誤りのある対立遺伝子割当を低減するのに用いる一連の閾値を確立するための方法であって、当該方法が:i信号強度の信号強度パターンを生成するステップであって、信号が既知の対立遺伝子を割当てた基準となるターゲット核酸の集合を好適な反応条件下でプローブの集合と反応させることによって、該ターゲット核酸配列が前記プローブの集合の要素の配列と全体的又は部分的に相補的となるように生成されるステップと;ii各々の信号強度Iから負の対照信号INCを減算して、該結果を、補正した正の対照信号IPC-INCで除算して、標準化強度率:r=I-INC/IPC-INCを得るステップと;iii標準化した信号強度が前記閾値より大きい場合に、前記プローブと該配列との間の正の相互作用として指定すべく、前記反応パターンと、前記集合における前記プローブとの該ターゲット集合の基準反応パターンとの間の類似性を最大化するように標準化信号強度に対する閾値を設定するステップと;を具えることを特徴とする方法。請求項1に記載の方法が:異なるサンプルにおける正及び負のプローブターゲット相互作用を決定するために前記閾値を用いるステップと;前記サンプルにおけるターゲット核酸用の対立遺伝子割当を生成するステップと;を更に具えることを特徴とする方法。請求項2に記載の方法において、対立遺伝子割当が、基準となる既知の対立遺伝子用の供給源由来の前記基準反応パターンと前記反応パターンを比較した後のみに作成されることを特徴とする方法。請求項3に記載の方法において、該比較後に、前記参照反応パターンと相関しない特定のプローブと部分配列との反応の結果が反転される、即ち、負が正になり、又は正が負になることを特徴とする方法。請求項4に記載の方法において、該反転が、既知の対立遺伝子用の基準反応パターンと可能な限り密に相関することを特徴とする方法。請求項2に記載の方法において、前記対立遺伝子割当が、基準反応パターンと可能な限り密に相関することを特徴とする方法。請求項1に記載の方法において、サンプルは対立遺伝子分布が既知の部分母集団に由来し、前記基準反応パターンが前記部分母集団用であることを特徴とする方法。請求項1に記載の方法が:前記閾値が、プローブに対して2つの反応性の部分配列を生成するサンプルと、1つだけの反応性の部分配列を生成するサンプルとの間の差異を表現するか否か;又は前記閾値が、プローブに対して1つの反応性の部分配列を生成するサンプルと、反応性の部分配列を生成しないサンプルとの間の差異を表現するか否か;を決定するように前記基準反応パターンを分析するステップを更に具えることを特徴とする方法。請求項2に記載の方法において、基準反応パターンと相関しない対立遺伝子割当を分析し、前記基準反応パターンが新規の対立遺伝子を表現可能であることを考慮して、割当が生成されることを特徴とする方法。請求項1に記載の方法が、2以上の異なるターゲット核酸サンプルの集合に対する、アッセイで決定された特定のプローブ用に設定された良好度Gの閾値を決定するステップを更に具え;G=C1C2/2C0であり、C0が、該サンプルの集合C1に対するCi選択した前記集合における適合度の最大値を示す場合、C1は前記閾値が特定の割合で増加する場合のCiの値であり、C2が、前記閾値が特定の割合で減少する場合のCiの値であることを特徴とする方法。請求項1に記載の方法が、前記信号強度パターンを記録するステップを更に具えることを特徴とする方法。