細胞傷害性Tリンパ球応答を誘発する能力を有するペプチドであって、その配列が、HIVの天然変異体によってコードされるポリペプチドファミリーに由来するセンターオブツリー配列内の保存エレメントの一部または全てを含む、ペプチド。ペプチドの長さが10アミノ酸以下である、請求項1に記載のペプチド。HIVの天然変異体がグループMのHIVに属する、請求項2に記載のペプチド。ポリペプチドファミリーが、gag遺伝子によってコードされるポリペプチドによって形成される、請求項3に記載のペプチド。gag遺伝子によってコードされるポリペプチドがp24ポリペプチドである、請求項4に記載のペプチド。保存エレメントの配列が、配列番号1から14のいずれかからなる群から選択される、請求項5に記載のペプチド。配列番号15から36からなる群から選択される配列を有する、請求項6に記載のペプチド。請求項1から7のいずれか一項に記載のペプチドをコードするポリヌクレオチド。請求項8に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。請求項1から7のいずれか一項に記載のペプチド、請求項8に記載のポリヌクレオチド、または請求項9に記載のベクターを含む免疫原性組成物またはワクチンであって、細胞傷害性T細胞応答を生じさせ得る、免疫原性組成物またはワクチン。医薬品において使用するための、請求項1から7のいずれか一項に記載のペプチド、請求項8に記載のポリヌクレオチド、請求項9に記載のベクター、請求項10に記載の免疫原性組成物またはワクチン。HIV感染に起因する疾患の治療または予防において使用するための、請求項1から7のいずれか一項に記載のペプチド、請求項8に記載のポリヌクレオチド、請求項9に記載のベクター、請求項10に記載の免疫原性組成物またはワクチン。請求項1から7のいずれか一項に記載のペプチドに特異的に結合する、抗原結合領域を含む抗体またはポリペプチド。対象から単離されるT細胞を含有する試料の、HIVタンパク質のCOT配列内の保存エレメントに由来する少なくとも1つの10merペプチドに対する細胞傷害性T細胞応答を開始する能力を試験するステップを含む、HIVコントローラー患者を同定するための方法であって、参照試料におけるCTL応答よりも高い、前記少なくとも1つの10merペプチドに対するCTL応答を開始することができる患者が、HIVコントローラーである、方法。HIVタンパク質がgag遺伝子によってコードされる、請求項14に記載の方法。HIVタンパク質がp24である、請求項15に記載の方法。p24COT配列内の保存エレメントが、配列番号1から14のいずれかからなる群から選択される、請求項16に記載の方法。10merペプチドが配列番号15から36からなる群から選択される、請求項14から17のいずれか一項に記載の方法。CTL応答が機能的親和力として測定される、請求項14から18のいずれか一項に記載の方法。変異ポリペプチドファミリーのセンターオブツリー配列を得るステップと、センターオブツリー配列内の保存配列エレメントを同定するステップと、配列が前記保存配列エレメント内に含まれるペプチドを作製するステップと、ステップで得られたペプチドをその免疫原性について試験するステップとを含む、変異ポリペプチドファミリー内の免疫原性ペプチドを同定するための方法。ステップにおいて作製されるペプチドが、10アミノ酸以下の長さを有する、請求項20に記載の方法。関連ポリペプチドファミリーがウイルス由来である、請求項20または21に記載の方法。ウイルス由来の関連ペプチドが、HIVに由来する、請求項22に記載の方法。HIVに由来するペプチドが、gag遺伝子によってコードされるポリペプチドに由来する、請求項23に記載の方法。gag遺伝子によってコードされるポリペプチドがp24である、請求項24に記載の方法。また、ウイルスプロテオームのあらゆる部分に対する宿主免疫応答についての本発明者らの理解は、技術的限界のために不十分であり得、抗原性試験試薬の使用はまた、特定のバイアスを導入し得る。様々な長さのオーバーラップペプチドセットを用いた以前の研究は、有意差のある応答率をもたらさなかったが、18merのOLPまたは最適に規定されたCTLエピトープを用いる、HIV1感染個体における本発明者ら自身の観察は、短い10merのペプチドが長めのOLPよりも、全応答についての格段に現実的な見解をもたらすことを示した。DraenertRetalJImmunolMethods20032751929、および上記のFrahm2007を参照されたい。短い方のペプチドは、HLAクラスI分子によって効果的に提示される前に必要とされる抗原プロセシングが少ない可能性があり、したがって、エクスビボ分析において通常用いられる対応する18merのOLPセットよりも多くの応答および低い機能的親和力の応答を同定し得る。本発明は、保存エレメントと呼ばれる、HIV1p24の最も保存された領域を含む、実験的に実証されたプロトタイプワクチン免疫原に関する。これらの領域およびHIV1Gagp24の残り部分または残りのHIV1におけるプロテオームの残り部分に対する免疫反応性を、HIVを良好に制御する個体およびウイルス複製をほとんど制御しない対象において比較した。CE配列の設計は、LosAlamosHIVデータベースでの全ての独立したグループMの配列にわたって典型的には少なくとも98の配列保存を有するHIV1プロテオームにおける領域の同定に基づくものであった。httpwwwhivlanlgovcontentindex、2011年9月を参照されたい。概念実証タンパク質として研究される、HIV1Gagp24では、これは、12から24アミノ酸長にわたり、かつp24の124残基の全てに対応する、7個のセグメントを作製した。Gagp24についての10merペプチドと18merペプチドとの並列比較を行い、短めのペプチド試験セットを用いた場合に2~3倍の速い応答率を明らかにした。結果は、感受性ペプチド試験セットを用いた場合に、Gagp24に対するCTL応答の同一の全体的な幅および程度が、HIV1コントローラーおよび非コントローラーによって等しく検出され得ることを示す。しかし、Gagp24に対する高い親和力および交差反応性応答は、HIV1コントローラーにおいて有意に強化される。これらのデータは、HIV1非コントローラーが、これらの標的に対する、所望の機能性を有する応答を誘発または維持し得ないことを示唆する。結果はまた、ウイルスゲノムの残り部分に容易に拡大され得、異種ウイルスチャレンジに対する免疫性をもたらし得る、この新規なCEに基づくHIV1ワクチン免疫原アプローチの潜在的な有用性の機能的な裏付けを提示する。A本発明の免疫原性ペプチドしたがって、第1の態様において、本発明は、その配列が、HIV1の天然変異体によってコードされるポリペプチドファミリーに由来するセンターオブツリー配列内の保存エレメントの一部または全てを含む、HIV1特異的な細胞傷害性Tリンパ球を誘発する能力を有するペプチドに関する。用語ペプチドは、本明細書において用いられる場合、アミノ酸、類似体、または実質的に類似のもしくは同一の機能性を有する模倣体の配列を指す。用語ペプチドはまた、ペプチド結合によって共に結び付けられた合成アミノ酸および天然アミノ酸を有する類似体を含む。細胞傷害性Tリンパ球アッセイは、同種および異種のHIV株に対するウイルス配列でのサブゲノム免疫化の後の細胞性免疫応答をモニタリングするために用いることができる。BurkeSetalJInfDis199417011101119、およびTiggesMetalJImmunol199615639013910を参照されたい。T細胞応答を検出するために利用される従来のアッセイには、例えば、増殖アッセイ、リンホカイン分泌アッセイ、直接細胞傷害性アッセイ、および限界希釈アッセイが含まれる。例えば、ペプチドと共にインキュベートされている抗原提示細胞を、レスポンダー細胞集団においてCTL応答を誘発する能力についてアッセイすることができる。抗原提示細胞は、末梢血単核球または樹状細胞などの細胞であり得る。あるいは、内部でプロセシングされたペプチドをMHCクラスI分子にロードする能力を欠き、かつ適切なヒトMHCクラスI遺伝子でトランスフェクトされている、突然変異非ヒト哺乳動物細胞系を、目的のペプチドの、インビトロで一次CTL応答を誘発する能力を試験するために用いることができる。PBMCは、CTL前駆体のレスポンダー細胞源として用いることができる。適切な抗原提示細胞は、ペプチドと共にインキュベートされ、その後、タンパク質をロードされた抗原提示細胞が、最適化された培養条件下でレスポンダー細胞集団と共にインキュベートされる。正のCTL活性化は、特異的ペプチドによってパルスされた標的、およびペプチド配列が由来した内因的にプロセシングされた形態の抗原を発現する標的細胞の両方で、放射性標識された標的細胞を死滅させるCTLの存在について培養物をアッセイすることによって決定することができる。例えば、標的細胞は、51Crで放射性標識することができ、細胞傷害活性は、標的細胞から放出される放射能から計算することができる。別の適切な方法は、フルオレセインで標識されたHLA四量体複合体で染色することによる、抗原特異的T細胞の直接的な定量を可能にする。AltmanJetalProcNatlAcadSciUSA1993901033010334、およびAltmanJetalScience19962749496を参照されたい。他の比較的最近の技術開発には、細胞内リンホカインの染色およびインターフェロン放出アッセイまたはELISpotアッセイが含まれる。用語保存エレメントは、本明細書において用いられる場合、配列が比較される場合に、全ての関連する変異配列の間で実質的に一定である前記配列の領域を指す。配列の比較では、典型的には1つの配列が、試験配列が比較される参照配列として作用する。配列比較アルゴリズムを用いる場合、試験配列および参照配列は、コンピュータ内に典型的にインプットされ、必要であれば部分配列の座標が指定され、配列アルゴリズムプログラムのパラメータが指定される。配列比較アルゴリズムは次に、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列の配列同一性パーセントを計算する。好ましい実施形態において、配列は、それが参照配列に対して少なくとも50、少なくとも55、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも91、少なくとも92、少なくとも93、少なくとも94、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99または100の同一性を示す場合、保存エレメントであるとみなされる。比較のための配列の最適なアラインメントは、例えば、SmithWatermanのローカル相同性アルゴリズムによって、NeedlemanWunschの相同性アラインメントアルゴリズムによって、PearsonLipmanの類似性サーチ方法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化された実行によって、または手動のアラインメントおよび目視検査によって行うことができる。SmithTWatermanMAdvApplMath19812482489、NeedlemanSWunschCJMolBiol197048443453、PearsonWLipmanDProcNatlAcadSciUSA19888524442448、GAPプログラム、BESTFITプログラム、FASTAプログラム、およびTFASTAプログラム、WisconsinGeneticsSoftwarePackage、GeneticsComputerGroup、Madison、WI、USAAusubelFetahEdsShortProtocolsinMolecularBiology5thEdを参照されたい。有用なアルゴリズムの一例は、PILEUPである。このプログラムは、プログレッシブペアワイズアラインメントを用いて、関連する配列群からマルチプルシーケンスアラインメントを生じさせて、関連および配列の同一性パーセントを示す。これはまた、アラインメントを生じさせるために用いられるクラスター化関連を示すツリーまたはデンドログラムをプロットする。FengDDoolittleRJMolEvol198735351360を参照されたい。この方法は、CLUSTALアルゴリズムに類似している。HigginsDSharpPGene199873237244、およびCABIOS19895151153を参照されたい。プログラムは、最大300の配列をアラインすることができ、それぞれ、最大長さは5000ヌクレオチドまたはアミノ酸である。マルチプルアラインメント手順は、2つの最も類似した配列のペアワイズアラインメントを伴い、2つのアラインされた配列のクラスターを生じさせる。このクラスターは次に、次に最も関連する配列またはアラインされた配列のクラスターにアラインされる。2つの配列クラスターは、2つの個別の配列のペアワイズアラインメントの単純な延長によってアラインされる。最終アラインメントは、一連のプログレッシブペアワイズアラインメントによって達成される。プログラムは、特異的配列、および配列比較の領域のためのそれらのアミノ酸またはヌクレオチドの座標を指定することによって、ならびにプログラムパラメータを指定することによって実行される。例えば、参照配列を他の試験配列と比較して、以下のパラメータを用いて配列同一性パーセントの関連を決定することができるデフォルトのギャップウェイト、デフォルトのギャップ長ウェイト、および重み付きエンドギャップ。配列同一性パーセントおよび配列類似性パーセントを決定するために適したアルゴリズムの他の例は、BLASTおよびBLAST20アルゴリズムである。AltschulSetalNucAcidsRes19772533893402、およびAltschulSetalJMolBiol1990215403410を参照されたい。BLASTプログラムおよびBLAST20プログラムは、本明細書において記載されるパラメータと共に用いられて、本発明の核酸およびタンパク質の配列同一性パーセントを決定する。BLAST分析を行うためのソフトウェアは、NationalCenterforBiotechnologyInformationを介して公開されている。httpblastncbinlmnihgovblastcgi、2011年9月を参照されたい。このアルゴリズムは、データベース配列における同一の長さのワードとアラインされた場合にいくつかの正の値の閾値スコアTにマッチするかまたはそれを満たす、クエリー配列における長さWの短いワードの認識を介する高スコアリング配列対の第1の同定を伴う。Tは、類似ワードスコア閾値と呼ばれる。上記のAltschul19971990を参照されたい。これらの最初の類似ワードのヒットを機に、それらを含むさらに長いHSPを見つけるための検索が開始される。ワードヒットは、累積アラインメントスコアが増大し得る限り、各配列に沿って両方向に延長される。累積スコアは、ヌクレオチド配列では、パラメータM、常に0およびNを用いて計算される。アミノ酸配列では、スコアリングマトリクスが、累積スコアを計算するために用いられる。各方向へのワードヒットの延長は、累積アラインメントスコアがその最大達成値から量X分下がると、累積スコアが1つもしくは複数の負スコア残基のアラインメントの蓄積に起因してゼロ以下となると、またはいずれかの配列の末端に達すると、停止する。BLASTアルゴリズムパラメータW、T、およびXは、アラインメントの感度および速度を決定する。BLASTNプログラムは、ワード長11、期待値10、M5、N4、および両鎖の比較をデフォルトとして用いる。アミノ酸配列では、BLASTPプログラムは、ワード長3および期待値10をデフォルトとして用い、BLOSUM62は、スコアリングマトリクスアラインメント50および期待値10、M5、N4、および両鎖の比較をデフォルトとして用いる。HenikoffSHenikoffJProcNatlAcadSciUSA1989891091510919を参照されたい。BLASTアルゴリズムはまた、2つの配列の間の類似性の統計分析を行う。KarlinSAltschulSProcNatlAcadSciUSA19939058735787を参照されたい。BLASTアルゴリズムによってもたらされる類似性の1つの尺度は最小合計確率であり、これは、2つのヌクレオチド配列またはアミノ酸配列の間のマッチを偶然生じさせる確率を示す。例えば、核酸は、参照核酸に対する試験核酸の比較における最小合計確率が約02未満、さらに好ましくは約001未満である場合に、参照配列に類似しているとみなされる。用語祖先配列は、本明細書において用いられる場合、変異配列ファミリーの最大尤度系統発生のベースノードにある配列を指す。祖先配列は、したがって、異なる配列からほぼ等距離にある。用語センターオブツリー配列またはCOTは、本明細書において用いられる場合、そこから関連変異配列の系統発生図の各先端までの平均進化距離が最小となっている配列を指す。NickleDetalScience200329915151517を参照されたい。典型的には、変異ポリペプチドファミリーは、高度に多様なウイルス集団として存在するウイルスのゲノムによってコードされるポリペプチドに対応する。しかし、FIV、HIV1、HIV2、C型肝炎、およびPERVのような内因性レトロウイルスなどの、いくつかの高度に多様なウイルスは、1つのプロトタイプ株が連続的な不変の株によって置き換えられている一連の変異体を介して、その宿主集団にわたって進化することはないと考えられる。逆に、ウイルス配列の進化ツリーはスターバーストパターンを形成し得、この場合、変異体のほとんどが、スターバーストの中心からほぼ等距離となる。このスターバーストパターンは、複数の多様な循環株が共通の祖先から進化することを示す。例えばFIV、HIV1、HIV2、C型肝炎、および内因性レトロウイルスなどの高度に多様なウイルスの祖先配列を決定するための計算方法を用いることができる。配列ファミリーからCOT配列を決定するための方法は、当技術分野において記載されている。RollandMetalJVirol20078185078514、MullinsJetalUS7655744、およびWO2005001029を参照されたい。典型的には、COTまたは祖先配列の決定は、最大尤度の原理に基づく循環ウイルスの核酸配列からの計算方法によって実施される。好ましい実施形態において、配列は、循環ウイルスの核酸配列である。試料内のウイルスの配列は、典型的には、共通の特徴を有し、例えば、同一のウイルス株、サブタイプ、またはグループに由来する。系統発生は、複製しているウイルスの核酸におけるヌクレオチド置換の確率を特定する進化モデルを用いることによって構築される。ヌクレオチドが異なる配列内の位置では、この方法論は、ヌクレオチドの1つをノードに割り当て、それによって、観察されたウイルス配列を得る確率が最大となるようにする。ノードへのヌクレオチドの割り当ては、予測された1つまたは複数の系統発生に基づく。各データセットについて、異なるウイルス株、サブタイプ、またはグループに由来するいくつかの配列が、目的の配列を根付かせるための外群として用いられる。配列置換のモデル、したがって最大尤度系統発生は、各データセットについて決定される。最大尤度系統発生は、試料内の観察される核酸配列をもたらす確率が最も高いものである。最大尤度系統発生のベースノードにある配列は、祖先配列または最も近い共通祖先と呼ばれる。あるいは、第2の方法は、所与のヌクレオチド部位およびツリー上の所与のノードについて、循環ウイルス観察される配列を得る確率を最大にするヌクレオチドを選択して、ツリー上の他のノードでのヌクレオチドの全ての考えられる割り当てを可能にすることである。この第2の方法は、特定の割り当ての周辺尤度を最大にする。これらの方法では、祖先配列の再構成は、しかし、単一の決定された配列のみを生じさせる必要はない。それらの尤度の順にランク付けされた多くの祖先配列を選択することが可能である。あるいは、HIV集団のケースでは、モデリングの第2層を、最大尤度系統発生分析に加えることができ、特に、この層は、分析において採用される進化モデルに加えられる。この第2層は、合祖尤度分析に基づく。合祖は、集団に作用するプロセスを考慮した、配列の系図の数学的記載である。これらのプロセスがある程度確実に知られている場合、合祖の使用は、各タイプのツリーに事前確率を割り当てるために用いることができる。ツリーの尤度と組み合わせると、決定された系統樹がデータを考慮すると正確であるという、事後確率を決定することができる。ツリーが選択されると、上記のように、祖先状態が決定される。したがって、合祖尤度分析はまた、祖先ウイルス配列の配列を決定するために適用することができる。典型的な実施形態において、最大尤度系統発生分析は、COTまたは祖先配列を決定するために適用される。典型的には、ウイルス株、サブタイプ、またはグループなどの共通の特徴を有する20と1000との間の核酸配列試料が用いられる。他のウイルスに由来するさらなる配列が得られ、分析されるウイルス配列を根付かせるための外群として用いられる。ウイルス配列の試料は、現在循環しているウイルスまたは内因性ウイルスから決定され、データベースまたは類似の配列情報源から同定される。配列は、CLUSTALWアルゴリズムを用いてアラインされる。ThompsonJetalNucleicAcidsRes19942246734680を参照されたい。これらのアラインメントは、GDEを用いて精度が上げられる。SmithJetalCABIOS199410671675を参照されたい。アミノ酸配列はまた、核酸配列から翻訳される。ギャップは、コドン間に挿入されるように操作される。本発明のペプチドの配列は、COT内の保存エレメントの一部または全てを含むか、または、配列多様性のカバレージを増大させるために、各保存エレメントの2番目に頻度の高い変異体をさらに含むことができる。このような頻度の高いトグルアミノ酸を含めることによって、全てのグループM配列の間のこれらの部位でのカバレージが99超に増大する。好ましい実施形態において、本発明のペプチドの配列は、10アミノ酸以下の長さ、例えば、9アミノ酸、8アミノ酸、7アミノ酸、6アミノ酸、5アミノ酸またはそれ以下の長さを有する。用語ポリペプチドは、本明細書において用いられる場合、モノマーがアミノ酸であり、ペプチド結合またはジスルフィド結合を介して共に結び付けられている、ポリマーを指す。この用語には、ポリペプチドの翻訳後修飾、例えばグリコシル化、アセチル化、およびリン酸化が含まれる。頭文字HIVは、総称的にヒト免疫不全ウイルスを指すために本明細書において用いられ、例えばHIV1、HIV2、出現HIV、ならびに他のHIVサブタイプおよびHIV変異体、例えば広く分布しているかまたは地理的に隔離された変異体を含む、HIVタイプ1、HIVタイプ2、または他のHIVウイルスを含む。例えば、祖先ウイルス遺伝子配列は、HIV1のenv遺伝子およびgag遺伝子について、例えばHIV1サブタイプA、B、C、D、E、F、G、H、J、およびK、ならびにサブタイプ間組換え、例えばAG、AGIについて、そしてグループM、N、Oについて、あるいはHIV2ウイルスまたはHIV2サブタイプAもしくはBについて、決定することができる。具体的な実施形態において、祖先ウイルス配列は、HIV1サブタイプBおよびもしくはCのenv遺伝子について、またはサブタイプBおよびもしくはCのgag遺伝子について決定される。他の実施形態において、祖先ウイルス配列は、他のHIV遺伝子またはポリペプチド、例えばpol遺伝子または補助的な遺伝子もしくはポリペプチドについて決定される。好ましい実施形態において、HIVは、グループMのHIVである。グループMは、主要な循環HIV1群である。これは文字で示されるサブタイプおよび数字で示されるサブサブタイプに分けられている。サブタイプA1、A2、A3、A4、B、C、D、E、F1、F2、G、H、J、およびKが、現在認識されている。クレードとも呼ばれる、HIV1サブタイプは、互いにほぼ同一の遺伝的距離であるHIV1の系統発生的に関連した株であり、いくつかのケースにおいて、サブタイプはまた、地理的にまたは疫学的に関連している。サブタイプ内の遺伝的変異は、15から20パーセント以上であり得るが、サブタイプ間または同一のサブタイプの相違するメンバー間の変異は、通常、25から35パーセントである。ここ10年間にわたり、HIVの全ゲノムシーケンシングにおける進歩によって、循環形態および固有の組換え形態が同定されている。これらは、二重に感染した人の中でのサブタイプ間の組換えの結果であり、前記人から、組換え形態が他の人に移る。組換え子孫は、直接的な疫学的関連を有さない3人以上の人において同定される場合、循環組換え形態として分類され、そうでない場合、これらは、固有の組換え形態として記載される。用語天然変異体は、本明細書において用いられる場合、祖先配列またはCOT配列が現在およびまたは過去の循環ウイルスに由来し得ることの同定に用いることができる、ならびに既存のデータベースから同定することができる、選択されたHIV1遺伝子またはHIV2遺伝子の核酸配列を指す。循環ウイルスの配列はまた、分子生物学方法論によって決定することができる。BrownTGeneCloning、WatsonRetalRecombinantDNA2ndEd、AlbertsBetalMolecularBiologyoftheCell、InnisMetalEdsPCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplications、ErlichHEdPCRTechnologyPrinciplesandApplicationsforDNAAmplification、SambrookJetalMolecularCloningALaboratoryManual、BishopTetalNucleicAcidandProteinSequenceAPracticalApproach、ReznikoffWEdMaximizingGeneExpression、DavisLetalBasicMethodsinMolecularBiology、SchleefMEdPlasmidforTherapyandVaccinationを参照されたい。用語HIV遺伝子は、ポリペプチドまたはタンパク質の発現に必要な情報を含み、かつ非翻訳配列を含み得る、HIVゲノム内のあらゆる配列を指す。この用語はまた、同一のDNA分子上に存在する遺伝子、遺伝子断片、非転写配列、または非翻訳配列のあらゆる組み合わせを含むものである。したがって、用語遺伝子は、時として総称的に用いられるため、cDNAおよびcDNAクローンを含む核酸分子も含む。本明細書において提示される実施形態における使用に適し得るHIVタンパク質の非限定的な例には、HIVGagタンパク質p53、p24、p17、p7、p6、p2、もしくはp1、HIVEnv糖タンパク質gp120、gp41、もしくはgp160、インテグラーゼ、逆転写酵素、RNaseH、プロテアーゼを含むHIV酵素、HIVNefタンパク質、HIVVifタンパク質p23、HIVRevタンパク質p19、HIVVprタンパク質、HIVVpuタンパク質、またはHIVTatタンパク質が含まれる。好ましい実施形態において、HIV遺伝子は、gag遺伝子である。用語gag遺伝子は、本明細書において用いられる場合、Gagポリプロテインをコードする遺伝子を指し、これは、成熟の間に、MA、CA、SP1、NC、SP2、およびp6にプロセシングされる。HIV単離体において見られるgag遺伝子の配列は、容易に見出すことができる。さらに好ましい実施形態において、gag遺伝子によってコードされるポリペプチドは、p24である。本明細書において用いられる場合、用語p24は、約24000ダルトンの指定されたp24の見かけの相対分子量を有すると特徴付けされ、かつHIVビリオンのカプシドタンパク質に対応する、HIVのgag領域の遺伝子産物を指す。用語p24はまた、p24の免疫学的活性を有するp24の修飾および断片を指す。好ましい実施形態において、p24配列内の保存エレメントの配列は、Table1において規定される配列からなる群から選択される。好ましい実施形態において、本発明のペプチドは、10アミノ酸以下の長さを有する。さらに好ましい実施形態において、本発明に従ったペプチドは、Table2において示されるペプチドからなる群から選択される。Bポリヌクレオチドおよびベクター別の態様において、本発明は、本発明に従ったペプチドをコードするポリヌクレオチドに関する。用語ポリヌクレオチドは、本明細書において用いられる場合、限定はしないが、ヌクレオチド間ホスホジエステル結合によって連結された2デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む、ヌクレオチドモノマーの一本鎖または二本鎖のポリマーを指す。当然のことながら、本発明のポリヌクレオチドは、HIVゲノムのさらなる領域を実質的に含まずに本発明のペプチドをコードする。したがって、本発明のペプチドがp24COT配列内の保存エレメントに由来するケースにおいて、本発明のポリヌクレオチドは、さらなるp24配列を含まずに前記保存エレメントをコードした配列を含む。別の態様において、本発明は、本発明において規定されるポリヌクレオチドを含むベクターに関する。用語ベクターは、目的の宿主細胞におけるその自律的な複製をもたらすさらなるセグメントに機能可能に連結している、目的のペプチドをコードするセグメントを含む、直鎖状または環状の核酸分子を示すために用いられる。好ましくは、ベクターは発現ベクターであり、これは、宿主細胞における自律的な複製の領域に加えて、本発明のポリヌクレオチドに機能可能に連結している領域を含み、かつ本発明に従ったペプチドの発現を増強させ得るベクターとして規定される。したがって、本発明に従った適切なベクターには、原核生物ベクター、例えばpUC18プラスミド、pUC19プラスミド、およびBluescriptプラスミド、およびその誘導体、例えばmp18プラスミド、mp19プラスミド、pBR322プラスミド、pMB9プラスミド、ColE1プラスミド、pCR1プラスミド、およびRP4プラスミドファージおよびシャトルベクター、例えば、pSA3ベクターおよびpAT28ベクター酵母における発現ベクター、例えば、2ミクロンプラスミドタイプベクター組み込みプラスミドYEPベクター動原体プラスミドおよび類似体昆虫細胞における発現ベクター、例えば、pACシリーズおよびpVLシリーズのベクター植物における発現ベクター、例えば、pIBIシリーズ、pEarleyGateシリーズ、pAVAシリーズ、pCAMBIAシリーズ、pGSAシリーズ、pGWBシリーズ、pMDCシリーズ、pMYシリーズ、pOREシリーズのベクター、および類似体ならびにウイルスベクター、レトロウイルス、およびレンチウイルスおよび非ウイルスベクターに基づく高等真核細胞における発現ベクター、例えばpSilencer41CMVベクター、pcDNA3ベクター、pcDNA31hygpHCMVZeoベクター、pCR31ベクター、pEF1Hisベクター、pINDGSベクター、pRcHCMV2ベクター、pSV40Zeo2ベクター、pTRACERHCMVベクター、pUB6V5Hisベクター、pVAX1ベクター、pZeoSV2ベクター、pCIベクター、pSVLベクターおよびpKSV10ベクター、pBPV1ベクター、pML2dベクター、ならびにpTDT1ベクターが含まれる。C免疫原性組成物およびその治療的使用本発明において提供される結果は、グローバルなHIV1多様性を網羅する、広く適用可能なHIV1ワクチンのための有望な免疫原性配列を同定する。したがって、別の態様において、本発明は、本発明に従ったペプチド、核酸、またはベクターを含む免疫原性組成物またはワクチンに関する。用語免疫原性組成物は、特異的免疫原に対する、抗体を産生する免疫応答または細胞介在性の免疫応答を引き起こす組成物を指す。免疫原性組成物は、例えば注射可能物質として、例えば液体溶液、懸濁液、およびエマルジョンとして調製することができる。用語抗原性組成物は、宿主免疫系によって認識され得る組成物を指す。例えば、抗原性組成物は、宿主免疫系の液性成分およびまたは細胞性成分によって認識され得るエピトープを含む。用語ワクチンは、疾患、特にウイルス性疾患に対する防御を付与するための、霊長類宿主、特にヒト宿主であり得る宿主へのインビボ投与のための免疫原性組成物を指す。さらなる態様において、本発明は、医薬品において用いるための、本発明に従ったペプチド、核酸、ベクター、または免疫原性組成物に関する。好ましい実施形態において、本発明は、本発明に従ったペプチド、核酸、またはベクターと、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物に関する。本明細書において区別せずに用いられる薬学的に許容可能な担体、薬学的に許容可能な希釈剤、または薬学的に許容可能な賦形剤、または薬学的に許容可能な媒体は、あらゆる従来のタイプの無毒の固体、半固体、または液体の充填剤、希釈剤、カプセル化材料、または製剤補助剤を指す。薬学的に許容可能な担体は、採用される投与量および濃度でレシピエントに対して基本的に無毒であり、製剤の他の成分と適合する。例えば、ポリペプチドを含む製剤のための担体は、通常は、酸化剤およびポリペプチドに対して有害であることが知られている他の化合物を含まない。適切な担体には、限定はしないが、水、デキストロース、グリセロール、生理食塩水、エタノール、およびその組み合わせが含まれる。担体は、さらなる作用物質、例えば、湿潤剤もしくは乳化剤、pH緩衝剤、または製剤の有効性を増強させるアジュバントを含み得る。アジュバントは、例えば、AlK2、AlNa2、AlH4、シリカ、ミョウバン、Al3、Ca32、カオリン、炭素、水酸化アルミニウム、ムラミルジペプチド、NアセチルムラミルLスレオニルDイソグルタミン、NアセチルノルムラミルLアラニルDイソグルタミン、NアセチルムラミルLアラニルDイソグルタミニルLアラニン2エチルアミン、2パーセントスクアレンTWEEN80エマルジョン内のRIBI、リポ多糖、および脂質Aを含むその様々な誘導体、完全フロイントアジュバント、不完全フロイントアジュバント、Merckアジュバント65、ポリヌクレオチド、コリネバクテリウムパルヴム、百日咳菌、およびブルセラ属のメンバーにおいて見られる物質である結核菌由来のワックスD、Titermax、ISCOMS、QuilA、ALUN、脂質A誘導体、コレラ毒素誘導体、HSP誘導体、LPS誘導体、合成ペプチドマトリクスまたはGMDP、インターロイキン1、インターロイキン2、モンタニドISA51およびQS21、CpGオリゴヌクレオチド、ポリIC、ならびにIL12、IL15、およびまたはGMCSFからなる群から選択され得る。HunterRUS5554372、およびJagerEKnuthAWO199728816を参照されたい。さらなる態様において、本発明は、HIV感染によって生じる疾患の治療または予防において使用するための、本発明に従ったペプチド、核酸、ベクター、免疫原性組成物、またはワクチンに関する。あるいは、本発明は、HIV感染によって生じる疾患の治療または予防のための薬剤を製造するための、本発明に従ったペプチド、核酸、ベクター、免疫原性組成物、またはワクチンの使用に関する。あるいは、本発明は、本発明に従ったペプチド、核酸、ベクター、または免疫原性組成物、またはワクチンの対象への投与を含む、前記対象におけるHIV感染によって生じる疾患の治療または予防のための方法に関する。用語治療するまたは治療は、臨床兆候が現れる前または後の疾患の進行を制御するための、本発明の免疫原性組成物またはそれを含有する薬剤の投与を指するために用いられる。疾患の進行の制御は、限定はしないが、症候の低減、疾患期間の短縮、病理学的状態の安定化、疾患の進行の遅延、病理学的状態の改善、および寛解を含む、有利なまたは所望の臨床結果を意味する。疾患の進行の制御はまた、治療を適用しなかった場合に予想される生存と比較した、生存の延長を伴う。表現HIV感染を伴う疾患には、対象がAIDSを発症している状態が含まれるが、HIVに感染している対象が疾患のいかなる兆候も症候も有していない状態も含まれる。したがって、本発明の免疫原性組成物は、感染の臨床兆候を有していない対象に投与されると、疾患の発病を予防し得るため、予防活性を有し得る。免疫原性組成物は、このような対象における健康なCD4T細胞の感染および破壊を予防または遅延させ得る。これはまた、非常に少ないCD4T細胞数、ならびにマイコバクテリウム種、ニューモシスチスカリニ、およびニューモシスチスクリプトコッカスなどの日和見病原体による反復的な感染などの、後天的な免疫不全疾患の症候の発病を予防および遅延させることを指す。有利なまたは所望の臨床結果には、限定はしないが、完全ナイーブCD4T細胞数の増大、全循環免疫細胞に対するCD4T細胞のパーセンテージの増大、およびまたは未感染対象における正常CD4T細胞数のパーセンテージとしてのCD4T細胞数の増大が含まれる。治療はまた、対象がいかなるHIV標的化治療も受けなかった場合の予想される生存と比較した、感染した対象の生存の延長を意味し得る。HIV感染またはAIDS症候に関するHIV免疫原性組成物の有利な予防効果または治療効果には、例えば、HIVに晒された個体の初期感染の予防または遅延、HIV感染個体におけるウイルス負荷の低減、HIV感染の無症候期の延長、ウイルスレベルが抗レトロウイルス療法を介して低下しているHIV感染患者における低いウイルス量の維持、薬剤未投与患者およびARTで治療した患者における、HIV1特異的なおよび非特異的なCD4T細胞レベルの増大またはCD4T細胞の減少の低下、AIDSを有する個体における全体的な健康または生活の質の向上、ならびにAIDSを有する個体の平均余命の延長が含まれる。臨床医は、免疫化の影響と、治療前の患者の状態、または未治療の患者の予想される状態とを比較して、治療がAIDSの阻害において効果的であるかどうかを決定することができる。本明細書において用いられる場合、AIDSは、HIV感染の症候期を指し、後天性免疫不全症候群およびARCの両方、またはAdlerBritMedJ2941145によって記載されているようなAIDS関連の合併症が含まれる。AIDSの免疫学的および臨床的兆候は、当技術分野において周知であり、例えば、免疫不全から生じる日和見感染および癌を含む。好ましい実施形態において、本発明の免疫原性組成物は、予防的組成物である。予防は、本発明の免疫原性組成物またはそれを含有する薬剤を感染の最初または初期の段階で投与して、臨床兆候の発現を回避することを意味する。本発明の免疫原性組成物は、HIV1感染の治療に有用であり得る。HIV1またはその同等物を患っている可能性のある全ての動物をこの様式で治療することができるが、本発明の免疫原性組成物は、ヒトにおけるその治療的使用を特に目的としている。しばしば、所望の治療効果をもたらすために2回以上の投与が必要である場合があり、正確なプロトコルは、標準的な臨床的手順によって決定することができる。本発明はさらに、HIV感染に関連する症候の予防または低減に関する。これらには、例えば帯状疱疹、皮膚発疹および爪の感染、口の痛み、再発性の鼻および喉の感染、ならびに体重減少を含む、HIV感染の軽症期に関連する症候が含まれる。さらに、HIV感染の主要症候期に関連するさらなる症候には、例えば、口腔および膣のがこう瘡、持続性の下痢、体重減少、持続性の咳、ならびに再活性化された結核または再発性のヘルペス感染、例えば単純疱疹が含まれる。本発明に従って治療することができる末期のAIDSの他の症候には、例えば、下痢、吐き気および嘔吐、がこう瘡および口の痛み、持続性の再発性の膣感染および子宮頸癌、持続性全身性リンパ節腫脹、重度の皮膚感染、疣贅および白癬、呼吸器感染、肺炎、特にニューモシスチスカリニ肺炎、帯状疱疹、神経系の障害、例えば疼痛、しびれ、もしくは手および足における血行不良によるしびれ、神経学的異常、カポジ肉腫、リンパ腫、結核、または他の類似の日和見感染が含まれる。本発明のペプチド、核酸、およびベクターの有利な影響には、例えば、HIVに晒された個体の初期感染の予防または遅延、HIV感染個体におけるウイルス負荷の低減、HIV感染の無症候期の延長、ウイルスレベルが抗レトロウイルス療法を介して低下しているHIV感染患者における低いウイルス量の維持、薬剤未投与患者およびARTで治療した患者における、HIV1特異的なおよび非特異的なCD4T細胞レベルの増大またはCD4T細胞の減少の低下、AIDSを有する個体における全体的な健康または生活の質の向上、ならびにAIDSを有する個体の平均余命の延長が含まれる。臨床医は、免疫化の影響と、治療前の患者の状態、もしくは未治療の患者の予想される状態とを比較して、または、ワクチンで治療されたおよび治療されていない個体の臨床試験において、治療がAIDSの阻害において効果的であるかどうかを決定することができる。D本発明の抗体別の態様において、本発明は、本発明に従ったペプチドに特異的に結合するその抗原結合領域を含む抗体またはポリペプチドに関する。用語抗体は、本明細書において用いられる場合、限定はしないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、およびその抗原結合断片、例えば、F2断片およびFab断片、ならびに一本鎖抗体を含む、認識される免疫グロブリン遺伝子の全てまたは一部によって実質的にコードされる1つまたは複数のタンパク質からなるタンパク質を指す。抗体という用語には、あらゆるタイプの既知の抗体、例えばポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、および遺伝子操作された抗体、例えばキメラ抗体、ヒト化抗体、霊長類化抗体、ヒト抗体、および二重特異的抗体が含まれる。キメラ抗体は、ある種の抗体の可変領域および別の種の定常領域で構築された抗体である。前記構築物の目的は、血清半減期が向上しており、免疫学的エフェクターメカニズム、すなわち、補体、細胞傷害性細胞のFc受容体、または種特異性を示す他の特異的な免疫グロブリン受容体によって認識され得る、元のモノクローナル抗体を伴うが治療される対象においてあまり免疫原性でなくさらに耐性である、抗体を得ることである。好ましい実施形態において、キメラ抗体は、マウス可変領域およびヒト定常領域によって形成される。ヒト化抗体は、親抗体の抗原結合特性を保存しているが人間においてはあまり免疫原性ではない、非ヒト生物に由来する抗体、典型的にはマウス抗体である。これは、完全な非ヒト可変ドメインをヒト定常領域にグラフトして、キメラ抗体を生じさせること、重要なフレームワーク残基を保持しながら、またはせずに、ヒトのフレームワーク領域および定常領域において非ヒト相補性決定領域のみをグラフトすること、ならびに完全な非ヒト可変ドメインを移植するが、表面残基を置き換えることによってヒト可変ドメインに類似したセクションでそれらを隠すことを含む、異なるプロセスによって得るすることができる。霊長類化抗体は、サル抗体、特にカニクイザルの抗体の重鎖および軽鎖の可変ドメインを含むように遺伝子操作されており、ヒト定常ドメイン、好ましくはヒトガンマ1または4免疫グロブリンの定常ドメインの配列を含む、組換え抗体である。前記抗体の調製は、NewmanetalBiotechnology1014581460、ならびに特許文献US5658570およびUS6113898において記載されている。これらの抗体がヒト抗体と高程度の相同性、すなわち85~98を示すこと、これらがヒトエフェクター機能を有すること、これらが低い免疫原性を有し、ヒト抗原に対する高い親和性を示し得ることが記載されている。組換え抗体を生成するための別の非常に効果的な手段が、NewmanBiotechnology1014551460によって記載されている。ヒト抗体は、既知の標準的な方法のいずれかによって作製される、ヒトの軽鎖および重鎖ならびに定常領域を組み込みによって含む抗体である。さらに詳細な定義は、定義の節で記載されている。本発明はまた、抗体の抗血管形成活性を実質的に保存する上記の異なるタイプの抗体の断片の使用を含む。用語抗体断片には、Fab、F2、Fab、一本鎖Fv断片、ダイアボディ、およびナノボディなどの抗体断片が含まれる。抗体のパパイン消化によって、それぞれが単一の抗原結合部位を有する、Fab断片と呼ばれる2つの同一の抗原結合断片と、その名が容易に結晶化するその能力を反映している、残りのFc断片とが生じる。ペプシン治療によって、2つの抗原結合部位を有し、依然として抗原に架橋し得る、F2断片が生じる。Fvは、完全な抗原結合および抗原認識部位を含む最小抗体断片である。この領域は、強力な非共有結合によって会合している可変軽鎖および重鎖二量体の可変ドメインからなる。この立体構造において、各可変ドメインの3つの超可変領域が相互作用して、VHVL二量体の表面上の抗原結合部位を規定する。全体として、6つの超可変領域が、抗原抗体特異性を抗体に付与する。しかし、単一の可変ドメインでさえも、完全な結合部位よりも親和性は低いが、抗原認識能力および抗原結合能力を有する。Fab断片はまた、軽鎖の定常ドメインおよび重鎖の第1の定常ドメインを含む。Fab断片は、抗体ヒンジ領域の1つまたは複数のシステインを含む、重鎖のドメインCH1のカルボキシ末端にわずかな残基が付加されている点で、Fab断片と異なる。一本鎖Fv抗体断片またはscFv抗体断片は、抗体のVHドメインおよびVLドメインを含み、抗体においてこれらのドメインは、単一のポリペプチド鎖内に存在する。好ましくは、Fvポリペプチドはさらに、VHドメインとVLドメインとの間のリンカーポリペプチドを含み、これは、scFvが抗原結合のための所望の構造を形成することを可能にする。scFvの概説については、PluckthuninThePharmacologyofMonoclonalAntibodiesvol113Rosenburg、およびMooreedsSpringerVerlagNYpp269315を参照されたい。用語ダイアボディは、2つの抗原結合部位を有する小さな抗体断片を指し、これらの断片は、同一のポリペプチド鎖内の軽鎖可変ドメインに連結している重鎖可変ドメインを含む。同一の鎖内の2つのドメイン間の対合を可能にするには短すぎるリンカーを用いることによって、ドメインは、別の鎖の相補的ドメインと対合させられ、2つの抗原結合部位を生じさせる。ダイアボディは、例えば、文献EP404097、WO9311161、およびHollingeretalProcNatlAcadSciUSA9064446448においてさらに詳細に記載されている。用語ナノボディは、免疫グロブリンの重鎖の抗原結合領域のみによって形成される、小さなサイズの実体を指す。前記ナノボディは、ラクダ科の動物、例えばラクダ、ラマ、およびヒトコブラクダ、主にラマ、ならびにまた、軽鎖を天然に欠き重鎖可変ドメインによって抗原を認識する抗体を有するという特異性を有するサメ科の免疫化の後に主に作製される。それでも、これらの由来源に由来するナノボディは、それらを治療的に適用するためにヒト化プロセスを要する。ナノボディを得るための別の考えられる由来源は、可変領域のVHドメインおよびVLドメインを分離することによって異なるヒト試料に由来する抗体に由来する。ナノボディは、抗体全体に関する作製コストの低減、安定性、および免疫原性の低減などの利点を有する。抗体の抗原結合領域と言う用語にはまた、特異的抗原に結合する合成のまたは遺伝子操作されたポリペプチド、例えば、軽鎖可変領域から構成されるポリペプチド、重鎖および軽鎖の可変領域から構成されるFv断片、軽鎖および重鎖の可変領域がペプチドリンカーによって連結されている組換え一本鎖ポリペプチド分子、ならびに超可変領域を模倣するアミノ酸残基から構成される最小認識単位が含まれる。Eコントローラー患者を同定するためおよびワクチントライアルのための方法本発明者らは、高度に保存された配列エレメントのサブセットに対する応答の存在、および広範な変異体認識能力を有する高親和力応答の維持が、制御されたHIV1感染の特質であることを実証した。したがって、別の態様において、本発明は、対象から単離されるT細胞を含有する試料の、HIVタンパク質のCOT配列内の保存エレメントに由来する少なくとも1つの10merペプチドに対する細胞傷害性T細胞応答を開始する能力を試験するステップを含む、HIVコントローラー患者を同定するための方法に関する。参照試料と比較すると、患者は、少なくとも1つの10merペプチドに対するさらに高いCTL応答を開始することができ、この対象は、HIVコントローラーであるとみなされる。用語HIVコントローラーは、本明細書において用いられる場合、治療の不存在下で長年にわたり検出不可能なまたは低いレベルでウイルスを維持し得るHIV感染対象を指す。本明細書において用いられる場合、HIVコントローラーは、個体がHIVに感染した後にHIVウイルス量の減少を示し、減少したHIVウイルス量を長期間維持する、HIV感染対象を指す。コントローラーはまた、抗レトロウイルス薬で治療されたことがないにもかかわらず正常なCD4陽性T細胞数および低いまたは検出不可能な血漿ウイルス量を伴って無症候性を維持する、HIV感染対象を指す。コントローラーであるHIV感染個体は、少なくとも12ヶ月間の期間にわたって3回測定すると、抗レトロウイルス療法の不存在下で、ウイルス量を非常に低いレベルで、例えば、血漿HIVRNAレベル350細胞mm3、また非コントローラー群では、ウイルス量50000RNAコピーml、およびCD4細胞数98。上記のRoland2007を参照されたい。配列多様性のカバレージは、各CEにつき1つのアミノ酸での単一の2番目に頻度の高い変異体を含めることによってさらに増大した。このような頻度の高いトグルアミノ酸を含められるようにすることによって、全てのグループMの配列のCEカバレージは99まで増大した。上記のLlano2009を参照されたい。7つのCEセグメント、および最適なエピトープは、記載されている。図1を参照されたい。ペプチドのCOTMGagp2410merセットを18merのOLPセットと同時に用いた場合、コントローラー群および非コントローラー群の両方において有意に大きな応答が10merで同定された。注目すべきことは、応答率の増大が、コントローラーよりも非コントローラー群において示されたことであった。このことは、非コントローラーがコントローラー群と比較して、試験ペプチドに対する応答検出の比例的優れた増強を有していたことを示す。図2Aおよび2Bを参照されたい。その結果、非コントローラーにおける応答の幅の増大によって、18merペプチドを利用してコントローラーで以前に観察されたp24に対する統計的に優位に広い応答が無効になり、すなわち、10mersを利用すると、コントローラーにおいてはp24に対して6応答であり、非コントローラーにおいては3応答である。同様に、10merに対する応答は、非コントローラーにおける2600SFC106PBMCと比較した、コントローラーにおける全程度、非コントローラーにおける657SFC106PBMCと比較した、コントローラーにおける個体当たりの応答の平均程度の両方に関して、かつ、分析を、コントローラーおよび非コントローラーの両方において検出された同一の10merペプチドに対する応答に制限した場合、同等の程度であった。同一の結果が、CE領域のみに対する応答を比較した場合に表れ、このことは、コントローラーおよび非コントローラーによる同等の幅および程度をそれぞれ示す。図2Eおよび2Fを参照されたい。これらの結果は、HIV1非コントローラーにおけるp24特異的応答が、感受性の10merペプチドセットを用いた場合に容易に検出されること、およびこれらが偽の非特異的反応性を表す可能性が低いことを実証する。CE含有HLAB14、HLAB27、およびHLAB57に制限された防御性CTLエピトープは、これらの防御性対立遺伝子を発現する個体の不存在においてHIV1コントローラーによって主に標的化されるHIV1コントローラーおよび非コントローラーは、7つのCEに対する同等の全応答率を示したため、本発明者らは次に、個体のCEのいずれかが2つの群の間で有意に差次的に機能したかどうかを調べた。実際、3つのCEは、非コントローラーよりも少なくとも40多いコントローラーによって標的化され、すなわち、19のコントローラーおよび13の非コントローラーが、CE4に対する検出可能な応答を有していた。同様に、CE5は、17のコントローラーおよび10の非コントローラーによって標的化されたが、3倍多くのコントローラーが、非コントローラーよりもCE6に対する応答を生じさせた。さらに、かつGagに対する応答の幅の増大が優れたウイルス制御と関連するという所見と一致して、これらの3つのCEの組み合わせに対する応答の検出は、非コントローラーと比較して、コントローラーにおいて有意に高かった。さらに、全体的に高い多様性にもかかわらず、CE456に対する応答の全程度は、HIV1ウイルス量との弱いが有意な相関を示し、このことは、これらの3つの領域に対するさらに強い応答が、ウイルス複製のより良好な制御を仲介することを示す。注目すべきことに、3つの領域が、良く研究されたHLAB57に制限されたTW10エピトープ、HLAB27に制限されたKK10エピトープ、およびHLAB14に制限されたDA9エピトープを含んでおり、これらの全ては、HIV1コントローラーにおけるHIV1の複製の抑制に以前から関連している。BrummeZetalJVirol20088292169927、GoulderPetalJExpMed2001193181194、GoulderPetalNature2001412334338、およびPereyraFetalAIDSVaccineMeetingCapeTownSouthAfrica2008を参照されたい。本発明者らの研究において顕著であるように、HLAB57個体およびHLAB27個体は排除され、ただ1人のコントローラーおよび1人の非コントローラーが、B14DA9エピトープをカバーするペプチドに対するレスポンダーの間でHLAB14対立遺伝子を発現した。これは、これらの領域に対する応答を開始することが、これらの防御性エピトープが元の研究において記載されているものと異なるHLAクラスI分子上で提示されていても、HIV1コントローラーにおいて特に効果的であることを示す。上記のFrahm2007を参照されたい。この広く雑多なエピトープの提示は、既知の最適なエピトープを含んでいたCE領域に対する応答の75が、記載された制限HLAクラスI対立遺伝子を発現しなかった個体において見られたという所見によってサポートされる。さらに、CEセグメントに対する300を超える個体応答の35が、既知の最適なHIV1CTLエピトープを含んでいない標的ペプチドであった。これらのデータは、本発明者らのCEvac設計に含まれるCE領域が、天然の慢性感染における提示からブロックされておらず広範なHLAクラスIの状況において認識され得る、非常に豊富なアレイに相当することを示唆する。HIV1コントローラーは、さらに高い変異体認識を示したCE免疫原アプローチは、HIV1ゲノムの最も保存されたセグメントの同定に基づくが、単一の2番目に頻度の高い変異体を含めることによって、全体的なグループM配列多様性のカバレージがさらに増大し得る。これらの変異体をエクスビボでの免疫分析に組み込むために、上記のスクリーニングに含まれる223の10merペプチドを、88のさらなるオーバーラップしている10mer変異ペプチドによって補完し、そのうち42個は、CE領域内に位置するカバー配列の変異体であった。COTM配列のペプチドでは、これらのp24変異体に対する応答の中央値数は、HIV1非コントローラーよりもコントローラーにおいて大きく、試験したペプチドの数が小さいにもかかわらず、統計学的有意に達した。図4Aを参照されたい。増大は、分析をCE領域のみに位置する変異体に限定すると、さらに統計的に有意であった。223のペプチドからなるセットで見られるように、変異体特異的応答の平均程度は、コントローラーと非コントローラーとの間で同等であった。図4Bを参照されたい。変異体認識データもまた、野生型COTM配列に対する反応性に対する比較において分析した。これによって、応答が変異ペプチドを用いて検出されるのみのケースの同定、および応答の交差反応性のレベルの評価が可能になった。50の試験対象のうち、23のコントローラーおよび17の非コントローラーは、変異ペプチドを試験したCOTMペプチドに対する検出可能な応答を有していた。コントローラーのうち、変異ペプチドの50の中央値は、COTM配列が応答を引き起こした場合に反応性であった。HIV1非コントローラーにおいて、個体は、反応性COTMペプチドの試験変異体に対して31の中央値で反応した。図4Cを参照されたい。これは統計学的有意には達しなかったが、コントローラーは、非コントローラーよりも有意に多い、COTM配列が応答を引き起こさなかった変異ペプチドと反応した。図4Dを参照されたい。CE領域における試験ペプチド配列と自己ウイルス配列との間のミスマッチに起因する、非コントローラーにおける変異体の応答率の全体的な低減を除外するために、自己Gagp24バルク配列を、25のHIV1非コントローラーの21について得た。分析は、21の分析個体で7つのCEセグメント全てにわたりわずか24のアミノ酸多型が同定されたため、試験セットと自己ウイルス配列との間の99の同一性を示した。図5を参照されたい。このことは、HIV1非コントローラーにおける変異体反応性の相対的な不存在が、試験ペプチド配列と自己ウイルスとの間のミスマッチよりも、交差反応性のT細胞応答を開始するかまたは維持する能力の低下によって生じることを示唆している。総合すると、データは、HIV1コントローラーが、非コントローラーよりも多くのエピトープ変異体と反応し得ることを示し、図2におけるデータと組み合わせると、この優れた変異体認識が、コントローラーにおける優れた程度の応答の存在に単純に起因してはいなかったことを示す。HIV1コントローラーにおける広く交差反応性の応答は、非コントローラーにおけるよりも機能的親和力が高く、低親和力の応答よりも優れた変異体認識を仲介する細胞の利用可能性に基づいて、全部で474の個体応答を滴定して、それらの機能的親和力を規定した。図6Aにおいて示されるように、コントローラーは、非コントローラーにおいて検出された応答と比較して高い機能的親和力の応答を示した。機能的親和力における差は、分析を、コントローラー群および非コントローラー群の両方において見られた52の10mer特異的応答に限定した場合に、さらに示された。図6Bを参照されたい。機能的親和力がペプチド変異体を認識する能力に関連していたかを直接的に試験するために、滴定された応答を、高い、中程度の、および低い親和力応答にグループ化し、それらの変異体認識能力を比較した。実際、全ての滴定された応答の第1の四分位数におけるSD50での応答は、全ケースの67においてそれらの変異体との交差反応性を示し、一方、さらに少ないの中間のまたは低い機能的親和力の応答は、それらの10mer変異体と交差反応性であった。図6Cを参照されたい。バイアスを避けるために、特に広い応答を示す個体を用いるアッセイにおいて、データはまた、上記のように規定された、高い、中間の、または低い親和力活性のいずれかにおける対象の応答を分けた後の個体当たりの交差反応性応答の割合を決定することによって分析した。ほとんどのケースにおいて、高い機能的親和力の応答はまた、試験変異体と反応し、一方、中間のおよび低い親和力応答は、ペプチド変異体を認識できなかった。総合すると、データは、高い親和力応答が、HIV1コントローラーにおいてさらに多く見られ、低い機能的親和力の応答よりも優れた変異体認識を仲介したことを示す。データはまた、COTM配列が応答を引き起こさなかった場合に反応性であるエピトープ変異体を同定し、配列変異体をHIV1ワクチン免疫原配列に含めるためのさらなる合理性を提供する。