細胞相および流体相を含む体液中の細胞外mRNAを検出するための方法であって、体液の無細胞流体相部分を供給する段階;および体液の無細胞流体相部分中の細胞外mRNAを検出する段階を含む方法であり、ここで体液が唾液である方法。体液が刺激されていない唾液である、請求項1記載の方法。細胞外mRNAを検出する段階が、体液の無細胞流体相部分から細胞外mRNAを単離する段階;および細胞外mRNAを増幅する段階を含む、請求項1記載の方法。細胞相および流体相を含む体液のトランスクリプトーム分析を行うための方法であって、体液の無細胞流体相部分を供給する段階;および体液の無細胞流体相部分においてトランスクリプトームパターンを検出する段階を含む方法であり、ここで体液が唾液である方法。トランスクリプトームパターンを検出する段階がマイクロアレイアッセイにより行われる、請求項4記載の方法。トランスクリプトームパターンを検出する段階が高密度オリゴヌクレオチドマイクロアレイアッセイにより行われる、請求項5記載の方法。トランスクリプトームパターンを検出する段階が定量的PCR分析またはRTPCR分析により行われる、請求項4記載の方法。器官から流出する、細胞相および流体相を含む体液を分析することにより器官における遺伝的変化を検出するための方法であって、体液の無細胞流体相部分を供給する段階;体液の無細胞流体相部分においてトランスクリプトームパターンを検出する段階;およびトランスクリプトームパターンをあらかじめ決められたパターンと比較する段階であって、あらかじめ決められたパターンが、体液の正常な無細胞流体相部分の共通のトランスクリプトームパターンを示している、段階を含む方法であり、ここで体液が唾液である方法。器官から流出する、細胞相および流体相を含む体液を分析することにより器官における遺伝子の遺伝的変化を検出するための方法であって、体液の無細胞流体相部分を供給する段階;体液の無細胞流体相部分において遺伝子のmRNAプロファイルを検出する段階;および遺伝子のmRNAプロファイルをその遺伝子のあらかじめ決められたmRNAプロファイルと比較する段階であって、その遺伝子のあらかじめ決められたmRNAプロファイルが、体液の正常な無細胞流体相部分におけるその遺伝子のmRNAプロファイルを示している、段階を含む方法であり、ここで体液が唾液である方法。被検者において口腔もしくは全身性の病態、疾患または障害を診断するための方法であって、以下の段階を含む方法:被検者の唾液の無細胞流体相部分を供給する段階;供給された無細胞唾液流体相部分において、病態、疾患または障害に関連した遺伝子のmRNAプロファイルを検出する段階;および遺伝子のRNAプロファイルをその遺伝子のあらかじめ決められたmRNAプロファイルと比較する段階であって、その遺伝子のあらかじめ決められたmRNAプロファイルが、被検者における病態、疾患または障害の存在を示している、段階。疾患が口腔およびまたは口腔咽頭の癌であり、遺伝子が、IL8、IL1B、DUSP1、H3F3A、OAZ1、S100PおよびSATをコードする遺伝子からなる群より選択される、請求項10記載の方法。疾患が口腔およびまたは口腔咽頭の癌であり、遺伝子がIL8をコードする遺伝子である、請求項10記載の方法。疾患が口腔咽頭扁平上皮細胞癌または頭頸部扁平上皮細胞癌である、請求項12記載の方法。被検者において口腔もしくは全身性の病態、疾患または障害を診断するための方法であって、以下の段階を含む方法:被検者の唾液の無細胞流体相部分を供給する段階;供給された無細胞流体相部分において、病態、疾患または障害に関連したトランスクリプトームパターンを検出する段階;およびトランスクリプトームパターンをあらかじめ決められたパターンと比較する段階であって、トランスクリプトームパターンにおける、あらかじめ決められたパターンの特徴の認識が、被検者における病態、疾患または障害についての診断となる、段階。疾患が口腔およびまたは口腔咽頭の癌であり、トランスクリプトームが、IL8、IL1B、DUSP1、H3F3A、OAZ1、S100PおよびSATについての転写産物からなる群より選択される転写産物を含む、請求項14記載の方法。疾患が口腔咽頭扁平上皮細胞癌または頭頸部扁平上皮細胞癌である、請求項14記載の方法。被検者において癌を診断するための方法であって、以下の段階を含む方法:被検者の体液を供給する段階;体液中のバイオマーカーのプロファイルを検出する段階であって、バイオマーカーが、IL8、IL1B、DUSP1、H3F3A、OAZ1、S100P、SAT、IL6、H3F3A、TPT1、FTH1、NCOA4およびARCRからなる群より選択される、段階;バイオマーカーのプロファイルをそのバイオマーカーのあらかじめ決められたプロファイルと比較する段階であって、そのバイオマーカーのあらかじめ決められたプロファイルの特徴の、バイオマーカーのプロファイルにおける認識が、癌についての診断となる、段階。癌が口腔咽頭扁平上皮細胞癌または頭頸部扁平上皮細胞癌であり、バイオマーカーが、IL8、IL1B、DUSP1、H3F3A、OAZ1、S100P、およびSATからなる群より選択され、体液が唾液であり、かつバイオマーカーのプロファイルを検出する段階が、バイオマーカーのmRNAプロファイルを検出することにより行われる、請求項17記載の方法。癌が口腔咽頭扁平上皮細胞癌または頭頸部扁平上皮細胞癌であり、バイオマーカーが、IL6、H3F3A、TPT1、FTH1、NCOA4およびARCRからなる群より選択され、体液が血清であり、かつバイオマーカーのプロファイルを検出する段階が、バイオマーカーのmRNAプロファイルを検出することにより行われる、請求項17記載の方法。癌が口腔咽頭扁平上皮細胞癌または頭頸部扁平上皮細胞癌であり、バイオマーカーが、IL6であり、体液が血清であり、かつバイオマーカーのプロファイルを検出する段階が、バイオマーカーのタンパク質プロファイルを検出することにより行われる、請求項17記載の方法。口腔およびもしくは全身性の病態、疾患または障害の診断のためのキットであって、体液中のバイオマーカーの識別子であって、バイオマーカーが病態、疾患または障害についてのバイオマーカーであり、バイオマーカーが、IL8、IL1B、DUSP1、H3F3A、OAZ1、S100P、SAT、IL6、H3F3A、TPT1、FTH1、NCOA4およびARCRからなる群より選択される、識別子;ならびに識別子についての検出器を含むキットであり、識別子および検出器が請求項14~16または17~21のいずれか一項記載の方法のバイオマーカーの体液プロファイルを検出するにおいて用いられうり、ここで識別子が体液中のバイオマーカーに結合し、検出器が識別子を検出するために用いられ、それにより、識別子および検出器がバイオマーカーの体液プロファイルの検出を可能にする、キット。疾患が口腔および口腔咽頭の扁平上皮細胞癌である、請求項21記載のキット。疾患が頭頸部扁平上皮細胞癌である、請求項21記載のキット。口腔およびもしくは全身性の病態、疾患または障害を診断するための方法であって、口腔およびもしくは全身性の病態、疾患または障害についてのバイオマーカーとして唾液mRNAを用いる段階を含む方法。mRNAがIL8、IL1B、DUSP1、H3F3A、OAZ1、S100PおよびSATに対して体系化する、請求項24記載の方法。疾患が口腔および口腔咽頭の扁平上皮細胞癌である、請求項25記載の方法。疾患が頭頸部扁平上皮細胞癌である、請求項25記載の方法。好ましい態様の詳細な説明体液が唾液であり、かつ細胞外mRNAが唾液の無細胞流体相部分において検出される、体液中の細胞外mRNAを検出するための方法が開示されている。唾液の無細胞流体相部分におけるRNAの存在は、実施例で広範に記載された手順により確認され、検出されたmRNAの質は、PCR、qPCRおよびマイクロアレイアッセイのような技術についての要求を満たしている。本方法において、細胞外mRNA、本明細書ではまた情報価値のあるmRNA、を検出する段階は、体液、調査分析のための理想的な媒体として働く、費用のかからない、非侵襲性で入手しやすい体液の要求を満たす唾液、において行われる。情報価値のあるmRNAを検出する段階は、特に、単純かつ正確な方式で分子を分析することを可能にする、微生物および食物細片のような外来物質の存在が最小化されている、唾液の部分において行われる。好ましくは、刺激されていない唾液由来の無細胞流体相部分。本方法において、唾液は、当技術分野において公知の手順に従って収集され、その後、例えば、収集された唾液の遠心分離により、その無細胞流体相部分を引き出すために処理されうり、結果として、ペレット化された唾液細胞相および無細胞唾液流体相上清を生じる。。本開示により、唾液の細胞相および流体相を分離するための条件は、流体無細胞相において検出されるRNAに寄与すると思われる細胞要素の機械的破壊を避けるように最適化される。分離が遠心分離により行われる態様において、最適化は、最適化遠心分離速度を導くために、細胞溶解および流出のマーカーとしてDNAを用いて、様々な速度で遠心分離された試料において、および全唾液試料において、ハウスキーピング遺伝子を検査することにより行われうる。。無細胞唾液流体相部分における細胞外mRNAの検出は、その後、RTPCR、QPCRおよびマイクロアレイのようなmRNA定性的およびまたは定量的分析を可能にする当技術分野において公知の技術により行われうる。検出は、特に、唾液mRNAの単離および増幅を含みうる、ならびに実施例に例示されている、手順に従って行われうる。方法における唾液mRNAの検出は、唾液mRNAをプロファイリングすることを目的として行われうる。第一連の態様において、あらかじめ決められた遺伝子の発現は、唾液の無細胞流体相部分においてプロファイリングされうる。それらの態様において、mRNAプロファイルの検出は、RTPCR、またはあらかじめ決められた標的mRNAの同定を可能にする任意の技術により行われうる。定量的分析は、その後、RTPCRにより同定されたmRNAの存在を確認するために定量的PCRのような技術で行われうる。参照データベースは、その後、そのように得られたmRNAプロファイルに基づいて作製されうる。唾液mRNAのそのような定性的および定量的分析を行うための例示的手順は、実施例1、4および9で詳細に記載されている。第二連の態様において、唾液のトランスクリプトーム分析は、唾液の無細胞流体相部分においてトランスクリプトームパターンを検出することにより行われうる。トランスクリプトームパターンの検出は、唾液mRNAを単離して、直線的に増幅することにより行われうり、その後、高密度オリゴヌクレオチドマイクロアレイのような技術でプロファイリングされうる。定量的分析は、マイクロアレイにより同定されたパターンにおけるmRNAの存在を確認するためにQPCRのような技術で行われうる。参照データベースは、その後、そのように得られたmRNAプロファイルに基づいて作製されうる。唾液mRNAのそのような定性的および定量的分析を行うための例示的手順は、実施例2~3、9~10および14~15で詳細に記載されている。唾液RNAをプロファイリングすることは、ヒトの健康および疾患を検出するおよびもしくはモニターするために、または、例えば、唾液におけるmRNAの源、放出およびクリアランスのような生物学的問題を研究するために、行われうる。唾液mRNAは、口腔および全身性の病態、疾患または障害の高いリスクがある集団ならびに患者を同定するための実際のまたは可能性のあるバイオマーカーを提供する。正常な被検者の唾液の無細胞流体相部分を特徴付ける唾液mRNAプロファイルおよびトランスクリプトームパターンの変化は、様々な源の病態、疾患または障害を示しうる。それらの病態、疾患または障害の例は、口腔の炎症性状態、OSCC、または、糖尿病、乳癌およびHIVのような他の状態により提供される。また、決められた病態、疾患または障害に冒されている被検者のmRNAプロファイルとトランスクリプトームパターンの間の比較は、結果として、決められた病態、疾患または障害について情報価値のあるバイオマーカーの同定を生じうる。特に、唾液mRNAは、口腔において顕在化されうる口腔および全身性の病態、疾患または障害についての診断バイオマーカーとして用いられうる。特に、唾液mRNAは、口腔に顕在化されうるおよびまたは口腔を冒しうる癌についての診断バイオマーカーとして用いられうる。唾液に基づいたmRNAアッセイは、信頼性のある診断のための必要とされる特異性および感度を有する。様々な型の癌の場合において、正常な唾液mRNAおよびトランスクリプトームパターンの変化はまた、腫瘍の存在に関連している口腔の1つまたは複数の部分における遺伝的変化を反映しうる。口腔癌患者について、検出された癌関連RNAシグネチャーは、適合した腫瘍およびまたは3つの主要な源のそれぞれから来た全唾液においてさらにそれ自身を反映する全身性応答から生じる可能性が高い。疾患関連RNAは、唾液腺または歯肉溝滲出液による循環を経由して口腔にたどり着くことができると考えられる。良い例は、乳癌患者の唾液におけるHER2タンパク質の存在の上昇である87。正常唾液コアトランスクリプトームとしても定義される、約185個の異なるヒトmRNAを含む正常な無細胞唾液の共通のトランスクリプトームは、正常な被検者由来の唾液の無細胞流体相において行われたトランスクリプトーム分析の結果において同定された。NSCTは、~19000個のヒト遺伝子のみを表すHGU133Aマイクロアレイにおいてプローブセットを用いて同定され、ヒトゲノムは、30000個より多い遺伝子から構成される48ことから、他の方法により、より多いヒトmRNAが唾液において同定されることが予想され、追加の唾液パターンが、本明細書に開示された方法により同定可能である。正常な集団由来の無細胞唾液におけるNSCTおよびまたは他の唾液トランスクリプトームパターンは、疾患診断法および正常な健康監視における可能性のある適用として、唾液トランスクリプトーム診断法において役割を果たしうる。従って、SlvTDの第一態様において、被検者において口腔もしくは全身性の病態、疾患または障害を診断するための方法が開示されている。方法は以下の段階を含む:被検者の唾液の無細胞流体相を供給する段階;供給された無細胞唾液流体相部分において、疾患と関連した遺伝子のmRNAプロファイルを検出する段階;および遺伝子のRNAプロファイルを遺伝子のあらかじめ決められたmRNAプロファイルと比較する段階であって、遺伝子のあらかじめ決められたmRNAプロファイルが被検者における疾患の存在を示している、段階。SlvTDの第二態様において、被検者において口腔もしくは全身性の病態、疾患または障害を診断するための方法が開示されている。方法は以下の段階を含む:被検者の無細胞唾液上清を供給する段階;無細胞唾液上清において、病態、疾患または障害と関連したトランスクリプトームパターンを検出する段階;およびトランスクリプトームパターンをあらかじめ決められたパターンと比較する段階であって、トランスクリプトームパターンにおける、あらかじめ決められたパターンの特徴の認識が、被検者における病態、疾患または障害についての診断となる、段階。SlvTDの第三態様において、あらかじめ決められた病態、疾患または障害と関連したバイオマーカーを同定するための方法が開示されている。方法は以下の段階を含む:病態、疾患または障害に冒されている被検者の唾液の無細胞流体相部分においてあらかじめ決められた遺伝子の第一mRNAプロファイリングを検出する段階;正常な被検者の唾液の無細胞流体相部分においてあらかじめ決められた遺伝子の第二mRNAプロファイリングを検出する段階;第一mRNAプロファイリングを第二mRNAプロファイリングと比較する段階であって、第一mRNAプロファイリングと第二mRNAプロファイリングの間の違い、その違いは統計学的解析により確証されるのだが、その認識が、あらかじめ決められた病態、疾患または障害についてのバイオマーカーとしてのあらかじめ決められた遺伝子の同定を示している、段階。特に、1つの疾患カテゴリーと1つの健康なカテゴリーのRNAプロファイリング間の違いは、マイクロアレイ統計学的方法により解析される。用いられるアルゴリズムは、MAS50DNAChipアナライザー13およびRMA30を含む。好ましくは、解析は、より効果的かつ正確な、検査されうるマーカーを提供するために、これらの方法の組み合わせにより行われる。マイクロアレイにより同定されたマーカーは、その後、QPCRのような通常の技術により検査される。SlvTDの第四態様において、無細胞唾液が、バイオマーカーの存在または発現について識別子と接触させられ、バイオマーカーの存在または発現へ結合した識別子の存在が、好ましくは検出器の手段により、検出される、診断方法が行われうる。SlvTDは、高感度および高特異性の組み合わされた特徴を示すスクリーニングツールで、処置が成功する可能性が高くあるのに十分初期の段階で腫瘍のような疾患の検出を可能にする。さらに、スクリーニングツールは、広範囲に及ぶ適用を可能にするのに十分、非侵襲性でかつ費用がかからない。SlvTDの上の方法の結果は、mRNAおよびもしくはタンパク質レベルで、ならびにまたは血清のような他の体液において、行われた対応する分析と統合されうる。血清において検出されるタンパク質またはトランスクリプトームパターンのようなバイオマーカーもまた、疾患診断法および正常な健康監視における可能性のある適用として、血清トランスクリプトーム診断法において役割を果たしうる。SrmTDの態様は、分析される体液が無細胞唾液の代わりに血清である、SlvTDについての上で報告されたものに対応する方法を含む。特に、SlvTDに従って得られた結果は、組み合わされた唾液血清トランスクリプトームアプローチにおいて、SrmTDで得られた結果と組み合わされうる。SSTDに従って、体液、血清およびまたは唾液が、バイオマーカーの存在または発現について識別子と接触させられ、バイオマーカーがタンパク質またはmRNAでありうり、バイオマーカーの存在または発現に結合した識別子の存在が、好ましくは検出器の手段により、検出される、診断方法が行われうる。SlvTD、SrmTDおよびSSTDの例は、OSCCに関して本明細書に提供されている。当業者は、本開示を読むことにより、OSCCとは異なる疾患について、本明細書に例示されたSTDの適切な改変を導くことができる。2つの特定のサイトカイン、IL6およびIL8のプロファイリングは、実施例4~8に広範に開示された手順に従って、OSCCをもつ患者の唾液および血清の無細胞流体相部分において測定された。IL8は、OSCCをもつ患者の唾液においてより高い濃度で検出され、IL6は、OSCCをもつ患者の血清においてより高い濃度で検出された。これらの結果は、mRNAおよびタンパク質の両方のレベルで確認され、結果は一致した。唾液におけるIL8および血清におけるIL6の濃度は、性別、年齢、またはアルコールもしくはタバコの使用と関連しているようには思われなかった。データは、統計学的解析、特にROC解析にかけられ、OSCCを検出するための各バイオマーカーの閾値、感度および特異性を決定することができた。さらに、本発明者らは、唾液検体においてmRNAを測定することができた。OSCCをもつ患者および正常な被検者から収集された刺激されていない唾液のトランスクリプトーム分析は、実施例9~12において、および実施例13~16において開示されているように、行われた。RNA単離は、唾液上清から行われ、続いて、T7RNAポリメラーゼで2ラウンドの直線的増幅が行われた。ヒトゲノムU133Aマイクロアレイは、ヒト唾液トランスクリプトームをプロファイリングするために適用された。異なる遺伝子発現パターンは、10人の整合された癌患者および対照においてt検定比較および倍変化分析を組み合わせることにより解析された。定量的ポリメラーゼ連鎖反応は、マイクロアレイにより有意差を示した選択された遺伝子を確証するために用いられた。これらの唾液mRNAバイオマーカーの予測力は、受信者動作特性曲線および分類モデルにより解析された。マイクロアレイ分析の第一セットの結果は、癌患者と対照の間で唾液において有意に異なる発現レベルを示した1679個の遺伝子があることを示した。OSCC唾液において少なくとも35倍上昇を示した7つの癌関連mRNAバイオマーカーは、OSCC患者および対照からの唾液試料におけるqPCRにより一貫して確証された。これらの唾液RNAバイオマーカーは、IL8、IL1B、DUSP1、H3F3A、OAZ1、S100P、およびSATの転写産物である。これらのバイオマーカーの組み合わせは、OSCCを対照から識別するにおいて、感度および特異性を生じた。。マイクロアレイ分析の第二セットの結果は、報告された癌関連に基づいて選択された10個の上方制御された遺伝子のうちの5個が、OSCC患者の血清において転写産物の有意な上昇を示したことを示した。これらのRNAバイオマーカーは、H3F3A、TPT1、FTH1、NCOA4およびARCRの転写産物である。qPCRにより確証された結果は、これらの5個の遺伝子の転写産物が、OSCC患者の血清において有意に上昇したことを確認した。。記載された収集物および処理プロトコールを用いて、ACTB、B2W、GAPDHおよびRPS9mRNAの存在が、RTPCRによりすべての血清において確認された。従って、被検者において癌、特にOSCC、を診断するための方法が開示されている。方法は以下の段階を含む:被検者の体液を供給する段階;体液において、バイオマーカーのプロファイルを検出する段階であって、バイオマーカーが、IL8、IL1B、DUSP1、H3F3A、OAZ1、S100P、SAT、IL6、H3F3A、TPT1、FTH1、NCOA4およびARCRからなる群より選択される、段階;ならびにバイオマーカーのプロファイルをバイオマーカーのあらかじめ決められたプロファイルと比較する段階であって、バイオマーカーのあらかじめ決められたプロファイルの特徴の、バイオマーカーのプロファイルにおける認識が癌についての診断になる、段階。口腔およびもしくは全身性の病態、疾患または障害、特にOSCCを診断するための方法もまた開示されている。方法は、口腔およびまたは全身性疾患についてのバイオマーカーとして唾液mRNA、特に、IL8、IL1B、DUSP1、H3F3A、OAZ1、S100P、およびSATからなる群より選択される唾液mRNA、を用いることを含む。さらに、口腔およびもしくは全身性の病態、疾患または障害、特にOSCCを診断するための方法が開示されている。方法は以下の段階を含む:口腔およびまたは全身性疾患についてのバイオマーカーとして血清mRNAおよびまたはタンパク質、特に、IL6、H3F3A、TPT1、FTH1、NCOA4およびARCRからなる群より選択される血清mRNAならびに血清IL6タンパク質、を用いる段階。発癌の多因子性性質および発癌経路における不均一性を考慮すれば、より高い特異性および感度を保証する、唾液およびまたは血清バイオマーカーの組み合わせの使用は好ましい。報告された複数の統計学的ストラテジーおよび実施例に記載されたリスクモデルは、OSCC患者試料を同定することができるバイオマーカーの組み合わせを同定するために、および患者の特定の癌リスクについての適切な血清トランスクリプトームに基づいた診断を割り当てることを容易にするために、用いられうる。唾液の無細胞流体相部分における、およびまたは血清のような他の体液における、唾液mRNAのプロファイルのモニタリングは、OSCC患者の術後管理において用いられうる。それは、処置の効力、または治療が終わった後の疾患再発をモニターするために用いられうる可能性がある。唾液mRNAおよび特にIL8はまた、口腔癌をもつ患者の処置を方向づけるための予後指標としての役割を果たしうる。見通しとして、高リスクの患者は、より攻撃的またはアジュバント治療計画へと方向づけられうる。これらのバイオマーカーの使用はまた、腫瘍の病期診断を向上させうる。伝統的な技術では、顕微鏡的遠位の疾患の存在は、しばしば、認識されない。近年、推定される局所領域的疾患について処置される患者について、局所領域的不全から遠位不全へのシフトがあった18。これは一部、治療の開始の前に存在する無症状性遠位疾患の反映である。バイオマーカーの存在について検査することは、正常組織の背景において少量の腫瘍細胞の検出を可能にしうる。頭頸部腫瘍に特異的なバイオマーカーまたはそのようなバイオマーカーのパネルとしての唾液mRNAは、遠位の顕微鏡的疾患の検出を可能にしうる。口腔癌について、この点において、STDアプローチの最も重要な適用の一つは、口腔前悪性病変の癌転換を検出することである。唾液mRNAのプロファイリングはまた、癌の発生における遺伝子の役割、特に、これらの遺伝子の異常な発現が、ヒトOSCCの発症に機能的に寄与しているかどうか、を調べるために用いられうる。頭頸部口腔癌におけるこれらの遺伝子の示差的発現の生物学的有意性が測定されるはずである。癌患者において一貫して変化している癌関連遺伝子の同定は、診断マーカーだけでなく、頭頸部癌発生に関与する分子プロファイルについての洞察も提供する。任意の特定の癌において分子変化のプロファイルを理解することは、結果として生じるその癌の表現型を分子事象と相関させることが可能になるため、非常に有用である。本明細書に開示された方法と関連したキットKitsofpartsもまた開示されている。例示的態様において、キットは以下のものを含む:唾液mRNAまたはタンパク質、および血清mRNAまたはタンパク質のような体液中のバイオマーカーの識別子;ならびに識別子についての検出器。体液は唾液でありうり、検出は、その無細胞流体相部分、または血清のような別の体液において行われる。識別子および識別子を検出することができる検出器は、当業者により特定可能である。キットに適切に含まれうる他の組成物およびまたは成分もまた当業者により特定可能である。識別子および試薬は、識別子およびまたは試薬が適した媒体、担体または補助剤と共に含まれている、1つまたは複数の組成物に含まれうる。本明細書に開示された診断キットにおいて、作用物質および識別子試薬が、本明細書に開示された方法を行うために、適した使用説明書および他の必要な試薬と共に、キットで提供されうる。キットは、通常、別々の容器に組成物を含む。アッセイを実行するについての使用説明書、例えば、紙、またはテープもしくはCDROMのような電子的支持体上の書いたまたは音の使用説明書は、通常、キットに含まれる。キットはまた、用いられる特定の方法に依存して、他のパッケージされた試薬および材料を含みうる。組成物の適した担体剤または補助剤の特定、ならびに一般的なキットの製造およびパッケージングに関するさらなる詳細は、本開示を読むことにより当業者により特定されうる。本明細書に開示されたキットは、特に診断目的として用いられうる。結果として、患者における、病態、疾患または障害、ならびに特に、口腔の、および口腔咽頭癌、の非侵襲性診断検出が開示されている。唾液の流体相の使用は、剥離した細胞の使用を凌ぐ独特の利点をもつ。腫瘍の位置に依存するが、腫瘍ベッドに容易に接触して採取することができない可能性がある。唾液バイオマーカーは腫瘍が発生している部位を同定できないとしても、それらは、リスクのある患者を同定することができる。そのような唾液検査は、上部気道消化管の慎重な評価のための紹介について患者を選択しうるスクリーニングツールとして、リモート位置において非専門家により施されうる。初期段階の、以前には検出されなかった疾患を見出すことは、究極的には命を救いうる。さらに、容易にアクセス可能なバイオマーカーの使用は、大きな集団または化学的予防試験において高い有益性を立証しうる。これは、日常的歯科通院中または疾患の発生のリスクが高い個体のターゲットされたスクリーニングを構想されうる。家庭用検査キットもまた構想されうる。血液検査の使用もまた、特に、癌初期検出として構想される。OSCCについての診断用の、IL6mRNAおよびタンパク質、H3F3AmRNA、TPT1mRNA、FTH1mRNA、NCOA4mRNAおよびARCRmRNAのような、腫瘍遺伝的変化の特徴を表す癌患者の血清において無細胞循環mRNAまたはタンパク質を回収することは、血液作業をもつ日常的な医師の往診中の潜伏OSCCの存在についてのスクリーニング検査、または口腔癌発生のリスクが高い個体のターゲットされたスクリーニングとして、構想されうる。家庭用検査キットもまた構想されうり、好ましくは含む。特に、末梢血が、日常的臨床手順を用いて被検者から得られうり、mRNAおよびタンパク質が、好ましくは本明細書に開示された最適化手順で単離されうる。それぞれのサイトカインについてのリアルタイム定量的PCRおよびELISAが、IL6のような1つまたは複数のバイオマーカーについて行われる。本明細書に開示された展望的態様は、口腔液体における分子バイオマーカーの超高感度検出のためのマイクロナノ電気機械システムへと方向づけられる。確証されたOSCCバイオマーカーについてのRNAおよびタンパク質発現は、癌検出のための標的として選択される。複数のOSCCバイオマーカーについてのmRNAおよびタンパク質の同時検出のためのこれらの検出システムの統合は、結果として、口腔液体に基づいた癌診断法のための効率的な、自動化の、手頃な価格のシステムを生じる。開示の方法およびキットに用いられうる試薬、条件、組成物および技術に関するさらなる詳細は、本開示を読むことにより当業者により特定可能である。他の病態、疾患および障害の調査および診断に関連したmRNAプロファイリングならびにトランスクリプトーム分析のための、OSCCおよびまたはHSNCCへ関連づけられるような本明細書に開示および例示されたSTD方法ならびにキットの適切な改変もまた、本開示を読むことにより当業者によりなされうる。以下の実施例は、本発明をさらに詳細に記載するために提供される。これらの実施例は、本発明を実施するために現在、企図された好ましい様式を示しているが、例証することを意図され、本発明を限定するものではない。実施例1:正常なドナーの無細胞唾液からのRNA単離、増幅および遺伝子発現プロファイリング正常な被検者唾液試料は、MedicalCenterUniversityofCaliforniaLosAngelesCAにおけるDivisionofOtolaryngologyHeadandNeckSurgeryからの10人の正常なドナーから、UCLAInstitutionalReviewBoardにより承認されたプロトコールに従って、得られた。以下の試験対象患者基準が用いられた:年齢30歳;悪性腫瘍、免疫不全、自己免疫疾患、肝炎、HIV感染または喫煙の経歴無し。対象集団は、平均年齢42歳である、6人の男性および4人の女性から構成された。唾液収集および関連した流体相を得るための処理刺激されていない唾液が、公開されたプロトコール38に従って午前9時と午前10時の間に収集された。被検者は、唾液収集前の少なくとも1時間、食べること、飲むこと、喫煙または口腔衛生処置を断つよう求められた。唾液試料を、4°Cで15min、2600xgで遠心分離した。唾液上清は、細胞相から分離された。リボヌクレアーゼ阻害剤およびプロテアーゼ阻害剤を、その後、無細胞唾液上清へ添加した。無細胞唾液からのRNA単離RNAは、製造会社からの改変されたプロトコールを用いて無細胞唾液上清から単離された。AVL緩衝液と十分に混合された唾液を、室温で10min、インキュベートした。無水エタノールを添加し、溶液を、6000xgで1min、遠心分離によりシリカカラムに通した。その後、カラムを2回、洗浄し、20000xgで2min、遠心分離し、9000xgで2min、30μLリボヌクレアーゼを含まない水で溶出した。RNAのアリコートを、製造会社の使用説明書に従って、リボヌクレアーゼを含まないデオキシリボヌクレアーゼで処理した。単離されたRNAの安定性は、1、3および6ヶ月間の保存後、アクチンβについてのRTPCRタイピングにより調べられた。図1Aに報告された結果は、単離されたmRNAを、80°Cで6ヶ月間より長く、有意な分解無しに保存することができたことを示している。単離されたRNAの質は、3つのハウスキーピング遺伝子転写産物:グリセルアルデヒド3リン酸デヒドロゲナーゼ、アクチンβおよびリボソームタンパク質S9についてのRTPCRにより調べられた。プライマーは、PRIMER3ソフトウェアを用いて設計され、以下のように商業的に合成された:GAPDHについて添付配列リストをSEQIDNO1およびSEQIDNO2として報告された配列を有するプライマー;ACTBについて添付配列リストをSEQIDNO3およびSEQIDNO4として報告された配列を有するプライマー;RPS9について添付配列リストをSEQIDNO5およびSEQIDNO6として報告された配列を有するプライマー。RNAの量は、RibogreenRNAQuantitationKitを用いて推定された。結果は、図1Bに示されているが、GAPDH、RPS9およびACTBが試験されたすべての10個の場合において一貫して検出され、すべての10個の唾液試料が、ハウスキーピング遺伝子:GAPDH、ACTBおよびRPS9をコードするmRNAを含むことを実証した。これらの遺伝子のmRNAを、80°Cで6ヶ月間より長く、有意な分解無しに保存することができた。標的cRNA調製単離されたRNAは、その後、本発明者らの研究室から発表された方法に従って、直線的増幅にかけられた。簡単には、プライマーとしてT7オリゴ24を用いる逆転写を、第一鎖cDNAを合成するために行った。インビトロ転写の第一ラウンドをT7RNAポリメラーゼを用いて行った。BioArrayHighYieldRNATranscriptLabelingSystemは、cRNA産物をビオチン化するための第二ラウンドIVTに用いられた;標識されたcRNAは、GeneChipSampleCleanupModuleを用いて精製された。cRNAの質および量は、分光測光法およびゲル電気泳動法により測定された。図2Aで報告されたアガロースゲル電気泳動試験の例示的結果は、RNA増幅の異なる段階における増幅されたcRNAの異なる量を示している。単離および増幅段階のそれぞれからの少量のアリコートもまた、RTPCRにより質を評価するために用いられた。図2Bに報告された例示的結果は、RNA増幅の様々な段階で行われたPCRタイピングACTBを示しているが、予想された単一バンドが唾液RNA増幅過程のあらゆる主要な段階において検出されることができた。断片化cRNAの質もまた、2100Bioanalyzerを用いるキャピラリー電気泳動により評価された。図2Cに報告された例示的結果は、適切な断片化を実証する狭い範囲での1つの単一ピークを示している。ターゲットされたcRNA調製における遺伝子発現プロファイリング遺伝子発現プロファイリングは、10人の正常なドナーから得られた無細胞唾液において行われ、平均して、605±131ngの全RNAが、560μL無細胞唾液試料から得られた。結果は表1に報告されている。全RNA量は、560pL無細胞唾液上清におけるRNAである;cRNA量は、T7増幅の2ラウンド後である。プローブの数は、HGU133Aマイクロアレイ上での存在コールを示す。存在パーセンテージ=存在コールに割り当てられたプローブの数全プローブの数。T7RNA直線的増幅の2ラウンド後、ビオチン化cRNAの平均収量は、A2602802067±0082で422±39μgであった。cRNAは、断片化前には、200bpから4kbまでの範囲であった;断片後、約100bpへ集中された。cRNAプローブの質は、ハイブリダイゼーションの前にキャピラリー電気泳動により確認された。ACTBmRNAは、最初の試料、ならびに各増幅段階からの産物:第一cDNA、第一インビトロ転写、第二cDNAおよび第二IVT、においてPCRRTPCRを用いて検出可能であり、結果として生じたアガロース電気泳動パターンは、図2Bに示されたものに匹敵した。実施例2:正常なドナーの無細胞唾液由来のmRNAのマイクロアレイプロファイリング実施例1に報告されているように、唾液を収集して処理し、RNAを単離した。RNAの安定性、質および量もまた、実施例1に報告されているように評価された。HGU1331Aマイクロアレイ分析~19000遺伝子を表す22215個のヒト遺伝子cDNAプローブセットを含む、AffymetrixHumanGenomeU133AArrayが、遺伝子発現プロファイリングのために適用された。アレイデータは、標準化され、MicroarraySuiteソフトウェアを用いて解析された。検出p値は、各プローブセットについて得られた。p080;性別;または喫煙歴に関する有意差はなかった。前の悪性腫瘍、免疫不全、自己免疫疾患、肝炎またはHIV感染の病歴をもつ被検者はなかった。対照群における個体のそれぞれは、疑わしい粘膜病変が存在しないことを保証するために、頭頸部外科医により理学的検査を受けた。唾液収集および処理インフォームドコンセントは、すべての患者により与えられた。唾液および血清調達手順は、各機関:UniversityofCaliforniaLosAngeles;UniversityofSouthernCalifornia;およびUniversityofCaliforniaSanFranciscoにおける機関の審査委員会により承認された。OCまたはOPSCCAをもつ32人の患者、ならびに32人の罹患していない年齢および性別の整合された対照被検者由来の唾液は、サイトカイン濃度の前向きな比較のために採取された。被検者は、唾液収集前の少なくとも1時間、食べること、飲むこと、喫煙または口腔衛生製品を用いることを断つように要求された。唾液収集は、5cc唾液の全供与として、NavazeshおよびChristensen7の排出方法を用いて行われた。唾液試料を、SorvallRT6000D遠心分離機により4°Cで15分間、3500rpmでの遠心分離にかけた。その後、流体相を取り出し、リボヌクレアーゼ阻害剤およびプロテアーゼ阻害剤をその後、氷上で素速く添加した。唾液の細胞相および流体相の分離のための条件は、流体相において検出されるmRNAに寄与するものと思われる細胞要素の機械的破壊のないことを保証するように最適化された。すべての試料は、その後、デオキシリボヌクレアーゼで処理された。細胞ペレットは、保持され、80°Cで保存された。無細胞唾液からのRNA単離唾液上清の560μLは、その後、QIAampViralRNAミニキットを用いて処理された。RNAは、製造会社の使用説明書に従って抽出された。試料を、空気乾燥させ、ジエチルピロカルボネートで処理された水に再懸濁し、即時使用について氷上に保持した、または80°Cで保存した。RNAのアリコートを、製造会社の使用説明書に従って、リボヌクレアーゼを含まないデオキシリボヌクレアーゼで処理した。RNAの濃度は、分光光度法で測定され、完全性は、ホルムアルデヒドを含むアガロースゲルにおける電気泳動によりチェックされた。逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応唾液での流体相におけるIL6およびIL8mRNA転写産物の存在は、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応RTPCRを用いることにより試験された。各試料由来のRNAを、モロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素FosterCityCAの25Uおよびランダムヘキサヌクレオチドの50pmolを含む反応混合物の40μLにおいて、42°Cで45分間、逆転写させた。発表された配列に基づいて、オリゴヌクレオチドプライマーは、以下のように、PCRのためにFisherScientificで商業的に合成された:βアクチンについて添付配列リストをSEQIDNO13およびSEQIDNO14として報告された配列を有するプライマー;IL8について添付配列リストをSEQIDNO15およびSEQIDNO16として報告された配列を有するプライマー;ならびにIL6について添付配列リストをSEQIDNO17およびSEQIDNO18として報告された配列を有するプライマー。相補DNAの増幅は、95°Cで20秒間、60°Cで30秒間、および72°Cで30秒間の50サイクル、続いて72°Cで7分間の最終伸長サイクルを用いて実行された。PCR産物の特異性は、推定サイズにより、および制限酵素消化により、検証された。応答の特異性を確立するために、入力RNAが除かれている、またはRNAが用いられるが、逆転写酵素が除かれている、陰性対照が用いられた。陽性対照として、mRNAが、全唾液腺RNAから抽出された。RNA質を保証するために、すべての調製物は、発現の分析にかけられた。そのように行われたRTPCR研究は、唾液および血清が、IL6およびIL8をコードするmRNAを含むことを示した。図3に報告された例示的結果は、選択されたプライマーから予想されたサイズのPCR産物を示している。同じサイズの産物が陽性対照に発現されていた。分析されるRNAおよびタンパク質が唾液の流体相のみからであることを保証するために、および細胞内成分による混入の欠如を保証するために、唾液試料についての遠心分離速度を最適化した。唾液試料全体および様々な速度で遠心分離された試料における、細胞溶解および細胞内成分のこぼれたもののマーカーとしてDNAを用いる、ハウスキーピング遺伝子βアクチンおよびユビキチンについてのPCR。結果は、好ましい速度が2600xgである、2600±52xgの唾液試料についての最適遠心分離速度を支持している。実施例5:OSCC患者の血清におけるIL6およびIL8mRNA単離、増幅および発現の分析実施例4に報告されているように患者が採用され、血清におけるIL6およびIL8mRNAの存在の分析にかけられた。血清収集および処理OCまたはOPSCCAをもつ19人の患者、ならびに32人の罹患していない年齢および性別の整合された対照被検者由来の血清が、前向きなサイトカイン濃度の比較のために採取された。被検者群の間で、年齢、性別、アルコール消費または喫煙歴に関して有意差はなかった。血液は、処理の前に対照被検者および患者から抜き取られた。血清を、SorvallRT6000D遠心分離機により15°Cで10分間、3000rpmで全血を遠心分離することにより収集した。その後、血清を分離し、リボヌクレアーゼ阻害剤およびプロテアーゼ阻害剤をその後、氷上で素速く添加した。すべての試料は、その後、デオキシリボヌクレアーゼで処理された。アリコートは、さらなる使用まで80°Cで保存された。逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応血清におけるIL6およびIL8mRNA転写産物の存在は、上の実施例4に記載されているように行われる逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応RTPCRを用いることにより試験された。そのように行われたRTPCR研究は、電気泳動ゲルパターンが図3に示されたものと匹敵して、血清がIL6およびIL8をコードするmRNAを含むことを示した。分析されるRNAおよびタンパク質が血清の流体相のみからであることを保証するために、および細胞内成分による混入の欠如を保証するために、血清試料についての遠心分離速度を、唾液試料についての実施例4で記載された同じアプローチに従って最適化した。結果は、好ましい速度が1000xgである、1000±20xgの唾液試料についての最適遠心分離速度を支持している。実施例6:OSCC患者由来の唾液におけるIL6およびIL8サイトカインレベル分析IL6およびIL8mRNA転写産物が唾液での流体相に存在することを実証するにおいて、本発明者らは、定量的リアルタイムPCRおよびELISAを用いて、罹患していない被検者およびOSCCをもつ患者の唾液においてIL6およびIL8のレベルを前向きに調べ、比較した。OSCCをもつ32人の患者、ならびに32人の年齢および性別の整合された対照被検者由来の唾液が、採取された。被検者群の間で、年齢、性別、アルコール消費または喫煙歴に関して有意差はなかった。患者および正常な被検者由来の唾液におけるIL6およびIL8mRNA濃度の定量のためのリアルタイムPCRRTPCRの結果を定量的に分析するために、定量的リアルタイムPCRが用いられた。各試料は、3連で試験された。増幅反応は、iQSYBRGreenSupermixを用いて20μL混合物において行われた。95°Cで3分間の最初の変性後、60°Cで20秒間、その後72°Cで20秒間、その後83°Cで20秒間の50PCRサイクルを実行し、続いて、95°Cで1分間、その後、続いて、55°Cで最終の1分間伸長を行った。アリコートは、各ウェルから取られ、産物の特異性を保証するためにアガロースゲルにおける電気泳動によりチェックされた。RTPCR結果は、図5Aに示された図により例証されている。そのような結果は、mRNAおよびタンパク質の両方のレベルにおけるIL8が、対照被検者と比較した場合、OSCCをもつ患者の唾液においてより高い濃度で検出されたことを示している。OSCC患者と疾患のない対照由来の唾液の間に、IL8mRNA発現の量における有意差があった。平均コピー数は、OSCC群について11x103個、および対照群について26x101個であった。2つの群の間での差は、非常に統計学的に有意であった。その代わりに、mRNAレベルにおけるIL6の唾液濃度において、有意差が見出されなかった。試料サイズ研究内で、本発明者らはまた、喫煙と非喫煙の被検者間に差を検出することができなかった。患者および正常な被検者由来の唾液におけるIL6およびIL8タンパク質濃度の定量のためのELISAIL6およびIL8についてのELISAキットが製造会社の使用説明書に従って用いられた。各試料は、2つの反復実験のそれぞれにおいて2連で試験された。比色反応の発生後、450nmにおける吸光度を、8チャネルの分光光度計により定量し、吸光度読みを、各アッセイにおいて組換えサイトカインで得られた標準曲線に基づいてpgmlへ変換した。吸光度読みが標準曲線の直線範囲を越えた場合には、ELISAアッセイは、上清の段階希釈後に繰り返された。各試料は、少なくとも2つのELISA実験において試験され、データは、各試料についての試験の平均から計算された。ELISA試験結果は、図5Bに示された図により例証されている。OSCC患者の唾液におけるIL8のレベルは、対照群の唾液におけるそれらよりも有意に高かった。唾液におけるIL8タンパク質のレベルの上昇が、OSCC患者の唾液における総タンパク質レベルの上昇のせいではなかったことを保証するために、本発明者らは、2つの群間で唾液における総タンパク質濃度を比較した。有意差は見出されなかった。タンパク質レベルにおけるIL6の唾液濃度において、有意差は見出されなかった。また、ELISA分析において、喫煙と非喫煙の被検者の間での試料サイズ研究内で差は検出されなかった。実施例7:OSCC患者由来の血清におけるIL6およびIL8サイトカインレベル分析本発明者らはまた、qRTPCRおよびELISAを用いて、罹患していない被検者およびOSCCをもつ患者の血清において、IL6およびIL8のレベルを調べ、比較した。患者は、実施例4に記載されているように選択され、血清は、実施例5に記載されているように処理された。患者および正常な被検者由来の血清におけるIL6およびIL8mRNAの定量のためのリアルタイムPCRRTPCRの結果を定量的に分析するために、定量的リアルタイムPCRが、実施例6に記載されているように行われた。RTPCR結果は、図6Aに示された図により例証されている。そのような結果は、mRNAレベルにおけるIL6が、対照被検者と比較した場合、OSCCをもつ患者の血清においてより高い濃度で検出されたことを示している。OSCC患者と疾患のない対照由来の唾液の間でのIL6mRNA発現の量における有意差が注目された。平均コピー数は、OSCC群について52x104個、対照群について33x103個であった。2つの群間の差は、非常に統計学的に有意であった。その代わりに、mRNAレベルにおけるIL8の唾液濃度において、有意差が見出されなかった。試料サイズ研究内で、本発明者らはまた、喫煙と非喫煙の被検者間に差を検出することができなかった。患者および正常な被検者由来の血清におけるIL6およびIL8タンパク質濃度の定量のためのELISA血清におけるIL6およびIL8タンパク質濃度の定量のためのELISA試験は、実施例6に記載されているように行われた。関連したELISA試験結果は、図6Bに示された図により例証されている。OSCC患者の血清におけるIL6の平均レベルは、対照群の血清におけるそれらよりも有意に高かった。タンパク質レベルにおけるIL8の血清濃度において、有意差は見出されなかった。また、ELISA分析において、喫煙と非喫煙の被検者の間での試料サイズ研究内で差は検出されなかった。実施例8:ROCおよび感度特異性解析上の実施例1~7で報告された実験の結果において収集されたデータの統計学的解析は、HNSCCについてのこれらのバイオマーカーの特異性および感度、ならびにそれらの適中率を実証している。統計学的解析患者人口統計の分布は、OSCC症例および対照について、全体的におよび別々に、計算され、連続測定についてのスチューデントt検定かまたはカテゴリー測定についての2X2のカイ二乗表のいずれかを用いて2つのアーム間で比較された。唾液および血清におけるIL6ならびにIL8レベルの分布は、計算され、2つの独立群t検定を用いてOSCC症例と対照の間で比較された。差は、001未満のP値について有意とみなされた。IL6およびIL8レベルの範囲のために、これらの測定値の対数変換もまた、解析に用いられた。データは、平均±SDとして表された。年齢、性別および喫煙歴は、実験計画において群レベルで調節された;これらの患者因子はまた、回帰モデリングを通してIL6およびIL8を比較する場合の解析において調整された。従属変数として疾患および非疾患の2項結果を用いる、ロジスティック回帰モデルを、患者の年齢、性別および喫煙歴について調節して、可能性のあるバイオマーカーのそれぞれの関数としてOSCCを発症している確率を推定するように適合させた。適合したロジスティックモデルを用いて、受信者動作特性曲線解析は、バイオマーカーのそれぞれの予測力を評価するために行われた8910。ROC解析を通して、本発明者らは、最小ストリンジェント性から最大ストリンジェント性まで陽性の基準を変化させることにより、感度および特異性を計算した。最適な感度および特異性は、バイオマーカーのそれぞれについて決定され、バイオマーカーのそれぞれの対応するカットオフ閾値が同定された。ROC曲線下で最も大きい領域を有するバイオマーカーは、OSCCを検出するための最も強い予測力をもつとして同定された。臨床データOSCCをもつ患者の平均年齢は493歳対、対照群における488歳であった;。2つの被検者群の間で、年齢;OSCC患者、493歳;正常な被検者、488歳;性別;または喫煙歴に関して有意差はなかった。ROC曲線、感度対1特異性のプロット、は可能性のあるバイオマーカーのそれぞれについて作成された。年齢、性別および喫煙歴は、上記のように調節された。ROC曲線下の面積は、OSCCを検出するための各バイオマーカーの有用性の測度として計算された。図7Aおよび図7Bは、唾液におけるIL8および血清におけるIL6についてのROC曲線をそれぞれ、示している。計算されたROC値は、唾液におけるIL8について0978;および血清におけるIL6について0824であった。感度および特異性の分布に基づいて、バイオマーカーの閾値は、OSCCを検出することについて選択された。本発明者らのデータに基づいて、唾液におけるIL8について、600pgdLの閾値は、86の感度および97の特異性を生じる。同様に、血清におけるIL6について、0pgdLより大きい閾値は、64の感度および81の特異性を生じる。バイオマーカーの組み合わせ:唾液におけるIL8および血清におけるIL6は、図7Cに示されているように、ROC解析が99の感度および90の特異性を生じていることから、OSCC診断法として大きな可能性をもっている。唾液および血清における可能性のあるバイオマーカーのそれぞれについての、ROC曲線下の面積の詳細な統計値、閾値、ならびに対応する感度および特異性は表3に列挙されている。唾液および血清における可能性のあるバイオマーカーのそれぞれについての、ROC曲線下の面積の詳細な統計値、閾値、ならびに対応する感度および特異性は、下の表3に列挙されている。実施例9:OSCC患者の血清からのRNA単離、増幅および遺伝子発現プロファイリング被検者選択32人のOSCC患者は、UniversityofCaliforniaLosAngelesにおけるMedicalCentersおよびUniversityofSouthernCaliforniaLosAngelesCAから採用された。すべての患者は、最近、原発性T1T2OSCCと診断されており、化学療法、放射線治療、手術または代替療法の形をとるいずれの事前処置も受けなかった。35人の正常なドナーが、SchoolofDentistryUCLAにおける一般的な集団から対照として採用された。いずれの被検者も前の悪性腫瘍、免疫不全、自己免疫疾患、肝炎、またはHIV感染の病歴をもたなかった。すべての被検者は、この研究のための供血者となることを同意する機関審査委員会に承認された同意書にサインした。32人のOSCC患者および35人の正常な被検者を含む全体として67人の被検者が採用された。2つの被検者群の間に、平均年齢に関して有意差はなかった:OSCC患者、493歳;正常な被検者、478歳。OSCC群における性別分布は、1022であり、対照群においては、1421であった。本発明者らは、以下のことを測定することによりこれらの2つの群の喫煙歴を適合させた。すべての被検者は以下を尋ねられた:何年間、タバコを吸ったか1日あたり何箱、タバコを吸ったかタバコを吸うのを止めてから何年間、経過したか紙巻きタバコを吸うのみだったか、または葉巻、パイプ、かみタバコ、もしくはタイマも使用したか本発明者らは、その後、上記に関して患者と対照の間の整合を最適化した:類似した箱年数歴タバコを吸うのを止めてからの類似した経過全く紙巻きタバコのみの使用。喫煙歴において2つの群間に有意差はなかった。血液収集および処理血液調達手順は、UCLAおよびUSCにおける機関の審査委員会により承認された。血液は、処理の前に対照被検者および患者から抜き取られた。その後、全血は、SorvallRT6000D遠心分離機により15°Cで10分間、1000xgによる遠心分離を受けた。血清は、その後、分離され、100UmLリボヌクレアーゼ阻害剤が血清へ素速く添加された。アリコートは、さらなる使用まで80°Cで保存された。血清からのRNA単離RNAは、QIAampViralRNAキットを用いて560μl血清から単離された。単離されたRNAのアリコートは、製造会社の使用説明書に従って、リボヌクレアーゼを含まないデオキシリボヌクレアーゼで処理された。単離されたRNAの質は、4つのハウスキーピング遺伝子転写産物:βアクチン、β2ミクログロブリン、グリセルアルデヒド3リン酸デヒドロゲナーゼ、およびリボソームタンパク質S9についてのRTPCRにより調べられた。公開された配列に基づいて、オリゴヌクレオチドプライマーは、設計され、その後、PCRのために合成された。RTPCRは、表4に示されたRTPCRのための4つのハウスキーピング遺伝子転写産物から選択された共通の上流プライマーおよび3つの異なる下流プライマーを用いて3つのセグメントに表現型を示されたmRNAのコード領域を増幅するために用いられた。特に、4つの血清ヒトmRNAが選択され、コード領域は、そのコード領域をおよそ3つの部分へ分割する共通の上流プライマーおよび3つの異なる下流プライマーを用いて3つのセグメントに表現型を示した。各PCR反応の10μlは、2アガロースゲル上で電気泳動され、EtBrで染色された。すべてのPCR産物の特異性は、陽性対照と比較する推定サイズにより検証された。入力RNAが除かれている、またはRNAが用いられるが、逆転写酵素が除かれている陰性対照が、用いられた。ヒト由来のmRNA産物の血清表現型は、RTPCRおよび電気泳動により評価された。図8に報告された例示的結果は、4つのハウスキーピング遺伝子からの転写産物が検出されることができることを示した。特に、188bp、426bpおよび614bpのサイズをもつRPS9についての単位複製配列が検出された;140755bpおよび1184bpのサイズをもつGAPDHについての単位複製配列が検出された;216591bpおよび848bpのサイズをもつB2Mについての単位複製配列が検出された;および195705bpおよび1000bpのサイズをもつACTBについての単位複製配列が検出された。対照データが図に示されていない場合でも、対照は行われた。本発明者らが増幅した最も長いPCR産物は、NCBIGenBankデータベースによる、対応するmRNAの完全長の568、859、934および889に及んだ。この結果はまた、無細胞の形をとる血液において循環する無傷ヒトmRNAが存在しうることを示した。実施例10:OSCC患者由来の血清のmRNAのマイクロアレイプロファイリング10人のOSCC患者由来ならびに10人の性別および年齢の整合された正常なドナー由来の血清が、収集され、マイクロアレイ分析に用いるために実施例9に報告されているように処理された。マイクロアレイ分析血清から単離されたRNAは、RiboAmpRNAAmplificationキットにより直線的増幅にかけられた。以前に報告されたプロトコール55に従って、~19000遺伝子を表す22215個のヒト遺伝子cDNAプローブセットを含むAffymetrixHumanGenomeU133AArrayが、遺伝子発現プロファイリングのために適用された。生データは、標準化およびモデルに基づいた解析のためのDNAChipAnalyzer13ソフトウェアへインポートされた60。dChipは、mRNA遺伝子発現の量を表す発現指標、およびmRNA転写産物が実際、試料に存在するかどうか、存在コールと呼ばれるもう一つのパラメーターを与える。Splus60がすべての統計学的検定に用いられた。3つの基準が、OSCCと対照の間で異なって発現された遺伝子を決定するために用いられた。第一に、すべての試料において不在コールと割り当てられた遺伝子は排除された。第二に、両側スチューデントt検定が、OSCCと対照の間での平均遺伝子発現レベルの比較に用いられた。005の臨界アルファレベルが、統計学的有意性として定義された。第三に、倍比率が、統計学的有意差を示すそれらの遺伝子について計算された。少なくとも2倍変化を示すそれらの遺伝子のみが、さらなる分析のために含まれる。HGU133Aマイクロアレイは、癌患者と整合された正常な被検者の間で唾液RNAプロファイルにおける違いを同定するために用いられた。前に記載された基準により含まれる14268個の遺伝子の間で、本発明者らは、005未満のP値および≧2の倍変化をもつ335個の遺伝子を同定した。これらの遺伝子の間で、OSCC群において、223個の上方制御された遺伝子および112個の下方制御された遺伝子がある。Affymetrixにより、存在コールを割り当てられた遺伝子は、この遺伝子が最初の試料において信頼性をもって検出されることを示す。存在と割り当てられた遺伝子の数および各アレイにおける存在パーセンテージは、血清におけるヒトmRNA発現プロファイリングを報告する表5に示されている。HGU133Aマイクロアレイにおける存在コールを示すプローブの数。存在パーセンテージ=存在コールに割り当てられたプローブの数全プローブの数。OSCCについてのアレイは、対照群についてのそれらよりも多い、存在コールに割り当てられた有意なプローブを有する。平均して、存在コールを割り当てられた、OSCCアレイにおいて2623±868個のプローブ、および対照アレイにおいて1792±165個のプローブがある。OSCC群は、対照群より多い有意な存在プローブを有する。特定の遺伝子について、すべての癌またはすべての対照の間ですべてのアレイに一貫して存在コールが割り当てられるというよりストリンジェントな基準を用いて、本発明者らは、さらなる分析のための候補でありうる62個の遺伝子を同定した。これらの62個の遺伝子はOSCC血清においてすべて上方制御されるが、同じフィルタリング基準を用いて下方制御されるのを見出された遺伝子はないことが注目された。実施例11:OSCC患者の無細胞唾液からのマイクロアレイプロファイリングのQPCR確証および定量的分析qPCRは、唾液において異なって発現された転写産物のサブセットを定量するために、32人のOSCC患者および35人の対照由来の唾液を含む拡大された試料サイズにおいて、実施例10のマイクロアレイの発見を確証するために、行われた。定量的PCRアッセイプライマーセットは、PRIMER3ソフトウェアを用いることにより設計された。MuLV逆転写酵素およびプライマーとしてランダムヘキサマーを用いて、cDNAは、最初の、増幅されていない血清RNAから合成された。qPCR反応は、iQSYBRGreenSupermixを用いて、iCycleriQリアルタイムPCR検出システムにおいて行われた。すべての反応は、特定の産物についてカスタマイズされた条件を用いて3連で行われた。特定の鋳型のcDNARNAの相対量は、LightCyclerソフトウェア30を用いて標準曲線から外挿された。両側スチューデントt検定は、統計学的解析に用いられた。10個の有意な上方制御された遺伝子:H3F3A、TPT1、FTH1、NCOA4、ARCR、THSMB、PRKCB1、FTL1、COX4I1、およびSERP1は、qPCR確証について選択された10個の遺伝子を報告している表6に示されているように、それらの報告された癌関連に基づいて選択された。表6は、qPCRにより測定されたOSCC患者由来の血清におけるそれらの定量的変化を示す。結果は、H3F3A、TPT1、FTH1、NCOA4およびARCRの転写産物が、OSCC患者の唾液において有意に上昇したことを確認した。本発明者らは、qPCRにより、他の5つの転写産物の量において統計学的有意差を検出しなかった。実施例12:ROCおよび感度特異性解析上の実施例9~11で報告された実験の結果において収集されたデータの統計学的解析は、HNSCCについてのこれらのバイオマーカーの特異性および感度、ならびにそれらの適中率を実証している。受信者動作特性曲線解析および予測モデルqPCR結果を利用して、多変量分類モデルが、癌予測のための選択された血清転写産物の最良の組み合わせを決定するために構築された。第一に、従属変数として疾患および非疾患の2項結果を用いて、ロジスティック回帰モデルが構築された61。年齢、性別および喫煙歴は、データ収集手順において調節される。leaveoneoutcrossvalidation法が、ロジスティック回帰モデルを確証するために用いられた。交差検定ストラテジーは、まず、1つの観測を除去し、その後、すべてのマーカーを用いて残っている事例からロジスティック回帰モデルを適合させる。段階的モデル選択は、モデルを改善しない変数を除去するためにこれらのモデルのそれぞれについて用いられる。その後、除外された事例についての観測値は、その観測について推定されるクラスを計算するために用いられた。交差検定誤差率は、その時、試料の数で割った、間違って予測された試料の数である。受信者動作特性曲線解析は、その後、感度および特異性の計算のための可能性のあるカットポイントとしてモデルからの適合した確率を用いて、最良の最終ロジスティックモデルについて計算された。曲線下の面積は、ROC曲線の数値積分法により計算された。OSCC識別のために血清における循環mRNAの利用を実証するために、2つの分類予測モデルが観察された。qPCRデータを用いて、ロジスティック回帰モデルが、前に調べられた6つの血清転写産物、ARHA、FTH1、H3F3A、TPT1、COX4I1およびFTL1、から構成されて構築された。組み合わせたそれらの6つの転写産物は、最良の予測を提供し、その後、leaveoneoutvalidation法により確証された。67個から1つを除外する試行のうち、最良ロジスティックモデルの54個が、データ全体から抜き出した1つのモデルと同じであることが見出され、確証誤差率は313であった。結果は図9に報告されているが、このロジスティック回帰モデルについて計算されたROC曲線が示されている。44のカットオフ確率を用いて、84の感度および83の特異性が得られた。最終モデルは、084感度および083特異性を以て、67人のうち56人の被検者について正しく予測し、対照について6人の被検者およびOSCCについて5人の分類を誤っている。ROC曲線下の計算された領域は、このロジスティック回帰モデルについて088であった。ツリーに基づいた分類モデル、分類および回帰ツリー第二に、qPCR結果を利用するもう一つの予測モデルは、ツリーに基づいた分類方法により構築された。分類および回帰ツリーは、qPCR結果から予知物質として血清転写産物を用いてSplus60により構築された。CARTは、各段階が、結果として癌群対正常群の最良の分割を生じる予測変数を検索することを含む、二元再帰分割分析による分類モデルに適合する62。CARTは、Splusについてのデフォルト設定により決定された分割基準をもつエントロピー関数を用いた。このアプローチにより、試料全体を含む親群は、その後、癌群および正常群へ分割された。本発明者らの最初のツリーは、結果として、異なる分類をもつ小枝を生じなかったすべての分割を除去するように剪定された。第二モデル、分類および回帰ツリーモデル、は図10に報告された図により作成された。本発明者らの適合したCARTモデルは、OSCCについての予測変数としてTHSMBおよびFTH1の血清mRNA濃度を用いた。459E17Mの閾値をもつ最初の分割として選択されたTHSMBは、合計67個の試料を含む親群から2つの子群を生じた。THSMB濃度080;性別;または喫煙歴に関する有意差はなかった。前の悪性腫瘍、免疫不全、自己免疫疾患、肝炎またはHIV感染の病歴をもつ被検者はなかった。すべての被検者は、実験のための唾液供与者となることを同意する機関審査委員会に承認された同意書にサインした。唾液収集およびRNA単離刺激されていない唾液試料は、以前に確立されたプロトコール38で午前9時と午前10時の間に収集された。被検者は、収集前の少なくとも1時間、食べること、飲むこと、喫煙または口腔衛生処置を断つよう求められた。唾液試料は、4°Cで15分間、2600xgで遠心分離された。上清は、ペレットから取り出され、リボヌクレアーゼ阻害剤で処理された。RNAは、QIAampViralRNAキットで唾液上清の560μLから単離された。単離されたRNAのアリコートは、製造会社の使用説明書に従って、リボヌクレアーゼを含まないデオキシリボヌクレアーゼで処理された。単離されたRNAの質は、3つの細胞維持遺伝子転写産物:グリセルアルデヒド3リン酸デヒドロゲナーゼ、アクチンβおよびリボソームタンパク質S9についてのRTPCRにより調べられた。すべての3つのmRNAについてのPCR産物を示すそれらの試料のみが、その後の分析に用いられた。平均して、全RNAの542±201ngが、唾液上清の560μLから得られた。OSCCと整合された対照の間に全RNA量における有意差があった。RTPCR結果は、唾液試料のすべてが、ヒト唾液RNAについての品質管理として用いられる55、3つの遺伝子からの転写産物を含むことを実証した。一貫した増幅規模が、RNA増幅の2ラウンド後、得られた。平均して、ビオチン化cRNAの収量は、393±60μgであった。OSCCと対照の間に、生じたcRNA量の有意差はなかった。実施例14:OSCC患者由来の唾液のmRNAのマイクロアレイプロファイリング10人のOSCC患者由来ならびに10人の性別および年齢の整合された正常なドナー由来の唾液が、マイクロアレイ研究に用いられた。唾液からの単離されたRNAは、RiboAmpRNAAmplificationキットによる直線的増幅にかけられた。RNA増幅効率は、5つの独立した実行において20個の試料で並行して実行する既知の量の対照RNAを用いることにより測定された。マイクロアレイ分析前に報告されたプロトコール55に従って、HumanGenomeU133AArrayが遺伝子発現分析に適用された。アレイはスキャンされ、蛍光強度が、MicroarraySuit50ソフトウェアにより測定された;アレイは、その後、標準化およびモデルに基づいた解析のためのDNAChipAnalyzerソフトウェアへインポートされた60。Splus60がすべての統計学的検定を行うために用いられた。3つの基準が、異なって発現される遺伝子転写産物を測定するために用いられた。第一に、すべての試料において不在コールと割り当てられたアレイ上のプローブセットは排除された。第二に、両側スチューデントt検定が、OSCCと対照の間での平均遺伝子発現シグナル強度の比較に用いられた。005の臨界レベルが、統計学的有意性として定義された。第三に、倍比率が、統計学的有意差を示すそれらの遺伝子転写産物について計算された。少なくとも2倍変化を示すそれらの遺伝子転写産物のみが、さらなる分析のために含まれた。HGU133Aマイクロアレイは、癌患者と整合された正常な被検者の間で唾液RNAプロファイルにおける違いを同定するために用いられた。前に記載された基準により含まれる10316個の転写産物の間で、本発明者らは、005未満のP値をもつ1679個の転写産物を同定した。これらの転写産物の間で、OSCC群において、836個が上方制御され、843個が下方制御された。観察されたこれらの転写産物は、偶然のみに帰される可能性は低く、P3倍の所定の基準およびP値3倍、およびP値3倍、P3倍の基準、およびP値001のカットオフを用いて、本発明者らは、OSCC唾液において有意な上方制御を示す17個のmRNAを同定した。実施例15:OSCC患者の無細胞唾液からのマイクロアレイプロファイリングのQPCR確証および定量分析定量的ポリメラーゼ連鎖反応は、実施例14のマイクロアレイ分析により同定された異なって発現された転写産物のサブセットを確証するために行われた。定量的ポリメラーゼ連鎖反応確証最初の増幅されていない唾液RNA由来のcDNAは、MulV逆転写酵素およびプライマーとしてランダムヘキサマーを用いて合成された。qPCR反応は、iQSYBRGreenSupermixでのiCyclerPCRシステムにおいて行われた。プライマーセットは、PRIMER3ソフトウェアを用いることにより設計された。反応のすべては、特定の産物についてカスタマイズされた条件を用いて3連で行われた。特定の鋳型のcDNARNAの最初の量は、前に記載されているように32、標準曲線から外挿された。この確証は、マイクロアレイ研究に前に用いられたそれらの20個を含む試料のすべてを検査することにより完了した。ウイルコクソンの符号付き検定が統計学的解析に用いられた。定量的PCRは、32人のOSCC患者および32人の整合された対照由来の唾液を含む拡大された試料サイズにおいてマイクロアレイ発見を確証するために行われた。唾液mRNAバイオマーカーの9つの候補:DUSP1、GADD45B、H3F3A、IL1B、IL8、OAZ1、RGS2、S100P、およびSAT、は表7に報告されている、それらの報告された癌関連に基づいて選択された。表8は、qPCRにより測定されたOSCC患者由来の唾液における上の9つの候補の定量的変化を示している。9つの可能性のある候補のうちの7つは、qPCRにより確証された。ウイルコクソンの符号付き検定:P005の場合には、確証される;P≧005の場合には、確証されない。結果は、9つの候補mRNAのうちの7つ、DUSP1、H3F3A、IL1B、IL8、OAZ1、S100PおよびSAT、の転写産物は、OSCC患者の唾液において有意に上昇したことを確証した。本発明者らは、qPCRによりRGS2およびGADD45Bの量において統計学的有意差を検出しなかった。確証された7つの遺伝子は、増加の大きさにより3つのランクに分類されることができた:IL8を含む高く上方制御されたmRNA;H3F3A、IL1B、およびS100Pを含む中位に上方制御されたmRNA;ならびにDUSP1、OAZ1およびSATを含む低く上方制御されたmRNA。実施例16:ROCおよび感度特異性解析qPCR結果を用いて、受信者動作特性曲線解析が、実施例15において同定されたバイオマーカーのそれぞれの予測力を評価するためにSplus60により行われた82。受信者動作特性曲線解析および予測モデル最適なカットポイントは、最大の対応する感度および特異性を生じるそれらについて検索することにより、各バイオマーカーについて決定された。ROC曲線は、その後、最適な感度および特異性値のセットに基づいてプロットされた。曲線下の面積は、ROC曲線の数値積分法により計算された。ROC曲線下の最大の領域は、OSCCを検出するための最強の予測力をもつとして同定された。次に、多変量分類モデルが、癌予測についての唾液マーカーの最良組み合わせを決定するために構築された。最初に、疾患および非疾患の二項結果を従属変数として用いて、本発明者らは、患者年齢、性別および喫煙歴について調節されたロジスティック回帰モデルを構築した。逆行段階的回帰61が、最良の最終モデルを見出すために用いられた。leaveoneoutcrossvalidation法は、ロジスティック回帰モデルを確証するために用いられた。交差検定ストラテジーは、まず、1つの観測を除去し、その後、すべてのマーカーを用いて残っている事例からロジスティック回帰モデルを適合させる。段階的モデル選択は、モデルを改善しない変数を除去するためにこれらのモデルのそれぞれについて用いられる。その後、マーカー値は、除外された事例について、その観測について推定されるクラスを計算するために用いられた。交差検定誤差率は、その時、試料の数で割った、間違って予測された試料の数である。図11に例証されたROC曲線は、その後、感度および特異性の計算のための可能性のあるカットポイントとしてモデルからの適合した確率を用いて、類似した手順によりロジスティックモデルについて計算された。OSCCについての7つの可能性のある唾液mRNAバイオマーカーのそれぞれについての受信者動作特性曲線下の面積、閾値、および対応する感度および特異性の詳細な統計は、OSCC関連唾液mRNAバイオマーカーのROC曲線解析を示す表9に列挙されている。qPCR結果を利用して、本発明者らは、バイオマーカーのそれぞれの予測力を評価するためにROC曲線解析を行った。最適なカットポイントは、最大の対応する感度および特異性を生じるように決定された。ROC曲線下の最大面積を有するバイオマーカーが、OSCCを検出するための最強の予測力をもつとして同定された。データは、IL8mRNAが、OSCCの存在を予測するために7つの可能性のあるバイオマーカーの中で最も良く機能することを示した。IL8についてのROC曲線下の計算された面積は、085であった。319E18molLの閾値をもって、唾液におけるIL8mRNAは、正常からOSCCを識別するための88の感度および81の特異性を生じる。疾患識別のための唾液mRNAの利用を実証するために、2つの分類予測モデルが調べられた。ロジスティック回帰モデルは、組み合わせて最良の予測を提供する、7つの確証されたバイオマーカーのうちの4つ、IL1B、OAZ1、SATおよびIL8、に基づいて構築された。表10は、ロジスティック回帰モデルにより選択されたOSCCについての唾液を示す。ロジスティック回帰モデルは、組み合わせて最良の予測を提供する、7つの確証されたバイオマーカーのうちの4つに基づいて構築された。係数値は、これらの4つのマーカーについて正であり、唾液でのそれらの濃度における同期化した増加が、試料がOSCC被検者から得られたという確率を増加させたことを示している。係数値は、これらの4つのマーカーについて正であり、唾液でのそれらの濃度における同期化した上昇が、試料がOSCC被検者から得られたという確率を増加させたことを示している。ロジスティック回帰モデルに基づいたleaveoneoutcrossvalidation法の誤差率は、19であった。4つのマーカーの同じセットを用いた1つ除外解析において作成されたモデルの1個を除くすべては、表10に特定された完全データモデルにおいて有意であることが見出された。ROC曲線は、ロジスティック回帰モデルについて計算された。50のカットオフ確率を用いて、本発明者らは、91の感度および91の特異性を得た。ROC曲線下の計算された面積は、ロジスティック回帰モデルについて095であった。ツリーに基づいた分類モデル、分類および回帰ツリー第二モデル、ツリーに基づいた分類モデル、分類および回帰ツリーモデル、が作成された。CARTモデルは、予知物質として確証されたmRNAバイオマーカーを用いてSplus60により構築された。CARTは、各段階が、結果として、癌群対正常群の最良の分割を生じる予測変数を検索することを含む、二元再帰分割分析による分類モデルに適合する62。CARTは、Splusについてのデフォルト設定により決定された分割基準をもつエントロピー関数を用いた。このアプローチにより、試料全体を含む親群は、その後、癌群および正常群へ分割された。本発明者らの最初のツリーは、結果として、異なる分類をもつ小枝を生じなかったすべての分割を除去するように剪定された。結果は、図12の図に示されている。本発明者らの適合したCARTモデルは、OSCCについての予測変数としてIL8、H3F3AおよびSATの唾液mRNA濃度を用いた。314E18molLの閾値をもつ最初の分割として選択されたIL8は、合計64個の試料を含む親群から2つの子群を生じた。IL8濃度314E18molLをもつ30個の試料は、正常1へ割り当てられ、IL8濃度≧314E18をもつ34個は、癌1へ割り当てられた。正常1群は、113E14molLの閾値をもつSATによりさらに分割された。結果として生じた下位群、正常2は、SAT濃度113E14molLをもつ25個の試料を含み、癌2は、SAT濃度≧113E14molLをもつ5個の試料を含んだ。同様に、癌1群は、207E16molLの閾値をもつH3F3Aによりさらに分割された。結果として生じた下位群、癌3は、H3F3A濃度≧207E16molLをもつ27個の試料を含み、正常3群は、H3F3A濃度207E16molLをもつ7個の試料を含んだ。結果として、本発明者らの研究に含まれた64個の唾液試料は、CART解析により癌群および正常群へ分類された。正常群は、正常2からの試料および正常3からの試料から構成された。正常群に割り当てられた合計32個の試料、正常被検者からの29個および癌患者からの3個、がある。従って、OSCC予測のためにIL8、SATおよびH3F3Aの組み合わせを用いることにより、全体の感度は、906である。癌群は、癌2および癌3からの試料から構成された。最終の癌群に割り当てられた合計32個の試料、癌患者からの29個および正常被検者からの3個、がある。それゆえに、OSCC予測のためにこれらの唾液mRNAバイオマーカーの組み合わせを用いることにより、全体の特異性は、906である。要約すれば、本開示は、無細胞唾液において細胞外mRNAを検出する段階を含む、バイオマーカーが細胞外mRNAである、唾液においてバイオマーカーを検出するための方法;無細胞唾液においてトランスクリプトームパターンを検出する段階を含む、唾液のトランスクリプトーム分析;無細胞唾液において遺伝子のトランスクリプトームパターンおよびまたはmRNAプロファイリングを検出する段階を含む、唾液を分析することにより器官におけるまたは器官での遺伝子における遺伝的変化を検出するための方法;無細胞唾液およびまたは血清において、病態、疾患または障害に関連したバイオマーカー、特にmRNAおよびまたはタンパク質、のプロファイルを検出する段階を含む、被検者において、口腔もしくは全身性の病態、疾患または障害を診断するための方法;方法の少なくとも1つを行うための少なくとも1つのバイオマーカーについての識別子を含むキット;ならびに、口腔およびもしくは全身性の病態、疾患または障害についてのバイオマーカーとして唾液およびまたは血清mRNAの使用を言及する。本明細書に引用されたありとあらゆる刊行物および参照文献の開示は、参照により全体として本明細書に組み入れられている。本開示は、特定の態様に関して説明されている。他の態様は、前の記載に照らせば、当業者にとって明らかであると思われる。本開示の保護の範囲は、添付された特許請求の範囲により限定される。参照文献