"試料中のヒト上皮成長因子受容体epidermalgrowthfactorreceptor:EGFR核酸内の突然変異を検出する方法であって、a前記試料中の核酸を、配列番号2、10、18、27、32、51、60、71、82、93、及び104から選択されるオリゴヌクレオチドの一次配列を含むオリゴヌクレオチドと接触させ、b前記EGFR核酸内の標的核酸への前記オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを許容する条件下で前記試料をインキュベートし、c前記EGFR核酸内の標的核酸を含む増幅産物を生成し、d前記増幅産物の存在を検出することにより、前記EGFR核酸内の突然変異の存在を検出することを含む方法。配列番号1の対応部位に対し、少なくとも1つの追加のミスマッチを更に含むオリゴヌクレオチドに、前記試料中の核酸を接触させる、請求項1の方法。環外アミノ基において修飾された塩基を有する少なくとも1つのヌクレオチドを更に含むオリゴヌクレオチドに、前記試料中の核酸を接触させる、請求項1の方法。前記の環外アミノ基において修飾された塩基を有するヌクレオチドが、tert-ブチル-ベンジル-デオキシアデニン、tert-ブチル-ベンジル-デオキシシトシン、メチル-デオキシアデニン、メチル-デオキシキシトシンdeoxyxytosine、エチル-デオキシアデニン、及びエチル-デオキシシトシンから選択される、請求項3の方法。増幅をリアルタイムPCRで行う、請求項1の方法。悪性腫瘍を有する患者がEGFR阻害剤に応答し得るか否かを決定する方法であって、a前記患者由来の試料中の核酸を、配列番号2、10、18、27、32、51、60、71、82、93、及び104から選択されるオリゴヌクレオチドの一次配列を含むオリゴヌクレオチドと接触させ、b前記EGFR核酸内の標的核酸への前記オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを許容する条件下で前記試料をインキュベートし、前記EGFR核酸内の標的核酸を含む増幅産物を生成し、c前記増幅産物の存在を検出することにより、前記EGFR核酸内の突然変異の存在を検出し、突然変異が存在する場合には、d前記患者がEGFR阻害剤に応答し得ると決定することを含む方法。配列番号1の対応部位に対し、少なくとも1つの追加のミスマッチを更に含むオリゴヌクレオチドに、前記試料中の核酸を接触させる、請求項6の方法。環外アミノ基において修飾された塩基を有する少なくとも1つのヌクレオチドをオリゴヌクレオチドに、前記試料中の核酸を接触させる、請求項6の方法。前記の環外アミノ基において修飾された塩基を有するヌクレオチドが、tert-ブチル-ベンジル-デオキシアデニン、tert-ブチル-ベンジル-デオキシシトシン、メチル-デオキシアデニン、メチル-デオキシキシトシンdeoxyxytosine、エチル-デオキシアデニン、及びエチル-デオキシシトシンから選択される、請求項8の方法。工程bの増幅及び工程cの検出をリアルタイムPCRで行う、請求項6の方法。前記EGFR阻害剤がセツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ、又はゲフィチニブである、請求項6の方法。ヒト上皮成長因子受容体EGFR遺伝子内の突然変異を検出するキットであって、a配列番号2~7のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号8のオリゴヌクレオチドとの対、b配列番号10~15のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号16のオリゴヌクレオチドとの対、c配列番号18~24のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号25のオリゴヌクレオチドとの対、d配列番号27~29のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号30のオリゴヌクレオチドとの対、e配列番号32~48のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号49のオリゴヌクレオチドとの対、f配列番号51~57のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号58のオリゴヌクレオチドとの対、g配列番号60~68のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号69のオリゴヌクレオチドとの対、h配列番号71~79のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号80のオリゴヌクレオチドとの対、i配列番号82~90のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号91のオリゴヌクレオチドとの対、j配列番号93~101のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号102のオリゴヌクレオチドとの対、k配列番号104~106のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号107のオリゴヌクレオチドとの対、から選択される1又は2以上のオリゴヌクレオチド対を含むキット。更に追加のオリゴヌクレオチドとして、オリゴヌクレオチド対aを有するキットの場合、更に配列番号9のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対bを有するキットの場合、更に配列番号17のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対cを有するキットの場合、更に配列番号26のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対dを有するキットの場合、更に配列番号31のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対eを有するキットの場合、更に配列番号50のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対fを有するキットの場合、更に配列番号59のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対gを有するキットの場合、更に配列番号70のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対hを有するキットの場合、更に配列番号81のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対iを有するキットの場合、更に配列番号92のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対jを有するキットの場合、更に配列番号103のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対kを有するキットの場合、更に配列番号108のオリゴヌクレオチドを含む、請求項12のキット。前記追加のオリゴヌクレオチドが標識されてなる、請求項12のキット。更にヌクレオシド三リン酸、核酸ポリメラーゼ、及び前記核酸ポリメラーゼの機能に必要な緩衝剤を含む、請求項12のキット。ヒト上皮成長因子受容体EGFR遺伝子内の突然変異を検出するための反応混合物であって、a配列番号2~7のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号8のオリゴヌクレオチドとの対、b配列番号10~15のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号16のオリゴヌクレオチドとの対、c配列番号18~24のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号25のオリゴヌクレオチドとの対、d配列番号27~29のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号30のオリゴヌクレオチドとの対、e配列番号32~48のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号49のオリゴヌクレオチドとの対、f配列番号51~57のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号58のオリゴヌクレオチドとの対、g配列番号60~68のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号69のオリゴヌクレオチドとの対、h配列番号71~79のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号80のオリゴヌクレオチドとの対、i配列番号82~90のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号91のオリゴヌクレオチドとの対、j配列番号93~101のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号102のオリゴヌクレオチドとの対、k配列番号104~106のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号107のオリゴヌクレオチドとの対、から選択される1又は2以上のオリゴヌクレオチド対を含む反応混合物。更に追加のオリゴヌクレオチドとして、オリゴヌクレオチド対aを有する反応混合物の場合、更に配列番号9のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対bを有する反応混合物の場合、更に配列番号17のオリゴヌクレオチドオリゴヌクレオチド対cを有する反応混合物の場合、更に配列番号26のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対dを有する反応混合物の場合、更に配列番号31のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対eを有する反応混合物の場合、更に配列番号50のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対fを有する反応混合物の場合、更に配列番号59のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対gを有する反応混合物の場合、更に配列番号70のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対hを有する反応混合物の場合、更に配列番号81のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対iを有する反応混合物の場合、更に配列番号92のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対jを有する反応混合物の場合、更に配列番号103のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド対kを有する反応混合物の場合、更に配列番号108のオリゴヌクレオチドを含む、請求項16の反応混合物。配列番号2、10、18、27、32、51、60、71、82、93及び104から選択されるオリゴヌクレオチドの一次配列を含むオリゴヌクレオチド。配列番号1の対応部位に対する少なくとも1つの追加のミスマッチを更に含む、請求項18のオリゴヌクレオチド。環外アミノ基において修飾された塩基を有する少なくとも1つのヌクレオチドを更に含む、請求項18のオリゴヌクレオチド。前記の環外アミノ基において修飾された塩基を有するヌクレオチドが、tert-ブチル-ベンジル-デオキシアデニン、tert-ブチル-ベンジル-デオキシシトシン、メチル-デオキシアデニン、メチル-デオキシキシトシンdeoxyxytosine、エチル-デオキシアデニン、及びエチル-デオキシシトシンから選択される、請求項20のオリゴヌクレオチド。配列番号3~7、11~15、19~24、28、29、33~48、52~57、61~68、72~79、83~90、94~101、105、及び106から選択されるオリゴヌクレオチド。配列番号8、16、25、30、49、58、69、80、91、102、及び107から選択されるオリゴヌクレオチド。配列番号9、17、26、31、50、59、70、81、92、103、及び108から選択されるオリゴヌクレオチド。一態様によれば、本発明は、試料中のヒト上皮成長因子受容体epidermalgrowthfactorreceptor:EGFR核酸内の突然変異を検出する方法であって、前記試料中の核酸を請求項1のオリゴヌクレオチドと接触させ;前記EGFR核酸内の標的核酸への前記オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを許容する条件下で前記試料をインキュベートし;前記EGFR核酸内の標的核酸を含む増幅産物を生成し;前記増幅産物の存在を検出することにより、前記EGFR核酸内の突然変異の存在を検出することを含む方法である。更なる態様によれば、本発明は、上皮成長因子受容体epidermalgrowthfactorreceptor:EGFR遺伝子内に突然変異を有する細胞を含有する可能性のある腫瘍を有する患者を治療する方法であって、前記患者由来の試料中の核酸を請求項1のオリゴヌクレオチドと接触させ;前記EGFR核酸内の標的核酸への前記オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを許容する条件下で前記試料をインキュベートし;前記EGFR核酸内の標的核酸を含む増幅産物を生成し;前記増幅産物の存在を検出することにより、前記EGFR核酸内の突然変異の存在を検出し、突然変異が存在する場合には、前記変異遺伝子によりコードされる変異EGFRタンパク質のシグナル伝達を阻害する化合物を患者に投与することを含む方法である。更に別の態様によれば、本発明は、悪性腫瘍を有する患者のEGFR阻害剤による治療が有効である可能性が高いか否かを決定する方法であって、前記患者由来の試料中の核酸を請求項1のオリゴヌクレオチドと接触させ;前記EGFR核酸内の標的核酸への前記オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを許容する条件下で前記試料をインキュベートし;前記EGFR核酸内の標的核酸を含む増幅産物を生成し;前記増幅産物の存在を検出することにより、前記EGFR核酸内の突然変異の存在を検出し、突然変異が存在する場合には、治療が有効である可能性が高いと決定することを含む方法である。更なる態様によれば、本発明は、a配列番号2~7のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号8のオリゴヌクレオチドとの対、b配列番号10~15のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号16のオリゴヌクレオチドとの対、c配列番号18~24のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号25のオリゴヌクレオチドとの対、d配列番号27~29のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号30のオリゴヌクレオチドとの対、e配列番号32~48のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号49のオリゴヌクレオチドとの対、f配列番号51~57のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号58のオリゴヌクレオチドとの対、g配列番号60~68のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号69のオリゴヌクレオチドとの対、h配列番号71~79のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号80のオリゴヌクレオチドとの対、i配列番号82~90のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号91のオリゴヌクレオチドとの対、j配列番号93~101のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号102のオリゴヌクレオチドとの対、k配列番号104~106のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号107のオリゴヌクレオチドとの対、から選択される1又は2以上のオリゴヌクレオチド対を含むキットである。更に別の態様によれば、本発明は、ヒト上皮成長因子受容体EGFR遺伝子内の突然変異を検出するための反応混合物であって、a配列番号2~7のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号8のオリゴヌクレオチドとの対、b配列番号10~15のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号16のオリゴヌクレオチドとの対、c配列番号18~24のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号25のオリゴヌクレオチドとの対、d配列番号27~29のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号30のオリゴヌクレオチドとの対、e配列番号32~48のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号49のオリゴヌクレオチドとの対、f配列番号51~57のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号58のオリゴヌクレオチドとの対、g配列番号60~68のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号69のオリゴヌクレオチドとの対、h配列番号71~79のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号80のオリゴヌクレオチドとの対、i配列番号82~90のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号91のオリゴヌクレオチドとの対、j配列番号93~101のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号102のオリゴヌクレオチドとの対、k配列番号104~106のうち1のオリゴヌクレオチドと、配列番号107のオリゴヌクレオチドとの対、から選択される1又は2以上のオリゴヌクレオチド対を含む反応混合物である。更に別の態様によれば、本発明は、配列番号2、10、18、27、32、51、60、71、82、93及び104から選択されるオリゴヌクレオチドの一次配列を含むオリゴヌクレオチドである。別の態様によれば、本発明は、配列番号3~7、11~15、19~24、28、29、33~48、52~57、61~68、72~79、83~90、94~101、105及び106から選択されるオリゴヌクレオチドである。更に別の態様によれば、本発明は、配列番号8、16、25、30、49、58、69、80、91、102及び107から選択されるオリゴヌクレオチドである。更に別の態様によれば、本発明は、配列番号9、17、26、31、50、59、70、81、92、103及び108から選択されるオリゴヌクレオチドであって、任意により検出可能なレベルを含んでいてもよいオリゴヌクレオチドである。定義:この開示の理解を容易にするために、本明細書に使用される用語の次の定義が提供される。用語X[n]Yとは、アミノ酸配列内の位置[n]でのアミノ酸Yによるアミノ酸Xの置換をもたらすミスセンス変異を言及する。例えば、用語B719Aとは、位置719でのグリシンがアラニンにより置換されている突然変異を言及する。用語対立遺伝子-特異的プライマー対立遺伝子特異的primer又はASプライマーASprimerとは、標的配列の1よりも多くの変異体にハイブリダイズするが、しかし1つの変異体とのみ、プライマーは適切な条件下で核酸ポリメラーゼにより効果的にエクステンドされることにおいて、標的配列の変異体間で識別できるプライマーを言及する。標的配列の他の変異体とは、エクステンションextensionはあまり効率的でないか又は非効率的である。用語共通プライマーcommonprimerとは、対立遺伝子-特異的プライマーを含むプライマー対における第二プライマーを言及する。共通プライマーは、対立遺伝子-特異的ではなく、すなわち遺伝子-特異的プライマーが識別する標的配列の変異体間を識別しない。用語相補的complementary又は相補性complementarityとは、ワトソン-クリック塩基対合規則により関連付けられるポリヌクレオチドの逆並行鎖を参照して使用される。用語完全に相補的perfectlycomplementary又は100相補的100complementaryとは、逆並行鎖間のすべての塩基のワトソン-クリック対合を有する、すなわちポリヌクレオチド重複体duplexにおけるいずれかの2個の塩基間にミスマッチが存在しない相補的配列を言及する。しかしながら、重複体は、完全な相補性の不在下でさえ、逆平行鎖間で形成される。用語部分的に相補的partiallycomplementary又は不完全に相補的incompletelycomplementaryとは、100未満、完全である例えば、ポリヌクレオチド重複体に少なくとも1つのミスマッチ又は不整合塩基が存在する、逆平行ポリヌクレオチド鎖間の塩基のいずれかのアラインメントを言及する。部分的相補鎖間の重複体は一般的に、完全な相補鎖間の重複体ほど安定ではない。用語試料sampleとは、核酸を含むか又は含むと推定されるいずれかの組成物を言及する。これは、個人から単離された組織又は体液、例えば皮膚、血漿、血清、脊髄液、リンパ液、滑液、尿、涙、血液細胞、臓器及び腫瘍の試料、及びまた、個人から採取された細胞から確立されたインビトロ培養物、例えばホルマリン固定パラフィン包埋組織FFPET及びそれから単離された核酸の試料を包含する。用語ポリヌクレオチドpolynucleotide及びオリゴヌクレオチドoligonucleotideは、交換可能的に使用される。オリゴヌクレオチドは、より短いポリヌクレオチドを説明するために時々使用される用語である。オリゴヌクレオチドは、企画されるヌクレオチド配列の領域に対応する、少なくとも6個のヌクレオチド、例えば少なくとも約10-12個のヌクレオチド、又は少なくとも約15-30個のヌクレオチドから構成され得る。用語一次配列primarysequenceとは、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドにおけるヌクレオチドの配列を言及する。ヌクレオチド修飾、例えば含窒素塩基修飾、糖修飾又は他の骨格修飾は、一次配列の一部ではない。ラベル、例えばオリゴヌクレオチドに接合される発色団もまた、一次配列の一部ではない。従って、2つのオリゴヌクレオチドは、同じ一次配列を共有することができるが、しかし修飾及びラベルに関して異なる。用語プライマーprimerとは、標的核酸における配列とハイブリダイズし、そして合成のために適切な条件下で核酸の相補的鎖に沿っての合成の開始点として作用することができるオリゴヌクレオチドを言及する。本明細書において使用される場合、用語プローブprobeとは、標的核酸中の配列とハイブリダイズし、そして通常、検出可能的ラベルされるオリゴヌクレオチドを言及する。プローブは、修飾、例えばプローブを、核酸ポリメラーゼ及び1又は2以上の発色団により非エクステンション可能性にする3’-末端修飾を有することができる。同じ配列を有するオリゴヌクレオチドは、1つのアッセイにおいてプライマーとして、及び異なったアッセイにおいてプローブとして機能することができる。本明細書において使用される場合、用語標的配列targetsequence、標的核酸targetnucleicacid又は標的物targetとは、増幅されるか、検出されるか、又は両者である核酸配列の一部を言及する。用語ハイブリダイズされるhybridized及びハイブリダイゼーションhybridizationとは、重複体の形成をもたらす2つの核酸間の塩基対合相互作用を言及する。2つの核酸は、ハイブリダイゼーションを達成するのにそれらの全長にわたって100相補性を有することは必要条件ではない。ヒトEGFRcDNA配列番号1のコーディング部分は、図11A-1C上に示されておりEnsemble参照番号ENST00000275493、wwwensemblorg、HubbardetalEnsembl2009NuclAcidsRes37D690D697を参照のこと、これは、完全EGFRcDNA配列NCBI受託番号NM0052283の一部である。癌患者において頻繁に変異されるコドンのいくつかは、下線を引かれ、そして太字で示されている。対立遺伝子-特異的PCRは、米国特許第6,627,402号に記載されている。対立遺伝子-特異的PCRにおいては、識別プライマーは、標的配列の所望する変異体に対して相補的であるが、しかし標的配列の所望しない変異体とはミスマッチされる配列を有する。典型的には、プライマーにおける識別ヌクレオチド、すなわち標的配列のわずか1つの変異体をマッチングするヌクレオチドは、3’-末端ヌクレオチドである。しかしながら、プライマーの3’末端は、特異性の多くの決定因子の単なる1つである。対立遺伝子-特異的PCRの特異性は、マッチしたプライマーのエクステンション速度よりもミスマッチプラマーのより遅いエクステンション速度に起因し、究極的には、ミスマッチ標的物の相対的増幅効率を低める。低められたエクステンション動力学及び従って、PCR特異性は、多くの要因、例えば酵素の性質、反応成分及びそれらの濃度、エクステンション濃度及びミスマッチの全体的な配列コンテクストsequencecontextにより影響される。個々の特定のプライマーに対するそれらの要因の効果は、確実には定量化され得ない。信頼できる定量的ストラジーなしには、及び莫大に多くの変数を伴っては、対立遺伝子-特異的プライマーの企画は、しばしば驚くべき結果を伴っての試行錯誤の問題である。下記EGFRの変異対立遺伝子の場合、試験されるプライマーの一部のみが、適切な性能、すなわち許容可能なPCR効率及び同時に、変異体と野生型鋳型との間の識別性を与えられた。対立遺伝子-特異的プライマーの特異性を高めるための1つのアプローチは、末端ミスマッチの他に、内部ミスマッチヌクレオチドを含むことによってである。2009年10月20日に出願された米国特許出願番号2010/0099110号を参照のこと。プライマー中の内部ミスマッチヌクレオチドは、所望する及び所望しない両標的配列とミスマッチされ得る。ミスマッチは所望する及び所望しない両鋳型とのプライマー-鋳型ハイブリッドを不安定化するので、ミスマッチのいくつかは、両鋳型の増幅を妨げ、そしてPCRの失敗を引起す。従って、特定の対立遺伝子-特異的PCRプライマーに対するそれらの内部ミスマッチの効果は、予測され得ない。プライマーの好結果をもたらすエクステンションのためには、プライマーは、標的配列に対しての少なくとも部分的相補性を有する必要がある。一般的に、プライマーの3’-末端での相補性は、プライマーの5’-末端での相補性よりもより決定的であるInnisetalEdsPCRProtocolsAcademicPressChapter1pp911。従って、本発明は、表1-7に開示されるプライマー、及び5’-末端変異を有するそれらのプライマーの変異体を包含する。一般的にPCR増幅に関しては、プライマー特異性はプライマー中のヌクレオチドの化学的修飾の使用より高められ得ることは、これまでに記載されている。環外アミノ基の共有結合修飾を有するヌクレオチド及びPCRへのそのようなヌクレオチドの使用は、アメリカ特許第6,001,611号に記載されている。修飾は所望する及び所望しない両鋳型を有するプライマー-鋳型ハイブリッドにおけるワトソン-クリック水素結合を破壊するので、修飾のいくつかは両鋳型の増幅を妨げ、そしてPCRの失敗を引起すことができる。従って、対立遺伝子-特異的PCRに対するそれらの共有結合修飾の効果は予測され得ない。一つの態様によれば、本発明は、表1-7に開示されるプライマーを用いて、EGFR突然変異を検出するための診断方法である。前記方法は、核酸の試験試料と、表1-7から選択されるEGFR突然変異のための1又は2以上の対立遺伝子-特異的プライマーとを、その対応する第二プライマー任意には、また表1-7から選択される、ヌクレオシド三リン酸及び核酸ポリメラーゼの存在下で接触せしめ、その結果、前記1又は2以上の対立遺伝子-特異的プライマーが、EGFR突然変異が試料に存在する場合でのみ、効果的にエクステンドされ;そしてエクステンション産物の存在又は不在を検出することにより、EGFR突然変異の存在又は不在を検出することを含んで成る。特定の態様によれば、エクステンション産物の存在は、プローブにより検出される。この態様の変動によれば、プローブは表1-7から選択される。プローブは、放射性、蛍光性又は発色団ラベルによりラベルされ得る。例えば、突然変異は、リアルタイムポリメラーゼ鎖反応rt-PCRによりエクステンション産物の増幅を検出することにより検出され得、ここでエクステンション産物へのプローブのハイブリダイゼーションがプローブの酵素消化及び得られる蛍光の検出をもたらすTaqMan登録商標プローブ方法、HollandetalPNASUSA8872767280。rt-PCRにおける増幅産物の存在はまた、プローブとエクステンション産物との間での核酸重複体の形成による蛍光変化を検出することにより検出され得る米国特許出願番号2010/0143901号。他方では、エクステンション産物及び増幅産物の存在は、例えばSambrookJandRussellDWMolecularCloning3rdedCSHLPressChapters5and9に記載されるように、ゲル電気泳動、続く染色又はブロティング及びハイブリダイゼーションにより検出され得る。別の態様によれば、本発明は、変異EGFR遺伝子により、腫瘍をたぶん保持する細胞を有する患者を治療する方法である。前記方法は、患者からの試料と、表1-7から選択されるEGFR突然変異のための1又は2以上の対立遺伝子-特異的プライマーとを、対応する第二プライマー任意には、また表1-7選択されるの存在下で接触せしめ、対立遺伝子-特異的増幅を実施し、そしてエクステンション産物の存在又は不在を検出することによりEGFR突然変異の存在又は不在を検出し、そして少なくとも1つの突然変異が見出される場合、突然変異誘発された遺伝子によりコードされる変異EGFRタンパク質のシグナル伝達を阻害する化合物を患者に投与することを含んで成る。個々の突然変異に関して、検出は対応するプローブ任意には、また表1-7から選択されるを用いて実施され得る。別の態様によれば、本発明は、EGFR阻害剤による悪性腫瘍を有する患者の治療が成功する可能性があるかどうかを決定する方法である。前記方法は、患者からの試料と、表1-7から選択されたEGFR突然変異のための1又は2以上の対立遺伝子-特異的プライマーとを、1又は2以上の対応する第二プライマー任意には、また表1-7から選択されるの存在下で接触せしめ、対立遺伝子-特異的増幅を実施し、そしてエクステンション産物の存在又は不在を検出することによりEGFR突然変異の存在又は不在を検出し、そして少なくとも1つの突然変異が見出される場合、治療が成功する可能性があることを決定することを含んで成る。個々の突然変異に関して、検出は対応するプローブ任意には、また表1-7から選択されるを用いて実施され得る。この態様の変動によれば、EGFR阻害剤は、セツキシマブcetuximab、パニツムマブpanitumumab、エルロチニブerlotinib及びゲフィチニブgefitinibである。さらなる別の態様によれば、本発明は、EGFR遺伝子における突然変異を検出するために必要な試薬を含むキットである。試薬は、表1-7から選択されたEGFR突然変異のための1又は2以上の対立遺伝子-特異的プライマー、1又は2以上の対応する第二プライマー任意には、また表1-7から選択される、及び任意には、1又は2以上のプローブ任意には、また表1-7から選択されるを含む。キットはさらに、増幅及び検出アッセイの実施のために必要な試薬、例えばヌクレオシド三リン酸、核酸ポリメラーゼ、及び前記ポリメラーゼの機能のために必要な緩衝液を含む。いくつかの態様によれば、プローブは検出可能的にラベルされる。そのような態様によれば、キットはラベリングし、そしてラベルを検出するための試薬を含むことができる。さらなる別の態様によれば、本発明は、EGFR遺伝子における突然変異を検出するための反応混合物である。前記反応混合物は、表1-7から選択されたEGFR突然変異のための1又は2以上の対立遺伝子-特異的プライマー、1又は2以上の対応する第二プライマー任意には、また表1-7から選択される、及び任意には、1又は2以上のプローブ任意には、また表1-7から選択されるを含む。反応混合物はさらに、試薬、例えばヌクレオシド三リン酸、核酸ポリメラーゼ、及び前記ポリメラーゼの機能のために必要な緩衝液を含む。さらなる別の態様によれば、本発明は単一の管に、複数のEGFR突然変異を同時に検出するためのオリゴヌクレオチドを含む。1つの態様によれば、本発明は、ヒトEGFR遺伝子表1-7における突然変異を特異的に検出するためのオリゴヌクレオチド配列番号2-108を含む。それらのプライマーのいくつかは、表1-7に示されるように内部ミスマッチ及び共有結合修飾を含む。オプションとして、本発明の対立遺伝子-特異的プライマーは、共有commonの、すなわち対立遺伝子-特異的でない第二プライマーと対合され得る。開示される第二プライマーの使用は任意である。いずれか他の適切な下流プライマーが、本発明の対立遺伝子-特異的プライマーと対合され得る。典型的な反応条件:プライマーの性能を試験するために使用される典型的な反応条件は次の通りである。50mMのトリス-HClpH8.0、80-100mMの塩化カリウム、200μMの個々のdATP、dCTP及びdGTP、400μMのdUTP、0.1μMの個々の選択及び共通プライマー、0.05μMのプローブ、標的DNA変異体を含む10,000コピーのプラスミド又は10,000コピーの野生型ゲノムDNAプールされたゲノムDNA、Clontech、MountainView、Califカタログ番号636401、0.02U/μlのウラシル-N-グリコシラーゼ、200nMのNTQ21-46Aアプタマーaptamer、20nMのDNAポリメラーゼ、0.1mMのEDTA、2.6mMの酢酸マグネシウムを含むPCR混合物。増幅及び分析は、RocheLightCycler登録商標480計測計を用いて行われた。次の温度プロフィールを用いた:95°Cで1分又は2サイクルの95°C10秒~62°C25秒、続いて、99サイクルの92°C10秒~62°C25-30秒。蛍光データを、個々の62°C段階の開始で集めた。任意には、反応は、内因性の陽性対照鋳型を含んだ。野生型と変異体配列との間の識別は、野生型及び変異体標的物においての閾値までのサイクル数cyclestothresholdΔCt値間の差異として測定された。例えば、29サイクルのΔCtを、変異体標的物との反応が26サイクルの後、閾値サイクルに達し、そして野生型標的物との反応が55サイクルの後、閾値サイクルに達した場合に記録した。表の説明:次の略語を、修飾された塩基ヌクレオチドmodifiedbasenucleotidesのために使用した:tbbdA及びtbbdCはそれぞれ、N6-tert-ブチル-ベンジル-デオキシアデニン及びN4-tert-ブチル-ベンジル-デオキシシトシンを意味し;用語etdCはN4-エチル-デオキシシトシンを意味し;用語metdCはN4-メチル-デオキシシトシンを意味し;そして用語5-p-dLは5-プロピニル-デオキシウラシルを意味する。プライマー及びプローブ配列においては、太字の下線を引かれたヌクレオチドは、修飾された塩基ヌクレオチド、又は野生型及び変異体配列の両者によりミスマッチされたヌクレオチドである。実施例1ヒトEGFR遺伝中の突然変異G719Aを検出するためのプライマー:この突然変異は、EGFR遺伝子配列番号1中のヌクレオチド変化2156G->Cに起因する。突然変異を検出するためのプライマー及びプローブは、表1に示されている。突然変異は、配列番号2-7から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号8であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号9であり得る。この実施例に開示される対立遺伝子-特異的プライマーは、反応条件に依存して、野生型配列と、68サイクルまでのΔCtのG719A突然変異との間の識別を達成した。実施例2ヒトEGFR遺伝中の突然変異G719Cを検出するためのプライマー:この突然変異は、EGFR遺伝子配列番号1中のヌクレオチド変化2156G->Tに起因する。突然変異を検出するためのプライマー及びプローブは、表2に示されている。突然変異は、配列番号10-15から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号16であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号17であり得る。この実施例に開示される対立遺伝子-特異的プライマーは、反応条件に依存して、野生型配列と、69サイクルまでのΔCtのG719A突然変異との間の識別を達成した。実施例3ヒトEGFR遺伝子中の突然変異G719Sを検出するためのプライマー:この突然変異は、EGFR遺伝子配列番号1中のヌクレオチド変化2155-2156GG->TCに起因する。突然変異を検出するためのプライマー及びプローブは、表3に示されている。突然変異は、配列番号18-24から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号25であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号26であり得る。実施例4ヒトEGFR遺伝子中の突然変異T790Mを検出するためのプライマー:この突然変異は、EGFR遺伝子配列番号1中のヌクレオチド変化2369C->Tに起因する。突然変異を検出するためのプライマー及びプローブは、表4a及び4bに示されている。突然変異は、配列番号27-29から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号30であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号31であり得る。アンチセンス鎖が使用される場合、突然変異は、配列番号32-48から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号49であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号50であり得る。この実施例に開示される対立遺伝子-特異的プライマーは、反応条件に依存して、野生型配列と、51サイクルまでのΔCtのT790M突然変異との間の識別を達成した。実施例5ヒトEGFR遺伝子中の突然変異L858Rを検出するためのプライマー:この突然変異は、EGFR遺伝子配列番号1中のヌクレオチド変化2573T->Gに起因する。突然変異を検出するためのプライマー及びプローブは、表5及び4bに示されている。突然変異は、配列番号51-57から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号58であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号59であり得る。アンチセンス鎖が使用される場合、突然変異は、配列番号60-68から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号69であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号70であり得る。この実施例に開示される対立遺伝子-特異的プライマーは、反応条件に依存して、野生型配列と、69サイクルまでのΔCtのL858R突然変異との間の識別を達成した。実施例6ヒトEGFR遺伝子中の突然変異L861Qを検出するためのプライマー:この突然変異は、EGFR遺伝子配列番号1中のヌクレオチド変化2582T->Aに起因する。突然変異を検出するためのプライマー及びプローブは、表6及び4bに示されている。突然変異は、配列番号71-79から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号80であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号81であり得る。アンチセンス鎖が使用される場合、突然変異は、配列番号82-90から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号91であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号92であり得る。この実施例に開示される対立遺伝子-特異的プライマーは、反応条件に依存して、野生型配列と、57.5サイクルまでのΔCtのL861Q突然変異との間の識別を達成した。実施例7ヒトEGFR遺伝子中の突然変異S768Iを検出するためのプライマー:この突然変異は、EGFR遺伝子配列番号1中のヌクレオチド変化2301G->Tに起因する。突然変異を検出するためのプライマー及びプローブは、表7及び4bに示されている。突然変異は、配列番号93-101から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号102であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号103であり得る。アンチセンス鎖が使用される場合、突然変異は、配列番号104-106から選択された対立遺伝子-特異的プライマー及び共通プライマーを用いて検出され得る。任意には、共通プライマーは、配列番号107であり得る。増幅は、対立遺伝子-特異的プライマーと共通プライマーとの間の領域にハイブリダイズするプローブを用いて検出され得る。任意には、プローブは配列番号108であり得る。この実施例に開示される対立遺伝子-特異的プライマーは、野生型配列と、71サイクルまでのΔCtのS768I突然変異との間の識別を達成した。"