消化管間質腫瘍をもつ患者の生物学的検体においてREC8遺伝子及びPAX3遺伝子のうちの少なくとも1つの遺伝子のメチル化の有無を測定し、該遺伝子がメチル化されている場合予後不良であり、一方メチル化されていない場合予後良好であると決定することを含む、該患者の予後をインビトロで予測する方法。p16遺伝子のメチル化の有無を測定することをさらに含む、請求項1に記載の方法。REC8遺伝子及びPAX3遺伝子の両方の遺伝子のメチル化を測定する、請求項1に記載の方法。REC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子のメチル化を測定する、請求項1又は2に記載の方法。前記遺伝子のメチル化をパイロシークエンス法又はMSP法で測定する、請求項1~4のいずれか1項に記載の方法。REC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子のメチル化の有無を検出するための試薬を含むGIST検査用キット。試薬が、REC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子のメチル化領域を特異的に増幅するためのプライマーである、請求項6に記載のキット。試薬が、バイサルファイト試薬及びPCR反応試薬をさらに含む、請求項6又は7に記載のキット。本発明の目的は、消化管間質腫瘍GISTをもつ患者の予後をDNAメチル化異常の検出に基づいて予測する方法を提供することである。本発明者らは、上記の課題を解決するために、GISTをもつ患者の予後を従来法と比べてより精確に判定することを可能にする特定の遺伝子の異常なメチル化が存在することを見出し、本発明を完成させるに至った。したがって、本発明は、以下の特徴を含む。すなわち、本発明は、第1の態様において、消化管間質腫瘍をもつ患者の生物学的検体においてREC8遺伝子及びPAX3遺伝子のうちの少なくとも1つの遺伝子のメチル化の有無を測定し、該遺伝子がメチル化されている場合予後不良であり、一方メチル化されていない場合予後良好であると決定することを含む、該患者の予後をインビトロで予測する方法を提供する。その実施形態において、上記方法は、p16遺伝子のメチル化の有無を測定することをさらに含む。REC8遺伝子及び又はPAX3遺伝子のメチル化の有無と、p16遺伝子のメチル化の有無とを組み合わせることによって上記予後予測の精度をさらに高めることができる。すなわち、好ましくは、本発明ではREC8遺伝子及びPAX3遺伝子の両方の遺伝子のメチル化を測定する。さらに好ましくは、REC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子のメチル化を測定する。別の実施形態において、上記方法における上記遺伝子のメチル化をパイロシークエンス法又はMSP法で測定する。本発明は第2の態様において、REC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子のメチル化の有無を検出するための試薬を含むGIST検査用キットを提供する。その実施形態において、試薬が、REC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子のメチル化領域を特異的に増幅するためのプライマーである。試薬にはさらに、バイサルファイト試薬及びPCR反応試薬を含むことができる。GIST患者の予後を予測するための適当な腫瘍マーカーがない情況のなかで、本発明での特定の遺伝子のメチル化の有無を測定するだけで精度よく予後予測が可能になる。本発明は、上記のとおり、消化管間質腫瘍をもつ患者の生物学的検体においてREC8遺伝子及びPAX3遺伝子のうちの少なくとも1つの遺伝子のメチル化の有無を測定し、該遺伝子がメチル化されている場合予後不良であり、一方メチル化されていない場合予後良好であると決定することを含む、該患者の予後をインビトロで予測する方法を提供する。以下に、本発明をさらに詳細に説明する。1.消化管間質腫瘍消化管間質腫瘍GISTは、食道、胃、小腸、大腸、直腸などの消化管の主に壁に発生する間葉系腫瘍であり、かつ、粘膜下腫瘍を構成する腫瘍である。この腫瘍は、増殖因子受容体ckitの変異が原因であると言われている。この腫瘍は、その患者において予後不良の場合と予後良好の場合に分けられる。予後不良は、腫瘍が局部的浸潤性、破壊的増殖性または転移性を有する場合を指し、いわゆる悪性かつ再発性である。一方、予後良好は、浸潤性転移性がなく、すなわち再発性がなく、単なる外科手術で完治する場合を指す。これまで、GISTの診断は、KITタンパク質の発現の有無によって可能であろうと指摘されてきた。また実際には、腫瘍径と腫瘍細胞分裂像数によってリスクの程度が判定されてきた。治療薬については、グリベック以外には効果的な治療薬がないと言われている。2.GIST患者における予後の予測とそれに関連する遺伝子後述の実施例に記載されるように、本発明者らは、トレイニングセット40例でアレイを施行し、そのうち転移浸潤をきたしている予後不良群18例と、細胞分裂像と大きさから判断した予後良好群低リスク群9例の計27例を対象とし、アレイの解析データから予後不良群で特異的にメチル化をしている155遺伝子を選択した図1。この155遺伝子を決定木法で解析し、予後不良群と予後良好群を最も的確に区別する2遺伝、すなわちREC8遺伝子とPAX3遺伝子を今回見出した図2。これらの遺伝子に、GISTの予後との関係が報告されているヒトp16遺伝子のメチル化を加えて、予後予測の有用性を検討した。トレイニングセットでは中間群13例を、上記27例に加えた40例において、パイロシークエンス法を用いてメチル化定量的解析法を施行した。アレイの結果と同様に予後良好群でメチル化が低頻度であり、予後不良群でメチル化が高頻度であることが確認された図3。これら遺伝子の有用性をさらに検証するため、新たに別の患者群検証セット75例予後良好群24例、中間群36例、予後不良群15例を対象にメチル化定量的解析法を行ったところ、これらの遺伝子は、トレイニングセットで得られた結果と同様に、予後不良群で高頻度及び高割合でメチル化されており一方、予後良好群では、特定の遺伝子のメチル化の程度が非常に低く、ほとんど又は全くメチル化されていないことが確認された図3。さらに生存期間が明らかな69例を対象に生存期間を比較した結果、p16遺伝子、REC8遺伝子、PAX3遺伝子のいずれかでメチル化が陽性の患者群では、メチル化が検出されない患者群と比較して、生存期間が有意に短いことが判明した図4。本発明の方法で使用しうる遺伝子は、メチル化の程度に応じて予後不良群、中間群及び予後良好群を適正に判別することを可能にする。これまでGIST症例の中には、中間群に入る症例も多く存在し、この群に属する症例が予後不良なのか、それとも予後良好なのかが不明確であったが、本発明の方法は、この中間群さえも、該群のなかで相対的にメチル化の程度が高い層高リスクと、相対的にメチル化の程度が低い層中リスクに分類できるほどに高い感度と高い特異度を有している図3。本発明の方法では、REC8遺伝子及びPAX3遺伝子のいずれか一方がメチル化されている場合をメチル化陽性であるとした。REC8遺伝子がメチル化陽性である場合、予後不良か又は悪性の可能性が高い高リスクに属する。同様に、PAX3遺伝子がメチル化されている場合にも、REC8遺伝子ほどではないにしてもメチル化頻度が高いほど予後不良及び高リスクに属する。特に、これら遺伝子の両方がともにメチル化されている場合は、高い特異度で予後不良又は高リスクに属する。しかし、ときには両遺伝子がメチル化陰性の場合もあり、この結果を修正し、さらに分類の確度を高めるために、本発明の方法ではp16遺伝子等の別の遺伝子のメチル化状態を検査に含めることができる。このように、GISTの悪性化に伴い、REC8遺伝子及び又はPAX3遺伝子、ならびにp16遺伝子、のメチル化が蓄積する。内視鏡検査等で採取された消化管胃、小腸、大腸、直腸、食道などのGIST組織検体に対して上記遺伝子のメチル化解析を行うことによって、GIST患者の予後予測やGISTの悪性度に関する臨床検査への応用が可能になるし、さらにまた、臨床検査の結果を受けてGIST患者に対するより効果的な治療法の選択に寄与することができる。本発明における予後予測のための遺伝子マーカーは、REC8遺伝子及びPAX3遺伝子であり、好ましくは追加的にp16遺伝子も含まれる。これら遺伝子の配列情報は、公知の遺伝子データバンク米国NCBI等から入手可能である。ヒトREC8meioticrecombinationREC8homologの塩基配列は、例えばUniprotKBSwissProtaccessionNo095072、GenBankaccessionNoNM005132、NM001048205、NP005123などとして知られている。REC8遺伝子のプロモーター領域のCpGアイランドの塩基配列を配列番号1として示す。ヒトPAX3は、転写因子であるpairedboxファミリーに属する遺伝子であり、ヒトPAX3タンパク質は、例えば479アミノ酸等を含むが、種々の置換等の変異を含むバリアントからなる。PAX3は、耳、目及び顔の発生において同定され、その変異によってWaardenburg症候群1型及び3型が起きる。本発明では、ヒトPAX3は、バリアントのいずれも包含するものとする。バリアントの例は、GenBankaccessionNoNM001127366、NM181458、NM000438、NM181457、NM18459、NM013942、NM181460などである。PAX3遺伝子のプロモーター領域のCpGアイランドの塩基配列を配列番号2として示す。ヒトp16遺伝子のメチル化とGIST症例の予後との関連はこれまで報告されているRRiccietalRoleofp16INK4aingastrointestinalstromaltumorprogressionAmJClinPathol20041223543。ヒトp16遺伝子は、cyclindependentkinaseinhibitor2Aであり、第1エクソンが異なる7つのバリアントからなることが知られており、そのうち少なくとも3つは選択的スプライシングによるものである。本発明では、いずれのバリアントもp16に包含されるものとする。GenBankに登録されたバリアントの例は、NG007485、NM058195、NM000077、NM001195132、NM058197などであるが、本発明のp16はそこに記載された塩基配列を含むものとする。p16遺伝子のプロモーター領域のCpGアイランドの塩基配列を配列番号3として示す。ヒト以外の哺乳動物の配列は、GenBank等の遺伝子データベースにアクセスすることにより入手可能である。本明細書中哺乳動物又は患者には、霊長類、ペット動物、家畜動物、げっ歯類などが含まれ、好ましい哺乳動物はヒトである。3.DNAメチル化の測定DNAメチル化は、哺乳動物のゲノム上のREC8、PAX3及びp16遺伝子の非翻訳領域、特にプロモーター領域のCpGアイランド配列においてシトシンの5位の炭素が過度にメチル化されていることを意味する。ここで、CpGアイランドは、哺乳動物のゲノム配列において非翻訳領域に存在するグアニンシトシン含量が多い領域であり、CpGのpは、CとGの間のホスホジエステル結合を表す。CpGアイランドはCGからなるジヌクレオチドの繰り返し配列を含み、その定義では通常、500塩基対領域内のCpG含有率が55以上、CpGGpC比が065以上である。REC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子のCpGアイランドのhypermetylation領域内でPCR法により約150~250bpの増幅産物を得ることができるプライマーを設計することができる。これらのヒト遺伝子のプロモーター領域のCpGアイランドの配列の例を以下に示す。REC8配列番号1ctactcaggaggccaagacacgagaatcgcttgaacctgaggggatggggggcagaggatgcagtgagccgagattgccgagatagcgccactgcattccagcctgggcaacagtgagagcctccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaatggacttcttcctcattgacctgtggtggctccaaggccatcaaaaaaaaaaaaaatggacttcttcctcattgacctgtggtggctccaaggccatcatctcacagcctttttttttttttttttttttgagacggagtcttgctcccttgcccaggttggagtggagctgcatgatctcggctcactgcaacctccgcctcccaggttcaagcattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggattacaggcgcgtgccaccacgcccagctaacttttgcatttttaatagagacggggtttcaccatattggtcaggctggactcgaactcctaacctcatgatccgcccgcctcggcctcccaaagtgctaggattacaggcgtgagccactgcgcccggcctcatctcacatctttcttcctctgcagcacacgacacgccctagttggaaacaaagtcggagtttgtggattgggggaagggcggggtctaacctcaggtcaggcgccgtgcaaggtacatcttggcacccggaagaggcccagtacagttgcccccgaggtgacccgacctcccctaccaattgaggcgcccttgttgccaggcttgcggcgggggagcggcgggggagcgacggggatgcgctcattggtcaaggaaggggcgcctgttactagaggcgagaaccggagcccattggtcggaacacctcacaatggaccccagcggcgcgcaaaatccttatgattggtttgctggctgcctcgggagaccctgttgccaggatacttggcgttcccgacccgacccccgttccccattggctgtcagggcaaaagccgccATCTAATGAGGAGCGAGGTGCGGTGCCCCGAAGCGCTCGCTTCCCGCGGTGCGATCTAGTCCTGCAGTAGGCGGCCCGGGGCCACACCGCGGCCGCCCAAGCCAGTGCAAGGCCCAGGGGCCTGACATCGCTCCCAGCGCTCGAGGACCGAGGCCTGCTGTGGAGGACACCGTGCTCCCTCGGGACCTGCTCTGGATTCCGGCCCGGACGTCCCCTTGGAGCTCTGCATCTCCAACCTGGAACCCAACCCAGAAGTCTCAAGTTTGACGCATCACGTGGCGTGCGGATCCACTGAGGGTCCACAGAGAGGGGCGCCCATCTCCTGCGTCTCAGTTATCCTGGTAATTGTGTATCTGCCCATTGTTCGTTGCCTCATTAACTTGGCTTTCTAGGTGCACCCACCTTGCCACCAGAGAAGTCCAAATCCTGACTTCTCTCCAAGGTGTTGGGAATTCTGTGCCCTAAAGAATTCCGACTCAGATCCGAACGGGGATCTGGTGGAATCGAGGGTGAAAGACCAGAGGGACAATGTTCTACTATCCCAACGTGCTTCAGCGCCACACCGGCTGCTTTGCCACCATCTGgtaagggcggggcccgttggcgcgcgatggcggacgctgcccgggatcccagcctgacagctccccctccatccccattctcccaccttccccacccacttcagGCTGGCGGCGACTCGCGGCAGCCGGTTGGTGAAGCGCGAATACCTGAGGGTGAATGTGGTGAAAACCTGgtaaggcccagaaaagggaaggagggcctggtgcggggggtgagttaggggatggggtggccaagactgtgggcccactcctggacgcagcggtaatcagggcgcattgttccccagCGAGGAAATCCTCAATTACGTGCTGGTACGAGTGCAACCCCCGCAGCCCGGCCTGCCGCGGCCCCGCTTCTCCCTCTATCTCTCAGCCCAACTTCAGATCGGTGTGATCCGCGPAX3配列番号2cgcagcgcgggtccccctcggggccagcagaggcctcggcaccaccagagatgggaagagaaagtggtcgctgttgcccaatcagcgcgtgtctccgccacccgggacggtctacccgtcggccaatcgcagctcagggctcctgaccaagctttgggtaaaagaactaataaatgctcccgagcccggatccccgcACTCGGTGTCACCACAGGAGGAGACTCAGGCAGGCCGCGCTCCAGCCTCACCAGGCTCCCCGGCTCGCCGTGGCTCTCTGAGCCCCCTTTTCAGGGACCCCAGTCGCTGGAACATTTGCCCAGACTCGTACCAAACTTTTCCGCCCTGGGCTCGGGATCCTGGACTCCGGGGCCTCCCCGTCCTCCCCTTTCCCGGGTTCCAGCTCCGGCCTCTGGACTAGGAACCGACAGCCCCCCTCCCCGCGTCCCTCCCTCTCTCTCCAGCCGTTTTGGGGAGGGGCTCTCCACGCTCCGGATAGTTCCCGAGGGTCATCCGCGCCGCACTCGCCTTTCCGTTTCGCCTTCACCTGGATATAATTTCCGAGCGAAGCTGCCCCCAGGATGACCACGCTGGCCGGCGCTGTGCCCAGGATGATGCGGCCGGGCCCGGGGCAGAACTACCCGCGTAGCGGGTTCCCGCTGGAAGgtaagggagggcctcagcgcgccgcctggatcccagggcctgggaccggctgcctcaccccatccccaggctccgcaggctcctttggtgcttccaggaagcccattccctgggcaccccacaccccaagaagcaccagtcgggggcgaggacctactcgatttcctttctgcaaatggagcgcgctgctctctgcaaatcctggcggagctgggcggtcaggcctgcggcgagccggggagacttgtccctgttgttttggaaatgccgcggtggagaaggaggtgaaccggcttctgagcgp16配列番号3cgcggaggaaggaaacggggcgggggcggatttctttttaacagagtgaacgcactcaaacacgcctttgctggcaggcgggggagcgcggctgggagcagggaggccggagggcggtgtggggggcaggtggggaggagcccagtcctccttccttgccaacgctggctctggCGAGGGCTGCTTCCGGCTGGTGCCCCCGGGGGAGACCCAACCTGGGGCGACTTCAGGGGTGCCACATTCGCTAAGTGCTCGGAGTTAATAGCACCTCCTCCGAGCACTCGCTCACGGCGTCCCCTTGCCTGGAAAGATACCGCGGTCCCTCCAGAGGATTTGAGGGACAGGGTCGGAGGGGGCTCTTCCGCCAGCACCGGAGGAAGAAAGAGGAGGGGCTGGCTGGTCACCAGAGGGTGGGGCGGACCGCGTGCGCTCGGCGGCTGCGGAGAGGGGGAGAGCAGGCAGCGGGCGGCGGGGAGCAGCATGGAGCCGGCGGCGGGGAGCAGCATGGAGCCTTCGGCTGACTGGCTGGCCACGGCCGCGGCCCGGGGTCGGGTAGAGGAGGTGCGGGCGCTGCTGGAGGCGGGGGCGCTGCCCAACGCACCGAATAGTTACGGTCGGAGGCCGATCCAGgtgggtagagggtctgcagcgggagcaggggatggcgggcgactctggaggacgaagtttgcaggggaattggaatcaggtagcgcttcgattctccg検体は、患者のGIST腫瘍組織、その組織浸出液などであり、手術時に、あるいは内視鏡検査時に採取することが可能であり、得られた該組織からフェノールクロロホルム法などの公知の手法によるか又は市販キットを用いてゲノムDNAを抽出する。MCA法とマイクロアレイ分析を組み合わせたMCAM解析法を用いた多数の遺伝子プロモーター領域のDNAメチル化の網羅的解析とパイロシークエンス法等によるDNAメチル化の定量的解析により、GISTの悪性度におけるDNA異常メチル化の関与を調べる。MCA産物を階層型クラスター法で解析すると、予後不良群と予後良好群の2つのクラスターを形成する。GISTの悪性度を分類するために、検体採取時にすでに再発転移浸潤をきたしているものを予後不良群、転移再発浸潤をきたしていないものを予後良好群と定義する。また、予後良好群の症例は、臨床的に予後予測因子とされている腫瘍径と腫瘍細胞の分裂像から、転移再発浸潤をきたしていないために予後良好群に分類されるか否かがはっきりしないものを中間群に分類し、中間群には、対象遺伝子のメチル化の程度に応じてメチル化のより高い方から高リスク及び中リスクが含まれる。メチル化の程度の低い、いわゆる低リスクは、明らかに予後良好群に分類される。遺伝子のDNAメチル化を解析する方法には、バイサルファイトシークエンス法、メチル化特異的PCR法、定量的MSP法、COBRA法、パイロシークエンス法などの方法があり、それぞれ解析範囲、感度、精度、必要な機器が大きく異なる。これらは全てバイサルファイト処理によってメチル化していないシトシンのみをウラシルに変換するという原理を利用している牛島俊和ら編、エピジェネティクス実験プロトコール、羊土社2008年。以下にDNAメチル化測定法の例を示す。パイロシークエンス法:ポリメラーゼ塩基伸長反応によるルシフェラーゼ発光反応を検出することで塩基配列を解読する。伸長反応の際に生成されるピロリン酸と発光強度が完全に比例関係にあるため高精度な定量解析を行うことができる。この原理により、バイサルファイト処理を行ったDNAのCpGサイトのTCを解読してDNAメチル化比率を決定する。バイサルファイトシークエンス法:DNAをバイサルファイト処理することによってDNA中のメチル化されていないシトシン非メチル化シトシンはウラシルに変換される。一方、メチル化シトシンはバイサルファイト処理で変換されない。それゆえ、このような処理によってメチル化シトシンと非メチル化シトシンを区別できるので、PCR増幅したのち、塩基配列を決定するとか、制限酵素処理などの手法によってDNAメチル化を解析することができる特表2002535998号公報。PCR増幅は、PCRバッファー中、dNTPmixure、プライマー、DNA、耐熱性DNAポリメラーゼの存在下で行う。耐熱性DNAポリメラーゼは、TaKaRaTaqHS宝酒蔵などの市販の酵素を使用できる。PCR条件は、例えば95~98°C、5~60秒の変性反応、50~55°C、30~60秒のアニーリング反応、及び72°C、20秒~60秒の伸長反応を1サイクルとし、これを30~40サイクル行う。メチル化特異的PCR法:DNAをバイサルファイト変換し、このDNAを鋳型にして、メチル化DNAを特異的に増幅するプライマーと、非メチル化DNAを特異的に増幅するプライマーを用いて別々にPCRを行い、PCR産物の有無によりDNAメチル化の有無を判定する特表2002535998号公報。定量的MSP法:MSP法は、methylationspecificPCR技術であり、Nabisulfiteで処理したDNAを、目的遺伝子内部のメチル化領域及び非メチル化領域に特異的な予想配列のプライマーを用いてPCR増幅することを基本としている上記。複数の蛍光団を使用することによってリアルタイム定量MSPを行うことが可能であり、この場合メチル化領域特異的プライマーと非メチル化領域特異的プライマーを使用する。COBRA法:バイサルファイト処理後にメチル化DNAと非メチル化DNAに共通のプライマーを用いて目的のDNAをPCR増幅後、メチル化DNAと非メチル化DNAで配列が異なる箇所を認識する制限酵素で処理し、断片をエタノール沈殿して濃縮し、電気泳動でメチル化DNAと非メチル化DNAを識別できる。PCR増幅は、バイサルファイトシークエンス法と同様に行うことができるXiongZandLairdPWNucleicAcidsRes25253225341997。本発明の方法で使用可能なPAX3遺伝子、REC8遺伝子、及びp16遺伝子のそれぞれのパイロシークエンスプライマーセットの例は、以下のとおりである。ここで、Fはフォワードプライマー、Rはリバースプライマー、bioは5’末端のビオチン修飾であり、これらのそれぞれの遺伝子のプライマーセットのうち1つもしくは2つ以上のセット~全セットを用いてPCR増幅を行うことができる。seqはパイロシークエンスに用いるシークエンスプライマーを示す。以下に示す塩基配列を順番に配列番号4から配列番号273として表す注同一のプライマー配列に対し複数の配列番号が割付けられる場合もある。。<PAX3遺伝子>FTAGAGATGGGAAGAGAAAGTGG配列番号4RbiobioACCTACCTAAATCTCCTCCTATAA配列番号5seqGGTAAAAGAATTAATAAATG配列番号6FTTAGAGATGGGAAGAGAAAGTGG配列番号7RbiobioCCTACCTAAATCTCCTCCTATAAT配列番号8seqGGTAAAAGAATTAATAAATG配列番号9FTTAGAGATGGGAAGAGAAAGTGGT配列番号10RbiobioCCTACCTAAATCTCCTCCTATAA配列番号11seqGGTAAAAGAATTAATAAATG配列番号12FATTTTTTTTTTTGGGTAAGGGG配列番号13RbiobioACCTACCTAAATCTCCTCCTATAA配列番号14seqTAAAAGAATTAATAAATGTT配列番号15FGGTTGTTTTTTTTAGTTTTTAT配列番号16RbiobioAAAACATTTATTAATTCTTTTACC配列番号17seqGTGGTYGTTGTTGTTTAATT配列番号18FTTTTTAGTAATTGTTATTTTTT配列番号19RbiobioACCCAAAACTTAATCAAAAACCCT配列番号20seqGTGGTAGTTGTTGTTTAATT配列番号21FGAGATAGAGAGATAGGAATTTT配列番号22RbiobioCACTTTCTCTTCCCATCTCTAATA配列番号23seqTTTTTTTTTTTGGGTAAGGG配列番号24FAGAGATGGGAAGAGAAAGTGG配列番号25RbiobioATTCCTAATCCAAAAACC配列番号26seqTTGGAATATTTGTTTAGA配列番号27FTATAGGAGGAGATTTAGGTAG配列番号28RbiobioATTCCTAATCCAAAAACC配列番号29seqGTTGGAATATTTGTTTAGAT配列番号30FGTTTTGGGGAGGGGTTTTTTA配列番号31RbiobioTACCCCCAACCCCACCCC配列番号32seqGTTTTTATTTGGATATAATT配列番号33FTTTTTTTTTTTTTYGGGTTTTAGT配列番号34RbiobioAATCATCCTAAAAACAACTTC配列番号35seqGTTTTTATTTGGATATAATT配列番号36FGATTAGTATTAAATTTTTTAGTTT配列番号37RbiobioAATCATCCTAAAAACAACTTC配列番号38seqTGGGGAGGGGTTTTTTAAGT配列番号39FGTAGTTTTGGGGAGGGGTTTTTTA配列番号40RbiobioAATCATCCTAAAAACAACTTC配列番号41seqGTTTTTATTTGGATATAATT配列番号42FbiobioAATTGTTATTTTTTTGGGGTTGT配列番号43RCACTTTCTCTTCCCATCTCTAATA配列番号44seqCTTCCCATCTCTAATAATAC配列番号45FbiobioGGGTTGTTTTTTTTAGTTTTTAT配列番号46RAACTTAATCAAAAACCCTAAACTA配列番号47seqCTTCCCATCTCTAATAATAC配列番号48FbiobioAATTTTTTTTTTTGGGTAAGGGG配列番号49RAAACATTTATTAATTCTTTTACCC配列番号50seqCTTCCCATCTCTAATAATAC配列番号51FbiobioATTAGAGATGGGAAGAGAAAGTGG配列番号52RTCTTTTACCCAAAACTTAATCAAA配列番号53seqACTTAATCAAAAACCCTAAA配列番号54FbiobioGTATTATTAGAGATGGGAAGAGAA配列番号55RAAACATTTATTAATTCTTTTACCC配列番号56seqACTTAATCAAAAACCCTAAA配列番号57FbiobioAAGTGGTYGTTGTTGTTTAATTAG配列番号58RCCTAAATCTCCTCCTATAATAACA配列番号59seqACTTAATCAAAAACCCTAAA配列番号60FbiobioGAGTTTTTTTTTTAGGGATTTTAG配列番号61RTAATCATCCTAAAAACAACTTC配列番号62seqAAAATTATATCCAAATAAAA配列番号63FbiobioGTTTAGGGTTTTTGATTAAGTTT配列番号64RAATCCCTAAAAAAAAAACTCAAA配列番号65seqCCTAAATCTCCTCCTATAATAACAC配列番号66FbiobioGGGTAAAAGAATTAATAAATGTT配列番号67RACRAATCTAAACAAATATTCCAA配列番号68seqCCTAAATCTCCTCCTATAATAACAC配列番号69FbiobioTAGTTTAGGGTTTTTGATTAAGT配列番号70RAATACRAATCTAAACAAATATTC配列番号71seqCCTAAATCTCCTCCTATAATAACAC配列番号72FbiobioGATTAAGTTTTGGGTAAAAGAAT配列番号73RACCRAAAAACCTAATAAAACTAA配列番号74seqCCTAAATCTCCTCCTATAATAACAC配列番号75FbiobioTTTAGGGTTTTTGATTAAGTTTT配列番号76RAAAACCTAATAAAACTAAAACRC配列番号77seqCCTAAATCTCCTCCTATAATAACAC配列番号78FbiobioAATTGTTATTTTTTTGGGGTTGT配列番号79RCACTTTCTCTTCCCATCTCTAATA配列番号80seqAAACCTCTACTAACC配列番号81FbiobioTTAATTTTTTTTTTTGGGTAAGG配列番号82RTCTCTTCCCATCTCTAATAATACC配列番号83seqAAACCTCTACTAACC配列番号84FbiobioGTTTTTAGTAATTGTTATTTTTT配列番号85RAATTAAACAACAACCACCACTTTC配列番号86seqAAACCTCTACTAACC配列番号87FbiobioGAGATAGAGAGATAGGAATTTTT配列番号88RACTTTCTCTTCCCATCTCTAATAA配列番号89seqAAACCTCTACTAACC配列番号90FbiobioGAGATAGAGAGATAGGAATTTTT配列番号91RAACTTAATCAAAAACCCTAAACTA配列番号92seqAAACCTCTACTAACC配列番号93<REC8遺伝子>FTGTTGGTTGTTTYGGGAGATTTT配列番号94RbiobioTCAAACCCCTAAACCTTACACTAA配列番号95seqATTTTGTTGTTAGGATATTT配列番号96FTTATGATTGGTTTGTTGGTTGTT配列番号97RbiobioCCCTAAACCTTACACTAACTTAAA配列番号98seqATTTTGTTGTTAGGATATTT配列番号99FGGAATATTTTATAATGGATTTTA配列番号100RbiobioATATCAAACCCCTAAACCTTACAC配列番号101seqATTTTGTTGTTAGGATATTT配列番号102FGGAGATTTTGTTGTTAGGATATT配列番号103RbiobioACCATATCCTCCACAACAAACCTC配列番号104seqTTATTGGTTGTTAGGGTAAA配列番号105FAGATTTTGTTGTTAGGATATTTG配列番号106RbiobioAAACCCCTAAACCTTACACTAACT配列番号107seqATTGGTTGTTAGGGTAAAAG配列番号108FTTTTTTATTGGTTGTTAGGGTAA配列番号109RbiobioTATCAAACCCCTAAACCTTACACT配列番号110seqATTGGTTGTTAGGGTAAAAG配列番号111FTTTTYGTTTTTTATTGGTTGTTA配列番号112RbiobioAAACCTTACACTAACTTAAACRAC配列番号113seqATTGGTTGTTAGGGTAAAAG配列番号114FTTTTATTGGTTGTTAGGGTAAAA配列番号115RbiobioCACRATATCCTCCACAACAAACCT配列番号116seqGAYATTTAGTTTTGTAGTAG配列番号117FTATTTTATAATGGATTTTAGAGG配列番号118RbiobioCCTCCACAACAAACCTCRATCCTC配列番号119seqGYGATTTAGTTTTGTAGTAG配列番号120FAGATTTTGTTGTTAGGATATTTG配列番号121RbiobioTAAAAATACAAAACTCCAAAAAAA配列番号122seqGTGTAAGGTTTAGGGGTTTG配列番号123FTTTAAGTTAGTGTAAGGTTTAGG配列番号124RbiobioTCCAAATTAAAAATACAAAACTCC配列番号125seqGTGTAAGGTTTAGGGGTTTG配列番号126FAAGTTAGTGTAAGGTTTAGGGGT配列番号127RbiobioTTAAAACTTCTAAATTAAATTCCA配列番号128seqTAAGGTTTAGGGGTTTGATA配列番号129FTAGTGTAAGGTTTAGGGGTTTGA配列番号130RbiobioACACAAAATTCCCAACACCTTAA配列番号131seqTTTAGAAGTTTTAAGTTTG配列番号132FTTTAAGTTAGTGTAAGGTTTAGG配列番号133RbiobioTCTCTAATAACAAAATAAATACA配列番号134seqTTTAGAAGTTTTAAGTTTG配列番号135FGAGGTTTGTTGTGGAGGATAT配列番号136RbiobioCAATAAACAAATACACAATTACC配列番号137seqATTTAGAAGTTTTAAGTTT配列番号138FTTTTTTGGAGTTTTGTATTTT配列番号139RbiobioCACAATTACCAAAATAACTAAAA配列番号140seqATTTAGAAGTTTTAAGTTT配列番号141FTTTTAATTTGGAATTTAATTT配列番号142RbiobioCCTCTCTATAAACCCTCAATAAA配列番号143seqATTTAGAAGTTTTAAGTTT配列番号144FTATTTTTAATTTGGAATTTAA配列番号145RbiobioAATAACTAAAACRCAAAAAATAA配列番号146seqATTTAGAAGTTTTAAGTTT配列番号147FGTTTTGTATTTTTAATTTGGA配列番号148RbiobioAAAAAACCAAATTAATAAAACAA配列番号149seqATTTAGAAGTTTTAAGTTT配列番号150FbiobioAGTGTAAGGTTTAGGGGTTTGAT配列番号151RCCCAACACCTTAAAAAAAAATCA配列番号152seqTCTATAAACCCTCAATAAAT配列番号153FbiobioAATTTGGAATTTAATTTAGAAGT配列番号154RTAACAAAATAAATACACCTAAAA配列番号155seqTCTATAAACCCTCAATAAAT配列番号156FbiobioGGAATTTAATTTAGAAGTTTTAA配列番号157RAACAATAAACAAATACACAATTA配列番号158seqTCTATAAACCCTCAATAAAT配列番号159FbiobioTGTAAGGTTTAGGGGTTTGATAT配列番号160RCCCCTCTCTATAAACCCTCAATA配列番号161seqAAATACAAAACTCCAAAAAA配列番号162FbiobioTTATTGGTTGTTAGGGTAAAAGT配列番号163RATATCAAACCCCTAAACCTTACA配列番号164seqTAAACCTTACACTAACTTAA配列番号165FbiobioGGGTAAAAGTYGTTATTTAATGA配列番号166RTAAAAATACAAAACTCCAAAAAA配列番号167seqTAAACCTTACACTAACTTAA配列番号168FbiobioAAGAGGTTTAGTATAGTTGTTTT配列番号169RAATATCCTAACAACAAAATCTCC配列番号170seqACAAACCAATCATAAAAATT配列番号171FbiobioTGTAAGGTATATTTTGGTATT配列番号172RAACAACCAACAAACCAATCATAA配列番号173seqACAAACCAATCATAAAAATT配列番号174FbiobioGTTTGTGGATTGGGGGAAG配列番号175RAAACAACCAACAAACCAATCATA配列番号176seqCCCTTCCTTAACCAATAAA配列番号177FbiobioGGGAGATTTTGTTGTTAGGATAT配列番号178RTCAAACCCCTAAACCTTACACTAA配列番号179seqTACCCTAACAACCAATAAA配列番号180FbiobioTAAGGTATATTTTGGTATT配列番号181RTAAAATCCATTATAAAATATTCC配列番号182seqCCCTTCCTTAACCAATAAA配列番号183<p16遺伝子>FGGGTAGGTGGGGAGGAGTTTAG配列番号184RbiobioACCAACCAACCCCTCCTCTTT配列番号185seqGGAGTTAATAGTATTTT配列番号186FGTGTGGGGGGTAGGTGGGGAGG配列番号187RbiobioCTATCCCTCAAATCCTCTAAA配列番号188seqGGAGTTAATAGTATTTT配列番号189FGGGGGAGATTTAATTTGGGG配列番号190RbiobioTATCTTTCCAAACAAAAAAAC配列番号191seqGGAGTTAATAGTATTTT配列番号192FGGGGGAGATTTAATTTGGGG配列番号193RbiobioCAACCAACCCCTCCTCTTTCT配列番号194seqGGAGTTAATAGTATTTT配列番号195FAAAGAGGAGGGGTTGGTTGG配列番号196RbiobioCTACCTACTCTCCCCCTCTCC配列番号197seqGGTTGGTTATTAGAGGGT配列番号198FGAGGAAGAAAGAGGAGGGGT配列番号199RbiobioAAAACTCCATACTACTCCCC配列番号200seqTTGGTTATTAGAGGGTGG配列番号201FAAAGAGGAGGGGTTGGTTGG配列番号202RbiobioACCCTCTACCCACCTAAATC配列番203seqTGGTTATTAGAGGGTGGG配列番号204FGGGTTGGTTGGTTATTAGAG配列番号205RbiobioCAAACCCTCTACCCACCTAA配列番号206seqAGAGGGGGAGAGTAGGTA配列番号207FGTTGGTTATTAGAGGGTGGG配列番号208RbiobioAATCAACCRAAAACTCCATA配列番号209seqAGAGGGGGAGAGTAGGTA配列番号210FAATTAAGGGTTGAGGGGGTAGGG配列番号211RbiobioAAAAAACTAAACTCCTCCCCACCT配列番号212seqTTTGGTAGTTAGGAAGGTT配列番号213FTTATAATTAGGAAAGAATAGTTT配列番号214RbiobioTTCACTCTATTAAAAAAAAAT配列番号215seqTTTGGTAGTTAGGAAGGTT配列番号216FTATTTTTTTTATGATATTAAATA配列番号217RbiobioAATACRTTCACTCTATTAAAA配列番号218seqTTTGGTAGTTAGGAAGGTT配列番号219FGGGTTTTTATAATTAGGAAAGAA配列番号220RbiobioTTTAAATACRTTCACTCTATT配列番号221seqTTTGGTAGTTAGGAAGGTT配列番号222FATTTAATTTGGTAGTTAGGAAGG配列番号223RbiobioTCCCCCRCCTACCAACAAAAA配列番号224seqGGTAGTTAGGAAGGTTGTA配列番号225FATTTGGTAGTTAGGAAGGTTGTA配列番号226RbiobioCTCCCCACCTACCCCCCACAC配列番号227seqTTTTTTAATAGAGTGA配列番号228FbiobioGGGTAGGTGGGGAGGAGTTTA配列番号229RACCAACCAACCCCTCCTCTTT配列番号230seqCCCTCCTCTTTCTTCCT配列番号231FbiobioTTTTAGAGGATTTGAGGGATA配列番号232RCCCCACCCTCTAATAACCAAC配列番号233seqCCCTCCTCTTTCTTCCT配列番号234FbiobioAGAGGATTTGAGGGATAGGGT配列番号235RCTAATAACCAACCAACCCCTC配列番号236seqCCCTCCTCTTTCTTCCT配列番号237FbiobioTTTTTTTGTTTGGAAAGATAT配列番号238RATAACCAACCAACCCCTCCTC配列番号239seqCCCTCCTCTTTCTTCCT配列番号240FbiobioGAAGAAAGAGGAGGGGTTGG配列番号241RACAAACCCTCTACCCACCTAAA配列番号242seqCTACCTACTCTCCCCCT配列番号243FbiobioTTGGTTGGTTATTAGAGGGT配列番号244RAAAACTCCATACTACTCCCC配列番号245seqCTACCTACTCTCCCCCT配列番号246FbiobioAGAGGATTTGAGGGATAGGG配列番号247RCCRACTCCATACTACTCCCC配列番号248seqCTACCTACTCTCCCCCT配列番号249FbiobioGGTAGTTAGGAAGGTTGTAT配列番号250RCCCCAAATTAAATCTCCCCC配列番号251seqCACCTACCCCCCACA配列番号252FbiobioTTTTATGATATTAAATATTT配列番号253RACTAAACTCCTCCCCACCTA配列番号254seqCACCTACCCCCCACA配列番号255FbiobioGAAGAAGTTATATTTTTTTT配列番号256RAAACCAACRTTAACAAAAAA配列番号257seqCACCTACCCCCCACA配列番号258FbiobioTGAGGGGGTAGGGGGATATT配列番号259RCAACCTTCCTAACTACCAAATTAA配列番号260seqTTCCTAATTATAAAAACCC配列番号261FbiobioAATTAAGGGTTGAGGGGGTA配列番号262RTCATAAAAAAAATATAACTTCTTC配列番号263seqTTCCTAATTATAAAAACCC配列番号264FbiobioTGAGGGGGTAGGGGGATATT配列番号265RAACAAAACTATTCTTTCCTAATTA配列番号266seqTTCCTAATTATAAAAACCC配列番号267FbiobioGGGTTTTTGATTTAGTGAAT配列番号268RAAAAATATAACTTCTTCTTTTAAT配列番号269seqTTCCTAATTATAAAAACCC配列番号270FbiobioGTTTTTGAAAATTAAGGGTT配列番号271RAACCTTCCTAACTACCAAATTAAA配列番号272seqTTCCTAATTATAAAAACCC配列番号273さらにまた、MSP法を用いても、メチル化陽性の判定は可能である。PAX3遺伝子、REC8遺伝子、及びp16遺伝子のそれぞれのメチル化特異的プライマーセット及び非メチル化特異的プライマーセットの例は、以下のとおりであるが、これらに限定されない。<PAX3遺伝子>メチル化特異的プライマー114bpforwardTTCGGATAGTTTTCGAGGGTTA配列番号274reverse:CCGACCAACGTAATCATCCT配列番号275メチル化特異的プライマーforwardAGGGTTATTTGCGTCGTATTC配列番号276reverse:AATAATTCTACCCCGAACCCG配列番号277メチル化特異的プライマーforwardAGGGTTATTTGCGTCGTATTC配列番号278reverse:AAACACAACGCCGACCAAC配列番号279非メチル化特異的プライマーforwardTTGGATAGTTTTTGAGGGTTATTTG配列番号280reverse:TCCTAAACACAACACCAACCA配列番号281<REC8遺伝子>メチル化特異的プライマーforwardGCGTTTTCGATTCGATTTTC配列番号282reverse:CCGAACCGCCTACTACAAAA配列番号283非メチル化特異的プライマーforwardTTGGTTGTTAGGGTAAAAGTTGTT配列番号284reverse:CCCCAAACCACCTACTACAAA配列番号285<p16遺伝子>メチル化特異的プライマーforwardTTATTAGAGGGTGGGGCGGATCGC配列番号292reverse:GACCCCGAACCGCGACCGTAA配列番号293非メチル化特異的プライマーforwardTTATTAGAGGGTGGGGTGGATTGT配列番号294reverse:CAACCCCAAACCACAACCATAA配列番号295文献:YKondoetalMolCellBiol2320615判定:上記のDNAメチル化測定法を用いて得られた結果に基づいてGIST患者の予後、あるいはGISTの悪性化の程度、を予測することができる。本発明では、食道、胃、小腸、大腸などの消化管のGIST組織についてREC8遺伝子又はPAX3遺伝子あるいはその両方の遺伝子、のメチル化の有無を調べる又は、検査することによって、そして好ましくはREC8遺伝子及びPAX3遺伝子の両方のメチル化の有無、さらに好ましくはREC8遺伝子及びPAX3遺伝子並びにp16遺伝子のメチル化の有無を調べる又は検査することによって、上記の予測を行うことができる。予後や悪性度の程度は、予後不良群、中間群及び予後良好群に分類することができる。予後不良群は、転移や再発がある群であり、REC8遺伝子及び又はPAX3遺伝子、好ましくはREC8遺伝子及びPAX3遺伝子、より好ましくはREC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子、が相対的に高頻度でメチル化陽性である。中間群は、今のところ転移や再発はないがそのリスクのある、中リスク群と高リスク群に分類され、上記遺伝子類のメチル化陽性の相対的頻度は予後不良群よりかなり低い。ここで、高リスク群は、中リスク群と比べてメチル化陽性の相対的頻度が高く、予後不良となるリスクを有している。逆に、中リスク群は、高リスク群と比べてメチル化陽性の相対的頻度が低く、予後不良となるリスクがより低い。予後良好群又は低リスクでは、上記遺伝子類のメチル化陽性頻度は極めて低く、ほとんどメチル化陰性である。ここで、メチル化陽性の頻度は、予後不良群、中間群高リスクと中リスク及び予後良好群の間でのメチル化陽性割合の大きさを指し、その割合が大きいほど高頻度であり、割合が小さいほど低頻度である。メチル化陽性と判定されたとき、予後不良群、中間群高リスクと中リスクのいずれかに分類される。すなわち、例えばREC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子のメチル化をGIST検体で調べた場合、3つの遺伝子のうち1つ以上が陽性である場合、そのGISTは感度80、特異度92で中間群以上の悪性度を示すこと、また3つの遺伝子のうち1つ以上が陽性である症例群は、3つの遺伝子のいずれにもメチル化が認めない症例群と比較し、生命予後が有意に悪いことを示す図4。4.キット本発明はさらにGISTを検査するためのキットを提供する。該キットは、REC8遺伝子、PAX3遺伝子及びp16遺伝子のそれぞれの、パイロシークエンス法に使用する少なくとも1つの、好ましくは複数の上記プライマーセット、あるいは、MSP法に使用する少なくとも1つの上記メチル化特異的プライマーセット及び、場合により、非メチル化特異的プライマーセットを含み、これに加えてバイサルファイト試薬、PCR反応試薬ならびに使用説明書などを含むことができる。PAX3遺伝子、REC8遺伝子、及びp16遺伝子のそれぞれのパイロシークエンスプライマーセットの例は、上記の配列番号4から配列番号273までの配列の各セット但し、ビオチン修飾はあってもよいし、なくてもよい。であり、本発明のキットには、各遺伝子あたり、少なくとも1つのセットが含まれる。また、MSP法を用いてメチル化陽性の判定を行うための、PAX3遺伝子、REC8遺伝子、及びp16遺伝子のそれぞれのメチル化特異的プライマー及び非メチル化特異的プライマーの例は、PAX3遺伝子について上記の配列番号274から配列番号281の配列の少なくとも1つのセット、REC8遺伝子について配列番号282から配列番号285の配列の少なくとも1つのセット、及びp16遺伝子については、配列番号292から配列番号295の配列の少なくとも1つのセットである。バイサルファイト試薬は非メチル化シトシンをウラシルに変換するための試薬であり、この試薬には、重亜硫酸ナトリウムNabisulfite、スカベンジャーハイドロキノン等などを含むことができる。PCR反応試薬には、dNTPmixture、PCRバッファー、耐熱性ポリメラーゼなどを含むことができる。上記プライマー及び上記試薬の他に、DNA抽出及び制限消化のための、フェノールクロロホルム溶液又はフェノールクロロホルムイソアミルアルコール溶液、制限酵素などを含むことができる。使用説明書には、DNAメチル化検査のためのプロトコールなどが記載されうる。以下に実施例によって本発明をさらに具体的に説明するが、本発明の技術的範囲はこれらの実施例によって制限されないものとする。実施例1GISTの臨床検体トレイニングセット40例を用いて解析を行った。これらの臨床検体は、胃GIST23例、小腸GIST15例、直腸GIST2例の無作為に抽出した40例である。臨床検体からDNAを抽出した後、制限酵素のイソシゾマー性質を利用した、methylatedCpGislandamplification法を用いて、メチル化しているDNA断片を回収し、カスタムアレイで解析した。GISTはこれまでの診断基準により大きさと細胞分裂像より、転移再発のリスクを高リスク、中リスク、低リスクに分類される。これらのリスク分類では、既に転移再発をきたしているGISTは含まれない。既に転移浸潤をきたしているものを予後不良群18例、転移浸潤がなく低リスクに分類されるものを予後良好群9例としてアレイ解析を行った。予後不良群で特異的にメチル化をしている155遺伝子を見出した。907382。実施例2トレイニングセットでアレイより見出した、予後不良群に高頻度にメチル化する155遺伝子を用いて、決定木法による解析を行った。予後不良群と予後良好群を最も的確に分類する2遺伝、REC8遺伝子、PAX3遺伝子を同定した図2。アレイから選び出したREC8遺伝子、PAX3遺伝子の有用性について定量的メチル化法パイロシークエンス法を用いてトレイニングセット40例予後良好群9例、中間群中リスク群高リスク群13例、予後不良群18例で確認した図3。パイロシークエンス法は、高精度な定量解析能を有した塩基配列の解読装置を用いて行った。臨床検体から抽出したDNAをバイサルファイト処理後、PCR法により目的とする領域REC8遺伝子、PAX3遺伝子およびp16遺伝子のプロモーター領域の増幅を表1のプライマーセットforwardとreverseを用いて行った。増幅されたPCR産物を精製後、ビオチンBio標識されたDNA鎖の塩基配列を、シークエンスプライマーsequence表1を用いてパイロシークエンス法により解読した文献:SColellaetalBiotechniques3514650。さらに、REC8遺伝子、PAX3遺伝子の有用性を検証するために、トレイニングセットとは重複しない検証セット75例でメチル化頻度を検討した図3。その結果、検証セットGIST75症例は次のように分類された。予後良好群24例中間群中リスク群高リスク群36例予後不良群15例これらの症例のREC8遺伝子とPAX3遺伝子に加えて、p16遺伝子のメチル化も解析した。p16遺伝子のメチル化とGIST症例の予後生存期間との関連はこれまで報告されているRRiccietalRoleofp16INK4aingastrointestinalstromaltumorprogressionAmJClinPathol20041223543。これらのメチル化様式をパイロシークエンス法を用いて解析し、3遺伝子のうち1遺伝以上にメチル化を認める症例を陽性とした。パイロシークエンス法で計測されるサンプル内の目的とするCpGサイトのメチル化測定値メチル化レベルが15以上を示す場合をメチル化陽性と判断した。この値15はパイロシークエンス法の非特異的な測定値ノイズでは通常得られない測定値としての最小値である。上記及び図3でREC8遺伝子、PAX3遺伝子及びP16遺伝子のメチル化解析に用いたプライマー配列等を表1に示す。その結果、予後良好群、中間群、予後不良群ではそれぞれトレイニングセットでは11、38、83の症例で陽性であり、検証セットではそれぞれ13、69、77の症例で陽性であった。また、中間群においては、中リスクに比較して高リスクで有意に多くの症例で陽性症例が認められた中リスク43921対高リスク75;P0038。検証セットで、本アッセイは予後良好群と予後不良群を感度80、特異度92で区別した図3。実施例3解析症例の中でGIST患者の生存期間が明らかである69症例を対象に、上記と同様のパイロシークエンス法を用いてREC8遺伝子、PAX3遺伝子、p16遺伝子のメチル化状態を測定し、このメチル化結果と生存期間との関係を検討した。その結果、REC8遺伝子、PAX3遺伝子、p16遺伝子のうち1遺伝子でもメチル化している症例は、有意に生存期間が短かったP00338;図4。