"以下の群より選択される単離された核酸分子:a配列番号57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列を含む核酸分子;b配列番号57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列に少なくとも80の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、活性を保持しているポリペプチドをコードする核酸分子;c配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;d配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、活性を保持しているポリペプチドをコードする核酸分子;及びeaからdのいずれかの相補体。請求項1に記載の核酸分子を含むプラスミド。異種ポリペプチドをコードする核酸分子をさらに含む、請求項2に記載のプラスミド。請求項2に記載のプラスミドを含有する宿主細胞。細菌宿主細胞である、請求項4に記載の宿主細胞。以下からなる群より選択される単離されたポリペプチド:a配列番号:58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列を含むポリペプチド;b配列番号:57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド;c配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド;d配列番号:57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列に少なくとも80同一であるヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド。異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項6に記載のポリペプチド。請求項6に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。ポリペプチドを生成する方法であって、前記ポリペプチドをコードする核酸分子が発現される条件下で請求項4に記載の宿主細胞を培養することを含み、前記ポリペプチドが以下からなる群より選択される方法。a配列番号:58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列を含むポリペプチド;b配列番号:57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド;c配列番号:58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド;及びd配列番号:57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列に少なくとも80の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド。試料中における請求項6に記載のポリペプチドの存在を検出する方法であって、ポリペプチドに選択的に結合する化合物と、前記試料を接触させるステップと;前記化合物が、前記試料中の前記ポリペプチドに結合するかどうか判定するステップとを含む方法。ポリペプチドに結合する化合物が抗体である、請求項10に記載の方法。宿主の免疫系を変調する方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを前記宿主に導入することを含む方法。免疫系の変調が、宿主のサイトカイン産生を改変することを含む、請求項12に記載の方法。免疫系の変調が、抗炎症活性を改変することを含む、請求項12に記載の方法。宿主の免疫系を変調する方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを発現する微生物を前記宿主に導入することを含む方法。宿主のタンパク質又は化合物の発現を変化させる方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを前記宿主に導入することを含む方法。宿主のタンパク質又は化合物の発現を変化させる方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを発現する微生物を前記宿主に導入することを含む方法。対象における胃腸障害を治療する方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを発現する微生物を前記対象に導入することを含む方法。胃腸障害が、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、過敏性腸管症候群、下痢、抗生物質関連の下痢、便秘、及び小腸細菌過増殖からなる群より選択される、請求項18に記載の方法。対象における感染の発生を予防又は抑制する方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを発現する微生物を前記対象に導入することを含む方法。改変された付着特性を微生物が保持するのを可能にする方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを前記微生物に導入することを含む方法。微生物が、上皮細胞に付着できる、請求項21に記載の方法。以下を含む異種核酸分子を含む微生物宿主細胞:a配列番号57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列;b配列番号57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列に少なくとも80の配列同一性を有し、ムチンに結合するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;c配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;d配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも80の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;e配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも95の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列であって、前記ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列。細菌宿主細胞である、請求項23に記載の微生物宿主細胞。細菌細胞が、乳酸菌である、請求項24に記載の微生物宿主細胞。乳酸菌が、ラクトバチルスアシドフィルスである、請求項25に記載の微生物宿主細胞。本発明は、アシドフィルス菌の細胞壁、細胞表面、及び分泌物の分子に関する。これらの分子のヌクレオチド配列及びアミノ酸配列を提供する。これらの配列は、生物を改変して利点を促進するのに使用できる。細胞壁、細胞表面、及び分泌物の分子によって、アシドフィルス菌における新規の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質を意図する。細胞壁によって、細菌細胞の細胞壁に付随して見出されるタンパク質を意図する。本発明のポリペプチド又はポリヌクレオチドに関する場合、細胞表面によって、細菌細胞膜に付随して見出されるタンパク質を意図する。分泌によって、それがその中で発現される細胞から放出されるタンパク質を意図する。本発明のタンパク質は、細胞壁のタンパク質、細胞表面のタンパク質、又は分泌物のタンパク質のいずれかに分類できるか、或いはこれらの分類における複数に含まれることもある。さらに、細胞壁、細胞表面、又は分泌物という用語は、単一のタンパク質を記述するのに使用されることもあるし、複数のタンパク質を記述するのに使用されることもある。具体的な、本発明の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質分子については表1を参照のこと。これらの新規の、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質は、ペプチドグリカン;タイコ酸;リポテイコ酸;ホモ多糖及びヘテロ多糖を含めた多糖;接着タンパク質;分泌タンパク質;表面s層タンパク質;ステロイド結合タンパク質も含みうる、コラーゲン結合タンパク質及び他の細胞表面タンパク質;lemA様のタンパク質;凝集促進タンパク質;表面排除タンパク質;ミオシン交差反応性タンパク質;粘液結合タンパク質及び前駆体;フィブロネクチン結合タンパク質;ソルターゼ;生物膜に付随した表面タンパク;フィブリノーゲン結合タンパク質;トロポミオシン様のタンパク質;FmtB様の表面タンパク;psaA様の付着因子;lysM様のタンパク質;自己融解素;細胞形態決定タンパク質;及び桿形態決定タンパク質からなる群から選択された細胞成分を含む。完全長遺伝子配列は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物の分子の配列と呼ばれ、細胞壁、細胞表面、及び分泌物の遺伝子に類似性を有することを示す。本発明は、これらの細胞壁、細胞表面、及び分泌物の配列の断片及び変種もさらに提供する。これらの断片及び変種も、本発明の方法を実施するのに用いることができる。本明細書で使用する場合、遺伝子及び組換え体遺伝子という用語は、オープンリーディングフレーム、とりわけ細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードするものを含む核酸分子を指す。本発明の単離された核酸分子は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードする核酸配列と、配列番号:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304及び306に記載のアミノ酸配列以下、配列番号1~307のうちの偶数と呼ぶをコードする核酸配列と、配列番号:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305及び307に記載の核酸配列以下、配列番号1~307のうちの奇数と呼ぶと、これらの変種及び断片とを含む。本発明は、以下に記載するアンチセンス核酸分子も包含する。加えて、細胞壁又は細胞表面に付随するか、或いは分泌される、単離されたポリペプチド及びタンパク質、並びにそれらの変種及び断片も包含される。本発明に関しては、タンパク質とポリペプチドとは互換性をもって使用される。本発明の組成物及び方法は、アシドフィルス菌の細胞壁、細胞表面、及び分泌物の分子の機能を変調するのに使用することができる。変調する、変化させる、又は改変するによって、標的生物活性の上方制御、又は下方制御を意図する。本発明のタンパク質は、乳酸菌の生物活性を改変するのに有用であり、そして、乳酸菌によって発酵された食物の栄養特性、又は健康を促進する特性を改変するのにも有用である。本発明のヌクレオチド分子は、乳酸菌によって発現される細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の発現を変調するのに有用である。本発明のポリヌクレオチドからの発現の上方制御及び下方制御も包含される。上方制御は、多数の遺伝子コピーを提供することによって、調節エレメントの改変によって発現を変調することによって、転写又は翻訳の機構を促進することによって、或いは他の方法によって達成することができる。下方制御は、公知のアンチセンス技法及び遺伝子サイレンシング技法を用いることによって達成することができる。すなわち、本発明のタンパク質は、免疫系、宿主タンパク質の発現、治療効果、安定性、及び乳酸菌の他の活性を変調するのに有用である。乳酸菌によって、エロコッカスAerococcus、カルノバクテリウムCarnobacterium、エンテロコッカス、ラクトコッカス、乳酸桿菌、ロイコノストックLeuconostoc、エノコッカスOenococcus、ペディオコッカスPediococcus、連鎖球菌、メリソコッカスMelissococcus、アロイオコッカスAlloiococcus、ドロシグラニュラムDolosigranulum、ラクトスフェラLactosphaera、テトラジェノコッカスTetragenococcus、バゴコッカスVagococcus、及びワイセーラWeissellaから選択された属の細菌を意図するHolzapfeletalAmJClinNutr73365S373SBergeysManualofSystematicBacteriologyVol2pp10751079。本発明のポリペプチド、又はそれらを発現する微生物は、栄養添加物又はサプリメントとして、また、乳製品及び発酵加工の添加物としても有用である。これらのポリヌクレオチドの配列、コードされているポリペプチド、及びそれらを発現する微生物は、チーズ、ヨーグルト、発酵乳、乳製品、酸乳、及びバターミルクなどの乳から作られる製品の製造に有用である。本発明のポリペプチドを発現する微生物は、プロバイオティック生物でありうる。プロバイオティックによって、胃腸管を通過しても生き残っており、かつ、宿主に対して有益な効果を有する、生きている微生物を意図する。宿主によって、本発明が開示するポリペプチド、又はそのようなタンパク質を発現する微生物と接触する生物を意図する。宿主は、ヒト及び他の動物を指すことも、また、細菌を指すこともある。本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、乳から作られる製品の健康に関連した恩恵を改変するのに有用である。これらの使用には、宿主の免疫系を変調すること;宿主のタンパク質又は化合物の発現を変化させること;胃腸障害を治療すること;感染を予防するか、又はその発生を低下させること;対象における有害な化合物を、結合、不活性化、除去、隔離、分解、消化、切断、又は改変すること;微生物が、改変された付着特性を保持するのを可能にすること;対象における虫歯の発生を低減すること;生産動物における飼料変換率を増大させること;微生物又はポリペプチドが他の微生物を抑制するantagonizeのを可能にすること;食物を汚染から保護すること;創傷を治療すること;微生物の抗生物質の感受性を変調すること;微生物が生物膜を形成するのを可能にするか、又はそのような能力を阻害すること;癌を治療又は予防すること;心臓病を治療すること;及びコレステロールを低下させることが含まれるが、これらに限定されない。これらの使用には、乳酸菌によって産生された食物製品の食感を改変することも含まれる。本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、貯蔵保管を含めた工業発酵過程中における微生物の安定性を高めるのにも有用である。そのような過程では、様々なストレスへの曝露によって、微生物生存率の低下、代謝活性の障害、及び最適ではない発酵条件が導かれることがある。ストレスは、胃腸管にも存在する。存在しうるストレスには、酸化ストレス、pH、浸透圧ストレス、脱水、炭素飢餓、リン酸塩飢餓、窒素飢餓、アミノ酸飢餓、機械的ストレス、圧力変化、熱又は低温ショック、及び変異原性ストレスが含まれる。本発明の核酸分子は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードする。それらは、配列番号1~307のうちの奇数に記載のDNA配列を有する転写産物をコードする。本発明のヌクレオチド配列によってコードされているアミノ酸配列を、配列番号1~307のうちの偶数に記載する。本発明の単離された核酸分子は、本明細書に開示されている細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列、並びにそれらの断片及び変種に加えて、本明細書に開示されている細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列又はそれらの変種及び断片から得られた配列の全体又は部分とのハイブリダイゼーションによって、他の生物又は細胞から同定及び単離された相同DNA配列も包含する。本発明によって包含される核酸組成物及びタンパク質組成物は、単離されているか、又は実質的に精製されている。単離されている又は実質的に精製されているによって、核酸若しくはタンパク質分子、又は生物学的に活性な断片若しくは変種が、天然の状態にある、それらの核酸又はタンパク質に、通常、付随して見出される成分を、実質的又は本質的に含まないことを意図する。そのような成分には、他の細胞物質と、組換え体生成における培地と、タンパク質又は核酸の化学合成に使用される様々な化学物質とが含まれる。本発明の単離されている核酸は、その核酸が由来した生物のゲノムDNA中で、注目している核酸に隣接している核酸配列5’又は3’末端に存在するコード配列などを含まないことが好ましい。しかし、これらの分子は、その組成物の基本特性に有害な影響を与えない塩基又は部分をいくらか追加して含んでもよい。例えば、様々な実施形態において、単離されている核酸は、それが由来した細胞のゲノムDNAに、通常、付随している核酸配列を、5kb、4kb、3kb、2kb、1kb、0.5kb、又は0.1kb未満含有している。同様に、実質的に精製されているタンパク質は、乾燥重量で約30、20、10、5、又は1の混入タンパク質、又は細胞壁、細胞表面、若しくは分泌物ではないタンパク質を有する。そのタンパク質が組換えによって生成されている場合には、培地が、そのタンパク質調製物の体積の30、20、10、又は5未満であることが好ましく、そして、そのタンパク質が化学的に生成されている場合には、その調製物は、乾燥重量で約30、20、10、又は5未満の化学前駆体、又は細胞壁、細胞表面、若しくは分泌物ではないタンパク質化学物質を有する。断片及び変種本発明は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子を提供し、さらに、それによってコードされている、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質も提供する。細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質によって、配列番号1~307のうちの偶数に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質を意図する。これらのヌクレオチド配列の断片及び変種、並びにそれらにコードされているタンパク質も提供する。ヌクレオチド配列又はタンパク質の断片によって、そのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の部分を意図する。本明細書に開示されている核酸分子の断片は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードする核酸を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして、又は細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の核酸分子のPCR増幅又は変異誘発におけるプライマーとして用いることができる。核酸の断片は、物理的な基質に結合して、マクロアレイ又はマイクロアレイとみなせるものを構成することができる例えば、米国特許第5837832号;米国特許第5861242号;WO89/10977;WO89/11548;WO93/17126;米国特許第6309823号を参照。核酸のそのようなアレイは、遺伝子発現を研究するのに、又は標的配列に十分な同一性を有する核酸分子を同定するのに用いることができる。ポリヌクレオチド又は核酸分子によって、DNA分子例えば、cDNA又はゲノムDNA及びRNA分子例えば、mRNA並びにヌクレオチド類似体を用いて生成されるDNA類似体又はRNA類似体のセンス鎖及びアンチセンス鎖の両方を意図する。核酸分子は、一本鎖でも、二本鎖でもよいが、二本鎖DNAであることが好ましい。細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードしている核酸分子の断片は、生物学的に活性なタンパク質断片をコードするものでもよく、或いは、以下に記述するハイブリダイゼーションプローブ又はPCRプライマーとして用いてもよい。本明細書に開示されているポリペプチドの生物学的に活性な断片は、本発明のヌクレオチド配列のうちの一配列の部分を単離し、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質がコードされている部分を発現し例えば、invitroでの組換え体発現によって、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質がコードされている部分の活性を評価することによって調製することができる。細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードする核酸分子の断片は、少なくとも約15、20、50、75、100、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000ヌクレオチド、或いは、最大で、本明細書に開示されている、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の完全長ヌクレオチド配列に存在するヌクレオチドの総数例えば、配列番号1では918、配列番号3では573、配列番号5では7617などを含む。本発明のヌクレオチド配列の断片は、細胞表面、細胞膜、又は分泌物のタンパク質の生物活性を保持するタンパク質断片をコードし、したがって、細胞表面、細胞膜、又は分泌物のタンパク質活性を保持するであろう。活性を保持するによって、配列番号1~307のうちの偶数に開示する、細胞表面、細胞膜、又は分泌物のタンパク質活性の少なくとも約30、好ましくは少なくとも約50、より好ましくは少なくとも約70、さらにより好ましくは少なくとも約80を、その断片が有するであろうことを意図する。細胞表面、細胞膜、又は分泌物の活性を測定する方法は、当技術分野で周知である。機能アッセイの例としては、例えば、下記の実施例の項、又は使用の方法と題した項を参照のこと。アミノ酸配列の断片には、細胞壁、細胞表面、及び分泌物に対する抗体を産生する免疫原として使用するのに適したポリペプチド断片が含まれる。断片には、本発明の、細胞壁、細胞表面、若しくは分泌物のタンパク質のアミノ酸配列、又はその部分長タンパク質に十分に同一であるか、又はそれに由来するアミノ酸配列を含むペプチドであって、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の少なくとも1つの活性を示すペプチドが含まれるが、これらのペプチドは、本明細書に開示されている完全長の、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質より少ないアミノ酸を含む。通常、生物学的に活性な部分は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の活性の少なくとも1つを有するドメイン又はモチーフを含む。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、連続した10、25、50、100、150、200アミノ酸の長さのポリペプチド、或いは、最大で、本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物の完全長タンパク質に存在するアミノ酸の総数例えば、配列番号2では306、配列番号4では191、配列番号6では2539などを含む。そのような生物学的に活性な部分は、組換え技法によって調製され、天然の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の機能活性の1つ又は複数に関して評価することができる。本明細書で使用する場合、断片は、配列番号1~307のうちの偶数における任意のものの、連続した少なくとも5アミノ酸を含む。しかし、本発明は、そのタンパク質における6、7、8、又は9アミノ酸より大きな断片の任意のものなど、他の断片も包含する。ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の変種も本発明に包含される。変種によって、十分に同一な配列を意図する。したがって、本発明は、配列番号1~307のうちの偶数に示す細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードするヌクレオチド配列に十分に同一な単離された核酸分子、或いは、配列番号1~307のうちの奇数の核酸分子、又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子を包含する。変種には、本発明の変種ヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチドも含まれる。さらに、本発明のポリペプチドは、配列番号1~307のうちの偶数に記載のアミノ酸配列に十分に同一なアミノ酸配列を有する。十分に同一によって、あるアミノ酸配列又はヌクレオチド配列が、第2のアミノ酸配列又はヌクレオチド配列と比較して、十分な、又は最小限の数の等価または同一のアミノ酸残基を含有しており、それによって、共通の構造ドメインの提供、及び/又は共通の機能活性の提示がされる。十分に同一によって、標準的なパラメータを用いた、本明細書に記載のアライメントプログラムの1つを用いた際に、配列番号1~307のうちの偶数に記載のアミノ酸配列、又は配列番号1~307のうちの奇数に記載のヌクレオチド配列に対して、少なくとも約45、55、又は65の同一性、好ましくは少なくとも約70又は75の同一性、より好ましくは少なくとも約80、85、又は90、最も好ましくは少なくとも約91、92、93、94、95、96、97、98、又は99の配列同一性を有するアミノ酸配列又はヌクレオチド配列を意図する。当業者ならば、これらの値は、2つのヌクレオチド配列によってコードされているタンパク質の対応する同一性を判定するのに、コドン縮重、アミノ酸の類似性、リーディングフレームの位置付け、及び同様のものを考慮に入れることによって適切に調整できることを認識するであろう。本発明によって包含される変種タンパク質は、生物学的に活性であって、すなわち、天然タンパク質における望ましい生物活性、すなわち、本明細書に記載する、天然の、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質が有する1つ又は複数の機能活性を保持する。活性を保持するによって、配列番号1~307のうちの偶数に開示する、細胞表面、細胞膜、又は分泌物のタンパク質活性の少なくとも約30、好ましくは少なくとも約50、より好ましくは少なくとも約70、さらにより好ましくは少なくとも約80を、その変種が有するであろうことを意図する。細胞表面、細胞膜、又は分泌物の活性を測定する方法は、当技術分野で周知である。機能アッセイの例としては、例えば、下記の実施例の項、又は使用の方法と題した項を参照のこと。本発明のタンパク質の生物学的に活性な変種は、前者のタンパク質との相違が1~15アミノ酸残基という小さいものでもよく、6~10アミノ酸残基のもの、5アミノ酸残基という小さいもの、4、3、2、又は最小で1アミノ酸残基という小さいものなど、1~10アミノ酸残基という小さいものでもよい。自然発生の変種が集団例えば、アシドフィルス菌集団内に存在することもある。そのような変種は、以下に記述するポリメラーゼ連鎖反応PCR、及びハイブリダイゼーションなど、周知の分子生物学技法を用いることによって、同定することができる。合成によって得られたヌクレオチド配列、例えば、依然として細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードしている、部位特異的変異誘発又はPCRに媒介された変異誘発によって生成された配列も、変種に含まれる。本明細書に開示するヌクレオチド配列又はアミノ酸配列に、1つ又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換、付加、又は欠失を導入して、それによって、コードされているタンパク質に置換、付加、又は欠失を導入することができる。付加挿入又は欠失トランケーションは、天然タンパク質のN末端又はC末端に行っても、或いは、天然タンパク質中の1つ又は複数の部位に行ってもよい。同様に、天然タンパク質中の1つ又は複数の部位で、1つ又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換を行ってもよい。例えば、保存的なアミノ酸置換を、予測されるアミノ酸残基、好ましくは非必須アミノ酸残基の1つまたは複数で行ってもよい。非必須アミノ酸残基は、あるタンパク質の野生型配列から、それの生物活性を変化させずに、変化させることができる残基であり、一方、必須アミノ酸は、生物活性に必要である。保存的なアミノ酸置換は、その際にそのアミノ酸残基が同様の側鎖を有するアミノ酸残基に置換されるものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で公知である。これらのファミリーには、塩基性側鎖例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン、酸性側鎖例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸、非荷電極性側鎖例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン、非極性側鎖例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン、ベータ分枝側鎖例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン、及び芳香族側鎖例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジンを有するアミノ酸が含まれる。そのような置換は、保存されているアミノ酸残基、又は保存されているモチーフ中に常在するアミノ酸残基がタンパク質活性に必須である場合、そのような残基には作製されないだろう。別法として、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のコード配列の全長にわたって、又はその部分に、飽和変異誘発など、無作為に変異を生成することもできる。変異体は、組換え体発現して、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の天然タンパク質の1つ又は複数の機能活性について、標準的なアッセイ技法を用いて検査することによって、生物活性を保有するものを求めて、スクリーニングすることができる。変異誘発及びヌクレオチド配列改変の方法は当技術分野で公知である例えば、KunkelProcNatlAcadSciUSA82488492KunkeletalMethodsinEnzymolMolecularBiology、及びそこに引用されている参考文献を参照のこと。自明のことであるが、変種をコードするDNA中に生成される変異は、リーディングフレームを破壊するものであってはならず、また、mRNAの二次構造を生成するかもしれない相補領域を生成しないものが好ましいであろう。欧州特許出願公開第75444号を参照のこと。注目しているタンパク質の生物活性に影響を与えない適切なアミノ酸置換に関する指導を、参照により本明細書に組み込まれている、DayhoffetalAtlasofProteinSequenceandStructureのモデルに見出すことができる。本発明が包含するタンパク質配列の欠失、挿入、及び置換は、タンパク質の特性に根本的な変化を生成しないと予測されるものである。しかし、置換、欠失、又は挿入の正確な影響を、事前に予測するのが困難である場合には、その影響が通常のスクリーニングアッセイによって評価されるであろうことを当業者は理解するであろう。すなわち、活性は、改変された配列の活性を、元の配列の活性に比較することによって、評価されることができる。例えば、gusAの改変によって、酵素活性及び酵素安定性の変化が生じたMatsumuraandEllingtonJMolBiol3053319FloresandEllingtonJMolBiol31532537を参照。ラクターゼでも同様の研究が行われた。本発明の変種ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、DNAシャッフルなど、変異誘発操作及び組換え体生成操作によって得られた配列も包含する。望ましい特性を有する新規の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質を生成するのに、そのような操作で、1つ又は複数の異なった細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質のコード領域を用いることができる。この方法で、実質的な配列同一性を有し、invitro又はinvivoで相同組み換えしうる配列領域を含む、関連した配列のポリヌクレオチドの集団から、組換え体ポリヌクレオチドのライブラリーを生成する。例えば、酵素の場合におけるKmの増大など、注目している特性が改善されているタンパク質をコードする新規の遺伝子を得るために、このアプローチを用いて、本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物の遺伝子と、既知の他の遺伝子の細胞壁、細胞表面、又は分泌物の遺伝子との間で、注目しているドメインをコードする配列モチーフをシャッフルすることができる。そのようなDNAシャッフルのストラテジーは当技術分野で公知である。例えば、StemmerProcNatlAcadSciUSA911074710751;StemmerNature370389391;CramerietalNatureBiotech15436438;MooreetalJMolBiol272336347;ZhangetalProcNatlAcadSciUSA9445044509;CramerietalNature391288291;並びに、米国特許第5605793号及び第5837458号を参照のこと。細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の変種は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のアゴニストミメティック、或いは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のアンタゴニストとして機能しうる。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のアゴニストは、天然存在型の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の生物活性に実質的に同一のもの、またはそれらのサブセットを保持しうる。細胞壁、細胞表面、又は分泌物タンパク質のアンタゴニストは、例えば、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質を含む細胞シグナリングカスケードの下流又は上流のメンバーに競合的に結合することによって、天然存在型の細胞壁、細胞表面、又は分泌物タンパク質の活性の1つまたは複数を阻害することができる。アゴニスト又はアンタゴニストのいずれかとして機能する細胞壁、細胞表面、又は分泌物タンパク質の変種は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の変異体、例えばトランケーション変異体のコンビナトリアルライブラリーを、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質のアゴニスト又はアンタゴニスト活性に関してスクリーニングすることによって同定することができる。一実施形態では、細胞壁、細胞表面、及び分泌物変種の多様化されたライブラリーが、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発で生成され、多様化された遺伝子ライブラリーによってコードされている。細胞壁、細胞表面、及び分泌物変種の多様化されたライブラリーは、例えば、遺伝子配列に合成オリゴヌクレオチドの混合物を酵素的に連結し、それによって、細胞壁、細胞表面、及び分泌物の潜在的な配列の縮重セットを、個々のポリペプチドとして、或いは、その中に細胞壁、細胞表面、及び分泌物配列のセットを含有するさらに大きな融合タンパク質例えば、ファージディスプレイ用のセットとして発現することによって生成することができる。縮重オリゴヌクレオチド配列から細胞壁、細胞表面、及び分泌物の潜在的な変種のライブラリーを生成するのに使用できる様々な方法がある。縮重遺伝子配列の化学合成は、DNA自動合成機で行うことができ、その後、合成遺伝子を適切な発現ベクターに連結する。遺伝子の縮重セットを使用することによって、所望のセットの細胞壁、細胞表面、又は分泌物の潜在的なタンパク質配列をコードする配列すべてを1つの混合物中に準備することが可能となる。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当技術分野で公知である例えば、NarangTetrahedron393;ItakuraetalAnnuRevBiochem53323;ItakuraetalScience1981056;IkeetalNucleicAcidRes11477。さらに、細胞壁、細胞表面、及び分泌物タンパク質コード配列の断片のライブラリーは、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の変種のスクリーニングと、その後の選別とを行うための、細胞壁、細胞表面、及び分泌物の断片の多様化された集団を生成するのに用いることもできる。一実施形態では、細胞壁、細胞表面、又は分泌物コード配列の二本鎖のPCR断片を、ニッキングが1分子あたりおよそ一度だけ起こるような条件下に、ヌクレアーゼで処理すること、二本鎖DNAを変性させること、異なったニッキング産物のセンス/アンチセンス対を含むことができる二本鎖DNAが形成されるようにDNAを再生させること、S1ヌクレアーゼ処理によって、再形成された二本鎖分子から一本鎖部分を除去すること、及びこの結果得られた断片ライブラリーを発現ベクターに連結することによって、コード配列断片のライブラリーを生成することができる。この方法によって、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の、様々な大きさのN末端断片及び内部断片をコードする発現ライブラリーを得ることができる。点突然変異又はトランケーションによって作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする技法、及び選択された特性を有する遺伝子産物を得るためにcDNAライブラリーをスクリーニングする技法が、いくつか当技術分野で知られている。そのような技法は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物タンパク質のコンビナトリアル変異誘発によって生成された遺伝子ライブラリーの急速スクリーニングに適合させることができる。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするのに最も広範に使用されている技法はハイスループット分析になじみやすいものであるが、それらは、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクターにクローニングすること、この結果得られたベクターのライブラリーで適当な細胞を形質転換すること、及び所望の活性の検出によって、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離が促進される条件下にコンビナトリアル遺伝子を発現することを通常含む。再帰的アンサンブル変異誘発RecursiveensemblemutagenesisREMは機能を有する変異体の、ライブラリー中における頻度を増大する技法であるが、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の変種を同定するのに、スクリーニングアッセイと組み合わせて、この技法を用いることができるArkinandYourvanProcNatlAcadSciUSA8978117815;DelgraveetalProteinEngineering6327331。配列同一性グラム陽性菌の細胞壁、細胞表面、及び分泌物の配列は、それらが多様な範囲の機能を有し、かつ、複数のタンパク質ファミリーのものであるのにもかかわらず、それらのデザインにおいていくつかの共通のテーマを有しているNavarreandSchneewindMicroMolBiolRev63174229を参照。N末端ドメインは、通常、結合活性又は触媒活性を含有するが、それに続いて様々な大きさの反復ドメインがいくつかあることが多く、これらの反復ドメインは、活性をもつ場合も、もたない場合もあるNavarreandSchneewindMicroMolBiolRev63174229。プロリンに富んだ一続きのアミノ酸残基は、タンパク質構造にランダムコイルを導入することがあり、ペプチドグリカン複合体を横断する際の補助となりうるが、LPXTGモチーフの直前に見出されることが多い配列番号308、NavarreandSchneewindMicroMalBiolRev63174229。ファミリーによって、十分なヌクレオチド同一性又はアミノ酸配列同一性を有する2つ以上のタンパク質又は核酸分子を意図する。配列同一性は、指定の比較ウィンドウにおいて一致が最大となるように2つの配列を整列させた際、同一となるヌクレオチド残基又はアミノ酸残基を意図するものである。比較ウィンドウによって、2つのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の最適アライメントのための連続したセグメントを意図し、この際、第2の配列は、第1の配列と比較して、付加又は欠失すなわちギャップを含有してもよい。通常、核酸アライメントでは、比較ウィンドウは、連続した少なくとも20ヌクレオチドの長さであり、任意選択で、30、40、50、100、又はさらに長くとることもできる。アミノ酸配列アラインメントでは、比較ウィンドウは、連続した少なくとも6アミノ酸の長さであり、任意選択で、10、15、20、30、又はさらに長くとることもできる。当業者ならば、ギャップの包含によって類似性が高くなるのを回避するために、通常、ギャップペナルティーが導入され、一致の数から減算されることを理解している。ファミリーメンバーは、同一種のものでも、異なった種のものでもよく、相同なタンパク質を含むことができ、また、明確に異なったタンパク質を含むこともできる。ファミリーメンバーは、共通の機能特性を示すことが多い。相同体の単離は、本明細書に開示するアシドフィルス菌細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の核酸配列に対するそれらの同一性に基づいて、cDNA又はその部分をハイブリダイゼーションプローブとして用いて、以下に開示するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件における標準的なハイブリダイゼーション技法に従って行うことができる。2つのアミノ酸配列又はヌクレオチド配列の同一性の比率を判定するためにアライメントを実施する。2つの配列の同一性の比率は、比較ウィンドウ中の2つの配列によって共有されている同一残基数の関数であるすなわち、同一性の比率=同一残基数/総残基数X100。一実施形態では、これらの配列が同じ長さである。2つの配列間における同一性の比率を判定するのに、以下に述べるものと同様の方法を用いることができる。これら方法は、ギャップを許容する場合にも、許容しない場合にも用いることができる。アライメントは、手操作の点検によっても実施できる。アミノ酸配列の相違が保存的な置換による場合、同一性の比率を上方調整して、置換の保存的性質に関する修正を行うこともできる。この調節を行う方法は当技術分野で公知である。通常、保存的な置換は、完全な不一致ではなく、部分的な不一致として計算され、それによって、配列同一性の比率が増大する。2つの配列の同一性比率を判定するのに数学的アルゴリズムを用いることができる。数学的アルゴリズムの非限定的な例には、KarlinandAltschulProcNatlAcadSciUSA9058735877において修正されている、KarlinandAltschulProcNatlAcadSciUSA872264のアルゴリズム;MyersandMillerCABIOS41117のアルゴリズム;SmithetalAdvApplMath2482の局所アライメントアルゴリズム;NeedlemanandWunschJMolBiol48443453の相同性アライメントアルゴリズム;及びPearsonandLipmanProcNatlAcadSciUSA8524442448の類似性探索法searchforsimilaritymethodがある。これらの数学的アルゴリズムに基づく様々なコンピューターインプリメンテーションが、配列同一性の判定を可能にするために設計されている。AltschuletalJMolBiol215403のBLASTプログラムは、上記のKarlinandAltschulのアルゴリズムに基づいている。本発明のヌクレオチド配列に相同なヌクレオチド配列を得るための検索は、スコア=100、語長=12で、BLASTNプログラムを用いて実施することができる。本発明のタンパク質又はポリペプチドをコードする配列に相同なアミノ酸配列を得るには、スコア=50、語長=3で、BLASTXプログラムを用いることができる。AltschuletalNucleicAcidsRes253389に記載されているように、ギャップつきBLASTを用いることによって、ギャップつきアライメントを得ることもできる。分子間の疎遠な関連性を検出するのに、PSI-BLASTを用いることもできる。上記のAltschuletalを参照のこと。すべてのBLASTプログラムに、各プログラムのデフォルトパラメータを用いることができる。wwwncbinlmnihgovを参照のこと。配列同一性の比率を判定するのに使用できる別のプログラムに、ALIGNプログラムバージョン2.0があるが、これは、上記のMyersandMillerの数学的アルゴリズムを用いたものである。アミノ酸配列の比較を行う場合、このプログラムで、PAM120重み残基表を用い、ギャップ長ペナルティーを12、そしてギャップペナルティーを4とすることができる。ALIGN及びBLASTプログラムに加えて、BESTFIT、GAP、FASTA、及びTFASTAプログラムが、Wisconsin遺伝学ソフトウェアパッケージGCG社、Madison、Wisconsinの一部であり、配列アラインメントを実施するのに使用できる。好ましいプログラムはGAPバージョン10であるが、このプログラムは上記NeedlemanandWunschのアルゴリズムを用いている。別段の記載がない限り、本明細書に提示する配列同一性類似性値は、以下のパラメータでGAPバージョン10、又は任意の同等のプログラムを用いて得られた値を指す。すなわち、ヌクレオチド配列の同一性及び類似性には、ギャップ重みを50、ギャップ長重みを3として、nwsgapdna.cmpスコアリングマトリツクスを用い;アミノ酸配列の同一性及び類似性には、ギャップ重みを8、ギャップ長重みを2として、BLOSUM62スコアリングマトリツクスを用いる。同等のプログラムによって、GAPバージョン10によって生成された対応するアライメントと比較した際に、問題となるいかなる2つの配列に関しても、等しいヌクレオチド残基一致又はアミノ酸残基一致と、等しい同一性比率とを有するアライメントを生成するいかなる配列比較プログラムも意図する。相同配列の同定及び単離本明細書に記載の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列、又はそれらの断片及び変種に対する配列同一性に基づいて同定された細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列も、本発明によって包含される。cDNA又はゲノムライブラリーから、例えば、本発明の配列に実質的に同一な配列を同定するのに、PCR又はハイブリダイゼーションなどの方法を用いることができる。例えば、SambrooketalMolecularCloningLaboratoryManualandInnisetalPCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplicationsを参照のこと。そのようなcDNAライブラリー及びゲノムライブラリーを構築するための方法は、当技術分野で一般に知られており、さらに、上記の参考文献にも開示されている。ハイブリダイゼーション技法において、ハイブリダイゼーションプローブは、ゲノムDNA断片、cDNA断片、RNA断片、又は他のオリゴヌクレオチドである場合があり、また、本明細書に開示する既知のヌクレオチド配列の全体から成る場合も、一部から成る場合もある。さらに、32Pなどの検出可能な官能基、或いは、他の放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、又は酵素補助因子など、いかなる他の検出可能なマーカーで、それらを標識してもよい。ハイブリダイゼーション用のプローブは、本明細書に開示する既知の細胞壁、細胞表面、及び分泌物ヌクレオチド配列に基づいた合成オリゴヌクレオチドを標識することによって生成することができる。さらに、既知の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列又はコードされているアミノ酸配列中で保存されているヌクレオチド残基又はアミノ酸残基に基づいて設計された縮重プライマーも用いることができる。ハイブリダイゼーションプローブは、本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のヌクレオチド配列、又はその断片若しくは変種における、連続した少なくとも約10、好ましくは約20、より好ましくは、50、75、100、125、150、175、200、250、300、350、又は400ヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を通常含む。様々な状件下で特異的なハイブリダイゼーションを実現するために、そのようなプローブは細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質配列の間で独特の配列を含む。ハイブリダイゼーション用のプローブ調製物は、当技術分野で一般に知られており、参照により本明細書に組み込まれているSambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualに開示されている。一実施形態では、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードする全ヌクレオチド配列を、新規の細胞壁、細胞表面、又は分泌物の配列及びメッセンジャーRNAを同定するプローブとして用いる。別の実施形態では、このプローブは、本明細書に開示するヌクレオチド配列の断片である。実施形態の一部では、ストリンジェントな条件下でこのプローブにハイブリダイズするヌクレオチド配列の長さが、少なくとも約300、325、350、375、400、425、450、500、550、600、650、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、10000、11000、12000、又は12500ヌクレオチドでありうる。実質的に同一な配列は、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズするであろう。ストリンジェントな条件によって、その条件下で、プローブがその標的配列にハイブリダイズする程度が、他の配列に対してより、検出可能に大きい例えば、少なくともバックグランドの2倍ものとなる条件を意図する。通常、ストリンジェントな条件は、少なくとも約60、65、70、好ましくは75の配列同一性を有するヌクレオチドが、通常、その条件下で相互にハイブリダイズしたまま残るような、ハイブリダイゼーション及び洗浄の条件を包含する。ストリンジェントな条件は、当技術分野で公知であり、CurrentProtocolsinMolecularBiology631636に見出すことができる。ハイブリダイゼーションは、典型的には約24時間以内、通常は約4から約12時間の間に起こる。ストリンジェントな条件は、配列に依存し、異なった状況では相違するであろう。本発明によって包含される相同体及びオーソログを得るのに、完全長の核酸配列を用いる場合も、部分的な核酸配列を用いる場合もある。オーソログによって、共通の祖先遺伝子に由来する遺伝子であって、種分化の結果として異なった種に見出される遺伝子を意図する。異なった種に見出された遺伝子は、それらのヌクレオチド配列、及び/又はそれらにコードされているタンパク質配列が、本明細書の他の場所で定義する実質的な同一性を共有する場合にオーソログであるとみなされる。オーソログの機能は、種相互で強く保存されていることが多い。プローブを用いる際、ストリンジェントな条件とは、塩濃度が約1.5MNaイオン未満、典型的には、pH7.0から8.3で、約0.01から1.0MNaイオン濃度又は他の塩であり、かつ、温度が短いプローブ例えば10から50ヌクレオチド用には少なくとも約30°C、そして、長いプローブ例えば50ヌクレオチド超用には少なくとも約60°Cである条件であろう。ハイブリダイゼーション後の洗浄は、特異性を制御する手段となる。最終洗浄溶液のイオン強度及び温度が、2つの重要因子である。完全長か、又はほぼ完全長の標的配列にハイブリダイズする配列の検出では、ストリンジェントな条件下にある温度は、所定のイオン強度及びpHにおける、特定の配列の融点温度Tmより約5°C低く選択する。しかし、ストリンジェントな条件は、本明細書において別の方法で認定する所望の程度のストリンジェンシーに応じて、Tmより1°Cから20°Cの範囲で低い温度を包含するであろう。DNA-DNAハイブリッドでは、MeinkothandWahlAnalBiochem138267284の方程式:Tm=81.5°C16.6logM0.41GC-0.61フォルム-500/Lを用いてTmを判定することができ;式中、Mは一価陽イオンのモル濃度であり、GCはDNA中のグアノシン及びシトシンヌクレオチドの割合であり、フォルムはハイブリダイゼーション溶液中のホルムアミドの割合であり、そして、Lはハイブリットの長さを塩基対で表したものである。Tmは、相補的な標的配列の50が、完全に一致したプローブにハイブリダイズする温度特定のイオン強度及びpHの下でである。ハイブリダイゼーション条件及び/又は洗浄条件のストリンジェンシーを変えることによって、異なった程度の相同性を有する配列を検出する能力を得ることができる。100同一の配列を標的にする相同プロービングには、不一致を許容しないストリンジェンシー条件を得なければならない。ヌクレオチド残基の不一致が起こるのを許容することによって、より低い程度の類似性を有する配列を検出することができる異種プロービング。不一致が1あるごとに、Tmが約1°C低下し、したがって、標的とする同一性比率を有する配列のハイブリダイゼーションを許容するように、ハイブリダイゼーション条件及び/又は洗浄条件を操作することができる。例えば、>90の配列同一性を有する配列が好ましい場合、Tmが10°C低下しているものとすることができる。2つのヌクレオチド配列は、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一である場合には、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズしないにもかかわらず、実質的に同一であるかもしれない。このような状況は、例えば、遺伝コードにおける最大限のコドン縮重を用いて核酸のコピーを生成した場合に起こるかもしれない。低ストリンジェンシー条件の例には、30~35ホルムアミド、1MNaCl、1SDSドデシル硫酸ナトリウム、37°Cの緩衝溶液を用いたハイブリダイゼーション、及び1Xから2XSSC20XSSC=3.0MNaCl/O.3Mクエン酸3ナトリウム中、50~55°Cでの洗浄が含まれる。中程度ストリンジェンシー条件の例には、40から45ホルムアミド、1.0MNaCl、1SDS中、37°Cでのハイブリダイゼーション、及び0.5Xから1XSSC中、55から60°Cでの洗浄が含まれる。高ストリンジェンシー条件の例には、50ホルムアミド、1MNaCl、1SDS中、37°Cでのハイブリダイゼーション、及び0.1XSSC中、60から65°Cでの洗浄が含まれる。任意選択で、洗浄緩衝液は、約0.1から約1のSDSを含みうる。通常、ハイブリダイゼーションの時間は、一般的には24時間未満、通常は約4から約12時間である。核酸のハイブリダイゼーション行うための詳細なガイドが、TijssenLaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiologyHybridizationwithNucleicAcidProbesPartIChapter2AusubeletaledsCurrentProtocolsinMolecularBiologyChapter2に見出される。SambrooketatMolecularCloningALaboratoryManualを参照のこと。PCRアプローチでは、対応するDNA配列を、任意の注目している生物から抽出されたcDNA又はゲノムDNAから増幅するPCR反応で使用するために、オリゴヌクレオチドプライマーを設計することができる。PCRプライマーは、長さが少なくとも約10ヌクレオチドであることが好ましく、また、長さが少なくとも約20ヌクレオチドであることが最も好ましい。PCRプライマーを設計する方法、及びPCRクローニングの方法は、当技術分野で一般的に知られており、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualに開示されている。InnisetaledsPCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplications;InnisandGelfandedsPCRStrategies;及びInnisandGelfandedsPCRMethodsManualも参照のこと。公知のPCR法には、対にされたプライマー、入れ子にされたプライマー、単一の特異的プライマー、縮重プライマー、遺伝子特異的プライマー、ベクター特異的プライマー、部分的な不一致を有するプライマー、及び同様のものを用いた方法が含まれるが、これらに限定されるものではない。アッセイ試料中における開示のポリペプチド及び/又は核酸分子の発現、並びにそれらにおける開示の活性を検出する診断アッセイを開示する。試料中における開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の存在又は不在を検出する方法の一例では、食物製品/乳製品/飼料産物、発端培養母、種子、原体/セット、濃縮、乾燥、凍結乾燥、凍結、培養された食物製品/乳製品/飼料産物、栄養補助食品、バイオプロセスを行っている発酵物、又はプロバイオティック物質を摂取した対象から試料を取得し、開示のポリペプチド又は核酸例えば、開示の核酸、又はその断片を含むmRNA又はゲノムDNAを検出できる化合物又は薬剤に上記試料を、開示の配列の存在が試料中に検出されるように接触させる。食物、サプリメント、培養、産物、又は対象からの試料から得られた結果は、対照の培養、産物、又は対象からの試料から得られた結果と比較することができる。開示のヌクレオチド配列を含むmRNA又はゲノムDNAを検出する薬剤の1つは、開示のヌクレオチド配列のmRNA又はゲノムDNAにハイブリダイズできる標識されている核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、長さが少なくとも15、30、50、100、250、又は500ヌクレオチドであって、かつ、開示の核酸配列を含むmRNA又はゲノムDNAにストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするのに十分である核酸分子など、配列番号1~307のうちの奇数の核酸又はその部分などの開示の核酸分子でありうる。本発明の診断アッセイで使用するための他の適当なプローブも本明細書に記述する。開示のポリペプチド配列を含むタンパク質を検出する薬剤の1つは、開示のポリペプチドに結合できる抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を備えた抗体である。抗体は、ポリクローナルでもよく、より好ましくはモノクローナルである。完全な抗体、又はその断片例えば、Fab又はFab’2を用いることができる。プローブ又は抗体に関して、標識されているという用語は、検出可能な物質をプローブ又は抗体に結合するすなわち、物理的に連結させることによって、プローブ又は抗体を直接標識することを包含し、また、直接的に標識されている別の試薬との反応性によって、プローブ又は抗体を間接標識することも包含するものとする。間接標識の例には、蛍光によって標識されている二次抗体を用いた一次抗体の検出と、蛍光標識されているストレプトアビジンで検出できるような、ビオチンによるDNAプローブの末端標識とが含まれる。試料という用語は、対象の中に存在するか、又は対象から単離された組織、細胞、及び生物体液を含み、さらに、発端培養からの細胞、又はそのような培養を随伴するか、或いはそのような培養の使用から得られる食物製品も含むものとする。すなわち、本発明の検出法は、試料中における、開示の配列を含むmRNA、タンパク質、又はゲノムDNAを、invitro及びinvivoの両方で検出するのに用いることができる。開示の配列を含むmRNAを検出するinvitro技法には、ノーザンハイブリダイゼーション及びinsituハイブリダイゼーションが含まれる。開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出のためのinvitro技法には、酵素結合免疫吸着検定法ELISA、ウエスタンブロット、免疫沈降反応、及び免疫蛍光が含まれる。開示のヌクレオチド配列を含むゲノムDNAを検出のためのinvitro技法には、サザンハイブリダイゼイションが含まれる。加えて、開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出するinvivo技法には、開示のポリペプチドに対する標識抗体を対象に導入することが含まれる。例えば、抗体を放射性マーカーで標識することができ、対象の中でのその存在及び位置を、標準的な映像化技法によって検出することができる。一実施形態では、試料は、プロバイオティック物質を摂取した試験対象からのタンパク質分子を含有する。別法として、試料は、発端培養からのmRNA又はゲノムDNAを含有するものでありうる。本発明は、試料中における、開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の存在を検出するキットも包含する。そのようなキットは、本発明の特定のポリペプチドを発現する微生物が、食物製品若しくは発端培養、又はプロバイオティック物質を摂取した対象の中に存在しているかどうか判定するのに用いることができる。例えば、キットは、試料中における、開示のポリペプチド又はmRNAを検出できる標識された化合物又は薬剤と、試料中における、開示のポリペプチドの量を測定する手段とを含むことがある例えば、開示のポリペプチドを認識する抗体、又は開示のポリペプチド、例えば、配列番号1~307のうちの任意の偶数のものをコードするDNAに結合するオリゴヌクレオチドプローブ。キットは、そのような化合物の使用に関して詳しく述べる説明書も含むことがある。抗体ベースのキットでは、キットは、例えば、1開示のポリペプチドに結合する第1の抗体例えば、固形担体に結合していると、任意選択で、2開示のポリペプチド、又は第1の抗体に結合し、かつ、検出可能な薬剤に結合している第2の異なった抗体とを含むものでありうる。オリゴヌクレオチドベースのキットでは、キットは、例えば、1開示の核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、例えば検出可能に標識されているオリゴヌクレオチド、又は2開示の核酸分子を増幅するのに有用な一対のプライマーを含むものでありうる。キットは、例えば、緩衝薬、保存剤、又はタンパク質安定化剤も含むことがある。キットは、検出可能な薬剤例えば酵素又は基質を検出するのに必要な構成要素を含むことがある。キットは、アッセイして、含まれている試験試料と比較することができる対照試料又は一連の対照試料も含むことがある。キットの各構成要素は、通常、個々の容器に入れられ、これらの様々な容器のすべてが、使用に関する説明書を伴った単一のパッケージの中にある。一実施形態では、キットは、例えば、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許第5412087号及び第5545531号、並びにWO95/00530に記載のものなど、アレイフォーマットの複数のプローブを含む。アレイで使用するためのプローブは、WO95/00530に開示されているように、アレイの表面で直接合成することもできるし、アレイの表面に固定する前に合成することもできるOligonucleotideSynthesisaPracticalApproachIRLPressOxfordEngland。プローブは、米国特許第5412087号に記載のものなど、当業者に周知の技法を用いて表面に固定することができる。プローブは、核酸配列若しくはペプチド配列、好ましくは精製されたもの、又は抗体でありうる。アレイは、生物、試料、又は産物を、特定の配列又はタンパク質の存在又は不在を含めた、それらのゲノムcDNA、ポリペプチド、又は抗体の内容の相違、そして、それらの物質の濃度の相違に関してスクリーニングするのに用いることができる。捕捉プローブに対する結合は、例えば、開示の核酸配列を含む核酸分子、開示のアミノ酸配列を含むポリペプチド、又は抗体に結合した標識から生成されるシグナルによって検出する。この方法は、開示の核酸、ポリペプチド、又は抗体を含む分子を、複数の捕捉プローブを有する第1のアレイ、及び異なった複数の捕捉プローブを有する第2のアレイと接触させることを含みうる。それぞれのハイブリダイゼーションの結果を比較して、第1の試料と、第2の試料との間の発現の相違を分析することができる。第1の複数の捕捉プローブは、対照試料、例えば、野生型の乳酸菌から得たもの、又は対照対象、例えば、食物、栄養補助食品、発端培養試料、または生物体液から得たものでありうる。第2の複数の捕捉プローブは、実験試料、例えば変異体型乳酸菌から得たもの、或いはプロバイオティック物質、例えば、発端培養試料又は生物体液を摂取した対象から得たものでありうる。これらのアッセイは、微生物の選択と、不要物の検出を必須とする品質管理操作とに特に有用でありうる。特定のヌクレオチド配列又はポリペプチドの検出は、食物、発酵産物、若しくは産業微生物の遺伝子組成、又はプロバイオティクスを摂取した動物若しくはヒトの消化系に存在する微生物を判定するのに有用でありうる。アンチセンスヌクレオチド配列本発明は、アンチセンス核酸分子、すなわち、タンパク質をコードするセンス核酸に相補的な分子、例えば、二本鎖cDNA分子のコーディング鎖に相補的な分子、又はmRNA配列に相補的な分子も包含する。したがって、アンチセンス核酸はセンス核酸に水素結合できる。アンチセンス核酸は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードしている鎖全体又はその一部、例えば、タンパク質コード領域又はオープンリーディングフレームの全体または一部のみに相補的なものでありうる。アンチセンス核酸分子は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の非翻訳領域に対してアンチセンスである場合もある。非翻訳領域は、コード領域に隣接し、かつ、アミノ酸に翻訳されない5’及び3’の配列である。アンチセンスヌクレオチド配列は、標的遺伝子の発現を破壊するのに有用である。対応する配列に対して70、好ましくは80、より好ましくは85の配列同一性を有するアンチセンスコンストラクトを用いることができる。本明細書に開示する、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードするコード鎖配列例えば、配列番号1~307のうちの奇数を考えて、本発明のアンチセンス核酸は、ワトソン及びクリックの塩基対合法則に従って設計することができる。アンチセンス核酸分子は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のmRNAのコード領域全体に相補的なものである場合もあるが、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のmRNAのコード領域又は非翻訳領域の一部のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドがより好ましい。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のmRNAにおける翻訳開始部位の周辺領域に相補的なものでありうる。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さが約5、10、15、20、25、30、35、40、45、50ヌクレオチドのものである場合もあり、或いは、長さが100、200ヌクレオチド、又はさらに長い場合もある。本発明のアンチセンス核酸は、当技術分野で公知の化学合成操作、及び酵素連結操作を用いて構築することができる。例えば、アンチセンス核酸例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、天然に存在するヌクレオチド、又は限定されるものではないが、例えばホスホロチオエート誘導体及びアクリジン置換ヌクレオチドを含めた、分子の生物学的安定性を増大させるため、若しくは、アンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成された二本鎖分子の物理的安定性を増大させるために様々に修飾されたヌクレオチドを用いて、化学的に合成することができる。別法として、核酸がアンチセンスの方向にサブクローニングされているすなわち、挿入されている核酸から転写されるRNAが注目している標的核酸に対してアンチセンスの方向のものになるであろう発現ベクターを用いて、アンチセンス核酸を生物学的に生成することもできる。本発明のアンチセンス核酸分子は、α-アノマー核酸分子でありうる。α-アノマー核酸分子は、相補的なRNAと特異的な二本鎖ハイブリットを形成し、その中では、通常のβ-ユニットとは反対に、鎖がお互いに対して平行に走っているNucleicAcidsRes1566256641。アンチセンス核酸分子は、2’-o-メチルリボヌクレオチドInoueetalNucleicAcidsRes1561316148、又はキメラRNA-DNA類似体InoueetalFEBSLett215327330を含む場合もある。本発明はリボザイムも包含する。リボザイムは、mRNAなどの一本鎖核酸に対してそれが相補的な領域を有する場合に、その一本鎖核酸を切断することができるリボヌクレアーゼ活性を有する触媒RNA分子である。リボザイム例えばハンマーヘッド型リボザイムHaselhoffandGerlachNature334585591に記載は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のmRNA転写物を触媒作用によって切断して、それによって、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のmRNAの翻訳を阻害するのに用いることができる。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードする核酸に対する特異性を有するリボザイムは、本明細書に開示の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のcDNAのヌクレオチド配列例えば配列番号1~307のうちの奇数に基づいて設計することができる。例えば、米国特許第4987071号、及び米国特許第5116742号を参照のこと。別法として、特定のリボヌクレアーゼ活性を有する触媒RNAをRNA分子のプールから選択するのに、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質のmRNAを用いることもできる。例えば、BartelandSzostakScience26114111418を参照のこと。本発明は、三重ら旋構造を形成する核酸分子も包含する。例えば、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の遺伝子発現は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の調節領域例えば、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のプロモーター及び/又はエンハンサーに相補的なヌクレオチド配列を標的として、標的細胞内の細胞壁、細胞表面、又は分泌物タンパク質の遺伝子の転写を阻止する三重ら旋構造を形成させることによって阻害できる。HeleneAnticancerDrugDes6569HeleneAnnNYAcadSci66027;及びMaherBioassays14807を参照のこと。一部の実施形態では、例えば分子の安定性、ハイブリダイゼーション、又は溶解性改善するために、本発明の核酸分子を塩基部分、糖部分、又はリン酸骨格で修飾することがある。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を修飾して、ペプチド核酸を生成することができるHyrupetalBioorganicMedicinalChemistry45を参照。本明細書で使用する場合、ペプチド核酸又はPNAという用語は、デオキシリボースリン酸骨格が疑似ペプチドバックボーンによって置換され、天然の4つの核酸塩基のみが保持されている核酸模倣体、例えばDNA模倣体を指す。PNAの中性バックボーンは、低イオン強度条件下でのDNA及びRNAに対する特異的なハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。PNAオリゴマーの合成は、例えば、上記のHyrupetal;PerryOKeefeetalProcNatlAcadSciUSA9314670に記載の標準的な固相ペプチド合成プロトコールを用いて実施できる。PNAは、例えば転写又は翻訳の停止を誘導するか、或いは複製を阻害することによって、遺伝子発現の配列特異的な変調を行うためのアンチセンス薬剤又は抗原薬剤として用いることができる。本発明のPNAは、例えば、PNAを標的としたPCRクランプ法によって;他の酵素、例えばS1ヌクレアーゼと併用した際の人工制限酵素としてHyrup、同上;又はDNA配列及びハイブリダイゼーション用のプローブ又はプライマーとしてHyrup、同上;PerryOKeefeetal、同上、例えば、遺伝子内の単一塩基対変異の分析に用いることができる。別の実施形態では、例えば、それらの安定性、特異性、又は細胞内取込みを促進するために、親油基又は他の補助基helpergroupをPNAに結合させることによって、PNA-DNAキメラを形成させることによって、或いは、リポソーム、又は当技術分野で公知の、薬物送達の他の技法を使用することよって、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の分子のPNAを修飾することができる。PNA-DNAキメラの合成は、Hyrup、同上;FinnetalNucleicAcidsRes24335763;MagetalNucleicAcidsRes175973;及びPetersonetalBioorganicMedChemLett51119に記載されている通りに実施できる。融合タンパク質本発明は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のキメラタンパク質又は融合タンパク質も含む。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のキメラタンパク質又は融合タンパク質は、細胞壁、細胞表面又は分泌物ではないポリペプチドに作用可能に連結した細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドを含む。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドを指し、一方、細胞壁、細胞表面又は分泌物ではないポリペプチドは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質に実質的に同一ではないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、同じ生物又は異なった生物に由来するポリペプチドを指す。細胞壁、細胞表面、又は分泌物の融合タンパク質の内部で、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の全体に対応することも、その部分に対応することもあるが、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質における少なくとも1つの生物学的に活性な部分を含むことが好ましい。この融合タンパク質の内部で、作用可能に連結したという用語は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドと、細胞壁、細胞表面、は分泌物ではないポリペプチドとが、インフレームで相互に融合していることを示すものとする。細胞壁、細胞表面、又は分泌物ではないポリペプチドは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドのN末端に融合する場合も、C末端に融合する場合もある。連結されているコード配列を発現することによって、融合タンパク質を形成する、連結されている2つの異種アミノ酸配列が結果として得られる。担体配列細胞壁、細胞表面、又は分泌物ではないポリペプチドは、細菌宿主における融合タンパク質の発現を増強又は増大させる担体ポリペプチドをコードすることがある。融合タンパク質における、担体配列によってコードされている部分すなわち担体ポリペプチドは、タンパク質断片、機能性部分の全体、又はタンパク質配列全体でありうる。加えて、担体領域すなわち担体ポリペプチドは、その担体ポリペプチドに特異的な抗体又はアフィニティー精製を用いた、融合タンパク質の精製に使用されるように設計することもできる。同様に、融合タンパク質の選択的な精製を可能にするために、担体ポリペプチドの物理学的特性を利用することもできる。具体的な当該の担体ポリペプチドには、スーパーオキシドジスムターゼSOD、マルトース結合タンパク質MBP、グルタチオン-S-トランスフェラーゼGST、N末端ヒスチジンHisタグ、及び同様のものが含まれる。このリストは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の発現を増強するいかなる担体ポリペプチドとしても、本発明の方法において使用できる融合タンパク質としても、限定するものではない。一実施形態では、融合タンパク質が、GSTと細胞壁、細胞表面、又は分泌物との融合タンパク質であり、その中では、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の配列がGST配列のC末端に融合している。別の実施形態では、融合タンパク質が、細胞壁、細胞表面、又は分泌物と免疫グロブリンとの融合タンパク質であり、その中では、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の全体または一部が免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合している。本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質と免疫グロブリンとの融合タンパク質は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物に対する抗体を、対象で生成するための免疫原として用いたり、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のリガンドを精製するのに用いたり、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質と、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のリガンドとの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイに用いたりすることができる。当業者ならば、具体的な担体ポリペプチドは、精製スキームを考慮して選択されることを認めるであろう。例えば、Hisタグ、GST、及びマルトース結合タンパク質は、容易に利用できるアフィニティーカラムであって、それにそれらのポリペプチドを結合させて、溶出することができるアフィニティーカラムが存在する担体ポリペプチドを代表するものである。したがって、担体ポリペプチドがヘキサヒスチジンHis6タグなどのN末端Hisタグである場合、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の融合タンパク質を、金属キレート樹脂、例えば、ニッケルニトリロ三酢酸Ni-NTA、ニッケルイミノ二酢酸Ni-IDA、及びコバルト含有樹脂Co樹脂を含むマトリックスを用いて精製することができる。例えば、参照により本明細書に全体として組み込まれている、SteinertetalQIAGENNews41115を参照のこと。担体ポリペプチドがGSTである場合には、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の融合タンパク質を、グルタチオンアガロースビーズSigma社又はPharmaciaBiotech社を含むマトリックスを用いて精製することができ;担体ポリペプチドがマルトース結合タンパク質MBPである場合には、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の融合タンパク質を、アミロースによって誘導体化されたアガロース樹脂を含むマトリックスを用いて精製することができる。本発明のキメラタンパク質又は融合タンパク質は、標準的な組換えDNA技法で生成することが好ましい。例えば、異なったポリペプチド配列をコードするDNA断片を一つにインフレームに連結してもよく、或いは、DNA自動合成機などで融合遺伝子を合成することもできる。別法として、遺伝子断片のPCR増幅は、後で、アニーリングして、さらに再増幅することでキメラ遺伝子配列を生成することができる、連続した2つの遺伝子断片の間に相補的なオーバーハングをもたらすアンカープライマーを用いて実行することもできる例えば、AusubeletaledsCurrentProtocolsinMolecularBiologyを参照。さらに、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードする核酸を、市販されている発現ベクターに、既存の融合部分にインフレームに連結されるようにクローニングすることもできる。融合タンパク質発現ベクターは、通常、担体ポリペプチドを除去するのが容易で、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質が、それに付随する天然の生物活性を保持できるように設計する。融合タンパク質を切断する方法は当技術分野で公知である。例えば、AusubeletaledsCurrentProtocolsinMolecularBiologyを参照のこと。融合タンパク質の化学的切断は、臭化シアン、2-2-ニトロフェニルスルフェニル-3-メチル-3’-ブロモインドレニン、ヒドロキシルアミン、又は低pHなどの試薬で実行できる。化学的切断は、そうしないと不溶性となる融合タンパク質を切断するために、変性条件下で実行することが多い。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドを担体ポリペプチドから分離することが望しく、かつ、これらの融合ポリペプチド間の接合部の切断部位が天然には存在しない場合、特異的なプロテアーゼ切断部位を含有して、担体ポリペプチドの酵素による切断及び除去が促進されるように融合コンストラクトを設計することができる。この様にして、所定の酵素に特異的な切断部位を有するペプチドのコード配列を含むリンカー配列を、担体ポリペプチド例えば、MBP、GST、SOD、又はN末端Hisタグのコード配列と、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドのコード配列との間にインフレームに融合させることができる。切断部位に対する特異性を有する適当な酵素には、因子Xa、トロンビン、エンテロキナーゼ、レミンremin、コラゲナーゼ、及びタバコエッチウイルスTEVプロテアーゼが含まれるが、これらに限定されない。これらの酵素の切断部位は当技術分野で周知である。したがって、例えば、担体ポリペプチドを、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドから切断するのに、因子Xaを用いる場合には、因子Xaに感受性の切断部位、例えば、IEGRという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる例えば、参照により本明細書に組み込まれている、NagaiandThogersenNature309810812;NagaiandThogersenMethEnzymol153461481;及びPryorandLeitingProteinExprPurif10309319を参照のこと。担体ポリペプチドを、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のポリペプチドから切断するのにトロンビンを用いる場合には、トロンビンに感受性の切断部位、例えば、LVPRGS又はVIAGRという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる例えば、それぞれ、PryorandLeitingProteinExprPurif10309319、及びHongetalChinMedSciJ12143147を参照のこと;これらの開示を参照により本明細書に組み込む。TEVプロテアーゼの切断部位は当技術分野で公知である。例えば、参照により全体として本明細書に組み込まれている米国特許第5532142号に記載の切断部位を参照のこと。AusubeletaledsCurrentProtocolsinMolecularBiologyChapter16の考察も参照のこと。本発明の融合タンパク質は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の全体又は部分を利用して、外来のペプチド及びタンパク質の指向性を細胞壁、細胞表面、又は分泌にすることができる。細胞壁、細胞表面、又は細胞による分泌への指向性は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質にあるシグナル配列、分泌シグナル、又はLPXTG様配列番号308モチーフの結果として生じる。天然の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質が細胞壁又は細胞表面に結合するか、或いは分泌されるのを可能にする機能領域は、下記の通り、細胞壁、細胞表面、又は分泌物ではないタンパク質が分泌されるか、或いは、同じ生物又は異なる生物の細胞壁又は細胞表面に結合するのが可能となるように融合させることができる。抗体細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質に特異的に結合する抗体を生成するか、又はinvivoで抗体の産生を刺激するイムノゲンとして、本発明の単離されたポリペプチドを用いることができる。イムノゲンとして、完全長の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質を用いることもできるし、或いはその代わりに、本明細書に記載の、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の抗原性ペプチド断片を用いることもできる。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の抗原性ペプチドは、配列番号1~307のうちの偶数のいずれに示されているアミノ酸配列でも、そのうちの少なくとも8、好ましくは10、15、20、又は30アミノ酸残基を含み、かつ、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のエピトープを包含して、それによって、そのペプチドに対して産生された抗体が、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質と特異的な免疫複合物を形成する。抗原性ペプチドに包含される好ましいエピトープは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の領域であって、そのタンパク質の表面に位置している領域、例えば、親水性の領域である。組換え体の発現ベクター及び宿主細胞本発明の核酸分子は、ベクター、好ましくは発現ベクターに含まれていてもよい。ベクターは、それが連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。発現ベクターは、1つ又は複数の調節配列を含み、それらが操作可能に連結されている遺伝子の発現を指示する。操作可能に連結されているによって、注目しているヌクレオチド配列が、そのヌクレオチド配列の発現が可能になるように例えば、invitroの転写系/翻訳系で、或いは、ベクターが宿主細胞に導入される場合には、宿主細胞で、調節配列に連結されていることを意図する。調節配列という用語には、制御可能な転写プロモーター、オペレーター、エンハンサー、転写ターミネーター、及び翻訳調節配列など、他の発現制御エレメントが含まれるものとする例えば、シャイン-ダルガルノコンセンサス配列、開始コドン、及び終止コドン。これらの調節配列は、例えば使用される宿主細胞に応じて、異なるであろう。ベクターは、宿主細胞内で自律的に複製されることもあるしエピソームベクター、或いは、宿主細胞のゲノムに組み込まれて、宿主ゲノムと共に複製されることもある非エピソープ哺乳類ベクター。組み込み型ベクターは、通常、細菌染色体に相同な配列を少なくとも1つ含有し、それによって、ベクターと、細菌染色体とにある相同なDNAの間で組み換えが起こるのを可能にしている。組み込み型ベクターは、バクテリオファージ又はトランスポゾンの配列も含むことがある。エピソームベクター又はプラスミドは、その中にDNAセグメントを追加して連結することができる環状の二本鎖DNAループである。組み換えDNA技法を用いる場合には、通常、宿主内での安定した維持が可能なプラスミドが、発現ベクターの好ましい形態である。本発明に包含される発現コンストラクト又はベクターは、宿主細胞内での核酸の発現に適した形態にある本発明の核酸コンストラクトを含む。原核細胞の宿主細胞における発現も、本発明に包含される。発現ベクターの設計が、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質発現レベルなどの因子に依存しうることを、当業者ならば理解するであろう。本発明の発現ベクターを宿主細胞に導入して、それによって、融合タンパク質又はペプチドを含めた、本明細書に記載の核酸によってコードされているタンパク質又はペプチド例えば、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質、変異体型の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質;融合タンパク質などを生成することができる。調節配列には、ヌクレオチド配列の構成的な発現を指示するものと、ある特定の環境条件下でのみヌクレオチド配列の誘導性の発現を指示するものとが含まれる。細菌性RNAポリメラーゼに結合して、mRNAへのコード配列例えば構造遺伝子の転写を下流3’で開始することができるいかなるDNA配列も、細菌性プロモーターである。プロモーターは転写開始領域を有するであろう。そして、転写開始領域は、通常、コード配列の5’末端近傍に配置される。この転写開始領域は、通常、RNAポリメラーゼ結合部位と、転写開始部位とを含む。細菌性プロモーターは、オペレーターと呼ばれる第2のドメインも有することがある。オペレーターは、RNA合成が始まる、隣接のRNAポリメラーゼ結合部位と重複する場合もある。オペレーターは、負に調節された誘導性転写を可能にするが、それは、遺伝子リプレッサータンパク質がオペレーターに結合して、それによって特定の遺伝子の転写を阻害する可能性があるためである。構成的な発現は、オペレーターなどの負の調節エレメントの非存在下に起こりうる。さらに、遺伝子活性化タンパク質結合配列によって、正の調節が実現される場合もある。この配列は、存在する場合には、通常、RNAポリメラーゼ結合配列の近傍5’にある。遺伝子活性化タンパク質の一例に、カタボライト遺伝子活性化タンパク質CAPがあるが、これは、大腸菌Escherichiacoliのlacオペロンの転写開始を補助するAnnuRevGenet18173。したがって、調節性の発現は、正の場合も、負の場合もあり、それによって転写が促進されるか、又は抑制される。正及び負の調節エレメントの他の例は当技術分野で周知である。タンパク質発現系に含めることのできる様々なプロモーターには、T7/LacOハイブリッドプロモーター、trpプロモーター、T7プロモーター、ラクトースプロモーター、及びバクテリオファージλプロモーターが含まれるが、これらに限定されない。在来のプロモーター又は異種プロモーターを含めた、いかなる適当なプロモーターも、本発明を実行するのに使用できる。異種プロモーターは、構成的に活性であることも、誘導性であることもある。異種プロモーターの非限定な例は、米国特許第6242194号に示されている。代謝経路の酵素をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する。それらの例には、ガラクトース、ラクトースlacNature1981056、及びマルトースなど、糖を代謝する酵素に由来するプロモーター配列が含まれる。追加の例には、トリプトファンなどの生合成酵素trpに由来するプロモーター配列GoeddeletalNucleicAcidsRes84057YelvertonetalNucleicAcidsRes9731;米国特許第4738921号;欧州特許公開第36776号及び第121775号が含まれる。ベータラクタマーゼblaプロモーターシステムWeissmannTheCloningofInterferonandOtherMistakesinInterferon3;バクテリオファージラムダPLShimatakeetalNature292128;アラビノース誘導性araBプロモーター米国特許第5028530号;及びT5米国特許第4689406号プロモーターシステムも有用なプロモーター配列を提供する。大腸菌Ecoliの発現系について論じている、BalbasMalBiotech19251267も参照のこと。さらに、天然には存在しない合成プロモーターも細菌性プロモーターとして機能する。例えば、ある細菌性プロモーター又はバクテリオファージプロモーターの転写活性化配列を、別の細菌性プロモーター又はバクテリオファージプロモーターのオペロン配列に連結されて、合成のハイブリッドプロモーターを生成することもできる米国特許第4551433号。例えば、tacプロモーターAmannetalGene25167deBoeretalProcNatlAcadSci8021、及びtrcプロモーターBrosiusetalJBiolChem26035393541は、trpプロモーターと、ラックリプレッサーによって調節されるlacオペロン配列との両方で構成されるハイブリッドtrp-lacプロモーターである。tacプロモーターは、誘導性調節配列としての追加の機能も有する。したがって、tacプロモーターに作用可能に連結されているコード配列の発現は、細胞培養で、例えば、イソプロピル-1-チオ-β-D-ガラクトシドIPTGを添加することによって、誘導することができる。さらに、細菌性プロモーターは、細菌性RNAポリメラーゼに結合して、さらに転写を開始する能力を有する、細菌以外の出自の、天然に存在するプロモーターを含むこともある。原核生物のなんらかの遺伝子の発現を高レベルに生成するために、細菌以外の出自の、天然に存在するプロモーターを、適合性のあるRNAポリメラーゼと共役させることもできる。バクテリオファージT7RNAポリメラーゼ/プロモーターシステムは、共役プロモーターシステムの例であるStadieretalJMolBiol189113TaboretalProcNatlAcadSci821074。加えて、ハイブリッドプロモーターは、バクテリオファージプロモーターと、大腸菌Ecoliオペレーター領域とで構成されることもある欧州特許第267851号。ベクターは、そのプロモーターのリプレッサー又は誘導物質をコードする遺伝子をさらに含有しうる。例えば、本発明の誘導性ベクターは、LacIリプレッサータンパク質をコードする遺伝子を発現することによって、LacオペレーターLacOからの転写を調節するものでありうる。他の例には、pRecAの発現を調節するためのlexA遺伝子の使用、及びptrpを調節するためのtrpOの使用が含まれる。抑制の程度を増強する例えば、lacIqか、或いは誘導の様式を改変する例えば、λpLに熱誘導性を与えるλCI857、又はλpLに化学誘導性を与えるλCIそのような遺伝子のアレルを利用することもできる。機能的なプロモーター配列に加えて、効率的なリボゾーム結合部位も、融合コンストラクトの発現に有用である。原核生物では、リボゾーム結合部位は、シャイン-ダルガルノSD配列と呼ばれ、開始コドンATGと、開始コドンの3~11ヌクレオチド上流にある長さ3~9ヌクレオチドの配列とを含むNature25434。SD配列は、SD配列と細菌16SリボソームRNAの3’末端との間の塩基対合によって、リボゾームに対するmRNAの結合を促進すると考えられているSteitzetalGeneticSignalsandNucleotideSequencesinMessengerRNAinBiologicalRegulationandDevelopmentGeneExpressionFEBSLett151159I64GhrayebetalEMBOJ324372442、及び大腸菌Ecoliアルカリホスファターゼシグナル配列phoAOkaetalProcNatlAcadSci827212など、細菌の分泌タンパク質の遺伝子から得ることができる。他の原核細胞シグナルには、例えば、ペニシリン分解酵素Ippからのシグナル配列;又は熱安定性エンテロトキシンIIのリーダー配列が含まれる。アシドフィルス菌Lacidophilusなどの細菌は、通常、開始コドンATGを利用し、これはアミノ酸のメチオニンこれは、原核生物内でN-ホルミルメチオニンに修飾されるを指定する。細菌は、GTG及びTTGというコドンのなど、代替の開始コドンも認識するが、これらはそれぞれ、バリンと、ロイシンとをコードする。しかし、それらが開始コドンとして使用される場合、通常、これらのコドンは、それらがコードしているアミノ酸ではなくメチオニンの取込みを指示する。アシドフィルス菌NCFMは、これらの代替のスタート部位を認識して、メチオニンを最初のアミノ酸として組み込む。通常、細菌によって認識される転写終結配列は、翻訳終止コドンの3’に位置する調節領域であり、したがって、プロモーターと共にコード配列を挟み込む。これらの配列は、DNAによってコードされている、ポリペプチドに翻訳可能なmRNAの転写を指示する。転写終結配列は、頻写の終了を補助するステムループ構造を形成できるDNA配列約50ヌクレオチドのを含むことが多い。これらの例には、大腸菌Ecoliのtrp遺伝子、そして、他の生合成遺伝子など、強いプロモーターを有する遺伝子に由来する転写終結配列が含まれる。発現ベクターは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質配列が調節領域の転写調節下となるように、その配列を挿入するための複数の制限部位を有する。ベクターを確実に細胞内に維持するための選択的マーカー遺伝子も、発現ベクターに含めることができる。好ましい選択的マーカーには、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カナマイシンネオマイシン、及びテトラサイクリンなどの薬物に対する抵抗性を与えるものが含まれるAnnuRevMicrobial32469。選択的マーカーは、最少培地上で、又は毒性代謝物質の存在下で細胞が増殖するのを可能にするものでもよく、これには、ヒスチジン、トリプトファン、及びロイシンの生合成経路の遺伝子など、生合成遺伝子が含まれる。調節領域は、本発明の宿主、細胞、及び/又はヌクレオチド配列にとって、在来同種のものであることも、或いは外来異種のものであることもある。調節領域は、天然のものであることも、合成であることもある。その領域が、宿主細胞にとって外来、すなわち異種である場合には、その領域が導入される、自然状態の細胞で、その領域が見出されないことが意図されている。その領域が本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のヌクレオチド配列に外来、すなわち異種である場合、作用可能に連結している、本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のヌクレオチド配列にとって、その領域は、在来のものでも、天然に存在する領域でもないことが意図されている。そのような領域は、例えば、ファージ由来のものでありうる。これらの配列は、異種の調節領域を用いて発現するのが望ましいが、在来の領域を用いることもできる。場合によっては、そのようなコンストラクトによって、宿主細胞における、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の発現レベルが変化を受けることも予測されよう。したがって、宿主細胞の表現型が変化を受けることもあろう。発現カセットを調製する際には、適切な配向性を有し、必要に応じて、適当なリーディングフレーム中にあるDNA配列を提供するために、様々なDNA断片が操作されることがある。このような目的で、DNA断片を連結するのに、アダプター又はリンカーが利用されることがあり、或いは、好都合な制限部位、不必要なDNAの除去、制限部位の除去、又は同様のもの提供するのに、他の操作が行われることもある。このために、invitro変異誘発、プライマー修復、制限、アニーリング、再置換、例えば、転移及び転換が行われこともある。本発明は、その発現ベクターにアンチセンスの方向にクローニングされている本発明のDNA分子を含む組換え体発現ベクターも提供する。すなわち、このDNA分子は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のmRNAに対してアンチセンスのRNA分子の発現DNA分子の転写によるが可能となる様式で、調節配列に作用可能に連結している。アンチセンスの方向にクローニングされた核酸に作用可能に連結している調節配列は、アンチセンスRNA分子の連続的又は誘導性の発現を指示するように選択することができる。アンチセンス発現ベクターは、組換え体のプラスミド又はファージミドの形態をとりうるが、この形態において、アンチセンス核酸が高効率の調節領域の制御下に生成され、この調節領域の活性は、ベクターがその中に導入された細胞型によって決定されることがある。アンチセンス遺伝子を用いた遺伝子発現の調節に関する考察には、WeintraubetalReviewsTrendsinGeneticsVol1を参照のこと。別法として、上記の構成要素のいくつかを、形質転換ベクターに併せて入れることもできる。形質転換ベクターは、通常、選択的マーカーで構成され、複製単位によって維持されるか、或いは、上述のように、組み込み型ベクターへと展開される。微生物又は細菌宿主細胞指定の核酸配列又はタンパク質を含有する細菌の生成、そのような細菌の発端培養の調製、及び基質、特に乳などの食物基質を発酵させる方法は、公知の技法に従って実行することができる。核酸分子に関する場合、導入によって、従来の形質転換又は形質移入の技法、或いはファージを媒介にした感染によって、原核細胞に導入することを意図する。本明細書で使用する場合、形質転換、形質導入、接合、及び原形質融合は、リン酸カルシウム若しくは塩化カルシウム共沈殿、DEAEデキストランを媒介にした形質移入、リポフェクション、又はエレクトロポレーションを含めた、宿主細胞に外来核酸例えばDNAを導入する、当技術分野技術で承認されている様々な技法を指すものとする。宿主細胞を形質転換又は形質移入するのに適した方法は、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManual、及び他の実験室マニュアルに見出すことができる。本発明のポリペプチド又は微生物に関する場合、導入によって、食物摂取、局所適用、鼻腔内、座薬、泌尿生殖器、又は経口適用によってポリペプチド又は微生物を宿主に導入することを意図する。本発明の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のポリペプチドを生成するのに使用される細菌細胞は、概ね、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualに記載されている適当な培地中で培養する。機能及びアッセイ周辺質溶質結合タンパク質PFAMアクセッションPF01297などのタンパク質の結合活性を測定するアッセイは、当技術分野で周知である例えば、HosieetalMoLMicrobiol40144959;HazlettetalJBiolChem2782068720694を参照。本発明の周辺質溶質結合タンパク質には、配列番号2のタンパク質が含まれる。O-グリコシル加水分解酵素などのグリコシル加水分解酵素EC3.2.1.-は、2つ以上の炭化水素の間、又は炭化水素と非炭化水素部分との間にあるグリコシド結合を加水分解する酵素の広範なグループである。グリコシル加水分解酵素ファミリー32PFAMアクセッションPF00251は、いくつかの既知の活性を有する酵素、すなわち、インベルターゼEC:3.2.1.26;イヌリナーゼEC:3.2.1.7;レバナーゼEC:3.2.1.65;エキソイヌリナーゼEC:3.2.1.80;スクロース:スクロース1-フルクトシルトランスフェラーゼEC:2.4.1.99;及びフルクタン:フルクタン1-フルクトシルトランスフェラーゼEC:2.4.1.100を含む。本発明のグリコシル加水分解酵素ファミリー32タンパク質には、配列番号10のタンパク質が含まれる。グリコシド加水分解酵素ファミリー31PFAMアクセッションPF01055は、いくつかの既知の活性を有する酵素、すなわち、グルコシダーゼEC:3.2.1.20;ガラクトシダーゼEC:3.2.1.22;グルコアミラーゼEC:3.2.1.3;スクラーゼ-イソマルターゼEC:3.2.1.48EC:3.2.1.10;キシロシダーゼEC:3.2.1;グルカンリアーゼEC:4.2.2.13を含む。本発明のグリコシル加水分解酵素ファミリー31タンパク質には、配列番号262、264、及び268のタンパク質が含まれる。加水分解酵素活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、AvigadandBauerMethodsEnzymol8621628;NeumannandLampenBiochemistry6468475;HenryandDarbyshirePhytochemistry1910171020。アルファアミラーゼPFAMアクセッションPF00128はグリコシル加水分解酵素のファミリー13として分類される。アルファアミラーゼの構造は、活性部位を含有する、8ストランドのアルファ/ベータバレルと、これを中断し、ベータストランド3及びアルファヘリックス3の間に突出する約70アミノ酸のカルシウム結合ドメインと、C末端のギリシアキーベータバーレルドメインとからなる。アルファアミラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、DasetalBiotechnolApplBiochernMar25GrzybowskaetalMolBiotechnol26101110を参照。本発明のアルファアミラーゼタンパク質には、配列番号260、266、270、272、274、276、及び278のタンパク質が含まれる。アルファアミラーゼN末端ig様ドメインを含有する酵素は、グリコシル加水分解酵素のファミリー13PFAMアクセッションPF02903に属する。マルトース生成アミラーゼは、デンプンをマルトースに変換する際に、鎖の非還元端からマルトース残基を連続的に除去するために、多糖の1-4-D-グルコシド結合の加水分解を促進する酵素である。他の酵素には、プルランをパノースに加水分解するネオプルラナーゼと、シクロデキストリンを加水分解するシクロマルトデキストリナーゼとが含まれる。本発明のアルファアミラーゼN末端ig様ドメインタンパク質には、配列番号274が含まれる。イソアミラーゼN末端ドメインを含有する酵素は、グリコシル加水分解酵素のファミリー13PFAMアクセッションPF02922に属する。このドメインは、分岐を有する基質に作用する様々な酵素、すなわち、イソアミラーゼ、プルラナーゼ、及び分岐酵素に見出される。イソアミラーゼは、グリコーゲン、アミロペクチン、及びデキストリンの1,6-D-グルコシド分枝結合を加水分解し;1,4-グルカン分枝酵素は、グリコーゲンの1,6-グルコシド結合の形成に機能し;そして、プルラナーゼは、デンプン脱分枝酵素である。本発明のイソアミラーゼN末端ドメインタンパク質には、配列番号272のタンパク質が含まれる。表層タンパク質は、細菌の最外層細胞エンベロープ成分の層を形成する糖タンパクであり、細胞外酵素の付着構造として、又は細胞形態の決定因子として機能しうる。s層タンパク質の構造機能関係を測定するアッセイは、当技術分野で周知である例えば、SleytretalTrendsBiotechnol152026OlabarriaetalJBacteriol17847654772を参照のこと。本発明の表層タンパク質には、配列番号62のタンパク質が含まれる。N-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼファミリーのタンパク質PFAMアクセッションPF01510には、N-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼ活性EC:3.5.1.28を有する亜鉛アミダーゼが含まれる。この酵素ドメインは、細菌細胞壁のN-アセチルムラモイルとL-アミノ酸との間のアミド結合を切断するD-ラクチル-L-Alaを選択的に。アミダーゼ活性を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、WangetalJBiolChem2784904452;GeliusetalBiochemBiophysResCommun30698894を参照。本発明のN-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼタンパク質には、配列番号82のタンパク質が含まれる。FtsW、RodA、及びSpoVEなどのタンパク質は、細胞周期過程に関与する内在性膜タンパク質であるPFAMアクセッションPF01098。細胞周期タンパク質の活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である例えば、VinellaetalJBacteriol17567046710を参照。本発明の細胞周期タンパク質には、配列番号92及び286のタンパク質が含まれる。Murリガーゼファミリータンパク質には、EC番号6.3.2-を有する多数の近縁のリガーゼ酵素が含まれる。このファミリーには、MurC、MurD、MurE、MurF、Mpl、及びFolCが含まれる。MurC、MurD、MurE、及びMurFは、ペプチドグリカン合成における連続したステップの触媒を行う。ペプチドグリカンは、2種類の糖誘導体によるシートからなり、これらのうちの1つであるN-アセチルムラミン酸が小さなペンタペプチドに結合している。このペンタペプチドは、L-アラニン、D-グルタミン酸、メソ-ジアミノピメリン酸、及びD-アラニルアラニンからできている。ペプチド部分は、これらのアミノ酸をUDP-N-アセチルムラミン酸に連続的に付加することによって合成される。MurCはL-アラニンを転移し;MurDはD-グルタミン酸塩を転移し;MurEはジアミノピメリン酸を転移し;そして、MurFはD-アラニルアラニンを転移する。このファミリーには、グルタミン酸をフォリルポリグルタミン酸folylpolyglutamateに転移するフォリルポリグルタミン酸シンターゼも含まれる。リガーゼ酵素活性を測定するアッセイは当技術分野で周知であるBouhssetalBiochemistry361155611563;HesseetalJBacteriol18565076512を参照。本発明のMurリガーゼファミリータンパク質には、配列番号94、96、98、100、及び116のタンパク質が含まれる。グリコシルトランスフェラーゼは、活性化されたドナー分子から、特異的なアクセプター分子への糖部分の転移を触媒して、グリコシル結合を形成する酵素である。グリコシルトランスフェラーゼファミリー28N末端ドメインPFAMアクセッションPF03033には、モノガラクトシルジアシルグリセロールシンターゼP93115、EC2.4.1.46、1,2-ジアシルグリセロール3-ガラクトシルトランスフェラーゼEC:2.4.1.46、1,2-ジアシルグリセロール3-グルコシルトランスフェラーゼEC:2.4.1.157、及びUDP-N-アセチルグルコサミントランスフェラーゼMURG_SYNY3、EC2.4.1.-が含まれる。このN末端ドメインは、アクセプター結合部位と、膜結合部位である可能性が高い部位とを含有する。本発明のグリコシルトランスフェラーゼファミリー28N末端ドメインタンパク質には、配列番号102のタンパク質が含まれる。グリコシルトランスフェラーゼPFAMアクセッションPF00953は、UDP-GlcNAc/MurNAc:ポリイソプレノール-PGlcNAcMurNAc-1-Pトランスフェラーゼのファミリーである。このファミリーのメンバーには、グリコシル化経路における、UDP-N-アセチル-D-グルコサミン及びドリコールリン酸の、UMP及びN-アセチル-D-グルコサミニル-ジホスホドリコールへの変換を触媒する、真核生物のN-アセチルグルコサミンリン酸トランスフェラーゼと;細胞壁ペプチドグリカンの生合成における脂質サイクル反応の第1ステップを触媒する、細菌のホスホ-N-アセチルムラモイル-ペンタペプチド-トランスフェラーゼとが含まれる。本発明のグリコシルトランスフェラーゼタンパク質PFAMアクセッションPF00953には、配列番号104及び126のタンパク質が含まれる。グリコシルトランスフェラーゼファミリーPFAMアクセッションPF00535は、UDP-グルコース、UDP-N-GDP-マンノース、又はCDP-アベクオースから、セルロース、ドリコールリン酸、及びテイコ酸を含めた様々な基質に糖を転移する様々なグリコシルトランスフェラーゼからなる多様性に富んだファミリーである。本発明のグリコシルトランスフェラーゼタンパク質PFAMアクセッションPF00535には、配列番号164、170、236、及び252のタンパク質が含まれる。グリコシルトランスフェラーゼグループ1ファミリーPFAMアクセッションPF00534のメンバーは、活性化された糖を、グリコーゲン、フルクトース-6-リン酸、及びリポ多糖を含めた様々な基質に転移する。このファミリーのメンバーは、UDP、ADP、GDP、又はCMPに連結した糖を、グリコーゲン、フルクトース-6-リン酸、及びリポ多糖を含めた様々な基質に転移する。細菌のグリコシルトランスフェラーゼは、エキソポリサッカライド生合成、リポ多糖コア生合成、及び粘液多糖コラン酸colanicacid生合成を含めた様々な生合成過程に関与している。本発明のグリコシルトランスフェラーゼグループ1ファミリータンパク質には、配列番号242、250、及び258のタンパク質が含まれる。グリコシルトランスフェラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、MenginLecreulxetalJBacteriol17346254636を参照。マンノシル-糖タンパク質エンド-ベータ-N-アセチルグルコサミダーゼファミリーには、EC:3.2.1.96の酵素が含まれるが、これらの酵素は、高マンノース糖ペプチド、及び-[ManGlcNAc2]-構造を含有する糖タンパク質にあるジ-N-アセチルキトビオシルユニットのユニット内加水分解を引き起こす。アミダーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、PierceetalBiochemJ185261264KoideandMuramatsuJBiolChem24948974904を参照。本発明のマンノシル-糖タンパク質エンド-ベータ-N-アセチルグルコサミダーゼタンパク質には、配列番号106及び108のタンパク質が含まれる。LysMドメインは、細菌細胞壁の分解に関与する様々な酵素に見出されるBatemanandBycroftJMolBiol29911131119。このドメインは、一般性のあるペプチドグリカン結合機能を有するものかもしれない。このドメインの構造は公知であるJorisetalFEMSMicrobiolLett70257264。本発明のLysMドメインタンパク質には、配列番号110のタンパク質が含まれる。D-alaD-alaリガーゼN末端ファミリーPFAMアクセッションPF01820には、細胞壁生合成に関与する細菌性酵素であるD-アラニンD-アラニンリガーゼEC:6.3.2.4が含まれる。この酵素は、ペプチドグリカン前駆体であるUDP-N-アセチルムラミルペンタペプチドの形成に関与する。これらの酵素は、多数の保存された領域を含有する300~360アミノ酸のタンパク質である。N末端Glyリッチ領域は、ATP結合に関与しているかもしれない。DアラニンDアラニンリガーゼ活性を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、ItoandStromingerJBiolChem23726962703;MarshalletalProcNatlAcadSciUSA9464806483を参照。本発明のD-alaD-alaリガーゼN末端タンパク質には、配列番号112のタンパク質が含まれる。D-アラニル-D-アラニンカルボキシペプチダーゼPFAMアクセッションPF00768は、MeropsペプチダーゼファミリーS11D-Ala-D-AlaカルボキシペプチダーゼAファミリー、クランSEに属するセリンペプチダーゼである。D-Ala-D-AlaカルボキシペプチダーゼAは、細胞成分の代謝に関与する。セリンタイプのD-Ala-D-Alaペプチダーゼには、3つのファミリーがあり、これらは、低分子量ペニシリン結合タンパク質S11、S12、S13としても知られている。ファミリーS11は、クラスC-ラクタマーゼ及びD-アミノペプチダーゼなど、他の酵素を含有するファミリーS12及びS13とは違って、D-Ala-D-Alaペプチダーゼのみを含有するRawlingsandBarrettMethodsEnzymol2441961。セリンカルボキシペプチダーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、ChangetalProcNatlcadSciUSA8728237を参照。本発明のD-アラニル-D-アラニンカルボキシペプチダーゼタンパク質には配列番号118のタンパク質が含まれる。EPSPシンターゼ3-ホスホシキミ酸1-カルボキシビニルトランスフェラーゼEC:2.5.1.19は、細菌遺伝子aroA、植物、及び真菌類で、コリスミ酸からの芳香族アミノ酸の生合成シキミ酸経路における6番目のステップを触媒するこの経路における連続した5つのステップを触媒する多機能酵素の一部である。様々な生物学的供給源に由来するEPSPの配列は、進化を通して、この酵素の構造がよく保存されていることを示す。強く保存されている2箇所の領域が詳細に明らかにされている。第1の領域は、活性部位の一部であって、グリフォセートに対する抵抗性にも重要な領域に対応している。第2の領域は、このタンパク質のC末端部分に位置し、この酵素の活性に重要と考えられる保存されているリジンを含有する。EPSPシンターゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、OkunukietalShokuhinEiseigakuZasshi447782;OliveiraetalProteinExprPurif22430435。本発明のEPSPシンターゼタンパク質には、配列番号120のタンパク質が含まれる。細菌性トランスフェラーゼヘキサペプチド3反復ファミリーPFAMアクセッションPF00132は、[LIV]-G-X4ヘキサペプチドの直列反復で構成された反復構造を含有する。LpxAUDPN-アセチルグルコサミンアシルトランスフェラーゼの三次構造では、このヘキサペプチドは、左回りの平行へリックスを形成することが示されているRaetzandRoderickScience2709971000。本発明の細菌性トランスフェラーゼペプチドタンパク質には、配列番号122のタンパク質が含まれている。推定のウンデカプレニルニリン酸シンターゼファミリーPFAMアクセッションPF01255のメンバーには、Di-トランス-ポリ-シス-デカプレニルシストランスフェラーゼEC:2.5.1.31UPPシンセターゼが含まれ、この酵素は、イソペンテニルピロリン酸IPPからウンデカプレニルピロリン酸UPPを生成する。Uppシンセターゼ活性を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、ApfeletalJBacteriol181483492を参照。本発明のウンデカプレニルニリン酸シンターゼタンパク質には、配列番号124のタンパク質が含まれる。ペニシリン結合タンパク質は、それぞれN末端及びC末端にあるトランスグリコシラーゼとトランスペプチダーゼとからなる二機能性のタンパク質である。トランスグリコシラーゼドメインは、ムレイングリカン鎖の重合を触媒するLefevreetalJBacteriol17947614767。トランスグリコシラーゼファミリーPFAMアクセッションPF00912のメンバーには、トランスグリコシラーゼドメインN末端及びトランスペプチダーゼドメインC-末端を有する、二機能性のペニシリン結合タンパク質と、一機能性の生合成ペプチドグリカントランスグリコシラーゼとが含まれる。これらのタンパク質の触媒活性を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、DiGuilmietalJBacteriol18544184423を参照。本発明のペニシリン結合性トランスグリコシラーゼタンパク質には、配列番号134及び138のタンパク質が含まれる。ペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリーPFAMアクセッションPF00905のメンバーは、ファミリーの全メンバーに保存されている活性部位セリンPBPX_STRPNにおける残基337を有する。これらのタンパク質は、細胞壁形成のためのペプチドグリカン生合成の最終ステージの原因となる。これらのタンパク質は、架橋されたペプチドグリカンを脂質中間体から合成し、また、ペニシリン応答性のトランスペプチダーゼカルボキシ端末ドメインを含有する。トランスペプチダーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、ZijderveldetalJBacteriol17762906293を参照。本発明のペニシリン結合性トランスペプチダーゼタンパク質には、配列番号132、134、138、及び146のタンパク質が含まれる。AMP結合酵素ファミリーPFAMアクセッションPF00501のメンバーは、それらの基質に、AMPがATP依存的に共有結合することを介して作用すると考えられ、また、配列類似性を有する一領域を共有している。この領域は、保存されているPro-Lys-Glyの三つ組によってさらに特徴付けられるSer/Thr/Glyリッチドメインである。これらのタンパク質の触媒活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、WeimaretalJBiolChem2772936929376を参照。本発明のAMP結合タンパク質には、配列番号148のタンパク質が含まれる。多糖生合成タンパク質ファミリーPFAMアクセッションPF01943の多数のメンバーが、多糖生成に関与するものとされている。多糖生合成を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、YaoandValvanoJBacteriol17641334143を参照。本発明の多糖生合成タンパク質には、配列番号156及び238のタンパク質が含まれる。UDP-ガラクトピラノースムターゼファミリーPFAMアクセッションPF03275EC:5.4.99.9のメンバーは、2-ケト中間体を介した、UDP-GALPの、UDP-CALFへの変換に関与しており、また、FADを補因子として含有する。UDP-ガラクトピラノースムターゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、LeeetalAnalBiochem24217を参照。本発明のUDP-ガラクトピラノースムターゼタンパク質には、配列番号158のタンパク質が含まれる。細菌性糖転移酵素BacterialsugartransferaseファミリーPFAMアクセッションPF02397は、多数の細菌性糖転移酵素に由来する保存領域を表し、また、様々な生合成経路に関与している。それらの例には、O-多糖生合成の第1ステップでガラクトース-1-リン酸を脂質前駆体に転移するガラクトシル-P-P-ウンデカプレノールシンセターゼEC:2.7.8.6;アミロボランamylovoranの生合成に関与するUDP-ガラクトース-脂質担体トランスフェラーゼ;及びグループB連鎖球菌GBSIII型莢膜多糖の構築に必須なガラクトシルトランスフェラーゼCpsDが含まれる。トランスフェラーゼ活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である例えば、OsbornandYuanTzeYuenJBiolChem24351455152;WrightetalProcNatlAcadSciUSA5717981803を参照。本発明の細菌性糖転移酵素タンパク質には、配列番号174のタンパク質が含まれる。鎖長決定タンパク質ChainlengthdeterminantproteinファミリーPFAMアクセッションPF02706には、リポ多糖LSPの生合成に関与するタンパク質が含まれる。リポ多糖生合成を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、FrancoetalJBacterial18026705を参照。本発明の鎖長決定タンパク質には、配列番号180のタンパク質が含まれる。NIpC/P60PFAMアクセッションPF00877は、細胞壁ペプチダーゼを含有するファミリーであり、そのメンバーの一部は、D-ガンマ-グルタミル-メソジアミノピメリン酸結合、又はN-アセチルムラミン酸-L-アラニン結合を加水分解することが知られているAnantharamanandAravindGenomeBiol4R11。本発明のN1pC/P60タンパク質には、配列番号190、194、及び196のタンパク質が含まれる。リボヌクレオチド還元酵素EC:1.17.4.1はDNA合成に必要な前駆体を提供する。この酵素は、それらの対応するリボヌクレオチドからのデオキシリボヌクレオチドの還元的合成、すなわち、2’-デオキシリボヌクレオシドニリン酸酸化チオレドキシンH2O=リボヌクレオシドニリン酸ニリン酸還元チオレドキシンを触媒する。リボヌクレオチド還元酵素は、大きなサブユニット700~1000残基と、小さなサブユニット300~400残基とで構成されたオリゴマー酵素であり、クラスIIRNRはそれより複雑ではなく、小さな鎖の代わりに小分子B12を用いる。小さい鎖は、2つの鉄原子に結合しGlu3つ、Asp1つ、及びHis2つが金属結合に関与する、また、活性部位チロシンラジカルを含有する。金属に結合する残基と活性部位チロシンとを含有する配列の領域は、原核生物、真核生物、及びウイルスにおける、リボヌクレオチド還元酵素の小さな鎖で保存されている。リボヌクレオシドニリン酸還元酵素活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、NilssonetalBiochemSocTrans169194;ReichardScience26017731777を参照。本発明のリボヌクレオチド還元酵素タンパク質には、配列番号208のタンパク質が含まれる。ABC輸送体PFAMアクセッションPF00005は、様々な化合物の、生体膜を通した移行の原因となるタンパク質の大ファミリーを形成している。それらは、異分泌物質allocriteの結合及び輸送の原因となる2つの膜貫通ドメインTMDと、ATP加水分解エネルギーを、TMDにおける立体配座変化に共役させる原因となる2つのヌクレオチド結合ドメインNBDとを備えた最少4ドメインで構成される。NBDは両方ともATP加水分解を行うことができ、そして、一方のNBDにおける加水分解を阻害することによって、もう一方での加水分解が効果的に抑制される。このファミリーに属するタンパク質は、1コピー又は2コピーのAコンセンサス配列WalkerofalEMBOJ1945951、又はPループSarasteetalTrendsBiochemSci15430434を含有する。ATPの結合及び輸送を測定する方法は当技術分野で周知である例えば、HungetalNature396703707;HigginsetalJBioenergBiomembr22571592を参照。本発明のABC輸送体タンパク質には、配列番号218及び226が含まれる。UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼファミリーPFAMアクセッションPF02350のメンバーは、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼEC:5.1.3.14からなる。この酵素は、UDP-GlcNAcからのUDP-ManNAcの生成を触媒する。UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、StascheetalJBioLChem2722431924324を参照。本発明のUDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼタンパク質には、配列番号244及び246のタンパク質が含まれる。tRNAグアニン-1-メチルトランスフェラーゼPFAMアクセッションPF01746ファミリーは、tRNAグアニン-1-メチルトランスフェラーゼEC:2.1.1.31からなる。大腸菌K12では、この酵素は、tRNAのアンチコドンの隣である位置37のN1-メチルグアニンへのグアノシン残基の変換を触媒するHjalmarssonetalJBiolChem25813431351。tRNAグアニン-N1--メチルトランスフェラーゼは、S-アデノシル-L-メチオニンtRNA->S-アデノシル-L-ホモシステインtRNA含有N1-メチルグアニンという反応を触媒する。この過程で、グアノシンGが、tRNAの位置37のN1-メチルグアニン1-メチルグアノシンm1Gにメチル化され、これがCUNロイシン、CCNプロリン、及びCGGアルギニンのコドンを読み込む。m1Gの存在は、細胞増殖率及びポリペプチドのステップ時間を改善し、さらに、tRNAがリーディングフレームを移動させるのを阻止するHagervalletalBiochimBiophysActa1050263266。tRNAメチルトランスフェラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、HjalrnarssonetalJBiolChem25813431351を参照。本発明のtRNAグアニン-1-メチルトランスフェラーゼタンパク質には、配列番号294のタンパク質が含まれる。アミノアシル-tRNAシンテターゼEC:6.1.1は、極めて特異的な二段階反応で、それが認識する転移RNA分子へのアミノ酸の結合を触媒する。20種のアミノアシル-tRNAシンテターゼは、2つのクラス、I及びIIPFAMアクセッションPF00587に分けられる。クラスIアミノアシル-tRNAシンテターゼは、特徴的なロスマンフォールドを含有し、ほとんどが単量体であり、一方、クラスIIアミノアシルtRNAシンテターゼは、ヘリックスに挟まれた逆平行シート形成を共有しPeronaetalBiochemistry3287588771、ほとんどが二量体又は多量体である。クラスIアミノアシル-tRNAシンテターゼによって触媒される反応では、アミノアシル基は、tRNAの2’-ヒドロキシルに結合され、一方、クラスII反応では、3’-ヒドロキシル部位が好まれる。アルギニン、システイン、グルタミン酸、グルタミン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、チロシン、トリプトファン、及びバリンに特異的なシンセターゼがクラスIシンセターゼに属する。アラニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グリシン、ヒスチジン、リジン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、及びトレオニンに特異的なシンセターゼがクラスIIシンセターゼに属する。アミノアシル-tRNAシンテターゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、AugustineandFranklynBiochemistry3634733482。本発明のアミノアシル-tRNAシンテターゼタンパク質には、配列番号296のタンパク質が含まれる。LuxSタンパク質ファミリーLuxSPFAMアクセッションPF02664は、オートインデューサーA12の合成に関与するLuxSタンパク質と、その推定上の類縁とからなる。細菌における、細胞密度の変化に反応した遺伝子発現調節を、集団感知と呼ぶ。集団感知を行う細菌は、細胞集団が増大するにつれて外部環境に蓄積するホルモン様の分子オートインデューサーの生成、放出、及び応答を行う。LuxSタンパク質は、集団感知に関与し、かつ、オートインデューサー生成タンパク質であるSuretteetalProcNatlAcadSciUSA9616391644。集団感知を検出する方法は当技術分野で周知である例えば、SuretteetalProcNatlAcadSciUSA9616391644を参照。本発明のLuxSタンパク質には配列番号304のタンパク質が含まれる。使用の方法一実施形態では、本発明のポリペプチド及びそれらを発現する微生物は、局所及び全身における体液性、細胞性、及び非特定の免疫応答の変化を含めた、宿主の免疫系を変化させることがある。プロバイオティック細菌による免疫系の変化は、例えば、感染及び腫瘍に対する非特異的防御又は抗原特異的防御の増強によって、粘膜免疫の増強によって、アジュバント効果を抗原特異的な免疫応答に提供することによって、又はTh1/Th2細胞及びそれらのサイトカイン産生の調節によって起こりうる例えば、米国特許出願第2002/0159976号を参照。アジュバントによって、抗原と共に導入された際に、抗原に対する免疫反応を増強する物質を意図する。体液免疫は、プロバイオティック細菌を摂取した後における、IgA産生の増大と、Bリンパ球産生の刺激とによって増強されることがある。免疫グロブリンの型及び濃度を測定するアッセイと、免疫細胞の数及び型を評価するアッセイとを含めた、粘膜免疫系の調査に使用される方法は当技術分野で周知である例えば、EricksonandHubbardJNutr130403S409Sを参照。非特異的な免疫の改変は、IL-1β、IL-6、IL-10、TNFα、IL-12、IFN-γ、及びIL-18などのサイトカイン産生の変化、及び食細胞活性の増強をもたらしうる。プロバイオティック細菌で刺激した後に、細胞から放出されるサイトカインの型及び量を検出するアッセイ、並びに、非特異的な免疫を測定する他のアッセイは当技術分野で公知である例えば、MiettinenetalInfectImmun6454035405;MarinetalJFoodProt61859864;SchiffrinetalJDairySci78491497を参照。細胞性免疫の変化は、マクロファージ産生の増大、又はサイトカイン産生の変化をもたらしうる。プロバイオティックサプリメントからのプロテアーゼは、牛乳の中にあるカゼインを分解することができ、それによってリンパ球の増殖を抑制するペプチドを生成するSutasetalJAllergyClinImmunol98216224。リンパ球増殖アッセイなどの、細胞性免疫反応を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、EricksonandHubbardJNutr130403S409S;DeSimoneetalJImmunother92328;PerdigonetalInfectImmun53404410を参照。プロバイオティック細菌は、経口ワクチンに対する免疫応答を促進するものChinetalImmunolCellBiol785566IsolaurietalVaccine13310312を参照、抗炎症性の特性を有するものPessietalApplEnvironMicrobiol65475478;IsolaurietalAmJClinNutr73444S450S;AntonopoulouetalJAgricFoodChem4430473051、及び腸の巨大分子透過性を安定させるものHeymanJAmCollegeNutr19137S146S;IsolaurietalFedRes33548553でありうる。腸の透過性に対するこの効果は、粘膜上皮細胞の間にある密着結合の維持又は修復の結果かもしれない。これらの特性を測定するアッセイは当技術分野で公知であり、それらの例は引用した参考文献に見出すことができる。別の実施形態では、本発明のポリペプチド及びそれらを発現する微生物は、様々な宿主タンパク質又は化合物の発現を変化させうる。これらのタンパク質及び化合物には、細胞表面タンパク質すなわち細胞接着分子、ムチン産生に関与するタンパク質すなわちMUC1及びMUC2、細胞シグナル伝達タンパク質すなわち、チロシンキナーゼ、プロテインキナーゼC、マイトジェン活性化プロテインキナーゼ、及び核因子カッパBnf-xB、片利共生細菌の宿主耐性に関与するタンパク質、及び抗菌剤タンパク質又は化合物すなわち、過酸化水素HawesetalJInfectDis17410581063、又は酸化窒素KorhonenetalInflammation26207214が含まれるが、これらに限定されない。変化させられた宿主タンパク質に関する場合、細胞表面によって、細胞膜に付随して見出されるタンパク質を意図する。ムチンによって、粘液腺又は粘液細胞によって分泌されるタンパク質を意図する。細胞シグナル伝達タンパク質によって、細胞シグナル伝達に関与するタンパク質を意図する。宿主耐性によって、特定の抗原を投与した際の、免疫応答を生成する動物の能力の低下又は減失を意図する。片利共生細菌によって、別の生物と密接な物理的結びつきをもって存在する細菌であって、この結びつきによって、どちらの生物も利益を得ることも、害を受けることもない細菌を意図する。抗菌剤によって、微生物を殺すか、その成長を阻止する化合物を意図する。細胞接着分子、又はその領域/ドメイン/断片の発現の変化は、改変された付着特性を微生物が有するのを可能にしうる。別法として、ムチン産生に関与するタンパク質は、病原体が腸上皮細胞に付着する能力を阻止しうるMacketalAmJPhysiol276G941G950。ムチン産生の組成、質、及び量が影響されるかもしれず、それによって、病原体-ムチン相互作用の変化が導かれる。宿主タンパク質又は化合物の発現の変化を測定するアッセイは、当技術分野で周知であり、これらにはノーザンブロット及びウエスタンブロットが含まれる。例えば、SambrooketalMolecularCloningALaboratoryManualを参照のこと。さらに別の実施形態では、これらのポリペプチド及びそれらを発現する微生物は、限定されるものではないが、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、過敏性腸管症候群、下痢、抗生物質関連の下痢、便秘、及び小腸細菌過増殖を含めた胃腸障害の治療又は予防に有用でありうる。治療又は予防によって、本発明のポリペプチド又は微生物の投与の後に起こる、疾患に関連した任意の症候の軽減又は予防を意図する。この軽減には、治療を受けている対象における症候の強さまた期間のいかなる低減も含まれる。本明細書で使用する場合、本発明のポリペプチド又は微生物の有効量は、治療されている疾患の臨床症状を予防、軽減、又は減少させるのに十分であろう。プロバイオティック細菌は、上述のように、免疫調節薬として作用することによって、又は消化管関連リンパ系組織に影響を与えることによって、胃腸障害の治療又は予防に有効となることもあり、或いは、保護層を形成する上皮に付着することもあり、それによって病原菌の侵襲を予防するKasperIntJFoodMicro41127131。慢性の炎症性腸疾患であるクローン病の患者に、プロバイオティック細菌が投与され、その結果、免疫学的な改善が得られているMalinetalAnnNutrMetab40137145。肯定的な効果は、便秘KasperIntJFoodMicro41127131、小児におけるロタウイルス関連腸管感染症IsolaurietalPediatrics889097BoudraaetalGastroenterolNutr11509512、旅行者下痢HiltonetalJTravelMed44143小腸細菌過増殖VanderhoofetalJPediatrGastroenterolNutr27155160、及び抗生物質関連の下痢BilleretalJPediatrGastrNutr21224226の治療の際にも見られた。胃腸障害の治療又は予防にプロバイオティック細菌を用いることの臨床効果を測定するアッセイは当技術分野で公知である例えば、GuandalinietalJPediatrGastroenterolNutr305460;SaavedraetalLancet34410461049。さらに別の実施形態では、本発明のポリペプチド、又は本発明のポリペプチドを発現する微生物は、宿主における感染の発生を予防又は抑制しうる。の発生を抑制するによって、ある生物に対象が感染して、さらにその後、その生物によって引き起こされる疾患の症候を示す確率が低下することを意図する。プロバイオティック細菌によって予防又は治療することができる感染には、食品媒介病原体によって引き起こされるものすなわち、毒素原性大腸菌ETEC、ネズミチフス菌Salmonellatyphimurium、リステリア菌Listeriamonocytogenes、及びコレラ菌VibriocholeraeBorisetalInfectImmun6619851989SilvaetalJMedMicrobiol50161164StrusetalMedDoswMikrobiol53133142TannockProbioticsacriticalreviewHorizonScientificPress161ppSalminenSandvonWrightA1998LacticacidbacteriamicrobiologyandfunctionalaspectsMarcelDekkerIncNY617ppを参照、日和見病原体によって引き起こされる感染、ピロリ菌Helicobacterpyloriによって引き起こされる感染CremoninietalDigDis19144147;LorcaetalCurrentMicro423944、膣疾患又は腟炎などの泌尿生殖器疾患ReidetalFEMSImmunolMedMicro304952、及びHIV感染HashemietalJInfectDis18115741580が含まれるが、これらに限定されない。プロバイオティック細菌が感染の治療又は予防に有効であるかどうか判定する方法は、当技術分野で周知であり、それらの例は上記の参考文献に見出すことができる。別の実施形態では、このポリペプチドは、毒素、変異誘発物質、胆汁酸塩、脂肪、コレステロール、及び現在未確認のタンパク質又は化合物を含めた、胃腸管内の有害な化合物に微生物が結合し、かつ除去することを可能にしうる。これらの化合物は、不活性化、隔離、分解、消化、切断、又は改変されることもある。これらの化合物は、例えば変異誘発化合物すなわち、肉を料理する間に形成された複素環式アミンを含む食物製品の消化の結果として、宿主によって生成されることもあり、或いは、消化管内に存在する微生物によって生成されることもあるすなわち、遺伝毒性、変異原性、又は発癌性の活性を有する微生物代謝物。NADPHデヒドロゲナーゼアゾレダクターゼ、ニトロレダクターゼ、β-グルコロニダーゼ、β-グルコシダーゼ、及び7-α-デヒドロキシラーゼなどの細菌酵素は、毒性化合物の発癌効果を増強する可能性がある。乳酸桿菌などの細菌は、これらの生体外物質代謝酵素の活性が低く、一部の株の投与によって、ニトロレダクターゼ及びβ-グルコロニダーゼの活性が低減されたGoldinandGorbachAmJClinNutr39756761;GoldinetalDigDisSci37121128;BennoandMitsuokaMicrobiolImmunol36683694;BouhniketalEurJClinNutr50269273。これらのポリペプチドが、それら自体でこれらの活性を有することもある。したがって、本発明のタンパク質又はそれらを発現するプロバイオティック細菌は、癌、特に大腸癌の治療又は予防に使用を見出しうる。プロバイオティック細菌の抗発癌効果が指摘されておりWollowskietalAmJClinNutr73451S455S;HayatsuandHayatsuCancerLett73173179、乳酸菌に対する様々な変異誘発化合物の物理的な結合が示されているOrrhageetalMutationRes311239248。プロバイオティック細菌の様々な抗発癌効果を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、WollowskietalAmJClinNutr73451S455SGoldinandGorbachJNatlCancerInst64263265GoldinandGorbachJNatlCancerInst73689695参照。癌予防に加えて、本発明のポリペプチド又はそれらを発現する微生物は、血清コレステロールレベルを低下させ、心臓病の予防の補助となりうる。乳酸菌は培養培地からコレステロールを除去することができKlaverandvanderMeerApplEnvironMicrobiol5911201124、いくつかの研究によって、プロバイオティック細菌の摂取の後で、ヒトの血清コレステロールが低下していることが示されているLinetalJDairyRes7228852899KhedkaretalJDairyFoodsHomeSci123338。コレステロールは、胆汁酸に変換されて、排出によって失われたものを置換するので、コレステロールレベルは、胆汁酸の脱抱合を介してプロバイオティック細菌によって低下されるのかもしれないSandersJNutr130384S390S。別の実施形態では、本発明のポリペプチド又はその変種は、微生物の安定性を高めることができる。この安定性の促進は、微生物が胃、小腸、及び/又は消化管を生きたまま通過すること、それらの領域で酸及び胆汁に抵抗すること、又は宿主による摂取の後に、消化管に残留することを可能にしうる。高められた安定性は、微生物の貯蔵を含めた、発酵製品の生産及び加工の間に生じるストレスの多い条件に、微生物が耐えるのを可能にしうる。これらのストレスには、酸化ストレス、pH、圧力、浸透圧ストレス、脱水、炭素飢餓、リン酸飢餓、窒素飢餓、アミノ酸飢餓、遠心などの機械的な操作、熱又は低温ショック、変異原性ストレス、並びに、細胞培養、凍結、凍結乾燥、及び乾燥を含めた、様々な貯蔵条件に伴うストレスが含まれるが、これらに限定されないGirgisetalStressadaptationsoflacticacidbacteriaInMicrobialadaptationtostressandsafetyofnewgenerationfoodsYousefAEandJunejaVKTechnomicPublishingCoIncを参照。本発明のポリペプチドは1つ又は複数のストレスに対して防御を提供するかもしれない。微生物の安定性を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、KlaenhammerandKleernanApplEnvironMicrobial4114611467;WrightandKlaenhammerJFoodSci48773777。安定性を増大させるのに有用でありうる配列は、配列番号60、62、286、270、294、300、302、304、及び306に記載の配列が含まれるが、これらに限定されない。別の実施形態では、本発明のポリペプチド又はその変種は、改変された付着特性を、微生物が保持するのを可能にしうる。これらの付着特性は、小腸上皮細胞などの特定の細胞型に、又は別の細菌細胞に、或いはムチンなどの化合物に、増大又は低減した能力で、その微生物が結合するのを可能にするかもしれない例えば、OuwehandetalLettApplMicrobiol301013;TuomolaetalFEMSImmunolMedMicrobiol26137142を参照。他の細菌細胞に付着する能力の増大は、凝集をもたらしうる。細菌の付着を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、JinetalApplEnvironMicrobiol6642004204;CoconnieretalApplEnvironMicrobiol5820342039;GreeneandKlaenhammerApplEnvironMicrobiol6044874494;LorcaetalFEMSMicrobiolLett2063137;AntikainenetalMolMicrobiol4638194を参照。別の実施形態では、本発明のポリペプチドは、対象に経口投与した後に、微生物が虫歯の発生を低減するのを可能にしうる。虫歯を低減するプロバイオティック細菌の能力を評価する方法は当技術分野で公知である例えば、NaseetalCariesRes35412420を参照。別の実施形態では、本発明のポリペプチドは、生産動物における飼料変換率を微生物が増大させるのを可能にしうる。生産動物における飼料変換率の増大を測定する方法は当技術分野で公知である例えば、FullerPriobioticsforfarmanimalsInProbioticsACriticalReviewHorizonScientificPressWymondhamUK。別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、微生物が、病原体を含めた別の微生物を抑制するか、又は殺すのを可能にしうる。抑制するによって、一方が、もう一方の活性を部分的に又は完全に阻害するような、2つの生理活性物質間の相互作用を意図する。これらのポリペプチドは、それらを発現する微生物が、別の微生物に結合するか、別の微生物に対する抗菌剤活性を有するか、或いは別の微生物を溶解するのを可能にしうる。ポリペプチドの発現の結果、第1の微生物は、例えばその微生物を摂取した宿主の消化管の中で、必須結合部位又は必須栄養素のために、第2の微生物と競合することになりうる例えば、JinetalApplEnvironMicrobiol6642004204を参照。異なった実施形態では、単離されたポリペプチド自体が、上述した同じ機構で微生物を、抑制するか、又は殺しうる。微生物の溶解又は死を含めた抗菌剤活性を測定するアッセイは、当技術分野で公知である例えば、MethodsforGeneralandMolecularBacteriology1994GerhardtPMurrayRGEWoodWAKriegNRAmericanSocietyforMicrobiology791pp。細菌の付着を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、上記のJinetalを参照。結合部位又は栄養物のための競合を測定するアッセイは当技術分野で公知である例えば、EdelmanetalVetMicrobiol914156;GanetalJInfectDis18513691372;HorieetalJApplMicrobial92396403を参照。別の実施形態では、これらのポリペプチドは、抗菌剤活性を有し、食物保護、及び局所治療などの、傷の治療を含めた様々な適用における使用を提供しうる。タンパク質の抗菌剤活性を検出する方法は当技術分野で周知であるAllisonandKlaenhammerGeneticsofbacteriocinsproducedbylacticacidbacteriaandtheiruseinnovelindustrialapplicationspp789808InManualofIndustrialMicrobiologyandBiotechnologyALDeMainandJEDaviesASMPressWashingtonDC。別の実施形態では、本発明のポリペプチドは、微生物の抗生物質感受性を変調しうるものであるか、或いは、これらのポリペプチドは、抗菌剤活性を有する他の化合物に対する、微生物の感受性を変調しうる。微生物の抗生物質感受性、又は抗菌剤活性を有する化合物に対する、微生物の感受性を検出する方法は当技術分野で周知である。別の実施形態では、ポリペプチドは、微生物の凝集又は生物膜の形成を可能にするか、或いは、第1の微生物が、第2の微生物の生物膜を形成する能力を阻害するのを可能にする。これらのポリペプチド自体も、生物膜を形成する微生物の能力を妨害しうる。生物膜によって、基層又は中間面に、或いは相互に、非可逆的に付着した細胞であって、それらが生成した細胞外重合体物質の基質に埋め込まれており、かつ、成長速度及び遺伝子転写に関して変化した表現型を示す細胞を特徴とする微生物由来の固着性群集を意図する。生物膜形成を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、OTooleandKolterMolMicrobiol28449461;YoshidaandKuramitsuApplEnvironMicrobiol6862836291を参照。別の実施形態では、本発明のポリペプチドから単離された、細胞壁への固着に十分な局在化シグナルを異種タンパク質に融合することができるSchneewindetalEMBOJ1248034811;SchneewindetalCell70267281。LPXTG配列番号308モチーフは、グラム陽性菌の表面タンパク質に特徴的なものとして同定されたNavarreandSchneewindMolecularMicrobiology14115121;FischettietalMolMicrobiol416031605。細胞表面における異種タンパク質の発現を測定するアッセイは当技術分野で周知である例えば、SteidleretalApplEnvMicro64342345を参照。本発明のポリペプチドは、乳酸菌を用いて生成された食物の食感又は他の物理的性質を変調しうる。細胞外多糖は、様々な食物製品において、安定化剤、濃縮剤、ゲル化剤、粘性強化剤、及び乳化剤として作用しうるDeVuystandDegeestFEMSMicrobiolRev153177。細胞外多糖を含有する食物の増強された粘着性は、消化管におけるプロバイオティック細菌のコロニー化に有益でありうるGermanetalTrendsBiotechnol17491499;JollyetalAntonievanLeeurvenhoek82367374。食物の食感を測定する方法は当技術分野で公知である例えば、vandenBergetalApplEnvirMicrobiol6128402844を参照。以下の実施例を、限定のためではなく、例示のために提供する。アミノ酸配列のためのギャップつきBlastP結果ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号2306アミノ酸における、アミノ酸7~304がラクトバシラスガセリLactobacillusgasseriの、ABC型メタルイオン輸送系、周辺質の構成要素/表面付着因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046648.1と約73の同一性、アミノ酸9~304がラクトバシルスジョンソニLactobacillusjohnsoniiの、ABC輸送体の溶質結合構成要素であるタンパク質アクセッション番号NP_965678.1と約71の同一性、アミノ酸18~306がラクトバシラスガセリの、ABC型メタルイオン輸送系、周辺質の構成要素/表面付着因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046208.1と約62の同一性アミノ酸26~306がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964756.1と約62の同一性、そして、アミノ酸18~306がロイコノストックメセンテロイデスLeuconostocmesenteroidesのメセンテロイデスmesenteroides亜種の、ABC型メタルイオン輸送系、周辺質の構成要素/表面付着因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00064315.1と約45の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号4191アミノ酸における、アミノ酸29~191がラクトバシラスガセリの、特徴付けされていない保存されているタンパク質アクセッション番号ZP_00047066.1と約75の同一性、アミノ酸29~191がラクトバシルスジョンソニの、LemA様タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_964093.1と約76の同一性、アミノ酸29~191がラクトバシラスプランタルムLactobacillusplantarumの未知のタンパク質アクセッション番号NP784295.1と約68の同一性、アミノ酸29~191がミュータンス連鎖球菌Streptococcusmutansの、LemA様タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_722235.1と約65の同一性、そして、アミノ酸29~191が肺炎連鎖球菌の、LemA様タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_345748.1と約61の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号62539アミノ酸における、アミノ酸1~2501がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964984.1と約41の同一性、アミノ酸797~2209がアビトロフィアデフェクティバAbiotrophiadefectivaの、細胞外基質結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号pir∥T31110と約27の同一性、アミノ酸4~2521が表皮ブドウ球菌Staphylococcusepidermidisの、FmtBタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP764984.1と約20の同一性、アミノ酸1~2529が黄色ブドウ球菌Staphylococcusaureusアウレウスaureus亜種の、連鎖球菌付着因子embに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_374548.1と約21の同一性、そして、アミノ酸1~2529が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の推定上のタンパク質アクセッション番号NP_371958.1と約20の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号8591アミノ酸における、アミノ酸1~591がラクトバシラスガセリの、ミオシン交差反応性抗原であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047333.1と約84の同一性、アミノ酸1~591がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964681.1と約83の同一性、アミノ酸1~591がロイコノストックメセンテロイデスLeuconostocmesenteroidesのメセンテロイデスmesenteroides亜種の、ミオシン交差反応性抗原であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063735.1と約70の同一性、アミノ酸1~591が化膿連鎖球菌Streptococcuspyogenesの、67kDaミオシン交差反応性連鎖球菌抗原であるタンパク質アクセッション番号NP_268761.1と約67の同一性、そして、アミノ酸1~591が化膿連鎖球菌の、67kDaミオシン交差反応性連鎖球菌抗原であるタンパク質アクセッション番号NP_664136.1と約67の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号10590アミノ酸における、アミノ酸1~590がラクトバシラスガセリの、ミオシン交差反応性抗原であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046024.1と約79の同一性、アミノ酸1~590がミュータンス連鎖球菌の、67kDaミオシン交差反応性連鎖球菌抗原に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_721921.1と約71の同一性、アミノ酸1~590が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、67kDaミオシン交差反応性連鎖球菌抗原に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_644896.1と約60の同一性、アミノ酸1~590が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、67kDaミオシン交差反応性連鎖球菌抗原に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_370630.1と約59の同一性、そして、アミノ酸1~590が表皮ブドウ球菌の、67kDaミオシン交差反応性連鎖球菌抗原様タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_764331.1と約58の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号12229アミノ酸における、アミノ酸1~229がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965278.1と約61の同一性、アミノ酸31~229がラクトバシラスガセリの、ソルターゼ表面タンパク質トランスペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046569.1と約65の同一性、アミノ酸31~229がエンテロコッカスフェカーリスEnterococcusfaecalisの、ソルターゼファミリータンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_816668.1と約38の同一性、アミノ酸31~210がラクトバシラスガセリの、ソルターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784294.1と約37の同一性、そして、アミノ酸31~229がラクトコッカスラクチスLactococcuslactisのラクチスlactis亜種の推定上のタンパク質アクセッション番号NP_267269.1と約36の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号14643アミノ酸における、アミノ酸1~643がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046128.1と約34の同一性、アミノ酸2~456がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046781.1と約38の同一性、アミノ酸2~456がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964064.1と約38の同一性、アミノ酸124~602がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_00046133.1と約34の同一性、そして、アミノ酸11~428がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964062.1と約33の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号161017アミノ酸における、アミノ酸299~865がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインexoproteinであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046780.1と約27の同一性、アミノ酸273~848が発酵乳酸杆菌Lactobacillusfermentumの、Mlpタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAP41738.1と約22の同一性、アミノ酸420~862がラクトバシラスロイテリLactobacillusreuteriの、粘液結合タンパク質前駆体Mubであるタンパク質アクセッション番号gb|AAF25576.1と約23の同一性、アミノ酸487~859がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964063.1と約25の同一性、そして、アミノ酸537~865がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_786417.1と約25の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号184326アミノ酸における、アミノ酸2234~4165がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046780.1と約29の同一性、アミノ酸650~3974がラクトバシラスロイテリの、粘液結合タンパク質前駆体Mubであるタンパク質アクセッション番号gb|AAF25576.1と約23の同一性、アミノ酸1778~4164が発酵乳酸杆菌の、Mlpタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAP41738.1と約24の同一性、アミノ酸1673~2994がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046645.1と約27の同一性、アミノ酸1388~2974がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_785232.1と約25の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号201208アミノ酸における、アミノ酸725~1060がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964063.1と約64の同一性、アミノ酸7~999がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046645.1と約29の同一性、アミノ酸159~999がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965681.1と約29の同一性、アミノ酸456~1060が発酵乳酸杆菌の、Mlpタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAP41738.1と約35の同一性、アミノ酸504~1060がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046780.1と約35の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号221174アミノ酸における、アミノ酸662~1000がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_784891.1と約30の同一性、アミノ酸641~985がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の推定上のタンパク質アクセッション番号NP_268337.1と約30の同一性、アミノ酸658~1000がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046308.1と約30の同一性、アミノ酸672~1000がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965614.1と約26の同一性、そして、アミノ酸636~974がラクトバシラスロイテリの、粘液結合タンパク質前駆体Mubであるタンパク質アクセッション番号gb|AAF25576.1と約29の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号24697アミノ酸における、アミノ酸135~649がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046316.1と約25の同一性、アミノ酸185~681がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965614.1と約24の同一性、アミノ酸86~697がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046645.1と約23の同一性、アミノ酸185~615がラクトバシラスロイテリの、粘液結合タンパク質前駆体Mubであるタンパク質アクセッション番号gb|AAF25576.1と約22の同一性、アミノ酸190~630がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046308.1と約22の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号262319アミノ酸における、アミノ酸10~2010がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964063.1と約53の同一性、アミノ酸10~1552がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046780.1と約40の同一性、アミノ酸1154~2119が発酵乳酸杆菌の、Mlpタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAP41738.1と約49の同一性、アミノ酸1263~2118がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965818.1と約33の同一性、そして、アミノ酸1270~2112がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046645.1と約31の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号282650アミノ酸における、アミノ酸1~2373がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046780.1と約36の同一性、アミノ酸310~2086がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964063.1と約40の同一性、アミノ酸1702~2463が発酵乳酸杆菌の、Mlpタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAP41738.1と約42の同一性、アミノ酸1504~2513がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965818.1と約30の同一性、アミノ酸1987~2513がウシBostaurusの、ヒトHr44ウシ相同体であるタンパク質アクセッション番号emb|CAC16354.1と約32の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号30346アミノ酸における、アミノ酸2~204がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046067.1と約33の同一性、アミノ酸56~231がラクトバシラスロイテリの、粘液結合タンパク質前駆体Mubであるタンパク質アクセッション番号gb|AAF25576.1と約34の同一性、アミノ酸1~346がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964510.1と約26の同一性、アミノ酸2~344がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964406.1と約24の同一性、そして、アミノ酸2~182がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046945.1と約29の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号32294アミノ酸における、アミノ酸6~294がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046131.1と約34の同一性、アミノ酸6~293がラクトバシラスガセリの、RTX毒素及び関連のCa2結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046947.1と約29の同一性、アミノ酸6~293がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046945.1と約29の同一性、アミノ酸6~284がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046130.1と約30の同一性、そして、アミノ酸3~279がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964510.1と約30の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号34185アミノ酸における、アミノ酸3~179がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964510.1と約42の同一性、アミノ酸10~176がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046067.1と約33の同一性、アミノ酸10~177がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046946.1と約30の同一性、アミノ酸10~177がラクトバシラスガセリの、RTX毒素及び関連のCa2結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046947.1と約30の同一性、そして、アミノ酸12~177がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046945.1と約30の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号36508アミノ酸における、アミノ酸4~474がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046128.1と約30の同一性、アミノ酸9~409がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046781.1と約31の同一性、アミノ酸9~362がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964064.と約30の同一性、アミノ酸13~399がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046779.1と約29の同一性、そして、アミノ酸13~385がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964062.1と約31の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号38339アミノ酸における、アミノ酸79~286がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_784891.1と約31の同一性、アミノ酸86~285がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965614.1と約32の同一性、アミノ酸112~284がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046316.1と約34の同一性、アミノ酸178~293がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046308.1と約42の同一性、アミノ酸79~282が発酵乳酸杆菌の、Mlpタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAP41738.1と約29の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号4076アミノ酸における、アミノ酸4~75がラクトバシラスプランタルムの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_786269.1と約47の同一性、アミノ酸2~73がアセトンブタトル菌Clostridiumacetobutylicumの、HypQ3タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK11585.1と約43の同一性、アミノ酸2~73がアセトンブタトル菌の、ステロイド結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_149307.1と約43の同一性、アミノ酸1~73がメタノサルチナアセチボランスMethanosarcinaacetivoransの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_618599.1と約44の同一性、アミノ酸1~73がクロストリジウムパーフリンジェンスClostridiumperfringensの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_563415.1と約42の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号42355アミノ酸における、アミノ酸99~340が化膿連鎖球菌の、表面排除タンパク質に相同であるタンパク質アクッセッション番号NP_606538.1;NC_003485と約26の同一性、アミノ酸99~340が化膿連鎖球菌の、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_664001.1と約26の同一性、アミノ酸99~340が化膿連鎖球菌の、表面排除タンパク質に相同であるタンパク質アクッセッション番号NP268623.1;NC_002737と約26の同一性、アミノ酸116~319がエンテロコッカスフェカーリスの、表面排除タンパク質sea1前駆体であるタンパク質アクッセッション番号pir∥S22452と約23の同一性、アミノ酸116~319がエンテロコッカスフェカーリスの、表面排除タンパク質sea1であるタンパク質アクッセッション番号NP_816976.1と約23の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号44111アミノ酸における、アミノ酸1~107がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965479.1と約27の同一性、アミノ酸1~102がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046710.1と約27の同一性、アミノ酸31~108のブラウントラウトSalmotruttaの、心臓トロポミオシンであるタンパク質アクセッション番号emb|CAA91434.1と約26の同一性、アミノ酸31~94がヒトHomosapiensの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_653299.2と約31の同一性、アミノ酸33~108がマウスMusmusculusの、精巣発現遺伝子9であるタンパク質アクッセッション番号NP033385.1;NM_009359と約25の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号4666アミノ酸における、アミノ酸15~62がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046645.1と約58の同一性、アミノ酸12~60がラクトバシラスガセリの、V型分泌経路付着因子AidAであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046948.1と約58の同一性、アミノ酸15~53がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964984.1と約61の同一性、アミノ酸16~54がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046307.1と約58の同一性、アミノ酸15~52がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965682.1と約63の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号48231アミノ酸における、アミノ酸66~231がラクトバシラスガセリの、Apf1タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAO86515.1と約44の同一性、アミノ酸66~231がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00047488.1と約44の同一性、アミノ酸66~231がラクトバシルスジョンソニの、凝集促進因子であるタンパク質アクセッション番号gb|AAN78451.1と約44の同一性、アミノ酸66~231がラクトバシルスジョンソニの表面タンパク質、凝集促進因子であるタンパク質アクセッション番号NP_965551.1と約40の同一性、そして、アミノ酸66~231がラクトバシルスジョンソニの、表面タンパク質Apf1であるタンパク質アクセッション番号gb|AAN63951.1と約40の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号50120アミノ酸における、アミノ酸26~120がラクトバシラスプランタルムの、細胞外タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_786365.1と約61の同一性、アミノ酸14~120がラクトバシラスプランタルムの、細胞外タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_786209.1と約54の同一性、アミノ酸24~120がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00047488.1と約52の同一性、アミノ酸24~120がラクトバシルスジョンソニの、凝集促進因子であるタンパク質アクセッション番号gb|AAN78450.1と約54の同一性、そして、アミノ酸26~120がラクトバシルスジョンソニの、凝集促進因子であるタンパク質アクセッション番号gb|AAN64914.1と約55の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号52264アミノ酸における、アミノ酸1~94が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、ser-aspに富んだフィブリノーゲン結合性の骨シアロタンパク質結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_373774.1と約27の同一性、アミノ酸1~94が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、ser-aspに富んだフィブリノーゲン結合性の骨シアロタンパク質結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_371087.1と約27の同一性、そして、アミノ酸1~94が黄色ブドウ球菌の、フィブリノーゲン結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号pir∥T28680と約27の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号54991アミノ酸における、アミノ酸97~477が熱帯熱マラリア原虫Plasmodiumfalciparumの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_701725.1と約24の同一性、アミノ酸270~510が細胞性粘菌Dictyosteliumdiscoideumの推定上のタンパク質アクセッション番号gb|AAO51593.1と約22の同一性、アミノ酸47~452が熱帯熱マラリア原虫の、STARP抗原であるタンパク質アクセッション番号NP_703988.1と約23の同一性、アミノ酸13~401が熱帯熱マラリア原虫の推定上のタンパク質アクセッション番号NP_704588.1と約19の同一性、そして、アミノ酸44~403がフソバクテリウムヌクレアタムFusobacteriumnucleatumのヌクレアタムnucleatum亜種の、溶血素であるタンパク質アクセッション番号NP_602617.1と約23の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号56906アミノ酸における、アミノ酸1~888がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964984.1と約70の同一性、アミノ酸1~760がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046780.1と約24の同一性、アミノ酸1~645がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964063.1と約23の同一性、アミノ酸1~248がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046645.1と約29の同一性、そして、アミノ酸27~869が表皮ブドウ球菌の、連鎖球菌血球凝集素タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_765804.1と約17の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号58566アミノ酸における、アミノ酸4~564がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965038.1と約69の同一性、アミノ酸4~564がラクトバシラスガセリの、真核生物snRNPに相同なRNA結合タンパク質であることが予測されているタンパク質アクセッション番号ZP_00045959.1と約66の同一性、アミノ酸4~566がエンテロコッカスファエシウムEnterococcusfaeciumの、真核生物snRNPに相同なRNA結合タンパク質であることが予測されているタンパク質アクセッション番号ZP_00037499.1と約41の同一性、アミノ酸4~566がエンテロコッカスフェカーリスのフィブロネクチン/フィブリノーゲン結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_814975.1と約41の同一性、そして、アミノ酸4~557がラクトバシラスプランタルムの、粘着性タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_785358.1と約41の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号60444アミノ酸における、アミノ酸49~444がアシドフィルス菌の、S層タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号sp|P35829|SLAP_LACACと約90の同一性、アミノ酸49~443がラクトバシルスヘルベティカスLactobacillushelveticusの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAA62606.1と約67の同一性、アミノ酸49~443がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAB46984.1;AJ388558と約67の同一性、アミノ酸49~443がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAB46985.1と約66の同一性、そして、アミノ酸49~443がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAB46986.1と約66の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号62457アミノ酸における、アミノ酸1~457がアシドフィルス菌の、SBタンパク質であるタンパク質アクッセッション番号CAA61561.1;X89376と約88の同一性、アミノ酸1~457がアシドフィルス菌の、S層タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号sp|P35829|SLAP_LACACと約51の同一性、アミノ酸1~456がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質アクッセッション番号emb|CAB46985.1;AJ388559と約44の同一性、アミノ酸1~456がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質アクセッション番号emb|CAA62606.1であるタンパク質と約44の同一性、そして、アミノ酸1~456がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAA63409.1と約44の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号64567アミノ酸における、アミノ酸163~311がラクトバシルスクリスパトゥスLactobacilluscrispatusの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAB58734.1;AF001313と約35の同一性、アミノ酸182~311がアシドフィルス菌の、SB-タンパク質アクッセッション番号emb|CAA61561.1;X89376であるタンパク質と約37の同一性、アミノ酸163~304がラクトバシルスヘルベティカスの、プロテナーゼであるタンパク質アクッセッション番号dbj|BAB72065.1;AB061775と約34の同一性、アミノ酸27~311がアシドフィルス菌の、表層タンパク質前駆体アクセッション番号sp|P35829|SLAP_LACACであるタンパク質と約25の同一性、アミノ酸44~104がヒトHomosapiensの、ミオメシン1であるタンパク質アクッセッション番号NP_003794.1;NM_003803と約34の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号66177アミノ酸における、アミノ酸13~170がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質アクセッション番号gb|AAB58734.1であるタンパク質と約28の同一性、アミノ酸9~170がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAF68972.1と約26の同一性、アミノ酸42~162がアセトンブタトル菌の、腸管毒に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_347713.1と約26の同一性、アミノ酸62~166がラクトバシラスガセリの、グリセロホスホリルジエステルホスホジエステラーゼアクセッション番号ZP_00046260.1であるタンパク質と約26の同一性、そして、アミノ酸40~162がクロモバクテリウムビオラセウムChromobacteriumviolaceumの、rhs関連タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_900908.1と約25の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号68173アミノ酸における、アミノ酸68~135がラマLamaglamaの、免疫グロブリン重鎖可変領域であるタンパク質アクセッション番号emb|CAD22470:1と約32の同一性、アミノ酸107~171がラットRattusnorvegicusの、嗅覚受容体様タンパク質F3に相同であるタンパク質アクセッション番号XP_216832.2と約33の同一性、アミノ酸71~165がシロイヌナズナArabidopsisthalianaアクセッション番号NP_191860.1のタンパク質と約27の同一性、アミノ酸71~160が環境配列アクセッション番号gb|EAD49084.1と約29の同一性、そして、アミノ酸80~157が細胞性粘菌のタンパク質アクセッション番号gb|AAO51562.1と約26の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号70292アミノ酸における、アミノ酸2~292がアシドフィルス菌の、表層タンパク質であるタンパク質アクッセッション番号gb|AAF65561.1;AF250229と約66の同一性、アミノ酸8~291がアシドフィルス菌の、S層タンパク質前駆体アクッセッション番号sp|P35829;SLAP_LACACであるタンパク質と約28の同一性、アミノ酸178~291がアシドフィルス菌の、SB-タンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAA61561.1;X89376と約42の同一性、アミノ酸137~291がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAB58734.1;AF001313と約37の同一性、アミノ酸90~291がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAF68972.1;AF253044と約32の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号72216アミノ酸における、アミノ酸35~128がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAB58734.1;AF001313と約27の同一性、アミノ酸35~128がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質アクセッション番号dbj|BAC76687.1であるタンパク質と約27の同一性、アミノ酸35~128がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAF68972.1と約28の同一性、アミノ酸41~126が環境配列アクセッション番号gb|EAG77017.1と約31の同一性、そして、アミノ酸45~169が環境配列アクセッション番号gb|EAC33545.1と約28の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号74359アミノ酸における、アミノ酸34~228がサイトファガフチンソニCytophagahutchinsoniiの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00118765.1と約27の同一性、アミノ酸3~160がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号dbj|BAC76687.1と約28の同一性、アミノ酸98~256がデルブリュック菌Lactobacillusdelbrueckiiブルガリカスbulgaricus亜種の、ラクトセピンlactocepinEC3.4.21.96前駆体アクセッション番号pir∥JJC6032であるタンパク質と約26の同一性、アミノ酸4~160がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAB58734.1と約27の同一性、アミノ酸3~160がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAF68972.1と約28の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号761676アミノ酸における、アミノ酸926~1528がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965634.1と約42の同一性、アミノ酸839~1528がストレプトコッカスアガラクティエの、表面タンパク質R28であるタンパク質アクセッション番号gb|AAD39085.1;AF091393と約40の同一性、アミノ酸839~1528がストレプトコッカスアガラクティエの、表面タンパク質Ribであるタンパク質アクセッション番号NP_687467.1と約39の同一性、アミノ酸839~1528がストレプトコッカスアガラクティエの、ribタンパク質であるタンパク質アクセッション番号pir∥T28681と約39の同一性、そして、アミノ酸752~1528がエンテロコッカスファエシウムの、表面タンパク質前駆体に相同であるタンパク質アクセッション番号emb|CAD32315.1と約33の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号781924アミノ酸における、アミノ酸921~1796がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965634.1と約44の同一性、アミノ酸807~1923が化膿連鎖球菌の、表面タンパク質R28であるタンパク質アクセッション番号gb|AAD39085.1と約29の同一性、アミノ酸807~1923がストレプトコッカスアガラクティエの、表面タンパク質Ribであるタンパク質アクセッション番号NP_687467.1と約30の同一性、アミノ酸807~1923がストレプトコッカスアガラクティエの、ribタンパク質であるタンパク質アクセッション番号pir∥T28681と約30の同一性、アミノ酸984~1812が発酵乳酸杆菌の、Rlpタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAP41737.1と約31の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号80353アミノ酸における、アミノ酸128~344がヘモフィルスソムヌスHaemophilussomnusの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質アクセッション番号ZP_00133279.1と約22の同一性、アミノ酸128~344がヘモフィルスソムヌスの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質アクセッション番号ZP_00133280.1と約22の同一性、アミノ酸137~278が環境配列アクセッション番号gb|EAC64082.1と約26の同一性、そして、アミノ酸84~250が環境配列アクセッション番号gb|EAJ12295.1と約27の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号82364アミノ酸における、アミノ酸33~222がリステリアイノクアListeriainnocuaの、自己溶菌酵素、アミダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_472032.1と約46の同一性、アミノ酸49~237がリステリア菌Listeriamonocytogenesの、自己溶菌酵素、アミダーゼであるタンパク質アクセッション番号gb|AAC46384.1と約45の同一性、アミノ酸49~237がリステリア菌の、自己溶菌酵素、アミダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_466081.1と約45の同一性、アミノ酸49~237がリステリア菌の、AMIタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAC45605.1と約45の同一性、そして、アミノ酸49~299がリステリア菌の、Ami4bタンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAC20640.1;AJ276390と約39の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号84334アミノ酸における、アミノ酸1~333がラクトバシルスジョンソニの、桿形態決定タンパク質MreBであるタンパク質アクセッション番号NP_964817.1と約87の同一性、アミノ酸23~333がラクトバシラスガセリの、細胞形態形成に関与するアクチン様ATPアーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047434.1と約86の同一性、アミノ酸1~331がラクトバシラスプランタルムの、細胞形態決定タンパク質MreBであるタンパク質アクセッション番号NP_785793.1と約75の同一性、アミノ酸2~331がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、細胞形態形成に関与するアクチン様ATPアーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063690.1と約66の同一性、そして、アミノ酸1~333がリステリアイノクアの、細胞形態決定タンパク質MreBに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_470919.1と約66の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号86329アミノ酸における、アミノ酸1~329がラクトバシルスジョンソニの、mreB様タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_964798.1と約86の同一性、アミノ酸1~329がラクトバシラスガセリの、細胞形態形成に関与するアクチン様ATPアーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046248.1と約86の同一性、アミノ酸1~325がラクトバシラスプランタルムの、細胞形態決定タンパク質MreBであるタンパク質アクセッション番号NP_785826.1と約65の同一性、アミノ酸1~328がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、細胞形態形成に関与するアクチン様ATPアーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063606.1と約65の同一性、そして、アミノ酸2~328が炭疽菌Bacillusanthracisの、mblタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_847679.1と約64の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号88283アミノ酸における、アミノ酸1~281がラクトバシラスガセリの、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047435.1と約64の同一性、アミノ酸1~281がラクトバシルスジョンソニの、桿形態決定タンパク質MreCであるタンパク質アクセッション番号NP_964818.1と約63の同一性、アミノ酸1~279がラクトバシラスプランタルムの、細胞形態決定タンパク質MreCであるタンパク質アクセッション番号NP_785792.1と約42の同一性、アミノ酸1~279がエンテロコッカスファエシウムの、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00037396.1と約38の同一性、アミノ酸33~281がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063689.1と約41の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号90179アミノ酸における、アミノ酸1~171がラクトバシルスジョンソニの、桿形態決定タンパク質MreDであるタンパク質アクセッション番号NP_964819.1と約42の同一性、アミノ酸15~171がラクトバシラスガセリの、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047436.1と約39の同一性、アミノ酸6~159がラクトバシラスプランタルムの、細胞形態決定タンパク質MreDであるタンパク質アクセッション番号NP_785791.1と約26の同一性、アミノ酸3~122がオセアノバチラスイヘエンシスOceanobacillusiheyensisの、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_692972.1と約28の同一性、そして、アミノ酸11~132がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_268387.1と約29の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号92397アミノ酸における、アミノ酸1~397がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964801.1と約61の同一性、アミノ酸1~397がラクトバシラスガセリの、細胞分裂膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046251.1と約60の同一性、アミノ酸13~392がラクトバシラスプランタルムの、桿形態決定タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_785823.1と約50の同一性、アミノ酸5~384がエンテロコッカスフェカーリスの、FtsW/RodA/SpoVEファミリーの細胞分裂タンパク質であるタンパク質アクッセッション番号NP_816148.1と約41の同一性、そして、アミノ酸16~368がラクトバシラスプランタルムの、桿形態決定タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_785596.1と約41の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号94437アミノ酸における、アミノ酸1~437がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルムラミン酸-アラニンリガーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046723.1と約91の同一性、アミノ酸1~437がラクトバシルスジョンソニの、UDP-N-アセチルムラミン酸-アラニンリガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965470.1と約91の同一性、アミノ酸2~434がラクトバシラスプランタルムの、UDP-N-アセチルムラミン酸-アラニンリガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785073.1と約56の同一性、アミノ酸5~437がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、UDP-N-アセチルムラミン酸-アラニンリガーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00064100.1と約56の同一性、アミノ酸4~437がエンテロコッカスフェカーリスの、UDP-N-アセチルムラミン酸-アラニンリガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_815590.1と約51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号96452アミノ酸における、アミノ酸3~452がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046234.1と約87の同一性、アミノ酸3~452がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964783.1と約86の同一性、アミノ酸3~452がラクトバシラスプランタルムの、UDP-N-アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_785844.1と約55の同一性、アミノ酸3~452がエンテロコッカスフェカーリスの、murリガーゼファミリータンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_816226.1と約50の同一性、そして、アミノ酸3~451がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、UDP-N-アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063654.1と約51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号98532アミノ酸における、アミノ酸11~528がラクトバシルスジョンソニの、UDP-N-アセチルムラモイル-L-アラニル-D-グルタミル-リジンライゲースであるタンパク質アクセッション番号NP_965690.1と約83の同一性、アミノ酸11~528がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046637.1と約83の同一性、アミノ酸10~524がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、UDP-N-アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00062837.1と約44の同一性、アミノ酸24~522がエンテロコッカスファエシウムの、UDP-N-アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036035.1と約43の同一性、そして、アミノ酸10~522がエンテロコッカスフェカーリスの、UDP-N-アセチルムラモイルアラニル-D-グルタミン酸-2,6-ジアミノピメリン酸リガーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_814420.1と約42の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号100459アミノ酸における、アミノ酸1~459がラクトバシルスジョンソニの、UDP-N-アセチルムラモイルアラニル-D-グルタミン酸リガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964826.1と約78の同一性、アミノ酸89~459がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルムラモイルアラニル-D-グルタミン酸リガーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046265.1と約80の同一性、アミノ酸1~456が炭疽菌の、UDP-N-アセチルムラモイルアラニル-D-グルタミン酸リガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_846291.1と約49の同一性、アミノ酸1~456がバチルスセレウスBacilluscereusの、UDP-N-アセチルムラモイルアラニル-D-グルタミン酸リガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_980253.1と約49の同一性、そして、アミノ酸1~456がバチルスセレウスの、UDP-N-アセチルムラモイルアラニル-D-グルタミン酸リガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_833632.1と約49の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号102368アミノ酸における、アミノ酸1~364がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルグルコサミン:LPSN-アセチルグルコサミントランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046266.1と約79の同一性、アミノ酸1~366がラクトバシルスジョンソニの、UDP-N-アセチルグルコサミンN-アセチルムラモイル-ペンタペプチドピロホスホリル-ウンデカプレノールN-アセチルグルコサミントランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964827.1と約78の同一性、アミノ酸1~366がラクトバシラスプランタルムの、UDP-N-アセチルグルコサミンN-アセチルムラモイル-ペンタペプチドピロホスホリル-ウンデカプレノールN-アセチルグルコサミントランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785692.1と約49の同一性、アミノ酸1~368がバシラスハロデドランBacillushaloduransの、UDP-N-アセチルグルコサミン-N-アセチルムラモイル-ペンタペプチドピロホスホであるタンパク質アクセッション番号NP_243431.1と約46の同一性、そして、アミノ酸1~366がエンテロコッカスヒラエEnterococcushiraeの、UDP-N-アセチルグルコサミンN-アセチルムラモイル-ペンタペプチドピロホスホリル-ウンデカプレノールN-アセチルグルコサミントランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号sp|O07670|MURG_ENTHRと約47の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号104322アミノ酸における、アミノ酸4~322がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルムラモイルペンタペプチドホスホトランスフェラーゼ/UDP-N-アセチルグルコサミン-1-リン酸トランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047442.1と約67の同一性、アミノ酸4~322がラクトバシルスジョンソニの、ホスホ-N-アセチルムラモイル-ペンタペプチド-トランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964825.1と約67の同一性、アミノ酸11~319がラクトバシラスプランタルムの、ホスホ-N-アセチルムラモイル-ペンタペプチド-トランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785694.1と約49の同一性、アミノ酸9~320がエンテロコッカスファエシウムの、UDP-N-アセチルムラモイルペンタペプチドホスホトランスフェラーゼ/UDP-N-アセチルグルコサミン-1-リン酸トランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00037828.1と約47の同一性、そして、アミノ酸9~320がエンテロコッカスフェカーリスの、ホスホ-N-アセチルムラモイルペンタペプチドトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_814728.1と約47の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号106215アミノ酸における、アミノ酸15~214がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965527.1と約54の同一性、アミノ酸15~214がラクトバシラスガセリの、ムラミダーゼベン毛特異的であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046365.1と約54の同一性、アミノ酸1~215がリステリア菌の、N-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼ自己溶菌酵素に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_464740.1と約42の同一性、アミノ酸1~215がリステリアイノクアの、N-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼ自己溶菌酵素に相同であるタンパク質アクッセッション番号NP_470515.1;NC_003212と約42の同一性、そして、アミノ酸71~215がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、N-アセチルムラミダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_267521.1と約53の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号108409アミノ酸における、アミノ酸1~262がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964171.1と約43の同一性、アミノ酸26~257がリステリア菌の、自己溶菌酵素EC3.5.1.28、N-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_464601.1と約39の同一性、アミノ酸16~236がリステリアイノクアの、自己溶菌酵素、N-アセチルムラミダーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_472166.1と約38の同一性、アミノ酸16~274がリステリア菌の、自己溶菌酵素、N-アセチルムラミダーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_466213.1と約34の同一性、そして、アミノ酸40~222がエンテロコッカスファエシウムの、グリコシダーゼGlyAに相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK72496.1と約39の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号110153アミノ酸における、アミノ酸105~152がエノコッカスエニOenococcusoeniの、ムラミダーゼベン毛特異的であるタンパク質アクセッション番号ZP_00069384.1と約47の同一性、アミノ酸108~150が枯草菌Bacillussubtilisの、N-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_389164.1;NC_000964と約53の同一性、アミノ酸104~150がクロロフレクサスアウランティアクスChloroflexusaurantiacusの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00019741.1と約48の同一性、アミノ酸107~152がデイノコッカスラジオデュランスDeinococcusradioduransの、細胞壁タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_294634.1と約54の同一性、アミノ酸109~152がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、N-アセチルムラミダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_266697:1と約47の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号112360アミノ酸における、アミノ酸1~360がラクトバシラスガセリの、D-アラニン-D-アラニンリガーゼ及び関連のATP捕捉酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047036.1と約71の同一性、アミノ酸1~360がラクトバシルスジョンソニの、D-アラニン-D-アラニンリガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964124.1と約71の同一性、アミノ酸3~348が大腸菌Escherichiacoliの、D-アラニン-D-アラニンリガーゼAであるタンパク質アクセッション番号NP_308458.1と約41の同一性、アミノ酸3~348が大腸菌の、D-アラニン-D-アラニンリガーゼAであるタンパク質アクセッション番号NP_752421.1と約41の同一性、アミノ酸4~348がオセアノバチラスイヘエンシスOceanobacillusiheyensisの、D-アラニン-D-アラニンリガーゼAであるタンパク質アクセッション番号NP_692227.1と約39の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号114327アミノ酸における、アミノ酸29~326がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965730.1と約41の同一性、アミノ酸79~326がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046598.1と約43の同一性、アミノ酸58~165がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046597.1と約43の同一性、そして、アミノ酸141~187がクロストリジウムパーフリンジェンスの、細胞分裂タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_561266.1と約38の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号116455アミノ酸における、アミノ酸1~454がラクトバシルスジョンソニの、UDP-N-アセチルムラモイルアラニル-D-グルタミル-2,6-ジアミノピメリン酸-D-アラニル-D-アラニルリガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964286.1と約77の同一性、アミノ酸150~454がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルムラモイルペンタペプチドシンターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047007.1と約79の同一性、アミノ酸1~454がラクトバシラスプランタルムの、UDP-N-アセチルムラモイルアラニル-D-グルタミル-2,6-ジアミノピメリン酸-D-アラニル-D-アラニルリガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784298.1と約54の同一性、アミノ酸1~454がエンテロコッカスフェカーリスの、UDP-N-アセチルムラモイルアラニル-D-グルタミル-2,6-ジアミノピメリン酸-D-アラニル-D-アラニルリガーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_814587.1と約46の同一性、そして、アミノ酸1~454が化膿連鎖球菌の、D-Ala-D-Ala付加酵素に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_269511.1と約43の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号118432アミノ酸における、アミノ酸1~426がラクトバシラスプランタルムの、セリン型D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_786467.1と約40の同一性、アミノ酸37~317がラクトバシルスジョンソニの、D-アラニル-D-アラニンカルボキシペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964537.1と約51の同一性、アミノ酸37~317がラクトバシラスガセリの、D-アラニル-D-アラニンカルボキシペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047293.1と約49の同一性、アミノ酸5~430が枯草菌の、D-アラニル-D-アラニンカルボキシペプチダーゼペニシリン結合タンパク質5であるタンパク質アクセッション番号NP_387891.1と約38の同一性、アミノ酸56~430が枯草菌の、ペニシリン結合タンパク質5であるタンパク質アクセッション番号gb|AAA22375.1と約40の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号120441アミノ酸における、アミノ酸11~430がラクトバシルスジョンソニの、UDP-N-アセチルグルコサミン1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ1であるタンパク質アクセッション番号NP_964240.1と約88の同一性、アミノ酸11~382がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルグルコサミン1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ1であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047072.1と約90の同一性アミノ酸11~435がラクトバシラスプランタルムの、UDP-N-アセチルグルコサミン1-カルボキシビニルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784290.1と約64の同一性、アミノ酸11~429がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、UDP-N-アセチルグルコサミンエノールピルビルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063218.1と約62の同一性、そして、アミノ酸11~436がエンテロコッカスフェカーリスの、UDP-N-アセチルグルコサミン1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ2であるタンパク質アクセッション番号NP_814899.1と約58の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号122459アミノ酸における、アミノ酸1~459がラクトバシラスジョンソニの、UDP-N-アセチルグルコサミン-1-リン酸ウリジルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964224.1と約82の同一性、アミノ酸1~459がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルグルコサミン-1-リン酸ウリジルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047088.1と約81の同一性、アミノ酸3~453がラクトバシラスプランタルムの、UDP-N-アセチルグルコサミンピロホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784257.1と約62の同一性、アミノ酸3~457がエンテロコッカスフェカーリスの、UDP-N-アセチルグルコサミンピロホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_813869.1と約61の同一性、そして、アミノ酸1~453がストレプトコッカスアガラクティエの、UDP-N-アセチルグルコサミンピロホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_688532.1と約56の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号124244アミノ酸における、アミノ酸1~239がラクトバシルスジョンソニの、ウンデカプレニルピロリン酸シンテターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965298.1と約69の同一性、アミノ酸1~239がラクトバシラスガセリの、ウンデカプレニルピロリン酸シンターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046589.1と約68の同一性、アミノ酸10~242がエノコッカスエニOenococcusoeniの、ウンデカプレニルピロリン酸シンターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00070158.1と約57の同一性、アミノ酸10~237がリステリアイノクアの、ウンデカプレニル二リン酸シンターゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_470688.1と約59の同一性、そして、アミノ酸10~242がエンテロコッカスフェカーリスの、ウンデカプレニル二リン酸シンターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_816141.1と約56の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号126389アミノ酸における、アミノ酸1~377がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルムラモイルペンタペプチドホスホトランスフェラーゼ/UDP-N-アセチルグルコサミン-1-リン酸トランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046896.1と約72の同一性、アミノ酸1~377がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964696.1と約72の同一性、アミノ酸1~375がデルブリュック菌の、RgpGタンパク質であるタンパク質アクセッション番号、gb|AAK00329.1と約72の同一性、アミノ酸2~355がラクトバシラスプランタルムの、ウンデカプレニル-リン酸N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784485.1と約54の同一性、そして、アミノ酸1~358がエンテロコッカスフェカーリスの、グリコシルトランスフェラーゼ、グループ4ファミリータンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_815860.1と約51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号128313アミノ酸におけるアミノ酸51~311がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965759.1と約38の同一性、アミノ酸51~311がラクトバシラスガセリの、ベータラクタマーゼクラスC及び他のペニシリン結合タンパク質ファミリーに属するタンパク質アクセッション番号ZP_00046847.1と約38の同一性、アミノ酸30~296がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_814494.1と約31の同一性、アミノ酸12~290がラクトバシラスプランタルムの、セリン型D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785548.1と約31の同一性、そして、アミノ酸38~289がエンテロコッカスファエシウムの、ベータ-ラクタマーゼクラスC及び他のペニシリン結合タンパク質ファミリーに属するタンパク質アクセッション番号ZP_0.0035472.1と約33の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号130374アミノ酸における、アミノ酸49~304がデルブリュック菌ブルガリカスbulgaricus亜種の、保存されている推定上のペニシリン結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAM22482.1と約51の同一性、アミノ酸67~362がラクトバシラスプランタルムの、セリン型D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784838.1と約30の同一性、アミノ酸が46~371ストレプトコッカスアガラクティエStreptococcusagalactiaeの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_735091.1と約24の同一性、アミノ酸46~371がストレプトコッカスアガラクティエの、リポタンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_687676.1と約24の同一性、そして、アミノ酸48~346がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_814494.1と約27の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号132702アミノ酸における、アミノ酸1~699がラクトバシルスジョンソニの、ペニシリン結合タンパク質2Bであるタンパク質アクセッション番号NP_965426.1と約69の同一性、アミノ酸22~699がラクトバシラスガセリの、細胞分裂タンパク質FtsI/ペニシリン結合タンパク質2であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046928.1と約71の同一性、アミノ酸1~700がラクトバシラスプランタルムの、ペニシリン結合タンパク質2Bであるタンパク質アクセッション番号NP_785166.1と約44の同一性、アミノ酸19~699がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質2Bであるタンパク質アクセッション番号NP_816479.1と約39の同一性、そして、アミノ酸12~702がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、細胞分裂タンパク質FtsI/ペニシリン結合タンパク質2であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063639.1と約37の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号134704アミノ酸における、アミノ酸34~704がラクトバシルスジョンソニの、ペニシリン結合タンパク質1Fであるタンパク質アクセッション番号NP_965485.1と約75の同一性、アミノ酸34~704がラクトバシラスガセリの、膜カルボキシペプチダーゼペニシリン結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046704.1と約74の同一性、アミノ酸34~703がラクトバシラスプランタルムの、ペニシリン結合タンパク質2aであるタンパク質アクセッション番号NP_785034.1と約53の同一性、アミノ酸24~699がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質2aであるタンパク質アクセッション番号NP_814430.1と約47の同一性、そして、アミノ酸61~704がリステリア菌の、ペニシリン結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_465753.1と約47の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号136343アミノ酸における、アミノ酸26~337がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965496.1と約68の同一性、アミノ酸26~338がラクトバシラスガセリの、ベータラクタマーゼクラスC及び他のペニシリン結合タンパク質ファミリーに属するタンパク質アクセッション番号ZP_00046698.1と約67の同一性、アミノ酸27~178がラクトバシラスロイテリの、ペニシリン結合タンパク質クラスCのfmt様タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAP97059.1と約67の同一性、アミノ酸27~343がミュータンス連鎖球菌Streptococcusmutansの、ペニシリン結合タンパク質クラスCのfmt様タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_721297.1と約29の同一性、そして、アミノ酸39~323がストレプトコッカスアガラクティエの、リポタンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_687676.1と約30の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号138776アミノ酸における、アミノ酸1~679がラクトバシラスガセリの、膜カルボキシペプチダーゼペニシリン結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00045945.1と約71の同一性、アミノ酸1~680がラクトバシルスジョンソニの、ペニシリン結合タンパク質1Aであるタンパク質アクセッション番号NP_965052.1と約71の同一性、アミノ酸19~688がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、膜カルボキシペプチダーゼペニシリン結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZF_00064357.1と約45の同一性、アミノ酸1~688がラクトバシラスプランタルムの、ペニシリン結合タンパク質1aアクセッション番号NP_785323.1であるタンパク質と約45の同一性、そして、アミノ酸20~651がエンテロコッカスファエシウムの、膜カルボキシペプチダーゼペニシリン結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00035508.1と約45の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号140218アミノ酸における、アミノ酸7~217がラクトバシラスガセリの、リコンビナーゼに相同なペニシリン結合タンパク質関連因子Aであるタンパク質アクセッション番号ZP_00045946.1と約72の同一性、アミノ酸7~212がラクトバシルスジョンソニの、組換えタンパク質RecUであるタンパク質アクセッション番号NP_965051.1と約74の同一性、アミノ酸7~213がエンテロコッカスヒラエの、ペニシリン結合タンパク質関連因子Aであるタンパク質アクセッション番号emb|CAC21567.1と約53の同一性、アミノ酸7~212がラクトバシラスプランタルムの、組換えタンパク質RecUであるタンパク質アクセッション番号NP_785324.1と約57の同一性、アミノ酸7~213がエンテロコッカスファエシウムの、リコンビナーゼに相同なペニシリン結合タンパク質関連因子Aであるタンパク質アクセッション番号ZP_00035507.1と約52の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号142364アミノ酸における、アミノ酸48~290がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、保存されている推定上のペニシリン結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAM22482.1と約46の同一性、アミノ酸37~337がラクトバシラスプランタルムの、セリン型D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784838.1と約30の同一性、アミノ酸19~336がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_814494.1と約27の同一性、アミノ酸78~299がミュータンス連鎖球菌の、ペニシリン結合タンパク質クラスC、fmt様タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_721297.1と約31の同一性、そして、アミノ酸48~336がラクトバシラスプランタルムの、セリン型D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785548.1と約27の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号144369アミノ酸における、アミノ酸46~299がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、保存されている推定上のペニシリン結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAM22482.1と約46の同一性、アミノ酸16~350がラクトバシラスプランタルムの、セリン型D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784838.1と約30の同一性、アミノ酸26~362が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、自己融解及びメチシリン耐性に関連したタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_371581.1と約29の同一性、アミノ酸22~304が表皮ブドウ球菌の、自己融解及びメチシリン耐性に関連したタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_764309.1と約28の同一性、そして、アミノ酸16~341がラクトバシラスプランタルムの、セリン型D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785548.1と約28の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号146720アミノ酸における、アミノ酸14~719がラクトバシラスガセリの、細胞分裂タンパク質FtsI/ペニシリン結合タンパク質2であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047441.1と約60の同一性、アミノ酸14~719がラクトバシルスジョンソニの、ペニシリン結合タンパク質2Bであるタンパク質アクセッション番号NP_964824.1と約60の同一性、アミノ酸42~719がラクトバシラスプランタルムの、ペニシリン結合タンパク質2Bであるタンパク質アクセッション番号NP_785695.1と約43の同一性、アミノ酸42~718がリステリアイノクアの、ペニシリン結合タンパク質2Bに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_471479.1と約39の同一性、そして、アミノ酸42~718がリステリア菌の、ペニシリン結合タンパク質2Bに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_465563.1と約38の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号148504アミノ酸における、アミノ酸1~503がラクトバシルスジョンソニの、D-アラニン活性化酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_965763.1と約74の同一性、アミノ酸1~503がラクトバシラスガセリの、非リボソームペプチドシンセターゼモジュール及び関連のタンパク質ファミリーに属するタンパク質アクセッション番号ZP_00046843.1と約73の同一性、アミノ酸1~503がラクトバシラスプランタルムの、D-アラニン活性化酵素DltAであるタンパク質アクセッション番号NP_785546.1と約53の同一性、アミノ酸1~503がラクトバシラスラムノサスLactobacillusrhamnosusの、D-アラニン-ポリホスホリビトールリガーゼサブユニット1D-アラニン活性化酵素であるタンパク質アクセッション番号sp|P35854|DLTA_LACRHと約51の同一性、そして、アミノ酸1~504がストレプトコッカスアガラクティエの、D-アラニン活性化酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_688780.1と約49の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号150412アミノ酸における、アミノ酸6~412がラクトバシラスガセリの、D-アラニンの搬出に関与する推定上の膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046844.1と約70の同一性、アミノ酸6~412がラクトバシルスジョンソニの、DltBタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_965762.1と約70の同一性、アミノ酸6~410がラクトバシラスプランタルムの、D-アラニル輸送タンパク質DltBであるタンパク質アクセッション番号NP_785545.1と約58の同一性、アミノ酸4~409がエンテロコッカスフェカーリスの、塩基性膜タンパク質DtlBであるタンパク質アクセッション番号NP_816377.1と約55の同一性、そして、アミノ酸6~409がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、D-アラニンの搬出に関与する推定上の膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00064054.1と約51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号15279アミノ酸における、アミノ酸1~79がラクトバシルスジョンソニの、D-アラニル担体タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_965761.1と約81の同一性、アミノ酸1~79がラクトバシラスガセリの、アシル担体タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046845.1と約79の同一性、アミノ酸1~73がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、アシル担体タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00064053.1と約63の同一性、アミノ酸2~77がラクトバシラスプランタルムの、D-アラニル担体タンパク質DltCであるタンパク質アクセッション番号NP_785544.1と約67の同一性、そして、アミノ酸2~77がラクトバシラスプランタルムの、D-アラニル担体タンパク質DltCであるタンパク質アクセッション番号NP_785028.1と約64の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号154428アミノ酸における、アミノ酸1~428がラクトバシルスジョンソニの、DltD前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_965760.1と約58の同一性、アミノ酸1~428がラクトバシラスガセリの、リポテイコ酸及び細胞壁タイコ酸のD-アラニンエステル化に関与するタンパク質D-アラニン輸送タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046846.1と約58の同一性、アミノ酸1~409がラクトバシラスプランタルムの、D-アラニル輸送タンパク質DltDであるタンパク質アクセッション番号NP_785543.1と約50の同一性、アミノ酸1~410がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、リポテイコ酸及び細胞壁タイコ酸のD-アラニンエステル化に関与するタンパク質D-アラニン輸送タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00064052.1と約46の同一性、そして、アミノ酸5~408がミュータンス連鎖球菌の、膜外タンパク質DltDに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_722019.1と約45の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号156477アミノ酸における、アミノ酸1~473がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964890.1と約74の同一性、アミノ酸1~474がラクトバシラスガセリの、O抗原及びタイコ酸の搬出に関与する膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00045854.1と約74の同一性、アミノ酸1~470が高温性連鎖球菌Streptococcusthermophilusの、cpsUタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAM93406.1と約46の同一性、アミノ酸1~470が高温性連鎖球菌の、EpsIタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK61904.1と約46の同一性、そして、アミノ酸1~470が高温性連鎖球菌の、EpsUタンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAB52225.1と約46の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号158174アミノ酸における、アミノ酸1~174がラクトバシラスガセリの、UDP-ガラクトピラノースムターゼアクセッション番号ZP_00045853.1であるタンパク質と約83の同一性、アミノ酸1~172がラクトバシルスジョンソニの、UDP-ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964888.1と約83の同一性、アミノ酸1~169がラクトバシラスプランタルムの、UDP-ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784842.1と約74の同一性、アミノ酸1~172がラクトバシラスプランタルムの、UDP-ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784882.1と約69の同一性、そして、アミノ酸1~172が高温性連鎖球菌の、EpsJタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK61905.1と約63の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号160133アミノ酸における、アミノ酸2~133がラクトバシルスジョンソニの、UDP-ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964888.1と約88の同一性、アミノ酸4~133がラクトバシラスプランタルムの、UDP-ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784842.1と約79の同一性、アミノ酸4~133がラクトバシラスプランタルムの、UDP-ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784882.1と約78の同一性、アミノ酸1~133が肺炎連鎖球菌Streptococcuspneumoniaeの、Glf様のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAL68431.1と約73の同一性、そして、アミノ酸1~133が高温性連鎖球菌の、EpsJタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK61905.1と約70の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号162431アミノ酸が、アミノ酸1~375が肺炎連鎖球菌の、多糖ポリメラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAC44966.1と約22の同一性、アミノ酸1~368が肺炎連鎖球菌の、多糖ポリメラーゼCps19aIであるタンパク質アクセッション番号gb|AAC78671.1と約22の同一性、アミノ酸4~376が肺炎連鎖球菌の、Wzyタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK20689.1と約24の同一性、アミノ酸4~376が肺炎連鎖球菌の、多糖ポリメラーゼCps6aIに相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAL68424.1と約24の同一性、そして、アミノ酸4~376が肺炎連鎖球菌の、多糖ポリメラーゼCps6aIに相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAL82786.1と約24の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号164346アミノ酸における、アミノ酸35~251が肺炎連鎖球菌の、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクッセッション番号emb|CAA07401.1;AJ006986と約35の同一性、アミノ酸36~305が肺炎連鎖球菌の、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号emb|CAB59291.1;AJ131984と約32の同一性、アミノ酸4~272がアセトンブタトル菌の、細胞壁生合成に関与するグリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクッセッション番号NP_348116.1;NC_003030と約33の同一性、アミノ酸4~254がビフィドバクテリウムロングムBifidobacteriumlongumの、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_695639.1と約31の同一性、そして、アミノ酸4~254がビフィドバクテリウムロングムの、細胞壁生合成に関与するグリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00120907.1と約31の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号166218アミノ酸における、アミノ酸8~151が環境配列アクセッション番号gb|EAF15712.1と約29の同一性、アミノ酸38~139がヘリコバクターヘパティカスHelicobacterhepaticusの推定上の、タンパク質アクセッション番号NP_860377.1と約26の同一性、アミノ酸13~166が環境配列アクセッション番号gb|EAB88932.1と約24の同一性、アミノ酸51~155が環境配列アクセッション番号gb|EAD88260.1と約27の同一性、そして、アミノ酸2~167が環境配列アクセッション番号gb|EAF01752.1と約24の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号168173アミノ酸における、アミノ酸30~108が環境配列アクセッション番号gb|EAJ18143.1と約29の同一性、アミノ酸30~108が環境配列アクセッション番号gb|EAK67508.1と約29の同一性、アミノ酸8~134が環境配列アクセッション番号gb|EAD63991.1と約23の同一性、アミノ酸38~173がシロイヌナズナの、F-ボックスファミリータンパク質アクセッション番号NP_178986.1であるタンパク質と約23の同一性、そして、アミノ酸47~155がホトラブダスルミネッセンスPhotorhabdusluminescensのラウモンジlaumondii亜種の、マルトデキストリンホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_927823.1と約25の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号170293アミノ酸における、アミノ酸3~293がラクトバシルスジョンソニの推定上の、タンパク質アクセッション番号NP_964886.1と約39の同一性、アミノ酸5~293がエノコッカスエニOenococcusoeniの、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号ZP_00069921.1と約38の同一性、アミノ酸3~290がロイコノストックメセンテロイデスLeuconostocmesenteroidesのメセンテロイデスmesenteroides亜種の、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号ZP_00064030.1と約36の同一性、アミノ酸4~292がサーモアナエロバクテリウムサーモサッカロリティカムThermoanaerobacteriumthermosaccharolyticumの、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAR85515.1と約33の同一性、そして、アミノ酸4~265がピロコッカスヒロコシPyrococcushorikoshiiの推定上の、タンパク質アクセッション番号NP_142407.1と約32の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号172257アミノ酸における、アミノ酸1~257がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964882.1と約75の同一性、アミノ酸1~257がラクトバシラスプランタルムの、多糖生合成タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_784889.1と約49の同一性、アミノ酸1~249がラクトバシラスプランタルムの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784846.1と約51の同一性、アミノ酸1~249がエノコッカスエニOenococcusoeniの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00069922.1と約44の同一性、そして、アミノ酸2~228が高温性連鎖球菌の、EpsFタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK61900.1と約46の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号174217アミノ酸における、アミノ酸1~217がラクトバシラスガセリの、リポ多糖合成に関与する糖転移酵素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00045843.1と約73の同一性,アミノ酸1~217がラクトバシルスジョンソニの、ウンデカプレニル-リン酸ガラクトースホスホトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964881.1と約71の同一性、アミノ酸9~215がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、ホスホグルコシルトランスフェラーゼEpsEであるタンパク質アクセッション番号gb|AAG44709.1と約70の同一性、アミノ酸18~217がラクトバシラスラムノサスの、ウンデカプレニル-リン酸グリコシル-1-リン酸トランスフェラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK63832.1と約66の同一性、そして、アミノ酸7~217がラクトバシラスプランタルムの、プライミンググリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784894.1と約60の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号176256アミノ酸における、アミノ酸1~255がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、EpsDタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAG44708.1;AF267127と約68の同一性、アミノ酸1~256がラクトバシルスガセリの、莢膜多糖生合成タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00045842.1と約67の同一性、アミノ酸1~256がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964880.1と約66の同一性、アミノ酸3~250がラクトバシラスラムノサスの、EpsBタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK64289.1と約57の同一性、そして、アミノ酸3~256がラクトバシラスプランタルムの、細胞外多糖生合成タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_784865.1と約45の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号178260アミノ酸における、アミノ酸5~225がラクトバシルスジョンソニの、チロシンプロテインキナーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_964879.1と約66の同一性、アミノ酸5~225がラクトバシラスガセリの、染色体分配に関与するATPアーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00045840.1と約65の同一性、アミノ酸1~228がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、EpsCタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAG44707.1と約57の同一性、アミノ酸1~226がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、染色体分配に関与するATPアーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063784.1と約51の同一性、そして、アミノ酸5~230がオセアノバチラスイヘエンシスOceanobacillusiheyensisの、莢膜多糖生合成タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_693822.1と約46の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号180291アミノ酸における、アミノ酸1~288がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964878.1と約51の同一性、アミノ酸2~289がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、EpsBタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAG44706.1と約50の同一性、アミノ酸74~291がラクトバシラスガセリの、莢膜多糖生合成タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00045839.1と約51の同一性、アミノ酸9~279がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、莢膜多糖生合成タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063785.1と約35の同一性、そして、アミノ酸8~284がラクトバシラスプランタルムの、細胞外多糖生合成タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_784863.1と約31の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号182351アミノ酸における、アミノ酸45~340がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、EpsAタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAG44705.1;AF267127と約52の同一性、アミノ酸26~335がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964877.1と約51の同一性、アミノ酸58~335がラクトバシラスプランタルムの、転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号NP_784704.1と約43の同一性、アミノ酸59~335がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063495.1と約37の同一性、そして、アミノ酸26~335がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063643.1と約37の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号184421アミノ酸における、アミノ酸1~417がラクトバシルスガセリの、GTPアーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046671.1と約76の同一性、アミノ酸1~417がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965656.1と約76の同一性、アミノ酸10~421がリステリア菌の、ATP/GTP結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_464289.1と約51の同一性、アミノ酸13~421がリステリアイノクアの、ATP/GTP結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_470098.1と約51の同一性、そして、アミノ酸4~421がラクトバシラスプランタルムの、GTPアーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784620.1と約48の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号186336アミノ酸における、アミノ酸25~331がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964123.1と約41の同一性、アミノ酸2~331がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00047037.1と約39の同一性、アミノ酸6~310がクロストリジウムサーモセルムClostridiumthermocellumの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00059706.1と約20の同一性、アミノ酸162~194が環境配列アクセッション番号gb|EAD87497.1と約45の同一性、そして、アミノ酸215~324が環境配列アクセッション番号gb|EAB36127.1と約24の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号1881382アミノ酸における、アミノ酸132~1035がエンテロコッカスフェカーリスの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_815907.1と24の同一性、アミノ酸456~931がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_786384.1と約27の同一性、アミノ酸491~925がビブリオブルニフィカスVibriovulnificusの、膜結合リポタンパク前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_935020.1と約31の同一性、アミノ酸408~926がヘリコバクターヘパティカスの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_859581.1と約28の同一性、そして、アミノ酸24~795がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964510.1と約23の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号190250アミノ酸における、アミノ酸126~249がラクトバシラスガセリの、細胞壁結合加水分解酵素侵襲関連のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046669.1と約52の同一性、アミノ酸126~249がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965658.1と約50の同一性、アミノ酸131~249がアセトンブタトル菌の、N末端ドメインインテグリン様反復及びC末端細胞壁結合加水分解酵素ドメインを有するタンパク質アクセッション番号NP_349545.1と約54の同一性、アミノ酸126~250がエノコッカスエニOenococcusoeniの、細胞壁結合加水分解酵素侵襲関連のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00070605.1と約46の同一性、そして、アミノ酸72~246がラクトバシラスプランタルムの、細胞外タンパク質、ガンマ-D-グルタミン酸-メソ-ジアミノピメリン酸ムロペプチダーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_785666.1と約33の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号194262アミノ酸における、アミノ酸145~260がラクトバシラスガセリの、細胞壁結合加水分解酵素侵襲関連のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046669.1と約54の同一性、アミノ酸145~260がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965658.1と約51の同一性、アミノ酸143~261がクロストリジウムパーフリンジェンスの、保存されている推定上のタンパク質アクセッション番号NP_561194.1と約53の同一性、アミノ酸145~261がエノコッカスエニOenococcusoeniの、細胞壁結合加水分解酵素侵襲関連のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00070605.1でと約50の同一性、そして、アミノ酸143~260がアセトンブタトル菌の、細胞壁結合加水分解酵素であるタンパク質とアクセッション番号NP_346949.1約51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号196184アミノ酸における、アミノ酸48~182がラクトバシラスガセリの、細胞壁結合加水分解酵素侵襲関連のタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046669.1と約43の同一性、アミノ酸47~182がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965658.1と約43の同一性、アミノ酸66~182がエンテロコッカスファエシウムの、表面抗原であるタンパク質アクセッション番号ZP_00036908.1と約48の同一性、アミノ酸66~182がエンテロコッカスファエシウムの、グリコシダーゼGlyAに相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK72496.1と約48の同一性、そして、アミノ酸46~171がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_267092.1と約41の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号198149アミノ酸における、アミノ酸1~146がラクトバシルスガセリの、グアニル酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046668.1と約52の同一性、アミノ酸1~145がラクトバシルスジョンソニの、グアニル酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965659.1と約54の同一性、アミノ酸1~148がラクトバシラスプランタルムの、グアニル酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784598.1と約43の同一性、アミノ酸1~145がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、グアニル酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063506.1と約40の同一性、そして、アミノ酸1~145がエノコッカスエニOenococcusoeniの、グアニル酸キナーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00070365.1と約38の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号20099アミノ酸における、アミノ酸1~80がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046667.1と約71の同一性、アミノ酸1~80がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965660.1と約70の同一性、アミノ酸8~69がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00063600.1と約40の同一性、アミノ酸5~75がラクトバシラスプランタルムのタンパク質アクセッション番号NP_785013.1と約33の同一性、そして、アミノ酸4~69がラクトバシラスプランタルムの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_786559.1と約39の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号202503アミノ酸における、アミノ酸1~497がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965661.1と約40の同一性、アミノ酸214~502がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046666.1と約40の同一性、アミノ酸105~477がバチルスセレウスBacilluscereusの、膜タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_977301.1と約22の同一性、アミノ酸4~497が炭疽菌の、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_653890.1と約19の同一性、そして、アミノ酸4~497が炭疽菌の、膜タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_847818.1と約19の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号204206アミノ酸における、アミノ酸4~205がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965662.1と約43の同一性、アミノ酸4~205がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046665.1と約42の同一性、アミノ酸41~203がラクトバシラスプランタルムのタンパク質アクセッション番号NP_786135.1と約33の同一性、アミノ酸71~177が熱帯熱マラリア原虫の、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_701622.1と約26の同一性、そして、アミノ酸62~145が環境配列アクセッション番号gb|EAH10085.1と約27の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号206148アミノ酸における、アミノ酸1~147がラクトバシルスジョンソニの、NrdIタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_965663.1と約60の同一性、アミノ酸1~147がラクトバシルスガセリの、リボヌクレオチド還元に関与するタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046664.1と約60の同一性、アミノ酸4~123がエンテロコッカスフェカーリスの、NrdIタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_814256.1と約38の同一性、アミノ酸4~124がラクトコッカスラクチスの、NrdIタンパク質であるタンパク質アクセッション番号sp|Q48709|NRDI_LACLCと約33の同一性、そして、アミノ酸4~124がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、リボヌクレオチド還元酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_267132.1と約33の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号208311アミノ酸における、アミノ酸3~310がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965664.1と約53の同一性、アミノ酸3~311がラクトバシラスガセリの、リボヌクレオチド還元酵素、ベータサブユニットであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046663.1と約53の同一性、アミノ酸5~296が化膿連鎖球菌の、リボヌクレオチド二リン酸還元酵素小サブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_607484.1と約42の同一性、アミノ酸5~296が化膿連鎖球菌の、リボヌクレオチド二リン酸還元酵素小サブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_269482.1と約42の同一性、そして、アミノ酸5~296がストレプトコッカスアガラクティエの、リボヌクレオシド二リン酸還元酵素2、ベータサブユニットであるタンパク質アクセッション番号NP_687833.1と約42の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号210177アミノ酸における、アミノ酸1~152がラクトバシラスガセリのタンパク質アクセッション番号ZP_00046662.1と約58の同一性、アミノ酸1~152がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965665.1と約57の同一性、アミノ酸1~132がラクトバシラスプランタルムの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_786047.1と約33の同一性、アミノ酸23~144がパイロコッカスホリコシPyrococcushorikoshiiの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_142266.1と約29の同一性、そして、アミノ酸1~67が環境配列アクセッション番号gb|EAC37753.1と約33の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号212240アミノ酸における、アミノ酸7~240がラクトバシラスガセリのタンパク質アクセッション番号ZP_00047171.1と約63の同一性、アミノ酸20~240がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965638.1と約66の同一性、アミノ酸7~239がラクトバシラスプランタルムアクセッション番号NP_786183.1のタンパク質と約41の同一性、アミノ酸51~239がリステリア菌の、YvpBタンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_464251.1と約44の同一性、そして、アミノ酸52~240が枯草菌Bacillussubtilisの、YvpBタンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_391374.1と約42の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号214105アミノ酸における、アミノ酸4~105がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964999.1と約60の同一性、アミノ酸4~104がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_267039.1と約50の同一性、アミノ酸3~104がエンテロコッカスファエシウムの、金属硫黄クラスター生合成酵素に相同であるタンパク質アクセッション番号ZP_00036555.1と約50の同一性、アミノ酸4~104がエンテロコッカスフェカーリスの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_815231.1と約46の同一性、そして、アミノ酸16~105がラクトバシラスプランタルムの、タンパク質アクセッション番号NP_784773.1と約56の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号21698アミノ酸における、アミノ酸3~98がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964998.1と約81の同一性、アミノ酸3~98がラクトバシラスプランタルムの、鉄で調節されるABC輸送体構成要素に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_785081.1と約72の同一性、アミノ酸3~98がエノコッカスエニOenococcusoeniの、Fe-Sクラスター形成に関与するABC-タイプ輸送系、透過酵素構成要素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00069298.1と約67の同一性、アミノ酸4~98が肺炎連鎖球菌の、保存されている推定上のタンパク質アクセッション番号NP_358369.1と約64の同一性、そして、アミノ酸4~98が肺炎連鎖球菌の、保存されている推定上のインテイン含有タンパク質アクセッション番号NP_345358.1と約64の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号21876アミノ酸における、アミノ酸1~73がラクトバシルスジョンソニの、ABC輸送体のATPアーゼ構成要素であるタンパク質アクセッション番号NP_964994.1と約80の同一性、アミノ酸1~73がラクトバシラスプランタルムの、ABC輸送体、ATP結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_785077.1と約73の同一性、アミノ酸1~73がミュータンス連鎖球菌の、ABC輸送体、ATP結合タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP720711.1と約71の同一性、アミノ酸1~73がエンテロコッカスファエシウムの、鉄-硫黄クラスター形成に関与するABC型輸送系、ATPアーゼ構成要素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00037285.1と約65の同一性、そして、アミノ酸1~72が肺炎連鎖球菌の、ABC輸送体、ATP結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_345354.1と約69の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号22052アミノ酸における、アミノ酸5~47が熱帯熱マラリア原虫の、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_700844.1と約32の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号222161アミノ酸における、アミノ酸1~146がラクトバシラスガセリのタンパク質アクセッション番号ZP_00046659.1と約59の同一性、アミノ酸1~146がラクトバシルスジョンソニのタンパク質アクセッション番号NP_965668.1と約60の同一性、アミノ酸7~151がリステリアイノクアアクセッション番号NP_469929.1のタンパク質と約44の同一性、アミノ酸7~161がエンテロコッカスファエシウムの、膜タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_814929.1と約39の同一性、そして、アミノ酸11~137がラクトバシラスプランタルムの、内在性膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_784703.1と約40の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号224256アミノ酸における、アミノ酸12~235がラクトバシラスガセリのタンパク質アクセッション番号ZP_00046658.1と約64の同一性、アミノ酸12~235がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質NP_965669.1と約63の同一性、アミノ酸12~216がラクトバシラスサケイLactobacillussakeiの、LabLタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAL00959.1と約48の同一性、アミノ酸13~235がリステリアイノクアの保存されている膜タンパク質アクセッション番号NP_469930.1と約45の同一性、そして、そして、アミノ酸13~235がリステリア菌の保存されている膜タンパク質アクセッション番号NP_464106.1と約45の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号226513アミノ酸における、アミノ酸1~513がラクトバシルスガセリの、重複したATPアーゼドメインを有するABC輸送体のATPアーゼ構成要素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046657.1と約81の同一性、アミノ酸1~513がラクトバシルスジョンソニの、ABC輸送体ATPアーゼ構成要素であるタンパク質アクセッション番号NP_965670.1と約81の同一性、アミノ酸1~513がラクトバシルスプランタルムの、ABC輸送体、ATP結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_785961.1と約52の同一性、アミノ酸1~512がエンテロコッカスフェカーリスの、ABC輸送体、ATP結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_815740.1と約52の同一性、そして、アミノ酸1~513がエノコッカスエニOenococcusoeniの、重複したATPアーゼドメインを有するABC輸送体のATPアーゼ構成要素であるタンパク質アクセッション番号ZP_00070366.1と約49の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号228124アミノ酸における、アミノ酸3~124がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965671.1と約50の同一性、アミノ酸3~121がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00046656.1と約51の同一性、そして、アミノ酸53~81がピロコッカスフリオサスPyrococcusfuriosusの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_578913.1と約48の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号23073アミノ酸における、アミノ酸8~58がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、アセチルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063180.1と約39の同一性、アミノ酸7~58がエノコッカスエニOenococcusoeniの、アセチルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00069032.1と約36の同一性、アミノ酸7~56がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965082.1と約36の同一性、アミノ酸15~55が環境配列アクセッション番号gb|EAI00330.1と約36の同一性、そして、アミノ酸12~54が炭疽菌の、GNATファミリーに属するアセチルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_658716.1と約37の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号232424アミノ酸における、アミノ酸8~375がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965673.1と約58の同一性、アミノ酸8~375がラクトバシラスガセリの、転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046655.1と約58の同一性、アミノ酸42~383がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964188.1と約41の同一性、アミノ酸42~370がラクトバシラスガセリの、転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047236.1と約42の同一性、そして、アミノ酸78~350がラクトバシラスプランタルムの、転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号NP_784105.1と約46の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号234538アミノ酸における、アミノ酸5~527がラクトバシラスガセリの、O抗原及びタイコ酸の搬出に関与する膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047298.1と約30の同一性、アミノ酸5~527がラクトバシルスジョンソニの、多糖及びタイコ酸の搬出タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_964533.1と約29の同一性、アミノ酸1~457がエンテロコッカスフェカーリスの、多糖生合成ファミリータンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_814328.1と約31の同一性、アミノ酸3~450がエンテロコッカスフェカーリスの、多糖生合成ファミリータンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_814421.1と約33の同一性、そして、アミノ酸3~526がミュータンス連鎖球菌の、膜タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_722009.1と28の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号236271アミノ酸における、アミノ酸1~271がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964116.1と約58の同一性、アミノ酸1~271がラクトバシルスガセリの、細胞壁生合成に関与するグリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047045.1と約58の同一性、アミノ酸7~234がバチルスセレウスの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_834930.1と約31の同一性、アミノ酸2~250が高温性連鎖球菌の、EpsVタンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAB52224.1と約28の同一性、そして、アミノ酸2~222がラクトバシラスプランタルムの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_786160.1と約31の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号238476アミノ酸における、アミノ酸1~475がラクトバシルスガセリの、O抗原及びタイコ酸の搬出に関与する膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047223.1と約75の同一性、アミノ酸1~475がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965532.1と約74の同一性、アミノ酸7~460が高温性連鎖球菌の、cpsUタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAM93406.1と約30の同一性、アミノ酸7~460が高温性連鎖球菌の、EpsUタンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAB52225.1と約30の同一性、そして、アミノ酸7~460が高温性連鎖球菌の、EpsIタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAK61904.1と約30の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号240367アミノ酸における、アミノ酸3~364がラクトバシラスガセリの、転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047236.1と約54の同一性、アミノ酸3~364がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964188.1と約53の同一性、アミノ酸22~360がラクトバシラスガセリの、転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046655.1と約42の同一性、アミノ酸21~360がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965673.1と約41の同一性、そして、アミノ酸33~338がラクトバシラスプランタルムの、転写調節因子であるタンパク質アクセッション番号NP_784704.1と約44の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号242246アミノ酸における、アミノ酸1~242がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965126.1と約46の同一性、アミノ酸77~234がクロストリジウムサーモセルムClostridiumthermocellumの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00060425.1と約37の同一性アミノ酸10~220がピロリ菌Helicobacterpyloriの、1型莢膜多糖生合成タンパク質JcapJであるタンパク質アクセッション番号NP_207219.1と約33の同一性、アミノ酸17~225がビフィドバクテリウムロングムの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00120944.1と約32の同一性、そして、アミノ酸17~225がビフィドバクテリウムロングムの、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_696276.1と32の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号244380アミノ酸における、アミノ酸1~380がラクトバシルスガセリの、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046464.1と約88の同一性、アミノ酸1~379がラクトバシルスジョンソニの、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_965402.1と約84の同一性、アミノ酸1~379がミュータンス連鎖球菌の、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_721794.1と約70の同一性、アミノ酸4~364がラクトバシラスプランタルムの、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784839.1と約68の同一性、そして、アミノ酸1~379がリステリアイノクアの、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_472010.1と約64の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号246399アミノ酸における、アミノ酸7~398がラクトバシラスガセリの、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046464.1と約85の同一性、アミノ酸20~398がラクトバシルスジョンソニの、UDPN-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_965402.1と約84の同一性、アミノ酸20~398がミュータンス連鎖球菌の、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_721794.1と約70の同一性、アミノ酸23~383がラクトバシラスプランタルムの、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784839.1と約68の同一性、そして、アミノ酸20~398がリステリアイノクアの、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_472010.1と約64の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号248232アミノ酸における、アミノ酸1~232がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965530.1と約74の同一性、アミノ酸1~232がラクトバシルスガセリの、マンノシルトランスフェラーゼOCH1及び関連した酵素ファミリーに属するタンパク質アクセッション番号ZP_00047224.1と約74の同一性、アミノ酸1~208がクロストリジウムサーモセルムClostridiumthermocellumの、マンノシルトランスフェラーゼOCH1及び関連した酵素ファミリーに属するタンパク質アクセッション番号ZP_00060271.1と約40の同一性、アミノ酸2~213がラクトバシラスガセリの、マンノシルトランスフェラーゼOCH1及び関連した酵素ファミリーに属するタンパク質アクセッション番号ZP_00045846.1と約35の同一性、そして、アミノ酸1~211がラクトコッカスラクチスのクレモリスcremoris亜種の、EpsQタンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAP32730.1と38の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号250387アミノ酸における、アミノ酸1~379がラクトバシルスプランタルムの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965577.1と約70の同一性、アミノ酸1~315がラクトバシルスガセリの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047202.1と約77の同一性、アミノ酸1~374がラクトバシルスガセリの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784929.1と約53の同一性、アミノ酸1~386がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00063751.1と約49の同一性、そして、アミノ酸1~374がエンテロコッカスファエシウムの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036762.1と48の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号252156アミノ酸における、アミノ酸26~152がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964097.1と約62の同一性、アミノ酸1~152がラクトバシルスガセリの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047062.1と約52の同一性、アミノ酸50~152がミュータンス連鎖球菌の、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_721791.1と約56の同一性、アミノ酸36~149が破傷風菌Clostridiumtetaniの、N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_781499.1と約40の同一性、そして、アミノ酸が44~152枯草菌Bacillussubtilisの、セルロースシンターゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_388311.1と37の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号254490アミノ酸における、アミノ酸11~490がアシドフィルス菌の、スクロースホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号gb|AAO21861.1と約100の同一性、アミノ酸11~490がアシドフィルス菌の、スクロースホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号gb|AAO21868.1と約69の同一性、アミノ酸11~490がラクトバシルスジョンソニの、スクロースホスホリラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964279.1と約68の同一性、アミノ酸11~490がミュータンス連鎖球菌の、スクロースホスホリラーゼEC2.4.1.7であるタンパク質アクセッション番号pir∥A27626と約63の同一性、そして、アミノ酸11~489がミュータンス連鎖球菌の、gtfAタンパク質であるタンパク質アクセッション番号pir∥BWSOGMと63の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号256548アミノ酸における、アミノ酸8~546がラクトバシラスガセリの、O抗原及びタイコ酸の搬出に関与する膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00047298.1と約69の同一性、アミノ酸8~546がラクトバシルスジョンソニの、多糖及びタイコ酸の搬出タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_964533.1と約67の同一性、アミノ酸5~546がエンテロコッカスフェカーリスの、多糖生合成ファミリータンパク質であるタンパク質アクッセッション番号NP_814421.1と約42の同一性、アミノ酸17~546がラクトバシラスプランタルムの、内在性膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_784959.1と約42の同一性、そして、アミノ酸13~547がミュータンス連鎖球菌の、膜タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_722009.1と38の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号258363アミノ酸における、アミノ酸1~363がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965541.1と約64の同一性、アミノ酸1~363がラクトバシルスガセリの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00O47215.1と約62の同一性、アミノ酸1~363が炭疽菌の、グリコシルトランスフェラーゼ、グループ1ファミリータンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_847817.1と約41の同一性、アミノ酸1~363が炭疽菌からの、グリコシルトランスフェラーゼグループ1タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_653889.1と約40の同一性、そして、アミノ酸1~363がバチルス-セレウスの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_835081.1と39の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号260556アミノ酸における、アミノ酸6~555がラクトバシラスガセリの、グリコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047085.1と約74の同一性、アミノ酸6~553がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964227.1と約73の同一性、アミノ酸8~553がラクトバシラスプランタルムの、α-グルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784006.1と約50の同一性、アミノ酸7~556がバシラスハロデドランBacillushaloduransの、オリゴ-1,6-グルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_243769.1と約35の同一性、そして、アミノ酸9~553がバチルスセレウスの、オリゴ-1,6-グルコシダーゼオリゴ糖アルファ-1,6-グルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号sp|P21332|O16G_BACCEと34の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号262759アミノ酸における、アミノ酸1~757がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964589.1と約75の同一性、アミノ酸1~732がアセトンブタトル菌の、アルファグルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_347719.1と約52の同一性、アミノ酸1~726がサーモトガマリチマThermotogamaritimaの、アルファキシロシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_228120.1と約51の同一性、アミノ酸1~724がバシラスハロデドランBacillushaloduransのタンパク質アクセッション番号NP_242771.1と約49の同一性、そして、アミノ酸1~727が大腸菌Escherichiacoilの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_418113.1と47の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号264767アミノ酸における、アミノ酸3~766がラクトバシルスジョンソニの、α-グルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965686.1と約69の同一性、アミノ酸3~766がラクトバシラスガセリの、α-グルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046641.1と約69の同一性、アミノ酸5~761がラクトバシラスプランタルムの、アルファグルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_786738.1と約64の同一性、アミノ酸15~720がサーモアナエロバクターテンコジェネシスThermoanaerobactertengcongensisの、α-グルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_621719.1と約41の同一性、そして、アミノ酸20~717がバシラスサーモアミロリケファシエンスBacillusthermoamyloliquefaciensの、α-グルコシダーゼIIであるタンパク質アクセッション番号sp|Q9F234|AGL2_BACTQと40の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号266544ミノ酸における、アミノ酸6~541がラクトバシラスガセリの、グリコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047077.1と約78の同一性、アミノ酸6~541がラクトバシルスジョンソニの、グルカン1,6-α-グルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964235.1と約77の同一性、アミノ酸2~542がエンテロコッカスファエシウムの、グルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00037211.1と約63の同一性、アミノ酸9~542がエンテロコッカスフェカーリスの、グルカン1,6-α-グルコシダーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_815069.1と約62の同一性、そして、アミノ酸9~543が肺炎連鎖球菌の、グルカン1,6α-グルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_344876.1と61の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号2681004アミノ酸における、アミノ酸4~1003がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964131.1と約48の同一性、アミノ酸1~1003がラクトバシルスガセリの、アルファグルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047030.1と約48の同一性、アミノ酸12~1001がエンテロコッカスフェカーリスの、グリコシルヒドロラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_815521.1と約32の同一性、アミノ酸98~1000がバクテロイデステタイオタオミクロンBacteroidesthetaiotaomicronの、アルファキシロシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_812081.1と約30の同一性、そして、アミノ酸11~995がクロストリジウムパーフリンジェンスの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_561962.1と約25の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号270570アミノ酸における、アミノ酸17~568がラクトバシラスガセリの、グリコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00045981.1と約77の同一性、アミノ酸17~568がラクトバシルスジョンソニの、トレハロース-6-リン酸ヒドロラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964610.1と約77の同一性、アミノ酸18~566がラクトバシラスプランタルムの、アルファ,アルファホスホトレハラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_784081.1およそ66の同一性、アミノ酸23~568が肺炎連鎖球菌の、デキストラングルコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_359290.1と約57の同一性、そして、アミノ酸23~568が肺炎連鎖球菌の、デキストラングルコシダーゼDexSに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_346315.1と57の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号272638アミノ酸における、アミノ酸8~621がミュータンス連鎖球菌の、1,4-アルファ-グルカン分枝酵素に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_721883.1と約56の同一性、アミノ酸8~619がストレプトコッカスアガラクティエの、1,4-アルファ-グルカン分枝酵素であるタンパク質アクセッション番号sp|Q8E5V8|GLGB_STRA3と約57の同一性、アミノ酸8~619がストレプトコッカスアガラクティエの、1,4-アルファ-グルカン分枝酵素である。タンパク質アクセッション番号NP_687868.1と約57の同一性、アミノ酸8~621が肺炎連鎖球菌の、1,4-アルファ-グルカン分枝酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_345592.1と約56の同一性、そして、アミノ酸8~621が肺炎連鎖球菌の、1,4-アルファ-グルカン分枝酵素であるタンパク質アクセッション番号NP_358623.1と56の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号274573アミノ酸における、アミノ酸1~572がラクトバシルスジョンソニの、マルトース生成maltogenicアミラーゼすなわちネオプルラナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_964228.1と約76の同一性、アミノ酸1~572がラクトバシルスガセリの、グリコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00047084.1と約75の同一性、アミノ酸56~571がエンテロコッカスファエシウムの、グリコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00036988.1と約54の同一性、アミノ酸1~570がエンテロコッカスフェカーリスの、グリコシルヒドロラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_815068.1と約49の同一性、そして、アミノ酸1~540がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、ネオプルラナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_267838.1と約50の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号2761185アミノ酸における、アミノ酸284~1008がバチルスセレウスの、プルラナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_832487.1と約39の同一性、アミノ酸284~1008アミノ酸がバチルスセレウスの、プルラナーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_979065.1と約40の同一性、アミノ酸284~1008が炭疽菌の、プルラナーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_845079.1と約40の同一性、アミノ酸306~1008が炭疽菌の、α-アミラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_656611.1と約41の同一性、そして、アミノ酸284~976がアナエオブランカホリコシAnaerobrancahorikoshiiの、プルラナーゼアクセッション番号gb|AAP45012.1であるタンパク質と38の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号278589アミノ酸における、アミノ酸5~548がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、アミロプルラナーゼであるタンパク質アクッセッション番号NP266857.1;NC_002662と約42の同一性、アミノ酸1~546がラクトバシルスプランタルムの、α-アミラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_783889.1と約41の同一性、アミノ酸3~558がクロストリジウムパーフリンジェンスの、アミロプルラナーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_560982.1と約38の同一性、アミノ酸198~441がデルブリュック菌ラクチス亜種の、グリコシルヒドロラーゼであるタンパク質アクセッション番号gb|AAQ06973.1と約70の同一性、そして、アミノ酸73~547がデスルフィトバクテリウムハフニエンスDesulfitobacteriumhafnienseの、グリコシダーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00100175.1と37の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号280435アミノ酸における、アミノ酸78~384が環境配列アクセッション番号gb|EAH69409.1と約22の同一性、アミノ酸53~387が熱帯熱マラリア原虫Plasmodiumfalciparumの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP701320.1と約23の同一性、アミノ酸59~382が熱帯熱マラリア原虫Plasmodiumfalciparumの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_701961.1と約22の同一性、アミノ酸56~386が熱帯熱マラリア原虫Plasmodiumfalciparumの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_473199.1と約22の同一性、そして、アミノ酸61~336がプラスモディウムヨエリヨエリPlasmodiumyoeliiyoeliiの、CCAATボックスDNA結合タンパク質サブユニットBに相同である。タンパク質アクセッション番号gb|EAA22696.1と約24の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号282382アミノ酸における、アミノ酸1~382がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965524.1と約54の同一性、アミノ酸115~382がラクトバシラスガセリの、性フェロモン生合成に関与するタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046368.1と約60の同一性、アミノ酸1~382がラクトバシラスプランタルムの、リポタンパク前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_784816.1と約41の同一性、アミノ酸53~374がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、性フェロモン生合成に関与するタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00063694.1と約38の同一性、そして、アミノ酸1~379がリステリアイノクアのタンパク質アクセッション番号NP_471203.1と35の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号284173アミノ酸における、アミノ酸1~161がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964736.1と約52の同一性、アミノ酸1~161がラクトバシルスガセリの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00047405.1と約51の同一性、アミノ酸21~159がエノコッカスエニOenococcusoeniの、推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00070369.1と約25の同一性、アミノ酸4~74が環境配列アクセッション番号gb|EAF86579.1と約28の同一性、そして、アミノ酸63~160がリステリアイノクアの、細胞表面タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_471613.1と24の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号286414アミノ酸における、アミノ酸21~404がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_964852.1と約65の同一性、アミノ酸21~404がラクトバシラスガセリの、細菌性細胞分裂膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046289.1と約64の同一性、アミノ酸23~407がラクトバシラスプランタルムの、細胞分裂タンパク質FtsWであるタンパク質アクセッション番号NP_785648.1と約39の同一性、アミノ酸48~411がエンテロコッカスフェカーリスの、FtsW/RodA/SpoVEファミリーに属する細胞分裂タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_816105.1と約36の同一性、そして、アミノ酸48~404がエンテロコッカスファエシウムの、細菌性細胞分裂膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00035664.1と35の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号288151アミノ酸における、アミノ酸1~149がラクトバシルスプランタルムの、内在性膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_785439.1と約53の同一性、アミノ酸18~146がリステリア菌のタンパク質アクセッション番号NP_465093.1と約58の同一性、アミノ酸18~146がリステリアイノクアのタンパク質アクセッション番号NP_470939.1と約58の同一性、アミノ酸1~149がエンテロコッカスファエシウムの、膜タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号ZP_00036546.1と約48の同一性、そして、アミノ酸1~147エンテロコッカスフェカーリスのタンパク質アクセッション番号NP_814972.1と49の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号290451アミノ酸における、アミノ酸13~450がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965202.1と約62の同一性、アミノ酸13~450がラクトバシラスガセリのタンパク質アクセッション番号ZP_00046546.1と約61の同一性、アミノ酸6~451がラクトバシラスプランタルムの、内在性膜タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_783922.1と約53の同一性、アミノ酸13~451がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種のタンパク質アクセッション番号ZP_00062829.1と約51の同一性、そして、アミノ酸19~451がエノコッカスエニOenococcusoeniのタンパク質アクセッション番号ZP_00070095.1と51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号292374アミノ酸における、アミノ酸1~374がラクトバシルスガセリの、DNAメチラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号ZP_00045949.1と約75の同一性、アミノ酸1~374がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965048.1と約74の同一性、アミノ酸1~373がラクトバシラスプランタルムのタンパク質アクセッション番号NP_785327.1と約53の同一性、アミノ酸2~373がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、DNAメチラーゼに相同であるタンパク質アクセッション番号ZP_00062777.1と約52の同一性、そして、アミノ酸2~373がエンテロコッカスフェカーリスの、保存されている推定上のタンパク質アクセッション番号NP_814882.1と50の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号294242アミノ酸における、アミノ酸1~238がラクトバシルスジョンソニの、tRNAグアニン-N1-メチルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965315.1と約79の同一性、アミノ酸1~241がラクトバシラスプランタルムの、tRNAグアニン-N1-メチルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_785229.1と52の同一性、アミノ酸1~238がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、tRNAメチルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00064008.1と約46の同一性、アミノ酸1~238がバチルスセレウスの、tRNAグアニン-N1-メチルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_833560.1と51の同一性、そして、アミノ酸1~236が炭疽菌の、tRNAグアニン-N1メチルトランスフェラーゼであるタンパク質アクセッション番号NP_657810.1と51の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号296667アミノ酸における、アミノ酸24~666がラクトバシルスジョンソニの、トレオニルtRNAシンテターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_965452.1と約83の同一性、アミノ酸24~666がラクトバシラスガセリの、トレオニルtRNAシンテターゼであるタンパク質アクセッション番号ZP_00046734.1と約83の同一性、アミノ酸25~665がラクトバシラスプランタルムの、トレオニンtRNAリガーゼ1であるタンパク質アクセッション番号NP_785120.1と約61の同一性、アミノ酸28~665がミュータンス連鎖球菌の、トレオニルtRNAシンテターゼに相同であるタンパク質アクセッション番号NP_721923.1と約57の同一性、そして、アミノ酸28~665がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、トレオニルtRNAシンテターゼであるタンパク質アクセッション番号NP_268068.1と約56の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号298706アミノ酸における、アミノ酸123~511がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質アクセッション番号NP_786268.1と約24の同一性、アミノ酸220~510がエンテロコッカスファエシウムの、オートトランスポーター付着因子であるタンパク質アクセッション番号ZP_00035995.1と約29の同一性、アミノ酸181~503がフソバクテリウムヌクレアタムのヌクレアタム亜種からの、溶血素であるタンパク質アクセッション番号NP_603198.1と約23の同一性、アミノ酸26~260が黄色ブドウ球菌のアウレウス亜種の、フィブリノーゲン結合タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_645581.1と約19の同一性、そして、アミノ酸383~509がマイクロバルブリファーデグラダンスMicrobulbiferdegradansの推定上のタンパク質アクセッション番号ZP_00064879.1と25の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号300438アミノ酸における、アミノ酸116~297がミュータンス連鎖球菌の、推定上のタンパク質アクセッション番号NP_722210.1と約31の同一性、アミノ酸116~188がラクトバシラスサリバリウスLactobacillussalivariusのサリバリウスsalivarius亜種のタンパク質アクセッション番号gb|AAM61773.1と約50の同一性、アミノ酸126~220がストレプトコッカスアガラクティエの、バクテリオシン輸送アクセサリータンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号NP_687482.1と約29の同一性、アミノ酸125~338がブラディリゾビウムジャポニカムBradyrhizobiumjaponicumの、チオレドキシンであるタンパク質アクセッション番号NP_767234.1と24の同一性、そして、アミノ酸123~201が炭疽菌のタンパク質アクセッション番号NP_052783.1と27の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号302372アミノ酸における、アミノ酸11~371がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、メチオニンシンターゼIIコバラミン非依存性タンパク質であるタンパク質アクセッション番号_ZP00064070.1と約55の同一性、アミノ酸5~372がラクトバシラスガセリの、メチオニンシンターゼIIコバラミン非依存性タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046311.1と約47の同一性、アミノ酸7~372が肺炎クラミジアChlamydophilapneumoniaeの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_224351.1と約46の同一性、アミノ酸4~372がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質アクセッション番号NP_965623.1と約44の同一性、そして、アミノ酸9~372がエノコッカスエニOenococcusoeniの、メチオニンシンターゼIIコバラミン非依存性タンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00069898.1と45の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号304157アミノ酸における、アミノ酸1~157がラクトバシルスジョンソニの、オートインデューサー2産生タンパク質LuxSであるタンパク質アクセッション番号NP_965624.1と約87の同一性、アミノ酸1~157がラクトバシルスガセリの、オートインデューサーAI2合成に関与するLuxSタンパク質であるタンパク質アクセッション番号ZP_00046310.1と約87の同一性、アミノ酸4~157がストレプトコッカスボビスStreptococcusbovisの、LuxSオートインデューサー2シンターゼであるタンパク質アクセッション番号dbj|BAD06876.1と約76の同一性、アミノ酸1~157がラクトバシラスプランタルムの、オートインデューサー産生タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_784522.1と約77の同一性、そして、アミノ酸4~157が化膿連鎖球菌の、オートインデューサー2産生タンパク質であるタンパク質アクセッション番号NP_269689.1と73の同一性を有することを示した。ギャップつきBlastPアミノ酸配列アラインメントは、配列番号306599アミノ酸における、アミノ酸225~343がラクトバシルスクリスパトゥスの、S層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号emb|CAA07708.1と約37の同一性、アミノ酸225~343がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号gb|AAB58734.1と約34の同一性、アミノ酸225~343がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質であるタンパク質アクセッション番号dbj|BAC76687.1と約33の同一性、アミノ酸225~343がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質アクセッション番号gb|AAF68972.1と約34の同一性、そして、アミノ酸137~284がラクトバシルスヘルベティカスLactobacillushelveticusの、細胞外プロテイナーゼEC3.4.21.-prtYであるタンパク質アクセッション番号pir∥JC7306と約30の同一性を有することを示した。アミノ酸配列に関するPFAM結果配列番号2は、およそアミノ酸25から306に位置する推定のリポタンパク質_4Lipoprotein4ドメインを含有し、周辺質溶質結合タンパク質ファミリーSBP_bac_9PFAMアクセッションPF01297のメンバーである。配列番号10は、およそアミノ酸24から409に位置する推定のGlyco_hydro_32ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー32Glyco_hydro_32PFAMアクセッションPF00251のメンバーである。配列番号62は、およそアミノ酸1から456に位置する推定のSLAPドメインを含有し、細胞表層タンパク質ファミリーSLAPPFAMアクセッションPF03217のメンバーである。配列番号82は、およそアミノ酸59から208に位置する推定のアミダーゼ_2Amidase2ドメインを含有し、N-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼAmidase_2ファミリーPFAMアクセッションPF01510のメンバーである。配列番号92は、およそアミノ酸15から388に位置する推定のFTSW_RODA_SPOVEドメインを含有し、細胞周期タンパク質ファミリーFTSW_RODA_SPOVEPFAMアクセッションPF01098のメンバーである。配列番号94は、およそアミノ酸43から293に位置する推定のMur_リガーゼMurligaseドメインと、およそアミノ酸301-390に位置する推定のMur_リガーゼ_CMurligaseCドメインとを含有し、Murリガーゼ、触媒ドメインファミリーMur_ligasePFAMアクセッションPF01225、及びMurリガーゼ、グルタミン酸リガーゼドメインファミリーMur_ligase_CPFAMアクセッションPF02875のメンバーである。配列番号98は、およそアミノ酸365から454に位置する推定のMur_リガーゼ_CMurligaseCドメインを含有し、Murリガーゼ、グルタミン酸リガーゼドメインファミリーMur_ligase_CPFAMアクセッションPF02875のメンバーである。配列番号100は、およそアミノ酸48から309に位置する推定のMur_リガーゼMurligaseドメインと、およそアミノ酸317-394に位置する推定のMur_リガーゼ_CMurligaseCドメインとを含有し、Murリガーゼ、触媒ドメインファミリーMur_ligasePFAMアクセッションPF01225、及びMurリガーゼ、グルタミン酸リガーゼドメインファミリーMur_ligase_CPFAMアクセッションPF02875のメンバーである。配列番号102は、およそアミノ酸2から287に位置する推定のGlyco_transf_28ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリー28N末端ドメインGlyco_transf_28PFAMアクセッションPF03033のメンバーである。配列番号104は、およそアミノ酸82から254に位置する推定のGlycos_transf_4ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリーGlycos_transf_4PFAMアクセッションFF00953のメンバーである。配列番号106は、およそアミノ酸63から212に位置する推定のアミダーゼ_4Amidase4ドメインを含有し、マンノシル-糖タンパク質エンド-ベータ-N-アセチルグルコサミダーゼファミリーAmidase_4PFAMアクセッションPF01832のメンバーである。配列番号108は、およそアミノ酸43から196に位置する推定のアミダーゼ_4Amidase4ドメインを含有し、マンノシル-糖タンパク質エンド-ベータ-N-アセチルグルコサミダーゼファミリーAmidase_4PFAMアクセッションPF01832のメンバーである。配列番号110は、およそアミノ酸110から153に位置する推定のLysMドメインを含有し、LysMドメインファミリーLysMPFAMアクセッションPF01476のメンバーである。配列番号112は、およそアミノ酸5から343に位置する推定のDala_Dala_ligasDala_Dala_lig_Nドメインを含有し、D-alaD-alaリガーゼN末端ファミリーDala_Dala_lig_NPFAMアクセッションPF01820のメンバーである。配列番号116は、およそアミノ酸36から303に位置する推定のMur_リガーゼMurligaseドメインを含有し、Murリガーゼ、触媒ドメインファミリーMur_ligasePFAMアクセッションPF01225のメンバーである。配列番号118は、およそアミノ酸25から321に位置する推定のペプチダーゼ_S11PeptidaseS11ドメインを含有し、D-アラニル-D-アラニンカルボキシペプチダーゼファミリーPeptidase_S11PFAMアクセッションPF00768のメンバーである。配列番号120は、およそアミノ酸16から419に位置する推定のEPSP_シンターゼEPSPsynthaseドメインを含有し、EPSPシンターゼ3-ホスホシキミ酸1-カルボキシビニルトランスフェラーゼファミリーEPSP_synthasePFAMアクセッションPF00275のメンバーである。配列番号122は、およそアミノ酸4から233に位置する推定のNTP_トランスフェラーゼNTPtransferaseドメインを含有し、細菌性トランスフェラーゼヘキサペプチド3反復ファミリーHexapepPFAMアクセッションPF00132のメンバーである。配列番号124は、およそアミノ酸14から238に位置する推定のPrenyltransfUPP_シンターゼUPPsynthetaseドメインを含有し、推定上のウンデカプレニル二リン酸シンターゼファミリーPrenyltransfPFAMアクセッションPF01255のメンバーである。配列番号126は、およそアミノ酸74から240に位置する推定のGlycos_transf_4ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリーGlycos_transf_4PFAMアクセッションPF00953のメンバーである。配列番号132は、およそアミノ酸331から693に位置する推定のトランスペプチダーゼTranspeptidaseドメインを含有し、ペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリーTranspeptidasePFAMアクセッションPF00905のメンバーである。配列番号134は、およそアミノ酸82から251に位置する推定のトランスグリコシルTransglycosylドメインと、およそアミノ酸336から640に位置する推定のトランスペプチダーゼTranspeptidaseドメインを含有し、トランスグリコシラーゼファミリーTransglyTransglycosylPFAMアクセッションPF00912、及びペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリーTranspeptidasePFAMアクセッションPF00905のメンバーである。配列番号138は、およそアミノ酸70から242に位置する推定のトランスグリコシルTransglycosylドメインと、アミノ酸324~629に位置する推定のトランスペプチダーゼTranspeptidaseドメインとを含有し、トランスグリコシラーゼファミリーTransglyTransglycosylPFAMアクセッションPF00912、及びペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリーTranspeptidasePFAMアクセッションPF00905のメンバーである。配列番号146は、およそアミノ酸259から593に位置する推定のトランスペプチダーゼTranspeptidaseドメインを含有し、ペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリーTranspeptidasePFAMアクセッションPF00905のメンバーである。配列番号148は、およそアミノ酸30から426に位置する推定のAMP結合AMPbindingメインを含有し、AMP結合酵素ファミリーAMP-bindingPFAMアクセッションPF00501のメンバーである。配列番号156は、およそアミノ酸3から269に位置する推定のPolysacc_syntドメインを含有し、多糖生合成タンパク質ファミリーPolysacc_syntPFAMアクセッションPF01943のメンバーである。配列番号158は、およそアミノ酸1から154に位置する推定のGLFドメインを含有し、UDPガラクトピラノースムターゼファミリーGLFPFAMアクセッションPF03275のメンバーである。配列番号164は、およそアミノ酸7から179に位置する推定のGlycos_transf_2ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリーGiycos_transf_2PFAMアクセッションPF00535のメンバーである。配列番号170は、およそアミノ酸5から171に位置する推定のGlycos_transf_2ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリーGlycos_transf_2PFAMアクセッションPF00535のメンバーである。配列番号174は、およそアミノ酸24から217に位置する推定のBac_transfBact_transfドメインを含有し、細菌性糖転移酵素ファミリーBac_transfBact_transfPFAMアクセッションPF02397のメンバーである。配列番号180は、およそアミノ酸9から186に位置する推定のWzzドメインを含有し、鎖長決定タンパク質ファミリーWzzPFAMアクセッションPF02706のメンバーである。配列番号190は、およそアミノ酸141から249に位置する推定のNLPC_P60ドメインを含有し、NlpC/P60ファミリーNLPC_P60PFAMアクセッションPF00877のメンバーである。配列番号194は、およそアミノ酸152から260に位置する推定のNLPC_P60ドメインを含有し、NlpC/P60ファミリーNLPC_P60PFAMアクセッションPF00877のメンバーである。配列番号196は、およそアミノ酸77から182に位置する推定のNLPC_P60ドメインを含有し、NlpC/P60ファミリーNLPC_P60PFAMアクセッションPF00877のメンバーである。配列番号208は、およそアミノ酸1から283に位置する推定のRibonuc_red_Smドメインを含有し、リボヌクレオチドレダクターゼ、小さな鎖ファミリーRibonuc_red_SmPFAMアクセッションPF00268のメンバーである。配列番号214は、およそアミノ酸9から83に位置する推定のDUF59ドメインを含有し、未知機能ドメインDUF59ファミリーDUF59PFAMアクセッションPF01883のメンバーである。配列番号216は、およそアミノ酸2から73に位置する推定のUPF0051ドメインを含有し、特徴付けされていないタンパク質ファミリーUPF0051PFAMアクセッションPF01458のメンバーである。配列番号218は、およそアミノ酸35から73に位置する推定のABC_tranドメインを含有し、ABC輸送体ファミリーABC_tranPFAMアクセッションPF00005のメンバーである。配列番号226は、およそアミノ酸29から232と、およそアミノ酸347から512とに位置する推定のABC_tranドメインを含有し、ABC輸送体ファミリーABC_tranPFAMアクセッションPF00005のメンバーである。配列番号236は、およそアミノ酸8から171に位置する推定のGlycos_transf_2ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリーGlycos_transf_2PFAMアクセッションPF00535のメンバーである。配列番号238は、およそアミノ酸4から273に位置する推定のPolysacc_syntドメインを含有し、多糖生合成タンパク質ファミリーPolysacc_syntPFAMアクセッションPF01943のメンバーである。配列番号242は、およそアミノ酸57から233に位置する推定のGlycos_transf_1ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼグループ1ファミリーGlycos_transf_1PFAMアクセッションPF00534のメンバーである。配列番号244は、およそアミノ酸45から365に位置する推定のエピメラーゼ_2Epimerase2ドメインを含有し、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼファミリーEpimerase_2PFAMアクセッションPF02350のメンバーである。配列番号246は、およそアミノ酸64から384に位置する推定のエピメラーゼ_2Epimerase2ドメインを含有し、UDP-N-アセチルグルコサミン2-エピメラーゼファミリーEpimerase_2PFAMアクセッションPF02350のメンバーである。配列番号250は、およそアミノ酸189から359に位置する推定のGlycos_transf_1ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼグループ1ファミリーGlycos_transf_1PFAMアクセッションPF00534のメンバーである。配列番号252は、およそアミノ酸51から152に位置する推定のGlycos_transf_2ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリーGlycos_transf_2PFAMアクセッションPF00535のメンバーである。配列番号258は、およそアミノ酸174から241に位置する推定のGlycos_transf_1ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼグループ1ファミリーGlycos_transf_1PFAMアクセッションPF00534のメンバーである。配列番号260は、およそアミノ酸18から412に位置する推定のアルファアミラーゼAlphaamylaseドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリーAlpha-amylasePFAMアクセッションPF00128のメンバーである。配列番号262は、およそアミノ酸110から757に位置する推定のGlyco_hydro_31ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー31Glyco_hydro_31PFAMアクセッションPF01055のメンバーである。配列番号:264は、およそアミノ酸83から757に位置する推定のGlyco_hydro_31ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー31Glyco_hydro_31PFAMアクセッションPF01055のメンバーである。配列番号266は、およそアミノ酸18から410に位置する推定のアルファアミラーゼAlpha-amylaseドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリーAlpha-amylasePFAMアクセッションPF00128のメンバーである。配列番号268は、およそアミノ酸68から682に位置する推定のGlyco_hydro_31ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー31Glyco_hydro_31PFAMアクセッションPF01055のメンバーである。配列番号270は、およそアミノ酸28から429に位置する推定のアルファアミラーゼAlpha-amylaseドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリーAlpha-amylasePFAMアクセッションPF00128のメンバーである。配列番号272は、およそアミノ酸23から109に位置する推定のイソアミラーゼ_NIsoamylaseNドメインと、およそアミノ酸145から495に位置するアルファアミラーゼAlphaamylaseドメインとを含有し、イソアミラーゼN末端ドメインファミリーIsoamylase_NPFAMアクセッションPF02922、及びアルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリーAlpha-amylasePFAMアクセッションPF00128のメンバーである。配列番号274は、およそアミノ酸1から121に推定のアルファアミラーゼ_NAlphaamylaseNドメインと、およそアミノ酸140から503に位置するアルファアミラーゼAlphaamylaseドメインとを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリーAlpha-amylasePFAMアクセッションPF00128、及びアルファアミラーゼ、N末端ig様ドメインファミリーAlpha-amylase_NPFAMアクセッションPF02903のメンバーである。配列番号276は、およそアミノ酸548から926に位置する推定のアルファアミラーゼAlphaamylaseドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリーAlpha-amylasePFAMアクセッションPF00128のメンバーである。配列番号278は、およそアミノ酸133から505に位置する推定のアルファアミラーゼAlphaamylaseドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリーAlpha-amylasePFAMアクセッションPF00128のメンバーである。配列番号286は、およそアミノ酸29から405に位置する推定のFTSW_RODA_SPOVEドメインを含有し、細胞周期タンパク質ファミリーFTS_WRODA_SPOVEPFAMアクセッションPF01098のメンバーである。配列番号292は、およそアミノ酸163から368に位置する推定のUPF0020ドメインを含有し、推定上のRNAメチラーゼファミリーUPF0020UPF0020PFAMアクセッションPF01170のメンバーである。配列番号294は、およそアミノ酸21から226に位置するtRNA_m1G_MTドメインを含有し、tRNAグアニン-1-メチルトランスフェラーゼtRNA_m1G_MTPFAMアクセッションPF01746のメンバーである。配列番号296は、およそアミノ酸22から85に位置する推定のTGSドメインと、およそアミノ酸283から438に位置する推定のtRNA_synt_2bドメインと、およそアミノ酸562から659に位置する推定のHGTP_アンチコドンHGTPanticodonドメインとを含有し、tRNAシンテターゼクラスIIコアドメインファミリーG、H、P、S、及びTtRNA_synt_2bPFAMアクセッションPF00587、アンチコドン結合ドメインファミリーHGTP_anticodonPFAMアクセッションPF03129、及びTGSドメインファミリーTGSPFAMアクセッションPF02824のメンバーである。配列番号304は、およそアミノ酸2から155に位置する推定のLuxSドメインを含有し、LuxSタンパク質ファミリーLuxSPFAMアクセッションPF02664のメンバーである。細胞接着に関与する配列の同定粘膜表面に粘着する微生物の能力は、消化管における常在性を確立する際に、明確な利点を提供することができる。乳酸杆菌は、腸微生物相の正常な構成員である。ただし、これらの生物が上皮に付着する分子機序は、まだ、完全に特徴付けられているわけではない。アシドフィルス菌NCFMの接着に潜在的に関与する遺伝子を同定するために、完全ゲノム配列の分析を行い、接着に関与することが以前に示されている遺伝子に類似したオープンリーディングフレームORFを選択した。これらのORFには、連鎖球菌R28の2つの相同体配列番号76及び配列番号78、図1では、これらはそれぞれORF1633及びORF1634として示されている、フィブロネクチン結合タンパク質FpbA配列番号58、及びムチン結合タンパク質Mub配列番号18が含まれる。接着に対するそれらの影響を測定するために、これらの遺伝子を標的として、挿入による不活性化を、RussellandKlaenhammerApplEnvironMicrobiol6743614364によって記述されている、組み込み用のツール及びストラテジーを用いて行った。細菌性表面構成要素は、接着と相互作用する性質があるため、不活性化されている表層タンパク質SlpA配列番号60を含有する株に関しても、接着性の評価を行った。すべての変異体に関して、それらの接着性の評価は、Caco2細胞上で、アシドフィルス菌NCFMLacL-と比較して行った。アシドフィルス菌NCFMLacL-は、抗生物質に関する対照として使用され、野生型として指定されるものである。Caco2細胞は、正常な小腸絨毛細胞に関連している多数のマーカーを発現し、細菌の接着を研究するのに一般的に用いられている。R28の2つの相同体の変異体配列番号76及び配列番号78は、再現性のある接着の低減を示さなかった図1を参照。表層の変異体であるSlpA配列番号60が接着の最も大きな低減を示し、一方、フィブロネクチン配列番号58及びムチン結合配列番号18の変異体は、両方とも、野生型と比較した場合に、接着の、有意な低減を有した。これらのデータは、フィブロネクチン結合タンパク質、表層タンパク質、及びムチン結合タンパク質が、付着又は接着の過程に寄与していることを示す。接着アッセイCaco2細胞は、適切な分化と腸マーカーの発現とを実現するために、細胞培養処理されているカバーガラス上で15日間成長させた。その後、単層培養を、約4x108細菌/mlの濃度の細菌懸濁液で処理した。対数期の中間部にある細菌集団を用いて、選択を維持するために、2.5μg/mlのEmを含んだMRS中で成長させた。MRS及び細胞系培養液20ウシ胎仔血清で捕捉した最小必須培地の混合物中、37°Cで、1.5時間、細菌を単層培養上でインキュベートした。インキュベーションの後、単層培養を、リン酸緩衝食塩水PBSで5回洗浄し、メタノールで固定し、そして、グラム染色した。次に、カバーガラスを顕微鏡スライドに移し、そこで、細胞を計数した。統計上の目的で、各カバーガラスにつき、固定格子中の17の視野を計数し、各実験について、2枚組のカバーガラスを計数した。各カバーガラスの総計測数を用い、対照に対するパーセントとして接着を表した。アシドフィルス菌、NCFM::lacLは、3-ガラクトシダーゼ遺伝子中に組み込まれたpOR128を保持する。接着に対する、lacLへの組み込みの影響は見出されておらず、対照は、他のすべての組み込み体と同様に、同じ抗生物質選択条件下で増殖することができた。本明細書中に言及された全ての出版物及び特許出願は、本発明が関係する当業者の技術水準を示すものである。すべての出版物及び特許出願は、それぞれ個々の出版物または特許出願が、具体的かつ個別に参照により本明細書に組み込まれると示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。理解を明快にすることを目的として、例示による方法と、実例とによって、上記の発明をある程度詳細に記述したが、添付されている特許請求の範囲内において、ある程度の変更及び修正を行うことができるのは明らかであろう。"