"a検体から免疫グロブリン含有生体サンプルを得ることとb試験を実施し、生体サンプルに神経変性疾患に特徴的な自己抗体が一つ以上存在するか否かを決定することとを含む、前記検体における神経変性疾患に特徴的な自己抗体を検出する方法。a検体から免疫グロブリン含有生体サンプルを得ることとb試験を実施し、前記生体サンプル中に神経変性疾患に特徴的な自己抗体が一つ以上存在するか否かを決定することとc前記疾患に特徴的な自己抗体が一つ以上存在する場合に神経変性疾患の診断をすることとを含む、前記検体の神経変性疾患を診断する方法。a検体から免疫グロブリン含有生体サンプルを得ることとb試験を実施し、前記生体サンプル中に神経変性疾患に特徴的な自己抗体が一つ以上存在するか否かを決定することとc前記疾患に特徴的な自己抗体が一つ以上存在する場合に前記神経変性疾患の危険性がある検体であると診断をすることとを含む、神経変性疾患を進行させる危険性がある検体を特定する方法。a検体から免疫グロブリン含有生体サンプルを得ることとb試験を実施し、前記生体サンプル中に神経変性疾患に特徴的な自己抗体が一つ以上存在するか否かを決定することとc前記サンプル内に存在する神経変性疾患に特徴的な自己抗体の検体特有の神経変性疾患に特徴的な自己抗体プロファイルを生成することとを含む、神経変性疾患を進行させる危険性がある検体を特定する方法。前記神経変性疾患は、アルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、多発性硬化症、ギランバレー症候群、慢性末梢神経症、視神経炎、血管性認知症、強迫性障害、シデナム舞踏病、連鎖球菌感染に関連した小児自己免疫性神経精神疾患PANDAS、橋本脳症、視神経脊髄炎、腫瘍随伴症候群、辺縁系脳炎、ラスマン脳炎、橋本脳炎、嗜眠性脳炎、全身硬直症候群、連鎖球菌感染後運動障害、リウマチ熱、グルテン性腸炎、ASD、失読症、HTLV-1関連脊髄症/熱帯性痙性不全対まひ、重症筋無力症、Lambert―Eaton症候群、先天性多発性関節拘縮症からなる群から選ばれる、請求項1、2、3、または4に記載の方法。前記検体はヒトである、請求項1、2、3、または4に記載の方法。前記生体サンプルは、全血、血清、脳脊髄液、唾液、または痰からなる群から選ばれる、請求項1、2、3、または4に記載の方法。前記試験は、前記自己抗原と前記自己抗体が免疫複合体を形成できる条件下で、疾患に特有の自己抗体に特有の一つ以上の自己抗原と接触させることと、免疫複合体が存在するか否かを調べること免疫複合体の存在は神経変性疾患に特有の自己抗体の存在を示しており、免疫複合体の不存在は神経変性疾患に特有の自己抗体の不存在を示しているにより実施する、請求項1、2、3、または4に記載の方法。一つ以上の前記自己抗原は基板に付着している、請求項8に記載の方法。一つ以上の前記抗原はアレイの形である、請求項8に記載の方法。前記アレイはマイクロアレイである、請求項10に記載の方法。前記基板は、ニトロセルロースでコートされたガラススライドである、請求項9に記載の方法。神経変性疾患に特徴的な自己抗体が固定化された一つ以上の自己抗原が固定化された基板。神経変性疾患の診断に特有の複数の個々にアドレス可能な自己抗原をその上に固定化した、請求項13に記載の基板。それぞれのパネルは特定の神経変性疾患に特徴的な自己抗原を含む、自己抗原の複数のパネルを有する、請求項13に記載の基板。前記基板がスライドまたはベッドである、請求項13に記載の基板。神経変性疾患に特有の自己抗体に特異的な一つ以上の自己抗原が固定化された基板を有するマイクロアレイ。それぞれのパネルは、特定の神経変性疾患に特徴的な自己抗原を含む、自己抗原の複数のパネルを有する、請求項17に記載のマイクロアレイ。神経変性疾患に特徴的な自己抗体に特異的な一つ以上の自己抗原、および前記自己抗原が免疫グロブリン含有生体サンプル中の自己抗体へ結合していることを決定する手段を有するキット。一つ以上の自己抗原が基板に固定化された、請求項19に記載のキット。本発明においては、自己反応性抗体としても知られる自己抗体が、年齢または病気の有無にかかわらずヒトの血清中に豊富かつ普遍的に存在していることが見出されている。いくつかは脳反応性であり、他は体全体の他の臓器中の標的に対して反応性を有する。いくつかの自己抗体は過去の病気および免疫系の活動の名残であるかもしれないが、本発明によると多くの自己抗体もまた現存のまたは進行中の疾患の結果として血液および脳脊髄液に存在することが発見されている。現存する疾患の早期検知および診断に有用なのはこの後ろ側のグループである。長期および短期の疾患を含む、活性な神経変性疾患の存在は、進行中の病状細胞タイプと臓器の両方に特有であるに関係する細胞損傷の結果としての細胞生成物の生産と放出の原因となる。これらは細胞生成物そのほとんどはタンパク質を放出し、その壊れた断片と病気に関係した翻訳後修飾が血液およびリンパの流れに入り、抗原として働き、免疫応答を引き起こす。この免疫応答によって血液中に比較的多くの自己反応性自己抗体が生成され現れることになる。体中の細胞は大量のタンパク質を共有しているが、自己抗体のうち比較的小さな小集団しか特定の疾患に関係した臓器に含まれる前記細胞、組織、および臓器に特異的に反応しない。本発明については、この応答によってそれぞれの疾患および関与する特定の細胞タイプに特徴的な疾患に特徴的な自己抗体プロファイルにつながることが発見された。加えて、併発症を有する個人においては、自己抗体の特定のパターンがこれらの併発、進行中疾患過程それぞれを反映していることが発見されている。さらに、ニューロンおよびその補助的なグリア細胞を含む、脳特異的な標的に結合できる自己抗体は血液中では一般的であることが発見されており、実際それらは普遍的である。これら自己抗体の脳内におけるニューロンおよび/またはグリア細胞との結合は、これらの細胞とこれらが関与する機能にとって有害である。それは通常の細胞の機能を妨害するだけでなく、最終的にはニューロンとグリア細胞の死および脳からの永久的な欠失につながる。脳組織の内部において一度のみ、自己抗体は適切な標的抗原をその表面に有しかつ露呈させている脳内のどの細胞にも選択的に結合できる。もし前記自己抗体標的が細胞表面に特に豊富であるなら、自己抗体の多くの分子の結合はこのタンパク質と交差結合し、これを固定する。もし前記標的が重要な受容体であるなら、前記標的および前記細胞は無能化され得、より広範な脳機能障害につながる。前記標的細胞がニューロンである場合、自己抗体の結合は、最終的に挙動、認知、記憶、および運動障害として顕著になりうる神経機能障害につながるかもしれない。前記標的がニューロンを補助するグリアル細胞である場合、この補助を失うと間接的にニューロンの機能を損なうことになるかもしれない。ゆえに、ヒトの血清中の特異的な脳反応性自己抗体は特異的脳細胞変性疾患のためにニューロンを危険な状態に追いやる可能性がある。ここにおいて本発明はヒトの生体サンプル中のこれら自己抗体の検出方法を提供する。ゆえに一実施形態において、本発明は、検体からの免疫グロブリンを含む生体サンプルを得ることと、生体サンプル中の一つ以上の神経変性疾患に特徴的な自己抗体が存在するか否かを決定するために分析を行うことと、一つ以上の前記疾患に特徴的な自己抗体が存在する場合、前記検体が前記神経変性疾患の進行のために危険な状態にあることを特定することと、を含む前記検体の体内の神経変性疾患に特徴的な自己抗体を検出するための方法を提供する。好ましい実施形態においては、前記神経変性疾患はアルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、多発性硬化症、ギランバレー症候群、慢性末梢神経症、視神経炎、血管性認知症、強迫性障害、シデナム舞踏病、連鎖球菌感染に関連した小児自己免疫性神経精神疾患PANDAS、橋本脳症、視神経脊髄炎、腫瘍随伴症候群、辺縁系脳炎、ラスマン脳炎、橋本脳炎、嗜眠性脳炎、全身硬直症候群、連鎖球菌感染後運動障害、リウマチ熱、グルテン性腸炎、ASD、失読症、HTLV-1関連脊髄症/熱帯性痙性不全対まひ、重症筋無力症、Lambert―Eaton症候群、先天性多発性関節拘縮症からなる群から選ばれる。本発明の好ましい一実施形態において、検体はヒトである。本発明の好ましい一実施形態において、免疫グロブリン含有生物サンプルは血清、全血、CSF、唾液、または痰である。血液サンプルは、静脈穿刺、または指先穿刺を含む当技術分野で周知の方法によって得られてもよい。CSFは腰椎穿刺を含む当技術分野で周知の方法によって得られてもよい。血液から血清を得るために、血液サンプルを入手し、すべての細胞と血小板を沈殿させるのに十分なスピードで遠心させ、これにより得られた上澄みから分析に用いる血清を取り出す。痰および唾液サンプルは当技術分野の周知の方法によって採取してもよい。前記生体サンプルは適切な緩衝剤によって希釈してもよい。好ましい一実施形態において、前記生体サンプルに一つ以上の神経変性疾患に特徴的な自己抗体が存在するかどうかを決定するために使用される分析は、前記生体サンプルを前記自己抗原および前記自己抗体の免疫複合体が形成可能な条件下において、神経変性疾患に特徴的な自己抗体に特異的な一つ以上の自己抗原を有する生体サンプルに付着させることによって実施する。神経変性疾患に特徴的な自己抗体に特異的な自己抗体は、年齢をマッチングし、無疾患対照検体からの免疫グロブリン含有サンプルに存在する自己抗体を有する神経変性疾患を有する検体から得られた免疫グロブリン含有サンプルに存在する自己抗体を比較することによって特定できるかもしれない。前記疾患を有する前記検体からのサンプルには存在するが前記対照検体からのサンプルには存在しない前記標的抗原は、前記疾患に特徴的な自己抗体の識別標識を提供する。前記サンプルは好ましくは血清である。例えば、単一の試験スライドに滴下された何千もの実寸大またはほとんど実寸大のヒトタンパク質を含むタンパク質マイクロアレイは、マイクロアレイ上の抗原標的に反応性を有する患者のサンプル中の自己抗体を特定するために用いられてもよい。対照サンプルの自己抗体も同様にして特定してよい。前記患者の自己抗体のプロファイルは、前記対照自己抗体のプロファイルと比較することにより、前記疾患に特徴的な自己抗体および対応する自己抗原を決定し得る。神経変性疾患に特徴的な自己抗体および自己抗原を特定するために有用なタンパク質マイクロアレイは、当技術分野において周知の方法により作られても、購入してもよい。市販のタンパク質マイクロアレイは、例として、Invitrogen’sProtoArrayHumanProteinMicroarrayv50を含むが、これはtheInvitrogenProtoArrayprotocolandImmuneResponseBiomarker25Profilingapplicationと同時に使用されることが好ましい。このようなタンパク質マイクロアレイを調査しスキャンするため、および結果として得られるデータの診断上の重要性を決定するための方法は、例えば、Tibshiranietal2002ProcNatlAcadSciUSA99,6567-657により、当技術分野の通常の知識を有するものに知られており開示されている。一度、前記神経変性疾患に特徴的な前記自己抗体が前記の方法により特定されれば、前記の特定および診断方法において対応する抗原が特定され使用のために選択される。自己抗原はタンパク質抗原、前記疾患に特徴的な自己抗体によって認識される一つ以上の抗原決定基を有するそのポリペプチド断片、または前記疾患に特徴的な自己抗体によって認識される抗原決定基ペプチド模倣薬を含む。前記自己抗原は天然現から精製してもよく、当技術分野で周知の方法によって組み換えによりまたは合成により生産されてもよく、また融合タンパク質でもよい。前記自己抗原は無細胞翻訳系を使用して体外で生産してもよい。好ましい一実施形態においては、前記自己抗原は哺乳類または昆虫の発現系において生産され正確な折り畳みと機能を確保している。これらの方法のすべては高いスループット生産のために自動化されていてもよい。免疫複合体の検出のための分析および条件は当業者によって知られている。このような分析は、例えば、競争分析、直接反応分析、およびサンドイッチタイプ分析を含む。前記分析は定量的でも定性的であってもよい。好ましい一実施形態において、前記分析には、マイクロタイターまたはマイクロ分析プレート、スライド、電磁ビーズ、非電磁ビーズ、カラム、マトリックス、膜、計深棒、フィルター、膜、ピン、またはシートといった前記自己抗原に直接または間接に付着できる固相または基板が使用され、またポリスチレン、ポリ塩化ビニル、ポリアミド、または他の合成ポリマー、セルロースといった自然ポリマー、セルロースアセテートまたはニトロセルロースといった自然ポリマー誘導体、およびガラス、例えばガラス繊維を含んでもよい。前記基板は好ましくは表面に固定された複数の個々にアドレス可能な自己抗原を有する。前記個々にアドレス可能な自己抗原は、好ましくは表面に固定され列を形成している。前記基板は、フィルム、シート、若しくはプレートといった適切な形態で使用してもよく、または紙、ガラス、プラスチック、フィルム、または布といった適切な不活性担体上に被覆、接着、または積層してもよい。好ましい実施形態においては、前記基板はスライドまたは電磁ビーズである。前記補助材または基板に自己抗原を付着させる方法は当技術分野において周知であり、共有結合性および非共有結合性相互作用を含む。例として、適用するタンパク質の多孔質表面への拡散があり、そのようなハイドロゲルはハイドロゲル構造内で非修飾タンパク質が非共有結合することを可能とする。共有結合法は安定した結合を提供し、広範なタンパク質に適用できる。タンパク質上のタグ例えば、ヘキサヒスチジン/NiNTAまたはビオチン/アビジンと前記基板表面に固定化されたパートナー試薬を使用した生物学的補修法は安定した結合を提供し、前記タンパク質を特異的かつ再現性のある配向で結合する。ある好ましい実施形態においては、前記自己抗体を前記補助材または化学的に誘導体化されたガラスといった基板上に被覆するまたはスポットされる。より好ましい実施形態においては、ニトロセルロースをコートしたガラススライドを使用する。ある好ましい実施形態においては、前記自己抗原は列を形成して提供され、好ましくはマイクロアレイである。タンパク質マイクロアレイは当技術分野において周知であり、例えばHalletal2007MechAgeingDev128:161-167andStoevesandtetal2009ExpertRevProteomics6:145-157にレビューされており、前記開示内容は、その全体を参照することによってここに取り込まれている。マイクロアレイは、自己抗原をコンタクトスポッタまたは非コンタクトマイクロアレイヤを使用して処理した顕微鏡スライドといった基板上に、精製した自己抗原を固定することによって調製してもよい。マイクロアレイは対応するDNA配列から直接その場で細胞を用いることなく合成することにより生産してもよい。アレイ上にスポットされる自己抗原の外部生産および精製に適した方法としては、例えば、Venkatarametal2008Biochemistry47:6590-6601に開示されているように、バクテリア内での発現が、例えば、Lietal2007ApplBiochemBiotechnol142:105-124に開示されているように、イースト菌内での発現が、例えば、Altmanetal199915GlycoconjJ16:109-123に開示されているように、昆虫の細胞内での発現が、例えば、Spampinatoetal2007CurrDrugTargets8:137-146に開示されているように、哺乳類の細胞内での発現が含まれる。その場チップ上でのタンパク質生産方法のために適した方法が、例えば、Ramachandranetal2006MethodsMolBiol2328:1-14andHeetal2008CurrOpinBiotechnol19:4‐9に開示されている。タンパク質が同時に発現し、並行してアレイ表面に固定される他の方法もまた当技術分野において周知であり、本発明に合わせて使用することができる。例えば、タンパク質その場配列PISA法Heetal2001NucleicAcidsRes29:e73においては、溶液状態または固定された状態で、タンパク質はDNAから直接作られ、それらはタグ配列を認識することによって作成されるためアレイ表面に付着した状態になる。前記タンパク質は細胞がない系、一般的にウサギの網状赤血球またはEcoliS30、を使用することにより体外でも並行して発現し、共役転写および翻訳を行う。この方法においては、タンパク質の発現は、前記タグに結合可能な固定試薬によって前もって被覆されている表面上で行われる。ゆえに、それぞれのタンパク質が翻訳された後、同時にまた近接した表面に特異的に固定された状態になる、一方でその他の材料はその後洗い流される。マイクロアレイは、スポット前に前記DNAと前記無細胞溶解系を混合することによって、または最初のDNAスポットに続けて前記発現系をスポットする多重スポット技術MISTのいずれかによってガラススライド上に直接生成してよい。核酸プログラマブルタンパク質配列NAPPARamachandranetal2004Science305:86-90として知られている系においては、固定した溶液と逆にDNAテンプレートからの転写および翻訳によってDNA入れるをタンパク質配列に変換することができる。この方法においては、GST融合体としての前記タンパク質をコードするビオチン化cDNAプラスミドがアビジンで覆われたスライド上に、補足体として働く対GST抗体と一緒にプリントされる。前記cDNA配列はさらにウサギの網状赤血球溶血液によって覆われることによりタンパク質を発現する。これらは、それぞれのDNAスポットに近接した前記抗体によってトラップされる。前記タンパク質はcDNAと同様な配置をもって前記抗体によって固定される。この技術によって前記固定されたタンパク質がDNAおよび固定試薬と共に存在するタンパク質配列が生成される。タンパク質配列を生成するための他の好適な方法は、DNA配列からのタンパク質配列DAPA法である。その場でのタンパク質配列のためのこの方法は、DNAから離れた表面上の純粋なタンパク質配列を生成するためのテンプレートとして固定されたDNA配列を使用し、同一のDNAテンプレートからタンパク質配列の封数のコピーを生産することもできるHeetal2008NatureMethods,5:175‐7。無細胞タンパク質合成は二つの表面例えば、ガラススライドの間に保持された膜の中で行われる、そのうち一つはDNA分子が配列され、もう一方の表面は翻訳されたタンパク質を補足する特異的な試薬を保持している。個々の、標識がついたタンパク質は前記配列されたDNAから並行して合成され、間隙を拡散し、反対側表面上の標識を有する試薬との相互作用を通して固定されることによってタンパク質配列を形成する。前記DNAが決められた位置に決められた量あることを正確に反映する不連続なスポットが生成される。前記DNAを再利用することによって前記タンパク質の複製コピーを得ることができる。配列製造方法にはロボットによる接触印刷、インクジェット、ピエゾ電子スポット、および光リソグラフィーが含まれる。例えば、外的に生産し精製した本発明に係る精製した自己抗体は、高品質のタンパク質マイクロアレイ生産を提供するために、柔軟タンパク質マイクロアレイインクジェットプリンティングシステム例えば、ArrayJet,Roslin,Scotland,UKを使用することによりマイクロアレイ基板にスポットしてもよい。自己抗体の正確な横列縦列が結合された自己抗体は、結合した特徴的な自己抗体の存在および量の両方を示す検知可能なスポットに変換されうる。前記マイクロアレイの生産は、前記自己抗原の三次元の形態を保持できるように設計された市販の複製用緩衝剤を用いて実施することが好ましい。好ましい一実施形態においては、マイクロアレイ用の基板はニトロセルロースが被覆されたガラススライドである。前記分析は当技術分野で周知の方法であって、自己抗原と自己抗体からなる免疫複合体の形成および前記免疫複合体の検出が可能な条件下で一つ以上の自己抗原が生体サンプルと接する方法によって実施される。前記免疫複合体の存在および量は、標識に基づく検出方法や標識なしの方法を含む当技術分野で周知の方法によって検出されてもよい。例えば、標識に基づく検出方法にはシグナル発現化合物を含む指示試薬に結合する二次抗体の添加を含む標識に基づく検出方法が含まれる。前記二次抗体は抗ヒトIgG抗体であってよい。指示試薬には、補助因子、阻害剤、および磁性粒子の他に発色物質、酵素複合体といった触媒、フルオレセインやローダミンといった蛍光材料、ジオキセタン、アクリジニウム、フェナントリジニウム、ルテニウム、およびルミノールといった化学発光化合物、放射性元素、直接観察標識が含まれる。酵素複合体の例には、アルカリ性ホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、およびベーターガラクトシダーゼが含まれる。標識なし検出の方法には表面プラズモン共鳴、カーボナノチューブおよびナノワイヤ、並びに干渉分光計が含まれる。標識に基づく、および標識なしの検出方法は、当技術分野で周知であって、例えば、Halletal2007andbyRayetal2010Proteomics10:731-748によって開示されている。検出は、当技術分野で周知であって使用された標識に好適なスキャン法と関連する分析ソフトウェアによって実施してもよい。本発明の好ましい一実施形態においては、蛍光標識法および検出法を使用することにより免疫複合体を検出する。市販のスライドスキャナ例えば、Genepix4000BスライドスキャナーMolecularDevices,Incと関連する分析ソフトウェアを使用してもよい。好ましい一実施形態においては、前記免疫複合体例えば、Alexa―FluorInvitrogenは蛍光標識された抗ヒト抗体によって探られ、それぞれのタンパク質スポットの蛍光強度をマイクロアレイスキャナーによって測定される。市販のソフトウェアGenePixPro5.0ソフトウェアAxoninstrumentsは前記スキャナによって生成されたデジタル画像から個々の特徴の実効メジアンピクセル強度を抽出するために使用してもよい。データは、同じ配列を有する異なる領域における複数の同一対照スポットのメジアン値を比較することによって規格化してもよい。免疫複合体の検出は、生体サンプル中に神経変性に特徴的な自己抗体が存在していることを示しており、つまり神経変性疾患の確定診断である。本発明における他の実施形態は、検体から免疫グロブリン含有生体サンプルを得ることと、生体サンプルに一つ以上の神経変性疾患に特徴的な自己抗体があるか否かを決定するための試験を実施することと、一つ以上の前記疾患に特徴的な自己抗体が存在する場合に前記疾患の診断をすることと、を含む検体の神経変性疾患を診断する方法を提供する。好ましい実施形態においては、前記神経変性疾患はアルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、多発性硬化症、ギランバレー症候群、慢性末梢神経症、視神経炎、血管性認知症、強迫性障害、シデナム舞踏病、連鎖球菌感染に関連した小児自己免疫性神経精神疾患PANDAS、橋本脳症、視神経脊髄炎、腫瘍随伴症候群、辺縁系脳炎、ラスマン脳炎、橋本脳炎、嗜眠性脳炎、全身硬直症候群、連鎖球菌感染後運動障害、リウマチ熱、グルテン性腸炎、ASD、失読症、HTLV1関連脊髄症/熱帯性痙性不全対まひ、重症筋無力症、LambertEaton症候群、先天性多発性関節拘縮症からなる群から選ばれる。好ましい実施形態において、前記検体はヒトである。好ましい実施形態において、前記免疫グロブリン含有生体サンプルは血清、全血、CSF、唾液、または痰である。血液サンプルは、静脈穿刺、または指先穿刺を含む当技術分野で周知の方法によって得られてもよい。CSFは腰椎穿刺を含む当技術分野で周知の方法によって得られてもよい。血液から血清を得るために、血液サンプルを入手し、すべての細胞と血小板を沈殿させるのに十分なスピードで遠心させ、これにより得られた上澄みから分析に用いる血清を取り出す。痰および唾液サンプルは当技術分野の周知の方法によって採取してもよい。前記生体サンプルは適切な緩衝剤によって希釈してもよい。好ましい一実施形態において、検体の神経変性疾患の診断に使用する分析は、前記自己抗原と前記自己抗体が免疫複合体を形成可能な条件で、前記サンプルを神経変性疾患に特徴的な自己抗体に特異的な一つ以上の自己抗原に付着させ、前記免疫複合体の存在を検出することにより実施し、これは上に詳述されている。自己抗原は配列、または好ましくはマイクロアレイの形で供給されてよい。本発明の他の実施形態は神経変性疾患に特徴的な自己抗体に特異的な一つ以上の自己抗原が固定された基板を提供する。前記発明はまた、他の実施形態において、神経変性疾患に特徴的な自己抗体に特異的な一つ以上の自己抗原が固定された基板を含むマイクロアレイを提供する。前記基板およびマイクロアレイは上述のようにつくられ、神経変性疾患に特徴的な自己抗体プロファイルの作成および神経変性疾患の診断に有用である。自己抗原はタンパク質抗原、または前記疾患に特徴的な自己抗体によって認識される一つ以上の抗原決定基を含むそのポリペプチド若しくはペプチド断片、または前記疾患に特徴的な自己抗体によって認識される抗原決定基ペプチド模倣薬を含んでもよい。前記基板およびマイクロアレイは、それぞれの神経変性疾患に特徴的な少なくとも一つの自己抗原を含み、好ましくはそれぞれの神経変性疾患に特徴的な約2から約30の自己抗原を含む。前記基板およびマイクロアレイは、複数の自己抗原のパネルであって、それぞれのパネルは特定の神経変性疾患に特徴的な自己抗原を含む。このような複数の基板および複数のパネルによって同じ分析において一つ以上の神経変性疾患の診断が可能となり、また神経変性疾患の区別もまた可能となる。好ましい実施形態においては、前記神経変性疾患はアルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、多発性硬化症、ギランバレー症候群、慢性末梢神経症、視神経炎、血管性認知症、強迫性障害、シデナム舞踏病、連鎖球菌感染に関連した小児自己免疫性神経精神疾患PANDAS、橋本脳症、視神経脊髄炎、腫瘍随伴症候群、辺縁系脳炎、ラスマン脳炎、橋本脳炎、嗜眠性脳炎、全身硬直症候群、連鎖球菌感染後運動障害、リウマチ熱、グルテン性腸炎、ASD、失読症、HTLV-1関連脊髄症/熱帯性痙性不全対まひ、重症筋無力症、Lambert―Eaton症候群、先天性多発性関節拘縮症からなる群から選ばれる。さらにある実施形態において、本発明はサンプル中の神経変性疾患に特徴的な自己抗体を検出するためのキットを提供する。前記キットは神経変性疾患に特徴的な自己抗体に特異的な一つ以上の自己抗原を有し、また前記自己抗原がサンプル中の自己抗体への結合していることを決定する手段を有する。前記キットはまた、前記キットの前記一つ以上の自己抗原が神経変性疾患の特定に使用できることを示す標識を有する包装材を有してもよい。このようなキットは、緩衝剤、制御剤、検出剤などといった当業者が知っている他の構成要素を含んでもよい。前記キットは神経変性疾患に特徴的な自己抗体の検出および神経変性疾患の診断に有用である。アルツハイマー病アルツハイマー病ADに特徴的な自己抗体は、タンパク質またはペプチド抗原に特異的に結合し、またアルツハイマー病をADを有していない対照検体から区別するために使用できる診断用の指示薬である自己抗体としてここでは定義されている。潜在的に有用な診断用の指示薬とされてきたタンパク質抗原は次の表1に示される。表1のタンパク質抗原は当技術分野で認められた名称およびデータベース識別番号によって識別されている。前記データベース識別番号は公衆に利用可能なタンパク質データベースである全米バイオテクノロジー情報センターNCBIを参照しており、当業者に広く知られ受け入れられている。他の好ましい実施形態において、前記検体およびマイクロアレイは、自己抗原として、表2のタンパク質抗原の少なくとも一つ、前記ADに特徴的な自己抗体によって認識される一つ以上の抗原決定基を有するポリペプチドまたはそのペプチド断片、または前記ADに特徴的な自己抗体によって認識される抗原決定基ペプチド模倣薬を有してもよい。表2-5中のタンパク質抗原は、データベースによる識別だけでなく当技術分野で受け入れられた名前によって認識されている。データベース識別番号は、公衆に利用可能なタンパク質データベースである全米バイオテクノロジー情報センターNCBIを参照しており、当業者に広く知られ受け入れられている。他の実施形態においては、前記検体およびマイクロアレイは、自己抗原として、表3のタンパク質抗原の少なくとも一つ、前記ADに特徴的な自己抗体によって認識される一つ以上の抗原決定基を有するポリペプチドまたはそのペプチド断片、または前記ADに特徴的な自己抗体によって認識される抗原決定基ペプチド模倣薬を有してもよい。本発明の一態様の他の実施形態において、前記マイクロアレイは、FERM領域を有するタンパク質8FRMD8を有し、60Sリボソームタンパク質L41RPL41、ペンタトリコペプチド反復配列を含むタンパク質2PTCD2、およびADに特徴的な自己抗体によって認識される一つ以上の抗原決定基を有する造血SH2領域含有タンパク質HSH2Dまたはその断片、または前記ADに特徴的な自己抗体によって認識される抗原決定基ペプチド模倣薬を有する。他の実施形態において、前記マイクロアレイは、ADに特徴的な自己抗原によって認識されるひとつ以上の抗原決定基を有する、FERM領域含有タンパク質8FRMD8および造血SH2領域含有タンパク質またはその断片を有する。本発明の好ましい一実施形態において、前記検体およびマイクロアレイは、抗原として、表4の少なくとも一つのタンパク質抗原または、ADに特徴的な自己抗体によって認識される一つ以上の抗原決定基を有するその断片、または前記ADに特徴的な自己抗体によって認識される抗原決定基ペプチド模倣薬を含んでもよい。本発明の他の好ましい実施形態において、前記検体およびマイクロアレイは表4のすべてのタンパク質抗原を有する。[パーキンソン病]本発明の他の実施形態において、前記マイクロアレイはADに特徴的ではないがパーキンソン病PDに特徴的である自己抗体と反応する自己抗原も有するため、PDとADを区別することができる。ADではなくPDに特徴的な自己抗原には、例えば、表5のタンパク質並びに、PDに特徴的な自己抗体によって認識される一つ以上の抗原決定基およびPDに特徴的な自己抗体によって認識される抗原決定基ペプチド模倣薬を含むその断片が含まれる。以下の実施例によって本発明をさらに説明する。実施例1材料と方法動物:Swiss―Websterマウスは、TaconicFarmsから入手し、生後3-6ヶ月で実験に使用した。SpragueーDawleラットもまたTaconicFarmsから入手し、生後7-9週間で使用した。どちらも12時間の明/暗周期とともに不断給餌と水でAALAC認定の生態動物園の中で飼育した。動物の使用はUMDNJIACUによる審査および認可を受けた。ヒトの脳組織:突発性ADn=23、年齢範囲=71-88を持つ患者からの脳組織と、年齢をマッチングした神経学的に正常な個人n=14,年齢範囲=69-83の脳組織をハーバード脳組織提供センターベルモント、MA、共同ヒト組織ネットワークフィラデルフィア、PA、UCLA組織提供センターロサンゼルス、CA、およびSlidomicsチェリーヒル、NJから入手した。死後経過時間は24時間未満でありADの病理学的確認は国立老化研究所とレーガン研究所のADの神経病理学的評価のための診断基準に関するワーキンググループによって定義された基準に基づいて評価されたHymanandTrojanowski1997JNeuropatholExpNeurol56,1095‐7。繰り返しのパラフィン包埋と切断のためにホルマリン漬け組織を確立された手順に沿って処理した。対照組織は最小限に局所的な微視的AD様の神経病理学を示した。抗体:Aβ42抗体はMilliporeIntemationalポリクローン、Cat.No.4767,希釈=1:50から入手した。免疫組織化学のためのビオチニル化抗ヒトIgG抗体はVectorLaboratorieshost:goat,Cat.NoPK-6103,希釈=1:100。ウエスタンブロッティング法のためのペルオキシダーゼ接合抗ヒトiGg抗体はThermoScientificロックフォード,イリノイ州ホスト:ヤギ、Cat.No.31410、希釈=1:200,000から入手した:次の抗体は器官型マウス脳切片培養の処理のために使用した。抗アルファ7ニコチンアセチルコリン受容体C-20、SantaCruzBiotechnology、サンタクルス、カリフォルニア州;抗GluR2ポリクローナルN19、SantaCruzBiotechnology,サンタクルス、カリフォルニア;抗ベータチューブリンD-10、SantaCruzBiotechnology,サンタクルス、カリフォルニア。これらの抗体の特異性はウエスタンブロット法によって確認した。ヒト血清:ヒト血清サンプル[ADn=52、年齢範囲=61-97歳;年齢マッチ調整n=28、年齢範囲=51-86;若年健康調節n=28、年齢範囲=19-30歳]はAnalyticalBiologicalServicesIncから入手した。サンプルは数字によってコード化されており、次の情報が含まれている:患者の年齢と性別、検知可能な神経疾患の有無、神経疾患がある場合には病気の重篤度と推定死後経過時間の表示。これらサンプルの使用はUMDNJIRBによって承認されている。免疫組織化学:免疫組織化学は前述のパラフィン漬けの脳組織を用いて実施したD’Andreaetal.2001Histopathology38,120-34;Nageleetal.2002Neuroscience110,199-211。簡潔に述べると、キシレンを用いて組織からパラフィンを除去し、段階的連続的に濃度が薄くなるエタノールを通して水に戻した。クエン酸塩緩衝剤中で切片をマイクロ波にさらすことによって抗原性を高めた。内因性のペルオキシダーゼは0.3H2O2中で30分間処理することによって急冷した。切片を阻止血清中で培養し、適切な希釈状態で1時間室温で主要抗体によって処理した。PBS中でよくすすいだ後、ビオチンで標識した第二抗体を30分間適用した。切片はアビジンペルオキシダーゼVectastainABCElite,VectorLaboratories,Inc.,FosterCity,CAで処理し、3-3-ジアミノベンジジンー4-HCLDAB/H2O2Imm-Pact-DABVectorによって可視化した。次に切片をヘマトキシリンによって軽く対比染色し、徐々に濃度を濃くしたエタノールによって脱水し、キシレンで洗浄し、Permount中で標本にした。対照には免疫なし血清または主要抗体の除去によって処理された脳切片が含まれる。標本は試験されNikonFXA顕微鏡によって写真撮影され、デジタル画像はNikonDXM1200Fデジタルカメラを用いて記録し、ImageProPlusPhase3Imaging,GlenMills,PAとCellProfiler画像解析ソフトを使用して処理、解析された。生体ラット脳タンパク質の調製:ラット脳タンパク質断片の調製のために、新しいラット脳組織を-80°Cの保管庫から取り出し、1mMフェニルメチルスルホニルフルオライド、50.0mMTris-HCL緩衝溶液中にpH7.4、10.0ml/gの割合で、5ml/gの割合のプロテアーゼ阻害剤カクテルSigma―Aldrich,セントルイス,ミズーリ州とともに置いた。事前に冷やしておいたDounceホモジェナイザーArrowEngineeringCo.,Inc,ヒルサイド,ニュージャージー州をセッティング4にして、脳サンプルをホモジェナイザーにかけた。次に、スウィングローターを装着したBeckmanCS-6R遠心機を用いて4°Cで10分間、脳サンプルを3000rpmで遠心し無傷細胞と大きな残屑を得た。上澄み液は全脳タンパク質断片として保持した。タンパク質濃度はブラッドフォード分析を使用して決定した。ウエスタンブロッティング法による自己抗体標的の検出:血清自己抗体の脳膜標的の決定を行うためにウエスタンブロッティング法を実施した。第一に、12.5SDS-ポリアクリルアミド分離ゲルをMiniPROTEAN3System165-3302、BioRad,ヘラクレス,カリフォルニア州を使用してキャストし、積層ゲル4.0を重ねた。100μgのタンパク質サンプルをサンプル緩衝溶液に加え、PageRulerTMPrestainedProteinLadderPlusSMI811,Fermentas,GlenBumie,MDとともにゲルに適用した。次にタンパク質を130Vで7分間断片化した後、分解時間の残渣のために100Vで実施した。タンパク質を続けてHybond-ECLNitrocelluloseMembraneRPN3032D,Amersham,ピスカタウェイ,ニュージャージー州に移し75分間180mAで処理した。4°Cで一晩培養するために、ブロットはPBS-TweenPBS-Tに溶解した5.0の無脂肪乾燥乳にブロックされた後、ヒト血清サンプル主要抗体に移され、ブロッキング溶液中で1:500に希釈された。翌朝、ブロットをPBS-T中でよくすすぎ、適当に希釈したペルオキシダーゼ結合性の二次抗体に置き、4°Cで1時間培養した。次にブロットをPBS-T中で完全にすすぎ、さらに素早く蒸留水ですすぎリン酸緩衝溶液を除去した。次にブロットをPierce活性化化学発光ECL検体32106,Pierce,Rockford,ILとオートラジオグラフィーフィルムXARALF1824,LabScientific,リビングストン,ニュージャージー州を使用して培養した。前記血清サンプルのためのそれぞれのウエスタンブロット法を3つ一組で実施した。マウス器官型脳切片培養物および処理:器官型生体マウス脳切片培養物MBOCsをStoppinietal.1991JNeurosciMethods37,173-82の手法を用いて調製した。これらの培養物中のニューロンは外因性のAβ42100nMAβ42への曝露4時間未満で検出されるを蓄積することが証明されているBahretal,1998JCompNeurol.397,139-47;Harris-Whiteetal.,1998JNeurosci.18,10366-74;Malouf,1992NeurobiolAging.13,543-51;Stopponietal.1991。Swiss―Websterマウス生後3-6ヶ月の脳を無菌状態で隔離し、30mmMillicell-CM培養インサートMillicell-CM,Millipore,Bedford,MA,USAに配置したMcIlwain組織チョッパーを使用し所望の脳領域を通る横軸冠状切片厚さ0.5-0.75mmを調製し、無血清培地DMEM中で軽く1時間または処理前に一晩25不活性化ウマ血清、25Hanks’BSS、50DMEM、25mg/lペニシリン-ストレプトマイシン中で安定させた。安定化後、培養物をAβ42ペプチド100nM、抗GluR2抗体1:250希釈、ヒト血清サンプル1:500希釈、抗α7nAChR抗体1:1000希釈、抗βチューブリン抗体1:200希釈を含む、無血清培地DMEMのみまたは完全培地25不活性化ウマ血清、25Hanks’BSS、50DMEM、25mg/lペニシリン-ストレプトマイシンに曝露した。対照切片には培地のみを添加した。MBOCは5CO2富化雰囲気中、37°Cで最長72時間処理した。Aβ42は、Zagorskietal1999MethodsEnzymol309,189204の方法を使用して単量体の形に可溶化した。画像解析:ヒト血清またはα7nAChRまたは抗GluR2に対する抗体を有するまたは有しないAβ42100nMで処理したMBOCs中のAβ42の蓄積の程度は定量的免疫組織化学によって決定した。上述のように処理されたMBOCを第一に同様の条件下で抗Aβ42抗体を用いて免疫染色した。次にNikonCCDカメラと画像解析ソフトImageProPlusとCellProfilerを備えたNikonFXA顕微鏡を使用して同様の照明とカメラセッティングの下、画像を記録した。Aβ42陽性細胞当たりの細胞内のAβ42陽性堆積物の相対量を決定し、異なる処理グループの間で比較した。細胞内Aβ42量の違いの重要性は、学生のt-試験によって決定された。免疫組織化学の対照は非免疫血清または検出抗体のみを含む。実施例2ヒト血清中の脳反応性自己抗体AD患者n=52、年齢範囲=61-97歳、年齢マッチングした、認知症でない対照検体n=28、年齢範囲51-86歳、および若年健康個体n=28、年齢範囲19-30歳からの血清を脳反応性自己抗体の存在を確認するために試験した。ウエスタン分析のために、各血清は、成体マウスからの全細胞ホモジェネートから得られるタンパク質を調べることにより脳反応性自己抗体の存在を確認するための試験をした。結果から、試験した3グループからのすべての血清に脳反応性自己抗体の存在が確認された。それぞれの血清サンプルから生成した免疫活性タンパク質バンドは、平均=5.1±3.1AD血清n=52;7.4±4.0年齢マッチングした血清n=28;6.0±3.8若年健康調節血清n=28のように全3検体グループについて、似ていた。同様の結果が、ヒト血清をマウスとヒトの脳タンパク質を調べるのに使用した際に得られている。ウエスタンブロット法で求めた見かけの分子量に基づくと、2,3の潜在的に共通のタンパク質バンドが上記3検体グループの中および間で見いだされた。実施例3ADの病状を示す脳領域のIgG活性ニューロン死後のAD脳内のIg活性ニューロンが報告されてきたBourasetal2005BrainResBrainResRev48,477-87;Cliffordetal2007BrainRes1142,223‐36;DeaneandZlokovic2007CurrAlzheimerRes4,191‐7;Franceschietla1989JGerontol44,M128-30;Kalaria1999AnnNYAcadSci893,113-125;Kulmalaetal.1987ExpAgingRes13:67-72;Loeffleretal1997NeurochemRes22,209-14Steinetal2002JNeuropatholExpNeurol61,11008。この実施例では、抗ヒトIgG抗体を用いた免疫組織化学によって、23個のADおよび14歳に年齢マッチ調節した脳内にIgG免疫活性な脳の構成部位が有るかを確認する試験を実施した。免疫標識した細胞体と樹状突起の幹を有するIgG活性ニューロンは試験したすべての脳で見つかった。IgG活性ニューロンは、対応する年齢マッチ調節した脳よりもAD脳において遥かに豊富で、広範に存在し、かつ強く免疫染色されている。後者において、IgG活性ニューロンは、離散した個々の細胞として、またIgG活性細胞が完全に欠如した脳組織の比較的大きな領域によって隔離された小さな細胞の塊として見いだされることが最も多かった。AD脳において、IgG活性ニューロンは、AD関連の病状変化に影響を受けやすいことが知られる脳領域で特に豊富であった例えば、側頭葉、内嗅皮質、海馬。ADおよび調節された脳において、IgG免疫活性は錐体神経細胞に一貫してまた選択的に関係しており、またこれらの細胞は、時に近くに存在するIgG陽性および陰性のニューロンによるIgG免疫標識の強度においてしばしば顕著な個人差を示した。神経IgG免疫染色強度において同様の変動が海馬のニューロンにおいて見いだされた。錐体神経細胞において、IgG免疫活性は細胞体および主要樹状幹の近辺において最も顕著であった。ほとんどのより小さなニューロンにおいては、錐体細胞の間に散在したより小さなニューロン、星状細胞、および小グリア細胞はIgG陰性であった。試験した23個のAD脳のうち3つにおいて、星状膠細胞と錐体神経細胞の両方がIgG陽性であったが、これは年齢マッチングした脳においては観察されなかった。実施例4IgG免疫活性とAβ42の堆積の間の関係死後AD脳組織の切片をヒトIgGとAβ42に特異的な抗体を用いて調べた。軽いAD症状を示している大脳皮質と海馬の領域すなわち、アミロイド斑がほとんどない隔離されたニューロン内Aβ42堆積を有する領域において、Aβ42免疫活性ニューロンはまた強いIgG免疫染色を示した。二セットの連続した部位が免疫染色され、AD脳の大脳皮質におけるAβ42とIgGの相対分布が明らかになった。軽いAD症状を示す領域において、IgGとAβ42の両方は両方の部位に現れる同じニューロンに共局在化していた。同様に、より進んだ症状ニューロンとアミロイド斑内のAβ42の堆積の増加かから判断してを示す皮質領域において、間質およびニューロン内のIgGの量は大幅に増加した。錐体ニューロン内のAβ42に富む物質の核近くでの典型的で大きな堆積に加え、これらの細胞の主要な樹状突起幹は多くの均一サイズのAβ42陽性顆粒を頻繁に含んでいた。これらの結果は錐体ニューロン内でのニューロン内Aβ42堆積とIgG免疫標識が時間的、空間的に一致することを実証している。実施例5ヒト血清抗体と生体ニューロンの反応性ヒト血清抗体と生体ニューロン表面の反応性すなわち結合性を試験するために、成体マウス脳の器官型脳切片培養物MBOCsを希釈したヒト血清を含むまたは含まない雰囲気において最長72時間保持した。MBOCsは成体脳の組織学的構造を最長数週間適切な条件下で保持し、外因性、溶解性のAβ42ペプチドを吸収、蓄積するニューロンを含むことが示されたBahretal.1998;Harris―Whiteetal.1998;Malouf1992Stoppinietal.1991。MBOCs中のヒトIgGのニューロンへの結合は、抗ヒトIgG抗体を使用した免疫組織化学によって検出された。血清で処理した対照が内在性のIgG免疫活性を示さなかった一方、培地でのヒト血清の添加は生体成体マウスのニューロンを強く選択的にIgG免疫標識するという結果になった。ヒト血清処理したMBOCs中のIgG免疫染色バックグラウンドのパターンは、樹状突起物および/またはシナプス結合もまたIgG活性であるかもしれないことを示唆している。上記の死後のヒトAD脳にみられるように、MBOCsの大脳皮質の錐体ニューロンは一貫してもっとも強く免疫活性な細胞であった。実施例6外因性Aβ42の内在化への自己抗体の影響本実施例では、ウエスタンブロット法と免疫組織化学調製において上で示した脳組織において上で実証したとおり、ヒト血清中の抗体と齧歯類脳のタンパク質との交差反応性の特性を用いる。MBOCsを他の血清を含まない培地に1:50で希釈した個々のヒト血清サンプルの存在下または不存在下において100nMAβ42中で1,3,24,48および72時間処理し、ニューロン内のAβ42の相対量を24時間処理したMBOCsについて画像解析を使用して定量した。100nMAβ42のみで24時間処理したMBOCsはヒトIgG免疫染色を示さず、ほんのわずかにAβ42免疫活性を示した。100nMAβ42のみで24時間処理したMBOCsは全くヒトIgG免疫染色を示さず、ほんのわずかにAβ42免疫活性を示すだけだった。一方で、MBOCsがヒト血清自己抗体とAβ42ペプチドに24時間さらされると、錐体ニューロンを同じ時間だけAβ42ペプチドまたは血清のみで処理した対照よりも細胞内Aβ42蓄積量に劇的な増加がみられた。これらのニューロン内で、Aβ42陽性物質はニューロン周核体と樹状幹の近くに濃縮された高密度の細胞質顆粒に局在化した。処理後24時間後の加増解析を用いたMBOCs中のニューロン内Aβ42の層大量の測定によって100nMAβ42を含む培地中へのヒト血清の添加がAβ42だけで処理した細胞に対するニューロンAβ42免疫活性を何倍にも向上させることを明らかにした。MBOCsにおける細胞の大量死とAβ42負荷ニューロンの欠失についてのモルフォロジー的証拠は観察されなかった。実施例7ニューロン表面タンパク質を標的とする精製抗体による外因性Aβ42の内在化への影響ニューロン細胞表面、アルファ7ニコチンアセチルコリン受容体α7nAChR、およびグルタミン酸塩R2GluR2受容体上で豊富に発現することが知られる二つのニューロン受容体に対する市販の抗体でMBOCsを24時間処理した。両抗体はニューロン内Aβ42蓄積物の増加に効果があり、さらに錐体ニューロン選択的でありAβ42のみで処理した培養物にみられる水準よりもはるかに高水準である。IgGのニューロン細胞表面反応性が外因性Aβ42の内在化を向上させるために必要であるかどうかを調べるために、MBOCsを、100nMAβ42と共に、普通の細胞内タンパク質、ベータチューブリンで処理することも行った。ベータチューブリンでの処理では、100nMAβ42のみでの処理と同様のニューロンAβ42堆積水準という結果になった。実施例8ADに特徴的な自己抗体の識別ウエスタン分析以上に開示したように、ウエスタン分析を用いて個々のヒト血清中の脳反応性自己抗体の有無の生化学的確認を実施した。さらに、上記のようにヒトの自己抗体に対して免疫活性であるラット脳タンパク質を使用して、ADを持つ患者からの血清、年齢マッチングしたニューロン学的に普通の対照と若年健康個体の間で血清を比較した。推定分子量のみに基づくと、結果として得られる個々の標的タンパク質の分子量分布は、A.I.SolverSilversoftSolutionsというパターン認識コンピュータープログラムを用いて分析した。自己抗体標的タンパク質の分子量分布の特定のパターンの認識に基づくと、A.I.SolverはAD患者の血清を年齢マッチング調節した若年健康検体からのものと98の確率で区別した。この実施例は、血液中に、脳タンパク質標的抗原に結合するAD-特異的タンパク質抗体の存在を実証している。次に、タンパク質マイクロアレイ基板を使用し、効果的にAD診断することに役立つ自己抗体の特定の部分集合とそれらの標的タンパク質を特定するために使用した。マイクロアレイの製造特徴的な抗体の特定とタンパク質マイクロアレイ診断の効果の証明に用いられるタンパク質マイクロアレイ基板は、InvitrogenのProtoArrayHumanProteinMicroarrayv50であった。これはタンパク質と相互作用スクリーニングするための何千もの精製ヒトタンパク質を含む高密度なタンパク質マイクロアレイである。それぞれのヒトオープンリーディングフレームORFは、バキュロウイルス発現系を使用しており、昆虫細胞から精製され、ニトロセルロースコートされたガラススライド上に複製プリントされたN-末端GST融合タンパク質として発現する。診断上のニーズに最も合っているため、免疫応答性バイオマーカープロファイリングアプリケーションを使用した。すべての試薬と材料は直接Invitrogenを通じて購入した。推奨されるInvitrogenProtoArrayプロトコールは常に強固に結合し、全体を参照することにより組み込まれる。マイクロアレイスキャン前記タンパク質マイクロアレイは推奨されるAxonGenepix4000b撮像装置を使用してスキャンされた。個々のスライドを撮像装置に挿入し、100のレーザー強度、635nm励起波長、PMT600、および5μmピクセルサイズを使用してスキャンした。前記撮像装置をInvitrogenから入手したGenepixArrayListGALファイルと同期することにより画像からデータを抽出した。GALファイルはタンパク質マイクロアレイ上のすべてのスポットの場所を示し、同定し、またGenepixProsoftwareMolecularDevicesによって使用されアレイ上のすべての特徴についてのピクセル強度情報を含むファイルを生成する。GenepixProはさらに、テキストのみのスプレッドシートフォーマットのマイクロアレイ上のそれぞれのタンパク質スポットにつてのすべてのピクセル強度データをリスト化するGPRGenipixPixelResultsファイルを作成する。それが、データ分析のためにProspectorにインポートされたGPRファイルである。規格化前記マイクロアレイをAxonGenipix4000b撮像装置でスキャンすることにより個々のマイクロアレイデータを取得し、GenepixProソフトウェアで初期定量化を実施した後、そのデータをマイクロアレイ間で比較できるように規格化した。このために、Invitrogenの適正化ソフトウェア、Prospector;より詳しくは、免疫応答性BiomakerProfilingToolboxアプリケーションを使用した。それぞれのマイクロアレイのgprファイルをプログラムにインポートし、解析し、線形モデルに規格化した。線形モデルへのデータフィッティングはメジアンのようなMestimatorを用いて反復加重最小二乗法といった手法によるロバスト回帰を通して実施した。前記線形モデルは対数変換シグナルを使用して変動を見積もり、修正している。それぞれのスポットについて、スライドi=1,...ns,上サブアレイj=1,...,48中のタンパク質の特徴k=1,...,nfの複製r=1,2であり、次のモデルがフィットした:式中yijkはlog2スケールで観測されるシグナル、αはスライド効果、βjはサブアレー/ブロック効果プリンティングピン効果を含む、τkはタンパク質の特徴のtrueシグナル異なる濃度でプリントされた異なるタンパク質含有量、εijkrは誤差、εijkr~N0,σ2と過程する。対照タンパク質を使用してこれらの効果についての係数を見積もった後、それぞれのスポットについてその元となるスケールにおいて前記規格化したシグナルは以下のように計算される:規格化後、前記マイクロアレイデータを誤差と個々の変動に合わせて完全に調整し、形式的な解析を開始した。診断上の重篤度はこの調整されたデータから決定する。データ解析マイクロアレイ蛍光データの診断上の重要性を決定する方法として多くの一般に認められた方法がある。我々の結果の再現性と正確性を保証するために、データは3つの独立した明確な方法を用いて別々に3回解析した。前記方法はもっとも信頼でき、一貫して使用でき、また同様の研究において一般に使用されている方法から選択されている。前記方法は、M-StatisticalPrevalence法、NearestShrunkenCentroid法、RandomForestDecision―MakingTrees法である。これらそれぞれの偏りのない統計的定量化方法を生かすためにProspector,PAM,andR’sRandomForestをそれぞれ使用した。これらのプログラムによって前記タンパク質マイクロアレイデータを評価し、どのタンパク質がアルツハイマー病の診断に最も重要かを決定する。前記リストはそれぞれを完全に反映しており、ゆえにタンパク質マイクロアレイが正確な診断に有用であることを実証している。前記統計手法、関連するプログラム、および得られた結果を下に示す。M-統計解析GenepixProにより得られた前記生蛍光データを解釈し、規格化すると共に、Prospectorを使用し、それぞれのタンパク質の診断上の重要性を評価するために順に使用されるM-統計を生成した。要するに、M-統計を使用し、比較グループ内でのこの調査について観測された最も高いシグナル値よりも高いタンパク質のシグナル値を有する1グループ例えば、アルツハイマー対照における試験数を決定した。サイズnxのグループxと比較したサイズnyのグループyについての前記Mオーダー統計は次の式で与えられる:式中、xiは、該グループxのithの最大値、aboveとbetweenは計算パラメータである。p値はMi以上のM値を有する確率として計算される。Prospectorはもっとも低いp値のM統計を選択し、相当するp値とタンパク質保有率の推定と一緒に、このMmax値とオーダーを報告した。該値はMicrosoftExcelWorkbookフォーマットで見られ、フィルターをかけられグループ差の最も効果的な指標のリスト、つまりもっともよい診断上の標識となるタンパク質、を提供した。PAMマイクロアレイ予測解析タンパク質マイクロアレイ結果と得られたタンパク質の重要性を解釈する他の方法がPAM、またはマイクロアレイ予測解析である。PAMはNearestShrunkenCentroid法を使用するクラス予測のための統計手法である。これはMicrosoftExcelMacroで動作し、マイクロアレイ結果の同定に広く使用されてきたTibshiranietal2002ProcNatlAcadSciUSA99:6567-6572。前記プログラムは、それぞれのクラスをもっともよく同定し、ゆえに重要な診断上の指標として利用される蛍光データの特定の部分集合を同定するのに使用された。要するに、前記手法はそれぞれのクラスの標準化重心を計算した。これはそのタンパク質についてのクラス内標準偏差によって分けられたそれぞれのクラス内のタンパク質についての平均蛍光である。重心は収縮したつまり閾値で約分され、誤差と異常値を減らしている。それぞれ新しいサンプルの前記マイクロアレイ蛍光はそれぞれの収縮クラス重心と比較され、最も近い重心が、距離の二乗で、最も近いクラスが新たなサンプルとして予測されるクラスであった。この情報に基づくと、PAMは診断上の重要度順に提示されたタンパク質のリストを生成した。PAMを使用し、表6で以下に示した対照の血清とアルツハイマー病の血清を区別する上で重要な上位50種のタンパク質のリストを生成した。RandomForest結果を確認するために使用した第三の定量法はRandomForestである。これはオープンソースの分類アルゴリズムであり、Rを通り、これは意思決定木を使う。これら分類の木それぞれはデータのブートストラップサンプルを用いて構築され、それぞれの分かれ目で変数の候補集合はランダム部分集合であった。RandomForestは様々な優位性のいくつかの量を直接返し、分類における変数の関連度合に関係していた。ゆえに、このケースにおいて、それは特定の診断に対する、タンパク質の相対的な重要性の評価を提供した。もっとも信頼できる方法は、木の結節における変数の値がランダムに順番を入れ替えたときに分類の正確さが低下することに基づいており、これは変化する重要度の測定であった。変数の重要性の他の評価方法はGini不純物に基づくものであった。毎回、結節の分かれ目は、親結節よりも小さいその二つの子孫結節の前記Gini不純物の指標である変数m上につくった。森のすべての木上のそれぞれの各変数についての前記Giniの減少を加え合わせたものは、順列の重要性を図る方法としばしば非常に一致する。前記マイクロアレイ上のそれぞれのタンパク質スポットの前記相対蛍光単位値は、GenepixProとProspectorによって計算されたとおりに、RandomForestにインポートした。前記予測モデルをRパッケージとすべての初期設定を使用して実行し、最良のマイクロアレイ分析結果は除いた。平均のバグによる誤差の計算値がほんの6.67であるため、前記アルゴリズムは、上記の評価方法に基づいてタンパク質の重要性を迅速に評価することができた。結果三つの異なる、偏りのない統計方法を使用して、マイクロアレイデータ中の個々の自己抗体の診断上の重要性を評価した、そしてそれらはそれぞれをほぼ完全に反映した。前記3つの結果リストは診断上重要な同じ自己抗体を考慮し、それらを同じ重要性とした。3つすべてに共通する結論は非常に信頼できる。アルツハイマー病の指標として使用できる自己抗体を含む、これらの方法によって決定されたすべてのタンパク質抗原のリストは、下に表7で示した。タンパク質識別番号、オープンリーディングフレーム番号、それぞれのタンパク質に共通の番号、その病状の特定、およびMー統計によって計算された相対p値が含まれている。特定された指標の小さな部分集合を使用することにより、ADを非常に効率よく診断することができた。表4に示した20のタンパク質マイクロアレイ蛍光値を使用してブラインドサンプルをアルツハイマー患者または対照として分類した。次の式を用いて、それぞれの診断指標の閾値を計算した:診断指標の閾値を越える診断指標の蛍光値は陽性の結果として記録される。表4の抗原を使用した時に、可能性がある20の診断指標のうちの4つ以上に陽性結果があることは、そのサンプルがアルツハイマー病患者からのものであることを高い確率で示している。可能性がある20の診断指標のうちの4つ未満の陽性結果は、サンプルが健康な対照からのものであることを高い確率で示している図1参照。この診断ロジックを伴う初期の結果は次の通りである:アルツハイマー病AD対すべての対照表4の20の生物指標図1参照N=90AD50,対照40全誤差率:4.44実施例9アルツハイマー病の診断統計的多重分析プログラムProspector,PAM,RandomForestによって非常に重要と評価され、単一基板でよく機能した20種の抗体とそれぞれの抗原を選択した。前記抗体を表8にリスト化した。これら20種の生物標識表4と表8にリスト化されたと上で説明した単純な診断上のロジックを使用することにより、アルツハイマー病の血清サンプルと対照血清サンプルを95以上の効率で識別することができた。また表3のうちわずか4つの生物標識を使用することによって正確に診断をすることも可能である。これらの診断指標の診断効率をAD、ミニメンタルステート試験MMSEAD、高MMSEADについて評価した。結果を以下に示す。アルツハイマー病AD対すべての対照RandomForest:N=90AD50,対照40全誤差率:7.78マイクロアレイ予測解析PAM:N=90AD50,対照40全誤差率:7.8低MMSEAD対すべての対照低MMSEADサンプルはMMSE<15であるRandomForest:N=55低MMSEAD15,対照40全誤差率:7.26マイクロアレイ予測解析PAM:N=30低MMSEAD15,対照15全誤差率:9.9高MMSEAD対すべての対照高MMSEAD,対照40全誤差率:10.67マイクロアレイ予測解析PAM:N=70高MMSEAD35,対照35全誤差率:12.8表3と5にリストされた生物標識の組合せ全部で9個の診断指標を用い、ADとパーキンソン病の診断の効率の評価も実施した。結果を以下に示した。アルツハイマー病AD対パーキンソン病PKRandomForest:N=79AD29,対照29全誤差率:12.07マイクロアレイ予測解析PAM:N=58AD29,対照29全誤差率:12.0表4の20種の抗原を使用すると95以上の正確性をもって、また表3の4種の抗体を使用すると90以上の正確性を持って、ADと対照を識別することができると断定されたが、わずかこれら4種の指標ではアルツハイマー病と、パーキンソン病のような他の神経変性疾患の正確な識別は可能とならなかった。正確な識別には表5の抗原を含むことが必要である。しかし、実際には、この識別はしばしば必要とされない、というのはアルツハイマーと疑われる疾患を有する患者は記憶および認知障害を有している一方、初期のパーキンソン病患者には認知および/または記憶障害の訴えを伴わない震えがもっともよくみられるためである。ここに引用したすべての参考文献はそれらの全体を参照することにより組み込まれている。"