標的核酸配列に相補的な核酸配列を含む標的プローブ部分と少なくとも一つの検出プロ-ブ配列に相補的で、かつ前記標的核酸配列に非相補的である複数の配列を含む検出標的部分とを含み、前記プローブ部分と前記検出部分が操作可能に結合している核酸分子。前記核酸分子が、RNA及びDNAからなる群から選択される核酸である、請求項1に記載の核酸分子。前記核酸分子の前記標的プローブ部分が、LNA及びPNAからなる群から選択される核酸アナログを含む、請求項1に記載の核酸分子。少なくとも一つの検出プローブ配列に相補的である前記複数の配列が、実質的に同一である反復配列である、請求項1に記載の核酸分子。前記検出標的部分が、実質的に同一である約5回より大きい反復配列を含む、請求項4に記載の核酸分子。前記検出標的部分が、実質的に同一である約10回より大きい反復配列を含む、請求項4に記載の核酸分子。実質的に同一である前記反復配列が、長さが約10から約100ヌクレオチドである、請求項4に記載の核酸分子。前記標的プローブ部分が、長さが約10から約200ヌクレオチドである、請求項1に記載の核酸分子。前記標的プローブ部分が、前記標的核酸配列に対して99より多く相補的である、請求項1に記載の核酸分子。前記標的核酸配列が、細胞の標的核酸配列である、請求項1に記載の核酸分子。前記標的核酸配列が、一次プローブ配列の一部分である、請求項1に記載の核酸分子。前記一次プローブ配列が、細胞の標的核酸配列に相補的な部分と、前記細胞の標的核酸配列に相補的ではないアダプター部分を含み、前記核酸分子の前記標的プローブ部分が前記アダプター部分に相補的である、請求項11に記載の核酸分子。第一の標的核酸配列の検出のためのシステムにおいて、前記第一の標的核酸配列に相補的な核酸配列を含む第一の標的プローブ部分、及び少なくとも一つの検出プローブ核酸配列に相補的であって、前記標的核酸配列に非相補的である、複数の第一の検出標的配列を含む第一の検出標的部分、を含む第一の核酸分子、及び前記第一の核酸分子の前記検出標的部分中の前記検出標的配列に相補的である第一の検出プローブ部分と、前記検出プローブ部分の5’又は3’の何れかに少なくとも一つの第一の検出可能な部分を含む第一の検出可能な成分部分を含む第二の核酸分子とを含むシステム。前記第二の核酸分子の前記検出可能な成分部分が、複数の検出可能部分を含み、前記検出可能な部分が核酸分子に組み込まれている、請求項13に記載のシステム。前記検出可能な部分が直接的に検出可能である、請求項13に記載のシステム。前記検出可能な部分が間接的に検出可能である、請求項13に記載のシステム。前記検出可能な部分が、シグナル発生部分及び一対の結合部分の第一のメンバーからなる群から選択される、請求項14に記載のシステム。前記シグナル発生部分が、量子ドット、フルオロフォア、蛍光タンパク質、酵素、及びコロイド金からなる群から選択される、請求項17に記載のシステム。一対の結合部分の前記第一のメンバーがハプテンである、請求項17に記載のシステム。前記ハプテンが、ビオチン、24ジニトロフェニルDNP、フルオレセイン誘導体、ジゴキシゲニンDIG、5ニトロ3ピラゾールカルバミドニトロピラゾール、NP、45ジメトキシ2ニトロシンナミドニトロシンナミド、NCA、234ジメトキシフェニルキノリン4カルバミドフェニルキノロン、DPQ、213ベンゾオキサジアゾール5カルバミドベンゾフラザン、BF、3ヒドロキシ2キノキサリンカルバミドヒドロキシキノキサリン、HQ、4ジメチルアミノアゾベンゼン4スルホンアミドDABSYL、ロテノンイソキサゾリンRot、E222オキソ23ジヒドロ1Hベンゾ[b][14]ジアゼピン4イルフェノキシアセトアミドベンゾジアゼピン、BD、7ジエチルアミノ2オキソ2Hクロメン3カルボン酸クマリン343、CDO、2アセトアミド4メチル5チアゾールスルホンアミドチアゾールスルホンアミド、TS、及びpメトキシフェニルピラゾポドフィルアミドPodoからなる群から選択される、請求項19に記載のシステム。前記第二の核酸分子が、少なくとも5つの検出可能な部分を含む、請求項13に記載のシステム。前記第二の核酸分子が、少なくとも10の検出可能な部分を含む、請求項13に記載のシステム。一対の結合部分の前記第一のメンバーに結合する特異的結合剤を更に含む、請求項17に記載のシステム。前記特異的結合剤が、一対の結合部分の前記第一のメンバーに結合し、シグナル発生部分を含む特異的結合部分を含む、請求項23に記載のシステム。特異的結合部分が、アビジン及び抗原結合分子からなる群から選択される、請求項24に記載のシステム。前記抗原結合分子が抗体又はその断片である、請求項25に記載のシステム。前記抗体又はその断片がハプテンに結合する、請求項26に記載のシステム。前記特異的結合剤は、量子ドット、フルオロフォア、蛍光タンパク質、酵素、及びコロイド金からなる群から選択されるシグナル発生部分を含む、請求項23に記載のシステム。前記第二の核酸分子が、RNA及びDNAからなる群から選択される核酸である、請求項13に記載の核酸分子。前記第二の核酸分子が、LNA及びPNAヌクレオチドからなる群から選択される核酸アナログを含む、請求項13に記載のシステム。前記標的核酸配列が、細胞の標的核酸配列である、請求項13に記載のシステム。前記標的核酸配列が、第一の一次プローブ配列の一部分である、請求項13に記載のシステム。前記第一の一次プローブ配列が、細胞の標的核酸配列に相補的な部分と、前記細胞の標的核酸配列に相補的ではないアダプター部分を含み、前記核酸分子の前記標的プローブ部分が前記アダプター部分に相補的である、請求項32に記載のシステム。少なくとも第三及び第四の核酸分子を更に含み、該第三の核酸分子が、第二の標的核酸配列に相補的な核酸配列を含む第二の標的プローブ部分、及び少なくとも一つの検出プローブ核酸配列に相補的であって、前記標的核酸配列に非相補的である、複数の第二の検出標的配列を含む第二の検出標的部分を含み、及び該第四の核酸分子が、前記第三の核酸分子の前記第二の検出部分中の前記第二の検出配列に相補的である第二の検出プローブ部分、及び前記検出プローブ部分の5’又は3’の何れかに少なくとも一つの第二の検出可能な部分を含む第二の検出可能な成分部分を含む、請求項24に記載のシステム。前記第二の標的核酸配列が、第二の細胞の標的核酸配列である、請求項34に記載のシステム。前記第二の標的核酸配列が、第二の一次プローブ配列の一部分である、請求項34に記載のシステム。前記第二の一次プローブ配列が、細胞の標的核酸配列に相補的な部分と、前記細胞の標的核酸配列に相補的ではないアダプター部分を含み、前記核酸分子の前記標的プローブ部分が前記アダプター部分に相補的である、請求項36に記載のシステム。サンプル中に第一の標的核酸配列を検出するための方法において、前記第一の核酸分子の前記検出標的部分が前記標的核酸配列にハイブリダイズする条件下で、前記サンプルを、前記第一の標的核酸配列に相補的な核酸配列と、少なくとも一つの検出プローブ核酸配列に相補的であり、前記標的核酸配列に非相補的である複数の第一の検出標的配列を含む検出標的部分を含む、標的プローブ部分を含む第一の核酸分子と接触させ、前記第二の核酸分子の前記検出プローブ部分が前記第一の核酸分子の前記第一の検出標的配列にハイブリダイズするような条件下で、前記第一の核酸分子を、各々が前記第一の核酸分子の前記検出配列に相補的な検出プローブ部分、及び前記検出プローブ部分の5’又は3’の何れかの少なくとも一つの第一の検出可能な部分を含む検出可能な成分部分を含む、複数の第二の核酸分子と接触させ、前記少なくとも一つの第一の検出可能な部分を検出することを含む方法。前記検出が直接検出である、請求項38に記載の方法。前記検出が間接検出である、請求項38に記載の方法。前記サンプルが、組織サンプル、生物サンプル、固体基材上のサンプル、マイクロタイタープレート上のサンプル、及び磁性粒子上のサンプルからなる群から選択される、請求項38に記載の方法。前記標的核酸配列が、ゲノムDNA、核DNA、RNA、mRNA、及び細胞質核酸からなる群から選択される、請求項38に記載の方法。前記標的核酸が組織又は生物から単離される、請求項38に記載の方法。前記検出が、比色検出、放射検出、蛍光検出、顕微鏡的検出からなる群から選択される検出を含む、請求項38に記載の方法。前記検出が、前記サンプルを、前記第二の核酸分子上の前記少なくとも1つの検出可能な部分に結合する特異的結合剤と接触させることを含む、請求項38に記載の方法。前記第一の核酸分子の前記標的プローブ部分と、前記標的核酸配列と、前記第二の核酸の前記検出プローブ部分と、前記第一の核酸分子の前記検出標的配列が、摂氏約10度以内の融点を有する、請求項38に記載の方法。前記標的核酸配列が、細胞の標的核酸配列である、請求項38に記載の方法。前記標的核酸配列が、一次プローブ配列の一部分である、請求項38に記載の方法。前記一次プローブ配列が、細胞の標的核酸配列に相補的な部分と、前記細胞の標的核酸配列に相補的ではないアダプター部分を含み、前記核酸分子の前記標的プローブ部分が前記アダプター部分に相補的である、請求項48に記載の方法。サンプルを、第二の標的核酸配列に相補的な核酸配列と、少なくとも一つの検出プローブ核酸配列に相補的であり、前記標的核酸配列に非相補的である複数の第二の検出標的配列を含む検出標的部分を含む標的プローブ部分を含む第三の核酸分子とを、前記第一の核酸分子の前記標的プローブ部分が前記標的核酸配列にハイブリダイズする条件下で接触させ、前記第三の核酸分子を、各々が前記第三の核酸分子の前記検出配列に相補的な検出プローブ部分と、前記検出プローブ部分の5’又は3’の何れかの少なくとも一つの第二の検出可能な部分を含む検出可能な成分部分を含む複数の第四の核酸分子とを、前記第四の核酸分子の前記検出プローブ部分が前記第三の核酸分子の前記第二の検出標的配列にハイブリダイズするような条件下で接触させ、前記少なくとも一つの第二の検出可能な部分を検出することを更に含む請求項38に記載の方法。前記第一及び第二の標的核酸配列が同一分子の一部である、請求項50に記載の方法。前記第一及び第二の検出可能部分が同一である、請求項51に記載の方法。前記第二の標的核酸配列が第二の細胞の標的核酸配列である、請求項50に記載の方法。前記第二の標的核酸配列が、第二の一次プローブ配列の一部分である、請求項50に記載の方法。前記第二の一次プローブ配列が、細胞の標的核酸配列に相補的な部分と、前記細胞の標的核酸配列に相補的ではないアダプター部分を含み、前記核酸分子の前記標的プローブ部分が前記アダプター部分に相補的である、請求項54に記載の方法。第一の核酸分子が前記標的核酸配列に相補的な核酸配列を含む標的プローブ部分、及び少なくとも一つの検出プローブ核酸配列に相補的であって、前記標的核酸配列に非相補的である、複数の検出標的配列を含む、長さが約200ヌクレオチドより大きい検出標的部分を含み、第二の核酸分子が前記第一の核酸分子の前記検出部分中の前記検出配列に相補的である検出プローブ部分、及び前記検出プローブ部分の5’又は3’の何れかに少なくとも一つの検出可能な部分を含む検出可能な成分部分を含むキット。少なくとも一つの検出可能な部分に結合する特異的結合剤を更に含む、請求項56に記載のキット。前記特異的結合剤がシグナル発生部分にコンジュゲートした特異的結合部分を含む、請求項57に記載のキット。第二の標的プローブ部分及び第二の検出標的部分を含む少なくとも第二の核酸分子を更に含む、請求項56に記載のキット。前記標的核酸配列が、細胞の標的核酸配列である、請求項56に記載のキット。前記標的核酸配列が、一次プローブ配列の一部分である、請求項56に記載のキット。前記一次プローブ配列が、細胞の標的核酸配列に相補的な部分と、前記細胞の標的核酸配列に相補的ではないアダプター部分を含み、前記核酸分子の前記標的プローブ部分が前記アダプター部分に相補的である、請求項61に記載のキット。実施例1ポリタグプローブを使用する固定組織中のmRNAの検出ホルマリン固定パラフィン包埋異種移植組織は、キシレンを使用して脱パラフィン処理し、ホルマリン、酸変性0.3MのHCl、クエン酸ナトリウム/Tween20緩衝液及びプロテアーゼによる逐次処理によりハイブリダイゼーション用に調整した。調製後、ポリタグリボプローブ配列番号:7-18;1ug/mlでホルムアミドを含むハイブリダイゼーション緩衝液で希釈が組織上に沈着され、65°Cで6時間のハイブリダイゼーション前に80°Cで変性させた。非結合及び非特異的に結合したプローブは3回の高ストリンジェンシー洗浄0.1xSSC、75°Cで除去した。調製後、ハプテン標識抗ポリタグ検出オリゴヌクレオチド配列番号:24;5ug/mlでホルムアミドを含むハイブリダイゼーション緩衝液で希釈が組織上に沈着され、37°Cで1時間のハイブリダイゼーション前に60°Cで変性させた。非結合及び非特異的に結合した検出オリゴは2回の低ストリンジェンシー洗浄2xSSC、37°Cで除去した。mRNA標的に結合したハプテンはカゼイン20nMを含む緩衝希釈剤で希釈した量子ドットインビトロジェンにコンジュゲートした同族マウス抗ハプテンモノクローナル抗体を用いて検出した。核はDAPIを用いて対比染色した。スライドはエタノールを増加した洗浄を用いて脱水し、Cytoseal60封入剤を使用してカバーガラスをかけた。蛍光シグナルは、干渉分光イメージングを用いて捕獲した。図3を参照。実施例2スライドガラスに固定したRNAのポリタグプローブによる検出ドットブロット染色。1マイクログラムから1ナノグラムのインビトロで転写されたRNA標的がSpottingSolutionIIGenoramaに希釈され、1ulがアミノシランコーティングされたマイクロアレイスライドGenorama上に沈着され、乾燥後、UV光を用いて架橋された。スライドは、カゼインを含む緩衝抗体希釈を用いてブロックし、ポリタグリボプローブ配列番号:19-21;1ug/mlでホルムアミドを含むハイブリダイゼーション緩衝液で希釈がスライド上に沈着され、65°Cで6時間のハイブリダイゼーション前に80°Cで変性させた。非結合及び非特異的に結合したプローブは3回の高ストリンジェンシー洗浄0.1xSSC、75°Cで除去した。ハプテン標識抗ポリタグ検出オリゴヌクレオチド配列番号:27、30及び[追加gina配列番号];5ug/mlでホルムアミドを含むハイブリダイゼーション緩衝液で希釈が組織上に沈着され、37°Cで1時間のハイブリダイゼーション前に60°Cで変性させた。非結合及び非特異的に結合した検出オリゴは2回の低ストリンジェンシー洗浄2xSSC、37°Cで除去した。mRNA標的に結合したハプテンはカゼイン20nMを含む緩衝希釈剤で希釈した量子ドットインビトロジェンにコンジュゲートした同族マウス抗ハプテンモノクローナル抗体を用いて検出した。スライドはエタノールを増加した洗浄を用いて脱水し、Cytoseal60封入剤を使用してカバーガラスをかけた。干渉分光イメージングを用いて捕獲したQdotシグナルは、別々の検体のチャンネルにデコンボリューションされ、ImageProソフトウェアを使用して可視化するために重ね合わせた。図2を参照。実施例3ポリタグプローブによる固定組織中の核DNAの検出第17染色体セントロメア特異的ポリタグプローブ配列番号6は、T7RNAポリメラーゼによる直鎖状プラスミドの転写により生成された。ガラス顕微鏡スライド上の5uMの薄片中のホルマリン固定パラフィン包埋組織は、以下に記載されるようにハイブリダイゼーションと検出工程を受けた。上記のように脱パラフィン後、スライドは90°Cで12分間クエン酸塩/Tween20緩衝液で処理され、37度で8分間プロテアーゼで処理した。ホルムアミド含有緩衝液中に処方されたポリタグプローブは、スライドに適用され、その後8分間92°Cに加熱し、二本鎖DNA標的を変性させた。8時間のハイブリダイゼーション後、スライドは2×SSCにより8分間72°Cで二回洗浄した。同様に処方されたハプテン標識化検出オリゴが追加された配列番号24。55°Cへの8分間の加熱後に、ハイブリダイゼーションを1時間37°Cで進行させた。37°Cで2×SSCで2回洗浄した後に、ハイブリダイズしたプローブをウサギ抗DNPモノクローナル抗体を用いて検出し、その後洗浄し、ペルオキシダーゼ結合ヤギ抗ウサギ抗体が適用された。ペルオキシダーゼのシグナルは銀沈着により検出された。図4を参照。実施例4標的核酸及び検出プローブセット標的核酸プローブRNAが、プローブ配列をコードするDNA鋳型からプローブを転写することによって合成した。以下の検出標的配列ポリタグとも呼ばれるは、標的プローブ配列標的DNAにハイブリダイズする配列と操作可能に結合して配置され、完全長標的核酸プローブに10回から40回反復された。第17染色体セントロメアに特異的なRNA標的核酸プローブ:アクチンmRNAに特異的なRNA標的核酸プローブ:ここで、n=56、すなわちポリタグの56反復。ヒト18リボソームRNAに特異的なRNA標的核酸プローブ:ここで、n=40、すなわちポリタグの40反復。検出オリゴヌクレオチドは、標準的ホスホラミダイト及び製造業者によって提供されるプロトコルを使用してマーメイドオリゴヌクレオチドシンセサイザーMermadeOligonucelotideSynthesizerで合成した。Rで示されるハプテンが、望まれるハプテンを含む脱塩基ホスホラミダイトに導入された。ソフィアSophia検出プローブが、DNPジニトロフェノールで標識され、585nMで発光するQdotsに結合した抗DNP抗体で使用された。ラクエルRaquel検出プローブが、TSチアゾールスルホンアミドで標識され、655nMで発光するQdotsに結合した抗TS抗体で使用された。Qingxia検出プローブが、DCジエチルクマリンで標識され、605nMで発光するQdotsに結合した抗DC抗体で使用された。エバEva検出プローブが、BFベンゾフラザンで標識され、525nMで発光するQdotsに結合した抗BZ抗体で使用された。LNA又はPNA検出プローブとの使用に適した短いポリタグ配列:ハプテン標識化LNA検出プローブでの使用に適した配列:実施例5一本鎖DNAポリタグプローブを用いた検出A一本鎖DNAポリタグプローブの構築この実施例では、細胞又は組織中の核酸標的を検出するためのポリタグシステムのアプリケーションを説明する。固有配列の5つのコピーの直接反復配列KK5が、ヒトゲノムに有意な配列相同性を持たずに化学的に合成された。ポリタグKKは、プラスミドベクターpuc19にクローニングされ、クローンの配列は配列決定により確認された。KK5を重複させることによる10コピーの直接反復型が、標準的な分子生物学的技術を用いて構築された。ヒトのPTEN遺伝子が目的とする遺伝子として選択され、イントロン配列のみが、PCRプライマーの設計および増幅のために選択された。全ては設計されたプライマープライマー配列と対応するPCRアンプリコン配列は以下に一覧されるを持つ約200塩基対である、36のDNA断片が増幅された。リン酸基をT4ポリヌクレオチドキナーゼを用いてDNA断片の5’末端に付加した後、DNA断片がアガロースゲルから精製された。PTENPCR断片は、制限酵素SmaIで直線化したKK5又はKK10配列とT4DNAリガーゼにより連結された。一本鎖DNA、PTENポロタグプローブは、1鋳型としての連結産物とともに、KK配列KK5Rpに相補的である一つの共通5’リン酸化プライマーを有するPTENPCR断片を生成するために以前使用されたPTEN特異的順方向プライマーと一緒に連結された、KK5又はKK10配列を持つPTEN断片のPCR増幅、2酵素が好ましくは、5’リン酸基を持つDNA鎖を分解するゆえの、PTENに対する一本鎖DNAポリタグプローブを生成したPCR断片のラムダエキソヌクレアーゼ処理、により作成された。B目的の核酸標的の検出のためのポリタグssDNAプローブの使用の例。この例において、PTENポリタグssDNAプローブプローブがパラフィン包埋組織スライド上のヒト細胞由来のその標的を検出するために用いられた:36のPTENPCR断片のうち30PTENPCR配列リストの番号1ー30がこの例において用いられた。組織は、脱パラフィンされ、水和され、ハイブリダイズされた。ハイブリダイゼーションは、6時間45°Cで行われ、ブロッキングDNAは使用されなかった。2×SSCによるポストプローブハイブリダイゼーション洗浄が72°Cで8分間行われ、合計3回繰り返した。KK検出オリゴハイブリダイゼーション及び洗浄についての手順は、155°Cで8分間変性させ;245°Cで1時間ハイブリダイゼーションし;345°Cで3回、2×SSCで洗浄する。SISHによるシグナルの検出は公開されている。5つのコピーのポリタグと10コピーのポリタグプローブは明瞭で強いシグナルを与えた。5つのコピーについての結果は図5aを、10コピーについての結果は図5bを参照。検出手順は、ベンタナメディカルシステムズのBenchMarkXTプラットフォーム上で自動化され、そして、それは手動検出システム並びに、他の半自動または全自動検出システムに普遍的に適応する必要がある。ポリタグ設計の変形として、30から80ヌクレオチド長のユニークなアダプター配列の一コピーが標的核酸ポリタグ配列とは異なるものに結合された;ポリタグ増幅器ポリタグアダプター配列と相補的なアダプター配列領域を、次に標的配列にハイブリダイズさせる。具体的には、ハイブリダイゼーションは、標的核酸プローブ上のアダプター配列とポリタグプローブ上のアダプター配列領域との間で起きる。この設計はパラフィン包埋ヒト組織スライド上でPTEN遺伝子を検出するために使用された。一本鎖ポリタグ増幅器が構築され、PCR増幅によるアダプターがタグ付けされた遺伝子特異的な一本鎖DNAプローブが構築され、Aで説明したように、適切なテンプレートとプライマーを用いたラムダエキソヌクレアーゼ処理が続いた。組織は、脱パラフィンされ、水和され、そしてハイブリダイズされた。ハイブリダイゼーションは、6時間45°Cで行われ、ブロッキングDNAは使用されなかった。2×SSCによるポストプローブハイブリダイゼーション洗浄が72°Cで8分間行われ、合計3回繰り返した。ポリタグ増幅器のハイブリダイゼーションおよび洗浄の手順は、プローブに対するものと似ているが、わずか1時間のハイブリダイゼーションの時間である。KK検出オリゴハイブリダイゼーション及び洗浄についての手順は、155°Cで8分間変性させ;245°Cで1時間ハイブリダイゼーションし;345°Cで3回、2×SSCで洗浄する。SISHによるシグナルの検出は公開されている。ポリタグプローブ10コピーは明瞭で強いシグナルを与えた。図6を参照。検出手順は、ベンタナメディカルシステムズのBenchMarkXTプラットフォーム上で自動化されたが、それは手動検出システム並びに、他の半自動または全自動検出システムに普遍的に適応する必要がある。C核酸配列上記の明細書に記載されている全ての刊行物および特許は、参照により本明細書に援用される。本発明の記載された方法及びシステムの様々な変更及び変形は、本発明の範囲および精神から逸脱することなく、当業者には明らかであろう。本発明は特定の好ましい実施態様に関連して説明されてきたが、請求された発明が不当にそのような特定の実施態様に限定されるべきではないことを理解すべきである。実際に、関連する分野の当業者に明らかである本発明を実施するための記載された方法の様々な変更は、以下の特許請求の範囲内にあるものとする。