"微生物の薬物耐性を判定するシステムであって、aサンプルの同位体標識および処理を行うサンプル増殖処理モジュールと、b上記サンプル増殖処理モジュールの下流側に配置され、上記同位体標識および上記処理を行った上記サンプルの検出および分析を行う質量スペクトル取得モジュールと、c上記質量スペクトル取得モジュールの下流側に配置され、bの上記検出および上記分析の結果の処理を行って上記微生物の薬物耐性の有無を判定するアルゴリズムモジュールと、を備えるシステム。上記サンプル増殖処理モジュールが、少なくとも1つの同位体標識増殖培地を備えることを特徴とする請求項1に記載のシステム。上記サンプル増殖処理モジュールが、少なくとも1つの対照増殖培地を備えることを特徴とする請求項1に記載のシステム。上記サンプル増殖処理モジュールが、HPLC法と、CE法と、2次元ゲル電気泳動法とから成る一群から選択される少なくとも1つのクロマトグラフィー技術を備えることを特徴とする請求項1に記載のシステム。上記質量スペクトル取得モジュールが、MSシステムを備えることを特徴とする請求項1に記載のシステム。上記質量スペクトル取得モジュールが、MS/MSシステムを備えることを特徴とする請求項1に記載のシステム。上記質量スペクトル取得モジュールが、TOFと、TOF/TOFと、AP-MALDIと、イオントラップと、四重極と、トリプル四重極と、FTICRと、Orbitrapと、電気質量分析器および磁気質量分析器と、イオン移動度分析器と、これらの組み合わせとの1つ以上から成る一群から選択される質量スペクトルシステムを備えることを特徴とする請求項1に記載のシステム。上記アルゴリズムモジュールが、少なくとも1つのバイオマーカ組成データベースを備えることを特徴とする請求項1に記載のシステム。上記アルゴリズムモジュールが、少なくとも1つのゲノムデータベースまたはプロテオームデータベースを備えることを特徴とする請求項1に記載のシステム。薬物存在下の微生物の増殖を検出することによって微生物の薬物耐性を判定する方法であって、a上記微生物を、少なくとも1つの薬物と同位体標識を備える同位体標識増殖培地iと当該薬物および当該同位体標識を備えない対照増殖培地iiの中で増殖させる工程であって、上記同位体標識増殖培地i中での上記微生物の増殖時、上記同位体標識が上記微生物の1つまたは複数のバイオマーカ分子内へ取り込まれ、上記対照増殖培地ii中での上記微生物の増殖時、上記1つまたは複数のバイオマーカ分子が非標識状態であり続ける、工程と、b上記工程aの上記バイオマーカ分子を質量スペクトルシステムに使用して、上記バイオマーカ分子のイオン質量断片を作成する工程と、c上記工程aの上記同位体標識増殖培地i中での上記同位体標識の取り込みに基づいて第1アルゴリズム的解析を使用して、上記工程aの上記対照増殖培地ii中で上記非標識状態にある上記1つまたは複数のバイオマーカ分子の質量シフトを予測する工程と、d上記工程cで予測した上記質量シフトの予測値と、上記工程aの薬剤を含有する上記同位体標識増殖培地i中で増殖した上記微生物の上記1つまたは複数のバイオマーカ分子の質量の測定値との比較を第2アルゴリズム的解析を使用して行う工程であって、上記同位体標識増殖培地iと上記対照増殖培地ii中の上記バイオマーカ分子が互いに一致する確率を当該比較に基づいて決定し、これにより上記微生物の上記薬物に対する薬物耐性を判定する工程と、を備える方法。上記微生物は、ストレプトコッカス属類、ストレプトコッカス属類、ペプトストレプトコッカス、エンテロコッカス属類、スタヒロコッカス属類、ヘモフィルス属類、シュードモナス属類、ブルセラ属類、ボルデテラ属類、バシラス属類、クロストリジウム属類、Neisseria属類、モラクセラ属類、マイコバクテリウム属類、コリネバクテリウム属類、ノカルジア属類、バクテロイデス属類、アクチノマイカス属類、トレポネーマ属類、レプトスピロサ属類、クレブシエラ属類、サルモネラ属類、Ecoli、フランシセラ属類、プロテウス属類、セラシア属類、アシネトバクター属類、エルシニア属類、フランシセラ属類、エンテロバクター属類、バクテロイデス属類、レジオネラ属類、および、クラミジア属類から成る一群から選択されることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記微生物が、原核細胞を含むことを特徴とする請求項10に記載の方法。上記原核細胞が、細菌性細胞を含むことを特徴とする請求項12に記載の方法。上記細菌性細胞が、グラム陰性であることを特徴とする請求項13に記載の方法。上記細菌性細胞が、グラム陽性であることを特徴とする請求項13に記載の方法。上記薬物が、アミノグリコシド抗生物質と、βラクタムと、セファロスポリンと、フルオロキノロン類と、カルベペネムと、テトラサイクリンと、マクロライドと、モノバクタムと、キノロン類と、グリコペプチドと、クロラムフェニコールと、クリンダマイシンと、トリメトプリムと、スルファメトキサゾールと、ニトロフラントインと、リファンピンと、ムピロシンと、ポリミキシンと、オキサゾリジノンと、フェニルオキサゾリジノン誘導体とから成る一群から選択されることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記同位体標識が、2Dと,13Cと、15Nと、18Oとから成る一群から選択されることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記1つまたは複数のバイオマーカ分子が、脂質と、ペプチドと、アミノ酸と、核酸と、ポリヌクレオチドと、リン脂質と、タンパク質と、これらの組み合わせとから成る一群から選択されることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記タンパク質が、リボソームタンパク質と、シャペロンタンパク質と、転写因子タンパク質と、DNA修復/複製タンパク質と、翻訳因子タンパク質と、他のハウスキーピングhouse-keepingタンパク質とから成る一群から選択されることを特徴とする請求項18に記載の方法。上記タンパク質の重量が、100kDa未満であることを特徴とする請求項19に記載の方法。上記イオン質量断片の信号対雑音比が、少なくとも3であることを特徴とする請求項13に記載の方法。上記イオン質量断片が、50m/z~20,000m/zの範囲であることを特徴とする請求項21に記載の方法。上記同位体標識増殖培地と上記対照増殖培地の上記イオン質量断片は、それぞれ、バイオマーカ分子から得られる同様のイオン質量断片に関連付けられる少なくとも1つのピークを示し、上記同位体標識増殖培地の上記イオン質量断片が示す上記少なくとも1つのピークは、上記対照増殖培地の上記イオン質量断片が示す上記1つのピークと比較して、高質量側にシフトしていることを特徴とする請求項13に記載の方法。サンプル処理が、HPLC、CE、2次元ゲル電気泳動法などのクロマトグラフィー技術のうちの少なくとも1つを備えることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記質量スペクトルシステムが、MSシステムを備えることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記質量スペクトルシステムが、MS/MSシステムを備えることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記質量スペクトルシステムが、エレクトロスプレーイオン化ESIと、レーザ脱離/イオン化LDIと、マトリクス支援レーザ脱離イオン化MALDIと、高速原子イオン衝撃FABと、化学イオン化CIと、大気圧光子イオン化APPIと、大気圧化学イオン化APCIと、大気圧レーザ脱離イオン化AP-LDIと、大気圧マトリクス支援レーザ脱離イオン化AP-MALDIと、低温プラズマLTPと、レーザスプレーイオン化LSIと、リアルタイム直接分析DARTと、脱離エレクトロスプレーイオン化DESIとから成る一群から選択されるイオン源を備えることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記質量スペクトルシステムが、TOFと、TOFTOFと、イオントラップと、四重極と、トリプル四重極と、FTICRと、Orbitrapと、電気質量分析器および磁気質量分析器と、イオン移動度分析器と、これらの組み合わせとの1つ以上から成る一群から選択されることを特徴とする請求項10に記載の方法。対照のバイオマーカ分子の上記質量シフトの予測値をinsilicoで決定することを特徴とする請求項10に記載の方法。上記第2アルゴリズム的解析が、上記質量スペクトルシステムで作成された少なくとも1つのイオン質量断片とバイオマーカ組成データベースから得られる少なくとも1つの対照質量断片との比較を備えることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記バイオマーカ組成データベースから得られる上記対照質量断片が、insilicoで作成されることを特徴とする請求項30に記載の方法。上記バイオマーカ組成データベースが、タンパク質のdenovo配列決定を行うことで作成されることを特徴とする請求項30に記載の方法。タンパク質の上記denovo配列決定が、insilicoで行われることを特徴とする請求項32に記載の方法。上記第2アルゴリズム的解析が、上記質量スペクトルシステムで作成される少なくとも1つのイオン質量断片と生物ゲノムデータベースまたは生物プロテオームデータベースから得られる少なくとも1つの対照質量断片との比較を備えることを特徴とする請求項10に記載の方法。生物ゲノムデータベースまたは生物プロテオームデータベースから得られる上記対照質量断片が、insilicoで作成されることを特徴とする請求項34に記載の方法。上記第2アルゴリズム的解析が、上記質量スペクトルシステムが作成する少なくとも1つのイオン質量断片とアミノ酸分布の平均を使用して算出される少なくとも1つの対照質量断片との比較を備えることを特徴とする請求項10に記載の方法。上記対照質量断片の算出および作成をinsilicoで行うことを特徴とする請求項36に記載の方法。実施例実施例1選択バイオマーカにおける質量シフトの実験観測値と予測値Δmの補正質量分析MS解析用の試験生物の培養およびサンプル調製:全薬品は、SigmaChemical社StLouisMOUSA製の薬品を利用し、更なる精製処理を行わずに使用した。生物Ecoliをトリプシン大豆寒天上に単離し、プレートから採取した1つのコロニーを互いに独立した3つのフラスコに植菌し、37°Cで6時間培養した。このうち2つのフラスコは、天然同位体存在度の13Cを含む標準増殖培地Bioexpress1000増殖培地:CGM-1000-U-S非標識、10倍濃縮―CambridgeIsotopeLaboratories社AndoverMA製を含んでいた。天然同位体存在度を有する上記培養物図3のAの対照サンプル132Aの1つと同位体濃縮培地を含む培養物図3のAの薬物試験122とにストレプトマイシン薬物を導入し、生物の感受性を測定した。薬物サンプル134図3のAにはストレプトマイシンを添加しなかった。各フラスコから1mlを採取し、上記培養培地を脱イオン水中で数回洗浄した。ペレット状の細菌を1mL当たり約106細胞の細胞数となるように脱イオン水中で再懸濁し、0.5μLの無処置の細胞懸濁液を市販のステンレス鋼製ステンレスBrukerDaltonics社の各ウェルに堆積させた。アセトニトリルと水を1:1の比率v/vで混合した溶液中にマトリクスアルファーシアノー4-ヒドロキシ桂皮酸CHCAを溶解した。1アリコートの上記CHCAマトリクス溶液0.5μLを、上記細菌を含む各サンプルウェルに添加し、上記サンプルを静置して空気乾燥させた。MS分析20kVの名目加速電圧でBrukerMicroFLEXMALDI-TOF器具BrukerDaltonics社、BillericaMAUSAを使用して、正イオン質量スペクトルおよび負イオン質量スペクトルを線形モードで得た。m/Z値が8000のイオン集束およびイオン透過となるようにパルスイオン遅延抽出の最適化を行った。楕円形のスポットに焦点を合わせた337nmUVN2レーザ‘VSL-337ND’;LaserScience社、MAUSAは、以下の標準パラメータを有する:減衰通常30前のエネルギー/パルスの平均値が200mcJであり、パルス幅が4nsである。市販のタンパク質サンプルユビキチン、ウシインスリンを外部機器キャリブレーションに使用した。8kDaの場合の質量精度および質量解像度の予測値は、それぞれ、3Daおよび>400FWHNであった。各スペクトルに関して、サンプルウェルの全域でレーザビームをラスタライズし、単一レーザショットから得られる一般的には600個のトレースを蓄積した。上記スペクトルの平均を取り、器具を設けたソフトウェアを使用して最初に処理を行った。薬物耐性を決定する無処置の微生物のMALDITOFMS標識を図3のAおよびBに示す。図3のAは、薬物試験134および134’と同様に薬物無添加の13C濃縮培地中で増殖させたEcoliの結果を示す。図3のBは、薬物無添加の対照培地中で増殖させたEcoliの結果を示す。Δmは、各スペクトルにおける各関連m/Z比の質量シフトを示す。それぞれのEcoliK12バイオマーカタンパク質のピーク間に確認された質量シフトは炭素原子数に比例している。更に、質量シフトΔmは、バイオマーカ質量の増加とともに増加することが確認された。このことが、アルゴリズム的解析を使用して、上記結果を解析するとともに、ピーク同士を相互に関連付ける1つの理由である。表1では、対照培地中で増殖させたEcoliK12と13C同位体濃縮増殖培地中で増殖させたEcoliK12の選択バイオマーカの質量シフトの実測値と予測値とを比較する。上記質量シフトの予測は、以下の元素組成を有するアミノ酸の統計的アベラジンaveragineに基づいて行う:C4.9384H7.7583N1.3577O1.4773S0.0417平均:111.1254Da。上記質量シフトの実測値と予測値との差異は、分子中の炭素原子の実際の数と予測数との差異に起因する。天然同位体存在度を有する培地および同位体濃縮培地における13Cと12Cの比は、それぞれ、0.01および46である。本実施例で使用するアルゴリズムは、上述のオプション1に対応する。本実施例は、公知の微生物が、薬物に対して感受性と耐性の何れを有するかを判断するうえで有益である。実施例2質量の実測値と予測値の比較本発明のシステムおよび方法に応じて研究例を行う。アルゴリズム的解析より、以下の質量が予測される:観測結果の確率に応じてランク付けを行った:15000-5100;24000-4100;37000-7100;46000-6100;53500-3600。薬物を添加した同位体標識培地中で増殖させた微生物の実験サンプルで確認された質量SRに応じてランク付けを以下に示す:14070;25020;38000;43550;57500;63550。本願の開示内容は、様々な実施形態と併せて記載したが、当該実施形態に限定されることは意図しない。むしろ、本願の開示内容は、当業者に理解されるであろう形態ともに、様々な代替、変更、および均等形態をも含むものである。微生物の薬物耐性/感受性を立証する、質量分析法に基づいた本発明のシステムの実施形態の概略図を示す。Aは、サンプル増殖処理モジュールを記述する実施形態であり、Bは、Aに示すサンプルの質量スペクトルの取得および分析を示す実施形態である。13C同位体濃縮培地中と対照培地中のそれぞれで増殖させた無処置のEcoli微生物をALDITOFMS法により質量分析した結果を比較して示し、Aは13C濃縮培地中で増殖させたEcoliを示し、Bは天然炭素同位体存在度を有する対照培地中で増殖させたEcoliを示す。質量分析法に基づいた本発明のシステムおよび方法の実施形態の概略図を示し、特に、当該概略図は、本発明の方法およびシステムに採用できるアルゴリズムモジュールの処理オプションを示す。本発明の方法およびシステムが採用できるアルゴリズムモジュールの処理オプションの概略図を示す。"