質量分析を用いて、生物学的試料から調製されたタンパク質消化物中の、1つまたはそれ以上の改変または未改変Her3断片ペプチドの量を検出すること、および/または定量すること、ならびに前記試料中の改変または未改変Her3タンパク質のレベルを計算することを含む、前記生物学的試料中の受容体チロシン―タンパク質キナーゼerbB-3Her3タンパク質のレベルを測定するための方法であって、前記レベルが、相対レベルまたは絶対レベルである、方法。1つまたはそれ以上の改変または未改変Her3断片ペプチドの量を検出すること、および/または定量する前に、前記タンパク質消化物を画分化する段階をさらに含む、請求項1に記載の方法。前記画分化する段階が、ゲル電気泳動、液体クロマトグラフィー、キャピラリ電気泳動、ナノ逆相液体クロマトグラフィー、高性能液体クロマトグラフィーまたは逆相高性能液体クロマトグラフィーからなる群より選択される、請求項2に記載の方法。前記生物学的試料の前記タンパク質消化物が、LiquidTissue商標プロトコールによって調製される、請求項1に記載の方法。前記タンパク質消化物が、プロテアーゼ消化物を含む、請求項1に記載の方法。前記タンパク質消化物が、トリプシン消化物を含む、請求項5に記載の方法。前記質量分析が、タンデム質量分析、イオントラップ質量分析、三連四重極質量分析、MALDI-TOF質量分析、MALDI質量分析および/または飛行時間質量分析を含む、請求項1に記載の方法。使用した質量分析のモードが、選択反応モニタリングSelectedReactionMonitoring:SRM、多重反応モニタリングMultipleReactionMonitoring:MRM、および/または多数の選択反応モニタリングmSRMである、請求項7に記載の方法。前記Her3断片ペプチドが、配列番号:1、配列番号:2、配列番号:3、配列番号:4、配列番号:5、配列番号:6、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9、および配列番号:10にて列記するようなアミノ酸配列を含む、請求項1~8いずれか1項に記載の方法。前記生物学的試料が血液試料、尿試料、血清試料、腹水試料、痰試料、リンパ液、唾液試料、細胞または固体組織である、請求項1~8のいずれかに記載の方法。前記組織が、ホルマリン固定組織である、請求項10に記載の方法。前記組織が、パラフィン包埋組織である、請求項10に記載の方法。前記組織が、腫瘍から得られる、請求項10に記載の方法。前記腫瘍が原発腫瘍である、請求項13に記載の方法。前記腫瘍が二次腫瘍である、請求項13に記載の方法。さらに、改変または未改変Her3断片ペプチドを定量することを含む、請求項1~8のいずれかに記載の方法。Her3断片ペプチドを定量することに、1つの生物学的試料中の配列番号:1、配列番号:2、配列番号:3、配列番号:4、配列番号:5、配列番号:6、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9、または配列番号:10で示したような、Her3の約8~約45アミノ酸残基のアミノ酸配列を含む、1つまたはそれ以上のHer3断片ペプチドの量を、異なるそして別の生物学的試料中の同一のHer3断片ペプチドの量と比較することを含む、請求項16に記載の方法。1つまたはそれ以上のHer3断片ペプチドを定量することに、公知の量の添加した内部標準ペプチドとの比較により、生物学的試料中のHer3断片ペプチドそれぞれの量を測定することが含まれ、生物学的試料中の各Her3断片ペプチドを、同一のアミノ酸配列を有する内部標準ペプチドと比較する、請求項17に記載の方法。内部標準ペプチドが、同位体標識されたペプチドである、請求項18に記載の方法。前記アイソトープ標識内部標準ペプチドが、18O、17O、34S、15N、13C、2Hまたはそれらの組み合わせから選択される、1つまたはそれ以上の重安定アイソトープを含む、請求項19に記載の方法。タンパク質消化物中の1つまたはそれ以上の改変または未改変Her3断片ペプチドの量を検出すること、および/または定量することが、改変または未改変Her3タンパク質の存在、および対象中のがんとの関連を示唆する、請求項1~20のいずれかに記載の方法。さらに、前記1つまたはそれ以上の改変または未改変Her3断片ペプチドの量を検出すること、および/または定量することの結果、または前記Her3タンパク質のレベルを、がんの診断ステージ/グレード/状態と相関させることを含む、請求項21に記載の方法。前記1つまたはそれ以上の改変または未改変Her3断片ペプチドの量を検出すること、および/または定量することの結果、または前記Her3タンパク質のレベルを、がんの診断ステージ/グレード/状態と相関させることを、がんの診断ステージ/グレード/状態に関するさらなる情報を提供するために、多重フォーマットにて、他のタンパク質または他のタンパク質からのペプチドの量を検出すること、および/または定量すること、と組み合わせる、請求項22に記載の方法。さらに、前記生物学的試料を得た対象に対して、1つまたはそれ以上のHer3断片ペプチドの存在、不在または量、またはHer3タンパク質のレベルに基づいた前記対象の処置を選択することを含む、請求項1~8のいずれか1項に記載の方法。前記生物学的試料を得た患者に、治療的に効果的な量の治療薬剤を投与することをさらに含み、治療薬剤および/または投与した治療薬剤の量が、1つまたはそれ以上の改変または未改変Her3断片ペプチドの量またはHer3タンパク質のレベルに基づく、請求項1~8のいずれか1項に記載の方法。前記治療的薬剤が、前記Her3タンパク質に結合し、かつ/またはその生物学的活性を阻害する、請求項24に記載の方法。治療的薬剤が、Her3タンパク質に結合する、および/またはその生物学的活性を阻害する、請求項25に記載の方法。前記生物学的試料が、LiquidTissue商標プロトコールおよび試薬を用いる、1つまたはそれ以上の改変または未改変Her3断片ペプチドの量を定量化するために処理された、ホルマリン固定腫瘍組織である、請求項1~8に記載の方法。前記1つまたはそれ以上の改変または未改変Her3断片ペプチドが、2つまたはそれ以上、3つまたはそれ以上、4つまたはそれ以上、5つまたはそれ以上、6つまたはそれ以上、8つまたはそれ以上、または9つまたはそれ以上の表1中のペプチドである、請求項1~8のいずれかに記載の方法。表2中のペプチドの量を定量することを含む、請求項1~8のいずれかに記載の方法。1つまたはそれ以上、2つまたはそれ以上、3つまたはそれ以上、4つまたはそれ以上、5つまたはそれ以上、6つまたはそれ以上、8つまたはそれ以上、または9つまたはそれ以上の表1中のペプチドまたはそれに対する抗体を含む組成物。表2のペプチドまたはそれに対する抗体を含む、請求項30に記載の組成物。前記ペプチドが、18O、17O、34S、15N、13C、2Hまたはそれらの組み合わせから選択される1つまたはそれ以上、2つまたはそれ以上、または3つまたはそれ以上の重安定アイソトープを含む、アイソトープで標識された内部標準ペプチドである、請求項30~32に記載の組成物。前記タンパク質消化物中の1つ、2つ、3つ、4つまたはそれ以上の核酸のレベル量または配列を査定し、かつ/または決定することをさらに含む、請求項1~29に記載の方法。