植物において核酸分子に結合する段階、または遺伝子の発現を制御する段階、の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。植物細胞の中で機能する転写因子である、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972からなる群から選択される核酸配列を含む、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。ユーカリEucalyptusまたはマツPinusの種で正常に発現する、請求項3記載の単離されたポリヌクレオチド。グランディスユーカリEucalyptusgrandisで正常に発現する、請求項4記載の単離されたポリヌクレオチド。ラジアータマツPinusradiataで正常に発現する、請求項4記載の単離されたポリヌクレオチド。針葉樹の種で正常に発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。針葉樹が、ストローブマツEasternwhitepine、ウエスタンホワイトWesternwhite、ゴヨウマツSugarpine、アカマツRedpine、リギダマツPitchpine、バンクスマツJackpine、ダイオウショウマツLongleafpine、ショートリーフパインShortleafpine、テーダマツLoblollypine、スラッシュパインSlashpine、バージニアパインVirginiapine、ポンデローサパインPonderosapine、ジェフリーパインJeffreypine、ならびにロッジポールパインLodgepolepine、ラジアータパインRadiatapine、およびそれらの交配雑種からなる群より選択される、請求項7記載の単離されたポリヌクレオチド。針葉樹が、モミノキAbiesfirma、ヒマラヤスギCedrusdeodara、ヒマラヤスギアルボスピカAlbospica、ヒマラヤスギオーレアAurea、ヒマラヤスギカシミールKashmir、ヒマラヤスギシャリマルShalimar、ヒマラヤスギシルバーミストSilverMist、ヒマラヤスギホワイトインプWhiteImp、レバノンスギCedruslibani亜種アトランティカatlanticaグラウカglauca、レバノンスギ亜種アトランティカグラウカペンデュラglaucapendula、レバノンスギナナNana、レバノンスギペンデュラCedruslibanipendula、レバノンスギブレヴィフォリアCedruslibanibrevifolia、レバノンスギ変種stenacoma、ローソンヒノキChamaecyparislawsoniana、アラスカヒノキChamaecyparisnootkatensisペンデュラPendula、ヒノキChamaecyparisobtusaクリプシーCrippsii、サワラChamaecyparispisiferaブルーヴァードBoulevard、サワラフィリフェラオーレアFiliferaAurea、ヌマヒノキChamaecyparisthyoidesブルースポートBlueSport、スギCryptomeriajaponicaセッカンスギSekkanSugi、スギヴィルモリニアーナVilmoriniana、コウヨウザンCunninghamialanceolataグラウカ、ウスカワアリゾナイトスギCuppressusarizonica変種グラブラブルーアイス、ウスカワアリゾナイトスギブルーサファイアBlueSapphire、イチョウGinkgobiloba、イチョウオータムゴールドAutumnGold、スイショウGlyptostrobuspensilis、ビャクシンJuniperuschinensisトルローサTorulosa、コロラドビャクシンJuniperusscopulorumトルソンズTollesons、エンピツビャクシンJuniperusvirginiana、カラマツLarixkaempferi、メタセコイアMetasequoiaglyptostroboides、ヨーロッパトウヒPiceaabies、ヨーロッパトウヒペンデュラPiceaabiesPendula、ヨーロッパトウヒレモンティーRemontii、カナダトウヒPiceaglaucaサンダースブルーSandersBlue、ハッコウダゴヨウPinusxhakkodensis、ヨーロッパクロマツPinusnigra変種ニグラnigra、オモリカトウヒPiceaomorika、アカマツPinusdensifloraアンブラキュリフェラUmbraculifera、バンクスマツPinuselliottii、フレキシマツPinusflexilisヴァンデルウォルフスピラミドVanderwolfPyramid、イタリアカサマツPinuspinea、タイワンアカマツPinusmassoniana、ストローブマツPinusstrobus、ストローブマツペンデュラ、ヨーロッパアカマツPinussylvestrisフレンチブルーFrenchBlue、ヨーロッパアカマツミッチウィーピングMitschWeeping、テーダマツPinustaeda、ラジアータマツPinusradiata、カイガンマツPinusPinascer、クロマツ核酸分子に結合する段階、または遺伝子の発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドを発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。単子葉植物が、シバ、コムギ、トウモロコシ、コメ、カラスムギ、オオムギ、ラン、アイリス、ユリ、タマネギ、サトウキビおよびモロコシからなる群より選択される、請求項15記載の単離されたポリヌクレオチド。シバが、コヌカグサ属Agrostisspp、ナガハグサPoapratensis、ドクムギ属Loliumspp、ナガハグサKentuckyBluegrassとホソムギPerennialRyegrass混合オニウシノケグサFestucaarundinacea、イトウシノケグサFestucarubracommutata、ギョウギシバCynodondactylon、キクユグラスPennisetumclandestinum、イヌシバStenotaphrumsecundatum、シバZoysiajaponica、ならびにアオイゴケDichondramicranthaからなる群より選択される、請求項16記載の単離されたポリヌクレオチド。双子葉植物において核酸分子に結合する段階、または遺伝子発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドを発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。双子葉植物が、ワタ、タバコ、アラビドプシスナズナ、トマト、ジャガイモ、ハコヤナギ、ユーカリノキ、モミジバフウ、アカシア、ポプラ、ヤナギ、チーク、マホガニー、クリ、ニレ、テンサイ、ブロッコリ、タピオカノキ、サツマイモ、コショウ、ポインセチア、マメ科植物、アルファルファ、ダイズ、ニンジン、イチゴ、レタス、オーク、カエデ、クルミ、バラ、ミント、カボチャ、ヒナギク、ゼラニウムおよびサボテンからなる群より選択される、請求項18記載の単離されたポリヌクレオチド。ポリペプチドが、植物における遺伝子の発現をアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションできる、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。遺伝子が、植物ゲノムに対し内因性である、請求項20記載の単離されたポリヌクレオチド。少なくとも一つの細胞において単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、その細胞のいずれにおいても、単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物の表現形と異なっている、請求項21記載の単離されたポリヌクレオチド。単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物と比べてリグニン質の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。リグニン質の差違が、リグニン分子の構造の変化を特徴とする、該請求項23記載の単離されたポリヌクレオチド。単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて木部組成の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて繊維組成の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて植物細胞分裂の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて植物細胞発生の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列、またはその変種を含む、単離されたポリヌクレオチド。変種が、植物において核酸分子に結合する段階、または遺伝子の発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードする、請求項29記載の単離されたポリヌクレオチド。SEQIDNO:821~1640、1973~2304のいずれか一つのアミノ酸配列、またはその変種を含む植物転写因子であって、植物において核酸分子に結合する段階、または遺伝子の発現を制御する段階の少なくとも一つが可能である転写因子。変種が、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つに対し、配列に99、98、97、96、95、94、93、92、91、90、89、88、87、86、85、84、83、82、81、80、79、78、77、76、75、74、73、72、71、70、69、68、67、66、65、64、63、62、61、または60以上の配列同一性を有する、請求項29記載の単離されたポリヌクレオチド。変種が、SEQIDNO:821~1640、1973~2304のいずれか一つに対し、配列に99、98、97、96、95、94、93、92、91、90、89、88、87、86、85、84、83、82、81、80、79、78、77、76、75、74、73、72、71、70、69、68、67、66、65、64、63、62、61、または60以上の配列同一性を有する、請求項31記載の植物転写因子。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、プロモーター、および所望の核酸を含むDNA構築体であって、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しているDNA構築体。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、第1プロモーター、第2プロモーター、および所望の核酸を含むDNA構築体であって、該ポリヌクレオチドが、該第2プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該第2プロモーターおよび該所望の核酸が作動可能に連結しており、そして該ポリヌクレオチドが該第1プロモーターと作動可能に連結し、該第1プロモーターによって発現するDNA構築体。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、およびプロモーターを含む含むDNA構築体であって、該ポリヌクレオチドが、植物細胞にとって内因性であるプロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、そして該プロモーターおよび該ポリヌクレオチドが作動可能に連結しているDNA構築体。プロモーターが、構成的プロモーター、強力プロモーター、または誘導性プロモーターからなる群より選択される、請求項34記載のDNA構築体。プロモーターが、制御可能なプロモーターである、請求項34記載のDNA構築体。制御可能なプロモーターが、温度に感受性である、請求項38記載のDNA構築体。制御可能なプロモーターが、オーキシン、エチレン、アブシジン酸、創傷、メチルジャスモナイトまたはジベレリン酸のいずれか一つにより制御される、請求項38記載のDNA構築体。プロモーターが、時間制御を受ける、請求項34記載のDNA構築体。プロモーターが、組織特異的プロモーターである、請求項34記載のDNA構築体。プロモーターが、維管束優先プロモーターである、請求項42記載のDNA構築体。プロモーターが、SEQIDNO:1642~1643のいずれか一つで同定される核酸配列からなる群より選択される、請求項34記載のDNA構築体。所望の核酸が、遺伝子である、請求項34記載のDNA構築体。所望の核酸が、遺伝子である、請求項34記載のDNA構築体。所望の核酸が、RNA転写体を生ずる、請求項34記載のDNA構築体。RNA転写体が、植物細胞にとって内因性である遺伝子のアンチセンス配列を有する、請求項47記載のDNA構築体。RNA転写体が、植物細胞で正常に発現する遺伝子のRNA干渉を誘導する、請求項47記載のDNA構築体。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、プロモーター、および所望の核酸を含むDNA構築体を含む植物細胞であって、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結している植物細胞。請求項50記載の植物細胞を含むトランスジェニック植物。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、第1プロモーター、第2プロモーター、および所望の核酸を含むDNA構築体を含む植物細胞であって、該ポリヌクレオチドが、該第2プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該第2プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しており、そして該ポリヌクレオチドが該第1プロモーターと作動可能に連結し、該第1プロモーターによって発現する植物細胞。請求項52の植物細胞を含むトランスジェニック植物。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、およびプロモーターを含むDNA構築体を含む植物細胞であって、該ポリヌクレオチドが、植物細胞にとって内因性であるプロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、そして該プロモーターおよび該ポリヌクレオチドが作動可能に連結している植物細胞。請求項54記載の植物細胞を含むトランスジェニック植物。SEQIDNO:821~1640、1973~2304のいずれか一つの触媒ドメインをコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチドであって、植物において核酸分子と結合する段階、または遺伝子発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。トランスジェニック植物を産生するための方法であって、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、プロモーター、および所望の核酸を含み、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しているDNA構築体を用いて植物細胞を形質転換する工程該ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチドおよび該所望の核酸の産生物の両方が植物細胞内に発現し、そして該植物が、該DNA構築体を含有しない同種の植物とは異なる表現形を示すトランスジェニック植物である該形質転換植物細胞を、植物の成長を促進する条件下に培養する工程を含む方法。植物細胞が植物外植体組織内に置かれる、請求項57記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べてリグニン質の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。リグニン質の差違が、リグニン分子の構造の変化を特徴とする、請求項59記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて木部組成の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて繊維収量の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞分裂の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞発生の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて花の色、花弁の形状、花弁の大きさ、芳香、葉の形状、葉の大きさ、または植物の高さのいずれか一つの差違を特徴とする、請求項57記載の方法。所望の核酸が、遺伝子である、請求項57記載の方法。トランスジェニック植物を産生するための方法であって、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、およびプロモーターを含み、該ポリヌクレオチドおよび該プロモーターが作動可能に連結しているDNA構築体を用いて植物細胞を形質転換する工程ならびにポリヌクレオチドが、植物細胞のゲノムの一部に結合する段階、または植物細胞ゲノムの遺伝子発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードし、そして該植物が、該DNA構築体を含有しない同種植物とは異なる表現形を示すトランスジェニック植物である該形質転換植物細胞を、植物の成長を促進する条件下に培養する工程を含む方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べてリグニン質の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。リグニン質の差違が、リグニン分子の構造の変化を特徴とする、請求項68記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて木部組成の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて繊維収量の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞分裂の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞発生の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて花の色、花弁の形状、花弁の大きさ、芳香、葉の形状、葉の大きさ、または植物の高さのいずれか一つの差違を特徴とする、請求項67記載の方法。所望の核酸が、遺伝子である、請求項67記載の方法。植物転写因子により制御できるプロモーターに関するスクリーニングをするための方法であって、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、構成的プロモーター、候補プロモーター、およびレポーター遺伝子を含み、該ポリヌクレオチドが植物転写因子をコードし、該候補プロモーターおよび該レポーター遺伝子が作動可能に連結しており、そして該ポリヌクレオチドが該構成的プロモーターと作動可能に連結し、該構成的プロモーターによって発現するDNA構築体を植物細胞内で発現させる工程該レポーター遺伝子の発現レベルを検出する工程ならびに該レポーーター遺伝子の発現レベルを、該第2レポーター遺伝子と作動可能に連結した該候補プロモーターを含むDNA構築体を含有する植物細胞からの第2レポーター遺伝子の発現レベルと比較する工程を含む方法。SEQIDNO:822~1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現する、トランスジェニック木から得た木材パルプ。SEQIDNO:822~1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物であって、転写因子が、干ばつ耐性の増加、背丈の低下もしくは増加、分枝の低下もしくは増加、耐寒耐凍性の上昇、活力向上、色彩の強化、健康および栄養特性の増強、保存性の向上、生産量の増加、耐塩性の向上、耐重金属性の向上、耐病性の上昇、耐昆虫性の上昇、耐水ストレス性の上昇、甘さの向上、味覚の改善、質感の改善、リン含有量の低下、発芽率の上昇、微量元素取込みの上昇、デンプン組成の改善、花寿命の改善、および新規タンパク質もしくはペプチドの産生からなる群より選択される特質を植物に付与するトランスジェニック植物。同種野生型植物に比べて幼若期が短い、または長い、SEQIDNO:822~1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物。自己離脱枝を有する、SEQIDNO:822~1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物。同種野生型植物に比べて生殖発達が早いか、または遅い、SEQIDNO:822~1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のヌクレオチド配列と60の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNAと結合する、単離されたヌクレオチド配列。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のヌクレオチド配列のいずれかと65の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ転写に関係する、単離されたヌクレオチド配列。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のヌクレオチド配列のいずれかと70の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物における遺伝子発現を制御する、単離されたヌクレオチド配列。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のヌクレオチド配列のいずれかと75の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNA結合性タンパク質をコードする、単離されたヌクレオチド配列。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかと80の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物の遺伝子転写を媒介する、単離されたヌクレオチド配列。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかかのヌクレオチド配列、およびSEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかと85の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNAと結合する、単離されたヌクレオチド配列。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかと90の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物における遺伝子発現を制御する、単離されたヌクレオチド配列。SEQIDNO:181~188のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQIDNO:181~188のいずれかと79の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ遺伝子転写に関係する、単離されたヌクレオチド配列。2種類のサンプル中のポリヌクレオチドの発現を関連付ける方法であって、第1サンプル中のSEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972およびその保存的変種からなる群より選択される核酸配列によりコードされている産物をコードする一つまたは複数のポリヌクレチドの発現レベルを検出する工程;第2サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベル検出する工程;第1サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルと、第2サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルとを比較する工程および第1および第2サンプル間で一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルの差違を相関させる工程を含む方法。第1サンプルおよび第2サンプルが、それぞれ異なるタイプの植物組織に由来する、請求項90記載の方法。第1サンプルおよび第2サンプルが、同一組織に由来し、第1サンプルおよび第2サンプルがそれぞれ、ある年の異なる季節に収穫されたものである、請求項90記載の方法。第1サンプルおよび第2サンプルが、異なる発生段階の植物から得られたものである、請求項90記載の方法。植物の表現形の獲得と一つまたは複数のポリヌクレオチドの植物におけるポリヌクレオチド発現レベルとを相関させる方法であって、ある表現形を有する第1植物における、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972およびその保存的変種からなる群より選択される核酸配列によりコードされている産物をコードする一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを検出する工程;表現形を欠く第2植物における、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを検出する工程;第1植物における一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルと、第2植物における一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルとを比較する工程および第1および第2植物間で一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルの差違と表現形の獲得とを相関させる工程を含む方法。第1および第2サンプルが共に、維管束組織、頂端分裂組織、維管束形成層、木質部、篩部、根、花、球花、果実および種子からなる群より選択される植物組織から得られたものである、請求項90記載の方法。第1サンプルおよび第2サンプルの植物組織が、それぞれ異なるタイプの組織から得られたものである、請求項95記載の方法。第1および第2サンプルがそれぞれ、異なる発生段階の植物組織から得られたものである、請求項95記載の方法。第1および第2植物または植物細胞が共に、ユーカリおよびマツ種から選択される同一種のものである、請求項94または95のいずれか一項記載の方法。第1および第2植物または植物細胞が、グランディスユーカリまたはラジアータマツから選択される種のものである、請求項94または95のいずれか一項記載の方法。検出の工程が、標準的なハイブリダイゼーション条件下にて、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイゼーションできる一つまたは複数のポリヌクレオチドを用いて実施される、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。検出の工程が、標準的なハイブリダイゼーション条件下にて、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972からなる群より選択される核酸配列によりコードされているポリヌクレオチド発現産物にハイブリダイゼーションできる一つまたは複数のポリヌクレオチドを用いて実施される、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。検出の工程が、標識された核酸へのハイブリダイゼーションによって実施される、請求項90、94または95のいずれか記載の方法。一つまたは複数のポリヌクレオチドが、検出可能な標識で標識されている、請求項99記載の方法。一つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも一つが、一つまたは複数のポリヌクレオチドの一つの3非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項100記載の方法。一つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも一つが、一つまたは複数のポリヌクレオチドの一つの3非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項101記載の方法。一つまたは複数のポリヌクレオチドが、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項100記載の方法。一つまたは複数のポリヌクレオチドが、SEQIDNO:2742~3587からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項101記載の方法。一つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項100記載の方法。一つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項101記載の方法。検出工程の前に、第1および第2植物または植物細胞の一つまたは複数のポリヌクレオチドを増幅する工程をさらに含む、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。検出工程の前に、第1および第2植物または植物細胞の一つまたは複数のポリヌクレオチドを検出可能な標識で標識する工程をさらに含む、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。SEQIDNO:cからなる群より選択される核酸配列にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現を検出するための組合せ。SEQIDNO:~494、496~820、1641~1972からなる群より選択される核酸配列によりコードされているポリヌクレオチド発現産物にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現を検出するための組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972からなる群より選択される核酸配列の別の一つにハイブリダイゼーションする、請求項112記載の組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972からなる群より選択される核酸配列の別の一つによりコードされているヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする、請求項113記載の組合せ。二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972からなる群より選択される核酸配列の3非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項112記載の組合せ。二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972からなる群より選択される核酸配列の3非翻訳領域に相補的である核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項113記載の組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、約100より少ないヌクレオチド塩基を含む、請求項112または113のいずれか一項記載の組合せ。二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQIDNO:1973~2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項112記載の組合せ。二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQIDNO:1973~2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項113記載の組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、ABI3VP1、アルフィン様Alfinlike、AP2EREBP、ARF、ARID、AUXIAA、bHLH、bZIP、C2C2、C2C2、C2C2、C2C2、C2C2、C2H2、C3Hタイプ、CCAAT、CCAATDR1、CCAATHAP2、CCAATHAP3、CCP、E2FDP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックスHOMEOBOX、HSF、ジュモンジjumonji、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKYからなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項112記載の組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、ABI3VP1、アルフィン様、AP2EREBP、ARF、ARID、AUXIAA、bHLH、bZIP、C2C2、C2C2、C2C2、C2C2、C2C2、C2H2、C3Hタイプ、CCAAT、CCAATDR1、CCAATHAP2、CCAATHAP3、CCP、E2FDP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKYからなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項113記載の組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項121記載の組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項122記載の組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なる遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項121記載の組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なる遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項122記載の組合せ。二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2~約5000を含む、請求項112または113のいずれか一項記載の組合せ。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、検出可発明の詳細な説明本発明は、植物転写因子をコードする単離されたポリヌクレオチド、およびそのようなポリヌクレオチドによってコードされている単離されたポリペプチドを提供する。遺伝子発現の制御に関わるタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列を用いた植物の形質転換を利用して、セルロース合成、リグニン蓄積、木質発生のその他局面、花の発達、根の発達、分枝、分裂組織特性に対する光および寒冷制御のような季節反応、および疾病耐性のような特性を変更することができる。この目的のために、本発明は、植物転写因子の機能を有するポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を提供する。本発明はまた、ポリヌクレオチド配列に作動可能に連結したプロモーターを有するDNA構築体であって、該ポリヌクレオチド配列が植物転写因子をコードする構築体も提供する。これに加え、本発明は、発明の転写因子配列の活性をアッセイする方法、植物における成長、木部発生、および/または繊維蓄積を変更するために転写因子を用いる方法も提供する。本発明は、当業者に周知である用語および句を使用する。特に明記しない限り、本明細書中に使用する全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する当技術分野において、通常の知識を有する者によって一般的に理解されるものと同一の意味を有する。一般的には、本明細書で使用する細胞培養、分子遺伝学、ならびに本明細書に記載の核酸化学およびハイブリダイゼーションに関する命名法および研究方法は周知であり、また当技術分野で一般的に用いられている。組換え体核酸法、ポリヌクレオチド合成、微生物培養、細胞培養、組織培養、形質転換、トランスフェクション、形質導入、分析化学、有機合成化学、化学合成、化学分析、ならびに医薬品の調剤およびデリバリーに関しては、標準的な方法を用いる。一般的に、酵素反応ならびに精製および/または単離工程は、製造元の指示書に従って実施される。技術および手順は、一般的には、通常の方法論に従って実施されるSambrookRusselMOLECULARCLONINGALABORATORYMANUAL3rdedColdSpringHarborLaboratoryPressColdSpringHarborNY2001。A植物転写因子遺伝子およびタンパク質ABI3VP1:トウモロコシVp1遺伝子およびアラビドプシスArabidopsisのabi3遺伝子は、突然変異表現形の類似性およびアミノ酸の保存性から、オルトログ遺伝子と信じられている。VP1は、発芽中、abi3突然変異に感受性であるアブシジン酸を完全に回復し、abi3の初期開花表現形を抑制する。VP1は、ABAおよびオーキシンシグナル伝達間に、新規の相互作用を媒介し、発生休止および遺伝子発現パターンを変えるSuzukiMetalPlantJ200128440918。オーキシンおよびアブシジン酸は、葉および根の発生を含め、多くの植物の発生過程で重要であるBradySMSarkarSFBonettaDandMcCourtP2003PlantJ346775。AP2:AP2APETALA2およびEREBPエチレン応答性エレメント結合タンパク質は、植物固有の転写因子ファミリーの原型メンバーであり、それらを識別する特徴は、いわゆるAP2DNA結合ドメインを含むことである。AP2EREBP遺伝子は大きな多遺伝子ファミリーを形成しており、それらは植物の生活環全体を通して様々な役割を果たしている。AP2EREBP遺伝子は、花芽器官の特性決定および葉上皮細胞の特性を含む幾つかの発生プロセスの重要な制御因子である。アラビドプシス/和名シロイヌナズナArabidopsisthalianaでは、ホメオティック遺伝子APETALA2AP2は、発生中に次の3つの顕著なプロセスを制御することが示されている:花芽器官形成中の花芽器官特性の特異化JofukuetalPlantCell6121112251994花分裂組織の特性の確立IrishandSussexPlantCell287417531990;および花ホメオティック遺伝子活動の時間的および空間的制御DrewsetalCell65699110021991。DNA配列分析は、AP2が、AP2ドメインと呼ばれる独特の68aaの反復モチーフを有する432aaの理論的ポリペプチドをコードすることを示唆している。このドメインは、AP2の機能にとって必須であること、および68aaの中に両親媒性αへリックスを形成すると予想される18個のアミノ酸コア領域を含むことが示されているJofukuetalPlantCell6121112251994。シロイヌナズナOkamuroetalProcNatlAcadSciUSA94707670811997およびタバコの両方については、Ap2様ドメイン含有転写因子も同定されており、さらにエチレン応答性エレメント結合タンパク質EREBPが同定されているOhmeTakagiandShinshiPlantCell721731821995。アラビドプシスでは、これらRAP2AP2に関係する遺伝子は、AP2様およびEREBP様と呼ばれる、二つの異なるAP2ドメイン含有タンパク質のサブファミリーをコードするOkamuroetalProcNatlAcadSciUSA94707670811997。現在までのところ、インビトロでのDNAの結合は、RAP2タンパク質を用いては示されていない。AP2ドメイン内に、2カ所の非常に保存的なモチーフYRGおよびRAYDが存在することを根拠として、DNAの結合がAP2タンパク質の結合と類似の様式で起こることが提案されている。アグロバクテリウムAgrobacterium:当技術分野周知のように、植物細胞を形質転換するのに用いられるアグロバクテリアAgrobacteriaは、通常は、ベクターを含有するアグロバクテリウムツメファシエンスAgrobacteriumtumefaciensまたはアグロバクテリウムリゾゲネスAgrobacteriumrhizogenesの無害化されたビルレント派生菌である。ベクターは、一般的には、所望ポリヌクレオチドを含有し、それはTDNAの境界の間に配置される。アルフィン様:アルフィン1は、根で機能する転写因子である。アルフィン1の過剰発現も、トランスジェニック植物の塩耐性および根の成長を向上させるWinicovI2000Planta21041622。被子植物:子房内に封じ込められた種子を有する維管束植物。被子植物は、結実する花を産する種子植物である。被子植物は、双子葉植物および単子葉植物に分けられる。ARF:オーキシン応答因子ARFは、最近発見された、一次または初期オーキシン応答性遺伝子のプロモーター内のオーキシン応答エレメントAuxREに特異的に結合する転写因子ファミリーである。ARFは、トウモロコシの転写活性化因子VIVIPAROUS1のカルボキシル末端DNA結合ドメインと関係するアミノ末端DNA結合ドメインを有する。いくつかのARFは、転写活性化ドメインを含有するが、一方他のものは発現ドメインを含有する。ARFは、一次応答遺伝子のオーキシン制御遺伝子発現において中心的な役割を果たすと思われるGuilfoyleTJUlmasovTandHagenG1998CellMolLifeSci5461927。アラビドプシスのAFR遺伝子は、胚の軸形成およびオーキシン依存性細胞拡大の両方の制御にとって重要であることが示されているHardtkeCSCkurshumovaWVidaurreDPSinghSAStamatiouGTiwariSBHagenGGuilfoyleTJandBerlethT2004Development1311089100。オーキシン応答は、植物における分裂組織および木部の発生に重要であるUgglaCMagelEMoritzTandSundbergB2001PlantPhysiol125202939。ARID:デッドリンガーDeadringerDriは、そのメンバーがATリッチ相互作用ドメインと名付けられた保存されたDNA結合ドメインを共有する、最近定義されたDNA結合性タンパク質のARIDファミリーの創始メンバーである。このファミリーには、B細胞特異的因子のブライトBrightおよびショウジョウバエDrosophila因子アイリッドEyelidOsaが含まれる。driは、発生的に制御されており、幾つかの神経細胞ならびに胃および唾液腺管の分化中の細胞を含む、限られた細胞のセットで発現する。Driは、アイリッドのように一般的な転写補助因子またはクロマチン修飾因子ではないと考えられているが、それはdri突然変異胚において転写が攪乱される遺伝子が少数だからであるValentine1998andShandala1999。ARIDドメインは、植物の多くのゲノム中に見出すことができ、少なくとも一つのARID遺伝子ファミリーは、複数の保存されたドメインの順序の保存によって、植物から後生動物Rbbp2ファミリーまで明瞭に辿ることができる。Driは、配列特異的DNA結合性タンパク質であることが示されている。Driのインビトロ配列特異性は、多くのホメオドメインタンパク質のそれに、驚くほど似ている。Driは、RuATTAA配列に優先して結合する。それ故に、dri突然変異胚が示す表現形は、調節遺伝子の発現が障害された結果と思われる。ARIDタンパク質は、細胞増殖、分化および発生の制御に関与しているWilskerDPatsialouADallasPBandMoranE2002CellGrowthDiffer1395106。AUXIAA:インドール3酢酸IAAまたはオーキシンは、植物の生長および発生にとって不可欠である。このホルモンは、分裂組織および木部の発生に対する作用を含む各種オーキシンの作用を伝達すると考えられている選択された初期遺伝子のセットの転写を、数分以内に、迅速かつ特異的に活性化する。初期遺伝子または一次応答遺伝子の概念は、幾つかの生物系において、シグナル伝達経路の上流および下流部分へのアクセスおよび拡張にうまく利用されている。幾つかのグループが実施した分子的および遺伝学的研究は、AuxIAAタンパク質が、オーキシン応答で中心的な役割を果たしていることを示しているTiwariSBHagenGandGuilfoyleT2003PlantCell1553343MoyleRSchraderJStenbergAOlssonOSaxenaSSandbergGandBhaleraoRP2002PlantJ3167585。bZIP:塩基性/ロイシンジッパーbZIPは、塩基性/ロイシンジッパーbZIPモチーフにより規定される転写因子の保存されたファミリーであるLandschultzetalScience24017591764McKnightSciAm2645464FosteretalFASEBJ82192200。遺伝子発現の転写制御は、対応する遺伝子のプロモーター領域内に存在する調節エレメントと相互作用する配列特異的転写因子の協奏作用を通し、bZIPおよびその他の転写因子ファミリーの両方によって媒介される。bZIPの二つに分れたDNA結合構造は、数個のアミノ酸を間にはさんで規則的に存在する複数個のロイシン残基を特徴とするロイシンジッパーに隣接する、塩基性アミノ酸塩基性領域に富む領域からなるVinsonetalScience2469119161989。塩基性領域はDNAと直接接触するが、ロイシンジッパーは、二つの□へリックスの疎水性二量体化中間面の平行相互作用を介したホモ二量体化およびヘテロ二量体化を媒介し、コイルドコイル構造を生ずるOSheaetalScience243538542Science254539544HuetalScience25014001403RasmussenetalProcNatlAcadSciUSA88561564。Dofタンパク質は、比較的新しい転写因子の分類であり、bZIPタンパク質と近接する連結部位に結合しているその他タイプの転写因子との間の共同相互作用によって、植物遺伝子発現の幾つかのパターンについて、その一部の制御を媒介していると考えられている。このような共同相互作用の例は、bZIPおよびDof転写因子の間で観察されているSinghPlantPhysiol11811111120。これらDofタンパク質は、植物で高度に保存されている亜鉛フィンガーDNA結合ドメインを一つ有しているYanagisawaTrendsPlantSci1213。bZIP転写因子へのDofタンパク質の特異的結合が実証されており、この特異的相互作用が植物プロモーター内のDNA標的配列へのbZIP結合を刺激すると提唱されているChenetalPlantJ10955966。このようなDofbZIP相互作用の例は、文献に報告されており、例えばbZIP結合部位と認知されているocsエレメントに近接して連結する、複数のDof結合部位を含むことが示されているシロイヌナズナのグルタチオニンSトランスフェラーゼ6遺伝子GST6プロモーターがあるSinghPlantPhysiol11811111120。アラビドプシス由来のGボックス結合因子のbZIPファミリー例えばGBF1、GBF2およびGBF3を含むは、パリンドロームGボックスモチーフCCACGTGGと相互作用する。しかしながら、このような転写因子、例えばGBF1のDNA結合特異性は、ACGTコア側面にくるヌクレオチドの性質により影響を受けることがあるSchindleretalEMBOJ1112741289。インビボでの一過性、およびトランスジェニック植物発現研究からは、これらACGTエレメントが転写の最大活性化に必要であること、およびそれらが様々な環境、生理学的および環境的なきっかけによって制御を受けている数多くの植物遺伝子に同定できることを示している。これら転写因子を、そのACGTコアモチーフへの結合能力に基づいて分類してみた結果、例えばGボックスと相互作用するタンパク質とは異なるDNA結合部位条件を示すCamV35Sプロモーターas1結合タンパク質を含む、比較的多様なタンパク質群を得たTabataetalEMBOJ1014591467。このように、そのDNA結合特異性に基づいてbZIPタンパク質を個別のクラスに定義することに加えて、そのようなタンパク質は、そのヘテロ二量体形成特性に基づいて分類することもできるCaoetalGenesDev5153815521991SchindleretalEMBOJ1112611273。環境誘導型プロモーターは、プロモーター活性にとって重要な二つのシス作用エレメントの存在を必要とし、その一つは比較的保存されているGボックスCCACGTGGであるdeVettenetalPlantCell41012951307。二つのエレメントのうち一つに突然変異が生ずると、環境変化へ反応するプロモーターの能力は無効になるか、または大きく減ずる。Gボックス近くに位置する2番目のシス作用エレメントの配列は、異なる環境誘導型プロモーターには保存されていないが、同一シグナルで誘導されるプロモーターの間では類似性が認められることもある。Gボックスと第2シス作用エレメントとの間の距離が重要と考えられており、それぞれの結合因子が直接相互作用することが示唆されているdeVettenandFerlIntJBiochem26910551068RamachandranetalCurrOpinGenetDev456426461994。塩基性へリックスループへリックスジッパータンパク質は、文献に記載されたbZIP転写因子の別のクラスであり、例えばMycタンパク質を包含している。これらタンパク質は、転写因子に特徴的な2カ所の領域:幾つかのリン酸化部位からなるN末端トランス活性化ドメイン、および二量体化および3カ所のドメインを介した配列特異的DNA結合を媒介することが知られているC末端塩基性へリックスループへリックスbHLHロイシンジッパーモチーフ:ロイシンジッパー、へリックスループへリックス、および塩基性領域を含むToledoOrtizGHuqEandQuailPH2003PlantCell15174970。このTFのファミリーは、根の上皮細胞の運命を指定することBernhardtCLeeMMGonzalezAZhangFLloydAandSchiefelbeinJ2003Development1306419、果実の発生LiljegrenSJRoederAHKempinSAGremskiKOstergaardLGuimilSReyesDKandYanofskyMF2004Cell11684353、ER体の形成MatsushimaRFukaoYNishimuraMandHaraNishimuraI2004PlantCellMay21出版前に電子的に公開を含む植物細胞および組織の発生、ならびに植物の代謝に様々な役割を果たしていること、ならびにアントシアニン生合成に関係するRamsayNAWalkerARMooneyMandGrayJC2003PlantMolBiol5267988と考えられている。CCAAT:GelinasらNature31360003233251985により同定されたCCAATボックスエレメントは、転写開始部位から80bp~300bpの間にあって、いずれの方向にも機能し、複数のボックスTasanenetalJBiolChem267161151311519;または他の保存されたモチーフMuroetalJBiolChem267181276712774;RiepingandSchofflMolGenGenet2312226232と協働的に相互作用する可能性を有している。CCAATボックス関連モチーフは、酵母HahnetalScience2404850317321、ラットMaityetalProcNatlAcadSciUSA871453785382;VuorioetalJBiolChem265362248022486;および植物RiepingandSchofflMolGenGenet2312226232;KehoeetalPlantCell6811231134を含む様々な生物の、多くのプロモーターに同定されている。酵母および脊椎動物では、タンパク質複合体がCCAATモチーフに結合することが示されている。酵母では、複合体がHAP2、HAP3およびHAP5として知られる3つのタンパク質からなるPinkhamandGuarenteMolCellBiol51234103416。シロイヌナズナには、類似するDR1転写因子が存在する。シロイヌナズナにDr1様タンパク質が同定されたことは、このタンパク質が真核生物の属に普遍的に存在すること、およびDr1を含む転写開始を制御する保存されたメカニズムが存在することを強く示しているKuromoriYamamotoCloningofcDNAsfromArabidopsisthalianathatencodeputativeproteinphosphatase2CandahumanDr1likeproteinbytransformationofafissionyeastmutantNucleicAcidsRes22245296301。CAATT結合因子は、セイヨウアブラナBrasicanapusLevesqueLemayMAlbaniDAldcornDHammerlindlJKellerWandRobertLS2003PlantCellRep218048Epub2003Mar04における植物稔性、および胚形成LeeHFischerRLGoldbergRBandHaradaJJ2003ProcNatlAcadSciUSA10021526に関係している。C2C2Co様:アラビドプシスの発生では、植物期と生殖開花期は明瞭に分れている。開花の開始は、長日期により促進されるが、constans突然変異は、野生型に比べ、これら条件で開花が遅くなるPutterillJRobsonFLeeKSimonRandCouplandG1995Cell8084557ValverdeFMouradovASoppeWRavenscroftDSamachAandCouplandG2004Science30310036。COのコピーを過剰に含むいくつかのトランスジェニック植物は野生型に比べ開花が遅いことから、COの活性が開花時間を制限していることが示唆される。coおよび、ジベレリン酸反応、分裂組織の性質、またはフィトクロムの機能に影響を及ぼす突然変異を含む二重突然変異を作製し、それらの表現形から開花促進におけるCOの役割に関するモデルが提案されている。COとフィトクロム反応および分裂組織の性質とが相互作用することは、CO様遺伝子が様々な植物の発生プロセスにおいて、遺伝子制御の機能を果たしていることを意味する。アラビドプシスは、長日に反応して開花を促進し、コメは短日に反応して開花を促進するが、この反応を制御しているネットワークは、これらの関連性が非常に薄い植物の間でも高度に保存されており、Constansによって制御されていることが分かっているSimpsonGG2003Bioessays2582932。C2C2GATA:植物に広く見られる多くの光反応性プロモーターは、GATAモチーフを含んでおり、そして多くの核タンパク質がこれらエレメントと相互作用することが明らかにされている。タイプIV亜鉛フィンガータンパク質は、動物および真菌で詳しく調べられており、この配列を含むプロモーターエレメントに対し高い親和性を示すことから、それらはGATA因子と呼ばれているLowryJAandAtchleyWR2000JMolEvol5010315。CX2CX20CX2Cモチーフ含有ドメイン構造、CCTドメインおよび未確認の保存ドメインを含むタンパク質が植物にのみ見出されており、それらが植物特異的なCATAタイプ転写因子の新規ファミリーに属していることを示している。このような因子の一つであるZIMのアラビドプシスでの過剰発現は、胚軸および葉柄の伸長をもたらすShikataMMatsudaYAndoKNishiiATakemuraMYokotaAandKohchiT2004JExpBot556319。C2C2YABBY:これら遺伝子の発現は、背軸細胞の運命が正常位置にない、減少する、または排除されている突然変異体での背軸細胞の運命と正確に関係している。この遺伝子ファミリーのメンバーは、アラビドプシスの葉および花器官のような側部器官の背軸細胞の運命の特定化を担っているSiegfriedKREshedYBaumSFOtsugaDDrewsGNandBowmanJL1999Development126411728。Yabbyはまた、他の植物においてもある役割を果たしており、例えばコメの葉の中央域では細胞増殖を促進することを介して主脈形成を制御しているYamaguchiTNagasawaNKawasakiSMatsuokaMNagatoYandHiranoHY2004PlantCell165009。C2H2:C2H2亜鉛フィンガータンパク質遺伝子は、遺伝子活性の制御に関係する核酸結合タンパク質をコードする。AtZEP1シロイヌナズナ亜鉛フィンガータンパク質1は、これまでアラビドプシスから特性が分析されてきたC2H2亜鉛フィンガーコード配列の小さなファミリーの1メンバーである。AtZEP1cDNAに対応するゲノム配列が決定されている。分子の分析から、AtZEP1は、根および茎に強く発現している1100ヌクレオチドのmRNAをコードする、固有のイントロンを含まない遺伝子であるChrispeelsHEOettingerHJanvierNandTagueBW2000PlantMolBiol4227990。植物のC2H2亜鉛フィンガー転写因子は、花器官形成YunJYWeigelDandLeeI2002PlantCellPhysiol43527、開花時期KozakiAHakeSandColasantiJ2004NucleicAcidsRes32171020、葉誘導、側部シュート誘導、配偶子形成および種子の発生SagasserMLuGHHahlbrockKandWeisshaarB2002GenesDev1613849において重要な役割を果たすものであることが確認されている。C3HタイプZn:C3Hタイプ亜鉛フィンガータンパク質は、ヒトの腫瘍における細胞分裂の制御に関係することが知られており、植物でも同様の機能を果たすと思われる。CPP:ダイズのレグヘモグロビン遺伝子Gmlbc3のプロモーターと相互作用する、新しいタイプのDNA結合性タンパク質CPP1が同定されている。CPP1のDNA結合ドメインは、それぞれ9個と10個のCysを持つ、類似のCysリッチドメインを二つ含んでいる。cpp1遺伝子は、根粒発生の後期に誘導され、その発現は根粒の中心感染組織の末端部分に限定されている。構成的なcpp1遺伝子の発現は、スズメノエンドウViciahirsutaの根におけるGmlbc3プロモーターgusAレポーター構築体の発現を低下させる。それゆえに、これらのデータは、CPP1が、共生根の根粒におけるレグヘモグロビン遺伝子の制御に関係していることを示唆しているCvitanichCPallisgaardNNielsenKAHansenACLarsenKPihakaskiMaunsbachKMarckerKAandJensenEO2000ProcNatlAcadSciUSA9781638。所望のポリヌクレオチド:本発明の所望のポリヌクレオチドは、プロモーター、エンハンサーまたはターミネータのような遺伝的エレメント、あるいはそのゲノム中に所望のポリヌクレオチドを含む形質転換細胞において転写および/または翻訳される遺伝子またはポリヌクレオチドである。所望のポリヌクレオチドが、タンパク質産物をコードする配列を含む場合は、コード域は、所望のポリヌクレオチドがコードする関連メッセンジャーRNA転写体および/またはタンパク質産物を発現させる、プロモーターおよびターミネータのような調節エレメントに作動可能に連結できる。このように所望のポリヌクレオチドは、5から3の方向に作動可能に連結しているプロモーター、タンパク質をコードする遺伝子およびターミネータである遺伝子を含むことができる。あるいは、所望のポリヌクレオチドは、その転写により植物細胞の内因性遺伝子の発現に影響を及ぼす核酸を生ずる遺伝子またはその断片を、センスまたはアンチセンス方向に含んでもよい。所望のポリヌクレオチドは、転写によって二本鎖RNA産物を生ずることができる、それによって所望のポリヌクレオチドが結合する遺伝子に、RNA干渉を誘導することができる。本発明の所望のポリヌクレオチドは、TDNA内に、TDNAの左または右端部配列が所望のポリヌクレオチドの左右いずれかの端部に並ぶか、重なるように配置される。本発明は、一つまたは複数の所望のポリヌクレオチドの、少なくとも一つの植物細胞のゲノム内への安定的な組込みを想定している。所望のポリヌクレオチドは突然変位していても、または野生型配列の変種でもよい。所望のポリヌクレオチドの全てまたは一部は、植物のゲノム内に組込めるものとする。また、用語所望のポリヌクレオチドは、一つまたは複数のそのようなポリヌクレオチドを包含するものとする。したがって、本発明のTDNAは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10またはそれ以上の所望のポリヌクレオチドを含んでよい。双子葉植物dicot:その胚が2枚の初葉または子葉、分枝した葉脈、4または5の倍数の花部分を有する顕花植物である。双子葉植物の例としては、これに限定されないが、ユーカリ、ハコヤナギPopulus、フウLiquidamber、アカシア、チーク、マホガニー、ワタ、タバコ、アラビドプシスナズナ、トマト、ジャガイモ、テンサイ、ブロッコリ、タピオカノキ、サツマイモ、コショウ、ポインセチア、マメ科植物、アルファルファ、ダイズ、ニンジン、イチゴ、レタス、オーク、カエデ、クルミノキ、バラ、ミント、カボチャ、ヒナギク、ゼラニウム、アボガドおよびサボテンが挙げられる。DRAP1:NC2Dr1Drap1はDPEまたはTATAボックスモチーフを通して遺伝子転写を示差的に制御する二機能塩基性転写因子である。精製した組換え体dNC2は、DPE駆動プロモーターを活性化し、TATA駆動プロモーターを抑制する。dNC2の突然変異体は、DPEプロモーターを活性化できるが、TATAプロモーターの抑制は不安定である。それゆえに、活性化と抑制の機能は異なっている。RiceSongWSolimeoHRupertRAYadavNSandZhuQ2002PlantCell1418195。E2FDP:E2FDP複合体は、動物でのG1S移行の制御において中心的な役割を果たしている。最近、植物のE2FおよびDP関連相同体がクローン化された。植物のE2F相同体は、動物のものに類似した全体ドメイン構造を示すものの、系統樹分析はそれらが別のサブグループを形成していることを示している。それらは主に、S初期の細胞で、最も高い転写レベルを示す、活発に分裂している細胞に生ずるMaricontiLPellegriniBCantoniRStevensRBergouniouxCCellaRandAlbaniD2002JBiolChem27799119。タバコでは、アラビドプシスE2Fが高発現すると、S期から、有糸分裂活性が制限された最終分化細胞への移行が加速され、内生殖を促進し、さらに上昇したE2F活性は細胞型特異的な様式で細胞周期を変化させて、S期およびM期を保証している活性間のバランスに依存した植物の形態に影響を与えるKosugiSandOhashiY2003PlantPhysiol132201222。既知のアラビドプシスプロモーターでは、E2F結合域は、細胞分裂に関係する遺伝子のプロモーター内に見出されているEgelkroutEMMaricontiLSettlageSBCellaRRobertsonDandHanleyBowdoinL2002PlantCell14322536StevensRMaricontiLRossignolPPerennesCCellaRandBergouniouxC2002JBiolChem2773297884。EIL:野生型アラビドプシス植物でのEIN3またはEIL1の過剰発現は、構成的なエチレン表現形をもたらし、ERF1の発現を高める。これらの結果は、EIN3が、エチレンシグナル伝達経路のポジティブ制御因子として機能する転写因子であることを示しているChaoQRothenbergMSolanoRRomanGTerzaghiWandEckerJR1997Cell89113344。エチレンは、成熟および木部形成を含む、多くの植物のプロセスで重要である。内因性とは、植物ゲノムにとって生得性の遺伝子を表す。繊維組成:本明細書で用いる場合、繊維組成とは、変更可能であって、繊維の構造、外観または使用を変化させる性質を表す。限定はされないが、繊維組成を決定する性質としては、繊維の長さ、粗さ、強度、色、断面および繊維密度が挙げられる。例えば、繊維の長さは強度を与えるが、繊維の粗さは触感および柔軟性を決定することが知られている。外来:核酸に関しては、外来とは、植物外の生物に由来する、または形質転換の対象となる植物と同種ではない植物に由来する、または形質転換の対象となる植物と交雑しない、標的植物の種に属さない植物に由来する核酸を意味する。本発明によれば、外来DNAまたはRNAとは、真菌、細菌、ウイルス、哺乳動物、魚類または鳥類を遺伝的に形作っている、天然に存在する核酸を表しており、形質転換の対象となる植物において天然に存在する核酸ではない。それゆえに、外来核酸とは、例えば、形質転換植物が自然に産生しないポリペプチドをコードする核酸である。外来核酸は、タンパク質産生物をコードしてはならない。GARP:GARP転写因子は、サイトキニンおよびエチレンに対する反応を媒介するアラビドプシス反応制御因子ARR遺伝子のファミリーによって代表される。ARRファミリーは、その配列およびドメイン構造が異なる二つのグループ、タイプAおよびタイプBに分けることができる。タイプA遺伝子は、サイトキニンに反応性であり、一方タイプB遺伝子は、エチレンおよび浸透圧によって誘導される。タイプAおよびタイプBファミリー遺伝子は共に、ヒスチジンアスパルチルホスホリレーおよび反応制御因子レシーバーを含む、2コンポーネントのシグナル伝達系を有する。StocketalAnnuRevBiochem69183215。遺伝子:遺伝子は、産物、ポリペプチド鎖またはRNA分子の合成に必要な全ての情報を含むDNA分子の断片であり、コーディングおよび非コーディング配列を含む。遺伝的エレメント:遺伝的エレメントは、これらに限定されないが、プロモーター、遺伝子、ターミネータ、イントロン、エンハンサー、スペーサー、5非翻訳領域、3非翻訳領域またはリコンビナーゼ認識部位のような、別個のヌクレオチド配列である。遺伝的修飾:分子および細胞生物学的方法を適用した、特定生物ゲノム内へのDNAの安定的な導入。裸子植物:本明細書で使用する場合、子房を持たない種子を持つ、種子植物を表す。裸子植物の例としては、針葉樹、ソテツ、イチョウおよびマオウが挙げられる。GRAS:GRASGAI、RGA、SCR遺伝子ファミリーの産物の配列分析は、それらが可変アミノ末端および5つの認識可能なモチーフを含む、高度な保存性のカルボキシル末端を共有していることを示している。植物生物学におけるGRAS遺伝子ファミリーの重要性は、SCR、GAIおよびRGAの機能分析によって確立している。これら遺伝子は、茎、根および花の器官の発生にとって重要である、パターン形成、特に放射パターン形成に機能していると考えられているPyshetalPlantJournal18111119。GRASタンパク質は、シグナル伝達、分裂組織の維持および発生といった、極めて多様なプロセスで重要な役割を果たしているBolleC2004Planta21868392。ホメオティック転写因子:動物では、ホメオティック転写因子は、例えば昆虫および脊椎動物胚におけるパターン形成の制御、ならびに多くの組織における細胞分化の特定化を含む様々な発生プロセスに関係しているInghamNature3352534;McGinnisandKrumlaufCell68283302。ホメオドメインの二次構造は、細菌のDNA結合ドメインで最初に同定された明瞭なへリックスターンへリックス配列を特徴とする。このへリックスターンへリックス配列/構造モチーフは、約20アミノ酸のスパンを有し、90度の鋭角で屈曲または回転して分離している二つのへリックスを特徴とするHarrisonandAggarwalAnnRevBiochem59933969。このへリックスは、DNAへリックスの主要グローブ内に結合することが示されている。植物のホメオボックス遺伝子は、シリイヌナズナ、トウモロコシ、パセリおよびダイズを含む複数の植物種で同定されている。トウモロコシのホメオボックス遺伝子ファミリーメンバーの発現パターン分析は、これら転写因子が、植物の頂端分裂組織内の特異的領域を規定することに関係していること、および葉構造の誘導に関係している可能性を示唆しているJacksonetalDevelopment120405413。このような観察は、植物のホメオボックス遺伝子が、動物のホメオボックス遺伝子と同様に、細胞運命の決定に関係していることを暗示している。ホメオドメインジッパーHDzipは、ホメオドメインタンパク質の別のファミリーである。これらホメオドメインジッパータンパク質HDzipは、別のロイシンジッパー二量体化モチーフに連結した特徴的なホメオドメイン有する。このファミリーには、例えばAthb1およびAthb2が含まれるSessaetalEMBOJ1235073517およびAthb4CarabellietalPlantJ4469479。HSF:熱ショック因子HSFは、熱ショック反応の転写活性化因子である。構成的に発現したHSFが、DNAと結合できる形に変換するには、酵母、ショウジョウバエ、ニワトリおよびヒトのHSFで見られるように、ロイシンジッパー相互作用を含むタンパク質の三量体化が必要である。他の後生動物のHSF同様、内因性のアラビドプシスのHSFは、ゲル阻止アッセイにおいて、熱ショック誘導性のDNA結合活性を示すHubelALeeJHWuCandSchofflF1995MolGenGenet24813641。植物での熱ショックタンパク質の過剰発現は、熱耐性を示す植物を生ずるSanmiyaKSuzukiKEgawaYandShonoM2004FEBSLett5572658SungDYandGuyCL2003PlantPhysiol13297987。導入:本明細書で使用する場合、感染、トランスフェクション、形質転換または形質導入を含む方法により、細胞内に核酸配列を挿入することを表す。ジュモンジJumonji:植物でのジュモンジ転写制御因子に関する文献はない。しかし、動物では、このファミリーを扱った文献が僅かではあるが存在する。過剰発現により細胞増殖が低下することが示されており、細胞増殖シグナルの制御になんらかの役割を果たしていることが示唆されているOhnoTNakajimaKKojimaMToyodaMandTakeuchiT2004BiochemBiophysResCommun3179259KitajimaKKojimaMKondoSandTakeuchiT2001ExpHematol2950714。ジュモンジタンパク質は、ARIDドメインおよびjmjCドメインを含有する。しばしば、ジュモンジタンパク質は小さなN末端jmjNドメイン、および/またはC末端ZnC5HC2ドメイン、および/またはPHDZnフィンガーと結合するToyodaMKojimaMTakeuchiT2000BiochemBiophysResCommun2743326。幼若性:若木と成熟した木との間の生理学的差違を表す。本発明では、幼若性とは、若木と成熟したきとの間の、微小繊維の角度、木部密度、セルロース産生量、再生能、および生殖能の差違を表す。例えば、植物組織が成熟すると、組織は再生能力を失うことが分かっている。リグニン:本明細書で使用する場合は、モノリグノール、コニフェリル、クマリルおよびシナピルアルコールの重合誘導体を含む、フェニルプロパノイド単位から構成される重合組成物を表す。リグニン質とは、細胞壁マトリックスに強度を与える、水の輸送を補助する、および/または細胞壁多糖類の分解を遅らせるリグニン組成物の能力を指す。リグニン組成物またはリグニン構造は、各モノリグノールの相対量を変えること、またはリグニンのタイプを変えることによって変更できる。例えば、グアヤシルリグニンフェルラ酸から誘導は軟木質種に顕著であるが、一方グアヤシルシリンギルリグニンフェルラ酸およびシナピン酸から誘導は硬木質種に特徴的である。マツのような軟木質由来のリグニンを分解するには、硬木質からのリグニン除去に比べて、実質的によりアルカリ性の、より長時間のインキュベーションが必要である。さらに、リグニンの組成は、リグニン生合成に関わる酵素のアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションにより制御されている。例えば、重要なリグニン生合成酵素としては、4クマリン酸:補酵素Aリガーゼ4CL、ケイ皮アルコール脱水素酵素CADおよびシナピルアルコール脱水素酵素SADが挙げられる。LIM:LIMドメインは、様々なタンパク質に見出されている、特殊な二重亜鉛フィンガーモチーフであり、ホメオドメインthesunflowerpollenspecificSF3transcriptionfactorBaltzetalPlantJ2713721またはformingproteinscomposedprimarilyofLIMdomainsDawidetalTrendsGenet144156162参照のような、多様な機能を持つドメインと関係している。LIMドメインは、他のLIMドメインおよび多くの種類のタンパク質ドメインと特異的に相互作用する。LIMドメインは、タンパク質相互作用モジュールとして機能し、機能的複合体メンバー間の特異的接触を媒介し、構成タンパク質の幾つかの活性を変更する。LIMドメインによる核酸結合は、構造的な考察によって示唆されてはいるものの、証明されない可能性が残っている。しかしながら、ホメオドメインと一緒となって、Drosophila由来の対合PRDしたグーズベリーGSBホメオドメインタンパク質中に初めて同定された保存配列モチーフである、対合ボックスについて提案されているように、LIMドメインが発生制御遺伝子の制御領域に結合する可能性はあるTriesmanetalGenesDev5594604。PRDボックスはまた、ホメオドメイン無しでもDNAに結合できる。LIMドメインタンパク質は核内、細胞質内に存在することができ、またはコンパートメント間を行き来できる。動物の系では、幾つかの重要なLIMタンパク質が、細胞骨格に結合することが示されており、接着斑およびアクチンマイクロフィラメント構築にある役割を有している。核LIMタンパク質のうち、LIMホメオドメインタンパク質は、動物発生中の細胞系列決定およびパターン構成に重要な役割を果たす主要サブファミリーを形成している。植物では、LIMタンパク質は、木部の発生に極めて重要である、リグニン生合成経路に関わる複数の遺伝子を制御することが実証されているKawaokaAEbinumaH2001TranscriptionalcontrolofligninbiosynthesisbytobaccoLIMproteinPhytochemistry5711491157KawaokaetalPlantJ22289301。MADS:MADSボックス転写因子は、MADSボックスとして知られるDNAの保存域と相互作用する。全てのMADSボックス転写因子は、MADSドメインとして知られる保存されたDNA結合/二量体化領域を含んでおり、これは異なる界全体で同定されているRiechmannandMeyerowitzBiolChem3781010791101。植物から単離されたMADSボックス遺伝子の多くは、主に花分裂組織または花器官で発現しており、花序および花分裂組織を規定する、または花器官の特質を決定する役割を果たしていると考えられている。花分裂組織の特質および分裂組織発生のパターンを担う制御遺伝子の分類の一つは、シロイヌナズナ由来のAPETALA1、APETALA2、CAULIFLOWER、LEAFYおよびAGAMOUSを包含する。LFYおよびAPIは共に、推定転写因子をコードすることWeigeletalCell698438591992、そしてAPIおよびAGはそれぞれMADSボックスドメインファミリーの推定転写因子をコードすることが示されているYanofskyetalNature3463539。Lfy遺伝子の突然変異は、花から花序シュートへの部分的変換を起こす。MADSボックス遺伝子は、葯および花粉の成熟SchreiberDNBantinJandDresselhausT2004PlantPhysiol134106979、植物の栄養増殖から生殖成長への移行MuraiKMiyamaeMKatoHTakumiSandOgiharaY2003PlantCellPhysiol44125565、開花時期TrevaskisBBagnallDJEllisMHPeacockWJandDennisES2003ProcNatlAcadSciUSA10013099104に必要である。単子葉植物単子葉植物:一葉の子葉またはシードリーフ、平行葉脈、および3の倍数の花部分を有する胚を持つ開花色植物。単子葉植物の例としては、これに限定されないが、シバ、トウモロコシ、コメ、カラスムギ、コムギ、オオムギ、サトウモロコシ、ラン、アヤメ、ユリ、タマネギおよびヤシが挙げられる。シバの例としては、これに限定されないが、Agrostis亜種sppコロニアルベントグラスおよび匍匐性ベントグラスを含むベントグラス種、Poapratensisケンタッキーブルーグラス、Lolium亜種一年生ライグラスおよび多年生ライグラスを含むライグラス種、Festucaarundinaceaヒロハノウシノケグサ、Festucarubracommutataファインフェスク、CynodondactylonTifgreenTifwayIIおよびSantaAnaを含む一般的なギョウギシバ、ならびにその雑種;Pennisetumclandestinumキクユグラス、Stenotaphrumsecundatumセントオーガスチングラス/イヌシバ、Zoysiajaponicaノシバ、ならびにDichondramicranthaアオイゴケが挙げられる。Myb:転写因子のMybファミリーは、植物および動物の両方に見られる、二つ植物種または3つ動物種の、約50アミノ酸の不完全な前後の繰返しを含む、保存されたアミノ末端DNA結合ドメインを特徴とする、機能的に多様な転写活性化因子のグループであるRosinskiandAtchleyJMolEvol4617483StoberGrasseretalOncogene73589596。代表的な植物と動物のMYBタンパク質のアミノ酸配列の比較から、異なるタンパク質の同一反復の間に、同一タンパク質のR2とR3反復の間より大きな保存が存在することが示されたMartinandPazAresTrendsGenet1326773。シロイヌナズナからは、100を超えるMYBが報告されているRomeroetalPlantJ143273284、AtmybL2からは、他のmyb様タンパク質にみられるような典型的な二つまたは3つのトリプトファン反復を一つだけ含むようなMyb遺伝子が単離されているKirikBaumleinGene18310913。これまでにmyb様遺伝子は、木質部発生長のテーダマツから単離されており、トランスジェニック植物で異所性に発現させると、植物は木質化の加速を示すPatzlaffAMcInnisSCourtenayASurmanCNewmanLJSmithCBevanMWMansfieldSWhettenRWSederoffRRCampbellMM2003PlantJ3674354。マツのmyb遺伝子PtMYB1は、マツ木部で、シス作用性ACエレメントからの転写を制御するだろうPatzlaffANewmanLJDubosCWhettenRWSmithCMcInnisSBevanMWSederoffRRandCampbellMM2003PlantMolBiol53597608。DNA結合研究は、植物のMYBタンパク質の間には結合特異性に差違はあるが、重複することも多く、これらタンパク質について認識されつつある機能は、別ではあるものの関連することも多いことを示している。MYBDNA結合ドメインにある8つの推定塩基接触残基に関する研究は、少なくとも6つの塩基が、現在までに同定された全ての植物MYBタンパク質で完全に保存されていること、および残りの2残基もこれらタンパク質で少なくとも80保存されていることを示しているMartinandPazAresTrendsGenet1326773。塩基に接触しない残基を含む突然変異分析からは、MYBの配列特異的結合能が影響を受けること、そして植物MYBタンパク質の間に見られるDNA結合特異性の差違の一部は、これが基になっていることを示しているSolanoetalJBiolChem272528892895。この大型の遺伝子ファミリーは、植物が示す発生および代謝可塑性の基礎となる制御上の柔軟性に寄与しているかもしれない。NAC:NACタンパク質は、DNAとその他タンパク質の両方に結合できる、それらの保存されたN末端NACドメインを特徴とする。NACドメインは、少数の螺旋エレメントによって取り囲まれている、ねじれたβシートからなる。NACタンパク質は、シュート頂端分裂組織、花器官よび側部シュートの形成を含む発生プロセス、ならびに植物ホルモン制御および防御に関係しているErnstHAOlsenANLarsenSANDLoLeggioL2004EMBORep5297303。オーキシンは、側根形成に重要な役割を果たしているが、このプロセスに関するシグナル伝達経路についてはよく分かっていない。NACファミリーの新メンバーであるNAC1は、オーキシンにより誘導され、オーキシンのシグナルを介して、側根の発生を促進する。NAC1はDNAに結合するN末端保存NACドメインとC末端活性化ドメインからなる。この因子は、二つの、下流にあるオーキシン応答性遺伝子、DBPおよびAIR3の発現を活性化する。NIN様:NINタンパク質は、根粒発生を休止させる突然変異体の表現形から発見された。NINタンパク質は、感染糸および根粒原基の形成に必要なことが立証されている。NINタンパク質は、転写因子および、窒素関連プロセスに関係する他の植物タンパク質に類似の推定DNA結合/二量体化ドメインに類似の配列を有しているSchauserLRoussisAStillerJandStougaardJ1999Nature19994021915。転写因子のNIN様ファミリーは、RWPRKドメインを特徴とするBorisovAYMadsenLHTsyganovVEUmeharaYVoroshilovaVABatagovAOSandalNMortensenASchauserLEllisNTikhonovichIAandStougaardJ2003PlantPhysiol131100917。N末端オクチコサペプチドOPRが、19の植物NIN様タンパク質のうち11に見出されている。作動可能に連結:二つまたはそれ以上の分子が、組合わさった形で、植物細胞内で適正に機能するように組み合わせること。例えば、プロモーターが構造遺伝子の転写を制御するとき、プロモーターは構造遺伝子に作動可能に連結している。表現形:表現形とは、植物を区別する特徴または特性であり、それらは、形質転換植物の少なくとも一つの植物細胞のゲノム内に、一つまたは複数の所望のポリヌクレオチドおよび/またはスクリーニング可能な/選択可能なマーカーを組込むことによって、本発明により変更できる。所望のポリヌクレオチドおよび/またはマーカーは、形質転換植物の細胞または植物の、数ある遺伝的、分子的、生化学的、生理学的、形態学的、または農学的特性または性質のうちのいずれか一つを全体として変更することによって、形質転換植物の表現形を変えることができる。このようにして、一つまたは複数の、安定して組込まれた所望のポリヌクレオチドが植物ゲノム内で発現して、これに限定されないが、干ばつ耐性の上昇、寒冷および凍結耐性の増強、活力の向上、色彩の増強、健康および栄養特性の増強、保存性の向上、収量の増加、塩耐性の増強、重金属耐性の増強、疾病耐性の増加、昆虫耐性の増加、水ストレス耐性の増加、甘味の増強、活力の向上、味覚の向上、質感の向上、リン酸含有量の減少、発芽率の増加、微量元素取り込みの増加、デンプン組成の向上、および開花寿命の向上からなる群より選択される表現形を生むことができる。植物組織:植物とは、胚を産すること、クロロプラストを含有すること、およびセルロースの細胞壁を有することを特徴とする、植物界Plantaeに属する、各種の、光合成を行う真核生物の多細胞生物である。植物の一部、即ち植物組織は、本発明の方法に従って処理し、トランスジェニック植物を産することができる。多くの好適植物組織は、本発明により形質転換でき、また、これに限定されないが、体細胞胚、花粉、葉、茎、カルス、ストロン、微根塊およびシュートを包含する。それゆえに、本発明は、シバ、コムギ、トウモロコシ、コメ、オオムギ、カラスムギ、テンサイ、ジャガイモ、トマト、タバコ、アルファルファ、レタス、ニンジン、イチゴ、タピオカ、サツマイモ、ゼラニウム、ダイズ、オーク、マツ、モミ、アカシア、ユーカリノキ、クルミおよびヤシのような被子植物および裸子植物の形質転換を想定している。本発明によれば、植物組織は、植物細胞も包含する。植物細胞としては、浮遊培養、カルス、胚、分裂組織域、カルス組織、葉、根、シュート、配偶体、胞子体、花粉、種子および小胞子を挙げることができる。植物組織は、各種成熟段階でよく、液体または固形培養にて、またはポット、温室もしくは野外において土壌もしくは好適媒体にて生育できる。植物組織は、植物、種子、子孫、有性または無性的に発生した珠芽、および挿木もしくは種子のようなその子孫も表す。特に関心のあるものは、マツ、モミおよびトウヒのような針葉樹、ケンタッキーブルーグラス、匍匐性ベントグラス、トウモロコシおよびコムギのような単子葉植物、ならびにワタ、トマト、レタス、アラビドプシス、タバコおよびゼラニウムのような双子葉植物である。植物形質転換および細胞培養:広義には、植物細胞を遺伝的に変更し、そして適当な植物培養培地に移して維持し、さらに増殖し、そして/またはさらに発生させるプロセスを表す。このような方法は当業者周知である。ポリコームPOLYCOMB:ポリコーム群PcGタンパク質は、ショウジョウバエDrosophilamelanogasterおよび哺乳動物の発生および遺伝子発現の後成的制御に重要な役割を果たしている。最近、PcGのアラビドプシス相同体もまた、植物の発生の制御にとって重要であることを示す証拠が得られている。植物を対象とした最近の研究は、PcGタンパク質が、哺乳動物同様に、様々な発生プロセスを制御していること、それらがホメオティック遺伝子の発現および細胞増殖の両方に影響することを示しているReyesJCandGrossniklausU2003SeminCellDevBiol147784。PcGタンパク質は、ショウジョウバエにおいて、導入された遺伝子および内因性の遺伝子の発現を抑制することが示されている。ポリコームを基本とする抑制の例は全て、抑制的なクロマチン構造の形成を通して作動すると考えられているHsiehTFHakimOOhadNandFischerRL2003TrendsPlantSci843945。子孫:トランスジェニック植物の子孫のような、本発明の子孫とは、植物またはトランスジェニック植物から生まれた、により作られた、または由来するものである。それゆえに、子孫植物、即ちF1世代の植物とは、発明の方法により作られたトランスジェニック植物の子、または後裔である。トランスジェニック植物の子孫は、その細胞ゲノムの少なくとも一つ、いくつか、または全て、本明細書に記載の方法により親トランスジェニック植物の細胞に組込まれた所望のポリヌクレオチドを含むことができる。これにより所望のポリヌクレオチドは、子孫植物に伝達または遺伝する。こうして子孫植物に遺伝された所望のポリヌクレオチドはTDNA構築体内に存在でき、TDNA構築体もまたその親からの子孫植物に遺伝する。本明細書に使用する場合、用語子孫とは、植物群の子または後裔と考えることができる。プロモーター:プロモーターとは、RNAポリメラーゼおよび/またはその他の転写調節エレメントに結合する、核酸、このましくはDNAを意味する。他のプロモーター同様に、本発明のプロモーターもDNAまたはRNAの転写を促進または制御して、プロモーターと作動可能に連結している核酸分子からmRNAを生ずる。前述したように、生じたRNAは、タンパク質またはポリペプチドをコードでき、あるいはRNA干渉分子またはアンチセンス分子をコードできる。植物プロモーターとは、植物細胞にその起源があるか無いかを問わず、植物細胞において転写を開始できるプロモーターである。例示的な植物プロモーターとしては、これに限定されないが、植物、植物ウイルス、および植物細胞で発現する遺伝子を含むアグロバクテリウムまたはリゾビウムRhizobiumのような細菌から得たプロモーターを挙げることができる。発生制御を受けるプロモーターの例としては、木質部、葉、根または種子のような、特定組織での転写を優先的に開始するプロモーターを挙げることができる。このようなプロモーターは、組織優先プロモーターと呼ばれる。ある特定組織でのみ転写を開始するプロモーターは、組織特異的プロモーターと呼ばれる。細胞型特異的プロモーターは、一つまたは複数の器官の特定タイプ細胞、例えば根または葉の維管束細胞で、発現を主に起こすものである。誘導性または抑制性プロモーターは、環境制御を受けるプロモーターである。誘導性プロモーターによる転写に影響を及ぼす環境条件の例としては、嫌気条件または光の存在を挙げることができる。組織特異的、組織優先、細胞型特異的、および誘導性プロモーターは、非構成的プロモーターのクラスを形成している。構成的プロモーターとは、大部分の環境条件の下、大部分の植物の部分で活性であるプロモーターである。ポリヌクレオチドとは、配列をコードする遺伝子、またはその断片少なくとも連続する15ヌクレオチド、好ましくは少なくとも連続する30ヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも連続する50ヌクレオチドを含む、プロモーター、イントロン、エンハンサー領域、ポリアデニル化部位、翻訳開始部位、5または3非翻訳領域、レポーター遺伝子、選択可能なマーカー等を含む、ヌクレオチド配列である。ポリヌクレオチドは単鎖または二本鎖DNAまたはRNAを含んでよい。ポリヌクレオチドは、修飾塩基または修飾主鎖を含んでよい。ポリヌクレオチドは、ゲノミック、RNA転写体mRNAのような、加工されたヌクレオチド配列cDNAのようなでよい。ポリヌクレオチドは、センスまたはアンチセンス方向の配列を含むことができる。単離されたポリヌクレオチドとは、その未変性状態にないポリヌクレオチド配列であり、例えば、ポリヌクレオチドは天然には見いだせないヌクレオチド配列を含むか、またはポリヌクレオチドは、通常その近傍にあるヌクレオチド配列から分離しているか、通常その近傍に存在しないヌクレオチド配列の近くに存在する。RAV様:RAV様転写因子は、高等植物に特有である。RAVは、ABI3VP1関連RelatedtoABI3VP1を表しており、それらはAP2ドメインを含むことから、AP2EREBP転写因子ファミリーに分類されている。しかしながら、それらはB3ドメインに相同なドメインも含んでいる。AP2ドメインは、5CAACA3に結合し、B3ドメインは5CACCTG3に結合する。この二重結合は自律的であり、高い親和性および特異性を持つ結合を達成するKagayaYOhmiyaKandHattoriT1999NucleicAcidsRes274078。興味深いことに、ユーカリで見いだされたような、いくつかのRAV様タンパク質は、B3ドメインだけを含んでいる。再生能:本明細書で使用する場合、脱分化組織から再分化する植物の能力を表す。SBP:シロイヌナズナSPL遺伝子ファミリーは、植物にのみ明らかに見いだせる推定転写因子をコードする、構造的に多様な遺伝子の群を表す。SPL遺伝子ファミリーの際だった特徴は、76アミノ酸長の保存されたタンパク質ドメイン、SBPドメインをコードするSBPボックスであり、このドメインはDNAとの相互作用を担っている。SBP遺伝子は、栄養器官および花器官両方で、植物器官分化に役割を果たしているUnteUSSorensenAMetal2003PlantCell15100919CardonetalGene23791104MorenoetalGenesDev11616628CardonetalPlantJ12367377。SBPボックス遺伝子は、木から単離されており、花の発生の制御に関係しているLannenpaaMJanonenIHolttaVuoriMGardemeisterMPoraliIandSopanenT2004PhysiolPlant120491500。種子:種子は、胚を含有する熟した植物の胚珠、および根茎または胞子のような植物の繁殖部分と考えることができる。種子は、例えば、アグロバクテリウム介在形質転換前に暗所でインキュベーションし、発芽を促進してもよい。種子はまた、インキュベーション前に、漂白剤を用いた短時間処理によって滅菌してもよい。こうして得た実生は、次に、所望のアグロバクテリウム株に暴露できる。選択可能/スクリーニング可能なマーカー:植物または植物組織で発現した場合に、その植物または植物組織と、その遺伝子が発現していない他の植物または植物組織とを区別できるようにする遺伝子。スクリーニングの手順は、スクリーニング可能なマーカー遺伝子がコードするタンパク質の発現のアッセイを要求してもよい。このようなマーカーの例としては、βグルクロニダーゼGUS遺伝子およびルシフェラーゼLUX遺伝子を挙げることができる。選択可能なマーカーの例としては、カナマイシンおよびジェネシチンgeneticin耐性をコードするネオマイシンホスホトランスフェラーゼNPTII遺伝子、ヒグロマイシンに対する耐性をコードするヒグロマイシンホスホトランスフェラーゼHPTまたはAPHIV遺伝子、スルホニル尿素型除草剤に対する耐性をコードするアセトラクテート合成酵素als遺伝子、ホスフィノスリシンLibertyまたはBastaのようなグルタミン合成酵素の活性の阻害に働く除草剤に対する耐性をコードする遺伝子BARおよび/またはPAT、あるいは当技術分野において公知のその他類似の遺伝子を挙げることができる。配列同一性:本明細書で使用する、二つの核酸またはポリペプチド配列と関連する、配列同一性または同一性とは、指定された領域全体について最大の一致が得られるように配列を並べた時の、同一である2配列中の残基を指すことを包含する。タンパク質に関して配列同一性の割合を用いた場合、同一でない残基位置は、保存的アミノ酸置換によって異なることが多く、この場合アミノ酸残基は、化学的特性例えば電荷もしくは疎水性が似ている他のアミノ酸残基によって置換されているために、分子の機能特性は変化しない。配列が保存的置換で異なっている場合は、パーセント配列同一性を上方調整して、置換の保存的な性質を補正してよい。このような保存的置換によって異なる配列は、配列類似性または類似性を有すると言われる。この調整を実施するための手段は、当業者に周知である。一般的には、この作業は、保存的置換を完全不一致ではなく、部分的不一致としてスコア化し、これによってパーセンテージ配列同一性を高くすることを含む。したがって、例えば同一アミノ酸をスコア1として、非保存的置換をスコアゼロとする場合は、保存的置換にはゼロから1の間のスコアが与えられる。保存的置換のスコア化は、プログラムPCGENEIntelligeneticsMountainViewCaliforniaUSAで実施されているように、例えばMeyersとMillerアルゴリズム、ComputerApplicBiolSci41117のにしたがって計算される。本明細書で使用する配列同一性のパーセンテージは、比較ウインドウの中に最適に整列した二つの配列を比較することによって決定された値を意味するが、この場合比較ウインドウ内にあるポリヌクレオチド配列部分については、2配列を最適に整列するために、参照配列付加または欠失を含まないと比べた時に、付加または欠失すなわちギャップを含んでもよい。パーセンテージは、両配列の核酸塩基またはアミノ酸残基が同一である位置の数を決定して一致位置数を割り出し、この一致位置数を比較ウインドウ内の全位置数で除し、その結果に100を乗じて計算し、配列同一性のパーセンテージを得る。配列同一性は、当技術分野で認知された手段であり、公開技術を用いて計算できる。を参照。2配列の同一性または類似性の判定に一般に用いられる方法としては、GUIDETOHUGECOMPUTERSBishopedおよびCrilloLipton、上記、に開示の方法が挙げられるが、これに限定されない。同一性および類似性を判定する方法は、コンピュータプログラムに組み込まれる。2配列の同一性および類似性を判定するための、好ましいコンピュータプログラム方法としては、これらに限定されないが、GCGプログラムパッケージDevereuxetalNucleicAcidsResearch12387BLASTPBLASTNFASTAandFASTDBを挙げることができる。TCP:TCPファミリーは、その特徴が最初に分析されたメンバーTB1、CYCおよびPCFにしたがって命名された。それらは速やかな成長を示す花原基で発現している。これは、cycおよびtb1が分裂組織の増殖への影響に関与すると言われていることと合わせて、TCPファミリーの多くのメンバーが細胞分裂に影響することを示唆しているCubasPLauterNDoebleyJandCoenE1999PlantJ1821522。転写因子:転写因子とは、遺伝子コーディング配列と関係する一つまたは複数のヌクレオチド配列に直接結合することによって、または遺伝子コーディング配列と関係する一つまたは複数のヌクレオチド配列に直接結合する別のポリペプチドの活性に間接的に影響することによって、単一つまたは複数の遺伝子の発現を制御するポリペプチド配列である。転写因子は、単一つまたは複数の遺伝子の発現を活性化アップレギュレーションまたは抑制ダウンレギュレーションできる。転写因子は、DNA結合ドメイン、活性化ドメイン、またはタンパク質タンパク質相互作用のためのドメインを含んでよい。本発明では、転写因子は、植物において1核酸配列に結合すること、または2遺伝子の発現を制御することの少なくとも一つが可能である。これに加え、発明のポリヌクレオチド配列および対応するポリペプチド配列は、被子植物および裸子植物を含む任意の植物種で転写因子として機能する。転写および翻訳ターミネータ:本発明の発現DNA構築体は、一般的には、転写開始制御領域とは反対側の端部に翻訳終止領域を有している。転写終止領域は、発現を高めるためのmRNAの安定性について、および/または遺伝子転写産物へ付加されるポリアデニル化テールの付加について選択できる。新生ポリペプチドの翻訳は、3種類ある鎖終止コドンのいずれかがリボソーム上のA部位に入った時点で終わる。翻訳終止コドンは、UAA、UAGおよびUGAである。転移DNATDNA:アグロバクテリウムTDNAは、その境界中に含まれるヌクレオチド配列を、別のゲノムに組込むことができるエレメントとして周知な遺伝的エレメントである。これに関して、TDNAには、一般的に二つの境界配列が隣接している。本発明の所望のポリヌクレオチドおよび選択マーカーは、TDNAの左側境界様配列と右側境界様配列の間に配置できる。TDNA内に含まれる所望のポリヌクレオチドおよび選択可能なマーカーは、様々な種類の植物特異的すなわち固有の核酸、または、その発現を促進する、すなわち所望のポリヌクレオチドまたは選択可能なマーカーによってコードされているDNA配列の転写および/または翻訳を促進するプロモーターおよびターミネータ調節エレメントのような外来核酸と作動可能に連結できる。植物細胞の形質転換:植物細胞のゲノム内に核酸を安定に挿入するプロセス。形質転換は、当技術分野において周知の様々な方法を用いて、自然および人工的な状態で起こすことができる。形質転換は、アグロバクテリウム介在形質転換プロトコル、ウイルス感染、針電極、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、ポリエチレングリコール処理、熱ショック、リポフェクションおよびパーティクルボンバードを含む、核酸配列を原核または真核宿主細胞内に挿入するための公知の方法に拠って実施できる。トランスジェニック植物:本発明のトランスジェニック植物は、その中に外来性核酸が安定に組込まれている細胞ゲノムを少なくとも一つ含むトランスジェニック植物である。本発明によれば、トランスジェニック植物は、遺伝的に修飾された細胞および細胞ゲノムを一つだけ含む植物、または遺伝的に修飾された細胞を幾つか含む植物、または細胞のすべてが遺伝的に修飾されている植物である。本発明のトランスジェニック植物は、所望のポリヌクレオチド、すなわち外来性の核酸の発現が、植物の特定部分に限定されているトランスジェニック植物でもよい。したがって、トランスジェニック植物は、その構造の特定の部分に、遺伝的に修飾された細胞だけを含んでもよい。トリヘリックス:GT因子は、MybDNA結合ドメインから離れて、1つまたは二つのトリヘリックスDNA結合ドメインを有している。トリヘリックスドメインは、多くの光反応答遺伝子のプロモーターに存在するGTエレメントと結合するタンパク質に発見された。これまでトリヘリックスモチーフを特徴とするDNA結合タンパク質は、植物だけに報告されており、したがって植物特異的なプロセスに関係すると思われる。SmalleらProcNatlAcadSciUSA9533183322。トリヘリックス遺伝子は、光制御型遺伝子の発現にとって重要であることが示されているNaganoYInabaTFuruhashiHandSasakiY2001JBiolChem2762223843WangRHongGandHanB2004Gene32410515。光反応性は、多くの植物の発生プロセスにおいて重要である。TUB:TUBおよびTUBBYは、元々マウスで特性分析された転写因子であり、マウスでは神経系の機能および発生に重要であるCarrollKGomezCandShapiroL2004NatRevMolCellBiol55563。類似の配列は植物でも見出されているが、それらの機能は不明である。アラビドプシスでは11種類のTubby様配列が同定されており、その一つについては、ABAシグナル伝達経路への関与の可能性が示されているLaiCPLeeCLChenPHWuSHYangCCandShawJF2004PlantPhysiol134158697。変種:本明細書で使用する変種とは、ある特定の遺伝子またはタンパク質の、標準的または提示されたヌクレオチドまたはアミノ酸配列から派生したヌクレオチドまたはアミノ酸配列を意味すると解釈される。用語イソホームイソタイプおよび類似体もまたヌクレオチドまたはアミノ酸配列の変種の形態を指している。一つまたは複数のアミノ酸の付加、除去または置換、あるいはヌクレオチド配列中の変化によって変更されたアミノ酸配列は、変種配列と考えられる。変種は、保存的変化を有してもよく、この場合置換アミノ酸は類似の構造または化学的性質を有しており、例を挙げるとロイシンのイソロイシンによる置換である。変種は非保存的変化を有してもよく、例を挙げるとグリシンのトリプトファンによる置換である。類似的な、軽微な変種は、アミノ酸欠失または挿入、あるいはその両方も包含する。どのアミノ酸残基が置換、挿入または欠失できるかの判定の案内は、VectorNTISuiteInfoMaxMDソフトウエアのような、当技術分野において周知のコンピュータプログラムを用いて見い出してもよい。変種は、Maxygenに付与された特許に記載されているようなシャッフルドshuffled遺伝子を指してもよい。例えば、本発明の変種は、参照により本明細書に組み入れられる米国特許第6132970号に開示の方法および原理にしたがって改良された、配列および所望のポリヌクレオチドの変種を包含できる。本明細書で使用する木材組成とは、木材の構造、外観または使用を変えるために変更できる形質を表す。これに限定されないが、木材組成を決定する形質としては、細胞壁の厚さ、細胞の長さ、細胞密度、微小繊維傾角、引っ張り強度、剪断力、木部の色、および細胞分裂の長さと頻度を挙げることができる。木材パルプとは、様々な精製度を有する、木材から作られた繊維を表す。木材パルプは、紙、板紙および化学製品の製造に用いることができる。本発明は、本発明の構築体を用いて形質転換した植物から、木材、木材パルプ、紙およびオイルを得る方法を提供する。形質転換するためおよびトランスジェニック植物を選択するための方法は、当技術分野において公知である。例えば、マツは、米国特許出願公開第20020100083号に記載のようにして、培養および増殖できる。ユーカリは、例えば、MechanizationinShortRotationIntensiveCultureForestryConferenceMobileAL1994年にてRydeliusらが発表したGrwoingEucalyptusforPulpandEnergyのように、培養および増殖できる。木材、木材パルプ、紙およびオイルは、当技術分野において公知の任意の方法を用いて、植物から得ることができる。上記のように、本発明により得た木材および木材パルプは、これに限定されないが、リグニン組成、リグニン構造、木材組成、セルロース重合、繊維寸法、他植物成分に対する繊維の割合、植物細胞分裂、植物細胞の発生、面積当たりの細胞数、細胞のサイズ、細胞の形、細胞壁の組成、木材形成速度、木材の審美的外観、茎欠失の形成、成長速度、枝の栄養的発達に対する根の根形成速度の割合、葉の面積指数、および葉の形、リグニン含有量の増減、化学物質処理に対するリグニンのアクセシビリティの上昇、リグニンの反応性の向上、セルロース含有量の増減、寸法安定性の増大、引っ張り強度の増加、剪断力の増加、圧縮強度の増加、ショック耐性の増加、剛性の増加、硬度の増加または低下、螺旋度の低下、収縮性の低下ならびに重量、密度および比重の違いの一つまたは複数を含む改良された特性を示すことができる。表現形は、適切な手段によって評価できる。植物は、それらの全体的な形態に基づいて評価できる。トランスジェニック植物は、肉眼観察が可能であり、重量を、そしてそれらの高さを測ることができる。植物は、師部および形成層とよばれる植物組織の個別層に分けることにより検査でき、それはさらに分裂組織細胞、初期拡大、後期拡大、二次壁形成および後期細胞成熟に分類される。例えば、Hertzberg、上記を参照。植物は、顕微鏡分析または化学分析を用いても評価できる。顕微鏡分析は、細胞のタイプ、発生の段階、ならびに組織および細胞による染料の取込みの検査を包含する。繊維層の厚みや木材パルプ繊維のマイクロフィブリル傾角のような繊維の形態は、例えば顕微透過型偏光解析法を用いて観察できる。YeおよびSundstromTappiJ80181参照。湿った木材および立木の木材強度、密度、および顆粒勾配は、可視光および近赤外線スペクトルデータを測定し、多変数分析することで決定できる。米国特許出願公開第20020107644号および第20020113212号参照。ルーメンのサイズは、走査型電子顕微鏡を用いて測定できる。リグニンの構造および化学特性は、Maritaら、JChemSocPerkinTransI2939に記載のように、核磁気共鳴分光法を用いて観察できる。リグニン、セルロース、炭水化物およびその他植物抽出物の生化学的特徴は、分光測光法、蛍光測光法、HPLC、質量分析装置、および組織染色法を含む、公知の標準的な分析方法により評価できる。WRKYZn:WRKYは、アラビドプシスに100程度の代表物がある転写因子のスーパーファミリーである。ファミリーのメンバーは、GAシグナル伝達、病原菌防御、老化および突起様構造の発生を含む、様々な植物固有の生理学的プログラムの制御に関係すると考えられている150013KimCYandZhangS2004PlantJ3814251RobatzekSandSomssichIE2002GenesDev16113949JohnsonCSKolevskiBandSmythDR2002PlantCell14135975。それらのDNA結合ドメインは強く保存されているが、WRKYタンパク質の全体構造は極めて多様であり、それらの機能を反映すると思われる明瞭な群に分類できる。亜鉛フィンガー:Cys2His2型の亜鉛フィンガードメインは、真核生物の転写因子の中で最も多く見られるDNA結合モチーフであり、今日までに数千種類が同定されているBergandShiScience271525210811085。転写因子における亜鉛の構造的役割は、1983年に転写因子IIIATFIIIAについて初めて提案されたHanasetalJBiolChem2582314120141251983。Cys2His2亜鉛フィンガードメインは、配列CxCxLIVMFYWCxHxHこの場合Xは可変性のアミノ酸を表すの重複列を特徴とする。構造的には、亜鉛フィンガーは二つの逆平行式のα鎖と、それに続くαへリックスからなっているLeeetalScience2454918635637。この構造配置により、システインおよびヒスチジン側鎖は亜鉛を配位でき、さらに他の3つの保存残基は金属配位単位に近接して疎水性コアを形成することができるBergandShiScience271525210811085。Cys2His2ドメインを有する多くのタンパク質が、配列特異的な様式でDNAと相互作用することが示されている。特異的なDNA標的に結合したマウス転写因子Zif268の結晶構造分析からは、タンパク質/DNA複合体中の亜鉛フィンガーは、二重へリックスの主要グローブ内に在って、接触残基と呼ばれるアミノ酸側鎖を介してDNAの塩基と相互作用することを示しているPavletichandPaboScience2525007809817。亜鉛フィンガードメインのDNAに対する方向は、通常同一であり、各ドメインは連続する3塩基対の小部位に接触しており、その大部分は一つの鎖に向いている。ドメイン間の相互作用はほとんど無く、各亜鉛フィンガーによるDNA認識は、他のドメインとは無関係であると思われるBergandShiScience271525210811085。植物のC2H2亜鉛フィンガー転写因子は、花器官形成、発葉、側部シュートの発芽、側部器官発生、配偶子形成および種子発生において重要な役割を果たすものとされている。幾つかの例では、AtZEP1のように、同一遺伝子が複数の異なる発生プロセスに関係できる27990DinnenyJRYadegariRFischerRLYanofskyMFandWeigelD2004Development131110110WeissigHNarisawaSSikstromCOlssonPGMcCarreyJRTsonisPADelRioTsonisKandMillanJL2003FEBSLett547618HeYGanS2004PlantMolBiol5419。本発明は、本明細書に記載した特定の方法論、プロトコル、ベクターおよび試薬等に限定されず、それらは変更可能であるものとする。さらに、本明細書で用いた用語は、具体的態様を記載することのみを目的として使用されており、本発明の範囲を限定することを意図しないものとする。本明細書および添付のクレームに使用する場合、単数形a、anおよびtheは、文脈より特に明らかでない限り、複数形も包含していることを特に指摘する必要がある。したがって、例えば遺伝子ageneと表示されている場合は、一つまたは複数の遺伝子を表し、当業者公知等の均等物も包含する。実際に当業者は、本明細書に記載の方法を用いて、任意の自然状態の遺伝子現在または今後明らかになるを植物宿主系で発現できる。ポリヌクレオチド配列本発明は、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のポリヌクレオチド配列のいずれかからなる群より選択された配列を有するポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子に関する。本発明は、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のポリヌクレオチド配列の機能的断片も提供する。本発明はさらに、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のポリヌクレオチド配列のいずれかに相補的な核酸、またはその断片、ならびに少なくとも15の連続する塩基を含み、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のポリヌクレオチド配列のいずれかにハイブリダイゼーションする核酸も提供する。本発明は、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972に記載のポリヌクレオチド配列のいずれかからなる群より選択される配列と配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子に関する。本発明はまた、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972に記載のポリヌクレオチド配列の機能的断片も提供する。本発明はさらに、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972に記載のポリヌクレオチド配列のいずれかに相補的な核酸、またはその断片、ならびに少なくとも15の連続する塩基を含み、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972に列挙するポリヌクレオチド配列のいずれかにハイブリダイゼーションする核酸も提供する。本発明はまた、SEQIDNO:821~1640のポリヌクレオチド配列のいずれかからなる群より選択される配列を有するポリペプチドを含む単離されたポリペプチド配列に関する。本発明は、SEQIDNO:821~1640のポリヌクレオチド配列の機能的断片も提供する。単離された核酸分子とは、その自然な環境から取出された核酸分子、DNAまたはRNAを意味する。例えば、DNA構築体内に含まれる組換えDNA分子は、本発明の目的のために単離されたと考えられる。単離されたDNA分子のさらなる例としては、異種宿主細胞に維持された組換え体DNA分子、または精製部分的または実質的DNA分子溶液が挙げられる。単離されたRNA分子としては、本発明のDNA分子のインビトロRNA転写体が挙げられる。本発明による単離された核酸分子は、さらに合成的に作られたこのような分子も包含する。本発明の核酸分子は、mRNAのようなRNAの形、またはクローニングにより得た、または合成的に作られたcDNAおよびゲノムDNAを含むDNAの形を取ることができる。DNAまたはRNAは二本鎖または一本鎖でよい。一本鎖DNAはセンス鎖としても知られるコーディング鎖でも、またはアンチセンス鎖としても知られる非コーディング鎖でもよい。特記のない限り、本明細書のDNA分子の配列分析により決定されたヌクレオチド配列はすべて自動DNAシーケンサーAppliedBiosystemsInc社製モデル373のようなを用いて決定され、また本明細書で決定したDNA分子がコードするポリペプチドのすべてのアミノ酸配列は、上記により決定されたDNA配列の翻訳から推測した。それ故に、この自動化法により決定されたDNA配列に関し当技術分野において公知であるように、本明細書に確定されている任意のヌクレオチド配列はエラーを含む可能性がある。自動化により決定したヌクレオチド配列は、配列決定したDNA分子の実際のヌクレオチド配列に対し、一般的に少なくとも約95同一であり、より一般的には少なくとも約96から少なくとも約999同一である。実際の配列は、当技術分野において周知である手作業のDNA配列決定法を含むその他の方法によって、より正確に決定できる。さらに当技術分野において公知であるように、決定ヌクレオチド配列中の、実際の配列に対する単一の挿入または欠失がヌクレオチド配列の翻訳にフレームシフトを起こし、決定ヌクレオチド配列がコードする推定アミノ酸配列は、配列決定されたDNA分子が実際にコードするアミノ酸配列とは、そのような挿入または欠失のあった点から全く別のものになることもある。本明細書に記載の各ヌクレオチド配列は、デオキシリボヌクレオチドA、G、CおよびTと略記の配列として表している。しかしながら、核酸分子またはポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、DNA分子またはポリヌクレオチドの場合はデオキシリボヌクレオチドの配列を意味しており、RNA分子またはポリヌクレオチドの場合はリボヌクレオチドA、G、CおよびUと略記の対応する配列を意味し、この時指定されたデオキシヌクレオチド配列中の各チミジンデオキシヌクレオチドTはリボヌクレオチドウリジンUで置き換えられる。本発明はまた、本明細書に記載の単離された核酸分子の断片に関する。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972に示すポリヌクレオチド配列を有する単離されたDNA分子の断片は、少なくとも15ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも20ヌクレオチド、さらにより好ましくは少なくとも30ヌクレオチドの長さを持つ目的のDNA断片であり、それらは以下に詳しく論ずる診断用プローブおよびプライマーとして有用である。もちろん、本発明の核酸分子の全長に至るまでの、より大きい核酸断片もまた、参照によって本明細書に組込まれているMolecularCloningALaboratoryManual3rdeditionSambrookおよびRussel編集、それらは、発明のポリヌクレオチドがコードするポリペプチドと実質的に同一の機能特性を有するポリペプチドをコードしているオープンリーディングフレームまたはオープンリーディングフレームの一部を含む;あるいはそれらはドメインを共有する。プロモーター本発明のポリヌクレオチドは、植物組織中のポリペプチドまたはタンパク質の発現を特異的に検出するのに使用できる。本発明の核酸は、標的遺伝子の発現を阻害するか、または完全に遮断するのに有益である、アンチセンスRNA、または小さな干渉性RNAsiRNAのようなRNA干渉RNAiに関係するRNAの、植物組織における発現を特異的に検出することにも使用できる。本明細書に用いる維管束植物組織とは、木部、師部または維管束形成層を指す。好ましくは、本発明のプロモーターは、木部優先、形成層優先または師部優先であり、作動可能に連結した核酸分節の、それぞれ木部、形成層または師部発現を管理する。本明細書で使用するコーディング産物とは、プロモーターに作動可能に連結した核酸の、最終的な産物を意味することを意図する。例えば、タンパク質またはポリペプチドは、コーディング産物であり、同様にアンチセンスRNAまたはsiRNAは、アンチセンスRNAをコードしている核酸の最終産物である。コーディング産物はまた、非翻訳mRNAでもよい。ポリペプチドおよびタンパク質という用語は、本明細書では互換的に用いられている。例えば、木部優先とは、本発明の核酸分子が他の植物組織に比べて木部でより活性であることを意味することを意図する。最も好ましくは、本発明の核酸は、木部、形成層、または師部で特異的に活性であるプロモーターであり、すなわちプロモーターがそれぞれ植物の木部、形成層または師部組織でのみ活性であることを意味する。換言すれば、例えば木部特異的プロモーターは、植物の木部組織でのみ検出可能なレベルのコーディング産物が発現するようにコーディング産物を発現させる。しかしながら、植物の溶質運搬によって、木部、形成層または師部で特異的に発現するコーディング産物が植物の他所で見出されることもあり、したがってその存在が木部組織に限定される必要はなない。一方、維管束優先プロモーターは、木部、形成層、または師部のいずれか、または、これら3種類の組織の少なくとも二つで優先的に活性であってよい。維管束特異的プロモーターは、木部、形成層または師部、あるいはこれら3つの内の少なくとも二つで特異的に活性である。本明細書で用いるプロモーターとは、RNAポリメラーゼおよび/またはその他転写調節エレメントに結合する核酸、好ましくはDNAを意味することを意図している。いかなるプロモーターを使用する場合でも、本発明のプロモーターは、DNAまたはRNAの転写を促進または制御して、プロモーターと作動可能に連結している核酸分子からmRNA分子を生成する。RNAはタンパク質またはポリペプチドをコードしてもよく、あるいはRNA干渉分子またはアンチセンス分子をコードしてもよい。本明細書で用いる、作動可能に連結したとは、プロモーター核酸配列の組合せが、核酸配列からRNA分節へ転写するのに適した方向に形作られるようにDNAが化学的に融合、結合または合成されていることを表す。本発明のプロモーターは、結果として生じるmRNA転写体の5非翻訳領域5UTRのいくつか、またはすべてを含んでもよい。一方、本発明のプロモーターは、必ずしも5UTRを有する必要はない。本明細書で用いるプロモーターは、その中に調節エレメントを含んでもよい。逆に、制御因子は、プロモーターから離れていてもよい。調節エレメントは、プロモーター領域に幾つかの重要な特徴を付与する。いくつかのエレメントは、作動可能に連結した核酸の転写速度を高める転写因子を結合する。別のエレメントは、転写活性を抑制するリプレッサーを結合する。プロモーター活性に及ぼす転写因子の効果は、プロモーター活性が高いか、または低いか、すなわちプロモーターが強いか、または弱いかを決定してもよい。好ましい態様では、本明細書に記載のプロモーターは、EucalyptusCADシンナミルアルコール脱水素酵素、Eucalyptus4CL4クマリン酸:補酵素Aリガーゼ、EucalyptusSADシナピルアルコール脱水素酵素、EucalyptusLIMおよびマツのセルロース合成酵素からなる群より選択される。別の態様では、構成的プロモーターは、発明のポリヌクレオチド配列を発現させるために用いられる。TF配列を発現させるのに有用である構成的な植物プロモーターの例としては:大部分の植物組織に構成的な、高レベルの発現を付与するカリフラワーモザイクウイルスCaMV35SプロモーターOdeletalNature313810;ノパリン合成酵素プロモーターAnetalPlantPhysiol88547;およびオクトパイン合成酵素プロモーターFrommetalPlantCell1977が挙げられる。別の態様では、様々な誘導型植物遺伝子プロモーターを用いて発明のポリヌクレオチド配列を発現できる。誘導型プロモーターは、環境、ホルモンまたは化学的シグナルに反応して遺伝子発現を制御する。ホルモン誘導型プロモーターの例としては、オーキシン誘導型プロモーターBaumannetalPlantCell11323334、サイトカイン誘導型プロモーターGuevaraGarciaPlantMolBiol38743753、およびジベレリン応答性プロモーターShietalPlantMolBiol3810531060が挙げられる。これらに加えて、熱、光、創傷、病原菌抵抗、およびメチルジャスモナイトもしくはサリチル酸のような化学物質に対し応答するプロモーターを用いて、発明のポリヌクレオチド配列を発現してもよい。DNA構築体本発明は、本発明の単離された核酸分子およびポリペプチド配列を含むDNA構築体を提供する。一つの態様では、本発明のDNA構築体は、アグロバクテリウムツメファシエンスAtumefaciens由来のTiプラスミドである。本発明の核酸構築体の開発では、構築体またはその断片の各種構成要素は、通常は、一般的なクローニングベクター、例えば細菌宿主、例えば大腸菌Ecoli内で複製できるプラスミドに挿入される。様々なベクターが存在し、文献に報告されており、その多くが市販されている。各クローニングの後、所望する挿入体を有するクローニングベクターを単離し、制限的消化、新規断片またはヌクレオチドの挿入、連結、欠失、突然変異導入、制限等の更なる操作を加えて、所望の配列の構成要素を目的に合わせて調整する。構築体が完成した後、宿主細胞の形質転換の様式に合わせてさらに操作を加えるために、次にそれを適当なベクターに移入してもよい。本発明の組換え体DNA分子は、一般的には選択マーカーを含んでいるので、形質転換細胞は容易に同定し、非形質転換細胞から選択できる。このようなマーカーの例としては、これに限定されないが、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼnptII遺伝子PotrykusetalMolGenGenet199183188が挙げられるが、これはカナマイシン耐性を付与する。nptII遺伝子を発現する細胞は、カナマイシンまたはG418のような適当な抗生物質を用いて選択できる。その他の一般的に用いられている選択マーカーとしては、ビアラホスbialaphos耐性を付与するバーbar遺伝子;グリホサート耐性を付与する突然変異型EPSP合成酵素遺伝子HincheeetalBioTechnology6915922;およびイミダゾリノンまたはスルホニル尿素耐性を付与する突然変異型のアセトラクテート合成酵素ALS欧州特許出願第154204号、1985が挙げられる。これに加えて、ベクターは、特定の宿主細胞に対する複製replicationreplicon/レプリコン起点を含んでもよい。様々な原核生物レプリコンが当業者に知られており、原核生物宿主細胞での自律的複製および組換え体分子の維持を指示する機能を果たす。好ましい態様では、本発明は、図1に示すpWVR8ベクターを利用する。別の態様では、pART27は、本発明の使用に好適である。GleaveAPPlantMolBiol20120310271992参照。ベクターは、植物細胞での選択のための選択マーカーを含有することが好ましい。トランスフェクションされた植物細胞の選択に用いる数多い選択マーカーとしては、大腸菌、アグロバクテリウムツメファシエンスおよびその他細菌の培養については、これらに限定されないが、カナマイシン、グリホサート耐性遺伝子、およびテトラサイクリンまたはアンピシリン耐性を挙げることができる。翻訳されたタンパク質を小胞体管腔内、細胞周辺腔、または細胞外環境へ分泌するために、発現されたポリペプチドに適当な分泌シグナルを組込んでもよい。シグナルは、ポリペプチドに対し内因性でもよく、またはそれらは異種性のシグナルであってもよい。一つの態様では、本発明のDNA構築体は、本明細書に記載のポリヌクレオチド配列が組織特異的プロモーターに作動可能に連結されるように設計されている。好ましくは、ポリヌクレオチドは、植物のセルロースまたはリグニンの生合成に関係するポリペプチドをコードする。リグニン生合成に関係する多くの酵素をコードするポリヌクレオチドとしては、これに限定されないが、マツ由来のシンナミルアルコール脱水素酵素CAD、シンナメート4ヒドロキシラーゼC4H、クマル酸3ヒドロキシラーゼC3H、フェノラーゼPNL、OメチルトランスフェラーゼOMT、シンナモイルCoA還元酵素CCR、フェニルアラニンアンモニアリアーゼPAL、4クマル酸:CoAリガーゼ4CLおよびペルオキシダーゼPOXを挙げることができる。米国特許第6204434号。その他酵素としては、コニフェリンβグルコシダーゼCBG、およびカフェイン酸3OメチルトランスフェラーゼCOMTが挙げられる。米国特許第5451514号、国際公開公報第9423044号およびDharmawardhanaetalPlantMolBiol4036572。別の態様では、プロモーターと作動可能に連結したコーディング配列は、リグニン生合成に関係する酵素の発現または活性を抑制する遺伝子産物をコードしてよい。例えば、リグニン生合成の制御に関して特に興味深いものは、4CL、CAD、Lim、TED2、またはCOMTをコードするアンチセンス遺伝子である。さらなる態様では、本発明のDNA構築体は、本発明のポリヌクレオチド配列が、関心対象のポリペプチドをコードする遺伝子に対応し、その結果標的遺伝子産物の発現を低下させる、アンチセンスRNAまたは干渉RNAをコードするDNAまたはRNAと作動可能に連結するように設計される。好ましくは、抑制の標的となる遺伝子産物は、リグニン生合成に関係する酵素である。遺伝子発現のRNAi抑制の使用は、米国特許第6506559号に記載されており、植物での遺伝子発現抑制へのRNAiの使用は、国際公開公報第9961631号に具体的に記載されており、これらは共に参照により本明細書に組み入れられる。アンチセンス技術を用いた、特定の植物遺伝子の発現の低下または抑制は、例えば欧州特許公開第271988号に記載されている。遺伝子発現の低下は、例えばトマトの果実におけるリコピン合成の欠如によって、赤い果実ではなく黄色の果実ができるといった巨視的な表現形の差、またはトマトの果実成熟中のポリガラクトツロナーゼ量の変化およびペクチンの脱重合の低下といったより微妙な生化学的レベルの差の形で、植物表現形に変化をもたらすSmithetalNature334724726SmithetalPlantMolBiol14369379。このように、アンチセンスRNAは、植物における遺伝子の発現を低下させるのに有用である。一つの態様では、発明のポリヌクレオチド配列は植物内部で転写でき、植物内、例えば植物細胞内に導入されるアンチセンスRNA転写体を生じる。発明のポリヌクレオチドは、例えば、遺伝子配列の方向をそのプロモーターに対して逆転させることによって調製することができる。植物細胞内での外来性DNAの転写は、その遺伝子に対してアンチセンスである細胞内RNA転写体を生じる。本発明はまた、本発明のDNA構築体を含む宿主細胞を提供する。本明細書で用いる場合、宿主細胞とは、コーディング産物が最終的にその中で発現する細胞を意味する。したがって、宿主細胞は、個々の細胞、培養細胞または生物の一部としての細胞であってよい。宿主細胞は、胚、内胚乳、精子もしくは卵細胞、または受精卵の一部でもよい。したがって、本発明はまた、本発明のDNA構築体を含む植物、または植物細胞も提供する。好ましくは、植物は被子植物または裸子植物である。本発明の発現構築体は、様々な植物、単子葉植物例えばイネ科植物、トウモロコシ、穀類植物、オートムギ、コムギおよびオオムギ、双子葉植物例えばアラビドプシス、タバコ、マメ科植物、アルファルファ、オーク、ユーカリ、カエデ、ならびに裸子植物例えばスコットパイン;AronenFinnishForestResPapersVol5951996参照、カナダトウヒEllisetalBiotechnology1184891993ならびにカラマツHuangetalInVitroCell272012071991を形質転換に用いることができる。好ましい態様では、発明の発現ベクターは、本明細書では、その幹が多年にわたり生存し、その直径が木質組織の追加により増す樹木または灌木として定義される木本植物を形質転換するのに用いられる。好ましくは、標的植物はユーカリノキおよびマツの種、最も好ましくはグランディスユーカリおよびその雑種、ならびにテーダマツからなる群より選択される。また好ましくは、標的植物は、バンクスマツPinusbanksianaPinusbrutia、カリビアマツPinuscaribaea、Pinusclasusa、ロッジボールマツPinuscontorta、オオミマツPinuscoulteri、エキナタマツPinusechinata、Pinuseldarica、Pinusellioti、Pinusjeffreyi、シュガーパインPinuslambertiana、タイワンアカマツPinusmassoniana、シロマツPinusmonticola、ヨーロッパクロマツPinusnigra、ダイオウマツPinuspalustrus、フランスカイガンマツpinuspinaster、ポンデローサマツPinusponderosa、ラジアータマツ、レジノサマツPinusresinosa、リギダマツPinusrigida、Pinusserotina、ストローブマツPinusstrobus、ヨーロッパアカマツPinussylvestris、テーダマツ、バージニアマツPinusvirginiana、カナダヅカAbiesamabilis、Abiesbalsamea、コロラドモミAbiesconcolor、グランドファーAbiesgrandis、アルプスモミAbieslasiocarpa、カリフォルニアアカモミAbiesmagnifica、ノーブルモミAbiesprocera、ローソンヒノキChamaecyparislawsoniona、アラスカヒノキChamaecyparisnootkatensis、ヌマヒノキChamaecyparisthyoides、エンピツビャクシンJuniperusvirginiana、ヨーロッパカラマツLarixdecidua、アメリカカラマツLarixlaricina、カラマツLarixleptolepis、セイヨウカラマツLarixoccidentalis、シベリアカラマツLarixsiberica、インセンスシーダLibocedrusdecurrens、ヨーロッパトウヒPiceaabies、ゲルマントウヒPiceaengelmanni、カナダトウヒPiceaglauca、マリアーナトウヒPiceamariana、コロラドトウヒPiceapungens、アカトウヒPicearubens、シトカトウヒPiceasitchensis、ベイマツPseudotsugamenziesii、ジャイアントセコイアSequoiagigantea、セコイアSequoiasempervirens、ヌマスギTaxodiumdistichum、カナダツガTsugacanadensis、アメリカツガTsugaheterophylla、マウンテンヘムロックTsugamertensiana、ニオイヒバThujaoccidentalis、ベイスギThujaplicata、ユーカリプツスアルバEucalyptusalba、Eucalyptusbancroftii、ユーカリプツスボトロイデスEucalyptusbotryoides、ユーカリプツスブリジェシアーナEucalyptusbridgesiana、ユーカリプツスカロフィラEucalyptuscalophylla、ユーカリプツスカマルドゥレンシスEucalyptuscamaldulensis、ユーカリプツスシトリオドラEucalyptuscitriodora、ユーカリプツスクラドカリクスEucalyptuscladocalyx、ユーカリプツスコキフェラEucalyptuscoccifera、ユーカリプツスコキフェラEucalyptuscurtisii、ユーカリプツスダルリンプレアナEucalyptusdalrympleana、ユーカリプツスデグルプタEucalyptusdeglupta、ユーカリプツスデレガテンシスEucalyptusdelagatensis、Eucalyptusdiversicolor、ユーカリプツスドゥーニーEucalyptusdunnii、アカバナユーカリEucalyptusficifolia、ユーカリプツスグロブルスEucalyptusglobulus、ユーカリプツスゴムフォケファラEucalyptusgomphocephala、ユーカリプツスグニーEucalyptusgunnii、ユーカリプツスヘンリーEucalyptushenryi、Eucalyptuslaevopinea、ユーカリプツスマカルツリーEucalyptusmacarthurii、Eucalyptusmacrorhyncha、ユーカリプツスマクラタEucalyptusmaculata、ジャラEucalyptusmarginata、Eucalyptusmegacarpa、Eucalyptusmelliodora、Eucalyptusnicholii、ユーカリプツスニテンズEucalyptusnitens、Eucalyptusnovaangelica、ユーカリプツスオブリクアEucalyptusobliqua、Eucalyptusoccidentalis、Eucalyptusobtusiflora、Eucalyptusoreades、ユーカリプツスパウキフロラEucalyptuspauciflora、ユーカリプツスポリブラクティアEucalyptuspolybractea、セイタカユーカリEucalyptusregnans、ユーカリプツスレシニフェラEucalyptusresinifera、テリハユーカリEucalyptusrobusta、ユーカリプツスルディスEucalyptusrudis、ユーカリプツスサリグナEucalyptussaligna、Eucalyptussideroxylon、ユーカリプツスステュアーティアナEucalyptusstuartiana、フォレストレッドガムEucalyptustereticornis、Eucalyptustorelliana、Eucalyptusurnigera、Eucalyptusurophylla、ユーカリプツスビミナリスEucalyptusviminalis、ユーカリプツスビリディスEucalyptusviridis、Eucalyptuswandoo、およびEucalyptusyoumanniの群からなる群より選択される。特には、トランスジェニック植物は、グランディスユーカリもしくはその雑種、ラジアータマツ、テーダマツL、ポプラセイヨウハコヤナギPopulusnigra、Populusdeltoides、ホワイトポプラPopulusalba、もしくはポプラPopulus雑種、アカシアマンギュームAcaciamangium、またはガムLiquidamberstyracifluaマンサク科の広葉樹の種である。用語植物は、通常の植物の意味を超え、植物の果実、種子、花、球花等も意味することを意図している。本発明の植物は、アグロバクテリウムを用いた場合のように、DNA構築体が植物内に直接導入されたことを意味する直接形質導入体でよく、または植物はトランスフェクションされた植物の子孫でよい。第2またはそれ以後の世代の植物が、有性生殖、すなわち受精によって生じても、生じなくともよい。さらには、植物は配偶体半数体段階または無性植物体二倍体段階でよい。一つの態様では、本発明は、遺伝子発現の制御に関係する植物転写因子をコードする、または部分的にコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。本発明のポリヌクレオチドは、グランディスユーカリおよびラジアータマツより単離されるが、任意の植物種から単離しても、または通常の合成技術を用いて合成してもよい。特定の態様では、本発明の単離されたポリヌクレオチドは、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972と同一と見なされる配列、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972と同一と見なされる配列の相補体、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972と同一と見なされる配列の逆向き相補体、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972と同一と見なされる配列の逆配列;上記ポリヌクレオチドの、いずれかの少なくとも指定された数の連続残基χmersを含む配列;上記ポリヌクレオチドのいずれかに対応する拡張配列;上記ポリヌクレオチドのいずれかに対応するアンチセンス配列;および本明細書に記載されている用語の意味の上記ポリヌクレオチドのいずれかの変種からなる群より選択される配列を含む。別の局面では、本発明はSEQIDNO:821~1640のポリヌクレオチドによってコードされる単離されたポリペプチドを提供する。グランディスユーカリおよびラジアータマツのcDNA発現ライブラリーは、成熟したシュート頂、早材の師部、花組織、葉組織、給水根、構造根、木部、または早材の木部から調製された。挿入体を含むポジティブクローンからのcDNA配列は、当技術分野において公知の方法を用いて得た。決定されたcDNA配列を、コンピュータアルゴリズムFASTAおよび/またはBLASTNを用いて、公開データベースEMBLの公知配列と比較した。重複する配列のアラインメントを複数用いて、信頼できるコンセンサス配列を構築した。決定されたcDNA配列を、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972に示す。SEQIDNO:1820のポリヌクレオチド配列に対応する推定ポリペプチド配列は、SEQIDNO:821~1640に示す。他の植物種の既知配列との類似性から、単離されたポリヌクレオチド配列は、表1および2に詳しく示すように、転写因子をコードするものと同定された。ポリペプチド配列を、公開の注釈付けソフトウエアを用いて分析した。本ポリペプチド配列内のモチーフおよびドメインの同定には、EMBLの公開ソフトウエアInterProScanを用いた。InterProは、公知タンパク質に見出されている同定可能な特徴を未知のタンパク質配列に照会できる、タンパク質ファミリー、ドメインおよび機能部位のデータベースである。MulderNJetal2003NuclAcidRes31315318。表1および2に示すように、本発明のポリヌクレオチドは、転写因子をコードする。これら転写因子は、遺伝子発現をアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションできる。表1グランディスユーカリから単離された転写因子表2ラジアータマツから単離された転写因子本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、発現して各種アッセイに用い、それらの生物学的活性を決定することができる。このようなポリペプチドは、抗体の向上、対応する相互作用するタンパク質またはその他化合物の単離、および相互作用するタンパク質またはその他化合物のレベルの定量的測定に用いてもよい。植物の形質転換および再生本ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、標的宿主細胞内へ組換え配列導入に関して当技術分野において公知の標準的な方法によって、宿主植物細胞内に導入できる。このような方法としては、これに限定されないが、トランスフェクション、感染、形質転換、自然な取り込み、エレクトロポレーション、バイオリスティクスbiolistics/パーティクルガン技術およびアグロバクテリウムが挙げられる。外来性遺伝子を植物内に導入する方法は、生物学的および物理的な形質転換プロトコルを含み、当技術分野において公知であり、本発明の構築体の植物宿主内への挿入に用いることができる。例えば、MethodsinPlantMolecularBiologyandBiotechnologyGlickandThompson、編集、CRCPressIncBocaRaton67~88ページのMikietal1993ProcedureforIntroducingForeignDNAIntoPlantsを参照。選択する方法は宿主植物によって様々であり、リン酸カルシウムのような化学的トランスフェクション方法、アグロバクテリウムのような微生物介在の遺伝子転移HorschetalScience2271229311985、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、およびバイオリスティクボンバードメントbiolisticbombardment/遺伝子統を用いる方法などが挙げられる。したがって、本発明は、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む植物または植物細胞も提供する。一つの態様では、植物は被子植物または裸子植物である。別の態様では、植物はユーカリ種およびマツ種から選択される。特には、トランスジェニック植物は、グランディスユーカリおよび雑種、ラジアータマツ、テーダマツL、ポプラニグラPopulusnigra、Populusdeltoidesまたは、ガムLiquidamberstyraciflua/マンサク科の広葉樹の種である。用語植物は、通常の植物の意味を超え、植物の果実、種子、花、球花等も意味することも意図している。本発明の植物は、アグロバクテリウムを用いた場合のように、ベクターが植物内に直接導入されたことを意味する直接形質導入体でよく、または植物はトランスフェクションされた植物の子孫でよい。子孫はトランスフェクションされた植物の無性生殖により得てもよい。第2またはそれ以後の世代の植物が、有性生殖、すなわち受精によって生じても、生じなくともよい。さらには、植物は配偶体半数体段階または無性植物体二倍体段階でよい。木を形質転換する方法は当技術分野において周知である。限定するものではないが、外植体とは、形質転換の標的である植物組織を表し、インビボおよび/またはインビトロで成長した植物から収穫した葉、花弁、花および節間組織を包含できる。例えば、木は次のようにして形質転換できる。より高い形質転換の効率のために、木の外植体は、形質転換前に収穫して前培地で培養できる。前培地は、表3に示すように、アグロバクテリウムによる形質転換前に植物外植体を培養し、形質転換効率および植物の再生を増すために必要とされる栄養培地である。前培地は、場合により、オーキシンおよびサイトキニンを含む、植物増殖制御因子を含んでよい。または、その他前培地および培養時間を用いてもよい。表3植物前培地本発明では、植物外植体を4日間、暗所で表3記載の前培地上で前培養した。本前培地には木本培地WoodyPlantMediumWPM塩LoydandMcCown1980を用いた;しかしながら、MS培地MurashigeandSkoog1962またはLepoivre培地のような他の塩培地を用いてもよい。この前培地はアセトシリンゴンを含むが、他のアグロバクテリウム誘導因子を用いてもよい。場合により、当該前培地はオーキシンおよびサイトキニンの両方を含む。他の前培地およびその他培養時間を用いてもよい。誘導アグロバクテリウム培養物は、当技術分野において公知の方法によって調製した。誘導培養物を、ピペットを使って各外植体に滴下した。十分なアグロバクテリウム培養物を滴下し、端部全体を菌液で確実に覆った。または、外植体は、真空濾過、花浸漬、その他のアグロバクテリウム仲介形質転換の方法によって形質転換してもよい。形質転換に続いて、アグロバクテリウム培養物で覆った外植体を暗所に4日間置いて、共培養した。または、外植体は、明条件下にアグロバクテリウムと共培養してもよい。また、外植体は明または暗条件下で、2~10日間、好ましくは4日間、アグロバクテリウムと共培養してもよい。共培養後、外植体をチメンチン400mglを含む再生培地表4に移した。外植体を洗浄する必要はない。外植体は、選択培地に移す前に、この培地で4日間培養した。本例では、選択培地は、チメンチンおよび除草剤選択剤の両方を補充した再生培地である。表4再生培地選択後に残ったシュートの集りを、除草剤およびチメンチンを含有する再生培地で維持し、シュートが増殖して伸長を開始するまでそれらを3週毎継代した。GUSのようなレポーター遺伝子を用いた形質転換実験では、再生したシュート由来の葉および茎組織は、シュートが出たらすぐにGUS発現について染色する。GFPまたはルシフェラーゼのような任意のレポーター遺伝子も使用できるが、本発明では、GUS発現は、当技術分野において公知の方法でアッセイした。GUS染色を実施し、アグロバクテリウム感染の頻度をモニタリングし、選択したシュートが逸出植物またはキメラでないことを確認した。再生したシュート由来の葉および茎組織は、シュート発生後すぐにGUS発現について染色した。GUS活性を測定するために、外植体を100mMリン酸バッファーpH70、005ジメチルスルホキシド、005TritonX100、10mMEDTA、05mMフェリシアン化カリウム、および15mgmlの5ブロモ4クロロ3インドリルβDグルクロニドXglucを含む基質中でインキュベーションした。外植体は、10分間真空処理したのち、37°Cで一夜インキュベーションした。一夜インキュベーションしたのち、GUSフォーカスをカウントした。B転写因子ポリヌクレオチドの発現プロファイリング本発明はまた、転写因子ポリヌクレオチドの発現プロファイリングを実施するための方法およびツールも提供する。発現プロファイリングは、ポリヌクレオチドが転写されるか、または翻訳されるかの判定、異なる組織における特定ポリヌクレオチドに関する転写体レベルの比較、遺伝子型判定、DNAコピー数の推定、系統の同一性判定、mRNAの分解速度の測定、タンパク質結合部位の同定、遺伝子産物の細胞内分布の決定、ポリヌクレオチド発現と表現形またはその他現象との相互関係の解明、および特定遺伝子の操作が他ポリヌクレオチドに及ぼす影響の判定に有用である。発現プロファイリングは、複雑な、多遺伝子性の事象におけるポリヌクレオチドの発現の同定にとって特に有用である。それゆえに、発現プロファイリングは、ポリヌクレオチド発現と植物の表現形および植物の形成との相互関係の解明に有用である。ある時点のある組織サンプルでは、植物のゲノムの限られた遺伝子分画だけが発現しており、そして発現遺伝子のすべてが植物の表現形に影響するわけではない。関心対象の表現形に影響を及ぼすことができるポリヌクレオチドを同定するために、本発明は、例えば植物の発生のある点におけるポリヌクレオチド発現プロファイル、およびある組織サンプルの遺伝子発現プロファイルを決定するための方法およびツールを提供する。本発明はまた、その発現を操作して植物の表現形を変更できるか、あるいは転写因子、転写因子ポリヌクレオチドの転写および翻訳産物の生物学的活性を変化できる転写因子ポリヌクレオチドを同定するための方法およびツールも提供する。これら方法を支援するために、本発明はまた、同じファミリーの異なるポリヌクレオチドの発現を区別するための方法およびツールも提供する。本明細書で使用するポリヌクレオチド発現は、DNA配列をRNA配列に転写し、続いてRNAをタンパク質に翻訳するプロセスを指し、この場合翻訳後プロセッシングは行われても、行われなくともよい。したがって、表現形および/または発生段階とポリヌクレオチド発現との間の関係は、RNAまたはタンパク質のレベルの変化を、定量的または定性的に検出することによって観察できる。本明細書で使用する場合、用語生物学的活性としては、これに限定されないが、酵素活性を含む、タンパク質遺伝子産物の活性を挙げることができる。本発明は、これら発現プロファイリング法に有用であるオリゴヌクレオチドを提供する。各オリゴヌクレオチドは、ある設定条件下において転写因子ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド産物とハイブリダイゼーションできる。発明の一つの局面では、複数のオリゴヌクレオチドが提供されるが、この場合、各オリゴヌクレオチドは、ある設定条件下において、異なる細胞周期遺伝子産物にハイブリダイゼーションする。本発明のオリゴヌクレオチドの例は、SEQIDNO:2742~3587を包含する。SEQIDNO:2742~3587の各オリゴは、標準条件下において、SEQIDNO:1~494、496~820および1641~1972の一つの異なる遺伝子産物にハイブリダイゼーションする。発明のオリゴヌクレオチドは、上記方法のいずれかにおける、一つまたは複数の細胞周期遺伝子の決定に有用である。1細胞、組織、核酸およびタンパク質サンプル本発明の方法で使用するサンプルは、植物組織に由来するものである。適切な植物組織としては、これに限定されないが、体性胚、花粉、葉、茎、カルス、匍匐枝、微小塊茎、シュート、木部、雄球花、花粉円錐、維管束組織、茎頂分裂組織、維管束形成層、木部、根、花および種子が挙げられる。本発明によれば、植物組織は、本明細書に前述した通りに用いられる。植物組織は、上記の型または種の植物から得ることができる。発明の局面の一つによれば、サンプルは、様々な発生段階にある植物組織、その年の様々な時期の植物組織例えば春対夏、様々な環境条件例えば光および温度の変動に曝した植物組織、および/または様々な型の植物組織および細胞から得ることができる。一つの態様によれば、植物組織は、様々な成熟度の間、および1年の異なる季節の間に得られる。例えば、植物組織は、茎の分裂細胞、分化中の木部、初期発生中の木質部細胞、分化した早材細胞、および分化した晩材細胞から集めることができる。別の例としては、発生中の木材を有する植物より得たサンプルでのポリヌクレオチド発現を、発生中の木材を持たない植物から得たサンプルでの遺伝子発現と比較することができる。分化中の木部は、圧縮材、横木、および正常な垂直木部から得たサンプルを包含する。発現プロファイリングのためのサンプルをマツおよびユーカリから得る方法は、公知である、例えば、AllonaetalProcNatlAcadSci9596938、およびWhettonetalPlantMolBiol4727591、およびKirstetalINTLUNIONOFFORESTRYRESEARCHORGANIZATIONSBIENNIALCONFERENCES68を参照。発明の一つの態様では、ある型の組織でのポリヌクレオチド発現を異なる型の組織でのポリヌクレオチド発現と比較するか、異なる発生段階にある同一型組織のポリヌクレオチド発現と比較する。ポリヌクレオチド発現は、その年の別の時期異なる季節にサンプリングした、ある型の組織で比較することもできる。例えば、幼若二次木部でのポリヌクレオチド発現は、成熟した二次木部でのポリヌクレオチド発現と比較できる。同様に、形成層でのポリヌクレオチド発現を、木部でのポリヌクレオチド発現と比較することができる。さらには、茎頂分裂組織での遺伝子発現を、形成層での遺伝子の発現と比較することができる。発明の別の態様では、サンプルを特異的な表現形を有する植物から得て、そのサンプルでのポリヌクレオチド発現を、その表現形を有しない同一種の植物から得たサンプルと比較する。例えば、サンプルは早い成長速度を示す植物から得ることができ、遺伝子発現を通常または遅い成長速度を示す植物から得たサンプルのものと比較できる。このような比較から同定された、発現が異なるポリヌクレオチドは、成長速度と相関させることができ、それ故に成長速度の操作に有用である。さらなる態様では、サンプルはクローン継代されている植物から得られる。一つの態様では、クローン継代されている植物は、マツまたはユーカリ種である。同一遺伝子型から得た個々のラメートを、年間の異なる時期に使用する。これにより、遺伝子型について、少なくとも二つの、遺伝的に同一な木を、その季節の初期と季節の後期に用いることができる。これら木はそれぞれ、幼若頂部と成熟基部サンプルに分けることができる。さらに、組織サンプルは、例えば師部から木部にかけて、少なくとも5つの剥離層に分けることができる。これらサンプルそれぞれについて、表現形およびポリヌクレオチドの発現が評価できる。細胞構成要素が、ハイブリダイゼーションアッセイ、酵素アッセイ、リガンド結合アッセイ、または生物学的活性アッセイのような分析技術を妨害する場合、このような細胞構成要素からポリヌクレオチド発現産物を単離するのが望ましいだろう。核酸およびアミノ酸遺伝子産物を含む、ポリヌクレオチド発現産物は、当技術分野において公知の方法によって、細胞断片または溶解物から単離できる。発明に用いられる核酸は、様々な方法またはプロセスによって、あるいは当技術分野で知られつつあるその他のプロセスによって調製できる。核酸を単離するための通常技術は、例えばTijssenLABORATORYTECHNIQUESINBIOCHEMISTRYANDMOLECULARBIOLOGYHYBRIDIZATIONWITHNUCLEICACIDPROBES、3章ElsevierPress1993、BergerandKimmelMethodsEnzymol1521、およびGIBCOBRLLIFETECHNOLOGIESTRIZOLRNAISOLATIONPROTOCOLFormNo3786に詳しく書かれている。核酸サンプルを調製するための、およびマツおよびユーカリノキ由来のポリヌクレオチドの配列を決定するための技術は公知である。例えば、Allonaら、上記およびWhettonら、上記および米国特許出願第60476222号を参照。適切な核酸サンプルは、転写因子遺伝子またはポリペプチドの転写体に由来する核酸の任意の種類、すなわちそのRNAもしくはその一部配列、あるいは転写因子遺伝子から転写されたmRNAが鋳型となる核酸を含有できる。適切な核酸としては、転写体から逆転写されたcDNA、そのcDNAから転写したRNA、cDNAから増幅されたDNA、および増幅DNAから転写されたRNAが挙げられる。このような産物または派生産物が検出されることは、サンプル中に転写物が存在すること、および/または豊富にあることを表している。したがって、適切なサンプルは、これらに限定されないが、遺伝子またはポリヌクレオチドの転写物、転写物から逆転写されたcDNA、cDNAから転写されたcRNA、遺伝子から増幅されたDNA、および増幅DNAから転写されたRNAを包含する。本明細書で使用する場合、転写物の分類は、これに限定されないが、premRNA短鎖転写体、転写プロセッシング中間体、および成熟mRNA、ならびにその分解産物を包含する。発明を実施するには、すべての型の転写体をモニタリングする必要はない。例えば、発明の発現プロファイリング法は、一つの型の転写体のみを検出すること、例えば成熟mRNAレベルのみを検出することによって実施できる。発明の一つの局面では、染色体DNAまたはcDNAライブラリー例えば全細胞mRNAから合成した蛍光標識cDNAを含むを、当技術分野で認められている方法に従ったハイブリダイゼーション法での使用を目的として調製する。上記Sambrookら参照。発明の別の局面では、mRNAは、例えばMessageAmpキットAmbionを用いて増幅される。さらなる局面では、mRNAは、検出可能な標識で標識される。例えば、mRNAは、CyDyeAmershamBiosciencesのような蛍光発色団で標識できる。いくつかの応用では、ハイブリダイゼーション技術で使用する前に、ホモジェネートまたは溶解物中に存在することが多いRNaseを抑制または破壊することが望ましい。ヌクレアーゼを抑制または破壊する方法は周知である。発明の一つの態様では、細胞または組織は、カオトロピック剤存在下にホモジェナイゼーションしてヌクレアーゼを抑制する。別の態様では、RNaseは、熱処理、それに続くプロテイナーゼ処理によって抑制または破壊される。タンパク質サンプルは、当技術分野において公知の任意の手段により得ることができる。発明の方法に有用なタンパク質サンプルとしては、粗細胞溶解物および粗組織ホモジェネートが挙げられる。または、タンパク質サンプルは、精製してもよい。当技術分野において周知の様々なタンパク質精製方法は、MarshaketalSTRATEGIESFORPROTEINPURIFICATIONANDCHARACTERIZATIONALABORATORYCOURSEMANUALに見出すことができる。2ポリヌクレオチド発現レベルの検出ポリヌクレオチド発現レベルを検出することを含む発明の方法については、ポリヌクレオチド発現を観察するための任意の方法を用いることができるが、これに限定されない。このような方法としては、伝統的な核酸ハイブリダイゼーション技術、ポリメラーゼ連鎖反応PCRを基本とする方法、およびタンパク質測定が挙げられる。本発明は、固相支持体を基本としたアッセイ形式を用いた検出方法、ならびに溶液を基本としたアッセイ形式の検出方法を包含する。発現レベルの絶対的測定は必要としないが、実施は可能である。本発明は、サンプル間の発現レベル差を比較することを含む方法を包含する。発現レベルの比較は、目視または手作業で実施でき、あるいは、例えば光学的検出手段を用いて、機械で自動化して実施できる。SubrahmanyametalBlood972457;PrasharetalMethodsEnzymol303258。遺伝子の発現差を分析するためのハードウエアおよびソフトウエアは入手可能であり、本発明の実施に用いることができる。GenStatSoftwareおよびGeneExpress登録商標GXExplorer商標トレーニングマニュアル、上記;BaxevanisFrancisQuellette、上記、参照。本発明の一つの態様では、核酸ハイブリダイゼーション技術を用いてポリヌクレオチド発現を観察する。例示的ハイブリダイゼーション技術としては、ノーザンブロッティング、サザンブロッティング、溶液ハイブリダイゼーションおよびS1ヌクレアーゼプロテクションアッセイを挙げることができる。核酸ハイブリダイゼーションは、一般的には、オリゴヌクレオチドプローブと核酸を含むサンプルを、相補的塩基対合を通じてプローブがその相補的核酸と安定したハイブリッド二重鎖を形成できる条件下で接触させることを含む。例えば、PCT出願された国際公開公報第9932660号BergerKimmelMethodsEnzymol1521参照。次に、ハイブリッド二重鎖を形成しない核酸を洗い流し、一般的には結合している検出可能な標識の検出を通して検出されるハイブリダイゼーションした核酸を残す。検出可能な標識は、プローブに存在しても、または核酸サンプルに存在してもよい。一つの態様では、サンプルの核酸は、植物組織中に存在するmRNA転写体を表す例えばcDNAライブラリー検出可能な標識ポリヌクレオチドである。検出可能な標識は、一般には放射活性または蛍光標識物であるが、任意の検出可能な標識も使用できる。標識は、例えば国際公開公報第9932660号上記に記載のいくつかの方法を用いて組み込むことができる。一つの局面では、RNAはMessageAmpキットAmbionを用い、アミノアリルUTPならびに遊離型UTPを加えて増幅できる。増幅されたRNA内に組み込まれたアミノアリル基は、CyDyeAmershamBiosciencesのような蛍光発色団と反応できる。核酸の二重鎖は、温度を上げることによって、または核酸を含有するバッファーの塩濃度を下げることによって不安定化する。低い厳密性の条件下例えば低温および/または高塩濃度では、アニールした配列が完全に相補的でない場合でもハイブリッド二重鎖例えばDNADNA、RNARNAまたはRNADNAを形成する。その結果、低い厳密性の場合、ハイブリダイゼーションの特異性は低下する。これとは逆に、高い厳密性の場合例えば高温および/または低塩濃度および/または不安定化剤存在下には、ハイブリダイゼーションがミスマッチを許容することは殆どない。一般的には、短いプローブ例えば10~50ヌクレオチド塩基の厳しい条件は、pH70~83での塩濃度が少なくとも約001~10Mであり、温度は少なくとも約30°Cである条件である。厳しい条件はまた、ホルムアミドのような不安定化剤を添加することでも実現できる。いくつかの環境では、ハイブリダイゼーションを低い厳密性の条件、例えば37°Cの6×SSPET09MNaCl60mMNaH2PO4pH766mMEDTA0005トリトンで実施して、ハイブリダイゼーションを確実にすることが望ましい場合がある。その後、続く洗浄を高い厳密性例えば1×SSPET、37°Cで実施することで、ミスマッチのハイブリッド二重鎖は排除できる。その後の洗浄は、望まれるハイブリダイゼーション特異性レベルになるまで、厳密度を徐々に上げながら例えば37°C~50°Cで025×SSPET程度まで下げる行うことができる。一般的には、ハイブリダイゼーションの標準的条件は、厳密度ハイブリダイゼーションの特異性とシグナル強度のバランスをとったものである。それ故に発明の一つの態様では、ハイブリダイゼーションした核酸を徐々により高い厳密性の条件下で洗浄し、各条件の間に測定を行う。このようにして得たデータのセットを分析することで、ハイブリダイゼーションパターンが大きくは変化せず、かつ関心対象の特定オリゴヌクレオチドプローブにとって適切なシグナルを提供する厳密度を知ることができる。例えば、最終洗浄は、一定の結果をもたらすと同時に、バックグランド強度より約10高いシグナル強度を提供する、最も高い厳密度の洗浄として選択できる。aオリゴヌクレオチドプローブ本発明に用いる核酸ハイブリダイゼーション技術に有用なオリゴヌクレオチドプローブは、一つまたは複数のタイプの化学的結合を介した、通常は水素結合の形成を介した相補的塩基の対合を通して、相補的配列を有する核酸に結合できる。プローブは、通常の塩基すなわちA、G、U、CもしくはTまたは修飾塩基7デアザグアノシン、イノシン等を含んでよい。これに加えて、プローブ中のヌクレオチド塩基は、ハイブリダイゼーションを妨害しない限りにおいて、ホスホジエステル結合以外の結合によっても結合できる。それゆえに、プローブは構成塩基がホスホジエステル結合以外のペプチド結合によって結合しているペプチド核酸でもよい。オリゴヌクレオチドプローブは、当技術分野において公知の手段によって調製できる。本発明で有用なプローブは、SEQIDNO:1~235および698~717のいずれかのような、細胞周期遺伝子のヌクレオチド産物にハイブリダイゼーションできる。発明に有用なプローブは、SEQIDNO:1~235および698~717に開示のヌクレオチド配列を用いて作ることができる。本発明は、SEQIDNO:1~235および698~717のいずれかに対応する連続配列の少なくとも2、10、15、20、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85または100ヌクレオチドの断片を有するオリゴヌクレオチドプローブを包含する。本発明は、長さが少なくとも2、1、05、01または005kbより短いオリゴヌクレオチドを包含する。一つの態様では、オリゴヌクレオチドは60ヌクレオチド長である。オリゴヌクレオチドプローブは、当技術分野において公知の手段によって設計できる。例えばLiandStormoBioinformatics17106776参照。オリゴヌクレオチドプローブの設計は、ソフトウエアを用いて行うことができる。例示的なソフトウエアとしては、ArrayDesignerGeneScanおよびProbeSelectが挙げられる。規定の核酸配列に相補的なプローブは化学的に合成でき、より長いヌクレオチドから制限酵素を用いて作製してもよく、あるいはポリメラーゼ連鎖反応PCRのような技術を用いて得ることもできる。PCR法は周知であり、例えば、InnisetaledsPCRPROTOCOLSAGUIDETOMETHODSANDAPPLICATIONSAcademicPressIncSanDiegoCalifに記載されている。プローブは、例えば放射活性、ビオチン化、または蛍光タグで標識できる。場合によっては、サンプル中の核酸を標識し、プローブは標識しない。上記の方法で作製されたオリゴヌクレオチドプローブは、溶液中または固相支持体をベースとした方法で使用できる。本発明は、転写因子ポリヌクレオチドのコーディング領域または3非翻訳領域3UTRの産物にハイブリダイゼーションするオリゴヌクレオチドプローブを包含する。一つの態様では、オリゴヌクレオチドプローブは、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のいずれかの3UTRにハイブリダイゼーションする。3UTRは、一般的には、たとえ同じファミリーのメンバーの間であっても、遺伝子に固有の領域である。したがって、3UTRの産物にハイブリダイゼーションできるプローブは、遺伝子のコーディング領域が高い相同性を示すファミリー内での個別遺伝子の発現を識別するのに有用である。これによって、それぞれが単一の遺伝子に対し特有に結合できる、複数のオリゴヌクレオチドのメンバーとして用いられるオリゴヌクレオチドプローブを設計することができる。別の態様では、オリゴヌクレオチドプローブは、SEQIDNO:2742~3587のいずれかを含む。別の態様では、オリゴヌクレオチドプローブは、SEQIDNO:2742~3587のいずれかより成る。bオリゴヌクレオチドアレイ法発明の一つの態様は、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを組み合わせて用い、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972の遺伝子のような、一つまたは複数の転写因子ポリヌクレオチドの発現レベルを検出する。この一つの態様の局面では、二つまたはそれ以上の異なるポリヌクレオチドの発現レベルを検出する。二つまたはそれ以上のポリヌクレオチドは、上記の同一または異なる転写因子遺伝子ファミリーに由来するものでよい。二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドは、異なる一つのポリヌクレオチドにハイブリダイゼーションできる。発明の一つの態様は、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを使用するが、その各プローブはSEQIDNO:~494、496~820、1641~1972に記載のポリヌクレオチドの転写体に由来するポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイゼーションする。別の態様は、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを使用し、その内の少なくとも一つはSEQIDNO:1973~2304の核酸配列を含む。別の態様は、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを使用し、その内の少なくとも一つはSEQIDNO:1973~2304より成る。オリゴヌクレオチドプローブは、約5~約60ヌクレオチド塩基、または約15~約60ヌクレオチド塩基を含む、約60~約100ヌクレオチド塩基のような約5~約500ヌクレオチド塩基を含んでよい。発明の一つの態様は、固相支持体に基づくオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション法を用いて、遺伝子発現を検出する。本発明の実施に適切な固相支持体に基づく方法は、周知であり、例えば、PCT出願された国際公開公報第9511755号HuberetalAnalBiochem29924MeiyantoetalBiotechniques31406RelogioetalNucleicAcidsRes30e51に記載されている。オリゴヌクレオチドが結合、共有結合または非共有結合できる任意の固相表面も用いることができる。このような固相支持体としては、フィルター、ポリ塩化ビニルディスク、ケイ素またはガラスを基材としたチップ等が挙げられる。一つの態様は、複数のポリヌクレオチド、遺伝子または遺伝子産物の発現を同時に観察できるオリゴヌクレオチドアレイ、すなわちマイクロアレイを用いる。オリゴヌクレオチドアレイは、固相支持体上に提供された、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドプローブを含み、ここで各プローブは支持体上に固有の位置を占めている。各プローブの位置は、ある場所での検出可能シグナルの検出が、既知オリゴヌクレオチドプローブへのハイブリダイゼーションを表すように前もって決めることができる。前もって決められた各位置は、1より多いプローブを含有できるが、事前に決められた位置の中の各分子は同一の配列を有する。このような事前に決められた位置はフィーチャfeatureと呼ばれる。例えば、単一の固相支持体上には、このようなフィーチャが2から、10、100、1000、2000または5000、あるいはそれ以上が存在できる。一つの態様では、各オリゴヌクレオチドは、アレイ上の固有の位置に、少なくとも2回、少なくとも3回、少なくとも4回、少なくとも5回、少なくとも6回、または少なくとも10倍回位置する。遺伝子発現を検出するためのオリゴヌクレオチドプローブアレイは、例えば、LockhartetalNatlBiotech141675McGalletalProcNatlAcadSciUSA9313555およびHughesetalNatureBiotechnol19342に記載の、通常技術にしたがって作製し、用いることができる。各種オリゴヌクレオチドアレイの設計が、本発明の実施に好適である。一つの態様では、一つまたは複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれが、特定の組織型に発現する異なるポリヌクレオチドにハイブリダイゼーションする複数のオリゴヌクレオチドを包含する。例えば、組織は発生中の木質部でよい。一つの態様では、植物より得た核酸サンプルは増幅でき、場合により検出可能な標識で標識できる。このような目的に適切ないずれの核酸増幅方法およびいずれの検出可能標識物も用いることができる。例えば、増幅反応は、例えばアンチセンスRNAまたはaRNAサンプル組織から抽出したRNAに対し核酸配列が相補的であるを作製する、Ambion社のMessageAmpを用いて実施できる。RNAは、場合により、CyDye蛍光標識を用いて標識できる。増幅段階中に、生じたaRNAにaaUTPが組み込まれる。CyDye蛍光標識は、非酵素的反応でaaUTPと結合する。増幅および標識工程に続いて、標識された増幅アンチセンスRNAを沈殿させ、適当なバッファーで洗浄してから次に純度をアッセイする。例えば、純度はNanoDrop分光光度計を用いてアッセイできる。次に核酸サンプルを、固相基質マイクロアレイスライドに結合している、サンプル中に存在する目的の核酸とハイブリダイゼーションできるオリゴヌクレオチドサンプルプローブを有するオリゴヌクレオチドアレイと接触させる。接触工程は、関心対象の核酸とアレイ上に存在するオリゴヌクレオチドプローブとの間にハイブリダイゼーションが起こり得る条件下で実施する。次にアレイを洗浄して非特異的に結合している核酸を除去し、なお固相基質上のオリゴヌクレオチドプローブとハイブリダイゼーションしている標識分子からのシグナルを検出する。検出工程は、使用する標識のタイプに合った方法を用いて達成できる。例えば、検出工程は、レーザースキャナおよび検出器を用いて達成できる。例えば、必要に応じてGenePixProソフトウエアを用いてマイクロアレイのシグナル位置を分析する、Axonスキャナが使用できる。一つまたは複数のマイクロアレイからのデータは、当技術分野において公知の適当な方法を用いて分析できる。本発明の方法に用いるオリゴヌクレオチドプローブは、マイクロアレイ技術を含め、PCRを用いて作製できる。プローブ作製に用いるPCRプライマーは、例えば、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972の配列に基づいて選ばれ、転写因子ポリヌクレオチドの固有断片すなわち、標準的ハイブリダイゼーション条件の下で、SEQIDNO:~494、496~820、1641~1972のいずれか一つのポリヌクレオチドのみハイブリダイゼーションする断片を増幅させる。必要な特異性および最適なハイブリダイゼーション特性を持ったプライマーの設計には、コンピュータプログラムが有用である。例えば、LiandStormo、上記、段落1075では、全体遺伝子配列だけでなく同時にプロービングするその他遺伝子配列に基づいて最適なオリゴヌクレオチドプローブを選択するProbeSelectを用いたプローブ選択法について論じている。一つの態様では、オリゴヌクレオチドコントロールプローブも用いられる。例示的コントロールプローブは、本明細書において、標準化コントロール、発現レベルコントロール、および負の対照と呼ばれる3つの分類の少なくとも一つに分類できる。マイクロアレイ法では、本発明の転写因子関連オリゴヌクレオチドと共に、これらコントロールプローブの一または複数がアレイに提供されてもよい。標準化コントロールは、色素の偏り、組織の偏り、ゴミ、スライドの不規則性、スライドの変形スポット等を補正する。標準化コントロールは、スクリーニング対象の核酸サンプルに加えられる標識化された参照オリゴヌクレオチドまたはその他核酸配列に相補的なオリゴヌクレオチド、あるいはその他核酸プローブである。ハイブリダイゼーション後に標準化コントロールから得られるシグナルは、ハイブリダイゼーション条件、標識強度、測定効率、および完全なハイブリダイゼーションのシグナルをアレイ間で変動させる他の要因の制御を提供する。一つの態様では、方法で使用したその他すべてのプローブから読み取ったシグナル例えば蛍光強度または放射活性を、コントロールから読み取ったシグナルで除して、測定を標準化する。実質的には、いずれのプローブも標準化プローブとして用いることができる。しかしながら、ハイブリダイゼーションの効率は、塩基組成およびプローブの長さによって変化する。好ましい標準化プローブは、使用される他のプローブの平均長を反映するように選ばれるが、それらはまた長さの範囲をカバーするように選ぶこともできる。さらに、標準化コントロールは、使用される他のプローブの平均的な塩基組成を反映するように選ぶことができる。一つの態様では、1または数個の標準化プローブだけを用い、それらは良好にすなわち二次構造を形成せずにハイブリダイゼーションするが、試験プローブとは一致しないように選ばれる。一つの態様では、標準化コントロールは、哺乳動物の遺伝子である。発現レベルコントロールプローブは、生物学サンプル中に存在して構成的に発現している遺伝子と特異的にハイブリダイゼーションする。実質的には、構成的に発現するいずれの遺伝子も、発現レベルコントロールプローブの適切な標的を提供する。一般的には、発現レベルコントロールプローブは、これに限定されないが、ある光合成遺伝子を含む、構成的に発現しているハウスキーピング遺伝子の一部配列に対し相補的な配列を有している。負の対照プローブは、試験オリゴヌクレオチドすなわち、本発明の転写因子関連オリゴヌクレオチド、標準化コントロール、または発現コントロールのいずれとも相補的でない。一つの態様では、負の対照は、サンプルに含まれる他の配列のいずれとも相補的でない哺乳動物の遺伝子である。用語バックグランドおよびバックグランドシグナル強度とは、標識された標的核酸すなわち生物学的サンプル中に存在するmRNAとオリゴヌクレオチドアレイの構成要素との間の非特異的結合またはその他相互作用から生じるハイブリダイゼーションシグナルを表す。バックグランドシグナルはまた、アレイ構成要素そのものの内因性蛍光から生じることもある。すべてのアレイについて単一のバックグランドシグナルを計算することも、または各標的核酸ごとに異なるバックグランドシグナルを計算することもできる。一つの態様では、バックグランドは、使用するオリゴヌクレオチドプローブの最低5~10について、または各標的遺伝子について異なるバックグランドシグナルを計算する場合には、各遺伝子のプローブの最低5~10についての、平均ハイブリダイゼーションシグナル強度として計算される。特異的な細胞周期遺伝子に対応するオリゴヌクレオチドプローブが良好にハイブリダイゼーションする場合、すなわち標的配列に特異的に結合する場合、それらはバックグランドシグナルの計算に用いてはならない。または、バックグランドは、サンプル中に存在するいずれの配列とも相補的でないプローブ例えば、逆向きの核酸またはサンプルに見出せない遺伝子に対するプローブとのハイブリダイゼーションによって生じるハイブリダイゼーションシグナルの平均強度として計算することもできる。マイクロアレイ法では、バックグランドは、オリゴヌクレオチドプローブが全くないアレイ域によって生じる平均シグナル強度として計算できる。cPCRに基づく方法別の態様では、PCRに基づく方法を用いてポリヌクレオチド発現を検出する。これらの方法としては、リアルタイムおよびエンドポイント定量逆転写介在ポリメラーゼ連鎖反応QRTPCRを含む、逆転写介在ポリメラーゼ連鎖反応RTPCRを挙げることができる。これらの方法は、当技術分野において周知である。例えば、定量PCR法は、例えば、AppliedBioSystemsおよびStratagene登録商標から市販されているキットおよび方法を用いて実施できる。KochanowskiQUANTITATIVEPCRPROTOCOLSInnisetal、上記VandesompeleetalGenomeBiol3RESEARCH0034SteinCellMolLifeSci591235も参照。ポリヌクレオチド発現は、QRTPCRを用いて、溶液中でも観察できる。QRTPCRは、PCR産物増幅中に、比例して生じる蛍光シグナルの検出に拠っている。Innisetal上記参照。伝統的なPCR法と同様に、この技術も、一般的には15~30塩基長の、関心対象のDNA領域に隣接する反対鎖の領域とハイブリダイゼーションするPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いる。さらに、プローブ例えばTaqMan登録商標、AppliedBiosystemsを、PCR技術で伝統的に用いられるフォワードおよびリバースプライマーの間にある標的配列とハイブリダイゼーションするように設計する。プローブを、6カルボキシフルオロセイン6FAMのようなレポーター蛍光体と、6カルボキシテトラメチルローダミンTAMRAのようなクエンチャー蛍光体を用いて、5末端標識する。プローブが未変性である限り、蛍光エネルギー転移が起こり、その結果、クエンチング蛍光体によるレポーター蛍光体の蛍光発光の吸収が起こる。しかしながら、Taqポリメラーゼがプライマーを伸長すると、Taq内在性の5から3方向のヌクレアーゼ活性は、プローブを分解してレポーター蛍光体を放出する。増幅サイクル中に検出される蛍光シグナルの増加は、各サイクルで生じた産物量に比例する。フォワードおよびリバース増幅プライマー、ならびに内部ハイブリダイゼーションプローブを設計して、標的遺伝子の転写物に由来する一つのヌクレオチドと特異的かつ固有にハイブリダイゼーションするようにする。一つの態様では、プライマーおよびプローブ配列の選択基準には、TaqMan登録商標の要件を満たすためのヌクレオチド含有量およびサイズに関する制約事項が加わる。SYBRGreen登録商標は、上記のTaqman登録商標型アッセイに代わる無プローブ式QRTPCRとして用いることができる。ABIPRISM登録商標7900SEQUENCEDETECTIONSYSTEMUSERGUIDEAPPLIEDBIOSYSTEMS、18章、AppAF。装置は、PCR増幅中の蛍光発光強度の変化を測定する。測定はリアルタイム、すなわち増幅産物を反応物中に蓄積させながら行われる。別の方法を用いて、プローブの分解によって生じる蛍光の変化を測定することもできる。例えば、蛍光偏光は、分子の振動に基づいて大分子と小分子とを区別できる米国特許第5593867号参照。dタンパク質検出法タンパク質は、免疫学的方法、酵素アッセイおよびタンパク質アレイ/プロテオミクス技術を含む、当技術分野既知の任意の方法により観察できる。翻訳状態の測定は、いくつかのタンパク質法に従い実施できる。例えば、タンパク質の全ゲノムのモニタリングプロテオームは、結合部位が、SEQIDNO:821~1640、1973~2304のアミノ酸配列を有する複数のタンパク質、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のポリヌクレオチドまたはその保存的変種がコードするタンパク質に対し特異的な、固定された、好ましくはモノクローナルである抗体を含むマイクロアレイを構築することによって実施できる。WildtetalNatureBiotechnol18989参照。ポリクローナルおよびモノクローナル抗体を作製する方法は、例えばHarlowLaneANTIBODIESALABORATORYMANUALを用いて、植物組織から抽出した。mRNAは、全RNA標本から、PolyQuikmRNAIsolationKit25DynalSkogenNorwayを用いて単離した。cDNA発現ライブラリーは、精製mRNAから逆転写酵素合成を行い、続いて得られたcDNAクローンを、ZAPExpresscDNASynthesisKitStratageneを、製造元のプロトコルに従い用いて、λZAP内に挿入した。こうして得たcDNAは、ライブラリーに応じて5μlのライゲーション反応液の一部1~5αlを用い、GigapackIIPackagingExtractStratageneを利用してパッケージングした。ライブラリーの大規模切り出しは、XL1BlueMRF細胞およびXLOLR細胞StratageneをExAssistヘルパーファージStratageneと一緒に用いて行った。切り出したファージミドをNZYブロスGibcoBRLGaithersburgMDで希釈し、XgalおよびイソプロピルチオβガラクトシドIPTGを含有するLBカナマイシン寒天プレートに接種した。接種し、DNAミニプレップで選択したコロニーのうち99が、配列分析に適した挿入体を含んでいた。陽性のコロニーをカナマイシン含有NZYブロスで培養し、cDNAをアルカリ溶解およびポリエチレングリコールPEG沈殿によって精製した。1のアガロースゲルを用いて、配列分析用の鋳型を染色体汚染についてスクリーニングした。ダイプライマー配列は、TurboCatalyst800装置PerkinElmerAppliedBiosystemsDivisionFosterCityCAを、製造元のプロトコルに従い使用して調製した。陽性クローンのDNA配列は、PerkinElmerAppliedBiosystemsDivisionPrism377シーケンサを用いて得た。cDNAクローンは、まず5末端から配列分析し、そしていくつかの例については3末端からも配列分析した。いくつかのクローンについて、異なるサイズのサブクローンのライブラリーをpBKCMVに作るエキソヌクレアーゼIII欠失分析を利用して、または関心対象の遺伝子の特定領域について設計された遺伝子特異的プライマーを用いたダイレクトシーケンシングにより、内部配列を得た。決定されたcDNA配列を、コンピュータアルゴリズムFASTAおよび/またはBLASTNを用いて、EMBLデータベース内の既知配列と比較した。多重複配列の複数のアラインメントを用いて、信頼できるコンセンサス配列を構築した。決定したcDNA配列は、SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972に示す。他植物種の既知配列との類似性に基づき、単離されたポリヌクレオチド配列は、表1および2に列挙するような、転写因子をコードするものであることが明らかになった。SEQIDNO:1~820のポリヌクレオチド配列に対応する推測ポリペプチド配列をSEQIDNO:821~1640に示す。実施例2ラジアータマツからのcDNAクローンの単離および特性分析ラジアータマツのcDNA発現ライブラリーシュート芽組織、浮遊培養細胞、早材木部二つの独立したライブラリー、維管束形成層組織、雄球花、根未知の系列、栄養根、構造根、雌球花、円錐原基、雌予定円錐体および木部二つの独立したライブラリーから調製したを、実施例1記載の通りに構築し、スクリーニングした。陽性クローンのDNA配列は、フォワードおよびリバースプライマーを用い、PerkinElmerAppliedBiosystemsDivisionPrism377シーケンサーにより得て、決定した配列を上記に従いデータベース内の既知配列と比較した。他の植物種の既知配列との類似性に基づき、単離したポリヌクレオチド配列は上記表1に示す転写因子をコードすることが明らかにされた。SEQIDNO:1~494、496~820、1641~1972のポリヌクレオチド配列に対応する推定ポリペプチド配列を、SEQIDNO:821~1640に示す。実施例35RACE単離cDNAライブラリーの部分cDNA配列の5または3の付加配列を同定するために、SMARTRACEcDNA増幅キットClontechLaboratoriesPaloAltoCalifを用いてcDNA末端の5および3高速増幅RACEを実施した。一般的には、この方法では、まずポリmRNAを単離し、第一および第二鎖cDNA合成を実施して二本鎖cDNAを作製し、cDNA末端を平滑化してからSMARTRACEアダプターをcDNAに連結して、アダプター連結二本鎖cDNAのライブラリーを形成する。遺伝子特異的プライマーは、5および3RACE反応の両方について、アダプター特異的なプライマーと一緒に使用するように設計した。5および3RACE反応を用いて、5および3RACE断片を得て、配列分析し、クローン化した。このプロセスを全長遺伝子の5および3末端が同定されるまで繰り返してもよい。全長cDNAは、エンドツーエンドendtoendPCRによって、遺伝子の5および3末端に特異的なプライマーを用いたPCRにより作ることができる。例えば、第一鎖cDNAで失われた遺伝子の5領域を増幅するために、鋳型配列の反対鎖、および約100~200bpの鋳型配列の領域から、5から3方向にプライマーを設計した。増幅が成功すると、鋳型の5末端とPCR産物との間に約100bpのDNA配列の重複を得ることができる。RNAは、4種類のマツの組織、すなわち実生、木部、形成層および構造根から、ConcertReagentProtocolInvitrogenCarlsbadCAならびに標準的な単離および抽出操作を用いて抽出した。次に、得られたRNAを、10UμlのDNaseIRocheDiagnosticsBaselSwitzerlandを用いてDNase処理した。RNA100μgについて、10×DNaseバッファーInvitrogenCarlsbadCA9μl、RocheDNaseI10μl、RNase不含水90μlを用いた。次に、RNAを室温で15分間インキュベーションし、110容積の25mMEDTAを加えた。RNeasyミニキットQiagenVenloTheNetherlandsを用いて、製造元のプロトコルに従いRNAを清浄にした。cDNAを合成するために、木部、形成層、種子および根から抽出したRNAを用い、SMARTRACEcDNA増幅キットClontechLaboratoriesIncPaloAltoCAを製造元のプロトコル通りに用いた。RACEPCRのために、4種類の組織からのcDNAを一つにまとめた。PCRのマスターミックスは、木部、形成層、根および実生組織からのcDNAを等量混合して作製した。PCR反応は、96ウエルのPCRプレートで、プライマー希釈プレートから対応するウエル位置にプライマー1μl10mMを加えて実施した。マスターミックス49μlを、プライマーと共にPCRプレートに分注した。サーマルサイクリングは、GeneAmp9700AppliedBioSystemsFosterCityCAで、次のパラメータにしたがって実施した:95°C5秒72°C3分、5サイクル;94°C5秒、70°C10秒72°C3分、5サイクル;94°C5秒、68°C10秒、72°C3分、25サイクル。cDNAは、標準的な手順にしたがって、アガロースゲルで分離した。ゲルの断片を切り出し、Qiagen96wellGelElutionキットを用いて、製造元の取扱説明書に従いゲルから溶出した。PCR産物は、次の仕様にしたがって、96ウエルプレートの中で、pGEMTeasyPromegaMadisonWIに一晩連結し:DNA60~80ng、2×高速ライゲーションバッファー5μl、pGEMTイージーベクター05μl、DNAリガーゼ01μl、水を加えて10μlにし、一晩インキュベーションした。各クローンは、標準的手順にしたがって大腸菌内に形質転換し、以下の標準的なプロトコルにしたがって12のクローンからDNAを抽出した。DNA抽出およびDNAの質は1アガロースゲルで確認した。正しいサイズの挿入体が各クローン内に存在することは、制限エンドヌクレアーゼEcoRIを用いた制限消化および標準的な研究手順に従った電気泳動によって判定した。実施例4:維管束優先または維管束特異的プロモーターの単離ラジアータマツおよびグランディスユーカリのcDNAライブラリーは、上記実施例1および2に従い構築し、スクリーニングした。維管束優先または維管束特異的プロモーターは、GenomeWalkerキットClontechPaloAltoCAを用いてクローン化した。これはPCRに基づく方法で、4つのPCRプライマーを構築する必要があり、その内の二つは遺伝子特異的でなければならない。遺伝子特異的プライマーは、一般的には遺伝子の5UTR内に設計される。断片を増幅し、次にTテール付きベクターの中に、レポーター遺伝子の前の位置にクローニングする。米国特許出願第10703091号は、維管束優先プロモーターの同定および単離を記載している。実施例5プロモーターの組織特異性決定方法上記概要を示した手順に従いプロモーターを同定、クローニングした後、プロモーターをレポーター遺伝子に作動可能に連結し、プロモーターが活性である組織の型を決定する。そのためには、まずプロモーターを含有する構築体を、エレクトロポレーションによってアグロバクテリウムツメファシエンスに形質転換する。簡単に述べると、希釈したAgL1コンピテント細胞40μlを氷上に置き、プロモーター配列を含むpART27ベクター約10ngと接触させる。エレクトロポレーションは、次のパラメータにしたがって実施する:抵抗=129オーム荷電電圧=144kV磁界強度=144kVcmパルス持続時間=50msエレクトロポレーション後、YEP液体培地400μlを加え、細胞を1時間、室温で回復させた。次に、細胞を6000rpmで3分間遠心分離にかけ、約50μlのYEPに再懸濁した。細胞サンプルをYEPKan50Rif50プレート表面に広げ、パラフィンで密封してから29°Cで2日間インキュベーションしてコロニーを生育した。次に野生型のシロイヌナズナcvColumbia0植物を、花浸漬浸透法を用いて、関心対象の構築体を含有するアグロバクテリウムで形質転換した。簡単に述べると、アグロバクテリウムの培養体を約8600rcfで10分間、20°Cで遠心分離してから、光学密度約07~08に再懸濁した。植物をアグロバクテリウム含有浸透液に5秒間浸した。植物から過剰の溶液を落とし、グローライトの下、周囲条件に置いた。24時間後、植物を霧吹きして維持し、種子を作らせた。T1種子は、表面を5の市販漂白液を用いて殺菌し、カナマイシン50mglおよびチメンチン250mglを含むMS培地上に置いて、推定形質転換体を選択した。うまく形質転換した植物を、次に作動性に連結したレポーター遺伝子の発現についてアッセイした。葉、茎、根および花部分を染色液50mMNaPO4pH7205トリトンX1001mMXグルクロニド、シクロヘキシミド塩Ducheffaに漬けた。真空を2回、5分間適用し、組織に染色液を浸透させた。次に、組織を一晩、37°Cで振とうし続けて発色させた。組織は、3または4時点でチェックして発色を調べ、サンプルが早期に発色を示す場合は、組織片を70エタノールで脱染色した。次に、この組織を、光学顕微鏡を用いてGUS発現について調べ、写真を撮影した。実施例6導管要素TE誘導FKHおよび非誘導FK培地でのヒャクニチソウZinniaelegans葉肉細胞の単離および培養ヒャクニチソウの実生の一次および二次対葉を、8つのパンネットから集めた。葉は、0175の次亜塩素酸ナトリウム溶液500mlで、10分間殺菌した。次に葉を500mlの滅菌水で2回濯ぎ洗いした。1回に20~30枚の葉を用い、葉を乳鉢と乳棒を用いて、25~30mlのFK培地と一緒に挽いた。細胞を40μmのナイロンメッシュに通して濾過した。このようにして合計90mlの葉肉細胞を得た。200×g、2分間、20°Cでの遠心分離によって、細胞を沈殿させた。等量のFK培地を用いて、さらに1回沈殿を洗浄した。次に、沈殿を等量に2分割し、一方を45mlのFK培地で、そして残りは45mlのFKH培地で洗浄した。沈殿を60mlのFK培地および60mlのFKH培地にそれぞれ再懸濁した。それらを、暗所、120rpmに設定されたロータリーシェーカーに乗せた6ウエルプレートの中で培養した。実施例7FK培地およびFKH培地で1晩から3日間培養した葉または葉肉細胞からのヒャクニチソウプロトプラストの単離無菌のヒャクニチソウ一次葉6~8枚を1mm片にカットし、15mlの細胞壁消化酵素混合液1CellulaseOnozukaR10および02PectolyaseY23を含むプロトプラスト単離バッファー溶液に入れた。FK培地40mlまたはFKH培地40mlで培養した葉肉細胞は、200×gで2分間、20°Cで遠心分離して沈殿させた。各沈殿は、CellulaseOnozukaR10を200mgとPectolyaseY23を40mg含有する、20mlの無菌プロトプラスト単離バッファーに再懸濁した。プロトプラストは、細胞懸濁液を、約70rpmに設定したロータリーシェーカー上で、CellStar培養プレートで2~4時間、23°Cでインキュベーションすることによって単離した。プレートの内容物を200×gで2分間遠心分離して、プロトプラストを沈殿させた。各沈殿を、24ショ糖溶液20mlに再懸濁した。実施例8ヒャクニチソウプロトプラストのトランスフェクションヒャクニチソウプロトプラストの24ショ糖溶液にW5溶液を1ml重層して、70×gで10分間、20°C、ブレーキをオフにした状態で遠心分離した。浮遊しているプロトプラストを集め、W5溶液10mlに再懸濁した。プロトプラストは、70×gで10分間、20°Cで遠心分離して、沈殿させた。プロトプラストはMaMg培地に再懸濁し密度=約5×106プロトプラストml、個別の15mlチューブに小分けした300μl:15×106プロトプラスト。DNA5μg各構築体のおよびサケ精子DNA50μgをプロトプラスト懸濁液に加え、混合して、5分間、20°Cでインキュベーションした。40PEG溶液300μlを、小分けした各プロトプラストに加えて、混合して20分間、20°Cでインキュベーションした。K304Mショ糖5mlを、小分けされた、葉由来のトランスフェクションしたプロトプラスト、またはFK培地で培養した葉肉細胞に由来する、トランスフェクションしたプロトプラストそれぞれに加えて混合した。同様にK304Mショ糖01ppmNAA02ppmBAの5mlを、FKH培地で培養した葉肉細胞に由来する、小分けされたトランスフェクションプロトプラストに加えて混合した。トランスフェクションしたプロトプラストの懸濁液は、一晩、23°C、暗所でインキュベーションした。実施例9トランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストの回収およびレポーター遺伝子分析上記のように調製した、トランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラスト懸濁液は、W5溶液95mlを加えて、各チューブの内容物を混合し、70×gで10分間、20°Cで遠心分離して個別に回収した。上清のバルクをデカントして取り除いてからプロトプラストの容積を900μlに調整した。ここから、5mlのポリスチレン丸底チューブにプロトプラスト300μlを小分けし、容積500μlのW5培地に再懸濁し、これを用いてレポーター遺伝子発現および細胞生存の分析を行った。プロトプラストと残った溶液は、個別の微量チューブに移し、420×gで2分間、20°Cで遠心分離して沈殿させた。プロトプラストの沈殿を、JeffersonRA1987PlantMolBiolRep5387の記載に従いGUSレポーター遺伝子発現についてアッセイした。GUSMUGアッセイは、Wallac。ベクターpFOR293は、その多数のクローニングサイト内にラジアータマツエチレン応答エレメント/AP2転写因子を含み、一方ベクターpFOR147およびpFOR263は正の対照転写因子を含んでいる。プロトプラストには、ラジアータマツユビキチンプロモーターによって作動する緑色蛍光タンパク質EGFPをコードする遺伝子、またはプロモーター欠損断片を含む第2プラスミドもトランスフェクションした。対照のプロトプラストは、pART7の改変版であり、その多数のクローニングサイト内にEGFP遺伝子を含むが、発現カートリッジからはCaMV35Sプロモーターが除去されているプラスミドベクターであるpART9でトランスフェクションした。したがって、pART9は、いかなる遺伝子も発現せず、その長さおよび組成がpFORベクターと類似することから対照として用いられる、プロモーターを含まない構築体である。下記表6は:EGFPClontechと融合したマツユビキチンプロモーターおよび選択された木転写因子を有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストからのEGFPの平均蛍光強度MFIを示す。このスクリーニングでは、転写活性化の正の対照pFOR147および負の対照構築体pART9は転写因子なしで表しているを用いた。表6実施例12ラジアータマツのエチレン応答エレメント/AP2によるユーカリCOMTプロモーターの転写抑制上記プロトコルにしたがって、ラジアータマツ転写因子pFOR293を、維管束優先プロモーターであるグランディスユーカリCOMTプロモーターを活性化する能力について試験した。表7は:EGFPClontechと融合したユーカリCOMTプロモーターおよび選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストからのEGFPの平均蛍光強度MFIを示す。表7COMTプロモーターの活性が低レベルであることから、コトランスフェクションマーカーおよびレポーター遺伝子を発現する細胞の割合を決定することによって、抑制をより明瞭に視覚化できる。下記表8は:EGFPClontechに融合したCOMTプロモーターおよび選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストの結果を示している。表8実施例13ラジアータマツのエチレン応答エレメント/AP2によるユーカリホメオボックス8プロモーターの転写抑制上記実施例に記載のようにして、ラジアータマツ転写因子pFOR293を、グランディスユーカリホメオボックス8プロモーターを活性化する能力についてアッセイした。下記表9は:EGFPClontechと融合したユーカリホメオボックス8プロモーターおよび選択された木TFとを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストからのEGFPの平均蛍光強度MFIを示す。このスクリーニングでは、転写活性化の正の対照pFOR263および負の対照構築体転写因子なしで表しているを用いた。表9ホメオボックス8プロモーターの活性が低レベルであることから、コトランスフェクションマーカーおよびレポーター遺伝子を発現する細胞の割合を決定することによって、抑制をより明瞭に視覚化できる。下記表10は:EGFPClontechに融合したユーカリホメオボックス8プロモーターおよび選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストの結果を示している。表10実施例14グランディスユーカリおよびラジアータマツから単離した転写活性化因子およびリプレッサ実施例1および2に記載のように、転写因子をグランディスユーカリおよびラジアータマツのcDNAライブラリーから単離し、同定した。単離後、転写因子をレポーター遺伝子と作動可能に連結したプロモーターを有するDNA構築体にクローニングするが、このとき転写因子はプロモーターレポーター遺伝子融合の活性を制御する。任意のプロモーターが使用できるが、本実施例では、維管束優先プロモーターを用いている。転写因子は、レポーター遺伝子の発現レベルに基づいて、転写因子配列を含まない野生型構築体に対して、転写活性化因子またはリプレッサとして同定することができる。転写活性化因子は、野生型構築体に比べて、レポーター遺伝子の発現を増加させる。転写リプレッサは、野生型構築体に比べ、レポーター遺伝子の発現を低下させる。表11~12は、特異的プロモーターに伴う転写活性を有する転写因子を示している。転写活性は、1から5までの数値として定量化されているが、ここでは数値5が転写活性の最大値を表す。抑制はマイナス1からマイナス5までの数値で定量化されているが、ここでは数値マイナス5が転写活性の上向き最大値を表している。表11グランディスユーカリ転写活性表12ラジアータマツ転写活性実施例15pFOR113ベクターは、亜鉛フィンガータンパク質のDOFクラスに類似のタンパク質をコードしており、そしてグランディスユーカリの木部繊維から作製したcDNAライブラリーより単離された遺伝子、SEQIDNO:137を含む。上記実施例11に記載のようにして、転写因子構築体pFOR113を、マツユビキチン2kbイントロンプロモーターからの転写を活性化または抑制する能力についてアッセイした。図2に示すように、EGFPClontechと融合したマツユビキチンプロモーターおよび選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウプロトプラストからのEGFPの平均蛍光強度MFI。pFOR113の効果は、pFOR293に観察された効果より低く、それゆえに以下の実験を次に実施したことに注意すべきである。上記実施例12に記載のようにして、pFOR113に含まれており、またpFOR369の多数のクローニングサイト内にも含まれている遺伝子を、グランディスユーカリCOMTのプロモーター構築体を用いて試験した。図3に示すように、EGFPClontechおよび選択した木のTFを有する構築体をトランスフェクションしたヒャクニチソウのプロトプラストを、EGFPの平均蛍光強度MFIについてアッセイした。実施例16植物中のリグニン組成を増す方法本発明のポリヌクレオチド配列を用いて、裸子植物および被子植物の両方を含む任意の、植物での遺伝子発現を制御することができる。木材の機械強度を上げるか、病原菌および害虫に対する抵抗力を高めることが望まれる場合には、リグニン生合成経路の鍵遺伝子の過剰発現が望まれるだろう。例えば、構築体pFOR434は、グランディスユーカリホメオボックス8プロモーターを含んでおり、これはMYB転写因子SEQIDNO:315によって強力に活性化される。したがって、ホメオボックス8プロモーターは、リグニン生合成経路の遺伝子に作動可能に連結してもよい。MYB転写因子の存在では、ホメオボックス8プロモーターリグニン生合成遺伝子構築体から生じる遺伝子産物は、MYB転写因子の非存在での同一構築体の発現産物よりも多くなるはずである。例えば、フェルラ酸エステル5ヒドロキシラーゼF5Hは、シリンギルリグニンモノマーの生合成の鍵酵素である。FrankeetalPlantJ223223224。DNAベクターは、5FHをコードするセンスヌクレオチド配列と作動可能に連結したホメオボックス8プロモーターに結合する、MYB転写因子配列SEQIDNO:Xを有する形に構築できる。実施例4に記すように、任意の植物をこのDNA構築体で形質転換できる。5FH活性は、Frankeら、およびその中で引用されている参考文献にしたがって、形質転換植物でアッセイできる。リグニン含有量および組成は、Baucherらの方法、PlantPhysiol112147990によってアッセイできる。実施例17植物のリグニン含有量を減少らす方法状況によっては、植物でのリグニン生合成遺伝子の発現を下げることが望まれることがある。例えば、シンナミルアルコール脱水素酵素CADは、リグニンモノマー合成の最終工程を触媒し、他プロモーターを用いたトランスジェニック植物において、アンチセンスを用いたリグニンのダウンレギュレーションを成功させる標的を提供する。YohiaouietalPhytochemistry49295306が採用したように、Wyrambikら、EurJBiochem59915JAgFoodChem4931339に記載の手順を用いて実施される小スケールのリグニン測定に使用する。実施例18HMGボックス転写因子を用いた根の成長変化植物の生長および、根のような特定器官の成長は、発明のポリヌクレオチド配列を用いて制御できる。本実施例では、アラビドプシスを、カリフラワーモザイクウイルスプロモーターにより駆動した、SEQIDNO:229のHMGボックス転写因子をコードする遺伝子を含む構築体で形質転換した。このDNA構築体を、シロイヌナズナを形質転換できるアグロバクテリウムツメファシエンス株に挿入し、上記の花浸漬法を用いて形質転換を行った。種子を収集し、ゲル化栄養媒地中、無菌条件下で発芽させた。実生の形態を、野生型の実生およびpART9で形質転換した実生の形態と比較した。これら対照の実生との比較から、SEQIDNO:229を含む構築体による形質転換で生じた20の実生のうち16に、異常な成長表現形が認められた。具体的には、調べた20の実生のうち15は、一次根の分枝が多く、調べた20の実生のうち5は、根の表面積および栄養吸収の増加を伴う、異常に活性な生育を示した。このような表現形は、低栄養または乾燥条件で生育する森林樹木種および植物を含めたトランスジェニック植物において、潜在的価値を有している。実施例19SBP転写因子を用いた植物での遺伝子発現の活性化上記実施例のデータに基づき、植物遺伝子の発現は、本発明のポリヌクレオチド配列、例えばセンスまたはアンチセンス方向の本発明のポリヌクレオチド配列の一つを有するaDNA構築体を用いて調節することができる。例えばアラビドプシスは、SBP転写因子をコードする遺伝子を用いて形質転換できる。表12に示すように、SBP転写因子を用いて、遺伝子の発現を活性化できる。SEQIDNO:781のSBP転写因子のコーディング領域を含む、SBP転写因子をコードする核酸配列を含むDNA構築体pART7の多数のクローニングサイト内に挿入してpFOR462を作製を、植物を形質転換できるアグロバクテリウムツメファシエンスの株に挿入する。さらにpFOR462構築体は、所望の遺伝子と作動可能に連結したEucCOMTプロモーターを含む。所望の遺伝子としては、木材発生に関係する任意の遺伝子が挙げられる。木材発生に関係する遺伝子としては、より高密度な細胞および/またはより長い細胞を作り出し、微小繊維傾角を制御し、細胞分裂を延長する遺伝子を挙げることができる。植物は、上記実施例5のようにして形質転換してもよい。実施例20C2C2GATA転写因子を用いた植物での遺伝子発現の抑制上記実施例に示したように、植物の遺伝子の発現は、新規なポリヌクレオチド配列を用いて制御できる。ベクターは、センスまたはアンチセンス方向の本発明のポリヌクレオチド配列の一つを用いて構築できる。例えば、アラビドプシスは、C2C2GATA転写因子をコードする遺伝子を用いて形質転換できる。実施例14に示すように、転写因子を含む構築体を用いて、遺伝子の発現を抑制できる。SEQIDNO:142の転写因子のコーディング領域を含む、転写因子をコードする核酸配列を含むDNA構築体を、植物を形質転換できるアグロバクテリウムツメファシエンスの株に挿入する。さらに構築体は、所望の遺伝子と作動可能に連結したEucCOMTプロモーターを含む。所望の遺伝子としては、木材発生に関係する任意の遺伝子が挙げられる。木材発生に関係する遺伝子としては、より高密度の細胞および/またはより長い細胞を作り出し、微小繊維傾角を制御する遺伝子を挙げることができる。実施例21ユーカリのインシリコinsilicoデータインシリコ遺伝子発現を用いて、コンセンスESTライブラリーとのメンバーシップを決定できる。各ライブラリーについて、コンセンサスは、任意の組織クラスのESTのメンバーを、あるクラス中のESTの総数で除してから1000を乗じて決定する。これらの値は、配列決定の程度によってライブラリーから偏りを受けない、正規化された数値を提供する。コンセンサス値について、生殖、芽生生殖、芽成長、果実、葉、師部、形成層、木部、根、茎、液栄養、全植物のライブラリーを含む複数のライブラリーをサンプリングした。以下に示すように、発明の転写因子配列のいくつかは、維管束優先発現データベースを無作為に検索した時に、これら配列によるヒットの50を超えるものが、発生中の維管束組織から作られたライブラリー中にあるを示し、それゆえに木材に関連する発生プロセスに関係すると思われる。残りの転写因子の多くは、栄養優先発現を示し、葉の発生プロセスおよび光合成関連プロセスでの発現を示唆するか、または根優先発現を示し、根の発生プロセスおよび水分や栄養分の取り込みでの発現を示唆している。データを、表13に示す。実施例22グランディスユーカリ転写因子の表現形発現実施例1に記載のように、グランディスユーカリのcDNAライブラリーから転写因子を単離した。単離および同定した後、転写因子をコードするポリヌクレオチド配列をDNA構築体にクローン化し、レシピエント宿主細胞内に形質転換した。被子植物および裸子植物を含むいかなる植物をも、発明のポリヌクレオチドの一つを用いて形質転換できる。実施例5に概要を示したとおり、野生型シロイヌナズナcvColumbia0植物は、転写因子をコードするポリヌクレオチド配列と作動可能に連結したプロモーターを有するDNA構築体を含有するアグロバクテリウムで形質転換する。下記表14に示すように、宿主植物細胞での転写因子の発現は、植物の表現形を変更できる。表14アラビドプシスでのグランディスユーカリ転写因子の発現実施例23ラジアータマツ転写因子の表現形発現実施例1に記載のように、転写因子をラジアータマツのcDNAライブラリーから単離した。単離および同定した後、転写因子をコードするポリヌクレオチド配列をDNA構築体にクローン化し、レシピエント宿主細胞内に形質転換することができた。被子植物および裸子植物を含むいかなる植物をも、本発明のポリヌクレオチドの一つを用いて形質転換できる。実施例5に概要を示した通り、野生型シロイヌナズナcvColumbia0植物は、転写因子をコードするポリヌクレオチド配列と作動可能に連結したプロモーターを有するDNA構築体を含むアグロバクテリウムで形質転換する。下記表15に示すように、宿主植物細胞での転写因子の発現は、植物の表現形を変更できる。表15アラビドプシスでのグランディスユーカリ転写因子の発現実施例24EST配列のキュレーションオリジナルの転写体またはそれらに対応するDNAは、cDNAライブラリー作製中に、それらが機能的タンパク質をコードするのを妨害するフィーチャを有することがある。すなわち、挿入、欠失、塩基置換されたか、またはスプライシングが行われないか、もしくは不適切にスプライシングされたイントロンが存在することがある。このようなフィーチャがある場合には、それらを特定して、変更できることが多い。EST番号011005PRAA002374HTと同等のコンセンサス配列のラジアータマツ001720はそのような例の一つであるが、同様のキュレーションは、公開データベース内の配列に相同であるその他の配列にも実施できる。DNA配列決定後、BLAST分析は、それがアラビドプシス遺伝子のSHORTVEGETATIVEPHASEまたはSVP公開されているアラビドプシスゲノム配列の遺伝子At2g22540に関係することを示した。しかし、ラジアータマツ001720は、約240アミノ酸ポリペプチドをコードするのではなく、わずか157アミノ酸残基の産物をコードすると推定された。このことは、DNA配列に誤りがあることを示唆している。真のコーディング域を特定するために、600位からEST末端までのDNA配列を、3種類の読み取り枠それぞれについて翻訳し、推定配列をSVPアミノ酸配列と並べた。その結果、924位~1170位のDNAセグメントがSVPのカルボキシル末端に類似性を持つ配列をコードしていることを見出した。したがって、EST中にはスプライシングされていないイントロンが存在すると思われる。スプライシングされていないイントロンは、クローン化配列を、関心対象の遺伝子を過剰発現させる目的で使用する場合には比較的軽微な問題である。cDNAの転写により生じたRNAは、正常なプロセッシングを受け、イントロンを除去すると考えられる。アンチセンスおよびRNAi構築体もまた、関心対象の遺伝子を抑制する働きをすると予想される。別の場合には、除去できるように、正確なイントロンの境界を特定することが望まれることがある。関心対象の配列が、高い類似性を有する公開配列を有する場合、イントロンが配列GTで始まり、配列AGで終止するという知識を活用し、二つの配列のアラインメントを取り、配列が同一でなくなる場所を特定することによってイントロンを見つけることができる。ラジアータマツ001720に関しては、可能なエクソンイントロン連結部であるCAAAAgtgggが存在する、552位までSVPと類似性がある可能性が高い。2番目の候補連結部は582位で、その部分の配列はTACCAgtaccである。これら両例では、推定されるイントロン連結部は、コドンの第2と第3ヌクレオチドの間に位置する。イントロンの3末端は、925位と思われるが、この場合推定イントロンエクソン連結部はacaagTGGAAであり、やはりコドンの第2と第3塩基の間に位置している。ラジアータマツ001720のように、高い類似性を持つ配列がないために、イントロンの場所について疑問が残る場合は、イントロンの位置を実験的に検証できる。例えば、イントロンが位置すると推測される領域に隣接するDNAオリゴマーを合成することができる。ラジアータマツ001720の場合は、センスプライマーは、400~500位の領域内の配列に基づいて合成でき、またアンチセンスプライマーは、1000~1100位の領域の配列に基づいて合成できた。ラジアータマツのRNAを単離して、これを鋳型に用い、逆転写酵素を用いてcDNAを作る。次に、選択したプライマーをPCR反応に用いて、cDNAの集団から正しくスプライシングされたDNAセグメント推定サイズはオリジナルのコンセンサスに対応する部分より約350bp短いを増幅する。次に増幅されたセグメントを配列分析にかけ、ラジアータマツ001720と比較して違いを見つける。別のスプラインシング問題一部のイントロンが残る場合、またはエクソンが一部消失している場合が疑われる場合にも、同じ方法が利用できる。ESTに少数の塩基の挿入または欠失といった微小な変化がある場合でも、EST配列のコンピュータ分析は、間違ったサイズの翻訳産物が予想されるか、または明瞭なフレームシフトが起こった場合に、その位置を示すことができる。真の配列の確認は、上記にしたがってプライマーを合成し、新規cDNAを作製し、PCR増幅することで実施される。実施例25実施例25は、どのようにすればラジアータマツの木材発生における転写因子ポリヌクレオチドの重要性を決定できるか、およびどのようにすればこれら遺伝子に特有に結合する、マイクロアレイで使用するオリゴヌクレオチドを設計、合成できるかを例示する。約16年齢の自然受粉した木を、テーダマツについては米国、ラジアータマツについてはニュージーランドの農園の栽培場所から選択した。木は春と夏に伐採し、これら異なる木材形成発生段階と関連する遺伝子の発現を比較する。木は個別に伐採し、根本から約1~2メートルの底部および生きている樹冠の下1~2メートル以内から樹幹部を取り出す。樹幹部の基端部より取り出した切片は、成熟木材を含んでいる。生存樹冠から取り出した切片は幼若木材を含む。春の間に採集したサンプルは、早材または春材と呼ばれ、一方夏の間に採集したサンプルは遅材または夏材と考えられるLarsonetalGenTechRepFPLGTR129MadisonWIUSDepartmentofAgricultureForestServiceForestProductsLaboratory42p。樹幹部切片から組織を単離し、師部、形成層、発生中の木部、および成熟中の木部を取り出す。これら組織は、その年の年輪からのみ集める。それぞれ組織を取り出したら、材料は直ちに液体窒素に浸し、核酸およびその他構成要素を保存する。片から外皮を剥がし、カミソリの歯を用いて外皮内面から師部組織を取り出す。形成層組織は、剥離片の外面から、面を軽く掻き取って単離する。発生中の木部およびリグニン化中の木部は、残った組織を連続して、より強く掻き取り単離する。組織は、RNA抽出と続く分析を実施するまで、液体窒素から70°Cの長期保存用容器に移す。木材優先発現を示す遺伝子にハイブリダイゼーションする配列を含むcDNAクローンは、分子生物学の分野で周知の技術を用いてcDNAライブラリーから選択する。配列情報を用いて、オリゴヌクレオチドを、各オリゴヌクレオチドがライブラリー中の一つのcDNA配列に対してのみ特異的になるように設計する。オリゴヌクレオチド配列を表19に示す。60merのオリゴヌクレオチドプローブを、上記LiおよびStormoの方法を用いるか、またはArrayDesigner、GeneScan、およびProbeSelectのようなソフトウエアを用いて設計する。次に、オリゴヌクレオチドを、Hughesら、NatureBiotechnol19324に記載のように、またはKaneら、NucleicAcidsRes284552に記載のようにしてインサイチューで合成する。オリゴヌクレオチドは、またSigmaAldrichSaintLouisMOUSAにより合成できる。オリゴヌクレオチドは、体積正規化し、最終濃度が100μMになるように再度DNAseRNAseを含まない水100μlに再溶解する。すべてのオリゴヌクレオチドを脱塩し、販売元の品質管理仕様にしたがってHPLCを用いてカートリッジ精製する。合成した60merのオリゴヌクレオチドは、CorningUltraGAPS、γアミノプロピルシランアミノシランでコーティングしたガラス製顕微鏡スライドCorning、NYの上に、Amersham社製LucideaArrayスポッタAmershamBiosciencesNYUSAを用いて、2連でスポッティングする。各オリゴヌクレオチドの、スライド上の位置は分かっている。すべての、アレイ前およびアレイ後の工程は、MethodsandKitsforLabelingandHybridizingcDNAforMicroarrayAnalysis第60390142号、2002年、6月20日提出の米国特許仮出願に記載の仕様に従い実施する。実施例26実施例26は、グランディスユーカリの木材発生に重要な細胞周期遺伝子を決定する方法、およびこれら遺伝子にだけ結合する、マイクロアレイで使用するオリゴヌクレオチドの設計および合成方法を例示する。グランディスユーカリ種のユーカリの木は、自然光の下に生育する。組織サンプルは、例えばSterkyら、ProcNatlAcadSci9513330に記載のようにして調製する。具体的には、組織サンプルは、高さ5メートルの樹木から採集する。樹木の組織サンプルは、幹の形成層領域全体を通して接線片を取ることによって調製する。幹は、水平方向に切り取り、幼若頂部から成熟底部部までの範囲で切片にする。発生段階によって分けられた幹片は、師部、分化中師部、形成層、分化中木部、発生中木部、および成熟木部の区分に剥がすことによって、さらに5層に分ける。組織サンプルは、葉、芽、シュートおよび根を含め、ラジアータマツ種の実生からも調製する。上記Sterkyらに記載のように、RNAを単離し、ESTを作製する。発生中の木材を含むサンプルからのESTの核酸配列を、植物の細胞周期への関与が公知である遺伝子の核酸配列と比較する。発生中の木材を含まないサンプルからのESTも、植物の細胞周期への関与が公知である遺伝子の配列と比較する。インシリコハイブリダイゼーション分析は、例えば、AudicおよびClaverieGenomeRes7986に記載のように、またはKaneら、NucleicAcidsRes284552に記載のようにしてインサイチューで合成し、活性化したガラス製スライドSigmaGenosusTheWoodlandsTXに、5アミノリンカーを用いて固定する。スライド上の各オリゴヌクレオチドの位置は知られている。実施例27実施例27は、実施例28で調製したオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いた、木材形成に重要であるPinus転写因子遺伝子の発現の検出方法を例示する。これは成熟期の師部P、形成層C、形成層下の層に存在する拡張中の木部X1および、同じ年輪の、より深い位置に存在する分化中の、リグニン化進行中の木部細胞X2から調製したaRNAサンプルを用いて行われた、釣り合い不完全ブロック計画実験の例である。本実施例では、細胞周期遺伝子の発現を、4種類のサンプル、すなわちP、C、X1およびX2の間で比較する。RNAは、Changら、PlantMolecBiolRep11113。遺伝子の優位性は、cDNAマイクロアレイ発現データから混合モデルを用いて評価する。2段階の線形混合モデルを用いる。第一段階の正規化モデルは、スライドレベルの全体の正規化に用いる。第2段階の遺伝子モデルは、各遺伝子に対し、厳密な統計的推定を行う場合に用いる。両モデルは、モデル1および2で表される。Yijklsは、k番目の色素がi番目の細胞系列にj番目の処理を加えた時の、l番目のスライドの、s番目のスポットの強度を表す。θij、Dk、SlおよびDSklは、i番目の細胞系列でのj番目の処理平均効果、k番目の色素の効果、l番目のスライドの変量効果、およびl番目のスライドでのk番目の色素のランダム相互作用効果を表す。wijklsは、確率誤差項である。Rijklsは、モデル1のg番目の遺伝子の残余を表す。μij、Dk、SlおよびDSklは、g番目の遺伝子に特異的であること以外は、θij、Dk、SlおよびDSklと同様の役割を表す。SSlsは、g番目の遺伝子に関するスライド変量効果によってスポットを表す。εijklsは、確率誤差項を表す。すべてのランダム項は、正規分布し、各モデル内で相互に独立していると仮定する。上記分析によると、特定のcDNAは、その一部を下記表16に示すが、示差的に発現していることが分かる。表16これらの特定遺伝子が木材発生に関与することは、木材発生の特定段階との遺伝子のアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションの関係から推測される。遺伝子発現と木材発生とを関連付ける場合には、特定の季節および樹幹位置の区画師部、形成層、発生中の木部、成熟中の木部を超えた木材発生の空間的連続性、および季節と樹幹位置との関係の両方について考慮する。実施例28実施例28は、転写因子遺伝子発現と、密度、剛性、強度、枝間距離、旋回木理といった作物栽培学的に重要な表現形とを相関させる方法を例示する。成熟した、クローン化して継代されているマツの木を、成長特性および重要な真菌病に対する耐性が優れていることが既知である親木の子孫から選択した。接線切片から外皮を取り除き、胸の高さで、5年目の年輪の平均木部密度、木部の剛性および強度、ならびに旋回木理について木を調べる。木は、その高さ、平均主要枝間距離、樹冠のサイズおよび分枝についても調べる。密度、剛性、強度、枝間距離、旋回木理、およびこれら特徴に影響する遺伝子と関連する可能性のあるその他特徴に影響する主要な遺伝子について分離する実生ファミリーを得るために、密度、剛性、強度、枝間距離および旋回木理について互いに最も大きな変差を示すという基準に立つ特殊な交配を目的として、共通の親を持たない木を選別する。したがって高密度、平均主要枝間距離が小さい、および旋回木理が大きな雄木の花粉を用い、低密度、平均主要枝間距離が大きく、旋回木理が小さいものとして選択された無関係な雄木から得た円錐体に受粉した。雄木の交配は、高密度な雄木の花粉を用い、高密度の別の雄木から得た発生中の円錐体に受粉し、また平均主要枝間距離が小さな雄木の花粉を用いて、平均主要枝間距離が小さな別の雄木から得た発生中の円錐体に受粉するようにして行うことを記しておくことは役立つだろう。これら計画的に受粉し、各種子に親の特性が維持されるよう栽培した木から種子を集め、これを用いて、複数のラミートが各遺伝子型を表現するように栄養繁殖する。栄養繁殖は、小規模繁殖、ヘッジング、または密錐花序切除を利用して行う。各遺伝子型の栄養繁殖体が露地栽培可能な大きさに生育する間、各遺伝子型のラミートを幾つか保存しておく。遺伝子型は、毎日の温度および降水を測定して記録する野外条件で、複数並べて栽培する。様々な樹齢の木を測定し、密度、剛性、強度、枝間距離、旋回木理、およびこれら特徴に影響する遺伝子と結びつくと思われるその他観察可能な特徴の発現および分離を決定する。セルロース含有量、リグニン含有量、セルロース微小繊維傾角、密度、強度、剛性、仮導管の形態、年輪幅等の特徴を分析するために、サンプルを収集する。サンプルは、実施例4記載の遺伝子発現についても調べる。各遺伝子型のラミートは、樹齢が異なる同一遺伝子型のラミートと比較し、これら特性に関する樹齢の相関性を明らかにする。実施例29実施例29は、実施例25で調製したマイクロアレイを用いて、植物の発生段階および光や季節のような環境条件に対する反応と、転写因子遺伝子の発現とを相関させる方法を示す。具体的には、木材密度と関係する遺伝子発現の変化を調べる。3種類の、クローン継代したグランディスユーカリ雑種遺伝子型の木を、毎日の温度および降水を測定する測候設備がある場所で栽培する。春および続く夏の間に、遺伝的に同一な3種類の遺伝子型ラミートの最初の写真撮影を、植物の幼若および成熟部分の樹皮の特徴を示すのに十分な解像度で、南北の方向に印をつけて行い、それから実施例35のように伐採する。樹齢は、植樹記録から決定し、年輪数で確認する。これらの木それぞれでは、成熟木材は胸の高さより下の、木の最外年輪と定義し、幼若木材は胸の高さより上の、木の最も内側部分と定義する。各木を、次の部分に切り分ける:NM北側成熟部SM南側成熟部NT北側移行部ST南側移行部NJ北側幼若部SJ南側幼若部組織は、植物の樹幹ならびに幼若および成熟形の葉から集める。サンプルは直ちに、植物の形態および生化学的特徴を含む表現形分析および遺伝子発現分析のために調製する。各部分を採取した位置の、木の高さおよび直径を記録し、木の根本から、化学分析用の土壌サンプルを採取する。遺伝子発現分析用に調製したサンプルは、重量を測定した後、続くマイクロアレイ実験用RNAサンプルの調製に備えて液体窒素の中に入れる。組織は次のように表示する:P師部C形成層X1拡張中木部X2分化およびリグニン化中木部樹幹の各部分から得た接線切片および半径切片の薄切片は、解剖学検査および木材発生段階確認のために、RuzinPlantMicrotechniqueandMicroscopyOxfordUniversityPressIncNewYorkNYの記載に従い固定する。マイクロフィブリル傾角は、木材の各種発生段階、例えばグランディスユーカリ木材の幼若相、移行相、および成熟相について検査する。検査したその他特徴は、維管束要素に対する繊維の割合、および各断片の放射組織である。これに加えて、幼若木材と成熟木材の間、および春材と夏材の間で変化する繊維の形態、ルーメンのサイズ、S2最も厚い細胞壁層の幅のような特徴についてもサンプルを調べる。サンプルをさらに検査し、木材アッセイ当業者に周知な技術を用いて、第5年輪の密度を測定し、弾力係数を決定する。例えば、Wangら、NondestructiveEvaluationsofTreesExperimentalTechniquespp28302000参照。生化学分析では、集めたサンプルそれぞれから50グラムを凍結乾燥し、単糖、アミノ酸、脂質、その他抽出物、リグニンおよびセルロースに関する植物生化学の当業者に周知である生化学アッセイを用いて分析する。例えばPettersenSchwandtJWoodChemTechnol114951991を参照。本実施例で比較対象として選ばれた表現形は、高密度木材、平均密度木材および低密度木材である。核酸サンプルは、実施例3に記載のようにして、春および夏に採取した木から調製する。ハイブリダイゼーションによる遺伝子発現プロファイリングおよびデータ分析は、実施例3および4に記載のようにして実施する。類似の技術およびクローン継代された個体を用いることで、細胞周期遺伝子を、強度、剛性および旋回木理のような他の複雑な木材特性に関連付けながら調査できる。実施例30実施例30は、本発明のオリゴヌクレオチドプローブの、転写因子遺伝子ファミリーの高い相同性を持つメンバーを識別する能力を実証した。アレイ上の特定オリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションは、検査した他の遺伝子型に見られるよりも高密度の木材を有する遺伝子型により強く発現している固有のHMGボックス遺伝子を特定した。HMGボックス遺伝子はさらに、幼若木材に比べ成熟木材でより強く、春材に比べ夏材でより強く発現する。この遺伝子については、葉および芽での高レベルな発現は見いだせない。遺伝子発現パターンは、RTPCRによって確認した。この遺伝子、推定密度関連遺伝子は、固定した半径断面のインサイチューハイブリダイゼーションに用いた。密度関連HMGボックス遺伝子は、木部が主に繊維で構成され、維管束要素および木部半径方向組織を殆ど持たない樹幹部分の維管束形成層に最も強くハイブリダイゼーションした。これらの結果は、HMGボックス遺伝子産物が、頂端部または葉で重要と思われる軸方向細胞分裂よりも、形成層で起こり、直径増加をもたらす半径方向細胞分裂に機能していることを示唆する。このような遺伝子は、遺伝子内に存在する強く保存された領域が、類似の触媒作用を有するが、軸方向または半径方向分裂に機能していない酵素をコードする遺伝子により攪乱されるために、cDNAマイクロアレイまたはその他従来のハイブリダイゼーション法で同定するのは困難であろう。さらには、配列類似性の基づく注釈が、この遺伝子産物が細胞分裂に機能することを示唆していること、およびこのRTPCRおよびインシリコハイブリダイゼーションによって確認されたマイクロアレイハイブリダイゼーションパターンの観察から見て、この遺伝子産物は、発生中の二次木物で特異的に機能して、繊維の細胞分裂パターンを、この遺伝子の高発現によって、維管束要素または半径方向組織の産生に比べて繊維の産生がより高くなるようなパターンにする。繊維含有量は、基本密度を少なくとも10変動させる主成分分析PCAの変化を示した。実施例31実施例31は、商品としての木にとって重要な表現形特性、すなわち木材の外観、剛性、強度、密度、繊維の寸法、肌触り、セルロースおよびリグニン含有量、抽出物含有量等に関係する、遺伝子発現の差を特定するためのマイクロアレイを記載する。実施例25~26と同様に、商業的に重要な木製品を産する属の樹木、本実施例ではマツおよびユーカリを、発生中の木部、形成層、師部、葉、芽、根およびその他組織からRNAを収集および単離するために、1年の様々な時期に、様々な場所で伐採する。RNAは、同じ属の実生からも単離する。すべてのコンティグを、発生中の木材を含むサンプルから単離したRNAより作製したESTおよび発生中の木材を含まない各種組織のRNAより作製したESTの配列の両方と比較した。発生中の木部を含まないサンプルから単離したRNAより作製したESTに比べ、発生中の木部を含むサンプルから単離したRNAより作製したESTに対し、より多くインシリコのハイブリダイゼーションを示す一次ESTを含むコンティグを、発生中の木材で特に発現している可能性のある新規遺伝子と判定する。次に、これらコンティグを用いて、公開されているドメイン配列に対してBLAST検索を行う。高度の厳密性の条件下で、未知遺伝子または仮説タンパク質とのみ注釈が付けられている遺伝子とハイブリダイゼーションするコンティグを選択して、次の段階に進んだ。これらコンティグは、木材優先発現を示す推定新規遺伝子と考えられる。cDNAライブラリーから、分子生物学の当業者に周知の技術を用いて、木材優先発現を示す推定新規遺伝子とハイブリダイゼーションする配列を含む、最も長いcDNAクローンを選択する。cDNAを配列分析し、可能であれば、完全長遺伝子、すなわち非翻訳隣接配列と一つになっているコード配列を得る。45~80ヌクレオチドのストレッチまたはオリゴヌクレオチドを、木材優先発現を示す推定新規遺伝子の各配列から、各オリゴヌクレオチドプローブが、高度の厳密性の条件下において、同じ属の木または実生から単離したRNAより作製したESTを代表する一つの配列とのみハイブリダイゼーションするように選択する。次に、オリゴマーを化学合成し、実施例34に記載のマイクロアレイ上に配列する。各オリゴマーは、木材優先発現を示す推定新規遺伝子の特定配列に対応しており、同一属の木または実生から単離したRNAより作製したESTに配列が存在する他の遺伝子とは対応しない。サンプル調製およびハイブリダイゼーションは、実施例35記載のように実施する。本実施例で用いる技術は、シグナルの存在が、保存された機能ドメインまたは共通の進化歴からcDNAと類似性がある多くの遺伝子ではなく、むしろある特定遺伝子の発現の有意な証拠を表すことから、cDNAプローブを用いたマイクロアレイを使用するよりも効果的である。したがって、同一のファミリーに属するが、表現形決定で異なる機能を有しうる相同遺伝子を区別することが可能である。このようにして、実施例30の方法を用いて獲得したハイブリダイゼーションデータを用いることによって、実際にどの推定新規遺伝子が、既知遺伝子と同調的な発現パターン、特定の発生上の役割に一致する発現パターン、および/または価値ある形で発現を駆動するプロモーターを持つ遺伝子を示唆する発現パターンを有するかをユーザーが同定することを可能にする。この方法は、ハイブリダイゼーションデータをこのように用いて、発生中の春材早材において、最も低いセルロースマイクロフィブリル傾角を持つ仮導管に特有の発現パターンを示す推定新規遺伝子を同定できる。実施例32実施例32は、ハイスループットトランスジェニックハコヤナギ植物Populusdeltoidesを作製することを目的としている。トランスジェニックハコヤナギ植物は、次のプラスミドを用いて形質転換する:35SGUS;pFOR090;pFOR126;pFOR188;pFOR200;pFOR238およびpFOR292。対照植物は、形質転換しなかった。植物は、アグロバクテリウムを用いて、Horschら、Science227122931に記載のようにして形質転換する。実生を適切なサイズまで生育させてから地植えに移す。すべての植物について、高さおよび直径を測定し、それらのデータから、平均実生体積指数を計算する。この体積指数は通常、高さまたは体積のみの測定に比べ実生のバイオマスとより強く相関する。pFor238プラスミドを含む植物は、形質転換ハコヤナギの早期生育の低下を示した表1。6系統中5系統で、Gus対照または非形質転換対照に比べて、生育が大きく低下した。残りの系統も、生育は対照に比べ良好ではなかった。pFOR090、pFOR188、pFOR126およびpFOR292の系統すべての平均生育速度は、対照に近かった。しかし、幾つかの個別系統は、対照に比べて高い生育速度を示した。表17参照。表17SEQIDNO:269に関しては、26系統中5系統が、GUS対照に比べて少なくとも40の早期体積増加を示した。SEQIDNO:270に関しては、19系統中1系統が、GUS対照に比べて少なくとも40の体積増加速度を示した。SEQIDNO:538に関しては、21系統中3系統が、対照に比べて少なくとも40の成長速度を示した。SEQIDNO:127に関しては、3系統中1系統が、対照よりも高い成長速度を示した。合計では、10系統が、GUS対照に比べ、少なくとも40の成長増加を示した。これら予備的結果はまた、様々な系統が様々な形で植物生産総量に影響することも示している。幾つかの系統は、不釣り合いな高さ増加を示す生育を表す。他の系統は、主に茎の直径増加による、対照より大きな体積の増加を示す。さらに他の系統では、高さおよび直径の生育増加によって茎の体積が増加する。生育増加の大きさを、初期測定値から推定することが奨励される。例えば、SEQIDNO:188の系統1942は、GUS対照に比べて76大きな実生体積を示す。圃場で生育中の木の高さおよび直径を測定する。これら測定値を用いて、これら研究中の生育に関して、年次間相関を明らかにする。その結果から、温室生産に最適な初期選別の方策を明らかにする。各プラスミドのすべての系統についての、平均の高さ、直径および実生体積を表18に示す。表18表19DNA配列表20ペプチド配列表21オリゴヌクレオチド配列リスト図1SEQIDNO:821のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。図2SEQIDNO:822のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図3SEQIDNO:823のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図4SEQIDNO:824のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図5SEQIDNO:825のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図6SEQIDNO:826のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図7SEQIDNO:827のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図8SEQIDNO:828のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図9SEQIDNO:829のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図10SEQIDNO:830のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図11SEQIDNO:831のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図12SEQIDNO:833のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図13SEQIDNO:836のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図14SEQIDNO:837のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図15SEQIDNO:838のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図16SEQIDNO:840のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図17SEQIDNO:842のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図18SEQIDNO:844のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図19SEQIDNO:846のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図20SEQIDNO:847のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図21SEQIDNO:848のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子B3ドメインを示す。図22SEQIDNO:849のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図23SEQIDNO:850のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図24SEQIDNO:851のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図25SEQIDNO:852のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図26SEQIDNO:853のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図27SEQIDNO:854のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図28SEQIDNO:855のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図29SEQIDNO:856のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図30SEQIDNO:857のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図31SEQIDNO:868のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたARIDおよびHMGドメインを下線で示す。図32SEQIDNO:869のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図33SEQIDNO:870のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図34SEQIDNO:871のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図35SEQIDNO:872のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図36SEQIDNO:873のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図37SEQIDNO:874のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図38SEQIDNO:875のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図39SEQIDNO:876のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図40SEQIDNO:877のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図41SEQIDNO:878のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図42SEQIDNO:879および880のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図43SEQIDNO:881のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図44SEQIDNO:882のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図45SEQIDNO:883のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図46SEQIDNO:884のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図47SEQIDNO:885のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図48SEQIDNO:886のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。非EST。図49SEQIDNO:887のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図50SEQIDNO:888のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図51SEQIDNO:889のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図52SEQIDNO:890のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図53SEQIDNO:891のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図54SEQIDNO:892のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図55SEQIDNO:893のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図56SEQIDNO:894のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図57SEQIDNO:895のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図58SEQIDNO:897のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図59SEQIDNO:898のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図60SEQIDNO:899のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図61SEQIDNO:904のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性へリックス-ループ-へリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図62SEQIDNO:905のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたbZIPドメインを下線で示す。図63SEQIDNO:906のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIPドメインを下線で示す。図64SEQIDNO:907のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIPドメインを下線で示す。図65SEQIDNO:908のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたbZIPドメインを下線で示す。図66SEQIDNO:909のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIPドメインを下線で示す。図67SEQIDNO:910のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIPドメインを下線で示す。図68SEQIDNO:914のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたbZIPドメインを下線で示す。図69SEQIDNO:919のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図70SEQIDNO:920のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図71SEQIDNO:925のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図72SEQIDNO:930のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図73SEQIDNO:932のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図74SEQIDNO:933のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図75SEQIDNO:934のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図76SEQIDNO:935のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図77SEQIDNO:937のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図78SEQIDNO:938のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図79SEQIDNO:939のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図80SEQIDNO:942のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図81SEQIDNO:943のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図82SEQIDNO:944のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図83SEQIDNO:945のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Bボックスドメインを下線で示す。図84SEQIDNO:946のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図85SEQIDNO:947のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図86SEQIDNO:948のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図87SEQIDNO:949のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図88SEQIDNO:951のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図89SEQIDNO:952のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図90SEQIDNO:953のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図91SEQIDNO:954のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図92SEQIDNO:955のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図93SEQIDNO:956のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図94SEQIDNO:957のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図95SEQIDNO:959のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図96SEQIDNO:960のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図97SEQIDNO:961のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図98SEQIDNO:962のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図99SEQIDNO:963のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図100SEQIDNO:964のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図101SEQIDNO:973のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図102SEQIDNO:974のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図103SEQIDNO:975のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図104SEQIDNO:976のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図105SEQIDNO:977のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図106SEQIDNO:978のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図107SEQIDNO:979のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図108SEQIDNO:980のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図109SEQIDNO:981のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図110SEQIDNO:982のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図111SEQIDNO:983のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図112SEQIDNO:984のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図113SEQIDNO:985のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図114SEQIDNO:986のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図115SEQIDNO:987のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図116SEQIDNO:988のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図117SEQIDNO:989のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図118SEQIDNO:990のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図119SEQIDNO:991のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、3つの保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図120SEQIDNO:992のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図121SEQIDNO:993のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図122SEQIDNO:994のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図123SEQIDNO:995のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、5つの保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図124SEQIDNO:996のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、6つの保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図125SEQIDNO:997のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図126SEQIDNO:998のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図127SEQIDNO:999のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図128SEQIDNO:1000のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図129SEQIDNO:1001のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図130SEQIDNO:1002のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図131SEQIDNO:1003のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。図132SEQIDNO:1004のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。図133SEQIDNO:1005のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図134SEQIDNO:1006のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。図135SEQIDNO:1007のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。図136SEQIDNO:1009のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTesminTSO1様CXCドメインを下線で示す。図137SEQIDNO:1010のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTesminTSO1様CXCドメインを下線で示す。図138SEQIDNO:1011のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子E2F二量体化化パートナーTDPドメインを下線で示す。図139SEQIDNO:1016のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。図140SEQIDNO:1017のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。図141SEQIDNO:1018のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。図142SEQIDNO:1019のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図143SEQIDNO:1020のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図144SEQIDNO:1021のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図145SEQIDNO:1022のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図146SEQIDNO:1032のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図147SEQIDNO:1033のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図148SEQIDNO:1038のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図149SEQIDNO:1039のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図150SEQIDNO:1040のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図151SEQIDNO:1041のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図152SEQIDNO:1042のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図153SEQIDNO:1043のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図154SEQIDNO:1044のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図155SEQIDNO:1045のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図156SEQIDNO:1047のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMGIおよびHMGYDNA結合ATフックドメインを下線で示す。図157SEQIDNO:1053のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図158SEQIDNO:1054のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図159SEQIDNO:1056のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図160SEQIDNO:1057のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図161SEQIDNO:1058のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図162SEQIDNO:1059のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図163SEQIDNO:1060のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図164SEQIDNO:1065のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図165SEQIDNO:1068のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図166SEQIDNO:1069のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図167SEQIDNO:1070のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図168SEQIDNO:1073のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図169SEQIDNO:1077のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図170SEQIDNO:1078のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図171SEQIDNO:1081のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ドメインを下線で示す。図172SEQIDNO:1082のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ドメインを下線で示す。図173SEQIDNO:1086のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ドメインを下線で示す。図174SEQIDNO:1087のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ドメインを下線で示す。図175SEQIDNO:1088のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子ジュモンジjumonji、jmjCドメインを下線で示す。図176SEQIDNO:1089のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。図177SEQIDNO:1090のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合LIMドメインを下線で示す。図178SEQIDNO:1091のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。図179SEQIDNO:1092のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。図180SEQIDNO:1093のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。図181SEQIDNO:1094のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合、LIMドメインを下線で示す。図182SEQIDNO:1095のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質、LIMドメインを下線で示す。図183SEQIDNO:1096のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。図184SEQIDNO:1098のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図185SEQIDNO:1099のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図186SEQIDNO:1100のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたxxxドメインを下線で示す。図187SEQIDNO:1101のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。図188SEQIDNO:1102のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図189SEQIDNO:1103のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図190SEQIDNO:1104のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図191SEQIDNO:1105のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図192SEQIDNO:1106のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図193SEQIDNO:1107のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。図194SEQIDNO:1108のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。図195SEQIDNO:1109のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図196SEQIDNO:1110のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図197SEQIDNO:1111のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図198SEQIDNO:1112のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。図199SEQIDNO:1113のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。図200SEQIDNO:1114のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線で示す。図201SEQIDNO:1115のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。図202SEQIDNO:1116のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。図203SEQIDNO:1117のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。図204SEQIDNO:1118のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図205SEQIDNO:1119のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図206SEQIDNO:1122のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図207SEQIDNO:1124のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図208SEQIDNO:1126のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図209SEQIDNO:1127のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図210SEQIDNO:1128のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図211SEQIDNO:1129のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図212SEQIDNO:1130のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図213SEQIDNO:1131のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図214SEQIDNO:1132のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図215SEQIDNO:1133のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図216SEQIDNO:1134のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図217SEQIDNO:1136のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図218SEQIDNO:1137のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図219SEQIDNO:1138のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図220SEQIDNO:1140のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図221SEQIDNO:1142のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図222SEQIDNO:1144のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図223SEQIDNO:1145のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図224SEQIDNO:1146のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図225SEQIDNO:1148のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図226SEQIDNO:1150のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図227SEQIDNO:1153のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図228SEQIDNO:1154のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図229SEQIDNO:1155のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図230SEQIDNO:1156のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図231SEQIDNO:1158のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図232SEQIDNO:1159のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図233SEQIDNO:1160のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図234SEQIDNO:1161のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図235SEQIDNO:1162のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図236SEQIDNO:1163のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図237SEQIDNO:1164のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図238SEQIDNO:1165のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図239SEQIDNO:1167のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図240SEQIDNO:1168のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図241SEQIDNO:1171のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図242SEQIDNO:1172のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図243SEQIDNO:1174のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図244SEQIDNO:1175のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図245SEQIDNO:1176のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図246SEQIDNO:1177のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図247SEQIDNO:1178のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図248SEQIDNO:1180のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図249SEQIDNO:1181のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図250SEQIDNO:1182のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図251SEQIDNO:1183のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図252SEQIDNO:1184のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図253SEQIDNO:1185のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。SEQIDNO:610のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図254SEQIDNO:1188のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図255SEQIDNO:1189のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図256SEQIDNO:1190のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図257SEQIDNO:1192のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図258SEQIDNO:1193のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図259SEQIDNO:1194のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図260SEQIDNO:1195のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図261SEQIDNO:1196のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図262SEQIDNO:1197のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図263SEQIDNO:1198のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図264SEQIDNO:1199のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図265SEQIDNO:1200のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図266SEQIDNO:1201のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図267SEQIDNO:1203のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図268SEQIDNO:1204のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図269SEQIDNO:1205のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図270SEQIDNO:1206のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図271SEQIDNO:1209のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図272SEQIDNO:1210のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図273SEQIDNO:1211のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図274SEQIDNO:1213のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図275SEQIDNO:1214のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図276SEQIDNO:1215のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図277SEQIDNO:1217のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図278SEQIDNO:1219のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図279SEQIDNO:1220のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図280SEQIDNO:1221のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図281SEQIDNO:1222のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図282SEQIDNO:1224のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図283SEQIDNO:1226のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図284SEQIDNO:1227のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図285SEQIDNO:1228のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図286SEQIDNO:1229のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図287SEQIDNO:1230のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された植物調整因子RWPRKドメインを下線で示す。図288SEQIDNO:1231のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図289SEQIDNO:1232のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図290SEQIDNO:1233のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図291SEQIDNO:1234のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図292SEQIDNO:1235のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図293SEQIDNO:1236のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図294SEQIDNO:1243のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。図295SEQIDNO:1245のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。図296SEQIDNO:1246のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。図297SEQIDNO:1247のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。図298SEQIDNO:1248のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図299SEQIDNO:1249のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図300SEQIDNO:1250のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図301SEQIDNO:1251のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図302SEQIDNO:1252のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図303SEQIDNO:1253のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図304InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図305InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図306SEQIDNO:1256のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図307SEQIDNO:1257のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図308SEQIDNO:1258のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図309SEQIDNO:1260のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図310SEQIDNO:1261のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図311SEQIDNO:1262のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図312SEQIDNO:1263のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図313SEQIDNO:1264のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図314SEQIDNO:1265のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図315SEQIDNO:1266のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図316SEQIDNO:1267のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図317SEQIDNO:1268のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図318SEQIDNO:1269のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図319SEQIDNO:1270のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図320SEQIDNO:1271のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図321SEQIDNO:1272のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図322SEQIDNO:1273のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図323SEQIDNO:1274のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図324SEQIDNO:1275のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー様、PHDフィンガードメインを下線で示す。図325SEQIDNO:1277のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図326SEQIDNO:1278のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図327SEQIDNO:1280のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図328SEQIDNO:1282のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図329SEQIDNO:1283のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図330SEQIDNO:1285のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図331SEQIDNO:1286のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図332SEQIDNO:1287のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図333SEQIDNO:1288のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図334SEQIDNO:1289のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図335SEQIDNO:1291のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図336SEQIDNO:1292のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図337SEQIDNO:1294のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図338SEQIDNO:1296のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図339SEQIDNO:1298のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図340SEQIDNO:1299のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図341SEQIDNO:1300のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図342SEQIDNO:1301のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図343SEQIDNO:1302のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図344SEQIDNO:1303のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図345SEQIDNO:1306のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図346SEQIDNO:1309のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図347SEQIDNO:1310のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図348SEQIDNO:1312のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図349SEQIDNO:1313のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図350SEQIDNO:1315のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2ドメインを下線で示す。図351SEQIDNO:1317のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。図352SEQIDNO:1319のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図353SEQIDNO:1320のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図354SEQIDNO:1321のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図355SEQIDNO:1323のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図356SEQIDNO:1324のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXLAAドメインを下線で示す。図357SEQIDNO:1325のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAタンパク質ドメインを下線で示す。図358SEQIDNO:1326のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図359SEQIDNO:1327のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図360SEQIDNO:1328のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化化ドメインbHLHを下線で示す。図361SEQIDNO:1329のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化化ドメインbHLHを下線で示す。図362SEQIDNO:1330のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化化ドメインbHLHを下線で示す。図363SEQIDNO:1332のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図364SEQIDNO:1333のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図365SEQIDNO:1334のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図366SEQIDNO:1338のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図367SEQIDNO:1339のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図368SEQIDNO:1340のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図369SEQIDNO:1341のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図370SEQIDNO:1342のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインbHLHを下線で示す。図371SEQIDNO:1344のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図372SEQIDNO:1346のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図373SEQIDNO:1348のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図374SEQIDNO:1351のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図375SEQIDNO:1352のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図376SEQIDNO:1353のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図377SEQIDNO:1355のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図378SEQIDNO:1357のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図379SEQIDNO:1358のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Bボックスドメインを下線で示す。図380SEQIDNO:1360のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図381SEQIDNO:1361のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図382SEQIDNO:1362のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図383SEQIDNO:1364のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図384SEQIDNO:1365のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図385SEQIDNO:1366のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図386SEQIDNO:1368のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図387SEQIDNO:1369のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図388SEQIDNO:1370のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図389SEQIDNO:1371のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図390SEQIDNO:1372のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図391SEQIDNO:1373のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Dof型ドメインを下線で示す。図392SEQIDNO:1374のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図393SEQIDNO:1375のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図394SEQIDNO:1376のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図395SEQIDNO:1377のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図396SEQIDNO:1378のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、GATA型ドメインを下線で示す。図397SEQIDNO:1382のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図398SEQIDNO:1383のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図399SEQIDNO:1384のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図400SEQIDNO:1385のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図401SEQIDNO:1386のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図402SEQIDNO:1387のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図403SEQIDNO:1388のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図404SEQIDNO:1389のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図405SEQIDNO:1390のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、C2H2型ドメインを下線で示す。図406SEQIDNO:1392のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図407SEQIDNO:1393のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図408SEQIDNO:1394のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図409SEQIDNO:1395のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図410SEQIDNO:1396のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図411SEQIDNO:1397のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図412SEQIDNO:1398のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図413SEQIDNO:1399のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図414SEQIDNO:1400のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図415SEQIDNO:1401のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図416SEQIDNO:1402のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図417SEQIDNO:1403のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図418SEQIDNO:1404のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図419SEQIDNO:1405のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図420SEQIDNO:1406のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図421SEQIDNO:1407のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図422SEQIDNO:1408のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図423SEQIDNO:1409のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図424SEQIDNO:1410のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図425SEQIDNO:1411のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図426SEQIDNO:1413のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図427SEQIDNO:1414のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図428SEQIDNO:1415のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図429SEQIDNO:1416のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図430SEQIDNO:1417のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたヒストン様転写因子CBFNFY古細菌ヒストン、サブユニットAドメインを下線で示す。図431SEQIDNO:1418のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたヒストン-フォールドTFIIDTAFNFYドメインを下線で示す。図432SEQIDNO:1420aのアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図433SEQIDNO:1421のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTesminTSO1様CXCドメインを下線で示す。図434SEQIDNO:1426のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHptドメインを下線で示す。図435SEQIDNO:1427のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図436SEQIDNO:1437のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図437SEQIDNO:1438のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図438SEQIDNO:1439のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたGRASファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図439SEQIDNO:1440のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図440SEQIDNO:1441のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図441SEQIDNO:1442のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高異動度群ボックスドメインを下線で示す。図442SEQIDNO:1443のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図443SEQIDNO:1444のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図444SEQIDNO:1445のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたARIDドメインおよびHMG12高移動度群ボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図445SEQIDNO:1446のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたHMG12高移動度群ボックスドメインを下線で示す。図446SEQIDNO:1448のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図447SEQIDNO:1454のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図448SEQIDNO:1455のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図449SEQIDNO:1456のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図450SEQIDNO:1457のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図451SEQIDNO:1458のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図452SEQIDNO:1459のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図453SEQIDNO:1460のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図454SEQIDNO:1461のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図455SEQIDNO:1462のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図456SEQIDNO:1463のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図457SEQIDNO:1464のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図458SEQIDNO:1465のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図459SEQIDNO:1466のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図460SEQIDNO:1467のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図461SEQIDNO:1468のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図462SEQIDNO:1469のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図463SEQIDNO:1470のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図464SEQIDNO:1471のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図465SEQIDNO:1472のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図466SEQIDNO:1473のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図467SEQIDNO:1474のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図468SEQIDNO:1475のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子型DNA結合ドメインを下線で示す。図469SEQIDNO:1476のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子型DNA結合ドメインを下線で示す。図470SEQIDNO:1477のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子型DNA結合ドメインを下線で示す。図471SEQIDNO:1478のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子型DNA結合ドメインを下線で示す。図472SEQIDNO:1479のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子型DNA結合ドメインを下線で示す。図473SEQIDNO:1480のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された熱ショック因子型DNA結合ドメインを下線で示す。図474SEQIDNO:1483のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質LIMドメインを下線で示す。図475SEQIDNO:1484のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質LIMドメインを下線で示す。図476SEQIDNO:1485のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質LIMドメインを下線で示す。図477SEQIDNO:1486のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZn結合タンパク質LIMドメインを下線で示す。図478SEQIDNO:1487のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図479SEQIDNO:1488のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図480SEQIDNO:1489のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図481SEQIDNO:1490のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図482SEQIDNO:1491のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図483SEQIDNO:1492のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図484SEQIDNO:1493のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図485SEQIDNO:1494のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図486SEQIDNO:1495のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図487SEQIDNO:1496のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図488SEQIDNO:1497のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図489SEQIDNO:1498のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図490SEQIDNO:1499のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図491SEQIDNO:1500のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図492SEQIDNO:1501のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図493SEQIDNO:1502のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図494SEQIDNO:1503のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図495SEQIDNO:1504のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図496SEQIDNO:1506のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図497SEQIDNO:1507のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図498SEQIDNO:1508のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図499SEQIDNO:1509のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図500SEQIDNO:1510のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図501SEQIDNO:1511のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図502SEQIDNO:1512のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインおよびKボックスドメインを下線でそれぞれ示す。図503SEQIDNO:1513のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図504SEQIDNO:1515のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図505SEQIDNO:1516のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子MADSボックスドメインを下線で示す。図506SEQIDNO:1517のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。図507SEQIDNO:1518のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図508SEQIDNO:1519のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図509SEQIDNO:1520のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図510SEQIDNO:1521のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図511SEQIDNO:1522のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図512SEQIDNO:1524のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図513SEQIDNO:1526のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図514SEQIDNO:1527のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図515SEQIDNO:1528のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図516SEQIDNO:1530のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図517SEQIDNO:1531のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図518SEQIDNO:1532のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図519SEQIDNO:1533のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図520SEQIDNO:1534のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図521SEQIDNO:1535のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図522SEQIDNO:1536のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図523SEQIDNO:1537のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図524SEQIDNO:1538のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図525SEQIDNO:1539のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図526SEQIDNO:1540のアミノ酸配列。SEQIDNO:768のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図527SEQIDNO:1541のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図528SEQIDNO:1542のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図529SEQIDNO:1543のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図530SEQIDNO:1544のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図531SEQIDNO:1545のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図532SEQIDNO:1546のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図533SEQIDNO:1547のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図534SEQIDNO:1548のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図535SEQIDNO:1550のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図536SEQIDNO:1551のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図537SEQIDNO:1552のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図538SEQIDNO:1553のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図539SEQIDNO:1554のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図540SEQIDNO:1555のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図541SEQIDNO:1556のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図542SEQIDNO:1557のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図543SEQIDNO:1558のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図544SEQIDNO:1559のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図545SEQIDNO:1560のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図546SEQIDNO:1561のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図547SEQIDNO:1562のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合メインを下線で示す。図548SEQIDNO:1564のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合メインを下線で示す。図549SEQIDNO:1565のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図550SEQIDNO:1569のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図551SEQIDNO:1570のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図552SEQIDNO:1571のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図553SEQIDNO:1572のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図554SEQIDNO:1573のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図555SEQIDNO:1574のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図556SEQIDNO:1576のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図557SEQIDNO:1578のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図558SEQIDNO:1579のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図559SEQIDNO:1580のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図560SEQIDNO:1581のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図561SEQIDNO:1582のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図562SEQIDNO:1584のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図563SEQIDNO:1585のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図564SEQIDNO:1586のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図565SEQIDNO:1587のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図566SEQIDNO:1588のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図567SEQIDNO:1589のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図568SEQIDNO:1590のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図569SEQIDNO:1591のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図570SEQIDNO:1592のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図571SEQIDNO:1593のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図572SEQIDNO:1594のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図573SEQIDNO:1595のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図574SEQIDNO:1596のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された植物調整因子RWPRKドメインを下線で示す。図575SEQIDNO:1597のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたクロモドメインを下線で示す。図576SEQIDNO:1598のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2およびB3ドメインを下線でそれぞれ示す。図577SEQIDNO:1599のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたAP2およびB3ドメインを下線でそれぞれ示す。図578SEQIDNO:1603のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図579SEQIDNO:1605のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図580SEQIDNO:1606のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図581SEQIDNO:1607のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図582SEQIDNO:1608のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図583SEQIDNO:1609のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図584SEQIDNO:1610のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図585SEQIDNO:1626のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。図586SEQIDNO:1628のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。図587SEQIDNO:1629のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたTubbyドメインを下線で示す。図588SEQIDNO:1630のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図589SEQIDNO:1631のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図590SEQIDNO:1632のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図591SEQIDNO:1633のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図592SEQIDNO:1634のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図593SEQIDNO:1635のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図594SEQIDNO:1636のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図595SEQIDNO:1637のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図596SEQIDNO:1638のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図597SEQIDNO:1639のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図598SEQIDNO:1640のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図599。図6000444630191832のアミノ酸配列。保存された病因関連の転写因子およびERFドメインを下線で示す。図6010444630191859のアミノ酸配列。保存されたAUXIAAファミリードメインを下線で示し、保存された転写因子B3ファミリードメインを太字で示す。図6020444630191860のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。図6030444630191861のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。図6040444630191862のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたZnフィンガー、CONSTANS型ドメインを下線で示す。図6050444630191863のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図6060444630191864のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図6070444630191865のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ドメインを下線で示す。図6080444630191866のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図6090444630191896のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図6100444630191900のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図6110444630191901のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図6120444630191902のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインを下線で示す。図6130444630191903のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図6140444630191912のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図6150444630191913のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図6160444630191915のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図6170444630191916のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図6180444630191918のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図6190444630191921のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図6200444630191922のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図6210444630191923のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示す。図6220444630191924のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図6230444630191926のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図6240444630191927のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図6250444630191928のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図6260444630191929のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図6270444630191940のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図6280444630191941のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図6290444630191950のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図6300444630191968のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーを下線で示す。図6310444630191970のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図6320444630191971のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。図6330444630191972のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図63404446301911008のアミノ酸配列。保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示し、CBFANFYBサブユニットシグネチャーを太字で示す。図63504446301911014のアミノ酸配列。保存されたエチレン非感受性3ファミリードメインを下線で示す。図63604446301911023のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図63704446301911024のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。図63804446301911031のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図63904446301911034のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図64004446301911035のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図64104446301911036のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図64204446301911046のアミノ酸配列。保存されたHMG12高移動度群ボックスファミリードメインを下線で示す。図64304446301911048のアミノ酸配列。保存されたHMG12高移動度群ボックスファミリードメインを下線で示し、構造特異的認識タンパク質ファミリードメインを太字で示す。図64404446301911050のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーについてを太字/下線で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス-ターン-ヘリックスモチーフを斜体で示す。図64504446301911051のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図64604446301911052のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字/下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス-ターン-ヘリックスモチーフを斜体で示す。図64704446301911060のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字/下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。図64804446301911062のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、KNOX1および2ドメインを太字で示す。図64904446301911063のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字/下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。HDZIPのN末端タンパク質ドメインを斜体で示す。図65004446301911064のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字/下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを太字で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス-ターン-ヘリックスモチーフを斜体で示す。図65104446301911066のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを太字で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字/下線で示す。ホメオボックス会合ロイシンジッパーを下線で示す。ラムダ様抑制因子ヘリックス-ターン-ヘリックスモチーフを斜体で示す。図65204446301911067のアミノ酸配列。ELKドメインを下線で示し、KNOX1ドメインを太字で示し、およびKNOX2ドメインを太字/斜体で示す。図65304446301911071のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、KNOX1および2ドメインを太字で示す。図65404446301911072のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、KNOX1および2ドメインを太字で示す。図65504446301911074のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、脂質結合STARTファミリードメインを太字で示す。図65604446301911075のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、POXドメインを太字で示す。図65704446301911076のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーについてを斜体で示す。脂質結合STARTファミリードメインを太字/斜体で示す。図65804446301911079のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、脂質結合STARTファミリードメインを太字で示す。図65904446301911080のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ドメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。I型不凍化タンパク質ドメインドメインを太字/斜体で示す。図66004446301911083のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ドメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。図66104446301911084のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。図66204446301911085のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ファミリードメインを下線で示す。図66304446301911097のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス転写因子ファミリードメインを下線で示し、Kボックス転写因子ファミリードメインを太字で示す。図66404446301911120のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図66504446301911123のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示し、MADSボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字/斜体で示す。図66604446301911125のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスファミリードメインを下線で示す。図66704446301911135のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、ヒストンH1H5ドメインを太字で示す。図66804446301911139のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図66904446301911141のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図67004446301911143のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図67104446301911149のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図67204446301911152のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図67304446301911157のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、二つのMybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図67404446301911166のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図67504446301911169のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、ヒストンH1H5ドメインを太字で示す。図67604446301911170のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図67704446301911173のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図67804446301911179のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された無頂端分裂組織タンパク質ドメインを下線で示す。図67904446301911186のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図68004446301911187のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図68104446301911202のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図68204446301911207のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図68304446301911208のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図68404446301911212のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図68504446301911214のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図68604446301911216のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図68704446301911225のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図68804446301911237のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ファミリードメインを下線で示す。図68904446301911238のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ドメインを下線で示す。図69004446301911239のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図69104446301911243のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示す。図69204446301911244のアミノ酸配列。保存されたサイクリン様Fボックスファミリードメインを下線で示し、tubbyファミリードメインを太字で示す。図69304446301911245のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様Fボックスドメインを斜体で示す。図69404446301911250のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図69504446301911253のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメインを下線で示す。図69604446301911254のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメインを下線で示す。図69704446301911255のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメインを下線で示す。図69804446301911259のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメインを下線で示す。図69904446301911263のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図70004446301911264のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメインを下線で示す。図70104446301911265のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメインを下線で示す。図70204446301911266のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメインを下線で示す。図70304446301911267のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメインを下線で示す。図70404446301911973のアミノ酸配列。保存されたPHD亜鉛フィンガー様ドメインを下線で示す。図70504446301911974のアミノ酸配列。保存されたPHD亜鉛フィンガー様ドメインを下線で示す。図70604446301911975のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図70704446301911976のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図70804446301911977のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図70904446301911978のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図71004446301911979のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図71104446301911980のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図71204446301911981のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図71304446301911982のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図71404446301911983のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図71504446301911984のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図71604446301911985のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図71704446301911986のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図71804446301911987のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図71904446301911988のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図72004446301911989のアミノ酸配列。保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図72104446301911990のアミノ酸配列。保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図72204446301911991のアミノ酸配列。保存されたAUXIAAドメインを下線で示す。図72304446301911992のアミノ酸配列。保存されたAUXIAAファミリードメインを下線で示す。図72404446301911993のアミノ酸配列。保存されたAUXIAAファミリードメインを下線で示す。図72504446301911994のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図72604446301911995のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図72704446301911996のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図72804446301911997のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図72904446301911998のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図73004446301911999のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図73104446301912000のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス二量体化ドメインを下線で示す。図73204446301912001のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図73304446301912002のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図73404446301912003のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図73504446301912004のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図73604446301912005のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図73704446301912007のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図73804446301912008のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図73904446301912009のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図74004446301912010のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ファミリードメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図74104446301912012のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ファミリードメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図74204446301912013のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ファミリードメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図74304446301912014のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーを下線で示し、constans亜鉛フィンガードメインを太字で示す。図74404446301912015のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガーを下線で示す。図74504446301912016のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図74604446301912018のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図74704446301912019のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図74804446301912020のアミノ酸配列。保存されたI型不凍化タンパク質ドメインを下線で示す。図74904446301912021のアミノ酸配列。保存されC2H2型亜鉛フィンガーを下線で示す。図75004446301912022のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、C2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。図75104446301912024のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図75204446301912025のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、C2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。図75304446301912026のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図75404446301912027のアミノ酸配列。保存された亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを下線で示す。図75504446301912028のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、C2H2型亜鉛フィンガードメインシグネチャーを太字で示す。図75604446301912029のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図75704446301912030のアミノ酸配列。保存されたRNA結合領域RNP1RNA認識モチーフファミリードメインを下線で示し、Cx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを太字で示す。図75804446301912031のアミノ酸配列。保存されたKHドメインを太字で示し、Cx8Cx5Cx3H型Znフィンガードメインを下線で示す。図75904446301912032のアミノ酸配列。保存されたGタンパク質ベータWD40反複ドメインを下線で示し、TrpAspWD反復シグネチャーを太字で示す。Cx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを斜体で示す。図76004446301912033のアミノ酸配列。保存されたKHドメインを太字で示し、保存されたZnフィンガー、Cx8Cx5Cx3H型ドメインを下線で示す。図76104446301912034のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを下線で示し、アンキリンファミリードメインを太字で示す。図76204446301912035のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを下線で示す。図76304446301912036のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを下線で示し、保存されたCysおよびHis残基を太字で、RNA結合領域RNP1RNA認識モチーフを太字/斜体で示す。図76404446301912037のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。図76504446301912038のアミノ酸配列。保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンドメインを下線で示す。図76604446301912039のアミノ酸配列。保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示し、CBFANFYBサブユニットシグネチャーを太字で示す。図76704446301912040のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。図76804446301912041のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットBドメインを下線で示す。図76904446301912042のアミノ酸配列。保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンを下線で示す。図77004446301912043のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、応答調節因子レシーバドメインドメインを太字で示す。図77104446301912044のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図77204446301912045のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図77304446301912046のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図77404446301912047のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、応答調節因子レシーバドメインを太字で示す。図77504446301912049のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図77604446301912050のアミノ酸配列。応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図77704446301912051のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図77804446301912052のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバドメインを下線で示す。図77904446301912053のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78004446301912054のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78104446301912055のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78204446301912056のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78304446301912057のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78404446301912058のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78504446301912059のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78604446301912060のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78704446301912061のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78804446301912062のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図78904446301912063のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図79004446301912064のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図79104446301912065のアミノ酸配列。保存されたHMG12高移動度群ボックスを下線で示す。図79204446301912066のアミノ酸配列。保存されたHMG12高移動度群ボックスファミリードメインを下線で示す。図79304446301912067のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、脂質結合STARTファミリードメインを太字で示す。図79404446301912068のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、保存されたホメオボックスドメインシグネチャーを太字/下線で、ホメオボックス会合ロイシンジッパーHALZを太字で示す。図79504446301912069のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。ELKドメインを斜体で示し、KNOX1および2ドメインを太字で示す。図79604446301912070のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字/下線で示す。ホメオボックス関連のロイシンジッパーを太字で示す。HDZIPタンパク質ドメインのN末端を斜体で示す。図79704446301912071のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字で示す。脂質結合STARTファミリードメインを太字/斜体で示す。図79804446301912072のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ELKドメインを斜体で示し、ならびにKNOX1および2ドメインを太字で示す。図79904446301912073のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図80004446301912074のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図80104446301912075のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、PHD亜鉛フィンガー様ドメインを太字で示す。図80204446301912076のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、保存されたホメオボックスドメインシグネチャーを太字/斜体で示し、ホメオボックス会合ロイシンジッパーHALZを太字で示す。図80304446301912077のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図80404446301912078のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、保存されたホメオボックスシグネチャー1を中抜き文字で示し、保存されたホメオボックス会合ロイシンジッパーHALZを二重線で、ロイシン残基を太字で示す。図80504446301912079のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ドメインを下線で示し、保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを中抜き文字で示す。図80604446301912080のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ドメインを下線で示す。図80704446301912081のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ファミリードメインを下線で示す。図80804446301912082のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。図80904446301912083のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。図81004446301912084のアミノ酸配列。保存されたジュモンジCjmjCドメインを下線で示し、ジュモンジNjmjNドメインを太字で示し、およびC5HC2型亜鉛フィンガーを太字/下線で示す。図81104446301912085のアミノ酸配列。保存されたジュモンジCjmjCドメインを下線で示す。図81204446301912087のアミノ酸配列。保存されたジュモンジCjmjCドメインを下線で示す。図81304446301912088のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス転写因子ドメインを下線で示す。Kボックス転写因子ドメインを太字で示す。図81404446301912089のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。図81504446301912090のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示し、MADSボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字/斜体で示す。図81604446301912091のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示し、MADSボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字/斜体で示す。図81704446301912092のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存された転写因子、MADSボックスドメインを下線で示す。非EST図81804446301912095のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示し、保存されたKボックスを太字/斜体で示す。図81904446301912098のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス転写因子ドメインを下線で示す。Kボックス転写因子ドメインを太字で示す。図82004446301912099のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示し、MADSボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字/斜体で示す。図82104446301912100のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。図82204446301912101のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図82304446301912102のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図82404446301912103のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図82504446301912104のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図82604446301912105のアミノ酸配列。保存されたMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図82704446301912106のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図82804446301912107のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。図82904446301912108のアミノ酸配列。保存されたRNA結合領域RNP1RNA認識モチーフファミリードメインを下線で示す。図83004446301912109のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図83104446301912110のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図83204446301912111のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図83304446301912112のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図83404446301912113のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図83504446301912114のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図83604446301912115のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図83704446301912116のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図83804446301912117のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図83904446301912118のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図84004446301912119のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図84104446301912120のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図84204446301912121のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図84304446301912122のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図84404446301912123のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図84504446301912124のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図84604446301912125のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図84704446301912126のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図84804446301912127のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図84904446301912128のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図85004446301912129のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図85104446301912130のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図85204446301912131のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。図85304446301912132のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ドメインを下線で示す。図85404446301912134のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図85504446301912136のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示す。図85604446301912138のアミノ酸配列。保存されたWRKYDNA結合ドメインを下線で示す。図85704446301912139のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図85804446301912140のアミノ酸配列。保存されたDNA結合WRKYドメインを下線で示す。図85904446301912141のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメインを下線で示す。図86004446301911295のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図86104446301911314のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図86204446301911318のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示し、AUXIAAファミリードメインを太字で示す。図86304446301911322のアミノ酸配列。保存されたAUXIAAファミリードメインを下線で示す。図86404446301911347のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図86504446301911350のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図86604446301911356のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図86704446301911381のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。図86804446301911391のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを下線で示す。図86904446301911412のアミノ酸配列。保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示す。図87004446301911422のアミノ酸配列。保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示す。図87104446301911423のアミノ酸配列。保存された転写因子E2F二量体化パートナーTDPファミリードメインを下線で示す。図87204446301911429のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図87304446301911430のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図87404446301911431のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図87504446301911432のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図87604446301911433のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図87704446301911434のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図87804446301911436のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図87904446301911447のアミノ酸配列。保存されたHMG12高移動度群ボックスファミリードメインを下線で示し、構造特異的認識タンパク質ファミリードメインを太字で示す。図88004446301911449のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図88104446301911452のアミノ酸配列。保存されたZFHDクラスホメオボックスドメインを下線で示し、ZFHDホメオボックスタンパク質CysHisrich二量体化ドメインを太字で示す。図88204446301911453のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図88304446301911481のアミノ酸配列。保存されたFloricaulaleafyタンパク質ファミリードメインを下線で示す。図88404446301911482のアミノ酸配列。保存されたFloricaulaleafyタンパク質ファミリードメインを下線で示す。図88504446301911505のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示し、MADSボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたKボックスを太字/斜体で示す。図88604446301911514のアミノ酸配列。保存されたMADSボックス転写因子ファミリードメインを下線で示し、Kボックス転写因子ファミリードメインを太字で示す。図88704446301911523のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図88804446301911525のアミノ酸配列。保存されたMIPファミリードメインを下線で示し、MIPファミリーシグネチャーを太字で示す。図88904446301911549のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図89004446301911563のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図89104446301911566のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図89204446301911567のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図89304446301911568のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図89404446301911577のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図89504446301911601のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメイを下線で示す。図89604446301911604のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。図89704446301911612のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたホメオボックスドメインを下線で示す。図89804446301911613のアミノ酸配列。図89904446301911625のアミノ酸配列。保存されたTubbyファミリードメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。図90004446301911627のアミノ酸配列。保存されたTubbyファミリードメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様Fボックスドメインを斜体で示す。図90104446301912142のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図90204446301912143のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図90304446301912144のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図90404446301912145のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図90504446301912146のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図90604446301912147のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図90704446301912148のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図90804446301912149のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図90904446301912150のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図91004446301912151のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図91104446301912152のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図91204446301912153のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図91304446301912154のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図91404446301912155のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFドメインを下線で示す。図91504446301912156のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図91604446301912157のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図91704446301912158のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図91804446301912159のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図91904446301912160のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図92004446301912161のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図92104446301912162のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図92204446301912163のアミノ酸配列。保存された転写因子B3ファミリードメインを下線で示す。図92304446301912164のアミノ酸配列。保存されたARIDATrich相互作用ドメインタンパク質ドメインを下線で示す。図92404446301912165のアミノ酸配列。保存されたHMG12高移動度群ボックスを下線で示し、ARIDATrich相互作用ドメインタンパク質ドメインを太字で示す。図92504446301912166のアミノ酸配列。保存されたHMG12高移動度群ボックスファミリードメインを下線で示し、ARIDATrich相互作用ドメインタンパク質ドメインを太字で示す。図92604446301912167のアミノ酸配列。保存されたAUXIAAファミリードメインを下線で示す。図92704446301912168のアミノ酸配列。保存されたAUXIAAファミリードメインを下線で示す。図92804446301912169のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図92904446301912170のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図93004446301912171のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図93104446301912173のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図93204446301912174のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図93304446301912175のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図93404446301912176のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図93504446301912178のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図93604446301912179のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図93704446301912180のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図93804446301912181のアミノ酸配列。塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ドメインを下線で示す。図93904446301912182のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図94004446301912183のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図94104446301912184のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図94204446301912185のアミノ酸配列。保存された塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックスbHLH二量体化ファミリードメインを下線で示す。図94304446301912186のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図94404446301912187のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図94504446301912188のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ファミリードメインを下線で示す。図94604446301912189のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ファミリードメインを下線で示す。図94704446301912190のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図94804446301912191のアミノ酸配列。保存された塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインを下線で示し、塩基性ロイシンジッパーbZIP転写因子ドメインシグネチャーを太字で示す。図94904446301912193のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図95004446301912194のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図95104446301912195のアミノ酸配列。保存されたGATA型亜鉛フィンガーンを下線で示す。図95204446301912196のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図95304446301912197のアミノ酸配列。保存されたDOF型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図95404446301912198のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図95504446301912199のアミノ酸配列。保存されたBボックス亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図95604446301912201のアミノ酸配列。保存された亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを下線で示す。図95704446301912202のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。図95804446301912203のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。図95904446301912205のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。図96004446301912206のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図96104446301912207のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。図96204446301912208のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示し、亜鉛フィンガーC2H2型ドメインシグネチャーを太字で示す。図96304446301912209のアミノ酸配列。保存されたC2H2型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図96404446301912210のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを下線で示す。図96504446301912212のアミノ酸配列。保存されたRNA結合領域RNP1RNA認識モチーフファミリードメインを下線で示し、Cx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを太字で示す。図96604446301912213のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを下線で示し、アンキリンファミリードメインを太字で示す。図96704446301912214のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーを下線で示す。図96804446301912215のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガーファミリードメインを下線で示す。図96904446301912216のアミノ酸配列。保存されたCx8Cx5Cx3H型亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図97004446301912217のアミノ酸配列。保存された転写因子CBFNFY古細菌ヒストンファミリードメインを下線で示し、CBFANFYBサブユニットシグネチャーを太字で示す。図97104446301912218のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットB、ドメインを下線で示す。図97204446301912219のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットB、ドメインを下線で示す。図97304446301912220のアミノ酸配列。保存されたCCAAT結合転写因子、サブユニットB、ドメインを下線で示す。図97404446301912221のアミノ酸配列。保存されたTesminTSO1様CXCドメインを下線で示す。図97504446301912222のアミノ酸配列。保存された転写因子E2F二量体化パートナーTDPファミリードメインを下線で示す。図97604446301912223のアミノ酸配列。保存された転写因子E2F二量体化パートナーTDPファミリードメインを下線で示す。図97704446301912224のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示す。図97804446301912225のアミノ酸配列。保存されたエチレン非感受性3ファミリードメインを下線で示す。図97904446301912226のアミノ酸配列。保存されたエチレン非感受性3ファミリードメインを下線で示す。図98004446301912228のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図98104446301912229のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、保存された応答調節因子レシーバファミリードメインを太字で示す。図98204446301912230のアミノ酸配列。保存された応答調節因子レシーバファミリードメインを下線で示す。図98304446301912231のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図98404446301912232のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図98504446301912233のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示し、応答調節因子レシーバドメインを太字で示す。図98604446301912234のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図98704446301912235のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図98804446301912236のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図98904446301912237のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図99004446301912238のアミノ酸配列。保存されたGRASファミリードメインを下線で示す。図99104446301912239のアミノ酸配列。保存されたHMG12高移動度群ボックスファミリードメインを下線で示す。図99204446301912240のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、保存されたホメオボックスドメインシグネチャーを太字/下線で、ホメオボックス会合ロイシンジッパーHALZを太字で示す。図99304446301912241のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示す。図99404446301912242のアミノ酸配列。保存されたPOXファミリードメインを下線で示す。図99504446301912244のアミノ酸配列。保存されたPHDフィンガー亜鉛フィンガードメインを下線で示す。図99604446301912246のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスファミリードメインを下線で示し、PHD亜鉛フィンガー様ドメインを太字で示す。図99704446301912247のアミノ酸配列。保存されたホメオボックスドメインを下線で示し、ホメオボックスドメインシグネチャーを太字で示す。保存されたPOXドメインを斜体で示す。図99804446301912248のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ファミリードメインを下線で示し、HSF型DNA結合ドメインシグネチャーを太字で示す。図99904446301912249のアミノ酸配列。保存された熱ショック因子HSF型DNA結合ファミリードメインを下線で示す。図100004446301912250のアミノ酸配列。保存されたジュモンジCjmjCファミリードメインを下線で示す。図100104446301912252のアミノ酸配列。保存されたLIM亜鉛結合タンパク質ドメインを下線で示し、LIMドメインシグネチャーを太字で示す。図100204446301912255のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示す。図100304446301912256のアミノ酸配列。保存されたMADSボックスドメインを下線で示し、保存されたMADSボックスシグネチャー1を太字で示す。図100404446301912257のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図100504446301912258のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図100604446301912259のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図100704446301912260のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図100804446301912261のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、SHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを太字で示す。図100904446301912262のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図101004446301912263のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図101104446301912264のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図101204446301912265のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図101304446301912266のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図101404446301912267のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図101504446301912268のアミノ酸配列。保存されたSHAQKYFクラスMyb様DNA結合ドメインを下線で示す。図101604446301912269のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図101704446301912270のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図101804446301912271のアミノ酸配列。InterProScanを用いて同定した、保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図101904446301912272のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図102004446301912273のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示し、MybDNA結合ドメイン反復シグネチャー2を太字で示す。図102104446301912274のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図102204446301912275のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図102304446301912276のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図102404446301912277のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図102504446301912278のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ドメインを下線で示す。図102604446301912279のアミノ酸配列。保存された無頂端分裂組織ファミリードメインを下線で示す。図102704446301912280のアミノ酸配列。保存された植物調整因子RWPRKドメインを下線で示し、octicosapeptidePhoxBem1pを太字で示す。図102804446301912281のアミノ酸配列。保存された糖輸送体ファミリードメインを下線で示し、糖輸送タンパク質シグネチャー1を太字で示し、および糖輸送タンパク質シグネチャー2を太字/斜体で示す。図102904446301912282のアミノ酸配列。保存された病因関連転写因子およびERFファミリードメインを下線で示し、転写因子B3ファミリードメインを太字で示す。図103004446301912283のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。図103104446301912284のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。図103204446301912285のアミノ酸配列。保存されたSBP植物タンパク質ファミリードメインを下線で示す。図103304446301912286のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ファミリードメインを下線で示す。図103404446301912287のアミノ酸配列。保存されたTCPファミリー転写因子ファミリードメインを下線で示す。図103504446301912288のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図103604446301912289のアミノ酸配列。保存された図103704446301912290のアミノ酸配列。保存された図103804446301912291のアミノ酸配列。保存されたドメインなし図103904446301912292のアミノ酸配列。保存されたドメインなし図104004446301912293のアミノ酸配列。同定した、保存されたドメインなし図104104446301912294のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図104204446301912295のアミノ酸配列。保存されたMybDNA結合ドメインを下線で示す。図104304446301912296のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様Fボックスドメインを斜体で示す。図104404446301912297のアミノ酸配列。保存されたTubbyドメインを下線で示し、Tubファミリーシグネチャー2を太字で示す。サイクリン様Fボックスドメインを斜体で示す。図104504446301912298のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメインを下線で示す。図104604446301912299のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメインを下線で示す。図104704446301912300のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメインを下線で示す。図104804446301912301のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメインを下線で示す。図104904446301912302のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメインを下線で示す。図105004446301912303のアミノ酸配列。保存されたWRKYファミリードメインを下線で示す。図105104446301912304のアミノ酸配列。保存されたWRKYドメインを下線で示す。