"疾患と診断された患者にチピファルニブを処方するための方法であって、i5’-CGCTTCCGATTGGGCTAC-3’、ii5’-AGAATCAAAATCCTGGCTGATC-3’、iii5’-CTGGACGATCTCATTGACAGC-3’、及びiv5’-CTTGCAACAGTTGGTTACTTCG-3’からなる群からの少なくとも1つのプライマーを用いた標的リボ核酸からのシグナルの増幅においてRASGRP1及びAPTXの発現を評価することを含む、方法。RASGRP1遺伝子の発現の比が、APTXの発現レベルに対して推定される、請求項1に記載の方法。前記アッセイが、1個のチューブ内で多重フォーマットで行われる、請求項1に記載の方法。外因性コントロールを使用して、APTXに対するRASGRP1の発現レベルの比を決定することを更に含む、請求項2に記載の方法。前記APTXに対するRASGRP1の発現レベルの比を、約5.2のΔΔCt閾値と比較する、請求項4に記載の方法。前記APTXに対するRASGRP1の発現レベルの比を、約4.7のΔΔCt閾値と比較する、請求項4に記載の方法。前記APTXに対するRASGRP1の発現レベルの比を、特定の感度若しくは特異度又はROC分析における感度と特異度との最大の和に対応した閾値と比較する、請求項4に記載の方法。曲線下面積が約70以上である、請求項7に記載の方法。前記外因性コントロールが、1つ又は2つ以上の参照細胞系統、JYRNA、UniversalRNA、標準化された参照RNA、及び参照患者試料からなる群から選択される、請求項4に記載の方法。試料が、i骨髄試料、及びii血液試料、の少なくとも一方を含む、請求項1に記載の方法。i5’-CGCTTCCGATTGGGCTAC-3’、ii5’-AGAATCAAAATCCTGGCTGATC-3’、iii5’-CTGGACGATCTCATTGACAGC-3’、及びiv5’-CTTGCAACAGTTGGTTACTTCG-3’からなる群からの少なくとも1つのプライマーを用いた標的リボ核酸からのシグナルの増幅においてRASGRP1及びAPTXの発現を評価することによって、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤の投与を含む治療に対して応答する確率が高い患者を同定するためのアッセイ。外因性コントロールを用いて、APTXに対するRASGRP1の発現レベルの比を決定することを更に含む、請求項11に記載のアッセイ。本開示では、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤とエトポシドとの組み合わせによる治療に対する応答を予測するマーカーを同定する。これらのマーカーは、応答を示さない確率が高い患者を望ましくない副作用にさらすことを回避する一方で、潜在的な応答患者に対する使用が見合わされない低い応答プロファイルを示す癌の治療法を同定することを可能とする。好ましい実施形態は、FTIを、エトポシド、テニポシド、タモキシフェン、ソラフェニブ、パクリタキセル、テモゾロミド、トポテカン、トラスツズマブ、及びシスプラチナムのうちの1つ又は2つ以上とともに含むFTI併用治療に特定の患者が応答する確率が高いか否かを、高い信頼性でかつ迅速に予測することを可能とする。好ましいFTI併用治療は、チピファルニブをエトポシドとともに含む。更に本開示は、多くの可能な治療法の中でも最も有効な治療法を選択し、より効果的な治療法に切り換える必要を満たすものである。多くの原因、合併症、及び治療法を有するAMLを治療する目的の1つは、特に患者が高齢である場合に、患者の特定の治療法の有効性をタイムリーかつ正確に予測することである。開示される、FTI併用治療に対して生じ得る応答の個別の予測は、潜在的に応答を示さない患者に代替的な治療法を提供する一方で、応答を示す確率の高い患者をFTI併用治療により治療することを可能とするものである。好ましい治療法は、従来の細胞毒性療法の候補とならないAMLを有する高齢者におけるものを含む骨髄性悪性疾患においてAML及びMDSの実証された完全回復率が最大で15である、経口投与可能な非ペプチド模倣性ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤であるチピファルニブを含む。チピファルニブは、高リスク型の骨髄異形成、並びに、原発性骨髄線維症及びイマチニブ耐性慢性骨髄性白血病などの骨髄増殖性疾患においても有効である。この奏功率における大幅な改善は、チピファルニブに対して応答を示さない確率が極めて高い患者にチピファルニブを投与することを回避するうえで望ましい。骨髄性疾患と診断された患者がFTI併用治療の候補となるか否かを同定するための方法は、第1の治療成績を有する第1のアッセイを投与することを含む。この治療成績、又はこの治療成績の逆数が所定の閾値未満である場合、患者は、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤と、エトポシド、テニポシド、タモキシフェン、ソラフェニブ、パクリタキセル、テモゾロミド、トポテカン、トラスツズマブ、及びシスプラチナムからなる群から選択される薬剤との組み合わせの投与をそれぞれ必要とする第1の治療群による効果が得られる確率が低いものとしてフラグ付けされる。患者がフラグ付けされない場合、患者に投与するための治療が治療群から選択される。妥当な範囲でできるだけ大きな群に対して有効な治療が否定されることを避けるためには、所定の閾値の選択は、治療群から選択される治療の効果について高い陰性予測値が存在する場合に患者がフラグ付けされるようなものであることが好ましい。したがって、高い陰性予測値によれば、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤と別の薬剤との組み合わせによる治療による効果が得られる確率が最も低い患者をフラグ付けすることが求められ、効果的である。注意すべき点として、患者のフラグ付けは、患者が治療による効果を得る確率が高いことを判定するという正の行為であってもよく、あるいは患者が治療による効果を得ないことを判定するという負の行為であってもよい。したがって、フラグ付けは、群を同定すること又は更には群を規定することとしても理解されるべきである。また、治療による効果が得られる確率を高めるためには、所定の閾値の選択は、治療群から選択される治療による効果について高い陽性予測値が存在する場合に患者がフラグ付けされるようなものとすることもできる。これは、互いに区別することが可能な多くの競合する治療がある場合に一般的に好ましい。更に、治療群から選択される治療による効果が得られる確率が高いと同定された患者についても、治療は、その治療の相対的な陽性予測値に基づいて、好ましくはその群の他の治療に対する陽性予測値に基づいて選択される。好ましい一実施形態では、骨髄性疾患は急性骨髄性白血病である。別の態様では、開示される方法を用いて、過去の治療に対する患者の応答の低下が検出されることに応じて、患者を異なる今後の治療に切り換えるべきか否かを同定することもできる。異なる治療には緩和治療が含まれうる。また、異なる治療は、FTIと、エトポシド、タモキシフェン、ソラフェニブ、パクリタキセル、テモゾロミド、トポテカン、トラスツズマブ、及びシスプラチナムなどの薬剤との異なる組み合わせを含んでもよい。ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤と別の薬剤との組み合わせによる治療の陽性予測値は、治療に対して陽性応答を示すことが予想される患者の割合に基づいて決定され、ここで陽性応答とは完全寛解を含み、その際、更に、完全寛解とは、5未満の骨髄芽球が存在し、いずれの細胞系統も正常に成熟していること、ANCが少なくとも1000/μLであり、血小板数が少なくとも100,000/μLであること、末梢血中に芽球が存在しないこと、骨髄中に同定可能な白血病細胞が存在しないこと、疾患に関連した細胞遺伝学的異常が認められないこと、及び以前に存在していたあらゆる髄外疾患が認められないことによって定義される。更に、好ましい一実施形態では、陽性応答には更に部分寛解が含まれ、ここで部分寛解とは、ANC及び血小板の、上記に述べたレベルまでの回復をともなうが、骨髄芽球は5~25である、骨髄中に三血球系造血の存在、及び骨髄芽球の比率のベースラインから少なくとも50の減少により定義される。更に、別の好ましい実施形態では、陽性応答には更に血液学的改善が含まれる。血液学的改善とは、骨髄芽球の少なくとも50の減少若しくは任意の測定可能な髄外疾患の減少、ANCの500~1000/μLへの回復、血小板数の20,000~100,000/μLへの回復、又は輸血の必要性における改善によって定義される。開示される方法の好ましい一実施形態では、RASGPR1及びAPTX遺伝子の発現レベルをポリメラーゼ連鎖反応PCRを用いて推定する。このPCR反応は、参照PCR反応とともに1個のチューブ内で行うことができる。このような増幅反応用の試料は、i骨髄試料、及び/又はii血液試料の1つ又は2つ以上とすることができる。RASGPR1及びAPTXの2つのマーカーの発現レベルの比は、外部正規化コントロールを用いて推定することができる。好ましい一実施形態では、RASGRP1について、CTGGACGATCTCATTGACAGCTGCATTCAATCTTTTGATGCAGATGGAAACCTGTGTCGAAGTAACCAACTGTTGCAAG配列番号1、及びAPTXについて、CGCTTCCGATTGGGCTACCACGCCATTCCGAGTATGAGCCATGTACATCTTCATGTGATCAGCCAGGATTTTGATTCT配列番号2からなるアンプリコンの増幅を、i5’-CGCTTCCGATTGGGCTAC-3’配列番号3APTX上流プライマーii5’-AGAATCAAAATCCTGGCTGATC-3配列番号4APTX下流プライマー、iii5’-CTGGACGATCTCATTGACAGC-3’配列番号5RASGPR1上流プライマー、及びiv5’-CTTGCAACAGTTGGTTACTTCG-3’配列番号6RASGPR1下流プライマーからなる群から選択されるプライマーペアを用いて行う。R115777、RASGRP1及びAPTXなどのFTIに対する臨床的に有意な応答を予測するうえでの2遺伝子の発現比RASGRP1:APTXの効果及び実用性は、以前に治療が行われていない低リスク型の急性骨髄性白血病AMLを有する高齢者からの骨髄を、網羅的遺伝子発現及び/又は特定の遺伝子の定量的PCRqPCRを用いてN-RAS変異について調べることによって同定されている。マイクロアレイプロファイリングによって、2遺伝子発現比RASGRP1:APTXは、チピファルニブに対する応答を予測するうえで最も高い精度をもたらすものとして同定されている。この分類試験によって、再発性又は不応性のAMLを有する患者におけるチピファルニブに対する応答が予測されており、陰性予測値及び陽性予測値はそれぞれ92及び28であったオッズ比=4.4。したがって、新たに診断されたAML及び再発性又は不応性のAMLの両者において、この分類試験により、高いNPVを維持しながら全体の奏功率が約50高められ、患者の全体の生存率が大幅に向上する。このような2遺伝子分類試験はqPCRの助けによって行うことができるが、qPCRを用いた場合、ある研究では、それぞれ81及び50の陰性予測値NPV及び陽性予測値PPVが観察されているオッズ比=4.3。このデータは、単純な2遺伝子発現アッセイを用いて、チピファルニブR115777に応答する確率が高いAML患者を同定することができることを示している。更に、このような2遺伝子アッセイは、新たに診断された患者においてばかりではなく、再発性又は不応性のAMLを有する患者においても、例えば誘導療法の後、また、維持療法を行う目的で用いることができる。例示的な一実施形態では、末梢全血試料を採取する工程と、試料からRNAを単離する工程と、上記に述べたプライマーを用いて、上記に述べたアンプリコンを増幅する工程と、UniversalRNA又は別の外因性コントロールRASGRP1及びAPTXRNA化学種を含む参照群において、上記に述べたアンプリコンを同じ反応のセットで増幅する工程と、各反応についてCt値を測定する工程と、Ctが40サイクルよりも高い試料又は反応を棄却する、より好ましくはCtが37サイクルよりも高い試料又は反応を棄却する、更により好ましくはCtが35サイクルよりも高い試料又は反応を棄却する、最も好ましくはCtが30サイクルよりも高い試料又は反応を棄却する工程と、によって迅速に2遺伝子比RASGRP1:APTXを求める。次に、RASGRP1:APTX比を次に述べるようにして計算する。RASGRP1:APTX比=2^-A-B-C-D式中、A:試料のRasGRP1のCt値B:JY又はUniversalRNAのRasGRP1のCt値C:試料のAPTXのCt値D:JY又はUniversalRNAAPTXのCt値。アッセイによって得られた結果を応答と比較する。アッセイの性能を推定するには、曲線下面積AUC値を、例えばMedCalcソフトウェアパッケージを用いた受信者操作特性ROC曲線分析に基づいて好ましくは計算する。好ましい本方法では、比が所定の閾値を上回る場合には、患者は高確率応答患者として分類される。そうでない場合には、患者は非応答患者である。所定の閾値は、所望のアッセイ性能、又は感度若しくは特異度又は感度及び特異度の最大和などの別の性能基準に対応したAUCによって好ましくは定義される。したがって、特定の閾値は使用される参照RNAY若しくはUniversal又は別のRNAセットによって異なり得るが、本明細書において望ましい、患者の層別化における閾値の性能は、同等な患者の層別化を行いながらRTPCRアッセイにおいて異なる参照RNA及び他の実験条件の使用を可能とするものである。本開示は閾値の選択を可能とするものであり、RASGRP1及びAPTXの発現レベルの比をこの閾値と比較することによって、ファルネシル阻害剤と、エトポシド、テニポシド、タモキシフェン、ソラフェニブ、パクリタキセル、テモゾロミド、トポテカン、トラスツズマブ、及びシスプラチナムからなる群から選択されるか又はこれらの群から選択される要素の誘導体である別の薬剤との組み合わせによる治療に対する応答患者が同定される。好ましい例示的な実施形態において、閾値の選択は、血液試料を処理してRASGRP1及びAPTXの発現レベルの比を得ることを含む。閾値は、治療の陽性予測値、応答患者を同定する陰性予測値、ROC分析におけるAUC、感度及び特異度からなる群からの測定値の1つ又は2つ以上のものを高めるように選択される。好ましい一実施形態では、RASGRP1又はAPTXの発現レベルはRT-PCRを用いて測定されるが、対象となる遺伝子の発現を測定する他の方法で代用することもできる。UniversalRNAストラタジーン社STRATAGENE商標より販売の代わりに、別の外因性コントロールRNAを一般性を失うことなく使用することができる点に留意されたい。しかしながら、RASGRP1:APTX比の所定の閾値は調整を必要とする場合もある。所定の閾値は、AUCを一定に保つために、ROC分析を用いて評価することができる。例えば、参照としてJYRNAJY細胞系統より得たものを用いることにより、5.2の閾値が求められている。より幅広く利用されている標準化されたUniversalRNAに切り換えることにより、閾値が7.3に調整され、AUCが一定となった。このような閾値の差は、参照RNA中のRASGRP1及びAPTXの異なる相対量を反映したものである。他の試薬も、閾値の計算において更に差を生じうる。更に、閾値は、感度又は特異度の必要条件がある場合、それに基づいて調整することもできる。したがって、推定される非応答患者が代替的な療法の候補である場合には、最大多数の患者においてAMLが治療される全体の確率を高めるために、いずれかの治療法に適した患者の数が最大となるような閾値を選択することが推奨される。この点に関して、比較的高い寛解率で誘導療法を行うことが可能な若年患者の能力を考慮すると、こうした若年患者をFTI単独、又は別の薬剤との組み合わせによる治療について評価する場合には、誘導療法が適用されない高齢患者を評価するために用いられる閾値とは異なる閾値を用いることができる。こうした閾値は、高い特異度を反映するように選択することによって、チピファルニブのようなFTIによる治療に応答する確率が極めて高い患者を同定することができる。また、誘導療法とFTIとの組み合わせは、相乗的ではないことが知られているが、患者に効果的な治療をタイムリーに提供するものであるAMLの治療ではタイムリー性が重要な因子である。これにより、患者に可能な治療が行われないということがなくなる。場合により、例示的な一実施形態では、HMBSからのRNAを更に増幅及び検出することで、HMBSRNAの値が異常に低い場合に試料が疑わしいものとしてフラグ付けされるように、試料の完全性が調べられる。HMBSRNAの場合の好ましいアンプリコンは、CCTGCCCACTGTGCTTCCTCCTGGCTTCACCATCGGAGCCATCTGCAAGCGGGAAAACCCTCATGAT配列番号7であり、以下のプライマー:CCTGCCCACTGTGCTTCCT配列番号8HMBS上流プライマー及びATCATGAGGGTTTTCCCGCT配列番号9HMBS下流プライマーを用いて増幅される。アンプリコンの検出は、好ましくは以下のプローブを用いて行われる。FAM-CATTCAATCTTTTGATGCAGATGGAAACCTG-BHQ1,RASGPR1,Taqmanプローブ配列番号10、Gold540-CACGCCATTCCGAGTATGAGCCATGTAC-BHQ2,APTX,TaqManプローブ配列番号11、及びCy5-GCTTCACCATCGGAGCCATCTGCA-BHQ1,HMBS,TaqManプローブ配列番号12。直ちに認識されるように、プローブは、配列の選択においてのみでなく、それらに用いられる特定のタグに関しても一般性をほとんど失わずに異なり得る。本開示はまた、2遺伝子の比RASGRP1:APTXが、標準化された試薬を用いて1個のチューブ内で行われるqPCRによって迅速にアッセイすることが可能であることを実証するものである。このアッセイは、高齢患者を含む、新たに診断されたAML患者、及び再発性又は不応性のAML患者の中から高確率応答患者を同定するうえで予測的な実用性を有するものである。更に、このアッセイでは、末梢血試料を得るのに必要とされる手技よりもはるかに侵襲性の高い手技を必要とする、従来の骨髄試料の代わりに末梢血試料を使用することができる。このような2遺伝子の比は、骨髄性疾患と診断された患者にチピファルニブを処方するための方法において有用である。このような方法の1つでは、RASGRP1及びAPTXの発現の評価は、骨髄又は血液などの試料において、i5’-CGCTTCCGATTGGGCTAC-3’、ii5’-AGAATCAAAATCCTGGCTGATC-3’、iii5’-CTGGACGATCTCATTGACAGC-3’、及びiv5’-CTTGCAACAGTTGGTTACTTCG-3’からなる群からの少なくとも1つのプライマーを用いて標的リボ核酸からのシグナルを増幅することにより行われる。次いでRASGRP1遺伝子の発現レベルを、APTX、β-アクチン及びHMBSの発現レベルからなる群の1つ又は2つ以上に対して、好ましくは1個のチューブ内で多重フォーマットで推定する。APTXに対するRASGRP1の発現レベルの比を決定する。患者におけるこの比が、好ましくは約5.1又は約5.2である閾値よりも大きい場合、患者にチピファルニブを処方する。好ましい一実施形態では、チピファルニブは、チピファルニブと相乗作用を示す別の薬剤とともに処方される。このような薬剤は、エトポシド、テニポシド、タモキシフェン、ソラフェニブ、パクリタキセル、テモゾロミド、トポテカン、トラスツズマブ、及びシスプラチナムからなる群から選択される要素の1つ又はその誘導体であってよい。最も好ましい投与は、チピファルニブとエトポシドとによるものである。本発明はまた、チピファルニブとエトポシドを骨髄性疾患と診断された患者に投与するための方法を促進する。上記と同様、RASGRP1及びAPTXの発現比が約5.1又は約5.2の閾値を上回るか否かを最初に判定する。比がこの閾値を上回る場合には、チピファルニブを投与する。これら及び他の詳細を下記に以下の図面の助けにより説明するが、これらの図面の多く並びに本明細書の各部分は本明細書に援用するところの米国特許第7,932,036号に基づき、当該特許と共有されるものである。本明細書において言及する治療薬剤にはFTIが含まれる。FTIは様々な形態を取りうるが、癌及び増殖性疾患に関連するタンパク質のファルネシル化を阻害又は低減させる基本的な阻害機能を共有している。好ましくはFTIは、AMLなどの白血病の治療に適用されるものである。多くのFTIが本開示の範囲に含まれるが、米国特許第5,976,851号、同第5,972,984号、同第5,972,966号、同第5,968,965号、同第5,968,952号、同第6,187,786号、同第6,169,096号、同第6,037,350号、同第6,177,432号、同第5,965,578号、同第5,965,539号、同第5,958,939号、同第5,939,557号、同第5,936,097号、同第5,891,889号、同第5,889,053号、同第5,880,140号、同第5,872,135号、同第5,869,682号、同第5,861,529号、同第5,859,015号、同第5,856,439号、同第5,856,326号、同第5,852,010号、同第5,843,941号、同第5,807,852号、同第5,780,492号、同第5,773,455号、同第5,767,274号、同第5,756,528号、同第5,750,567号、同第5,721,236号、同第5,700,806号、同第5,661,161号、同第5,602,098号、同第5,585,359号、同第5,578,629号、同第5,534,537号、同第5,532,359号、同第5,523,430号、同第5,504,212号、同第5,491,164号、同第5,420,245号、同第5,238,922号、及び米国特許出願公開第20030050323号に述べられるものが挙げられる。非ペプチド性のいわゆる小分子治療薬が好ましい。より好ましいFTIは、キノリン、又は7-3-クロロフェニル-9-[4-クロロフェニル-1H-イミダゾル-1-ylメチル]-2,3-ジヒドロ-1H,5H-ベンゾ[ij]キノリジン-5-オン、7-3-クロロフェニル-9-[4-クロロフェニル-1H-イミダゾル-1-ylメチル]-1,2-ジヒドロ-4H-ピロロ[3,2,1-ij]キノリン-4-オン、8-[アミノ4-クロロフェニル1-メチル-1H-イミダゾル-5-yl,メチル]-6-3-クロロフェニル-1,2-ジヒドロ-4H-ピロロ[3,2,1-ij]キノリン-4-オン、及び8-[アミノ4-クロロフェニル1-メチル-1H-イミダゾル-5-ylメチル]-6-3-クロロフェニル-2,3-ジヒドロ-1H,5H-ベンゾ[ij]キノリジン-5-オンなどのキノリン誘導体である。最も好ましいFTIは、B-6-[アミノ4-クロロフェニル1-メチル-1H-イミダゾル-5-ylメチル]-4-3-クロロフェニル-1-メチル-21H-キノリノンである。治療の効果の理解を助け、異なる治療同士を比較するために治療に対する応答を分類することが望ましい。各治療を評価するための多くの基準が存在する。例えば、ある実施形態では好中球数が1,000であれば応答を同定するうえで充分であり、他の実施形態では1,400又は1,500の好中球が必要とされる場合もある。同様に、血小板数は100,000~140,000の間で異なりうる。更に、1つの細胞系統における一定の割合の改善が必要とされる場合もあり、あるいは他の評価では、2つの細胞系統における改善、又は更には3つの細胞系統のすべてにおける改善が必要とされる場合もある。こうした変化が求められる時間の長さは、1ヶ月又は2ヶ月更にはそれ以上の範囲であり得る。好ましい一実施形態では、FTIに応答する患者は、FTIによる治療後に、骨髄において少なくとも芽球細胞の50よりも大きな減少が見られる患者である。通常、部分的な応答に必要とされる改善度は変動しやすい傾向があり、血液学的改善によって表される改善は、異なる研究者及び/又は医師による評価間で極めて変動しやすい。FTIの投与に対する応答を評価するための代替的な同様の基準は、そうでない旨が明示されていないかぎりは、治療に対する応答の予測に関する特許請求の範囲の範囲に含まれるものとする。好ましい一実施形態では、治療に対する陽性応答は、完全寛解CR、部分寛解PR、及び血液学的改善HIの比率を含む。残りの疾患記述子としては進行疾患状態PDがあり、残りの非応答患者は安定疾患状態SDを呈しているとみなされる。陽性応答患者の各分類について次に述べる。完全寛解CRは、骨髄芽球が5未満でいずれの細胞系統も正常に成熟しており、ANCが少なくとも1000/μLかつ血小板数が100,000μLであり、末梢血中に芽球が存在せず、骨髄中に同定可能な白血病細胞が存在せず、疾患に関連した細胞遺伝学的異常が認められず、及び以前に存在していたあらゆる髄外疾患が認められない骨髄によって特徴付けられる。CRは、最初の判定の4~6週間後に確認されなければならない。可能な場合には、少なくとも1回の骨髄生検を行ってCRを確認するべきである。CRでは、骨髄の所見は正常であり、芽球は5未満、正常な成熟を示し、異形成は認められないことが予想される。末梢血では、1平方ミリメートル当たり、ヘモグロビンは11グラムよりも多く、好中球は1,500個以上、血小板は100,000個以上であり、芽球は認められず、異形成も認められない。更に、AMLが治癒したとみなされるためには、理想的にはCRの患者における再発のリスクが一般集団におけるAMLのリスクと同じでなければならない。部分寛解PRは、ANC及び血小板が上記に述べたレベルまでの回復をともなうが、骨髄芽球が5~25である、骨髄中の三血球系造血の存在、及び骨髄芽球の比率のベースラインから少なくとも50の減少によって好ましくは同定される。PRは、最初の判定の4~6週間後に確認されなければならない。血液学的改善HIとは、骨髄芽球の少なくとも50の減少若しくは任意の測定可能な髄外疾患の減少、ANCの500~1000μLへの回復、血小板数の20,000~100,000μLへの回復、又は輸血の必要性における改善によって好ましくは特徴付けられる。安定疾患状態SDは、CR、PR、HI、又はPRの基準を満たさない治療に対する任意の応答によって同定される。進行疾患状態PDは、以下のいずれかによって特徴付けられる。最良の評価からの骨髄芽球の比率の50よりも大きな増加、循環中の芽球の50よりも大きな増加、循環中の芽球の新たな出現少なくとも2回連続して、髄外疾患の発症、骨髄芽球の比率の50よりも大きな増加を疾患の進行の基準として用いることができないくらいに高い初期の骨髄芽球の比率を示す患者においては、疾患の進行の基準としては、末梢血の基準、循環中の芽球の新たな出現少なくとも2回連続して、及び/又は髄外疾患の発症を用いるべきである。応答の長さは、CR又はPRについて測定基準が満たされた時点からいずれか最初に記録された方再発性又は進行性疾患が客観的に判定される最初の日までとすることが好ましい。CRの長さは、CRについて最初に測定基準が満たされた時点から再発性疾患が客観的に判定される最初の日までである。安定疾患状態の長さは、安定疾患状態を有する患者において、治療の開始から進行状態の基準が満たされるまでである。無増悪生存期間PFSは、治験への組み入れと、再発性又は進行性疾患が客観的に判定された最初の日又はあらゆる原因による死亡との間の時間を表す。全生存期間は、この治験への組み入れ時から死亡時までである。ゲノム内にタンパク質又はペプチドを発現する能力を有する核酸配列遺伝子が存在するというだけで、タンパク質又はペプチドが特定の細胞で発現されるか否かを決定することはできない。タンパク質又はペプチドを発現することが可能な特定の遺伝子がタンパク質又は遺伝子を発現するか否か、及びそのような発現が生じるとすればどのような程度で生じるかは、様々な複雑な因子によって決定される。これらの因子を理解及び評価することは困難であるにも関わらず、遺伝子発現をアッセイすることによって、薬剤又は他の治療薬の導入などの所定の刺激に対する細胞応答について有用な情報を得ることができる。遺伝子の活性度又は不活性度の相対的な目安は、遺伝子発現プロファイルに見ることができる。遺伝子発現プロファイルを用いることにより、特定の療法による効果が得られる確率が高い患者を同定及び治療するか、又は、患者が薬剤又は療法に対する有益な応答をほとんどあるいはまったく示さない確率が高い場合に、その患者をその療法から除外することができる。遺伝子発現プロファイルを確立するための好ましい方法関連のある生物学的経路に到達するために用いられるものを含むは、タンパク質又はペプチドをコードし得る生成されたRNAの量を決定することを含む。これは、逆転写PCRRT-PCR、競合的RT-PCR、リアルタイムRT-PCR、ディファレンシャルディスプレイRT-PCR、ノーザンブロット分析、及び他の関連した試験によって行うことができる。個々のPCR反応を用いてこれらの方法を行うことが可能であるが、mRNAより調製されるコピーDNAcDNA又はコピーRNAcRNAを増幅することが最適である。遺伝子発現を決定するためのいくつかの方法を、米国特許第6,271,002号、同第6,218,122号、同第6,218,114号、及び同第6,004,755に見ることができる。好ましい一方法では、患者がFTI治療薬の使用に対して応答する確率が高いか否かを判定するために、2遺伝子の比RASGRP1:APTXを計算する。遺伝子発現の値に対して用いられる比又は2遺伝子の比RASGRP1:APTXなる用語は、本開示においては文脈より直ちに明らかとなる一定範囲の技術的解釈を有する。基本的レベルにおいて、形態は異なり得るもののその意味は同じである。例えば、qPCR技術を用いる場合、対象となる2遺伝子の比に相当するΔCt値は、当業者には周知のように容易に得られる。この値は、例えば、その遺伝子について平均のCt値を引き、その遺伝子についてCt値の標準偏差によって割ることによって、各遺伝子の発現レベルについて正規化したCt値を用いることによって得ることができる。このような2遺伝子の正規化されたCt値の間の差であるΔCt値は、遺伝子の発現の比と、この比が大きくなるに従ってΔCt値が小さくなる及びその逆という点で対応している。このような正規化されたΔCt値の例が、RASGRP1及びAPTXについて図6のY軸上に示されている。このようなΔCt値、更には正規化されたΔCt値を、本開示では2遺伝子比RASGRP1:APTXと呼ぶ場合がある。1つの例が図3Aに示されており、Y軸上にΔCt値に関して閾値0が示され、応答患者は閾値の下となっている。この閾値0は、2遺伝子の比RASGRP1:APTXを図6のX軸に沿ってプロットされたデータのようなアレイデータとして表した場合に閾値1と一致する。図6は、比RASGRP1:APTXを決定する1つの方法から別の方法への移行が容易に可能であることを示しているのに過ぎない。また、この比は、異なる試料を基準検量用/参照RNAと比較するΔΔCt値に基づいた正の数として表すこともできる。閾値は試験環境下で患者を層別化するその性能によって主として定義されるため、閾値は実験条件に基づいて変化し得るものであり、また実際に変化することから、このような共通の検量用試料の使用によりアッセイの携帯性及び信頼性がより高くなる。RTPCRを使用する好ましい一実施形態では、本開示の他の箇所で説明するΔΔCt値に基づく正の値として表される2遺伝子比RASGRP1:APTXは、チピファルニブに対する応答患者をチピファルニブに対する非応答患者から層別化するため5.2の値となる。ΔΔCt値に基づく正の値として表されるRASGRP1:APTXの2遺伝子比の値の例が図12BのY軸上にプロットされており、やはり2遺伝子比RASGRP1:APTXと呼ばれているが、文脈よりどの解釈が用いられるべきかは明らかであろう。厳密に言えば、ΔΔCt値の1つ又は2つ以上に基づいた値として、アレイデータに関してはΔCt値及び単にΔΔCt値として表される閾値、すなわち2遺伝子比RASGRP1:APTXは、比較可能ではあるが、こうしたマッピングを助ける更なる情報がない場合には、それら自体は直ちに相互変換可能ではない場合があることは当業者であれば認識されるであろう。本明細書における特許請求の範囲及び説明は、このような考慮点を踏まえたうえで読まれるべきである。2遺伝子比RASGRP1:APTXは説明を分かりやすくするため、2遺伝子のΔΔCt比RASGRP1:APTX若しくは2遺伝子のΔCt比RASGRP1:APTX、又はΔΔCt閾値又はΔCt閾値として示されるが、このような説明が与えられていない場合には、文脈によって正しい解釈が直ちに与えられる。応答患者を非応答患者から区別するための閾値が確立されたなら、下記に述べるようにして2遺伝子比をコンピュータ読み取り可能な媒体などの媒体中に保存する。異常細胞AMLの場合では造血芽球細胞などを含む患者試料を得る。好ましい一実施形態では、次に異常な患者細胞から試料RNAを得て増幅し、更にPCRによって増幅し、外部正規化コントロールの助けにより2遺伝子比を計算する。次いで、好ましい一実施形態では、2遺伝子比が所定の閾値よりも大きい場合、その患者を高確率応答患者として同定し、そうではない場合には非応答患者として同定する。同様にして、2遺伝子比を用いて、治療の経過全体を通じて異なる時間においてFTIを含む治療に対する応答を監視することができる。2遺伝子比が応答患者に適応している場合、患者の治療は継続される。2遺伝子比が適応していない場合には、患者の治療は変更される。このような分析は、検出可能な臨床的指標に先立って、又は不明瞭な臨床的指標に際して、介入及び療法の調整を行うことを可能とするものである。好ましい実施形態は、コンピュータ読み取り可能な媒体磁気、光学などなどの自動的に読み取り可能な媒体に縮小された、疾患を治療、診断、予知、ステージ分類、及び他の方法で評価するうえで有用な遺伝子発現プロファイルの表現を含み得る。好ましい実施形態は、こうした媒体中の遺伝子発現プロファイルを評価するための命令を更に含み得る。例えば、好ましい実施形態は、上記に述べた遺伝子のポートフォリオの遺伝子発現プロファイルを比較するためのコンピュータ命令を有するCDROMを含み得る。好ましい実施形態は更に、デジタル記録された遺伝子発現プロファイルを有してもよく、これらを患者試料からの遺伝子発現データと比較することができる。また、これらのプロファイルは、異なる表現フォーマットで記録されてもよい。そのようなフォーマットの1つとしてグラフィック記録がある。上記に述べたOMNIVIZ及びTREEVIEWコンピュータプログラムに組み込まれたものなどのアルゴリズムをクラスター化することにより、こうしたデータの可視化を最も効果的に助けることができる。薬剤の生物学的作用は、1つ又は2つ以上のRNA種の転写又は分解の速度、1つ又は2つ以上のポリペプチドの翻訳又は翻訳後プロセシングの速度若しくは程度、1つ又は2つ以上のタンパク質の分解の速度又は程度、1つ又は2つ以上のタンパク質の作用又は活性の阻害若しくは刺激などにおける薬剤による変化の結果として生じ得る。好ましいFIT以外に、好ましい薬剤としては、MAPK/ERKシグナル伝達経路、TGF-β、WNT又はアポトーシス経路を調節するものが含まれる。これらの薬剤には、これらに限定されるものではないが、チロシンキナーゼ阻害剤、MEKキナーゼ阻害剤、P13Kキナーゼ阻害剤、MAPキナーゼ阻害剤、アポトーシス調節物質、及びこれらの組み合わせが含まれる。これらの中でも最も好ましい代表的な薬剤は、ノバルティス社NovartisのGLEEVECチロシンキナーゼ阻害剤、U-0126MAPキナーゼ阻害剤、PD-098059MAPキナーゼ阻害剤、SB-203580MAPキナーゼ阻害剤、並びにアンチセンス、リボザイム、及びDNAザイムBcl-XL抗アポトーシス剤である。他の有用な薬剤としての例としては、これらに限定されるものではないが、米国特許第6,306,897号のカラノライド、米国特許第6,284,764号の置換二環式化合物、米国特許第6,133,305号のインドリン、及び米国特許第6,271,210号のアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられる。本明細書に述べられる薬剤を含む薬学的に有用な組成物は、薬学的に許容される担体の混合物によるなどの公知の方法に従って製剤化することができる。このような担体及び製剤化の方法の例は、Remington’sPharmaceuticalSciencesに見ることができる。有効な投与に適した薬学的に許容される組成物を形成するには、こうした組成物は有効量の薬剤を含有する。薬剤の有効量は、患者の状態、体重、性別及び年齢などの様々な因子によって異なり得る。他の因子としては投与方法がある。医薬組成物は、皮下、局所、経口、及び筋肉内などの様々な経路によって患者に投与することができる。本明細書に述べられる薬剤には、薬剤のベース分子の化学的誘導体が含まれる。すなわち、薬剤は、通常はベース分子の一部ではない付加的な化学部分を有し得る。こうした部分は、ベース分子の溶解度、半減期、吸収性などを高め得る。また、これらの部分は、ベース分子の望ましくない副作用を低減させるか、又はベース分子の毒性を低下させることができる。このような部分の例は、Remington’sPharmaceuticalSciencesなどの様々な文献に述べられている。本明細書に開示される方法に従って同定される化合物は、あらゆる潜在的毒性を最小に抑える一方で最適な阻害又は活性を得るため、定期試験によって規定される適当な用量で単独で使用することができる。更に、他の薬剤の同時投与又は連続投与が望ましい場合もある。本明細書に述べられる薬剤は、従来の投与用の賦形剤中で広範な治療用剤形で投与することができる。例えば、薬剤は、錠剤、カプセル剤それぞれ持続放出性、及び徐放性製剤を含む、丸剤、散剤、顆粒剤、エリキシル剤、チンキ、溶液、懸濁液、シロップ剤及びエマルションなどの経口投与剤形として、又は注射により投与することができる。同様に、薬剤は、いずれも製薬業界の当業者には周知の形態を用いた、静脈内ボーラス及び点滴の両方、腹腔内、皮下、被覆を用いる又は用いない局所投与、又は筋肉内形態として投与することもできる。望ましい化合物の有効であるが無毒性の量を、調節剤として使用することができる。有効成分が別々の投与製剤中に含まれる2種以上の有効成分を含む併用治療では、各有効成分を同時に投与してもよく、又は各有効成分を別々に時間差で投与してもよい。本明細書に述べられる化合物又は調節物質を用いる投与計画は、患者のタイプ、人種、年齢、体重、性別、及び医学的状態、治療すべき状態の重症度、投与経路、患者の腎及び肝機能、並びに使用される特定の薬剤を含む様々な因子に基づいて選択される。通常の技能を有する医師又は獣医師であれば、状態の進行を予防、阻止、又は抑制するのに必要な薬剤の有効量を容易に決定及び処方することが可能である。毒性をともなわずに効果が得られる範囲内の薬剤の濃度を実現するうえでの最適な精度は、標的部位に対する薬剤のアベイラビリティーの動態に基づいた投与計画を必要とする。その際、薬剤の分布、平衡、及び排出が考慮される。本明細書において述べられる薬剤は有効成分を構成し、意図される投与の形態、すなわち経口錠剤、カプセル剤、エリキシル剤、シロップ剤などに関して適宜選択された、従来の製薬上の慣例と適合する適当な製薬上の希釈剤、賦形剤又は担体これらをまとめて本明細書では担体物質と呼ぶとの混合物として一般的に投与される。例えば、錠剤又はカプセル剤の形態で経口投与するためには、有効薬剤成分を、エタノール、グリセロール、水などの毒性のない薬学的に許容される経口不活性担体と加え合わせることができる。更に、望ましい又は必要な場合には、適当な結合剤、潤滑剤、崩壊剤及び着色剤を混合物に取り入れてもよい。適当な結合剤としては、これらに限定されるものではないが、デンプン、ゼラチン、グルコース又はβ-ラクトースなどの天然糖、トウモロコシ甘味剤、アカシア、トラガカント又はアルギン酸ナトリウムなどの天然及び合成ゴム、カルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール、蝋などが挙げられる。これらの剤形に使用される潤滑剤としては、これらに限定されるものではないが、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウムなどが挙げられる。崩壊剤としては、これらに限定されるものではないが、デンプン、メチルセルロース、寒天、ベントナイト、キサンタンガムなどが挙げられる。液体の形態では、有効薬剤成分を、例えばトラガカント、アカシア、メチルセルロースなどの合成及び天然ゴムのような適宜風味添加された懸濁剤又は分散剤に加えることができる。使用可能な他の分散剤としてはグリセリンなどが含まれる。非経口投与用には、無菌懸濁液及び溶液が望ましい。静脈内投与が望ましい場合には、適当な保存剤を一般的に含む等張製剤が用いられる。また、本化合物又は調節物質は、有効成分を不活性の液体担体に溶解した製剤を注射することによって非経口的に投与することもできる。注射は、筋肉内、腔内、気管内、又は皮下のいずれかであってよい。注射可能な製剤は、有効成分を適当な不活性液体担体に混合したものである。許容される液体担体としては、落花生油、綿実油、ゴマ油などの植物油、並びに、ソルケタール、グリセロールホルマールなどの有機溶媒が挙げられる。これらの代わりに、水性の非経口製剤を使用することもできる。植物油は好ましい液体担体である。これらの製剤は、最終的な製剤が0.005~10重量の有効成分を含むように、有効成分を液体担体に溶解又は懸濁することによって調製される。本明細書におけるすべての引用文献をここに援用するものである。更に、以前に出願されている2001年10月30日出願の米国特許出願第60/340,938号、2001年10月30日出願の米国特許出願第60/338,997号、2001年10月30日出願の米国特許出願第60/340,081号、2001年10月30日の米国特許第60/341,012号、2002年10月30日出願の米国特許出願第10/283,975号、及び、2006年10月30日出願の米国特許出願第11/589,660号を、これらの出願に引用されるすべての参照文献を含め、援用するものである。本開示を以下の非限定的な実施例によって更に説明する。実施例1材料及び方法臨床評価代表的な一実施例では、過去に治療歴のない低リスク型AMLを有する高齢者においてチピファルニブR115777、ZARNESTRA登録商標によるファルネシルトランスフェラーゼ阻害の有効性及び安全性を調べる非盲検、多施設共同、非比較対照の第2相試験において、骨髄試料を採取した。試料の採取及び処理同意を得た患者から、チピファルニブによる治療を行う前に骨髄試料を採取した後、好ましくはその場で単核細胞を処理した。骨髄穿刺液をPBSで希釈し、フィコール-ジアトリゾ酸1.077g/mLとともに遠心した。濃縮された白血病血液細胞をPBSで2回洗い、10DMSOを含むFBSに再懸濁し、-70°C~-80°Cで直ちに凍結した。全RNAを、Trizolキットキアゲン社Qiagenカリフォルニア州サンタクララを使用して細胞試料から抽出した。RNAの品質は、AgilentBioanalyzer上でリボソームのバンドの存在を評価することによって調べることができる。良好な品質の試料を更にマイクロアレイ分析用に処理した。製造者の指示キアゲン社Qiagenカリフォルニア州サンタクララに従って、Trizol処理した骨髄の同じ試料からDNAを単離した。試料を特定の遺伝子の網羅的遺伝子発現、N-RAS変異、及び/又はqPCRについてアッセイした図1。N-RAS変異の状態N-RASの突然変異の活性化の分析を、上記に述べたようなPCR及びRFLP分析によって調べた。エンドEndら2001。N-RAS遺伝子のエクソン1及び2を1回の多重反応において同時に増幅し、アリコートを2ラウンド目のPCRで使用した。2ラウンド目のアンプリコンの天然の制限酵素部位又はプライマーにより誘導した制限酵素部位における切断に対する耐性は、分析される遺伝子座のその部位を破壊した突然変異の存在を示している。特定の遺伝子座の分析に用いた制限酵素は、BslIN-rasコドン12及び13、MscIN-rasコドン61、1番目及び2番目、並びにBfaIN-rasコドン61、3番目であった。反応物を一晩消化し、PCR産物をAgilentBioanalyzerで分析した。マイクロアレイ分析アフィメトリックス社Affymetrixカリフォルニア州サンタクララのプロトコールに従ってcDNA及びRNAの合成を行った。多くの試料の収率は低かったため、米国特許出願公開第20070048782号に以前に述べられているようにして2ラウンドの線形増幅を行った。ハイブリダイゼーションを行うため、11μgのcRNAを、40mMのTris-酢酸pH8.1、100mMの酢酸カリウム、及び30mMの酢酸マグネシウム中、94°Cで35分間インキュベートすることによってランダムにフラグメント化した。フラグメント化されたcRNAを、60rpmに設定したロティサリーオーブン中で、45°Cで16時間、U133Aアレイとハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーション後、アレイを洗いTritonX-1000.005を含む6×SSPE及び0.5×SSPEにより、ストレプトアビジン-フィコエリスリンSAPE、モレキュラープローブズ社MolecularProbesオレゴン州ユージーンにより染色した。AgilentG2500AGeneArrayスキャナーアジレントテクノロジーズ社AgilentTechnologiesカリフォルニア州パロアルトを使用して、結合した標識プローブの定量化を行った。各アレイについて全蛍光強度を、均一な値600にスケーリングした。チップの性能を、信号対雑音比生の平均信号対雑音比を計算することによって定量化した。チップの信号対雑音比が20未満であるか、又はチップ上でのプレゼントコールpresentcallが30未満である場合に、チップを取り出して更なる分析を行った。遺伝子は、チップの少なくとも10にプレゼントコールが付いた場合に限り更なる分析に含めた。約12,000個のAffymetrixプローブセットが、このカットオフ後に残った。遺伝子発現データの品質を、主成分分析に基づいた外れ値を同定し、遺伝子強度の正規分布を分析することによって更に管理したPartekProV5.1。このマイクロアレイデータは、NCBlのGeneExpressionOmnibusGEO,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/に登録されている。応答の定義チピファルニブに対する応答は、完全応答CR、部分応答PR、及び血液学的改善HIを有する患者として定義した。簡単に言うと、HIは、5未満の任意の骨髄芽球数又は骨髄芽球の少なくとも半分の減少として定義した。進行疾患状態PDは、骨髄又は循環芽球の比率の、ベースラインからの50よりも大きい増大、又は循環芽球の新たな出現少なくとも連続して2回によって定義した。安定疾患状態SDは、CR、PR、HI、又はPDの基準を満たさない任意の応答として定義した。統計分析受信者操作特性ROC分析を用いて、個々の遺伝子及び/又は多重遺伝子分類指標の全体の予測値を検定した。以下の遺伝子フィルタリング基準を用いて、応答患者と進行疾患状態の患者との間で発現に差が見られる遺伝子を同定した。すなわち、感度100で応答患者を同定する特異度≧40、T検定のp値不等分散によりlog2変換したデータ<0.05、倍率変化foldchange>2。これらの基準をパスした遺伝比をAUCROC曲線下面積によってランク付けした。分類指標を確立するため、応答スコアを用いて各患者がチピファルニブ療法に応答する確率を計算した。このスコアは、重み付けした発現シグナルと重みとしてのt統計量との線形の組み合わせとして定義した。閾値は、感度100及び最も高い特異度が得られるように訓練事例のROC曲線から求めた。予測指標に含める必要のある遺伝子の数を求めるため、1つ抜き交差検証法leaveoneoutcrossvalidationLOOCVを行った。異なる数の遺伝子に基づく取り残されたleftout試料の応答スコアを記録した。異なる数の遺伝子を含む予測指標の性能を、誤分類誤差率、感度、特異度、2つの予測群のカプランマイヤー曲線の分離を測定したp値に基づいて評価した。この結果に応じて、最も優れた予測指標を選択した。トップスコアペアTSPアルゴリズムは、ゲマンGemanら2004により最初に導入された。基本的には、このアルゴリズムは、クラスC1~C2間の試料において遺伝子iが遺伝子jよりも高い発現の値を有する事象の頻度の絶対差Dijに基づいて、すべての遺伝子のペア遺伝子i及びjをランク付けするものである。複数のトップスコアペアすべてが同じDijを共有するが存在する場合には、1つのペアの遺伝子内で一方のクラスから他方のクラスへと遺伝子の発現レベルの逆転が生じる度合いを測定する、二次的ランクスコアによる最上位のペアを選択する。全試料中、2倍を超える絶対Dijの頻度が最も高い最上位のペアを、候補ペアとして選択する。次いで、候補ペアを独立した検定データセットにおいて評価した。1つ抜き交差検証法LOOCVを訓練データセットにおいて行って、アルゴリズムがどのように動作するかを評価した。この予測指標の性能を、最大の誤分類誤差率に基づいて評価した。統計的分析はすべて、RアールディベロップメントコアチームRDevelopmentCoreTeam2006年を用いて行った。リアルタイム定量RT-PCR各試料について1μgの全RNAOD260により評価したものを、製造者の指示に従ってHighCapacitycDNAReverseTranscriptionキットアプライドバイオシステムズ社AppliedBiosystemsカリフォルニア州フォスターシティーを使用して逆転写した。次いで試料を25°Cで10分間、更に37°Cで30分間インキュベートして、RNAの転換率を最適化した。ABIPrism7900HT配列検出システムアプライドバイオシステムズ社AppliedBiosystemsカリフォルニア州フォスターシティーを使用してQPCRを行い、すべての試料について3重で行った。各反応液は、UNGを含む5μLのTaqMan登録商標UniversalPCRMasterMixアプライドバイオシステムズ社AppliedBiosystemsカリフォルニア州フォスターシティー、4.5μLのcDNAテンプレート、及び0.5μLの20×AssayonDemandGeneExpressionAssayMix、又は9pmolの順方向及び逆方向プライマーの両方、及び2.5pmolのプローブアプライドバイオシステムズ社AppliedBiosystemsカリフォルニア州フォスターシティーを、全反応体積10μL中に含んでいた。すべてのプライマー、プローブセットは、小さいアンプリコンのサイズ100ヌクレオチド未満のために選択されたものであり、FAM蛍光性プローブを使用した。使用したプライマー及びプローブは、APTX製品番号4331182、アプライドバイオシステムズ社AppliedBiosystems及びRASGRP1製品番号4351372、アプライドバイオシステムズ社AppliedBiosystemsである。RASGRP1:APTX発現比は、試料セットから平均Ctを引き、標準偏差で割ることにより生のCt値を正規化し、更に各遺伝子の正規化されたCt値の差APTX-RASGRP1を計算することによって計算した。結果本研究では、過去に治療歴のない低リスク型の急性骨髄性白血病を有する高齢患者における、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤チピファルニブの第2相臨床試験に組み入れられた患者からの白血病骨髄試料の遺伝子発現プロファイルを調べた。ランセットLancetら200667人の患者からチピファルニブによる治療を行う前に骨髄を採取し、白血病骨髄細胞をフィコール密度遠心分離によって濃縮した表1。13人の応答患者9人のCR、4人のHI、8人の安定疾患状態、及び13人の進行性疾患状態の患者から得た良好な品質の全RNAを、増幅、標識して、AffymetrixU133AGeneChipにハイブリダイズした。全部で30個の試料をqPCRにより特異的遺伝子の検証について評価し、32個の試料をN-RAS変異状態について評価した。CR=完全応答、PR=部分応答、HI=血液学的改善、SD=安定疾患状態、PD=進行疾患状態、NE=評価不能、PGx=薬理ゲノミクスRas変異状態及び患者治療成績32人のAML患者の骨髄からのDNAを、N-RAS活性化変異コドン12、13、61についてスクリーニングした。患者の3411/32がN-Ras変異を示し、1人の患者が複数のコドンに変異を有していた表2。N-RAS変異状態と、チピファルニブに対する応答又は全生存期間との間に統計的に有意な相関は認められなかった。ND=未定、WT=野生型、CR=完全応答、PR=部分応答、HI=血液学的改善、SD=安定疾患状態、PD=進行疾患状態、OS=全生存期間。新たに診断されたAMLコホートからの予測的遺伝子の同定次の目的は、新たに診断されたAML集団においてチピファルニブに対する応答を予測する遺伝子を同定することである。そのため、13人の応答患者9人のCR及び4人のHI及び進行疾患状態の13人の患者において発見実験を行った。安定疾患状態の患者は、応答患者とも非応答患者とも明確に定義することができないことから、この分析では用いなかった。本発明者らは、再発性及び不応性AMLに対するマーカーを同定するために用いられたもの米国特許出願公開第20070048782号と同じアプローチを用いて、応答を予測する45個のプローブセット38個の固有の遺伝子に対応するを同定した表3。この選択基準は、特異度のカットオフ値が40であり、平均遺伝子発現差が少なくとも2倍となる高い感度100に近づくで応答患者を予測する遺伝子を同定することを狙ったものである。これらの遺伝子を、訓練セットの受信者操作特性ROC分析から定義される曲線下面積AUCに基づいてランク付けした。この値は、完全な分類を表示するAUCが1.0の遺伝子の全体的予測値を表す。各遺伝子を、LOOCV法を用いて訓練セットで最初に検定した。最上位の遺伝子であるRASグアニル放出タンパク質1RASGRP1は、AUC0.95を示した。Spec=特異度、FC=倍率変化foldchange、AUC=受信者操作特性分析の曲線下面積。負のt統計値は、遺伝子が応答患者において発現低下していることを示す。分類指標における遺伝子の数を増やすことによってその予測値が改善されるか否かを更に調べた。LOOCV法を用い、次いで感度、特異度、及び各分類指標の全体の誤差率をプロットしたところ、最上位遺伝子は単独で最良の予測値をもたらすことが判明したデータは示さず。分類指標に遺伝子を直線的に追加しても、その予測値は改善されなかった。高い感度にバイアスしたカットオフ値を使用することで、RASGRP1遺伝子の発現が、NPV88.9及びPPV70.6で、全体の予測精度76.9を可能とすることがLOOCVによって示された図1A。更に、カプランマイヤー分析により、応答患者の全生存期間の中央値386日と、進行疾患状態の患者の全生存期間の中央値68日との間に有意差が示された図1B。したがって、この1個の遺伝子の過剰発現によって、新たに診断されたAMLにおいてチピファルニブに対する応答が高い陰性予測値で予測された。最上位スコアペア分類指標の同定RASGRP1の予測値は、直線的な手法により分類指標に更なる遺伝子を追加した場合に改善されなかった。代替的な遺伝子選択アルゴリズムを用いて、RASGRP1単独の予測値を高めると思われる遺伝子を選択した。そのため、最上位スコアペアTSPアルゴリズムを用いて、最大の予測精度をもたらす最良の遺伝子のペアを同定した。ゲマンGemanら2004。この手法は、2遺伝子間の発現の最大の差を利用するために用いられ、qPCRに基づく診断アッセイの開発を目的とした場合に有用であり得る。訓練セットからのTSPは、RASGRP1及びアプラタキシンAPTXとした。RASGRP1及びAPTXは、応答患者においてそれぞれ過剰発現及び発現低下した。ロバストなLOOCVにより、この最上位スコアペアTSPによって試料の訓練セットにおいて85.7のNPV及び91.7のPPVが得られ、全体誤差率はわずか8であることが示された図2A。予測される応答患者と非応答患者との間の全体生存期間の差は、357日であった図2B。これらのデータは、このモデル構築アルゴリズムはこれにともなう予測誤差率が低いことを示している。再発性又は不応性AMLの独立セットにおけるRASGRP1:APTX分類指標の検証54人の再発性/不応性AML患者からの試料からなる独立したマイクロアレイデータセットにおいて、TSP分類指標の外部検証を行った。癌治療に対する応答が高確率であることを予測する診断アッセイは、できるかぎり多くの潜在的応答患者を拾うことが重要であることから、高い感度及び陰性予測値を有するものでなければならない。したがって、TSP分類指標を試験するための適当なカットオフを定義するうえで、特異度を許容可能なレベルに維持しながら、応答患者を予測する高い感度を得る必要性を考慮した。訓練セットでは、実現可能な特異度のレベルは、感度が100~80に設定されている場合にそれぞれ約30~100の範囲であった。分類指標ができるだけ多くの応答患者を予測するようにするため、訓練セットにおいて約60の特異度を与えた控えめなカットオフを検定した。このカットオフを再発性/不応性AMLの独立した試験セットに適用したところ、RASGRP1:APTX遺伝子分類指標により、応答患者は92NPV及び27.6PPVで層別化された18.5有病率に対し図3C。応答患者であることにともなうオッズ比は4.38であった。これは、RASGRP1単独の予測精度と同様の値であるが、TSP分類指標を適用することにより、より良好なNPVが得られ、また、予測される応答患者と進行患者との全生存期間の差は98日であり図3A、RASGRP1の場合のわずか56日図4と比較して改善が示された。RASGRP1:APTX発現比のqPCRによる検証2遺伝子発現比は、より臨床的に関連のあるqPCR検出システムの使用を可能とするものである。30人分の試料20人のPD、6人のCR、3人のHI、及び1人のPRより、qPCRを行ううえで充分な全RNAを得た。したがって、新たに診断されたAMLの臨床試験からのこれら30人分の試料10人の応答患者、20人の進行疾患状態においてTaqMan登録商標qPCRを使用して、RASGRP1:APTX遺伝子発現比を、チピファルニブに対する応答の予測指標として評価した。これらの試料のうちの9個はマイクロアレイプラットフォーム上でアッセイを行ったが、21個は低品質のRNAのために発見セットdiscoverysetにおいて用いなかった。したがって、この試験セットの2/3は、完全に独立した試料からなるものであった。9個の試料の評価により、2つのプラットフォーム間でRASGRP1:APTX発現比の良好な相関r=0.74があることが示された図6。カットポイント0を用いることにより、2遺伝子分類指標によって30人の患者のうちの20人において、PPV及びNPVがそれぞれ50及び81で治療成績が正しく予測された図3B。予測された抵抗性患者の全生存期間の中央値が82日であったのに対して、応答患者として分類された患者では中央値は295日であった図3C。RASGRP1:APTX分類指標は、FTI治療と独立した予後の有用性は有さない2遺伝子発現比を、化学療法レジメンによる治療を受けた116人のAML患者の独立したマイクロアレイデータセットにおいて検定した。RASGRP1:APTX分類指標を、チピファルニブ治療群の場合と同様のカットオフを用いてこの患者群に適用したところ、全生存期間に有意な乖離は認められなかった図5。他の様々なカットオフを用いた場合にも、有意な生存期間の差は認められなかった表4。このことは、RASGRP1:APTX分類指標がチピファルニブによる治療を受けた患者を特異的に層別化するものであり、非FTIとは関係がないことを示すものである。これに対して、この予後特性サインを本研究の再発性及び不応性AML患者の群に適用した場合、全生存期間に関して明確な層別化が見られた。OS=全生存期間実施例2本実施例では、2遺伝子アッセイをFTI併用療法に適用するのに適した改良されたRT-PCRアッセイについて述べる。分析アッセイの開発に際して、RASGRP1RASを活性化するグアニンヌクレオチド交換因子、APTXDNAの除去修復に関与しているアプラタキシン、及びHMBS内因性コントロールとして使用するの3つのマーカーについてTaqmanアッセイを設計した。HMBSは一実施形態においてコントロールとして使用することができるか、又は他の実施形態では省略してもよい。Taqmanプライマープローブセット及びそれらのアンプリコンの配列を上記の課題を解決するための手段の項、及び本開示の配列表に示す。すなわち、APTXについては配列番号3~4及び2、RASGRP1プライマープローブセットについては配列番号56及び1、及びHMBSについては配列番号7~9である。定量的RT-PCRアッセイは、ABI-7500プラットフォームを使用して開発及び最適化することによって、FAM標識RASGRP1、Gold540-APTX及びCy5-HMBSにより1チューブ3重フォーマットで2遺伝子比性能を評価した。JYcellularRNA及びUniversalRNAストラタジーン社Stratageneを外部正規化として使用した。RASGRP1:APTX比=2^-A-B-C-D式中、A:試料のRASGRP1のCt値B:JY又はUniversalRNAのRasGRP1のCt値C:試料のAPTXのCt値D:JY又はUniversalRNAAPTXのCt値アッセイのパラメータ、特に閾値が、外部正規化に用いられる特定の細胞RNAについて再計算されるのであれば、他の細胞RNAの供給源で代用することもできる。外部正規化に使用される参照RNAは、好ましくは規定の条件下で増殖させた、FTIに対して比較的応答性のない細胞系統に由来するものであることが好ましい。理論によって束縛されずに言えば、適当な参照RNAは、FTIに対するその応答性において中性である細胞系に由来するものでよい。このような参照細胞系統は、2遺伝子アッセイに基づいて閾値領域で治験を行っているが、実際にはFTI治療に対して応答しない患者から開発することができる。したがって、理論によって束縛されずに言えば、このような患者は、2遺伝子比検定用の改良された参照RNAを開発するための有望な供給源である。細胞系統を開発及び評価するための1つの可能な方法は、2遺伝子アッセイにおいて外因性コントロールとして使用された場合に閾値が高くなる傾向がある細胞系統を選択することであり得る。この基準は、このような細胞系統では測定される2遺伝子比の減衰2遺伝子応答と測定される応答との可能な相関によるが最小であることから妥当なものである。また、外因性コントロールは、絶対的定量化を可能とするAPTXとRASGRP1RNAとの所定の組み合わせを用いて、あるいは応答患者と非応答患者との識別力を最大とするAUCを用いて選択することもできる。外因性コントロールの選択は、2遺伝子アッセイで用いられる閾値の変動性の唯一の原因ではない。2つのRT-PCRフォーマットを開発し、標準曲線分析を用いてそれらの性能を評価した。これらのフォーマットは、3つのマーカーの両方の生のCt値を用いることで高いピアソン相関を有する性能において同等なものであることが示され、これらから2遺伝子比の値を導出したR2=1-0.93、P<0.000、表5。RUOフォーマットは、インビトロジェン社INVITROGEN登録商標によって流通される市販のRNA-to-CtOneStepRT-PCRKitカタログ番号4392938を使用している。このフォーマットは、製造者の使用説明書によれば50ngの全RNAインプットを含む20μLの反応体積を有する。GMPフォーマットは、VERIDEX登録商標BLNRT-PCRKitの構成品GeneSearch登録商標BreastLymphNodeBLNTestKit、IVD、カタログ番号2900004と、RT-PCRマスターミックスの調製に用いられるGeneSearch登録商標BLNEnzymeMix、IVD、P/N7700040及びBLNBaseMasterMix、P/N7700031に基づいたものである。GMPフォーマットは、以下に述べる最適化されたRT工程を用いた50ngのRNAインプットを含む25μLの反応液を有する。GMPフォーマットでのRT-PCR多重化プロトコール50ngの全RNAを3重qRT-PCRにおいて標的インプットとして使用し、これを25μLの反応液中、AppliedBiosystemsPrism7500SequenceDetectionSystemで行った。RNA試料正規化コントロールRNAを含むを氷上で解凍し、10ng/μLにまで希釈した。qRT-PCRは、VERIDEX登録商標BLNRT-PCRKitGeneSearch登録商標BreastLymphNodeBLNTestKit、IVD、カタログ番号2900004:GeneSearch登録商標BLNEnzymeMix、IVD、P/N7700040及びBLNBaseMasterMix、P/N7700031からの試薬を使用して行った。表6にまとめたように、400nMの配列番号1及び2のそれぞれ、及び200nMのFAM標識RasGRP1配列番号10と、400nMの配列番号3及び4、及び200nMのGold540-APTX配列番号11と、400nMの配列番号8及び9、及び200nMのCy5-HMBS配列番号12とを含む25Xプローブプライマーマスターミックスを調製した。各反応液は、9μLのBLNBaseMasterMix、10μLの2.5XBLNEnzymeミックス及び1μLの25Xプライマー/プローブミックスからなるものであった。プライマー/プローブミックスは、最終濃度400nMの順方向及び逆方向プライマーと、200nMの各マーカーに対する蛍光プローブとを含んでいた。患者試料からの5μLの全RNA又は正規化コントロールUniversal又はJYRNAを、20μLのRT-PCマスターミックスに加えた。外部正規化コントロールとして使用したJYcellularRNAに基づいて、閾値/カットオフを5.2と決定した。qRT-PCRアッセイを以下のサイクルパラメータを用いて行った。すなわち、変性工程を95°Cで1分間、58°Cで30分間逆転写反応、70°Cまで5の昇温勾配及び2分間のインキュベーションの後、95°Cで15秒間変性及び60°Cで1分間アニーリング/伸長を40サイクル。1チューブ多重型装置でのGMPRT-PCRフォーマットのプローブ/プライマー濃度のこのような最適化によって、骨髄及び末梢血試料の両方から、0.6ngのレベルでCt値約31すなわち、Ctの変動性が低く、再現性が高い範囲でロバストかつ感度のRNAターゲットの検出が実現された図3。この反応フォーマットは、TthPolymerase酵素ミックス及びBaseマスターミックスなどのFDAに承認されたBLNキット用に配合及び製造されたGMPグレードの試薬に基づいたものであり、この試験の商業化に適している。MasterMixに基づいたプロトコールの詳細の一部を表7に示す。データ分析1.組み入れ基準ABI7500データアウトプットファイルから得られたサイクル閾値Ct値をデータ分析に使用した。各マーカーについて試験せずのCtカットオフを以下のように選択した。HMBS内因性コントロールマーカー:Ctは30以下、RASGRP1Ct:35以下、APTXCt:35以下。試料の2つのマーカー、RASGRP1又はAPTXのいずれか一方がCtカットオフレベルを上回った場合、その試料は試験せずデータ分析から除外されるとされる。表8に示される結果は、傾きの値及びPCR効率を比較した場合のRT-PCR装置の1重フォーマットと3重1チューブフォーマットとの等価性を示している。表9は、逆転写反応工程を30分間に延長することによる更なる改善を示している。GMPRT-PCRフォーマットを使用し、UniversalRNAアジレントAGILENT商標及びJYRNAコントロール実験室内培養した細胞系統を、第2相TE試験からの37人の患者試料とともにRT-PCRで用いた。この分析をこの後、40人の患者試料で繰り返した。生のCtを正規化するためにJY又はUniversalRNAコントロールを用い、閾値を調整した場合にアッセイ性能が等価であることを示すため、ROC曲線分析の結果に基づく両方の分析を表10に示す。外因性コントロールとしてUniversalRNAを使用することにより、外因性コントロールとしてJYRNAを使用した場合の閾値5.2に対して閾値7.3を得た。これらの閾値を決定するうえで、計算においてCRを応答基準としてみなし、他のすべての応答の種類は非応答としてみなした。2遺伝子アッセイにおける閾値は無次元量RASGRP1とAPTXとの比であるであるが、理論に束縛されずに言えば、閾値の値は基準条件及び使用される試薬によって決まり得る。したがって、ROC曲線に基づく基準のような、性能に基づいた基準に対して閾値を設定することが好ましい。このため、外因性コントロールが変わってもAUC値が一定に保たれるといった、他の必要条件を満たすように閾値/カットオフを調整することができる。この場合、外因性コントロールとしてJYRNAの代わりにUniversalRNAを使用すると、閾値/カットオフは7.3と高くなったが、AUCは変化しなかった。実施例3本実施例では、2遺伝子アッセイが新たに診断されたAML患者において有効であることを示す。2遺伝子応答予測アッセイを、チピファルニブ及びエトポシドの第1相投与試験に組み込まれた84人の新たに診断されたAML患者のサブセットから得た白血病芽球で、Blood2008,111:2589に述べられる技術的RT-PCRプロトコールを用いて最初に試験した。第1相試験の臨床計画は、Blood2009,113:4841に述べられている。簡単に述べると、この試験で得られた51人の未発表の評価可能な患者試料を、2遺伝子アッセイの性能の予備評価において分析した。表11は、閾値5を用いた結果をまとめたものであり、RRは応答患者がCR又はPRを示す奏功率を意味し、PPVは陽性予測値を意味し、NPVは陰性予測値を意味する。51人の患者のうち13人が応答を示したため、RRは約0.25であった。2遺伝子アッセイの閾値が5を上回った患者のうち、半数18人中9人が応答を示したため、PPVは約0.5であった。閾値を超えなかった患者33人のうち29人は応答を示さなかったため、NPVは0.088となった。RUOとGMPRT-PCRフォーマットとの比較RUO及び最適化GMPRT-PCRフォーマットを用い、臨床応答について評価可能な新たに診断されたAML患者33人からの骨髄試料から遺伝子発現プロファイルを分析した。RUORT-PCRデータセットからの1人の患者試料HIが分析組み入れ基準を満たさなかったため、両方のデータセットから除外した。最も良好な応答による患者の内訳を表12に示す。後の対応する期日において、これら33人の患者を再び分析したところ、7人の完全寛解CR、4人のHI、3人のPR、7人のPD及び11人のSDの症例を有することが示された表13。応答基準としてCRを用いた場合には、7人の患者が応答患者として、25人が非応答患者として分類されたのに対して、CR/PR/HIを応答基準として用いた場合では、12人の患者が応答患者として、20人が非応答患者として分類された。応答患者をCR、PR又はHIを示す患者として、正常応答患者Rな試験結果を異常非応答患者NRな試験結果から分離するうえで可能なカットオフ値を評価するために、予備的統計分析を行った。両方のRT-PCRフォーマットのROC曲線分析によって、2遺伝子比のAUC値が71と同等の、ほぼ同等のアッセイ性能が示された表14。JYRNAを正規化コントロールとして用いた場合、ROC曲線分析アルゴリズムに基づいて、RUOプロトコールではカットオフとして4.7、GMPでは5.2が求められた。理論に束縛されずに言えば、使用されるフォーマットに基づく閾値及び他のパラメータの差は、RT-PCR法の特異性又は効率及び統計的変動に一部よるものと考えられる。表12及び13に示されるデータの場合、応答患者を完全寛解CRを示す患者のみとしてみなした後日の分析PR及びHIの患者は非応答患者の群に含めたによって表15の結果が得られたが、これより、ROC曲線分析アルゴリズムに基づいてRUOプロトコールについては5.1の閾値、GMPフォーマットについては5.2が求められた。GMPRT-PCRデータセットについてカットオフ値として5.2を用いた場合、JYRNAを用いた全体の奏功率CR又はPR又はHIを示す患者におけるは38ORR~86PPVへと高くなり、陰性予測値は76であった表16。これは、2遺伝子アッセイによって応答患者として分類された患者の86が実際に応答を示したということであり、一定の改善である。この成績は、若年患者における誘導療法で期待される70の奏功率に匹敵する。これは、GMPRT-PCRフォーマットアッセイにおいて5.2よりも大きい2遺伝子比の値を示した患者の867人の患者のうちの6人が、チピファルニブとエトポシドとの組み合わせによる治療に応答を示したということである86のPPVに相当する。これに対して、2遺伝子比の値が5.2以下であった患者の2425人の患者のうちの6人が、チピファルニブとエトポシドとの組み合わせによる治療に応答を示したが、2遺伝子試験によっては検出されなかった。外因性コントロールが変わってもAUC値が一定に保たれるといった、他の必要条件を満たすように閾値/カットオフを調整することもできる点に注意されたい。この場合、外因性コントロールとしてJYRNAの代わりにUniversalRNAを使用すると、閾値/カットオフは約8へと高くなった約5から。応答患者を、完全回復を示す患者のみとしてみなした後日の分析では表17の結果が得られ、同等の特異度で高いNPV及びより高い感度を示している。ハザード比HRを2.3としたカプランマイヤー曲線分析により、高齢の新たに診断されたAML患者におけるチピファルニブとエトポシドとの組み合わせに対する応答患者と非応答患者との間の応答を予測するうえでの2遺伝子比アッセイの実用性を支持する好ましい傾向が示された図8及び13-両者は応答患者の同定に用いた定義において異なる。アッセイ性能特性の等価性に基づき、コンパニオン診断アッセイとしてGMPフォーマットの更なる開発の可能性を追求した。更なるGMPRT-PCRフォーマットの試験更なる改良の後、GMPフォーマットの1チューブ多重型RT-PCRアッセイを、33人分の骨髄試料の既存のセットに4人分の評価可能な全血試料を追加することにより、37人の患者で試験した。骨髄及び全血試料では3つのマーカーについて同等の生のCt値が得られたことから、これらを1つのデータセットに合わせて表18にまとめる。受信者操作特性ROC分析により、CR9/全患者37として計算された、全体奏功率24に一致する応答基準として用いた完全寛解CR患者群における完全寛解率を予測するための2遺伝子比の差別値として80AUC=0.80が示された。これを図9及び14に示す。2遺伝子比カットオフ5.2で、アッセイの感度は67、特異度は93であった。表18に示される応答患者の定義を用い、表18において用いられた拡張された患者セットについて、アッセイの全体的な性能を表19に示す。実施例4本実施例では、上記の実施例と一致して、2遺伝子アッセイがFTIを含む治療に対して特異的であることを示す。別の相乗的な薬剤が存在することで、2遺伝子アッセイが有効性を示すためにFTIに求められる条件が大きく低減されることはない。2遺伝子アッセイによって同定される、AMLを罹患した患者の同定可能なサブセットにおいて、ザルネストラのようなFTIを含む併用療法によってこうした患者を効果的に治療することが可能であることは明白であるが、併用療法にFITが含まれない場合には2遺伝子アッセイは有用でないものと予想された。2遺伝子アッセイの特異性を実験的に評価するため、FTIであるザルネストラによる治療を受けていないAML患者からの41人分の試料で2遺伝子アッセイを試験して、応答が2遺伝子アッセイの結果と相関しているか否かを調べた。これらのAML患者は、ara-C、アントラサイクリン、及びVP16AcDVP16、n=23及びFLAMn=18からなる従来の化学療法レジメンによる治療を受けていた。図10は、2遺伝子比と臨床応答又は全生存期間との間に有意な相関が認められなかったことを示している。したがって、これらの結果により、2遺伝子比アッセイが、FTIによる治療以外の治療を受けるAML患者において治療に対する応答を予測しないことが更に確認された。ROCのAUCは0.5と求められ、FTIを含まない化学療法レジメンに対する臨床応答を予測するうえで大きな有用性がないことを示している。更に、患者を、2遺伝子比の中央値0.959、第1四分位値0.561、第3四分位値1.248に対して高い比を有するか低い比を有するかによって分類した場合、全生存期間に利点は認められなかった。以下の生存分析を行った。すなわち、1全患者、2VP16単独、及び3FLAM単独。結果図10及び15、全患者は、中央値の比によって層別化された2群間で、また、治療レジメンによって層別化された2個のサブグループ間で全生存期間日に有意差が見られなかったことを示している。これは、第1四分位値及び第3四分位値のカットポイントを用いた場合にも同様であることが示されているデータは示さない。実施例5本実施例では、すべての試料採取法が同等ではないことを示す。過剰なRNA分解、及び試料の採取プロトコールに依存した他の変動要因によって、2遺伝子アッセイは影響され得る。試料採取プロトコールでは、通常、事前に2遺伝子アッセイを実施する際に骨髄試料を使用する必要がある。これは侵襲性が極めて高いばかりでなく、AMLの患者にとって苦痛でもある。新たなプロトコールでは、本実施例において述べるように全血の使用が可能である。アッセイに好ましい試料採取プロトコール試料タイプを同定するため、3つの採取プロトコールPaxgeneシステムと、ヘパリン及びEDTAチューブ内に採取する標準的採取プロセスの後にFicoll-Paque遠心法を行うものをそれぞれ用いて2つの試料タイプ骨髄と全血間で等価性検定試験を行った。ジョンズホプキンス大学のシドニーキンメル総合がんセンターより提供を受けた11人のAML患者で試験を行った。図11に示されるワークフローに従って、2つの試料タイプのそれぞれに3つの採取法を用いて各患者から約11mLの血液を採血し、更に8~10mLの骨髄を吸引した。図11に示されるような本研究の設計に従って、以下の6つのプロトコールを試験した。プロトコール1:PAXgene商標BoneMarrowSystemカタログ番号764114プリアナリティクス社PreAnalytixキアゲン社QIAGENとビーディー社BDの合弁会社。体積2mLの骨髄をPAXgene商標BoneMarrowチューブに採取し、冷凍した低温パック上で室温で24時間以内にVRX社に発送した。試料の受領後、PAXgeneBoneMarowRNAkitカタログ番号764133を使用して直ちにRNAを単離した。プロトコール2:ナトリウムへパリンチューブ2mL試料容量中に骨髄を採取し、冷凍した低温パック上で室温で24時間以内にVRX社に発送した。Veridexにおいて、Ficoll-Hypaqueによる密度勾配遠心分離工程後、細胞ペレットを-80°Cで直接凍結し、QiagenBloodMidikitによるRNA抽出を行った。プロトコール3:EDTAチューブ2mL試料容量中に骨髄を採取し、冷凍した低温パック上で室温で24時間以内にVRX社に発送した。Veridex登録商標において、Ficoll-Hypaqueによる密度勾配遠心分離工程後、細胞ペレットを-80°Cで直接凍結し、Qiagen登録商標BloodMidikitによるRNA抽出を行った。プロトコール4:PAXgene商標BloodSystem2.5mLの血液をPAXgene商標Bloodチューブカタログ番号762165、プリアナリティクス社PreAnalytixキアゲン社QIAGENとビーディー社BDの合弁会社に採取し、冷凍した低温パック上で室温で24時間以内にVRX社に発送した。試料の受領後、Veridex社においてPAXgeneBloodRNAkitカタログ番号762164を使用して直ちにRNAを単離した。プロトコール5:ナトリウムヘパリンチューブに採取した全血4mLの血液を、冷凍した低温パック上で室温で24時間以内にVRX社に発送した。Veridex社において3mLの血液を4mLのCPTチューブに移した後、単核細胞をFicollにより分離し、-80°Cで細胞ペレットの直接凍結を行った。QiagenBloodMidikitによりRNA抽出を行った。プロトコール6:EDTAチューブに採取した全血4mLの血液を、冷凍した低温パック上で室温で24時間以内にVRX社に発送した。Veridex社において3mLの血液を4mLのCPTチューブに移した後、単核細胞をFicollにより分離し、-80°Cで細胞ペレットの直接凍結を行った。QiagenBloodMidikitによりRNA抽出を行った。AgilentBioAnalyzerQCによる結果に基づくと、PAXGeneシステムの使用により、11人の患者すべてにおいて、臨床実験室の状況下で最も一般的に用いられているヘパリン及びEDTAのプロトコールと比較して、骨髄及び血液試料の両方で高品質のRNAターゲットが得られた。RNAの完全性を評価する直接的方法RNAQCとして、RNAをAgilentBioAnalyzerにかけてRIN値RNAIntegrityNumberを計算することがある。キアゲン社Qiagenにより推奨されるように、PAXgeneシステムを使用する場合、RINが7以上10までのRNAは、高品質なターゲットとみなされる。表17に更なるデータとして、11人の患者試料による試料安定性試験におけるRIN値を示したので、これを参照されたい。黄色でハイライトしたRIN値は、低品質のRNA試料を示すヘパリン及びEDTAチューブからのもの。PAXgeneシステムでは、他の2つのタイプの採取チューブと異なり、試料の収率による評価に基づき高品質のRNAのみが得られた。表20において、NEは、評価せずnotevaluatedを意味し、NAはデータなしnotavailableを意味しており、約2~5のRIN値は分解したRNAを示し、約5~7のRIN値は最低限度のRNAを示す。NEとして示された試料は、試料の調製工程後の試料の収率が不充分であったために分析を行わなかった。図12パネルA及びBは、骨髄試料番号3及び6が、ヘパリンチューブにおいて顕著なRNA分解を示し、この分解により2遺伝子比の値が高くなったことを示している。生のCtはRIN値と逆相関しており、ヘパリン及びEDTAプロトコールの場合では3つのチャンネルのすべてにおいて、RIN値が低いほど高いCtが得られている。図12A及び12Bに見られるように、2遺伝子アッセイの閾値5を上回った試料はなかった。図12Bに見られるように、採取プロトコールによる測定された2遺伝子比のばらつきには変動がある。患者3及び6は最もばらつきが大きいようであり、ヘパリン及びPaxgene骨髄採取プロトコールは、これらの患者において2つの端となる境界値を規定している。表20のデータを検討すると、全血採取プロトコールは互いに高い相関を有しているが、骨髄採取プロトコールについて同じことは言えないことが示されている。実際、表20並びに図12A及び12Bに基づくと、全血を使用して2遺伝子アッセイが好ましく行われるかは議論の余地がある。一貫性を保証するためには、PAXgenePBプロトコールが好ましい。議論によって束縛されずに言えば、RNAの分解は、全血よりも骨髄試料においてより急速に起こっているために、EDTAヘパリンチューブとPAXgeneシステムとの間に示される相関はより低いレベルとなると考えられる。更に、ヘパリンチューブへの骨髄試料の採取は他の方法と比較して信頼性がより低いと考えられ、改善すべき細かい点は、本明細書に開示される2遺伝子アッセイだけでなくそれ以外のアッセイについての一般的な試料採取の手順である。骨髄BM及び血液試料PBについてのピアソン相関係数R2及びp値を、図11の6つの採取/処理プロトコールとともに表21に示す。血液試料の場合、ヘパリン、EDTA、及びPAXGeneチューブから得られたRNA試料の2遺伝子比の間には高い相関が認められる赤でハイライトした値。しかしながら、PAXGeneによる骨髄試料と他の採取法との間の相関は低い。この観察結果は、骨髄試料が処理前に24時間以内の時間、周囲条件下で保存発送される際のRNA鋳型の不安定性に結びつくヘパリンチューブの安定性の欠如と一致する。これらの観察結果は更に、こうした試料において観察されるRNAの完全性及び2遺伝子比の値の信頼性を考慮して、本開示の好ましい採取/処理プロトコールの1つとしてPAXGeneWholeBloodシステムを支持するものである。実施例6本実施例は、実施例3の一部として上記に述べた患者の一部に基づいたものであり、FTI併用療法を実施するうえで2遺伝子アッセイの助けにより毒性と患者の効果的治療とのバランスをとるために、チピファルニブの用量を調節することについて述べる。この後日の分析は、チピファルニブ及びエトポシドのより適当な投与計画を決定するうえで行われたものであり、CRを応答患者としてみなし、残りを非応答患者としてみなすことにより、RUO及びGMPRT-PCRに関する上記の分析をやはり改変するものである。この後日の分析の結果は、上記に述べた実施例に示した。考察治療応答を予測するための患者集団の層別化は、癌患者の臨床管理におけるその重要性が益々高まっている。例えば、質の高い治療を行ううえで、転移性乳癌におけるトラスツズマブヘルセプチン、ジェネンテック社Genentech及び直腸結腸癌におけるセツキシマブエルビタックス、メルク社Merckなどの標的療法の候補となる患者を層別化するためにコンパニオン診断が必要とされる。消化管間質腫瘍におけるイマチニブグリベック、ノバルティス社Novartis、並びに肺癌におけるエルロチニブタルセバ、オーエスアイファーマシューティカルズ社OSIPharmaceuticals及びゲフィニチブイレッサ、アストラゼネカ社AstraZenecaでは、予測用バイオマーカーが更に利用されている。現在のところ、FTIを含む併用療法に対する応答を予測する方法は存在していない。RASGRP1は、FTIのみによる治療について交差検定された訓練セットにおいて77の全体の予測精度を有する最もロバストな単一の予測遺伝子発現マーカーとして同定されている。RASGRP1は、RASを特異的に活性化するグアニンヌクレオチド交換因子GEFである。RASGRP1の発現は、脳、T細胞、単球系統の細胞、及び未分化造血前駆細胞において見出されている。本開示は、FTI併用療法に対する応答のロバストな予測指標としてのRASGRP1及びAPTXの発現の比を提供するものである。この2遺伝子分類指標は、新たに診断されたAMLの発見セットdiscoverysetにおいて予測上の実用性を示した。開示されるqPCRに基づいた簡単な診断アッセイは、現在のマイクロアレイ技術によってプロファイル分析することができない可能性がある低品質の臨床試料をアッセイすることが可能であるため、遺伝子発現マイクロアレイと比較して、診療機関において幅広い実用性を有するものである。更に本アッセイは、骨髄細胞を必要とする代わりに、全血試料中のシグナルを検出することが可能である。本アッセイの外因性コントロールを選択するための方法は、試料、外因性コントロール、並びにRASGRP1及びAPTXのみに基づいた比の簡単な計算であり、患者、特に高齢の患者に、AMLを治療するうえでFIT併用療法が患者にとって効果的であるか否かを判定するための2遺伝子アッセイを提供することを可能とするものである。現在行われているチピファルニブエトポシドの治験との関連で採取された骨髄穿刺液の開示される遡及的分析は、2遺伝子シグネチャーを、チピファルニブに対する応答の再現可能な予測指標として実証するものである。本分析はまた、チピファルニブに対して応答する確率が高いAML患者とそうでない患者とを予め区別することが可能であることを示唆している。RASGRP1:APTXのmRNA比と、2つの重点的に研究されている化学療法レジメンそれぞれara-C及びアントラサイクリンを第3の薬剤フラボピリドール又はエトポシドとともに含むとの間に予測される関係性が認められないことから、これらのデータは、2遺伝子シグネチャーがチピファルニブ又はファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤に対して比較的特異性を有するという考え方を裏付けるものである。チピファルニブエトポシドの第2相試験に関して、試験の陽性予測値は78であったが、試験の陰性予測値NPVは、チピファルニブ単独療法の試験において報告されたNPV約95程度よりもわずかに低かった87。単独療法と併用療法との間のこのようなNPVの明らかな相違は、エトポシドに対する応答と関連している部分もあるかもしれない。以上とりまとめると、本開示には、その教示又は趣旨から逸脱することなく多くの変形及び代替的な実施形態が可能である点は当業者であれば認識されるところであろう。例えば、2遺伝子比の代数的又は数学的な変形を用いて本方法を実施することが可能である。以下に添付する特許請求の範囲は多くのこうした改変を包含するものである。更に、本明細書において検討及び引用した各参照文献をその全容にわたってここに援用するものである。配列表RASGRP1アンプリコン配列番号1ctggacgatctcattgacagctgcattcaatcttttgatgcagatggaaacctgtgtcgaagtaaccaactgttgcaagAPTXアンプリコン配列番号2cgcttccgattgggctaccacgccattccgagtatgagccatgtacatcttcattgtgatcagccaggattttgattctAPTX上流プライマー配列番号3cgcttccgattgggctacAPTX下流プライマー配列番号4agaatcaaaatcctggctgatcRASGRP1上流プライマー配列番号5ctggacgatctcattgacagctgcattcaatcttttgatgcagatggaaacctgtgtcgaagtaaccaactgttgcaagRASGRP1下流プライマー配列番号6cttgcaacagttggttacttcg,HMBSアンプリコン配列番号7ccttgcccactgtgcttcctccctggcttcaccatcggagccatctgcaagcgggaaaaccctcatgatHMBS上流プライマー配列番号8cctgcccactgtgcttcctHMBS下流プライマー配列番号9atcatgagggttttcccgctRASGRP1TAQMANプローブ配列番号10FAM-cattcaatcttttgatgcagatggaaacctg-BHQ1APTXTAQMANプローブ配列番号11Gold540-cacgccattccgagtatgagccatgtac-BHQ2HMBSTaqManプローブ配列番号12Cy5-gcttcaccatcggagccatctgca-BHQ1,参考文献Aheletal.2006TheneurodegenerativediseaseproteinaprataxinresolvesabortiveDNAligationintermediatesNature443:713~716Baylinetal.inNatureClinicalPractice20052:S1~S3Bivonaetal.2003PhospholipaseCgammaactivatesRasontheGolgiapparatusbymeansofRasGRP1Nature424:694~698Bos1989rasoncogenesinhumancancer:areviewCancerRes49:4682~4689Bullingeretal.2004Useofgene-expressionprofilingtoidentifyprognosticsubclassesinadultacutemyeloidleukemiaNEnglJMed350:1605~1616Burgeretal.2005Activatingmutationsinc-KITandPDGFRalphaareexclusivelyfoundingastrointestinalstromaltumorsandnotinothertumorsoverexpressingtheseimatinibmesylatetargetgenesCancerBiolTher4:1270~1274Changetal.2003GeneexpressionprofilingforthepredictionoftherapeuticresponsetodocetaxelinpatientswithbreastcancerLancet362:362~369Chenetal.2005FLT3/ITDmutationsignalingincludessuppressionofSHP-1JBiolChem280:5361~5369Coxetal2002Farnesyltransferaseinhibitors:promisesandrealitiesCurrOpinPharmacol2:388~393Ebinuetal.1998RasGRP,aRasguanylnucleotide-releasingproteinwithcalcium-anddiacylglycerol-bindingmotifsScience280:1082~1086Ehmannetal.2006DetectionofN-RASandK-RASintheiractiveGTP-boundforminacutemyeloidleukemiawithoutactivatingRASmutationsLeukLymphoma47:1387~1391Endetal.2001CharacterizationoftheantitumoreffectsoftheselectivefarnesylproteintransferaseinhibitorR115777invivoandinvitroCancerRes61:131~137Feldkampetal.2001Isotype-specificRasGTP-levelspredicttheefficacyoffarnesyltransferaseinhibitorsagainsthumanastrocytomasregardlessofRasmutationalstatusCancerRes61:4425~4431Gemanetal.2004ClassifyinggeneexpressionprofilesfrompairwisemRNAcomparisonsStatApplGenetMolBiol3:30Hollemanetal.2004Gene-expressionpatternsindrug-resistantacutelymphoblasticleukemiacellsandresponsetotreatmentNEnglJMed351:533~542Illmeretal.2005ActivationoftheRASpathwayispredictiveforachemosensitivephenotypeofacutemyelogenousleukemiablastsClinCancerRes11:3217~322Jansenetal.2005Molecularclassificationoftamoxifen-resistantbreastcarcinomasbygeneexpressionprofilingJClinOncol23:732~740Karpetal.2001ClinicalandbiologicactivityofthefarnesyltransferaseinhibitorR115777inadultswithrefractoryandrelapsedacuteleukemias:aphase1clinical-laboratorycorrelativetrialBlood97:3361~3369Karp,KarenFlatten,EricJFeldman,JacquelineM.Greeretal.Activeoralregimenforelderlyadultswithnewlydiagnosedacutemyelogenousleukemia:apreclinicalandphase1trialofthefarnesyltransferaseinhibitortipifarnibR115777,Zarnestracombinedwithetoposide.Blood2009,113:4841~4852。Kawasakietal.1998ARapguaninenucleotideexchangefactorenrichedhighlyinthebasalgangliaProcNatlAcadSci95:13278~13283Lancetetal.2006AphaseIIstudyofthefarnesyltransferaseinhibitortipifarnibinpoor-riskandelderlypatientswithpreviouslyuntreatedacutemyelogenousleukemiaBlood2:2Leithetal.AcuteMyeloidLeukemiaintheElderly:AssessmentofMultidrugResistanceMDR1andCytogeneticsDistinguishesBiologicSubgroupsWithRemarkablyDistinctResponsestoStandardChemotherapy.ASouthwestOncologyGroupStudy.Blood,Vol.89,1997:pp.3323~3329。Lossosetal.2004Predictionofsurvivalindiffuselarge-B-celllymphomabasedontheexpressionofsixgenesNEnglJMed350:1828~1837Lubetetal.2006EffectsofthefarnesyltransferaseinhibitorR115777Zarnestraonmammarycarcinogenesis:prevention,therapy,androleofHaRasmutationsMolCancerTher5:1073~1078Lynchetal.2004Activatingmutationsintheepidermalgrowthfactorreceptorunderlyingresponsivenessofnon-small-celllungcancertogefitinibNEnglJMed350:2129~2139Maetal.2004Atwo-geneexpressionratiopredictsclinicaloutcomeinbreastcancerpatientstreatedwithtamoxifenCancerCell5:607~616Mesaetal2006Tipifarnib:farnesyltransferaseinhibitionatacrossroadsExpertRevAnticancerTher6:313~319Moronietal.2005GenecopynumberforepidermalgrowthfactorreceptorEGFRandclinicalresponsetoantiEGFRtreatmentincolorectalcancer:acohortstudyLancetOncol6:279~286PerezdeCastroetal.2004ARasactivationinJurkatTcellsfollowinglow-gradestimulationoftheT-cellreceptorisspecifictoN-RasandoccursonlyontheGolgiapparatusMolCellBiol24:3485~3496Pottietal.2006GenomicsignaturestoguidetheuseofchemotherapeuticsNatMed12:1294~1300RaponiM,WangY,andHongtaoF.WO2008112749A1.Methodsofdeterminingacutemyeloidleukemiaresponsetotreatmentwithfarnesyltransferase。RaponiM,HarousseauJL,LancetJE,etal.Identificationofmolecularpredictorsofresponseinastudyoftipifarnibtreatmentinrelapsedandrefractoryacutemyelogenousleukemia.ClinCancerRes.2007;13:2254~2260。Raponi,JeffreyE.Lancet,HongtaoFan,LesleyDossey,GraceLee,IvanaGojo,EricJ.Feldman,JasonGotlib,LawrenceE.Morris,PeterL.Greenberg,JohnJ.Wright,Jean-LucHarousseau,BobLowenberg,RichardM.Stone,PeterDePorre,YixinWang,andJudithE.Karp.A2-geneclassifierforpredictingresponsetothefarnesyltransferaseinhibitortipifarnibinacutemyeloidleukemia.Blood2008,111:2589~2596。Raoetal.2004PhaseIIIDouble-BlindPlacebo-ControlledStudyofFarnesylTransferaseInhibitorR115777inPatientsWithRefractoryAdvancedColorectalCancerJClinOncol22:3950~3957Reuteretal.2000TargetingtheRassignalingpathway:arational,mechanism-basedtreatmentforhematologicmalignanciesBlood96:1655~1669Reutheretal.2001Leukemia-associatedRhoguaninenucleotideexchangefactor,aDblfamilyproteinfoundmutatedinleuk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る、前記骨髄中の三血球系造血の存在、及び骨髄芽球の比率のベースラインから少なくとも50の減少により定義され、血液学的改善が、骨髄芽球の少なくとも50の減少若しくは任意の測定可能な髄外疾患の減少、ANCの500~1000/μLへの回復、血小板数の20,000~100,000/μLへの回復、又は輸血の必要性における改善によって定義される、実施態様33に記載の方法。35i5’-CGCTTCCGATTGGGCTAC-3’、ii5’-AGAATCAAAATCCTGGCTGATC-3’、iii5’-CTGGACGATCTCATTGACAGC-3’、及びiv5’-CTTGCAACAGTTGGTTACTTCG-3’からなる群からの少なくとも1つのプライマーを用いた標的リボ核酸からのシグナルの増幅においてRASGRP1及びAPTXの発現を評価することによって、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤の投与を含む治療に対して応答する確率が高い患者を同定するためのアッセイ。36RASGRP1遺伝子の発現のレベルが、APTX、βアクチン及びHMBSからなる群のうちの1つ又は2つ以上に対して推定される、実施態様35に記載のアッセイ。37前記アッセイが、1個のチューブ内で多重フォーマットで行われる、実施態様35に記載のアッセイ。38外因性コントロールを用いて、APTXに対するRASGRP1の発現レベルの比を決定することを更に含む、実施態様35に記載のアッセイ。39前記外因性コントロールが、1つ又は2つ以上の参照細胞系統、JYRNA、UniversalRNA、標準化された参照RNA、及び参照患者試料からなる群から選択される、実施態様37に記載のアッセイ。40試料が、i骨髄試料、及びii血液試料、の少なくとも一方を含む、実施態様35に記載のアッセイ。41患者における前記比が所定の閾値よりも大きい場合に、前記患者が、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤と、前記ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤と相乗作用を示す別の薬剤との投与に対する高確率応答患者として分類され、前記ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤と相乗作用を示す前記別の薬剤が、エトポシド、テニポシド、タモキシフェン、ソラフェニブ、パクリタキセル、テモゾロミド、トポテカン、トラスツズマブ、及びシスプラチナムからなる群から選択される要素の1つ又はその誘導体である、実施態様38に記載のアッセイ。42前記ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤がチピファルニブであり、前記ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤と相乗作用を示す前記別の薬剤がエトポシドである、実施態様41に記載のアッセイ。43ファルネシル阻害剤と、エトポシド、テニポシド、タモキシフェン、ソラフェニブ、パクリタキセル、テモゾロミド、トポテカン、トラスツズマブ、及びシスプラチナムからなる群から選択されるか又はこれらの群から選択される要素の誘導体である、別の薬剤との組み合わせによる治療に対する応答患者を同定するためのアッセイにおける閾値を選択する方法であって、血液試料を処理してリボ核酸が濃縮された調製物を調製することと、RASGRP1及びAPTXの発現レベルの比を得ることと、データセットにおいて、前記治療の陽性予測値、応答患者を同定する陰性予測値、ROC分析におけるAUC、感度及び特異度からなるセットからの測定値の1つ又は2つ以上を最大化することであって、前記RASGRP1及びAPTXの発現レベルの比が、前記閾値と比較される、最大化することと、を含む、方法。44前記RASGRP1の発現レベルが、RT-PCRを用いて測定される、実施態様43に記載の方法。45前記RASGRP1の発現レベルが、特定の参照標準RNAと一致するように決定される前記閾値に対して評価される、実施態様44に記載の方法。46急性骨髄性白血病と診断された患者にチピファルニブ及びエトポシドを投与するための方法であって、それぞれのレベルがΔΔCt法を用いて計算されたRASGRP1及びAPTXの発現の比が、試験集団における感度若しくは特異度又はROC分析における感度と特異度との最大の和に対応したΔΔCt閾値を上回るか否かを判定することと、前記比が前記ΔΔCt閾値を上回る場合に、治療上の有効量のチピファルニブを投与することと、を含む、方法。47前記RASGRP1及びAPTXの発現の比が、i5’-CGCTTCCGATTGGGCTAC-3’、ii5’-AGAATCAAAATCCTGGCTGATC-3’、iii5’-CTGGACGATCTCATTGACAGC-3’、及びiv5’-CTTGCAACAGTTGGTTACTTCG-3’からなる群からの少なくとも1つのプライマーを用いて決定される、実施態様46に記載の方法。48RASGRP1の発現のレベルが、APTX、βアクチン及びHMBSからなる群のうちの1つ又は2つ以上に対して推定される、実施態様46に記載の方法。49前記ΔΔCt閾値が約5.2である、実施態様46に記載の方法。50前記ΔΔCt閾値が、約70以上の曲線下面積に対応している、実施態様46に記載の方法。51前記アッセイが、1個のチューブ内で多重フォーマットで行われる、実施態様46に記載の方法。52外因性コントロールを用いて、APTXに対するRASGRP1の発現レベルの比を決定することを更に含む、実施態様47に記載の方法。53前記外因性コントロールが、1つ又は2つ以上の参照細胞系統、JYRNA、UniversalRNA、標準化された参照RNA、及び参照患者試料からなる群から選択される、実施態様42に記載の方法。54試料が、i骨髄試料、及びii血液試料、の少なくとも一方を含む、実施態様46に記載の方法。55前記患者が、チピファルニブ及びチピファルニブと相乗作用を示す別の薬剤により治療され、前記チピファルニブと相乗作用を示す別の薬剤が、エトポシド、テニポシド、タモキシフェン、ソラフェニブ、パクリタキセル、テモゾロミド、トポテカン、トラスツズマブ、及びシスプラチナムからなる群から選択される要素の1つ又はその誘導体である、実施態様46に記載の方法。56急性骨髄性白血病と診断された前記患者が、年齢55才以上、好ましくは年齢60才以上、更により好ましくは年齢65才以上である、実施態様46に記載の方法。"