"染色体を含むサンプルのインサイツ分析のための方法において、染色体を含む前記サンプルを、前記染色体中の第一の標的核酸に特異的な少なくとも第一のプローブと、該プローブが前記標的核酸にハイブリダイズするような条件下で、接触させ、前記サンプルをインサイツハイブリダイゼーションアッセイ試薬と接触させ、前記染色体を分染し分染した染色体を与え、及び分染及び前記標的核酸に特異的な前記プローブのハイブリダイゼーションについて、分染した染色体を同時に分析することを含み、前記染色体上の前記プローブの存在が前記インサイツハイブリダイゼーションアッセイ試薬により示される方法。前記分染が前記染色体のギムザ染色により行われる、請求項1に記載の方法。前記第一の標的核酸に特異的な前記第一のプローブが、発色基質と反応する酵素にコンジュゲートし、前記インサイツハイブリダイゼーションアッセイ試薬が発色基質を含む、請求項1に記載の方法。前記第一の標的核酸に特異的な前記第一のプローブが、蛍光部分とコンジュゲートしている、請求項1に記載の方法。発色基質と反応する前記酵素が、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、酸性ホスファターゼ、グルコースオキシダーゼ、βガラクトシダーゼ、βグルクロニダーゼ及びβラクタマーゼからなる群から選択される、請求項3に記載の方法。発色基質が、ジアミノベンジジンDAB、4-ニトロフェニルリン酸pNPP、ファストレッド、ブロモクロロインドリルリン酸BCIP、ニトロブルーテトラゾリウムNBT、BCIP/NBT、ファストレッド、APオレンジ、APブルー、テトラメチルベンジジンTMB、22アジノジ[3-エチルベンゾチアゾリンスルホン酸]ABTS、o-ジアニシジン、4ークロロナフトール4-CN、ニトロフェニル-β-D-ガラクトピラノシドONPG、o-フェニレンジアミンOPD、5-ブロモ-4-クロロ-3-インドイル-βーガラクトピラノシドX-Gal、メチルウンベリフェリル-β-D-ガラクトピラノシドMU-Gal、p-ニトロフェニル-α-D-ガラクトピラノシドPNP、5-ブロモ-4-クロロ-3-インドイル-βーD-グルクロニドX-Gluc、3-アミノ-9-エチルカルバゾールAEC、フクシン、ヨードニトロテトラゾリウムINT、テトラゾリウムブルー、及びテトラゾリウムバイオレッドからなる群から選択される、請求項3に記載の方法。前記第一の標的核酸に特異的な前記第一のプローブが、ハプテンにコンジュゲートし、前記インサイツハイブリダイゼーションアッセイ試薬が、前記ハプテンに結合する特異的結合試薬を含み、前記特異的結合試薬がシグナル発生部分を含む、請求項1に記載の方法。前記ハプテンが、ビオチン、24ジニトロフェニルDNP、フルオレセイン誘導体、ジゴキシゲニンDIG、5ニトロ3ピラゾールカルバミドニトロピラゾール、NP、45ジメトキシ2ニトロシンナミドニトロシンナミド、NCA、234ジメトキシフェニルキノリン4カルバミドフェニルキノロン、DPQ、213ベンゾオキサジアゾール5カルバミドベンゾフラザン、BF、3ヒドロキシ2キノキサリンカルバミドヒドロキシキノキサリン、HQ、4ジメチルアミノアゾベンゼン4スルホンアミドDABSYL、ロテノンイソキサゾリンRot、E222オキソ23ジヒドロ1Hベンゾ[b][14]ジアゼピン4イルフェノキシアセトアミドベンゾジアゼピン、BD、7ジエチルアミノ2オキソ2Hクロメン3カルボン酸クマリン343、CDO、2アセトアミド4メチル5チアゾールスルホンアミドチアゾールスルホンアミド、TS、及びpメトキシフェニルピラゾポドフィルアミドPodoからなる群から選択される、請求項7に記載の方法。前記特異的結合剤が、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、酸性ホスファターゼ、グルコースオキシダーゼ、βガラクトシダーゼ、βグルクロニダーゼ及びβラクタマーゼからなる群から選択される酵素を含むシグナル発生部分にコンジュゲートする、請求項7に記載の方法。染色体を含む前記サンプルが前記ハイブリダイゼーションの前に固定化される、請求項1に記載の方法。前記染色体が、紫外線への曝露を含む架橋結合により固定化される、請求項10に記載の方法。前記染色体が、化学的架橋剤への曝露を含む架橋結合により固定化される、請求項10に記載の方法。前記化学的架橋剤が、ホルムアルデヒド、グルタルアルデヒド、スベルイミノ酸ジメチル、ジメチルアジピミデート、及びN-ヒドロキシスクシンイミドエステルからなる群から選択される、請求項12に記載の方法。染色体を含む前記サンプルが前記ハイブリダイゼーション工程の前に酵素的に処理される、請求項1に記載の方法。前記酵素的処理がトリプシンによる処理を含む、請求項14に記載の方法。前記分析が、光学顕微鏡で前記サンプルを見ることを含む、請求項1に記載の方法。前記分析が、光学顕微鏡で前記サンプルをコンピューター画像化することを含む、請求項1に記載の方法。前記サンプルが、基材上に固定された細胞を含む、請求項1に記載の方法。前記細胞が、組織切片中の細胞である、請求項17に記載の方法。染色体を含む前記サンプルを、前記染色体中の第二の標的核酸に特異的な少なくとも一つの第二のプローブと、該プローブが前記標的核酸にハイブリダイズするような条件下で接触させることと、前記第二のプローブを検出することを更に含む、請求項1に記載の方法。染色体を含むサンプルのインサイツ分析のための方法において、染色体を含む前記サンプルを架橋結合し、染色体を含む前記サンプルをトリプシンで処理し、染色体を含む前記サンプルを、前記染色体中の標的核酸に特異的なプローブと、該プローブが前記標的核酸にハイブリダイズするような条件下で接触させ、前記サンプルを比色アッセイ試薬と接触させ、前記染色体を分染し分染した染色体を与え、及び分染及び前記標的核酸に特異的な前記プローブのハイブリダイゼーションについて、分染した染色体を同時に分析することを含み、前記染色体上の前記プローブの存在が前記比色アッセイ試薬により示される方法。染色体を含むサンプルのインサイツ分析のための自動化システムにおいて、染色体を含むサンプルの固定化に適合する基材、前記染色体中の一以上の標的核酸に特異的な一以上のプローブ、前記プローブの検出のための比色アッセイ試薬、及び前記染色体の分染のための分染試薬を含むシステム。染色体を含むサンプルのインサイツ分析のためのキットにおいて、前記システムが、前記染色体中の一以上の標的核酸に特異的な一以上のプローブ、前記プローブの検出のための比色アッセイ試薬、及び前記染色体の分染のための分染試薬を含むキット。実施例1中期染色体CGH分裂中期標的スライド、アボットモレキュラー、カタログ番号30-806010が、Stratalinker2400ストラタジーンモデルC00518で200mJのエネルギーレベルで紫外線架橋された。1のトリプシンシグマカタログ番号1426がスライドに添加され、そのスライドは室温で5秒間インキュベートされる。スライドは1×PBSで濯がれる。スライドはISH染色のため、ベンタナベンチマークXTの装置上に配置される。ISH染色が完了した後、スライドはdawn洗浄剤と脱イオン水で濯がれる。スライドをGurrバッファーGibco,カタログ番号10582-013で希釈された4ギムザGibco,カタログ番号10092-03で、室温で5分間染色する。スライドを光学顕微鏡で分析する。図1a及び1bは、Metプローブ黒及び第7染色体セントロメアプローブ赤でISH染色され、分染したサンプルの光学マイクロ写真である。実施例2中期染色体CGH分裂中期標的スライド、アボットモレキュラー、カタログ番号30-806010が、Stratalinker2400ストラタジーンモデルC00518で200mJのエネルギーレベルで紫外線架橋された。スライドはISH染色のため、ベンタナベンチマークXTの装置上に配置される。0.01のトリプシンが適用され、スライドは12分間インキュベートされる。トリプシン処理後、ISHは装置上で行われる。ギムザベンタナカタログ番号860-006が装置を介して適用され、スライドは37°Cで8分間インキュベートされる。スライドはDawnTM洗浄剤と脱イオン水で濯がれる。スライドを光学顕微鏡で分析する。上記の明細書に記載されている全ての刊行物および特許は、参照により本明細書に援用される。本発明の記載された方法及びシステムの様々な変更及び変形は、本発明の範囲および精神から逸脱することなく、当業者には明らかであろう。本発明は特定の好ましい実施態様に関連して説明されてきたが、請求された発明が不当にそのような特定の実施態様に限定されるべきではないことを理解すべきである。実際に、関連する分野の当業者に明らかである本発明を実施するための記載された方法の様々な変更は、以下の特許請求の範囲内にあるものとする。"