"親菌株から誘導された糸状菌の変異菌株であって、前記変異菌株は、前記変異菌株の細胞の機能性Sfb3タンパク質の産生産生量を、前記親菌株の細胞と比較して変化させる、遺伝子変異を含み、前記変異菌株の細胞が、深部培養における好気性発酵中にi前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を変更する必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、変更された溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する、変異菌株。前記機能性Sfb3タンパク質の産生量の変化が、量を減少させる変化であり、前記変異菌株が、深部培養における好気性発酵中にi前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する、請求項1に記載の変異菌株。前記遺伝子変異が、前記親菌株中に存在するsfb3遺伝子の破壊を含む、請求項1又は2に記載の変異菌株。前記sfb3遺伝子の破壊が、前記sfb3遺伝子のすべて又は一部を欠失させた結果得られる、請求項3に記載の変異菌株。前記sfb3遺伝子の破壊が、前記sfb3遺伝子を含むゲノムDNAの一部を欠失させた結果得られる、請求項3に記載の変異菌株。前記sfb3遺伝子の破壊が、前記sfb3遺伝子に変異を導入した結果得られる、請求項3に記載の変異菌株。前記sfb3遺伝子の破壊が、部位特異的組み換えを用いて行われる、請求項3~6のいずれか一項に記載の変異菌株。前記sfb3遺伝子の破壊が、前記sfb3遺伝子の遺伝子座に選択マーカーを導入することと組み合わせて行われる、請求項3~7のいずれか一項に記載の変異菌株。前記sfb3遺伝子の破壊が、前記変異菌株に粘性を低下させる表現型を付与するための主要な遺伝的決定因子になる、請求項3~8のいずれか一項に記載の変異菌株。前記変異菌株が機能性Sfb3タンパク質を産生しない、請求項1~9のいずれか一項に記載の変異菌株。前記変異菌株がSfb3タンパク質を産生しない、請求項1~9のいずれか一項に記載の変異菌株。前記変異菌株が、対象のタンパク質をコードする遺伝子を更に含む、請求項1~11のいずれか一項に記載の変異菌株。前記変異菌株が、バイオマス単位量当たりに前記親菌株と実質的に同量のタンパク質を産生する、請求項1~12のいずれか一項に記載の変異菌株。前記Sfb3タンパク質が、アミノ酸配列IQLARQGXDGXEXXXARXLXEDRNXEAXSXVDWL配列番号9、ここで、Xは任意のアミノ酸残基であるを含む、請求項1~13のいずれか一項に記載の変異菌株。前記糸状菌がチャワンタケPezizomycotina種である、請求項1~14のいずれか一項に記載の変異菌株。前記糸状菌がトリコデルマリーゼイTrichodermareeseiである、請求項1~15のいずれか一項に記載の変異菌株。糸状菌細胞の変異菌株の産生方法であって、遺伝子変異を糸状菌細胞の親菌株に導入する工程を含み、前記遺伝子変異が前記親菌株の細胞と比較して機能性Sfb3タンパク質の産生量を変化させることで、深部培養における好気性発酵中にi前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を変更する必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、変更された溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する、変異糸状菌細胞を製造する、方法。前記遺伝子変異が、機能性Sfb3タンパク質の産生量を低下させ又は抑制することで、深部培養における好気性発酵中にi前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する、変異糸状菌細胞を製造する、請求項17に記載の方法。前記遺伝子変異が、遺伝子操作を使用して親糸状菌細胞のsfb3遺伝子を破壊することを含む、請求項17又は18に記載の方法。前記遺伝子変異が、遺伝子操作を使用して親糸状菌細胞のsfb3遺伝子を欠失させることを含む、請求項17又は19に記載の方法。前記遺伝子変異が、部位特異的遺伝子組み換えを用いて行われる、請求項17~20のいずれか一項に記載の方法。前記sfb3遺伝子の破壊が、前記sfb3遺伝子の遺伝子座に選択マーカーを導入することと組み合わせて行われる、請求項17~21のいずれか一項に記載の方法。前記変異菌株が、バイオマス単位量当たりに前記親菌株と実質的に同量のタンパク質を産生する、請求項17~22のいずれか一項に記載の方法。前記Sfb3タンパク質が、アミノ酸配列IQLARQGXDGXEXXXARXLXEDRNXEAXSXVDWL配列番号9、ここで、Xは任意のアミノ酸残基であるを含む、請求項17~23のいずれか一項に記載の方法。前記糸状菌がチャワンタケPezizomycotina種である、請求項17~24のいずれか一項に記載の方法。前記糸状菌がトリコデルマリーゼイTrichodermareeseiである、請求項17~25のいずれか一項に記載の方法。前記親菌株が、対象のタンパク質をコードする遺伝子を更に含む、請求項17~26のいずれか一項に記載の方法。前記対象のタンパク質をコードする遺伝子が、機能性Sfb3タンパク質の産生を低下させる又は抑制する遺伝子変異を導入する前に、前記親菌株内に存在する、請求項27に記載の方法。請求項12又は13に記載の変異菌株により産生される、対象のタンパク質。請求項17~28のいずれか一項に記載の方法により産生される、糸状菌の変異菌株。親菌株から誘導される糸状菌の変異菌株であって、前記変異菌株が、ai深部培養において、前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要があること、並びに/又は、ii深部培養において、前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持すること、をもたらす遺伝子変異と、baにおける遺伝子変異の前に対象のタンパク質をコードする遺伝子が前記変異菌株中に存在する、対象のタンパク質をコードする遺伝子と、を含む、変異菌株。前記遺伝子変異が、前記親菌株中に存在するsfb3遺伝子の破壊を含む、請求項31に記載の変異菌株。前記sfb3遺伝子の破壊が、前記sfb3遺伝子の遺伝子座に選択マーカーを導入することと組み合わせて行われる、請求項31に記載の変異菌株。粘性の表現型が変更された変異糸状菌細胞をスクリーニングするための方法であって、a糸状菌の親菌株の細胞に変異を誘導して変異細胞を製造する工程と、b蛍光染色に対する感度の変化について前記変異細胞をスクリーニングする工程と、c前記蛍光染色に対し感度の変更された変異菌株を選択する工程と、を含み、前記蛍光染色に対し変更された感度と、前記変異糸状菌細胞が、深部培養における好気性発酵中に、i前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を変更する必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、変更された溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する能力と、が相関する、方法。前記変更された感度が増加した感度であり、前記変異糸状菌細胞が、深部培養における好気性発酵中に、i前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要があり、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する、請求項34に記載の方法。前記蛍光染色がカルコフロールホワイトCalcofluorWhiteである、請求項34又は35に記載の方法。前記細胞の変異誘導が、遺伝子組み換えにより行われる、請求項34~36のいずれか一項に記載の方法。前記細胞の変異誘導が、前記sfb3遺伝子の遺伝子座に選択マーカーを導入することと組み合わせて行われる、請求項34~37のいずれか一項に記載の方法。糸状菌のチャワンタケPezizomycotina種におけるSfb3ポリペプチドを同定するための方法であって、a糸状菌のチャワンタケ種からアミノ酸配列を得る工程と、b隣接アミノ酸配列IQLARQGXDGXEXXXARXLXEDRNXEAXSXVDWL配列番号9、ここで、Xは任意のアミノ酸残基であるの存在について前記アミノ酸配列をスクリーニングする工程と、を含み、c前記糸状菌のチャワンタケ種のアミノ酸配列中に配列番号9が存在することで、前記糸状菌のチャワンタケ種のアミノ酸配列がsfb3ポリペプチドであることを示される、方法。請求項39に記載の方法により同定される、単離されたsfb3ポリペプチド。糸状菌において対象のタンパク質を産生させるための方法であって、親糸状菌細胞に、前記対象のタンパク質をコードする遺伝子と、前記細胞中のSfb3タンパク質の量又は活性を減少させる遺伝子変異と、を導入することで、深部培養における好気性発酵中に、i前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を変更する必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、変更された溶存酸素量を維持する、前記対象のタンパク質を含む細胞ブロスを産生する、変異糸状菌細胞を製造することを含み、ここで、前記対象のタンパク質が前記親細胞と比較して前記変異細胞中で実質的に同じ濃度で産生される、方法。前記対象のタンパク質が、対象の1種を超えるタンパク質であり、前記対象の1種を超えるタンパク質の各々は、前記親細胞と比較して前記変異細胞中で実質的に同じ相対濃度で産生される、請求項41に記載の方法。前記対象の1種を超えるタンパク質が、セルラーゼ及びヘミセルラーゼから選択される、請求項42に記載の方法。請求項41~43のいずれか一項に記載の方法により産生される、対象のタンパク質。請求項42又は43に記載の方法により産生される対象の1種を超えるタンパク質を含む、組成物。前記組成物が全セルラーゼ組成物である、請求項45に記載の組成物。粘性の表現型が変化するような遺伝子変異を有する糸状菌に関する菌株及び方法が記載される。一態様では、親菌株から誘導された糸状菌の変異菌株であって、この変異株が、変異菌株の細胞の機能性Sfb3タンパク質の産生量を、親菌株の細胞と比較して変化させる、遺伝子変異を含み、変異菌株の細胞が、深部培養における好気性発酵中にi親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を変更する必要がある、並びに/又は、ii親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、変更された溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する、変異菌株。一部の実施形態では、機能性Sfb3タンパク質の産生量の変化が、量を減少させる変化であり、深部培養における好気性発酵中に、i前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する、変異菌株が提供される。一部の実施形態では、遺伝子変異は、親菌株内に存在するsfb3遺伝子の破壊を含む。一部の実施形態では、sfb3遺伝子の破壊は、sfb3遺伝子のすべて又は一部を欠失させた結果得られる。一部の実施形態では、sfb3遺伝子の破壊は、sfb3遺伝子を含むゲノムDNAの一部を欠失させた結果得られる。一部の実施形態では、sfb3遺伝子の破壊は、sfb3遺伝子に変異を導入した結果得られる。一部の実施形態では、sfb3遺伝子の破壊は、部位特異的組み換えを用いて行われる。一部の実施形態では、sfb3遺伝子の破壊は、sfb3遺伝子の遺伝子座に選択マーカーを導入することと組み合わせて行われる。一部の実施形態では、sfb3遺伝子の破壊が、変異菌株に粘性を低下させる表現型を付与するための主要な遺伝的決定因子になる。一部の実施形態では、変異菌株は機能性Sfb3タンパク質を産生しない。一部の実施形態では、変異菌株はSfb3タンパク質を産生しない。一部の実施形態では、変異菌株は、対象のタンパク質をコードする遺伝子を含む。一部の実施形態では、変異菌株は、バイオマス単位量当たりに前記親菌株と実質的に同量のタンパク質を産生する。一部の実施形態では、変異菌株は、バイオマス単位量当たりに前記親菌株と実質的に同量の対象のタンパク質を産生する。一部の実施形態では、Sfb3タンパク質は、アミノ酸配列IQLARQGXDGXEXXXARXLXEDRNXEAXSXVDWL配列番号9、ここで、Xは任意のアミノ酸残基であるを含む。一部の実施形態では、糸状菌は、チャワンタケPezizomycotina種である。一部の実施形態では、糸状菌は、トリコデルマリーゼイTrichodermareeseiである。別の態様では、糸状菌細胞の変異菌株の産生方法であって、遺伝子変異を糸状菌細胞の親菌株に導入する工程を含み、前記遺伝子変異が前記親菌株の細胞と比較して機能性Sfb3タンパク質の産生量を変化させることで、深部培養における好気性発酵中にi前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を変更する必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、変更された溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する、変異糸状菌細胞を製造する、方法。一部の実施形態では、この遺伝子変異は、機能性Sfb3タンパク質の産生量を低下させ又は抑制することで、深部培養における好気性発酵中にi前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する、変異糸状菌細胞を製造する。一部の実施形態では、この遺伝子変異は、遺伝子操作を使用して、親糸状菌細胞中のsfb3遺伝子を破壊することを含む。一部の実施形態では、この遺伝子変異は、遺伝子操作を使用して、親糸状菌細胞中のsfb3遺伝子を欠失させることを含む。一部の実施形態では、この遺伝子変異は、部位特異的遺伝子組み換えを使用して、行われる。一部の実施形態では、sfb3遺伝子の破壊は、sfb3遺伝子の遺伝子座に選択マーカーを導入することと組み合わせて行われる。一部の実施形態では、変異菌株は、バイオマス単位量当たりに前記親菌株と実質的に同量のタンパク質を産生する。一部の実施形態では、変異菌株は、バイオマス単位量当たりに前記親菌株と実質的に同量の対象のタンパク質を産生する。一部の実施形態では、Sfb3タンパク質は、アミノ酸配列IQLARQGXDGXEXXXARXLXEDRNXEAXSXVDWL配列番号9、ここで、Xは任意のアミノ酸残基であるを含む。一部の実施形態では、糸状菌は、チャワンタケPezizomycotina種である。一部の実施形態では、糸状菌は、トリコデルマリーゼイTrichodermareeseiである。一部の実施形態では、親菌株は、対象のタンパク質をコードする遺伝子を含む。一部の実施形態では、対象のタンパク質をコードする遺伝子は、機能性Sfb3タンパク質の産生を低下させる又は抑制する遺伝子変異を導入する前に、親菌株内に存在する。別の態様では、前述の変異菌株により産生される対象のタンパク質が提供される。別の態様では、前述の方法により産生される糸状菌の変異菌株が提供される。別の態様では、親菌株から誘導される糸状菌の変異菌株であって、前記変異菌株が、ai深部培養において、前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要があること、並びに/又は、ii深部培養において、前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持すること、をもたらす遺伝子変異と、baにおける遺伝子変異の前に対象のタンパク質をコードする遺伝子が前記変異菌株中に存在する、対象のタンパク質をコードする遺伝子と、を含む、変異菌株が提供される。一部の実施形態では、遺伝子変異は、親菌株内に存在するsfb3遺伝子の破壊を含む。一部の実施形態では、sfb3遺伝子の破壊は、sfb3遺伝子の遺伝子座に選択マーカーを導入することと組み合わせて行われる。別の態様では、粘性が変更された表現型について変異糸状菌細胞をスクリーニングするための方法であって、a糸状菌の親菌株の細胞に変異を誘導して変異細胞を製造する工程と、b蛍光染色に対する感度の変化について前記変異細胞をスクリーニングする工程と、c前記蛍光染色に対し感度の変更された変異菌株を選択する工程と、を含み、前記蛍光染色に対し変更された感度と、前記変異糸状菌細胞が、深部培養における好気性発酵中に、i前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を変更する必要がある、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、変更された溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する能力と、が相関する、方法が提供される。一部の実施形態では、前記変更された感度は増加した感度であり、前記変異糸状菌細胞が、深部培養における好気性発酵中に、i前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要があり、並びに/又は、ii前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する。一部の実施形態では、蛍光染色は、カルコフロールホワイトCalcofluorWhiteである。一部の実施形態では、細胞の変異誘導は、遺伝子組み換えにより行われる。一部の実施形態では、細胞の変異誘導は、sfb3遺伝子の遺伝子座に選択マーカーを導入することと組み合わせて行われる。別の態様では、糸状菌のチャワンタケ種におけるSfb3ポリペプチドを同定するための方法であって、a糸状菌のチャワンタケ種からアミノ酸配列を得る工程と、b隣接アミノ酸配列IQLARQGXDGXEXXXARXLXEDRNXEAXSXVDWL配列番号9、ここで、Xは任意のアミノ酸残基であるの存在について前記アミノ酸配列をスクリーニングする工程と、を含み、c前記糸状菌のチャワンタケ種のアミノ酸配列中に配列番号9が存在することで、前記糸状菌のチャワンタケ種のアミノ酸配列がsfb3ポリペプチドであることを示される、方法が提供される。別の態様では、前述の方法により同定された単離sfb3ポリペプチドが提供される。また更なる態様では、糸状菌において対象のタンパク質を産生させるための方法であって、親糸状菌細胞に、前記対象のタンパク質をコードする遺伝子と、前記細胞中のSfb3タンパク質の量又は活性を減少させる遺伝子変異と、を導入することで、深部培養における好気性発酵中に、i前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を変更する必要がある、並びに/又は、ii親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、変更された溶存酸素量を維持する、対象のタンパク質を含む細胞ブロスを産生する、変異糸状菌細胞を製造することを含み、ここで、対象のタンパク質が親細胞と比較して変異細胞中で実質的に同じ濃度で産生される、方法が提供される。一部の実施形態では、対象のタンパク質は、対象の1種を超える又は1種以上のタンパク質であり、対象の1種を超えるタンパク質の各々は、親細胞と比較して変異細胞中で実質的に同じ相対濃度で産生される。特定の実施形態では、対象の1種を超えるタンパク質の各々は、セルラーゼ及びヘミセルラーゼから選択される。関連する態様では、このような方法により産生される対象のタンパク質が提供される。更に別の関連する態様では、このような方法により産生される1種を超える対象のタンパク質を含む組成物が提供される。一部の実施形態では、この組成物は、全セルラーゼ組成物wholecellulasecompositionである。本発明の菌株及び方法の、これらの及び他の、態様及び実施形態は、添付の図を包含する説明から明らかになる。I.概要本発明の菌株及び方法は、形態及び生育特性に影響する遺伝子改変のなされた変異糸状菌細胞に関する。変異細胞を深部培養で生育した場合、これらは、親菌株の細胞を含む細胞ブロスと比較して、異なるレオロジー特性を有する細胞ブロスを産生する。これらの変異菌株のうち一部ものは、酵素及び他の商業的に重要なタンパク質の大量生産に非常に好適である。II.定義本発明の菌株及び方法を詳細に説明するのに先立ち、明確性のために以下の用語を定義する。定義されていない用語は、関連技術分野で使用される場合にこれらの用語が通常持っている意味に従うものとする。本明細書で使用するとき、トリコデルマリーゼイTrichodermareeseiは、子嚢菌門チャワンタケ亜門phylumAscomycotasubylumPezizomycotinaの糸状菌を指す。この生物は、かつて、トリコデルマロンギブラキアタムTrichodermalongibrachiatumとして、並びにハイポクレアジェコリーナHypocreajecorinaとしても、分類されていた。本明細書で使用するとき、語句糸状菌細胞の変異菌株又は同様の語句は、例えば、遺伝子操作により、チャワンタケに属する親若しくは参照菌株から誘導されるすなわち、親若しくは参照菌株から得られる又はこれらの菌株から入手可能である糸状菌細胞の菌株を指す。本明細書で使用するとき、用語対象のタンパク質は、任意選択で高濃度で並びに商業目的のために、糸状菌において発現させることが所望されるポリペプチドを指す。このようなタンパク質は、酵素、基質結合タンパク質、表面活性タンパク質surfaceactiveprotein、構造タンパク質又はこれらに類するものであり得る。本明細書で使用するとき、語句実質的に活性を有さない又は同様の語句は、特定の活性が混和物中で検出不可能であるか又は混和物に意図された目的に干渉しない量で存在するかのいずれかであることを意味する。本明細書で使用するとき、用語ポリペプチド及びタンパク質は、ペプチド結合により連結されたアミノ酸残基を含む任意の長さのポリマーを指すために互換的に使用される。アミノ酸残基については従来の一文字又は三文字コードが本明細書でも使用される。ポリマーは直鎖であってもよく又は分枝鎖であってもよく、修飾化アミノ酸を含んでもよく、非アミノ酸により割り込まれてもよい。これらの用語はまた、天然に又は介入により修飾されたアミノ酸ポリマーを包含する。例えば、二硫化結合の形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化反応又は任意の他の操作若しくは変性標識成分との結合などが挙げられる。例えば、1つ以上のアミノ酸類縁体を含むポリペプチド例えば、非天然アミノ酸など並びに当該技術分野で既知の他の変更もまた、この定義の中に包含される。本明細書で使用するとき、機能的に及び/又は構造的に同様のタンパク質は、関連タンパク質であると考えられる。このようなタンパク質は、異なる属及び/又は種の生物、あるいは、更には生物の異なる綱例えば、細菌及び真菌から誘導され得る。関連タンパク質はまた、一次配列分析により判定される、二次若しくは三次構造分析により判定される、又は、免疫学的交差により判定される、相同体を包含する。本明細書で使用するとき、用語ポリペプチド/タンパク質誘導体は、N-末端及びC-末端のいずれか若しくは両方に1つ以上のアミノ酸を付加することにより、アミノ酸配列中の1つ若しくは多数の異なる部位で1つ以上のアミノ酸を置換することにより、タンパク質のいずれか若しくは両方の末端で又はアミノ酸配列中の1つ以上の部位で1つ以上のアミノ酸を欠失させることにより、並びに/あるいは、アミノ酸配列中の1つ以上の部位で1つ以上のアミノ酸を挿入することにより、タンパク質から誘導される又は誘導可能であるタンパク質を指す。タンパク質誘導体の調製は、天然タンパク質をコードするDNA配列を改変し、このDNA配列により好適な宿主を形質転換させ、改変されたDNA配列を発現させてタンパク質誘導体を形成することにより、達成されてもよい。関連タンパク質及び誘導体は、変異タンパク質を含む。変異タンパク質は、少数のアミノ酸残基での置換、欠失及び/又は挿入により参照/親タンパク質例えば、野生型タンパク質と異なる。変異体と親タンパク質との間で異なるアミノ酸残基の個数は1つ以上であり得、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30、40、50又はそれ以上のアミノ酸残基が異なり得る。変異タンパク質のアミノ酸配列は、参照タンパク質と比較した場合に少なくとも約70、少なくとも約75、少なくとも約80、少なくとも約85、少なくとも約90、少なくとも約91、少なくとも約92、少なくとも約93、少なくとも約94、少なくとも約95、少なくとも約96、少なくとも約97、少なくとも約98、又は更には少なくとも約99以上が同一であってよい。変異タンパク質はまた、選択されたモチーフ、ドメイン、エピトープ、及び保存領域などが参照タンパク質と異なっていてもよい。本明細書で使用するとき、用語類似配列は、対象のタンパク質すなわち、元々の対象のタンパク質と同様の機能、三次構造及び/又は保存残基を提供するタンパク質を構成する配列を指す。例えば、α-へリックス又はβ-シート構造を含有するエピトープ領域では、類似配列中の置換アミノ酸は、好ましくは、同一の特異的構造を維持する。この用語はまた、ヌクレオチド配列並びにアミノ酸配列を指す。一部の実施形態では、類似配列は、アミノ酸の置換により生じる変異酵素が、同様の又は改善された機能を示すよう開発される。一部の実施形態では、対象のタンパク質中のアミノ酸の三次構造及び/又は保存領域は、目的とする部分又は断片に若しくはこれらの近傍に位置する。それゆえに、目的とする部分又は断片が例えば、α-へリックス又はβ-シート構造を含有する場合、置換アミノ酸は好ましくはその特異的構造を維持する。本明細書で使用するとき、用語相同タンパク質は、参照タンパク質と同様の活性及び/又は構造を有するタンパク質を指す。相同体は、必ずしも進化的関連があるものと意図されない。それゆえに、この用語は、異なる生物から得られる同じ、同様の又は対応する酵素すなわち、構造及び機能の点でを包含することが意図される。一部の実施形態では、参照タンパク質と同様の四次、三次及び/又は一次構造を有する相同体を同定することが望ましい。一部の実施形態では、相同タンパク質は、参照タンパク質と同様の免疫応答を引き起こす。一部の実施形態では、相同タンパク質は、所望の活性を有する酵素を産生するために設計される。配列間の相同性の程度は、当該技術分野において既知である任意の好適な方法を用いて判定され得る例えば、SmithandWaterman1981Adv.Appl.Math.2:482;NeedlemanandWunsch1970J.Mol.Biol.,48:443;PearsonandLipman1988Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:2444;WisconsinGeneticsソフトパックのGAP、BESTFIT、FASTA及びTFASTAなどのプログラムGeneticsComputerGroup,Madison,WI;並びにDevereuxetal.1984NucleicAcidsRes.12:387~95を参照されたい。例えば、PILEUPは、配列相同性の程度を判定するのに有用なプログラムである。PILEUPは、累進ペアワイズアライメントを用いて、関連する配列群から複数の配列アライメントを作成する。このアルゴリズムは、アライメントを作成するために使用されるクラスタの関係性を示す、樹形図をプロットすることもできる。PILEUPは、Feng及びDoolittleの累進アライメント法を単純化したものを使用するFengandDoolittle1987J.Mol.Evol.35:351~60。この方法は、Higgins及びSharp1989により記載されるものと類似のものであるCABIOS5:151~53。有用なPILEUPパラメーターは、デフォルトのギャップウェイト:3.00、デフォルトのギャップ長ウェイト:0.10、及びエンドギャップのウェイト化を含む。有用なアルゴリズムの別の例は、Altschuletal.1990J.Mol.Biol.215:403~10及びKarlinetal.1993Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:5873~87により記載のBLASTアルゴリズムである。1つの具体的に有用なBLASTプログラムは、WU-BLAST-2プログラムである例えば、Altschuletal.1996Meth.Enzymol.266:460~80を参照されたい。パラメーターW、T及びXは、アライメントの感度及び速度を決定する。BLASTプログラムは、11のワード長W、50のBLOSUM62スコア行列例えば、HenikoffandHenikoff1989Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:10915を参照されたいアラインメントB、10の期待値E、M’5、N’4及びストランド両方の比較をデフォルトとして使用する。本明細書で使用するとき、少なくとも2つの核酸又はポリペプチドの文脈における語句実質的に同様である及び実質的に同一であるは典型的には、ポリヌクレオチド又はポリペプチドが、参照すなわち、野生型配列と比較して、少なくとも約70の同一性、少なくとも約75の同一性、少なくとも80の同一性、少なくとも約85の同一性、少なくとも約90の同一性、少なくとも約91の同一性、少なくとも約92の同一性、少なくとも約93の同一性、少なくとも約94の同一性、少なくとも約95の同一性、少なくとも約96の同一性、少なくとも約97の同一性、少なくとも約98の同一性、又は更には少なくとも約99の同一性又はそれ以上の同一性を有する配列を含むことを意味する。配列同一性は、標準的なパラメーターを用いて、BLAST、ALIGN及びCLUSTALなどの既知のプログラムを使用して、判定され得る。例えば、Altschul,etal.1990J.Mol.Biol.215:403~410;Henikoffetal.1989Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:10915;Karinetal.1993Proc.Natl.Acad.SciUSA90:5873;及びHigginsetal.1988Gene73:237~244を参照されたい。BLAST解析を実行するためのソフトウェアは、米国国立生物工学情報センターtheNationalCenterforBiotechnologyInformationにより公開されている。また、FASTAを用いてデータベースを探索してもよいPearsonetal.1988Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:2444~48。2つのポリペプチドが実質的に同一であることの1つの指標としては、第1ポリペプチドが、第2ポリペプチドと免疫的に交差反応性であることが挙げられる。通常、保存的なアミノ酸置換により異なるポリペプチドは、免疫学的に交差反応性である。したがって、ポリペプチドは、例えば、2つのペプチドが同類置換によってのみ異なる場合には、第二ポリペプチドに対して実質的に同一である。2つの核酸配列が実質的に同一であるという別の指標は、2つの分子が厳密な例えば、中度~高度な厳密性条件下で互いにハイブリッド形成するか否かである。本明細書で使用するとき、用語遺伝子は、タンパク質又はRNAをコードし、発現を方向づける核酸を指すという点で、用語対立遺伝子と同義である。糸状菌の栄養型は一般に半数体であり、したがって、特定の表現型を付与するのに特定の遺伝子の単一コピーすなわち、単一対立遺伝子で十分である。本明細書で使用するとき、野生型及び天然遺伝子、タンパク質又は菌株は、天然に見出されるものである。本明細書で使用するとき、遺伝子の欠失は、宿主細胞のゲノムから遺伝子が除去されることを指す。遺伝子が、遺伝子のコード配列に直に隣接して位置しない制御因子例えば、エンハンサー因子を含む場合、遺伝子の欠失は、コード配列の欠失、並びに、任意選択で隣接したプロモーター及び/又はターミネーター配列の欠失、を指す。本明細書で使用するとき、遺伝子の破壊は、宿主内での例えば、タンパク質といった、機能性遺伝子産物の産生を実質的に抑制する任意の遺伝子操作又は化学操作を広く指す。破壊の代表的方法としては、ポリペプチドをコードする配列、プロモーター、エンハンサー又は他の制御因子を含む遺伝子の任意の部分の完全な又は部分的な欠失、あるいはその変異誘導が挙げられ、変異誘導は、置換、挿入、欠失、転位及びこれらの組み合わせ並びに変形を包含し、これらの変異のうちのいくつかは機能性遺伝子産物の産生を実質的に抑制する。本明細書で使用するとき、遺伝子操作は、予め選択された核酸配列に優先的に作用するマクロ分子すなわち、酵素及び/又は核酸を用いて、予め選択された標的核酸配列を変更することを指す。このように遺伝子操作は、予め選択されたわけではない核酸配列を、小分子を用いてランダムに変化させる化学操作とは異なる。本明細書で使用するとき、遺伝子変異は、遺伝子操作により細胞のDNAに生じる変化であり、化学操作により細胞のDNAに生じる変化とは異なる。本明細書で使用するとき、好気性発酵は、酸素の存在下での生育を指す。本明細書で使用するとき、用語細胞ブロスは、総じて、液体/深部培養における培地及び細胞を指す。本明細書で使用するとき、用語細胞集団は、液体/深部培養において存在する細胞成分無傷及び溶解細胞を包含するを指す。細胞集団は、乾燥又は湿潤重量で表現され得る。本明細書で使用するとき、用語レオロジーは、物質の変形及び流動に関連する物理学の一分野を指す。本明細書で使用するとき、粘性は、剪断応力又は引張応力などの機械的応力による変形に対する流体の抵抗の尺度である。本明細書の文脈では、粘性は、例えば、ローター/インペラによりもたらされるような機械的応力に対する、糸状菌を含む細胞ブロスの抵抗を指す。細胞ブロスの粘性は直接測定するのが困難であり得るため、予め選択された速度での撹拌した場合の培養ブロスの溶存酸素量、予め選択された溶存酸素量を維持するのに必要とされる撹拌速度、予め選択された溶存酸素量を維持するために細胞ブロスを撹拌するに必要とされる電力量、又は更には固体培地上のコロニー形態といった、粘性の間接的測定を用いてもよい。本明細書で使用するとき、糸状菌細胞の粘性が変更された変異菌株は、親菌株により産生される相当する細胞ブロスと比較して、粘性が低下した又は増加したすなわち、剪断又は引張応力に対する抵抗が低下した又は増加した細胞ブロスを産生する変異菌株である。一般に、相当する細胞ブロスは、比較可能な細胞集団を含む。好ましくは、粘性が変更された変異菌株と親菌株との間の差異は、粘性の任意の直接又は間接尺度に関して、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、又は更には少なくとも50、又はそれ以上である。糸状菌細胞ブロスの粘性を比較するための方法が本明細書に記載される。一般に、比較可能な又は相当する細胞ブロスは、比較可能な細胞集団を含む。本明細書で使用するとき、糸状菌細胞の粘性が低下した変異菌株は、親菌株により産生される相当する細胞ブロスと比較して、粘性が低下したすなわち、剪断又は引張応力に対する抵抗が低下した細胞ブロスを産生する変異菌株である。好ましくは、粘性が変更された変異菌株と親菌株との間の差異は、粘性の任意の直接又は間接尺度に関して、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、又は更には少なくとも50、又はそれ以上である。本明細書で使用するとき、主要な遺伝子的決定因子は、他の遺伝子又はその遺伝子操作の不在下で、特定の表現型を付与するのに必要及び十分である遺伝子又はその遺伝子操作に関する。本明細書で使用するとき、機能性ポリペプチド/タンパク質は、酵素活性、結合活性、表面活性特性又はこれらに類するものなどの活性を保有するタンパク質であって、変異誘導、切断ないしは別の方法で改変されてその活性を消失又は低下していないタンパク質である。機能性ポリペプチドは、指定に従って、熱安定性又は熱不安定性であり得る。本明細書で使用するとき、機能性遺伝子は、活性な遺伝子産物を、典型的にはタンパク質などを産生するために、細胞成分により使用可能な遺伝子である。機能性遺伝子は、活性な遺伝子産物を産生するために細胞成分により使用することができないよう変性されている、破壊された遺伝子とは正反対のものである。本明細書で使用するとき、変異細胞又は変異菌株は、変異細胞と親細胞の間のタンパク質発現の差異が約20未満、約15未満、約10未満、約7未満、約5未満、又は更には約3未満であるならば、親細胞又は親菌株と比較して高レベルのタンパク質発現及び/又は分泌を維持又は保持する。本明細書で使用するとき、宿主細胞は、これらが、野生型Sfb3タンパク質に特徴的な活性、特に菌糸の伸張を促進するないしは別の方法で液体培地において糸状菌の粘性を増加させる活性、を呈する機能性Sfb3ポリペプチドの産生を抑制するように遺伝子的又は化学的に変更されているならば、Sfb3の産生を抑制するように改変されている。このような改変としては、限定するものではないが、sfb3遺伝子の欠失、sfb3遺伝子の破壊、コードされるポリペプチドが上記活性を失うようなsfb3遺伝子の変更、翻訳後のプロセシング又は安定性に影響を与えるsfb3遺伝子の変更、及びこれらの組み合わせが挙げられる。本明細書で使用するとき、対象のタンパク質は、糸状菌細胞の深部培養において産生されることが所望されるタンパク質である。一般に、対象のタンパク質は、工業又は製薬用途に関し商業的に重要なものであり、よって大量生産されることが望ましい。対象のタンパク質は、糸状菌により発現される多種多様な他のタンパク質とは区別されるものであり、こうした他のタンパク質は一般に製品としての関心の対象とはならず、主にバックグラウンドのタンパク質混入物と見なされる。本明細書で使用するとき、変異細胞又は変異菌株は、変異細胞により産生されるタンパク質量の低下が親細胞により産生されるタンパク質量と比較して20以下、15以下、10以下、更には5以下であるならば、バイオマス単位量当たりに親細胞又は親菌株と実質的に同量のタンパク質を産生することになり、ここで、タンパク質量は、タンパク質産生が測定される細胞の生物集団の合計量に対して標準化され、生物集団は湿潤例えば、細胞ペレットの又は乾燥重量のいずれかで表現され得る。本明細書で使用するとき、変異細胞及び親細胞により発現される対象のタンパク質の量は、変異細胞と親細胞の間の発現の差異が約20未満、約15未満、約10未満、約5未満、約4未満、約3未満、約2未満又は更には約1未満であるならば、実質的に同様である。本明細書で使用するとき、蛍光色素は、蛍光染料である。好ましい蛍光色素は、真菌の細胞壁中のセルロース及び/又はキチンに結合する。本明細書で使用するとき、単数形の冠詞a、an及びtheは、内容的に明らかに示されていない限り、複数の対象物も包含する。本明細書に引用される参考文献はすべて、その全体が参照により本案件に組み込まれる。以下の略称/頭辞語は、特に指定されない限り、以下の意味を有する。III.粘性を低下させる表現型を持つ糸状菌これまでに、粘性を低下させたトリコデルマリーゼイ菌株を開発する際には、化学的な変異誘導を行う工程と、それに続き得られた変異体をカルコフロールホワイト真菌の細胞壁中に含まれるセルロース及びキチンに結合する蛍光染色に対する感度についてスクリーニングする工程が包含された。カルコフロールホワイトに対する感度は、酵母形態の変化と関連しているが、糸状菌におけるカルコフロールホワイト感度の有意性は従来知られていなかった。上記の方法で、親トリコデルマリーゼイ菌株MorphTrglaA29-9に化学的に変異誘導した結果、得られた1つの菌株すなわち、70H2が、寒天プレート上でのコロニーの増殖性の低下、胞子形成の低下、形態の変化及び液体培地における粘性の低下を呈する一方で、高レベルのタンパク質発現及び分泌を維持することが判明した。比較ゲノム配列分析は、親29-9菌株と比較して70H2菌株中の複数の遺伝子に変異があることを明らかにした。70H2菌株は、粘性が低下した表現型を示したが、ゲノムは完全には画定されておらず、粘性を低下させる表現型に関与する遺伝子1つ又は複数は未知であった。その上、70H2は、外因性遺伝子を高発現レベルで導入するための宿主菌株として使用できたのに対し、他の菌株には粘性を低下させる表現型に関与する遺伝子1つ又は複数を導入することができなかった。IV.Sfb3産生における変更は、糸状菌の細胞粘性に影響を与える今回、Sfb3産生量を変更させると意図状菌の細胞粘性に影響が生じることが発見された。この発見は、商業的に重要なタンパク質の発現に対する糸状菌の使用について重要な示唆を有する。Sfb3遺伝子Lst1としても知られるは、かつては、出芽酵母すなわち、サッカロマイセスセレヴィシエSaccharomycescerevisiaeにおいてのみ特徴付けれていたが、この遺伝子は、小胞体からゴルジ体へタンパク質を運搬する輸送小胞を囲むCOPIIタンパク質に関連するタンパク質をコードする。Sfb3並びにSfb2は、Sec24の相同体であり、これらの遺伝子はすべて、小胞の中に特定の積荷タンパク質をパッケージングすることと関連する。Sec24が酵母において本質的な遺伝子であるのに対して、Sfb3及びSfb2は本質的な遺伝子ではないが、酵母におけるSfb3の欠失は、原形質膜輸送タンパク質Pma1pの輸送と、細胞壁合成に関連するグルカノシルトランスフェラーゼGas1pと、に影響することが知られている。問い合わせ配列としてS.セレヴィシエSec24p、Sfb3p又はSfb2pアミノ酸配列を用いて、BLASTを使用して、トリコエデルマリーゼイの公的に入手可能なゲノム配列を検索すると、T.リーゼイが、酵母Sec24に対して最も相同に近い単一遺伝子と、酵母Sfb3に対して最も相同に近い単一遺伝子と、を有することが明らかになる。他の相同体は同定されておらず、T.リーゼイがSfb2に相当する遺伝子を有さないことを示唆している。問い合わせ配列としてT.リーゼイSfb3アミノ酸配列を用いて、BLASTを使用して、チャワンタケ種の公的に入手可能なゲノム配列を検索すると、一般的なパターンが示される。すなわち、各真菌は、Sfb3及びSec24の各々の明確な相同体を有するが、酵母Sfb2に他よりも密接に関連する追加の相同体はこれらの糸状子嚢菌filamentousascomycetesのゲノム内には存在しない。Sfb3タンパク質の相同体は、糸状菌例えば、トリコデルマリーゼイ及びアスペルギルスオリザエに見出されるが、これらのタンパク質の機能はこれまで知られていなかった。S.セレヴィシエ配列番号1、T.リーゼイ配列番号2、A.オリザエ配列番号3、A.ニガー配列番号4、P.フニクロスムPfuniculosum配列番号5、P.クリゾゲナムPchrysogenum配列番号6、N.クラッサNCrassa配列番号7及びF.オキシスポラムFoxysporum配列番号8のSfb3タンパク質のアミノ酸配列は、以下に例として示される:配列番号4~8は公的にアクセス可能な真菌ゲノムデータベースから入手したが、これらはアクセス番号は有してない。サッカロマイセスセレヴィシエSfb3のアミノ酸配列配列番号1:MSQQNILAASVSALSLDESTVHTGGASSKKSRRPHRAYHNFSSGTVPTLGNSPYTTPQLNQQDGFQQPQAFTPKQFGGFNNGSGSVMSTPVMVSQERFGASEASSPYGQSMLDMTAPQPTSHIVPTQRFEDQAQYLQRSFETCRDSVPPLPTTQFYCVDQGSCDPHLMSLSMYNIPESEHLRAATKLPLGLTIQPFSTLTPNDAEVPTIPLPMDGTPLRCRRCRAYANPKFQFTYDSSVICNICRVKMQVPGEHFAPMGPNGQRSDLNEKSELLHGTVDFLVPSIYNAIQEKELLPLHYVFLIDVSLLANENGSSLAMVEGVRSCIEYISDFQPNCEVAIIVYDNKLRFFNLRPDLDNAQEYIVSELDDVFLPFYNGLFVKPGNSMKIINDTLIKISGYISTDKYSHVPQVCYGSALQAAKLALDTVTGGQGGKIICSLNSLPTIGNGNLSLKRDNAHIAHVKCDNGFYKKLASDFLKSYISLDLYVTNAGFIDMATVGHPVEMTSGILKYYPHFQQETDAFTLVNDMVTNVSNIVGYQALLKVRCSTGLSVEQYYCDSSDNTDHDPIIPVLTRDTTLDVLLKYDSKIKTGTDVHFQTALLYTDIDGVRKVRSINTSGAVSNNIREIFKFINQNPVMRIMIKDVIKTLGDCDFVKIRRLIDDKMVEILTQYRGLVSSNSSTQLILPDSIKTLPAYMLAFEKSELMKPNAQSTRGNERIYDLLKYDSLNSAQLCYKLYPQIVPFHVLLEETDLTFYDANDKLLQINSSSINNLSVRASHSNFINGGCYLIFQGDTIYLWFNENTNRMLLQDLLSVDESLPVSQISLFSGTLPETGTSINQKASNVIKNWQQVVNKSSLPLVLLRPNVDQYYSNVMSQLLCEDKTVNRIESYDNYLVIMHKKIQEKLQKDDFIKVSTAATHENIHQKFVQFトリコデルマリーゼイSfb3のアミノ酸配列配列番号2:MDYTQYHALGHGEVLDPNDPNKTSAPAAPQFQPPSSPYVPPGSPYGAPPYHGGHQAPPMAMPPPSTPGYGPPQGQSFPGSPMPSQDAGLAAQFGGMSLGADAGGAAARKKKKDRHAYHSVEPTGSSQAFNGLPPGTPAEQFLNVNNPQGIPALGGQFGSPLASPMGTPHMANPGQFPAPTSPFTPSAPVSPAEFASRFGSPDAATSIGSAGPSQVSPDDMPSIPASRDAIQEHFFKNVYPTFERHVPPPATVSFVAFDQGNASPKFTRLTLNNIPTTAEGLHATGLPLGMLIQPLAPLQAGEAEIPVLDFGDAGPPRCRRCRAYINPFMMFRSGGNKFVCNLCSYPNETPPEYFCAVSPQGVRLDRDQRPELHRGTVEFVVPKEYWTREPVGLRWLFVIDVTQESYNKGFMETFCEGILAALYGGNDEENDEDGEPKRRIPKGAKVGFITYDKDIHFYNINPHLDQAHMMIMPDLEDPFLPLGEGLFVDPYESKAIITSLLTRLPEMFSTIKNPEPALLATLNAAVAALEATGGKVVCSCSTLPTWGPGRLFMRDDGNHPGGELDKKLYTTEHPAWKKVSEKMASSGIGVDFFLAAPSGGYLDIATIGHVAATTGGETFYYPNFIAPRDGARLSMEITHAITRETGFQALMKVRCSTGLQVAAYHGNFVQHTFGADLEIGVIDADKALGVSFSHDGKLDPKLDAHFQTALLYTTASGQRRVRCSNVIASVSDTSKESNTKELAIRQCLKFVDQDAVVGIFAKEASTKLATTSANLQDVRNWLTERTIDIMAYYKKHSANQFPPSQLVMPERLKEFCMYMLGMLKCRAFKGGIENSDRRVHELRMVRSMGPLELSLYLYPRMIALHNLQPEEGFADPETGHLKMPPSVRTSFSRVEPGGVYLVDNGQQCLLWFHAQTSPNLITDLFGEGHDSLKGLDPYTSTLPVLETHLSAQVRNIIEFLKSMRGSKGMTIQLARQGIDGAEYEFARMLVEDRNNEAKSYVDWLVHIHRGVQLELSGQRKKEGDGEATAVMANFAGLRPAYWアスペルギルスオリザエRIB40のSfb3アミノ酸配列GI:83766074;配列番号3:MADQSMYNTLGQGTSPAEDPSNPNRMAHQVPPQSQPAAGFPPGPYPPQPGAYYGNPPPNQYDAPAAAPPTQQLQSPPPRGLAPSPQLAYGTETQTHMGAPADPMAGLASQMSGLGIMGDSGARPGKKKHRHAHHEIGGATASAPQQFAGMPQAGMQPSSQFLNTGLNQAPRPISPAAGVPPAGIVPQPGVPAPGSGSVPTQGKIDPEQIPSIPQSRDIPTMYYFDHIYPTMERHLPPPAAVPFVAHDQGNSSPKHARLTLNNIPTTSDFLSSTALPLGMVLQPLARLDPGEPEVPVLDFGEMGPPRCRRCRAYINPFMTFRSGGNKFVCNMCTFPNDVAPEYFAPLDMSGARVDRLQRPELMIGTVEFMVPKEYWNKEPVGLQRLFLIDVSQESVNRGFLKGVCKGITEALYGAPDASEEDAAARRVPEGSKIGIVTYDREVHFYNLSAQLDQAQMMVMTDLEEPFVPLSEGLFVDPYESKDIITSLLHRIPKIFSHIKKPEPALLPALNAAMSALQATGGKIFASICSLPTWGPGALHMRDDPKVHGTDAERKLFTTDNQAWRTTAGKMAEHGIGVDMFVAAPGGTYVDVATIGHVAEVSGGETFFYPNFHAPRDILKLSQEFAHAVTRETGYQAMMKVRCSNGLQVSAYHGNFIQHALGADLEIGSIDADKAIGVMFSYDGKLDPKLDAHFQAALLYTTAEGQRRVRCINVVAAVNEGGLETMKFIDQDCVVSIMAKEAAAKTVDKSLKDIRASITEKTVDIFSGYRKVFSGSHPPGQLVLPENLKEFSMYMLALIKSRAFKGGQEASDRRIHDMRMLRSIGATELALYLYPRVIPIHNMQPEDGFPNEQGQLQVPPSLRASFSKIEEGGAYLVDNGQICLLWLHSRVSPNLLEDLLGPGQSSLQGLNPQTSSLPVLETHLNAQVRNLLQYFSTMRGSKSVAIQLARQGLDGAEYEFARLLVEDRNNEAQSYVDWLVHIHRQINLELAGHRKREDTSAEGSLTSLAGLRAPYWアスペルギルスニガーのSfb3アミノ酸配列配列番号4MADPNMYHTYGQAPVPGENPSDPNQMAYQVPPQGYPAAGIPPGPSPPQPGAAYGVPAPNQQWPAYGSPPPAQQPLQQPPSQFAHQADPQAAMGAPVDPGMAGLASQMSGLGIMGGEGGAARSSKKKHRHAHHEIAGASASVAQPFAAAPQDPMQPTSQFLNTGLNQAPRPISPAASIPAPVNPAFGGGAGAVPTQGKVDPEQIPSIPRSRDLPAQYYFNHVYPTMERHLPPPAAVPFVAHDQGNSSPKYARLTLNNIPSTSDFLSSTGLPLGMVLQPLARLDGEQPIPVLDFGDAGPPRCRRCRAYINPFMSFRSGGNKFVCNMCTFPNDVPPEYFAPLDPSGSRIDRMQRPELMMGTVEFLVPKDYWNKEPVGLQWLLLIDVSQESVNKGFLKGVCKGIMEALYSEETENPEDEAPARRIPEGAKIGIVTYDKEVHFYNLSAQLDQAQMMVMTDLEEPFVPLSEGLFVDPYESKDVITSLLQRIPSIFSHVKNPQPALLPALNAALSALRPTGGKIVGTIASLPTWGPGALSLRDDPKVHGTDAERKLFTTEHAGWRETAGHLAEAGIGLDMFIAAPSGTYMDVATIGHIPEVTGGETFFYPNFHAPRDIRKLSKELAHAITRETGYQALMKVRCSNGLQVSGYHGNFVQHTFGADLEIGAIDADKAIGVVFSYDGKLDPKLDAHFQAALLYTSANGQRRVRCINTVAAVNEGGMETMKFVDQDAVVAMVAKDAASKTLDKSLKDIRAGVSEKTVDIFSGYRKIFSGSHPPGQLVLPENLKEFSMYMLSLIKSRAIKGGQEASDRRIHDMRMLRSIGCTELSLYLYPRIIPIHNMQPTDGFPNEQGQLQVPPSLRASFSKIEEGGAYLVDNGQQCLLWLHSHVSPNLLEDLFGEGQTSLQGLSPQISTIPVLETHLNAQVRNLLQYFSTIRGSKAVTIQLARQGLDGAEYEFARMLVEDRNNEAQSSVDWLVHIHRQINLELAGHRKREDTAGEGGLTSLAGLRAPYWペニシリウムフニクロスムのSfb3アミノ酸配列配列番号5MADYSTYHSSGYAGAPGEDPNRQQPAVPAPYHSPNAPPGQAIQQPGITPYGAAQPPQFPGQPGVGYGVAPVPSPPQALGGPDVGDLATRIGGLGIISDAGTRSHKKKHRHAYHDIGGPNAQGLNTFPSQTNLQSQFLNTGLNQPEQQPAAPAAFPGAPVGQVPANVAPGAAPEVGGVGSVPTQGKIDPEQIPSVPRSRDLPAQYYFNNVYPTMERHVPPPASIPFIAHDQGNSSPKVARLTLNNIPSSSDFLQSTGLPLGMILQPLAKLDAGEQPVPVIDFGDIGPPRCRRCRTYINPFMTFRSGGNKFVCNMCTFPNDVPPEYFAPVDPSGVRVDRLQRPELMLGTVEFTVPKEYWVKEPAGLHQLFLIDVSQESVNRGFLKGVCDGIINALYGEEEPVEGAEPETRKVPEGSKIGIVTFDREIHFYNLLPRLDKAQMMVMTDLEEPFVPLSEGLFVDPYESKDVITSLLEQLPSLFARVKSPESTLLPTIKAAISALQATGGKIICCLTSLPTYGPGKLVMKDKSQAPDGENKLFAIDNPDYKAAATKLTEAGVGIDFFVAAPGGSFMDLTTIGYTAAISGGECFFYPNFHSPRDSLKLAQEISHTVTRETGYQALMKVRCSNGLQVSAYYGNFLQHTFGADLEIGTIDADKALGVLFSYDGKLDPKLDAHFQAALLYTAANGQRRVRCINIVAGVNEGGIETMKCIDQDAVVAIIAKEAASKAGDKTLKDIRASITEKTVDIFSGYRKNFSGSHPPGQLVLPENLKEFSMYMLGLLKSRAFKGGSETADRRVHDLRMLRSIGCLELSLYLYPRIIPIHNMSAEDGFANEQGQLQVPPALRASFSRVEEGGAYLIDNGQGILLWIHSFVSPNLLEDLFGPGITSLQALDPNTSSLPVLETHLNAQVRNLLQYLSTVRGSKAVTIQLARQGIDGAEYEFARSLVEDRNNEAQSYVDWLVHIHRQINLELAGHRKKEDSATSSGEGALSSLAGIRAPYWペニシリウムクリゾゲナムのSfb3アミノ酸配列配列番号6MADSSMYNTMGQGSSEDPSNPQYMAQVPPQQYPAGYPPTAAPLQPGAPYANPAPNQWPAYGSPQQPGMASPGIAYNAPQQPMGAAVDPGMAGLASQMGGLDIAADAGARTHRKKHRHAHHDIGGGAAPPAQGFNTGMDQGGLQQPQPQQQSQFLNTGLNQHADRPVSPAVGLVSGQSVAAIPGIQSGAGSVPTSGRIDPEHIPSIPRSRDLPAQYYFNHVYPTMDQHLPPPAAIPFVAQDQGNSSPKYARLTLNNIPSASDFLTSTGLPLGMILQPLAPLDPGEQPIPVLDFGDVGPPRCRRCRTYINPFMSFRSGGSKFVCNMCTFPNDTPPEYFAPLDPSGARVDRMQRPELLMGTVEFTVPKEYWNKEPVGLQTLFLIDVSRESVHRGFLKGVCAGIKDALYGDDDKASEGTEGDGSSRKLPVGAKVGIVTYDKEVHFYNLAAALDQAQMMVMTDLDEPFVPLSEGLFVDPYESKSVITSLLSRIPKIFSSIKNPESALLPTLNSALSALQATGGKIVCAVASLPTCGPGHLAIREDPKVHGTDAERKLFTTENPAWKKTASKLAEAGVGLDLFMAAPGGTYLDVATIGHVSSLTGGETFFYPNFHAPRDLLKLRKEIAHAVTRETGYQTLMKVRCSNGLQVSAYHGNFVQHTLGADLEIAGVDADKAVGVLFSYDGKLDPKLDAHFQAALLYTSADGQRRVRCINVVAAVNEGGLETMKFVDQDAVVSVIAKEAASKTLDKNLKDIRASISEKTVDIFSGYRKIFSGSHPPGQLVLPENLKEFSMYMLSLVKSRAFKAGPESSDRRIHDMRLIRSMGCTEMALYLYPRIIPVHNMQPEDGFANEHGQLQIPPTMRASYSRIEDGGVYIVDNGQAILLWIHAQVSPNLLEDLFGPGHNSLQGLNPNTSSLPVLETHLNAQVRNLLQYLSTVRGSKSVTIQLARQGLDGAEYEFARLLLEDRNNEAQSYVDWLVHIHRQINLELAGHRKKEEGGEGALASLSAMRTPYWネウロスポラクラッサNeurosporacrassaのSfb3アミノ酸配列配列番号7MADYTMYHALGQGETLDPNDPNRTTQPAPPQFQPPVAPNPYHPGAEYNAPGQQQQQQQQYGQQYGQQYGQQYGQQQYGQEYGHQQQQQQQQQYGAPSPYGAPPAHSPVSPMDDVGLAAQMGGMSLGAGAGAADHHGRKKKKDRHAFHTVEAPAGSSQPFNGMPPAGIPATQFLNADPSLAGRIPGPGHGQFPMPASPAFGPVPTSAADFAARDATQGVGSGVFAAGGPQGGKPSPDDTPSVPLSRDAVQPYFHTNVYPTFERLVPPPAVTSFVALDQGNSSPKFARLTMTNLPASAEGLKSTGLPLGLLLQPLAETQPGELPIPVLDFGEQGPPRCHRCRAYMNPFMMFKAGGNKFVCNLCTYANDTPPEYFCALSPQGVRVDRDQRPELTRGTVEFVVPKEYWTKEPVGMRYLFVIDVTQESYNKGFLESFCEGILSALYGGSEEGEDQDETGEPKRKIPAGAKVGFVTFDQEIHFYNVSPALEQAQMIVMPDIEDPFLPLSDGLFVDPYESKAVISSLLTRLPQMFSNIKNPEPALLSALNSAVAALEKTGGKVFCSLAALPTWGPGRLFMRDDGKHPGGEPDKKLFTTEHPGWRKLAEKMVSLGVGADFFMASPSGGYLDIATIGHVSSTTGGETFFYPNFVVQRDSTKLSLEIHHAVRRETGYAALMKVRCSNGLQVNAYHGNFIQHTFGADLEIGVIDADKALAVTFGYDGKLDSKLDAHFQAALLYTTASGQRRVRCINVIAGVSDLARDCMKYIDQDAIVSILAKEASTKLSTTSANLKEVRSSLTEKTIDILALYRKNHLAVPHPPQQLVMPERLKEFTMYVLGMLKCRAFKGGNETTDRRVHDMRLIRSMGARELSLYLYPRIIPLHSLQPEDGYPDATTGHLRMPSTMRASFARVEPGGVYLVDNGQVCLLWMHAQTAPALIQDLFGEDKTTLQSLDPYTSTIPVLETHLNAQTRNIIEYMRTVRGSKGLTIQLARQGIDGAEFEFARMLVEDRNNEAQSYVDWLVHVHKGVQLELAGQRKREDGESHSALGSFTGLRPAYWフザリウムオキシスポラムFusariumoxysporumSfb3アミノ酸配列配列番号8MADYAQYHALGQGEVIDPNDPNRTSQPSAQQFQPPIAPSPYQQQASPYGAPQYLGGQQAPPPMTGSPAPAPGYGYAPPQAQAPPGQAPPSQDATLAAQLGGMNLGDGHGTARRKKKDRHAYHTVEPTGSSQAFNGMPPQGTSATQFLDSVPGGPGFGGQFGSPQGTPQMQSQSQFSAPVNPAFGPGPVAGTPGVGEGLGTASVSTSGPKGVSPDDMPSVPASRDAIQQYYLKNVYPTFERHVPPPSTVSFVAYDQGNSSPKYTRLTLNNIPTTQDALQATGLSLGLLLQPLAPLQAGEAEIPVLDFGEAGPPRCRRCRAYMNPFMMFRSGGNKFVCNLCAYPNDTPPEYFSATNPQGVRVDRDTRPELHRGTVEFVVPKEYWTREPVGLRWLFLIDVTQESYNKGYVEAFCEGIRVALYGGEDQELDENGEPKRRIPEGAKVGFVTYDKDIHFYNVNPALDQAQMMIMPDLEDPFVPLSEGLFVDPYESKDVITSLLTRLPDMFSTIKNPEPALLAALNSALAALEATGGKVVASCSALPTWGPGRLFMRDNGNHPGGEIDKKLYTTEHPAWKKVAEKMAASGVGADFFLAAPSGGYLDIATIGHVSSTTGGETFYYPNFIAARDSRKLSLEISHAVTRETGFQALMKVRCSNGLQVSGYHGNFIQHTFGADLEIGVIDADKAMGVSFSYDGKLDPKLDAHFQSALLYTTASGERRVRCSNVIASVTETSKESGAREQGIRECLKFVDQDAVIGMLAKEASTKLATTSSNLKDIRHWLSEKAIDVLACYRKHAAQQHPPGQLVMPERLKEYCMYLLGLLKCRALKGGVENSDRRVHEMRMLRSMGALELSLYLYPRMIPIHNLAPEEGFADPETGHLKMPPAIRTSFSRVEPGGVYLVDNGQQCLLWFHSQTSPNLISDLFGEDKDSLKSLDPYTSALPLLETHLNAQVRNIIEFLRTMRGSKGLTIQLARQGIDGAEFDFARMLVEDRNNEAQSYVDWLVHIHKGVQLELSGQRKKEGEEHTAASLSNFAGLRPAYW図13は、S.セレヴィシエ配列番号1及びT.リーゼイ配列番号2から得られるSfb3タンパク質のアミノ酸配列のアラインメントを示す。これらの配列は、およそ30のアミノ酸配列同一性を有する。対照的に、T.リーゼイ及びA.オリザエから得られるSfb3タンパク質は、およそ58のアミノ酸配列同一性を有する。S.セレヴィシエ配列番号1、T.リーゼイ配列番号2及びA.オリザエ配列番号3から得られるSfb3タンパク質のアミノ酸配列のアラインメントを、図14に示す。およそ40のチャワンタケ種のSfb3タンパク質のアミノ酸配列のアラインメントは、特定のアミノ酸配列、すなわち、IQLARQGXDGXEXXXARXLXEDRNXEAXSXVDWL配列番号9、ここで、Xは任意のアミノ酸配列であるがSfb3タンパク質のC末端に近接し、かつこれはSec24タンパク質内には見出されないことを明らかにした。このコンセンサス配列は、チャワンタケの他のメンバーからSfb3タンパク質を識別するために使用することができる。他の研究からは、gas1遺伝子アスペルギルスフミガーツスAspergillusfumigatusにおいて知られるようにgel1遺伝子が、細胞壁構造に影響し、形態変化、並びに、カルコフロールホワイト、コンゴレッド及びドデシル硫酸ナトリウムに対する超感度を引き起こすことを明らかにした。理論に制限されるものではないが、糸状菌におけるSfb3発現及び/又は活性の変化が細胞壁合成に関連するタンパク質の輸送に干渉することで、細胞壁構造が変更され、菌糸がより短く及びより酵母に似た外観を持つことを特徴とする、よりコンパクトな形態の細胞を産生すると考えられる。細胞壁合成に関連するタンパク質としての同様の候補は、Gas1/Gel1である。液体培地において粘性が変更された表現型を呈する変異糸状菌株は、商業的に重要なタンパク質の大量生産に非常に適し得る。本発明の菌株及び方法は、糸状菌T.リーゼイを用いて例示されているが、チャワンタケに属するのであればSfb3タンパク質の機能は保存されているものと予測される。したがって、本発明の菌株及び方法は、T.リーゼイに限定されるものではない。V.Sfb3タンパク質産生量が変更された糸状菌株一態様では、親菌株から誘導された糸状菌の変異菌株であって前記変異菌株の細胞の機能性Sfb3タンパク質の産生量を、前記親菌株の細胞と比較して変化させる、遺伝子変異を含む、変異菌株が提供される。変異菌株の細胞は続いて、深部培養における好気性発酵中に前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を変更する必要がある、又は前記親菌株の細胞と比較して、予め選択された速度での撹拌下で、変更された溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する。場合により、この遺伝子変異は、変異菌株の細胞の機能性Sfb3タンパク質の産生量を、親菌株の細胞と比較して低下させ、得られた細胞ブロスは、親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために撹拌速度を低下させる必要があり、又は、予め選択された速度での撹拌下でより高い溶存酸素量を維持する。このような場合には、この変異菌株の細胞集団は、親菌株の細胞集団と比較して粘性の低下を呈するものと考えられ、このことは、溶存酸素量及び撹拌に関する観察を説明する。機能性Sfb3タンパク質の産生量の低下は、親菌株中に存在するsfb3遺伝子を破壊することで生じ得る。sfb3遺伝子の破壊は、粘性を低下させる表現型を変異菌株に対して付与する主要な遺伝子的決定因子であるため、このような変異菌株は、sfb3遺伝子が破壊されてさえいればよく、その一方で他のすべての遺伝子が無傷のままであってもよい。場合により、変異菌株は任意選択で、これらが誘導される元の親菌株と比較して、追加の遺伝子変異を含み得る。このような追加の遺伝子変異は、必ずしも粘性の低下を付与するものではないが、他の利点を菌株に付与し得る。Sfb3遺伝子の破壊は、機能性sfb3遺伝子産物、すなわち、Sfb3タンパク質、の発現を実質的に抑制する任意の好適な方法を用いて、行うことができる。代表的な破壊方法としては、sfb3遺伝子の完全な又は部分的な欠失が挙げられ、そのような欠失としては、例えば、Sfb3-コード配列、プロモーター、ターミネーター、エンハンサー又は別の制御因子の、完全な又は部分的な欠失が挙げられる。sfb3遺伝子の破壊はまた、sfb3遺伝子の任意の部分を含む染色体の一部を完全に又は部分的に欠失させることで、行うことができる。sfb3遺伝子を破壊する特定の方法としては、sfb3遺伝子の任意の部分-例えば、Sfb3-コード配列、プロモーター、ターミネーター、エンハンサー又は別の制御因子-におけるヌクレオチドの置換又は挿入が挙げられる。好ましくは、欠失、挿入及び/又は置換総じて変異と称されるは、一般に特異的核酸配列を標的としない化学的変異誘導とは対照的な配列特異的分子生物学技術を用いる遺伝子操作により導入される。sfb3遺伝子における変異は、sfb3プロモーターの有効性を低下させ、sfb3エンハンサーの有効性を低下させ、sfb3mRNAのスプライシング又は編集に干渉し、sfb3mRNAの翻訳に干渉し、Sfb3コード配列に終止コドンを導入して完全長のSfb3タンパク質のコード配列を変化させてより活性の弱い若しくは不活性のタンパク質を産生し又は他の細胞壁成分とのSfb3の相互作用を低下させ、Sfb3タンパク質のコード配列を、より不安定なタンパク質を産生させるために変化させ又はSfb3タンパク質を破壊するための標的にし、Sfb3タンパク質に誤った折り畳みを行わせ又は誤った修飾をさせ例えば、グリコシル化によるなど、あるいは、Sfb3タンパク質の細胞輸送に干渉し得る。一般に、これら及び他の遺伝子操作の目的は、機能性Sfb3タンパク質の発現を低下させ若しくは抑制し、あるいは、Sfb3タンパク質の正常な生物活性を低下させ又は抑制することで、粘性を低下させる表現型を生じる形態変化を生み出すことである。他の場合には、遺伝子変異は、機能性Sfb3タンパク質の発現を増加させ若しくは回復させ、あるいは、Sfb3タンパク質の通常の生物活性を増加させ、これにより、粘性が増加又は回復する表現型を生じる形態変化を生み出す。Sfb3機能を増加又は回復させる代表的な遺伝子変異は、sfb3遺伝子の追加の複製を細胞の中に導入する、sfb3プロモーター、エンハンサー又は他の制御因子の有効性を増加させる、Sfb3タンパク質をコードするmRNAの翻訳を増加させる、Sfb3タンパク質をコードするmRNAの安定性を増加させる、Sfb3タンパク質の活性又は安定性を増加させる変化をsfb3遺伝子に導入する、他のタンパク質若しくは細胞壁成分及びこれらに類するものとの相互作用を調節する変化をsfb3遺伝子に導入するものである。Sfb3機能を増加又は回復させる他の遺伝子変異は、機能性Sfb3タンパク質の発現を低下させる又は抑制する遺伝子変異の効果を逆転するものである。上記のように操作及び使用するための糸状菌細胞は一般に、子嚢菌門チャワンタケ亜門からのものであり、特に栄養菌糸状態を有しsfb3遺伝子の相同体を含む真菌である。このような生物としては商業的に重要な工業及び製薬タンパク質の産生に使用される真菌が挙げられ、限定するものではないが、トリコデルマspp.、アスペルギルスspp.、フザリウムspp.、スケドスポリウムScedosporiumspp.、ペニシリウムspp.、クリソスポリウムChrysosporiumspp.、セファロスポリウムCephalosporiumspp.、タラロマイセスTalaromycesspp.、ゲオスミチアGeosmithiaspp.、ミセリオフトラMyceliophthoraspp.及びニューロスポーラNeurosporaspp.が挙げられる。具体的な生物としては、限定するものではないが、トリコデルマリーゼイかつてはトリコデルマロンギブラキアタム及びハイポクレアジェコリーナとして分類、アスペルギルスニガー、アスペルギルスフミガーツス、アスペルギルスイタコニカスAspergillusitaconicus、アスペルギルスオリザエ、アスペルギルスニデュランスAspergillusnidulans、アスペルギルステレウスAspergillusterreus、アスペルギルスソーヤAspergillussojae、アスペルギルスジャポニカスAspergillusjaponicus、スケドスポリウムプロリフィカンスScedosporiumprolificans、ネウロスポラクラッサ、ペニシリウムフニクロスム、ペニシリウムクリゾゲナム、タラロマイセスゲオスミチアエマーソニイTalaromycesGeosmithiaemersonii、フザリウムベネナタムFusariumvenenatum、ミセリオフトラサーモフィラMyceliophthorathermophila及びクリソスポリウムロックンオウンズChrysosporiumlucknowenseが挙げられる。例えば、糸状菌がT.リーゼイであるといった、一部の実施形態では、sfb3遺伝子は、配列番号2のアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする。他の実施形態では、sfb3遺伝子は、配列番号2のアミノ酸配列に対して、例えば、少なくとも約70、少なくとも約75、少なくとも約80、少なくとも約85、少なくとも約90、少なくとも約91、少なくとも約92、少なくとも約93、少なくとも約94、少なくとも約95、少なくとも約96、少なくとも約97、少なくとも約98、又は更には少なくとも約99同一であるなど、アミノ酸全体が配列番号2のアミノ酸配列と特定の割合で同一であるタンパク質をコードする。例えば、糸状菌がA.オリザエである一部の実施形態では、sfb3遺伝子は、配列番号3のアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする。他の実施形態では、sfb3遺伝子は、配列番号3のアミノ酸配列に対して、例えば、少なくとも約70、少なくとも約75、少なくとも約80、少なくとも約85、少なくとも約90、少なくとも約91、少なくとも約92、少なくとも約93、少なくとも約94、少なくとも約95、少なくとも約96、少なくとも約97、少なくとも約98、又は更には少なくとも約99の同一であるなど、アミノ酸全体が配列番号3のアミノ酸配列と特定の割合で同一であるタンパク質をコードする。例えば、糸状菌がT.リーゼイである一部の実施形態では、sfb3遺伝子は、以下に示される配列番号10のヌクレオチド配列を有する。他の実施形態では、sfb3遺伝子は、配列番号10のアミノ酸配列に対して、例えば、少なくとも約70、少なくとも約75、少なくとも約80、少なくとも約85、少なくとも約90、少なくとも約91、少なくとも約92、少なくとも約93、少なくとも約94、少なくとも約95、少なくとも約96、少なくとも約97、少なくとも約98、又は更には少なくとも約99同一であるなど、アミノ酸全体が配列番号10のアミノ酸配列と特定の割合で同一であるタンパク質をコードする。トリコデルマリーゼイのsfb3DNA配列配列番号10、2つのイントロンに下線が引いてある:VI.糸状菌細胞の粘性表現型を変化させるための方法別の態様では、糸状菌細胞の形態を変化させるための方法が提供される。変異糸状菌細胞は、固体培地上で生育形態の変化を呈し、深部培養において生育させた場合には複数の異なる粘性を有する細胞集団を産生する。場合により、この方法は、好適な遺伝学的又は化学的方法を用いて親菌株においてsfb3遺伝子を破壊することを含み、ここで、好気性発酵中に変異菌株は、深部培養における好気性発酵中に、親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要があり、又は、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生する。このような方法を用いて、上記及び別の箇所に記載の任意の方法でsfb3遺伝子を破壊してもよい。好ましくは、sfb3遺伝子の破壊は、一般に特定の核酸配列を標的としない化学的変異誘導とは対照的な配列特異的分子生物学技術を用いる遺伝子操作により行われる。一部の実施形態では、粘性を低下させる表現型を導入される親菌株は、高レベルで発現させることが意図される対象の遺伝子を既に含んでいる。この方法によると、本発明の方法は、予め粘性を低下させた菌株に、対象のタンパク質を産生させるために遺伝子を導入する必要がなくなる。それゆえに、本発明の方法は、対象の遺伝子を既に含む親菌株から粘性が低下した糸状菌細胞の変異菌株を産生するために使用することができる。別の態様では、粘性の変化した表現型について糸状菌細胞をスクリーニングするための方法も提供される。この方法は、蛍光染色に対する感度の変化について糸状菌細胞例えば、変異誘導細胞又は野性分離株のパネルをスクリーニングすることを包含し、ここで、蛍光染色に対する感度の変化は、変異細胞が、深部培養における好気性発酵中に、親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するためにより多くの若しくはより少ない撹拌を必要とする、並びに/又は、予め選択された速度での撹拌下で増加若しくは低下した溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生することを示唆する。この方法によると、蛍光染色に対する感度は、感度の表現型が変化した変異糸状菌細胞を同定するために使用することができる。場合により、この方法は、蛍光染色に対する感度の上昇について糸状菌細胞例えば、変異誘導細胞又は野性分離株のパネルをスクリーニングすることを包含し、ここで、蛍光染色に対する感度の上昇は、変異細胞が、深部培養における好気性発酵中に、親菌株の細胞と比較して、予め選択された溶存酸素量を維持するために、撹拌速度を減少させる必要があり、並びに/又は、予め選択された速度での撹拌下で、増加した溶存酸素量を維持する、細胞ブロスを産生することを示唆する。この方法によると、蛍光染色に対する感度は、感度が低下する表現型を有する変異糸状菌細胞を同定するために使用することができる。代表的な蛍光色素は、糸状菌の細胞壁中のセルロース及び/又はキチンに結合するものであり、限定するものではないが、カルコフロールホワイトCASNo.4193-55-9、コンゴレッドCASNo.573-58-0、ソロフェニルフラビンSolophenylFlavineCASNo.61725-08-4、ポンタミンファストスカーレットPontamineFastScarletCASNo.79770-29-9及びプリムリンCASNo.30113-37-2などが挙げられる。糸状菌の親菌株においてsfb3遺伝子を破壊するために使用する具体的な遺伝学的技術は、一般に、その技術が配列特異的な方法でsfb3遺伝子を標的とするものであるならば、どのような技術を用いようとそれは本方法にとって決定的なものではない。代表的方法は、部位特異的組み換え、標的遺伝子挿入、転位因子の使用、ウィルスによる形質導入及びRNAによる遺伝子サイレンシングであるRaponiM.andArndt,G.M.2003NucleicAcidsResearch31:4481~89l;NakayashikiH.andNguyen,Q.B.2008CurrentOpinioninMicrobiology11:494~502;Kuck,U.andHoff,B.2010AppliedandEnvironmentalBiotechnology86:51~62。所望される場合には、sfb3遺伝子の破壊は、例えば、選択マーカー、蛍光若しくは他の識別可能なマーカー、クローニング部位若しくはクロニーングカセット、以降の菌株の同定を可能にする配列フィンガープリント、又は、菌株に識別性若しくは機能性を付加するための他の遺伝子修飾を、同時に又は連続して挿入することを伴う。場合により、粘性が低下した菌株において高レベルで発現されることが意図される対象の遺伝子を、sfb3遺伝子の破壊部位に導入することが望ましいことがある。このような場合には、粘性を低下させる表現型を導入することと対象の遺伝子を導入することは、同時に行われ得る。VII.有用性粘性が低下した糸状菌株を使用した場合、深部培養時の酸素及び栄養素の分布が改善し、深部培養培地を撹拌するのに必要とされるエネルギー量が低下し、培地中に存在する細胞集団を増加させ、タンパク質産生を増加させることが知られている。しかしながら、本発明の糸状菌の変異菌株は、かつて述べられてきた粘性が低下した菌株よりも有意な利点を提供する。第一に、本発明の菌株は、完全に定義されたゲノムを有するため、後続の遺伝子操作、相補的操作、マッチング及びこれらに類する操作に非常に適する。第二に、本発明の菌株は、分泌タンパク質の産生に悪影響を与えない。第三に、粘性が低下した菌株は、高レベルに発現させることを意図したタンパク質すなわち、対象のタンパク質を既に産生している、選択マーカーを既にコードしている、又は産生宿主において望ましい他の特徴を既に含んでいる、親菌株を含む本質的に任意の親菌株から産生することができる。それゆえに、本発明の菌株及び方法は、対象のタンパク質をコードする遺伝子を、粘性が低下している既存の産生菌株の中に輸送する必要がない。本発明の菌株及び方法は、糸状菌の深部培養における商業的に重要なタンパク質の産生への使用を見出される。商業的に重要なタンパク質としては、例えば、セルラーゼ、キシラナーゼ、ペクチナーゼ、リアーゼ、ペクチナーゼ、プロテアーゼ、アミラーゼ、プルラナーゼ、リパーゼ、エステラーゼ、ペルヒドロラーゼ、トランスフェラーゼ、ラッカーゼ、カタラーゼ、オキシダーゼ、レダクターゼ、ヒドロホビン、及び他の酵素、並びに、糸状菌において発現可能な非酵素タンパク質が挙げられる。このようなタンパク質は、工業又は製薬用途を目的としたものであり得る。本発明の菌株及び方法の、これらの及び他の、態様及び実施形態は、本説明を見た当業者にとっては、明白であろう。以下の実施例は、菌株及び方法を更に例示することを意図するものであり、限定することを意図したものではない。以下の例の読解を補助するために、慣用名、ジェネンコア菌株コレクション番号GenencorstraincollectionnumbersGICC及び開始糸状菌株に選択された特徴を表1に列挙する。生成した糸状菌菌株についての同様の情報を表2に列挙する。実施例において使用した核酸プライマーを表3に列挙する。小文字表記した配列は、PCRにより増幅させた断片の直接的な消化を可能にするよう付加したヌクレオチドである。イタリック体表記した配列は、制限酵素認識部位である。太字表記した配列は、loxP部位である。下線を付したCACC配列には、増幅させたDNA断片をGATEWAYエントリーベクター中に組み込むことができるよう適切なプライマーを付加した。実施例で使用した培地及び他の原液を以下に説明する。実施例1.粘性を低下させる表現型を得るためのT.リーゼイ菌株Morph及び29-9からのsfb3の欠失1.1.Δsfb3欠失カセットの作製T.リーゼイsfb3遺伝子の5’末端に隣接するDNA配列をプライマー対AVG88/AVG89で増幅した。このプライマー対による断片の増幅により、断片の5’末端にSalI部位を、並びに、断片の3’末端にBglII部位を導入した。平行なloxP部位に隣接するハイグロマイシンB耐性カセットをプラスミドpCR-BluntII-hph-loxP4図1からプライマー対AVG90/AVG91で増幅し、断片の5’末端にBglII部位を、並びに、断片の3’末端にNotI部位を導入した。sfb3の3’末端に隣接するDNA配列をプライマー対AVG92/AVG93で増幅し、断片の5’末端にNotI部位を、並びに、3’末端にXbal部位を導入した。上記3つの断片を連続して、ベクターpCR登録商標-BluntII-TOPO登録商標InvitrogenCorp.Carlsbad,CA,USAの中にライゲーションし、得られたプラスミドをpCR-BluntII-TOPO889092図2と命名した。テンプレートとしてMorphTrglaA29-9ゲノムDNAを用いて、sfb3遺伝子の5’及び3’末端のDNA配列を増幅した。5’sfb3隣接部位を含有するΔsfb3欠失カセット、各端部にてloxPにより囲まれたハイグロマイシンB耐性カセット、及び3’sfb3隣接部位をプラスミドpCRBluntII-TOPO889092からプライマー対AVG104/AVG105で増幅した。複数のPCR反応物をプールし、PCR精製キットを用いて精製し、エタノール沈殿させて、増幅したDNA断片を濃縮した。このようにして調製したDNAを、次の工程で使用した。1.2.sfb3遺伝子を欠損している菌株29-9Δsfb3及びMorphΔsfb3の作製PEG法による形質転換を用い、Δsfb3欠失カセットにより菌株Morph及び29-9を形質転換し、ハイグロマイシンBとソルビトールとを含有するアカパンカビ用最少培地上に蒔いた。トリコデルマの形質転換は、例えば、米国特許第5,246,853号に記載されている。ハイグロマイシンBを含有するアカパンカビ用最少培地に候補株29-9Δsfb3については684及びMorphΔsfb3については348を移植し、ハイグロマイシンB耐性候補株を選択した。コンゴレッドを含有するアカパンカビ最少培地又はPDAにハイグロマイシンB耐性形質転換体を移植し、コンゴレッド感度を評価した。PCR分析は、相同組み換えによりΔsfb3欠失カセットがsfb3座に組み込まれた各形質転換体のうち、1株がコンゴレッド感応性候補株であることを明らかにした図3。29-9Δsfb3及びMorphΔsfb3の両方におけるsfb3遺伝子座へのΔsfb3欠失カセットの相同組み込みは、プライマー対AVG108/AVG109、AVG110/AVG111及びAVG108/AVG111を用いて、期待されたサイズのDNA断片を増幅することにより、確認された。プライマー対AVG108/AVG109は、AVG88/AVG89欠失カセット領域の5’末端の外側から開始してハイグロマイシンB耐性カセット内で終止するDNA断片を増幅する。プライマー対AVG110/AVG111は、ハイグロマイシンB耐性カセット内で開始してAVG92/AVG93欠失カセット領域の3’末端の外側で終止するDNA断片を増幅する。プライマー対AVG108/AVG110は、sfb3遺伝子座に組み込まれた欠失カセット全体を増幅する。欠失カセットの相同組み込みが確認された生成菌株はそれぞれ29-9Δsfb3及びMorphΔsfb3と命名した。1.3.深部培養での菌株29-9、70H2及び29-9Δsfb3の生育菌株29-9、70H2及び29-9Δsfb3を深部液体培養にて同等条件下で生育させ、これらの生育表現型を比較した。簡潔には、両面及び底部バッフルを有する3Lフラスコ内の500mLの培地に、各菌株の胞子を別々に添加した。使用した培地は、5g/LのNH42SO4、4.5g/LのKH2PO4、1g/LのMgSO47H2O及び14.4g/Lのクエン酸を含有しているものであり、5のNaOHによりpH5.5に調整していた。そして30分間オートクレーブ処理した後、無菌60グルコースを添加して最終濃度を27.5g/Lにし、これと共に、2.5mL/Lの微量元素溶液を添加させて培地を使用した。この微量元素溶液には、175g/Lのクエン酸、200g/LのFeSO47H2O、16g/LのZnSO47H2O、3.2g/LのCuSO45H2O、1.4g/LのMnSO4H2O及び0.8g/LのH3BO3が含有されていた。培養物を48時間にわたって34°Cにてインキュベーター内で振盪させながら生育させた。48時間後、4.7g/LのKH2PO4、1.0g/LのMgSO47H2O、4.3g/LNH42SO4及び2.5mL/Lの同様の微量元素溶液を含有する9.5Lの培地を含有する15L発酵器に各フラスコの内容物を別々に加えた。これらの成分を一緒に121°Cにて30分にわたって熱滅菌した。60のグルコースと0.48のCaCl22H2Oの溶液を別々にオートクレーブ処理し、冷却し、発酵器に添加して最終濃度を75g/Lのグルコース及び0.6g/LのCaCl22H2Oにした。この培地を28のNH3でpH3.5に調整し、生育期間全体にわたって温度を34°Cに維持した。ヘッドスペースへの圧力の印加がなかった場合、溶存酸素DOプローブを100に較正したすなわち、0bar0kPaのゲージ圧、1bar100kPaの絶対圧。ヘッドスペース内の圧力を次に0.7bar70kPaゲージ圧に設定した。その後、播種培地を添加する前に酸素プローブは170の読み取り値を示した。この発酵器は、500rpmに初期設定された可変速度モーターにより混合を行う4枚ブレードタービンを2つ備えた。培養物が生育するにつれて、糸状菌の増殖に起因してブロスの粘性が上昇したことに少なくともある程度は起因して、DO濃度は低下した。DOが40以下に低下した場合には、撹拌速度を増加させて、溶存酸素を40に維持した。DOが40以下に低下しない場合には、発酵工程中の撹拌速度を増加させる必要はなく、開始撹拌速度は必要とされている速度よりも速いことになる。グルコースが完全に消費された時点で各発酵器で産生されたバイオマスの量を測定したところ、3つの菌株すべてについて産生量がほぼ同じであったことが判明した。所与の撹拌速度における各発酵器のDO濃度、並びに、所与のDOレベルを維持するために必要とされる撹拌速度は、複数の異なる菌株生育表現型により、複数の異なるブロスから得られる粘性の間接的測定値である。一方の変数すなわち、DO又は撹拌のみを変更してもう一方を測定するのが理想であるが、各発酵器において十分なバイオマスの産生を確保するためにDOが40以下に低下するのを防止して、これにより、異なる菌株の生育のより有意な比較を可能にすることが望ましい。一般に、対象とするDO濃度を維持するには、撹拌速度を上昇させる必要があるが、撹拌速度は、ブロスの粘性に相関する基準を提供する発酵器タービンを駆動するモーターに供給される電力の量により推定することができる。具体的には、懸濁した培地を撹拌するのに必要とされる割増電力は、撹拌速度の三乗に比例する。表4は、増殖期の最後にて、溶存酸素を40に維持するのに必要とされる最高撹拌速度を示す。これらの生育条件下で、元々の菌株29-9は、40のDOを維持するために、並びに、その量のバイオマスを産生するために、70H2又は29-9Δsfb3のいずれかの2.6倍の電力を必要とする。菌株70H2及び29-9Δsfb3は、同様の粘性特性を有し、懸濁培地において同様のレベルで対象のタンパク質TrGAを産生し、粘性を低下させる生育表現型は、sfb3遺伝子を破壊することで糸状菌に付与できることを示した。1.4.MorphΔsfb3からのloxPが隣接するハイグロマイシンB耐性カセットの除去loxP部位間の組み換えを誘導したcre遺伝子を一過性発現することにより、菌株MorphΔsfb3からloxPに隣接するハイグロマイシンB耐性カセットを除去した。MorphΔsfb3菌株を、cre含有テロメアプラスミドpTrex-Tel-pyrG13/pDONR221/0927853cre図4で形質転換して、loxP間の組み換えを誘導し、ハイグロマイシンB耐性カセットを除去した。このベクターは、アセトアミドを含有する培地での生育を可能にするamdSマーカーカセットを含有する。形質転換体は、いったんアセドアミド含有培地に移植し、次いで、3つをPDA培地に移植し、cre含有テロメアプラスミドを消失させた。これらの形質転換体を次に平行して、ハイグロマイシンBカセットが消失したかどうかを評価するためのハイグロマイシンB含有アカパンカビ用培地、並びに、cre含有プラスミドが消失したかどうかを評価するためのアセトアミド含有培地に移した図5;PDA=ポテトデキストロース寒天、VMH=ハイグロマイシンBを有するアカパンカビ用最少培地、amdS=アセトアミドを有する最少培地、hph-=ハイグロマイシンBに対する感度、cre-=培地中のアセトアミドの存在に対する感度。91.8の形質転換体がハイグロマイシンBカセットを消失し、92.5の形質転換体がcre含有プラスミドを消失した。これは、組み込まれたΔsfb3欠失カセットからハイグロマイシンBを除去することが可能であることを実証した。1.5.sfb3遺伝子を破壊させても対象の遺伝子の発現は損なわれないグルコアミラーゼ酵素をコードする発現カセットは、目的とする代表的な遺伝子として機能し、並びに、変異糸状菌株から分泌されるタンパク質の量を測定するための便利な方法が得られた。amdSマーカーカセットに融合させた、cbhIプロモーター、T.リーゼイグルコアミラーゼ遺伝子TrglaA及びcbhIターミネーターを含有するグルコアミラーゼ発現カセットすなわち、TrglaA発現カセットをプラスミドpNSP23図6からプライマー対SK745/SK746を用いてPCR増幅した。複数のPCR反応物をプールし、PCR精製キットを用いて精製し、エタノール沈殿させて、増幅したDNA断片を濃縮した。PEG法による形質転換を用い、TrglaA発現カセットによりMorphΔsfb3菌株を形質転換し、その後、ソルビトールを含有するアセトアミド最小培地上に蒔いた。好適な候補株をアセトアミド最小培地上で選択し、マイクロタイターフォーマット内の誘導培地に移した。これらの菌株をマイクロタイタープレートで生育させ、基質としてPNPGを用い、上清の持つグルコアミラーゼ活性をアッセイした。最良のMorphΔsfb3TrglaA候補株は、29-9菌株これもTrglaA発現カセットを含むよりも高いグルコアミラーゼ活性を有した。一番の候補株の上清のもつグルコアミラーゼ活性を振盪フラスコ培養法による生育後に検証し、マイクロタイタープレートで得られた結果を確認した。この結果は、sfb3の欠失が対象のタンパク質の発現又は分泌を損なわないことを示す。実施例2.野生型sfb3遺伝子による70H2菌株の相補性試験2.1.sfb3遺伝子を含有するコンストラクトの作製sfb3遺伝子を含有する4種のコンストラクトを作製した。プライマー対AVG82/AVG83を用いて、29-9ゲノムDNAから野生型sfb3遺伝子をその天然のプロモーター及びターミネーターで増幅し、70H2ゲノムDNAから変異sfb3遺伝子をその天然のプロモーター及びターミネーターで増幅した。プライマー対AVG84/AVG85を用いて、29-9ゲノムDNAを使用して野生型sfb3遺伝子を開始コドンから終止コドンまで増幅し、70H2ゲノムDNAを使用して変異sfb3遺伝子を開始コドンから終止コドンまで増幅した。その結果、天然のsfb3プロモーター及びターミネーターを有する又は有さない、野生型又は変異sfb3遺伝子を含有する4種のPCR増幅断片が得られた。これらの4種の断片を、独立してpENTR/D-TOPOベクターInvitrogenCarlsbad,CA,USAの中にクローニングした。次の工程で、4種のpENTR/D-TOPOコンストラクトを、LRクロナーゼ反応を用いて、デスティネーションベクターpTrex2g/HygBに移した。大腸菌により4種のコンストラクトを各々増幅させ、各コンストラクトについて得られたミニプレップ産物を減圧乾燥し濃縮した。このように調製したDNAを後続の工程で使用した。代表的なデスティネーションコンストラクトを、図7に示す。2.2.sfb3遺伝子による70H2表現型の相補性試験PEG法による形質転換を用い、4種のデスティネーションベクターコンストラクトの各々により70H2を別個に形質転換させ、その後、ハイグロマイシンBを有するアカパンカビ用最少培地上に蒔いた。4種の形質転換体の各々から得た30の候補株を、ハイグロマイシンBを含むPDAに移し、これらの表現型を、pTrex2g/HygBベクター単独で形質転換した70H2及び29-9対照としての表現型と比較した。野生型sfb3遺伝子で形質転換されたすべての候補株は、ハイグロマイシンBを含むPDA培地上で29-9と同様の野生型表現型を有した。変異sfb3遺伝子で形質転換した結果70H2から誘導されたすべての候補株は、70H2表現型を保持していた図8。これらの結果は、29-9から誘導された野生型sfb3遺伝子は70H2菌株に野生型表現型を付与することができたが、70H2から誘導された変異sfb3遺伝子は付与できなかったことを示した。表現型復帰が、染色体DNAにおける変化によるのではなく、野生型sfb3遺伝子の存在により生じたことを確認するために、複数の候補株をPDA培地非選択的条件上に四回移植し、ベクターを消失した候補株を探し、次に、ハイグロマイシンBを有する選択的培地に戻した。不安定でかつプラスミドを消失していたハイグロマイシンB耐性の消失に基づくすべての候補株について、プラスミドの消失は、70H2表現型の再出現と相関した。これらの結果は、70H2の野生型表現型の回復に野生型sfb3が関与していたことを裏付ける。2.3.野生型sfb3遺伝子を含有するsfb3遺伝子置換カセットの作製野生型sfb3遺伝子の3’末端の約2/3を含有するDNA配列をプライマー対AVG94/AVG95で増幅させ、これは、断片の5’末端にてSpeI部位を、並びに、断片の3’末端にてBglII部位を導入した。loxP部位に隣接するハイグロマイシンB耐性カセットをプラスミドpCR-BluntII-hph-loxP4図1からプライマー対AVG90/AVG91で増幅し、断片の5’末端にBglII部位を、並びに、断片の3’末端にNotI部位を導入した。sfb3ターミネーター領域の3’DNA配列下流を含有するDNA配列をプライマー対AVG96/AVG97で増幅し、断片の5’末端にNotI部位を、並びに、断片の3’末端にXbaI部位を導入した。これら3つの断片を連続して、ベクターpCR登録商標-BluntII-TOPO登録商標InvitrogenCorp.Carlsbad,CA,USAの中にライゲーションし、得られたプラスミドをpCR-BluntII-TOPO949096図9と命名した。テンプレートとして29-9ゲノムDNAを用いて、ハイグロマイシンB耐性カセットを囲む2つのDNA配列を増幅した。sfb3遺伝子の一部と、各端部にてloxPにより囲まれたハイグロマイシンB耐性カセットと、sfb3の3’配列下流とを含有する、sfb3遺伝子置換カセットをプラスミドpCR-BluntII-TOPO889092からプライマー対AVG102/AVG103で増幅した。複数のPCR反応物をプールし、PCR精製キットを用いて精製し、エタノール沈殿させて、増幅したDNA断片を濃縮した。このように調製したDNAを後続の工程で使用した。2.4.天然sfb3遺伝子座からのsfb3野生型遺伝子の発現による70H2表現型の相補性試験PEG法による形質転換を用い、sfb3遺伝子置換カセットセクション2.3に記載により菌株70H2を形質転換し、次に、ハイグロマイシンBとソルビトールを含有するアカパンカビ用最少培地上に蒔いた。野生型コロニー表現型を有する15の候補株を、ハイグロマイシンBを含有するアカパンカビ用最少培地に移植し、野生型コロニー表現型を有するハイグロマイシンB耐性候補株を選択した。好適なハイグロマイシンB耐性候補株を、ハイグロマイシンBを含有する最小培地上で選択し、野生型コロニー表現型について評価した図10。70H2のsfb3遺伝子座でのsfb3遺伝子置換カセットの相同組み込みは、プライマー対AVG112/AVG113及びAVG114/AVG115を用いて、期待されたサイズのDNA断片を増幅することにより、確認された。プライマー対AVG112/AVG113は、AVG94/AVG95sfb3遺伝子置換カセット領域の5’末端の外側から開始してハイグロマイシンB耐性カセット内で終止するDNA断片を増幅した。プライマー対AVG114/AVG115は、ハイグロマイシンB耐性カセット内で開始してAVG96/AVG97sfb3遺伝子置換カセット領域の3’末端の外側で終止するDNA断片を増幅した。生じた、sfb3遺伝子置換カセットの相同組み込みが確認された菌株は、70H2野生型sfb3と命名した。この菌株は、29-9と同様の表現型を有した。それゆえに、70H2内の変異sfb3遺伝子の、野生型sfb3遺伝子による天然sfb3遺伝子座における置換により、70H2の野生型表現型が回復し、sfb3遺伝子の破壊が70H2において粘性を低下させる表現型をもたらす更なる根拠をもたらした。実施例3.深部培養での菌株29-9、70H2及び29-9Δsfb3の生育菌株29-9、70H2及び29-9Δsfb3を深部液体培養にて同等条件下で生育させ、これらの生育表現型を比較した。簡潔には、両面及び底部バッフルを有する3Lフラスコ内の500mLの培地に、各菌株の胞子を別々に添加した。使用した培地は、5g/LのNH42SO4、4.5g/LのKH2PO4、1g/LのMgSO47H2O及び14.4g/Lのクエン酸を含有しているものであり、5のNaOHによりpH5.5に調整していた。そして30分間オートクレーブ処理した後、無菌60グルコースを添加して最終濃度を27.5g/Lにし、これと共に、2.5mL/Lの微量元素溶液を添加させて培地を使用した。この微量元素溶液には、175g/Lのクエン酸、200g/LのFeSO47H2O、16g/LのZnSO47H2O、3.2g/LのCuSO45H2O、1.4g/LのMnSO4H2O及び0.8g/LのH3BO3が含有されていた。培養物を48時間にわたって34°Cにてインキュベーター内で振盪させながら生育させた。48時間後、4.7g/LのKH2PO4、1.0g/LのMgSO47H2O、4.3g/LNH42SO4及び2.5mL/Lの同様の微量元素溶液を含有する9.5Lの培地を含有する15L発酵器に各フラスコの内容物を別々に加えた。これらの成分を一緒に121°Cにて30分にわたって熱滅菌した。60のグルコースと0.48のCaCl22H2Oの溶液を別々にオートクレーブ処理し、冷却し、発酵器に添加して最終濃度を75g/Lのグルコース及び0.6g/LのCaCl22H2Oにした。この培地を28のNH3でpH3.5に調整し、生育期間全体にわたって温度を34°Cに維持した。ヘッドスペースへの圧力の印加がなかった場合、溶存酸素DOプローブを100に較正したすなわち、0bar0kPaのゲージ圧、1bar100kPaの絶対圧。ヘッドスペース内の圧力を次に0.7bar70kPaゲージ圧に設定した。その後、播種培地を添加する前に酸素プローブは170の読み取り値を示した。この発酵器は、500rpmに初期設定された可変速度モーターにより混合を行う4枚ブレードタービンを2つ備えた。培養物が生育するにつれて、糸状菌の増殖に起因してブロスの粘性が上昇したことに少なくともある程度は起因して、DO濃度は低下した。DOが40以下に低下した場合には、撹拌速度を増加させて、溶存酸素を40に維持した。DOが40以下に低下しない場合には、発酵工程中の撹拌速度を増加させる必要はなく、開始撹拌速度は必要とされている速度よりも速いことになる。グルコースが完全に消費された時点で各発酵器で産生されたバイオマスの量を測定したところ、3つの菌株すべてについて産生量がほぼ同じであったことが判明した。所与の撹拌速度における各発酵器のDO濃度、並びに、所与のDOレベルを維持するために必要とされる撹拌速度は、複数の異なる菌株生育表現型により、複数の異なるブロスから得られる粘性の間接的測定値である。一方の変数すなわち、DO又は撹拌のみを変更してもう一方を測定するのが理想であるが、各発酵器において十分なバイオマスの産生を確保するためにDOが40以下に低下するのを防止して、これにより、異なる菌株の生育のより有意な比較を可能にすることが望ましい。一般に、対象とするDO濃度を維持するには、撹拌速度を上昇させる必要があるが、撹拌速度は、ブロスの粘性に相関する基準を提供する発酵器タービンを駆動するモーターに供給される電力の量により推定することができる。具体的には、懸濁した培地を撹拌するのに必要とされる割増電力は、撹拌速度の三乗に比例する。表4は、増殖期の最後にて、溶存酸素を40に維持するのに必要とされる最高撹拌速度を示す。これらの生育条件下で、元々の菌株29-9は、40のDOを維持するために、並びに、その量のバイオマスを産生するために、70H2又は29-9Δsfb3のいずれかの2.6倍の電力を必要とする。重要なことに、70H2及び29-9Δsfb3菌株は、懸濁培地において同様の粘性特性を有し、粘性を低下させる生育表現型は、sfb3遺伝子を破壊することで糸状菌に付与できることを示した。実施例4.全セルラーゼ組成物を産生するためのΔsfb3H3A菌株の作製4.1Δsfb3欠失カセットの作製T.リーゼイsfb3遺伝子の5’末端に隣接するDNA配列をプライマー対AVG88/AVG89で増幅した。このプライマー対による断片の増幅により、断片の5’末端にSalI部位を、並びに、断片の3’末端にBglII部位を導入した。平行なloxP部位に隣接するハイグロマイシンB耐性カセットをプラスミドpCR-BluntII-hph-loxP4図1からプライマー対AVG90/AVG91で増幅し、断片の5’末端にBglII部位を、並びに、断片の3’末端にNotI部位を導入した。sfb3の3’末端に隣接するDNA配列をプライマー対AVG92/AVG93で増幅し、断片の5’末端にNotI部位を、並びに、3’末端にXbal部位を導入した。上記3つの断片を連続して、ベクターpCR登録商標-BluntII-TOPO登録商標InvitrogenCorp.Carlsbad,CA,USAの中にライゲーションし、得られたプラスミドをpCR-BluntII-TOPO889092図2と命名した。テンプレートとしてMorphTrglaA29-9ゲノムDNAを用いて、sfb3遺伝子の5’及び3’末端のDNA配列を増幅した。5’sfb3隣接部位を含有するΔsfb3欠失カセット、各端部にてloxPにより囲まれたハイグロマイシンB耐性カセット、及び3’sfb3隣接部位をプラスミドpCRBluntII-TOPO889092からプライマー対AVG104/AVG105で増幅した。複数のPCR反応物をプールし、PCR精製キットを用いて精製し、エタノール沈殿させて、増幅したDNA断片を濃縮した。このようにして調製したDNAを、次の工程で使用した。4.2sfb3遺伝子を欠く菌株H3AΔsfb31009の作製H3A組み込みトリコデルマリーゼイ発現菌株を、国際公開第2011/038019号として公開されているPCT/US2010/049849の記載に従って、調製した。PEGポリエチレングリコール法による形質転換を用い、菌株H3AをΔsfb3欠失カセットにより、形質転換し、ハイグロマイシンBとソルビトールを含有するアカパンカビ用最少培地上に蒔いた。PEG法によるトリコデルマの形質転換は、例えば、米国特許第5,246,853号に先行して記載されている。1020の候補株を、ハイグロマイシンBを含有するアカパンカビ用最少培地プレートに移植して、ハイグロマイシンB耐性を選択した。ハイグロマイシンB耐性候補株を次に、コンゴレッドを含有するアカパンカビ用最少培地又はPDA培地に移植し、コンゴレッド感度を評価した。コンゴレッドに対して弱い感度を示す43の安定な候補株のPCR分析を行ったところ、1つの候補株1009が、天然sfb3遺伝子を脱離させかつH3Aゲノム中にsfb3欠失カセットを相同組み込みした場合と一致する特性を示した。H3AΔsfb31009におけるsfb3遺伝子座でのΔsfb3欠失カセットの相同組み込みは、プライマー対AVG108/AVG109、AVG110/AVG111及びAVG108/AVG111を用いて、期待されたサイズのDNA断片を増幅することにより、確認された。具体的には、プライマー対AVG108/AVG109は、AVG88/AVG89欠失カセット領域の5’末端の外側から開始してハイグロマイシンB耐性カセット内で終止するDNA断片を増幅した。プライマー対AVG110/AVG111は、ハイグロマイシンB耐性カセット内で開始してAVG92/AVG93欠失カセット領域の3’末端の外側で終止するDNA断片を増幅した。プライマー対AVG108/AVG111は、sfb3遺伝子座に組み込まれた欠失カセット全体を増幅した。sfb3遺伝子の不在は、内部sfb3断片を増幅するように設計されたプライマー対AVG160/AVG161を用いたときの、PCR産物の不在により確認された。H3A宿主菌株と比較したときに、H3AΔsfb31009菌株は、コンゴレッド含有培地上でより制限されたコロニー形態と、PDA上でよりゆっくりとした生育速度を示し、ハイグロマイシンBを含有する培地上で生育できない図11。菌株H3A及びH3AΔsfb31009の液体培養もまた比較した。両方の菌株の振盪フラスコ培地を50mLのYEG又はグリシン最少培地において28°C及び220rpmにてそれぞれ1又は6日間にわたって生育した。両方のYEG及びグリシン最小培地菌株H3AΔsfb31009は、一般に、より長さの短い菌糸を有した図12が、これは粘性特性の改善を示唆する。4.3H3AΔsfb31009における全セルラーゼ組成物の効率的産生一方はH3Aを用いて、もう一方はH3AΔsfb31009を用いて、例えば、PCT/US2010/049849に記載のような標準的発酵条件下で、2つの発酵工程を並行して行った。500rpmの撹拌速度を各発酵槽で使用した。HamiltonOpticalOxygensensorHamiltonCompanyUSA,RenoNVを用いて、溶存酸素を増殖期の最後に測定した。DO濃度の比較を、以下の表5に示す。各々の発酵工程から得られた全セルラーゼ組成物を、例えば、PCT/US2010/049849に記載のHPLC方法を用いて成分分析した。組成物に含有される主なセルラーゼ/ヘミセルラーゼの量を、以下の表6に並べて比較する。いずれの全セルラーゼ組成物も各主成分を実質的に同量含有していたが、これは、H3AΔsfb31009におけるタンパク質発現がH3Aのものと同様であったことを示している。上記の組成物及び方法は、理解を明瞭にする目的で例示及び実施例により幾分詳細に記載されてきたが、特定の変化及び修正がなされ得ることは当業者には明白であろう。したがって、本説明は、添付の特許請求の範囲により詳述される本発明の範囲を制限するものと解釈されるべきではない。本明細書に引用されたすべての公刊物、特許及び特許明細書は、これによって、あらゆる目的のためにこれらの全体が参照により組み込まれ、各個別の公刊物、特許又は特許明細書が特定的に及び個々に示されている場合には参照により同程度そのように組み込まれる。"