炎症性腸疾患を診断する方法において、表1および/または表2に由来する少なくとも1つの遺伝子が個体の腸内ミクロビオームに不存在であるか否かを判定するステップを含む方法。炎症性腸疾患がクローン病または潰瘍性大腸炎である、請求項1に記載の方法。表1および/または表2の遺伝子の少なくとも50、75または90が、前記個体の腸内ミクロビオームに不存在である、請求項1に記載の方法。前記個体の糞便から微生物DNAを得るステップを含む、請求項1に記載の方法。炎症性腸疾患の治療の有効性をモニタリングする方法において、前記患者のミクロビオームに少なくとも1つの遺伝子が不存在であるか否かを最初に判定するステップと、治療を施すステップと、前記少なくとも1つの遺伝子が患者のミクロビオーム中に存在するか否かを判定するステップとを含む方法。炎症性腸疾患がクローン病または潰瘍性大腸炎である、請求項5に記載の方法。表1および/または表2の遺伝子の少なくとも50、75または90が、治療前に前記個体の腸内ミクロビオームに不存在である、請求項5に記載の方法。前記個体の糞便から微生物DNAを得る少なくとも1つのステップを含む、請求項5に記載の方法。表1および/または表2の遺伝子の少なくとも10、25、50、75、90、95、97.5または99に対しハイブリダイズするプローブを含むマイクロアレイ。請求項9に記載のマイクロアレイまたは、表1および/もしくは表2の遺伝子の少なくとも10、25、50、75、90、95、97.5もしくは99に特異的な増幅プライマーを含む、炎症性腸疾患の診断用キット。複数の研究から、炎症性腸疾患を患う対象と健康な対照の間では糞便微生物叢の組成が異なるということがわかっている。報告された差異は可変的であり、さまざまな研究の間でつねに一貫性があるわけではない。したがって、炎症性腸疾患患者と健康な人を区別するために、公開されている差異を使用することは不可能である。しかしながら、以上で説明した通り、常在腸内微生物は、一定の状況下で、炎症性腸疾患、特にクローン病の発症および維持における決定因子である。したがって、炎症性腸疾患の一貫性ある診断を可能にする新規で信頼性の高い方法に対するニーズがなおも存在する。大部分の腸内片利共生生物は、培養不可能である。この制限を克服するために、ゲノム戦略が開発されてきたHamadyおよびKnight、GenomeRes、19:1141-ll52、2009。これらの戦略は、微生物叢のゲノム中に含まれる遺伝子の集合体としてミクロビオームを定義づけすることを可能にしたTurnbaughら、Nature、449:804-8010、2007;HamadyおよびKnight、GenomeRes.、19:1141-1152、2009。ヒトの腸内微生物叢の系統発生学上の核を構成する全ての個体が共有する少数の種の存在が、実証されているTapら、EnvironMicrobiol.、1110:2574-2584、2009。近年、メタゲノム解析は、576.7ギガベースの配列に対応するヒトの腸の330万の非冗長性微生物遺伝子の広範なカタログを同定するに至ったQinら、Nature、2010、doi:10.1038/nature08821。本発明者らは、異なる個体におけるヒト糞便由来のDNA断片の単離および配列決定に基づく方法を使用した。腸由来の微生物遺伝子の広範なカタログが現在入手可能であることからQinら、Nature、2010、doi:10.1038/nature08821、特定の個体群例えば、炎症性腸疾患を患う患者群における特定の配列のコピー数および頻度を計算することができる。こうして特定の遺伝子の存在および不存在と特定の病状の存在または不存在との間のあらゆる相関関係を同定することが可能である。さらに、個体内の特定の遺伝子のコピー数を決定することが可能である。クローン病および潰瘍性大腸炎は、集合的に炎症性腸疾患と呼ばれる、消化管の慢性免疫炎症状態である。本発明者らは、クローン病または潰瘍性大腸炎を患う患者の一群と健康な人の対照群との間で著しく異なっている遺伝子を同定することができた。これらの遺伝子は表1クローン病および表2潰瘍性大腸炎に列挙されている。前記遺伝子は、患者の場合よりも健康な個体の場合の方が多い。この所見は、微生物遺伝子の総数が両方の個体群において異ならないため、統計学的に有意である。したがって、炎症性腸疾患を患う個体においては特定のヒト腸内微生物遺伝子の喪失が存在する。本発明の第1の態様は、少なくとも1つの遺伝子が個体の腸内ミクロビオームにおいて不存在であるか否かを判定するステップを含む、炎症性腸疾患の診断方法である。個体の腸内ミクロビオームとは、本明細書において、前記個体の微生物叢を構成する全ての遺伝子のことである。したがって、個体の腸内ミクロビオームという用語は、前記個体の腸内に存在する全ての細菌の全ての遺伝子に対応する。遺伝子は、ミクロビオーム中のそのコピー数が一定の閾値よりも低い場合、不存在である。本発明によると、閾値とは、問題の遺伝子のコピー数が個体のミクロビオーム中のコピー数の高低に対応している試料の判別を可能にする値を意味することが意図されている。詳細には、コピー数が閾値以下である場合には、ミクロビオーム中のこの遺伝子のコピー数は低いとみなされ、一方コピー数が閾値を超える場合には、ミクロビオーム中のこの遺伝子のコピー数は高いとみなされる。低いコピー数とは、遺伝子がミクロビオームに不存在であることを意味し、一方、高いコピー数は、遺伝子がミクロビオーム中に存在することを意味する。各々の遺伝子で、そして遺伝子のコピー数の測定に用いられる方法に応じて、最適な閾値は変動する場合がある。しかしながら、当業者であれば、コピー数高低がこの特定の遺伝子について公知である複数の個体のミクロビオームの解析に基づいて、かつ対照遺伝子のコピー数との比較に基づいて、それを容易に判定できる。本発明の方法はこうして、当業者が個体の腸内ミクロビオーム由来の遺伝子の存在または不存在のみに基づいて病状を診断することを可能にする。特定の遺伝子のコピー数とこの遺伝子を担持する細菌細胞数との間には直接的相関関係が存在する。本発明の方法はこうして、当業者がミクロビオームの解析によって腸内毒素症、すなわち微生物の平衡失調を検出することを可能にする。腸内の種は、大部分が培養不能であるため、その全てが同定されているわけではなく、また同定は困難である。さらに、所与の個体の腸内に発見される大部分の種は希有であり、そのため、それらの検出は困難になっているHamadyおよびKnight、GenomeRes.、19:1141-1152、2009。本発明のこの第1の態様において、前記遺伝子が帰属する細菌種の事前の同定は全く必要とされない。したがって、本発明の診断方法は、公知の腸内細菌種の個体群における変化を判定することに制限されず、分類学的にまだ特徴づけされていない細菌をも包含する。前記個体の腸内微生物DNAの試料を得るための方法はいくつか存在するSokolら、Inflamm.BowelDis.、146:858-867、2008。例えば、結腸鏡検査によって得られる粘膜標本または生検材料を調製することが可能である。しかしながら、結腸鏡検査は、研究毎に収集手順が明確に定義されていない侵襲的処置である。同様にして、外科的処置を通して生検材料を得ることもまた可能である。しかしながら、結腸鏡検査よりもさらに増して、外科的処置は侵襲的処置であり、微生物個体群に対するその影響は未知である。好適であるのは、糞便分析であり、これは当該技術分野において高い信頼性で使用されてきた手順であるBullockら、CurrIssuesIntestMicrobiol.;52:59-64、2004;Manichanhら、Gut、55:205-211、2006;Bakirら、IntJSystEvolMicrobiol、565:931-935、2006;Manichanhら、Nucl.AcidsRes.、3616:5180-5188、2008;Sokolら、Inflamm.BowelDis.、146:858-867、2008。この手順の一例は、実験例の方法の節で記載されている。糞便は、1グラム湿重量あたり約1011個の細菌細胞を含み、細菌細胞は糞塊の約50を構成する。糞便の微生物叢は、遠位大腸の微生物学を主に代表するものである。したがって、個体の糞便由来の微生物DNAを大量に単離し解析することが可能である。微生物DNAとは、本明細書において、ヒトの腸の常在細菌集団のいずれかに由来するDNAとして理解される。微生物DNAという用語は、コード配列と非コード配列の両方を包含する。詳細には、それは、完全な遺伝子に限定されず、コード配列のフラグメントをも含む。したがって、糞便の分析は非侵襲的な手順であり、患者毎に、直接比較可能で一貫性のある結果を提供する。したがって、好ましい実施形態においては、本発明の方法は、前記個体の糞便に由来する微生物DNAを得るステップを含む。さらに好ましい実施形態においては、前記個体由来の糞便が収集され、DNAが抽出され、個体の腸内ミクロビオームにおける少なくとも1つの遺伝子の存在または不存在が判定される。遺伝子の存在または不存在は、当業者にとって公知のあらゆる方法によって判定されてよい。例えば、前記個体のミクロビオーム全体の配列を決定し、前記遺伝子の存在または不存在を、バイオインフォマティクス方法を用いて検索してよい。このような戦略の一例は、実験例の方法の節で記載されている。代替的には、問題の遺伝子を、特異的プローブでのハイブリダイゼーション、例えばサザンハイブリダイゼーションによってミクロビオーム中で探してもよい。この特定の実施形態においてはサザンハイブリダイゼーションが完璧に適してはいるものの、それでもマイクロアレイを使用する方がさらに便利でかつ高感度であるということは、当業者には直ちに明らかである。さらに別の実施形態において、問題の遺伝子の存在は、増幅、詳細には定量的PCRqPCRによって検出されてよい。これらの技術サザン、マイクロアレイ、qPCRなどは現在、当業者が日常的に使用しているものであり、したがってここで詳述する必要はない。別の好ましい実施形態において、炎症性腸疾患はクローン病および潰瘍性大腸炎からなる群から選択される。さらなる好ましい実施形態において、前記疾患はクローン病である。別のさらなる実施形態において、前記疾患は潰瘍性大腸炎である。さらに別の好ましい実施形態において、個体の腸内ミクロビオームでの不存在または存在が判定される遺伝子は、表1および2に列挙されている遺伝子の群から選択される。さらに好ましい実施形態において、遺伝子は表1に列挙されている遺伝子の群から選択される。別のさらに好ましい実施形態において、遺伝子は表2に列挙されている遺伝子の群から選択される。当業者であれば、テストされる遺伝子の数が多くなればなるほど結果の信頼度は高くなるということを難なく理解するものである。別のさらに好ましい実施形態によると、本発明の方法は、表1に列挙される遺伝子の少なくとも50、より好ましくは表1の遺伝子の少なくとも75、さらに一層好ましくは表1の遺伝子の少なくとも90の存在または不存在を決定するステップを含む。別のさらに好ましい実施形態によると、本発明の方法は、表2に列挙されている遺伝子の少なくとも50、より好ましくは、表2の遺伝子の少なくとも75、さらに一層好ましくは表2の遺伝子の少なくとも90の存在または不存在を決定するステップを含む。微生物叢内に見出される多数の細菌種が同定されていないものの、大部分の細菌がBacteroides属、Clostridium属、Fusobacterium属、Eubacterium属、Ruminococcus属、Peptococcus属、Peptostreptococcus属およびBifidobacterium属に属することがわかっている。EscherichiaおよびLactobacillusなどの他の属は、より少ない程度で存在する。これらの属に帰属する個別の種の中には同定されているものもあり、これらの種の遺伝子の一部は公知である。330万個の非冗長微生物遺伝子の同定を導いた広範なメタゲノム研究から、大部分の新しい配列の割当ても同様に可能になった。所与の種に属する遺伝子は、前記種の他の全ての遺伝子と同じ頻度で一個体内に存在する。こうして、本発明の方法を通して同定された遺伝子の各々について、前記遺伝子の存在または不存在と、さまざまな個体内で特定の細菌種に属することが公知である一組の遺伝子の存在または不存在との間に相関関係が存在するか否かを判定することが可能である。このような相関関係は、未知の遺伝子が前記特定の細菌種に属することを示す。したがって、本発明者らは、一部の細菌種が炎症性腸疾患の表現型と連関し、一方、他の細菌種は健康な表現型と連関するということを示した。炎症性腸疾患の表現型は、前記種の線形的な組合せによって予測され得る。すなわち、一個体の腸内に炎症性腸疾患の表現型と連関する細菌種が多く存在すればするほど、また前記個体の腸内に健康な表現型と連関する種が少なければ少ないほど、前記個体が炎症性疾患を患う確率が高くなる。例えば、一人の人間の腸内のFaecalibacteriumprausnitziiおよびRoseburiainulinivoransの不存在、ならびにClostridiumboltae、ClostridiumramosumおよびRuminococcusgnavusの存在は、この人がクローン病を患っていることを示す。同様にして、一個体の腸内のAkkermansiamuciniphilaの不存在、ならびにBacteroidescapillosusおよびClostridiumleptumの存在は、この人間が潰瘍性大腸炎を患っていることを示す。当業者にとっては、本発明の遺伝子を、例えば炎症性腸疾患を患う患者の治療中に、バイオマーカーとして使用できるということは明白である。したがって、別の実施形態においては、本発明は、炎症性腸疾患治療の有効性をモニタリングするための方法を含む。治療が炎症性腸疾患に有効である場合、当初観察された腸内毒素症は徐々に消失する。前記個体が病気である場合、この個体の腸には一部の特異的遺伝子例えば疾患がクローン病である場合は表1の遺伝子、または個体が潰瘍性大腸炎を患っている場合は表2の遺伝子が不存在であるが、これらの遺伝子は治療中に再度出現する。したがって、この実施形態において、本発明の方法は、前記患者のミクロビオームに少なくとも1つの遺伝子が不存在であるか否かをまず判定するステップと、治療を施すステップと、前記少なくとも1つの遺伝子が患者のミクロビオーム中に存在するか否かを判定するステップとを含んでいる。好ましい一実施形態において、本発明の方法は、治療の前と後に前記個体の糞便から微生物DNAを得るステップをも含んでいる。さらに好ましい実施形態においては、前記個体由来の糞便は、治療の前と後に収集され、DNAが抽出され、個体の腸内ミクロビオームにおける少なくとも1つの遺伝子の存在または不存在が判定される。別の好ましい実施形態において、炎症性腸疾患はクローン病および潰瘍性大腸炎からなる群から選択される。さらに好ましい実施形態において、前記疾患はクローン病であり、別のさらに好ましい実施形態において、前記疾患は潰瘍性大腸炎である。さらに別の好ましい実施形態において、個体の腸内ミクロビオームでの不存在または存在が判定される遺伝子は、表1および2に列挙されている遺伝子の群から選択される。さらに好ましい実施形態において、遺伝子は表1に列挙されている遺伝子の群から選択される。別のさらに好ましい実施形態において、遺伝子は表2に列挙されている遺伝子の群から選択される。本発明の方法の特定の実施形態において、表1および/または表2の遺伝子の少なくとも50、75または90が、治療前の前記個体の腸内ミクロビオームに不存在である。したがって、好ましい実施形態によると、本発明の方法は、表1に列挙されている遺伝子の少なくとも50、より好ましくは表1に列挙されている遺伝子の少なくとも75、さらに一層好ましくは表1の遺伝子の少なくとも90の存在または不存在を判定するステップを含む。別の好ましい実施形態によると、本発明の方法は、表2に列挙されている遺伝子の少なくとも50、より好ましくは表2の遺伝子の少なくとも75、さらに一層好ましくは表2の遺伝子の少なくとも90の存在または不存在を判定するステップを含む。本発明は同様に、炎症性腸疾患を患う患者の体内には不存在であり健康な人の体内には存在する全ての遺伝子を含む、本発明の方法の実施に専用のキットをも含んでいる。詳細には、本発明は、炎症性腸疾患を患う患者の体内には不存在であり健康な人の体内には存在する全ての遺伝子に結合するプローブを含む、本発明に係る方法の実施に専用のマイクロアレイに関する。好ましい実施形態において、前記マイクロアレイは、核酸マイクロアレイである。本発明によると、核マイクロアレイは、マイクロチップ、スライドガラスまたはミクロスフェアサイズのビーズであり得る基材に付着された異なる核酸プローブで構成されている。マイクロチップは、ポリマー、プラスチック、樹脂、多糖類、シリカもしくはシリカベースの材料、炭素、金属、無機ガラス、またはニトロセルロースで構成されていてよい。プローブは、核酸、例えばcDNAcDNAマイクロアレイまたはオリゴヌクレオチドオリゴヌクレオチドマイクロアレイ、なおオリゴヌクレオチドの長さは約25~約60塩基対以下であるであり得る。核酸技術の代替として、定量的PCRも使用してよく、したがって試験すべき遺伝子に特異的な増幅プライマーも本発明に係る方法を実施するために非常に有用である。したがって、本発明はさらに、上述の通りの専用マイクロアレイ、または炎症性腸疾患を患う患者の体内では不存在であり健康な人の体内には存在する遺伝子に特異的な増幅プライマーを含む、患者の炎症性腸疾患を診断するためのキットに関する。これらのキットは、当業者が前記遺伝子の10、25、50または75を検出することを可能にし得るが、前記遺伝子の90、95、97.5、またはさらには99の検出を可能にする場合に最も有用である。したがって、本発明に係るマイクロアレイは、前記遺伝子の少なくとも10、25、50または75、好ましくは90、95、97.5そしてさらに一層好ましくは少なくとも99に結合するプローブを含む。同様にして、定量的PCR用のキットは、前記遺伝子の少なくとも10、25、50または75、好ましくは90、95、97.5そしてさらに一層好ましくは少なくとも99の増幅を可能にするプライマーを含むものである。好ましい実施形態において、炎症性腸疾患は、クローン病および潰瘍性大腸炎からなる群から選択される。さらに好ましい実施形態において、前記疾患はクローン病であり、別のさらに好ましい実施形態において、前記疾患は潰瘍性大腸炎である。別の実施形態において、クローン病を患う患者の体内に不存在であり健康な人の体内には存在する遺伝子は、表1に列挙されている遺伝子であり、さらに別の実施形態において、これらの遺伝子は表2に列挙されている。