"1つ以上の位置でアミノ酸配列を変化させることによって多様化されているWWドメインペプチド配列に由来するコンセンサス配列を有し、ここで、前記コンセンサス配列は少なくとも3つの不変トリプトファン残基を有するナイーブWWドメインペプチドライブラリー。実質的に全部の機能的メンバーは、三本鎖βシート折り畳みを有する請求項1に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。第IV群WWドメインペプチド配列、好ましくはPin1に由来する請求項1または2に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。前記コンセンサス配列は、アミノ酸配列WX3WX16-32W、WX3WX16-18WまたはWX3WX18-32Wを含み、ここで、Xは任意のアミノ酸である、請求項1~3のいずれか一項に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。配列番号1の6~38位のアミノ酸配列に由来する請求項1~4のいずれか一項に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。前記コンセンサス配列は、i配列番号1の11および34位のトリプトファン、および13、15、21、22、24、25および39位の1つ以上の位置での少なくとも1つ以上の追加のトリプトファン、および/または11および34位のトリプトファンおよび26位のアスパラギンを含む請求項5に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。配列番号1の配列は、i17~20位ループ1の間の少なくとも1つのアミノ酸の欠失および15位のメチオニンからトリプトファンへの置換、ii17~20位ループ1の間の少なくとも1つのアミノ酸の付加および15位のメチオニンからトリプトファンへの置換、iii17~20位ループ1の間の少なくとも1つのアミノ酸の欠失、27~30位ループ2の間の少なくとも1つのアミノ酸の付加、および15位のメチオニンからトリプトファンへの置換、およびiv17~20位ループ1の間の少なくとも1つのアミノ酸の付加、27~30位ループ2の間の少なくとも1つのアミノ酸の付加、および15位のメチオニンからトリプトファンへの置換、から選択される少なくとも1つの変異を含む請求項5または6に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。12、14、23、25、27および30位、および/または17、18および32位、および/または16、20、21、28および29位から選択される配列番号1の1つ以上のアミノ酸を変異させることによってさらに多様化される請求項5~7のいずれか一項に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。配列番号1の6~38位のアミノ酸の配列への下記変化、i17~20位の間の1つのアミノ酸の欠失、ii15位のメチオニンからトリプトファンへの置換、およびiii17、18および32位のアミノ酸の1つ以上、および/または12、14、23、25、27および30位のアミノ酸の1つ以上の変異を含む請求項5~8のいずれか一項に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。前記12、14、23、25、27および30位のアミノ酸は、i任意の天然型もしくは非天然アミノ酸、及びii20個の天然型アミノ酸のいずれかから無作為に選択される請求項5~9のいずれか一項に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。前記17、18および32位のアミノ酸は、A、G、N、K、D、E、R、T、S、P、HおよびQからなる群のいずれかのアミノ酸から無作為に選択される請求項5~10のいずれか一項に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。KLPPGWX1KX2WSX3X4XaGRVX5YX6NX7ITX8AX9QWERP配列番号31、ここで、X1~X9は任意のアミノ酸を表し、Xaは場合により任意のアミノ酸であるか、または存在しない、およびKLPPGWX1KX2WSX3X4GRVX5YX6NX7ITX8AX9QWERP配列番号32、ここで、X1~X9位のアミノ酸は任意のアミノ酸から無作為に選択される、から選択される配列を含む請求項1~10のいずれか一項に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。X3、X4およびX9位のアミノ酸は、A、G、N、K、D、E、R、T、S、P、HおよびQからなるアミノ酸の群の1つから無作為に選択される請求項12に記載のナイーブWWドメインペプチドライブラリー。アミノ酸配列を1つ以上の位置で変化させることによって多様化されている野生型WWドメインペプチド配列に由来する改変WWドメインペプチドであって、前記野生型配列のアミノ酸の50以下が変化させられていることを前提に、前記改変WWドメインペプチドはそれが由来する前記野生型WWドメインペプチドによっては結合されない標的リガンドに結合する改変WWドメインペプチド。アミノ酸配列WX3WX16-32W、WX3WX16-18WまたはWX3WX18-32Wを含み、ここで、Xは任意のアミノ酸である、請求項14に記載の改変WWドメインペプチド。i第IV群WWドメイン配列、またはiiヒトWWドメイン配列、および/または配列番号1の6~38位のアミノ酸を含み、および配列番号1の前記配列への1つ以上の変異を含むPin1WWドメインペプチド配列に由来する請求項14または15に記載の改変WWドメインペプチド。11および34位のアミノ酸はトリプトファンであり、26位のアミノ酸はアスパラギンである請求項16に記載の改変WWドメインペプチド。i17~20位の間で少なくとも1つのアミノ酸が欠失し、および/または15位のメチオニンはトリプトファンに変化している、ii17~20位ループ1の間で少なくとも1つのアミノ酸が挿入され、および/または15位のメチオニンはトリプトファンに変化している、iii17~20位ループ1の間で少なくとも1つのアミノ酸が欠失し、27~30位ループ2の間で少なくとも1つのアミノ酸が挿入され、および/または15位のメチオニンがトリプトファンへ変化している、またはiv17~20位ループ1の間で少なくとも1つのアミノ酸が挿入され、27~30位ループ2の間で少なくとも1つのアミノ酸が挿入され、および/または15位のメチオニンがトリプトファンへ変化させられている請求項16または17に記載の改変WWドメインペプチド。12、14、23、25、27および30位、および/または17、18および32位、および/または16、20、21、28および29位から選択される配列番号1の1つ以上のアミノ酸での変異を含む請求項16~18のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチド。12、14、17、18、23、25、27、30および32位から選択される配列番号1の3つ以上、5つ以上、7つ以上または9つのアミノ酸での変異を含む請求項16~19のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチド。前記12、14、23、25、27および30位のアミノ酸は20個の天然型アミノ酸のいずれか1つから選択され、前記17、18および32位の前記アミノ酸はA、G、N、K、D、E、R、T、S、P、HおよびQからなる群のアミノ酸のいずれか1つから選択される請求項16~20のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチド。i非リン酸化標的リガンド、iiペプチドもしくはタンパク質標的リガンド、iii細胞外標的リガンド、および/またはiv解離定数Kdが1μM未満、500nm未満、200nM未満または100nM未満で前記標的リガンドに結合する請求項14~21のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチド。標的リガンドはVEGFR2またはβ-NGFである請求項14~22のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチド。配列番号1の番号付けに基づいて、配列番号15~20または26~29のいずれか1つの6~38位のアミノ酸配列を含む請求項14~23のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチド。前記アミノ酸配列は、Ser16Gly、Val22Leu、IIe28Val、Thr29IIe、Ala31Ser、Glu35Gly、およびSer38GluまたはSer38Aspから選択される1つ以上の変異をさらに含む請求項24に記載の改変WWドメインペプチド。非WWドメイン部分にコンジュゲートしている請求項14~25のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチド。前記非WWドメイン部分は、抗体もしくは抗体フラグメント、およびDNA結合ドメインから選択される請求項26に記載の改変WWドメインペプチド。環状ペプチドであり、選択的に前記ペプチドは配列番号1の6位のアミノ酸と38位のアミノ酸との間、または4位のアミノ酸と29位のアミノ酸との間で共有結合もしくは連結を有する請求項14~27のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチド。細胞外標的リガンドの機能に拮抗させる際に、または前記機能を作動させる際に使用するための請求項14~28のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチド。請求項1~13のいずれか一項に記載の前記ナイーブWWドメインペプチドライブラリーまたは請求項14~29のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチドをコードする核酸。配列番号1のアミノ酸の少なくとも50を含み、そして、少なくとも1つのアミノ酸の変化を含むペプチド、ここで、12、14、23、25、27および30位の前記アミノ酸をコードする前記コドンは配列NNB、但し、NはA、C、GもしくはTであり、BはC、GもしくはTである、をコードする請求項30に記載の核酸。17、18および32位のアミノ酸をコードする前記コドンは、配列VVMを有し、ここで、VはA、CまたはGであり、MはAまたはCである、請求項30または31に記載の核酸。医薬品に使用するため、または癌、網膜の変性疾患もしくは疼痛から選択される疾患または状態を治療する際に使用するための請求項14~29のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチドまたは請求項30~32のいずれか一項に記載の核酸。癌、網膜の変性疾患または疼痛から選択される疾患を治療、予防、または緩和する方法であって、それを必要とする被験者に治療有効量の請求項14~29のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチドまたは請求項30~32のいずれか一項に記載の核酸を投与する工程を含む方法。請求項14~29のいずれか一項に記載の改変WWドメインペプチドまたは請求項30~32のいずれか一項に記載の核酸を含む医薬組成物。改変WWドメインペプチドをナイーブWWドメインペプチドディスプレイライブラリーから単離するための方法であって、前記ライブラリーはディスプレイされた改変WWドメインペプチドをコードする複数の核酸配列を含み、a複数の核酸構築物を発現させる工程であって、ここで、各核酸構築物は、前記複数の核酸構築物の発現が複数のペプチド-核酸複合体の形成を生じさせるように前記核酸配列へ機能的に連結したプロモーター配列を含み、各複合体は前記ディスプレイされたペプチドをコードする対応の前記核酸構築物と会合する少なくとも1つのディスプレイされた改変WWドメインペプチドを含む工程、b前記複数のペプチド-核酸複合体を少なくとも1つの標的リガンドへ曝露させ、そして、適切には前記標的リガンドへディスプレイされた改変WWドメインペプチドを結合させることによって、前記ペプチド-核酸複合体を前記リガンドと会合させる工程、c前記標的リガンドと会合していないままである任意のペプチド-核酸複合体を取り除く工程、および、d任意の標的リガンド会合性ペプチド-核酸複合体を回収する工程を含む方法。e任意の回収されたリガンド会合性ペプチド-核酸複合体の前記核酸配列によってコードされたペプチドを標的リガンド結合改変WWドメインペプチドであると特徴付ける工程をさらに含む請求項36に記載の方法。前記少なくとも1つの標的リガンドは、固体支持体、例えばポリスチレンアガロースビーズにカップリングさせられる請求項36または37に記載の方法。工程cは、遠心分離および/または洗浄によって標的リガンドと会合しないままとなるペプチド-核酸複合体を分離する工程を含む請求項36~38のいずれか一項に記載の方法。前記標的リガンドは、セリンまたはトレオニンアミノ酸でリン酸化されていないタンパク質もしくはペプチド配列である請求項36~39のいずれか一項に記載の方法。前記標的リガンドは、VEGFR2またはβ-NGFである請求項36~40のいずれか一項に記載の方法。前記改変WWドメインペプチドは、長さが20~100残基、長さが20~50残基、長さが22~45残基、長さが24~40残基、または長さが26~39残基のアミノ酸配列を含む請求項36~41のいずれか一項に記載の方法。前記ナイーブWWドメインペプチドディスプレイライブラリーは、iヒトWWドメイン、および/またはii第IV群WWドメイン、および/またはiiiPin1WWドメインに由来する請求項36~42のいずれか一項に記載の方法。WWドメインを対象に実施されている早期変異誘発実験の数にもかかわらず、これらの試験はいずれも、WWドメインがこれまで野生型WWドメイン配列によっては認識されていない天然細胞外リガンドに結合するよう遺伝子組換え可能なことを証明していない。しかし変化した結合特異性を有する変異WWドメインに対して、多数の用途を想定することができる。したがって、例えば療法において、または診断用ツールとして使用するためにこれまで認識されていないリガンドに対するdenovo結合特異性を有するWWドメインは遺伝子組換え可能であることが望ましいと考えられる。所望の結合特異性および/または親和性を有する新規なリガンド結合ドメインの設計において使用するための、例えば新規および有用な結合ドメインの設計、選択およびスクリーニングのための研究用ツールとして機能するために改変WWドメインフレームワークまたはスカフォールドを提供することは特に有益であろう。さらに、結合親和性が例えば、トリプトファン蛍光発光分光法または等温熱量測定法によって測定および報告された上記の試験の全部において、天然または変異WWドメインいずれかおよびそれらの標的リガンドに対して、親和性は常に1μM超であることが見いだされている。例えば、野生型Pin1WWドメインのその天然標的リガンドに対する親和性は7.7~126μMで測定されたVerdeciaetal.,2000NatureStructuralBiol.,7,639-643。そのような結合親和性は、典型的には診断用ツールまたは治療薬として使用するための望ましい結合親和性より低い弱い。そこで、新規および野生型リガンドの両方に対する高い親和性を有する改変WWドメインペプチド-結合ドメインを設計および選択するためのWWドメインペプチドスカフォールドおよびスクリーニングシステムを有することもまた有益であろう。さらに、所望の標的リガンドに対するそのような高い結合親和性を有する改変WWドメインペプチドを有することもまた望ましいであろう。治療薬、診断用ツールなどとして使用するためにWWドメインの設計者が想定可能な多数の用途のためには、例えば認識配列内にリン酸化セリンまたはトレオニン残基を有するという制限/要件なしで所望の標的リガンドを選択するより大きな自由があることは有益であろう。さらに、多数の用途のためには、ヒト由来結合ドメインスカフォールドおよび会合結合ドメインを有することは有益であろう。そこで、新規の結合ドメイン、特に遺伝子組換え高親和性Pin1WWドメイン例えばほぼ数nMの結合親和性を備えるおよび、特には非リン酸化リガンドを認識する遺伝子組換えPin1WWドメインを設計および選択するためのPin1WWドメインフレームワークを有することは望ましいであろう。したがって、本発明は先行技術における1つ以上の課題を克服する、または少なくとも軽減することを目差すものである。大まかに言えば、本発明は、所望の結合特性、例えば新規標的分子に対する親和性および/または公知もしくは新規リガンドに対する高い親和性を有するdenovo結合ドメインを選択するために使用可能な、改変された安定化WWドメインフレームワークまたはスカフォールドを提供する。改変WWドメインフレームワークは相当に小型の自己内蔵型ユニットであり、安定性であって、それらの標的リガンドに対して適切に高い親和性を有し、容易に合成することができ、および/または治療および非治療用途において有用な可能性がある新規結合分子を設計および選択するための汎用テンプレートを提供することができる。例えば、改変WWドメインフレームワークは、遺伝子組換えされた抗体、抗体ペプチドおよび抗体フラグメントの用途と同一または類似の用途を有する可能性がある。さらに本発明は、1つ以上の所望の活性、例えば新規標的分子/リガンド、例えばペプチド配列に対する結合親和性を有する改変WWドメインを選択するための方法に関する。これに加えて、本発明は、上述した所望の活性を有する改変WWドメイン、そのような改変WWドメインを含む組成物ならびに本発明にしたがって同定および/または誘導体化された改変WWドメインを含む治療用および診断用分子および組成物に関する。一部の態様および実施形態では、本発明は、本発明の方法を使用して生成される改変されたPin1WWドメインフレームワークおよび改変されたPin1WWドメインペプチドに関する。そこで本発明の一態様では、本出願人は、主として野生型アミノ酸残基のフレームワークまたは骨格構造を含む、可変アミノ酸の領域および/または位置を支持するための構造的および機能的テンプレートとして機能する、新規な特性/活性を有するWWドメイン、例えば新規なリガンド認識モチーフの選択を提供するPin1WWドメインのライブラリーを作成した。これらの改変フレームワークまたはライブラリーは、特定の所望の活性を有する個別改変WWペプチドドメインを単離するための選択工程にかけることができる。この方法で、非リン酸化標的ペプチド配列に結合し、そしてPin1に対する天然リガンドに比較して完全に新規なペプチド配列に結合する、Pin1をベースとする新規なWWドメインが同定されている。これらの改変WWドメインペプチドは、治療およびさらには非治療用途におけるそれらの潜在的有用性の点で特に興味深い。多数の公知のペプチド治療用分子と比較して、本発明の改変WWドメインは、それらが相当に短く安定性のペプチドドメインであり、相当に単純な折り畳みを有するために有益である。本発明の改変WWドメインペプチドは、例えば、治療用および他のinvivo用途のための増加した安定性を提供するために環化させることができ、そのような環化ペプチドは所望の標的結合活性を維持することが証明されている。したがって、本発明の第一の態様では、1つ以上の位置でアミノ酸配列を変化させることによって多様化されているWWドメインペプチド配列に由来するコンセンサス配列を有するナイーブWWドメインペプチドライブラリーが提供される。ナイーブWWドメインペプチドライブラリーのフレームワークは、野生型WWドメイン由来であってよい。一実施形態では、コンセンサス配列は、少なくとも3つの不変トリプトファン残基を有する。不変は、該トリプトファン残基が該WWドメインライブラリーのフレームワークつまり、非可変性部分内にあることを意味する。不変トリプトファン残基は、親/野生型WWドメインペプチド配列由来であってよい、または人工的に導入されてよい。追加のトリプトファン残基は、該ライブラリーのナイーブ/可変配列内に含まれてよい。適切には、該ライブラリーの実質的に全ての機能的メンバーは、逆平行βシートであってよい三本鎖βシート折り畳みを有する。一部の実施形態では、ナイーブWWドメインペプチドライブラリーは第IV群WWドメイン配列、適切にはヒトWWドメイン配列およびより適切にはPin1WWドメインペプチド配列に由来する。特に適切な実施形態では、ナイーブWWドメインペプチドライブラリーは、配列番号1の6~38位のアミノ酸に由来する。本発明のナイーブWWドメインペプチドライブラリーは、それが由来する配列に比較して少なくとも1つのアミノ酸欠失を含む可能性がある。また別の実施形態では、本発明のナイーブWWドメインペプチドライブラリーは、それが由来する配列に比較して少なくとも1つのアミノ酸挿入を含む可能性がある。好ましくは、該欠失および/または挿入は、WWドメインのループ領域内にある。最も適切なナイーブWWドメインペプチドライブラリーは、配列番号2の6~37位のアミノ酸配列に由来する、このとき、少なくともX1~X9位のアミノ酸は可変性である。好ましくは、該ナイーブWWドメインペプチドライブラリーは、配列番号2の6~37位のアミノ酸を含む、このとき、X1~X9位は可変性である。標的リガンドに依存してX1~X9位で組み込むために好ましいアミノ酸のサブグループについては、実施例の項でさらに提示する。また別の態様では、本発明は、標的リガンドに対する改変WWドメインペプチドの選択における本発明のナイーブWWドメインペプチドライブラリーの使用に関する。適切には、本ナイーブWWドメインペプチドライブラリーは、既定標的リガンド特異性を有していない。本発明のこのいずれか他の態様では、本ナイーブWWドメインペプチドライブラリーは、1つ以上のアミノ酸位置の野生型WWドメイン配列を変異させることによって引き出すことができる。有益には、このいずれか他の態様では、該標的リガンドは、野生型WWドメインペプチドによっては結合されないリガンドであってよい。そこで本発明のまた別の態様は、本発明のライブラリーおよび方法から同定された改変WWドメインペプチドに関する。本発明の改変WWドメインペプチドは、適切には1つ以上の位置でアミノ酸配列を変化させることによって多様化されている野生型WWドメインペプチド配列に由来する。場合により、改変WWドメインペプチドは、それが由来する野生型WWドメインペプチドによっては結合されない標的リガンドに結合する。適切には、野生型配列のアミノ酸の70以下、60以下、50以下、40以下または30以下が変化させられる。この方法で、野生型WWドメインフレームワークを容易に同定することができる。一実施形態では、本発明の改変WWドメインペプチドは、アミノ酸配列WX3WX16-18W、ここで、Xはいずれかのアミノ酸である、を含むコンセンサス配列を有する。また別の実施形態では、本発明の改変WWドメインペプチドは、アミノ酸配列WX3WX18-32W、ここで、Xはいずれかのアミノ酸である、を含むコンセンサス配列を有する。そこで、該コンセンサス配列は、アミノ酸配列WX3WX16-32Wを含むことができる。当然のことながら、本発明の改変WWドメインは、本発明のナイーブWWドメインペプチドライブラリーに由来してよいので、それらがナイーブWWドメインライブラリーペプチドの特徴のいずれか1つ以上を有する可能性がある。有益には、本発明の改変WWドメインペプチドは、それが由来するWWドメインペプチドによっては結合されない標的リガンドに結合する。または、本発明の改変WWドメインペプチドは、野生型ペプチドより大きな結合親和性で非改変WWドメインの天然リガンドに結合する。特に適切な実施形態では、改変WWドメインペプチドは非リン酸化リガンドに結合するが、それが由来するWWドメインペプチドは非リン酸化リガンドには結合しない。適切には、非リン酸化リガンドはinvivoの細胞外標的配列である。有益には、本発明の改変WWドメインペプチドは、その標的リガンドに解離定数Kd1μM未満、200nM未満または100nM未満で結合する。適切には、本発明の改変WWドメインペプチドのための標的リガンドにはVEGFR2およびNGFが含まれる。本発明の好ましい改変WWドメインペプチドは、配列番号15~20および26~29の6~38位のアミノ酸配列を含んでいる配列番号1の配列にしたがった番号付け。最も適切な改変WWドメインペプチドは、治療および/またはinvivo用途のために好ましい可能性がある環状ペプチドを作成するために環化される。したがって、本発明は、本発明の改変WWドメインペプチドのための治療用および診断用使用を含んでいる。このため本発明の態様および実施形態には、改変WWドメインペプチドを含む調製物、医薬品および医薬組成物が含まれる。一実施形態では、本発明は、医学分野において使用するための改変WWドメインペプチドに関する。より詳細には、標的リガンド、例えば細胞外標的リガンドの機能を拮抗もしくは作動させる際に使用するためである。本発明の改変WWドメインペプチドは、ヒトまたは動物の身体の様々な疾患および状態、例えば癌、網膜の変性疾患または疼痛の治療に使用することができる。治療は、さらにまた疾患または状態の予防ならびに治療的処置および緩和を含むことができる。本発明はさらに、核酸、例えば本発明のナイーブWWドメインペプチドライブラリーをコードする発現ベクター、または本発明の改変WWドメインペプチド、または本発明の方法によって入手可能なWWドメインペプチドを含んでいる。本発明のさらにまた別の態様では、ナイーブWWドメインペプチドライブラリーを作成する方法であって、a各々がWWドメインペプチドをコードする複数の核酸を提供する工程、b改変された核酸によってコードされる複数の前記WWドメインペプチドの該WWドメインペプチド内の1つ以上のアミノ酸残基で多様性を提供する目的で、それにより複数の改変された核酸を作成するために該複数の核酸内に多様性を導入する工程、およびcそれにより配列多様化を含む改変WWドメインペプチドのライブラリーが生成される、前記複数の改変された核酸によってコードされる該WWドメインペプチドを発現させる工程を含む方法が提供される。一部の実施形態では、本方法の工程bはさらに、例えばPCRを用いて該核酸配列を増幅させる工程を含むことができる。一実施形態では、本方法は、dそれに対して工程aにおいて該WWドメインペプチドが選択されていない標的リガンドに対して該ライブラリーのペプチドを選択する工程をさらに含むことができる。該標的リガンドは、工程aにおいて非改変WWドメインペプチドによって結合されなくてよい。本発明のこの態様の方法は、所望の改変WWドメインを単離する工程をさらに含むことができる。一実施形態では、本方法は、e該標的リガンドに解離定数Kd1μM未満、200nM未満または100nM未満で結合するペプチドを単離する工程を含んでいる。さらにまた別の態様では、本発明は、改変WWドメインペプチドをナイーブWWドメインペプチドディスプレイライブラリーから単離するための方法であって、該ライブラリーはディスプレイされた改変WWドメインペプチドをコードする複数の核酸配列を含み、a複数の核酸構築物を発現させる工程であって、各核酸構築物は、該複数の核酸構築物の発現が複数のペプチド-核酸複合体の形成を生じさせるように該核酸配列へ機能的に連結したプロモーター配列を含み、各複合体はディスプレイされたペプチドをコードする対応する核酸構築物と会合する少なくとも1つのディスプレイされた改変WWドメインペプチドを含む工程、b該複数のペプチド-核酸複合体を少なくとも1つの標的リガンドへ曝露させ、および適切には該標的リガンドへディスプレイされた改変WWドメインペプチドを結合させることによって、該ペプチド-核酸複合体を該リガンドと会合させる工程、c該標的リガンドと会合していないままである任意のペプチド-核酸複合体を取り除く工程、およびd任意の標的リガンド会合性ペプチド-核酸複合体を回収する工程を含む方法を提供する。一実施形態では、本方法はさらに、e任意の回収されたリガンド会合性ペプチド-核酸複合体の該核酸配列によってコードされたペプチドを標的リガンド結合改変WWドメインペプチドを含んでいると特徴付ける工程を含んでいる。適切には、該ペプチドディスプレイライブラリーは、invitroペプチドディスプレイライブラリー、および最も適切にはCISinvitroペプチドディスプレイライブラリーである。該標的リガンドは、本明細書のどこかに開示したように、例えば本発明の上記の態様のいずれかに関連付けたように規定することができる。本方法は、以下の、A工程eの1つ以上の標的リガンド結合改変WWドメインペプチドを対応する核酸構築物と会合させ、それにより1つ以上の標的リガンド結合改変WWドメインペプチドのための核酸配列を同定する工程、B該標的リガンドと会合する改変WWドメインペプチドを単離する工程、C該改変WWドメインペプチドの誘導体を形成する工程であって、このとき場合により該誘導体は該改変WWドメインペプチドの1つ以上の特性を改良するための成熟実験を実施することによって形成される工程、D該改変WWドメインペプチドを別の成分、例えば非WWドメイン成分にコンジュゲートさせる工程、E任意の回収された標的リガンド会合性ペプチド-核酸複合体の改変WWドメインペプチドをコードする該核酸構築物を単離し、および場合によりそれを発現ベクターもしくは構築物内に挿入する工程、および/またはF本発明の該改変WWドメインペプチドおよび/または本発明の該改変WWドメインペプチドをコードする核酸構築物を含む医薬組成物を調製する工程のうちの1つ以上をさらに含む可能性がある。当然のことながら、本発明の改変WWドメインペプチドはさらに誘導体化もしくは追加の分子へコンジュゲートさせることができる、およびそのような誘導体およびコンジュゲートは本発明の範囲内に含まれる。さらに当然のことながら、他に特に規定しない限り、本発明の1つ以上の態様の任意の特徴は本発明の任意の他の態様内に組み込むことができる、および全てのそのような変形は本発明の範囲内に含まれる。本明細書に引用した全ての文献は、その開示内容全体が参考として援用される。他に特に規定しない限り、本明細書で使用する全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般に理解されている意味と同一の意味を有する。本発明の理解を支援するため、複数の用語について以下に規定する。本明細書で例えば、WWドメインペプチドフレームワーク/テンプレート/スカフォールドまたは改変WWドメインペプチドの文脈において使用する用語ペプチドは、直鎖もしくは環状鎖に結合された複数のアミノ酸を意味する。用語オリゴペプチドは、典型的には2~約50個以上のアミノ酸を有するペプチドを記載するために使用される。約50超のペプチドは、ポリペプチドもしくはタンパク質と呼ばれることが多い。本発明のためには、用語ペプチドは、任意の特定数のアミノ酸には限定されない。しかし好ましくは、ペプチドは約100個までのアミノ酸、約70個までの残基または約50個までの残基を含有している。適切には、本発明の改変WWドメインペプチドは、約20~約50個のアミノ酸残基およびより適切には約22~約45個の残基を含有している。一部の実施形態では、改変WWドメインフレームワークもしくはペプチドは、約23~約40個のアミノ酸残基もしくは約26~約39個の残基、例えば、30、31、32、33、34、35または36個のアミノ酸を含有していてよい。当然のことながら、本発明の単離WWドメインフレームワークもしくは改変ペプチドは、上記の数のアミノ酸を含んでいてよい、または上記の数のアミノ酸からなってよい。本明細書における用語アミノ酸は、その最も広い意味で使用され、天然型Lα-アミノ酸もしくは残基を含むことが意図されている。本明細書では、天然型アミノ酸に対して一般に使用される1文字および3文字略語を使用する。A=Ala、C=Cys、D=Asp、E=Glu、F=Phe、G=Gly、H=His、I=Ile、K=Lys、L=Leu、M=Met、N=Asn、P=Pro、Q=Gln、R=Arg、S=Ser、T=Thr、V=Val、W=Trp、およびY=TyrLehninger,A.L.,1975Biochemistry,2ded.,pp.71-92,WorthPublishers,NewYork。一般用語アミノ酸はさらに、D-アミノ酸、レトロ-インバーソアミノ酸ならびに化学改変アミノ酸、例えばアミノ酸アナログ、通常はタンパク質内に組み込まれない天然型アミノ酸、例えばノルロイシンおよび当該技術分野においてアミノ酸の特徴であることが公知の特性を有する化学合成化合物、例えばβ-アミノ酸をさらに含んでいる。例えば、天然PheもしくはProと同一のペプチド化合物の構造変化制限を可能にするフェニルアラニンもしくはプロリンのアナログもしくはミメティックは、アミノ酸の定義に含まれる。そのようなアナログおよびミメティックは、本明細書では各アミノ酸の機能的等価物と呼ばれる。他のアミノ酸の例は、参考として本明細書で援用されるRobertsandVellaccio,ThePeptides:Analysis,Synthesis,Biology,GrossandMeiehofer,eds.,Vol.5p.341,AcademicPress,Inc.,N.Y.1983に列挙されている。本発明の改変WWドメインペプチドは、少なくとも1つの位置で変異例えば、アミノ酸置換、欠失、付加させられている野生型WWドメインに基づいている。そこで、改変WWドメインは、便宜的には野生型タンパク質もしくはペプチド配列に由来する。典型的には、改変WWドメインは、野生型タンパク質のフラグメント、例えばPin1に由来する。当然のことながら、用途に依存して、本発明の改変WWドメインペプチドは、それが由来する対応する野生型ペプチド配列と比較してNおよび/またはC末端で追加のペプチド配列を含むことができ、例えば、タンパク質発現および/または核酸クローニングを容易にするためにN末端でジペプチド配列met-alaを含めることができる。該Met-Alaジペプチドが改変Pin1WWドメインペプチド配列である該野生型Pin1WWドメイン配列のN末端に指示されている場合、およびWWドメインフレームワークの配列内では、当然のことながら、該野生型配列のこのジペプチド部分は本発明の範囲内に含まれるが、Met-AlaのN末端ジペプチドが欠如する対応する配列は含まれないと見なされる。異なる生体由来のPinドメインのアラインメントは、特に該ドメインのN末端でのこのドメイン内の配列の多様性を示している表1に示されている。表1のアラインメントはさらに、Pin1におけるアミノ酸の番号付けを本発明によって使用可能な他のWWドメインペプチドの参照として使用可能な方法も示している。本発明の改変WWドメインペプチドは、典型的には天然型アミノ酸残基を含有しているが、場合によっては非天然型アミノ酸残基もまた存在してよい。このため、特定アミノ酸もしくはペプチドの構造を模倣する非アミノ酸化学構造を含むことのできるいわゆるペプチドミメティックおよびペプチドアナログもまた、本発明で使用することができる。そのようなミメティックもしくはアナログは、一般には類似の物理的特性、例えばサイズ、電荷もしくは疎水性およびそれらの天然ペプチド対応物において見いだされる適切な空間的な配向性を示すと特徴付けられる。ペプチドミメティック化合物の特定の例は、当該技術分野で周知であるように、例えばその中で1つ以上のアミノ酸間のアミド結合が、例えば炭素-炭素結合または他の非アミド結合によって置換されている化合物である例えば、Sawyer,inPeptideBasedDrugDesign,pp.378-422,ACS,WashingtonD.C.1995を参照されたい。そのような改変は、該改変WWドメインの安定性を増加させるため、および/または溶解性、生体内利用率および送達特性例えば、invivo用途のためを改良もしくは改変するために特に有益である可能性がある。本発明の一態様は、所望の物理的特性および特徴を有する改変WWドメインを同定するためにスクリーニングするための改変WWドメインペプチドのライブラリーを作成するために使用できる、WWドメインフレームワーク、スカフォールドもしくはテンプレートこれらの用語は本明細書では互換的に使用されるに関する。当然のことながら、該WWドメインフレームワークは核酸配列もしくはペプチド配列であってよい。本発明のWWドメインフレームワークは、適切な野生型WWドメインペプチド、例えばPin1WWドメインに由来する。そこで、本発明のWWドメインフレームワークは、それが由来する野生型ペプチドのアミノ酸残基のコアもしくはバックボーンを対応する野生型配列と比較して様々な位置で複数のアミノ酸変異例、置換とともに含んでいる。このため便宜的には、本明細書で使用するWWドメインフレームワークは、該ドメイン内の1つ以上の位置で特定もしくは無作為変異を備える共通コア配列の周囲で相違するが会合するWWドメインペプチドに基づくライブラリーもしくは集団を含んでいる、およびそれ自体をWWドメインフレームワーク核酸もしくはペプチドライブラリーと称することもできる。特定機能性を有するために最適化もしくは選択されていないペプチドもしくは核酸の混合物を有するそのようなライブラリーは、本明細書ではナイーブライブラリーと呼ぶ。このため本発明のWWドメインフレームワークライブラリーから発現した個別ペプチドは、上記で考察したように改変WWドメインペプチドであると見なされ、そのコーディング核酸は改変WWドメイン核酸であると見なすことができる。排他的ではないが、有益には、改変WWドメインペプチドは、三本鎖βシートもしくはβメアンダーを含むと特徴付けられたWWドメインタンパク質折り畳みを採用する。同様に、該WWドメインフレームワークペプチドは、必ずしも排他的ではないが標的リガンドを受入れて結合するためのコップ状結合表面を形成する。図1は、WWドメインペプチドのコップ状結合表面を示しているWintjensetal.,2001,J.Biol.Chem.276,25150-25156によって決定されたPDB:1l6C構造から採用した図。本発明のWWドメインフレームワークの潜在的利点は、該特定フレームワークライブラリーの個別メンバーが結合可能な標的リガンドが分子の特定タイプもしくは構造例えば、直鎖ペプチドに限定されなくてよいことである。そこで任意の所望のリガンドは、該WWドメインフレームワークライブラリー由来のWWドメイン、例えば核酸例えば、DNAもしくはRNA、小さな有機もしくは無機分子、タンパク質もしくはペプチドによって認識つまり、結合することができる。適切なリガンドはタンパク質であり、特定の適切なリガンドは、タンパク質のペプチド配列もしくはエピトープである。好ましい標的リガンドは、単離可能な、またはより大きなペプチドもしくはタンパク質分子の一部であってよい直鎖ペプチドである。本発明のまた別の態様は、特にWWドメインフレームワークに基づいて変異WWドメインの集団もしくはライブラリーから所望の特性を有する改変WWドメインの同定および特性解析に関する。該ライブラリーは、所望の特性を有する改変WWドメインを同定するために発現させてスクリーニングすることができる複数の核酸配列例えば、少なくとも106、108、109、1012以上の相違するコーディング配列を含んでいる。典型的には、該改変WWドメインは、Pin1WWドメインペプチド配列、つまりヒトPin1タンパク質のペプチドフラグメントであるN’-MADEEKLPPGWEKRMSRSSGRVYYFNHITNASQWERPSG-C’配列番号1に由来する。該改変WWドメインは、そこで変異Pin1WWドメインペプチドまたは変異Pin1タンパク質のフラグメントのライブラリーから選択することができる。本発明の選択された改変Pin1WWドメインは、それが由来する野生型Pin1WWドメイン配列に比較して1つ以上、適切には3つ以上、5つ以上または7つ以上の変異を含有している。しかし該改変Pin1WWドメインペプチドが該対応する野生型配列と少なくとも30、少なくとも50または少なくとも70同一であるのが有益である。本発明の改変WWドメインは、最も好ましくは三本鎖βシートである。有益には、該改変WWドメインは少なくとも3つのトリプトファン残基を含んでおり、うち2つは該改変ドメインがそれに由来する野生型配列もしくはライブラリーの位置に対応する位置に所在するこのとき該天然配列は2つのトリプトファン残基を含む。さらにより好ましくは、該改変WWドメインは、さらにAsn26を含んでおり、最小3つのトリプトファン残基を含有している。そこで好ましい実施形態では、野生型Pin1WWドメインペプチド配列は、15までのアミノ酸位置、12までのアミノ酸位置、または10までのアミノ酸位置を変化させることによって多様化されるが、少なくとも3つのトリプトファン残基を含んでいる。変異の好ましい形態は、アミノ酸置換である。または、改変WWドメインは、ヒトまたは他の動物、例えば哺乳動物および他の真核生物、例えば鳥類、両生類、昆虫類、寄生虫類、真菌、酵母および植物種由来の他のWWドメイン含有タンパク質に由来してよい本発明のスカフォールドを作成するために改変および使用が可能なまた別のWWドメインペプチド配列については表2を参照されたい。特に、少なくとも3つの不変トリプトファン残基を含有するWWドメインペプチドフラグメントを、本発明の改変WWドメインを選択するための出発点として使用することもできる。~に由来するは、関係するペプチドがそれをベースとするペプチドの一次アミノ酸配列と比較して1つ以上の変異を含むことを意味する。そこで本発明の改変WWドメインは、野生型タンパク質/ペプチド配列、例えばPin1に由来すると考えられる。同様に、改変WWドメインペプチドの誘導体は、選択された所望の活性例えば、選択された標的リガンドに対する結合親和性を有するが、さらに本発明の方法によって最初に同定される改変WWドメインの一次アミノ酸配列への1つ以上の変異もしくは改変を含んでいるペプチド配列を意味する。そこで、本発明の改変WWドメインの誘導体は、それが由来する該改変WWドメインに比較して1つ以上例えば、1、2、3、4、5つ以上の化学改変アミノ酸側鎖を有していてよい。適切な改変には、ペグ化、シアリル化およびグリコシル化を含むことができる。これらは、非天然アミノ酸を通して、または該天然配列の化学改変を通して組み込むことができる。これに加えて、または代えて、改変WWドメインの誘導体は、選択された改変WWドメインペプチドの一次配列への1つ以上例、1、2、3、4、5つ以上のアミノ酸変異、置換もしくは欠失を含有していてよい。したがって、本発明は、最初に同定されたペプチドの1つ以上の特徴を改良または変化させるための改変WWドメインを対象に実施された成熟実験の結果を含んでいる。一例として、選択された改変WWドメインペプチド配列の1つ以上のアミノ酸残基は、当該技術分野において公知の手法を使用して例えば、該コーディングDNAまたはRNA配列を改変することによって無作為に、または特異的に変異または置換させることができる。誘導体化ペプチドの結果として生じたライブラリーもしくは集団は、当該技術分野において任意の公知の方法によって、既定の要件、特定標的リガンドに対する改良された特異性、または改良された薬物特性例えば、安定性、溶解性、生体内利用率、免疫原性などにしたがって選択することができる。そのような追加もしくは改良された特徴を示すために選択された、および該改変WWドメインが最初にそのために選択された活性を提示するペプチドは、該改変WWドメインの誘導体と見なすことができ、本発明の範囲内に含まれる。場合によっては、改変ドメインのマルチマー、例えば二量体を作成するために、例えば2つ以上の標的配列へ同時に結合させるために、本発明の改変WWドメインペプチドを1つ以上の改変WWドメインへコンジュゲートさせることが望ましい。標的配列は、同一もしくは異なる分子上のいずれかにあってよく、要件に依存して同一もしくは異なる配列であってよい。場合によっては、本発明の改変WWドメインペプチドを非WWドメイン部分へコンジュゲートさせることが望ましい。用語コンジュゲートは、その極めて広い意味において当該技術分野で公知の付着もしくは接合の方法全てを含むために使用される。例えば、非WWドメイン部分は、改変WWドメインのCまたはN末端のアミノ酸伸長であってよい。このアミノ酸伸長は、無作為ペプチド配列または公知のペプチド配列のいずれかであってよい。さらに、短いアミノ酸リンカー配列は、改変WWドメインと非WWドメイン部分との間にあってよい。本発明は、さらに該改変WWドメインが例えば場合によりリンカー配列による非WWドメイン成分への化学的コンジュゲーションによって結合される分子を提供する。典型的には、該改変WWドメインは、いずれかの部分の活性を妨害しない部位を介して他の部分に連結させられる。用語コンジュゲートしたは、連結した、結合した、会合したまたは付着したなどの用語と互換的に使用される。コンジュゲーションの広範囲の共有結合および非共有結合形は当業者には公知であり、本発明の範囲内に含まれる。例えば、ジスルフィド結合、化学結合およびペプチド鎖は全て、共有結合の形態である。コンジュゲーションの非共有結合手段が好ましい場合、付着の手段は、例えばビオチン-ストレプトアビジン結合であってよい。抗体もしくは抗体フラグメント-抗原相互作用は、さらにまた本発明の改変WWドメインを非WWドメイン部分へコンジュゲートさせるためにも適切に使用することができる。1つの適切な抗体-抗原対合は、フルオレセイン-抗フルオレセイン相互作用である。本明細書で使用する非WWドメイン部分は、WWドメインフレームワークもしくは折り畳みを含有していない実体を意味する。そこで、非WWドメイン部分は、三本鎖βシートまたはβメアンダーを含んでいない。そのような非WWドメイン部分には、核酸および他のポリマー、ペプチド、タンパク質、ペプチド核酸PNA、抗体、抗体フラグメントおよび小分子が含まれる。有益には、非WWドメイン部分は、治療用分子またはターゲティング分子であってよい。非標的は、関係するリガンドが会合WWドメインペプチドによって結合されないことを意味する。例えば、野生型WWドメインが単一の特異的な公知の天然標的リガンドを有する場合、全ての他のペプチド配列は非標的であろう。非標的リガンドは、会合WWドメインによって結合されない。非結合、結合されないまたは認識されないおよび同等の記述は、関係するリガンドが、任意の結合が生理学的未満つまり、生理学的リガンド/ドメイン濃度下で生理学的応答を作り出すことができないであるように感知できない結合であることを意味する。例えば、該ドメインと該非標的リガンド間で何らかの結合を測定することができれば、解離定数Kdは、1μM超、例えば少なくとも100μMまたは少なくとも1mMである。しかし天然標的リガンドに対する様々な野生型ドメインの結合親和性はまた別の方法で有意に変動する可能性があることを認識すると、非結合を標的リガンド結合に比較して判定することができる。このため便宜的には、該ドメインおよびその標的リガンド野生型WWドメインの場合には天然、または改変WWドメインの場合は天然もしくは非天然であるかにかかわらずについての解離定数は、非標的リガンドに比較してより少なくとも10倍高い、適切には少なくとも100倍高い、およびより適切には少なくとも1,000倍高い。本発明のWWドメインに対するリガンドの文脈における用語細胞外は、その天然状態においてはinvivo細胞外環境において見いだすことができる分子またはinvivo細胞外環境において見いだされる分子の一部分に当てはまる。例えば、膜結合もしくは膜貫通分子例えば、膜結合成長因子もしくはホルモン受容体分子もしくは複合体の細胞外ドメインは、本発明のWWドメインに対する細胞外リガンドを提供することができる。WWドメイン、フレームワークおよびライブラリー本発明では、本出願者らは、所望の特性、例えば選択された標的リガンドに対する結合親和性についてスクリーニング可能な、改変WWドメインペプチドのライブラリーを生成するために適合するWWドメインフレームワークを作成した。当該技術分野には公知の多数のWWドメインが存在しており、これらWWドメインのいずれかは、本明細書に記載したように新規な結合分子を選択するためのWWドメインフレームワークとして使用するために適合する場合がある。そこで、本発明にしたがって使用するために適合するWWドメインには、表2に同定したWWドメイン配列を含むポリペプチドが含まれる。好ましくは、適切なWWドメイン配列には、野生型配列の一部としてであろうと、または人工的に導入されたものであろうと、該配列内の少なくとも3つの不変トリプトファン残基を備えるドメインが含まれる。一実施形態では、該WWドメインフレームワークは、野生型Pin1WWドメインペプチド配列、すなわちホスホセリンおよび/またはホスホトレオニン残基を含有する直鎖ペプチド配列に結合することが唯一証明されている第IV群WWドメインであるN’-MADEEKLPPGWEKRMSRSSGRVYYFNHITNASQWERPSG-C’配列番号1に基づいている。そこで野生型Pin1WWドメインは、1位にN末端メチオニン残基および39位にC末端グリシン残基を備える39アミノ酸ペプチド配列であると考えられる。しかし当然のことながら、N末端Met-Alaジペプチドは場合によりWWドメイン配列から削除することができるので、野生型配列のN末端Met-Alaジペプチドを削除しているWWドメインフレームワークおよび改変ペプチドおよび核酸配列もまた本発明の範囲内に含まれ、本明細書で開示されたと考えられる。本発明を容易に理解するため、および本明細書で使用するような内部整合性の理由から、Pin1に由来している本発明のPin1WWドメイン、WWドメインフレームワークおよび改変WWドメインペプチド内のアミノ酸位置の番号付けは、他に特に規定しない限り配列番号11位でメチオニン、2位でアラニンおよび39位でグリシンを含んでいるにしたがっている。そこで、アミノ酸位置が特定配列、例えば配列番号15~20または26~29を参照して示されている場合は、特定配列の番号付けが適用される、他の場合は、番号付けは配列番号1を参照して仮定される。一実施形態では、本発明のWWドメインフレームワークは、17位Arg~20位Glyを含むターン、つまりループ1領域内に1つのアミノ酸欠失を有するので、該フレームワークは38残基を含んでいる。この欠失はPin1WWドメインのループ1領域内で1つのアミノ酸切断を作り出し、これは該ドメインを熱的に安定化させるのに役立つ可能性がある。また別の実施形態では、配列番号1のPin1WWドメインのMet15はトリプトファンへ変異させられM15W、これもまた該WWドメインを安定化させるのに役立つ可能性がある。適切には、本発明のWWドメインフレームワークは、野生型Pin1WWドメイン、例えば配列番号2に比較して安定性が増したWWドメインフレームワークを作成できるように、Pin1配列に比較して17~20位の間のアミノ酸の欠失および変異M15Wの両方を含んでいる。ループ1領域内の好ましい欠失は、配列番号1内のSer19または該WWドメインがまた別の起源に由来する場合は同等の位置の欠失である。この1つのアミノ酸欠失は、例えば配列番号15~20および26~29の配列が配列番号1よりも少なくともアミノ酸1個短いこと、および配列番号1のSer38が配列番号15~20および26~29の37位に対応することを意味する。また別の実施形態では、本発明のWWドメインフレームワークは、17~20位を含むターンループ1内および/または27~30位を含むターンすなわちループ2領域内で少なくとも1つのアミノ酸の挿入を有するため、該フレームワークは39超の残基を含むことができる。これらの挿入は、また別の多様性およびリガンド認識のための多数のアミノ酸側鎖を提供するために使用可能な伸長したループ領域を作り出す。好ましくは、安定化ループ配列は、伸長したループが構造的安定性を有し、WWドメインの三本鎖βシート構造の折り畳みを阻害もしくは不安定化させないように使用される。一部の実施形態では、ループ配列、例えば抗体もしくは抗体フラグメントからの超可変ループ領域は本発明のWWドメインへグラフト化させることができる。1つ以上のアミノ酸、例えば10個まで、8個までまたは5個までのアミノ酸をループ1および/またはループ2領域内で挿入することができる。本発明のナイーブWWドメインライブラリーでは、挿入されたアミノ酸は、特定の有用な配列を本発明の方法において該ライブラリーから選択できるように、多様化させることができるすなわち、それらは可変ライブラリー残基の一部であってよい。または、該挿入の1つ以上のアミノ酸は、例えば構造的安定性または側鎖特性のために、不変性であってよい。さらにまた別の実施形態では、該WWドメインフレームワークは、野生型WWドメイン配列の12、14、17、18、23、25、27、30および32位から選択された位置で少なくとも1つの変異を含んでいる。このため該WWドメインフレームワークがPin1に由来する場合は、1つ以上の変異はE12、R14、R17、S18、Y23、F25、H27、N30およびS32位から選択される。これらの位置は、該WWドメインのループループ1およびループ2ならびにβメアンダーの推定結合/認識表面の両方にわたって広がっている図1を参照されたい。適切には、該フレームワークは、配列番号1の12、14、17、18、23、25、27、30および32位のうちの少なくとも3つ、少なくとも5つまたは少なくとも7つのアミノ酸置換を含んでいる。より適切な実施形態では、本発明のフレームワークは、配列番号1の上記に同定した位置の8または9つでアミノ酸置換を含んでいる。有益には、上記の変異に加えて、該WWドメインは、少なくとも3つのトリプトファン残基上記の表2および表3で強調表示されているを含有している。変異した位置各々でのアミノ酸残基は、非選択的に、つまり該特定アミノ酸の各々を他の19個の天然型アミノ酸のうちの1つと置換することによって無作為化されてよい、または選択的に、つまり該特定アミノ酸の各々を残りの19個の天然型アミノ酸の既定のサブグループからの1つと置換することによって無作為化されてよい。変異は、さらに非天然アミノ酸も含むことができる。当然のことながら、各々の選択された位置で無作為化アミノ酸を備える変異ペプチドのライブラリーを作成する1つの便宜的方法は、選択されたアミノ酸をコードする対応する核酸配列の核酸コドンを無作為化することである。この場合には、該ライブラリーから発現した任意の個別ペプチドにおいて、20個の天然型アミノ酸のいずれかを無作為化位置で組み込むことができる。このため、場合によっては例えば、およそ5、野生型アミノ酸残基は偶然に無作為に組み込まれる。このため、本発明のWWドメインフレームワーク核酸は、上記に規定した位置全9つで無作為化コドンを有していてよく、改変WWドメインペプチドはそれらの選択された位置の1つ以上で野生型アミノ酸を有していてよい。これとは対照的に、該野生型配列の選択されたアミノ酸をアミノ酸の既定のサブグループからの1つで置換することによって例えば、インテリジェントコドン無作為化によって、該ライブラリーメンバーのいずれかが偶然に選択された場所で野生型残基を組み込むことができるか否かを規定することができる。または、プレチャージtRNAを使用すると、変異させる位置のいずれか1つ以上で非天然アミノ酸を導入することができる。非天然アミノ酸を用いたtRNAアミノアシル化の他の方法には、特定の4つの塩基コドンを有していてよいリボザイムもしくは変異アミノアシル-tRNAシンテターゼAARSの使用が含まれるUllmanetal.,2011,BriefingsinFunctionalGenomics,10,125-134。WWドメインフレームワークの一実施形態では、E12、R14、Y23、F25、H27およびN30位は、20個の天然型アミノ酸のいずれか1つと置換させられ、R17、S18およびS32位はA、G、N、K、D、E、R、T、S、P、HおよびQの群のアミノ酸のいずれか1つと置換させられる。より適切には、該WWドメインフレームワークは、Ser19の欠失およびMet15Trpの置換の一方または両方をさらに含んでいる。そこで、本発明のナイーブWWドメインフレームワークペプチドライブラリーは、配列、N’-MADEEKLPPGWX1KX2WSX3X4GRVX5YX6NX7ITX8AX9QWERPSG-C’配列番号2、ここで、X1、X2、X5、X6、X7、X8は20個の天然型アミノ酸のいずれか1つを表し、X3、X4およびX9は、アミノ酸A、G、N、K、D、E、R、T、S、P、HおよびQのいずれか1つを表し、対応する野生型Pin1配列のMet15はTrpで置換されており、野生型Pin1WWドメインのSer19は欠失している、を有する。該対応するWWドメインフレームワーク核酸ライブラリーPinLib、配列番号3、と称するでは、X1、X2、X5、X6、X7、X8はNNBコドンによってコードさ、ここで、NはA、C、TおよびGの等価の混合物を表し、およびBはC、GおよびTである、ならびにX3、X4およびX9はVVMコドンによってコードされ、このときVはA、CもしくはGであり、MはAもしくはCである。しかし当然のことながら、当該ペプチドの末端領域は本発明のWWドメインの折り畳みもしくは結合特異性に有害な影響を及ぼすことなく改変および欠失もしくは付加を受けやすい可能性がある例えば、NおよびC末端アミノ酸は標的リガンドとの結合相互作用に直接的に含まれないと考えられる。そこで、WWドメインペプチドを選択するために好ましいWWドメインフレームワークライブラリー、およびそこで本発明の有用なWWドメインペプチドは、改変された配列番号1配列のアミノ酸6~38または配列番号2のアミノ酸6~37の配列のいずれかに対応するアミノ酸配列、KLPPGWX1KX2WSX3X4XaGRVX5YX6NX7ITX8AX9QWERP、ここで、X1~X9は任意のアミノ酸を表し、Xaは場合により任意のアミノ酸であるまたは存在しない、配列番号31を含む可能性がある。このため、本発明の最も好ましいWWドメインフレームワークライブラリーおよび最も好ましいWWドメインペプチドは、アミノ酸配列、KLPPGWX1KX2WSX3X4GRVX5YX6NX7ITX8AX9QWERP配列番号32、ここで、X1~X9は任意のアミノ酸を表す、または上記に指示したように規定することができる、を含む可能性がある。標的リガンドに依存して、各X位置での組み込みのために好ましいアミノ酸のサブグループ配列番号2に関しては、実施例の項に報告されており、本発明の範囲内に含まれる。場合によっては、例えば所望の改変WWドメインペプチドの発現、スクリーニングまたは選択において役立つために、WWドメインフレームワークペプチドを融合タンパク質として発現させるのが有益でありうる。一実施形態では、WWドメインフレームワークペプチドは、NもしくはC末端でリンカー配列を備えて発現させられる。特に好ましい実施形態では、WWドメインフレームワークペプチドは、C末端でGSGSS配列番号33アミノ酸リンカーを含んでおり、WWドメインフレームワーク核酸配列は対応する核酸配列を含んでいる。このリンカーは、本発明のWWドメインフレームワークペプチドをCISinvitroディスプレイ系における発現および選択のため、RepAタンパク質に融合させるために便宜的である。上記では主としてPin1に由来するWWドメインフレームワークに関連付けて記載してきたが、当然のことながら、他のWWドメイン、例えば表2または3に列挙したドメインを代りに使用することができる。場合によっては、特定の動物または生体、例えばヒト、霊長類、ブタもしくはマウスに由来するフレームワークを使用するのが望ましい。ハイブリッドWWドメインからフレームワークを引き出すことが有益な場合もある。例えば、1つのWWドメインの1つ以上のループ配列またはβストランドは特性の様々な非天然組み合わせを提供するために相違するWWドメインのループもしくはβストランド配列で置換されてもよい。本発明のWWドメインフレームワークがそれに由来してよい特に適切なWWドメインには、表2に列挙したWWドメイン、特にホルミン結合タンパク質4FNBP4、アミロイドβA4前駆体タンパク質結合ファミリーBメンバー1、2もしくは3APBB1、2、3、PCIF1、ポリグルタミン結合タンパク質1PQBP1、PRP40、RHG12、RHG27、タンパク質サルバドールsalvadorホモログ1SAV1、BCL2関連アタノジーンathanogene産物BAG3、SEC23、T細胞受容体γタンパク質TCRG、WWC、WWOXまたはYFBタンパク質が含まれる表3。ライブラリーからのペプチドの発現および特性付け本発明の改変WWドメインペプチドは、便宜的にはWWドメインフレームワークに由来するペプチドのライブラリーをスクリーニングする工程によって選択することができる。スクリーニングは、当業者には公知の、例えば以下に同定するような任意のライブラリー生成および選択システムを用いて実施することができる。1つのアプローチは、6~10個のアミノ酸ペプチドの無作為化ライブラリーを化学合成することによって候補ペプチドの混合集団を生成することであるJ.Eichleretal.,1995Med.Res.Rev.,15,481-496、K.Lam1996AnticancerDrugDes.,12,145-167、およびM.Lebletal.,1997MethodsEnzymol.,289,336-392。また別のアプローチでは、候補ペプチドは、はるかに大きなサイズのペプチドをバクテリオファージの表面上で発現可能にする、無作為化オリゴヌクレオチドライブラリーをFf線維状ファージ遺伝子内にクローニングする工程によって合成されるH.Lowman1997Ann.Rev.Biophys.Biomol.Struct.,26,401-424、およびG.Smithetal.,1993Meth.Enz.,217,228-257。長さ38アミノ酸までの無作為化ペプチドライブラリーも作成されており、このシステムを使用するとより長いペプチドが達成可能である。これらの戦略のいずれかを使用して生成されるペプチドライブラリーは、次に典型的には予備選択されたマトリックス結合タンパク質標的と混合される。結合するペプチドは溶出され、それらの配列が決定される。この情報から、新規なペプチドが合成され、それらの生物学的特性を評価することができる。そのような先行技術の方法の潜在的欠点は、典型的にはファージディスプレイおよび化学合成の両方を用いて生成されるライブラリーのサイズが106~109の範囲内に制限されることである。この制限は、時間のかかる成熟工程が続いて使用されない限り、標的リガンドの相当に低い結合親和性のペプチドの単離が生じる可能性ができる。このライブラリーサイズの制限は、特に、mRNAディスプレイRoberts,Szostak1997Proc.Natl.Acad.Sci.USA,94,12297-12302、リボソームディスプレイMattheakisetal.,1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA,91,9022-9026、およびCISディスプレイOdegripetal.,2004Proc.Natl.Acad.SciUSA,1012806-2810を含むペプチドライブラリーをinvitro生成するための技術の開発をもたらした。これらのライブラリーは、生成されたライブラリーのサイズがファージディスプレイを用いて可能なサイズより2~5桁大きいという点で、ファージディスプレイライブラリーおよび他のinvivoベース法より優れている可能性がある。これは、ファージディスプレイなどの技術とは相違して、該ライブラリーからの核酸配列のクローニングおよび形質転換を必要とする中間のinvivo工程がないためである。このため、ライブラリーメンバーの発現および選択は、有益にもWWドメインフレームワーク由来のペプチドのinvitro生成ライブラリーのinvitroディスプレイを用いて実施することができる。本明細書で使用する用語invitroディスプレイ、invitroペプチドディスプレイおよびinvitro生成ライブラリーは、ペプチドライブラリーが、該発現したペプチドがそれらをコードする特定核酸と会合する、および該会合が該核酸を用いた細胞もしくは細菌の形質転換に続いて生じない、または必要としない方法で発現させられる系を意味する。したがって、これらの系は無細胞と呼ぶことができる。そのような系は、ペプチドとそれらのコードされた核酸との会合が該核酸を用いた細胞もしくは細菌の形質転換に続いて生じるファージディスプレイおよび他の細胞もしくはinvivoディスプレイ系とは対照的である。本発明の好ましい実施形態では、CISディスプレイ系例えば、国際公開公報第2004022746号パンフレット、同第2006097748号パンフレットおよび同第2007010293号パンフレットに記載されているは、改変WWドメインを選択するためのinvitroディスプレイ系として使用される。選択された標的リガンドに対する選択された改変WWドメインペプチドの結合親和性は、当業者には公知の技術、例えばトリプトファン蛍光発光分光法、等温熱量測定法、表面プラズモン共鳴法またはバイオレイヤー干渉法を使用して測定することができる。バイオセンサーアプローチは、Richetal.2009,‘‘Aglobalbenchmarkstudyusingaffinity-basedbiosensors’’,Anal.Biochem.,386,194-216に概説されている。例えば、1つの方法では、WWドメインについての解離定数は、適切なバッファー溶液、例えば10mMリン酸カリウム、100mMNaCl、0.1mMEDTA、0.1mMDTTpH6.0中のリガンドに対するドメインの滴定によって決定される。該ドメインおよびリガンドは2分間混合され、トリプトファン蛍光における変化は298nMでの励起および340もしくは350nMでの検出後に監視される。データポイントは、典型的には10秒間にわたって平均化される。または、化学合成されたWWドメインとリガンドとの間のリアルタイム結合アッセイは、OctetRedシステムを用いたバイオレイヤー干渉法Fortebio社、カリフォルニア州メンローパークを用いて実施することができる。ビオチン化WWドメインは、PBS中濃度50ng/μLでストレプトアビジンバイオセンサーFortebio社に固定される。会合曲線は、次にWWドメイン被覆センサーを様々な濃度のリガンド例えば、PBS中1~100nMをインキュベートすることによって検出され、解離は、PBS中で該センサーをインキュベートすることによって検出される。WWドメイン結合に対する解離定数は、定常状態分析によって決定することができる。本発明の改変WWドメインペプチドは、標的リガンドに対するμM以上の結合親和性を有する。適切には、本発明の改変WWドメインペプチドは、その標的リガンドに対するnMもしくはnM未満、例えば1μM未満、およそ900nM未満、およそ700nM未満、およそ500nM未満またはおよそ300nM未満の結合親和性を有する。いっそうより適切な実施形態では、該改変WWドメインペプチド、適切な解離定数によって測定しておよそ200nM未満、およそ100nM未満またはおよそ10nM未満の親和性を有する。一部の特に好ましい実施形態では、該改変WWドメインペプチドのその標的リガンドに対する親和性は、pM範囲内にある。好ましくは、標的リガンドは、リガンドであり、それに該改変WWドメインペプチドが由来する野生型WWドメインの非天然リガンドである。そのような実施形態では、該改変WWドメインペプチドのその非天然標的リガンドに対する親和性は、適切には、次に該改変ドメインに対する非標的リガンドであると考えられる、対応する野生型WWドメインの天然リガンドに対する親和性より少なくとも10倍高い。より適切には、非天然標的リガンドに対する親和性は、対応する野生型WWドメインの天然リガンドに対する親和性より少なくとも50倍、少なくとも100倍または少なくとも1,000倍高い。一部の実施形態では、改変WWドメインに対する標的リガンドは、対応する野生型WWドメインの天然標的リガンドと同一であってよい。これらの実施形態では、該改変WWドメインペプチドの該標的リガンドに対する親和性は、有益には該野生型WWドメインの親和性より少なくとも2倍高い、または少なくとも5倍高い。適切には、該天然リガンドに対する該改変ドメインの親和性の増加は容易に判別可能であり、該野生型ペプチド配列全体への親和性における増加は、該野生型ドメインの親和性より少なくとも10倍、少なくとも25倍または少なくとも50倍高い。一部の特に有益な実施形態では、該改変WWドメインペプチドの該標的リガンドに対する親和性は、該野生型WWドメインの親和性より少なくとも100倍高い、または少なくとも1,000倍高い。ライブラリーからのペプチドのスクリーニングおよび選択本発明は、ライブラリー例えば、ナイーブライブラリーから所望の特性を有するペプチドを生成および選択するためのペプチドスカフォールド/フレームワークの分野およびさらに所望の薬剤学的特性についてのペプチドライブラリーのスクリーニングを可能にすることによる薬剤開発において有意な前進を表す。本発明のこの態様の一実施形態によると、複数の改変WWドメインペプチドをコードするinvitro生成核酸ライブラリーが合成され、最初にそれらが所望の標的リガンドに結合する能力が選択される。特に有益な方法では、ペプチドは、各改変WWドメインペプチドが、融合タンパク質をコードし、複合体を形成する核酸DNA分子内の標的配列に結合するRepAへの融合タンパク質として発現させられるCISinvitroディスプレイ系内で合成される。この方法で、改変WWドメインペプチドは、ペプチド-核酸複合体としてそれをコードするつまり、遺伝子型および表現型がリンクされる核酸に連結される。該リガンドは、天然型もしくは非天然型分子、例えば有機もしくは無機小分子、炭水化物、ペプチドまたはタンパク質配列であってよい。該リガンドは、全分子またはより大きな分子の一部例えば、タンパク質のドメイン、フラグメントまたはエピトープであってよく、そして細胞内もしくは細胞外標的分子であってよい。有益な実施形態では、標的は、治療使用のためにより容易にターゲティング可能な細胞外リガンドである。便宜的には、遊離WWドメインからリガンド結合改変WWドメインペプチドの分離において役立つように、該リガンドは固体支持体と関連付けることができる、さもなければ固体支持体に付着させることができる。例えば、固体支持体はプレート、チューブまたはウエルの表面であってよい。または、固体支持体は、ビーズ、例えば磁気もしくはアガロースビーズであってよい。一実施例では、ビーズは、ポリスチレン被覆磁気ビーズである。固体支持体は、任意の適切な方法を使用して該リガンドで被覆することができる。例えば、リガンドは、適切なバッファー例えばPBS中の磁気ビーズ、例えば、TALON登録商標磁気ビーズInvitrogen社、米国に加えることができ、ある期間インキュベートすることができる。インキュベーションは、便宜的にはロータリーミキサー上で混合しながら室温で実施することができる。使用前に、ビーズは、例えばPBSバッファーを用いて3回洗浄することができる。リガンド好ましくは固定されたは、次にWWドメインフレームワークペプチドのライブラリーと、典型的には該発現したWWドメインペプチドを該リガンドとともにインキュベートすることによって接触させられる。便宜的な一実施形態では、ペプチドライブラリーは、クローニングおよび形質転換工程の使用を必要としないinvitro結合転写および翻訳系内で発現させられる。適切なインキュベーション時間後、磁気ビーズは、例えば、リガンド結合ペプチド-核酸複合体を遊離液/懸濁液中に残留する非会合複合体から分離できるように、重力および/または磁力下でペレット化することができる。非会合複合体は、吸引によって、および典型的には、適切なバッファーおよび/または界面活性剤を使用する1つ以上の洗浄工程を用いて、または当業者には公知の任意の他の手段によって取り除くことができる。便宜的バッファーはPBSであるが、当該技術分野で公知の他の適切なバッファーも使用することができる。混合物を洗浄することによって、標的リガンドと会合することのできないまたは洗浄条件下で会合したままであるには会合が弱過ぎるライブラリーメンバーおよび例えば、解離した複合体からの遊離核酸分子は選択から除くことができる。少なくとも1ラウンドの発現、結合および選択は、所望の特徴のために改変WWドメインペプチドの集団およびそれらの会合核酸を富化させるために実施される。典型的には、2、3、4、5ラウンド以上の選択を実施することができる。その後の各選択ラウンドでは、所定の基準、特に結合条件は、例えば所望の特性、例えば高い親和性、高い特異性などを有する改変WWドメインペプチドの選択を強化するために改変できる。各選択ラウンドの終了時および該手法の終了時に、本リガンド会合改変WWドメインペプチドを回収し、該会合核酸をシーケンシングする工程によって個別に特性付けることができる。場合により、本ペプチドは、所望のリガンド結合特性を確認するために該コードされたWWドメインを発現させる、または合成することによって特性付けることができる。有益には、本発明の改変WWドメインペプチドおよび/または核酸は単離することができる。しかし改変WWドメインの混合集団は、本発明の方法によって、例えばこのとき2つ以上のペプチド-核酸複合体が該標的リガンドと会合している場合に入手することができる。この事象では、本発明は、標的リガンドに結合する改変WWドメインの混合集団も含んでいる。動物、例えばヒトにおける治療で用いられる改変WWドメインペプチドに関して意図されている上記の方法の変形では、該改変WWドメインペプチドは、特定プロテアーゼに対する耐性のためにさらに選択するために、標的動物にとって内因性である例えば、関係する動物の循環血流内にある1つ以上のプロテアーゼに曝露させることができる。例として、該プロテアーゼは、1つ以上のヒトプロテアーゼ、例えばキモトリプシン、トリプシン、アミノペプチダーゼ、カルボキシペプチダーゼおよびエラスターゼから選択されてよい。本発明の選択およびスクリーニング法は、任意の所望の標的リガンドに結合させるために改変WWドメインペプチドの選択に適用することができる。適切なリガンドは、成長因子、受容体、チャネル、豊富な血清タンパク質、ホルモン、微生物抗原を含むことができる。潜在的標的リガンドの特定の例には、VEGFR2およびNGFが含まれる。核酸およびペプチド本発明による改変WWドメインペプチド、および必要に応じて、非WWドメインペプチド成分にコンジュゲートした改変WWドメインペプチドは、組み換えDNA技術ならびに標準タンパク質発現および精製法によって生成することができる。そこで本発明は、本発明のWWドメインペプチドならびにそれらの誘導体をコードする核酸分子、および核酸構築物、例えば本発明によるペプチドおよび誘導体をコードする核酸を含む発現ベクターをさらに提供する。例えば、会合ペプチドをコードするDNAを適切な発現ベクター例、pGEM登録商標、Promega社、米国内に挿入できるが、このとき該DNAは適切な発現配列に機能的に連結させられ、従来型技術にしたがってタンパク質発現のために適切な宿主細胞へ形質転換させられるSambrookJ.etal.,MolecularCloning:aLaboratoryManual,ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarbor,NY。適切な宿主細胞は、培養中で増殖することができ、細菌、真菌細胞および高等真核生物起源の細胞、好ましくは哺乳動物細胞を含む外因性DNAを用いて形質転換され易い宿主細胞である。本発明のペプチドを精製するのに役立つよう、本発明のWWドメインペプチドおよび対応する核酸は、精製配列、例えばHis-tagを含むことができる。それに加えて、またはそれに代えて、該改変WWドメインペプチドを、例えば、他のタンパク質と融合させて増殖させ、細菌細胞から不溶性封入体として精製することができる。これは特に、合成される改変WWドメインペプチドがその中で発現させられる宿主細胞にとって毒性である可能性がある場合に便宜的である。または、改変WWドメインペプチドは、適切なinvitro転写および翻訳系例えば、大腸菌E.coliS30抽出系、Promega社、米国を用いてinvitroで合成することができる。用語機能的に連結したは、例えば発現ベクターもしくは構築物中のDNA配列に使用された場合、該配列が、それらが所定の目的を達成するために協調的に機能するように、つまりプロモーター配列が終止配列に関する限り連結したコーディング配列を通して進行する転写が開始するように配列される。所望の改変WWドメインペプチドを選択および単離すると、追加の官能基、例えば第2治療用分子を次に任意の適切な手段によって該WWドメインペプチドへ付着させることができる。例えば、改変WWドメインペプチドは、任意の適切な形態の治療用分子、例えば抗体、酵素または小さな化合物へコンジュゲートさせることができる。これは特に、本発明の改変WWドメインペプチドが第2治療用分子によって治療可能な特定の細胞もしくは生体を標的とする、またはそれらと会合させることができる用途において特に有用である。本発明のペプチドまたは核酸に付着または連結させることのできる治療用分子の好ましい形態は、標的細胞においてRNAiを誘導することができるsiRNAである。典型的には、化学的リンカーが、siRNA分子をペプチド、例えばWWドメインへ連結させるために使用されるであろう。例えば、核酸もしくはPNAは、マレイミド基がペプチド上にありチオールが核酸上にあるマレイミド-チオール結合、または遊離システイン基がペプチド上にありチオール基が核酸上にあるジスルフィド結合を通してWWドメインペプチドへ連結させることができる。WWドメインペプチドは、さらにまた宿主の免疫細胞を動員する分子にコンジュゲートさせることもできる。そのようなコンジュゲートWWドメインペプチドは、特に癌治療薬としての使用に有用な可能性がある。さらにまた別の実施形態では、該WWドメインは抗体分子、抗体フラグメント例えば、Fab、Fab2、scFvまたは他の適切なターゲティング剤に直接的にコンジュゲートすることができるので、該改変WWドメインペプチドおよび任意の追加のコンジュゲート成分は、例えば、2つの別個の細胞を同一WWドメイン-抗体融合によってターゲティングできるように、または2つの別個の受容体を該WWドメイン-抗体融合によって結合できるように二官能バインダーを生成して、所望の治療もしくは診断のために必要とされる特異的細胞集団にターゲティングされる。治療用組成物本発明の改変WWドメインペプチドは、動物、好ましくはヒトを治療する際に使用するための医薬組成物中に組み込むことができる。本発明の治療用ペプチドまたはその誘導体は、WWドメインフレームワークライブラリーから改変WWドメインペプチドを選択するためのリガンドに依存して、1つ以上の疾患または感染症を治療するために使用することができる。または、該治療用ペプチドをコードする核酸を発現構築物中に挿入し、同一目的で医薬製剤/医薬品中に組み込むことができる。本発明の治療用ペプチドは、特に、例えば動物の循環血もしくはリンパ液中の細胞外でターゲティングおよび治療可能な疾患、状態およびまたは感染を治療するため、およびさらにinvitroおよびexvivo用途のために適合する可能性がある。本発明の治療用核酸は、より好ましくは細胞内でターゲティングおよび治療される疾患、状態および/または感染の治療ならびにinvitroおよびexvivo用途のために特に適合する可能性がある。本明細書で使用する用語治療薬および活性薬剤は、本発明の治療用改変WWドメインペプチドをコードするペプチドおよび核酸の両方を含んでいる。本発明の改変WWドメインペプチドおよび核酸のための治療使用および用途には、様々な新生腫瘍および非新生腫瘍疾患および障害、癌/新生腫瘍疾患および関連状態例えば、乳癌、肺癌、胃癌、食道癌、口腔癌、結腸直腸癌、肝臓癌、卵巣癌、莢膜細胞腫、男化腫瘍、子宮頸癌、子宮内膜癌、子宮内膜増殖症、子宮内膜症、線維肉腫、絨毛性腫瘍、頭頸部癌、上咽頭癌、喉頭癌、肝芽細胞腫、カポジ肉腫、黒色腫、皮膚癌、血管腫、海綿状血管腫、血管芽細胞腫、膵臓癌、網膜芽腫、星状細胞腫、膠芽細胞腫、シュワン腫、乏突起膠腫、髄芽腫、神経芽細胞腫、横紋筋肉腫、骨原性肉腫、平滑筋肉腫、尿路癌、甲状腺癌、ウィルムス腫瘍、腎細胞癌、前立腺癌、母班症に関連する異常血管増殖、浮腫-例えば脳腫瘍およびメーグス症候群に関連する浮腫、非新生腫瘍状態、例えば頭部外傷、脊髄損傷、急性高血圧、髄膜炎、脳炎、膿瘍、出血、脳マラリア、放射線、多発性硬化症、心停止、出生児仮死、グルタミン酸毒性、脳症、低酸素症、虚血、もしくは腎臓透析、脳卒中、子宮内膜症、関節リウマチ、乾癬、アテローム性動脈硬化症、糖尿病性および未熟児網膜症を含む他の増殖性網膜症、糖尿病、糖尿病性黄斑浮腫、後水晶体繊維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性症、甲状腺過形成グレーブス病を含む、角膜および他の組織移植、慢性炎症、肺炎症、ネフローゼ症候群、子癇前症、腹水、心膜液貯留例えば心膜炎に関連する心膜液貯留ならびに胸水および浮腫を治療するための抗VEGF薬が含まれる。本発明の分子および組成物の他の治療使用には、微生物感染症および関連状態、例えば細菌、ウイルス、真菌または寄生虫感染症の治療が含まれる。1つ以上の追加の薬学的に許容される担体例えば、希釈剤、アジュバント、賦形剤またはビヒクルvehicleは、医薬組成物中で本発明の治療用ペプチドと結合することができる。適切な医薬担体は、E.W.Martinによる‘‘Remington’sPharmaceuticalSciences’’に記載されている。本発明の医薬製剤および組成物は、規制基準に準拠するよう調製されており、経口、静脈内、局所または他の標準経路によって投与することができる。本発明によると、治療用ペプチドもしくは核酸は、医薬品に製造できる、または医薬組成物に調製することができる。被験者に投与される場合、治療薬は、適切には薬学的に許容されるビヒクルを含む組成物の成分として投与される。本発明の分子、化合物および組成物は、便宜的経路、例えば皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、鼻腔内、硬膜外、経口、舌下、鼻腔内、膣内、経皮、経直腸、吸入によって、または皮膚へ局所的に投与することができる。投与は、全身性または局所性であってよい。公知である送達系には、例えば、マイクロジェル、リポソーム、微粒子、マイクロカプセル、カプセルなどへの封入が含まれ、本発明の化合物を投与するために使用できる。当該技術分野で公知の任意の他の適切な送達系も、本発明の使用に想定されている。許容される医薬ビヒクルは、液体、例えば水および石油、動物、植物もしくは合成起源の油を含む油、例えば落花生油、大豆油、鉱油、ゴマ油であってよい。医薬ビヒクルは、食塩液、アカシアゴム、ゼラチン、デンプンペースト、タルク、ケラチン、コロイド状シリカ、尿素などであってよい。さらに、補助剤、安定化剤、増粘剤、潤滑剤および着色剤を使用することができる。被験者に投与される場合、薬学的に許容されるビヒクルは、好ましくは無菌性である。水は、本発明の化合物が静脈内投与される場合に適切なビヒクルである。食塩溶液および水性デキストロースおよびグリセロール溶液も、液体ビヒクルとして、特に注射液のために使用することができる。適切な医薬ビヒクルには、さらに賦形剤、例えばデンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、コメ、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが含まれる。本組成物は、所望であれば、さらに微量の湿潤化もしくは乳化剤または緩衝剤も含有することができる。本発明の医薬品および医薬組成物は、液体、溶液、懸濁液、ローション剤、ジェル剤、錠剤、丸剤、ペレット剤、粉末剤、放出調節製剤例えば、徐放性もしくは持続放出性、坐剤、乳剤、エーロゾル剤、スプレー剤、カプセル剤例えば、液体もしくは粉末を含有するカプセル剤、リポソーム剤、微粒子剤または当該技術分野で公知の任意の他の適切な製剤の形態を取ることができる。適切な医薬ビヒクルの他の例は、Remington’sPharmaceuticalSciences,AlfonsoR.Gennaroed.,MackPublishingCo.Easton,Pa.,19thed.,1995に記載されており、例えば1447~1676ページを参照されたい。適切には、本発明の治療用組成物もしくは医薬品は、経口投与より適切には人間のためのに適した医薬組成物としてルーチン方法にしたがって調製される。経口送達のための組成物は、例えば錠剤、ロゼンジ剤、水性もしくは油性懸濁剤、顆粒剤、粉末剤、乳剤、カプセル剤、シロップ剤もしくはエリキシル剤の形態にあってよい。そこで一実施形態では、薬学的に許容されるビヒクルは、カプセル剤、錠剤または丸剤である。経口投与される組成物は、薬学的に口当たりのよい調製物を提供するための1つ以上の物質、例えば甘味料、例えばフルクトース、アスパルテームもしくはサッカリン、フレーバー剤、例えばペパーミント、ウィンターグリーンもしくはチェリーの油、着色剤、および保存料を含有することができる。本組成物が錠剤もしくは丸剤の形態にある場合、本組成物は、長時間にわたって活性物質を持続放出できるように、消化管内での分解および吸収を遅延させるためにコーティングされてよい。浸透活性駆動化合物を取り囲む選択的透過膜は、経口投与された組成物にも適合する。これらの投与形態において、流体はカプセルを取り囲んでいる環境から、開口部を通して物質もしくは物質組成物と置換するために膨潤する駆動化合物によって吸収される。これらの剤形は、即時放出性製剤の強化プロファイルとは対照的に本質的にゼロ次送達プロファイルを提供することができる。時間遅延材料、例えばモノステアリン酸グリセロールまたはステアリン酸グリセロールも使用することができる。経口組成物は、標準ビヒクル、例えばマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどを含むことができる。そのようなビヒクルは、好ましくは医薬品グレードである。経口製剤の放出場所は、胃、小腸十二指腸、空腸または回腸または大腸であってよい。当業者は、胃の中では溶解しないが十二指腸または腸内の他の場所で該物質を放出する調製物を調製することができる。適切には、この放出は胃環境での有害作用を該ペプチドもしくは誘導体の保護または胃の環境を越えた、例えば腸内での該ペプチドもしくは誘導体の放出のいずれかによって回避する。完全な胃の耐性を保証するために、少なくともpH5.0で不浸透性のコーティングが必須であろう。腸溶コーティングとして使用されるより一般的な不活性成分の例として、酢酸トリメット酸セルロースCAT、フタル酸ヒドロキシプロピルメチルセルロースHPMCP、HPMCP50、HPMCP55、ポリ酢酸フタル酸ビニルPVAP、EudragitL30D、Aquateric、酢酸フタル酸セルロースCAP、EudragitL、EudragitSおよび混合フィルムとして使用可能なシェラックが挙げられる。治療用物質もしくは核酸もしくは誘導体の水性環境内への溶解に役立つように、湿潤剤として界面活性剤を加えることができる。界面活性剤は、アニオン性界面活性剤、例えばラウリル硫酸ナトリウム、ジオクチルスルホコハク酸ナトリウムおよびジオクチルスルホン酸ナトリウムを含むことができる。カチオン性界面活性剤を使用することができ、塩化ベンズアルコニウムまたは塩化ベンゼトミウムを含むことができよう。製剤中に界面活性剤として含むことができる潜在的非イオン性界面活性剤には、ラウロマクロゴール400、ステアリン酸ポリオキシル40、ポリオキシエチレン硬化ヒマシ油10、50および60、モノステアリン酸グリセロール、ポリソルベート20、40、60、65および80、スクロース脂肪酸エステル、メチルセルロースおよびカルボキシメチルセルロースが含まれる。これらの界面活性剤は、使用の際、該ペプチドまたは核酸または誘導体の製剤中に単独でまたは様々な比率の混合物として存在することができよう。典型的には、静脈内投与用の組成物は、無菌等張性水性バッファーを含んでいる。必要に応じて、本組成物は可溶化剤も含むことができる。本発明の治療用組成物のまた別の適切な投与経路は、肺または鼻腔送達である。添加物、例えば脂肪酸、オレイン酸、リノール酸およびリノレン酸は、本発明の治療用ペプチドもしくは誘導体または核酸の細胞取り込みを強化するために含めることができる。1つの医薬組成物では、本発明の改変WWドメインペプチドもしくは核酸および場合により任意の関連する非WWドメイン部分、例えば治療用分子もしくはターゲティング部分は、リポソームの集団すなわち、脂質小胞もしくは他の人工膜封入区画と、該治療用物質および場合により非WWドメイン部分を含有する治療用リポソーム集団を作り出すために混合することができる。該治療用リポソーム集団は、次に任意の適切な手段、例えば静脈内注射によって患者に投与することができる。該治療用リポソーム組成物を特に特定の細胞タイプ、例えば特定の微生物種または感染細胞もしくは異常細胞をターゲティングするために必要な場合は、該リポソーム組成物は追加して適切な抗体ドメインなど例えばFab、Fab2、scFvまたは標的細胞タイプを認識するまた別のターゲティング部分とともに調製することができる。そのような方法は当業者には公知である。本発明の治療用ペプチドもしくは核酸は、被験者の皮膚へ局所投与するための組成物に調製することもできる。本発明の改変WWドメインペプチドおよび核酸は、非医薬用途、例えば診断検査、イメージングにおいて、精製用の親和性試薬および送達ビヒクルとして有用な可能性もある。以下では本発明をさらに非限定的実施例によって具体的に説明する。他に特に指示しない限り、市販の試薬ならびに分子生物学および生化学における標準技術を使用した。材料および方法本出願人らが使用した以下の方法は、Sambrook,J.etal.,1989上記参照、analysisofrestrictionenzymedigestionproductsonagarosegelsandpreparationofphosphatebufferedsalineに記載されている。汎用試薬は、Sigma-Aldrich社英国ドーセット州プールから購入した。オリゴヌクレオチドは、SigmaGenosys社英国サフォーク州へーバリルまたはGenelink社米国ニューヨーク州ホーソーンから入手した。アミノ酸およびS30抽出物は、Promega社英国ハンプシャー州サウサンプトンから入手した。酵素およびポリメラーゼは、NewEnglandBiolabsNEB社英国ヒッチンから入手した。Fmocアミノ酸はActivotec社英国ケンブリッジまたはMerckChemicals社独国ダルムシュタットによって供給され、化学薬品および溶媒はFisherScientific社英国レスターシャー州ラフバラから購入した。A.ライブラリーの構築改変Pin1WWドメインフレームワークライブラリー改変Pin1WWドメインのライブラリーを生成するためは、変異Pin1ドメインの1つの表面上に置かれた残基を無作為化することによって作成した図1。配列番号1は、野生型Pin1WWドメインのアミノ酸配列を示している。該ペプチドフレームワークは、3段階で構築した。1野生型配列のループ1を1アミノ酸短縮した。2Met15をTrpと置換した。3残りのアミノ酸位置の内の9つを無作為に変異させた。最初の2段階は、野生型Pin1WWドメイン配列番号12より高い熱安定性を有する特異的に変異したPin1WWドメインフレームワークを生成する。第3段階は、次にそれから所望の特性を有する改変WWドメインを選択することができるナイーブフレームワークライブラリーを作成する。該フレームワークペプチドライブラリーは、対応する核酸コーディング配列配列番号3を変異させるためにPCRを使用して配列番号2におけるX1~X9位でアミノ酸を無作為化することによって作成する。例示したように、無作為化を生じさせるためには、X1、X2、X5、X6、X7、X8位でアミノ酸をコードするヌクレオチドトリプレットを、これらの位置で20個の天然型アミノ酸のいずれかが組み込まれるようNNB、ここで、NはA、C、TおよびGの等価混合物を表し、BはC、G、Tであってよい、へ変異させる。配列番号2のX3、X4およびX9位をコードするヌクレオチドトリプレットを、12個のアミノ酸つまり、A、G、N、K、D、E、R、T、S、P、HおよびQのいずれかをコードするVVMコドン、ここで、VはA、C、Gであり、MはAもしくはCである、へ変異させた。アミノ酸のこのサブグループの選択は、該ライブラリー内の構造的機能的残基の相対比率を、ターンもしくはループ内に最も適応させられると考えられたアミノ酸側鎖をコードすることによって上げるために行った。当然のことながら、様々なアミノ酸のためのコドン使用のために、各無作為化位置での様々なアミノ酸の表示は同等に分布しない可能性がある。さらに当然のことながら、他のコドンもまた安定性もしくは活性に寄与しうるX3、X4およびX9位に適応する可能性がある。CISディスプレイライブラリーにおいて改変Pin1WWドメインペプチドの各々を発現させるために、該フレームワーク核酸ライブラリーは、WWドメインペプチドのC末端配列番号14でGSGSS配列番号33アミノ酸リンカーをコードする3’配列を含んでいる。GSGSS配列は、該WWドメインのC末端をRepAタンパク質のN末端へ連結させる。InvitroCISディスプレイライブラリーの構築は、ほぼOdegripetal.2004,Proc.Natl.Acad.SciUSA,1012806-2810に記載のように実施した。酵素は全て、NewEnglandBiolabs社NEB社、英国ヒッチンから購入した。PCRは全て、PCR反応液50μL当たり200pmolの各プライマー、2.5単位のTaqDNAポリメラーゼ、200μMの各dNTPNEB社、英国ヒッチンおよび1×ThermoPolバッファーを含有していた。PCRは、TechneTechgenePCR機FisherScientific社、英国ラフバラで、94°Cで2分間の1サイクル、その後94°Cで15秒間、54°Cで20秒間、72°Cで1~1.5分間の15~25サイクル、その後72°Cで5分間の最終伸長で実施した。オリゴヌクレオチド設計は表4に示し、オリゴヌクレオチドはSigmaGenosys社英国ハーバーヒルまたはGeneLink社米国ニューヨーク州ホーソーンによって供給された。ライブラリープライマーは、上述のように該Pin1WWドメインの適切な配列を変化させるように設計された。tac-PinLib-RepA-CIS-oriPCR構築物は、以下のように調製した。RepA-CIS-ori領域は、プライマー1StepRepFor配列番号4およびM13rev配列番号5を使用して、R1プラスミド[GenBankアクセッション番号V00351]からのPCRによって増幅させた。第2PCRはその後RepA-CIS-ori上でPin1ドメインをコードする長いプライマーおよびGSGSSリンカー配列番号13およびプライマーDigLigRev配列番号6を用いて実施した。この第2PCRでは、1×ThermPolバッファーを1.5×標準バッファーと置換し、伸長温度は68°Cに設定した。最後に、tacプロモーターは、プライマー131マー配列番号7およびDigLigRevを以前のように使用して第3PCRにおいて核酸フレームワークライブラリーの上流に付加された。PCR産物は、WizardPCRCleanupキットを製造業者の推奨方法にしたがって使用し、精製したPromegaUK社、英国サウスハンプトン。ライブラリー配列を検証するために、ライブラリーのほんの一部をTOPO-TAベクターInvitrogen社内にクローニングし、OneShotTOP10細菌細胞Invitrogen社へ形質転換させ、単一クローンをシーケンシングによって分析した。配列は、変異した位置で予測された無作為化を示した。A.細胞外標的-VEGFR2に対する選択invitro転写および翻訳は、一般にOdegripetal.2004,Proc.Natl.Acad.SciUSA,101,2806-2810に記載のように実施した。20μgの各ライブラリーDNAテンプレートおよそ1013のライブラリーメンバーをコードするを線形テンプレートのためのS30溶解液系PromegaUK社、英国サウスハンプトンの200μLのinvitro転写および翻訳ITT混合物に加えた。インキュベーションは、タンパク質-核酸複合体を生成するために、最長60分間30°Cで実施した。発現後、サンプルは、PBSDulbeccoA、Oxoid社、英国ベイジングストーク中に2BSASigmaAldrich社、英国ジリンガム、0.1mg/mLのニシン精子DNAPromegaUK社、英国サウスハンプトンを含有する選択バッファー中で5倍に希釈した。VEGFR2標的リガンドを含む2μgのVEGFR2-Fc融合VEGFR2、RDSystems社、英国オックスフォードシャー州アビンドン、配列番号8、表5をPBS中で20μLのTALON登録商標磁気ビーズLifeTechnologies社、英国ペーズリー上に固定した。被覆されたビーズを1mLのPBS-TPBS、0.1Tween-20を用いて3回、PBSを用いて2回洗浄した。希釈ITT反応液を被覆されたTALON登録商標磁気ビーズに加え、ロータリーミキサー上で混合しながら室温で1時間インキュベートした。次にビーズを選択バッファーから取り出し、PBS-Tを用いて4回、PBSを用いて1回洗浄した5分間/洗浄1回。結合したDNAは100μLの1×ThermoPolバッファーNEB社、英国ヒッチン中で65°Cでのインキュベーションによってビーズから溶出させ、10分間加熱した。溶出した物質の半量を回収PCR反応液に加え、ここでN末端ライブラリー領域は表6に示したプライマーR1RecFor配列番号9およびNotRecRev配列番号10を用いて増幅させた。全ての回収したPCR産物をOdegripetal.2004に記載されたようにライゲーションによりRepA-CIS-oriに再付着させ、さらにプライマーR1RecForおよびDigLigRev表4を用いて増幅させて次の選択ラウンドのためにインプットDNAを生成した。その後の発現、スクリーニングおよび選択ラウンドのために、先行ラウンドから生じたDNAを新鮮ITT混合物に加え、選択工程を繰り返した。本実施例では、結合クローンのプールを濃縮するために、この工程を3回繰り返したつまり、計4ラウンドの発現、スクリーニングおよび選択。第2ラウンド以降の選択における選択圧力を高め、最も望ましいペプチドに好都合であるよう、選択条件を表6に示すように改変した。本実施例では、第1ラウンドの選択後にITTで被覆されたビーズのインキュベーション後の洗浄時間を各ラウンドについて増やした。第3ラウンドでは、高親和性バインダーに好都合であるよう標的VEGFR2リガンド濃度を下げた。PCR産物配列精度の維持に役立つよう、ネステッドフォーワードプライマーを使用することができる。本実施例では、プライマーR1RecForを選択手順の第3および第4ラウンドにおいてTac6配列番号11で置換した表5。B.ELISAによる結合分析最終選択ラウンドからの生産物はNotlおよびNcolを用いて消化し、同様に消化したM13gplllファージミドベクター内へライゲートした。生じたDNAを大腸菌TG-1細胞へ形質転換させ、2グルコース、2×TY、100μg/mLのアンピシリンプレート上にプレーティングした。個々のコロニーは、ヘルパーファージM13K07、NEB社、英国ヒッチンを使用してファージ粒子を生産するために増殖させた。これらの方法は、概してOdegripetal.2004,Proc.Natl.Acad.SciUSA,1012806-2810に記載のように実施した。次にELISAを実施して、標的リガンドに結合する改変WWドメインペプチドについてスクリーニングした。NUNCMaxisorpプレートは、1ウエル当たり50ngのPBS中のVEGFR2を用いて4°Cで一晩被覆した。プレートをPBS、2BSA、0.1Tween-20を用いてブロッキングした後、選択されたクローンをディスプレイするファージを加え、ブロッキングバッファー中で希釈し、1時間インキュベートした。WWドメインバインダーは、ホースラディッシュペルオキシダーゼ共役抗M13抗体GEおよびSureBlueTMBペルオキシダーゼ基質InsightBiotechnology社、英国ミドルセックスを使用して検出した。そして、ELISAシグナルは450nmで読み取られた。VEGFR2に対する選択の生産物からクローンの一部を対象とするELISAスクリーンは、VEGFR2上で得られたシグナルがBSAでブロックされたマイクロタイタープレート上のシグナルよりはるかに大きいことを証明した図2。VEGFR2上の高シグナルを示すクローンの選択は、改変WWドメインペプチド配列を得るために対応する核酸をシーケンシングすることによって分析した表7および図3。興味深いことに、クローンB1およびH1は、同一配列配列番号15を有することが見いだされた。クローンE1、E3、H3、C4、E4、G4およびH6も同一であることが見いだされた配列番号16。クローンG3配列番号17、B4配列番号18、H4配列番号19およびA1配列番号20は独特のものであった。VEGFR2への結合について選択されたクローンの特異性をELISAにおいて、上述したように非標的ペプチド/タンパク質の選択に対して分析した。50ngの様々な標的および非標的タンパク質の各々をELISAプレート1ウエル当たりに被覆し、改変WWドメインペプチドの各々を加えた。結果は、選択されたペプチドがVEGFR2に対して高度に特異的であることを証明している図4。表7に示したWWクローン配列内で配列番号2内のXつまり、X1~X9、各々N~C末端として指示した各位置で選択されたアミノ酸変異体は、各X位置についての好ましいアミノ酸の規定サブグループを表している。そこで、VEGFR2への結合について好ましくは、配列番号2に由来する本発明のWWドメインペプチドおよびライブラリー内では、X1位は、アミノ酸残基Y、GおよびCから無作為に選択されてよい、X2位は、アミノ酸残基M、GおよびFから無作為に選択されてよい、X3位は、アミノ酸残基S、PおよびTから無作為に選択されてよい、X4位は、アミノ酸残基P、RおよびAから無作為に選択されてよい、X5位は、アミノ酸残基L、WおよびIから無作為に選択されてよい、X6位は、アミノ酸残基V、TおよびIから無作為に選択されてよい、X7位は、アミノ酸残基DおよびRから無作為に選択されてよい、X8位は、アミノ酸残基H、VおよびGから無作為に選択されてよい、および/またはX9位は、アミノ酸残基H、AおよびKから無作為に選択されてよい。C.バイオレイヤー干渉法ForteBio社を使用するVEGFR2に対する親和性の決定。WW-B1VEGFR2WWドメインは、化学的に合成した。ペプチドは、標準Fmoc/tBuプロトコールを使用して合成した。ペプチド鎖は、tentagel樹脂Intavis社、独国ケルン、0.24mmol/g上でHBTUをカップリング試薬として使用して伸長させた。全アミノ酸は、標準保護基AspOtBu、GluOtBu、LysBoc、TrpBoc、TyrtBu、SertBu、ThrtBu、ArgPmc、AsnTrtおよびHisTrt、Merck社、英国ノッティンガムとともに導入した。最終Fmoc脱保護後、2mLNMP/DMF1:1中のビオチンペプチジル樹脂に対して10当量、HBTUペプチジル樹脂に対して10当量およびDIPEAペプチジル樹脂に対して20当量の溶液を1mLの無水DMF中のペプチジル樹脂に加え、室温で1.5時間混合した。この溶液を濾過し、ペプチジル樹脂をDMFおよびDCMを用いて徹底的に洗浄した。5mLの切断混合液TFA:TIS:H2O、95:2.5:2.5を該ペプチジル樹脂に加え、室温で2.5時間振とうしながら反応が進行するに任せた。TBME沈降および洗浄後、粗ペプチドをH2O中に溶解させ、凍結乾燥した。ペプチドの精製は、逆相分析的C18カラムおよび2~70のB~Aへの勾配を使用しPerkinElmerHPLC上で60分かけて実施したA=100H2O、B=95アセトニトリル/5H2O、どちらも0.1トリフルオロ酢酸を含有している。ペプチドは、最終凍結乾燥工程後に白色粉末として得られた。化学合成されたクローンWW-B1とVEGFR2-Fc融合との間のリアルタイム結合アッセイは、OctetRedシステムFortebio社、カリフォルニア州メンローパークを用いたバイオレイヤー干渉法を用いて実施した。ビオチン化WW-B1は、ストレプトアビジンバイオセンサーFortebio社にPBS中濃度50ng/μLで固定した。会合曲線associationcurveは、WW-B1被覆センサーを様々な濃度のVEGFR2PBS中1~100nMとともにインキュベートすることによって検出し、解離は、PBS中で該センサーをインキュベートすることによって検出した。VEGFR2へのWW-B1結合についての解離定数は、定常状態分析により44nM±1.1nMであると決定された図5。D.細胞外標的-VEGFR2に対する生物学的活性VEGFR2のVEGF-AVEGFへの結合が選択された様々な量の改変WWドメインペプチドの存在によって競合される、競合アッセイを実施した。PBS中の1μg/mLの50ngのヒトVEGFRDSystems社、英国アビンドンをMaxisorpプレート上に1ウエル当たり37°Cで140分間被覆した。これらのウエルを次に2BSAを含有する100μLPBSを用いて室温で55分間ブロックした。1.25ngのVEGFR2は、室温で45分間50μLのPBS中でマルトース結合タンパク質MBPへ融合されたWW-B1とともにプレインキュベートした。WW-B1ペプチドの活性は、10μM~156.25nMの連続希釈率で試験した。PBS中の50μLの4BSAをWW-B1-MBPとともにプレインキュベートしたVEGFR2に加え、次に全混合物をVEGF被覆ELISAプレートへ加え、室温で55分間インキュベートした。このプレートを次にPBS-Tween中で3回、PBS中で2回洗浄した。次に50μL/ウエルのpentaHis-HRPQIAgen社、PBS中の2BSA中で1:500に希釈したを加え、この混合液を室温で55分間インキュベートし、その後上記のように洗浄した。ELISAシグナルは、SureBlueTMBペルオキシダーゼ基質Insightbiotechnology社、英国ミドルセックスを使用して450nmで検出した。コントロールとして、上記の工程をWW-B1と置換する野生型Pin1WWドメインペプチドを用いて繰り返した。結果を図6に示す。これらのデータは、VEGFR2結合性WWドメインペプチドであるWW-B1が76nMのEC50値でVEGFR2のVEGFへの結合を強力に阻害することを証明している。これとは対照的に、野生型Pin1WWドメインペプチドは本質的にVEGFR2のVEGFへの結合に作用を及ぼさずVEGFR2に対する結合親和性をほとんど有していない。そこで、これらのデータは、WWドメインが新規な結合ドメインを選択するため、および新規タンパク質-タンパク質相互作用を作成するために有用なスカフォールドであることを示している。さらに、WWドメインはWWドメインによって自然には認識されない標的リガンドに結合するよう遺伝子組換可能なこと、さらに、そのような改変WWドメインは、これらの非天然標的リガンドに高い親和性で結合可能なことも証明されている。より詳細には、改変された第IV群WWドメインペプチドは、非リン酸化および細胞外標的リガンドに結合するよう遺伝子組換可能なことが証明されている。A.成長因子-β-NGFに対する選択クローニング、invitro転写および翻訳ならびにスクリーニングおよび選択手順は、概して上記の実施例1および2に記載したように実施した。つまり、およそ1013個のメンバーの初期DNAテンプレートライブラリーサンプルを、タンパク質-DNA複合体を生成するためにITT溶液に加えた。発現させた後、サンプルをブロッキングバッファーPBS、2BSA、0.1mg/mLのニシン精子DNA、1mg/mLのヘパリンで希釈した。ブロッキングバッファーおよびITT選択混合液をImmunotubesNunc社内で30分間2回インキュベートし、各例において上清を保持した。次に選択混合液を30分間ストレプトアビジンビーズDynabeadsM-280、LifeTechnologies社、英国ペーズリーを用いて2回インキュベートし、任意のストレプトアビジンバインダーを除去するために磁石を用いてビーズを取り除いた。再び、上清を保持した。ヒトβ-NGF配列番号21、表8、RDSytems社、英国アビンドンはカルボキシル基置換によってビオチン化しRosenbergetal.,1986,JNeurochem.46,641-8、上記の上清に加えて1μg/mLの最終濃度を得た。この混合液を室温で1時間インキュベートした。この混合液に、10μLのストレプトアビジン被覆ビーズを加え、混合しながら室温で10~15分間インキュベートした。これらのビーズを1mLのPBS-Tを用いて4回、PBSを用いて2回洗浄し、この方法中に試験管を2回交換した。次にWWドメインペプチド結合ビーズを60μLのHFバッファーNewEnglandBiolabs社、英国ヒッチン中に再懸濁させ、75°Cで10分間加熱した。5μLの溶出材料およびビーズを50μLの反応液中のPCRのためのテンプレートとして使用した。溶出した材料の半分を回収PCR反応液に加え、N末端ライブラリー領域はプライマーR1RecForおよびNotRecRevを用いて35サイクルにわたり増幅させた。回収した全PCR産物は、RepA-CIS-oriへライゲーションによって再付着させ、さらに以前に記載したようにプライマーTac6配列番号11およびDigLigRev配列番号6を用いて増幅させた。次にDNAPCR産物をITT溶液に加え、選択工程を3回繰り返して表9に記載した量を使用して結合クローンのプールを濃縮した。第2ラウンドはTac6配列番号11およびNotRecRevWW1配列番号22プライマーを用いて回収し、Tac6配列番号11およびDigLigRev配列番号6プライマーを用いたRepA-CIS-oriライゲーション後に再増幅させた。第3ラウンドDNAはTac6-9配列番号23およびNotRecRevWW2配列番号24プライマーを用いて回収し、110マー配列番号25およびDigLigRev配列番号6を用いたRepA-CIS-oriライゲーション後に再増幅させた。第4ラウンドは、R1RecFor配列番号9およびNotRecRevWW2配列番号22プライマーを用いて回収した。プライマー配列を表8に示す。B.ELISAによる結合分析最終選択ラウンドからの生産物DNAをM13gplllファージミドベクター内へクローニングし、大腸菌TG-1細胞へ形質転換し、ファージ粒子を産生するために2グルコース、2×TY、100μg/mLアンピシリンプレート上でヘルパーファージM13K07、NEB社、英国ヒッチンを使用してプレーティングし、上述したようにコロニーをスクリーニングした。選択された改変WWドメインペプチドの結合特異性は、上記VEGFRと類似の方法でHSAに対する結合親和性と比較することにより分析し、結果を図7に示す。β-NGFに対する高結合シグナルを示す選択されたクローンを次にシーケンシングによって分析した表10、図8。興味深いことに、改変WWドメインペプチドクローンNP-A12配列番号26およびNP-H8配列番号27各々は、それによりWWドメインの第1鎖が1アミノ酸短縮される野生型Pin1WWドメイン配列のアミノ酸12位で1つのアミノ酸欠失を有した。表10に示すWWクローン配列内で配列番号2内のXつまり、X1~X9、各々N~C末端として示した各位置で選択されたアミノ酸変異体は、各X位置についての好ましいアミノ酸の規定サブグループを表している。そこで、β-NGFへの結合について好ましくは、配列番号2に由来する本発明のWWドメインペプチドおよびライブラリー内では、X1位は、アミノ酸欠失またはアミノ酸残基FおよびGから無作為に選択されてよい、X2位は、アミノ酸残基V、CおよびPから無作為に選択されてよい、X3位は、アミノ酸残基P、RおよびAから無作為に選択されてよい、X4位は、アミノ酸残基D、N、GおよびRから無作為に選択されてよい、X5位は、Yであってよい、X6位は、Nであってよい、X7位は、アミノ酸残基VおよびIから無作為に選択されてよい、X8位は、アミノ酸残基SおよびAから無作為に選択されてよい、および/またはX9位は、アミノ酸残基RおよびQから無作為に選択されてよい。A.改変WWドメインペプチドの環化治療用物質として使用するため、ならびに他の状況では、オリジナルの直鎖ペプチドの所望の生物学的活性を維持しながら、例えば安定性、プロテアーゼへの耐性などを改良するために改変WWドメインペプチドを環化することが有益な可能性がある。2つの環状改変WWドメインペプチド、ビオチン-DEEKLPPGWYKMWSSPGRVLYVNDITHAHRWERPEG-NH2配列番号30、およびビオチン-DEEKLPPGWYKMWSSPGRVLYVNDIKHAHRWERPEG-NH2配列番号34下線を引いた部分は環化領域を示すは、実施例2で同定したWW-B1ペプチドに基づいて生成した。指示したように、環状ペプチドは、親和性分析のためのペプチド補足に役立つよう、それらのC末端でアミド化され、それらのN末端でビオチン化されている。WW-B1配列番号15の配列は、ペプチド配列番号30についての6位のリシンと38位のグルタミン酸との間で共有結合の形成を可能にするため、38位のセリンをグルタミン酸Ser38Gluへ置換させるために変異させた。上記のSer38Glu置換の上部での配列番号34のペプチドについては、29位のトレオニンがリシンと置換され、この時間は4位のグルタミン酸と29位のリシンとの側鎖間で共有結合の形成を可能にするためであった。さらにこれらのペプチドは化学的に合成されず、N末端ジペプチドMet-Alaはクローニングまたは発現のために必要とされなかったので、改変環状Pin1WWドメインペプチド配列は、配列番号15の3位で始まる。この合成工程は、以下に示すように多数の工程を含んでいた。鎖伸長:ペプチドは、標準Fmoc/tBuプロトコールを使用して合成した。ペプチド鎖は、tentagel樹脂Intavis社、独国ケルン、0.24mmol/g上でHBTUをカップリング試薬として使用して伸長させた。アミノ酸は、以下の残基とは別に下記の側鎖保護基AspOtBu、GluOtBu、LysBoc、TrpBoc、TyrtBu、SertBu、ThrtBu、ArgPmc、AsnTrtおよびHisTrtとともに導入した。ペプチド配列番号30については、配列番号1の番号付けにしたがった6位のリシン残基配列番号30内の4位はFmoc-LysMtt-OHを用いて導入し、配列番号1の番号付けにしたがった38位のグルタミン酸残基配列番号30の35位はFmoc-GluOAII-OHMerck社、英国ノッティンガムとして導入した。ペプチド配列番号34については、配列番号1の番号付けにしたがった29位のリシン残基配列番号34の26位および配列番号1の番号付けにしたがった4位のグルタミン酸残基配列番号34の2位は、アリルをベースとする保護基Fmoc-LysAlloc-OHおよびFmoc-GluOAII-OHMerck社、英国ノッティンガムを用いて導入した。ビオチン化:最終Fmoc脱保護後、NMP/DMF1:1中のビオチンペプチジル樹脂に対して10当量、HBTUペプチジル樹脂に対して10当量およびDIPEAペプチジル樹脂に対して20当量の溶液をペプチジル樹脂に加え、室温で1.5時間混合した。この溶液を濾過し、ペプチジル樹脂をDMFおよびDCMを用いて徹底的に洗浄した。OAII脱保護:PdPPh34ペプチジル樹脂に対して5当量を10mLのCHCl3/AcOH/NMM9.25:0.5:0.25中に溶解させた。この溶液をペプチジル樹脂に加え、ペプチド配列番号30については室温で2.5時間およびペプチド配列番号34については45°Cで1.5時間攪拌し続けた。DMF0.5v/v中のDIPEAを用いた洗浄を行い、この後にDMF0.5w/v中のNaCS2NC2H523H2Oジエチルジチオカルバミン酸ナトリウムで洗浄し、最終的にDMFおよびDCMで洗浄した。Mtt脱保護:ペプチド配列番号30に対してのみDCM中の1TFA、5TISの溶液をペプチジル樹脂に加え、2分間振とうし、濾過した。この工程を15~20回繰り返し、その後にDCM洗浄を完了した。環化:ペプチジル樹脂は、無水DMF中に10~15分間膨潤させた。HATUペプチジル樹脂に対して5当量を無水DMF内に溶解させ、この溶液をペプチジル樹脂に加えた。DIPEAをこれペプチジル樹脂に対して10当量に加え、反応液を室温で15時間放置した。この溶液を濾過し、樹脂をDMFおよびDCMで洗浄した。樹脂からの切断:TFA切断混合液TFA:TIS:H2O95:2.5:2.5を該ペプチジル樹脂に加え、この反応液を室温で2.5時間振とうしながら反応が進行するに任せた。TBME沈降および洗浄後、粗ペプチドをH2O中に溶解させ、凍結乾燥した。精製:ペプチドの精製は、逆相分析的C18カラムおよびBからAへの勾配A=100H2O、B=95アセトニトリル/5H2O、どちらも0.1トリフルオロ酢酸を含有しているを使用してAgilent1100シリーズHPLC上で実施した。ペプチドは、最終凍結乾燥工程後に白色粉末として得られた。ペプチドの同一性は、MALDI-TOF質量分光法Axima、ShimadzuBiotech社、英国ミルトンキーンズを用いて確認し、結果を図9配列番号30のペプチドおよび図13配列番号34のペプチドに示す。ペプチド配列番号30については、予想質量は4540であり、これは4542で見いだされる主要ピークに対応する図9。ペプチド配列番号34については、予想質量は4574であり、これは4576で見いだされる主要ピークに対応する図13。純度は、分析的RPC18カラムを使用して評価し、ペプチド配列番号30について図10に示したように、>90であることが見いだされた。環状ペプチド配列番号30を上記の実施例2に記載したようにVEGFR2への結合親和性について試験し、配列番号15の非環化WW-B1ドメインペプチドに匹敵する活性を有することが見いだされた。B.ペプチド上でのバイオレイヤー干渉法ペプチドとVEGFR2-Fc融合との間のリアルタイム結合アッセイは、OctetRedシステムを用いたバイオレイヤー干渉法を用いて実施したFortebio社、カリフォルニア州メンローパーク。WWペプチドは、ストレプトアビジンバイオセンサーFortebio社上でカイネチックバッファー中において濃度2μg/mLで固定した。会合曲線は、次に固定したペプチドをストレプトアビジン-HRPカイネチックバッファー中で1~100nMとともにインキュベートすることによって検出し、解離は、カイネチックバッファー中で該センサーをインキュベートすることによって検出した。親和性成熟からのペプチド全てが、WW-B1と類似の親和性でVEGFR2に結合する。VEGFR2への環化WW-B1結合についての解離定数は、定常状態分析により31nM±4.8nMであると決定された図12。配列番号1の番号付けにしたがった38位のグルタミン酸を含有する非環化変異体についても試験したところ、VEGFR2に対して24nM±4.0nMの親和性を有していた図13。A.血漿安定性アッセイペプチドは、分子生物学グレードの水中に濃度3mMで再懸濁させた。WW-B1ペプチドを、250μMの最終濃度へ300μLのマウス血漿Harlan社またはPBSコントロールに加えた2サンプル。サンプルは、37°Cでインキュベートした。40μLのアリコートをサンプルAからは0、12、14、16、18、20および22時間後に、およびサンプルBからは0、2、4、6、8および10時間後に取り出した。各アリコートを精製するために、100エタノールの量80μLの2倍を加え、数時間または一晩-20°Cでインキュベートした。サンプルを遠心し、80μLの上清を回収した。0.1TFAを含む40μLの水を各サンプルに加え、100μLをSunFireC18HPLCカラムに注入した。バッファーA0.1TFA水溶液をカラムに通してランさせ、その後10~50のバッファーB95アセトニトリル中の0.1TFA、5水を20分間ランさせた。カラムからの分画を採取し、AXIMA質量分析計を使用して分析した。半減期は、Prismでの単相指数関数的減衰方程式GraphPadSoftware社、図14を参照を用いて6.2時間であると計算された。A.非天然型アミノ酸のWWペプチド内への組み込み本実施例では、非天然型アミノ酸をWWドメインペプチド配列内へCloverDirect商標Biotin-XX-AFアンバー、CosmoBio社、日本国東京を用いて組み込むことができる方法を記載する。この試薬は、CUAアンチコドンおよびビオチンを含有する非天然アミノアシル-tRNAを有する。50μLのinvitro転写/翻訳反応は、tacプロモーターをコードする10μLのDNAテンプレート、WW-B1ATGメチオニンコドン後にTAGコドンを含有する、repA、CISおよびori200ng/μL、20μLの2.5×バッファー、15μLのS30溶解液ならびに1mMの各アミノ酸、1μLのCloverDirect商標ビオチン-XX-AFアンバーおよび3μLのヌクレアーゼ非含有水を含有する1μLの完全アミノ酸混合液を用いて構成した。この混合液を30°Cで60分間インキュベートし、その後に氷上でインキュベートした。CloverDirect商標ビオチン-XX-AFアンバーtRNAは、さらに37°Cで5分間5単位のRNaseONE商標PromegaUK社、英国サウスハンプトンとともにインキュベーションすることにより取り除いた。5μLの反応産物は、ELISAによって固定したVEGFR2実施例1Bに記載したようにおよび0.1Tweenを含有するPBS中で1:2000の希釈率0.625μg/mLで希釈したビオチンThermoScientific社、英国クラムリントンのための検出試薬としてのストレプトアビジンHRPコンジュゲートを使用して分析した。これを室温で60分間インキュベートし、その後上述の洗浄および展開条件にかけた。A.CD分析ペプチドは、分子生物学グレード水または濃度200μM~1.4mMで10mMリン酸ナトリウムpH7に再懸濁させた。遠紫外線スキャンは、AvivModel410型分光計上で1秒間の平均時間、190~260nm、0.2mg/mLのペプチドおよび1nmの帯域幅を使用し、0.5nm間隔で測定した。各温度で計3回のスキャンを実施し、結果を平均化した。CDスキャンはAvivmodel4.10ソフトウエアを用いてプロットし、データをモル楕円率M-1cm-1に変換した。WW-B1および環状WW-B1はどちらも、25°Cにて227~231nmでピークおよび202~204nmでトラフを有するWWドメインに特徴的なCDスペクトルを示した。このピークは、折り畳み立体構造内のペプチドの芳香族含量に帰せることができ、95°Cで顕著に消失し、これはこの温度での折り畳みの展開を証明している。しかし、このペプチドは95°Cへ加熱して25°Cへ冷却した後にその構造を改造することができる。この遠紫外線スペクトルは、他の小さな構造的に特徴付けられたβシート構造が特徴的であるKoepfetal.1999,ProteinScience,8,841-853、図15を参照されたい。要約および結論要するに、これらの試験は、WWドメインがWWドメインに基づく新規な結合モジュールを選択するための有用なフレームワーク、テンプレートまたはスカフォールドであることを証明している。従って、本発明のWWドメインフレームワークは、核酸DNAもしくはRNA、タンパク質およびペプチド直鎖もしくは立体配座および小分子、例えば有機もしくは無機分子を含む任意の可能性のある標的リガンドに対する結合モジュールを選択するための有用なフレームワークである。手短に言えば、本発明のWWドメインフレームワークは、遺伝子組換え抗体が以前使用されていた用途を有すると考えられる。特に、本発明のWWドメインフレームワークは、タンパク質-タンパク質相互作用のための新規な結合モジュールの選択に使用されるであろう。これらの試験では、初めて遺伝子組換えすなわち、改変WWドメインは、対応する野生型WWドメインの天然標的ではない、およびそれによっては結合されない標的リガンドに結合可能なことが証明されている。さらに、遺伝子組換えWWドメインは、非天然標的リガンドに高い結合親和性で、例えばnM範囲内以上で結合可能なことが証明されている、他方、今までにWWドメインに対して報告された全ての結合親和性はμMレンジ内にある。これらの高い結合親和性は、本発明の遺伝子組換えWWドメインが治療および非治療用途において用途を有する可能性があることを示しているが、このときnMレンジ範囲またはnM未満のレンジ内の結合親和性が好ましい。したがって、本発明は、治療用の遺伝子組換えWWドメインペプチドおよびそのようなペプチドをコードする核酸を提供する。さらに、本発明の改変第IV群WWドメインペプチドは、初めて、非天然標的リガンドに結合するだけではなく、野生型第IV群Pin1WWドメイン配列によって自然には結合されない非リン酸化標的リガンドにも結合することが証明されている。以前には、遺伝子組換えPin1WWドメインを使用すると非リン酸化ペプチド標的配列を認識することができることは公知ではなかった。これは、WWドメインに対する非天然標的リガンドの潜在的レパートリーを大きく広げる、新規な結合モジュールとしてのWWドメインの潜在的多用途性を証明している。さらに、WWドメインフレームワークライブラリーは、所望のリガンドをターゲティングするための改変WWドメインペプチドを選択するために構築および発現させることができることが証明されている。さらに一層重要なことに、新規なWWドメインフレームワークライブラリーを使用するとWWドメインペプチドの特異性を変化させることができるので、該フレームワークライブラリーを使用すると2つ以上の様々な非天然リガンド例えば相違するペプチド配列に対して新規な結合分子を選択できることが確立されている。言い換えると、該フレームワークライブラリーは、新規な結合分子の選択に広範囲に適用することができる。特に有用なスクリーニングおよび選択工程は、類似の細胞をベースとする方法とともに現在入手可能であるより大きなライブラリーサイズを提供するので、無細胞invitro選択系である。最後に、改変WWドメインペプチドは、対応する非環化改変WWドメインペプチドの新規なリガンド結合活性を保持しながら環化することができ、そのような環化WWドメインペプチドは治療薬の分野およびその他のinvivo、invitro、およびexvivo使用のために特定の用途を有する可能性があることが見いだされている。本発明の概念のさらなる表現を以下の条項に設定する。1.ナイーブWWドメインペプチドライブラリーを作成する方法であって、a各々がWWドメインペプチドをコードする複数の核酸を提供する工程、bそれにより複数の改変された核酸を作成するために、該改変された核酸によってコードされる複数の前記WWドメインペプチドの該WWドメインペプチド内の1つ以上のアミノ酸残基で多様性を提供するために、該複数の核酸内に多様性を導入する工程、およびcそれにより配列多様化を含む改変WWドメインペプチドのライブラリーが生成される、前記複数の改変された核酸によってコードされる該WWドメインペプチドを発現させる工程を含む方法。2.工程aにおける複数の核酸は、各々が既定配列のWWドメインペプチドをコードし、工程cにおける該改変WWドメインペプチドライブラリーの実質的に全てのメンバーは、該既定配列との少なくとも50配列同一性を有する、第1項に記載の方法。3.i該ナイーブWWドメインペプチドライブラリーはヒトWWドメインに由来し、工程aにおける該複数の核酸はヒトWWドメインペプチドをコードし、および/またはii該ナイーブWWドメインペプチドライブラリーは第IV群WWドメインに由来し、工程aにおける該複数の核酸は第IV群WWドメインペプチドをコードし、および/またはiii該ナイーブWWドメインペプチドライブラリーはPin1WWドメインに由来し、工程aにおける該複数の核酸はPin1WWドメインペプチドをコードする、第1項または第2項に記載の方法。4.該Pin1WWドメインペプチド配列は配列番号1の6~38位でアミノ酸を含み、該ナイーブWWドメインペプチドライブラリーはさらにPin1WWドメインペプチド配列内の1つ以上のアミノ酸残基での多様性をさらに含む、第3項に記載の方法。5.11および34位のアミノ酸はトリプトファンであり、26位のアミノ酸はアスパラギンである、第4項に記載の方法。6.i少なくとも1つのアミノ酸は配列番号1から17~20位の間で欠失させられ、および/または15位のメチオニンはトリプトファンに変化させられる、ii17~20位ループ1の間で少なくとも1つのアミノ酸が挿入され、および/または15位のメチオニンはトリプトファンに変化させられ、iii17~20位ループ1の間で少なくとも1つのアミノ酸が欠失させられ、27~30位ループ2の間で少なくとも1つのアミノ酸が挿入され、および/または15位のメチオニンがトリプトファンへ変化させられ、またはiv17~20位ループ1の間で少なくとも1つのアミノ酸が挿入され、27~30位ループ2の間で少なくとも1つのアミノ酸が挿入され、および/または15位のメチオニンがトリプトファンへ変化させられる、第4項または第5項に記載の方法。7.多様性は、配列番号1の12、14、17、18、23、25、27、30および32位の1つ以上で導入される、第4~6項のいずれか一項に記載の方法。8.多様性は17、18および32位の1つ以上で導入され、および/または多様性は12、14、23、25、27および30位の1つ以上で導入され、および/または多様性は16、20、21、28および29位の1つ以上で導入される、第4~7項のいずれか一項に記載の方法。9.多様性はVVMコドンを使用して17、18および32位で導入されるが、このときVはA、CもしくはGであり、MはAもしくはCであり、および多様性はNNBコドンを使用して12、14、23、25、27および30位の1つ以上で導入されるが、このときNはA、C、GもしくはTであり、BはC、GもしくはTである、第8項に記載の方法。10.多様性は配列番号1の12、14、17、18、23、25、27、30および32位の3つ以上、5つ以上、7つ以上または全部で導入される、第7~9項のいずれか一項に記載の方法。11.工程bは、PCRを使用するなど核酸配列を増幅させる工程をさらに含む、第1~10項のいずれか一項に記載の方法。12.d工程aにおいて該WWドメインペプチドが単離されていない標的リガンドに対する該ライブラリーのペプチドを選択する工程をさらに含む、第1~11項のいずれか一項に記載の方法。13.選択はinvitro選択手順を使用して実施される、第12項に記載の方法。14.該標的リガンドは工程aにおいて該WWドメインペプチドによっては結合されない、第12または13項に記載の方法。15.該標的リガンドは細胞外タンパク質もしくはペプチドである、第12~14項のいずれか一項に記載の方法。16.該標的リガンドは、セリンまたはトレオニンアミノ酸でリン酸化されていないタンパク質もしくはペプチド配列である、第12~15項のいずれか一項に記載の方法。17.該標的リガンドは、非リン酸化ペプチドもしくはタンパク質である、第16項に記載の方法。18.該標的リガンドはVEGFR2またはNGFである、第12~17項のいずれか一項に記載の方法。19.e解離定数Kdが1μM未満、500nM未満または100nM未満で、標的リガンドに結合するペプチドを単離する工程をさらに含む、第1~18項のいずれか一項に記載の方法。20.改変WWドメインペプチドをナイーブWWドメインペプチドディスプレイライブラリーから単離するための方法であって、該ライブラリーはディスプレイされた改変WWドメインペプチドをコードする複数の核酸配列を含み、a複数の核酸構築物を発現させる工程であって、各核散構築物は、該複数の核酸構築物の発現が複数のペプチド-核酸複合体の形成を生じさせるように該核酸配列へ機能的に連結したプロモーター配列を含み、各複合体は該ディスプレイされたペプチドをコードする対応する核酸構築物と会合する少なくとも1つのディスプレイされた改変WWドメインペプチドを含む工程、b該複数のペプチド-核酸複合体を少なくとも1つの標的リガンドへ曝露させ、および適切には該標的リガンドへディスプレイされた改変WWドメインペプチドを結合させることによって、該ペプチド-核酸複合体を該リガンドと会合させる工程、c該標的リガンドと会合していないままである任意のペプチド-核酸複合体を取り除く工程、およびd任意の標的リガンド会合性ペプチド-核酸複合体を回収する工程を含む方法。21.該ナイーブWWドメインペプチドディスプレイライブラリーは、iヒトWWドメイン、および/またはii第IV群WWドメイン、および/またはiiiPin1WWドメインに由来する、第20項に記載の方法。22.該ナイーブWWドメインペプチドディスプレイライブラリーは配列番号1の6~38位でアミノ酸の配列を含むPin1WWドメインに由来し、少なくとも1つのアミノ酸は17~20位の間で欠失させられ、および/または15位のメチオニンがトリプトファンへ変化させられ、およびさらに配列番号1の配列内の1つ以上のアミノ酸残基で多様性を含んでいる、第21項に記載の方法。23.該WWドメインペプチドディスプレイライブラリーは配列番号1の6~38位でアミノ酸の配列を含むPin1WWドメインに由来するが、このとき少なくとも1つのアミノ酸は17~20位の間で挿入され、および/または15位のメチオニンがトリプトファンへ変化させられ、およびさらに配列番号1の配列内の1つ以上のアミノ酸残基で多様性を含んでいる、第21項に記載の方法。24.配列番号1の配列内の1つ以上のアミノ酸残基での前記多様性は、該配列の15個までのアミノ酸残基、12個までのアミノ酸残基、または10個までのアミノ酸残基を変化させる工程を含む、第22または23項に記載の方法。25.配列番号1の12、14、17、18、23、25、27、30および32位で1つ以上のアミノ酸が変化させられる、第21~24項のいずれか一項に記載の方法。26.17、18および32位の1つ以上、および/または12、14、23、25、27および30位の1つ以上、および/または16、20、21、28および29位の1つ以上が変化させられる、第25項に記載の方法。27.配列番号1の12、14、17、18、23、25、27、30および32位の3つ以上、5つ以上、7つ以上または9つ全部が変化させられる、第25または26項に記載の方法。"