"与えられた分子構造データに対し、原子に関する原子データ構造、結合軸に関する結合軸データ構造、前記原子データ構造と前記結合軸データ構造と前記結合軸に関するデータを含む分子メインデータ構造とからなる分子データ構造、および原子を構成する元素の元素データ構造とを少なくとも含むデータ構造を記憶した記憶部と、前記分子構造を表示する表示部と、前記表示部上に表示された前記分子構造への原子の配置を指示する操作部と、前記配置された前記原子の混成軌道と、前記原子及び前記原子による前記分子構造の原子との原子間結合に関与する局在化分子軌道を、前記記憶部に記憶された前記データ構造から導出する分子構造設計部と、を有することを特徴とする分子構造構築支援装置。前記原子データ構造は、少なくとも、識別番号ないし原子番号、元素記号データ、フラグ情報、原子座標、電子数設定値、軌道数設定値、帰属する結合軸数、帰属する結合軸識別番号、混成軌道データ、孤立電子対数、孤立電子対局在化分子軌道データ、原子電荷情報を有し、前記結合軸データ構造は、少なくとも、識別番号ないし結合軸順序番号、フラグ情報、両端原子の識別番号、結合軸ベクトルデータ、結合次数データ、σ局在化分子軌道データ、π局在化分子軌道データ、2電子積分データを有し、前記分子メインデータ構造は、少なくとも、原子データ構造ポインタ、結合軸構造ポインタ、全原子数、全接合軸数を有し、前記元素データ構造は、少なくとも、基準電子数設定値、基準軌道数設定値、結合半径情報、基準原子軌道情報を有することを特徴とする請求項1に記載の分子構造構築支援装置。前記分子構造設計部は、少なくとも、前記σ局在化分子軌道データ、前記π局在化分子軌道データ、前記孤立電子対局在化分子軌道データを用いて、前記局在化分子軌道を導出することを特徴とする請求項2に記載の分子構造構築支援装置。前記局在化分子軌道に係る各データを2重化して、全電子数が奇数の場合に2種類の局在化分子軌道データを保持可能としたことを特徴とする請求項2記載の分子構造構築支援装置。前記分子構造設計部は、さらに、前記局在化分子軌道を元に、初期電子密度行列を導出することを特徴とする請求項1乃至3のいずれか一項に記載の分子構造構築支援装置。記憶部に記憶された分子構造に係る分子構造データに基づいて該分子構造が表示された画面上でなされたユーザ操作に応じて、追加された原子を識別する原子順序番号で特定される原子データと、該分子構造における該原子との結合軸に係る結合軸データとを、該分子構造データと関連付けて該記憶部内に追加生成し、前記結合軸に係る局在化分子軌道を算出して、該算出結果を前記結合軸データ内の局在化分子軌道データに設定し、前記結合軸の両端原子の原子順序番号を前記原子データ内の孤立電子対軌道データに設定し、前記局在化分子軌道データと前記孤立電子対軌道データとを用いて、占有軌道に関する局在化分子軌道同士の積を足し上げることによって電子密度行列を前記記憶部に生成する処理をコンピュータに実行させる分子構造設計プログラム。しかし、分子軌道計算の高速化のための、従来の初期電子密度行列の設定の手法は、いずれも既に構造設計済みの分子を基にし、その結果を、専用の分子軌道計算プログラムに適用するといったものとなっている。例えば、ドラッグデザインにおいては、タンパク質のうち、ある官能基のみの違いによるそれぞれの分子の物性変化を把握したい場合などがあるが、その場合、分子構造の大部分は殆ど同じではあるものの、ほんの一部の構造例えば官能基のみ異なる分子の分子軌道をそれぞれ計算する必要がある。従来の手法では、こういった電子密度行列の大部分が同じ場合であっても、適切な、収束性の良い初期電子密度行列を求めるためには、夫々の全分子構造を基に、最初から初期電子密度行列設定の処理をしなければならなく、その結果、莫大な計算量が必要となっている。例えば、前記のMOZYME法においても、一部の構造のみ変更した分子であっても、もとの分子と同様に全ての局在化分子軌道を利用する必要がある。そのため類似構造の分子系列であっても、初期電子密度構築の計算量は、分子の数だけ増大すると言った問題がある。そこで本発明の課題は、分子軌道計算の高速化が可能な初期電子密度行列の設定を、短時間で、容易かつ的確に行うことができ、その結果、従来に比べ、分子軌道計算に必要な計算コストを大幅に削減可能である分子構造構築支援装置および分子構造構築支援プログラムを提供することにある。開示の技術は、与えられた分子構造データに対し、原子に関する原子データ構造、結合軸に関する結合軸データ構造、前記原子データ構造と前記結合軸データ構造と前記結合軸に関するデータを含む分子メインデータ構造とからなる分子データ構造、および原子を構成する元素の元素データ構造とを少なくとも含むデータ構造を記憶した記憶部と、前記分子構造を表示する表示部と、前記表示部上に表示された前記分子構造への原子の配置を指示する操作部と、前記配置された前記原子の混成軌道と、前記原子及び前記原子による前記分子構造の原子との原子間結合に関与する局在化分子軌道を、前記記憶部に記憶された前記データ構造から導出する分子構造設計部と、を有することを特徴とする分子構造構築支援装置のように構成される。また、上記課題を解決するための手段として、コンピュータによって実行される分子構造設計方法、及び上記分子構造構築支援装置としてコンピュータを機能させるためのプログラム、及びそのプログラムを記憶した記憶媒体とすることもできる。開示の技術では、原子が追加された対象分子の分子軌道計算の高速処理が可能な初期電子密度行列の設定を、短時間で、容易かつ的確に行うことができる、といった効果を得ることができる。以下、本発明の実施の形態を、図面を参照しつつ説明する。新規の分子構造を構築する処理は、図1に示すようなコンピュータ装置を用いて行われる。図1は、分子構造構築のためのコンピュータ装置のハードウェア構成例を示す図である。例えば、専用プログラムを用いてその分子の分子軌道計算などを行い、分子特性などを把握するための分子構造構築など、各種科学計算処理が、図1に示すコンピュータ装置10によって行われる。図1において、コンピュータ装置10は、CPUCentralProcessingUnit11、メモリ装置12、表示部13、出力部14、操作部15、通信部16、記憶装置17、ドライバ18を有し、それらはシステムバス19に接続される。CPU11は、メモリ装置12に格納されたプログラムに従って、コンピュータ装置全体を制御する。メモリ装置12には、RAMRandomAccessMemory、ROMReadOnlyMemory等が用いられ、CPU11において実行されるプログラム、CPU11での処理に必要なデータ、CPU11での処理により得られたデータ等を格納する。また、メモリ装置12の一部の領域が、CPU11での処理に利用されるワークエリアとして割り付けられている。表示部13は、CPU11の制御のもとに必要な各種情報を表示する。出力部14は、プリンタ等を有し、ユーザの指示に応じて各種情報を出力する。操作部15は、キーボード、マウス等のポインティングデバイス等を有し、ユーザがコンピュータ装置10によって処理を行うために必要な各種情報を入力するために用いられる。表示部13、操作部14及びCPU11などの連携によって、GUIが構成可能となる。通信部16は、例えばインターネット、LANLocalAreaNetwork等に接続し、外部装置との間の通信制御を行う。記憶装置17は、例えば、ハードディスクユニットが用いられ、各種処理を実行するプログラムや各種データ等を格納する。コンピュータ装置10によって行われる処理を実現するためのプログラムは、例えば、CD-ROMCompactDiscRead-OnlyMemory等の記憶媒体20によってコンピュータシステム10に提供される。プログラムが保存された記憶媒体20がドライバ18にセットされると、ドライバ18が記憶媒体20からプログラムを読み出し、読み出されたプログラムがシステムバス19を介して記憶装置17にインストールされ、プログラムが起動されると、記憶装置17に記憶されたプログラムに従ってCPU11がその処理を開始する。なお、プログラムを格納する媒体としてCD-ROMに限定するものではなく、コンピュータが読み取り可能な媒体であればよい。またUSBUnversalSerialBus対応のコンピュータ装置10であれば、USB接続可能な外部記憶装置からインストールするようにしてもよい。本実施の形態に係る分子構造構築支援装置30は、分子軌道計算の高速化のための適切な初期電子密度行列を容易に設定可能とするための装置によって実現され、図1に例示されるハードウェア構成と後述される機能構成とを有する。分子構造構築支援装置の構成GUI操作とデータ構造の連携で変更箇所のみの局在化分子軌道LMOを構築し、初期電子密度行列の構成を可能とするための、本実施の形態に係る分子構造構築支援装置30は、図2に示されるような機能構成を有する。図2に示されるような機能構成において、分子構造構築支援装置30は、表示処理部31、操作処理部32、出力処理部33、分子構造設計部34、記憶部35等を有する。表示処理部31、操作処理部32、出力処理部33、及び分子構造設計部34は、図1のコンピュータ装置10のCPU11が夫々対応するプログラムを実行することによって実現され、コンピュータ装置10が本実施の形態に係る分子構築支援装置30として動作する。記憶部35は、記憶装置17及び/又はメモリ装置12等によって構成され、本実施の形態における種々のデータを記憶し、少なくとも分子構造設計プログラム21と、LMOLocalizedMolecularOrbitalsデータ29を含む分子構造データ28とを記憶している。分子構造設計プログラム21がCPU11によって実行されることによって分子構造設計部34が実現される。表示処理部31は、表示部13へのデータ表示を制御する処理部である。操作処理部32は、ユーザによって操作されるポインティングデバイスから入力されるデータを制御する処理部である。出力処理部33は、出力部14へのデータ出力を制御する処理部である。分子構造設計部34は、後述される分子構造設計に係る処理を行う処理部である。分子構造設計部34は、後述されるデータ構造40を用いてLMOデータ29を含む分子構造データ28を記憶部35に記憶する。LMOデータ29を含む分子構造データ28が分子軌道計算処理で使用されることによって、分子軌道計算処理での負荷を低減させることができ、効率的かつ効果的に分子軌道の計算を可能とする。分子構造設計に係る処理は、分子構造構築支援装置30において、例えば、以下のようなGUI操作を含む操作によって行われる。ユーザが、表示処理部31によって図1の表示部13に表示されるメインウインドウ上に、3次元分子構造の原子アイテムを、ポインティングデバイスなどのクリック操作やドラッグアンドドロップ操作、またキーボード操作などにより、選択して配置する。そうした操作で構成された3次元分子構造の原子アイテムなどの表示データは、予めHDDHardDiskDriveなどの外部記憶装置、又は記憶部35に格納され、操作処理部32による操作プロセスが、分子構造設計部33により処理されて、表示処理部31上に3次元分子構造が選択や配置過程を含めて表示される。また、このGUI上に示される分子の3次元分子構造は、後述の図4に示すデータ構造を有し、これら操作処理部32によって制御される操作はデータ構造の構築及び変更を記憶部35内に記憶させることを伴っている。次に、表示部13の画面上で操作部32によって選択した原子アイテムを、ユーザによる上記と同様なポインティングデバイスの操作で、所望の位置に挿入して変更あるいは再配置入力をする。このGUI操作によって3次元分子構造の原子アイテムからなる新たな分子構造の構成がなされ、このGUI上の変更分子構造は、同様に本実施の形態に係るデータ構造を含めて種々のデータ構造の再構築を記憶部34内に行う。そして、分子構造設計部34は、この新たに入力変更されたデータ構造中のデータを用いて、変更分子構造の一部構造変更箇所のみの局在化分子軌道LMOの処理を、本実施の形態に係る処理フローを有するプログラムを用いて実施し、原子データ構造Aに原子上の電子密度情報である密度行列要素データを、結合軸データ構造Bに原子間の電子密度情報である密度行列要素データを算出する。分子構造設計部34は、これら密度行列要素データから、初期電子密度行列で更新が必要な部分のみ変更処理を実施し、所期の初期電子密度行列の確定をする。LMO構築の流れ本実施の形態においては、具体的には、新たに設定された原子間の接続個所のみに注目し、それに係わるFock行列要素と混成軌道から局在化分子軌道LMOを導出し、その局在化分子軌道LMOから初期電子密度を算出するといったプロセスを取る。先ず、分子構造設計部34によって行われる局在化分子軌道LMO構築の流れについて図3で説明する。図3において、本実施の形態おける分子構造構築支援装置30で行われる、分子の一部構造を原子の付加などで変更した新たな分子に関し、その変更原子間接続箇所のみの局在化分子軌道LMOを構築するためのLMO構築の流れが例示される。図3に示すように、先ず、分子構造構築支援装置30内に、データが記憶された記憶媒体を用いて記憶部35に格納することで、計算処理のために必要な、本実施の形態おける後述のデータ構造40図4の初期値を、当該装置内に構築するステップS1。次に、操作部15と表示部13によるGUIによるインタラクティブな作業により、原子を配置するステップS2。このときの、図3中に模式的に示した画面3aには、GUIによりC2H3分子にH原子を配置する操作状況例を示す。このとき原子間距離と結合形成の有無を判定し、結合形成有りを判定された場合、次にすすむ。次に、模式図3b-2に示すように、新たに追加されたHによるCとの接続から、当該するHとCとの結合を形成する原子上と原子間の原子軌道3bの相互作用を、分子構造設計部34において計算する。この相互作用の計算は、結合に係わる部分の2電子積分、Fock行列要素を計算することに相当するステップS3。次に、模式図3c-2に示すように、相互作用行列の対角化により混成原子軌道3cの算出を、分子構造設計部34において行うステップS4。そして、模式図3d-2に示すように、混成原子軌道3cとFock行列要素を用いて、局在化分子軌道LMOσ3dを、分子構造設計部34を用いて導出するステップS5。このときσLMO及びπLMOともに考慮する。データ構造本実施の形態における、分子構造構築支援装置30の処理に使用される分子構造データ28のデータ構造を以下に説明する。図4はデータ構造を示す図である。図4Aに示されるデータ構造40は、記憶部35内に展開され、分子構造構築支援処理により情報を格納することによって設定される、又は格納された分子構造データ28を参照するためのデータ構造である。図4Aにおいて、データ構造40は、ヘッダ41、分子データ42、元素データ43、操作用データであるイベントデータ44を有し、分子データ42内には、分子メインデータ42mと、原子データ42a、結合軸データ42bとを有する。ヘッダ41は、分子データポインタM、元素データポンタEl、イベントデータポインタEとによるデータ構造を有する。分子データポインタMは、分子データ42が格納されている先頭アドレスを示すポインタであり、元素データポインタElは、元素データ43が格納されている先頭アドレスを示すポインタであり、イベントデータポインタEはイベントデータ44が格納されている先頭アドレスを示すポインタである。分子データ42に関し、分子メインデータ42mは、原子データポインタA、結合軸データポインタB、原子数n、結合軸数nbによるデータ構造を有する。原子データポインタAは、原子データ42aが格納されている先頭アドレスを示すポインタであり、結合軸データポインタBは、結合軸データ42bが格納されている先頭アドレスを示すポインタである。原子数nは、この分子データ42で管理される原子の個数、つまりユーザがGUI上に配置した原子の個数であり、また原子データ42aの数に相当する。結合軸数nbは、この分子データ42で管理される結合軸の数であり、結合軸データ42bの数に相当する。分子データ42のデータ構造を分子データ構造Mとし、原子データ42aのデータ構造を原子データ構造A,結合軸データ42bのデータ構造を結合軸データ構造Bとする。また、元素データ43のデータ構造を元素データ構造Elとする本実施の形態における上記データ構造の特徴は、原子データ42aの原子データ構造Aと、結合軸データ42bの結合軸データ構造Bとがそれぞれ全ての原子と結合軸に対して1対1対応のデータを含んでいることである。また、原子データ42aには、原子に付随する軌道数と電子数の情報、演算処理に必要なフラグ情報、更に混成軌道HOデータ、孤立電子対局在化分子軌道LMOデータ、孤立電子対数、原子電荷情報を含まれている。更に、結合軸データ42bには、σ局在化分子軌道LMOデータ、π局在化分子軌道LMOデータ、2電子積分データを含み、また元素データ43の元素データ構造Elにおいて、元素データ43には元素の結合半径情報と、基準となる軌道数および基準となる電子数の情報、原子軌道データを含まれている。図4Aのデータ構造40の要素に関し、先ず、原子データ42aの原子データ構造Aについて、図4Bで説明する。図4Bに例示される原子データ構造A40aは、原子順序番号a、元素記号データN、座標データc、含有結合軸数nb、含有結合軸番号b、イベントフラグf、電子数n、軌道数m、混成軌道データho、孤立電子対数nl、孤立電子対軌道データll、原子電荷q、そして密度行列要素データpa、そして原子軌道a0の項目を有する。次に、結合軸データ構造Bについて、図4Cで説明する。図4Cに例示される結合軸データ構造B40bは、結合軸順序番号b、ベクトルデータv、結合次数データbt、両端原子番号a、イベントフラグf、σ軌道データls、π軌道データlp、密度行列要素データpb、そして2電子積分データint2el、結合フラグbfの項目を有する。元素データ43の元素データ構造El図4Aについては、結合半径r、基準電子数n0、基準軌道数m0の項目を有する。以上のデータ構造で、例えば、原子データ構造Aの混成軌道HOデータhoは、A->hoというポインタで表現できる。例えば、元素データ43の元素データ構造Elについては、各元素iと表現するについて、少なくとも、結合半径r、基準電子数n0、基準軌道数m0、原子軌道a0の要素を持ち、結合半径rはEli->r、基準電子数n0はEli->n0、基準軌道数m0はEli->m0、原子軌道a0はEli->a0のように表現できる。さらに、図4Bに示す原子データ構造A40aに関し、原子順序番号A->aは内部座標における識別番号の役割を果たす。元素記号データA->Nは元素記号または元素の原子番号を示す。座標データA->c3は、原子の3次元座標系の各位置座標成分を表す。含有結合軸数A->nbは原子が有する他原子との結合軸数を示す。含有結合軸数A->nbの値は、入力された分子構造から原子半径El->rを元に、原子対を成していると推定される結合軸の数を表す。また含有結合軸番号A->bnbは、含有結合軸数における各結合軸の識別番号含有結合軸番号bの集合データを表す。イベントフラグA->fは、局在化分子軌道LMOを設定済みかどうかなど、様々な状態を表すフラグである。電子数A->nは、例えば、図3で述べた処理により、初期値基準電子数設定値El->noから0にまで変動し得る。軌道数A->mについても、例えば、図3で述べた処理により、初期値基準電子数設定値El->moから0にまで変動し得る。混成軌道データA->hoは混成軌道HOデータを、孤立電子対数A->nlは孤立電子対数を、孤立電子対軌道データA->llは孤立電子対軌道データの特に局在化分子軌道LMOデータを、それぞれ示す。原子電荷A->qは原子上の電荷を示す。また、結合軸設定可能を示す結合フラグA->bfは、例えば、結合フラグbfの初期値をFとし、軌道数A->m、電子数A->nとがゼロであればF、また、軌道数A->mか、含有結合軸数A->nbがゼロでなく、含有結合軸番号A->bに関与する他の原子jについて結合フラグA->bfがFとなる結合が1つ、残りの結合フラグは全てTの場合には値をCとする。処理の過程において、他の原子jについて結合フラグA->bfがCとなる結合が1つ、残りの結合は全てTの場合にも、値をCとする。図4Cに示す結合軸データ構造Bに関し、結合軸順序番号B->bは全ての結合軸を1対1対応させるための識別番号の役割を果たす。ベクトルデータB->vは結合軸を3次元ベクトルと1対1に対応させたものである。結合指数B->btは、初期値は0であり、例えば、図3で述べた処理により、適切な結合次数へと変動する。両端原子番号B->a2は、結合軸の両末端に存在する原子順序番号=原子の識別番号A->aの部分集合データである。イベントフラグB->fは、例えば、図3での処理の進行段階等、様々な状態を表すフラグである。σ軌道データB->lsは、σ結合の局在化分子軌道LMOデータを、π軌道データB->pbは、π結合の局在化分子軌道LMOデータを表す。また、2電子積分データB->int2elは2原子間の2電子積分を格納するためのデータである。分子データ42の分子データ構造M図4Aに関し、これは相互のデータを保持しあう、原子データ構造ポンタM->Aと、結合軸データ構造ポインタM->Bの双方を含み、図3の処理に対応するために、原子数M->n、結合軸数M->nbを含む。元素データ43の元素データ構造El図4Aに関し、基準電子数El->n0、基準軌道数El->m0、原子軌道データEl->a0、結合半径データEl->rを含んでいる。そして、更に、図4Bに示すように、データ構造40の、原子データ構造A40aに、原子上の電子密度情報である、密度行列要素データA->paを含め、また、図4Cに示すように、結合軸データ構造B40bに、原子間の電子密度情報である、密度行列要素データB->pbを含める。このような原子データ構造A40a及び結合軸データ構造B40bによって、局在化分子軌道LMOデータを構築後、変更された局在化分子軌道LMOデータのみを用いて電子密度の必要なデータのみを更新し、電子密度情報を確立することも可能となる。また、奇数個の電子を持つ分子に関する分子構成設計の場合には、図4Bに示す原子データ構造A40aにおいて、アップスピン電子とダウンスピン電子に関して、マーク●で示される、電子数n、混成軌道データho、孤立電子対数nl、孤立電子対軌道データll、密度行列要素データpaの各々を配列で構成して2重化すればよい。この場合に、図4Cに示す結合軸データ構造B40bにおいて、マーク●で示される、σ軌道データls、π軌道データpb、密度行列要素データpbの各々を配列で構成して2重化すればよい。原子データ構造A40a図4Bの孤立電子対軌道データllと、結合軸データ構造B40b図4Cのσ軌道データls及びπ軌道データlpとが、図2に示すLMOデータ29に相当する。データ構造の初期化処理上記データ構造40を構築するに際し、先ず、データ構造の初期化処理を行う。本実施の形態では、既存の分子構造において、上述したようなGUIによる原子の追加、削除、変更等に基づいて、新たに結合を構成する原子上とその原子に係る原子間のみの相互作用が計算される。この計算処理で必要となるデータ構造を初期化するための初期化処理フローについて、図5で説明する。図5において、図2の分子構造構築支援装置30の分子構造設計部34は、分子データ42の分子データ構造M及び元素データ43の元素データ構造Elを構築ConstructするステップS11。そして、分子構造設計部34は、元素データ構造Elについて、例えば原子番号1の水素から88のラジウムまで設定する場合には、元素データ構造ElについてEl1:88に必要なメモリ領域を確保する。原子半径と基準電子数、基準軌道数、原子軌道のデータについて、各元素に対応する値を設定する。例えば、原子半径El->rは、各元素のファンデアワールス半径とし、基準電子数El->n0と基準軌道数El->m0は、分子軌道計算に用いる基底関数系を考慮した数値とし、原子軌道El->a0のデータについても、基底関数系を考慮する。なお、基底関数系のデータ及びどの基底関数系を用いるかについては、分子構造構築支援装置30のGUIにより、それが用いる基底関数系の当該ファイルを読み込むこととする。分子構造設計部34は、分子データ構造Mについて、原子データ構造A図4BへのポインタM->A、及び結合軸データ構造B図4CへのポインタM->Bに必要なメモリ領域を確保し、更に、すべての原子数M->n、すべての結合軸数M->nb用のメモリ領域を確保する。なお支障が無ければ、ポインタM->A、ポインタM->Bを設定しなくてもよい。次に、分子構造設計部34は、原子の3次元位置座標を入力しステップS12、入力した原子の位置座標の個数に基づいて、原子数nを原子数M->nに設定するステップS13。そして、分子構造設計部34は、原子数n分の原子データ構造M->A1:M->nのメモリ領域を確保AllocateするステップS14。次に、分子構造設計部34は、原子を順番に指定する原子順番変数i以下、単に原子iと称するをゼロに、また結合軸数M->nbをゼロにするステップS15。分子構造設計部34は、原子iを1増やして次の原子を指定し、原子iの結合対象となる原子順番変数j以下、単に原子jと称するをiとしステップS16、更に、結合対象の原子jを1増やしておくステップS17。そして、分子構造設計部34は、原子iと原子jの距離が夫々の結合半径rから定まる閾値より小さいか否かを判断するステップS18。具体的には、原子iの座標と原子jの座標との差の絶対値は、原子iと原子jとでなる夫々の元素の結合半径rより小さいか否かを判定する。閾値以上の場合NOは、分子構造設計部34は、原子iを原子jの対象とせずにステップS17に戻り、上述同様の処理を繰り返す。一方、閾値より小さい場合YESは、分子構造設計部34は、結合軸数M->nbを1増やすステップS19。そして、分子構造設計部34は、原子iに対する結合対象の原子jとして、原子数M->n分の処理を終了したか否か原子jが原子数nに一致したか否かを判断するステップS20。終了していない場合NOは、分子構造設計部34はステップ14へ戻り、上述同様の処理を繰り返す。終了した場合YESは、分子構造設計部34は、原子数M->nから1減じた個数分の原子i全てに対して処理を終了したか否か原子iが原子数nから1減じた数に一致したか否かを判断するステップS21。ここで、全て終了していない場合NOは、分子構造設計部34は、ステップS13に戻り、上述同様の処理を繰り返す。原子i全てに対して処理が終了した場合YESは、全結合軸数が決定したことになるため、分子構造設計部34は、結合軸数nb分の結合軸データ構造M->B1:M->nbのメモリ領域を確保AllocateしてステップS22、このデータ構造の初期化を終了する。ここで、原子、結合軸夫々を識別する識別番号は、例えば決定した順番、即ち原子順序番号A->a、結合軸順序番号B->bとして設定できる。局在化分子軌道LMOの設定以上のデータ構造の初期設定を行った後、局在化分子軌道LMOの設定の導出を行う。LMO設定処理について図6及び図7で説明する。図6及び図7において、ステップS32からステップS57までが、新たに結合を構成する原子上と原子間のみの相互作用を計算してLMOを設定するLMO設定処理である。以下は、N個の原子が付加される場合について記述する。図6において、図2の分子構造構築支援装置30の分子構造設計部34は、分子データ構造M、操作用データ構造E、元素データ構造El、原子データ構造A及び結合軸データ構造Bを構築ConstructするステップS31が、先に初期設定した、元素データ構造及び分子データ構造以外の原子データ構造A及び結合軸データ構造Bの初期設定を行う。原子データ構造Aについては、原子順番変数i以下、単に原子iと称するの原子順序番号Ai->aには、入力した順の番号を設定する。原子iの元素記号Ai->Nには元素の原子番号を、原子iの座標Ai->cには入力した原子のCartesian座標を設定する。原子iの初期の電子数には元素記号Nの基準電子数、即ち、Ai->n=ElAi->N->n0とする。また、原子iの初期の軌道数には、元素記号Nの基準軌道数、即ち、Ai->n=ElAi->N->m0とする。原子iの初期の原子電荷にはゼロ、即ち、Ai->q=0とする。原子iの含有結合軸数Ai->nb、及び原子iの含有結合軸番号Ai->bは、結合軸データ構造Bの初期設定と同時に設定する。次に、分子構造設計部34は、N個の原子の3次元位置座標を入力しステップS32、入力した原子の位置座標の個数に基づいて、原子データ構造Aに関し、原子数M->n1から原子数M->nN分のメモリ領域を確保し、原子数M->nを原子数M->nNにセットするステップS33。次に、分子構造設計部34は、原子iをゼロに、原子jを原子数M->n-Nに、結合軸順番変数k以下、単に結合軸kと称するを含有結合軸数M->nbに、追加される結合軸数lをゼロにするステップS34。次に、分子構造設計部34は、原子jを1増やしてj1にしステップS35、次に原子iを1増やしてi1にするステップS36。結合軸データ構造Bについては、原子iと結合対象となる原子jの距離が閾値以下と判定した原子間について判定した順序で設定する。次に、分子構造設計部34は、原子iと原子jの距離が夫々の結合半径rから定まる閾値より小さいか否かを判断するステップS37。具体的には、原子iに座標cと原子jの座標cとの差の絶対値が原子iと原子jとでなる夫々の元素の結合半径rより小さいか否かを判定する。閾値以上の場合NOは、分子構造設計部34は、原子iを原子jの対象とせずにステップS36に戻り、上述同様の処理を繰り返す。一方、閾値より小さい場合YESは、分子構造設計部34は、結合軸数M->nbを1増やし、原子iと原子jからなる含有結合軸数Ai,j->nbを1増やすステップS38。次に、分子構造設計部34は、原子iと原子jからなる軌道数、または電子数Ai,j->mornを、原子iと原子jからなる軌道数、または電子数Ai,j->mornから原子iと原子jからなる含有結合軸数Ai,j->nbを引いた数にするステップS39。次に、分子構造設計部34は、結合軸kと追加する結合軸の数lを1増やしステップS40、そして、結合軸kの結合軸データ構造Bに関し、結合軸kの結合次数Bk->btを1に設定し、原子iの含有結合軸番号bを結合軸kに追加し、原子jの含有結合軸番号bを結合軸kに追加するステップS41。こうして、例えば、結合軸がそれまでにk-1個設定されている場合に、原子iと原子jの距離が閾値以下と判定された場合には、ij間の結合軸を結合軸kの結合軸データ構造Bkと設定する。ここで、含有結合軸数nbをk、即ちBk->nb=k、1のの原子順序番号をi、即ちBk->a1=i、2の原子順序番号をj、即ちBk->a2=jと設定し、また、原子iの含有結合軸数Ai->nbを1増やし、原子iの含有結合軸番号Ai->bをkに、原子jの含有結合軸番号Aj->bをkに設定する。原子iと原子jからなる混成軌道データHOデータAi,j->hoの初期設定は、元素記号Nでの原子軌道ElAi,j->N->a0に対して成される。結合次数Bi,j->btは、GUIで直接指定することが可能である。以後のステップは相互作用の算定となる。分子構造設計部34は、結合軸kの結合軸データ構造Bの2電子積分データBk->int2elに、1の両端原子番号Bk->a1と2の両端原子番号Bk->a2間の2電子積分データを設定する。ここで、原子iと原子jについてFock行列要素FockElementsを計算するステップS42。相互作用行列を求めるに際し、それは原子間のハミルトニアン要素に設定する。ハミルトニアン要素は、通常の分子軌道計算と同様な手法でも読むことがきる。こうして相互作用行列が得られたら、対角化によって固有ベクトルを算出し、得られた固有ベクトルを直交変換することにより、混成軌道データHOデータを得ることができる。次に、分子構造設計部34は、原子iが原子jに一致したかを判断するステップS43。一致しない場合NOは、分子構造設計部34は、ステップS36に戻り、上述同様の処理を繰り返す。一方、一致した場合YESは、分子構造設計部34は、原子jは原子数M->nに一致したか判断するステップS44。次に、分子構造設計部34は、原子jは原子数M->nに一致したか判断し、原子jが原子数M->nに一致しない場合NOは、分子構造設計部34は、ステップS35に戻り、上述同様の処理を繰り返す。原子jが原子数M->nに一致した場合YESは、図7において、結合軸データ構造Bの結合次数B->btを設定し、原子データ構造Aの原子電荷A->qと、孤立電子対数A->nlと、軌道数A->mと、電子数A->nと、結合フラグA->bfとを設定するステップS45。図7において、以下に説明されるステップS46~S57は、奇数個の電子を持つ分子に関する分子構成設計の場合には、アップスピン電子とダウンスピン電子との夫々に関して実行される繰り返し処理7aとして構成される。ステップS45の後、分子構造設計部34は、結合軸iに、含有結合軸数から、追加結合軸数lを減じたものM->nb-lを初期設定するステップS46。そして、分子構造設計部34は、結合軸iを1増やすステップS47。次に、分子構造設計部34は、結合軸iの結合軸データ構造Bにおいて、σ軌道データBi->lsを設定しSetSigmaLMO、ステップS48、設定したら、結合次数に関するカウンターjをゼロに初期設定するステップS49。σ軌道データは、σLMOσ局在化分子軌道を示す。次に、分子構造設計部34は、カウンターjを1増やしステップS50、結合軸iの結合軸データ構造Bにおいて、π軌道データBi->lpを設定するSetPiLMO、ステップS51。π軌道データは、πLMOπ局在化分子軌道を示す。次に、分子構造設計部34は、カウンターjが、結合軸iの結合次数から1減じたものBi->bt-1と一致するかjがπ結合の数bt-1まで終了したか判断するステップS52。そして、一致しない場合NOは、分子構造設計部34は、ステップS50に戻り、上述同様の処理を繰り返し、一致した場合YESは、分子構造設計部34は、孤立電子対数に関するカウンターjを0に初期設定するステップS53。このように、結合軸データ構造Bのσ軌道データBi->lsを、結合軸に対して必ず存在するσ結合のLMOに設定する。具体的には、Fock行列要素と、混成軌道データHOの積分値からなる2次元行列式の解から求めた係数を結合軸両端原子の混成軌道データHOに作用させ、1つの軌道に纏めることで、σLMOが得られる。ここで、混成軌道データHOには、相互作用が最大となるものを用いる。π結合のLMOについては、結合次数からσ結合の分1だけ少ない回数Bi->bt-1について、残った混成軌道データHOを用いて、σLMOと同様の処理を行うことにより得られる。次に、分子構造設計部34は、孤立電子対数に関するカウンターjを1増やしステップS54、そして、結合軸iの両端原子番号1、2を孤立電子対軌道データABi->a1,2->llに設定するSetLonePairLMO、ステップS55。次に、分子構造設計部34は、カウンターjが、結合軸iの両端原子番号1、2における孤立軌道対数ABi->a1,2->nlに一致したかjが孤立電子対の数nlまで終了したかを判断するステップS56。そして、一致しない場合NOは、処理部33は、ステップS54に戻り、上述同様の処理を繰り返し、一致した場合YESは、分子構造設計部34は、結合軸iが結合軸数M->nbに一致したかiがnbまで終了したかを判断するステップS57。そして、一致しない場合NOは、分子構造設計部34は、ステップS47に戻り、上述同様の処理を繰り返し、一致した場合YESは、処理を終了する。このように、σLMOとπLMOの構成後、残った混成軌道HOとその数を、孤立電子対軌道データAi,j->llと、孤立電子対数Ai,j->nlに設定する。そして、原子iの密度行列要素データAi->pa、結合軸kの密度行列要素データBk->pbの電子密度データを有するようにする場合、局在化分子軌道LMOだけでなく、初期電子密度行列データを個々の原子と結合軸毎にGUI上で保持することが可能となる。電子密度行列については、σLMO,πLMO、孤立電子対LMOを用い、占有軌道に関するLMO同士の積を足し上げることで得られる。実施例1C2H4エチレンの、局在化分子軌道LMOと初期電子密度の設定を本実施の形態の手法により実施する。C2H4エチレンの構造を図8で説明する。C2H4エチレンの構造が図8Aに示されている。図8A中、各原子を識別するために、C1、C2、H3~H6のように原子記号に番号を付してある。また、原子間距離8a及び8b、H-C-Hの角度8cは図8Bに示すようになっている。原子Cと原子Cとの距離8aは1.3オングストロームであり、原子Cと原子Hとの距離8aは1.0オングストロームである。また、H-C-Hの角度8cは120°である。分子軌道計算には、半経験的分子軌道法の一つのMNDO法を用いた。また基底関数系は、MNDO法のスレーター軌道とした。図5と図6から図7のフローに従う分子構造設計プログラム21をCPU11が実行することによって、以下に示す結果を得た。分子構造と初期データ構造を設定後、C1の全原子軌道と他の原子のs軌道との相互作用を算出した結果を以下に説明する。相互作用は一般に、Fock行列要素として表されるが、それを、以下の式1から式3で表す。原子Aの軌道μと原子Aの軌道μに関するFock行列要素は式1で表される。原子Aの軌道μと原子Aの軌道νに関するFock行列要素は式2で表される。原子Aの軌道μと原子Bの軌道νに関するFock行列要素は、相互作用に関する式3で表される。式1から式3で示されるように、Fock行列要素の計算には、コアハミルトニアンHと2電子積分μν|λσ及び電子密度Pの各行列が必要となる。また式1から式3の各記号の意味例を以下に示す。この式1から式3による計算処理では、電子密度行列Pは局在化分子軌道LMOによる設定実施前であるため、図9の行列MT1に示すように、エチレンの軌道数と電子数に適合した対角行列を用いる。図9の行列MT1中の軌道を示す略称の具体的内容を以下に示す。電子密度行列における軌道略称の具体的内容IH3s:3番目の原子Hのs軌道H4s:4番目の原子Hのs軌道C1s:1番目の原子Cのs軌道C1px:1番目の原子Cのpx軌道C1py:1番目の原子Cのpy軌道C1pz:1番目の原子Cのpz軌道C2s:2番目の原子Cのs軌道C2px:2番目の原子Cのpx軌道C2py:2番目の原子Cのpy軌道C2pz:2番目の原子Cのpz軌道行列要素の値を具体的に記述すると、異なる原子間の要素は全てゼロ、同じ原子の同じ軌道間の要素については、その原子が持つ電子数を軌道数で割った値である。相互作用に関するFock行列要素式3を算出する際は、Fock行列要素における異原子間要素におけるコアハミルトニアンHのみ考慮すればよい。算出された相互作用Fock行列要素相互作用行列の一例を図10に示す。図10に示す行列MT2の欄中の軌道を示す略称の具体的内容は上述した意味Iの通りである。図11Aから図11Dに、局在化分子軌道LMOを構成するために必要な混成軌道HOを算出する流れを、原子C1と他の原子間との相互作用行列を用いて原子C1の混成軌道HOを算出する例を示す。図11Aにおいて、相互作用行列を表す行列MT3は、図10に示した行列MT2と同一である。この相互作用行列を表す行列MT3に対して、対角化の処理を行って、固有値と、図11Bに示すような固有ベクトルを表す行列MT4の情報が得られる。この固有ベクトルを表す行列MT4について、他原子の要素がそれぞれ1種類となるように直交変換を施す。図11Cに示すように、直交変換の結果得られた固有ベクトルの行列MT5が原子C1と1種類の原子とによる、混成軌道となる。実際には、図11Dに示すように、更に原子C1の要素のみに絞った規格化を行って、規格化混成軌道を表す行列MT6を得る。これを、原子データ構造Aの混成軌道データA1->hoに格納する図4のデータ構造参照。なお、各欄中の軌道を示す略称の具体的内容は、上述した具体的内容Iに加えて、下記に示す混成軌道構成における軌道略称の具体的内容IIに示される通りである。混成軌道構成における軌道略称の具体的内容IIHC11:原子C1の混成軌道1つ目HC12:原子C1の混成軌道2つ目HC13:原子C1の混成軌道3つ目HC14:原子C1の混成軌道4つ目以下に、上述した式1から式3で算出するFock行列要素と、図11Cの混成軌道の行列MT5による混成軌道データを用いて、局在化分子軌道LMOを構成する流れを式4、式5、及び式6で示す。式4、式5、式6から導出される、原子間結合のLMOについては、下記の式7で示される。このように、2次元行列の2つの固有値に応じて2種類のLMOが構成される。安定な期待値を取る方が通常の分子軌道の占有Occupied軌道に対応し、不安定な期待値を取る方が仮想Virtual軌道に対応する。孤立電子対LonePairLMOについては、原子間結合LMO構成に使用されない混成軌道を設定する。電荷情報の設定は、結合次数と孤立電子対数を構成する電子数、軌道数を除いた後、電子数のみ残る場合はマイナスの電子数を、軌道数のみ残る場合はプラスの軌道数を設定する。以下に、上記式4から式7中に用いられた文字の意味を例示する。エチレンの場合は、以下に示すように12個の局在化分子軌道LMOが構成される。夫々は、結合軸データ構造B中のσ軌道データB->ls、π軌道データB->lp中に構成されることを示す。ここで、例えば原子C1と原子H3とのσ結合及びπ結合に関するLMOは、L3,L4であるが、その軌道は、図12Aの行列MT7に示した、L3,L4の様に構成される。また、原子C1と原子C2とのσ結合及びπ結合に関するLMOは、L1,L2σ、及び、L11,L12πであるが、その軌道は、図12Bの行列MT8に示した、L1,L2σ、及び、L11,L12πのように構成される。エチレンの初期電子密度Pについては、式8により算出できる。式8により算出された結果は、結合軸データ構造Bの密度行列要素データB1->pb中に構成される。例えば原子C1と原子C2の結合に関する初期電子密度Pは、この式8に従って、図12Cの行列MT9に示すように構成されることとなる。実施例2本実施の形態の手法を、ProteinDataBank掲載WEB;www.pdb.orgに記載のP1CBNにおいて、これに水素原子を付加した分子Crambin、C202H314N55O64S6について適用した。局在化分子軌道LMOは、実施例1と同様に、図5及び図6~7のフローに従う分子構造設計プログラム21を実行することにより構成した。分子軌道計算プログラムに使用する初期電子密度行列については、上記式8により算出した初期電子密度Pの値を用いる。ただし同じ原子の同じ軌道間の要素についてのみ、図9の行列MT1の値を設定する。本分子は奇数個の電子を持つため、アップスピン電子に関する密度とダウンスピン電子に関する密度の2種類を設定した。分子軌道計算プログラムとして、富士通製のMO-G掲載WEB;software.fujitsu.com/jp/scigressを用い、計算機のCPUとしてIntel製のQ6700を用いて比較テスト計算を実施した。その結果、従来の手法で設定した初期電子密度を用いた場合の生成熱計算結果の1993.48kcal/molに比べ、本実施の形態の手法による初期電子密度を用いた場合の生成熱計算結果は1991.10kcal/molで、約2.4kcal/mol安定な状態を得られることを確認できた。こうした計算精度向上が実現できたのは、本実施の形態による初期電子密度が従来の手法による初期電子密度とは異なり、電子密度行列の非対角要素を含めることができるためだと考えられる。実施例3本実施の形態の手法を、ProteinDataBank掲載WEB;www.pdb.orgに記載のP1CBNにおいて、これに水素原子を付加したアニオン分子Crambin-、C202H314N55O64S6について適用した。局在化分子軌道LMOは、実施例1と同様に、図5及び図6~7のフローに従う分子構造設計プログラム21を実行することにより構成した。分子軌道計算プログラムに使用する初期電子密度行列については、上記式8により算出した電子密度Pの値を用いる。ただし同じ原子の同じ軌道間の要素についてのみ、図9の行列MT1の値を設定する。分子軌道計算プログラムとして、富士通製のMO-G掲載WEB;software.fujitsu.com/jp/scigressを用い、計算機のCPUとしてIntel製のQ6700を用いて比較テスト計算を実施した。その結果、従来の手法で設定した初期電子密度を用いた場合の分子軌道算出には、1028.22秒の計算時間を要したのに比べ、本実施の形態の手法による初期電子密度を用いた場合の分子軌道算出では、255.52秒の計算時間で、約4倍の高速処理を実行できることを確認できた。こうした高速化が実現できたのは、本実施の形態による初期電子密度の構築手法による部分が大きい。例えば、炭素の原子軌道数を4個とすると、フラーレンC60において隣接3原子と結合している原子1個を変更した場合、従来の手法では、240個全ての混成軌道と局在化分子軌道LMOを構築する必要があるが、本手法では、変更に係わる4個の原子に関する16個の混成軌道と局在化分子軌道LMOのみを構築すれば済むことになり、この部分での計算コストが大幅に軽減することになる。勿論、この軽減比率に比例するわけでは無いが、本手法で構築された初期電子密度の収束性も含めて、収束に至るまでの分子軌道計算時間トータル時間は、従来に比べ、大幅に減少できることが解る。以上述べたように、本実施の形態の手法は、データ構造として図4に記載した、原子に関する混成軌道、孤立電子対、密度行列要素データなどを含み、また結合軸に関するσ軌道データ、π軌道データ、密度行列要素データ、2電子積分デーダなどを含んだデータ構造を有し、新たに結合を構成する原子上と原子間のみの相互作用を計算するといった図5及び図6~7のフローのアルゴリズムを用い、分子構造の構築に必要なそれらのデータ構造のデータを利用することで、分子構造を、GUIを用いて構築すると同時に、適切な初期電子密度を構成可能な局在化分子軌道LMOを構成することを可能とする。本実施の形態の分子構造構築支援装置30は、上記手法を可能とする装置構成を持ち、本実施の形態の分子構造設計プログラム21は上記手法を上記装置で実行可能なプログラムである。従来では分子軌道計算プログラムが分子全体の局在化分子軌道LMOを構築して初期電子密度を構成していた手法や、初期電子密度行列に対角行列を用いていた手法によって生じていた大きな計算コストを、本実施の形態の手法によって構成した初期電子密度を用いることで、大幅に削減可能とすることができる。本発明は、具体的に開示された実施例に限定されるものではなく、特許請求の範囲から逸脱することなく、種々の変形や変更が可能である。以上の実施例1から3を含む実施形態に関し、更に以下の付記を開示する。付記1与えられた分子構造データに対し、原子に関する原子データ構造、結合軸に関する結合軸データ構造、前記原子データ構造と前記結合軸データ構造と前記結合軸に関するデータを含む分子メインデータ構造とからなる分子データ構造、および原子を構成する元素の元素データ構造とを少なくとも含むデータ構造を記憶した記憶部と、前記分子構造を表示する表示部と、前記表示部上に表示された前記分子構造への原子の配置を指示する操作部と、前記配置された前記原子の混成軌道と、前記原子及び前記原子による前記分子構造の原子との原子間結合に関与する局在化分子軌道を、前記記憶部に記憶された前記データ構造から導出する分子構造設計部と、を有することを特徴とする分子構造構築支援装置。付記2前記原子データ構造は、少なくとも、識別番号ないし原子番号、元素記号データ、フラグ情報、原子座標、電子数設定値、軌道数設定値、帰属する結合軸数、帰属する結合軸識別番号、混成軌道データ、孤立電子対数、孤立電子対局在化分子軌道データ、原子電荷情報を有し、前記結合軸データ構造は、少なくとも、識別番号ないし結合軸順序番号、フラグ情報、両端原子の識別番号、結合軸ベクトルデータ、結合次数データ、σ局在化分子軌道データ、π局在化分子軌道データ、2電子積分データを有し、前記分子メインデータ構造は、少なくとも、原子データ構造ポインタ、結合軸構造ポインタ、全原子数、全接合軸数を有し、前記元素データ構造は、少なくとも、基準電子数設定値、基準軌道数設定値、結合半径情報、基準原子軌道情報を有することを特徴とする付記1に記載の分子構造構築支援装置。付記3前記分子構造設計部は、少なくとも、前記σ局在化分子軌道データ、前記π局在化分子軌道データ、前記孤立電子対局在化分子軌道データを用いて、前記局在化分子軌道を導出することを特徴とする付記2に記載の分子構造構築支援装置。付記4前記局在化分子軌道に係る各データを2重化して、全電子数が奇数の場合に2種類の局在化分子軌道データを保持可能としたことを特徴とする付記2記載の分子構造構築支援装置。付記5前記分子構造設計部は、さらに、前記局在化分子軌道を元に、初期電子密度行列を導出することを特徴とする付記1乃至3のいずれか一項に記載の分子構造構築支援装置。付記6記憶部に記憶された分子構造に係る分子構造データに基づいて該分子構造が表示された画面上でなされたユーザ操作に応じて、追加された原子を識別する原子順序番号で特定される原子データと、該分子構造における該原子との結合軸に係る結合軸データとを、該分子構造データと関連付けて該記憶部内に追加生成し、前記結合軸に係る局在化分子軌道を算出して、該算出結果を前記結合軸データ内の局在化分子軌道データに設定し、前記結合軸の両端原子の原子順序番号を前記原子データ内の孤立電子対軌道データに設定し、前記局在化分子軌道データと前記孤立電子対軌道データとを用いて、占有軌道に関する局在化分子軌道同士の積を足し上げることによって電子密度行列を前記記憶部に生成する処理をコンピュータに実行させる分子構造設計プログラム。付記7前記コンピュータに、前記分子構造に形成する原子に関する原子データ構造、結合軸に関する結合軸データ構造、前記原子データ構造と前記結合軸データ構造と前記結合軸に関するデータを含む分子メインデータ構造とからなる分子データ構造、および原子を構成する元素の元素データ構造とを少なくとも含むデータ構造に従って、前記分子構造データを前記記憶部に展開させる付記6に記載の分子構造設計プログラム。付記8前記原子データ構造は、少なくとも、識別番号ないし原子番号、元素記号データ、フラグ情報、原子座標、電子数設定値、軌道数設定値、帰属する結合軸数、帰属する結合軸識別番号、混成軌道データ、孤立電子対数、孤立電子対局在化分子軌道データ、原子電荷情報を有し、前記結合軸データ構造は、少なくとも、識別番号ないし結合軸順序番号、フラグ情報、両端原子の識別番号、結合軸ベクトルデータ、結合次数データ、σ局在化分子軌道データ、π局在化分子軌道データ、2電子積分データを有し、前記分子メインデータ構造は、少なくとも、原子データ構造ポインタ、結合軸構造ポインタ、全原子数、全接合軸数を有し、前記元素データ構造は、少なくとも、基準電子数設定値、基準軌道数設定値、結合半径情報、基準原子軌道情報を有し、前記結合軸に係る局在化分子軌道の算出では、前記コンピュータに、σ局在化分子軌道とπ局在化分子軌道とを算出させるようにした付記7に記載の分子構造設計プログラム。付記9前記局在化分子軌道に係る各データを2重化して、全電子数が奇数の場合に2種類の局在化分子軌道データを保持可能とした付記7又は8に記載の分子構造設計プログラム。付記10コンピュータによって実行される分子構造設計方法であって、該コンピュータが、記憶部に記憶された分子構造に係る分子構造データに基づいて該分子構造が表示された画面上でなされたユーザ操作に応じて、追加された原子を識別する原子順序番号で特定される原子データと、該分子構造における該原子との結合軸に係る結合軸データとを、該分子構造データと関連付けて該記憶部内に追加生成し、前記結合軸に係る局在化分子軌道を算出して、該算出結果を前記結合軸データ内の局在化分子軌道データに設定し、前記結合軸の両端原子の原子順序番号を前記原子データ内の孤立電子対軌道データに設定し、前記局在化分子軌道データと前記孤立電子対軌道データとを用いて、占有軌道に関する局在化分子軌道同士の積を足し上げることによって電子密度行列を前記記憶部に生成することを特徴とする分子構造設計方法。"