"被験体における骨髄性癌を診断する方法であって、該方法は、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在の決定によって該被験体からの生物学的サンプルを分析する工程であって、かかる変異の存在を骨髄性癌と相関させる、工程を含む、方法。前記被験体がヒトである、請求項1に記載の方法。前記骨髄性癌が、骨髄異形成症候群MDS、骨髄異形成/骨髄増殖性疾患、骨髄増殖性腫瘍MPNおよび急性骨髄性白血病AMLから選択される、請求項1に記載の方法。前記方法が被験体における骨髄異形成症候群MDSを診断するためのものである、請求項3に記載の方法。前記方法が芽球増加型不応性貧血2型RAEB2の診断のためのものである、請求項4に記載の方法。前記方法が骨髄異形成/骨髄増殖性疾患の診断のためのものである、請求項3に記載の方法。前記方法が被験体における慢性骨髄単球性白血病CMMLを診断するためのものである、請求項6に記載の方法。前記CMMLがCMMLMPCMMLの骨髄増殖性形態である、請求項7に記載の方法。前記方法がMP-CMMLをMD-CMMLから鑑別するためのものある、請求項8に記載の方法。前記方法が被験体における骨髄増殖性腫瘍MPNを診断するためのものある、請求項3に記載の方法。前記MPNが原発性骨髄線維症PMFである、請求項10に記載の方法。前記MPNが真性多血症後骨髄線維症PV後MFである、請求項10に記載の方法。前記MPNが本態性血小板血症後骨髄線維症ET後MFである、請求項10に記載の方法。前記MPNが本態性血小板血症ETであり、ASXL1遺伝子中の変異の存在が反応性血小板増加症を除外する、請求項10に記載の方法。前記方法が被験体における急性骨髄性白血病AMLを診断するためのものである、請求項3に記載の方法。前記AMLが続発性AMLである、請求項15に記載の方法。前記続発性AMLが慢性骨髄疾患に後続する、請求項16に記載の方法。前記生物学的サンプルが骨髄サンプルである、請求項1に記載の方法。前記変異が、挿入、欠失、ならびにミスセンス変異およびナンセンス変異に対応する点変異から選択される、請求項1に記載の方法。前記変異が、挿入、欠失およびナンセンス変異を含む、請求項1に記載の方法。前記変異が変異したASXL1タンパク質の発現をもたらし、該変異したASXL1タンパク質がPHDドメイン配列番号:3またはその断片を含まない、請求項1に記載の方法。前記変異が、ASXL1タンパク質のオープンリーディングフレームにおいて終止コドンXの導入をもたらすナンセンス変異である、請求項21に記載の方法。前記変異が、Tyr591X、Gln592X、Lys618X、Arg693X、Gln759X、Gln768X、Leu775XおよびArgl068Xを含む群において選択されるナンセンス変異である、請求項22に記載の方法。前記変異したタンパク質が、ASXL1遺伝子中への欠失の挿入に起因するフレームシフトFSに由来する、請求項21に記載の方法。前記変異が、Gly64TrpFS、Arg596ProFS、Ala611ArgFS、His630ProFS、Gly646TrpFS、Leu762PheFS、Trp796GlyFS、Thr822AsnFS、Thr836LeuFS、Ser846GlnFS、Asp879GluFS、Lys888GluFS、Leu1213IleFS、Pro1263GlnFS、Leu1266HisFS、Trp1271LysFS、またはSer1457ProFSを含む群において選択された変異を有する変異したASXL1タンパク質の発現を誘導する挿入または欠失である、請求項24に記載の方法。前記決定工程がゲノムDNA上で行われる、請求項1に記載の方法。前記決定工程がASXL1mRNA/cDNA上で達成される、請求項1に記載の方法。前記決定工程がASXL1タンパク質上で達成される、請求項1に記載の方法。少なくとも1つの核酸プローブもしくはオリゴヌクレオチドまたは少なくとも1つの抗体を含む被験体における骨髄性癌の診断のためのキットであって、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在を決定し、かかる変異の存在を骨髄性癌と相関させるための、請求項1~28のいずれか一項において定義される方法において使用することができるキット。前記オリゴヌクレオチドが、ASXL1遺伝子またはその断片の増幅を可能にする少なくとも1つのPCRプライマー、好ましくはPCRプライマーのセットである、請求項29に記載のキット。前記骨髄性癌が、骨髄異形成症候群MDS、骨髄異形成/骨髄増殖性疾患、骨髄増殖性腫瘍MPNおよび急性骨髄性白血病AMLからなる群において選択される、請求項29に記載のキット。被験体における骨髄性癌の予後を評価する方法であって、該方法は、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在の決定によって該被験体からの生物学的サンプルを分析する工程であって、変異の存在は該患者の予後不良を示し、変異の非存在は該患者の予後良好を示唆する、工程を含む方法。前記骨髄性癌がMDSであり、本発明の方法が該MDSの不応性貧血への進行の予後のためのものである、請求項32に記載の方法。前記不応性貧血が芽球増加型不応性貧血2型RAEBである、請求項33に記載の方法。前記ASXL1遺伝子中の変異がGly646TrpFSである、請求項33に記載の方法。前記骨髄性癌がMDSであり、本発明の方法が該MDSのAMLへの進行の予後のためのものであり、ASXL1変異の存在がかかるリスク進行を示す、請求項32に記載の方法。前記AMLが続発性貧血である、請求項36に記載の方法。前記骨髄性癌がCMMLであり、本発明の方法が該CMMLのAMLへの進行の予後のためのものである、請求項32に記載の方法。前記ASXL1遺伝子中の変異がGly646TrpFSである、請求項38に記載の方法。前記CMMLがMP-CMMLである、請求項38に記載の方法。前記骨髄性癌がCMMLであり、本発明の方法が前記患者のための転帰の予後のためのものである、請求項32に記載の方法。ASXL1変異の存在が転帰不良と関連する、請求項41に記載の方法。前記骨髄性癌が真性多血症PVであり、本発明の方法が該PVの真性多血症後骨髄線維症PV後MFへの進行の予後のためのものである、請求項32に記載の方法。前記本態性血小板血症ETおよび本発明の方法が前記PVの本態性血小板血症後骨髄線維症ET後MFへの進行の予後のためのものである、請求項32の記載の方法。被験体における骨髄性癌のための治療への応答を予測する方法であって、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在の決定によって該被験体からの生物学的サンプルを分析する工程を含む方法。前記変異が後成的修飾をもたらす、請求項45に記載の方法。前記治療が脱メチル化剤およびHDAC阻害剤を含む1つまたは複数の薬物を使用する、請求項45に記載の方法。発明者は、骨髄異形成症候群MDS、骨髄異形成/骨髄増殖性腫瘍すなわち慢性骨髄単球性白血病CMML、MPN、および急性骨髄性白血病AMLにおけるASXL1遺伝子の変異を本明細書において報告する。本発明は、被験体における骨髄性癌を診断する方法であって、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在の決定によって該被験体からの生物学的サンプルを分析し、そこでかかる変異の存在を骨髄性癌と相関させる工程を含む方法に関する。変異の存在または非存在の同定は、正常な対照例えば該変異を含まない細胞株への比較によって実行することができる。方法は、特定の位置での前記変異の存在または非存在を記録する工程をさらに含むことができる。有利には、前記骨髄性癌は、骨髄異形成症候群MDS、骨髄異形成/骨髄増殖性腫瘍、骨髄増殖性腫瘍MPNおよび急性骨髄性白血病AMLからなる群において選択される。第1の好ましい実施形態において、前記方法は被験体における骨髄異形成症候群MDSの診断のためのものである。第2の好ましい実施形態において、前記方法は被験体における骨髄異形成/骨髄増殖性腫瘍、好ましくは慢性骨髄単球性白血病CMMLを診断するためのものであり、最も好ましくはMP-CMMLをMD-CMMLから鑑別するためのものである。第3の好ましい実施形態において、前記方法が被験体における骨髄増殖性腫瘍MPNを診断するためのものであり、好ましくは該MPNは、原発性骨髄線維症PMF、真性多血症後骨髄線維症PV後MFまたは本態性血小板血症後骨髄線維症ET後MFである。第4の好ましい実施形態において、前記方法は被験体における急性骨髄性白血病AMLを診断するためのものであり、より好ましくは該AMLは続発性AMLであり、さらに好ましくは慢性骨髄疾患に後続する続発性AMLである。有利には、前記変異は、挿入、欠失、ならびにミスセンス変異およびナンセンス変異に対応する点変異からなる群において、好ましくは挿入、欠失およびナンセンス変異からなる群において選択される。好ましくは、前記変異は変異したASXL1タンパク質の発現をもたらし、該変異したASXL1タンパク質はその植物ホメオドメインPHDドメイン、配列番号:3またはその断片をもはや含まない。第2の態様において、本発明は、少なくとも1つの核酸プローブもしくはオリゴヌクレオチドまたは少なくとも1つの抗体を含む被験体における骨髄性癌を診断するためのキットであり、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在を決定し、そこでかかる変異の存在を骨髄性癌と相関させるための先に定義されるような方法において使用することができるキットに関する。第3の態様において、本発明は、被験体における骨髄性癌の転帰の予後のための方法であって、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在の決定によって該被験体からの生物学的サンプルを分析し、そこで変異の存在は該患者の予後不良を示し、変異の非存在は該患者の予後良好を示唆する工程を含む方法を提供する。前記予後のために好適な変異はASXL1遺伝子中の開示された変異を含むが、これらに限定されない。変異の存在または非存在は、正常な対照例えば該変異を含まない細胞株への比較によって実行することができる。方法は、特定の位置での前記変異の存在または非存在を記録する工程をさらに含むことができる。有利には、前記骨髄性癌はMDSであり、本発明の方法は該MDSの不応性貧血への、好ましくは芽球増加型不応性貧血2型RAEBへの進行の予後のためのものである。Gly646TrpFS等のASXL1変異の存在は前記MDSのRAEB2への進行のリスクを示す。さらに有利には、前記骨髄性癌はMDSであり、本発明の方法は該MDSのAMLへの、好ましくは続発性貧血への進行の予後のためのものである。さらに有利には、前記骨髄性癌はCMMLであり、本発明の方法は該CMML、好ましくはMP-CMMLの、AMLへの進行の予後のためのものである。Gly646TrpFS等のASXL1変異の存在は前記CMMLのAMLへの進行のリスクを示す。さらに有利には、前記骨髄性癌はCMMLであり、本発明の方法は前記患者の転帰の予後のためのものである。Gly646TrpFS等のASXL1変異の存在は転帰不良と関連していた。さらに有利には、前記骨髄性癌は真性多血症PVであり、本発明の方法は該PVの真性多血症後骨髄線維症PV後MFへの進行の予後のためのものである。ASXL1変異の存在は前記PVのPV後MFへの進行のリスクを示す。さらに有利には、前記骨髄性癌は本態性血小板血症ETであり、本発明の方法は該PVの本態性血小板血症後骨髄線維症ET後MFへの進行の予後のためのものである。ASXL1変異の存在は前記ETのPV後ETへの進行のリスクを示す。第4の態様において、本発明は、被験体における骨髄性癌のための治療への応答を予測する方法であって、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在の決定によって該被験体からの生物学的サンプルを分析する工程を含む方法を提供する。方法は、特定の位置での前記変異の存在または非存在を記録する工程をさらに含むことができる。前記予測のために好適な変異はASXL1遺伝子中の変異を含むが、これらに限定されず、該変異は後成的修飾をもたらす可能性がある。好ましくは、ASXL1変異の検出は、脱メチル化剤およびHDACヒストン脱アセチル化酵素阻害剤またはその組合わせが存在する群内で選択される1つまたは複数の薬物を使用する治療のための優れた予後徴候をもたらす。脱メチル化剤は、例えば骨髄異形成症候群MDSの治療のための5-アザシチジンアザシチジンVIDAZAおよび5-アザデオキシシチジンデシタビン、DACOGEN等のシチジンアナログ、またはプロカインを含み得る。HDAC阻害剤は、ITF2357Givinovas、ITALFARMACO、バルプロ酸、パノビノスタットロミデプシン、ヴォリノスタットを含み得る。本発明は、MDS、骨髄異形成/骨髄増殖性腫瘍、MPNまたはAMLに罹患した患者において、多くの場合ASXL1遺伝子は腫瘍細胞における変異および/または欠失の標的になるという本発明者による解明に基づく。したがって、一態様において、本発明は被験体における骨髄性癌を診断する方法であって、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在の決定によって該被験体からの生物学的サンプルを分析し、そこでかかる変異の存在を骨髄性癌と相関させる工程を含む方法に関する。本明細書において使用される時被験体という用語は、哺乳類、好ましくはヒトを指す。前記被験体は健康であってもよいが、本発明の方法は骨髄性癌を発症するかまたは発症しやすいと考えられる被験体を試験するのに特に有用である。その症例において、本発明の方法は、前記被験体が骨髄性癌を発症するかまたは発症しやすいと確認することを可能にする。好ましくは、前記骨髄性癌は、骨髄異形成症候群MDS、骨髄異形成/骨髄増殖性腫瘍、骨髄増殖性腫瘍MPNおよび急性骨髄性白血病AMLからなる群において選択される。第1の好ましい実施形態において、前記方法は被験体における骨髄異形成症候群MDS、好ましくは芽球増加型不応性貧血2型RAEB2を診断するためのものである。実際、本発明者は、MDS患者の少なくとも11がASXL1変異を含むことをMDS患者パネル上で立証した。芽球増加型不応性貧血2型RAEB2において、本発明者は、患者の少なくとも47がASXL1変異を提示することを立証した。好ましくは、ASXL1変異はGly646TrpFSである。第2の好ましい実施形態において、前記方法は骨髄異形成/骨髄増殖性疾患、好ましくは被験体における慢性骨髄単球性白血病CMMLの診断のためのものである。実際、本発明者は、CMML患者の少なくとも43がASXL1変異を含むことをCMML患者パネル上で立証した。さらに好ましくは、前記CMMLはCMMLの骨髄増殖性形態MPCMMLである。故に、本発明者は、MPCMML患者の少なくとも62がASXL1変異を含むことをMPCMML患者パネル上で立証した。有利には、本発明の方法は、ASXL1変異がMDCMML患者においてよりまれであるので、MP-CMMLをMD-CMMLと鑑別するためのものである。第3の好ましい実施形態において、前記方法は被験体における骨髄増殖性腫瘍MPNを診断するためのものである。実際、本発明者は、MPN患者の少なくとも8がASXL1変異を含むことをMPN患者パネル上で立証した。好ましくは、原発性骨髄線維症PMFの少なくとも33がASXL1変異を含むことを本発明者がPMF患者パネル上で立証したので、前記MPNはPMFである。さらに好ましくは、真性多血症後骨髄線維症PV後MFの少なくとも66がASXL1変異を含むことを本発明者が立証したので、前記MPNはPV後MFである。さらに好ましくは、本態性血小板血症後骨髄線維症ET後MFの少なくとも25がASXL1変異を含むことを本発明者が立証したので、前記MPNはET後MFである。さらに好ましくは、反応性血小板増加症RT患者がASXL1変異を共有しないことを本発明者が立証したので、前記MPNは本態性血小板血症ETであり、ASXL1遺伝子中の変異の存在は反応性血小板増加症を除外する。第4の好ましい実施形態において、前記方法は被験体における急性骨髄性白血病AMLを診断するためのものである。実際、本発明者は、AML患者の少なくとも19がASXL1変異を含むことをAML患者パネル上で立証した。さらに好ましくは、前記AMLは続発性AMLであり、より好ましくは、慢性骨髄疾患に後続する続発性AMLである。実際、本発明者は、それらの少なくとも53がASXL1変異を含むことを続発性AML患者パネル上で立証した。さらに、慢性骨髄疾患に後続する続発性AML患者パネルの75はASXL1変異を含む。本明細書において使用される時、生物学的サンプルという表現は、例えば肺生検等の固形組織;頬腔スワブ、例えば喀痰、誘発喀痰、血液、血清、血漿、尿等の液体および排泄物を指す。好ましくは、前記生物学的サンプルは、血液または骨髄サンプル、好ましくは骨髄サンプルである。好ましくは、試験される被験体からのゲノムDNA任意でRNAを含む細胞のみを含む生物学的サンプルが必要とされる。本明細書において使用される時、変異という用語は、もとの核酸配列の配列中の任意の修飾に相当する。これらの変異は小規模変異、または大規模変異を含む。小規模変異は、DNA中の1つまたは複数の追加のヌクレオチドの点変異、挿入または欠失を含む1つまたは少数のヌクレオチドにおいて遺伝子に影響を与えるものである。点変異は、サイレント変異、ミスセンス変異およびナンセンス変異であり得る。大規模変異は、遺伝子の重複、欠失、またはそれまでに分離されているDNA片を並置し、分離した遺伝子をともに集めて、機能的に別個の融合遺伝子を形成することを可能にする効果のある変異等のゲノム構造である。好ましくは、前記変異は、挿入、欠失、ならびにミスセンス変異およびナンセンス変異に対応する点変異からなる群において選択される。より好ましくは、前記変異は、挿入、欠失およびナンセンス変異からなる群において選択される。さらに、本発明者は、研究した患者において、ASXL1タンパク質のPHDドメインをコードする遺伝子のエクソン12が有害変異の優先的な標的になることを立証した実施例を参照されたい。したがっておよびさらに好ましくは、前記変異は、任意のPHDドメイン配列番号:3を含まない変異したASXL1タンパク質またはその断片の発現をもたらす。前記変異したタンパク質は、ASXL1タンパク質のオープンリーディングフレームにおいて終止コドンXの導入をもたらすナンセンス変異の導入に由来し得る。一例として、前記ナンセンス変異は、Tyr591X、Gln592X、Lys618X、Arg693X、Gln759X、Gln768X、Leu775XおよびArgl068Xを含む群において選択される。前記変異したタンパク質は、ASXL1遺伝子中の欠失の挿入に起因するフレームシフトFSにも由来し得る。一例として、前記挿入または欠失は、以下の変異Gly64TrpFS、Arg596ProFS、Ala611ArgFS、His630ProFS、Gly646TrpFS、Leu762PheFS、Trp796GlyFS、Thr822AsnFS、Thr836LeuFS、Ser846GlnFS、Asp879GluFS、Lys888GluFS、Leu1213IleFS、Pro1263GlnFS、Leu1266HisFS、Trp1271LysFS、またはSer1457ProFSを持つ変異ASXL1タンパク質の発現を誘導する挿入または欠失の群において選択される。本発明の他の好ましい実施形態において、決定工程はゲノムDNA上で行う。DNA中の変異の存在の検出のための典型的な技法は、制限酵素断片長多型、ハイブリダイゼーション技法、DNAシークエンシング、エキソヌクレアーゼ抵抗性、マイクロシークエンシング、ddNTPを使用する固相伸長、ddNTPを使用する溶液中の伸長、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション等の一塩基変異多型を検出する方法、ライゲーション連鎖反応、ミニシークエンシング、DNAチップ、高解像度融解HRM法、増幅抵抗性変異システムARMS方法、PCRまたは分子ビーコンと融合させた単一または二重標識プローブによる対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、Scorpions登録商標プローブDxSGenotyping、MGB登録商標マイナーグルーブ結合プローブNANOGENおよび他のものを含み得る。有利には、変異は、PCRおよびシークエンシング、SNPアレイまたはCGH当業者にとってそれらのすべては周知であるのいずれかによってASXL1遺伝子のcDNA上で検出される。比較ゲノムハイブリダイゼーションCGHは遺伝的変化について腫瘍をスクリーニングする分子的細胞遺伝学の方法である。この変化はDNA獲得および喪失として分類され、染色体レベルおよびサブ染色体レベルでの変異を含む特徴的パターンを明らかにする。方法は、蛍光標識された腫瘍DNA多くの場合フルオレセインFITCおよび正常なDNA多くの場合はローダミンまたはテキサスレッドを正常なヒト分裂中期調製物へハイブリダイゼーションすることに基づく。エピ蛍光顕微鏡検査および定量的イメージ分析を使用して、獲得/喪失DNA対対照DNAの蛍光比の領域差を検出し、ゲノム中の異常な領域の同定のための使用することができる。CGHは不均衡染色体変化のみを検出するだろう。均衡のとれた相互転座または逆位等の構造的染色体異常は、系統的にコピー数を変化させないので、通常検出することができない。本発明の他の好ましい実施形態において、決定工程は、ASXL1mRNA/cDNA上で達成される。かかる分析は、被験体からの生物学的サンプル中の細胞からのmRNA/cDNAの調製および参照ポリヌクレオチドとmRNA/cDNAとのハイブリダイズによって査定することができる。調製したmRNA/cDNAは、サザン分析またはノーザン分析、定量的PCRTAQMAN等のポリメラーゼ連鎖反応分析、およびGENECHIPDNAアレイAFFYMETRIX等のプローブアレイを含むが、これらに限定されないハイブリダイゼーションまたは増幅のアッセイにおいて使用することができる。さらに本発明の他の好ましい実施形態において、決定工程はASXL1タンパク質上で達成される。かかる分析は、ASXL1遺伝子配列番号:2から翻訳されたタンパク質および好ましくはASXL1タンパク質のPHDドメイン配列番号:3に特異的に結合する、抗体例えば放射性同位元素標識抗体、発色標識抗体、蛍光標識抗体または酵素標識抗体、抗体誘導体例えば基質とコンジュゲートされた抗体またはタンパク質とコンジュゲートされた抗体もしくはタンパク質/リガンドペア例えばビオチン-ストレプトアビジンのタンパク質のリガンドとコンジュゲートされた抗体、または抗体断片例えば一本鎖抗体および単離された抗体超可変領域などを使用して査定することができる。前記分析は、酵素免疫アッセイEIA、放射免疫アッセイRIA、ウエスタンブロット分析および酵素結合免疫吸着アッセイELISAを含むが、これらに限定されない、当業者に周知の様々な技法によって査定することができる。ポリクローナル抗体は、ASXL1タンパク質配列番号:2またはそのPHDドメイン配列番号:3によりマウス、ウサギまたはヤギ等の好適な動物を免疫することによって調製できる。免疫された動物中の抗体力価は、固定化されたポリペプチドを使用して、ELISA等による標準的な技法によって経時的にモニターすることができる。免疫後に適切な時間で、例えば特異的抗体力価が最も高いときに、抗体産生細胞を動物から得て使用して標準的な技法によってモノクローナル抗体mAbを調製することができる。当業者は、ABCAMまたはSANTACRUZBIOTECHNOLOGYInc.によって市販されるモノクローナル抗体等の商業的に入手可能なASXL1モノクローナル抗体も使用することができる。第2の態様において、本発明は、被験体における骨髄性癌の診断のための、少なくとも1つの核酸プローブもしくはオリゴヌクレオチドまたは少なくとも1つの抗体を含むキットであって、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在を決定し、そこでかかる変異の存在を骨髄性癌と相関させるための先に定義されるような方法において使用することができるキットに言及する。好ましくはオリゴヌクレオチドは、ASXL1遺伝子またはその断片の増幅を可能にする少なくとも1つのPCRプライマー、好ましくは1セットのPCRプライマーが提供される。当業者は、ASXL1遺伝子の核酸配列を周知しているならばアクセッション番号NC_000020.10、ヌクレオチド30,946,153~31,027,122;および対応するcDNAのアクセッション番号NM_015338、配列番号:1、ASXL1遺伝子の領域の増幅を許容する、かかるオリゴヌクレオチドまたはPCRプライマーのセットを容易に提供する。一例として、前記ペアのPCRプライマーは配列番号:4および配列番号:5、配列番号:6および配列番号:7、配列番号:8および配列番号:9、配列番号:10および配列番号:11、配列番号:12および配列番号:13、配列番号:14および配列番号:15、配列番号:16および配列番号:17、配列番号:18および配列番号:19、配列番号:20および配列番号:21、配列番号:22および配列番号:23、配列番号:24および配列番号:25、配列番号:26および配列番号:27、配列番号:28および配列番号:29、配列番号:30および配列番号:31、ならびに配列番号:32および配列番号:33を含む群において選択される。かかるプライマーは表I中で開示される。本明細書において使用される時、キットという用語は材料の運搬のための任意の運搬システムを指す。反応アッセイの文脈において、かかる運搬システムは、1つの場所から他の場所へ、反応試薬例えば適切な容器中のオリゴヌクレオチド、酵素などおよび/または支援材料例えばバッファー、アッセイの実行のための書面の説明書などの保存、輸送または運搬を可能にするシステムを含む。例えば、キットは、関連する反応試薬および/または支援材料を含む1つまたは複数の封入物例えば箱を含む。本明細書において使用される時、分割されたキットという用語は、各々が全キットコンポーネントのサブ部分を含む、2つ以上の分離した容器を含む運搬システムを指す。容器は、意図された受取人にともにまたは個別に配達することができる。例えば、第1の容器はアッセイで使用される酵素を含み、一方第2の容器はオリゴヌクレオチドを含み得る。分割されたキットという用語は、連邦食品医薬品化粧品法のセクション520e下で規制される検体特異的試薬ASRを含むキットを包含することを意図するが、これに限定されない。実際、各々が全キットコンポーネントのサブ部分を含む、2つ以上の分離した容器を含む任意の運搬システムは、分割されたキットという用語中に含まれる。これとは対照的に、組合わせたキットは、単一容器中に例えば各々の所望のコンポーネントの単一ボックス筺体中にすべての反応アッセイのコンポーネントを含む運搬システムを指す。キットという用語は分割されたキットおよび組合わせたキットの両方を含む。本キットは、1つまたは複数の試薬、バッファー、ハイブリダイゼーション媒質、核酸、プライマー、ヌクレオチド、プローブ、分子量マーカー、酵素、固体支持体、データベース、分配順番の計算のためのコンピュータープログラムおよび/または本方法の実施を容易に促進するためのマルチウェルプレート等の使い捨ての実験用備品も含み得る。本キット中に含むことができる酵素はヌクレオチドポリメラーゼおよび同種のものを含む。固体支持体はビーズおよび同種のものを含むことができるが、分子量マーカーはコンジュゲート可能なマーカー例えばビオチン、ストレプトアビジン、同種のものを含むことができる。一実施形態において、キットは、被験体における骨髄性癌の診断のための本明細書において記述された方法を行なうための説明書から構成される。説明書は、紙の上に印刷されたもの、コンピューターで読取り可能な媒体、または同種のもの等の有形的表現媒体を介する任意の分かりやすい形態で提供することができる。別の実施形態において、前記骨髄性癌は、骨髄異形成症候群MDS、骨髄異形成/骨髄増殖性腫瘍、骨髄増殖性腫瘍MPNおよび急性骨髄性白血病AMLからなる群において選択される。第3の態様において、本発明は、被験体における骨髄性癌の転帰の予後のための方法であって、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在の決定によって該被験体からの生物学的サンプルを分析し、そこで変異の存在は該患者の予後不良を示し、変異の非存在は該患者の予後良好を示唆する工程を含む方法を提供する。前記予後のために好適な変異はASXL1遺伝子中の開示された変異を含むが、これらに限定されない。変異の存在または非存在は、正常な対照例えば該変異を含まない細胞株への比較によって実行するととができる。方法は、特定の位置での前記変異の存在または非存在を記録する工程をさらに含むことができる。有利には、前記骨髄性癌はMDSであり、本発明の方法は該MDSの不応性貧血への、好ましくは芽球増加型不応性貧血2型RAEBへの進行の予後のためのものである。Gly646TrpFS等のASXL1変異の存在は前記MDSのRAEB2への進行のリスクを示す。さらに有利には、前記骨髄性癌はMDSであり、本発明の方法は該MDSのAMLへの、好ましくは続発性貧血への進行の予後のためのものである。さらに有利には、前記骨髄性癌はCMMLであり、本発明の方法は該CMML、好ましくはMP-CMMLの、AMLへの進行の予後のためのものである。Gly646TrpFS等のASXL1変異の存在は前記CMMLのAMLへの進行のリスクを示す。実際、本発明者は、ASXL1遺伝子中に変異を持たないCMML患者の中で、患者のだれもAMLに発展していないことを決定した。さらに有利には、前記骨髄性癌はCMMLであり、本発明の方法は前記患者のための転帰の予後のためのものである。Gly646TrpFS等のASXL1変異の存在は転帰不良と関連していた。さらに有利には、前記骨髄性癌は真性多血症PVであり、本発明の方法は該PVの真性多血症後骨髄線維症PV後MFへの進行の予後のためのものである。ASXL1変異の存在は前記PVのPV後MFへの進行のリスクを示す。さらに有利には、前記骨髄性癌は本態性血小板血症ETであり、本発明の方法は、該PVの本態性血小板血症後骨髄線維症ET後MFへの進行の予後のためのものである。ASXL1変異の存在は前記ETのPV後ETへの進行のリスクを示す。第4の態様において、本発明は、被験体における骨髄性癌のための治療への応答を予測する方法であって、配列番号:2の配列を有するポリペプチドをコードするASXL1additionalsexcombs様1遺伝子中の変異の存在または非存在の決定によって該被験体からの生物学的サンプルを分析する工程を含む方法を提供する。方法は、特定の位置での前記変異の存在または非存在を記録する工程をさらに含むことができる。前記予測のために好適な変異はASXL1遺伝子中の変異を含むが、これらに限定されず、該変異は後成的修飾をもたらす可能性がある。好ましくは、ASXL1変異の検出は、脱メチル化剤およびHDACヒストン脱アセチル化酵素阻害剤またはその組合わせが存在する群内で選択される1つまたは複数の薬物を使用する治療のための優れた予後徴候をもたらす。脱メチル化剤は、例えば骨髄異形成症候群MDSの治療のための5-アザシチジンアザシチジンVIDAZAおよび5-アザデオキシシチジンデシタビン、DACOGEN等のシチジンアナログ、またはプロカインを含み得る。HDAC阻害剤は、ITF2357Givinovas、ITALFARMACO、バルプロ酸、パノビノスタット、ロミデプシン、ヴォリノスタットを含み得る。以下において、本発明はアミノ酸配列、核酸配列および実施例に関してより詳細に記述される。しかし、本発明は実施例の細部によって限定されないことが意図される。むしろ、本発明は、本明細書における実施例中で明示的に言及されないが、当業者が過度な努力なしに見出すような細部を含む任意の実施形態に関する。1MDSに罹患した患者中のASXL1遺伝子の変化MDSにおける3タイプのaCHGプロファイル1シリーズの骨髄BMサンプルを、MDSに罹患した患者、多系列の異形成を伴うAMLAML-MLDに罹患した患者、およびCMMLに続発したAMLに罹患した患者から回収した。仏米英FABおよびWHOの基準に従って、MDSのパネルは、3例のRA、9例のRARS特発性骨髄線維症を伴う1例含む、3例のRCMD輪状鉄芽球を伴う2例を含む、10例のRAEB1、8例のRAEB2および2例のMDS-Uを含んでいた。大部分MDSのサンプルは診断の時に回収され;いくつかは既知のMDSの治療回避中であり、いくつかは対症療法下であった。固形腫瘍のための治療に続発した2症例以外は、すべてデノボである。ゲノムワイド高密度アレイを使用して、38名の患者からの40のMDS/AMLのサンプルのaCGHプロファイルを研究した。供給業者によって推奨されるように、ALLPREPDNA/RNA単離キットMACHEREYNAGELによって全骨髄細胞からDNAを抽出した。244KCGHMICROARRAYSHu-244A;AGILENTTECHNOLOGIESを使用するアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーションaCGHによってDNA不均衡を分析し、分解能は最大6kbであった。スキャニングをAgilentAutofocusDynamicScannerG2565BA;AGILENTTECHNOLOGIESにより行った。GELSI-BOYERetal.BMCCancer,vol.8,p:299-314,2008中に先に記載されていたようにデータ分析を行い、CGHANALYTICS3.4ソフトウェアAGILENTTECHNOLOGIESにより可視化した。抽出データlog2比はCGH解析論により行い、一方正規化およびフィルタリングしたlog2比を、FEATUREEXTRACTIONソフトウェアAGILENTTECHNOLOGIESから得た。GELSI-BOYERetal上述、2008において報告されたようにコピー数変化が特徴づけられた。結果は表II中で要約される。これらの結果において、3つの主なタイプのプロファイルが観察された。タイプ1プロファイルは、核型上で既に目視可能であり、8トリソミー、5q腕および20q腕の一部の欠失、または染色体7の欠失もしくは複雑な再構成等のゲノムの大きな領域に影響を与える獲得または喪失を示した。5q腕上の欠失はかなり大きく、RPS14、HSPA9B、およびCXXC5CXXCフィンガー5を含む他の多くの遺伝子が常に含まれた。タイプ2プロファイルは、わずかな遺伝子にしか影響を与えないまれで限定された獲得または喪失を示した。ある症例すなわち症例190は、小さな欠失を持つ複数の領域を示した。これらの欠失は20q11でのASXL1additionalsexcombs1およびDNMT3BDNAシトシン-5-メチルトランスフェラーゼ3β遺伝子を、ならびに他の欠失は2p23でのASXL2およびDNMT3Aのパラロガス遺伝子を含んでいた。同じ症例は染色体腕2q上のBAZ2Bの欠失も示した。獲得も観察されたすなわち症例167におけるMAP3K4が、欠失よりも頻度は少なかった。タイプ3プロファイルを持つ症例において、ゲノムコピー数異常CNAを検出することができなかった。このプロファイルは22/40症例55中に見出された。表I中でCNAなしとしてこれを示した。MDSにおける候補遺伝子の変異MDSサンプル中の複数の候補遺伝子の配列を分析した。HRAS、KRAS、NRAS、RUNX1、NFIA、CTNNB1、TET2およびASXL1遺伝子の体細胞変異は、ゲノムDNAのポリメラーゼ連鎖反応PCR増幅後に、エクソンおよびコンセンサススプライシング部位をシークエンスすることによって探索したASXL1についての表Iを参照。PCR増幅は、少なくとも5ngの鋳型DNA、Taqバッファー、200μmolの各々のデオキシリボヌクレオチド3リン酸塩、20pmolの各々のプライマーおよび1単位のHOTSTARTAQQIAGENを含む25μlの全体積のPCR混合物中で行われた。PCR増幅条件は、95°C10分;95°C30秒、55°C30秒、PCR産物長に依存して72°C30秒~1分を35サイクル;72°C10分であった。PCR産物はMILLIPOREPLATEMSNU030MILLIPORESASを使用して精製した。精製されたPCR産物の小分け1μlを、フォワードプライマーまたはリバースプライマーを含むBIGDYETERMINATORV1.1キットAPPLIEDBIOSYSTEMSを使用するシークエンシングのために使用した。G50精製後に、ABI3130XLAUTOMATAPPLIEDBIOSYSTEMSでシークエンスを行った。シークエンスデータファイルはSEQSCAPEソフトウェアを使用して分析し、すべての変異は独立したPCR産物上で確認された。結果は表I中で示され、3つのRAS遺伝子、NFIA遺伝子、またはCTNNB1遺伝子で変異が見出されなかったことを示す。RUNX1変異は試験された24症例のうちの1症例において見出された。複数の症例はTET2が変異していたことが見出された他の部分で詳細に報告される。この遺伝子の変異および欠失は、MDSを含む様々な骨髄疾患の約15~20で最近見出されている。ASXL1遺伝子中の変異について探索し、そのうちで1つの対立遺伝子が症例190において欠失していた。5名の患者において6つの変異が見出されたこれらの変異のうちの1つはMDSおよび転化した状態の両方で見出された表II。変異はヌクレオチドの欠失または重複によって引き起こされていた。図1AおよびBは、推定された変異の局在によるASXL1タンパク質の図式的な説明を示す。すべての変異は遺伝子のエクソン12中で見出され、PHDフィンガーを含むタンパク質のC末端の短縮をもたらすはずである。最終的に、したがってMDSの患者の11においてASXL1遺伝子中の変異が見出された。2骨髄異形成/骨髄増殖性障害に罹患した患者におけるASXL1遺伝子の変化CMMLにおけるASXL1の変異ASXL1変異がMDS以外に見出される得るかどうかを決定するために、以前に記述したように、CMML関連疾患に罹患した患者の骨髄サンプル中のASXL1配列を分析した。FABおよびWHOの基準によれば、CMMLのシリーズは、21例の骨髄増殖性CMMLMP-CMML形態、18例の骨髄異形成CMMLMD-CMML形態および7例の急性転化CMMLAT-CMMLを含んでいた。すべての患者はインフォームドコンセントに署名した。プロジェクトおよびサンプルの採取は現行の規制および倫理的な問題に従ってPaoli-CalmettesInstituteの独立した科学審査委員会によって精査された。合計19の変異が44名の患者46症例43において見出された表III。これらの変異の局在および性質は図1C中で示される。MDSでのように、すべての変異はエクソン12中で見出され、ヌクレオチドの欠失、重複、挿入または置換であった。21症例のMP-CMMLにおいて13の変異62、18症例のMD-CMMLにおいて4つの変異22および7症例のAT-CMMLにおいて2つの変異28が見出され、MP症例とMD症例との間の差は有意であった。CMMLにおけるASXL1変異と臨床的および生物学的特徴との間の相関性53名の患者彼らはすべてインフォームドコンセントに署名したから得られた1シリーズの連続した骨髄サンプルを回収した。FABグループによって最初に定義されたように、それぞれ白血球カウントが13G/Lより多いかまたは少ないかにより、これらの中で31名はMP-CMMLであり、22名はMD-CMMLであった。40名の患者において正常核型が観察され20名のMP-CMMLおよび20名のMD-CMML;3名の患者2名のMP-CMMLおよび1名のMD-CMMLにおいてdel20qq11;q13が見出され;4名のMP-CMMLにおいて概して影響を受ける染色体8、19、21のトリソミーがあった。1名のMD-CMMLには11q逆位があり、1名のMP-CMMLにはt10;11p12;p15があり、1名のMP-CMMLにはt1;3p36;q21があった。先に記述されたように、53例のCMML症例のうちの51例のaCGHプロファイルは確立され、均衡転座HD-0201、HD-0316、HD-0178を持つ3名の患者以外は従来の細胞遺伝学によって観察される変化9/51が明らかにされ、del20q11q13を持つ症例HD-0367については、恐らく影響を受けた細胞が少数であることに起因してaCGHは20qで明白な欠失を示さなかった。9症例17については、まれで限定された喪失または獲得がaCGHにより検出され、これらは核型では目視可能でなかった。それらは、公知の腫瘍抑制因子機能および白血病誘発活性を持ついくつかを含む非常に少数の遺伝子NF1、RBIおよびTET2にしか影響を与えなかった。最終的に症例の7036/51においてコピー数異常は観察されなかった。結果は、従来の細胞遺伝学またはaCGHによって検出されたゲノム変化は、31例のMP-CMMLのうちの15例の変化および22例のMD-CMMLのうちの4例の変化により、MP-CMMLおよびMD-CMMLで異なっていたことも示す。したがって、MP-CMMLはMD-CMMLよりもより多くのゲノム変化を有していたp=0.049。53症例で13の遺伝子のコード配列を研究した。25症例49で、ASXL1エクソン12中で20のフレームシフト同じp.Gly646Trpfsx12を7回含むおよび5つのナンセンス変異が見出された。CBLエクソン8の変異は症例の105/47で見出された。1症例HD-0223はホモ接合欠失を有していた。1症例HD-0367はFLT3の内部タンデム重複を有していた。48症例10において5つのIDH変異が見出され;すべてはIDH2中に存在していた同じp.Arg140Glnが4回。53症例のうちの7名の患者がKRASまたはNRASの変異を有していた13。53名の患者のうちの12名21は、RUNX1が変異し、患者の36はTET2が変異していた。NPM1、JAK2およびWT1において変異は見出されなかった。次いでMP-CMMLおよびMD-CMMLにおける変異した遺伝子の保有率を研究した。25のASXL1変異のうちの19は30例のMP-CMMLにおいて、それに対して6は22例のMD-CMMLにおいて見出された。ASXL1における変異はMD-CMMLよりもMP-CMMにおいて頻度が高くp=0.03、RUNX1またはTET2における変異はそうではなかった。CBL、FLT3、IDH1/2、PTPN11、RAS、RUNX1またはTET2については、2つの形態の間で差は観察されなかった。全体的な変異の数ASXL1および増殖遺伝子はMD-CMML26/172よりもMP-CMML69/273事象において高かったp=0.0018。CMMLの分類は常に討論される問題であるので、したがって、ASXL1変異は、FABグループによって最初に定義されたMPおよびMDの形態へのCMMLの分離についての分子的基盤に相当する。本研究において、ASXL1は、MDSと同様に、CMMLにおいて最も高頻度で変異する遺伝子と思われた。51のCMML症例の主な臨床的および生物学的な特徴をASXL1変異に関して検討した表V。結果から、ASXL1変異の存在は、より高いWBC30g/l対15g/lp=0.006、血液p=0.005および骨髄p=0.04におけるより高い単球増多症ならびにより低いレベルの血液ヘモグロビンp=0.03と関連していることが示された。平均細胞体積、好中球および血小板の血球カウントまたは骨髄芽球において、差は示されなかった。MP-CMMLにおいて、ASXL1変異は、より低いレベルのヘモグロビンp=0.03および血小板数p=0.002、より高い単球増多症p=0.04と相関していた。MD-CMMLにおいて、ASXL1変異との相関性は観察されなかった。ASXL1が変異した症例25/51の中で、11例9例のMPおよび2例のMDは急性転化に発展した表Vが、急性転化は変異していない症例において観察されなかった。言いかえれば、転化した症例はすべてASXL1変異を有していたが、ASXL1が変異したすべての症例がAMLに進行したとは限らなかった。したがってASXL1変異と急性転化は相関していたp=0.0005。いくつかの変異のある症例が急性期に進まなかったならば、これは患者が急性白血病の発症前に死亡してしまったからかもしれない。粗生存率29.5か月の中央値フォローアップの分析を53名の患者について行い、決定した中央値粗生存率は27.6か月であった。51名の患者についてサンプリング時にASXL1状態を決定することができた。カプラン-マイヤー分析から、ASXL1が変異した患者において粗生存率が低下し図2、急性転化は粗生存率に対して有意に影響しないことデータ不掲載が示された。この結果から、MP/MDの形態に関しては、MD患者で良好な生存の傾向のみが観察されたことも示されたデータ不掲載。ASXL1が急性転化から独立して予後に影響を与えるかどうかを決定するために、ASXL1が変異しているが急性進行を経験していない患者の粗生存率を変異していない患者の粗生存率と比較した。ASXL1変異は転帰不良と関連していた図3。最終的に、MP-CMML患者内では、ASXL1が変異した症例では変異していない症例よりも生存は低かった。TET2変異状態について同じ分析を行った。ASXL1とは対照的に、TET2は粗生存率に影響しなかったデータ不掲載。3MPNに罹患した患者におけるASXL1遺伝子の変化MPNにおけるASXL1の変異ASXL1が他のタイプの骨髄疾患に関与するかどうかを決定するために、64例の骨髄増殖性腫瘍MPN中のASXL1遺伝子を研究した。本シリーズは、10症例の真性多血症、35症例の本態性血小板血症ET、10症例の原発性骨髄線維症PMF、1症例の前線維PMF、急性期で5例のMPN、および3例の分類できないMPNを含んでいた。7例の続発性血小板増加症および5例の続発性赤血球増加症を含む、12例の非MPN症例における変異についても調査した。患者はすべてインフォームドコンセントに署名し、研究は所属機関の倫理委員会によって承認された。先に記述されたようなASXL1変異、ならびに同時にJAK2V617FおよびTET2すべてのエクソン変異について調査した。結果から、64のMPN症例6.2、2つのET症例および2つのPMF症例のうちの4例において、ヘテロ接合TET2フレームシフト変異が見出されることが示された。35例のETのうちの1例、10例のPMFのうちの3例1例は加速期であったおよび1例のET後急性骨髄性白血病AMLを含む、5症例7.8においてもASXL1のヘテロ接合フレームシフト変異が見出された。ASXL1が変異した5症例のどれもJAK2V617F変異を保有せず、これらの5症例aPMFのうちの1つのみがTET2も変異していた。4つの他のTET2ケースはTET2変異がなかったが、それらのうちの2例は異常核型を示した。血球DNAにおいてASXL1および/またはTET2変異を持つ3名の患者HD-0496、HD-0536およびHD-0540のCD34精製細胞から抽出されたDNAにおいて同じ配列を分析した。同じASXL1およびTET2変異が対応するCD34DNAにおいて検出された。これはMPNの生理病理学で知られていることと一致しており、ASXL1変異が疾患発達の間の初期に起こることを示唆する。最終的に、ASXL1変異は、MPNに罹患した患者の約8、および特にPMFに罹患した患者の33において見出された。非CMLMPNにおけるASXL1の変異先の分析は、97例のPV、ETおよびMF、9例の急性期PV/ET/MF、ならびに6例の未分類のMPNおよびMPN/MDS形態を含む、新規MPNの112症例について行われた。10例の反応性血小板増加症RTおよび22例の反応性赤血球増加症REを含む、非MPNの32症例における変異についても調査した。ASXL1変異は13症例11.6において見出された。これらの変異はすべてヘテロ接合であり、植物ホメオドメインフィンガードメインPHDを含むC末端からタンパク質を短縮させることが推定される10のフレームシフト7つのc.1934dupGp.Gly646TrpfsX12を含むまたはナンセンス変異を含んでいた。表IV。疾患特異的変異頻度は、PVにおいて8、ETにおいて4、PMFにおいて12、PV後MFにおいて66、ET後MFにおいて25、急性期PVET/MFにおいて22およびMPN/MDSにおいて66であった。TET2変異は112名の患者のうちの11名10に存在した。興味深いことには、32の反応性症例のどれもASXL1が変異していなかった。ETMPNと反応性血小板増加症との間の鑑別診断が困難であるので、ASXL1変異の存在は反応性血小板増加症を除外するためのMPNの診断を支援することができた。ASXL1変異の存在は白血球カウント、ヘモグロビンまたはヘマトクリットレベルに影響を及ぼさなかったが、血小板数はASXL1野生型625×109細胞/リットルと比較してASXL1が変異した症例で少なかった416×109細胞/リットル、p=0.009。最終的に、PMF、ET後MFおよびPV後MFを含むMF患者においてASXL1変異の発生率は高く、ETおよびPVにおいて発生率が低いことが観察され、ASXL1がより悪性の表現型と関連し得ることを示唆する。さらに、ASXL1変異の比率はPV後MFおよびET後MFにおいて高くそれぞれ、66および25;ASXL1状態を使用してPVおよびETがMFへ発達するリスクを予測できることを示唆する。4AMLに罹患した患者におけるASXL1遺伝子の変化ASXL1がAMLに関与するかどうかを決定するために、先に記述されるようなDNAシークエンシングおよびaCGHを使用して、AMLの正常核型を持つ46症例、および単独の核型異常として8トリソミーn=14、9q欠失HD-0632、11トリソミーHD-0304または20q11-13欠失HD-0381を持つ17症例における遺伝子の変異および欠失について検索した。63例のAMLは、46例の原発性症例および17例の既往の骨髄疾患の転化であった。治療法に関連するAMLは含まれなかった。患者はすべてインフォームドコンセントに署名し、研究は施設内倫理委員会によって承認された。すべての中で、aCGHによって研究された50症例のうちの41例はコピー数異常を示さなかった孤発性8トリソミーは考慮しなかった。63症例のうちの11例17.5において、ASXL1のヘテロ接合のナンセンス変異またはフレームシフト変異が見出された。複数の置換症例も見出されたが、それらは多型性を表わし得るので考慮しなかった。染色体領域20q11-13HD-0381の欠失核型で目視可能だったはASXL1に含まれていた。したがって、合計で、63症例のうちの12例はASXL1変化を示した19。2症例において、ASXL1変異を持つ患者の頬側スミアから抽出されたDNA中のASXL1をシークエンスした。ASXL1は変異しておらず、変異が後天性であることが示された。正常な核型を持つAMLについて知られていることに一致して、ほぼ半数の症例63例のうちの28例、44は、エクソン12のNPM1変異を示した。NPM1変異はASXL1変化と互いに排他的だった。NPM1が変異した28症例のどれもASXL1の変異または欠失を示さないが、NPM1が変異していない35症例のうちの12例34はASXL1が変異または欠失していた。FLT3変異および内部タンデム重複ITDは19症例30において見出され、1症例HD-0282以外はASXL1変異と共に観察されなかった。3症例はKRASまたはNRASのいずれか、および1症例ではJAK2が変異していた。CEBPA11症例について利用可能に関するデータからは変異が示されなかった。実際には、NPM1とASXL1の変異の間の差というのは、同じ経路上でかわるがわる2回命中したためのものではなく、むしろ白血病誘発に2つの異なる経路があることを反映する。NPM1変異は慢性骨髄疾患に続発したAMLにおいて稀である。これとは対照的に、17例の続発性AMLのうちの9例すなわち53はASXL1の変異または欠失を示し混合系列の異形成を伴う症例を含む46例の原発性AMLのうちの3例に対して、ASXL1変化は慢性骨髄疾患に続発したAMLにおいて顕著に観察される12例のうちの9例、75が、NPM1変異についてはそうではなかった28例のうちの2例。この仮説はより多くの症例の研究によって検証され、ASXL1変異の検出は原発性AMLと続発性AMLの区別を支援し、したがって既知の慢性期がない場合でさえ予後を正しい方角に導くことを支援するだろう。これとは対照的に、1シリーズのAMLにおけるTET2変異は、NPM1またはFLT3の変異の存在または非存在と相関せず、慢性骨髄疾患の経歴とも相関しないことが見出された。他のシリーズにおいて、4例のTET2変異のうちの3例は続発性症例において見出された。TET2およびASXL1は後成的制御の類似した経路において機能し得るが、NPM1とのそれらの相関関係において、および疾患の経過の間のそれらの作用のウィンドウにおいて差があってもよい。ASXL1およびFLT3変化の両方がある症例において、慢性期でASXL1変異は存在するがFLT3ITDは存在しないことが決定され、ASXL1およびFLT3の変異がまれな症例において協調して働き得ることが示唆された。最終的に、まれなRAS変異が、原発性症例または続発性症例において差がなく起こった。1つはASXL1に変異させられた症例において見出されたが、RASおよびASXL1の変異が共に起こり得ることが先に示されているので、それは意外ではなかった。白血病誘発のNPM1経路またはASXL1経路のいずれかと他の何の変化が関連しているかを決定することは現在興味が持たれている。5フレームシフトp.Gly646Trpfsx12変異は強くRAEB2と相関している患者はすべてインフォームドコンセントに署名し、研究は施設内倫理委員会によって承認された。それらはMDSの65症例を含む。WHOの基準に従って、パネルは5例の不応性貧血RA、13例の輪状鉄芽球を伴う不応性貧血RARS骨髄線維症を伴う1例を含む、7例の多系列の異形成を伴う難治性血球減少RCMD、16例の芽球増加型不応性貧血1型RAEB1、19例の芽球増加型不応性貧血2型RAEB2および5例のMDS未分類のMDS-U症例を含んでいた。6症例が造血系疾患または非造血系疾患に続発していた。大部分MDSのサンプルは診断時に回収され;いくつかは既知のMDSの治療回避中であり、いくつかは対症療法下であった。17症例はIPPS低リスク0、23症例は中間-10.5~1、12症例は中間-21.5~2、および7症例は高リスク>2.5であった。ASXL1、CBL、FLT3、IDH1、IDH2、JAK2、KRAS、NPM1、NRAS、RUNX1、TET2およびWT1のエクソンをコードする配列のDNAシークエンシングを、以下のように行った。骨髄細胞DNAのPCR増幅は、少なくとも5ngの鋳型DNA、Taqバッファー、200μmolの各々のデオキシリボヌクレオチド3リン酸塩、20pmolの各々のプライマーおよび1単位のHotStarTaqQiagenを含む25μlの全体積のPCR混合物の中で行われた。PCR増幅条件は、95°C10分;95°C30秒、55°C30秒、PCR産物長に依存して72°C30秒~1分を35サイクル;72°C10分であった。PCR産物はMILLIPOREプレートMSNU030を使用して精製した。1マイクロリットルを精製されたPCR産物を、フォワードプライマーまたはリバースプライマーを含むBigDyeterminatorv1.1キットAPPLIEDBIOSYSTEMSを使用するシークエンシングのために使用した。G50精製後に、ABI3130XLautomatAPPLIEDBIOSYSTEMSでシークエンスを行った。シークエンスデータファイルはSEQSCAPEおよびPHRED/PHRAP/CONSEDソフトウェアの両方を使用して分析し、すべての変異は独立したPCR産物上で確認された。ASXL1エクソン12のフレームシフト変異同じp.Gly646Trpfsx12が11回は、5例のRAのうちの1例20、16例のRAEB1のうちの2例12.5および19例のRAEB2のうちの9例47.4を含む、MDSの65症例のうちの12例18.5において観察された。TET2変異を持つ12症例18.5およびRUNX1変異を持つ4例6.2が見出された。1名の患者HD-0311は2つのTET2変異を有していた。TET2変異はRAEB17/16、43.8において頻度が高かった。RUNX1およびTET2中の変異は互いに排他的だったが、両者はASXL1変異と関連している可能性があった。2症例はASXL1およびTET2変異の両方ならびに3症例はASXL1およびRUNX1変異の両方を示した。1症例のASXL1欠失HD-0190および1症例のTET2欠失HD-0145が報告された。1症例HD-0232はaCGHによって検出されたRUNX1中の切断部を有していた図示せず。FLT3、NPM1またはWT1変異は見出されなかった。1例のMDS-UはJAK2変異、1症例のRCMDはKRAS変異を有していた。5症例すべてRAEB2はCBLが変異していた。これらのうちの1例では変異はホモ接合だった。1つの置換が11トリソミーHD-0264症例において起こり、野生型残基と2/3比を示し、変異した対立遺伝子は重複したことを示唆する。IDH1中の2つの変異およびIDH2中の3つの変異を含む5つのIDH変異を65症例7.7において見出した。タンパク質の既知の機能に、従来のモデルおよび分類に変異がどこに存在したかにMDSおよび/または続発性AMLおよび/または原発性AML、およびそれらがどのように組み合わせられたかに基づいて、遺伝子を4つのクラスに仮に分類した。第1のクラスイニシエーターと名付けたはRUNX1およびTET2を含む。それらは造血幹細胞のクローン性拡大を引き起こし得る。ASXL1およびNPM1はクラスIIセレクターを構成する。これらの遺伝子中の変異は、原発性AMLまたは続発性AMLのいずれかに導く白血病誘発経路を選択することができる。増殖と関連する遺伝子CBL、FLT3、JAK2、RASはクラスIIIアンプリファイアーを指定する。JAK2変異はMDSおよびN-AMLにおいてわずかな役割を果たす。最終的に、推定上のクラスIV中にIDH1、IDH2およびWT1をグループ化した3つの理由のために、仮にブースターと呼んだ。第一に、IDHおよびWT1の変異は排他的だったが、他のクラスからの遺伝子中の変異と共に起こり得る。第二に、それらが主としてAMLにおいて起こり、MDSおよび骨髄増殖性腫瘍においてもにおいてまれであった。第三に、これらの遺伝子の変異はHIF1および酸素検知経路の修飾と関連し得る。むしろクラスIV変異は急性期と関連している。全体として、AML症例は0、1または3つの変異を有していた。このために、そして4つの変異を有する症例はなかったが、-少なくとも-4つの協調して働く変異各々のクラスから1つに続いて、AMLが発達すると提唱する。これは推測的であり、新規標的遺伝子の同定および他の研究がより正確な全体像をもたらすだろう。"