"下記工程を含むことを特徴とするROS1キナーゼ領域を含む融合遺伝子又は該融合遺伝子によってコードされる融合タンパク質の検出方法:被験者から得た試料中の、SDC4、EZR、LRIG3、又はTPM3とROS1との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド又は該ポリペプチドの存在を検出する工程。被験者から得た試料中の、以下のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド又は該ポリペプチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、ROS1キナーゼ領域を含む融合遺伝子又は該融合遺伝子によってコードされる融合タンパク質の検出方法:配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドである、請求項2に記載の方法。前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項2に記載の方法。被験者から得た試料中の、前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、請求項1~4のいずれか1項に記載の融合遺伝子の検出方法。SDC4、EZR、LRIG3、又はTPM3とROS1との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ROS1遺伝子キナーゼ領域を含む融合遺伝子の検出用キット。以下のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ROS1遺伝子キナーゼ領域を含む融合遺伝子の検出用キット:配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドである、請求項7に記載のキット。前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項7に記載のキット。SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3をコードする部分から設計されるセンスプライマー及びROS1をコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは請求項1~4のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなり、センスプライマーは請求項1~4のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸分子からなるプライマーセット。SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、下記a~hからなる群より選択されるプライマーセット:a配列番号1に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、b配列番号3に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、c配列番号5に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、d配列番号7に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、e配列番号9に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、f配列番号11に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、g配列番号13に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、及びh配列番号15に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット。配列番号1の塩基番号1から199間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号1の塩基番号200から1995間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。配列番号3の塩基番号1から445間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号3の塩基番号446から2241間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。配列番号5の塩基番号1から445間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号5の塩基番号446から1932間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。配列番号7の塩基番号1から625間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号7の塩基番号626から2421間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。配列番号9の塩基番号1から1090間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号9の塩基番号1091から2577間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。配列番号11の塩基番号1から2026間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号11の塩基番号2027から3822間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。配列番号13の塩基番号1から2695間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号13の塩基番号2696から4098間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。配列番号15の塩基番号1から775間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号15の塩基番号776から2178間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。本発明の課題は、癌の新たな原因遺伝子であるポリヌクレオチドを解明し、これにより、当該ポリヌクレオチド又はそれがコードするポリペプチドの検出方法、及びそのためのキット及びプライマーセットを提供することにある。本発明者は、肺癌患者から得た検体から、各種遺伝子SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、TPM3の一部と、キナーゼであるROS1遺伝子の一部とが融合した新規の融合遺伝子を単離同定し実施例3、これらの融合遺伝子が肺癌患者検体に存在すること実施例5及び実施例6、また、これらの融合遺伝子が腫瘍形成能を有し、癌の原因遺伝子であることを見出した実施例4。本発明者は、これらの知見から、これらの融合遺伝子およびそれにコードされる融合タンパク質の検出方法を構築し実施例5及び実施例6、そのためのキット及びプライマーセットを提供し、これらの融合遺伝子を検出することにより、ROS1阻害薬物治療の対象となる癌患者を選別することを可能とした。本発明は、[1]下記工程を含むことを特徴とするROS1キナーゼ領域を含む融合遺伝子又は該融合遺伝子によってコードされる融合タンパク質の検出方法:被験者から得た試料中の、SDC4、EZR、LRIG3、又はTPM3とROS1との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド又は該ポリペプチドの存在を検出する工程、[2]被験者から得た試料中の、以下のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド又は該ポリペプチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、ROS1キナーゼ領域を含む融合遺伝子又は該融合遺伝子によってコードされる融合タンパク質の検出方法:配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、[3]前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドである、[2]の方法、[4]前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、[2]の方法、[5]被験者から得た試料中の、前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、[1]~[4]のいずれかの融合遺伝子の検出方法、[6]SDC4、EZR、LRIG3、又はTPM3とROS1との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ROS1遺伝子キナーゼ領域を含む融合遺伝子の検出用キット、[7]以下のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、ROS1遺伝子キナーゼ領域を含む融合遺伝子の検出用キット:配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、[8]前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドである、[7]のキット、[9]前記ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、[7]のキット、[10]SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3をコードする部分から設計されるセンスプライマー及びROS1をコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは[1]~[4]のいずれかのポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなり、センスプライマーは[1]~[4]のいずれかのポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸分子からなるプライマーセット、[11]SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、下記a~hからなる群より選択されるプライマーセット:a配列番号1に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、b配列番号3に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、c配列番号5に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、d配列番号7に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、e配列番号9に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、f配列番号11に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、g配列番号13に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、及びh配列番号15に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、[12]配列番号1の塩基番号1から199間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号1の塩基番号200から1995間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット、[13]配列番号3の塩基番号1から445間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号3の塩基番号446から2241間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット、[14]配列番号5の塩基番号1から445間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号5の塩基番号446から1932間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット、[15]配列番号7の塩基番号1から625間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号7の塩基番号626から2421間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット、[16]配列番号9の塩基番号1から1090間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号9の塩基番号1091から2577間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット、[17]配列番号11の塩基番号1から2026間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号11の塩基番号2027から3822間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット、[18]配列番号13の塩基番号1から2695間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号13の塩基番号2696から4098間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット、[19]配列番号15の塩基番号1から775間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号15の塩基番号776から2178間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とするROS1キナーゼ領域を含む融合遺伝子陽性の癌特には肺癌の存在の検出方法;被験者から得た試料中の、下記1乃至3に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程、1配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/又は挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とするROS1キナーゼ領域を含む融合遺伝子陽性の癌特には肺癌の診断方法;被験者から得た試料中の、下記1乃至3に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程、1配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/又は挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とする癌特には肺癌の存在の検出方法;被験者から得た試料を鋳型とし、請求項6乃至請求項13に記載された前記プライマーセットを用いてPCRを行う工程、PCR産物の存在を検出する工程、に関する。また、本発明は、以下工程を含むことを特徴とする、染色体の再構成genomicrearrangementを検出する方法;被験者から得た試料中の、下記1乃至3に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程、1配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、若しくは配列番号16で表されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/又は挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。さらに、本発明は、以下工程を含むことを特徴とする、染色体の再構成genomicrearrangementを検出する方法;i被験者から得た試料並びにiiSDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3をコードする5’側ゲノム領域を含む標識プローブ及びiiiROS1をコードする3’ゲノム領域を含む蛍光標識プローブを用い、インサイチュハイブリダイゼーションを行う工程、前記標識のシグナルの重なりを検出する工程に関する。本発明の検出方法は、SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3の各遺伝子と、ROS1遺伝子との融合遺伝子陽性の癌特には肺癌を検出する方法として利用できる。また、本発明の検出方法は、染色体の再構成を検出する方法として利用できる。また、本発明の検出方法によれば、ROS1阻害剤の適用対象者であるか否かを鑑別することができる。本発明の検出用キット及びプライマーセットは、本発明の検出方法に用いることができる。《本発明の検出方法》本発明の検出方法には、融合遺伝子の検出方法と、前記融合遺伝子によってコードされる融合タンパク質の検出方法とが含まれる。以下、融合遺伝子の検出方法について説明し、その後、融合タンパク質の検出方法について説明する。本発明における融合遺伝子の検出方法は、被験者から得た試料中の、特定のポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含む。被験者から得た試料としては、被験者からの採取物生体から分離した試料、具体的には、任意の採取された体液好ましくは血液、肺胞気管支洗浄液、生検された試料、喀痰試料を用いるが、好適には、被験者の肺患部の生検試料又は喀痰試料を用いる。試料からゲノムDNAを抽出して用いることができ、またその転写産物ゲノムが転写及び翻訳される結果生じる産物;例えばmRNA、cDNA、蛋白質を用いることができる。特にはmRNA又はcDNAを調製して用いることが好ましい。融合遺伝子の検出方法における特定ポリヌクレオチドの存在を検出する工程において、その検出対象となるポリヌクレオチド以下、検出対象ポリヌクレオチドと称するは、ROS1キナーゼ領域を含む融合遺伝子である。ROS1キナーゼ領域を含む融合遺伝子は、ASDC4、EZR、LRIG3、又はTPM3の一部とROS1の一部との融合タンパク質であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド好ましくは、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン2までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン4までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン4までとROS1遺伝子のエクソン34からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、EZR遺伝子の開始コドンATGからエクソン10までとROS1遺伝子のエクソン34からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、LRIG3遺伝子の開始コドンATGからエクソン16までとROS1遺伝子のエクソン35からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、及び、TPM3遺伝子の開始コドンATGからエクソン8までとROS1遺伝子のエクソン35からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、並びに、BCD74遺伝子の開始コドンATGからエクソン6までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、及びSLC34A2遺伝子の開始コドンATGからエクソン13までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、のことをいう。ROS1キナーゼ領域を含む融合遺伝子としては、下記i乃至iiiに記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが特に好ましい。i配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/又は挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド以下、機能的等価改変体と称する、ii配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド以下、相同ポリペプチドと称する、並びに、iii配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド。配列番号2で表されるアミノ酸配列は、配列番号1で表される塩基配列によりコードされる配列である。また、配列番号1で表される塩基配列は、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン2までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなる。配列番号1で表される塩基配列の内、塩基番号1~199の配列はSDC4遺伝子に由来し、塩基番号200~1995の配列はROS1遺伝子に由来する。以下、配列番号1で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドをSDC4ex2-ROS1ex32と称する。配列番号4で表されるアミノ酸配列は、配列番号3で表される塩基配列によりコードされる配列である。また、配列番号3で表される塩基配列は、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン4までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなる。配列番号3で表される塩基配列の内、塩基番号1~445の配列はSDC4遺伝子に由来し、塩基番号446~2241の配列はROS1遺伝子に由来する。以下、配列番号3で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドをSDC4ex4-ROS1ex32と称する。配列番号6で表されるアミノ酸配列は、配列番号5で表される塩基配列によりコードされる配列である。また、配列番号5で表される塩基配列は、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン4までとROS1遺伝子のエクソン34からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなる。配列番号5で表される塩基配列の内、塩基番号1~445の配列はSDC4遺伝子に由来し、塩基番号446~1932の配列はROS1遺伝子に由来する。以下、配列番号5で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドをSDC4ex4-ROS1ex34と称する。配列番号8で表されるアミノ酸配列は、配列番号7で表される塩基配列によりコードされる配列である。また、配列番号7で表される塩基配列は、CD74遺伝子の開始コドンATGからエクソン6までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなる。配列番号7で表される塩基配列の内、塩基番号1~625の配列はCD74遺伝子に由来し、塩基番号626~2421の配列はROS1遺伝子に由来する。以下、配列番号7で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドをCD74ex6-ROS1ex32と称する。配列番号10で表されるアミノ酸配列は、配列番号9で表される塩基配列によりコードされる配列である。また、配列番号9で表される塩基配列は、EZR遺伝子の開始コドンATGからエクソン10までとROS1遺伝子のエクソン34からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなる。配列番号9で表される塩基配列の内、塩基番号1~1090の配列はEZR遺伝子に由来し、塩基番号1091~2577の配列はROS1遺伝子に由来する。以下、配列番号9で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドをEZRex10-ROS1ex34と称する。配列番号12で表されるアミノ酸配列は、配列番号11で表される塩基配列によりコードされる配列である。また、配列番号11で表される塩基配列は、SLC34A2遺伝子の開始コドンATGからエクソン13までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなる。配列番号11で表される塩基配列の内、塩基番号1~2026の配列はSLC34A2遺伝子に由来し、塩基番号2027~3822の配列はROS1遺伝子に由来する。以下、配列番号11で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドをSLC34A2ex13-ROS1ex32と称する。配列番号14で表されるアミノ酸配列は、配列番号13で表される塩基配列によりコードされる配列である。また、配列番号13で表される塩基配列は、LRIG3遺伝子の開始コドンATGからエクソン16までとROS1遺伝子のエクソン35からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなる。配列番号13で表される塩基配列の内、塩基番号1~2695の配列はLRIG3遺伝子に由来し、塩基番号2696~4098の配列はROS1遺伝子に由来する。以下、配列番号13で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドをLRIG3ex16-ROS1ex35と称する。配列番号16で表されるアミノ酸配列は、配列番号15で表される塩基配列によりコードされる配列である。また、配列番号15で表される塩基配列は、TPM3遺伝子の開始コドンATGからエクソン8までとROS1遺伝子のエクソン35からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなる。配列番号15で表される塩基配列の内、塩基番号1~775の配列はTPM3遺伝子に由来し、塩基番号776~2178の配列はROS1遺伝子に由来する。以下、配列番号15で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドをTPM3ex8-ROS1ex35と称する。機能的等価改変体としては、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列において、1~10個、好ましくは1~数個、更に好ましくは1~7個、最も好ましくは1~5個のアミノ酸が置換、欠失、及び/又は挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチドが好ましく、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチドが特に好ましい。相同ポリペプチドは、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチドであるが、該同一性が、好ましくは95以上、更に好ましくは98以上であるアミノ酸配列を含むポリペプチドが好ましい。なお、本明細書における前記同一性とは、NEEDLEprogramJMolBiol197048443453検索によりデフォルトで用意されているパラメータを用いて得られた値Identityを意味する。前記のパラメータは以下のとおりである。Gappenalty=10Extendpenalty=0.5Matrix=EBLOSUM62あるポリペプチドが腫瘍形成能を有することは、実施例4の方法で確認する。具体的には、当該ポリペプチドを発現するプラスミドを導入した宿主3T3繊維芽細胞をヌードマウスの皮下に接種し、腫瘍形成の有無で判断する方法で確認する。本発明の検出方法における検出対象ポリヌクレオチドとしては、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列を含み、しかも、腫瘍形成能を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが好ましく、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、又は配列番号16で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが最も好ましい。本発明のポリヌクレオチドの検出方法におけるポリヌクレオチドの存在を検出する工程は、被験者から得た試料のゲノム中の検出対象ポリヌクレオチド融合点を含むゲノム配列の存在を検出すること、あるいは、被験者から得た試料から抽出したゲノムDNAの転写産物例えばmRNA又はcDNAを調製し、検出対象ポリヌクレオチドに対応するmRNA又はcDNAの存在を検出することにより実施する。ゲノムDNAの抽出は公知の方法で行うことができ、市販のDNA抽出キットを用いて簡便に行うことができる。検出工程は公知の遺伝子解析法例えば遺伝子検出法として常用されるPCR,LCRLigasechainreaction、SDAStranddisplacementamplification、NASBANucleicacidsequencebasedamplification、ICANIsothermalandchimericprimerinitiatedamplificationofnucleicacids、LAMPLoopmediatedisothermalamplification法、TMA法GenProbe’sTMAsystem、インサイチュハイブリダイゼーション法、更にマイクロアレイなど周知の方法に従って実施することができる。例えば、検出対象ポリヌクレオチドにハイブリダイズする核酸をプローブとしたハイブリダイゼーション技術、又は、検出対象ポリヌクレオチドにハイブリダイズするDNAをプライマーとした遺伝子増幅技術等を利用する。具体的には、被験者から得た試料由来の核酸、例えばmRNA等を用いて測定する。mRNA量の測定は、検出対象ポリヌクレオチド配列を特異的に増幅できるように設計したプライマーを用いて遺伝子増幅反応方法にて測定する。本発明の検出方法に用いられるプライマー、又は、検出用キットに含まれるプライマーは、検出対象ポリヌクレオチド配列を特異的に増幅できるものであれば、特には限定されず、検出対象ポリヌクレオチドの塩基配列に基づいて設計する。PCR増幅モニター法におけるプライマー設計は、プライマー設計ソフトウェア例えば、PrimerExpressPEBiosystemsなどを利用してできる。また、PCR産物のサイズが大きくなると増幅効率が悪くなるため、センスプライマーとアンチセンスプライマーは、mRNA又はcDNAを対象に増幅したときの増幅産物の大きさが1kb以下になるように設定するのが適切である。より具体的には、センスプライマー5’-プライマーをSDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3をコードする部分例えば、SDC4-ROS1、CD74-ROS1、EZR-ROS1、SLC34A2-ROS1、LRIG3-ROS1、TPM3-ROS1特には、SDC4ex2-ROS1ex32、SDC4ex4-ROS1ex32、SDC4ex4-ROS1ex34、CD74ex6-ROS1ex32、EZRex10-ROS1ex34、SLC34A2ex13-ROS1ex32、LRIG3ex16-ROS1ex35、TPM3ex8-ROS1ex35の各融合ポリヌクレオチド特にはcDNAのSDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3の各遺伝子領域内の任意の部分から、アンチセンスプライマー3’-プライマーをROS1をコードする部分例えば、前記の各融合ポリヌクレオチド特にはcDNA中のROS1遺伝子領域内の任意の部分から設計する。好ましくは、本発明の検出用キットに含まれるプライマーを用い、更に好ましくは、検出用キットに最も好適に含まれるプライマーを用いる。PCR増幅モニター法では、各遺伝子に対応した上記センスプライマーを混ぜることにより、1反応液により全ての融合ポリヌクレオチドを検出するマルチプレックスPCRMultiplexPCRを設計することもできる。各増幅技術に適した方法によって目的とした遺伝子全体又はその特異的部分が増幅されたか否かを確認することができる。例えば、PCR法では、PCR産物をアガロースゲル電気泳動によって分析し、エチジウムブロマイド染色等によって目的とするサイズの増幅断片が得られたか否かを確認できる。目的とするサイズの増幅断片が得られた場合は、被験者から得た試料において、検出対象ポリヌクレオチドが存在していたことになる。このように、検出対象ポリヌクレオチドの存在を検出することができる。本発明の融合遺伝子の検出方法としては、被験者から得た試料中の、特定のポリヌクレオチドの存在を遺伝子増幅反応により検出する工程に加え、さらに目的とするサイズの増幅断片が得られたか否かを検出する工程を含むことが好ましい。ハイブリダイゼーション技術を利用した検出は、例えば、ノーザンハイブリダイゼーション、ドットブロット法、DNAマイクロアレイ法、RNAプロテクション法などを使用して行う。ハイブリダイゼーションに用いるプローブとしては、検出対象ポリヌクレオチド又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下で好ましくはよりストリンジェントな条件下でハイブリダイズする連続した少なくとも32塩基の核酸分子であって、融合点を中心にその上流及び下流のそれぞれ16塩基からなる配列具体的には、配列番号1で表される塩基配列の第184番~第215番第199番/第200番、配列番号3で表される塩基配列の第430番~第461番第445番/第446番、配列番号5で表される塩基配列の第430番~第461番第445番/第446番、配列番号7で表される塩基配列の第610番~第641番第625番/第626番、配列番号9で表される塩基配列の第1075番~第1106番第1090番/第1091番、配列番号11で表される塩基配列の第2011番~第2042番第2026番/第2027番、配列番号13で表される塩基配列の第2680番~第2711番第2695番/第2696番、配列番号15で表される塩基配列の第760番~第791番第775番/第776番。なお、括弧内の塩基番号は融合点を示す。、又はそれらの相補鎖を含むプローブを用いることができる。インサイチュハイブリダイゼーション技術を利用した検出は、公知のFISH法fusionassayに従って実施することができる。または、クロモジェニックインサイチュハイブリダイゼーションCISH法とシルバーインサイチュハイブリダイゼーションSISH法を組み合わせたヒュージョンアッセイで実施することができる。好適には、実施例6に記載のFISH法fusionassayで検出することができる。なお、本明細書における融合点とは、SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3の各遺伝子由来の部分とROS1遺伝子由来の部分とが融合した点を意味する。また、本明細書におけるストリンジェントな条件とは、ハイブリダイゼーションのための条件として、5×SSPE、5×Denhardt’s液、0.5SDS、50ホルムアミド、200μg/mL鮭精子DNA、42°Cオーバーナイト、洗浄のための条件として、0.5×SSC、0.1SDS、42°Cの条件である。よりストリンジェントな条件とは、ハイブリダイゼーションのための条件として、5×SSPE、5×Denhardt’s液、0.5SDS、50ホルムアミド、200μg/mL鮭精子DNA、42°Cオーバーナイト、洗浄のための条件として、0.2×SSC、0.1SDS、65°Cの条件である。さらには、RT-PCR等の遺伝子増幅技術を利用することができる。RT-PCR法においては、遺伝子の増幅過程においてPCR増幅モニターリアルタイムPCR法GenomeRes69861996を用いることにより、検出対象ポリヌクレオチドの存在について、より定量的な解析を行うことが可能である。PCR増幅モニター法としては、例えば、ABIPRISM7900PEバイオシステムズ社を用いることが出来る。リアルタイムPCRは公知の方法であり、そのための装置およびキットは市販されており、これらを利用して簡便に行える。本発明における融合タンパク質の検出方法は、被験者から得た試料における、特定のポリペプチド、すなわち、検出対象ポリヌクレオチドにコードされるポリペプチド以下、検出対象ポリペプチドと称するの存在を検出する工程を含む。このような検出する工程は、被験者から得た試料例えば、被験者から得た癌組織や細胞由来の可溶化液を調製し、その中に含まれる検出対象ポリペプチド例えば、SDC4-ROS1、CD74-ROS1、EZR-ROS1、SLC34A2-ROS1、LRIG3-ROS1、TPM3-ROS1の各融合ポリペプチド、特には、SDC4ex2-ROS1ex32、SDC4ex4-ROS1ex32、SDC4ex4-ROS1ex34、CD74ex6-ROS1ex32、EZRex10-ROS1ex34、SLC34A2ex13-ROS1ex32、LRIG3ex16-ROS1ex35、TPM3ex8-ROS1ex35の各融合ポリペプチドを、SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3に対する抗体と、抗ROS1抗体とを組み合わせることによる免疫学的測定法又は酵素活性測定法等により実施できる。好適には、検出対象ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体又はポリクローナル抗体を用いた、酵素免疫測定法、2抗体サンドイッチELISA法、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法、ウェスタンブロッティング法等の手法を用いることができる。より具体的には、検出対象ポリペプチドが存在している可能性のある細胞の細胞抽出液に対し、SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3に対する抗体で免疫沈降を行い、その沈降物に対して抗ROS1抗体で検出することで、検出対象ポリペプチドの存在を検出することができる。前記免疫沈降において、抗ROS1抗体で免疫沈降し、SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3に対する抗体で検出するのでも良い。上記の通り、免疫沈降と検出をした後、更には、検出抗体により、検出したポリペプチドが目的の検出対象ポリペプチドの大きさであることを確認することが好ましい。この検出に用いる抗体は、SDC4に関してはエクソン1からエクソン4好ましくはエクソン1からエクソン2、CD74に関してはエクソン1からエクソン6、EZRに関してはエクソン1からエクソン10、SLC34A2に関してはエクソン1からエクソン13、LRIG3に関してはエクソン1からエクソン16、又はTPM3に関してはエクソン1からエクソン8、ROS1に関してはエクソン32からエクソン43好ましくはエクソン34からエクソン43、より好ましくはエクソン35からエクソン43までの範囲のポリペプチドに特異的に結合できる抗体であればどれでもよく、モノクローナル抗体であってもポリクローナル抗体であってもよい。本発明の検出方法における検出対象ポリヌクレオチド又は検出対象ポリペプチドが、被験者から得た試料から検出された場合は、当該被験者は、当該ポリヌクレオチド陽性の癌を有する対象患者であり、ROS1阻害剤による治療の適用対象となる。《本発明の検出用キット、本発明のプライマーセット》本発明の検出用キットには、少なくとも、本発明の検出方法における検出対象ポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンス及びアンチセンスプライマーが含まれる。センス及びアンチセンスプライマーセットは、検出対象ポリヌクレオチド増幅用のプライマーとして機能するポリヌクレオチドのセットである。SDC4遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子とは、SDC4遺伝子の一部とROS1遺伝子の一部とが融合した遺伝子SDC4-ROS1と称する好ましくは、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン2までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン4までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、及び、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン4までとROS1遺伝子のエクソン34からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、EZR遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子とは、EZR遺伝子の一部とROS1遺伝子の一部とが融合した遺伝子EZR-ROS1と称する好ましくは、EZR遺伝子の開始コドンATGからエクソン10までとROS1遺伝子のエクソン34からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、LRIG3遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子とは、LRIG3遺伝子の一部とROS1遺伝子の一部とが融合した遺伝子LRIG3-ROS1と称する好ましくは、LRIG3遺伝子の開始コドンATGからエクソン16までとROS1遺伝子のエクソン35からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチド、TPM3遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子とは、TPM3遺伝子の一部とROS1遺伝子の一部とが融合した遺伝子TPM3-ROS1と称する好ましくは、TPM3遺伝子の開始コドンATGからエクソン8までとROS1遺伝子のエクソン35からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドのことをいう。CD74遺伝子の一部とROS1遺伝子の一部とが融合した遺伝子CD74-ROS1と称するとは、CD74遺伝子の開始コドンATGからエクソン6までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドのことをいう。SLC34A2遺伝子の一部とROS1遺伝子の一部とが融合した遺伝子SLC34A2-ROS1と称するとは、SLC34A2遺伝子の開始コドンATGからエクソン13までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドのことをいう。SDC4-ROS1、CD74-ROS1、EZR-ROS1、SLC34A2-ROS1、LRIG3-ROS1、又はTPM3-ROS1によってコードされる融合タンパク質を、それぞれ、SDC4とROS1との融合タンパク質、CD74とROS1との融合タンパク質、EZRとROS1との融合タンパク質、SLC34A2とROS1との融合タンパク質、LRIG3とROS1との融合タンパク質、TPM3とROS1との融合タンパク質という。本発明のプライマーセットには、1SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3をコードする部分から設計されるセンスプライマー及びROS1をコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、SDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、又はTPM3遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、アンチセンスプライマーは検出対象ポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下好ましくは、よりストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子好ましくは、少なくとも16塩基の核酸分子からなり、センスプライマーは検出対象ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件好ましくは、よりストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子好ましくは、少なくとも16塩基の核酸分子からなるプライマーセットが含まれる。また、前記プライマーセット1のより具体的な態様として、本発明のプライマーセットには、以下の2~9のプライマーセットが含まれる。2配列番号1SDC4ex2-ROS1ex32の塩基番号1から199間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー好ましくは配列番号34及び配列番号1の塩基番号200から1995間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー好ましくは配列番号31のプライマーセット。3配列番号3SDC4ex4-ROS1ex32の塩基番号1から445間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー好ましくは配列番号34及び配列番号3の塩基番号446から2241間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー好ましくは配列番号31のプライマーセット。4配列番号5SDC4ex4-ROS1ex34の塩基番号1から445間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー好ましくは配列番号34及び配列番号5の塩基番号446から1932間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー好ましくは配列番号31のプライマーセット。5配列番号7CD74ex6-ROS1ex32の塩基番号1から625間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー好ましくは配列番号35及び配列番号7の塩基番号626から2421間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー好ましくは配列番号31のプライマーセット。6配列番号9EZRex10-ROS1ex34の塩基番号1から1090間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー好ましくは配列番号36及び配列番号9の塩基番号1091から2577間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー好ましくは配列番号33のプライマーセット。7配列番号11SLC34A2ex13-ROS1ex32の塩基番号1から2026間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー好ましくは配列番号37及び配列番号11の塩基番号2027から3822間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー好ましくは配列番号31のプライマーセット。8配列番号13LRIG3ex16-ROS1ex35の塩基番号1から2695間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー好ましくは配列番号38及び配列番号13の塩基番号2696から4098間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー好ましくは配列番号32のプライマーセット。9配列番号15TPM3ex8-ROS1ex35の塩基番号1から775間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー好ましくは配列番号39及び配列番号15の塩基番号776から2178間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマー好ましくは配列番号31のプライマーセット。これらのプライマーセット1~9においては、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーの選択位置の間隔が1kb以下であるか、あるいは、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーにより増幅される増幅産物の大きさが1kb以下であることが好ましい。また、本発明のプライマーは、通常、15~40塩基、好ましくは16~24塩基、更に好ましくは18~24塩基、特に好ましくは20~24塩基の鎖長を有する。本発明のプライマーセットは、本発明の検出方法において、検出対象ポリヌクレオチドを増幅及び検出するために用いることができる。また、本発明のプライマーセットに含まれる各プライマーは、特に限定されるものではないが、例えば、化学合成法によって製造することができる。以下、実施例によって本発明を具体的に説明するが、これらは本発明の範囲を限定するものではない。[実施例1]臨床検体でのROS1遺伝子異常のFISH法による検出目的遺伝子の5’領域および3’領域を異なる色素で染め、遺伝子の転座を観察する方法が知られている。FISH法の一種であるこの方法はスプリットアッセイsplitassayと呼ばれている。スプリットアッセイでは、染色体転座を調べたい目的遺伝子の5’領域および3’領域のそれぞれを異なる蛍光色素で標識したプローブで染める。例えば、テキサスレッドTexasRed赤標識およびFITC緑標識した2種類のプローブにて蛍光標識することにより、正常な場合は2つの黄色のシグナル緑色と赤色のシグナルが近傍に存在している状態として検出され、転座または逆位が起きている場合は、離れた緑色と赤色のシグナルとして検出される。臨床検体でのROS1遺伝子異常をFISH法スプリットアッセイで検出した。手術により摘出され、20ホルマリンで固定化されパラフィンに包埋された肺癌組織を4μmの厚さで切り、グラススライド上に乗せ病理切片を作製した。FISH法は文献TakeuchiKChoiYLSodaMInamuraKTogashiYHatanoSEnomotoMTakadaSYamashitaYSatohYOkumuraSNakagawaKIshikawaYManoHMultiplexreversetranscriptionPCRscreeningforEML4ALKfusiontranscriptsClinCancerRes20081466186624の方法に従い行った。作製した未染色の切片は、組織学FISHアクセサリーキットDako社で処理し、続いて緑と赤の蛍光標識したROS1遺伝子5’および3’領域をカバーするBACbacterialatificialchromosomeクローン番号RP1179P9およびRP11323I17クローンでハイブリダイゼーションした。さらに続いて4,6-ジアミノ-2-フェニルインドール46diamino2phenylindoleで染色を行った。蛍光観察は蛍光顕微鏡BX51Olympus社を使用した。緑と赤のシグナルが離れて観察されるゲノム構造異常が示唆される切片を見出した。1553例の病理切片での検討から12例のROS1遺伝子領域のゲノム構造異常を示唆する切片を見出した。[実施例2]臨床検体でのROS1融合ポリヌクレオチド遺伝子の同定FISH法解析によりROS1ゲノム構造異常が示唆された組織12例由来のRNAをテンプレートに5’-RACEキットSMATRACEcDNAAmplificationKitClonetech社のプロトコールに従い、ROS1遺伝子キナーゼ領域の5’側に存在する遺伝子を調べた。具体的には、ファーストストランドcDNA1ststrandcDNA合成は、臨床検体由来のRNA0.5μgとROS1遺伝子キナーゼコード領域に設計したリバースプライマー配列番号17を用いて行った。5’-RACErapidamplificationofcDNAendsPCRは、キットに含まれるUPMプライマーおよびリバースプライマー配列番号17を用いてDNAポリメラーゼAmpliTaqGold;ライフテクノロジーズジャパン株式会社によるPCR反応94°C30秒、72°C3分を5サイクル、94°C30秒、70°C30秒、72°C3分を5サイクル、94°C30秒、68°C30秒、72°C3分を25サイクルを行った。本RACE産物を電気泳動し、1-2kbp付近のDNA断片を精製し、常法に従いTAクローニング後にシーケンス解析した。その結果、SDC4遺伝子検体番号7130、8701、26356、CD74遺伝子6534、148、10855、EZR遺伝子11994、9604、SLC34A2遺伝子10286、及びTPM3遺伝子17970、8405の一部がそれぞれROS1遺伝子キナーゼ領域の5’側に融合していることが明らかとなった。12例中1例20130由来RNAではRACE反応で増幅が得られなかったが、配列番号31のプライマーのみで増幅が観察され、配列確認の結果、ROS1遺伝子の5’側にLRIG3遺伝子の一部が融合していることが認められた。20130検体ではLRIG3-ROS1融合遺伝子の存在があると仮定し、実施例3および4において他の融合遺伝子の確認に平行して存在を見極めた。[実施例3]臨床検体でのROS1融合ポリヌクレオチド遺伝子の単離FISH法解析によりROS1ゲノム構造異常が示唆され、融合する遺伝子が同定された肺癌臨床検体由来のcDNA7130、26356、6534、11994、10286、20130を鋳型として、DNAポリメラーゼPrimeStarHSDNAポリメラーゼを用いてPCR98°C10秒、68°C4~45分を25~37サイクルを行い、増幅産物をpT7Blue-2にクローニングした。プライマーセットとしては、17130及び26356に対して、配列番号20及び配列番号18の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド;26534に対して、配列番号21及び配列番号19の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド;311994に対して、配列番号22及び配列番号18の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド;410286に対して、配列番号23及び配列番号18の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド;及び520130に対して、配列番号24及び配列番号18の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドをそれぞれ用いた。得られた増幅産物のそれぞれの配列を確認した結果、SDC4、CD74、EZR、SLC34A2およびLRIG3遺伝子の開始コドンATGを含む一部と、ROS1遺伝子のエクソン43の停止コドンを含む一部からなる新規なポリヌクレオチドが同定された。具体的には、7130から、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン2までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドSDC4ex2-ROS1ex32配列番号1;26356から、SDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン4までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドSDC4ex4-ROS1ex32配列番号3及びSDC4遺伝子の開始コドンATGからエクソン4までとROS1遺伝子のエクソン34からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドSDC4ex4-ROS1ex34配列番号5;6534から、CD74遺伝子の開始コドンATGからエクソン6までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドCD74ex6-ROS1ex32配列番号7;11994から、EZR遺伝子の開始コドンATGからエクソン10までとROS1遺伝子のエクソン34からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドEZRex10-ROS1ex34配列番号9;10286から、SLC34A2遺伝子の開始コドンATGからエクソン13までとROS1遺伝子のエクソン32からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドSLC34A2ex13-ROS1ex32配列番号11;20130から、LRIG3遺伝子の開始コドンATGからエクソン16までとROS1遺伝子のエクソン35からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドLRIG3ex16-ROS1ex35配列番号13がそれぞれ取得できた。TPM3遺伝子とROS1遺伝子との融合遺伝子は一回のPCR反応で全長を増幅することができなかったので、まず、肺癌臨床検体由来のcDNA17970を鋳型として、3種類のRT-PCR産物Block1、Block2、Block3を作製し、順番にEcoRI-ScaI、ScaI-BstXIおよびBstXI-NotIで消化し、3フラグメントのライゲーションにより発現ベクターのEcoRI-NotIサイトにクローニングした。Block1は、配列番号25及び配列番号26の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとしたPCR98°C10秒、68°C1分を30サイクルにより、Block2は、配列番号27及び配列番号28の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとしたPCR98°C10秒、68°C1分を30サイクルにより得た。Block3は、配列番号29及び配列番号30の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドをプライマーセットとしたPCR94°C15秒、60°C15秒、68°C30秒を38サイクルにより得た増幅産物の両端にEcoRINotIBamHIadaptorTakaraBio社を結合させプラスミドベクターのEcoRIサイトに一旦挿入し、そのプラスミドからBstXINotI消化で取得した。結果、TPM3遺伝子の開始コドンATGからエクソン8までとROS1遺伝子のエクソン35からエクソン43の停止コドンまでの塩基配列からなるポリヌクレオチドTPM3ex8-ROS1ex35配列番号15を取得した。以上、本実施例で得たポリヌクレオチドは、いずれも新規なポリヌクレオチドであった。[実施例4]ROS1融合ポリペプチドの腫瘍形成能の検討実施例3で作製した各プラスミドを制限酵素EcoRI及びSalIで消化することによりインサートを取り出し、発現ベクターpMXSJBC27524945249522000のEcoRI-SalIサイトにサブクローニングした。実施例3に記したようにTPM3-ROS1はEcoRI-NotIサイトに挿入した。これら各融合ポリペプチドを発現するプラスミド又はcDNAを挿入しない空ベクターpMXSをリン酸カルシウム法で3T3繊維芽細胞に導入し14日間培養したところ、図1~図8ROS1融合ポリペプチド発現および図9空ベクターに示すように、各融合ポリペプチドを発現するベクターを導入した場合に限り形質転換フォーカスが観察された。各融合ポリペプチドを発現するベクター又は空ベクターを導入した3T3細胞をヌードマウスの皮下に5×106個ずつ接種し、14日から21日間観察したところ、14日以降には各融合ポリペプチドを発現するベクターを導入した3T3細胞を接種したマウスにおいて腫瘍形成が確認された図10~図17。空ベクターを導入した3T3細胞を接種したマウスにおいては、腫瘍形成は確認されなかった図18。これらの結果よりSDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、TPM3-ROS1融合ポリペプチドが腫瘍形成能を持っていたことからSDC4、CD74、EZR、SLC34A2、LRIG3、TPM3-ROS1融合ポリヌクレオチドは癌の原因遺伝子であることが示された。[実施例5]融合遺伝子の検出融合部を含む領域を直接増幅するRT-PCRで各融合遺伝子の検出を行い、各融合遺伝子cDNAが癌組織に存在していることを示した。以下に示す各検体由来RNAテンプレートに対して、フォワードプライマー今回同定したROS1遺伝子に融合していた遺伝子上に設計とROS1遺伝子上に設計したリバースプライマーを使用し、PCRは94°C、10分の前処理後に、以下に示す条件で増幅反応を行い、最後に72°C、10分間の延長反応を行った。7130、8701、26356SDC4-ROS1については、配列番号34のフォワードプライマーと配列番号31のリバースプライマーを使用し、94°C1分、70°C1分、72°C30秒を30サイクルの増幅反応;6534、148、10855CD74-ROS1については、配列番号35のフォワードプライマーと配列番号31のリバースプライマーを使用し、94°C1分、70°C1分、72°C30秒を30サイクルの増幅反応;11994、9604EZR-ROS1については、配列番号36のフォワードプライマーと配列番号33のリバースプライマーを使用し、94°C1分、70°C1分、72°C30秒を30サイクルの増幅反応;10286SLC34A2-ROS1については、配列番号37のフォワードプライマーと配列番号31のリバースプライマーを使用し、94°C1分、68°C1分、72°C60秒を35サイクルの増幅反応;20130LRIG3-ROS1については、配列番号38のフォワードプライマーと配列番号32のリバースプライマーを使用し、94°C1分、68°C1分、72°C10秒を35サイクルの増幅反応;17970、8405TPM3-ROS1については、配列番号39のフォワードプライマーと配列番号31のリバースプライマーを使用し、94°C1分、70°C1分、72°C30秒を30サイクルの増幅反応をそれぞれ行った。増幅産物を電気泳動したところ、プライマー設定位置から予想されるサイズのバンドが各遺伝子ともに観察され、臨床検体を用いて融合遺伝子の検出がそれぞれの遺伝子上にプライマーを設計することによって可能であることが示された。[実施例6]臨床検体でのROS1融合遺伝子のFISH法による検出各融合遺伝子がゲノム上で融合していることを確認するため、ROS1遺伝子についてはBACクローンRP1179P9;SDC4遺伝子についてはBACクローンRP3453C12;CD74遺伝子についてはBACクローンRP111120I24;EZR遺伝子についてはBACクローンRP11507C10;SLC34A2遺伝子についてはBACクローンRP11752I1;LRIG3遺伝子についてはBACクローンRP11557F20;TPM3遺伝子についてはBACクローンRP11205M9を用いて、実施例1に従いFISH法にてFusionassayを行った。なお、ROS1遺伝子についてはFITC緑で、それ以外の遺伝子についてはテキサスレッド赤で、それぞれ、プローブを標識した。Fusionassayでは染色体転座によって近接する二つの目的遺伝子領域を異なる蛍光色素で標識したプローブで染める。例えば、TexasRed赤標識およびFITC緑標識した2種類のプローブにて蛍光標識することにより、正常な場合は赤と緑はそれぞれのシグナル緑色と赤色のシグナルが離れて存在している状態として検出され、転座または逆位が起きることにより2つの遺伝子領域が近接している場合は、緑色と赤色のシグナルが重なり黄色として検出される。実施例5において融合遺伝子が陽性であった病理切片上でそれぞれのFusionassayの結果、ROS1遺伝子3’領域との近接したシグナル黄色が観察され、融合遺伝子が染色体転座により生成されたことが確かめられた。この方法が当該融合遺伝子の存在を検出する方法として使えることがわかった。以上より本発明において、一部の肺癌患者においてはROS1遺伝子の融合遺伝子が存在し、その遺伝子が癌の原因となっていることが明らかとなった。即ち、ROS1阻害薬物治療の対象となる癌患者をROS1融合遺伝子であるSDC4ex2-ROS1ex32、SDC4ex4-ROS1ex32、SDC4ex4-ROS1ex34、CD74ex6-ROS1ex32、EZRex10-ROS1ex34、SLC34A2ex13-ROS1ex32、LRIG3ex16-ROS1ex35、及びTPM3ex8-ROS1ex35を検出することで選別できることが明らかとなった。"