"109P1D4タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドが、以下:a配列番号2の配列を含むポリヌクレオチド;bヌクレオチド残基番号503~3667の配列番号4の配列から成るポリヌクレオチド;c配列番号10の配列を含むポリヌクレオチド;dヌクレオチド残基番号846~4778の配列番号10の配列から成るポリヌクレオチド;およびeヌクレオチド残基番号514~3627の配列番号18の配列を含むポリヌクレオチド;からなる群より選択され、リンパ腫のマーカーとしての機能を有するポリヌクレオチド。請求項1に記載のポリヌクレオチドを含む、組換え発現ベクター。請求項2に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。109P1D4タンパク質の産生に十分な条件下で、請求項3に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する109P1D4タンパク質を産生するためのプロセスであって、前記109P1D4タンパクが配列番号3、5又は11のアミノ酸配列を含むプロセス。そのように産生された109P1D4タンパク質を回収する工程をさらに包含する、請求項4に記載のプロセス。単離された109P1D4タンパク質であって、配列番号5又は11のアミノ酸配列を含み、リンパ腫のマーカーとしての機能を有するタンパク質。薬学的に受容可能なキャリアおよび請求項6に記載のタンパク質を含む、組成物。リンパ腫の処置、検出又は診断に使用するための抗体またはそのフラグメントであって、前記抗体またはそのフラグメントが109P1D4タンパク質上のエピトープに免疫特異的に結合し、前記タンパク質が配列番号3、5又は11のアミノ酸配列を含む、抗体またはそのフラグメント。モノクローナルである、請求項8に記載の抗体またはそのフラグメント。請求項9に記載の抗体を産生する、ハイブリドーマ。組換えタンパク質である、請求項9に記載の抗体またはそのフラグメント。請求項8~11のいずれか一項に記載の抗体またはそのフラグメントであって、該フラグメントが、Fabフラグメント、Fab’2フラグメント、Fvフラグメント、またはSfvフラグメントである、抗体またはそのフラグメント。ヒト抗体である、請求項8~12のいずれか一項に記載の抗体またはそのフラグメント。細胞傷害剤で標識されている、請求項8~13のいずれか一項に記載の抗体またはそのフラグメント。請求項14に記載の抗体またはそのフラグメントであって、前記細胞傷害剤が、放射性同位体、化学治療剤および毒素からなる群より選択される、抗体またはそのフラグメント。請求項15に記載の抗体またはそのフラグメントであって、前記放射性同位体が、211At、131I、125I、90Y、186Re、188Re、153Sm、212Bi、32PおよびLuの放射性同位体からなる群より選択される、抗体またはそのフラグメント。請求項15に記載の抗体またはそのフラグメントであって、前記化学治療剤が、タキソール、アクチノマイシン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ゲロニン、およびカリケアマイシンからなる群より選択される、抗体またはそのフラグメント。請求項15に記載の抗体またはそのフラグメントであって、前記毒素が、ジフテリア毒素、エノマイシン、フェノマイシン、Pseudomonas外毒素PEA、PE40、アブリン、アブリンA鎖、マイトゲリン、モデシンA鎖、およびα-サルシンからなる群より選択される、抗体またはそのフラグメント。請求項8~18のいずれか一項に記載の抗体またはそのフラグメントを含む組成物。試験サンプル内の109P1D4タンパク質の存在又は不在を検出するためのインビトロの方法であって、以下:該サンプルを、配列番号3、5又は11の109P1D4タンパク質上のエピトープに免疫特異的に結合する抗体またはそのフラグメントと接触させる工程;および前記抗体又はフラグメントの、試験サンプル内のいずれかの109P1D4タンパク質への結合を検出する工程を包含し、前記試験サンプルがリンパ腫を有する患者由来のサンプルである、方法。109P1D4タンパク質を発現するリンパ種細胞の成長の阻害、又は該リンパ種細胞への細胞傷害剤の送達に使用するための薬剤の製造における請求項8~18のいずれか一項に記載の有効量の抗体又はフラグメントの使用。109P1D4タンパク質を発現するリンパ種細胞の成長を阻害するため、又は該リンパ種細胞に細胞傷害剤を送達するための請求項8~18のいずれか一項に記載の抗体又はフラグメントの使用。リンパ腫の処置に使用するための治療剤の製造における請求項8~18のいずれか一項に記載の有効量の抗体又はフラグメントの使用。リンパ腫を処置するための請求項8~18のいずれか一項に記載の抗体又はフラグメントの使用。配列番号3、5又は11を含む109P1D4タンパク質を発現するリンパ腫細胞に細胞傷害剤を送達するインビトロの方法であって、該細胞に請求項8~18のいずれか一項に記載の有効量の抗体又はフラグメントを供給する工程を含む方法。試験サンプル内の109P1D4ポリヌクレオチドの存在又は不在を検出するためのインビトロの方法であって、以下:該サンプルを請求項1に記載のポリヌクレオチドに接触させる工程、および試験サンプル内のポリヌクレオチドへの前記ポリヌクレオチドの結合を検出する工程を含み、前記試験サンプルがリンパ腫を有する患者由来のサンプルである、方法。発明の要旨本発明は、109P1D4と称される遺伝子に関し、この遺伝子は、表Iに列挙される癌において過剰発現されることが現在では見出されている。正常組織における109P1D4遺伝子発現のノーザンブロット発現分析は、成人組織における制限された発現パターンを示す。109P1D4のヌクレオチド配列図2およびアミノ酸配列図2および図3を提供する。正常成人組織における109P1D4の組織関連プロフィールは、表1で列挙された組織において観察された過剰発現とあわせて、109P1D4が少なくともいくつかの癌において異常に過剰発現されており、したがって、表Iで列挙された組織のような組織の癌について有用な診断標的、予防標的、予後診断標的および/または治療標的として役立つことを示す。以下に本発明の好適な実施形態を示す。形態1a図2のタンパク質の8個、9個、10個または11個の連続するアミノ酸のペプチド;b表VIII~XXIのペプチド;c表XXII~XLVのペプチド;またはd表XLVI~XLIXのペプチドを含有する組成物。形態2形態1に記載の組成物であって、免疫応答を誘導する、組成物。形態3形態2に記載のタンパク質であって、該タンパク質は、図2に示すアミノ酸配列全体に対して、少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98もしくは99相同または同一である、タンパク質。形態4形態2に記載のタンパク質であって、該タンパク質は、図2のタンパク質に特異的に結合する抗体によって結合される、タンパク質。形態5形態2に記載の組成物であって、該組成物は、図2のタンパク質のアミノ酸配列からの細胞傷害性T細胞CTLポリペプチドエピトープまたはそのアナログを含有する、組成物。形態6形態5に記載の組成物であって、該組成物は、前記エピトープは図2のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。形態7形態2に記載の組成物であって、該組成物は、前記ポリペプチドは、図2のタンパク質のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。形態8形態2に記載の組成物であって、該組成物は、図2のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープを含有する、組成物。形態9形態8に記載の組成物であって、該組成物は、前記エピトープは図2のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。形態10形態8に記載の組成物であって、前記抗体エピトープは、前記ペプチドの末端にまで増加するあらゆる全ての数で図2の少なくとも5個のアミノ酸のペプチド領域を含み、該エピトープは:a図5の親水性プロフィールにおいて、0.5超の値を有するアミノ酸位置;b図6のヒドロパシープロフィールにおいて、0.5未満の値を有するアミノ酸位置;c図7の接近可能残基のプロフィールにおいて、0.5超の値を有するアミノ酸位置;d図8の平均可橈性プロフィールにおいて、0.5超の値を有するアミノ酸位置;e図9のβターンプロフィールにおいて、0.5超の値を有するアミノ酸位置;fa~eの少なくとも2つの組み合わせ;ga~eの少なくとも3つの組み合わせ;ha~eの少なくとも4つの組み合わせ;またはia~eの5つの組み合わせから選択されるアミノ酸位置を含む、組成物。形態11形態1に記載のタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。形態12形態11に記載のポリヌクレオチドであって、該ヌクレオチドは、図2に示される核酸分子を含む、ポリヌクレオチド。形態13形態12に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、前記コードされたタンパク質は図2のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、ポリヌクレオチド。形態14組成物であって、該組成物は、形態11に記載のポリヌクレオチドに対して完全に相補的であるポリヌクレオチドを含有する、組成物。形態15109P1D4siRNA組成物であって、該組成物は、109P1D4タンパク質の核酸ORF配列またはその部分配列に対応するsiRNA二本鎖RNAを含有し;該部分配列は、19個、20個、21個、22個、23個、24個または25個の長さの連続したRNAヌクレオチドであり、そして、該mRNAコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的な配列を含む、組成物。形態16形態13に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、形態1に記載のさらなるペプチドをコードするさらなるヌクレオチド配列をさらに含む、ポリヌクレオチド。形態17図2のタンパク質に対する哺乳動物の免疫応答を生じる方法であって、該方法は:哺乳動物の免疫系細胞をa109P1D4関連タンパク質および/またはb該タンパク質をコードするヌクレオチド配列の一部に曝す工程であって、それにより、該タンパク質に対する免疫応答が生じる、工程を包含する、方法。形態18形態17に記載の免疫応答を生じる方法であって、該方法は:少なくとも1つのT細胞エピトープまたは少なくとも1つのB細胞エピトープを含む109P1D4関連タンパク質を提供する工程;および該エピトープを、それぞれ、哺乳動物免疫系のT細胞またはB細胞と接触させて、それにより、該T細胞またはB細胞を活性化する工程を包含する、方法。形態19形態18に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、B細胞であり、それにより、前記活性化されたB細胞は、前記109P1D4関連タンパク質に特異的に結合する抗体を産生する、方法。形態20形態18に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、細胞傷害性T細胞CTLであるT細胞であり、それにより、前記活性化されたCTLは、前記109P1D4関連タンパク質を発現する自己の細胞を殺傷する、方法。形態21形態18に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、ヘルパーT細胞HTLであるT細胞であり、それにより、前記活性化されたHTLは、細胞傷害性T細胞CTLの細胞傷害活性またはB細胞の抗体産生活性を上昇するサイトカインを分泌する、方法。形態22サンプル中で、図2のタンパク質をコードするmRNAの存在を検出する方法であって、該方法は:該サンプルを、少なくとも1つの109P1D4cDNAプライマーを用いて逆転写に供し、それにより、mRNAが該サンプル中に存在する場合に、cDNAが生成される、工程;センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして109P1D4ポリヌクレオチドを用いて、そのように生成されたcDNAを増幅する工程;および該増幅された109P1D4cDNAの存在を検出する工程を包含し、ここで、増幅された109P1D4cDNAの存在は、図2のタンパク質をコードするmRNAが、該サンプル中に存在することを示す、方法。形態23サンプル中で、109P1D4関連タンパク質または109P1D4関連ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、該方法は:該サンプルと、それぞれ、該109P1D4関連タンパク質または該109P1D4関連ポリヌクレオチドに特異的に結合する物質とを接触させて、複合体を形成する工程;および該サンプル中の該複合体の存在または量を決定する工程を包含する、方法。形態24サンプル中で109P1D4関連タンパク質の存在を検出するための形態23に記載の方法であって、該方法は:該サンプルと、抗体またはそのフラグメントとを接触させ、該抗体またはそのフラグメントのいずれかは、該109P1D4関連タンパク質に特異的に結合し、そしてそのように結合すると、従って、複合体を形成する、工程;および該サンプル中の該複合体の存在または量を決定する工程を包含する、方法。形態25生物学的サンプル中で、1つ以上の109P1D4遺伝子産物をモニタリングするための形態23に記載の方法であって、該方法は:個体からの組織サンプル中の細胞によって発現される、1つ以上の109P1D4遺伝子産物の状態を決定する工程;そのように決定された状態を、対応する正常サンプル中の1つ以上の109P1D4遺伝子産物の状態と比較する工程;および該正常サンプルと比較して、該組織サンプル中の109P1D4の異常な発現状態の存在を同定する工程を包含する、方法。形態26形態25に記載の方法であって、該方法は、109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質の1つ以上の増加した遺伝子産物が存在するか否かを決定し、それにより、前記正常サンプルと比較して、前記試験サンプル中の1つ以上の増加した遺伝子産物の存在は、癌の存在または状態を示す、工程をさらに包含する、方法。形態27形態26に記載の方法であって、ここで、前記組織は、表Iに記載される組織から選択される、方法。形態28図2のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する組成物であって、該組成物は:a図2のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する物質、またはb図2のタンパク質によって制御または生成される分子を含有する、組成物。形態29形態28に記載の109P1D4siRNA組成物であって、該組成物は、109P1D4タンパク質の核酸ORF配列またはその部分配列に対応するsiRNA二本鎖RNAを含有し;ここで、該部分配列は、19個、20個、21個、22個、23個、24個または25個の長さの連続するRNAヌクレオチドであり、そして該部分配列は、該mRNAコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的である配列を含む、組成物。形態30形態28に記載の組成物であって、該組成物は、生理学的に受容可能なキャリアをさらに含有する、組成物。形態31ヒト単位用量形態で形態28に記載の組成物を含有する、薬学的組成物。形態32形態28に記載の組成物であって、前記物質は、図2のタンパク質に特異的に結合する抗体またはそのフラグメントを含有する、組成物。形態33形態32に記載の抗体またはそのフラグメントであって、該抗体またはそのフラグメントは、モノクローナル抗体またはそのフラグメントである、抗体またはそのフラグメント。形態34形態32に記載の抗体であって、該抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体である、抗体。形態35形態32に記載の抗体を産生する非ヒトトランスジェニック動物。形態36形態33に記載の抗体を産生するハイブリドーマ。形態37形態28に記載の組成物であって、前記物質は、図2のタンパク質を発現する細胞の前記バイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を低下または阻害する、組成物。形態38形態28に記載の組成物であって、前記物質は、図2のタンパク質を発現する細胞の前記バイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を上昇または促進する、組成物。形態39形態28に記載の組成物であって、前記物質は:a抗体またはそのフラグメントであって、該抗体またはそのフラグメントのいずれもが、図2のタンパク質に免疫特異的に結合する、抗体またはそのフラグメント;b抗体またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドであって、該抗体またはそのフラグメントのいずれもが、図2のタンパク質に免疫特異的に結合する、ポリヌクレオチド;c109P1D4コード配列を有するポリヌクレオチドを切断するリボザイム、または該リボザイムをコードする核酸分子;および生理学的に受容可能なキャリア;ならびにdヒトT細胞であって、該T細胞は、特定のHLA分子に関して、109P1D4ペプチド部分配列を特異的に認識する、T細胞;e図2のタンパク質、または図2のタンパク質のフラグメント;f図2のタンパク質をコードするヌクレオチドまたは図2のタンパク質のフラグメントをコードするヌクレオチド;g図2のタンパク質の8個、9個、10個または11個の連続するアミノ酸のペプチド;h表VIII~XXIのペプチド;i表XXII~XLVのペプチド;j表XLVI~XLIXのペプチド;k図2のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープ;l図2のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープをコードするポリヌクレオチド;またはm109P1D4siRNA組成物であって、該組成物は、109P1D4タンパク質の核酸ORF配列またはその部分配列に対応するsiRNA二本鎖RNAを含有する組成物であって、該部分配列は、19個、20個、21個、22個、23個、24個または25個の長さの連続するRNAヌクレオチドであり、そして該部分配列は、該mRNAコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的な配列を含む、組成物を含む群より選択される、組成物。形態40図2のタンパク質を発現する癌細胞のバイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を阻害する方法であって、該方法は:該細胞に形態28に記載の組成物を投与し、それにより、該細胞のバイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を阻害する工程を包含する、方法。形態41形態40に記載の方法であって、前記組成物は、抗体またはそのフラグメントを含有し、該抗体またはそのフラグメントのいずれもが、109P1D4関連タンパク質に特異的に結合する、方法。形態42形態40に記載の方法であって、前記組成物は、i109P1D4関連タンパク質またはii109P1D4関連タンパク質のコード配列を含むポリヌクレオチド、または109P1D4関連タンパク質のコード配列に対して相補的なポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを含有する、方法。形態43形態40に記載の方法であって、前記組成物は、図2のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを含有する、方法。形態44形態40に記載の方法であって、前記組成物は、前記癌細胞に対するヒトT細胞を含有し、該T細胞は、図2のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識し、そのとき、該部分配列は、特定のHLA分子に関する、方法。形態45形態40に記載の方法であって、前記組成物は、単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを送達するベクターを含有し、それによって、該コード単鎖抗体は、図2のタンパク質を発現する癌細胞内で細胞内発現される、方法。形態46図2のタンパク質を発現する細胞に薬剤を送達する方法であって、該方法は:形態32に記載の抗体またはそのフラグメントに結合された該薬剤を提供する工程;および該抗体-薬剤結合体またはフラグメント-薬剤結合体を該細胞に曝露する工程を包含する、方法。形態47図2のタンパク質を発現する癌細胞のバイアビリティ、増殖状態または生殖状態を阻害する方法であって、該方法は:形態28に記載の化合物を該細胞に投与する工程であって、それにより、該細胞の該バイアビリティ、増殖状態または生殖状態を阻害する、工程を包含する、方法。形態48表Iに列挙される組織の癌を予防または処置するための情報を、その予防または処置を必要としている被験体に標的化する方法であって、該方法は:被験体からのサンプルにおいて表Iに列挙される組織の癌と関連するポリヌクレオチドの発現の存在または非存在を検出する工程であって、該ポリヌクレオチドの発現は、以下:a図2のヌクレオチド配列;b図2のヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;c図2のヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列と90以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列からなる群より選択される、工程;該サンプルにおける該ポリヌクレオチドの発現の存在または非存在に基づいて、表Iに列挙される組織の癌を予防または処置するための情報を、その予防または処置を必要としている被験体に向ける工程を包含する、方法。形態49形態48に記載の方法であって、前記情報は、検出手順または表Iに列挙される組織の癌のための処置の説明を含む、方法。形態50細胞増殖を調節する候補分子を同定するための方法であって、該方法は:a以下:i配列番号1のヌクレオチド配列ii図3に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;iii図3に記載のアミノ酸配列と90以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;およびivi、iiまたはiiiのヌクレオチド配列のフラグメントからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に、試験分子を導入する工程;またはi、ii、iiiまたはivのヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程;ならびにb該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を決定する工程を包含し、それによって、該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在は、細胞増殖を調節する候補分子として該試験分子を同定する、方法。形態51形態50に記載の方法であって、前記系は、動物である、方法。形態52形態50に記載の方法であって、前記系は、細胞である、方法。形態53形態50に記載の方法であって、前記試験分子は、i、ii、iiiまたはivのヌクレオチド配列によってコードされたタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、方法。形態54被験体における表Iに列挙される組織の癌を処置するための方法であって、該方法は、その処置を必要としている被験体に、形態50に記載の方法によって同定された候補分子を投与する工程を包含し、それによって、該候補分子は、該被験体における表Iに列挙される組織の癌を処置する、方法。形態55表Iに列挙される組織の癌を処置するための候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は:a以下:i配列番号1のヌクレオチド配列ii図3に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;iii図3に記載のアミノ酸配列と90以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;およびivi、iiまたはiiiのヌクレオチド配列のフラグメントからなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に、試験分子を導入する工程;またはi、ii、iiiまたはivのヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程;ならびにb該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を決定する工程を包含し、それによって、該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在は、表Iに列挙される組織の癌を処置するための候補治療剤として該試験分子を同定する、方法。形態56形態55に記載の方法であって、前記系は、動物である、方法。形態57形態55に記載の方法であって、前記系は、細胞である、方法。形態58形態55に記載の方法であって、前記試験分子は、i、ii、iiiまたはivのヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、方法。本発明は、以下を提供する:109P1D4の遺伝子、mRNAおよび/またはコード配列好ましくは単離された形態のの全部または一部に対応するか、または相補的なポリヌクレオチドこれらとしては、以下が挙げられる:4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、または25を超えて連続したアミノ酸の、109P1D4関連タンパク質および109P1D4関連フラグメントをコードするポリヌクレオチド;少なくとも30、35、40、45、50、55、60、65、70、80、85、90、95、100または100を超えて連続したアミノ酸の109P1D4関連タンパク質、ならびにペプチド/タンパク質自体;109P1D4の遺伝子配列もしくはmRNA配列またはそれらの一部に対して相補的であるかまたは少なくとも90の相同性を有する、DNA、RNA、DNA/RNAハイブリッド、および関連分子、ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド、ならびに109P1D4遺伝子、mRNAまたは109P1D4コードポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。109P1D4をコードするcDNAおよび遺伝子を単離するための手段もまた提供される。109P1D4ポリヌクレオチドを含む組換えDNA分子、このような分子で形質転換または形質導入された細胞、および109P1D4遺伝子産物の発現のための宿主-ベクター系もまた提供される。本発明はさらに、109P1D4タンパク質およびそれらのポリペプチドフラグメントに結合する抗体を提供し、これらの抗体としては、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体、マウス抗体および他の哺乳動物抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体および完全ヒト抗体、ならびに検出可能なマーカーまたは治療剤で標識された抗体が挙げられる。特定の実施形態においては、ただし、図2の核酸配列の全体はコードされず、そして/または図2のアミノ酸配列全体は調製されない。特定の実施形態では、図2の核酸配列全体がコードされ、そして/または図2のアミノ酸配列全体が調製され、これらのいずれかは、それぞれのヒト単位投薬形態である。本発明は、種々の生物学的サンプル中での109P1D4のポリヌクレオチドおよびタンパク質の存在および状態を検出するための方法、ならびに109P1D4を発現する細胞を同定するための方法をさらに提供する。本発明の代表的な実施形態は、癌のような何らかの形態の増殖調節不全を有するかまたはそれらを有する疑いのある組織サンプルまたは血液学的サンプルにおいて、109P1D4遺伝子産物をモニタリングするための方法を提供する。本発明は、種々の免疫原性組成物または治療組成物、および109P1D4を発現する癌例えば、表Iに列挙された組織の癌を処置するためのストラテジー109P1D4の転写、翻訳、プロセシングまたは機能を阻害することを目的とした治療を含むならびに癌ワクチンをさらに提供する。1つの局面において、本発明はヒト被験体において109P1D4を発現する癌を処置するための組成物、ならびにそれらを含む方法を提供し、ここで、この組成物は、ヒトの用途について適切なキャリアならびに109P1D4の産生または機能を阻害する1つ以上の薬剤のヒトの単位用量を含む。好ましくは、このキャリアは、特有のヒトキャリアである。本発明の別の局面において、この薬剤は、109P1D4タンパク質と免疫反応性の部分である。このような部分の非限定的な例としては、抗体例えば、単鎖、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体またはヒト抗体、天然に存在しているかまたは合成されたそれらの機能的等価物ならびにそれらの組合せが挙げられるがこれらに限定されない。これらの抗体は、診断的部分または治療的部分に結合体化され得る。別の局面において、この薬剤は、本明細書中で定義されるような低分子である。別の局面において、この薬剤は、ヒトにおけるHLAクラスI分子に結合して、109P1D4に対するCTL応答を誘導する細胞傷害性Tリンパ球CTLエピトープを含む1以上のペプチドおよび/またはヒトにおいてHLAクラスII分子に結合してHTL応答を誘発するヘルパーTリンパ球HTLエピトープを含む1以上のペプチドを含む。本発明のペプチドは、同一のものまたは1以上の別個のポリペプチド分子であり得る。本発明のさらなる局面において、この薬剤は、上記のようにCTL応答またはHTL応答を刺激するペプチドのうちの1つ以上を発現する1つ以上の核酸分子を含む。本発明のさらに別の局面において、1つ以上の核酸分子は、上記のように109P1D4と免疫学的に反応する部分を発現し得る。1つ以上の核酸分子はまた、109P1D4の産生を阻害する分子であり得るか、またはこれをコードし得る。このような分子の非限定的な例としては、109P1D4の産生にとって必須のヌクレオチド配列に相補的な分子例えば、アンチセンス配列または109P1D4産生にとって必須のヌクレオチド二重らせんを有する三重らせんを形成する分子または109P1D4mRNAを溶解するのに効果的なリボザイムが挙げられるがこれらに限定されない。親タンパク質例えば、改変体1,改変体2などに関して表VIII~XXIおよびXXII~XLIX集合的にHLAペプチド表HLAPeptideTablesとするに示される任意のペプチドの開始位置を決定するために、以下の3つの因子を参照することに留意すること:特定の改変体、HLAペプチド表におけるペプチド長、および表VIIにおける検索ペプチド。一般に、固有の検索ペプチドを使用して、特定の改変体に対する特定のHLAペプチドを得る。そのそれぞれの親分子に対する各検索ペプチドの位置は、表VIIに列挙される。したがって、検索ペプチドが位置Xで開始した場合、これらの親分子におけるHLAペプチドの実際の位置を得るために表VIII~XXIおよびXXII~XLIXにおける各位置に対して値X-1を加えなければならない。例えば、特定の検索ペプチドがその親分子の150位で開始する場合、親分子におけるアミノ酸の位置を計算するために各HLAペプチドアミノ酸の位置に150-1、すなわち149を加算しなければならない。本発明の一つの実施形態は、集合的に表VIII~表XXIおよび表XXII~表XLIXにおいて少なくとも2度現れるHLAペプチド、またはHLAペプチドをコードするオリゴヌクレオチドを包含する。本発明の別の実施形態は、表VIII~表XXIに少なくとも1度現れ、かつ表XXII~表XLIXに少なくとも1度現れるHLAペプチド、またはそのHLAペプチドをコードするオリゴヌクレオチドを包含する。本発明の別の実施形態は、以下の特徴の1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ有するペプチド領域を含む抗体エピトープ、またはペプチド領域をコードするオリゴヌクレオチドである:i図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸のペプチド領域図3におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における図5の親水性プロフィールにおいて、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9以上の値を有するかまたは1.0に等しい値を有するアミノ酸位置を含む;ii図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸のペプチド領域図3におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における図6のヒドロパシープロフィールにおいて、0.5、0.4、0.3、0.2、0.1以下の値を有するかまたは0.0に等しい値を有するアミノ酸位置を含む;iii図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸のペプチド領域図3におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における図7の接近可能残基のPercentAccessibleResiduesプロフィールにおいて、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9以上の値を有するかまたは1.0に等しい値を有するアミノ酸位置を含む;iv図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸のペプチド領域図3におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における図8の平均可橈性AverageFlexibilityプロフィールにおいて、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9以上の値を有するかまたは1.0に等しい値を有するアミノ酸位置を含む;あるいは、v図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸のペプチド領域図3におけるそのタンパク質の全長までの任意の整数増分における図9のβターンプロフィールにおいて、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9以上の値を有するかまたは1.0に等しい値を有するアミノ酸位置を含む。発明の詳細な説明節の概要I.定義II.109P1D4ポリヌクレオチドII.A.109P1D4ポリヌクレオチドの使用II.A.1.遺伝的異常のモニタリングII.A.2.アンチセンスの実施形態II.A.3.プライマーおよびプライマー対II.A.4.109P1D4コード核酸分子の単離II.A.5.組換え核酸分子および宿主-ベクター系III.109P1D4関連タンパク質III.A.モチーフ保有タンパク質の実施形態III.B.109P1D4関連タンパク質の発現III.C.109P1D4関連タンパク質の改変III.D.109P1D4関連タンパク質の使用IV.109P1D4抗体V.109P1D4細胞免疫応答VI.109P1D4トランスジェニック動物VII.109P1D4の検出方法VIII.109P1D4関連遺伝子およびそれらの産物の状態をモニタリングするための方法IX.109P1D4と相互作用する分子の同定X.治療法および組成物X.A.抗癌ワクチンX.B.抗体ベースの治療のための標的としての109P1D4X.C.細胞免疫応答のための標的としての109P1D4X.C.1.ミニ遺伝子ワクチンX.C.2.ヘルパーペプチドとCTLペプチドとの組み合わせX.C.3.T細胞プライミング剤とCTLペプチドとの組み合わせX.C.4.CTLペプチドおよび/またはHTLペプチドでパルスしたDCを含むワクチン組成物X.D.養子免疫療法X.E.治療目的または予防目的のためのワクチンの投与XI.109P1D4の診断的実施形態および予後的実施形態XII.109P1D4タンパク質機能の阻害XII.A.細胞内抗体を用いた109P1D4の阻害XII.B.組換えタンパク質を用いた109P1D4の阻害XII.C.109P1D4の転写または翻訳の阻害XII.D.治療的ストラテジーのための一般的考慮XIII.109P1D4の調節因子の同定、特徴付けおよび使用XIV.キット/製造物品。I.定義他に規定しない限り、本明細書中で使用されるすべての専門用語、表記、および他の科学的語句または用語は、本発明が属する分野の当業者によって共通して理解される意味を有することが意図される。いくつかの場合において、共通して理解される意味を有する語句は、明確さおよび/または迅速な参照のために本明細書中で定義され、そしてこのような定義の本明細書中への包含は、当該分野において一般に理解されることにわたって実質的な相違を表すとは必ずしも解釈されるべきではない。本明細書中に記載または参照される多くの技術および手順は、一般に、従来の方法論例えば、Sambrookら、MolecularCloning:ALaboratoryManual第2版1989ColdSpringHarborLaboratoryPress、ColdSpringHarbor,N.Y.に記載されている、広く利用されている分子クローニングの方法論を用いて、当業者によって十分に理解されかつ共通して用いられる。適切な場合、市販のキットおよび試薬の使用を含む手順は、他に注記されない限り、一般に、製造業者によって規定されるプロトコルおよび/またはパラメーターに従って実行される。用語進行した前立腺癌、局所的に進行した前立腺癌、進行した疾患および局所的に進行した疾患とは、前立腺被膜を通して伸長した前立腺癌を意味し、そして米国泌尿器学会AUAシステムの下でのステージC疾患、Whitmore-Jewettシステムの下でのステージC1-C2疾患、およびTNM腫瘍、節、転移システムの下でのステージT3-T4およびN疾患を含むことが意味される。一般に、手術は、局所的に進行した疾患を有する患者のためには推奨されず、そしてこれらの患者は、臨床的に局在化している器官が限定されている前立腺癌を有する患者と比較して、実質的により好ましくない結果を有する。局所的に進行した疾患は、前立腺の側縁を超える硬化の明白な証拠、または前立腺基部上の非対称もしくは硬化によって臨床的に同定される。局所的に進行した前立腺癌は、腫瘍が前立腺被膜に侵入するかもしくは浸透するか、外科的な境界まで伸長するか、または精嚢に侵入する場合、現在、徹底的な前立腺切除後に生理学的に診断される。ネイティブなグリコシル化パターンを改変することは、本明細書中の目的のために、ネイティブ配列の109P1D4において見出される1つ以上の炭水化物部分を除去すること内在するグリコシル化部位を除去することによってか、または化学的手段および/もしくは酵素的手段によってグリコシル化を除去することによってのいずれかで、および/あるいはネイティブ配列の109P1D4に存在しない1つ以上のグリコシル化部位を付加することを意味することを意図する。さらに、この句は、ネイティブタンパク質のグリコシル化の質的な変化を含み、種々の炭水化物部分の存在の性質および比率の変化に関する。用語アナログは、構造的に類似するか、または別の分子と類似する特性もしくは一致する特性を共有する分子をいう例えば、109P1D4関連タンパク質。例えば、109P1D4タンパク質のアナログは、109P1D4に特異的に結合する抗体またはT細胞によって特異的に結合され得る。用語抗体は、最も広範な意味で使用される。従って、抗体は、天然に存在し得るか、または従来のハイブリドーマ技術によって産生されるモノクローナル抗体のような人工であり得る。抗109P1D4抗体は、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体ならびに抗原結合ドメインおよび/またはこれらの抗体の1つ以上の相補的決定領域を含むフラグメントを含む。抗体フラグメントは、標的に結合する免疫グロブリン分子の可変領域の少なくとも一部分すなわち、抗原結合領域として定義される。1つの実施形態において、これは、具体的には単一の抗109P1D4抗体およびそのクローンアゴニスト、アンタゴニストおよび中和抗体が挙げられるならびにポリエピトープのpolyepitopic特異性を有する抗109P1D4抗体組成物を包含する。用語コドン最適化配列は、約20未満の使用頻度を有する任意のコドンを置換することによって特定の宿主種について最適化されたヌクレオチド配列をいう。コドン最適化に加えて偽ポリアデニル化配列の除去、エキソン/イントロンスプライシングシグナルの除去、トランスポゾン様反復の除去および/またはGC含量の最適化によって、所定の宿主種における発現について最適化されたヌクレオチド配列は、本明細書中で発現増強配列と呼ばれる。コンビナトリアルライブラリーは、試薬のような多数の化学的基礎単位を組み合せることによる化学合成または生合成のいずれかによって生成された、多様な化学化合物の集合体である。例えば、直鎖上のコンビナトリアル化学ライブラリー例えば、ポリペプチド例えば、ムテインライブラリーは、所定の化合物の長さすなわち、ポリペプチド化合物におけるアミノ酸の数についての可能なあらゆる方法でアミノ酸と呼ばれる化学的基礎単位を併用することによって形成される。多数の化学化合物が、このような化学基礎単位のコンビナトリアル混合を通して合成されるGallopら、J.Med.Chem.379:1233-12511994。コンビナトリアルライブラリーの調製およびスクリーニングは、当業者に周知である。このようなコンビナトリアル化学ライブラリーとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:ペプチドライブラリー例えば、米国特許第5,010,175号、Furka,Pept.Prot.Res.37:487-4931991,Houghtonら、Nature,354:84-881991を参照のこと、ペプトイドPCT公開番号WO91/19735、コードペプチドPCT公開WO93/20242、ランダムバイオ-オリゴマーPCT公開WO92/00091、ベンゾジアゼピン米国特許第5,288,514号、ディバーソマーdiversomer例えば、ヒダントイン、ベンゾジアゼピンおよびジペプチドHobbsら、Proc.Nat.Acad.Sci.USA90:6909-69131993、ビニルロゴアスvinylogousポリペプチドHagiharaら、J.Amer.Chem.Soc.114:65681992、β-D-グルコース骨格を有する非ペプチダルペプチド模倣物Hirschmannら、J.Amer.Chem.Soc.114:9217-92181992、類似の小化合物ライブラリーの有機合成Chenら、J.Amer.Chem.Soc.116:26611994、オリゴカーボネートChoら、Science261:13031993および/またはペプチジルホスホネートCampbellら、J.Org.Chem.59:6581994。一般的に、Gordonら、J.Med.Chem.37:13851994、核酸ライブラリー例えば、Stratagene,Corp.を参照のこと、ペプチド核酸ライブラリー例えば、米国特許第5,539,083号を参照のこと、抗体ライブラリー例えば、Vaughnら、NatureBiotechnology143:309-3141996およびPCT/US96/10287を参照のこと、炭水化物ライブラリー例えば、Liangら、Science274:1520-15221996および米国特許第5,593,853号を参照のことおよび有機低分子ライブラリー例えば、ベンゾジアゼピン、Baum,CEN,1月18日,33頁1993;イソプレノイド、米国特許第5,569,588号;チアゾリジノンおよびメタチアザノン、米国特許第5,549,974号;ピロリジン、米国特許第5,525,735号および同第5,519,134号;モルホリノ化合物、米国特許第5,506,337号;ベンゾジアゼピン、米国特許第5,288,514号;などを参照のこと。コンビナトリアルライブラリーの調製のためのデバイスは、市販されている例えば、357NIPS、390NIPS、AdvancedChemTech,LouisvilleKY;Symphony,Rainin,Woburn,MA;433A,AppliedBiosystems,FosterCity,CA;9050,Plus,Millipore,Bedford,NIA。多数の周知のロボットシステムもまた、液相の化学のために開発されている。これらのシステムとしては、自動化ワークステーション例えば、TakedaChemicalIndustries,LTD.Osaka,Japanによって開発された自動化合成装置およびロボットアームを利用する多くのロボットシステムZymateH,ZymarkCorporation,Hopkinton,Mass.;Orca,Hewlett-Packard,PaloAlto,Calif.これは、化学者によって実行される手動合成操作を模倣するが挙げられる。任意の上記のデバイスは、本発明で使用するのに適切である。本明細書中に記載されるように作動し得るように、これらのデバイスに対する性質および実施の改変ある場合は、当業者に理解される。さらに、多数のコンビナトリアルライブラリーは、それら自体が市販されている例えば、ComGenex,Princeton,NJ;Asinex,Moscow,RU;Tripos,Inc.,St.Louis,MO;ChemStar,Ltd,Moscow,RU;3DPharmaceuticals,Exton,PA;MartekBiosciences,Columbia,MD;など。用語細胞傷害性薬剤は、細胞の発現活性、細胞の機能を阻害するかまたは防止し、そして/あるいは細胞の破壊を引き起こす物質をいう。この用語は、放射活性同位体化学療法剤および毒素例えば、低分子毒素または細菌起源、真菌起源、植物起源または動物起源の酵素的活性毒素フラグメントおよび/またはその改変体を含むを含むことが意図される。細胞傷害性薬剤の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:アウリスタチンauristatin、アウロマイシンauromycin、マイタンシノイドmaytansinoid、イットリウム、ビスマス、リシン、リシンA鎖、コンブレスタチンcombrestatin、デゥオカルマイシンduocarmycin、ドロスタチンdolostatin、ドキソルビシン、ダウノルビシン、タキソール、シスプラチン、cc1065、エチジウムブロマイド、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ジヒドロキシアントラシンジオン、アクチノマイシン、ジフテリア毒素、Pseudomonas外毒素PEA、PE40、アブリン、アブリンA鎖、モデシンmodeccinA鎖、α-サルシンsarcin、ゲロニンgelonin、マイトゲリンmitogellin、レトストリクトシンretstrictocin、フェノマイシン、エノマイシン、クリシンcuricin、クロチンcrotin、カリケアマイシンcalicheamicin、Sapaonariaofficinalisインヒビター、およびグルココルチコイド、ならびに他の化学療法剤、ならびに放射性同位元素例えばAt211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212またはBi213、P32およびLuの放射性同位体Lu177を含む。抗体はまた、活性形態にプロドラッグを変換し得る抗癌プロドラッグ活性化酵素に結合され得る。遺伝子産物は、本明細書中でタンパク質またはmRNAと称されることもある。例えば、本発明の遺伝子産物は、本明細書中で癌アミノ酸配列、癌タンパク質、表Iに列挙される癌のタンパク質、癌mRNA、表Iに列挙される癌のmRNAなどと称されることもある。1つの実施形態において、癌タンパク質は、図2の核酸によってコードされる。癌タンパク質は、フラグメントであり得、あるいは図2の核酸によってコードされるフラグメントに対する全長タンパク質であり得る。1つの実施形態において、配列同一性または配列類似性を決定するために癌アミノ酸配列が使用される。別の実施形態において、配列は、図2の核酸によってコードされるタンパク質の天然に存在する対立遺伝子改変体である。別の実施形態において、配列は、本明細書中にさらに記載されるような配列改変体である。特定の核酸またはタンパク質産物の存在、非存在、定量化または他の特性についての高スループットスクリーニングアッセイは、当業者に周知である。同様に、結合アッセイおよびレポーター遺伝子アッセイは周知である。従って、米国特許第5,559,410号は、タンパク質の高スループットスクリーニング方法を開示し;米国特許第5,585,639号は、核酸結合すなわち、アレイにおいてについての高スループットスクリーニング方法を開示し;一方、米国特許第5,576,220号および同第5,541,061号は、リガンド/抗体結合についての高スループットスクリーニング法を開示する。さらに、高スループットスクリーニングシステムは、市販されている例えば、AmershamBiosciences,Piscataway,NJ;ZymarkCorp.,Hopkinton,MA;AirTechnicalIndustries,Mentor,OH;BeckmanInstruments,Inc.Fullerton,CA;PrecisionSystems,Inc.,Natick,MA;などを参照のこと。これらのシステムは、代表的には、全てのサンプルおよび試薬をピペッティングする工程、液体を調合する工程、定時インキュベーションの工程および最終的にアッセイに適切な検出器でマイクロプレートを読み取る工程を包含する全体の手順を自動化する。これらの構造化可能なシステムは、高スループットおよび迅速な起動ならびに高度な順応性および特別生産性customizationを提供する。このようなシステムの製造は、種々の高スループットシステムについて詳細なプロトコルを提供する。従って、例えば、ZymarkCorp.は、遺伝子転写、リガンド結合などの調節を検出するためのスクリーニングシステムを記載する技術的な提示を提供する。用語ホモログは、別の分子例えば、対応する位置で同様かまたは類似である化学残基の配列を有する分子と相同性を示す、分子をいう。ヒト白血球抗原またはHLAは、ヒトのクラスIまたはクラスIIの主要組織適合抗原複合体MHCタンパク質である例えば、Stitesら、IMMUNOLOGY,第8編.,LangePublishing,LosAltos,CA1994を参照のこと。ポリヌクレオチドの状況で使用される、用語ハイブリダイズするhybridize、ハイブリダイズするhybridizing、ハイブリダイズするhybridizesなどは、従来のハイブリダイゼーション条件好ましくは、例えば、50のホルムアミド/6×SSC/0.1のSDS/100μg/mlのssDNA中でのハイブリダイゼーションをいうことが意味される。ここでは、ハイブリダイゼーションの温度は37°Cを超え、そして0.1×SSC/0.1のSDS中での洗浄のための温度は55°Cより高い。句単離されたまたは生物学的に純粋は、ネイティブな状態で見出されるような物質を通常伴う構成要素を実質的にまたは本質的に含まない物質をいう。従って、本発明に従う単離されたペプチドは、好ましくはインサイチュ環境においてペプチドに通常付随する物質を含まない。例えば、ポリヌクレオチドは、109P1D4遺伝子以外の遺伝子に対応するかまたは相補的であるか、あるいは109P1D4遺伝子産物またはそのフラグメント以外のポリペプチドをコードする混入物のポリヌクレオチドから実質的に分離される場合、単離されると言われる。当業者は、単離された109P1D4ポリヌクレオチドを得るために核酸単離手順を容易に利用し得る。タンパク質は、例えば、物理的方法、機械的方法または化学的方法が、タンパク質に通常付随する細胞の成分から109P1D4タンパク質を除去するために利用される場合、単離されたと言われる。当業者は、単離された109P1D4タンパク質を得るために標準的な精製方法を容易に利用し得る。あるいは、単離されたタンパク質は、化学的手段によって調製され得る。用語哺乳動物は、哺乳動物マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマおよびヒトを含むに分類される任意の生物をいう。本発明の1つの実施形態において、哺乳動物はマウスである。本発明の別の実施形態において、哺乳動物はヒトである。用語転移性の前立腺癌および転移性の疾患は、局所的なリンパ節または離れた部位に拡大した前立腺癌を意味し、そしてAUAシステムのもとでのステージDの疾患、およびTNMシステムのもとでのステージT×N×Mを含むように意味される。局所的に進行した前立腺癌の症例における場合には、外科手術は、一般的には、転移性の疾患を有している患者については意図されず、そしてホルモンアンドロゲンの切除治療が、好ましい処置様式である。転移性の前立腺癌を有している患者は、最終的には、処置の開始の12~18ヶ月以内のアンドロゲン治療不応性状態を発症する。これらのアンドロゲン治療不応性の患者のほぼ半分が、その状態の発症後6ヶ月以内に死亡する。前立腺癌の転移の最も一般的な部位は骨である。前立腺癌の骨転移は、しばしば、骨溶解性よりもむしろ骨芽細胞性すなわち、正味の骨の形成を生じるである。骨転移は、脊椎においてもっとも頻繁に見出され、大腿骨、骨盤、肋骨郭ribcage、頭蓋骨、および上腕骨が続く。他の一般的な転移の部位として、リンパ節、肺、肝臓、および脳が挙げられる。転移性の前立腺癌は、代表的には、開放性骨盤リンパ腺切除または腹腔鏡による骨盤リンパ腺切除、全身の放射性核種スキャン、骨格のレントゲン撮影、および/あるいは骨の病変の生検によって、診断される。本明細書中で使用する場合、用語モジュレーターもしくは試験化合物もしくは薬物候補またはそれらの同義語grammaticalequivalentsは、癌の表現型もしくは癌配列の発現例えば、核酸配列またはタンパク質配列、または癌配列の影響例えば、シグナル伝達、遺伝子発現、タンパク質相互作用などを直接的または間接的に変更する能力について試験される任意の分子例えば、タンパク質、オリゴペプチド、有機低分子、多糖類、ポリヌクレオチドなどを意味する。1つの局面において、モジュレーターは、本発明の癌タンパク質の影響を中和する。中和するは、タンパク質の活性が、細胞に対する持続的な効果と共に、阻害またはブロックされることを意味する。別の局面において、モジュレーターは、本発明の遺伝子、およびその対応するタンパク質の影響を、そのタンパク質レベルを正常にすることによって、中和する。好ましい実施形態において、モジュレーターは、発現プロフィール、または本明細書中で提供される核酸もしくはタンパク質の発現プロフィール、または下流のエフェクター経路を変更する。1つの実施形態において、モジュレーターは、癌の表現型例えば、正常な組織フィンガープリントに対する表現型を抑制する。別の実施形態において、モジュレーターは、癌の表現型を誘導する。一般的に、複数のアッセイ混合物が、異なる試薬濃度で平行に実施され、種々の濃度に対する異なる応答が得られる。代表的には、これらの濃度のうちの1つが、ネガティブコントロールすなわち、ゼロ濃度または検出レベル以下として機能する。モジュレーター、薬物候補、または試験化合物は、多くの化学クラスを含むが、代表的に、それらは、有機分子、好ましくは、100ダルトンより大きく約2,500ダルトンよりも小さい分子量を有する小さい有機化合物である。好ましい低分子は、2000D未満、または1500D未満または1000D未満または500D未満である。候補因子は、タンパク質との構造的相互作用特に、水素結合に必要な官能基を含み、そして代表的には、少なくとも1つのアミン基、カルボニル基、ヒドロキシル基、またはカルボキシル基を含み、好ましくは、少なくとも2つの機能的化学基を含む。候補因子は、頻繁に、上記官能基の1つ以上で置換された環炭素もしくは複素環構造および/または芳香族構造もしくは多芳香族構造を含む。モジュレーターはまた、ペプチド、糖類、脂肪酸、ステロイド、プリン、ピリミジン、誘導体、構造的アナログ、またはそれらの組み合わせのような生体分子を含む。ペプチドが特に好ましい。1つのモジュレーターのクラスは、ペプチド、例えば、約5~約35アミノ酸のペプチドであり、約5~約20アミノ酸が好ましく、約7~約15アミノ酸が特に好ましい。好ましくは、癌モジュレータータンパク質は、可溶性であり、非膜貫通領域を含み、そして/または可溶性を補助するN末端Cysを有する。1つの実施形態において、フラグメントのC末端は、遊離酸として維持され、そしてN末端は、カップリングすなわち、システインへのカップリングを補助するための遊離アミンである。1つの実施形態において、本発明の癌タンパク質は、本明細書中で議論されるような免疫原性因子に結合される。1つの実施形態において、癌タンパク質は、BSAに結合される。本発明のポリペプチド例えば、好ましい長さのポリペプチドは、互いに連結され得るか、または他のアミノ酸に連結され、より長いペプチド/タンパク質を生成し得る。モジュレーターペプチドは、上記で概説されるような、天然に存在するタンパク質の消化産物、ランダムペプチド、または偏ったランダムペプチドであり得る。好ましい実施形態において、ペプチド/タンパク質ベースのモジュレーターは、本明細書中で定義されるような抗体およびそのフラグメントである。癌のモジュレーターは、また、核酸であり得る。核酸調節因子は、天然に存在する核酸、ランダム核酸、または偏ったランダム核酸であり得る。例えば、原核生物ゲノムまたは真核生物ゲノムの消化産物は、タンパク質について上述したのと類似のアプローチで使用され得る。用語モノクローナル抗体とは、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体をいう。すなわち、この集団を含む抗体は、天然に存在するあり得る変異少量で存在するを除いて同一であることをいう。109P1D4関連タンパク質の生物学的モチーフとしてのモチーフは、タンパク質の一次配列の一部を形成するアミノ酸の任意のパターン特定の機能例えば、タンパク質-タンパク質相互作用、タンパク質-DNA相互作用など、または改変例えば、リン酸化、グリコシル化、もしくはアミド化、または局在例えば、分泌配列、核局在化配列などに関連する、あるいは免疫原性体液性または細胞性のいずれかと関連する配列をいう。モチーフは、一般的に特定の機能または特性に関連する特定の位置に隣接するか、または整列し得るかのいずれかであり得る。HLAモチーフの前後関係において、モチーフとは、特定のHLA分子によって認識される、規定された長さのペプチドにおける残基通常、クラスIHLAモチーフに対する約8~約13のアミノ酸、およびクラスIIHLAモチーフに対する約6~約25のアミノ酸のペプチドのパターンをいう。HLA結合についてのペプチドモチーフは、代表的に、各ヒトHLA対立遺伝子によってコードされる各タンパク質について異なり、そして一次アンカー残基および二次アンカー残基のパターンにおいて異なる。薬学的な賦形剤とは、アジュバント、キャリア、pH調整剤および緩衝剤、等張剤、湿潤剤、保存剤などのような物質を含む。薬学的に受容可能なとは、非毒性、不活性および/またはヒトもしくは他の哺乳動物と生理学的に適合する組成物をいう。用語ポリヌクレオチドは、少なくとも10個の塩基または塩基対の長さのヌクレオチドの多型性の形態リボヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドのいずれか、あるいはいずれかのヌクレオチドの型の改変された形態を意味し、そして一本鎖および二本鎖の形態のDNAおよび/またはRNAを含むことを意味する。当該分野において、この用語は、必要であれば、しばしばオリゴヌクレオチドと相互に使用される。ポリヌクレオチドは、本明細書中で開示されたヌクレオチド配列を含み得、ここでチミジンT例えば、図2に示されるようなはまたウラシルUであり得る;この定義は、DNAおよびRNAの化学的構造間の違い、特に4つの主な塩基のうち1つがRNAでは、チミジンTの代わりにウラシルUであるという知見に関連する。用語ポリペプチドは、少なくとも約4、5、6、7または8アミノ酸のポリマーを意味する。本明細書を通して、アミノ酸についての標準的な3文字表記または1文字表記が使用される。当該分野において、この用語は、しばしばペプチドまたはタンパク質と相互に使用される。HLAの一次アンカー残基は、免疫原性ペプチドとHLA分子との間に接触点を提供することが理解される、ペプチド配列に沿う特定の位置でのアミノ酸である。1~3つ、通常2つの、規定された長さのペプチド内の一次アンカー残基は、一般的に、免疫原性ペプチドに対するモチーフを規定する。これらの残基は、HLA分子のペプチド結合グルーブと、この結合グローブの特異的ポケットに埋め込まれたそれらの側鎖とを密接に接触して適合されることが理解される。1つの実施形態において、例えば、HLAクラスI分子についての一次アンカー残基は、本発明に従って、アミノ末端位置から2位、そしてカルボキシ末端位置の残基ペプチドエピトープ8位、9位、10位、11位または12位に局在される。あるいは、別の実施形態において、HLAクラスII分子に結合するペプチドの一次アンカー残基は、ペプチドの末端ではなく、互いに関連して間隔をおいて配置される。ここで、ペプチドは、一般に少なくとも9アミノ酸長である。各モチーフおよびスーパーモチーフsupermotifについての一次アンカーの位置は、表IVに示される。例えば、アナログペプチドは、表IVに示される、一次アンカーの位置および/または二次アンカーの位置における特定の残基の存在または非存在を変更することによって作製され得る。このようなアナログは、特定のHLAモチーフまたはスーパーモチーフを含むペプチドの結合親和性および/または集団範囲populationcoverageを調節するために使用される。放射性同位体としては以下が挙げられるが、これらに限定されない非限定的な例示的用途もまた示される:医療用アイソトープの例:アイソトープ使用の説明アクチニウム-225AC-225トリウム-229Th-229参照のことアクチニウム-227AC-227癌すなわち、乳癌および前立腺癌および癌放射免疫療法から生じる骨格内の転移の処置、に使用するα放射体であるラジウム-223Ra-223の親ビスマス-212Bi-212トリウム-228Th-228参照のことビスマス-213Bi-213トリウム-229Th-229参照のことカドミウム-109Cd-109癌検出コバルト-60Co-60癌の放射線治療、食品照射、および医薬品の殺菌のための放射線源銅-64Cu-64癌治療およびSPECT画像診断に使用される陽電子放射体銅-67Cu-67癌放射免疫療法および診断検査すなわち、乳癌、結腸癌およびリンパ腫に用いられるβ/γ放射体ジスプロシウム-166Dy-166癌放射免疫療法エルビウム-169Er-169特に手指および足指と結合している小さな関節についての関節リウマチ治療ユーロピウム-152Eu-152食品照射、および医薬品の殺菌のための放射線源ユーロピウム-154Eu-154食品照射、および医薬品の殺菌のための放射線源ガドリニウム-153Gd-153骨粗鬆症検出および原子力の医学的品質保証デバイス金-198Au-198移植ならびに卵巣癌、前立腺癌、および脳癌の腔内治療ホルミウム-166Ho-166標的化された骨治療における多発性骨髄腫治療、癌放射免疫療法、骨髄切断、および関節リウマチ治療ヨウ素-125I-125骨粗鬆症検出、画像診断、追跡薬物、脳癌治療、放射標識、腫瘍画像診断、脳内の受容体のマッピング、間質放射治療、前立腺癌治療の近接照射療法、糸球体濾過速度GFRの測定、血漿量の測定、脚の深部静脈血栓の検出ヨウ素-131I-131甲状腺機能評価、甲状腺疾患の検出、甲状腺癌および別の非悪性甲状腺疾患すなわち、グレーヴズ疾患、甲状腺腫、および甲状腺機能亢進症の治療、放射免疫療法を用いた白血病、リンパ腫、および別の癌の形態例えば、乳癌の治療イリジウム-192Ir-192近接照射療法、脳腫瘍および脊髄腫の治療、動脈閉塞すなわち、動脈硬化症および再狭窄の治療、ならびに胸部腫瘍および前立腺腫瘍のためのインプラントルテチウム-177Lu-177癌放射免疫療法および動脈閉塞の治療すなわち、動脈硬化症および再狭窄モリブデン-99Mo-99脳、肝臓、肺、心臓、および別の器官の画像診断に使用されるテクネチウム-99mTc-99mの親。現在、Tc-99mは、脳、心臓、肝臓、肺を含む種々の癌および疾患の画像診断のために使用される;また、脚の深部静脈血栓の検出に使用される放射性同位体のうち最も広く使用されている。オスミウム-194Os-194癌放射免疫療法パラジウム-103Pd-103前立腺癌治療白金-195mPt-195mシスプラチン、化学療法薬物の体内分布および代謝の検査リン-32P-32真性多血症血球疾患および白血病の治療、骨の癌の診断/治療;結腸癌、膵臓癌、および肝臓癌の治療;インビトロ検査のための核酸の放射標識、表面腫瘍の診断、動脈閉塞すなわち、動脈硬化症および再狭窄の治療、ならびに体腔内治療リン-33P-33白血病治療、骨疾患の診断/治療、放射標識、および動脈閉塞すなわち、動脈硬化症および再狭窄の治療ラジウム-223Ra-223アクチニウム-227Ac-227参照レニウム-186Re-186骨の癌の疼痛の軽減、関節リウマチ治療、ならびに放射免疫療法を用いたリンパ腫、骨の癌、乳癌、結腸癌、および肝臓癌の診断、および治療レニウム-188Re-188放射免疫療法を用いた癌の診断および治療、骨の癌の疼痛の軽減、慢性関節リウマチの治療、および前立腺癌の治療ロジウム-105Rh-105癌放射免疫療法サマリウム-145Sm-145眼の癌の治療サマリウム-153Sm-153癌放射免疫療法および骨の癌の疼痛の軽減スカンジウム-47Sc-47癌放射免疫療法および骨の癌の疼痛の軽減セレニウム-75Se-75脳の検査に用いられる放射性トレーサー、γ-シンチグラフィーを用いた副腎皮質の画像診断、ステロイド分泌腫瘍の側方位置、膵臓のスキャンニング、副甲状腺機能亢進症の検出、内因性プールからの胆汁酸減少率の測定ストロンチウム-85Sr-85骨の癌の検出および脳のスキャンストロンチウム-89Sr-89骨の癌の疼痛の軽減,多発性骨髄腫治療、および骨芽細胞の治療テクネチウム-99mTc-99mモリブデン-99Mo-99参照のことトリウム-228Th-228癌放射免疫療法に用いられるα放射体であるビスマス-212Bi-212の親トリウム-229Th-229癌放射免疫療法に用いられるα放射体であるアクチニウム-225Ac-225の親およびビスマス-213Bi-213の祖父母ツリウム-170Tm-170血液照射器のためのγ線源、移植用の医学的デバイスのためのエネルギー源スズ-117mSn-117m癌放射免疫療法および骨の癌の疼痛の軽減タングステン-188W-188癌の診断/治療、骨の癌の疼痛の軽減、慢性関節リウマチ治療、および動脈閉塞すなわち、動脈硬化症および再狭窄の治療に使用されるレニウム-188Re-188に対する親キセノン-127Xe-127脳障害の神経画像診断、高解像度SPECT検査、肺機能検査、および脳血流検査イッテルビウム-175Yb-175癌放射免疫療法イットリウム-90Y-90肝臓癌治療ためのイットリウム-89Y-89の照射から得られるマイクロ種イットリウム-91Y-91癌放射免疫療法すなわち、リンパ腫、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肺癌、卵巣癌、前立腺癌、膵臓癌、ならびに手術不能の肝臓癌に使用されるイットリウム-90Y-90のγ放射標識核酸およびタンパク質において本明細書中で適用される、無作為化ランダム化された、またはその文法的に等価なものは、それぞれ、核酸およびペプチドの各々が、本質的に無作為化された、ヌクレオチドおよびアミノ酸からなることを意味する。これらの無作為化されたペプチドまたは、本明細書中で議論されるような核酸は、任意の位置で任意のヌクレオチドまたはアミノ酸を取り込み得る。この合成プロセスは、無作為したタンパク質または核酸を生成して、配列の長さ部分にわたって可能な組合せの全てまたは殆どの形成を可能にし、それによって無作為化された候補生物活性タンパク質性薬剤のライブラリーを形成するように設計され得る。1つの実施形態において、ライブラリーが完全に無作為化され、いずれの位置においても、配列の傾向または配列の一定性は存在しない。別の実施形態において、このライブラリーは、偏って無作為化されたライブラリーである。すなわち、この配列内のいくつかの場所は、一定となるように保持されるかまたは、限定された確率で選択されるかのいずれかである。例えば、ヌクレオチド残基またはアミノ酸残基は、例えば、核酸結合ドメインの生成、架橋のためシステインの生成、SH3ドメインのためのプロリン、リン酸化部位などのためのセリン、スレオニン、チロシンまたはヒスチジンなど、あるいはプリンなどに対して、疎水性アミノ酸残基、親水性アミノ酸残基、空間的に偏りをもった小さいかまたは大きいかのいずれかの残基である、規定されたクラスの中で無作為化される。組換えDNA分子またはRNA分子は、インビトロでの分子操作に供されるDNA分子またはRNA分子である。低分子の非限定的な例としては、109P1D4リガンドに結合または相互作用する化合物ホルモン、神経ペプチド、ケモカイン、臭気剤、リン脂質、および結合し、そして好ましくは109P1D4タンパク質機能を阻害するそれらの機能等価物が挙げられるが挙げられる。このような非限定的な低分子は、好ましくは約10kDa未満の分子量、より好ましくは約9kDa、約8kDa、約7kDa、約6kDa、約5kDaまたは約4kDa未満の分子量を有する。特定の実施形態において、低分子は、109P1D4タンパク質と物理的に会合するか、または109P1D4タンパク質に結合する;天然に存在する代謝経路において見出されない;そして/または非水溶液よりも水溶液により可溶性である。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーは、当業者によって容易に決定可能であり、そして一般的には、プローブの長さ、洗浄温度、および塩濃度に依存する経験的な計算である。一般的には、より長いプローブは、適切なアニーリングのためにより高い温度を必要とし、一方、より短いプローブは、より低い温度を必要とする。ハイブリダイゼーションは、一般的には、それらの融解温度未満の環境下に相補鎖が存在する場合に、変性された核酸配列が再度アニーリングする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間で所望される相同性の程度が高ければ高いほど、使用され得る相対的な温度は高くなる。結果として、より高い相対的な温度が、反応条件をよりストリンジェントにする傾向があり、一方、より低い温度はあまりそうではないという結果になる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーのさらなる詳細および説明については、Ausubelら、CurrentProtocolsinMolecularBiology、WileyIntersciencePublishers,1995を参照のこと。ストリンジェントな条件、または高ストリンジェントな条件は、本明細書中で定義される場合は、以下によって同定され得るがこれらに限定されない:1洗浄のために低いイオン強度および高温例えば、0.015Mの塩化ナトリウム/0.0015Mのクエン酸ナトリウム/0.1のドデシル硫酸ナトリウム、50°Cを使用する;2変性剤例えば、ホルムアミドをハイブリダイゼーションの間に使用する例えば、0.1のウシの血清アルブミンを有する50v/vのホルムアミド/0.1のFicoll/0.1のポリビニルピロリドン/750mMの塩化ナトリウム、75mMのクエン酸ナトリウムを有するpH6.5の50mMの燐酸ナトリウム緩衝液、42°C;または350のホルムアミド、5×SSC0.75MのNaCl、0.075Mのクエン酸ナトリウム、50mMのリン酸ナトリウムpH6.8、0.1のピロリン酸ナトリウム、5×デンハルト溶液、超音波処理したサケの精子のDNA50μg/ml、0.1のSDS、および10のデキストラン硫酸を42°Cで使用し、0.2×SSC塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム中で42°Cで、そして50のホルムアミド中で55°Cで洗浄し、続いて55°CでEDTAを含有する0.1×SSCから構成される高ストリンジェンシーな洗浄を行う。中程度のストリンジェントな条件は、限定されないが、Sambrookら、MolecularCloning:ALaboratoryManual、NewYork:ColdSpringHarborPress、1989によって記載され、そして上記に記載されているハイブリダイゼーション条件よりもストリンジェントの低い洗浄溶液およびハイブリダイゼーション条件例えば、温度、イオン強度およびSDSの使用を含む。中程度のストリンジェントの条件の例は、20のホルムアミド、5×SSC150mMのNaCl、15mMのクエン酸三ナトリウム、50mMのリン酸ナトリウムpH7.6、5×デンハルト溶液、10のデキストラン硫酸、および20mg/mLの変性された剪断されたサケの精子のDNAを含有している溶液中で37°Cでの一晩のインキュベーション、続く1×SSC中での約37°C~50°Cでのフィルターの洗浄である。当業者は、プローブの長さなどの因子に順応させることが必要とされる場合には、温度、イオン強度などを調節するための方法を認識する。HLAのスーパーモチーフは、2つ以上のHLA対立遺伝子によってコードされるHLA分子によって共有されるペプチド結合特異的である。様々な人種集団におけるHLAスーパータイプの全表現型の頻度は、表IVFに示される。種々のスーパータイプの非限定的な構成要素は、以下のとおりである:異なるHLAスーパータイプの組み合わせによって得られる計算された集団の適用範囲は、表IVGに示される。本明細書中で使用される場合、処置することまたは処置的なおよび文法的に関連する用語は、疾患の任意の結果例えば、延長した生存、より少ない罹患率、および/または副作用代替的な治療形式の副産物;疾患の完全な撲滅が必要とされないの減少の任意の改善をいう。トランスジェニック動物例えば、マウスまたはラットは、導入遺伝子を含む細胞を有する動物であり、この導入遺伝子は、動物に導入されたか、または出生前例えば、胚の段階に動物の先祖に導入された。導入遺伝子は、トランスジェニック動物が発生する細胞のゲノム中に組込まれるDNAである。本明細書中で使用する場合、HLAまたは細胞性免疫応答ワクチンは、本発明の1つ以上のペプチドを含むか、またはコードする組成物をいう。このようなワクチン例えば1つ以上の別個のペプチド;ポリエピトープペプチドによって含まれる、本発明の1つ以上のペプチド;あるいはこのような別個のペプチドまたはポリエピトープ例えば、ポリエピトープペプチドをコードするミニ遺伝子をコードする核酸の多数の実施形態が存在する。1つ以上のペプチドは、1~150またはそれ以上例えば、本発明の少なくとも、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、または150以上のペプチドの任意の全整数単位が挙げられ得る。ペプチドまたはポリペプチドは、必要に応じて、例えば、脂質化、標的化配列または他の配列の付加によって改変され得る。本発明のHLAクラスIペプチドは、細胞傷害性Tリンパ球およびヘルパーTリンパ球の両方の活性化を促進させるために、HLAクラスIIペプチドと混合または連結され得る。HLAワクチンはまた、ペプチドパルス抗原提示細胞例えば、樹状細胞を含み得る。用語改変体とは、記載される型または基準例えば、特に記載されるタンパク質例えば、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の対応部分に、1つ以上の異なるアミノ酸残基を有するタンパク質からの改変を示す分子をいう。アナログは、改変タンパク質の例である。スプライシングアイソフォームおよび一塩基多型SNPは、改変体のさらなる例である。本発明の109P1D4関連タンパク質としては、本明細書中で具体的に同定されたタンパク質、ならびに対立遺伝子改変体、本明細書中に概説される方法または当該分野で用意に利用可能な方法に従って実験を実施することなく、単離/生成され得、そして特徴付けられ得る保存的置換改変体、アナログおよびホモログが挙げられる。異なる109P1D4タンパク質またはそのフラグメントの一部分に結合する融合タンパク質、ならびに109P1D4タンパク質および異種ポリペプチドの融合タンパク質もまた、含まれる。このような109P1D4タンパク質は、本発明のタンパク質である109P1D4関連タンパク質、または109P1D4として集合的に称される。用語109P1D4関連タンパク質とは、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25または25より多いアミノ酸;あるいは少なくとも30、35、40、45、50、55、60、65、70、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575または576以上のアミノ酸の、ポリペプチドフラグメントまたは109P1D4タンパク質配列をいう。II.109P1D4ポリヌクレオチド本発明の1つの局面は、109P1D4の遺伝子、mRNAおよび/またはコード配列の全てまたは一部に対応するかまたは相補的な、好ましくは単離形態のポリヌクレオチドを提供し、これには、109P1D4関連タンパク質をコードするポリヌクレオチドおよびそのフラグメント、DNA、RNA、DNA/RNAハイブリッド、および関連分子、109P1D4の遺伝子もしくはmRNA配列に相補的なポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチドまたはその一部、ならびに109P1D4の遺伝子、mRNA、または109P1D4コードポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチド集合的に109P1D4ポリヌクレオチドが挙げられる。この節において参照される場合、全ての例において、Tは、図2において、Uでもあり得る。109P1D4ポリヌクレオチドの実施形態としては、以下が挙げられる:図2に示される配列を有する109P1D4ポリヌクレオチド、図2に示されるような109P1D4ヌクレオチド配列ここで、TはUである;図2に示されるような配列を有するポリヌクレオチドの少なくとも10個連続するヌクレオチド;または図2に示される配列を有するポリヌクレオチドの少なくとも10個連続するヌクレオチドここで、TはUである。例えば、109P1D4ヌクレオチドの実施形態は、限定ではなく、以下を含む:I図2に示されるような配列を含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;II図2Aに示されるような配列の、ヌクレオチド残基番号876~ヌクレオチド残基番号3911終止コドンを含むを含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;III図2Bに示されるような配列の、ヌクレオチド残基番号503~ヌクレオチド残基番号3667終止コドンを含むを含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;IV図2Cに示されるような配列の、ヌクレオチド残基番号846~ヌクレオチド残基番号4889終止コドンを含むを含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;V図2Dに示されるような配列の、ヌクレオチド残基番号846~ヌクレオチド残基番号4859終止コドンを含むを含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;VI図2Eに示されるような配列の、ヌクレオチド残基番号846~ヌクレオチド残基番号4778終止コドンを含むを含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;VII図2Fに示されるような配列の、ヌクレオチド残基番号614~ヌクレオチド残基番号3727終止コドンを含むを含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;VIII図2Gに示されるような配列の、ヌクレオチド残基番号735~ヌクレオチド残基番号3881終止コドンを含むを含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;IX図2Hに示されるような配列の、ヌクレオチド残基番号735~ヌクレオチド残基番号4757終止コドンを含むを含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;X図2Iに示されるような配列の、ヌクレオチド残基番号514~ヌクレオチド残基番号3627終止コドンを含むを含むか、実質的にこのような配列からなるか、またはこのような配列からなる、ポリヌクレオチドここで、TはUでもあり得る;XI図2A~Iに示される全長アミノ酸配列に対して少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100相同な109P1D4関連タンパク質をコードするポリヌクレオチド;XII図2A~Iに示される全長アミノ酸配列に対して少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100同一な109P1D4関連タンパク質をコードするポリヌクレオチド;XIII表VIII~XXIおよびXXII~XLIXに示される少なくとも1つのペプチドをコードするポリヌクレオチド;XIV図5の親水性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3Aのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、1021までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XV図6のヒドロパシープロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3Aのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、1021までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XVI図7の接近可能残基のプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3Aのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、1021までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XVII図8の平均可撓性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3Aのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、1021までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XVIII図9のβ-ターンプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3Aのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、1021までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XIX図5の親水性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3B、3Cおよび/または3Dのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、それぞれ、1054、1347および/または1337までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XX図6のヒドロパシープロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3B、3Cおよび/または3Dのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、1054、1347および/または1337までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XXI図7の接近可能残基のプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3B、3Cおよび/または3Dのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、1054、1347および/または1337までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XXII図8の平均可撓性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3B、3Cおよび/または3Dのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、1054、1347および/または1337までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XXIII図9のβ-ターンプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3B、3Cおよび/または3Dのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、1054、1347および/または1337までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XXIV図5の親水性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3E、3F、3G、3Hおよび/または3Iのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、それぞれ、1310、1037、1048、1340および/または1037までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XXV図6のヒドロパシープロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3E、3F、3G、3Hおよび/または3Iのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、それぞれ、1310、1037、1048、1340および/または1037までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XXVI図7の接近可能残基のプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3E、3F、3G、3Hおよび/または3Iのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、それぞれ、1310、1037、1048、1340および/または1037までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XXVII図8の平均可撓性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3E、3F、3G、3Hおよび/または3Iのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、それぞれ、1310、1037、1048、1340および/または1037までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XXVIII図9のβ-ターンプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸位置を含む、図3E、3F、3G、3Hおよび/または3Iのペプチドの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸から、それぞれ、1310、1037、1048、1340および/または1037までの任意の整数の増分のペプチド領域をコードする、ポリヌクレオチド;XXIXI~XXVIIIのうちのいずれかのポリヌクレオチドに対して完全に相補的なポリヌクレオチド;XXXI~XXIXのうちのいずれかのポリヌクレオチドに対して完全に相補的なポリヌクレオチド;XXXII~XXXのうちのいずれかによりコードされるペプチド;ならびに;XXXII薬学的賦形剤と一緒の、および/またはヒト単位用量形態のI~XXXのうちのいずれかのポリヌクレオチドもしくはXXXIのペプチドを含有する組成物;XXXIII109P1Dを発現する細胞を調節する方法におけるI~XXXのうちのいずれかのポリヌクレオチドもしくはXXXIのペプチドまたはXXXIIの組成物を使用する方法;XXXIV109P1Dを発現する細胞を有する個体を診断、予防、予後もしくは処置する方法におけるI~XXXのうちのいずれかのポリヌクレオチドもしくはXXXIのペプチドまたはXXXIIの組成物を使用する方法;XXXV109P1Dを発現する細胞表Iに列挙される組織の癌由来の細胞を有する個体を診断、予防、予後もしくは処置する方法におけるI~XXXのうちのいずれかのポリヌクレオチドもしくはXXXIのペプチドまたはXXXIIの組成物を使用する方法;XXXVI癌を診断、予防、予後もしくは処置する方法におけるI~XXXのうちのいずれかのポリヌクレオチドもしくはXXXIのペプチドまたはXXXIIの組成物を使用する方法;XXXVII表Iに列挙される組織の癌を診断、予防、予後もしくは処置する方法におけるI~XXXのうちのいずれかのポリヌクレオチドもしくはXXXIのペプチドまたはXXXIIの組成物を使用する方法;ならびに;XXXVIII109P1D4を発現する細胞の調節因子を同定または特徴付けする方法におけるI~XXXのうちのいずれかのポリヌクレオチドもしくはXXXIのペプチドまたはXXXIIの組成物を使用する方法。本明細書中で使用する場合、ある範囲は、その全単位位置の全てを具体的に開示することが理解される。本明細書中に開示される本発明の代表的な実施形態としては、タンパク質および/またはそのフラグメントをコードするような109P1D4mRNA配列の特定の部分をコードする109P1D4ポリヌクレオチドおよびこのような配列に相補的なポリヌクレオチドが挙げられる例えば:a109P1D4改変体1の、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900、925、950、975、1000、1010、1020、および1021個またはそれ以上連続するアミノ酸;他の改変体に対して関連する最長の長さは:改変体2、1054アミノ酸:改変体3、1347アミノ酸:改変体4、1337アミノ酸:改変体5、1310アミノ酸:改変体6、1047アミノ酸:改変体7、1048アミノ酸:改変体8、1340アミノ酸および改変体9、1037アミノ酸である。例えば、本明細書中に開示される発明の代表的な実施形態としては、以下が挙げられる:図2または図3に示されるカルボキシル末端アミノ酸の末端に約10アミノ酸を加えた、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸1~約アミノ酸10をコードする、ポリヌクレオチドおよびコードされたペプチド自体、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸10~約アミノ酸20をコードするポリヌクレオチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸20~約アミノ酸30をコードするポリヌクレオチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸30~約アミノ酸40をコードするポリヌクレオチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸40~約アミノ酸50をコードするポリヌクレオチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸50~約アミノ酸60をコードするポリヌクレオチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸60~約アミノ酸70をコードするポリヌクレオチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸70~約アミノ酸80をコードするポリヌクレオチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸80~約アミノ酸90をコードするポリヌクレオチドをコードするポリヌクレオチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の約アミノ酸90~約アミノ酸100をコードするポリヌクレオチド。従って、109P1D4タンパク質のアミノ酸100~カルボキシル末端アミノ酸の約10アミノ酸のアミノ酸配列の部分をコードするポリヌクレオチドは、本発明の実施形態である。ここで、各特定のアミノ酸位置は、±5アミノ酸残基の位置を開示することが理解される。109P1D4タンパク質の比較的長い部分をコードするポリヌクレオチドもまた、本発明の範囲内である。例えば、図2または図3に示される109P1D4タンパク質またはその改変体の、約アミノ酸1または20または30または40など~約アミノ酸20または30または40または50などをコードするポリヌクレオチドは、当該分野で周知の種々の技術によって生成され得る。これらのポリヌクレオチドフラグメントは、図2に示されるような109P1D4配列の任意の部分を含み得る。本明細書中に開示される発明のさらなる例示的実施形態としては、109P1D4タンパク質配列または改変体配列内に含まれる1以上の生物学的モチーフをコードする109P1D4ポリヌクレオチドフラグメントが挙げられ、これには、表VIII~XXIおよびXXII~XLIXに示される109P1D4タンパク質または改変体の、1以上のモチーフ保有部分配列が挙げられる。別の実施形態において、本発明の代表的なポリヌクレオチドフラグメントは、既知の分子に対する相同性を示す109P1D4のタンパク質または改変体の、1以上の領域をコードする。本発明の別の実施形態において、代表的なポリヌクレオチドフラグメントは、109P1D4のタンパク質または改変体のN-グリコシル化部位、cAMP依存性およびcGMP依存性のプロテインキナーゼリン酸化部位、カゼインキナーゼIIリン酸化部位またはN-ミリストイル化部位、ならびにアミド化部位のうち1以上をコードし得る。その親タンパク質例えば、改変体1、改変体2などに対する、表VIII~XXIおよび表XXII~XLIX集合的に、HLAペプチド表に示される任意のペプチドのそれぞれの開始位置を決定するために、以下の3つの因子について言及がなされることに留意のこと:特定の改変体、HLAペプチド表中のペプチドの長さ、表VIIに列挙される検索ペプチド。一般に、独自の検索ペプチドが、特定の改変体についてのHLAペプチドを得るために使用される。そのそれぞれの親分子に関する各検索ペプチドの位置は、表VIIに列挙される。従って、検索ペプチドが位置Xで開始する場合、それらの親分子中のHLAペプチドの実際の位置を得るために、表VIII~XXIおよび表XXII~IL中の各位置に、X-1の値を加算しなければならない。例えば、特定の検索ペプチドがその親分子の位置150にて開始する場合、親分子中のアミノ酸の位置を計算するために、150-1すなわち、149を、各HLAペプチドのアミノ酸位置に加算しなければならない。II.A.109P1D4ポリヌクレオチドの用途II.A.1.遺伝子異常のモニタリング上記項目のポリヌクレオチドは、多数の異なる特定の用途を有する。ヒト109P1D4遺伝子は、109P1D4の染色体マッピングとの表題の実施例において示される染色体位置にマッピングされる。例えば、109P1D4遺伝子は、この染色体にマッピングされるので、109P1D4タンパク質の異なる領域をコードするポリヌクレオチドは、この染色体位置の細胞発生異常例えば、種々の癌に関連するとして同定された異常を特徴付けるために使用される。特定の遺伝子において、再編成を含む種々の染色体異常が、多数の異なる癌における頻繁な細胞発生的異常として同定されている例えば、Krajinovicら、Mutat.Res.3823-4:81-831998;Johanssonら、Blood8610:3905-39141995およびFingerら、P.N.A.S.8523:9158-91621988を参照のこと。従って、109P1D4タンパク質の特定の領域をコードするポリヌクレオチドは、悪性の表現型に寄与し得る、109P1D4をコードする染色体領域における細胞発生的異常を説明するために使用され得る、以前に可能であったツールよりもより正確な、新たなツールを提供する。この文脈において、これらのポリヌクレオチドは、より微妙な染色体異常およびあまり一般的でない染色体異常を同定するために、染色体スクリーニングの感受性を拡大することについての、当該分野における必要性を満たす例えば、Evansら、Am.J.Obstet.Gynecol1714:1055-10571994を参照のこと。さらに、109P1D4は、前立腺癌および他の癌において高度に発現されることが示されているので、109P1D4ポリヌクレオチドは、正常組織対癌性組織における109P1D4遺伝子産物の状態を評価する方法において使用される。代表的に、109P1D4タンパク質の特定の領域をコードするポリヌクレオチドは、109P1D4遺伝子の特定の領域例えば、1以上のモチーフを含む領域における乱れ例えば、抗原の喪失などを生じる欠失、挿入、点変異または改変の存在を評価するために使用される。例示的なアッセイとしては、RT-PCRアッセイおよび一本鎖コンホメーション多型SSCP分析例えば、Marrogiら、J.Cutan.Pathol.268:369-3781999を参照のことの両方が挙げられ、これらは両方とも、タンパク質内のこれらの領域を試験するために、タンパク質内の特定の領域をコードするポリヌクレオチドを利用する。II.A.2.アンチセンスの実施形態本明細書中に開示される本発明の、他の具体的に企図された核酸に関する実施形態は、ゲノムDNA、cDNA、リボザイムおよびアンチセンス分子、ならびに天然供給源由来であるか合成であるかにかかわらない、代替骨格に基づく核酸分子または代替塩基を含む核酸分子であり、そしてこれには、109P1D4のRNA発現またはタンパク質発現を阻害し得る分子が含まれる。例えば、アンチセンス分子は、塩基対依存的な様式でDNAまたはRNAに特異的に結合する、ペプチド核酸PNAまたは非核酸分子例えば、ホスホロチオエート誘導体を含む、RNAまたは他の分子であり得る。当業者は、本明細書中に開示される109P1D4のポリヌクレオチドおよびポリヌクレオチド配列を使用して、これらのクラスの核酸分子を容易に獲得し得る。アンチセンス技術は、細胞内に位置する標的ポリヌクレオチドに結合する外因性オリゴヌクレオチドの投与を伴う。用語アンチセンスは、このようなオリゴヌクレオチドが、その細胞内標的例えば、109P1D4に相補的であるという事実をいう。例えば、JackCohen、Oligodeoxynucleotides,AntisenseInhibitiorsofGeneExpression、CRCPress、1989;およびSynthesis1:1-51988を参照のこと。本発明の109P1D4アンチセンスオリゴヌクレオチドとしては、誘導体例えば、S-オリゴヌクレオチドホスホロチオエート誘導体またはS-オリゴ、JackCohen前出を参照のことが挙げられ、これは、増強された癌細胞増殖阻害活性を示す。S-オリゴヌクレオシドホスホロチオエートは、リン酸基の非架橋酸素原子が硫黄原子によって置換されている、オリゴヌクレオチドO-オリゴの等電子アナログである。本発明のS-オリゴは、3H-1,2-ベンゾジチオール-3-オン-1,1-ジオキシドこれは、硫黄転移試薬であるでの対応するO-オリゴの処理によって調製され得る。例えば、Iyer,R.P.ら、J.Org.Chem.55:4693-46981990;およびIyer,R.P.ら、J.Am.Chem.Soc.112:1253-12541990。本発明のさらなる109P1D4アンチセンスオリゴヌクレオチドとしては、当該分野で公知のモルホリノアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられる例えば、Partridgeら、1996、AntisenseNucleicAcidDrugDevelopment6:169-175を参照のこと。本発明の109P1D4アンチセンスオリゴヌクレオチドは、代表的に、109P1D4ゲノム配列または対応するmRNAの最初の100個の5’側コドンまたは最後の100個の3’側コドンに相補的であり、かつこれらと安定にハイブリダイズする、RNAまたはDNAであり得る。完全な相補性は必要ないが、高度な相補性が好ましい。この領域に相補的なオリゴヌクレオチドの使用によって、109P1D4mRNAへの選択的なハイブリダイゼーションは可能になるが、プロテインキナーゼの他の調節サブユニットを指定するmRNAへの選択的なハイブリダイゼーションは可能にならない。1つの実施形態において、本発明の109P1D4アンチセンスオリゴヌクレオチドは、109P1D4mRNAにハイブリダイズする配列を有するアンチセンスDNA分子の15~30マーのフラグメントである。必要に応じて、109P1D4アンチセンスオリゴヌクレオチドは、109P1D4の最初の10個の5’側コドンまたは最後の10個の3’側コドン中の領域に相補的な30マーのオリゴヌクレオチドである。あるいは、このアンチセンス分子は、109P1D4発現の阻害においてリボザイムを使用するように改変される例えば、L.A.CoutureD.T.Stinchcomb;TrendsGenet12:510-5151996を参照のこと。II.A.3.プライマーおよびプライマー対本発明のこのヌクレオチドのさらに特定の実施形態としては、プライマーおよびプライマー対これらは、本発明のポリヌクレオチドまたはその任意の特定の部分の特異的増幅を可能にする、ならびにプローブこれは、本発明の核酸分子またはその任意の部分に選択的にかまたは特異的にハイブリダイズするが挙げられる。プローブは、検出可能なマーカー例えば、放射性同位体、蛍光化合物、生体発光化合物、化学発光化合物、金属キレート剤または酵素で標識され得る。このようなプローブおよびプライマーは、サンプル中の109P1D4ポリヌクレオチドの存在を検出するため、および109P1D4タンパク質を発現する細胞を検出するための手段として使用される。このようなプローブの例としては、図2に示されるヒト109P1D4cDNA配列の全てまたは一部を含むポリヌクレオチドが挙げられる。109P1D4mRNAを特異的に増幅し得るプライマー対の例もまた、実施例に記載される。当業者によって理解されるように、非常に多数の異なるプライマーおよびプローブが、本明細書中に提供される配列に基づいて調製され得、そして109P1D4mRNAを増幅および/または検出するために有効に使用され得る。本発明の109P1D4ポリヌクレオチドは、種々の目的のために有用であり、その用途としては、限定ではなく以下が挙げられる:109P1D4遺伝子、mRNAもしくはそのフラグメントの増幅および/または検出のためのプローブおよびプライマーとして;前立腺癌および他の癌の診断および/または予後のための試薬として;109P1D4ポリペプチドの発現を指向し得るコード配列として;109P1D4遺伝子の発現および/または109P1D4転写物の翻訳を調節または阻害するためのツールとして;そして治療剤として。本発明は、天然に存在する供給源例えば、ヒトまたは他の哺乳動物由来の109P1D4核酸配列または109P1D4関連核酸配列を同定および単離するための、本明細書中に記載されるような任意のプローブの使用、ならびに単離された核酸配列自体これは、使用されるプローブ中に見出される配列の全てまたはほとんどを含むを包含する。II.A.4.109P1D4コード核酸分子の単離本明細書中に記載される109P1D4cDNA配列は、109P1D4遺伝子産物をコードする他のポリヌクレオチドの単離、ならびに109P1D4遺伝子産物ホモログ、代替的スプライシングされたアイソフォーム、対立遺伝子改変体および109P1D4遺伝子産物の変異形態をコードするポリヌクレオチドの単離、ならびに109P1D4関連タンパク質のアナログをコードするポリヌクレオチドの単離を可能にする。109P1D4遺伝子をコードする全長cDNAを単離するために使用され得る種々の分子クローニング方法が周知である例えば、Sambrook,J.ら、MolecularCloning:ALaboratoryManual、第二版、ColdSpringHarborPress、NewYork、1989;CurrentProtocolsinMolecularBiology.Ausubelら編、WileyandSons、1995を参照のこと。例えば、λファージクローニング方法論は、市販のクローニングシステム例えば、LambdaZAPExpress、Stratageneを使用して、簡便に使用され得る。109P1D4遺伝子のcDNAを含むファージクローンは、標識された109P1D4cDNAまたはそのフラグメントを用いて探索することによって、同定され得る。例えば、1つの実施形態において、109P1D4cDNA例えば、図2またはその一部が、合成され得、そして109P1D4遺伝子に対する重複および109P1D4遺伝子に対応する全長cDNAを検索するためのプローブとして使用され得る。109P1D4遺伝子自体は、ゲノムDNAライブラリー、細菌人工染色体ライブラリーBAC、酵母人工染色体ライブラリーYACなどを、109P1D4DNAのプローブまたはプライマーを用いてスクリーニングすることによって、単離され得る。II.A.5.組換え核酸分子および宿主-ベクター系本発明はまた、109P1D4ポリヌクレオチド、そのフラグメント、アナログ、またはホモログを含む組換えDNA分子またはRNA分子ファージ、プラスミド、ファージミド、コスミド、YAC、BAC、ならびに当該分野で周知の種々のウイルスベクターおよび非ウイルスベクターを含むがこれらに限定されない、およびこのような組換えDNA分子またはRNA分子で形質転換またはトランスフェクトされた細胞を提供する。このような分子を生成する方法は、周知である例えば、Sambrookら、1989、前出を参照のこと。本発明はさらに、適切な原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞中に109P1D4ポリヌクレオチド、そのフラグメント、アナログ、またはホモログを含む組換えDNA分子を含む、宿主-ベクター系を提供する。適切な真核生物宿主細胞の例としては、酵母細胞、植物細胞、または動物細胞例えば、哺乳動物細胞または昆虫細胞例えば、Sf9細胞またはHighFive細胞のようなバキュロウイルス感染性細胞が挙げられる。適切な哺乳動物細胞の例としては、種々の前立腺癌細胞株例えば、DU145およびTsuPr1、他のトランスフェクト可能または形質導入可能な前立腺癌細胞株、一次細胞PrEC、ならびに組換えタンパク質の発現のために慣用的に使用される多くの哺乳動物細胞例えば、COS細胞、CHO細胞、293細胞、293T細胞が挙げられる。より詳細には、109P1D4のコード配列を含むポリヌクレオチド、またはそのフラグメント、アナログ、もしくはホモログは、当該分野で慣用的に使用され、そして広範に知られている任意の多数の宿主-ベクター系を用いて、109P1D4タンパク質またはそのフラグメントを生成するために使用され得る。109P1D4タンパク質またはそのフラグメントの発現に適切な広範な範囲の宿主-ベクター系が利用可能である例えば、Sambrookら、1989、前出;CurrentProtocolsinMolecularBiology、1995、前出を参照のこと。哺乳動物での発現に好ましいベクターとしては、pcDNA3.1myc-His-tagInvitrogenおよびレトロウイルスベクターpSRαtkneoMullerら、1991、MCB11:1785が挙げられるがこれらに限定されない。これらの発現ベクターを用いて、109P1D4は、いくつかの前立腺癌細胞株および非前立腺細胞株例えば、293、293T、rat-1、NIH3T3、およびTsuPr1を含むにおいて発現され得る。本発明の宿主-ベクター系は、109P1D4タンパク質またはそのフラグメントを生成するのに有用である。このような宿主-ベクター系は、109P1D4および109P1D4改変体もしくはアナログの機能的特性を研究するために使用され得る。組換えヒト109P1D4タンパク質またはそのアナログもしくはホモログもしくはフラグメントは、109P1D4関連ヌクレオチドをコードする構築物でトランスフェクトされた哺乳動物細胞により産生され得る。例えば、293T細胞は、109P1D4またはそのフラグメント、アナログ、もしくはホモログをコードする発現プラスミドでトランスフェクトされ得、109P1D4関連タンパク質が、293T細胞中で発現され、そして組換え109P1D4タンパク質が、標準的な精製方法例えば、抗109P1D4抗体を用いるアフィニティー精製を用いて単離される。別の実施形態において、109P1D4コード配列は、レトロウイルスベクターpSRαMSVtkneo中にサブクローニングされ、そして109P1D4発現細胞株を樹立するために、種々の哺乳動物細胞株例えば、NIH3T3、TsuPr1、293、およびrat-1を感染するために使用される。当該分野で周知の種々の他の発現系もまた、使用され得る。109P1D4コード配列にインフレームで連結されたリーダーペプチドをコードする発現構築物は、分泌形態の組換え109P1D4タンパク質の生成のために使用され得る。本明細書中で議論されるように、遺伝コードの重複性は、109P1D4遺伝子配列におけるバリエーションを許容する。特に、特定の宿主種は、しばしば、特定のコドン優先性を有することが、当該分野で公知であり、従って、当業者は、開示された配列を、所望の宿主で優先されるよう適合し得る。例えば、優先されるアナログコドン配列は、代表的に、より高頻度のコドンと置きかえられた稀なコドンすなわち、所望の宿主の公知の配列において約20未満の使用頻度を有するコドンを有する。特定種についてのコドン優先性は、例えば、インターネット上例えば、URLdna.affrc.go.jp/~nakamura/codon.htmlで利用可能なコドン使用表を用いることによって算出される。さらなる配列の改変は、細胞性宿主におけるタンパク質発現を増強することが知られている。これらとしては、偽ポリアデニル化シグナルをコードする配列の除去、エキソン/イントロンスプライス部位シグナル、トランスポゾン様反復、および/または遺伝子発現に対して有害な他のこのような十分特徴付けられた配列が挙げられる。配列のGC含量は、所定の細胞性宿主について平均的なレベルその宿主細胞において発現される公知の遺伝子を参照することによって算出されるに調整される。可能な場合、配列は、予測されるヘアピン二次mRNA構造を回避するよう改変される。他の有用な改変としては、Kozak、Mol.Cell.Biol.、9:5073-50801989に記載されるような、オープンリーディングフレームの開始点での翻訳開始コンセンサス配列の追加が挙げられる。当業者は、真核生物リボソームが5’近位のAUGコドンで排他的に翻訳を開始という一般的な役割が、稀な条件下でのみ排除されることを理解する例えば、KozakPNAS927:2662-2666、1995およびKozakNAR1520:8125-81481987を参照のこと。III.109P1D4関連タンパク質本発明の別の局面は、109P1D4関連タンパク質を提供する。109P1D4タンパク質の特定の実施形態は、図2または図3に示されるようなヒト109P1D4のアミノ酸配列の全てまたは一部を有するポリペプチドを包含する。あるいは、109P1D4タンパク質の実施形態は、図2または図3に示される109P1D4のアミノ酸配列中に変更を有する改変体、ホモログ、またはアナログポリペプチドを包含する。109P1D4ポリペプチドの実施形態は、以下を含む:図2に示される配列を有する109P1D4ポリペプチド、図2に示される109P1D4のペプチド配列ここで、TはU;図2に示される配列を有するポリペプチドの、少なくとも10個の連続したヌクレオチド;または図2に示される配列を有するポリペプチドの、少なくとも10個の連続したペプチドここでTはU。例えば、109P1D4ペプチドの実施形態は、限定しないが、以下を含む:I図2A-Iまたは図3A-Iに示されるアミノ酸配列を含むか、本質的にそれらのアミノ酸配列からなるかまたは、それらのアミノ酸配列からなるタンパク質;II図2A-Iまたは図3A-Iに示されるアミノ酸配列全体と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100相同な109P1D4関連タンパク質;III図2A-Iまたは図3A-Iに示されるアミノ酸配列全体と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、99または100同一である109P1D4関連タンパク質;IV表VIII~XLIXに記載の少なくとも1つのペプチドただし、必要に応じて、このタンパク質は、図2のタンパク質全体ではないを含むタンパク質;Vまとめて、表VIII~XXIに記載の少なくとも1つのペプチドを含むタンパク質であり、このペプチドはまた、まとめて、表XXII~XLIXに記載され、ただし、このタンパク質は、必要に応じて図2のタンパク質全体ではない;VI表VIII~XLIXに記載のペプチドから選択される少なくとも2つのペプチドを含むタンパク質ただし、必要に応じて、このタンパク質は、図2のタンパク質全体ではない;VIIまとめて、表VIII~XLIXに記載のペプチドから選択される少なくとも2つのペプチドを含むタンパク質ただし、このタンパク質は、図2のアミノ酸配列由来の連続配列ではない;VIII表VIII~XXIに記載のペプチドから選択される少なくとも1つのペプチドを含むタンパク質;および表XXII~XLIXに記載のペプチドから選択される少なくとも1つのペプチチドを含むタンパク質であって、ただし、このタンパク質は、図2のアミノ酸配列由来の連続配列ではない;IX図3A、3B、3C、3Dおよび/または3E任意の全数の増加がそれぞれ1021、1054、1347、1337、および/または1310までのタンパク質の、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸を含むポリペプチドであって、このペプチドは、図5の親水性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する少なくとも1,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;X図3A、3B、3C、3Dおよび/または3E任意の全数の増加がそれぞれ1021、1054、1347、1337、および/または1310までのタンパク質の少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個のアミノ酸を含むポリペプチドであって、このポリペプチドは、図6のヒドロパシープロフィールにおいて0.5未満の値を有する、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;XI図3A、3B、3C、3Dおよび/または3E任意の全数の増加がそれぞれ1021、1054、1347、1337、および/または1310までのタンパク質の、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸を含むポリペプチドであって、このポリペプチドは、図7の接近可能残基のプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;XII図3A、3B、3C、3Dおよび/または3E任意の全数の増加がそれぞれ1021、1054、1347、1337、および/または1310までのタンパク質の、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸を含むポリペプチドであって、このポリペプチドは、図8の平均可撓性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;XIII図3A、3B、3C、3Dおよび/または3E任意の全数の増加がそれぞれ1021、1054、1347、1337、および/または1310までのタンパク質の少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸を含むポリペプチドであって、このポリペプチドは、図9のβターンプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;XIV図3F、3G、3Hおよび/または3I任意の全数の増加がそれぞれ1037、1048、1340、および/または1037までのタンパク質の、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸を含むポリペプチドであって、このペプチドは、図5の親水性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する少なくとも1,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;XV図3F、3G、3Hおよび/または3I任意の全数の増加がそれぞれ1037、1048、1340、および/または1037までのタンパク質の少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個のアミノ酸を含むポリペプチドであって、このポリペプチドは、図6のヒドロパシープロフィールにおいて0.5未満の値を有する、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;XVI図3F、3G、3Hおよび/または3I任意の全数の増加がそれぞれ1037、1048、1340、および/または1037までのタンパク質の、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸を含むポリペプチドであって、このポリペプチドは、図7の接近可能残基のプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;XVII図3F、3G、3Hおよび/または3I任意の全数の増加がそれぞれ1037、1048、1340、および/または1037までのタンパク質の、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸を含むポリペプチドであって、このポリペプチドは、図8の平均可撓性プロフィールにおいて0.5より大きい値を有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;XVIII図3F、3G、3Hおよび/または3I任意の全数の増加がそれぞれ1037、1048、1340、および/または1037までのタンパク質の少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35アミノ酸を含むポリペプチドであって、このポリペプチドは、図9のβターンプロフィールにおいて0.5より大きい値を有する少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35のアミノ酸位置を含む;XIXまとめて、表VIII~XXIおよび表XXII~XLIX中に少なくとも2回現れるペプチド;XXまとめて、表VIII~XXIおよび表XXII~XLIX中に少なくとも3回現れるペプチド;XXIまとめて、表VIII~XXIおよび表XXII~XLIX中に少なくとも4回現れるペプチド;XXIIまとめて、表VIII~XXIおよび表XXII~XLIX中に少なくとも5回現れるペプチド;XXIII表VIII~XXI中に少なくとも1回、そして表XXII~XLIX中に少なくとも1回現れるペプチド;XXIV表VIII~XXI中に少なくとも1回、そして表XXII~XLIX中に少なくとも2回現れるペプチド;XXV表VIII~XXI中に少なくとも2回、そして表XXII~XLIX中に少なくとも1回現れるペプチド;XXVI表VIII~XXI中に少なくとも2回、そして表XXII~XLIX中に少なくとも2回現れるペプチド;XXVII以下の特徴の1個、2個、3個、4個、または5個を含むかまたは、そのようなペプチドをコードするオリゴヌクレオチドを含むペプチド:i図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸の領域図3におけるタンパク質の全長までの任意の全数の増加においてであって、この領域は、図5の親水性プロフィールにおいて、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9と等しいかもしくはこれらの値より大きい値を有するか、または1.0と等しい値を有するアミノ酸位置を含む;ii図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸の領域図3におけるタンパク質の全長までの任意の全数の増加においてであって、この領域は、図6のヒドロパシープロフィールにおいて、0.5、0.4、0.3、0.2、0.1と等しいかもしくはこれらの値より小さい値を有するか、または0.0と等しい値を有するアミノ酸位置を含む;iii図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸の領域図3におけるタンパク質の全長までの任意の全数の増加においてであって、この領域は、図7の接近可能残基のプロフィールにおいて、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9と等しいかもしくは、これらの値より大きい値を有するか、または1.0と等しい値を有するアミノ酸位置を含む;iv図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸の領域図3におけるタンパク質の全長までの任意の全数の増加においてであって、この領域は、図8の平均可撓性プロフィールにおいて、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9と等しいかもしくは、これらの値より大きい値を有するか、または1.0と等しい値を有するアミノ酸位置を含む;v図3の特定のペプチドの少なくとも5アミノ酸の領域図3におけるタンパク質の全長までの任意の全数の増加においてであって、この領域は、図9のβターンプロフィールにおいて、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9と等しいかもしくは、これらの値より大きい値を有するか、または1.0と等しい値を有するアミノ酸位置を含む;XXVIII薬学的賦形剤と共に、かつ/またはヒト単位容量形態で、I~XXVIIのペプチド、または抗体もしくはその結合領域を含む、組成物;XXIX109P1D4を発現する細胞を調節するための方法における、I~XXVIIのペプチド、または抗体もしくはその結合領域またはXXVIIIの組成物を用いる、方法;XXX109P1D4を発現する細胞を有する個体を診断、予防、予知または処置するための方法における、I~XXVIIのペプチド、または抗体もしくはその結合領域、またはXXVIIIの組成物を用いる、方法;XXXI109P1D4を発現する細胞表Iに列挙される組織の癌に由来する上記の細胞を有する個体の診断、予防、予知、または処置するための方法における、I~XXVIIのペプチド、または抗体もしくはその結合領域、あるいはXXVIIIの組成物を用いる、方法;XXXII癌を診断、予防、予知、または処置するための方法における、I~XXVIIのペプチド、または抗体もしくはその結合領域、またはXXVIIIの組成物を用いる、方法;XXXIII表Iに列挙される組織の癌を診断、予防、予知、または処置するための方法における、I~XXVIIのペプチド、または抗体もしくはその結合領域、またはXXVIIIの組成物を用いる、方法;および、XXXIV109P1D4を発現する細胞の調節因子を同定するか、または特徴付けるための方法における、I~XXVIIのペプチド、または抗体もしくはその結合領域、またはXXVIIIの組成物を用いる、方法。本明細書中で使用する場合、ある範囲は、その全単位位置の全てを具体的に開示することが理解される。本明細書中に開示される発明の代表的な実施形態としては、109P1D4のmRNA配列の特定の部分をコードする109P1D4ポリヌクレオチドおよびこのような配列に相補的なポリヌクレオチドが挙げられる例えば、a109P1D4改変体1の、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900、925、950、975、1000、1010、1020、および1021またはそれ以上の連続するアミノ酸の、タンパク質および/またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド;他の改変体に関する最大長は:改変体2、1054アミノ酸;改変体3、1347アミノ酸、改変体4、1337アミノ酸、改変体5、1310アミノ酸、改変体6;1037アミノ酸、改変体7;1048アミノ酸、改変体8;1340アミノ酸、および改変体9;1037アミノ酸である。一般的に、ヒト109P1D4の天然に存在する対立遺伝子改変体は、高い程度の構造的同一性および相同性例えば、90以上の相同性を共有する。代表的に、109P1D4タンパク質の対立遺伝子改変体は、本明細書中に記載される109P1D4配列中に保存的アミノ酸置換を含むか、または109P1D4のホモログにおいて対応する位置からのアミノ酸の置換を含む。109P1D4対立遺伝子改変体の1つのクラスは、特定の109P1D4アミノ酸配列の少なくとも小部分と高い程度の相同性を共有するが、その配列由来の根本的な逸脱例えば、非保存的置換、短縮、挿入、またはフレームシフトをさらに含むタンパク質である。タンパク質配列の比較において、用語、類似性、同一性、および相同性は、各々、遺伝学分野で理解されるのと別個の意味を有する。さらに、オルソロジーおよびパラロジーは、ある生物における所定のタンパク質ファミリーのメンバーの、他の生物における同じファミリーのメンバーに対する関係を記載する重要な概念であり得る。アミノ酸略号は、表IIに提供される。保存的アミノ酸置換は、しばしば、そのタンパク質のコンホメーションまたは機能のいずれも変更することなくタンパク質中で起こり得る。本発明のタンパク質は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15の保存的置換を含み得る。このような変更としては、イソロイシンI、バリンV、およびロイシンLのいずれかの、これらの疎水性アミノ酸の他のいずれかでの置換;グルタミン酸Eでのアスパラギン酸Dの置換およびその逆;アスパラギンNでのグルタミンQの置換およびその逆;ならびにスレオニンTでのセリンSの置換およびその逆が挙げられる。他の置換もまた、特定のアミノ酸の環境およびそのタンパク質の三次元構造におけるその役割に依存して、保存的であるとみなされ得る。例えば、グリシンGおよびアラニンAは、しばしば、交換可能であり得、アラニンAおよびバリンVも同様であり得る。比較的疎水性のメチオニンMは、しばしば、ロイシンおよびイソロイシンと交換され得、そして時々、バリンと交換され得る。リジンKおよびアルギニンRは、しばしば、そのアミノ酸残基の重要な特徴がその電荷であり、これら2つのアミノ酸残基の異なるpKが重要でない位置で交換可能である。さらに他の変更は、特定の環境で保存的であるとみなされ得る例えば、本明細書中の表III;13~15頁Biochemistry第2版、LubertStryer編StanfordUniversity;Henikoffら、PNAS1992Vol8910915-10919;Leiら、JBiolChem1995年5月19日;27020:11882-6を参照のこと。本明細書中に開示される発明の実施形態として、109P1D4タンパク質の広範な種々の当該分野で受け入れられる改変体またはアナログ例えば、アミノ酸の挿入、欠失、および置換を有するポリペプチドが挙げられる。109P1D4改変体は、当該分野で公知の方法例えば、部位特異的変異誘発、アラニンスキャンニング、およびPCR変異誘発を用いて作製され得る。部位特異的変異誘発Carterら、Nucl.AcidsRes.、13:43311986;Zollerら、Nucl.AcidsRes.、10:64871987、カセット変異誘発Wellsら、Gene、34:3151985、制限選択変異誘発Wellsら、Philos.Trans.R.Soc.LondonSerA、317:4151986、または他の公知の技術が、109P1D4改変体DNAを生成するために、クローニングしたDNAにおいて実施され得る。スキャンニングアミノ酸分析はまた、特定の生物学的活性例えば、タンパク質-タンパク質相互作用に関連する連続配列に沿って1つ以上のアミノ酸を同定するのに使用され得る。比較的小さく、中性のアミノ酸が、好ましいスキャンニングアミノ酸に含まれる。このようなアミノ酸としては、アラニン、グリシン、セリン、およびシステインが挙げられる。アラニンは、代表的に、この群の中で好ましいスキャンニングアミノ酸である。なぜならば、アラニンは、β炭素の後ろの側鎖を排除し、そして改変体の主鎖のコンホメーションを変更する可能性がより低いからである。アラニンはまた、代表的に、それが、最も一般的なアミノ酸であるので好ましい。さらに、アラニンは、しばしば、埋もれた位置および露出した位置の両方において見出されるCreighton、TheProteins、W.H.FreemanCo.、N.Y.;Chothia,J.Mol.Biol.、150:11976。アラニン置換が、十分な量の改変体を生じない場合、等比体積のアミノ酸が使用され得る。本明細書中で規定される場合、109P1D4改変体、アナログ、またはホモログは、図3のアミノ酸配列を有する109P1D4タンパク質と交叉反応性である少なくとも1つのエピトープを有するという特徴的な特性を有する。この文で使用される場合、交叉反応性は、109P1D4改変体に特異的に結合する抗体またはT細胞がまた、図3に示されるアミノ酸配列を有する109P1D4タンパク質に特異的に結合することを意味する。ポリペプチドは、出発109P1D4タンパク質に特異的に結合する抗体またはT細胞により認識され得るいかなるエピトープも含まない場合、図3に示すタンパク質の改変体でなくなる。当業者は、タンパク質を認識する抗体が、異なる大きさのエピトープに結合し、そして約4または5アミノ酸オーダーの一群連続していようとしていまいとが、最小エピトープにおける代表的な数のアミノ酸とみなされることを理解する。例えば、Nairら、J.Immunol200016512:6949-6955;Hebbesら、MolImmunol1989269:865-73;Schwartzら、JImmunol19851354:2598-608を参照のこと。他のクラスの109P1D4関連タンパク質改変体は、図3のアミノ酸配列またはそのフラグメントと、70、75、80、85、または90以上の類似性を共有する。別の特定のクラスの109P1D4タンパク質改変体またはアナログは、本明細書中に記載されるかまたは当該分野で現在公知の109P1D4の生物学的モチーフの1つ以上を含む。従って、最初のフラグメントと比較して変更された機能的例えば、免疫原性特性を有する109P1D4フラグメント核酸またはアミノ酸のアナログは、本発明に包含される。現在当該分野の一部であるかまたは当該分野の一部となるモチーフが図2または図3の核酸配列またはアミノ酸配列に適用されることが理解される。本明細書中で議論されるように、本発明の実施形態は、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の全長未満のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。例えば、本発明の代表的な実施形態は、図2または図3に示される109P1D4タンパク質の任意の4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、またはそれ以上の連続するアミノ酸を有するペプチド/タンパク質を含む。さらに、本明細書中に開示される本発明の代表的な実施形態は、109P1D4アミノ酸配列全体を通して、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約1~アミノ酸約10からなるポリペプチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約10~アミノ酸約20からなるポリペプチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約20~アミノ酸約30からなるポリペプチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約30~アミノ酸約40からなるポリペプチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約40~アミノ酸約50からなるポリペプチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約50~アミノ酸約60からなるポリペプチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約60~アミノ酸約70からなるポリペプチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約70~アミノ酸約80からなるポリペプチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約80~アミノ酸約90からなるポリペプチド、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約90~アミノ酸約100からなるポリペプチドなどを含む。さらに、図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸約1または20または30または40など~アミノ酸約20または130または140または150などからなるポリペプチドが、本発明の実施形態である。この段落における開始位置および停止位置は、特定の位置およびその位置プラス5または残基マイナス5残基の位置をいうことが理解されるべきである。109P1D4関連タンパク質は、標準的なペプチド合成技術を用いてかまたは当該分野で周知の化学切断方法を用いて生成される。あるいは、組み換え方法が、109P1D4関連タンパク質をコードする核酸分子を生成するのに使用され得る。1つの実施形態において、核酸分子は、109P1D4タンパク質またはその改変体、ホモログ、またはアナログの規定されたフラグメントを生成する手段を提供する。III.A.モチーフ保有タンパク質の実施形態本明細書中に開示される本発明のさらなる例示の実施形態は、図2または図3に示される109P1D4ポリペプチド配列中に含まれる1つ以上の生物学的モチーフのアミノ酸残基を含む109P1D4ポリペプチドを包含する。種々のモチーフが当該分野で公知であり、そしてタンパク質は、多くの公に利用可能なインターネットサイト例えば、URLアドレス:pfam.wustl.edu/;searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/struc-predict.html;psort.ims.u-tokyo.ac.jp/;cbs.dtu.dk/;ebi.ac.uk/interpro/scan.html;expasy.ch/tools/scnpsit1.html;EpimatrixTMおよびEpimerTM、BrownUniversity、brown.edu/Research/TB-HIV_Lab/epimatrix/epimatrix.html;およびBIMAS、bimas.dcrt.nih.gov/を参照のことにより、このようなモチーフの存在について評価され得る。すべての109P1D4改変タンパク質の配列を保有するモチーフは、表VIII~XXIおよびXXII~XLIXにおいて示され、そして同定される。表Vは、pfamサーチURLアドレスpfam.wustl.edu/を参照のことに基づくいくつかの頻繁に生じるモチーフを示す。表Vのカラムは、1モチーフ名の略称、2このモチーフファミリーの異なるメンバーの間で見出された同一性、3モチーフ名または詳細、および4最も一般的な機能を列挙し;位置情報は、そのモチーフが位置に関連性がある場合に含まれる。先に議論された1つ以上の109P1D4モチーフを含むポリペプチドは、先に議論された109P1D4モチーフが増殖調節不全に関連するという観察の観点で、および109P1D4が特定の癌で過剰発現されるという理由から、悪性の表現型の特異的な特徴を解明するのに有用である例えば、表Iを参照のこと。カゼインキナーゼII、cAMPおよびcamp依存性プロテインキナーゼ、ならびにプロテインキナーゼCは、例えば、悪性の表現型の発現に関連することが公知である酵素である例えば、Chenら、LabInvest.、782:165-1741998;Gaiddonら、Endocrinology13610:4331-43381995;Hallら、NucleicAcidsResearch246:1119-11261996;Peterzielら、Oncogene1846:6322-63291999、およびO’Brian、Oncol.Rep.52:305-3091998を参照のこと。さらに、グリコシル化およびミリストイル化の両方は、癌および癌の進行にも関連するタンパク質修飾である例えば、Dennisら、Biochem.Biophys.Acta14731:21-341999;Rajuら、Exp.CellRes.2351:145-1541997を参照のこと。アミド化は、癌および癌の進行にも関連する別のタンパク質修飾である例えば、Trestonら、J.Natl.CancerInst.Monogr.13:169-1751992を参照のこと。別の実施形態において、本発明のタンパク質は、当該分野で認知された方法に従って同定された1つ以上の免疫反応性エピトープ例えば、表VIII~XXIおよびXXII~XLIXに示されるペプチドを含む。CTLエピトープは、特定のHLA対立遺伝子に最適に結合し得る109P1D4タンパク質中のペプチドを同定するための特定のアルゴリズムを用いて決定され得る例えば、表IV:EpimatrixTMおよびEpimerTM、BrownUniversity、URLbrown.edu/Research/TB-HIV_Lab/epimatrix/epimatrix.html;およびBIMAS、URLbimas.dcrt.nih.gov/。さらに、HLA分子に対して十分な結合親和性を有し、そして免疫原性エピトープであることに関連するペプチドを同定するためのプロセスが当該分野で周知であり、そして過度の実験を行うことなく実施される。さらに、免疫原性エピトープであるペプチドを同定するためのプロセスが、当該分野で周知であり、そしてインビトロまたはインビボのいずれかで、過度の実験を行わずに実施される。免疫原性を調節するために、このようなエピトープのアナログを作製するための原理もまた、当該分野で公知である。例えば、当業者は、CTLまたはHTLモチーフ例えば、表IVのHLAクラスIおよびHLAクラスIIモチーフ/スーパーモチーフを参照のことを有するエピトープを用いて開始する。このエピトープは、特定の位置のうちの1つのアミノ酸を置換し、そしてそれをその位置のために特定された別のアミノ酸で置き換えることにより、アナログを作製される。例えば、表IVに規定される残基に基づき、当業者は、任意の他の残基例えば、優先性の残基に有利となるように、有害な残基を置換し得る;優先性の低い残基を、優先性の残基で置換するか;または最初から存在する優先性の残基を、別の優先性の残基で置換し得る。置換は、ペプチド中の主要なアンカー位置または他の位置で生じ得る;例えば、表IVを参照のこと。種々の参考文献は、目的のタンパク質およびそのアナログにおけるエピトープの同定および生成に関する技術を反映している。例えば、Chesnutらに対するWO97/33602;Sette、Immunogenetics1999503-4:201-212;Setteら、J.Immunol.20011662:1389-1397;Sidneyら、Hum.Immunol.1997581:12-20;Kondoら、Immunogenetics1997454:249-258;Sidneyら、J.Immunol.19961578:3480-90;およびFalkら、Nature351:290-61991;Huntら、Science255:1261-31992;Parkerら、J.Immunol.149:3580-71992;Parkerら、J.Immunol.152:163-751994;Kastら、19941528:3904-12;Borras-Cuestaら、Hum.Immunol.2000613:266-278;Alexanderら、J.Immunol.20001643;1643:1625-1633;Alexanderら、PMID:7895164、UI:95202582;O’Sullivanら、J.Immunol.19911478:2663-2669;Alexanderら、Immunity199419:751-761、およびAlexanderら、Immunol.Res.1998182:79-92を参照のこと。本発明の関連の実施形態は、表VIに示される異なるモチーフ、ならびに/または表VIII~XXIおよびXXII~XLIXの1つ以上の推定CTLエピトープ、ならびに/または表XLVI~XLIXの1つ以上の推定HTLエピトープ、ならびに/または当該分野で公知の1つ以上のT細胞結合モチーフの組み合わせを含むポリペプチドを包含する。好ましい実施形態は、このポリペプチドのモチーフ内または介在配列内のいずれにも、挿入、欠失、または置換を含まない。さらに、これらのモチーフのいずれかの側に、多くのN末端および/またはC末端アミノ酸残基のいずれかを含む実施形態が、望ましくあり得る例えば、モチーフが位置するポリペプチド構造のより大きな部分を含むために。代表的に、モチーフのいずれかの側のN末端および/またはC末端アミノ酸残基の数は、約1~約100アミノ酸残基の間、好ましくは、5~約50アミノ酸残基の間である。109P1D4関連タンパク質は、多くの形態、好ましくは、単離された形態で具体化される。精製された109P1D4タンパク質分子は、抗体、T細胞または他のリガンドへの109P1D4の結合を害する、他のタンパク質または分子を、実質的に含まない。単離および精製の性質および程度は、意図される用途に依存する。109P1D4関連タンパク質の実施形態は、精製された109P1D4関連タンパク質、および機能的な可溶性109P1D4関連タンパク質を含む。1つの実施形態において、機能的な可溶性109P1D4タンパク質またはそのフラグメントは、抗体、T細胞または他のリガンドによって結合される能力を維持する。本発明はまた、図2または図3に示される109P1D4アミノ酸配列の生物学的に活性なフラグメントを含む109P1D4タンパク質を提供する。このようなタンパク質は、以下のような出発109P1D4タンパク質の特性を示す:出発109P1D4タンパク質に関連するエピトープに特異的に結合する抗体の産生を誘発する能力;このような抗体に結合される能力;HTLまたはCTLの活性化を誘発する能力;ならびに/あるいは、この出発タンパク質にもまた特異的に結合するHTLまたはCTLによって認識される能力。特定の興味深い構造を含む109P1D4関連ポリペプチドは、当該分野で周知の種々の分析技術例えば、Chou-Fasman、Garnier-Robson、Kyte-Doolittle、Eisenberg、Karplus-SchultzまたはJameson-Wolf分析の方法が挙げられるを使用してかまたは免疫原性に基づいて、予測および/または同定され得る。このような構造を含むフラグメントは、サブユニット特異的な抗109P1D4抗体またはT細胞の作製において、あるいは、109P1D4に結合する細胞因子の同定において特に有用である。例えば、親水性プロフィールが作製され得、そして免疫原性ペプチドフラグメントは、Hopp,T.P.およびWoods,K.R.,1981,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.78:3824-3828の方法を使用して、同定され得る。ヒドロパシーhydropathicityプロフィールが作製され得、そして免疫原性ペプチドフラグメントは、Kyte,J.およびDoolittle,R.F.,1982,J.Mol.Biol.157:105-132の方法を使用して、同定され得る。接近可能残基ののプロフィールが作製され得、そして、免疫原性ペプチドフラグメントは、JaninJ.,1979,Nature277:491-492の方法を使用して、同定され得る。平均可撓性プロフィールが作製され得、そしてBhaskaranR.,PonnuswamyP.K.,1988,Int.J.Pept.ProteinRes.32:242-255の方法を使用して、免疫原性ペプチドフラグメントが同定され得る。β-ターンプロフィールが作製され得、そして免疫原性ペプチドフラグメントは、Deleage,G.,RouxB.,1987,ProteinEngineering1:289-294の方法を使用して、同定され得る。CTLエピトープは、指定されたHLA対立遺伝子に必要に応じて結合し得る109P1D4タンパク質内のポリペプチドを同定するために、特定のアルゴリズムを使用して例えば、WorldWideWebURLsyfpeithi.bmi-heidelberg.com/のSYFPEITHIサイト;表IVA~Eの表;EpimatrixTMおよびEpimerTM、BrownUniversity,URLbrown.edu/Research/TB-HIV_Lab/epimatrix/epimatrix.html;ならびに、BIMAS,URLbimas.dcrt.nih.gov/を使用することによって決定され得る。これを例示すると、ヒトMHCクラスI分子の状況において示される109P1D4由来のペプチドエピトープ例えば、HLA-A1、A2、A3、A11、A24、B7およびB35が、予測された例えば、表VIII~XXI、XXII~XLIXを参照のこと。具体的には、109P1D4タンパク質の完全なアミノ酸配列および他の改変体の関連部分すなわち、HLAクラスIの予測については、この改変体に対応する点変異またはエキソン接合部のいずれかの側に位置する9隣接残基、およびHLAクラスIIの予測については、点変異またはエキソン結合部のいずれかの側に位置する14隣接残基を、上記のBioinformaticsandMolecularAnalysisSectionBIMASウェブサイトURLsyfpeithi.bmi-heidelberg.com/のサイトSYFPEITHIに加えてにおいて見出されるHLAPeptideMotifSearchアルゴリズムに入力した。このHLAペプチドモチーフ検索アルゴリズムは、HLAクラスI分子、特に、HLA-A2のグルーブにおける特定のペプチド配列の結合に基づいて、Dr.KenParkerによって開発された例えば、Falkら、Nature351:290-61991;Huntら、Science255:1261-31992;Parkerら、J.Immunol.149:3580-71992;Parkerら、J.Immunol.152:163-751994を参照のこと。このアルゴリズムは、HLA-A2および他の多くのHLAクラスI分子への予測される結合についての完全なタンパク質配列から、8マー、9マー、および10マーのペプチドを位置決定およびランク付けすることを可能にする。多数のHLAクラスI結合ペプチドは、8マー、9マー、10マーまたは11マーである。例えば、クラスIHLA-A2について、エピトープは、好ましくは、2位においてロイシンLまたはメチオニンMを含み、そしてC末端においてバリンVまたはロイシンLを含む例えば、Parkerら、J.Immunol.149:3580-71992を参照のこと。109P1D4予測結合ペプチドの選択結果は、本明細書中の表VIII~XXIおよびXXII~XLIXに示される。表VIII~XXIおよびXXII~XLVIIにおいて、各ファミリーメンバーに対して選択される候補物である9マーおよび10マーが、それらの位置、各特定のペプチドのアミノ酸配列、および推定結合スコアとともに示される。表XLVI~XLIXにおいて、各ファミリーメンバーに対して選択される候補物である15マーが、それらの位置、各特定のペプチドのアミノ酸配列、および推定結合スコアとともに示される。この結合スコアは、37°C、pH6.5においてペプチドを含む複合体の解離の推定半減期に対応する。最も高い結合スコアを有するペプチドは、最良の期間にわたって、細胞表面上でHLAクラスIに最も密接して結合され、そしてT細胞認識のための最良の免疫原性標的を示すと予測される。HLA対立遺伝子へのペプチドの実際の結合は、抗原プロセシング欠損細胞株T2上でのHLA発現を安定化させることによって評価され得る例えば、Xueら、Prostate30:73-81997およびPeshwaら、Prostate36:129-381998を参照のこと。特定のペプチドの免疫原性は、抗原提示細胞例えば、樹状細胞の存在下におけるCD8細胞障害性Tリンパ球CTLを刺激することによって、インビトロで評価され得る。BIMASサイト、EpimerTMサイトおよびEpimatrixTMサイトによって予測されるか、あるいは当該分野で利用可能であるかまたは表IVに示されるような分野の一部である、HLAクラスIモチーフまたはHLAクラスIIモチーフによって指定されるあるいは、WorldWideWebsiteURLsyfpeithi.bmi-heidelberg.com/またはBIMAS,bimas.dcrt.nih.gov/を使用して決定される、全てのエピトープは、本発明に従って、109P1D4タンパク質に適用されることが理解される。この文脈において使用される場合、適用されるとは、例えば、可視によってかまたは当業者によって理解されるような、コンピューターベースのパターン認定方法によって、109P1D4タンパク質が評価されることを意味する。HLAクラスIモチーフを保有する、8、9、10もしくは11のアミノ酸残基の109P1D4タンパク質の全ての部分配列、またはHLAクラスIIモチーフを保有する9アミノ酸残基以上の部分配列は、本発明の範囲内である。III.B.109P1D4関連タンパク質の発現以下の実施例において記載される実施形態において、109P1D4は、市販の発現ベクター例えば、C末端6×HisおよびMYCタグpcDNA3.1/mycHIS,InvitrogenまたはTag5,GenHunterCorporation,NashvilleTNを用いて109P1D4をコードする、CMV駆動発現ベクターでトランスフェクトした細胞例えば、293T細胞中で簡便に発現され得る。Tag5ベクターは、IgGK分泌シグナルを提供し、このシグナルを使用して、トランスフェクト細胞中の分泌される109P1D4タンパク質の生成を容易にし得る。培養培地中の分泌されたHISタグ化109P1D4は、例えば、標準技術を使用するニッケルカラムを使用して、精製され得る。III.C.109P1D4関連タンパク質の改変109P1D4関連タンパク質の改変例えば、共有結合的改変は、本発明の範囲内に含まれる。共有結合的改変の1つの型は、109P1D4ポリペプチドの標的化アミノ酸残基を、有機誘導体化因子これは、109P1D4タンパク質の選択される側鎖残基またはN末端もしくはC末端の残基と反応し得ると反応させることを包含する。本発明の範囲内に含まれる109P1D4ポリペプチドの共有結合的改変の別の型は、本発明のタンパク質のネイティブなグリコシル化パターンを変化させることを包含する。109P1D4の共有結合的改変の別の型は、109P1D4ポリペプチドを、種々の非タンパク様ポリマー例えば、ポリエチレングリコールPEG、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンのうちの1つに、米国特許第4,640,835号;同第4,496,689号;同第4,301,144号;同第4,670,417号;同第号4,791,192号;または同第4,179,337号に示される様式で連結させることを包含する。本発明の109P1D4関連タンパク質はまた、キメラ分子を形成するように改変され得、このキメラ分子は、別の異種ポリペプチドまたはアミノ酸配列に融合された109P1D4を含む。このようなキメラ分子は、化学的にかまたは組換え的に、合成され得る。キメラ分子は、別の腫瘍関連抗原またはそのフラグメントに融合された本発明のタンパク質を有し得る。あるいは、本発明に従うタンパク質は、109P1D4配列のフラグメントの融合体アミノ酸または核酸を含み得、その結果、その長さにわたって、図2または図3に示されるアミノ酸配列または核酸配列に直接的に相同でない分子が作製される。このようなキメラ分子は、109P1D4の複数の同じ部分配列を含み得る。キメラ分子は、109P1D4関連タンパク質の、ポリヒスチジンエピトープタグとの融合体を含み得、これは、固定化されたニッケルが選択的に結合し得るエピトープに、サイトカインまたは増殖因子を提供する。エピトープタグは、一般に、109P1D4タンパク質のアミノ末端またはカルボキシル末端に配置される。代替の実施形態において、キメラ分子は、109P1D4関連タンパク質の、免疫グロブリンまたは免疫グロブリンの特定の領域との融合体を含み得る。二価の形態のキメラ分子免疫接着因子immunoadhesinとも呼ばれるについて、このような融合体は、IgG分子のFc領域に対するものであり得る。このIg融合体は、好ましくは、Ig分子内の少なくとも1つの可変領域に代わる、可溶性膜貫通ドメインを欠失または不活性化した形態の109P1D4ポリペプチドでの置換を含む。好ましい実施形態において、免疫グロブリン融合体は、IgGI分子のヒンジ領域、CH2領域およびCH3領域、またはヒンジ領域、CH1領域、CH2領域およびCH3領域を含む。免疫グロブリン融合体の産生については、例えば、米国特許第5,428,130号1995年6月27日発行を参照のこと。III.D.109P1D4関連タンパク質の用途本発明のタンパク質は、多くの異なる特定の用途を有する。109P1D4が前立腺癌および他の癌において高度に発現される場合、109P1D4関連タンパク質は、癌組織に対して、正常な109P1D4遺伝子産物の状態を評価する方法において使用され、それによって悪性表現型が明らかになる。代表的には、109P1D4タンパク質の特定の領域由来のポリペプチドが、それらの領域例えば、1つ以上のモチーフを含む領域における摂動例えば、欠失、挿入、点変異などの存在を評価するために使用される。例示的なアッセイは、癌性組織に対して正常な領域の特徴を評価するか、またはエピトープに対する免疫応答を惹起させるために、抗体、または109P1D4ポリペプチド配列に含まれる1つ以上の生物学的モチーフのアミノ酸残基を含むT細胞標的化109P1D4関連タンパク質を用いる。あるいは、109P1D4タンパク質において1つ以上の生物学的モチーフのアミノ酸残基を含む109P1D4関連タンパク質を使用して、109P1D4の領域と相互作用する因子についてスクリーニングする。109P1D4タンパク質フラグメント/部分配列は、ドメイン特異的抗体例えば、109P1D4タンパク質の細胞外エピトープまたは細胞内エピトープを認識する抗体を作製しそして特徴付ける際に、109P1D4またはその特定の構造ドメインに結合する薬剤または細胞因子を同定するために、そして種々の治療状況および診断状況診断アッセイ、癌ワクチンおよびこのようなワクチンを調製する方法が挙げられるがこれらの限定されないにおいて、特に有用である。109P1D4遺伝子によってコードされるタンパク質、またはそれらのアナログ、ホモログもしくはフラグメントによってコードされるタンパク質は、種々の用途を有し、これらの用途としては、抗体の作製、ならびに109P1D4遺伝子産物に結合する、リガンドおよび他の薬剤および細胞構築物を同定するための方法が挙げられるがこれらに限定されない。109P1D4タンパク質またはそのフラグメントに対して惹起される抗体は、診断アッセイおよび予後アッセイ、ならびに109P1D4タンパク質の発現によって特徴付けられるヒト癌例えば、表Iに列挙されるような癌の管理における画像化方法に有用である。このような抗体は、細胞内で発現され得、そしてこのような癌を有する患者を処置する方法において使用され得る。109P1D4関連核酸または109P1D4関連タンパク質はまた、HTL応答またはCTL応答を生じさせる際に使用される。109P1D4タンパク質を検出するために有用な種々の免疫学的アッセイが、使用され、これらのアッセイとしては、種々の型の放射免疫アッセイ、酵素結合イムノソルベント検定法ELISA、酵素結合免疫蛍光アッセイELIFA、免疫細胞化学方法などが挙げられるがこれらに限定されない。抗体は、109P1D4発現細胞を検出し得る免疫学的画像化試薬として例えば、放射性核種radioscintigraphic画像化方法において、標識および使用され得る。109P1D4タンパク質はまた、本明細書中でさらに記載されるように、癌ワクチンを作製する際に、特に有用である。IV.109P1D4抗体本発明の別の局面は、109P1D4関連タンパク質に結合する抗体を提供する。好ましい抗体は、109P1D4関連タンパク質に特異的に結合し、そして109P1D4関連タンパク質ではないペプチドまたはタンパク質には結合しないまたは弱く結合する。この文脈において、生理的条件の例としては、以下が挙げられる:1リン酸緩衝化生理食塩水;225mMTrisおよび150mMNaClを含むTris緩衝化生理食塩水;もしくは通常の生理食塩水0.9NaCl;4動物血清例えば、ヒト血清;または51~4の任意の組合わせ;好ましくは、これらの反応が、pH7.5、あるいはpH7.0~8.0の範囲、あるいはpH6.5~8.5の範囲で行われること;またこれらの反応が、4°C~37°Cの間の温度で行われること。例えば、109P1D4に結合する抗体は、109P1D4関連タンパク質例えば、それらのホモログまたはアナログに結合し得る。本発明の109P1D4抗体は、癌例えば、表Iを参照のことの診断アッセイおよび予後アッセイ、および画像化方法論において、特に有用である。同様に、このような抗体は、109P1D4がまた、これらの他の癌において発現されるかまたは過剰に発現される程度まで、他の癌を処置、診断および/または予後診断する際に有用である。さらに、細胞内で発現される抗体例えば、一本鎖抗体は、109P1D4の発現が関与する癌例えば、進行性または転移性の前立腺癌の処置において、治療学的に有用である。本発明はまた、109P1D4タンパク質および変異109P1D4関連タンパク質の検出および定量化のために有用な種々の免疫学的アッセイを提供する。このようなアッセイは、適切な場合、109P1D4関連タンパク質を認識および結合し得る、1種以上の109P1D4抗体を含み得る。これらのアッセイは、当該分野で周知の種々の免疫学的アッセイ様式の範囲内で実施され得、これらのアッセイとしては、種々の型の放射免疫アッセイ、酵素結合イムノソルベント検定法ELISA、酵素結合免疫蛍光アッセイELIFAなどが挙げられるがこれらに限定されない。本発明の免疫学的非抗体アッセイはまた、T細胞免疫原性アッセイ阻害性または刺激性ならびに主要組織適合複合体MHC結合アッセイも含む。さらに、109P1D4を発現する前立腺癌および他の癌を検出し得る免疫学的画像化方法もまた、本発明によって提供され、これらとしては、標識された109P1D4抗体を使用する、放射性核種画像化方法が挙げられるがこれらに限定されない。このようなアッセイは、109P1D4を発現する癌例えば、前立腺癌の検出、モニタリング、および予後診断において、臨床学的に有用である。109P1D4抗体はまた、109P1D4関連タンパク質を精製するための方法、ならびに109P1D4ホモログおよび109P1D4関連分子を単離するための方法において使用され得る。例えば、109P1D4関連タンパク質を精製する方法は、以下の工程を包含する:固体マトリクスに結合している109P1D4抗体を、溶解物または109P1D4関連タンパク質を含有する他の溶液とともに、109P1D4抗体が109P1D4関連タンパク質に結合することが可能な条件下でインキュベートする工程;この固体マトリクスを洗浄して、不純物を取り除く工程;ならびに、結合している抗体から、109P1D4関連タンパク質を溶出する工程。本発明に従う、109P1D4抗体の他の用途としては、109P1D4タンパク質を模倣する抗イディオタイプ抗体を作製することが挙げられる。抗体を調製するための種々の方法が、当該分野で周知である。例えば、抗体は、109P1D4関連タンパク質、ペプチド、またはフラグメントを使用して、適切な哺乳動物宿主を免疫することによって、単離形態または免疫結合体化形態で、調製され得るAntibodies:ALaboratoryManual,CSHPress,編,Harlow,andLane1988;Harlow,Antibodies,ColdSpringHarborPress,NY1989。さらに、109P1D4GST融合タンパク質のような109P1D4融合タンパク質もまた、使用され得る。特定の実施形態において、図2または図3のアミノ酸配列の全てまたは大部分を含むGST融合タンパク質が生成され、次いで、これを免疫原として使用して、適切な抗体を作製する。別の実施形態において、109P1D4関連タンパク質が合成され、そして免疫原として使用される。さらに、当該分野で公知の裸のDNA免疫技術が使用され精製された109P1D4関連タンパク質または109P1D4発現細胞を用いてかまたは用いずに、そのコードされた免疫原に対する免疫応答を生じる総説としては、Donnellyら、1997,Ann.Rev.Immunol.15:617-648を参照のこと。図2または図3に示される109P1D4タンパク質のアミノ酸配列を分析して抗体を作製するための、109P1D4タンパク質の特定の領域を選択し得る。例えば、109P1D4アミノ酸配列の疎水性分析および親水性分析を使用して、109P1D4構造における親水性領域を同定する。免疫原構造を示す109P1D4タンパク質の領域、ならびに他の領域およびドメインは、当該分野で公知の種々の他の方法例えば、Chou-Fasman、Garnier-Robson、Kyte-Doolittle、Eisenberg、Karplus-SchultzまたはJameson-Wolf分析を使用して、容易に同定され得る。親水性プロフィールは、Hopp,T.P.およびWoods,K.R.,1981,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.78:3824-3828の方法を使用して、産生され得る。ヒドロパシープロフィールは、Kyte,J.およびDoolittle,R.F.,1982,J.Mol.Biol.157:105-132の方法を使用して、産生され得る。アクセス可能なパーセント残基プロフィールは、JaninJ.,1979,Nature277:491-492の方法を使用して、産生され得る。平均可撓性プロフィールは、BhaskaranR.,PonnuswamyP.K.,1988,Int.J.Pept.ProteinRes.32:242-255の方法を使用して、産生され得る。βターンプロフィールは、Deleage,G.,RouxB.,1987,ProteinEngineering1:289-294の方法を使用して、産生され得る。従って、これらのプログラムまたは方法のいずれかによって同定される各領域は、本発明の範囲内である。109P1D4抗体を作製するための方法は、本明細書中で提供される実施例によって、さらに例示される。免疫原として使用するためのタンパク質またはポリペプチドを調製するための方法は、当該分野で周知である。キャリア例えば、BSK、KLHまたは他のキャリアタンパク質とタンパク質との免疫原性結合体を調製するための方法もまた、当該分野で周知である。いくつかの状況において、例えば、カルボジイミド試薬を使用する直接的結合体化が使用され;他の例においては、PierceChemicalCo.,Rockford,ILによって供給される結合試薬が有効である。109P1D4免疫原の投与は、当該分野で理解されるように、多くの場合、適切な期間にわたって、適切なアジュバントを使用して注射することによって、行われる。免疫スケジュールの間、抗体の力価を収集して、抗体形成の妥当性を決定し得る。109P1D4モノクローナル抗体は、当該分野で周知の種々の手段によって産生され得る。例えば、所望のモノクローナル抗体を分泌する不死化細胞株は、KohlerおよびMilsteinの標準的なハイブリドーマ技術、または一般に公知のように、抗体産生B細胞を不死化する改変を使用して、調製される。所望の抗体を分泌する不死化細胞株は、免疫アッセイによってスクリーニングされるこのアッセイにおいて、抗原は、109P1D4関連タンパク質である。適切な不死化細胞培養物が同定される場合、この細胞が拡大され得、そしてインビトロ培養物または腹水のいずれかから、抗体が産生され得る。本発明の抗体またはフラグメントはまた、組換え手段によっても産生され得る。109P1D4タンパク質の所望の領域に特異的に結合する領域はまた、複数の種起源のキメラ抗体または相補性決定領域CDRグラフト化grafted抗体の状況下で産生され得る。ヒト化109P1D4抗体またはヒト109P1D4抗体もまた産生され得、そして治療的状況下での使用のために好ましい。1つ以上の非ヒト抗体CDRを、対応するヒト抗体配列と置換することによる、マウス抗体および他の非ヒト抗体をヒト化するための方法は、周知である例えば、Jonesら、1986、Nature321:522-525;Riechmannら、1988、Nature332:323-327;Verhoeyenら、1988、Science239:1534-1536を参照のこと。Carterら、1993、Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:4285、およびSimsら、1993、J.Immunol.151:2296もまた参照のこと。完全なヒトモノクローナル抗体を産生するための方法としては、ファージディスプレイ方法およびトランスジェニック方法が挙げられる概要については、Vaughanら、1998、NatureBiotechnology16:535-539を参照のこと。完全なヒト109P1D4モノクローナル抗体は、大きいヒトIg遺伝子コンビナトリアルライブラリーすなわち、ファージディスプレイを使用するクローニング技術を使用して生成され得るProteinEngineeringofAntibodyMoleculesforProphylacticandTherapeuticApplicationsMan,Clark,M.編、NottinghamAcademic、45-64頁1993のGriffithsおよびHoogenboom、Buildinganinvitroimmunesystem:humanantibodiesfromphagedisplaylibraries;BurtonおよびBarbas、HumanAntibodiesfromcombinatoriallibraries同書65-82頁。完全なヒト109P1D4モノクローナル抗体はまた、1997年12月3日公開のPCT特許出願WO98/24893KucherlapatiおよびJakobovitsらに記載されるように、ヒト免疫グロブリン遺伝子座を含むように操作されたトランスジェニックマウスを使用して産生され得るJakobovits、1998、Exp.Opin.Invest.Drugs74:607-614;米国特許第6,162,963号2000年12月19日発行;米国特許第6,150,584号2000年11月12日発行;および米国特許第6,114,598号2000年9月5日発行もまた参照のこと。この方法は、ファージディスプレイ技術に必要とされるインビトロ操作を回避し、そして高い親和性の真正ヒト抗体を効率的に産生する。109P1D4抗体の109P1D4関連タンパク質との反応性は、多数の周知方法によって確立され得、これらの方法としては、適切な場合、109P1D4関連タンパク質、109P1D4発現細胞またはそれらの抽出物を使用する、ウェスタンブロット、免疫沈降、ELISA、およびFACS分析が挙げられる。109P1D4抗体またはそれらのフラグメントは、検出可能なマーカーで標識され得るか、または第二の分子に結合体化され得る。適切な検出可能なマーカーとしては、放射性同位体、蛍光化合物、生物発光化合物、化学発光化合物、金属キレート剤または酵素が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、2つ以上の109P1D4エピトープに特異的な二重特異性bi-specific抗体が、当該分野で一般に公知の方法を使用して、作製される。ホモダイマー抗体もまた、当該分野で公知の架橋技術によって、作製され得る例えば、Wolffら、CancerRes.53:2560-2565。V.109P1D4細胞免疫応答T細胞が抗原を認識する機構は、解明されている。本発明の有効なペプチドエピトープワクチン組成物は、世界中の集団の非常に広範な区分において治療的免疫応答または予防的免疫応答を誘導する。細胞免疫応答を誘導する本発明の組成物の価値および効力の理解のために、免疫学関連技術の簡単な総説を示す。HLA分子とペプチド抗原との複合体は、HLA拘束T細胞によって認識されるリガンドとして作用するBuus,Sら、Cell47:1071,1986;Babbitt,B.P.ら,Nature317:359,1985;Townsend,A.およびBodmer,H.,Annu.Rev.Immunol.7:601,1989;Germain,R.N.,Annu.Rev.Immunol.11:403,1993。単一のアミノ酸が置換された抗原アナログおよび内因性結合した天然でプロセシングされたペプチドの配列決定の研究を通して、HLA抗原分子への特異的結合に必要なモチーフに対応する重要な残基が、同定されており、表IVに記載される例えば、Southwoodら、J.Immunol.160:3363,1998;Rammenseeら、Immunogenetics41:178,1995;Rammenseeら、SYFPEITHIWorldWideWebを介してURL134.2.96.221/scripts.hlaserver.dll/home.htmにアクセスのこと;Sette,A.およびSidney,J.Curr.Opin.Immunol.10:478,1998;Engelhard,V.H.,Curr.Opin.Immunol.6:13,1994;Sette,A.およびGrey,H.M.,Curr.Opin.Immunol.4:79,1992;Sinigaglia,F.およびHammer,J.Curr.Biol.6:52,1994;Ruppertら、Cell74:929-937,1993;Kondoら、J.Immunol.155:4307-4312,1995;Sidneyら、J.Immunol.157:3480-3490,1996;Sidneyら、HumanImmunol.45:79-93,1996;Sette,A.およびSidney,J.Immunogenetics1999Nov;503-4:201-12、総説を参照のこと。さらに、HLA-ペプチド複合体のX線結晶学的分析は、対立遺伝子特異的様式においてペプチドリガンドにより保有される残基を収容するHLA分子のペプチド結合間隙/溝部内のポケットを明らかにし;次いで、これらの残基は、この残基が存在するペプチドのHLA結合能を決定する例えば、Madden,D.R.Annu.Rev.Immunol.13:587,1995;Smithら、Immunity4:203,1996;Fremontら、Immunity8:305,1998;Sternら、Structure2:245,1994;Jones,E.Y.Curr.Opin.Immunol.9:75,1997;Brown,J.H.ら、Nature364:33,1993;Guo,H.C.ら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:8053,1993;Guo,H.C.ら、Nature360:364,1992;Silver,M.L.ら、Nature360:367,1992;Matsumura,M.ら、Science257:927,1992;Maddenら、Cell70:1035,1992;Fremont,D.H.ら、Science257:919,1992;Saper,M.A,Bjorkman,P.J.およびWiley,D.C.,J.Mol.Biol.219:277,1991を参照のこと。従って、クラスIおよびクラスIの対立遺伝子特異的HLA結合モチーフ、またはクラスIもしくはクラスIIのスーパーモチーフの定義は、特定のHLA抗原への結合と関連するタンパク質内の領域の同定を可能にする。従って、HLAモチーフの同定プロセスによって、エピトープベースのワクチンの候補が、同定されている;このような候補は、エピトープとその対応するHLA分子との会合の結合親和性および/または期間を決定するために、HLA-ペプチド結合アッセイによりさらに評価され得る。これらのワクチン候補の中から、集団適用範囲および/または免疫原性の観点で好ましい特徴を有するエピトープを選択するために、さらなる確証実験が行われ得る。種々のストラテジーが、細胞免疫原性を評価するために使用され得、これには以下が挙げられる:1正常な個体由来の一次T細胞培養物の評価例えば、Wentworth,P.A.ら,Mol,Immunol.32:603,1995;Celis,E.ら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA91:2105,1994;Tsai,V.ら、J.Immunol.158:1796,1997;Kawashima,I.ら、HumanImmunol.59:1,1998を参照のこと。この手順は、抗原提示細胞の存在下で、インビトロで数週間の期間にわたって、正常な被験体由来の末梢血リンパ球PBLを試験ペプチドで刺激することを包含する。このペプチドに特異的なT細胞は、この時間の間に活性化され、そして例えば、ペプチドで感作された標的細胞を含むリンホカイン放出アッセイまたは51Cr放出アッセイを使用して、検出される。2HLAトランスジェニックマウスの免疫処置例えば、Wentworth,P.Aら、J.Immunol.26:97,1996;Wentworth,P.A.ら、Int.Immunol.8:651,1996;Alexander,J.ら、J.Immunol.159:4753,1997を参照のこと。例えば、このような方法において、不完全フロイントアジュバント中のペプチドが、HLAトランスジェニックマウスに皮下投与される。免疫処置の数週間後、脾細胞が取り出され、そして試験ペプチドの存在下で、約1週間インビトロで培養される。ペプチド特異的T細胞は、例えば、ペプチドで感作された標的細胞および内因的に生成された抗原を発現する標的細胞を含む、51Cr放出アッセイを使用して、検出される。3効果的にワクチン接種された免疫個体および/または慢性的に病気の患者のいずれか由来のリコールT細胞応答の証明例えば、Rehermann,B.ら、J.Exp.Med.181:1047,1995;Doolan,D.L.ら、Immunity7:97,1997;Bertoni,R.ら、J.Clin.Invest.100:503,1997;Threlkeld,S.C.ら、J.Immunol.159:1648,1997;Diepolder,H.M.ら、J.Virol.71:6011,1997を参照のこと。従って、リコール応答は、疾患に起因して抗原に曝露され、従って自然に免疫応答を生成した被験体由来のPBL、または抗原に対してワクチン接種された患者由来のPBLを培養することによって、検出される。被験体由来のPBLは、試験ペプチド抗原提示細胞APCの存在下で1~2週間、インビトロで培養され、未刺激T細胞と比較して記憶T細胞の活性化を可能にする。この培養期間の最後に、T細胞活性が、ペプチドで感作した標的を含む51Cr放出、T細胞増殖またはリンホカイン放出を含むアッセイを使用して、検出される。VI.109P1D4トランスジェニック動物109P1D4関連タンパク質をコードする核酸はまた、トランスジェニック動物またはノックアウト動物のいずれかを作製するために使用され得、この動物は、次いで、治療的に有用な試薬の開発およびスクリーニングにおいて有用である。確立された技術によって、109P1D4をコードするcDNAが、109P1D4をコードするゲノムDNAをクローン化するために使用され得る。次いで、このクローン化されたゲノム配列は、109P1D4をコードするDNAを発現する細胞を含むトランスジェニック動物を作製するために使用され得る。トランスジェニック動物特に、マウスまたはラットのような動物を作製するための方法は、当該分野で慣習的になっており、そして例えば、米国特許第4,736,866号1988年4月12日発行および同第4,870,009号1989年9月26日発行において記載されている。代表的には、特定の細胞が、組織特異的エンハンサーを用いる109P1D4導入遺伝子組込みのために標的化される。109P1D4をコードする1コピーの導入遺伝子を含むトランスジェニック動物は、109P1D4をコードするDNAの発現を増加する効果を試験するために使用され得る。このような動物は、例えば、その過剰発現に関連する病理学的状態からの防御を付与すると考えられる試薬についてのテスター動物として使用され得る。本発明のこの局面によると、動物は、試薬で処置され、そしてこの導入遺伝子を有する未処置の動物と比較して減少した病理学的状態の発生率は、この病理学的状態に対する潜在的な治療的介入を示す。あるいは、109P1D4の非ヒトホモログは、109P1D4ノックアウト動物を構築するために使用され得、この109P1D4ノックアウト動物は、109P1D4をコードする内在性遺伝子と、この動物の胚性細胞に導入された109P1D4をコードする変化したゲノムDNAとの間の相同組換えの結果として、109P1D4をコードする欠損遺伝子または変化した遺伝子を有する。例えば、109P1D4をコードするcDNAは、確立された技術に従って、109P1D4をコードするゲノムDNAをクローン化するために使用され得る。109P1D4をコードするゲノムDNAの一部は、欠失され得るか、または別の遺伝子例えば、組込みをモニタリングするために使用され得る選択マーカーをコードする遺伝子で置換され得る。代表的には、数キロベースの変化していない隣接DNA5’末端と3’末端との両方が、ベクター中に含まれる例えば、相同組換えベクターの説明については、ThomasおよびCapecchi,Cell,51:5031987を参照のこと。このベクターは、胚性幹細胞株に例えば、エレクトロポレーションによって導入され、そしてこの導入されたDNAが内因性DNAと相同組換えされた細胞が、選択される例えば、Liら、Cell,69:9151992を参照のこと。ついで、この選択された細胞は、動物例えば、マウスまたはラットの胚盤胞に注入されて、凝集キメラが形成される例えば、Bradley,TeratocarcinomasandEmbryonicStemCells:APracticalApproach,E.J.Robertson編IRL,Oxford,1987,pp.113-152を参照のこと。キメラ胚は、次いで、適切な偽妊娠雌性代理母動物に移植され得、そしてこの胚は、出産されて、ノックアウト動物が作製される。生殖細胞中に相同組換えされたDNAを有する子孫が、標準的な技術によって同定され得、そして全ての細胞が相同組み替えされたDNAを含む動物を育種させるために使用され得る。ノックアウト動物は、例えば、特定の病理学的状態に対して防御する能力について、または109P1D4ポリペプチドの非存在に起因する病理学的状態の発症について、特徴付けされ得る。VII.109P1D4の検出方法本発明の別の局面は、109P1D4ポリヌクレオチドおよび109P1D4関連タンパク質を検出するための方法、ならびに109P1D4を発現する細胞を同定するための方法に関する。109P1D4の発現プロファイルは、109P1D4を、転移した疾患についての診断マーカーにする。従って、109P1D4遺伝子産物の状態は、進行した病期の疾患に対する感受性、進行速度および/または腫瘍の攻撃性を含む種々の因子を推定するために有用な情報を提供する。本明細書中で詳細に議論されるように、患者サンプル中の109P1D4遺伝子産物の状態が、当該分野で周知の種々のプロトコルによって分析され得、このプロトコルとしては、免疫組織化学分析、種々のノーザンブロット技術インサイチュハイブリダイゼーションを含む、RT-PCR分析例えば、レーザー捕捉微小解剖サンプルについて、ウェスタンブロット分析および組織アレイ分析が挙げられる。より詳細には、本発明は、生物学的サンプル例えば、血清、骨、前立腺および他の組織、尿、精液、細胞調製物など中の109P1D4ポリヌクレオチドの検出のためのアッセイを提供する。検出可能な109P1D4ポリヌクレオチドとしては、例えば、109P1D4遺伝子またはそのフラグメント、109P1D4mRNA、選択的スプライス改変体109P1D4mRNA、および109P1D4ポリヌクレオチドを含む組換えDNA分子またはRNA分子が挙げられる。109P1D4ポリヌクレオチドを増幅し、そして/または109P1D4ポリヌクレオチドの存在を検出するための多数の方法が、当該分野で周知であり、本発明のこの局面の実施において用いられ得る。一実施形態において、生物学的サンプル中の109P1D4mRNAを検出するための方法は、少なくとも1つのプライマーを使用して、逆転写によりこのサンプルからcDNAを生成する工程;センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして109P1D4ポリヌクレオチドを使用して、このようにして生成されたcDNAを増幅して、その中の109P1D4cDNAを増幅する工程;およびこの増幅された109P1D4cDNAの存在を検出する工程、を包含する。必要に応じて、この増幅された109P1D4cDNAの配列が、決定され得る。別の実施形態において、生物学的サンプル中の109P1D4遺伝子を検出する方法は、第1に、このサンプルからゲノムDNAを単離する工程;センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして109P1D4ポリヌクレオチドを使用して、この単離されたゲノムDNAを増幅する工程;およびこの増幅された109P1D4遺伝子の存在を検出する工程、を包含する。任意の数の適切なセンスプローブとアンチセンスプローブとの組合せが、109P1D4ヌクレオチド配列例えば、図2を参照のことから設計され得、そしてこの目的のために使用され得る。本発明はまた、組織または他の生物学的サンプル例えば、血清、精液、骨、前立腺、尿、細胞調製物など中の109P1D4タンパク質の存在を検出するためのアッセイを提供する。109P1D4関連タンパク質を検出するための方法もまた、周知であり、これには、例えば、免疫沈降、免疫組織化学分析、ウェスタンブロット分析、分子結合アッセイ、ELISA、ELIFAなどが挙げられる。例えば、生物学的サンプル中の109P1D4関連タンパク質の存在を検出する方法は、第1に、このサンプルと、109P1D4抗体、その109P1D4反応性フラグメント、または109P1D4抗体の抗原結合領域を含む組換えタンパク質とを接触させる工程;次いで、このサンプル中の109P1D4関連タンパク質の結合を検出する工程、を包含する。109P1D4を発現する細胞を同定するための方法もまた、本発明の範囲内である。一実施形態において、109P1D4遺伝子を発現する細胞を同定するためのアッセイは、この細胞中の109P1D4mRNAの存在を検出する工程を包含する。細胞中の特定のmRNAを検出するための方法は、周知であり、そして例えば、相補的DNAプローブを使用するハイブリダイゼーションアッセイ例えば、標識された109P1D4リボプローブを使用するインサイチュハイブリダイゼーション、ノーザンブロットおよび関連の技術、および種々の核酸増幅アッセイ例えば、109P1D4に対して特異的な相補的プライマーを使用するRT-PCR、および他の増幅型検出方法例えば、分枝状DNA、SISBA、TMAなどが挙げられる。あるいは、109P1D4遺伝子を発現する細胞を同定するためのアッセイは、この細胞中に存在するか、またはこの細胞により分泌される109P1D4関連タンパク質の存在を検出する工程を包含する。タンパク質の検出のための種々の方法が、当該分野で周知であり、そして109P1D4関連タンパク質の検出のためおよび109P1D4関連タンパク質を発現する細胞の検出のために用いられる。109P1D4発現分析はまた、109P1D4遺伝子発現を調節する因子を同定および評価するための手段として有用である。例えば、109P1D4発現は、前立腺癌において有意にアップレギュレートされ、そして表Iに列挙される組織の癌において発現される。癌細胞における109P1D4発現または109P1D4過剰発現を阻害する分子または生物学的因子の同定は、治療的価値を有する。例えば、このような因子は、RT-PCR、核酸ハイブリダイゼーションまたは抗体結合により109P1D4発現を定量するスクリーニングを使用することによって、同定され得る。VIII.109P1D4関連遺伝子およびそれらの産物の状態をモニタリングするための方法腫瘍形成は、細胞増殖が次第に調節不全になり、細胞が正常な生理学的状態から前癌状態まで進行し、次いで癌状態まで進行する、多段階プロセスであることが知られている例えば、Alersら、LabInvest.775:437-4381997およびIsaacsら、CancerSurv.23:19-321995を参照のこと。この状況において、生物学的サンプルを調節不全性の細胞増殖の証拠例えば、癌における異常な109P1D4発現について試験することにより、癌のような病理学的状態が、治療選択肢がより制限される段階まで進行する前、そして/または予後が悪化する前に、このような異常な生理学を早期に検出することが可能になる。このような試験において、目的の生物学的サンプル中の109P1D4の状態が、例えば、対応する正常なサンプル例えば、病理により影響を受けていない、この個体または代替の別の個体由来のサンプル中の109P1D4の状態と比較され得る。生物学的サンプル中の109P1D4の状態における正常なサンプルと比較した場合の変化は、調節不全性の細胞増殖の証拠を提供する。病理により影響を受けていない生物学的サンプルを正常なサンプルとして使用することに加えて、所定の規範値例えば、mRNA発現の所定の正常なレベル例えば、Greverら、J.Comp.Neurol.1996年12月9日;3762:306-14および米国特許第5,837,501号を参照のこともまた、サンプル中の109P1D4の状態を比較するために使用し得る。この文脈において、用語状態は、当該分野で認められた意味に従って使用され、遺伝子およびその産物の状態conditionまたは状態stateをいう。代表的には、当業者は、多数のパラメーターを使用して、遺伝子およびその産物の状態conditionまたは状態stateを評価する。これには、発現された遺伝子産物の位置109P1D4発現細胞の位置を含む、ならびに発現された遺伝子産物例えば、109P1D4mRNA、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドのレベルおよび生物学的活性が挙げられるが、これらに限定されない。代表的には、109P1D4の状態における変化は、109P1D4および/または109P1D4発現細胞の位置における変化、ならびに/あるいは109P1D4mRNAおよび/または109P1D4タンパク質の発現の増加を含む。サンプル中の109P1D4の状態は、当該分野で周知の多数の手段によって分析され得、この手段としては、免疫組織化学分析、インサイチュハイブリダイゼーション、レーザー捕捉微小解剖サンプルに対するRT-PCR分析、ウェスタンブロット分析および組織アレイ分析が挙げられるが、これらに限定されない。109P1D4遺伝子および遺伝子産物の状態を評価するための代表的なプロトコルは、例えば、Ausubelら編、1995,CurrentProtocolsInMolecularBiology,Units2NorthernBlotting、4SouthernBlotting、15Immunoblottingおよび18PCRAnalysisに見出される。従って、生物学的サンプル中の109P1D4の状態は、当業者により使用される種々の方法によって評価され、これらの方法としては、ゲノムサザン分析例えば、109P1D4遺伝子中の摂動perturbationを試験するため、109P1D4mRNAのノーザン分析および/またはPCR分析例えば、ポリヌクレオチド配列または109P1D4mRNAの発現レベルにおける変化を試験するため、ならびにウェスタン分析および/または免疫組織化学分析例えば、ポリペプチド配列における変更、サンプル内のポリペプチドの局在化における変化、109P1D4タンパク質の発現レベルにおける変化、および/または109P1D4タンパク質とポリペプチド結合パートナーとの会合を試験するためが挙げられるが、これらに限定されない。検出可能な109P1D4ポリヌクレオチドとしては、例えば、109P1D4遺伝子またはそのフラグメント、109P1D4mRNA、選択的スプライス改変体、109P1D4mRNA、および109P1D4ポリヌクレオチドを含む組換えDNA分子または組換えRNA分子が挙げられる。109P1D4の発現プロファイルは、109P1D4を局所疾患および/または転移性疾患についての診断マーカーとし、そして生物学的サンプルの増殖または腫瘍形成の可能性についての情報を提供する。特に、109P1D4の状態は、特定の疾患段階、進行および/または腫瘍の攻撃性に対する感受性を推定するために有用な情報を提供する。本発明は、109P1D4の状態を決定し、109P1D4を発現する癌例えば、表Iに列挙される組織の癌を診断するための方法およびアッセイを提供する。例えば、109P1D4mRNAは、正常な前立腺組織と比較して前立腺癌および他の癌において高度に発現されるので、生物学的サンプル中の109P1D4mRNA転写産物または109P1D4タンパク質のレベルを評価するアッセイが、109P1D4の調節不全と関連する疾患を診断するために使用され得、そして適切な治療選択肢を規定する際に有用な予後情報を提供し得る。109P1D4の発現状態は、形成異常細胞、前癌状態の細胞および癌細胞の存在、病期および位置を含む、種々の段階の疾患に対する感受性を予測する情報、および/または腫瘍の攻撃性を評価するための情報を提供する。さらに、発現プロファイルは、109P1D4を、転移性疾患のための画像化試薬として有用にする。結果的に、本発明の局面は、生物学的サンプル例えば、調節不全性の細胞増殖により特徴付けられる病理例えば、癌に罹患している個体由来のサンプル、またはこのような病理に罹患している疑いのある個体由来のサンプル中の109P1D4の状態を試験するための種々の分子予後方法および分子診断方法に関する。上記のように、生物学的サンプル中の109P1D4の状態は、当該分野で周知の多数の手順によって試験され得る。例えば、身体の特定の位置から採取された生物学的サンプル中の109P1D4の状態は、このサンプルを、109P1D4発現細胞例えば、109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質を発現する細胞の存在または非存在について評価することによって、試験され得る。この試験は、例えば、109P1D4発現細胞が、通常ではこのような細胞を含まない生物学的サンプル例えば、リンパ節中に見出された場合、調節不全性の細胞増殖の証拠を提供し得る。なぜなら、生物学的サンプル中の109P1D4の状態におけるこのような変化は、しばしば、調節不全性の細胞増殖に関連するからである。詳細には、調節不全性の細胞増殖の1つの指標は、起源の器官例えば、前立腺から身体の異なる領域例えば、リンパ節への癌細胞の転移である。この状況において、調節不全性の細胞増殖の証拠は、重要である。なぜなら、例えば、前立腺癌を有する患者のうちのかなりの比率において、潜伏性リンパ節転移が検出され得、そしてこのような転移は、疾患の進行の既知の予測因子と関連するからである例えば、Murphyら、Prostate424:315-3172000;Suら、Semin.Surg.Oncol.181:17-282000およびFreemanら、JUrol1995Aug1542Pt1:474-8を参照のこと。1つの局面において、本発明は、調節不全性の細胞増殖に関連する疾患例えば、過形成または癌を有すると疑われる個体由来の細胞により発現される109P1D4遺伝子産物の状態を決定し、次いでこのように決定した状態を、対応する正常なサンプル中の109P1D4遺伝子産物の状態と比較することによって、109P1D4遺伝子産物をモニタリングするための方法を提供する。正常なサンプルと比較して、試験サンプル中の異常な109P1D4遺伝子産物の存在は、個体の細胞内の調節不全性の細胞増殖の存在の指標を提供する。別の局面において、本発明は、個体における癌の存在を決定する際に有用なアッセイを提供し、このアッセイは、対応する正常な細胞または正常な組織における発現レベルと比較して、試験細胞サンプルまたは試験組織サンプル中の109P1D4mRNAまたはタンパク質の発現の有意な増加を検出する工程を包含する。例えば、109P1D4mRNAの存在は、表Iに列挙される組織サンプルを包含するがそれに限定されない組織において評価され得る。これらの組織のいずれかにおける有意な109P1D4発現の存在は、癌の発症、存在および/または重篤度を示すために有用である。なぜなら、対応する正常な組織は、109P1D4mRNAを発現しないか、これを低レベルでしか発現しないからである。関連の実施形態において、109P1D4の状態は、核酸レベルでよりもむしろタンパク質レベルで決定される。例えば、このような方法は、試験組織サンプル中の細胞により発現される109P1D4タンパク質のレベルを決定し、このように決定されたレベルを、対応する正常なサンプルにおいて発現される109P1D4のレベルと比較する工程を包含する。一実施形態において、109P1D4タンパク質の存在は、例えば、免疫組織化学方法を使用して、評価される。109P1D4タンパク質発現を検出し得る109P1D4抗体または109P1D4結合パートナーが、この目的のために、当該分野で周知の種々のアッセイ様式で使用される。さらなる実施形態において、生物学的サンプル中の109P1D4ヌクレオチド配列および109P1D4アミノ酸配列の状態が、これらの分子の構造における変動を同定するために、評価され得る。これらの変動としては、挿入、欠失、置換などが挙げられ得る。このような評価は、有用である。なぜなら、ヌクレオチド配列およびアミノ酸配列における変動は、増殖調節不全性の表現型と関連する多数のタンパク質において観察されるからである例えば、Marrogiら、1999,J.Cutan.Pathol.268:369-378を参照のこと。例えば、109P1D4の配列における変異は、腫瘍の存在または発癌補助作用を示し得る。従って、このようなアッセイは、109P1D4における変異が潜在的な機能喪失または腫瘍増殖の増加を示す場合、診断的価値および予測的価値を有する。ヌクレオチド配列およびアミノ酸配列における変動を観察するための広範な種々のアッセイが、当該分野で周知である。例えば、109P1D4遺伝子産物の核酸配列またはアミノ酸配列のサイズおよび構造は、本明細書中で考察されるノーザンプロトコル、サザンプロトコル、ウェスタンプロトコル、PCRプロトコルおよびDNA配列決定プロトコルにより観察される。さらに、ヌクレオチド配列およびアミノ酸配列における変動を観察するための他の方法例えば、単鎖高次構造多型分析が、当該分野で周知である例えば、米国特許第5,382,510号1999年9月7日発行および同第5,952,170号1995年1月17日発行を参照のこと。さらに、生物学的サンプル中の109P1D4遺伝子のメチル化状態が試験され得る。遺伝子の5’調節領域中のCpGアイランドの異常な脱メチル化および/または過剰メチル化が、しばしば、不死化細胞および形質転換細胞において生じ、種々の遺伝子の変化した発現を生じ得る。例えば、πクラスのグルタチオンS-トランスフェラーゼ正常な前立腺において発現されるタンパク質であり、前立腺癌の90より多くにおいては発現されないのプロモーター過剰メチル化は、この遺伝子の転写を永久的に止めるようであり、最も頻繁に検出される前立腺癌におけるゲノム変化であるDeMarzoら、Am.J.Pathol.1556:1985-19921999。さらに、この変化は、高度な前立腺上皮内新形成PINの症例のうちの少なくとも70において存在するBrooksら、CancerEpidemiol.BiomarkersPrev.,1998,7:531-536。別の例において、LAGE-I腫瘍特異的遺伝子の発現これは、正常な前立腺においては発現されないが、前立腺癌の20~50において発現されるは、リンパ芽球細胞においてデオキシ-アザシチジンにより誘導され、このことは、腫瘍発現が脱メチル化に起因することを示唆しているLetheら、Int.J.Cancer766:903-9081998。遺伝子のメチル化状態を試験するための種々のアッセイが、当該分野で周知である。例えば、サザンハイブリダイゼーションアプローチにおいて、メチル化されたCpG部位を含む配列を切断し得ないメチル化感受性制限酵素を使用して、CpGアイランドのメチル化状態を評価し得る。さらに、MSPメチル化特異的PCRは、所定の遺伝子のCpGアイランド中に存在する全てのCpG部位のメチル化状態を迅速にプロファイルし得る。この手順は、亜硫酸水素ナトリウムこれはメチル化されていない全てのシトシンをウラシルに変換するによりまずDNAを改変し、続いてメチル化されていないDNAに対してメチル化されたDNAに特異的なプライマーを使用して増幅することを包含する。メチル化干渉を含むプロトコルはまた、例えば、CurrentProtocolsInMolecularBiology,Unit12,FrederickM.Ausubelら編、1995において見出され得る。遺伝子増幅は、109P1D4の状態を評価するためのさらなる方法である。遺伝子増幅は、本明細書中で提供される配列に基づいて、例えば、適切に標識されたプローブを使用して、mRNAの転写を定量するための従来のサザンブロッティングまたはノーザンブロッティングThomas,1980,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,77:5201-5205、ドットブロッティングDNA分析、またはインサイチュハイブリダイゼーションによってサンプル中で直接測定される。あるいは、特定の二重鎖DNA二重鎖、RNA二重鎖、およびDNA-RNAハイブリッド二重鎖またはDNA-タンパク質二重鎖を含むを認識する抗体が、使用される。次いで、この抗体は、標識され、そしてアッセイが実施され、このアッセイにおいて、この二重鎖は、表面に結合され、その結果、この表面上で二重鎖が形成されると、この二重鎖に結合した抗体の存在が、検出され得る。生検組織または末梢血が、例えば、ノーザン分析、ドットブロット分析またはRT-PCR分析を使用して、癌細胞の存在について簡便にアッセイされて、109P1D4発現が検出され得る。RT-PCR増幅可能な109P1D4mRNAの存在は、癌の存在の指標を提供する。RT-PCRアッセイは、当該分野で周知である。末梢血中の腫瘍細胞のためのRT-PCR検出アッセイは、多数のヒト固形腫瘍の診断および管理において使用するために、現在評価されている。前立腺癌の分野において、このアッセイには、PSAおよびPSMを発現する細胞の検出のためのRT-PCRアッセイが挙げられるVerkaikら、1997,Urol.Res.25:373-384;Ghosseinら,1995,J.Clin.Oncol.13:1195-2000;Hestonら,1995,Clin.Chem.41:1687-1688。本発明のさらなる局面は、発症中の癌に対して個体が有する感受性の評価である。一実施形態において、癌に対する感受性を予想するための方法は、組織サンプル中の109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質その存在は、癌に対する感受性を示すを検出する工程を包含し、ここで、109P1D4mRNA発現の程度は、感受性の程度と相関する。特定の実施形態において、前立腺または他の組織中の109P1D4の存在が、試験され、ここで、このサンプル中の109P1D4の存在は、前立腺癌感受性または前立腺腫瘍の発症もしくは存在の指標を提供する。同様に、生物学的サンプル中の109P1D4ヌクレオチド配列および109P1D4アミノ酸配列の完全性を評価して、これらの分子の構造における変動例えば、挿入、欠失、置換などを同定し得る。サンプル中の109P1D4遺伝子産物の1つ以上の変動の存在は、癌感受性または腫瘍の発症もしくは存在の指標である。本発明はまた、腫瘍の攻撃性を評価するための方法を包含する。一実施形態において、腫瘍の攻撃性を評価するための方法は、腫瘍細胞によって発現される109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質のレベルを決定する工程、このように決定したレベルを、同じ個体もしくは正常な組織参照サンプルから採取した対応する正常な組織において発現される109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質のレベルと比較する工程を包含し、ここで正常なサンプルに対する腫瘍サンプルにおける109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質の発現の程度は、攻撃性の程度を示す。特定の実施形態において、腫瘍の攻撃性は、109P1D4が腫瘍細胞において発現される程度を決定することによって評価され、ここでより高い発現レベルは、より攻撃性の腫瘍を示す。別の実施形態は、109P1D4ヌクレオチドおよびアミノ酸の構造における変動例えば、挿入、欠失、置換などを同定するための、生物学的サンプル中のこの109P1D4ヌクレオチドおよびアミノ酸配列の完全性の評価である。1つ以上の変動の存在は、より攻撃性の腫瘍を示す。本発明の別の実施形態は、個体における悪性腫瘍の進行を経時的に観察するための方法に関する。一実施形態において、個体における悪性腫瘍の進行を経時的に観察するための方法は、腫瘍のサンプル中の細胞により発現される109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質のレベルを決定する工程、このようにして決定されたレベルを、異なる時間に同じ個体から採取した同等な組織サンプルにおいて発現される109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質のレベルと比較する工程、を包含し、ここで、経時的な腫瘍サンプルにおける109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質の発現の程度は、癌の進行についての情報を提供する。特定の実施形態において、癌の進行は、腫瘍細胞における109P1D4の発現を経時的に決定することにより評価され、ここで経時的に増加した発現は、癌の進行を示す。また、生物学的サンプル中の109P1D4ヌクレオチド配列および109P1D4アミノ酸配列の完全性を評価して、これらの分子の構造における変動例えば、挿入、欠失、置換などを同定し得、ここで、1つ以上の変動の存在は、癌の進行を示す。上記の診断アプローチは、当該分野で公知の広範な種々の予後プロトコルおよび診断プロトコルのいずれか1つと組み合わされ得る。例えば、本発明の別の実施形態は、109P1D4遺伝子の発現および109P1D4遺伝子産物の発現または109P1D4遺伝子の変動および109P1D4遺伝子産物における変動と、組織サンプルの状態を診断および予想するための手段としての悪性腫瘍に関連する因子との間の同時発生を観察する方法に関する。悪性腫瘍に関連する広範な種々の因子例えば、悪性腫瘍に関連する遺伝子例えば、前立腺癌についてのPSA、PSCAおよびPSMの発現など、ならびに肉眼で見える細胞学的知見が、使用され得る例えば、Bockingら、1984,Anal.Quant.Cytol.62:74-88;Epstein,1995,Hum.Pathol.262:223-9;Thorsonら、1998,Mod.Pathol.116:543-51;Baisdenら、1999,Am.J.Surg.Pathol.238;918-24を参照のこと。109P1D4遺伝子の発現および109P1D4遺伝子産物の発現または、109P1D4遺伝子および109P1D4遺伝子産物における変動と、悪性腫瘍に関連する別の因子との間の同時発生を観察するための方法は、有用である。なぜなら、例えば、疾患と同時に生じる特定の因子のセットの存在は、組織サンプルの状態を診断および予測するために重要な情報を提供するからである。一実施形態において、109P1D4遺伝子の発現と109P1D4遺伝子産物の発現または、109P1D4遺伝子および109P1D4遺伝子産物における変動と、悪性腫瘍に関連する別の因子との間の同時発生を観察するための方法は、組織サンプル中の109P1D4mRNAまたは109P1D4タンパク質の過剰発現を検出すること、組織サンプル中のPSAmRNAまたはPSAタンパク質の過剰発現またはPSCA発現もしくはPSM発現を検出すること、および109P1D4mRNAもしくは109P1D4タンパク質の過剰発現と、PSAmRNAもしくはPSAタンパク質の過剰発現またはPSCA発現もしくはPSM発現との同時発生を観察することを伴う。特定の実施形態において、前立腺組織における109P1D4mRNAおよびPSAmRNAの発現が、試験され、ここで、このサンプル中の109P1D4mRNA過剰発現とPSAmRNA過剰発現との同時発生は、前立腺癌の存在、前立腺癌感受性または前立腺腫瘍の発症もしくは状態を示す。109P1D4mRNAまたはタンパク質の発現を検出および定量するための方法が、本明細書中に記載されており、そして標準核酸およびタンパク質の検出技術および定量技術は、当該分野で周知である。109P1D4mRNAの検出および定量するための標準方法としては、標識109P1D4リボプローブを使用するインサイチュハイブリダイゼーション、109P1D4ポリヌクレオチドプローブを使用するノーザンブロットおよび関連する技術、109P1D4に対して特異的なプライマーを使用するRT-PCR分析、並びに他の増幅型検出方法例えば、分枝DNA、SISBA、TMAなどが挙げられる。特定の実施形態において、半定量的RT-PCRを使用して、109P1D4mRNA発現を検出および定量する。109P1D4を増幅し得る任意の数のプライマーを、この目的のために使用し得、このプライマーとしては、本明細書中で具体的に記載される種々のプライマーセットが挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、野生型109P1D4タンパク質と特異的に反応するポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体を、生検組織の免疫組織化学アッセイにおいて使用し得る。IX.109P1D4と相互作用する分子の同定本明細書中に開示される109P1D4タンパク質および核酸配列は、当業者が、109P1D4と相互作用するタンパク質、低分子および他の薬剤、ならびに種々の分野で受け入れられたプロトコルのうちのいずれか1つを介して、109P1D4によって活性化される経路を同定することを可能にする。例えば、いわゆる相互作用トラップ系2ハイブリッドアッセイとも呼ばれるのうちの1つを利用し得る。このような系において、分子は、レポーター遺伝子の発現を指向する転写因子と相互作用し、そして再構成し、一方でこのレポーター遺伝子の発現をアッセイする。他の系は、真核生物転写活性化因子の再構築を介して、インビボでタンパク質-タンパク質相互作用を同定する例えば、1999年9月21日に発行された米国特許第5,955,280号、1999年7月20日に発行された同第5,925,523号、1998年12月8日に発行された同第5,846,722号、および1999年12月21日に発行された同第6,004,746号を参照のこと。アルゴリズムもまた、タンパク質機能のゲノムベースの予測のために当該分野で利用可能である例えば、Marcotteら,Nature402:1999年11月4日,83-86を参照のこと。あるいは、109P1D4タンパク質配列と相互作用する分子を同定するために、ペプチドライブラリをスクリーニングし得る。このような方法において、109P1D4に結合するペプチドは、アミノ酸のランダムな収集物または制御された収集物をコードするライブラリーをスクリーニングすることによって同定される。このライブラリーによってコードされたペプチドは、バクテリオファージコートタンパク質の融合タンパク質として発現され、次いで、このバクテリオファージ粒子は、109P1D4タンパク質に対してスクリーニングされる。従って、広範な種々の用途例えば、治療剤、予後剤または診断剤を有するペプチドは、予想されるリガンド分子またはレセプター分子の構造に関する以前の情報なしで同定される。109P1D4タンパク質配列と相互作用する分子を同定するために使用され得る、代表的なペプチドライブラリおよびスクリーニング方法は、例えば、1998年3月3日に発行された米国特許第5,723,286号、および1998年3月31日に発行された同第5,733,731号で開示される。あるいは、109P1D4を発現する細胞株は、109P1D4によって媒介されるタンパク質-タンパク質相互作用を同定するために使用される。このような相互作用は、免疫沈降技術例えば、HamiltonB.J.ら,Biochem.Biophys.Res.Commun,1999,261:646-51を参照のことを使用して試験され得る。109P1D4タンパク質は、抗109P1D4抗体を使用する109P1D4発現細胞株から免疫沈降され得る。あるいは、His-tagに対する抗体は、109P1D4およびHis-tag上記のベクターの融合物を発現するように操作された細胞株中で使用され得る。この免疫沈降複合体は、ウェスタンブロット、タンパク質の35S-メチオニン標識、タンパク質のマイクロシークエンシング、銀染色および2次元ゲル電気泳動のような手順に沿ってタンパク質に関して試験され得る。109P1D4と相互作用する低分子およびリガンドは、このようなスクリーニングアッセイの関連する実施形態を介して同定され得る。例えば、低分子リン酸化および脱リン酸化を媒介し得る109P1D4の能力に干渉する分子を含むにより、タンパク質機能との干渉が、細胞サイクル、第2メッセンジャーシグナル伝達、または腫瘍形成の調節の指標としてのDNA分子またはRNA分子との相互作用として同定され得る。同様に、109P1D4関連イオンチャネル、タンパク質ポンプ、または細胞連絡機能を調節する低分子を、109P1D4を発現する癌を有する患者を処置するために、同定および使用する例えば、Hille,B.,IonicChannelsofExcitableMembranes第2版,SinauerAssoc.,Sunderland,MA,1992を参照のこと。さらに、109P1D4機能を調節するリガンドは、109P1D4に結合し、そしてレポーター構築物を活性化するためのそれらの能力に基づいて同定され得る。代表的な方法は、例えば、1999年7月27日に発行された米国特許第5,928,868号において議論されており、そして少なくとも1つのリガンドが低分子である、ハイブリッドリガンドを形成するための方法を含む。例示の実施形態において、109P1D4の融合タンパク質およびDNA結合タンパク質を発現するために操作された細胞を使用して、ハイブリッドリガンド/低分子の融合タンパク質およびcDNAライブラリー転写活性化タンパク質を共発現する。この細胞は、レポーター遺伝子この発現は、第1融合タンパク質および第2融合タンパク質の互いに隣接して調整されるをさらに含み、この事象は、ハイブリッドリガンドが、両方のハイブリッドタンパク質の標的部位に結合する場合のみ生じる。レポーター遺伝子を発現するこれらの細胞を選択し、そして未知の低分子または未知のリガンドを同定する。この方法は、109P1D4を活性化または阻害する、調節因子を同定する手段を提供する。本発明の実施形態は、図2または図3に示される109P1D4アミノ酸配列と相互作用する分子についてスクリーニングする方法を含み、この方法は、一群の分子と109P1D4アミノ酸配列とを接触させる工程、上記一群の分子と上記109P1D4アミノ酸配列とを、相互作用を容易にする条件下で相互作用させる工程、109P1D4アミノ酸配列と相互作用する分子の存在を決定する工程、次いで、109P1D4アミノ酸配列と相互作用しない分子を、109P1D4アミノ酸配列と相互作用する分子から分離する工程を包含する。特定の実施形態において、この方法は、109P1D4アミノ酸配列と相互作用する分子を精製する工程、特徴付けする工程および同定する工程をさらに包含する。この同定された分子は、109P1D4によって実施される機能を調節するために使用され得る。好ましい実施形態において、109P1D4アミノ酸配列は、ペプチドライブラリと接触される。X.治療法および組成物限定された一連の組織において正常に発現されるが、表Iに列挙されるような癌においてもまた発現されるタンパク質として109P1D4を同定することは、このような癌の処置に対する多くの治療アプローチの道を開く。注意すべきことに、標的化された抗腫瘍治療は、その標的化されたタンパク質が正常組織生命維持に必要な器官組織でさえにおいて発現される場合でさえ、有用である。生命維持に必要な器官は、心臓または結腸のような、生命の維持に必要な器官である。生命維持に必要でない器官は、取り除かれ得る器官であり、その場合、その個体はなお生存し得る。生命維持に必要でない器官の例は、卵巣、乳房および前立腺である。例えば、Herceptin登録商標は、HER2、HER2/neuおよびerb-b-2として様々に知られているタンパク質と免疫反応性の抗体をその活性成分として有する、FDA承認薬剤である。Herceptinは、Genentechによって市販され、そして商業的に成功した抗腫瘍剤である。Herceptinの売り上げは、2002年、約40億ドルに達した。Herceptinは、HER2陽性転移性乳癌に対する処置である。しかし、HER2の発現は、このような腫瘍に限定されない。同じタンパク質が、多くの正常な組織において発現される。特に、HER2/neuが、正常な腎臓および心臓に存在することが知られており、従って、これらの組織は、Herceptinの全てのヒトレシピエントにおいて存在する。正常な腎臓におけるHER2/neuの存在はまた、Latif,Z.ら,B.J.U.International200289:5-9によって確かめられている。この文献腎細胞癌は、抗HER2抗体例えば、Herceptinのための好ましい指標であるか否かを評価したに示されるように、タンパク質およびmRNAの両方が、良性腎組織において生成される。注目すべきことに、HER2/neuタンパク質は、良性腎組織において非常に過剰に発現していた。HER2/neuがこのような生命維持に必要な組織例えば、心臓および腎臓において発現しているという事実にもかかわらず、Herceptinは、非常に有用であり、FDAが承認し、そして商業的に成功している薬物である。心臓組織に対するHerceptinの効果すなわち、心臓毒性のみが、処置に対する副作用である。患者がHerceptinのみを用いて処置される場合、著しい心臓毒性は、非常に低い百分率の患者において生じる。特に注意すべきことに、腎臓組織は正常な発現おそらく、心臓組織よりもいっそう高い発現を示すことが示されているが、腎臓は、どのような測定可能なHerceptin副作用も有さない。さらに、HER2が発現される正常組織の種々のアレイによると、どのような副作用もほどんど生じない。心臓組織のみが、任意の測定可能な副作用を有する。腎臓のような組織は、HER2/neu発現が特に顕著であり、どのような副作用の基礎にもなっていない。さらに、表皮増殖因子レセプターEGFRを標的化する抗腫瘍治療剤のための好ましい治療効果が見出されている。EGFRはまた、数多くの正常組織において発現される。抗EGFR治療剤の使用後、正常組織において、非常に限定された副作用が存在している。従って、正常な組織生命維持に必要な正常組織ですらにおける標的タンパク質の発現は、そのタンパク質がまた過剰発現している特定の腫瘍のための治療剤としての、そのタンパク質に対する標的化薬剤の有用性を無効にすることはない。従って、109P1D4タンパク質の活性を阻害する治療アプローチは、109P1D4を発現する癌に罹患している患者のために有用である。これらの治療アプローチは、一般的に、2つのクラスに分類される。一方のクラスは、109P1D4タンパク質と、その結合パートナーもしくは他のタンパク質との結合または会合を阻害するための種々の方法を含む。他方のクラスは、109P1D4遺伝子の転写または109P1D4mRNAの翻訳を阻害するための種々の方法を含む。X.A.抗癌ワクチン本発明は、109P1D4関連タンパク質または109P1D4関連核酸を含有する癌ワクチンを提供する。109P1D4の発現により、癌ワクチンは、非標的組織に対して最小限の効果で、または非標的組織に対する効果なしに、109P1D4を発現している癌を予防および/または処置する。抗癌治療として液性免疫応答および/または細胞媒介性免疫応答を生じるワクチンにおける腫瘍抗原の使用は、当該分野において周知であり、そしてヒトPSMAイムノゲンおよびげっ歯類PAPイムノゲンを用いて、前立腺癌において用いられているHodgeら,1995,Int.J,Cancer63:231-237;Fongら,1997,J,Immunol.159:3113-3117。このような方法は、109P1D4関連タンパク質または109P1D4イムノゲンこれは、代表的に、数多くの抗体またはT細胞エピトープを含むを発現し、そして提示することの可能な109P1D4コード核酸分子および組み換えベクターを用いることによって容易に実施され得る。当業者は、免疫反応性エピトープの送達のための広範に種々のワクチン系が当該分野において公知であることを理解する例えば、Herylnら,AnnMed1999Feb311:66-78;Maruyamaら,CancerImmunolImmunother2000Jun493:123-32を参照のこと。簡単に言えば、このような哺乳動物において免疫応答例えば、液性免疫の応答および/または細胞媒介性免疫の応答を生じる方法は、哺乳動物の免疫系を免疫反応性エピトープ例えば、図3に示される109P1D4タンパク質に存在するエピトープまたはそのアナログもしくは相同体に曝し、それにより、その哺乳動物が、そのエピトープに対して特異的な免疫応答を生じる例えば、そのエピトープを特異的に認識する抗体を生じる工程を包含する。好ましい方法において、109P1D4イムノゲンは、生物学的モチーフ例えば、表VIII~XXIおよびXXII~XLIXを参照のことまたは図5、図6、図7、図8および図9に示される109P1D4からの大きさの範囲のペプチドを含む。109P1D4タンパク質全体、その免疫原性領域またはエピトープは、種々の手段によって組み合わされ、そして送達され得る。このようなワクチン組成物としては、例えば、リポペプチド例えば、Vitiello,A.ら,J.Clin.Invest.95:341,1995、ポリDL-ラクチド-co-グリコリドPLGミクロスフェアに封入されたペプチド組成物例えば、Eldridge,ら,Molec.Immunol.28:287-294,1991:Alonsoら,Vaccine12:299-306,1994;Jonesら,Vaccine13:675-681,1995を参照のこと、免疫刺激複合体ISCOMS中に含有されたペプチド組成物例えば、Takahashiら,Nature344:873-875,1990;Huら,ClinExpImmunol.113:235-243,1998を参照のこと、複数抗原ペプチド系MAP例えば、Tam,J.P.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:5409-5413,1988;Tam,J.P.,J.Immunol.Methods196:17-32,1996を参照のこと、多価ペプチドとして処方されたペプチド;弾道送達系における使用のためのペプチド代表的には、結晶化ペプチド、ウイルス送達ベクターConceptsinvaccinedevelopment,Kaufmann,S.H.E.,編,p.379,1996におけるPerkus,M.E.ら;Chakrabarti,S.ら,Nature320:535,1986;Hu,S.L.ら,Nature320:537,1986;Kieny,M.P.ら,AIDSBio/Technology4:790,1986;Top,F.H.ら,J.Infect.Dis.124:148,1971;Chanda,P.K.ら,Virology175:535,1990、ウイルス起源または合成起源の粒子例えば、Kofler,N.ら,J.Immunol.Methods.192:25,1996;Eldridge,J.H.ら,Sem.Hematol.30:16,1993;Falo,L.D.,Jr.ら,NatureMed.7:649,1995、アジュバントWarren,H.S.,Vogel,F.R.,およびChedid,L.A.Annu.Rev.Immunol.4:369,1986;Gupta,R.K.ら,Vaccine11:293,1993、リポソームReddyら,J.Immunol.148:1585,1992;Rock,K.L.,Immunol.Today17:131,1996または裸のcDNAもしく粒子に取り込まれたcDNAUlmer,J.B.ら,Science259:1745,1993;Robinson,H.L.,Hunt,L.A.およびWebster,R.G.,Vaccine11:957,1993;Conceptsinvaccinedevelopment,Kaufmann,S.H.E.,編,p.423,1996におけるShiver,J.W.ら;Cease,K.B.およびBerzofsky,J.A.,Annu.Rev.Immunol.12:923,1994およびEldridge,J.H.ら,Sem.Hematol.30:16,1993が挙げられ得る。トキシン標的化送達技術レセプター媒介性標的化例えば、AvantImmunotherapeutics,Inc.Needham,Massachusettsとしてもまた公知であるがまた、使用され得る。109P1D4関連の癌を有する患者において、本発明のワクチン組成物はまた、癌のために使用される他の処置例えば、外科的手術、化学療法、薬物療法、放射線療法などと組み合わせて使用され得、免疫アジュバント例えば、IL-2、IL-12、GM-CSFなどを組み合わせた使用が挙げられる。細胞ワクチンCTLエピトープは、対応するHLA対立遺伝子に結合する109P1D4タンパク質内のペプチドを同定するための特定のアルゴリズムを使用して決定され得る:例えば表IV;EpimerTMおよびEpimatrixTM,BrownUniversityURLbrown.edu/Research/TB-HIV_Lab/epimatrix/epimatrix.html;およびBIMASURLbimas.dcrt.nih.gov/;SYFPEITHIatURLsyfpeithi.bmi-heidelberg.com/を参照のこと。好ましい実施形態において、109P1D4免疫原は、当該分野で周知の技術を使用して同定された1種以上のアミノ酸配列を含み、これらは、表VIII~表XXIおよび表XXII~表XLIXに示される配列、またはHLAクラスIモチーフ/スーパーモチーフ例えば、表IVA、表IVD、または表IVEによって特定された8個、9個、10個もしくは11個のアミノ酸のペプチド、および/またはHLAクラスIIモチーフ/スーパーモチーフ例えば、表IVB、または表IVCを含む、少なくとも9個のアミノ酸のペプチドである。当該分野で理解されているように、HLAクラスI結合溝は、本質的に、閉鎖的に終結され、その結果、特定のサイズ範囲のみのペプチドが、溝に適合し、かつ、結合され得、一般に、HLAクラスIエピトープは、8個、9個、10個、または11個のアミノ酸長である。対照的に、HLAクラスII結合溝は、本質的に、開放的に終結され、それによって、約9個以上のアミノ酸のペプチドは、HLAクラスII分子によって結合され得る。HLAクラスIとHLAクラスIIとの間の結合溝の差異に起因して、HLAクラスIモチーフは、長さ特異的である。すなわち、クラスIモチーフの2位は、このペプチドのアミノ方向からカルボキシル方向の第2アミノ酸である。クラスIIモチーフのアミノ酸位置は、互いに対してのみ相関し、全体のペプチドに対して相関していない。すなわち、さらなるアミノ酸は、モチーフ保有配列のアミノ末端および/またはカルボキシル末端に付着され得る。HLAクラスIIエピトープは、しばしば、9アミノ酸長、10アミノ酸長、11アミノ酸長、12アミノ酸長、13アミノ酸長、14アミノ酸長、15アミノ酸長、16アミノ酸長、17アミノ酸長、18アミノ酸長、19アミノ酸長、20アミノ酸長、21アミノ酸長、22アミノ酸長、23アミノ酸長、24アミノ酸長、または25アミノ酸長、または25アミノ酸長よりも長い。抗体ベースのワクチン哺乳動物において免疫応答を発生するための広範な種々の方法は、例えば、ハイブリドーマの発生における第1工程として当該分野で公知である。哺乳動物における免疫応答を発生させる方法は、タンパク質例えば、109P1D4タンパク質上の免疫原性エピトープに哺乳動物の免疫系を曝露し、その結果、免疫応答を発生させる工程を包含する。代表的な実施形態は、十分な量の少なくとも1つの109P1D4B細胞もしくは細胞傷害性T細胞エピトープまたはそれらのアナログを宿主と接触させ;そして少なくとも1回の周期的な間隔の後、109P1D4B細胞もしくは細胞傷害性T細胞エピトープまたはそれらのアナログを宿主と再び接触させることによって、宿主において、109P1D4に対する免疫応答を発生させるための方法からなる。特定の実施形態は、109P1D4関連タンパク質または人工多エピトープペプチドに対して免疫応答を発生する方法からなり、この方法は、109P1D4免疫原例えば、109P1D4タンパク質またはそのペプチドフラグメント、109P1D4融合タンパク質またはアナログなどを、ヒトまたは別の哺乳動物に対してワクチン調製物として投与する工程を包含する。代表的に、このようなワクチン調製物は、適切なアジュバント例えば、米国特許第6,146,635号を参照のことまたはPADRETMペプチドのような汎用ヘルパーエピトープEpimmuneInc.,SanDiego,CA;例えば、Alexanderら,J.Immunol.20001643;1643:1625-1633;Alexanderら,Immunity199419:751-761およびAlexanderら,Immunol.Res.1998182:79-92を参照のことをさらに含む。代替方法は、109P1D4免疫原をコードするDNA配列、DNA配列の発現を制御する調節配列に作動可能に連結されたDNA配列を含むDNA分子を、個々の身体の筋肉または皮膚にインビボで投与することによって、109P1D4免疫原に対して個々の免疫応答を発生させる工程を包含し;ここで、このDNA分子は、細胞によって取り込まれ、DNA配列は、この細胞において発現され、そして免疫応答を、免疫原に対して発生する例えば、米国特許第5,962,428号を参照のこと。必要に応じて、遺伝子ワクチン促進因子facilitator例えば、アニオン性脂質;サポニン;レクチン;エストロゲン化合物;ヒドロキシル化低級アルキル;ジメチルスルホキシド;および尿素がまた、投与される。さらに、標的抗原に対して応答を発生させるために、109P1D4を模倣する抗イディオタイプの抗体が、投与され得る。核酸ワクチン本発明のワクチン組成物は、核酸媒介様式を含む。本発明のタンパク質をコードするDNAまたはRNAは、患者に投与され得る。遺伝子免疫方法は、109P1D4を発現する癌細胞に対する、予防的または治療的な体液性免疫応答および細胞性免疫応答を発生させるために利用され得る。109P1D4関連タンパク質/免疫原をコードするDNAを含む構成物および適切な調節配列は、個体の筋肉または皮膚に直接注射され得、その結果、筋肉または皮膚の細胞は、この構成物を取り込み、そしてコードされた109P1D4タンパク質/免疫原を発現する。あるいは、ワクチンは、109P1D4関連タンパク質を含む。109P1D4関連タンパク質免疫原の発現は、109P1D4タンパク質を保有する細胞に対する、予防的または治療的な体液性免疫および細胞性免疫の発生を生じる。当該分野で公知の、種々の予防的および治療的な遺伝子免疫技術は、使用され得る総説については、インターネットアドレスgenweb.comで公開されている情報および参考文献を参照のこと。核酸ベース送達は、例えば、Wolffら,Science247:14651990および米国特許第5,580,859号;同第5,589,466号;同第5,804,566号;同第5,739,118号;同第5,736,524号;同第5,679,647号;WO98/04720に記載されている。DNAベースの送達技術の例としては、裸のDNA、促進されたブピバカインbupivicaine、ポリマー、ペプチド媒介送達、カチオン性脂質複合体、および粒子媒介送達遺伝子銃または圧力媒介送達例えば、米国特許第5,922,687号を参照のことを含む。治療的または予防的な免疫の目的のために、本発明のタンパク質は、ウイルスベクターまたは細菌ベクターを介して発現され得る。本発明の実施において使用され得る種々のウイルス遺伝子送達系としては、ワクシニアウイルス、鶏痘ウイルス、カナリア痘ウイルス、アデノウイルス、インフルエンザウイルス、ポリオウイルス、アデノ随伴ウイルス、レンチウイルス、およびシンドビスウイルス例えば、Restifo、1996、Curr.Opin.Immunol.8:658-663;Tsangら,J.Natl.CancerInst.87:982-9901995を参照のことが挙げられるが、これらに限定されない。非ウイルス送達系もまた、抗腫瘍応答を誘導するために患者に、109P1D4関連タンパク質をコードする裸のDNAを例えば筋内または皮内で患者に導入することにより利用され得る。ワクチンウイルスは、例えば、本発明のペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現するためのベクターとして使用される。宿主への導入の際に、組換えワクチンウイルスは、タンパク質免疫原性ペプチドを発現し、そしてこれによって、宿主免疫応答を惹起する。免疫プロトコルにおいて有用なワクチンベクターおよび方法は、例えば、米国特許第4,722,848号に記載されている。別のベクターは、BCGBacilleCalmetteGuerinである。BCGベクターは、Stoverら,Nature351:456-4601991に記載されている。本発明のペプチドの治療的投与または免疫のための有用な、広範な種々の他のベクター例えば、アデノウイルスベクターおよびアデノ関連ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、Salmonellatyphiベクター、無毒化炭疽毒素ベクターなどは、本明細書の記載から当業者に明らかである。従って、遺伝子送達系は、109P1D4関連核酸分子を送達するために使用される。一つの実施形態において、全長ヒト109P1D4cDNAを使用する。別の実施形態において、特異的な細胞傷害性Tリンパ球CTLおよび/または抗体エピトープをコードする109P1D4核酸分子を使用する。エキソビボワクチン種々のエキソビボストラテジーを利用して、免疫応答もまた発生させ得る。一つのアプローチは、患者の免疫系に対して109P1D4抗原を提示する樹状細胞DCのような抗原提示細胞APCの使用に関する。樹状細胞は、MHCクラスI分子およびMHCクラスII分子、B7補助刺激因子、ならびにIL-12を発現し、従って、高度に特異的な抗原提示細胞である。前立腺癌において、前立腺特異的膜抗原PSMAのペプチドによりパルスされる自己樹状細胞が、前立腺癌患者の免疫系を刺激するために、フェーズI臨床試験において使用されるTjoaら,1996,Prostate28:65-69;Murphyら,1996,Prostate29:371-380。従って、樹状細胞は、MHCクラスI分子またはMHCクラスII分子の内容物中で、109P1D4ペプチドをT細胞に提示するために使用され得る。一つの実施形態において、自己樹状細胞は、MHCクラスI分子および/またはMHCクラスII分子に結合し得る109P1D4ペプチドでパルスされる。別の実施形態において、樹状細胞は、完全109P1D4タンパク質でパルスされる。なお別の実施形態は、当該分野で公知の種々の実行ベクターを使用する樹状細胞中で、109P1D4遺伝子の過剰発現を操作することに関する例えば、アデノウイルスArthurら,1997,CancerGeneTher.4:17-25、レトロウイルスHendersonら,1996,CancerRes.56:3763-3770、レンチウイルス、アデノ随伴ウイルス、DNAトランスフェクションRibasら,1997,CancerRes.57:2865-2869、または腫瘍誘導RNAトランスフェクションAshleyら,1997,J.Exp.Med.186:1177-1182。109P1D4を発現する細胞はまた、免疫調節因子例えば、GM-CSFを発現するように操作され得、そして免疫剤として使用され得る。X.B.抗体ベースの治療のための標的としての109P1D4109P1D4は、抗体ベースの治療ストラテジーのための魅力的な標的である。多数の抗体ストラテジーは、細胞外分子と細胞内分子との両方を標的するために、当該分野で公知である例えば、相補体およびADCC媒介の死滅および身体内での使用を参照のこと。109P1D4は、対応する正常な細胞に対する種々の系統の癌細胞によって発現されるので、免疫活性組成物を非標的器官および組織に結合することによって生じる、毒性効果、非特異的効果および/または非標的効果なしで、優れた感受性を示す、109P1D4免疫活性組成物の全身投与を調製する。109P1D4のドメインと特異的に反応する抗体は、トキシンまたは治療剤と組み合わせてか、または細胞増殖または機能を阻害し得る裸の抗体としてのいずれかで、全身的に109P1D4を発生する癌を処置するために有用である。109P1D4抗体は、抗体が109P1D4に結合し、そして機能例えば、結合パートナーとの相互作用を調節し、そして結果として腫瘍細胞の破壊を媒介し、そして/または腫瘍細胞の増殖を阻害するように、患者に導入され得る。このような抗体が治療効果を発揮する機構としては、補体媒介性細胞溶解、抗体依存性細胞性細胞傷害、109P1D4の生理学的機能を調節すること、リガンド結合またはシグナル伝達経路を阻害すること、腫瘍細胞分化を調節すること、腫瘍脈管形成因子プロフィールを変化させること、および/またはアポトーシスを包含し得る。当業者は、抗体が、免疫原性分子例えば、図2または図3に示される109P1D4配列の免疫原性領域を特異的に標的および結合するために使用され得ることを理解する。さらに、当業者は、抗体を細胞傷害性薬剤に結合体化することは慣用的であることを理解する例えば、Sleversら,Blood93:113678-36841999年6月1日を参照のこと。細胞傷害性薬剤および/または治療剤が、例えば、この細胞例えば、109P1D4によって発現される分子に対して特異的な抗体にそれらの薬剤を結合体化させることによって、細胞に直接送達される場合、この細胞傷害性薬剤は、それらの細胞上において公知の生物学的効果例えば、細胞傷害性を発揮する。抗体-細胞傷害性薬剤結合体を使用して細胞を死滅させるための広範な種々の組成物および方法が、当該分野で公知である。癌の状況において、代表的な方法は、腫瘍を有する哺乳動物に、生物学的に有効な量の結合体を投与する工程を包含し、この結合体は、発現されたか、結合に接触可能か、または細胞表面上に局在化された、マーカー例えば、109P1D4に結合する標的試薬例えば、抗109P1D4抗体に連結される、選択された細胞傷害性薬剤および/または治療剤を含む。代表的な実施形態は、細胞傷害性薬剤および/または治療剤を、109P1D4を発現する細胞に送達する方法であり、この方法は、109P1D4エピトープに免疫特異的に結合する抗体に細胞傷害性薬剤を結合体化させる工程、および抗体薬剤結合体に細胞を曝露する工程を包含する。別の例示的な実施形態は、転移癌を患ったと疑われる個体を処置する方法であり、この方法は、細胞傷害性薬剤および/または治療剤に結合体化された、治療有効量の抗体を含む薬学的組成物を個体に非経口的に投与する工程を包含する。抗109P1D4抗体を使用する癌免疫治療は、他の型の癌の処置に首尾良く使用される種々のアプローチに従ってなされ、この癌としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:結腸癌Arlenら、1998、Crit.Rev.Immunol.18:133~138、多発性骨髄腫Ozakiら、1997、Blood90:3179~3186;Tsunenariら、1997、Blood90:2437~2444、胃癌Kasprzykら、1992、CancerRes.52:2771~2776、B細胞リンパ腫Funakoshiら、1996、J.Immunother.EmphasisTumorImmunol.19:93~101、白血病Zhongら、1996、Leuk.Res.20:581~589、結腸直腸癌Mounら、1994、CancerRes.54:6160~6166;Veldersら、1995、CancerRes.55:4398~4403、および乳癌Shepardら、1991、J.Clin.Immunol.11:117~127。いくつかの治療アプローチは、毒素または放射性同位体への裸の抗体の結合例えば、抗CD20抗体へのY91またはI131の結合例えば、ZevalinTM、IDECPharmaceuticalsCorp.、またはBexxarTM、CoulterPharmaceuticalsを含むが、一方他のアプローチは、抗体と他の治療薬剤との例えば、HerceptinTMトラスツズマブtrastuzumabとパクリタキセルGenentech,Inc.との共投与を含む。この抗体は、治療薬剤に結合体化され得る。前立腺癌の処置のために、例えば、109P1D4抗体が、照射、化学療法またはホルモン切除と組み合わせて、投与され得る。また、抗体は、カリミアミチンcalicheamicin例えば、MylotargTM、Wyeth-Ayerst、Madison、NJ、抗腫瘍抗体カリキアミチンに結合体化された組換えヒト化IgG4カッパー抗体、またはメイタンシノイドmaytansinoid例えば、タキサンベースの腫瘍活性化プロドラッグ、TAP、プラットフォーム、免疫原、Cambridge、MA、また、例えば、米国特許第5,416,064号を参照のことのような毒素に結合体化され得る。109P1D4抗体治療は、癌の全てのステージに対して有用であるが、進行癌または転移癌において特に適切であり得る。本発明の抗体治療を用いた処置は、1つ以上の一連の化学療法を受けている患者に示される。あるいは、本発明の抗体療法は、化学療法処置を受けていない患者のために、化学療法レジメンまたは照射レジメンと組み合わせられる。さらに、抗体療法は、減少した投薬量の共化学療法の使用を、特に、その化学療法薬剤の毒性をあまり許容しない患者にとって、可能にし得る。FanらCancerRes.53:4637-4642、1993、PrewettらInternationalJ.ofOnco.9:217-224、1996、およびHancockらCancerRes.51:4575-4580、1991は、化学療法薬剤と共の種々の抗体の使用を記載する。109P1D4抗体治療は、癌の全てのステージに対して有用であるが、進行癌または転移癌において特に適切であり得る。本発明の抗体治療を用いた処置は、1つ以上の一連の化学療法を受けている患者に示される。あるいは、本発明の抗体療法は、化学療法処置を受けていない患者のために、化学療法レジメンまたは照射レジメンと組み合わせられる。さらに、抗体療法は、減少した投薬量の共化学療法の使用を、特に、その化学療法薬剤の毒性をあまり許容しない患者にとって、可能にし得る。癌患者は、好ましくは、腫瘍組織の免疫組織化学的評価、定量的109P1D4画像化、または109P1D4発現の存在および程度を確かに示し得る他の技術を使用して、109P1D4発現の存在およびレベルについて評価され得る。腫瘍生検または外科的標本の免疫組織化学分析が、この目的に好ましい。腫瘍組織の免疫組織化学的分析のための方法は、当該分野で周知である。前立腺癌および他の癌を処置する抗109P1D4モノクローナル抗体としては、その腫瘍に対する強力な免疫応答を開始し得る抗体、または直接細胞傷害性であり得る抗体が挙げられる。これに関して、抗109P1D4モノクローナル抗体mAbは、補体媒介性細胞傷害または抗体依存性細胞傷害ADCCのいずれかの機構によって、腫瘍細胞溶解を惹起し得、これらの機構の両方が、補体タンパク質上のエフェクター細胞Fcレセプター部位との相互作用のために、その免疫グロブリン分子のインタクトなFc部分を必要とする。さらに、腫瘍増殖に対して直接の生物学的効果を発揮する抗109P1D4mAbが、109P1D4を発現する癌を処置するのに有用である。直接的に細胞傷害性mAbが作用する機構としては、細胞増殖の阻害、細胞分化の調節、腫瘍脈管形成因子プロフィールの調節、およびアポトーシスの誘導が、挙げられる。特定の抗109P1D4mAbが抗腫瘍効果を発揮する機構は、当該分野で一般的に知られているように、ADCC、ADMMC、補体媒介性細胞溶解などの細胞死を評価する、任意の数のインビトロアッセイを使用して、評価される。何人かの患者において、マウスまたは他の非ヒトのモノクローナル抗体の使用、あるいはヒト/マウスキメラmAbの使用が、非ヒト抗体に対する中程度から強力な免疫応答を誘導し得る。これは、循環からの抗体のクリアランスおよび減少した効力をもたらし得る。最も深刻な場合において、このような免疫応答は、潜在的に腎不全を引き起こし得る、免疫複合体の広範な形成をもたらし得る。従って、本発明の治療法の方法において使用される好ましいモノクローナル抗体は、高い親和性で標的109P1D4抗原に特異的に結合するが、患者において低い抗原性を示すかまたは全く抗原性を示さない、完全にヒトであるかまたはヒト化されているかのいずれかである抗体である。本発明の治療法は、単一の抗109P1D4mAbの投与、ならびに異なるmAbの組み合わせまたはカクテルの投与を意図する。このようなmAbカクテルは、それらが、異なるエピトープを標的とするmAbを含むか、異なるエフェクター機構を使用するか、または免疫エフェクター機能性に依存するmAbと直接細胞傷害性mAbを組み合わせるので、特定の利点を有し得る。組み合わせたこのようなmAbは、相乗的治療効果を示し得る。さらに、抗109P1D4mAbは、種々の化学療法薬剤、アンドロゲン遮断薬、免疫調節因子例えば、IL-2、GM-CSF、手術または放射線を含むがこれらに限定されない、他の治療薬剤と同時に投与され得る。抗109P1D4mAbは、その裸の形態または非結合形態で投与され得るか、またはそれらに結合した治療薬剤を有し得る。抗109P1D4抗体処方物は、腫瘍細胞に抗体を送達し得る任意の経路を介して投与される。投与の経路としては、静脈内経路、腹腔内経路、筋肉内経路、腫瘍内経路、皮内経路などが挙げられるが、これらに限定されない。処置は一般的に、代表的に、体重1kgあたり約0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、または25mgの範囲の用量で、受容可能な投与経路例えば、静脈内注射IVを介する、抗109P1D4抗体調製物の繰り返し投与を含む。一般に、1週間に10~1000mgmAbの範囲の用量が、効果的であり得かつ十分に許容され得る。転移性乳癌の処置においてHerceptinTMmAbを用いる臨床実験に基づいて、抗109P1D4mAb調製物の約4mg/kg患者体重IVの初回負荷用量に引き続いて、約2mg/kgIVの毎週の用量が、受容可能な投薬レジメンを示す。好ましくは、この初回負荷用量が、90分以上の注入として投与される。その初回用量が十分に許容された場合、周期的維持用量が、30分以上の注入として投与される。当業者が理解するように、種々の因子が、特定の場合における理想的な用量レジメンに影響し得る。このような因子としては、例えば、使用されるAbまたはmAbの結合親和性および半減期、患者における109P1D4発現の程度、循環する放出されたshed109P1D4抗原の程度、所望される安定状態の抗体濃度レベル、処置の頻度、および本発明の処置方法と組み合わせて使用される化学療法薬剤または他の因子の影響ならびに特定の患者の健康状態が、挙げられる。必要に応じて、患者は、最も有効な投与レジメンなどの決定を補助するために、所定のサンプル中の109P1D4のレベル例えば、循環する109P1D4抗原および/または109P1D4発現細胞のレベルについて評価されるべきである。このような評価はまた、治療全体を通じてのモニタリングの目的で使用され、そして他のパラメーター例えば、膀胱癌治療における尿細胞学および/またはImmunoCytレベル、あるいは、類推されるところによれば、前立腺癌治療における血清PSAレベルを評価することと組合せて治療的成功を評価するために有用である。抗イディオタイプ抗109P1D4抗体はまた、抗癌療法において、109P1D4関連タンパク質を発現する細胞に対する免疫応答を惹起するためのワクチンとして使用され得る。詳細には、抗イディオタイプ抗体の産生は、当該分野で周知であり;この方法論は、109P1D4関連タンパク質上のエピトープを模倣する抗イディオタイプ抗109P1D4抗体を生成するように容易に適合され得る例えば、Wagnerら、1997、Hybridoma16:33~40;Foonら、1995、J.Clin.Invest.96:334~342;Herlynら、1996、CancerImmunol.Immunother.43:65~76を参照のこと。このような抗イディオタイプ抗体は、癌ワクチンストラテジーにおいて使用され得る。X.C.細胞免疫応答についての標的としての109P1D4ワクチン、および本明細書中に記載のように免疫学的に有効な量の1種以上のHLA結合ペプチドを含むワクチンを調製する方法は、本発明のさらなる実施形態である。さらに、本発明に従うワクチンは、1つ以上の特許請求されるペプチドの組成物を含む。ペプチドは、ワクチンにおいて個々に存在し得る。あるいは、ペプチドは、同じペプチドの複数コピーを含むホモポリマーとして、または種々のペプチドのヘテロポリマーとして存在し得る。ポリマーは、増加した免疫学的反応の利点を有し、そして異なるペプチドエピトープがポリマーを構成するために使用される場合、免疫応答を標的化する病原性生物または腫瘍関連ペプチドの異なる抗原決定基と反応する抗体および/またはCTLを誘導するというさらなる能力を有する。この組成物は、抗原の天然に存在する領域であり得るか、または例えば、組換えもしくは化学合成によって調製され得る。本発明のワクチンとともに使用され得るキャリアは、当業者に周知であり、そして例えば、サイログロブリン、アルブミン例えば、ヒト血清アルブミン、破傷風トキソイド、ポリアミノ酸例えば、ポリL-リジン、ポリL-グルタミン酸、インフルエンザ、B型肝炎ウイルスコアタンパク質などが挙げられる。ワクチンは、生理学的に許容可能すなわち、受容可能な希釈剤例えば、水、または生理食塩水、好ましくは、リン酸緩化衝生理食塩水を含み得る。ワクチンはまた、代表的に、アジュバントを含み得る。不完全フロイントアジュバント、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、またはミョウバンのようなアジュバントは、当該分野で周知の材料の例である。さらに、本明細書中で開示されるように、CTL応答は、本発明のペプチドを脂質例えば、トリパルミトイル-S-グリセリルシステイニルセリル-セリンP3CSSに結合体化することによって、初回刺激され得る。さらに、アジュバント例えば、合成サイトカインホスホロチオリル化グアニン含有CpGオリゴヌクレオチドは、CTL応答を10~100倍増加することが見出された例えば、DavilaおよびCelis、J.Immunol.165:539~5472000を参照のこと。注射、エアロゾル、経口、経皮、経粘膜、胸内、髄腔内、または他の適切な経路による、本発明に従うペプチド組成物での免疫に際して、宿主の免疫系は、所望の抗原に特異的な、大量のCTLおよび/またはHTLを産生することによってワクチンに応答する。結果として、宿主は、109P1D4抗原を発現するかまたは過剰発現する細胞の後期発生に少なくとも部分的に免疫されるか、あるいは抗原が腫瘍関連であった場合、少なくともいくつかの治療的利益をもたらす。いくつかの実施形態において、クラスIペプチド成分を、標的抗原に対する中和抗体および/またはヘルパーT細胞応答を誘導するかまたは促進する成分と組み合わせることが望ましくあり得る。この組成物の好ましい実施形態は、本発明に従うクラスIエピトープおよびクラスIIエピトープを含む。このような組成物の代替的な実施形態は、本発明に従うクラスIおよび/またはクラスIIのエピトープ、および交差反応性HTLエピトープ例えば、PADRETMEpimmune,SanDiego,CA分子を含む例えば、米国特許第5,736,142号に記載されている。本発明のワクチンはまた、抗原提示細胞APC例えば、樹状細胞DCを、本発明のペプチドを提示するためのビヒクルとして含み得る。樹状細胞を動員mobilizationし、そして収集し、これによって、樹状細胞の負荷をインビトロで生じさせた後に、ワクチン組成物が、インビトロで作製され得る。例えば、樹状細胞は、例えば、本発明に従うミニジーンでトランスフェクトされるか、またはペプチドでパルスされる。次いで、樹状細胞は、インビボで免疫応答を惹起するために患者に投与され得る。ワクチン組成物DNAベースまたはペプチドベースのいずれかはまた、樹状細胞動員とともにインビボで投与され得、これによって、樹状細胞の負荷がインビボで生じる。好ましくは、以下の原理が、ワクチンにおける使用のためのポリエピトープ組成物中での封入のために、あるいはワクチンに含まれるべき、そして/または核酸例えば、ミニジーンによってコードされるべき別々のエピトープを選択するために、エピトープのアレイを選択する場合に利用される。以下の原理のそれぞれが選択を行うためにバランスをとられることが好ましい。所定のワクチン組成物に組み込まれるマルチエピトープは、エピトープが由来するネイティブ抗原において連続した配列であり得るが、そうである必要はない。1.投与のとき、腫瘍クリアランスと相関して観測された免疫応答を模倣するエピトープが選択される。HLAクラスIについて、これは、少なくとも1つの腫瘍関連抗原TAAに由来する3~4エピトープを含む。HLAクラスIIについて、類似の原理が使用される;再び、3~4エピトープは、少なくとも1つのTAAから選択される例えば、Rosenbergら、Science278:1447~1450を参照のこと。1つのTAAからのエピトープは、1つ以上のさらなるTAAからのエピトープと組み合わせて使用され、頻繁に発現されるTAAの種々の発現パターンを有する腫瘍を標的化するワクチンを産生し得る。2.免疫原性と関連することが確証された必須の結合親和性を有するエピトープが選択される:HLAクラスIについて、500nM以下しばしば、200nM以下のIC50;およびクラスIIについて、1000nM以下のIC50。3.十分なスーパーモチーフ保有ペプチド、または対立遺伝子特異的モチーフ保有ペプチドの十分なアレイが、広い集団範囲を与えるように選択される。例えば、少なくとも80の集団範囲を有することが好ましい。モンテカルロ分析当該分野で公知の統計的評価を使用して、集団範囲の幅または重複性を評価し得る。4.癌関連抗原由来のエピトープが選択される場合、アナログを選択することがしばしば有用である。なぜなら、患者は、ネイティブのエピトープに対して耐性を発達させている場合があるからである。5.ネスト化エピトープnestedepitopeと呼ばれるエピトープが、特に関連する。ネスト化エピトープは、少なくとも2つのエピトープが所定のペプチド配列で重なる場合に生じる。ネスト化ペプチド配列は、B細胞エピトープ、HLAクラスIエピトープおよび/またはHLAクラスIIエピトープを含み得る。ネスト化エピトープを提供する場合、一般的な目的は、配列当たり最も多くの数のエピトープを提供することである。従って、1つの局面は、ペプチド中のアミノ末端エピトープのアミノ末端およびカルボキシル末端エピトープのカルボキシル末端よりもいくらかでも長いペプチドを提供することを避けることである。マルチエピトープ配列例えば、ネスト化エピトープを含む配列を提供する場合、病理学的なまたは他の有害な生物学的特性を有さないことを保証するために、配列をスクリーニングすることが一般的に重要である。6.ポリエピトープタンパク質を作製する場合、またはミニジーンを作製する場合、目的は、目的のエピトープを含む最小のペプチドを作製することである。この原理は、ネスト化エピトープを含むペプチドを選択する場合に使用される原理と同じでない場合、類似する。しかし、人工ポリエピトープペプチドを用いる場合、サイズ最小化の目的は、ポリエピトープタンパク質中のエピトープ間に任意のスペーサー配列を組み込む必要性に対してバランスがとられる。例えば、スペーサーアミノ酸残基は、接合エピトープjunctionalepitope免疫系によって認識され、標的抗原に存在せず、かつエピトープの人工並置によってのみ作製されるエピトープを避けるためにか、またはエピトープ間の切断を容易にし、それによって、エピトープ提示を増強するために導入され得る。接合エピトープは、一般的に、避けられるべきである。なぜなら、レシピエントは、その非ネイティブなエピトープに対する免疫応答を生成し得るからである。優性エピトープである接合エピトープに対し、特に関心が高い。優性エピトープは、他のエピトープに対する免疫応答が減少されるかまたは抑制されるような強いzealous応答を導き得る。7.同じ標的タンパク質の複数の改変体の配列が存在する場合、潜在的なペプチドエピトープはまた、それらの保存性に基づいて選択され得る。例えば、保存性についての基準は、HLAクラスI結合ペプチドの配列全体またはクラスII結合ペプチドの9マーのコア全体が、特定のタンパク質抗原について評価される配列の指定された割合で保存されることを規定し得る。X.C.1.ミニジーンワクチン複数のエピトープの共送達を可能にする多くの異なるアプローチが利用可能である。本発明のペプチドをコードする核酸は、本発明の特に有用な実施形態である。ミニジーン中への封入のためのエピトープは、好ましくは、前の章に記載されるガイドラインに従って選択される。本発明のペプチドをコードする核酸を投与する好ましい手段は、本発明の1つのエピトープまたはマルチエピトープを含むペプチドをコードするミニジーン構築物を使用する。マルチエピトープミニジーンの使用は、以下およびIshiokaら、J.Immunol.162:3915~3925、1999;An,L.およびWhitton,J.L.,J.Virol.71:2292,1997;Thomson,S.A.ら、J.Immunol.157:822,1996;Whitton,J.L.ら、J.Virol.67:348,1993;Hanke,R.ら、Vaccine16:426,1998に記載される。例えば、109P1D4由来のスーパーモチーフ保有エピトープおよび/またはモチーフ保有エピトープをコードするマルチエピトープDNAプラスミド、PADRE登録商標ユニバーサルヘルパーT細胞エピトープまたは109P1D4由来の複数のHTLエピトープ例えば、表VIII~XXIおよびXXII~XLIXを参照のこと、ならびに小胞体トランスロケーションシグナル配列が操作され得る。ワクチンはまた、他のTAA由来のエピトープを含み得る。マルチエピトープミニジーンの免疫原性は、試験されるエピトープに対するCTL誘導応答の大きさを評価するためにトランスジェニックマウスで確認され得る。さらに、インビボのDNAコードエピトープの免疫原性は、DNAプラスミドでトランスフェクトされた標的細胞に対する特定のCTL株のインビトロ応答と相関し得る。従って、これらの実験は、ミニジーンが、1CTL応答を産生すること、および2誘導されたCTLが、コードされたエピトープを発現する細胞を認識することの両方に役立つことを示し得る。例えば、ヒト細胞における発現のために選択されたエピトープミニジーンをコードするDNA配列を作製するために、エピトープのアミノ酸配列は、逆翻訳され得る。ヒトコドン使用表は、各アミノ酸に対するコドン選択の指針のために使用され得る。これらのエピトープコードDNA配列は、直接隣接し得、その結果、翻訳された場合に、連続したポリペプチド配列が作製される。発現および/または免疫原性を最適化するために、さらなるエレメントが、ミニジーン設計に組み込まれ得る。ミニジーン配列に逆翻訳され得、そして含まれ得るアミノ酸配列の例としては、以下が挙げられる:HLAクラスIエピトープ、HLAクラスIIエピトープ、抗体エピトープ、ユビキチン化シグナル配列、および/または小胞体標的化シグナル。さらに、CTLおよびHTLエピトープのHLA提示は、CTLまたはHTLエピトープに隣接する、合成例えば、ポリ-アラニンまたは天然に存在する隣接配列を含むことによって改善され得る;エピトープを含むこれらのより大きなペプチドは、本発明の範囲内である。ミニジーン配列は、ミニジーンのプラス鎖およびマイナス鎖をコードするオリゴヌクレオチドを組み立てることによってDNAに変換され得る。重複オリゴヌクレオチド30~100塩基長は、周知技術を使用して、適切な条件下で、合成され得、リン酸化され得、精製され得、そしてアニールされ得る。オリゴヌクレオチドの末端は、例えば、T4DNAリガーゼを使用して結合され得る。次いで、この合成ミニジーンエピトープポリペプチドをコードするは、所望の発現ベクターにクローン化され得る。当業者に周知の標準的な調節配列は、好ましくは、標的細胞における発現を確実にするためにベクターに含まれる。いくつかのベクターエレメントが、望ましい:ミニジーン挿入のための下流クローニング部位を有するプロモーター;効率的な転写終結のためのポリアデニル化シグナル;E.coli複製起点;およびE.coli選択マーカー例えば、アンピシリン耐性またはカナマイシン耐性。多くのプロモーター例えば、ヒトサイトメガロウイルスhCMVプロモーターがこの目的のために使用され得る。他の適切なプロモーター配列について、例えば、米国特許第5,580,859号および同第5,589,466号を参照のこと。さらなるベクター改変は、ミニジーン発現および免疫原性を最適化するために所望され得る。いくつかの場合において、イントロンは、効率的な遺伝子発現に必要とされ、そして1つ以上の合成イントロンまたは天然に存在するイントロンが、ミニジーンの転写領域に組み込まれ得る。mRNA安定化配列および哺乳動物細胞における複製のための配列を含むこともまた、ミニジーン発現を増加するために考慮され得る。一旦、発現ベクターが選択されると、ミニジーンは、プロモーターの下流のポリリンカー領域にクローン化される。このプラスミドは、適切なE.coli株に形質転換され、そしてDNAは、標準的な技術を使用して調製される。ミニジーンの方向およびDNA配列、ならびにベクターに含まれる全ての他のエレメントは、制限マッピングおよびDNA配列分析を使用して確認される。正しいプラスミドを有する細菌細胞は、マスター細胞バンクおよび作業細胞バンクとして保存され得る。さらに、免疫刺激配列ISSまたはCpGは、DNAワクチンの免疫原性において役割を果たすようである。これらの配列は、免疫原性を増強することが望ましい場合に、ミニジーンコード配列の外側で、ベクターに含まれ得る。いくつかの実施形態において、ミニジーンコードエピトープおよび第2タンパク質免疫原性を増強または減少するために含まれるの両方の産生を可能にするビシストロニックbi-cistronic発現ベクターが使用され得る。共発現される場合に免疫応答を有利に増強し得るタンパク質またはポリペプチドの例としては、サイトカイン例えば、IL-2、IL-12、GM-CSF、サイトカイン誘導分子例えば、LeIF、共刺激分子、または、HTL応答について、pan-DR結合タンパク質PADRETM、Epimmune、SanDiego、CAが挙げられる。ヘルパーHTLエピトープは、細胞内標的化シグナルに結合され得、そして発現されるCTLエピトープから別々に発現され得る;これは、CTLエピトープとは異なる細胞区画へのHTLエピトープの方向付けを可能にする。必要とされる場合、これは、HTLエピトープのクラスII経路へのより効率的な進入を促進し得、それによって、HTL誘導を改善する。HTL誘導またはCTL誘導と対照的に、免疫抑制分子例えば、TGF-βの共発現によって免疫応答を特異的に減少させることは、特定の疾患において有益であり得る。治療的な量のプラスミドDNAは、例えば、E.coliにおける発酵、続く精製によって生成され得る。細胞バンクからのアリコートを使用して、増殖培地に播種し、そして周知技術に従ってシェーカーフラスコまたはバイオリアクターで飽和まで増殖される。プラスミドDNAは、QIAGEN,Inc.Valencia,Californiaによって供給される固相アニオン交換樹脂のような標準的な生物分離技術を使用して精製され得る。必要な場合、スーパーコイルDNAは、ゲル電気泳動または他の方法を使用して、開環状形態および線形形態から単離され得る。精製プラスミドDNAは、種々の処方物を使用して注射のために調製され得る。これらのうち最も簡単なものは、滅菌リン酸緩衝生理食塩水PBS中での凍結乾燥されたDNAの再構成である。このアプローチ裸nakedのDNAとして公知であるは、臨床試験における筋肉内IM投与のために現在使用される。ミニジーンDNAワクチンの免疫治療効果を最大化するために、精製プラスミドDNAを処方するための代替方法が、望ましくあり得る。種々の方法が記載されており、そして新規な技術が利用可能となり得る。カチオン性脂質、糖脂質、および膜融合fusogenicリポソームもまた、処方物中で使用され得る例えば、WO93/24640;ManninoGould-Fogerite、BioTechniques67:6821988;米国特許第5,279,833号;WO91/06309;およびFelgnerら、Proc.Nat’lAcad.Sci.USA84:74131987による記載を参照のこと。さらに、保護性の相互作用性非凝縮化合物PINCとして総称されるペプチドおよび化合物もまた、プラスミドDNAを精製するために複雑化され得、可変物例えば、安定性、筋肉内分散、または特定の器官または細胞型への輸送に影響を及ぼす。標的細胞感作は、ミニジーンコードCTLエピトープの発現およびHLAクラスI提示についての機能性アッセイとして使用され得る。例えば、プラスミドDNAは、標準的なCTLクロム放出アッセイのための標的として適切な哺乳動物細胞株に導入される。使用されるトランスフェクション方法は、最終処方物に依存する。エレクトロポレーションは、裸のDNAのために使用され得るが、カチオン性脂質は、直接的なインビトロトランスフェクションを可能とする。緑色蛍光タンパク質GFPを発現するプラスミドは、蛍光細胞活性化細胞分別FACSを使用して、トランスフェクトされた細胞の濃縮を可能にするために共トランスフェクトされ得る。次いで、これらの細胞は、クロム-5151Cr標識され、そしてエピトープ特異的CTL株に対する標的細胞として使用され;細胞溶解51Cr放出によって検出されるは、ミニジーンコード化CTLエピトープの産生およびHLA提示の両方を示す。HTLエピトープの発現は、HTL活性を評価するためのアッセイを使用して、類似の様式で評価され得る。インビボ免疫原性は、ミニジーンDNA処方物の機能試験についての第2のアプローチである。適切なヒトHLAタンパク質を発現するトランスジェニックマウスを、DNA産物を用いて免疫する。用量および投与経路は、処方物に依存する例えば、PBS中のDNAについてIM、脂質複合化DNAについて腹腔内i.p.。免疫の21日後、脾細胞を収集し、そして試験される各エピトープをコードするペプチドの存在下で1週間、再刺激する。その後、CTLエフェクター細胞について、標準的技術を使用して、ペプチド負荷51Cr標識標的細胞の細胞溶解についてのアッセイを行う。ミニジーンコードエピトープに対応するペプチドエピトープを負荷されたHLAによって感作された標的細胞の溶解は、CTLのインビボ導入についてのDNAワクチン機能を実証する。HTLエピトープの免疫原性は、類似の方法で、トランスジェニックマウスにおいて確認される。あるいは、核酸は、例えば、米国特許第5,204,253号に記載されるように、弾道的ballistic送達を使用して投与され得る。この技術を使用して、DNAのみから構成される粒子が投与される。さらなる代替の実施形態において、DNAは、粒子例えば、金粒子に接着され得る。ミニジーンはまた、当該分野で周知の他の細菌送達系またはウイルス送達系を使用して送達され得る例えば、本発明のエピトープをコードする発現構築物が、ワクシニアのようなウイルスベクターに組み込まれ得る。X.C.2.CTLペプチドとヘルパーペプチドとの組合せ本発明のCTLペプチドを含むワクチン組成物は、所望の性状例えば、改善された血清半減期、広げられた集団適用範囲、または増強された免疫原性を提供するために改変例えば、アナログ化され得る。例えば、ペプチドがCTL活性を誘導する能力は、ペプチドを、Tヘルパー細胞応答を誘導し得る少なくとも1つのエピトープを含む配列に連結することによって増強され得る。CTLペプチドは直接Tヘルパーペプチドに連結され得るが、しばしば、CTLエピトープ/HTLエピトープ結合体は、スペーサー分子によって連結される。スペーサーは、代表的に、比較的小さな中性の分子例えば、アミノ酸またはアミノ酸模倣物これは、生理学的条件下において、実質的に荷電されていないから構成される。スペーサーは、代表的に、例えば、Ala、Gly、あるいは非極性アミノ酸または中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択される。任意に存在するスペーサーが同じ残基から構成される必要はなく、従って、ヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマーであり得ることが理解される。存在する場合、スペーサーは、通常、少なくとも1つまたは2つの残基、より通常には、3~6個の残基、ときどき、10以上の残基である。CTLペプチドエピトープは、CTLペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかにおいて、直接的またはスペーサーを介してのいずれかで、Tヘルパーペプチドに連結され得る。免疫原性ペプチドまたはTヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端は、アシル化され得る。特定の実施形態において、Tヘルパーペプチドは、遺伝的に多様な集団の大部分に存在するTヘルパー細胞によって認識されるペプチドである。これは、多くの、ほとんどの、または全てのHLAクラスII分子に結合するペプチドを選択することによって達成され得る。多くのHLAクラスII分子に結合するこのようなアミノ酸の例は、破傷風トキソイドの830~843位QYIKANSKFIGITE配列番号40、PlasmodiumfalciparumサーカムスポロゾイトcircumsporozoiteCSタンパク質の378~398位DIEKKIAKMEKASSVFNVVNS配列番号41、およびStreptococcus18kDタンパク質の116~131位GAVDSILGGVATYGAA配列番号42のような抗原由来の配列を含む。他の例としては、DR1-4-7スーパーモチーフ、またはDR3モチーフのいずれかを有するペプチドを含む。あるいは、天然に見出されないアミノ酸配列を使用して、緩いHLA拘束様式looselyHLA-restrictedfashionで、Tヘルパーリンパ球を刺激し得る合成ペプチドを調製することが可能である例えば、PCT公開WO95/07707を参照のこと。Pan-DR結合エピトープ例えば、PADRETM、Epimmune,Inc.,SanDiego,CAと呼ばれるこれらの合成化合物は、大部分のHLA-DRヒトHLAクラスII分子に最も好ましく結合するように設計される。例えば、式:xKXVAAWTLKAAx配列番号43ここで、Xは、シクロヘキシルアラニン、フェニルアラニン、またはチロシンのいずれかであり、そしてaは、D-アラニンまたはL-アラニンのいずれかであるを有するpan-DR結合エピトープペプチドは、大部分のHLA-DR対立遺伝子に結合し、そしてそれらのHLA型に関わりなく、大部分の個体由来のTヘルパーリンパ球の応答を刺激することが見出された。pan-DR結合エピトープの代替物は、全てL天然アミノ酸を含み、そしてエピトープをコードする核酸の形態で提供され得る。HTLペプチドエピトープはまた、それらの生物学的特性を変更するために改変され得る。例えば、これらは、プロテアーゼに対するそれらの耐性を増加し、従って、それらの血清半減期を拡大するためにD-アミノ酸を含むように改変され得るか、あるいはこれらは、それらの生物学的活性を増加させるために、脂質、タンパク質、炭水化物などのような他の分子に結合され得る。例えば、Tヘルパーペプチドは、アミノ末端またはカルボキシル末端のいずれかにおいて、1つ以上のパルミチン酸鎖に結合体化され得る。X.C.3.CTLペプチドとT細胞プライミング剤との組合せいくつかの実施形態において、本発明の薬学的組成物中に、Bリンパ球またはTリンパ球をプライミングする少なくとも1つの構成要素を含むことが望ましくあり得る。脂質は、CTLをインビボでプライミングし得る薬剤として同定されている。例えば、パルミチン酸残基は、リジン残基のε-アミノ基およびα-アミノ基に結合され得、次いで、例えば、Gly、Gly-Gly、Ser、Ser-Serなどのような1つ以上の連結残基を介して免疫原性ペプチドに連結され得る。次いで、脂質化ペプチドは、ミセルまたは粒子で直接的に投与され得るか、リポソームに組み込まれ得るか、またはアジュバント例えば、不完全フロイントアジュバント中で乳化され得るかのいずれかで投与され得る。好ましい実施形態において、特に有効な免疫原性組成物は、Lysのε-アミノ基およびα-アミノ基に結合されたパルミチン酸これは、免疫原性ペプチドのアミノ末端に連結例えば、Ser-Serを介して結合されるを含む。CTL応答の脂質プライミングの別の例として、E.coliリポタンパク質例えば、トリパルミトイル-S-グリセリルシステイニルセリル-セリンP3CSSは、適切なペプチドに共有結合される場合、ウイルス特異的CTLをプライミングするために使用され得る例えば、Deresら、Nature342:561,1989を参照のこと。本発明のペプチドは、例えば、P3CSSに結合され得、そしてこのリポペプチドは、標的抗原に免疫応答を特異的にプライミングするために個体に投与され得る。さらに、中和抗体の導入がまたP3CSS結合エピトープを用いてプライミングされ得るので、2つのこのような組成物は、体液性応答および細胞媒介応答の両方をより効率的に惹起するように組み合わせられ得る。X.C.4.CTLペプチドおよび/またはHTLペプチドでパルスされたDCを含むワクチン組成物本発明に従うワクチン組成物の実施形態は、患者血液由来のPBMC、またはそれら由来の単離されたDCに対する、エピトープ保有ペプチドのカクテルのエキソビボ投与を含む。DCの収集を容易にする薬物例えば、ProgenipoietinTMPharmacia-Monsanto,St.Louis,MOまたはGM-CSF/IL-4が使用され得る。DCをペプチドでパルスした後、そして患者に再注入する前に、未結合ペプチドを除去するためにDCを洗浄する。この実施形態において、ワクチンは、それらの表面に、HLA分子を複合体化した、パルスされたペプチドエピトープを提示するペプチドパルス化DCを含む。DCは、ペプチドのカクテルを用いてエキソビボでパルスされ得、これらのうちのいくつかは、109P1D4に対するCTL応答を刺激する。必要に応じて、ヘルパーT細胞HTLペプチド例えば、天然または人工の緩い拘束性HLAクラスIIペプチドは、CTL応答を促進するために含まれ得る。従って、本発明に従うワクチンは、109P1D4を発現するかまたは過剰発現する癌を処置するために使用される。X.D.養子免疫療法抗原性109P1D4関連ペプチドは、エキソビボでCTL応答および/またはHTL応答もまた惹起するために使用される。得られるCTL細胞またはHTL細胞は、他の従来の形式の治療に応答しないか、または本発明に従う治療ワクチンペプチドまたは核酸に応答しない患者の腫瘍を処置するために使用され得る。特定の抗原に対するエキソビボCTL応答またはHTL応答は、組織培養物中において、患者のまたは遺伝的に適合性のCTL前駆細胞またはHTL前駆細胞を、抗原提示細胞APC例えば、樹状細胞の供給源および適切な免疫原性ペプチドとともにインキュベートすることによって誘導される。適切なインキュベーション時間代表的には、約7~28日ここで、前駆細胞が、活性化され、そしてエフェクター細胞へと拡大する後に、細胞は、患者に注入して戻され、ここで、これらは、特定の標的細胞例えば、腫瘍細胞を破壊するCTLか、または破壊を促進するHTL。トランスフェクトされた樹状細胞はまた、抗原提示細胞として使用され得る。X.E.治療目的または予防目的のためのワクチンの投与本発明の薬学的組成物およびワクチン組成物は、代表的に、109P1D4を発現するかまたは過剰発現する癌を処置および/または予防するために使用される。治療上の適用において、ペプチド組成物および/または核酸組成物は、抗原に対して有効なB細胞応答、CTL応答および/またはHTL応答を惹起し、そして症状および/または合併症を治癒するかあるいは少なくとも部分的に停止または遅延させるのに十分な量で患者に投与される。これを達成するのに適切な量は、治療的有効用量として規定される。この使用のための有効量は、例えば、投与される特定の組成物、投与方法、処置される疾患の病期および重篤度、患者の体重および全身状態、ならびに処方する医師の判断に依存する。薬学的組成物について、本発明の免疫原性ペプチド、またはそれらをコードするDNAは、一般的に、109P1D4を発現する腫瘍をすでに有する個体に投与される。ペプチドまたはそれらをコードするDNAは、個々に、または1つ以上のペプチド配列の融合物として投与され得る。患者は、適切なように、別々にまたは他の処置例えば、外科手術とともに、免疫原性ペプチドを用いて処置され得る。治療的使用のために、投与は、一般的に、109P1D4関連癌の第1の診断において開始すべきである。これは、少なくとも症状が実質的に停止するまで、そしてその後の一定期間の間、用量をブーストすることによって続けられる。患者に送達されるワクチン組成物の実施形態すなわち、ペプチドカクテル、ポリエピトープポリペプチド、ミニジーン、またはTAA特異的CTLまたはパルスされた樹状細胞のような実施形態を含むが、これらに限定されないは、疾患の病期または患者の健康状態に従って、変化し得る。例えば、109P1D4を発現する腫瘍を有する患者において、109P1D4特異的CTLを含むワクチンは、代替の実施形態よりも進行した疾患を有する患者において腫瘍細胞を殺す際に、より有効であり得る。細胞傷害性T細胞応答を効率的に刺激するのに十分な投与の様式によって送達されるペプチドエピトープの量を提供することが一般的に重要である;ヘルパーT細胞応答を刺激する組成物はまた、本発明のこの実施形態に従って、与えられ得る。最初の治療的免疫化のための投薬量は、一般的に、下限値が約1μg、5μg、50μg、500μg、または1,000μgであり、かつ上限値が約10,000μg;20,000μg;30,000μg;または50,000μgである単位用量範囲で存在する。ヒトのための投薬量値は、代表的に、70kgの患者当たり、約500μg~約50,000μgの範囲である。数週間~数ヶ月にわたるブーストレジメンに従って、約1.0μg~約50,000μgの間のブースト投薬量のペプチドが、患者の血液から得られたCTLおよびHTLの比活性を測定することによって決定されるような患者の応答および状態に依存して投与され得る。投与は、少なくとも臨床的症状または実験室の試験によって、新生物形成が、排除されるかまたは減少することを示すまで、そしてその後、一定期間続けられるべきである。投薬量、投与の経路、および用量スケジュールは、当該分野に公知の方法論に従って調整される。特定の実施形態において、本発明のペプチドおよび組成物は、重篤な疾患状態すなわち、生命を脅かすかまたは潜在的に生命を脅かす状態で使用される。このような場合、本発明の好ましい組成物では、外来性物質が最小量でありそしてペプチドが比較的非毒性の性質であることの結果として、これらの記載された投薬量と比較してかなり過剰のこれらのペプチド組成物を投与することが可能であり、そして処置する医師によって望ましく感じられら得る。本発明のワクチン組成物はまた、純粋に予防薬剤として使用され得る。一般的に、初回の予防免疫のための投薬量は、一般に、低い方の値が約1μg、5μg、50μg、500μgまたは1000μgでありかつ高い方の値が約10,000μg;20,000μg;30,000μg;または50,000μgである単位投薬量範囲で存在する。ヒトのための投薬量の値は、代表的に、70kgの患者あたりで約500μg~約50,000μgの範囲である。これに続いて、初回のワクチン投与から約4週間後~6ヵ月後の規定された間隔で、約1.0μg~約50,000μgの間のペプチドのブースト投薬量が投与される。ワクチンの免疫原性は、患者の血液サンプルから得られるCTLおよびHTLの比活性を測定することによって評価され得る。治療的処置のための薬学的組成物は、非経口投与、局所的topical投与、経口投与、経鼻投与、クモ膜下腔内intrathecal投与、または局部的local投与例えば、クリームまたは局所的軟膏としてのために意図される。好ましくは、この薬学的組成物は、非経口的例えば、静脈内、皮下、皮内、または筋内に投与される。従って、本発明は、受容可能なキャリア好ましくは、水性キャリア中に溶解または懸濁された免疫原性ペプチドの溶液を含む、非経口投与のための組成物を提供する。種々の水性キャリア例えば、水、緩衝化水、0.8生理食塩水、0.3グリシン、ヒアルロン酸などが使用され得る。これらの組成物は、従来からの周知の滅菌技術によって滅菌され得るか、または濾過滅菌され得る。得られた水溶液は、使用のためにその状態のままでパッケージされ得るか、または凍結乾燥され得るこの凍結乾燥された調製物は、投与前に滅菌溶液と合わせられる。この組成物は、必要に応じて、生理的条件に近づけるために、薬学的に受容可能な補助物質例えば、pH調整剤および緩衝化剤、張度調整剤、湿潤剤、防腐薬など例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミンなどを含み得る。薬学的処方物における本発明のペプチドの濃度は、広範にすなわち、約0.1重量未満から、通常は、約2重量であるかもしくは少なくとも約2重量から、20重量~50重量ほど多くまで、またはそれより多くまで変動し得、そして選択された特定の投与様式に従って、主に流体容量、粘度などにより選択される。組成物のヒト単位用量形態は、代表的に、ヒト単位用量の受容可能なキャリア1つの実施形態では、水性キャリアを含む薬学的組成物中に含まれ、そしてヒトへのこのような組成物の投与のために使用されることが当業者に公知の容量/量例えば、Remington’sPharmaceuticalSciences,第17版,編者A.Gennaro,MackPublishingCo.,Easton,Pennsylvania,1985を参照のことで投与される。例えば、初回免疫のためのペプチド用量は、70kgの患者について、約1μg~約50,000μg、一般的には、100μg~5,000μgであり得る。例えば、核酸については、初回免疫は、複数の部位に0.5mg~5mgの量でIMまたはSCもしくはID投与され裸の核酸の形態で発現ベクターを使用して、実施され得る。核酸0.1μg~1000μgもまた、遺伝子銃を使用して投与され得る。3~4週間のインキュベーション期間後に、次いで、ブースター用量が投与される。ブースターは、5×107pfu~5×109pfuの用量で投与される組換え鶏痘ウイルスであり得る。抗体について、処置は、一般に、静脈内注射IVのような受容可能な投与経路を介して、代表的には約0.1mg/kg体重~約10mg/kg体重の範囲の用量で、抗109P1D4抗体調製物を反復投与することを包含する。一般的には、1週間あたり10mg~500mgmAbの範囲の用量が有効であり、かつ十分に許容される。さらに、抗109P1D4mAb調製物を、IVで約4mg/kg患者体重の初回負荷用量で与え、次いで毎週、IVで約2mg/kgの用量を与えることは、受容可能な投薬レジメンを表す。当業者に理解されるように、種々の要因が、特定の場合における理想的な用量に影響を及ぼし得る。このような要因としては、例えば、組成物の半減期、Abの結合親和性、物質の免疫原性、患者における109P1D4の発現程度、循環しているシェッドshed109P1D4抗原の程度、所望される定常状態の濃度レベル、処置の頻度、および本発明の処置方法と組み合わせて使用される化学療法剤または他の薬剤の影響、ならびに特定の患者の健康状態が挙げられる。非限定的な好ましいヒト単位の用量は、例えば、500μl~1mg、1mg~50mg、50mg~100mg、100mg~200mg、200mg~300mg、400mg~500mg、500mg~600mg、600mg~700mg、700mg~800mg、800mg~900mg、900mg~1g、または1mg~700mgである。特定の実施形態においては、用量は、以下の範囲である:2mg/kg体重~5mg/kg体重例えば、毎週1mg/kg~3mg/kgの用量;0.5mg/kg体重、1mg/kg体重、2mg/kg体重、3mg/kg体重、4mg/kg体重、5mg/kg体重、6mg/kg体重、7mg/kg体重、8mg/kg体重、9mg/kg体重、10mg/kg体重例えば、毎週の用量で2週間、3週間または4週間;0.5mg/kg体重~10mg/kg体重例えば、毎週の用量で2週間、3週間または4週間;毎週の225mg/m2体表面積、250mg/m2体表面積、275mg/m2体表面積、300mg/m2体表面積、325mg/m2体表面積、350mg/m2体表面積、375mg/m2体表面積、400mg/m2体表面積;毎週の1~600mg/m2体表面積;毎週の225~400mg/m2体表面積積;これらは、2週、3週、4週、5週、6週、7週、8週、9週、10週、11週、12週またはそれ以上の週の間、毎週の用量によって従われ得る。1つの実施形態では、ポリヌクレオチドのヒト単位投薬形態は、任意の治療的効果を与える適切な投薬量範囲または有効量を含む。当業者に理解されるように、治療的効果は、ポリヌクレオチドの配列、ポリヌクレオチドの分子量、および投与経路を含む、多数の要因に依存する。投薬量は一般的に、症状の重篤度、患者の病歴などのような、当該分野で公知の種々のパラメーターに従って、医師または他の医療専門家により選択される。一般的には、約20塩基のポリヌクレオチドについて、投薬量範囲は、例えば、約0.1mg/kg、0.25mg/kg、0.5mg/kg、1mg/kg、2mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、20mg/kg、30mg/kg、40mg/kg、50mg/kg、60mg/kg、70mg/kg、80mg/kg、90mg/kg、100mg/kg、200mg/kg、300mg/kg、400mg/kgまたは500mg/kgのような独立して選択される下限から、その下限よりも大きな約60mg/kg、80mg/kg、100mg/kg、200mg/kg、300mg/kg、400mg/kg、500mg/kg、750mg/kg、1000mg/kg、1500mg/kg、2000mg/kg、3000mg/kg、4000mg/kg、5000mg/kg、6000mg/kg、7000mg/kg、8000mg/kg、9000mg/kgまたは10,000mg/kgの独立して選択される上限までから選択され得る。例えば、用量は、以下のほぼいずれかであり得る:0.1mg/kg~100mg/kg、0.1mg/kg~50mg/kg、0.1mg/kg~25mg/kg、0.1mg/kg~10mg/kg、1mg/kg~500mg/kg、100mg/kg~400mg/kg、200mg/kg~300mg/kg、1mg/kg~100mg/kg、100mg/kg~200mg/kg、300mg/kg~400mg/kg、400mg/kg~500mg/kg、500mg/kg~1000mg/kg、500mg/kg~5000mg/kg、または500mg/kg~10,000mg/kg。一般的に、非経口的な投与経路は、疾患組織に対するより直接的なポリヌクレオチドの適用と比較して、より多い用量のポリヌクレオチドを必要とし得る。漸増する長さのポリヌクレオチドもまた、より高用量のポリヌクレオチドを必要とする。1つの実施形態では、T細胞のヒト単位投薬形態は、任意の治療的効果を与える適切な投薬量範囲または有効量を含む。当業者に理解されるように、治療的効果は、多数の要因に依存する。投薬量は一般的に、症状の重篤度、患者の病歴などのような、当該分野で公知の種々のパラメーターに従って、医師または他の医療専門家により選択される。用量は、約104細胞~約106細胞、約106細胞~約108細胞、約108細胞~約1011細胞、または約108細胞~約5×1010細胞であり得る。用量はまた、約106細胞/m2~約1010細胞/m2、または約106細胞/m2~約108細胞/m2であり得る。本発明のタンパク質および/またはそのタンパク質をコードする核酸はまた、リポソームを介して投与され得、それらはまた以下のために役立ち得る:1リンパ系組織のような特定組織へのタンパク質の標的化;2疾患細胞に対する選択的な標的化;または、3ペプチド組成物の半減期の増加。リポソームとしては、エマルジョン、泡沫体foam、ミセル、不溶性単層、液晶、リン脂質分散体、層状層などが挙げられる。これらの調製物において、送達されるペプチドは、単独でかあるいはリンパ系細胞に蔓延しているレセプターに結合する分子例えば、CD45抗原に結合するモノクローナル抗体と組み合わせてかまたは他の治療用組成物もしくは免疫原性組成物と組み合わせて、リポソームの部分として組み込まれる。従って、本発明の所望のペプチドを充填しているかまたは飾られているかのいずれかであるリポソームは、リンパ系細胞の部位に指向され得、次いで、このリンパ系細胞に、リポソームはペプチド組成物を送達する。本発明に従って使用するためのリポソームは、標準的な小胞形成脂質から形成され、これは一般的に、中性リン脂質および負荷電リン脂質、ならびにステロール例えば、コレステロールを含む。脂質の選択は、一般的に、例えば、リポソームのサイズ、酸不安定性、および血流中でのそのリポソームの安定性の考慮により導かれる。リポソームを調製するためには、例えば、Szokaら、Ann.Rev.Biophys.Bioeng.9:4671980ならびに米国特許第4,235,871号、同第4,501,728号、同第4,837,028号、および同第5,019,369号に記載されているような、種々の方法が利用可能である。免疫系の細胞を標的化するために、リポソームに取り込まれるべきリガンドとしては、例えば、所望される免疫系細胞の細胞表面決定基に特異的な抗体またはそのフラグメントが挙げられ得る。ペプチドを含むリポソーム懸濁物は、とりわけ、投与様式、送達されるペプチド、および処置される疾患の病期に従って変動する用量にて、静脈内投与、局部的locally投与、局所的topically投与などによって投与され得る。固体組成物については、従来の非毒性固体キャリアが使用され得、これには、例えば、製薬等級のマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルク、セルロース、グルコース、スクロース、炭酸マグネシウムなどが挙げられる。経口投与のために、薬学的に受容可能な非毒性組成物が、通常使用される賦形剤例えば、先に列挙されたキャリアなどのうちのいずれかと、一般的に10~95の活性成分すなわち、本発明の1つ以上のペプチドそしてより好ましくは、25~75の濃度の活性成分とを組み込むことによって、形成される。エアロゾル投与のために、免疫原性ペプチドは、好ましくは、界面活性剤および噴霧剤と共に微細分割された形態で供給される。ペプチドの代表的なパーセンテージは、約0.01重量~20重量、好ましくは、約1重量~10重量である。当然ながら、界面活性剤は、非毒性でなければならず、そして好ましくは、噴霧剤中に可溶性でなければならない。このような薬剤の代表例は、約6個~22個の炭素原子を含む脂肪酸例えば、カプロン酸、オクタン酸、ラウリン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸、リノレン酸、オレステリン酸olestericacid、およびオレイン酸の、脂肪族多価アルコールまたはその環状無水物とのエステルおよび部分エステルである。混合エステル例えば、混合グリセリドまたは天然のグリセリドが、使用され得る。界面活性剤は、その組成物の約0.1重量~20重量、好ましくは、約0.25重量~5重量を構成し得る。その組成物の残りは、通常は、噴霧剤である。キャリアもまた、例えば、鼻腔内送達のためのレシチンの場合のように、所望される場合には含まれ得る。XI109P1D4の診断的実施形態および予後的実施形態本明細書中で開示されるように、109P1D4ポリヌクレオチド、109P1D4ポリペプチド、109P1D4反応性細胞傷害性T細胞CTL、109P1D4反応性ヘルパーT細胞HTLおよび抗109P1D4ポリペプチド抗体は、調節不全性細胞増殖と関連した状態例えば、癌、特に、表Iに列挙された癌例えば、その組織発現の特異的パターン、ならびに、例えば、正常組織および患者検体における109P1D4の発現分析と表題を付けられた実施例において記載されているような特定の癌におけるその過剰発現の両方を参照のことを試験する周知の診断的アッセイ、予後的アッセイ、および治療的アッセイにおいて使用される。109P1D4は、前立腺関連抗原であるPSAに類似し得る。PSAは、前立腺癌の存在を同定およびモニターするために数年間にわたり医療従事者により使用されてきた原型マーカーである例えば、Merrillら,J.Urol.1632:503-51202000;Polascikら,J.Urol.Aug;1622:293-3061999およびFortierら,J.Nat.CancerInst.9119:1635-16401999を参照のこと。種々の他の診断マーカーもまた、同様の状況下で使用され、そのマーカーとしては、p53およびK-rasが挙げられる例えば、Tulchinskyら,IntJMolMed1999Jul41:99-102およびMinimotoら,CancerDetectPrev2000;241:1-12を参照のこと。従って、109P1D4ポリヌクレオチドおよび109P1D4ポリペプチドならびに、これらの分子の存在を同定するために使用される109P1D4ポリヌクレオチドプローブおよび抗109P1D4抗体ならびにそれらの特性に関する本開示により、当業者は、使用された方法と類似した方法において例えば、癌に関連した状態を試験することに関する種々の診断アッセイにおいてこれらの分子を利用することが可能となる。109P1D4ポリヌクレオチド、109P1D4ポリペプチド、109P1D4と反応性のT細胞、および抗109P1D4抗体を利用する診断方法の代表的な実施形態は、例えば、PSAポリヌクレオチド、PSAポリペプチドならびにPSAと反応性のT細胞および抗PSA抗体を使用する十分に確立された診断アッセイ由来の方法と類似する。例えば、PSAの過剰発現または前立腺癌の転移をモニターする方法においてPSAmRNAの存在および/またはレベルを観察するために、PSAポリヌクレオチドを、プローブ例えば、ノーザン分析において例えば、Shariefら、Biochem.Mol.Biol.Int.333:567~741994を参照のことおよびプライマー例えば、PCR分析において例えば、Okegawaら、J.Urol.1634:1189~11902000を参照のこととして使用するのとまさしく同じように、本明細書中に記載される109P1D4ポリヌクレオチドは、109P1D4の過剰発現またはこの遺伝子を発現する前立腺癌および他の癌の転移を検出するために、同じ様式で利用され得る。あるいは、PSAポリペプチドを使用してPSA特異的抗体を生成し、次いで、この抗体を、PSAタンパク質の過剰発現例えば、Stephanら、Urology554:560~32000を参照のことまたは前立腺細胞の転移例えば、Alanenら、Pathol.Res.Pract.1923:233~71996を参照のことをモニターする方法においてPSAタンパク質の存在および/またはレベルを観察するために使用するのとまさしく同じように、本明細書中に記載される109P1D4ポリペプチドは、109P1D4の過剰発現またはこの遺伝子を発現する前立腺細胞および他の癌細胞の転移の検出する際に使用するための抗体を生成するために、使用され得る。詳細には、転移は、元々の器官例えば、肺または前立腺などから身体の異なる領域例えば、リンパ節への癌細胞の移動を包含するので、109P1D4ポリヌクレオチドおよび/または109P1D4ポリペプチドを発現する細胞の存在について生物学的サンプルを試験するアッセイが、転移の証拠を提供するために使用され得る。例えば、109P1D4発現細胞を通常は含まない組織リンパ節由来の生物学的サンプルが、LAPC4およびLAPC9それぞれ、リンパ節および骨転移から単離された異種移植片において見られる109P1D4発現のような、109P1D4発現細胞を含むことが見出される場合、この発見は転移を示す。あるいは、109P1D4ポリヌクレオチドおよび/または109P1D4ポリペプチドは、例えば、通常は109P1D4を発現しないかまたは異なるレベルで109P1D4を発現する生物学的サンプル中の細胞が、109P1D4を発現するかまたは109P1D4の増加した発現を有することが見出された場合例えば、表Iに列挙された癌および添付の図面にて示される患者サンプルなどにおける、109P1D4の発現を参照のことに、癌の証拠を提供するために使用され得る。このようなアッセイにおいて、当業者は、109P1D4に加えて第二の組織制限マーカー例えば、PSA、PSCAなどの存在についてその生物学的サンプルを試験することによって、転移に関する補足的な証拠を生み出すことをさらに所望し得る例えば、Alanenら、Pathol.Res.Pract.1923:233-2371996を参照のこと。組織切片における109P1D4ポリペプチドの存在を同定するための免疫組織化学の使用は、その組織における特定の細胞の変化した状態を示し得る。癌細胞においいて発現されるポリペプチドに対して抗体が局在化する能力は、疾患の存在、疾患状態、進行、および/または腫瘍の侵襲性を診断する方法であることが、当該分野において十分に理解される。そのような抗体はまた、対応する非悪性腫瘍組織と比較した場合に、その癌細胞中での上記ポリペプチドの変化した分布を検出し得る。上記109P1D4ポリペプチドおよび免疫原性組成物はまた、疾患状態における変化した亜細胞タンパク質局在化という現象を考慮して、有用である。正常状態から疾患状態への細胞の変化は、細胞形態の変化を引き起こす。これは、しばしば、亜細胞タンパク質局在化/分布の変化に関連する。例えば、正常細胞において分極した様式で発現される細胞膜タンパク質は、疾患においては変化したものであり得、細胞表面全体にわたって非極性様式でのそのタンパク質の分布を生じる。疾患状態における変化した亜細胞タンパク質局在化という現象は、免疫組織化学的手段を使用することによって、MUC1タンパク質およびHer2タンパク質で実証されている。正常な上皮細胞は、MUC1の代表的な先端分布およびいくらかのその糖タンパク質の亜細胞局在化を有し、一方、悪性疾患病変は、しばしば、無極性染色パターンを示すDiazら、TheBreastJournal、7:40~452001;Zhangら、ClinicalCancerResearch,4:2669~26761998;Caoら、TheJournalofHistochemistryandCytochemistry45:1547~15571997。さらに、正常な乳房上皮は、Her2タンパク質陰性であるか、または基底外側分布のみを示す。一方、悪性疾患細胞は、細胞表面全体にわたってこのタンパク質を発現し得るDePotterら、InternationalJournalofCancer44:969~9741989;McCormickら、117:935~9432002。あるいは、上記タンパク質の分布は、表面のみの局在から、その疾患状態における散在性細胞質発現を含むように変化し得る。そのような例は、MUC1の場合に観察され得るDiazら、TheBreastJournal7:40~452001。免疫組織化学法により検出した場合の、上記細胞におけるタンパク質の局在化/分布の変化はまた、特定の処置様式の都合の良さに関する価値ある情報を提供し得る。この後者の点は、タンパク質が正常組織においては細胞中にあり得るが悪性疾患細胞においては細胞表面にあり得る状況によって、示される。その細胞表面位置により、その細胞は、抗体ベースの診断レジメンおよび処置レジメンを有利に供されるようになる。そのようなタンパク質局在化の変化が109P1D4に関して生じる場合には、この109P1D4タンパク質およびそれに関する免疫応答は、非常に有用である。従って、亜細胞タンパク質局在化の変化が109P1D4について生じたか否かを決定する能力によって、その109P1D4タンパク質およびそれに関する免疫応答が非常に有用になる。その109P1D4組成物の使用により、当業者は、重要な診断上の決定および治療上の決定をなすことが可能になる。109P1D4に対して特異的な免疫組織化学試薬もまた、109P1D4が通常は産生されない組織においてその109P1D4ポリペプチドが存在する場合には、109P1D4を発現する腫瘍の転移を検出するために有用である。従って、それに対する免疫応答からもたらされる109P1D4ポリペプチドおよび109P1D4抗体は、当業者に公知の種々の重要な場面例えば、診断、予後、予防および/または治療の目的において、有用である。PSAポリヌクレオチドフラグメントおよびPSAポリヌクレオチド改変体が、PSAをモニターする方法における使用のために当業者によって利用されるのとまさしく同じように、109P1D4ポリヌクレオチドフラグメントおよび109P1D4ポリヌクレチド改変体は、類似の様式で使用される。特に、PSAをモニターする方法において使用される代表的なPSAポリヌクレオチドは、PSAcDNA配列のフラグメントから構成されるプローブまたはプライマーである。これを例にとると、PSAポリヌクレオチドをPCR増幅するために使用されるプライマーは、ポリメラーゼ連鎖反応において機能するように、PSA配列全体よりも短い配列を含まなくてはならない。このようなPCR反応の状況において、当業者は一般に、目的のポリヌクレオチドの異なる部分を増幅するためにかまたは増幅反応を最適化するためにプライマーとして使用され得る、種々の異なるポリヌクレオチドフラグメントを作製する例えば、Caetano-Anolles,G.Biotechniques253:472-476,478-4801998;Robertsonら,MethodsMol.Biol.98:121-1541998を参照のこと。このようなフラグメントの使用のさらなる例示が、正常組織および患者試料における109P1D4の発現分析と表題を付けられた実施例に提供され、ここで、109P1D4ポリヌクレオチドフラグメントは、癌細胞における109P1D4RNAの発現を示すためのプローブとして使用される。さらに、改変体ポリヌクレオチド配列は、代表的に、PCR分析およびノーザン分析において、対応するmRNAについてのプライマーおよびプローブとして使用される例えば、Sawaiら,FetalDiagn.Ther.1996Nov-Dec;116:407-13およびCurrentProtocolsInMolecularBiology,Volume2,Unit2,FrederickM.Ausubelら編,1995を参照のこと。ポリヌクレオチドフラグメントおよび改変体は、それらが、高ストリンジェンシー条件下で標的ポリヌクレオチド配列例えば、図2に示される109P1D4ポリヌクレオチドまたはその改変体に結合し得る状況下において有用である。さらに、抗体によって認識され得るエピトープを含むPSAポリペプチドまたはそのエピトープに特異的に結合するT細胞が、PSAをモニターする方法において使用される。109P1D4ポリペプチドフラグメント、および109P1D4ポリペプチドアナログまたは109P1D4改変体もまた、類似の様式で使用され得る。ポリペプチドフラグメントまたはポリペプチド改変体を使用して抗体例えば、抗PSA抗体またはT細胞を生成するこの実施は、実務家によって使用されている融合タンパク質のような広範な種々の系と共に当該分野において代表的である例えば、CurrentProtocolsInMolecularBiology,Volume2,Unit16,FrederickM.Ausubelら編,1995を参照のこと。この状況において、各エピトープは、抗体またはT細胞が反応性である構造体を提供するように機能する。代表的に、当業者は、目的のポリペプチドの異なる部分に対して特異的な免疫応答を生成するために使用され得る種々の異なるポリペプチドフラグメントを、生成する例えば、米国特許第5,840,501号および米国特許第5,939,533号を参照のこと。例えば、本明細書中で考察される109P1D4の生物学的モチーフまたは当該分野で利用可能なモチーフに基づいて当業者により容易に同定されるモチーフ保有部分配列の1つを含むポリペプチドを利用することが、好適であり得る。ポリペプチドのフラグメント、改変体またはアナログは、代表的に、これらが標的ポリペプチド配列例えば、図3に示される109P1D4ポリペプチドに対して特異的な抗体またはT細胞を生成し得るエピトープを含む限りにおいて、この状況で有用である。本明細書中に示されるように、109P1D4ポリヌクレオチドおよび109P1D4ポリペプチドならびに、これらの分子の存在を同定するために使用される109P1D4ポリヌクレオチドプローブおよび抗109P1D4抗体またはT細胞は、表Iに列挙された癌のような癌を診断するにおいてそれらを有用なものとする特異的特性を示す。本明細書中に記載の疾患状態例えば、前立腺癌の存在または発症を評価するために、109P1D4遺伝子産物の存在を測定する診断アッセイは、PSAを用いて非常に首尾よく行われているように、予防的な測定またはさらなるモニタリングのために、患者を同定するのに使用される。さらに、これらの物質は、例えば、前立腺起源の転移の明確な診断がPSAのみについての試験に基づいてはなされ得ず例えば、Alanenら、Pathol.Res.Pract.1923:233-2371996を参照のこと、そしてその結果、109P1D4ポリヌクレオチドおよび109P1D4ポリペプチドならびに、これらの分子の存在を同定するために使用される109P1D4ポリヌクレオチドプローブおよび抗109P1D4抗体のような物質が、前立腺起源の転移を確認するために使用されることが必要である状況において、PSAに対して類似した特徴または補足的な特徴を有する分子についての当該分野での必要性を満たす。最後に、診断アッセイにおけるそれらの使用に加えて、本明細書中に開示される109P1D4ポリヌクレオチドは、109P1D4遺伝子がマッピングされる染色体領域以下の実施例、表題109P1D4の染色体マッピングを参照のことにおけるオンコジーン関連染色体異常の同定におけるそれらの使用のような、多くの他の用途を有する。さらに、診断アッセイにおけるそれらの使用に加えて、本明細書中に開示される109P1D4関連タンパク質および109P1D4関連ポリヌクレオチドは、起源が未知である組織の法医学的分析におけるそれらの使用のような他の有用性を有する例えば、TakahamaK,ForensicSciInt1996Jun28;801-2:63-9を参照のこと。さらに、本発明の109P1D4関連タンパク質または109P1D4関連ポリヌクレオチドを使用して、109P1D4の過剰発現により特徴付けられる病理学的状態を処置し得る。例えば、図2もしくは図3のアミノ酸配列もしくは核酸配列、またはいずれかのフラグメントを使用して、109P1D4抗原に対する免疫応答を生成し得る。109P1D4と反応性の抗体または他の分子を使用して、この分子の機能を調節し得、それにより治療的利益を提供し得る。XII109P1D4タンパク質機能の阻害本発明は、109P1D4がその結合パートナーへ結合するのを阻害するためまたは他のタンパク質とのその結合を阻害するための種々の方法および組成物、ならびに、109P1D4の機能を阻害するための方法を含む。XII.A.細胞内抗体を用いた109P1D4の阻害1つのアプローチにおいて、109P1D4に特異的に結合する単鎖抗体をコードする組換えベクターが、109P1D4を発現する細胞へと、遺伝子移入技術を介して導入される。それにより、そのコードされた単鎖抗109P1D4抗体は、細胞内で発現され、109P1D4タンパク質に結合し、そしてそれによりその機能を阻害する。このような細胞内単鎖抗体を操作するための方法は、周知である。このような細胞内抗体内部抗体intrabodyとしても公知は、その細胞内の特定の区画に特異的に標的化され、その処置の阻害活性が焦点を合わせられる箇所に対する制御を与える。この技術は、当該分野で首尾良く適用されている概説として、RichardsonおよびMarasco、1995、TIBTECH、第13巻を参照のこと。内部抗体は、他の豊富な細胞表面レセプターの発現を実質的に排除することが示されている例えば、Richardsonら、1995、Proc.Natl.Acad.Sci.USA92:3137~3141;Beerliら、1994、J.Biol.Chem.289:23931~23936;Deshaneら、1994、GeneTher.1:332~337を参照のこと。単鎖抗体は、可撓性ポリペプチドリンカーにより連結された重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを含み、そして単一のポリペプチドとして発現される。必要に応じて、単鎖抗体は、その軽鎖定常領域に連結された単鎖可変領域フラグメントとして発現される。周知の細胞内輸送シグナルが、内部抗体を所望の細胞内区画に対して正確に標的化するために、このような単鎖抗体をコードする組換えポリヌクレオチドベクター中に操作される。例えば、小胞体ERに標的化された内部抗体は、リーダーペプチドを組み込むように、そして必要に応じて、C末端ER保持シグナル例えば、KDELアミノ酸モチーフを組み込むように、操作される。核において活性を発揮することが意図される内部抗体は、核局在化シグナルを含むように操作される。脂質部分が、形質膜の細胞質ゾル側に内部抗体をつなぐために、その内部抗体に連結される。内部抗体はまた、細胞質ゾルにおいて機能を発揮するように標的化され得る。例えば、細胞質ゾル内部抗体を使用して、細胞質ゾル内に因子を隔離し、それによりそれらの因子がその天然での細胞中の目的地に輸送されることを防ぐ。1つの実施形態では、内部抗体を使用して、核に109P1D4を捕捉し、それにより核内でその活性を妨げる。核標的化シグナルが、所望の標的化を達成するために、このような109P1D4内部抗体に操作される。このような109P1D4内部抗体は、特定の109P1D4ドメインに特異的に結合するように設計される。別の実施形態において、109P1D4タンパク質に特異的に結合する細胞質ゾル内部抗体を使用して、109P1D4が核に近づくことを妨げ、それにより、109P1D4が、核内においていかなる生物学的活性を発揮することをも妨げる例えば、109P1D4が他の因子と転写複合体を形成するのを妨げる。このような内部抗体の発現を特定の細胞に特異的に指向するために、その内部抗体の転写は、適切な腫瘍特異的プロモーターおよび/または腫瘍特異的エンハンサーの調節制御下に配置される。内部抗体の発現を前立腺に特異的に標的化するために、例えば、PSAプロモーターおよび/またはPSAプロモーター/PSAエンハンサーが、利用され得る例えば、1999年7月6日付けで発行された、米国特許第5,919,652号を参照のこと。XII.B.組換えタンパク質を用いた109P1D4の阻害別のアプローチにおいて、組換え分子は、109P1D4に結合し、それにより109P1D4の機能を妨げる。例えば、このような組換え分子は、109P1D4が、その結合パートナーに接近/結合することも、他のタンパク質と結合することも、防止または阻害する。このような組換え分子は、例えば、109P1D4特異的抗体分子の反応性部分を含み得る。特定の実施形態において、109P1D4結合パートナーの109P1D4結合ドメインは、二量体融合タンパク質へと操作され、これによってこの融合タンパク質は、ヒトIgG例えば、ヒトIgG1のFc部分に連結された2つの109P1D4リガンド結合ドメインを含む。このようなIgG部分は、例えば、CH2ドメインおよびCH3ドメイン、ならびにヒンジ領域を含み得るが、CH1ドメインは含まない。このような二量体融合タンパク質は、109P1D4の発現と関連する癌に罹患している患者に対して、可溶性形態で投与され、それによりこの二量体融合タンパク質は、109P1D4に特異的に結合し、そして109P1D4の結合パートナーとの相互作用をブロックする。このような二量体融合タンパク質はさらに、公知の抗体連結技術を使用して、多量体タンパク質へと組み合わされる。XII.C.109P1D4の転写または翻訳の阻害本発明はまた、109P1D4遺伝子の転写を阻害するための種々の方法および組成物を含む。同様に、本発明はまた、109P1D4mRNAからタンパク質への翻訳を阻害するための方法および組成物を提供する。1つのアプローチにおいて、109P1D4遺伝子の転写を阻害する方法は、109P1D4遺伝子を109P1D4アンチセンスポリヌクレオチドと接触させる工程を包含する。別のアプローチにおいて、109P1D4mRNAの翻訳を阻害する方法は、109P1D4mRNAをアンチセンスポリヌクレオチドと接触させる工程を包含する。別のアプローチにおいて、109P1D4特異的リボザイムが、109P1D4メッセージを切断することにより翻訳を阻害するために、使用される。このようなアンチセンスに基づく方法およびリボザイムに基づく方法はまた、109P1D4遺伝子の調節領域例えば、109P1D4プロモーターエレメントおよび/または109P1D4エンハンサーエレメントに指向され得る。同様に、109P1D4遺伝子転写因子を阻害し得るタンパク質が、109P1D4mRNAの転写を阻害するために使用される。上述の方法において有用な種々のポリヌクレオチドおよび組成物が、上記で記載されている。転写および翻訳を阻害するためのアンチセンス分子およびリボザイム分子の使用は、当該分野で周知である。109P1D4の転写活性化を妨害することにより109P1D4の転写を阻害する他の因子もまた、109P1D4を発現する癌を処置するために有用である。同様に、109P1D4のプロセシングを妨害する因子は、109P1D4を発現する癌を処置するために有用である。このような因子を利用する癌の処置方法もまた、本発明の範囲内である。XII.D.治療的ストラテジーについての一般的な考慮事項遺伝子移入および遺伝子治療の技術が、109P1D4を合成する腫瘍細胞に、治療用ポリヌクレオチド分子すなわち、アンチセンス、リボザイム、内部抗体をコードするポリヌクレオチド、および他の109P1D4阻害分子を送達するために使用され得る。多数の遺伝子治療アプローチが、当該分野で公知である。109P1D4アンチセンスポリヌクレオチド、109P1D4リボザイム、109P1D4の転写を妨害し得る因子などをコードする組換えベクターが、このような遺伝子治療アプローチを使用して標的腫瘍細胞に送達され得る。上記の治療的アプローチは、広範な種々の外科的レジメン、化学療法レジメンまたは放射線療法レジメンのいずれか1つと組み合わされ得る。本発明の治療的アプローチは、すべての患者に対して、そして特に、化学療法剤の毒性を許容しない患者に対して利点となる、化学療法または他の療法の減少した投薬量の使用および/またはより低頻度の投与の使用を可能にし得る。特定の組成物例えば、アンチセンス、リボザイム、内部抗体、またはこのような組成物の組合せの抗腫瘍活性は、種々のインビトロアッセイ系およびインビボアッセイ系を使用して評価され得る。治療的活性を評価するインビトロアッセイとしては、細胞増殖アッセイ、軟寒天アッセイ、および腫瘍促進活性を示す他のアッセイ、治療用組成物が結合パートナーへの109P1D4の結合を阻害する程度を決定し得る結合アッセイなどが、挙げられる。インビボでは、109P1D4治療用組成物の効力は、適切な動物モデルにおいて評価され得る。例えば、異種前立腺癌モデルここで、ヒト前立腺癌の外植片または継代された異種移植片組織が、免疫無防備状態の動物例えば、ヌードマウスまたはSCIDマウスに導入されるが、使用され得るKleinら、1997,NatureMedicine3:402~408。例えば、PCT特許出願WO98/16628および米国特許第6,107,540号は、原発性腫瘍の発症、微小転移、および疾患の後期段階に特徴的な骨芽細胞性転移の形成を反復し得る、ヒト前立腺癌の種々の異種移植片モデルを記載する。効力は、腫瘍形成、腫瘍退行または転移などの阻害を測定するアッセイを使用して予測され得る。アポトーシスの促進を評価するインビボアッセイが、治療用組成物の評価において有用である。1つの実施形態において、治療用組成物で処置された腫瘍保有マウス由来の異種移植片は、アポトーシス性病変の存在について試験され得、そして未処置のコントロール異種移植片保有マウスと比較され得る。アポトーシス性病変が処置マウスの腫瘍において見出される程度は、この組成物の治療的効力の指標を提供する。前述の方法の実施において使用される治療用組成物は、所望の送達方法に適切なキャリアを含む薬学的組成物へと処方され得る。適切なキャリアとしては、治療用組成物と組み合わされた場合に、その治療用組成物の抗腫瘍機能を保持し、かつ患者の免疫系と一般に無反応性である、任意の物質が挙げられる。例としては、多数の標準的な薬学的キャリア例えば、滅菌リン酸緩衝化生理食塩水溶液、静菌水などのいずれかが挙げられるが、これらに限定されない一般には、Remington’sPharmaceuticalSciences第16版,A.Osal.編、1980を参照のこと。治療用処方物は、可溶化され得、そしてこれは、腫瘍部位に治療用組成物を送達し得る任意の経路を介して投与され得る。潜在的に有効な投与経路としては、静脈内経路、非経口経路、腹腔内経路、筋内経路、腫瘍内経路、皮内経路、器官内経路、同所性orthotopic経路などが挙げられるが、これらに限定されない。静脈内注射のために好ましい処方物は、保存静菌水の溶液中にある上記治療用組成物、滅菌非保存水の溶液中にある上記治療用組成物を含むか、および/または注射用0.9滅菌塩化ナトリウムを含むポリ塩化ビニル製またはポリエチレン製のバッグUSP中で希釈された治療用組成物を含む。治療用タンパク質調製物は、凍結乾燥され得、そして滅菌粉末として、好ましくは減圧下で保存され得、次いで注射する前に、静菌水例えば、ベンジルアルコール防腐剤を含むまたは滅菌水中で再構築され得る。前述の方法を使用する癌の処置についての投薬量および投与プロトコルは、方法および標的の癌とともに変動し、そして一般に、当該分野で理解される多数の他の要因に依存する。XIII.109P1D4の調節因子の同定、性質決定、および使用同定の方法および調節因子の使用1つの実施形態において、特定の発現プロフィールを誘導または抑制する、特定の経路を誘導または抑制する、好ましくは、それによって関連する表現型を生成する、調節因子を同定するためにスクリーニングを行う。別の実施形態において、特定の状態において重要な、差次的に発現する遺伝子を同定する場合;個々の遺伝子の発現を変更する増大させるかまたは減少させる調節因子を同定するためにスクリーニングを実行する。別の実施形態において、差次的に発現した遺伝子の発現産物の生物学的機能を変更する調節因子を同定するためにスクリーニングを実施する。再度、特定の状態での遺伝子の重要性を同定する際に、その遺伝子産物に結合し、そして/またはその遺伝子産物の生物学的活性を調節する因子を同定するためにスクリーニングを実施する。さらに、スクリーニングを、候補薬剤に応答して誘導される遺伝子に対して行う。調節因子正常な発現パターンを引き起こす癌発現パターンを抑制する調節因子、または正常な組織におけるように、遺伝子の発現を引き起こす癌遺伝子の調節因子を同定した後、スクリーニングを実施して、薬剤に応答して特異的に調節される遺伝子を同定する。正常な組織と薬剤で処置した癌組織との間の発現プロフィールの比較により、正常な組織でも癌組織でも発現されないが、薬剤で処置した組織において発現される、またはその逆の遺伝子が明らかとなる。これらの薬剤特異的配列は、癌遺伝子または癌タンパク質について本明細書中で記載される方法により、同定および使用される。特に、これらの配列およびこの配列がコードするタンパク質が、薬剤で処置した細胞の作製または同定において使用される。さらに、抗体が、薬剤誘導性タンパク質に対して惹起され、そして新規の治療剤を処置した癌組織サンプルに標的化するために使用される。調節因子に関連する同定およびスクリーニングアッセイ遺伝子発現に関連するアッセイ本発明のタンパク質、核酸および抗体が、スクリーニングアッセイに使用される。癌関連のタンパク質、抗体、核酸、改変されたタンパク質およびこれらの配列を含む細胞が、スクリーニングアッセイ例えば、遺伝子発現プロフィール、ポリペプチドの発現プロフィールまたは生物学的機能の変更に対する薬物候補の効果の評価において使用される。一実施形態において、発現プロフィールは、好ましくは、候補薬剤で処置した後の遺伝子を、発現プロフィールについてモニタリングするために、ハイスループットスクリーニング技術と組合せて使用される例えば、Davis,GFら、JBiolScreen7:692002;Zlokarnikら,Science279:84-81998;Heid,GenomeRes6:986-94,1996。癌タンパク質、抗体、核酸、改変されたタンパク質、およびネイティブまたは改変された癌タンパク質または遺伝子を含む細胞が、スクリーニングアッセイにおいて使用される。すなわち、本発明は、本発明の癌タンパク質の癌表現型または生理学的機能を調節する組成物についてスクリーニングするための方法を包含する。これは、遺伝子自体について行われるか、あるいは遺伝子発現プロフィールまたは生物学的機能に対する薬物候補の効果を評価することによって行われる。一実施形態において、発現プロフィールは、好ましくは、候補薬剤で処理した後のモニタリングを可能にするハイスループットスクリーニング技術と組み合わせて使用される。Zlokamik前出を参照のこと。種々のアッセイが、本発明の遺伝子およびタンパク質に対して実施される。個々の核酸またはタンパク質のレベルについて、アッセイが行われる。すなわち、一旦、特定の遺伝子が癌においてアップレギュレートされると同定されると、試験化合物が、遺伝子発現を調節する能力について、または本発明の癌タンパク質への結合についてスクリーニングされる。この状況に置いて、調節は、遺伝子発現の増加または減少を含む。調節の好ましい量は、正常な組織対癌に罹患した組織における遺伝子発現の本来の変化に基づき、この変化は、少なくとも10、好ましくは50、より好ましくは100~300、およびいくつかの実施形態においては300~1000またはそれ以上である。従って、遺伝子が、正常な組織と比較して、癌組織において4倍の増加を示す場合、約4倍の減少が、しばしば所望され;同様に、遺伝子が、正常な組織と比較して、癌組織において10倍の減少を示す場合、試験化合物による発現における10倍の増加の目標値が、しばしば所望される。癌において観察される遺伝子発現の型を悪化する調節因子もまた、例えば、さらなる分析において、アップレギュレートされる標的として有用である。遺伝子発現の量は、核酸プローブおよび遺伝子発現レベルの定量化を使用してモニタリングされるか、あるいは、遺伝子産物自体が、例えば、癌タンパク質に対する抗体および標準的な免疫アッセイを使用することによって、モニタリングされる。プロテオミクスおよび分離技術はまた、発現の定量を可能にする。遺伝子発現を改変する化合物を同定するための発現モニタリング一実施形態において、遺伝子発現のモニタリングすなわち、発現プロフィールは、多数の実体について同時にモニタリングされる。このようなプロフィールは、代表的に、図2の遺伝子の1つ以上を含む。この実施形態において、例えば、癌核酸プローブは、特定の細胞における癌配列を検出および定量化するために、バイオチップに結合される。あるいは、PCRが、使用され得る。従って、例えば、一連のマイクロタイタープレートのウェルが、所望のウェルに分配されたプライマーと共に使用され得る。次いで、PCR反応が実施され、そして各ウェルについて分析され得る。発現モニタリングは、1つ以上の癌関連配列例えば、図2に記載のポリヌクレオチド配列の発現を改変する化合物を同定するために実施される。一般に、試験調節因子は、分析の前に、細胞に加えられる。さらに、スクリーンもまた、癌を調節するか、本発明の癌タンパク質を調節するか、本発明の癌タンパク質に結合するか、または本発明の癌タンパク質および抗体もしくは他の結合パートナーの結合を妨害する薬剤を同定するために提供される。一実施形態において、ハイスループットスクリーニング方法は、多数の潜在的な治療化合物候補化合物を含むライブラリーを提供する工程を包含する。次いで、このようなコンビナトリアルケミカルライブラリーが、1つ以上のアッセイにおいてスクリーニングされて、所望の特徴的な活性を示すライブラリーメンバー特定の化学種またはサブクラスが同定される。このように同定された化合物は、従来のリード化合物として、スクリーニングのための化合物として、または治療剤として働き得る。特定の実施形態において、潜在的な調節因子のコンビナトリアルライブラリーは、癌ポリペプチドに結合する能力、または活性を調節する能力についてスクリーニングされる。従来、有用な特性を有する新たな化学実体が、何らかの所望の特性または活性例えば、阻害活性を有する化学化合物リード化合物と呼ばれるを同定し、このリード化合物の改変体を作製し、そしてこれらの改変体化合物の特性および活性を評価することによって、生成される。しばしば、ハイスループットスクリーニングHTS法が、このような分析のために用いられる。上記のように、遺伝子発現モニタリングは、候補調節因子例えば、タンパク質、核酸または低分子を試験するために、都合良く用いられる。候補化合物を加え、そして細胞をある期間インキュベートした後、分析されるべき標的配列を含むサンプルが、例えば、バイオチップに添加される。所望の場合、標的配列は、公知の技術を使用して調製される。例えば、サンプルは、公知の溶解緩衝液、エレクトロポレーションなどを使用して、細胞を溶解するために処理され、精製および/または増幅例えば、PCRが、必要に応じて実施される。例えば、ヌクレオチドに供給結合された標識を用いるインビトロ転写が実施される。一般に、これらの核酸は、ビオチン-FITCまたはPEで、あるいはcy3またはcy5で標識される。標的配列は、プローブへの標的配列の特異的結合を検出する手段を提供するために、例えば、蛍光シグナル、化学発光シグナル、化学シグナルまたは放射性シグナルで標識され得る。この標識はまた、酵素例えば、アルカリホスファターゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼであり得、これは、適切な基質が提供された場合、産物を生成し、この産物が検出される。あるいは、この標識は、標識された化合物または低分子例えば、酵素に結合するが、酵素によって触媒または変更されない酵素インヒビターである。この標識はまた、部分または化合物例えば、エピトープタグまたはストレプトアビジンに特異的に結合するビオチンであり得る。ビオチンの例について、ストレプトアビジンは、上記のようにして標識され、それにより、検出可能なシグナルを結合標的配列に提供する。未結合の標識ストレプトアビジンは、代表的に、分析の前に除去される。当業者により理解されるように、これらのアッセイは、直接ハイブリダイゼーションアッセイであり得るか、またはサンドイッチアッセイを含み得、このサンドイッチアッセイは、多数のプローブの使用を含み、一般に、以下の米国特許に概説される:米国特許第5,681,702号;同第5,597,909号;同第5,545,730号;同第5,594,117号;同第5,591,584号;同第5,571,670号;同第5,580,731号;同第5,571,670号;同第5,591,584号;同第5,624,802号;同第5,635,352号;同第5,594,118号;同第5,359,100号;同第5,124,246号;および同第5,681,697号。この実施形態において、一般的に、標的核酸は、上で概説されたように調製され、次いで、ハイブリダイゼーション複合体の形成を可能にする条件下で、複数の核酸プローブを含むバイオチップに添加される。上で概説されるような様々なハイブリダイゼーション条件高いストリンジェンシー条件、中程度のストリンジェンシー条件および低いストリンジェンシー条件を含むが、本発明において使用される。これらのアッセイは、一般的に、標的の存在下のみで、標識プローブハイブリダイゼーション複合体の形成を可能にするストリンジェンシー条件下で実施される。ストリンジェンシーは、熱力学的変数である工程パラメーター温度、ホルムアミドの濃度、塩濃度、カオトロピック塩の濃度、pH、有機溶媒の濃度などが挙げられるが、これらに限定されないを変更することによって、制御され得る。これらのパラメーターはまた、米国特許第5,681,697号に一般的に概説されるように、非特異的結合を制御するために使用され得る。従って、特定の工程を、より高いストリンジェンシー条件で実施して、非特異的結合を減少することが所望され得る。本明細書中で概説される反応は、種々の様式で達成され得る。これらの反応の成分は、同時にまたは異なる順序で連続的に加えられ得、好ましい実施形態は、以下に概説される。さらに、この反応は、種々の他の試薬を含み得る。これとしては、塩、緩衝液、中性タンパク質例えば、アルブミン、界面活性剤などが挙げられ、これらは、最適なハイブリダイゼーションおよび検出を容易にするため、そして/または非特異的相互作用もしくはバックグラウンド相互作用を減少するために使用され得る。他の場合にはアッセイの効率を改善する試薬例えば、プロテアーゼインヒビター、ヌクレアーゼインヒビター、抗菌剤などもまた、サンプル調製方法および標的の純度に依存して、必要に応じて使用され得る。アッセイデータが分析されて、個々の遺伝子の発現レベル、および状態間の発現レベルの変化が決定されて、遺伝子発現プロフィールが作製される。生物学的活性に関連するアッセイ本発明は、本発明の癌関連遺伝子またはタンパク質の活性を調節する化合物を同定またはスクリーニングする方法を提供する。この方法は、上記のような試験化合物を、本発明の癌タンパク質を含む細胞に添加する工程を包含する。これらの細胞は、本発明の癌タンパク質をコードする組換え核酸を含む。別の実施形態において、候補薬剤のライブラリーが、複数の細胞について試験される。1つの局面において、このアッセイは、生理学的シグナル例えば、ホルモン、抗体、ペプチド、抗原、サイトカイン、増殖因子、活動電位、化学療法薬を含む薬理学的薬剤、放射線、発癌性または他の細胞すなわち、細胞-細胞接触の以前のまたは後の曝露の存在もしくは非存在下または曝露の前もしくは後で評価される。別の例において、この決定は、細胞周期プロセスの異なる段階で行われる。この様式において、本発明の遺伝子またはタンパク質を調節する化合物が、同定される。薬理学的活性を有する化合物は、本発明の癌タンパク質の活性を増大し得るか、本発明の癌タンパク質の活性を干渉し得る。一旦同定されると、類似の構造が、この化合物の重要な構造特性を同定するために評価される。一実施形態において、癌細胞の分裂を調節例えば、阻害する方法が、提供され;この方法は、癌調節因子の投与を包含する。別の実施形態において、癌を調節例えば、阻害する方法が提供され;この方法は、癌調節因子の投与を包含する。さらなる実施形態において、癌を有する細胞または個体を処置する方法が提供され;この方法は、癌調節因子の投与を包含する。一実施形態において、本発明の遺伝子を発現する細胞の状態を調節するための方法が提供される。本明細書中で使用される場合、状態は、細胞の、成長、増殖、生存、機能、アポトーシス、老化、位置、酵素的活性、シグナル伝達などのような当該分野で受け入れられたパラメーターを含む。一実施形態において、癌インヒビターは、上で考察されたような抗体である。別の実施形態において、癌インヒビターは、アンチセンス分子である。種々の細胞成長、増殖、および転移アッセイが、本明細書中に記載されるように、当業者に公知である。調節因子を同定するためのハイスループットスクリーニング適切な調節因子を同定するためのアッセイは、ハイスループットスクリーニングに受け入れられる。従って、好ましいアッセイは、癌遺伝子の転写の増大または阻害、ポリペプチド発現の阻害または増大、およびポリペプチド活性の阻害または増大を検出する。一実施形態において、ハイスループットスクリーニング法において評価される調節因子は、タンパク質であり、しばしば、天然に存在するタンパク質、または天然に存在するタンパク質のフラグメントである。従って、例えば、タンパク質を含む細胞抽出物、またはタンパク質性の細胞抽出物のランダム消化物もしくは指向された消化物が、使用される。この様式において、タンパク質のライブラリーが、本発明の方法におけるスクリーニングのために作製される。細菌タンパク質、真菌タンパク質、ウイルスタンパク質および哺乳動物タンパク質のライブラリーが、この実施形態において特に好ましく、後者が、好ましく、そしてヒトタンパク質が、特に好ましい。特に有用な試験化合物は、標的が属するクラスのタンパク質例えば、酵素に対する基質、またはリガンドおよびレセプターに指向される。調節因子を同定および特徴付けするための軟寒天増殖およびコロニー形成の使用正常な細胞は、結合および増殖するために固体支持体を必要とする。細胞が形質転換される場合、これらは、その表現型を失い、そして成長して、この支持体から脱離する。例えば、形質転換細胞は、撹拌懸濁培養液中で増殖し得るか、または半固体培地例えば、半固体寒天または軟寒天中に懸濁され得る。この形質転換細胞は、腫瘍抑制遺伝子でトランスフェクトされた場合、正常な表現型を再生し得、そして再び、結合して増殖するために、固体支持体を必要とする。アッセイにおける軟寒天増殖またはコロニー形成は、宿主細胞において発現した場合、異常な細胞増殖および形質転換を阻害する癌配列の調節因子を同定するために使用される。調節因子は、固体または半固体の培地例えば、寒天に懸濁された宿主細胞が増殖する能力を低下または排除する。懸濁アッセイにおける軟寒天増殖またはコロニー形成のための技術は、Freshney,CultureofAnimalCellsaManualofBasicTechnique第3版、1994に記載される。Garkavtsevら1996前出の方法の節もまた参照のこと。調節因子を同定および特徴付けするための接触阻害および増殖密度制限の評価正常な細胞は、代表的に、細胞培養物中で平らな組織化されたパターンで、この細胞が他の細胞と接触するまで増殖する。この細胞が、別の細胞と接触した場合、これらは、接触阻害され、そして増殖を停止する。しかし、形質転換細胞は、接触阻害されず、そして、組織化されていない病巣において高密度まで増殖し続ける。従って、形質転換細胞は、対応する正常な細胞よりも高い飽和密度まで増殖する。これは、細胞の方向付けされていない単層の形成または病巣における細胞によって、形態学的に検出される。あるいは、飽和密度における3H-チミジンでの標識指数が、増殖の密度制限を測定するために使用され、同様に、MTTアッセイまたはAlamarブルーアッセイが、細胞の増殖能および調節因子がこの細胞の増殖能に影響する能力を明らかにする。Freshney1994前出を参照のこと。形質転換細胞は、腫瘍抑制因子でトランスフェクトされた場合、正常な表現型を再生し得、そして接触阻害されて、低密度まで増殖する。このアッセイにおいて、飽和密度における3H-チミジンでの標識指数は、増殖の密度制限を測定する好ましい方法である。形質転換宿主細胞は、癌関連配列でトランスフェクトされ、そして非制限培地条件で、飽和密度で24時間増殖される。3H-チミジンでの細胞標識の割合は、組み込まれたcpmによって決定される。接触非依存性増殖は、異常な細胞増殖および形質転換を生じた癌配列の調節因子を同定するために使用される。調節因子は、接触非依存性増殖を減少または排除し、そして細胞を正常な表現型に戻す。調節因子を同定および特徴付けするための増殖因子または血清依存性の評価形質転換細胞は、その正常な対応物よりも低い血清依存性を有する例えば、Temin,J.Natl.CancerInst.37:167-1751966;Eagleら,J.Exp.Med131:836-8791970;Freshney,前出を参照のこと。このことは、形質転換細胞による種々の増殖因子の放出に一部起因する。形質転換宿主細胞の増殖因子または血清依存性の程度は、制御下にあるものと比較され得る。例えば、細胞の増殖因子または血清依存性は、本発明の癌関連配列を調節する化合物を同定および特徴付けするための方法においてモニタリングされる。調節因子を同定しそして特徴付けるための、腫瘍特異的マーカーレベルの使用腫瘍細胞は、それらの正常な対応物より増加した量の特定の因子本明細書中以下において腫瘍特異的マーカーを放出する。例えば、プラスミノゲンアクチベーターPAは、正常な脳細胞からよりも高レベルで、ヒト神経膠腫から放出される例えば、Gullino,Angiogenesis,TumorVascularization,andPotentialinterferencewithTumorGrowth,inBiologicalResponsesinCancer,178-184頁Mihich編1985を参照のこと。同様に、腫瘍脈管形成因子TAFは、正常な対応物より高レベルで、腫瘍細胞において放出される。例えば、Folkman,AngiogenesisandCancer,SemCancerBiol.1992を参照のこと。一方で、bFGFは、内皮細胞腫瘍から放出されるEnsoli,Bら。これらの因子の放出を測定する、種々の技術が、Freshney1994前出に記載されている。Unklessら,J.Biol.Chem.249:4295~43051974;StricklandBeers,J.Biol.Chem.251:5694~57021976;Whurら,Br.J.Cancer42:3053121980;Gullino,Angiogenesis,TumorVascularization,andPotentialInterferencewithTumorGrowth,BiologicalResponsesinCancer,178~184頁Mihich編1985;Freshney,AnticancerRes.5:111-1301985もまた参照のこと。例えば、腫瘍特異的マーカーレベルは、本発明の癌関連配列を調節する化合物を同定および特徴付けるための方法でモニタリングされる。調節因子を同定しそして特徴付けるための、マトリゲルmatrigelへの侵襲性マトリゲルまたは細胞外マトリックス成分への侵襲性の程度は、癌関連配列を調節する化合物を同定および特徴付けするためのアッセイとして使用され得る。腫瘍細胞は、悪性と、マトリゲル内または何らかの他の細胞外マトリックス成分内への細胞の侵襲性との間のポジティブな相関を示す。このアッセイにおいて、腫瘍形成性の細胞が、代表的に、宿主細胞として使用される。これらの宿主細胞中での腫瘍抑制因子の発現は、宿主細胞の侵襲性を減少させる。CancerRes.1999;59:6010;Freshney1994前出に記載される技術が使用され得る。簡単にいえば、宿主細胞の侵襲のレベルは、マトリゲルまたは何らかの他の細胞外マトリックス成分でコーティングされたフィルターを使用することによって、測定される。ゲル内への浸透、またはフィルターの遠位側を通しての浸透は、侵襲性と定格され、そして細胞の数および移動した距離によってか、または細胞を125Iで予め標識し、そしてフィルターの遠位側またはディッシュの底部の放射能を計数することによって、組織学的に定格される。例えば、Freshney1984前出を参照のこと。調節因子を同定しそして特徴付けるための、インビボでの腫瘍増殖の評価細胞増殖に対する癌関連配列の影響は、トランスジェニック生物または免疫抑制された生物において試験される。トランスジェニック生物は、当該分野で認容された種々の様式で調製される。例えば、癌遺伝子が破壊されたかまたは癌遺伝子が挿入された、ノックアウトトランスジェニック生物例えば、マウスのような哺乳動物が作製される。ノックアウトトランスジェニックマウスは、マーカー遺伝子または他の異種遺伝子を、相同組換えを介して、マウスゲノムにおける内因性癌遺伝子部位に挿入することによって、作製される。このようなマウスはまた、内因性癌遺伝子を変異バージョンの癌遺伝子で置き換えることによって、または内因性癌遺伝子を、例えば発癌物質に曝露することによって変異させることによって、作製され得る。トランスジェニックキメラ動物例えば、マウスを調製するためには、DNA構築物が、胚幹細胞の核に導入される。新たに操作された遺伝的損傷を含む細胞が、宿主マウス胚に注入され、これが、レシピエントの雌性に再移植される。これらの胚のいくつかは、いくつかの生殖細胞が変異体細胞株由来であるキメラマウスに発育する。従って、このキメラマウスを繁殖させることによって、導入された遺伝的損傷を含む新たな株のマウスを得ることが可能である例えば、Capecchiら,Science244:12881989を参照のこと。キメラマウスは、2002年4月2日に発行された米国特許第6,365,797号;2000年8月22日に発行された米国特許第6,107,540号;Hoganら,ManipulatingtheMouseEmbryo:AlaboratoryManual,ColdSpringHarborLaboratory1988およびTeratocarcinomasandEmbryonicStemCells:APracticalApproach,Robertson,編,IRLPress,Washington,D.C.,1987に従って、誘導され得る。あるいは、種々の免疫抑制宿主動物または免疫不全宿主動物が、使用され得る。例えば、遺伝的に無胸腺のヌードマウス例えば、Giovanellaら,J.Natl.CancerInst.52:9211974を参照のこと、SCIDマウス、胸腺切除されたマウス、または照射されたマウス例えば、Bradleyら,Br.J.Cancer38:2631978;Selbyら,Br.J.Cancer41:521980を参照のことが、宿主として使用され得る。同系の宿主に注入された、移植可能な腫瘍細胞代表的に、約106個の細胞は、高い割合の場合において、侵襲性の腫瘍を産生し、一方で、類似の起源の正常細胞は、侵襲性の腫瘍を産生しない。侵襲性の腫瘍を発達させた宿主において、癌関連配列を発現する細胞が、皮下注射または正常位で注射される。次いで、マウスが、コントロール群および処理実験群例えば、調節因子で処理されたを含む群に分離される。適切な長さの時間好ましくは、4~8週間の後に、腫瘍増殖が測定され例えば、体積またはその2つの最大寸法、もしくは重量によって、そしてコントロールと比較される。統計学的に有意な減少を有する腫瘍例えば、StudentのT検定を使用するは、阻害された増殖を有するといわれる。調節因子を同定しそして特徴付けるためのインビトロアッセイ調節活性を有する化合物を同定するためのアッセイは、インビトロで実施され得る。例えば、癌ポリペプチドがまず潜在的な調節因子と接触され、そして適切な量の時間例えば、0.5~48時間にわたってインキュベートされる。1つの実施形態において、癌ポリペプチドのレベルは、タンパク質またはmRNAのレベルを測定することによって、インビトロで決定される。タンパク質のレベルは、癌ポリペプチドまたはそのフラグメントに選択的に結合する抗体を用いる、免疫アッセイ例えば、ウェスタンブロッティング、ELISAなどを使用して測定される。mRNAの測定のためには、増幅例えば、PCR、LCR、またはハイブリダイゼーションアッセイ例えば、ノーザンハイブリダイゼーション、RNAse保護、ドットブロッティングが好ましい。タンパク質またはmRNAのレベルは、直接的にかまたは間接的に標識された検出試薬例えば、本明細書中に記載されるような、蛍光標識または放射活性標識された核酸、放射活性的にまたは酵素的に標識した抗体などを使用して、検出される。あるいは、レポーター遺伝子系が、レポーター遺伝子例えば、ルシフェラーゼ、緑色蛍光タンパク質、CAT、またはP-galに作動可能に連結された癌タンパク質プロモーターを使用して発明deviseされ得る。レポーター構築物は、代表的に、細胞内にトランスフェクトされる。潜在的な調節因子での処理後、レポーター遺伝子の転写、翻訳、または活性の量が、当業者に公知である標準的な技術に従って測定されるDavisGF,前出;Gonzalez,J.Negulescu,P.Curr.Opin.Biotechnol.1998:9:624。上で概説されたように、インビトロスクリーニングは、個々の遺伝子および遺伝子産物に対してなされる。すなわち、特定の差次的に発現される遺伝子が特定の状態において重要であると同定されると、この遺伝子の発現または遺伝子産物自体の調節因子のスクリーニングが実施される。1つの実施形態において、特定の遺伝子の発現の調節因子についてのスクリーニングが実施される。代表的に、ほんの1つまたは少数の遺伝子の発現が、評価される。別の実施形態において、スクリーニングは、差次的に発現されるタンパク質に結合する化合物をまず発見するように、設計される。次いで、これらの化合物が、差次的に発現される活性を調節する能力について評価される。さらに、一旦、最初の候補化合物が同定されると、構造と活性の関係をよりよく評価するために、改変体が、さらにスクリーニングされ得る。調節因子を同定しそして特徴付けるための結合アッセイ本発明に従う結合アッセイにおいて、精製されたかまたは単離された本発明の遺伝子産物が、一般に使用される。例えば、抗体が、本発明のタンパク質に対して生成され、そして免疫アッセイが実施されて、タンパク質の量および/または位置を決定する。あるいは、癌タンパク質を含む細胞が、アッセイにおいて使用される。従って、これらの方法は、本発明の癌タンパク質を、リガンドのような候補化合物と混合する工程、および本発明の癌タンパク質に対する、この化合物の結合を決定する工程を包含する。好ましい実施形態は、ヒト癌タンパク質を利用する;ヒト疾患の動物モデルもまた、開発および使用され得る。また、他の類似の哺乳動物タンパク質もまた、当業者によって理解されるとおりに、使用され得る。さらに、いくつかの実施形態において、改変体または誘導癌タンパク質が、使用される。一般に、本発明の癌タンパク質またはリガンドは、不溶性支持体に拡散不可能に結合される。この支持体は、例えば、単離されたサンプルを受容する領域を有するものマイクロタイタープレート、アレイなどであり得る。不溶性の支持体は、組成物が結合され得る任意の組成物から作製され得、可溶性材料から容易に分離され、そしてスクリーニングの方法全体とその他の点で適合性である。このような支持体の表面は、中実または多孔性であり得、そして任意の好都合な形状であり得る。適切な不溶性の支持体の例としては、マイクロタイタープレート、アレイ、膜およびビーズが挙げられる。これらは代表的に、ガラス、プラスチック例えば、ポリスチレン、多糖、ナイロン、ニトロセルロース、またはTeflon登録商標などで作製される。マイクロタイタープレートおよびアレイは、特に好都合である。なぜなら、少量の試薬およびサンプルを使用して、多数のアッセイが同時に実施され得るからである。組成物を支持体に結合させる特定の様式は、試薬および本発明の方法全体と適合性であり、組成物の活性を維持し、そして拡散不可能である限り、重要ではない。結合の好ましい方法としては、タンパク質を支持体に付着させる場合に粘着支持体またはイオン性支持体への直接結合、化学架橋、表面上でのタンパク質または薬剤の合成など、リガンド結合部位も活性化配列も立体的にブロックしない抗体の使用が挙げられる。タンパク質またはリガンド/結合剤の、支持体への結合に続いて、過剰の未結合物質が、洗浄によって除去される。次いで、サンプル受容領域は、ウシ血清アルブミンBSA、カゼインまたは他の無害なタンパク質もしくは他の部分と共にインキュベーションすることによって、ブロックされ得る。一旦、本発明の癌タンパク質が支持体に結合すると、試験化合物がアッセイに添加される。あるいは、候補結合剤が支持体に結合され、次いで、本発明の癌タンパク質が添加される。結合剤としては、特異的抗体、化学ライブラリーのスクリーニングによって同定された非天然結合剤、ペプチドアナログなどが挙げられる。ヒト細胞に対して低い毒性を有する薬剤を同定するためのアッセイが、特に興味深い。広範な種々のアッセイが、この目的で使用され得、このアッセイとしては、増殖アッセイ、cAMPアッセイ、標識されたインビトロでのタンパク質-タンパク質結合アッセイ、電気泳動移動度シフトアッセイ、タンパク質結合についての免疫アッセイ、機能的アッセイリン酸化アッセイなどなどが挙げられる。試験化合物リガンド、結合剤、調節因子などの、本発明の癌タンパク質への結合の決定は、多数の様式でなされ得る。試験化合物が標識され得、そして結合が、例えば、本発明の癌タンパク質のすべてまたは一部を固体支持体に付着させ、標識された候補化合物例えば、蛍光標識を添加し、過剰の試薬を洗浄除去し、そして標識が固体支持体上に存在するか否かを決定することによって、直接決定され得る。種々のブロック工程および洗浄工程が、適切であるように利用され得る。特定の実施形態において、成分の1つのみが標識される。例えば、本発明のタンパク質またはリガンドが標識される。あるいは、1つより多い成分が、異なる標識で標識される例えば、タンパク質に対してI125、および化合物に対して発蛍光団。近接試薬例えば、クエンチング剤またはエネルギー移動剤もまた、有用である。調節因子を同定しそして特徴付けるための、競合結合1つの実施形態において、試験化合物の結合は、競合物質を用いる競合結合アッセイによって決定される。競合物質とは、標的分子例えば、本発明の癌タンパク質に結合する結合部分である。競合物質としては、抗体、ペプチド、結合パートナー、リガンドなどのような化合物が挙げられる。特定の状況下では、試験化合物と競合物質との間の競合結合は、試験化合物に取って代わる。1つの実施形態において、試験化合物が標識される。試験化合物、競合物質のいずれか、または両方が、結合を可能にするために十分な時間にわたって、タンパク質に添加される。インキュベーションが、最適な活性を容易にする温度代表的に、4°Cと40°Cとの間で実施される。インキュベーション時間は、代表的に、例えば、迅速なハイスループットスクリーニングを容易にするように、最適化される;代表的に、0時間と1時間との間で十分である。過剰の試薬が、一般に、除去または洗浄除去される。次いで、第二の成分が添加され、そして標識された成分の存在または非存在が、結合を示すために追跡される。1つの実施形態において、競合物質がまず添加され、次いで試験化合物が添加される。競合物質の置き換えは、試験化合物が癌タンパク質に結合することの指標であり、従って、癌タンパク質に結合し得、そして癌タンパク質の活性を潜在的に調節し得る。この実施形態において、いずれかの成分が標識され得る。従って、例えば、競合物質が標識される場合、試験後化合物洗浄溶液中の標識の存在が、試験化合物による置き換えを示す。あるいは、試験化合物が標識される場合、支持体上の標識の存在が、置き換えの指標である。代替の実施形態において、試験化合物がまず添加され、インキュベーションおよび洗浄され、次いで、競合物質が添加される。競合物質による結合の非存在は、試験化合物が、競合物質より高い親和性で、癌タンパク質に結合することを示す。従って、試験化合物が標識される場合、支持体上の標識の存在競合物質の結合の欠如と組み合わせられるが、試験化合物が本発明の癌タンパク質に結合し、従って本発明のタンパク質を潜在的に調節することの指標である。従って、競合結合方法は、本発明の癌タンパク質の活性を調節し得る薬剤を同定するための、差次的スクリーニングを包含する。この実施形態において、この方法は、癌タンパク質および競合物質を、第一のサンプル中で混合する工程を包含する。第二のサンプルは、試験化合物、癌タンパク質、および競合物質を含有する。競合物質の結合が、両方のサンプルについて決定され、そしてこれら2つのサンプル間での結合の変化、または差異が、癌タンパク質に結合し得、そしてその活性を潜在的に調節し得る薬剤の存在を示す。すなわち、競合物質の結合が、第一のサンプルに対する第二のサンプルにおいて異なる場合、この薬剤は、癌タンパク質に結合し得る。あるいは、差次的スクリーニングが、ネイティブの癌タンパク質に結合するが改変癌タンパク質に結合し得ない薬物候補を同定するために用いられる。例えば、癌タンパク質の構造はモデル化されて、合理的薬物設計において、その部位と相互作用する因子、すなわち部位改変タンパク質site-modifiedproteinに一般的に結合しない因子を合成するために用いられる。さらに、ネイティブの癌タンパク質の活性に影響するような薬物候補はまた、そのようなタンパク質の活性の増強または減少のいずれかをする能力について薬物をスクリーニングすることによって同定される。陽性コントロールおよび陰性コントロールが、このアッセイにおいて用いられ得る。好ましくは、コントロールおよび試験サンプルは、統計的に有意な結果を得るために少なくとも三連で実施される。全てのサンプルのインキュベーションは、タンパク質へのこの因子の結合を可能にするのに十分な時間、行われる。インキュベーションに続いて、サンプルを洗浄して非特異的結合物質を含まないようにし、そして結合した、遺伝的に標識した因子の量を決定する。例えば、放射標識を用いる場合、これらのサンプルをシンチレーションカウンターを用いて計数して、結合した化合物の量を決定し得る。種々の他の試薬がこのスクリーニングアッセイに関与し得る。これらの試薬としては、最適なタンパク質-タンパク質結合を容易にし、そして/または非特異的相互作用もしくはバックグラウンド相互作用を減少するために用いられる塩、中性タンパク質例えば、アルブミン界面活性剤などのような試薬が挙げられる。このアッセイの効率を他の方法で改善する試薬例えば、プロテアーゼインヒビター、ヌクレアーゼインヒビター、抗菌剤などもまた用いられ得る。成分の混合物が、必須の結合を提供する順番で添加される。本発明のタンパク質をダウンレギュレートまたは阻害するためのポリヌクレオチドの使用癌のポリヌクレオチド調節因子が、WO91/04753に記載されるように、リガンド結合分子との結合体の形成によって、標的ヌクレオチド配列を含む細胞へと導入され得る。適切なリガンド結合分子としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:細胞表面レセプター、増殖因子、他のサイトカイン、または細胞表面レセプターに結合する他のリガンド。好ましくは、リガンド結合分子の結合体は、リガンド結合分子がその対応する分子またはレセプターに結合する能力を十分には干渉しないか、あるいは、細胞へのセンスオリゴヌクレオチドもしくはアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその結合体バージョンの進入を十分にはブロックしない。あるいは、癌のポリヌクレオチド調節因子が、例えば、WO90/10448に記載されるように、ポリヌクレオチド-脂質複合体の形成によって標的核酸配列を含む細胞内に導入され得る。アンチセンス分子またはノックアウトモデルおよびノックインモデルの使用もまた、処理方法に加えて、上で議論されるようなスクリーニングアッセイにおいて用いられ得ることが理解される。阻害およびアンチセンスヌクレオチド特定の実施形態において、癌関連タンパク質の活性が、アンチセンスポリヌクレオチドまたは阻害性小核RNAsnRNAすなわちコードmRNA核酸配列例えば、本発明の癌タンパク質、mRNA、またはそれらの部分配列に相補的であり、そして好ましくは、これらに特異的にハイブリダイズし得る核酸の使用により、ダウンレギュレートされるか、または完全に阻害される。mRNAへのアンチセンスポリヌクレオチドの結合は、mRNAの翻訳および/または安定性を減少させる。本発明の文脈において、アンチセンスポリヌクレオチドは、天然に存在するヌクレオチド、または天然に存在するサブユニットもしくはこれらの近縁のホモログから形成される合成種を含み得る。アンチセンスポリヌクレオチドはまた、変化した糖部分または糖間の連結を有し得る。当該分野において使用されることが公知のホスホロチオエートおよび他の硫黄含有種が、例示的にこれらの中に含まれる。アナログは、これらが本発明のヌクレオチドとハイブリダイズするように有効に機能する限り本発明に含まれる。例えば、IsisPharmaceuticals、Carlsbad、CA;Sequitor、Inc.、Natick、MAを参照のこと。そのようなアンチセンスポリヌクレオチドは、組換え手段を用いて容易に合成され得るか、またはインビトロで合成され得る。そのような合成についての装置は、種々の販売者AppliedBiosystemsが挙げられるから販売されている。他のオリゴヌクレオチド例えば、ホスホロチオエートおよびアルキル化誘導体の調製もまた、当業者に周知である。本明細書中で使用される場合、アンチセンス分子は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドを含む。センスオリゴヌクレオチドは、例えば、アンチセンス鎖への結合により転写をブロックするために用いられ得る。このアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびセンスオリゴヌクレオチドは、癌分子についての標的mRNAセンス配列または標的DNAアンチセンス配列に結合し得る一本鎖核酸配列RNAまたはDNAのいずれかを含む。本発明によるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドは、一般的に、少なくとも約12ヌクレオチド、好ましくは、約12ヌクレオチド~約30ヌクレオチドのフラグメントを含む。所定のタンパク質をコードするcDNA配列に基づくアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドを誘導する能力は、例えば、SteinCohenCancerRes.48:26591988およびvanderKrolら、BioTechniques6:9581988に記載されている。リボザイムアンチセンスポリヌクレオチドに加えて、リボザイムが、癌関連ヌクレオチド配列の転写を標的化または阻害するために用いられ得る。リボザイムは、他のRNA分子を触媒的に切断するRNA分子である。種々の種類のリボザイムが記載されている。これらのリボザイムとしては、グループIリボザイム、ハンマーヘッドリボザイム、ヘアピンリボザイム、RNaseP、およびアックスヘッドリボザイムが挙げられる例えば、種々のリボザイムの特性の一般的な概説についてはCastanottoら、Adv.inPharmacology25:289~3171994を参照のこと。ヘアピンリボザイムの遺伝的特徴は、例えば、Hampelら、Nucl.AcidsRes.18:299~3041990;欧州特許出願番号0360257;米国特許第5,254,678号に記載されている。調製方法は、当業者に周知である例えば、WO94/26877;Ojwangら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6340~63441993;Yamadaら、HumanGeneTherapy1:39~451994;Leavittら、Proc.Natl.AcadSci.USA92:699~7031995;Leavittら、HumanGeneTherapy5:1151~1201994;およびYamadaら、Virology205:121~1261994を参照のこと。表現型スクリーニングにおける調節因子の使用1つの実施形態において、試験化合物が、関連する癌発現プロフィールを有する癌細胞の集団に投与される。本明細書において投与するまたは接触させるとは、調節因子を、取り込み作用および細胞内作用によってか、または細胞表面での作用によって、細胞に対して作用させるような様式で、この調節因子をその細胞に添加することを意味する。いくつかの実施形態において、タンパク質様因子すなわち、ペプチドをコードする核酸がウイルス構築物例えば、アデノウイルス構築物またはレトロウイルス構築物へと付加され、そして細胞へと添加されてこのペプチド因子の発現が達成される例えば、PCTUS97/01019。調節可能な遺伝子治療系もまた、用いられ得る。一旦、調節因子を細胞に投与した後、これらの細胞を、所望の場合洗浄し、そして好ましい生理学的条件下で、いくらかの期間インキュベートする。次いで、これらの細胞を、収集し、そして新しい遺伝子発現プロフィールを作製する。従って、例えば、癌組織を、癌の表現型を調節例えば、誘導または抑制する因子についてスクリーニングする。発現プロフィールの少なくとも1つの遺伝子、好ましくは多くの遺伝子における変化は、この因子が、癌の活性に対して効果を有することを示す。同様に、生物学的機能またはシグナル伝達経路を変化させることは、調節因子の活性を示す。癌の表現型についてのそのようなシグネチャーを規定することにより、表現型を変化させる新規の薬物についてのスクリーニングが考案される。このアプローチにおいて、薬物標的は既知である必要はなく、元の遺伝子/タンパク質発現スクリーニングプラットフォームにおいて表されている必要もなく、標的タンパク質に対する転写物のレベルが変化する必要もない。機能を阻害する調節因子は、代理マーカーとしての役割を果たす。上で概説したとおり、遺伝子または遺伝子産物を評価するために、スクリーニングを実施する。すなわち、特定の差次的に発現された遺伝子を、特定の状態において重要であると同定する工程、遺伝子または遺伝子産物自体の発現のいずれかの調節因子をスクリーニングする工程を実施する。本発明のペプチドに影響する調節因子の使用癌ポリペプチドの活性、または癌表現型の測定を、種々のアッセイを用いて実施する。例えば、癌ポリペプチドの機能に対する調節因子の効果を、上記のパラメーターを試験することにより測定する。活性に影響する生理学的変化が、本発明のポリペプチドに対する試験化合物の影響を評価するために用いられる。インタクトな細胞または動物を用いて機能的結果が決定される場合、種々の効果が、例えば、固形腫瘍、腫瘍増殖、腫瘍転移、新生血管形成、ホルモン放出、例えば、ノーザンプロットによる既知の遺伝マーカーおよび特徴付けられていない遺伝マーカーの両方に対する転写の変化に関連する癌の場合、細胞代謝における変化例えば、細胞増殖またはpH変化および細胞内二次的メッセンジャー例えば、cGNIPの変化の場合に評価され得る。癌関連配列を同定、特徴付けする方法種々の遺伝子配列の発現が、癌に関連する。従って、変異体癌遺伝子または改変体癌遺伝子に基づく障害を決定する。1つの実施形態において、本発明は、改変体癌遺伝子を含む細胞を同定する例えば、細胞内の少なくとも1つの内因性癌遺伝子の配列の全てまたは一部の存在を決定するための方法を提供する。これは、任意の配列決定技術を用いて達成される。本発明は、個体の癌の遺伝子型を同定する例えば、個体における少なくとも1つの本発明の遺伝子の配列の全てまたは一部を決定する方法を包含する。これは、一般的に、個体の少なくとも1つの組織例えば、表Iに示される組織において行われ、そして多数の組織または同じ組織の異なるサンプルの評価を含み得る。この方法は、配列決定した遺伝子の配列を、既知の癌遺伝子すなわち、野生型遺伝子の配列と比較して、ファミリーメンバー、ホモログ、変異体、または改変体の存在を決定する工程を包含し得る。次いで、この遺伝子の全てまたは一部の配列を、既知の癌遺伝子の配列と比較して、任意の差異が存在するか否かを決定し得る。これは、任意の既知の相同性プログラム例えば、BLAST、Bestfitなどを用いて行われる。患者の癌遺伝子と既知の癌遺伝子との間の配列の差異の存在は、本明細書中で概説されるように、疾患状態または疾患状態についての傾向に関連する。好ましい実施形態において、これらの癌遺伝子は、ゲノム中の癌遺伝子のコピー数を決定するためのプローブとして用いられる。これらの癌遺伝子は、癌遺伝子の染色体位置を決定するためのプローブとして用いられる。染色体位置のような情報は、特に、染色体異常例えば、転座などが癌遺伝子座において同定された場合、診断または予後診断の提供における使用を見出す。XIV.キット/製造の物品本明細書中に記載される研究室適用、予後適用、予防適用、診断適用および治療適用における使用のために、キットもまた、本発明の範囲内である。そのようなキットは、キャリア、パッケージまたは1つ以上の容器例えば、バイアル、チューブなどを受容するように区画に分けられた容器を使用のため例えば、本明細書中で記載された使用のための指示書を含む標示または挿入物と一緒に備え得る。例えば、容器は、検出可能に標識されているかまたは標識され得るプローブを含み得る。そのようなプローブは、それぞれ、本発明の遺伝子またはメッセージに特異的な抗体またはポリヌクレオチドであり得る。この方法が、標的核酸を検出するための核酸ハイブリダイゼーションを使用する場合、このキットはまた、標的核酸配列を増幅するためのヌクレオチドを含む容器を有し得る。キットは、レポーター例えば、ビオチン結合タンパク質例えば、酵素標識、蛍光標識または放射性標識などのレポーター分子に結合したアビジンまたはストレプトアビジンを備える容器を備え得、このようなレポーターは、例えば、核酸または抗体と一緒に使用され得る。このキットは、図2または図3におけるアミノ酸配列の全てもしくは一部またはこれらのアナログ、あるいはそのようなアミノ酸配列をコードする核酸分子を含み得る。本発明のキットは、代表的に、上記の容器および商業的立場およびの使用者の立場から所望される物質緩衝液、希釈液、ろ紙、針、シリンジ;キャリア、パッケージ、容器、バイアルおよび/またはチューブ、内容物を列挙したラベル、および/または使用のための指示書、ならびに使用のための指示書を有するパッケージ挿入物が挙げられるを含む本発明と関連する1つ以上の他の容器を含む。ラベルは、容器上または容器と共に存在して、この組成物が特定の治療または非治療適用例えば、予後適用、予防適用、診断適用または研究適用に用いられることを示し得、そしてインビボまたはインビトロでの使用例えば、本明細書中に記載される使用のための指示を示し得る。指示および/または他の情報はまた、このキットと共にかまたはこのキット上に備えられた挿入物またはラベル上に含まれ得る。このラベルは、容器上にあるか、または容器に添えられ得る。このラベルを形成する文字、番号または他の特徴が容器自体に形成されているかまたはエッチングされている場合、ラベルは、容器上にあり得;それがこの容器をまた保持する容器receptacleまたはキャリアの中に存在する場合例えば、パッケージ挿入物、ラベルは、容器に添えられ得る。このラベルは、この組成物が、ある状態例えば、表Iに示す組織の新形成を診断、処置、予防または予後診断するために用いられることを示し得る。用語キットおよび製造の物品は、類義語として用いられ得る。本発明の別の実施形態において、組成物例えば、アミノ酸配列、低分子、核酸配列、および/または抗体例えば、表Iに示されるような組織の新形成の診断、予後診断、予防および/または処置のために有用な物質を備える製造の物品が提供される。製造の物品は、代表的に、少なくとも1つの容器および少なくとも1つのラベルを備える。適切な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、および試験管が挙げられる。これらの容器は、種々の材料例えば、ガラス、金属またはプラスチックから形成され得る。この容器は、アミノ酸配列、低分子、核酸配列、細胞集団および/または抗体を保持し得る。1つの実施形態において、この容器は、細胞のmRNA発現プロフィールの試験において用いるためのポリヌクレオチドを、この目的のために用いられる試薬とともに保持し得る。別の実施形態において、容器は、細胞、組織におけるP1091D4のタンパク質発現を評価するのに使用するため、または関連する研究室目的、予後目的、診断目的、予防目的および治療目的のための抗体、抗体の結合フラグメント、または特異的な結合タンパク質を備え;このような使用のための表示および/または指示書をこのような容器上に、または容器と共に備え得、これらの目的に使用するための試薬および他の組成物またはツールを備え得る。別の実施形態において、容器は、細胞性免疫応答または体液性免疫応答を誘発するための物質を、関連する表示および/または指示書と共に備え得る。別の実施形態において、容器は、養子免疫治療のための物質例えば、細胞傷害性T細胞CTLまたはヘルパーT細胞HTLを関連する表示および/または指示書と共に備え;このような目的のために使用される試薬および他の組成物または用具もまた含まれ得る。この容器は、代替的に、状態を処置、診断、予後診断または予防するために有効な組成物を含み得、そして滅菌アクセスポートを備え得る例えば、この容器は、静脈内溶液バッグまたは皮下注射針により貫通可能なストッパーを有するバイアルであり得る。この組成物中の活性因子は、109P1D4を特異的に結合し得、かつ109P1D4の機能を調節し得る抗体であり得る。製造の物品は、さらに、第二の容器を備え得、この第二の容器は、薬学的に受容可能な緩衝液例えば、リン酸緩衝化生理食塩水、リンガー溶液、および/またはデキストロース溶液を含む。その容器は、商業的立場および使用者の立場から所望される他の物質他の緩衝液、希釈液、ろ紙、攪拌子、針、シリンジ、ならびに/または指示を有するパッケージ挿入物および/もしくは使用のための指示書が挙げられるをさらに備える。本発明の種々の局面を、以下の複数の実施例によりさらに記載および例証する。これらの実施例のいずれも、本発明の範囲に限定することを意図しない。実施例1:109P1D4遺伝子のcDNAフラグメントのSSHにより得られる単離前立腺癌において過剰発現する遺伝子を単離するために、前立腺癌組織由来のcDNAを用いる抑制サブトラクティブハイブリダイゼーションSSH手段を使用した。この109P1D4SSHcDNA配列は、アンドロゲン誘導性LNCaP細胞由来のcDNAが、ミボレロンで9時間刺激されたLNCaP細胞由来のcDNAから差し引かれた実験に由来する。材料および方法ヒト組織患者の癌組織および正常組織を、異なる供給源例えばNDRIPhiladelphia,PAから購入した。いくつかの正常組織についてのmRNAを、異なる会社例えば、Clontech,PaloAlto,CAから購入した。RNAの単離組織を、Trizol試薬LifeTechnologies,GibcoBRL中で、10ml/gの組織を用いてホモジナイズして、総RNAを単離した。ポリARNAを、QiagenのOligotexmRNAMiniおよびMidiキットを使用して、総RNAから精製した。総RNAおよびmRNAを、分光光度分析O.D.260/280nmによって定量し、そしてゲル電気泳動によって分析した。オリゴヌクレオチド以下のHPLC精製したオリゴヌクレオチドを、使用した。DPNCDNcDNA合成プライマー5’TTTTGATCAAGCTT303’配列番号44アダプター15’CTAATACGACTCACTATAGGGCTCGAGCGGCCGCCCGGGCAG3’配列番号453’GGCCCGTCCTAG5’配列番号46アダプター25’GTAATACGACTCACTATAGGGCAGCGTGGTCGCGGCCGAG3’配列番号473’CGGCTCCTAG5’配列番号48PCRプライマー15’CTAATACGACTCACTATAGGGC3’配列番号49ネステッドプライマーNP15’TCGAGCGGCCGCCCGGGCAGGA3’配列番号50ネステッドプライマーNP25’AGCGTGGTCGCGGCCGAGGA3’配列番号51抑制サブトラクティブハイブリダイゼーション抑制サブトラクティブハイブリダイゼーションSSHを使用して、前立腺癌において差次的に発現し得る遺伝子に対応するcDNAを同定した。このSSH反応は、LNCaP前立腺癌細胞に由来するcDNAを利用した。109P1D4配列は、ミボレロンmiboleroneで刺激したLNCaP-アンドロゲンの非存在下でのLNCaPのcDNAサブトラクションから誘導した。このSSHのDNA配列図1を、同定した。アンドロゲン欠乏LNCaP細胞に由来するcDNAを、ドライバーcDNAの供給源として使用し、一方アンドロゲンに刺激されたLNCaP細胞に由来するcDNAを、テスターcDNAの供給源として使用した。テスターcDNAに対応する二本鎖cDNAおよびドライバーcDNAに対応する二本鎖cDNAを、上に記載したような、関連する異種移植組織から、CLONTECHのPCR-SelectcDNASubtractionKitを使用して単離した2μgのポリARNAおよびプライマーとして1μgのオリゴヌクレオチドDPNCDNから合成した。第1鎖合成および第2鎖合成を、キットの使用者マニュアルプロトコルCLONTECHプロトコル番号PT1117-1、カタログ番号K1804-1に記載されるようにして行った。得られたcDNAを、37°Cで3時間、DpnIIで消化した。消化されたcDNAを、フェノール/クロロホルム1:1で抽出し、そしてエタノールで沈殿させた。関連の組織供給源上記を参照のこと400ng由来の、DpnIIで消化したcDNA1μlを、5μlの水中に希釈することによって、テスターcDNAを作製した。次いで、この希釈したcDNA2μl、160ngを、400uのT4DNAリガーゼCLONTECHを使用して、別個のライゲーション反応で、10μlの全容量で、16°Cで一晩、2μlのAdaptor1およびAdaptor210μMにライゲーションした。1μlの0.2MEDTAを用いて、72°Cで5分間加熱して、ライゲーションを終了させた。第1のハイブリダイゼーションを、ドライバーcDNA1.5μl、600ngを、1.5μl20ngのAdaptor1連結テスターcDNAおよびAdaptor2連結テスターcDNAを含む2つのチューブのそれぞれに添加することによって実施した。4μlの最終容量で、これらのサンプルを鉱油で覆い、MJResearchサーマルサイクラーで、98°Cで1.5分間変性し、次いで68°Cで8時間ハイブリダイズさせた。次いで、2つのハイブリダイゼーション産物を、追加の新たな変性ドライバーcDNA1μlと混合し、そして68°Cで一晩ハイブリダイズさせた。次いで、この第2のハイブリダイゼーション産物を、20mMHepespH8.3、50mMNaCl、0.2mMEDTA200μl中で希釈し、70°Cで7分間加熱し、そして-20°Cで貯蔵した。SSHから作製した遺伝子フラグメントのPCR増幅、クローニングおよび配列決定SSH反応から得られた遺伝子フラグメントを増幅するために、2回のPCR増幅を行った。第1のPCR反応において、希釈した最終ハイブリダイゼーション混合物1μlを、1μlのPCRプライマー110μM、0.5μlのdNTP混合物10μM、2.5μlの10×反応緩衝液CLONTECHおよび0.5μlの50×AdvantagecDNAポリメラーゼ混合物CLONTECHに、最終容量25μlで添加した。PCR1を、以下の条件を使用して実施した:75°Cで5分間、94°Cで25秒間、次いで27サイクルの94°Cで10秒間、66°Cで30秒間、72°Cで1.5分間。5つの別個の第1のPCR反応を、各実験について実施した。その生成物をプールし、そして水で1:10に希釈した。第二のPCR反応のために、プールしたものから1μlおよび希釈した最初のPCR反応物を、プライマーNP1およびNP210μMをPCR1プライマーの代わりに使用することを除いて、PCR1に使用したのと同一の反応混合物へ添加した。PCR2を、10~12サイクルの94°Cで10秒間、68°Cで30秒間および72°Cで1.5分間を使用して実施した。このPCR生成物を、2アガロースゲル電気泳動を使用して分析した。このPCR生成物を、T/AベクタークローニングキットInvitrogenを使用して、pCR2.1に挿入した。形質転換したE.coliを、青/白選別およびアンピシリン選別に供した。白色コロニーを、選択し、そして96ウェルプレートに配置し、そして液体培養液中で一晩増殖させた。挿入物を同定するために、PCR増幅を、PCR1の条件を使用し、NP1およびNP2をプライマーとして使用して、細菌培養液1μlについて実施した。PCR生成物を、2アガロースゲル電気泳動を使用して分析した。細菌クローンを、96ウェル様式で、20グリセロール中で貯蔵した。プラスミドDNAを、調製し、配列を決定し、そしてGenBankデータベース、dBestデータベース、およびNCI-CGAPデータベースの核酸相同性検索にかけた。RT-PCRの発現分析Gibco-BRLSuperscriptPreamplificationシステムを使用するオリゴdT12-18のプライミングを用いて、第1の鎖cDNAを、1μgのmRNAから作製し得る。逆転写酵素と共に42°Cで50分間インキュベートし、次いで、37°Cで20分間、RNAseH処理を行うことを含む製造者のプロトコルを使用した。この反応が完了した後、その容量を、正規化の前に、水で200μlまで増やし得た。16の異なる正常なヒト組織由来の第1の鎖cDNAを、Clontechから入手し得る。複数の組織由来の第1の鎖cDNAの正規化を、プライマー5’ATATCGCCGCGCTCGTCGTCGACAA3’配列番号52および5’AGCCACACGCAGCTCATTGTAGAAGG3’配列番号53を使用して、β-アクチンを増幅することにより、実施した。第1の鎖cDNA5μlを、50μlの総容量0.4μMのプライマー、各々0.2μMのdNTP、1×PCR緩衝液Clontech,10mMTris-HCl、1.5mMMgCl2、50mMKCl、pH8.3および1×KlentaqDNAポリメラーゼClontechを含むで増幅した。5μlのPCR反応物を、18サイクル、20サイクルおよび22サイクルで取り出し、そしてアガロースゲル電気泳動に使用し得る。PCRを、MJResearchサーマルサイクラーを使用して、以下の条件下で実施した:最初の変性工程が、94°Cで15秒間、続いて、18サイクル、20サイクルおよび22サイクルの94°Cで15分間、65°Cで2分間、72°Cで5秒間であり得る。72°Cでの最後の伸長工程を、2分間行った。アガロースゲル電気泳動の後、複数の組織由来の283塩基対のβ-アクチンのバンドのバンド強度を、目視検査により比較した。第1の鎖cDNAの希釈率を、計算して、22サイクルのPCR後に、全ての組織において等しいβ-アクチンバンド強度を得た。22サイクルのPCR後に、全ての組織において等しいバンド強度を達成するために、3回の正規化が必要であり得る。109P1D4遺伝子の発現レベルを決定するために、5μlの正規化した第1の鎖cDNAを、26サイクルおよび30サイクルの増幅を使用するPCRによって分析した。半定量的発現分析を、軽いバンド強度を与えるサイクル数において、PCR産物を比較することによって達成し得る。RT-PCRに使用するプライマーを、109P1D4SSH配列を使用して設計した。それを以下に挙げる:109P1D4.15’-TGGTCTTTCAGGTAATTGCTGTTG-3’配列番号54109P1D4.25’-CTCCATCAATGTTATGTTGCCTGT-3’配列番号55代表的なRT-PCR発現分析を図15に示す。実施例2:全長109P1D4をコードするcDNAの単離192bpの109P1D4SSH配列図1は、プロトカドヘリン11PCDH11、カルシウム依存性カドヘリンに関連する細胞接着分子に対して相同性を示した。ヒトcDNA配列は、N末端リーダー配列および膜貫通ドメインを有する1021のアミノ酸のタンパク質をコードする。4603bpの109P1D4v.1を、ヒト前立腺癌異種移植片LAPC-9ADcDNAライブラリーからクローニングし、それにより1021アミノ酸のORFを明らかにした図2および図3。109P1D4の他の改変体転写物およびSNPもまた同定し、これらは、図2および図3に連続的に列挙される。実施例3:109P1D4の染色体マッピング染色体の位置決定は、疾患の病因に遺伝子を関連付け得る。いくつかの染色体マッピングアプローチが利用可能であり、これには、蛍光インサイチュハイブリダイゼーションFISH、ヒト/ハムスター放射線ハイブリッドRHパネルWalterら、1994;NatureGenetics7:22;ResearchGenetics,HuntsvilleAI、ヒト-げっ歯類体細胞ハイブリッドパネル例えば、CoriellInstituteCamden,NewJerseyから入手可能なようなもの、および配列決定されそしてマッピングされたゲノムクローンに対するBLAST相同性を使用するゲノムビュアーNCBI,Bethesda,Marylandが挙げられる。109P1D4は、109P1D4配列およびNCBIBLASTツールワールドワイドウェブ.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/page.cgiF=HsBlast.htmlORG=Hsにあるを使用して、染色体Xq21.3にマッピングされる。109P1D4はまた、染色体Yp11.2上のXq21に99同一である領域に同定された。実施例4:正常組織および患者標本における109P1D4の発現分析RT-PCRおよびノーザン分析による発現分析は、図2の遺伝子の正常な組織の発現が、表1に示される組織に対して優勢に制限されることを示した。図2の遺伝子の治療適用は、低分子治療および/またはワクチンT細胞もしくは抗体標的としての使用を含む。図2の遺伝子の診断適用は、局所的疾患および/または転移性弛緩のための診断マーカーとしての使用を含む。正常な組織における図2の遺伝子の制限された発現は、それを診断および治療のための腫瘍標的として有用にする。図2の遺伝子の発現分析は、進行した状態の疾患、進行速度および/または腫瘍の病原力に対する感受性を予測するための有用な情報を提供する。患者サンプル、組織アレイおよび/または細胞株における図2の遺伝子の発現状態を、以下:i免疫組織化学分析;iiインサイチュハイブリダイゼーション;iiiレーザーキャプチャーで微小切除したサンプル上でのRT-PCR分析;ivウエスタンブロット分析;およびvノーザン分析によって分析し得る。正常な泌尿器系組織および癌性の泌尿器系組織の選択において遺伝子発現を評価するために、RT-PCR分析およびノーザンブロッティングを用いた。その結果を図15~19に要約する。図14は、リンパ腫癌患者の試料における109P1D4の発現を示す。RNAを末梢血リンパ球、正常な個体から単離した臍帯血、およびリンパ腫患者癌試料から抽出した。10μgの総RNAを用いたノーザンブロットを109P1D4配列でプローブした。キロベース単位のサイズ標準物を横に配置する。結果は、リンパ腫患者試料において109P1D4の発現を示したが、試験した正常な血球では示さなかった。図15は、RT-PCRによる109P1D4の発現を示す。第1の鎖cDNAを、生体プール1肝臓、肺および腎臓、生体プール2膵臓、結腸および胃、前立腺癌のプール、膀胱癌のプール、腎臓癌のプール、結腸癌のプール、肺癌のプール、卵巣癌のプール、乳癌のプール、癌転移のプール、ならびに膵臓癌のプールから調製した。正規化をアクチンおよびGAPDHに対するプライマーを使用するPCRによって、実施した。109P1D4に対するプライマーを使用する半定量的PCRを、30サイクルの増幅で行った。結果は、試験した全ての癌のプールにおいて109P1D4の強い発現を示す。非常に低い発現を、生体プールにおいて検出した。図16は、正常組織における109P1D4の発現を示す。共に1レーンあたり2μgのmRNAを用いる二つの複数組織ノーザンブロットClontechを、109P1D4のSSHのフラグメントを用いてプロービングした。キロベースkbのサイズ標準物を横に示す。結果は、卵巣における約10kbの109P1D4転写物の発現を示す。胎盤および脳においてもまた、弱い発現が検出されたが、試験した他の正常な組織では、検出されなかった。図17は、ヒト癌細胞株における109P1D4の発現を示す。RNAを多数のヒト前立腺癌細胞株および骨癌細胞株から抽出した。レーンあたり10μgの総RNAを用いたノーザンブロットを、109P1D4SShフラグメントでプロービングした。キロベースkb単位のサイズ標準物を横に示す。結果は、LAPC-9AD前立腺細胞株、LAPC-9AI前立腺細胞株、、LNCaP前立腺細胞株、および骨癌細胞株SK-ES-1およびRD-ESにおける109P1D4の発現を示す。正常組織における109P1D4の広範な発現を、図18Aに示す。ヒト組織由来の76の異なるサンプルをを含むcDNAドットブロットを、109P1D4SSHプローブを用いて分析した。発現は、試験した全ての組織の内で、脳、胎盤、卵巣および胎児脳の複数の領域にのみ検出された。図18Bは、患者の癌試料における109P1D4の発現を示す。109P1D4の発現を、RNAドットブロット上で、ヒト癌のパネルTおよびそれらそれぞれに適合する正常な組織のパネルNでアッセイした。正常な組織と比較してアップレギュレートした腫瘍における109P1D4の発現を、子宮、肺および胃において観察した。正常な隣接する組織疾患組織から単離したにおいては検出されたが、正常な組織健常なドナーから単離されたにおいては検出されなかった発現は、これらの組織が十分に正常であはなく、109P1D4が、初期段階の腫瘍において発現され得ることを示唆し得る。図19は、肺癌患者試料における109P1D4発現を示す。RNAを、正常な肺、前立腺癌異種移植片LAPC-9AD、骨癌細胞株RD-ESおよび肺癌患者腫瘍から抽出した。10μgの総RNAを用いたノーザンブロットを、109P1D4でプロービングした。キロベースkb単位のサイズ標準物を横に示す。結果は、肺腫瘍組織およびRD-ES細胞株における109P1D4の強い発現を示したが、正常な肺では、発現を示さない。109P1D4の正常な組織における制限された発現および癌患者試料において検出された発現は、109P1D4が、潜在的な治療標的およびヒト癌に対する診断マーカーであることを示唆している。実施例5:109P1D4のスプライス改変体転写改変体は、選択的転写または選択的スプライシングにより生じる同一遺伝子からの成熟mRNAの改変体である。選択的転写産物は、同一遺伝子からの転写産物であるが、異なる点で転写を開始する。スプライシング改変体は、同一転写産物から差示的にスプライシングされたmRNA改変体である。真核生物において、複数のエキソンを有する遺伝子multi-exongeneが、ゲノムDNAから転写される場合、最初のRNAがスプライシングされて、エキソンのみを有しかつアミノ酸配列への翻訳に使用される機能的mRNAを産生する。従って、所定の遺伝子は、0個~多くの選択的転写産物を有し得、そして各転写産物は、0個~多くのスプライシング改変体を有し得る。各転写改変体は、独特のエキソン構成makeupを有し、そしてオリジナルの転写産物由来の異なるコード部分および/または非コード部分5’末端または3’末端を有し得る。転写改変体は、同一または同様の機能を有する同様または異なるタンパク質をコードしても、異なる機能を有するタンパク質をコードしてもよく、そして同一の時点で同一組織に発現しても、同一の時点で異なる組織に発現しても、異なる時点で同一の組織に発現しても、異なる時点で異なる組織に発現してもよい。転写改変体によりコードされるタンパク質は、同様または異なる細胞内局在または細胞外局在例えば、分泌型対細胞内を有し得る。転写改変体は、当該分野において受容された種々の方法によって同定される。例えば、選択的転写産物およびスプライシング改変体は、全長クローニング実験によって、または全長転写産物およびEST配列の使用によって、同定される。第1に、全てのヒトESTを、互いと直接的または間接的に同一性を示すクラスターにグループ化した。第2に、同一クラスター中のESTをさらに、サブクラスターにグループ化し、そしてコンセンサス配列に集合させた。オリジナルの遺伝子配列を、コンセンサス配列または他の全長配列と比較する。各コンセンサス配列は、その遺伝子についての潜在的なスプライシング改変体である。全長クローンではない改変体が同定された場合でさえ、その改変体のその部分は、当該分野において公知の技術を使用する抗原生成および全長スプライシング改変体のさらなるクローニングに非常に有用である。さらに、ゲノム配列に基づいて転写改変体を同定するコンピュータープログラムが当該分野において利用可能である。ゲノムベースの転写改変体同定プログラムとしては、FgenesHA.SalamovおよびV.Solovyev,AbinitiogenefindinginDrosophilagenomicDNA,GenomeResearch.2000April;104:516-22;GrailURLcompbio.oml.gov/Grail-bin/EmptyGrailFormおよびGenScanURLgenes.mit.edu/GENSCAN.htmlが挙げられる。スプライシング改変体同定プロトコルの一般的議論については、例えば、以下を参照のこと:Southan,C.,Agenomicperspectiveonhumanproteases,FEBSLett.2001Jun8;4982-3:214-8;deSouza,S.J.ら,Identificationofhumanchromosome22transcribedsequenceswithORFexpressedsequencetags,Proc.NatlAcadSciUSA.2000Nov7;9723:12690-3。転写改変体のパラメーターをさらに確認するために、種々の技術例えば、全長クローニング、プロテオーム確認proteomicvalidation、PCRベースの確認、および5’RACE確認などが当該分野において利用可能である例えば、プロテオーム確認:Brennan,S.O.ら,Albuminbankspeninsula:anewterminationvariantcharacterizedbyelectrospraymassspectrometry,BiochemBiophysActa.1999Aug17;14331-2:321-6;FerrantiPら,Differentialsplicingofpre-messengerRNAproducesmultipleformsofmaturecaprinealphas1-casein,EurJBiochem.1997Oct1;2491:1~7を、PCRベースの確認については:WellmannSら,Specificreversetranscription-PCRquantificationofvascularendothelialgrowthfactorVEGFsplicevariantsbyLightCyclertechnology,ClinChem.2001Apr;474:654-60;Jia,H.P.ら,Discoveryofnewhumanbeta-defensinsusingagenomics-basedapproach,Gene.2001Jan24;2631-2:211~8を、PCRベースの確認および5’RACE確認については:Brigle,K.E.ら,Organizationofthemurinereducedfolatecarriergeneandidentificationofvariantspliceforms,BiochemBiophysActa.1997Aug7;13532:191-8を参照のこと。ゲノム領域が癌において調節されることは、当該分野において公知である。遺伝子がマッピングされるゲノム領域が特定の癌において調節される場合、その遺伝子の選択的な転写産物またはスプライシング改変体もまた調節される。109P1D4は癌に関連する特定の発現プロフィールを有するということが、本明細書中に開示される。109P1D4の選択的な転写産物およびスプライシング改変体はまた、同一または異なる組織における癌に関与し得、従って腫瘍関連マーカー/抗原として役立つ。全長遺伝子およびEST配列を用いて、8つの転写改変体を同定し、109P14Dv.2、v.3、v.4、v.5、v.6、v.7、v.8およびv.9と表した。元の転写物中のエキソンの境界である109P1D4v.1を表LIに示した。1091D4v.1と比較して、転写改変体109P1D4v.3は、改変体109P1D4v.1から2069~2395がスプライシングされている。109P1D4v.5は、1つのエキソンが改変体109P1D4v.1の5’に付加し、109P1D4v.1の5’末端へ2bp伸長し、そして109P1D4v.1の3’末端へ288bp伸長した。理論上は、空間的規則におけるエキソンの各々異なる組み合わせ例えば、v.5のエキソン1とv.3もしくはv.4のエキソン1およびエキソン2は、潜在的なスプライス改変体である。表LIIからLVは、個別の改変体を基に示す。表LIIa~hは、上記転写改変体のヌクレオチド配列を示す。表LIIIa~hは、上記転写改変体と109P1D4v.1の核酸配列とのアラインメントを示す。表LIVa~hは、上記転写改変体の同定されたリーディングフレーム方向についてのアミノ酸翻訳を示す。表LVa~hは、上記スプライス改変体によってコードされるアミノ酸配列と109P1D4v.1のアミノ酸配列とのアラインメントを示す。実施例6:109P1D4の単一ヌクレオチド多型単一ヌクレオチド多型SNPは、ヌクレオチド配列中の任意の所定の位置での単一塩基対改変である。ゲノムの特定の点で、可能性のある4つのヌクレオチド塩基対A/T、C/G、G/CおよびT/Aが存在する。遺伝子型とは、個体のゲノム中の1つ以上の位置の特定の塩基対配列をいう。ハプロタイプとは、しばしば、1つの遺伝子の文脈またはいくつかの密接に連結する遺伝子の文脈で、同一のDNA分子または高等生物における同一の染色体上の1つより多い位置の塩基対配列をいう。cDNA上に生じるSNPは、cSNPと呼ばれる。これらのcSNPは、その遺伝子によってコードされるタンパク質のアミノ酸を変化し得、従ってそのタンパク質の機能を変化し得る。いくつかのSNPは、遺伝的疾患を生じ、他は、個体間の表現型および環境因子食餌および薬物を含むに対する応答における定量的バリエーションに寄与する。従って、SNPおよび/または対立遺伝子の組合わせハプロタイプと呼ばれるは、多くの適用遺伝的疾患の診断、薬物反応および投薬量の決定、疾患の原因である遺伝子の同定、および個体間での遺伝的関係の分析を含むを有するP.Nowotny,J.M.KwonおよびA.M.Goate,SNPanalysistodissecthumantraitsCurr.Opin.Neurobiol.2001Oct;115:637-641;M.PirmohamedおよびB.K.Park,GeneticsusceptibilitytoadversedrugreactionsTrendsPharmacol.Sci.2001Jun;226:298-305;J.H.Riley,C.J.Allan,E.LaiおよびA.Roses,TheuseofsinglenucleotidepolymorphismsintheisolationofcommondiseasegenesPharmacogenomics.2000Feb;11:39-47;R.Judson,J.C.StephensおよびA.Windemuth,ThepredictivepowerofhaplotypesinclinicalresponsePharmacogenomics.2000feb;11:15-26。SNPは、種々の当該分野で利用可能な方法によって同定されるP.Bean,ThepromisingvoyageofSNPtargetdiscovery、Am.Clin.Lab.2001年10-11月;209:18-20;K.M.Weiss,Insearchofhumanvariation、GenomeRes.1998年7月;87:691-697;M.M.She,Enablinglarge-scalepharmacogeneticstudiesbyhigh-throughputmutationdetectionandgenotypingtechnologies、Clin.Chem.2001年2月;472:164-172。例えば、SNPは、多型を示すDNAフラグメント例えば、制限酵素断片長多型を、ゲルベースの方法および変性勾配ゲル電気泳動DGGEによって配列決定することによって同定され得る。SNPはまた、様々な個体からプールされたDNAサンプルの直接配列決定によって、または様々なDNAサンプルに由来する配列を比較することによって発見され得る。公的データベースおよび私的データベースへの配列データの急速な蓄積に伴い、コンピュータープログラムを使用して配列を比較することによってSNPを発見し得るZ.Gu,L.HillierおよびP.Y.Kwok,Singlenucleotidepolymorphismhuntingincyberspace、Hum.Mutat.1998;124:221-225。種々の方法直接配列決定およびハイスループットマイクロアレイが挙げられるによって、SNPが確認され得、個体の遺伝子型およびハプロタイプが決定され得るP.Y.Kwok,Methodsforgenotypingsiglenucleotidepolymorphisms、Annu,Rev.GenomicsHum.Genet.2001;2:235-258;M.Kokoris,K.Dix,K.Moynihan,J.Mathis,B.Erwin,P.Grass,B.HinesおよびA.Duesterhoeft,High-throughputSNPgenotypingwiththeMasscodesystem、Mol.Diagn.2000年12月;54:329-340。上記の方法を使用して、SNPを元の転写物である109P1D4v.1、およびその改変体において同定した図2Jおよび図2Kを参照のこと。そのSNPの対立遺伝子は、ここでは別々に示されるが、様々な組み合わせハプロタイプおよびSNP部位を含む転写改変体のいずれか1つ例えば、109P1D4v.4またはv.5において生じ得る。転写改変体v.4およびv.5は、これらのSNPを改変体v.3と共有されるエキソン中に含み、転写改変体v.9は、改変体v.6で生じたすべてのSNPを含んでいた図10を参照のこと。実施例7:原核生物系における組換え109P1D4の産生原核生物細胞において組換え109P1D4および109P1D4改変体を発現させるために、全長または部分長の109P1D4cDNA配列および109P1D4改変体cDNA配列を、当該分野において公知の種々の発現ベクターのいずれか1つにクローニングする。109P1D4改変体に関する以下の領域の1つ以上が発現される:図2および3に示される全長配列、あるいは109P1D4、その改変体もしくはアナログ由来の任意の8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、またはそれより多く連続するアミノ酸。A.インビトロ転写構築物およびインビトロ翻訳構築物pCRII:RNAインサイチュ研究のための109P1D4センスRNAプローブおよび109P1D4アンチセンスRNAプローブを作製するために、pCRII構築物Invitrogen,CarlsbadCAを作製するこれは、109P1D4cDNAの全体またはフラグメントのいずれかをコードする。pCRIIベクターは、RNAインサイチュハイブリダイゼーション実験におけるプローブとして使用するための109P1D4RNAの転写を駆動するために、挿入物に隣接するSp6プロモーターおよびT7プロモーターを有する。これらのプローブは、RNAレベルでの109P1D4の細胞発現および組織発現を分析するために用いられる。109P1D4遺伝子のcDNAアミノ酸コード領域を表す、転写された109P1D4RNAを、109P1D4タンパク質を合成するためにTnTTMCoupledReticulolysateSystemPromega,Corp.,Madison,WIのようなインビトロで翻訳系において用いる。B.細菌構築物pGEX構築物:細菌において組換え109P1D4タンパク質これは、グルタチオンS-トランスフェラーゼGSTタンパク質に融合されるを産生するために、109P1D4cDNAもしくは改変体の全てまたは一部を、pGEXファミリーのGST-融合ベクターAmershamPharmaciaBiotech,Piscataway,NJ中にクローニングする。これらの構築物は、アミノ末端で融合したGSTおよびカルボキシル末端の6つのヒスチジンエピトープ6×Hisを有する組換え109P1D4タンパク質配列の制御された発現を可能にする。このGSTおよび6×Hisタグは、適切なアフィニティーマトリクスを用いる、誘導された細菌からのその組換え融合タンパク質の精製を可能にし、そして抗GST抗体および抗His抗体を用いるその融合タンパク質の認識を可能にする。6×Hisタグは、例えば、オープンリーディングフレームORFの3’末端のクローニングプライマーへ6つのヒスチジンコドンを付加することにより作製される。タンパク質切断部位例えば、pGEX-6P-1中のPreScissionTM認識部位を、109P1D4関連タンパク質からのGSTタグの切断を可能にするように使用し得る。アンピシリン耐性遺伝子およびpBR322起点は、E.coli中でのpGEXプラスミドの選択および維持を可能にする。pMAL構築物:細菌において、マルトース結合タンパク質MBPに融合される組換え109P1D4タンパク質を産生するために、109P1D4cDNAタンパク質コード配列の全てまたは一部は、pMAL-c2XベクターおよびpMAL-p2XベクターNewEnglandBiolabs,Beverly,MAへとクローニングすることによりMBP遺伝子に融合される。これらの構築物は、アミノ末端で融合したMBPおよびカルボキシル末端の6×Hisエピトープタグを有する組換え109P1D4タンパク質配列の制御された発現を可能にする。このMBPおよび6×Hisタグは、適切なアフィニティーマトリクスを用いる、誘導された細菌からのその組換え融合タンパク質の精製を可能にし、そして抗MBP抗体および抗His抗体を用いるその融合タンパク質の認識を可能にする。6×Hisエピトープタグは、3’クローニングプライマーへの6つのヒスチジンコドンの付加により作製される。Xa因子認識部位は、109P1D4からのpMALタグの切断を可能にする。pMAL-c2XベクターおよびpMAL-p2Xベクターは、それぞれ、細胞質または周辺質において組換えタンパク質を発現するように最適化される。ペリプラズム発現は、ジスルフィド結合を含むタンパク質のフォールディングを増大させる。1つの実施形態において、109P1D4改変体1のアミノ酸24~419を、pMAL-c2Xベクターにクローン化し、上記融合タンパク質を発現するために使用した。pET構築物:細菌細胞において109P1D4を発現させるために、109P1D4cDNAタンパク質コード配列の全てまたは一部は、pETファミリーのベクターNovagen,Madison,WIへとクローニングされる。これらのベクターは、可溶性を増大させるタンパク質例えば、NusAおよびチオレドキシンTrx、および組換えタンパク質の精製および検出を補助するエピトープタグ例えば、6×HisおよびS-TagTMへの融合を用いておよび用いずに、細菌における組換え109P1D4タンパク質の緊密に制御された発現を可能にする。例えば、構築物を、pETNusA融合系43.1を利用して作製して、その結果、109P1D4タンパク質の領域が、NusAへのアミノ末端融合物として発現される。2つの実施形態において、アミノ酸24~419および24~815を、pET43.1ベクターにクローン化し、上記融合タンパク質を発現するために使用した。C.酵母構築物pESC構築物:組換えタンパク質の作製および機能の研究のために、酵母種Saccharomycescerevisiaeにおいて109P1D4を発現させるために、109P1D4cDNAタンパク質コード配列の全てまたは一部を、pESCファミリーのベクターこれらの各々は、HIS3、TRP1、LEU2、およびURA3という4つの選択マーカーの内1つを含むStratagene,LaJolla,CA中にクローニングする。これらのベクターは同じプラスミドからの、同じ酵母細胞中にFlagTMまたはMycエピトープタグのいずれかを含む2つまでの異なる遺伝子またはクローニングされた配列の、制御された発現を可能にする。この系は、109P1D4のタンパク質-タンパク質相互作用を確認するために有用である。さらに、酵母における発現は、真核生物細胞において発現される場合に見出される類似した翻訳後修飾例えば、グリコシル化およびリン酸化を生じる。pESP構築物:酵母種Saccharomycespombeにおいて109P1D4を発現させるために、109P1D4cDNAタンパク質コード配列の全てまたは一部を、pESPファミリーのベクターにクローニングする。これらのベクターは、アミノ末端またはカルボキシル末端のいずれかにおいて、組換えタンパク質の精製を補助するGSTへ融合される、109P1D4タンパク質配列の制御された高レベル発現を可能にする。FlagTMエピトープタグは、抗FlagTM抗体を用いる組換えタンパク質の検出を可能にする。実施例8:高等真核生物系における組換え109P1D4の産生A.哺乳動物構築物真核生物細胞において組換え109P1D4を発現させるために、109P1D4cDNA配列の全長または部分長を、当該分野で公知の種々の発現ベクターのいずれか1つの中にクローニングし得る。109P1D4の以下の領域の1つ以上が、これらの構築物において発現される:109P1D4v.1に由来するアミノ酸1~1021;または任意の8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個以上の連続するアミノ酸;109P1D4v.2に由来するアミノ酸1~1054、109P1D4v.3に由来するアミノ酸1~1347、109P1D4v.4に由来するアミノ酸1~1337、109P1D4v.5に由来するアミノ酸1~1310、109P1D4v.6に由来するアミノ酸1~1037、109P1D4v.7に由来するアミノ酸1~1048、および109P1D4v.8に由来するアミノ酸1~1340;あるいは109P1D4改変体、またはそのアナログ由来の任意の8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個以上の連続するアミノ酸。これらの構築物を、293T細胞のような広範な種々の哺乳動物細胞のいずれか1つの中にトランスフェクトし得る。トランスフェクトされた293T細胞溶解物を、本明細書中に記載される抗109P1D4ポリクローナル血清を用いてプロービングし得る。pcDNA4/HisMax構築物:哺乳動物細胞において109P1D4を発現させるために、109P1D4の、109P1D4ORFまたはその一部を、pcDNA4/HisMaxVersionAInvitrogen,Carlsbad,CA中にクローニングする。タンパク質発現は、サイトメガロウイルスCMVプロモーターおよびSP16翻訳エンハンサーから駆動される。この組換えタンパク質は、そのアミノ末端に融合されたXpressTMおよび6×Hisエピトープを有する。pcDNA4/HisMaxベクターはまた、ラージT抗原を発現する細胞株におけるエピソーム複製および単純なベクターレスキューのためのSV40起点と共に、mRNA安定性を増大するための、ウシ成長ホルモンBGHポリアデニル化シグナルおよび転写終結配列を含む。ゼオシン耐性遺伝子は、そのタンパク質を発現する哺乳動物細胞の選択を可能にし、そしてアンピシリン耐性遺伝子およびColE1起点は、E.coliにおけるそのプラスミドの選択および維持を可能にする。pcDNA3.1/MycHis構築物:哺乳動物細胞において109P1D4を発現させるために、コンセンサスKozak翻訳開始部位を有する109P1D4の、109P1D4ORFまたはその一部を、pcDNA3.1/MycHisVersionAInvitrogen,Carlsbad,CA中にクローニングした。タンパク質発現は、サイトメガロウイルスCMVプロモーターから駆動される。この組換えタンパク質は、そのカルボキシル末端に融合されたmycエピトープおよび6×Hisエピトープを有する。pcDNA3.1/MycHisベクターはまた、ラージT抗原を発現する細胞株におけるエピソーム複製および単純なベクターレスキューのためのSV40起点と共に、mRNA安定性を増大するための、ウシ成長ホルモンBGHポリアデニル化シグナルおよび転写終結配列を含む。ネオマイシン耐性遺伝子を用い得る。なぜならば、ネオマイシン耐性遺伝子は、そのタンパク質を発現する哺乳動物細胞の選択を可能にし、そしてアンピシリン耐性遺伝子およびColE1起点は、E.coliにおけるそのプラスミドの選択および維持を可能にするからである。109P1D4v.1の完全なORFを、pcDNA3.1/MycHis構築物にクローン化して、109P1D4.pcDNA3.1/MycHisを生成した。pcDNA3.1/CT-GFP-TOPO構築物:哺乳動物細胞において109P1D4を発現させるために、そして蛍光を用いるその組換えタンパク質の検出を可能にするために、コンセンサスKozak翻訳開始部位を有する109P1D4のORF、またはその一部を、pcDNA3.1/CT-GFP-TOPOInvitrogen,CAへクローニングする。タンパク質発現は、サイトメガロウイルスCMVプロモーターから駆動される。組換えタンパク質は、非侵襲的なインビボでの検出および細胞生物学研究を容易にする、カルボキシル末端に融合された緑色蛍光タンパク質GFPを有する。pcDNA3.1/CT-GFP-TOPOベクターはまた、ラージT抗原を発現する細胞株におけるエピソーム複製および単純なベクターレスキューのためのSV40起点と共に、mRNA安定性を増大するための、ウシ成長ホルモンBGHポリアデニル化シグナルおよび転写終結配列を含む。ネオマイシン耐性遺伝子は、そのタンパク質を発現する哺乳動物細胞の選択を可能にし、そしてアンピシリン耐性遺伝子およびColE1起源は、E.coliにおけるそのプラスミドの選択および維持を可能にする。アミノ末端GFP融合物を有するさらなる構築物を、109P1D4タンパク質の全体の長さにわたってpcDNA3.1/NT-GFP-TOPO中に作製する。PAPtag:109P1D4ORFまたはその一部を、pAPtag-5GenHunterCorp.Nashville,TNへクローニングする。この構築物は、109P1D4タンパク質のカルボキシル末端でのアルカリホスファターゼ融合物これは、一方で、アミノ末端にIgGκシグナル配列を融合しているを生成する。アミノ末端IgGκシグナル配列を有するアルカリホスファターゼが109P1D4タンパク質のアミノ末端に融合されている構築物もまた作製する。得られた組換え109P1D4タンパク質を、トランスフェクトされた哺乳動物細胞の培地への分泌のために最適化し、そしてそれを使用して109P1D4タンパク質と相互作用するリガンドまたはレセプターのようなタンパク質を同定し得る。タンパク質発現は、CMVプロモーターから駆動され、そして組換えタンパク質はまた、検出および精製を容易にするカルボキシル末端で融合されたmycおよび6×Hisエピトープを含む。ベクター中に存在するゼオシン耐性遺伝子は、その組換えタンパク質を発現する哺乳動物細胞の選択を可能にし、そしてアンピシリン耐性遺伝子は、E.coli中のそのプラスミドの選択を可能にする。pTag5:109P1D4ORFまたはその一部を、pTag-5中にクローニングした。このベクターは、pAPtagに類似するが、アルカリホスファターゼ融合物を含まない。この構築物は、アミノ末端IgGκシグナル配列、ならびに検出およびアフィニティー精製を容易にするカルボキシル末端のmycおよび6×Hisエピトープタグを有する、109P1D4タンパク質を産生する。得られた組換え109P1D4タンパク質を、トランスフェクトした哺乳動物細胞の培地への分泌のために最適化した。そしてそれを免疫原またはリガンドとして使用して、109P1D4タンパク質と相互作用するリガンドまたはレセプターのようなタンパク質を同定する。タンパク質発現は、CMVプロモーターから駆動される。ベクター中に存在するゼオシン耐性遺伝子は、そのタンパク質を発現する哺乳動物細胞の選択を可能にし、そしてアンピシリン耐性遺伝子は、E.coli中のそのプラスミドの選択を可能にする。PsecFc:109P1D4ORFまたはその一部をまた、psecFc中にクローニングする。このpsecFcベクターを、ヒト免疫グロブリンG1IgGFcヒンジ領域、CH2領域、CH3領域をpSecTag2Invitrogen,California中にクローニングすることにより、アセンブリした。この構築物は、109P1D4タンパク質のカルボキシル末端のIgG1Fc融合物を生成し、同時にN-末端にIgGKシグナル配列を融合する。マウスIgG1Fc領域を利用する109P1D4融合物もまた、使用される。得られた組換え109P1D4タンパク質を、トランスフェクトした哺乳動物細胞の培地へ分泌のために最適化し、そして免疫原としてか、または109P1D4タンパク質と相互作用するリガンドまたはレセプターのようなタンパク質を同定するために、用い得る。タンパク質発現は、CMVプロモーターから駆動される。ベクター中に存在するハイグロマイシン耐性遺伝子は、組換えタンパク質を発現する哺乳動物細胞の選択を可能にし、そしてアンピシリン耐性遺伝子は、E.coli中のプラスミドの選択を可能にする。pSRα構築物:109P1D4を構成的に発現する哺乳動物細胞株を、作製するために、109P1D4の109P1D4ORFまたはその一部を、pSRα構築物中にクローニングした。両栄養性レトロウイルスおよび環境栄養性レトロウイルスを、それぞれ、293T-10A1パッケージング株中へのpSRα構築物のトランスフェクション、またはpSRαおよびヘルパープラスミド欠失したパッケージング配列を含むの293細胞中への共トランスフェクションにより、作製した。このレトロウイルスを用いて、種々の哺乳動物細胞株に感染させ、クローニングされた遺伝子である109P1D4の宿主細胞株への組みこみを生じさせる。タンパク質発現は、長末端反復配列LTRから駆動される。ベクター中に存在するネオマイシン耐性遺伝子は、タンパク質を発現する哺乳動物細胞の選択を可能にし、そしてアンピシリン耐性遺伝子およびColE1起点は、E.coli中のプラスミドの選択および維持を可能にする。その後、このレトロウイルスベクターを、例えば、PC3細胞、NIH3T3細胞、TsuPr1細胞、293細胞またはrat-1細胞のような種々の細胞株の感染および産生のために用いた。さらなるpSRα構築物を作製した。これらは、FLAGTMタグのようなエピトープタグを109P1D4配列のカルボキシル末端に融合しており、抗Flag抗体を使用する検出を可能とする。例えば、FLAGTM配列の5’gattacaaggatgacgacgataag3’配列番号45を、ORFの3’末端のクローニングプライマーに加える。さらなるpSRα構築物を作製し、全長109P1D4のアミノ末端のGFP融合タンパク質ならびにカルボキシル末端のGFPおよびmyc/6×His融合タンパク質の両者を産生する。さらなるウイルスベクター:さらなる構築物を、ウイルス媒介送達および109P1D4の発現のために作製する。109P1D4の高レベル発現につながる高ウイルス力価は、アデノウイルスベクターおよびヘルペスアンプリコンベクターのようなウイルス送達系において達成される。109P1D4コード配列またはそのフラグメントは、PCRにより増幅され、そしてAdEasyシャトルベクターStratageneへとサブクローニングされる。組換えおよびウイルスパッケージングを、アデノウイルスベクターを作製するための製造業者の指示書に従って実施する。あるいは、109P1D4コード配列またはそのフラグメントを、HSV-IベクターImgenexへとクローニングして、ヘルペスウイルスベクターを作製する。その後、このウイルスベクターを、PC3細胞、NIH3T3細胞、293細胞またはrat-1細胞のような種々の細胞株の感染のために用いる。調節された発現系:哺乳動物細胞における109P1D4の発現を制御するために、109P1D4のコード配列またはその一部を、T-RexSystemInvitrogen、GeneSwitchSystemInvitrogen、およびtightly-regulatedEcdysoneSystemStratageneのような調節された哺乳動物発現系中にクローニングする。これらの系は、組換え109P1D4の時間依存的効果および濃度依存的効果の研究を可能にする。その後、これらのベクターは、PC3細胞、NIH3T3細胞、293細胞、またはrat-1細胞のような種々の細胞株における109P1D4の発現を制御するために用いられる。B.バキュロウイルス発現系バキュロウイルス発現系において組換え109P1D4タンパク質を産生するために、109P1D4ORF、またはその一部を、バキュロウイルス移入ベクターであるpBlueBac4.5Invitrogenこれは、N末端にHisタグを提供する中にクローニングする。具体的には、pBlueBac-109P1D4は、ヘルパープラスミドpBac-N-BlueInvitrogenとともに、SF9Spodopterafrugiperda昆虫細胞へと共トランスフェクトされて、組換えバキュロウイルスを作製する詳細については、Invitrogenの指示マニュアルを参照のこと。次いで、バキュロウイルスを、細胞上清から収集し、そしてプラークアッセイにより精製する。次いで、組換え109P1D4タンパク質を、精製したバキュロウイルスを用いるHighFive昆虫細胞Invitrogenの感染により、作製する。組換え109P1D4タンパク質を、抗109P1D4抗体または抗Hisタグ抗体を用いて検出し得る。109P1D4タンパク質を、精製し、そして種々の細胞ベースのアッセイにおいて、または109P1D4に特異的なポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を作製するための免疫原として、用い得る。実施例9抗原性プロフィールおよび二次構造図5A~I、図6A~I、図7A~I、図8A~I、および図9A~Iは、109P1D4改変体1~9の5つのアミノ酸プロフィール各評価は、ExPasy分子生物学サーバのProtScaleウェブサイト.expasy.ch/cgi-bin/protscale.plにあるワールドワイドウェブに位置するにアクセスすることにより利用可能な評価であるを図示する。これらのプロフィール:図5、親水性、HoppT.P.,WoodsK.R.,1981.Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.78:3824-3828;図6、ヒドロパシー、KyteJ.,DoolittleR.F.,1982.J.Mol.Biol.157:105-132;図7、接触可能残基の、JaninJ.,1979Nature277:491-492;図8、平均可撓性、BhaskaranR.,およびPonnuswamyP.K.1988.Int.J.Pept.ProteinRes.32:242-255;図9、βターンDeleage,G.,RouxB.1987ProteinEngineering1:289-294;および、必要に応じて、例えば、ProtScaleウェブサイトにあるような、当該分野で利用可能な他のプロフィールを用いて、109P1D4タンパク質の抗原性領域を同定した。109P1D4の上記のアミノ酸プロフィールの各々を、分析のために以下のProtScaleパラメーターを用いて作製した:1ウィンドウサイズ9;2ウィンドウセンターと比較したウィンドウエッジの100ウェイト;および30と1との間にあるように正規化されたアミノ酸プロフィール値。親水性プロフィール図5、ヒドロパシープロフィール図6および接触可能残基ののプロフィール図7を使用して、疎水性アミノ酸すなわち、ヒドロパシープロフィールおよび接触可能残基ののプロフィールにて値が0.5より大きく、ヒドロパシープロフィールにて値が0.5より小さいのストレッチを決定した。そのような領域は、水性環境に曝される可能性があり、タンパク質表面上に存在する可能性があり、したがって、例えば、抗体による免疫認識に利用可能である。平均可撓性プロフィール図8およびβターンプロフィール図9は、二次構造例えば、βシートおよびαヘリックスに拘束されていないアミノ酸すなわち、βターンプロフィールおよび平均可撓性プロフィールにて値が0.5より大きいのストレッチを決定する。そのような領域はまた、そのタンパク質上に露出した部分である可能性が高く、従って、例えば、抗体による免疫認識に利用可能である。例えば、図5、図6、図7、図8、および/または図9に示されるプロフィールにより示される、109P1D4改変体タンパク質の抗原性配列を使用して、免疫原ペプチド、またはそのペプチドをコードする核酸のいずれかを調製して、治療用および診断用の抗109P1D4抗体を生成する。その免疫原は、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、30個、35個、40個、45個、50個、または50個より長く連続する、図2および図3に列挙した109P1D4タンパク質改変体由来の任意のアミノ酸、またはそれをコードする対応核酸であり得る。特に、本発明のペプチド免疫原は、以下を含み得る:図5の親水性プロフィールにおいて0.5を超える値を有するアミノ酸位置を含む、任意の整数の増分における図2および図3の少なくとも5個のアミノ酸のペプチド領域;図6のヒドロパシープロフィールにおいて0.5未満の値を有するアミノ酸位置を含む、任意の整数の増分における図2および図3の少なくとも5個のアミノ酸のペプチド領域;図7の接触可能残基ののプロフィールにおいて0.5を超える値を有するアミノ酸位置を含む、任意の整数の増分における図2および図3の少なくとも5個のアミノ酸のペプチド領域;図8の平均可撓性プロフィールにおいて0.5を超える値を有するアミノ酸位置を含む、任意の整数の増分における図2および図3の少なくとも5個のアミノ酸のペプチド領域;および図9のβ-ターンプロフィールにおいて0.5を超える値を有するアミノ酸位置を含む、任意の整数の増分における図2および図3の少なくとも5個のアミノ酸のペプチド領域。本発明のペプチド免疫原はまた、上記のいずれかをコードする核酸を含み得る。本発明の免疫原、ペプチド、または核酸はすべて、ヒト単位用量形態で実施され得るか、またはヒトの生理に適合する薬学的賦形剤を含む組成物により含有され得る。109P1D4の改変体1の二次構造すなわち、αヘリックス、伸長鎖、およびランダムコイルの推定される存在および位置は、HNN-HierarchicalNeuralNetwork法Guermeur,1997,http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.plpage=npsa_nn.htmlExPasy分子生物学サーバhttp://www.expasy.ch/tools/からアクセスされるを使用して、個々の一次アミノ酸配列から推定される。この分析は、タンパク質改変体1~9について、それぞれ13A~13Iに示される。αヘリックス、伸長鎖、およびランダムコイルからなる各々の改変体についての構造のパーセントもまた示される。109P1D4改変体中の膜貫通ドメインの存在可能性についての分析を、ExPasy分子生物学サーバhttp://www.expasy.ch/tools/からアクセスされる種々の膜貫通推定アルゴリズムを使用して実行した。TMpredプログラム上部パネルおよびTMHMMプログラム下部パネルを用いる、109P1D4タンパク質改変体1~9の分析結果は、それぞれ図13J~Rにグラフで示される。他の構造予測プログラムを用いる改変体の分析は、表VIおよび表Lに要約される。実施例10:109P1D4ポリクローナル抗体の生成ポリクローナル抗体を、例えば、免疫因子および所望される場合はアジュバントの1回以上の注射によって、哺乳動物において惹起し得る。代表的には、その免疫因子および/またはアジュバントを、複数回の皮下注射または腹腔内注射によって、その哺乳動物中に注射する。全長109P1D4タンパク質で免疫することに加えて、アミノ酸配列分析に基づいて、抗原性でありかつ免疫される宿主の免疫系による認識に利用可能である特性を備える免疫原の設計において、コンピューターアルゴリズムが使用される抗原性プロファイルおよび二次構造と題する実施例を参照のこと。そのような領域は、親水性であり、可撓性であり、β-ターン立体構造の状態であり、そしてそのタンパク質の表面上に露出されていると推定される例えば、109P1D4およびその改変体のそのような領域を示すアミノ酸プロファイルについて、図5、図6、図7、図8、または図9を参照のこと。例えば、109P1D4改変体タンパク質の親水性、可撓性、β-ターン領域を含む、109P1D4細菌組換え融合タンパク質または109P1D4細菌組換え融合ペプチドを、NewZealand白色ウサギにおいてポリクローナル抗体または実施例において109P1D4モノクローナル抗体mAbsの表題で記載されるようなモノクローナル抗体を生成するための抗原として使用する。例えば、そのような領域には、109P1D4改変体1のアミノ酸22~39、アミノ酸67~108、アミノ酸200~232、アミノ酸454~499、アミノ酸525~537、アミノ酸640~660、アミノ酸834~880およびアミノ酸929~942が挙げられるが、これらに限定されない。免疫される哺乳動物において免疫原性であることが既知のタンパク質に、その免疫因子を結合体化することが有用である。そのような免疫原性タンパク質の例としては、キーホールリンペットヘモシアニンKLH、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、およびダイズトリプシンインヒビターが挙げられるが、これらに限定されない。2つの実施形態において、109P1D4改変体1のアミノ酸77~90およびアミノ酸929~942をコードするペプチドを合成し、KLHに結合させ、そして個々のウサギを免疫化した。あるいは、あるいは、その免疫因子は、109P1D4改変体タンパク質、そのアナログまたは融合タンパク質のすべてもしくは一部を含み得る。例えば、109P1D4改変体1のアミノ酸配列を、当該分野で周知の種々の融合タンパク質パートナー例えば、グルタチオン-S-トランスフェラーゼGSTタグ化融合タンパク質およびHISタグ化融合タンパク質の任意の1つに、組換えDNA技術を使用して融合し得る。1つの実施形態において、109P1D4改変体1のアミノ酸24~419を、組換え技術およびpET43.1発現ベクターを使用してNUSaに融合し、発現させ、精製し、ウサギを免疫化した。そのような融合タンパク質を、適切な親和性マトリックスを使用して誘導した細菌から精製する。使用し得る他の組換え細菌融合タンパク質としては、マルトース結合タンパク質、LacZ、チオレドキシン、NusA、または免疫グロブリン定常領域が挙げられる原核生物系における109P1D4の生成と題する節、ならびにCurrentProtocolsInMolecularBiology,Volume2,Unit16,FrederickM.Ausubulら編、1995;Linsley,P.S.,Brady,W.,Urnes,M.,Grosmaire,L.,Damle,N.,およびLedbetter,L.1991J.Exp.Med.174,561~566を参照のこと。細菌由来融合タンパク質に加えて、哺乳動物により発現されるタンパク質抗原もまた、使用される。これらの抗原を、哺乳動物発現ベクター例えば、Tag5融合ベクターおよびFc融合ベクターから発現させる真核生物系における組換え109P1D4の生成と題する実施例を参照のこと。これらの抗原は、ネイティブタンパク質で見出される翻訳後修飾例えば、グリコシル化を保持する。二つの実施形態において、改変体1の、推定される第1の細胞外ループおよび第3の細胞外ループそれぞれ、アミノ酸59~227、アミノ酸379~453を、各々Tag5哺乳動物分泌ベクター中にクローニングし、293T細胞において発現させた図20。その後、各々の組み換えタンパク質を、組織培養上清および/またはその組み換えベクターを安定に発現する293T細胞の溶解産物から、金属キレートクロマトグラフィーによって精製する。その後、その精製されたTag5109P1D4タンパク質を、免疫原として使用する。その免疫プロトコールの間、宿主動物の免疫応答を高めるアジュバント中の抗原を混合または乳状にすることは有用である。アジュバントの例には、フロイント完全アジュバントCFAおよびMPL-TDMアジュバントモノホスホリルリピドA、合成トレハロースジコリノミコレートが挙げられるが、これらに限定されない。代表的プロトコルにおいて、ウサギに、完全フロイントアジュバントCFA中に混合したKLHに結合体化した、200μgまで代表的には、100~200μgの融合タンパク質または融合ペプチドを、まず皮下免疫する。その後、ウサギに、不完全フロイントアジュバントIFA中の200μgまで代表的には、100~200μgの免疫原を、2週間ごとに皮下注射する。各免疫の約7~10日後に、試験採血を採取し、そしてELISAにより抗血清の力価をモニターするために使用する。免疫血清例えば、改変体1のアミノ酸1~14をコードするKLH結合体化ペプチドによる免疫処置由来のウサギ血清の反応性および特異性を試験するために、全長109P1D4改変体1cDNAを、pCDNA3.1myc-his発現ベクターまたはレトロウイルス発現ベクターInvitrogen中にクローニングする真核生物系における組換え109P1D4の生成と題する実施例を参照のこと。293T細胞中にその構築物をトランスフェクションするか、または109P1D4レトロウイルスを用いてPC3を形質導入した後、細胞溶解物を、抗109P1D4血清および抗His抗体SantaCruzBiotechnologies,SantaCruz,CAでプローブし、ウェスタンブロット技術を使用して変性109P1D4タンパク質に対する特異的反応性を決定する。その抗血清は、293T細胞およびPC3細胞における109P1D4タンパク質を特異的に認識する。さらに、その免疫血清を、蛍光顕微鏡、フローサイトメトリーならびに免疫組織化学図21および293T細胞ならびに他の組換え109P1D4発現細胞に対する免疫沈降により試験し、ネイティブタンパク質の特異的な認識を決定する。109P1D4を内因性に発現する細胞を使用して、ウェスタンブロット、免疫沈降、蛍光顕微鏡、免疫組織化学、およびフローサイトメトリー技術を実施して、反応性および特異性を試験する。109P1D4改変体融合タンパク質例えば、GST融合タンパク質およびMBP融合タンパク質で免疫されたウサギ由来の抗血清を、融合パートナーを単独でかまたは不適切な融合タンパク質の状況で含む親和性カラムを通すことにより、融合パートナー配列に対して反応性である抗体を除去することによって精製する。例えば、改変体1のアミノ酸379-453をコードする、GST-109P1D4融合タンパク質由来の抗血清は、まずAffiGelマトリックスBioRad,Hercules,Calif.に共有結合したGSTタンパク質のカラムの通過により精製する。その後、抗血清を、Affigelマトリックスに共有結合したアミノ酸379~453を同様にコードするMBP融合タンパク質から構成されるカラムの通過により、親和性精製する。その後、さらにその血清を、プロテインG親和性クロマトグラフィーにより精製して、IgG画分を単離する。他のHisタグ化抗原およびペプチドで免疫したウサギ由来の血清、ならびに融合パートナー除去血清を、もとのタンパク質免疫原または遊離ペプチドから構成されるカラムマトリックスを通すことによって親和性精製する。実施例11:109P1D4モノクローナル抗体mAbの生成1つの実施形態において、109P1D4改変体に対する治療mAbは、各々の改変体タンパク質に特異的なエピトープあるいは109P1D4改変体の生物学的機能を破壊または調節する改変体例えば、リガンドおよび基質との相互作用を破壊する改変体もしくは生物学的活性を破壊する改変体の間で共通の配列に特異的なエピトープと反応するmAb、例えば、リガンドおよび基質との相互作用を崩壊するか、または関与するリガンドもしくはタンパク質との相互作用を破壊するタンパク質エピトープと反応するmAbを包含する。そのようなmAbの生成のための免疫原としては、109P1D4タンパク質改変体配列全体をコードするかもしくは含むように設計された免疫原、またはアミノ酸配列のコンピューター分析から抗原性であると推定される109P1D4タンパク質改変体領域をコードするかもしくは含むように設計された免疫原が挙げられる例えば、図5、図6、図7、図8、または図9、および抗原性プロファイルと題する実施例を参照のこと。免疫原としては、ペプチド、組換え細菌タンパク質、ならびに哺乳動物で発現されるTag5タンパク質、ならびにヒトIgGFc融合タンパク質およびマウスIgGFc融合タンパク質が挙げられる。さらに、高レベルの各々の109P1D4改変体を発現するように遺伝子操作された細胞例えば、293T-109P1D4改変体1または300.19-109P1D4改変体1のマウスプレB細胞を使用して、マウスを免疫する。109P1D4改変体に対するmAbを生成するために、マウスに、代表的には、完全フロイントアジュバント中に混合した10~50μgのタンパク質免疫原または107個の109P1D4発現細胞を、まず腹腔内IP免疫する。その後、マウスに、代表的には、不完全フロイントアジュバント中に混合した10~50μgのタンパク質免疫原または107個の細胞を、2~4週間ごとに腹腔内IP免疫する。あるいは、MPL-TDMアジュバントを、免疫に使用する。一つの実施形態では、マウスを上記のように完全フロイントアジュバント中の300.19-109P1D4細胞およびその後不完全フロイントアジュバント中の300.19-109P1D4細胞で免疫した。その後、そのマウスを屠殺し、脾臓を採取し、融合およびハイブリドーマの産生に用いた。図27に観察され得るように、フローサイトメトリーにより293T細胞において発現される109P1D4タンパク質を抗体が特異的に認識する、2つのハイブリドーマを生成した。上記のタンパク質ベースの免疫ストラテジーおよび細胞ベースの免疫ストラテジーに加えて、109P1D4改変体配列をコードする哺乳動物発現ベクターを使用してプラスミドDNAの直接注射によりマウスを免疫する、DNAベースの免疫プロトコルを使用する。一つの実施形態では、改変体1の配列のアミノ酸24~812をコードするTag5哺乳動物分泌ベクターを使用して、マウスを免疫した。次いで、後のブースター免疫処置を、その精製タンパク質を用いて実施する。別の例において、同一のアミノ酸を、Fc-融合分泌ベクター中にクローニングする。そのベクターにおいて、109P1D4改変体1配列がアミノ末端でIgKリーダー配列に融合しており、カルボキシ末端でヒトIgGFc領域またはマウスIgGFc領域のコード配列に融合している。その後、この組換えベクターを免疫原として使用する。プラスミド免疫プロトコルを、上記の精製タンパク質および各々の109P1D4改変体を発現する細胞と組み合わせて使用する。あるいは、マウスを、そのフットパッドに直接免疫してもよい。この場合、10~50μgのタンパク質免疫原または、107個の254P1D6B発現細胞を各後脚のフットパッドに皮下注射する。第1回目の免疫を、アジュバントとして、TitermaxSigmaTMと共に与え、引き続いて、最終注射PBSと共に与えられるを除いて、CpGオリゴヌクレオチド配列と組み合せてAlum-ゲルと共に与える。4週間にわたって、1週間に2回3~4日毎に注射し、最終注射の3~4日後にマウスを屠殺し、この時点で、フットパッドから即座に抜き取ったリンパ節を採取し、そして、融合パートナーを生成する抗体として使用するために、B細胞を回収する。その免疫プロトコルの間に、試験採血を、注射の7~10日後に行って、その免疫応答の力価および特異性をモニターする。一旦適切な反応性および特異性を、ELISA、ウェスタンブロッティング、免疫沈降、蛍光顕微鏡、およびフローサイトメトリー分析により決定して得ると、融合物およびハイブリドーマの生成を、当該分野で周知の確立された手順例えば、HarlowおよびLane、1988を参照のことを用いて実行する。109P1D4モノクローナル抗体を生成するための1つの実施形態において、アミノ酸14~812をコードする改変体1のTag5抗原を、293T細胞において発現させ、馴化培地から精製する。BalbCマウスに、最初、完全フロイントアジュバント中に混合した25μgのTag5109P1D4改変体1ペプチドで腹腔内免疫する。その後、マウスに、合計3回の免疫にわたって、不完全フロイントアジュバント中に混合した25μgの抗原で2週間ごとに免疫する。Tag5抗原を使用するELISAによって、免疫したマウス由来の血清の力価を決定する。全長109P1D4改変体1タンパク質に対する血清の反応性および特異性を、109P1D4改変体1cDNAをコードする発現ベクターでトランスフェクトした293T細胞を使用して、ウェスタンブロッティング、免疫沈降、およびフローサイトメトリーによってモニターする例えば、高等真核生物系における組換え109P1D4の生成と題する実施例および図21を参照のこと。他の組換え109P1D4改変体1発現細胞または109P1D4改変体1を内因性に発現する細胞もまた、使用する。最強の反応性を示すマウスを、休ませ、そしてPBS中の抗原で最終注射し、そして4日後に屠殺する。屠殺したマウスの脾臓を採取し、そして標準的手順HarlowおよびLane、1988を使用してSPO/2ミエローマ細胞に融合させる。HAT選択した増殖ウェルからの上清を、ELISA、ウェスタンブロット、免疫沈降、蛍光顕微鏡、およびフローサイトメトリーによってスクリーニングして、109P1D4改変体1特異的抗体生成クローンを同定する。109P1D4改変体タンパク質に特異的なモノクローナル抗体を作製するために、免疫原を、各改変体に固有の配列をコードするように設計する。1つの実施形態において、109P1D4改変体2のアミノ酸1~29からなる抗原ペプチドをKLHに結合させて、109P1D4改変体2に特異的なモノクローナル抗体を誘導する。別の実施形態において、109P1D4改変体6のアミノ酸1~23からなる抗原ペプチドをKLHに結合させて、109P1D4改変体6特異的なMAbを誘導するための免疫原として使用する。別の例において、改変体3のアミノ酸1001~1347をコードするGST融合タンパク質を免疫原として使用して、改変体3、4、5および8を認識し、改変体1、2、6、7および9から区別する抗体を作製する。次いで、ハイブリドーマの上清を、それぞれの抗原についてスクリーニングし、そしてさらに、他の改変体を発現する細胞において交差スクリーニングを行なって、改変体特異的なモノクローナル抗体を誘導する。109P1D4改変体特異的なモノクローナル抗体の結合親和性を、標準的技術を使用して決定する。親和性測定によって、エピトープ結合に対する抗体の強度を定量し、そしてその親和性測定を使用して、どの109P1D4改変体モノクローナル抗体が、当業者により認識されるような診断用途または治療用途のために好ましいかを規定するのを補助する。BIAcoreシステムUppsala,Swedenは、結合親和性を決定するために好ましい方法である。このBIAcoreシステムは、表面プラスモン共鳴SPR,WelfordK.1991,Opt.Quant.Elect.23:1;MortonおよびMyszka,1998,MethodsinEnzymology295:268を使用して、リアルタイムで生体分子相互作用をモニターする。BIAcore分析は、簡便に、結合速度定数、解離速度定数、平衡解離定数、および親和性定数をもたらす。あるいは、109P1D4発現細胞におけるMAbの平衡結合分析を使用して、親和性を決定し得る。実施例12:HLAクラスI結合アッセイおよびHLAクラスII結合アッセイ精製HLA分子を使用するHLAクラスI結合アッセイおよびHLAクラスII結合アッセイを、開示されたプロトコル例えば、PCT公開WO94/20127およびWO94/03205;Sidneyら、CurrentProtocolsinImmunology18.3.11998;Sidneyら、J.Immunol.154:2471995;Setteら、Mol.Immunol.31:8131994に従って、実施する。簡単に述べると、記載されるように、精製MHC分子5~500nMを、種々の非標識ペプチドインヒビターおよび1~10nMの125I放射標識プローブペプチドとともにインキュベートする。インキュベーション後、MHC-ペプチド複合体を、ゲル濾過により遊離ペプチドから分離し、そして結合ペプチドの画分を、測定する。代表的には、予備実験において、各MHC調製物を、一定量の放射標識ペプチドの存在下で力価決定して、全放射能のうちの10~20を結合するのに必要なHLA分子の濃度を決定する。その後のすべての阻害アッセイおよび直接結合アッセイを、これらのHLA濃度を使用して実施する。これらの条件下では[標識]<[HLA]かつIC50≧[HLA]であるので、測定したIC50値は、真のKD値の妥当な近似である。ペプチドインヒビターを、代表的には、120μg/ml~1.2ng/mlの範囲の濃度で試験し、そして完全に独立した2つ~4つの実験において試験する。種々の実験において得られたデータの比較を可能にするために、相対的結合数を、各ペプチドについて計算する。この計算は、阻害についてのポジティブコントロールのIC50を、試験した各ペプチドについてのIC50代表的には、放射標識プローブペプチドの非標識バージョンで除算することによる。データベース目的のため、そして実験間比較のために、相対的結合値を集計する。これらの値を、その後、IC50nM値へと変換して戻し得る。この変換は、阻害についてのポジティブコントロールのIC50nMを、目的のペプチドの相対的結合によって除算することによる。このデータ集計方法は、正確であり、そして異なる日に試験したペプチドまたは異なるロットの精製MHCを用いて試験したペプチドの比較について、一貫性がある。上記に概説したような結合アッセイを使用して、HLAスーパーモチーフ保有ペプチドおよび/またはHLAモチーフ保有ペプチドを分析し得る表IVを参照のこと。実施例13:HLAスーパーモチーフ保有CTL候補エピトープおよびHLAモチーフ保有CTL候補エピトープの同定本発明のHLAワクチン組成物は、複数のエピトープを含み得る。それらの複数のエピトープは、広範な集団範囲を達成するように、複数のHLAスーパーモチーフまたはHLAモチーフを含み得る。本実施例は、そのようなワクチン組成物中に含めるための、スーパーモチーフ保有エピトープおよびモチーフ保有エピトープの同定および確認を示す。集団範囲の計算を、下記のストラテジーを使用して実施する。スーパーモチーフ保有エピトープおよび/またはモチーフ保有エピトープの同定のためのコンピューター検索およびアルゴリズム抗原性プロフィールと題する実施例ならびに表VIII-XXIおよび表XXII-XLIXにおいてモチーフ保有ペプチド配列を同定するために実施する検索は、図2および図3に示される109P1D4の遺伝子産物からのタンパク質配列データを使用する。その表を生み出すために用いられた特異的検索ペプチドを、表VIIに記載する。HLAクラスIスーパーモチーフもしくはHLAクラスIモチーフまたはHLAクラスIIスーパーモチーフもしくはHLAクラスIIモチーフを保有するエピトープについてのコンピューター検索を、以下のように実施する。翻訳される全ての109P1D4タンパク質配列を、文字列検索ソフトウェアプログラムを使用して分析して、適切なHLA結合モチーフを含む可能性のあるペプチド配列を同定する;そのようなプログラムは、公知のモチーフ/スーパーモチーフの開示を考慮して、当該分野における情報に従って容易に作成される。さらに、そのような計算は、頭でなし得る。同定したA2スーパーモチーフ配列、A3スーパーモチーフ配列、およびDRスーパーモチーフ配列を、多項アルゴリズムを使用してスコア付けして、それらのモチーフが、特定のHLA-クラスI分子またはHLA-クラスII分子に結合する能力を推測する。これらの多項アルゴリズムは、種々の位置にある異なるアミノ酸の影響を考慮する。これらの多項アルゴリズムは、ペプチド-HLA分子相互作用の全親和性またはΔGは、ΔG=a1i×a2i×a3i...×aniの型の線形多項関数として近似され得るという前提に本質的に基づき、ここで、ajiは、nアミノ酸のペプチド配列に沿った所定の位置iにおける所定のアミノ酸jの存在の効果を示す係数である。この方法の重大な仮定は、各位置での効果は、互いに本質的に独立しているすなわち、個々の側鎖の独立した結合であるということである。残基jが、そのペプチド中の位置iに存在する場合、そのペプチドの残りの配列とは関係なく、そのペプチドの結合の自由エネルギーに一定量jiで寄与すると仮定する。特定のアルゴリズム係数の誘導方法は、Gulukotaら、J.Mol.Biol.267:1258~126,1997に記載されているSidneyら、HumanImmunol.45:79~93,1996;およびSouthwoodら、J.Immunol.160:3363~3373,1998もまた参照のこと。簡単に述べると、全てのi位置について、アンカーおよび非アンカーも同様に、jを保有する全てのペプチドの平均相対結合ARBの相乗平均を、その群の残りに対して計算し、そしてjiの推定値として使用する。クラスIIペプチドについて、複数のアライメントが可能である場合、反復手順に従って、最高スコアリングアライメントのみを利用する。試験セット中の所定のペプチドのアルゴリズムスコアを計算するために、そのペプチドの配列に対応するARB値を乗算する。この積が、選択した閾値を超える場合、そのペプチドは結合すると推定される。適切な閾値を、望ましい推定のストリンジェンシーの程度の関数として選択する。HLA-A2スーパータイプ交叉反応性ペプチドの選択109P1D4由来のタンパク質配列を、モチーフ同定ソフトウェアを利用してスキャンして、HLA-A2スーパーモチーフ主要アンカー特異性を含む、8マー配列、9マー配列、10マー配列、および11マー配列を同定する。代表的には、次いで、これらの配列を、上記のプロトコルを使用してスコア付けし、そして正のスコアを持つ配列に対応するペプチドを合成し、これらのインビトロでの精製HLA-A0201分子を結合する能力について試験するHLA-A0201は、プロトタイプA2スーパータイプ分子とみなされる。次いで、これらのペプチドを、さらなるA2スーパータイプ分子A0202、A0203、A0206、およびA6802に結合する能力について試験する。試験した5つのA2スーパータイプ対立遺伝子のうちの少なくとも3つに結合するペプチドを、代表的には、A2スーパータイプ交叉反応性の結合するものと見なす。好ましいペプチドは、3つ以上のHLA-A2スーパータイプ分子に500nM以下の親和性で結合する。HLA-A3スーパーモチーフ保有エピトープの選択上記でスキャンする109P1D4タンパク質配列を、HLA-A3スーパーモチーフ主要アンカーを有するペプチドの存在についても試験する。次いで、HLA-A3スーパーモチーフ保有配列に対応するペプチドを合成し、そしてHLA-A0301分子およびHLA-A1101分子最も有力な2つのA3スーパータイプ対立遺伝子によりコードされる分子への結合について試験する。次いで、≦500nM、しばしば≦200nMの結合親和性でその2つの対立遺伝子のうちの少なくとも1つに結合するペプチドを、他の一般的なA3スーパータイプ対立遺伝子例えば、A3101、A3301およびA6801に対する結合交叉反応性について試験して、試験する5つのHLA-A3スーパータイプ分子のうちの少なくとも3つに結合し得る分子を同定する。HLA-B7スーパーモチーフ保有エピトープの選択上記でスキャンする109P1D4タンパク質を、HLA-B7スーパーモチーフを含む、8マーペプチド、9マーペプチド、10マーペプチド、または11マーペプチドの存在についても分析する。対応するペプチドを合成し、そしてHLA-B0702最も一般的なB7スーパータイプ対立遺伝子すなわち、プロトタイプB7スーパータイプ対立遺伝子によりコードされる分子への結合について試験する。IC50≦500nMでB0702を結合するペプチドを、標準的方法を使用して同定する。次いで、これらのペプチドを、他の一般的なB7スーパータイプ分子例えば、B3501、B5101、B5301およびB5401への結合について試験する。それによって、試験する5つのB7スーパータイプ対立遺伝子のうちの3つ以上に結合し得るぺプチドを、同定する。A1モチーフ保有エピトープおよびA24モチーフ保有エピトープの選択集団範囲をさらに増大するために、HLA-A1エピトープおよびHLA-A24エピトープをまた、ワクチン組成物中に組み込み得る。109P1D4タンパク質の分析もまた、HLA-A1モチーフ含有配列およびHLA-A24モチーフ含有配列を同定するために実施し得る。他のモチーフおよび/またはスーパーモチーフを保有する、高親和性結合エピトープおよび/または交叉反応性結合エピトープを、類似する方法論を使用して同定する。実施例14:免疫原性の確認本明細書中に記載されるように同定される交叉反応性候補CTLA2スーパーモチーフ保有ペプチドを、インビトロでの免疫原性を確認するために選択する。以下の方法論を使用して確認を実施する。細胞スクリーニングのための標的細胞株HLA-A2.1遺伝子を、HLA-A、HLA-B、HLA-Cヌル変異体ヒトBリンパ芽球細胞株である721.221に移入することによって生成した.221A2.1細胞株を、HLA-A2.1拘束CTLの活性を測定するためのペプチド負荷標的として使用する。この細胞株を、抗生物質、ピルビン酸ナトリウム、非必須アミノ酸、および10v/v熱不活性化FCSを補充したRPMI-1640培地中で増殖させる。目的の抗原を発現する細胞、または目的の抗原をコードする遺伝子を含むトランスフェクタントを、ペプチド特異的CTLが内因性抗原を認識する能力を確認するための標的細胞として使用し得る。初代CTL誘導培養樹状細胞DCの産生PBMCを、30μg/mlのDNAseを含むRPMI中で解凍し、完全培地RPMI-16405ABヒト血清、非必須アミノ酸、ピルビン酸ナトリウム、L-グルタミンおよびペニシリン/ストレプトマイシンで2回洗浄し、この完全培地中に再懸濁する。その単球を、6ウェルプレート中に10×106PBMC/ウェルでプレートすることによって精製する。37°Cにて2時間後、そのプレートを穏やかに振盪し、その上清を吸引することによって、非接着細胞を除去する。ウェルを、3mlのRPMIで合計3回洗浄して、非接着細胞および緩く接着する細胞のほとんどを除去する。その後、50ng/mlのGM-CSFおよび1,000U/mlのIL-4を含む3mlの完全培地を、各ウェルに添加する。6日目に、75ng/mlにてTNFαを、DCに添加し、7日目に、その細胞を、CTL誘導培養に使用する。DCおよびペプチドを用いてのCTLの誘導CD8T細胞を、Dynal免疫磁気ビーズDynabeads登録商標M-450およびdetacha-bead登録商標試薬を用いるポジティブ選択によって単離する。代表的には、約200×106個~250×106個のPBMCを、24×106個のCD8T細胞48ウェルプレート培養のために十分であるを得るために処理する。簡単に述べると、PBMCを、30μg/mlのDNAseを含むRPMI中で解凍し、そして1ヒトAB血清を含むPBSで1回洗浄し、そしてPBS/1AB血清中に、濃度20×106細胞/mlで再懸濁する。磁気ビーズを、PBS/AB血清を用いて3回洗浄し、細胞140μlビーズ/20×106細胞に添加し、そして継続して混合しながら4°Cで1時間インキュベートする。そのビーズおよび細胞を、PBS/AB血清を用いて4回洗浄して、非接着細胞を除去し、そして100μl/mldetacha-bead登録商標試薬および30μg/mlDNAseを含むPBS/AB血清中に、100×106細胞/mlもとの細胞数に基づくで懸濁する。その混合物を、継続して混合しながら室温にて1時間インキュベートする。そのビーズを、PBS/AB/DNAseで再び洗浄し、CD8T細胞を収集する。DCを収集し、そして1300rpmにて5~7分間遠心分離し、1BSAを含むPBSで1回洗浄し、計数し、そして3μg/mlのβ2-ミクログロブリンの存在下で、20°Cで4時間、細胞濃度1×106~2×106/mlで、40μg/mlのペプチドを用いてパルスする。その後、そのDCを照射4,200radし、培地で1回洗浄し、そして再び計数する。誘導培養の設定0.25mlのサイトカイン産生DC1×105細胞/mlを、10ng/mlのIL-7の存在下で、48ウェルプレートの各ウェル中で0.25mlのCD8T細胞2×106細胞/mlとともに共培養する。翌日、組換えヒトIL-10を、最終濃度10ng/mlで添加し、48時間後に、rヒトIL-2を、10IU/mlで添加する。ペプチドでパルスした接着細胞を用いる、誘導培養物の再刺激一次誘導の7日後および14日後に、その細胞を、ペプチドでパルスした接着細胞を用いて再刺激する。そのPBMCを解凍し、RPMIおよびDNAseで2回洗浄する。その細胞を、5×106細胞/mlで再懸濁し、そして約4200radで照射する。PBMCを、1ウェルあたり0.5ml完全培地中2×106にてプレートし、37°Cで2時間インキュベートする。そのプレートを穏やかにタッピングすることによってRPMIで2回洗浄して非接着細胞を除去し、0.25mlのRPMI/5AB/ウェル中3μg/mlのβ2ミクログロブリンの存在下で10μg/mlのペプチドで接着細胞を、37°Cで2時間パルスする。各ウェルからペプチド溶液を吸引し、そのウェルを、RPMIで1回洗浄する。その培地のほとんどを、誘導培養物CD8細胞から吸引し、そして新鮮な培地で0.5mlにする。その後、その細胞を、ペプチドでパルスした接着細胞を含むウェルへと移す。24時間後に、組換えヒトIL-10を、最終濃度10ng/mlで添加し、そして翌日および2~3日後に再度、組換えヒトIL2を、50IU/mlで添加するTsaiら、CriticalReviewsinImmunology181~2:65~75,1998。7日後に、その培養物を、51Cr放出アッセイにおいてCTL活性についてアッセイする。いくつかの実験において、その培養物を、2回目の再刺激の際にインサイチュIFNγELISAにおけるペプチド特異的認識についてアッセイし、7日後に、内因的認識のアッセイを行う。増殖後、並列比較のために両方のアッセイにおいて活性を測定する。51Cr放出によるCTL溶解活性の測定2回目の再刺激の7日後、単一のE:Tにて個々のウェルをアッセイすることによって、標準的5時間51Cr放出アッセイにおいて細胞傷害性を測定する。細胞を10μg/mlペプチドとともに37°Cで一晩インキュベートすることによって、ペプチドでパルスした標的を調製する。接着標的細胞を、トリプシン-EDTAを用いて培養フラスコから除去する。標的細胞を、200μCiの51Crクロム酸ナトリウムDupont,Wilmington,DEを用いて37°Cで1時間標識する。標識した標的細胞を、1mlあたり106で再懸濁し、濃度3.3×106/mlのK562細胞非特異的溶解を減少するために使用されるNK感受性赤芽球株を用いて1:10希釈する。標的細胞100μlおよびエフェクター100μlを、96ウェル丸底プレート中にプレートし、そして37°Cで5時間インキュベートする。その時、100μlの上清を各ウェルから収集し、そして式:[試験サンプルのcpm-自然発生51Cr放出サンプルのcpm/最大51Cr放出サンプルのcpm-自然発生51Cr放出サンプルのcpm]×100に従って、溶解パーセントを決定する。最大放出および自然発生放出を、それぞれ、標識標的を、1TritonX-100および培地単独とともにインキュベートすることによって、決定する。特異性溶解サンプル-バックグラウンドが個々のウェルの場合10以上であり、増殖した培養物をアッセイする場合には最高の2つのE:T比にて15以上である培養物として、ポジティブ培養物を規定する。ペプチド特異的かつ内因性認識の指標としてのヒトIFNγ産生のインサイチュ測定Immulon2プレートを、マウス抗ヒトIFNγモノクローナル抗体4μg/ml0.1MNaHCO3、pH8.2を使用して、4°Cにて一晩コーティングする。このプレートをCa2、Mg2非含有PBS/0.05Tween20で洗浄し、PBS/10FCSを使用して2時間ブロッキングし、その後、CTL100μl/ウェルおよび標的100μl/ウェルを各ウェルに添加し、標準物質およびブランクのためのウェルは、培地のみを入れ空にしておく。標的細胞ペプチドパルスまたは内因性標的のいずれかを1×106細胞/mlの濃度にて使用する。プレートを、5CO2の存在下で37°Cにて48時間インキュベートする。組換えヒトIFN-γを、400pg/100μl/ウェルまたは1200pg/100μl/ウェルにて開始して標準ウェルに添加し、プレートを37°Cにて2時間インキュベートする。プレートを洗浄し、100μlのビオチン化マウス抗ヒトIFN-γモノクローナル抗体PBS/3FCS/0.05Tween20中に2μg/mlを添加し、室温にて2時間インキュベートする。再び洗浄した後、100μlのHRP-ストレプトアビジン1:4000を添加し、プレートを室温にて1時間インキュベートする。次いで、このプレートを洗浄緩衝液で6回洗浄し、100μl/ウェルの発色溶液TMB1:1を添加し、プレートを5~15分間、発色させる。50μl/ウェル1MH3PO4を使用して反応を停止し、OD450にて読み取る。少なくとも50pgのIFN-γ/ウェルが、バックグラウンドより上で測定されかつ発現のバックグラウンドレベルの2倍である場合、培養をポジティブとみなす。CTL増殖ペプチドパルスした標的および/または腫瘍標的に対する特異的溶解活性を示す培養物を、抗CD3とともに2週間にわたり増殖させる。簡潔には、5×104CD8細胞を、以下を含むT25フラスコに添加する:RPMI-164010v/vヒトAB血清、非必須アミノ酸、ピルビン酸ナトリウム、25μM2-メルカプトエタノール、L-グルタミンおよびペニシリン/ストレプトマイシンを含有する1ml中、1×106照射4,200radPBMC自己または同種異系/ml、2×105照射8,000radEBV形質転換細胞/ml、および30ng/mlのOKT3抗CD3。組換えヒトIL2を200IU/mlの最終濃度にて24時間後に添加し、その後3日間毎に、50IU/mlにて新たな培地を加える。細胞濃度が1×106/mlを超えたら細胞を分け、培養物を、51Cr放出アッセイにて30:1、10:1、3:1および1:1のE:T比で13~15日の間にアッセイするか、または増殖前と同じ標的を使用してインサイチュIFNγアッセイにて1×106/mlでアッセイする。培養物を、以下の通り、抗CD3の非存在下で増殖させる。ペプチドおよび内因性標的に対する特異的溶解活性を示す培養物を選択し、5×104CD8細胞を、以下を含むT25フラスコに添加する:RPMI-164010v/vヒトAB血清、非必須AA、ピルビン酸ナトリウム、25mM2-ME、L-グルタミンおよびゲンタマイシンを含有する1ml中、1×106自己PBMC/ml10μg/mlペプチドを用いて37°Cにて2時間ペプチドパルスし、かつ照射4,200radした;2×105照射8,000radEBV形質転換細胞/ml。A2スーパーモチーフ保有ペプチドの免疫原性A2スーパーモチーフ交叉反応性結合ペプチドを、正常個体におけるペプチド特異的CTLを誘導する能力について細胞アッセイにて試験する。この分析において、ペプチドは、代表的には、少なくとも個体におけるペプチド特異的CTLを誘導し、好ましくは、内因性に発現されたペプチドもまた認識する場合、エピトープであると考えられる。109P1D4を発現する腫瘍を保有する患者から単離されたPBMCを使用して、免疫原性もまた確認し得る。簡潔には、PBMCを患者から単離し、ペプチドパルスした単球を用いて再刺激し、ペプチドパルスした標的細胞および抗原を内因性に発現するトランスフェクト細胞を認識する能力についてアッセイする。A03/A11免疫原性の評価HLA-A3スーパーモチーフ保有交叉反応性結合ペプチドもまた、HLA-A2スーパーモチーフペプチドの免疫原性を評価するために使用される方法と同様の方法を使用して、免疫原性について評価する。B7免疫原性の評価本明細書中で示されるように同定されたB7スーパータイプ交叉反応性結合ペプチドの免疫原性スクリーニングを、A2スーパーモチーフおよびA3スーパーモチーフを保有するペプチドの確認と類似する様式で確認する。他のスーパーモチーフ/モチーフ例えば、HLA-A1、HLA-A24などを保有するペプチドもまた、同様の方法論を使用して確認する。実施例15:アナログを作製することによるネイティブエピトープの結合能力を改良するための伸長したスーパーモチーフの実行HLAモチーフおよびHLAスーパーモチーフ一次残基および/または二次残基を含むは、本明細書中に実証されるように、高度に交叉反応性のネイティブペプチドの同定および調製において有用である。さらに、HLAモチーフおよびHLAスーパーモチーフの規定はまた、ネイティブペプチド配列内の残基を同定することにより高度に交叉反応性のエピトープを操作することを可能にする。このネイティブペプチド配列を、ペプチドに特定の特性例えば、スーパータイプを含むHLA分子の群内のより大きな交叉反応性および/またはそれらのHLA分子のいくつかもしくは全てに対するより大きな結合親和性を付与するためにアナログ化し得るanaloged。調節された結合親和性を示すアナログ化ペプチドの例を、本実施例に示す。一次アンカー残基でのアナログ化ペプチド操作ストラテジーを、エピトープの交叉反応性をさらに増大させるために実行する。例えば、A2スーパーモチーフ保有ペプチドの主要アンカーを、例えば、2位に好ましいL、I、VまたはM、およびC末端にIまたはVを導入するために改変する。アナログペプチドの交叉反応性を分析するために、各操作アナログを、最初に、プロトタイプA2スーパータイプ対立遺伝子A0201に対する結合について、次いで、A0201結合能力が維持されていれば、A2スーパータイプ交叉反応性について試験する。あるいは、ペプチドを、1つまたは全てのスーパータイプメンバーを結合すると確認し、次いで、スーパータイプメンバーのいずれか1つまたは1以上に対する結合親和性を調節するためにアナログ化して、集団範囲を付加する。細胞スクリーニング分析における免疫原性についてのアナログ選択を、代表的には、親野生型WTペプチドが、3つ以上のA2スーパータイプ対立遺伝子に少なくとも弱く結合するすなわち、5000nM以下のIC50にて結合する能力によりさらに制限する。この要件についての原理は、WTペプチドが生物学的に関連するに十分な量にて内因性に存在しなければならないということである。アナログ化ペプチドは、親エピトープに特異的なT細胞によって免疫原性および交叉反応性を増大させたことが示されている例えば、Parkhurstら、J.Immunol.157:2539,1996;およびPogueら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA92:8166,1995を参照のこと。これらのペプチドアナログの細胞スクリーニングにおいて、アナログ特異的CTLもまた、野生型ペプチド、および可能である場合は、このエピトープを内因性に発現する標的細胞を認識し得ることを確認することが重要である。HLA-A3スーパーモチーフ保有ペプチドおよびB7スーパーモチーフ保有ペプチドのアナログ化HLA-A3スーパーモチーフ保有エピトープのアナログを、HLA-A2スーパーモチーフ保有ペプチドのアナログ化において使用するストラテジーと同様のストラテジーを使用して生成する。例えば、A3スーパータイプ分子の3/5に結合するペプチドを、2位に好ましい残基V、S、MまたはAを保有するように一次アンカー残基にて操作する。次いで、このアナログペプチドを、A03およびA11プロトタイプA3スーパータイプ対立遺伝子を結合する能力について試験する。次いで、≦500nMの結合能を示すペプチドを、A3スーパータイプ交叉反応性を有すると確認する。A2モチーフ保有ペプチドおよびA3モチーフ保有ペプチドと同様に、3以上のB7スーパータイプ対立遺伝子を結合するペプチドを改良して、可能な場合、増大した交叉反応結合性またはより大きな結合親和性もしくは結合半減期を、達成し得る。B7スーパーモチーフ保有ペプチドを、SidneyらJ.Immunol.157:3480-3490,1996に示されるように、例えば、C末端一次アンカー位置にて好ましい残基V、I、LまたはFを有するように操作する。他のモチーフ保有エピトープおよび/または他のスーパーモチーフ保有エピトープの一次アンカー残基でのアナログ化を、同様の様式で実施する。次いで、アナログペプチドを、代表的には、細胞スクリーニングアッセイにおいて免疫原性について確認する。繰り返すと、アナログ特異的CTLもまた、野生型ペプチド、および可能な場合、このエピトープを内因性に発現する標的を認識することが可能であることを実証することが、一般に重要である。二次アンカー残基でのアナログ化さらに、HLAスーパーモチーフは、高度に交叉反応性のペプチドおよび/または増大した親和性でHLA分子を結合するペプチドを操作することに価値があり、この操作は、これらのような特性と関連する二次アンカー位置での特定の残基を同定することにより操作することにおいて価値がある。例えば、1位にF残基を有するB7スーパーモチーフ保有ペプチドの結合能力を分析する。次いで、このペプチドを、例えば、1位のFをLで置換するようにアナログ化する。このアナログ化ペプチドを、増大した結合親和性、結合半減期および/または増大した交叉反応性について評価する。このような手順は、増強した特性を有するアナログ化ペプチドを同定する。十分に改良された結合能力または交叉反応性を有する操作されたアナログを、例えば、IFA免疫化またはリポペプチド免疫化に従って、HLA-B7トランスジェニックマウスにおける免疫原性についてもまた、試験し得る。アナログ化ペプチドを、109P1D4発現腫瘍を有する患者由来のPBMCを使用したリコールrecall応答を刺激する能力について、さらに試験する。他のアナログ化ストラテジーペプチドアナログ化の別の形態は、アンカー位置とは無関係に、システインを、α-アミノ酪酸で置換することを包含する。その化学的性質に起因して、システインは、ジスルフィド架橋を形成し、そしてペプチドを構造的に十分に変化させる特性を有し、結合能力を減少させる。システインの代わりのα-アミノ酪酸での置換は、この問題を軽減するだけでなく、いくつかの場合において、結合能力および交叉結合能力を改良することもまた示されている例えば、Setteら、PersistentViralInfections,R.AhmedおよびI.Chen編,JohnWileySons,England,1999による総説を参照のこと。従って、単一アミノ酸置換の使用により、HLAスーパータイプ分子に対するペプチドリガンドの結合特性および/または交叉反応性が、調節され得る。実施例16:HLA-DR結合モチーフを有する109P1D4由来配列の同定および確認HLAクラスIIスーパーモチーフまたはHLAクラスIIモチーフを有するペプチドエピトープを、HLAクラスIペプチドについて記載された方法論と類似の方法論を使用して、以下に概説するように同定および確認する。HLA-DRスーパーモチーフ保有エピトープの選択109P1D4由来のHLAクラスIIHTLエピトープを同定するために、109P1D4抗原を、HLA-DRモチーフまたはHLA-DRスーパーモチーフを保有する配列の存在について分析する。具体的には、DRスーパーモチーフを含む15マーの配列を選択する9マーのコアならびに3残基のN末端隣接領域および3残基のC末端隣接領域を含む計15アミノ酸。DR分子に結合するペプチドを推定するためのプロトコルが開発されているSouthwoodら,J.Immunol.160:3363-3373,1998。個々のDR分子に対して特異的なこれらのプロトコルは、9マーコア領域のスコア付けおよび順位付けを可能にする。各プロトコルは、9マーコア内のDRスーパーモチーフ一次アンカーすなわち、1位および6位の存在についてペプチド配列をスコア付けするのみならず、二次アンカーの存在について配列をさらにまた評価する。対立遺伝子特異的選択表例えば、Southwoodら,同書を参照のことを使用して、これらのプロトコルが、特定のDR分子を結合する確率が高いペプチド配列を効率的に選択することを、見出した。さらに、これらのプロトコルを連携してintandem実施することは、特に、DR1、DR4w4、およびDR7に対する実施が、DR交叉反応性ペプチドを効率的に選択し得ることを、見出した。上記で同定された109P1D4由来ペプチドを、種々の一般的なHLA-DR分子に対するそれらの結合能力について、試験する。全てのペプチドを、一次パネル:DR1、DR4w4およびDR7において、これらDR分子に対する結合について最初に試験する。次いで、これら3つのDR分子のうちの少なくとも2つを結合するペプチドを、二次アッセイにおいて、DR2w2β1分子、DR2w2β2分子、DR6w19分子、およびDR9分子に対する結合について試験する。最後に、この4つの二次パネルDR分子のうちの少なくとも2つ従って、累積的に7つの異なるDR分子のうちの少なくとも4つを結合するペプチドを、DR4w15、DR5w11、およびDR8w2分子に対する結合について三次アッセイにおいてスクリーニングする。一次スクリーニングアッセイ、二次スクリーニングアッセイおよび三次スクリーニングアッセイを含め、この10個のDR分子のうちの少なくとも7つを結合するペプチドを、交叉反応性DR結合因子binderとみなす。一般的なHLA-DR対立遺伝子を結合することが見出された109P1D4由来のペプチドは、特に重要である。DR3モチーフペプチドの選択HLA-DR3が白色人種集団、黒色人種集団およびラテンアメリカ系集団において優勢である対立遺伝子であるので、DR3結合能力は、HTLエピトープの選択において適切な基準である。従って、候補であることが示されたペプチドをまた、それらのDR3結合能力についてアッセイし得る。しかし、DR3モチーフの結合特異性を考慮すると、DR3に対してのみ結合するペプチドをまた、ワクチン処方物中に含めるための候補物と考え得る。DR3を結合するペプチドを効率的に同定するために、標的109P1D4抗原を、GelukらJ.Immunol.152:5742-5748,1994により報告された2つのDR3特異的結合モチーフのうちの1つを有する配列について、分析する。次いで、対応するペプチドを合成し、1μMまたはより良好なすなわち、1μM未満の親和性でDR3を結合する能力を有するものを確認する。この結合基準を満たし、かつHLAクラスII高親和性結合因子とみなされるペプチドを、見出す。このようにして同定されるDR3結合エピトープを、DRスーパーモチーフ保有ペプチドエピトープとともにワクチン組成物中に含める。HLAクラスIモチーフ保有ペプチドの場合と同様に、クラスIIモチーフ保有ペプチドを、親和性または交叉反応性を改良するようにアナログ化する。例えば、9マーコア配列のうちの4位でのアスパラギン酸は、DR3結合についての最適化残基であり、そしてこの残基についての置換は、しばしば、DR3結合を改良する。実施例17:109P1D4由来HTLエピトープの免疫原性この実施例は、本明細書中で記載された方法論を使用して同定されたものの中から、免疫原性のDRスーパーモチーフ保有エピトープおよびDR3モチーフ保有エピトープを決定する。HTLエピトープの免疫原性を、HTL応答を刺激する能力を評価することにより、そして/または適切なトランスジェニックマウスモデルを使用することにより、CTLエピトープの免疫原性の決定に類似の様式にて、確認する。免疫原性を、以下についてスクリーニングすることにより決定する:1.正常PBMCを使用するインビトロ初代誘導または2.109P1D4発現腫瘍を有する患者からのリコール応答。実施例18:集団範囲の幅を決定するための種々の人種バックグラウンドにおけるHLAスーパータイプの表現型頻度の算出この実施例は、複数のスーパーモチーフおよび/または複数のモチーフを含む複数のエピトープから構成されるワクチン組成物の集団範囲の幅の評価を示す。集団範囲を分析するために、HLA対立遺伝子の遺伝子頻度を決定する。各HLA対立遺伝子の遺伝子頻度を、二項分布式gf=1-SQRT1-afを利用し、抗原頻度または対立遺伝子頻度から計算する例えば、Sidneyら,HumanImmunol.45:79-93,1996を参照のこと。表現型頻度全体を得るために、累積的遺伝子頻度を計算し、累積的抗原頻度を、逆数方程式inverseformula[af=1-1-Cgf2]を使用することにより導く。頻度データがDNA型決定のレベルにて利用可能でない場合、血清学的に規定された抗原頻度に対する相当が仮定される。潜在的スーパータイプ集団範囲全体を得るためには、結合不均衡は仮定されず、スーパータイプの各々に属すると確認された対立遺伝子のみが含められる最小評価minimalestimate。遺伝子座間の組み合わせにより達成される潜在的な範囲全体の評価を、考慮されたB対立遺伝子により包含されると期待され得る非A包含集団の割合を、A範囲に加えることにより行う例えば、合計=AB1-A。A3様スーパータイプの確認されたメンバーは、A3、A11、A31、A3301、およびA6801である。A3様スーパータイプは、A34、A66、およびA7401もまた含み得るが、これらの対立遺伝子は、頻度計算全体には含められなかった。同様に、A2様スーパータイプファミリーの確認されたメンバーは、A0201、A0202、A0203、A0204、A0205、A0206、A0207、A6802、およびA6901である。最後に、B7様スーパータイプの確認された対立遺伝子は、B7、B3501-03、B51、B5301、B5401、B5501-2、B5601、B6701、およびB7801であるB1401、B3504-06、B4201、およびB5602も潜在的にはメンバーである。A2スーパータイプ、A3スーパータイプおよびB7スーパータイプを組み合わせることにより達成される集団範囲は、5つの主要な人種群において約86である。範囲は、A1モチーフおよびA24モチーフを保有するペプチドを含めることにより拡げられ得る。平均すると、A1は、5つの異なる主要人種群白人、北アメリカの黒人、中国人、日本人、およびラテンアメリカ系人にまたがる集団の12に存在し、A24は、これらの集団の29に存在する。まとめると、これらの対立遺伝子は、これらの同じ人種集団において平均頻度39で表される。A1およびA24が、A2スーパータイプ対立遺伝子、A3スーパータイプ対立遺伝子およびB7スーパータイプ対立遺伝子の範囲と組み合わせられると、主要人種にまたがる合計範囲は、95を超える。例えば、表IVのGを参照のこと。類似のアプローチが、クラスIIモチーフ保有エピトープの組み合わせにより達成される集団範囲を評価するために使用され得る。ヒトにおける免疫原性研究例えば、Bertoniら,J.Clin.Invest.100:503,1997;Doolanら,Immunity7:97,1997;およびThrelkeldら,J.Immunol.159:1648,1997は、高度に交叉反応性の結合ペプチドが、エピトープとしてほぼ常に認識されることを示した。高度に交叉反応性の結合ペプチドを使用することは、多様な集団において免疫原性である、ワクチンに含めるための候補エピトープを同定することにおいて重要な選択基準である。本明細書中開示されるように、そして従来技術により十分な数のエピトープを用いることにより、平均集団範囲は、5つの主要人種集団の各々において95を超えると推定される。ゲームの理論であるモンテカルロシミュレーション分析これは、当該分野で公知である例えば、Osborne,M.J.およびRubinstein,A.AcourseingametheoryMITPress,1994を参照のことは、白人、北アメリカ黒人、日本人、中国人、およびラテンアメリカ人の人種群から構成される集団中のどの程度の百分率の個体が本明細書中に記載されるワクチンエピトープを認識するかを推定するために使用され得る。好ましい百分率は、90である。より好ましい百分率は、95である。実施例19:プライミング後に内因性にプロセシングされた抗原のCTL認識この実施例では、本明細書中で記載されるように同定され、そして選択されたネイティブペプチドエピトープまたはアナログ化ペプチドエピトープにより誘導されたCTLが、内因性に合成された抗原すなわち、ネイティブ抗原を認識することを確認する。ペプチドエピトープ例えば、HLA-A2スーパーモチーフ保有エピトープで免疫したトランスジェニックマウスから単離したエフェクター細胞を、ペプチドでコーティングした刺激性因子細胞stimulatorcellを用いてインビトロで再刺激する。6日後、エフェクター細胞を、細胞傷害性についてアッセイし、そしてペプチド特異的細胞傷害性活性を含む細胞株を、さらに再刺激する。さらに6日後、これらの細胞株を、ペプチドの存在下または非存在下で51Cr標識化Jurkat-A2.1/Kb標的細胞に対する細胞傷害性活性について試験し、そしてまた、内因性に合成された抗原を有する51Cr標識化標的細胞すなわち、109P1D4発現ベクターで安定にトランスフェクトされた細胞に対して試験する。この結果は、ペプチドエピトープでプライムされた動物から得られたCTL株が、内因性に合成された109P1D4抗原を認識することを実証する。このような分析のために使用されるトランスジェニックマウスモデルの選択は、評価されているエピトープに依存する。HLA-A0201/Kbトランスジェニックマウスに加えて、ヒトA11対立遺伝子これはまた、A3エピトープを評価するために使用され得るおよびヒトB7対立遺伝子を有するマウスを含むいくつかの他のトランスジェニックマウスモデルが特徴付けられており、そして他のもの例えば、HLA-A1およびA24についてのトランスジェニックマウスが開発されている。HLA-DR1およびHLA-DR3のマウスモデルもまた開発されており、これらは、HTLエピトープを評価するために使用され得る。実施例20:トランスジェニックマウスにおけるCTL-HTL結合体化エピトープの活性この実施例は、109P1D4由来のCTLおよびHTLのペプチドワクチン組成物の使用による、トランスジェニックマウスにおけるCTLおよびHTLの誘導を示す。本明細書中で使用されるワクチン組成物は、109P1D4発現腫瘍を有する患者に投与されるべきペプチドを含む。このペプチド組成物は、複数のCTLエピトープおよび/またはHTLエピトープを含み得る。これらのエピトープは、本明細書中に記載される方法論を用いて同定される。この実施例はまた、増強された免疫原性が、CTLワクチン組成物中に1以上のHTLエピトープを含めることにより達成され得ることを示す;このようなペプチド組成物は、CTLエピトープに結合体化されたHTLエピトープを含み得る。このCTLエピトープは、500nM以下の親和性にて、複数のHLAファミリーメンバーに結合するエピトープまたはそのエピトープのアナログであり得る。これらのペプチドは、所望であれば、脂質化lipidatedされ得る。免疫手順:トランスジェニックマウスの免疫を、記載Alexanderら,J.Immunol.159:4753-4761,1997のように行う。例えば、A2/Kbマウスこれは、ヒトHLAA2.1対立遺伝子についてトランスジェニックであり、かつHLA-A0201モチーフまたはHLA-A2スーパーモチーフを保有するエピトープの免疫原性を確認するために使用されるを、フロイント不完全アジュバント中、あるいはこのペプチド組成物が脂質化CTL/HTL結合体である場合は、DMSO/生理食塩水中、またはこのペプチド組成物がポリペプチドである場合はPBSもしくはフロイント不完全アジュバント中で、0.1mlのペプチドを用いて皮下で尾の基部プライムする。プライムして7日後、これらの動物から得た脾細胞を、ペプチドでコーティングした同系の照射LPS活性化リンパ芽球で再刺激する。細胞株:ペプチド特異的細胞傷害性アッセイのための標的細胞は、HLA-A2.1/Kbキメラ遺伝子例えば、Vitielloら,J.Exp.Med.173:1007,1991を使用してトランスフェクトしたJurkat細胞である。インビトロでのCTL活性化:プライムして1週間後、10mlの培養培地/T25フラスコ中にて脾臓細胞30×106細胞/フラスコを、37°Cにて同系の照射3000radペプチドコーティングリンパ芽球10×106細胞/フラスコとともに共培養する。6日後、エフェクター細胞を採取し、細胞傷害性活性についてアッセイする。細胞傷害性活性についてのアッセイ:標的細胞1.0~1.5×106を、200μlの51Crの存在下で、37°Cにてインキュベートする。60分後、細胞を3回洗浄し、R10培地中に再懸濁する。ペプチドを、必要であれば1μg/mlの濃度にて添加する。アッセイのために、104の51Cr標識標的細胞を、U底96ウェルプレート中の異なる濃度のエフェクター細胞最終体積は200μlに添加する。37°Cにて6時間インキュベートした後、上清の0.1mlのアリコートを各ウェルから取り出し、放射能を、Micromedic自動ガンマカウンタにて測定する。特異的溶解を、以下の式により決定する:特異的放出=100×実験的放出-自発的放出/最大放出-自発的放出。同じ条件下で行った別個のCTLアッセイの間の比較を容易にするために、51Cr放出データを、溶解単位/106細胞として表す。1溶解単位は、6時間の51Cr放出アッセイにおいて10,000個の標的細胞の30溶解を達成するために要したエフェクター細胞の数として任意に規定される。特異的溶解単位/106を得るために、ペプチドの非存在下で得た溶解単位/106を、ペプチドの存在下で得た溶解単位/106から差し引く。例えば、30の51Cr放出が、ペプチドの非存在下では、50:1のエフェクターE:標的T比すなわち、10,000個の標的に対して5×105個のエフェクター細胞にて得られ、そしてペプチドの存在下では5:1すなわち、10,000個の標的に対して5×104個のエフェクター細胞にて得られる場合、特異的溶解単位は、以下の通りである:[1/50,000-1/500,000]×106=18LU。結果を分析して、免疫原性CTL/HTL結合体ワクチン調製物を注射した動物のCTL応答の大きさを評価し、免疫原性の確認と題した実施例において上記で概説したように、例えば、CTLエピトープを使用して達成されたCTL応答の大きさと比較する。これと類似の分析を行って、複数のCTLエピトープおよび/または複数のHTLエピトープを含むペプチド結合体の免疫原性を確認し得る。これらの手順に従って、CTL応答が誘導され、同時に、HTL応答がこのような組成物の投与の際に誘導されることが見いだされる。実施例21:109P1D4特異的ワクチン中に含めるためのCTLエピトープおよびHTLエピトープの選択この実施例は、本発明のワクチン組成物のためのペプチドエピトープを選択するための手順を示す。この組成物中のペプチドは、ペプチドをコードする単一の配列または1以上の配列すなわち、ミニ遺伝子のいずれかの核酸配列の形態であり得るか、あるいは単一エピトープおよび/またはポリエピトープのペプチドであり得る。以下の原理を、ワクチン組成物中に含めるための複数のエピトープを選択する場合に利用する。以下の原理の各々を、選択を行うために釣り合わせる。投与の際に、109P1D4クリアランスと相関する免疫応答を模倣するエピトープを選択する。使用されるエピトープの数は、自発的に109P1D4を排除する患者の観察に依存する。例えば、自発的に109P1D4発現細胞を排除する患者が、109P1D4抗原由来の少なくとも3つのエピトープに対する免疫応答を生じることが観察された場合、HLAクラスIについて少なくとも3つのエピトープが含められるべきである。同様の原理が、HLAクラスIIエピトープを決定するために使用される。しばしば、HLAクラスI分子については500nM以下のIC50、もしくはクラスIIについては1000nM以下のIC50という結合親和性を有するエピトープ;またはBIMASウェブサイトURLbimas.dcrt.nih.gov/からの高い結合スコアを有するHLAクラスIペプチドが選択される。多様な集団全体を通じたワクチンの広い範囲を達成するために、十分なスーパーモチーフ保有ペプチド、または対立遺伝子特異的モチーフ保有ペプチドの十分なアレイを選択して、広い集団範囲が与えられる。1つの実施形態において、エピトープは、少なくとも80の集団範囲を提供するように選択される。モンテカルロ分析当該分野で公知の統計学的評価法は、集団範囲の幅、すなわち冗長性を評価するために使用され得る。ポリエピトープ組成物、またはこれをコードするミニ遺伝子を作製する場合、目的のエピトープを含む、可能性のある最も小さなペプチドを生成することが代表的に所望される。使用される原理は、ネスト化されたnestedエピトープを含むペプチドを選択する場合に使用されるものと同じでないとしても、同様である。例えば、ワクチン組成物についてのタンパク質配列は、この配列が、配列内に含まれるエピトープの最大数を有するすなわち、高濃度のエピトープを有するので、選択される。エピトープは、ネスト化されてもよいし、重複すなわち、互いにフレームシフトしているしていてもよい。例えば、重複するエピトープを使用する場合、2つの9マーエピトープおよび1つの10マーエピトープが、10アミノ酸ペプチド中に存在し得る。各エピトープは露出され得、このようなペプチドの投与の際にHLA分子により結合される。マルチエピトープのペプチドは、合成的にか、組換え的にか、またはネイティブの供給源からの切断を介して生成され得る。あるいは、このネイティブ配列からアナログが生成され得、それにより1以上のエピトープは、このポリエピトープペプチドの交叉反応性特性および/または結合親和性特性を変化させる置換を含む。このようなワクチン組成物は、治療目的または予防目的のために投与される。この実施形態は、免疫系プロセシングの未だ発見されていない局面を、ネイティブのネスト化された配列に適用し、それにより治療的または予防的免疫応答誘導ワクチン組成物の生成を容易にするという可能性を提供する。さらに、このような実施形態は、現在未知のHLA構造についてのモチーフ保有エピトープの可能性を提供する。さらに、この実施形態いかなるアナログも作製しないは、免疫応答を、109P1D4中に実際存在する複数のペプチド配列に向け、従って、何らかの連結エピトープを評価する必要性を避ける。最後に、この実施形態は、核酸ワクチン組成物を生成する場合の規模の経済性を提供する。この実施形態に関連して、コンピュータープログラムが当該分野の原理に従って導出され得、このプログラムは、標的配列において配列長さあたりのエピトープの最大数を同定する。選択されたペプチドから構成されるワクチン組成物は、投与される場合、安全で、有効であり、かつ109P1D4を有するか、またはこれを過剰発現する細胞を制御または消去する免疫応答と類似の大きさの免疫応答を惹起する。実施例22:ミニ遺伝子マルチエピトープDNAプラスミドの構築本実施例は、ミニ遺伝子発現プラスミドの構築を議論する。ミニ遺伝子プラスミドは、当然、本明細書中に記載される種々の構成のB細胞エピトープ、CTLエピトープおよび/もしくはHTLエピトープまたはB細胞エピトープアナログ、CTLエピトープアナログおよび/もしくはHTLエピトープアナログを含み得る。ミニ遺伝子発現プラスミドは、代表的に、複数のCTLペプチドエピトープおよびHTLペプチドエピトープを含む。本実施例において、HLA-A2スーパーモチーフ保有ペプチドエピトープ、HLA-A3スーパーモチーフ保有ペプチドエピトープ、HLA-B7スーパーモチーフ保有ペプチドエピトープならびにHLA-A1モチーフ保有ペプチドエピトープおよびHLA-A24モチーフ保有ペプチドエピトープを、DRスーパーモチーフ保有エピトープおよび/またはDR3エピトープと組み合わせて使用する。109P1D4由来のHLAクラスIスーパーモチーフまたはHLAクラスIモチーフを保有するペプチドエピトープを、複数のスーパーモチーフ/モチーフが提示されて広範な集団の範囲を確実にするように、選択する。同様に、HLAクラスIIエピトープを、広範な集団の範囲を提供するように、109P1D4から選択する。すなわち、HLADR-1-4-7スーパーモチーフ保有エピトープおよびHLADR-3モチーフ保有エピトープの両方を、ミニ遺伝子構築物に含ませるために選択する。選択されたCTLエピトープおよびHTLエピトープを、次いで、発現ベクターにおける発現のためにミニ遺伝子へと組み込む。このような構築物は、HTLエピトープを小胞体に指向させる配列をさらに含み得る。例えば、Iiタンパク質Iiproteinは、当該分野において記載されるように1つ以上のHTLエピトープに融合され得、ここでこのIiタンパク質のCLIP配列は、除去され、そしてHLAクラスIIエピトープ配列と置換され、その結果、HLAクラスIIエピトープが、小胞体に指向され、このエピトープは、HLAクラスII分子に結合する。本実施例は、ミニ遺伝子保有発現プラスミドの構築のために使用される方法を例示する。ミニ遺伝子組成物のために使用され得る他の発現ベクターは、当業者に利用可能であり、かつ公知である。本実施例のミニ遺伝子DNAプラスミドは、コンセンサスKozak配列およびコンセンサスマウスκIg軽鎖シグナル配列と、それに続く本明細書中に開示される原理に従い選択されるCTLエピトープおよび/またはHTLエピトープを含む。この配列は、pcDNA3.1Myc-HisベクターによりコードされるMycおよびHisの抗体エピトープタグに融合されたオープンリーディングフレームをコードする。例えば、15ヌクレオチドが重複している、平均約70ヌクレオチド長であり得る重複オリゴヌクレオチドを合成し、そしてHPLC精製する。これらのオリゴヌクレオチドは、選択されたペプチドエピトープならびに適切なリンカーヌクレオチド、Kozak配列、およびシグナル配列をコードする。最終的なマルチエピトープミニ遺伝子を、PCRを用いる3セットの反応において重複オリゴヌクレオチドを伸長することによってアセンブリする。Perkin/Elmer9600PCR機を用い、そして合計30サイクルを、以下の条件を用いて実施する:95°Cで15秒間、各々のプライマー対の最も低いTmの計算値より5°C低いアニーリング温度で30秒間、そして72°Cで1分間。例えば、ミニ遺伝子を以下のように調製する。第一のPCR反応において、各々5μgの2つのオリゴヌクレオチドを、アニールし、そして伸長する。8つのオリゴヌクレオドすなわち、4対のプライマーを使用する実施例において、オリゴヌクレオチド1およびオリゴヌクレオチド2、オリゴヌクレオチド3およびオリゴヌクレオチド4、オリゴヌクレオチド5およびオリゴヌクレオチド6、ならびにオリゴヌクレオチド7およびオリゴヌクレオチド8を、Pfuポリメラーゼ緩衝液1×=10mMKCL、10mMNH42SO4、20mMTris-クロリドpH8.75、2mMMgSO4、0.1TritonX-100、100μg/mlBSA、0.25mMの各々のdNTP、ならびに2.5UのPfuポリメラーゼを含む100μlの反応物中で合わせる。全長の二量体産物を、ゲル精製し、そして1および2ならびに3および4の産物、5および6ならびに7および8の産物とを含む2つの反応物を混合し、アニールし、そして10サイクルにわたり伸長する。次いで、2つの反応物の半分を混合し、そして隣接するプライマーを添加して、全長の産物を増幅する前に5サイクルのアニーリングおよび伸長を実施する。この全長産物を、ゲル精製し、pCR-bluntInvitrogen中にクローニングし、そして個々のクローンを配列決定によりスクリーニングする。実施例23:プラスミド構築物およびそのプラスミド構築物が免疫原性を誘導する程度プラスミド構築物例えば、前出の実施例に従い構築されたプラスミドが免疫原性を誘導し得る程度を、エピトープ発現核酸構築物を用いてAPCを形質導入またはトランスフェクトした後、このAPCによるエピトープ提示を決定することによりインビトロで確認する。このような研究により抗原性を決定し、そしてヒトAPCの使用を可能とする。このアッセイによりこの細胞表面上のエピトープ-HLAクラスI複合体の密度を定量することによって、T細胞により認識される状態においてAPCにより提示されるエピトープの能力を決定する。定量を、APCから溶出されたペプチドの量を直接測定することにより実施し得る例えば、Sijtsら、J.Immunol.156:683~692、1996;Demotzら、Nature342:682~684、1989を参照のことか;またはペプチド-HLAクラスI複合体の数を、罹患したかまたはトランスフェクトされた標的細胞により誘導された溶解またはリンホカインの放出の量を測定し、次いで等しいレベルの溶解またはリンホカインの放出を得るために必要なペプチドの濃度を決定することにより、評価し得る例えば、Kageyamaら、J.Immunol.154:567~576、1995を参照のこと。あるいは、免疫原性を、マウスへのインビボでの注射、引き続くCTL活性およびHTL活性これらの活性を、細胞傷害性および細胞増殖性のアッセイそれぞれ、例えば、Alexanderら、Immunity1:751~761、1994において詳述されるを用いて分析するのインビトロでの評価を介して確認する。例えば、少なくとも1つのHLA-A2スーパーモチーフペプチドを有するDNAミニ遺伝子構築物がCTLをインビボで誘導する能力を確認するために、例えば、HLA-A2.1/Kbトランスジェニックマウスを、100μgの裸のcDNAを用いて筋肉内で免疫する。cDNA免疫により誘導されたCTLのレベルを比較する手段として、コントロール群の動物もまた、複数のエピトープがミニ遺伝子によりコードされるので、単一のポリペプチドとして合成された複数のエピトープを含む実際のペプチド組成物を用いて免疫する。免疫した動物由来の脾細胞を、各々の組成物ミニ遺伝子においてコードされるペプチドエピトープまたはポリエピトープペプチドをそれぞれ用いて2回刺激し、次いで51Cr放出アッセイにおいてペプチド特異的な細胞傷害性活性についてアッセイする。これらの結果は、A2拘束性エピトープに対するCTL応答の大きさを示し、従ってミニ遺伝子ワクチンおよびポリエピトープワクチンのインビボでの免疫原性を示す。従って、ミニ遺伝子が、ポリエピトープペプチドワクチンが誘発するような、HLA-A2スーパーモチーフペプチドエピトープに対する免疫応答を誘発することが見いだされる。HLA-A3およびHLA-B7のモチーフエピトープまたはスーパーモチーフエピトープによるCTL誘導を評価するために他のHLA-A3トランスジェニックマウスモデルおよびHLA-B7トランスジェニックマウスモデルを用いて同様の分析もまた実施され、それにより、このミニ遺伝子が、提供されたエピトープに対して指向される適切な免疫応答を誘発することもまた見出される。クラスIIエピトープをコードするミニ遺伝子がHTLをインビボで誘導する能力を確認するためには、DRトランスジェニックマウスにか、または適切なマウスMHC分子と交叉反応するエピトープについては、例えば、I-Ab拘束性マウスに、100μgのプラスミドDNAを筋肉内免疫する。DNA免疫により誘導されたHTLのレベルを比較する手段として、コントロール動物の群も、フロイント完全アジュバンド中に乳化した実際のペプチド組成物で免疫する。CD4T細胞すなわちHTLを、免疫した動物の脾臓細胞から精製し、そして各々の組成物ミニ遺伝子中にコードされるペプチドのそれぞれを用いて刺激する。HTL応答を、3H-チミジン取り込み増殖アッセイを用いて測定する例えば、Alexanderら、Immunity1:751~761、1994を参照のこと。この結果は、HTL応答の大きさを示し、従って、このミニ遺伝子のインビボでの免疫原性を実証する。前出の実施例において記載されるように構築されたDNAミニ遺伝子をまた、プライムブーストプロトコルprimeboostprotocolを用いてブースト剤と組み合わせたワクチンとして確認し得る。このブースト剤は、組み換えタンパク質例えば、Barnettら、AidsRes.andHumanRetroviruses14、補遺3:S299~S309、1998または例えば、完全な目的のタンパク質をコードするミニ遺伝子もしくはDNAを発現する組み換えワクチン例えば、Hankeら、Vaccine16:439~445、1998;Sedegahら、Proc.Natl.Acad.SciUSA95:7648~53、1998;HankeおよびMcMichael、Immunol.Letters66:177~181、1999;ならびにRobinsonら、NatureMed.5:526~34、1999を参照のことからなり得る。例えば、プライムブーストプロトコルにて用いられるDNAミニ遺伝子の有効性を、最初に、トランスジェニックマウスにおいて評価する。本実施例において、A2.1/Kbトランスジェニックマウスを、免疫原性ペプチド少なくとも1つのHLA-A2スーパーモチーフ保有ペプチドを含むをコードする100μgのDNAミニ遺伝子でIM免疫する。インキュベーション期間3~9週間の範囲をとるの後、このマウスを、DNAミニ遺伝子によりコードされるのと同じ配列を発現する107pfu/マウスの組み換えワクシニアウイルスを用いてIPでブーストする。コントロールマウスを、ミニ遺伝子配列を有さない100μgのDNAもしくは組み換えワクシニアを用いるか、またはこのミニ遺伝子をコードするDNAを用いるがワクシニアブーストを用いずに免疫する。2週間のさらなるインキュベーション期間の後、このマウス由来の脾細胞を、ELISPOTアッセイにおいてペプチド特異的な活性について直ちにアッセイする。さらに、脾細胞を、ミニ遺伝子中にコードされるA2拘束性ペプチドエピトープおよび組み換えワクシニアを用いてインビトロで刺激し、次いでαIFNELISA、βIFNELISA、および/またはγIFNELISAにおいてペプチド特異的な活性についてアッセイする。プライムブーストプロトコルにおいて利用されるミニ遺伝子が、HLA-A2スーパーモチーフペプチドに対してDNA単独より高い免疫応答を誘発することが見出される。そのような分析をまた、HLA-A3またはHLA-B7のモチーフエピトープまたはスーパーモチーフエピトープによるCTL誘導を評価するために、HLA-A11トランスジェニックマウスモデルまたはHLA-B7トランスジェニックマウスモデルを用いて実施し得る。ヒトにおけるプライムブーストプロトコルの使用を、プライムブーストプロトコルを用いるCTL応答の誘導と題した以下の実施例において記載する。実施例24:予防使用のためのペプチド組成物本発明のワクチン組成物を使用して、この抗原を保有する腫瘍についての危険性を有するヒトにおける109P1D4発現を予防し得る。例えば、上記実施例において選択されるエピトープのような複数のCTLエピトープおよびHTLエピトープを含むポリエピトープペプチドエピトープ組成物またはポリエピトープペプチドエピトープを含む核酸これらはまた、集団の80より多くを標的化するように選択されるを、109P1D4関連腫瘍についての危険性がある個体に投与する。例えば、ペプチドベースの組成物を、複数のエピトープを含む単一のポリペプチドとして提供する。代表的には、アジュバント例えば、フロイント不完全アジュバンドを含む生理学的溶液中でワクチンを投与する。最初の免疫のためのペプチド用量は、70kgの患者について約1μg~約50,000μgであり、一般的には100μg~5,000μgである。ワクチンの最初の投与に引き続いて、4週間目にブースター投与をし、さらに引き続いてPBMCサンプル中のエピトープ特異的CTL集団の存在を決定する技術により患者における免疫応答の大きさの評価をする。さらなるブースター用量を、必要である場合に投与する。この組成物は、109P1D4関連疾患に対する予防薬として安全かつ効果的であることが見出される。あるいは、代表的にトランスフェクト薬剤を含む組成物を、当該分野において公知の方法論および本明細書中で開示される方法論に従い、核酸ベースのワクチンの投与のために使用する。実施例25:ネイティブの109P1D4配列由来のポリエピトープワクチン組成物ネイティブの109P1D4ポリタンパク質配列を、複数のエピトープを含むポリタンパク質の比較的短い領域を同定するために、好ましくは、各々のクラスIおよび/またはクラスIIのスーパーモチーフまたはモチーフについて規定されるコンピューターアルゴリズムを用いて分析する。好ましくは、この比較的短い領域は、全長のネイティブの抗原より長さが短い。複数の別個の、または重複するネスト化されたnestedエピトープを含むこの比較的短い配列を、ミニ遺伝子構築物を作製するために使用し得る。この構築物を、ネイティブのタンパク質配列に対応するペプチドを発現するように操作する。この比較的短いペプチドは、一般的に250アミノ酸長未満であり、しばしば100アミノ酸長未満であり、好ましくは75アミノ酸長未満であり、より好ましくは50アミノ酸長未満である。このワクチン組成物のタンパク質配列は、この配列中に含まれる最大数のエピトープを有するすなわち、それは、高濃度のエピトープを有するので、このワクチン組成物のタンパク質配列を選択する。本明細書中に示されるように、エピトープモチーフは、ネスト化されていても、重複してもよいすなわち、互いに対してフレームシフトしてもよい。例えば、重複エピトープを用いて、2つの9マーエピトープおよび1つの10マーエピトープが、10アミノ酸のペプチド中に存在し得る。そのようなワクチン組成物を、治療目的または予防目的のために投与する。このワクチン組成物としては、例えば、109P1D4抗原由来の複数のCTLエピトープおよび少なくとも1つのHTLエピトープが挙げられる。このポリエピトープネイティブ配列を、ペプチドとしてかまたはこのペプチドをコードする核酸配列としてかのいずれかで投与する。あるいは、アナログを、そのネイティブ配列から作製し得、それにより1つ以上のエピトープが、そのポリエピトープペプチドの交叉反応性特性および/または結合親和性特性を変化させる置換を含む。本実施例の実施形態は、免疫系プロセシングの未だ発見されていない局面を、ネイティブのネスト化された配列に適用し、それにより治療的または予防的な免疫応答を誘導するワクチン組成物の産生を容易にする可能性を提供する。さらに、そのような実施形態は、現在未知のHLA構造についてのモチーフ保有エピトープの可能性を提供する。さらに、この実施形態類似の実施形態を除くは、免疫応答をネイティブの109P1D4中に実際に存在する複数のペプチド配列に向け、それにより、任意の連結するエピトープを評価する必要性を除外する。最後に、この実施形態は、ペプチドワクチン組成物または核酸ワクチン組成物を産生する場合の規模の経済性を提供する。この実施形態に関して、標的配列において、配列長あたり最も多数のエピトープを同定するために使用され得るコンピュータープログラムが、当該分野において利用可能である。実施例26:複数の抗原由来のポリエピトープワクチン組成物本発明の109P1D4ペプチドエピトープを、他の標的腫瘍関連抗原由来のエピトープと組み合わせて使用して、109P1D4抗原およびそのような他の抗原を発現する癌の予防および処置に有用なワクチン組成物を作製する。例えば、ワクチン組成物を、109P1D4由来の複数のエピトープおよび109P1D4発現に関連する標的の癌でしばしば発現される腫瘍関連抗原を組み込む、単一のポリペプチドとして提供し得るか、または1つ以上の別個のエピトープのカクテルを含む組成物として投与し得る。あるいは、このワクチンを、ミニ遺伝子構築物として、またはインビトロでペプチドエピトープをロードした樹状細胞として投与し得る。実施例27:免疫応答を評価するためのペプチドの使用本発明のペプチドを、109P1D4に対する特異的抗体、CTLまたはHTLの存在についての免疫応答を分析するために使用し得る。そのような分析を、Oggら、Science279:2103~2106、1998に記載される様式で実施し得る。本実施例において、本発明に従うペプチドを、診断目的または予防目的のための試薬として免疫原としてではなく使用する。本実施例において、高度に感受性なヒト白血球抗原四量複合体四量体を、例えば、疾患の異なる病期またはA0201モチーフを含む109P1D4ペプチドを含む免疫後のHLAA0201陽性個体由来の109P1D4HLA-A0201特異的CTL頻度の横断解析のために使用する。四量体複合体を、記載されるMuseyら、N.Engl.J.Med.337:1267、1997ように合成する。簡単には、精製したHLA重鎖本実施例におけるA0201およびβ2-ミクログロブリンを、原核生物発現系によって合成する。この重鎖を、膜貫通-細胞質ゾルテールの欠失およびBirA酵素ビオチン化部位を含む配列のCOOH末端付加により改変する。重鎖、β2-ミクログロブリン、およびペプチドを、希釈により再折り畳みする。この45kDの再折り畳み産物を、高速タンパク質液体クロマトグラフィーによって単離し、次いでビオチンSigma、St.Louis、Missouri、アデノシン5’三リン酸およびマグネシウムの存在下でBirAによりビオチン化する。ストレプトアビジン-フィコエリトリン結合体を、1:4のモル比で添加し、四量体産物を1mg/mlまで濃縮する。得られた産物を、四量体-フェコエリトリンという。患者の血液サンプルの分析のために、約100万個のPBMCを、300gで5分間遠心分離し、50μlの冷リン酸緩衝化生理食塩水に再懸濁する。三色分析を、抗CD8-トリカラーTricolor、および抗CD38と共に四量体-フィコエリトリンを用いて実施する。PBMCを、氷上で四量体および抗体と共に30~60分間インキュベートし、次いでホルムアルデヒド固定の前に2回洗浄する。99.98より多くのコントロールサンプルを含むようなゲートを適用する。四量体についてのコントロールは、A0201陰性の個体およびA0201陽性の罹患していないドナーの両方を含む。次いで、この四量体を用いて染色された細胞の百分率を、フローサイトメトリーによって決定する。この結果は、PBMCサンプル中のエピトープ拘束性CTL含有細胞の数を示し、これにより109P1D4エピトープに対する免疫応答の程度、従って、109P1D4への曝露の状態、または予防的応答もしくは治療的応答を誘発するワクチンへの曝露の状態を容易に示す。実施例28:リコールrecall応答を評価するためのペプチドエピトープの使用本発明のペプチドエピトープを、患者におけるT細胞応答例えば、急性またはリコール応答を評価するための試薬として使用する。そのような分析を、109P1D4関連疾患から回復した患者または109P1D4ワクチンでワクチン接種した患者において実施し得る。例えば、ワクチン接種したヒトのクラスI拘束性CTL応答を分析し得る。このワクチンは、任意の109P1D4ワクチンでよい。PBMCを、ワクチン接種した個体から回収し、HLA型決定する。次いで、複数のHLAスーパータイプファミリーメンバーに交叉反応性を提供するためのスーパーモチーフを必要に応じて保有する本発明の適切なペプチドエピトープを、そのHLA型を保有する個体由来のサンプルの分析のために使用する。ワクチン接種した個体由来のPBMCを、Ficoll-Histopaque密度勾配SigmaChemicalCo.、St.Louis、MOで分離し、HBSSGIBCOLaboratories中で3回洗浄し、熱不活性化10のヒトAB血清を含むL-グルタミン2mM、ペニシリン50U/ml、ストレプトマイシン50μg/mlおよびHepes10mMを補充したRPMI-1640GIBCOLaboratories完全RPMI中に再懸濁し、マイクロ培養形式を用いてプレートする。本発明のエピトープを含む合成ペプチドを、各々のウェルに10μg/mlで添加し、そしてHBVコア128~140エピトープを、刺激の第一週目の間、T細胞ヘルプの供給源として各々のウェルに1μg/ml添加する。マイクロ培養形式において、4×105PBMCを、100μl/ウェルの完全RPMIの96ウェルの丸底プレート中で、8つの複製培養物中にてペプチドで刺激する。3日目および10日目に、100μlの完全RPMIおよび20U/mlの最終濃度のrIL-2を、各々のウェルに添加する。7日目に、この培養物を、96ウェルの平底プレートに移し、そしてペプチド、rIL-2および105の照射3,000radの自己フィーダー細胞を用いて再刺激する。この培養物を、14日目に細胞傷害活性について試験する。陽性CTL応答は、前に記載されるようなRehermannら、NatureMed.2:1104、1108、1996;Rehermannら、J.Clin.Invest.97:1655~1665、1996;およびRehermannら、J.Clin.Invest.98:1432~1440、1996罹患していないコントロール被験体との比較に基づいて、8つの複製培養物のうち2つ以上が10より多い特異的51Cr放出を示すことを必要とする。標的細胞株は、自己由来かつ同種異系のEBV形質転換したB-LCLであり、これらは、両方AmericanSocietyforHistocompatibilityandImmunogeneticsASHI、Boston、MAから購入されるか、または記載されるようにGuilhotら、J.Virol.66:2670~2678、1992患者のプールから樹立されるかのいずれかである。細胞傷害性アッセイを、以下の様式で実施する。標的細胞は、同種異系のHLA適合性Bリンパ芽球細胞株または自己由来のEBV形質転換Bリンパ芽球細胞株のいずれかからなり、これらを、10μMの本発明の合成ペプチドエピトープと共に一晩インキュベートし、そして100μCiの51CrAmershamCorp.、ArlingtonHeights、ILを用いて1時間にわたり標識し、その後これらを、HBSSを用いて4回洗浄する。細胞傷害活性を、3,000標的/ウェルを含むU底の96ウェルプレートを用いる標準的な4時間の、別々のウェルの51Cr放出アッセイにおいて決定する。刺激されたPBMCを、20~50:1のエフェクター/標的E/Tの比率で14日目に試験する。細胞傷害性を、以下の式から決定する:100×[実験的放出-自発的放出/最大放出-自発的放出]。最大放出を、界面活性剤2TritonX-100;SigmaChemicalCo.、St.Louis、MOによる標的の溶解により決定する。自発的放出は、全ての実験について最大放出の25未満である。このような分析の結果は、HLA拘束性CTL集団が、109P1D4または109P1D4ワクチンへの以前の曝露により刺激された程度を示す。同様に、クラスII拘束性HTL応答もまた分析し得る。精製されたPBMCを、1.5×105細胞/ウェルの密度の96ウェルの平底プレート中で培養し、10μg/mlの本発明の合成ペプチド、109P1D4抗原全体、またはPHAを用いて刺激する。細胞を、各々の条件について4~6ウェルのレプリカとして慣用的にプレートする。7日間の培養の後、培地を除去し、そして10U/mlのIL-2を含む新しい培地と置換する。2日後、1μCiの3Hチミジンを、各々のウェルに添加し、そしてさらに18時間にわたりインキュベーションを続ける。次いで、細胞DNAを、ガラスファイバーマット上に回収し、そして3Hチミジン取り込みについて分析する。抗原特異的T細胞増殖を、抗原の存在下での3Hチミジン取り込みを抗原の非存在下での3Hチミジン取り込みで割った比として計算する。実施例29:ヒトにおける特異的CTL応答の誘導本発明のCTLエピトープおよびHTLエピトープを含む免疫原性組成物についてのヒト臨床試験を、IND第I相、用量上昇研究として設定し、そして無作為化した二重盲検偽薬制御試験として実施する。そのような試験を、例えば、以下のように設計する:全体で約27人の個体を登録し、そして3つのグループに分ける;グループI:3人の被験体に偽薬を注射し、そして6人の被験体に5μgのペプチド組成物を注射する;グループII:3人の被験体に偽薬を注射し、そして6人の被験体に50μgのペプチド組成物を注射する;グループIII:3人の被験体に偽薬を注射し、そして6人の被験体に500μgのペプチド組成物を注射する。最初の注射の4週間後に、全ての被験体に同じ投与量で追加免疫接種した。この研究において測定される終点は、このペプチド組成物の安全性および許容性、ならびにその免疫原性に関連する。このペプチド組成物に対する細胞性免疫応答は、このペプチド組成物の固有の活性の指標であり、従って生物学的有効性の尺度として見られ得る。以下は、安全性および有効性の終点に関する臨床データおよび研究室データを要約する。安全性:有害な事象の発生率を、偽薬処置群および薬物処置群においてモニターし、そしてその程度および可逆性をもって評価する。ワクチン有効性の評価:ワクチン有効性の評価のために、注射前後に、被験体から採血する。末梢血液単核細胞を、Ficoll-Hypaque密度勾配遠心分離により新しいヘパリン化血液から単離し、凍結媒体中にアリコート化し、そして凍結保存する。サンプルを、CTL活性およびHTL活性についてアッセイする。ワクチンが、安全でありかつ有効であることが見出される。実施例30:109P1D4を発現する患者における第II相試験第II相試験を、109P1D4を発現する癌を有する患者へのCTL-HTLペプチド組成物の投与の効果を研究するために実施する。この試験の主要な目的は、109P1D4を発現する癌患者においてCTLを誘導するために有効な用量とレジメンを決定すること、これらの患者においてCTL応答およびHTL応答を誘導することの安全性を樹立すること、ならびに、どの程度のCTLの活性化が、例えば、病巣の減少および/または萎縮により明らかになるようなこれらの患者の臨床像を改善するかをみることである。このような研究を、例えば、以下のように設計する。この研究を、複数のセンターにおいて実施する。この試験の設計は、オープンラベルの未制御用量上昇プロトコルであり、ここで、このペプチド組成物を、単回容量として投与し、続いて、6週間後に同じ用量の単回の追加免疫注射を行う。この投与量は、注射一回あたり50μg、500μg、および5,000μgである。薬物関連の有害な効果重篤度および可逆性を記録する。3つの患者のグループが存在する。第一のグループに50μgのこのペプチド組成物を注射し、第二および第三のグループにそれぞれ、500μgおよび5,000μgのペプチド組成物を注射する。各々のグループ内の患者は、21歳~65歳の範囲であり、そして種々の人種集団バックグラウンドを示す。彼らの全ては、109P1D4を発現する腫瘍を有する。臨床的発現または抗原特異的T細胞応答を、このペプチド組成物を投与することの効果を評価するためにモニタリングする。このワクチン組成物が、109P1D4関連疾患の処置において安全かつ有効であることが見出される。実施例31:プライムブーストプロトコルを用いるCTL応答の誘導プラスミド構築物およびそのプラスミド構築物が免疫原性を誘導する程度と題された実施例において上述したような、トランスジェニックマウスにおけるDNAワクチンの有効性を確認するために使用されるプロトコルと根底にある原理が類似するプライムブーストプロトコルをまた、ヒトにワクチンを投与するために使用し得る。そのようなワクチンレジメンは、例えば、裸のDNAの最初の投与と、その後の、そのワクチンをコードする組み換えウイルス、またはアジュバント中で投与される組み換えタンパク質/ポリペプチドもしくはペプチド混合物を用いるブーストを含み得る。例えば、最初の免疫を、発現ベクター例えば、遺伝子マルチエピトープDNAプラスミドの構築と題した実施例において、複数の部位で0.5mg~5mgの量でIMまたはSCまたはID投与される裸の核酸の形態で構築されるような発現ベクターを用いて実施し得る。この核酸0.1μg~1000μgをまた、遺伝子銃を用いて投与し得る。3~4週間のインキュベーション期間の後、次いで、ブースター用量を投与する。このブースターは、5×107pfu~5×109pfuの用量で投与される組み換え鶏痘ウイルスであり得る。代替的な組み換えウイルス例えば、MVAウイルス、カナリア痘ウイルス、アデノウイルス、またはアデノ随伴ウイルスをまた、ブースターのために使用し得るか、またはポリエピトープタンパク質もしくはこれらのペプチドの混合物を投与し得る。ワクチン有効性の評価のために、免疫前ならびに最初のワクチンおよびワクチンのブースター用量の投与後に、間隔を空けて患者の血液サンプルを得る。末梢血液単核細胞を、Ficoll-Hypaque密度勾配遠心分離により新しいヘパリン化血液から単離し、凍結培体中にアリコート化し、そして凍結保存する。サンプルを、CTL活性およびHTL活性についてアッセイする。これらの結果の分析は、109P1D4に対する治療的免疫または保護免疫を達成するのに十分な強度の応答が産生されることを示す。実施例32:樹状細胞DCを用いるワクチン組成物の投与本発明のペプチドエピトープを含むワクチンを、APCまたはプロフェッショナルAPC例えば、DCを用いて投与し得る。本実施例において、ペプチドパルスされたDCを、患者に投与して、インビボでCTL応答を刺激する。この方法において、樹状細胞を、単離し、拡大させ、そして本発明のペプチドCTLエピトープおよびペプチドHTLエピトープを含むワクチンでパルスする。これらの樹状細胞を患者に注入して戻し、インビボでCTL応答およびHLT応答を誘発させる。次いで、誘導されたCTLおよびHTLは、このワクチン中のエピトープが由来する109P1D4タンパク質を保有する標的細胞をそれぞれ破壊するか、または破壊を促進する。例えば、エピトープを含むペプチドのカクテルを、PBMCまたはそれから単離したDCにエキソビボで投与する。DCの回収を容易にするための医薬例えば、ProgenipoietinTMMonsanto、St.Louis、MOまたはGM-CSF/IL-4を用い得る。ペプチドを用いてDCをパルスした後、および患者への再注入の前に、このDCを洗浄して、結合していないペプチドを除去する。臨床的に理解され、そして臨床的結果に基づいて当業者により容易に決定されるように、患者に再注入されるDCの数は変化し得る例えば、NatureMed.4:328、1998;NatureMed.2:52、1996およびProstate32:272、1997を参照のこと。患者1人あたり2~50×106個のDCを代表的に投与するが、より多い数のDC例えば、107または108もまた、提供し得る。そのような細胞集団は、代表的に、50~90の間のDCを含む。いくつかの実施形態において、ペプチドをロードしたPBMCを、DCを精製することなく患者に注射する。例えば、薬剤例えば、ProgenipoietinTMでの処理の後に産生されたPBMCを、DCを精製することなく患者に注射する。投与されるPBMCの総数は、しばしば、108~1010の範囲をとる。一般的に、患者に注射される細胞用量は、例えば、特異的な抗DC抗体を用いる免疫蛍光分析により決定されるような、各患者の血液中のDCのパーセンテージに基づく。従って、例えば、ProgenipoietinTMが所定の患者の末梢血液中の2のDCを動員し、そしてその患者が5×106DCを受容している場合、この患者に、合計2.5×108ペプチドをロードしたPBMCを注射する。薬剤例えば、ProgenipoietinTMにより動員されたDCは、代表的に、2~10の間であると評価されるが、当業者に理解されるように変化し得る。エキソビボでのCTL/HTL応答の活性化あるいは、109P1D4抗原に対するエキソビボでのCTL応答またはHTL応答は、APC例えば、DCの供給源および免疫原性ペプチドと共に、患者の、または遺伝的に適合性のCTL前駆体細胞またはHTL前駆体細胞を、組織培養中でインキュベーションすることによって誘導され得る。適切なインキュベーション時間代表的には約7~28日間後、その前駆該細胞は活性化され、そしてエフェクター細胞中へと拡大される。このエフェクター細胞は患者中に注入され、特異的標的細胞すなわち、腫瘍細胞を破壊するCTLかまたは破壊を促進するHTL。実施例33:モチーフ保有ペプチドの同定および確認の代替方法モチーフ保有ペプチドを同定および確認する別の方法は、規定されたMHC分子を保有する細胞からそのペプチドを溶出することである。例えば、組織型決定に使用されるEBVで形質転換されたB細胞株は、どのHLA分子をこれらが発現するかを決定するように広範に特徴付けられている。特定の場合において、これらの細胞は、HLA分子の単一型のみを発現する。これらの細胞は、目的の抗原例えば、109P1D4を発現する核酸でトランスフェクトされ得る。次いで、トランスフェクションの結果として産生されるペプチドの内因性抗原プロセシングによって産生されるペプチドは、細胞内のHLA分子に結合し、そして輸送されて細胞表面に提示される。次いで、温和な酸性条件にさらすことによって、ペプチドをHLA分子から溶出し、そしてこれらのアミノ酸配列を、例えば、質量分析例えば、Kuboら,J.Immunol.152:3913,1994によって決定する。特定のHLA分子に結合するペプチドの大部分はモチーフを保有していることから、これは、細胞上で発現される特定のHLA分子と関連するモチーフ保有ペプチドを得るための代替の様式である。あるいは、内在性HLA分子を発現しない細胞株が、単一のHLA対立遺伝子をコードする発現構築物でトランスフェクトされ得る。次いで、これらの細胞は、記載されるように使用され得るすなわち、これらの細胞は、細胞表面上に提示されている109P1D4に対応するペプチドを単離するために、109P1D4をコードする核酸でトランスフェクトされ得る。このような分析から得られたペプチドは、細胞中で発現される単一のHLA対立遺伝子への結合に対応するモチーフを保有する。当業者に理解されるように、1つより多いHLA対立遺伝子を保有する細胞において同様の分析を実施し得、そしてそれに続く発現された各HLA対立遺伝子に対して特異的なペプチドを決定し得る。さらに、当業者はまた、タンパク質抗原でのローディングのようなトランスフェクション以外の手段が、細胞に対する抗原供給源の提供のために使用され得ることを認識する。実施例34:相補ポリヌクレオチド109P1D4コード配列またはその任意の部分に相補的な配列を使用して、天然に存在する109P1D4の発現を検出するか、減少するか、または阻害する。約15~30塩基対を含むオリゴヌクレオチドの使用が記載されるが、より小さい配列フラグメントまたはより大きい配列フラグメントを用いて実質的に同一の手段を使用する。適切なオリゴヌクレオチドを、例えば、OLIGO4.06ソフトウェアNationalBiosciencesおよび109P1D4のコード配列を使用して設計する。転写を阻害するために、相補オリゴヌクレオチドを、最も独特な5’側配列から設計し、そしてその相補オリゴヌクレオチドを使用して、コード配列へのプロモーターの結合を阻止する。翻訳を阻害するために、相補オリゴヌクレオチドを設計して、109P1D4をコードする転写産物へのリボソーム結合を阻止する。実施例35:109P1D4特異的抗体を使用する、天然に存在する109P1D4または組換え109P1D4の精製天然に存在する109P1D4または組換え109P1D4を、109P1D4に特異的な抗体を使用して、免疫親和性クロマトグラフィーによって実質的に精製する。免疫親和性カラムを、活性化されたクロマトグラフィー樹脂例えば、CNBr-活性化HAROSEAmershamPharmaciaBiotechに抗109P1D4抗体を共有結合させることによって構築する。この結合後、樹脂をブロックし、そして製造者の指示書に従って洗浄する。109P1D4を含む媒体を、免疫親和性カラムを通過させ、そしてそのカラムを109P1D4を優先的に吸着する条件下例えば、界面活性剤の存在下における高イオン強度緩衝液で洗浄する。このカラムを、抗体/109P1D4の結合を妨害する条件下例えば、pH2~pH3の緩衝液、または高濃度のカオトロープ例えば、尿素またはチオシアネートイオンで溶出し、そしてGCR.Pを回収する。実施例36:109P1D4と相互作用する分子の同定109P1D4または生物学的に活性なそのフラグメントを、1211Bolton-Hunter試薬で標識する。例えば、Boltonら1973Biochem.J.133:529.を参照のこと。マルチウェルプレートのウェル中に事前に並べられた候補分子を、標識した109P1D4とともにインキュベートし、洗浄し、そして標識された109P1D4複合体を含む任意のウェルをアッセイする。異なる濃度の109P1D4を使用して得られたデータを使用して、候補分子との109P1D4の数、親和性、および会合の値を算出する。実施例37:109P1D4腫瘍増殖促進についてのインビボアッセイ腫瘍細胞増殖に対する109P1D4タンパク質の効果を、腫瘍保有マウスにおける遺伝子の過剰発現により、インビボで評価する。例えば、SCIDマウスに、tkNeo空ベクターまたは本発明の核酸配列を含む、1×106個の、PC3細胞、DU145細胞、または3T3細胞株のいずれかを、各側腹部に皮下注射する。以下の少なくとも2つの戦略を使用し得る:1ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルスUK2,211,5041989年7月5日公表、アデノウイルス例えば、アデノウイルス2、ウシパピローマウイルス、鳥類肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、B型肝炎ウイルスおよびシミアンウイルス40SV40のようなウイルスのゲノムから得られる構成的プロモーター、または異種哺乳動物プロモーター例えば、アクチンプロモーターまたは免疫グロブリンプロモーター但し、このようなプロモーターは宿主細胞系と適合性であるから得られる構成的プロモーターのようなプロモーターの制御下での構成的発現、ならびに2誘導性ベクター系例えば、エクジソン、tetなどの制御下での調節された発現但し、このようなプロモーターは宿主細胞系と適合性である。次いで、腫瘍体積を、明らかな腫瘍の出現においてモニターし、経時的に追跡して、本発明の遺伝子を発現している細胞が、より速い速度で増殖するか否か、および109P1D4タンパク質発現細胞の腫瘍が、変更された攻撃性例えば、転移の増強、血管新生、化学療法薬物に対する応答性の減少の特徴を示すか否かを決定する。さらに、マウスに、1×105個の同一の細胞が同じ場所に移植され得、本発明のタンパク質が、前立腺癌における局所増殖または細胞の転移する能力特に、肺、リンパ節、および骨髄に転移する能力に対する効力を有するか否かを決定する。このアッセイはまた、候補治療組成物例えば、109P1D4タンパク質関連の細胞内発現抗体intrabody、109P1D4遺伝子関連アンチセンス分子およびリボザイムの抑制性効果を決定するのに有用である。実施例38:インビボにおける腫瘍の109P1D4モノクローナル抗体媒介性阻害表Iのガン組織中の109P1D4タンパク質の著しい発現および正常組織中の制限的発現、ならびに109P1D4タンパク質の予測された細胞表面発現は、109P1D4タンパク質を抗体治療の優れた標的にしている。同様に、109P1D4タンパク質は、T細胞ベースの免疫治療にとって標的である。従って、例えば、前立腺癌において発現された109P1D4遺伝子について、抗109P1D4タンパク質mAbのヒト前立腺癌異種移植マウスモデルにおける治療上の効能を、アンドロゲン非依存性のLAPC-4異種移植およびLAPC-9異種移植Craft,N.ら、CancerRes,1999.5919:p.5036~6および109P1D4のアンドロゲン非依存性組換え細胞株PC-3例えば、Kaighn,M.E.ら、InvestUrol,1979.171:p.16~23を参照のことを用いて評価する;類似モデルをその他の癌について使用する。腫瘍の増殖および転移の形成に対する抗体の効力を、例えば、マウスの同所性前立腺癌異所移植モデルおよびマウスの腎臓異種移植モデルにおいて研究する。この抗体は、この実施例において議論されている通り、非接合であり得るか、または、当該分野で理解されているように、治療様式に接合され得る。抗109P1D4タンパク質のmAbは、アンドロゲン依存性LAPC-9およびアンドロゲン非依存性PC3-109P1D4タンパク質腫瘍異種移植の両方の形成を阻害する。抗109P1D4タンパク質mAbはまた、確立した同所性腫瘍の増殖を遅延し、そして腫瘍保有マウスの生存を延長する。これらの結果は、局所的な前立腺癌および進行した段階の前立腺癌の処置における抗109P1D4タンパク質mAbの有用性を示す例えば、Saffran,D.ら、PNAS10:1073~1078またはWorldWideWebURLww.pnas.org/cgi/doi.10.1073/pnas.051624698を参照のこと。抗-109P1D4タンパク質mAbの投与は、確立した同所性腫瘍増殖および遠位部位への転移の阻害につながり、腫瘍保持マウスの生存の著しい延長をもたらす。これらの研究は、本発明のタンパク質は、免疫治療法にとって魅力的な標的であり、そして局所的ガンおよび転移性の癌の処置としての109P1D4タンパク質mAbの治療可能性を示す。この例は、非接合の109P1D4タンパク質関連モノクローナル抗体は、SCIDマウスにおいて成長したヒト前立腺腫瘍異種移植およびヒト腎臓異種移植の増殖を阻害するのに有効である;従って、このような有効なモノクローナル抗体もまた有効である。複数の非結合mAbを用いた腫瘍抑制材料および方法109P1D4モノクローナル抗体:モノクローナル抗体は、表題Generationof109P1D4MonoclonalAntibodiesの実施例に記載されるように、本発明のタンパク質に対して惹起される。この抗体は、本発明のそれぞれのタンパク質に結合するこれらの能力について、ELISA、ウェスタンブロット、FACS、および免疫沈降によって特徴付けられる。エピトープマッピングデータ例えば、ELISAおよびウェスタン分析によって測定されるような抗109P1D4mAbについてのエピトープマッピングデータは、この抗体がそれぞれの109P1D4タンパク質上のエピトープを認識することを示している。前立腺癌組織および前立腺細胞の免疫組織化学的分析を、これらの抗体を用いて行う。このモノクローナル抗体は、プロテインGセファロースクロマトグラフィー、PBSに対する透析、濾過滅菌、および-20°Cでの貯蔵によって、腹水またはハイブリドーマ組織培養上清から精製される。タンパク質測定をBrafordアッセイBio-Rad,Hercules,CAによって実施する。治療モノクローナル抗体、または個々のモノクローナル抗体の混合物を含むカクテルを調製し、そして、LAPC-9前立腺腫瘍異種移植の皮下注射または同所注射されたマウスの処置のために使用する。がん性異種移植片およびがん細胞株LAPC-9異種移植片は、野生型のアンドロゲンレセプターを発現し、前立腺特異的抗原PSAを産生する。この移植片を、皮下トロカールインプラントCraft,Nら、前掲によって6~8週齢の重症複合免疫不全SCIDマウスTacnicFarmsで培養させる。この前立腺がん腫細胞株PC3AmrricanTypeCultureCollectionを、L-グルタミンおよび10FBSを補充したRPMI中で維持する。本発明のタンパク質を発現する組換えPC3細胞および組換え3T3細胞の集団を、Hubert,R.S.ら、STEAP:aprostate-specificcell-surfaceantigenhighlyexpressedinhumanprostatetumors.Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1999.9625p.1425~8に記載されるようなレトロウイルス遺伝子移入によって、作製する。本発明の抗タンパク質染色は、FITC結合体化ヤギ抗マウス抗体SouthernBiotechnologyAsscociatesを使用して、その後に、CulterEpics-XLフローサイトメトリーによって検出される。異種移植片マウスモデル皮下s.c.腫瘍を、雄性SCIDマウスの右脇腹に、MatrigelCollaborativeResearchと1:1の希釈で混合された1×106個のがん細胞を注射することによって作製する。腫瘍形成における抗体効力を試験するために、i.p.抗体注射を、腫瘍細胞注射と同じ日に開始する。コントロールとして、マウスに、精製マウスIgGICNもしくはPBS;またはヒト細胞中に発現されない無関係の抗原を認識する精製モノクローナル抗体のいずれかを注射する。腫瘍サイズは、ノギス測定によって決定され、そして腫瘍体積は、長さ×幅×高さから算出される。1.5cmよりも大きい直径のs.c.腫瘍を有するマウスを屠殺する。PSAレベルを、PSAELISAキットAnogen,Mississauga,Ontarioを使用することによって決定した。例えば、抗109P1D4タンパク質mAbsの循環レベルを、キャプチャーELISABethylLaboratories,Montgomery,TXによって決定した例えば、Saffran,D.PNAS10:1073~1078またはwww.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.051624698を参照のこと。同所性の注射をケタミン/キシラジンを使用することによって、麻酔下で実施する。前立腺同所性研究のために、腹を通って切開し、膀胱および精嚢を露出させ、それらをその切開した部位を介して、取り出して、腹側の前立腺を露出させる。LAPC-9細胞またはPC3細胞5×105を、Matrigelと混合して、10μlの体積で腹側の葉に注入した。腫瘍増殖をモニターするために、PTAレベルを測定するために1週間おきにマウスから採血する。前立腺同所性研究のために、膀胱および精嚢を露出させるために腹筋を通って切開し、前立腺背部を露出させるために切開を送達する。Matrigelと混合されたLAPC-9細胞5×105のような腫瘍細胞を10μl容量で前立腺に注射するYoshidaYら,AnticancerRes.1998,18:327;Ahnら,TumourBiol.2001,22:146。腫瘍成長をモニターするために、PSAレベルを測定するために1週間おきにマウスを採血する。これらのマウスを、適切な処置のためにグループに分離して、抗タンパク質またはコントロールmAbが、腹腔内注射される。抗109P1D4タンパク質mAbは、代表的な109P1D4タンパク質発現異種移植片がん腫瘍の増殖を阻害する腫瘍形成に対する抗109P1D4mAbの効果を、本発明の同所モデルのLAPC-9およびPC3タンパク質を使用して試験する。皮下腫瘍モデルと比較して、これらの同所性モデルは、それぞれのマウスの前立または腎臓に直接的に腫瘍細胞を注射することを必要とし、局所的腫瘍増殖、遠位部位への転移の発生、マウスの健康の悪化、およびそれに続く死を生じるSaffran,D.ら,PNAS前出;Fu,X.ら,IntJCancer,1992.526:p.987-90;Kubota,T.,JCellBiochem,1994.561:p.4-8。この特徴は、同所性モデルをより代表的なヒトの疾患進行のモデルとし、そして臨床的に関連する終点におけるmAbの治療効果を追跡することを可能にする。従って、腫瘍細胞をマウスの器官に注射し、そして2日後、このマウスを2つのグループに分けて以下のいずれかで処理する:a200~500μgの抗109P1D4Ab、またはbPBS2~5週間にわたり1週間に3度。同所性前立腺がんモデルの主要な利点は、転移の発生を研究することができることである。確立された同所性腫瘍を保有するマウス中の転移の形成を、LAPC-9異種移植片において高レベルで発現している前立腺特異的細胞表面タンパク質STEAPに対する抗体を使用して肺切片におけるIHC分析によって研究するHubert,R.S.らProc.Natl.Acad.Sci.USA,1999,9625:p14523~8。確立された同所性のLAPC-9または組換えPC3-1091D4タンパク質腫瘍を保有するマウスは、4週間にわたって抗109P1D4mAbまたはPBSのいずれかの1000μg注射を投与される。両方のグループのマウスは、高い全身腫瘍組織量IAPC-9について300ng/mlよりも大きいPSAレベルを確立し得、マウスの肺における転移形成を確実に高頻度にさせる。次いで、マウスを屠殺し、それらの前立腺、および肺臓をIHC分析によって腫瘍細胞の存在について分析する。これらの研究は、異種移植片マウスモデルでの前立腺がんの発生および進行に対する、抗109P1D4抗体の広範な抗腫瘍効力を示す。抗109P1D4タンパク質抗体は、腫瘍形成を阻害し、既に確立された腫瘍の増殖を遅延化し、処置されたマウスの生存を延長させる。さらに、抗109P1D4mAbは、大きい全身腫瘍組織量の存在下でさえも局所的な膀胱腫瘍および前立腺腫瘍の、遠位部位への拡散に対して劇的な阻害効果を示す。従って、抗109P1D4mAbは、主要な臨床的に関連する終点腫瘍増殖、生存性の延長および健康に対して効能がある。実施例39:ヒトにおける抗109P1D4抗体の治療的使用および診断的使用抗109P1D4モノクローナル抗体は安全であり、ヒトにおける診断目的、予防目的、予後目的および/または治療目的のために有効に使用される。抗109P1D4mAbを使用した、がん組織およびがん異種移植片のウェスタンブロットおよび免疫組織化学的な分析は、がんにおいて強く広範囲の着色が示されるが、正常組織において有意に低いかまたは検出不可能なレベルを示す。がんおよび転移疾患における109P1D4の検出は、診断指標および/または予後指標としてのmAbの有用性を実証する。抗109P1D4抗体は、従って、診断適用例えば、疑わしい患者からのがんを検出するための腎臓生体標本の免疫組織学的方法において使用される。フローサイトメトリーで測定されるように、抗109P1D4mAbは、特異的にがん細胞に結合する。従って、抗109P1D4抗体は、109P1D4の発現を示す局所性がんおよび転移の検出のために診断的全身画像化適用例えば、放射免疫シンチグラフィーおよび放射免疫治療において使用される例えば、PotamianosSら、AnticancerRes202A:925~9482000を参照のこと。109P1D4の細胞外ドメインの細胞外環境への発散または放出例えば、アルカリホスファターゼB10に見られるMeerson,N,R,Hepatology27:563~5681998は、疑わしい患者からの血清および/または尿サンプルにおいて、抗109P1D4抗体による109P1D4の診断的検出を可能にする。109P1D4を特異的に結合する抗109P1D4抗体は、109P1D4を発現するがんの処置のために、治療的な適用において使用される。抗109P1D4抗体は、非結合様式および、抗体が当該分野で周知の様々な治療的様式または画像化様式例えば、プロドラッグ、酵素または放射性同位体の1つと結合される、結合体化形態として使用される。前臨床の研究において、非結合および結合抗109P1D4抗体は、SCIDマウスがん異種移植モデル例えば、腎臓がんモデルAGS-K3およびAGS-K6における腫瘍予防および成長阻害の効能について試験される例えば、109P1D4MonoclonalAntibody-MediatedInhibitionofBladderandLungTumorsInVivoと題される実施例を参照のこと。結合抗109P1D4抗体および非結合抗109P1D4抗体のいずれかが、ヒト臨床試験における治療的様式として単独、または以下の実施例において記載されるような他の治療と組み合わせのいずれかで使用される。実施例40:インビボでのヒト抗109P1D4抗体の使用を介した、ヒトがん腫の処置および診断のためのヒト臨床試験109P1D4上のエピトープを認識する抗体を本発明に従って使用し、そしてこの抗体を、表1に列挙されるような特定の腫瘍の処置において使用する。多数の因子109P1D4発現レベルを含むに基づいて、表1に列挙されるような腫瘍は、現在好ましい指標である。これらの指標の各々と関連して、3つの臨床的アプローチを、首尾よく実行する。I.補助的治療:補助的治療において、患者を、化学療法剤もしくは抗新生物剤および/または放射線療法と組み合わせて、抗109P1D4抗体で処置する。表Iに列挙されるような原発性がん標的を、第一の系および第二の系の標準的な治療に、抗109P1D4抗体を付加することによって、標準的なプロトコルの下で処置する。プロトコルの設計は、腫瘍塊の減少によって評価されるような有効性および通常用量の標準的な化学療法を低減する能力を扱う。これらの投薬量の低減は、化学療法剤の用量関連毒性を低減することによって、さらなる治療および/または延長された治療を可能にする。抗109P1D4抗体は、化学療法剤または抗新生物剤のアドリアマイシン進行した前立腺がん腫、シスプラチン進行した頭部および頸部のがん腫、ならびに肺がん腫、タキソール乳がんおよびドキソルビシン臨床前と組み合わせて、いくつかの補助的臨床試験において利用される。II.単独療法monotherapy:腫瘍の単独療法における抗109P1D4抗体の使用に関連して、これらの抗体は、化学療法剤も抗新生物剤も伴わずに、患者に投与される。1つの実施形態において単独療法は、広範な転移性疾患に罹患する、末期のがん患者において、臨床的に実施される。患者は、いくらかの疾患安定化を示す。試験は、がん性腫瘍を有する治療抵抗性患者において有効性を実証する。III.造影剤:放射性核種例えば、ヨウ素またはイットリウムI131、Y90を抗109P1D4抗体に結合させることによって、放射性標識した抗体を、診断剤および/または造影剤として利用する。このような役割において、標識された抗体は、固形腫瘍ならびに109P1D4発現細胞の転移性病変の両方に局在する。造影剤としての抗109P1D4抗体の使用に関連して、これらの抗体は、手術前スクリーニングならびにどの腫瘍が残存および/または復帰するかを決定するための術後追跡の両方として、固形腫瘍の外科的処置の補助として使用される。1実施形態において、111In109P1D4抗体を、109P1D4を発現するがん腫を有する患者における、第I相ヒト臨床試験において造影剤として使用する類推として、例えば、Divgiら、J.Natl.CancerInst.83:97-1041991を参照のこと。患者を、標準的な前方γ線カメラおよび後方γ線カメラで追跡する。これらの結果は、原発性病変および転移性病変が同定されることを示す。投与用量および投与経路当業者によって理解されるように、投与上考慮すべき事柄は、診療所において存在する類似の製品と比較して決定され得る。従って、抗109P1D4抗体は、5~400mg/m2の範囲の投薬量で投与され得、例えば、安全性試験に関しては、より低い投薬量で使用される。その標的に対する既知の抗体の親和性と比較した抗109P1D4抗体の親和性は、類似の投薬量レジメンを決定するために当業者によって使用される1つのパラメーターである。さらに、完全にヒト抗体である抗109P1D4抗体は、キメラ抗体と比較する場合、よりゆっくりしたクリアランスを有する;従って、このような完全なヒト抗体である抗109P1D4抗体を用いる、患者における投薬は、おそらく50~300mg/m2の範囲において、より低くあり得、なお有効なままであり得る。mg/kgでの従来の容量測定と反対に、mg/m2での投薬は、表面積に基づく測定であり、そして幼児から成人までの全てのサイズの患者を含むように設計された便利な投薬測定である。3つの別個の送達アプローチが、抗109P1D4抗体の送達に有用である。従来の静脈内送達は、多くの腫瘍についての1つの標準的な送達技術である。しかし、腹腔内の腫瘍例えば、卵巣、胆管、他の管などの腫瘍に関して、腹膜腔内投与は、腫瘍において高い用量の抗体を得るために、そしてまた抗体クリアランスを最小にするために好都合であることを証明し得る。同様の様式で、特定の固形腫瘍は、局所的灌流に適切な脈管構造を有する。局所的灌流は、腫瘍部位における抗体の高い用量を可能にし、そして抗体の短期クリアランスを最小にする。臨床的開発計画CDP概論:CDPは、補助的治療、単独療法に関して、および造影剤として、抗109P1D4抗体の処置を追跡および開発する。試験は、最初に安全性を実証し、その後反復投薬で効力を確認する。試験は、標準的な化学療法を、標準的治療抗109P1D4抗体と比較する、オープンラベルである。理解されるように、患者の登録に関して利用され得る1つの基準は、生検によって決定されるような、患者の腫瘍における109P1D4の発現レベルである。任意のタンパク質または抗体注入ベースの治療を用いるときのように、安全性の考慮は、主に以下に関連する:iサイトカイン放出症候群すなわち、低血圧、発熱、振せんshaking、悪寒;ii物質に対する免疫応答の発生すなわち、患者による、抗体療法に対するヒト抗体の発生、またはHAHA応答;およびiii109P1D4を発現する正常細胞に対する毒性。標準的な試験および追跡を、これらの安全性の考慮の各々をモニタリングするために利用する。抗109P1D4抗体は、ヒト投与の際に安全であることが見出される。実施例41:ヒト抗109P1D4抗体および化学療法剤を用いる、ヒト臨床試験補助治療第I相ヒト臨床試験を、固形腫瘍例えば、表Iに列挙される組織のがんの処置に関して、ヒト抗109P1D4抗体の6つの静脈内用量の安全性を評価するために開始する。この研究において、本明細書中で規定される抗新生物剤または化学療法剤例えば、シスプラチン、トポテカン、ドキソルビシン、アドリアマイシン、タキソールなどであるが、これらに限定されないに対する補助的治療として利用される場合、抗109P1D4抗体の単回用量の安全性を、評価する。試験設計は、抗109P1D4抗体の6つの単回用量の送達を含み、抗体の投薬量は、以下のスケジュールに従う処置過程にわたって、ほぼ約25mg/m2~約275mg/m2まで増大する:第0日第7日第14日第21日第28日第35日mAb用量2575125175225275mg/m2mg/m2mg/m2mg/m2mg/m2mg/m2化学療法標準投与抗体および化学治療剤のそれぞれの投与後、患者を1週間密接に追跡する。特に、上記の安全性の問題:iサイトカイン放出症候群すなわち、低血圧、発熱、振せん、悪寒;iiその物質に対する免疫原性応答の発生すなわち、ヒト抗体治療剤に対する、患者によるヒト抗体の発生、またはHAHA応答;ならびにiii109P1D4を発現する正常細胞に対する毒性について、患者を評価する。標準的な試験および追跡試験を利用して、これらの安全性の問題のそれぞれをモニターする。患者はまた、臨床結果について、そして特に、MRIまたは他の画像化によって証明されるような腫瘍塊の低減について、評価される。この抗109P1D4抗体は、安全かつ有効であることが実証され、第II相臨床試験はこの有効性を確認し、そして最適な投薬をさらに正確にする。実施例42:ヒト臨床試験:ヒト抗109P1D4抗体を用いる単独治療法monotherapy抗109P1D4抗体は、上で考察した補助試験に関して安全であり、第II相ヒト臨床試験は、単独治療法についての有効性および最適な投薬を確認する。このような試験が達成され、そして患者が抗109P1D4抗体の用量を受けると同時に化学療法を受けないこと以外は、上記の補助試験と同じ安全性および結果の分析を包含する。実施例43:ヒト臨床試験:抗109P1D4抗体を用いる診断的画像化繰り返すと、上で考察した補助治療法が上で考察した安全性の判定基準内で安全である場合、ヒト臨床試験は、診断的造影剤としての抗109P1D4抗体の使用に関して行われる。このプロトコルは、当該分野で記載される様式と実質的に類似の様式で設計される例えば、Divgiら、J.Natl.CancerInst.83:97-1041991。この抗体は、診断様式として使用される場合、安全かつ有効の両方であることが見出される。実施例44:109P1D4機能的アッセイI.チロシン残基上での109P1D4のリン酸化がん細胞表現型の1つの特徴は、表面結合レセプター分子例えば、EGFレセプターの、それらの細胞質ドメインのチロシンリン酸化を介する能動的なシグナル伝達、および引き続く、細胞質シグナル伝達分子との相互作用である。109P1D4がその細胞質チロシン残基においてリン酸化される可能性を検討するために、293T細胞を、発現プラスミド中で109P1D4遺伝子でトランスフェクトし、これによって、109P1D4を、Myc/Hisタグと融合させ、次いで、過バナジン酸塩Na3VO4とH2O2との1:1の混合物で刺激した。これらの細胞をTritonX-100で可溶化した後に、109P1D4タンパク質を抗Hisポリクローナル抗体pAbと免疫沈降させ、SDS-PAGEに供し、そして抗ホスホチロシンでウェスタンブロットした。等価な免疫沈降物を、抗His抗体でウェスタンブロットした。図22において、109P1D4は、過バナジン酸塩での細胞処理の際にのみ、チロシンリン酸化を示し、そして処理なしでは示さない。このことは、過バナジン酸塩これは、細胞内タンパク質チロシンリン酸化PTPを示すが、109P1D4におけるホスホチロシンの蓄積チロシンキナーゼ活性を可能にすることを示唆する。さらに、多量の109P1D4タンパク質が、過バナジン酸塩活性化の際に、不溶性画分に封じ込められる。このことは、このタンパク質の、細胞骨格化合物との会合を示唆する。TritonX-100における部分的な不溶性の類似の効果が、カドヘリンこれらの細胞外ドメインの相同性に基づいて、プロトカドヘリンに関連付けられるタンパク質について観察された。カドヘリンは、この研究において使用される洗浄条件において容易には可溶性でない細胞骨格タンパク質アクチンが挙げられると相互作用することが公知である。これらのデータは、一緒になって、109P1D4が、チロシンにおいてリン酸化され得、そしてSH2結合ドメインまたはPTB結合ドメインを保有するシグナル伝達分子ホスホリパーゼ-Cγ1、Brb2、Shc、Crk、PI-3-キナーゼp85サブユニット、rasGAP、Sroファミリーキナーゼおよびabiファミリーキナーゼが挙げられるが、これらに限定されないに結合し得る、表面レセプターであることを示す。このような相互作用は、109P1D4を介する下流のシグナル伝達のために重要であり、分泌される因子の接着、増殖、移動または仕上げの変化をもたらす。さらに、109P1D4タンパク質は、その細胞接着機能を容易にする細胞骨格成分例えば、アクチンと相互作用する。これらの表現型は、109P1D4発現腫瘍細胞において増強され、そしてこれらがインビボで転移および増殖する能力を増加させることに寄与する。従って、109P1D4が、細胞シグナル伝達およびリン酸化において役割を果たす場合、109P1D4は、診断、予後、予防、および/または治療の目的での標的として、使用される。実施例45:109P1D4RNA干渉RNAiRNA干渉RNAi技術は、腫瘍学に関連する種々の細胞アッセイのために実施される。RNAiは、二本鎖RNAdsRNAによって活性化される、翻訳後の遺伝子サイレンシング機構である。RNAiは、タンパク質発現の変化、および引き続いて、遺伝子機能の変化をもたらす、特異的mRNA分解を包含する。哺乳動物細胞において、これらのdsRNAは、短小の干渉RNAsmallinterferingRNAと称され、いくつかのmRNAに特異的に、分解を標的化するRNAi経路を活性化するために正しい組成を有する。を参照のこと。例えば、ElbashirS.M.,et.al.,Duplexesof21-nucleotideRNAsMediateRNAinterferenceinCulturedMammalianCells,Nature4116836:494-82001を参照のこと。したがって、RNAi技術は、標的化された遺伝子のサイレンシングを行うために哺乳動物細胞において十分に使用される。細胞増殖コントロールの喪失は、がん細胞の顕著な特徴であり;したがって、それによって、細胞生存アッセイおよび/または細胞増殖アッセイにおける109P1D4の役割が評価され得る。したがって、RNAiを使用して、1091D4抗原の機能を調べた。109P1D4のためのsiRNAを生成するために、重要な分子的パラメータG:C含量;融点などを示し、それらが細胞に導入された際に1091D4タンパク質の発現レベルを有意に低減するための能力を有するオリゴヌクレオチドを予測するアルゴリズムを使用した。したがって、1091D4siRNAのための3つ標的化配列は、以下である:5’AAGAGGATACTGGTGAGATCT3’配列番号57オリゴ109P1D4.a、5’AAGAGCAATGGTGCTGGTAAA3’配列番号58オリゴ109P1D4.c、ならびに5’AACACCAGAAGGAGACAAGAT3’配列番号59オリゴ109P1D4.d。本実施例にしたがって、109P1D4タンパク質のORFまたはその部分配列に対応するsiRNA二本鎖である、siRNAを含む109P1D4siRNA組成物を使用する。したがって、siRNA部分配列は、この様式で使用されるsiRNAの部分配列は、一般に、長さにして、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35または35以上の連続したRNAヌクレオチドである。これらのsiRNA配列は、このmRNAコード配列の少なくとも一部分に相補的であり、かつ、その少なくとも一部分に非相補的である。好ましい実施形態において、この部分配列は、19~25ヌクレオチド長であり、最も好ましくは、21~23ヌクレオチド長である。好ましい実施形態において、これらのsiRNAは、そのタンパク質を発現する細胞における109P1D4抗原のノックダウンを達成し、以下のように機能的に機能的な効果を有する。これらの選択されたsiRNA109P1D4.aオリゴ、109P1D4.cオリゴ、109P1D4.dオリゴを、3Hチミジン取り込みアッセイこれらは、細胞増殖を測定するにおけるLNCaP細胞で試験した。さらに、これらのオリゴヌクレオチドによって、そのタンパク質を発現する細胞における109P1D4抗原をノックダウンし、そして、以下のようなプロトコルを使用して以下に記載のような機能効果を有する。哺乳動物のsiRNAトランスフェクション:siRNAトランスフェクション前の日に、様々な細胞株を、増殖アッセイのために80μ96ウェルフォーマットにて2×103で培地を抗生物質を含まずに10FBSRPMI1640にプレートした。109P1D4特異的siRNAオリゴと並列して、以下の配列を、コントロールとして全ての実験に含めた:aLipofectamine2000Invitrogen,Carlsbad,CAおよびアニーリングバッファsiRNAを含まないを用いてモックでトランスフェクトした細胞;bルシフェラーゼ4特異的siRNA標的化配列:5’-AAGGGACGAAGACGAACACUUCTT-3’配列番号60;およびcEg5特異的siRNA標的化配列:5’-AACTGAAGACCTGAAGACAATAA-3’配列番号61。SiRNAを、10nMで使用して、Lipofectamine2000の最終濃度は、μg/mlであった。その手順は以下の通りである:これらのsiRNAを、OPTIMEM無血清トランスフェクション培地;Invitrogen中に、0.1μM10倍濃縮で希釈して、そして、5~10分間に亘り室温でインキュベートした。Lipofectamine2000を、総トランスフェクション数について、10μg/ml10倍濃縮で希釈した。適切量を希釈して10倍濃縮となったLipofectamine2000を、1:1で、希釈した10倍濃縮siRNAと混合して、室温RTで、20~30分間に亘りインキュベートした5倍濃縮トランスフェクション溶液。20μlの5倍濃縮トランスフェクション溶液を、それぞれのサンプルに添加して、そして、分析前の96時間に亘り37°Cでインキュベートした。3Hチミジン取り込みアッセイ:この増殖アッセイは、標識を取り込んで、DNAに組み込むことによって生存細胞の増殖を決定するための3Hチミジン取り込み法である。その手順は以下の通りである:対数増殖期の細胞を、トリプシン処理typsinizeし、洗浄し、計数し、そして、96ウェルプレートに、10FBS中に1000~4000細胞/ウェルでプレーティングする。4~8時間後に、この培地を、置き換える。これらの細胞を、24~72時間に亘ってインキュベートして、3H-Thyを、1.5pCi/mlで、14時間に亘ってパルスし、フィルターマット上に収集して、そして、Microbetatirluxまたは他のカウンターでシチレーションカクテルにて計数する。細胞中の109P1D4の機能を研究するために、109P1D4を、内因的に発現した1091D4細胞株LNCaPを、ネガティブコントロール用siRNALuc4、ヒトゲノムでは現れない標的化配列、ポジティブコントロール用siRNA標的化Eg5およびsiRNAオリゴLF2Kとともに、109P1D4特異的siRNA109P1D4.a、109P1D4.c、および109P1D4.dを用いて、トランフェクトすることによりサイレンシングに供した図23。これらの結果によって、これらの細胞が、1091D4mRNAを特異的に標的化するsiRNAポジティブコントロールで処理されたときに、この得られた1091D4欠損細胞は、このアッセイによって測定されるように、細胞増殖が減少することを示した例えば、1091D4.a処理細胞を参照のこと。これらのデータによって、109P1D4が、がん細胞において重要な役割を果たすことが示され、また、109P1D4の欠損によって、これらの細胞の生存能力が明らかに減少することが示された。多くの腫瘍細胞株中で構成的に発現されている109P1D4が、悪性腫瘍における重要な役割を果たし;その発現が、疾患の主要な指標であって、このような疾患はしばしば、制御が不能なほどの速い細胞増殖速度およびアポトーシスの減少によって特徴付けられることに留意するべきである。細胞表現型とRNAi処置後の遺伝子ノックダウンとを関連付けることは、重要であり、これによって、妥当な結論を引き出すことが可能であり、毒性およびこれらの試薬の他の非特異的な効果が制御される。この目的のために、RNAi処置後の標的に対する、タンパク質およびmRNAの両方の発現レベルを測定するアッセイは、重要であり、これらのアッセイとしては、ウエスタンブロッティング、抗体を用いたFACS染色、免疫沈降法、ノーザンブロッティングまたはRT-PCRTaqman法または標準法が挙げられる。これらのアッセイにおけるsiRNAの表現型における効果は、同じ細胞株におけるタンパク質および/またはmRNAのノックアウトレベルと相関する。109P1D4タンパク質は、上述のようなsiRNAオリゴ例えば、109P1D4などで処置した後に減少する。109P1D4関連細胞増殖の分析する方法は、増殖に関するマーカーとしてDNA合成を測定することである。標識されたDNA前駆体すなわち、3Hチミジンを、使用して、そして、DNAへのこれらの前駆体の取り込み量が定量される。DNAに対するこれらの標識した前駆体の取り込み量は、その培地に起こる細胞分裂の量に比例する。細胞増殖を測定するために使用する別の方法は、クローン原性アッセイclonogenicassayを実施することである。これらのアッセイにおいて、規定された数の細胞を、適切なマトリックスにプレーティングして、そして、siRNA処理の後の増殖期後に形成されたコローニーの数を、計数する。109P1D4がん細胞標的の確認する際に、その細胞生存/細胞増殖の分析をアポトーシスおよび細胞周期のプロファイル研究で補完することが考慮される。そのアポトーシスプロセスの生化学的な顕著な特徴は、ゲノムDNAのフラグメント化、細胞を死に至らせる不可逆的な減少である。細胞においてDNAがフラグメント化していることを観察する方法は、アポトーシス細胞の細胞質でヒストンが複合体化したDNAフラグメントすなわち、モノヌクレオソームおよびオリゴヌクレオソームの濃度が高まることを検出するイムノアッセイによってヒストンが複合体化したDNAフラグメントを、免疫化学的に検出することすなわち、細胞死を検出するELISAである。このアッセイは、それらの細胞を事前に標識することを必要とせず、そして、インビトロで増殖しない細胞あらたに単離した腫瘍細胞におけるDNA分解を検出し得る。アポトーシス性細胞を標的化するための最も重要なエフェクター分子は、カスパーゼである。カスパーゼは、活性化されると、C末端部位のアスパラギン酸残基で多くの基質を切断して、それによって、活性化したアポトーシスの前初期段階に影響をあたえるプロテアーゼである。全てのカスパーゼは、前酵素pro-enzymeとして合成され、そして、活性化によって、アスパラギン酸残基を切断することに関連する。特に、カスパーゼ3は、アポトーシスの細胞減少の開始において中心的な役割を果たしているようである。カスパーゼ3の活性化を決定するためのアッセイによって、アポトーシスの初期の現象を検出し得る。RANi処理の後に、活性カスパーゼ3の存在またはアポトーシス細胞中で見出される生成物すなわち、RARPのプロテアーゼによる切断をウェスタンブロット検出することによって、アポトーシスの活性導入が支持される。アポトーシスを生じる細胞内機構は複雑であるので、各々は、その利点および限界を有している。他の閾値/終点例えば、細胞形態形成学的方法、クロマチンの凝縮、膜構造破壊membraneblebbing、アポトーシス小体を考慮することで、細胞死がアポトーシス性であることをさらに支持する。細胞増殖を制御する遺伝子標的の全てがアポトーシス性であるというわけではないので、透過処理された細胞のDNA含量が、DNA含量のプロファイルまたは細胞周期プロファイルを所得するために測定される。アポトーシス細胞の核は、細胞質へ流れ出ているためにより少ないDNAを含むsub-G1集団population。さらに、DNA色素すなわち、ヨウ化プロピジウムPI;propidiumiodideはまた、G0/G1、SおよびG2/Mにおける様々な量のDNAの量の存在に起因して細胞集団における細胞周期の様々な期を区別する。これらの研究において、その部分集団が定量され得る。109P1D4遺伝子について、RNAi研究によって、がん経路におけるその遺伝子の寄与を理解することが容易になる。このような活性RNAi分子は、活性な抗腫瘍治療剤であるmAbをスクリーニングするための同定アッセイにおいて使用される。さらに、siRNAは、数種類のがんの悪性増殖を低減するためにがん患者に治療剤として投与される。これらとしては、表Iにおいて列挙される。109P1D4は、細胞生存、細胞増殖、腫瘍形成またはアポトーシスで役割に担う場合、それは、診断目的、予防目的および/または治療目的で標的として使用される。本出願に全体に亘って、種々のウェブサイトデータコンテンツ、刊行物、特許出願および特許が援用をされるウェブサイトは、それらのユーアールエルURL;UniformResourceLocatorをもって援用される。本発明は、本明細書中に開示される実施形態によって範囲を限定されるべきでなく、この実施形態は、本発明の個々の局面の一つの例示として意図され、そして任意の機能的な等価物も、本発明の範囲内である。本明細書中に記載される改変に加えて、本発明のモデルおよび方法に対する種々の改変が、先の説明および教示から当業者に明らかになり、そして本発明の範囲内にあることが同様に意図される。このような改変または他の実施形態は、本発明の真の範囲および精神から逸脱することなく実施され得る。"