植物細胞の異種集団から単クローン性植物細胞系を生成するための方法であって、次のステップ:a植物細胞の異種集団を提供するステップ;b植物細胞の前記異種集団からプロトプラストを調製するステップ;cプロトプラストの調製物をフローサイトメトリーによる選別に供することによって単一プロトプラストを分離するステップ;dフィーダー細胞材料の存在下での共培養によって微小コロニーが形成されるまで、分離された単一の形質転換されたプロトプラストを再生するステップ;e微小コロニーをフィーダー細胞材料から除去し、単クローン性植物細胞系が形成されるまで微小コロニーを培養するステップを含む前記方法。ステップeで得られる単クローン性植物細胞系の稔性の全植物への再生を更に含む、請求項1記載の方法。ステップbで調製されるプロトプラストが、形質転換され、i蛍光マーカータンパク質またはポリペプチドを産生することができる、ii所望の産物を産生することができる、および/またはiii選択剤の存在下で生存することができる、請求項1または2記載の方法。所望の産物が、異種タンパク質またはポリペプチド、二次代謝産物、および診断または分析の目的のためのマーカーからなる群から選択される、請求項3記載の方法。ステップcにおける単一プロトプラストの分離が、プロトプラストをFACSに供することによって実施される、請求項1~4のいずれか1項に記載の方法。請求項1~5のいずれか1項で定義される方法を実施することによって得ることができる、または得られる、単クローン性植物細胞系。請求項2~5のいずれか1項で定義される方法を実施することによって得ることができる、または得られる、稔性の全植物。