"構造:[TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]を有するCDRH3配列を含むポリペプチドをコードする少なくとも約104のポリヌクレオチドを含む合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、TN1は、表9~10および18~26のTN1ポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチド、または表25~26のTN1ポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、DHは、表9、11、17~25、および28のDHポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチド、または表16、25、および27のDHコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、N2は、表9、12、18~25、および30のN2ポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチド、または表25および29のN2コードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、及びH3-JHは、表9、13、15、18~25、および32のH3-JHポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチドまたは表14、25、および31のH3-JHコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドである、ライブラリー。前記ライブラリーにおける配列の少なくとも約1、5、または10が、提供される構造を有する、請求項1に記載のライブラリー。前記ポリヌクレオチドが、表23~25のいずれか1つにおいて提供されるTN1、DH、N2、およびH3-JHポリペプチドのセットによって産生されるCDRH3ポリペプチドをコードする、請求項1に記載のライブラリー。前記ポリヌクレオチドが、表26において提供されるTN1ポリペプチドのセット、表28において提供されるDHポリペプチドのセット、表30において提供されるN2ポリペプチドのセット、および表32において提供されるH3-JHポリペプチドのセットによって産生されるCDRH3ポリペプチドをコードする、請求項1に記載のライブラリー。抗原に結合する抗体を単離するために請求項1に記載のライブラリーを使用する方法であって、前記ライブラリーのポリペプチド発現産物を抗原と接触させるステップおよび前記抗原に結合するポリペプチド発現産物を単離するステップを含む、方法。N結合型グリコシル化部位、脱アミド化モチーフ、および/またはCys残基の数は、生物学的供給源由来のレパートリーの増幅によって産生されるライブラリーと比較して低下しているまたは削減されている、請求項1に記載のライブラリー。1つまたは複数の軽鎖可変ドメインポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、請求項1に記載のライブラリー。前記ポリペプチドは、完全長IgGとして発現される、請求項7に記載のライブラリー。請求項8に記載のライブラリーのポリペプチド発現産物。請求項9に記載のポリペプチド発現産物から単離される抗体。請求項1に記載のライブラリーを含有するベクター。請求項11に記載のベクターを含有する宿主細胞。前記宿主細胞は、酵母細胞である、請求項12に記載の宿主細胞。前記酵母は、出芽酵母である、請求項13に記載の酵母細胞。請求項1に記載のライブラリーを含有するキット。コンピューター読み取り可能な形式の、請求項1に記載のライブラリーの代理物。構造:[TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]を有するCDRH3配列を含むポリペプチドをコードする少なくとも約104のポリヌクレオチドを含む合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、TN1は、表9~10および18~26のTN1ポリペプチドのいずれかと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドまたは表25~26のTN1ポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドであり、DHは、表9、11、17~25、および28のDHポリペプチドのいずれかと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドまたは表16、25、および27のDHコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドであり、N2は、表9、12、18~25、および30のN2ポリペプチドのいずれかと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドまたは表25および29のN2コードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドであり、及びH3-JHは、表9、13、15、18~25、および32のH3-JHポリペプチドのいずれかと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドまたは表14、25、および31のH3-JHコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドである、ライブラリー。軽鎖可変領域をコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、前記軽鎖可変領域は、a1つもしくは複数の位置4、49、および46で異なるVK1-05配列;b1つもしくは複数の位置4、49、46、および66で異なるVK1-12配列;c1つもしくは複数の位置4、49、および66で異なるVK1-33配列;d1つもしくは複数の位置4、49、および46で異なるVK1-39配列;e1つもしくは複数の位置2、4、46、および49で異なるVK2-28配列;f1つもしくは複数の位置2、4、36、および49で異なるVK3-11配列;g1つもしくは複数の位置2、4、48、および49で異なるVK3-15配列;h1つもしくは複数の位置2、4、48、および49で異なるVK3-20配列;ならびにi1つもしくは複数の位置4、46、49、および66で異なるVK4-1配列から成る群から選択される、ライブラリー。前記ライブラリーは、表3において提供される2つ以上の軽鎖ポリペプチド配列と少なくとも約80、90、または95同一であるポリペプチド配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項18に記載のライブラリー。前記軽鎖可変領域は、表3において提供されるポリペプチド配列を含む、請求項18に記載のライブラリー。軽鎖可変領域をコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、前記軽鎖可変領域のポリペプチド配列は、可変軽鎖ポリペプチド配列の位置89~94の2つまたは3つの残基で異なる、ライブラリー。前記ライブラリーは、表5~7において提供される2つ以上のポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、または95同一であるポリペプチド配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項21に記載のライブラリー。前記軽鎖可変領域は、表5~7において提供されるポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドを含む、請求項21に記載のライブラリー。コンピューター読み取り可能な形式の、以下のいずれかの代理物:表10、23~25、および26のTN1ポリペプチド;表11、23~25、および28のDHポリペプチド;表12、23~25、および30のN2ポリペプチド;表13、15、17、23~25、および32のH3-JHポリペプチド;表25~26のTN1ポリヌクレオチド;表25および27のDHポリヌクレオチド;表25および29のN2ポリヌクレオチド;ならびに表25および31のH3-JHポリヌクレオチド。ヒト免疫前セットのポリヌクレオチド配列の代理物付録Aまたはコンピューター読み取り可能な形式の、そのポリペプチド発現産物。CDRH3配列を含むポリペプチドをコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーを作製するための方法であって、aTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを含有する理論的セグメントプールを提供するステップ;bCDRH3配列の参照セットを提供するステップ;cbの参照セットにおけるそれぞれのCDRH3配列に最も近いマッチ複数可を同定するためにaの理論的セグメントプールを利用するステップ;d合成ライブラリーにおける包含のために理論的セグメントプールからセグメントを選択するステップ;ならびにe合成CDRH3ライブラリーを合成するステップを含む、方法。請求項26の方法に従って作製されるポリヌクレオチドのライブラリー。前記合成ライブラリーにおける包含のために選択されるセグメントは、CDRH3配列の参照セットにおけるそれらのセグメント使用ウエイトに従って選択される、請求項26に記載の方法。前記合成ライブラリーにおける包含のために選択されるセグメントは、1つまたは複数の物理化学的特性に従って選択される、請求項26に記載の方法。前記CDRH3配列の参照セットは、免疫前CDRH3配列の参照セットである、請求項26に記載の方法。理論的セグメントプールではなく、参照セットにおいて存在するさらなるTN1およびN2セグメントを選択するステップをさらに含む、請求項26に記載の方法。終止コドンは、前記ライブラリーから低下しているまたは削減されている、請求項26に記載の方法。対がないCys残基、N結合型グリコシル化モチーフ、および脱アミド化モチーフは、前記ライブラリーの翻訳産物において低下しているまたは削減されている、請求項26に記載の方法。前記DHセグメントおよびH3-JHセグメントは、前記参照セットにおけるCDRH3配列とのマッチング前に連続的に切断される、請求項26に記載の方法。DHおよびN2またはその組み合わせから成る群から選択されるセグメント中に1つまたは2つの縮退コドンを導入するステップをさらに含む、請求項26に記載の方法。H3-JHセグメント中に1つの縮退コドンを導入するステップをさらに含む、請求項26に記載の方法。請求項26に記載のライブラリーのポリペプチド発現産物。請求項37に記載のポリペプチド発現産物から単離される抗体。CDRL3ライブラリーをコードする合成ポリヌクレオチドを作製するための方法であって、i軽鎖配列の参照セットを得るステップであって、参照セットは、同じIGVL生殖系列遺伝子および/またはその対立遺伝子変異体に由来するVLセグメントを有する軽鎖配列を含有するステップ;iiIGVL遺伝子によってコードされる参照セットにおけるCDRL3位置のそれぞれでどのアミノ酸が存在するかを決定するステップ;iii軽鎖可変ドメインコード配列を合成するステップであって、位置89~94の2つまたは3つの位置は、参照セットにおける相当する位置に、2つ以上の、5つの最も頻繁に生じるアミノ酸残基をコードする縮退コドンを含有するステップ;およびiv前記CDRL3ライブラリーをコードするポリヌクレオチドを合成するステップを含む、方法。請求項39の方法に従って作製されるポリヌクレオチドのライブラリー。ポリペプチドをコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、ヒトIGHV配列のKabat残基1~94を含む1つまたは複数のVHシャーシ;ヒトCDRH3配列の参照セットから選択される1つまたは複数のTN1セグメント;ヒトCDRH3配列の参照セットにマッチした理論的セグメントプールから選択される1つまたは複数のDHセグメント;ヒトCDRH3配列の参照セットから選択される1つまたは複数のN2セグメント;およびヒトCDRH3配列の参照セットにマッチした理論的セグメントプールから選択される1つまたは複数のH3-JHセグメントを含む、ライブラリー。本発明は、とりわけ、CDRH3、CDRL3、重鎖、軽鎖、および/または完全長完全抗体配列の天然ヒトレパートリーの多様性を模倣する合成ライブラリーの設計および産生における改善を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、CDRH3配列を含むまたはコードするライブラリーたとえばポリヌクレオチドまたはポリペプチドたとえば抗体ライブラリーの物理的発現における包含を考慮するためのTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントの理論的セグメントプールを生成するための方法を定め、提供する。ある実施形態では、本発明は、理論的セグメントプールにおけるセグメントのそれぞれの、参照セットにおける出現頻度またはセグメント使用ウエイトを決定するために、CDRH3配列の参照セットにこれらの理論的セグメントプールの個々のメンバーをマッチさせるための方法を定め、提供する。CDRH3配列の任意のセットが参照セットとして使用されていてもよいが、本発明はまた、対象特定の参照セットまたはサブセットを生成するための方法をも定め、提供する。たとえば、とりわけ、本発明は、免疫前の特徴を有する提供された参照セットを得るために、もとの参照セットをフィルターにかけるための方法を提供する。理論的セグメントプールではなく、参照セットにおけるCDRH3配列内に存在するセグメントを定めるおよび/または同定するための方法もまた、提供される。そのようなセグメントは、たとえば、物理的ライブラリーにおける包含を考慮するために理論的セグメントプールに追加することができる。参照セットにおける特定のセグメントの出現頻度は、物理的ライブラリーにおける包含のためにセグメントを選択するのに有用であるが、本発明はまた、物理的ライブラリーにおける包含のためにセグメントを選択するために使用することができる単独でまたは任意の他の判断基準もしくは基準と一緒に、多くの物理化学的および生物学的特性をも提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、それらが組成または配列において部位毎に確率的sitewise-stochasticではなく、そのため、当技術分野のこれらのある種の他のライブラリーほど本質的にランダムではないという点で、当技術分野において知られているある種の他のライブラリーと異なるライブラリーを提供するたとえば、情報内容およびランダム性の議論については、参照によってその全体が組み込まれる米国特許出願公開第2009/0181855号の実施例14を参照されたい。いくつかの実施形態では、縮退オリゴヌクレオチドは、配列たとえばCDRH3、CDRL3、重鎖、軽鎖、および/または完全長完全抗体配列の参照セットとのマッチングをさらに改善しながら、ライブラリーのメンバーの多様性をさらに増加させるために使用されてもよい。本発明はまた、それらが、本明細書において記載される分析を実行することによって、たとえば、実施例3におけるように、CDRH3参照セットを生成することによって;実施例5~7におけるように、理論的セグメントプールを生成することによって;実施例4および8におけるように、参照セットに理論的セグメントプールのメンバーをマッチさせることによって;ならびに実施例8~9におけるように、物理的ライブラリーにおける包含のために理論的セグメントプールのメンバーを選択することによって、物理的ライブラリーにおける包含のために選択されるという点で、そのメンバーが互いに関係する配列を有するライブラリーを提供する。実施例12~16におけるように、縮退オリゴヌクレオチドを利用することによってある種の配列の多様性をさらに増加させるための方法もまた、提供される。いくつかの実施形態では、本発明は、CDRH3、CDRL3、重鎖、軽鎖、および/または完全長完全抗体配列を含むポリヌクレオチドライブラリーおよびポリペプチドライブラリーならびにそのようなライブラリーを作製するおよび使用するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書において記載されるライブラリーまたは理論的セグメントプールのいずれかを含む、本質的にそれから成る、またはそれから成るライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、計算的に、酵素TdTのinvivoにおける活性を模倣することによって、理論的セグメントプールを、生成し、続いて、ライブラリーにおける包含のために選ぶために、CDR配列の大きな参照データセットにマッチさせることができ、それらの理論的セグメントは、参照データセットにおけるCDR配列を最も再現することを認識する。ある実施形態では、本発明は、構造:[TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]を有するCDRH3ポリペプチドをコードする少なくとも約104のポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドのライブラリーであって、TN1は、表9~10および18~26のTN1ポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチドまたは表25~26のTN1ポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、DHは、表9、11、17~25、および28のDHポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチドまたは表16、25、および27のDHコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、N2は、表9、12、18~25、および30のN2ポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチドまたは表25および29のN2コードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、H3-JHは、表9、13、15、18~25、および32のH3-JHポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチドまたは表14、25、および31のH3-JHコードするポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドである、ポリヌクレオチドのライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、ライブラリーにおける配列の少なくとも約1、5、または10が、上記に提供される構造または本明細書において提供されるライブラリーのいずれかの構造を有する、ライブラリーを提供する。ある実施形態では、本発明は、表23~25のいずれか1つにおいて提供されるTN1、DH、N2、およびH3-JHポリペプチドのセットによって産生されるCDRH3ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、表26に提供されるTN1ポリペプチドのセット、表28に提供されるDHポリペプチドのセット、表30に提供されるN2ポリペプチドのセット、および表32に提供されるH3-JHポリペプチドのセットによって産生されるCDRH3ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むライブラリーを提供する。ある実施形態では、本発明は、そのメンバーが、上記に記載されるポリペプチドと少なくとも1つの一定のパーセント同一性を示すまたはを示すポリペプチドをコードするライブラリー、たとえば、構造:[TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]を有するCDRH3ポリペプチドをコードする少なくとも約104のポリヌクレオチドを含むライブラリーであって、TN1は、表9~10および18~26のTN1ポリペプチドのいずれかと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドまたは表25~26のTN1ポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドであり、DHは、表9、11、17~25、および28のDHポリペプチドのいずれかと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドまたは表16、25、および27のDHコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドであり、N2は、表9、12、18~25、および30のN2ポリペプチドのいずれかと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドまたは表25および29のN2コードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドであり、H3-JHは、表9、13、15、18~25、および32のH3-JHポリペプチドのいずれかと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドまたは表14、25、および31のH3-JHコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、もしくは95同一であるポリペプチドであるライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含むライブラリーであって、軽鎖可変領域は、a1つもしくは複数の位置4、49、および46で異なるVK1-05配列;b1つもしくは複数の位置4、49、46、および66で異なるVK1-12配列;c1つもしくは複数の位置4、49、および66で異なるVK1-33配列;d1つもしくは複数の位置4、49、および46で異なるVK1-39配列;e1つもしくは複数の位置2、4、46、および49で異なるVK2-28配列;f1つもしくは複数の位置2、4、36、および49で異なるVK3-11配列;g1つもしくは複数の位置2、4、48、および49で異なるVK3-15配列;h1つもしくは複数の位置2、4、48、および49で異なるVK3-20配列;ならびに/またはi1つもしくは複数の位置4、46、49、および66で異なるVK4-1配列から成る群から選択される、ライブラリーを提供する。ある実施形態では、本発明は、表3において提供される2つ以上の軽鎖ポリペプチド配列と少なくとも約80、90、または95同一であるポリペプチド配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含むライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、軽鎖可変領域が表3において提供されるポリペプチド配列を含む、ライブラリーを提供する。ある実施形態では、本発明は、軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含むライブラリーであって、軽鎖可変領域のL3-VLポリペプチド配列は、L3-VL生殖系列配列と比較して、位置89~94の2つまたは3つの残基で異なる、ライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、単一の軽鎖生殖系列配列およびその変異体を含有するライブラリーが、提供される。ある実施形態では、異なる軽鎖生殖系列配列から産生される変異体は、複数の軽鎖生殖系列配列およびそれらの変異体をコードするライブラリーを産生するために組み合わせることができる。本明細書において提供される軽鎖L3-VL生殖系列配列のいずれも、位置89~94の2つまたは3つの残基で異なっていてもよく、当業者は、任意の他のL3-VL配列もまた、本発明によって提供されるライブラリーを産生するために本明細書において記載される原理に従って多様化することができることを認識するであろう。いくつかの実施形態では、本発明は、抗体軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含有するライブラリーを含み、抗体軽鎖可変領域は、1つまたは複数の以下のL3-VL配列を含む:iL3-VL生殖系列配列と同一のアミノ酸配列たとえば表1を参照されたい;iiL3-VL生殖系列配列と比較して、残基89~94に2つの置換を含有するアミノ酸配列;およびiiiL3-VL生殖系列配列と比較して、残基89~94に3つの置換を含有するアミノ酸配列。いくつかの実施形態では、ライブラリーの抗体軽鎖可変領域はそれぞれ、1つまたは複数の上記のL3-VL配列を含む。いくつかの実施形態では、そのようなライブラリーは、抗体軽鎖可変領域をコードしてもよくまたはコードしなくてもよく、そのようなL3-VL配列を含有してもよくまたは含有しなくてもよい他の核酸の1つまたは複数のセットと組み合わせられる。いくつかの実施形態では、本発明は、表4において記載されるアミノ酸配列を有する抗体軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドまたは1つもしくは複数の表5~7において記載されるポリヌクレオチド配列を含有するライブラリーを含み、位置89~94の2つまたは3つの残基は、異なる。いくつかの実施形態では、本発明は、抗体軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含有するライブラリーを含み、ライブラリーにわたって、すべてのコード抗体軽鎖可変領域は、残基89~残基94の位置の残基の置換を除いて互いに同一であり、さらに、ライブラリーにわたって、任意の2つのコード抗体軽鎖可変領域の配列は、3つ以下の位置で互いに異なる。いくつかの実施形態では、本発明は、表5~7において提供される2つ以上のポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、または95同一であるポリペプチド配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含むライブラリーを提供する。ある実施形態では、ライブラリーのすべてのメンバーは、表5~7において提供される2つ以上のポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約80、90、または95同一である。ある実施形態では、本発明は、表5~7において提供されるポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドを含む軽鎖可変領域を含むライブラリーを提供する。ある実施形態では、ライブラリーのすべてのメンバーは、表5~7において提供されるポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、CDRL3および/または軽鎖可変領域を含有するまたはコードする本明細書において記載されるライブラリーのいずれも、完全軽鎖と関連したそのようなCDRL3および/または軽鎖可変領域を含有する。さらに、いくつかの実施形態では、そのようなライブラリーおよび/または完全軽鎖ライブラリーは、1つまたは複数の重鎖CDRH3、可変ドメイン、または完全重鎖をさらに含有するまたはコードする。いくつかの実施形態では、提供されるライブラリーは、たとえば完全なIgGなどのような完全な抗体を含むまたはコードする。いくつかの実施形態では、提供されるライブラリーは、ヒト抗体または抗体断片を含みまたはコードし、いくつかのそのような実施形態では、提供されるライブラリーは、完全なヒト抗体を含むまたはコードする。ある実施形態では、本発明は、本明細書において記載されるライブラリー核酸を含有する核酸ベクターを含むライブラリーを提供する。多くの実施形態では、そのようなライブラリーメンバーはそれぞれ、同じベクターを含む。いくつかの実施形態では、本発明は、たとえばベクターを含めて、1つまたは複数の提供されるライブラリーを含有する宿主細胞を提供する。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、酵母であり、ある実施形態では、酵母は、出芽酵母Saccharomycescerevisiaeである。いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書において記載されるライブラリーから単離される抗体を提供する。ある実施形態では、本発明は、本明細書において記載されるライブラリーのいずれかを含有するキットを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、コンピューター読み取り可能な形式の、ライブラリーおよび/または理論的セグメントプール、たとえば表10、23~25、および26のTN1ポリペプチド;表11、23~25、および28のDHポリペプチド;表12、23~25、および30のN2ポリペプチド;表13、15、17、23~25、および32のH3-JHポリペプチド;表25~26のTN1ポリヌクレオチド;表25および27のDHポリヌクレオチド;表25および29のN2ポリヌクレオチド;ならびに/または表25および31のH3-JHポリヌクレオチドの代理物representationを提供する。ある実施形態では、本発明は、ヒト免疫前セットのポリヌクレオチド配列の代理物付録Aまたはコンピューター読み取り可能な形式の、そのポリペプチド発現産物を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、CDRH3ライブラリーをコードする合成ポリヌクレオチドを作製するための方法であって、aTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを含有する理論的セグメントプールを提供するステップ;bCDRH3配列の参照セットを提供するステップ;cbの参照セットにおけるそれぞれのCDRH3配列に最も近いマッチ複数可を同定するためにaの理論的セグメントプールを利用するステップ;d合成ライブラリーにおける包含のために理論的セグメントプールからセグメントを選択するステップ;ならびにe合成CDRH3ライブラリーを合成するステップを含む、方法を提供する。ある実施形態では、本発明は、この方法によって作製されるライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、合成ライブラリーにおける包含のために選択されるセグメントは、CDRH3配列の参照セットにおけるそれらのセグメント使用ウエイトに従って選択される。ある実施形態では、本発明は、CDRL3ライブラリーをコードする合成ポリヌクレオチドを作製するための方法であって、i軽鎖配列の参照セットを得るステップであって、参照セットは、同じIGVL生殖系列遺伝子および/またはその対立遺伝子変異体に由来するVLセグメントを有する軽鎖配列を含有するステップ;iiIGVL遺伝子によってコードされる参照セットにおけるCDRL3位置のそれぞれでどのアミノ酸が存在するかを決定するステップ;iii軽鎖可変ドメインコード配列を合成するステップであって、位置89~94の2つの位置は、参照セットにおける相当する位置に、2つ以上の、5つの最も頻繁に生じるアミノ酸残基をコードする縮退コドンを含有するステップ;およびivCDRL3ライブラリーをコードするポリヌクレオチドを合成するステップを含む、方法を提供する。ある実施形態では、本発明は、この方法によって作製されるライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、抗原に結合する抗体を単離するために本発明のライブラリーのいずれかを使用するための方法であって、当該ライブラリーのポリペプチド発現産物を抗原と接触させるステップおよび抗原に結合するポリペプチド発現産物を単離するステップを含む、方法を提供する。ある実施形態では、本発明のライブラリーにおけるN結合型グリコシル化部位、脱アミド化モチーフ、および/またはCys残基の数は、生物学的供給源由来のレパートリーの増幅によって産生されるライブラリーと比較して低下しているまたは削減されている。本発明は、多くのポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列ならびにより大きなポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列を構築するために使用することができるセグメントたとえば、CDRH3を構築するために使用することができるTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを提供する。当業者は、いくつかの実例では、これらの配列は、本発明によって提供される配列のアライメントの後にコンセンサス配列を提供することによってより簡潔に示すことができ、これらのコンセンサス配列は、本発明の範囲内にあり、本明細書において提供される配列のいずれも、より簡潔に示すために使用されてもよいことを容易に認識するであろう。本発明は、とりわけ、ポリヌクレオチドライブラリーおよびポリペプチドライブラリー、ライブラリーを産生するおよび使用するための方法、ライブラリーを含有するキット、ならびに本明細書において開示されるライブラリーおよび/または理論的セグメントプールの代理物のコンピューター読み取り可能な形態を提供する。本出願において教示されるライブラリーは、それらが構築される構成成分たとえばポリヌクレオチドまたはポリペプチドセグメントの点から、少なくとも部分的に記載することができる。とりわけ、本発明は、特に、これらのポリヌクレオチドまたはポリペプチドセグメント、そのようなセグメントを産生するおよび使用するための方法、ならびにそのようなライブラリーセグメントを含むキットおよび代理物のコンピューター読み取り可能な形態を提供し、企図する。ある実施形態では、本発明は、天然に存在するヒト抗体レパートリーにおける配列およびCDRの長さの分布に基づいて特に設計される抗体ライブラリーを提供する。抗原性刺激の非存在下においてでさえ、個々のヒトは、少なくとも約107の異なる抗体分子を作製することが推定されるBoydetal.,ScienceTranslationalMedicine,2009,1:1。多くの抗体の抗原結合性部位は、様々な、関連するが異なるエピトープと交差反応することができる。さらに、ヒト抗体レパートリーは、可能性として低親和性でとはいえ、ほとんどあらゆる可能性のあるエピトープに適合する抗原結合性部位があることを確実にすることができるほど十分に大きい。哺乳動物の免疫系は、転写に先立って、染色体が分離している遺伝子セグメントをコンビナトリアルに連結させることによって、それが、著しく経済的な方法でほとんど無限の異なる軽鎖および重鎖を生成するのを可能にするユニークな遺伝的メカニズムを進化させてきた。それぞれのタイプの免疫グロブリンIg鎖つまりカッパ軽鎖、ラムダ軽鎖、および重鎖は、単一ポリペプチド鎖を産生するために、遺伝子セグメントの2つ以上のファミリーから選択されるDNA配列のコンビナトリアル構築によって合成される。特に、重鎖および軽鎖はそれぞれ、可変領域および定常C領域から成る。重鎖の可変領域は、遺伝子配列の3つのファミリーから構築されるDNA配列によってコードされる:可変IGHV、多様IGHD、および連結IGHJ。軽鎖の可変領域は、カッパおよびラムダ軽鎖のそれぞれについての遺伝子配列の2つのファミリーから構築されるDNA配列によってコードされる:可変IGLVおよび連結IGLJ。それぞれの可変領域重および軽はまた、完全長免疫グロブリン鎖を産生するために定常領域と組換えられる。V、D、およびJ遺伝子セグメントのコンビナトリアル構築が、抗体可変領域多様性に対して実質的な貢献を成すが、さらに、多様性は、これらの遺伝子セグメントの不正確な連結および遺伝子セグメントの間の接合部での非鋳型ヌクレオチドの導入を介して、プレB細胞段階で、invivoにおいて導入されるより詳細には、たとえば、その全体が参照によって組み込まれる米国特許出願公開第2009/0181855号を参照されたい。B細胞が抗原を認識した後、それは、増殖するように誘発される。増殖の間に、B細胞受容体座は、ゲノム突然変異の通常の速度をはるかに超える、非常に高速の体細胞突然変異を受ける。生じる突然変異は、主としてIg可変領域に局在化し、置換、挿入、および欠失を含む。この体細胞超変異は、抗原に対する親和性が増強した抗体を発現するB細胞の産生を可能にする。そのような抗原駆動体細胞超変異は、所与の抗原に対する抗体応答を微調整する。本発明の合成抗体ライブラリーは、ヒト起源の抗原を含む、いかなる抗原をも認識する可能性を有する。自己反応性抗体がネガティブセレクションを介してドナーの免疫系によって除去されるので、ヒト起源の抗原を認識する能力は、ヒト生物学的起源からたとえばヒトcDNAから調製される抗体ライブラリーなどのような他の抗体ライブラリーにおいて存在し得ない。さらに、本発明は、ライブラリー開発および/またはスクリーニングのある態様を簡易化するおよび/または能率的にする戦略を提供する。たとえば、いくつかの実施形態では、本発明は、陽性クローンを同定するために、セルソーティング技術たとえば蛍光活性化セルソーター、FACSの使用を可能にし、そのため、ハイブリドーマライブラリーの生成および上清スクリーニングの標準的で冗長な方法の必要性を回避するまたは除く。さらに、いくつかの実施形態では、本発明は、複数のスクリーニングパスを提供するライブラリーおよび/またはサブライブラリーを提供する。たとえば、いくつかの実施形態では、提供されるライブラリーおよび/またはサブライブラリーは、複数回、スクリーニングすることができる。いくつかのそのような実施形態では、個々の提供されるライブラリーおよび/またはサブライブラリーは、多くの標的に対するさらなる抗体を発見するために使用することができる。さらに本発明について記載する前に、いくらかの用語を定義する。定義その他に定義されない限り、本明細書において使用される技術用語および科学用語はすべて、当業者によって一般に理解される意味を有する。別段の定めがない限り、Kabatのナンバリング方式は、出願の全体にわたって使用される。下記の定義は、当技術分野における用語を補足するものであり、本出願において記載される実施形態に関するものである。用語アミノ酸またはアミノ酸残基は、当業者によって理解されるように、典型的に、アラニンAlaまたはA;アルギニンArgまたはR;アスパラギンAsnまたはN;アスパラギン酸AspまたはD;システインCysまたはC;グルタミンGlnまたはQ;グルタミン酸GluまたはE;グリシンGlyまたはG;ヒスチジンHisまたはH;イソロイシンIleまたはI:ロイシンLeuまたはL;リシンLysまたはK;メチオニンMetまたはM;フェニルアラニンPheまたはF;プロリンProまたはP;セリンSerまたはS;トレオニンThrまたはT;トリプトファンTrpまたはW;チロシンTyrまたはY;およびバリンValまたはVから成る群から選択されるアミノ酸などのような、当技術分野で認識される定義を有するアミノ酸を指すが、修飾アミノ酸、合成アミノ酸、またはまれなアミノ酸が、所望されるように使用されてもよい。一般に、アミノ酸は、無極性側鎖たとえばAla、Cys、Ile、Leu、Met、Phe、Pro、Val;負荷電側鎖たとえばAsp、Glu;正荷電側鎖たとえばArg、His、Lys;または無電荷極性側鎖たとえばAsn、Cys、Gln、Gly、His、Met、Phe、Ser、Thr、Trp、およびTyrを有するものとして分類することができる。当業者らによって理解されるように、用語抗体は、最も広い意味で本明細書において使用され、特に、少なくとも、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体たとえば二重特異性抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、および抗体断片を包含する。抗体は、免疫グロブリン遺伝子または免疫グロブリン遺伝子の断片によって実質的にまたは部分的にコードされる、1つまたは複数のポリペプチドを含むタンパク質である。認識される免疫グロブリン遺伝子は、カッパ、ラムダ、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロン、およびミュー定常領域遺伝子ならびに無数の免疫グロブリン可変部領域遺伝子を含む。用語抗体結合領域は、抗原に結合することができる免疫グロブリンまたは抗体可変領域の1つまたは複数の部分を指す。典型的に、抗体結合領域は、たとえば、抗体軽鎖または可変領域またはその1つもしくは複数のCDR、抗体重鎖または可変領域またはその1つもしくは複数のCDR、重鎖Fd領域、Fab、Fab’2、単一ドメイン、もしくは単鎖抗体scFvなどのような組み合わせられた抗体軽鎖および重鎖またはその可変領域、または抗原を認識する完全長抗体、たとえばIgGたとえばIgG1、IgG2、IgG3、もしくはIgG4サブタイプ、IgA1、IgA2、IgD、IgE、またはIgM抗体の任意の領域である。抗体断片は、完全な抗体の一部分、たとえば、その抗原結合性領域の1つまたは複数の部分を含む。抗体断片の例は、完全な抗体および抗体断片から形成されるFab、Fab’、Fab’2、およびFv断片、二重特異性抗体、直鎖状抗体、単鎖抗体、ならびに多特異性抗体を含む。用語対象抗体は、本発明のライブラリーから同定されるおよび/または単離される、対象特性を有する抗体を指す。対象の例示的な特性は、特定の抗原もしくはエピトープへの結合、ある親和性による結合、交差反応性、2つの分子の間の結合相互作用のブロック、および/またはある生物学的作用の誘発を含むが、これらに限定されない。用語カノニカル構造は、当業者らによって理解されるように、抗原結合CDRループによって取られる主な鎖立体構造を指す。比較構造研究から、6つの抗原結合ループのうちの5つが、利用可能な立体構造の限られたレパートリーのみを有することが分かった。カノニカル構造はそれぞれ、ポリペプチド主鎖のねじれ角によって特徴付けることができる。抗体の間の対応するループは、そのため、ループの大部分における高度なアミノ酸配列多様性にもかかわらず、非常に類似した三次元構造を有し得るそれぞれ、その全体が参照によって組み込まれるChothiaandLesk,J.Mol.Biol.,1987,196:901;Chothiaetal.,Nature,1989,342:877;MartinandThornton,J.Mol.Biol.,1996,263:800。さらに、取られるループ構造およびそれを囲むアミノ酸配列の間に関係がある。当技術分野において知られているように、特定のカノニカルクラスの立体構造は、ループの長さならびにループ内および保存フレームワーク内のつまりループの外側の重要な位置に存在するおよびアミノ酸残基によって決定される。そのため、特定のカノニカルクラスに対する割り当ては、これらの重要なアミノ酸残基の存在に基づいて行うことができる。たとえば、用語カノニカル構造はまた、Kabatによって分類されるように、抗体の直鎖状配列に関する考慮を含んでいてもよいKabatetal.,inSequencesofProteinsofImmunologicalInterest,5thEdition,U.S.DepartmentofHeathandHumanServices,1992。Kabatナンバリング手法は、一貫した方法で、抗体可変ドメインのアミノ酸残基をナンバリングするために、広く採用されている基準であり、他に示されない限り、本明細書において使用される。さらなる構造の考慮もまた、抗体のカノニカル構造を決定するために使用することができる。たとえば、Kabatのナンバリングによって完全には反映されない違いは、Chothiaetal.のナンバリング方式によって説明することができるならびに/または他の技術、たとえば結晶構造解析および二もしくは三次元計算モデリングによって明らかにすることができる。したがって、所与の抗体配列は、とりわけ、適切なシャーシ配列chassissequenceを同定することを可能にするカノニカルクラスに分類されてもよいたとえば、ライブラリーにおいて様々なカノニカル構造を含むための要望に基づいて。抗体アミノ酸配列のKabatナンバリングおよびChothiaetal.によって記載されるような構造の考慮ならびに抗体構造のカノニカルの側面を解釈するためのそれらの関連は、文献において記載されている。用語CDRおよびその複数形CDRsは、その3つが軽鎖可変領域CDRL1、CDRL2、およびCDRL3の結合特徴を構成し、3つが重鎖可変領域CDRH1、CDRH2、およびCDRH3の結合特徴を構成する相補性決定領域CDRを指す。CDRは、抗体分子の機能的活性に寄与し、フレームワーク領域を含むアミノ酸配列によって分離されている。厳密な定義のCDRの境界および長さは、様々な分類およびナンバリング方式に従う。そのため、CDRは、たとえば、下記に記載されるCDRH3ナンバリング方式を含めて、Kabat、Chothia、接点contact、または他の境界定義によって言及されてもよい。異なる境界にもかかわらず、これらの方式のそれぞれは、可変領域内のいわゆる超可変領域を構成するものにおいてある程度の重複を有する。そのため、これらの方式によるCDR定義は、隣接するフレームワーク領域に関して、長さおよぶ境界エリアが異なっていてもよい。たとえば、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれる、Kabatetal.,inSequencesofProteinsofImmunologicalInterest,5thEdition,U.S.DepartmentofHealthandHumanServices,1992;Chothiaetal.,J.Mol.Biol.,1987,196:901;およびMacCallumetal.,J.Mol.Biol.,1996,262:732を参照されたい。本明細書において使用されるCDRH3ナンバリング方式は、位置95にあるCDRH3の第1のアミノ酸および位置102としてのCDRH3の最後のアミノ酸を定義する。これは、Kabatに従っていない特注のナンバリング方式であることに注意されたい。位置95で始まるアミノ酸セグメントは、TN1と呼ばれ、存在する場合、番号95、96、96A、96Bなどが割り当てられる。本出願において使用される命名法は、米国特許出願公開第2009/0181855号および第2010/0056386号および国際公開番号WO/2009/036379において使用されるものとわずかに異なることに注意されたい。それらの出願では、位置95は、Tail残基と称されるが、ここで、TailTは、N1セグメントと組み合わせられており、TN1と称される1つのセグメントがもたらされる。TN1セグメントに、DHセグメントが続き、これは、番号97、97A、97B、97Cなどが割り当てられる。DHセグメントに、N2セグメントが続き、これは、存在する場合、98、98A、98Bなどとナンバリングされる。最後に、H3-JHセグメントの最もC末端のアミノ酸残基は、番号102として指定される。その直前N末端の残基は、存在する場合、101であり、1つ前は、存在する場合100である。残りのH3-JHアミノ酸は、逆の順でナンバリングされ、100に対してすぐN末端のアミノ酸についての99から始まり、99に対してN末端の残基について99A、99B、99Cなどについてその他同様である。そのため、CDRH3配列残基番号の例は、以下を含んでいてもよい:本発明のシャーシchassisは、それぞれCDRH3またはCDRL3の一部ではない、抗体重鎖可変IGHVまたは軽鎖可変IGLVドメインの一部分である。本発明のシャーシは、FRM1の第1のアミノ酸から始まり、FRM3の最後のアミノ酸で終わる抗体の可変領域の一部分として定義される。重鎖の場合には、シャーシは、位置1~位置94を含むアミノ酸を含む。軽鎖カッパおよびラムダの場合には、シャーシは、位置1~位置88を含むとして定義される。本発明のシャーシは、相当する生殖系列可変ドメイン配列に比べてある種の修飾を含有してもよい。これらの修飾は、操作されてもよいたとえばN結合型グリコシル化部位を除去するようにまたは天然に存在してもよいたとえば天然に存在する対立遺伝子変異を引き起こすように。たとえば、免疫グロブリン遺伝子レパートリーが多型であることは、当技術分野において知られているそれぞれその全体が参照によって組み込まれるWangetal.,Immunol.Cell.Biol.,2008,86:111;Collinsetal.,Immunogenetics,2008,60:669;これらの対立遺伝子変異体を代表するシャーシ、CDR、および定常領域もまた、本発明によって包含される。いくつかの実施形態では、本発明の特定の実施形態において使用される対立遺伝子変異体複数可は、たとえば、これらの患者集団において非免疫原性の抗体を同定するために、様々な患者集団において存在する対立遺伝子変異に基づいて選択されてもよい。ある実施形態では、本発明の抗体の免疫原性は、患者集団の主要組織適合遺伝子複合体MHC遺伝子における対立遺伝子変異に依存してもよい。そのような対立遺伝子変異はまた、本発明のライブラリーの設計において考慮されてもよい。本発明のある実施形態では、シャーシおよび定常領域は、ベクター中に含有され、CDR3領域は、相同組換えを介してそれらの間に導入される。本明細書において使用されるように、指定多様性directeddiversityにより設計される配列は、配列の多様性および長さの多様性の両方を含有するように特に設計される。指定多様性は、確率的なものではない。本明細書において使用されるように、用語多様性は、多種性または顕著な異種性を指す。用語配列多様性は、総体として、配列、たとえば天然ヒト抗体において見つけられるもののいくつかの可能性を代表する様々な配列を指す。たとえば、CDRH3配列多様性は、CDRH3配列を形成するために、知られているヒトTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを組み合わせる様々な可能性を指してもよい。CDRL3配列多様性カッパまたはラムダは、CDRL3配列を形成するために、天然に存在する軽鎖可変領域に寄与するCDRL3つまりL3-VLおよび連結つまりL3-JLセグメントを組み合わせる様々な可能性を指してもよい。本明細書において使用されるように、H3-JHは、CDRH3に寄与するIGHJ遺伝子の部分を指す。本明細書において使用されるように、L3-VLおよびL3-JLは、それぞれ、CDRL3に寄与するIGLVおよびIGLJ遺伝子カッパまたはラムダの部分を指す。本明細書において使用されるように、用語発現は、転写、転写後修飾、翻訳、翻訳後修飾、および分泌を含むが、これらに限定されない、ポリペプチドの産生に関与するステップを指す。用語フレームワーク領域は、より相違するつまり超可変CDRの間に存在する、抗体可変領域の当技術分野により認識される部分を指す。そのようなフレームワーク領域は、典型的に、フレームワーク1~4FRM1、FRM2、FRM3、およびFRM4と呼ばれ、抗原結合性表面を形成するための三次元空間における6つのCDR重鎖由来の3つおよび軽鎖由来の3つの提示presentationのために足場を提供する。用語完全長重鎖は、4つのフレームワーク領域、3つのCDR、および定常領域を含む、免疫グロブリン重鎖のカノニカル構造ドメインのそれぞれを含有する免疫グロブリン重鎖を指す。用語完全長軽鎖は、4つのフレームワーク領域、3つのCDR、および定常領域を含む、免疫グロブリン軽鎖のカノニカル構造ドメインのそれぞれを含有する免疫グロブリン軽鎖を指す。用語生殖系列様は、本発明の軽鎖のCDRL3配列に関して使用される場合、iIGVL生殖系列遺伝子によってCDRL3に寄与する最初の6つの野生型残基つまり、Kabatのナンバリング方式における位置89~94;Lはカッパまたはラムダである;およびiiもっぱらではないが、大部分はJLセグメントに由来する長さが2、1~4のアミノ酸のいくつかのアミノ酸配列のうちの1つLはまた、カッパまたはラムダであるの組み合わせから成る配列を意味する。最もよくある長さつまり8、9、および10残基のカッパCDRL3配列については、iiの配列は、20に達し、FT、LT、IT、RT、WT、YT、[X]T、[X]PT、[X]FT、[X]LT、[X]IT、[X]RT、[X]WT、[X]YT、[X]PFT、[X]PLT、[X]PIT、[X]PRT、[X]PWT、および[X]PYTであり、[X]は、それぞれのVK生殖系列配列において位置95Kabatに見つけられるアミノ酸残基に相当する。Xは、最も一般的にはPであるが、また、SまたはVK生殖系列配列の位置95で見つけられる任意の他のアミノ酸残基であってもよい。本明細書において例示される、8つの例示されるVKシャーシについては、相当する160の生殖系列様配列つまり、8つのVK生殖系列配列のそれぞれの位置89~94と組み合わせられた、長さが2~4のアミノ酸の20の配列が、表1において提供される。同様のアプローチは、ラムダ軽鎖についての生殖系列様CDRL3配列を定めるために適用される。上記に記載されるカッパ配列に関しては、IGVL遺伝子この場合IGVλによってコードされるCDRL3の完全な非突然変異部分は、もっぱらではないが、大部分はJλセグメントに由来する配列と組み合わせられるであろう。ここで、後の配列上記のiiに相当するは、5に達し、YV、VV、WV、AV、またはVである。さらに、また、米国特許出願公開第2009/0818155号の実施例7において記載されるように、結果として生じる、生殖系列様の配列をなお考慮しながら部分的なコドンを考慮することによって、CDRL3のVλ-遺伝子によりコードされる部分の最後の位置での変異をさらに考慮に入れることができる。より具体的には、米国特許出願公開第2009/0818155号における実施例7のミニマリストminimalistライブラリー全体は、生殖系列様と定義されるであろう。当業者は、他のVKおよびVλ配列にこれらの方法を拡張することができることを容易に認識するであろう。用語遺伝子型-表現型の連結は、当業者らによって理解されるように、特定の表現型を有するたとえば、抗原に結合するタンパク質をコードする核酸遺伝子型をライブラリーから単離することができるという事実を指す。例証の目的のために、ファージの表面上に発現される抗体断片は、抗原へのその結合に基づいて単離することができるたとえば米国特許第5,837,500号。抗原への抗体の結合は、同時に、抗体断片をコードする核酸を含有するファージの単離を可能にする。したがって、表現型抗体断片の抗原結合性の特徴は、遺伝子型抗体断片をコードする核酸に連結されている。遺伝子型-表現型の連結を維持するための他の方法は、Wittrupetal.それぞれ、その全体が参照によって組み込まれる米国特許第6,300,065号、第6,331,391号、第6,423,538号、第6,696,251号、第6,699,658号、および米国特許出願公開第20040146976号、Miltenyiその全体が参照によって組み込まれる米国特許第7,166,423号、Fandlそれぞれ、その全体が参照によって組み込まれる米国特許第6,919,183号、米国特許出願公開第20060234311号、Clausell-Tormosetal.その全体が参照によって組み込まれるChem.Biol.,2008,15:427、Loveetal.その全体が参照によって組み込まれるNat.Biotechnol.,2006,24:703、ならびにKellyetal.その全体が参照によって組み込まれるChem.Commun.,2007,14:1773の方法を含む。用語は、それらの間の連結が維持されながら、それらを両方とも回収することができる方法で、抗体タンパク質をコードする遺伝子と一緒に抗体タンパク質の場所を突き止める任意の方法を指すために使用することができる。用語異種成分は、抗体への成分の追加を示すために本明細書において使用され、成分は、天然に存在する抗体の一部ではない。例示的な異種成分は、薬剤、毒素、造影剤、および抗体自体において本質的でない活性を提供する任意の他の組成物を含む。本明細書において使用されるように、用語宿主細胞は、本発明のポリヌクレオチドを含む細胞を指すように意図される。そのような用語が、特定の対象細胞だけではなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をも指すことが理解されたい。ある種の修飾が、突然変異または環境上の影響により次の世代において生じ得るので、そのような子孫は、実際、親細胞と同一でなくてもよいが、本明細書において使用される用語の範囲内になお含まれる。本明細書において使用されるように、用語ヒト抗体CDRライブラリーは、ヒト抗体における天然に存在するCDRの配列の多様性および長さの多様性を示すように設計された、少なくとも1つのポリヌクレオチドライブラリーまたはポリペプチドライブラリーを含むたとえば、ヒト抗体CDRライブラリーにおけるCDRという用語は、CDRL1、CDRL2、CDRL3、CDRH1、CDRH2、および/またはCDRH3と置換されてもよい。知られているヒトCDR配列は、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるJacksonetal.,J.ImmunolMethods,2007,324:26;Martin,Proteins,1996,25:130;Leeetal.,Immunogenetics,2006,57:917、Boydetal.,ScienceTranslationalMedicine,2009,1:1、および国際公開番号WO/2009/036379を含む、様々なデータセットならびに付録Aにおいて提供されるHPSにおいて示される。用語ヒト免疫前セットまたはHPSは、付録Aにおいて提供されるGI番号に相当する3,571の管理されたcuratedヒト免疫前重鎖配列の参照セットを指す。完全な抗体は、完全長重鎖および軽鎖つまり重鎖および軽鎖のそれぞれについての4つのフレームワーク、3つのCDR、および定常領域を含む抗体である。完全な抗体はまた、完全長抗体とも呼ばれる。用語長さの多様性は、ヌクレオチドまたはアミノ酸配列のファミリーの長さにおける多種性を指す。たとえば、天然に存在するヒト抗体において、重鎖CDR3配列は、たとえば約2アミノ酸~約35アミノ酸以上まで長さが変動し、軽鎖CDR3配列は、たとえば約5~約16のアミノ酸まで長さが変動する。用語ライブラリーは、本明細書において記載される多様性を有するおよび/または本発明の方法に従って設計される2つ以上の要素を含む要素のセットを指す。たとえば、ポリヌクレオチドのライブラリーは、本明細書において記載される多様性を有するおよび/または本発明の方法に従って設計される2つ以上のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドのセットを指す。ポリペプチドのライブラリーは、本明細書において記載される多様性を有するおよび/または本発明の方法に従って設計される2つ以上のポリペプチドを含むポリペプチドのセットを指す。合成ポリヌクレオチドのライブラリーは、本明細書において記載される多様性を有するおよび/または本発明の方法に従って設計される2つ以上の合成ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドのセットを指す。すべてのメンバーが合成であるライブラリーもまた、本発明によって包含される。ヒト抗体ライブラリーは、本明細書において記載される多様性を有するおよび/または本発明の方法に従って設計される2つ以上のポリペプチドを含むポリペプチドのセット、たとえば、天然に存在するヒト抗体の配列の多様性および長さの多様性を示すように設計されたライブラリーを指す。いくつかの実施形態では、用語ライブラリーは、同様の構造の特徴または配列の特徴を共有する要素のセット、たとえば重鎖ライブラリー、軽鎖ライブラリー、抗体ライブラリー、および/またはCDRH3ライブラリーを指してもよい。用語物理的な実現は、たとえば任意のディスプレイ方法によって実際に物理的にサンプリングすることができる理論的たとえばコンピューターベースのまたは合成たとえばオリゴヌクレオチドベースの多様性の一部分を指す。例示的なディスプレイ方法は、ファージディスプレイ、リボソームディスプレイ、および酵母ディスプレイを含む。合成配列については、ライブラリーの物理的な実現のサイズは、1実際に合成することができる理論的な多様性の割合および2特定のスクリーニング方法の限界に依存する。スクリーニング方法の例示的な限界は、特定のアッセイたとえばリボソームディスプレイ、ファージディスプレイ、酵母ディスプレイにおいてスクリーニングすることができる変異体の数ならびにスクリーニングアッセイにおいて使用される宿主細胞たとえば酵母、哺乳動物細胞、細菌の形質転換効率を含む。例証の目的のために、1012のメンバーの理論的な多様性を有するライブラリーを考慮すれば、最大1011のメンバーを含むことができるライブラリーの例示的な物理的な実現たとえば酵母、細菌細胞、またはリボソームディスプレイにおけるは、そのため、ライブラリーの理論的な多様性の約10をサンプリングするであろう。しかしながら、1012の理論的な多様性を有するライブラリーの1011未満のメンバーが合成される場合、ライブラリーの物理的な実現は、最大1011のメンバーを含むことができ、ライブラリーの理論的な多様性の10未満が、ライブラリーの物理的な実現においてサンプリングされる。同様に、最大1012を超えるメンバーを含み得るライブラリーの物理的な実現は、理論的な多様性をオーバーサンプリングし、それぞれのメンバーが繰り返し存在することを意味するであろう1012の理論的な多様性の全体が合成されることを想定。用語ポリヌクレオチド複数可は、DNA分子およびRNA分子などのような核酸ならびにそのアナログたとえば、ヌクレオチドアナログを使用してまたは核酸の化学的性質を使用して生成されるDNAまたはRNAを指す。所望されるように、ポリヌクレオチドは、たとえば、当技術分野に認識される核酸の化学的性質を使用して、合成的にまたはたとえば、ポリメラーゼを使用して、酵素により作製されてもよく、所望の場合は、修飾されてもよい。典型的な修飾は、メチル化、ビオチン化、および他の当技術分野に知られている修飾を含む。さらに、核酸分子は、一本鎖または二本鎖とすることができ、所望の場合には、検出可能な成分に連結することができる。本明細書におけるヌクレオチド塩基の表現は、InternationalUnionofPureandAppliedChemistryIUPACの命名法に従うその全体が参照によって組み込まれる米国特許出願公開第2009/0181855号を参照されたい。免疫前抗体ライブラリーは、天然に存在するヒト抗体配列がネガティブセレクションおよび/または体細胞超変異を受ける前の天然に存在するヒト抗体配列に類似する配列の多様性および長さの多様性を有する。たとえば、Leeetal.その全体が参照によって組み込まれるImmunogenetics,2006,57:917において記載される配列のセットおよび本明細書において記載されるヒト免疫前セットHPS付録Aを参照されたいは、免疫前のレパートリー由来の配列を示すと考えられる。本発明のある実施形態では、本発明の配列は、これらの配列に類似するであろうたとえば組成および長さの点から。本明細書において使用されるように、用語部位毎に確率的は、アミノ酸の配列を生成するためのプロセスを記載し、個々の位置でのアミノ酸の存在のみが考慮され、高次モチーフたとえばペアワイズ相関pair-wisecorrelationは説明されないたとえば、それぞれその全体が参照によって組み込まれるKnappik,etal.,JMolBiol,2000,296:57および米国特許出願公開第2009/0181855号において提供される分析を参照されたい。用語スプリットプールsplit-pool合成は、複数の個々の第1の反応の産物が組み合わせられプールされ、次いで、複数の第2の反応に参加する前に分離されるスプリットされる手順を指す。たとえば、米国特許出願公開第2009/0181855号その全体が参照によって組み込まれるは、それぞれ別々の反応での278のDHセグメント産物の合成を記載する。合成の後、これらの278のセグメントは、組み合わせられプールされ、次いで、セグメントは、N2の合成のために141カラムの中に分配されるスプリットされる。これは、それぞれの141のN2セグメントとの278のDHセグメントのそれぞれの対形成を可能にする。本明細書において使用されるように、確率的は、確率分布からのあるエレメントのサンプルと考えられる、ヌクレオチドまたはアミノ酸のランダム配列を生成するプロセスを説明するたとえば米国特許第5,723,323号を参照されたい。本明細書において使用されるように、用語合成ポリヌクレオチドは、天然起源の分子とは対照的に、化学プロセスを通して形成される分子または天然起源の分子の鋳型ベースの増幅を介して誘導される分子を指すたとえば、PCR増幅を介してB細胞の集団からクローニングされる免疫グロブリン鎖は、本明細書において使用されるように、合成ではない。いくつかの実例では、たとえば、複数のセグメントたとえばTN1、DH、N2、および/またはH3-JHを含む、本発明のライブラリーを指す場合、本発明は、前述の構成成分の少なくとも1、2、3、または4つが合成であるライブラリーを包含する。例証として、ある種の構成成分は合成であるが、他の構成成分は天然起源のものであるまたは天然起源の分子の鋳型ベースの増幅を介して誘導されるライブラリーは、本発明によって包含されるであろう。完全に合成であるライブラリーもまた、もちろん、本発明によって包含されるであろう。用語理論的な多様性は、ライブラリー設計における変異体の最大数を指す。たとえば、3つの残基のアミノ酸配列を考慮すれば、残基1および3が、それぞれ、5つのアミノ酸タイプのいずれか1つであってもよく、残基2が、20のアミノ酸タイプのいずれか1つであってもよい場合、理論的な多様性は、5×20×5=500の可能な配列である。同様に、配列Xが、4つのアミノ酸セグメントの組み合わせによって構築される場合、セグメント1が、100の可能な配列を有し、セグメント2が、75の可能な配列を有し、セグメント3が、250の可能な配列を有し、セグメント4が、30の可能な配列を有する場合、断片Xの理論的な多様性は、100×75×200×30または5.6×105の可能な配列になるであろう。用語理論的セグメントプールは、より大きなポリヌクレオチドまたはポリペプチドを構築するためにビルディングブロックとして使用することができるポリヌクレオチドまたはポリペプチドセグメントのセットを指す。たとえば、TN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを含有する理論的セグメントプールは、[TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]によって示される配列を形成するためにそれらをコンビナトリアルにつなぎ、相当するオリゴヌクレオチドを合成することによって、CDRH3配列のライブラリーを構築するために使用することができる。用語理論的セグメントプールは、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドセグメントの任意のセットに適用することができる。したがって、TN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントのセットは、総体として、理論的セグメントプールと考えられるが、セグメントの個々のセットのそれぞれもまた、理論的セグメントプール、特にTN1理論的セグメントプール、DH理論的セグメントプール、N2理論的セグメントプール、およびH3-JH理論的セグメントプールを含む。2つ以上の配列を含有する理論的セグメントプールのいかなるサブセットもまた、理論的セグメントプールと考えることができる。本明細書において使用されるように、用語ユニークなは、設計されたセットたとえば理論的な多様性内のすべての他の配列とは異なるたとえば、異なる化学構造を有する配列を指す。特定の物理的な実現において理論的な多様性からの多くのユニークな配列の1つを超えるコピーがある可能性があることが理解されたい。たとえば、それぞれの配列がライブラリーの物理的な実現において3回生じる場合、理論的なレベルで3つのユニークな配列を含むライブラリーは、合計9つのメンバーを含み得る。しかしながら、ある実施形態で、それぞれのユニークな配列は、1回のみ、1回未満、1回を超えて存在してもよい。用語可変は、それらの配列において多様性を示し、特定の抗体の特異性および結合親和性の決定に関与する、免疫グロブリンドメインの一部分つまり可変ドメイン複数可を指す。多様性は、抗体の可変ドメインの全体にわたって均一には分布せず、それは、重鎖および軽鎖可変領域のそれぞれのサブドメインに集中する。これらのサブドメインは、超可変領域または相補性決定領域CDRと呼ばれる。可変ドメインのより保存されたつまり非超可変部分は、フレームワーク領域FRMと呼ばれる。天然に存在する重鎖および軽鎖の可変ドメインはそれぞれ、4つのFRM領域を含み、大部分は、β-シート構造の一部を結び付ける、いくつかの場合ではそれを形成するループを形成する3つの超可変領域によって結び付けられるβ-シート立体配置を取っている。それぞれの鎖における超可変領域は、他方の鎖由来の超可変領域と、FRMによって、極めて接近した状態で一緒に保持され、抗原結合性部位の形成に寄与するその全体が参照によって組み込まれるKabatetal.SequencesofProteinsofImmunologicalInterest,5thEd.PublicHealthService,NationalInstitutesofHealth,Bethesda,Md.,1991を参照されたい。定常ドメインは、抗原結合に直接関与しないが、たとえば抗体依存性細胞媒介性細胞傷害および補体活性化などのような、様々なエフェクター機能を示す。VΚCDR3配列およびVλCDR3配列を含有する本発明のライブラリーは、それぞれ、軽鎖CDR3CDRL3配列のカッパおよびラムダサブセットを指す。そのようなライブラリーは、総体としてヒト抗体CDRL3レパートリーの長さおよび配列の多様性を示すように指定多様性により設計されてもよい。これらのライブラリーの免疫前バージョンは、天然に存在するヒト抗体CDRL3配列がネガティブセレクションおよび/または体細胞超変異を受ける前の天然に存在するヒト抗体CDRL3配列に類似する配列の多様性および長さの多様性を有する。知られているヒトCDRL3配列は、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるNCBIデータベース、国際公開番号WO/2009/036379、およびMartin,Proteins,1996,25:130を含む、様々なデータセットにおいて示される。ライブラリーの一般的な設計本発明によって提供された抗体ライブラリーは、ヒト免疫系によって生成される免疫前のレパートリーのある種の側面を反映するように設計されてもよい。本発明のある種のライブラリーは、ヒトV、D、およびJ遺伝子の集合によって特徴付けられる合理的な設計ならびにヒト重鎖および軽鎖配列たとえば、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるJacksonetal.,J.ImmunolMethods,2007,324:26;Leeetal.,Immunogenetics,2006,57:917;Boydetal.,ScienceTranslationalMedicine,2009,1:1-8から公的に知られている生殖系列配列および配列ならびに再配列されたVKおよびVλ配列から編成された配列これもまたその全体が参照によって組み込まれる国際公開番号WO/2009/036379を参照されたいの大きなデータベースに基づく。たとえば、さらなる情報は、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるScavineretal.,Exp.Clin.Immunogenet.,1999,16:234;Tomlinsonetal.,J.Mol.Biol.,1992,227:799;およびMatsudaetal.,J.Exp.Med.,1998,188:2151において見つけられてもよい。本発明のある実施形態では、ヒトレパートリーにおいて見つけられる、可能なV、D、およびJ多様性ならびに接合部の多様性つまりTN1およびN2を示すセグメントは、一本鎖または二本鎖DNAオリゴヌクレオチドとして新たに合成される。本発明のある実施形態では、CDR配列をコードするオリゴヌクレオチドは、重鎖または軽鎖シャーシ配列および定常ドメインを含有する1つまたは複数アクセプターベクターと共に酵母の中に導入される。哺乳動物のcDNAまたはmRNAからのプライマーベースのPCR増幅または鋳型特異的なtemplate-directedクローニングステップは、用いられない。標準的な相同組換えを通して、レシピエント酵母は、シャーシ配列および定常領域を含有するアクセプターベクターとCDRセグメントを組換え、遺伝学的に増やし、発現し、提示し、かつスクリーニングすることができる、適切に順序付けられた合成完全長ヒト重鎖および/または軽鎖免疫グロブリンライブラリーを生成する。当業者は、アクセプターベクターが、完全長ヒト重鎖および/または軽鎖以外の構築物をもたらすように設計することができることを容易に認識するであろう。たとえば、本発明のある実施形態では、シャーシは、抗体断片または抗体断片のサブユニットをコードするポリペプチドの部分をコードするように設計されてもよく、CDRを含有するオリゴヌクレオチドカセットがアクセプターベクターと組換えられる場合に、抗体断片またはそのサブユニットをコードする配列は、産生される。したがって、ある実施形態では、本発明は合成免疫前ヒト抗体レパートリーであって、a1つまたは複数の選択されるヒト抗体重鎖シャーシつまり、Kabatの定義を使用すると、重鎖可変領域のアミノ酸1~94;bヒトCDRH3配列の参照セットからのヒトIGHDおよびIGHJ生殖系列配列ならびにTN1およびN2配列の抽出に基づいて設計されるCDRH3レパートリー下記により完全に記載されるであって、iTN1セグメント;iiDHセグメント;iiiN2セグメント;ivH3-JHセグメントを含むCDRH3レパートリー、c1つまたは複数の選択されるヒト抗体カッパおよび/またはラムダ軽鎖シャーシ、ならびにdヒトIGLVおよびIGLJ生殖系列配列に基づいて設計されるCDRL3レパートリーであって、Lはカッパまたはラムダ軽鎖であってもよいCDRL3レパートリーを含む、レパートリーを提供する。本発明はまた、そのようなライブラリーおよび1つまたは複数の免疫グロブリンドメインまたは抗体断片を含むライブラリーを産生し、使用するための方法を提供する。本発明の抗体ライブラリーのそれぞれの構成成分の設計および合成は、下記により詳細に提供される。抗体ライブラリーシャーシ配列の設計ある実施形態では、提供されるライブラリーは、天然に存在する可変ドメイン配列たとえばIGHVおよびIGLV遺伝子に基づく、選択されるシャーシ配列から構築される。そのようなシャーシ配列の選択は、任意にまたはある種のあらかじめ決定された基準の定義を通して行うことができる。たとえば、非重複再配列抗体配列を含有する電子データベースであるKabatデータベースは、最も頻繁に示される重鎖および軽鎖生殖系列配列について問い合わせることができる。BLASTなどのようなアルゴリズムまたはSoDAなどのようなより特殊化したツールその全体が参照によって組み込まれるVolpeetal.,Bioinformatics,2006,22:438-44は、機能的な抗体を生成するために最も頻繁に使用される生殖系列ファミリーを同定するために、生殖系列配列たとえばVBASE2データベースを使用;たとえば、その全体が参照によって組み込まれるRetteretal.,NucleicAcidsRes.,2005,33:D671-D674を参照されたいまたはヒトV、D、およびJ遺伝子の類似する集合と再配列抗体配列を比較するために使用することができる。いくつかの基準は、本発明のライブラリーにおける包含のためにシャーシの選択のために利用することができる。たとえば、酵母または本発明において使用される他の生物たとえば細菌、哺乳動物細胞、菌類、もしくは植物において不十分にしか発現しないことが知られているまたは決定されている配列は、ライブラリーから除くことができる。シャーシはまた、ヒトの末梢血における、それらの相当する生殖系列遺伝子の表現に基づいて選ばれてもよい。本発明のある実施形態では、ヒトの末梢血において高度に示される生殖系列配列に相当するシャーシを選択することが望ましくてもよい。いくつかの実施形態では、たとえば、ライブラリーのカノニカル多様性を増加させるために、それほど頻繁に示されない生殖系列配列に相当するシャーシを選択することが望ましくてもよい。そのため、シャーシは、機能的なヒト抗体の最大で最も構造的に多様な群を示すライブラリーを産生するために選択されてもよい。本発明のある実施形態では、たとえば、シャーシ多様性をそれほど有しておらず、より多くのCDR多様性を有する、より小さく、より焦点を絞ったライブラリーを産生することが望ましい場合、それほど多様でないシャーシが、利用されてもよい。本発明のいくつかの実施形態では、シャーシは、本発明の細胞たとえば酵母細胞におけるそれらの発現および選択される配列によって示されるカノニカル構造の多様性の両方に基づいて選択されてもよい。そのため、本発明の細胞において十分に発現するカノニカル構造の多様性を有するライブラリーが産生されてもよい。重鎖シャーシ配列の設計本発明において使用することができる重鎖シャーシ配列の設計および選択は、米国特許出願公開第2009/0181855号および米国特許出願公開第2010/0056386号および国際公開番号WO/2009/036379において詳細に記載されており、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれ、そのため、本明細書で簡潔に記載されるのみである。一般に、ライブラリーのVHドメインは、3つの構成成分を含む:1アミノ酸1~94を含むKabatのナンバリングを使用VHシャーシ、2適切なKabatCDRH3位置95~102を含むように本明細書において定義されるCDRH3、および3アミノ酸103~113Kabatのナンバリングを含むFRM4領域。そのため、全体的なVHドメイン構造は、以下のように概略的に示されてもよい正確な縮尺ではない。本発明のある実施形態では、ライブラリーのVHシャーシは、1つまたは複数の以下のIGHV生殖系列配列のKabat残基約1~Kabat残基約94を含んでいてもよい:IGHV1-2、IGHV1-3、IGHV1-8、IGHV1-18、IGHV1-24、IGHV1-45、IGHV1-46、IGHV1-58、IGHV1-69、IGH8、IGH56、IGH100、IGHV3-7、IGHV3-9、IGHV3-11、IGHV3-13、IGHV3-15、IGHV3-20、IGHV3-21、IGHV3-23、IGHV3-30、IGHV3-33、IGHV3-43、IGHV3-48、IGHV3-49、IGHV3-53、IGHV3-64、IGHV3-66、IGHV3-72、IGHV3-73、IGHV3-74、IGHV4-4、IGHV4-28、IGHV4-31、IGHV4-34、IGHV4-39、IGHV4-59、IGHV4-61、IGHV4-B、IGHV5-51、IGHV6-1、および/またはIGHV7-4-1。本発明のいくつかの実施形態では、ライブラリーは、1つもしくは複数のこれらの配列、これらの配列の1つもしくは複数の対立遺伝子変異体を含有してもよいまたは1つもしくは複数のこれらの配列に少なくとも約99.9、99.5、99、98.5、98、97.5、97、96.5、96、95.5、95、94.5、94、93.5、93、92.5、92、91.5、91、90.5、90、89、88、87、86、85、84、83、82、81、80、77.5、75、73.5、70、65、60、55、もしくは50同一であるアミノ酸配列をコードしてもよい。当業者は、上記に提供されるシャーシの定義を考慮して、任意のIGHVコード配列を、本発明のシャーシとしての使用に適応させることができることを認識するであろう。米国特許出願公開第2009/0181855号および第2010/0056386号ならびに国際公開番号WO/2009/036379それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるにおいて例示されるように、これらのシャーシはまた、特にCDRH1およびCDRH2領域におけるアミノ酸残基を改変することによって多様化し、ライブラリーの多様性をさらに増加させることもできる。軽鎖シャーシ配列の設計本発明において使用することができる軽鎖シャーシ配列の設計および選択は、米国特許出願公開第2009/0181855号および米国特許出願公開第2010/0056386号および国際公開番号WO/2009/036379において詳細に記載されており、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれ、そのため、本明細書で簡潔に記載されるのみである。本発明の軽鎖シャーシは、カッパおよび/またはラムダ軽鎖配列に基づくものであってもよい。ライブラリーのVLドメインは、3つの主要な構成成分を含む:1VLシャーシアミノ酸1~88を含むKabatのナンバリングを使用、2適切なKabatCDRL3位置89~97を含むように本明細書において定義されるCDRL3、および3アミノ酸98~107Kabatのナンバリングを含むFRM4領域。そのため、全体的なVLドメイン構造は、以下のように概略的に示されてもよい正確な縮尺ではない。本発明のある実施形態では、ライブラリーのVLシャーシは、IGKV生殖系列配列に基づく1つまたは複数のシャーシを含む。本発明のある実施形態では、ライブラリーのVLシャーシは、1つまたは複数の以下のIGKV生殖系列配列のKabat残基約1~Kabat残基約88を含んでいてもよい:IGKV1-05、IGKV1-06、IGKV1-08、IGKV1-09、IGKV1-12、IGKV1-13、IGKV1-16、IGKV1-17、IGKV1-27、IGKV1-33、IGKV1-37、IGKV1-39、IGKV1D-16、IGKV1D-17、IGKV1D-43、IGKV1D-8、IGK54、IGK58、IGK59、IGK60、IGK70、IGKV2D-26、IGKV2D-29、IGKV2D-30、IGKV3-11、IGKV3-15、IGKV3-20、IGKV3D-07、IGKV3D-11、IGKV3D-20、IGKV4-1、IGKV5-2、IGKV6-21、および/またはIGKV6D-41。本発明のいくつかの実施形態では、ライブラリーは、1つもしくは複数のこれらの配列、これらの配列の1つもしくは複数の対立遺伝子変異体を含有してもよいまたは1つもしくは複数のこれらの配列に少なくとも約99.9、99.5、99、98.5、98、97.5、97、96.5、96、95.5、95、94.5、94、93.5、93、92.5、92、91.5、91、90.5、90、89、88、87、86、85、84、83、82、81、80、77.5、75、73.5、70、65、60、55、もしくは50同一であるアミノ酸配列をコードしてもよい。本発明のある実施形態では、ライブラリーのVLシャーシは、IGλV生殖系列配列に基づく1つまたは複数のシャーシを含む。本発明のある実施形態では、ライブラリーのVLシャーシは、1つまたは複数の以下のIGλV生殖系列配列のKabat残基約1~Kabat残基約88を含んでいてもよい:IGλV3-1、IGλV3-21、IGλ44、IGλV1-40、IGλV3-19、IGλV1-51、IGλV1-44、IGλV6-57、IGλ11、IGλV3-25、IGλ53、IGλV3-10、IGλV4-69、IGλV1-47、IGλ41、IGλV7-43、IGλV7-46、IGλV5-45、IGλV4-60、IGλV10-54、IGλV8-61、IGλV3-9、IGλV1-36、IGλ48、IGλV3-16、IGλV3-27、IGλV4-3、IGλV5-39、IGλV9-49、および/またはIGλV3-12。本発明のいくつかの実施形態では、ライブラリーは、1つもしくは複数のこれらの配列、これらの配列の1つもしくは複数の対立遺伝子変異体を含有してもよいまたは1つもしくは複数のこれらの配列に少なくとも約99.9、99.5、99、98、97、96、95、94、93、92、91、90、85、80、75、70、65、60、55、もしくは50同一であるアミノ酸配列をコードしてもよい。当業者は、上記に提供されるシャーシの定義を考慮して、任意のIGKVまたはIGλVコード配列を、本発明のシャーシとしての使用に適応させることができることを認識するであろう。TN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントの設計および選択ヒト生殖系列レパートリーは、少なくとも6つのIGHJ遺伝子IGHJ1、IGHJ2、IGHJ3、IGHJ4、IGHJ5、およびIGHJ6;表14に含まれる、主要な対立遺伝子は01と称され、選択される対立遺伝子変異体は、02または03と称されるならびに少なくとも27のIGHD遺伝子表16、対立遺伝子変異体を含むを含有する。いくつかの実施形態では、本発明は、CDRH3ポリペプチド配列またはCDRH3配列をコードするポリヌクレオチド配列のライブラリーおよび本明細書において開示される理論的セグメントプールのいずれかのメンバーを含むライブラリーを含む。当業者は、本明細書において提供される理論的セグメントプールにおけるすべてのセグメントが、本発明の機能的なCDRH3ライブラリーを産生するのに必要であるとは限らないことを認識するであろう。そのため、ある実施形態では、本発明のCDRH3ライブラリーは、本明細書において記載される理論的セグメントプールのいずれかのセグメントのサブセットを含有するであろう。たとえば、本発明のある実施形態では、本明細書において提供されるまたは本明細書において記載される方法によって生成される理論的セグメントプールのいずれかの少なくとも約15、30、45、60、75、90、100、105、120、135、150、165、180、195、200、210、225、240、255、270、285、300、320、340、360、380、400、420、440、460、480、500、520、540、560、580、600、620、640、または643のH3-JHセグメントは、ライブラリーに含まれる。本発明のいくつかの実施形態では、本明細書において提供されるまたは本明細書において記載される方法によって生成される理論的セグメントプールのいずれかの少なくとも約15、30、45、60、75、90、100、105、120、135、150、165、180、195、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1111、2000、3000、4000、5000、6000、7000、14000、21000、28000、35000、42000、49000、56000、63000、または68374のDHセグメントは、ライブラリーに含まれる。本発明のいくつかの実施形態では、本明細書において提供されるまたは本明細書において記載される方法によって生成される理論的セグメントプールのいずれかの少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、141、150、160、170、180、190、もしくは200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、400、420、424、440、460、480、500、550、600、650、700、727、750、800、850、900、950、または1000のTN1および/またはN2セグメントは、ライブラリーに含まれる。ある実施形態では、本発明のライブラリーは、特定の数未満のポリヌクレオチドまたはポリペプチドセグメントを含有してもよく、セグメントの数は、それぞれのセグメントについて上記に提供される整数のいずれか1つを使用して定められる。本発明のいくつかの実施形態では、特定の数の範囲は、包含的なまたは排他的な範囲の下限および上限として、上記に提供される整数のいずれか2つを使用して定められる。上限および下限を定める、提供される整数の組み合わせはすべて、企図される。ある実施形態では、本発明は、本明細書において提供される理論的セグメントプールのいずれか由来のセグメントの少なくとも約1、2.5、5、10、15、20、25、30、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または99を含むCDRH3ライブラリー提供する。たとえば、本発明は、本明細書において提供される理論的セグメントプールのいずれか由来のTN1、DH、N2、および/またはH3-JHセグメントの少なくとも約1、2.5、5、10、15、20、25、30、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または99を含むライブラリーを提供する。本発明のいくつかの実施形態では、特定のパーセンテージの範囲は、包含的なまたは排他的な範囲の下限および上限として、上記に提供されるパーセンテージのいずれか2つを使用して定められる。上限および下限を定める、提供されるパーセンテージの組み合わせはすべて、企図される。本発明のいくつかの実施形態では、CDRH3ライブラリーにおけるH3-JH、DH、TN1、および/またはN2セグメントの少なくとも約1、2.5、5、10、15、20、25、30、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または99は、本明細書において提供されるまたは本明細書において記載される方法によって生成される理論的セグメントプールのいずれかのH3-JH、DH、TN1、および/またはN2セグメントである。本発明のいくつかの実施形態では、CDRH3ライブラリーから単離されるたとえば、1回または複数回の選択を通して特定の抗原および/または一般的なリガンドに結合することによって抗体のH3-JH、DH、TN1、および/またはN2セグメントの少なくとも約1、2.5、5、10、15、20、25、30、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または99は、本明細書において提供されるまたは本明細書において記載される方法によって生成される理論的セグメントプールのいずれかのH3-JH、DH、TN1、および/またはN2セグメントである。ある実施形態では、本発明のCDRH3ライブラリーは、特定のパーセンテージ未満の、本明細書において提供されるまたは本明細書において記載される方法によって生成される理論的セグメントプールのいずれかのH3-JH、DH、TN1、および/またはN2セグメントを含有してもよく、セグメントの数は、それぞれのセグメントについて上記に提供されるパーセンテージのいずれか1つを使用して定められる。本発明のいくつかの実施形態では、特定のパーセンテージの範囲は、包含的なまたは排他的な範囲の下限および上限として、上記に提供されるパーセンテージのいずれか2つを使用して定められる。上限および下限を定める、提供されるパーセンテージの組み合わせはすべて、企図される。当業者は、本明細書における開示の理解に際して、本明細書において提供されるまたは本明細書において記載される方法によって生成される理論的セグメントプールのいずれかのTN1、DH、N2、および/またはH3-JHセグメントを考慮して、それらの配列の点から提供されるものに100同一ではないが、機能的に非常に類似していてもよい、類似するTN1、DH、N2、および/またはH3-JHセグメントならびに相当するCDRH3ライブラリーを産生することができることを十分に理解するであろう。そのような理論的セグメントプールおよびCDRH3ライブラリーもまた、本発明の範囲内にある。本明細書において提供される突然変異誘発技術を含む、当技術分野においてよく知られている様々な技術は、これらのさらなる配列を得るために使用することができる。そのため、本発明の明示的に列挙されるそれぞれの実施形態はまた、本明細書において提供されるまたは本明細書において記載される方法によって生成される理論的セグメントプールのいずれかのセグメントのいずれかに特定の同一性パーセントを共有するセグメントを使用して実施することもできる。たとえば、本発明の先に記載されるそれぞれの実施形態は、本明細書において提供されるまたは本明細書において記載される方法によって生成される理論的セグメントプールのいずれかのTN1、DH、N2、および/またはH3-JHセグメントに少なくとも約50、55、60、65、70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.5、または99.9同一であるTN1、DH、N2、および/またはH3-JHセグメントを使用して実施することができる。いくつかの実施形態では、本発明は、1つまたは複数のTN1セグメント、1つまたは複数のDHセグメント、1つまたは複数のN2セグメント、および1つまたは複数のH3-JHセグメントと組み合わせられた1つまたは複数のVHシャーシ配列から産生されるライブラリーを提供する。ある実施形態では、少なくとも1、2、5、10、20、50、75、または100のそれぞれのシャーシ、TN1、DH、N2、またはH3-JHセグメントは、本発明のライブラリーに含まれる。いくつかの実施形態では、本発明は、合成CDRH3ライブラリーにおける包含のために理論的セグメントプールからTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを選択するための方法であって、i1つまたは複数のTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを含有する理論的セグメントプールを提供するステップ;iiCDRH3配列の参照セットを提供するステップ;iiiiiの参照セットにおけるそれぞれのCDRH3配列に最も近いマッチ複数可を同定するためにiの理論的セグメントプールを利用するステップ;ならびにiv合成ライブラリーにおける包含のために理論的セグメントプールからセグメントを選択するステップを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、ivの選択プロセスは、任意選択で、iiの参照セットにおけるiのセグメントの出現頻度;相当するセグメント使用ウエイト;ならびにセグメントの任意の物理化学的特性www.genome.jp/aaindex/ですべての数的な指標を参照されたいたとえば疎水性、アルファヘリックス傾向、および/または等電点を含む、任意の数の基準を含むことができる。任意選択で、iの理論的セグメントプールにおいて存在しないが、iiの参照セットにおいて見つけられるTN1および/またはN2セグメントは、同定されてもよく、可能性のある理論的セグメントプールおよび/または本発明の合成ライブラリーにおいて、TN1および/またはN2多様性が増加した理論的セグメントプールを産生するために、可能性のある理論的セグメントプールに追加されてもよい。たとえば、1つもしくは複数の生物学的特性たとえば免疫原性、安定性、半減期および/または上記に提供される数的な指標などのような1つもしくは複数の物理化学的特性を含む、セグメントの任意の特徴または特徴のセットは、ライブラリーにおける包含のためにそれらを選ぶために使用することができる。いくつかの実施形態では、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、またはそれ以上のそのような特性は、本発明のライブラリーにおける包含のためにセグメントを選択するために使用される。上記に提供される指標に含まれる生理化学的特性は、たとえば、ANDN920101アルファ-CH化学シフトAndersenetal.,1992;ARGP820101疎水性指標Argosetal.,1982;ARGP820102シグナル配列ヘリックスポテンシャルhelicalpotentialArgosetal.,1982;ARGP820103膜埋込選択パラメーターArgosetal.,1982;BEGF750101内部ヘリックスの立体構造パラメーターBeghin-Dirkx,1975;BEGF750102ベータ構造の立体構造パラメーターBeghin-Dirkx,1975;BEGF750103ベータターンの立体構造パラメーターBeghin-Dirkx,1975;BHAR880101平均可動性指標Bhaskaran-Ponnuswamy,1988;BIGC670101残基体積Bigelow,1967;BIOV880101到達性についての情報価値;平均画分35Biouetal.,1988;BIOV880102到達性についての情報価値;平均画分23Biouetal.,1988;BROC820101TFAにおける保持係数Browneetal.,1982;BROC820102HFBAにおける保持係数Browneetal.,1982;BULH740101表面への移動自由エネルギーBull-Breese,1974;BULH740102見かけ上の部分比容Bull-Breese,1974;BUNA790101アルファ-NH化学シフトBundi-Wuthrich,1979;BUNA790102アルファ-CH化学シフトBundi-Wuthrich,1979;BUNA790103スピン-スピン結合定数3JHalpha-NHBundi-Wuthrich,1979;BURA740101αヘリックスの標準化頻度Burgessetal.,1974;BURA740102拡張構造の標準化頻度Burgessetal.,1974;CHAM810101立体的パラメーターCharton,1981;CHAM820101分極率パラメーターCharton-Charton,1982;CHAM820102水溶液の自由エネルギー、kcal/モルCharton-Charton,1982;CHAM830101コイル立体構造のChou-FasmanパラメーターCharton-Charton,1983;CHAM830102ベータシートのChou-Fasmanパラメーターの最良の相関性から得られる誤差から定義されるパラメーターCharton-Charton,1983;CHAM83010311と標識される側鎖における原子の数Charton-Charton,1983;CHAM83010421と標識される側鎖における原子の数Charton-Charton,1983;CHAM83010531と標識される側鎖における原子の数Charton-Charton,1983;CHAM830106、最も長い鎖における結合の数Charton-Charton,1983;CHAM830107電荷移動能力のパラメーターCharton-Charton,1983;CHAM830108電荷移動ドナー能力のパラメーターCharton-Charton,1983;CHOC750101埋込残基の平均体積Chothia,1975;CHOC760101トリペプチドにおける残基最近接包絡面積Chothia,1976;CHOC760102フォールドタンパク質における残基最近接包絡面積Chothia,1976;CHOC76010395埋込残基の割合Chothia,1976;CHOC760104100埋込残基の割合Chothia,1976;CHOP780101ベータターンの標準化頻度Chou-Fasman,1978a;CHOP780201アルファヘリックスの標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780202ベータシートの標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780203ベータターンの標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780204N末端ヘリックスの標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780205C末端ヘリックスの標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780206N末端非ヘリックス領域の標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780207C末端非ヘリックス領域の標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780208N末端ベータシートの標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780209C末端ベータシートの標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780210N末端非ベータ領域の標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780211C末端非ベータ領域の標準化頻度;CHOP780212ターンにおける第1の残基の頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780213ターンにおける第2の残基の頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780214ターンにおける第3の残基の頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780215ターンにおける第4の残基の頻度Chou-Fasman,1978b;CHOP780216ターンにおける第2および第3の残基の標準化頻度Chou-Fasman,1978b;CIDH920101アルファタンパク質についての標準化疎水性スケールCidetal.,1992;CIDH920102ベータタンパク質についての標準化疎水性スケールCidetal.,1992;CIDH920103アルファベータタンパク質についての標準化疎水性スケールCidetal.,1992;CIDH920104アルファ/ベータタンパク質についての標準化疎水性スケールCidetal.,1992;CIDH920105標準化平均疎水性スケールCidetal.,1992;COHE430101部分比容Cohn-Edsall,1943;CRAJ730101中央のヘリックスの標準化頻度Crawfordetal.,1973;CRAJ730102ベータシートの標準化頻度Crawfordetal.,1973;CRAJ730103ターンの標準化頻度Crawfordetal.,1973;DAWD720101サイズDawson,1972;DAYM780101アミノ酸組成Dayhoffetal.,1978a;DAYM780201相対的突然変異性Dayhoffetal.,1978b;DESM900101シトクロムbについての膜選択:MPH89DegliEspostietal.,1990;DESM900102平均膜選択:AMP07DegliEspostietal.,1990;EISD840101コンセンサス標準化疎水性スケールEisenberg,1984;EISD860101溶媒和自由エネルギーEisenberg-McLachlan,1986;EISD860102原子ベースの疎水性モーメントEisenberg-McLachlan,1986;EISD860103疎水性モーメントの方向;FASG760101分子量Fasman,1976;FASG760102融点Fasman,1976;FASG760103旋光度Fasman,1976;FASG760104pK-NFasman,1976;FASG760105pK-CFasman,1976;FAUJ830101疎水性パラメーターpiFauchere-Pliska,1983;FAUJ880101グラフシェープインデックスFauchereetal.,1988;FAUJ880102平滑化ユプシロン立体的パラメーターFauchereetal.,1988;FAUJ880103標準化ファンデルワールス体積Fauchereetal.,1988;FAUJ880104側鎖のSTERIMOL長Fauchereetal.,1988;FAUJ880105側鎖のSTERIMOL最小幅Fauchereetal.,1988;FAUJ880106側鎖のSTERIMOL最大幅;FAUJ880107アルファ炭素のn.m.r.化学シフトFauchereetal.,1988;FAUJ880108局所的な電気的効果Fauchereetal.,1988;FAUJ880109水素結合ドナーの数Fauchereetal.,1988;FAUJ880110全非結合軌道の数Fauchereetal.,1988;FAUJ880111正電荷Fauchereetal.,1988;FAUJ880112負電荷Fauchereetal.,1988;FAUJ880113pK-aRCOOHFauchereetal.,1988;FINA770101ヘリックスコイル平衡定数Finkelstein-Ptitsyn,1977;FINA910101位置i-1でのヘリックス開始パラメーターFinkelsteinetal.,1991;FINA910102位置i、i1、i2でのヘリックス開始パラメーターFinkelsteinetal.,1991;FINA910103位置j-2、j-1、jでのヘリックス終了パラメーターFinkelsteinetal.,1991;FINA910104位置j1でのヘリックス終了パラメーターFinkelsteinetal.,1991;GARJ730101分配係数Gareletal.,1973;GEIM800101アルファヘリックス指標Geisow-Roberts,1980;GEIM800102アルファタンパク質についてのアルファヘリックス指標Geisow-Roberts,1980;GEIM800103ベータタンパク質についてのアルファヘリックス指標Geisow-Roberts,1980;GEIM800104アルファ/ベータタンパク質についてのアルファヘリックス指標Geisow-Roberts,1980;GEIM800105ベータストランド指標Geisow-Roberts,1980;GEIM800106ベータタンパク質についてのベータストランド指標Geisow-Roberts,1980;GEIM800107アルファ/ベータタンパク質についてのベータストランド指標、GEIM800108非周期的指標Geisow-Roberts,1980;GEIM800109アルファタンパク質についての非周期的指標Geisow-Roberts,1980;GEIM800110ベータタンパク質についての非周期的指標Geisow-Roberts,1980;GEIM800111アルファ/ベータタンパク質についての非周期的指標Geisow-Roberts,1980;GOLD730101疎水性因子Goldsack-Chalifoux,1973;GOLD730102残基体積Goldsack-Chalifoux,1973;GRAR740101組成Grantham,1974;GRAR740102極性Grantham,1974、GRAR740103体積Grantham,1974;GUYH850101分配エネルギーGuy,1985;Charton-Charton1982によって引用されるHOPA770101水和数Hopfinger,1971、HOPT810101親水性値Hopp-Woods,1981;HUTJ700101熱容量Hutchens,1970;HUTJ700102絶対エントロピーHutchens,1970;HUTJ700103生成エントロピーHutchens,1970;ISOY800101アルファヘリックスの相対的標準化頻度Isogaietal.,1980;ISOY800102拡張構造の相対的標準化頻度Isogaietal.,1980;ISOY800103屈曲の相対的標準化頻度Isogaietal.,1980;ISOY800104屈曲Rの相対的標準化頻度Isogaietal.,1980;ISOY800105屈曲Sの相対的標準化頻度Isogaietal.,1980;ISOY800106ヘリックス末端の相対的標準化頻度Isogaietal.,1980;ISOY8001072重屈曲の相対的標準化頻度Isogaietal.,1980;ISOY800108コイルの相対的標準化頻度Isogaietal.,1980;JANJ780101平均最近接包絡面積Janinetal.,1978;JANJ780102埋込残基のパーセンテージJaninetal.,1978;JANJ780103露出残基のパーセンテージJaninetal.,1978;JANJ790101埋込および接触可能モル分率の比Janin,1979;JANJ790102移動自由エネルギーJanin,1979;JOND750101疎水性Jones,1975;JOND750102pK-COOHJones,1975;JOND920101相対的出現頻度Jonesetal.,1992;JOND920102相対的突然変異性Jonesetal.,1992、JUKT750101アミノ酸分布Jukesetal.,1975;JUNJ780101配列頻度Jungck,1978;KANM800101ヘリックスの平均相対的可能性Kanehisa-Tsong,1980;KANM800102ベータシートの平均相対的可能性Kanehisa-Tsong,1980;KANM800103内部ヘリックスの平均相対的可能性Kanehisa-Tsong,1980;KANM800104内部ベータシートの平均相対的可能性Kanehisa-Tsong,1980;KARP850101強固な隣接物がないことについての可動性パラメーターKarplus-Schulz,1985;KARP8501021つの強固な隣接物についての可動性パラメーターKarplus-Schulz,1985;KARP8501032つの強固な隣接物についての可動性パラメーターKarplus-Schulz,1985;KHAG800101カー定数インクリメントKhanarian-Moore,1980;KLEP840101正味の電荷Kleinetal.,1984;KRIW710101側鎖相互作用パラメーターKrigbaum-Rubin,1971;KRIW790101側鎖相互作用パラメーターKrigbaum-Komoriya,1979;KRIW790102水によって占められる部位の画分Krigbaum-Komoriya,1979;KRIW790103側鎖体積Krigbaum-Komoriya,1979;KYTJ820101ヒドロパシー指標Kyte-Doolittle,1982;LAWE840101移動自由エネルギー、CHP/水Lawsonetal.,1984;LEVM760101疎水性パラメーターLevitt,1976;LEVM760102側鎖のC-アルファおよび重心の間の距離Levitt,1976;LEVM760103側鎖角度シータAARLevitt,1976;LEVM760104側鎖ねじれ角ファイAAARLevitt,1976;LEVM760105側鎖の回転半径Levitt,1976;LEVM760106ファンデルワールスパラメーターR0Levitt,1976、LEVM760107ファンデルワールスパラメーターイプシロンLevitt,1976;LEVM780101重要性を有するアルファヘリックスの標準化頻度Levitt,1978;LEVM780102重要性を有するベータシートの標準化頻度Levitt,1978;LEVM780103重要性を有する逆ターンの標準化頻度Levitt,1978;LEVM780104重要と考えられないアルファヘリックスの標準化頻度Levitt,1978;LEVM780105重要と考えられないベータシートの標準化頻度Levitt,1978;LEVM780106重要と考えられない逆ターンの標準化頻度Levitt,1978;LEWP710101ベータ屈曲における存在の頻度Lewisetal.,1971;LIFS790101すべてのベータストランドについての立体構造選択Lifson-Sander,1979;LIFS790102パラレルベータストランドについての立体構造選択Lifson-Sander,1979;LIFS790103アンチパラレルベータストランドについての立体構造選択Lifson-Sander,1979;MANP780101平均周囲疎水性Manavalan-Ponnuswamy,1978;MAXF760101アルファヘリックスの標準化頻度Maxfield-Scheraga,1976;MAXF760102拡張構造の標準化頻度Maxfield-Scheraga,1976;MAXF760103ゼータRの標準化頻度Maxfield-Scheraga,1976;MAXF760104左回りのアルファヘリックスの標準化頻度Maxfield-Scheraga,1976;MAXF760105ゼータLの標準化頻度Maxfield-Scheraga,1976;MAXF760106アルファ領域の標準化頻度Maxfield-Scheraga,1976;MCMT640101Jones1975によって引用される屈折力McMeekinetal.,1964;MEEJ800101HPLC、pH7.4における保持係数Meek,1980;MEEJ800102HPLC、pH2.1における保持係数Meek,1980;MEEJ810101NaClO4における保持係数Meek-Rossetti,1981;MEEJ810102NaH2PO4における保持係数Meek-Rossetti,1981;MEIH800101C-アルファについての平均換算距離Meirovitchetal.,1980;MEIH800102側鎖についての平均換算距離Meirovitchetal.,1980;MEIH800103平均側鎖配向角Meirovitchetal.,1980;MIYS850101有効な分配エネルギーMiyazawa-Jernigan,1985;NAGK730101アルファヘリックスの標準化頻度Nagano,1973;NAGK730102ベータ構造の標準化頻度Nagano,1973、NAGK730103コイルの標準化頻度Nagano,1973;NAKH900101総タンパク質のアミノ酸組成Nakashimaetal.,1990;NAKH900102総タンパク質のアミノ酸組成のSDNakashimaetal.,1990;NAKH900103mt-タンパク質のアミノ酸組成Nakashimaetal.,1990;NAKH900104mt-タンパク質の標準化組成Nakashimaetal.,1990;NAKH900105動物由来のmt-タンパク質のアミノ酸組成Nakashimaetal.,1990;NAKH900106動物由来の標準化組成Nakashimaetal.,1990;NAKH900107菌類および植物由来のmt-タンパク質のアミノ酸組成Nakashimaetal.,1990;NAKH900108菌類および植物由来の標準化組成Nakashimaetal.,1990;NAKH900109膜タンパク質のアミノ酸組成Nakashimaetal.,1990;NAKH900110膜タンパク質の標準化組成Nakashimaetal.,1990;NAKH900111非mt-タンパク質の膜貫通領域Nakashimaetal.,1990;NAKH900112mt-タンパク質の膜貫通領域Nakashimaetal.,1990;NAKH900113平均および算出組成の比Nakashimaetal.,1990;NAKH9201011回貫通タンパク質のCYTのアミノ酸組成Nakashima-Nishikawa,1992;NAKH9201021回貫通タンパク質のCYT2のアミノ酸組成Nakashima-Nishikawa,1992;NAKH9201031回貫通タンパク質のEXTのアミノ酸組成Nakashima-Nishikawa,1992;NAKH9201041回貫通タンパク質のEXT2のアミノ酸組成Nakashima-Nishikawa,1992;NAKH9201051回貫通タンパク質のMEMのアミノ酸組成Nakashima-Nishikawa,1992;NAKH920106複数回貫通タンパク質のCYTのアミノ酸組成Nakashima-Nishikawa,1992;NAKH920107複数回貫通タンパク質のEXTのアミノ酸組成Nakashima-Nishikawa,1992;NAKH920108複数回貫通タンパク質のMEMのアミノ酸組成Nakashima-Nishikawa,1992;NISK8001018接触数Nishikawa-Ooi,1980;NISK86010114接触数Nishikawa-Ooi,1986;NOZY710101移動エネルギー、有機溶媒/水Nozaki-Tanford,1971;OOBM770101原子当たりの平均非結合エネルギーOobatake-Ooi,1977;OOBM770102原子当たりの短および中距離非結合エネルギーOobatake-Ooi,1977;OOBM770103原子当たりの長距離非結合エネルギーOobatake-Ooi,1977、OOBM770104残基当たりの平均非結合エネルギーOobatake-Ooi,1977;OOBM770105残基当たりの短および中距離非結合エネルギーOobatake-Ooi,1977;OOBM850101最適化ベータ構造コイル平衡定数Oobatakeetal.,1985;OOBM850102逆ターンを形成する最適化傾向Oobatakeetal.,1985;OOBM850103最適化移動エネルギーパラメーターOobatakeetal.,1985;OOBM850104原子当たりの最適化平均非結合エネルギーOobatakeetal.,1985;OOBM850105最適化側鎖相互作用パラメーターOobatakeetal.,1985;PALJ810101LG由来のアルファヘリックスの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810102CF由来のアルファヘリックスの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810103LG由来のベータシートの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810104CF由来のベータシートの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810105LG由来のターンの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810106CF由来のターンの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810107全アルファクラスにおけるアルファヘリックスの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810108アルファベータクラスにおけるアルファヘリックスの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810109アルファ/ベータクラスにおけるアルファヘリックスの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810110全ベータクラスにおけるベータシートの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810111アルファベータクラスにおけるベータシートの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810112アルファ/ベータクラスにおけるベータシートの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810113全アルファクラスにおけるターンの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810114全ベータクラスにおけるターンの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810115アルファベータクラスにおけるターンの標準化頻度Palauetal.,1981;PALJ810116アルファ/ベータクラスにおけるターンの標準化頻度Palauetal.,1981;PARJ860101HPLCパラメーターParkeretal.,1986;PLIV810101分配係数Pliskaetal.,1981;PONP800101フォールド形態における周囲疎水性Ponnuswamyetal.,1980;PONP800102周囲疎水性におけるの平均増加Ponnuswamyetal.,1980;PONP800103周囲疎水性におけるの平均増加比Ponnuswamyetal.,1980;PONP800104アルファヘリックスにおける周囲疎水性Ponnuswamyetal.,1980;PONP800105ベータシートにおける周囲疎水性Ponnuswamyetal.,1980;PONP800106ターンにおける周囲疎水性Ponnuswamyetal.,1980;PONP800107到達性低下比Ponnuswamyetal.,1980;PONP800108周囲残基の平均数Ponnuswamyetal.,1980;PRAM820101回帰分析における切片Prabhakaran-Ponnuswamy,1982;PRAM820102回帰分析x1.0E1における傾斜Prabhakaran-Ponnuswamy,1982;PRAM820103回帰分析における相関係数Prabhakaran-Ponnuswamy,1982;PRAM900101疎水性Prabhakaran,1990;PRAM900102アルファヘリックスにおけるの相対的頻度Prabhakaran,1990;PRAM900103ベータシートにおける相対的頻度Prabhakaran,1990;PRAM900104逆ターンにおける相対的頻度Prabhakaran,1990;PTIO830101ヘリックスコイル平衡定数Ptitsyn-Finkelstein,1983;PTIO830102ベータコイル平衡定数Ptitsyn-Finkelstein,1983;QIAN880101-6のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880102-5のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880103-4のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880104-3のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880105-2のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880106-1のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801070のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801081のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801092のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801103のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801114のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801125のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801136のウィンドウ位置でのアルファヘリックスについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880114-6のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880115-5のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880116-4のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880117-3のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880118-2のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880119-1のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801200のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801211のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801222のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801233のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801244のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801255のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801266のウィンドウ位置でのベータシートについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880127-6のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880128-5のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880129-4のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880130-3のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880131-2のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN880132-1のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801330のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801341のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801352のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801363のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801374のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801385のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;QIAN8801396のウィンドウ位置でのコイルについてのウエイトQian-Sejnowski,1988;RACS770101C-アルファについてのの平均換算距離Rackovsky-Scheraga,1977;RACS770102側鎖についての平均換算距離Rackovsky-Scheraga,1977;RACS770103側鎖の配向性の選択Rackovsky-Scheraga,1977;RACS820101A0iにおけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820102ARiにおけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820103ALiにおけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820104ELiにおけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820105E0iにおけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820106ERiにおけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820107A0i-1におけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820108ARi-1におけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820109ALi-1におけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820110ELi-1におけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820111E0i-1におけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820112ERi-1におけるの平均の相対的な断片の存在Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820113シータiの値Rackovsky-Scheraga,1982;RACS820114シータi-1の値Rackovsky-Scheraga,1982;RADA880101chx~watの移動自由エネルギーRadzicka-Wolfenden,1988;RADA880102oct~watの移動自由エネルギーRadzicka-Wolfenden,1988;RADA880103vap~chxの移動自由エネルギーRadzicka-Wolfenden,1988;RADA880104chx~octの移動自由エネルギーRadzicka-Wolfenden,1988;RADA880105vap~octの移動自由エネルギーRadzicka-Wolfenden,1988;RADA880106最近接包絡面積Radzicka-Wolfenden,1988;RADA880107外から内へのエネルギー移動95埋込Radzicka-Wolfenden,1988;RADA880108平均極性Radzicka-Wolfenden,1988;RICJ880101Nでの相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880102N’での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880103N-capでの相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880104N1での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880105N2での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880106N3での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880107N4での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880108N5での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880109Midでの相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880110C5での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880111C4での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880112C3での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880113C2での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880114C1での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880115C-capでの相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880116C’での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;RICJ880117C’’での相対的な選択値Richardson-Richardson,1988;ROBB760101アルファヘリックスについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760102N末端ヘリックスについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760103中央のヘリックスについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760104C末端ヘリックスについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760105拡張についての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760106プリーツシートについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760107H結合を伴わない拡張についての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760108ターンについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760109N末端ターンについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760110中央のターンについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760111C末端ターンについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760112コイルについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB760113ループについての情報測定値Robson-Suzuki,1976;ROBB790101水和自由エネルギーRobson-Osguthorpe,1979;ROSG850101移動によって埋込される平均占有面積Roseetal.,1985;ROSG850102平均断片エリア損失Roseetal.,1985;ROSM880101溶媒和について未修正の側鎖ヒドロパシーRoseman,1988;ROSM880102溶媒和について修正された側鎖ヒドロパシーRoseman,1988;ROSM880103ヘリックス形成による側鎖ヒドロパシーの損失Roseman,1988;SIMZ760101Charton-Charton1982によって引用される移動自由エネルギーSimon,1976;SNEP660101主成分ISneath,1966;SNEP660102主成分IISneath,1966;SNEP660103主成分IIISneath,1966;SNEP660104主成分IVSneath,1966;SUEM84010120CでのZimm-BraggパラメーターSuekietal.,1984;SUEM840102Zimm-Braggパラメーターシグマx1.0E4Suekietal.,1984;SWER830101最適マッチング疎水性Sweet-Eisenberg,1983;TANS770101アルファヘリックスの標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977;TANS770102単離ヘリックスの標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977;TANS770103拡張構造の標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977;TANS770104鎖反転Rの標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977;TANS770105鎖反転Sの標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977;TANS770106鎖反転Dの標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977;TANS770107左回りのヘリックスの標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977;TANS770108ゼータRの標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977;TANS770109コイルの標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977、TANS770110鎖反転の標準化頻度Tanaka-Scheraga,1977;VASM830101立体構造状態Aの相対的な占有率Vasquezetal.,1983;VASM830102立体構造状態Cの相対的な占有率Vasquezetal.,1983;VASM830103立体構造状態Eの相対的な占有率Vasquezetal.,1983;VELV850101電子イオン相互作用ポテンシャルVeljkovicetal.,1985;VENT840101苦味Venanzi,1984;VHEG790101親油性相への移動自由エネルギーvonHeijne-Blomberg,1979;WARP780101側鎖原子当たりの平均相互作用Warme-Morgan,1978;WEBA780101高塩クロマトグラフィーにおけるRF値Weber-Lacey,1978;WERD780101内部に埋込まれる傾向Wertz-Scheraga,1978;WERD780102イプシロンi~イプシロンexの自由エネルギー変化Wertz-Scheraga,1978;WERD780103アルファRi~アルファRhの自由エネルギー変化Wertz-Scheraga,1978;WERD780104イプシロンi~アルファRhの自由エネルギー変化Wertz-Scheraga,1978;WOEC730101極性要求Woese,1973;WOLR810101水和ポテンシャルWolfendenetal.,1981;WOLS870101主要な属性値z1Woldetal.,1987;WOLS870102主要な属性値z2Woldetal.,1987;WOLS870103主要な属性値z3Woldetal.,1987;YUTK870101水、pH7.0における変性ギブズエネルギーYutanietal.,1987;YUTK870102水、pH9.0における変性ギブズエネルギーYutanietal.,1987;YUTK870103変性、pH7.0の活性化ギブズエネルギーYutanietal.,1987;YUTK870104変性、pH9.0の活性化ギブズエネルギーYutanietal.,1987;ZASB820101イオン強度への分配係数の依存Zaslavskyetal.,1982;ZIMJ680101疎水性Zimmermanetal.,1968;ZIMJ680102かさばりZimmermanetal.,1968;ZIMJ680103極性Zimmermanetal.,1968;ZIMJ680104等電点Zimmermanetal.,1968;ZIMJ680105RFランクZimmermanetal.,1968;AURR980101ヘリックス末端N4’での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980102ヘリックス末端N’での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980103ヘリックス末端Nでの標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980104ヘリックス末端N’での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980105ヘリックス末端Ncでの標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980106ヘリックス末端N1での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980107ヘリックス末端N2での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980108ヘリックス末端N3での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980109ヘリックス末端N4での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980110ヘリックス末端N5での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980111ヘリックス末端C5での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980112ヘリックス末端C4での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980113ヘリックス末端C3での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980114ヘリックス末端C2での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980115ヘリックス末端C1での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980116ヘリックス末端Ccでの標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980117ヘリックス末端C’での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980118ヘリックス末端Cでの標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980119ヘリックス末端C’での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;AURR980120ヘリックス末端C4’での標準化位置的残基頻度Aurora-Rose,1998;ONEK9001010M尿素に合わせた推定されるペプチドについてのデルタG値O’Neil-DeGrado,1990;ONEK900102ヘリックス形成パラメーターデルタデルタGO’Neil-DeGrado,1990;VINM940101標準化可動性パラメーターB-値、平均Vihinenetal.,1994;VINM940102強固な隣接物によって囲まれないそれぞれの残基についての標準化可動性パラメーターB-値Vihinenetal.,1994;VINM9401031つの強固な隣接物によって囲まれるそれぞれの残基についての標準化可動性パラメーターB-値Vihinenetal.,1994;VINM9401042つの強固な隣接物によって囲まれるそれぞれの残基についての標準化可動性パラメーターB-値Vihinenetal.,1994;MUNV940101アルファヘリックス立体構造における自由エネルギーMunoz-Serrano,1994;MUNV940102アルファヘリックス領域における自由エネルギーMunoz-Serrano,1994;MUNV940103ベータストランド立体構造における自由エネルギーMunoz-Serrano,1994;MUNV940104ベータストランド領域における自由エネルギーMunoz-Serrano,1994;MUNV940105ベータストランド領域における自由エネルギーMunoz-Serrano,1994、WIMW960101二重層界面から水へのAcWl-X-LLペプチドの移動の自由エネルギーWimley-White,1996;KIMC930101熱力学ベータシート傾向Kim-Berg,1993;MONM990101膜貫通ヘリックスについてのターン傾向スケールMonneetal.,1999;BLAM930101T4リゾチームにおける位置44のアルファヘリックス傾向Blaberetal.,1993;PARS000101B値の分布に基づく中温性のタンパク質のp値Parthasarathy-Murthy,2000;PARS000102B値の分布に基づく好熱性のタンパク質のp値Parthasarathy-Murthy,2000;KUMS000101好熱性のタンパク質の18の非重複ファミリーにおけるアミノ酸残基の分布Kumaretal.,2000;KUMS000102中温性のタンパク質の18の非重複ファミリーにおけるアミノ酸残基の分布Kumaretal.,2000;KUMS000103好熱性のタンパク質におけるアルファヘリックスにおけるアミノ酸残基の分布Kumaretal.,2000;KUMS000104中温性のタンパク質におけるアルファヘリックスにおけるアミノ酸残基の分布Kumaretal.,2000;TAKK010101タンパク質安定性への側鎖寄与kJ/molTakano-Yutani,2001;FODM020101piヘリックス内のアミノ酸の傾向Fodje-Al-Karadaghi,2002;NADH010101二状態モデルにおける自己情報価値に基づくヒドロパシースケール5到達性Naderi-Maneshetal.,2001;NADH010102二状態モデルにおける自己情報価値に基づくヒドロパシースケール9到達性Naderi-Maneshetal.,2001;NADH010103二状態モデルにおける自己情報価値に基づくヒドロパシースケール16到達性Naderi-Maneshetal.,2001;NADH010104二状態モデルにおける自己情報価値に基づくヒドロパシースケール20到達性Naderi-Maneshetal.,2001;NADH010105二状態モデルにおける自己情報価値に基づくヒドロパシースケール25到達性Naderi-Maneshetal.,2001;NADH010106二状態モデルにおける自己情報価値に基づくヒドロパシースケール36到達性Naderi-Maneshetal.,2001;NADH010107二状態モデルにおける自己情報価値に基づくヒドロパシースケール50到達性Naderi-Maneshetal.,2001;MONM990201膜貫通ヘリックスにおける平均ターン傾向Monneetal.,1999;KOEP990101設計された配列に由来するアルファヘリックス傾向;KOEP990102設計された配列に由来するベータシート傾向;CEDJ970101細胞外タンパク質におけるアミノ酸の組成パーセントCedanoetal.,1997;CEDJ970102固定されたタンパク質におけるアミノ酸の組成パーセントCedanoetal.,1997;CEDJ970103膜タンパク質におけるアミノ酸の組成パーセントCedanoetal.,1997;CEDJ970104細胞内タンパク質におけるアミノ酸の組成パーセントCedanoetal.,1997;CEDJ970105核タンパク質におけるアミノ酸の組成パーセントCedanoetal.,1997;FUKS010101好熱菌の細胞内タンパク質におけるアミノ酸の表面組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010102中温菌の細胞内タンパク質におけるアミノ酸の表面組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010103中温菌の細胞外タンパク質におけるアミノ酸の表面組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010104核タンパク質におけるアミノ酸の表面組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010105好熱菌の細胞内タンパク質におけるアミノ酸の内部組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010106中温菌の細胞内タンパク質におけるアミノ酸の内部組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS0101072中温菌の細胞外タンパク質におけるアミノ酸の内部組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010108核タンパク質におけるアミノ酸の内部組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010109好熱菌の細胞内タンパク質におけるアミノ酸の全鎖組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010110中温菌の細胞内タンパク質におけるアミノ酸の全鎖組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010111中温菌の細胞外タンパク質におけるアミノ酸の全鎖組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;FUKS010112核タンパク質におけるアミノ酸の全鎖組成パーセントFukuchi-Nishikawa,2001;AVBF000101スクリーニング係数ガンマ、局所的Avbelj,2000;AVBF000102スクリーニング係数ガンマ、非局所的Avbelj,2000;AVBF000103斜面トリペプチド、FDPBVFF中性Avbelj,2000;AVBF000104斜面トリペプチド、LDVFF中性Avbelj,2000;AVBF000105斜面トリペプチド、FDPBVFFノーサイドAvbelj,2000;AVBF000106斜面トリペプチドFDPBVFFすべてAvbelj,2000;AVBF000107斜面トリペプチドFDPBPARSE中性Avbelj,2000;AVBF000108斜面デカペプチドFDPBVFF中性Avbelj,2000;AVBF000109斜面タンパク質、FDPBVFF中性Avbelj,2000;YANJ020101gaussian進化的手法による側鎖立体構造Yangetal.,2002;MITS020101両親媒性指標Mitakuetal.,2002;TSAJ990101ProtOrを使用する、結晶水を含む体積Tsaietal.,1999;TSAJ990102ProtOrを使用する、結晶水を含まない体積;COSI940101電子イオン相互作用ポテンシャル値Cosic,1994;PONP930101疎水性スケールPonnuswamy,1993;WILM9501010.1TFA/MeCN/H2Oを用いるRP-HPLC、C18における疎水性係数Wilceetal.1995;WILM9501020.1TFA/MeCN/H2Oを用いるRP-HPLC、C8における疎水性係数Wilceetal.1995;WILM9501030.1TFA/MeCN/H2Oを用いるRP-HPLC、C4における疎水性係数Wilceetal.1995;WILM9501040.1TFA/2-PrOH/MeCN/H2Oを用いるRP-HPLC、C18における疎水性係数Wilceetal.1995;KUHL950101親水性スケールKuhnetal.,1995;GUOD860101pH2での保持係数Guoetal.,1986;JURD980101修飾Kyte-Doolittle疎水性スケールJureticetal.,1998;BASU050101接触マトリックスから得られる相互作用スケールBastollaetal.,2005;BASU050102単一ドメイン球状タンパク質に対する相関係数の平均を最大限にすることによって得られる相互作用スケールBastollaetal.,2005;BASU050103TIMバレルフォールドを共有する配列のペアに対する相関係数の平均を最大限にすることによって得られる相互作用スケールBastollaetal.,2005;SUYM030101リンカー傾向指標Suyama-Ohara,2003;PUNT030101MPtopoデータベースにおける1d_Helix由来の情報ベースの膜傾向スケールPunta-Maritan,2003;PUNT030102MPtopoデータベースにおける3D_Helix由来の情報ベースの膜傾向スケールPunta-Maritan,2003;GEOR030101すべてのデータセットからのリンカー傾向George-Heringa,2003;GEOR0301021-リンカーデータセットからのリンカー傾向George-Heringa,2003;GEOR0301032-リンカーデータセットからのリンカー傾向George-Heringa,2003;GEOR0301043-リンカーデータセットからのGeorge-Heringa,2003;GEOR030105小さなデータセットリンカー長は6残基未満からのリンカー傾向George-Heringa,2003;GEOR030106中程度のデータセットリンカー長は6~14残基からのリンカー傾向George-Heringa,2003;GEOR030107長いデータセットリンカー長は14残基を超えるからのリンカー傾向George-Heringa,2003;GEOR030108ヘリックスDSSPによって注釈データセットからのリンカー傾向George-Heringa,2003;GEOR030109非ヘリックスDSSPによって注釈データセットからのリンカー傾向George-Heringa,2003;ZHOH040101情報ベースの原子-原子ポテンシャルの安定性スケールZhou-Zhou,2004;ZHOH040102突然変異実験から抽出される相対的な安定性スケールZhou-Zhou,2004;ZHOH040103埋没性buriabilityZhou-Zhou,2004;BAEK050101リンカー指標Baeetal.,2005;HARY940101タンパク質内部に埋込まれる残基の平均体積Harpazetal.,1994;PONJ960101残基の平均体積Pontiusetal.,1996;DIGM050101静水圧非対称指標、PAIDiGiulio,2005;WOLR790101疎水性指標Wolfendenetal.,1979;OLSK800101平均内部選択Olsen,1980;KIDA850101疎水性関連指標Kideraetal.,1985;GUYH850102Wertz-Scheraga指標から計算される見かけ上の分配エネルギーGuy,1985;GUYH850103Robson-Osguthorpe指標から計算される見かけ上の分配エネルギーGuy,1985;GUYH850104Janin指標から計算される見かけ上の分配エネルギーGuy,1985;GUYH850105Chothia指標から計算される見かけ上の分配エネルギーGuy,1985;ROSM880104アミノ酸側鎖、中性形態のヒドロパシーRoseman,1988;ROSM880105アミノ酸側鎖のヒドロパシー、pH7.0におけるpi値Roseman,1988;JACR890101IFHスケールからのウエイトJacobs-White,1989;COWR900101疎水性指標、3.0pHCowan-Whittaker,1990、BLAS910101側鎖疎水性値Black-Mould,1991;CASG920101天然のタンパク質構造からの疎水性スケールCasari-Sippl,1992;CORJ870101NNEIG指標Cornetteetal.,1987;CORJ870102SWEIG指標Cornetteetal.,1987;CORJ870103PRIFT指標Cornetteetal.,1987;CORJ870104PRILS指標Cornetteetal.,1987;CORJ870105ALTFT指標Cornetteetal.,1987、CORJ870106ALTLS指標Cornetteetal.,1987;CORJ870107TOTFT指標Cornetteetal.,1987;CORJ870108TOTLS指標Cornetteetal.,1987;MIYS990101Bethe近似によって誘導される相対的分配エネルギーMiyazawa-Jernigan,1999;MIYS990102最適化相対的分配エネルギー-方法AMiyazawa-Jernigan,1999;MIYS990103最適化相対的分配エネルギー-方法BMiyazawa-Jernigan,1999;MIYS990104最適化相対的分配エネルギー-方法CMiyazawa-Jernigan,1999;MIYS990105最適化相対的分配エネルギー-方法DMiyazawa-Jernigan,1999;ENGD860101疎水性指標Engelmanetal.,1986;ならびにFASG890101疎水性指標Fasman,1989を含むことができる。本発明のいくつかの実施形態では、縮退オリゴヌクレオチドは、本発明の1つまたは複数のTN1、DH、N2、および/またはH3-JHセグメントを合成するために使用される。本発明のある実施形態では、H3-JHセグメントをコードするオリゴヌクレオチドの5’末端のまたはその近くのコドンは、縮退コドンである。そのような縮退コドンは、5’末端から1番目のコドン、5’末端から2番目のコドン、5’末端から3番目のコドン、5’末端から4番目のコドン、5’末端から5番目のコドン、および/または上記の任意の組み合わせであってもよい。本発明のいくつかの実施形態では、DHセグメントの5’および/または3’末端のまたはその近くの1つまたは複数のコドンは、縮退コドンである。そのような縮退コドンは、5’および/もしくは3’末端から1番目のコドン、5’および/もしくは3’末端から2番目のコドン、5’および/もしくは3’末端から3番目のコドン、5’および/もしくは3’末端から4番目のコドン、5’および/もしくは3’末端から5番目のコドン、ならびに/または上記の任意の組み合わせであってもよい。セグメントをコードするオリゴヌクレオチドのそれぞれにおいて使用される縮退コドンは、理論的セグメントプールおよび/またはCDRH3参照セットにおける配列を最適に再現するそれらの能力について選択されてもよい。いくつかの実施形態では、本発明は、実施例において記載されるように、H3-JHセグメントの理論的セグメントプールを産生するための方法を提供する。実施例5において記載されるNNダブレットの代わりにまたはそれに加えて、NNNトリプレットを利用して生成される理論的セグメントプールもまた、これらの理論的セグメントプールからのセグメントを組み込む合成ライブラリーのように、本発明の範囲内にある。いくつかの実施形態では、本発明は、実施例において記載されるように、DHセグメントの理論的セグメントプールを産生するための方法を提供する。特に、たとえば、本発明は、実施例6のPYTHONプログラムによって記載されるDHセグメントの理論的セグメントプールを産生するための方法を提供する。実施例6は、68K理論的セグメントプールを産生するためのこのプログラムの適用を記載する。段階的な欠失後のDNA配列の最小長=4塩基;および理論的セグメントプールにおける包含のためのペプチド配列の最小長=2。段階的な欠失後のDNA配列の最小長が1塩基であり、ペプチド配列の最小長が1アミノ酸である代替の実施例が、提供される。他の値をこれらのパラメーターに使用することができることもまた、企図される。たとえば、段階的な欠失後のDNA配列の最小長は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15と設定することができ、理論的セグメントプールにおけるペプチド配列の最小長は、1、2、3、4、または5と設定することができる。TN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを使用するCDRH3ライブラリーの設計本発明のCDRH3ライブラリーは、TN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを含む。したがって、本発明のある実施形態では、CDRH3ライブラリーの全体的な設計は、以下の式によって示すことができる:[TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]。本発明のある実施形態では、合成CDRH3レパートリーは、選択されるVHシャーシ配列および重鎖定常領域と相同組換えを介して組み合わせられる。そのため、本発明のある実施形態では、合成CDRH3ライブラリーならびに選択されるシャーシおよび定常領域を含有するベクターの間の相同組換えを促進するために、合成CDRH3ライブラリーの5’および3’末端の側面に位置するDNA配列を含むことは望ましくてもよい。ある実施形態では、ベクターはまた、IGHJ遺伝子つまりFRM4-JHの非切断型領域の少なくとも1つの一部分をコードする配列を含有する。したがって、N末端配列をコードするポリヌクレオチドたとえばCAK/R/Tは、合成CDRH3配列に追加されてもよく、N末端ポリヌクレオチドは、シャーシのFRM3と相同であり、一方、C末端配列をコードするポリヌクレオチドたとえばWGQ/R/KGが、合成CDRH3に追加されていてもよく、C末端ポリヌクレオチドは、FRM4-JHと相同である。配列WGQ/RGが、例示的な本実施形態において示されるが、FRM4-JHにおけるこの配列に対してC末端のさらなるアミノ酸もまた、C末端配列をコードするポリヌクレオチドにおいて含まれてもよい。N末端およびC末端配列をコードするポリヌクレオチドの目的は、この場合、相同組換えを促進することであり、当業者は、これらの配列が、下記に示されるものよりも長くてもよいまたは短くてもよいことを認識するであろう。したがって、本発明のある実施形態では、選択されるシャーシとの相同組換えを促進するのに必要な配列を含むCDRH3レパートリーの全体的な設計は、以下の式によって示すことができるベクターと相同な領域に下線を引く:CARKTTN1DHN2H3JHWGG。本発明のいくつかの実施形態では、CDRH3レパートリーは、以下の式によって示すことができ、これは、上記の設計図において提示されるT残基を除く:CARKTN1DHN2H3JHWGG。V、D、およびJ遺伝子の集合について記載する参考文献は、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるScavineretal.,Exp.Clin,Immunogenet.,1999,16:243およびRuizetal.,Exp.Clin.Immunogenet,1999,16:173を含む。相同組換えは、本発明のライブラリーを産生するための1つの方法であるが、当業者は、ライゲーションもしくは部位特異的組換えなどのようなDNA構築および/またはDNA合成のその他の方法を、本発明のライブラリーを産生するために使用することができることを容易に認識するであろう。CDRH3長セグメントの長さもまた、たとえば、CDRH3長の特定の分布を有するライブラリーを産生するために多様化されてもよい。本発明の一実施形態では、H3-JHセグメントは、約0~約10アミノ酸長であり、DHセグメントは、約0~約12アミノ酸長であり、TN1セグメントは、約0~約4アミノ酸長であり、N2セグメントは、約0~約4アミノ酸長である。ある実施形態では、H3-JHセグメントは、少なくとも約0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、および/または10アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、DHセグメントは、少なくとも約0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、および/または12アミノ酸長である。ある実施形態では、TN1セグメントは、少なくとも約0、1、2、3、または4アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、N2アミノ酸は、少なくとも約0、1、2、3、または4アミノ酸長である。本発明のある実施形態では、CDRH3は、約2~約35、約2~約28、または約5~約26アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、CDRH3は、少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、および/または35アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、本発明のセグメントまたはCDRH3のいずれかの長さは、アミノ酸の特定の数未満であってもよく、アミノ酸の数は、それぞれのセグメントまたはCDRH3について上記に提供される整数のいずれか1つを使用して定められる。本発明のある実施形態では、特定の数の範囲は、包含的なまたは排他的な範囲の下限および上限として、上記に提供される整数のいずれか2つを使用して定められる。上限および下限を定める、提供される整数の組み合わせはすべて、企図される。CDRL3ライブラリーの設計CDRL3ライブラリーの設計および軽鎖配列は、米国特許出願公開第2009/0181855号および第2010/0056386号ならびに国際公開番号WO/2009/036379において詳細に記載されており、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれ、そのため、本明細書で簡潔に記載されるのみである。本明細書において記載されるライブラリーは、同様の原理に従って設計されるが、3つの重要な差異を伴う、すなわち、本発明のライブラリーは、1CDRL1およびCDRL2における多様性、2フレームワーク領域における多様性、ならびに/または3上記に定義されるように、ヒト生殖系列様CDRL3配列に厳密に類似するCDRL3を有する軽鎖ライブラリーを産生するように設計されるCDRL3における多様性表1を含有する。本発明のCDRL3ライブラリーは。VKCDR3ライブラリーおよび/またはVλCDR3ライブラリーであってもよい。本発明のある実施形態では、VL配列内の定められる位置での特定のアミノ酸の存在のパターンは、公的に入手可能なデータまたは他のデータベース、たとえばNCBIデータベースを分析することによって決定されるたとえば国際公開番号WO/2009/036379を参照されたい。本発明のある実施形態では、これらの配列は、同一性に基づいて比較され、それらが由来する生殖系列遺伝子にファミリーに割り当てられる。次いで、それぞれの生殖系列ファミリーにおける、配列のそれぞれの位置でのアミノ酸組成は、決定されてもよい。このプロセスは、本明細書において提供される実施例において例証される。フレームワーク多様性を有する軽鎖いくつかの実施形態では、本発明は、軽鎖可変ドメインが、1つまたは複数のフレームワーク位置2、4、36、46、48、49、および66で異なる、軽鎖可変ドメインのライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸配列が1つまたは複数の位置2、4、36、46、48、49、および66での置換を除いて互いに同一である、少なくとも複数の軽鎖可変ドメインを含む、軽鎖可変ドメインのライブラリーを提供する。ある実施形態では、本発明は、アミノ酸配列が、本明細書において開示される軽鎖可変ドメイン配列のいずれかの少なくとも約70、75、80、85、90、95、96、97、98、99、および/または99.5であり、1つまたは複数の位置2、4、36、46、48、49、および66に置換をさらに有する、少なくとも複数の軽鎖可変ドメインを含む軽鎖可変ドメインのライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、これらの位置における包含のために選択されるアミノ酸は、軽鎖可変ドメインの参照セットにおける相当する位置で約2、3、4、5、6、7、8、9、および/または10の最も頻繁に存在するアミノ酸の中から選択される。いくつかの実施形態では、本発明は、軽鎖可変ドメインにおいて多様化されることとなるフレームワーク位置を選択するための系および方法であって、i軽鎖配列の参照セットを得るステップであって、参照セットは、単一のIGVL生殖系列遺伝子において見つけられるもしくはそれによってコードされる配列および/または単一のIGVL生殖系列遺伝子の対立遺伝子変異体において見つけられるもしくはそれによってコードされる配列から成る群から選択されるVLセグメントを有する軽鎖配列を含有する、ステップ、ii参照セット内のどのフレームワーク位置が、参照セットにおける配列の1つまたは複数のCDR位置に存在する多様性の程度に類似する多様性の程度を有するかを決定するステップたとえば、フレームワーク位置における多様性は、参照セットにおける配列のCDR位置に見つけられる多様性の少なくとも約70、80、90、もしくは95、100、またはそれ以上である、iiiiiにおいて同定されるフレームワーク位置のそれぞれについてのアミノ酸残基の出現頻度を決定するステップ、iv軽鎖可変ドメインコード配列を合成するステップであって、iiにおいて同定されるフレームワーク位置は、相当する位置に、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20の最も頻繁に存在するアミノ酸残基iiiにおいて同定されるを含むように多様化される、系および方法を提供する。当業者は、本開示を理解し、本発明が、重鎖配列のフレームワーク変異体を開発するための類似の方法を提供することを十分に理解するであろう。CDR1および/またはCDR2多様性を有する軽鎖いくつかの実施形態では、本発明は、軽鎖可変ドメインが、1つまたは複数のCDRL1位置28、29、30、30A、30B、30E、31、および32で異なる、軽鎖可変ドメインのライブラリーを提供するChothia-Leskナンバリング手法;ChothiaandLesk,J.Mol.Biol.,1987,196:901。いくつかの実施形態では、本発明は、軽鎖可変ドメインが、1つまたは複数のCDRL2位置50、51、53、および55で異なる、軽鎖可変ドメインのライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、これらのCDRL1および/またはCDRL2位置における包含のために選択されるアミノ酸は、軽鎖可変ドメインの参照セットにおける相当する位置で約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、および/または20の最も頻繁に存在するアミノ酸の中から選択される。いくつかの実施形態では、本発明は、軽鎖可変ドメインにおいて多様化されることとなるCDRL1および/またはCDRL2位置を選択するための系および方法であって、i軽鎖配列の参照セットを得るステップであって、参照セットは、単一のIGVL生殖系列遺伝子において見つけられるもしくはそれによってコードされる配列および単一のIGVL生殖系列遺伝子の対立遺伝子変異体において見つけられるもしくはそれによってコードされる配列から成る群から選択されるVLセグメントを有する軽鎖配列を含有する、ステップ、iiどのCDRL1および/またはCDRL2位置が参照セット内で多様であるかを決定するステップ、iii軽鎖可変ドメインコード配列を合成するステップであって、iiにおいて同定されるCDRL1および/またはCDRL2位置は、相当する位置に、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20の最も頻繁に存在するアミノ酸残基を含むように多様化される、系および方法を提供する。当業者は、本開示を理解し、本発明が、重鎖配列のCDRH2および/またはCDRH2変異体を開発するための類似の方法を提供することを十分に理解するであろう。軽鎖配列いくつかの実施形態では、本発明は、1つまたは複数の、本明細書において提供される軽鎖配列、たとえば表3および/もしくは表4のポリペプチド配列ならびに/または表5、表6、および/もしくは表7のポリヌクレオチド配列のいずれかを含む軽鎖ライブラリーを提供する。当業者は、本明細書において提供されるすべての軽鎖配列が、本発明の機能的な軽鎖ライブラリーを産生するのに必要であるとは限らないことを認識するであろう。そのため、ある実施形態では、本発明の軽鎖ライブラリーは、上記に記載される配列のサブセットを含有するであろう。たとえば、本発明のある実施形態では、本明細書において提供される軽鎖ポリヌクレオチドおよび/またはポリペプチド配列の少なくとも約10、100、200、300、400、500、600、700、800、900、103、104、および/または105は、ライブラリーに含まれる。いくつかの実施形態では、本発明のライブラリーは、特定の数未満のポリヌクレオチドまたはポリペプチドセグメントを含有してもよく、セグメントの数は、それぞれのセグメントについて上記に提供される整数のいずれか1つを使用して定められる。本発明のある実施形態では、特定の数の範囲は、包含的なまたは排他的な範囲の下限および上限として、上記に提供される整数のいずれか2つを使用して定められる。上限および下限を定める、提供される整数の組み合わせはすべて、企図される。ある実施形態では、本発明は、本明細書において提供される軽鎖配列のセットのいずれか由来の配列の少なくとも約1、2.5、5、10、15、20、25、30、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または99を含む軽鎖ライブラリー提供する。たとえば、本発明は、表3、表4、表5、表6、および/または表7において提供される軽鎖配列の少なくとも約1、2.5、5、10、15、20、25、30、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または99含むライブラリーを提供する。本発明のいくつかの実施形態では、特定のパーセンテージの範囲は、包含的なまたは排他的な範囲の下限および上限として、上記に提供されるパーセンテージのいずれか2つを使用して定められる。上限および下限を定める、提供されるパーセンテージの組み合わせはすべて、企図される。本発明のいくつかの実施形態では、ライブラリーにおける軽鎖配列の少なくとも約1、2.5、5、10、15、20、25、30、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または99は、本明細書において提供される軽鎖配列である。本発明のある実施形態では、軽鎖ライブラリーから単離されるたとえば、特定の抗原および/または一般的なリガンドに結合することによって軽鎖配列の少なくとも約1、2.5、5、10、15、20、25、30、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または99は、本明細書において提供される軽鎖配列である。いくつかの実施形態では、本発明の軽鎖ライブラリーは、特定の割合未満の、本明細書において提供される軽鎖配列を含有してもよく、軽鎖配列のパーセンテージは、上記に提供されるパーセンテージのいずれか1つを使用して定義される。本発明のある実施形態では、特定のパーセンテージの範囲は、包含的なまたは排他的な範囲の下限および上限として、上記に提供されるパーセンテージのいずれか2つを使用して定められる。上限および下限を定める、提供されるパーセンテージの組み合わせはすべて、企図される。当業者は、本明細書において提供される軽鎖配列を考慮して、指定されるレベルの全体的な配列同一性および/または本明細書において記載される1つもしくは複数の特徴的な配列エレメントを共有する、類似する軽鎖配列を産生することができ、その配列同一性の全体的な程度および/または特徴的な配列エレメントが、一般的な機能的属性を与え得ることをさらに認識するであろう。当業者らは、本明細書において提供される突然変異誘発技術を含めて、そのような関連する配列を調製するための様々な技術に十分に精通しているであろう。そのため、本発明の明示的に列挙される実施形態のそれぞれはまた、本明細書において提供される軽鎖配列のいずれかに特定の同一性パーセントを共有する軽鎖配列を使用して実施することもできる。たとえば、本発明の先に記載されるそれぞれの実施形態は、本明細書において提供される軽鎖配列に少なくとも約70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.5、または99.9同一である軽鎖配列を使用して実施することができる。たとえば、いくつかの実施形態では、本発明によって提供される軽鎖ライブラリーは、本明細書において提供される軽鎖配列に少なくとも約70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.5、または99.9同一である軽鎖可変ドメインを含み、1つまたは複数のフレームワーク位置2、4、36、46、48、49、および66、CDRL1位置28、29、30、30A、30B、30E、31、および32Chothia-Leskナンバリング手法、ならびに/またはCDRL2位置50、51、53、および55において置換を有する。いくつかの実施形態では、本発明は、特定のIGVL生殖系列遺伝子によってコードされるCDRL3の部分内の位置を多様化するための系および方法であって、i軽鎖配列の参照セットを得るステップであって、参照セットは、同じIGVL生殖系列遺伝子および/またはその対立遺伝子変異体に由来するVLセグメントを有する軽鎖配列を含有するステップ;iiIGVL遺伝子によってコードされる参照セットにおけるCDRL3位置のそれぞれでどのアミノ酸が存在するかを決定するステップつまり、位置89~94、包含的;iii軽鎖可変ドメインコード配列を合成するステップであって、配列をコードするそれぞれの軽鎖可変ドメインにおける2つの位置は、参照セットにおける相当する位置に、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20の最も頻繁に存在するアミノ酸残基をコードする縮退コドンを含有する、ステップを含む、系および方法を提供する。実施例において記載されるように、iiiの縮退コドンは、それぞれの軽鎖において異なる2つの位置のそれぞれについて参照セットにおいて含有されるアミノ酸多様性を最も再現するように選ぶことができる。最後に、上記に記載される方法および系は、CDRL3に関して記載されるが、当業者は、IGHV遺伝子によって全体的にコードされる重鎖のCDRH1および/またはCDRH2に同じ原理を適用することができることを容易に認識するであろう。CDRL3長いくつかの実施形態では、もう1つの方法としてまたは本明細書において記載される他の特徴に加えて、本発明は、CDRL3の長さが異なっていてもよいライブラリーを提供する。そのため、本発明は、とりわけ、特定の分布のCDRL3長を有するライブラリーを提供する。長さが8、9、および10のCDRL3ライブラリーが例示されるが、当業者は、本明細書において記載される方法を、これもまた本発明の範囲内にある、異なる長さたとえば約5、6、7、11、12、13、14、15、および/または16のCDRL3を有する軽鎖を産生するために適用することができることを容易に認識するであろう。いくつかの実施形態では、本発明のCDRL3のいずれかの長さは、アミノ酸の特定の数未満であってもよく、アミノ酸の数は、上記に提供される整数のいずれか1つを使用して定義される。本発明のいくつかの実施形態では、特定の数の範囲は、包含的なまたは排他的な範囲の下限および上限として、上記に提供される整数のいずれか2つを使用して定められる。上限および下限を定める、提供される整数の組み合わせはすべて、企図される。合成抗体ライブラリー本発明のいくつかの実施形態では、提供されるライブラリーは、1つまたは複数の合成ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、提供されるライブラリーは、a重鎖シャーシポリヌクレオチド;b軽鎖シャーシポリヌクレオチド;cCDR3ポリヌクレオチド;d定常ドメインポリヌクレオチド;およびeその組み合わせから選択される合成ポリヌクレオチドを含んでいてもよい。当業者らは、そのような合成ポリヌクレオチドが、提供されるライブラリーにおける他の合成または非合成ポリヌクレオチドに連結されてもよいことを十分に理解するであろう。本明細書において提供される合成ポリヌクレオチドは、任意の入手可能な方法によって調製されてもよい。たとえば、いくつかの実施形態では、合成ポリヌクレオチドは、Feldhausetal.,NucleicAcidsResearch,2000,28:534;Omsteinetal.,Biopolymers,1978,17:2341;BrennerandLerner,PNAS,1992,87:6378、米国特許出願公開第2009/0181855号および第2010/0056386号、ならびに国際公開番号WO/2009/036379それぞれその全体が参照によって組み込まれるにおいて記載されるように、スプリットプールDNA合成によって合成することができる。本発明のいくつかの実施形態では、ヒトレパートリーにおいて見つけられる可能性のあるTN1、DH、N2、およびJH多様性を示すセグメントは、二本鎖DNAオリゴヌクレオチド、コード鎖を代表する一本鎖DNAオリゴヌクレオチド、または非コード鎖を代表する一本鎖DNAオリゴヌクレオチドとして新たに合成される。次いで、そのような配列は、シャーシ配列ならびにいくつかの場合ではFRM4の一部分および定常領域を含有するアクセプターベクターと共に宿主細胞の中に導入することができる。哺乳動物のcDNAまたはmRNAからのプライマーベースのPCR増幅または哺乳動物のcDNAまたはmRNAからの鋳型特異的なクローニングステップは、用いられる必要はない。酵母相同組換えによるライブラリーの構築ある実施形態では、本発明は、酵母細胞が相同組換えを高効率で促進する本質的な能力を利用する。酵母における相同組換えのメカニズムおよびその出願は、下記に簡潔に記載されるたとえば、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれる米国特許第6,406,863号;第6,410,246号;第6,410,271号;第6,610,472号;および第7,700,302号もまた参照されたい。例証となる実施形態として、相同組換えは、たとえば、高効率で相同組換えを実行するように設計された遺伝的な機構を有する出芽酵母において実行することができる。例示的な出芽酵母株は、EM93、CEN.PK2、RM11-1a、YJM789、およびBJ5465を含む。このメカニズムは、染色体修復の目的で進化したと考えられ、ギャップ修復gaprepairまたはギャップ充填gapfillingと呼ばれる。このメカニズムを利用することによって、突然変異は、酵母ゲノムの特定の座の中に導入することができる。たとえば、突然変異遺伝子を運搬するベクターは、中断されるまたは突然変異させられるように意図される遺伝子の5’および3’オープンリーディングフレームORF配列に相同な2つの配列セグメントを含有することができる。ベクターはまた、2つの相同なDNAセグメントが側面に位置する栄養酵素対立遺伝子たとえばURA3および/または抗生物質抵抗性マーカーたとえばGeneticin/G418などのようなポジティブ選択マーカーをコードしてもよい。他の選択マーカーおよび抗生物質抵抗性マーカーは、当業者に知られている。本発明のいくつかの実施形態では、このベクターたとえばプラスミドは、直線化され、酵母細胞に形質転換される。2つの相同組換え部位でのプラスミドおよび酵母ゲノムの間の相同組換えを通して、DNA内容物の相互交換は、2つの相同な配列セグメントが側面に位置する酵母ゲノムにおける野生型遺伝子および突然変異遺伝子選択マーカー遺伝子複数可を含むの間で行われる。1つまたは複数の選択マーカーを選択することによって、生存する酵母細胞は、野生型遺伝子が突然変異遺伝子と交換された細胞となるであろうその全体が参照によって組み込まれるPearsonetal.,Yeast,1998,14:391。このメカニズムは、機能ゲノム科学研究についての6,000の酵母遺伝子またはオープンリーディングフレームORFすべてにおいて系統的な突然変異を作製するために使用されてきた。交換が相互的であるので、同様のアプローチはまた、プラスミドベクターの中に酵母ゲノムDNA断片をクローニングするためにもうまく使用されてきた。その全体が参照によって組み込まれるIwasakietal.,Gene,1991,109:81。酵母中に存在する内因性相同組換え機構を利用することによって、遺伝子断片または合成オリゴヌクレオチドはまた、ライゲーションステップを伴わないでプラスミドベクターの中にクローニングすることもできる。相同組換えのこの適用において、標的遺伝子断片つまりプラスミドベクターに挿入されることとなる断片、たとえばCDR3が得られるたとえば、オリゴヌクレオチド合成、PCR増幅、他のベクターからの制限消化などによって。プラスミドベクターの選択される領域に相同なDNA配列は、標的遺伝子断片の5’および3’末端に追加される。これらの相同な領域は、完全に合成であってもよいまたは相同な配列を組み込むプライマーによる標的遺伝子断片のPCR増幅を介して追加される。プラスミドベクターは、栄養酵素対立遺伝子たとえばURA3または抗生物質抵抗性マーカーたとえばGeneticin/G418などのようなポジティブ選択マーカーを含んでいてもよい。次いで、プラスミドベクターは、標的遺伝子断片と共有される配列相同性の領域の中間に位置する、ユニークな制限切断箇所restrictioncutによって直線化され、それによって、切断部位で人工ギャップを生成する。直線化されたプラスミドベクターおよびプラスミドベクターに相同な配列が側面に位置する標的遺伝子断片は、酵母宿主株に同時形質転換される。酵母は、次いで、ベクターおよび標的遺伝子断片の間の配列相同性の2つのストレッチを認識し、ギャップでの相同組換えを通してDNA内容物の相互交換を促進することができる。結果として、標的遺伝子断片は、ライゲーションを伴わないでベクターに挿入される。上記に記載される方法はまた、標的遺伝子断片が、たとえば、環状M13ファージ由来の形態としてまたは一本鎖オリゴヌクレオチドとして一本鎖DNAの形態をしている場合にも作用することが示されているそれぞれ、その全体が参照によって組み込まれるSimonandMoore,Mol.CellBiol.,1987,7:2329;Ivanovetal.,Genetics,1996,142:693;andDeMarinietal.,2001,30:520.。したがって、ギャップトベクターgappedvectorの中に組換えることができる標的の形態は、二本鎖また一本鎖とすることができ、化学合成、PCR、制限消化、または他の方法から誘導することができる。いくつかの因子が、酵母における相同組換えの効率に作用し得る。たとえば、ギャップ修復の効率は、直線化されたベクターおよび標的遺伝子の両方の側面に位置する相同な配列の長さと関連する。ある実施形態では、約20以上の塩基対が、相同な配列の長さに使用されてもよく、約80の塩基対が、ほぼ最適化された結果を示してもよいそれぞれ、その全体が参照によって組み込まれるHuaetal.,Plasmid,1997,38:91;Raymondetal.,GenomeRes.,2002,12:190。本発明のある実施形態では、少なくとも約5、10、15、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、3435、36、37、38、39、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、187、190、または200の相同な塩基対が、組換えを促進するために使用されてもよい。ある実施形態では、約20~約40の塩基ペアが、利用される。さらに、ベクターおよび遺伝子断片の間の相互交換は、厳密に配列依存性である、つまり、それはフレームシフトを引き起こさない。そのため、ギャップ修復クローニングは、高効率および高精度の両方により遺伝子断片の挿入を確実にする。高効率は、1回の形質転換の試みにおいて同じベクターの中に2、3、またはそれ以上の標的遺伝子断片を同時にクローニングするのを可能にするその全体が参照によって組み込まれるRaymondetal.,Biotechniques,1999,26:134。さらに、相同組換えを通しての高精度の配列保存の性質は、直接的な機能的検査のために、選択される遺伝子または遺伝子断片を発現ベクターまたは融合ベクターの中にクローニングするのを可能にするそれぞれ、その全体が参照によって組み込まれるEl-Deiryetal.,NatureGenetics,1992,1:4549;Ishiokaetal.,PNAS,1997,94:2449。遺伝子断片のライブラリーもまた、相同組換えを使用して、酵母において構築されてきた。たとえば、ヒト脳cDNAライブラリーは、ベクターpJG4-5においてツーハイブリッド融合ライブラリーとして構築されたその全体が参照によって組み込まれるGuidottiandZervos,Yeast,1999,15:715。合計6,000ペアのPCRプライマーが、酵母ゲノムタンパク質相互作用の研究のための6,000の知られている酵母ORFの増幅のために使用されたこともまた報告されているその全体が参照によって組み込まれるHudsonetal.,GenomeRes.,1997,7:1169。2000年には、Uetzetal.は、出芽酵母におけるタンパク質間相互作用の包括的分析を行ったその全体が参照によって組み込まれるUetzetal.,Nature,2000,403:623。出芽酵母のタンパク質間相互作用地図は、酵母タンパク質の間のあらゆる組み合わせにおいてツーハイブリッド相互作用を検査するために包括的な系を使用することによって研究されその全体が参照によって組み込まれるItoetal.,PNAS,2000,97:1143、ワクシニアウイルスのゲノムのタンパク質連鎖地図は、この系を使用して研究されたその全体が参照によって組み込まれるMcCraithetal.,PNAS,2000,97:4879。本発明のある実施形態では、合成CDR3重鎖または軽鎖は、完全長重鎖または軽鎖を形成するために、相同組換えによって重鎖シャーシまたは軽鎖シャーシ、FRM4の一部分、および定常領域をコードするベクターに連結されてもよい。本発明のある実施形態では、相同組換えは、酵母細胞において直接実行される。いくつかの実施形態では、そのような方法は、a酵母細胞の中に、i重鎖シャーシまたは軽鎖シャーシ、FRM4の一部分、および定常領域をコードする、直線化されたベクターであって、直線化の部位が、シャーシのFRM3の末端および定常領域の最初の間にある、直線化されたベクターならびにii直線状で二本鎖のCDR3挿入ヌクレオチド配列のライブラリーであって、CDR3挿入配列のそれぞれが、CDR3をコードするヌクレオチド配列ならびに相同組換えがベクターおよびCDR3挿入配列のライブラリーの間で行われるのを可能にするのに、直線化の部位のiのベクターの末端に十分に相同である5’および3’フランキング配列を含む、CDR3挿入ヌクレオチド配列のライブラリー、を形質転換するステップならびにb完全長重鎖または軽鎖をコードするベクターを産生するために、CDR3挿入配列がベクターの中に組み込まれるように、形質転換酵母細胞において、ベクターおよびCDR3挿入配列の間で相同組換えが行われるのを可能にするステップを含む。上記に特定されるように、CDR3挿入物は、直線化されたベクターの末端に相同な5’フランキング配列および3’フランキング配列を有してもよい。CDR3挿入物および直線化されたベクターが宿主細胞、たとえば酵母細胞の中に導入される場合、ベクターの直線化によって生成されたギャップ直線化部位は、これらの2つの直線状二本鎖DNAつまりベクターおよび挿入物の5’および3’末端での相同な配列の組換えを通してCDR3断片挿入物によって充填される。相同組換えのこの事象を通して、可変CDR3挿入物を含む完全長重鎖または軽鎖をコードする環状ベクターのライブラリーが生成される。これらの方法の特定の実例は、実施例において示される。続く分析は、たとえば、ベクターの中へのCDR3配列の正確な挿入をもたらす相同組換えの効率を決定するために実行されてもよい。たとえば、選択された酵母クローンからの直接のCDR3挿入物のPCR増幅は、どれだけのクローンが組換えであるかを明らかにしてもよい。ある実施形態では、最低限約90の組換えクローンを有するライブラリーが、利用される。ある実施形態では、最小約1、510152025、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98ま、たは99の組換えクローンを有するライブラリーが、利用される。選択されたクローンの同様のPCR増幅はまた、挿入物サイズを明らかにしてもよい。選択されたクローンにおける挿入物の配列多様性を検証するために、正確なサイズの挿入物を有するPCR増幅産物は、増幅された領域内で切断するまたは切断しないことが知られている制限酵素を用いてフィンガープリントされてもよい。ゲル電気泳動パターンから、分析されたクローンが、同じ同一性のものまたは別個のもしくは様々な同一性のものであるかどうかが決定されてもよい。PCR産物はまた、挿入物の同一性およびクローニング手順の適合度を明らかにするために、また、クローンの非依存性および多様性を証明するために、直接、配列決定されてもよい。発現系およびスクリーニング系本明細書において記載された技術のいずれかまたは他の適した技術によって生成されるポリヌクレオチドのライブラリーは、所望の構造および/または活性を有する抗体を同定するために発現させ、スクリーニングすることができる。抗体の発現は、たとえば、無細胞抽出物およびたとえばリボソームディスプレイ、ファージディスプレイ、原核細胞たとえば細菌ディスプレイ、または真核細胞たとえば酵母ディスプレイを使用して実行することができる。本発明のある実施形態では、抗体ライブラリーは、酵母において発現される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、無細胞抽出物において発現させることができる鋳型として果たすように操作される。たとえば米国特許第5,324,637号;第5,492,817号;第5,665,563号それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるにおいて記載されるベクターおよび抽出物は、使用することができ、また、多数が市販で入手可能である。ポリヌクレオチドつまり遺伝子型をポリペプチドつまり表現型に連結するためのリボソームディスプレイおよび他の無細胞技術、たとえばProfusion商標を使用することができるたとえば、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれる米国特許第6,348,315号;第6,261,804号;第6,258,558号;および第6,214,553号を参照されたい。その代わりにまたはさらに、本発明のポリヌクレオチドは、PluckthunandSkerraそれぞれ、その全体が参照によって組み込まれるMeth.Enzymol.,1989,178:476;Biotechnology,1991,9:273によって記載されるものなどのようなE.coli発現系において発現させることができる。突然変異タンパク質は、その全体が参照によって組み込まれるBetterandHorwitz,Meth.Enzymol.,1989,178:476によって記載されるように、培地へのおよび/または細菌の細胞質への分泌のために発現させることができる。いくつかの実施形態では、VHおよびVLをコードする単一ドメインはそれぞれ、ompA、phoA、またはpelBシグナル配列などのようなシグナル配列をコードする配列の3’末端に付加されるその全体が参照によって組み込まれるLeietal.,J.Bacteriol.,1987,169:4379。これらの遺伝子融合物は、それらが単一のベクターから発現することができるように、ジシストロニック構築物において構築され、それらがリフォールドする、E.coliの細胞周辺腔の中に分泌され、活性形態で回収することができるその全体が参照によって組み込まれるSkerraetal.,Biotechnology,1991,9:273。たとえば、抗体重鎖遺伝子は、抗体または抗体断片を産生するために抗体軽鎖遺伝子と同時に発現させることができる。本発明のいくつかの実施形態では、抗体配列は、米国特許出願公開第2004/0072740号;米国特許出願公開第2003/0100023号;および米国特許出願公開第2003/0036092号それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるにおいて記載されるように、たとえば分泌シグナルおよび脂質付加成分を使用して、原核生物、たとえばE.coliの膜表面上に発現される。哺乳動物細胞、たとえばミエローマ細胞たとえばNS/0細胞、ハイブリドーマ細胞、チャイニーズハムスター卵巣CHO細胞、ヒト胎児腎臓HEK細胞などのような高等真核細胞もまた、本発明の抗体の発現のために使用することができる。典型的に、哺乳動物細胞において発現される抗体は、培地の中に分泌されるようにまたは細胞の表面上に発現されるように設計される。抗体または抗体断片は、たとえば、完全な抗体分子としてまたは個々のVHおよびVL断片、Fab断片、単一ドメインとしてまたは単鎖scFvとして産生することができるその全体が参照によって組み込まれるHustonetal.,PNAS,1988,85:5879。その代わりにまたはさらに、抗体は、たとえばJeongetal.,PNAS,2007,104:8247その全体が参照によって組み込まれるにおいて記載される固定細胞周辺発現APEx2ハイブリッド表面ディスプレイによってまたはたとえばMazoretal.,NatureBiotechnology,2007,25:563その全体が参照によって組み込まれるにおいて記載される他の固定方法によって発現させ、スクリーニングすることができる本発明のいくつかの実施形態では、抗体は、哺乳動物細胞ディスプレイを使用して選択することができるその全体が参照によって組み込まれるHoetal.,PNAS,2006,103:9637。本発明のライブラリーに由来する抗体のスクリーニングは、任意の適切な手段によって実行することができる。たとえば、結合活性は、標準的なイムノアッセイおよび/またはアフィニティークロマトグラフィーによって評価することができる。触媒機能、たとえばタンパク分解性機能についての本発明の抗体のスクリーニングは、標準的なアッセイ、たとえば、米国特許第5,798,208号その全体が参照によって組み込まれるにおいて記載されるヘモグロビンプラークアッセイを使用して達成することができる。候補抗体が治療上の標的に結合する能力の決定は、たとえば、表面プラズモン共鳴に基づいて所与の標的または抗原への抗体の結合速度を測定するBIACORETM機器を使用して、invitroにおいてアッセイすることができる。invivoアッセイは、多くの動物モデルのいずれかを使用して行うことができ、次いで、続いて、ヒトにおいて、必要に応じて試験することができる。細胞ベースの生物学的アッセイもまた、企図される。本発明の1つの特徴は、ライブラリーの抗体が発現され、スクリーニングすることができる速さである。本発明のある実施形態では、抗体ライブラリーは、約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、または24時間未満の倍増時間を有する酵母において発現させることができる。いくつかの実施形態では、倍加時間は、約1~約3時間、約2~約4、約3~約8時間、約3~約24、約5~約24、約4~約6、約5~約22、約6~約8、約7~約22、約8~約10時間、約7~約20、約9~約20、約9~約18、約11~約18、約11~約16、約13~約16、約16~約20、または約20~約30時間である。本発明のある実施形態では、抗体ライブラリーは、約16~約20時間、約8~約16時間、または約4~約8時間の倍加時間を有する酵母において発現される。したがって、本発明の抗体ライブラリーは、抗体ライブラリーを発現し、かつスクリーニングするのに数日かかる、先に知られている技術と比較して、数時間で発現させ、スクリーニングすることができる。哺乳動物細胞におけるそのようなスクリーニングプロセスのスループットにおける制限ステップは、典型的に、単離された細胞の集団を反復して再成長させるのに必要とされる時間であり、これらは、いくつかの場合において、本発明において使用される酵母の倍加時間を超える倍加時間を有する。本発明のある実施形態では、ライブラリーの組成物は、1つまたは複数の濃縮ステップたとえば、抗原結合、一般的なリガンドへの結合、または他の特性についてのスクリーニングによるの後に定められてもよい。たとえば、本発明の約xの配列またはライブラリーを含む組成物を有するライブラリーは、1つまたは複数のスクリーニングステップの後に、本発明の約2x、3x、4x、5x、6x、7x、8x、9x、10x、20x、25x、40x、50x、60x75x、80x、90x、95x、または99xの配列またはライブラリーを含有するように濃縮されてもよい。本発明のいくつかの実施形態では、本発明の配列またはライブラリーは、1つまたは複数の濃縮ステップ前のそれらの出現率に比べて、約2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、100倍、1,000倍、またはそれ以上、濃縮されてもよい。本発明のある実施形態では、ライブラリーは、CDRH3、CDRL3、重鎖、軽鎖、または抗体全体などのような、少なくとも1つのある数の特定のタイプの配列を含有してもよいたとえば少なくとも約103、104、105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、1015、1016、1017、1018、1019、または1020。ある実施形態では、これらの配列は、少なくとも約102、103、104、105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、1015、1016、1017、1018、または1019のそれぞれの配列を含むライブラリーを提供するために1つまたは複数の濃縮ステップの間に濃縮されてもよい。親和性成熟のための突然変異誘発アプローチ上記に記載されるように、抗体リードは、1つもしくは複数の抗原への結合についてまたは生物学的活性について本発明のライブラリーの抗体をスクリーニングすることを含む選択プロセスを通して同定することができる。これらの抗体リードのコード配列は、最初の抗体リードとの関連において導入される多様性を有する二次ライブラリーを生成するためにinvitroにおいてまたはinvivoにおいてさらに突然変異誘発されてもよい。そのような突然変異誘発された抗体リードは、次いで、一次ライブラリーからの最初の抗体リードの選択のために使用される手順に類似する手順に従って、invitroにおいてまたはinvivoにおいて標的抗原への結合または生物学的活性についてさらにスクリーニングすることができる。一次抗体リードのそのような突然変異誘発および選択は、抗原に対する親和性における段階的な増加を有する抗体を産生する哺乳動物において天然に存在する親和性成熟プロセスを有効に模倣する。本発明のいくつかの実施形態では、CDRH3領域のみが、突然変異誘発される。本発明のいくつかの実施形態では、可変領域全体が、突然変異誘発される。本発明のいくつかの実施形態では、1つまたは複数のCDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、および/CDRL3が、突然変異誘発されてもよい。本発明のいくつかの実施形態では、軽鎖シャフリングは、親和性成熟プロトコールの一部として使用されてもよい。ある実施形態では、これは、抗体の親和性および/または生物学的活性を増強する軽鎖を選択するために、多くの軽鎖と1つまたは複数の重鎖を対形成することを含んでいてもよい。本発明のある実施形態では、1つまたは複数の重鎖が対形成することができる軽鎖の数は、少なくとも約2、5、10、100、103、104、105、106、107、108、109、または1010である。本発明のある実施形態では、これらの軽鎖は、プラスミドによってコードされる。本発明のいくつかの実施形態では、軽鎖は、宿主細胞のゲノムの中に統合されてもよい。抗体リードのコード配列は、多種多様の方法のいずれかを使用して、突然変異誘発されてもよい。突然変異誘発の方法の例は、部位特異的突然変異誘発、エラープローンPCR突然変異誘発、カセット突然変異誘発、およびランダムPCR突然変異誘発を含むが、これらに限定されない。その代わりにまたはさらに、所望の突然変異を有する領域をコードするオリゴヌクレオチドは、合成され、たとえば組換えまたはライゲーションを介して、突然変異誘発されることとなる配列の中に導入することができる。部位特異的突然変異誘発または点突然変異誘発は、特定の領域においてCDR配列を徐々に変化させるために使用されてもよい。たとえば、これは、オリゴヌクレオチド指定突然変異誘発またはPCRを使用することによって、達成されてもよい。たとえば、抗体リードの短い配列は、重鎖もしくは軽鎖領域またはその両方において、合成的に突然変異誘発されたオリゴヌクレオチドと交換されてもよい。そのような方法は、多くのCDR配列を突然変異誘発するのに効率的でなくてもよいが、特異的な標的タンパク質に対するより高度な親和性を達成するために特定のリードの微調整のために使用されてもよい。カセット突然変異誘発は、特異的な領域においてCDR配列を突然変異誘発するためにその代わりにまたはさらに使用されてもよい。典型的なカセット突然変異誘発では、単一の鋳型の配列ブロックまたは領域は、完全にまたは部分的にランダム化された配列と交換される。しかしながら、得ることができる最大の情報内容は、オリゴヌクレオチドのランダム配列の数によって統計的に制限されてもよい。点突然変異誘発と同様に、この方法もまた、特異的な標的タンパク質に対するより高度な親和性を達成するために、特定のリードの微調整のために使用されてもよい。エラープローンPCRまたはポイズンPCRは、たとえば米国特許第6,153,745号;CaldwellandJoyce,PCRMethodsandApplications,1992,2:28;Leungetal.,Technique,1989,1:11;Shafikhanietal.,Biotechniques,1997,23:304;およびStemmeretal.,PNAS,1994,91:10747それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるにおいて記載されるプロトコールに従って、CDR配列を突然変異誘発するために使用されてもよい。エラープローンPCRのための条件は、たとえば、aTaqDNAポリメラーゼの機能障害を効率的に誘導する高濃度のMn2たとえば約0.4~約0.6mMおよび/またはb鋳型の中への不釣り合いに高濃度の基質の不正確な組み込みを引き起こし、突然変異をもたらす、PCR反応における不釣り合いに高濃度の1つのヌクレオチド基質たとえばdGTPを含む。その代わりにまたはさらに、PCRサイクルの数、使用されるDNAポリメラーゼの種類、および鋳型の長さなどのような他の因子は、PCR産物の中への間違ったヌクレオチドの誤取り込みの速度に影響を与え得る。多様性PCRランダム突然変異誘発キットCLONTECH商標などのような市販で入手可能なキットは、選択された抗体ライブラリーの突然変異誘発のために利用されてもよい。PCRベースの突然変異誘発において使用されるプライマー対は、ある実施形態では、発現ベクターにおける相同組換え部位とマッチする領域を含んでいてもよい。そのような設計は、相同組換えを介して、突然変異誘発の後に、重鎖または軽鎖シャーシベクターの中へのPCR産物の容易な再導入をして戻すのを可能にする。他のPCRベースの突然変異誘発方法もまた、単独でまたは上記に記載されるエラープローンPCRと共に使用することができる。たとえば、PCRにより増幅されたCDRセグメントは、二本鎖のDNAにおいてニックを生成するために、DNアーゼにより消化されてもよい。これらのニックは、Bal31などのような他のエキソヌクレアーゼによってギャップへと拡張することができる。次いで、ギャップは、不釣り合いに高濃度の1つの基質たとえばdGTPと共に、通常の基質dGTP、dATP、dTTP、およびdCTPの低濃度でDNAKlenowポリメラーゼを使用することによってランダム配列によって充填されてもよい。この充填反応は、充填されたギャップ領域において高頻度の突然変異をもたらすはずである。DNアーゼ消化のそのような方法は、所望のCDRセグメントにおいて高頻度の突然変異を生成するために、エラープローンPCRと共に使用されてもよい。一次抗体リードから増幅されたCDRまたは抗体セグメントは、プレB細胞における突然変異の本質的な能力を利用することによってinvivoにおいて突然変異誘発されてもよい。プレB細胞におけるIg遺伝子は、高速の突然変異に特に感受性である。プレB細胞が増殖すると同時に、Igプロモーターおよびエンハンサーは、プレB細胞環境においてそのような高速の突然変異を促進する。したがって、CDR遺伝子セグメントは、ヒトIgエンハンサーおよびプロモーターを含有する哺乳動物発現ベクターの中にクローニングされてもよい。そのような構築物は、38B9などのようなプレB細胞系の中に導入されてもよく、これは、プレB細胞においてVHおよびVL遺伝子セグメントの突然変異を天然に可能にするその全体が参照によって組み込まれるLiuandVanNess,Mol.Immunol.,1999,36:461。突然変異誘発されたCDRセグメントは、培養されたプレB細胞系から増幅し、たとえば相同組換えを介してシャーシ含有ベクター複数可の中に再導入することができる。いくつかの実施形態では、ライブラリーのスクリーニングから単離されたCDRヒットは、たとえば縮退コドンまたはトリヌクレオチドを使用して再合成し、ギャップ修復を使用して重鎖または軽鎖ベクターの中に再クローニングすることができる。本発明のポリヌクレオチド配列の他の変異体ある実施形態では、本発明は、本明細書において教示されるポリヌクレオチドとハイブリダイズするまたは本明細書において教示されるポリヌクレオチドの相補体とハイブリダイズするポリヌクレオチドを提供する。たとえば、本明細書において教示されるポリヌクレオチドに、低、中、または高ストリンジェンシー条件下でのハイブリダイゼーションおよび洗浄後にハイブリダイズしたままの単離ポリヌクレオチドまたは本明細書において教示されるポリヌクレオチドの相補体は、本発明によって包含される。例示的な低ストリンジェンシー条件は、約37°Cでの約30~約35ホルムアミド、約1MNaCl、約1SDSドデシル硫酸ナトリウムの緩衝剤溶液を用いるハイブリダイゼーションおよび約50°C~約55°Cでの約1×~約2×SSC20×SSC=3.0MNaCl/0.3Mクエン酸三ナトリウム中での洗浄を含む。例示的な中ストリンジェンシー条件は、約37°Cでの約40~約45ホルムアミド、約1MNaCl、約1SDS中でのハイブリダイゼーションおよび約55°C~約60°Cでの約0.5×~約1×SSC中での洗浄を含む。例示的な高ストリンジェンシー条件は、約37°Cでの約50ホルムアミド、約1MNaCl、約1SDS中でのハイブリダイゼーションおよび約60°C~約65°Cでの約0.1×SSC中での洗浄を含む。任意選択で、洗浄緩衝剤は、約0.1~約1SDSを含んでいてもよい。ハイブリダイゼーションの期間は、一般に、約24時間未満、通常約4~約12時間である。本発明のサブライブラリーおよびライブラリーまたはサブライブラリーを含むより大きなライブラリー本明細書において記載されるライブラリーたとえばCDRH3およびCDRL3ライブラリーの組み合わせを含むライブラリーは、本発明によって包含される。本明細書において記載されるライブラリーの一部分を含むサブライブラリーもまた、本発明によって包含されるたとえば、特定の重鎖シャーシのCDRH3ライブラリーまたはたとえば長さに基づくCDRH3ライブラリーのサブセット。さらに、本発明のライブラリーまたはサブライブラリーのうちの1つを含有するライブラリーもまた、本発明の範囲内にある。たとえば、本発明のある実施形態では、本発明の1つまたは複数のライブラリーまたはサブライブラリーは、より大きなライブラリー理論的または物理的内に含有されてもよく、これは、他の手段によって誘導された配列、たとえば、確率的または部位毎に確率的な合成によって誘導された非ヒトまたはヒト配列を含んでいてもよい。本発明のある実施形態では、ポリヌクレオチドライブラリーにおける配列の少なくとも約1は、配列の他の99の組成物に関係なく、本発明のものであってもよいたとえばCDRH3配列、CDRL3配列、VH配列、VL配列。例証のみの目的のために、当業者は、107のメンバーが本発明のライブラリーのメンバーであるつまり1、合計109のメンバーを含有するライブラリーが有用性を有し、本発明のライブラリーのメンバーをそのようなライブラリーから単離することができることを容易に認識するであろう。本発明のいくつかの実施形態では、任意のポリヌクレオチドライブラリーにおける少なくとも約0.001、0.010.12、5、10、20、30、40、50、60、70、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、または99の配列は、他の配列の組成物に関係なく、本発明のものであってもよい。いくつかの実施形態では、本発明の配列は、他の配列の組成物に関係なく、任意のポリヌクレオチドライブラリーにおける約0.001~約1、約1~約2、約2~約5、約5~約10、約10~約15、約15~約20、約20~約25、約25~約30、約30~約35、約35~約40、約40~約45、約45~約50、約50~約55、約55~約60、約60~約65、約65~約70、約70~約75、約75~約80、約80~約85、約85~約90、約90~約95、または約95~約99の配列を含んでいてもよい。本発明の1つまたは複数のライブラリーまたはサブライブラリーよりも多様であるが、本発明の1つまたは複数のライブラリーまたはサブライブラリーを効率的にスクリーニングすることができる量の本発明の1つまたは複数のライブラリーまたはサブライブラリーをなお含み、本発明の1つまたは複数のライブラリーまたはサブライブラリーによってコードされる配列を単離することができるライブラリーもまた、本発明の範囲内にある。代替の足場当業者に明らかであるように、本発明によって提供されるCDRH3および/またはCDRL3ポリペプチドはまた、代替の足場上にディスプレイされてもよい。いくつかのそのような足場は、抗体に匹敵する特異性および親和性を有する分子をもたらすことが示されてきた。例示的な代替の足場は、フィブロネクチンたとえばAdNectin、β-サンドイッチたとえばiMab、リポカリンたとえばAnticalin、EETI-II/AGRP、BPTI/LACI-D1/ITI-D2たとえばKunitzドメイン、チオレドキシンたとえばペプチドアプタマー、プロテインAたとえばAffibody、アンキリンリピートたとえばDARPin、γBクリスタリン/ユビキチンたとえばAffilin、CTLD3たとえばテトラネクチン、およびLDLR-Aモジュール3たとえばAvimerに由来するものを含む。たとえば、代替の足場についてのさらなる情報は、たとえば、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれるBinzetal.,Nat.Biotechnol.,200523:1257およびSkerra,CurrentOpin.inBiotech.,200718:295-304において提供される。本発明のさらなる実施形態ライブラリーサイズ本発明のいくつかの実施形態では、ライブラリーは、約101~約1020の異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を含むたとえば抗体、重鎖、CDRH3、軽鎖、および/またはCDRL3をコードするまたはそれを含む。いくつかの実施形態では、本発明のライブラリーは、少なくとも約101、102、103、104、105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、1015、1016、1017、1018、1019、もしくは1020またはそれ以上の異なる抗体、重鎖、CDRH3、軽鎖、および/またはCDRL3ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を含むように設計される。いくつかの実施形態では、本発明のライブラリーは、特定の数未満のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を含有してもよく、配列の数は、上記に提供される整数のいずれか1つを使用して定義される。本発明のある実施形態では、特定の数の範囲は、包含的なまたは排他的な範囲の下限および上限として、上記に提供される整数のいずれか2つを使用して定められる。上限および下限を定める、提供される整数の組み合わせはすべて、企図される。いくつかの実施形態では、本発明は、ライブラリーのメンバーのほんの一部分が、本明細書において提供される方法、系、および組成物に従って産生されるメンバーであるライブラリーを提供する。本発明のライブラリーの1つの重要な特性は、それらが、長さの多様性および配列の多様性を含むヒト免疫前レパートリーのある種の側面を有利に模倣するということである。当業者は、本発明によって提供されるライブラリーが、本明細書において提供される方法、系、および組成物に従ってライブラリーのメンバーのサブセットが産生されるメンバーである、ライブラリーを含むことを容易に認識するであろう。たとえば、106のメンバーが本明細書において提供される方法、系、および組成物に従って産生される108のメンバーを含有するライブラリーは、本明細書において提供される方法、系、および組成物に従って産生される1の配列を含有するであろう。当業者は、1つまたは複数の106のメンバーが当技術分野において知られているスクリーニング技術を使用して容易に単離することができることを認識するであろう。そのため、当該ライブラリーは、本発明の範囲内にある。より具体的には、少なくとも約1、2.5、5、10、15、20、25、30、40、45、50、556065707580859095、または99の本明細書において提供されるCDRH3、CDRL3、軽鎖、もしくは重鎖、および/または完全長抗体配列を含むライブラリーは、本発明の範囲内にある。少なくとも約103、104、105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、1015の本明細書において提供されるCDRH3、CDRL3、軽鎖、重鎖、および/または完全長抗体配列を含むライブラリーもまた、本発明の範囲内にある。ヒト免疫前セットいくつかの実施形態では、本発明は、HPS内に含有される3,571の管理されたヒト免疫前抗体配列のセット、それらの相当するCDRH3配列付録A、ならびに/またはコンピューター読み取り可能な形式のこれらのCDRH3配列ならびに/またはそのTN1、DH、N2、および/またはH3-JHセグメントの代理物を含む。ある実施形態では、本発明は、CDRH3ライブラリーを産生するための方法であって、理論的セグメントプール由来の候補セグメントつまりTN1、DH、N2、およびH3-JHを、HPSにおけるCDRH3配列および/またはCDRH3配列の任意の他のレパートリーとマッチさせるステップを含む、方法を含む。いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書において開示される理論的セグメントプール由来の候補セグメントおよび/または物理的ライブラリーへの包含のために選択されるセグメントを含む。実施形態本明細書において記載される方法は、限られた数の対立遺伝子変異体を使用する、H3-JHおよびDHのセグメントの理論的セグメントプールの産生を示すが、当業者は、本明細書において教示される方法が、任意の他の対立遺伝子変異体ならびにすべての非ヒトIGHJおよびIGHD遺伝子を含む任意のIGHJおよびIGHD遺伝子に適用されてもよいことを認識するであろう。その代わりにまたはさらに、本明細書において記載される方法は、たとえば、さらなるTN1および/またはN2セグメントを抽出するために、CDRH3配列の任意の参照セットに適用されてもよい。その代わりにまたはさらに、当業者は、本発明の記載される実施形態のそれぞれが、ベクター、ウイルス、または微生物たとえば酵母もしくは細菌内でポリヌクレオチドまたはポリペプチドの形態をしていてもよいことを認識するであろう。さらに、本発明が、完全に列挙される合成ライブラリーを含むので、本発明のある実施形態は、コンピューター読み取り可能な形式の、上記に記載される実施形態のいずれかおよびその使用に関する。非ヒト抗体ライブラリーもまた、本発明の範囲内にある。本開示は、本発明のライブラリーからの、Cys残基、N結合型グリコシル化モチーフ、脱アミド化モチーフ、および高度に疎水性の配列を含有する配列の除去を記載する。当業者は、これらの基準の1つまたは複数がつまり必ずしもすべてではない、本発明の任意のライブラリーから望ましくない配列を除去するために適用することができることを認識するであろう。しかしながら、配列の1つまたは複数のこれらのタイプを含有するライブラリーもまた、本発明の範囲内にある。他の基準もまた、使用することができる;本明細書において記載されるものは、限定的ではない。ある実施形態では、本発明は、ライブラリー理論的、合成、または物理的な実現内の特定の配列が繰り返される回数が制限されているライブラリーを提供する。たとえば、いくつかの実施形態では、本発明は、ライブラリーたとえばCDRH3、CDRL3、重鎖、軽鎖、完全長抗体における配列のいずれかの出現頻度が、約2、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、200、300、400、500、600、700、800、900、または1000未満であるライブラリーを提供する。いくつかの実施形態では、ライブラリーにおける配列のいずれかの出現頻度は、ライブラリーにおける任意の他の配列の出現頻度の倍数未満である、たとえば、ライブラリーにおける任意の他の配列の出現頻度の約2、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、200、300、400、500、600、700、800、900、または1000倍未満である。いくつかの実施形態では、ライブラリーは、CDRH3配列を産生するために使用されるセグメントのコンビナトリアルな多様性、特に、特定のCDRH3配列を産生するために使用することができる非縮退セグメントの組み合わせの数によって定義される。いくつかの実施形態では、この測定基準は、たとえば、CDRH3ライブラリー由来の約2000、5000、10000、20000、50000、100000、またはそれ以上の配列のサンプルおよびそのライブラリーのCDRH3配列を生成するために使用されるセグメントを使用するセルフマッチングを使用して計算されてもよい。ある実施形態では、本発明は、ライブラリーにおける少なくとも約95、90、85、80、75、70、65、60、55、50、45、40、35、30、25、20、15、10、または5のCDRH3配列がセグメントの単一の組み合わせによって形成されてもよいライブラリーを提供する。本発明のある実施形態では、統計ブートストラップ分析が、CDRH3参照セットを生成するために使用された。この方法を使用することは好都合となり得るが、それは、本発明のすべての実施形態に必要であるとは限らない。いくつかの実施形態では、本発明は、本発明のポリペプチドをコードするようにポリヌクレオチドを選択するための方法および系であって、個々におよび/または他のセグメントとのコンビナトリアル連結の後にある種の制限部位を欠くまたは含有するポリヌクレオチドセグメントを選択するステップを含む、方法および系を提供するたとえば実施例9.3.7を参照されたい。本明細書において提供される例示的なライブラリーは、限定的なものではなく、例証のみのために提供される。実施例本発明は、限定として解釈されるべきでない以下の実施例によってさらに例証される。本出願の全体にわたって引用されるすべての参考文献、特許、および公開特許出願の内容は、参照によってこれによって組み込まれる。一般に、本発明の実施は、その他に示されない限り、化学、分子生物学、組換えDNA技術、PCR技術、免疫学とりわけ、たとえば抗体技術発現系たとえば酵母発現、無細胞発現、ファージディスプレイ、リボソームディスプレイ、およびPROFUSION商標、ならびに当技術分野の技術の範囲内にあり、文献において説明される任意の必要な細胞培養の通常の技術を用いる。たとえばSambrook,FritschandManiatis,MolecularCloning:ColdSpringHarborLaboratoryPress1989;DNACloning,Vols.1and2,D.N.Glover,Ed.1985;OligonucleotideSynthesisM.J.Gait,Ed.1984;PCRHandbookCurrentProtocolsinNucleicAcidChemistry,Beaucage,Ed.JohnWileySons1999Editor;OxfordHandbookofNucleicAcidStructure,Neidle,Ed.,OxfordUnivPress1999;PCRProtocols:AGuidetoMethodsandApplications,Innisetal.,AcademicPress1990;PCREssentialTechniques:EssentialTechniques,Burke,Ed.,JohnWileySonLtd1996;ThePCRTechnique:RT-PCR,Siebert,Ed.,EatonPub.Co.1998;AntibodyEngineeringProtocolsMethodsinMolecularBiology,510,Paul,S.,HumanaPr1996;AntibodyEngineering:APracticalApproachPracticalApproachSeries,169,McCafferty,Ed.,IrlPr1996;Antibodies:ALaboratoryManual,Harlowetal.,C.S.H.L.Press,Pub.1999;CurrentProtocolsinMolecularBiology,eds.Ausubeletal.,JohnWileySons1992;Large-ScaleMammalianCellCultureTechnology,Lubiniecki,A.,Ed.,MarcelDekker,Pub.,1990;PhageDisplay:ALaboratoryManual,C.BarbasEd.,CSHLPress,2001;AntibodyPhageDisplay,PO’BrienEd.,HumanaPress2001;Borderetal.,NatureBiotechnology,1997,15:553;Borderetal.,MethodsEnzymol.,2000,328:430;米国特許第6,348,315号においてPluckthunetal.によって記載されるリボソームディスプレイならびに米国特許第6,258,558号;第6,261,804号;および第6,214,553号においてSzostaketal.によって記載されるProfusion商標;ならびに米国特許出願公開第20040058403号A1において記載される細菌細胞周辺発現を参照されたい。この段落において引用される参考文献のそれぞれは、その全体が参照によって組み込まれる。Kabatの規則を使用する抗体配列分析ならびにアライメントされたヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を分析するためのプログラムに関するさらなる詳細は、たとえばJohnsonetal.,MethodsMol.Biol.,2004,248:11;Johnsonetal.,Int.Immunol.,1998,10:1801;Johnsonetal.,MethodsMol.Biol.,1995,51:1;Wuetal.,Proteins,1993,16:1;およびMartin,Proteins,1996,25:130において見つけられてもよい。この段落において引用される参考文献のそれぞれは、その全体が参照によって組み込まれる。Chothiaの規則を使用する抗体配列分析に関するさらなる詳細は、たとえばChothiaetal.,J.Mol.Biol.,1998,278:457;Moreaetal.,Biophys.Chem.,1997,68:9;Moreaetal.,J.Mol.Biol.,1998,275:269;Al-Lazikanietal.,J.Mol.Biol.,1997,273:927.Barreetal.,Nat.Struct.Biol.,1994,1:915;Chothiaetal.,J.Mol.Biol.,1992,227:799;Chothiaetal.,Nature,1989,342:877;およびChothiaetal.,J.Mol.Biol.,1987,196:901において見つけられてもよい。CDRH3立体構造のさらなる分析は、Shiraietal.,FEBSLett.,1999,455:188およびShiraietal.,FEBSLett.,1996,399:1において見つけられてもよい。Chothiaの分析に関するさらなる詳細は、たとえばChothiaetal.,ColdSpringHarb.Symp.QuantBiol.,1987,52:399において記載されている。この段落において引用される参考文献のそれぞれは、その全体が参照によって組み込まれる。CDRの接触の問題に関するさらなる詳細は、たとえば、その全体が参照によって組み込まれるMacCallumetal.,J.Mol.Biol.,1996,262:732において記載されている。本明細書において言及される抗体配列およびデータベースに関するさらなる詳細は、たとえばTomlinsonetal.,J.Mol.Biol.,1992,227:776、VBASE2Retteretal.,NucleicAcidsRes.,2005,33:D671;BLASTwww.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/;CDHITbioinformatics.ljcrf.edu/cd-hi/;EMBOSSwww.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/;PHYLIPevolution.genetics.washington.edu/phylip.html;およびFASTAfasta.bioch.virginia.eduにおいて見つけられる。この段落において引用される参考文献のそれぞれは、その全体が参照によって組み込まれる。軽鎖ライブラリー実施例1.フレームワークおよび/またはCDRL1および/またはCDRL2多様性を有する軽鎖ライブラリー抗体配列における多様性は、CDRに集中するが、フレームワーク領域におけるある種の残基もまた、抗原認識に影響を及ぼし得るおよび/または親和性を変え得るそれぞれ、その全体が参照によって組み込まれるQueenetal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86:10029;Carteretal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1992,89:4285。これらの残基は、分類されており、たとえば抗体ヒト化のプロセスの間に抗体親和性を改善するフレームワーク置換を行うために使用されてきたたとえば、参照によってその全体が組み込まれるFooteandWinter,J.Mol.Biol.,1992,224:487中のVernierresiduesを参照されたい。重鎖では、バーニア残基は、Kabatナンバリング残基2、27~30、47~49、67、69、71、73、78、93~94、および103を含む。軽鎖では、バーニア残基は、Kabat残基2、4、35~36、46~49、64、66、68~69、71、および98を含む。バーニア残基数は、カッパおよびラムダ軽鎖の配列について同じであるその全体が参照によって組み込まれるChothiaetal.,J.Mol.Biol.,1985,186:651における表4を参照されたい。さらに、VL-VH界面のフレームワーク位置もまた、親和性に影響を及ぼし得る。重鎖では、界面残基は、Kabat残基35、37、39、45、47、91、93、95、100、および103を含むその全体が参照によって組み込まれるChothiaetal.,J.Mol.Biol.,1985,186:651。軽鎖では、界面残基は、Kabat残基34、36、3844、46、87、89、91、96、および98を含む。以下の手順は、多様化されることとなるフレームワーク残基および多様化されるべきアミノ酸を選択するために使用した。a.ヒトVK軽鎖DNA配列の集合は、NCBIから得たGI番号については国際公開番号WO/2009/036379の付録Aを参照されたい。これらの配列は、それらのVK生殖系列セグメントの生殖系列起源に従って分類した。b.バーニアおよび界面位置のそれぞれでの変異のパターンは、以下のように検査した:i.式1その全体が参照によって組み込まれるMakowskiSoares,Bioinformatics,2003,19:483からのは、バーニア位置、界面位置、CDRL1、およびCDRL2についての多様性指標を計算するために使用した。ここで、dは、多様性指標であり、Nは、20、アミノ酸タイプの総数であり、piは、対象位置でのタイプiのアミノ酸の割合である。総計は、20のアミノ酸タイプに対して実行する。パラメーターdは、単一のアミノ酸タイプが所与の位置で観察される場合、0.05または1/20のその最小値に至るであろう:piは、1つのタイプについては1となり、残りすべてについてはゼロとなる。反対に、アミノ酸タイプがすべて同等に可能性が高いたとえば、piがすべてのiについて0.05である場合、dは、1.0のその最大値に至るであろう。ii.バーニア位置および界面位置のそれぞれについての多様性指標は、CDRL1およびCDRL2における位置についての多様性指標と比較した。iii.界面位置は、比較的不変であり、d値は最小の0.05に非常に近いことが分かり、したがって、改変しなかった。CDR位置と同等のまたはそれよりも大きな多様性指標を有するバーニア残基つまり、図1において提供される特定の実施例について0.07のまたはそれを上回るは、変異のための候補として選択した図1を参照されたい。これらの位置に含まれるアミノ酸残基は、それぞれの特定のVK生殖系列についてのヒトVK軽鎖の集合における配列におけるその位置において最も頻繁に存在する2~3のアミノ酸の中から選択した。iv.表2は、それぞれの9つの例示される軽鎖生殖系列における変異のために選択された位置を示す。代替のフレームワーク位置は、一次フレームワーク位置未満の多様性指標を有するが、抗原結合に影響を及ぼすように多様性がなお組み込まれてもよい位置を示す。v.変異のために選択されるフレームワーク位置におけるアミノ酸残基は、以下のように多様化される表3は、これらの変異体のポリペプチド配列を提供する。1.位置2:生殖系列Iは、任意選択でVに変化させた。2.位置4:生殖系列MまたはLは、任意選択でLまたはMに変化させた。いくつかの実施形態では、その逆ではなくMからLへの変化は、Mが産生、処理、または保存の間に酸化を受け、可能性として抗体の特性を改変し得るので、好ましいくてもよい。3.位置36:生殖系列Yは、任意選択でFおよびHに変化させた。4.位置46:生殖系列Lは、任意選択でVに変化させた。5.位置48:生殖系列Iは、任意選択でLに変化させた。6.位置49:生殖系列Yは、任意選択でS、F、およびHに変化させた。7.位置66:生殖系列Gは、任意選択でRおよびEに変化させた。当業者は、上記に概説される手順がまた、Vγ生殖系列配列において多様化するための位置を選択するためにも使用することができ、Vγ鎖を含有するライブラリーもまた、本発明の範囲内にあることを容易に認識するであろう。フレームワーク突然変異に加えて、多様性はまた、CDRL1およびCDRL2の中にも導入した。これは、CDRL1およびCDRL2におけるどの残基が、上記に使用されるVKデータセットにおける特定の生殖系列内で多様であるかを決定し、本発明の合成ライブラリーにおけるCDRL1およびCDRL2の中に最も頻繁に存在する2~4の変異体を組み込むことによって実行した。VK1-5生殖系列のCDRL2の位置50を除いて、これらの代替物は、対立遺伝子変異から生じなかった。表3は、本発明の現在例示されている実施形態についての9つの軽鎖シャーシおよびそれらのフレームワークおよびCDRL1/L2変異体のポリペプチド配列を示す。変異のために選択されるCDRL1/L2位置におけるアミノ酸残基は、以下のように多様化されるChothia-Leskナンバリング方式を使用;ChothiaandLesk,J.Mol.Biol.,1987,196:901。1.位置28:生殖系列SまたはGは、任意選択でG、A、またはDに変化させた。2.位置29:生殖系列Vは、任意選択でIに変化させた。3.位置30:生殖系列Sは、任意選択でN、D、G、T、A、またはRに変化させた。4.位置30A:生殖系列Hは、任意選択でYに変化させた。5.位置30B:生殖系列Sは、任意選択でRまたはTに変化させた。6.位置30E:生殖系列Yは、任意選択でNに変化させた。7.位置31:生殖系列Sは、任意選択でD、R、I、N、またはTに変化させた。8.位置32:生殖系列YまたはNは、任意選択でF、S、またはDに変化させた。9.位置50:生殖系列A、D、またはGは、任意選択でG、S、E、K、またはDに変化させた。10.位置51:生殖系列GまたはAは、任意選択でA、S、またはTに変化させた。11.位置53:生殖系列SまたはNは、任意選択でN、H、S、K、またはRに変化させた。12.位置55:生殖系列Eは、任意選択でAまたはQに変化させた。実施例2.CDRL3における多様性が増強した軽鎖ライブラリー軽鎖ライブラリーを産生するための様々な方法は、当技術分野において知られているたとえば米国特許出願公開第2009/0181855号、第2010/0056386号、および国際公開番号WO/2009/036379を参照されたい。臨床的に検証した抗体配列の分析は、これらの配列が体細胞突然変異前の生殖系列様VL-JLここでLはカッパまたはラムダ生殖系列配列とすることができる再配列からのずれをほとんど有していないことを示した図2。ここで、生殖系列様再配列は、V部分もJ部分もそれぞれの生殖系列遺伝子と異ならない再配列、特定の例の目的のために、CDRL3の長さが8、9、または10アミノ酸に制限される再配列である米国特許出願公開第2009/0181855号、第2010/0056386号、および国際公開番号WO/2009/036379を参照されたい。しかしながら、IGHJK1遺伝子については、WTTrp-ThrおよびRTArg-Thr配列最初の2つのN末端残基の両方は、生殖系列様であると考えられ、したがって、そのような配列を含有する全L3再配列が生殖系列様であると考えられ。そのため、新しい軽鎖ライブラリーは、同時に、1上記に定義されるように、生殖系列様配列からのずれを最小限にし、2最大の多様性を生成する目的で設計し、構築した。特に、重要な目的は、臨床的に検証された抗体配列によって最も好都合であることが示される多様性のタイプを最大限にすることであった。特に、設計されたライブラリーは、長さがマッチした生殖系列配列と2つ以下のアミノ酸が異なるCDRL3配列の多様性を最大限にするよう努めた。これは、軽鎖オリゴヌクレオチド設計にジャンピング二量体またはジャンピング三量体アプローチを利用することによって達成した。ジャンピング二量体アプローチは、VLセグメントによってコードされるCDRL3L3-VLの6つの位置のそれぞれでの縮退コドンの組み込みを伴う。多くとも2つの位置がそれぞれの個々のL3-VL配列における生殖系列と異なるが、2つの位置は、互いに隣接する必要はない。したがって、VLシャーシ当たりに合成した、設計された縮退オリゴヌクレオチドの総数は、6/42または15であるそれぞれのカッパ生殖系列シャーシについてのVLおよびJLの間の接合部位置96で最も一般的に存在するアミノ酸のうちの6つを説明するすなわちF、L、I、R、W、Y、およびP;位置96での接合部のアミノ酸についてのより詳細については、それぞれ、その全体が参照によって組み込まれる米国特許出願公開第2009/0181855号および第2010/0056386号ならびに国際公開番号WO/2009/036379を参照されたい。ジャンピング三量体アプローチは、ジャンピング二量体アプローチに類似しているが、ジャンピング二量体における2つの代わりに、3つの位置が個々のL3-VL配列における生殖系列と異なっている。ジャンピング二量体および三量体アプローチにおけるそれぞれの位置に選択される縮退コドンは、1公的に入手可能なヒトVK配列の知られているレパートリーに含有される多様性を再現するように国際公開番号WO/2009/036379の付録Aを参照されたいならびに2N結合型グリコシル化モチーフNXS/NXT、Cys残基、終止コドン、および脱アミド化傾向のあるNGモチーフなどのような、結果として生じる合成軽鎖のCDRL3内の望ましくない配列を最小限にするまたは削減するように選んだ。表4は、VK1-399アミノ酸長および接合部のアミノ酸としてFまたはYを有するCDRL3配列をコードする15の縮退オリゴヌクレオチドならびに相当する縮退ポリペプチド配列を示す。表5、表6、および表7は、それぞれ、8、9、および10のCDRL3長についての例示的なジャンピング二量体および三量体ライブラリーのVK配列のそれぞれについてのオリゴヌクレオチド配列ならびに相当するCDRL3についての配列を提供する。次いで、それぞれの生殖系列ライブラリー内のユニークなCDRL3配列の数を数え、3つの長さのそれぞれについて、VK-v1.0と称される異なる軽鎖ライブラリーにおけるユニークなCDRL3配列の数と比較した米国特許出願公開第2009/0181855号における実施例6.2を参照されたい。表8は、それぞれの生殖系列ライブラリーのそれぞれにおけるユニークなCDRL3配列の数を提供する。図3は、生殖系列様配列表1からの突然変異を含有していないまたは生殖系列様配列から1、2、3、もしくは4またはそれ以下の突然変異を含有する、9アミノ酸のCDRL3長を有するジャンピング二量体およびVK-v1.0ライブラリーにおける配列のパーセンテージを提供する。天然に存在するVK1-05配列は、Kabatの位置95に、Ser生殖系列アミノ酸タイプをProとほとんど同じくらい有し、したがって、両方の残基SおよびPは、VK1-05レパートリーを示す合成ライブラリーに組み込まれた。しかしながら、表1において示されるように、VK遺伝子がVK1-05である場合、Serのみが、この分析の目的のための位置95の生殖系列様残基であると考えられた。VK3-20についてのプロットは、長さ9については、ライブラリーにおける残りのシャーシの代表である。VK1-05ライブラリーにおける配列はすべてヒト生殖系列配列の3アミノ酸の範囲内にあり、配列のおよそ63は、ヒト生殖系列様配列の2アミノ酸の範囲内にあった。ライブラリーの残りについては、また設計されるように、配列の100がヒト生殖系列様配列の2アミノ酸の範囲内にあり、したがって、全体として考慮したジャンピング二量体ライブラリーにおける長さ9の配列の95以上は、生殖系列様配列の2アミノ酸の範囲内にあった。比較すると、長さ9アミノ酸のVK-v1.0ライブラリーのメンバーの16のみが、相当するヒト生殖系列様配列の2アミノ酸の範囲内にある。長さ8については、ジャンピング二量体ライブラリーにおける配列の約98が、VK-v1.0についての約19に対して生殖系列様の2アミノ酸の範囲内にあった。長さ10については、ジャンピング二量体ライブラリーの配列の95以上が、VK-v1.0についての約8に対して生殖系列様の2アミノ酸の範囲内にあった。いくつかの実施形態では、フォールドした抗体において溶媒に暴露される可能性が最も高い位置における多様性に集中するために、位置89および90Kabatのナンバリングは、生殖系列から修飾しない-これらはほとんどの場合QQであるが、配列はVK2-28シャーシについてはMQである。他のVK生殖系列遺伝子は、位置88~89で異なる配列を有し、シャーシとしてのこれらの遺伝子の使用もまた、本発明の範囲内にある。たとえば、VK1-27は、QKを有し、VK1-17およびVK1-6は両方ともLQを有する、などである。これらの位置における配列は、当技術分野において知られており、たとえば、その全体が参照によって組み込まれるScavineretal.,Exp.Clin.Immunogenet.,1999,16:234図2を参照されたいから得ることができる。CDRH3ライブラリー以下の実施例は、当技術分野において知られているライブラリーと比較して改善されたCDRH3配列を有する抗体ライブラリーの設計および合成に有用な方法および組成物を記載する。本発明のCDRH3配列は、当技術分野において知られているライブラリーと比較して多様性が増強しているが、ヒト配列の特徴を保持する、合成CDRH3セグメントのコンビナトリアル効率を改善する、ならびに/または合成CDRH3配列および1つもしくは複数の参照セットにおけるヒトCDRH3配列の間のマッチングを改善する。実施例3.ヒト免疫前CDRH3配列の管理された参照セットの生成およそ84,000のヒトおよびマウス重鎖DNA配列を含有するファイルは、BLASTの公的なリソースからダウンロードしたftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/;ファイル名:igSeqNt.gz;ダウンロード日:2008年8月29日。これらのおよそ84,000の配列のうち、およそ34,000の配列は、配列ヘッダーアノテーションsequenceheaderannotationの分析に基づいてヒト重鎖配列として同定された。次いで、これらの配列は、以下のようにフィルターにかけた:第1に、配列はすべて、それらの相当する最も近いマッチのVH生殖系列に従ってそれらのVH領域によって分類した。不正確なもしくは不十分な長さであったまたは広範囲な突然変異によりマッチすることができなかった配列は切り捨てた。第2に、それらの相当する生殖系列VH配列と比較した場合にDNAレベルで5つを超える突然変異を含有するあらゆる配列もまた、切り捨てた。RadaandMilstein,EMBOJ.,2001,20:4570と一致して、可変領域のN末端部分における突然変異またはその欠如が、可変領域のC末端部分における、特にCDRH3における突然変異またはその欠如についての保守的な代用物conservativesurrogateとして使用されてもよいことを想定した。CDRH3に対してN末端のVHにおいて5以下のヌクレオチド突然変異を有する配列のみの選択はまた、少し突然変異しているまたは全く突然変異していないつまり免疫前の特徴を有するCDRH3配列を選択する可能性も高い。残りのDNA配列をそれらのアミノ酸対応物に翻訳した後、重鎖生殖系列アミノ酸配列を含有する適切なリーディングフレームを同定し、CDRH3の配列を含めて、CDRの配列を同定するために使用した。この時点で得られたCDRH3配列のリストは、少なくとも3つのアミノ酸がセットにおける任意の他の配列と異ならなかった長さについてのマッチング後にメンバーを削減するためにさらにフィルターにかけた。このプロセスにより、11,411のCDRH3配列がもたらされ、3,571の配列は、健康な成人に由来するとして注釈を付け健康な免疫前セットまたはHPS;GI番号については付録Aを参照されたい、他の7,840の配列は、疾患に罹患している個人に由来するとして注釈を付けたまたは胎児起源のものであったまたは抗原特異的な起源のものであった。次いで、下記に記載される方法は、CDRH3を構成する4つのセグメント:1TN1、2DH、3N2、および4H3-JHにHPSにおける配列のそれぞれをデコンボリューションするdeconvoluteために使用した。実施例4.理論的セグメントプール由来のセグメントを参照セットにおけるCDRH3にマッチさせるための方法本実施例は、HPSにおけるCDRH3のTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを同定するために使用される方法を記載する。ヒトCDRH3配列の設計および合成に対する現在例示されるアプローチは、ヒト免疫系が免疫前CDRH3レパートリーを生成するセグメントV-D-J遺伝子組換えプロセスを模倣する。本明細書で記載されるマッチング方法は、CDRH3の参照セットたとえばHPSにわたって、特定のCDRH3を産生するために、どのTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントが使用されているかを決定する。次いで、この情報は、理論的セグメントプール由来のどのTN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントまたはTN1およびN2の場合には参照セットにおけるCDRH3配列から抽出されたセグメントが合成CDRH3ライブラリーに含まれるべきかを決定するために、任意選択で、下記に記載される他の情報たとえば物理化学的特性と共に使用される。マッチング方法に対する入力は、1CDRH3配列の参照セットたとえばHPSにおけるヒトCDRH3配列および2複数のTN1、DH、N2、および/またはH3-JHセグメントを含有する理論的セグメントプールである。理論的セグメントプールのメンバーが生成される方法は、より完全に下記に記載される。参照セットにおけるそれぞれのCDRH3について、マッチング方法は、2つの出力を生成する:i理論的セグメントプールのセグメントを使用して生成することができる、最も近いマッチしたCDRH3配列のリストおよびiiこれらの最も近いマッチしたCDRH3配列を生成するために使用することができる理論的セグメントプール由来の1つまたは複数のセグメントの組み合わせ。マッチング方法は、以下のように実行した:理論的セグメントプールにおけるTN1セグメントはそれぞれ、参照セット由来のCDRH3配列の第1のアミノ酸位置95とその第1のアミノ酸でアライメントした。それぞれのセグメント長について、最良のマッチをもたらすすべてのつまり1つまたは複数のセグメントは保持し、残りのセグメントは、切り捨てる。次いで、保持したTN1セグメントは、[TN1]-[DH]セグメントを生成するために理論的セグメントプール由来のすべてのDHセグメントとつなぐ。次いで、これらのセグメントは、上記のようにアライメントし、[TN1]-[DH]セグメントのそれぞれについての最良のマッチを保持する。手順は、参照セット由来のCDRH3配列の長さが、理論的セグメントプール由来のセグメントの組み合わせによって同様に再現されるまで、[TN1]-[DH]-[N2]および[TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]セグメントにより繰り返す。参照セットにおけるCDRH3に対する最良のマッチをもたらすセグメントの組み合わせはすべて、マッチング方法の出力として保持する。表9は、理論的セグメントプール1またはTSP1と称される理論的セグメントプールを使用する、マッチング方法の出力、特に、HPS由来の4つの個々の配列についての出力の例を提供する。TSP1は、いくつかの理論的セグメントプール、すなわち、212のTN1セグメント表10、1,111のDHセグメント表11、141のN2セグメント表12、および285のH3-JHセグメント表13を含有する。テストケース1におけるCDRH3配列は、4つのセグメントのユニークな組み合わせによって到達するTSP1における同一のマッチを含有する。テストケース2.1および2.2はそれぞれ、TN1およびDHセグメントが異なる2つの別個の組み合わせによってであるが、同一のマッチをもたらす。テストケース3.1、4.1および4.2では、最も近いマッチはすべて、参照CDRH3からただ一つのアミノ酸が外れており、TSP1由来のセグメントの1つ3.1または2つの4.1および4.2組み合わせによって到達することができる。このアプローチは、任意の理論的セグメントプール内の、任意の参照CDRH3配列に対するすべての最も近いマッチならびに参照CDRH3配列を正確に産生することができる、理論的セグメントプール内のセグメントのすべての組み合わせおよび/またはその最も近いマッチを見つけるために一般化することができる。実施例5.H3-JHセグメントの理論的セグメントプールの誘導合成CDRH3ライブラリーにおける包含を考慮してH3-JHセグメントの理論的セグメントプールを産生するために、以下方法は、表14の12の生殖系列IGHJ配列のうちの7つIGHJ1-01、IGHJ2-01、IGHJ3-02、IGHJ4-02、IGHJ5-02、IGHJ6-02、およびIGHJ6-03の突然変異体を生成するために適用した。これらの7つの対立遺伝子は、それらがヒト配列において最も一般的に存在する対立遺伝子の中にあったので選んだ。H3-JHおよび/またはJHつまりH3-JHおよびFRM4を生成するために、表14のすべての配列いくつかはFRM4においてのみ異なるを使用するライブラリーもまた、本発明の範囲内にある。方法は、invivoにおけるV-D-J組換えプロセスの間の接合部の多様性の生成をシミュレートするように意図され、これは、生殖系列遺伝子セグメントに対するヌクレオチドの酵素媒介性の追加および欠失によって行われる。方法は、以下のように進行し、H3-JHセグメントの完全に列挙される理論的セグメントプールをもたらす。1.前処理は、よく知られているJHフレームワーク領域を産生するJHセグメントの翻訳をコードする第1のヌクレオチドの前に、それらの5’末端に2つのヌクレオチド塩基から成る部分的なコドンを含有するIGHJ遺伝子IGHJ3-02、IGHJ4-02、IGHJ5-02、IGHJ6-02、およびIGHJ6-03に適用した。たとえば、IGHJ3-02遺伝子は、JHフレームワーク領域を産生するJHセグメントの翻訳をコードする第1のヌクレオチドの前にATジヌクレオチド配列を含有する図4、上。2つのヌクレオチド塩基から成る部分的なコドンはすべて、それらの2つの最も5’の位置にすべての可能なヌクレオチドダブレットつまりNNを使用して完成させた図4、上、IGHJ3-02については2列目。より具体的には、生殖系列配列におけるほとんどの5’ヌクレオチドは、Nに突然変異させ、さらなるNを、そのヌクレオチドに対して5’に追加した。2.IGHJ遺伝子IGHJ1-01図4、中央およびIGHJ2-01図4、下は、JHフレームワーク領域を産生するJHセグメントの翻訳をコードする第1のヌクレオチドの前に、それらの5’末端にゼロおよび1つのヌクレオチド塩基を含有する。これらの遺伝子については、ステップ1において記載する前処理は実行しなかった。代わりに、5’ダブレットは、NNに突然変異させた図4、中央および下、それぞれの2列目。そのため、このステップを実行した後、上記に列挙される7つのIGHJ遺伝子のそれぞれは、その最初の2つの5’位置としてNNダブレットを有する変異体に変換された。3.次いで、ステップ1および2によって産生された配列の5’コドンは、欠失させ、結果として生じるDNA配列の最初の2つの塩基は、続いてNNダブレットに突然変異させた図4、すべてについて列3~4。4.次いで、ステップ3において産生された配列の5’コドンは、欠失させ、結果として生じるDNA配列の最初の2つの塩基は、続いてNNダブレットに突然変異させた図4、すべてについて列5~6。5.次いで、ステップ1~4によって生成されたポリヌクレオチド配列のそれぞれは、JHフレームワーク領域を産生したそれぞれの配列についてのリーディングフレームから248の親H3-JHポリペプチドセグメント表15から成る理論的セグメントプールを得るために翻訳した。6.親H3-JHポリペプチドセグメントは、FW4を含むJHセグメントの一部分のみが残るまでつまりゼロアミノ酸長を有するH3-JHセグメント、一度に1つのアミノ酸を除去することによって、それらのN-末端で切断した。上記に記載される方法は、285のH3-JHセグメントの理論的セグメントプールの産生をもたらした表13。実施例6.DHセグメントの理論的セグメントプールの誘導DHセグメントの理論的な2つのプールは、翻訳方法0TM0または翻訳方法1TM1と称される2つの翻訳方法の1つまたは複数を使用して生成し、それぞれ、27のヒト生殖系列IGHDDNA配列またはそれに由来するセグメントの3つフォワードリーディングフレームにおいて実行した表16。1KDH理論的セグメントプール1KDHTM1は、1KDH理論的セグメントプール1KDH;表11の1,111のDHセグメントを参照されたいを生成するために使用した。TM1では、3つのフォワードリーディングフレームのいずれかにおいて翻訳の後にも2つの非翻訳塩基を含有する部分的なコドンを有するIGHD配列は、2つの塩基が完成に際してただ一つのアミノ酸のみをコードすることができる場合のみ、完全なコドンを産生するように完成させた。たとえば、TTA-GCT-CGなどのようなDNA配列は、LAに翻訳される2つの完全なコドンおよびCGA、CGC、CGG、またはCGTのいずれもRをコードするので、Rのみをコードすることができる残りの部分的なコドンCGを有する。したがって、この配列にTM1を適用することにより、LARがもたらされるであろう。1つを超えるアミノ酸をコードすることができる部分的なコドンたとえばGAまたはAGを有する配列については、部分的なコドンは、無視した。表16の27のIGHD配列にTM1を適用することにより、表17の73のDH親セグメントを含有する理論的セグメントプールを生成したいくつかは終止コドンZおよび対がないCys残基を含有する。次いで、これらの配列は、2つのアミノ酸のみが残るまで、それらのNおよびC末端でアミノ酸レベルで連続的に欠失させた。切断したセグメントは、それらが終止コドン、対がないCys残基、N結合型グリコシル化モチーフ、または脱アミド化モチーフを含有した場合、切り捨てた。このプロセスにより、表11の1,111のDHセグメントがもたらされた。68KDH理論的セグメントプール68KDH表16の27のIGHD遺伝子および対立遺伝子は、4つの塩基が残るまで、それらの5’および3’末端のどちらかまたはその両方で連続的に欠失させ、4つ以上のヌクレオチドの5,076のユニークなポリヌクレオチド配列がもたらされた。これらの5,076の配列は、それらの5’および/または3’末端の0、1、および/または2Nヌクレオチドの系統的な追加にかけた。結果として生じる配列は、TM0を使用して翻訳した。TM0では、完全なコドンのみが翻訳され、部分的なコドンつまり1または2塩基は無視される。この方法は、終止コドン、対がないCys残基、N結合型グリコシル化モチーフに至り得る最後のまたは最後の位置の隣のAsn、および脱アミド化モチーフを有するセグメントの排除の後に68,374のユニークなDHポリペプチドセグメントをもたらした68KDH理論的セグメントプール。PYTHONに対する入力として表16のIGHD遺伝子を使用すると、下記に提供されるコンピューターコードは、68,374のDHセグメントの厳密な理論的セグメントプールを再現するであろう。このプログラムにおいて2つの自由なパラメーターがある:1段階的な欠失後の残りのDNA配列の最小長本実施例において4塩基および2理論的セグメントプールにおける包含のために許容できるペプチド配列の最小長本実施例において2アミノ酸。これらのパラメーターは、プログラムの出力を改変するために変更することができる。たとえば、1塩基への第1のパラメーターの変更および1アミノ酸への第2のパラメーターの変更は、18の単一アミノ酸のセグメントを含む、68,396のユニークな配列を有するより大きな理論的セグメントプールに至るであろう。異なる長さに連続的に切断されたDHセグメント、たとえば、1、2、3、もしくは4またはそれ以上のアミノ酸または翻訳前に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれ以上のヌクレオチドに切断されたものもまた、本発明の範囲内にある。68,374のDHセグメントを生成するためのPYTHONコンピュータープログラム実施例7.TN1およびN2セグメントの理論的セグメントプールの誘導本実施例のライブラリーは、いくつかの実例において、当技術分野において知られている他のライブラリーと比較して、それらのTN1およびN2セグメントにおいてより大きな多様性を有するように設計される。TN1およびN2セグメントの多様性は、HPSにおけるCDRH3配列をそれらの構成成分セグメントつまりTN1、DH、N2、およびH3-JHにデコンボリューションし、その後に、下記に記載される方法において新規なTN1およびN2セグメントを抽出するために、実施例4において記載されるマッチング方法を使用することによって増加させた。本発明の目的のために、新規なTN1およびN2セグメントは、CDRH3配列の参照セットにマッチする理論的セグメントプールにおいて現れないTN1およびN2セグメントである。以下は、HPSから新規なTN1およびN2セグメントを抽出するために使用される方法の例である。この方法は、TN1、DH、N2、および/またはH3-JHセグメントを含有する任意の理論的セグメントプールを使用して、CDRH3配列の任意の参照セットから新規なTN1およびN2セグメントを抽出するために一般化することができる。表9は、理論的セグメントプール1TSP1を使用する、HPS由来の参照CDRH3配列ERTINWGWGVYAFDIテストケース5.1~5.4についてのマッチング結果を提供する。参照CDRH3に対する最良のマッチは、4つのCDRH3配列であり、それぞれ、参照CDRH3配列の3アミノ酸の範囲内にある。これらのマッチのそれぞれにおいて、TN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントは、それぞれ長さ4、3、3、および5のアミノ酸である。したがって、参照CDRH3は、以下のセグメントにデコンボリューションすることができる:ERTI-NWG-WGW-YAFDIつまり、それぞれ[TN1]-[DH]-[N2]-[H3-JH]。参照CDRH3由来のDHおよびH3-JHセグメントであるNWGおよびYAFDIは、それぞれ、TSP1中に同様に存在する。しかしながら、参照CDRH3由来のTN1ERTIおよびN2WGWセグメントは、TSP1において不在であり、1つまたは複数のアミノ酸ミスマッチでTSP1セグメントにマッチする。これらの新規なTN1およびN2セグメントは、参照CDRH3から抽出し、包含について可能性のある理論的セグメントプールおよび/または合成ライブラリーと考えられる。さらなる新規なTN1およびN2セグメントは、HPSのすべてのメンバーにこの分析を適用することによって蓄積した。TN1およびN2配列を確実に同定するために、抽出は、参照CDRH3およびTSP1におけるDHおよびH3-JHセグメントが累積的に多くとも3つのアミノ酸ミスマッチしかもたらさないCDRH3配列についてのみ実行し、これは、参照CDRH3のDHおよびH3-JHセグメントが確実に割り当てられたことを暗示した。実施例8.セグメント使用ウエイトの計算セグメント使用ウエイトは、理論的セグメントプールたとえばTSP1ならびにTSP1および実施例7において記載されるように同定された新規なTN1およびN2セグメント由来のどのセグメントを合成ライブラリーに含むべきかを決定する際にそれらの有用性について計算した。セグメント使用ウエイトは、上記に記載されるマッチング方法および式2の利用によって得た:ここで、wi:セグメントiについてのウエイト。0≦wi≦1。Sm:参照CDRH3配列の特定された領域において多くともmのアミノ酸ミスマッチで、1つまたは複数の最良のマッチを含有する配列の数参照CDRH3セットにおける合計Sのうちの。ここで、ミスマッチは、Kabat-CDRH3領域に対して算出されるが、CDRH3配列の他の断片もまた、考慮されてもよい。m=3の一定値がここで使用されたが、他の値が使用されてもよいまたは値は、参照CDRH3配列の長さに依存してもよい。gj:参照CDRH3配列jに対する最良のマッチをもたらす縮退セグメントの組み合わせの総数。fik:参照CDRH3配列jにおける相当する配列断片と比べた、縮退マッチkにおける、TN1、DH、N2、またはH3-JHセグメントの断片のアミノ酸同一性。セグメントがマッチkにおいて現れない場合、断片のアミノ酸同一性はゼロと等しい。アミノ酸類似性たとえば、疎水性などのようなアミノ酸の物理化学的特性に基づくなどのようなfの他の定義もまた、同一性の代わりに使用されてもよい。セグメント使用ウエイトを計算するための手順は、下記にさらに例示する。これらの実施例のそれぞれにおいて、TSP1由来の最良のマッチの組み合わせは、ただ一つのCDRH3配列について提供されSm=1、縮退kおよび断片のミスマッチfに依存性のウエイト計算が説明される。実施例8.1.表9におけるテストケース1についてのセグメント使用ウエイト表9におけるテストケース1を参照されたい。CDRH3配列RTAHHFDYは、ユニークなセグメントの組み合わせg=1によってTSP1f=1、簡潔さのために添字は省略するにおいて同様に位置する。表18は、テストケース1のCDRH3についてのTSP1由来の最良のマッチに相当するセグメントについての使用ウエイトを提供する。実施例8.2.表9におけるテストケース2.1および2.2についてのセグメント使用ウエイト表9におけるテストケース2.1および2.2を参照されたい。CDRH3配列VGIVGAASYは、2つの別個のセグメントの組み合わせg=2によってTSP1f=1において同様に位置し得る。表19は、テストケース2.1および2.2のCDRH3についてのTSP1由来の最良のマッチに相当するセグメントについての使用ウエイトを提供する。実施例8.3.表9におけるテストケース3.1についてのセグメント使用ウエイト表9におけるテストケース3.1を参照されたい。CDRH3配列DRYSGHDLGYは、ただ一つのアミノ酸差異で、ユニークなセグメントの組み合わせg=1によってTSP1において同様に位置し得る。下記に提供されるように、TN1、N2、およびH3-JHセグメントは、相当する参照配列断片に同様にマッチするが、5つのDHアミノ酸のうちの4つが、同様にマッチする。HPS由来の配列:DR-YSGHD-LG-YTSP1において最も近い隣接物:DR-YSGYD-LG-Yしたがって、ここで、f=DHセグメントについて4/5および=TN1、N2、およびH3-JHセグメントについて1となる表20。実施例8.4.表9におけるテストケース4.1および4.2のマッチング表9におけるテストケース4.1および4.2を参照されたい。CDRH3配列GIAAADSNWLDPは、それぞれただ一つのアミノ酸差異で、2つの別個のセグメントの組み合わせg=2によってTSP1において位置し得る。下記に提供されるように、TN1、DH、およびN2セグメントは、相当する参照配列断片と同様にマッチするが、6つのH3-JHアミノ酸のうちの5つが同様にマッチする。HPS由来の配列:--GIAAA-D-SNWLDPTSP1において最も近い隣接物:--GIAAA-D-SNWFDPHPS由来の配列:G-IAAA-D-SNWLDPTSP1において最も近い隣接物:G-IAAA-D-SNWFDPここで、-は、空のTN1セグメントを示す。式2の適用により、表21において提供されるセグメント使用ウエイトがもたらされる。実施例8.5.表9のテストケース1~4.2についてのセグメント使用ウエイトの計算表9のテストケース1~4.2をすべて同時に含むように上記に記載される個々の計算を拡張することにより、表22のセグメント使用ウエイトがもたらされる。実施例8.6.表9のテストケース5.1~5.4についてのセグメント使用ウエイトの計算CDRH3配列ERTINWGWGVYAFDIならびに実施例7においてCDRH3配列から抽出した新規なTN1およびN2セグメントを参照されたい。この場合、新規なTN1およびN2セグメントそれぞれERTIおよびWGVならびにTSP1由来のDHおよびH3-JHセグメントそれぞれNWGおよびYAFDIはそれぞれ、単一の使用ウエイトが割り当てられる。実施例9.合成ライブラリーにおける包含のためのTN1、DH、N2、およびJHセグメントの選択図5は、合成CDRH3ライブラリーの設計のために使用した一般的な方法を提供する。方法は、入力として、1TN1、DH、N2、およびH3-JHセグメントを含有する理論的セグメントプールたとえばTSPおよび新規なTN1およびN2セグメントならびに2参照CDRH3配列の集合たとえばHPSを使用する。これらの入力から、理論的セグメントプール由来のセグメントの特定のサブセットが、物理的CDRH3ライブラリーへの包含のために選択される。第1に、HPSのCDRH3に対する最良のマッチは、上記に記載されるマッチング方法を使用して、新規なTN1およびN2セグメントを有するまたは有していないTSP1セット内から得た。次いで、このデータは、式2によってセグメント使用ウエイトを算出するために使用した。セグメントは、HPSのCDRH3配列におけるそれらの相対的な出現頻度セグメント使用ウエイトによって示されるならびに疎水性、アルファヘリックス傾向、および酵母における発現能力expressibilityなどのような他の因子より完全に下記に記載されるに基づいて物理的ライブラリーにおける包含のために優先順位をつけた。実施例9.1.ExemplaryLibraryDesignELD-1ELD-1は、入力として、HPSおよびTSP11由来のセグメント9.5×109メンバーを使用し、HPSにおけるそれらの使用ウエイトによって順番に並べられた、TSP1から、それぞれ、100のTN1、200のDH、141のN2、および100のH3-JHセグメントの出力をもたらし、2.82×108の理論的な複雑性を有するライブラリーを産生する。ELD-1に相当するセグメントは、表23に提供される。ここで、セグメントのすべての組み合わせつまりTN1、DH、N2、およびH3-JHならびにセグメントの個々のセットつまりTN1のみ、DHのみ、N2のみ、およびH3-JHのみはそれぞれ、理論的セグメントプールを構成することに注意されたい。実施例9.2.ExemplaryLibraryDesign2ELD-2この設計のための入力は、HPSならびにTSP1由来のセグメントおよびHPSから抽出された新規なTN1およびN2セグメント実施例7である。出力は、1TSP1由来のそれぞれ200のDHおよび100のH3-JHセグメントならびに2もともとTSP1のTN1およびN2セグメントを含む100のTN1および200のN2セグメントならびにHPSにおける配列から抽出されたものである。新規なTN1およびN2セグメントつまりTSP1に含まれていないを抽出するための実施例7において記載される方法の適用は、1,710の新規なTN1セグメントおよび1,024の新規なN2セグメントの同定をもたらした。ELD-2に相当するセグメントは、表24に提供される。ここで、セグメントのすべての組み合わせつまりTN1、DH、N2、およびH3-JHならびにセグメントの個々のセットつまりTN1のみ、DHのみ、N2のみ、およびH3-JHのみはそれぞれ、理論的セグメントプールを構成することに注意されたい。ELD-1におけるように、ELD-2におけるセグメントはすべて、もっぱらHPSにおけるそれらの使用ウエイトに基づいて包含のために選択した。実施例9.3.ExemplaryLibraryDesign3ELD-3この設計についての入力は、ELD-2と同一である。ELD-2におけるように、出力は、1TSP1由来のそれぞれ200のDHおよび100のH3-JHセグメントのセットそして2もともとTSP1のTN1およびN2セグメントを含む100のTN1および200のN2セグメントのセットならびにHPSにおける配列から抽出されたものである実施例7。しかしながら、ELD-3についてのセグメントの選択のために使用したアプローチは、2点において異なる。セグメントの第1の選択された物理化学的特性疎水性、等電点、およびアルファヘリックス傾向は、物理的ライブラリーにおける包含のためにセグメントに優先順位をつけるためにセグメント使用ウエイトに加えて使用した。疎水性は、酵母ベースから単離される、発現が不十分な抗体において実験的に不釣合いに多い疎水性DHセグメントを優先順位から外すde-prioritizeために使用した。等電点およびアルファヘリックス形成に対する傾向は、当技術分野において知られているCDRH3ライブラリーにおいて比較的未調査であった物理化学的特性空間の領域に位置するセグメントを同定するために利用したたとえば米国特許出願公開第2009/0181855号および第2010/0056386号ならびに国際公開番号WO/2009/036379。第2に、セグメント使用ウエイトは、HPSデータセットのブートストラップ分析によって計算した。これらの方法は、より完全に下記に記載される。ELD-3に相当するセグメントは、表25に提供される。ここで、セグメントのすべての組み合わせつまりTN1、DH、N2、およびH3-JHならびにセグメントの個々のセットつまりTN1のみ、DHのみ、N2のみ、およびH3-JHのみはそれぞれ、理論的セグメントプールを構成することに注意されたい。実施例9.3.1.ブートストラップ分析によるセグメント使用ウエイトの生成ブートストラップ分析EfronTibshirani,AnIntroductiontotheBootstrap,1994ChapmanHill,NewYorkは、所与のサンプルの統計値の多様性を推定するための広く使用される統計的処理である。この推定は、もとのサンプルにサイズが等しく、復元サンプリングによってそれに由来するいくつかのサブサンプルについて計算された統計値の値に基づく。もとのサンプルのメンバーは、サブサンプルを形成するようにランダムに選び、典型的に、それぞれのサブサンプルにおいて複数回、含まれるよって復元サンプリング。ここで、もとのサンプルは、n=3,571メンバーを有するHPSデータセットであり、統計値は、セグメント使用ウエイトである。それぞれ3,571のメンバーを有する1000のサブサンプルは、HPSデータセットからランダムに配列を選ぶことによって生成した所与の配列の多くとも10のリピートをそれぞれのサブサンプルにおいて許可した。次いで、上記に記載されるマッチング方法をそれぞれのサブサンプルに適用し、最終のセグメント使用ウエイトは、個々のサブサンプルについて得られた値の平均として計算した。このブートストラップ手順によって誘導した平均値は、親HPSデータセットのみから計算された値よりも確実である。その他に示されない限り、1,000のサブサンプルのこれらの平均値は、ELD-3のためのセグメントの選択において使用した。実施例9.3.2.アミノ酸特性指数www.genome.jp/aaindex/でオンラインで入手可能なAAindexデータベースは、アミノ酸およびペアのアミノ酸の様々な物理化学的および生化学的特性を示す500を超える数的な指数を提供する。これらの特性は、所与の特性に対して多くの場合、有効ないくつかの指数と共に、疎水性、静電気的挙動、二次構造の傾向、および他の特徴を含む。以下の3つの指数は、十分に理解されているKyte-Doolittleヒドロパシー指標KYJT820101から始めて、それと、また、互いに最も数的に非相関のde-correlated指数を追加することによって選んだ。それらは、したがって、可能性として、アミノ酸特性空間の非重複領域を説明し、ELD-3についてのDHおよびH3-JHセグメントの分析および選択のために使用した。1.KYTJ820101ヒドロパシー指標2.LEVM780101アルファヘリックスの標準化頻度3.ZIMJ680104等電点実施例9.3.3.疎水性DHセグメントは、酵母ベースのライブラリーから単離される、発現が不十分な抗体において不釣合いに多い出芽酵母において発現されるおよそ1200の抗体のタンパク質発現レベルに基づいて、抗体は、好適なまたは不十分な発現体expressorとして分類した。それぞれの部類におけるそれぞれの抗体のCDRH3配列は、発現レベルと相関する配列特徴を同定するために検査した。1つのそのような配列特徴は、KYTJ820101指標を使用して計算されるDHセグメントの疎水性である。図6は、DHセグメント疎水性右に向かって増加に応じた、好適なおよび不十分な発現体の度数を提供する。これらの抗体を単離するために使用される合成ライブラリーから期待される分布もまた、参照設計として提供する。最も高度な疎水性値プロットの右端を有するDHセグメントは、不十分な発現体の間で不釣合いに多く設計に基づく期待に比べて、好適な発現体の間で不釣合いに少なかった。同様に、親水性DHセグメント左端は、好適な発現体の間で不釣合いに多く、不十分な発現体の間で不釣合いに少なかった。このデータから、ライブラリーの抗体の全体的な発現能力は、疎水性DHセグメントがより少ないCDRH3配列を合成することによって改善され得ることが推測された。実施例9.3.4.ELD-3における包含のための200のDHセグメントの選択TSP1由来の71のDHセグメントのセットは、ELD-3における自動的な包含のためのコアDHセグメントとして称された。これらのセグメントは、以下の望ましい特性を有した:1.71のうちの53は、ブートストラップ分析由来のセグメント使用ウエイトによって順番を付けられたDHセグメントの上位7内に存在した。2.71のうちの18は、出芽酵母において発現されたライブラリーから単離された抗体に由来する使用ウエイトによって順番を付けられたDHセグメントの上位7内に存在した。残りの1,040のセグメントは、非コアとして称された。ELD-3における200のセグメントのセットを完成されるために、129のセグメントを以下の方法においてセグメントの非コアプールから選んだ。1.65のセグメントは、それらが、aN2アミノ酸との組み合わせを介してN結合型グリコシル化モチーフを形成する可能性を有する最後のもしくは最後の位置の隣のAsn残基またはb脱アミド化に関係するアミノ酸配列NGを含有するので、削減した。2.KYTJ820101ヒドロパシー指標についての中央値中央値=1KDHについて2.9よりも高度なセグメントは、さらなる考察から削減した。抗原認識のためのTyrの知られている重要性を考慮してそれぞれ、その全体が参照によって組み込まれFellouseetal.,PNAS,2004,101:12467;およびHofstadteretal.,J.Mol.Biol.,1999,285:805、少なくとも1つのTyrの残基を含有するセグメントは、最も高度な疎水性四分位値9.4よりも高度なKYTJ820101値に位置しない限り、保持された。これにより443のセグメントを削減した。3.129のセグメントの最終のセットは、以下の変数:1最も近い隣接物に対するアミノ酸ミスマッチおよび23つの物理化学的特性指数の値によって定義される多次元空間におけるコアおよび残りの443の非コアセグメントの間のユークリッドの距離を最大限にすることを目標とした目的関数を使用することによって得た。実施例9.3.5.ELD-3における包含のための100のH3-JHセグメントの選択100のH3-JHセグメントは、以下の方法においてELD-3における包含のために選んだ。1.28のH3-JHセグメントは、これらのH3-JHセグメントのみを含有する他のライブラリーにおいて実験的に検証した後に選択した米国特許出願公開第2009/0181855号および第2010/0056386号ならびに国際公開番号WO/2009/036379を参照されたい。2.57のセグメントは、上記に記載されるブートストラップ分析由来の使用ウエイトによって順番を付けられたH3-JHセグメントの上位25内のそれらの存在に基づいて選択した。1これらの57のH3-JHセグメントおよび28のH3-JHセグメントつまり合計85のセグメントは、コアH3-JHセグメントとして称され、これらは、コアDHセグメントのように、ELD-3に自動的に含まれた。4.15のさらなるセグメントは、以下の変数:1最も近い隣接物に対するアミノ酸ミスマッチおよび23つの物理化学的特性指数の値によって定義される多次元空間におけるコアおよび残りの200の非コアセグメントの間のユークリッドの距離を最大限にすることを目標とした目的関数を使用することによって選んだ。実施例9.3.6.ELD-3における包含のための100のTN1および200のN2セグメントの選択TN1およびN2セグメントは、ブートストラップ手順のそれぞれのサブサンプルにおける配列から抽出し、最も高度な平均セグメント使用ウエイトを有する100のTN1および200のN2セグメントは、望ましくないモチーフ、すなわちCysおよびAsn残基を有する配列の排除の後にライブラリーへの包含のために選んだ。実施例9.3.7.ELD-3における包含のために選ばれたセグメントをコードするヌクレオチド配列の選択ライブラリーにおける包含のために選ばれたポリペプチドセグメントのそれぞれは、相当するオリゴヌクレオチド配列に翻訳し戻さなければならないポリペプチドからDNAに。多くのオリゴヌクレオチドが、遺伝子コードの縮退により、それぞれのポリペプチドセグメントをおそらくコードすることができるが、より望ましいオリゴヌクレオチドを選択するためにある種の制約を課した。第1に、ELD-3が酵母出芽酵母において発現されたので、酵母においてめったに使用されないコドンは回避した。たとえば、Argについての6つの可能なコドンのうちで、3つのCGA、CGC、およびCGGは、10未満の割合で酵母タンパク質をコードするために使用されたとえばNakamuraetal.,NucleicAcidsRes.,2000,28:292を参照されたい、そのため、それらの3つのコドンは、可能な程度まで回避した。第2に、多くの抗体がチャイニーズハムスター卵巣CHO細胞において産生されるのでたとえば酵母における発見の後に、CCGコドンProをコードするもまた、それがハムスターによってめったに使用されないのでNakamuraetal.、回避した。多くの制限酵素を、CDRH3オリゴヌクレオチドライブラリーの実際の構築の間に用いる米国特許出願公開第2009/0181855号の実施例10を参照されたい。したがって、CDRH3ポリヌクレオチド配列内でこれらの制限酵素についての認識モチーフの存在を回避することは望ましい。コドンは、下流で使用され得る制限酵素についての認識モチーフを導入しないようにするために、個々のセグメントレベルで選択する。そのようなモチーフもまた、セグメントのコンビナトリアル構築によって生成され得るので、セグメントの組み合わせもまた、チェックし、コドンは、可能な場合は常に、そのようなモチーフの存在を削減するために変化させた。特に、3つの制限酵素を、現在例示されるCDRH3ライブラリーの構築の間に使用した:BsrDI、BbsI、およびAvrII。最初の2つは、非パリンドローム認識部位を有するII型酵素である。セグメントをコードするオリゴヌクレオチドの逆の鎖を、これらの2つの酵素に対する認識部位について明確にチェックした。特に、逆の鎖は、モチーフGCAATGおよびCATTGCBsrDIについてならびにGAAGACおよびGTCTTCBbsIについてについてチェックした。AvrIIについての認識モチーフは、パリンドロームであり、したがって、オリゴヌクレオチドは、配列CCTAGGについてのみチェックした。しかしながら、AvrIIは、TN1セグメントを処理するためにのみ使用され、したがって、他のセグメントまたはそれらの組み合わせにおけるその存在を評価する必要はない。ポリヌクレオチド変換に対するポリペプチドのエンジニアリングを改善するために課されたさらなる制約は、固相オリゴヌクレオチド合成の間に誤差を増加させると考えられるので、連続する一続きの6以上の同じタイプの塩基の回避であった。そのため、ELD-3のセグメントについてのDNA配列は、そのようなモチーフを回避するように選んだ。ELD-3セグメントについてのDNA配列は、表25においてそれぞれのポリペプチド配列と共に含まれる。当業者は、これらの方法がまた、任意の他のライブラリー、任意の制限部位、任意の数のヌクレオチドリピートに、および/または任意の生物において望ましくないと考えられる任意のコドンの存在を回避するために適用することもできることを容易に認識するであろう。実施例10.ヒトCDRH3データセットおよび臨床的に適切な抗体に対するELD-3のマッチング本発明の目的の中には、invivoにおけるヒトCDRH3レパートリーの生成の根底にあるV-D-J組換えプロセスを模倣し、それによって、CDRH3のヒトの特徴を維持しながら、当技術分野において知られている他のライブラリーと比較してCDRH3ライブラリーの多様性を増加させることがある。成功についての1つの測定値は、ヒト参照CDRH3配列の集合が、本発明の任意のライブラリーにおいて同様にまたは近いマッチたとえば約5、4、3、または2未満のアミノ酸差異によって示される程度である。発明者らは、両方とも互いに非重複である2つのヒトCDRH3配列参照データセットならびにHPS:1666のヒトCDRH3配列の集合Leeetal.,Immunogenetics,2006,57:917;Lee-666;および2Boydetal.,ScienceTranslationalMedicine,2009,1:1-8Boyd-3000において開示される200,000以上の配列からランダムに選ばれた3,000のヒトCDRH3配列の集合を使用して、この測定基準を評価した。Boydetal.由来の3,000のヒトCDRH3配列のランダムサンプルの結果は、Boydetal.のセットのすべてのメンバー>200,000CDRH3配列に適用された同じ分析の結果の代表であった。図7は、ゼロ、1、2、3または3つを超えるアミノ酸ミスマッチで、Lee-666またはBoyd-3000のセット由来の配列にマッチする2つの合成ライブラリー、LUA-141およびELD-3におけるCDRH3配列のパーセンテージを提供する。ここで、LUA-141は、212のTN1、278のDH、141のN2、および28のH3-JHを含有するライブラリーを示す詳細については米国特許出願公開第2009/0181855号を参照されたい。特に、ELD-3が、LUA-141よりも参照CDRH3配列に同様にマッチするそれぞれLee-666およびBoyd-3000のセットについて8.4および6.3配列のより高度なパーセンテージを示すことは重要であるそれぞれLee-666およびBoyd-3000のセットについて12.9および12.1。ELD-3が、LUA-141それぞれLee-666およびBoyd-3000のセットについて41.2および43.7に比べて、多くとも2つのアミノ酸ミスマッチで発見されたヒトCDRH3配列のより高度な累積的なパーセンテージを示すこともまた、重要であるそれぞれLee-666およびBoyd-3000のセットについて54.1および52.5。抗体ライブラリーを評価することができる他の測定基準は、臨床的に適切な参照CDRH3配列にマッチするそれらの能力である。図8は、ELD-3がLUA-141ライブラリーよりも臨床的に適切なCDRH3配列に対するよりよいマッチをもたらすことを実証する。特に、ELD-3は、1つのアミノ酸内で55の臨床的に検証された抗体のうちの3462とマッチするが、LUA-141ライブラリーは、55のうちの2037とマッチするのみである。実施例11.ELD-3とLUA-141の比較ELD-3は、LUA-141と同様に、73のTN1、92のDH、119のN2、および28のH3-JHを有する。したがって、ELD-34.0×108メンバーにおける配列の94.5は、LUA-141ライブラリー2.3×108メンバーとは異なる。図9は、ELD-3におけるセグメントのコンビナトリアル効率がLUA-141におけるセグメントを超えることを示す。特に、ELD-3セグメントは、LUA-141ライブラリーセグメントよりも、ユニークなCDRH3を得る可能性が高い。それが、より少ないセグメントを使用してCDRH3多様性が増加したライブラリーを合成するのを可能にするので、これは好都合である。図10は、LUA-141、ELD-3、およびHPS由来のヒトCDRH3配列のKabat-CDRH3のアミノ酸組成を提供する。図11は、LUA-141、ELD-3、およびHPS由来のヒトCDRH3配列のKabat-CDRH3の長さの分布を提供する。縮退オリゴヌクレオチドにより合成されたCDRH3ライブラリー実施例12.縮退オリゴヌクレオチドを利用することによるCDRH3多様性のさらなる増加本実施例において記載される方法は、上記に記載されるライブラリーよりも多くのメンバーを有するCDRH3ライブラリーを産生するために、上記に教示される方法を拡張する。特に、1つまたは2つの縮退コドンは、DHおよび/またはN2ポリヌクレオチドセグメントの中に導入し、一般に縮退コドンはH3-JHセグメントの中に導入しなかったまたは1つの縮退コドンを導入した。異なる数の縮退コドンを有するセグメント、たとえば0、1、2、3、4、5、6、7、8、またはそれ以上の縮退コドンを有するDHセグメントおよび0、1、2、3、4、5、またはそれ以上の縮退コドンを有するH3-JHセグメントもまた、企図される。これは、とりわけヒトCDRH3配列の参照セットの長さおよび組成などのような特性を厳密に反映する約1011約2×1011を超える別個のCDRH3アミノ酸配列を含有するCDRH3ライブラリーをもたらす。下記に記載されるように、DHセグメントにおける縮退位置は、相当するオリゴヌクレオチド配列を考慮すると、それぞれ、常にではないが、通常、きわめてNおよび/もしくはC末端の位置または5’および3’末端コドンつまり必ずしもではないが最初もしくは最後の塩基のみである。縮退コドンは、N2セグメントを合成するために同様に使用した。TN1セグメントのうちの200は、ELD-3において記載されるとおりであったが、縮退TN1セグメントを有するまたはTN1セグメント配列の代替の選択肢を有するライブラリーは、本発明の範囲内にある。さらなる100のTN1セグメントは、このライブラリーについての300のTN1セグメントのセットを完成する。アミノ酸配列およびヌクレオチド配列は、表26において列挙される。縮退オリゴヌクレオチドの代わりにまたはそれに加えて、トリヌクレオチドの混合物を使用することもまた、ベースまたはシードセグメント配列下記に定義される内の1つまたは複数の選択される位置でのアミノ酸タイプの変異を可能にするために、可能である。実施例13.縮退オリゴヌクレオチドによる合成のためのDHセグメントの選択セグメント使用ウエイトは、Boydetal.において含有される配列に対する比較によって68KDH理論的セグメントプールについて計算した。3つ以上のアミノ酸長を有するDHセグメントは、それらのセグメント使用ウエイト上記に記載されるようにに従ってランク付けし、上位201はシード配列として称された。これらのシード配列は、次いで、縮退コドンを組み込むためにある位置を選択することによって多様化した。変異、それらが多様化されるアミノ酸タイプのために選択される位置は、68KDH理論的セグメントプールのサブセットである9,171のDHセグメントの参照セットとシード配列を比較することによって決定した。これらの9,171のDHセグメントは、Boydetal.におけるそれらのセグメント使用ウエイトが有意であり、累積的なセグメント使用ウエイト実施例8が少なくとも1.0であることを意味したので、選択した。201のシード配列のそれぞれは、9,171のDHセグメントの参照セットにおける配列のそれぞれと比較し、同一の長さで一つの位置で異なるものは、さらに、シードの可能な変異体を特徴付けると考えられた。このように、それぞれのシードについての最も多様な位置を同定し、候補アミノ酸タイプのセットもまた、それぞれの位置について同定した。最後に、縮退コドンのセットは、それぞれの特定の位置についての候補アミノ酸タイプのセットを最も忠実に示したコドンを同定するために考慮した。終止コドン、Cys残基、N結合型グリコシル化モチーフつまりXが任意のアミノ酸タイプであるNXSもしくはNXT、または脱アミド化モチーフNGをコードする縮退コドンは、考察から削減した。このプロセスは149のユニークな縮退オリゴヌクレオチド配列を生成し、これは、総体として、3,566のユニークなポリペプチド配列をコードする。同じ原理に従って生成された代替の設計もまた、考慮し、より大きな多様性ユニークなポリペプチド配列の数でおよびより小さなRMAX値以下を参照されたいを有するものは、本発明のライブラリーにおける包含のための優先権を与えた。しかしながら、68KDH理論的セグメントプールからDHセグメントを選択するために異なる基準を使用することができ、これらの異なる基準によって選択されたDHセグメントを含むそのライブラリーもまた、本発明の範囲内にあることもまた、考えられる。すべての縮退オリゴヌクレオチドが同一の数のポリペプチドをコードするとは限らないので、後者は、本発明のCDRH3ライブラリー内に含有される所与の理論的セグメントプールつまりTN1、DH、N2、およびH3-JHの全体に対して一様に同一のウエイトで生じない。たとえば、合計の縮退が4のオリゴヌクレオチドによってコードされる個々のアミノ酸配列Xは、1/4のウエイトを有するが、縮退が6のオリゴヌクレオチドによってコードされる他の個々のアミノ酸配列、Yは、1/6のウエイトを有するであろう。さらに、ある種のアミノ酸配列は、1つを超える縮退オリゴヌクレオチドによってコードすることができ、したがって、それらのウエイトは、それぞれのオリゴヌクレオチドによる個々の寄与率の総計になるであろう。所与の理論的セグメントプール内で、最も重みが小さなウエイトのポリペプチドに対する、最も重みが大きなウエイトのポリペプチドのウエイトの比、RMAXは、理想的には最小限にしたい重要な設計基準である。RMAX値は、所定のタイプのセグメントのすべてについて長さによってまたは全体的に定義されてもよいつまり、すべてのDHセグメントまたはすべてのH3-JHセグメントなど、TN1および/またはN2セグメントについて。表27は、縮退オリゴヌクレオチド配列を列挙するが、表28は、これらのオリゴヌクレオチドから結果として生じるユニークなポリペプチド配列を列挙する。これらの2つの表は、設計が下記に詳述されるDH二量体セグメントを含む。実施例13.1.DH二量体セグメントの選択異なる方法は、DH二量体配列をコードする縮退オリゴヌクレオチドのセットを設計するために用いた。方法は、AsnN残基および過度に疎水性の二量体つまりF、I、L、M、および/またはV残基のみを含む任意の二量体の組み合わせを含有するセグメントを引いた、ELD-3における45の二量体配列のすべておよび他の400の理論上可能な二量体配列つまり、それぞれの2つの位置において可能な20の残基=2020を含むことを目標とした。この設計プロセスは、213のユニークなペプチド二量体配列をコードする35の縮退オリゴヌクレオチド配列を最終的にもたらした。本発明の他のセグメントのすべてについて使用される選択プロセスと同様に、当業者は、DH二量体セグメントを選択するために他の基準を使用することができ、これらのセグメントを含むライブラリーもまた、本発明の範囲内にあることを容易に認識するであろう。実施例13のより長いDHセグメントとDH二量体セグメントを組み合わせることにより、ELD-3の200のオリゴヌクレオチドに対して、合計184のオリゴヌクレオチド35のコード二量体および3つ以上のアミノ酸を有する149のコードセグメントによってコードされた、現在例示されるライブラリーのDHセグメントの最終のセットがもたらされた。184のオリゴヌクレオチドは、合計3,779のユニークなポリペプチド配列:213の二量体および3つ以上のアミノ酸の3,566のより長いセグメントをコードする。実施例14.拡張されたN2多様性の生成上記に記載されるように、ELD-3は、200のN2セグメントを含有する。現在例示されるライブラリーでは、空のN2セグメントつまり、N2はなく、その結果、DHセグメントは、H3-JHセグメントに直接連結されるおよび単量体N2セグメントは、ELD-3と同じであった。しかしながら、縮退オリゴヌクレオチドは、ELD-3における相当する配列のすべてを再現するだけではなく、さらなる多様性をももたらす2、3、および4塩基長のセットを生成するために使用した。DHセグメントと同様に、これらの縮退オリゴヌクレオチドは、Asn不適当な位置におけるおよびCys残基および終止コドンを削減するように設計した。より具体的には、Asn残基は、続くアミノ酸がGlyではなく、次のアミノ酸がSerまたはThrではない場合は常に、三量体の1番目の位置および四量体の1番目または2番目の位置にし、したがって、候補N2セグメント内の脱アミド化またはN結合型グリコシル化モチーフを回避した。現在例示されるライブラリーについてのN2理論的セグメントプールは、合計で、1つのゼロ量体zero-merつまり、N2セグメントはない、18の単量体、279の二量体、339の三量体、および90の四量体のN2アミノ酸配列または727のセグメントを含有する。これらのアミノ酸配列は、合計146のオリゴヌクレオチドについて、1、18、81、36、および10オリゴヌクレオチドによってそれぞれコードされる。最初の19のオリゴヌクレオチド以外、ゼロおよび1量体をコードするものは縮退である。表29は、146のオリゴヌクレオチド配列を列挙するが、表30は、結果として生じる727のユニークなポリペプチド配列を列挙する。実施例15.拡張されたH3-JH多様性の生成FRM4に相当するDNA配列のみが残るつまり、H3-JHは残らない点までの、ヒトIGHJポリヌクレオチドセグメントの5’末端に対するヌクレオチドレベルの段階的な欠失、その後に続く、同じ5’末端に対する系統的な1または2bpによる完成の適用は、翻訳の後に643のユニークなH3-JHペプチドセグメントをもたらした643のH3-JHセット。DHセグメントのように、Boydetal.由来のおよそ237,000のヒト配列に対する比較の後に得られたそれらの使用ウエイトによって643のセグメントのそれぞれに順番を付けることが可能であり、上記に記載される望まれないモチーフがないものからの上位200の個々の配列は、現在例示されるライブラリーのためのH3-JHセグメントのセットを提供するために選んだ。その代わりに例示される実施形態では、200のH3-JHセグメントのうちの46は、全体的に、200のオリゴヌクレオチドが246のユニークなペプチド配列をコードするように、1番目の位置において2倍の縮退コドンで設計したつまり、ペプチドおよびオリゴヌクレオチドレベルでそれぞれ、N末端または5’末端。他のその代わりに例示させる実施形態では、縮退コドンのさらなる使用は、500までの別個のポリペプチド配列を示す90、100、200、またはそれ以上のオリゴヌクレオチドによってコードされるライブラリーを産生するために考えられてもよい。好ましくは、必ずしもではないが、これらの500までのユニークな配列は、上記に記載される643のH3-JH参照セットにおける配列のサブセットまたはこれらの配列の変異体のサブセットとすることができる。上記に例示されるように、望ましくないポリペプチドモチーフを含有するH3-JHセグメントは、設計から削減されてもよい。JHセグメントのためのオリゴヌクレオチド配列は、表31に列挙されるが、結果として生じるユニークなポリペプチド配列は、表32に提供される。表31では、FRM4領域に相当するヌクレオチド配列もまた提供されるが、ペプチド長の値は、H3-JH部分のみを指す。簡潔さのために、H3-JHペプチド配列のみが表32に含まれる。実施例16.ExtendedDiversityLibraryDesignEDLD上記に選択された、表26~32において提供されるTN1、DH、H3-JH、およびN2セグメントは、約2×1011300のTN1×3,779のDH×727のN2×246のH3-JHの理論的多様性を有するExtendedDiversityLibraryDesignEDLDを生成するために組み合わせた。選択されたセグメントをコードするオリゴヌクレオチドは、実施例9.3.7の原理に従って選んだ。図12~15は、この設計のある種の特徴を示す。たとえば、Boydetal.におけるおよそ237,000のCDRH3配列の約50が、1つのミスマッチを有するまたはミスマッチを有していないライブラリー配列によって再現され得ることを示すつまり、図12の0および1のビンbinを合計することによって。これらのライブラリーの理論的な長さ分布図13およびアミノ酸組成図14もまた、ヒトCDRH3配列の同じセットにおいて観察されるそれぞれの特徴と厳密にマッチする。図15は、ExtendedDiversityLibraryDesignのコンビナトリアル効率を示す。配列のおよそ65は、設計において1回だけ現れるつまり、セグメントの1つの非縮退組み合わせによって生成される。先に示される図8は、臨床的に適切なヒト抗体配列に対するマッチングの点から、ExtendedDiversityLibraryDesignが、LUA-141およびELD-3の両方より優れていることを示す。等価物当業者らは、ルーチン的な実験作業のみを使用して、本明細書において記載される、本発明の特定の実施形態および方法の多くの等価物を認識するであろうまたは確認することができるであろう。そのような等価物は、以下の請求項の範囲によって包含されるように意図される。付録A健康な免疫前セットHPSにおける3,571の配列のGI番号"