"下記工程を含む、乳癌を早期原発性乳癌0期または後期3期乳癌として診断する方法:aヒト患者由来の試料中の表1に列挙されるタンパク質の少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現レベルを測定する工程であって、前記試料は、乳癌組織、乳癌細胞、または前記患者の乳癌前記試料由来のタンパク質を含有する体液、例えば血液もしくは腹水を含む、工程;およびb早期0期乳癌における表1に列挙されるタンパク質の前記少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現レベルと比較した場合の、後期3期乳癌における表1に列挙されるタンパク質の前記少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現の増加および/または減少を決定し、原発性乳癌が前記患者において侵襲性がより高いまたは低いという可能性を示す工程。前記乳癌試料が乳房上皮細胞から本質的に構成される、請求項1に記載の方法。前記体液が、分画または非分画の、血液、血清、血漿、リンパ液、または胸水貯留により採取された流体を含むが、これらに限定されない、請求項1に記載の方法。前記組織が生検または外科的処置により採取される、請求項1に記載の方法。前記組織が化学的に固定され、保存される、請求項4に記載の方法。前記化学的固定および保存がホルマリン固定およびパラフィン包埋を含む、請求項5に記載の方法。前記組織が凍結される、請求項4および5に記載の方法。前記タンパク質が、無傷な、全長タンパク質として測定され、または無傷な、全長タンパク質の断片化により得られる複数のまたは個々のペプチドを測定することにより測定される、請求項1に記載の方法。前記タンパク質が質量分析により検出され、前記タンパク質の測定発現レベルが、前記質量分析後のスペクトルカウント定量化により決定される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記タンパク質が質量分析により検出され、前記タンパク質の測定発現レベルが、選択反応モニタリングSRMアッセイにより決定される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記タンパク質が質量分析により検出され、前記タンパク質の測定発現レベルが、多重反応モニタリングMRMアッセイと呼ばれるマルチプレックスSRMアッセイにより決定され、この場合、1つを超えるタンパク質が単一の質量分析において検出され、定量化される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記質量分析が、LC-ESI-MS/MS、MALDI-MS、タンデムMS、TOF/TOF、TOF-MS、TOF-MS/MS、三連四重極型MS、および三連四重極型MS/MSからなる群より選択される、請求項8~11のいずれか一項に記載の方法。前記質量分析が液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析を含む、請求項12に記載の方法。タンパク質マイクロアレイまたはイムノアッセイにより、前記タンパク質が検出され、それらの発現レベルが決定される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記イムノアッセイが、免疫組織化学、Westernブロット、ドットブロット、およびELISAからなる群より選択される、請求項14に記載の方法。下記工程を含む、原発性乳癌の療法の選択を示す方法:aヒト患者由来の試料中の表1に列挙されるタンパク質の少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの存在を検出し、その発現レベルを測定する工程であって、前記試料は、乳癌組織、乳癌細胞、または前記患者の乳癌前記試料由来のタンパク質を含有する体液、例えば血液もしくは腹水を含む、工程;およびb早期0期乳癌における表1に列挙されるタンパク質の前記少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現レベルと比較した場合の、後期3期乳癌における表1に列挙されるタンパク質の前記少なくとも1つ以上、少なくとも2つ以上、少なくとも3つ以上、または複数および組み合わせの発現の増加および/または減少を決定し、原発性乳癌が前記患者において侵襲性がより高いまたは低いという可能性を示す工程。表1の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のタンパク質またはそれらのペプチド断片の量を定量化することを含む、方法。表1の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、もしくは10以上のタンパク質、それらのペプチド、またはそれらに対する抗体を含む組成物。表1のタンパク質の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のペプチドを含み、各ペプチドが異なるタンパク質に由来する、請求項18に記載の組成物。前記ペプチドの各々が下記からなる群より独立して選択される1つ以上の同位体で標識される、請求項19に記載の組成物:18O、17O、34S、15N、13C、2Hまたはそれらの組み合わせ。後期3期乳癌となる原発性腫瘍由来の組織中で増加する、表1のタンパク質の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のペプチドを含む、請求項19~20のいずれか一項に記載の組成物。後期3期乳癌となる原発性腫瘍由来の組織中で減少する、表1のタンパク質の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のペプチドを含む、請求項19~21のいずれか一項に記載の組成物。2年で再発する原発性腫瘍に由来する組織中で減少する、表1のタンパク質の1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、または8つ以上のペプチドを含む、請求項21に記載の組成物。前記タンパク質消化物中の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10以上の核酸のレベル量または配列を評価するおよび/または決定することをさらに含む、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記核酸が、約15、20、25、30、35、40、50、60、75、または100を超えるヌクレオチド長から独立して選択される長さを有する、請求項24に記載の方法。前記核酸が、約150、200、250、300、350、400、500、600、750、1,000、2,000、4,000、5,000、7,500、10,000、15,000、または20,000未満のヌクレオチド長から独立して選択される長さを有する、請求項25に記載の方法。レベル量または配列を評価するおよび/または決定することが、下記の任意の1つ以上により、核酸中のヌクレオチドの配列および/または核酸の特性のいずれかを決定することを含む、請求項24に記載の方法:核酸配列決定、制限断片多型解析の実施、別の核酸とのハイブリダイゼーションの実施、1つ以上の欠失および/または挿入の同定、および/または突然変異、例えば限定はされないが、一塩基対多型、移行および/またはトランスバージョンの存在の決定。1、2、3、4、5、6、7、8、9、10以上の核酸が表1のタンパク質をコードする、請求項24に記載の方法。前記核酸が下記配列番号のタンパク質をコードする、請求項26に記載の方法:表1の1-50、51-113、1-25、26-50、51-75、76-100、1-10、11-20、21-30、31-40、41-50、51-60、61-70、71-80、81-90、91-100、101-113またはそれらの断片。乳癌が組織学的に早期0期原発性乳癌と分類された患者から得られた7つの7ホルマリン固定乳癌組織試料および乳癌が組織学的に後期3期原発性乳癌と分類された患者から得られた9つ9の乳癌組織試料を、癌と相関する差別的タンパク質発現について調べた。これらのタンパク質は、乳癌の診断、予後、および療法を改善するために使用され得る。組織切片を組織学的分析のために各組織から調製し、上皮癌細胞の獲得を、組織マイクロダイセクションにより実施した。可溶性タンパク質ライセートを顕微解剖した乳癌組織試料から、LiquidTissue商標MSProteinPrepKitExpressionPathology,Inc.を用いて調製した。各ライセートは、プロテアーゼトリプシンにより予測可能なペプチド断片に消化された、顕微解剖された細胞の総タンパク質量から構成された。この形態で、各および全てのタンパク質ライセートは、各ライセート中に存在するタンパク質の同定および定量のための質量分析の技術により評価することできる。さらに、全ての試料にわたる総質量分析データを使用して、個々の試料間および早期0期乳癌患者由来の原発性腫瘍と後期3期乳癌を有する患者由来の原発性腫瘍の間の差別的タンパク質発現を決定する。各トリプシン消化タンパク質ライセートの質量分析を、下記に従い実施した。液体クロマトグラフィーLCを、オンラインでThermoFisher線形イオントラップ質量分析計MSに結合されたDionexUltimate3000システムを用いて実施した。試料の分離を、75μmIDx360μmODx10cm長融解石英キャピラリーカラム5μm、300Å細孔サイズJupiterC-18固定相を用いて実施した。5μlの再懸濁タンパク質ライセートの注入後、カラムを98移動相A0.1ギ酸を含む水で30分間洗浄し、ペプチドを2移動相B0.1ギ酸を含むアセトニトリル~42移動相Bの直線勾配を用いて、140分で、その後、98Bでさらに20分全て250nL/分の一定流速溶出させた。線形イオントラップ質量分析計LIT-MSをデータ依存MS/MSモードで動作させ、この場合、各フルMSスキャンm/z350-1800のプリカーサイオン選択スキャン範囲後、7のMS/MSスキャンが続き、ここで、7つの最も豊富なペプチド分子イオンが、35の相対衝突誘起解離CIDエネルギーを使用するタンデムMSのために選択された。動的排除を使用して、CIDのためのペプチドの冗長な選択を最小に抑えた。ペプチド同定は、EuropeanBioinformaticsInstituteEBIから得られたUniProt由来ヒトプロテオームデータベースバージョン10/08、56,301タンパク質エントリーに対し、下記パラメータを使用して、72ノードBeowulfクラスター上でSEQUESTBioWorks、v3.2、ThermoScientificを使用してLC-MS/MSデータを調べることにより得た:トリプシンKR;全酵素的切断;2つの欠損した切断部位;1.5Daペプチド質量耐性ペプチド耐性、0.5Da断片イオン耐性およびメチオニン酸化のための様々な修飾m/z15.99492。得られたペプチド同定を、特定のSEQUESTスコアリング基準に従いフィルタリングした:δ相関ΔCn≧0.08および荷電状態依存相互相関Xcorr≧1.9[MH]1、≧2.2[M2H]2、および≧3.5[M3H]3補足表1。これらの基準により、全データセットをタンパク質配列が逆転されたデコイヒトデータベースに対して調べることにより決定されるように同定された全てのペプチドに対し、5.84の誤った発見率FDRとなった。タンパク質存在量を、スペクトルカウンティングSCにより誘導し、その配列が複数のタンパク質アイソフォームに位置したペプチドを、節減の原理によりグループ分けした。疾患期サブグループにより、患者試料にわたるタンパク質存在量における統計学的に有意な変化を決定するために、早期0期対後期3期癌から同定されたペプチドの階層的制御クラスター分析を実施し、ここで、同定された総スペクトルカウントペプチドの分散を、教師つき群における試料の60は、あるタンパク質に対し2以上の最小ペプチドカウントを有することを要求するフィルタ基準と対応されたMann-Whitney順位和検定有意性レベルp≦0.05、Fisherの正確確率検定を用いて決定した。高信頼ペプチドデータを使用して、試料に対するペプチドリストを組み合わせ、冗長なペプチド同定を排除して、特有のペプチドのリストを作成させた。リスト中の各ペプチドは、タンパク質とすでに関連しており、そのため、リストはタンパク質のリストに容易に変換され、特定的に、特有のタンパク質リストが、各患者試料に対して作成された。これらのデータに基づいて、癌と正常の間の差別的タンパク質発現を決定する定量的分析を、スペクトルカウント定量方法を用いて実施した。スペクトルカウント定量は、各タンパク質と関連する特有のペプチドの数をカウントするプロセスである。タンパク質名の傍らの4という値は、その特定のタンパク質と関連する4つの特有のペプチドが存在することを反映する。個々のペプチドのいずれかに対しては多くの反復同定が存在し得るが、カウントは特有のペプチドに基づき、総ペプチドには基づかなかった。このカウントは直接、各特定のタンパク質の相対存在量と相関し、よってあるタンパク質に対し同定された特有のペプチドが多いほど、そのタンパク質の任意の特定の試料における相対発現が多くなる。このデータ分析の目標は、それ由来の定量的発現レベルが早期0期乳癌と後期3期乳癌試料の間の発現において有意の差を示したそれらのタンパク質を同定することであった。後期3期乳癌細胞よりも早期0期乳癌細胞においてはるかに多数の特有のペプチドにより同定されるそれらのタンパク質が、侵襲性の危険な乳癌の新規バイオマーカーの最も可能性のある候補となるため、これらの基準を確立した。クラスター分析は2つの別個の群間でどのアイテムが有意に異なるかを決定する統計学的方法であり、早期0期乳癌細胞と後期3期乳癌の間で差別的に発現された113のタンパク質を同定し、これらは表1に列挙される。患者組織の分析のための選択反応モニタリングアッセイ本明細書で記載されるSRM/MRMアッセイは、表1に列挙される1つ以上のタンパク質に由来する1つ以上の特異ペプチドの相対または絶対定量的レベルを測定することができる。この方法を使用して、ある1つのペプチド、複数のペプチド、タンパク質、または複数のタンパク質の量を、患者の生物試料、例えば体液から得られるあるペプチド/タンパク質調製物またはホルマリン固定パラフィン包埋組織に由来するLiquidTissue商標ライセートでの質量分析により測定する手段を提供する。SRM/MRMアッセイは、患者組織試料、例えばホルマリン固定癌患者組織から調製した複合タンパク質ライセート中で直接ペプチドを測定することができる。ホルマリン固定組織からタンパク質試料を調製する方法は、米国特許第7,473,532号その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるにおいて記載される。その特許において記載される方法は、ExpressionPathology,Inc.Rockville,MDから入手可能なLiquidTissue商標試薬を用いて実施することができる。SRM/MRMアッセイからの結果を使用して、ある1つのペプチド、複数のペプチド、タンパク質、または複数のタンパク質の正確で的確な定量的レベルを、生物試料が採取された患者の特定の癌と相関させることができる。これは、癌についての診断情報を提供するだけでなく、医師または他の医療専門家に患者に対する適切な療法を決定させることができる。そのようなアッセイは、罹患組織または他の患者試料、例えば体液におけるタンパク質発現レベルについての診断的にかつ治療的に重要な情報を提供し、コンパニオン診断アッセイと呼ばれる。例えば、そのようなアッセイは、癌の病期または程度を診断し、患者が応答する可能性が最も高く、前向きな結果が得られる治療薬、または療法過程を決定するように設計することができる。SRM/MRMアッセイは、ある1つのタンパク質、またはタンパク質由来の特定の未修飾ペプチドの相対または絶対レベルを測定し、また、タンパク質由来の特定の修飾ペプチドの絶対または相対レベルを測定することができる。修飾の例としては、ペプチド上に存在するリン酸化アミノ酸残基およびグリコシル化アミノ酸残基が挙げられる。ある1つのペプチド、複数のペプチド、タンパク質、または複数のタンパク質の相対定量的レベルをSRM/MRM方法により決定し、この場合、1つの生物試料におけるある1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の個々のペプチド、または複数のペプチドの質量分析により誘導されたシグネチャーピーク面積またはピークが十分、分離されている場合、ピーク高さが、1つ以上の追加のおよび異なる生物試料において同じ方法を用いて、同じ1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の同じ同一の1つのペプチド、または複数のペプチドに対して決定されたシグネチャーピーク面積と比較される。このように、ある1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の特定の1つのペプチド、または複数のペプチドの量は、同じ1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の同じ1つのペプチド、または複数のペプチドに対して、2以上の生物試料にわたって、同じ実験条件下で決定される。さらに、相対定量は単一の試料内の単一のタンパク質由来のある1つのペプチド、または複数のペプチドに対して、そのあるタンパク質に対するそのペプチドに対するシグネチャーピーク面積をSRM/MRM方法により、生物試料由来の同じタンパク質調製物内の異なる1つのタンパク質、または複数のタンパク質由来の別の、異なる1つのペプチド、または複数のペプチドに対するシグネチャーピーク面積と比較することにより決定することができる。このように、あるタンパク質由来の特定のペプチドの量、およびよって、そのあるタンパク質の量は、同じ試料内で互いに対して決定される。これらのアプローチは、ある1つのタンパク質由来の個々の1つのペプチド、または複数のペプチドの、別の1つのペプチド、または複数のペプチドの量に対する、試料間および試料内での定量を生成させ、この場合、生物試料由来のタンパク質調製物中のペプチドの絶対重量対体積または重量対重量量に関係なく、シグネチャーピーク面積により決定される量は互いに相対的である。異なる試料間の個々のシグネチャーピーク面積についての相対定量的データを、一試料につき分析されるタンパク質の量に対して基準化させる。相対定量は、多くのペプチドにわたって同時に、単一試料において、および/または多くの試料にわたって実施することができ、相対タンパク質量、他のペプチド/タンパク質に関する1つのペプチド/タンパク質についての見識が得られる。ある1つのタンパク質、または複数のタンパク質の絶対定量的レベルをSRM/MRM方法により決定し、この場合、1つの生物試料内のあるタンパク質由来の個々のペプチドのSRM/MRMシグネチャーピーク面積が、公知の量の添加された内標準のSRM/MRMシグネチャーピーク面積と比較される。1つの実施形態では、内標準は、1つ以上の重同位体で標識される1つ以上のアミノ酸残基を含む同じ正確なペプチドの合成バージョンである。そのような同位体標識された内標準は、質量分析が、天然ペプチドシグネチャーピークとは異なり、区別される、予測可能な、一貫したSRM/MRMシグネチャーピークを生成させるように合成され、それは、比較器ピークとして使用することができる。よって、内標準が、公知の量で、生物試料由来のタンパク質調製物優に添加され、質量分析により分析される場合、天然ペプチドのシグネチャーピーク面積は、内標準ペプチドのシグネチャーピーク面積と比較され、この数値比較は、生物試料由来の元のタンパク質調製物中に存在する天然ペプチドの絶対モル濃度および/または絶対重量のいずれかを示す。断片ペプチドに対する絶対定量的データは一試料につき分析されるタンパク質の量に従い表示される。絶対定量は、多くのペプチド、よってタンパク質にわたって、単一の試料中および/または多くの試料にわたって同時に実施することができ、個々の生物試料および個々の試料のコホート全体における絶対タンパク質量についての見識が得られる。SRM/MRMアッセイ方法は、例えば、患者由来の組織、例えばホルマリン固定組織において直接、癌の病期の診断を助ける、および、その患者の治療に使用するのに最も有利である治療薬、および/または治療戦略を決定するのを助けるために使用することができる。例えば、部分または全腫瘍の治療的除去のための手術により、または疑わしい疾患の存在または非存在を決定するために実施された生検手順により、患者から除去された癌組織が分析され、1つの特異タンパク質、または複数のタンパク質、およびどの形態のタンパク質がその患者組織に存在するかどうかが決定される。さらに、タンパク質複数可の発現レベルを決定し、健康な組織または癌の異なる病期/段階を示す組織において見出される正常または基準レベルと比較することができる。この情報はその後、病期または段階を特定の癌に割り当てるために使用することができ、決定された特異タンパク質のレベルに基づいて患者を治療するための戦略に適合させることができる。SRMアッセイにより決定されたある1つのタンパク質、または複数のタンパク質のレベルについての特定の情報を、患者に由来する癌細胞中のこれらのタンパク質のレベルに基づく治療戦略に適合させることは、疾患治療への個別化医療アプローチと呼ばれるものを規定する。本明細書で記載されるSRM/MRMアッセイ方法は、患者自体の組織由来のタンパク質の分析を診断および治療決定のための源として使用することにより、個別化医療アプローチの基礎を形成する。本明細書で記載されるSRM/MRM法を使用して、表1のタンパク質を特異的にアッセイすることができる。本発明について、そのある実施形態に関連して記載してきたが、多くの詳細は、説明目的のために記載されたものであり、本発明は追加の実施形態を起こしやすいこと、および本明細書で記載される詳細のいくつかは本明細書で記載される発明の基本原理から逸脱せずにかなり変更され得ることは当業者には明らかであろう。"