"多発性硬化症MSをもつ対象におけるインターフェロンベータIFN‐β治療の有効性を決定する方法であって、該方法は、対象から生体試料を採取する工程;および少なくとも1つのインターフェロン調節遺伝子IRGおよび/またはその変異体の発現レベルを決定する工程を含み、そこにおいて、対照と比較した、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現の増加または減少が、該対象がIFN‐β治療に反応不良であろうことを示す方法。前記生体試料が全血を含む、請求項1に記載の方法。前記全血試料からRNAを単離することをさらに含む、請求項2に記載の方法。前記生体試料を採取する前にIFN‐βの投与量を前記対象に投与することをさらに含む、請求項1に記載の方法。前記IFN‐β投与量の投与後約12時間以内に前記生体試料を採取することをさらに含む、請求項4に記載の方法。MSを治療するのに使用することができる薬剤をスクリーニングする方法であって、IFN‐β治療に反応不良な者であるMSをもつ対象から末梢血単核細胞PBMCの集団を提供する工程;前記PBMCに薬剤を投与する工程;および1つ以上のPBMCにおける少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベルを決定する工程を含む方法。対照と比較した、前記少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現の増加または減少が、前記薬剤がMS治療用の候補ではないことを示す、請求項6に記載の方法。MSをもつ対象を治療する方法であって、対象から生体試料を採取する工程;少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベルを決定する工程;および1つ以上の前記少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現が、対照と比較して増加または減少している場合、IFN‐βに加えて、少なくとも1つの薬剤の治療上有効な量を前記対象に投与する工程を含む方法。前記生体試料が全血を含む、請求項8に記載の方法。前記全血試料からRNAを単離することをさらに含む、請求項9に記載の方法。前記生体試料を採取する前にIFN‐βの投与量を前記対象に投与することをさらに含む、請求項8に記載の方法。前記IFN‐β投与量の投与後約12時間以内に前記生体試料を採取することをさらに含む、請求項11に記載の方法。MSをもつ対象を治療する方法であって、対象から生体試料を採取する工程;少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベルを決定する工程;および前記少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現が、対照と比較して増加または減少している場合、前記対象にナタリズマブの治療上有効な量を投与する工程を含む方法。前記生体試料が全血を含む、請求項13に記載の方法。前記全血試料からRNAを単離することをさらに含む、請求項14に記載の方法。本出願で使用する全ての科学用語および専門用語は、別段の定めがない限り、当該技術分野において一般的に使用される意味を有する。本明細書において提供される定義は、本明細書でしばしば使用されるある特定の用語の理解を促進しようとするものであり、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。本発明の文脈において、対照または対照試料という用語は、参照としての役割を果たす任意の対象試料または単離された試料を指すことができる。本明細書において使用する場合、mRNAという用語は、遺伝子の転写産物を指すことができる。転写産物としては、翻訳される状態、ならびに/または転写プロセスのさまざまな段階例えばスプライシングおよび分解にある成熟したmRNAなどのRNAを挙げることができる。本明細書において使用する場合、核酸または核酸分子という用語は、一本鎖または二本鎖のいずれかの形態のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド鎖を指すことができ、天然のヌクレオチドと同様の方法で機能する自然のヌクレオチドの公知の類似体を包含することができる。本明細書において使用する場合、ポリペプチドおよびタンパク質という用語は、1つ以上のアミノ酸サブユニットを含む分子を指すことができる。ポリペプチドは、タンパク質全体であることもあり、またはオリゴペプチドもしくはオリゴペプチドなどのタンパク質の断片でもありうる。また、ポリペプチドは、メチル化またはアセチル化などのアミノ酸サブユニットに対する改変を含みうる。本明細書において使用する場合、プローブという用語は、1つ以上の種類の化学結合、通常は相補的塩基対合を通して相補的な配列の標的核酸に結合することができるオリゴヌクレオチドを指すことができる。例えば、オリゴヌクレオチドプローブは、自然のすなわち、A、G、CもしくはTまたは修飾塩基例えば7デアザグアノシン、イノシンなどを含みうる。くわえて、オリゴヌクレオチドプローブ中の塩基は、ハイブリダイゼーションを妨げない限り、ホスホジエステル結合以外の結合によって連結されうる。本明細書において使用する場合、定量するという用語は、遺伝子の転写レベルを定量するという文脈において、絶対的または相対的定量を指すことができる。絶対的な定量は、1つ以上の標的核酸例えば対照核酸の既知濃度の包含、および未知ハイブリダイゼーション強度を、既知の標的核酸に例えば標準曲線の作製を通して参照することによって達成されうる。あるいは、相対的な定量は、2つ以上の遺伝子間または2つ以上の処理間のハイブリダイゼーションシグナルを比較をして、ハイブリダイゼーション強度、および遠まわしには転写レベルにおける変化を定量することによって達成できる。本明細書において使用する場合、相対的な遺伝子発現、または遺伝子に関して相対的な発現という用語は、異なる細胞または組織タイプにおける同一の遺伝子発現生成物、通常はmRNAの相対的な存在量を指すことができる。本明細書において使用する場合、対象という用語は、限定されないが、ヒトおよびヒト以外の動物例えば、げっ歯類、節足動物、昆虫、魚類、ヒト以外の霊長類、羊、ウシ、反芻動物、ウサギ、ブタ、ヤギ、ウマ、イヌ、ネコ、鳥類などを含む任意の動物を指すことができ、対象は特定の診断および/または治療適用の受容者であることができる。本明細書において使用する場合、生体試料という用語は、対象またはその構成要素から得られる身体試料を指すことができる。例えば、身体試料は臨床試料、すなわち、対象に由来する試料を含むことができる。そのような試料としては、細胞を含むことも含まないこともある末梢体液、例えば血液、尿、血漿、粘液、膵液胆汁、上澄み液、および血清;組織または細針生検試料;ならびに診断、治療、および/または転帰の既往歴が知られている保存試料が挙げられるが、これらに限定されない。また、身体試料は、組織学的な目的から採取された凍結切片などの組織の切片も含みうる。生体試料という用語はまた、身体試料を加工することによって生成された任意の物質を包含することができる。生成された物質としては、生体試料から単離される細胞もしくはその後代細胞、試料から抽出したタンパク質、および/または核酸分子が挙げられるが、これらに限定されない。生体試料の加工は、1つ以上のろ過、蒸留、抽出、濃縮、固定、妨害成分の不活化、試薬の添加などを含みうる。本明細書において使用する場合、インターフェロン調節遺伝子またはIRGという用語は、IFN‐βなどの少なくとも1つのインターフェロンに曝した際に、その発現が対照と比較して増加または減少する任意の遺伝子またはその変異体を指すことができる。IRGとしては、例えば表1に列挙されているもの、および当該技術分野において公知である他のもの例えばSamarajiwa,S.A.etal.,NucleicAcidsRes.37:D852-D857,Jan.2009を参照されたいを挙げることができる。本明細書において使用する場合、変異体という用語は、IRGに関連して使用するとき、IRGヌクレオチ配列における任意の改変を指すことができ、エクソン、イントロン、および非翻訳配列を含むコーディングまたは非コーディング領域で生じる変異を含む。変異は、単一ヌクレオチド置換、1つ以上のヌクレオチドの削除、および1つ以上のヌクレオチドの挿入を含むことができる。IRG変異体の例は、当該技術分野において公知である例えば、Vosslamber,S.etal.、多発性硬化症におけるインターフェロン調節遺伝子5遺伝子変異体、ならびにインターフェロンβ治療の薬理学的および臨床学的成果Interferonregulatoryfactor5genevariantsandpharmacologicalandclinicaloutcomeofInterferonβtherapyinmultiplesclerosis、GenesandImmunity、2011年4月7日、オンラインにて発表;ならびにBaranzinietal.,Hum.Mol.Genet.15:767,2009を参照されたい。本発明は、一般には、多発性硬化症MSをもつ対象における治療反応を予測する方法に関し、より具体的には、差異的に発現された遺伝子マーカーに基づいて、MSをもつ対象におけるインターフェロンベータIFN‐β治療に対する反応を予測する方法に関する。本発明は、インターフェロン調節遺伝子IRGの発現が、定性的すなわち、調節されるIRGが何であるかおよび定量的すなわち、調節されるIRGの数、および誘導または抑制の度合いに、MSをもつ対象の小集団subsetにおいて異なるという発見に基づいている。特に、予想外の発見であったのは、反応不良な者として分類されていたMSをもつ対象が、初回および6ヶ月時IFN‐β注射の後に、著しく増大した分子反応すなわち、遺伝子発現の増加および減少を示したことであった。この発見に基づいて、本発明は、MSをもつ対象におけるIFN‐β治療の有効性を決定する方法、MSをもつ対象がIFN‐β以外の治療薬で治療されるべきかどうかを決定する方法、MSを治療するのに使用することができる薬剤をスクリーニングする方法、およびMSをもつ対象を治療する方法を提供する。MS発症の機序に関する提案は、獲得免疫、特にミエリンを構成する物質に対して向けられた免疫反応に注目してきた。上記で述べたように予想外にも、反応不良な者たる状態に向かう運命にあったIFN‐β受容者は、すでに高いレベルの疾患活動を有し、病気に苦しんでいることが発見された。理論に拘束される訳ではないが、I型IFNに対する反応の増加は、MSをもつ対象の小集団subsetのすなわち、反応不良な者における自己免疫発症を押し進める自然免疫プロセスに伴って起こると考えられる。よって、I型IFN経路内か、または間接的にIRGの発現レベルに影響するかのいずれかの、自然免疫における差異は、反応不良な者における疾患の重症度の増強の決定要因であると考えられる。図1は、本発明の1つの態様に従って、MSをもつ対象におけるIFN‐β治療の有効性を決定する方法10を説明する流れ図である。方法10は、MSをもつ対象から生体試料を採取する工程工程12;生体試料から少なくとも1つの核酸を単離する工程工程14;少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベルを決定する工程工程16;および測定された遺伝子発現レベルを分析し、対象がIFN‐β治療に対して反応不良であろうかどうか決定する工程工程18を含むことができる。随意に、方法10は、生体試料を採取する前に、IFN‐βの投与量を、MSをもつ対象に投与することを含むことができる工程20。多発性硬化症またはMSという用語は、本明細書において使用する場合、脳および脊髄の軸索のまわりにある脂肪質の髄鞘が損傷を受け、脱髄および瘢痕化が生じる疾患を含むことができる。MSは多くのサブタイプを含むことができ、対象はいずれか1つを罹患しうる。MSサブタイプとしては、例えば、良性MS、休止quiescent再発寛解型MS、活動性active再発寛解型MS、一次進行型MS、および二次進行型MSが挙げられる。再発寛解型MSは、特徴がはっきりした急性の発作と、発作と発作の間に完全または部分的な回復が有って疾患の進行がないことを特徴とするMSの臨床経過を含むことができる。一次進行型MSは、初期に寛解なしに進行する形で症状を呈するMSの臨床経過を含むことができる。二次進行型MSは、初期には再発寛解を経て、その後、一時的な再発および軽度の寛解を伴いながら、さまざまな進行の速さで進行性になるMSの臨床経過を含むことができる。進行性再発性MSは、発症から進行性で、再発によって時折中断されるMSの臨床経過を含むことができる。典型的には、再発直後にかなり回復するが、再発と再発の間に疾患進行が徐々に悪くなることがある。図1を参照して、少なくとも1つの生体試料を、MSをもつ対象から工程12において採取することができる。生体試料という用語は、本明細書において広い意味において使用され、対象に由来する任意の臨床試料を含むことができる。生体試料としては、例えば、末梢体液、組織または細針生検試料;ならびに診断、治療、および/または転帰の既往歴が知られている保存試料が挙げられるが、これらに限定されない。また、生体試料は、組織学的な目的から採取された凍結切片などの組織の切片、および試料を加工することによって生成された任意の物質を含みうる。本発明1つの例では、生体試料は、注射針を使用して、MSをもつ対象の静脈から採取した全血試料を含むことができる。工程14において、少なくとも1つの核酸を、生体試料から単離することができる。核酸は、多くの公知の方法のいずれかに従って生体試料から単離することができる。遺伝子のコピー数の変化が検出されることになっている場合、ゲノムDNAが単離されることを当業者なら理解するであろう。遺伝子発現レベルの検出が望まれるとき、RNAすなわち、mRNAを単離することができる。mRNAなどの核酸を単離する方法は、当業者に周知である例えば生化学および分子生物学における実験技法:核酸プローブとのハイブリダイゼ―ション、第I部、核酸調製の理論LaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiology:HybridizationWithNucleicAcidProbes,PartI.TheoryofNucleicAcidPreparation、P.Tijssen,ed.Elsevier、N.Y.1993の第3章を参照されたい。本発明の1つの例では、RNAは、PAXGENERNA血液抽出キットPREANALYTIX、スイスなどの市販のキットを使用して全血試料から生体外で単離することができる。簡潔に言えば、少なくとも1つの全血試料を、MSをもつ対象から採取し、次いで試験管例えばRNaseを含まないチューブに集めることができる。精製は遠心分離工程で始まり、チューブに細胞を沈殿させる。次に、ペレットを、洗浄、懸濁し、最適化されたバッファープロテイナーゼKと共に中でインキュベーションし、タンパク質の消化を促進することができる。遠心分離工程をさらに実施し、細胞溶解物を均一にし、余剰の細胞残屑を除去することができる。次に、フロースルー画分の上澄みを、新しい微小遠心管に移すことができる。次に、エタノールを加えて結合条件を調整し、続いて溶解物をスピンカラムに加えることができる。短時間の遠心分離の間、RNAは、スピンカラムの膜に選択的に結合することができ、一方で不純物は通り抜ける。次に、残っている不純物を、数回の効率的な洗浄工程で除去することができる。第一および第二洗浄工程の間、例えば、膜をDNaseIで処理し、結合した微量のDNAを除去しうる。洗浄工程後、RNAは、溶出バッファーで溶出され、熱変性されうる。次に、RNAの質および量は、例えば、スペクトロスコピーによって評価することができ、アガロースゲル電気泳動によってさらに視覚化される。工程16において、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベルを、生体試料から単離された核酸から決定することができる。本発明の1つの例では、表1に列挙されている、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベル例えば約4つのIRGおよび/またはその変異体を、生体試料から単離された核酸から決定することができる。本発明の別の例では、表3に列挙されている、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベル例えば約4つのIRGおよび/またはその変異体を、生体試料から単離された核酸から決定することができる。1つの遺伝子または複数の遺伝子発現レベルおよびそれによる転写レベルの測定には、1つの遺伝子または複数の遺伝子のmRNA転写産物を含む核酸試料、またはmRNA転写産物に由来する核酸を提供することが望ましいことを当業者なら理解するであろう。本明細書において使用する場合、mRNA転写産物に由来する核酸は、その合成についてmRNA転写産物またはその部分配列が最終的に鋳型としての役割を果たす核酸を含むことができる。よって、mRNAから逆転写されるcDNA、cDNAから転写されるRNA、cDNAから増幅されるDNA、増幅されたDNAから転写されるRNAなどが、mRNA転写産物から生成されることができ、そのような派生生成物の検出は、試料中の元の転写産物の存在および/または豊かさの指標となりうる。遺伝子発現レベルおよび/または活性を検出する方法は、当該技術分野において公知である。RNAを検出する方法の非限定的な例としては、例えば、ノーザンブロット分析、RT‐PCR、RNAインサイチュinsituハイブリダイゼーション例えば、DNAまたはRNAプローブを使用して試料中に存在するRNA分子をハイブリダイゼーションする、インサイチュRT‐PCR、およびオリゴヌクレオチドマイクロアレイ例えば、試料に由来するポリヌクレオチド配列の、基質の結合したオリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションによるを挙げることができる。本発明の1つの例では、マクロアレイが使用され、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベルを検出することができる。マクロアレイは、検出されるべき発現された核酸に特異的にハイブリダイゼーションする多くのテストプローブ、および、随意に1つ以上の対照プローブを含むことができることを当業者なら理解するであろう。テストプローブは、サイズに幅があり例えば、約5~50ヌクレオチド、その発現が検出されることが望まれる遺伝子の特定の部分配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドを含むことができる。よって、テストプローブは、標的核酸に特異的にハイブリダイゼーションすることができうる。マクロアレイの一部として含まれうる対照プローブとしては、例えば、正規化対照、発現レベル対照、およびミスマッチ対照を挙げることができる。本発明の別の例では、実施例2下記に記載のマクロアレイが使用され、表1に列挙されている、少なくとも約4の遺伝子の発現レベルを検出することができる。少なくとも約4つの遺伝子例えば、4つの遺伝子の発現レベルを検出することは、幾つかの理由から有利でありうる。定量的テスト例えば、qPCRを行うには、例えば、多重アレイでの限られた数の遺伝子の選択が、多重アレイにおける実用的な理由例えば、容積および必要な試薬の数などから有用でありうる。くわえて、少なくとも約4つの遺伝子の選択が行われ、本発明のランダムフォレストモデルを使用して判別能すなわちROC曲線下面積を最適化することができる。マクロアレイを含むIRGは、約166のヒトcDNAによって提示されうる。簡潔に言えば、マクロアレイ膜上へのDNAスポッティング、プローブ標識、およびハイブリダイゼーションに関するプロトコールは、約5μgの全RNAを全血から生体外で単離することによって始めることができる。次に、cDNAプローブは、32PdCTPの存在下でSUPERSCRIPTIIINVITROGEN、カールズバッド、カリフォルニア州を使用した逆転写によって生成することができる。残りのRNAは、約70°Cで約20分間アルカリ処理によって加水分解し、その後cDNAはG50カラムGEヘルスケア社、Buckingham‐shire、英国を使用して精製することができる。次に、プローブを、約10ミリリットルのハイブリダイゼーションバッファー中でマクロアレイ膜に一晩ハイブリダイゼーションし、続いて低ストリンジェンシーバッファーおよび高ストリンジェンシーバッファーで洗浄することができる。次に、マクロアレイを、増感蛍光スクリーンに約2日間曝し、続いてSTORMIMAGERMOLECULARDYNAMICS、Sunnyvale、カリフォルニア州でスキャンすることができる。先行技術の方法は、高密度オリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いて、IFN‐βによって調節される遺伝子を特徴付けることが非常に多い。そのような方法は、新規のIFN‐β調節遺伝子を同定するのには有用でありうるが、結果を定量することは容易ではないので、その技法は、長期的、差異的なIRG調節の分析にはあまり適していない。先行技術の高密度マイクロアレイと違って、本発明のマクロアレイは、他の疾患指標例えば、C型肝炎ウイルスに対するIFN‐α治療用のマクロアレイを実証し、再現可能で、感度が高く、定量的であることが確認されたこれまでのマイクロアレイ実験例えば、Schlaak,J.F.etal.,J.Biol.Chem.277:49428-49437,2002;およびRani,M.R.S.etal.,Ann.N.YAcadSci.1182:58-68,2009を参照のことから選択された約166のIRGを含むことができる。有利には、本発明のマクロアレイによって検出可能な比較的少数の遺伝子は、IFN‐β調節遺伝子発現を評価するための集中的、定量的アッセイを提供する。工程18において、測定された遺伝子発現レベルを分析し、IFN‐β治療の有効性を決定することができる。例えば、遺伝子発現の測定レベルを、対照例えば、1つ以上のMSの無い対象の遺伝子発現レベルと比較することができる。本発明の1つの例では、表1に列挙されている、少なくとも約4つの遺伝子および/またはその変異体の発現レベルの、対照と比較しての増加または減少が、対象がIFN‐β治療に反応不良であろうことを示しうる。遺伝子発現のレベルの増加または減少を示現することに加えて、反応不良な者はまた、治療にもかかわらず断続的な神経機能の低下を示す可能性がある。MSをもつ対象おける神経機能の低下を評価する方法は、当該技術分野において公知であり、例えば、定量的MRI分析、総合障害度評価尺度ExpandedDisabilityStatusScaleEDSS例えば、少なくとも約0.5のEDSSスコアの増加が神経機能の低下の指標となりうる、および多発性硬化症機能複合評価MultipleSclerosisFunctionalCompositeを挙げることができる。本発明の別の例では、以下の遺伝子および/またはその変異体の少なくとも1つ例えば、約4つの発現レベルの対照と比較した増加または減少が、対象がIFN‐β治療に対して反応不良であろうことを示しうる:2‐5OAS;アダプチン;Akt‐2;APOL3;ATF2;Bad;Bcl‐2;BST2;C1‐INH;C1orf29;C1r;C1S;カスパーゼ1;カスパーゼ7;カスパーゼ9;CCR1;CD3e;CEACAM;c‐myc;COMT;CREB;CXCL11;CXCR4;CYB56;DDX17;Def‐a3;エラスターゼ2;Fas‐L;FK506;FLJ20035;G1P3;Gadd45;GATA3;GBP2;HLADP;HLADRA;Hou;HPAST;Hsf1;Hsp90;IDO;IFI16;IFI17;IFN‐44;IFI60;IFIT1;IFIT2;IFIT5;IFITM2;IFITM3;IFN‐17;IFNAR1;IFNAR2;IFNGR1;IFNGR2;IL15;IL18BP;IL1RN;IL2;IL2Rg;IL6;Int‐6;IP‐10;IRF2;ISG15‐L;ISG20;ISGF3g;L1CAM;MAP2K3;MAP2K4;MAP3K14;MAP3K3;MAP3K4;MAP3K7;MAP4K1;MAPK13;MAPK7;Met‐onco;MMP‐1;MMP‐9;MT1H;MT1X;MT2A;MX1;NF‐IL‐6;NFκB;NMI;NT5e;OASL;P4HA1;p53;p57Kip2;PAI‐1;PDK1;PDK2;PI3K;PKR;プレクチン;PLSCR1;PSMB9;RCNI;RGS2;RHOGDP;RIG‐1;セルピン;SNN;SOCS‐1;STAT1;STAT2;STAT4;TFEC;TGFbR2;TGFbR3;TIMP‐1;TNF‐α;TNFAIP6;TOR1B;TRAIL;UBE2L6;USP18;VegFC;ビペリンViperin;およびWARS。本発明の別の例では、以下の遺伝子および/またはその変異体の少なくとも1つ例えば、約4つの発現レベルの対照と比較した増加または減少が、対象がIFN‐β治療に対して反応不良であろうことを示しうる:TRAIL;RIG‐1;2‐5OAS;STAT1;PI3‐キナーゼ;IL‐15;IP‐10;MMP‐1;P4HA1;カスパーゼ7;PDK2;ATF‐2;TNF‐α;RGS2;SNN;hsp90;c‐myc;A1‐AT;HLA‐DRA;COMT;NFκB;HLA‐DP;TIMP‐1;CXCR4;およびIL‐2。本発明の別の例では、以下の遺伝子および/またはその変異体の少なくとも1つ例えば、約4つの発現レベルの対照と比較した増加が、対象がIFN‐β治療に対して反応不良であろうことを示しうる:TRAIL;RIG‐1;2‐5OAS;STAT1;PI3‐キナーゼ;IL‐15;IP‐10;MMP‐1;P4HA1;カスパーゼ7;PDK2;ATF‐2;TNF‐α;およびRGS2。本発明の別の例では、以下の遺伝子および/またはその変異体の少なくとも1つ例えば、約4つの発現レベルの対照と比較した減少が、対象がIFN‐β治療に対して反応不良であろうことを示しうる:SNN;hsp90;c‐myc;A1‐AT;HLA‐DRA;COMT;NFκB;HLA‐DP;TIMP‐1;CXCR4;およびIL‐2。本発明の別の態様は、MSをもつ対象がIFN‐β以外の治療薬で治療されるべきか否かを決定することを含むことができる。例えば、MSをもつ対象が、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体例えば表1に列挙された少なくとも約4つの遺伝子の発現レベルが、対照と比較して増加または減少しているとき、その対象をIFN‐β以外の治療薬で治療することができる。IFN‐β以外のMS治療は、当該技術分野において公知であり、例えば、酢酸グラチラマー、ミトキサントロン、およびナタリズマブ、ならびに代替療法例えばビタミンDを挙げることができる。他のMS治療としては、アレムツズマブ、ダクリズマブ、イノシン、BG00012、フィンゴリモド、ラキニモド、およびニューロバクスNEUROVAXなどの現在のところMS治療の臨床研究下にあるものを挙げることができる。以下に、本発明に従って、MSをもつ対象を治療する方法をより詳細に記載する。工程20において、方法10は、生体試料を採取する前に、MSをもつ対象にIFN‐βの投与量を投与することを随意に含むことができる。IFN‐βの投与量は、単一製剤として送達されることができ、それは遺伝子発現測定すなわち、工程16におけるでのノイズを減らしうる。MSをもつ対象に投与することができる投与量のIFN‐βとしては、例えば、IFN‐β1a例えば、AVONEX、REBIFおよびIFN‐β1b例えば、BETASERON、EXTAVIAが挙げられる。IFN‐βの投与量は、血管内注射などの任意の公知の経路を通して投与することができる。対象へのIFN‐β投与量の投与に続いて、少なくとも1つの生体試料を、採取することができる上記。生体試料を、1つ以上の時点で採取することができる。例えば、全血試料を、MSをもつ対象からIFN‐β投与量の投与の約12時間後に採取することができる。IFN‐βのさらなる投与量を、初回IFN‐β投与に続いて対象に投与することができることが理解されるべきである。例えば、初回IFN‐βの投与量を対象に投与し、続いて初回投与後約12時間後に生体試料を集め、次に約6ヶ月時に第二のIFN‐βの投与、同様にそれに続いて生体試料を集める。生体試料を採取した後、少なくとも1つの核酸を、試料から単離することができる上記。やはり上記で記載されたように、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現のレベルが、例えば、マクロアレイを使用して決定される。少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベルが決定されると、発現レベルを分析することができる上記。例えば、遺伝子発現の測定されたレベルを、対照の遺伝子発現レベルと比較することができる。対照は、1つ以上のMSをもたない対象から単離するか、IFN‐βで治療されたことのない対象から採取するか、またはIFN‐βでの治療前に対象から取ることができる。例えば、表1に列挙されている、少なくとも約4つの遺伝子おいて、測定された遺伝子発現のレベルが、対照と比較して増加または減少している場合、対象はIFN‐β治療に対して反応不良でありうる。IFN‐βは、MSに対する最も一般的に使用される疾患修飾性治療であるにもかかわらず、その作用機序はよく分かっておらず、個人に合わせた治療の指針となることができる生物学的マーカーはない。MSをもつ対象におけるIFN‐β注射に対する増大した分子反応が、自然免疫応答が発病を押し進める対象の小集団subsetに対するマーカーであるという発見に基づいて、本発明は、IFN‐β治療に対して反応不良な者たる状態に運命付けられた少数の対象を特定する方法10を、有利に提供する。それにより、以下でより詳細に述べるように、本発明は、MSをもつ個々の対象に合わせて疾患修飾性治療を調整することができる。図2は、MSを治療するのに使用することができる薬剤をスクリーニングする方法30を含む本発明の別の態様を説明する。方法30は、末梢血単核細胞PBMCの集団をMSをもつ対象から準備する工程工程32;薬剤をPBMCに投与する工程工程34;少なくとも1つの核酸をPBMCから単離する工程工程36;少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の遺伝子発現レベルを決定する工程工程38;および測定された遺伝子発現レベルを分析する工程工程40を含むことができる。工程32において、PBMCの集団は、MSを有し、IFN‐β治療に対して反応不良な者である対象から採取することができる。対象が反応不良な者であるか否かの決定は、上記の方法10に従って行うことができる。例えば、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体例えば、表1に列挙された約4つの遺伝子の発現レベルが対照と比較して増加または減少している、MSをもつ対象は、反応不良な者として特徴付けられうる。当業者なら、PBMCを単離する方法が幾つかあることを理解するであろう。例えば、PBMCを、全血試料からさまざまな密度勾配遠心分離手順を使用して単離することができる。典型的には、抗凝固処理全血を、分離媒質の上に重ね、次に遠心分離することができる。遠心分離工程の終了時に、数重の層を視覚的に観察することができ、上から下へ血漿/血小板;PBMC;分離媒質;および赤血球/顆粒球である。PBMC層を取り出し、洗浄し、不純物例えば、赤血球を取り除くことができる。洗浄後、細胞タイプおよび細胞の生存を、当該技術分野において公知の方法を使用して確認することができる。次に、PBMCを、実質的にコンフルエントな細胞層を増進するのに十分な期間および条件下において生体外で培養することができる。工程34において、少なくとも1つの薬剤をPBMCの集団に投与することができる。PBMCの集団に投与されうる薬剤は、MS治療用の候補でありうる任意の生体部分biologicalmoiety、化合物、または薬物を含むことができる。そのような薬剤としては、例えば、生物製剤、医薬化合物、ポリペプチド、タンパク質、核酸、および低分子を挙げることができる。工程36において、少なくとも1つの核酸を、PBMCの集団から単離することができる。核酸を細胞集団から単離する方法は、当該技術分野において公知である。例えば、RNAは、PBMCの集団から公知のRNA抽出アッセイを使用して単離することができる。上記のように、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体例えば、表1に列挙された約4つの遺伝子発現のレベルを、工程38において決定することができる。例えば、マクロアレイを使用し、遺伝子発現レベルを検出することができる。少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体例えば、表1に列挙された約4つの遺伝子の発現のレベルが決定されると、測定された発現レベルを、工程40において分析することができる上記。例えば、遺伝子発現の測定レベルを、対照の遺伝子発現レベルと比較することができる。遺伝子発現の測定レベルが、対照と比較して増加または減少している場合、投与された薬剤は、MS治療用の候補ではありうることはない。逆に、遺伝子発現のレベルが、対照と比較して増加または減少していない場合、投与された薬剤は、MS治療用の候補でありうる。図3は、MSをもつ対象を治療する方法50を含む本発明の別の態様を説明する。方法50は、MSをもつ対象から生体試料を採取する工程工程52;生体試料から少なくとも1つの核酸を単離する工程工程54;少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベルを決定する工程工程56;測定された遺伝子発現レベルを分析する工程工程58;および少なくとも1つの薬剤を対象に投与する工程工程60を含むことができる。随意に、方法50は、生体試料を採取する前に、IFN‐βの投与量をMSをもつ対象に投与することを含むことができる工程62。工程52において、少なくとも1つの生体試料を、MSをもつ対象から採取することができる。上記のように、例えば、生体試料は注射針を使用して対象の静脈から採取した全血試料を含むことができる。工程54において、少なくとも1つの核酸を、生体試料から単離することができる上記。例えば、RNAは、全血試料からPAXGENERNA血液抽出キットを使用して単離することができる。次に、少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現のレベルを、工程56で決定することができる。上記のように、例えば、ハイブリダイゼーションされたマクロアレイを使用して、表1に列挙されている、少なくとも約4つの遺伝子における遺伝子発現レベルを検出することができる。少なくとも1つのIRGおよび/またはその変異体の発現レベルが決定されると、測定された遺伝子発現レベルを、工程58において分析することができる上記。例えば、遺伝子発現の測定レベルを、対照の遺伝子発現レベルと比較することができる。遺伝子発現の測定レベルが、対照と比較して増加または減少している場合、対象は、IFN‐β治療に対して反応不良な者でありうる。逆に、遺伝子発現のレベルが、対照と比較して増加または減少していない場合、対象は、IFN‐β治療の候補対象者でありうる。工程60において、少なくとも1つの薬剤の治療上有効な量を、対象に投与することができる。対象に投与される特定の薬剤は、対象のそれまでに決定された反応者たる状態に依存することになるであろう。例えば、対象が反応不良な者である場合、ナタリズマブなどのIFN‐β以外の薬剤の治療上有効な量を、対象に投与することができる。逆に、対象が反応不良な者である場合、IFN‐βなどの薬剤の治療上有効な量を、対象に投与することができる。治療のタイプ、投与量、スケジュール、および治療の継続期間は、病状の重症度および/または対象の予後に応じて変えることができることが理解されよう。当業者は、投与量、スケジュール、および治療の継続期間とともに治療のタイプを調整することができる。方法50は、MSをもつ対象を不要な薬剤に曝すことなく治療するための投薬計画を有利に提供し、そしてそれは、医療制度にとって不要なコストを省くという点で非常に有益でありうる。また、方法50は、工程62における生体試料上記で論じたようにを採取する前に、IFN‐βの投与量をMSをもつ対象に投与する工程を随意に含むことができることが理解されよう。さらに、本発明は、方法10、30、および50の一部として、タンパク質またはポリペプチド単離および検出技法を代替的に含むことができることが理解されよう。例えば、公知の技法が使用されて、本発明のIRGおよび/またはその変異体によってコーディングされるタンパク質、ポリペプチド、および/またはその変異体を単離および検出することができる。そうするには、生体試料を、MSをもつ対象から採取することができる上記。次に、生体試料を、本発明のIRGおよび/またはその変異体によってコーディングされるタンパク質、ポリペプチド、および/またはその変異体を単離する公知の技法に供することができる。例えば、タンパク質精製プロトコールProteinPurificationProtocols、HumanaPress1996を参照されたい。次に、単離したタンパク質、ポリペプチド、および/またはその変異体は、タンパク質マイクロアレイ、免疫染色、免疫沈降、電気泳動例えば、2Dまたは3D、ウェスタンブロット、分光測定、およびBCAアッセイなどの公知の技法の1つまたは組み合わせを使用して検出することができる。タンパク質、ポリペプチド、および/またはその変異体の検出に続いて、タンパク質、ポリペプチド、および/またはその変異体レベルを分析することができる。タンパク質、ポリペプチド、および/またはその変異体のレベルが、対照試料と比較して増加または減少している場合、その対象は、IFN‐β治療に対して反応不良な者でありうる。逆に、タンパク質、ポリペプチド、および/またはその変異体のレベルが、対照試料と比較して増加または減少していない場合、その対象は、IFN‐β治療の候補対象者でありうる。以下の実施例は、例示の目的のためにすぎず、本明細書に添付されている請求項の範囲を限定することを意図しない。方法臨床プロトコールクリーブランドクリニックClevelandClinicCC治験審査委員会InstitutionalReviewBoardは、本試験を認可した。全対象に書面の同意書を提供した。対象は、最初のエピソードからなる症候群clinicallyisolatedsyndromeCISまたは再発寛解型MSを有し、筋肉内IFN‐β‐1a治療を開始し、それまでは治療未経験者であり、CCMSセンターで追跡調査を受ける場合に参加可能であった。99名の対象が参加した。患者は各々、ベースライン、6、12、および24ヶ月時に検査を受けた。3および18ヶ月時には、患者に電話で連絡して、治療コンプライアンスを評価し副作用を確認した。ベースライン受診、6、および24ヶ月時には、IFN‐β注射の直前および正確に12時間後に、臨床研究ユニットでIRG分析用に血液が採取され、病変および脳萎縮の定量的評価のため、患者は標準化脳MRIスキャンを受けた。毎回の受診で、患者は、Kurtzke総合障害評価尺度KurtzkeExpandedDisabilityScaleScoreKurtzke,J.F.,Neurology33:14441452,1983、多発性硬化症機能複合評価スコアMultipleSclerosisFunctionalCompositescoreRudick,R.A.etal.,Mult.Scler.8:359-365,2002、および再発または併発する疾病の既往歴を判定するのに神経学的検査を受け、また患者は構造的質問票structuredquestionnaireをわたされ、インフルエンザ様症状、筋肉痛、悪寒、疲労、頭痛、および体力喪失を明らかにした。6および24ヶ月時には、血清をIFN中和抗体について検査した。MRI分析MRIで得られるものは、標準的な投与量ガドリニウム0.1mmol/kgの注入前および注入後に得た、T2強調水抑制反転回復法FLAIR画像、T2強調およびプロトン密度強調デュアルエコーdualecho高速スピンエコー画像、およびT1強調スピンエコー画像を含んだ。自家開発ソフトウェアを使用して、画像を分析し、脳実質分画BPF、T2病変容積、T1低強度病変容積、ガドリニウム増強病変容積および数、新しいT2病変の数、および拡大T2病変の数を求めた。完全に自動化されたセグメンテーションソフトウェアを使用して、FLAIR画像からBPFを計算したRudick,R.A.etal.,J.Neuroimmunol.93:8-14,1999。病変分析方法の詳細は、以前に記載されているCohen,J.A.etal.,Mult.Scler.14:370382,2008。簡潔に言えば、T2高強度病変を、自動的にFLAIRとT2/PD画像に分割し、対話型ソフトウェアを使用して視覚的に確認して、誤って分類された病変を補正する。6ヶ月時追跡調査画像は、ベースラインに対して記録され、強度が正規化された。ベースラインT2病変マスクを、共に記録した6ヶ月時画像に適用し、持続性の病変を特定する。次に、ベースライン画像を記録された正規化6ヶ月時画像から差し引いて、6ヶ月時の新しい拡大T2病変を自動的に特定した。対話型ソフトウェアを使用して、新しい拡大T2病変を視覚的に確認し、最終結果を得た。RNA単離血液からPAXGENERNA血液抽出キットPreAnalytix、スイスを使用して製造者の取扱説明書の通りに、生体外でRNAを抽出し、エタノール沈殿によって濃縮した。RNAの質および量を、分光光度法280/260nmの吸光度比、およびさらにアガロースゲル電気泳動で視覚化することによって評価した。RNA試料を、-80°Cで保存した。マクロアレイを使用して分析した遺伝子cDNAマクロアレイ分析についての詳しい手法は、記載のように実行したSchlaak,J.F.etal.,J.Biol.Chem.277,49428-49437,2002;Rani,M.R.S.etal.,Ann.N.YAcadSci.1182:58-68,2009。特注マクロアレイ上のIRGを、Unigeneデータベースから選択した166のヒトcDNAによって示した。マクロアレイ上の全遺伝子の名称のリストを、GenBankアクセッション番号とともに、表1に示す。表1:特注マクロアレイ用に選択した166の1型インターフェロン応答遺伝子の名称およびGenBankアクセッション番号これらのI型IFNIRGは、IFN‐αまたはIFN‐βのいずれかで処置した線維肉腫、上皮または内皮細胞系のマイクロアレイ分析によって同定されたSchlaak,J.F.etal.,J.Biol.Chem.277,49428-49437,2002;Rani,M.R.S.etal.,Ann.N.YAcadSci.1182:58-68,2009。遺伝子のすべては、公知のIRGであった。膜上のDNAスポッティング、プローブ標識およびハイブリダイゼーションのプロトコールは、以下のように、変形とともに、以前に記載されているSchlaak,J.F.etal.,J.Biol.Chem.277,49428-49437,2002;Rani,M.R.S.etal.,Ann.N.YAcadSci.1182:58-68,2009。血液から生体外で単離した全RNAの5μgを使用して、32PdCTPの存在下でSUPERSCRIPTIIインビトロジェン社、カールズバッド、カリフォルニア州を用いて逆転写することによって放射性標識cDNAプローブを作製した。残りのRNAを70°Cで20分間アルカリ処理によって加水分解し、その後、G50カラムGEヘルスケア社、Buckingham‐shire、英国を使用してcDNAを精製した。マクロアレイおよび放射性cDNAのハイブリダイゼーションの調製は、以前に記載されているように行ったSchlaak,J.F.etal.,J.Biol.Chem.277,49428-49437,2002;Rani,M.R.S.etal.,Ann.N.YAcadSci.1182:58-68,2009。膜に結合した放射能を定量し、ISGのIRの計算に使用した。ばらつきを最小限にするために、ベースライン0ヶ月時および6ヶ月時の各患者の試料を、単一バッチsinglebatch実験計4つの膜で処理した。5つの遺伝子:OASLアクセッション番号NM003733;TRAILU37518;IFI44D28915;HLADRAJ00194;およびTIMP‐1M59906について、リアルタイム定量PCRを使用して、特注cDNAマクロアレイを使用して出した誘導比率IRが正しいことを確認した。OASL、TRAIL、IFI44、HLADRA、およびTIMP‐1について、rt‐PCRとマクロアレイデータとの相関のスピアマン相関係数は、それぞれ、0.92、0.75、0.36、0.72、および0.54であった。図4は、OASLについて得られたIRおよび相関を示す。統計的な分析IFN‐βに対する反応不良は、6ヶ月受診時でのMRIをベースラインと比較した定量的MRI分析に基づいた。反応不良は、≧3の新しい病変の発生として定義された。反応良好群とPR群のベースライン特徴の違いは、t検定またはフィッシャーの直接確率検定を必要に応じて使用して比較した。ポワソン回帰を使用して、群の違いをベースライン注射時にIRが≧2.0である誘導されたIRGの数で検証した。6ヶ月時と比較して最初の注射時のIRを変換したピアソンの相関係数のlog2を、85名の患者について計算した。ベースライン、6ヶ月、および24ヶ月時のペアワイズ相関を、無作為に選んだ10名の患者について計算した。IRを変換したlog2の母集団およびベースラインMRIを修正した最小二乗平均LS平均を計算し、ANCOVAによって反応群の間で比較した。共変量は、年齢、性別、ガドリニウム増強病変の存在、およびT2容積である。IFN-βに対する反応の大きさの全体的な分布に関して群が異なるか否かを調べるために、166のIRGのLS平均の密度プロットを群について作成し、ベースラインおよび6ヶ月時IRを治療に反応した者の状態と比較した。PRにおいてより大きい反応を示すLS平均:上方制御された遺伝子ではPR>GR、または下方制御された遺伝子ではPR<GR遺伝子の確率を、二項確率検定を用いて確率≦0.5の帰無仮説を仮定してテスト片側した。IRGがPRとGRを区別しうるか否かをさらに調べるために、不良とGRを最も良く区別するベースライン時のIRGを以下のように特定した。まず最初に、単変量的に異なるIRGを選択し、次にランダムフォレスト法randomforesttechniqueを使用して遺伝子を選択し、予測モデルを立てた。1000のランダムフォレストシュミレーションrandomforestsimulationsから得られた変数重要度のモンテカルロのランク推定の和sum‐of‐rankestimateのランクに基づいて、最も良い25のIRGを選択した。患者をその正しい反応群に分類することにおけるこれらの25の遺伝子に基づく推定ROC曲線を、予測モデルにおけるベースラインT2容積の有り無しで比較した。結果調査対象99名の対象が長期間にわたる試験に加わった。85名がプロトコールに残り、筋肉内IFN‐β‐1aを少なくとも6ヶ月間受け続けた。予定の6ヶ月時マクロアレイ分析を完了しなかった14名の患者のうち、12名がIFN‐β‐1aを中断し、他の2名では試料ハイブリダイゼーションが初回または6ヶ月時注射のいずれかで不成功であった。最初の6ヶ月の試験を終えた85名の患者と、終えなかった14名との間に、ベースラインの母集団および疾患特徴に著しい違いはなかったデータ示さず。他の分析すべてについて、最初の6ヶ月を終えた85名の患者のみが含まれた。これらの85名中、32が複数の脳MRI病変のある最初のエピソードからなる症候群clinicallyisolatedsyndromesを有し、68が再発寛解型MSを有した。平均年齢は35.7歳、平均MS罹病期間は2.4年、65が女性、91が白人であった。6ヶ月時点で、所定のMRI定義に基づいて15名18の試験対象がPRに分類された。表2に、PR、GRおよび全集団に関するベースライン特徴を列挙する。表2:IFN‐β治療に対して反応良好な患者と反応不良な患者とのベースライン特徴の比較特に指示のない限り、全ての値は平均値±SDである。CIS=最初のエピソードからなる症候群clinicallyisolatedsyndrome;RRMS=再発寛解型多発性硬化症;EDSS=総合障害度評価尺度ExpandedDisabilityScaleScore;MSFC=多発性硬化症機能複合評価MultipleSclerosisFunctionalComposite;Gad=ガドリニウム;BH=低信号病巣blackhole;BPF=脳実質分画brainparenchymalfractionPRがより高い比率でガドリニウム増強病変をベースライン時に有し、よりT2病変容積がより大きかったことを除いて、ベースライン時に2つの群は全特徴において類似していた。初回注射に対するIRG反応および経時安定性IR>2.0と定義されたIRGの誘導は、IFN‐β注射を受けていない健康な対象でアッセイした際、12または24時間隔てたアッセイにおいて1.5倍を超えて変化したIRGを示さなかった。初回IFN‐β注射時に誘導されたIRGの数は、7から135と患者によって異なり、IFN‐β反応者状態と誘導された遺伝子の数との間に関連はなかったP=0.76図5。同様に、初回IFN‐β注射に対する反応のパターンは、患者によって大きく異なったRani,M.R.S.etal.,Ann.N.YAcadSci.1182:58-68,2009。初回IFN‐β‐1a注射後のIRG反応のパターンおよび大きさにおける個人間の大きなばらつきにもかかわらず、対象の各々に関して反応は長期間にわたって安定していた。図6は、85名の全患者について6ヶ月時のIRy軸に対してプロットした初回注射時のIRx軸を示す。IFN‐β注射に対する分子反応は、ほぼすべての患者で非常に安定であった。例外が3つあり、対象7最上列、左から7番目および対象25第3列、左から1番目はベースライン投与時にウイルス感染を患っていたので、高い注射前IRG発現レベルのために初回注射時に、IRG誘導はほとんどまたは全くなかった。両対象は、6ヶ月時IFN‐β注射には反応した。対象21第2列、左から9番目では、IFN‐βに対する高い力価の中和抗体が生じ、6ヶ月時に検出された。対象21は、初回IFN‐β注射に活発に反応したが、6ヶ月時は最小限であった。その他の対象の中和抗体試験はすべて、6ヶ月時に陰性であった。その3名の対象を除いて、個々の患者で、初回注射時のIRは6ヶ月時のIRと強く相関したピアソンの相関係数平均値±SD=0.81±0.11。67名のGR患者対象7、21、25を除くの平均の0.81±0.11に比べて、15名のPR対象の平均相関係数試験番号1、4、12、14、18、40、49、57、62、65、66、70、87、91、および92は、0.81±0.10であった。無作為に選択した10名の患者PR5名およびGR5名について、IRG分析を24ヶ月時に繰り返した図7。これらの10名の対象について、ベースラインと6ヶ月時との間r=0.86、6ヶ月時と24ヶ月時との間r=0.82、およびベースラインと24ヶ月時r=0.85との間で、IRは強く相関していた。相関係数は、5名のPRおよび5名のGRで類似していた。これらの結果は、PR状態がIFN‐βに対する分子反応の大きさ図5または時間にともなうIFN‐βに対する分子反応の衰退図6~7のいずれによるものでありえないことを示唆していた。IFN‐β反応良好者に対比したIFN‐β反応不良者におけるIRG反応IFN‐βの生物学的作用は、IRGタンパク質生成物の作用よって説明されるBorden,E.C.etal.,Nat.Rev.DrugDiscov.6:975-990,2007。我々は、有害な炎症性遺伝子産物の誘導Wandinger,K.P.etal.,Ann.Neurol.50:349-357,2001または有益な遺伝子の発現の選択的不全Wandinger,K.P.etal.,Lancet361:2036-2043,2003のいずれかを明らかにすることによって、IFN‐βに対する分子反応の特徴がPR状態を説明しうるか否かについて取り組んだ。年齢、性別、ガドリニウム増強MRI病変の存在、およびベースラインT2病変容積について修正した我々のマクロアレイアッセイを構成する166遺伝子表1の単変量解析において、平均IRは、17の遺伝子についてPRとGR群の間で異なる反応を指し示したP<0.05。予想外にも、17遺伝子すべてについて、誘導または抑制いずれかの反応は、反応不良な患者でより大きく、そのような患者での増大したIFN‐β分子反応を示唆していた。この仮説を2つの群における全体的なIR頻度の分析によって確認した図8A~B。図は、初回図8Aおよび6ヶ月時図8BIFN‐β注射における全患者の全IRGについてのIR頻度を示す。初回注射では、119の上方制御された遺伝子のうち、89遺伝子でPRの最小二乗平均IRが、GRの最小二乗平均IRより高かった。47の抑制された遺伝子のうち、34遺伝子でPRのIRが、GRより低かった。よって、166遺伝子中123で増大したIFN‐βに対する反応が、反応不良な者に存在したp<0.001。6ヶ月時注射では図8B、増大したIFN‐βに対する反応が、166遺伝子中120で起こったp<0.001。ランダムフォレスト選択を使用して、我々は反応不良または反応良好状態に最も強く関連するIRGを特定した。ランダムフォレスト法は、各因子この場合は各IRGを選択する際に各変数の重要度を考慮する非パラメータのアンサンブル識別器ensembleclassifier、変数間の複雑な相互作用および非線形依存関係に感度が高い。したがって、我々は、変数選択および分類にランダムフォレストを使用することを選んだ。表3は、ベースラインIRが最も良く反応の状態を予測した、特定された25の遺伝子を列挙する。表3:反応者の状態を最も良く予測した、特注マクロアレイ上の25インターフェロン応答遺伝子の誘導比率初回IFN‐β注射に応答して、25のIRGうち、14が上方制御され、11のIRGが抑制された。これらの25のIRGを予測モデルに合わせ、それを使用してROC曲線を作り、その予測力を測定した図9。初回IFN‐β注射時の25のIRGモデルの予測力を、ベースラインIFN‐β治療前T2病変容積の予測力と比較した。また、ベースラインT2病変容積および25のIRGに関するIRを合わせた予測モデルを構築した。濃度曲線下面積は、T2病変容積のみに関して0.76、IRGモデルに関して0.82、IRGと合わせたT2病変容積に関して0.85であり、初回IFN‐β注射後の差異的なIRG誘導が、MRIを使用して6ヶ月時に測定した反応状態の強力な予測因子であることを示した。該曲線は、ベースラインIRGモデルのほうが、ベースラインMRI脳スキャンよりも6ヶ月時MRI結果を強力に予測したことを示す。マクロアレイ膜のスポッティングスポッティングに使用する実験台エリア全体をしっかりと拭き、スポッティングを妨げうる余分なちりを除く。次に、スポッティング領域を3MM紙で覆い、レプリケーターのピンをVP110ピンpin洗浄溶液120mLのdH2Oに30mLの溶液の入ったタッパーウェアTupperware容器にセットする。ピンはおよそ半分、洗浄溶液に浸かっていなければならない。ピンを浸している間、実験に供給するのに十分なHybond‐Nメンブレンを切る。例えば、手袋をはめて、物差しを使用して、hybond紙の保護に使用されている紙層に74mm×115mmの長方形を印付けする。手や腕で紙および膜に過大な圧力をかけないように確認し、膜となるものの中心を紙でカバーしながら出来るだけ接触がないようにする。また、膜が紙のカバー内で滑らないことを確認し、きれいな外科用メスおよび物差し、またはきれいなはさみを使用して印付けした線に沿って切る。次に、二端を切り取り、鉛筆を使用して膜の端に識別番号を小さく印付けすることによって、各膜をnalg‐nuncトレイに合わせる。膜をスポットしているときに端が丸くならないように、トレイに紙を置く際には紙のアーチは上方向でなければならない。トレイに置くために膜の端を切り取る必要がある場合、上部は実験が完了した時点でホスフォイメージャーカセットでの位置合わせに使用するので、底部を切り取るのが最も良い。ピンを洗浄溶液に7~10時間浸し、VP522リント‐フリーlintfreeブロッティング紙にブロットし、5数える間そのまま静置する。ピンをdH2Oに7~10時間浸し、再度ブロットし、5数える間そのまま静置する。この最後に工程をdH2Oの別の槽tubで繰り返し、次にピンを7~10時間イソプロパノールに浸し、ブロットし、空気乾燥させる。その間、DNA96‐ウェルプレートを-20°Cから取り出して溶解させる。ピンが乾燥し、DNAが完全に溶けたら、各DNA96ウェルプレートを、対応して番号を付けられたライブラリー複製装置copierの内部に置く。ピンを対応するDNAに置き、ピンをスポッティングに向けてプライムprimeするために、リントフリーブロティング紙にスポットし、ピンを96ウェルプレートに戻して置く。記録装置を膜の1枚がはいったトレイの上に置き、次にピンをDNAから外し、合わせピンをレプリケータートレイの合わせ穴の第一列の一番目の穴にそっとセットすることによって膜をスポットする。ピンを5つ数える間、膜にそのまま静置した後、それを外してDNAプレートに戻す。第一列の二番目および三番目の穴について先の工程を繰り返し、次に第二のDNAトレイに換えてピンをプライムする。第二列の合わせ穴の1~3番目の穴を使用して、先の2つの工程を繰り返す。第三のDNAのトレイに換えて、そのピンをプライムする。同じようにして、第三列の合わせ穴の1~3番目の穴を使用して、前述の工程を繰り返す。すでに完了しているプライミングprimingを省いて、残りの膜について前述の工程を行う。膜の全部を空気乾燥させ、翌日の変性までそれらを2枚の3MM紙の間に保存し、保管前にピンを再度洗浄する。マクロアレイ実験に使用するRNA32P標識5μgのRNAを10μLのMILLIQ滅菌水に加える最終容積10μL。次に、6μLのT23ACGアンカーanchoredプライマ-ミックス100pmol/μLを加え、静かにしかし完全に混ぜる。T23ACGアンカープライマ-ミックス1反応当たりを作るには:プライマ-3μL;dNTP1.5μL、およびdCTP40μM1.5μL。dNTPについては、各10mMのdATP、dGTP、およびdTTPを等量混ぜる。次に、10分間72°Cでインキュベーションする。氷で2分間冷やす。遠沈して濃縮する。インキュベーションの間に、以下のハイブリダイゼーションミックス1反応当たり:5×逆転写酵素5μL;0.1MDDT3μL;RNAse阻害剤1μL;および32PdCTP2μLを作る。10分が経過して試料を冷やして遠沈した後、11μLのハイブリダイゼーションミックスを各反応に加え、42°Cで2分間インキュベーションする。次に、1.5μLのSuperscriptII逆転写酵素200U/μLを各反応に加え、静かに混ぜる。2時間42°Cインキュベーションする。この間は、前日例えば12~24時間前にスポットしたマクロアレイ膜上のDNAを変性させるのに適した時間である。変性バッファーDBを大きいタッパーウェアTupperware容器に注ぐ。膜が重ならないように浸されているのを確認しながら、膜DNA面を上にするをバッファーに置く。膜をDB中に10分間置く。10分後、上記と同様の注意をしながら膜をdH2O槽に移す。箱を、楕円振盪装置ellipticalshakerに低速度で10分間置く。膜を~600mLの中和バッファーNBに移し、同じ振盪装置にさらに10分間置く。膜をdH2Oに移し、10分間振盪し、膜からNBを洗い流す。膜を3MM紙上で空気乾燥させる。乾燥したら、膜をハイブリダイゼーションまで2枚の3MM紙の間に保存する。42°Cでの2時間が終了したら、RNAを加水分化するために、15mLの0.1M滅菌ろ過済みNaOHを加え、チューブを70°Cで20分間インキュベーションする。20分後、15μLの0.1M滅菌ろ過済みHClを加え、反応を中和した。G50カラムを短くボルテックスすることによって調製し、底を折り取って、冷蔵室の遠心分離機または実験室ベックマンBeckman冷蔵微量遠心機で1分間3000rpmで遠心する。樹脂をかき乱さないように、カラムを新しいエッペンドルフEppendorfチューブに注意深く置く。32P標識cDNAを、樹脂60μLに直接ゆっくりと加える。次に、同じ遠心分離機でカラムを3000rpmで2分間遠心し、カラムをエッペンドルフEppendorfから取り外す。試料がピンク色であるのは余分な放射性同位体の不完全な除去を示しているので、ピンク色でないことを確認しながら、フロースルーを軽くはじいて混ぜる。試料容積が大きく変わっている場合、または放射能溶出前に、エッペンドルフEppendorfを交換しなかった場合、マイクロコンMICROCON遠心ろ過器ミリポアMILLIPORE、Billerica、マサチューセッツ州を使用して注意深く試料を濃縮することができる。これは、容積に大きな違いがある場合>100μL違いまたは適当と思われるときのみ必要である。各チューブのフロースルーの1μLを、2mLのシンチレーション液が入った、対応するシンチレーションバイアル放射性の固形廃棄物のそばでリピペットrepipetteから得たに加える単に放射能を含むチップ全体を入れる。蓋をし、各シンチレーションバイアルをボルテックスして混ぜる。シンチレーション読み取り装置において、プログラム6スライドを使用し、実行するメインメニュー>自動計測automaticcounting:選択select。シンチレーション読み取りの整合性を確認し、許容可能なら、次に50μLのCOT‐1DNA1μg/μLおよび5μLのPoly‐ADNA2μg/Lを加える。次に、次の混合物を調製する:4×SSC44μLのろ過した10×SSC;ddH2O45μL;および0.1SDS1μLのろ過した10SDS。90μLの混合物を各チューブに加え、ボルテックスし、滴を遠心で落とし、DNAを変性させるために加熱ブロックで95°Cにて5分間インキュベーションし、65°Cで2時間ハイブリダイゼーションさせる。この間は、膜を調製するのに適した時間である。膜の調製には、まず初めに膜を水に浸し、丸めた内側にDNAがくるように丸める。対応する予め暖めたハイブリダイゼーション瓶に加える。10mLの65°CのCHURCHバッファーを加え、気泡が膜の下にはいって、それにより膜が乾ききるのが進むのを避けるようにバッファーを膜にゆっくりと流す。ハイブリダイゼーションミックスが準備されるまで、反応物を、回転しているハイブリダイゼーションオーブン中に置く。200μLの適切なハイブリダイゼーションミックスを各チューブに加え、直ちにハイブリダイゼーションオーブンに戻し、一晩インキュベーションする。1Lの洗浄溶液1および3、2Lの洗浄溶液2を調製し、水浴中で65°Cに予め暖める。膜を16~24時間ハイブリダイゼーションしたら、ハイブリダイゼーションオーブンからビンを2つ同時に取り出し、ハイブリダイゼーションミックスを大きい放射性廃棄物ビーカーに注ぐこのビーカーは、廃棄物の一時的な保存にのみ使用され、全廃棄物は、10L容の放射線安全支給radiationsafetyissued廃棄物つぼjugに移し、廃棄物記録用紙に適切に記録される、約50~100mLの洗浄溶液1を加え、瓶に再び蓋をし、膜を振って洗い流し、洗い流し液を注ぎ出して、瓶の1/4~1/3の洗浄溶液1を加え、しっかりと蓋をした瓶をハイブリダイゼーションオーブンに戻し、15分間インキュベーションする。それが終わった後、バッファーを破棄し、同量の洗浄溶液2を加えて15分間インキュベーションし、溶液3を使用して洗浄工程を繰り返す。この洗浄が終了したら、振ることによって、膜を瓶の首の上方に移動させる。ピンセットを使って膜を、DNA面を上にして清潔なタッパーウェアTupperwareのdH2Oに取り出し、SDSを洗い流す。1枚の3MM紙の上で膜をさっと拭い取って乾燥し、膜を2枚のサランラップ登録商標saranwrapの間にできるだけ四角にsquarely並べる。膜を並べるのに、ガイドとしての線が付いた紙を1枚使用することが有用であり、2対のピンセットを使用することも同様である。膜をホスフォイメージャーカセットに約3日間曝す下記を参照されたい。膜をフィルムカセットに移し、膜の各セットについてデータのハードコピーを作製する。マクロアレイデータのキャプチャーホスフォイメージャーカセットのスクリーンを膜に2~3日間曝した後、結果として生じた画像を、STORMホスフォイメージャーを使用してスキャンし、結果として生じた.gelファイルをRansoshared上のマクロアレイMACROARRAYファルダに保存する。スキャンを終了し、ファイルを保存したら、IMAGEQUANTでそのファイルを開き、データをキャプチャーする。好みpreferenceプルダウンメインメニューで好みの設定preferencesettingをチェックすることによって始める。GridColumnMajorをチェックすべきではなく;容積レポート設定volumereportsetting下において、作成された容積レポートreportについて、名前nameおよびsumabovebackgroundのみを選択すべきであり;初期設定背景修正は、局所中央値localmedianに設定すべきである。次に、グレースケール色調整Grayscalecoloradjustmentをプルダウンビューviewメニューから選択する。全スポットが見えるようになるまで色を調整するが、過剰に曝露しない‐全スポットを隣接するスポットから独立したままにする。対象objectプルダウンメニューからグリッドgridを選択する。開いたウィンドウに、24行36列を入力する。グリッドの区分sectionにつき、1つのスポットを中心に置くことを確認しながら膜の1つにグリッドを描く。膜がきちんと位置合わせされていない場合、矢印キーまたは回転ツールrotationtoolシフトキーを使用してグリッド全体を回転することによって、微調整を行うことができる。全スポットを中心に置いたら、分析analysisプルダウンメニューから背景修正backgroundcorrectionを選択する。局所中央値LocalMedianを選択して、ウィンドウを閉じる。分析analysisメニュー下で、容量レポート設定VolumeReportSettingsを選択して、名前NameおよびSumabovebackgroundのみをチェックする。分析analysis下で、容量レポートVolumeReportを選択する。表示displayレポートreportを選択する。開いているウィンドウを閉じ、マイクロソフトエクセルMicrosoftExcelでファイルを開くことを尋ねて現れるウィンドウではいyesを選択する。エクセルに入ったら、列タイトル‐名前およびsumabovebackgroundをクリアする。ファイルFile下で名前を付けて保存savecopyasを選択し、.cvsコンマcommaで区切るフォーマットでコピーを適切なサブフォルダに保存する。矢印キーを使用して、次の膜の上にグリッドをシフトする。残りの膜すべてについて、前述の工程を繰り返す。全データをキャプチャーしたら、.gelファイルのコピーを.tiffフォーマットで保存する。フォトショップエディターPhotoshopEditorで.TIFFファイルを開き、.TIFFファイル中の各膜のそれぞれの.JPEGを保存する。本発明の上記説明から、当業者なら改良、変更、および修正を把握するであろう。そのような改良、変更および修正は、当業者の技能範囲内であり、添付の請求項によって保護されることを意図されている。"