"Th1媒介性障害を処置する必要のある被験体においてTh1媒介性障害を処置または予防する方法であって、該方法は、該被験体におけるtim-1、tim-2またはtim-4の発現または活性を低減する因子の治療有効量を該被験体に投与する工程を包含する、方法。前記Th1媒介性障害が自己免疫疾患である、請求項1に記載の方法。前記自己免疫疾患が、多発性硬化症、1型糖尿病、橋本甲状腺炎、クローン病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、胃炎、自己免疫肝炎、溶血性貧血、自己免疫性血友病、自己免疫性リンパ増殖性症候群ALPS、自己免疫性ブドウ膜網膜炎autoimmuneuveoretinitis、糸球体腎炎、ギヤン-バレー症候群、乾癬および重症筋無力症からなる群より選択される、請求項2に記載の方法。前記Th1媒介性障害が、対移植片性宿主病hostversusgraftdisease;HVGDである、請求項1に記載の方法。前記Th1媒介性障害が、対宿主性移植片病GVHDである、請求項1に記載の方法。前記被験体が、器官移植レシピエントである、請求項4に記載の方法。前記被験体が、同種異系細胞のレシピエントである、請求項4に記載の方法。前記因子が、tim-1ポリヌクレオチド、tim-2ポリヌクレオチドまたはtim-4ポリヌクレオチドに特異的なRNAiアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項1に記載の方法。前記因子が、tim-1のtim-4に対する結合を低減する、請求項1に記載の方法。前記因子が、tim-1のtim-4に対する結合を競合的に阻害する、請求項9に記載の方法。前記因子が、itim-1もしくはtim-4に特異的に結合し得る、抗体;またはiitim-1もしくはtim-4に特異的に結合し得る、そのフラグメントを含む、請求項9に記載の方法。前記因子が、itim-1もしくはtim-4に特異的に結合し得る、抗体;またはiitim-1もしくはtim-4に特異的に結合し得る、そのフラグメントのいずれも含まない、請求項9に記載の方法。前記因子が、i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;iv配列番号4のアミノ酸31~134と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項9に記載の方法。前記因子が、aヒト血清アルブミン;またはb免疫グロブリンのFcドメインをさらに含む、請求項13に記載の方法。前記因子が、i配列番号1のアミノ酸21~126;ii配列番号2のアミノ酸21~129;iii配列番号1のアミノ酸21~126と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはiv配列番号2のアミノ酸21~129と少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項9に記載の方法。前記因子が、tim-2のセマホリン4Asemaphorin4Aに対する結合を競合的に阻害する、請求項1に記載の方法。前記因子が、i配列番号13のアミノ酸25~127;またはiii配列番号13のアミノ酸25~127と少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項16に記載の方法。前記因子が、aヒト血清アルブミン;またはb免疫グロブリンのFcドメインをさらに含む、請求項17に記載の方法。Th2媒介性障害を処置する必要のある被験体においてTh2媒介性障害を処置または予防する方法であって、該方法は、該被験体におけるtim-1、tim-2またはtim-4の発現または活性を増加させる因子の治療有効量を該被験体に投与する工程を包含する、方法。前記Th2媒介性障害が、アトピー性障害である、請求項19に記載の方法。前記Th2媒介性障害が、喘息、アレルギー、アレルギー性鼻炎、胃腸のアレルギー、食物アレルギー、好中球増加症、結膜炎または糸球体腎炎である、請求項19に記載の方法。前記因子が、i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;iv配列番号4のアミノ酸31~134と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項19に記載の方法。前記因子が、aヒト血清アルブミン;またはb免疫グロブリンのFcドメインをさらに含む、請求項22に記載の方法。前記因子が、tim-1の細胞内ドメインのリン酸化を増加させる、請求項19に記載の方法。Th1免疫応答を促進する必要のある被験体においてTh1免疫応答を促進する方法であって、該方法は、tim-1、tim-2またはtim-4の活性を上昇させる因子の治療有効量を該被験体に投与する工程を包含する、方法。前記被験体が過形成性状態に罹患している、請求項25に記載の方法。前記過形成性状態が、腎臓ガン、カポージ肉腫、慢性白血病、前立腺ガン、乳ガン、肉腫、膵臓ガン、白血病、卵巣癌腫、直腸ガン、咽喉ガン、黒色腫、結腸ガン、膀胱ガン、リンパ腫、肥満細胞腫、肺ガン、乳腺腺癌mammaryadenocarcinoma、咽頭扁平上皮ガン、精巣ガン、胃腸ガン、もしくは胃ガン、またはそれらの組合せである、請求項26に記載の方法。被験体における移植寛容を増加させるための方法であって、tim-1、tim-2またはtim-4の活性を低減する因子の治療有効量を該被験体に投与し、それにより被験体における移植寛容を増加させる工程を包含する、方法。前記因子が、i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一である、アミノ酸配列;iv配列番号4のアミノ酸31~134と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項28に記載の方法。前記因子が、aヒト血清アルブミン;またはb免疫グロブリンのFcドメインをさらに含む、請求項21に記載の方法。tim-1ポリペプチドとtim-4ポリペプチドとの間の結合を調節する因子を同定する方法であって:a該tim-1ポリペプチドと該tim-4ポリペプチドとを、試験因子の存在下で接触させる工程;およびb該tim-1ポリペプチドと該tim-4ポリペプチドとの結合に対する該試験因子の影響を決定する工程を包含し、それにより、該tim-1ポリペプチドと該tim-4ポリペプチドとの間の結合を調節する因子が同定される、方法。免疫応答を調節する因子を同定する方法であって、該方法は、atim-1ポリペプチドとtim-4ポリペプチドとを、試験因子の存在下で接触させる工程;およびb該tim-1ポリペプチドと該tim-4ポリペプチドとの結合に対する該試験因子の影響を決定する工程を包含し、それにより、免疫応答を調節する因子が同定される、方法。工程bが、前記試験因子の存在下でのtim-1/tim-4複合体の形成を、適切なコントロールと比較する工程を包含する、請求項31または請求項32に記載の方法。前記適切なコントロールが、前記試験因子の非存在下での第一のポリペプチドと第二のポリペプチドとの間での複合体の形成を含む、請求項33に記載の方法。前記因子が、tim-1とtim-4との間での結合を増加させる、請求項31または請求項32に記載の方法。前記因子が、tim-1とtim-4との間での結合を減少させる、請求項31または請求項32に記載の方法。前記因子が、低分子化合物、抗体またはポリペプチドである、請求項31または請求項32に記載の方法。第一のポリペプチドもしくは第二のポリペプチドまたはその両方が、細胞において発現される、請求項31または請求項32に記載の方法。前記複合体の形成を検出する工程が、レポーター遺伝子の発現を検出することを包含し、ここで、該レポーター遺伝子の発現は、該複合体の形成に依存する、請求項38に記載の方法。第一のポリペプチドもしくは第二のポリペプチドまたはその両方が、蛍光分子で標識される、請求項31または32に記載の方法。前記tim-4ポリペプチドが、i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;iv配列番号4のアミノ酸31~134と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含む、請求項31または請求項32に記載の方法。前記tim-1ポリペプチドが、i配列番号1のアミノ酸21~126;ii配列番号2のアミノ酸21~129;iii配列番号1のアミノ酸21~126と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはiv配列番号2のアミノ酸21~129と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;を含む、請求項31または請求項32に記載の方法。tim-4のtim-1に対する結合に寄与する、tim-4中のアミノ酸残基を同定する方法であって、該方法は、aitim-4IgVドメインを含むポリペプチドであって、ここで該tim-4IgVドメインが、配列番号4の残基31~134に示すtim-4IgVドメインに対して1と10との間のアミノ酸残基置換を有する、ポリペプチドとiitim-4に結合し得る、tim-1ポリペプチドとを接触させる工程b該ポリペプチドと該tim-1ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出する工程;およびc該複合体の形成を適切なコントロールに対して比較する工程を包含し、ここで、該複合体の形成の程度が、該適切なコントロールと異なるならば、アミノ酸は、tim-1への結合に寄与すると同定される、方法。前記適切なコントロールが、i前記tim-1ポリペプチドと、ii配列番号3のアミノ酸31~133または配列番号4のアミノ酸31~134を含む、コントロールポリペプチドとの間での複合体の形成を含む、請求項43に記載の方法。前記tim-1ポリペプチドが、i配列番号1のアミノ酸21~126;ii配列番号2のアミノ酸21~129;iii配列番号1のアミノ酸21~126と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはiv配列番号2のアミノ酸21~129と少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含む、請求項43に記載の方法。試験ポリペプチドがtim-1ポリペプチドに結合するか否かを決定する方法であって、該試験ポリペプチドが、配列番号3のアミノ酸31~133に少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含み、該方法が、a該試験ポリペプチドをtim-1ポリペプチドと接触させる工程;およびb該試験ポリペプチドと該tim-1ポリペプチドとの間での複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、複合体が形成されるならば、該試験ポリペプチドは、該tim-1ポリペプチドに結合すると決定される、方法。前記tim-1ポリペプチドが、i配列番号1のアミノ酸21~126;ii配列番号2のアミノ酸21~129;iii配列番号1のアミノ酸21~126と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはiv配列番号2のアミノ酸21~129と少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含む、請求項46に記載の方法。試験ポリペプチドがtim-4ポリペプチドに結合するか否かを決定する方法であって、該試験ポリペプチドが、配列番号1のアミノ酸21~126に少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含み、該方法が、a該試験ポリペプチドをtim-4ポリペプチドと接触させる工程;およびb該試験ポリペプチドと該tim-4ポリペプチドとの間での複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、複合体が検出されるならば、該試験ポリペプチドは、該tim-4ポリペプチドに結合すると決定される、方法。前記tim-4ポリペプチドが、i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;iv配列番号4のアミノ酸31~134と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含む、請求項48に記載の方法。被験体におけるアトピー性疾患を予防する方法であって、該方法は、治療有効量のポリペプチドを該被験体に投与する工程を包含し、該ポリペプチドは、i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;iv配列番号4のアミノ酸31~134と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含む、方法。A型肝炎感染を処置または予防する必要のある被験体におけるA型肝感染を処置または予防する方法であって、該方法は、治療有効量のポリペプチドを該被験体に投与する工程を包含し、該ポリペプチドは、i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;iv配列番号4のアミノ酸31~134と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列を含む、方法。前記被験体が、A型肝炎に罹患していない、請求項51に記載の方法。前記被験体が、A型肝炎ウイルスに感染していない、請求項51に記載の方法。前記被験体が、抗A型肝炎抗体についてセロネガティブである、請求項51に記載の方法。前記被験体が小児である、請求項51に記載の方法。前記アトピー性疾患が、喘息、鼻炎、湿疹および枯草熱からなる群より選択される、請求項51に記載の方法。tim-4IgVドメイン、tim-4細胞内ドメイン、および短縮型tim-4ムチンドメインを含む単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドは、tim-4膜貫通ドメインを含まない、ポリペプチド。前記ポリペプチドが、ヒトポリペプチドまたはマウスポリペプチドである、請求項57に記載のポリペプチド。前記tim-4IgVドメインが、配列番号3のアミノ酸31~133を含む、請求項57に記載のポリペプチド。前記tim-4IgVドメインが、配列番号4のアミノ酸31~134を含む、請求項57に記載のポリペプチド。配列番号9に示すアミノ酸配列を含む、請求項57に記載の単離されたポリペプチド。配列番号11に示すアミノ酸配列を含む、請求項57に記載の単離されたポリペプチド。免疫グロブリンのFcドメインまたはアルブミンポリペプチドをさらに含む、請求項57に記載の単離されたポリペプチド。組成物であって、請求項57に記載の単離されたポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む、組成物。請求項57に記載のポリペプチドをコードする、単離された核酸。tim-4IgVドメインおよび短縮型tim-4ムチンドメインを含む単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドは、tim-4膜貫通ドメインもtim-4細胞内ドメインも含まない、ポリペプチド。配列番号10に示すアミノ酸配列を含む、請求項66に記載の単離されたポリペプチド。免疫グロブリンのFcドメインまたはアルブミンポリペプチドをさらに含む、請求項66に記載の単離されたポリペプチド。組成物であって、請求項66に記載の単離されたポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む、組成物。請求項66に記載のポリペプチドをコードする、単離された核酸。T細胞増幅の増強を必要とする被験体におけるT細胞増幅を増強する方法であって、該方法は、T細胞増幅を増強するに十分な量のtim-4ポリペプチドを該被験体に投与する工程を包含する、方法。前記被験体が病原体に罹患している、請求項71に記載の方法。T細胞増幅の抑制を必要とする被験体においてT細胞増幅を抑制する方法であって、該方法は、T細胞増幅を抑制するに十分な量のtim-4ポリペプチドを該被験体に投与する工程を包含する、方法。前記被験体がTh1媒介性障害またはTh2媒介性障害に罹患している、請求項73に記載の方法。従って、Th1応答またはTh2応答の発達を促進または阻害する新規の治療の必要性が存在する。そのような新規の治療は、自己免疫疾患およびアレルギー性疾患を処置するために、移植された組織の免疫寛容を増強するために、または癌を罹患した個体において免疫寛容を低下させるために、使用され得る。発明の要旨本発明は、広義には、Th1細胞およびTh2細胞の活性化を調節するための試薬、組成物、および方法、ならびに免疫応答を調節するための試薬、組成物、および方法に関する。本発明は、部分的には、本明細書において記載される、tim-1とtim-4とがポリペプチド複合体を形成し、そしてこの複合体の形成がT細胞の活性化および免疫応答を調節するという、予想外の知見に基づく。いくつかの局面において、本発明は、Th1媒介性障害の処置を必要とする被験体における、そのようなTh1媒介性障害を処置または予防する方法を提供し、この方法は、tim-1、tim-2、またはtim-4の発現または活性を低減させる治療有効量の薬剤を、その被験体に投与する工程を包含する。いくつかの実施形態において、この被験体は自己免疫疾患に罹患している。本発明の関連する局面は、Th1応答の誘導を必要とする被験体例えば、癌のような過形成状態に罹患した被験体においてTh1応答を誘導するための方法を提供する。本発明の関連する局面はまた、Th2障害に罹患した例えば、喘息を有するまたはアレルギー性疾患を有する被験体を処置するための方法、またはTh2応答が有益である被験体例えば、自己免疫疾患に罹患した被験体においてTh2応答を誘導するための方法を提供する。本発明は、被験体において免疫寛容/移植寛容を調節する方法を、さらに提供し、この方法は、tim-1、tim-2、またはtim-4の活性を調節する治療有効量の薬剤を被験体に投与し、それによって免疫寛容を調節する工程を包含する。いくつかの実施形態において、この薬剤は、tim-1、tim-2、またはtim-4の発現または活性を低減させることによって、免疫寛容/移植寛容を増強する。他の実施形態において、この薬剤は、tim-1、tim-2、またはtim-4の発現または活性を増大することによって、免疫寛容を低下させる。本発明は、T細胞の増殖の増強または抑制を必要とする被験体において、T細胞の増殖を増強または抑制する方法をさらに提供し、この方法は、T細胞の増殖を増強または抑制するのに十分な量のtim-4ポリペプチドを、この被験体に投与する工程を包含する。本発明の別の局面は、A型肝炎感染を処置する方法、A型肝炎感染を予防する方法、またはA型肝炎感染を罹患する可能性を減少させる方法を提供する。一実施形態において、A型肝炎感染は、治療有効量のitim-4IgVドメインを含むポリペプチド、あるいはiitim-4IgVドメインおよび/またはtim-4ムチンドメインに対して高いアミノ酸配列相同性もしくはアミノ酸配列類似性を有する配列を含むポリペプチドを、被験体に投与することによって、処置される。本発明の関連する局面は、治療有効量の、tim-4IgVドメインを含むポリペプチド、あるいはtim-4IgVドメイン、tim-4ムチンドメイン、またはその両方に対して高いアミノ酸配列相同性もしくはアミノ酸配列相似性を有する配列を含むポリペプチドを、被験体に投与することによって、その被験体においてアトピー性疾患を予防するか、またはアトピー性疾患を罹患する可能性を減少させる方法を提供する。他の実施形態において、このポリペプチドは、tim-4IgVドメインまたはtim-4ムチンドメインに対して高いアミノ酸配列同一性もしくはアミノ酸配列相似性を共有するドメインを含む。本発明はまた、tim-1/tim-4複合体の形成を調節する因子を同定する方法例えば、複合体形成を促進または遮断する因子、またはtim-4の結合の際にtim-1の活性化を妨げる因子を同定する方法を提供する。本発明の別の局面は、tim-1へのtim-4の結合を模倣する因子例えば、tim-1の活性化の促進においてtim-4の代理物として作用し得、従って免疫応答を調節する因子を同定する方法を提供する。本発明はまた、新規のtim-4ポリペプチド、そのようなポリペプチドを含有する組成物、およびそれらをコードする核酸を提供する。特定の局面は、膜に結合anchorされない可溶性のtim-4ポリペプチドを提供する。好ましい可溶性ペプチドとしては、IgVおよびムチンドメインのN末端部分を含むがtim-4の膜貫通ドメインを含まないペプチドが挙げられる。いくつかの実施形態において、可溶性tim-4ポリペプチドはさらに、tim-4の細胞内ドメインを含む。可溶性tim-4ポリペプチドは、tim-1に結合して免疫応答を調節する薬剤として使用され得る。発明の詳細な説明I.概要本発明は、概して、免疫応答を調節するための新規の方法および薬剤を提供する。本発明の方法は、被験体の免疫応答をTh1応答またはTh2応答に調節することを可能にする。Th1応答およびTh2応答は、部分的には、互いに排他的である。何故なら、ナイーブCD4Tヘルパーは、Th1エフェクター細胞またはTh2エフェクター細胞のいずれかへと発達し、各々は異なるサイトカインプロファイルを秘めているからである。従って、Th1媒介性障害を誘導するための本発明の方法は、Th2媒介性障害を有する被験体にとって有用であり得、一方、被験体においてTh2応答を誘導する方法は、Th2障害を有する被験体にとって有用である。本発明の一局面は、免疫応答の調節を必要とする被験体において免疫応答を調節する方法を提供し、この方法は、治療有効量の、tim-1とtim-4との間の結合を調節する薬剤を、被験体に投与する工程を包含する。本明細書において記載される方法の一実施形態において、この免疫応答とは、Th1免疫応答の増大であり、この薬剤は、tim-1、tim-2、またはtim-4の活性または発現を増大する例えば、tim-1とtim-4との間の結合を増進する薬剤。本明細書において記載される方法の別の実施形態において、この免疫応答とは、Th2免疫応答の増大であり、この薬剤は、tim-1、tim-2、またはtim-4の活性または発現を低下させる例えば、tim-1とtim-4との間の結合を低下させる薬剤。本発明は、Th1媒介性障害に対する処置を必要とする被験体において、Th1媒介性障害を処置するか、予防するか、またはTh1媒介性障害を罹患する可能性を低下させる方法をさらに提供し、この方法は、治療有効量の、tim-1、tim-2、もしくはtim-4の発現または活性を低下させる薬剤を、この被験体に投与する工程を包含する。Th1媒介性障害として、自己免疫疾患例えば、多発性硬化症、I型糖尿病、橋本甲状腺炎、クローン病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、胃炎、自己免疫性肝炎、溶血性貧血、自己免疫性血友病、自己免疫性リンパ増殖性症候群ALPS、自己免疫性ブドウ膜網膜炎uveoretinitis、糸球体腎炎、ギヤン-バレー症候群、乾癬、および重症筋無力症が挙げられる。Th1媒介性障害としてはまた、対移植片宿主病HVGDおよび対宿主移植片病が挙げられる。本発明は、Th2媒介性障害に対する処置を必要とする被験体において、Th2媒介性障害を処置するか、予防するか、またはTh2媒介性障害を罹患する可能性を低下させる方法をさらに提供し、この方法は、治療有効量の、tim-1、tim-2、もしくはtim-4の発現または活性あるいはその両方を増大する薬剤を、この被験体に投与する工程を包含する。一実施形態において、Th2媒介性障害は、アトピー性障害である。別の実施形態において、Th2媒介性障害は、喘息、アレルギー、アレルギー性鼻炎、胃腸のアレルギー、食品アレルギー、好酸球増加、結膜炎、または糸球体腎炎である。一つの特定の実施形態において、本明細書において記載される方法で使用される、免疫応答を調節するための薬剤は、以下を含むポリペプチドを含有する:i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一または類似であるアミノ酸配列;またはiv配列番号4のアミノ酸31~134と少なくとも90同一または類似であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11、および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと、少なくとも90同一であるアミノ酸配列。別の特定の実施形態において、本明細書において記載される方法で使用される、免疫応答を調節するための薬剤は、以下を含むポリペプチドを含有する:i配列番号1のアミノ酸21~126;ii配列番号2のアミノ酸21~129;iii配列番号1のアミノ酸21~126と少なくとも90同一もしくは類似であるアミノ酸配列;またはiv配列番号2のアミノ酸21~129と少なくとも90同一もしくは類似であるアミノ酸配列。別の実施形態において、この薬剤は、配列番号1のアミノ酸130~237、配列番号2のアミノ酸127~288、配列番号3のアミノ酸134~318、もしくは配列番号4のアミノ酸136~281と、少なくとも80、少なくとも85、もしくは少なくとも90、同一もしくは類似であるアミノ酸配列を含む。本明細書において記載される一実施形態において、本明細書において記載される方法において使用される、免疫応答を調節するための薬剤は、tim-1、tim-2、またはtim-4に結合する抗体、またはその抗原結合フラグメントを含有する。特定の実施形態において、この薬剤は、tim-4に結合する抗体である;この抗体またはフラグメントは、例えば、tim-4のIgVおよび/またはムチンドメインに結合し得る。別の実施形態において、この薬剤は、tim-1およびtim-4、またはtim-2およびセマホリン-4Asemaphorin-4Aに対して特異的な、二重特異性抗体である。tim-1、tim-2、およびtim-4の活性を低下させる薬剤として、アンチセンスRNA試薬が挙げられる。別の実施形態において、この薬剤は、配列番号1のアミノ酸130~237、配列番号2のアミノ酸127~288、配列番号3のアミノ酸134~318、または配列番号4のアミノ酸136~281と、少なくとも80、少なくとも85、または少なくとも90、同一または類似であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含有する。薬剤はまた、ペプチド模倣物および低分子すなわち、2kDa未満の非ペプチド化合物を含む。本発明は、薬物送達の方法をさらに提供する。この方法は、部分的に、tim-1およびtim-4が物理的複合体physicalcomplexを形成し、この相互作用が免疫応答を調節するという、予想外の知見に基づく。本発明の一局面は、tim-1ポリペプチドとtim-4ポリペプチドとの間の結合を調節する薬剤を同定する方法を提供し、この方法は、以下の工程を包含する:a試験薬剤の存在下で、tim-1ポリペプチドとtim-4ポリペプチドとを接触させる工程;およびbtim-1ポリペプチドとtim-4ポリペプチドとの結合に対するその試験薬剤の効果を決定する工程;それによって、tim-1ポリペプチドとtim-4ポリペプチドとの間の結合を調節する薬剤を同定する工程。本発明はまた、免疫応答を調節する薬剤を同定する方法を提供し、この方法は、以下の工程を包含する:a試験薬剤の存在下で、tim-1とtim-4とを接触させる工程;およびbtim-1ポリペプチドとtim-4ポリペプチドとの結合に対するその試験薬剤の効果を決定する工程;それによって、免疫応答を調節する薬剤を同定する工程。一実施形態において、工程bは、試験薬剤の存在下におけるtim-1/tim-4複合体の形成を、適切なコントロールと比較する工程を包含する。特定の実施形態において、その適切なコントロールとして、この試験試薬の非存在下における第一のポリペプチドと第二のポリペプチドとの間の複合体の形成が挙げられる。別の実施形態において、上記の第一のポリペプチドまたは第二のポリペプチドまたは両方が、一つの細胞において発現される。別の実施形態において、上記の複合体の形成を検出する工程は、レポーター遺伝子の発現を検出する工程を包含し、ここで、このレポーター遺伝子の発現は、この複合体の形成に依存的である。別の実施形態において、この第一のポリペプチドまたは第二のポリペプチドまたは両方が、蛍光分子で標識される。別の実施形態において、上記のtim-4ポリペプチドは、以下を含む:i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一もしくは類似のアミノ酸配列;またはiv配列番号4のアミノ酸31~134と少なくとも90同一もしくは類似のアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11、および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列。さらに別の実施形態において、上記のtim-1ポリペプチドは、以下を含む:i配列番号1のアミノ酸21~126;ii配列番号2のアミノ酸21~129;iii配列番号1のアミノ酸21~126と少なくとも90同一もしくは類似であるアミノ酸配列;またはiv配列番号2のアミノ酸21~129と少なくとも90同一もしくは類似であるアミノ酸配列。別の実施形態において、このtim-1ポリペプチドは、配列番号1のアミノ酸130~237または配列番号2のアミノ酸127~288と、少なくとも80、少なくとも85、または少なくとも90同一または類似であるアミノ酸配列を含む。tim-1とtim-4との間の結合を調節する薬剤を同定するための上記の方法は、tim-1とtim-4との間の結合を増進する薬剤、およびtim-1とtim-4との間の結合を低下させる薬剤の両方を同定するために使用され得る。この方法は、どれか特定の型の薬剤を同定することに限定されない。この薬剤は、例えば、低分子化合物、抗体、ポリペプチド、核酸、または炭水化物であり得る。加えて、本発明の一局面は、tim-4とtim-1との間の結合に寄与するtim-4中のアミノ酸残基を同定する方法を提供し、この方法は、以下を包含する:aitim-4IgVドメインを含有するポリペプチドここで、このtim-4IgVドメインは、配列番号3の残基31~133または配列番号4の残基31~134に示されるようなtim-4IgVドメインと比較して、1~10個の間のアミノ酸置換を有するとiitim-4に結合し得るtim-1ポリペプチドとを接触させる工程;b上記のポリペプチドとtim-1ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出する工程;ならびにcこの複合体の形成を、適切なコントロールと比較する工程ここで、複合体形成の範囲がその適切なコントロールと異なる場合、一アミノ酸が、tim-1への結合に寄与するものとして同定される。本発明の関連する局面は、tim-1へのtim-4の結合に寄与するtim-4中のアミノ酸残基を同定する方法を提供し、この方法は、以下を包含する:aitim-4ムチンドメインを含むポリペプチドここで、このtim-4ムチンドメインは、配列番号3の残基134~318または配列番号4の残基136~281に示されるようなtim-4ムチンドメインと比較して、1~10個の間のアミノ酸置換を有するとiitim-4に結合し得るtim-1ポリペプチドとを接触させる工程;b上記のポリペプチドとtim-1ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出する工程;ならびにcこの複合体の形成を、適切なコントロールと比較する工程ここで、複合体形成の範囲がその適切なコントロールと異なる場合、一アミノ酸が、tim-1への結合に寄与するものとして同定される。tim-1へのtim-4の結合に寄与するtim-4中のアミノ酸残基を同定するための上記の方法の一実施形態において、その適切なコントロールとして、i上記のtim-1ポリペプチドとii配列番号3のアミノ酸31~133および/または配列番号3のアミノ酸134~318を含むコントロールポリペプチドとの間の複合体形成が挙げられる。別の実施形態において、このtim-1ポリペプチドは、以下を含む:i配列番号1のアミノ酸21~126;ii配列番号2のアミノ酸21~129;iii配列番号1のアミノ酸21~126もしくは配列番号1のアミノ酸130~237と少なくとも90同一もしくは類似のアミノ酸配列;またはiv配列番号2のアミノ酸21~129もしくは配列番号2のアミノ酸127~288と少なくとも90同一もしくは類似のアミノ酸配列。本発明の別の局面は、試験ポリペプチドがtim-1ポリペプチドに結合するか否かを決定する方法を提供し、ここでこの試験ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一または類似であるアミノ酸配列を含み、この方法は、以下を包含する:aこの試験ポリペプチドとtim-1ポリペプチドとを接触させる工程;およびbこの試験ポリペプチドとtim-1ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出する工程ここで、複合体が検出される場合、この試験ポリペプチドは、このtim-1ポリペプチドに結合すると決定される。一例示的実施形態において、このtim-1ポリペプチドは、以下を含むi配列番号1のアミノ酸21~126;ii配列番号2のアミノ酸21~129;iii配列番号1のアミノ酸21~126もしくは配列番号1のアミノ酸130~237と少なくとも90同一もしくは類似のアミノ酸配列;またはiv配列番号2のアミノ酸21~129もしくは配列番号2のアミノ酸127~288と少なくとも90同一もしくは類似のアミノ酸配列。本発明の別の局面は、試験ポリペプチドがtim-4ポリペプチドに結合するか否かを決定する方法を提供し、ここでこの試験ポリペプチドは、配列番号1のアミノ酸21~126または配列番号1のアミノ酸130~237と少なくとも90同一または類似であるアミノ酸配列を含み、この方法は、以下を包含する:aこの試験ポリペプチドとtim-4ポリペプチドとを接触させる工程;およびbこの試験ポリペプチドとtim-4ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出する工程ここで、複合体が検出される場合、この試験ポリペプチドは、このtim-4ポリペプチドに結合すると決定される。一実施形態において、このtim-4ポリペプチドは、以下を含む:i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133もしくは配列番号3のアミノ酸134~318と少なくとも90同一もしくは類似するアミノ酸配列;またはiv配列番号4のアミノ酸31~134もしくは配列番号4のアミノ酸136~281と少なくとも90同一もしくは類似するアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11、および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列。本発明の別の局面は、被験体において、アトピー性疾患を予防するか、またはアトピー性疾患を罹患する可能性を低下させる方法を提供し、この方法は、以下i~vを含む治療有効量のポリペプチドをこの被験体に投与する工程を包含する:i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一もしくは類似するアミノ酸配列;またはiv配列番号4のアミノ酸31~134もしくは配列番号4のアミノ酸136~281と少なくとも90同一もしくは類似であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11、および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列。本発明の別の局面は、A型肝炎感染に対する処置を必要とする被験体において、A型肝炎を処置するか、予防するか、またはA型肝炎を罹患する可能性を低減させる方法を提供し、この方法は、以下i~vを含む治療有効量のポリペプチドをこの被験体に投与する工程を包含する:i配列番号3のアミノ酸31~133;ii配列番号4のアミノ酸31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133もしくは配列番号3のアミノ酸134~318と少なくとも90同一もしくは類似であるアミノ酸配列;またはiv配列番号4のアミノ酸31~134もしくは配列番号4のアミノ酸136~281と少なくとも90同一もしくは類似であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11、および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むtim-4ポリペプチドと少なくとも90同一であるアミノ酸配列。一実施形態において、この被験体は、A型肝炎をまだ罹患していない。別の実施形態において、この被験体は、まだA型肝炎ウイルスに感染していない。さらに別の実施形態において、この被験体は、抗A型肝炎抗体についてセロネガティブである。別の実施形態において、この被験体は、小児である。別の実施形態において、上記のアトピー性疾患は、喘息、鼻炎、湿疹、および枯草熱からなる群より選択される。本発明の別の局面は、新規の可溶性tim-4ポリペプチドを提供する。一局面は、tim-4IgVドメイン、tim-4細胞内ドメイン、および短縮型truncatedtim-4ムチンドメインを含む、単離されたポリペプチドを提供し、ここで、このポリペプチドは、tim-4膜貫通ドメインを含まない。本発明の別の局面は、tim-4IgVドメインおよび短縮型tim-4ムチンドメインを含む単離されたポリペプチドを提供し、このポリペプチドは、tim-4膜貫通ドメインもtim-4細胞内ドメインも含まない。好ましい実施形態において、この可溶性tim-4ポリペプチドは、哺乳動物のポリペプチド例えば、ヒトまたはマウスのポリペプチドである。一つの特定の実施形態において、この可溶性tim-4ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸31~133または配列番号4のアミノ酸31~134を含む。別の実施形態において、この可溶性tim-4ポリペプチドは、配列番号9、配列番号10、配列番号11、または配列番号12において示される配列を含むが、他の実施形態においては、この可溶性tim-4ポリペプチドは、シグナル配列を含まない。いくつかの実施形態において、この可溶性tim-4ポリペプチドは、別のポリペプチド例えば、この可溶性tim-4ポリペプチドのインビボでの安定性を高めるポリペプチドに融合される。いくつかの実施形態において、この融合ポリペプチドとしては、免疫グロブリンのFcドメインまたはアルブミンポリペプチドが挙げられる。本発明は、本明細書において記載される可溶性tim-4ポリペプチドをコードする核酸、ならびに、このtim-4可溶性ポリペプチドと薬学的に受容可能なキャリアとを含有する組成物を、さらに提供する。II.定義便宜上、本明細書、実施例、および添付の特許請求の範囲において使用される特定の用語は、ここに集められる。他に定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本明細書発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。不定冠詞一つのaおよび一つのanとは、本明細書において、この冠詞の文法的目的語の一つoneまたは一つより多くmorethanoneすなわち、少なくとも一つを指すために使用される。例えば、一つの要素anelementとは、一つの要素oneelementまたは一つより多くの要素morethanoneelementを意味する。用語含むとは、本明細書において、句~を含むがそれに限定されないを意味するように使用され、そしてこの句と交換可能に使用される。用語またはとは、本明細書において、文脈が明らかに他を示さない限り、用語および/またはを意味するように使用され、そしてこの用語と交換可能に使用される。用語例えばsuchasとは、本明細書において、句例えば、~であるが、それに限定されないを意味するように使用され、そしてこの句と交換可能に使用される。用語核酸とは、ポリヌクレオチド例えば、デオキシリボ核酸DNA、および、適切な場合は、リボ核酸RNAを指す。この用語はまた、等価物として、ヌクレオチドアナログから作製されるRNAまたはDNAのいずれかのアナログ、および、記載される実施形態に適用可能であるように、一本鎖センスまたはアンチセンスおよび二本鎖のポリヌクレオチドを含むことが理解されるべきである。用語予防するとは、当該分野において認知されており、ある状態例えば、局所再発例えば、疼痛、疾患例えば、癌、症候群複合体例えば、心不全または任意の他の医学的状態に関して使用される場合、当該分野においてよく理解されており、その状態の発症の前にある組成物を投与する工程を包含し、その組成物は、その組成物を与えられない被験体と比較して、被験体における、医学的状態の症状の頻度を低下させ、その症状の重篤度を低減させ、またはその状態の症状の発症を遅延させる。従って、癌の予防とは、例えば、予防的処置を受ける患者の集団において、未処置のコントロール集団と比較して、検出可能な癌性増殖物の数を減少させること、および/または、処置集団において、未処置のコントロール集団に対して、検出可能な癌性増殖物の出現を例えば、統計学的におよび/または臨床学的に有意な量で遅延させることを含む。感染の予防とは、例えば、処置集団において、未処置コントロール集団に対して、その感染の診断の数を減少させること、および/または、処置集団において、未処置コントロール集団に対して、その感染の症状の発症を遅延させることを含む。疼痛の予防とは、例えば、処置集団において、未処置コントロール集団に対して、被験体が経験する疼痛感覚の頻度を低下させ、その疼痛感覚の重篤度を低減させるか、あるいは、その疼痛感覚を遅延させることを含む。用語有効量とは、本明細書において使用される場合、所望の結果を達成するために必要である投薬量で効果的な量、かつ所望の結果を達成するために必要である期間にわたって効果的な量として定義される。本発明の化合物の有効量は、その動物の疾患の状態、年齢、性別、および体重のような要因に従って変化し得る。投薬レジメンは、最適な治療応答を提供するように調整され得る。例えば、いくつかの分割用量が毎日投与されてもよいし、または、用量は、治療状況の緊急の要件によって必要とされる量と釣り合うように減量されてもよい。被験体とは、本明細書において使用される場合、任意の脊椎動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトを指す。被験体の例としては、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、モルモット、ウサギ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウシ、ウマ、イヌ、ネコ、鳥類、および魚類が挙げられる。目的のポリペプチドの改変体とは、本明細書において使用される場合、一個以上のアミノ酸によって変更されたアミノ酸配列を指す。この改変体は、置換されたアミノ酸が類似の構造的特性または化学的特性を有する保存的変化例えば、イソロイシンによるロイシンの置換を有し得る。より稀には、改変体は、非保存的変化例えば、トリプトファンによるグリシンの置換を有し得る。また、同様のより主要でない改変として、アミノ酸欠失もしくはアミノ酸挿入、またはその両方が挙げられる。生物学的活性または免疫学的活性を失うことなく置換、挿入、または欠失され得るアミノ酸残基の決定の手引きは、当該分野において周知のコンピュータープログラム例えば、DNASTARソフトウェアを使用して見出され得る。本明細書において使用される場合、Th1関連障害とは、標準例えば、正常なコントロールと比較して異常な例えば増大したTh1細胞活性例えば、増大したTh1細胞の応答または異常なTh1細胞の数と関連する疾患または状態である。Th1関連障害の例としては、例えば、自己免疫障害例えば、多発性硬化症、関節リウマチ、I型糖尿病、およびクローン病が挙げられる。本明細書において使用される場合、Th2関連障害とは、標準例えば、正常なコントロールと比較して異常な例えば増大したTh2細胞活性例えば、増大したTh2細胞の応答または異常なTh2細胞の数と関連する疾患または状態である。Th2障害の例としては、例えば、喘息、アレルギー、および抗体成分と関連する障害例えば、関節リウマチが挙げられる。用語アナログとは、本明細書において使用される場合、基準配列からの一個以上のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を含むアミノ酸配列を含むが、それらに限定されない。アミノ酸置換は、保存的性質または非保存的性質のものであり得る。保存的アミノ酸置換は、本発明のポリペプチドの一個以上のアミノ酸を、類似の電荷、大きさ、および/または疎水性の特徴のアミノ酸で置き換えることを伴う。保存的置換のみが行われる場合、生じるアナログは機能的に等価である。非保存的置換は、そのアミノ酸配列の一個以上のアミノ酸を、非類似の電荷、大きさ、および/または疎水性の特徴を保有する一個以上のアミノ酸で置き換えることを伴う。アミノ酸挿入は、単一アミノ酸残基、または長さが2~15個のアミノ酸の範囲の一連のアミノ酸からなり得る。欠失は、そのアミノ酸配列からの一個以上のアミノ酸または不連続部分の除去からなる。欠失したアミノ酸は、隣接していても隣接していなくともよい。III.Timのアミノ酸配列および核酸配列ヒトおよびマウスのtimポリペプチドの配列は、配列番号1~14において、ならびに、PCT公開第WO03/002722号、米国特許第6,066,498号、同第6,204,371号、同第6,288,218号、同第6,084,083号、同第6,414,117号、および同第6,562,343号において、ならびに、米国特許出願公開第2003/0069196号および同第2003/0124114号において記載され、これらの教示は、その全体が本明細書によって参考として援用される。本発明のtim-1、tim-2、およびtim-4の核酸およびポリペプチドは、以下に記載される核酸およびその配列の改変体を含むことが、さらに理解される。改変体ヌクレオチド配列は、例えば、置換、付加、または欠失によって一個以上のヌクレオチドが異なる配列例えば、対立遺伝子の改変体を含み;そして、従って、例えば、遺伝子コードの縮重に起因して野生型のtim-1、tim-2、またはtim-4のヌクレオチドのコード配列のヌクレオチド配列と異なるコード配列を含む。例えば、tim-1のIgVドメインをコードする核酸は、野生型tim-1の配列と、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも99、または少なくとも100同一の配列を含む核酸であり得る。マウスおよびヒトのtim-1のポリペプチドおよび核酸の配列は、米国特許出願公開第2003/0124114号において記載され、その内容は、その全体が本明細書によって参考として援用される。ヒトtim-1のポリペプチドはまた、Genbank寄託番号NP_036338配列番号1として開示され、およびそのcDNAの核酸配列は、NM_012206配列番号5として開示される。マウスtim-1のアミノ酸配列および核酸cDNA配列は、それぞれGenBank寄託番号NP_599009配列番号2およびNM_134248配列番号6として開示される。tim-1はまた、科学文献において、HAVCR1、KIM1、TIM1、HAVCR、KIM-1、およびTIMD1としても言及されてきた。天然に存在するヒトのtim-1の対立遺伝子のアミノ酸配列および核酸配列は、米国特許出願公開第2003/0124114中の配列番号17~28に開示される。これらの配列は、本明細書において参考として援用される。ヒトのtim-1のIgVドメインは、配列番号1の残基21~126にわたり、一方、マウスのtim-1のIgVドメインは、配列番号2の残基21~129にわたる。ヒトのtim-1のムチンドメインは、残基130~237にわたる。マウスのtim-1のムチンドメインは、残基127~288にわたる。ヒトおよびマウスのtim-1のさらなるドメイン例えば、シグナル配列、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインは、McIntireら、Nat.Immunol.2001;212:1109-16に記載され、本明細書において参考として援用される。類似の305アミノ酸膜タンパク質である、マウスのTIM-2は、マウスのTIM-1と64の同一性を有し、ラットのKIM-1と60の同一性を有し、そしてhHAVcr-1と32の同一性を有する。TIM-1のように、TIM-2は、二つの細胞外N-結合型グリコシル化部位と、多数のO-結合型グリコシル化部位を備えた、セリン、スレオニンが豊富なムチンドメインとを有する。TIM-2はまた、細胞内チロシンキナーゼリン酸化モチーフであるRTRCEDQVYを有する。マウスのTIM-2のポリペプチドおよび核酸の配列は米国特許公開出願第2003/0124114号中に、各々配列番号5および配列番号8として記載される。さらなるマウスtim-2配列は、GenBank寄託番号NP_599010およびNM_134249として記載される。マウスtim-2のIgVドメインは、配列番号13の位置25付近から位置127まで広がる。マウスおよびヒトのtim-4のポリペプチドおよび核酸の配列は、米国特許出願公開第2003/0124114号に記載され、その内容は本明細書によってその全体が参考として援用される。ヒトtim-4のアミノ酸配列配列番号3および核酸cDNA配列配列番号7は、米国特許出願公開第2003/0124114号に、各々配列番号33および配列番号34として開示され、一方、tim-4の対立遺伝子改変体のアミノ酸配列および核酸cDNA配列もまた、同明細書において各々配列番号35および配列番号36として開示される。マウスtim-4の二つのアミノ酸配列は、配列番号4NP_848874および配列番号12として開示される。配列番号12に対応する核酸配列は、配列番号3NM_178759として示される。ヒトtim-4のIgVドメインは、配列番号3の残基31~133にわたり、一方、マウスtim-4のIgVドメインは、配列番号4の残基31~134にわたる。ヒトtim-4のムチンドメインは、配列番号3の残基134~318にわたる。マウスtim-4のムチンドメインは、配列番号4の残基134~281にわたる。本発明はまた、新規のtim-4ポリペプチドおよびそれらをコードする核酸を提供する。本発明の一局面において、これらの新規のtim-4ポリペプチドは、一個以上のエキソンを欠失し、その結果として、N末端、C末端、もしくは内部配列のいずれかを欠失するポリペプチド、またはエキソンの欠失の結果としてフレームシフトしたリーディングフレームを有するポリペプチドを生じる。一実施形態において、本発明は、膜貫通ドメインを欠失する可溶性tim-4ポリペプチドを提供する。別の実施形態において、本発明は、膜貫通ドメインを欠失しムチンドメインの全部または一部を欠失する可溶性tim-4ポリペプチドを提供する。一実施形態において、これらの可溶性tim-4ポリペプチドは、10~40個のアミノ酸、15~30個のアミノ酸、またはより好ましくは、18~25個の間のアミノ酸をムチンドメインのC末端終末から欠失する。一実施形態において、これらの新規の可溶性tim-4ポリペプチドは、配列番号9、配列番号10、または配列番号11に示されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態において、これらの可溶性ヒトtim-4ポリペプチドは、配列番号3の残基282~337を欠失する。本発明はまた、これらの可溶性tim-4ポリペプチドをコードする核酸を提供する。本発明の核酸は、上で記載されるポリペプチドの改変体を含む核酸を含むことが、さらに理解される。改変体ヌクレオチド配列は、一個以上のヌクレオチドが、例えば、置換、付加、または欠失によって異なる配列例えば、対立遺伝子改変体を含み;そして、従って、例えば、遺伝子コードの縮重に起因して野生型のtim-1またはtim-4のヌクレオチドのコード配列のヌクレオチド配列と異なるコード配列を含む。例えば、tim-1のIgVドメインをコードする核酸は、野生型tim-1のIgVドメインの配列と、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99、もしくは少なくとも100同一または類似の配列を含む核酸であり得る。ヒトおよびマウスのtimポリペプチドの配列は、PCT公開第WO03/002722号、米国特許第6,066,498号、同第6,204,371号、同第6,288,218号、同第6,084,083号、同第6,414,117号、および同第6,562,343号、ならびに米国特許出願公開第2003/0069196号および同第2003/0124144号に記載され、それらの教示は、tim-1、tim-2、tim-3、およびtim-4についての任意の核酸またはアミノ酸の配列、それらの改変体およびフラグメントを含めて、本明細書によって、その全体が参考として援用される。遺伝子コードの縮重に起因して野生型配列と異なる単離された核酸またはそれらによって生じるポリペプチド産物もまた、本発明の範囲内にある。例えば、多数のアミノ酸が、一種より多いトリプレットによって指定される。同じアミノ酸を特定するコドン、または同義コドンsynonym例えば、CAUおよびCACは、ヒスチジンについての同義コドンであるは、そのポリペプチドのアミノ酸配列に影響を及ぼさないサイレント変異を生じ得る。当業者は、特定のポリペプチドをコードする核酸の一個以上のヌクレオチドのこれらの改変が、天然の対立遺伝子改変体に起因して、所与の種の個体間に存在することを理解する。本発明は、ポリペプチドまたは核酸を使用する方法を提供し、ここで、この核酸またはポリペプチドは、別の核酸またはポリペプチドと、指定される程度の配列同一性または配列類似性を共有する。二つのアミノ酸配列または二つの核酸配列の同一性のパーセントを決定するために、これらの配列は、最適な比較を目的としてアラインメントされる例えば、最適なアラインメントのために、第一および第二のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方にギャップが挿入され得、非相同配列は、比較の目的に関して無視される。好ましい実施形態において、基準配列の長さの少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも95またはそれ以上が、比較目的のためにアラインメントされる。対応するアミノ酸の位置またはヌクレオチドの位置でのアミノ酸残基またはヌクレオチドが、次いで比較される。第一の配列中の一つの位置が、第二の配列の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占められる場合、従って、その分子はその位置では同一である本明細書において使用される場合、アミノ酸または核酸の同一性とは、アミノ酸または核酸の相同性と等価である。二つの配列の間の同一性のパーセントは、これらの配列によって共有される同一な位置の数の関数であるこの二つの配列の最適なアラインメントのために挿入されることが必要なギャップの数および各々のギャップの長さを考慮する。配列の比較、ならびに二つの配列の間の同一性および類似性のパーセントの決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成され得るComputationalMolecularBiology、Lesk,A.M.編、OxfordUniversityPress、NewYork、1988年;Biocomputing:InformaticsandGenomeProjects、Smith,D.W.編、AcademicPress、NewYork、1993年;ComputerAnalysisofSequenceData、第1部、Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、HumanaPress、NewJersey、1994年;SequenceAnalysisinMolecularBiology、vonHeinje,G.、AcademicPress、1987年;およびSequenceAnalysisPrimer、Gribskov,M.およびDevereux,J.編、M.StocktonPress、NewYork、1991年。一実施形態において、二つのアミノ酸配列の間の同一性パーセントは、GCGソフトウェアパッケージ中のGAPプログラムに組み込まれているNeedlemanおよびWunschJMol.Biol.48:444-4531970のアルゴリズムhttp://www.gcg.comで入手可能であるを使用して決定される。特定の実施形態において、以下のパラメーターがGAPプログラムにおいて使用される:Blossom62マトリクスまたはPAM250マトリクスのいずれか、および、16、14、12、10、8、6または4のギャップウェイトgapweightおよび1、2、3、4、5、または6のレングスウェイトlengthweight。さらに別の実施形態において、二つのヌクレオチド配列の間の同一性パーセントは、GCGソフトウェアパッケージ中のGAPプログラムDevereux,J.ら、NucleicAcidsRes.121:3871984http://www.gcg.comで入手可能であるを使用して決定される。例示的なパラメーターとしては、NWSgapdna.CMPマトリクス、および40、50、60、70、または80のギャップウェイト、および1、2、3、4、5、または6のレングスウェイトの使用が挙げられる。別の実施形態において、二つのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列の間の同一性パーセントは、ALIGNプログラムバージョン2.0に組み込まれているE.MyersおよびW.MillerCABIOS,4:11-171989のアルゴリズムを使用して、PAM120重み付け残基表weightresiduetable、12のギャップレングスペナルティgaplengthpenalty、および4のギャップペナルティgappenaltyを用いて、決定される。別の実施形態において、二つのヌクレオチド配列またはアミノ酸配列の間の最適な全体的なアラインメントは、BrutlagらComp.App.Biosci.,6:237-2451990のアルゴリズムに基づく、FASTDBコンピュータープログラムを使用して決定され得る。配列アラインメントにおいて、問い合わせ配列および対象となる配列は、両方がヌクレオチド配列であるか、または両方がアミノ酸配列であるかのいずれかである。上記の全体的な配列アラインメントの結果は、同一性パーセントに換算して表される。一実施形態において、アミノ酸配列同一性は、BrutlagらComp.App.Biosci.,6:237-2451990のアルゴリズムに基づく、FASTDBコンピュータープログラムを使用して行われる。特定の実施形態において、アミノ酸アラインメントの同一性パーセントおよび類似性パーセントを算出するために使用されるパラメーターは、以下を含む:Matrix=PAM150、k-tuple=2、MismatchPenalty=1、JoiningPenalty=20、RandomizationGroupLength=0、CutoffScore=1、GapPenalty=5、およびGapSizePenalty=0.05。いくつかの実施形態において、本発明はまた、より低い程度の同一性例えば、少なくとも60の同一性を有するが、tim-1ポリペプチドまたはtim-4ポリペプチドによって実施される機能と同じ機能の一つ以上を実施するために十分な類似性を有するポリペプチドを含む。類似性は、保存的なアミノ酸置換によって決定される。そのような置換は、あるポリペプチド中の所与のアミノ酸を、類似の特徴を有する別のアミノ酸によって置換する置換である。保存的置換は、表現型の上ではサイレントであり得る。保存的置換として代表的に見られるものは、脂肪族アミノ酸Ala、Val、Leu、およびIleの間での一つから別のものへの置き換え、ヒドロキシル残基であるSerとThrとの交換、酸性残基であるAspとGluとの交換、アミド残基であるAsnとGlnとの間の置換、塩基性残基であるLysとArgとの交換、ならびに芳香族残基であるPhe、Tyrの間での置き換えである。表現型の上でサイレントであり得るアミノ酸変化に関するさらなる手引きは、Bowieら、Science247:1306-13101990において見出される。本発明のいくつかの局面は、ポリペプチドを提供するか、またはそれらのポリペプチドを使用することに関する治療方法を提供し、ここで、このポリペプチドは、少なくとも部分的には、基準配列に対して定義される。例えば、本発明によって提供されるいくつかの方法は、免疫応答を調節する必要がある被験体において免疫応答を調節する方法を提供し、この方法は、この被験体に、配列番号3参照配列のアミノ酸31~133と少なくとも90同一のアミノ酸配列を投与する工程を包含する。従って、このようなポリペプチドは、特定のパーセンテージの参照配列と同一でないアミノ酸残基を有し得る。一つの好ましい実施形態において、これらの非同一の残基は、これらの残基が同一でない残基と類似の化学特性を有する。類似の特性を有する群は、以下のアミノ酸を含む:E、D、N、Q;H、K、R;Y、FおよびW;I、L、V、M、C、A;およびS、T、C、P、A。別の実施形態において、同一でない残基は、参照配列と、少なくとも一つの進化的に関係する種における例えば、同じ目の中の種におけるオーソロガス配列との間で、進化的に保存されない残基である。哺乳動物の参照配列の場合、好ましい実施形態において変異させられ得るアミノ酸は、参照配列と別の哺乳動物種におけるオーソロガス配列との間で保存されないアミノ酸である。例えば、本発明の方法において使用されるポリペプチドが、ヒトtim-4のIgVドメインと90同一であるアミノ酸配列を含むと言われる場合、それならば、このポリペプチドは、tim-4のIgVドメインと、マウス、ラット、ブタ、および/またはニワトリのtim-4のIgVドメインとが異なる位置に、非同一の残基を有し得る。本発明は、本明細書において記載される障害のいずれかを処置する医薬の製造のための薬剤を、さらに提供する。薬剤を被験体に投与することによって障害を処置または予防するための、本明細書において開示される任意の方法は、その障害を処置するための医薬の製造におけるこの薬剤の使用に適用され得る。例えば、一つの特定の実施形態において、tim-1IgV-Fc融合ポリペプチドは、Th1媒介性障害の処置のための医薬の製造において使用され得る。特定の局面において、本開示は、単離形態および/または精製形態の可溶性tim-4ポリペプチドを利用可能にする。この単離形態および/または精製形態のポリペプチドは、通常はこのポリペプチドに結合している他のポリペプチド、もしくはこのポリペプチドを含む特定の複合体から単離されるか、またはそうでなければ、このような他のポリペプチドもしくは複合体を実質的に含まない。特定の実施形態において、可溶性tim-4ポリペプチドは、配列番号2、配列番号4、配列番号6、または配列番号8のアミノ酸配列と、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも97、少なくとも99、または100同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドである。二つのポリペプチド間でのアミノ酸同一性は、初めに二つのポリペプチドの配列を、アラインメントアルゴリズム例えば、PAM250マトリクスに基づくアルゴリズムを使用してアラインメントすることによって、決定され得る。特定の実施形態において、可溶性tim-4ポリペプチドは、配列番号9、配列番号10、配列番号11、または配列番号12のアミノ酸配列のいずれかと、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも97、少なくとも99、または100同一であるアミノ酸配列の一部分を含むポリペプチドであり、好ましくは、ここで、この部分は、機能的部分例えば、Th1/Th2活性を調節するのに十分である部分、またはtim-1に結合し得る部分である。一実施形態において、この部分は、tim-4のIgVドメインを含む。いくつかの実施形態において、上記の可溶性tim-4ポリペプチドは、保存的アミノ産置換を含む。特定の実施形態において、可溶性tim-4ポリペプチドは、精製されるか、または部分的に精製される。いくつかの実施形態において、上記の可溶性tim-4ポリペプチドは、シグナル配列を含めて、またはシグナル配列なしで、配列番号9~12に示される配列を含む。本発明は、可溶性tim-4ポリペプチドと非相同性ポリペプチドとを含有する、融合ポリペプチドをさらに含む。一実施形態において、この可溶性tim-4ポリペプチドは、IgVドメインを含むが、ムチンドメインの少なくとも一部を欠失し、そして膜貫通ドメインを欠失し、そして必要に応じて細胞内ドメインを欠失する。特定の実施形態において、可溶性tim-4ポリペプチドと免疫グロブリン成分とを含む融合ポリペプチドが提供される。例示的な免疫グロブリン成分は、ヒトIgG1重鎖のFcドメインのような定常領域であるBrowningら、J.Immunol.,154,pp.33-461995。可溶性のレセプター-IgG融合ポリペプチドは、一般的な免疫学的試薬であり、それらの構築のための方法は当該分野において公知であり例えば、米国特許第5,225,538号、同第5,766,883号、および同第5,876,969号を参照されたい、これらの全ては参考として援用される。いくつかの実施形態において、本発明の可溶性ペプチドは、Fc改変体に融合される。関連する実施形態において、本発明の改変ポリペプチドは、免疫グロブリンのFc領域を備えるtim-4融合ポリペプチドを含む。公知のことであるが、各々の免疫グロブリン重鎖定常領域は、4つまたは5つのドメインを含む。これらのドメインは、順番に以下のように名付けられる:CH1-ヒンジhinge-CH2-CH3-CH4。これらの重鎖ドメインのDNA配列は、免疫グロブリンのクラスの間で交差相同性cross-homologyを有する。例えば、IgGのCH2ドメインは、IgAおよびIgDのCH2ドメインと相同性であり、IgMおよびIgEのCH3ドメインと相同性である。本明細書において使用される場合、用語免疫グロブリンFc領域とは、免疫グロブリン鎖の定常領域のカルボキシル末端部分、好ましくは、免疫グロブリン重鎖定常領域またはその一部分を意味することが理解される。例えば、免疫グロブリンFc領域は、1一つのCH1ドメイン、一つのCH2ドメイン、および一つのCH3ドメイン、2一つのCH1ドメインおよび一つのCH2ドメイン、3一つのCH1ドメインおよび一つのCH3ドメイン、4一つのCH2ドメインおよび一つのCH3ドメイン、または5二つ以上のドメインの組み合わせおよび免疫グロブリンヒンジ領域を、含み得る。好ましい実施形態において、この免疫グロブリンFc領域は、少なくとも一つの免疫グロブリンヒンジ領域、一つのCH2ドメイン、および一つのCH3ドメインを含み、好ましくは、CH1ドメインを欠失する。一実施形態において、重鎖定常領域が由来する免疫グロブリンのクラスは、IgGIgγγサブクラス1、2、3、または4である。免疫グロブリンの他のクラスであるIgAIgα、IgDIgδ、IgEIgε、およびIgMIgμが使用されても良い。適切な免疫グロブリン重鎖定常領域の選択肢は、米国特許第5,541,087号、および同第5,726,044号において詳細に考察される。特定の結果を達成するための、特定の免疫グロブリンのクラスおよびサブクラスからの特定の免疫グロブリン重鎖定常領域配列の選択は、当該分野における技術のレベルの範囲内であると考えられる。免疫グロブリンFc領域をコードするDNA構築物の一部は、好ましくは、少なくともヒンジドメインの一部、そして好ましくは、少なくとも、FcγのCH3ドメインの一部、またはIgA、IgD、IgE、もしくはIgMのいずれかの相同的なドメインの一部を含む。さらに、上記の免疫グロブリン重鎖定常領域内のアミノ酸の置換または欠失が、本発明の実施において有用であり得ることが、企図される。一例は、上部CH2領域にアミノ酸置換を導入し、Fcレセプターに対する親和力が低下したFc改変体を作製することであるColeら1997J.IMMUNOL.159:3613。当業者は、周知の分子生物学的手法を使用して、そのような構築物を調製し得る。さらなる実施形態において、上記の融合ポリペプチドは、この融合ポリペプチドのインビボでの安定性を高めるために、またはその生物学的活性もしくは局所性を調節するために、またはこの融合ポリペプチドの精製を容易にするために、可溶性tim-4ポリペプチドと第二の非相同性ポリペプチドとを含む。tim-4可溶性融合ポリペプチドを生成するために使用することができる他の例示的な非相同性ポリペプチドとして、ポリヒスチジン、Glu-Glu、グルタチオンSトランスフェラーゼGST、チオレドキシン、ポリペプチドA、ポリペプチドG、および免疫グロブリン重鎖定常領域Fc、マルトース結合ポリペプチドMBPこれらは、アフィニティークロマトグラフィーによる融合ポリペプチドの単離のために特に有用であるが挙げられるが、これらに限定されない。アフィニティー精製の目的のために、アフィニティークロマトグラフィーのための適切な基質例えば、グルタチオン結合樹脂、アミラーゼ結合樹脂、ニッケル結合樹脂、またはコバルト結合樹脂が使用される。当該分野において周知の別の融合ドメインは、緑色蛍光ポリペプチドGFPである。融合ドメインとしてはまた、エピトープタグが挙げられる。これは、通常は短いペプチド配列であり、これに対して特異的な抗体が利用可能である。特異的なモノクローナル抗体が容易に利用可能である周知のエピトープタグとしては、FLAG、インフルエンザウイルス赤血球凝集素HA、およびc-mycタグが挙げられる。いくつかの場合において、これらの融合ドメインは、例えば、第Xa因子またはトロンビンのためのタンパク質切断部位を有し、適切なプロテアーゼがこの融合ポリペプチドを部分的に分解し、それによって組み替えポリペプチドをそこから切り離すことを可能とする。切り離されたポリペプチドは、次いで、その後のクロマトグラフィー分離によって、融合ドメインから単離され得る。好ましくは、典型的には循環系において20時間より長い半減期を有する安定な血漿ポリペプチドが、tim-4との融合ポリペプチドを構築するために使用される。このような血漿ポリペプチドとしては、以下が挙げられるが、それらに限定されない:免疫グロブリン、血清グロブリン、リポポリペプチドlipopolypeptide、アポリポポリペプチドapolipopolypeptide、およびトランスフェリン。可溶性tim-4分子を特定の細胞型または組織型へと指向させ得る配列もまた、特異的に限局した可溶性tim-4融合ポリペプチドを作製するために、可溶性tim-4に結合され得る。一つの好ましい実施形態において、本発明は、アルブミンに対するtim-4融合を提供する。本明細書において使用される場合、アルブミンとは、集合的に、アルブミンのポリペプチドもしくはアミノ酸配列、またはアルブミンの一つ以上の機能的活性例えば、生物学的活性を有するアルブミンのフラグメントもしくは改変体を指す。特に、アルブミンとは、ヒトアルブミンもしくはそのフラグメントEP201239、EP322094、WO97/24445、WO95/23857を参照のこと、特に、ヒトアルブミンの成熟形態、または他の脊椎動物由来のアルブミンを指す。特に、本発明のアルブミン融合ポリペプチドとしては、ヒトアルブミンおよびヒトアルブミンのフラグメントの天然に存在する多型改変体WO95/23857を参照のこと例えば、EP322094において開示されるフラグメントすなわち、HAPnであり、ここでnは369~419であるが挙げられ得る。アルブミンは、任意の脊椎動物、特に、任意の哺乳動物例えば、ヒト、ウシ、ヒツジ、またはブタに由来し得る。非哺乳動物のアルブミンとして、雌鶏およびサケが挙げられるが、これらに限定されない。上記のアルブミン融合ポリペプチドのアルブミン部分は、tim-4ポリペプチドまたはtim-1ポリペプチドと異なる動物由来であってもよい。いくつかの実施形態において、アルブミン融合ポリペプチドのアルブミン部分は、血清アルブミンのフラグメントに対応する。血清アルブミンポリペプチドのフラグメントとして、一つ以上の残基がアミノ末端またはC末端から欠失しているポリペプチドが挙げられる。一般的に、HAのフラグメントまたは改変体は、少なくとも100アミノ酸長であり、好ましくは少なくとも150アミノ酸長である。このHA改変体は、HAの少なくとも一つの完全なドメインからなり得るか、または代替的には、HAの少なくとも一つの完全なドメインを含み得る。ヒトアルブミンのドメインは、米国特許出願公開第2004/0171123号において記載される。特定の実施形態において、本発明は、可溶性Tim-4ポリペプチドをコードする核酸を含む。さらなる実施形態において、本発明はまた、可溶性Tim-4ポリペプチドおよび関連する誘導体を含む宿主細胞に関する。この宿主細胞は、任意の原核細胞または真核細胞であり得る。例えば、本発明のポリペプチドは、E.coliのような細菌細胞、昆虫細胞例えば、バキュロウイルス発現系を使用して、酵母または哺乳動物細胞において発現され得る。1つの実施形態において、可溶性Tim-4ポリペプチドは、哺乳動物細胞によって生成されそして分泌され、そして可溶性Tim-4ポリペプチドは、培養培地から精製される。他の可溶性宿主細胞は、当業者に公知である。従って、本発明の幾つかの実施形態は、可溶性Tim-4ポリペプチドを産生する方法にさらに関する。治療効力もしくは予防効力または安定性例えば、エキソビボでの有効期間およびインビボでのタンパク分解性分解に対する耐性を増強するために、このTim-4ポリペプチドの構造を改変することもまた、可能である。このような改変ポリペプチドは、このポリペプチドの天然に存在する形態の少なくとも1つの活性を維持するように設計される場合、本明細書中でより詳細に記載されるTim-4ポリペプチドの機能的な等価物であるとみなされる。このような改変ポリペプチドは、例えばアミノ酸の置換、欠失または付加によって産生され得る。例として、例えば、ロイシンのイソロイシンまたはバリンによる単独の置換、アスパラギン酸のグルタミン酸による置換、トレオニンのセリンによる置換などの、アミノ酸の構造的に関連するアミノ酸による置換すなわち、保存的変異は、得られる分子の生物学的活性に大きな効果を有さないと予測することは、妥当である。保存的置換は、アミノ酸の側鎖において関連するアミノ酸のファミリー内で起こる置換である。遺伝的にコードされたアミノ酸は、4つのファミリーに分類され得る:1酸性=アスパラギン酸、グルタミン酸;2塩基性=リジン、アルギニン、ヒスチジン;3非極性=アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン;および4非電化極性=グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニン、チロシン。フェニルアラニン、トリプトファンおよびチロシンは、時々、芳香族アミノ酸としても分類される。類似の様式において、アミノ酸レパートリーは、以下のように分類され得る:1酸性=アスパラギン酸、グルタミン酸;2塩基性=リジン、アルギニン、ヒスチジン;3脂肪族=グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、トレオニンセリンおよびトレオニンは、必要に応じて脂肪族ヒドロキシルとして別に分類される;4芳香族=フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン;5アミド=アスパラギン、グルタミン;および6硫黄含有=システインおよびメチオニン。例えば、Biochemistry,第2版,L.Stryer編,W.H.FreemanandCo.1981を参照のこと。ポリペプチドのアミノ酸配列における変化が機能的ホモログを生じるか否かは、野生型ポリペプチドと類似の様式で細胞内応答を引き起こす改変体ポリペプチドの能力が評価されることにより、容易に決定され得る。例えば、Tim-4ポリペプチドのこのような改変形態は、例えば、Th1細胞もしくはTh2細胞によるサイトカインの分泌を調節する改変形態の能力、またはTim-1ポリペプチドに結合する改変形態の能力について、評価され得る。1以上の置換が起こっているポリペプチドは、同様の様式により、容易に試験され得る。本発明によって提供されるかまたは本発明の方法において使用されるTim-1ポリペプチド、Tim-2ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドの幾つかは、転写後修飾をさらに含み得る。例示的な転写後ポリペプチド修飾としては、リン酸化、アセチル化、メチル化、ADPリボシル化、ユビキチン結合、糖化、カルボニル化、SUMO化、ビオチン化またはポリペプチド側鎖の付加もしくは疎水基の付加が挙げられる。結果として、修飾可溶化ポリペプチドは、非アミノ酸要素例えば、脂質、多糖類もしくは単糖類、およびリン酸を含み得る。本発明の1つの特定の実施形態において、このTim-1ポリペプチド、Tim-2ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドの修飾形態例えば、Tim-4可溶化ポリペプチドは、この可溶化ポリペプチドのポリペプチドでないポリマーへの結合を含む。1つの特定の実施形態において、このポリマーは、ポリエチレングリコールPEG、ポリプロピレングリコールまたはポリオキシアルキレン類であり、米国特許第4,640,835号;同第4,496,689号;同第4,301,144号;同第4,670,417号;同第4,791,192号または同第4,179,337号に記載の様式である。PEGは周知の水溶性ポリマーであり、市販されているかまたは当該分野で周知の方法SandlerおよびKaro,PolymerSynthesis,AcademicPress,NewYork,第3巻,p.138-161に従うエチレングリコールの開環重合によって調製され得る。用語PEGは、大きさまたはPEGの末端における修飾に関係なく任意のポリエチレングリコール分子を含むように広く使用され、以下の式で表され得る:X-OCH2CH2On-1CH2CH2OH1、ここで、nは20~2300であり、そしてXはHまたは末端の修飾例えば、C1-4アルキルである。1つの実施形態において、本発明のPEGは、1つの末端をヒドロキシまたはメトキシで終わるすなわち、XはHまたはCH3メトキシPEGである。PEGは、結合反応に必要であるか、この分子の化学合成から生じたか、またはこの分子の部分の最適距離のためのスペーサーである、さらなる化学基を含み得る。さらに、このようなPEGは、1以上のPEG側鎖からなり得、これらは一緒に結合する。1以上のPEG鎖を有するPEGは、多肢multiarmedPEGまたは分枝PEGと呼ばれる。分枝PEGは、例えば、ポリエチレンオキシドの種々のポリオールグリセロール、ペンタエリトリトールpentaerythriolおよびソルビトールが挙げられるへの付加によって調製され得る。例えば、4肢のfour-armed分枝PEGは、ペンタエリトリトールおよびエチレンオキシドから調製され得る。分枝PEGは、例えば、欧州特許第0473084号および米国特許第5,932,462号に記載される。PEGの1つの形態は、リジンの第一級アミノ基を介して結合する2つのPEG側鎖PEG2を含むMonfardini,C.ら,BioconjugateChem.6199562-69。ペプチドまたはポリペプチドへのPEG結合体化は、一般に、PEGの活性化、および標的ポリペプチド/ペプチドへもしくはリンカーこの後、活性化しそして標的ポリペプチド/ペプチドに結合するへの活性化PEG中間体の直接的な結合を包含するAbuchowski,A.ら,J.Biol.Chem.,252,35711977およびJ.Biol.Chem.,252,35821977、ZalipskyらおよびHarrisら:PolyethyleneglycolChemistry:BiotechnicalandBiomedicalApplications;J.M.Harris編PlenumPress:NewYork,1992;第21章および第22章を参照のこと。当業者は、例えば、ペグ化Tim-4ポリペプチドまたはペグ化Tim-1ポリペプチドが治療的にどのように使用されるか、所望の投薬量、循環時間、タンパク分解に対する耐性、免疫原性、および他の考慮事項に基づいて、PEGについての適切な分子量を選択し得る。PEGおよびポリペプチドの特性の増強のためのその使用の議論については、N.V.Katre,AdvancedDrugDeliveryReviews10:91-1141993を参照のこと。本発明の1つの実施形態において、PEG分子は、活性化されて、Tim-4ポリペプチドまたはTim-1ポリペプチド上のアミノ基と例えば、リジンと反応し得るBenchamC.O.ら,Anal.Biochem.,131,251983;Veronese,F.M.ら,Appl.Biochem.,11,1411985;Zalipsky,S.ら,PolymericDrugsandDrugDeliverySystems,adrs9-110ACSSymposiumSeries4691999;Zalipsky,S.ら,Europ.Polym.J.,19,1177-11831983;Delgado,C.ら,BiotechnologyandAppliedBiochemistry,12,119-1281990。別の実施形態において、PEG分子は、Tim-4上またはTim-1上のスルフヒドリル基に結合され得るSartore,L.ら,Appl.Biochem.Biotechnol.,27,451991;Morpurgoら,Biocon.Chem.,7,363-3681996;Goodsonら,Bio/Technology19908,343;米国特許第5,766,897号。米国特許第6,610,281号および同第5,766,897号は、スルフヒドリル基に結合され得る例示的な反応性PEG種を記載する。幾つかの実施形態において、ペグ化Tim-4ポリペプチドまたはペグ化Tim-1ポリペプチドは、N末端アミノ酸のαアミノ基に共有結合するPEG分子を含む。部位特異的N末端還元アミノ化は、Pepinskyら,2001JPET,297,1059および米国特許第5,824,784号に記載される。他の利用可能な求核性アミノ基を用いるポリペプチドの還元アミノ化のためのPEGアルデヒドの使用は、米国特許第4,002,531号、Wiederら,1979J.Biol.Chem.254,12579およびChamowら,1994BioconjugateChem.5,133において記載される。IV.免疫応答を調節する方法本発明の1つの局面は、被験体における免疫応答を調節する方法例えば、Th1応答またはTh2応答、免疫寛容および移植寛容の調節であるが、これらに限定されないを提供する。用語調節は、本明細書中で使用される場合、上昇または低下をいう。好ましい実施形態において、被験体はヒトである。別の実施形態において、被験体は哺乳動物例えば、マウスである。本発明の1つの特定の局面は、このような処置を必要とする被験体において、Th1媒介性障害を処置するか、予防するかまたはその罹患しやすさを低下する方法を提供し、この方法は、被験体にTim-1、Tim-2、Tim-4の発現もしくは活性またはその両方を低減する因子、あるいはTim-1のTim-4への結合またはTim-2のセマホリン-4Aへの結合を低減する因子の治療有効量を投与する工程を包含する。セマホリン4Aのアミノ酸配列は、Genbank寄託番号NP_071762号として記載される。本発明の別の局面は、それを必要とする被験体において、Th-1媒介性免疫応答を低下するか、阻害するか、抑制するか、改善させるか、または遅延させる方法の特徴を有し、その方法は、被験体にTim-1アンタゴニスト、Tim-2アンタゴニストまたはTim-4アンタゴニストを投与する工程、例えば、Tim-1アンタゴニスト、Tim-2アンタゴニストまたはTim-4アンタゴニストを、被験体におけるこのTh-1媒介性免疫応答を低下するか、阻害するか、抑制するか、改善するか、または遅延させるために十分な量で投与する工程を、包含する。Th2媒介性障害とは対照的に、Th-1媒介性障害は、本明細書中で使用される場合、Th1免疫応答の発生に関連する障害をいう。Th1免疫応答は、本明細書中で使用される場合、少なくとも1つのTh1サイトカインまたはTh1抗体の誘導をいう。好ましい実施形態において、1より多いTh1サイトカインまたはTh1抗体が誘導される。従って、Th1媒介性疾患は、Th1応答の誘導に関連する疾患であり、少なくとも1つのTh1サイトカインもしくはTh1抗体の部分的または完全な誘導か、あるいは少なくとも1つのTh1サイトカインもしくはTh1抗体のレベルの上昇をいう。これらの障害は、当該分野で公知であり、例えば、特に器官特異的自己免疫疾患、乾癬、Th1炎症性障害、細胞外寄生生物による感染例えば、蠕虫に対する応答、固体器官同種移植拒絶例えば、急性腎臓同種移植拒絶、B型肝炎HBV感染に関連する症状例えば、HBV急性期または回復期、慢性C型肝炎HCV感染、インスリン依存性糖尿病IDDM、多発性硬化症MS、亜急性リンパ球性甲状腺炎潜在性甲状腺炎、クローン病、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、サルコイドーシス、アテローム性動脈硬化症、急性対宿主性移植片病GvHD、糸球体腎炎、抗糸球体基底膜病、ヴェーゲナー肉芽種症、炎症性ミオパシー、シェーグレン症候群、ベーチェット症候群Behget’ssyndrome、関節リウマチ、ライム関節炎および未解明の反復流産が挙げられるが、これらに限定されない。幾つかの実施形態において、Th1媒介性障害は、アテローム性動脈硬化、細胞外寄生生物による感染、B型肝炎HBV感染に関連する症状例えば、HBV急性期または回復期、慢性C型肝炎HCV感染、潜在性甲状腺炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、糸球体腎炎、抗糸球体基底膜病、ヴェーゲナー肉芽種、炎症性ミオパシー、シェーグレン症候群、ベーチェット症候群、関節リウマチおよび未解明の反復流産からなる群より選択される。Th1媒介性免疫応答を低下するための本明細書中に記載される方法は、被験体における自己免疫疾患を処置するために、特に有用である。1つの実施形態において、被験体においてTh1応答を低下するための本発明の方法は、自己免疫疾患に罹患しているか、または自己免疫疾患の発症のリスクが高い被験体を指向する。自己免疫疾患は、被験体自身の抗体が宿主組織に反応するか、または免疫エフェクターT細胞が内因性の自己のペプチドに対して自己応答し、組織の破壊を引き起こす疾患のクラスである。従って、免疫応答は、被験体自身の抗原に対して惹起され、自己抗原と呼ばれる。自己抗原は、本明細書中で使用される場合、正常な宿主組織の抗原をいう。正常な宿主組織は、ガン細胞を含まない。従って、自己抗原に対して惹起される免疫応答は、自己免疫疾患の文脈において、所望されない免疫応答であり、正常組織の破壊および損傷に対して寄与するが、他方で、ガン抗原に対して惹起される免疫応答は望ましい免疫応答であり、腫瘍またはガンの破壊に寄与する。自己免疫疾患としては、関節リウマチ、クローン病、多発性硬化症、全身性エリテマトーデスSLE、自己免疫脳脊髄炎、重症筋無力症MG、橋本甲状腺炎、グッドパスチャー症候群、天疱瘡例えば、尋常性天疱瘡、グレーヴズ病、自己免疫溶血性貧血、自己免疫性血小板減少性紫斑病、抗コラーゲン抗体による強皮症、混合結合組織病、多発性筋炎、悪性貧血、特発性アディソン病、自己免疫関連不妊症、糸球体腎炎例えば、半月体形成性糸球体腎炎、増殖性糸球体腎炎、水疱性類天疱瘡、シェーグレン症候群、インスリン抵抗性および自己免疫糖尿病1型糖尿病;インスリン依存性糖尿病が挙げられるが、これらに限定されない。近年、自己免疫疾患は、アテローム硬化症およびアルツハイマー病をも含むことがわかっている。1つの特定の実施形態において、自己免疫疾患は、多発性硬化症、1型糖尿病、橋本甲状腺炎、クローン病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、胃炎、自己免疫肝炎、溶血性貧血、自己免疫性血友病、自己免疫性リンパ増殖性症候群ALPS、自己免疫性ブドウ膜網膜炎autoimmuneuveoretinitis、糸球体腎炎、ギヤン-バレー症候群、乾癬および重症筋無力症からなる群より選択される。別の実施形態において、Th1媒介性障害は、対移植片性宿主病HVGDである。関連の実施形態において、被験体は、器官または組織の移植レシピエントである。本発明のなお別の局面は、被験体における移植寛容を増加させるための方法を提供し、この方法は、Tim-1、Tim-2またはTim-4の機能を低減する因子の治療有効量をこの被験体に投与する工程を包含する。1つの特定の実施形態において、この被験体は、同種異系移植のレシピエントである。この移植片は、任意の器官または組織の移植片であり得、この組織としては、心臓、腎臓、肝臓、皮膚、膵臓、骨髄、皮膚または軟骨が挙げられるが、これらに限定されない。移植寛容とは、本明細書中で使用される場合、レシピエントの免疫系によるドナー器官の拒絶の欠如をいう。その上さらに、この因子は、組織移植または細胞移植の拒絶を予防するか、またはその受けやすさを低減するために使用され得る。本発明の別の局面は、免疫寛容を低減し、そしてTh1活性化を必要とする被験体におけるTh1活性化を増加する方法を提供し、この方法は、Tim-1、Tim-2もしくはTim-4の発現または活性を増加する因子すなわち、Tim-1アゴニスト、Tim-2アゴニストもしくはTim-4アゴニスト、またはTim-1のTim-4への結合またはTim-2のセマホリン4Aへの結合を増加する因子の治療有効量を被験体に投与する工程を包含する。免疫寛容における低減は、ガン免疫療法において有益であり得る。免疫系は、腫瘍抗原に対する耐性を発達させ得るので、従って、腫瘍に免疫監視機構を回避させてしまうことがある。本発明の1つの局面は、Tim-1、Tim-2またはTim-4の活性を増加する因子、またはTim-1のTim-4への結合またはTim-2のセマホリン4Aへの結合を増加する因子量を、過形成性状態に罹患する被験体に投与する工程を包含する。用語ガンおよび腫瘍は、相互交換可能に使用され、どちらも、過形成性状態をいう。1つの実施形態において、ガンは、カポージ肉腫、慢性白血病、前立腺ガン、乳ガン、肉腫、膵臓ガン、白血病、卵巣癌腫ovariancarcinoma、直腸ガン、咽喉ガンthroatcancer、黒色腫、結腸ガン、膀胱ガン、リンパ腫、肥満細胞腫、肺ガン、乳腺腺癌mammaryadenocarcinoma、咽頭扁平上皮ガンpharyngalsquamouscellcarcinomaおよび胃腸ガンまたは胃ガンからなる群より選択される。別の実施形態において、ガンは、基底細胞癌、胆道ガン;膀胱ガン;骨肉腫;脳腫瘍およびCNSガン;乳ガンbreastcancer;子宮頸ガンcervixcancer;絨毛ガン;結腸ガンおよび直腸ガン;結合組織ガン;消化器系のガン;子宮内膜ガン;食道ガン;目のガン;頭部および頚部のガン;胃ガンgastriccancer;上皮内新生物;腎臓ガン;咽喉ガン;白血病;肝臓ガン;肺ガン例えば、小細胞および非小細胞;ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫を含むリンパ腫;黒色腫;骨髄腫;神経芽腫;口腔ガン例えば、唇、舌、口および咽頭;卵巣ガンovariancancer;膵臓ガン;前立腺ガン;網膜芽腫;横紋筋肉腫;直腸ガン;呼吸器系のガン;肉腫;皮膚ガン;胃ガンstomachcancer;精巣ガン;甲状腺ガン;子宮ガンuterinecancer;泌尿器系のガンならびに他の癌腫および肉腫からなる群より選択される。なお別の局面において、本発明は、それを必要とする被験体において、Th2関連応答例えば、アレルギー性応答または喘息性応答を低減するか、阻害するか、抑制するか、改善するかまたは遅延させる方法の特徴を有し、この方法は、Tim-1、Tim-2もしくはTim-4の発現または活性を増加させる因子すなわち、Tim-1アゴニスト、Tim-2アゴニストもしくはTim-4アゴニスト、またはTim-4のTim-1への結合またはTim-2のセマホリン4Aへの結合を増加させる因子を被験体に投与する工程を包含する。Th2媒介性障害は、本明細書中で使用される場合、Th2免疫応答の発生に関連する疾患をいう。Th2免疫応答は、本明細書中で使用される場合、少なくとも1つのTh2サイトカインまたはTh2抗体の誘導をいう。好ましい実施形態において、1より多いTh2サイトカインまたはTh2抗体が誘導される。従って、Th2媒介性疾患は、Th2応答の誘導に関連する疾患であり、少なくとも1つのTh2サイトカインもしくはTh2抗体の部分的または完全な誘導か、あるいは少なくとも1つのTh2サイトカインもしくはTh2抗体のレベルの上昇をいう。これらの障害は当該分野で公知であり、例えば、喘息およびアレルギーアレルギー性鼻炎、胃腸のアレルギー食物アレルギーを含むが挙げられるのようなアトピー性状態、好酸球増加症、結膜炎または糸球体腎炎、寄生虫のような特定の病原体感受性例えば、リーシュマニア症および特定のウイルスヒト免疫不全ウイルスHIVを含む感染および特定の細菌ヒト結核菌を含む感染、ならびにらい腫が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい実施形態において、Th2関連応答は、喘息またはアレルギーである。喘息とは、本明細書中で定義される場合、個体における一定時間にわたる可逆性の気流制限をいう。喘息は、気道の壁における好酸球、肥胖細胞、好塩基球およびCD25Tリンパ球のような細胞の存在によって特徴付けられる。種々の連絡特性および生物学的エフェクター特性を有するサイトカインの活性ゆえに、これらの細胞の間には密接な相互作用がある。ケモカインは、細胞を炎症の部位に誘引し、そしてサイトカインはこれらを活性化し、粘膜の炎症および損傷が生じる。この過程の慢性により、基底膜の肥厚および線維症のような、二次的な変化が生じる。この疾患は、種々の刺激に対する気道の応答性亢進の増大、および気道の炎症によって特徴付けられる。喘息と診断された患者は、一般に、長期にわたり多数の指標を有し、この指標としては、喘鳴、喘息性の発作およびメタコリン吸入に対する陽性の応答すなわち、約4mg/ml以下のメタコリン吸入におけるPC20が挙げられる。診断のためのガイドラインは、例えば、NationalAsthmaEducationProgramExpertPanelGuidelinesforDiagnosisandManagementofAsthma,NationalInstitutesofHealth,1991,Pub.No.91-3042において見出され得る。本明細書中で使用される場合、アレルギーは、物質アレルゲンに対する後天性の過敏症をいうべきである。アレルギー状態としては、湿疹、アレルギー性鼻炎または鼻感冒、枯草熱、気管支喘息、じんま疹urticariaじんま疹hivesおよび食物アレルギー、ならびに他のアトピー性状態が挙げられる。アレルギーを有する被験体は、アレルゲンに対する応答において、アレルギー応答を有するか、またはこれを発生する危険性のある被験体である。アレルゲンとは、感受性の被験体において、アレルギー応答または喘息性応答を誘導し得る物質をいう。アレルゲンの一覧は膨大であり、花粉、昆虫の毒物、動物の鱗屑dander、塵、真菌の胞子および薬物例えば、ペニシリンが挙げられ得る。目的となるアレルゲンとしては、食物例えば、イチゴ、ラッカセイ、牛乳ポリペプチド、卵白などの中に見出される抗原が挙げられる。他の目的となるアレルゲンとしては、種々の空気によって運ばれる抗原が挙げられ、例えば、花粉、動物の鱗屑、家ダニの糞などが挙げられる。分子的にクローニングされたアレルゲンとしては、DermatophagoidespteryonyssinusDerPI;ライ麦の花粉由来のLolpl-V;多くの昆虫の毒物ブルドッグアリであるMyrmeciapilosula由来の毒物;Apismelliferaハチ毒物ホスホリパーゼA2PLA2および抗原5S;黄色の体毛jacketのVespulamaculifrons由来のホスホリパーゼおよび白い顔のスズメバチDolichovespulamaculata由来のホスホリパーゼを含む;非常に多くの花粉ポリペプチドカバノキの花粉、ブタクサの花粉、ParolParietariaofficinalisの主要なアレルゲンおよび交差反応性のアレルゲンParjlParietariajudaica由来、ならびに他の大気中の花粉Oleaeuropaea、ヨモギ種、イネ科gramineaeなどを含むが挙げられる。目的となる他のアレルゲンは、吸血性の節足動物例えば、カハマダラカ種、ヤブカ種、ハボシカ種Culisetasp.、アカイエカ種;ハエサシチョウバエ種、ヌカカ種Culicoidessp.、特にブユ、メクラアブおよびヌカカを含む双翅目;マダニカクマダニ種Dermacentersp.、ヒメダニ種Ornithodorossp.、Otobius種Otobiussp.;ノミ、例えばノミ目ネズミノミ属、ヒトノミ属およびイヌノミ属を含むによって引き起こされるアレルギー性皮膚炎の原因であるものである。特定のアレルゲンは、多糖類、脂肪酸部分、ポリペプチドなどであり得る。本発明に従い、Tim-1、Tim-2またはTim-4の活性を調節するかまたはTim-1とTim-4との間の複合体形成を調節する因子は、他の組成物および手順と組み合わせられて、免疫応答の調節のために、または障害もしくは状態の処置のために使用され得る。例えば、腫瘍は、従来的に外科手術、放射線照射または化学療法によって処置され得る。Tim-1の活性を増加する因子例えば、Tim-4-IgG融合ポリペプチドは、微小転移の休止を拡大し、かつ任意の残留の原発性腫瘍を安定化させるために、その後、患者に投与され得る。さらに、本明細書中で記載される方法は、免疫応答を調節するために、米国特許出願第60/508319号本明細書によりその全体が参考として援用されるに記載の方法と組み合わせられ得る。例えば、被験体におけるTh1応答を増大させるための方法は、被験体に以下を投与する工程を包含し得る:iガレクチン-9のTim-3への結合をブロックする因子例えば、Tim-3Igポリペプチド、およびiiTim-1活性を増加する因子例えば、Tim-4-Ig融合物。当業者は、因子の組み合わせは可能であり得ることを理解する。好ましい方法の組み合わせは、Tim-3の活性およびTim-1/Tim-4のいずれかの活性が反対の方向に調節される例えば、Tim-3活性を増加しTim-1/Tim-4活性を低減するか、またはその逆方法である。米国特許公報第2004/0005322号もまた、Tim-3関連因子および本明細書中で記載される方法と組み合わせて使用され得る組成物を記載する。本発明は、それを必要とする被験体におけるT細胞増殖を増強するかまたは抑制する方法をさらに提供し、この方法は、T細胞増殖を増強または抑制するために十分な量のTim-4ポリペプチドを被験体に投与する工程を包含する。このような方法は、部分的に、Tim-4:Ig融合タンパク質が、用量依存的様式でT細胞増殖を抑制または増強し得るという予期せぬ知見に由来する。T細胞応答の増強は、病原体ウイルスのような感染性因子を含むに罹患した被験体にとって有利であり得る。T細胞の応答の抑制は、Th1媒介性疾患またはTh2媒介性疾患に罹患した被験体にとって有利であり得る。Tim-4ポリペプチド例えば、Tim-4:Ig融合ポリペプチドの適切な投薬量は、インビトロのデータまたはインビボのデータから外挿され得る例えば、実施例16において提供される。当業者は、単純な滴定実験を実施して、被験体を処置するために必要な量を決定し得る。例えば、T細胞のサンプルは被験体から得られ得、Tim-4因子に対する用量応答曲線が作成されて、この被験体におけるT細胞増殖を増強するかまたは抑制するかのどちらかのための最適な投薬量が同定され得る。本発明の組成物の用量は、被験体および使用される特定の投与経路に依存して変化し得る。組成物に基づき、この用量は、連続的なポンプなどにより連続的に送達され得るか、または1回、2回またはそれ以上の別々の機会で定期的な間隔で送達され得る。特定の組成物の多回用量の望ましい時間間隔は、当業者により、過度の実験なしで決定され得る。本発明の別の局面は、アトピー性疾患の罹患を予防するか、または罹患する可能性を低減する方法を提供する。アトピー性疾患は、遺伝的に罹患しやすい個体において、環境的に誘導された免疫応答の結果として発症する、複雑な遺伝形質である。アトピー性個体および非アトピー性個体の両方は、同じ環境要因に曝されるが、アトピー性個体を非アトピー性個体と識別する遺伝的相違は、ある個体においてアトピー性疾患気道、皮膚または胃腸管におけるアレルギー性炎症、および血清IgGの上昇、好酸球増化ならびに喘鳴、くしゃみまたはじんま疹の症状によって明らかになるをもたらす。さらに、アレルギー性炎症応答は、高レベルのIL-4、IL-5、IL-9およびIL-13好酸球、肥胖細胞、好塩基球およびIgEを産生するB細胞の増殖、分化および/または補充を増大するを産生するTh2リンパ球の存在によって特徴付けられる。本発明の1つの特定の局面は、被験体においてアトピー性疾患の罹患を予防するかまたは罹患する可能性を低減する方法を提供し、この方法は、治療有効量のポリペプチドを被験体に投与する工程を包含し、このポリペプチドとしては、以下が挙げられる:i配列番号3のアミノ酸の31~133;ii配列番号4のアミノ酸の31~134;iii配列番号3のアミノ酸31~133と少なくとも90同一または類似であるアミノ酸配列;もしくはiv配列番号4のアミノ酸の31~134と少なくとも90同一であるアミノ酸配列;またはv配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むTim-4ポリペプチドと少なくとも90同一または類似であるアミノ酸配列。幾つかの実施形態において、このポリペプチドは、配列番号3または配列番号4に示される配列、あるいはこのような配列のセグメント例えば、IgVドメインまたはムチンドメインと、少なくとも65、70、75、85、90、95、96、97、98、99または99.5同一または類似であるアミノ酸配列を含む。このポリペプチドは、例えば、配列番号3の残基31~133と98同一または類似である配列を有するドメインを含んでいてもよく、その後、配列番号3とは相同性をほとんど共有しないかまたは全く共有しない配列のセグメントが続く例えば、免疫グロブリンのFcドメインが続く。本発明によって提供される、アトピー性疾患の罹患を予防するかまたは罹患する可能性を低減するための方法は、出願人による、A型肝炎ウイルスTim-1に結合するによる感染とアトピー性疾患に罹患する可能性の低下がもたらされたこととの間の関連と同時の、Tim-4がTim-1に結合することの発見に、部分的に基づくMcIntireJJら,2003Immunology:hepatitisAviruslinktoatopicdisease.Nature;4256958:576;vonHertzenLC,2000PuzzlingassociationsbetweenchildhoodinfectionsandthelateroccurrenceofasthmaandatopyAnnMed.;326:397-400;BodnerCら2000Childhoodexposuretoinfectionandriskofadultonsetwheezeandatopy.Thorax.555:383-7。従って、幾つかの実施形態において、アトピー性疾患の罹患を予防するかまたは罹患する可能性を低減するための方法は、以前にA型肝炎ウイルスに感染したことのない被験体においてアトピー性疾患の罹患を予防するかまたは罹患する可能性を低減する方法であり、一方、関連の実施形態においては、この被験体は、抗A型肝炎抗体についてセロネガティブである。別の実施形態において、この被験体は、子供であるか、または10歳未満の被験体である。本明細書中に記載される方法の別の実施形態において、このアトピー性疾患は、喘息、鼻炎、湿疹および枯草熱からなる群より選択される。本明細書中で記載される幾つかの方法は、Tim-1、Tim-2、Tim-4の発現もしくは活性、またはその両方を低減するか、あるいは、Tim-1のTim-4への結合またはTim-2のセマホリン4Aへの結合を低減する因子すなわち、Tim-1、Tim-2またはTim-4のアンタゴニストを使用する。本明細書中で記載される方法の幾つかの実施形態において、治療剤は、Tim-1、Tim-2またはTim-4に特異的に結合可能なi抗体またはiiそのフラグメントを、含有しない。別の実施形態において、この治療剤は、ウイルスタンパク質例えば、肝炎ウイルス由来のウイルスタンパク質を含有しない。幾つかの実施形態において、Tim-1アンタゴニスト、Tim-2アンタゴニストまたはTim-4アンタゴニストは、RNAiアンチセンスオリゴヌクレオチド例えば、二本鎖RNA分子または二本鎖RNAを産生可能なDNA構築物を含む。二本鎖RNAとしては、ヘアピンRNAおよび2本の相補的一本鎖RNA分子によって形成されるRNAが挙げられるが、これらに限定されない。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、特定のポリペプチドをコードするmRNAのコード鎖センス鎖に対し相補的であるまたはアンチセンスの比較的短い核酸である。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、代表的にRNAベースであるが、DNAベースであってもよい。さらに、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、多くの場合、その安定性を増大するように改変される。理論にとらわれることなく、これらの比較的短いオリゴヌクレオチドのmRNAへの結合は、二本鎖RNAの伸展を誘導し、それによって内因性リボヌクレアーゼによるmRNAの分解を引き起こすと考えられている。さらに、時々、このオリゴヌクレオチドは、mRNAのプロモーターの近位に結合するように特異的に設計され、そしてこれらの環境の下、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、mRNAの翻訳にさらに干渉する。アンチセンスオリゴヌクレオチドの機能による特異的機構に関係なく、その細胞、組織または器官への投与は、特異的ポリペプチドをコードするmRNAを分解させる。従って、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、特定のポリペプチドの発現および/または活性を低減する。このオリゴヌクレオチドは、DNAもしくはRNAまたはこれらのキメラ混合物、誘導体もしくは改変種であり得、一本鎖または二本鎖であり得る。このオリゴヌクレオチドは、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格で改変され得、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーションなどを改善する。このオリゴヌクレオチドは、例えば、宿主細胞レセプターを標的するためのペプチド、細胞膜例えば、Letsingerら,1989,Proc.Natl.Acad.Sci.USA.86:6553-6556;Lemaitreら,1987,Proc.Natl.Acad.Sci.84:648-652;PCT出願公開第WO88/09810号1988年12月15日公開を参照もしくは血液脳関門例えば、PCT出願公開第WO89/10134号、1988年4月25日公開を参照を横切る輸送を容易にする化合物、ハイブリダイゼーション誘発切断因子例えば、Krolら,1988,BioTechniques6:958-976を参照、または介在因子intercalatingagent例えば、Zon,1988,Pharm.Res.5:539-549を参照のような、他の付属の基を含み得る。このために、このオリゴヌクレオチドは、別の分子と結合体化し得る。このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの改変塩基部分を含み得、これは、以下を含むがこれらには限定されない群から選択される:5-フルオロウラシル、5-ブロモウラシル、5-クロロウラシル、5-インドウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、4-アセチルシトシン、5-カルボキシヒドロキシトリエチルウラシル、5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン、5-カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β-D-ガラクトシルキューオシンgalactosylqueosine、イノシン、N6-イソペンテニルアデニン、1-メチルグアニン、1-メチルイノシン、2,2-ジメチルグアニン、2-メチルアデニン、2-メチルグアニン、3-メチルシトシン、5-メチルシトシン、N6-アデニン、7-メチルグアニン、5-メチルアミノメチルウラシル、5-メトキシアミノメチル-2-チオウラシル、β-D-マンノシルキューオシンmannosylqueosine、5’-メトキシカルボキシメチルウラシル、5-メトキシウラシル、2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデニン、ウラシル-5-オキシ酢酸v、ワイブトキソシンwybutoxosine、プソイドウラシル、キューオシンqueosine、2-チオシトシン、5-メチル-2-チオウラシル、2-チオウラシル、4-チオウラシル、5-メチルウラシル、ウラシル-5-オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル-5-オキシ酢酸v、5-メチル-2-チオウラシル、3-3-アミノ-3-N-2-カルボキシプロピルウラシル、acp3wおよび2,6-ジアミノプリン。このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾された糖部分もまた含み得、これは、以下を含むがこれらには限定されない群から選択される:アラビノース、2-フルオロアラビノース、キシルロースおよびヘキソース。このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、天然のペプチド様骨格backboneもまた含み得る。このような分子は、ペプチド核酸PNA-オリゴマーと呼ばれ、例えば、Perry-O’Keefeら1996Proc.Natl.Acad.Sci.USA.93:14670およびEglomら1993Nature365:566において記載される。PNAオリゴマーの1つの利点は、DNAの中性骨格ゆえに、媒体のイオン強度から本質的に独立して相補的DNAに結合するその能力である。なお別の実施形態において、このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの改変リン酸骨格を含み、これは、以下からなる群より選択される:ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホラミドチオエート、ホスホラミデート、ホスホルジアミデート、メチルホスホネート、アルキルホスホトリエステルおよびホルムアセタールformacetalまたはこれらのアナログ。なおさらなる実施形態において、このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アノマーのオリゴヌクレオチドである。アノマーのオリゴヌクレオチドは、相補的RNAと特異的二本鎖ハイブリッドを形成し、この二本鎖ハイブリッドにおいて、通常の単位とは対照的に、これらの鎖は互いに平行するGautierら,1987,Nucl.AcidsRes.15:6625-6641。このオリゴヌクレオチドは、2’-0-メチルリボヌクレオチドInoueら,1987,Nucl.AcidsRes.15:6131-6148であるか、またはキメラRNA-DNAアナログInoueら,1987,FEBSLett.215:327-330である。本発明のオリゴヌクレオチドは、当該分野で公知の標準的方法によって例えば、例えば、Biosearch、AppliedBiosystemsなどから市販されるような自動化DNA合成装置の使用によって合成され得る。例として、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、Steinらの方法1988,Nucl.AcidsRes.16:3209によって合成され得、メチルホスホネートオリゴヌクレオチドは、微細孔性ガラスポリマー支持体controlledporeglasspolymersupportなどの使用によって調製され得るSarinら,1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA.85:7448-7451。適切なオリゴヌクレオチドの選択は、当業者によって容易に実施され得る。特定のポリペプチドをコードする核酸配列が与えられると、当業者は、この配列に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し得、そしてこれらのオリゴヌクレオチドがこの特定のポリペプチドをコードするmRNAに特異的に結合しその分解を媒介することをインビトロ系またはインビボ系において確認するために、これらのオリゴヌクレオチドを試験し得る。特定のmRNAに結合しその分解を媒介するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計するために、このオリゴヌクレオチドによって認識される配列が、この特定のmRNAに対して独特であるか、または実質的に独特であることが重要である。例えば、mRNAにわたって頻繁に繰り返される配列は、特定のmRNAを特異的に認識しかつ分解するオリゴヌクレオチドの設計のために理想的な選択ではないかもしれない。当業者は、オリゴヌクレオチドを設計し得、そしてこのオリゴヌクレオチドの配列を公に利用可能なデータベースに寄託された核酸配列と比較して、この配列が特定のポリペプチドについて特異的であるかまたは実質的に特異的であることを確認し得る。別の例において、1つより多いmRNAに結合し、その分解を媒介するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計することが所望され得る。1つの例において、このmRNAは、イソ型または機能的に重複するポリペプチドのような関連するポリペプチドをコードし得る。このような場合、当業者は、これらの関連するポリペプチドをコードする核酸配列を並べ、そして両方のmRNAを認識するオリゴヌクレオチドを設計し得る。アンチセンスDNAまたはアンチセンスRNAを細胞に送達するために、多くの方法が開発されている:例えば、アンチセンス分子は、組織部位内に直接注射され得るか、または所望の細胞を標的化するように設計された改変アンチセンス分子例えば、標的細胞表面上に発現されるレセプターまたは抗原に特異的に結合するペプチドまたは抗体に結合されたアンチセンスは、全身的に投与され得る。しかし、特定の例において、内因性のTim-1mRNA、Tim-2mRNAまたはTim-4mRNAにおける翻訳を抑制するために十分なこのアンチセンスの細胞内濃度を達成することは、困難であり得る。従って、別のアプローチは、組換えDNA構築物を使用し、この組換えDNA構築物において、このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、強力なpolIIIプロモーターまたはpolIIプロモーターの制御下に置かれている。例えば、ベクターは、細胞によって取り込まれ、そしてアンチセンスRNAの転写を指向するように、インビボに導入され得る。このようなベクターは、所望のアンチセンスRNAを産生するように転写され得る限り、エピソームに留まっても、または染色体に組み込まれてもよい。このようなベクターは、当該分野で標準的な組換えDNA技術方法によって構築され得る。ベクターは、プラスミドベクター、ウイルスベクター、または哺乳動物細胞における複製および発現のために使用される当該分野で公知の他のベクターであり得る。このアンチセンスRNAをコードする配列の発現は、哺乳動物細胞好ましくはヒト細胞で作用する、当該分野で公知の任意のプロモーターによるものであり得る。このようなプロモーターは、誘導性であっても、構成的であってもよい。このようなプロモーターとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:SV40初期プロモーター領域BernoistおよびChambon,1981,Nature290:304-310、ラウス肉腫ウイルスの3’の長い末端反復配列に含まれるプロモーターYamamotoら,1980,Cell22:787-797、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーターWagnerら,1981,Proc.Natl.Acad.Sci.USA.78:1441-1445、メタロチオネイン遺伝子の調節配列Brinsterら,1982,Nature296:39-42など。任意の型のプラスミド、コスミド、YACまたはウイルスベクターが、組織部位内に直接的に導入され得る組換えDNA構築物を調製するために使用され得る。あるいは、投与が別の経路によって例えば、全身的に達成され得る場合に、所望の組織に選択的に感染するウイルスベクターが使用され得る。RNAi構築物は、標的遺伝子の発現を特異的にブロックし得る二本鎖RNAを含む。RNA干渉またはRNAiは、植物および虫wormにおいて観察された現象に最初に適用された用語であり、ここで、二本鎖RNAdsRNAは、特異的かつ転写後様式で遺伝子発現をブロックする。理論にとらわれることなく、RNAiは、mRNA分解に関連すると考えられるが、生物学的機構は、現在研究の盛んな分野である。作用の機構に関する幾つかの謎にもかかわらず、RNAiは、インビボまたはインビトロにおける遺伝子発現を阻害する有用な方法を提供する。本明細書中で使用される場合、用語dsRNAは、siRNA分子をいうか、または二本鎖特徴を含みかつ細胞内でsiRNAへとプロセシングされ得る他のRNA分子例えば、ヘアピンRNA部分をいう。用語機能喪失loss-of-functionは、本発明のRNAi方法によって阻害される遺伝子をいう場合、RNAi構築物の非存在下におけるレベルと比較した場合の、遺伝子の発現のレベルにおける低下をいう。本明細書中で使用される場合、語句RNAiを媒介するとは、例えば、分解が、配列非依存的なdsRNA応答例えば、PKR応答によるよりむしろ配列特異的様式で起こる場合、RNAiプロセスによって分解されるRNAを識別する能力をいう示す。本明細書中で使用される場合、用語RNAi構築物は、低分子干渉性RNAsmallinterferingRNAsiRNA、ヘアピンRNAおよびインビボで分解されてsiRNAを形成し得る他のRNA種を含む、本明細書を通じて使用される一般名である。本明細書中で、RNAi構築物はまた、細胞においてdsRNAもしくはヘアピンRNA形成する転写物および/またはインビボでsiRNAを産生する転写物を産生し得る発現ベクターRNAi発現ベクターとも呼ばれるを含む。RNAi発現ベクター本明細書中でdsRNAコードプラスミドとも呼ばれるとは、RNAを発現する転写するために使用される、複製可能な核酸構築物をいい、このRNAは、この構築物が発現される細胞においてsiRNA部分を産生し得る。このようなベクターは、転写単位を含み、この転写単位は、以下の集合体を含む:1遺伝子発現において調節的な役割を有する遺伝因子例えば、プロモーター、オペレーターまたはエンハンサーであって2に作動可能に連結される遺伝因子、2二本鎖RNA細胞内においてアニーリングしてsiRNAを形成する2つのRNA部分、またはsiRNAにプロセシングされる一本鎖ヘアピンRNAを産生するように転写されるコード配列、および3適切な転写開始配列および転写終止配列。プロモーターおよび他の調節因子の選択は、一般に、意図する宿主細胞に従って変わる。一般に、組換えDNA技術において有用な発現ベクターは、多くの場合、プラスミドの形態環状二本鎖DNAループをいい、そのベクター形態において、染色体に結合しないである。本明細書中において、プラスミドおよびベクターは、相互交換可能に使用され、プラスミドは、ベクターの最も一般的に使用される形態である。しかし、本発明はまた、等価の機能をもたらす他の形態の発現ベクター後に、本明細書が属する当該分野において公知となるをも含むことを意図する。RNAi構築物は、細胞の生理学的条件下で、阻害される遺伝子すなわち、標的遺伝子のmRNA転写物の少なくとも一部分のヌクレオチド配列にハイブリダイズする、ヌクレオチド配列を含む。二本鎖RNAは、RNAiを媒介する能力を有するために十分なだけ、天然のRNAに類似することを必要とする。従って、本発明は、遺伝子変異、鎖多型性または進化多様性に起因して発現され得る配列バリエーションに耐え得るという利点を有する。標的配列とRNAi構築物配列との間の耐え得るヌクレオチド不適合の数は、5塩基対中1塩基対、または10塩基対中1塩基対、または20塩基対中1塩基対、または50塩基対中1塩基対を超えない。siRNA二本鎖の中心における不適合は、最も致命的であり、標的RNAの切断を本質的に消滅し得る。対照的に、標的RNAに対し相補的であるsiRNA鎖の3’末端におけるヌクレオチドは、標的認識の特異性に重要な貢献をしない。配列同一性は、配列の比較および当該分野で公知のアラインメントアルゴリズムGribskovおよびDevereux,SequenceAnalysisPrimer,StocktonPress,1991およびこの文献中に引用された文献を参照のこと、ならびにヌクレオチド配列間の相違百分率を例えば、BESTFITソフトウェアプログラムにおいて実行される、標準パラメーターを用いたSmith-Watermanアルゴリズム例えば、UniversityofWisconsinGeneticComputingGroupによって計算することにより、最適化され得る。阻害性RNAと標的遺伝子の部分との間の90を超える配列同一性、またはさらに100配列同一性が、好ましい。あるいは、このRNAの二本鎖領域は、標的遺伝子転写産物の部分とハイブリダイズし得るヌクレオチド配列として機能的に規定され得る例えば、400mMNaCl、40mMPIPESpH6.4、1mMEDTA、50°Cまたは70°Cで12~16時間のハイブリダイゼーション、その後洗浄。RNAi構築物の産生は、化学的合成方法または組換え核酸技術によって実施され得る。標的細胞の内因性RNAポリメラーゼが、インビボで転写を媒介し得るか、またはクローニングされたRNAポリメラーゼが、インビトロの転写のために使用され得る。このRNAi構築物は、リン酸-糖骨格またはヌクレオシドのどちらかに対する例えば、細胞内ヌクレアーゼに対する感受性を低下させるか、バイオアベイラビリティーを改善するか、処方特性を改善するか、および/または他の薬物動態学特性を変化させるための改変を含み得る。例えば、天然のRNAのホスホジエステル結合は、少なくとも1つの窒素異種原子または硫黄異種原子を含むように改変され得る。RNA構造における改変は、特異的遺伝子阻害を可能にする一方で、dsRNAに対する一般的応答を避けるように作製され得る。同様に、塩基は、アデノシンデアミナーゼの活性をブロックするように改変され得る。RNAi構築物は、酵素学的に産生され得るか、または部分的に/全体的に有機合成によって産生され得、任意の改変リボヌクレオチドが、インビトロ酵素合成またはインビトロ有機合成によって導入され得る。RNA分子を化学的に修飾する方法が、RNAi構築物を修飾するために適合され得る例えば、Heidenreichら1997NucleicAcidsRes,25:776-780;Wilsonら1994JMolRecog7:89-98;Chenら1995NucleicAcidsRes23:2661-2668;Hirschbeinら1997AntisenseNucleicAcidDrugDev7:55-61を参照。例示にしか過ぎないが、RNAi構築物の骨格は、オリゴマー修飾または糖修飾を含むホスホロチオエート、ホスホロアミデート、ホスホジチオエート、キメラメチルホスホネート-ホスホジエステル、ペプチド核酸、5-プロピニル-ピリミジンによって修飾され得る例えば、2’-置換リボヌクレオシド、α-立体配置。二本鎖構造は、一本鎖自己相補的RNA鎖または2本の相補的RNA鎖によって形成され得る。RNA二本鎖形成は、細胞の中および外のどちらで開始されてもよい。このRNAは、少なくとも1細胞につき1コピーの送達を可能にする量で導入され得る。より高用量例えば、1細胞につき少なくとも5コピー、10コピー、100コピー、500コピーまたは1000コピーの二本鎖物質は、より効果的な阻害をもたらし、一方、より低用量もまた、特異的適用のために有用であり得る。阻害は、配列特異的であり、このRNAの二本鎖領域に対応するヌクレオチド配列は、遺伝子阻害のために標的化される。特定の実施形態において、本発明のRNAi構築物は、低分子干渉性RNAまたはsiRNAである。これらの核酸は、約19~30ヌクレオチド長であり、より好ましくは、21~23ヌクレオチド長であり、例えば、より長い二本鎖RNAのヌクレアーゼ小断片化dicingによって産生されるフラグメントに対応する長さである。siRNAは、ヌクレアーゼ複合体を漸増し、かつ特異的配列に対形成することにより、この複合体を標的mRNAへ導くと理解されている。結果として、標的mRNAは、ポリペプチド複合体におけるヌクレアーゼによって分解される。特定の実施形態において、21~23ヌクレオチドsiRNA分子は、3’水酸基を含む。本発明のsiRNA分子は、当業者に公知の多くの技術を用いて得られ得る。例えば、siRNAは、当該分野で公知の方法を用いて、化学合成され得るか、または組換え的に産生され得る。例えば、短いセンスRNAオリゴマーおよび短いアンチセンスRNAオリゴマーは、合成され、そして、アニールされて、各末端で2ヌクレオチド突出した二本鎖RNA構造を形成し得るCaplenら2001ProcNatlAcadSciUSA,98:9742-9747;Elbashirら2001EMBOJ,20:6877-88。これらの二本鎖siRNA構造は、次いで、受動的取り込みまたは以下に記載されるような選択した送達系により、細胞に直接導入され得る。特定の実施形態において、siRNA構築物は、例えば、小断片化酵素enzymedicerの存在下で、より長い二本鎖RNAのプロセシングによって産生され得る。1つの実施形態において、ショウジョウバエのインビトロ系が、使用される。この実施形態において、dsRNAは、ショウジョウバエ胚由来の可溶性抽出物と組み合わせられ、それによって組み合わせを産生する。この組み合わせは、dsRNAが約21~約23ヌクレオチドのRNA分子にプロセシングされる条件下で維持される。このsiRNA分子は、当業者に公知の多くの技術を用いて精製され得る。例えば、ゲル電気泳動が、siRNAを精製するために使用され得る。あるいは、非変性方法例えば、非変性カラムクロマトグラフィーが、このsiRNAを精製するために使用され得る。さらに、クロマトグラフィー例えば、サイズ排除クロマトグラフィー、グリセロール勾配遠心分離法、抗体による親和性精製が、siRNAを精製するために使用され得る。特定の好ましい実施形態において、少なくとも1つのsiRNA分子の鎖は、約1~約6ヌクレオチド長であるが、約2~4ヌクレオチド長であり得る、3’突出を有する。より好ましくは、3’突出は、1~3ヌクレオチド長である。特定の実施形態において、1つの鎖は、3’突出を有し、他方の鎖は、平滑末端であるか、またはやはり突出を有する。突出の長さは、各鎖において、同じであっても異なっていてもよい。siRNAの安定性をさらに増強するために、3’突出は、分解に対して安定化される。1つの実施形態において、このRNAは、プリンヌクレオチド例えば、アデノシンヌクレオチドまたはグアノシンヌクレオチドを含むことによって安定化され得る。あるいは、ピリミジンヌクレオチドの改変アナログによる置換例えば、2’デオキシチミジンdeoxythyinidineによるウリジンヌクレオチド3’突出の置換は、耐性であり、RNAiの有効性に影響しない。2’水酸基の非存在は、組織培養培地中における突出のヌクレアーゼ抵抗性を有意に増強し、インビボでも有益であり得る。他の実施形態において、RNAi構築物は、長い二本鎖RNAの形態である。特定の実施形態において、このRNAi構築物は、少なくとも25塩基、50塩基、100塩基、200塩基、300塩基または400塩基である。特定の実施形態において、このRNAi構築物は、400~800塩基長である。この二本鎖RNAは、細胞内で分解され得、例えば、細胞内でsiRNA配列を産生する。しかし、長い二本鎖RNAのインビボにおける使用は、おそらく、配列依存的dsRNA応答によって引き起こされ得る悪影響ゆえに、常には実用的ではない。このような実施形態において、インターフェロンまたはPKRの効果を低減する、局部的送達系および/または局部的送達因子の使用が好ましい。特定の実施形態において、このRNAi構築物は、ヘアピン構造の形態であるヘアピンRNAと名付けられる。このヘアピンRNAは、外来的に合成され得るか、またはインビボでRNAポリメラーゼIIIプロモーターからの転写によって形成され得る。哺乳動物細胞における遺伝子サイレンシングのためのこのようなヘアピンRNAの作製および使用の例は、例えば、Paddisonら,GenesDev,2002,16:948-58;McCaffreyら,Nature,2002,418:38-9;McManusら,RNA,2002,8:842-50;Yuら,ProcNatlAcadSciUSA,2002,99:6047-52に記載される。好ましくは、このようなヘアピンRNAは、細胞において、または動物において、所望の遺伝子の連続的かつ安定的な抑制を確実にするように操作される。細胞においてヘアピンRNAをプロセシングすることにより、siRNAが産生され得ることは、当該分野で公知である。なお他の実施形態において、二本鎖RNA例えば、転写産物を送達するためにプラスミドが使用される。このような実施形態において、このプラスミドは、RNAi構築物のセンス鎖およびアンチセンス鎖のそれぞれについてのコード配列を含むように設計される。このコード配列は、例えば、逆位のプロモーターに隣接される同じ配列であってもよく、または、それぞれ別々のプロモーターの転写制御下の2つの別々の配列であってもよい。コード配列が転写された後、この相補的RNAは、塩基対を転写して、二本鎖RNAを形成する。PCT出願第WO01/77350号は、トランスジーンの二方向性転写真核生物細胞において、同じトランスジーンのセンスRNA転写物およびアンチセンスRNA転写物の両方を生じるのための例示的なベクターを記載する。従って、特定の実施形態において、本発明は、以下の独特の特性を有する組換えベクターを提供する:これは、反対の方向に配列され、かつ目的のRNAi構築物についてのトランスジーンに隣接する、2つの重複する転写単位を有するウイルスのレプリコンを含み、ここで、この2つの重複する転写単位は、宿主細胞において、同じトランスジーンフラグメント由来のセンスRNA構築物およびアンチセンスRNA構築物の両方を生じる。RNAi構築物は、標的核酸配列と同一であるかもしくは実質的に同一である二本鎖RNAの長い伸展、または標的核酸配列の一領域のみと同一であるかもしくは実質的に同一である二本鎖RNAの短い伸展のどちらかを含み得る。長いRNAi構築物または短いRNAi構築物のどちらかを作製する例示的な方法およびこれを送達する例示的な方法は、例えば、国際出願第WO01/68836号および同第WO01/75164号において見出され得る。別の実施形態において、Tim-1アンタゴニスト、Tim-2アンタゴニストまたはTim-4アンタゴニストは、Tim-1、Tim-2またはTim-4の発現レベルを低下するリボザイム分子である。mRNA転写物を触媒的に切断するように設計されたリボザイム分子は、Tim-1mRNA、Tim-2mRNAまたはTim-4mRNAの翻訳を防止するために使用され得る例えば、PCT国際出願公報第WO90/11364号、1990年10月4日公開;Sarverら,1990,Science247:1222-1225および米国特許第5,093,246号を参照のこと。部位特異的認識配列においてmRNAを切断するリボザイムが、特定のmRNAを破壊するために使用され得る場合、ハンマーヘッドリボザイムhammerheadribozymeの使用が、好ましい。ハンマーヘッドリボザイムは、隣接領域によって決定される位置でmRNAを切断し、標的mRNAと相補的塩基対を形成する。標的mRNAが、2塩基の以下の配列:5’-UG-3’を有することが、唯一必要である。ハンマーヘッドリボザイムの構築および産生は、当該分野で周知であり、そしてHaseloffおよびGerlach,1988,Nature,334:585-591においてより完全に記載される。本明細書中で記載される方法において使用され得るリボザイムとしてはまた、RNAエンドリボヌクレアーゼ本明細書中で以後Cech型リボザイムが挙げられ、これは、Tetrahymenathermophilaにおいて天然に存在しIVSまたはL-19IVSRNAとして公知である、ThomasCechおよび共同研究者によって広範に記載されているZaugら,1984,Science,224:574-578;ZaugおよびCech,1986,Science,231:470-475;Zaugら,1986,Nature,324:429-433;UniversityPatentsInc.による国際特許出願公開第WO88/04300号;BeenおよびCech,1986,Cell,47:207-216。Cech型リボザイムは、8塩基対の活性部位を有し、これは、その後標的RNAの切断が起こる場所でその標的RNA配列にハイブリダイズする。本発明は、8塩基対の活性部位配列を標的する、Cech型リボザイムを含む。アンチセンスアプローチにおいて、リボザイムは、改変オリゴヌクレオチドからなり得例えば、安定性、標的化などの改善のため、そして、インビボまたはインビトロで細胞に送達され得る。送達の好ましい方法は、強力な構成的polIIIプロモーターまたはpolIIプロモーターの制御下でのリボザイムをコードするDNA構築物の使用を包含し、それによって、トランスフェクトされた細胞が、標的化したmRNAを破壊し、そして翻訳を阻害するために十分な量のこのリボザイムを産生する。リボザイムはアンチセンス分子と似ていないので、触媒的であり、有効性のためにより低い細胞内の濃度が必要とされる。本明細書中で記載される方法の別の実施形態において、Tim-1アンタゴニスト、Tim-2アンタゴニストまたはTim-4アンタゴニストは、抗Tim-1抗体、抗Tim-2抗体または抗Tim-4抗体を含む。Tim-1細胞外ドメイン、Tim-2細胞外ドメインまたはTim-4細胞外ドメインに結合する抗体例えば、モノクローナル抗体は、当業者によって産生され得、そしてこれらの抗体は、Tim-1のTim-4への結合をブロックするその能力について、本発明によって提供される方法を用いてさらに試験され得る。好ましいアンタゴニスト抗体は、それら自身がTim-1活性またはTim-4活性のアクチベーターとして作用することなく、Tim-1またはTim-4の間の結合相互作用をブロックする。実施例についての実験手順において記載されるアッセイを用いて、当業者は、候補抗体がTim-1のアクチベーターであり、従って、Th1応答の誘導因子およびTh2応答のインヒビターの両方である場合を決定し得る。このような試験は、抗体を投与してマウスを免疫すること、およびこのマウスの脾臓について単離されたT細胞によるインビトロ増殖およびサイトカイン産生を試験することによって実施され得る。Th2応答を増大するまたはTh1応答を低減するために好ましい抗体は、Tim-1リガンドのTim-4リガンドへの結合をブロックし、かつ、Tim-1の活性化を誘導しない。Tim-1の活性化は、例えば、Tim-1の細胞内チロシンリン酸化をモニタリングすることによってモニタリングされ得る。用語抗体は、本明細書中で使用される場合、免疫グロブリン分子および免疫グロブリンIg分子の免疫学的に活性な部分すなわち、抗原に特異的に結合する免疫反応する抗原結合部位を含む分子をいう。このような抗体としては、例えば、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、単鎖抗体、Fabフラグメント、Fab’フラグメントおよびFab’2フラグメント、ならびにFab発現ライブラリーが挙げられる。一般に、ヒトから得られる抗体分子は、IgGクラス、IgMクラス、IgAクラス、IgEクラスおよびIgDクラスのいずれかに関連し、これらのクラスは、分子に存在する重鎖の性質によって互いに異なる。特定のクラスは、サブクラスをも有する例えば、IgG1、IgG2など。さらに、ヒトにおいて、軽鎖は、κ鎖またはλ鎖であり得る。本明細書中の抗体への言及は、ヒト抗体の種類の全てのこのようなクラス、サブクラスおよび型の言及を含む。Tim-1ポリペプチドもしくはTim-4ポリペプチドに対する抗体はまた、Tim-1ポリペプチドもしくはTim-4ポリペプチドまたはTim-1ポリペプチドのフラグメントもしくはTim-4ポリペプチドのフラグメントを含む融合ポリペプチドに対する抗体も含む。Tim-1ポリペプチド、Tim-2ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドは、抗原またはその部分もしくはフラグメントとして使用され得、そしてさらに、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体の調製のための標準的技術を用いてこの抗原に免疫特異的に結合する抗体を産生するためのイムノゲンとして使用され得る。抗原のイムノゲンとしての使用のための抗原性ペプチドフラグメントとしては、例えば、アミノ末端領域のアミノ酸配列例えば、配列番号1~4に示すアミノ酸配列の少なくとも7アミノ酸残基を含み、そしてそのエピトープを含むことにより、このペプチドに対して惹起される抗体が、全長ポリペプチドまたはこのエピトープを含む任意のフラグメントと特異的免疫複合体を形成する。好ましくは、抗原性ペプチドは、少なくとも10アミノ酸残基、または少なくとも15アミノ酸残基、または少なくとも20アミノ酸残基、または少なくとも30アミノ酸残基を含む。抗原性ペプチドによって含まれる好ましいエピトープは、ポリペプチドの表面上に位置するポリペプチドの領域であり、通常、これらは親水性領域である。好ましい実施形態において、この抗原性ペプチドは、Tim-1、Tim-2またはTim-4のIgVドメインおよび/またはムチンドメインのセグメントまたは全体を含む。幾つかの実施形態において、抗原性ペプチドに含まれる少なくとも1つのエピトープは、Tim-1ポリペプチド、Tim-2ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドの領域であり、この領域は、このポリペプチドの表面上に位置する例えば、親水性領域。Tim-1ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドの疎水性分析は、Tim-1ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドのどの領域が、特に親水性であり、従って、抗体産生を標的化するために有用な表面の残基をコードする可能性が高いかを示す。抗体産生を標的化するための手段として、親水性の領域および疎水性の領域を示すヒドロパシープロットhydropathyplotが、当該分野で周知の任意の方法例えば、フーリエ変換を用いるかまたは用いないKyteDoolittle法またはHoppWoods法が挙げられるによって作成され得る。例えば、HoppおよびWoods1981Proc.Nat.Acad.Sci.USA78:3824-3828;KyteおよびDoolittle1982J.Mol.Biol.157:105-142を参照。抗原ポリペプチド内の1以上のドメインに特異的な抗体、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログまたはオルソログorthologもまた、本明細書中で提供される。幾つかの実施形態において、Tim-1またはTim-4の誘導体、フラグメント、アナログまたはホモログが、これらのペプチド成分に免疫特異的に結合する抗体の産生においてイムノゲンとして使用され得る。当該分野で公知の種々の手順が、本発明のポリペプチドまたはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログまたはオルソログに対して指向されるポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体の産生のために使用され得る。例えば、ANTIBODIES:ALABORATORYMANUAL,HarlowおよびLane1988ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,N.Y.を参照のこと。これらの抗体の幾つかは、以下に記載される。用語モノクローナル抗体MAbまたはモノクローナル抗体組成物は、本明細書中で使用される場合、独特の軽鎖遺伝子産物および独特の重鎖遺伝子産物からなる抗体分子の1つの分子種のみを含む抗体分子の集団をいう。特に、モノクローナル抗体の相補性決定領域CDRは、集団における全ての分子において同一である。従って、MAbは、MAbに対する独特の結合親和性によって特徴付けられる抗原の特定のエピトープによって免疫応答し得る抗原結合部位を含む。モノクローナル抗体は、KohlerおよびMilstein1975Nature,256:495によって記載されるようなハイブリドーマ方法を用いて調製され得る。ハイブリドーマ方法において、マウス、ハムスターまたは他の適切な宿主動物は、代表的に、免疫因子によって免疫されて、この免疫因子に特異的に結合する抗体を産生するかまたは産生可能であるリンパ球を誘発する。あるいは、このリンパ球は、インビトロで免疫され得る。本発明のポリペプチド抗原を指向する抗体としては、さらに、ヒト化抗体またはヒト抗体が挙げられ得る。これらの抗体は、ヒトへの投与に適し、投与した免疫グロブリンに対するヒトによる免疫応答を引き起こさない。抗体のヒト化形態は、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらのフラグメント例えば、Fv、Fab、Fab’、Fab’2または抗体の他の抗原結合配列であり、これは、主にヒト免疫グロブリンの配列からなり、そして非ヒト免疫グロブリン由来の最小の配列を含む。ヒト化は、Winterおよび共同研究者の方法Jonesら1986Nature,321:522-525;Riechmannら1988Nature,332:323-327;Verhoeyenら1988Science,239:1534-1536に従って、げっ歯類CDRまたはCDR配列を、ヒト抗体の対応する配列に置換することにより、実施され得る米国特許第5,225,539号もまた参照のこと。Tim-1、Tim-2またはTim-4に対するイディオタイプを含む抗体フラグメントは、当該分野で公知の技術によって産生され得る。これらの抗体フラグメントとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:i抗体分子のペプシン消化によって産生されるFab’2フラグメント;iiFab’2フラグメントのジスルフィド架橋を還元することによって産生されるFabフラグメント;iii抗体分子のパパインおよび還元剤による処理によって産生されるFabフラグメント、およびivFvフラグメント。本明細書中で記載される方法の幾つかの実施形態において、Tim-1アンタゴニスト、Tim-2アンタゴニストまたはTim-4アンタゴニストは、モノクローナル抗体好ましくはヒトモノクローナル抗体またはヒト化モノクローナル抗体を含み、これらの抗体は、少なくとも2つの異なる抗原に対する結合特異性を有する。本発明の場合において、1つの結合特異性は、Tim-1、Tim-2またはTim-4についての結合特異性である。第2の結合標的は、任意の他の抗原であり、有利に、細胞表面ポリペプチドまたはレセプターもしくはレセプターサブユニットである。本明細書中で記載される方法の幾つかの実施形態において、Tim-1アンタゴニスト、Tim-2アンタゴニストまたはTim-4アンタゴニストは、Tim-1ポリペプチド、Tim-2ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチド、それらのアナログ、改変体またはフラグメントを含む。1つの実施形態において、このアンタゴニストは、Tim-1IgVドメイン、Tim-2IgVドメイン、Tim-4IgVドメイン、Tim-1ムチンドメイン、Tim-2ムチンドメイン、Tim-4ムチンドメイン、またはこれらの組み合わせを含む。別の実施形態において、このアンタゴニストは、Tim-1IgVドメイン配列、Tim-4IgVドメイン配列、Tim-2IgVドメイン配列、Tim-1ムチンドメイン配列、Tim-2ムチンドメイン配列またはTim-4ムチンドメイン配列に、少なくとも60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98または99同一または類似であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。理論にとらわれることなく、このようなアンタゴニストは、Timリガンドのうちの1つを、Timポリペプチドに結合しなくてもよいように滴定することによって作用し得る。このような滴定は、例えば、結合部位の立体構造上の閉鎖によって起こり得る。本発明における使用のためのキメラポリペプチドまたは融合ポリペプチドは、標準的組換えDNA技術によって産生され得る。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするDNAフラグメントが、従来技術に従って例えば、連結反応のための平滑末端化またはすれた末端stagger-ended化、適切な末端を提供するための制限酵素消化、突出末端の適切な埋め合わせfilling-in、所望しない結合を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的連結反応を利用することによる、インフレームで互いに連結される。別の実施形態において、この融合遺伝子は、自動化DNA合成機を含む従来技術によって合成され得る。あるいは、遺伝子フラグメントについてのPCR増幅が、2つの連続的な遺伝子フラグメントの間の相補的突出を生じるようなアンカープライマーを用いて実施され得、その後、これらのフラグメントはアニーリングされ、そしてキメラ遺伝子配列を産生するように再増幅され得る例えば、Ausubelら編CURRENTPROTOCOLSINMOLECULARBIOLOGY,JohnWileySons,1992を参照のこと。その上、融合部分例えば、免疫グロブリン重鎖のFc領域をコードする多くの発現ベクターが市販されている。Tim-1、Tim-2またはTim-4をコードする核酸は、このような発現ベクター内にクローニングされ得、それによってこの融合部分は、インフレームでこの免疫グロブリンポリペプチドと連結される。幾つかの実施形態において、アンタゴニストは、Tim-1改変体配列、Tim-2改変体配列またはTim-4改変体配列を含む。これらの改変体配列は、天然に存在するTim-1配列、Tim-2配列またはTim-4配列中に変異を有し、この変異は、変異形態とその結合パートナーとの間の結合に、変異のない配列に対するよりも、より高い親和性の結合をもたらす。幾つかの実施形態において、TimポリペプチドまたはTimポリペプチド部分は、天然に存在するTim配列野生型において変異を有する改変体Timポリペプチドとして提供され、この変異は、タンパク分解に対して変異のない配列に対しより抵抗性のTim配列を生じる。第2のポリペプチドすなわち、Tim-1配列、Tim-2配列またはTim-4配列が融合するポリペプチドは、好ましくは、可溶性である。幾つかの実施形態において、この第2のポリペプチドは、結合したポリペプチドの半減期例えば、血清半減期を延長する。幾つかの実施形態において、この第2のポリペプチドは、この融合ポリペプチドの第2のTim-1ポリペプチドとの会合を容易にする配列を含む。好ましい実施形態において、この第2のポリペプチドは、少なくとも免疫グロブリンポリペプチドの領域を含む。免疫グロブリン融合ポリペプチドは、当該分野で公知であり、例えば、米国特許第5,516,964号;同第5,225,538号;同第5,428,130号;同第5,514,582号;同第5,714,147号;および同第5,455,165号において記載される。幾つかの実施形態において、この第2のポリペプチドは、全長免疫グロブリンポリペプチドを含む。あるいは、この第2のポリペプチドは、全長未満の免疫グロブリン例えば、重鎖、軽鎖、Fab、Fab2、FvまたはFcを含む。好ましくは、この第2のポリペプチドは、免疫グロブリンポリペプチドの重鎖を含む。より好ましくは、第2のポリペプチドは、免疫グロブリンポリペプチドのFc領域を含む。幾つかの実施形態において、この第2のポリペプチドは、野生型免疫グロブリン重鎖のFc領域のエフェクター機能より低いエフェクター機能を有する。Fcエフェクター機能としては、例えば、Fcレセプター結合、補体の固定化およびT細胞枯渇活性が挙げられる例えば、米国特許第6,136,310号を参照。T細胞枯渇活性、Fcエフェクター機能および抗体安定性をアッセイする方法は、当該分野で公知である。1つの実施形態において、この第2のポリペプチドは、Fcレセプターに対して低い親和性を有するか、または親和性を有さない。代替の実施形態において、この第2のポリペプチドは、補体ポリペプチドC1qに対して低い親和性を有するか、または親和性を有さない。1つの好ましい実施形態において、本明細書中に記載される方法において使用されるアンタゴニストは、例えば、ペプチドまたはオリゴヌクレオチド以外の、約2,000ダルトン未満の分子量の有機低分子であり、Tim-1のTim-4への結合またはTim-2のセマホリン4Aへの結合をブロックするか、またはTim-4結合におけるTim-1活性を防ぐ。このような因子は、例えば、本発明によって提供される方法を使用して同定され得る。別の実施形態において、この因子は、ペプチドまたはペプチド誘導体であり、これは、Tim-1のTim-4に結合する部分またはその逆を構造的に模倣する。本明細書中で記載される方法の幾つかは、Tim-1、Tim-4の発現または活性またはその両方を増大するか、またはTim-1のTim-4への結合を低減する因子すなわち、Tim-1アンタゴニストまたはTim-4アンタゴニストを使用する。幾つかの実施形態において、本明細書中で記載される方法においてTim-1活性またはTim-4活性を増加する因子は、抗体である。抗体は、Tim-1に結合してTim-4の結合を模倣し、Th2応答の細胞内シグナル伝達および阻害をもたらす。Tim-1およびTim-4に対する抗体は、前の節で記載されたように産生され得る。例えば、Tim-1の細胞外ドメインに結合する抗体が産生され得、そしてこの抗体がTim-1の活性を促進するかまたは阻害するかのどちらであるかを決定するために、この抗体は試験され得る。1つの特異的実施形態において、このアゴニストは、Tim-1/Tim-4複合体に結合する抗体を含む。理論にとらわれることなく、Tim-1/Tim-4複合体に結合する抗体は、複合体形成を安定化し得るかまたは促進し得、従って、Tim-1シグナル伝達および/またはTim-4シグナル伝達を増大する。Tim-1/Tim-4複合体に結合する抗体は、動物をTim-1/Tim-4ポリペプチド複合体例えばその細胞外ドメインの間の複合体で免疫することによって、産生され得る。あるいは、この抗体は、無作為抗体ライブラリーからのインビトロ選択技術によって、Tim-1/Tim-4複合体に結合する抗体を選択することにより、産生され得る。本明細書中で記載される方法の幾つかの実施形態において、Tim-1アゴニスト、Tim-2アゴニストまたはTim-4アゴニストは、Tim-1ポリペプチド、Tim-2ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチド、そのアナログ、改変体またはフラグメントを含む。1つの実施形態において、このアゴニストは、Tim-1IgVドメイン、Tim-2IgVドメイン、Tim-4IgVドメイン、Tim-1ムチンドメイン、Tim-2ムチンドメイン、Tim-4ムチンドメインまたはこれらの組み合わせを含む。別の実施形態において、このアゴニストは、Tim-1IgVドメイン、Tim-4IgVドメイン、Tim-1ムチンドメインまたはTim-4ムチンドメインと少なくとも60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98または99同一または類似であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。理論にとらわれることなく、このようなアゴニストは、Tim-1、Tim-2またはTim-4の活性を構造的に模倣することにより作用し得る。1つの実施形態において、このアゴニストは、Tim-4IgVドメインおよび/またはTim-4ムチンドメインを含む。別の実施形態において、このアゴニストは、ポリペプチドの二量体を含み、各々は、Tim-4IgVドメインポリペプチドおよび/またはTim-4ムチンドメインポリペプチドを含む。このようなアゴニストは、Tim-1レセプターを架橋しそして活性化するために使用され得る。他の実施形態において、このポリペプチドアゴニストは、このポリペプチドをコードする核酸として、例えばアデノウイルスを通して投与され得る。Tim-1、Tim-2もしくはTim-4、またはアゴニストとして用いられるこれらのポリペプチドの活性フラグメントは、本明細書中に記載される方法における使用のために、免疫グロブリンのようなキャリア分子と融合され得る。例えば、Tim-1の可溶性形態は、リンカー配列を通して免疫グロブリンのFc部分と融合され得るか、またはこの免疫グロブリンのFc部分と融合され得る。他の融合ポリペプチド例えば、GSTすなわち、グルタチオンS-トランスフェラーゼ、LexA、またはMBPすなわち、マルトース結合ポリペプチドとの融合ポリペプチドがまた、使用され得る。さらなる実施形態において、Tim-4アゴニスト融合ポリペプチドまたはTim-1アゴニスト融合ポリペプチドは、1以上のさらなる部分と結合され得る。例えば、Tim-4融合ポリペプチドまたはTim-1融合ポリペプチドは、さらに、GST融合ポリペプチドに結合され得、ここで、このTim-1融合ポリペプチド配列は、GST配列のC末端に融合される。このような融合ポリペプチドは、Tim-4融合ポリペプチドまたはTim-1融合ポリペプチドの精製を容易にし得る。別の実施形態において、この融合ポリペプチドは、そのN末端に、異種シグナル配列すなわち、Tim-4核酸またはTim-1核酸によって天然にコードされるポリペプチドにおいて存在しないポリペプチド配列を含み得る。例えば、天然のTim-4シグナル配列またはTim-1シグナル配列は、移動されて、別のポリペプチド由来のシグナル配列と共に配置され得る。幾つかの実施形態において、天然に存在するTim-4配列またはTim-1配列中に変異を有するTim-1改変体配列、Tim-2改変体配列またはTim-4改変体配列を含むアゴニストは、この変異形態とその結合パートナーとの間に、変異のない配列と比較してより高い親和性結合を生じる例えば、変異体Tim-1ポリペプチドはTim-4ポリペプチドに対してより高い親和性結合を生じる。幾つかの実施形態において、Tim-1部分、Tim-2部分またはTim-4部分は、天然に存在するTim配列野生型中に変異を有する改変体ポリペプチドとして提供され、タンパク分解に対し変異のない配列と比較してより抵抗性のポリペプチドを生じる。例えば、Timタンパク質上のセリンプロテアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼまたはシステインプロテアーゼについてのプロテアーゼ切断部位が、除去され得る。1つの好ましい実施形態において、本明細書中に記載される方法において使用されるアゴニストは、有機低分子例えば、ペプチドまたはオリゴヌクレオチド以外の、約2,000ダルトン未満の分子量を有する有機低分子であり、これは、Tim-1のTim-4への結合を促進するか、またはTim-4のTim-1への結合の非存在下でTim-1活性化を引き起こす。このような因子は、例えば、本発明によって提供される方法を使用して同定され得る。別の実施形態において、この因子は、Tim-1に結合するTim-4の部分、またはセマホリン4Aに結合するTim-2の部分を構造的に模倣するペプチドまたはペプチド誘導体である。このようなペプチドは、Tim-1もしくはTim-4の活性化を誘導することにより、そしてそのリガンドまたはアンタゴニストの活性化をTimタンパク質の間の結合について競合することによって、アゴニストとして作用し得る。V.Tim-1とTim-4との間の結合を調節する因子の同定本発明の別の局面は、免疫応答を調節する因子を同定する方法を提供し、この方法は、例えば、Tim-1とTim-4との間の結合を調節する因子を同定することによる。本明細書中に記載される方法を使用して同定される因子は、TH1応答およびTH2応答の調節を必要とする被験体において、TH1応答およびTH2応答を調節するために使用され得る。Tim-1/Tim-4相互作用をブロックする因子は、Tim-1の活性化を防止することが予測され、結果として、Th2活性化を増大し、そしてTh1活性化を低減する。1つの局面において、本発明によって記載されるようなTim-1/Tim-4複合体の同定は、Tim-1ポリペプチドおよびTim-4ポリペプチドの構造的特徴X線結晶学、ニューロン回折、核磁気共鳴分析法および当業者に周知の他の技術を用いて決定され得るに基づき、複合体形成のためのアゴニストおよびアンタゴニストの理論的な設計を容易にする。理論的薬物設計のための方法は、当該分野で周知であるChemicalandStructuralApproachestoRationalDrugDesign,DavidB.Weiner,WilliamV.Williams,CRCPress1994;RationalDrugDesign:NovelMethodologyandPracticalApplications,第719号,AbbyL.Parrill編,AmericanChemicalSociety1999;Structure-basedLigandDesign,KlausGubernator,Wiley,JohnSons,Incorporated1998を参照。本発明の別の局面は、Tim-1とTim-4との間の複合体の形成を促進するかまたはブロックする因子をスクリーニングするための方法を提供する。このような方法は、インビトロまたは細胞内で実施され得、そしてこれらは、全長ポリペプチドを用いて実施されても、または1つのポリペプチドもしくは両ポリペプチドの可溶性形態を用いて実施されてもよい。本明細書中に記載されるスクリーニング方法の幾つかの実施形態において、Tim-1またはTim-4のIgVドメインおよび必要に応じてムチンドメインを含む可溶性ポリペプチドが、使用され得る。種々の他の試薬が、このスクリーニングアッセイに含まれ得る。これらは、塩、天然ポリペプチド例えば、アルブミン、界面活性剤などのような試薬を含み、これらは、最適なポリペプチド-ポリペプチド結合を容易にし、そして/または非特異的相互作用またはバックグラウンドの相互作用を減少する。このアッセイの有効性を改善する試薬例えば、プロテアーゼインヒビター、ヌクレアーゼインヒビター、抗菌剤などもまた、使用され得る。成分の混合物は、必要な結合を提供する任意の順番で加えられる。インキュベーションは、任意の適切な温度代表的には4°Cと40°Cとの間で実施される。インキュベーション時間は、最適な活性のために選択されるが、高速ハイスループットスクリーニングを容易にするために最適化されてもよい。代表的には、0.1時間と1時間との間が、インビトロアッセイのために十分である。本発明の因子の同定のための方法は、マルチウェルプレート例えば、96ウェルプレートにおける化合物のライブラリーのスクリーニング各ウェル中の異なる試験化合物または試験化合物群によるのために非常に適している。特に、この方法は、コンビナトリアルライブラリーと共に使用され得る。これらの方法は、任意の受容可能な小型化の方法を通して、アッセイ系において小型化され得る。これらの方法としては、マルチウェルプレート例えば、1プレートにつき24ウェル、48ウェル、96ウェルまたは384ウェル、マイクロチップまたはスライドガラスが挙げられるが、これらに限定されない。このアッセイは、マイクロチップ支持体上で実施されるようにサイズにおいて縮小され得、有益にも、試薬または他の物質のより少ない量に関連する。高処理スクリーニングに役立つプロセスの任意の小型化は、本発明の範囲内である。本発明の1つの特定の局面は、Tim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の結合を調節する因子を同定する方法を提供し、この方法は、以下の工程:a試験因子存在下でTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとを接触させる工程;およびbTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの結合に対するこの試験因子の効果を決定する工程を包含し、それにより、Tim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の結合を調節する因子を同定する。本発明の関連の局面は、免疫応答を調節する因子を同定する方法を提供し、この方法は、以下の工程:a試験因子存在下でTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとを接触させる工程;およびbTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの結合に対するこの試験因子の効果を決定する工程を包含し、それにより、免疫応答を調節する因子を同定する。本発明の幾つかの局面において、この因子は、インビトロアッセイを通して同定される。本開示の視点において種々のアッセイ形式が十分であり、本明細書中で特別に記載しないこれらのアッセイは、やはり当業者によって理解される。ポリペプチド複合体の形成、酵素活性のような条件を見積もるアッセイ形式は、多くの異なった形態で作製され得、そして無細胞系ベースのアッセイ例えば、精製ポリペプチドまたは細胞溶解物および細胞ベースのアッセイインタクトな細胞を用いるを含む。Tim-1またはTim-4に結合する因子を検出するために、単純な結合アッセイもまた、使用され得る。このような結合アッセイもまた、Tim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の相互作用を破壊することによって作用する因子を同定し得る。試験される因子は、例えば、細菌、酵母または他の生物によって産生され得る例えば、天然産物か、化学的に産生され得る例えば、低分子ペプチド模倣物が挙げられるか、または組換え的に産生され得る。Tim-1およびTim-4は、膜貫通ポリペプチドであるので、このアッセイおよび方法の好ましい実施形態には、Tim-1とTim-4との間の複合体形成を調節する因子を、これらの全長ポリペプチドよりもむしろこれらのポリペプチドの可溶性形態を使用して、同定することが記載される。可溶性形態としては、膜貫通ドメインを欠く形態および/またはIgVドメインまたはそのフラグメントを含む形態であって、これらの結合する能力を維持する形態が挙げられる。化合物および天然抽出物のライブラリーを試験する、多くの薬物スクリーニングプログラムにおいて、所定の時間内に調べられる化合物の数を最大化するために、高処理アッセイが望ましい。無細胞系において実施される本発明のアッセイ精製ポリペプチドもしくは半精製ポリペプチドで展開され得るかまたは溶解物で展開され得るは、迅速な展開および分子標的における試験化合物によって媒介される変化の比較的容易な検出を可能にする、一次スクリーニングであることが、しばしば好ましい。さらに、試験化合物の細胞毒性および/またはバイオアベイラビリティーの効果は、インビトロ系では一般に無視され得るが、その代わりこのアッセイは、主に分子標的に対するこの薬物の効果に焦点を当て、これは、他のポリペプチドとの結合親和性またはこの分子標的の酵素的特性の変化において明らかになり得る。本発明のアッセイの好ましいインビトロ実施形態において、再構成されたTim-1/Tim-4複合体は、少なくとも半精製ポリペプチドの再構成混合物を含む。半精製により、再構成混合物において使用されるポリペプチドが、既に他の細胞ポリペプチドまたはウイルスポリペプチドから分離されていることが意味される。例えば、細胞溶解物とは対照的に、Tim-1/Tim-4複合体形成に関わるこのポリペプチドは、この混合物中に、この混合物中の他の全てのポリペプチドと比べて、少なくとも50の純度より好ましくは90~95の純度で存在する。本発明の方法の特定の実施形態において、この再構成ポリペプチド混合物は、高度に精製されたポリペプチドを混合することによって派生し、それにより、この再構成混合物は、Tim-1/Tim-4複合体の集合および/または解離を測定する能力に干渉し得るかまたはさもなくばこれを変更し得る他のポリペプチド例えば、細胞起源またはウイルス起源を、実質的に欠いている。試験因子の存在または非存在におけるTim-1/Tim-4複合体のアッセイは、反応物を収容するために適した任意の容器において達成され得る。例としては、マイクロタイタープレート、試験管および微小遠心管が挙げられる。スクリーニングアッセイにおいて、試験因子の効果は、例えば、試験因子の効果を、この反応の速度論、定常状態および/または終末点において評価することによって評価され得る。本発明の1つの実施形態において、Tim-1/Tim-4複合体の集合または安定性に干渉するその能力に基づく阻害因子を検出する薬物スクリーニングアッセイが、作製され得る。例示的な結合アッセイにおいて、目的の化合物は、Tim-1/Tim-4複合体を含む混合物と接触される。Tim-1/Tim-4複合体の検出および定量は、2つのポリペプチド間の相互作用の阻害または増強におけるこの化合物の効力を検出するための手段を提供する。この化合物の効力は、種々の濃度の試験化合物を用いて得られたデータ由来の用量応答曲線を作成することによって評価され得る。さらに、コントロールアッセイもまた、比較のための基線を提供するために実施され得る。コントロールアッセイにおいて、複合体の形成は、試験化合物の非存在下で定量される。複合体形成は、種々の技術によって検出され得る。例えば、複合体の形成における調節は、例えば、検出可能に標識されたポリペプチド例えば、放射性標識ポリペプチド、蛍光標識ポリペプチドまたは酵素標識ポリペプチドの、イムノアッセイによる使用かまたはクロマトグラフィー検出による使用によって、定量され得る。表面プラスモン共鳴系例えば、Biacore登録商標InternationalABUppsala,Swedenから購入可能であるもまた、ポリペプチド-ポリペプチド相互作用を検出するために使用され得る。本明細書中で記載されるポリペプチドおよびペプチドは、固定化され得る。1つのポリペプチドの未複合体化形態からの複合体の分離を容易にし、そしてこのアッセイの自動化に適応させるために、ペプチドおよびポリペプチドを固定化することが、しばしば所望される。ペプチドおよびポリペプチドは、任意の固体マトリックス例えば、プレート、ビーズまたはフィルター上に固定化され得る。マトリックス上に固定化され得るペプチドまたはポリペプチドは、このポリペプチドに結合する反応基を含み得る。あるいは、またはこれと組み合わせて、このポリペプチド中のシステインのような反応基は、マトリックスに反応しそして結合し得る。別の実施形態において、このポリペプチドは、このマトリックスに対する高い結合親和性を有する別のポリペプチドとの融合ポリペプチド例えば、ビオチンと高い親和性で結合するストレプトアビジンへの融合ポリペプチドとして発現され得る。例示的な実施形態において、このポリペプチドを不溶性マトリックスに結合させるドメインを付加する融合ポリペプチドが、提供され得る。例えば、GST-TIM-1-IgV-ドメイン融合ポリペプチドグルタチオントランスフェラーゼに融合するTim-1のIgVドメインを含むが、グルタチオンセファロースビーズSigmaChemical,St.Louis,MO上またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸収され得、これは、次いでTim-4またはその可溶性フラグメント例えば、35S標識ポリペプチドおよび試験化合物と合わせられ、そして複合体形成を助ける条件下でインキュベートされる。インキュベーション後、未結合相互作用ポリペプチドを完全に除去するためにこのビーズは洗浄され、そしてマトリックスビーズ結合放射性標識が、直接的に検出される例えば、ビーズがシンチラントscintillant中に入れられるか、またはこの複合体が解離させられた後の上清において検出される例えば、マイクロタイタープレートが使用される場合。あるいは、未結合ポリペプチドを洗い流した後、この複合体は、このマトリックスから解離され、SDS-PAGEゲルによって分離され、そして相互作用ポリペプチドのレベルは、このゲルから標準的電気泳動技術を用いて定量されたマトリックス結合画分において見出される。上述のアッセイの種々の改変が、本発明の範囲内に含まれることが理解される。例えば、このポリペプチドの役割は、置き換えられ得る。すなわち、Tim-4ポリペプチドが、固体支持体に固定化され得、そしてTim-1ポリペプチドを含む溶液が、結合したTim-4ポリペプチドと接触させられ得る。さらに、固定化ポリペプチドまたは遊離のポリペプチドは、結合アッセイの前に試験化合物に曝露され得、そしてこの事前曝露の効果が、コントロールと比較して評価され得る。この様式において同定された化合物はまた、Tim-1のTim-4への結合またはその逆を阻害する。あるいは、この試験化合物は、Tim-1とTim-4とを混合した後に加えられ得る。このようなアッセイにおいて結合のレベルを低下させるために有効な化合物は、Tim-4ポリペプチドからTim-1ポリペプチドを置換するか、またはその逆である。ウエスタンブロットに加えて、他の、より迅速な検出スキーム例えば、マルチウェルELISA型アプローチが、使用され得る。例えば、例えば、上記のGST方法により部分的に精製されたTim-1ポリペプチドが、マルチウェルプレート例えば、96ウェルプレート中のウェルの底に、このポリペプチドを含有する溶液のプレート内への導入によって付着され得、そしてこのポリペプチドは、プラスチックに結合させられる。次いで、ポリペプチド過剰含有溶液が洗い流され、そしてブロック溶液例えば、ウシ血清アルブミンBSAを含有するが、非特異的結合部位をブロックするために導入される。次いで、このプレートは、数回以上洗浄され、そしてTim-4ポリペプチドを含有する溶液、およびコントロールに対し実験ウェルの場合は試験化合物が加えられる。異なるウェルは、異なる試験化合物、異なる濃度の同じ試験物質、異なるTim-1ポリペプチドもしくは異なるTim-4ポリペプチド、または異なる濃度のTim-1ポリペプチドもしくはTim-4ポリペプチドを含み得る。さらに、この検出スキームに対する種々の改変が行われ得ることが理解される。例えば、マルチウェルプレートのウェルは、Tim-1ポリペプチドよりもむしろTim-4ポリペプチドを含むポリペプチドでコートされて、結合相互作用が遊離のTim-1ポリペプチドの添加においてアッセイされ得る。このウェルはまた、固定化のためのこのポリペプチドの付着を増強する化合物および/または非特異的結合のレベルを低下する化合物で事前コートされ得る。例えば、このウェルは、グルタチオンを含むように誘導体化され得、そしてBSAで事前コートされて、結合部位が曝露される公知の方向でポリペプチドの固定化の付着を促進し得る。このようなアッセイにおいて有用な検出方法としては、抗体ベースの方法すなわち、遊離のポリペプチドを指向する抗体、遊離のポリペプチド中に組み込まれたレポーター部分の直接検出例えば、蛍光標識、および近位エネルギー移動方法proximityenergytransfermethod例えば、固定化ポリペプチドまたは固体支持体中に組み込まれた分子の蛍光またはシンチレーションを生じる、放射活性の遊離のポリペプチドが挙げられる。Tim-1ポリペプチドのTim-4ポリペプチドへの結合に影響し得る化合物を同定するための本発明の方法のなお別のバリエーションは、親和性バイオセンサー方法の使用を介する。このような方法は、圧電効果、電気化学または光学的方法に基づいていてもよい例えば、楕円偏光法、光導波opticalwaveguidanceおよび表面プラスモン共鳴SPR。SPRは、分子相互作用を実時間でモニタリングするために特に有益であり、上述の方法よりも、ポリペプチド間の結合相互作用に対する試験化合物の効果の高感度かつ広範囲の分析を可能にする。しかし、この利点は、この技術のマルチウェルプレートベースの方法と比較してより低い処理性能によって幾らか相殺される。本明細書中で上述したように、試験化合物は、この化合物がTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの結合に対して何らかの効果を有しすなわち、この化合物がこの結合を増加するかまたは低減し、そしてこの効果が閾値本発明の実施者によって上述のように所望のレベルに設定されて、例えば、結合における数倍の増加または数倍の低減を超える場合、Tim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の結合に効果を有するということができる。結合に対する好ましい作用は、有意な効果である。用語有意なとは、本明細書中で、特に有意な効果の語において使用される場合、比較される2群の間の定量可能なパラメーターにおける相違であって、標準的統計的試験を使用して統計的に有意であることをいう。本明細書中に記載される方法の幾つかの実施形態において、工程bは、試験因子の存在下におけるTim-1/Tim-4複合体の形成を、適切なコントロールと比較する工程を包含する。幾つかの実施形態において、適切なコントロールは、試験される因子または化合物の非存在下における第1のポリペプチドと第2のポリペプチドとの間の複合体の形成を含む。従って、本発明の実施形態において、Tim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の結合に作用する化合物についてのスクリーニングの方法が提供され、この方法は以下:aTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとを試験化合物の存在下で接触させる工程;bTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの結合に対するこの試験化合物の効果を決定する工程;およびc結合の程度に対する測定された効果が閾値を超える場合、この化合物を有効と同定する工程を包含する。用語Tim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の結合に影響するは、試験化合物が、その存在下におけるTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の結合を、その非存在下におけるTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の結合コントロールと比較した場合に、相違を生じることをいう。この結合における差異は、有意な相違であることが好ましい。特定の実施形態において、有意な相違は、結合における少なくとも10、20、30、40、50、75、100、150、200もしくは500の増大または減少を含む。この化合物は、Tim-1の結合を阻害するかもしくは増強し得るか、またはTim-1への影響においてアンタゴニストもしくはアゴニストとして作用し得るか、あるいは他のアゴニストもしくはアンタゴニストの影響を増大する化合物として作用し得る。Tim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の結合に対する試験化合物の影響を定量するために使用される測定の型は、使用されるアッセイ方法および検出方法の型に依存し、そしてこれは、当業者によって容易に決定され得る。例えば、ウエスタンブロットを検出のための手段として利用する生物学的スクリーニングを使用する場合、結合は、デンシトメトリーを使用して測定され得る。濃度測定値は基準化され得、そして閾値が、一連のコントロールサンプル間のシグナルにおけるバリエーションの量に基づいてすなわち、試験化合物を用いずに、設定され得る。このバリエーションが小さいほど、信頼性のある検出をされる試験化合物の効果はより小さくなる。本発明のアッセイのなおさらなる実施形態において、このアッセイを支える細胞培養技術を活用して、Tim-1/Tim-4複合体は、細胞全体wholecellにおいて産生される。例えば、以下で記載されるように、Tim-1/Tim-4複合体は、真核生物細胞培養系例えば、哺乳動物細胞および酵母細胞において構成され得る。当業者に公知の他の細胞が、使用され得る。細胞全体においてこのアッセイを作製することについての利点としては、このインヒビターの治療における使用が必要とされる環境により近く近似する環境において機能的であるインヒビターを検出する能力が挙げられ、この因子の細胞内への侵入を果たす能力を含む。その上さらに、このアッセイの特定のインビボ実施形態例えば、以下に挙げる実施例は、試験化合物の高処理分析を受容可能である。Tim-1/Tim-4複合体の成分は、このアッセイを支持するために選択された細胞に対して内因性であり得る。あるいは、幾つかまたは全ての成分は、外来性供給源に由来し得る。例えば、融合ポリペプチドは、組換え技術によって例えば、発現ベクターの使用を通して、そしてこの融合ポリペプチド自体またはこれをコードするmRNAを微量注入することによって、細胞内に導入され得る。なお別の実施形態において、Tim-1ポリペプチドおよびTim-4ポリペプチドは、相互作用捕捉アッセイinteractiontrapassayを作製し、その後、ポリペプチド同士の結合を壊す因子を検出するために使用され得るまた、米国特許第6,200,759号および同第5,925,523号;Zervosら1993Cell72:223-232;Maduraら1993J.BiolChem268:12046-12054;Bartelら1993Biotechniques14:920-924;ならびにIwabuchiら1993Oncogene8:1693-1696を参照。酵母ツーハイブリッドポリペプチド相互作用アッセイもまた、Tim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの結合に影響する化合物を同定するために使用され得る。このアッセイは、ほとんどの真核生物細胞転写アクチベーターはモジュール式であり、すなわち、これらのアクチベーターは代表的に、転写を活性化する活性化ドメインおよびこのアクチベーターをDNA分子の適切な領域に局在化するDNA結合ドメインを含むという知見に基づく。ツーハイブリッド系において、第1の融合ポリペプチドは、DNA結合ドメインと融合する一対の相互作用するポリペプチドのうちの1つを含み、そして第2の融合ポリペプチドは、転写活性化ドメインに融合する一対の相互作用するポリペプチドのもう一方を含む。2つの融合ポリペプチドは、同じ細胞内で独立して発現され、そして融合体の相互作用するポリペプチド部分間の相互作用は、転写活性化因子の機能を再構成し、この因子は、レポーター遺伝子の転写の活性化により検出される。少なくとも2つの異なる細胞ベースのツーハイブリッドポリペプチド-ポリペプチド相互作用アッセイ系は、結合相互作用を評価するかおよび/または相互作用するポリペプチドを同定するために使用されている。一対の融合ハイブリッドポリペプチドを両方使用し、ここで、この一対のうちの1つは転写活性化因子の転写活性化ドメインに融合する第1の2つの相互作用ポリペプチドを含み、そして一対のうちのもう一方は、転写活性化因子のDNA結合ドメインに融合する第2の2つの相互作用ポリペプチドを含む。別の実施形態において、ポリペプチドのうちの1つは細胞上に例えば細胞表面上に発現され、ここで、他のポリペプチドは、天然ポリペプチドまたは組換えポリペプチドであり、精製されているかまたは部分的に精製されており、そして複合体の形成が可能になるように細胞に接触される。幾つかの実施形態において、Tim-1とTim-4との間の結合相互作用を調節することが同定されている因子は、機能的効果例えば、インビトロまたはインビボでの、T細胞のTh1/Th2応答の誘導に対するその効果について、例えば実施例の節で記載するアッセイの使用により、さらに評価され得る。試験因子または試験化合物は、試験することを望まれる任意の因子または化合物であり得、これらとしては、ポリペプチド抗体を含む、ペプチド、核酸RNA、DNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ペプチド、核酸を含む、炭水化物、有機化合物、無機化合物、天然産物、ライブラリー抽出物、体液およびTim-1ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の結合に影響することについて試験することを望まれる他のサンプルが挙げられるが、これらに限定されない。特に、この試験化合物は、Tim-1ポリペプチドのペプチド模倣物またはそのフラグメントであり得る。幾つかの実施形態において、この試験因子は、精製されるかまたは部分的に精製され、一方、他の実施形態においては精製されない。試験因子は、多くの化学的クラスを含むが、代表的には、これらは有機分子であり、好ましくは有機低分子であり、50ダルトンより大きく約2,500ダルトン未満の分子量を有する。試験因子は、ポリペプチドとの構造的相互作用のために必要な官能基を含み、特に水素結合を含み、そして代表的には少なくとも1つのアミン基、カルボニル基、ヒドロキシル基またはカルボキシル基を、好ましくは少なくとも2つの官能化学基を含む。この試験因子は、しばしば、環式炭素もしくはヘテロ環式構造および/または芳香族構造またはポリ芳香族構造を含み、上記の官能基による1以上の置換を有する。試験因子はまた、生物分子の間に見出され得、この分子としては以下が挙げられるが、これらに限定されない:ペプチド、多糖類、脂肪酸、ステロイド、プリン、ピリミジン、誘導体、構造アナログまたはこれらの組み合わせ。試験因子は、合成化合物または天然化合物のライブラリーを含む、広範な種々の供給源から得られる。例えば、広範な種々の有機化合物および生体分子の無作為合成および定方向のdirected無作為オリゴヌクレオチドおよび無作為オリゴペプチドの発現を含む合成について、多くの手段が利用可能である。低分子の有機/ペプチドのライブラリーは、例えば、Blondelleら1995TrendsAnal.Chem.14:83;Affymax、米国特許第5,359,115号および同第5,362,899号;Ellman、米国特許第5,288,514号;Stillら、PCT出願公開第WO94/08051号;Chenら1994JACS116:2661;Kerrら1993JACS115:252;PCT出願公開第WO92/10092号、同第WO93/09668号および同第WO91/07087号;ならびにLernerら、PCT出願公開第WO93/20242号に記載されるようなコンビナトリアル技術を使用して作製され得る。あるいは、細菌、真菌、植物および動物抽出物の形態の天然の化合物のライブラリーが、利用可能であるかまたは容易に作製され得る。さらに、天然のまたは合成的に作製されたライブラリーおよび化合物は、従来的な化学的手段、物理的手段および生化学的手段を通して用意に修飾され得、そしてコンビナトリアルライブラリーを作製するために使用され得る。公知の薬理学的因子は、定方向directedであるかまたは無作為な化学的修飾例えば、アシル化、アルキル化、エステル化、アミド化amidificationなどを受けて、構造的アナログを産生し得る。他の実施形態において、試験因子は、Tim-1、Tim-4またはこれらのフラグメントのペプチド模倣物である。ペプチド模倣物は、ペプチドおよびポリペプチドに基づくか、またはこれらに由来する化合物である。本発明において使用され得るペプチド模倣物は、代表的に、天然でないアミノ酸を用いる公知のアナログペプチド配列の構造的修飾例えば、立体配置的制限、等配電子置換などによって得られ得る。このペプチド模倣物は、ペプチドと非ペプチド合成構造との間の構造的空間の連続体を構成する;従って、ファルマコフォアpharmacophoreをはっきりさせるdelineateため、およびペプチドを親アナログペプチドの活性を有する非ペプチド化合物に翻訳することを補助するために、アナログペプチド模倣物が有用であり得る。その上、本開示から明らかであるように、このTim-1配列およびTim-4配列のミメトープmimetopeが、提供され得る。このようなペプチド模倣物は、非加水分解性になること例えば、プロテアーゼまたは対応するペプチドを分解する他の生理学的条件に対する安定性の増大、特異性および/または効力の増大、ならびにペプチド模倣物の細胞内局在のための細胞透過性の増大などの特性を有し得る。例示目的のために、本発明のペプチドアナログが生成されて使用され得、例えば、ベンゾジアゼピン例えば、Freidingerら,Peptides:ChemistryandBiology,G.R.Marshall編,ESCOMPublisher:Leiden,Netherlands,1988を参照、置換γラクタム環Garveyら,Peptides:ChemistryandBiology,G.R.Marshall編,ESCOMPublisher:Leiden,Netherlands,1988,pl23、C-7模倣物Huffmanら,Peptides:ChemistryandBiology,G.R.Marshall編,ESCOMPublisher:Leiden,Netherlands,1988,p.105、ケト-メチレンプソイドペプチドEwensonら1986JMedChem29:295;およびEwensonら,Peptides:StructureandFunction第9回AmericanPeptideSymposiumの予稿集PierceChemicalCo.Rockland,IL,1985、β-ターンジペプチドコアNagaiら1985TetrahedronLett26:647;およびSatoら1986JChemSocPerkinTrans1:1231、α-アミノアルコールGordonら1985BiochemBiophysResCommun126:419;およびDannら1986BiochemBiophysResCommun134:71、ジアミノケトンNatarajanら1984BiochemBiophysResCommun124:141、および修飾メチレンアミノRoarkら,Peptides:ChemistryandBiology,G.R.Marshall編,ESCOMPublisher:Leiden,Netherlands,1988,pl34である。また、一般に、Peptides:ChemistryandBiology,G.R.Marshall編,ESCOMPublisher:Leiden,Netherlands,1988におけるSessionIII:Analyticandsyntheticmethodsを参照のこと。目的のアナログペプチド模倣物を作製するために実施され得る種々の側鎖置換に加えて、本発明は、ペプチド二次構造の構造的に制限された模倣物の使用を特に企図する。多くの代替が、ペプチドのアミド結合について開発されている。アミノ結合の頻繁に利用される代替は、以下の基を含む:iトランス-オレフィン、iiフルオロアルケン、iiiメチレンアミノ、ivホスホンアミド、およびvスルホンアミド。幾つかの実施形態において、試験因子は、Tim-1ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドの間の結合に影響し得るか否かを決定する前に、Tim-1ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドに結合するその能力について、事前に選択される。1つの実施形態において、試験因子は、最初、Tim-1ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドに結合するその能力について選択され得る。この試験因子は、試験因子のライブラリー例えば、ペプチドライブラリーまたはファージディスプレイライブラリーをスクリーニングすることによって事前に選択され得る。VI.Tim-1およびTim-4の改変体およびアナログを同定する方法本発明の別の局面は、変更された結合活性を有するか、または変更された機能を有する、Tim-1ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドの改変形態を同定する方法を提供する。1つの局面において、本発明は、野生型Tim-4と比較して変更された結合特性を有するTim-4ポリペプチドを同定する方法を提供する。1つの実施形態において、Tim-4ポリペプチドは、そのN末端もしくはC末端またはその両方において切断を含み、そしてTim-1ポリペプチドへの結合について試験される。このようなアプローチは、例えば、Tim-1に結合するその能力を保持する最小のTim-4フラグメントを同定することを可能にする。Tim-4フラグメントは、第2のポリペプチド例えば、IgドメインまたはアッセイのためのGST融合ポリペプチドに融合し得る。さらに、変異例えば、1以上のアミノ酸位置において欠失、挿入または置換を生じる変異であるが、これに限定されないが、a全長Tim-4ポリペプチドをコードするDNAセグメント内、またはbTim-1ポリペプチドへの結合が可能なTim-4フラグメントをコードするDNAセグメント内に導入され得、そして変異体Tim-4フラグメントの能力が、この変異体ポリペプチドはTim-1ポリペプチドに対し変更された結合親和性を有するか否かを決定するために試験される。別の局面において、本発明は、野生型Tim-1と比較して変更された結合特性を有するTim-1ポリペプチドを同定する方法を提供し、これは、野生型Tim-4と比較して変更された結合特性を有するTim-4ポリペプチドの同定に類似する。Tim-4変異体およびTim-1変異体の作製が、例えば変異体ポリペプチドライブラリーの当業者に公知の任意の技術を通した作製によって達成され得る。クローニングされた遺伝子のインビトロ変異誘発についての技術は、公知である。変異を走査するためのプロトコルの例は、Gustinら,Biotechniques14:221993;Barany,Gene37:111-231985;Colicelliら,MolGenGenet199:537-91985;およびPrentkiら,Gene29:303-131984において見出され得る。部位特異的変異誘発のための方法は、Sambrookら,MolecularCloning:ALaboratoryManual,CSHPress1989,pp.15.3-15.108;Weinerら,Gene126:35-411993;Sayersら,Biotechniques13:592-61992;JonesおよびWinistorfer,Biotechniques12:528-301992;Bartonら,NucleicAcidsRes18:7349-551990;MarottiおよびTomich,GeneAnalTech6:67-701989;ならびにZhuAnalBiochem177:120-41989において見出され得る。アミノ酸置換は、含まれる残基の極性、電荷、可溶性、疎水性、親水性、および/または両親媒性の性質の類似性に基づいて行われ得る。他の実施形態において、変異は、無作為に作製される。変更された結合特性を有するTim-1ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドとは、それぞれ、Tim-4またはTim-1についての変更された親和性を有するポリペプチドをいう。幾つかの特定の実施形態において、変異体ポリペプチドは、ある生理学的条件下で非変異形態と同じ結合親和性を有するが、他の条件下では異なる親和性を有する。例えば、Tim-4ポリペプチドは、a少なくとも1つのアミノ酸置換を有するTim-4IgVドメイン;b必要に応じてTim-4ムチンドメイン;およびc必要に応じてヒトIgドメインまたは親和性タグからなり、Tim-1ポリペプチドに対する結合について試験され得る。このTim-4ポリペプチドは、37°Cでは変異を有さない等価のTim-4ポリペプチドと同じ結合親和性でTim-1に結合するが、35°Cでは異なる結合親和性を有することが見出され得る。同様に、変異体ペプチドは、別のパラメーター例えば、pHあるいは一価イオンもしくは二価イオンの存在または非存在が変化する場合に、異なる活性を示し得る。本発明の別の局面は、Tim-4のTim-1への結合に貢献するTim-4におけるアミノ酸残基を同定する方法を提供し、この方法は、以下:aiTim-4IgVドメインを含むポリペプチドであって、このTim-4IgVドメインは、配列番号3の残基31~133に示されるTim-4IgVドメインと比較して1と10との間のアミノ酸置換を有する、ポリペプチドとiiTim-4に結合可能であるTim-1ポリペプチドとを接触させる工程;bこのポリペプチドとこのTim-1ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出する工程;およびcこの複合体の形成を適切なコントロールに対して比較する工程であって、ここで、複合体形成の程度が適切なコントロールから異なる場合、アミノ酸はTim-1への結合に貢献することが同定される。1つの実施形態において、この適切なコントロールは、iTim-1ポリペプチドとii配列番号3に示されるTim-4IgVドメインのアミノ酸配列を含むコントロールポリペプチドとの間の複合体の形成を含む。別の実施形態において、適切なコントロールは、所定の閾値レベルを含む。別の実施形態において、Tim-1ポリペプチドは、配列番号1の残基21~126に示すTim-1IgVドメインのアミノ酸配列と少なくとも80、85、90、95、96、97、98または99同一または類似である配列を含む。別の実施形態において、このポリペプチドは、Tim-4ムチンドメインをさらに含む。関連の実施形態において、このポリペプチドは、Tim-4ムチンドメインのアミノ酸配列と少なくとも90同一または類似である配列を含む。本発明の別の局面は、Tim-1のTim-4への結合に貢献するTim-1におけるアミノ酸残基を同定する方法を提供し、この方法は、以下:iTim-1IgVドメインを含むポリペプチドであって、このTim-1IgVドメインは、配列番号1の残基21~126に示されるTim-1IgVドメインと比較して1と10との間のアミノ酸置換を有する、ポリペプチドとiiTim-2に結合可能であるTim-4ポリペプチドまたはそのフラグメントとを接触させる工程;bこのポリペプチドとこのTim-41ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出する工程;およびcこの複合体の形成を適切なコントロールに対して比較する工程であって、ここで、複合体形成の程度が適切なコントロールから異なる場合、アミノ酸はTim-4への結合に貢献することが同定される。本発明の関連の局面は、試験ポリペプチドがTim-1ポリペプチドに結合するか否かを決定する方法を提供し、ここで、この試験ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸31~133に少なくとも90同一または類似であるアミノ酸配列を含み、この方法は、以下:a試験ポリペプチドを、Tim-1ポリペプチドに接触させる工程;およびbこの試験ポリペプチドとTim-1ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、複合体が検出される場合に、この試験ポリペプチドは、Tim-1ポリペプチドに結合することが決定される。1つの実施形態において、この試験ポリペプチドは、配列番号3の残基31~133または配列番号4の残基31~134に示されるTim-4IgVドメインに少なくとも70、80、90または95同一または類似である配列を含む。別の実施形態において、この試験ポリペプチドは、配列番号3、配列番号4、配列番号9、配列番号10、配列番号11および配列番号12からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むTim-4ポリペプチドに少なくとも70、80、90または95同一または類似である配列を含む。別の実施形態において、この試験ポリペプチドは、その精製を容易にするか、またはインビボで安定性もしくは活性の増強を与えるポリペプチド配列例えば、Fc免疫グロブリンドメインまたはアフィニティタグを含む。本発明の別の局面は、試験ポリペプチドがTim-4ポリペプチドに結合するか否かを決定する方法を提供し、ここで、この試験ポリペプチドは、配列番号1のアミノ酸21~126と少なくとも90同一または類似であるアミノ酸配列を含む。この方法は、以下:aこの試験ポリペプチドをTim-4ポリペプチドと接触させる工程;およびbこの試験ポリペプチドとTim-4ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、複合体が検出される場合、この試験ポリペプチドはTim-4ポリペプチドに結合することが決定される。1つの実施形態において、この試験ポリペプチドは、配列番号1の残基21~126または配列番号2の残基21~129に示されるTim-1IgVドメインと少なくとも70、80、90または95同一または類似である配列を含む。別の実施形態において、この試験ポリペプチドは、その精製を容易にするか、またはインビボで安定性または活性を増強するポリペプチド配列例えばFc免疫グロブリンドメインもしくはアフィニティタグを含む。試験ポリペプチドがTim-1ポリペプチドまたはTim-4ポリペプチドに結合するか否かを決定するための本明細書中で記載される方法の1つの実施形態において、この試験ポリペプチドは、例えば、前の節で記載されるようなTim-1またはTim-4のペプチド模倣物である。可能性のある生物活性のペプチド模倣物を設計するために有用であるコンピュータープログラムは、米国特許第5,331,573号その開示は本明細書中で参考として援用されるに記載される。VII.処方物本明細書中で記載される治療剤は、薬学的組成物として処方され得る。本発明に従う使用のための薬学的組成物は、1以上の薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤を用いて、従来様式で処方され得る。従って、この化合物ならびにその薬学的に受容可能な塩および溶媒化合物は、例えば、エアロゾル経路、静脈内経路、経口経路または局所経路によって投与するために処方され得る。この投与としては、病変内局注射、腹腔内注射、皮下注射、筋肉内注射または静脈内注射;輸液;リポソーム媒介性送達;局所送達、髄腔内送達、歯肉ポケット送達、直腸経由の送達、気管支内送達、鼻送達、経粘膜送達、腸送達、経口送達、眼送達または耳送達が挙げられ得る。本発明の例示的な組成物は、送達系例えば、リポソーム系に混合されたRNAiを含有し、かつ、必要に応じて受容可能な賦形剤を含有する。好ましい実施形態において、この組成物は、注射のために処方される。技術および処方物は、一般に、Remmington’sPharmaceuticalSciences,MeadePublishingCo.,Easton,PAにおいて見出され得る。全身投与については、注射が好ましく、筋肉内注射、静脈内注射、腹腔内注射および皮下注射が挙げられる。注射のために、本発明の化合物は、液体溶液中に、好ましくは生理学的に適合性の緩衝液例えば、ハンクス溶液またはリンガー溶液中に処方され得る。さらに、この化合物は、固体形態で処方されて、使用直前に溶解され得るかまたは懸濁され得る。凍結乾燥形態もまた、挙げられる。経口投与のために、この薬学的組成物は、例えば、従来手段によって薬学的に受容可能な賦形剤と共に調製される錠剤またはカプセル剤の形態をとり得る。この賦形剤は、例えば、結合剤例えば、α化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドンもしくはヒドロキシプロピルメチルセルロース;フィラー例えば、乳糖、微結晶性セルロースもしくはリン酸水素カルシウム;潤沢剤例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルクもしくはシリカ;崩壊剤例えば、ジャガイモデンプンもしくはグリコール酸デンプンナトリウム;または湿潤剤例えば、ラウリル硫酸ナトリウムである。この錠剤は、当該分野で周知の方法でコートされ得る。経口投与のための液体調製剤は、例えば、溶液剤、シロップ剤もしくは懸濁剤の形態をとり得るか、またはこれらは水もしくは他の適切なビヒクルによる使用前の構成のための乾燥製品として存在し得る。このような液体調製剤は、従来手段によって薬学的に受容可能な添加剤と共に調製され得る。この添加剤は、例えば、懸濁化剤例えば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体または摂食可能な水素化脂肪;乳化剤例えば、レシチンまたはアラビアゴム;非水性ビヒクル例えば、ationd油、油性エステル、エチルアルコールまたは分留植物油および保存剤例えば、メチル-p-ヒドロキシベンゾエートもしくはプロピル-p-ヒドロキシベンゾエートまたはソルビン酸である。この調製剤はまた、必要に応じて緩衝化塩、香料添加剤、着色剤および甘味剤も含有し得る。経口投与のための調製剤は、活性化合物を徐放させるために適切に処方され得る。口腔内投与のために、この組成物は、従来様式で処方された錠剤またはロゼンジの形態をとり得る。吸入による投与のために、本発明に従う使用のための化合物は、適切な噴霧剤例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロメタン、二酸化炭素または他の適切な気体の使用により与圧パックまたはネブライザーから与えられるエアロゾルスプレーの形態で簡便に送達される。与圧エアロゾルの場合、単位投薬量は、計測された量を送達するバルブの提供によって決定され得る。例えば、吸入器inhalerまたは吸入器insufflatorにおける使用のためのゼラチンのようなカプセルおよびカートリッジは、化合物の粉末混合物および適切な粉末ベース例えば、乳糖またはデンプンを含有するように処方され得る。この化合物は、注射による例えば、ボーラス注射または連続的輸液による非経口投与のために処方され得る。注射のための処方物は、保存剤を加えた単位投薬形態例えばアンプル中または多回用量容器中で与えられ得る。この組成物は、油性ビヒクルまたは水性ビヒクル中の懸濁剤、溶液剤または乳剤の形態をとり得、そして処方のためのformulatory薬剤例えば、懸濁化剤、安定化剤および/または分散化剤を含有し得る。あるいは、この活性成分は、適切なビヒクル例えば、無菌無発熱物質水による使用前の構成のための粉末形態であり得る。この化合物はまた、例えば、従来の坐剤ベース例えば、カカオ脂または他のグリセリドを含有する直腸組成物例えば、坐剤または滞留浣腸retentionenemaに処方され得る。上述の処方物に加え、また、この化合物は、蓄積depot調製剤としても処方され得る。このような長時間活性の処方物は、移植例えば、皮下移植または筋肉内移植によって投与され得るか、または筋肉内注射によって投与され得る。従って、例えば、この化合物は、適切なポリマー物質または疎水性物質によって例えば、受容可能な油中の乳剤として処方され得るか、またはイオン交換樹脂によって処方され得るか、またはやや不溶性の誘導体例えば、やや不溶性の塩として処方され得る。全身投与はまた、経粘膜手段または経皮手段によってもよい。経粘膜投与または経皮投与のために、浸透するべき障壁に対して適切な浸透剤が、処方において使用される。このような浸透剤は、一般に当該分野で公知であり、例えば、経粘膜投与のための胆汁酸塩およびフシジン酸誘導体が挙げられ、さらに、浸透を容易にするために界面活性剤が使用され得る。経粘膜投与は、鼻用スプレーを通してまたは坐剤を用いて投与され得る。局所投与について、本発明のオリゴマーは、当該分野で公知の軟膏ointment、軟膏salve、ゲル剤またはクリーム剤に処方される。洗浄溶液はまた、治癒を促進して損傷または炎症を処置するために局所的に使用され得る。この組成物は、所望される場合、活性成分を含有する1以上の単位投薬形態を含み得るパックデバイスまたはディスペンサーデバイス中で与えられ得る。このパックは、例えば、金属箔またはプラスチック箔を備え得る例えば、ブリスターパック。このパックデバイスまたはディスペンサーデバイスに、投与のための指示書を添付し得る。本発明の核酸、オリゴマーの投与を含む治療は、種々の投与様式全身投与、局所topical投与または局所localized投与が挙げられるのために処方され得る。技術および処方物は、一般に、Remmington’sPharmaceuticalSciences,MeadePublishingCo.,Easton,PAにおいて見出され得る。全身投与については、注射が好ましく、筋肉内注射、静脈内注射、腹腔内注射、結節内注射および皮下注射が挙げられ、注射のために、本発明のオリゴマーは、液体溶液中に、好ましくは生理学的に適合性の緩衝液例えば、ハンクス溶液またはリンガー溶液中に処方され得る。さらに、このオリゴマーは、固体形態で処方されて、使用直前に溶解され得るかまたは懸濁され得る。凍結乾燥形態もまた、挙げられる。全身投与はまた、経粘膜手段または経皮手段によってもよいか、または化合物が経口的に投与されてもよい。経粘膜投与または経皮投与のために、浸透するべき障壁に対して適切な浸透剤が、処方物において使用され得る。このような浸透剤は、一般に当該分野で公知であり、例えば、経粘膜投与のための胆汁酸塩およびフシジン酸誘導体が挙げられる。さらに、浸透を容易にするために界面活性剤が使用され得る。経粘膜投与は、鼻用スプレーを通してまたは坐剤を用いて投与され得る。経口投与のために、このオリゴマーは、従来の経口投与形態例えば、カプセル剤、錠剤および強壮薬で処方される。局所投与について、本発明のオリゴマーは、当該分野で公知の軟膏ointment、軟膏salve、ゲル剤またはクリーム剤に処方される。本発明の薬剤および組成物の毒性および治療効力は、例えば、LD50の決定集団の50に致命的な用量およびED50集団の50に治療的に有効である用量の決定のための、細胞培養物または実験動物における標準的薬学的手順によって決定され得る。毒性と治療効果との間の用量比は、治療の指標であり、そしてLD50/ED50の比で表され得る。大きな治療誘導性を示す化合物が、好ましい。毒性の副作用を示す化合物が使用され得るが、非感染細胞に対する損傷の可能性を最小化するためにこのような化合物を冒された組織の部位に対して標的化し、それによって副作用を低減する送達系を設計するために、注意が払われるべきである。細胞培養アッセイおよび動物研究から得られるデータは、ヒトにおける使用のための範囲の投薬量を処方するために使用され得る。このような化合物の投薬量は、好ましくは、ED50を含み毒性をほとんどもしくは全く有さない循環濃度の範囲内である。この投薬量は、使用される投薬形態および使用される投与経路に依存して、この範囲内で変わり得る。本発明の方法において使用される任意の化合物について、治療的に有効な投薬量が、まず細胞培養アッセイから見積もられ得る。動物モデルにおいて、細胞培養物中で決定されるIC50すなわち、最大の半分の症状の阻害を達成する試験化合物の濃度を含む範囲の循環血漿濃度を達成する用量が処方され得る。このような情報は、ヒトにおいて有用な用量をより正確に決定するために使用され得る。血漿中のレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって測定され得る。本明細書中に記載される方法の1つの実施形態において、この薬剤の有効量は、被験体の体重1kgあたり約1mgと約50mgとの間である。1つの実施形態において、この薬剤の有効量は、被験体の体重1kgあたり約2mgと約40mgとの間である。1つの実施形態において、この薬剤の有効量は、被験体の体重1kgあたり約3mgと約30mgとの間である。1つの実施形態において、この薬剤の有効量は、被験体の体重1kgあたり約4mgと約20mgとの間である。1つの実施形態において、この薬剤の有効量は、被験体の体重1kgあたり約5mgと約10mgとの間である。本明細書中で記載される方法の1つの実施形態において、この薬剤は、少なくとも週に1回投与される。1つの実施形態において、この薬剤は、毎日投与される。1つの実施形態において、この薬剤は、隔日で投与される。1つの実施形態において、この薬剤は、6日~8日毎に投与される。1つの実施形態において、この薬剤は、毎週投与される。被験体に投与するための化合物および/または薬剤の量について、当業者は、いかにして適切な量を決定するかを知っている。本明細書中で使用される場合、用量または量は、障害を阻害すること、障害を処置すること、被験体を処置することまたは被験体を障害に罹患することから予防することのいずれかのために十分な用量または量である。この量が、有効量とみなされ得る。当業者は、どの量が被験体を処置するために必要とされるかを決定するための単純な滴定実験を実施し得る。本発明の組成物の投薬量は、被験体および使用される特定の投与経路に依存して変わり得る。1つの実施形態において、この投薬量は、被験体の体重1kgあたり約0.1μgから約100,000μgまでの範囲におよび得る。この組成物に基づき、この用量は、連続的に例えば、連続ポンプによって送達され得るか、または定期的な間隔で送達され得る。例えば、1以上の別々の場合にである。特定の組成物の多回用量の所望される時間間隔は、当業者によって過度の実験をすることなく決定され得る。有効量は、とりわけ、化合物の大きさ、化合物の生物分解性、化合物の生物活性および化合物のバイオアベイラビリティーに基づき得る。この化合物が迅速に崩壊せず、生物利用可能でかつ非常に活性である場合、有効であるためにより少ない量が必要であり得る。この有効量は、当業者に公知である。これはまた、この化合物の形態、この化合物の大きさおよびこの化合物の生物活性にも依存する。当業者は、バイオアッセイにおいて生物活性を決定して、それにより有効量を決定するための化合物についての実験的活性試験を、慣用的に実施し得る。上記方法の1つの実施形態において、この化合物の有効量は、被験体の体重1kgあたり約1.0ngから約100mgまでを含有する。上記方法の別の実施形態において、この化合物の有効量は、被験体の体重1kgあたり約100ngから約50mgまでを含有する。上記方法の別の実施形態において、この化合物の有効量は、被験体の体重1kgあたり約1μgから約10mgまでを含有する。上記方法の別の実施形態において、この化合物の有効量は、被験体の体重1kgあたり約100μgから約1mgまでを含有する。この化合物、組成物および/または薬剤がいつ投与されるべきであるかについて、当業者は、このような化合物および/または薬剤をいつ投与するかを決定し得る。この投与は、一定期間または定期的または特定の間隔について、一定であり得る。この化合物は、毎時間、毎日、毎週、毎月、毎年例えば、徐放形態で、または1回の送達で送達され得る。この送達は、一定期間について連続的な送達であり得る例えば、静脈内送達。本明細書中に記載される方法の1つの実施形態において、この薬剤は、少なくとも1日に1回投与される。本明細書中に記載される方法の1つの実施形態において、この薬剤は、毎日投与される。本明細書中に記載される方法の1つの実施形態において、この薬剤は、隔日で投与される。本明細書中に記載される方法の1つの実施形態において、この薬剤は、6日~8日毎に投与される。本明細書中に記載される方法の1つの実施形態において、この薬剤は、毎週投与される。本明細書中に記載される、ポリペプチドを含有する薬剤が被験体に投与される方法の幾つかの実施形態において、このポリペプチドは、このようなポリペプチドをコードする遺伝子を投与することによって被験体に投与される。治療用ポリペプチドの発現構築物例えば、野生型またはムテインのTim-4IgVドメインを含むポリペプチドは、任意の生物学的に有効なキャリア例えば、インビボで細胞を組換え融合遺伝子により有効にトランスフェクトすることが可能な任意の処方物または組成物中で投与され得る。アプローチは、被験体の融合遺伝子のウイルスベクター組換えレトロウイルス、アデノウイルス、アデノ関連ウイルスおよび単純ヘルペスウイルス-1または組換え細菌プラスミドもしくは組換え真核生物プラスミドが挙げられるへの挿入を含む。ウイルスベクターは、細胞を直接トランスフェクトするために使用され得る。プラスミドDNAは、例えば、カチオン性リポソームリポフェクチンまたは誘導体化例えば、抗体結合体化、ポリリジン結合体、グラマシジンS、人工ウイルスエンベロープまたは他のこのような細胞内キャリアの補助、ならびに、インビボで実施されるこの遺伝子構築物またはCaPO4沈殿物の直接的な注射によって送達され得る。適切な標的細胞の導入が遺伝子治療の重要な第1の工程を表すので、特定の遺伝子送達系の選択は、意図した標的の表現型および投与の経路例えば、局所的または全身的のような要因に依存することが理解される。さらに、例えばウイルスベクター内に含まれるcDNAによってウイルスベクター内にコードされる分子は、ウイルスベクター核酸を取り込んだ細胞内で効率的に発現される。レトロウイルスベクターおよびアデノ関連ウイルスベクターは、一般に、異種遺伝子のインビボ導入特に、ヒトへのために選択される組換え遺伝子送達系として理解される。これらのベクターは、遺伝子の細胞への効率的な送達を提供し、そして導入された核酸は、宿主の染色体DNA内に安定的に組み込まれる。レトロウイルスの使用のための主要な、あらかじめ必要とされることは、特に、野生型ウイルスの細胞集団における拡散の可能性に関して、その使用の安全性を確実にすることである。複製欠損のレトロウイルスのみを産生する特殊化した細胞株パッケージング細胞packagingcellと呼ぶの開発は、遺伝子治療のためのレトロウイルスの有用性を増大し、そして欠損レトロウイルスは、遺伝子治療目的のための遺伝子導入における使用のためによく特徴付けられている総説については、Miller,A.D.1990Blood76:271を参照のこと。従って、レトロウイルスコード配列の部分gag、pol、envがCKIポリペプチドをコードする核酸によって置換されている組換えレトロウイルスは、レトロウイルス複製欠損をもたらす。この複製欠損レトロウイルスは、次いで、ビリオン内にパッケージングされ、標準的技術を用いてヘルパーウイルスの使用を通して標的細胞に感染するために使用され得る。組換えレトロウイルスを産生するためおよびインビトロまらがインビボでこのようなウイルスによって細胞を感染させるためのプロトコルは、CurrentProtocolsinMolecularBiology,Ausubel,F.M.ら編GreenePublishingAssociates,1989,9.10-9.14節および他の標準的実験室手引きにおいて見出され得る。適切なレトロウイルスの例としては、pLJ、pZIP、pWEおよびpEMが挙げられ、これらは当業者に周知である。エコトロピックレトロウイルス系および両栄養性レトロウイルス系の両方を調製するための適切なパッケージングウイルス株の例としては、ΨCrip、ΨCre、Ψ2およびΨAmが挙げられる。レトロウイルスは、種々の遺伝子を多くの異なる細胞型神経細胞、上皮細胞、内皮細胞、リンパ球、筋芽細胞、肝細胞、骨髄細胞が挙げられるにインビトロおよび/またはインビボで導入するために使用されている例えば、Eglitisら1985Science230:1395-1;DanosおよびMulligan1988Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:6460-6464;Wilsonら1988Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:3014-3018;Armentanoら1990Proc.Natl.Acad.Sci.USA87:6141-6145;Huberら1991Proc.Natl.Acad.Sci.USA88:8039-8043;Ferryら1991Proc.Natl.Acad.Sci.USA88:8377-8381;Chowdhuryら1991Science254:1802-1805;vanBeusechemら1992Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:7640-7644;Kayら1992HumanGeneTherapy3:641-647;Daiら1992Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:10892-10895;Hwuら1993J.Immunol.150:4104-4115;米国特許第4,868,116号;米国特許第4,980,286号;国際特許出願第WO89/07136号;国際特許出願第WO89/02468号;国際特許出願第WO89/05345号;および国際特許出願第WO92/07573号を参照。さらに、レトロウイルスおよび必然的にレトロウイルスベースのベクターの感染範囲を、ウイルス粒子の表面上のウイルスパッケージングポリペプチドを改変することによって限定することが可能であることが示されている例えば、国際特許出願第WO93/25234号、国際特許出願第WO94/06920号および国際特許出願第WO94/11524号を参照のこと。例えば、レトロウイルスベクターの感染範囲を改変するための戦略としては、以下が挙げられる:細胞表面抗原に特異的な抗体のウイルスenvポリペプチドとの結合Rouxら1989PNAS86:9079-9083;Julanら1992J.GenVirol73:3251-3255;およびGoudら1983Virology163:251-254;または細胞表面リガンドのウイルスenvポリペプチドとの結合Nedaら1991JBiolChem266:14143-14146。結合は、ポリペプチドまたは他の種類例えば、envポリペプチドをアシアロ糖ポリペプチドに変換する乳糖との化学的架橋の形態であってもよく、ならびに融合ポリペプチド例えば、単鎖抗体/env融合ポリペプチドの産生によってであってもよい。この技術は、特定の組織型を限定するかまたは特定の組織型に対する感染を指向するために有用であり、かつまた、エコトロピックベクターを両栄養性ベクターに変換するためにも使用され得る。上で説明したようなウイルス導入方法に加えて、非ウイルス性の方法もまた、目的のポリペプチドの動物の組織における発現を引き起こすために使用され得る。遺伝子導入の非ウイルス性の方法のほとんどは、哺乳動物細胞による高分子の取り込みおよび細胞内輸送のために使用される正常な機構に依存する。好ましい実施形態において、本発明の非ウイルス性遺伝子送達系は、標的細胞による遺伝子の取り込みのためのエンドサイトーシス経路に依存する。この型の例示的な遺伝子送達系としては、リポソーム送達系、ポリリジン結合体および人工ウイルスエンベロープが挙げられる。代表的な実施形態において、目的のポリペプチドの1つをコードする遺伝子は、その表面に正電荷を帯びたリポソーム例えばリポフェクチン内に捕捉され得、このリポソームは、必要に応じて標的組織の細胞表面抗原に対する抗体でタグ標識されるMizunoら1992NoSinkeiGeka20:547-551;国際特許公開第WO91/06309号;日本国特許出願第1047381号;および欧州特許公報EP-A-43075。例えば、神経膠腫細胞のリポフェクチンは、神経膠腫関連抗原に対するモノクローナル抗体でタグ標識されたリポソームを使用して実施され得るMizunoら1992Neurol.Med.Chir.32:873-876。臨床状況において、この遺伝子送達系は、それぞれが当該分野で知られる任意の多くの方法によって患者に導入され得る。例えば、遺伝子送達系の薬学的調製物は、例えば、静脈内注射によって全身的に導入され得、そして標的細胞の特異的な形質転換は、遺伝子送達ビヒクルによって提供されるトランスフェクションの特異性、転写調節配列の遺伝子発現制御に起因する細胞型または組織型の発現、またはこれらの組み合わせから主に生じる。他の実施形態において、組換え遺伝子の最初の送達は、非常に局在化された動物への導入に、より限定されている。例えば、遺伝子送達ビヒクルは、カテーテル米国特許第5,328,470号を参照または定位的注射例えば、Chenら1994PNAS91:3054-3057によって導入され得る。配列表の記載配列番号1は、Tim-1ヒトポリペプチドである。この配列は、Genbank寄託番号NP_036338として記載される。配列番号2は、Tim-1マウスポリペプチドである。この配列は、Genbank寄託番号NP_599009として記載される。配列番号3は、Tim-4ヒトポリペプチド改変体1である。配列番号4は、Tim-4マウスポリペプチドである。この配列は、Genbank寄託番号NP_848874として記載される。配列番号5は、Tim-1ヒト核酸である。この配列は、Genbank寄託番号NM_012206として記載される。配列番号6は、Tim-1マウス核酸である。この配列は、Genbank寄託番号NM_134248として記載される。配列番号7は、Tim-4ヒト核酸改変体1である。配列番号8は、Tim-4マウス核酸である。この配列は、Genbank寄託番号NM_178759として記載される。配列番号9は、エキソン6およびエキソン7を欠失するマウスTim-4の可溶性形態である。配列番号10は、エキソン6を欠失するマウスTim-4のイソ型である。エキソン6の欠失は、続くエキソン5のフレームシフトを生じる。配列番号11は、エキソン6およびエキソン7を欠失するマウスTim-4の可溶性形態に類似するヒトTim-4の可溶性形態である。配列番号12は、Tim-4マウスポリペプチド改変体である。配列番号13は、Tim-2マウスポリペプチドNP_599010である。例示本発明はここで、一般的に記載される。本発明は、以下の実施例を参照することにより、さらに容易に理解される。以下の実施例は、本発明の特定の局面および実施形態の例示を目的として単に含まれ、他のDNAマイクロアレイ、細胞型、因子、構築物、またはデータ分析方法いずれも限定されないが、本願発明の発明の範囲から逸脱することなく用いられ得ると、本明細書上記および以下の実施例から当業者が理解するように、本発明を限定することは意図していない。本願のどこかで参照した任意の特許、特許出願、特許公報、または科学文献の内容は、その全体が本明細書中に参考として援用される。実験の節の要旨本明細書中に記載の実施例は、Tim-2がTh2細胞で優先的にアップレギュレートされることを実証する。Tim-2の機能的役割と取り組むために、Tim-2に対するモノクローナル抗体およびTim-2のドメインおよびFc免疫グロブリン鎖を含む融合ポリペプチドを作製した。これらの実施例は、Tim-2Igの投与がT細胞活性化およびTh2サイトカインの産生を誘導することを示す。さらに、Tim-2IgをTh1媒介性疾患例えば、実験的自己免疫脳脊髄炎EAEの誘導の間に投与した場合、疾患の臨床徴候が有意に減少した。末梢寛容の誘導の間に投与された場合、Tim-2Igは、移植寛容transplantationtoleranceを促進し得る。まとめて考えると、これらのデータは、Tim-2がTh2分化細胞上に発現されること、およびTim-2とそのリガンドとの間の相互作用のブロックがTh2応答を拡大し、それにより、自己免疫疾患EAEの発症および重篤度が遅延し、移植寛容が増強されることを示唆する。さらに、これらの実施例は、Tim1/Fc融合ポリペプチドの投与が、マウス島移植モデルにおいて同種移植片寛容を促進することを示す。これらの実施例はまた、Tim-4がTim-1についての天然のリガンドであることを実証し、そしてTim-4発現が免疫区画に制限され、この区画内でTim-4の発現がマクロファージおよび樹状細胞DCに制限されることを示す。可溶性Ig融合ポリペプチドを用いて、Tim-4はTim-1に特異的に結合すること、およびこの相互作用が抗Tim-1抗体により阻害されることが見出された。さらに、Tim-1-Igのインビボでの投与は、TH2細胞の優先的増幅をもたらし、一方、Tim-4-IgはT細胞増殖を刺激した。これらの実施例は、Tim-4-Tim-1相互作用がT細胞増幅に必要なシグナルを送達するというモデルを支持する。実験手順抗体、マウスおよびIg融合ポリペプチド全ての動物実験を、HarvardMedicalAreaStandingCommitteeonAnimalsプロトコル696の承認に従って行った。全てのマウスを、JacksonLaboratoriesから購入した。BDPharmingen製のFACS分析で用いた抗体は、以下の通りであった:FITC標識抗マウス:B220、CD3ε、CD11b、CD11c、およびCD4;PE標識抗マウス:IFN-γ、IL-4、IL-10;ストレプトアビジン-PE、および特異的アイソタイプコントロール。二次PE標識検出試薬ヤギFab’2抗ヒトIgG、ヤギ抗ラットIgHL、およびヤギ抗マウスIgG2aは、SouthernBiotechnologyからであった。抗HA-ビオチンクローン12CA5は、Rocheからであった。抗Tim-32C12は、以前に記載されておりMonneyら2002Nature415,536-541、そして抗Tim-13B3は、近年作製された。目的のポリペプチドの細胞外領域をhuIgG1のFcテールに融合した全てのIg融合ポリペプチドは、Chimerigenによって作製された。TH1およびTH2の細胞株およびクローンハトシトクロムc特異的TH1クローンであるAE7、およびコンアルブミンA特異的TH2クローンであるD10.G4を、以前Sabatosら2003NatImmunol4,1102-1110に記載されたとおりの静止-刺激プロトコルにおいて維持した。DO11.10TcRTgのTH1およびTH2の細胞株を、以前に記載されたとおりにインビトロで作製し、そして好首尾の極性化polarizationが、細胞内サイトカイン染色Monneyら2002Nature415,536-541により、各回の再刺激後に確認された。トランスフェクタントTim-4トランスフェクタントおよびTim-1トランスフェクタントを、pDisplayベクターInvitrogenにおいて作製した。Tim-4を、クローニングしたcDNAから、以下のプライマーを用いて増幅した:増幅された生成物は、ベクターのN末端HAタグの切断を回避するために、そしてベクターのシグナル配列を利用するために、Tim-4シグナル配列を欠いていた。Tim-4-pDisplay構築物を、GeneJuiceNovagenを用いてCHO細胞またはHEK293細胞にトランスフェクトし、そして1.5μg/mlG-418Gibcoを用いて、安定なトランスフェクタントが選択された。Tim-1を、クローニングされたcDNAから以下のプライマーを用いて増幅した:そして、Tim-1-pDisplay構築物を、上記の通り、HEK293細胞にトランスフェクトした。CHO-K1細胞を、FuGENERocheを用いてマウスTim-1cDNAを含むpEF6およびピューロマイシン耐性遺伝子でコトランスフェクトすることにより、CHO-Tim-1細胞を作製した。細胞を、ピューロマイシンおよびブラスチシジンblasticidinを用いて選択し、そしてポリクローナルラット抗Tim-1血清を用いてフローサイトメトリーによってTim-1発現について選別し、次いでサブクローニングした。CHO-Tim-3トランスフェクタントは、以前に記載されたMonneyら2002Nature415,536-541。細胞分離および刺激CD11b細胞、CD11c細胞、およびB220細胞を、MACSLSSeparationカラムMiltenyiBiotec中のMACSSort磁気ビーズによるポジティブ選択により脾臓およびリンパ節から精製し、そしてCD3T細胞を、ネガティブ選択カラムRDSystemsにより精製した。細胞の純度を、フローサイトメトリーによってチェックした。総脾細胞または精製したCD11b集団もしくはCD11c集団を、1ng/mlLPSSigmaおよび10ng/mlIFN-γRDで42時間~48時間刺激した。T細胞を活性化するために、総脾細胞または精製したCD3T細胞を、1μg/mlコンカナバリンAConASigmaを用いて42時間~48時間刺激した。精製したCD3T細胞をまた、0.5μg/ウェルの抗CD3クローン145-2C11,BDPharmingenおよび0.5μg/ウェル抗CD28クローン37.51,BDPharmingenで37°Cにて2時間コーティングした24ウェルプレート中で42時間~48時間刺激した。全ての刺激を、以前に記載された、rIL-2を欠く完全培地Sabatosら2003NatImmunol4,1102-1110中で行った。DC作製インビトロでのDC作製のために、骨髄細胞をCB6F1大腿骨から洗い流し、RBCを溶解し、そして残りの細胞を、20ng/mlGM-CSFまたは200ng/mlFlt3Lとともに106/mlでプレーティングした。GM-CSF刺激にて5日後、またはFlt3L刺激にて8日後、40ng/mlLPSをいくつかの培養物に12時間から14時間にわたって添加した。細胞を、GM-CSFについて合計6日間およびFlt3Lについて合計9日間の後に収集した。成熟骨髄性細胞を、上記の通りMACS磁気ビーズを用いたCD86細胞についてのポジティブ選択により、GM-CSF誘導性DC細胞から分離した。Flt3L誘導性細胞から、Gr-1抗体を用いたMACSネガティブ選択により、顆粒球を枯渇した主にCD11c集団を生じる。いくつかのFlt3L誘導性DCから、MACSによりB220プラズマ細胞様plasmacytoid画分を枯渇した。インビボでのDC作製のために、CB6F1マウスに、2×106個のFlt3L分泌CMS5細胞DevinTurnerからの寛大なる寄贈を皮下注射した。脾臓を9日後に収集、そして総CD11c集団を上記の通りの顆粒球枯渇によって得て、そしてDC型を、MACSポジティブ選択を用いて細胞表面マーカーにより分離した。定量的TaqManRT-PCR総RNAを、Triazol法Invitrogenを用いて細胞から抽出した。次いで、RNAを、RNeasyMiniKitQiagenを用いて、0.6単位/μgDNAse1Qiagenを用いて室温にて15秒間の消化に供した。逆転写を、ABIPrismTaqman登録商標逆転写酵素試薬を用いてプライマーとしてランダムヘキサマーおよびオリゴヌクレオチドdTの両方を用いて、1~2μgの消化したRNAについて行った。Tim-4および内部参照GAPDHの発現レベルを、それぞれ、6-カルボキシフルオレセインFAMまたはVIC登録商標AppliedBiosystemsで標識したプローブを用い、そしてクエンチャーとしてTAMRAを用いた多重PCRによって同時に測定した。Taqmanプライマー/プローブを、Tim-4のエキソン3:エキソン4の連結部を含むように、PrimerExpressv1.0ソフトウェアAppliedBiosystemsを用いて設計した。これらのプライマーは、5’-CACCTGGCTCCTTCTCACAA-3’および5’-TGATTGGATGCAGGCAGAGTT-3’であり、そしてプローブは6FAM-5’-AAAAGGGTCCGCCATCACTACAGAATCAG-3’-TAMRAであった。GAPDHプライマーおよびプローブのセットを、AppliedBiosystemsから購入した。PCRを、Taqman登録商標UniversalPCRMasterMixAppliedBiosystemsおよびABIPRISM7700SequenceDetectionSystemを用いて行った。比較閾値サイクルCTを用いて、遺伝子発現を決定した。各サンプルにつき、Tim-4CT値を、式ΔCT=CTTIM-4-CTGAPDHを用いて正規化した。相対発現を決定するために、平均ΔCTを決定し、そして相対Tim-4発現を、発現2-ΔCTを用いて算出した。抗Tim-1を用いたブロッキングTim-4を発現する細胞を、350μg/mlの抗Tim-1または抗Tim-3とともに氷上で1時間予めインキュベートした5μg/mlのTim-1-Igで染色した。抗マウスIgG2a-PEを検出用に用いた。Tim-1を発現する細胞を、350μg/mlの抗Tim-1または抗Tim-3とともに氷上で1時間インキュベートし、その後、1μg/mlのTim-4-Igをこの混合物に添加して、抗huIgG-PEを用いて検出した。増殖アッセイおよびELISA雌性SJL/Jマウス6~12週齡の各側腹部に、完全フロイントアジュバントCFADifco中に乳化した50~100μgのPLP139-151ペプチドHSLGKWLGHPDKFQualityControlledBiochemicalsを皮下注射した。マウスに、100μgのTim-1-IgもしくはTim-4-Ig、100μgのコントロールhIgG1Sigma、またはPBSIg融合ポリペプチドと同じ体積のいずれかを1日おきに腹腔内i.p.注射した免疫と同日0日目に開始し、8日目まで続けた。マウスを10日目に屠殺し、そして脾臓を取り出した。細胞を、0~100μg/mlで添加したPLP139-151を含む完全培地中、丸底96ウェルプレートBDFalcon中に5×105細胞/ウェルでプレーティングした。48時間後、培養上清を、サイトカインELISAのために取り出し、そしてプレートに1μCi3[H]チミジン/ウェルを16時間~18時間パルスした。取り込まれた放射標識チミジンを、BetaPlateシンチレーションカウンターPerkinElmerWallacIncを利用して測定した。このデータを、三連のウェルでの1分間あたりの平均カウントc.p.m.として提示する。サイトカイン産生を、以前に記載されたSabatosら2003NatImmunol4,1102-1110とおりに定量的捕捉ELISAによって測定した。どの細胞が増殖したかを決定するために、総脾細胞を、上記のとおり、B220集団、CD11b集団、およびCD3集団に分離した。次いで、細胞を、三連のウェル中、200μl/ウェルの合計体積において、2×105個の各APC型とともに105個のT細胞を用いて組み換えた。増殖を、上記のとおりに、48時間後に測定した。補助刺激アッセイCD3T細胞を総リンパ節細胞から精製し、次いで37°Cにて1時間、組織培養ディッシュにプレーティングして、あらゆる残りのAPCを除去した。非接着細胞を除去し、そして本文に示した濃度で抗体または融合ポリペプチドでコーティングした平底96ウェルプレートに1ウェルあたり105個の細胞を播種した。プレートを37°Cにて2時間コーティングし、次いでPBSで2~3回洗浄した。48時間後、プレートを1μCiの3[H]チミジン/ウェルで16時間~18時間パルスし、そしてT細胞の増殖を三連のウェルで3[H]チミジン取り込みにより決定した。統計学的有意性を、全ての反復実験からのデータを用いたMann-Whitney検定により決定した。実施例1:Th2細胞におけるTim-2発現の同定RNAレベルでのTim-2の発現を決定するために、出願人らは、サイクルサンプル半定量PCRを利用した。Tim-2は、未刺激のTh2細胞クローンにおいて発現され、Th1においては発現されなかった図1A。Tim-2メッセージのレベルは、D011.10CD4T細胞がTh2表現型に向けて極性化されると増加した図1B。対照的に、Tim-2メッセージの量は、Th1経路への極性化を低下させた細胞において、検出不可能かまたは低かった図1B。これらのデータは、Tim-2がTh1細胞ではなくTh2細胞において識別的に発現されることを示唆する。実施例2:Tim-1Ig融合ポリペプチドおよびTim-2Ig融合ポリペプチドの構築Tim-1およびTim-2の潜在的リガンドを同定するため、ならびにTim-1およびTim-2とそれらのリガンドとの間の機能的なインビボでの関係に取り組むために、出願人らは、Tim-1Ig融合ポリペプチドおよびTim-2Ig融合ポリペプチドを構築した。それぞれの場合、細胞外IgVおよびムチンドメインをコードするcDNAを、ヒトIgG1FcテールをコードするcDNAに融合した。Tim-2構築物をNS.1細胞に安定的にトランスフェクトし、そしてTim-1構築物をCHO細胞に安定的にトランスフェクトした。融合ポリペプチドを、得られた上清からカラムクロマトグラフィーにより精製した。実施例3:活性化抗原提示細胞でのTim-1およびTim-2のリガンドの発現Tim-1およびTim-2の役割を調べるために、出願人らはTim-2融合ポリペプチドを利用して、Tim-2リガンドを発現する細胞集団を同定した。種々の細胞株を、Tim-1Ig融合ポリペプチドおよびTim-2Ig融合ポリペプチドの両方で染色した。非活性化樹状細胞、およびマクロファージは両方とも、Tim-1リガンドの低い発現を実証した。興味深いことに、静止集団はいずれも、Tim-2リガンドを発現しなかった。しかし、LPSおよびインターフェロンγIFNγで活性化した場合、樹状細胞株およびマクロファージ細胞株は、Tim-1リガンドの発現をアップレギュレートし、そしてTim-2リガンドの発現を誘導した図2Aおよび図2B。Tim-1リガンドおよびTim-2リガンドの発現の増加は、これらの細胞サブセットでのMHCクラスII、ならびにB7-1およびB7-2の発現のアップレギュレーションと同時であった。調べた精製された全てのT細胞集団は、未刺激であろうと特異的に活性化されようと、Tim-1リガンドおよびTim-2リガンドの両方について負に染色された。まとめて考えると、このデータは、Tim-1リガンドおよびTim-2リガンドが活性化樹状細胞およびマクロファージで発現されることを示し、相互作用がT細胞および活性化抗原提示細胞を含むことを示唆する。実施例4:T細胞増殖およびTh2サイトカイン産生のTim-1融合ポリペプチドおよびTim-2融合ポリペプチドによる誘導Tim-1およびTim-2はTh2細胞において発現されるので、出願人らは、インビボ免疫応答におけるこれらの分子の役割に興味を持った。これに取り組むために、SJL/Jマウスに、CFA中のPLP139-151を免疫し、そしてTim-1Ig、Tim-2Ig、ヒトIgGまたはPBS希釈剤コントロールを投与した。脾臓およびリンパ節を収集し、そしてインビトロで再刺激して、融合ポリペプチドの存在下での増殖応答およびサイトカインプロファイルを調べた。コントロールマウスからの脾細胞は、PLP139-151に対する増殖における用量依存性増加を実証した図3Bおよび図4B。対照的に、Tim-1IgまたはTim-2Igのいずれかで処置したマウスは、抗原の非存在下で、有意に高い基底増殖応答を実証し図3Aおよび図4A、そしてPLP139-151の存在下で増殖における低い用量依存性増加を実証した図3Bおよび図4B。これらのデータは、Tim-1IgまたはTim-2Igを用いた処置が、インビボでの細胞の過剰活性化をもたらし、その結果、インビトロで抗原の非存在下でこれらが増殖し続けることを示唆する。これらの実験からの上清を、IL-2、IFNγ、IL-4およびIL-10の産生について、再刺激の48時間後にELISAにより分析した。Tim-1Ig処理マウスおよびTim-2Ig処理マウス由来の脾細胞全体は、多量のIL-2を分泌し、これは、観察された高い基底増殖と一貫していた図3Cおよび図4C。興味深いことに、Tim-1Ig処理マウス由来の上清およびTim-2Ig処理マウス由来の上清の両方において、多量のIL-4およびIL-10が検出され、そしてIFNγはほとんど検出されないかまたは全く検出されなかった図3Cおよび図4C。hIgG処理マウスおよびPBS処理マウスの両方に由来する細胞は、IL-2およびIFNγの発現を有するTh1プロファイルを実証した図3Cおよび図4C。抗原の非存在下で、検出可能なレベルのサイトカインは上清中に存在しなかった。Tim-1Ig処理マウス由来の細胞およびTim-2Ig処理マウス由来の細胞は、IL-2分泌ならびに低いレベルのIL-4およびIL-10を実証したが、これらは、抗原再刺激によって顕著に増加した図3Cおよび図4C。対照的に、コントロールマウス由来の細胞は、抗原の非存在下でIL-2がほとんどまたは全くないことおよびIFNγが検出可能でないことを実証した図3Cおよび図4C。まとめて考えると、これらの結果は、Tim-1IgおよびTim-2IgがTh2型T細胞およびサイトカインの増幅を生じ得ることを示唆する。さらに、これらの2つの融合ポリペプチドの投与は、非常に偏ったTh1動物モデルにおいてTh2応答を生じる。Tim-2Igマウス、hIgGマウスまたはPBSマウスからの脾臓およびリンパ節からの広範な抗原提示細胞集団およびT細胞の精製は、どの細胞サブセットT、B、マクロファージまたはDCも、抗原単独の非存在下での高い基底レベルの増殖の原因ではないことを実証した。さらに、いずれの細胞サブセットも、抗原の非存在下で観察されたサイトカインプロファイルの原因ではなかった。Tim-2Ig処理マウス由来の細胞において観察されたバックグラウンド増殖応答は、Tim-2Ig処理動物またはコントロール動物のいずれか由来の抗原提示細胞の存在下でTim-2IgT細胞を用いて再構成され得る。Tim-2Ig処理マウス由来のAPC集団をコントロールマウス由来のT細胞とともにインキュベートすることは、高い基底増殖応答を生じなかった。このことは、APCが、観察された高い増殖バックグラウンドの原因ではないことを示す。さらに、サイトカイン産生は、T細胞を抗原提示細胞とともに培養した場合にのみ検出された。このことは、TIM-2Ig処理マウス由来の細胞において観察された増殖およびTh2サイトカイン産生が、T細胞とAPCとの間の相互作用に依存することを示唆する。実施例5.EAEの発症および重篤度を遅延させるためのTim-1融合ポリペプチドまたはTim-2融合ポリペプチドの投与Th1に基づく環境においてTim-1IgおよびTim-2IgがTh2に偏った免疫応答を生じる能力に起因して、出願人らは、Tim-1-Tim-1リガンド相互作用およびTim-2-Tim-2リガンド相互作用が、Th1に基づく自己免疫疾患の誘導および病因に対して有する影響に興味を抱いた。この問題の解決に取り掛かるために、出願人らは、SJL/Jマウスを脳炎誘発性encephalogenicペプチドPLP139-151で免疫して、Th1媒介性自己免疫疾患の1つであってヒトの疾患である多発性硬化症のマウスモデルである実験的自己免疫性脳脊髄炎EAEを誘導した。SJL/Jマウスを、完全フロイントアジュバント中のPLP139-151で免疫して、疾患を誘導した。疾患について免疫したマウスにまた、Tim-1Ig、Tim-2Ig、hIgG、またはPBSを投与し、そして臨床的徴候について30日間にわたってモニタリングした。hIgGまたはPBSを与えたマウスは、予想された疾患の再発-軽減の経過を示した図5および図6。対照的に、Tim-2Ig融合ポリペプチドが投与されたマウスは、免疫の24日後まで、軽度の麻痺を示したかまたは麻痺を全く示さなかった。Tim-2Ig処理マウスは、1.5というピーク臨床疾患スコアを示し、このスコアは、コントロールで処理したマウスのスコアよりも有意に低かった図5。Tim-1Igで処理したマウスは、疾患の発症におけるわずかな遅延を実証し、そしてまた、有意に低い疾患重篤度を示した図6。まとめて考えると、これらのデータは、Tim-1およびTim-2がTh2細胞上に識別的に発現されること、ならびにこれらの融合ポリペプチドのインビボでの投与が、Th1に偏った系においてさえもTh2応答を生じることを実証する。さらに、Th1媒介性自己免疫疾患の誘導の間にTim-1IgまたはTim-2Igでマウスを処理することは、発症および臨床症状の重篤度を遅延させ、治療操作に関する可能な標的を提供する。実施例6.Tim-2はTh2細胞上で識別的に発現されるC57BL/6マウスおよびBalb/cマウス由来の未刺激のT細胞を、IL-12および抗IL-4Th1の存在下またはIL-4および抗IL-12Th2の存在下という条件で抗CD3/CD28刺激を用いて極性化させた。RNAを細胞から抽出し、そしてcDNAを作成した。特異的Taqmanプライマーおよびプローブを用いて、Tim-2発現をGAPDHに対して決定した。Tim-2発現は、Th1細胞と比較して、Th2細胞において優先的にアップレギュレートされた図7。実施例7.Tim-1リガンドおよびTim-2リガンドは、活性化された抗原提示細胞上に発現されるB220B細胞、GD11bマクロファージおよび樹状細胞およびCD11c樹状細胞をBalb/cマウスの脾臓から精製し、そしてLPSおよびインターフェロンγで活性化した。活性化の24時間後、細胞を、hIgG赤線、ビオチン化Tim-1Ig緑線、またはビオチン化Tim-2Ig青線いずれかで染色した。ストレプトアビジン-PEを、二次検出試薬として用いた。全てのサンプルを、フローサイトメトリーによって分析した。Tim-1リガンドおよびTim-2リガンド発現の両方とも、活性化抗原提示細胞上でアップレギュレートされた図8。実施例8.Tim1/Fc融合ポリペプチドの投与は、マウス島移植モデルにおける同種移植片寛容を促進するT細胞依存性自己免疫応答、拒絶または寛容の結果は、しばしば、i細胞障害性T細胞とii免疫調節性T細胞との間のバランスに依存する。本発明者らの以前の研究は、Th1のTh2に対する免疫の偏りの機構が、少なくとも部分的に、T調節因子機能を増強することにより、同種移植片寛容を促進することを示す。Tim1/FcまたはTim2/Fcの投与はTh1のTh2に対する免疫の偏りを誘導し得るので、出願人らは、Tim1/FcおよびTim2/Fc処置が同種移植片寛容を促進すると仮定する。出願人らは、主要組織適合性関門および副組織適合性関門を打ち消す島同種移植片モデルを利用した。単独治療としてTim1/Fcを用いる短期処理は、未処理群における28日目での平均移植片生存と比較して、副組織適合性関門を打ち消す3匹のレシピエントの全てにおいて、拒絶を防止するに十分であり、永続的な島同種移植片生存に十分である図9。類似の結果が、Tim2/Fc処理レシピエントにおいて観察される。Tim2/Fcの投与は、3匹のレシピエントにおける島同種移植片拒絶の有意な遅延および1匹のレシピエントにおける永続的な移植をもたらす図10。さらに、最適未満の用量の抗CD154MR1抗体と組み合わせたTim2/Fc処理は、MHCが完全に不一致の厳しいマウス系統組合せの5匹全てのレシピエントにおいて、永続的な島同種移植片の移植を付与する図11。これらのデータは、Tim1/Fc処理およびTim2/Fc処理がTh1のTh2への免疫の偏りを促進し、T調節因子機能を増強し、そして同種移植片寛容を促進することを示唆する。実施例9:Tヘルパーサブセットではなく、マクロファージおよび成熟樹状細胞におけるTim-4の発現これまでに特徴付けられたTim分子はT細胞応答に関与するためKuchrooら2003NatRevImmunol3,454-462、出願人らは、Tim-4もまた免疫器官において発現されるか否かを最初に決定した。多重組織cDNAパネルについてのリアルタイム定量PCRは、Tim-4mRNAがマウスの脾臓およびリンパ節において発現され、肺、肝臓および胸腺における発現は非常に低いことを示した図12A。免疫器官へのこの明らかな制限は、Tim-4が免疫学的に関連のある分子であることを示唆した。出願人らは次に、Tim-4もまた、TH1サブセットにおいてTH2サブセットと比較して識別的に発現され得るか否かを分析した。出願人らは定量的PCRを用いて、TH1AE7クローンおよびTH2D10.G4クローン、ならびにTH1系列またはTH2系列へとインビトロで極性化させたDO11.10トランスジェニックT細胞におけるTim-4mRNA発現を検出した。これらの細胞を、各回の極性化後に分析して、Tim-4発現の反応速度を決定した。3回目のインビトロ極性化によってこれらのTH1細胞はTim-3を特異的に発現し、そしてTH2細胞はTim-2を特異的に発現するMonneyら2002Nature415,536-541が、Tim-4mRNAは、4回の極性化を通して、TH1細胞またはTH2細胞のいずれでも検出されなかった図12B。従って、Tim-4は、免疫系内で、これまで特徴付けられた他のTim分子の発現パターンとは異なる発現パターンを有するようであった。Tim-4mRNAが脾臓において高度に発現されたので、出願人らは次に、脾臓内のどの細胞型がTim-4mRNAを発現するかをアッセイした。CD11b細胞、CD11c細胞、およびB220細胞それぞれ、マクロファージ、樹状細胞およびB細胞を主に表すを、SJL/JマウスまたはC57BL/6マウスの脾臓から、ポジティブ選択によって単離した。これらの細胞について行った定量的RT-PCRは、CD11b細胞およびCD11c細胞におけるTim-4mRNAの高発現、ならびにB220サブセットにおける、より低い程度の発現を明らかにした図12C。しかし、出願人らは、T細胞においてTim-4mRNAを検出しなかった。それゆえ、Tim-4は、脾性抗原提示細胞APCにおいて発現されるがT細胞においては発現されないようである。抗原提示細胞は、極めて不均質な細胞群を表すので、出願人らは、どの型のAPCがTim-4mRNAを主に発現し得るのかを同定しようとした。出願人らは、本発明者らの注意を、樹状細胞サブセットに向けた。なぜなら、これらの専門の抗原提示細胞の異なる集団は、異なる型のTヘルパー細胞応答を優先的に誘導することが報告されているからであるEisenbarthら2003CurrOpinImmunol15,620-626;Rissoanら1999Science283,1183-1186。樹状細胞を、リポ多糖LPSを添加したかまたは添加していない、顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子GM-CSFまたはFMS様チロシンキナーゼ3リガンドFlt3Lとともにインキュベートした骨髄細胞からインビトロで作製した。GM-CSF誘導性DCは、主に骨髄系列のものであり、一方、Flt3L処理は、骨髄様DC型およびリンパ様DC型の混合物を生じるBraselら2000Blood96,3029-3039;Gillietら2002JExpMed195,953-958;Maraskovskyら1996JExpMed184,1953-1962。LPS処理はDCを成熟させ、そしてFlt3L処理培養物におけるリンパ様DCの優先的増殖を引き起こすBraselら2000Blood96,3029-3039。Tim-4mRNAは、Flt3Lによって生成され、そしてLPSを用いて成熟させた細胞において最も高度に発現された図12D。これらのTim-4ポジティブ細胞は、リンパ系列のものであり、形質細胞系のものではなかった。なぜなら、これらの集団は、B220細胞が枯渇していたからである。発現は、未成熟骨髄型DCにおいても成熟骨髄型DCにおいても見られなかった。成熟リンパ様樹状細胞におけるTim-4mRNA発現のこの観察をさらにひろげるために、マウスをFlt3L産生細胞で処理し、そして処理したマウス由来の脾細胞を選別して種々の集団にした。上記の観察と一貫して、最大のTim-4発現が、大部分の成熟樹状細胞において観察された。これらの成熟樹状細胞はCD11cおよびCD8の両方を発現するMartinezdelHoyoら2002Blood99,999-1004図12E。まとめて考えると、これらのデータは、Timファミリーの他のメンバーとは異なり、Tim-4は、T細胞において発現されないが、その代わり、APC特に、成熟CDに存在することを示す。Tim-4がポリペプチドとして発現され得るか否かを決定するために、出願人らは、CHO細胞およびHEK293細胞を、N末端HAタグを有するTim-4をコードするcDNAでトランスフェクトし、そして抗HA抗体染色により、両方の細胞型の表面でのその発現を観察することができた図14、図15。さらに、出願人らは、約60kDaのバンドが、抗HAを用いて、これらの細胞から免疫ブロットされ得ることを実証することができた。これらのデータは、Tim-4がmRNAレベルで存在するだけでなく、機能的ポリペプチドへと翻訳され得ることを示唆する。実施例11:活性化されたT細胞およびB細胞におけるTim-4リガンドの発現潜在的Tim-4リガンドTim-4Lの発現パターンを同定および分析するために、出願人らは、ヒトIgG1Fcテールに融合したTim-4の細胞外IgVドメインおよびムチンドメインからなる可溶性Ig融合ポリペプチドTim-4-Igを作製した。この融合ポリペプチドを、フローサイトメトリーにおいて用いて、SJL/Jマウスの脾細胞におけるTim-4Lの発現を検出した。未刺激の脾細胞において、Tim-4Lは、BB220細胞集団において見ることができたが、TCD3細胞においては見ることができなかった;しかし、LPSおよびインターフェロンIFN-γ処理によって活性化すると、Tim-4Lは、大部分のB細胞および大多数のConA活性化T細胞において見られた図13。それゆえ、Tim-4は抗原提示細胞上に発現されるのに対し、Tim-4Lは活性化されたB細胞およびT細胞上に発現されるようであった。この発現パターン、ならびにTimファミリーメンバー間での構造的類似性により、本発明者らは、Tim-4が、活性化されたT細胞上に発現される以前に同定されたTim分子のうちの1つと相互作用し得るか否かを調べた。Tim-3は、全ての活性化T細胞上に発現されるわけではなく、むしろ、最終的に分化したTH1細胞においてのみアップレギュレートされ、そしてB細胞上には発現されない。それゆえ、Tim-3は、Tim-4についてのリガンドとして作用しないようであったが、Tim-1およびTim-2は、Tim-4との相互作用についての潜在的候補のままであった。実施例12:Tim-4についての内因性リガンドとしてのTim-1の同定Tim-4が別のTim分子と相互作用し得るか否かを決定するために、出願人らは、Tim-1、Tim-3またはTim-4を細胞表面上に発現するCHO細胞トランスフェクタントを利用し、そして種々のTim融合ポリペプチドTim-1-Ig、Tim-2-Ig、Tim-4-Igを細胞表面染色のために用いた。Tim-4-Igは、Tim-1トランスフェクタントを結合したが、Tim-3トランスフェクタントにもTim-4トランスフェクタントにも結合しなかった図14A。逆に、Tim-1-Igは、Tim-4トランスフェクタントに結合したが、Tim-1トランスフェクタントにもTim-3トランスフェクタントにも結合しなかった図14A。Tim-1-Ig融合ポリペプチドを用いたTim-4トランスフェクタントの染色は、全長Tim-1-IgTim-1IgVドメインおよびムチンドメインを含むを利用するかまたはTim-1-IgIgVドメインのみを含むを利用するか否かにかかわらず観察された図14A。対照的に、Tim-2-Ig融合ポリペプチドこれもまた、細胞外IgVドメインおよびムチンドメインからなるは、アッセイしたいずれのトランスフェクタントも染色せず、そしていずれの融合ポリペプチドも、CHO-Tim-2トランスフェクタントに結合しなかった。このデータは、Tim-4がTim-1と相互作用し、Tim-1と相同性を共有するTim-2とは相互作用しないことを示すMcIntireら2003Nature425,576。この相互作用の特異性を評価するために、出願人らは、抗Tim-1モノクローナル抗体がTim-1-Tim-4結合をブロックし得るか否かを試験した。この抗体は、Tim-1分子のIgV領域に対して作製された。それゆえ、この抗体は、Tim-1ムチンドメインとは相互作用しないはずである。まず、全長Tim-1を発現するTim-1トランスフェクタントを、抗Tim-1とともにインキュベートし、次いでTim-4-Igで染色した。この抗Tim-1とともに予めインキュベートすることにより、Tim-1トランスフェクタントに対するTim-4-Ig結合が減少したが、この結合を完全には除去しなかった。対照的に、抗Tim-3とともにインキュベートすることMonneyら2002Nature415,536-541コントロールとしては、Tim-4-Ig結合に対してほとんど影響を有さなかった図14B。このブロッキングの不完全な性質は、Tim-1トランスフェクタントが全長Tim-1分子を発現するのに対し、この抗体はIgVドメインのみに結合し、従って、Tim-4とTim-1との間の相互作用の一部は、Tim-1ムチンドメインを含み得ることを示すという事実に起因するようであった。相互実験では、Tim-1-Ig融合ポリペプチドTim-1IgVドメインのみを含むを、抗Tim-1とともに予めインキュベートし、次いでTim-4トランスフェクタントを染色するために用いた。抗Tim-1とともにTim-1-Igをインキュベートすることにより、Tim-4トランスフェクタントへの融合ポリペプチドの結合が完全に除去され、一方、抗Tim-3とともにインキュベートすることにより、その結合は変化しなかった図14B。まとめて考えると、これらの実験は、トランスフェクタントについて見られた染色がTim-4とTim-1との間の特異的相互作用を表し、この相互作用が、抗Tim-1抗体とともに事前にインキュベートすることによりブロックされ得ることを示した。実施例13:Tim-4がTim-1保有T細胞に特異的に結合することの実証トランスフェクトした細胞に対するTim-4とTim-1との間のインビトロでの相互作用を観察した後に、出願人は、このような相互作用が、T細胞上に天然で発現されたTim-1を用いて、生じ得るか否かを決定しようとした。出願人は、Tim-4-Igが活性化T細胞を染色したことを以前に観察した図13ので、未刺激のSJL/Jマウス由来のCD3T細胞を活性化し、次いでTim-1の発現およびそのTim-4-Ig結合能力について評価した。Tim-1は、未活性化T細胞において最少に発現され、そして活性化されるとT細胞においてアップレギュレートされた図15A。このTim-1の発現パターンは、他者によって観察された発現パターンと一貫していた。これらのT細胞へのTim-4-Igの結合は、Tim-4-Igが活性化されたT細胞を染色するが、非活性化T細胞を染色しないという点で、Tim-1発現と直接的に相関していた。活性化されたT細胞へのTim-4-Igのこの結合は、抗Tim-1により部分的にブロックされたが、抗Tim-3によってはブロックされなかった図15B。Tim-1トランスフェクタントを用いた場合に見られるように、活性化されたT細胞へのTim-4-Ig結合をブロックすることは、完全ではなかった。このことは、IgVに加えて、Tim-1ムチンドメインもまた、Tim-1-Tim-4相互作用に関与し、それゆえ、IgVドメインのみに結合する抗体は、活性化されたT細胞上のTim-1へのTim-4-Igの結合を完全に防止できなかったという考えをさらに支持する。活性化されたT細胞上でのTim-4とTim-1との間の明らかな相互作用を考慮して、出願人らは、この相互作用が、活性化されたTH1細胞または活性化されたTH2細胞上で優先的に生じるか否かを決定しようとした。このために、出願人らは、インビトロで極性化させた、活性化DO11.10TCRトランスジェニックのTH1細胞およびTH2細胞上でのTim-4-Igの結合を試験し、そしてこれらの細胞をTim-1発現について並行して調べた。Tim-1は活性化されたTH1細胞および活性化されたTH2細胞の両方において発現されたが、これは、活性化されたTH1細胞と比較して、活性化されたTH2上で、より高度に発現された図15Cおよび図15D。Tim-1発現と一貫して、Tim-4-Igは、TH1細胞よりも高い比率のTH2細胞を染色した。TH1サブセットおよびTH2サブセットへのこれらの細胞の好首尾の極性化は、細胞内染色によって確認された。この細胞内染色は、極性化したTH1細胞が、多量のIFN-γを生じ、インターロイキンIL-4またはIL-10はごくわずかであること;対照的にTH2細胞は、多量のIL-4およびIL-10を生じるが、IFN-γはほとんど生じないことを実証した図15Cおよび図15D。これらのデータは、Tim-4-Igが活性化されたT細胞を結合し得ること、および極性化されると、TH1細胞上でよりも多くの結合がTH2細胞上に存在することを実証した。実施例14:樹状細胞およびマクロファージ上でのTim-1Lの発現Tim-4はマクロファージおよびDCにおいて発現されるがT細胞においては発現されないので、出願人らは、可溶性Tim-1-Igが通常のインビボ由来のマクロファージおよびDCに結合するか否かを分析した。実際に、インビボ由来のマクロファージおよびDC精製されたCD11b脾臓性サブセットおよびCD11c脾臓性サブセットは、LPSおよびIFN-γを用いた活性化後にTim-1-Igに特異的に結合した。対照的に、調べた精製されたT細胞集団CD4またはCD8は、活性化されていようと活性化されていまいと、Tim-1-Igに結合しなかった。観察された染色が特異的であることを確実にするために、出願人は、抗Tim-3をコントロールとして用い、抗Tim-1を用いてブロッキング研究を行った。抗Tim-1を用いてTim-1-Igを予めインキュベートすることは、活性化されたCD11b細胞および活性化されたCD11c細胞上で観察される染色を阻害した図16。染色の阻害は、抗Tim-3との事前インキュベーションによって観察されず、このことは、観察された染色がTim-1とそのリガンドを発現するマクロファージおよびDCとの間での特異的相互作用に起因することを確認した。これらの研究は、Tim-1およびTim-4が、結合をインビトロ由来のCHOトランスフェクタント上で調べた場合に相互作用するだけでなく、Tim-4-Igが、TH1細胞へのより弱い結合が観察されたが活性化されたTH2細胞上に強固に結合し、一方、Tim-1-Igがインビボ由来の活性化されたマクロファージおよび活性化されたDCに結合することを実証した。実施例15:インビボでのTim-1-Ig投与は、Th2応答を増強するTim-1は、全ての活性化されたT細胞上で発現されるので、出願人らは、Tim-1-Tim4相互作用が全てのT細胞の増幅およびエフェクター機能を調節するのに役立ち得ると仮定した。しかし、この効果は、TH2細胞上でより大きいかもしれない。なぜなら、Tim-1は、TH2細胞上では、TH1細胞上よりも高度に発現されるからである。Tim-1は多くの組織で発現され、そしてその細胞内テールは、推定チロシンリン酸化モチーフを含み、一方、Tim-4mRNA発現は脾臓およびリンパ節に主に制限され、そしてそのテールは推定シグナル伝達モチーフを欠く。それゆえ、出願人らは、マウスを可溶性Tim-1-Igで処理することを選択した。可溶性Tim-1-Igは、APCの表面上のTim-4に特異的に結合して、Tim-4を共にクラスター形成させco-clusterそしてTim-1を介してT細胞へと送達されるシグナルを増強するか、またはTim-1とTim-4との間の相互作用をブロックするかのいずれかであると予測される。インビボでの免疫応答の間にTim-1-Igを投与することの機能的影響を調査するために、出願人らは、プロテオリピドポリペプチドPLP139-151ペプチドこれは、強力なTH1応答を誘導するで免疫したSJL/JマウスにおけるT細胞応答へのTim-1-Ig処理の効果を試験した。完全フロイントアジュバントCFA中に乳化したPLP139-151ペプチドで免疫したSJL/Jマウスに、Tim-1-Igまたはコントロール試薬PBSまたはヒトIgG1を投与した。免疫および処理したマウス由来の脾臓細胞を、増殖およびサイトカイン応答についてインビトロで試験した。免疫し、そしてコントロールのヒトIgG1hIgGまたはPBSで処理したマウス由来の脾臓細胞は、抗原の非存在下ではバックグラウンド増殖がほとんどないことを実証した。対照的に、Tim-1-Ig処理マウス由来の細胞は、インビトロでの抗原再刺激の非存在下でさえも、顕著な基底増殖を示した図6a。PLP抗原を用いた再刺激によって、両方のコントロール群由来の細胞は、PLP139-151への特異的用量依存性増殖を実証した。しかし、Tim-1-Ig処理マウス由来の脾臓細胞は、抗原の添加によって、バックグラウンドに対する中程度の増殖増加のみを示した図17A。同様に、高いバックグラウンド増殖が、何のペプチドもないCFA単独で免疫し、Tim-1-Igで処理したマウスから観察された。このことは、この増殖応答が、特定の抗原のみに制限されなかったことを示す。これらのデータは、Tim-1-Igでの処理が、インビボでの細胞の過剰活性化をもたらし、その結果、この細胞が、抗原刺激なしでインビトロにて増殖し続けることを示唆する。これらの実験からの上清を、ELISAにより、IL-2、IFN-γ、IL-4、およびIL-10の産生について分析した。Tim-1-Ig処理マウス由来の脾臓細胞は、抗原刺激の非存在下で多量のIL-2を分泌した。このことは、観察された高い基底増殖と一貫していた。多量のIL-10およびIFN-γもまた、再活性化なしで産生された。一方、免疫したコントロールhIgGおよびPBS処理マウス由来の脾臓細胞は、インビトロでの抗原刺激の非存在下での、ずっと低いバックグラウンドサイトカイン産生を実証した。ごく少量のIL-4が、再活性化なしでTim-1-Ig処理細胞から産生されたが、コントロール処理細胞から検出可能なものはなかった。これは、PLPペプチドでのSJL/Jマウスの免疫が強力なTH1応答を誘導し、TH2応答を阻害するという事実に起因し得る。PLP139-151を用いてインビトロで再刺激すると、コントロール処理マウス由来の細胞は、IL-2およびIFN-γの産生を伴う、予想されたTH1プロファイルを実証した図17B。Tim-1-Ig処理マウス由来の脾臓細胞は、これらの細胞から観察された連続した非用量依存性増幅とさらに一貫して、再刺激によりIL-2を産生し続けた図17C。コントロール処理マウス由来の細胞とは対照的に、Tim-1-Ig処理マウス由来の脾臓細胞は、抗原再刺激をされると、多量のIL-4およびIL-10を産生した。このことは、Tim-1-Ig処理が、再刺激をされるとTH2細胞を優先的に増幅することを示す。脳炎誘発性PLPペプチドでのSJL/Jマウスの免疫は、PBS処理コントロールマウスおよびhIgG処理コントロールマウスにおいて見られるようにTH1細胞およびサイトカインの誘導をもたらしたのに対し、Tim-1-Igでの処理は、抗原特異的IFN-γ産生を阻害した図17B。CFA中のPLP139-151で免疫したSJL/Jマウスは、顕著なTH1応答を発達させ、そしてこの設定で投与されたTim-1-Igは、IFN-γ産生の阻害とともに、TH2サイトカインIL-4およびIL-10の産生をもたらした。これがまたTH2に偏った免疫応答についても当てはまるかを決定するために、出願人らは、Balb/cマウスをミョウバン中のOVA323-339ペプチドで免疫し、そして上記のとおりにTim-1-Igを投与した。TH2に偏ったこれらの条件下では、Tim-1-Igはまた、IL-2サイトカイン、IL-4サイトカインおよびIL-10サイトカインの産生の増加を伴って、しかし、IFN-γの増加は伴わずに、基底増殖を増強した図19。まとめて考えると、これらの結果は、Tim-1-IgがTim-1-Tim-4相互作用にインビボで影響を与え、T細胞の過剰活性化をもたらし、その結果、これらがエキソビボで増殖し続け、TH1サイトカインIL-2およびIFN-γおよびTH2サイトカインIL-4およびIL-10の両方を産生し続けたことを示唆する。抗原再刺激のないTim-1-Ig処理マウス由来の脾臓細胞は有意な量のIL-2、IFN-γおよびIL-10を産生し続けたが、インビトロでの抗原を用いたこれらの細胞の再活性化は、TH1に偏った免疫プロトコルにおいてさえ、TH1応答の阻害およびTH2細胞の増幅をもたらした。これが、TH2細胞の、活性化によって誘導された細胞死または増幅に起因したTH1細胞の優先的な欠失に起因するものであるか否かが決定されるべきままである。このデータから、Tim-1がインビボでネガティブシグナルまたはポジティブシグナルを送達するか否か、すなわち、Tim-1-IgがTim-1とTim-4との間のネガティブ相互作用をブロックするかまたはポジティブ相互作用を促進するかは不明確であった。それゆえ、出願人らは、Tim-4-Igこれは、Tim-1に結合するを用いて、Tim-1に直接結合する試薬がインビボおよびインビトロにおいてどのような効果を有し得るかを決定した。実施例16:Tim-4-Igは、T細胞増幅を補助刺激するTim-4-IgがT細胞増殖およびサイトカイン産生を刺激し得るかまたは阻害し得るかを決定するために、出願人らは、CFA中のPLP139-151で免疫したSJL/JマウスをTim-4-Ig、hIgG、またはPBSで上記のとおり処理した。処理したマウス由来の脾臓細胞を、増殖応答およびサイトカイン応答についてインビトロで再度試験した。Tim-1-Ig処理脾細胞と同様に、Tim-4-Ig処理脾細胞は、抗原再刺激の非存在下で高い基底増殖を示した図18A。さらに、Tim-4-Ig処理脾細胞は、再刺激なしでは、多量のIL-2およびIFN-γを生じたが、低濃度のIL-4およびIL-10を生じた。Tim-4はTim-1を結合し、Tim-1はT細胞上に発現されるので、出願人らは、高いバックグラウンド増殖が高増殖性T細胞に起因するのか、または他の細胞型に起因するのかを疑問に思った。この高いバックグラウンド応答を担う細胞の正体を決定するために、出願人らは、Tim-4-Ig処理脾細胞およびhIgG処理脾細胞を分離してCD11b集団、B220集団、およびCD3集団にし、次いでこれらを単独で培養したかまたはこれらをインビトロで組換え、そして抗原再刺激なしでのそれらの増殖能力を測定した。Tim-4-Ig処理T細胞はAPCの非存在下で増殖したが、hIgG処理T細胞はAPCの非存在下で増殖せず、そしていずれのAPC集団も単独では増殖しなかった図18B。しかし、Tim-4-Ig処理T細胞をこれらのAPC集団のいずれかと合わせた場合、さらにより多くの増殖が検出された。T細胞増殖におけるこの増加は、APC源に依存しなかった。なぜなら、Tim-4-Ig処理マウスまたはhIgG処理マウスのどちらかからのAPCは、匹敵する量のT細胞増殖を誘導し得たからである。類似の増殖応答は、hIgG処理T細胞を含むいずれの培養物からも観察されなかった。このデータは、Tim-4-Ig処理脾細胞による過剰増殖が、T細胞に対するTim-4-Igの影響に完全に起因することを示した。T細胞がTim-4-Igによって最も影響を受ける集団であることを決定した後、出願人らは、Tim-4-IgがT細胞をインビトロで直接的に補助刺激し得るか否かを評価した。精製されたSJL/JCD3T細胞を、Tim-4-IgまたはコントロールとしてhIgGもしくはhCTLA4-Igと一緒に抗CD3および抗CD28を用いて刺激した。Tim-4-IgはT細胞上のTim-1に結合し、この系にはAPCは存在しないので、ブロックすべき天然のTim-4-Tim-1相互作用は存在しなかった;それゆえ、観察される任意の影響は、Tim-1シグナル伝達を通してT細胞へと媒介されると予測される。興味深いことに、出願人らは、用いたTim-4-Igの濃度に依存して定性的に異なる結果を観察した。T細胞が、抗CD3抗CD28を用いて最適未満で刺激された場合図18C、左のパネル、出願人らは、Tim-4-Igが添加された際の、増殖における大きな増加を観察した。出願人らはまた、低濃度のTim-4-Igでのわずかな増殖阻害を観察したp=0.03。コントロールhIgGまたはhCTLA4-Igの添加は、抗CD3抗CD28媒介性増殖に対する影響がほとんどないことを示した。また、Tim-4-Igは抗CD3単独と組み合わせた場合、増殖を変更しなかった。このことは、T細胞増幅を刺激するためにCD3およびCD28の両方のシグナル伝達を必要としたことを示す。Tim-4-Igが低濃度でT細胞増殖を本当に阻害したか否かを決定するために、精製したCD3T細胞を、より高濃度の抗CD3抗CD28で刺激し図18C、右パネル、そして再度アッセイして、どのようにしてTim-4-IgがT細胞増幅に影響を与えるかを決定した。抗CD3抗CD28は単独で、これらのT細胞からの多量の増殖を誘導し、そしてより低い濃度のTim-4-Igの添加は、この増殖を強く阻害したp=0.007。より高い濃度のTim-4-Igでは、増殖は、正常に戻ったかまたは抗CD3抗CD28単独を用いて観察されたよりも増強された図18C。全体として、Tim-4-Igが、おそらく、T細胞上のそのリガンドを架橋し、そして活性化シグナルを送達することによってT細胞増殖を補助刺激し得ることが明らかである。"