シゾサッカロミセスポンベSchizosaccharomycespombeの染色体中、第1染色体のtrs33遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域a、第1染色体のsec16遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域b、第2染色体のzas1遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域c、および第2染色体のusp109遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域dからなる群より選択される1以上の領域が削除されており、全削除領域の長さが野生株のゲノムの0.9以上であることを特徴とするシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。前記領域aが第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までの領域である請求項1に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。前記領域aが第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からgmh2遺伝子座までの領域である請求項1に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。前記領域bが第1染色体右腕のSPAC29B12.08遺伝子座からestimatedtlh遺伝子座までの領域である請求項1~3のいずれか一項に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。前記領域cが第2染色体左腕のestimatedtlh遺伝子座からSPBC1198.03c遺伝子座までの領域である請求項1~4のいずれか一項に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。前記領域dが第2染色体右腕のSPBC1289.13c遺伝子座からtlh2遺伝子座までの領域である請求項1~5のいずれか一項に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。前記領域aおよび前記領域cからなる群より選択される1以上の領域が少なくとも削除されている請求項1~6のいずれか一項に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。前記領域bと、前記領域a、前記領域cおよび前記領域dからなる群より選択される1以上の領域とが削除されている請求項1~6のいずれか一項に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。前記領域a、前記領域b、前記領域c、および前記領域dが削除されている請求項1~6のいずれか一項に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。少なくとも前記領域aが削除されており、かつ該領域aはpdc2遺伝子座を含み、pdc2遺伝子が、染色体中の前記領域a、前記領域b、前記領域cおよび前記領域d以外の領域に挿入されている請求項1~9のいずれか一項に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。第3染色体のura4遺伝子座に、pdc2遺伝子が挿入されている請求項10に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。請求項1~11のいずれか一項に記載のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株に、構造遺伝子を発現させるための発現カセットが導入されていることを特徴とする蛋白質発現用シゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。請求項12に記載の蛋白質発現用シゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株を培養して得られる菌体または培養液上清から、前記構造遺伝子から発現させた蛋白質を取得することを特徴とする蛋白質の生産方法。シゾサッカロミセスポンベの染色体中、第1染色体のtrs33遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域a、第1染色体のsec16遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域b、第2染色体のzas1遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域c、および第2染色体のusp109遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域dからなる群より選択される1以上の領域を削除し、全削除領域の長さを、野生株のゲノムの0.9以上にすることを特徴とするシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株の製造方法。そこで本発明では、S.ポンベの染色体を大規模に削除した株、および該株を用いて蛋白質を生産する方法の提供を目的とする。本発明者等は、上記課題を解決すべく鋭意検討した結果、S.ポンベの第1染色体右腕の最も端にある必須遺伝子および第2染色体右腕の最も端にある必須遺伝子はKimらの報告と一致するが、第1染色体左腕の最も端にある必須遺伝子はtrs33SPAC13G6.05cであり、第2染色体左腕の最も端にある必須遺伝子がzas1SPBC1198.04cであることを見出し、さらに、最末端の遺伝子からこれらの遺伝子までの非必須遺伝子クラスター領域を全て削除したとしても合成致死が生じないことを見出し、本発明を完成するに至った。本発明のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株、およびその製造方法等は下記[1]~[14]である。[1]シゾサッカロミセスポンベSchizosaccharomycespombeの染色体中、第1染色体のtrs33遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域a、第1染色体のsec16遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域b、第2染色体のzas1遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域c、および第2染色体のusp109遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域dからなる群より選択される1以上の領域が削除されており、全削除領域の長さが野生株のゲノムの0.9以上であることを特徴とするシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[2]前記領域aが第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までの領域である前記[1]のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[3]前記領域aが第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からgmh2遺伝子座までの領域である前記[1]のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[4]前記領域bが第1染色体右腕のSPAC29B12.08遺伝子座からestimatedtlh遺伝子座までの領域である前記[1]~[3]のいずれかのシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[5]前記領域cが第2染色体左腕のestimatedtlh遺伝子座からSPBC1198.03c遺伝子座までの領域である前記[1]~[4]のいずれかのシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[6]前記領域dが第2染色体右腕のSPBC1289.13c遺伝子座からtlh2遺伝子座までの領域である前記[1]~[5]のいずれかのシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[7]前記領域aおよび前記領域cからなる群より選択される1以上の領域が少なくとも削除されている前記[1]~[6]のいずれかのシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[8]前記領域bと、前記領域a、前記領域cおよび前記領域dからなる群より選択される1以上の領域とが削除されている前記[1]~[6]のいずれかのシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[9]前記領域a、前記領域b、前記領域c、および前記領域dが削除されている前記[1]~[6]のいずれかのシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[10]少なくとも前記領域aが削除されており、かつ該領域aはpdc2遺伝子座を含み、pdc2遺伝子が、染色体中の前記領域a、前記領域b、前記領域cおよび前記領域d以外の領域に挿入されている前記[1]~[9]のいずれかのシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[11]第3染色体のura4遺伝子座に、pdc2遺伝子が挿入されている前記[10]のシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株。[12]前記[1]~[11]のいずれかのシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株を培養して得られる菌体または培養液上清から、前記構造遺伝子から発現させた蛋白質を取得することを特徴とする蛋白質の生産方法。[13]前記[12]の蛋白質発現用シゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株を培養して得られる菌体または培養液上清から、前記構造遺伝子から発現させた蛋白質を取得することを特徴とする蛋白質の生産方法。[14]シゾサッカロミセスポンベの染色体中、第1染色体のtrs33遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域a、第1染色体のsec16遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域b、第2染色体のzas1遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域c、および第2染色体のusp109遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域dからなる群より選択される1以上の領域を削除し、全削除領域の長さを、野生株のゲノムの0.9以上にすることを特徴とするシゾサッカロミセスポンベゲノム縮小化株の製造方法。本発明により、非必須遺伝子が大規模に削除されたS.ポンベゲノム縮小化株を提供することができる。また、該S.ポンベゲノム縮小化株は、外来蛋白質の生産効率が高く、外来蛋白質発現系の宿主として好適である。よって、該S.ポンベゲノム縮小化株を宿主として用いる本発明の蛋白質の生産方法により、外来蛋白質をより効率よく生産することができる。[S.ポンベゲノム縮小化株]図1に、S.ポンベの3本の染色体の模式図を示す。図1中、各染色体の両端の塗潰し領域はテロメアを、中央付近の塗潰し領域はセントロメアを、それぞれ示す。また、図1中、ALTは第1染色体左腕遠位の非必須遺伝子クラスター領域、ARTは第1染色体右腕遠位の非必須遺伝子クラスター領域、BLTは第2染色体左腕遠位の非必須遺伝子クラスター領域、およびBRTは第2染色体右腕遠位の非必須遺伝子クラスター領域を、それぞれ示す。また、第2染色体中のleu1遺伝子座、第3染色体中のura4遺伝子座もそれぞれ示した。本発明者らは、S.ポンベゲノム縮小化株を製造するにあたり、出芽酵母の一遺伝子破壊ライブラリーによる必須遺伝子情報と、S.ポンベと出芽酵母の相同遺伝子情報とを参考に、S.ポンベの染色体上の必須遺伝子の分布を推測した。この結果、第1染色体および第2染色体の最末端の必須遺伝子は、第1染色体左腕がtrs33であり、第1染色体右腕sec16であり、第2染色体左腕がzas1であり、第2染色体右腕がusp109であると推察した。そこで、後記実施例に示すように、第1染色体左腕のtrs33遺伝子座よりも遠位側テロメア側、第1染色体右腕のsec16遺伝子座よりも遠位側、第2染色体左腕のzas1遺伝子座よりも遠位側、および第2染色体右腕のusp109遺伝子座よりも遠位側をLatour法により削除したところ、S.ポンベゲノム縮小化株を製造することができた。図2に、非特許文献1に開示された情報に基づき、S.ポンベの必須遺伝子と非必須遺伝子の推測された分布を模式的に示した。各染色体の上段が必須遺伝子であり、中段が非必須遺伝子である。図中、四角で囲った遺伝子が、本発明者らが各染色体の最末端の必須遺伝子と推定した遺伝子であり、各染色体の下段の塗潰し領域が本発明のS.ポンベゲノム縮小化株の製造方法において削除可能な領域である。第1染色体左腕の塗潰し領域中の必須遺伝子とされているpdc2SPAC1F8.07c遺伝子、並びに第2染色体左腕の塗潰し領域中の必須遺伝子とされているSPBC1348.06c遺伝子、alr2SPBC359.02遺伝子およびdea2SPBC1198.02遺伝子は、非特許文献1では必須遺伝子とアノテーションされていたが、本発明者らにより非必須遺伝子であることが確認された。つまり、第1染色体左腕の最末端の必須遺伝子がtrs33遺伝子であり、第2染色体左腕の最末端の必須遺伝子がzas1遺伝子であることは、本発明者らにより初めて得られた知見である。なお、実際には非必須遺伝子であるにもかかわらず、非特許文献1における一遺伝子破壊ライブラリーにおいて必須遺伝子と判定された理由として、該遺伝子の削除により増殖能が著しく低下したため削除株を得ることが困難であったこと、および染色体の部位により相同組換え効率が低いため削除株を得ることが困難であったこと等が挙げられる。すなわち、本発明のS.ポンベゲノム縮小化株は、S.ポンベの第1染色体および第2染色体の両端の非必須遺伝子クラスター領域の少なくとも一部分が削除されており、全削除領域の長さが、野生株のゲノムの0.9以上であることを特徴とする。全削除領域の長さは、野生株のゲノムの1以上であることが好ましく、2以上であることがより好ましく、3以上であることがさらに好ましく、3.5以上であることがよりさらに好ましく、4以上であることが特に好ましい。具体的には、S.ポンベの染色体中、第1染色体のtrs33遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域a、第1染色体のsec16遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域b、第2染色体のzas1遺伝子座よりも左腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域c、および第2染色体のusp109遺伝子座よりも右腕遠位側のテロメア以外の少なくとも一部分である領域dからなる群より選択される1以上の領域が削除されている株である。該領域は非必須遺伝子クラスター領域であり、該領域の一部分または全部を削除した場合でも、野生株と同様の形態を有し、安定して増殖可能なS.ポンベゲノム縮小化株を得ることができる。また、本発明のS.ポンベゲノム縮小化株は、非必須遺伝子クラスター領域が削除されていることにより、外来蛋白質発現系の宿主として好適である。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株の第1染色体の左腕側では、trs33遺伝子座よりも遠位側のテロメア以外の領域の少なくとも一部分が削除されている。第1染色体の左腕側の削除領域領域aの長さは、染色体全体の全削除領域の長さが野生株のゲノムの0.9以上となればよく、特に限定されない。本発明においては、領域aは、trs33遺伝子座よりも遠位側であり、かつpdc2遺伝子座またはpdc2遺伝子座よりも近位側にある領域を含む領域が好ましく、tlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までの領域、またはtlh1遺伝子座からgmh2遺伝子座までの領域がより好ましい。tlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までの領域を削除することにより、168.6kbpもの領域染色体全体の1.3を削除することができる。一方で、tlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までの領域を削除した削除株では、野生株よりも増殖能が低下する傾向があるが、削除領域をtlh1遺伝子座からgmh2遺伝子座までの領域染色体全体の1.2にすることで、得られた削除株の増殖能の低下を抑制できるため好ましい。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株の第1染色体の右腕側では、sec16遺伝子座よりも遠位側のテロメア以外の領域の少なくとも一部分が削除されている。第1染色体の右腕側の削除領域領域bの長さは、染色体全体の全削除領域の長さが野生株のゲノムの0.9以上となればよく、特に限定されない。本発明においては、155.4kbpもの領域染色体全体の1.1を削除することができるため、領域bは、SPAC29B12.08遺伝子座からestimatedtlh遺伝子座までの領域が好ましい。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株の第2染色体の左腕側では、zas1遺伝子座よりも遠位側のテロメア以外の領域の少なくとも一部分が削除されている。第2染色体の左腕側の削除領域領域cの長さは、染色体全体の全削除領域の長さが野生株のゲノムの0.9以上であればよく、特に限定されない。本発明においては、領域cは、zas1遺伝子座よりも遠位側であり、かつSPBC1348.06c遺伝子座またはSPBC1348.06c遺伝子座よりも近位側にある領域を含む領域が好ましい。特に、211.7kbpもの領域染色体全体の1.5を削除することができるため、領域cは、estimatedtlh遺伝子座からSPBC1198.03c遺伝子座までの領域が好ましい。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株の第2染色体の右腕側では、usp109遺伝子座よりも遠位側のテロメア以外の領域の少なくとも一部分が削除されている。第2染色体の右腕側の削除領域の長さは、染色体全体の全削除領域の長さが野生株のゲノムの0.9以上であればよく、特に限定されない。本発明においては、121.6kbpもの領域染色体全体の0.9を削除することができるため、領域dは、SPBC1289.13c遺伝子座からtlh2遺伝子座までの領域が好ましい。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株は、領域a~領域dの4領域のうちの1領域が削除されている株であってもよく、該4領域中の2以上の領域が削除されている株であってもよい。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株としては、該4領域のうち、領域aまたは領域cの少なくとも1領域が削除されている株が好ましく、少なくとも領域aまたは領域cを含む2以上の領域が削除されている株がより好ましい。また、該4領域のうち、領域bを含む2以上の領域が削除されている株も好ましく、領域bを含む3以上の領域が削除されている株もより好ましい。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株としては、該4領域全てが削除されているS.ポンベゲノム縮小化株が特に好ましい。中でも、S.ポンベの染色体中、第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までの領域と、第1染色体右腕のSPAC29B12.08遺伝子座からestimatedtlh遺伝子座までの領域と、第2染色体左腕のestimatedtlh遺伝子座からSPBC1198.03c遺伝子座までの領域と、第2染色体右腕のSPBC1289.13c遺伝子座からtlh2遺伝子座までの領域とが削除されていることが好ましい。該領域を削除することによって、665.6kbpが削除される。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株としては、S.ポンベの染色体中、第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からgmh2遺伝子座までの領域と、第1染色体右腕のSPAC29B12.08遺伝子座からestimatedtlh遺伝子座までの領域と、第2染色体左腕のestimatedtlh遺伝子座からSPBC1198.03c遺伝子座までの領域と、第2染色体右腕のSPBC1289.13c遺伝子座からtlh2遺伝子座までの領域とが削除されていることが特に好ましい。該領域を削除することによって、657.3kbp野生株のゲノムの4.7が削除される。該株は、第1染色体左腕のrps101SPAC13G6.02c遺伝子が残存しているため、該遺伝子が削除されたS.ポンベゲノム縮小化株よりも増殖能が高い。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株が、少なくとも領域aが削除されており、かつ該領域aがpdc2遺伝子座を含む場合には、pdc2遺伝子が、染色体中の該領域a、該領域b、該領域c、および該領域d以外の領域に挿入されていることが好ましく、第1染色体のtrs33遺伝子座からsec16遺伝子座までの領域、第2染色体のzas1遺伝子座からusp109遺伝子座までの領域、または第3染色体中の必須遺伝子以外の領域に挿入されていることがより好ましい。pdc2遺伝子を染色体中に残すことにより、該遺伝子が削除されたS.ポンベゲノム縮小化株よりも、増殖能を高めることができる。pdc2遺伝子は、たとえば、第3染色体のura4遺伝子座、特にura4遺伝子とSPCC330.06遺伝子の間に挿入することができる。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株が、少なくとも領域cが削除されており、かつ該領域cがSPBC1683.05遺伝子座を含む場合であって、さらにura4遺伝子を欠失している場合には、SPBC1683.05遺伝子が、染色体中の該領域a、該領域b、該領域c、および該領域d以外の領域に挿入されていることが好ましく、第1染色体のtrs33遺伝子座からsec16遺伝子座までの領域、第2染色体のzas1遺伝子座からusp109遺伝子座までの領域、または第3染色体中の必須遺伝子以外の領域に挿入されていることがより好ましい。ura4遺伝子とSPBC1683.05遺伝子の両方が欠失している場合には、酵母の増殖速度が低下する傾向にあるが、SPBC1683.05遺伝子を染色体中の他の領域に残すことにより、ura4遺伝子が欠失していた場合でも増殖速度が回復される。SPBC1683.05遺伝子は、たとえば、第2染色体のleu1遺伝子座に挿入することができる。図3に、本発明のS.ポンベゲノム縮小化株のなかでも、特に好ましい一態様の染色体の模式図を示す。すなわち、第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からgmh2遺伝子座までの領域と、第1染色体右腕のSPAC29B12.08遺伝子座からestimatedtlh遺伝子座までの領域と、第2染色体左腕のestimatedtlh遺伝子座からSPBC1198.03c遺伝子座までの領域と、第2染色体右腕のSPBC1289.13c遺伝子座からtlh2遺伝子座までの領域とが削除されており、pdc2遺伝子が、第3染色体のura4遺伝子座に挿入されている。また、必要に応じて、SPBC1683.05遺伝子が、第2染色体のleu1SPBC1A4.02cの不活化変異体であるleu1-32遺伝子座に挿入される。該S.ポンベゲノム縮小化株は、染色体が大規模に削除されている上に、野生株と同等の増殖速度が維持されている。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株は、たとえば、S.ポンベ野生株の染色体中の第1染色体および第2染色体の両端の領域を削除することにより製造できる。染色体領域を削除する方法は特に限定されず、テロメアトランケ―ション法等の公知の手法のいずれを用いて行ってもよいが、Latour法NucleicAcidsRes.誌、2006年、34巻、e11頁、国際公開第2007/063919号パンフレットに記載で行うことが好ましい。Latour法は、削除する領域の一方の端の遺伝子配列をもう一方の端に挿入し、相同組換えにより内部の領域をループアウトさせる方法であり、外来の塩基配列を残存させずに染色体領域を削除できる。また、pdc2遺伝子またはSPBC1683.05遺伝子の染色体への挿入は、公知の手法のいずれを用いて行ってもよい。たとえば、染色体中の適当な標的部位に相同組換えにより外来遺伝子挿入する際に用いられる形質転換法を用い、各遺伝子を染色体中の所望の部位に挿入できる。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株は、S.ポンベ野生株と同様に、蛋白質等の各種有用物質の生産、遺伝子等の生体分子の機能解析等に使用できる。また、残存している染色体中の必須遺伝子がコードされている領域以外の領域に、野生株に対して1以上の塩基が置換、欠損、または付加されていてもよい。[蛋白質発現用S.ポンベゲノム縮小化株]本発明のS.ポンベゲノム縮小化株は、物質生産能力が野生株よりも増大している。よって本発明のS.ポンベゲノム縮小化株は、外来蛋白質を発現させるために外来構造遺伝子を導入する宿主として好適である。具体的には、本発明の蛋白質発現用S.ポンベゲノム縮小化株は、本発明のS.ポンベゲノム縮小化株に、構造遺伝子を発現させるための発現カセットが導入されていることを特徴とする。該発現カセットは、本発明のS.ポンベゲノム縮小化株の染色体中に挿入されていてもよく、染色体外遺伝子として存在していてもよい。発現カセットとは、蛋白質を発現するために必要なDNAの組み合わせであり、蛋白質をコードする構造遺伝子とS.ポンベ内で機能するプロモーターとS.ポンベ内で機能するターミネーターを含む。さらに、5’-非翻訳領域、3’-非翻訳領域のいずれか1つ以上が含まれていてもよい。さらに、栄養要求性相補マーカーが含まれていてもよい。好ましい発現カセットは、構造遺伝子、プロモーター、ターミネーター、5’-非翻訳領域、3’-非翻訳領域、栄養要求性相補マーカーを含む発現カセットである。発現カセットには複数の構造遺伝子が存在していてもよい。S.ポンベ内で機能するプロモーターとしては、S.ポンベが本来有するプロモーター転写開始活性が高いものが好ましいまたはS.ポンベが本来有しないプロモーターウイルス由来のプロモーター等を使用できる。プロモーターはベクター内に2種以上存在していてもよい。S.ポンベが本来有するプロモーターとしては、たとえば、アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子プロモーター、チアミンの代謝に関与するnmt1遺伝子プロモーター、グルコースの代謝に関与するフルクトース-1、6-ビスホスファターゼ遺伝子プロモーター、カタボライト抑制に関与するインベルターゼ遺伝子のプロモーター国際公開第99/23223号パンフレット参照、熱ショック蛋白質遺伝子プロモーター国際公開第2007/26617号パンフレット参照等が挙げられる。S.ポンベが本来有しないプロモーターとしては、たとえば、特開平5-15380号公報、特開平7-163373号公報、特開平10-234375号公報に記載されている動物細胞ウイルス由来のプロモーター等が挙げられる。該プロモーターのうち、発現効率が良好なnmt1遺伝子プロモーターおよびその改変プロモーターたとえば、nmt1、nmt41、hCMVプロモーター、SV40プロモーターが好ましい。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株に導入される外来構造遺伝子は、蛋白質をコードする構造遺伝子であれば特に限定されず、S.ポンベが元々有している遺伝子と同種のものであってもよく、異種生物由来の構造遺伝子であってもよい。S.ポンベの内在性蛋白質をコードする構造遺伝子を含む発現ベクターにより得られた形質転換体から、より大量に該内在性蛋白質を生産することができる。また、異種生物由来の構造遺伝子を含む発現ベクターにより得られた形質転換体から、大量の異種蛋白質宿主であるS.ポンベが本来有していない蛋白質を生産することができる。該外来構造遺伝子がコードする蛋白質は、異種蛋白質が好ましく、多細胞生物である動物や植物が産生する蛋白質がより好ましく、哺乳動物ヒトを含むの産生する蛋白質がさらに好ましい。該外来構造遺伝子は、蛋白質をコードするものである限り、野生型の構造遺伝子であってもよく、野生型の構造遺伝子を改変した遺伝子であってもよく、人工的に合成された遺伝子であってもよい。野生型以外の構造遺伝子としては、たとえば、野生型の複数の蛋白質を融合させたキメラ蛋白質をコードする遺伝子、野生型の蛋白質のN末端またはC末端にその他のペプチド等が結合した蛋白質をコードする遺伝子等が挙げられる。該その他のペプチドとしては、分泌シグナル、特定の細胞内小器官への移行シグナル等のシグナル、Hisタグ、FLAGタグ等のタグ等が挙げられる。各種シグナルは、シゾサッカロミセス属酵母内で機能するシグナルであることが必要である。分泌シグナルは、N末端に存在することにより、発現した蛋白質を宿主細胞外に分泌させる機能を有するペプチドである。S.ポンベ内で機能する分泌シグナルとしては、国際公開第1996/23890号に記載のP3シグナルが特に好ましい。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株の染色体中へ前記発現カセットを導入する方法としては公知の方法を使用できる。たとえば、発現カセットと組換え部位とを有するベクターをS.ポンベゲノム縮小化株に導入する方法が挙げられる。ベクターとしては、たとえば、pBR322、pBR325、pUC118、pUC119、pUC18、pUC19等の大腸菌由来のプラスミドを好適に用いることができる。該発現カセットを相同組換え法によりS.ポンベゲノム縮小化株の染色体中に組み込む場合には、相同組換えに用いる際のプラスミドベクターは、大腸菌内での複製のために必要なoriと呼ばれる複製開始領域が除去されていることが好ましい。これにより、上述したベクターを染色体に組み込む際に、その組み込み効率を向上させることができる。複製開始領域が除去されたベクターの構築方法は特に限定されないが、特開2000-262284号公報に記載されている方法を用いることが好ましい。すなわち、組換え部位内の切断箇所に複製開始領域が挿入された前駆体ベクターを構築しておき、前述のように線状DNA構造とすると同時に複製開始領域が切り出されるようにする方法が好ましい。これにより、簡便に複製開始領域が除去されたベクターを得ることができる。また、特開平5-15380号公報、特開平7-163373号公報、国際公開第96/23890号パンフレット、特開平10-234375号公報等に記載された発現ベクターおよびその構築方法を適用して、発現カセットおよび組換え部位を有する前駆体ベクターを構築し、さらに通常の遺伝子工学的手法で該前駆体ベクターから複製開始領域を除去して相同組換えに用いるベクターを得る方法であってもよい。ベクターの組換え部位は、S.ポンベの染色体における相同組換えの標的部位に対して相同組換えを行わせられる塩基配列を有する部位である。また、標的部位は、S.ポンベの染色体内で発現カセットを組み込む標的となる部位である。標的部位は、ベクターの組換え部位を該標的部位に対して相同組換えを行わせる塩基配列とすることにより自由に設定できる。前記組換え部位の塩基配列と標的部位の塩基配列との相同性は70以上とすることが必要である。また、組換え部位の塩基配列と標的部位の塩基配列との相同性は、相同組換えが起きやすくなる点から、90以上とすることが好ましく、95以上であることがより好ましい。該組換え部位を有するベクターを用いることにより、発現カセットが相同組換えにより標的部位に組み込まれる。組換え部位の長さ塩基数は、20~2000bpであることが好ましい。組換え部位の長さが20bp以上であれば、相同組換えが起きやすくなる。また、組換え部位の長さが2000bp以下であれば、ベクターが長くなりすぎて相同組換えが起き難くなることを防ぎやすい。組換え部位の長さは100bp以上であることがより好ましく、200bp以上であることがさらに好ましい。また、組換え部位の長さは800bp以下であることがより好ましく、400bp以下であることがさらに好ましい。ベクターを組み込む標的部位は、本発明のS.ポンベゲノム縮小化株の染色体中の1箇所のみに存在していてもよく、2箇所以上に存在していてもよい。標的部位が2箇所以上存在している場合、S.ポンベゲノム縮小化株の染色体に組み込まれるベクターを2箇所以上にできる。さらに、2種以上の標的部位に、それぞれの標的部位に対応する組換え部位を有する2種以上のベクターを用いて、発現カセットを組み込むこともできる。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株においては、たとえば、第2染色体のleu1遺伝子座に挿入することができる。ベクターは、前記発現カセットと組換え部位以外に他のDNA領域を有していてもよい。たとえば、大腸菌内での複製のために必要なoriと呼ばれる複製開始領域、抗生物質耐性遺伝子ネオマイシン耐性遺伝子等等が挙げられる。これらは大腸菌を使用してベクターを構築する場合に通常必要とされる遺伝子である。ただし、上記複製開始領域は後述のようにベクターを宿主の染色体に組み込む際には除去されることが好ましい。ベクターは、環状DNA構造または線状DNA構造を有するベクターであり、S.ポンベの細胞に導入する際には線状DNA構造で導入することが好ましい。すなわち、通常用いられるプラスミドDNA等の環状DNA構造を有するベクターである場合には、制限酵素でベクターを線状に切り開いた後にS.ポンベの細胞に導入することが好ましい。この場合、環状DNA構造を有するベクターを切り開く位置は、組換え部位内とする。これにより、切り開かれたベクターの両端にそれぞれ組換え部位が部分的に存在することとなり、相同組換えによりベクター全体が染色体の標的部位に組み込まれる。ベクターは、両端それぞれに組換え部位の一部が存在するような線状DNA構造とすることができれば、環状DNA構造を有するベクターを切り開く方法以外の方法で構築してもよい。上記ベクターを用いて、宿主である本発明のS.ポンベゲノム縮小化株を形質転換することで、本発明の蛋白質発現用S.ポンベゲノム縮小化株が得られる。形質転換方法は、公知のシゾサッカロミセス属酵母の形質転換方法をいずれも用いることができる。該形質転換方法としては、たとえば、酢酸リチウム法[KOkazakietalNucleicAcidsRes1864856489]、エレクトロポレーション法、スフェロプラスト法、ガラスビーズ法など従来周知の方法や、特開2005-198612号公報記載の方法などを挙げることができる。また、市販の酵母形質転換用キットを用いてもよい。形質転換を行った後、通常は得られた形質転換体を選抜する。選抜方法としては、たとえば、以下に示す方法が挙げられる。前記栄養要求性マーカーにより形質転換体を選択できる培地によりスクリーニングし、得られたコロニーから複数を選択する。その他、それら選抜した形質転換体に対してパルスフィールドゲル電気泳動法によるゲノム解析を行うことにより、染色体に組み込まれたベクターの数や発現カセットの数を調べることができる。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株および本発明の蛋白質発現用S.ポンベゲノム縮小化株は、天然のシゾサッカロミセス属酵母と同様に培養することができる。本発明のS.ポンベゲノム縮小化株等の培養のための培養液には、公知の酵母培養培地を用いることができ、シゾサッカロミセス属酵母が資化しうる炭素源、窒素源、無機塩類等を含有し、シゾサッカロミセス属酵母の培養を効率良く行えればよい。培養液としては、天然培地を用いてもよく、合成培地を用いてもよい。炭素源としては、たとえば、グルコース、フルクトース、スクロース等の糖が挙げられる。窒素源としては、たとえば、アンモニア、塩化アンモニウム、酢酸アンモニウム等の無機酸または無機酸のアンモニウム塩、ペプトン、カザミノ酸が挙げられる。無機塩類としては、たとえば、リン酸マグネシウム、硫酸マグネシウム、塩化ナトリウムが挙げられる。具体的には、YPD培地等の栄養培地MDRoseetalMethodsInYeastGeneticsColdSpringHarborLabolatoryPressまたはMB培地等の最少培地KOkazakietalNucleicAcidsRes1864856489等を使用できる。培養には公知の酵母培養方法を用いることができ、たとえば振盪培養、攪拌培養等により行うことができる。また、培養温度は、23~37°Cであることが好ましい。また、培養時間は適宜決定することができる。また、培養は、回分培養であってもよく、連続培養であってもよい。[蛋白質の生産方法]本発明の蛋白質の生産方法は、本発明の蛋白質発現用S.ポンベゲノム縮小化株を培養し、得られた菌体または培養液上清から、該蛋白質発現用S.ポンベゲノム縮小化株中に導入された外来構造遺伝子がコードする蛋白質を取得することを特徴とする。培養条件は、生産させる目的の外来蛋白質の種類等を考慮して適宜設定することができる。たとえば、16~42°C、好ましくは25~37°Cで、8~168時間、好ましくは48~96時間行う。振盪培養と静置培養のいずれも可能であるが、必要に応じて撹拌や通気を加えてもよい。培養終了後、超音波破砕や機械的破砕により、菌体から目的の外来蛋白質を含む細胞抽出液を調製し、該細胞抽出液から外来蛋白質を単離精製法できる。また、外来蛋白質が細胞外に分泌される場合は、培養液上清から外来蛋白質を単離精製法できる。これらの生産された蛋白質を取得するための単離精製法としては、公知の、塩析または溶媒沈澱法等の溶解度の差を利用する方法、透析、限外濾過またはゲル電気泳動法等の分子量の差を利用する方法、イオン交換クロマトグラフィ等の荷電の差を利用する方法、アフィニティークロマトグラフィ等の特異的親和性を利用する方法、逆相高速液体クロマトグラフィ等の疎水性の差を利用する方法、等電点電気泳動法等の等電点の差を利用する方法等が挙げられる。単離精製した蛋白質の確認方法としては、公知のウエスタンブロッティング法または活性測定法等が挙げられる。精製された蛋白質は、アミノ酸分析、アミノ末端分析、一次構造解析などによりその構造を明らかにすることができる。以下、実施例を示して本発明を詳細に説明する。ただし、本発明は以下の記載によっては限定されない。[実施例1]S.ポンベゲノム縮小化株の作製<一領域非必須遺伝子クラスター削除株の作製>発明者らはまず、Latour法により、S.ポンベのウラシル要求性株ARC010、遺伝子型:h-leu1-32ura4-D18、東京大学大学院理学系研究科附属遺伝子実験施設飯野雄一教授より供与の染色体中、第1染色体または第2染色体の左腕端側または右腕端側が削除された一領域削除株を作製した。具体的には、第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までの領域176.8kbp、ALT_long領域を削除した第1染色体左腕株ΔALT_long、第1染色体右腕のSPAC29B12.08遺伝子座からestimatedtlh遺伝子座までの領域155.4kbp、ART領域を削除した第1染色体右腕株ΔART、第2染色体左腕のestimatedtlh遺伝子座からSPBC1198.03c遺伝子座までの領域211.7kbp、BLT領域を削除した第2染色体左腕株ΔBLT、および第2染色体右腕のSPBC1289.13c遺伝子座からtlh2遺伝子座までの領域121.6kbp、BRT領域を削除した第2染色体右腕株ΔBRTを作製した。第2染色体右腕を除く3箇所の染色体末端のテロメアまでの領域は、ゲノムプロジェクトによる配列決定が完了していない領域であった。そこで、本発明者らは、各染色体末端の未解読領域近傍の塩基配列の相同性が非常に高いため、未解読領域の相同性も高く、図4に示すようになっていると推測した。図4中、塗潰した箱は遺伝子座を表しており、上向きに示した遺伝子は5’→3’の向きであり、下向きに示した遺伝子は3’→5’の向きである。各染色体中、ハッチングされたゾーンで繋がれた領域は、塩基配列レベルの相同性が98以上の領域を示している。さらに、ハッチングされた箱は、テロメアまで塩基配列が決定されている第2染色体右腕より推測された遺伝子を示す。第2染色体右腕の塩基配列に基づいて、相同組換え用のDNA断片を作製し、該DNA断片を用いてLatour法により、一領域削除株を作製した。ただし、第1染色体左腕では、tlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までの全領域を削除することが非常に困難であったため、tlh1遺伝子座からSPAC977.09c遺伝子座までの領域46.8kbpを削除した第1染色体左腕株Δtlh1-SPAC977.09cおよびSPAC977.11遺伝子座からgpi7遺伝子座までの領域121.8kbpを削除した第1染色体左腕株ΔSPAC977.11-gpi7を作製した。一領域削除株を作製する際に用いたLatour断片染色体大規模削除に用いる削除用断片は、次のようにして作製した。Latour断片は、2つの染色体上へ挿入するために必要な約500bpから成る相同領域左側をUP領域、右側をDN領域、ターゲットとなる削除領域において削除断片を挿入する部位とは反対側に隣接する約200bpから成るDNA領域OL領域、およびマーカー遺伝子となるura4遺伝子領域ura4領域の合計4つのDNA断片から構成された。ただし、染色体左腕末端削除と染色体右腕末端削除では、Latour断片の構成において、OL領域とura4領域の順番は逆にした。各領域のDNA断片は、S.ポンベの野生株であるARC032株遺伝子型:h-、東京大学大学院理学系研究科附属遺伝子実験施設飯野雄一教授より供与よりDNeasyキアゲン社製によって調製した全ゲノムDNAを鋳型とし、KOD-Plus東洋紡社製を用いたPCR法98°Cで10秒間、55°Cで1分間、68°Cで1kb/分間を30サイクルによりクローニングした。各DNA断片の増幅に用いたプライマーを表1~3に示す。続いて、それぞれの増幅断片を含むPCR反応溶液からMicroconYM-100カラムミリポア社製を用いてプライマーを除去し、PCR法により2つのDNA断片の連結反応を行った。連結には、約20bpの相同領域を持つ2対のDNA断片と、連結後の断片を増幅する2対のプライマーを反応液に混合し、KOD-Plus東洋紡社製を用いてステップダウンPCR反応98°Cで10秒間、65°Cで30秒間、68°Cで3分間を2サイクル、次いで、順次アニール温度を2°Cずつ下げて2サイクルずつ反応させ、最後のサイクルではアニール温度55°Cで5サイクル反応させた。を行った。増幅効率が悪い場合は、PCR反応液に、終濃度で5となるようにDMSOを、終濃度で1Mとなるようにベタインを、それぞれ混合させた。連結の組合せは、まずUP領域とOL領域もしくはura4領域、ura4領域もしくはOL領域とDN領域を連結させ、最後にUP領域を含む断片とDN領域を含む断片を結合させたものを、Latour断片とした。構築したLatour断片を用いてS.ポンベARC010株遺伝子型:h-leu1-32ura4-D18を形質転換した。形質転換は、Bahlerらの方法BahlerJetalYeastvol14p943951に基づき行った。Latour断片が染色体上に組込まれた形質転換体Latour断片潜在株は、ロイシン250mg/Lを含む最少培地で選択した。Latour断片がターゲット部位に挿入された形質転換体であることを、挿入したLatour断片の外側の染色体DNA配列を持つプライマー表1~3中、check-1、check-2を用いたPCR法により、Latour断片を含むターゲット領域を増幅して確認した。続いてLatour断片潜在株を栄養培地で定常期まで増殖させ、培養液100μlをウラシル100mg/L、ロイシン250mg/L、5-フルオロオロト酸FOA、500mg/Lを含む最少培地FOA培地に塗り拡げた。FOA培地で選択されたFOA処理株は、染色体上のOL領域と削除断片のOL領域の相同組換えにより、その間の染色体領域がura4領域と共に欠失した株ゲノム縮小化株か、もしくはura4遺伝子中に変異が生じた株である。FOA処理株の染色体が削除されているか確認するため、削除領域を挟んだプライマー対表1~3中、check-3とcheck-2、もしくはcheck-2とcheck-3を用いてPCR反応を行った。削除領域は120kb以上であるため、削除が生じていなければPCR法による増幅断片は得られない。反対に想定通りに削除されていれば、約1kb前後の増幅断片が得られる。FOA処理株の染色体DNAを鋳型にしたPCR法により、染色体大規模削除後に生じる約1kbの増幅断片を確認し、これを各領域の染色体大規模削除株とした。複数の領域の削除株を構築する際は、次に削除する領域のLatour断片を用いて形質転換しFOA処理をする操作を繰り返した。図5に、染色体大規模削除の様子を模式的に示した。図は染色体を示しており、四角は遺伝子を表している。上側の四角で示した遺伝子の向きは5’→3’、下側の四角で示した遺伝子の向きは3’←5’である。UP領域、OL領域、ura4領域、DN領域から成る断片はLatour断片であり、Latour断片から染色体へ伸びる波線は、染色体上へLatour断片を挿入した位置を示している。染色体模式図の下に示した矢印は、染色体上に挿入されたLatour断片を確認するプライマー、または染色体が削除されたことを確認するプライマーを示しており、各プライマーの名称は表1~3中の名称と共通する。図5Aは染色体左腕末端を削除する際の模式図であり、図5Bは染色体右腕末端を削除する際の模式図である。染色体左腕末端と右腕末端では削除する方向が違うため、OL領域とura4領域が逆になる。得られた一領域削除株の最大増殖速度を測定した。具体的には、各削除株をYES培地pH5.0で培養し、培養液の660nmの吸光度OD660から最大増殖速度μMAXを算出し、親株であるARC010株の最大増殖速度に対する相対比以下、最大比増殖速度を求めた。算出された結果を図6に示す。この結果、IGF522株Δtlh1-SPAC977.09c、IGF524株ΔART、およびIGF526株ΔBRTでは、親株ARC010株とほぼ同等の増殖速度を維持していた。一方、IGF523株ΔSPAC977.11-gpi7は親株比0.4程度であり顕著に低下していた。また、IGF525株ΔBLTは、親株の8割程度の増殖速度を維持していた。よって該2株の削除領域中に、増殖速度に影響する遺伝子が存在していることが示唆された。増殖速度が親株と同程度まで回復した削除株を作製するため、まず、IGF523株ΔSPAC977.11-gpi7の削除領域中に存在する増殖速度に影響する遺伝子の探索を試みた。第3染色体のura4遺伝子座に、SPAC977.11遺伝子からgpi7遺伝子までの領域内にあるpdc2遺伝子を挿入した上で、第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からtim8遺伝子座までの全領域を削除したIGF719株Δtlh1-tim8、ura遺伝子座へpdc2遺伝子復帰および第1染色体左腕のtlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までの全領域を削除したIGF622株ΔALT_LONG、ura遺伝子座へpdc2遺伝子復帰を作製した。IGF719株をYES培地pH5.0で培養し、培養液のOD660を測定して最大比増殖速度を算出した。算出結果を図7に示す。この結果、IGF719株の増殖速度は、親株比0.83倍まで改善された。さらに第1染色体左腕削除株の増殖速度を改善するため、pdc2遺伝子以外の増殖速度維持に必要な遺伝子を探索した。第1染色体のtrs33遺伝子座の近傍の領域中、様々な長さの領域を削除した削除株を構築し、各削除株の最大比増殖速度を算出した。各削除株の削除領域を図8に、各削除株の最大比増殖速度を図9に示す。図8中、両端の黒丸を結ぶ黒線は、各削除株の削除領域を示す。この結果、削除株ALT-1および削除株ALT-2では親株とほぼ同等の増殖速度を維持していたが、その他の削除株では増殖速度の低下が確認された。よって、gmh1SPAC5H10.11遺伝子、SPAC5H10.12c遺伝子、およびgmh2遺伝子は増殖速度に影響せず、rad8SPAC13G6.01c遺伝子、rps101遺伝子、gpi7遺伝子、またはtim8遺伝子のいずれかが増殖速度の維持に必要なことが示唆された。続いて、rad8遺伝子、rps101遺伝子、またはgpi7遺伝子を復帰させることで、増殖速度が改善されるかどうかを調べた。まず、IGF622株ΔALT_LONG、ura遺伝子座へpdc2遺伝子復帰の第2染色体のleu1遺伝子座に、rad8遺伝子、rps101遺伝子、またはgpi7遺伝子を挿入し、各遺伝子の復帰株を作製した。得られた復帰株をYES培地pH5.0で培養し、培養液のOD660を測定して最大比増殖速度を算出した。算出結果を図10に示す。この結果、rps101遺伝子を復帰させたrps101/IGF622株ΔALT_LONG、ura遺伝子座へpdc2遺伝子復帰、leu1遺伝子座へrps101遺伝子復帰で増殖速度の改善がみられた。これらの結果から、増殖速度を野生株と同程度に維持したS.ポンベゲノム縮小化株を得るためには、pdc2遺伝子およびrps101遺伝子を染色体中に残存させたほうがよいことがわかった。実際に、SPAC977.11遺伝子座からgmh2遺伝子座までの領域を削除し、かつura4遺伝子座にpdc2遺伝子を挿入した削除株ΔSPAC977.11-gmh2、ura遺伝子座へpdc2遺伝子復帰の最大比増殖速度は、親株と同程度にまで回復した図7参照。。そこで、本実施例においては、増殖速度を親株と同程度に維持したS.ポンベゲノム縮小化株を得るために、第1染色体左腕ではtlh1遺伝子座からgmh2遺伝子座までの領域ALT_short領域を削除し、かつ、削除されたpdc2遺伝子を第3染色体のura4遺伝子座に復帰させることにした。続いて、IGF525株ΔBLTの削除領域中に存在する増殖速度に影響する遺伝子の探索を行った。IGF525株にura4遺伝子を復帰させてウラシル非要求性になったIGF629株ΔBLTは、IGF525株よりも大幅に増殖速度が改善され、てウラシル非要求性の野生株であるARC001株とほぼ同程度の増殖速度であった図12参照。。ura4遺伝子はピリミジン塩基の材料となるUMP生合成過程において、denovo合成経路の最終段階を触媒するオロチジン5’-リン酸脱炭酸酵素をコードしている。第2染色体左腕削除株ではura4遺伝子を復帰させてdenovo合成経路を正常化することで増殖速度が回復したと考えられたため、IGF525株ΔBLTの削除領域中には、denovo合成経路を補完する経路、すなわち細胞外からウラシルまたはウリジンを取り込み、UMPを合成するsalvage合成経路に関与する遺伝子があり、該遺伝子を削除したことでUMPの生合成が充分に行われず、増殖速度が低下したと推測された。IGF525株ΔBLTの削除領域中の遺伝子を調べたところ、SPBC1683.05遺伝子およびSPBC1683.06c遺伝子がsalvage合成経路に関与していることが推測された。図11に、UMP生合成経路を示す。該2遺伝子をそれぞれIGF525株ΔBLTの第2染色体のleu1遺伝子座に挿入した復帰株を作製した。得られた復帰株をYES培地pH5.0で培養し、培養液のOD660を測定して最大比増殖速度を算出した。算出結果を図12に示す。この結果、SPBC1683.06c遺伝子を復帰させたSPBC1683.06c/IGF525株ΔBLT、leu1遺伝子座へSPBC1683.06c遺伝子復帰ではIGF525株と同程度の増殖測定であったが、SPBC1683.05遺伝子遺伝子を復帰させたSPBC1683.05/IGF525株ΔBLT、leu1遺伝子座へSPBC1683.05c遺伝子復帰では親株であるARC010株とほぼ同等の増殖速度にまで回復した。これらの結果から、S.ポンベの染色体の最末端の必須遺伝子は、第1染色体左腕でtrs33遺伝子、第1染色体右腕でsec16遺伝子、第2染色体左腕でzas1遺伝子、第2染色体右腕でusp109であること、最末端遺伝子から該必須遺伝子までの100~200kbpの非必須遺伝子クラスター領域を削除できることがわかった。さらに、増殖速度が削除前の株と同程度に維持されるためには、第1染色体左腕遠位にあるpdc2遺伝子およびrps101遺伝子が必要であること、ura4遺伝子が欠失株では第2染色体左腕遠位にあるSPBC1683.05c遺伝子が必要なことがわかった。<複数領域の非必須遺伝子クラスター削除株の作製>第1染色体および第2染色体の両末端の大規模削除領域の2以上の領域を統合し、さらにura4遺伝子座にpdc2遺伝子必要によってはSPBC1683.05c遺伝子もを復帰させたS.ポンベゲノム縮小化株を作製した。具体的には、前記で作製した一領域非必須遺伝子クラスター削除株に対して、前記と同様にLatour法により他の染色体末端の非必須遺伝子クラスター領域を作製した。作製された各削除株の株名および削除された領域を表4に示す。表4中、ura4-D18はura4遺伝子の欠失株であり、ura4はura4遺伝子を有する株である。各削除株をYES培地pH5.0で培養し、培養液のOD660を測定して、最大比増殖速度μMAXおよび最終到達濁度培養終了時の培養液の濁度OD660を測定した。なお、S.ポンベでは、ura4遺伝子の欠失株よりもura4遺伝子を有する株のほうがより増殖が安定するため、増殖効率の解析にはura4株を用い、対照としてウラシル非要求性のARC001株を用いた。図13に各削除株の最大比増殖速度μMAXの算出結果を、図14に各削除株の最終到達濁度OD660の測定結果を示す。この結果、染色体削除領域の統合を進めるにつれて、最大比増殖速度および最終到達濁度のいずれも低下する傾向が観察された。中でも、第1染色体左腕を削除した場合に、該傾向が強かった。4領域を全て削除したIGF693株ΔALT_LONG、ΔART、ΔBLT、およびΔBRTでは、最大比増殖速度が親株比0.78であり、最終到達濁度OD660は親株が23であったのに対してIGF693株は19まで低下していた。また、第1染色体左腕の削除領域をtlh1遺伝子座からgmh2遺伝子座までとした削除株では、第1染色体左腕の削除領域をtlh1遺伝子座からgpi7遺伝子座までとした削除株よりも、最大比増殖速度および最終到達濁度がいずれも改善された。たとえば、IGF637株ΔALT_LONGの最大比増殖速度が親株比0.79、最終到達濁度OD660が20であったのに対して、IGF724株ΔALT_shortは最大比増殖速度が親株比0.96、最終到達濁度OD660が27であり、いずれも改善された図15および16参照。。また、4領域削除株でも、IGF742株ΔALT_short、ΔART、ΔBLT、およびΔBRTの最大比増殖速度が親株比0.82、最終到達濁度OD660が22であり、いずれもIGF693株よりも改善されていた図15および16参照。。<各削除株の形態および細胞分裂の観察>次いで、IGF724株ΔALT_short、IGF628株ΔART、IGF629株ΔBLT、IGF630株ΔBRT、IGF742株ΔALT_short、ΔART、ΔBLT、ΔBRT、および親株であるARC001株の顕微鏡観察を行い、細胞分裂および染色体分配が正常に行われているか否かを調べた。まず、各削除株をYES培地pH5.0、32°Cで培養し、培養液のOD660が約5.0の時点対数増殖期中期に該培養液の一部を分取し、含まれている酵母の染色体をDAPIで染色した後、顕微鏡で観察した。各株の微分干渉像DICおよびDAPI染色像を図17に示す。どの株も細胞形態および染色体分配の様子に異常は観察されなかった。ただし、IGF742株では、細胞の大きさが若干小さい傾向があった。<各削除株のアミノ酸取り込み能>S.ポンベでは、培地中の窒素源が少ないことによる栄養飢餓ストレスで細胞が小さくなるという報告がある。そこで、前記で得られたロイシン要求性を備える削除株のロイシン取り込み能を調べた。具体的には、IGF724株ΔALT_short、IGF628株ΔART、IGF629株ΔBLT、IGF630株ΔBRT、IGF742株ΔALT_short、ΔART、ΔBLT、ΔBRT、およびARC001株を、ロイシンを250mg/Lになるように添加したEMM平板培地EMMLeuまたはYES平板培地にスポットし、32°Cで4日間培養した。培養後の平板培地の落斜光画像を図18に示す。この結果、IGF724株、IGF628株、およびIGF742株で増殖の遅延が観察された。IGF628株の削除領域であるART領域には、アミノ酸トランスポーターであるisp5SPAC1039.09とput4SPAC869.10が含まれており、該蛋白質はロイシンの取り込みに関与していると推測される。ART領域を削除した削除株では、EMMLeu平板培地中のロイシンの取り込み効率が低下し増殖が遅延したと推察された。また、IGF724株の削除領域であるALT領域には、ロイシン取り込み能を有するアミノ酸トランスポーターであると報告されている遺伝子はなく、isp5またはput4の相同遺伝子も存在していないが、ロイシン取り込み能を有する蛋白質をコードする遺伝子が存在していると推測された。一方で、YES平板培地では、IGF724株、IGF628株、およびIGF742株は、いずれも目立った増殖遅延は観察されなかった。2008年に公開されたS.ポンベのゲノムワイドなトランスクリプトーム解析によると、isp5およびput4はYE培地よりも主に最小培地や窒素飢餓状態で発現が誘導されている。よって、窒素源が豊富な栄養培地では、他のロイシン取り込み能を有するアミノ酸トランスポーターが機能していることが推測された。次に、各株を、EMM平板培地、アルギニン類似体であるカナバニンを60mg/Lになるように添加したEMM平板培地EMMCanavanine、およびリシン類似体であるチアリジンを200mg/Lになるように添加したEMM平板培地EMMThialysine、メチオニン類似体であるエチオニンを30mg/Lになるように添加したEMM平板培地EMMEthionineにスポットし、32°Cで4日間培養した。これらのアミノ酸類似体が細胞内に取り込まれると、正常な蛋白質合成が阻害されるため、細胞は増殖できなくなる。つまり、アミノ酸取り込み能が低下している株では、培地中のアミノ酸類似体の取り込みも抑制されるため、該アミノ酸類似体に対する耐性を示す。培養後の平板培地の落斜光画像を図19に示す。この結果、IGF628株およびIGF742株が、カナバニン耐性およびチアリジン耐性を有することが確認された。また、IGF742株のみがエチオニン耐性を有することが確認された。IGF628株の削除領域であるART領域には、アルギニンおよびリシン等の主要な塩基性アミノ酸トランスポーターであるcat1が存在している。このため、IGF628株およびIGF742株では、アルギニンおよびリシンの取り込み能が低下し、カナバニン耐性およびチアリジン耐性を示したと推測された。また、カナバニン耐性は、IGF628株よりもIGF742株のほうが高かったため、ART領域以外にもアルギニン取り込み能を有するアミノ酸トランスポーターが存在していることが示唆された。さらに、IGF742株はエチオニン耐性をも有していることから、IGF742株の削除領域内にメチオニン取り込み能を有するアミノ酸トランスポーターが複数存在しており、IGF742株のエチオニン耐性は、該アミノ酸トランスポーターを多重に削除したことによって現れた表現型であると示唆された。<IGF742株のテロメア長さの確認>IGF742株の染色体はいずれもテロメアを有しているが、IGF742株の削除領域中にはテロメアのヘテロクロマチン形成に必要な蛋白質との結合部位が含まれている。そこで、ヘテロクロマチン形成蛋白質との結合部位が削除されたことにより、削除株中のテロメアの安定性に与える影響について調べた。具体的には、IGF742株および親株であるARC001株を、それぞれYES培地pH5.0、32°Cで約100世代培養した後、得られた菌体からゲノムDNAを抽出精製した。得られたDNAを制限酵素EcoRIで完全に消化したゲノムDNAを電気泳動し、テロメア反復配列をプローブに用いてサザンハイブリダイゼーションを行った。サザンハイブリダイゼーションの結果を図20に示す。この結果、IGF742株のテロメアの長さはARC001株とほとんど同じであり、第1染色体および第2染色体の末端を削除することは、テロメア長にほとんど影響していないことが確認された。[実施例2]実施例1で作製した削除株に外来遺伝子発現カセットを導入し、該外来遺伝子がコードする蛋白質を発現させ、該蛋白質の生産効率を調べた。外来蛋白質として、緑色蛍光蛋白質GFP、ヒト成長ホルモンhGH、細胞外分泌蛋白質、ヒトトランスフェリンhTF、糖鎖付加細胞外分泌蛋白質を用いた。具体的には、まず、IGF724株ΔALT_short、IGF628株ΔART、IGF629株ΔBLT、IGF630株ΔBRT、IGF631株ΔBLT、ΔBRT、IGF632株ΔART、ΔBRT、IGF633株ΔART、ΔBLT、IGF647株ΔALT_LONG、ΔART、IGF648株ΔALT_LONG、ΔBLT、IGF649株ΔALT_LONG、ΔBRT、IGF755株ΔALT_short、ΔART、IGF756株ΔALT_short、ΔBLT、IGF634株ΔART、ΔBLT、ΔBRT、IGF658株ΔALT_LONG、ΔART、ΔBLT、IGF659株ΔALT_LONG、ΔART、ΔBRT、IGF660株ΔALT_LONG、ΔBLT、ΔBRT、IGF728株ΔALT_short、ΔART、ΔBLT、IGF742株ΔALT_short、ΔART、ΔBLT、ΔBRT、およびARC001株の第2染色体のLeu1遺伝子座に、各外来蛋白質をコードする遺伝子を含む発現カセットを挿入し、蛋白質発現用S.ポンベゲノム縮小化株を得た。各外来蛋白質をS.ポンベで構成的に発現させるため、各外来蛋白質をコードする遺伝子を、hCMVヒトサイトメガロウィルスプロモーターおよびリポコルチンターミネーターの間に配置した発現カセットを用いた。EGFP遺伝子を含む発現カセットを挿入した株を、EMM培地、32°Cで培養し、蛋白質生産が盛んな対数増殖期に、各培地のEGFPの蛍光値を経時的に測定した。図21は、各削除株のEGFPの蛍光値の測定結果を、ARC001株の結果とともに示した図である。この結果、IGF724株、IGF628株、IGF629株、およびIGF630株のEGFPの蛍光値は、親株であるARC001株とほぼ同等であり、一領域削除株では蛋白質生産効率の改善は観察されなかった。削除領域が増大するに従い、EGFPの蛍光値はARC001株よりも高くなり、EGFP発現効率の上昇が観察された。4領域が削除されたIGF742株が最も高いEGFP発現効率を示した。次に、hGH遺伝子を含む発現カセットを挿入した株を、YPD培地、32°Cで培養し、培養開始から2~6日経過した定常期の培養液上清を回収した。各培養液上清をTCA濃縮し、得られた濃縮液をSDS-PAGEにより分離した後、CBB染色を行い、画像解析によりバンドの濃度勾配からhGHの含有量を算出した。算出されたhGH含有量を、培養液上清が回収された時点の細胞密度OD660=20に換算により補正し、該培養液上清に含まれていたhGH含有量を算出した。図22は、各株の培養液上清のhGH含有量を示した図である。この結果、IGF724株等の一領域削除株でもhGHの分泌発現効率が向上しており、菌体濁度あたりの分泌発現効率が最も上昇した株はIGF658株ΔALT_LONG、ΔART、ΔBLTであった。さらに、hTF遺伝子を含む発現カセットを挿入した株を、YPD培地、32°Cで培養し、培養開始から2~10日経過した定常期の培養液上清を回収した。各培養液上清中のhTFをELISA法により定量した。各測定値を、培養液上清が回収された時点の細胞密度OD660=20に換算により補正した。図23は、各株の培養液上清のhTF含有量を示した図である。この結果、hTF分泌発現でも一領域削除株でもhGHの分泌発現効率が向上しており、菌体濁度あたりの分泌発現効率が最も上昇した株はIGF728株ΔALT_short、ΔART、ΔBLTであった。図24に、各ゲノム縮小化株の蛋白質生産効率を、親株に対する相対値として示した。EGFP発現では、4領域削除株IGF742株で親株の1.8倍、hGH分泌発現ではIGF658株ΔALT_LONG、ΔART、ΔBLTで親株の3.3倍、hTF分泌発現ではIGF728株ΔALT_short、ΔART、ΔBLTで親株の2.0倍であった。つまり、蛋白質の種類に関わらず、本発明のS.ポンベゲノム縮小化株を宿主として用いることにより、外来蛋白質の発現効率を削除前の親株よりも上昇させられることが明らかである。