"塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む塩基配列及びその相補的な塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる塩基配列を生成するステップと、上記RNAに変換してなる塩基配列とその相補的な塩基配列とから、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法。塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップと、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法。塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とに対して、a標的塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、b標的塩基の3’隣接塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、c標的塩基の5’隣接塩基がプリン塩基であるか否かとの判断とのうちの少なくとも1つの判断を行うことにより、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、プリン塩基である1塩基をRNA位置として決定して、RNA位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、上記出力されるRNA位置情報を含む塩基配列から、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f上記RNA位置で示された1塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、RNA位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップと、上記RNA位置情報を含む塩基配列、又は上記RNA位置情報を含む部分塩基配列において、RNA位置として決定した塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法。上記RNA位置情報を含む塩基配列を出力するステップは、上記標的塩基と上記決定されたRNA位置との位置関係に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列から標的塩基検出用RNA含有プローブとして優れた部分塩基配列を選択するための優先順位を決定して、上記決定された優先順位を含む塩基配列又は部分塩基配列を出力することを含む請求項3記載の塩基配列の情報処理方法。請求項1~4のうちのいずれか1つに記載の塩基配列の情報処理方法の各ステップを含み、コンピュータにより実行されるプログラム。請求項5記載のプログラムを格納したことを特徴とする、コンピュータにより読取可能な記録媒体。標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む塩基配列及びその相補的な塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる塩基配列を生成する手段と上記RNAに変換してなる塩基配列とその相補的な塩基配列とから、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置。標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段と、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置。標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とに対して、a標的塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、b標的塩基の3’隣接塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、c標的塩基の5’隣接塩基がプリン塩基であるか否かとの判断とのうちの少なくとも1つの判断を行うことにより、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、プリン塩基である1塩基をRNA位置として決定して、RNA位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、上記出力されるRNA位置情報を含む塩基配列から、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f上記RNA位置で示された1塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、RNA位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段と、上記RNA位置情報を含む塩基配列、又は上記RNA位置情報を含む部分塩基配列において、RNA位置として決定した塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置。上記RNA位置情報を含む塩基配列を出力する手段は、上記標的塩基と上記決定されたRNA位置との位置関係に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列から標的塩基検出用RNA含有プローブとして優れた部分塩基配列を選択するための優先順位を決定して、上記決定された優先順位を含む塩基配列又は部分塩基配列を出力することを特徴とする請求項9記載の塩基配列の情報処理装置。請求項7~10のうちのいずれか1つに記載の塩基配列の情報処理装置と、クライアント装置とがネットワークを介して接続してなる塩基配列の情報処理システムであって、上記クライアント装置は、上記入力される塩基配列を含む情報を上記ネットワークを介して上記塩基配列の情報処理装置に送信する送信手段を備え、上記塩基配列の情報処理装置は、上記送信された塩基配列を含む情報に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列を生成して出力する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理システム。請求項1~4の塩基配列の情報処理方法により生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列と同一の配列からなるRNAおよびDNA含有核酸断片を作成する工程を含む、標的塩基検出用RNA含有プローブの製造方法。請求項12に記載の方法により製造された標的塩基検出用RNA含有プローブを、試料中の核酸にハイブリダイズさせる工程、上記ハイブリダイズ工程の後の上記標的塩基検出用RNA含有プローブにリボヌクレアーゼHを作用させる工程、及び上記リボヌクレアーゼHによる上記標的塩基検出用RNA含有プローブの切断の有無を検出する工程を含む、標的塩基の検出方法。本発明の目的は、第一の態様において、簡便かつ有用な標的塩基検出用RNA含有プローブの製造方法、塩基配列の情報処理方法、塩基配列の情報処理装置、及び塩基配列の情報処理システム、及び標的塩基の検出方法を提供することにある。第二の態様において、本発明の目的は、簡便かつ有用な標的核酸検出用RNA含有プローブの設計方法、塩基配列処理方法、塩基配列処理装置、並びに塩基配列処理システムを提供することにある。本発明者らは、上記課題を解決すべく、これまで研究者が検出しようとする標的核酸中の特定の塩基や一塩基置換毎に試行錯誤を経て行っていた標的核酸検出用RNA含有プローブの設計について鋭意研究を重ねた。そして膨大な条件の組合せを1つ1つ検討した結果、特定の条件を満たす配列に、設計したRNA含有プローブをリボヌクレアーゼHと組み合わせて用いた場合、効率よく特定の塩基やSNPを検出できることを見出し、本発明を完成させた。また、このRNA含有プローブの設計を行うための塩基配列処理方法、当該処理方法をコンピュータに実行させるプログラム、塩基配列処理装置、更には、塩基配列処理装置とネットワークを介して通信可能な状態で接続されたクライアント装置より、標的核酸の塩基配列情報を入力するだけで、標的核酸検出用のRNA含有プローブの設計、更には特定の塩基や一塩基置換が効率よく検出できるプライマー対情報も得られる塩基配列処理システムを見出し、本発明を完成させた。すなわち、本発明を概説すれば、第一の態様において、本発明は、[1]塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む塩基配列及びその相補的な塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる塩基配列を生成するステップと、上記RNAに変換してなる塩基配列とその相補的な塩基配列とから、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法、[2]塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップと、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法、[3]塩基配列の情報処理装置により実行される塩基配列の情報処理方法であって、標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成するステップと、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とに対して、a標的塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、b標的塩基の3’隣接塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、c標的塩基の5’隣接塩基がプリン塩基であるか否かとの判断とのうちの少なくとも1つの判断を行うことにより、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、プリン塩基である1塩基をRNA位置として決定して、RNA位置情報を含む塩基配列を出力するステップと、上記出力されるRNA位置情報を含む塩基配列から、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f上記RNA位置で示された1塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、RNA位置情報を含む部分塩基配列を生成するステップと、上記RNA位置情報を含む塩基配列、又は上記RNA位置情報を含む部分塩基配列において、RNA位置として決定した塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成するステップとを含むことを特徴とする塩基配列の情報処理方法、[4]上記RNA位置情報を含む塩基配列を出力するステップは、上記標的塩基と上記決定されたRNA位置との位置関係に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列から標的塩基検出用RNA含有プローブとして優れた部分塩基配列を選択するための優先順位を決定して、上記決定された優先順位を含む塩基配列又は部分塩基配列を出力することを含む[3]記載の塩基配列の情報処理方法、[5][1]~[4]のうちのいずれか1つに記載の塩基配列の情報処理方法の各ステップを含み、コンピュータにより実行されるプログラム、[6][5]記載のプログラムを格納したことを特徴とする、コンピュータにより読取可能な記録媒体、[7]標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む塩基配列及びその相補的な塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる塩基配列を生成する手段と上記RNAに変換してなる塩基配列とその相補的な塩基配列とから、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置、[8]標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段と、上記標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基の位置情報を含む部分塩基配列において、上記塩基配列の標的塩基又は上記標的塩基に隣接する塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置、[9]標的塩基と、上記標的塩基の5’側に隣接する塩基と、上記標的塩基の3’側に隣接する塩基とを含む入力される塩基配列に、上記標的塩基の位置情報を入力して、当該入力された標的塩基の位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、上記出力される標的塩基の位置情報を含む塩基配列に対する、標的塩基の位置情報を含む相補的な塩基配列を生成する手段と、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とに対して、a標的塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、b標的塩基の3’隣接塩基がプリン塩基であるか否かの判断と、c標的塩基の5’隣接塩基がプリン塩基であるか否かとの判断とのうちの少なくとも1つの判断を行うことにより、上記出力された塩基配列と、上記生成された相補的な塩基配列とから、プリン塩基である1塩基をRNA位置として決定して、RNA位置情報を含む塩基配列を出力する手段と、上記出力されるRNA位置情報を含む塩基配列から、d部分塩基配列の塩基数が7~14であり、e部分塩基配列のTm値が25~40°Cであり、f上記RNA位置で示された1塩基が、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目に位置する、RNA位置情報を含む部分塩基配列を生成する手段と、上記RNA位置情報を含む塩基配列、又は上記RNA位置情報を含む部分塩基配列において、RNA位置として決定した塩基をRNAに変換してなる部分塩基配列を生成する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理装置、[10]上記RNA位置情報を含む塩基配列を出力する手段は、上記標的塩基と上記決定されたRNA位置との位置関係に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列から標的塩基検出用RNA含有プローブとして優れた部分塩基配列を選択するための優先順位を決定して、上記決定された優先順位を含む塩基配列又は部分塩基配列を出力することを特徴とする[9]記載の塩基配列の情報処理装置、[11][7]~[10]のうちのいずれか1つに記載の塩基配列の情報処理装置と、クライアント装置とがネットワークを介して接続してなる塩基配列の情報処理システムであって、上記クライアント装置は、上記入力される塩基配列を含む情報を上記ネットワークを介して上記塩基配列の情報処理装置に送信する送信手段を備え、上記塩基配列の情報処理装置は、上記送信された塩基配列を含む情報に基づいて、上記生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列を生成して出力する手段とを備えたことを特徴とする塩基配列の情報処理システム、[12][1]~[4]の塩基配列の情報処理方法により生成されたRNAに変換してなる部分塩基配列と同一の配列からなるRNAおよびDNA含有核酸断片を作成する工程を含む、標的塩基検出用RNA含有プローブの製造方法、及び[13][12]に記載の方法により製造された標的塩基検出用RNA含有プローブを、試料中の核酸にハイブリダイズさせる工程、上記ハイブリダイズ工程の後の上記標的塩基検出用RNA含有プローブにリボヌクレアーゼHを作用させる工程、及び上記リボヌクレアーゼHによる上記標的塩基検出用RNA含有プローブの切断の有無を検出する工程を含む、標的塩基の検出方法に関する。また、第二の態様において、本発明は、[1]下記a~dの条件を満たす塩基配列を創成する工程を包含する、標的核酸検出用RNA含有プローブの設計方法、a1つのプリン塩基がRNAであり、他はDNAである。b検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列が7~14の塩基数を有する。caのRNAが3’末端より3~5塩基目、あるいは、5’末端より3~5塩基目に位置する。dTm値が25~40°Cの範囲にある。[2]工程aのRNAが、標的核酸中の一塩基置換が起こり得る塩基、その3’側に隣接する塩基、標的核酸中の一塩基置換が起こり得る塩基の相補鎖の塩基、及び当該相補鎖の塩基の3’側に隣接する塩基から選択される1つの塩基に対応する塩基である、[1]の設計方法、[3][1]又は[2]に記載の設計方法により標的核酸検出用RNA含有プローブを設計する工程、当該プローブを合成する工程、合成されたRNA含有プローブを試料中の核酸にハイブリダイズさせる工程、及びリボヌクレアーゼHを作用させ、プローブの切断の有無を調べる工程、を含む標的核酸の検出方法、[4]標的核酸検出用RNA含有プローブを設計するための標的核酸の塩基配列の処理方法であって、検出しようとする標的核酸の塩基配列情報を取得する塩基配列情報取得工程、上記標的核酸の塩基配列中の1塩基、その3’側に隣接する塩基、上記1塩基に対応する標的核酸の相補鎖の塩基配列中の塩基、及び当該相補鎖の塩基配列中の塩基の3’側に隣接する塩基から選択される塩基の1つがプリン塩基であるか否かを判定する塩基判定工程、上記プリン塩基の1つをRNAとし、他はDNAとする塩基情報作成工程、検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数を7~14とし、部分塩基配列情報を作成する部分塩基配列作成工程、上記部分塩基配列情報から、前記RNAが3’末端から3~5塩基目、あるいは5’末端より3~5塩基目の位置である塩基配列を選択する塩基配列選択工程、上記塩基配列選択工程で得られた塩基配列のTm値が25~40°Cの範囲である特定の塩基含有配列を選択する特定塩基含有配列選択工程、を包含する塩基配列処理方法、[5]更に、設計されたRNA含有プローブに対応する領域を含む標的核酸の断片を増幅するためのプライマー対を標的核酸の塩基配列情報より設計する標的核酸増幅用プライマー設計工程を含む[4]記載の塩基配列処理方法、[6]上記塩基配列情報中の1塩基が、一塩基置換が起こり得る塩基である、[4]記載の塩基配列処理方法、[7][4]又は[5]に記載の塩基配列処理方法をコンピュータに実行させることを特徴とするプログラム、[8][7]記載のプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能記録媒体、[9]標的核酸検出用RNA含有プローブを設計するための標的核酸の処理装置であって、検出しようとする標的核酸の塩基配列情報を取得する塩基配列情報取得手段、上記標的核酸の塩基配列中の1塩基、その3’側に隣接する塩基、上記1塩基に対応する標的核酸の相補鎖の塩基配列中の塩基、及び当該相補鎖の塩基配列中の塩基の3’側に隣接する塩基から選択される塩基の1つがプリン塩基であるか否かを判定する塩基判定手段、上記プリン塩基の1つをRNAとし、他はDNAとする塩基情報作成手段、検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数を7~14とし、部分塩基配列情報を作成する部分塩基配列作成手段、上記部分塩基配列情報から、前記RNAが3’末端から3~5塩基目、あるいは5’末端より3~5塩基目の位置である塩基配列を選択する塩基配列選択手段、上記塩基配列選択工程で得られた塩基配列のTm値が25~40°Cの範囲である特定の塩基含有配列を選択する特定塩基含有配列選択手段、を備えたことを特徴とする塩基配列処理装置、[10]更に、設計されたRNA含有プローブに対応する領域を含む標的核酸の断片を増幅するためのプライマー対を標的核酸の塩基配列情報より設計する標的核酸増幅用プライマー設計手段を備えた[9]記載の塩基配列処理装置、[11]上記塩基配列情報中の1塩基が、一塩基置換が起こり得る塩基である、[9]記載の塩基配列処理装置、[12][9]又は[10]記載の塩基配列処理装置とネットワークを介して通信可能な状態で接続されたクライアント装置からなる塩基配列処理システムであって、当該クライアント装置は、標的核酸の塩基配列情報を上記塩基配列処理装置に送信する手段と、上記塩基配列処理装置より送信された標的核酸中の標的核酸検出用RNA含有プローブ情報又は当該プローブ情報及び標的核酸増幅用プライマー情報を取得する手段を備えたことを特徴とする塩基配列処理システム、に関する。本発明により、これまで研究者の経験や勘に基づいて行っていた標的核酸検出用RNA含有プローブの設計を簡便に行うことができ、効率よく標的核酸、並びに標的核酸中の特定の塩基本明細書において、この塩基は標的塩基と称されることもあるやSNPを検出することが可能となる。更に標的核酸中の特定の塩基や一塩基置換が効率よく検出できるプライマー対情報も得られることから、標的核酸の検出の経験が少ない又は経験がない研究者であっても、標的核酸を検出するためのRNA含有プローブを容易に設計することが可能であり、かつ効率よく目的とする標的核酸中の特定の塩基やSNPを検出することが可能となる。以下に本発明を具体的に説明する。本発明は、標的核酸とハイブリダイズさせた後にリボヌクレアーゼHによる切断の有無に基づいて標的核酸を検出する方法に使用されるRNA含有プローブを提供する。以下、本発明により設計されるRNA含有プローブの特徴について、標的核酸中の特定の位置における塩基Xの検出のためのRNA含有プローブを例として説明する。ここで、前記の塩基Xは標的核酸中の任意の塩基であってよいが、例えば一塩基置換の結果として通常の塩基から置換した塩基であってもよく、あるいは他の塩基に置換している可能性のある通常見出される塩基であってもよい。前記の塩基Xは、本明細書において、標的塩基と称されることもある。本発明のRNA含有プローブは標的核酸中の上記の塩基Xを含む領域又は当該領域に相補的な領域にハイブリダイズ可能な配列を有する。従って、当該プローブは標的核酸又はその相補鎖より選択される塩基配列の一部であって、かつ塩基X又は標的核酸の相補鎖中の塩基Xに相補的な塩基Yとするを包含する領域にハイブリダイズする配列である。その鎖長は特に限定はないが、好ましくは7~14塩基である。塩基X、塩基Y、又はそれらの3’側に隣接する塩基の少なくとも1つはプリン塩基アデニン又はグアニンであることから、本発明のRNA含有プローブの設計では前記プリン塩基のいずれかを選択して当該塩基のみをRNAとし、他の塩基はDNAとする。すなわち、塩基X及びその3’側に隣接する塩基がピリミジン塩基シトシン又はチミンである場合には、標的核酸の相補鎖の配列よりRNA含有プローブを設計する塩基Y又はその3’側に隣接する塩基をRNAとすることでこの条件を満たすことができる。DNAにはdATP、dCTP、dGTP及びdTTPの他、例えば、dUTP、イノシン、7-DEAZA-GTP、7-DEAZA-ATP、LNA修飾したDNAを使用することができる。前記RNAは当該プローブの3’末端、5’末端のいずれかより3~5塩基目に位置している。好ましい態様では、プローブの3’末端、5’末端のいずれかより3又は4塩基目にRNAが位置している。プローブのTm値は25~40°Cの範囲、好ましくは25~32°Cの範囲にある。ここで、Tm値は、nearest-neighbor法を用いて、更にBiochemistry、第36巻、第34号、10581~10594頁1997年に記載の方法で、DNA濃度500nM、塩濃度50mMとして計算される。以上の条件を満たすRNA含有プローブは、塩基Xを有する標的核酸DNA又はその相補鎖とハイブリダイズさせてリボヌクレアーゼHを作用させた場合に、上記条件のいずれかを満たしていないRNA含有プローブと比較して効率よくリボヌクレアーゼHの切断を受ける。すなわち、標的核酸中の塩基Xの存在を高感度に検出できる。本発明の標的核酸検出用RNA含有プローブの設計方法では、まず、標的核酸の塩基配列情報を取得する。ここで標的核酸の塩基配列情報とは、標的核酸の塩基配列及び当該塩基配列中の1塩基の位置を示す。ここで、1塩基の位置とは、検出したい標的核酸中の1塩基の位置を示す。標的核酸が高い相同性を有する遺伝子群から特定の遺伝子を検出するためのRNA含有プローブを設計する場合、常法に従いこれら遺伝子群の塩基配列の相同性解析を行い、保存されている領域又は相同性の高い領域中で、標的である遺伝子と他の遺伝子とで相同性の低い塩基、もしくは異なる塩基を見つけ出し、その位置を当該1塩基の位置としてもよい。SNPを検出するためのRNA含有プローブを設計する場合、ゲノム解析などでSNPが起こり得る塩基であると推定された塩基や公開されている公的データベースに記載されているSNPの位置を前記の1塩基としてRNA含有プローブの設計を行ってもよい。塩基配列としては、核酸配列であれば特に限定されないが、DNA配列が好ましい。また、当該塩基配列中の塩基の位置は1つでも複数個でもよい。複数個の場合、本発明の標的核酸検出用RNA含有プローブの設計方法では、それぞれ1つの位置を1塩基の位置として個別に設計を行う。更に、標的核酸の塩基配列情報は、任意の塩基配列及び当該塩基配列の1塩基の位置、もしくは各種公開されているデータベースより取得した塩基配列及び当該塩基配列の1塩基の位置でもよい。前記標的核酸の塩基配列情報に基づき、以下の条件をみたす配列の集合を作成する。a1つのプリン塩基がRNAであり、他はDNAである。b検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数が7~14である。caのRNAが3’末端より3~5塩基目に位置する。あるいは、5’末端より3~5塩基目に位置する。dTm値が25~40°Cの範囲にある。塩基の位置が複数個ある場合、個々の塩基の位置に対してそれぞれ集合を作成する。上記配列の集合を作成する際、更に、次の条件を追加することが好ましい。eaにおいて、RNAとしたプリン塩基から5’側に2塩基までの配列計3塩基に相補する配列、又はRNAとしたプリン塩基の5’側の1塩基から3’側の1塩基までの配列計3塩基に相補する配列が同一プローブ内に存在する場合は、上記配列の集合から除く。f相補部分が4塩基以上の逆方向反復塩基配列パリンドローム配列が含まれる配列は、上記配列の集合から除く。また、上記配列の集合を作成する際、上記条件の内、a及びcが以下のいずれであるかによって、次の基準に従ってプローブの順位付けを行うことが好ましい。以下の優先順位1~6において、数値が低いことは、優先順位が高いことを意味する。また、以下に記載の標的核酸中の1塩基は標的塩基を示し、以下の優先順位において当該1塩基とも称する。1.標的核酸中の1塩基がプリン塩基であって、その3’側及び5’側に隣接する塩基がともにプリン塩基である場合;優先順位1:a当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端より3~5塩基目に位置する。優先順位2:a当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端より3~5塩基目に位置する。優先順位3:a当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端より3~5塩基目に位置する。優先順位4:a当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端より3~5塩基目に位置する。2.標的核酸中の1塩基がプリン塩基であって、その3’側に隣接する塩基がプリン塩基であり、5’側に隣接する塩基がピリミジン塩基である場合;優先順位1:a当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端より3~5塩基目に位置する。優先順位2:a当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。:caのRNAが3’末端より3~5塩基目に位置する。優先順位3:a当該1塩基の相補鎖アンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端より3~5塩基目に位置する。優先順位4:a当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端より3~5塩基目に位置する。優先順位5:a当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端より3~5塩基目に位置する。優先順位6:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。3.標的核酸中の1塩基がプリン塩基であって、その3’側に隣接する塩基がピリミジン塩基であり、5’側に隣接する塩基がプリン塩基である場合;優先順位1:a当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位2:a当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。4.標的核酸中の1塩基がプリン塩基であって、その3’側及び5’側に隣接する塩基がともにピリミジン塩基である場合;優先順位1:a当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位2:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位3:a当該1塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位4:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。5.標的核酸中の1塩基がピリミジン塩基であって、その3’側及び5’側に隣接する塩基がともにプリン塩基である場合;優先順位1:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位2:a当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位3:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位4:a当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。6.標的核酸中の1塩基がピリミジン塩基であって、その3’側に隣接する塩基がプリン塩基であり、5’側に隣接する塩基がピリミジン塩基である場合;優先順位1:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位2:a当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位3:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位4:a当該1塩基のアンチセンス鎖がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位5:a当該1塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位6:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。7.標的核酸中の1塩基がピリミジン塩基であって、その3’側に隣接する塩基がピリミジン塩基であり、5’側に隣接する塩基がプリン塩基である場合;優先順位1:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位2:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。8.標的核酸中の1塩基がピリミジン塩基であって、その3’側及び5’側に隣接する塩基がともにピリミジン塩基である場合;優先順位1:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位2:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが3’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位3:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。優先順位4:a当該1塩基のアンチセンス鎖の塩基の3’側に隣接する塩基がRNAであり、他はDNAである。caのRNAが5’末端から3~5塩基目に位置する。上記の設計方法により得られたRNA含有プローブを用いて、標的核酸の検出を行う方法も本願に含まれる。例えば、上記方法で設計された優先順位の高いRNA含有プローブ配列を公知の方法により合成する。合成されたRNA含有プローブを試料中の核酸にハイブリダイズさせた後、リボヌクレアーゼHを作用させ、当該プローブの切断の有無を調べることにより、試料中の標的核酸の検出を行うことができる。プローブの切断の有無を調べる手段には特に限定はなく、公知の核酸分析手法を利用することができる。例えば、電気泳動法や高速液体クロマトグラフィー法により、当該プローブの鎖長の変化から切断を検出することができる。特に好適な態様としては、例えばRNA含有プローブを蛍光物質と該蛍光物質の発する蛍光を消光する作用を有する物質の両者で、プローブ内のRNAをはさんだ位置に適当な間隔をとって標識したものが包含される。このようなRNA含有プローブはインタクトな状態ではほとんど蛍光を発することはないが、切断されて蛍光物質と消光物質との距離が離れた場合には蛍光を発するようになる。このようなRNA含有プローブとすることで、反応中の反応液が発する蛍光を観察することにより標的核酸の検出を行うことができる。蛍光物質や消光物質には多種のものが知られており、すでに多くのものが市販されている。なお、本発明で設計されたRNA含有プローブを使用した標的核酸の検出は、特定の塩基の検出やこれら特定の塩基の有無の検出、特に一塩基置換が生じた結果として標的核酸中に存在することとなった塩基の存在の検出、あるいは一塩基置換が生じた場合には、他の塩基に置換されている通常見出される塩基の非存在の検出の方法として実施することができる。本発明の塩基配列処理方法は、上記の標的核酸検出用RNA含有プローブの設計方法に基づいて、まず、標的核酸の塩基配列情報を取得する工程S1、取得した塩基配列情報をチェックする工程S2、RNA含有プローブを設計する工程S3を含むものである図1。当該プローブを設計する工程S3は、上記a~dの条件を順次処理する工程を含むものである。更に、上記e及びfの条件を処理する工程を含むことが好ましい。RNA含有プローブを設計する工程を、更に詳細に説明すると、上記塩基配列情報より、塩基配列情報中の1塩基、その3’側に隣接する塩基、上記塩基配列情報中の1塩基の相補鎖の塩基、及び当該相補鎖の塩基の3’側に隣接する塩基から選択される塩基の1つがプリン塩基であるか否かを判定する塩基判定工程、上記プリン塩基の1つをRNAとし、他はDNAとする塩基情報作成工程、検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数を7~14とし、部分塩基配列情報を作成する部分塩基配列作成工程、上記部分塩基配列情報から、前記RNAが3’末端から3~5塩基目、あるいは5’末端より3~5塩基目の位置である塩基配列を選択する塩基配列選択工程、上記塩基配列選択工程で得られた塩基配列のTm値が25~40°Cの範囲である特定の塩基含有配列を選択する特定塩基含有配列選択工程、からなる。標的核酸の塩基配列情報を取得する工程において、取得した塩基配列情報をもとにして、公開されている公的データベースから、更に詳細な情報を取得する工程を追加してもよい。また、取得した塩基配列情報のチェック工程において、取得した塩基配列情報と公開されている公的データベースの情報を比較チェックする工程を追加してもよい。また、本発明により設計されたRNA含有プローブがハイブリダイズする標的核酸上の領域を増幅できるプライマー対を設計する工程S4を加えることができる図2又は図3。更に、上記工程で提供されるRNA含有プローブと当該プローブに対して設計されたプライマー対とのセットリストを作成する工程S5を加えることもできる。当該プライマー対を設計する工程におけるプライマー対の設計方法については、特に限定はなく、標的核酸中のRNA含有プローブ配列がハイブリダイズする領域を増幅できるようなプライマー対を公知の方法を用いて設計すればよい。また、当該プライマー対は公知の核酸増幅法、例えばPCR法、ICAN法、LAMP法等に使用可能なものであればよい。こうして設計されたプライマーによる試料中の標的核酸由来のDNA断片の増幅と本発明の標的核酸の検出方法を組み合わせることにより、微量の試料から高感度で目的とする遺伝子中の特定の塩基や一塩基置換の有無を検出することができる。更に、本発明においては、既に設計されている公知の核酸増幅法に使用可能なプライマー対により増幅されるDNA配列中に、RNA含有プローブを設計することも可能である。この場合、上記増幅されるDNA配列中の1塩基を本発明の1塩基とし、本発明の方法でRNA含有プローブを設計することにより、当該プローブを用いて高感度に増幅配列を検出することが可能である。本発明の塩基配列処理方法をコンピュータに実行させるプログラムとしては、上記の塩基配列処理方法の各工程を実行することが可能なプログラムであればよく、例えば、Ruby、Perl、Python、C、C、Java登録商標等により記述されたプログラムが挙げられる。上記プログラムを記録したコンピュータ読み取り可能記録媒体としては、例えば、コンパクトディスクCD、デジタルバーサタイルディスクDVD、ブルーレイディスクBD等の光ディスク、フラッシュメモリやハードディスク等が挙げられるが、これらに限定されるものではなく、コンピュータで読み取り可能な記録媒体であれよい。本発明の塩基配列処理装置は、上記の標的核酸検出用RNA含有プローブの設計方法に基づいて、まず、検出しようとする標的核酸の塩基配列情報を取得する手段、取得した塩基配列情報をチェックする手段、RNA含有プローブを設計する手段を含むものである。当該プローブを設計する手段は、上記a~dの条件を順次処理する手段を含むものである。更に、上記e及びfの条件を処理する手段を含むことが好ましい。RNA含有プローブを設計する手段を、更に詳細に説明すると、上記塩基配列情報より、標的核酸の塩基配列中の1塩基、その3’側に隣接する塩基、上記1塩基に対応する標的核酸の相補鎖の塩基配列中の塩基、及び当該相補鎖の塩基配列中の塩基の3’側に隣接する塩基の少なくとも1つがプリン塩基であるか否かを判定する塩基判定手段、上記プリン塩基の1つをRNAとし、他はDNAとする塩基情報作成手段、検出しようとする標的核酸又はその相補鎖に由来する塩基配列の塩基数を7~14とし、部分塩基配列情報を作成する部分塩基配列作成手段、上記部分塩基配列情報から、前記RNAが3’末端から3~5塩基目、あるいは5’末端より3~5塩基目の位置である塩基配列を選択する塩基配列選択手段、上記塩基配列選択手段で得られた塩基配列のTm値が25~40°Cの範囲である特定の塩基含有配列を選択する特定塩基含有配列選択手段、からなる。標的核酸の塩基配列情報を取得する手段において、取得した塩基配列情報をもとにして、公開されている公的データベースから、更に詳細な情報を取得する手段を追加してもよい。また、取得した塩基配列情報のチェック手段において、取得した塩基配列情報と公開されている公的データベースの塩基配列情報を比較チェックする手段を追加してもよい。また前記手段において、設計されるRNA含有プローブの非標的核酸へのハイブリダイズの可能性の評価を行う手段を追加してもよい。また、本発明により設計されたRNA含有プローブがハイブリダイズする標的核酸上の領域を増幅できるプライマー対を設計する手段を加えることができる。更に、上記の手段で提供されるRNA含有プローブと当該プローブ配列に対して設計されたプライマー対とのセットリストを作成する手段を加えることもできる。ここで、プライマーは公知の核酸増幅法、例えばPCR法、ICAN法、LAMP法等に使用可能なものであればよい。こうして設計されたプライマーによる試料中の標的核酸由来のDNA断片の増幅と本発明の標的核酸の検出方法を組み合わせることにより、微量の試料から高感度で目的とする遺伝子中の特定の塩基や一塩基置換の有無を検出することができる。本発明の塩基配列処理装置は単独で処理を行う装置であってもよく、また、当該塩基配列処理装置とネットワークを介して通信可能な状態で接続されたクライアント装置間で情報をやりとりする塩基配列処理システムであってもよい。前者の場合、例えば、本発明のプログラムをコンピュータのハードディスクに動作可能な状態で記録又はインストールし、当該コンピュータを本発明の塩基配列処理装置とすることができる。また、本発明のプログラムを光ディスクやフラッシュメモリ等の外部媒体に動作可能な状態で記録又はインストールし、当該外部媒体をコンピュータに接続し、コンピュータのハードディスクに本発明のプログラムを記録又はインストールすることなく、本発明の塩基配列処理を行える装置とすることができる。後者の場合、例えば、パソコン通信、イントラネットやインターネット等のネットワークを介して、クライアント装置より標的核酸の塩基配列情報を本発明の塩基配列処理装置に送信し、当該塩基配列処理装置より得られた標的核酸検出用RNA含有プローブ情報、プライマー対設計情報をクライアント装置から受け取ることができる。又は、クライアント装置の要求に応じてこれら情報を選択して受け取ることができる。当該システムであれば、塩基配列処理装置の設置場所等に関係なく、本発明の塩基配列処理装置を使用することができ有用である。また、当該塩基配列処理装置をクライアント装置から簡便に利用可能にするため、Web画面上で情報の送受信ができるようにするのは、当然のことである。本発明により設計されるRNA含有プローブ並びにリボヌクレアーゼHを核酸増幅反応液に添加することにより、標的核酸の増幅と検出を一つの反応で実施することが可能となる。本発明により設計されたRNA含有プローブは、特にPCRによる標的核酸断片の増幅反応と耐熱性リボヌクレアーゼHによるプローブの切断反応とを同時に行う検出系に好適である。また、前記のように切断に伴ってシグナル、例えば蛍光が発生するように標識されたRNA含有プローブはこのような態様に好適であり、シグナル検出系を備えた核酸増幅装置と組み合わせて標的核酸や一塩基置換の迅速検出系を構築することができる。本発明によれば、標的核酸の検出や標的核酸上のSNPの検出に有用なRNA含有プローブを作製することができ、さらに、当該プローブと組み合わせることができる標的核酸断片増幅用のプライマー対も提供される。これらのRNA含有プローブ、プライマーは標的核酸やSNPを感度よく検出するための試薬、キットのコンポーネントとすることができる。すなわち、本発明により高感度な標的核酸、一塩基置換の検出系も提供される。以下、図19~図32に基づき、本発明の具体的な実施態様を説明する。図19は、本発明の塩基配列処理装置10である。塩基配列処理装置10は、a当該塩基配列処理装置10の動作及び処理を演算及び制御するコンピュータのCPU中央演算処理装置20と、bオペレーションプログラムなどの基本プログラム及びそれを実行するために必要なデータを格納するROM読み出し専用メモリ21と、cCPU20のワーキングメモリとして動作し、画像処理で必要なパラメータやデータを一時的に格納するRAMランダムアクセスメモリ22と、d例えばハードディスクメモリで構成され、図20に示すように各種のデータを格納するデータメモリ23と、e例えばハードディスクメモリで構成され、CD-ROMドライブ装置45を用いて読みこんだ図21~図25の処理のプログラムを格納するプログラムメモリ24と、f通信端末装置46と接続され、インターネット50を介して遺伝子データベースサーバ装置60と、遺伝子データベースのデータを送受信する通信インターフェース36と、g所定のデータや指示コマンドを入力するためのキーボード41に接続され、キーボード41から入力されたデータや指示コマンドを受信して所定の信号変換などのインターフェース処理を行ってCPU20に伝送するキーボードインターフェース31と、hCRTディスプレイ43上で指示コマンドを入力するためのマウス42に接続され、マウス42から入力されたデータや指示コマンドを受信して所定の信号変換などのインターフェース処理を行ってCPU20に伝送するマウスインターフェース32と、iCPU20によって処理された出力データや設定指示画面などを表示するCRTディスプレイ43に接続され、表示すべき画像データをCRTディスプレイ43用の画像信号に変換してCRTディスプレイ43に出力して表示するディスプレイインターフェース33と、jCPU20によって処理された出力データなどを印字するプリンタ44に接続され、印字すべき印字データの所定の信号変換などを行ってプリンタ44に出力して印字するプリンタインターフェース34と、k上記処理のプログラムが記憶されたCD-ROM45aから当該プログラムのプログラムデータを読み出すCD-ROMドライブ装置45に接続され、読み出された画像処理プログラムのプログラムデータを所定の信号変換などを行ってプログラムメモリ24に転送するドライブ装置インターフェース35とを備え、これらの回路20~24、31~36はバス30を介して接続される。図20は図19のデータメモリ23の内部構成を示すブロック図である。図20に示すように、データメモリ23は以下のテーブルを格納する。1相補的塩基配列作成処理における参照テーブル71。2RNA位置決定における参照テーブル72。3プリン塩基の判断における参照テーブル73。4優先順位決定における参照テーブル74~76。525°C≦Tm値≦40°Cか否かの判定処理における参照テーブル77。6部分塩基配列およびプライマー配列の出力情報テーブル78。テーブル71~78を、図27~32に示す。図19の装置は、図21のフローチャートに示される処理を行う。図21のST1は、標的核酸の塩基配列、および標的塩基を表す情報を入力する処理である。入力される文字列は、文字列K数x,文字列J,記号iである図26のテーブル70参照。文字列Jは、A、T、GまたはCのいずれかの文字によって構成される一次元の文字列である。文字列Jは、標的核酸の塩基配列に対応する。文字列Jの左側が塩基配列の5’側であり、右側が塩基配列の3’側である。数xは、自然数である。数xは、標的塩基を表す。文字列Jの左からx番目に存在する文字が、標的塩基である。記号iは、文字列Kが入力された塩基配列であることを示す。記号iは、ST2で作成される塩基配列と区別するためのものである。ST2は、標的核酸の相補的な塩基配列を作成する処理である。ST2により、文字列M数x,文字列L,記号cが作成される図26のテーブル70参照。数xは、文字列Kにおける数xと同一である。文字列Lは、図27のテーブル71にもとづき、文字列Jから作成される。文字列Lを構成する文字は、文字列Jを右側から読み左側から並べて得られた文字列を構成する文字と、それぞれ、図27のテーブル71の対応関係をもつ。記号cは、文字列Lが相補的塩基配列であることを示す。ST3は、RNA位置、および優先順位を決定する処理である。ST3は、図22のフローチャートにしたがって行われる。図22のフローチャートは、ST11~ST17の判断処理、およびST18~ST25の情報作成処理からなる。ST11~ST17の判断処理は、図29のテーブル73にしたがっておこなわれる。ST11において、文字列Jにおける左側からx番目の文字がAまたはGである場合には、Yesとの判断がなされる。同文字がTまたはCである場合には、Noとの判断がなされる。ST12およびST13においては、同様の判断が、文字列Jにおける左側からx1番目の文字について行われる。ST14~ST17においては、同様の判断が、文字列Jにおける左側からx-1番目の文字について行われる。ST18~ST25の処理は、ST11~ST17の判断結果に応じて行われる。ST18~ST25の処理においては、3つの文字からなる文字列N記号iまたは記号c,数y,記号zが作成される図26のテーブル70参照。具体的には、ST18~ST26のそれぞれの処理h1~h8に応じて、図28のテーブル72に示される文字列Nが作成される。文字列Nの左から1文字目である記号iまたは記号cは、RNA位置が存在する塩基配列を示す記号である。記号iは、RNA位置がST1において入力された塩基配列上に存在することを示す。記号cは、同位置がST2において作成された塩基配列上に存在することを示す。文字列Nの左から2文字目である数yは、数xまたは数x1であり、RNA位置を特定するための数である。数yは、左からy番目がRNA位置であることを示す。文字列Nの左から3文字目である記号zは、α、βおよびγからなる群から選ばれる。記号zは、優先順位を示すための文字である。αが優先順位として最も高く、これにβ、γが順に続く。作成された文字列Nは、データメモリ23に一時的に格納される。ST4は、末端から3~5塩基目がRNA位置である塩基数7~14の部分塩基配列を表す情報を作成する処理である。処理は、図23のフローチャートにしたがって行われる。図23のフローチャートは、処理ST31、処理ST32、および処理ST33からなる。処理ST31は、5’末端から3~5塩基目がRNA位置である部分塩基配列をあらわす情報を作成する処理である。処理ST31は、図24のフローチャートにしたがって行われる。図24のフローチャートのST41は、文字列K、文字列M、および文字列Nを読み出す処理である。ST42、ST43、ST45、ST46、ST47、およびST48において、プローブ5’末端位置、プローブサイズ、およびRNA位置は、自然数である。RNA位置は、文字列N中の数yである。プローブ5’末端位置を数aとし、プローブサイズを数bとする。ST44は、文字列P文字列O,数y,記号z,記号ST31を作成する処理である。ST44の作成処理においては、まず、ST42で参照された数yが由来する文字列Nの左から一文字目が参照される。1文字目が記号iである場合には、左端から数えてa番目の文字から、ab-1番目の文字まで、文字列J中の文字が読み出される。読み出された文字列が左側から並べられることによって作成された文字列が、文字列Oである。文字列Nの左から1文字目が記号cである場合には、文字列Jの代わりに文字列Lを用いることを除き、同様の処理が行われる。文字列P中の数yおよび記号zは、参照された文字列N中の数yおよび記号zと同一である。文字列P中の記号ST31は、後のST33の優先順位を作成する処理のためのものである。作成された文字列Pは、データメモリ23に一時的に格納される。図23のフローチャートの処理ST32は、3’末端から3~5塩基目がRNA位置である部分塩基配列をあらわす情報を作成する処理である。処理ST32は、図25におけるフローチャートにしたがって行われる。図25のフローチャートは、プローブ3’末端位置という数が用いられることを除き、図24と同様である。処理ST32によって、処理ST31と同様に、文字列Q文字列O,数y,記号z,記号ST32が作成される図26のテーブル70参照。文字列Q中の記号ST32は、後の処理ST33において優先順位の情報を作成するためのものである。図23のフローチャートの処理ST33は、部分塩基配列の優先順位の情報を作成する処理である。まず、ST31およびST32によりデータメモリ23に一時的に格納された文字列P文字列O,数y,記号z,記号ST31および文字列Q文字列O,数y,記号z,記号ST32が読み出される。読み出された文字列Pおよび文字列Qのうち、記号zおよび記号ST31または記号ST32にもとづき、図30のテーブル74~76に則り、記号rが求められる。すなわち、記号zがα、βまたはγのいずれであるか、および記号がST31であるかST32であるかにもとづき、図30のテーブル74~76に示される数1~6のいずれかの数が記号rとして作成される。記号rは、作成された部分塩基配列についての優先順位を示す記号である。記号rは、1~6のいずれか1の自然数である。1が優先順位として最も高いことを意味し、順に2、3、4、5、6が低い。記号rおよび読み出された文字列Pおよび文字列Qを用いて、文字列R文字列O,数y,記号rが作成される図26のテーブル70参照。作成された文字列Rは、データメモリ23に一時的に格納される。ST5は、Tm値に基づく判定処理である。データメモリ23に一時的に格納された全ての文字列Rにつき、Tm値がそれぞれ計算される。ここで、Tm値は、nearest-neighbor法を用いて、更にBiochemistry、第36巻、第34号、10581~10594頁1997年に記載の方法で、DNA濃度500nM、塩濃度50mMとして計算される。計算されたTm値をもとに、図31のテーブル77に基づく判断が行われる。Noであるとの判断がなされた場合、データメモリ23に一時格納されたその文字列Rが削除される。ST6は、ST4によって作成された文字列に同一の配列が含まれる場合、その文字列Oを含む文字列Rを、データメモリ23から削除する処理である。文字列Oのうちの左側からy-2番目からy番目までの文字列、および文字列Oのうちの左側からy-1番目からy1番目までの文字列が読み出され、これらの読み出された文字列が、文字列Oの中に含まれるか否かが検索される。含まれる場合には、その文字列Oを含む文字列Rがデータメモリ23から削除される。ST7は、文字列Oに、4文字以上の逆方向反復塩基配列パリンドローム配列が含まれる場合、その文字列Oを含む文字列Rを、データメモリ23から削除する処理である。パリンドローム配列が含まれていることの判定は、以下のように行われる。まず、プローブ配列がseqと、プローブ鎖長がnと定義される。塩基は5’末端から3’末端へ0、1、2、...、n-1と数える。この定義のもと、以下のような方法がおこなわれる。すなわち、部分配列の開始位置iを0番目からn-1-最小対象部サイズx2-1番目まで変化させてゆき、部分配列サイズが最小対象部サイズ4bpからn-i/2小数点以下切り捨ての部分配列の相補配列が作成される。作成された相補配列が、部分配列開始位置iからi部分配列サイズの位置までの配列と一致するとき、パリンドロームとの判定がなされる。以下は、この方法をプログラムとして表現した一例である。MINSIZE4nseqsize0uptoMINSIZE21doiMINSIZEupto2floordolenbasesseqilenreversecomplementresultposseqindexifresultposパリンドロームEndendend以上の判定によりパリンドロームであると判定された場合には、そのような文字列Oを含む文字列Rがデータメモリ23から削除される。ST8は、部分塩基配列を抽出する処理である。以上の処理を経て削除されずにデータメモリ23に格納されている全ての文字列Rがデータメモリ23から読み出される。読み出された文字列Rのうち、優先順位を表す記号rの数が最も小さい1または複数の文字列Rが抽出される。ST9は、プライマー配列設計処理である。ST8において選択されたプローブの配列に適合するプライマーが作成される。当該プライマー対を設計する工程におけるプライマー対の設計方法については、特に限定はなく、標的核酸中のRNA含有プローブ配列がハイブリダイズする領域を増幅できるようなプライマー対を公知の方法を用いて設計すればよい。ST10は、出力処理である。ST10の処理において、ST8において抽出された文字列Rにもとづき、図32のテーブル78の情報がCRTディスプレイ43に出力される。左からy番目の文字にが付された文字列Oが出力される。は、その文字の位置がRNAであることを示す。次に、本願発明に包含される他の態様を、図21のフローチャートをもとに説明する。ST1において、文字列Kの入力は、図19のキーボード41またはマウス42を用いておこなわれてもよい。また、文字列Kの入力は、インターネット50を介して遺伝子データベースサーバ装置60から取得したものを入力することによっておこなわれてもよい。さらに、ST1において、標的核酸の塩基配列に相補的な塩基配列を表す情報の入力がおこなわれてもよい。すなわち、ST2により作成される文字列Mは、ST1において入力されてもよい。その場合、ST2は省略される。ST3において作成される文字列Nのうち、優先順位を表す記号zは、作成が省略されてもよい。ST4のうち、図22のST33の優先順位作成処理は、省略されてもよい。ST6およびST7の処理も省略されてよい。ST9のプライマー設計処理も省略されてよい。この場合、プローブ配列のみが出力される。ST5~ST7の処理は、この順番で行われなくてもよい。これらの処理は、適宜交換されてよい。ST5~ST7の処理の1または複数が、ST4処理と同時に行われてもよい。ST5~ST7の処理においてデータメモリ23に格納された文字列Rを削除する代わりに、無効フラグを立てる方法がとられてもよい。この場合、ST8の抽出方法もこれに合わせた方法に代えられる。ST9の処理は、ST8の処理ののちにおこなわれてもよいが、ST3~ST7のいずれかの処理ののちに行われることもある。以上の実施形態に則して具体的に説明されたように、本発明の塩基配列処理方法は、3’末端から3~5塩基目、または5’末端から3~5塩基目がRNA位置である塩基数7~14の部分塩基配列を作成する処理、および部分塩基配列のTm値が25~40°Cであるか否かを判定する処理を含むことを特徴とする。より好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法は、標的核酸中の標的塩基、これの3’側に隣接する塩基、およびこれの5’側に隣接する塩基がプリン塩基であるか否かを判定する処理を含む。また、より好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法は、標的核酸の塩基配列中の標的塩基、標的核酸の塩基配列において標的塩基の3’側に隣接する塩基、標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基、および標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基の3’側に隣接する塩基から選択される塩基の位置を、RNA位置として決定する処理を含む。さらにより好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法は、RNA位置として決定する処理は、上のプリン塩基であるか否かの判定結果に基づいて行われる。さらにより好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法における標的塩基は、1塩基置換が起こりうる塩基である。また、好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法は、RNA位置にもとづく優先順位による選択を含む。より好ましい実施態様において、RNA位置にもとづく優先順位は、標的核酸の塩基配列中の標的塩基、標的核酸の塩基配列において標的塩基の3’側に隣接する塩基、標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基の3’側に隣接する塩基の順に高い。また、より好ましい実施態様において、RNA位置にもとづく優先順位は、標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基、標的核酸の塩基配列において標的塩基の3’側に隣接する塩基、標的核酸の塩基配列に相補鎖な塩基配列において標的塩基に相補的な塩基の3’側に隣接する塩基の順に高い。また、好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法は、末端とRNA位置の位置関係にもとづく優先順位による選択を含む。より好ましい実施態様において、末端とRNA位置の位置関係に基づく優先順位は、RNA位置が3’末端から3~5塩基目である場合、RNA位置が5’末端から3~5塩基目である場合の順に高い。また、好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法は、塩基配列において、RNA位置を含む塩基配列に相補する配列が存在するか否かを判定する処理を含む。より好ましい実施態様において、存在するか否か判定される配列は、RNA位置から5’側に2塩基までの配列に相補する配列、又はRNA位置から5’側の1塩基から3’側の1塩基までの配列に相補する配列である。また、好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法は、塩基配列において、パリンドローム配列が存在するか否かを判定する処理を含む。より好ましい実施態様において、判定されるパリンドローム配列は、4塩基以上である。また、好ましい実施態様において、本発明の塩基配列処理方法は、作成するプローブの部分塩基配列の情報にもとづくプライマーの塩基配列決定処理を含む。以上のような本発明の塩基配列処理方法は、このような方法を実行させるためのプログラム、およびハードウェアを用いて行われても良い。ここで、このような方法を実行させるためのプログラムは、コンピュータ読み取り可能な記録媒体に記録されていてもよい。また、本発明の塩基配列処理方法は、このような塩基配列処理方法を行うための処理装置を用いて行われても良い。なお、好ましい態様において、本発明の処理装置は、本発明の塩基配列処理方法を行うための手段を有し、かつ、本発明の塩基配列処理方法を行うに際して参照されるテーブルがデータメモリに格納されている。しかしながら、本発明の塩基配列処理方法は、これらの方法によるものに限られず、たとえば、ヒトの操作による塩基配列の処理も含む。また、以上のような本発明の塩基配列処理方法は、本発明の塩基配列処理方法を実行するための塩基配列処理装置、および該装置とネットワークを介して通信可能な状態で接続されたクライアント装置からなる塩基配列処理システムにおいて行われてもよい。好ましい実施態様において、該クライアント装置は、標的核酸の塩基配列情報を上記塩基配列処理装置に送信する手段、および上記塩基配列処理装置より送信された標的核酸中の標的核酸検出用RNA含有プローブ情報を取得する手段を備える。より好ましい実施態様において、該クライアント装置は、上記塩基配列処理装置より送信された標的核酸中の標的核酸検出用RNA含有プローブ情報、および標的核酸増幅用プライマー情報を取得する手段を備える。異なる側面において、本発明は、本発明の塩基配列処理方法を含む、標的塩基検出用RNA含有プローブの塩基配列の決定方法を提供する。また、異なる側面において、本発明は、本発明の塩基配列処理方法を含む、標的塩基検出用RNA含有プローブの製造方法を提供する。より好ましい実施態様において、本発明のプローブの製造方法は、塩基配列が本発明の塩基配列処理方法によって決定された塩基配列と同一であるRNAおよびDNA含有核酸断片を作成する工程を含む。また、異なる側面において、本発明は、本発明の製造方法により製造された標的塩基検出用RNA含有プローブを用いる工程を含む標的塩基の検出方法を提供する。より好ましい実施態様において、本発明の標的塩基の検出方法は、本発明の製造方法により製造された標的塩基検出用RNA含有プローブを、試料中の核酸にハイブリダイズさせる工程、リボヌクレアーゼHを作用させる工程、及びプローブの切断の有無を検出する工程を含む。以下に実施例をもって本発明を更に具体的に説明するが、本発明は以下の実施例の範囲のみに何ら限定されるものではない。実施例1標的核酸を検出するためのプローブ内において、検出したい標的核酸中の1塩基の位置とRNAの位置の違いによる反応の特異性の違いの確認を行った。まず、標的核酸として、配列表の配列番号1に記載の配列をtemplate1として設定した。次に、template1にハイブリダイズするプローブとして、すなわち、templete1を検出するプローブとして、5’末端から7塩基目すなわち、3’末端から6塩基目がRNAであるプローブ以下、probecentralと称することもある。配列番号2、5’末端から4塩基目すなわち、3’末端から9塩基目がRNAであるプローブ以下、probe5’-4merと称することもある。配列番号3、5’末端から3塩基目すなわち、3’末端から10塩基目がRNAであるプローブ以下、probe5’-3merと称することもある。配列番号4、3’末端から4塩基目すなわち、5’末端から9塩基目がRNAであるプローブ以下、probe3’-4merと称することもある。配列番号5、3’末端から3塩基目すなわち、5’末端から10塩基目がRNAであるプローブ以下、probe3’-3merと称することもある。配列番号6を設定し、以下の実験に用いた。1プローブ内のRNAの位置の違いによる特異性の違いの確認:template1内の検出したい1塩基を、5’末端から10塩基目に設定した。この塩基に対応するプローブ中の塩基をRNAとし、プローブ内のRNAの位置の違いによる特異性の違いの確認を行うため、表1に示すような各プローブの塩基配列中のmrm塩基とtemplate1の塩基配列中のnnn塩基を設定し、template1とRNA含有プローブを全て合成した。合成した各プローブには、5’末端をEclipse標識、3’末端をFAM標識した。表中の配列について、カッコは、カッコ内の塩基がRNAであることを示す。次に、CycleavePCR登録商標CoreKitタカラバイオ社製中のポリメラーゼ以外の試薬を用い、1反応につき、template1を1μM、プローブを0.3μM、TliRNaseHIIを0.004Uとし、ThermalCyclerDice登録商標RealTimeSystemタカラバイオ社製により、サイクリングプローブ反応を行った。反応条件は、55°C、30秒、55°C、30秒で40サイクル行った。また、蛍光値の測定は、反応スタート時の蛍光値と最大蛍光値を測定し、その最大蛍光値に達する時のサイクル数もカウントした。その結果を表2に示す。表中の配列について、カッコは、カッコ内の塩基がRNAであることを示す。また、表中の数値は、それぞれのtemplate1に完全にマッチするRNA含有プローブを用いた場合の最大蛍光値-反応スタート時の蛍光値/最大蛍光値時のサイクル数を100とし、ミスマッチになるRNA含有プローブを用いた場合の上記式で計算された蛍光値の割合として算出された数値である。蛍光値の割合がマイナスになる場合には、0と表示される。更に、完全マッチのRNA含有プローブでも蛍光の変動がみられなかったため数値化できなかった場合には、-と表示される。表2に示されるように、probecentralが用いられた場合においては、nnnとmrmが相補的でない場合においても、比較的高い蛍光値の割合が測定されたのに対し、probe5’-4mer、probe5’-3mer、probe3’-4mer、およびprobe3’-3merが用いられた場合には、nnnとmrmが相補的でない場合には、比較的低い蛍光値の割合しか測定されなかった。これらの結果から、プローブ内のRNAの位置は、プローブの中央もしくは5’末端から7塩基目や3’末端から6塩基目よりも、プローブの5’末端から3塩基目及び4塩基目、又はプローブの3’末端から3塩基目及び4塩基目にすることにより、特異的に効率よく目的とする塩基を検出できることが明らかとなった。2検出したい塩基と該塩基に対応するプローブ内のRNAの位置の違いによる特異性の違いの確認:標的核酸中の検出したい1塩基に対応するプローブ中の塩基の位置以外をRNAとした場合の特異性を確認するため、次の実験を行った。まず、template1内の検出したい1塩基を、5’末端から11塩基目に設定した。この塩基に対応するプローブ中の塩基の3’側に隣接する塩基をRNAとなるように、表3に示すような各プローブの塩基配列中のmrm塩基とtemplate1の塩基配列中のnnn塩基を設定し、template1とRNA含有プローブを全て合成した。また、合成した各プローブは、5’末端をEclipse標識、3’末端をFAM標識した。表中の配列について、カッコは、カッコ内の塩基がRNAであることを示す。次に、実施例1-1と同様の条件でサイクリングプローブ反応を行った。その結果を表4に示す。表中の配列について、カッコ内の塩基はRNAを示す。また、表中の数値は表2と同様の計算方法で算出した蛍光値の割合を示す。また、template1内の検出したい1塩基を、5’末端から9塩基目に設定した。この塩基に対応するプローブ中の塩基の5’側に隣接する塩基をRNAとなるように、表5に示すような各プローブの塩基配列中のmrm塩基とtemplate1の塩基配列中のnnn塩基を設定し、template1とRNA含有プローブを全て合成した。また、合成した各プローブは、5’末端をEclipse標識、3’末端をFAM標識した。表中の配列について、カッコは、カッコ内の塩基がRNAであることを示す。次に、実施例1-1と同様の条件でサイクリングプローブ反応を行った。その結果を表6に示す。表中の配列について、カッコは、カッコ内の塩基がRNAであることを示す。また、表中の数値は表2と同様の計算方法で算出した蛍光値の割合を示す。表4及び表6の結果から、標的核酸中の検出したい1塩基に対応するプローブ中の塩基の3’側に隣接する塩基をRNAとした場合でも、検出したい1塩基に対応するプローブ中の塩基をRNAとした場合と同様に、特異的に効率よく目的とする塩基を検出できることが明らかとなった。これに対して、5’側に隣接する塩基をRNAとした場合、特異性が弱くなることが明らかとなった。実施例2標的核酸を検出するためのRNA含有プローブのTm値の違いによる反応の特異性の確認を行った。まず、NCBIに登録されているSNPhttp://www.ncbi.nlm.gov/である、rs5443、rs1654416及びrs1799821について、それぞれのSNPを含み、かつTm値が25~32°Cと35~40°Cとなるようなプローブをそれぞれ設計した。なお、rs5443については、ゲノム配列に対して正鎖センス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置に隣接する3’側をRNAとし、当該RNAがプローブの5’末端から3塩基目及び4塩基目であるプローブ、並びにゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基をRNAとし、当該RNAがプローブの3’末端から3塩基目であるプローブ配列番号7及び8を設計した。rs1654416については、ゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基をRNAとし、当該RNAがプローブの3’末端から3塩基目であるプローブ配列番号9~12を設計した。更に、rs1799821については、ゲノム配列に対してセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置をRNAとし、当該RNAがプローブの5’末端から3塩基目とするプローブ配列番号13、3’末端から3塩基目とするプローブ配列番号14及び15を設計した。設計した各プローブの配列、Tm値及び各合成時のRNA含有プローブの蛍光標識の種類を表7に示す。表中の配列について、カッコは、カッコ内の塩基がRNAであることを示す。上記RNA含有プローブに対して、CycleavePCRが行えるように、rs5443から設計したRNA含有プローブのうち、rs5443Cprobe及びrs5443Tprobeに対しては、rs5443Fprimer及びrs5443Rprimerのプライマー対を設計した配列番号16及び17。rs5443Cprobe2及びrs5443Tprobe2に対しては、rs5443F2primer及びrs5443R2primerのプライマー対を設計した配列番号18及び19。rs1654416から設計したRNA含有プローブに対しては、rs1654416Fprimer及びrs1654416Rprimerを設計した配列番号20及び21。rs1799821から設計したRNA含有プローブに対しては、rs1799821Fprimer及びrs1799821Rprimerのプライマー対を設計した配列番号22及び23。上記記載のRNA含有プローブ及びプライマー対をそれぞれ合成し、CycleavePCR登録商標CoreKitタカラバイオ社製を用いて、当該Kitの取扱説明書に従い、ThermalCyclerDice登録商標RealTimeSystemタカラバイオ社製により、CycleavePCR反応を行った。鋳型DNAは、次のように作製し、1反応につき105コピー相当量を用いた。まず、各プローブのDNA配列を含むプライマー増幅領域からなる配列を個別に人工的に作製した。その後、プラスミドベクターT-VectorpMD19Simpleタカラバイオ社製のEcoRVT-Cloningサイトに上記作製した人工的に合成した配列を常法に従い挿入したものを鋳型DNAとした。反応は、表8に示すRNA含有プローブとプライマー対の組合せで行い、FAMのシグナルとROXのシグナルをThermalCyclerDice登録商標RealTimeSystemタカラバイオ社製の取扱説明書に従い検出を行った。表中、反応1、3、5は、Tm値が25~32°Cとなるように設計したRNA含有プローブ、反応2、4、6は、Tm値が35~40°Cとなるように設計したRNA含有プローブを示す。各反応の結果を図4~9に示す。各図中、上段はFAMシグナルの検出、下段はROXシグナルの検出を示す。また、縦軸はFAM及びROXの蛍光値を示し、横軸は反応のサイクル数を示す。実線はWild型、点線はMutant型の鋳型を用いた結果を示す。rs5443の検出結果である図4及び図5中のWild型はゲノム配列に対してSNP位置の塩基がCの場合、Mutant型はSNP位置の塩基がTの場合を示す。rs1654416の検出結果である図6及び図7中のWild型はゲノム配列に対するSNP位置の塩基がTの場合、Mutant型はSNP位置の塩基がCの場合を示す。rs1799821の検出結果である図8及び図9中のWild型はゲノム配列に対するSNP位置の塩基がGの場合、Mutant型はSNP位置がAの場合を示す。これらの結果から、rs5443のSNP検出に関して、Tm値を25~32°Cになるように設計したRNA含有プローブのうち、Wild型を検出するrs5443CprobeはWild型のみを検出した図4の上段のFAM。Mutant型を検出するrs5443Tprobeは、Mutant型のみを特異的に検出した図4の下段のROX。Tm値を35~40°Cになるように設計したRNA含有プローブのうち、Wild型を検出するためのrs5443Cprobe2は、Wild型を検出するが、Mutant型をも弱いシグナルではあるが検出した図5の上段のFAM。Mutant型を検出するrs5443Cprobe2は、Mutant型を検出するが、Wild型をもの弱いシグナルではあるが検出した図5の下段のROX。rs1654416に対する設計したRNA含有プローブでも同様の結果となった図6及び図7。rs1799821に対する設計したRNA含有プローブでは、全てそれぞれのプローブでWild型及びMutant型をそれぞれ特異的に検出した図8及び図9。図4~9の結果から、Tm値を25~40°Cの範囲でRNA含有プローブを設計することにより、SNPを特異的に検出することが可能であることが明らかになった。実施例3標的核酸を検出するためのRNA含有プローブのTm値による反応の特異性の更なる確認、および反応液中のRNaseHの添加量による特異性の確認を行った。まず、実施例2に記載のSNPrs5443、rs1654416、rs1799821を含み、かつTm値が40°C以上となるようなプローブを設計した。なお、rs5443は、ゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基をRNAとし、当該RNAがプローブの3’末端から4塩基目と3塩基目であるプローブ配列番号24及び25を設計した。rs1654416は、ゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基をRNAとし、当該RNAがプローブの3’末端から4塩基目であるプローブ配列番号26と5’末端から4塩基目であるプローブ配列番号27を設計した。rs1799821は、ゲノム配列に対してアンチセンス鎖で設計し、かつゲノム配列に対するSNP位置の相補鎖の塩基に隣接する3’側をRNAとし、当該RNAがプローブの5’末端から3塩基目であるプローブ配列番号28と3’末端から4塩基目であるプローブ配列番号29を設計した。設計した各プローブ配列、Tm値及び各合成時のRNA含有プローブの蛍光標識の種類を表9に示す。表中の配列について、カッコ内の塩基はRNAを示す。上記RNA含有プローブに対して、CycleavePCRが行えるように、rs5443から設計したRNA含有プローブに対しては、rs5443F3primer及びrs5443R3primerのプライマー対を設計した配列番号30及び31。rs1654416から設計したRNA含有プローブに対しては、rs1654416F3primer及びrs1654416R3primerのプライマー対を設計した配列番号32及び33。rs1799821から設計したRNA含有プローブに対しては、rs1799821F3primer及びrs1799821R3primerのプライマー対を設計した配列番号34及び35。上記記載のRNA含有プローブ及びプライマー対をそれぞれ合成し、実施例2と同様にCycleavePCR反応を行った。但し、同Kitに添付のTliRNaseHIIを添付のbufferを用いて、反応液への添加量が100U通常の添加量、10U、5Uとなるように調製し、それぞれのプローブに対して使用した。rs5443の結果を図10TliRNaseHの添加量100U、図11TliRNaseHの添加量10U及び図12TliRNaseHの添加量5Uに示す。rs1654416の結果を図13TliRNaseHの添加量100U、図14TliRNaseHの添加量10U及び図15TliRNaseHの添加量5Uに示す。rs1799821の結果を図16TliRNaseHの添加量100U、図17TliRNaseHの添加量10U及び図18TliRNaseHの添加量5Uに示す。各図中、上段はFAMシグナルの検出、下段はROXシグナルの検出を示す。また、縦軸はFAM及びROXの蛍光値を示し、横軸は反応のサイクル数を示す。実線はWild型、点線はMutant型の鋳型を用いた結果を示す。これらの結果から、通常のTliRNaseHの添加量100UにおけるTm値を40°C以上で設計した標的核酸を検出するためのRNA含有プローブでは、いずれの場合でもWild型のみを特異的に検出すべきFAM標識プローブで、Mutant型も検出された。また、Mutant型のみを特異的に検出すべきROX標識プローブで、Wild型も検出された。従って、Tm値を40°C以上で設計した標的核酸を検出するためのRNA含有プローブは、特異的な検出ができないことが明らかとなった。更に、Tm値を40°C以上で設計した標的核酸を検出するためのRNA含有プローブを用いた場合のRNaseHの添加量による特異性の確認の結果から、s1799821Gprobe3においては、TliRNaseHの添加量を5Uにすることで特異性の改善が見られたが、それ以外においては、多少改善傾向にあるが、増幅曲線の形状がなだらかで、Ct値が遅れていることから、反応性が低下していることが明らかとなった。このことから、Tm値を40°C以上で設計した標的核酸を検出するためのRNA含有プローブを用いた場合、大部分のプローブにおいて、特異的な検出ができないことが明らかとなった。"