開示される遺伝子の1つを含むバイオマーカーの発現レベルを検出するステップと、第1のサンプルと第2のサンプルのバイオマーカーの発現レベルを比較するステップとを含み、第2のサンプルと比較した第1のサンプルのバイオマーカーの発現レベルの示差的な発現から、患者の変形性関節症を治療する薬物の効力が示唆される。本発明の他の態様は、患者の変形性関節症を治療する薬物の効力をモニターする方法に関し、その方法は、治療前に患者から血液サンプルを得、治療後に患者から第2の血液サンプルを得るステップと、第1及び第2の血液サンプル中での、図4で開示される遺伝子の1つを含むバイオマーカーの発現レベルを検出するステップと、第1のサンプルと第2のサンプルのバイオマーカーの発現レベルを比較するステップとを含み、第2のサンプルと比較した第1のサンプルのバイオマーカーの発現レベルの示差的な発現から、患者の変形性関節症を治療する薬物の効力が示唆される。3.1定義以下の定義は、以下の明細書の記載において用いられる特定の用語について提供するものである。本明細書において用いる用語3’末端とは、3’末端ヌクレオチドがポリAテールが存在する場合にはポリAテールに隣接するコード領域又は非翻訳領域の末端ヌクレオチドである場合に、mRNAの最後の1000ヌクレオチド又は1/3までのmRNAの末端部分を意味する。すなわち、mRNAの3’末端は、ポリAテールが存在する場合にはポリAテールを含まない。遺伝子の3’領域とは、遺伝子の3’末端内又は3’末端に位置するポリヌクレオチド二本鎖又は一本鎖を意味し、それには、限定されるものではないが、3’非翻訳領域存在する場合、及び遺伝子の3’タンパク質コード領域が含まれる。3’領域は、8塩基長より短くなく、1000塩基長より長くはない。3’領域の可能性ある他の長さとしては、限定されるものではないが、10、20、25、50、100、200、400及び500ヌクレオチドが挙げられる。本明細書において用いる用語5’末端とは、mRNAの最初のヌクレオチドで開始して、mRNAの全長がポリAテールを含まない場合にmRNAの最初の1000ヌクレオチド又は1/3までのmRNAの末端部分を意味する。遺伝子の5’領域とは、遺伝子の5’末端内又は5’末端に位置するポリヌクレオチド二本鎖又は一本鎖を意味し、それには、限定されるものではないが、5’非翻訳領域存在する場合、及び遺伝子の5’タンパク質コード領域が含まれる。5’領域は、8塩基長より短くなく、1000塩基長より長くはない。5’領域の可能性ある他の長さとしては、限定されるものではないが、10、20、25、50、100、200、400及び500ヌクレオチドが挙げられる。本明細書において用いる用語増幅されたとは、核酸配列について使用する場合、特定の核酸配列の1又はそれ以上のコピーが鋳型核酸から生成される方法、好ましくはポリメラーゼ連鎖反応の方法MullisandFaloona1987MethodsEnzymol155335を意味する。ポリメラーゼ連鎖反応又はPCRとは、特異的な核酸鋳型配列を増幅するためのinvitroの方法を指す。PCR反応は反復的な温度サイクル系を含み、典型的には40~100μlの容量で行われる。反応混合物は、dNTPs4種の各デオキシヌクレオチドdATP、dCTP、dGTP及びdTTP、プライマー、バッファー、DNAポリメラーゼ、及び核酸鋳型を含む。PCR反応は、ポリヌクレオチドプライマーのセットであって、第1プライマーが核酸鋳型配列の一方の鎖におけるある領域に相補的な配列を含み、第2プライマーが標的核酸配列の第2鎖におけるある領域に相補的な配列を含み、相補DNA鎖の合成を開始するようなプライマーセットを添加し、核酸ポリメラーゼを鋳型依存的重合剤として用いて、i鋳型配列内に含まれる標的核酸配列に対する増幅に必要なプライマーのアニーリングステップ、ii核酸ポリメラーゼがプライマー伸長産物を合成するプライマーの伸長ステップ、からなるPCRサイクルステップを許容する条件下にて、核酸鋳型配列を増幅することを含む。ポリヌクレオチドプライマーのセット又はPCRプライマーのセットは、2、3、4又はそれ以上のプライマーを含みうる。一実施形態においては、exo-PfuDNAポリメラーゼを用いて、PCR反応における核酸鋳型を増幅する。増幅の他の方法としては、限定されるものではないが、リガーゼ連鎖反応LCR、ポリヌクレオチド特異性に基づく増幅NSBA、又は当技術分野で公知の任意の他の方法が挙げられる。本明細書において用いる用語、ポリペプチドのアミノ末端領域とは、遺伝子の5’末端内又は5’末端に位置するポリヌクレオチド配列二本鎖又は一本鎖によりコードされるポリペプチド配列を意味し、例えば限定されるものではないが、遺伝子の5’タンパク質コード領域が含まれる。本明細書において用いる用語アミノ末端領域とは、ポリペプチドの最初のアミノ酸で開始して、ポリペプチドの最初の300アミノ酸又は1/3までのポリペプチドのアミノ末端部分を意味する。ポリペプチドのアミノ末端領域は、3アミノ酸長より短くなく、350アミノ酸長より長くはない。ポリペプチドのアミノ末端領域の可能性ある他の長さとしては、限定されるものではないが、5、10、20、25、50、100及び200アミノ酸が挙げられる。本明細書に使用される、タンパク質性薬剤例えば、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド及び抗体に関する用語類似体は、第2のタンパク質性薬剤と類似した又は同じ機能を保持するしかし必ずしも第2のタンパク質性薬剤と類似した又は同じアミノ酸配列を含むのでないタンパク質性薬剤又は第2のタンパク質性薬剤と類似した又は同じ構造を保持するタンパク質性薬剤を意味する。類似したアミノ酸配列を有するタンパク質性薬剤は、次の3つの条件:aタンパク質性薬剤が第2のタンパク質性薬剤のアミノ酸配列と、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、少なくとも55、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95又は少なくとも99の同一性を有するアミノ酸配列を有すること;bタンパク質性薬剤が、第2のタンパク質性薬剤の少なくとも5個の連続アミノ酸残基、少なくとも10個の連続アミノ酸残基、少なくとも15個の連続アミノ酸残基、少なくとも20個の連続アミノ酸残基、少なくとも25個の連続アミノ酸残基、少なくとも40個の連続アミノ酸残基、少なくとも50個の連続アミノ酸残基、少なくとも60個の連続アミノ酸残基、少なくとも70個の連続アミノ酸残基、少なくとも80個の連続アミノ酸残基、少なくとも90個の連続アミノ酸残基、少なくとも100個の連続アミノ酸残基、少なくとも125個の連続アミノ酸残基,又は少なくとも150個の連続アミノ酸残基をコードするヌクレオチド配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列によりコードされること;及びcタンパク質性薬剤が第2のタンパク質性薬剤をコードするヌクレオチド配列と少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、少なくとも55、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95又は少なくとも99の同一性を有するヌクレオチド配列によりコードされることのうち少なくとも1つの条件を満たす第2のタンパク質性薬剤を意味する。第2のタンパク質性薬剤と類似した又は同じ構造を保有するタンパク質性薬剤は、第2のタンパク質性薬剤と類似した二次、三次又は四次構造をもつタンパク質性薬剤を意味する。タンパク質性薬剤の構造は当業者に公知の方法により決定することができ、かかる方法として、限定されるものでないが、ペプチドのアミノ酸配列決定、X線結晶学、核磁気共鳴、円偏光二色性、及び結晶学的電子顕微鏡が挙げられる。2つのアミノ酸配列又は2つの核酸配列の同一性パーセントを決定するには、最適な比較のために配列同士をアラインメントする例えば、第2のアミノ酸又は核酸配列との最適なアラインメントのために第1のアミノ酸又は核酸配列の配列中にギャップを導入することができる。その後、対応するアミノ酸位置又はヌクレオチド位置のアミノ酸残基又はヌクレオチドを比較する。第1の配列のある位置が第2の配列の対応する位置と同じアミノ酸残基又はヌクレオチドで占められている場合、それらの分子はその位置で同一となる。2つの配列間の同一性パーセントは、それらの配列が共有する同一位置の数の関数であるすなわち、同一性=重なり合う同一位置の数/位置の総数×100。ある実施形態では、2つの配列が同じ長さである。2つの配列間の同一性パーセントはまた、数学的アルゴリズムを使っても決定することができる。2つの配列の比較に利用される数学的アルゴリズムの好適な非限定的な例は、Karlin及びAltschul1990ProcNatlAcadSciUSA8722642268に記載され、Karlin及びAltschul1993ProcNatlAcadSciUSA9058735877において改変されたアルゴリズムである。そのようなアルゴリズムは、Altschulら1990JMolBiol215403に記載のNBLAST及びXBLASTプログラムに組み込まれている。BLASTヌクレオチド検索を、NBLASTヌクレオチドプログラムパラメーターセット例えば、スコア=100、ワード長=12を用いて行うことにより、本発明の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を得ることができる。BLASTタンパク質検索を、XBLASTプログラムパラメーターセット例えば、スコア=50、ワード長=3を用いて行うことにより、本発明のタンパク質分子と相同なアミノ酸配列を得ることができる。比較の目的でギャップを挿入したアラインメントを得るためには、GappedBLASTをAltschulら1997NucleicAcidsRes2533893402に記載のように使用する。あるいはまた、PSI-BLASTを用いて、分子間の遠い関係を検出する反復検索を行うこともできる同上。BLAST、GappedBLAST、及びPSI-Blastプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム例えば、XBLAST及びNBLASTのデフォルトパラメーターを使用してもよい例えば、NCBIウェブサイトを参照のこと。配列比較に利用される数学的アルゴリズムの別の好ましい非限定的な例は、Myers及びMiller1988CABIOS41117に記載のアルゴリズムである。そのようなアルゴリズムは、GCG配列アラインメントソフトウェアパッケージの一部であるALIGNプログラムバージョン2.0に組み込まれている。アミノ酸配列の比較のためにALIGNプログラムを利用する場合は、PAM120加重残基表weightresiduetable、ギャップ長ペナルティー12、及びギャップペナルティー4を使用してもよい。2つの配列間の同一性パーセントは、上述したものと類似の技法を用いて、ギャップを挿入して又は挿入しないで決定することができる。同一性パーセントを計算するには、典型的には、正確な一致マッチだけを数える。本明細書中で用いる、非タンパク質性類似体に関する用語類似体は、第1の有機若しくは無機分子と類似した又は同じ機能を有し、かつ第1の有機若しくは無機分子と構造上類似している第2の有機若しくは無機分子を意味する。本明細書において用いる用語付着及びスポッティングスポットとは、核酸アレイを形成するために核酸を固相基板上に配置し、それにより核酸を共有結合、水素結合又はイオン相互作用により安定に固相基板に結合させる方法を意味する。本明細書において用いる用語バイオマーカーとは、OAと非OAとの間で、及び/又はOAの1以上のステージとOAの1以上の他のステージとの間で、示差的に調節されている遺伝子を意味する。本明細書において用いる用語血液核酸サンプルとは、血液に由来する核酸を意味し、例えば、全血、遠心分離した溶解血液、血清不含全血又は血液画分末梢血白血球PBL若しくは本明細書に記載するような他の血液画分に由来する核酸が挙げられる。全血とは、分画していない血液、例えば、血液の液滴を意味する。遠心分離した溶解血液又は溶解血液とは、本明細書例えば実施例2に記載のように溶解バッファーと混合し、遠心分離した全血を意味する。血清不含全血とは、本明細書例えば実施例2に記載のように血清又は血漿を遠心分離により除去した全血を意味する。好ましくは、血液核酸サンプルは全血又は遠心分離した溶解血液であり、総RNA、mRNAであるか、又はmRNAに対応する核酸、例えば上記血液から単離されたcDNAである。核酸サンプルとしては、総RNA、mRNA又はcDNAに由来するPCR産物も含まれる。本明細書において用いる用語、ポリヌクレオチドのカルボキシ末端領域とは、遺伝子の3’末端内又は3’末端に位置するポリヌクレオチド配列二本鎖又は一本鎖によりコードされるポリペプチド配列を意味し、例えば限定されるものではないが、遺伝子の3’タンパク質コード領域が含まれる。本明細書において用いるカルボキシ末端領域とは、ポリペプチドの最後のアミノ酸から該ポリペプチドの300アミノ酸又は1/3までのポリペプチドのカルボキシ末端部分を意味する。3’末端は、ポリAテール存在する場合を含まない。ポリペプチドのカルボキシ末端領域は、3アミノ酸長より短くなく、350アミノ酸長より長くはない。ポリペプチドのカルボキシ末端領域の可能性ある他の長さとしては、限定されるものではないが、5、10、20、25、50、100及び200アミノ酸が挙げられる。本明細書において用いる軟骨又は関節軟骨とは、哺乳動物ヒト及び他の種を含むにおける、弾力性のある半透明の結合組織を意味する。軟骨は、主に軟骨細胞、II型コラーゲン、少量の他の型のコラーゲン、他の非コラーゲンタンパク質、プロテオグリカン及び水から構成され、通常、I型及びII型コラーゲン並びに他のプロテオグリカンのマトリックス中の繊維芽細胞で構成される軟骨膜により囲まれている。大部分の軟骨は成熟により骨となるが、軟骨のなかには鼻、耳、膝及び他の関節などの位置で原形を留めるものもある。軟骨は血液又は神経供給がなく、軟骨細胞はこの組織における唯一の細胞型である。本明細書において用いる用語軟骨核酸サンプルとは、軟骨に由来する核酸を意味する。好ましくは、軟骨核酸サンプルは総RNA、mRNAであるか、又はRNAに対応する核酸、たとえばcDNAである。軟骨核酸サンプルには、総RNA、mRNA又はcDNAに由来するPCR産物も含まれる。本明細書において用いる軟骨細胞とは、軟骨からの細胞を意味する。コード領域とは、RNAとして発現されるDNAの領域を意味する。本明細書において用いる用語化合物及び薬物は、相互互換的に用いられる。本明細書において用いる用語対照又は対照サンプルは、変形性関節症の診断、変形性関節症のステージの決定、又は変形性関節症のステージの識別に関する場合、変形性関節症を有しないと分類されるすなわち正常の個体又は個体群から単離された1以上のサンプルを意味する。対照又は対照サンプルという用語はまた、変形性関節症を有しないと分類されたすなわち正常の1以上の個体のサンプルに由来するデータのまとめを意味する。本明細書において用いる用語対照は、予防薬又は治療薬のスクリーニングに関する場合、アッセイ又は方法について他の条件を比較することができる標準又は基準を意味する。本明細書中で用いる、タンパク質性薬剤例えば、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド及び抗体に関する用語誘導体は、アミノ酸残基の置換、欠失及び/又は付加の導入により改変されたアミノ酸配列を含むタンパク質性薬剤を意味する。本明細書中で用いる用語誘導体はまた、任意のタイプの分子のタンパク質性薬剤との共有結合により修飾されたタンパク質性薬剤も意味する。例えば、限定されるものでないが、抗体は、グリコシル化、アセチル化、ペグPEG化、リン酸化、アミド化、誘導体化公知の保護基/ブロッキング基による、タンパク質加水分解による切断、細胞性リガンド又は他のタンパク質との結合などによって修飾することができる。タンパク質性薬剤の誘導体は当業者に公知の技法を用いて化学的修飾により調製することができ、例えば、限定されるものでないが、特定の化学的切断、アセチル化、ホルミル化、ツニカマイシンの代謝的合成などが含まれる。さらに、タンパク質性薬剤の誘導体は1個以上の非古典的アミノ酸を含んでいてもよい。タンパク質性薬剤の誘導体はそれが誘導された元来のタンパク質性薬剤と類似の又は同一の機能を保持している。本明細書中で用いられる、非タンパク質性誘導体に関する用語誘導体は、第1の有機又は無機分子の構造に基づいて形成された第2の有機又は無機分子を意味する。有機分子の誘導体には、限定されるものでないが、例えば、ヒドロキシル、メチル、エチル、カルボキシル又はアミノ基の付加又は欠失により修飾された分子が含まれる。有機分子はまた、エステル化、アルキル化及び/又はリン酸化されていてもよい。本明細書において用いるOAの診断又はOA診断とは、本発明の一態様において、ある個体がOAに罹患しているか否かを決定するプロセスを意味する。特定の実施形態において、OAの診断又はOA診断とは、個体がOAを有しているか又は個体がOAを有していないかの2つの状態のいずれかの決定を指す。別の特定の実施形態において、診断とは、個体がOAを有している、個体がOAを有していない、そして個体がOAを有しているか又は有していないかを十分な確実性で決定することができないの3つの状態のいずれかの決定を指す。個体がOAの2つのステージの1つを有しているかどうかの診断又はOAのステージの識別とは、個体がOAの2つのステージの1つ例えば、軽度対対照例:非OA/正常;中程度対軽度;中程度対重篤;顕著対重篤などを有しているかどうかを決定するプロセスを意味する。別の特定の実施形態において、診断とは、上述のOAの2つのステージの1つとして診断、又は個体が言及した2つのステージのいずれを有するかを十分な確実性で決定することができないという3つ目の可能性の3つの状態のいずれかの決定を指す。OAのステージの診断又はOAステージ決定とは、本発明においては、OAの特定のステージ又は悪性度に罹患しているかどうかの決定に達することを意味する。特定の実施形態において、OAステージ決定又はOAのステージの診断とは、個体がOAのステージの1つを有するか、又は個体がOA若しくは他のOAステージのいずれも有していないの2つの状況のいずれかの決定を意味する。別の特定の実施形態において、OAステージ決定又はOAのステージの診断とは、個体が特定のOAのステージを有するか、個体がOAを有しておらず、他のOAステージのいずれも有していないか、あるいは個体が特定のOAのステージを有するか、該特定のOAのステージを有しないか否かについて十分な確実性で決定することができないという3つの状態のいずれかの決定を指す。当業者であれば、本明細書において十分な確実性が、診断の感度及び特異性の両方についての医学的要求に応じて異なることを理解しうる。より具体的には、十分な確実性には、50を超える感度及び/又は特異性、60を超える感度及び/又は特異性、70を超える感度及び/又は特異性、80を超える感度及び/又は特異性、90を超える感度及び/又は特異性、100の感度及び/又は特異性が含まれる。本明細書において用いる用語示差的発現とは、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのRNA及び/又はタンパク質産物の発現レベルの差異であって、1つのサンプル中のバイオマーカーのRNAmRNAを含む、及び/又は1以上のmRNAのスプライス変異体の量又はレベルを、第2サンプル中のRNAmRNAを含む、及び/又は1以上のmRNAのスプライス変異体の量又はレベルで測定される同じ本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較した場合の差異を意味する。示差的に発現されるにはまた、本発明のバイオマーカー1又は複数のタンパク質発現1以上のタンパク質変種を含むの量又はレベルと比較した場合の、サンプル又はサンプル集団中のタンパク質、又は本発明のバイオマーカーによりコードされる1以上のタンパク質変種の測定が含まれる。示差的発現は、本明細書に記載のようにして判定することができ、また当業者であれば理解することができる。示差的に発現された又は発現レベルの変化という用語は、あるサンプル中のRNAの量及び/又はタンパク質の量で測定される所定のバイオマーカーの測定可能な発現レベルの、第2サンプル中の所定のバイオマーカーの測定可能な発現レベルと比較した場合の増大又は低減を意味する。示差的に発現された又は発現レベルの変化という用語はまた、あるサンプル集団中の所定のバイオマーカーの測定可能な発現レベルの、第2サンプル集団中のバイオマーカーの測定可能な発現レベルと比較した場合の増大又は低減を意味しうる。本明細書において用いる示差的に発現されたは、単一サンプルを意味する場合、該サンプル中の所定のバイオマーカーの発現レベルを、対照集団の所定のバイオマーカーの平均発現レベルと比較した場合の比この比は1.0に等しくないを意味する。示差的に発現されたは、発現レベルの比又はp値を用いた第2サンプル集団と比較した場合の第1サンプル集団又はサンプル集団に対する単一サンプルの比較に関して用いる。p値を用いる場合、hnRNA及びmRNAを含む核酸転写産物は、p値が0.1未満の場合に第1集団と第2集団との間で示差的に発現されたと同定される。より好ましくは、p値は0.05未満である。よりさらに好ましくは、p値は0.01未満である。より好ましくは、p値は0.005未満である。最も好ましくは、p値は0.001未満である。発現レベルの比に基づいて示差的発現を判定する場合、RNA又はタンパク質は、第2サンプルと比較した場合の第1サンプルにおける発現レベルの比が1.0を超える又はそれ未満である、例えば、1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20を超える又は1、例えば0.8、0.6、0.4、0.2、0.1未満の場合に、示差的に発現されている。本発明の別の実施形態において、hnRNA及びmRNAを含む核酸転写産物は、第2集団の平均発現レベルと比較した場合の第1集団の発現レベルの平均の比が1.0を超える又はそれ未満である、例えば、1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20を超える又は1未満、例えば0.8、0.6、0.4、0.2、0.1の場合に、示差的に発現されている。本発明の別の実施形態において、hnRNA及びmRNAを含む核酸転写産物は、第2集団の平均と比較した場合の第1サンプルにおけるその発現レベルの比が1.0を超える又はそれ未満である、例えば、1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20を超える又は1未満、例えば0.8、0.6、0.4、0.2、0.1の場合に、示差的に発現されている。示差的に増大した発現とは、標準、例えば第2集団の発現レベルの平均などに対して、1倍、1.2倍、1.4倍、1.6倍、1.8倍又はそれ以上であることを意味する。示差的に低減した発現とは、標準、例えば第2集団の発現レベルの平均などに対して、1倍、0.8倍、0.6倍、0.4倍、0.2倍、0.1倍又はそれ以下であることを意味する。本明細書において用いる用語薬効薬物の効力とは、薬物の有効性を意味する。薬効は、通常は、薬物で処置した又は処置している患者の臨床応答によって測定される。薬物は、それが所望の臨床結果、例えば、本明細書に記載される変形性関節症の症候の低減又は変形性関節症の進行の予防を達成する場合には、効力が高いとみなされる。吸収される薬物の量は、患者の応答を予測するために用いることができる。原則は、薬物の用量が増大すると、所望の最大効果に達するまでは患者においてより大きな効力が観察される。最大点に達した後に薬物を投与すると、通常は副作用が増大する。本明細書中で用いる用語有効量は、変形性関節症又は1以上のその症候の進行、重篤度及び/又は持続期間を低減する又は改善し、変形性関節症又は1以上のその症候の発達、再発又は発症を防止し、変形性関節症又は1以上のその症候の進行を防止し、あるいは、別の治療の予防又は治療効果を増大又は回線するために十分な化合物の量を意味する。本明細書において、断片フラグメントという用語は、タンパク質性薬剤の場合、別のポリペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも5個の連続したアミノ酸残基、少なくとも10個の連続したアミノ酸残基、少なくとも15個の連続したアミノ酸残基、少なくとも20個の連続したアミノ酸残基、少なくとも25個の連続したアミノ酸残基、少なくとも40個の連続したアミノ酸残基、少なくとも50個の連続したアミノ酸残基、少なくとも60個の連続したアミノ基、少なくとも70個の連続したアミノ酸残基、少なくとも80個の連続したアミノ酸残基;少なくとも90個の連続したアミノ酸残基、少なくとも100個の連続したアミノ酸残基、少なくとも125個の連続したアミノ酸残基、少なくとも150個の連続したアミノ酸残基、少なくとも175個の連続したアミノ酸残基、少なくとも200個の連続したアミノ酸残基、又は少なくとも250個の連続したアミノ酸残基のアミノ酸配列を含む、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質抗体を含むを指す。特定の実施形態では、タンパク質又はポリペプチドの断片は、タンパク質又はポリペプチドの少なくとも1つの機能を保持する。別の実施形態において、タンパク質又はポリペプチドの断片は、当該タンパク質又はポリペプチドの少なくとも2、3、4又は5つの機能を保持する。好ましくは抗体のフラグメントは、抗原に免疫特異的に結合する能力を保持する。本明細書において、融合タンパク質という用語は、第1のタンパク質、ポリペプチド又は機能性フラグメント、これらの類似体又は誘導体のアミノ酸配列と、異種タンパク質、ポリペプチド又はペプチドのアミノ酸配列すなわち、第1のタンパク質又はフラグメント、これらの類似体又は誘導体とは異なる第2のタンパク質又はポリペプチド又はフラグメント、これらの類似体又は誘導体とを含むポリペプチドのことをいう。一実施形態では、融合タンパク質は、異種タンパク質、ポリペプチド又はペプチドに融合した予防薬又は治療薬を含む。この実施形態によると、これらの異種タンパク質、ポリペプチド又はペプチドは、予防薬又は治療薬と異なる種類であってもよいし、なくてもよい。本明細書において用いる用語遺伝子発現パターン、遺伝子発現プロファイル及び核酸アレイ発現プロファイルは、相互互換的に用いられ、対照と比較した場合の、アレイ上の複数の核酸プローブにハイブリダイズした複数の標的核酸配列のハイブリダイゼーションのパターンを含む。本明細書において用いる用語にハイブリダイズする及びハイブリダイゼーションとは、相補的核酸との配列特異的な非共有結合相互作用、例えば標的核酸配列とアレイ上の核酸メンバーとの相互作用を意味する。本明細書において用いる用語免疫グロブリンは、免疫グロブリン遺伝子により実質的にコードされる1以上のポリペプチドからなるタンパク質を指す。認識されているヒト免疫グロブリン遺伝子には、κ、λ、αIgA1及びIgA2、γIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、δ、ε、μ定常領域の遺伝子、並びに無数の免疫グロブリン可変領域の遺伝子が含まれる。全長免疫グロブリン軽鎖約25Kd、すなわち214アミノ酸は、NH2末端における可変領域遺伝子約110アミノ酸と、COOH末端におけるκ又はλ定常領域遺伝子によりコードされる。全長免疫グロブリン重鎖約50Kd、すなわち446アミノ酸は、同様に、可変領域遺伝子約116アミノ酸と、上記の定常領域遺伝子以外、例えばγ約330アミノ酸をコードするの1つによりコードされる。本明細書において、併用組み合わせという用語は、複数の治療例えば、複数の予防薬及び/又は治療薬を使用することをいう。併用組み合わせという用語の使用においては、被験体に治療例えば、予防薬及び/又は治療薬を投与する順序が限定されない。第1の治療例えば、第1の予防薬又は治療薬は、第2の治療例えば、第2の予防薬又は治療薬の投与の前例えば、5分間、15分間、30分間、45分間、1時間、2時間、4時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、8週間、又は12週間前に、同時に、後例えば、5分間、15分間、30分間、45分間、1時間、2時間、4時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、8週間、又は12週間後に、被験体に投与することができる。本明細書において用いる用語疾患の指標とは、発現パターンが疾患を有していない患者よりも疾患を有している患者においてより有意に高頻度に見出されるように最大95の信頼水準を設定した慣用の統計方法を用いて決定した場合、疾患の診断となる発現パターンを意味する。好ましくは、疾患の指標となる発現パターンは、疾患を有する患者の少なくとも60において見とめられ、疾患を有していない患者の10未満に見とめられる。より好ましくは、疾患の指標となる発現パターンは、疾患を有する患者の少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95、又はそれ以上において見とめられ、疾患を有していない患者の10未満、8未満、5未満、2.5未満、1未満に見とめられる。本明細書において用いる用語、遺伝子の内部コード領域とは、本明細書において定義する遺伝子の5’領域と3’領域との間に位置するポリヌクレオチド二本鎖又は一本鎖を意味する。内部コード領域は、8塩基長より短くなく、また1000塩基長より長くはない。内部コード領域の可能性ある他の長さとしては、限定されるものではないが、10、20、25、50、100、200、400及び500ヌクレオチドが挙げられる。5’領域、3’領域及び内部領域は、重複しているものではないが、連続している必要はなく、また、対応する遺伝子の全長にまで付加される必要はない。本明細書において用いる用語、ポリペプチドの内部ポリペプチド領域とは、本明細書において定義するポリペプチドのアミノ末端領域とカルボキシ末端領域の間に位置するポリペプチド配列を意味する。ポリペプチドの内部ポリペプチド領域は、3アミノ酸長より短くなく、350アミノ酸長より長くはない。ポリペプチドの内部ポリペプチド領域の可能性ある他の長さとしては、限定されるものではないが、5、10、20、25、50、100及び200アミノ酸が挙げられる。ポリペプチドのアミノ末端領域、カルボキシ末端領域及び内部ポリペプチド領域は、重複しているものではないが、連続している必要はなく、また、対応するポリペプチドの全長にまで付加される必要はない。本明細書において用いる単離された又は精製されたとは、核酸について用いる場合、天然の配列がその正常の細胞例えば染色体環境から取り出されているか、又は非天然環境において合成された例えば人工的に合成されたことを意味する。従って、単離された又は精製された配列は、無細胞溶液中に存在するか又は異なる細胞環境中に置かれたものでありうる。精製されたという用語は、配列が存在するヌクレオチドのみであることを意味するものではなく、それが天然に結合している非ヌクレオチド物質を本質的に含まず約90~95純粋であり、従って単離された染色体とは区別されることを意味する。本明細書中で用いる用語単離された又は精製されたは、タンパク質性薬剤例えば、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は抗体に関する場合、それが由来する細胞又は組織源からの細胞性物質を実質的に含まず、いくつかの実施形態では、異種タンパク質性薬剤すなわち混入タンパク質を実質的に含まないか、又は化学前駆体若しくは他の化学物質を実質的に含まないタンパク質性薬剤を意味する。用語細胞性物質を実質的に含まないは、タンパク質性薬剤が細胞から単離されるか又は組換えで生産されたものであって、細胞の細胞成分から分離されているタンパク質性薬剤の調製物を意味する。従って、細胞性物質を実質的に含まないタンパク質性薬剤は、約30、20、10又は5乾燥重量基準未満の量の異種タンパク質性薬剤例えば、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド又は抗体、本明細書では混入タンパク質ともいうを含有するタンパク質性薬剤の調製物を含む。タンパク質性薬剤が組換えにより生産されたものであるときは、培地をも実質的に含まないことが好ましく、すなわち、培地はタンパク質調製物の体積の約20、10又は5未満となるようにする。タンパク質性薬剤が化学合成により調製されたものであるときは、化学前駆体又は他の化学物質を実質的に含まないことが好ましく、すなわちタンパク質性薬剤の合成に伴う化学前駆体又は他の化学物質から分離される。したがって、そのようなタンパク質性薬剤の調製物は、約30、20、10又は5乾燥重量基準未満の化学前駆体又は目的のタンパク質性薬剤以外の化合物を含有する。好ましくは、本明細書において開示されるタンパク質性薬剤は単離されている。本明細書において用いる用語発現レベルとは、当業者に公知の及び本明細書に記載の方法により測定した場合に、所定の核酸又はタンパク質の測定可能な量を意味する。本発明のバイオマーカーに対応するRNA、hnRNA、mRNA又はmRNAのスプライス変異体に関して、発現レベルはハイブリダイゼーションによって測定可能であり、又はより定量的な測定方法、例えばリアルタイムRT-PCRSYBR登録商標グリーン、TaqMan登録商標の両方を利用する、モレキュラービーコン技術を用いることもできる。本明細書において用いるリガンドとは、本発明のバイオマーカーの遺伝子の1つによりコードされるポリペプチドに特異的に結合する分子である。リガンドは、核酸RNA若しくはDNA、ポリペプチド、ペプチド、又は化合物でありうる。本発明のリガンドは、ペプチドリガンド、例えば骨格ペプチド、線状ペプチド、又は環状ペプチドでありうる。好ましい実施形態において、ポリペプチドリガンドは抗体である。抗体は、ヒト抗体、キメラ抗体、組換え抗体、ヒト化抗体、モノクローナル抗体、又はポリクローナル抗体でありうる。抗体は、完全な免疫グロブリン例えば、IgA、IgG、IgE、IgD、IgM又はそれらのサブタイプでありうる。抗体は、機能的部分、例えば、生物学的又は化学的機能を有する化合物第2の異なるポリペプチドでありうる、治療薬、細胞傷害剤、検出可能な部分又は固相支持体にコンジュゲートさせてもよい。ポリペプチドリガンド、例えば本発明の抗体は、バイオマーカーの遺伝子の1つによりコードされるポリペプチドと、高いアフィニティ及び特異性で相互作用する。例えば、ポリペプチドリガンドは、バイオマーカーの遺伝子の1つによりコードされるポリペプチドと、少なくとも107M-1、好ましくは少なくとも108M-1、109M-1、又は1010M-1のアフィニティ定数で結合する。本明細書において用いる用語大部分majorityとは、組成の総メンバーの50を超えることを表す数字例えば、51、60若しくは70、又は80若しくは90、又は最大100を意味する。大部分という用語は、アレイに関する場合、アレイの固相基板と安定に結合する総核酸メンバーの50を超える例えば、51、60若しくは70、又は80若しくは90、又は最大100ことを意味する。本明細書中で用いる用語管理する管理している及び管理は、被験体に、変形性関節症の治癒をもたらさない治療例えば、予防薬若しくは治療薬から引き出す有益な効果を意味する。ある特定の実施形態において、変形性関節症の進行又は悪化を防止するために、変形性関節症を管理するための1種以上の治療を被験体に投与する。mRNAとは、遺伝子に相補的なRNAを意味し、mRNAは、タンパク質コード領域を含み、また5’末端及び3’非翻訳領域UTRを含んでもよい。本明細書において用いるmRNAの完全性integrityとは、軟骨サンプル又は血液サンプルのいずれかに由来するmRNA抽出物の品質を意味する。良好な完全性のmRNA抽出物は、当技術分野で周知の方法、例えばRNAアガロースゲル電気泳動例えば、AusubeletalJohnWeleySonsInc1997CurrentProtocolsinMolecularBiologyによって試験した場合に分解されないと考えられる。好ましくは、mRNAサンプルは、それを抽出した軟骨又は血液サンプルの遺伝子発現レベルを真に表すために、良好な完全性を有する例えば、10未満、好ましくは5未満、より好ましくは1未満のmRNAが分解されている。本明細書中で用いる用語非応答性及び不応性は、変形性関節症のための現在利用可能な治療例えば、予防薬若しくは治療薬であって、臨床上、該変形性関節症に関連する1以上の症候を緩和するのに十分でない上記治療を用いて治療された患者を意味する。典型的には、そのような患者は重症の持続的活動性の変形性関節症を患っており、その変形性関節症に関連する症候を改善するために更なる治療を必要とする。本明細書において用いる正常とは、OAの症候、例えば関節痛を示さず、軟骨損傷又はOAと診断されたことがない個体又は個体群を意味する。好ましくは、正常個体1若しくは複数は、OA罹患の投薬治療を受けておらず、他の任意の疾患と診断されたことがない。より好ましくは、正常個体は、被験サンプルと比較して、類似した性別、年齢及び肥満度指数BMIを有する。本発明において正常とはまた、正常個体から単離されたサンプルを意味し、たとえば正常個体から単離された総RNA又はmRNAを含む。正常個体から採取されたサンプルは、軟骨組織サンプルから単離されたRNAであって、OAと診断されておらず、その組織採取の時点でOAのいずれの症候をも示さない個体からの軟骨組織から単離された軟骨の全体又は一片から単離されたRNAである。本発明の一実施形態において、正常軟骨サンプルは、死後14時間に単離され、抽出されたmRNAサンプルの完全性が確認される。正常個体から採取されたサンプルはまた、血液サンプルから単離されたRNAであって、OAと診断されておらず、その血液採取の時点でOAのいずれの症候をも示さない個体からの血液を含む。本明細書において用いる核酸1若しくは複数は、ポリヌクレオチド1若しくは複数と相互互換的に用いられ、これは一般的には、任意のポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドRNA若しくはDNA、又は修飾RNA若しくはDNA、あるいはそれらの組み合わせでありうるを意味する。核酸1若しくは複数としては、限定されるものではないが、一本鎖若しくは二本鎖核酸が含まれる。本明細書において用いる用語核酸1若しくは複数はまた、上述のように1以上の修飾塩基を含むDNA又はRNAを含んでもよい。従って、安定性又は他の理由で修飾された骨格を有するDNA又はRNAも核酸である。核酸という用語は、本明細書で用いられる場合、核酸の化学的、酵素的又は代謝的に修飾された形態、並びにウイルス及び細胞例えば単一及び複合細胞に特徴的なDNA及びRNAの化学的形態を包含する。核酸又は核酸配列はまた、一本鎖又は二本鎖RNA若しくはDNA、又はそれらの任意の組み合わせの領域を含みうる。またこれは、本発明のいくつかの実施形態においてはエクスプレスドシークエンスタグESTを含みうる。ESTは、遺伝子の発現される配列の一部すなわち配列のタグであり、mRNAの領域を逆転写してcDNAを生成することによって作製される。本明細書において定義する核酸アレイとは、支持体に付着された複数の固有の核酸すなわち核酸メンバーであって、各核酸メンバーが、固有の予め選択された領域において支持体に付着されている核酸を意味する。一実施形態において、支持体の表面に付着された核酸プローブはDNAである。好ましい実施形態において、支持体の表面に付着された核酸プローブはcDNA又はオリゴヌクレオチドである。別の好ましい実施形態において、支持体の表面に付着された核酸プローブは、ポリメラーゼ連鎖反応PCRにより合成されたcDNAである。本明細書において用いる核酸という用語は、ポリヌクレオチドという用語と相互互換性である。別の好ましい実施形態において、核酸アレイとは、サザン及び/又はノーザンブロッティング技法において用いられるニトロセルロース又は他の膜に付着された複数の固有の核酸を意味する。本明細書において用いる核酸プローブ又は核酸マーカー又はアレイ上の核酸メンバー又はアレイ上の核酸プローブにはまた、アレイに固定化され、非共有結合する相互作用のセット相補的な塩基対合の相互作用を含むにより相補配列の核酸メンバーと結合可能な核酸が含まれる。本明細書において用いる核酸プローブは、天然塩基すなわち、A、G、C若しくはT又は修飾塩基7-デアザグアノシン、イノシンなどを含んでもよい。さらに、核酸プローブ中の塩基は、それらがハイブリダイゼーションを妨害しないすなわち、核酸プローブが、標準のストリンジェントな又は選択的なハイブリダイゼーション条件下でその相補配列に特異的に結合する限り、ホスホジエステル結合以外の結合で連結していてもよい。従って、核酸プローブは、その構成塩基がホスホジエステル結合ではなくペプチド結合によって連結しているペプチド核酸であってもよい。本明細書において用いる核酸標的又は核酸標的マーカーは、非共有結合する相互作用のセット相補的な塩基対合の相互作用を含むにより相補配列のアレイに結合した核酸に結合可能な核酸と定義される。核酸標的は、遺伝子若しくはその一部に対応する単離された核酸配列であってもよいし、あるいは核酸標的はサンプルから単離された総RNA若しくはmRNAであってよい。好ましくは、核酸標的又は核酸マーカーは、ヒトの軟骨、血液、又は滑液抽出物に由来する。より好ましくは、核酸標的は、ヒトの軟骨、血液、又は滑液の総RNA抽出物、好ましくはmRNA抽出物に由来する、一本鎖又は二本鎖DNA、RNA、又はDNA-RNAハイブリッドである。一実施形態において、アレイに結合した標的の慣用の核酸アレイは、全長ヒトゲノムの典型、例えばAffymetrixチップであってもよいし、図1に記載の19遺伝子の2又はそれ以上からなる又はそれを含む単離されたバイオマーカー又は遺伝子プローブを慣用のアレイに適用してもよい。別の実施形態において、アレイに結合する配列は、本発明のバイオマーカーに対応する単離されたオリゴヌクレオチド、cDNA、EST又はPCR産物であり、総細胞RNAをアレイに適用する。本明細書において用いる用語オリゴヌクレオチドとは、2又はそれ以上好ましくは3を超えるデオキシリボヌクレオチド及び/又はリボヌクレオチドから構成される分子と定義される。その正確なサイズは、多くの要因に依存し、それはまたそのオリゴヌクレオチドの最終的な機能及び用途に依存している。オリゴヌクレオチドは、約8~約1,000ヌクレオチド長でありうる。8~100ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドが本発明において有用であるが、好ましいオリゴヌクレオチドの範囲は、約8~約15塩基長、約8~約20塩基長、約8~約25塩基長、約8~約30塩基長、約8~約40塩基長、又は約8~約50塩基長である。本明細書において用いる変形性関節症とは、関節炎の特定の形態、特に、関節の咬合表面を形成する骨の末端にある関節軟骨が経時的に徐々に変性する慢性疾患を意味する。軟骨の変性は、異化活性古い細胞及びマトリックス成分の除去と同化活性新しい細胞と分子の産生との不均衡により引き起こされる可能性があるWestacottetal1996SeminArthritisRheum2525472。本明細書において用いる用語変形性関節症OAのステージ決定又は変形性関節症OAのグレード決定とは、個体におけるOAの存在、不在、及び発達advancement又は進行progressionの程度を判定することを意味する。OAステージ又はOAグレードには、以下に記載するMarshallのスコア決定系に従って定義される軽度OA、中程度OA、顕著なOA及び重篤なOA並びにOAなしが含まれるが、これらのステージに限定されるものではない。例えば、より小さなカテゴリーが定義されている例えば軽度OAがMarshallスコアに基づいて中程度、顕著及び重篤としてカテゴリーに細分されうるMarshallにより教示されるさらに精密なスコア決定系を用いてもよい。一実施形態において、OAのステージを分類するための伝統的な方法を用いることも可能である。多くのスコア決定系が当技術分野で知られており、例えばOA診断及びステージ決定の別の方法としてKellgren-Lawrenceスコアと共にX線写真を用いてもよい。当業者であれば、軽度OA、中程度OA、顕著なOA及び重篤なOAを他の分類系ではどのように解釈するかを理解することができる。軟骨を異なる疾患ステージに分類するために、好ましくはMarshallに記載されているスコア決定系を用いるMarshallW1996TheJournalofRheumatology23582584、参照により本明細書に組み入れる。この方法によると、6種の関節表面膝蓋、大腿骨滑車、内側大腿顆、内側脛骨プラトー、外側大腿顆及び外側脛骨プラトーのそれぞれに、その特定の表面上に存在する最も不良な病変に基づいて軟骨のグレードを割り当てる。次いで、スコア決定系を適用し、各関節表面に、その表面の軟骨重症度のグレードを反映する変形性関節症の重症度の数値を与える。例えば、内側大腿顆がその最も重篤な軟骨の損傷としてグレードIの病変を有する場合、1の値が割り当てられる。次いで、患者の合計スコアは、関節表面6種のスコアの和に由来する。その合計スコアに基づいて、各患者を、変形性関節症の4群のうち1群に入れる:すなわち軽度初期はMarshallスコア1~6を有すると定義され、中程度はMarshallスコア7~12を有すると定義され、顕著はMarshallスコア13~18を有すると定義され、重篤はMarshallスコアが18を超えると定義される。別の実施形態において、本明細書における教示に従って本発明のバイオマーカーの発現を測定して、疾患の存在、不在又は発達若しくは進行の程度を判定することができる。本明細書中で使用する表現薬学的に許容される塩又は複数の塩には、それだけには限定されないが、本発明の方法を用いて同定される化合物中に存在し得る酸性基又は塩基性基の塩が含まれる。塩基性の性質を有する化合物は様々な無機酸及び有機酸と様々な塩を形成することができる。このような塩基性化合物の薬学的に許容される酸付加塩の調製に使用することができる酸は、無毒性の酸付加塩、すなわち、それだけには限定されないが、硫酸sulfuric、クエン酸citric、マレイン酸maleic、酢酸acetic、シュウ酸、塩酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、硝酸、硫酸sulfate、硫酸水素、リン酸、酸性リン酸、イソニコチン酸、酢酸acetate、乳酸、サリチル酸、クエン酸citrate、酸性クエン酸、酒石酸、オレイン酸、タンニン酸、パントテン酸、酒石酸水素、アスコルビン酸、コハク酸、マレイン酸maleate、ゲンチジン酸、フマル酸、グルコン酸、グルカロン酸、サッカリン酸、ギ酸、安息香酸、グルタミン酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、p-トルエンスルホン酸及びパモ酸すなわち1,1’-メチレン-ビス-2-ヒドロキシ-3-ナフトエ酸の塩を含めた薬理学的に許容される陰イオンを含む塩を形成する酸である。アミノ部分を含む化合物は、上述の酸に加えて様々なアミノ酸と薬学的に許容される塩を形成し得る。酸性の性質を有する化合物は様々な薬理学的に許容される陽イオンと塩基塩を形成することができる。このような塩の例には、アルカリ金属又はアルカリ土類金属の塩、特にカルシウム、マグネシウム、ナトリウムリチウム、亜鉛、カリウム、及び鉄の塩が含まれる。本明細書において用いるポリヌクレオチドは、8塩基長を超える二本鎖DNA、一本鎖DNA及び二本鎖又は一本鎖RNAを含む。本明細書において用いるによりコードされるポリペプチド配列とは、本明細書において定義する遺伝子のタンパク質コード領域の翻訳後に得られるアミノ酸配列を意味する。19遺伝子の各々のmRNAヌクレオチド配列は、Genbankアクセッション番号図1~5参照により特定され、また対応するポリペプチド配列は、タンパク質アクセッション番号図1~5参照により特定される。図1~5に示すGenbankアクセッション番号は、19遺伝子の各々のmRNAヌクレオチド配列内の5’UTR、タンパク質コード領域CDS及び3’UTRの位置を提供する。タンパク質又はタンパク質の断片を宿主動物の免疫に用いる場合には、タンパク質のいくつかの領域が、該タンパク質の所定の領域又は3次元構造に特異的に結合する抗体の産生を誘導しうる。これらの領域又は構造は、エピトープ又は抗原決定基と称する。本明細書において用いる抗原性断片とは、1以上のエピトープを含むポリペプチドの部分を意味する。エピトープは、抗原に由来する本質的に線状の配列を含む線状であってもよいし、あるいは、他の配列で遺伝子上では分離されているがポリペプチドリガンドの結合部位で構造的に一緒になる配列を含むコンフォメーションであってもよい。抗原性断片は、5000、1000、500、400、300、200、100、50又は25又は20又は10又は5アミノ酸長でありうる。本明細書において用いる予め選択された領域、予め特定した領域又は固有の位置とは、核酸の付着に使用する、使用された又は使用しようとする基板上の局在化範囲を意味し、本明細書中では選択領域又は単に領域という。予め選択された領域は、都合の良い任意の形状、例えば、丸形、長方形、楕円形、楔形などでありうる。いくつかの実施形態において、予め選択された領域は、約1cm2より小さく、より好ましくは1cm2未満であり、より好ましくは0.5cm2未満であり、いくつかの実施形態では0.1cm2未満である。予め選択された領域、予め特定した領域又は固有の位置における核酸メンバーは、その本質例えば配列を、その領域又は固有の位置のために決定することができるものである。本明細書中で用いる予防する予防している及び予防なる用語は、本発明の方法に従って同定された1以上の化合物の投与、又はかかる化合物と別の治療との組み合わせの投与により結果的に生じる、変形性関節症又はその1以上の症候の発達、再発又は発症の防止を意味する。本明細書において用いる用語プライマーは、精製された制限消化において天然に存在するか、又は合成により生成されたオリゴヌクレオチドであって、核酸鎖に相補的なプライマー伸長産物の合成が誘導される条件下、すなわちヌクレオチド、誘導剤DNAポリメラーゼなど及び適当な温度とpHの存在下に配置された場合に、合成開始点として機能することができるオリゴヌクレオチドを意味する。プライマーは、一本鎖であっても二本鎖であってもよく、誘導剤の存在下にて所望の伸長産物の合成を開始することができるのに十分な長さである必要がある。プライマーの正確な長さは、多くの要因、例えば温度、プライマーの供与源及び使用する方法などに依存する。例えば、診断用途のためには、標的配列の複雑度に応じて、オリゴヌクレオチドプライマーは典型的には15~25又はそれ以上のヌクレオチドを含むが、それより少ないヌクレオチドを含んでもよい。プライマーの適当な長さの決定に関与する要因は、当業者であれば用意に理解することができる。本明細書において用いる用語プローブとは、オリゴヌクレオチド及びその類似体を意味し、標的配列のヌクレオチド塩基と水素結合により相互作用してポリヌクレオチド標的配列を認識するある範囲の化学種を意味する。標的配列のプローブは、一本鎖若しくは二本鎖RNAであってもよいし、又は一本鎖若しくは二本鎖DNAであってもよいし、あるいはDNA及びRNA塩基の組み合わせであってもよい。プローブは、少なくとも8塩基長であり、完全な遺伝子の長さより短い。プローブは、標的遺伝子の全長よりも短い限り、10、20、30、50、75、100、150、200、250、400、500及び2000までの塩基長でありうる。プローブは、蛍光、化学発光などにより検出可能なタグを有するように修飾されたオリゴヌクレオチドを含んでもよい。プローブはまた、検出可能なタグ及びクエンチャー分子、例えばTaqman登録商標及びモレキュラービーコン登録商標プローブの両方を有するように修飾してもよい。オリゴヌクレオチド及びその類似体は、RNA若しくはDNA、又はRNA若しくはDNAの類似体、一般的にはアンチセンスオリゴマー又はアンチセンスオリゴヌクレオチドと称するものであってもよい。そのようなRNA又はDNA類似体としては、限定されるものではないが、2-’O-アルキル糖修飾、メチルホスホネート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホルムアセタール、3’-チオホルムアセタール、スルホン、スルファメート、及びニトロキシド骨格修飾、並びに、塩基部分が修飾されている類似体が含まれる。さらに、オリゴマーの類似体は、糖部分が別の好適な糖部分で修飾又は置換されて、限定されるものではないが、モルホリノ類似体及びペプチド核酸PNA類似体EgholmetalPeptideNucleicAcidsOligonucleotideAnalogueswithanAchiralPeptideBackboneなどのポリマーが得られる、ポリマーであってもよい。プローブはまた、オリゴヌクレオチド類似体の任意の種類と共に、あるいはそれと天然DNA又はRNAを組み合わせた混合物であってもよい。同時に、オリゴヌクレオチド及びその類似体は、単独で使用してもよいし、あるいは1以上の別のオリゴヌクレオチド又はその類似体と組み合わせて使用してもよい。本明細書において用いる予防薬及び予防薬複数という用語は、変形性関節症の予防に用いることができるいかなる化合物のこともいう。ある実施形態では、予防薬という用語は、本明細書に記載のスクリーニングアッセイにおいて同定される化合物を意味する。他のある実施形態では、予防薬という用語は、本明細書に記載のスクリーニングアッセイにおいて同定される化合物以外の薬物であって、変形性関節症又はその1以上の症候の発症、発達及び/又は進行を防止又は妨害するのに有用であると知られているか、かつて使用されたか、又は現在使用されている薬物を意味する。本明細書中で用いる予防上有効な量とは、変形性関節症又はその1以上の症候の発達、再発又は発症を防止するのに十分な量の治療例えば予防薬の量を指す。本明細書において用いる用語タンパク質及びポリペプチドは、ペプチド結合により互いに連結されたアミノ酸の鎖を意味するために相互互換的に用いられる。特定の実施形態において、タンパク質は、ペプチド結合により互いに連結された、200未満、175未満、150未満、125未満、100未満、50未満、45未満、40未満、35未満、30未満、25未満、20未満、15未満、10未満、又は5未満のアミノ酸から構成される。別の実施形態において、タンパク質は、ペプチド結合により互いに連結された、少なくとも200、少なくとも250、少なくとも300、少なくとも350、少なくとも400、少なくとも450、少なくとも500、又はそれ以上のアミノ酸から構成される。タンパク質コード領域とは、ポリペプチドをコードするmRNAの部分を意味する。本明細書において用いる用語本発明のバイオマーカーの産物と選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドとは、本明細書において用いる複数又はセットとは、2を超える、例えば3又はそれ以上、10又はそれ以上、100又はそれ以上、1000又はそれ以上、あるいは10000又はそれ以上を意味する。本明細書において用いる用語その一部及びRNA部分とは、本発明のバイオマーカーのRNA産物に関する場合、本発明のバイオマーカーのRNA産物の少なくとも6、少なくとも9、少なくとも15、少なくとも18、少なくとも21、少なくとも24、少なくとも30、少なくとも60、少なくとも90、少なくとも99、又は少なくとも108、又はそれ以上のヌクレオチドを含む核酸配列を含むRNA転写産物を意味する。本明細書において用いる用語本発明のバイオマーカーの産物とは、本発明のバイオマーカーに対応する遺伝子によって発現されるRNA及び/又はタンパク質を意味する。本発明のバイオマーカーのRNA産物には、異核RNAhnRNA、mRNA、及び本明細書に開示される教示に従ってバイオマーカーとして利用することができる発現の測定値を有するmRNAのスプライス変異体の全部又は一部を含む1以上の産物が含まれる。本発明のバイオマーカーのタンパク質産物には、タンパク質、タンパク質変異体及び翻訳後修飾タンパク質を含むバイオマーカーの1以上の産物が含まれる。本明細書において用いる用語選択的に結合するとは、本発明に関して、ペプチド、タンパク質、ポリペプチド、抗体の任意の2つの相互作用を意味し、ここでその相互作用は、それぞれの分子上の特定の構造の存在に依存している。例えば、2つの分子がタンパク質分子である場合には、第1分子上の構造が、他のタンパク質よりも第2分子上の構造を認識して結合する。本明細書中で用いる用語選択的結合は、特異的結合パートナーと、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90及び最も好ましくは100の特異性で結合する分子を意味する。本明細書において用いる選択的ハイブリダイゼーションとは、本発明に関して、本発明に包含されるポリヌクレオチドと、本発明のバイオマーカーのRNA又はタンパク質産物との間で生じるハイブリダイゼーションであって、ポリヌクレオチドが、対象のゲノム中の他の遺伝子のRNA又はタンパク質産物を除いて本発明のバイオマーカーのRNA又はタンパク質産物1若しくは複数に特異的であるハイブリダイゼーションを意味する。好ましい実施形態において、選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドは、70を超えて、80を超えて、90を超えて及び最も好ましくは100の特異性でハイブリダイズするものである。当業者には理解されるように、本発明のバイオマーカーのRNA産物と選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドは、長さ及び組成を考慮して決定されうる。本明細書において用いる用語有意な一致とは、核酸配列に関する場合、当技術分野で周知の比較方法すなわちAltschulSFetal1997NuclAcidsRes2533893402SchafferAAetal1999Bioinformatics1510001011を用いて、2つの核酸配列が少なくとも65、好ましくは少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、好ましくは少なくとも90の同一性を示すことを意味する。本明細書において用いる有意な一致は、当技術分野で慣用のアライメント方法を用いて最大にアライメントした場合にその配列が少なくとも65の同一性、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、好ましくは少なくとも90の同一性を示す限り、非連続的な又は散在している同一ヌクレオチドを包含する。本明細書において用いる用語固相基板及び固相支持体とは、硬質又は半硬質表面を有する材料を意味する。基板及び支持体は、本明細書において用語固相基板及び固相支持体と相互互換的に用いられる。固相支持体は、粒子、鎖、沈殿物、ゲル、シート、管、球、ビーズ、容器、毛細管、パッド、スライス、フィルム、プレート、スライド、チップなどとして存在する、生物学的なもの、非生物的なもの、有機物、無機物、又はこれらの任意の組み合わせでありうる。基板は、ケイ素又はガラス表面、ポリテトラフルオロエチレン、ポリ二フッ化ビニリデン、ポリスチレン、ポリカーボネート、荷電した膜ナイロン66若しくはニトロセルロースなど、又はその組み合わせであることが多い。好ましい実施形態において、固相支持体はガラスである。好ましくは、基板の少なくとも1つの表面が実質的に平面である。好ましくは、固相支持体は、反応性基、例えば限定されるものではないが、カルボキシル、アミノ、ヒドロキシル、チオールなどを含みうる。一実施形態において、固相支持体は光透過性である。固体担体には、シリカゲル、樹脂、誘導体化プラスチックフィルム、ガラスビーズ、綿、プラスチックビーズ、ポリスチレンビーズ、アルミナゲル、及び多糖類が含まれる。適切な固体担体は、所望の最終用途及び様々な合成プロトコルへの適切性に基づいて選択し得る。たとえば、ペプチドの合成では、固体担体は、p-メチルベンズヒドリルアミンpMBHA樹脂PeptidesInternational、ケンタッキー州Louisville;クロロメチルポリスチレン、ヒドロキシメチルポリスチレン及びアミノメチルポリスチレンを含めたポリスチレンたとえばBachemInc.、PeninsulaLaboratoriesなどから得られるPAM樹脂;ポリジメチルアクリルアミドグラフトスチレンコ-ジビニル-ベンゼンたとえばAminotech、カナダから得られるPOLYHIPE樹脂、ポリアミド樹脂PeninsulaLaboratoriesから得られる、ポリエチレングリコールグラフトポリスチレン樹脂たとえばTENTAGEL若しくはARGOGEL、Bayer、ドイツTubingenポリジメチルアクリルアミド樹脂Milligen/Biosearch、カリフォルニア州から得られる、又はセファロースPharmacia、スウェーデンなどの樹脂でありうる。本明細書において用いる用語特異的に結合するとは、2つの分子、例えば、リガンドとタンパク質若しくはペプチド、又は抗体とタンパク質若しくはペプチド、の相互作用を意味し、ここで相互作用は、それぞれの分子上の特定の構造の存在に依存する。例えば、2つの分子がタンパク質分子の場合には、第1分子上の構造は、一般的なタンパク質よりも第2分子上の構造を認識し、結合する。特異的結合とは、本明細書で用いる限り、分子は、非特異的分子と結合する場合よりも少なくとも2倍高いアフィニティで、好ましくは少なくとも10倍、20倍、50倍、100倍高いアフィニティで特異的結合パートナーと結合する。本明細書において用いる特異的にハイブリダイズする、特異的ハイブリダイゼーションとは、2つの核酸配列が実質的に相補的である場合少なくとも14~25ヌクレオチドの範囲にわたって少なくとも約65の相補性、好ましくは少なくとも約75の相補性、より好ましくは少なくとも約90の相補性に起こるハイブリダイゼーションを意味する。KanehisaM1984NucleicAcidsRes12203参照参照により本明細書に組み入れる。結果として、ある程度のミスマッチは許容される。そのようなミスマッチは、小さい、例えばモノ、ジ又はトリ-ヌクレオチドでありうる。あるいは、ミスマッチの領域は、一連の連続した4又はそれ以上のヌクレオチドにミスマッチが存在する領域として定義されるループを含んでもよい。多くの要因が2つの核酸のハイブリダイゼーション、例えば標的核酸配列へのアレイ上の核酸メンバーのハイブリダイゼーションの効率及び選択性に影響を及ぼす。これらの要因としては、核酸メンバーの長さ、ヌクレオチド配列及び/又は組成、ハイブリダイゼーション温度、バッファー組成、並びに核酸メンバーがハイブリダイズする必要のある領域における立体障害の可能性が含まれる。核酸長と、核酸が標的配列とアニーリングする効率及び精度の両方との間に正の相関がある。特に、配列が長くなると、短いものよりも融解温度TMが高くなり、所定の標的配列内の繰り返しが少なくなると考えられ、それにより無差別のハイブリダイゼーションが最小限となる。ハイブリダイゼーション温度は、核酸メンバーのアニーリング効率と反比例して変化する。同様に、ハイブリダイゼーション混合物中の有機溶媒、例えばホルムアミドの濃度は、アニーリング効率と反比例して変化し、ハイブリダイゼーション混合物中の塩濃度が高くなると、アニーリングを促進する。ストリンジェントなアニーリング条件下では、核酸が長くなると、より許容できる条件下において十分な短いものよりも効率的にハイブリダイズする。本明細書において用いる安定に会合結合したとは、共有結合、水素結合又はイオン相互作用によりアレイを形成するために固相基板に安定に結合している核酸を意味し、核酸が、アレイに安定して会合した他の全ての核酸、又はアレイが典型的に分析される条件下すなわち、ハイブリダイゼーション、洗浄及び/又は走査などの1以上のステップの過程で固相基板上の他の全ての予め選択された領域と比較して、その固有の予め選択された位置を保持しているものである。本明細書において用いる用語標準的なストリンジェント条件とは、配列間に少なくとも95、好ましくは少なくとも97の同一性がある場合ここで同一性の領域は少なくとも10ヌクレオチドであるにのみハイブリダイゼーションが起こることを意味する。一実施形態において、配列は、42°Cにて一晩の配列のインキュベーション後にストリンジェント条件下でハイブリダイズし、その後、ストリンジェントな洗浄0.2×SSC、65°Cを行う。洗浄のストリンジェンシーの程度は、温度、pH、イオン強度、二価カチオン濃度、容量及び洗浄時間を変化させることにより異なる。例えば、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーは、プローブの融解温度以下の様々な温度にてハイブリダイゼーションを行うことにより異なりうる。プローブの融解温度は、以下の式を用いて計算することができる。14~70塩基長のオリゴヌクレオチドプローブに関しては、融解温度Tm摂氏温度は、式:Tm=81.516.6log[Na]0.41分数GC-600/N式中、Nはオリゴヌクレオチドの長さであるを用いて計算することができる。例えば、ハイブリダイゼーション温度は、約1MのNa濃度を有するハイブリダイゼーションバッファー中で68°Cから42°Cまでで5°Cずつ低下しうる。ハイブリダイゼーション後、フィルターをハイブリダイゼーションの温度で2×SSC、0.5SDSで洗浄する。これらの条件は、50°Cを超える場合に中程度ストリンジェンシー条件、50°C以下の場合に低ストリンジェンシー条件とみなされる。中程度ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の具体的な例は、上記ハイブリダイゼーションを55°Cにて実施する場合である。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の具体的な例は、上記ハイブリダイゼーションを45°Cにて実施する場合である。ハイブリダイゼーションをホルムアミド含有溶液中で実施する場合には、融解温度は、式:Tm=81.516.6log[Na]0.41分数GC-0.63ホルムアミド-600/N式中、Nはプローブの長さであるを用いて計算することができる。例えば、ハイブリダイゼーションは、ホルムアミドを含有するバッファー、例えば6×SSC中で、42°Cの温度で実施する。この場合、ハイブリダイゼーションバッファー中のホルムアミド濃度は、プローブに対する相同性のレベルが低下する同一性クローンに対して50から0まで5ずつ低下しうる。ハイブリダイゼーション後、フィルターを50°Cにて6×SSC、0.5SDSで洗浄する。これらの条件は、ホルムアミドが25を超える場合に中程度ストリンジェンシー条件、ホルムアミドが25以下の場合に低ストリンジェンシー条件とみなされる。中程度ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の具体的な例は、上記ハイブリダイゼーションを30ホルムアミドにて実施する場合である。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の具体的な例は、上記ハイブリダイゼーションを10ホルムアミドにて実施する場合である。本明細書において用いる用語被験体及び患者は、互換性を持って用いられ、動物例えば哺乳類、魚類、両生類、爬虫類、鳥類及び昆虫を意味する。特定の実施形態において、被験体は、哺乳動物たとえば、非ヒト哺乳動物及びヒトである。別の実施形態において、被験体は、ペット動物例えばイヌ、ネコ、ハムスター、サル及びトリ、農業動物例えばウマ、ウシ、ブタ、ヤギ及びニワトリ、又は実験動物例えばマウス及びラットである。別の実施形態において、被験体は、霊長類例えば、チンパンジー及びヒトである。好ましい実施形態において、被験体はヒトである。本明細書中で用いる用語相乗作用は、複数の治療の相加作用よりも効果的である、本明細書に記載の方法の1つを用いて同定された化合物と別の治療例えば薬物との組み合わせを意味する。好ましくは、そのような他の治療は、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理又は改善に用いられていたか又は現在用いられているものである。治療例えば予防薬若しくは治療薬の組み合わせの相乗作用により、1以上の治療の投与量を少なくすることができ、並びに/あるいは変形性関節症を有する被験体への上記治療の投与回数を減らすことが可能である。治療例えば予防薬若しくは治療薬の投与量を少なくし、かつ/又は上記治療の投与回数を減らすことができるということは、上記薬物の被験体への投与に伴う毒性を減らし、しかも変形性関節症の予防、治療、管理又は改善における上記治療の効力を低下させることがない。その上、相乗作用により、変形性関節症の予防、治療、管理又は改善における治療例えば薬物の効力を改善することができる。最後に、治療例えば、予防薬若しくは治療薬の組合わせの相乗作用により、いずれかの治療の使用に伴う有害な又は望ましくない副作用を回避し又は軽減することができる。本明細書において用いる滑液とは、関節の周囲に存在する滑液嚢からの分泌液を意味する。滑液は、関節を防護し、関節を滑らかにし、そして関節軟骨へ栄養を供給する。本発明において有用な滑液は、本明細書に記載のように当技術分野で周知の方法に従ってRNAを単離することができる細胞を含む。本明細書中で用いる用語治療薬及び治療薬複数とは、変形性関節症又はその1以上の症候の治療、管理又は改善緩和に使用することができる化合物を意味する。特定の実施形態において、治療薬という用語は、以下の変形性関節症の発達ステージ又は疾患ステージ:a軽度、b中程度、c顕著及びd重篤のうち任意の2つに由来する軟骨細胞、又はe本明細書において定義する正常個体に由来する軟骨細胞において示差的に発現されるポリヌクレオチド配列の発現を増大又は低減する化合物を意味する。本発明に係る治療薬はまた、軟骨細胞の同化活性を増大又は低減する化合物を意味する。本発明は、1変形性関節症の発症を防止する;2変形性関節症の症候、例えば疼痛、膨張、脆弱性及び罹患関節における機能的能力の喪失を低減、遅延又は排除する;3軟骨変性を低減、遅延若しくは排除する、並びに/又は軟骨細胞の代謝活性及び細胞分裂速度を増大する、そして/あるいは4患者に投与した場合に、患者の1以上の疾患指標核酸の1以上の発現プロファイルを正常個体とより類似したプロファイルに回復させる、治療薬を提供する。特定の実施形態において、治療薬という用語は、本明細書に記載のスクリーニングアッセイにおいて同定される化合物を意味する。他の実施形態において、治療薬という用語は、変形性関節症又はその1以上の症候を治療、管理又は改善するために、有用であることが知られているか、使用されていたか、あるいは現在使用されている、本明細書に記載のスクリーニングアッセイで同定される化合物以外の薬物を意味する。本明細書において用いる用語治療上有効な量とは、変形性関節症又はその1以上の症候の改善、変形性関節症の発達の防止、変形性関節症の退行の誘導、あるいは、別の治療例えば治療薬の治療効果の増大又は改善に十分な治療例えば治療薬の量を意味する。特定の実施形態において、治療上有効な量とは、関節痛又は関節の膨張を低減する治療例えば治療薬の量を意味する。好ましくは、治療上有効な量の治療例えば治療薬は、リン酸緩衝化生理食塩水PBSなどの対照と比較して、少なくとも5、好ましくは少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、少なくとも55、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95、又は少なくとも100において関節の膨張を低減する。本明細書中で用いる治療する治療している及び治療とは、本発明の方法によって同定される1以上の化合物の投与、又は本発明の方法によって同定される1以上の化合物と別の治療との組み合わせの投与により生じる、変形性関節症又はその1以上の症候の進行、重篤度、及び/若しくは持続期間の低減又は改善を指す。本明細書において用いる用語アップレギュレートされた又は発現レベルが増大したとは、本発明に関する場合、発現された遺伝子に対応する配列であって、その配列の量の測定値が、正常個体又は変形性関節症のステージ決定により判定される変形性関節症の異なる同定された疾患状態を有する個体から単離された軟骨又は血液における同じ遺伝子と比較して、変形性関節症又は変形性関節症のステージ決定により判定される変形性関節症の同定された疾患状態を有する個体から単離された軟骨若しくは血液においてアレイ分析又は他の分析により測定した場合に遺伝子の発現レベルが増大したことを示すことを意味する。本発明において発現レベルが増大したは、本発明の方法に従って、例えばハイブリダイゼーション強度により測定した場合に、少なくとも10又はそれ以上、例えば20、30、40、又は50、60、70、80、90又はそれ以上、あるいは1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、50倍、100倍又はそれ以上を超える増大である。例えば、アップレギュレートされた配列としては、正常個体から単離された軟骨と比較して、軽度、中程度、顕著又は重篤なOAを有するという特徴の個体から単離された軟骨又は血液において発現レベルが増大した配列が含まれる。アップレギュレートされた配列にはまた、変形性関節症の1つのステージを有するという特徴の個体から単離された軟骨又は血液において、変形性関節症の別のステージと比較して例えば、顕著なOA対重篤なOA、発現レベルが増大した配列が含まれる。4.図面の簡単な説明本発明の目的及び特徴は、以下の詳細な説明及び図面を参照してより理解されうる。表1は、一実施形態において、本発明の遺伝子を示す、特にそのlocuslinkIDに基づいて遺伝子を特定する表である。表2は、本発明の遺伝子の特定の実施形態を示し、本発明の遺伝子に対応するmRNA産物及びいタンパク質の参照アクセッション番号を示す。5.発明の詳細な説明本発明の実施は、当分野の技術の範囲内にある分子生物学、微生物学及び組換えDNA技術の従来技術を一部使用する。そのような技術は、文献中に十分に説明されている。例えば、SambrookFritschManiatis1989MolecularCloningALaboratoryManualSecondEditionOligonucleotideSynthesisMJGait編1984NucleicAcidHybridizationBDHarnesSJHiggins編1984APracticalGuidetoMolecularCloningBPerbal1984及びMethodsinEnzymologyシリーズAcademicPressIncShortProtocolsInMolecularBiologyAusubeletal編1995を参照されたい。上記にも下記にも本明細書で挙げたすべての特許、特許出願、及び刊行物は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。本明細書で開示される本発明は、OAの診断、及び/又はOAのステージの診断に有用なバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせを明らかにするものである。これらのバイオマーカーを使用するために、本発明は、RNA産物及びタンパク質産物を含めたこれらのバイオマーカーの産物の同定について教示する。本発明はさらに、本発明のバイオマーカーのRNA産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、cDNA、DNA、RNA、PCR産物、合成DNA、合成RNA又は改変ヌクレオチドの天然に存在する他の組み合わせについて開示する。本発明はさらに、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズするタンパク質、ペプチド、抗体、リガンドについて開示する。本発明のバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせのRNA産物の発現の測定は、本発明のバイオマーカーのRNA産物に特異的及び/又は選択的であるこれらのポリヌクレオチドを用いて、そのRNA産物の発現を定量することによって行うことができる。本発明の特定の実施形態では、RNA産物に特異的及び/又は選択的であるポリヌクレオチドは、プローブ又はプライマーである。一実施形態では、これらのポリヌクレオチドは、製造されたアレイとハイブリダイズすることができる核酸プローブの形である。他の実施形態では、市販のアレイを使用してRNA産物の発現を測定することができ、本発明は、どの組み合わせの遺伝子を分析すべきかを教示する。他の実施形態では、本発明のバイオマーカーのRNA産物に特異的及び/又は選択的であるポリヌクレオチドは、例えばSYBR登録商標グリーンを使用する、あるいはTaqMan登録商標又はモレキュラービーコン技術を使用する定量リアルタイムRTPCRなどの技術においてプライマー及びプローブの形で使用し、この場合で使用するポリヌクレオチドは、フォワードプライマー、リバースプライマー、TaqMan標識プローブ又はモレキュラービーコン標識プローブの形で使用する。特定の一実施形態では、本発明のRNA産物の発現レベルの測定から得られた結果を、バイオマーカーの組み合わせの同定に使用する本発明のモデルに入力して、そのモデルによって定義される診断を決定することができる。好ましい実施形態では、同じ方法を使用して、被験者の診断に使用するように、その数学的モデルの作成に使用する発現データを作成することができる。本発明はさらに、当業者に知られているように、本明細書で開示されるタンパク質又はポリペプチドを使用して、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物を測定することを意図するものである。次いで、当業者に公知の技術例えば、ウェスタンブロット法、免疫沈降タンパク質マイクロアレイ分析などの技術を使用して、本発明のバイオマーカーに対応するタンパク質産物のレベルを測定することができる。当業者に理解されているように、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物の発現レベルの測定には、本発明の各バイオマーカーに対応する1又はそれ以上のタンパク質産物と特異的に又は選択的に結合するタンパク質が必要となる。次いで、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物の発現レベルを表すデータを、そのモデルによって定義される診断を決定するために、その組み合わせを同定するために作成されたモデルに入力することができる。好ましい実施形態では、同じ方法を使用して、被験者の診断に使用するように、その数学的モデルの作成に使用する発現データを作成することができる。5.1本発明で使用するサンプル本明細書で特に示さない限り、任意の被験体から得られる任意の組織サンプル例えば、軟骨、滑液又は血液サンプル又は細胞サンプル例えば、軟骨細胞サンプル又は血液細胞サンプルを、本発明の方法に従って使用することができる。本発明の方法に従ってそのようなサンプルを得、利用することができる被験体の例には、それだけに限らないが、1、2、3、4又はそれ以上の変形性関節症の症状を現している又は示している被験体、変形性関節症であると臨床的に診断された被験体、変形性関節症に罹患しやすい被験体例えば、変形性関節症の家族歴がある被験体、変形性関節症の遺伝的素因がある被験体、及び変形性関節症に罹患しやすくし、又は変形性関節症に罹患する可能性を高める生活を送る被験体、変形性関節症であると疑われる被験体、変形性関節症の治療を受けている被験体、変形性関節症と少なくとも1種の他の病態を有する被験体例えば、2、3、4、5又はそれ以上の病態を有する被験体、変形性関節症の治療を受けていない被験体、医師例えば、内科医によって健康である又は変形性関節症でないすなわち、正常であると判定された被験体、変形性関節症が治癒した被験体、変形性関節症をやり過ごしている被験体、及び変形性関節症と診断されていない被験体がある。特定の実施形態では、サンプルを得、利用することができる被験体は、手、足、脊椎、膝、臀部及び/又は手首の変形性関節症である。他の実施形態では、サンプルを得、利用することができる被験体は、軽度の、顕著な、中程度の又は重篤な変形性関節症である。さらなる実施形態では、サンプルを得ることができる被験体は、変形性関節症であるかどうかが分からず、及び/又はどのステージの変形性関節症であるかが分からない被験体である。疾患状態に従って個体を分類するために、軟骨に基づくスコア決定系を使用することができ、それによって関節鏡検査者による主観的な判定が最小限となる。本明細書に記載する疾患状態を定義するスコア決定系の一例は、Marshall1996TheJournalofRheumatology23582584のものであり、この文献は、参照により本明細書に組み込まれる。この方法によれば、6種の関節表面膝蓋、大腿骨滑車、内側大腿顆、内側脛骨プラトー、外側大腿顆及び外側脛骨プラトーのそれぞれに、その特定の表面上に存在する最も不良な病変に基づいて軟骨のグレードを割り当てる。次いで、スコア決定系を適用し、表3に記載するように、各関節表面に、その表面の軟骨重症度のグレードを反映する変形性関節症の重症度の数値を与える。例えば、内側大腿顆がその最も重篤な軟骨の損傷としてグレードIの病変を有する場合、1の値が割り当てられる。次いで、患者の合計スコアは、関節表面6種のスコアの和に由来する。その合計スコアに基づいて、各患者を、変形性関節症の4群:軽度の群1~6、中程度の群7~12、顕著な群13~18、及び重篤な群>18のうち1群に入れる。特定の実施形態では、被験体から得られるサンプルは軟骨サンプル軟骨由来の細胞のサンプルを含むである。他の実施形態では、被験体から得られるサンプルは滑液サンプル滑液由来の細胞のサンプルを含むである。さらに他の実施形態では、被験体から得られるサンプルは血液サンプル血液由来の細胞のサンプルを含むである。5.1.1軟骨一態様では、当技術分野で公知の方法を用いて、胎児から軟骨サンプルを得る。胎児軟骨の軟骨細胞は、健常成人又は任意のステージの軽度の、中程度の、顕著な、及び重篤な変形性関節症と診断された個体由来の軟骨の軟骨細胞と比べて高レベルの代謝活性及び細胞分裂速度を有する。他の態様では、当技術分野で知られ、下記に記載する方法に従って、生存している健常者から、又は死後14時間未満の軟骨組織から軟骨サンプルを得る。任意の公知の方法を用いて、ヒト成人の正常な関節軟骨を得る。特定の実施形態では、関節鏡検査又は人工膝関節置換術を受けている個体から軟骨を得、必要になるまでサンプルを液体窒素中に貯蔵する。通常、倫理的な配慮から、生きたドナーから真に正常な軟骨をサンプル採取することは一般にできない。したがって、好ましくは、サンプル採取した関節への灌流が停止した後の死後の時期である14時間以内に、死亡したドナーから正常な軟骨サンプルを得て、その時期を越えると観察されるRNAの分解を最小限にする。他の実施形態では、死後13、12、11、10、9、8、6、4、2、1時間など死後14時間未満に正常な組織を得る。好ましくは、死後12時間未満に正常な軟骨を得る。他の態様では、以下の疾患ステージ:軽度の、顕著な、中程度の、又は重篤な変形性関節症の1つと診断された被験体から軟骨を得る。任意の公知の方法を用いて、変形性関節症である個体のヒト軟骨サンプルを得る。好ましくは、関節鏡検査又は人工膝関節置換術を受けている個体から軟骨を得、必要になるまでサンプルを液体窒素中に貯蔵する。特定の実施形態では、軟骨サンプルを最低0.05g単離して、cDNAライブラリー構築用の総RNA抽出物2μgを得る。他の実施形態では、軟骨サンプルを最低0.025g単離して、マイクロアレイ用の標的サンプルとして使用する総RNA抽出物1μgを得る。本発明において有用な軟骨サンプルは、本発明に従った1又はそれ以上の核酸配列又はアミノ酸配列の検出に十分な量のものである。収集した軟骨は、任意選択であるが好ましくは、本発明の方法に従って使用する前に、4°Cなどの冷蔵温度で貯蔵する。いくつかの実施形態では、本発明の方法に従って軟骨サンプルの一部を初回に使用し、一方、サンプルの1つ又は複数の残った部分を後の使用のためにしばらくの間貯蔵する。この期間は、1時間以上、1日以上、1週間以上、1カ月以上、1年以上、又は無制限でもよい。長期の貯蔵には、冷凍温度例えば、-60°C未満での貯蔵など当技術分野で周知の貯蔵方法を使用することができる。いくつかの実施形態では、軟骨の貯蔵に加えて又は軟骨の貯蔵の代わりに、単離した核酸又はタンパク質を、後の使用のためにしばらくの間例えば、1時間以上、1日以上、1週間以上、1カ月以上、1年以上、又は無制限に貯蔵する。本発明のいくつかの実施形態では、当技術分野で公知の技術を用いて軟骨中に存在する軟骨細胞を分離し、本発明の方法に従ってそれを使用する。以下のいずれの発生ステージ又は疾患ステージの被験体からも軟骨細胞を得ることができる:すなわち、胎児、正常、軽度の変形性関節症、中程度の変形性関節症、顕著な変形性関節症、又は重篤な変形性関節症。本方法で使用する前に、標準的な技術によって軟骨細胞を冷凍することができる。5.1.2滑液一態様では、当技術分野で周知の方法に従って、被験体から滑液のサンプルを得る。例えば、関節穿刺を行うことができる。関節穿刺の間、滅菌針を使用して滑液を関節から取り出す。膝、肘、手首、指、臀部、脊椎又は他の任意の関節から、関節穿刺を用いて滑液を収集することができる。特定の実施形態では、変形性関節症に罹患した又は罹患したと疑われる関節から滑液を収集する。以下のいずれの発生ステージ又は疾患ステージの被験体からも滑液を得ることができる:胎児、正常、軽度の変形性関節症、中程度の変形性関節症、顕著な変形性関節症、又は重篤な変形性関節症。本発明において有用な滑液サンプルは、本発明に係る1又はそれ以上の核酸又はアミノ酸の配列の検出に十分な量のものである。特定の実施形態では、本発明において有用な滑液サンプルは、0.1ml~20mlの、0.1ml~15mlの、0.1ml~10mlの、0.1ml~5mlの、0.1ml~2mlの、0.5ml~20mlの、0.5ml~15mlの、0.5ml~10mlの、0.5ml~5mlの、又は0.5ml~2mlの量のものである。他の実施形態では、本発明において有用な滑液サンプルは、0.1ml以上、0.5ml以上、1ml以上、2ml以上、3ml以上、4ml以上、5ml以上、6ml以上、7ml以上、8ml以上、9ml以上、10ml以上、11ml以上、12ml以上、13ml以上、14ml以上、15ml以上、16ml以上、17ml以上、18ml以上、19ml以上、又は20ml以上である。収集した滑液は、任意選択であるが好ましくは、本発明の方法に従って使用する前に、4°Cなどの冷蔵温度で貯蔵する。いくつかの実施形態では、本発明の方法に従って滑液サンプルの一部を初回に使用し、一方、サンプルの1つ又は複数の残った部分を後の使用のためにしばらくの間貯蔵する。この期間は、1時間以上、1日以上、1週間以上、1カ月以上、1年以上、又は無制限でもよい。長期の貯蔵には、冷凍温度例えば、-60°C未満での貯蔵など当技術分野で周知の貯蔵方法を使用することができる。いくつかの実施形態では、滑液の貯蔵に加えて又は滑液の貯蔵の代わりに、単離した核酸又はタンパク質を、後の使用のためにしばらくの間例えば、1時間以上、1日以上、1週間以上、1カ月以上、1年以上、又は無制限に貯蔵する。本発明のいくつかの実施形態では、当技術分野で公知の技術を用いて滑液中に存在する細胞を分離し、本発明の方法に従ってそれを使用する。一般に、以下の細胞が滑液中に認められる:リンパ球B及びTリンパ球、単球、好中球、滑膜細胞及びマクロファージ。変形性関節症など病的状態の患者の滑液中では、以下の細胞も認められる:軟骨細胞、骨芽細胞及び破骨細胞。そのような細胞を単離し、本発明の方法に従って使用することができる。特定の実施形態では、滑液サンプルからリンパ球B及びTリンパ球を単離し、本発明の方法に従って使用する。他の実施形態では、滑液サンプルから単球又は好中球を単離し、本発明の方法に従って使用する。本方法で使用する前に、標準的な技術によって滑液から単離した細胞を冷凍することができる。5.1.3血液本発明の一態様では、当技術分野で周知の方法に従って、被験体から血液のサンプルを得る。以下の発生ステージ又は疾患ステージ:胎児、正常、軽度の変形性関節症、中程度の変形性関節症、顕著な変形性関節症、又は重篤な変形性関節症のうちいずれかである被験体から、あるいは変形性関節症であるかどうか、又はあるステージの変形性関節症であるかどうかが分からない被験者から血液のサンプルを得ることができる。いくつかの実施形態では、被験体の皮膚に針で刺した単一の穴から1滴の血液を収集する。そのような実施形態では、針刺し穴から収集したこの1滴の血液が必要なすべてである。当業者に公知の技術、具体的には当技術分野で知られている静脈切開の方法を用いて、身体のどんな部分からも例えば、指、手、手首、腕、下肢、足、足首、胃、及び首被験体の血液を採取することができる。特定の実施形態では、被験体から静脈血を得、本発明の方法に従ってそれを使用する。他の実施形態では、動脈血を得、本発明の方法に従ってそれを使用する。静脈血の組成は、それが供給されている身体領域の代謝の必要に従って様々である。その一方で、動脈血の組成は、身体全体を通じて変わらない。日常的な血液の試験では、静脈血を一般に使用する。尺側皮静脈、橈側皮静脈、又は正中静脈から静脈血を得ることができる。橈骨動脈、上腕動脈又は大腿動脈から動脈血を得ることができる。真空管、注射器、又は蝶形物を使用して、血液を採取することができる。通常、穿刺部位を清拭し、穿刺部位の約3~4インチ上に圧迫帯を巻き、針を角度約15~45度で挿入し、真空管を使用する場合、針が静脈壁を貫通するとすぐに持針器にその管を押し込む。血液の収集を終えたとき、針を抜き、穿刺部位上の圧力を維持する。通常、血液が凝固しないように、ヘパリン又は他の型の抗凝固剤が、血液を収集する管又はバイアル中に入っている。動脈血を収集するとき、収集前に麻酔薬を投与することができる。収集される血液の量は、収集する部位、本発明の方法に必要な量、及び被験体の快適さに応じて様々となる。しかし、本発明の一実施形態の利点は、本発明の方法の実施に必要な血液の量を少なくすることができるので、サンプルを得るのに侵襲性の高い手順を必要としないことである。例えば、いくつかの実施形態では、1滴の血液が必要とするすべてである。例えば、単一の針刺し穴からこの1滴の血液を得ることができる。いくつかの実施形態では、表1に挙げた1、2、3、4、5、10又はそれ以上の遺伝子の発現を検出するのに十分な任意の量の血液を収集する。したがって、いくつかの実施形態では、収集される血液の量は、1μl以下、0.5μl以下、0.1μl以下、又は0.01μl以下である。しかし、本発明は、そのような実施形態に限定されない。いくつかの実施形態では、より多くの血液が利用可能であり、いくつかの実施形態では、より多くの血液を使用して、本発明の方法を実施することができる。したがって、種々の特定の実施形態では、0.001ml、0.005ml、0.01ml、0.05ml、0.1ml、0.15ml、0.2ml、0.25ml、0.5ml、0.75ml、1ml、1.5ml、2ml、3ml、4ml、5ml、10ml、15ml又はそれ以上の血液を被験体から収集する。他の実施形態では、0.001ml~15m1、0.01ml~10ml、0.1ml~10ml、0.1ml~5ml、1~5mlの血液を被験体から収集する。本発明のいくつかの実施形態では、K3/EDTA管内に血液を貯蔵する。他の実施形態では、米国特許第6,617,170号参照により本明細書に組み込まれるで開示されているものなどの安定化剤を含む血液貯蔵用の管を利用することができる。他の実施形態では、PreAnalytiX、Qiagen/BD社から提供されるPAXgeneTM血液RNAシステムを使用して血液を収集することができる。さらに他の実施形態では、AppliedBiosystemsから提供されるTempusTM血液RNA収集管を使用することができる。TempusTM収集管は、RNA安定化試薬を含有する、密接に真空処理した全血収集用のプラスチック管を提供するものである。収集した収集血液は、任意選択であるが好ましくは、本発明の方法に従って使用する前に、4°Cなどの冷蔵温度で貯蔵する。いくつかの実施形態では、本発明の方法に従って血液サンプルの一部を初回に使用し、一方、血液サンプルの1つ又は複数の残った部分を後の使用のためにしばらくの間貯蔵する。この期間は、1時間以上、1日以上、1週間以上、1カ月以上、1年以上、又は無制限でもよい。長期の貯蔵には、冷凍温度例えば、-60°C未満での貯蔵など当技術分野で周知の貯蔵方法を使用することができる。いくつかの実施形態では、血液の貯蔵に加えて又は血液の貯蔵の代わりに、単離した核酸又はタンパク質を、後の使用のためにしばらくの間貯蔵する。そのような分子マーカーの貯蔵は、1時間以上、1日以上、1週間以上、1カ月以上、1年以上の期間でもよく、あるいは無期限でもよい。一態様では、健常者から、あるいは変形性関節症と診断された又は変形性関節症であると疑われる個体から、当技術分野で周知の静脈切開の方法に従って全血を得る。全血は、直接使用することができる血液を含み、当技術分野で周知の方法に従って例えば、好ましくは300~800×g、5~10分間の穏やかな遠心分離を用いて、血清又は血漿が除去され、残った血液サンプルからRNA又はmRNAが単離されている血液を含む。特定の実施形態では、被験体から得られた全血すなわち、分離していない血液を溶解バッファー例えば、溶解バッファー1L:EDTA0.6g、KHCO21.0g、NH4Cl8.2g、pH7.4に調整NaOHを使用と混合し、そのサンプルを遠心分離し、その細胞ペレットを保持し、当技術分野で公知の方法溶解血液例えば、Sambrooketalを参照に従ってRNA又はmRNAを抽出する。高価で時間のかかる、血液内の細胞型を分離する必要が回避されるので、全血の使用が好ましいKimoto1998MolGenGenet258233239ChellyJetal1989ProcNatAcadSciUSA8626172621ChellyJetal1988Nature333858860。本発明のいくつかの実施形態では、被験体から収集した全血を分画するすなわち構成成分に分離する。本発明の特定の実施形態では、当技術分野で公知の技術を用いて、被験体から収集した全血から血液細胞を分離する。例えば、被験体から収集した血液を、Ficoll-HypaquePharmacia密度勾配遠心分離にかけることができる。そのような遠心分離によって、様々な型の有核細胞及び血漿から赤血球erythrocytesが分離される。特に、Ficoll-Hypaque密度勾配遠心分離は、本発明の方法に従って使用することができる末梢血白血球PBLの単離に有用である。一例としてであってそれに限定するものではないが、下記のようにマクロファージを得ることができる。注射器で血液を抜き出し、その後Ficoll-Hypaque密度勾配遠心分離にかけることによって、被験体の末梢血から単核細胞を単離する。被験体の血清又はABのヒト血清で組織培養皿を予め被覆し、37°Cで1時間インキュベートする。付着しなかった細胞をピペット操作によって除去する。1mMの冷4°CEDTAリン酸緩衝食塩水溶液を皿に残った付着細胞に添加し、その皿を室温で15分間放置する。細胞を収集し、RPMIバッファーで洗浄し、RPMIバッファーで懸濁する。マクロファージコロニー刺激因子M-CSFとともに37°Cでインキュベートすることにより、多数のマクロファージを得ることができる。そのような分子に対するアフィニティ化合物を結合させることにより、Mac-1などのマクロファージ特異的な表面マーカーに対する抗体を標識して、マクロファージの検出及び分離を促進することができる。使用することができるアフィニティ化合物には、それだけに限らないが、ビオチン、フォトビオチン、フルオレセインイソチオシアネートFITC、フィコエリスリンPE、又は当技術分野で知られている他の化合物がある。次いで、それだけに限らないが、種々の細胞選別法、アフィニティークロマトグラフィーやパニングなど当業者に公知の技術によって、標識抗体を保有する細胞を、そのような抗体と結合しない細胞から分離する。蛍光活性化細胞選別器FACSを用いて、血液細胞を選別することができる。蛍光活性化細胞選別FACSは、粒子の蛍光特性に基づいて、細胞を含めた粒子を分離する既知の方法である。例えば、Kamarch1987MethodsEnzymol151150165を参照されたい。個々の粒子における蛍光部分のレーザー励起の結果、小さな電荷が生じ、それによって混合物からの陽性粒子及び陰性粒子の電磁気選別が可能となる。特定の血液細胞の表面上に存在する血液細胞の抗原決定基の検出に使用する抗体又はリガンドを、FITCやフィコエリスリンなどの蛍光色素で標識する。細胞を、蛍光標識した抗体又はリガンドとともに、その標識抗体又はリガンドが細胞と結合するのに十分な時間にわたりインキュベートする。細胞選別器によって細胞を処理し、それによって他の細胞からの対象とする細胞の分離が可能となる。FACSで選別した粒子をマイクロタイタープレートの個々のウエルに直接入れて、分離を促進することができる。本発明のいくつかの実施形態では、磁性ビーズを使用して血液細胞を分離することもできる。例えば、磁性ビーズ直径0.5~100mとの粒子の結合能に基づいて粒子を分離する方法である磁性活性化細胞選別MACS技術を用いて、血液細胞を選別することができる。細胞-固相表面分子又はハプテンを特異的に認識する抗体の共有結合による付加を含めて、その磁性微粒子上に種々の有用な改変を行うことができる。次いで磁場をかけて、選択したビーズを物理的に操作する。特定の実施形態では、血液細胞表面マーカーに対する抗体を磁性ビーズと結合させる。次いで、そのビーズを血液細胞培養物と混合して結合させる。次いで、細胞を磁場に通して、対象とする血液細胞表面マーカーを有する細胞を分離する。次いでこれらの細胞を単離することができる。いくつかの実施形態では、培養皿の表面を抗体で被覆し、パニングと呼ばれる方法による血液細胞の分離に使用することができる。特定の血液細胞に特異的な抗体で別々の皿を被覆することができる。対象とする血液細胞特異的な抗体で被覆した皿に、最初に細胞を添加することができる。十分にすすいだ後、皿に結合した状態で残った細胞が、対象とする血液細胞マーカーを発現する細胞である。細胞表面の抗原決定基又はマーカーの例には、それだけに限らないが、Tリンパ球及びナチュラルキラー細胞に対するCD2、Tリンパ球に対するCD3、白血球に対するCD11a、Tリンパ球に対するCD28、Bリンパ球に対するCD19、Bリンパ球に対するCD20、Bリンパ球に対するCD21、Bリンパ球に対するCD22、Bリンパ球に対するCD23、白血球に対するCD29、単球に対するCD14、血小板に対するCD41、血小板に対するCD61、顆粒球に対するCD66、顆粒球に対するCD67、単球及びマクロファージに対するCD68がある。全血を白血球、血小板、赤血球などの細胞型に分離することができ、本発明の方法に従ってそのような細胞型を使用することができる。標準的な技術を用いて白血球を顆粒球と無顆粒球にさらに分離することができ、本発明の方法に従ってそのような細胞を使用することができる。顆粒球は、標準的な技術を用いて好中球、好酸球や好塩基球などの細胞型に分離することができ、本発明の方法に従ってそのような細胞を使用することができる。無顆粒球は、標準的な技術を用いてリンパ球例えば、Tリンパ球及びBリンパ球及び単球に分離することができ、本発明の方法に従ってそのような細胞を使用することができる。標準的な技術を用いて、Bリンパ球からTリンパ球を分離し、細胞傷害性T細胞からヘルパーT細胞を分離することができ、本発明の方法に従ってそのような細胞を使用することができる。分離した血液細胞例えば、白血球を、本方法で使用する前に標準的な技術を用いて冷凍することができる。本発明において有用な血液サンプルは、本発明に係る1又はそれ以上の核酸又はアミノ酸の配列の検出に十分な量のものである。特定の実施形態では、本発明において有用な血液サンプルは、1μl~100ml、好ましくは10μl~50ml、より好ましくは10μl~25ml、最も好ましくは10μl~1mlの量のものである。5.1.4RNA調製本発明の一態様では、本発明のバイオマーカーのRNA産物を測定するために、個体からRNAを単離する。本明細書に記載のように、様々な疾患ステージ又は発生ステージの軟骨サンプルからRNAを単離する。サンプルは、単一の患者のものでもよく、あるいは複数の患者からプールしてもよい。他の態様では、本明細書に記載のように、変形性関節症の様々な疾患ステージ又は発生ステージにある個体の滑液からRNAを直接単離する。サンプルは、単一の患者のものでもよく、あるいは複数の患者からプールしてもよい。他の態様では、本明細書に記載のように、変形性関節症の様々な疾患ステージ又は発生ステージにある個体の血液サンプルからRNAを直接単離する。サンプルは、単一の患者のものでもよく、あるいは複数の患者からプールしてもよい。当技術分野で周知の方法に従って、軟骨サンプルから総RNAを抽出する。一実施形態では、下記の方法に従って軟骨組織からRNAを精製する。個体又は患者から対象とする組織を取り出した後、液体窒素中で組織を急速冷凍してRNAの分解を防止する。多量の組織グアニジン溶液を加えた後、組織ホモジナイザーtissuemizer中で10秒間の処理を2回又は3回行って組織サンプルを摩砕する。組織グアニジン溶液1Lを調製するために、グアニジンイソチオシアネート590.8gをDEPC処理H2O約400ml中に溶解する。2MTris-Cl、pH7.5終濃度0.05M25ml、及びNa2EDTA終濃度0.01M20mlを加え、その溶液を一晩撹拌し、体積を950mlに調整し、2-ME50mlを加える。ホモジナイズした組織サンプルを12°Cで12,000×g、10分間の遠心分離にかける。得られた上清を、5.7MCsCl溶液CsCl0.1g/ml9ml上に重層した0.1倍量の20Sarkosylの存在下で、65°Cで2分間インキュベートし、22°Cで113,000×g、一晩の遠心分離によって分離する。上清を注意深く除去した後、その管を反転させ排液する。管の底RNAペレットを含有を50mlプラスチック管中に入れ、組織再懸濁バッファー5mMEDTA、0.5v/vSarkosyl、5v/v2-ME3mlの存在下で、4°Cで一晩又はそれ以上インキュベートして、RNAペレットを完全に再懸濁させる。得られたRNA溶液を25:24:1のフェノール/クロロホルム/イソアミルアルコールで、その後24:1のクロロホルム/イソアミルアルコールで順次抽出し、3M酢酸ナトリウム、pH5.2及び2.5倍量の100エタノールを加えることによって沈殿させ、DEPC水中に再懸濁させるChirgwinetal1979Biochemistry185294。あるいは、下記の単一ステップのプロトコールに従って、軟骨組織からRNAを単離する。変性溶液4Mチオ硫酸グアニジン、25mMクエン酸ナトリウム、pH7.0、0.1M2-ME、0.5w/vN-ラウリルサルコシンを組織100mg当たり1ml入れたガラステフロンホモジナイザー中でホモジナイズすることによって、対象とする組織を調製する。ホモジネートを5mlポリプロピレン管に移した後、2M酢酸ナトリウム、pH40.1ml、水飽和フェノール1ml、及び49:1のクロロホルム/イソアミルアルコール0.2mlを順次加える。各構成成分を加えた後にサンプルを混合し、すべての構成成分を加えた後にそれを0~4°Cで15分間インキュベートした。4°Cで10,000×g、20分間の遠心分離によってサンプルを分離し、100イソプロパノールを1ml添加することによってそれを沈殿させ、-20°Cで30分間インキュベートし、4°Cで10,000×g、10分間の遠心分離によってペレットにした。得られたRNAペレットを、変性溶液0.3ml中に溶解し、微小遠心管に移し、100イソプロパノールを0.3ml加え-20°Cで30分間置くことによって沈殿させ、4°Cで10,000×g、10分間の遠心分離を行った。RNAペレットを70エタノールで洗浄し、乾燥させ、DEPC処理水又はDEPC処理0.5SDS100~200μl中に再懸濁させるChomczynskiandSacchi1987AnalBiochem162156。好ましくは、軟骨サンプルを液体窒素下で細かく粉末化し、TRIzol登録商標試薬GIBCO/BRLを用いて総RNAを抽出する。あるいは、下記のプロトコールによって血液からRNAを単離する。溶解バッファー3部に対して血液1部の割合で溶解バッファーを血液サンプルに加える溶解バッファー1L、EDTA0.6g、KHCO21.0g、NH4Cl8.2g、pH7.4に調整NaOHを使用。サンプルを混合し、透明になるまで5~10分間氷上に置く。溶解したサンプルを4°C、1000rpmで10分間遠心分離し、上清を吸引する。ペレットを溶解バッファー5ml中に再懸濁させ、再度4°C、1000rpmで10分間遠心分離する。TRIzol登録商標GIBCO/BRLを用いて、元の血液サンプル10ml毎にTRIzol登録商標約6mlの割合で、ペレットにした細胞をホモジナイズし、十分にボルテックスをかける。サンプルを室温で5分間放置する。TRIzol登録商標1ml当たりクロロホルム1.2mlを用いてRNAを抽出する。サンプルを4°C、12,000×gで5分間遠心分離し、上層を収集する。上層に、TRIzol登録商標1ml当たり0.5mlの割合でイソプロパノールを加える。-20°Cで一晩、又は20°Cで1時間サンプルを放置する。既知の方法に従ってRNAをペレットにし、RNAペレットを空気乾燥させ、ペレットをDEPC処理ddH2O中に再懸濁させる。RNAサンプルは、サンプルが室温で輸送に安定である75エタノール中で貯蔵することもできる。あるいは、上記のように、TRIzol登録商標試薬GIBCO/BRLを用いて、滑液からRNAを単離する。260/280nmでの吸光度、及びアガロースゲル電気泳動後の紫外光下での観察によってRNAの純度及び完全性を評価する。5.2本発明のバイオマーカー一実施形態では、本発明はバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせを提供し、前記バイオマーカーの産物又は複数産物の発現レベルを測定することによって、変形性関節症の存在が示唆される。他の実施形態では、本発明はバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせを提供し、前記バイオマーカーの産物又は複数産物の発現レベル測定を用いて、個体が変形性関節症の2つのステージのうちどちらであるかを診断することができる。さらに他の実施形態では、本発明はバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせを提供し、前記バイオマーカーの産物又は複数産物の発現レベル測定を用いて、変形性関節症の他の任意のステージと比較して変形性関節症の特定のステージであると個体を診断することができる。表1は、本発明のバイオマーカーの遺伝子名、及び関連するlocuslinkIDの一覧を示すものであり、そのバイオマーカーの発現レベル測定を、それぞれ独立して又は組み合わせて使用して、個体を変形性関節症であると診断し、変形性関節症の2つのステージのうちどちらかであると診断し、又は変形性関節症の特定のステージであると診断することができる。当業者に理解されているように、locuslinkIDを使用して、本発明のバイオマーカーに対応するRNA転写産物すべて及びタンパク質すべての配列を決定することができる。表2は、本発明の一実施形態において、RNA転写産物の配列を示すものであり、その配列を用いて、当業者に公知の技術を使用して本発明のバイオマーカーの発現レベルを測定することができる。表2はまた、本発明の一実施形態において、タンパク質の配列を示すものであり、それを用いて本発明のバイオマーカーの発現レベルを測定することができる。したがって、本発明は、上記に概略を述べた各目的でこれらのバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせの発現を測定する、当業者に公知の方法の使用を包含する。5.3バイオマーカーの組み合わせ一実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、表1に示すバイオマーカーのうち2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、10個、15個、20個、30個、40個、又はすべての任意の組み合わせを含む。本発明の他の実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、図1の一覧から選択されるバイオマーカーの任意の組み合わせを含み、その産物の発現測定を用いて、個体が軽度の変形性関節症であるか、又は変形性関節症でないかを診断することができる。本発明の他の実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、図2の一覧から選択されるバイオマーカーの任意の組み合わせを含み、その産物の発現測定を用いて、個体が中程度の変形性関節症であるか、又は変形性関節症でないかの診断に使用することができる。本発明の他の実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、図3で選択されるバイオマーカーの任意の組み合わせを含み、その産物の発現測定を用いて、個体が中程度の変形性関節症であるか、又は軽度の変形性関節症であるかの診断に使用することができる。本発明の他の実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、図4の一覧から選択されるバイオマーカーの任意の組み合わせを含み、その産物の発現測定を用いて、個体が顕著な変形性関節症であるか、又は重篤な変形性関節症であるかを診断することができる。例えば、n個の遺伝子の部分集合mの考えられる組み合わせの数は、一般式:m/nm-nを用いて、FellerIntrotoProbabilityTheoryThirdEditionvolume11968JWiley編に記載されている。一実施形態では、nが2であり、mが19である場合、19=19x18x17x16x15x14x13x12x11x10x9x8x7x6x5x4x3x2x12=12161017=1717111014通りの一意的な2個の遺伝子の組み合わせが存在する。この2個の遺伝子の各組み合わせの遺伝子発現測定をそれぞれ独立して使用して、患者が変形性関節症であるかどうかを決定することができる。mが19であり、nが3である他の特定の実施形態では、19/319-3通りの一意的な3個の遺伝子の組み合わせが存在する。この一意的な3個の遺伝子の各組み合わせを、患者が変形性関節症であるかどうかを決定するモデルとして、それぞれ独立して使用することができる。5.4バイオマーカーの特に有用な組み合わせ本発明のバイオマーカーの組み合わせはすべてOAの診断に有用であるが、本発明はさらに、a個体を変形性関節症であると診断すること、b変形性関節症OAの2つのステージを区別すること、及びc個体を変形性関節症OAの特定のステージであると診断することのそれぞれについて特に有用なバイオマーカーの組み合わせを選択する手段を提供する。本発明はさらに、上述した有用性のそれぞれについて同定された組み合わせを評価する方法を提供する。バイオマーカーの有用な組み合わせを同定するために、本発明の数学的モデルを使用して、2個例えば、ロジスティック回帰などの二値モデル又はそれ以上例えば、ニューラルネットワークなどのモデルの、そのモデルへの入力に使用する訓練用集団の表現形質を区別する各組み合わせの能力について本発明のバイオマーカーの考えられる各組み合わせを試験する。そのモデルへの入力に使用する訓練用集団の表現形質は、aOAと診断すること、b軽度のOAであると診断すること、c中程度のOAであると診断すること、d重篤なOAであると診断すること、eOAでないと診断することに使用する表現形質である。その数学的モデルへの入力に使用する訓練用集団の表現形質及び使用するモデルによって、a個体を変形性関節症であると診断すること、b変形性関節症OAの2つのステージを区別すること、及びc個体を変形性関節症OAの特定のステージであると診断することのうち1つの診断法として、そのモデルによって得られる組み合わせの有用性が決定される。その数学的モデルへの入力に使用する訓練用集団の表現形質を選択した結果を下記により詳細に記載する。その後、2個又はそれ以上の、そのモデルへの入力に使用する訓練用集団の表現形質のうち1個についてそれぞれの個体を正確に呼び出すモデルの能力を決定することによって、発生した数学的モデルを評価することができる。好ましい実施形態では、そのモデルを導き出すのに使用する訓練用集団の個体は、そのモデルの試験に使用する訓練用集団の個体と異なる。当業者に理解されているように、このことによって、表現形の特徴付けが不明である個体を適切に特徴付ける能力について組み合わせの能力を予測することが可能となる。数学的モデルに入力するデータは、評価されるバイオマーカーの産物の発現レベルを表すどんなデータでもよい。本発明において有用な数学的モデルは、教師あり学習又は教師なし学習の両方を用いるものを含む。本発明の好ましい実施形態では、選択される数学的モデルは、本発明のバイオマーカーの考えられる各組み合わせを評価する訓練用集団と組み合わせて、教師あり学習を使用するものである。本発明の一実施形態では、使用する数学的モデルは、回帰モデル、ロジスティック回帰モデル、ニューラルネットワーク、クラスタリングモデル、主成分分析、最近傍分類分析、線形識別分析、二次識別分析、サポートベクターマシン、決定木、遺伝的アルゴリズム、バギングによる分類の最適化、ブースティングによる分類の最適化、ランダム部分空間法を用いた分類の最適化、射影追跡、加重投票法から選択される。好ましい実施形態では、ロジスティック回帰モデルを使用する。他の好ましい実施形態では、ニューラルネットワークモデルを使用する。得られた数学的モデルを使用して、そのモデルへの入力に使用する表現形質について、未知の個体又は被験個体を診断することができる。好ましい実施形態では、下記の質問:a個体が変形性関節症であるか、b個体が変形性関節症の2つのステージのどちらであるか変形性関節症でないことはOAの一ステージとみなす、及びc個体が変形性関節症の特定のステージであるかの1つに答える、ロジスティック回帰によって得られた式から診断が得られる。本発明のさらに他の実施形態では、上記の任意の質問に対する答えは、決定できない答えでもよい。本発明の好ましい一実施形態では、当業者に公知の方法を用いて訓練用集団の各個体を適切に特徴付ける能力について各モデルを評価する。例えば、標準的な統計の方法及び開示されている方法を用いて、交差検証法の1点除外LeaveOneout交差検証法、n重交差検証法、ジャックナイフ分析を使用してモデルを評価することができる。本発明のさらにより好ましい実施形態では、モデルを得るのに使用されなかった訓練用集団の個体を適切に特徴付ける能力について各モデルを評価する。一実施形態では、訓練用集団の各個体を適切に特徴付ける能力についてモデルを評価するのに使用する方法は、モデルの感度TPF、真の陽性率と1-特異度TNF、真の陰性率を評価する方法である。好ましい実施形態では、モデルを試験するのに使用する方法は、いくつかのパラメータを供給して、得られた式の診断結果の感度と特異度の両方を評価する受信者動作特性ReceiverOperatingCharacteristicROCである。特に好ましい実施形態では、ROC面積曲線下の面積を使用して式を評価する。好ましい実施形態では、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9を超えるROC面積が好ましい。他方では、スコアが1.0の完全なROC面積は、感度も100であり特異度も100であることを示す。当業者に理解されているように、数学的モデルによって決定される組み合わせ及び式の有用性は、モデルへの入力用のデータを得るのに使用する集団の表現型に依存する。特定の実施形態の例を、本明細書でより詳細に記載する。5.5数学的モデルへの入力用の集団いくつかの実施形態では、基準又は訓練用集団は、10~30の被験体を含む。他の実施形態では、訓練用集団は30~50の被験体を含む。さらに他の実施形態では、基準集団は、それぞれ50~100、100~500、500~1000、又は1000を超える被験体を含む2以上の集団を含む。使用する数学的モデルから、基準集団内に何個の表現形質が含まれる可能性があるかも決定される。例えば、いくつかのモデル二値の数学的モデルから、2個の表現形質を区別するのに有用なバイオマーカーの組み合わせのみを同定することができる。他のモデルでは、3個以上の表現形質を区別するのに有用なバイオマーカーの組み合わせを使用することができる例えば、ニューラルネットワーク。本発明の他の実施形態では、二値モデルを用いて二分決定の組み合わせを使用して、複数の群を区別することができる。5.6二値の数学的モデルに入力する、変形性関節症の診断用のバイオマーカーを同定するための集団例えば、変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーを同定するために、変形性関節症である個体の集団から、表1のバイオマーカーのmRNA産物すべての発現レベルを反映するデータを使用し、変形性関節症でない個体の第2の集団を使用する。変形性関節症である又は変形性関節症でないと集団を特徴付ける目的で、OAを診断する任意の旧来の方法を使用することができる。好ましい実施形態では、本明細書に記載のMarshallのスコア決定法を使用する。本発明の一実施形態では、変形性関節症であるとみなされる個体の集団は、軽度のOA、中程度のOA、顕著なOA、又は重篤なOAであるとスコア決定される任意の個体を含む。同様に、同様の方法に従って、OAでない個体の集団を選択する。好ましい実施形態では、訓練用セットに使用する2集団の表現形質は、OAの有無を除けば類似している。他の好ましい実施形態では、2集団は、少なくとも年齢、性別及びBMI肥満度指数が一致している。他の実施形態では、変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーを同定するために、変形性関節症である個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた表1のバイオマーカーの1又はそれ以上のmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。他の実施形態では、変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーを同定するために、変形性関節症である個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた、表2に示される表1のバイオマーカーの1又はそれ以上のmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。他の実施形態では、変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーを同定するために、変形性関節症である個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた血液中で発現する表1のバイオマーカーのRNA産物すべての発現レベルを反映するデータを使用する。5.7二値の数学的モデルを用いた、変形性関節症のステージを区別するバイオマーカーを同定するための集団本発明の一実施形態では、軽度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた表1のバイオマーカーのmRNA産物すべての発現レベルを反映するデータを使用する。本発明の他の実施形態では、軽度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団に由来する表1のバイオマーカーの1又はそれ以上のmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。本発明の他の実施形態では、軽度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団に由来する、表2で開示される表1のバイオマーカーのmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。本発明の他の実施形態では、軽度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた血液中で発現する表1のバイオマーカーのmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。本発明の他の実施形態では、軽度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた図1のバイオマーカーのmRNA産物すべての発現レベルを反映するデータを使用する。本発明の他の実施形態では、中程度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、中程度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた表1のバイオマーカーのmRNA産物すべての発現レベルを反映するデータを使用する。本発明の他の実施形態では、中程度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、中程度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団に由来する表1のバイオマーカーの1又はそれ以上のmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。本発明の他の実施形態では、中程度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、中程度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた血液中で発現する表1のバイオマーカーのmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。本発明の他の実施形態では、中程度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、中程度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた、表2に示される表1のバイオマーカーのmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。本発明の他の実施形態では、中程度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、中程度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた図2のバイオマーカーのmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。同様に、顕著なOAである個体とOAでない個体を、重篤なOAである個体とOAでない個体を、軽度のOAである個体と中程度のOAである個体を、軽度のOAである個体と顕著なOAである個体を、軽度のOAである個体と重篤なOAである個体を、中程度のOAである個体と顕著なOAである個体を、中程度のOAである個体と重篤なOAである個体を、顕著なOAである個体と重篤なOAである個体を区別するのに有用なバイオマーカーの組み合わせを、上記で概略を述べたものと同様の方法を用いて同定することができる。5.8二値の数学的モデルに入力する、ステージ特異的なOAの診断用のバイオマーカーを同定するための集団本発明の一実施形態では、OAの任意の他のステージと比較して個体が軽度のOAであるかどうかを特定する際に有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するすなわち、個体のOAのステージについて診断するバイオマーカーを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、並びに中程度のOAである個体、顕著なOAである個体、重篤なOAである個体、及びOAでない個体の組み合わせである個体の第2の集団から得られた表1の各バイオマーカーのmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。好ましくは、両集団の個体は、年齢、性別及びBMIが一致している。本発明の他の実施形態では、OAの任意の他のステージと比較して個体が軽度のOAであるかどうかを特定する際に有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するすなわち、OAの特定のステージにある個体を診断するバイオマーカーを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、並びに中程度のOAである個体、顕著なOAである個体、重篤なOAである個体、及びOAでない個体の組み合わせである個体の第2の集団から得られた表1のバイオマーカーの考えられる各変異体の発現レベルを反映するデータを使用する。好ましくは、両集団の個体は、年齢、性別及びBMIが一致している。本発明の他の実施形態では、OAの任意の他のステージと比較して個体が軽度のOAであるかどうかを特定する際に有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するすなわち、OAの特定のステージにある個体を診断するバイオマーカーを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、並びに中程度のOAである個体、顕著なOAである個体、重篤なOAである個体、及びOAでない個体の組み合わせである個体の第2の集団から得られた表2に示す一覧から選択される表1のバイオマーカーの考えられる各変異体の発現レベルを反映するデータを使用する。好ましくは、両集団の個体は、年齢、性別及びBMIが一致している。本発明の他の実施形態では、OAの任意の他のステージと比較して個体が軽度のOAであるかどうかを特定する際に有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するすなわち、OAの特定のステージにある個体を診断するバイオマーカーを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、並びに中程度のOAである個体、顕著なOAである個体、重篤なOAである個体、及びOAでない個体の組み合わせである個体の第2の集団から得られた血液中で発現する表1のバイオマーカーのこの変異体の発現レベルを反映するデータを使用する。好ましくは、両集団の個体は、年齢、性別及びBMIが一致している。同様に、OAの任意の他のステージと比較して中程度のOAである個体を、OAの任意の他のステージと比較して顕著なOAである個体を、OAの任意の他のステージと比較して重篤なOAである個体を区別するのに有用なバイオマーカーの組み合わせを、上記で概略を述べたものと同様の方法を用いて、集団のデータを使用して同定することができる。5.9非二値の数学的モデルに入力する、ステージ特異的なOAの診断用のバイオマーカーを同定するための集団本発明の一実施形態では、OAの任意の他のステージと比較して個体が軽度のOAであるかどうかを特定する際に有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、a軽度のOAである個体、b中程度のOAである個体、c顕著なOAである個体、d重篤なOAである個体の集団から得られた表1の各バイオマーカーの発現レベルを反映するデータを使用する。その集団は、OAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体から構成されるが、好ましくは、Marshallのスコア決定法上記を使用する。好ましくは、その集団の個体は、年齢、性別及びBMIが一致している。同様に、OAの任意の他のステージと比較して中程度のOAである個体を、OAの任意の他のステージと比較して顕著なOAである個体を、OAの任意の他のステージと比較して重篤なOAである個体を特徴付けるのに有用なバイオマーカーの組み合わせを、上記で概略を述べたものと同様の方法を用いて同定することができる。5.10回帰モデルいくつかの実施形態では、本発明で同定されるバイオマーカーのいくつかの又はすべての考えられる組み合わせの発現データは、回帰モデルで、好ましくはロジスティック回帰モデルで使用する。そのような回帰モデルから、バイオマーカーの考えられる各組み合わせについて1又はそれ以上の式が決定され、各式から、そのモデルによって表される各バイオマーカーの係数が得られる。一般に、対象とする多重回帰式は、Y=αβ1X1β2X2...βkXkεと書くことができ、従属変数Yは、第1のサブグループに関連する生物学的特徴例えば、変形性関節症の不在/存在/ステージの存在Yが正のとき又は不在Yが負のときである。このモデルから、従属変数Yが、k個の説明変数訓練用データセットにおける第1と第2のサブグループの被験体に由来するk個の選択遺伝子の特徴的な測定値と、省略されている様々な不特定の因子を包含する誤差項に依存するといえる。上記に特定したモデルでは、パラメータβ1は、他の説明変数を一定にした状態で、従属変数Yに対する第1の説明変数X1の効果を測るものである。同様に、β2は、残りの説明変数を一定にした状態で、Yに対する説明変数X2の効果を与える。ロジスティック回帰モデルは、線形回帰の非線形変換である。ロジスティック回帰モデルは、ロジットlogitモデルと呼ばれ、lnp=αβ1X1β2X2...βkXkε又はp=expαexpβ1X1expβ2X2×...×expβkXkexpεと表すことができ、式中、lnは自然対数logexpであり、exp=2.71828...であり、pは、事象Yが起こる確率pY=1であり、p/1-pはオッズ比であり、ln[p/1-p]は対数オッズ比又はロジットであり、このモデルの他の成分すべては、上述の一般的な回帰式と同じである。α及びεの項を同じ定数にすることができることが、当業者に理解されるであろう。実際、好ましい実施形態では、単数項を用いてα及びεを表す。ロジスティック分布は、S字形の分布関数である。ロジット分布によって、推定確率pは0と1の間にあるように制約される。本発明のいくつかの実施形態では、最尤推定MLEによってロジスティック回帰モデルを適合させる。言い換えれば、係数例えば、α、β1、β2、...は、最大尤度によって決定される。尤度とは、条件付き確率例えば、Xによって与えられるYの確率PY|Xである。尤度関数Lは、サンプルデータセットで生じる特定組の従属変数値Y1、Y2、...、Ynが認められる確率を測るものである。それは、従属変数の積の確率:L=ProbY1Y2Ynと書ける。尤度関数が高いと、サンプル中でYsが認められる確率が高くなる。MLEは、尤度関数の対数LL<0をできるだけ大きくし、又は尤度関数の対数の-2倍-2LLをできるだけ小さくする係数α、β1、β2、...を見出すものである。MLEでは、パラメータα、β1、β2、...について何らかの最初の推定を行う。次いで、このパラメータの推定値によって与えられるデータの尤度を計算する。パラメータの推定値を改善し、データの尤度を再計算する。パラメータの推定値が大して変化しなくなる例えば、0.01又は0.001未満の確率の変化まで、このプロセスを反復する。ロジスティック回帰及びロジスティックロジスティック回帰モデルの適合の例は、HastieTheElementsofStatisticalLearningSpringerNewYork2001pp95100に認められ、この文献はその全体が本明細書に組み込まれる。5.11ニューラルネットワーク他の実施形態では、本発明の各バイオマーカーについて測定される発現を用いて、ニューラルネットワークを訓練することができる。ニューラルネットワークとは、2ステージの回帰又は分類モデルである。ニューラルネットワークは層化構造を有し、その構造は、出力単位の層に対する加重の層によってつながった入力単位及び偏りの層を含む。回帰では、出力単位の層は、通常出力単位を1個しか含まない。しかし、ニューラルネットワークは、均一な形で複数の量的反応を扱うことができる。したがって、ニューラルネットワークを適用して、2個を超える集団を区別するバイオマーカーを同定することができる。特定の一例では、表1のバイオマーカーの発現データを用いてニューラルネットワークを訓練して、変形性関節症の他の任意のステージと比較して変形性関節症のステージ例えば軽度の変形性関節症に特異的なバイオマーカーの組み合わせを同定することができ、この場合変形性関節症でないことを変形性関節症の一ステージとみなすことができる。その結果、訓練したニューラルネットワークを使用して、ステージ特異的バイオマーカーとして有用なバイオマーカーの組み合わせを直接同定することができる。いくつかの実施形態では、EasyNN-Plusversion4.0gソフトウェアパッケージNeuralPlannerSoftwareIncで認められる10ニューロン10個の隠れ単位からなる単一の隠れ層を含む誤差逆伝搬ニューラルネットワーク例えば、Abdi1994AneuralnetworkprimerJBiolSystem2247283を参照を使用する。ニューラルネットワークは、Dudaetal2001PatternClassificationSecondEditionJohnWileySonsIncNewYork及びHastieetal2001TheElementsofStatisticalLearningSpringerVerlagNewYorkに記載され、これらの文献は、その全体が本明細書に組み込まれる。5.12他の数学的モデル上述したパターン分類及び統計技術は、例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれるDudaandHartPatternClassificationandSceneAnalysis1973JohnWileySonsIncNewYorkの211~256ページに記載されているクラスタリング;主成分分析参照により本明細書に組み込まれるJolliffe1986PrincipalComponentAnalysisSpringerNewYorkを参照;最近傍分類分析例えば、DudaPatternClassificationSecondEdition2001JohnWileySonsInc及びHastie2001TheElementsofStatisticalLearningSpringerNewYorkを参照;線形識別分析例えば、DudaPatternClassificationSecondEdition2001JohnWileySonsInc及びHastie2001TheElementsofStatisticalLearningSpringerNewYorkVenablesRipley1997ModernAppliedStatisticswithsplusSpringerNewYorkを参照;サポートベクターマシン例えば、参照により本明細書に組み込まれるCristianiniandShaweTaylor2000AnIntroductiontoSupportVectorMachinesCambridgeUniversityPressCambridge、Boseretal1992Proceedingsofthe5thAnnualACMWorkshoponComputationalLearningTheoryのAtrainingalgorithmforoptimalmarginclassifiersACMPressPittsburghPApp142152Vapnik1998StatisticalLearningTheoryWileyNewYorkを参照などの、OAの分類のモデル構築に使用することができるモデルのタイプの例に過ぎない。5.13本発明のバイオマーカーの産物当業者に理解されているように、OA又はOAのステージの間で示差的に発現される1又はそれ以上のバイオマーカーの組み合わせを同定すると、個体におけるバイオマーカー遺伝子の産物の発現を測定することによって、OA及びOAのステージの診断が可能となる。本発明の各バイオマーカーの産物には、RNAもタンパク質も含まれる。本発明のバイオマーカーのRNA産物には、hnRNA、mRNA、及びmRNAの1又はそれ以上のスプライス変異体の集団が含まれる。本発明を実施するために、本発明のバイオマーカーのRNA産物の1又はそれ以上の集団の測定を、診断の目的で使用することができる。より詳細には、OAの間で、又はOAのステージの間で示差的に発現されるバイオマーカーのRNA産物の集団の測定は、診断の目的に有用であり、本明細書に包含される。本発明の一実施形態では、測定される本発明のバイオマーカーのRNA産物は、hnRNA、mRNA、及びmRNAのすべてのスプライス変異体を含めたRNA産物の集団である。他の実施形態では、測定される本発明のバイオマーカーのRNA産物は、mRNAの集団である。本発明の他の実施形態では、測定される本発明のバイオマーカーのRNA産物は、血液中で発現するmRNAの集団である。本発明のさらに他の実施形態では、測定される本発明のバイオマーカーのRNA産物は、mRNAの1又はそれ以上のスプライス変異体の集団である。本発明のさらに他の実施形態では、測定される本発明のバイオマーカーのRNA産物は、血液中で発現するmRNAの1又はそれ以上のスプライス変異体の集団である。本発明のさらに他の実施形態では、本発明のバイオマーカーのRNA産物は、表2に挙げたその産物である。本発明のバイオマーカーのタンパク質産物も本発明の範囲に含まれ、それには、本発明のバイオマーカーから生じるタンパク質の集団全体が含まれる。当業者に理解されているように、本発明のバイオマーカーから生じるタンパク質の集団全体には、タンパク質、スプライスmRNA変異体から生じるタンパク質変異体、翻訳後修飾タンパク質が含まれる。本発明を実施するために、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上の集団の測定を、診断の目的で使用することができる。より詳細には、OAの間で、又はOAのステージの間で示差的に発現されるバイオマーカーのタンパク質産物の集団の測定は、診断の目的に有用であり、本明細書に包含される。本発明の一実施形態では、測定される本発明のバイオマーカーのタンパク質産物は、本発明のバイオマーカーのRNA産物から翻訳されるタンパク質産物の集団全体である。他の実施形態では、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物は、血液中で発現するそのタンパク質産物である。本発明のさらに他の実施形態では、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物は、1又はそれ以上のmRNAスプライス変異体から翻訳される1又はそれ以上のタンパク質産物である。本発明のさらに他の実施形態では、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物は、血液中で発現する1又はそれ以上のmRNAスプライス変異体から翻訳される1又はそれ以上のタンパク質産物である。本発明のさらに他の実施形態では、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物は、表2に挙げたその産物である。5.14診断のための同定された組み合わせの使用本発明は、OAを診断し、OAのステージを区別し、OAの特定のステージを診断する目的で、バイオマーカーの有用な組み合わせを同定することができることを教示するものである。本発明のバイオマーカーのRNA又はタンパク質産物を表すデータを本発明のモデルに入力し、その結果特に有用な組み合わせを同定する。その組み合わせを使用する診断上の目的は、本明細書に記載する入力用集団の表現形質に依存する。同定された組み合わせを、その組み合わせのRNA及びタンパク質産物の発現レベルを測定する旧来の技術とともに使用して、被験個体と対照集団の1名又は複数名の個体との間に発現パターンがあるかどうか対照集団は、モデルに入力する集団によって定義される部分表現形質を有する部分集団を含み、対照集団を表すデータを含むことができるを決定することができる。好ましい実施形態では、個体を診断するために作成されたモデルを使用して、例えば、その組み合わせを同定するために作成したモデルに入力する被験個体における本発明のバイオマーカーのRNA産物の発現レベルを測定することによって、そのモデルによって定義される診断を決定する。好ましい実施形態では、被験個体の診断に使用するものと同じ方法を使用して、数学的モデルの作成に使用する発現データを得る。5.15OAの進行又は退行をモニターするための同定された組み合わせの使用本発明は、個体をOAの特定のステージであると診断する目的で、バイオマーカーの有用な組み合わせを同定することができることを教示するものである。組み合わせを同定することによって、個体がOAの特定のステージと診断されるそのステージは、既知のステージ決定の方法に従ったどんなステージでもよく、Marshallのスコアによってステージが定義されるMarshallの方法の細分類を含む。一実施形態では、a正常な、b軽度の、c中程度の、d顕著な、e重篤なステージを含む5ステージが存在する。特定のステージを診断する組み合わせが、例えば治療に応答して、個体のOAの重症度について進行したか又は退行したかを決定する際に有用であることが当業者に理解されるであろう。例えば、治療する前に、OAの特定のステージを診断するものとして同定された1又はそれ以上の組み合わせを用いて、個体をOAの特定のステージであると診断することができる。治療の後、OAの特定のステージを診断するものとして同定された1又はそれ以上の組み合わせを用いて、個体を再度診断することができる。治療する前にもはや個体についてそのステージを特定できない場合には、このことから、それ自体治療が有効であることが示唆される可能性がある。さらに、治療は、個体がより軽度のOAと目下で診断されるようなOAのステージの退行を導くこともあり、個体がより重篤なステージのOAと目下で診断されるように、治療によって疾患が進行することもある。したがって、OAの進行又は退行をモニターし、あるいは治療に対する応答をモニターするために、OAのステージの診断に特異的なものとして同定された1又はそれ以上の組み合わせは有用である。5.16本発明のバイオマーカーの産物を測定するのに使用するポリヌクレオチド当業者に理解されているように、本発明のバイオマーカーのRNA産物の発現を測定する手段として、本発明のサンプル中のRNA発現を測定する1又はそれ以上の方法と組み合わせて、以下のものを1種又は複数種使用することができる:すなわち、本発明のバイオマーカーの1又はそれ以上のRNA産物と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、cDNA、DNA、RNA、PCR産物、合成DNA、合成RNA、又は天然に存在する修飾ヌクレオチドの他の組み合わせ。他の特定の実施形態では、本発明のバイオマーカーの1又はそれ以上のRNA産物と選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、cDNA、DNA、RNA、PCR産物、合成DNA、合成RNA、又は天然に存在する修飾ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドの他の組み合わせを使用する。好ましい実施形態では、本発明のバイオマーカーの1又はそれ以上のRNA産物と特異的にも選択的にもハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、cDNA、DNA、RNA、PCR産物、合成DNA、合成RNA、又は天然に存在する修飾ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドの他の組み合わせを使用する。本発明の一実施形態では、本発明のRNA産物の測定に使用するポリヌクレオチドを、核酸メンバーとして使用することができる。核酸メンバーは、本発明の一態様に従って、アレイを含む固相支持体と安定して結合する。核酸メンバーの長さは、8~1000ヌクレオチド長でもよく、本発明のバイオマーカーのRNA産物に特異的となるように選択される。一実施形態では、このメンバーは、本発明のバイオマーカーのRNA産物に選択的である。さらに他の実施形態では、このメンバーは、本発明のバイオマーカーのmRNA産物に選択的である。好ましい実施形態では、このメンバーは、本発明のバイオマーカーのmRNA産物の変異体すべてに選択的である。さらに他の好ましい実施形態では、このメンバーは、本発明のバイオマーカーのmRNA産物の1又はそれ以上の変異体に選択的である。核酸メンバーは、一本鎖又は二本鎖でもよく、かつ/あるいはオリゴヌクレオチド、又はcDNAから増幅したPCR断片でもよい。好ましくは、オリゴヌクレオチドは、約20~30ヌクレオチド長である。ESTは、好ましくは100~600ヌクレオチド長である。本発明のバイオマーカーの発現領域の各部分をアレイ上のプローブとして利用できることが、当業者に理解されるであろう。より詳細には、本発明の遺伝子に相補的なオリゴヌクレオチド、及び/あるいは本発明の遺伝子に由来するcDNA又はESTが有用である。オリゴヌクレオチドに基づくアレイでは、プローブとして有用な、対象とする遺伝子に対応するオリゴヌクレオチドの選択は、当技術分野で十分に理解されている。より詳細には、標的核酸とのハイブリダイゼーションを許容する領域を選択することが重要である。オリゴヌクレオチドのTm、GC含量、二次構造の程度や核酸の長さなどの要因は重要な要因である。例えば、米国特許第6,551,784号を参照されたい。5.17本発明のバイオマーカーのRNA産物のアレイハイブリダイゼーションを測定する技術本発明のいくつかの実施形態では、本発明のバイオマーカーのRNA産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドは、本発明で使用するアレイ上にスポットすることができる。一実施形態では、アレイは、表1で開示される本発明の各バイオマーカーの1又はそれ以上の産物とハイブリダイズすることができる10~1000ヌクレオチド長の配列からなる。本発明のアレイとハイブリダイズし、それを用いて分析される標的核酸サンプルは、好ましくはヒトの軟骨、血液又は滑液に由来するものである。この手順の限界は、標的核酸サンプルとして使用する入手可能なRNAの量にある。好ましくは、本発明に従って使用する少なくとも1μgの総RNAを得る。PCR、及びmRNA亜種に対するプライマー例えばポリTオリゴヌクレオチドと組み合わせて、より少量のRNAを使用することができる。核酸アレイの構築対象の方法では、実質的に固体の支持体の表面と安定に結合した核酸メンバーのアレイを、相補的な核酸メンバー/標的の複合体のハイブリダイゼーションパターンが生じるのに十分なハイブリダイゼーション条件下で標的核酸を含むサンプルと接触させ、アレイ上の固有の位置にある1又はそれ以上の相補的な核酸メンバーが標的核酸と特異的にハイブリダイズする。ハイブリダイズする標的核酸の同一性は、アレイ上の核酸メンバーの位置を参照して決定することができる。ポリメラーゼ連鎖反応PCRや逆転写RTなどの確立されている技術を用いて、核酸メンバーを作製することができる。これらの方法は、当技術分野で現在知られているものと同様である例えば、PCRStrategiesMichaelAInnisetal及びPCRIntroductiontoBiotechniquesSeriesCRNewtonAGrahamを参照。当技術分野で周知の方法例えば、カラム精製又はアルコール沈殿によって、増幅した核酸を精製する。核酸は、それが単離され、その結果、プライマー、及び所望の核酸を合成する間に生成する不完全な産物が実質的になくなったときに純粋とみなされる。好ましくは、精製した核酸はまた、その分子の特異的な結合活性を妨げ、又はその他の形でそれをマスキングする可能性がある混入物も実質的に含まない。本発明の一態様に従ったアレイは、1cm2当たり異なる核酸が20個を超える密度で固相支持体の一表面と結合した複数の核酸を含み、各核酸が、非同一の予め選択された領域中の固相支持体の表面と結合している例えば、マイクロアレイ。アレイ上の結合した各サンプルは、下記でより詳細に記載するように、既知の同一性を有する、通常は既知の配列の核酸組成物を含む。考えられる任意の基板を本発明で使用することができる。一実施形態では、固相支持体の表面に結合される核酸はDNAである。好ましい実施形態では、固相支持体の表面に結合される核酸は、cDNA又はRNAである。他の好ましい実施形態では、固相支持体の表面に結合される核酸は、ポリメラーゼ連鎖反応PCRにより合成したcDNAである。好ましくは、本発明に従った、アレイ中の核酸メンバーは、少なくとも10、25又は50ヌクレオチド長である。一実施形態では、核酸メンバーは、少なくとも150ヌクレオチド長である。好ましくは、核酸メンバーは、1000ヌクレオチド長未満である。より好ましくは、核酸メンバーは、500ヌクレオチド長未満である。本発明のアレイでは、核酸組成物は、支持体の表面と安定に結合し、その支持体は、柔軟な固相支持体でもよく、あるいは強固な固相支持体でもよい。安定に結合しているとは、ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で、固相支持体に対して各核酸メンバーが固有の位置を維持することを意味する。したがって、サンプルは、非共有結合で又は共有結合で支持体表面と安定に結合している。非共有結合の例には、非特異的な吸着、静電相互作用に基づく結合例えば、イオン対の相互作用、疎水性相互作用、水素結合の相互作用、支持体表面と共有結合している特異的な結合対メンバーを介する特異的な結合などがある。共有結合の例には、核酸と、強固な支持体の表面上に存在する官能基例えば、-OHとの間に形成された共有結合があり、その官能基は、下記でより詳細に記載するように、天然に存在するものでもよく、あるいは導入した結合基のメンバーとして存在するものでもよい。各組成物中に存在する核酸の量は、アレイを使用するアッセイの間に標的核酸配列の十分なハイブリダイゼーション及び検出をもたらすのに十分なものである。一般に、アレイの固相支持体と安定に結合した各核酸メンバーの量は、少なくとも約0.001ngであり、好ましくは少なくとも約0.02ngであり、より好ましくは少なくとも約0.05ngであり、その量は、1000ng又はそれより多くてもよいが、通常は約20ngを超えない。好ましくは、統計的に有意な結果が確実に得られるように、単一遺伝子に対応する複数のサンプルをアレイ上にスポットする。全体的に円形の範囲を占めるスポットとして固相支持体上に核酸メンバーをスポットする場合、スポットの直径は、通常約10~5,000μmであり、一般には約20~2,000μmであり、より一般には約100~200μmである。ゲノムDNA、ハウスキーピング遺伝子、ベクター配列、植物の核酸配列、陽性及び陰性対照遺伝子などに対応するオリゴヌクレオチド又は核酸を含む核酸メンバーを含めて、対照核酸メンバーがアレイ上に存在してもよい。対照核酸メンバーとは、その機能が、対象とする特定の鍵となる遺伝子が発現しているかどうかを伝達するものではないが、発現のバックグラウンドレベル又は基底レベルなど他の有用な情報をもたらすものである校正用又は対照遺伝子である。アレイ上に他の対照核酸をスポットし、標的発現対照核酸及びミスマッチ対照ヌクレオチドとして使用して、プローブが対象とする標的以外のサンプル中の核酸との非特異的な結合又は交差ハイブリダイゼーションをモニターする。したがって、ミスマッチプローブは、ハイブリダイゼーションが特異的かそうでないかを示す。例えば、標的が存在する場合、完全に一致するプローブは、ミスマッチプローブより一貫して明るいはずである。さらに、対照のミスマッチがすべて存在する場合、そのミスマッチプローブを使用して突然変異を検出する。固相基板本発明において、アレイは、柔軟な又は強固な基板のどちらかを含む。柔軟な基板は、破損を起こさずに曲げ、折り畳み、又は同様に扱うことができる。本発明に関する柔軟な固相支持体である固体の材料の例には、膜、例えばナイロン膜、及び柔軟なプラスチックフィルムなどがある。強固なとは、支持体が固体であり、容易に曲がらない、すなわち支持体が柔軟でないことを意味する。したがって、対象のアレイの強固な基板は、アレイを使用するアッセイ条件下で、特に高処理能で取り扱う条件下で、その上に存在する結合した核酸に対する物理的な支持及び構造をもたらすのに十分である。基板は、粒子、鎖、沈殿物、ゲル、シート、管、球、ビーズ、容器、毛細管、パッド、スライス、フィルム、プレート、スライド、チップなどとして存在する、生物学的なもの、非生物的なもの、有機物、無機物、又はこれらの任意の組み合わせでもよい。基板は、円盤状、正方形、球状、円形など、任意の都合のよい形状を有してもよい。基板は、好ましくは水平又は平面であるが、様々な別の表面の構成をとってもよい。基板は、重合ラングミュアブロジェットフィルム、官能化ガラス、Si、Ge、GaAs、GaP、SiO2、SIN4、修飾ケイ素、あるいはポリテトラフルオロエチレン、ポリ二フッ化ビニリデン、ポリスチレン、ポリカーボネートなどの多種多様なゲル若しくはポリマーのいずれか、又はその組み合わせでもよい。他の基板の材料は、この開示を再検討後に当業者には容易に明らかとなるであろう。好ましい実施形態では、基板は、水平なガラス又は単結晶ケイ素である。いくつかの実施形態によれば、周知の技術を用いて基板の表面をエッチングし、望ましい表面の特徴をもたらす。例えば、溝、V字溝、メサ構造などの形成により、合成領域を、衝突光の焦点内により近接させ、蛍光供給源などからの集光を最大にする反射性の鏡状の構造をそれにもたらすことができる。固相基板上の表面は、常にではないが通常は、基板と同じ材料から構成される。あるいは、表面は、任意の多種多様な材料、例えば、ポリマー、プラスチック、樹脂、多糖類、シリカ又はシリカを基礎とする材料、炭素、金属、無機ガラス、膜、又は上記に挙げた基板の材料のいずれかから構成されるものでもよい。いくつかの実施形態では、表面は、基板の表面と強く結合したケージド結合メンバーの使用をもたらすことができる。好ましくは、表面は、カルボキシル基、アミノ基、ヒドロキシル基などである反応基を含む。最も好ましくは、表面は、光透過性であり、シリカ表面上で認められるような表面Si-OH官能基を有する。基板の表面は、好ましくは、リンカー分子の層を備えるが、リンカー分子が本発明の成分を必要としないことが理解されるであろう。リンカー分子は、好ましくは、基板上にある本発明の核酸を、他の核酸分子とハイブリダイズさせ、その基板にさらした分子と自由に相互作用させるのに十分な長さのものである。基板は、ケイ素又はガラスの表面、ポリテトラフルオロエチレン、ポリ二フッ化ビニリデン、ポリスチレン、ポリカーボネート、ナイロン66やニトロセルロースなどの荷電膜、又はその組み合わせであることが多い。好ましい実施形態では、固相支持体はガラスである。好ましくは、基板の少なくとも1つの表面は、実質的に水平である。好ましくは、固相支持体の表面は、それだけに限らないが、カルボキシル基、アミノ基、ヒドロキシル基、チオール基などを含めた反応基を含む。一実施形態では、表面は光透過性である。好ましい実施形態では、基板はポリリジン被覆スライドあるいはγアミノプロピルシラン被覆CorningMicroarrayTechnology-GAPS又はCMT-GAP2被覆スライドである。核酸メンバーが結合することができる任意の固相支持体を、本発明で使用することができる。適切な固相支持体の材料の例には、それだけに限らないが、ガラスやシリカゲルなどのケイ酸塩、セルロース及びニトロセルロース紙、ナイロン、ポリスチレン、ポリメタクリレートpolymethacrylate、ラテックス、ゴム、及びTEFRONTMなどのフッ素樹脂がある。固相支持体の材料は、それだけに限らないが、スライド及びビーズを含めて、多種多様な形状で使用することができる。スライドは、いくつかの機能上の利点を提供するものであり、したがって、固相支持体の好ましい形態である。その表面が水平であるために、ガラススライドを使用すると、プローブ及びハイブリダイゼーション試薬は最小限となる。スライドはまた、試薬の標的化も可能にし、一定の温度で維持することが容易であり、洗浄が容易であり、固相支持体上に固定化したRNA及び/又はDNAの直接の可視化を容易にする。固相支持体上に固定化したRNA及び/又はDNAの切り離しも、スライドを使用すると容易となる。固相支持体として選択した特定の材料は、それが記載の機能をもたらす限り、本発明に必須ではない。通常、本発明を成す又は使用する者は、コスト及び入手し易さの経済性、最終産物の予想される適用の要請、並びに全体の製造プロセスからの要求に基づいて、最も市販されている材料を選択するはずである。スポッティング法一態様では、本発明は、アレイを提供し、そのアレイを含む各核酸メンバーを固相支持体上にスポットする。好ましくは、下記のようにスポッティングを実施する。変形性関節症の、胎児の又は正常な軟骨cDNAライブラリーのcDNAクローンのPCR産物約40μlを、増幅に使用した同じ96ウエルチューブの中で、3M酢酸ナトリウムpH5.24μl1/10倍量及びエタノール100μl2.5倍量で沈殿させ、-20°Cで一晩貯蔵する。次いでそれを3,300rpm、4°Cで1時間遠心分離する。得られたペレットを氷冷70エタノール50μlで洗浄し、再度30分間遠心分離する。次いでそのペレットを空気乾燥させ、3×SSC20μl中で又は50ジメチルスルホキシドDMSO中で一晩十分に再懸濁する。次いで、ロボット型GMS417又は427アレイ製造装置arrayerAffymetrixCaを用いて、単一で又は二連でスライド上にサンプルをスポットする。マイクロアレイ上のスポットの境界に、ダイヤモンド製罫書針で印をつけることができるスポットが処理後見えなくなるため。粒子を含まない温かいddH2Oの皿の上にスライドを約1分間入れることによってアレイを再水和しスポットはわずかに膨張するが、互いに接することはない、70~80°Cの加熱ブロックに3秒間逆さにして指ではじいて乾燥させる。次いで、核酸をスライドにUV架橋しStratageneStratalinker、65mJ、表示を650×100uJである650に設定、又はハイブリダイゼーションの前に80°Cで2~4時間アレイを焼く。アレイをスライドラックに入れる。空のスライドチャンバーを準備し、下記の溶液で満たす:無水コハク酸Aldrich3.0gを1-メチル-2-ピロリジノン189mlに溶解させた試薬の迅速な添加が極めて重要である;無水コハク酸の最後の一片が溶解した直後に、0.2Mホウ酸ナトリウム21.0mlをそれに混合し、その溶液をスライドチャンバーに注ぐ。スライドラックを迅速にかつ均等にスライドチャンバーに沈め、数秒間勢いよく上下に振とうし、確実にスライドにその溶液が残らないようにし、次いでオービタルシェーカーorbitalshaker上で15~20分間混合する。次いでスライドラックを95°CのddH2O中に2分間穏やかに沈め、その後95エタノール中に5回沈める。次いで過剰なエタノールをペーパータオル上に落として、スライドを空気乾燥させる。使用するまでアレイをスライド箱中に室温で貯蔵する。基板に対する本発明の核酸メンバーの結合スポッティングと呼ばれるプロセスに多数の方法を使用することができる。例えば、ポリマー結合の方法を教示する、例えば参照により本明細書に組み込まれる米国特許第5,807,522号の技術を用いて、核酸を結合する。あるいは、当技術分野で知られている密着焼付けの技術を用いて、スポット化を実施することもできる。マイクロアレイの使用1又はそれ以上の標的核酸配列を含むサンプル中の多数の核酸についてアッセイを行うことができるハイスループット技術において、本発明に係る核酸アレイを使用することができる。本発明のアレイは、遺伝子発現分析、変形性関節症の診断及び変形性関節症の予後診断、治療に対する患者の応答のモニタリング、薬物スクリーニングなどを含めて、様々な用途での使用を見出すものである。アレイはまた、本発明の遺伝子の発現パターンに対する特定の活性な作用物質の効果など、薬物の発見及び研究についての幅広い段階の発現スクリーニングにも有用であり、そのような情報を用いて薬物の効力及び毒性、環境モニタリング、疾患の研究などを明らかにする。変形性関節症を診断する手段として、又は治療の効果をモニターし、ステージ特異的な変形性関節症を同定する目的で、これらの配列の少なくとも1種を、より好ましくはこれらの配列の組み合わせを用いて、アレイを作製することができる。標準サンプルの選択は当業者に十分に理解されており、それには、1名又は複数名の健常者から単離したRNAと相補的なサンプルが含まれ、この場合健常者とは変形性関節症に罹患していない個体である。治療の効果をモニターし、又はステージ特異的な変形性関節症を同定する場合、対照は、様々な程度の変形性関節症に罹患している者、及び/又は治療に応答する者のサンプルを含むことが当業者に理解されるであろう。標準サンプルには、軟骨細胞から、又は血液から、又は滑液から単離したRNAと相補的なサンプルも含まれる。標的の調製本発明において、アレイの標的は、好ましくはヒト軟骨、血液又は滑液に由来するものである。標的核酸は、1又はそれ以上の化学結合を介して、通常は相補的な塩基対合により、通常は水素結合の形成により、相補的な配列の核酸プローブ又は核酸メンバーと結合することができる。本明細書において、mRNA転写産物に由来する核酸又はmRNAに対応する核酸とは、mRNA転写産物の合成物又はその部分配列が鋳型として最終的に機能した核酸を意味する。したがって、mRNAから逆転写されたcDNA、そのcDNAから転写されたRNA、そのcDNAから増幅されたDNA、その増幅されたDNAから転写されたRNAなどはすべて、mRNA転写産物に由来し又は対応し、そのような由来する又は対応する産物の検出は、サンプル中での元の転写産物の存在及び/又は量を示し、あるいはそれに比例するものである。したがって、適切な標的核酸サンプルには、それだけに限らないが、遺伝子又は遺伝子群のmRNA転写産物、そのmRNAから逆転写されたcDNA、そのcDNAから転写されたcRNA、遺伝子又は遺伝子群から増幅されたDNA、増幅されたDNAから転写されたRNAなどがある。本明細書で使用する核酸標的は、好ましくはヒトの軟骨、血液又は滑液に由来する。好ましくは、その標的は、ヒトの軟骨、血液又は滑液の抽出物に由来する核酸である。核酸は、当技術分野で公知の方法、例えば逆転写酵素又はPCRを用いて、ヒトの軟骨、血液又は滑液のmRNA抽出物から合成された一本鎖又は二本鎖のDNA、RNA、又はDNA-RNAハイブリッドでもよい。最も単純な実施形態では、そのような核酸標的は、軟骨、血液又は滑液サンプルから単離された総mRNA又はmRNAに対応する核酸サンプル例えば、cDNAを含む。他の実施形態では、例えば、酸性グアニジン-フェノール-クロロホルム抽出法を用いて所与のサンプルから総mRNAを単離し、オリゴdTカラムクロマトグラフィーによって、又はdTn磁性ビーズを用いることによってポリAのmRNAを単離する例えば、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualVols13ColdSpringHarborLaboratory、又はCurrentProtocolsinMolecularBiologyFAusubeletaledGreenePublishingandWileyInterscienceNewYorkを参照。好ましい実施形態では、TRIzol登録商標試薬GIBCOBRLInvitrogenLifeTechnologiesCatNo15596を用いて総RNAを抽出する。260/280nmでの吸光度、及びアガロースゲル電気泳動後の紫外光下での観察によってRNAの純度及び完全性を評価する。いくつかの実施形態では、例えば、滑液を使用するときに、ハイブリダイゼーションの前に標的核酸サンプルを増幅することが望ましい。どんな増幅法を用いても、定量的な結果が所望される場合、増幅した核酸の相対頻度を維持し又は調節する方法を使用することに注意しなければならないことを当業者なら理解するであろう。定量的な増幅の方法は、当業者に周知である。例えば、定量PCRでは、同じプライマーを用いて既知の量の対照配列を同時に増幅する。これは、PCR反応の校正に使用することができる内部標準を提供するものである。次いで、高密度アレイは、増幅した核酸の定量用の内部標準に特異的なプローブを含んでもよい。定量PCRの詳細なプロトコールは、PCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplicationsInnisetalAcademicPressIncNY、リガーゼ連鎖反応LCRWuandWallace1989Genomics4560Landegrenetal1988Science2411077及びBarringeretal1990Gene89117を参照、転写増幅Kwohetal1989ProcNatlAcadSciUSA861173、及び自律性配列複製selfsustainedsequencereplicationGuatellietal1990ProcNatAcadSciUSA871874がある。特に好ましい実施形態では、逆転写酵素、並びにオリゴdT及びファージT7プロモーターをコードする配列からなるプライマーを用いて標的核酸サンプルのmRNAを逆転写して、一本鎖のDNA鋳型を得る。DNAポリメラーゼを用いて第2のDNA鎖を重合する。二本鎖cDNAの合成後、T7RNAポリメラーゼを添加し、cDNA鋳型からRNAを転写する。単一の各cDNA鋳型からの連続した転写の過程の結果、RNAが増幅される。invitro転写の方法は、当業者に周知であり例えば、上記のSambrookを参照、この具体的な方法は、VanGelderetal1990ProcNatlAcadSciUSA8716631667に詳細に記載され、その著者らは、この方法に従ったinvitro増幅によって種々のRNA転写産物の相対頻度が保存されることを実証している。さらに、EberwineetalProcNatlAcadSciUSA8930103014は、invitro転写による2回の増幅を使用して元の開始物質の106倍を超える増幅を実現し、それによって生物学的サンプルが限られている場合でも発現モニタリングを可能にするプロトコールを提供している。標的又は核酸プローブの標識標的又はプローブのどちらかを標識することができる。分子と結合した又はそれに組み込まれた分析上検出可能な任意のマーカーを本発明で使用することができる。分析上検出可能なマーカーとは、分析上検出され定量化される任意の分子、部分又は原子を指す。本発明での使用に適した検出可能な標識には、分光的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的又は化学的手段によって検出可能な任意の組成物が含まれる。本発明における有用な標識には、標識ストレプトアビジン結合体での染色用のビオチン、磁性ビーズ例えば、DynabeadsTM、蛍光色素例えば、フルオレセイン、テキサスレッド、ローダミン、緑色蛍光タンパク質など、放射標識例えば、3H、125I、35S、14C、又は32P、酵素例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、及びELISAで通常使用される他の酵素、金コロイドや、色付きのガラス又はプラスチック例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなどのビーズなどの比色標識がある。そのような標識の使用を教示する特許には、米国特許第3,817,837号、第3,850,752号、第3,939,350号、第3,996,345号、第4,277,437号、第4,275,149号、及び第4,366,241号があり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。そのような標識を検出する手段は、当業者に周知である。したがって、例えば、写真フィルム又はシンチレーション計数器を用いて放射標識を検出することができ、放射光を検出する光検出器を用いて蛍光マーカーを検出することができる。酵素に基質を供給し、基質に対する酵素の作用によって生じる反応産物を検出することによって酵素標識を通常検出し、着色した標識を単に可視化することによって比色標識を検出する。当業者に周知である任意のいくつかの手段によって標識を組み込むことができる。しかし、好ましい実施形態では、サンプル核酸の調製において増幅ステップの間に標識を同時に組み込む。したがって、例えば、標識プライマー又は標識ヌクレオチドを用いたポリメラーゼ連鎖反応PCRによって標識増幅産物が得られる。好ましい実施形態では、標識ヌクレオチド例えば、フルオレセイン標識UTP及び/又はCTPを使用する上述した転写増幅によって、転写された核酸に標識が組み込まれる。あるいは、元の核酸サンプル例えば、mRNA、ポリAmRNA、cDNAなどに又は増幅が終了した後の増幅産物に標識を直接付加することもできる。標識を核酸に結合する手段は当業者に周知であり、それには、例えば、核酸をリン酸化し、その後核酸リンカーを結合連結し、サンプル核酸を標識例えば、蛍光体と結合することによる例えば標識RNAでのニックトランスレーション又は末端標識がある。好ましい実施形態では、蛍光修飾は、シアニン色素、例えばCy-3/Cy-5dUTP、Cy-3/Cy-5dCTPAmershamPharmacia、又はアレクサ色素Khanetal1998CancerRes5850095013によってなされる。好ましい実施形態では、比較に使用する2種の標的サンプルを、区別可能な検出シグナルを生じる異なる蛍光色素で標識し、例えば、正常軟骨から調製した標的をCy5で標識し、軽度の変形性関節症の軟骨から調製した標的をCy3で標識する。別々に標識された標的サンプルを、同時に同じマイクロアレイとハイブリダイズする。好ましい実施形態では、標識された標的を、当業者に公知の方法を用いて、例えばエタノール精製又はカラム精製によって精製する。好ましい実施形態では、標的はマイクロアレイ上の対照プローブとハイブリダイズして、マイクロアレイから得られるシグナルを正規化する1又はそれ以上の対照分子を含む。好ましくは、標識された正規化の標的は、上述のようにマイクロアレイ上にスポットされた対照オリゴヌクレオチドと完全に相補的な核酸配列である。ハイブリダイゼーション後に正規化の対照から得られたシグナルから、完全なハイブリダイゼーションのシグナルをアレイ間で変動させる可能性があるハイブリダイゼーション条件、標識の強度、読み取りの効率及び他の要因における変動についての対照が得られる。好ましい実施形態では、アレイ中の他のプローブすべてから読み取られるシグナル例えば、蛍光強度を、対照プローブのシグナル例えば、蛍光強度で割り、それによって測定値を正規化する。好ましい正規化の標的は、サンプル中に存在する他の標的の平均長を反映するように選択されるが、それは長さの範囲を包含するように選択される。複数の正規化の対照は、アレイ中での他のプローブの平均の塩基組成を反映するように選択することもできるが、好ましい実施形態では、1個又は少数の正規化プローブしか使用せず、それは、うまくハイブリダイズしすなわち、二次構造を有さず、自己ハイブリダイズせず、どんな標的分子とも一致しないように選択される。正規化プローブは、ハイブリダイゼーション効率の空間的な変動を調節するため、アレイ全体にわたってアレイ中の任意の位置に又は複数の位置にある。好ましい実施形態では、正規化の対照は、アレイの角又は端、並びにその中央に位置する。ハイブリダイゼーションの条件核酸のハイブリダイゼーションでは、プローブ又は標的核酸メンバー及びその相補的な標的が、相補的な塩基対合により安定なハイブリッド二重鎖を形成することができる条件下で、変性プローブ又は標的核酸メンバー及び標的核酸を供給する。次いで、ハイブリッド二重鎖を形成しない核酸は洗浄によって除去され、通常は、結合している検出可能な標識の検出によって、残っているハイブリダイズした核酸を検出する。核酸が、核酸を含むバッファーの温度の上昇又は塩濃度の低下によって変性することが一般に認められている。低ストリンジェンシー条件例えば、低温及び/又は高塩下では、ハイブリッド二重鎖例えば、DNA:DNA、RNA:RNA、又はRNA:DNAは、アニールした配列が完全に相補的でない場合でも形成する。したがって、ハイブリダイゼーションの特異性は、低ストリンジェンシー条件で低下する。逆に、高ストリンジェンシー条件例えば、高温又は低塩では、ハイブリダイゼーションの成功にはミスマッチがより少ないことが必要である。本発明は、DigハイブリダイゼーションミックスBoehringer;又は、例えば上記のAusubeletal、及び上記のSambrooketalに記載のホルムアミドを基礎とするハイブリダイゼーション溶液を含むハイブリダイゼーション条件を提供する。ハイブリダイゼーション条件を最適化する方法は、当業者に周知である例えば、LaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiologyVol24HybridizationWithNucleicacidProbesPTijssenedElsevierNYを参照。ハイブリダイゼーションの後、ハイブリダイズしなかった標識又は非標識核酸を、簡便に洗浄によって支持体表面から除去し、それによって基板表面上でハイブリダイズした標的核酸のパターンが得られる。様々な洗浄液が当業者に知られ、それを使用することができる。ハイブリダイズした標識オリゴヌクレオチド及び/又は核酸の得られたハイブリダイゼーションのパターンを、試験核酸の特定の標識に基づいて選択される特定の形の検出法で様々に可視化し又は検出することができ、代表的な検出手段には、シンチレーションカウンター、オートラジオグラフィー、蛍光測定、熱量測定、発光測定などがある。画像取得及びデータ分析ハイブリダイゼーション及び複数の洗浄ステップ及び/又はその後の処理の後、上述のように、得られたハイブリダイゼーションパターンを検出する。ハイブリダイゼーションパターンを検出し又は可視化する際に、その標識の強度又はシグナル値を検出するだけでなく定量化し、このことは、ハイブリダイゼーションの各スポットからのシグナルを測定し、既知の数の末端標識核酸が発するシグナルに対応する単位値と比較して、ハイブリダイゼーションパターンにおいて、アレイ上の特定のスポットとハイブリダイズする各末端標識標的の数又はコピー数の絶対値を得ることを意味する。アレイへのハイブリダイゼーションから収集したデータを分析する方法は、当技術分野で周知である。例えば、ハイブリダイゼーションの検出で蛍光標識を使用する場合、データ分析は、収集したデータから、基板の位置の関数として蛍光強度を決定し、外れ値、すなわち所定の統計分布から逸脱したデータを除去し、残ったデータの試験核酸の相対的な結合アフィニティを算出するステップを含んでよい。得られたデータは、結合したオリゴヌクレオチド及び/又は核酸と試験核酸の間の結合アフィニティに従って各領域での強度が様々な画像として表示される。各サンプルが異なる蛍光色素で標識されている場合、比較する2つの軟骨サンプルの同時分析に下記の検出プロトコールを使用する。マイクロアレイの各エレメントを第1の蛍光色で走査する。各アレイのエレメントでの蛍光の強度は、サンプル中のその遺伝子の発現レベルに比例する。走査の操作を第2の蛍光標識について反復する。2つの蛍光強度の比から、2つの組織サンプル中の相対遺伝子発現レベルの非常に正確な定量的測定値が得られる。好ましい実施形態では、レーザー励起供給源、並びにCy3及びCy5蛍光体に適した干渉フィルターを備えた特注の共焦点顕微鏡で得られた画像から、固定化した標的核酸配列の蛍光強度を決定した。各蛍光体について、1画素当たり解像度225μm2、65,536階調で別々の走査画像を得た。ハイブリダイゼーションの領域を特定する画像の区分化、2蛍光体の画像間での強度の正規化、各標的での正規化した平均蛍光値の算出は、記載されている通りであるKhanetal1998CancerRes5850095013、Chenetal1997BiomedOptics2364374。画像間の正規化を使用して、2種の異なる蛍光体で標識し検出する際の異なる効率を調整する。これは、アレイ上にスポットした一連の内部標準遺伝子の一シグナル強度比の値を平衡化することによって実現される。他の好ましい実施形態では、Cy3及びCy5チャネルでアレイを走査し、別々の16ビットのTIFF画像として保存する。アレイ上の各スポットからのハイブリダイゼーション強度データを捕捉するグリッド化のプロセスを含むソフトウェアを用いて画像を取り込み、分析する。各スポットの蛍光強度及びバックグラウンドを差し引いたハイブリダイゼーション強度を収集し、Cy3に対するCy5の測定された平均強度の比を算出する。線形回帰の手法を正規化に使用し、Cy3に対するCy5の測定された強度の散布図の傾きが1であると推定する。その比の平均を算出し、それを使用してデータを再設計し、傾きを1に調整する。1と等しくない発現比を、示差的な遺伝子発現を示すものとして使用する。特に好ましい実施形態では、サンプル中の1又はそれ以上の核酸配列の転写レベル及びそれによる発現を定量することが所望される場合、標的核酸サンプルは、その遺伝子又は遺伝子群の複数のmRNA転写産物の濃度、又はその複数のmRNA転写産物に由来する核酸の濃度がその遺伝子の転写レベル及びそれによる発現レベルに比例するものである。同様に、ハイブリダイゼーションシグナル強度がハイブリダイズした核酸の量に比例することが好ましい。その比例が相対的に厳密である例えば、転写の割合が倍加すると、サンプルの核酸プール中のmRNA転写産物が倍化し、ハイブリダイゼーションシグナルが倍加することが好ましいが、その比例はより緩和したものでもよく、非線形でも依然として意味のある結果が得られることを当業者なら理解するであろう。したがって、例えば、標的mRNAの濃度が5倍異なるとハイブリダイゼーション強度が3~6倍異なるアッセイは、ほとんどの目的で十分である。より正確な定量化を必要とする場合、適当な対照を実行して、本明細書に記載のサンプルの調製及びハイブリダイゼーションで導入された変動を訂正する。さらに、標準の標的mRNAの連続した希釈系列を使用して、当業者に周知の方法に従って校正曲線を作成する。もちろん、転写産物の有無の単なる検出が所望される場合、綿密な対照又は校正は不要である。例えば、アレイ上の核酸メンバーがハイブリダイゼーション後に標識されていない場合、このことから、その核酸メンバーを含む遺伝子がどちらのサンプル中にも発現していないことが示唆される。核酸メンバーが単一色で標識されている場合、標識された遺伝子が片方のサンプルでのみ発現していることが示される。アレイを含む核酸メンバーがどちらの色でも標識されていることから、その遺伝子がどちらのサンプル中にも発現していることが示唆される。1細胞当たり1回発現した遺伝子も検出する1/100,000の感度。比較する2つのサンプルにおける発現強度の差から、示差的な発現が示唆され、2つのサンプル間での強度の比が1.0と等しくなく、好ましくは0.7未満であり又は1.2を超え、より好ましくは0.5未満であり又は1.5を超える。RT-PCR本発明の態様では、逆転写RTをポリメラーゼ連鎖反応PCRと組み合わせて用いて、サンプルからバイオマーカーのRNA産物を増幅することによって本発明のバイオマーカーのRNA産物の発現レベルを測定することができる。本明細書の一実施形態によれば、当業者に理解されているようにRTは定量的である可能性がある。サンプルの総RNA、又はmRNAを鋳型として使用し、本発明のバイオマーカーの転写された部分に特異的なプライマーを使用して、逆転写を開始する。RNAを逆転写してcDNAにする方法は周知であり、上記のSambrooketal1989に記載されている。市販されているソフトウェア例えば、PrimerDesigner1.0,ScientificSofwareなどを利用して、プライマーの設計を行うことができる。逆転写の産物を、引き続いてPCRの鋳型として使用する。PCRは、耐熱性のDNA依存性DNAポリメラーゼによって媒介される複数サイクルのDNA複製を用いて、対象とする標的配列を増幅することにより、特定の核酸配列を迅速に増幅する方法を提供するものである。PCRは、増幅する核酸、増幅する配列に隣接する2種の一本鎖ヌクレオチドプライマー、DNAポリメラーゼ、デオキシリボヌクレオシド三リン酸、バッファー及び塩の存在を必要とする。PCRの方法は、当技術分野で周知である。PCRは、MullisandFaloona1987MethodsEnzymol155335に記載のように行われ、この文献は参照により本明細書に組み込まれる。鋳型DNA少なくとも1fg、より一般には1~1000ng、及び少なくとも25pmolのオリゴヌクレオチドプライマーを用いてPCRを行う。典型的な反応混合物は、DNA2μl、25pmolのオリゴヌクレオチドプライマー、10HPCRバッファー1PerkinElmerFosterCityCA2.5μl、1.25μMdNTPs0.4μl、TaqDNAポリメラーゼPerkinElmerFosterCityCA0.15μl又は2.5単位、及び全量25μlにする脱イオン水を含む。ミネラルオイルを重層し、プログラム設定可能なサーマルサイクラーを用いてPCRを行う。PCRサイクルの各ステップの長さ及び温度、並びにサイクル数を、実際上のストリンジェンシー要件に従って調整する。プライマーが鋳型とアニールすると予想される効率と、許容されるミスマッチの程度の両方によって、アニーリング温度及びタイミングを決定する。プライマーのアニーリング条件のストリンジェンシーを最適化する能力は、十分に当業者の知識の範囲内である。30°C~72°Cの間のアニーリング温度を用いる。鋳型分子の最初の変性は、通常92°C~99°Cの間で4分間行い、その後、変性94~99°Cで15秒~1分間、アニーリング上記で論じたように決定した温度で1~2分間、及び伸長72°Cで1分間からなる20~40サイクルを行う。一般に最後の伸長ステップを72°Cで4分間実施し、その後に4°Cの無制限の0~24時間ステップを行ってもよい。実際上定量的なQRT-PCRを行って、遺伝子発現レベルの定量的な測定値を得ることもできる。QRT-PCRでは、2ステップで逆転写及びPCRを行うこともでき、あるいは逆転写をPCRと組み合わせて同時に行うこともできる。TaqmanPerkinElmerFosterCityCAなどのキットが市販されているこれらの技術の1つを、転写産物特異的なアンチセンスプローブを用いて実施する。このプローブは、PCR産物例えば、遺伝子に由来する核酸の断片に特異的であり、クエンチャー及び蛍光レポータープローブをオリゴヌクレオチドの5’末端に複合体化して調製する。異なる蛍光マーカーを異なるレポーターと結合させ、1反応で2種の産物の測定を可能にする。TaqDNAポリメラーゼが活性化したとき、それは、その5’から3’へのエキソヌクレアーゼ活性により、鋳型と結合したプローブの蛍光レポーターを切断する。クエンチャーの不在下では、レポーターはそのとき蛍光を発する。レポーターの色の変化は、それぞれの特異的な産物の量に比例し、蛍光測定器によってそれを測定し、したがって、各色の量を測定しPCR産物を定量化する。多数の個体に由来するサンプルが同時に処理され測定されるように96ウエルプレート中でPCR反応を行う。Taqmanシステムは、ゲル電気泳動を必要としないというさらなる利点を有し、標準曲線とともに使用したとき定量化が可能となる。それ以外でPCR産物を定量的に検出するのに有用な第2の技術は、市販されているQuantiTectSYBRGreenPCRQiagenValenciaCaliforniaなどの挿入色素を使用することである。PCR段階の間にPCR産物に組み込まれ、PCR産物の量に比例して蛍光を発する蛍光標識としてSYBRグリーンを用いてRT-PCRを行う。TaqmanシステムもQuantiTectSYBRシステムも、RNAの逆転写の後で使用することができる。逆転写は、PCRのステップと同じ反応混合物中で行うこともでき1ステッププロトコール、あるいはPCRを利用する増幅の前に最初に行うこともできる2ステッププロトコール。さらに、蛍光分子及びクエンチャーを有するプローブを使用するモレキュラービーコン登録商標を含めた、mRNA発現産物を定量的に測定する他のシステムが知られ、そのプローブはヘアピン構造を形成することができ、その結果ヘアピン形態中にあるとき蛍光分子が失活し、ハイブリダイズしたとき蛍光が増大し遺伝子発現の定量的な測定値が得られる。RNA発現を定量的に測定するさらなる技術には、それだけに限らないが、ポリメラーゼ連鎖反応、リガーゼ連鎖反応、Qβレプリカーゼ例えば、国際出願第PCT/US87/00880号を参照、等温増幅法例えば、WalkeretalPNAS89382396を参照、鎖置換増幅法SDA、修復鎖反応repairchainreaction、非対称定量PCR例えば、米国公開第US200330134307A1号を参照、及びFujaetal2004JournalofBiotechnology108193205に記載されているマルチプレックス微粒子ビーズアッセイmultiplexmicrospherebeadassayがある。核酸配列増幅NASBA及び3SRを含めた、転写に基づく増幅システムTASを使用して、サンプルからRNAを増幅することによって遺伝子発現のレベルを測定することができる。例えば、KwohetalPNASUSA861173、国際公開WO88/10315号、及び米国特許第6,329,179号を参照されたい。NASBAでは、従来のフェノール/クロロホルム抽出、熱変性、DNA及びRNAの単離用の溶解バッファー及びミニスピンカラムでの処理、又はRNAの塩化グアニジン抽出を用いて、増幅用の核酸を調製することができる。これらの増幅技術では、標的特異的な配列を有するプライマーをアニールさせる。重合の後、二本鎖DNA分子を再度熱変性させる間、DNA/RNAハイブリッドをRNaseHで消化する。第2の標的特異的なプライマーを添加し、その後重合を行うことによって、どちらの場合でも、一本鎖DNAを完全に二本鎖にする。次いで、二本鎖DNA分子を、T7やSP6などのポリメラーゼによって多重に転写する。等温サイクル反応では、RNAを二本鎖DNAに逆転写し、T7やSP6などのポリメラーゼによって一度転写する。得られた産物は、切断されたものであれ完全なものであれ、標的特異的な配列を示す。いくつかの技術を使用して、増幅産物を分離することができる。例えば、従来の方法を用いて、アガロース、アガロース-アクリルアミド、又はポリアクリルアミドのゲル電気泳動によって増幅産物を分離することができる。Sambrooketal1989を参照されたい。電気泳動を行わずに定量的にPCR産物を検出するいくつかの技術を、本発明に従って使用することもできる例えば、PCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplicationsInnisetalAcademicPressIncNYを参照。例えば、クロマトグラフィー技術を使用して分離を実施することもできる。本発明で使用することができる多種類のクロマトグラフィー:吸着、分配、イオン交換及び分子篩、HPLC、並びにカラム、紙、薄層及びガスクロマトグラフィーを含めたそれらを使用するための多数の特化した技術があるFreifelderPhysicalBiochemistryApplicationstoBiochemistryandMolecularBiology2ndedWmFreemanandCoNewYorkNY1982。PCR反応で使用するオリゴヌクレオチドプライマーを、種々の型の小分子リガンドで共有結合により標識することによって、他の例の分離方法を行う。そのような分離の1つでは、様々なリガンドが各オリゴヌクレオチド上に存在する。リガンドの1つと特異的に結合する分子、おそらく抗体、又はリガンドがビオチンの場合はアビジンを使用して、96ウエルELISAプレートなどのプレートの表面を被覆する。PCR反応物をそのような調製プレートの表面に加えると、PCR産物がその表面に特異的に結合する。プレートを洗浄して結合しなかった試薬を除去した後、第1のリガンドと結合する第2の分子を含む溶液を添加する。この第2の分子は、いくつかの種類のレポーター系と連結されている。第2の分子は、PCR産物が生成している場合プレートとのみ結合し、それによってどちらのオリゴヌクレオチドプライマーも最終PCR産物に組み込まれる。次いで、ELISA反応を検出し定量するのと同じように、市販のプレートリーダーでPCR産物の量を検出し定量する。本明細書に記載のものなどのELISAに類似した系が、C-Trackという商号でRaggioItalgene社によって開発されている。対象とする核酸配列の増幅であるかどうか確認するために、増幅産物を可視化しなければならない。典型的な可視化の方法の1つでは、ゲルをエチジウムブロマイドで染色し、UV光下で可視化する。あるいは、増幅産物が放射又は蛍光標識ヌクレオチドで一体的に標識されている場合、分離後に増幅産物をx線フィルムに露光し、又は適当な刺激スペクトルの下で可視化することができる。一実施形態では、可視化は間接的に行われる。増幅産物の分離後、標識核酸プローブを、対象とする増幅核酸配列と接触させる。プローブは、好ましくは発色団と結合しているが、放射標識することもできる。他の実施形態では、プローブは、抗体やビオチンなどの結合相手と結合し、その結合対の他のメンバーが検出可能な部分を有する。他の実施形態では、検出は、サザンブロット法及び標識プローブを用いたハイブリダイゼーションによって行う。サザンブロット法に関する技術は、当業者に周知であり、分子プロトコールに関する多数の標準的な書物に認めることができる。上記のSambrooketal1989を参照されたい。簡単に説明すると、増幅産物をゲル電気泳動で分離する。次いで、ゲルをニトロセルロースなどの膜と接触させて、核酸の移動及び非共有結合を行わせる。その後、標的増幅産物とハイブリダイズすることができる発色団結合プローブとともに膜をインキュベートする。検出は、x線フィルムへの膜の露光又はイオン放射検出装置によって行う。上記の一例は、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第5,279,721号に記載され、この文献は、自動化した電気泳動及び核酸の移動についての装置及び方法を開示している。その装置は、ゲルの外部操作を行わずに電気泳動及びブロットを可能にし、理想的には本発明に従った方法の実施に適している。ヌクレアーゼ保護アッセイ本発明の他の実施形態では、ヌクレアーゼ保護アッセイリボヌクレアーゼ保護アッセイとS1ヌクレアーゼアッセイの両方を含むを使用して、本発明のバイオマーカーのRNA産物を検出し定量することができる。ヌクレアーゼ保護アッセイでは、アンチセンスプローブ例えば、放射標識又は非同位体で標識されているを、溶液中でRNAサンプルとハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーション後、一本鎖である、ハイブリダイズしなかったプローブ及びRNAをヌクレアーゼにより分解する。アクリルアミドゲルを使用して、残っている保護された断片を分離する。通常、溶液でのハイブリダイゼーションは、膜に基づくハイブリダイゼーションより効率がよく、ブロットでのハイブリダイゼーションが最大でサンプルRNA20~30μgであるのと比べて、それは最大でサンプルRNA100μgまで適応できる。リボヌクレアーゼ保護アッセイは、最も一般的なタイプのヌクレアーゼ保護アッセイであり、RNAプローブの使用を必要とする。オリゴヌクレオチド及び他の一本鎖DNAプローブのみを、S1ヌクレアーゼを含むアッセイに使用することができる。一本鎖のアンチセンスプローブは通常、ヌクレアーゼによる、プローブと標的のハイブリッドの切断を防止するために、標的RNAと完全に相同でなければならない。ノーザンブロット当業者に知られている従来のノーザンハイブリダイゼーション技術に従って、標準的なノーザンブロットアッセイを使用して、RNA転写産物のサイズを確認し、選択的スプライシングによるRNA転写産物、及び本発明のバイオマーカーのRNA産物の相対量を同定することもできる。ノーザンブロットでは、変性条件下のアガロースゲルでの電気泳動により、RNAサンプルをサイズで最初に分離する。次いで、RNAを膜に移し、架橋し、標識プローブとハイブリダイズさせる。ランダムプライム法、ニックトランスレーション法又はPCRにより得られるDNAプローブ、invitro転写RNAプローブ、及びオリゴヌクレオチドを含めて、非同位体の又は高比活性放射標識プローブを使用することができる。さらに、部分的な相同性しか有さない配列例えば、異なる種由来のcDNA、又はエキソンを含む可能性があるゲノムDNA断片をプローブとして使用することができる。標識プローブ、例えば、完全長の一本鎖DNA又はそのDNA配列の断片を含む放射標識cDNAは、長さが少なくとも20個、少なくとも30個、少なくとも50個、又は少なくとも100個の連続したヌクレオチドでもよい。当業者に知られている多数の様々な方法のいずれかによって、プローブを標識することができる。これらの研究で最も一般に使用される標識は、放射性元素、酵素、紫外光にさらしたとき蛍光を発する化学物質他である。いくつかの蛍光物質が知られ、それを標識として利用することができる。これには、それだけに限らないが、フルオレセイン、ローダミン、オーラミン、テキサスレッド、AMCAブルー、及びルシファーイエローがある。特定の検出物質は、ヤギで作製され、イソチオシアネートを介してフルオレセインと結合した抗ウサギ抗体である。放射性元素で又は酵素でタンパク質を標識することもできる。現在利用されている計数の手順のいずれかによって放射活性標識を検出することができる。同位体の非限定的な例には、3H、14C、32P、35S、36Cl、51Cr、57Co、58Co、59Fe、90Y、125I、131I、及び186Reがある。酵素標識も同様に有用であり、現在利用されている比色定量、分光光度測定、蛍光分光光度測定、電流測定又は気体定量の技術のいずれかによって検出することができる。カルボジイミド、ジイソシアネート、グルタルアルデヒドなどの架橋分子との反応によって、選択した粒子と酵素を結合する。当業者に知られているどんな酵素も利用することができる。そのような酵素の例には、それだけに限らないが、ペルオキシダーゼ、β-D-ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、グルコースオキシダーゼペルオキシダーゼ、及びアルカリホスファターゼがある。米国特許第3,654,090号、第3,850,752号、及び第4,016,043号は、一例として、代替の標識物質及び方法の開示について言及している。5.18本発明のバイオマーカーのタンパク質産物を測定する技術タンパク質産物標準的な技術を利用して、サンプル中に存在する対象のタンパク質又はタンパク質群の量を決定することもできる。例えばウェスタンブロット、免疫沈降後のドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動SDS-PAGE、免疫細胞化学分析などの例えばイムノアッセイを用いて、例えば標準的な技術を使用してサンプル中に存在する対象のタンパク質又はタンパク質群の量を決定することができる。対象とするタンパク質の検出に好ましい作用物質は、対象とするタンパク質と結合することができる抗体であり、好ましくは、検出可能な標識の付いた抗体である。そのような検出の方法では、当業者に周知の技術を用いて、分析するサンプルのタンパク質を容易に単離することができる。タンパク質の単離の方法は、例えば、Harlow及びLaneHarlowEandLaneDAntibodiesALaboratoryManualColdSpringHarborLaboratoryPressColdSpringHarborNewYorkに記載のものなどでよい。対象とするタンパク質又はタンパク質群の検出に好ましい方法では、タンパク質特異的抗体との相互作用を介してそれを検出する。例えば、本明細書に記載のように、対象とするタンパク質に対する抗体を利用することができる。当業者に周知の標準的な技術を利用して、抗体を生成することができる。例えば、本願のセクション5.5.1、及びそのような抗体生成技術についてより詳細に論じている、参照により本明細書に組み込まれる米国公開第20040018200号のセクション5.2を参照されたい。簡単に説明すると、そのような抗体は、ポリクローナルでもよく、あるいは、より好ましくはモノクローナルでもよい。抗体そのもの、又は抗体フラグメント例えば、Fab又はFab’2を、例えば使用することができる。好ましくは、抗体はヒト又はヒト化抗体である。例えば、対象とするタンパク質に特異的な抗体、又は抗体の断片を使用して、そのタンパク質の存在を定量的に又は定性的に検出することができる。これは、例えば、免疫蛍光技術によって実現することができる。さらに、免疫蛍光法や免疫電子顕微鏡法などで抗体又はそのフラグメントを組織に使用して、対象とするタンパク質をinsituで検出することができる。insituでの検出は、患者から組織標本例えば、生検標本を取り出し、タンパク質に対する標識抗体をそれに加えることによって実現することができる。好ましくは、生物学的サンプル上に標識抗体又はフラグメントを重層することによって抗体又はフラグメントを加える。そのような手順の使用により、サンプル内での対象とするタンパク質の存在だけでなく、その分布、細胞例えば、軟骨細胞及びリンパ球中でのその存在をも決定することができる。そのようなinsituでの検出を行うために、多種多様な周知の組織学的方法染色手順などを利用することができる。対象とするタンパク質のイムノアッセイは、生物学的サンプルを、対象とするタンパク質を同定することができる検出可能な標識抗体とともにインキュベートするステップと、当技術分野で周知のいくつかの技術のいずれかにより、結合した抗体を検出するステップとを含む。下記でより詳細に記載するように、標識されたという用語は、例えば、抗体に対する検出可能な物質の結合すなわち物理的な連結による抗体の直接的な標識を指す可能性があり、直接的に標識した他の試薬との反応による抗体の間接的な標識を指す可能性もある。間接的な標識の例には、蛍光標識した二次抗体を使用する一次抗体の検出がある。例えば、生物学的サンプルをニトロセルロースなどの固相支持体又は担体、あるいは細胞、細胞粒子又は可溶性タンパク質を固定化することができる他の固相支持体に接触させ、それに固定化することができる。次いで、適切なバッファーでその支持体を洗浄し、その後検出可能な標識の付いたフィンガープリント遺伝子特異的な抗体で処理することができる。次いで、固相支持体をバッファーで2回洗浄して、結合しなかった抗体を除去することができる。次いで、固相支持体上の結合した標識の量を従来の手段によって検出することができる。タンパク質性の作用物質において固相支持体又は担体は、抗原又は抗体と結合することができる任意の支持体を意図している。周知の支持体又は担体には、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然及び修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、及び磁鉄鉱がある。担体の性質は、本発明の目的ではある程度可溶性でもよく、あるいは不溶性でもよい。支持体の材料は、結合分子が抗原又は抗体と結合することができる限り、事実上考えられるどんな構造的形態をとることもできる。したがって、支持体の形態は、ビーズのような球状でもよく、あるいは、試験管の内部表面、又は棒の外部表面のような円筒形でもよい。あるいは、表面は、シートや試験ストリップなど水平でもよい。好ましい支持体にはポリスチレンビーズがある。当業者であれば、抗体又は抗原の結合に適した多数の他の担体は周知であり、あるいは日常的な実験を用いることによって同じことを確認することができるであろう。検出可能な標識を特定の抗体に付けることができる方法の1つは、酵素に同じものを連結することによるものであり、酵素イムノアッセイEIAで使用するVollerATheEnzymeLinkedImmunosorbentAssay1978DiagnosticHorizons217MicrobiologicalAssociatesQuarterlyPublicationWalkersvilleMDVollerAetal1978JClinPathol31507520ButlerJE1981MethEnzymol73482523MaggioE1980EnzymeImmunoassayCRCPressBocaRatonFLIshikawaEetal1981EnzymeImmunoassayKgakuShoinTokyo。抗体と結合した酵素は、例えば、分光光度測定、蛍光測定又は視覚的な手段によって検出することができる化学的部分が生じるような形で、適当な基質と、好ましくは発色基質と反応する。検出可能な標識を抗体に付けるのに使用することができる酵素には、それだけに限らないが、リンゴ酸脱水素酵素、ブドウ球菌ヌクレアーゼ、デルタ-5-ステロイドイソメラーゼ、酵母アルコール脱水素酵素、α-グリセロリン酸脱水素酵素、トリオースリン酸イソメラーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、アスパラギナーゼ、グルコースオキシダーゼ、β-ガラクトシダーゼ、リボヌクレアーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコース-6-リン酸脱水素酵素、グルコアミラーゼ、及びアセチルコリンエステラーゼがある。検出は、酵素の発色基質を使用する比色定量の方法によって実現することができる。検出はまた、同様に調製した標準サンプルと比較した、基質の酵素反応の程度の視覚的な比較によって実現することもできる。検出はまた、他の様々なイムノアッセイのいずれかを用いて実現することもできる。例えば、抗体又は抗体フラグメントを放射標識することによって、ラジオイムノアッセイRIAの使用により対象とするタンパク質を検出することができる例えば、参照により本明細書に組み込まれるWeintraubBPrinciplesofRadioimmunoassaysSeventhTrainingCourseonRadioligandAssayTechniquesTheEndocrineSocietyMarch1986を参照。γカウンター又はシンチレーションカウンターの使用などの手段、あるいはオートラジオグラフィーによって、放射性同位体例えば、125I、131I、35S又は3Hを検出することができる。抗体を蛍光化合物で標識することもできる。蛍光標識した抗体を適当な波長の光にさらしたとき、その存在を蛍光により検出することができる。最も一般に使用される蛍光標識化合物は、フルオレセインイソシアネート、ローダミン、フィコエリスリン、フィコシアニン、アロフィコシアニン、o-フタルデヒドphthaldehyde及びフルオレスカミンである。152Euやランタニド系の他のものなど蛍光放射金属を用いて、検出可能な標識を抗体に付けることもできる。ジエチレントリアミンペンタ酢酸DTPAやエチレンジアミン四酢酸EDTAなどの金属キレート群を用いて、これらの金属を抗体に結合することができる。抗体を化学発光化合物と結合することによって、検出可能な標識を抗体に付けることもできる。次いで、化学反応の経過中に生じる発光の存在を検出することによって、化学発光タグの付いた抗体が存在することを決定する。特に有用な化学発光標識化合物は、ルミノール、イソルミノール、セロマチックtheromaticアクリジニウムエステル、イミダゾール、アクリジウム塩、及びシュウ酸エステルである。同様に、生物発光化合物を使用して、本発明の抗体を標識することができる。生物発光は、生物系でみられる化学発光の一種であり、触媒タンパク質が化学発光反応の効率を高める。発光の存在の検出によって、生物発光タンパク質が存在することを決定する。標識の目的で重要な生物発光化合物は、ルシフェリン、ルシフェラーゼ及びエクオリンである。タンパク質アレイ本発明のバイオマーカーのタンパク質産物と特異的に及び/又は選択的に結合するポリペプチドを、タンパク質アレイ上に固定化することができる。タンパク質アレイを診断の道具として使用して、例えば、本発明のバイオマーカーのポリペプチドタンパク質産物が存在するかどうか、医学的なサンプル単離細胞、血液、滑液、血清、生検材料などをスクリーニングすることができる。タンパク質アレイはまた、例えば本発明のバイオマーカーによってコードされるポリペプチドと結合する、抗体並びに他のリガンドをも含む可能性がある。ポリペプチドアレイを作製する方法は、例えば、DeWildtetal2000NatureBiotech18989994Luekingetal1999AnalBiochem270103111Ge2000NucAcidsRes28e3MacBeathandSchreiber2000Science28917601763;国際公開WO01/40803及びWO99/51773A1;並びに米国特許第6,406,921号に記載されている。例えば、GeneticMicroSystems及びAffymetrixSantaClaraCaliforniaUSA又はBioRoboticsCambridgeUKから市販されているロボット装置を用いて、アレイ用のポリペプチドを高速でスポットすることができる。アレイの基板は、例えば、ニトロセルロース、プラスチック、例えば表面修飾ガラスなどのガラスでもよい。アレイはまた、多孔性基板、例えばアクリルアミド、アガロース、又は他のポリマーを含んでもよい。例えば、アレイは、例えば上記のDeWildtに記載されている抗体のアレイでもよい。ポリペプチドリガンドを産生する細胞を、アレイの形式で、フィルター上で増殖させる。ポリペプチドの産生を誘導し、発現した抗体を細胞の場所でフィルターに固定化する。アレイの各場所での結合の程度についての情報を、例えばコンピュータのデータベース中に蓄積することができる。一実施形態では、アレイは、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種、又は任意の組み合わせのタンパク質産物のアレイである。一態様では、本発明は、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物と選択的に結合する、アレイと結合した抗体を提供する。5.19タンパク質作製標準的な組換え核酸の方法を使用して、本発明のポリペプチド又は抗体例えば、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物を発現させることができる。一般に、ポリペプチドをコードする核酸配列を核酸発現ベクター中にクローン化する。もちろん、タンパク質が複数のポリペプチド鎖を含む場合、発現ベクター中に、例えば同じ又は異なる細胞中で発現する同じ又は異なるベクター中に各鎖をクローン化しなければならない。タンパク質が十分に小さい、すなわちタンパク質が50アミノ酸未満のペプチドである場合、自動化された有機合成の方法を用いてタンパク質を合成することができる。本発明のバイオマーカーの5’領域、3’領域又は内部コード領域を含むポリペプチドを、本発明のバイオマーカーの5’領域、3’領域又は内部コード領域に対応するヌクレオチド配列しか含まない核酸発現ベクターから発現させる。本発明のバイオマーカーのタンパク質産物、あるいは本発明のバイオマーカーの5’領域、3’領域又は内部コード領域によってコードされるポリペプチドに対する抗体を産生する方法を提供する。ポリペプチドを発現する発現ベクターは、ポリペプチド又はその断片をコードするセグメントに加えて、例えば、対象とする複数の核酸と機能的に連結したプロモーターを含めて、調節配列を含んでよい。多数の適切なベクター及びプロモーターが当業者に知られ、本発明の組換え構築物を生成するのに商業的に入手可能である。一例として、下記のベクターが提供されている。細菌性:pBs、ファージスクリプトphagescript、PsiX174、pBluescriptSK、pBsKS、pNH8a、pNH16a、pNH18a、pNH46aStratageneLaJollaCaliforniaUSA;pTrc99A、pKK223-3、pKK233-3、pDR540、及びpRIT5PharmaciaUppsalaSweden。真核生物性:pWLneo、pSV2cat、pOG44、PXTI、pSGStratagenepSVK3、pBPV、pMSG、及びpSVLPharmacia。好ましい種類の好ましいライブラリーの1つは、下記に記載するディスプレイライブラリーである。当業者に周知の方法を使用して、本発明のポリペプチド、及び適当な転写/翻訳制御シグナルを含むベクターを構築することができる。これらの方法には、invitro組換えDNA技術、合成技術、及びinvivo組換え/遺伝的組換えがある。例えば、SambrookRussellMolecularCloningALaboratoryManual3rdEditionColdSpringHarborLaboratoryNY、及びAusubeletalCurrentProtocolsinMolecularBiologyGreenePublishingAssociatesandWileyInterscienceNYに記載されている技術を参照されたい。CATクロラムフェニコールトランスフェラーゼベクター、又は選択マーカーの付いた他のベクターを用いて、任意の所望の遺伝子からプロモーター領域を選択することができる。適当な2つのベクターがpKK232-8及びpCM7である。特定の名前の付いた細菌性プロモーターには、lacI、lacZ、T3、T7、gpt、λP、及びtrcがある。真核生物性プロモーターには、CMV即時型、HSVチミジンキナーゼ、初期及び後期SV40、レトロウイルス由来LTR、マウスメタロチオネイン-I、及び当技術分野で知られている様々な組織特異的プロモーターがある。特定の実施形態では、プロモーターは誘導性プロモーターである。他の実施形態では、プロモーターは構成的プロモーターである。さらに他の実施形態では、プロモーターは組織特異的プロモーターである。一般に、組換え発現ベクターは、複製起点、宿主細胞の形質転換を可能にする選択マーカー、例えば大腸菌E.coliのアンピシリン耐性遺伝子及び出芽酵母S.cerevisiaeの栄養要求性マーカーURA3、LEU2、HIS3、TRPl遺伝子など、並びに下流の構造遺伝子の転写を誘導する、高度に発現される遺伝子に由来するプロモーターを含む。そのようなプロモーターは、特に、3-ホスホグリセリン酸キナーゼPGKなどの糖分解酵素、α因子a-factor、酸性ホスファターゼ、又は熱ショックタンパク質をコードするオペロンに由来するものでもよい。翻訳開始及び終結配列を付けて、好ましくは細胞周辺腔又は細胞外媒質への翻訳されたタンパク質の分泌を誘導することができるリーダー配列を付けて、適当な相で本発明のポリヌクレオチドを構築する。場合によっては、本発明の核酸は、例えば、発現した組換え産物の安定化又は精製の単純化など所望の特性を付与するN末端同定ペプチドを含む融合タンパク質をコードする可能性がある。本発明のポリヌクレオチドを適切な翻訳開始及び終結シグナルと一緒に、場合によっては操作可能な読み取り相で機能的なプロモーターとともに挿入することによって、有用な細菌発現ベクターを構築する。ベクターは、1又はそれ以上の表現型選択マーカー、及びベクターを確実に維持し、望ましい場合には宿主内での複製をもたらす複製起点を含む。形質転換に適した原核生物宿主には、大腸菌、枯草菌Bacillussubtilis、ネズミチフス菌Salmonellatyphimurium、並びにシュードモナスPseudomonas属、ストレプトマイセスStreptomyces属、及びスタフィロコッカスStaphylococcus属内の様々な種があるが、選択上他のものを使用することもできる。代表的であるが非限定的な例として、有用な細菌発現ベクターは、周知のクローン化ベクターpBR322ATCC37017の遺伝エレメントを含む市販のプラスミドに由来する選択マーカー及び細菌性複製起点を含んでよい。そのような市販のベクターには、例えば、pKK223-3PharmaciaFineChemicalsUppsalaSweden及びpGEM1PromegaMadisonWisconsinUSAがある。本発明は、本発明のポリペプチドを含むように遺伝子工学で作製された宿主細胞を提供する。例えば、そのような宿主細胞は、既知の形質転換、トランスフェクション又は感染の方法を用いて宿主細胞に導入された本発明の核酸を含んでよい。本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドを発現するように遺伝子工学で作製された宿主細胞も提供し、そのようなポリヌクレオチドは、細胞内でポリヌクレオチドの発現を駆動する、宿主と異種の調節配列と機能的に結合している。本発明はさらに、本発明のベクターを含む宿主細胞を提供し、核酸は、既知の形質転換、トランスフェクション又は感染の方法を用いて宿主細胞に導入される。宿主細胞は、哺乳動物細胞や、酵母細胞などの下等真核生物宿主細胞など真核生物宿主細胞でもよく、あるいは、宿主細胞は、細菌細胞などの原核細胞でもよい。例えば、カルシウムリン酸トランスフェクション、DEAEデキストラン媒介トランスフェクション、又はエレクトロポレーションによって宿主細胞への組換え構築物の導入を実施することができるDavisLetalBasicMethodsinMolecularBiology。無細胞翻訳系を使用して、本発明のDNA構築物に由来するRNAを用いてそのようなタンパク質を生成することもできる。任意の宿主/ベクター系を使用して、表2に挙げた1又はそれ以上の遺伝子又はスプライス変異体を発現させることができる。原核生物及び真核生物の宿主に使用するのに適したクローン化及び発現ベクターは、Sambrooketalにより、MolecularCloningALaboratoryManualSecondEditionColdSpringHarborNewYorkに記載されており、その開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。最も好ましい宿主細胞は、特定のポリペプチドを天然に発現せず、あるいはそのポリペプチドを発現する天然のレベルが低いものである。特定の実施形態では、誘導性調節エレメントの制御下で本発明のポリヌクレオチドを含む内因性遺伝子を発現するように宿主細胞を工学的に作製し、その場合、内因性遺伝子の調節配列を相同組換えによって置換することができる。本明細書に記載するように、標的遺伝子導入を使用して、遺伝子の有する既存の制御領域を、異なる遺伝子から単離した調節配列、又は遺伝子工学の方法によって合成した新規の調節配列と置換することができる。そのような調節配列は、プロモーター、エンハンサー、骨格結合領域、負の調節エレメント、転写開始部位、制御タンパク質結合部位、又は前記配列の組み合わせからなるものでよい。あるいは、タンパク質の輸送又は分泌特性を促進又は改変するポリアデニル化シグナル、mRNA安定成分、スプライス部位、リーダー配列、あるいはタンパク質又はRNA分子の機能又は安定性を変化させ又は向上させる他の配列を含めて、生成したRNA又はタンパク質の構造又は安定性に影響を及ぼす配列を、ターゲティングにより置換し、除去し、付加し、又は他の形で改変することができる。本発明の宿主はまた、酵母又は他の菌類でもよい。酵母では、構成的な又は誘導性のプロモーターを含むいくつかのベクターを使用することができる。総説には、AusubeletalCurrentProtocolsinMolecularBiologyVol2GreenePublishAssocWileyInterscienceCh13Grantetal1987ExpressionandSecretionVectorsforYeastMethodsEnzymol153516544GloverDNACloningVolIIIRLPressWashDCCh3Bitter1987HeterologousGeneExpressioninYeastMethodsEnzymol152673684及びStrathernetalTheMolecularBiologyoftheYeastSaccharomycesColdSpringHarborPressVolsIandIIを参照されたい。潜在的に適切な酵母株には、サッカロミセスセレビシエ、シゾサッカロミセスポンベSchizosaccharomycespombe、クルイベロマイセスKluyveromyces株、カンジダCandida、又は異種タンパク質を発現することができる任意の酵母株がある。潜在的に適切な細菌株には、大腸菌Escherichiacoli、霊菌Serratiamarescansなどの腸内細菌enterobacteriaceae、枯草菌などの桿菌、ネズミチフス菌、シュードモナス、又は異種タンパク質を発現することができる任意の細菌株がある。タンパク質が酵母又は細菌中で生成される場合、機能的なタンパク質を得るために、例えば、適当な部位のリン酸化又は糖鎖付加により、その中で生成したタンパク質を修飾することが必要である可能性がある。既知の化学的又は酵素的方法によって、そのような共有結合を実施することができる。様々な哺乳動物細胞培養系を使用して、組換えタンパク質を発現させることもできる。哺乳動物発現系の例には、Gluzman1981Cell23175に記載されているサル腎線維芽細胞のCOS-7系統などのサルCOS細胞、チャイニーズハムスター卵巣CHO細胞、ヒト腎293細胞、ヒト表皮A431細胞、ヒトColo205細胞、3T3細胞、CV-1細胞、正常二倍体細胞、invitro初代組織培養物に由来する細胞株、初代移植片、HeLa細胞、マウスL細胞、BHK、HL-60、U937、HaK、C127、3T3、又はJurkat細胞、及び適合性ベクターを発現することができる他の細胞系がある。哺乳動物発現ベクターは、複製起点、適切なプロモーター、また任意の必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライス供与及び受容部位、転写終結配列、及び5’フランキング非転写配列を含む。タンパク質の発現で使用される微生物細胞は、凍結融解の反復、超音波破砕、機械的破壊、又は細胞溶解剤の使用を含めて、任意の従来の方法によって破壊することができる。細菌培養物中で生成される組換えポリペプチドは、細胞ペレットから最初に抽出し、その後、1回又は複数回の塩析、水性イオン交換クロマトグラフィー又はサイズ排除クロマトグラフィーのステップを行うことによって通常単離される。いくつかの実施形態では、鋳型核酸はまた、ポリペプチドタグ、例えばペンタヒスチジン又はヘキサヒスチジンをもコードする。当技術分野で周知の技術を用いて組換えタンパク質を単離することができる。例えば、ScopesProteinPurificationPrinciplesandPracticeSpringerVerlagNewYorkは、組換え及び非組換えタンパク質を精製するいくつかの一般的な方法を提供している。その方法には、例えば、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、選択的沈殿、透析、及び疎水性相互作用クロマトグラフィーがある。本明細書に記載したものの変更、改変及び他の実施が、本発明の趣旨及び範囲から逸脱することなく、当業者なら思い浮かぶであろう。本明細書に記載の本発明をより完全に理解することができるように、下記の実施例を示す。本実施例が例示的な目的のみのものであり、どんな形にでも本発明を限定するものと解釈されるべきでないことが理解されるはずである。5.20変形性関節症又はその症状の予防、治療、管理又は改善に使用する化合物を同定する方法5.20.1バイオマーカーの発現又は活性をモジュレートする化合物を同定する方法本発明は、本発明のバイオマーカーの産物と結合する化合物を同定する方法を提供する。本発明はまた、本発明のバイオマーカーの産物の発現及び/又は活性をモジュレートする化合物を同定する方法をも提供する。そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症を研究するための1又はそれ以上の動物モデルの開発に有用である。さらに、そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症又はその症状の予防、治療、管理及び/又は改善のための予防及び治療用の組成物の開発におけるリード化合物として有用である。そのような方法は、invivoでの潜在的な予防薬及び治療薬の試験に関する労力及び多大な費用を、本明細書に記載のinvitro及びexvivoの方法によって同定された化合物に効率よく集中させる点で特に有用である。本発明は、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物を同定する方法を提供し、前記方法は、a本発明の1若しくはそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片、あるいは本発明の1若しくはそれ以上のバイオマーカーのRNA産物又はその断片を発現する細胞を試験化合物と接触させるステップと、b試験化合物がそのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と結合できるかどうかを決定し、その結果、化合物がタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、RNA部分と結合する場合、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物が同定されるステップとを含む。例えば、細胞は、酵母細胞でもよく、あるいは哺乳動物由来の細胞でもよい。試験化合物がタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と結合できるかどうかの決定は、例えば、試験化合物がタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と結合したかどうかを複合体中の標識化合物を検出することによって決定することができるように、試験化合物を放射性同位体又は酵素標識と結合することによって実現することができる。例えば、125I、35S、14C、又は3Hで直接的に又は間接的に試験化合物を標識し、放射線放出の直接計数により、又はシンチレーション計数によりその放射性同位体を検出することができる。あるいは、試験化合物を、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、又はルシフェラーゼで酵素標識し、適当な基質の産物への変換を決定することにより酵素標識を検出することができる。特定の実施形態では、そのアッセイは、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片、あるいは本発明の1若しくはそれ以上のバイオマーカーのRNA産物又はその断片を発現する細胞を、そのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と結合する既知の化合物と接触させてアッセイ混合物とするステップと、そのアッセイ混合物を試験化合物と接触させるステップと、試験化合物がそのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と相互作用できるかどうかを決定するステップとを含み、試験化合物がそのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と相互作用できるかどうかを決定するステップは、既知の化合物と比べて試験化合物がそのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と優先的に結合できるかどうかを決定するステップを含む。本発明は、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物を同定する方法を提供し、前記方法は、a本発明の1若しくはそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片、あるいは本発明の1若しくはそれ以上のバイオマーカーのRNA産物又はその一部分を試験化合物と接触させるステップと、b試験化合物がそのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と結合できるかどうかを決定し、その結果、化合物がタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、RNA部分と結合する場合、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物が同定されるステップとを含む。試験化合物がタンパク質産物又はタンパク質断片と結合するかどうかを、直接的に又は間接的に決定することができる。特定の実施形態では、そのアッセイは、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片、あるいは本発明の1若しくはそれ以上のバイオマーカーのRNA産物又はその一部分を、そのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と結合する既知の化合物と接触させてアッセイ混合物とするステップと、そのアッセイ混合物を試験化合物と接触させるステップと、試験化合物がそのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と相互作用できるかどうかを決定するステップとを含み、試験化合物がそのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と相互作用できるかどうかを決定するステップは、既知の化合物と比べて試験化合物がそのタンパク質産物、タンパク質断片、RNA産物、又はRNA部分と優先的に結合できるかどうかを決定するステップを含む。当技術分野で周知の技術を用いて、試験化合物と、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片、あるいは本発明のバイオマーカーのRNA産物又はその一部分との結合を決定することができる。本発明の上記アッセイ法のいくつかの実施形態では、本発明のバイオマーカーのRNA産物又はその一部分、あるいはその標的分子を固定化して、複合体ではない形態のRNA産物又はRNA部分、その標的分子、あるいはその両方からの複合体形態の分離を促進するとともに、アッセイの自動化に適応させることが望ましい可能性がある。本発明の上記アッセイ法の複数の実施形態では、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片、あるいはその標的分子を固定化して、複合体ではない形態の一方又は両方のタンパク質からの複合体形態の分離を促進するとともに、アッセイの自動化に適応させることが望ましい可能性がある。本発明のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片との試験化合物の結合は、反応物を入れるのに適した任意の容器中で実現することができる。そのような容器の例には、マイクロタイタープレート、試験管、及び微小遠心管がある。一実施形態では、一方又は両方のタンパク質を基板に結合させることができるドメインを付加する融合タンパク質を提供することができる。例えば、グルタチオン-S-トランスフェラーゼGST融合タンパク質をグルタチオンセファロースビーズSigmaChemicalStLouisMO又はグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着させることができ、次いでそれを試験化合物、あるいは試験化合物及び非吸着標的タンパク質又は本発明のバイオマーカーのタンパク質産物若しくはその断片と混合し、複合体形成を促す条件下で例えば、塩及びpHについて生理的な条件でその混合物をインキュベートする。インキュベーション後、ビーズ、又はマイクロタイタープレートのウエルを洗浄して、結合しなかった構成成分を除去し、例えば、上述のように直接的に又は間接的に複合体形成を測定する。あるいは、複合体を基板から解離させることもでき、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片の結合レベルを、標準的な技術を用いて決定することができる。本発明のスクリーニングアッセイで、タンパク質を基板上に固定化する他の技術を使用することもできる。例えば、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片、あるいは標的分子を、ビオチンとストレプトアビジンの結合を利用して固定化することができる。本発明のバイオマーカー又は標的分子のビオチン化タンパク質産物を、ビオチン-NHSN-ヒドロキシスクシンイミドから、当技術分野で周知の技術例えば、ビオチン化キット、PierceChemicalsRockfordILを用いて調製し、ストレプトアビジン被覆96ウエルプレートPierceChemicalのウエル中に固定化することができる。あるいは、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片と反応する抗体を、プレートのウエルに誘導体化し、抗体の結合によりタンパク質をウエル中で捕捉することもできる。GST固定化複合体について上述したものに加えて、そのような複合体を検出する方法には、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物と反応する抗体を用いた複合体の免疫検出、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片、あるいは標的分子に関連する酵素活性の検出を利用する酵素結合アッセイが含まれる。試験化合物への本発明のバイオマーカーのタンパク質産物又はその断片の相互作用又は結合は、そのようなタンパク質又はタンパク質の断片を2ハイブリッドアッセイ又は3ハイブリッドアッセイでベイトbaitタンパク質として用いて決定することもできる例えば、米国特許第5,283,317号;ZervosetalCell72223232MaduraetalJBiolChem2681204612054BarteletalBioTechniques14920924IwabuchietalOncogene816931696;及び国際公開WO94/10300号を参照。本発明は、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物を同定する方法を提供し、前記方法は、a本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質又はRNA産物を発現する細胞を試験化合物と接触させるステップと、ba中に存在するタンパク質又はRNA産物の量を決定するステップと、ca中の量を、試験化合物と接触させていない対応する対照細胞中に存在する量と比較し、その結果、そのタンパク質又はRNA産物の量が対照での量と比べて変化した場合、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物が同定されるステップとを含む。特定の実施形態では、複数の発現レベルが、本明細書に記載のアッセイ例えば、マイクロアレイ又はRT-PCR又は当業者に周知のアッセイを利用することにより測定される対照での発現レベルと比べて5、10、15、25、30、40、50、5~25,10~30、少なくとも1倍、少なくとも1.5倍、少なくとも2倍、4倍、5倍、10倍、25倍、1~10倍、又は5~25倍変化する。別の実施形態では、そのような方法は、細胞中に存在する本発明のバイオマーカーの少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも12種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、1~5種、1~10種、5~10種、5~25種、又は10~40種、全種あるいは任意の組み合わせのタンパク質又はRNA産物の量を決定するステップと、その量を対照中に存在する量と比較するステップとを含む。本明細書に記載の、細胞に基づくアッセイで利用する細胞は、当技術分野で公知の技術を利用して、本発明のバイオマーカーを発現するように工学的に作製することができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、RecombinantExpressionVectorsandHostCellsという名称の米国特許第6,245,527号の第III節を参照されたい。あるいは、本発明のバイオマーカーを内因的に発現する細胞を使用することもできる。例えば、軟骨細胞を使用することができる。特定の実施形態では、正常な個体、あるいは軽度の、中程度の、顕著な又は重篤な変形性関節症である個体から軟骨細胞を単離し、試験化合物の存在下又は不在下で、様々な時間すなわち、30分、1時間、5時間、24時間、48時間及び96時間それをインキュベートする。予防又は治療用の作用物質をスクリーニングするとき、本発明のバイオマーカーの完全な配列又はその機能的な一部分のクローンを使用して軟骨細胞にトランスフェクトする。トランスフェクトした軟骨細胞を、試験化合物の存在下又は不在下で、様々な時間すなわち、1、2、3、5、7、10、又は14日間培養する。インキュベーション後、軟骨細胞から標的核酸サンプルを調製し、正常、軽度の変形性関節症、中程度の変形性関節症、顕著な変形性関節症、及び重篤な変形性関節症のうち少なくともいずれか2種に由来する軟骨細胞中で示差的に発現される核酸配列に対応する核酸プローブとそれをハイブリダイズさせる。核酸プローブは、当技術分野で周知であり本明細書に記載されている方法に従って、例えば放射活性標識で標識する。例えば、上記のAusubeletal、又は上記のSambrooketalに記載のように、ノーザンブロットによってハイブリダイゼーションを実施する。本明細書で定義する、軽度の変形性関節症、中程度の変形性関節症、顕著な変形性関節症、及び重篤な変形性関節症のいずれかのRNAと比較した正常のRNAの、アレイ上でのサンプルに対する標的のハイブリダイゼーションの差から、示差的に発現される軟骨細胞特異的な核酸配列に対応するRNAの発現レベルが示唆される。試験化合物の存在下でのインキュベーションステップによる標的配列の発現レベルの変化から、対応する軟骨細胞特異的な核酸配列の発現を増大又は低下させる化合物が示唆される。本発明はまた、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物を同定する方法をも提供し、前記方法は、a無細胞抽出物例えば、軟骨細胞抽出物を、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質又はRNA産物をコードする核酸配列及び試験化合物と接触させるステップと、ba中に存在するタンパク質又はRNA産物の量を決定するステップと、ca中の複数の量を、試験化合物と接触させていない対応する対照に存在する量と比較し、その結果、そのタンパク質又はRNA産物の量が対照での量と比べて変化した場合、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物が同定されるステップとを含む。特定の実施形態では、複数の発現レベルが、本明細書に記載のアッセイ例えば、マイクロアレイ又はRT-PCR又は当業者に周知のアッセイを利用することにより測定される対照サンプルでの発現レベルと比べて5、10、15、25、30、40、50、5~25、10~30、少なくとも1倍、少なくとも1.5倍、少なくとも2倍、4倍、5倍、10倍、25倍、1~10倍、又は5~25倍変化する。別の実施形態では、そのような方法は、抽出物中に存在する本発明のバイオマーカーの少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも12種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、1~5種、1~10種、5~10種、5~25種、又は10~40種、全種あるいは任意の組み合わせのタンパク質又はRNA産物の量を決定するステップと、その量を対照中に存在する量と比較するステップとを含む。特定の実施形態では、本発明のバイオマーカーのRNA産物の量を決定し、他の実施形態では、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物の量を決定するが、さらに他の実施形態では、本発明のバイオマーカーのRNA及びタンパク質産物の量を決定する。本発明のバイオマーカーのRNA又はタンパク質産物の量を決定する標準的な方法及び組成物を利用することができる。そのような方法及び組成物は、上記で詳細に記載している。特定の実施形態では、本明細書に記載のスクリーニングアッセイにおいて、キットを利用して本発明のバイオマーカーのタンパク質又はRNA産物の量を決定する。そのようなキットは、本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせの、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種又はそれ以上のタンパク質又はRNA産物の発現を測定するのに必要とする材料及び試薬を含む。特定の実施形態では、キットはさらに、1血液、軟骨細胞又は滑液からRNAを精製するための試薬;2試験核酸を生成するためのプライマー;3dNTP及び/又はrNTP予め混合したもの又は別々のもの、場合によっては一意的に標識された1又はそれ以上のdNTP及び/又はrNTP例えば、ビオチン化したあるいはCy3又はCy5タグの付いたdNTPを含む;4蛍光色素の化学的に活性な誘導体などの合成後標識試薬;5逆転写酵素、DNAポリメラーゼなどの酵素;6種々のバッファー、例えばハイブリダイゼーションバッファー及び洗浄バッファー;7標識プローブ精製試薬、及びスピンカラムのような構成品など;8タンパク質精製試薬;9シグナル発生及び検出試薬、例えばストレプトアビジン-アルカリホスファターゼ結合体、化学蛍光基質又は化学発光基質など、種々の方法で使用する1又はそれ以上のさらなる試薬を含んでよい。特定の実施形態では、キットは、対照として使用する、予め標識され、品質管理されたタンパク質及び/又はRNA転写産物好ましくは、mRNAを含む。いくつかの実施形態では、キットはRT-PCRキットである。他の実施形態では、キットは核酸アレイ及びタンパク質アレイである。本発明に従ったそのようなキットは少なくとも、本発明のタンパク質又は核酸メンバーが結合したアレイと、そのパッケージング手段とを含む。あるいは、本発明のタンパク質又は核酸メンバーをアレイ上に予めパッケージングすることもできる。特定の実施形態では、本発明のバイオマーカーのRNA産物を測定するキットは、RNA産物の発現を測定するのに必要な材料及び試薬を含む。例えば、マイクロアレイ又はRT-PCRキットを使用することができ、それは、本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料のみを含む。あるいは、いくつかの実施形態では、キットは、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物のレベルを測定するのに必要なものに限らない材料及び試薬を含んでよい。例えば、マイクロアレイキットは、本発明のバイオマーカー以外の少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種又はそれ以上の遺伝子のRNA産物のレベルを測定するのに必要なものに限らない材料及び試薬に加えて、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含んでよい。特定の実施形態では、マイクロアレイ又はRT-PCRキットは、本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせと、本発明のバイオマーカーでない1種、2種、3種、4種、5種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、55種、60種、65種、70種、75種、80種、85種、90種、95種、100種、125種、150種、175種、200種、225種、250種、300種、350種、400種、450種、又はそれ以上の遺伝子、あるいは本発明のバイオマーカーでない1~10種、1~100種、1~150種、1~200種、1~300種、1~400種、1~500種、1~1000種、25~100種、25~200種、25~300種、25~400種、25~500種、25~1000種、100~150種、100~200種、100~300種、100~400種、100~500種、100~1000種又は500~1000種の遺伝子のRNA産物のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含む。核酸マイクロアレイキットでは、キットは一般に、固相支持体表面に結合したプローブを含む。検出可能な標識でプローブを標識することができる。特定の実施形態では、プローブは、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせの5’領域、3’領域、内部コード領域、複数のエキソン、複数のイントロン、複数のエキソン結合部、又は複数のエキソン-イントロン結合部に特異的である。マイクロアレイキットは、アッセイ、及びアッセイを行った結果得られたデータを解釈し分析する方法を行うための説明書を含むことがある。キットはまたハイブリダイゼーション試薬、及び/又はプローブが標的核酸配列とハイブリダイズするときに発生するシグナルを検出するのに必要な試薬を含むこともある。一般に、マイクロアレイキットの材料及び試薬は1又はそれ以上の容器に入っている。キットの各構成品は一般に、その適切な容器に入っている。RT-PCRキットでは、キットは一般に、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせの特定のRNA産物例えば、複数のエキソン、複数のイントロン、複数のエキソン結合部、及び複数のエキソン-イントロン結合部に特異的な、予め選択したプライマーを含む。RT-PCRキットはまた、核酸の逆転写及び/又は増幅に適した酵素例えば、Taqなどのポリメラーゼ、並びに逆転写及び増幅の反応混合物に必要なデオキシヌクレオチド及びバッファーを含んでもよい。RT-PCRキットはまた、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせに特異的なプローブを含んでもよい。プローブは、検出可能な標識例えば、蛍光標識で標識してもよく、あるいはしなくてもよい。RT-PCRキットの各構成品は一般に、その適切な容器に入っている。したがって、これらのキットは一般に、個々の各試薬、酵素、プライマー及びプローブに適した別々の容器を含む。さらに、RT-PCRキットは、アッセイ、及びアッセイを行った結果得られたデータを解釈し分析する方法を行うための説明書を含むことがある。抗体に基づくキットでは、キットは例えば、1対象とするタンパク質例えば、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせのタンパク質産物と結合する一次抗体固相支持体に結合していてもよく、あるいはしていなくてもよいと、任意選択で2タンパク質又は一次抗体と結合し、検出可能な標識例えば、蛍光標識、放射性同位体又は酵素と結合した異なる二次抗体を含んでよい。抗体に基づくキットはまた、免疫沈降を行うためのビーズを含んでもよい。抗体に基づくキットの各構成品は一般に、その適切な容器に入っている。したがって、これらのキットは一般に、各抗体に適した別々の容器を含む。さらに、抗体に基づくキットは、アッセイ、及びアッセイを行った結果得られたデータを解釈し分析する方法を行うための説明書を含むことがある。レポーター遺伝子に基づくアッセイを行って、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物を同定することもできる。特定の実施形態では、本発明は、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物を同定する方法を提供し、前記方法は、a化合物を、本発明のバイオマーカーの調節エレメント例えば、プロモーター/エンハンサーエレメントと機能的に連結したレポーター遺伝子を含むレポーター遺伝子構築物を発現する細胞と接触させるステップと、b前記レポーター遺伝子の発現を測定するステップと、ca中の量を、試験化合物と接触させていない対応する対照細胞中に存在する量と比較し、その結果、発現したレポーター遺伝子の量が対照細胞での量と比べて変化した場合、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物が同定されるステップとを含む。この実施形態によれば、細胞はバイオマーカーを天然に発現するものでもよく、あるいは、バイオマーカーを発現するように工学的に作製してもよい。他の実施形態では、本発明は、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物を同定する方法を提供し、前記方法は、a化合物を、無細胞抽出物、及び本発明のバイオマーカーの調節エレメント例えば、プロモーター/エンハンサーエレメントと機能的に連結したレポーター遺伝子を含むレポーター遺伝子構築物と接触させるステップと、b前記レポーター遺伝子の発現を測定するステップと、ca中の量を、試験化合物と接触させていない対応する対照中に存在する量と比較し、その結果、発現したレポーター遺伝子の量が対照での量と比べて変化した場合、変形性関節症又はその症状を予防、治療、管理又は改善できるかどうかを試験すべき化合物が同定されるステップとを含む。当業者に周知の任意のレポーター遺伝子を、本発明の方法に従って用いるためのレポーター遺伝子構築体中で使用し得る。レポーター遺伝子とは、その存在例えば、RT-PCR、ノーザンブロット、ウエスタンブロット、ELISA等又は活性によって容易に検出可能なRNA転写物又はタンパク質をコードするヌクレオチド配列をいう。レポーター遺伝子の非限定的な例は、以下の表4に例示してある。レポーター遺伝子は当業者に周知の任意の方法で得られ、そのエレメントのヌクレオチド配列は当業者に周知の任意の方法によって決定し得る。レポーター遺伝子のヌクレオチド配列は、たとえば文献又はGenBankなどのデータベースから得ることができる。あるいは、レポーター遺伝子をコードするポリヌクレオチドは、適切な供与源由来の核酸から作製し得る。特定のレポーター遺伝子をコードする核酸を含むクローンは利用可能でないが、レポーター遺伝子の配列が知られている場合は、レポーター遺伝子をコードしている核酸を化学合成するか、適切な供与源たとえば、cDNAライブラリ、あるいはレポーター遺伝子を発現している任意の組織若しくは細胞から作製したcDNAライブラリ、又はレポーター遺伝子を発現している任意の組織若しくは細胞から単離した核酸、好ましくはポリARNAから、PCR増幅によって得てもよい。レポーター遺伝子のヌクレオチド配列が決定されたあと、レポーター遺伝子のヌクレオチド配列をヌクレオチド配列の操作について当分野で周知の方法、たとえば、組換えDNA技術、部位特異的突然変異誘発、PCRなどを用いて操作したとえば、Sambrook他、1990、MolecularCloningALaboratoryManual、第2版、ColdSpringHarborLaboratory、ニューヨーク州ColdSpringHarbor及びAusubel他編、1998、CurrentProtocolsinMolecularBiology、JohnWileySons、ニューヨークに記載の技術を参照。これらの開示はその全体が参照により本明細書中に組み込まれる、異なるアミノ酸配列を有するレポーター遺伝子、たとえばアミノ酸の置換、欠失、及び/又は挿入を作製し得る。本発明においては、本発明のバイオマーカーの1つ又はそれ以上、全て又は任意の組み合わせを天然に又は通常発現する細胞を、本明細書に記載の方法において用いることができる。あるいは、当技術分野で周知の技法及び本明細書に記載の方法を用いて、本発明のバイオマーカー又はレポーター遺伝子ーの1つ又はそれ以上、全て又は任意の組み合わせを発現するように細胞を操作してもよい。そのような技術の例としては、限定されるものではないが、リン酸カルシウム沈降例えば、GrahamVanderEb1978Virol52546参照、デキストラン媒介トランスフェクション、リン酸カルシウム媒介トランスフェクション、ポリブレン媒介トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、リポソーム中への核酸の封入、及び核酸の核への直接マイクロインジェクションが挙げられる。特定の実施形態において、本明細書に記載の方法において用いる細胞は、軟骨細胞、リンパ球T又はBリンパ球、単球、好中球、マクロファージ、好酸球、好塩基球、赤血球又は血小板である。好ましい実施形態において、本明細書に記載の方法において用いる細胞は軟骨細胞である。別の好ましい実施形態において、本明細書に記載の方法において用いる細胞はリンパ球である。別の実施形態において、本明細書に記載の方法において用いる細胞は、供与源、例えば組織から誘導された不死化細胞系である。核酸の翻訳、任意によりしかし好ましくは転写、を可能にする任意の無細胞抽出物を、本明細書に記載の方法において用いることができる。無細胞抽出物は、任意の種の起源の細胞から単離することができる。例えば、無細胞翻訳抽出物は、ヒト細胞、培養マウス細胞、培養ラット細胞、チャイニーズハムスター卵巣CHO細胞、アフリカツメガエル卵母細胞、ウサギ網膜細胞、コムギ胚芽、又はライ胚から単離しうる例えば、KriegMelton1984Nature308203及びDignametal1990MethodsEnzymol182194203参照。あるいは、無細胞翻訳抽出物、例えばウサギ網膜細胞溶解物及びコムギ胚芽抽出物は、例えばPromegaMadisonWIから購入することができる。好ましい実施形態において、無細胞抽出物はヒト細胞から単離された抽出物である。特定の実施形態において、ヒト細胞はHeLa細胞、リンパ球又は軟骨細胞である。本発明のバイオマーカーのRNA及び/又はタンパク質産物の発現レベルをモジュレートする能力に加えて、少なくともいくつかの場合には、化合物は本発明のバイオマーカーのタンパク質の活性をモジュレートすることが望ましい。したがって、本発明は、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の活性をモジュレートする化合物を同定する方法を含む、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善する能力について試験対象の化合物を同定する方法を提供する。そのような方法は、a本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物を発現する細胞と被験化合物を接触させるステップ、bタンパク質産物の活性レベルを測定するステップ、cその活性レベルを被験化合物と接触させていない対応の対照細胞の活性レベルを比較するステップを含み、ステップaの活性レベルが対照細胞における活性レベルと比較して変化している場合には、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善する能力について試験対象の化合物が同定される。特定の実施形態において、活性レベルは、本明細書に記載のアッセイ例えばマイクロアレイ又はRT-PCR、又は当業者に周知のアッセイを用いて測定した場合に、対照における活性レベルと比較して、5、10、15、25、30、40、50、5~25、10~30、少なくとも1倍、少なくとも1.5倍、少なくとも2倍、4倍、5倍、10倍、25倍、1~10倍、又は5~25倍変化する。別の実施形態において、そのような方法は、細胞に存在する本発明のバイオマーカーの、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも12、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、1~5、1~10、5~10、5~25、又は10~40、全て又は任意の組み合わせのタンパク質産物の活性レベルを測定するステップ、及び活性レベルを対照に存在するレベルと比較するステップを含む。本発明は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善する能力について試験対象の化合物を同定する方法であって、a無細胞抽出物を本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物をコードする核酸及び被験化合物と接触させるステップ、bタンパク質産物の活性レベルを測定するステップ、cその活性レベルを被験化合物と接触させていない対応の対照における活性レベルと比較するステップを含み、ステップaにおける活性レベルが対照における活性レベルと比較して変化している場合には、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善する能力について試験対象の化合物が同定される。特定の実施形態において、活性レベルは、本明細書に記載のアッセイ例えばマイクロアレイ又はRT-PCR、又は当業者に周知のアッセイを用いて測定した場合に、対照における活性レベルと比較して、5、10、15、25、30、40、50、5~25、10~30、少なくとも1倍、少なくとも1.5倍、少なくとも2倍、4倍、5倍、10倍、25倍、1~10倍、又は5~25倍変化する。別の実施形態において、そのような方法は、サンプル中に存在する本発明のバイオマーカーの、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも12、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、1~5、1~10、5~10、5~25、又は10~40、全て又は任意の組み合わせのタンパク質産物の活性レベルを測定するステップ、及び活性レベルを対照に存在するレベルと比較するステップを含む。本発明のバイオマーカーのタンパク質産物の活性レベルを測定するために、標準的な技術を利用することができる。例えば、当技術分野で周知の技法を用いて測定可能な本発明のバイオマーカーのタンパク質産物の活性の例については表5を参照のこと。5.20.2化合物の生物学的活性変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善する能力について試験対象の化合物簡便性のため、本明細書中リード化合物というの同定に際しては、化合物をさらに研究してもよい。例えば、本発明の方法により同定される化合物は、炎症、好ましくは関節炎、より好ましくは変形性関節症の認可された動物モデルにおいて、invivoで試験してもよい。さらに、本方法により同定される化合物は、それらの特異性に関して分析してもよい。特に、化合物は、軟骨細胞によるII型コラーゲン及びプロテオグリカンの生成に対する影響について試験しうる。そのようなさらなる化合物の研究のための技術は当業者に周知である。一実施形態において、リード化合物の効果は、標的細胞の細胞増殖及び生存性を測定することにより評価しうる。そのようなアッセイは、変形性関節症に関与する細胞型の代表的な細胞例えば軟骨細胞において実施しうる。あるいは、患者からの培養細胞を用いないで、リード化合物は細胞系の細胞を用いてスクリーニングしてもよい。当技術分野で周知の多くのアッセイを用いて、リード化合物への暴露後の患者細胞又は細胞系の生存性及び/又は増殖を評価することができる。例えば、細胞増殖は、ブロモデオキシウリジンBrdU取り込み例えば、Hoshinoetal1986IntJCancer38369Campanaetal1988JImmunolMeth10779参照又は3H-チミジン取り込み例えばChenJ1996Oncogene131395403JeoungJ1995JBiolChem2701836773参照を、直接細胞計数により、既知遺伝子原癌遺伝子、例:fos、mycなどの転写、翻訳若しくは活性の変化を検出することにより、又は細胞周期マーカーRb、cdc2、cyclinA、D1、D2、D3、Eなどの変化を検出することにより測定して、アッセイすることができる。そのようなタンパク質及びRNA例えばmRNA及び活性のレベルは、当技術分野で周知の任意の方法により測定することができる。例えば、タンパク質は、既知の免疫診断方法、例えば市販の抗体を用いたウエスタンブロッティング又は免疫沈降法により定量しうる。mRNAは、当技術分野で周知かつ慣用の方法、例えばノーザン分析、RNase保護、逆転写に関するポリメラーゼ連鎖反応を用いて定量しうる。細胞生存性は、トリパンブルー染色又は他の当技術分野で公知の細胞死若しくは生存マーカーを用いて評価しうる。特定の実施形態において、細胞ATPのレベルを測定して、細胞生存性を判定する。分化、例えば形態の変化に基づいて、可視的に評価しうる。軟骨細胞増殖アッセイの一例は以下の通りである。軟骨細胞をヒトの重篤なOAの軟骨切片から既に記載されているように回収するDohertyPJZhangHTrembleyLManolopoulosVandMarshallKW1998OsteoartitisandCartilage6153160。次に細胞を洗浄し、計数し、平底96ウエルプレートCorningにDMEM中に1×104細胞/ウエルで接種する。細胞がプレートに付着した後、それをDMEMのみで洗浄し、10FCSを含む又は含まないDMEM中で、種々の濃度のリード化合物と共に48時間インキュベートする。各ウエルにおける細胞数を、10μlのWST-1生存細胞におけるミトコンドリアデヒドロゲナーゼにより切断されてホルマザンとなるテトラゾリウム塩を各ウエルに添加し、1分間十分に混合し、37°Cにて1.5時間インキュベートすることにより判定する。続いて、プレートをマイクロプレートオートリーダーBIOTEKInstrumentsにより450nmの吸光度で走査する。生存細胞数は、450nmにおける吸光度の測定によって定量される、形成したホルマザンの量に反映されるLangIHoffmannCOlipHPabstMAHahnTDohrGDesoyeG2001DifferentialmitogenicresponsesofhumanmacrovascularandmicrovascularendothelialcellstocytokinesunderlinetheirphenotypicheterogeneityCellProlif3414355。リード化合物への暴露が及ぼす軟骨細胞によるII型コラーゲン及びプロテオグリカンの生成に対する影響は、当技術分野で周知の技法を用いて判定しうる。さらに、特定の変形性関節症の症状の予防、治療、管理又は改善のための治療の効力を評価するための当技術分野で周知の任意のアッセイを、リード化合物を用いて実施してもよい。動物モデル化合物は、ヒトにおける使用の前に、好適な動物モデル系において試験しうる。そのような動物モデル系としては、限定されるものではないが、ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ブタ、イヌ、ウサギなどが挙げられる。当技術分野で周知の任意の動物系を用いることができる。特定の実施形態において、化合物はマウスモデルにおいて試験する。化合物は、反復投与してもよい。認可されている動物モデルを使用して、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理及び又は改善のための、上述した本方法により同定される化合物の効力を判定することができる。そのようなモデルとしては、当技術分野で公知の炎症性関節炎の種々の実験動物モデルが挙げられ、CroffordLJandWilderRLArthritisandAutoimmunityinAnimalsArthritisandAlliedConditionsATextbookofRheumatologyMcCartyetalChapter30に記載されている。当技術分野で公知のかつ広く使用されている関節炎又は炎症性疾患の主な動物モデルとしては、アジュバントにより誘導された関節炎ラットモデル、コラーゲンにより誘導された関節炎ラット及びマウスモデル、及び抗原により誘導された関節炎ラット、ウサギ及びハムスターモデルが挙げられ、これらは全てCroffordLJandWilderRLArthritisandAutoimmunityinAnimalsinArthritisandAlliedConditionsATextbookofRheumatologyMcCartyetalChapter30に記載されている参照によりその全体を本明細書に組み入れる。一実施形態において、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理及び/又は改善のための化合物の効力は、カラギナンcarrageenanにより誘導された関節炎ラットモデルを使用して判定することができる。カラギナンにより誘導された関節炎は、慢性の関節炎又は炎症の研究において、ウサギ、イヌ及びブタにおいても使用されてきた。定量的組織形態計測評価が治療効力を決定するために使用される。このようなカラギナンにより誘導された関節炎モデルを使用するための方法は、HansraPら、CarrageenanInducedArthritisintheRat、Inflammation、24141155、中に記載される。当該分野で公知かつ記載されているようなザイモサンにより誘導された炎症動物モデルもまた一般に使用される。化合物の抗炎症活性はまた、WinterCAら、CarrageenanInducedEdemainHindPawoftheRatasanAssayforAntiinflammatoryDrugsProcSocExpBiolMed111、544547、中に記載される方法の改変を使用して、ラットにおけるカラギナンにより誘導された脚の浮腫の阻害を測定することによって評価することができる。このアッセイは、ほとんどのNSAIDの抗炎症活性についての一次invivoスクリーニングとして使用されており、ヒトでの効力を予測するとみなされている。被験化合物の抗炎症活性は、ビヒクル投与された対照群と比較した、試験群の後脚重量の増大の阻害率として表される。別の実施形態において、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理及び/又は改善のための化合物の効力は、コラーゲンにより誘導された関節炎CIAモデルを用いて判定する。CIAは、ヒト自己免疫疾患関節リウマチRAのための動物モデルであるTrenthornetal1977JExpMed146857。この疾患は、多くの種において、異種II型コラーゲンの投与によって誘導されうるCourtenayetal1980Nature283665Cathcartetat1986LabInvest5426。関節炎の動物モデルに関しては、さらに例えばHolmdahlR1999CurrBiol15R528530参照。別の実施形態において、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理及び/又は改善のための化合物の効力は、骨形成及び/又は骨喪失を決定するアッセイを使用して判定することができる。卵巣摘出術により誘導された骨吸収マウスモデル、ラットモデル及びウサギモデルのような動物モデルが、骨形成についての動的パラメータを得るために当該分野で公知である。Yositakeら又はYamamotoらによって記載されるような方法を使用して、骨体積が、マイクロコンピュータ断層撮影分析及び骨組織形態計測分析によってinvivoで測定される。共に本明細書中でその全体が参照により組み入れられる、Yoshitakeら、OsteopontinDeficientMiceAreResistanttoOvariectomyInducedBoneResorption、ProcNatlAcadSci9681568160、Yamamotoら、TheIntegrinLigandEchistatinPreventsBoneLossinOvariectomizedMiceandRats、Endocrinology13914111419、。毒性本発明によって同定される化合物の毒性及び/又は有効性は、たとえばLD50集団の50に致死的な用量及びED50集団の50に治療上有効な用量を決定するための、細胞培養物又は実験動物での標準的な薬学的手法によって決定することができる。本発明により同定される化合物の細胞毒性を評価するために用いることができる細胞及び細胞系としては、限定されるものではないが、末梢血単核細胞PBMC、Caco-2細胞、及びHuh7細胞が挙げられる。毒性と治療効果との用量比が治療指数であり、LD50/ED50の比として表すことができる。本発明によって同定される化合物で、高い治療指数を示すものが好ましい。本発明によって同定される化合物で毒性の副作用を示すものを使用してもよいが、未感染細胞の潜在的な損傷を最小限にし、したがって副作用を低減するために、罹患組織の部位をこのような薬剤の標的とさせる送達系を設計するよう注意すべきである。細胞培養アッセイ及び動物研究から得られたデータを、ヒトで使用するために本発明によって同定される化合物の用量範囲を設定するのに使用することができる。このような薬剤の用量は、毒性をほとんど伴わないか全く伴わないでED50を含む循環濃度の範囲内にあることが好ましい。用いる剤形及び利用する投与経路に応じて、用量はこの範囲内で変動し得る。本発明の方法で用いるいかなる薬剤についても、治療上有効な用量は最初に細胞培養アッセイから見積もることができる。動物モデルにおいて、細胞培養物で決定されたIC50すなわち症状の最大半値阻害が得られる化合物の濃度を含む循環血漿濃度範囲を達成するように用量を設定し得る。このような情報を使用して、ヒトにおいて有用な用量をより正確に決定することができる。血漿レベルは、たとえば高速液体クロマトグラフィーによって測定してもよい。同属種又は類似体の設計所望の生物学的活性を示す化合物は、有用な薬理学的活性を有する同属種又は類似体を開発又は設計するためのリード化合物として使用することができる。たとえば、リード化合物を同定したあと、分子モデリング技術を用いて、より有効であり得る該化合物の変種を設計することができる。分子モデリングシステムの例はCHARM及びQUANTAプログラムであるPolygenCorporation、Waltham、MA。CHARMは、エネルギー最小化及び分子力学機能を行う。QUANTAは分子構造の構築、グラフィックモデリング及び分析を行う。QUANTAにより、分子の互いに対する挙動のインタラクティブな構築、修飾、可視化、及び分析が可能となる。いくつかの論文が、特定のタンパク質と相互作用する薬物のコンピュータモデリングを概説しており、そのようなものとしては、Rotivinen他、1988、ActaPharmaceuticalFennica、97159166;Ripka、1998、NewScientist、5457;McKinaly及びRossmann、1989、AnnuRevPharmacolToxiciol、29111122;Perry及びDavies、OSARQuantitativeStructureActivityRelationshipsinDrugDesign、189193ページ;Lewis及びDean、1989、ProcRSocLond、236125140及び141162;Askew他、1989、JAmChemSoc、11110821090などがある。化学物質のスクリーニングを行い、グラフィックに示す他のコンピュータプログラムが、BioDesign,Inc.Pasadena、California、Allelix,Inc.Mississauga、Ontario、Canada、及びHypercube,Inc.Cambridge、Ontarioなどの会社から市販されている。これらは主に特定のタンパク質に対して特異的な薬物への適用のために設計されているが、任意の同定された領域に対して特異的な薬物を設計するために適合させることができる。類似体及び同属種は、上述した生物学的活性のスクリーニングを用いて、目的のタンパク質すなわち、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物への結合について試験することができる。あるいは、スクリーニングによって生物学的活性がほとんどないか全くないと確認されたリード化合物を使用しても、生物学的活性を有する化合物の類似体及び同属種を設計することが可能である。5.20.3化合物本明細書に記載の方法により試験し、同定することができる化合物としては、限定されるものではないが、任意の市販供給源、例えばAldrich1001WestStPaulAveMilwaukeeWI53233、SigmaChemicalPOBox14508StLouisMO63178、FlukaChemieAGIndustriestrasse25CH9471BuchsSwitzerlandFlukaChemicalCorp980South2ndStreetRonkonkomaNY11779、EastmanChemicalCompanyFineChemicalsPOBox431KingsportTN37662、BoehringerMannheimGmbHSandhoferStrasse116D68298Mannheim、Takasago4VolvoDriveRockleighNJ07647、SSTCorporation635BrightonRoadCliftonNJ07012、Ferro111WestIreneRoadZacharyLA70791、RiedeldeHaenAktiengesellschaftPOBoxD30918SeelzeGermany、PPGIndustriesIncFineChemicalsOnePPGPlace34thFloorPittsburghPA15272などから得られる化合物が挙げられる。さらに、本発明の方法を用いて、任意の種の天然産物、例えば微生物、真菌、植物又は動物抽出物などをスクリーニングしてもよい。合成又は天然化合物の大きなライブラリに由来する化合物をスクリーニングすることも可能である。現在、糖、ペプチド及び核酸ベースの化合物のランダム合成及び指定合成のための多数の手段を用いることができる。合成化合物ライブラリは、いくつかの会社、例えばMaybridgeChemicalCoTrevilletCornwallUK、ComgenexPrincetonNJ、BrandonAssociatesMerrimackNH、及びMicrosourceNewMilfordCTなどから市販されている。稀少な化学物質ライブラリは、AldrichMilwaukeeWIから入手可能である。コンビナトリアルライブラリを入手し、作製することも可能である。あるいは、細菌、真菌、植物及び動物抽出物の形態の天然化合物のライブラリも、例えばPanLaboratoriesBothellWA又はMycoSearchNCから入手するか、あるいは、当技術分野で周知の方法により容易に作製可能である。さらに、天然及び合成により作製したライブラリ及び化合物は、慣用の化学的、物理的、及び生化学的手段によって容易に修飾することができる。さらに、被験化合物小分子被験化合物を含むの多様なライブラリを用いることができる。本発明の方法を用いてスクリーニングしたライブラリは様々な化合物種を含むことができる。本発明の方法によってスクリーニングすることができるライブラリの例には、それだけには限定されないが、ペプトイド;ランダムバイオオリゴマー;ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのダイバーソマー;ビニル性ポリペプチド;非ペプチド性ペプチド模倣体;オリゴカルバメート;ペプチジルホスホネート;ペプチド核酸ライブラリ;抗体ライブラリ;炭水化物ライブラリ;並びに小分子ライブラリ好ましくは有機小分子ライブラリが含まれる。一部の実施形態では、スクリーニングするライブラリ中の化合物は核酸又はペプチド分子である。非限定的な例では、ファージディスプレイライブラリ中にペプチド分子が存在することができる。他の実施形態では、化合物の種類には、それだけには限定されないが、天然に存在しないアミノ酸、たとえば、D-アミノ酸、α-アミノリン酸やα-アミノリン酸などのアミノ酸のリン類似体、又は非ペプチド結合を有するアミノ酸を含むペプチドを含むペプチド類似体、ホスホロチオエートやPNAなどの核酸類似体、ホルモン、抗原、合成若しくは天然に存在する薬物、オピエート、ドーパミン、セロトニン、カテコールアミン、トロンビン、アセチルコリン、プロスタグランジン、有機分子、フェロモン、アデノシン、スクロース、グルコース、ラクトース及びガラクトースが含まれる。ポリペプチド又はタンパク質のライブラリも本発明のアッセイで使用することができる。特定の実施形態では、コンビナトリアルライブラリは、それだけには限定されないが、ベンゾジアゼピン、イソプレノイド、チアゾリジノン、メタチアザノン、ピロリジン、モルホリノ化合物、及びベンゾジアゼピンを含めた有機小分子ライブラリである。別の実施形態では、コンビナトリアルライブラリはペプトイド;ランダムバイオオリゴマー;ベンゾジアゼピン;ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのダイバーソマー;ビニル性ポリペプチド;非ペプチド性ペプチド模倣体;オリゴカルバメート;ペプチジルホスホネート;ペプチド核酸ライブラリ;抗体ライブラリ;又は炭水化物ライブラリを含む。コンビナトリアルライブラリはそれ自体が市販されている。例えば、ライブラリは、例えばSpecsandBioSpecsBVRijswijkTheNetherlands、ChembridgeCorporationSanDiegoCA、ContractServiceCompanyDolgoprudnyMoscowRegionRussia、ComgenexUSAIncPrincetonNJ、MaybridgeChemicalsLtdCornwallPL34OHWUnitedKingdom、AsinexMoscowRussia、ComGenexPrincetonNewJersey、RuTriposIncStLouisMissouri、ChemStarLtdMoscowRussia、3DPharmaceuticalsExtonPennsylvania、及びMartekBiosciencesColumbiaMarylandなどから市販品を入手可能である。好ましい実施形態では、ライブラリの化合物がより細胞に取り込まれやすくなるようにライブラリを事前に選択する。たとえば、化合物が細胞内に入る可能性を増大する、それだけには限定されないが大きさ、親油性、親水性、及び水素結合などの特定のパラメータに基づいて化合物を選択する。別の実施形態では、化合物を三次元又は四次元のコンピュータ計算プログラムによって解析する。本発明の方法によって使用するためのコンビナトリアル化合物のライブラリは合成してもよい。薬理学的活性、生物学的活性又は他の活性についてスクリーニングすることができる有機小化合物の大きなコレクション、すなわちライブラリの作製に向けられた合成方法に大きな関心がもたれている。巨大なコンビナトリアルライブラリを作製するために適用する合成方法は、溶液中又は固相中、すなわち固体担体上で行う。固相合成では、過剰の試薬を加えて各反応ステップ後に洗い流すことが容易に行えるので、複数ステップの反応を実施し、反応を高収率で完了させることが容易になる。固相コンビナトリアル合成はまた、単離、精製及びスクリーニングを改善させる傾向にある。しかし、より慣例の液相化学が固相化学よりも広範な有機反応を支持する。本発明のコンビナトリアル化合物のライブラリは、Kilcoin他の米国特許第6,190,619号その全体が参照により本明細書中に組み込まれるに記載の装置を用いて合成し得る。米国特許第6,190,619号は、複数の別々の化合物の並行合成用又はコンビナトリアル化合物ライブラリ用の複数の反応器を保持できる合成装置を開示している。一実施形態では、コンビナトリアル化合物のライブラリを溶液中で合成することができる。Boger他の米国特許第6,194,612号その全体が参照により本明細書中に組み込まれるに記載の方法は、コンビナトリアルライブラリの液相合成の鋳型として有用な化合物を特徴とする。鋳型は、液体/液体抽出又は固体/液体抽出を用いて未反応物質から反応産物を容易に精製することが可能になるよう設計されている。鋳型を用いてコンビナトリアル合成によって産生される化合物は、好ましくは有機小分子である。ライブラリ中の一部の化合物は非ペプチド又はペプチドの効果を模倣し得る。コンビナトリアル化合物のライブラリの固相合成とは対照的に、液相合成では複数ステップの固相合成の個々のステップをモニターするための特殊なプロトコルを使用する必要がないEgner他、1995、JOrgChem、602652;Anderson他、1995、JOrgChem、602650;Fitch他、1994、JOrgChem、597955;Look他、1994、JOrgChem、497588;Metzger他、1993、AngewChemIntEdEngl、32894;Youngquist他、1994、RapidCommunMassSpect、877;Chu他、1995、JAmChemSoc、1175419;Brummel他、1994、Science、264399;及びStevanovic他、1993、BioorgMedChemLett、3431。本発明の方法に有用なコンビナトリアル化合物のライブラリは固体担体上で合成することができる。一実施形態では、分割合成splitsynthesis法、すなわち合成中に固体担体を分離及び混合するプロトコルを使用して化合物ライブラリを固体担体上で合成するたとえば、Lam他、1997、ChemRev、9741448;Ohlmeyer他、1993、ProcNatlAcadSciUSA、901092210926、及びそれ中で引用された参考文献参照。最終ライブラリ中の各固体担体は、実質上1種の化合物がその表面に結合している。各担体に1種の産物が結合している、コンビナトリアルライブラリを固体担体上で合成する他の方法は当業者には公知でありうるたとえば、Nefzi他、1997、ChemRev、97449472参照。本発明の一部の実施形態では、リンカーによって化合物を固体担体に結合させることができる。リンカーは固体担体の必須構成要素及び一部分であることができ、又は固体担体上で合成される若しくは合成後に固体担体上に結合される必須構成要素でないものであってもよい。リンカーは、固体担体に化合物の結合点を提供することだけでなく、リンカーの性質に応じて様々な条件下で分子の様々な基が固体担体から切断されることを可能にすることでも有用である。たとえば、リンカーは、とりわけ求電子的に切断される、求核的に切断される、光切断可能である、酵素的に切断される、金属によって切断される、還元的条件下で切断される又は酸化的条件下で切断されることができる。好ましい実施形態では、化合物は、化合物のハイスループットスクリーニングの前に固体担体から切断される。ライブラリが化合物各化合物がアドレス又は識別子を有するのアレイ又はマイクロアレイを含む場合、化合物は、例えば陽性サンプルと個々の試験アッセイにアプライした元の化合物リストとを相互参照することによって、解明することができる。ライブラリーがペプチド又は核酸ライブラリの場合には、化合物の配列を、ペプチド又は核酸の直接配列決定によって決定しうる。そのような方法は当業者に周知である。いくつかの物理-化学技術を利用して、化合物のdenovo特性決定を行いうる。そのような技術の例としては、限定されるものではないが、質量分析法、NMR分光法、X線結晶解析、及び振動分光法が挙げられる。5.21変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するための同定化合物の使用本発明は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善する方法であって、その必要のある被験体に、本発明の方法に従って同定される1以上の化合物を投与することを含む方法を提供する。特定の実施形態において、被験体は、軽度、中程度、顕著又は重篤な変形性関節症を有する。好ましい実施形態において、被験体はヒトである。一実施形態において、本発明は、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理又は改善方法であって、本発明の方法によって同定される1若しくは複数の化合物の予防上又は治療上有効な量の用量を、それを必要としている被験体に投与することを含む方法を提供する。特定の実施形態では、本発明によって同定される化合物は、このような化合物が以前に変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善させるために使用されたことがある場合は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、又は改善させるために投与しない。別の実施形態において、本発明の方法に従って同定される化合物は、このような化合物を変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善させるために使用することが示唆されている場合は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、又は改善させるために投与しない。別の実施形態において、本発明の方法に従って同定される化合物は、本発明のバイオマーカーのほんの1つのタンパク質又はRNA産物に特異的に結合するか、並びに/あるいはその発現及び/又は活性レベルを改変する。別の実施形態において、本発明の方法に従って同定される化合物は、そのような化合物が、次のバイオマーカー、すなわちB2M、TNFAIP6、PDCD5、及びEGR1の1、2、3つ若しくは全て、又は任意の組み合わせのタンパク質又はRNA産物に特異的に結合するか、並びに/あるいはその発現及び/又は活性レベルを改変する場合は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、又は改善させるために投与しない。また別の実施形態において、本発明の方法に従って同定される化合物は、本発明のバイオマーカーの少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、又はそれ以上のタンパク質又はRNA産物に結合するか、並びに/あるいはその発現及び/又は活性レベルを改変する。特定の実施形態において、本発明の方法に従って同定される化合物は、軟骨細胞の同化及び/又は異化活性を増大又は低減する。好ましくは、かかる化合物は、軟骨細胞の同化及び/又は異化活性を、非処置軟骨細胞と比較して1.0倍を超えて、より好ましくは1.5~5倍、最も好ましくは5~100倍、増大又は低減する。別の実施形態において、本発明の方法に従って同定される化合物は、変形性関節症に関連する少なくとも1つの症候及び/又は変化、例えば軟骨変性、又は疼痛、腫れ、脆弱性及び/又は、軟骨変性と関連する罹患関節における機能的能力の喪失を改善する。特定の実施形態において、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために投与される予防薬又は治療は、合成化合物若しくは天然生成物例えば、植物抽出物又は細胞上清、又は化合物の混合物である。本発明はまた、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理又は改善方法であって、本明細書中に記載のスクリーニング方法を利用して同定される1若しくは複数の化合物と1若しくは複数の他の治療たとえば予防剤又は治療剤、及び外科手術とを、それを必要としている被験体に施すことを含む方法を提供する。特定の実施形態において、そのような治療は、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理又は改善に現在使用されている、使用されていた、あるいは有用であることが知られているものであるそれだけには限定されないが、以下のセクション5.21.2に記載の予防剤又は治療剤。本発明の併用療法の治療たとえば予防剤又は治療剤は、順次又は同時に施すことができる。具体的な実施形態では、本発明の併用療法は、本発明により同定された化合物と、前記化合物と同じ作用機構を有する少なくとも1つの他の治療とを含む。別の実施形態では、本発明の併用療法は、本発明の方法により同定された化合物と、前記化合物とは異なる作用機構を有する少なくとも1つの他の治療たとえば予防剤又は治療剤とを含む。本発明の併用療法は、相加又は相乗効果を有して化合物と一緒に機能することによって本発明の化合物の予防効果又は治療効果を改善する。本発明の併用療法は、それぞれの治療たとえばそれぞれの予防剤又は治療剤に関連する副作用を軽減させる。併用療法の予防剤又は治療剤は、同じ医薬組成物中に含めて被験体に投与することができる。あるいは、併用療法の予防剤又は治療剤は、別々の医薬組成物中で被験体に同時に投与することができる。予防剤又は治療剤は、同一又は異なる投与経路によって被験体に投与し得る。具体的な実施形態では、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイで同定される1又は複数の化合物を含む医薬組成物を、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために被験体、好ましくはヒトに投与する。本発明によれば、医薬組成物は、1又は複数の予防剤又は治療剤も含み得る。好ましくは、そのような薬剤は、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理又は改善に現在使用されている、使用されていた、あるいは有用であることが知られているものである。本発明によって同定される化合物は、変形性関節症の一連の治療の第1、第2、第3、第4又は第5治療として使用し得る。本発明は、このような変形性関節症の従来の治療に対して不応性の被験体において、変形性関節症又はその症候を治療、管理又は改善させる方法であって、本発明の方法によって同定される化合物を、予防上又は治療上有効な量の用量で前記被験体に投与することを含む方法を提供する。本発明は、ある変形性関節症の既存の単一薬剤治療に不応性の被験体における変形性関節症又はその症候の治療、管理又は改善方法であって、本発明によって同定される化合物の予防上又は治療上有効な量の用量と、予防上又は治療上有効な量の用量の1又は複数の他の治療たとえば予防剤又は治療剤とを前記被験体に投与することを含む方法を提供する。本発明はまた、変形性関節症又の治療又は管理方法であって、本発明によって同定される化合物を、任意の他の治療たとえば外科手術と組み合わせて、他の治療に不応性であると証明されたが既にその治療を受けていない患者に投与することを含む方法を提供する。本発明はまた、変形性関節症に罹患しており、以前に他の治療を受けたことが原因で免疫抑制状態にある患者の治療又は管理方法を提供する。本発明はまた、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、及び/若しくは生物学的療法/免疫療法では毒性がありすぎると証明されたか、又は証明され得る、すなわち、それらが治療又は管理される被験体にとって容認できないか、又は耐えられない副作用をもたらす場合に、変形性関節症を治療又は管理する別の方法を提供する。5.21.1変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理又は改善に使用するための化合物本発明の方法に従って、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理及び/又は改善するために用いることができる化合物の代表的な非限定的な例を以下に詳細に記載する。最初に、そのような化合物としては、例えば、本発明のバイオマーカーのタンパク質又はRNA産物の発現又は活性をダウンレギュレートすることができるアンチセンス、リボザイム又はトリプルヘリックス化合物が挙げられる。そのような化合物は、以下のサブセクションで詳細に記載する。第2に、そのような化合物としては、例えば、本発明のバイオマーカーのタンパク質若しくはRNA産物の発現又は本発明のバイオマーカーのタンパク質の活性をモジュレートすることができる抗体組成物が挙げられる。特定の実施形態において、抗体組成物は、本発明のバイオマーカーのタンパク質若しくはRNA産物の発現又は本発明のバイオマーカーのタンパク質の活性をダウンレギュレートする。そのような化合物は、以下のサブセクションで詳細に記載する。第3に、そのような化合物としては、例えば、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物が挙げられる。本発明は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するための、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物を模倣するように選択されたペプチド又はペプチド模倣物の使用を包含する。さらに、そのような化合物としては、例えば、本発明のバイオマーカーのタンパク質若しくはRNA産物の発現又は本発明のバイオマーカーのタンパク質の活性をモジュレートする可能性のあるドミナントネガティブポリペプチドが挙げられる。本方法はまた、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するための、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物の誘導体、類似体及びフラグメントの使用を包含する。特に、本発明は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するための、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物の1以上のドメインを含む、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物のフラグメントの使用を包含する。別の特定の実施形態において、本発明は、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物、又はかかるタンパク質の類似体、誘導体若しくは断片であって、融合又はキメラタンパク質産物として発現されるものペプチド結合を介して異種タンパク質配列に連結されたタンパク質、断片、類似体又は誘導体を含むの使用を包含する。特定の実施形態において、本発明のバイオマーカーの少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、又はそれ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために投与する。他の実施形態において、1又はそれ以上の本発明のバイオマーカーのタンパク質産物、又はその断片、類似体若しくは誘導体を、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために投与する。他の実施形態において、本発明のタンパク質産物に特異的に結合する1又はそれ以上の抗体を、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために投与する。他の実施形態において、1又はそれ以上のドミナントネガティブポリペプチドを、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために投与する。アンチセンス、リボザイム、トリプルヘリックス組成物アンチセンス分子の代表的な非限定的な例には、表6に例示したものが含まれる。さらに、標準的な技術を使用して、本明細書に記載の方法の一部として使用するためのアンチセンス、トリプルヘリックス又はリボザイム分子を作製することができる。最初に、アンチセンス核酸分子、すなわち目的のポリペプチドをコードするセンス核酸に相補的な分子、例えば、二本鎖cDNA分子のコード鎖に相補的な又はmRNA配列に対し相補的な分子を作製するために、標準的な技術を使用しうる。従って、アンチセンス核酸はセンス核酸に水素結合しうる。アンチセンス核酸は、全長コード鎖又は一部のみ、例えばタンパク質コード領域すなわちオープンリーディングフレームの全体又は一部に対し相補的でありうる。アンチセンス核酸分子は、目的のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列のコード鎖の非コード領域の全体又は一部に対してアンチセンスであってもよい。非コード領域5’及び3’非翻訳領域は、コード領域に隣接する5’及び3’配列であり、これはアミノ酸に翻訳されない。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば約、5、10、15、20、25、30、35、40、45又は50個の連続するヌクレオチド又はそれ以上の長さでありうる。本発明のアンチセンス核酸は、当技術分野で公知の方法を用いて、化学合成及び酵素連結反応を用いて構築しうる。例えば、アンチセンス核酸例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドは、天然のヌクレオチド又は分子の生物学的活性を高める若しくはアンチセンスとセンス核酸との間で形成される二本鎖の物理的安定性を高めるために設計された種々の修飾ヌクレオチドを用いて化学合成することができ、例えばホスホロチオエート誘導体、アクリジン置換ヌクレオチドを使用しうる。アンチセンス核酸を生成するために使用しうる修飾ヌクレオチドの例としては、5-フルオロウラシル、5-ブロモウラシル、5-クロロウラシル、5-ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、4-アセチルシトシン、5-カルボキシヒドロキシメチルウラシル、5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン、5-カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β-D-ガラクトシルクエオシン、イノシン、N6-イソペンテニルアデニン、1-メチルグアニン、1-メチルイノシン、2,2-ジメチルグアニン、2-メチルアデニン、2-メチルグアニン、3-メチルシトシン、5-メチルシトシン、N6-アデニン、7-メチルグアニン、5-メチルアミノメチルウラシル、5-メトキシアミノメチル-2-チオウラシル、β-D-マンノシルクエオシン、5’-メトキシカルボキシメチルウラシル、5-メトキシウラシル、2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデニン、ウラシル-5-オキシ酢酸v、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、クエオシン、2-チオシトシン、5-メチル-2-チオウラシル、2-チオウラシル、4-チオウラシル、5-メチルウラシル、ウラシル-5-オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル-5-オキシ酢酸v、5-メチル-2-チオウラシル、3-3-アミノ-3-N-2-カルボキシプロピルウラシル、acp3w及び2,6-ジアミノプリンが挙げられる。あるいは、アンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス配向にサブクローニングされた発現ベクターを用いて生物学的に作製しうる。すなわち、挿入核酸から転写されるRNAは、目的の標的核酸に対してアンチセンス配向となる。アンチセンス核酸分子は、それが目的のポリペプチドをコードする細胞mRNAとハイブリダイズ又は結合して、それにより発現が阻害されるように例えば転写及び/又は翻訳の阻害による、被験体に投与される又はinsituで生成される。ハイブリダイゼーションは、例えばDNA二本鎖に結合するアンチセンス核酸分子の場合には、二本鎖の主な溝における特異的相互作用を介して、安定な二本鎖に対する慣用のヌクレオチド相補性によって生じる。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例としては、組織、例えば関節例:膝、腰、肘、及び指関節の部位への直接注射がある。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞に標的化されるよう修飾し、その後全身投与してもよい。例えば、全身投与については、アンチセンス核酸を、それらが選択した細胞例えばT細胞又は軟骨細胞表面上で発現される受容体又は抗原に特異的に結合するように、例えば細胞表面受容体又は抗原に結合するペプチド又は抗体にアンチセンス核酸分子を結合させることにより、修飾しうる。アンチセンス核酸分子はまた、本明細書に記載のベクター、例えば遺伝子治療用ベクターを用いて細胞に送達しうる。十分なアンチセンス分子の細胞内濃度を達成するために、アンチセンス核酸分子を強力なpolII又はpolIIIプロモーターの制御下に配置したベクター構築物が好ましい。目的のアンチセンス核酸分子は、α-アノマー核酸分子であってもよい。α-アノマー核酸分子は、通常のα単位鎖が互いに並行しているとは対照的に相補的なRNAと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成するGaultieretalNucleicAcidsRes1566256641。アンチセンス核酸分子はまた2’-o-メチルリボヌクレオチドInoueetalNucleicAcidsRes1561316148又はキメラRNA-DNA類似体InoueetalFEBSLett215327330を含んでもよい。リボザイムは、相補的な領域を有する一本鎖核酸mRNAなどを切断可能なリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性RNA分子であり、標準的な技術を用いて生成することができる。したがって、リボザイム例えばハンマーヘッド型リボザイムHaselhoffandGerlach1988Nature334585591に記載を用いて、mRNA転写産物を触媒的に切断し、それによりmRNAによりコードされるタンパク質の翻訳を阻害しうる。目的のポリペプチドをコードする核酸分子に対する特異性を有するリボザイムは、本明細書に開示されるcDNAのヌクレオチド配列に基づいて設計しうる。例えば、テトラヒメナL-19IVSRNAの誘導体は、活性部位のヌクレオチド配列が米国特許第4,987,071号及びCechetal米国特許第5,116,742号において切断対象のヌクレオチド配列と相補的であるように構築される。あるいは、目的のポリペプチドをコードするmRNAを用いて、RNA分子のプールから特異的なリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性RNAを選択することができる。例えばBartelandSzostak1993Science26114111418参照。トリプルへリックス構造もまた、周知技術を用いて生成することができる。例えば、目的のポリペプチドの発現は、該ポリペプチドをコードする遺伝子の調節領域例えばプロモーター及び/又はエンハンサーに相補的なヌクレオチド配列を標的化し、標的細胞において遺伝子の転写を妨害するトリプルへリックス構造を形成させることにより阻害することができる。一般的には、Helene1991AnticancerDrugDes656984Helene1992AnnNYAcadSci6602736及びMaher1992Bioassays1480715を参照。種々の実施形態において、核酸組成物は、例えば分子の安定性、ハイブリダイゼーション又は可溶性を改善するために、塩基部分、糖部分又はリン酸骨格に修飾を行ってもよい。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を修飾して、ペプチド核酸を生成することができるHyrupetal1996BioorganicMedicinalChemistry4523参照。本明細書において用いる用語ペプチド核酸又はPNAとは、核酸模倣物、例えばデオキシリボースリン酸骨格がプソイドペプチド骨格に置き換えられ、4つの天然核酸塩基のみが維持されているDNA模倣物を意味する。PNAの中性骨格は、低イオン強度の条件下でDNA及びRNAへの特異的ハイブリダイゼーションを許容することが示されている。PNAオリゴマーの合成は、Hyrupetal1996前掲PerryOKeefeetal1996ProcNatlAcadSciUSA9314670675に記載されているような標準的な固相ペプチド合成プロトコールを用いて行うことができる。PNAは、例えばその安定性若しくは細胞取り込みを増強するために、親油性若しくは他のヘルパー基のPNAへの付着により、PNA-DNAキメラの形成により、あるいはリポソーム若しくは他の当技術分野で公知のドラッグデリバリーの技術の使用により、修飾することができる。例えば、PNA-DNAキメラは、PNAとDNAの有利な特性を組み合わせて生成することができる。そのようなキメラにより、DNA認識酵素例えばRNAseH及びDNAポリメラーゼがDNA部分と相互作用することができるが、PNA部分は高結合アフィニティ及び特異性を提供しうる。PNA-DNAキメラは、塩基積層、核酸塩基間のいくつかの結合、及び配向に関して選択された適当な長さのリンカーを用いて連結しうるHyrup1996前掲。PNA-DNAキメラの合成は、Hyrup1996前掲、及びFinnetal1996NucleicAcidsRes24335763に記載のように行うことができる。例えば、DNA鎖は、標準的なホルホロアミダイトカップリング化学及び修飾ヌクレオシド類似体を用いて固相支持体上で合成する。5’-4-メトキシトリチルアミノ-5’-デオキシ-チミジンホスホルアミダイトなどの化合物をPNAとDNAの5’末端との連結に用いることができるMagetal1989NucleicAcidsRes17597388。PNAモノマーを段階的に連結して、5’PNAセグメントと3’DNAセグメントを有するキメラ分子を生成するFinnetal1996NucleicAcidsRes24335763。あるいは、5’DNAセグメントと3’PNAセグメントを有するキメラ分子を合成することができるPeterseretal1975BioorganicMedChemLett5111911124。他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、他の付属基、例えばペプチド例:invivoにおける宿主細胞受容体の標的化のため、細胞膜例えば、Letsingeretal1989ProcNatlAcadSciUSA8665536556Lemaitreetal1987ProcNatlAcadSciUSA84648652国際公開第WO88/09810号参照又は脳血管門例えば国際公開第WO89/10134号参照を横切る輸送を促進する薬物を含んでもよい。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションにより引き起こされる切断薬剤例えばKroletal1988BioTechniques6958976参照又はインターカレート剤例えばZon1988PharmRes5539549参照で修飾してもよい。この目的のため、オリゴヌクレオチドは、別の分子、例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーションにより引き起こされる架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーションにより引き起こされる切断薬剤とコンジュゲートしてもよい。抗体組成物一実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する抗体は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与する。別の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する抗体の任意の組み合わせは、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与する。特定の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する1又はそれ以上の抗体は、他の種類の治療例えばNSAIDSと組み合わせて、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与する。特定の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上と特異的に結合する、当技術分野で公知の抗体は、他の種類の治療例えばNSAIDSと組み合わせて、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与する。他の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上と特異的に結合する、当技術分野で公知の抗体は、他の種類の治療例えばNSAIDSと組み合わせて、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与しない。本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する1又はそれ以上の抗体は、当業者に公知である種々の送達系を用いて、被験体、好ましくはヒトに投与することができる。例えば、そのような抗体は、リポソーム、微粒子又はマイクロカプセルに封入して投与することができる。例えば、米国特許第5,762,904号、米国特許第6,004,534号、及び国際公開第WO99/52563号を参照のこと。さらに、そのような抗体は、抗体を発現可能な組換え細胞、又は、抗体を発現可能なレトロウイルス、他のウイルスベクター若しくは非ウイルスベクターを用いて投与しうる。本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する抗体は、任意の公知の供与源から得ることができる。あるいは、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する抗体は、抗体の合成のための当技術分野で公知の任意の方法、特に化学合成又は好ましくは組換え発現技術により作製することができる。抗体は、限定されるものではないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、一本鎖FvsscFv例えばBirdetalScience242423426HustonetalProcNatlAcadSciUSA8558795883参照、一本鎖抗体、単一ドメイン抗体、Fabフラグメント、Fab’フラグメント、ジスルフィド連結FvssdFv、及び抗イディオタイプ抗Id抗体例えば本発明の抗Id抗体、並びに上記のいずれかのエピトープ結合性フラグメントを含む。本明細書において用いる抗体という用語は、免疫グロブリン分子及び免疫グロブリン分子の免疫学的活性を有するフラグメント、すなわち抗原結合部位を含む分子を意味する。免疫グロブリン分子は、任意の種例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgA及びIgY、クラス例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びIgA2又はサブクラスであってもよい。免疫グロブリン分子の免疫学的活性を有するフラグメントとしては、抗体をペプシン又はパパインなどの酵素で処理することにより生成されうる、FabフラグメントVL、VH、CL及びCH1ドメインからなる一価フラグメント、及びFab’2フラグメントヒンジ領域でジスルフィド架橋で連結した2つのFabフラグメントを含む二価フラグメントが挙げられる。免疫学的活性を有するフラグメントはまた、限定されるものではないが、FdフラグメントVH及びCH1ドメインからなる、Fvフラグメント抗体の1つの腕のVL及びVHドメインからなる、dAbフラグメントVHドメインからなる;WardetalNature341544546、及び単離された相補性決定領域CDRを含む。抗体と特異的に結合する抗体は、抗体の合成のための当技術分野で公知の任意の方法、特に化学合成又は好ましくは組換え発現技術により作製されうる。抗原に対して免疫特異的なポリクローナル抗体は、当技術分野で公知の様々な方法により製造することができる。例えば、ヒト抗原を、限定されるものでないが、ウサギ、マウス、ラットその他を含む様々な宿主動物に投与して、ヒト抗原に対して特異的なポリクローナル抗体を含有する血清の産生を誘導することができる。宿主種に依存して様々なアジュバントを使用して、免疫応答を増加させてもよく、かかるアジュバントとしては、限定されるものでないが、フロイントのアジュバント完全及び不完全、水酸化アルミニウムなどのミネラルゲル、リゾレシチンなどの表面活性物質、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油性エマルジョン、キーホールリンペットヘモシアニン、ジニトロフェノール、及びBCGカルメットゲラン桿菌bacilleCalmetteGuerin及びコリネバクテリウムパルブムcorynebacteriumparvumなどの潜在的に有用なヒトアジュバントが挙げられる。かかるアジュバントもまた当技術分野では公知である。単一特異性抗体という用語は、単一の結合特異性と特定の標的例えばエピトープに対するアフィニティを示す抗体を意味する。この用語には、モノクローナル抗体が含まれる。モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ技術、組換え技術、及びファージディスプレイ技術、又はそれらの組合せの利用を含む、当技術分野で公知の多種多様な技術を用いて調製することができる。例えば、米国特許RE32,011号、同第4,902,614号、同第4,543,439号、同第4,411,993号及び同第4,196,265号;Kennettetal編MonoclonalAntibodiesHybridomasANewDimensioninBiologicalAnalysesPlenumPress;HarlowandLane編AntibodiesALaboratoryManualColdSpringHarborLaboratoryPressを参照のことこれらは参照により本明細書に組み入れられる。例えば、モノクローナル抗体は、当技術分野で公知であって、例えば、HarlowらAntibodiesALaboratoryManualColdSpringHarborLaboratoryPress第2版1988;HammerlingらMonoclonalAntibodiesandTCellHybridomas563681ElsevierNY1981前記参考文献は、参照によりその全文が組み入れられるに教示される方法をはじめとするハイブリドーマ技術を利用して製造することができる。モノクローナル抗体を構築するために、組換え技術によって抗体を作製することができる他の技法例えば、techniquesdescribedbyWilliamDHuseetal1989Science24612751281;LSastryetal1989ProcNatlAcadSciUSA8657285732;及びMichelleAltingMeesetalStrategiesinMolecularBiology319に記載の技法。これはStratacyteLaJollaCalifより市販の系を含むを用いることも可能である。本明細書に用いる用語モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ技術によって製造される抗体に限定されるものではない。用語モノクローナル抗体は、それを製造する方法ではなく、任意の真核生物、原核生物、又はファージクローンを含む単一クローンから得られる抗体を意味する。ハイブリドーマ技術を用いて特異的抗体を製造しスクリーニングする方法は、当技術分野では日常的に利用されかつ公知である。簡単に説明すると、マウスを、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物を用いて免疫感作することができ、そして免疫応答が一度検出されれば例えば、そのタンパク質に特異的な抗体がマウス血清中に検出されれば、マウス脾臓を採取して脾細胞を単離する。次いでその脾細胞を公知の技術により任意の適当な骨髄腫細胞、例えばATCCから入手しうる培養細胞株SP20由来の細胞と、融合する。ハイブリドーマを選択し、限定希釈によりクローン化する。さらに、RIMMS複数部位の反復免疫技法を用いて動物を免疫してもよいKilptracketal1997Hybridoma163819、その全体を参照により組み入れる。次いで、ハイブリドーマクローンを、当技術分野で公知の方法により、本発明のポリペプチドと結合できる抗体を分泌する細胞についてアッセイする。一般的に高レベルの抗体を含有する腹水液は、マウスを陽性ハイブリドーマクローンを用いて免疫感作することにより生成することができる。従って、本発明は、抗体を作製する方法及び本発明の抗体を分泌するハイブリドーマ細胞を培養することを含む方法によって作製される抗体を提供するものであり、好ましくは、上記方法におけるハイブリドーマは、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物を用いて免疫感作したマウスから単離した脾細胞を骨髄腫細胞と融合し、次いで融合から得たハイブリドーマを、そのタンパク質又はタンパク質断片と結合しうる抗体を分泌するハイブリドーマクローンについてスクリーニングすることにより作製されるものである。本発明のバイオマーカーのタンパク質産物の特定のエピトープを認識する抗体フラグメントは、当業者に公知のいかなる技術により作製してもよい。例えば、本発明のFab及びFab’2フラグメントは、パパインFabフラグメントを生成する又はペプシンFab’2フラグメントを生成するなどの酵素を用いて、免疫グロブリン分子のタンパク質分解切断により生成することができる。Fab’2フラグメントは可変領域、軽鎖定常領域及び重鎖のCH1ドメインを含有する。さらに、本発明の抗体はまた、当技術分野で公知の様々なファージディスプレイ法を用いて作製することができる。ファージディスプレイ法においては、機能性抗体ドメインが、同ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を保持するファージ粒子の表面に提示される。特に、VH及びVLドメインをコードするDNA配列を、動物cDNAライブラリー例えば、罹患組織のヒト又はマウスcDNAライブラリーから増幅する。VH及びVLドメインをコードするDNAをPCRによりscFvリンカーと一緒に組換えて、ファージミドベクター中にクローニングする。そのベクターを大腸菌中にエレクトロポレーションして大腸菌をヘルパーファージに感染させる。これらの方法で使用されるファージは、典型的には、fd及びM13を含む繊維状ファージであり、VH及びVLドメインを通常、組換え法によりファージ遺伝子III又は遺伝子VIIIのいずれかに融合させる。特定の抗原と結合する抗原結合ドメインを発現するファージを、抗原により、例えば、標識した抗原又は固体表面若しくはビーズに結合若しくは捕獲された抗原を用いて、選択又は同定することができる。本発明の抗体を作製するために利用しうるファージディスプレイ法の例としては、Brinkmanら1995JImmunolMethods1824150;Amesら1995JImmunolMethods184177186;Kettleboroughら1994EurJImmunol24952958;Persicら1997Gene187918;Burtonら1994AdvancesinImmunology57191280;PCT出願第PCT/GB91/01134号;国際公開WO90/02809号、WO91/10737号、WO92/01047号、WO92/18619号、WO93/11236号、WO95/15982号、WO95/20401号、及びW097/13844号;並びに米国特許第5,698,426号、第5,223,409号、第5,403,484号、第5,580,717号、第5,427,908号、第5,750,753号、第5,821,047号、第5,571,698号、第5,427,908号、第5,516,637号、第5,780,225号、第5,658,727号、第5,733,743号、第5,969,108号に開示された方法が挙げられ、これらはそれぞれ参照によりその全文が本明細書に組み入れられる。以上の参考文献に記載の通り、ファージ選択の後、ファージからの抗体コード領域を単離し、さらにそれを使用して、ヒト抗体を含む全抗体、又は任意の他の所望の抗原結合フラグメントを作製し、それらを、例えば以下に記載のようにして、哺乳動物細胞、昆虫細胞、植物細胞、酵母、及び細菌を含む任意の所望の宿主にて発現させることができる。組換え法によりFab、Fab’及びFab’2フラグメントを製造する技術はまた、国際公報WO92/22324号;Mullinaxら1992BioTechniques12864869;Sawaiら1995AJRI342634;並びにBetterら1988Science24010411043上記参考文献は参照によりその全文が組み入れられるに開示された方法などの当技術分野で公知の方法を用いて、使用することができる。全抗体を作製するために、VH又はVLヌクレオチド配列、制限酵素切断部位、及び制限酵素切断部位を保護するフランキング配列を含むPCRプライマーを用いて、scFvクローン中のVH又はVL配列を増幅することができる。当業者に公知のクローニング技術を利用して、PCR増幅されたVHドメインをVH定常領域、例えば、ヒトγ4定常領域を発現するベクター中にクローニングし、また、PCR増幅したVLドメインをVL定常領域、例えばヒトκ若しくはλ定常領域を発現するベクター中にクローニングすることができる。好ましくは、VH又はVLドメインを発現するベクターは、EF-1αプロモーター、分泌シグナル、可変ドメイン、定常ドメイン及びネオマイシンなどの選択マーカーに対するクローニング部位を含む。VH及びVLドメインを、必要な定常領域を発現する1つのベクター中にクローニングすることもできる。次いで、重鎖変換ベクター及び軽鎖変換ベクターを培養細胞株中に共トランスフェクトし、当業者に公知の技術を用いて、全長抗体、例えばIgGを発現する安定した一過性の培養細胞株を作製する。ヒトにおける抗体のinvivo使用、及びinvitro検出アッセイを含む複数の用途について、ヒト抗体又はキメラ抗体を使用することが好ましい場合がある。完全なヒト抗体は、ヒト被験体の治療のためには特に望ましい。ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン配列由来の抗体ライブラリーを用いる上記のファージディスプレイ法を含む、当技術分野で公知の様々な方法により作製することができる。米国特許第4,444,887号及び第4,716,111号、;並びに国際公開WO98/46645号、WO98/50433号、WO98/24893号、W098/16654号、WO96/34096号、WO96/33735号、及びWO91/10741号も参照のこと;これらはそれぞれ参照によりその全文が本明細書に組み入れられる。抗体は、トランスジェニック動物により作製することも可能である。特に、ヒト抗体は、機能性の内因性免疫グロブリンを発現できないがヒト免疫グロブリン遺伝子を発現できるトランスジェニックマウスを用いて製造することができる。例えば、ヒト重鎖及び軽鎖免疫グロブリン遺伝子複合体を、無作為に又は相同組換えによりマウス胚幹細胞中に導入してもよい。あるいは、ヒト重鎖及び軽鎖遺伝子に加えて、ヒト可変領域、定常領域、及び多様性領域を、マウス胚性幹細胞中に導入してもよい。相同組換えによりヒト免疫グロブリン遺伝子座を導入して、マウス重鎖及び軽鎖免疫グロブリン遺伝子を別々に又は同時に非機能化してもよい。特に、JH領域のホモ接合性欠失は内因性抗体産生を妨げる。改変した胚幹細胞を増殖させ、胚盤胞中にマイクロインジェクションしてキメラマウスを作る。次いでキメラマウスを交配し、ヒト抗体を発現するホモ接合性子孫を作る。そのトランスジェニックマウスを、通常の方式で、選択した抗原、例えば本発明のポリペプチドの全体若しくは部分を用いて、免疫感作する。その抗原に対するモノクローナル抗体を、免疫感作したトランスジェニックマウスから通常のハイブリドーマ技術を利用して得ることができる。トランスジェニックマウスによって保持されるヒト免疫グロブリントランスジーンはB細胞分化の際に再配列し、その後、クラススイッチ及び体細胞突然変異を受ける。従って、かかる技術を利用して、治療上有用なIgG、IgA、IgM及びIgE抗体を製造することが可能である。ヒト抗体を製造するためのこの技術の総括については、Lonberg及びHuszar1995IntRevImmunol136593を参照のこと。ヒト抗体及びヒトモノクローナル抗体を製造するためのこの技術並びにかかる抗体を製造するためのプロトコルの詳細な考察については、例えば、参照によりその全文が本明細書に組み入れられる、国際公開WO98/24893号、WO96/34096号、及びWO96/33735号;及び米国特許第5,413,923号、第5,625,126号、第5,633,425号、第5,569,825号、第5,661,016号、第5,545,806号、第5,814,318号、及び第5,939,598号を参照のこと。さらに、AbgenixIncFreemont、CA及びGenpharmSanJose、CAなどの会社と、選択した抗原に対するヒト抗体を上記と類似の技術を利用して提供する契約を結ぶことができる。米国特許第5,849,992号は、例えば、トランスジェニック哺乳動物の乳腺において抗体を発現する方法を記載している。乳汁特異的プロモーター及び目的の抗体と分泌のためのシグナル配列をコードする核酸を含むトランスジーンが構築されている。そのようなトランスジェニック哺乳動物の雌により産生される乳汁は、そこに分泌された目的の抗体を含む。該抗体は、乳汁から精製してもよいし、又は用途によっては直接乳汁を使用してもよい。キメラ抗体は、抗体の異なる部分が異なる免疫グロブリンに由来する分子である。キメラ抗体を製造する方法は当技術分野で公知である。例えば、Morrison1985Science2291202;Oiら1986BioTechniques4214;Gilliesら1989JImmunolMethods125191202;並びに米国特許第5,807,715号、第4,816,567号、第4,816,397号、及び第6,331,415号これらは本明細書に参照によりその全文が組み入れられるを参照のこと。ヒト化抗体は、所定の抗原と結合することができ、そして実質的にヒト免疫グロブリンのアミノ酸配列を有するフレームワーク及び実質的に非ヒト免疫グロブリンのアミノ酸配列を有するCDRを含む抗体又はその変異体若しくはそのフラグメントである。ヒト化抗体は、実質的に少なくとも1つの、そして典型的には2つの可変ドメインFab、Fab’、Fab’2、Fabc、Fvを含み、ここでCDR領域の全て又は実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンすなわち、ドナー抗体のCDR領域と対応しかつフレームワーク領域の全て又は実質的に全てがヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のフレームワーク領域である。好ましくは、ヒト化抗体はまた、少なくとも免疫グロブリン定常領域Fcの一部分、典型的にはヒト免疫グロブリンの一部分を含む。通常、抗体は軽鎖並びに重鎖の少なくとも可変ドメインの両方を含有するであろう。抗体はまた、重鎖のCH1、ヒンジ、CH2、CH3、及びCH4域を含んでもよい。ヒト化抗体は、IgM、IgG、IgD、IgA及びIgEを含む免疫グロブリンのいずれのクラス、及びIgG1、IgG2、IgG3及びIgG4を含むいずれのイソ型から選択してもよい。通常、定常ドメインは、ヒト化抗体が細胞傷害活性を示すことが所望される補体固定定常ドメインであり、かつクラスは典型的にはIgG1である。かかる細胞傷害活性が所望でない場合、定常ドメインはIgG2クラスである。ヒト化抗体は1以上のクラス又はイソ型からの配列を含んでもよく、そして所望のエフェクター機能を最適化するための特定の定常ドメインの選択は当技術分野の通常の技術に包含されている。ヒト化抗体のフレームワーク及びCDR領域は正確に親配列に対応する必要はなく、例えば、ドナーCDR又はコンセンサスフレームワークは少なくとも1つの残基の置換、挿入又は欠失により突然変異されていてその部位におけるCDR又はフレームワーク残基がコンセンサス又はインポート抗体に対応しないようにしてもよい。しかしかかる突然変異は広汎なものではないであろう。通常、親フレームワーク及びCDR配列の残基と対応しうるヒト化抗体残基は、少なくとも75、さらにしばしば90、そして最も好ましくは95超であろう。ヒト化抗体は、当技術分野で公知の様々な技術を用いて製造することができ、そのような技術としては、限定されるものでないが、CDRグラフト例えば、欧州特許EP239,400号;国際公開WO91/09967号;及び米国特許第5,225,539号、第5,530,101号、第5,585,089号参照、ベニアリングveneering又は再表面形成resurfacing例えば、欧州特許EP592106;EP519596;Padlan1991MolecularImmunology28489498;Studnickaら1994ProteinEngineering7805814;及びRoguskaら1994PNAS91969973参照、及びチェーンシャッフリングchainshuffling例えば、米国特許第5,565,332号参照、並びに、例えば、米国特許第6,407,213号、第5,766,886号、国際公開WO93/17105号、TanらJImmunol169111925、Caldasらタンパク質Eng1335360、MoreaらMethods2026779、BacaらJBiolChem2721067884、Roguskaらタンパク質Eng9895904、CoutoらCancerRes555973s5977s、CoutoらCancerRes55171722、SandhuJSGene15040910、及びPedersenらJMolBiol23595973に開示された技術が挙げられる。しばしば、フレームワーク領域のフレームワーク残基を、CDRドナー抗体由来の対応する残基によって置換して、抗原結合を改変し、好ましくは改良する。これらのフレームワーク置換は、当技術分野で公知の方法によって、例えば、CDRとフレームワーク残基の相互作用をモデル化して抗原結合に重要なフレームワーク残基を同定し、さらに配列比較により特定位置の異常なフレームワーク残基を同定することによって確認する例えば、本明細書に参照によりその全文が組み入れられる、Queenら米国特許第5,585,089号;及びRiechmannら1988Nature332323を参照。単一ドメイン抗体、例えば軽鎖を欠損する抗体は、当技術分野で公知の方法により作製することができる。Riechmannetal1999JImmune2312538;Nuttalletal2000CurrPharmBiotechnol1253263;Muylderman2001JBiotechnol74277302;米国特許第6,005,079号;並びに国際公開WO94/04678号、WO94/25591号及びWO01/44301号を参照のことそれぞれ、その全体を参照により本明細書に組み入れる。さらに、今度は、抗原と特異的に結合する抗体を使用し、当業者に公知の技術を用いて、抗原を模倣する抗イディオタイプ抗体を作製することができる例えば、GreenspanBona1989FASEBJ7437444;及びNissinoff1991JImmunol14724292438を参照。そのような抗体は、単独で又は他の治療と組み合わせて、変形性関節症又はその症候の予防、治療、管理又は改善に用いることができる。本発明は、抗原と特異的に結合する抗体又はそのフラグメントをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを包含する。本発明はまた、高いストリンジェンシー、中度の若しくは低いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件下で、本発明の抗体をコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドも包含する。ポリヌクレオチドを得て、当技術分野で公知のいずれかの方法によりポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定することができる。公知の抗体をコードするヌクレオチド配列は、当技術分野で周知の方法を利用してすなわち、特定のアミノ酸をコードすることが知られるヌクレオチドコドンを、抗体をコードする核酸を生成するように組み立てて決定することができる。抗体をコードするかかるポリヌクレオチドは、化学合成したオリゴヌクレオチドから組み立てることができ例えば、Kutmeierら1994BioTechniques17242に記載の通り、これは、簡単に説明すると、抗体、そのフラグメント又は変異体をコードする配列の一部分を含有する重複オリゴヌクレオチドの合成、これらのオリゴヌクレオチドのアニーリング及びライゲーション、次いでライゲートしたオリゴヌクレオチドのPCRによる増幅を伴う。あるいは、抗体をコードするポリヌクレオチドを、好適な起源由来の核酸から作製することができる。特定の抗体をコードする核酸を含有するクローンが入手できなくても、その抗体分子の配列が既知であれば、その免疫グロブリンをコードする核酸は、化学的に合成することができるし、あるいは、適当な起源例えば、抗体cDNAライブラリー若しくはそれから作製したcDNAライブラリー、それから単離した核酸、好ましくはポリARNA、本発明の抗体を発現するように選択されたハイブリドーマ細胞などの、抗体を発現する任意の組織若しくは細胞からその配列の3’及び5’末端にハイブリダイズする合成プライマーを用いるPCR増幅によるか、又は、特定の遺伝子配列に特異的なオリゴヌクレオチドプローブを用いて、例えばcDNAライブラリーから前記抗体をコードするcDNAクローンを同定してクローニングすることにより、取得することができる。PCRにより作製された増幅核酸は、次いで、当技術分野で公知の方法を用いて複製可能なクローニングベクター中にクローニングすることができる。抗体のヌクレオチド配列が一度決定されると、抗体のヌクレオチド配列を、ヌクレオチド配列の遺伝子操作に関する当技術分野で公知の方法、例えば組換えDNA技術、位置指定突然変異、PCRなど例えば、Sambrookら1990分子クローニング、研究室マニュアルMolecularCloningALaboratoryManual第2版ColdSpringHarborLaboratoryColdSpringHarborNY、及びAusubelら編1998分子生物学の現行プロトコルCurrentProtocolsinMolecularBiologyJohnWileySonsNY、に記載の技術を参照、これらの文献は本明細書に参照によりその全文が組み入れられるを用いて遺伝子操作して、異なるアミノ酸配列を有する抗体を作製し、例えばアミノ酸置換、欠失、及び/又は挿入を創出することができる。本発明の抗体分子、抗体の重鎖若しくは軽鎖、又はそのフラグメント好ましくは重鎖若しくは軽鎖可変ドメインを含むが、必ずしも必要ではないをコードするポリヌクレオチドを得た後、抗体分子の作製用のベクターを、当技術分野で周知の技法を用いて組換えDNA技術により作製しうる。1つの好ましい実施形態において、モノクローナル抗体は、哺乳動物において作製する。クローン抗体又はその抗原結合性フラグメントを発現させるための好ましい哺乳動物宿主細胞としては、チャイニーズハムスター卵巣CHO細胞、UrlaubandChasin1980ProcNatlAcadSciUSA7742164220に記載のDHFR選択マーカーと共に使用するためのdhfr-CHO細胞、例えばKaufmanandSharp1982MolBiol159601621に記載のものなど、リンパ球細胞系、例えばNS0ミエローマ細胞及びSP2細胞、COS細胞、並びにトランスジェニック動物例えばトランスジェニック哺乳動物に由来する細胞が含まれる。例えば、細胞は乳房上皮細胞である。多様な免疫グロブリンドメインをコードする核酸配列に加えて、組換え発現ベクターは、追加的な配列、例えば宿主細胞中でベクターの複製を調節する配列例えば複製起点、及び選択マーカー遺伝子などを有してもよい。選択マーカー遺伝子は、ベクターが導入された宿主細胞の選択を容易にする例えば、米国特許第4,399,216号、同第4,634,665号及び同第5,179,017号参照。例えば、典型的には、選択マーカー遺伝子は、ベクターが導入された宿主細胞に薬剤G418、ハイグロマイシン又はメトトレキセートなどに対する耐性を付与する。好ましい選択マーカー遺伝子としては、ジヒドロ葉酸レダクターゼDHFR遺伝子メトトレキセート選択/増幅によりdhfr-宿主細胞に使用するため及びneo遺伝子G418選択用が挙げられる。本発明の抗体、又はその抗原結合性部分の組換え発現のための系の例において、抗体重鎖及び抗体軽鎖の両方をコードする組換え発現ベクターを、リン酸カルシウム媒介トランスフェクションによりdhfr-CHO細胞に導入する。組換え発現ベクター内では、抗体重鎖及び軽鎖遺伝子はそれぞれ、遺伝子の高レベルの転写を駆動するためにエンハンサー/プロモーター調節エレメントと機能的に連結する例えば、SV40、CMV、アデノウイルスなど、CMVエンハンサー/AdMLPプロモーター調節エレメント、又はSV40エンハンサー/AdMLPプロモーター調節エレメントなどにより駆動される。組換えはまた、メトトレキセート選択/増幅を利用して、ベクターで形質転換されたCHO細胞を選択するためのDHFR遺伝子を有していてもよい。選択された形質転換宿主細胞を、抗体重鎖及び軽鎖の発現が可能なように培養し、その培養培地から完全な抗体を回収する。組換え、宿主細胞のトランスフェクト、形質転換体の選択、宿主細胞の培養及び培養培地からの抗体の回収のために標準的な分子生物学的手法を用いる。例えば、いくつかの抗体は、プロテインA又はプロテインGを用いたアフィニティクロマトグラフィーにより単離することができる。Fcドメインを含む抗体に関しては、抗体作製系、好ましくはFc領域がグリコシル化されている抗体を合成する。例えば、IgG分子のFcドメインは、CH2ドメインのアスパラギン297でグリコシル化される。このアスパラギンは、二分岐型オリゴ糖による修飾部位である。このグリコシル化は、Fcγ受容体及び補体Clqにより媒介されるエフェクター機能に必要であることが証明されているBurtonandWoof1992AdvImmunol51184Jefferisetal1998ImmunolRev1635976。好ましい実施形態において、Fcドメインは、アスパラギン297に対応する残基を適当にグリコシル化する哺乳動物発現系において生成する。Fcドメインはまた、真核生物翻訳後修飾を含んでもよい。抗体分子が組換え発現により一旦産生されれば、抗体分子は、免疫グロブリン分子を精製するための当技術分野で公知の任意の方法により、例えば、クロマトグラフィー例えば、イオン交換、アフィニティ、特に、プロテインAの後の特異的抗原に対する親和性、及びサイズ分離カラムクロマトグラフィにより、遠心分離、溶解度差differentialsolubilityにより、又はタンパク質を精製する他の任意の標準技術により、精製することができる。さらに、抗体又はそのフラグメントを、精製を容易にする当技術分野で公知の異種ポリペプチド配列と融合させてもよい。遺伝子治療技術遺伝子治療とは、発現された又は発現可能な核酸の被験体への投与により実施される治療を意味する。当技術分野で利用可能な遺伝子治療の方法のいずれをも本発明に従って用いることができる。その方法の例を以下に説明する。特定の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーに対する1又はそれ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、遺伝子治療によって変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために投与する。他の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する1又はそれ以上の抗体をコードするヌクレオチドを含む1又はそれ以上の核酸分子を、遺伝子治療によって変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために投与する。他の実施形態においては、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物、又はそれらの類似体、誘導体、若しくはフラグメントをコードするヌクレオチドを含む1又はそれ以上の核酸分子を、遺伝子治療によって変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために投与する。また別の実施形態においては、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上のドミナントネガティブポリペプチドをコードするヌクレオチドを含む1又はそれ以上の核酸分子を、遺伝子治療によって変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために投与する。遺伝子治療の方法の総説については、Goldspielら、1993ClinicalPharmacy12488505;WuとWu1991Biotherapy38795;Tolstoshev1993AnnRevPharmacolToxicol32573596;MulliganScience260926932;及びMorganとAnderson1993AnnRevBiochem62191217;May1993TIBTECH11155215を参照されたい。使用可能な組換えDNA技術の分野で一般的に公知の方法は、Ausubelら編、CurrentProtocolsinMolecularBiologyジョンワイリーアンドサンズJohnWileySons、ニューヨーク1993;及びKriegler遺伝子移動と発現、実験室マニュアルGeneTransferandExpressionALaboratoryManualストックトンプレスStocktonPress、ニューヨーク1990に記載されている。一態様において、本発明の組成物は、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する1又はそれ以上の抗体をコードする核酸配列であって、好適な宿主において1又はそれ以上の抗体を発現する発現ベクターの一部である核酸配列を含む。特に、かかる核酸配列は、該抗体と機能的に連結されたプロモーターであって、誘導性又は構成的場合によっては組織特異的プロモーターを有する。別の態様において、本発明の組成物は、適当な宿主中で本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーの1又はそれ以上のたんぱく質産物のドミナントネガティブポリペプチドを発現する発現ベクターの一部である、該ドミナントネガティブポリペプチドをコードする核酸配列を含む。特にそのような核酸配列は、該ドミナントネガティブポリペプチドと機能的に連結されたプロモーターであって、誘導性又は構成的場合によっては組織特異的プロモーターを有する。別の特定の実施形態において、ドミナントネガティブコード配列及び他の所望の配列に隣接して、ゲノム中の所望の部位で相同的組換えを促進する領域が存在する核酸分子が使用され、こうしてドミナントネガティブ核酸の染色体内発現が提供されるKollerとSmithies1989ProcNatlAcadSciUSA8689328935;Zijlstraら、1989Nature342435438。患者への核酸の送達は、被験者が核酸又は核酸運搬ベクターに直接暴露される直接的であってもよいし、あるいは細胞をまず核酸でinvitroで形質転換し次に患者に移植される間接的でであってもよい。これらの2つのアプローチは、それぞれinvivo又はexvivo遺伝子治療として知られている。具体的な実施形態において、核酸配列は、発現されてコードされる生成物を産生する場所に直接invivoで投与される。これは、当該分野で公知の多くの方法の任意のものを使用して、例えば、適切な核酸の一部として発現ベクターを構築し、そして、欠陥若しくは弱毒化レトロウイルス若しくは他のウイルスベクターを使用する感染米国特許第4,980,286号により、又は裸のDNAの直接注入により、又は微粒子衝撃例えば、遺伝子銃;Biolistic、デュポンDupontの使用により、又は脂質若しくは細胞表面受容体若しくはトランスフェクション物質、リポソーム、微粒子、若しくはマイクロカプセル中に封入して被覆することにより、又は核に入ることが知られているペプチドと連結して投与することにより、又はリガンド対象に連結して受容体介在エンドサイトーシスに投与する例えば、WuとWu1987JBiolChem26244294432これは、受容体を特異的に発現する種類細胞を標的化するために使用することができることなどにより、細胞内になるように投与する。別の実施形態において、リガンドがエンドソームを破壊する膜融合ウイルスペプチドを含む核酸-リガンド複合体を形成することができ、核酸がリソソーム分解を避けることを可能にする。さらに別の実施形態において核酸は、特異的受容体を標的化することにより、invivoで細胞特異的取り込みと発現に対して標的化することができる例えば、1992年4月16日付の国際特許公報WO92/06180号Wuetal;1992年12月23日付のWO92/22635号Wilsonetal;1992年11月26日付のWO92/20316号Findeisetal;1993年7月22日付のWO93/14188号Clarkeetal;1993年10月14日付のWO93/20221号Youndを参照。あるいは核酸は、相同的組換えによる発現のために、細胞内に導入され宿主細胞DNA内に取り込むことができるKollerとSmithies1989ProcNatlAcadSciUSA8689328935;及びZijlstraら、1989Nature342435438。例えばレトロウイルスベクターを使用することができる。これらのレトロウイルスベクターは、ウイルスゲノムのパッケージングと、宿主細胞DNA内への組み込みに必要ではないレトロウイルス配列を除去するように改変されている。遺伝子治療で使用される目的の抗体、又は目的のタンパク質若しくはその断片をコードする核酸配列は1つ以上のベクター中にクローン化され、これは患者への遺伝子の送達を促進する。レトロウイルスベクターについてのさらなる詳細は、Boesenら、1994Biotherapy6291302に記載され、これは、幹細胞を化学療法に対してより耐性にするために造血幹細胞へmdr1遺伝子を送達するレトロウイルスベクターの使用を記載する。遺伝子治療におけるレトロウイルスベクターの使用を例示する他の文献には以下がある:Clowesら、1994JClinInvest93644651;Kleinら、1994Blood8314671473;SalmonsとGunzberg、1993HumGeneTherapy4129141;及びGrossmanとWilson、1993CurrOpininGeneticsandDevel3110114。アデノウイルスは、遺伝子治療で使用できる他のウイルスベクターである。アデノウイルスは、気道上皮に遺伝子を送達するための特に魅力的なビヒクルである。アデノウイルスは天然には気道上皮に感染し、ここで軽い疾患を引き起こす。アデノウイルスベースの送達系の他の標的は肝臓、中枢神経系、内皮細胞、及び筋肉である。アデノウイルスは、非分裂細胞に感染できるという利点を有する。KozarskyとWilson1993CurrentOpinioninGeneticsandDevelopment3499503は、アデノウイルスベースの遺伝子治療の総説を提供する。Boutら、1994HumGeneTherapy5310は、アカゲザルの気道上皮に遺伝子を移すためのアデノウイルスベクターの使用を証明した。遺伝子治療におけるアデノウイルス使用の他の例は、Rosenfeldら、1991Science252431434;Rosenfeldら、1992Cell68143155;Mastrangeliら、1993JClinInvest91225234;PCT公報WO9412649;及びWangら、1995GeneTherapy2775783に記載されている。好適な実施形態においてアデノウイルスベクターが使用される。アデノ関連ウイルスAAVもまた、遺伝子治療での使用が提唱されているWalshら、1993ProcSocExpBiolMed204289300;及びUSPatentNo5436146。遺伝子治療への他のアプローチは、エレクトロポレーション、リポフェクション、リン酸カルシウム介在トランスフェクション、又はウイルス感染のような方法により、組織培養の細胞に遺伝子を移動することを含む。通常、移動の方法は、細胞への適当なマーカーの移動を含む。次に細胞を選択条件に置いて、移動した遺伝子を取り込み発現している細胞を単離する。次にこれらの細胞を被験者に送達する。この実施形態において、核酸を細胞に導入後、生じる組換え細胞をinvivoで投与する。そのような導入は、当該分野で公知の任意の方法、特に限定されないが、トランスフェクション、エレクトロポレーション、微量注入法、核酸配列を含有するウイルスベクター若しくはバクテリオファージベクターによる感染、細胞融合、染色体介在遺伝子移動、マイクロセル介在遺伝子移動、スフェロプラスト融合などにより、行うことができる。細胞への外来遺伝子の導入のために、当該分野で多くの方法例えば、LoefflerとBehr1993MethEnzymol217599618;Cohenら、1993MethEnzymol217618644;ClinePharmaTher296992が知られており、本発明で使用できるが、ただし受容体細胞の必要な成長機能と生理学的機能は破壊されていないものとする。この方法は細胞への核酸の安定な移動を提供するはずであり、その結果核酸は発現可能であり、好ましくはその細胞子孫により遺伝可能かつ発現可能である。生じる組換え細胞は、当該分野で公知の種々の方法により患者に送達することができる。組換え血液細胞例えば、造血幹細胞又は前駆細胞及び/又は軟骨細胞は、好ましくは静脈内投与される。使用が企図される細胞の量は、限定されるものではないが所望の作用、患者の状態などに依存し、当業者が決定することができる。遺伝子治療が目的で核酸が導入される細胞は、任意の所望の利用できる種類の細胞を包含し、特に限定されないが、上皮細胞、内皮細胞、ケラチン細胞、軟骨細胞、繊維芽細胞、筋肉細胞、肝細胞、血液細胞例えば、Tリンパ球、Bリンパ球、単球、マクロファージ、好中球、好酸球、巨核球、顆粒球、特に造血幹細胞若しくは前駆細胞中の種々の幹細胞若しくは前駆細胞例えば骨髄から得られるようなもの、臍帯血、末梢血、胎児肝などがある。好適な実施形態において、遺伝子治療で使用される細胞は被験者に対して自己由来である。遺伝子治療で組換え細胞が使用される一実施形態において、目的の抗体又は目的のタンパク質若しくはその断片をコードする核酸配列が細胞中に導入され、その結果これらは、細胞若しくはその子孫により発現され、次に組換え細胞は治療作用のためにinvivoで投与される。具体的な実施形態において幹細胞又は前駆細胞が使用される。invitroで単離でき維持できる任意の幹細胞及び/又は前駆細胞は、本発明のこの実施形態で使用できる可能性がある例えば、1994年4月28日付の国際公報WO94/08598号;StempleとAnderson1992Cell71973985;Rheinwald1980MethCellBio21A29;及びPittelkowとScott1986MayoClinicProc61771を参照。目的の抗体、目的のタンパク質又はそれらのフラグメントをコードする核酸配列の発現を制御するために用いることができるプロモーターは、構成性、誘導性又は組織特異的のいずれであってもよい。非限定的な例としては、SV40初期プロモーター領域BernoistandChambon1981Nature290304310、ラウス肉腫ウイルスの3’長末端リピートに含まれるプロモーターYamamotoetal1980Cell22787797、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーターWagneretal1981ProcNatlAcadSciUSA7814411445、メタロチオネイン遺伝子の調節配列Brinsteretal1982Nature2963942、原核生物発現ベクター、例えばβラクタマーゼプロモーターなどVillaKamaroffetal1978ProcNatlAcadSciUSA7537273731、又はtacプロモーターDeBoeretal1983ProcNatlAcadSciUSA802125、また、UsefulProteinsfromrecombinantbacteriaScientificAmerican19802427494も参照;植物発現ベクター、例えばノパリンシンターゼプロモーター領域HerreraEstrellaetalNature303209213又はカリフラワーモザイクウイルス35SRNAプロモーターGardneretal1981NuclAcidsRes92871、及び光合成酵素リブロース二リン酸カルボキシラーゼのプロモーターHerreraEstrellaetal1984Nature310115120;酵母又は他の真菌由来のプロモーターエレメント、例えばGal4プロモーター、ADCアルコールデヒドロゲナーゼプロモーター、PGKホスホグリセロールキナーゼプロモーター、アルカリホスファターゼプロモーター、及び以下の組織と特異性を示し、トランスジェニック動物において用いられている動物転写制御領域:膵腺房細胞において活性を有するエラスターゼI遺伝子制御領域Swiftetal1984Cell38639646Ornitzetal1986ColdSpringHarborSympQuantBiol50399409MacDonald1987Hepatology7425515、膵臓β細胞において活性を有するインスリン遺伝子制御領域Hanahan1985Nature315115122、リンパ細胞において活性を有する免疫グロブリン遺伝子制御領域Grosschedletal1984Cell38647658Adamesetal1985Nature318533538Alexanderetal1987MolCellBiol714361444、精巣、乳房、リンパ及び肥満細胞において活性を有するマウス乳腺腫瘍ウイルス制御領域Lederetal1986Cell45485495、肝臓において活性を有するアルブミン遺伝子制御領域Pinkertetal1987GenesandDevel1268276、肝臓において活性を有するαフェトプロテイン遺伝子制御領域Krumlaufetal1985MolCellBiol516391648Hammeretal1987Science2355358、肝臓において活性を有するα1-アンチトリプシン遺伝子制御領域Kelseyetal1987GenesandDevel1161171、骨髄細胞において活性を有するβグロビン遺伝子制御領域Mogrametal1985Nature315338340Kolliasetal1986Cell468994、脳内の乏突起膠細胞において活性を有するミエリン塩基性タンパク質遺伝子制御領域Readheadetal1987Cell48703712、骨格筋において活性を有するミオシン軽鎖-2遺伝子制御領域Sani1985Nature314283286、並びに視床下部において活性を有する性腺刺激ホルモン放出ホルモン遺伝子制御領域Masonetal1986Science23413721378が挙げられる。特定の実施形態において遺伝子治療が目的で導入される核酸は、コード領域に機能できる形で結合した誘導性プロモーターを含み、その結果核酸の発現は、転写の適切なインデューサーの有無を制御することにより調節される。5.21.2抗炎症治療抗炎症薬は、変形性関節症の治療、管理及び改善に成功を収め、現在では一般的で、そのような障害の標準的治療となっている。当業者に周知のいかなる抗炎症薬をも本発明の組成物及び方法に用いることができる。抗炎症薬の例には、限定されるものではないが、非ステロイド性抗炎症薬NSAID、ステロイド性抗炎症薬、βアゴニスト、抗コリン作動薬及びメチルキサンチンが挙げられる。NSAIDの例には、アスピリン、イブプロフェン、セレコキシブCELEBREXTM、ジクロフェナクVOLTARENTM、エトドラクLODINETM、フェノプロンNALFONTM、インドメタシンINDOCINTM、ケトロラクTORADOLTM、オキサプロジンDAYPROTM、ナブメトンRELAFENTM、スリンダクCLINORILTM、トルメチンTOLECTINTM、ロフェコキシブVIOXXTM、ナプロキセンALEVETM、NAPROSYNTM、ケトプロフェンACTRONTM、及びナブメトンRELAFENTMが含まれるが、これらに限定されるものではない。そのようなNSAIDは、シクロオキシゲナーゼ酵素例えば、COX-1及び/又はCOX-2を阻害することによって機能する。ステロイド性抗炎症薬の例には、グルココルチコイド、デキサメサゾンDECADRONTM、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、プレドニソンDELTASONETM、プレドニソロン、トリアムシノロン、アザルフィジン、及びエイコサノイド例えば、プロスタグランジン、トロンボキサン、及びロイコトリエンが含まれるが、これらに限定されるものではない。5.22医薬組成物本発明の方法を用いて同定される、生物学的に活性な化合物又は薬学的に許容されるその塩を、変形性関節症に罹患している患者、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトに投与することができる。具体的な実施形態では、化合物又は薬学的に許容されるその塩を、患者、好ましくは哺乳動物、より好ましくは変形性関節症の次のステージ、すなわち軽度、中程度、顕著又は重篤のステージに罹患したヒトに投与する。別の実施形態において、化合物又は薬学的に許容されるその塩は、患者、好ましくは哺乳動物、好ましくはヒトに、変形性関節症に対する予防措置として投与する。これらの実施形態においては、患者は、子供、成人又は高齢者のいずれでもよく、子供は24ヶ月齢から10歳の年齢の被験者、成人は18歳以上の被験者、そして高齢者は65歳以上の被験者である。患者に投与する場合、化合物又は薬学的に許容されるその塩は、場合によっては薬学的に許容されるビヒクルを含む組成物の構成要素として投与することが好ましい。組成物は、経口的に、又は任意の他の都合のよい経路たとえば点滴若しくはボーラス注射、上皮若しくは粘膜皮膚の内面たとえば、口腔粘膜、直腸、及び腸管粘膜などを介した吸収によって投与することができ、別の生物学的に活性な薬剤と一緒に投与し得る。投与は全身性又は局所的であることができる。様々な送達系たとえばリポソーム、微粒子、ミクロカプセル、カプセルへのカプセル封入などが公知であり、化合物及び薬学的に許容されるその塩を投与するために使用することができる。投与方法としては、それだけには限定されないが、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、鼻腔内、硬膜外、経口、舌下、鼻腔内、脳内、膣内、経皮、直腸から、吸入によって、又は特に耳、鼻、眼、若しくは皮膚へ局所的な投与が挙げられる。投与方法は専門家の裁量に任される。ほとんどの場合、投与の結果、化合物又は薬学的に許容されるその塩が血流中に放出される。具体的な実施形態では、化合物又は薬学的に許容されるその塩を局所的に投与することが望まれ得る。限定しないが、これは、たとえば手術中の局所注入によって、局所適用たとえば手術後に創傷包帯と組み合わせて、注射によって、カテーテルによって、坐薬によって、あるいはシラスティック膜などの膜を含めた多孔性、非多孔性、若しくはゼラチン状材料又は線維からなる移植物によって行ってもよい。特定の実施形態において、化合物は、変形性関節症に罹患した関節に局所投与する。特定の実施形態では、化合物又は薬学的に許容されるその塩を、脳室内、くも膜下腔内及び硬膜外注射を含めた任意の適切な経路によって中枢神経系内に導入することが望まれ得る。脳室内注射は、たとえばオンマヤリザーバーOmmayareserverなどのリザーバーに接続した脳室内カテーテルによって容易になるかもしれない。たとえば吸入器又は噴霧器を用い、かつエアロゾル化剤と共に製剤化することによるか、又は炭化フッ素若しくは合成肺サーファクタント中での灌流を介した肺投与を用いることもできる。特定の実施形態では、化合物及び薬学的に許容されるその塩は、慣用の結合剤及びトリグリセリドなどのビヒクルを用いて、坐薬として製剤化することができる。別の実施形態では、化合物及び薬学的に許容されるその塩を、小胞、特にリポソーム中で送達することができるLanger、1990、Science、24915271533;Treat他、LiposomesintheTherapyofInfectiousDiseaseandCancer、LopezBerestein及びFidler、Liss、NewYork、353365ページ;LopezBerestein、同書、317327ページを参照;一般に同書を参照。さらに別の実施形態では、化合物及び薬学的に許容されるその塩を徐放系で送達することができるたとえばGoodson、MedicalApplicationsofControlledRelease、上記、第2巻、115138ページ参照。Langer、1990、Science、24915271533による総説に記載の他の徐放系を使用してもよい。一実施形態では、ポンプを使用し得るLanger、上記;Sefton、1987、CRCCritRefBiomedEng、14201;Buchwald他、1980、Surgery、88507;Saudek他、1989、NEnglJMed、321574参照。別の実施形態では、高分子物質を使用することができるMedicalApplicationsofControlledRelease、Langer及びWise、CRCPres、BocaRaton、Florida;ControlledDrugBioavailabilityDrugProductDesignandPerformance、Smolen及びBall、Wiley、NewYork;Ranger及びPeppas、1983、JMacromolSciRevMacromolChem、2361参照;Levy他、1985、Science、228190;During他、1989、AnnNeurol、25351;Howard他、1989、JNeurosurg、71105も参照。さらに別の実施形態では、徐放系を化合物又は薬学的に許容されるその塩の標的RNAの近傍に配置することができ、これにより全身用量の一部しか必要でなくなる。本明細書に記載の化合物は、投与に好適な医薬組成物中に配合しうる。かかる組成物は、典型的に、活性化合物及び薬学的に許容される担体を含む。本明細書において用いる用語薬学的に許容される担体は、医薬投与に適合性の溶媒、分散媒体、被膜、抗細菌剤及び抗菌剤、等張剤及び吸収遅延剤などのいずれか及び全てを含むことが意図される。薬学的活性を有する物質についての係る媒体及び薬物の使用は当技術分野で周知である。慣用の媒体又は薬物が活性化合物と適合しないことを除いて、組成物中のそれらの使用が意図される。追加の活性化合物もまた組成物中に配合しうる。本発明は、目的のポリペプチド又は核酸の発現又は活性を調節するための医薬組成物の製造方法を含む。かかる方法は、薬学的に許容される担体を、目的のポリペプチド又は核酸の発現又は活性を調節する薬物と共に製剤化することを含む。かかる組成物はさらに追加の有効薬剤を含んでもよい。したがって、本発明はさらに、薬学的に許容される担体を、目的のポリペプチド又は核酸の発現又は活性を調節する薬物及び1以上の追加の活性化合物と共に製剤化することを含む、医薬組成物の製造方法を包含する。本発明の医薬組成物は、意図する投与経路に適合するように製剤化する。投与経路の例としては、非経口、例えば静脈内、皮内、皮下、経口例えば吸入、経皮局所、経粘膜、及び直腸投与が挙げられる。静脈内投与が好ましい。非経口、皮内又は皮下投与に用いられる溶液又は懸濁液は、以下の成分を含みうる。すなわち、滅菌希釈剤注射用液、生理食塩水、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール又は他の合成溶媒など、抗細菌剤ベンジルアルコール又はメチルパラベンなど、抗酸化剤アスコルビン酸又は亜硫酸水素ナトリウムなど、キレート化剤エチレンジアミン四酢酸など、バッファー酢酸、クエン酸、リン酸など、等張性の調整のための薬剤塩化ナトリウム又はデキストロースなど。pHは、酸又は塩基、例えば塩酸又は水酸化ナトリウムを用いて調節しうる。非経口用調製物は、アンプル、使い捨てシリンジ又は多用量バイアルガラス又はプラスチック製に入れることができる。注射用途に好適な医薬組成物としては、滅菌水溶液水溶性の場合、又は分散液、及び注射可能な滅菌液又は分散液を即時調製するための滅菌粉末が挙げられる。静脈内投与のために、好適な担体としては、生理学的食塩水、静菌水、CremophorESTSBASFParsippanyNJ、又はリン酸緩衝化生理食塩水PBSが挙げられる。全ての場合において、組成物は滅菌である必要があり、シリンジ操作が容易な程度に液体である必要がある。また、製造及び貯蔵条件下で安定であり、微生物細菌及び真菌などの混入作用に対して抑制されている必要がある。担体は、例えば水、エタノール、ポリオール例えばグリセロール、プロプレングリコール及び液体ポリエチレングリコールなど、及びこれらの好適な混合物を含む溶媒又は分散媒体でありうる。適当な流動性は、例えばレシチンなどのコーティングの使用、分散液の場合には必要な粒子径の維持、サーファクタントの使用により維持することができる。微生物による作用の抑制は、種々の抗細菌剤及び抗菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなどにより達成しうる。多くの場合、等張性剤、例えば糖、ポリアルコールマンニトール、ソルビトールなど、塩化ナトリウムなどを組成物中に含有されることが好ましい。注射可能な組成物の持続的吸収は、組成物中に吸収を遅延させる薬物、例えばモノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンを含めることにより達成しうる。滅菌の注射可能な溶液は、活性化合物例えばポリペプチド又は抗体の必要量を、必要であれば上記列挙した成分の1つ又は組み合わせとともに、適当な溶媒中に導入し、滅菌濾過を行うことにより調製することができる。一般的には、分散液は、活性化合物を、基本的な分散媒体と上記列挙した必要な他の成分を含む滅菌ビヒクルに導入することにより調製する。滅菌の注射可能な溶液を調製するための滅菌粉末の場合には、好ましい調製方法は、真空乾燥と凍結乾燥であり、既に滅菌濾過した溶液から活性成分と任意の追加の所望の成分の粉末を得る。経口用組成物は、一般的には不活性希釈剤又は食用担体を含む。これらは、ゼラチンカプセル中に封入されるか又は圧縮して錠剤にしうる。治療の経口投与の目的で、活性化合物は、賦形剤と共に配合し、錠剤、トローチ剤又はカプセル剤の剤形で使用する。経口用組成物はまた、マウスウォッシュとして使用するための液体担体を用いて調製してもよく、この場合、液体担体中の化合物は経口投与され、局所使用され、喀痰又は嚥下される。薬学的に適合性の結合剤及び/又はアジュバント物質が組成物の一部として組み込まれてもよい。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、以下の成分のいずれか又は類似の性質を有する化合物を含みうる:すなわち、結合剤微晶質セルロース、トラガカントゴム又はゼラチンなど、賦形剤スターチ又はラクトースなど、崩壊剤アルギン酸、Primogel、又はコーンスターチなど、滑沢剤ステアリン酸マグネシウム、又はSteroteなど、流動促進剤コロイド状二酸化ケイ素、甘味剤スクロース又はサッカリンなど、あるいは着香料ペパーミント、サリチル酸メチル、又はオレンジフレーバーなど。吸入による投与の場合、化合物は、好適な噴射剤例えば二酸化炭素などの気体を含む加圧容器若しくはディスペンサー、又は噴霧器からエーロゾルスプレーの形態で送達される。経粘膜又は経皮手段による全身投与も可能である。経粘膜又は経皮投与のため、透過させようとする障壁門に適当な浸透剤を製剤中で使用する。かかる浸透剤は当技術分野で一般的に知られており、例えば、経粘膜投与に関しては界面活性剤、胆汁塩及びフシジン酸誘導体が含まれる。経粘膜投与は、鼻腔スプレー又は座剤の使用によって達成することができる。経皮投与のために、活性化合物を、当技術分野で一般的に知られている軟膏ointment、軟膏salve、ゲル又はクリームに製剤化する。化合物はまた、直腸送達のために座剤例えば慣用の座剤用基剤、ココアバター及び他のグリセリドなどと共に又は停留浣腸の剤形で調製してもよい。一実施形態において、活性化合物は、体内からの迅速な排除に対して化合物を防御しうる担体と共に、制御放出製剤埋込剤及びマイクロカプセル化送達系を含むとして調製される。生分解性、生体適合性のポリマー、例えばエチレンビニルアセテート、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル及びポリ乳酸などを用いることも可能である。そのような組成物の調製方法は、当業者には明らかである。材料はまた、AlzaCorporation及びNovaPharmaceuticalsIncから市販品を入手することができる。リポソーム懸濁液ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を感染させた細胞に標的化するリポソームを含むはまた、薬学的に許容される担体として用いることも可能である。これらは、当業者に公知の方法、例えば米国特許第4,522,811号に記載の方法に従って調製することができる。投与の簡便性及び投与量の均一性のため、投与単位剤形で経口又は非経口組成物を製剤化することが特に利点がある。本明細書において用いる、投与単位剤形とは、処置対象の被験体について単一の投与量として好適な物理的に別個の単位を意味し、各単位は、必要な医薬担体と関連して所望の治療効果をもたらすように計算された活性化合物の固有の特性に応じて異なりうる。本発明の投与単位剤形について本明細書は、活性化合物の固有の特徴、達成すべき特定の治療効果、並びに個体の治療のための活性化合物などの配合に関する当技術分野の制限によって決定され、それに直接依存している。抗体に関しては、好ましい投与量は、体重1kg当たり0.1mg~100mgより好ましくは体重1kg当たり0.1~20mg、体重1kg当たり0.1~10mg、又は体重1kg当たり0.1~1.0mgである。抗体が脳内で作用する場合には、50mg/kg~100mg/kgの投与量が通常は適当である。一般的には、部分的にヒトの抗体及び完全ヒト抗体は、他の抗体よりもヒト体内での半減期が長い。したがって、より低い投与量及びより少ない投与頻度が可能でありうる。脂質付加などの修飾を用いて、抗体を安定化し、取り込み及び組織透過例えば脳へのを増強してもよい。抗体の脂質付加の方法は、Cruikshanketal1997JAcquiredImmuneDeficiencySyndromesandHumanRetrovirology14193により記載されている。特定の実施形態において、タンパク質又はポリペプチドの有効量すなわち有効投与量は、体重1kg当たり約0.001~30mg、好ましくは体重1kg当たり約0.01~25mg、より好ましくは体重1kg当たり約0.1~20mg、よりさらに好ましくは体重1kg当たり約0.1~1.0mg、1~10mg、2~9mg、3~8mg、4~7mg、又は5~6mgの範囲である。当業者であれば、被験体を有効に治療するために必要な投与量に影響を及ぼしうる特定の要因、例えば限定されるものではないが、疾患又は障害の重篤度、以前の治療、全身の健康状態及び/又は被験体の年齢、他の存在する疾患などを理解しうる。さらに、治療上有効な量のタンパク質、ポリペプチド、又は抗体による被験体の治療としては、単一治療、又は好ましくは一系列の治療が含まれる。上述した化合物に加えて、本発明は、目的の核酸又はポリペプチドの発現又は活性をモジュレートする小分子の使用を包含する。小分子の非限定的な例には、ペプチド、ペプチド模倣物、アミノ酸、アミノ酸類似体、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチド類似体、ヌクレオチド、ヌクレオチド類似体、1分子当たり分子量約10,000g未満の有機又は無機化合物、1分子当たり分子量約5,000g未満の有機又は無機化合物、1分子当たり分子量約1,000g未満の有機又は無機化合物、1分子当たり分子量約500g未満の有機又は無機化合物すなわち、ヘテロ有機及び有機金属化合物を含む、並びにかかる化合物の塩、エステル及び他の薬学的に許容される形態が含まれる。小分子薬剤の適当な用量は、通常の技法を有する医師、獣医又は研究者の範囲内の多数の要因に応じて異なることが理解される。小分子の用量は、例えば、種類、サイズ及び被験体の状態、処理されるサンプルなどに応じて異なり、さらに、組成物の投与経路適用可能であれば、本発明の核酸又はポリペプチドに及ぼすことが望ましい小分子の効果などに応じて異なる。例示的な用量としては、被験体又はサンプル重量の1kg当たり、mg又はμg単位の小分子の量例えば、1kg当たり約1μg~1kg当たり約500mg、1kg当たり約100μg~1kg当たり約5mg、又は1kg当たり約1μg~1kg当たり約50μgが挙げられる。さらに、小分子の適当な用量は、モジュレートしようとする発現又は活性に関する小分子の効力に応じて異なることが理解される。そのような適当な用量は、本明細書に記載のアッセイを用いて決定しうる。これらの小分子の1又はそれ以上を、本発明のポリペプチド又は核酸の発現又は活性をモジュレートするために被験体例えばヒトに投与する場合、医師、獣医又は研究者は、例えば最初は比較的低用量を処方し、その後、適当な応答が得られるまで用量を増大してもよい。さらに、任意の特定の動物被験体についての具体的な用量レベルは、多様な要因、例えば用いる特定の化合物の活性、被験体の年齢、体重、全身の健康状態、性別及び食事、投与時間、投与経路、排出速度、任意の薬物の組み合わせ、並びにモジュレートしようとする発現又は活性の程度などに応じて異なる。医薬組成物は、投与説明書と共に、容器、パック、又はディスペンサーに含まれてもよい。5.23キット本発明は、本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせのタンパク質及びRNA産物の発現を測定するキットを提供する。そのようなキットは、そのようなタンパク質及びRNA産物の発現を測定するのに必要な材料及び試薬を含む。特定の実施形態では、キットはさらに、1血液、軟骨細胞又は滑液からRNAを精製するための試薬;2試験核酸を生成するためのプライマー;3dNTP及び/又はrNTP予め混合したもの又は別々のもの、場合によっては一意的に標識された1又はそれ以上のdNTP及び/又はrNTP例えば、ビオチン化したあるいはCy3又はCy5タグの付いたdNTP;4蛍光色素の化学的に活性な誘導体などの合成後標識試薬;5逆転写酵素、DNAポリメラーゼなどの酵素;6種々のバッファー、例えばハイブリダイゼーションバッファー及び洗浄バッファー;7標識プローブ精製試薬、及びスピンカラムのような構成品など;8タンパク質精製試薬;9シグナル発生及び検出試薬、例えばストレプトアビジン-アルカリホスファターゼ結合体、化学蛍光基質又は化学発光基質など、種々の方法で使用する1又はそれ以上のさらなる試薬を含んでよい。特定の実施形態では、キットは、対照として使用する、サンプル例えば、血液又は軟骨細胞又は滑液から単離した、予め標識され品質管理されたタンパク質及び/又はRNAを含む。いくつかの実施形態では、キットはRT-PCRキットである。他の実施形態では、キットは核酸アレイ及びタンパク質アレイである。本発明に従ったそのようなキットは、本発明のタンパク質又は核酸メンバーが結合したアレイ、及びそのパッケージング手段を少なくとも含む。あるいは、本発明のタンパク質又は核酸メンバーをアレイ上に予めパッケージングすることもできる。いくつかの実施形態では、キットは定量RT-PCRキットである。一実施形態では、定量RT-PCRキットは、a本発明のバイオマーカーの各組み合わせの増幅に使用するプライマー、b逆転写酵素を含めたバッファー及び酵素、c1又はそれ以上の耐熱性ポリメラーゼ、並びにdSybr登録商標Greenを含む。好ましい実施形態では、本発明のキットはまた、a基準対照RNA、及びb混入対照RNAをも含む。本発明は、a個体を変形性関節症であると診断すること、b変形性関節症OAの2つのステージを区別すること、及びc個体を変形性関節症OAの特定のステージであると診断することに有用なキットを提供する。例えば、本発明の特定の実施形態では、キットは、フォワード及びリバースプライマーからなり、そのフォワード及びリバースプライマーは、個体が軽度のOAであるか又はOAでないかを決定するのに有用な本発明に従って同定された各バイオマーカーに対応するすべての種のmRNAの発現を定量するように設計する。特定の実施形態では、少なくとも1種のプライマーは、エキソン結合部をまたがるように設計する。本発明は、サンプルにおける本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせのタンパク質又はRNA産物の発現に基づく、変形性関節症の検出、診断、モニタリング及び予後診断に有用なキットを提供する。特定の実施形態では、そのようなキットは、従来技術により変形性関節症と関係することが示唆されている本発明のバイオマーカーのタンパク質又はRNA産物の発現を測定する材料及び試薬を含まない。他の実施形態では、そのようなキットは、従来技術により変形性関節症と関係することが示唆されている本発明のバイオマーカー、及び本発明のバイオマーカー以外の少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種又はそれ以上の遺伝子のタンパク質又はRNA産物の発現を測定する材料及び試薬を含む。本発明は、サンプルにおける本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせのタンパク質又はRNA産物の発現に基づいて、被験体が受けている1又はそれ以上の治療の効力をモニターするのに有用なキットを提供する。特定の実施形態では、そのようなキットは、従来技術により変形性関節症と関係することが示唆されている本発明のバイオマーカーのタンパク質又はRNA産物の発現を測定する材料及び試薬を含まない。他の実施形態では、そのようなキットは、従来技術により変形性関節症と関係することが示唆されている本発明のバイオマーカー、及び本発明のバイオマーカー以外の少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種又はそれ以上の遺伝子のタンパク質又はRNA産物の発現を測定する材料及び試薬を含む。本発明は、サンプルにおける本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせのタンパク質又はRNA産物の発現に基づく、被験体が治療に応答するかどうかの決定に有用なキットを提供する。特定の実施形態では、そのようなキットは、従来技術により変形性関節症と関係することが示唆されている本発明のバイオマーカーのタンパク質又はRNA産物の発現を測定する材料及び試薬を含まない。他の実施形態では、そのようなキットは、従来技術により変形性関節症と関係することが示唆されている本発明のバイオマーカー、及び本発明のバイオマーカー以外の少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種又はそれ以上の遺伝子のタンパク質又はRNA産物の発現を測定する材料及び試薬を含む。本発明は、サンプルにおける本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物の発現を測定するキットを提供する。特定の実施形態では、そのようなキットは、本発明のバイオマーカーのRNA産物の発現を測定するのに必要な材料及び試薬を含む。例えば、変形性関節症用のマイクロアレイ又はRT-PCRキットを生産することができ、それは、本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料のみを含む。あるいは、いくつかの実施形態では、キットは、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物のレベルを測定するのに必要なものに限らない材料及び試薬を含んでよい。例えば、マイクロアレイキットは、本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物のレベルを測定するのに必要な材料及び試薬に加えて、必ずしも変形性関節症と関係せず又はそれを示唆しないRNA産物のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含んでよい。特定の実施形態では、マイクロアレイ又はRT-PCRキットは、本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせと、本発明のバイオマーカー以外の1種、2種、3種、4種、5種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、55種、60種、65種、70種、75種、80種、85種、90種、95種、100種、125種、150種、175種、200種、225種、250種、300種、350種、400種、450種、又はそれ以上の遺伝子、あるいは本発明のバイオマーカー以外の1~10種、1~100種、1~150種、1~200種、1~300種、1~400種、1~500種、1~1000種、25~100種、25~200種、25~300種、25~400種、25~500種、25~1000種、100~150種、100~200種、100~300種、100~400種、100~500種、100~1000種、500~1000種の遺伝子のRNA産物のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含む。核酸マイクロアレイキットでは、キットは一般に、固相支持体表面に結合したプローブを含む。検出可能な標識でプローブを標識することができる。特定の実施形態では、プローブは、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物の複数のエキソン、複数のイントロン、複数のエキソン結合部、又は複数のエキソン-イントロン結合部に特異的である。マイクロアレイキットは、アッセイ、及びアッセイを行った結果得られたデータを解釈し分析する方法を行うための説明書を含むことがある。特定の実施形態では、キットは変形性関節症の診断用の説明書を含む。キットはまたハイブリダイゼーション試薬、及び/又はプローブが標的核酸配列とハイブリダイズするときに発生するシグナルを検出するのに必要な試薬を含むこともある。一般に、マイクロアレイキットの材料及び試薬は1又はそれ以上の容器に入っている。キットの各構成品は一般に、その適切な容器に入っている。RT-PCRキットでは、キットは一般に、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせの特定のRNA産物例えば、複数のエキソン、複数のイントロン、複数のエキソン結合部、及び複数のエキソン-イントロン結合部に特異的な、予め選択したプライマーを含む。RT-PCRキットはまた、核酸の逆転写及び/又は増幅に適した酵素例えば、Taqなどのポリメラーゼ、並びに逆転写及び増幅の反応混合物に必要なデオキシヌクレオチド及びバッファーを含んでもよい。RT-PCRキットはまた、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物に特異的なプローブを含んでもよい。プローブは、検出可能な標識例えば、蛍光標識で標識してもよく、あるいはしなくてもよい。RT-PCRキットの各構成品は一般に、その適切な容器に入っている。したがって、これらのキットは一般に、個々の各試薬、酵素、プライマー及びプローブに適した別々の容器を含む。さらに、RT-PCRキットは、アッセイ、及びアッセイを行った結果得られたデータを解釈し分析する方法を行うための説明書を含むことがある。特定の実施形態では、キットは変形性関節症の診断用の説明書を含む。特定の実施形態では、キットはリアルタイムRT-PCRキットである。そのようなキットは、96ウエルプレート、並びにSYBRグリーン検出に必要な試薬及び材料を含んでよい。キットは、β-アクチンを用いて結果を正規化できるような試薬及び材料を含んでよい。キットはまた、水、リン酸緩衝食塩水やファージMS2RNAなどの対照を含んでもよい。さらに、キットは、アッセイ、及びアッセイを行った結果得られたデータを解釈し分析する方法を行うための説明書を含むことがある。特定の実施形態では、説明書は、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせのRNA産物のレベルを、例えば5倍~10倍異なる2つの濃度で調べるべきであることを示すものである。抗体に基づくキットでは、キットは例えば、1対象とするタンパク質例えば、本発明のバイオマーカーの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、15種、20種、25種、30種、35種、40種、45種、50種、全種又は任意の組み合わせのタンパク質産物と結合する一次抗体固相支持体に結合していてもよく、あるいはしていなくてもよいと、任意選択で2タンパク質又は一次抗体と結合し、検出可能な標識例えば、蛍光標識、放射性同位体又は酵素と結合した異なる二次抗体を含んでよい。抗体に基づくキットはまた、免疫沈降を行うためのビーズを含んでもよい。抗体に基づくキットの各構成品は一般に、その適切な容器に入っている。したがって、これらのキットは一般に、各抗体に適した別々の容器を含む。さらに、抗体に基づくキットは、アッセイ、及びアッセイを行った結果得られたデータを解釈し分析する方法を行うための説明書を含むことがある。特定の実施形態では、キットは変形性関節症の診断用の説明書を含む。以下の実施例は、非限定的であり、本発明の様々な態様及び特徴を単に例示するにすぎない。マイクロアレイ構築本発明の一態様に係るアレイを以下のように構築した。OA軟骨cDNAライブラリー由来のcDNAクローンのPCR産物約40μlを、増幅に使用した同じ96ウエルチューブの中で、3M酢酸ナトリウムpH5.24μl1/10倍量及びエタノール100μl2.5倍量で沈殿させ、-20°Cで一晩貯蔵する。次いでそれを3,300rpm、4°Cで1時間遠心分離する。得られたペレットを氷冷70エタノール50μlで洗浄し、再度30分間遠心分離する。次いでそのペレットを空気乾燥させ、50ジメチルスルホキシドDMSO中で又は3×SSC20μl中で一晩かけて十分に再懸濁する。次いで、ロボット型GMS417又は427アレイ製造装置AffymetrixCaを用いて、単一に又は二連でγアミノプロピルシランCorningCMT-GAPS又はCMT-GAP2,CatalogNo4000340004又はポリリジン被覆スライドSigmaCatNoP0425上にサンプルを配置させる。マイクロアレイ上のDNAスポットの境界に、ダイヤモンド製罫書針で印をつけることができる。本発明は、アレイを調製する固相支持体上に10~20,000個のPCR産物がスポットされたアレイを提供する。粒子を含まない温かいddH2Oの皿の上に上記のスライドを約1分間入れることによってアレイを再水和しスポットはわずかに膨張するが、互いに接することはない、70~80°Cの加熱ブロックに3秒間逆さにして指ではじいて乾燥させる。次いで、DNAをスライドにUV架橋しStratageneStratalinker、65mJ、表示を650×100uJである650に設定、又は80°Cで2~4時間アレイを焼く。アレイをスライドラックに入れる。空のスライドチャンバーを準備し、下記の溶液で満たす:無水コハク酸Aldrich3.0gを1-メチル-2-ピロリジノン189mlに溶解させた試薬の迅速な添加が極めて重要である;無水コハク酸の最後の一片が溶解した直後に、0.2Mホウ酸ナトリウム21.0mlをそれに混合し、その溶液をスライドチャンバーに注ぐ。スライドラックを迅速にかつ均等にスライドチャンバーに沈め、数秒間勢いよく上下に振とうし、確実にスライドにその溶液が残らないようにし、次いでオービタルシェーカー上で15~20分間混合する。次いでスライドラックを95°CのddH2O中に2分間穏やかに沈め、その後95エタノール中に5回沈める。次いで過剰なエタノールをペーパータオル上に落として、スライドを空気乾燥させる。次いで、使用するまでアレイをスライド箱中に室温で貯蔵する。RNAの単離全血から微小遠心管中で全血100μlを得、4°C、2,000rpm800gで5分間遠心し、上清を除去する。TRIzol登録商標GIBCO/BRLを用いて、元の血液サンプル10μl毎にTRIzol登録商標約6μlの割合で、ペレットにした細胞をホモジナイズし、十分にボルテックスをかける。サンプルを室温で5分間放置する。TRIzol登録商標10μl当たりクロロホルム12μlを用いてRNAを抽出する。サンプルを4°C、12,000×gで5分間遠心分離し、上層を収集する。上層に、TRIzol登録商標10μl当たり5μlの割合でイソプロパノールを加える。-20°Cで一晩、又は20°Cで1時間サンプルを放置する。既知の方法に従ってRNAをペレットにし、RNAペレットを空気乾燥させ、ペレットをDEPC処理ddH2O中に再懸濁させる。RNAサンプルは、サンプルが室温で輸送に安定である75エタノール中で貯蔵することもできる。遠心分離した溶解血液からバキュテイナーVacutainer中で全血10mlを得、4°C、2,000rpm800gで5分間遠心し、血漿層を除去する。溶解バッファー3部に対して血液1部の割合で溶解バッファーを血液サンプルに加える溶解バッファー1L、EDTA0.6g、KHCO21.0g、NH4Cl8.2g、pH7.4に調整NaOHを使用。サンプルを混合し、透明になるまで5~10分間氷上に置く。溶解したサンプルを4°C、1000rpmで10分間遠心分離し、上清を吸引する。ペレットを溶解バッファー5ml中に再懸濁させ、再度4°C、1000rpmで10分間遠心分離する。TRIzol登録商標GIBCO/BRLを用いて、元の血液サンプル10ml毎にTRIzol登録商標約6mlの割合で、ペレットにした細胞をホモジナイズし、十分にボルテックスをかける。サンプルを室温で5分間放置する。TRIzol登録商標1ml当たりクロロホルム1.2mlを用いてRNAを抽出する。サンプルを4°C、12,000×gで5分間遠心分離し、上層を収集する。上層に、TRIzol登録商標1ml当たり0.5mlの割合でイソプロパノールを加える。-20°Cで一晩、又は20°Cで1時間サンプルを放置する。既知の方法に従ってRNAをペレットにし、RNAペレットを空気乾燥させ、ペレットをDEPC処理ddH2O中に再懸濁させる。RNAサンプルは、サンプルが室温で輸送に安定である75エタノール中で貯蔵することもできる。血清不含全血からバキュテイナーVacutainer中で全血10mlを得、4°C、2,000rpm800gで5分間遠心し、血漿層を除去する。TRIzol登録商標GIBCO/BRLを用いて、元の血液サンプル10ml毎にTRIzol登録商標約6mlの割合で、ペレットにした細胞をホモジナイズし、十分にボルテックスをかける。サンプルを室温で5分間放置する。TRIzol登録商標1ml当たりクロロホルム1.2mlを用いてRNAを抽出する。サンプルを4°C、12,000×gで5分間遠心分離し、上層を収集する。上層に、TRIzol登録商標1ml当たり0.5mlの割合でイソプロパノールを加える。-20°Cで一晩、又は20°Cで1時間サンプルを放置する。既知の方法に従ってRNAをペレットにし、RNAペレットを空気乾燥させ、ペレットをDEPC処理ddH2O中に再懸濁させる。RNAサンプルは、サンプルが室温で輸送に安定である75エタノール中で貯蔵することもできる。標的核酸の調製及びハイブリダイゼーションmRNAからの蛍光DNAプローブの調製本発明のアレイを用いた分析用にRNAの蛍光標識標的核酸サンプルを調製する。70°Cで10分間加熱し、氷上で冷却することによって、オリゴdTプライマー1μgを、変形性関節症と診断された又は変形性関節症であると疑われる患者の血液から単離した総RNA10μgと総体積10μlでアニーリングさせる。終濃度50mMTris-HClpH8.3、75mMKCl、3mMMgCl2、25mMDTT、25mM非標識dNTPs、SuperscriptII200U/μL,GibcoBRL400単位、及び15mMCy3又はCy5Amershamを含む体積25μlで42°C、40分間サンプルをインキュベートすることによって、mRNAを逆転写する。55500mMEDTA2.5μl及び1MNaOH5μlを添加し、65°Cで10分間インキュベートすることによって反応を停止させる。1MTrisHClpH7.612.5μlを添加することによって反応混合物を中和する。セントリコンCentricon-30微小濃縮器Amicon中で遠心分離することによって、標識した標的核酸サンプルを精製する。2種の異なる標的核酸サンプル例えば、異なる患者に由来する2種のサンプルを分析し、同じアレイへのハイブリダイゼーションによって比較する場合、各標的核酸サンプルを異なる蛍光標識例えば、Cy3及びCy5で標識し、別々に濃縮する。別々に濃縮した標的核酸サンプルCy3及びCy5標識を新たなセントリコン中に混合し、TE500μlで洗浄し、体積7μl未満まで再度濃縮する。10μg/μlポリARNASigma,P94031μl及び10μg/μltRNAGibco-BRL,15401-0111μlを添加し、体積を蒸留水で9.5μlに調整する。最終的な標的核酸調製物に、20×SSC1.5MNaCl、150mMクエン酸ナトリウムpH8.02.1μl及び10SDS0.35μlを添加する。ハイブリダイゼーション100°Cで2分間加熱することによって標識核酸を変性させ、37°Cで20~30分間インキュベートした後、核酸アレイ上、22mm×22mmカバーガラスの下に入れる。3×SSCの小さな貯蔵器により湿度が維持される特注のスライドチャンバー中で、ハイブリダイゼーションを65°Cで14~18時間実施する。0.1SDSを含む2×SSCで2~5分間、その後1×SSC及び0.1×SSC中に浸水させ撹拌することによってアレイを洗浄する。最後に、650RPMで2分間、マイクロプラスキャリアーMicropluscarrier中のBeckmanGS-6卓上遠心分離機で、スライドラックに入れて2分間遠心分離を行うことによってアレイを乾燥させる。リアルタイムRTPCR表1及び図1~4で開示されている遺伝子に対して、Qiagen製のSYBR登録商標グリーンキットProductNumber204143を用いてリアルタイムRTPCRを行った。図1~4で同定された遺伝子の1つに関する実験結果の例を図5に示す。1ステップ逆転写及びPCRを組み合わせた又は2ステップ最初に逆転写を、次いでPCRを行うを使用することができる。2ステップのプロトコールの場合、AppliedBiosystemsのHigh-CapacitycDNAArchiveKitProductnumber4322171を使用し、その中で用いられるプロトコールに従って、逆転写を最初に行った。より具体的には、本明細書において前述のように精製したRNAを、逆転写酵素バッファー、dNTPs、ランダムプライマー及び逆転写酵素とともにインキュベートし、25°Cで10分間、その後37°Cで2時間インキュベートし、得られた混合物を、定量PCRの開始産物として使用した。逆転写から得られたcDNAを、QuantiTectSYBR登録商標GreenPCRMasterMixとともに、提供されている通りにインキュベートし、マグネシウム濃度の調整は行わなかった。ウラシル-N-グリコシラーゼは添加しなかった。本発明の遺伝子に特異的な5μMのフォワードプライマーとリバースプライマーの両方を添加し、ABIPRISM7700/ABIGeneAmp5700/iCycler/DNAEngineOpticonを使用する標準的なプロトコールに従って、反応物をインキュベートしモニターした。TAQMAN登録商標Qiagen製のQuantiTectTMProbeRT-PCRシステムProductNumber204343を、目的の遺伝子に対応するTaqMan登録商標二重標識プローブ及びプライマーと組み合わせて用いて、定量リアルタイムRTPCRも行った。TaqMan登録商標プローブ及びプライマーは、AppliedBiosystemsAssays-On-DemandTMに注文することができる。二重標識プローブは、フルオロフォアとクエンチャーの両方を含む。蛍光レポーターとクエンチャーを近接させることによりレポーターが蛍光を発することが防止されるが、PCR伸長ステップの間は、TaqDNAポリメラーゼの5’-3’エキソヌクレアーゼ活性によってフルオロフォアが遊離し、それにより蛍光を発することが可能となる。したがって、蛍光の量は、生じるPCR産物の量に相関する。SYBR登録商標グリーンを使用して得られた定量リアルタイムデータを確認するために、TNFAIP6遺伝子に対してTaqMan登録商標定量PCRを行った。実験結果の例を図6及び図8に示す。より具体的には、TaqMan登録商標プローブを、QuantiTectPCRMasterMix、TNFAIP6遺伝子に特異的なプライマー、及び前述のRTPCRから得られたcDNAとともに、最終体積45μlとなるうようにインキュベートし、標準的な条件を用いてPCR反応を行った。この実験の結果は、図6で見ることができる。本発明の他の遺伝子でも同様の結果を得ることができることが当業者に理解されるはずである。リアルタイムPCRの結果の統計分析正常と、あるいは軽度のOA、中程度のOA、顕著なOA又は重篤なOAと分類された個体から単離した血液サンプルに対するリアルタイムPCR分析結果を、バイオマーカーとして開示された遺伝子の有用性を確認するために、既知の方法を用いて統計的に分析した。好ましくは、年齢及び肥満度指数BMIが類似した個体を、さらなる分析のために選択した。年齢及びBMIを基礎として比較を行うことができるサンプルの選択を、当業者に理解されている、順位に対する分散のKW一元分析KWOneWayAnalysisofVarianceonRanksを用いて決定した。サイズが約20~50の、年齢及びBMIが一致するサンプルのセットに対して、ΔCT値及びMW順位和検定を使用した。前記サンプルのセット間における倍数単位の変化の差を決定するために、サンプルのセットに対して箱ひげ図を作成した。図5、7及び8に、それぞれG2AN、PER1及びZFRについての代表的な分析を示す。当業者には明らかであるように、本明細書で同定された配列のいずれについても同様の分析を行うことができる。図1に記載の単離されたバイオマーカーを使用する、正常な個体の遺伝子発現プロファイルと比較した、軽度の変形性関節症である個体の血液サンプルの遺伝子発現プロファイル分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた1滴の血液から、TRIzol登録商標試薬GIBCOを用いて総mRNAを最初に単離し、次いで各血液サンプルについて蛍光標識プローブを作製し、変性させ、図1に記載の19遺伝子それぞれの全長cDNA配列を含むマイクロアレイとハイブリダイズさせる。次いで、アレイへの特異的なハイブリダイゼーションの検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。健常な患者と比較した、変形性関節症患者の血液サンプルにおける19遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図1に記載の19遺伝子それぞれの示差的な発現は、変形性関節症の診断に有用である。図2に記載の単離されたバイオマーカーを使用する、正常な個体の遺伝子発現プロファイルと比較した、中程度の変形性関節症である個体の血液サンプルの遺伝子発現プロファイル分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、中程度のOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって中程度の変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた1滴の血液から、TRIzol登録商標試薬GIBCOを用いて総mRNAを最初に単離し、次いで各血液サンプルについて蛍光標識プローブを作製し、変性させ、図2に記載の4遺伝子それぞれの全長cDNA配列を含むマイクロアレイとハイブリダイズさせる。次いで、アレイへの特異的なハイブリダイゼーションの検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。健常な患者と比較した、中程度の変形性関節症患者の血液サンプルにおける4遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図2に記載の4遺伝子それぞれの示差的な発現は、中程度の変形性関節症の診断に有用である。図3に記載の単離されたバイオマーカーを使用する、中程度の変形性関節症である個体の遺伝子発現プロファイルと比較した、顕著な変形性関節症である個体の血液サンプルの遺伝子発現プロファイル分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、中程度のOA患者から得られた血液サンプルと比較した、顕著なOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって顕著な変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する顕著な変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、中程度のOAと臨床的に診断された患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断及びステージ決定は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた1滴の血液から、TRIzol登録商標試薬GIBCOを用いて総mRNAを最初に単離し、次いで各血液サンプルについて蛍光標識プローブを作製し、変性させ、図3に記載の2遺伝子それぞれの全長cDNA配列を含むマイクロアレイとハイブリダイズさせる。次いで、アレイへの特異的なハイブリダイゼーションの検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。中程度の変形性関節症患者と比較した、顕著な変形性関節症患者の血液サンプルにおける2遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図3に記載の2遺伝子それぞれの示差的な発現は、顕著な変形性関節症の診断に有用である。図4に記載の単離されたバイオマーカーを使用する、顕著な変形性関節症である個体の遺伝子発現プロファイルと比較した、重篤な変形性関節症である個体の血液サンプルの遺伝子発現プロファイル分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、顕著なOA患者から得られた血液サンプルと比較した、重篤なOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって重篤な変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する重篤な変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、顕著なOAと臨床的に診断された患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断及びステージ決定は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた1滴の血液から、TRIzol登録商標試薬GIBCOを用いて総mRNAを最初に単離し、次いで各血液サンプルについて蛍光標識プローブを作製し、変性させ、図4に記載の4遺伝子それぞれの全長cDNA配列を含むマイクロアレイとハイブリダイズさせる。次いで、アレイへの特異的なハイブリダイゼーションの検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。顕著な変形性関節症患者と比較した、重篤な変形性関節症患者の血液サンプルにおける4遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図4に記載の4遺伝子それぞれの示差的な発現は、重篤な変形性関節症の診断に有用である。図1に記載の19遺伝子の5’領域を使用する、健常な個体の遺伝子発現プロファイルと比較した、変形性関節症である個体の血液サンプルの遺伝子発現プロファイル分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた1滴の血液から、TRIzol登録商標試薬GIBCOを用いて総mRNAを最初に単離し、次いで各血液サンプルについて蛍光標識プローブを作製し、変性させ、図1に記載の19遺伝子それぞれの5’領域に対応する25ヌクレオチド長のDNA配列を含むマイクロアレイとハイブリダイズさせる。次いで、アレイへの特異的なハイブリダイゼーションの検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。健常な患者と比較した、変形性関節症患者の血液サンプルにおける19遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図1に記載の19遺伝子それぞれの示差的な発現は、変形性関節症の診断に有用である。図1に記載の19遺伝子の3’領域を使用する、健常な個体の遺伝子発現プロファイルと比較した、変形性関節症である個体の血液サンプルの遺伝子発現プロファイル分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた1滴の血液から、TRIzol登録商標試薬GIBCOを用いて総mRNAを最初に単離し、次いで各血液サンプルについて蛍光標識プローブを作製し、変性させ、図1に記載の19遺伝子それぞれの3’領域に対応する50ヌクレオチド長のDNA配列を含むマイクロアレイとハイブリダイズさせる。次いで、アレイへの特異的なハイブリダイゼーションの検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。健常な患者と比較した、変形性関節症患者の血液サンプルにおける19遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図1に記載の19遺伝子それぞれの示差的な発現は、変形性関節症の診断に有用である。図1に記載の19遺伝子の内部コード領域を使用する、健常な個体の遺伝子発現プロファイルと比較した、変形性関節症である個体の血液サンプルの遺伝子発現プロファイル分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた1滴の血液から、TRIzol登録商標試薬GIBCOを用いて総mRNAを最初に単離し、次いで各血液サンプルについて蛍光標識プローブを作製し、変性させ、図1に記載の19遺伝子それぞれの内部コード領域に対応する70ヌクレオチド長のDNA配列を含むマイクロアレイとハイブリダイズさせる。次いで、アレイへの特異的なハイブリダイゼーションの検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。次いで、健常な患者と比較した、変形性関節症患者の血液サンプルにおける19遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図1に記載の19遺伝子それぞれの示差的な発現は、変形性関節症の診断に有用である。図1に記載の19遺伝子によってコードされるポリペプチドに対するモノクローナル抗体を使用する、健常な個体の血液サンプルと比較した、変形性関節症である個体の血液サンプルの分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた血液から、BDClontechタンパク質抽出及び標識キットCatalogueK18481又は631786を用いて総細胞タンパク質を最初に単離し標識する。簡単に説明すると、抽出プロトコールは、細胞の機械的破壊、細胞の可溶化、及び抽出物の遠心分離の主要な3ステップからなる。そのプロセスは、細胞ペレット又は凍結組織から開始することができ、機械的破壊の任意の方法である、フレンチプレス、超音波破砕、切り刻みmincing、又は粉砕grindingを使用することができる。破壊した後、抽出/標識バッファーを添加する1:20w/vことによりサンプルを可溶化する。そのバッファーは、N-ヒドロキシスクシンイミドNHS-エステル色素例えば、Cy3及びCyS色素での標識用に配合されているので、それは、色素との反応について競合する可能性のあるプロテアーゼ阻害剤又は還元剤を含まない。抽出後、サンプルを遠心分離して、染色体DNAなどの不溶性物質をペレットにする。次いで、可溶性抽出物を、Cy3及びCy5蛍光色素単官能NHS-エステルで標識する。次いで、標識タンパク質を、図1に記載の19遺伝子によってコードされる全長ポリペプチドに対するモノクローナル抗体のアレイとともにインキュベートする。次いで、アレイへの特異的な結合の検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。健常な患者と比較した、変形性関節症患者の血液サンプルにおける19遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図1に記載の19遺伝子それぞれの示差的な発現は、変形性関節症の診断に有用である。図2に記載の4遺伝子によってコードされるポリペプチドに対するモノクローナル抗体を使用する、健常な個体の血液サンプルと比較した、中程度の変形性関節症である個体の血液サンプルの分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって中程度の変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する中程度の変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、中程度の変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた血液から、BDClontechタンパク質抽出及び標識キットCatalogueK18481又は631786を用いて総細胞タンパク質を最初に単離し標識する。簡単に説明すると、抽出プロトコールは、細胞の機械的破壊、細胞の可溶化、及び抽出物の遠心分離の主要な3ステップからなる。そのプロセスは、細胞ペレット又は凍結組織から開始することができ、機械的破壊の任意の方法である、フレンチプレス、超音波破砕、切り刻み、又は粉砕を使用することができる。破壊した後、抽出/標識バッファーを添加する1:20w/vことによりサンプルを可溶化する。そのバッファーは、N-ヒドロキシスクシンイミドNHS-エステル色素例えば、Cy3及びCyS色素での標識用に配合されているので、それは、色素との反応について競合する可能性のあるプロテアーゼ阻害剤又は還元剤を含まない。抽出後、サンプルを遠心分離して、染色体DNAなどの不溶性物質をペレットにする。次いで、可溶性抽出物を、Cy3及びCy5蛍光色素単官能NHS-エステルで標識する。次いで、標識タンパク質を、図2に記載の4遺伝子によってコードされる全長ポリペプチドに対するモノクローナル抗体のアレイとともにインキュベートする。次いで、アレイへの特異的な結合の検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。健常な患者と比較した、中程度の変形性関節症患者の血液サンプルにおける4遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図2に記載の4遺伝子それぞれの示差的な発現は、中程度の変形性関節症の診断に有用である。図3に記載の2遺伝子によってコードされるポリペプチドに対するモノクローナル抗体を使用する、中程度の変形性関節症である個体の血液サンプルと比較した、顕著な変形性関節症である個体の血液サンプルの分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、中程度のOA患者から得られた血液サンプルと比較した、顕著なOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって顕著な変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する顕著な変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、中程度のOA患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症のステージの診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた血液から、BDClontechタンパク質抽出及び標識キットCatalogueK18481又は631786を用いて総細胞タンパク質を最初に単離し標識する。簡単に説明すると、抽出プロトコールは、細胞の機械的破壊、細胞の可溶化、及び抽出物の遠心分離の主要な3ステップからなる。そのプロセスは、細胞ペレット又は凍結組織から開始することができ、機械的破壊の任意の方法である、フレンチプレス、超音波破砕、切り刻み、又は粉砕を使用することができる。破壊した後、抽出/標識バッファーを添加する1:20w/vことによりサンプルを可溶化する。そのバッファーは、N-ヒドロキシスクシンイミドNHS-エステル色素例えば、Cy3及びCyS色素での標識用に配合されているので、それは、色素との反応について競合する可能性のあるプロテアーゼ阻害剤又は還元剤を含まない。抽出後、サンプルを遠心分離して、染色体DNAなどの不溶性物質をペレットにする。次いで、可溶性抽出物を、Cy3及びCy5蛍光色素単官能NHS-エステルで標識する。次いで、標識タンパク質を、図3に記載の2遺伝子によってコードされる全長ポリペプチドに対するモノクローナル抗体のアレイとともにインキュベートする。次いで、アレイへの特異的な結合の検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。中程度のOA患者と比較した、顕著な変形性関節症患者の血液サンプルにおける2遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図3に記載の2遺伝子それぞれの示差的な発現は、顕著な変形性関節症の診断に有用である。図4に記載の4遺伝子によってコードされるポリペプチドに対するモノクローナル抗体を使用する、顕著な変形性関節症である個体の血液サンプルと比較した、重篤な変形性関節症である個体の血液サンプルの分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、顕著なOA患者から得られた血液サンプルと比較した、重篤なOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって重篤な変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する重篤な変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、顕著なOA患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症のステージの診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた血液から、BDClontechタンパク質抽出及び標識キットCatalogueK18481又は631786を用いて総細胞タンパク質を最初に単離し標識する。簡単に説明すると、抽出プロトコールは、細胞の機械的破壊、細胞の可溶化、及び抽出物の遠心分離の主要な3ステップからなる。そのプロセスは、細胞ペレット又は凍結組織から開始することができ、機械的破壊の任意の方法である、フレンチプレス、超音波破砕、切り刻み、又は粉砕を使用することができる。破壊した後、抽出/標識バッファーを添加する1:20w/vことによりサンプルを可溶化する。そのバッファーは、N-ヒドロキシスクシンイミドNHS-エステル色素例えば、Cy3及びCyS色素での標識用に配合されているので、それは、色素との反応について競合する可能性のあるプロテアーゼ阻害剤又は還元剤を含まない。抽出後、サンプルを遠心分離して、染色体DNAなどの不溶性物質をペレットにする。次いで、可溶性抽出物を、Cy3及びCy5蛍光色素単官能NHS-エステルで標識する。次いで、標識タンパク質を、図4に記載の4遺伝子によってコードされる全長ポリペプチドに対するモノクローナル抗体のアレイとともにインキュベートする。次いで、アレイへの特異的な結合の検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。顕著なOA患者と比較した、重篤な変形性関節症患者の血液サンプルにおける4遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図4に記載の4遺伝子それぞれの示差的な発現は、重篤な変形性関節症の診断に有用である。図1に記載の19遺伝子の5’領域によってコードされるポリペプチドのアミノ末端領域に対するモノクローナル抗体を使用する、健常な個体の血液サンプルと比較した、変形性関節症である個体の血液サンプルの分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた血液から、BDClontechタンパク質抽出及び標識キットCatalogueK18481又は631786を用いて総細胞タンパク質を最初に単離し標識する。簡単に説明すると、抽出プロトコールは、細胞の機械的破壊、細胞の可溶化、及び抽出物の遠心分離の主要な3ステップからなる。そのプロセスは、細胞ペレット又は凍結組織から開始することができ、機械的破壊の任意の方法である、フレンチプレス、超音波破砕、切り刻み、又は粉砕を使用することができる。破壊した後、抽出/標識バッファーを添加する1:20w/vことによりサンプルを可溶化する。そのバッファーは、N-ヒドロキシスクシンイミドNHS-エステル色素例えば、Cy3及びCyS色素での標識用に配合されているので、それは、色素との反応について競合する可能性のあるプロテアーゼ阻害剤又は還元剤を含まない。抽出後、サンプルを遠心分離して、染色体DNAなどの不溶性物質をペレットにする。次いで、可溶性抽出物を、Cy3及びCy5蛍光色素単官能NHS-エステルで標識する。次いで、標識タンパク質を、図1に記載の19遺伝子の5’領域によってコードされるポリペプチドのアミノ末端領域に対するモノクローナル抗体のアレイとともにインキュベートする。次いで、アレイへの特異的な結合の検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。健常な患者と比較した、変形性関節症患者の血液サンプルにおける19遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図1に記載の19遺伝子それぞれの示差的な発現は、変形性関節症の診断に有用である。図1に記載の19遺伝子の3’領域によってコードされるポリペプチドのカルボキシ末端領域に対するモノクローナル抗体を使用する、健常な個体の血液サンプルと比較した、変形性関節症である個体の血液サンプルの分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた血液から、BDClontechタンパク質抽出及び標識キットCatalogueK18481又は631786を用いて総細胞タンパク質を最初に単離し標識する。簡単に説明すると、抽出プロトコールは、細胞の機械的破壊、細胞の可溶化、及び抽出物の遠心分離の主要な3ステップからなる。そのプロセスは、細胞ペレット又は凍結組織から開始することができ、機械的破壊の任意の方法である、フレンチプレス、超音波破砕、切り刻み、又は粉砕を使用することができる。破壊した後、抽出/標識バッファーを添加する1:20w/vことによりサンプルを可溶化する。そのバッファーは、N-ヒドロキシスクシンイミドNHS-エステル色素例えば、Cy3及びCyS色素での標識用に配合されているので、それは、色素との反応について競合する可能性のあるプロテアーゼ阻害剤又は還元剤を含まない。抽出後、サンプルを遠心分離して、染色体DNAなどの不溶性物質をペレットにする。次いで、可溶性抽出物を、Cy3及びCy5蛍光色素単官能NHS-エステルで標識する。次いで、標識タンパク質を、図1に記載の19遺伝子の3’領域によってコードされるポリペプチドのカルボキシ末端領域に対するモノクローナル抗体のアレイとともにインキュベートする。次いで、アレイへの特異的な結合の検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。健常な患者と比較した、変形性関節症患者の血液サンプルにおける19遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図1に記載の19遺伝子それぞれの示差的な発現は、変形性関節症の診断に有用である。図1に記載の19遺伝子の内部コード領域によってコードされるポリペプチドの内部ポリペプチド領域に対する抗体を使用する、健常な個体の血液サンプルと比較した、変形性関節症である個体の血液サンプルの分析本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。本明細書で定義する変形性関節症と臨床的に診断された患者から血液サンプルを得る。次いで、遺伝子発現プロファイルを分析し、OAに罹患していない患者のプロファイルと比較する。各事例で、変形性関節症の診断は、熟練した専門医によって確認される。各患者から得られた血液から、BDClontechタンパク質抽出及び標識キットCatalogueK18481又は631786を用いて総細胞タンパク質を最初に単離し標識する。簡単に説明すると、抽出プロトコールは、細胞の機械的破壊、細胞の可溶化、及び抽出物の遠心分離の主要な3ステップからなる。そのプロセスは、細胞ペレット又は凍結組織から開始することができ、機械的破壊の任意の方法である、フレンチプレス、超音波破砕、切り刻み、又は粉砕を使用することができる。破壊した後、抽出/標識バッファーを添加する1:20w/vことによりサンプルを可溶化する。そのバッファーは、N-ヒドロキシスクシンイミドNHS-エステル色素例えば、Cy3及びCyS色素での標識用に配合されているので、それは、色素との反応について競合する可能性のあるプロテアーゼ阻害剤又は還元剤を含まない。抽出後、サンプルを遠心分離して、染色体DNAなどの不溶性物質をペレットにする。次いで、可溶性抽出物を、Cy3及びCy5蛍光色素単官能NHS-エステルで標識する。次いで、標識タンパク質を、図1に記載の19遺伝子の内部コード領域によってコードされるポリペプチドの内部ポリペプチド領域に対するモノクローナル抗体のアレイとともにインキュベートする。次いで、アレイへの特異的な結合の検出は、GMSScanner418で走査し、ScanalyzerソフトウェアMichaelEisenStanfordUniversity、その後GeneSpringソフトウェアSiliconGeneticsCAの分析で実験データを処理することによって測定する。健常な患者と比較した、変形性関節症患者の血液サンプルにおける19遺伝子の示差的な発現を、WilcoxMannWhitney順位和検定を使用する統計分析によって決定するGlantzSAPrimerofBiostatistics5thedNewYorkUSAMcGrawHillMedicalPublishingDivision2002。図1に記載の19遺伝子それぞれの示差的な発現は、変形性関節症の診断に有用である。OAのステージと非OAの区別に有用な組み合わせを同定するための、本発明の9種のバイオマーカーからなる部分集合へのロジスティック回帰の適用Marshallのシステム上記を用いて分類された軽度な変形性関節症患者259名、及び正常被験者82名の血液サンプルからRNAを単離した。実施例4の表4で開示されているプライマーを使用して、表2で開示されているRNA産物の集団の発現レベルに対応するデータを得た。9種のバイオマーカーEGR1、G2AN、HSPCA、IKBKAP、IL13RA1、LAMC1、MAFB、PF4、TNFAIP6のQRT-PCRから生じるΔCt値からなる基準のデータセットを、ロジスティック回帰への入力に利用して、この9種の候補バイオマーカーのΔCt値の様々な組み合わせの診断可能性を判定した。29-1=511通りの考えられるバイオマーカーの組み合わせのうち、254通りの組み合わせが、最大尤度のロジスティック回帰でうまく動作し、対照に対して軽度の変形性関節症が有意に区別されたROC面積>0.5。わずか3種のバイオマーカーの組み合わせでも、ROC面積>0.85となったことは注目に値する。下記の表9に、固定した数の遺伝子で最大のROC面積が得られる1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種又は8種のバイオマーカーの組み合わせに関するロジスティック回帰パラメータを示す。最大の全体ROC面積0.89~0.90を有する6種のバイオマーカーの組み合わせを図2に示し、それらのロジスティック回帰パラメータの値を表10に示す。参照文献本出願において引用した全ての参照文献、特許及び特許出願公開された特許出願を含むの内容を、参照により本明細書に組み入れる。均等物当業者であれば、本明細書に記載した本発明の具体的な実施形態に対する多くの均等物を理解し、通常の実験の範囲内でそれを確認することができる。そのような均等物は、特許請求の範囲により包含されることを意図する。"