生体試料における感染性ウイルスのポリヌクレオチドを検出する方法であって、該方法は、前記試料からポリヌクレオチドを分離すること、抽出すること、又は、それ以外に、得ることと、前記ポリヌクレオチドを分子コーミングして、伸長したポリヌクレオチドを形成することと、前記伸長したポリヌクレオチドを、感染性ポリヌクレオチド配列を認識する、1以上のプローブに接触させることと、コーミングされた試料に対するプローブのハイブリダイゼーションを検出することによって、感染性ウイルスのポリヌクレオチドを検出することと、を含む、前記方法。前記生体試料が、ヒト、ヒト以外の哺乳動物、又は鳥類から得られる、組織試料、細胞、血清、血液、CSF、又は滑液試料である、請求項1記載の方法。前記ポリヌクレオチドが、ヒト、ヒト以外の哺乳動物、又は鳥類の組織、細胞、血清、血液、CSF、又は滑液試料から抽出される、感染性又は非感染性ウイルスDNAである、請求項1又は2記載の方法。前記ポリヌクレオチドが、ヒト、ヒト以外の哺乳動物、又は鳥類のDNA、エピソーム、又は体液に組み込まれる、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。前記ポリヌクレオチドが、二本鎖DNAのウイルスのウイルスDNAに結合する、1以上のプローブによって検出される、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。前記ポリヌクレオチドが、ヘルペスウイルス、パピローマウイルス、肝炎ウイルス、又はレトロウイルスのDNAに結合する、1以上のプローブによって検出される、請求項1~5のいずれか一項に記載の方法。前記1以上のプローブが、少なくとも1kbのウイルスのゲノムDNAに結合する、1組のプローブを含む、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。前記1以上のプローブが、ウイルスゲノムの種々の部分若しくはセグメント、又は再編成された断片の識別を可能にするために選択された、種々の標識によって標識される、少なくとも2組のプローブを含む、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法。前記少なくとも2組のプローブが、HSVゲノム又はHIVゲノムの5~100を網羅する、請求項8記載の方法。哺乳動物の細胞、組織若しくは体液における感染性ウイルスのポリヌクレオチド配列若しくはゲノムウイルスのポリヌクレオチド配列を検出するか、又は同定する方法であって、該方法は、分子コーミングを用いて、細胞、組織若しくは体液における感染性ウイルスのポリヌクレオチド若しくはゲノムウイルスのポリヌクレオチドの存在若しくは量を検出することを含む、前記方法。感染性ウイルスのポリヌクレオチド配列又はゲノムウイルスのポリヌクレオチド配列を定量化する方法であって、該方法は、分子コーミングを用いて、感染していない対照試料又はそれ以外の種々の時点で得られる同様の試料と比較して、細胞、組織又は体液における感染性ウイルスのポリヌクレオチド又はゲノムウイルスのポリヌクレオチドの量を検出することを含む、前記方法。哺乳動物細胞におけるウイルスの存在若しくはウイルスの複製、若しくはウイルスゲノムの再編成を検出するか、又は追跡する方法であって、該方法は、細胞、組織若しくは体液における潜伏ウイルスDNA若しくは複製ウイルスDNA若しくは再編成されたウイルスDNAの存在のために、分子コーミングすることを含む、前記方法。抗ウイルス療法の効果を評価する方法であって、該方法は、分子コーミングを用いて、対象から得られる試料における感染性ウイルスDNA又はゲノムウイルスDNAの存在、編成又は量を検出することと、抗ウイルス剤によって前記対象を治療することと、分子コーミングを用いて、前記対象における感染性ウイルスDNA又はゲノムウイルスDNAの存在、編成又は量を再評価することと、を含む、前記方法。請求項1~8記載のいずれかに記載の方法の手段を行うことを含む、請求項9~12のいずれかに記載の方法。HSVゲノム又はHIVゲノムの5~100を網羅する、1組のプローブ。分子コーミング装置及び/又は試薬と、コーミングされたDNA分子におけるゲノムウイルスDNAを検出するか、又は同定するための、感染性ウイルスポリヌクレオチドに結合する1以上のプローブと、場合により、1以上の細胞、組織又は体液試料と、場合により、感染性配列を検出するか、又は分類するためのソフトウェアと、を含む、分子コーミングを行うためのキット。生体物質HSVB4、HSVB19、HSVSc54、又はHSVP4。本発明者らは、驚くべきことに、特別に設計したプローブ又はプローブ集合setsofprobesと組み合わせて、分子コーミング及び/又はDNA伸長法によって、感染性ウイルスDNA又は他の病原性遺伝子を有する対象を診断、検出、又はモニターすることができることを発見した。これらの診断の適用は、公知の培養細胞株から容易に得られるDNA試料で一般に分子コーミングを行った先行技術において、知られていない。分子コーミングは、過去に、染色体分析について適用されているが、ウイルス感染の診断又は試料中の他の病原性ポリヌクレオチドの検出に、本方法又は本方法の適応物を有用に適用できることは、過去に認識されなかった。一方、本発明者らは、驚くべきことに、ウイルス感染した対象の生体試料から直接得られるDNAを、分子コーミング法及び活性のある、これらの試料で検出された感染性ウイルスDNAによって評価できることを発見した。これらの方法は、ウイルス感染のための既存の診断方法に関連する問題の多くを克服し、ウイルス感染した対象又は患者の感染性ウイルスのポリヌクレオチドの検出及びモニタリングための、好都合で、迅速かつ正確な方法を提供する。発明の概要本発明は、少なくとも、5、10、25、50、75で結合することができる、特異的なプローブ特に、感染性ポリヌクレオチド配列又は病原性ポリヌクレオチド配列の80~100に結合する、プローブ集合と組み合わせて、分子コーミング及び/又はDNA伸長法を用いる、対象又は患者の試料において、ウイルスゲノム配列を含む、感染性ポリヌクレオチド配列又は病原性ポリヌクレオチド配列を検出するための、信頼性があり、簡単で、迅速で、かつ安価な方法を提供する。本発明の方法は、インビトロで実行される。本発明者らは、分子コーミングが、感染角膜における感染性単純ヘルペスウイルスDNA等の、感染した哺乳動物の細胞、組織又は体液におけるウイルスDNA又はウイルス起源DNAを検出及び定量化し、感染した哺乳動物の細胞組織又は体液で生じるウイルスの複製及びウイルスゲノムの再編成を追跡し、及び感染した細胞、組織又は体液中に含まれる感染性ウイルスのポリヌクレオチドを同定する、強力な方法であることを発見した。感染した細胞又は組織におけるウイルスを検出するための先行技術と異なり、本発明の分子コーミング法は、同時に行うことができ、多重の時間消費及び高価な手順を必要としない。本発明の方法は、感染性ウイルス若しくは感染性ウイルスのポリヌクレオチドの量、又は感染した哺乳動物の細胞若しくは組織におけるウイルスの複製に対する、抗ウイルス療法の効果若しくは効能を定量化するか、又はそれ以外に評価することによって、抗ウイルス療法の効果を決定するのに有用な、細胞又は組織におけるウイルス汚染又は感染を検出する診断ツールとして、容易に適用可能である。本発明者らは、分子コーミングが、PCRに基づく方法を含む、ウイルス感染を検出するか、又は診断するための過去の方法に関連する問題の多くを克服することを発見し、そのために、容易で迅速な方法を提供する。本発明の具体的な実施態様には、次に示すものが含まれる。生体試料におけるウイルスゲノム又は感染性ウイルスのポリヌクレオチドを検出する方法であって、前記試料から、ポリヌクレオチドを単離すること、抽出すること、又は、それ以外に得ること;と、前記ポリヌクレオチドを分子コーミングして、伸長したポリヌクレオチドを形成すること;と、伸長したポリヌクレオチドを、感染性ウイルスのポリヌクレオチド配列又はゲノムウイルスのポリヌクレオチド配列を認識する、1以上のプローブに接触させること;と、コーミングされた試料に対するプローブのハイブリダイゼーションを検出することと、を含む、前記方法。ポリヌクレオチドは、感染性ゲノムウイルスDNA若しくは感染性非ゲノムウイルスDNA、癌遺伝子若しくはプロト癌遺伝子であってもよく、対象の染色体に組み込まれてもよく、又はエピソーム若しくは遺伝子組換えDNAであってもよい。重要なことには、すべてのウイルスゲノム又はすべての感染性ウイルスDNAの検出は、感染に関連する。例えば、ヘルペス性角膜炎のHSV原因物質に関して、細胞において完全な感染性ゲノムの存在を示し、そして、感染細胞に部分的か又は完全に発生できることが必要である。生体試料は、一般に、対象又は患者から直接得られ、組織、細胞試料、血液、CSF、滑液試料、又は他の流体の生体試料から構成され得る。伸長又は分子コーミングのためのDNA分子若しくは繊維は、生体試料から抽出することができる。試料は、生存しているか又は生存していない対象から得てもよい。対象には、ヒト、畜牛、ウシ属の動物、ヒツジ、ヤギ、ウマ、ブタ、イヌ、ネコ、及びヒト以外の霊長類等のヒト以外の哺乳動物;ニワトリ、七面鳥、アヒル、ガチョウ、ダチョウ、エミュー、又は他の鳥類等の鳥類;爬虫類、両生類、及び他の動物を含む、ウイルス疾患にかかりやすい動物が含まれる。伸長されたか、又はコーミングされたDNA分子は、感染性ゲノム若しくは生物学的に活性のあるゲノム、感染性ウイルス、癌遺伝子、又はプロト癌遺伝子DNAを同定するのに適切な1以上のプローブに接触させる。DNAウイルスの検出において、1以上のプローブ、好ましくは、ウイルスゲノムの80~100、又は介在するサブ範囲若しくは値を網羅する、1組のプローブが利用される。DNAウイルスは、一本鎖か又は二本鎖であり得る。代表的なDNAウイルスには、単純ヘルペスウイルス1型及び2型、パピローマウイルス、及びB型肝炎ウイルス等の肝炎ウイルス等のヘルペスウイルスが含まれる。また、HIV等のレトロウイルス好ましくは、宿主染色体にプロウイルスとして組み込まれた、レトロウイルスに結合する、プローブも、同様の方法で選択され、好ましくは、プロウイルスゲノムの80~100を網羅する、1組のプローブが利用される。プローブは、既に感染性であることが知られているウイルス株のゲノムの少なくとも5、好ましくは80~100に対応することができるか、又は、特定の種類のウイルスの複製、繁殖若しくは病原性にとって不可欠であることが知られている遺伝子の組合せを包含するように、設計することができる。前記プローブは、HSV1配列番号15、HSV2配列番号16、HIV1配列番号17、HIV2配列番号18、HBV配列番号19、HPV16配列番号20、HPV18配列番号21、HPV31配列番号22、HPV33配列番号23、及びHPV45配列番号24に対応することができ、また、これらは、登録番号を参照することにより組み込まれる。1以上のプローブ又はプローブ集合probesetは、種々の標識によって標識される2、3以上のプローブのサブセットを含んでもよい。好ましくは、かかるプローブは、ゲノムDNA若しくは感染性ウイルスDNAの形態を決定するか、又は、ウイルスゲノムDNA分子、感染性ウイルスDNA分子若しくは他の病原性DNA分子癌遺伝子若しくはプロト癌遺伝子等の種々の部分若しくはセグメントを同定するために使用される。別の実施態様において、本発明は、哺乳動物の細胞、組織若しくは体液における感染性ウイルスのポリヌクレオチド配列若しくはゲノムウイルスのポリヌクレオチド配列を検出するか、又は同定する方法であって、分子コーミングを用いて、細胞、組織若しくは体液における感染性ウイルスのポリヌクレオチド若しくはゲノムウイルスのポリヌクレオチドの存在若しくは量を検出することを含む、方法に関する。さらに別の実施態様は、感染性ウイルスのポリヌクレオチド配列又はゲノムウイルスのポリヌクレオチド配列を定量化する方法であって、感染していない対照試料又はそれ以外の種々の時点で得られる同様の試料と比較して、細胞、組織又は体液における感染性ウイルスのポリヌクレオチド又はゲノムウイルスのポリヌクレオチドの量を検出することを含む、方法を構成する。また、ウイルスの存在を検出するか、又は生体試料におけるウイルスの複製を検出する方法、並びに、特に、哺乳動物の細胞、組織若しくは体液における、ウイルスの複製又はウイルスゲノム若しくは感染性ウイルスDNAの再編成を縦方向に追跡する方法も熟慮される。かかる方法は、細胞又は組織における潜伏ウイルスDNA若しくは複製ウイルスDNA、又は再編成されたウイルスDNAの存在のための、適切な試料又は特定の期間に採取した試料から得られる分子コーミングDNAによって、行うことができる。また、本発明は、抗ウイルス療法の効果を評価する方法であって、分子コーミングを用いて、対象から得られる試料における感染性ウイルスDNA若しくはゲノムウイルスDNAの存在、編成若しくは量を検出すること、抗ウイルス剤によって対象を治療すること、又は他の抗ウイルス療法を行うこと、及び、治療後に、本明細書に記載する分子コーミング法を用いて、感染性ウイルスDNA若しくはゲノムウイルスDNAの存在、編成若しくは量をモニター又は再評価することを含む、前記方法に関する。分子コーミングを行うためのキットは、分子コーミング装置及び/又は試薬と、感染性ポリヌクレオチドに結合する1以上のプローブと、場合により、1以上の細胞、組織又は体液試料、並びに分子コーミング、DNA伸長又はハイブリダイゼーションを行うための他の従来の原料と、を含む。一部の実施態様において、該キットは、コーミングされたDNA分子におけるゲノムウイルスDNAを検出するか、又は同定するための1組のプローブを含み、該プローブは、ウイルスゲノム、感染性ウイルス核酸、癌遺伝子、若しくはプロト癌遺伝子の少なくとも5特に、80、85、90、95、99若しくは100を網羅する。プローブ又はプローブ集合の最小長さは、1kbである。一部の実施態様において、該キットは、感染性配列を検出するか、又は分類するためのソフトウェアを更に含む。また、別の実施態様において、該キットは、本発明の方法によってウイルスゲノム又は感染性ウイルス核酸を検出するための説明書を更に含んでもよい。発明の詳細な説明本発明は、試料中の感染性ウイルスのポリヌクレオチド又は感染性ウイルス起源DNAの、迅速で、特異的で、かつ高感度の検出を可能にし、PCR又はELISA等の血清検査等の増幅方法に課される多くの制約を回避する。先行技術の方法とは対照的に、本発明の分子コーミング法は、完全なウイルスゲノム、又はウイルスのポリヌクレオチド配列の感染性若しくは毒性部分の良好な検出を可能にし、急性ウイルス感染若しくは潜伏ウイルス感染の診断の改善をもたらす。本発明の方法は、HSVの型及びそのゲノムの構造を、確実に、時間及びコスト効率の良い方法で、かつ放射能操作の制約なしで、検出することを可能にする。さらに、本発明の方法は、考慮される治療の型が何であっても、抗ウイルス療法後のウイルス感染の存在の追跡を可能にする。本発明は、真核細胞の感染細胞におけるDNAウイルスのゲノムの存在をインビトロで検出する方法に関する特に、HSVゲノムの検出。前記方法は、少なくとも、HSVDNAに特異的なプローブ又は1組のプローブによって、所定のウイルスの代表的な核酸のハイブリダイゼーション手段を含む。本発明によって用いることができる分子コーミング法は、Bensimonらの米国特許第6303296号、及びLebofskyらの国際公開公報第2008028931号によって開示され、これらの開示は、引用により本明細書中に組み込まれる。本発明者らは、伝統的な培養技術によるもの以外に、ウイルスの感染形態の完全な又は再編成されていないゲノムの存在を検出することができる技術がないことを認識し、そのため、感染性ウイルスDNAの検出にこれらの技術を適用及び適応させようとした。コーミング法は、かかるウイルスのDNA形態を検出する有効なツールとして試験されず、特異的な遺伝的環境において、かかる配列の遺伝的影響の理解を考慮して、細胞ゲノムに挿入されたDNAの長い配列の位置についてのみ試験されたにすぎなかった。本発明者らによって開発された改良法による感染性ウイルスDNAの検出の非限定例を、以下に示す。本発明者らは、ウイルス粒子からウイルスゲノムDNAを単離するための標準抽出プロトコールを改良した。一般に、01SDSは、標準プロトコールにおいて、01サルコシルの代わりに、低融点アガロースプラグにおけるウイルス粒子の溶解に使用される。また、方法も、角膜からゲノムDNAを抽出して、診断目的で、感染角膜におけるHSVDNAの存在を調査するために、開発した。本発明は、感染した細胞、組織又は体液の核酸に含まれる、ウイルスDNA特に、HSVDNA及びHIVDNAを検出する方法に関する。前記方法は、特異的なプローブ又はプローブ集合による前記ウイルスDNAの代表的な核酸のハイブリダイゼーション手段を含み、該特異的なプローブ又はプローブ集合は、前記ウイルスDNAのすべてを網羅し、前記ウイルスDNAの代表的な核酸内の再編成を識別することを可能にする。本明細書で使用する、核酸、特にウイルスDNAの代表的な核酸という用語は、本明細書に定義する支持体に付着及び伸長することができる特に、分子コーミング法の使用によって伸長することができる核酸の型の1以上の分子を示す。核酸分子には、DNA特に、ゲノムDNA、とりわけ、ウイルスDNA、又はcDNA及びRNA特に、mRNAが含まれる。核酸分子は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前記ウイルスDNAの代表的な核酸とは、本発明の目的に関して、前記核酸が、遺伝子情報又は不可欠な情報の全体を含み、前記ウイルスDNAに存在することを意味する。この用語には、例えば、宿主染色体に組み込まれる、及び感染性ウイルス、特定のゲノムエレメントを欠いているが、特に宿主細胞で発現する場合、感染性であり得る感染性ウイルスDNA、及びウイルス癌遺伝子等の宿主細胞に対して病原性の影響を有するウイルス遺伝子を産生することができる、ゲノムウイルスDNAが含まれる。プロト癌遺伝子には、これらの正常な遺伝子が含まれ、これは、突然変異によって変えられる場合、細胞を増殖させるか、又は調節されない方法で分割させることができる、癌遺伝子に変換することができる。プロト癌遺伝子は、多様な細胞機能を有し、その一部は、細胞分裂にシグナルを提供し、また、他のものは、アポトーシスにおいて役割を果たすことができる。核酸配列を含む、癌遺伝子の機能的及び構造的特徴は、当該技術分野で周知であり、JNicolasらの文献、ヒト癌ウイルス:形質転換及び病因の原理KargerPublishersISBN38055857649783805585767第244頁を参照することにより組み込まれる。癌遺伝子は、プロト癌遺伝子の欠損型を包含する。癌遺伝子の単一のコピーは、抑制されない細胞増殖が生じる場合がある。代表的な癌遺伝子には、ras、myc、src、Her2neu、hTERT及びBcl2が含まれる。核酸配列を含む、癌遺伝子の機能的及び構造的特徴は、当該技術分野で周知であり、LMSurhoneらの文献癌遺伝子:遺伝子、突然変異、腫瘍、アポトーシス、遺伝子発現、タンパク質、細胞増殖、細胞分化BetascriptPublishersISBN61303615999786130361594第172頁を参照することにより組み込まれる。癌遺伝子の更なる説明及び同定は、httpwwwcancerquestorgindexcfmpage780最終アクセス2011年4月11日、並びにCooperGの文献癌遺伝子及びVogelsteinBKinzlerKWの文献;ヒト癌の遺伝学的基礎を参照することにより組み込まれ、これらの文献は、引用により組み込まれる。癌遺伝子へのプロト癌遺伝子の活性化の過程には、ウイルスの形質導入又はウイルスの組込み、点突発変異、挿入変異、遺伝子増幅、染色体転座、及び/又はタンパク質間相互作用が含まれ得る。プロト癌遺伝子の活性化を誘導することができるウイルスには、HBV及びHCV肝細胞癌、HTLV白血病、HPV子宮頸癌、肛門癌及び陰茎癌、HSV8カポジ肉腫、Merkel細胞ポリオーマウイルスMerkel細胞癌、並びにEBVバーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫、移植後リンパ増殖性疾患、及び鼻咽頭癌が含まれる。特定の実施態様において、伸長に使用される核酸試料は、ゲノムDNA、特に全ゲノムDNA、好ましくは、感染した細胞若しくは組織の染色体ゲノムDNA核ゲノムDNA、及び/又はこれらの断片である。本明細書で使用する核酸という用語は、1以上の染色体、及び/又は染色体の1以上の断片の代表的な核酸を示す。前記断片は、任意のサイズであり、最も長い分子は、複数のメガ塩基に達し得る。前記断片は、一般に、10~2000kb、より好ましくは20~500kb含まれ、平均は約300kbである。本発明の方法に使用する核酸試料は、体液又は生物起源の組織から得ることができ、前記試料又は組織は、例えば、ヒト、ヒト以外の哺乳動物、又は鳥から単離される。本明細書に定義するように、プローブは、ポリヌクレオチド、核酸ポリペプチドハイブリッド、又はポリペプチドであり、本明細書に定義するウイルスDNAの代表的な核酸特に、RNA及びDNAにハイブリダイズする能力を有する。この用語は、RNA特に、mRNA及びDNA特に、ウイルスcDNA又はウイルスゲノムDNA分子、ペプチド核酸、及びタンパク質ドメインを包含する。前記ポリヌクレオチド又は核酸ハイブリッドは、一般に、少なくとも100、300及び500のヌクレオチド、好ましくは、少なくとも700、800の若しくは900のヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも1、2、3、4若しくは5kbを含むか、又はこれからなる。例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15kb以上、特に、30、50、100又は150kbのプローブを使用することができる。かかるプローブ又は1組のプローブは、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、98、99若しくは100のウイルスゲノム特に、感染性ウイルスのゲノムに対応するか、又はこれを網羅することができる。核酸プローブは、一本鎖若しくは二本鎖ポリヌクレオチド又は修飾ポリヌクレオチドであり得る。一連の連続的なプローブ集合は、ゲノム若しくはすべてのゲノムの特定の部分を網羅するか、又はこの部分に対して互いに重複する。適切なプローブは、本明細書に開示するもののようなウイルスのポリヌクレオチド配列に基づいてもよく、任意の適切な方法によって同定されるか、又は合成されてもよい。プローブは、放射能標識、蛍光標識されるか、又は当該技術分野で公知の他の手段によって標識されてもよい。ポリペプチドプローブは、一般に、少なくとも6つのヌクレオチドの配列、より好ましくは、少なくとも10、15又は20のヌクレオチドの配列に特異的に結合する。本明細書に使用するように、プローブの配列は、プローブがポリペプチドである場合、前記ポリペプチドが特異的に結合する配列として理解される。特定領域の部分とは、本明細書において、前記特定領域の配列の連続するヌクレオチドを意味する。本発明による部分は、少なくとも15若しくは20の連続的なヌクレオチド、好ましくは、少なくとも100、200、300、500若しくは700の連続するヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも1、2、3、4若しくは5kbの連続的な前記特定領域を含むか、又はこれからなり得る。例えば、部分は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15kbの連続的な前記特定領域を含むか、又はこれからなり得る。特定の実施態様において、使用されるプローブ又は使用されるプローブの少なくとも1つは、標的核酸の1つの鎖の一部に対して100の相補配列を示すプローブのヌクレオチド変異体である。前記変異体の配列は、標的核酸の1つの鎖の一部の配列に対して少なくとも70、80、85、90又は95の相補性を有し得る。前記変異体は、特に、1~20、好ましくは1~10のヌクレオチドの欠失、挿入及び/又は好ましくは置換特に、元のヌクレオチド配列における1、2、3、4、5、6、7、8、9若しくは10のヌクレオチドの欠失、挿入、及び/又は好ましくは置換によって、100同一か又は相補的であるプローブとは異なり得る。特定の実施態様において、該変異体は、ハイブリダイズする能力、特に、核酸標的の配列、同様に、核酸標的の配列に対して100同一か又は100相補的なプローブに特異的にハイブリダイズする能力を維持する特に、本明細書に定義するハイブリダイゼーション条件において。本発明の文脈における相補配列という用語は、相補的な及び逆又は逆の配列すなわち、前記配列を有するDNA鎖にワトソン‐クリック模型の相互作用によって結合するDNA鎖の配列を意味する。本発明の特定の実施態様において、本発明を実施するために使用される、プローブ又は1以上のプローブは、1以上のハプテン例えば、ビオチン及びジゴキシゲニンによって標識され、これらのハプテンに対して特異的な抗体で示される。所定のプローブ又はプローブ集合のための種々のハプテンの使用によって、所定のウイルスDNAの内の再編成を検出することができる。本明細書に定義するように、及び、引用により組み込まれる国際公開公報第2008028931号に記載するように、前記プローブは、標識することができる。本明細書に使用する1組のプローブは、少なくとも2つのプローブからなる。例えば、前記1組のプローブは、2~20のプローブ2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20のプローブからなり得る。1組のプローブの数は、通常、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100のプローブを超えず、必要な感度及びプローブの長さに依存し、1組のプローブは、最大2、3、4、5、6、7、8、9又は10のプローブからなることが好ましい。本発明のプローブ又はプローブ集合は、全ゲノムウイルスDNAを検出するだけでなく、ゲノムウイルスDNA内に生じ得る再編成を識別することができる。例えば、実施例1においてプローブHSV検出のために使用するプローブ集合は、特有の領域UL及びUSを包囲する、逆反復配列間の相同組換えによって発生する種々のHSVゲノム異性体の検出を可能にする。さらに、HSV検出のためのプローブ集合H1~H6はそれぞれ、異なる2つのハプテンH1、H3及びH5プローブからなる断片におけるジゴキシゲニン;H2、H4及びH6プローブからなる断片におけるビオチンによって標識される複数のプローブ3~19の種々の断片からなる。所定のプローブ集合内の他のハプテンこのハプテンの性質のものはすべてに1又は複数の断片のハプテンを交換することによって、ウイルスDNAのこの特定領域内の再編成の識別を可能にする、種々の色の蛍光アレイの生成を可能にする。また、分子コーミングは、ウイルス感染によって癌を発症する余地のある患者例えば、プロト癌遺伝子から癌遺伝子への変換の危険性のある患者の早期診断のための有用なツールでもあり得る。実際、分子コーミングは、組込みウイルスゲノムとエピソームイルスゲノム間を識別することができる。ウイルスDNAが組み込まれる場合、特異的なプローブ集合を使用することによって、分子コーミングは、組込みウイルスDNAが完全なウイルス癌遺伝子を含むか、又は組込みウイルスDNAが、細胞のプロト癌遺伝子に隣接して組み込まれるか否かを判断することを可能にする。また、本発明は、遺伝子療法と共に使用されてもよい。特異的なプローブ集合を、各遺伝子組換え及び/又はウイルスベクターに使用することによって、分子コーミングは、ウイルスベクターに基づく遺伝子療法の効果及び安全性の評価のための強力なツールを提供する。実際、分子コーミングは、組込み導入遺伝子とエピソーム導入遺伝子の間を識別することができる。導入遺伝子が組み込まれる場合レンチウイルス及びレトロウイルスに基づくベクター、特異的なプローブ集合を使用することによって、分子コーミングは、組込みウイルスDNAが、遺伝子に組み込まれる挿入突然変異か、又は細胞のプロト癌遺伝子に隣接して組み込まれるか否かを判断することを可能にする。この場合、導入遺伝子はエピソームであるアデノウイルスベクター、AAV、又はHSVベクター。分子コーミングは、増殖する細胞集団における導入遺伝子の定量化に有用であり、導入遺伝子の再投与の適切な時間を確定するのを支援し得る。本発明の具体的な実施態様には、次に示す方法及び生産物が含まれる。生体試料における感染性ウイルスのポリヌクレオチドを検出する方法であって、該方法は、前記試料からポリヌクレオチドを分離すること、抽出すること、又は、それ以外に、得ることと、前記ポリヌクレオチドを分子コーミングして、伸長したポリヌクレオチドを形成することと、前記伸長したポリヌクレオチドを、感染性ウイルス配列を認識する、1以上のプローブに接触させることと、コーミングされた試料に対するプローブのハイブリダイゼーションを検出することと、を含む、前記方法。この方法は、対象例えば、血液、血漿、血清、CSF、滑液試料、若しくは対象の他の種類の体液から得られる組織又は細胞の試料である、生体試料を使用して行うことができる。この方法に使用するポリヌクレオチドは、組織若しくは細胞試料、又は対象から得られる体液の成分から抽出することができる。一般に、該試料は、生存している対象から得られるが、死亡した対象から得られてもよい。試料は、ヒト、若しくは畜牛、ウシ属の動物、ヒツジ、ヤギ、ウマ、ブタ、イヌ、ネコ、及びヒト以外の霊長類等のヒト以外の哺乳動物、又はニワトリ、七面鳥、アヒル、ガチョウ、ダチョウ、エミュー、又は他の鳥類等の鳥類の種等の他の動物から得ることができる。該方法は、DNA又はRNA等の感染性若しくは非感染性ゲノムウイルスDNA又は非感染性非ゲノムウイルスのポリヌクレオチドも含むか、又はこれからなり得るDNAである、ポリヌクレオチドによって実施することができる。この方法によって検出されるか、又は解析されるポリヌクレオチドは、対象のDNAへ組み込まれ得るか、又はエピソームの形態であり得る。検出されるポリヌクレオチドは、一本鎖及び二本鎖DNAウイルスを共に含む、DNAウイルスに結合する1以上のプローブに接触することができる。例えば、ポリヌクレオチドは、単純ヘルペスウイルス等のヘルペスウイルスに結合する1以上のプローブに接触してもよい。パピローマウイルス、B型肝炎ウイルス、又はHIV等のレトロウイルス等の他のウイルスに結合する、他のプローブを使用してもよい。一部の実施態様において、該方法は、ウイルスのゲノムDNA又は感染性DNAの少なくとも80、90、95又は99に結合する1組のプローブを使用する。別の実施態様において、該方法に使用する1以上のプローブは、例えば、種々のプローブが結合するウイルスゲノムの種々の部分若しくはセグメントの識別を可能にするか、又はウイルスゲノムにおける再編成の識別を可能にするために、種々の標識によって標識される、少なくとも2組のプローブを含む。本発明の別の具体的な実施態様には、次に示すものが含まれる。哺乳動物の細胞、組織若しくは体液における感染性ウイルスのポリヌクレオチド配列若しくはゲノムウイルスのポリヌクレオチド配列を検出、同定又は視覚化する方法であって、該方法は、分子コーミングを用いて、細胞、組織若しくは体液における感染性ウイルスのポリヌクレオチド若しくはゲノムウイルスのポリヌクレオチドの存在若しくは量を検出することを含む、前記方法。感染性ウイルスのポリヌクレオチド配列又はゲノムウイルスのポリヌクレオチド配列を定量化する方法であって、該方法は、分子コーミングを用いて、感染していない対照試料又はそれ以外の種々の時点で得られる同様の試料と比較して、細胞、組織又は体液における感染性ウイルスのポリヌクレオチド又はゲノムウイルスのポリヌクレオチドの量を検出することを含む、前記方法。哺乳動物細胞におけるウイルスの存在若しくはウイルスの複製、若しくはウイルスゲノムの再編成を検出するか、又は追跡する方法であって、該方法は、細胞、組織若しくは体液における潜伏ウイルスDNA若しくは複製ウイルスDNA若しくは再編成されたウイルスDNAの存在のために、分子コーミングすることを含む、前記方法。抗ウイルス療法の効果を評価する方法であって、該方法は、分子コーミングを用いて、対象から得られる試料における感染性ウイルスDNA又はゲノムウイルスDNAの存在、編成又は量を検出することと、抗ウイルス剤によって前記対象を治療することと、分子コーミングを用いて、感染性ウイルスDNA又はゲノムウイルスDNAの存在、編成又は量を再評価することと、を含む、前記方法。HSVゲノム、HIVゲノム、HBVゲノム又はHPVゲノムの80~100を網羅する1組のプローブ。分子コーミング装置及び/又は試薬と、感染性ポリヌクレオチドに結合する1以上のプローブと、場合により、1以上の細胞、組織又は体液試料と、を含む、分子コーミングを行うためのキット。コーミングされたDNA分子におけるゲノムウイルスDNAを検出するか、又は同定するための1組のプローブを含む、キット。感染性配列を検出するか、又は分類するためのソフトウェアを更に含む、キット。また、本発明は、ブダペスト条約下で、CNCM、パスツール研究所に、2010年4月15日付で寄託された、次に示す生体物質にも関する:HSVB4、HSVB19、HSVSc54、及びHSVP4。各生体物質は、HSVの検出用のプローブに対応するポリヌクレオチド断片を含む。したがって、本発明は、これらのそれぞれのポリヌクレオチド断片、及びこれらの組合せのうちのいずれか指す。実施例1単純ヘルペスウイルスの検出ウイルス粒子からの埋込みDNAプラグの調製HSV1DNAを、標準フェノール:クロロホルム抽出BenZeevWeinbergらの文献1974、又はLebofskyらの文献LebofskyHeiligら2006記載する改良手順によって、ウイルス粒子から抽出したこれらの文献は共に、引用により組み込まれる。簡潔には、HSV1粒子を、5×106ウイルス粒子mLの濃度で、1×PBS中に再懸濁させ、50°Cで、PBS中で調製した低融点アガロースNusieveGTGref50081Cambrex社製の12wv溶液と11の比で完全に混合した。90μLのウイルス粒子アガロース混合物を、プラグ形成ウエルBioRad社製ref1703713に注ぎ、4°Cで少なくとも30分放置して冷却させた。埋込みウイルス粒子を、50°Cで30分間、01SDS‐05MEDTA溶液中に溶解した。室温で10分の05MEDTA緩衝液中における洗浄工程後、プラグを、250μLの消化緩衝液中で、2mgmLのプロテイナーゼKEurobio社製コードGEXPRK01Franceとの50°Cで一晩のインキュベーションによって、消化した。サルコシルの代わりの01SDSの使用は、非常に生産性が高く、非常に高品質の抽出ウイルスDNAを回収することを可能にする。感染細胞からの埋込みDNAプラグの調製以前に記載されたSchurraとBensimonの文献2009とおりに、感染細胞培養物BSR、COS7、Neuro2A及びVeroからHSV1DNAを抽出した。簡潔には、感染細胞を、5000gで5分間の遠心分離によってペレット化し、2×106細胞mLの濃度で、1×PBS緩衝液中に再懸濁させ、50°Cで、1×PBS中で調製した低融点アガロースNusieveGTGref50081Cambrex社製の12wv溶液と11の比で完全に混合した。90μLの細胞アガロース混合物を、プラグ形成ウエルBioRad社製ref1703713に注ぎ、4°Cで少なくとも30分放置して冷却させた。以前に記載されたSchurraとBensimonの文献2009とおりに、ブロック中で細胞溶解を行った。簡潔には、アガロースプラグを、250μLの05MEDTA、1サルコシル、250μgmLプロテイナーゼKEurobio社製コード:GEXPRK01France溶液中で、50°Cで一晩インキュベーションし、次いで、室温で30分間、トリス10mM、EDTA1mM溶液中で2回洗浄した。感染角膜からの埋込みDNAプラグの調製HSV1Sc16株感染マウス角膜を、感染の最終段階で回収し、Corneamax登録商標Eurobio社製コードEYEMAX00France培地に維持した。15分間、室温で、1×PBS溶液によって3回洗浄後に、すべての角膜を小片に切断した。組織溶解を、GIBCO商標1×ハンクスの平衡塩類溶液HBSS緩衝液Invitrogen社製Franceコード14060040中で調製した、03mgmLのコラゲナーゼARoche社製コード10103578001及び08mgmLのGIBCO商標ディスパーゼInvitrogen社製Franceコード17105041で、37°Cで16時間以内に行った。溶解物を、5000gで10分間の遠心分離によってペレット化し、1×106~2×106細胞mLの濃度で、1×PBS緩衝液中に再懸濁させ、50°Cで、1×PBS中で調製した低融点アガロースNusieveGTGref50081Cambrex社製の12wv溶液と11の比で完全に混合した。90μLの細胞アガロース混合物を、プラグ形成ウエルBioRad社製ref1703713に注ぎ、4°Cで少なくとも30分放置して冷却させた。以前に記載されたSchurraとBensimonの文献2009とおりに、ブロック中で細胞溶解を行った。簡潔には、アガロースプラグを、250μLの05MEDTA、1サルコシル、250μgmLプロテイナーゼKEurobio社製コード:GEXPRK01France溶液中で、50°Cで一晩インキュベーションし、次いで、室温で30分間、トリス10mM、EDTA1mM溶液中で2回洗浄した。DNAの最終抽出及び分子コーミング以前に記載されたSchurraとBensimonの文献2009とおりに、ウイルス粒子又は角膜からの埋込みDNAのプラグを、DNAをコーミングするために処理した。簡潔には、プラグを、20分間、MES05M溶液中に、68°Cで溶融し、15ユニットのベータ‐アガラーゼNewEnglandBiolabs社製refM0392SMAUSAを加え、放置し、42°Cで最大16時間インキュベートした。次いで、DNA溶液を、テフロン登録商標リザーバに注ぎ、分子コーミングを、分子コーミングシステムGenomicVision社製ParisFrance及び分子コーミングカバーグラス20mm×20mmGenomicVision社製ParisFranceを使用して行った。コーミング表面を、60°Cで4時間乾燥した。HSV1プローブの合成及び標識化Genbank配列NC0018061に関連するすべてのプローブの座標を、表Aにリストする。本実施例におけるプローブのサイズは、1110~9325bpである。HSV1特異性プローブを、CNRSProfMarcLabetoullelaboratoiredevirologymoleculaireetstructuraleUMRCNRS2472INRA1157GifsurYvetteFranceから入手したHSV1sc16株のSacI又はBspEINewEnglandBiolabs社製BeverlyMAUSAそれぞれコードR0156L及びR0156Lのいずれかの酵素消化によって、又はLRTaqDNAポリメラーゼRoche社製キットコード:11681842001と、表Bにリストするプライマー、及びテンプレートDNAとしてHSV1sc16のDNAを使用するロングレンジPCRによって、生成した。SacI及びBspEIのHSV1断片をそれぞれ、SacI及びXmaIで消化したpNEB193プラスミドNewEnglandBiolabs社製BeverlyMAUSAコードN3051Sにおいてライゲーションした。PCR産物を、TOPO登録商標TAクローニングキットInvitrogen社製FranceコードK455040を使用して、pCR登録商標21ベクターにおいてライゲーションした。各プローブの2つの端を、確認目的でシークエンスした。見かけ上のH1、H2、H3、H4、H5及びH6プローブは、表Aにリストする隣接するか又は重複する複数のプローブの混合である。H4及びH6プローブに関係する非標準構造の視覚化では、見かけ上のH2プローブは、2つのプローブH2A及びH2Bに分裂していた。プローブの標識化を、従来のランダムプライミングプロトコールを用いて行った。ビオチン11dCTP標識については、標識化反応を一晩進行させた以外は、BioPrime登録商標DNAキットInvitrogen社製コード:18094011CAUSAを、メーカーの説明書に従って使用した。11ジゴキシゲニンdUTP及びアレキサ4887OBEAdCTPについては、キットのdNTP混合物を、表Cに明示する混合物と交換した。200ngの各プラスミドを別々の反応で標識した。異性体分類では、H1、H3、H5プローブを、11ジゴキシゲニンdUTPによって標識し、H2、H4及びH6プローブを、ビオチン11dCTPによって標識した。H4及びH6プローブに関係する非標準構造の視覚化では、H1、H2B及びH3プローブを、ビオチン11dCTPによって標識し、H2A及びH5プローブを、11ジゴキシゲニンdUTPによって標識し、また、H4、H6をアレキサ4887OBEAdCTPによって標識した。反応生成物をアガロースゲル上で視覚化して、DNAの合成を確認した。コーミングされたウイルスDNAにおけるHSV1プローブのハイブリダイゼーション及び検出また、その後の工程も、以前にSchurraとBensimon2009の文献SchurraとBensimon2009引用により組み込まれるに記載されたとおりに、実質的に行った。簡潔には、標識化プローブの混合250ngの各プローブ、下記のプローブ合成及び標識化に関する詳細を参照のことを、20μLのハイブリダイゼーション緩衝液50ホルムアミド、2×SSC、05SDS、05サルコシル、10mMNaCl、30BlockaidInvitrogen社製refB10710CAUSA中に懸濁させた10μgのニシン精子DNA及び25μgのヒトCot1DNAInvitrogen社製ref15279011CAUSAと共にエタノール沈殿させた。プローブ溶液及びプローブを、90°Cで5分間、ハイブリダイザーにおいて共に熱変性させ、ハイブリダイゼーションを、37°Cで一晩、ハイブリダイザーにおいて続け、進行させた。スライドを、室温で5分間、50ホルムアミド、2×SSC溶液中で3回、及び2×SSC溶液中で3回洗浄した。検出抗体層及びBlockAid中のそれぞれの希釈液を、表D及びEに記載する。各層において、20μLの抗体溶液をスライドに加え、コーミングされたカバーグラスで覆い、また、該スライドを、37°Cで20分間、湿度の高い大気中でインキュベートした。該スライドを、室温で3分間、各層と最後の層で、2×SSC、1Tween20溶液中で3回洗浄した。異性体分類では、H1、H3及びH5プローブの125希釈物中テキサスレッド結合マウス抗ジゴキシゲニンJacksonImmunoresearch社製France抗体、並びに、一次抗体として、H2、H4及びH6プローブの125希釈物中アレキサ488結合ストレプトアビジン抗体Invitrogen社製Franceを使用して、検出を行った。第2層として、125に希釈したアレキサ594結合ヤギ抗マウスInvitrogen社製France、及び150に希釈したビオチン化ヤギ抗ストレプトアビジンVectorLaboratories社製UKを使用した。H2、H4及びH6プローブのアレキサ488蛍光シグナルを増幅するために、付加的な検出層を、125希釈物で第1層に使用するのと同じアレキサ488結合ストレプトアビジンを使用することによって実現した。H4及びH6プローブに関係する非標準構造の視覚化では、H2A及びH5プローブの125希釈物中AMCA結合マウス抗ジゴキシゲニンJacksonImmunoresearch社製France抗体、H1、H2B及びH3の125希釈物中アレキサ594結合ストレプトアビジン抗体Invitrogen社製France、並びに、一次抗体として、125希釈物中ウサギ抗アレキサ488を使用して、検出を行った。第2層として、125に希釈したアレキサ594結合ヤギ抗マウスInvitrogen社製France、150に希釈したビオチン化ヤギ抗ストレプトアビジンVectorLaboratories社製UK、及び125に希釈したアレキサ488結合ヤギ抗マウスを使用した。H1、H2B及びH3プローブのアレキサ594蛍光シグナルと、H2A及びH5プローブのAMCAアレキサ350シグナルを増幅するために、125希釈物で第1層に使用するのと同じアレキサ594結合ストレプトアビジン、及び125に希釈したアレキサ350結合ヤギ抗ラットをそれぞれ使用することによって実現した。最後の洗浄工程後、ガラスカバースリップをすべて、エタノール及び乾燥大気中で脱水した。HSV1検出シグナルの分析コーミングされたHSV1繊維の直接的な視覚化では、カバースリップを、20μLのProlongInvitrogen社製FrancerefP36930YOYO1ヨウ化物MolecularProbesコードY3601混合物に載せ、40×対象レンズを装備した逆自動エピ蛍光顕微鏡ImageXpressMicroMolecularDevices社製USAによって走査した。YOYO1染色したDNA繊維の長さを測定し、内蔵ソフトウェアGVlab0421GenomicVision社製ParisFranceにより、2kbμmSchurraとBensimonの文献2009の拡張因子を使用して、kbに変換した。異性体分類では、ウイルス粒子又は角膜調製物のハイブリダイズ‐コーミングされたDNAを、封入剤を使用せずに、40×対象レンズを装備した、逆自動エピ蛍光顕微鏡ImageXpressMicroMolecularDevices社製USAを使用して、走査した。内蔵ソフトウエアによって、シグナルは、視覚的に又は自動的に検出することができる。両方のFISHシグナルは、H1、H3、H5のテキサスレッドアレキサ594蛍光の連続的なシグナルと、H2、H4及びH6のアレキサ488蛍光とからなり、また、以下に記載するパターンのうちの1つに対応する連続的なシグナルからなるシグナルが考慮された。H4に対応するアレキサ488蛍光シグナルによって直接追跡される、28kbの最小長さのテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナル、及び3kbの最小長さの他のテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナル。H6に対応するアレキサ488蛍光シグナルによって直接追跡される、28kbの最小長さのテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナル、及び3kbの最小長さの他のテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナル。H1に対応するテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナル、その次に、H4に対応するアレキサ488蛍光シグナルによって直接追跡される、3kbの最小長さのアレキサ488蛍光シグナル、及び3kbの最小長さの他のテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナル。H1に対応するテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナル、その次に、H6に対応するアレキサ488蛍光シグナルによって直接追跡される、3kbの最小長さのアレキサ488蛍光シグナル、及び3kbの最小長さの他のテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナル。次いで、選択されたFISHシグナルを、分析された連続的なFISHシグナルパターンによって、次に示すように分類した:H1H2H3H4H5H6プローブ、又はパターンからなるプローブアレイは、HSV1のプロトタイプ形態として分類されるHaywardJacobらの文献1975。パターンH1H2H3H6H5H4、又はパターンは、HSV1のInvertedShortゲノム領域形態として分類されるHaywardJacobらの文献1975。パターンH3H2H1H4H5H6、又はパターンは、HSV1のInversedLongゲノム領域形態として分類されるHaywardJacobらの文献1975。パターンH3H2H1H6H5H4、又はパターンは、HSV1のInversedLong及びShortゲノム領域形態として分類されるHaywardJacobらの文献1975。観察される分布が、予想された分布4つの異性体における事象の同等の数BatailleとEpsteinの文献1997と顕著に異なるという仮説を、カイ2乗検定によって試験し、p値が005未満である場合、これを認めた。H4及びH6プローブに関係する非標準構造の視覚化では、感染細胞調製物のハイブリダイズ‐コーミングされたDNAを、封入剤を使用せずに、40×対象レンズを装備した、逆自動エピ蛍光顕微鏡ImageXpressMicroMolecularDevices社製USAを使用して、走査した。内蔵ソフトウエアによって、シグナルは、視覚的に検出することができる。H4及びH6のアレキサ488蛍光の連続的なシグナルからなるすべてのシグナルを選択した。パターンのうちの1つに対応するシグナルを、標準構造として、次に示すように分類した。H4プローブに対応する13kbのアレキサ488蛍光シグナルに追跡される、最小3kbのアレキサ594蛍光シグナルと、H5プローブに対応する75kbのAMCAアレキサ350蛍光シグナルと、H6プローブに対応する7kbのアレキサ488蛍光とからなる連続的なシグナル。H6プローブに対応する7kbのアレキサ488蛍光シグナルに追跡される、最小3kbのアレキサ594蛍光シグナルと、H5プローブに対応する75kbのAMCAアレキサ350蛍光シグナルと、H4プローブに対応する13kbのアレキサ488蛍光とからなる連続的なシグナル。他のすべてのシグナルを非標準構造として分類した。標準及び非標準構造の割合を比較した。ウイルス粒子からのHSV1DNAの抽出試料調製時において、調製されるDNAのサイズに高い不安定性を生ずる、制御されない操作力により、多くのDNA分子をランダムにシェアリングした。溶融したアガロースプラグでタンパク質除去される場合、ガラスカバーグラスを使用して、分子コーミングにより、高分子量のDNAが伸長できることが示されているLebofsky及びBensimonの文献2003。したがって、解析されたDNA分子は、可変長であり、平均約300kbであり、最も長い分子は、複数のメガ塩基に達する。HSV1DNAは、分子コーミングに使用されていないので、本発明者らは、2つの異なる方法すなわち、実施例の節に記載するように、標準フェノール:クロロホルム抽出法、及びわずかに改良したLebofskyHeiligらの文献2006に記載する方法によって抽出されたDNA繊維の品質を、長さの点から初めて評価した。図2に示すように、80μmを超えるサイズの繊維は、検出されなかった。これは、2kbの一定の伸長因子を考慮すると、HSV1ゲノムの最大予想サイズと一致する。両方法では、回避することができない機械的操作により、依然として、ランダムなDNAシェアリングがあるため、及び全長標準HSV1ウイルスゲノムより短いDNA分子が、核カプシド内にカプシド形成するようになるVlaznyKwongらの文献1982ため、152kbの長いDNA繊維のみが検出されない。しかしながら、抽出を標準フェノール:クロロホルム法で行う場合、DNA繊維のメジアン径は、140kbより長い繊維の12で36kbである。対照的に、本発明者らの代替プロトコールを用いる、アガロースプラグに埋め込まれたウイルス粒子からのDNAの抽出が実現される場合、HSV1DNA繊維のメジアン径は、140kbより長い繊維の25で84kbである。長い分子の割合は低いが、ガラスカバーグラス上でコーミングされた数万の繊維があるので、解析に利用可能な多くのコーミングされた長いDNA分子がある。これらの結果は、本発明者らによって開発された代替方法が、分子コーミングによる解析を可能にする標準方法と比較して、ウイルス粒子から抽出される、コーミングされたDNAの品質を改善したことを示す。ウイルス粒子におけるHSV1ゲノムの構造とその分布本発明者らは、分子コーミングを適用して、ウイルス粒子及び感染細胞から抽出されたHSV1DNAを均一に伸長し、得られるコーミングされたHSV1DNAを隣接するか又は重複するHSV1特異性DNAプローブによってハイブリダイズして図1;H1、H3、H5:レッドテキサスアレキサ594蛍光;H2、H4、H6:グリーンアレキサ488蛍光、HSV1ゲノムの構造を決定した図3A。免疫蛍光顕微鏡検査図3Bは、評価基準を満たした、COS7、Vero及びNeuro2A細胞株から産生されたHSV1KOS株ウイルス粒子の各産生において、405のマルチカラーの線状パターンを示した実施例の節を参照のこと。シグナルの分類は、HSV1KOS株異性体の分布は、COS7細胞のウイルス粒子において同様に分布するが、P及びISの異性体は、Neuro2A及びVero細胞株から産生されたウイルス粒子で多くみられる異性体である。ハイブリダイズされ、コーミングされたHSV1感染細胞において、4つの異性体の分布を、種々の細胞株BSR、COS7、Neuro2A及びVeroで産生されたSc16及びKOSのHSV1株で比較した。各産生に対応する405のマルチカラーの線状パターン、及び評価基準を満たすマルチカラーの線状パターン試験手順の節を参照のことを分類した。4つの異性体間の分布は、BSR、Vero、Neuro2a、及びCOS7細胞でのHSV1Sc16のすべての産生において、統計的に同等であったカイ2乗検定。同じ方法で、該分布は、COS7細胞で産生されたHSV1KOS株において同等であることが分かった。顕著に、初めて、本発明者らは、IS及びP異性体が、Vero及びNeuro2A細胞のHSV1DNAKOS株調製物の主な形態であるが、IL異性体は、あまり存在しない異性体であることを発見した。本発明者らは、本明細書に記載する分子コーミング技術が、特有の分子レベルにおけるHSV1ゲノムDNAの構造解析のための、及び生体試料中のその分布を定量化するための強力な方法であることを発見した。マウス及びウサギ角膜からのゲノムDNAの抽出コーミングを、培養細胞株化細胞、不死化一次細胞又は体液すなわち、末梢血リンパ球、羊膜細胞を含む単離細胞からのDNA溶液によって、良好に行ったGadKlingerらの文献2002;CaburetContiらの文献2005。しかしながら、ヒト角膜は、5層角膜皮膜組織、コラーゲンを多く含むボーマン膜、まばらに分布し、相互に連結した実質細胞と共に、規則的に配置した膠原線維からなる、角膜ストロマ、非細胞デスメ膜、及び角膜内皮からなる複合構造を有する固体組織である。角膜からゲノムDNAを抽出するために、本発明者らは、標準手順を進行する前に、角膜細胞を単離するための具体的方法を開発した。角膜の機械的破壊及び酵素消化を含む、種々の方法を試験した。後者は、最良の結果であり、また、種々の濃度で、種々の型のプロテアーゼすなわち、トリプシン、コラゲナーゼA、ディスパーゼ等を使用して最適化した。図4A及びBは、16時間、03mgmlのコラゲナーゼA及び08mgmlのディスパーゼで消化されたマウス及びウサギ角膜の両方で得られる結果の一例を示す。分子コーミングのための標準抽出については、ゲノムDNAが無作為の場所で破壊されている。したがって、解析されたゲノムDNA分子は、可変長であり、平均約200kbであり、最も長い分子は、両方の型の角膜で1Mbを超えるメガ塩基。角膜から抽出されたDNA繊維のサイズは、単離された細胞から得ることができる一般的なサイズ平均約300kb、最も長い分子は、複数のメガ塩基に達するよりわずかに下回る。マウス角膜におけるHSV1感染の検出したがって、本発明者らは、分子コーミングを、HSV1感染マウス角膜から抽出されたDNAに適合及び適用し、上述するHSV1特異性プローブによってハイブリダイズした。図5に示すように、これは、マウス感染角膜におけるHSV1ゲノムのすべての型の異性体を検出することを可能にした。成熟HSV1ゲノムの検出に加え、本発明の分子コーミング法は、ウイルスが、解析された試料の角膜において積極的に複製していることを示す、コンカテマー図6の検出を可能にする。感染細胞及びマウス角膜における非標準形態の検出本発明者らは、感染マウス角膜抽出物、及び感染細胞抽出物におけるウイルスの複製時の組換えからおそらく発生する、HSV1ゲノムの非標準構造図7Aを検出した。標識した隣接及び重複するHSV1特異性プローブを、HSV1Sc16株感染Vero細胞のコーミングされたDNA抽出物でハイブリダイズし図7B;H1、H2A、H3:グレーで現れるレッドアレキサ594蛍光;H2B、H5:白色で現れるブルーAMCAアレキサ350蛍光;H4、H6:黒色で現れるグリーンアレキサ488蛍光、H4H6領域における非標準構造の割合を評価した。計367のマルチカラーの線状パターンを分類し、20が、非標準H4H6構造を有することが分かった。分子コーミングは、非標準構造の視覚化を可能にし、可能性のあるバーコードの組合せの無限性によって、これらを解析するための強力な方法である。実施例2ヒト免疫不全ウイルスの検出ACH2細胞培養物からの埋込みDNAプラグの調製ACH2細胞株ClousePowellらの文献1989を、筆者の説明に従って培養した。DNAを、SchurraとBensimonの文献2009に記載するとおりに、抽出した。簡潔には、細胞を、107細胞mLの濃度で、1×PBS中で懸濁させ、50°Cで、1×PBS中で調製した低融点アガロースNusieveGTGref50081Cambrex社製の12wv溶液と11の比で完全に混合した。90μLの細胞アガロース混合物を、プラグ形成ウエルBioRad社製ref1703713に注ぎ、4°Cで少なくとも30分間放置して冷却させた。アガロースプラグを、250μLの05MEDTA、1サルコシル、250μgmLプロテイナーゼKEurobio社製コード:GEXPRK01France溶液中で、50°Cで一晩インキュベーションし、次いで、室温で30分間、トリス10mM、EDTA1mM溶液中で2回洗浄した。DNAの最終抽出及び分子コーミング以前に記載されたSchurraとBensimonの文献2009とおりに、ACH2細胞からの埋込みDNAプラグを、DNAをコーミングするために処理した。簡潔には、プラグを、20分間、MES05M溶液中に、68°Cで溶融し、15ユニットのベータ‐アガラーゼNewEnglandBiolabs社製refM0392SMAUSAを加え、放置し、42°Cで最大16時間インキュベートした。次いで、DNA溶液を、テフロン登録商標リザーバに注ぎ、分子コーミングを、分子コーミングシステムGenomicVision社製ParisFrance及び分子コーミングカバーグラス20mm×20mmGenomicVision社製ParisFranceを使用して行った。コーミング表面を、60°Cで4時間乾燥した。HSV1プローブの合成及び標識化Genbank配列M199211に関連するすべてのプローブの座標を、表Fにリストする。本実施例におけるプローブのサイズは、2927~3749bpである。HIV特異性プローブを、LRTaqDNAポリメラーゼRoche社製キットコード:11681842001と、表Gにリストするプライマー、及びテンプレートDNAとしてHIVpNL43のDNAを使用し、ロングレンジPCRによって、生成した。PCR産物を、TOPO登録商標TAクローニングキットInvitrogen社製FranceコードK455040を使用して、pCR登録商標21ベクターにおいてライゲーションした。各プローブの2つの端を、確認目的でシークエンスした。2006年3月のヒトアセンブリ及びHIV1プローブによって、HIV1の挿入部位の側面に位置する2つのフォスミドG248P87988G9とG248P86255A8、又はACH2細胞IshidaHamanoらの文献2006におけるHIV1プロウイルス挿入部位を包含する1つのフォスミドG248P84833H9を、従来のランダムプライミングプロトコールを用いて標識した。ビオチン11dCTP標識については、標識化反応を一晩進行させた以外は、BioPrime登録商標DNAキットInvitrogen社製コード:18094011CAUSAを、メーカーの説明書に従って使用した。ジゴキシゲニン11dUTPについては、キットのdNTP混合物を、表Cに明示する混合物と交換した。200ngの各プラスミドフォスミドを別々の反応で標識した。すべてのHIV1検出では、HIV1をジゴキシゲニン11dUTPによって標識し、フォスミドをビオチン11dCTPによって標識した。反応生成物をアガロースゲル上で視覚化して、DNAの合成を確認した。コーミングされたウイルスDNAにおけるHSV1プローブのハイブリダイゼーション及び検出また、その後の工程も、以前にSchurraとBensimon2009の文献SchurraとBensimon2009に記載されたとおりに、実質的に行った。簡潔には、標識化プローブの混合250ngの各プローブを、20μLのハイブリダイゼーション緩衝液50ホルムアミド、2×SSC、05SDS、05サルコシル、10mMNaCl、30BlockaidInvitrogen社製refB10710CAUSA中に懸濁させた10μgのニシン精子DNA及び25μgのヒトCot1DNAInvitrogen社製ref15279011CAUSAと共にエタノール沈殿させた。プローブ溶液及びプローブを、90°Cで5分間、ハイブリダイザーにおいて共に熱変性させ、ハイブリダイゼーションを、37°Cで一晩、ハイブリダイザーにおいて続け、進行させた。スライドを、室温で5分間、50ホルムアミド、2×SSC溶液中で3回、及び2×SSC溶液中で3回洗浄した。検出抗体層及びBlockAid中のそれぞれの希釈液を、表D及びEに記載する。各層において、20μLの抗体溶液をスライドに加え、コーミングされたカバーグラスで覆い、また、該スライドを、37°Cで20分間、湿度の高い大気中でインキュベートした。該スライドを、室温で3分間、各層と最後の層で、2×SSC、1Tween20溶液中で3回洗浄した。HIV1プローブの125希釈物中テキサスレッド結合マウス抗ジゴキシゲニンJacksonImmunoresearch社製France抗体、並びに、一次抗体として、フォスミドの125希釈物中アレキサ488結合ストレプトアビジン抗体Invitrogen社製Franceを使用して、すべてのHIV1の検出を行った。第2層として、125に希釈したアレキサ594結合ヤギ抗マウスInvitrogen社製France、及び150に希釈したビオチン化ヤギ抗ストレプトアビジンVectorLaboratories社製UKを使用した。フォスミドのアレキサ488蛍光シグナルを増幅するために、付加的な検出層を、125希釈物で第1層に使用するのと同じアレキサ488結合ストレプトアビジンを使用することによって実現した。最後の洗浄工程後、ガラスカバースリップをすべて、エタノール及び乾燥大気中で脱水した。HIV1検出シグナルの分析ACH2細胞調製物のハイブリダイズ‐コーミングされたDNAを、封入剤を使用せずに、40×対象レンズを装備した、逆自動エピ蛍光顕微鏡ImageXpressMicroMolecularDevices社製USAを使用して、走査した。内蔵ソフトウエアによって、シグナルは、視覚的に又は自動的に検出することができる。HIV1の挿入部位の側面に位置する、2つのフォスミドG248P87988G9及びG248P86255A8を使用して、2kbμmの拡張因子SchurraとBensimonの文献2009を使用し、次に示すパターンのうちの1つに対応するFISHシグナルを、考慮し、測定した。HIV1のテキサスレッド/アレキサ594蛍光の連続的なシグナルからなる、FISHシグナル。単離されたHIVプロウイルスDNAに対応する、すべてのシグナルを測定する。2つのギャップ、及びフォスミド配列に対応したアレキサ488蛍光の2つの連続的なシグナルによって側面に位置する、HIV1のテキサスレッドアレキサ594蛍光のシグナル鎖からなる、FISHシグナルアレイ。このシグナルの側面に位置するすべてのテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナル及びギャップの長さを測定し、7p15IshidaHamanoらの文献2006において染色体7に組み込まれたHIV1プロウイルスDNAに対応した。ギャップによって分離した2つのアレキサ488蛍光シグナルを有する、FISHシグナルアレイ。HIV1プロウイルスDNAの組込みのない7p15遺伝子座に対応するギャップの長さを測定した。HIV1プロウイルスの挿入部位を包含する、フォスミドG248P84833H9を使用して、2kbμmの拡張因子SchurraとBensimonの文献2009を使用し、次に示すパターンのうちの1つに対応するFISHシグナルを、考慮し、測定した。HIV1のテキサスレッドアレキサ594蛍光の連続的なシグナルからなる、FISHシグナル。単離されたHIVプロウイルスDNAに対応する、すべてのシグナルを測定する。フォスミド配列に対応したアレキサ488蛍光の2つのシグナルによって側面に位置する、HIV1のテキサスレッドアレキサ594蛍光の連続的なシグナル鎖からなる、FISHシグナルアレイ。すべてのテキサスレッドアレキサ594蛍光シグナルを測定し、7p15IshidaHamanoらの文献2006において染色体7に組み込まれたHIV1プロウイルスDNAに対応した。1つの長いアレキサ488蛍光シグナルを有するFISHシグナルは、HIV1プロウイルスDNAの組込みのない7p15遺伝子座に対応する。ACH2細胞培養物におけるHIV1の検出本発明者らは、分子コーミングを適用して、ACH2細胞株ClousePowelletal1989において完全なHIV1組込みプロウイルスを検出し、これは、7p143IshidaHamanoらの文献2006におけるNT5C3サイトゾル5ヌクレオチダーゼIII遺伝子中のそのゲノムにHIV1の特有の組込み形態を含む。挿入部位の側面に位置する標識フォスミドG248P87988G9及びG248P86255A8を、標識HIV1プローブより同時に、コーミングされたACH2DNAでハイブリダイズした。102kb08kbの平均サイズを、1又は両方のフォスミドによって側面に位置する124のHIV1FISHシグナルの測定から得、これは、HIV1の予想サイズに相当した図8A、HIVプローブ:赤テキサスレッドアレキサ594蛍光、フォスミド:緑アレキサ488蛍光。2006年3月のヒトアセンブリによって、NT5C3遺伝子の正常な対立遺伝子を検出し、フォスミドG248P87988G9及びG248P86255A8のFISHシグナル間のギャップの長さの測定によって、328±18kbの平均サイズとなり、31kbの予想サイズを軽く上回った。この結果は、分解によって、分子コーミングが、この遺伝子座に関する情報を更に有し得ることを示す図8B。さらに、133の単離されたHIV1FISHシグナルを、このコーミングされたACH2DNA調製物で測定し、1005kbの079kbの平均サイズであった図8C。これは、以前に記載されたIshidaHamanoらの文献2006、予想された特有のHIV1挿入部位と異なり、他のACH2ゲノム若しくはHIV1の他の挿入部位に存在し、又は非組込み形態のHIV1が、ACH2核において持続性を有することを示唆する。挿入部位を包含する標識フォスミドが、標識HIV1プローブより同時に、コーミングされたACH2DNAでハイブリダイズする場合、同様の観察を行う図8D。104kb05kbの平均サイズを、フォスミドのシグナル内の57のHIV1FISHシグナルの測定から得、これは、HIV1プロウイルスの予想サイズに相当したHIVプローブ:レッドテキサスレッドアレキサ594蛍光、フォスミド:グリーンアレキサ488蛍光。さらに、35の単離されたHIV1FISHシグナルも、このコーミングされたACH2DNA調製物で検出及び測定し、1003kb082kbの平均サイズであった図示せず。これらの結果は、分子コーミングが、HIVゲノムDNAの構造を解析するための、及び特有の分子レベルで、生体試料において、ゲノムDNA中のその組込みを定量化するための、強力な方法であることを示す。実施例3分子コーミングによる癌遺伝子の検出実施例1におけるHSVゲノムDNAの検出に類似する方法で、ウイルス癌遺伝子の存在を検出するように、プローブを設計する。プローブを、関心を惹く活性のあるウイルス癌遺伝子の80~100を相補するように設計し、分子コーミングを行う。結果は、対象において活性のある癌遺伝子の存在を示し、これは、診断的介入及び治療的介入をもたらす。実施例4分子コーミングを用いる、感染性ウイルスDNAの再編成の検出実施例1におけるHSVゲノムDNAの検出に類似する方法で、感染性ウイルスDNAの種々の再編成の存在を検出するように、プローブを設計する。種々の着色蛍光プローブによって認識される種々のハプテンによって標識された、種々のプローブ集合を、関心を惹く活性のあるウイルス癌遺伝子の80~100を相補するように設計し、分子コーミングを行う。対象の細胞、組織又は体液のウイルス遺伝子の編成における変化を用いて、癌遺伝子へのプロト癌遺伝子の変換による腫瘍形成性の危険性又は誘発等の、ウイルスゲノムの再編成に関連するウイルス疾患又は疾患の進行の危険性を診断するか、又は予後する。実施例5分子コーミングによる遺伝子療法のモニタリング実施例2におけるHIV1のプロウイルス形態の検出に類似する方法で、組込み治療アデノウイルスベクター又はこれを有するトランスジェネティック配列の80~100を相補するように、プローブを特別に設計する。宿主染色体に組み込まれた遺伝子組換え物質の存在を検出するために、特別に設計したプローブを使用して、導入遺伝子を積極的に発現することができる形態で遺伝子組換え物質が編成されるか否かについて、分子コーミングを行う。対象における導入遺伝子の量を縦方向に追跡し、治療アデノウイルスベクターをいつ再投与するか、及びこれを再投与するか否かについて決定する。参考文献特許引用による組込み本開示によって引用するか、又は本開示に言及する、それぞれの文献、特許、特許出願若しくは特許公報は、特に、本明細書における言及の引用の周囲にある具体的な主題に関して、その全体が引用により組み込まれる。但し、かかる引用が、背景技術と、引用文献の正確さ及び妥当性を疑う権利とを構成することを容認するものではない。