以下のいずれか1のタンパク質群に対する自己抗体の抗体価を患者由来の試料から検出することを特徴とする動脈硬化の検査方法。1サイトカインに関与するタンパク質群、ここで、サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である:IL5;STX1A;CSNK2A1;VAMP2;GSK3B;PRKCZ;PCNA;PIN1;STX4;HRB;HMGN1;HIST1H1C;TUBB;NPM1;VAMP8;VAPA;STX3;RABAC1、CCND2。2アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群、ここで、アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である:SLC7A11;SLC36A4;SLC7A9、SLC1A3。前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である請求項1の検査方法。1IL52STX1A3CSNK2A14VAMP25GSK3B6PRKCZ7PCNA8PIN19STX4前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である請求項1の検査方法。1HRB2HMGN13HIST1H1C4TUBB5NPM16VAMP87VAPA8STX39RABAC110CCND2前記アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である請求項1の検査方法。1SLC7A112SLC36A43SLC7A94SLC1A3前記動脈硬化が、アテローム性動脈硬化症である請求項1~4のいずれか1の検査方法。前記検査方法は、発病リスクの検査、重症度の判定検査、又は治療効果の判定検査である請求項5の検査方法。動脈硬化検査を実施するための、少なくとも以下を含む検査キット:IL5;STX1A;CSNK2A1;VAMP2;GSK3B;PRKCZ;PCNA;PIN1;STX4;HRB;HMGN1;HIST1H1C;TUBB;NPM1;VAMP8;VAPA;STX3;RABAC1;CCND2;SLC7A11;SLC36A4;SLC7A9、及び/又はSLC1A3。動脈硬化検査を実施するための、IL5を含み、さらに少なくとも以下のいずれか1を含む検査キット。1マイクロプレート2標準液3陽陰性コントロール4反応用緩衝液5酵素標識抗体6洗浄用緩衝液7酵素基質液8反応停止液以下の工程を有する自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法:1哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データデータ1を取得する工程;2哺乳動物由来のタンパク質を、健常者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データデータ2を取得する工程、及び/又は、哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患の治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データデータ3を取得する工程;3上記データ1~3のいずれか2以上を用いて統計学的分析を行い、示差的に発現している1以上の自己抗体の自己抗原タンパク質哺乳動物由来のタンパク質群のデータデータ4を取得する工程;4上記データ4のタンパク質群に注釈付けアノテーションを行う工程、5上記アノテーションに基づき上記タンパク質群の共通規則を抽出する工程。さらに、前記共通規則に基づく拘束条件を用いてデータマイニングを行う工程を有することを特徴とする請求項9の解析方法。前記5の工程で抽出された共通規則を有するタンパク質を用いて上記1~5の工程を複数回繰り返す工程を特徴とする請求項9又は10の解析方法。さらに、前記データ1~3に含まれておらず、かつ前記共通規則を有する哺乳動物由来のタンパク質を使用して、上記1~3の工程を行うことによりデータ5を取得する工程を有することを特徴とする請求項9~11のいずれか1の解析方法。前記データ5を上記4データに組み合わせる工程を有することを特徴とする請求項9~12のいずれか1の解析方法。前記哺乳動物由来のタンパク質を無細胞タンパク質合成系で発現させることを特徴とする請求項9~13のいずれか1の解析方法。前記1及び/又は2の工程で、ALPHA増幅発光近接ホモジニアスアッセイを使用してIgGと反応する哺乳動物由来のタンパク質を検出することを特徴とする請求項9~14のいずれか1の解析方法。前記自己免疫疾患が、以下のいずれか1から選ばれる請求項9~15のいずれか1の解析方法、全身性エリテマトーデス、円板状エリテマトーデス、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、Goodpasture症候群、急性進行性糸球体腎炎、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、インスリン抵抗性糖尿病、若年性糖尿病、アジソン病、萎縮性胃炎、男性不妊症、早発性更年期、水晶体原性ぶどう膜炎、交換性脈炎、多発性硬化症、動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、慢性活動性肝炎、自己免疫性溶血性貧血、発作性血色素尿症、突発性血小板減少性紫斑病、及びシェーグレン症候群。前記自己免疫疾患が、動脈硬化症である請求項9~16のいずれか1の解析方法。前記4の工程は、遺伝子オントロジー解析であることを特徴とする請求項9~17のいずれか1の解析方法。前記遺伝子オントロジー解析の1つ以上が、分子機能、細胞内局在及び生物学的過程から選択される請求項18の解析方法。前記遺伝子オントロジー解析の共通規則が、分子機能の分類であることを特徴とする請求項19の解析方法。前記1~5の工程を繰り返すことにより、前記分子機能の分類を下階層に絞りこむことを特徴とする請求項20の解析方法。前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がアミノ酸輸送体であることを特徴とする請求項18~21のいずれか1の解析方法。前記4の工程は、パスウェイ解析であることを特徴とする請求項9~17のいずれか1の解析方法。前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がサイトカインであることを特徴とする請求項23の解析方法。上記述べた現状により、現段階においては、自己免疫疾患に関与する因子は、単独ではなく複数の因子、特に複数のタンパク質に対する自己抗体が発現していると考えられている。従来の遺伝子発現プロファイル参照:特許文献1、5~7では、自己免疫疾患患者由来の試料中の遺伝子発現量を、健常者由来の試料中の遺伝子発現量と比較することにより、原因タンパク質を特定していた。しかし、各種の疾患患者の試料中の遺伝子発現量転写産物が、該遺伝子をコードするタンパク質の実際の発現量とは必ずしも一致しないことが多々報告されている。さらには、該プロファイルでは、自己抗体が発現しているかどうかを十分に特定することができない。以上により、自己免疫疾患に関与する無数のタンパク質を高感度かつ高効率に検出する方法及び該検出方法から得られたデータの解析方法の構築が必要である。本発明者らは、上記検出方法及び解析方法を構築するために、無細胞タンパク質合成系により発現させた哺乳動物由来のタンパク質を自己免疫疾患患者由来の試料と接触させることにより自己抗体産出を検出し、そして該検出したデータを統計的分析処理、さらに遺伝子オントロジー解析及び/又はパスウェイ解析を行うことにより、自己免疫疾患に関与するタンパク質を網羅的に解析する手段を提供した。本発明では、高感度かつ高効率で自己免疫疾患、特に動脈硬化に関与するタンパク質を解析する手段を提供した。さらに、該手段から得られた動脈硬化に関与するタンパク質に対する自己抗体の抗体価を検出することによる動脈硬化、特にアテローム性動脈硬化の検査方法を提供した。すなわち、本発明は以下の通りである。1.以下のいずれか1のタンパク質群に対する自己抗体の抗体価を患者由来の試料から検出することを特徴とする動脈硬化の検査方法。1サイトカインに関与するタンパク質群、ここで、サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である:IL5;STX1A;CSNK2A1;VAMP2;GSK3B;PRKCZ;PCNA;PIN1;STX4;HRB;HMGN1;HIST1H1C;TUBB;NPM1;VAMP8;VAPA;STX3;RABAC1、CCND2。2アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群、ここで、アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である:SLC7A11;SLC36A4;SLC7A9、SLC1A3。2.前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である前項1の検査方法。1IL52STX1A3CSNK2A14VAMP25GSK3B6PRKCZ7PCNA8PIN19STX43.前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である前項1の検査方法。1HRB2HMGN13HIST1H1C4TUBB5NPM16VAMP87VAPA8STX39RABAC110CCND24.前記アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか1以上である前項1の検査方法。1SLC7A112SLC36A43SLC7A94SLC1A35.前記動脈硬化が、アテローム性動脈硬化症である前項1~4のいずれか1の検査方法。6.前記検査方法は、発病リスクの検査、重症度の判定検査、又は治療効果の判定検査である前項5の検査方法。7.動脈硬化検査を実施するための、少なくとも以下を含む検査キット:IL5;STX1A;CSNK2A1;VAMP2;GSK3B;PRKCZ;PCNA;PIN1;STX4;HRB;HMGN1;HIST1H1C;TUBB;NPM1;VAMP8;VAPA;STX3;RABAC1;CCND2;SLC7A11;SLC36A4;SLC7A9、及び/又はSLC1A3。8.動脈硬化検査を実施するための、IL5を含み、さらに少なくとも以下のいずれか1を含む検査キット。1マイクロプレート2標準液3陽陰性コントロール4反応用緩衝液5酵素標識抗体6洗浄用緩衝液7酵素基質液8反応停止液9.以下の工程を有する自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法:1哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データデータ1を取得する工程;2哺乳動物由来のタンパク質を、健常者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データデータ2を取得する工程、及び/又は、哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患の治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データデータ3を取得する工程;3上記データ1~3のいずれか2以上を用いて統計学的分析を行い、示差的に発現している1以上の自己抗体の自己抗原タンパク質哺乳動物由来のタンパク質群のデータデータ4を取得する工程;4上記データ4のタンパク質群に注釈付けアノテーションを行う工程、5上記アノテーションに基づき上記タンパク質群の共通規則を抽出する工程。10.さらに、前記共通規則に基づく拘束条件を用いてデータマイニングを行う工程を有することを特徴とする前項9の解析方法。11.前記5の工程で抽出された共通規則を有するタンパク質を用いて上記1~5の工程を複数回繰り返す工程を特徴とする前項9又は10の解析方法。12.さらに、前記データ1~3に含まれておらず、かつ前記共通規則を有する哺乳動物由来のタンパク質を使用して、上記1~3の工程を行うことによりデータ5を取得する工程を有することを特徴とする前項9~11のいずれか1の解析方法。13.前記データ5を上記4データに組み合わせる工程を有することを特徴とする前項9~12のいずれか1の解析方法。14.前記哺乳動物由来のタンパク質を無細胞タンパク質合成系で発現させることを特徴とする前項9~13のいずれか1の解析方法。15.前記1及び/又は2の工程で、ALPHA増幅発光近接ホモジニアスアッセイを使用してIgGと反応する哺乳動物由来のタンパク質を検出することを特徴とする前項9~14のいずれか1の解析方法。16.前記自己免疫疾患が、以下のいずれか1から選ばれる前項9~15のいずれか1の解析方法、全身性エリテマトーデス、円板状エリテマトーデス、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、Goodpasture症候群、急性進行性糸球体腎炎、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、インスリン抵抗性糖尿病、若年性糖尿病、アジソン病、萎縮性胃炎、男性不妊症、早発性更年期、水晶体原性ぶどう膜炎、交換性脈炎、多発性硬化症、動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、慢性活動性肝炎、自己免疫性溶血性貧血、発作性血色素尿症、突発性血小板減少性紫斑病、及びシェーグレン症候群。17.前記自己免疫疾患が、動脈硬化症である前項9~16のいずれか1の解析方法。18.前記4の工程は、遺伝子オントロジー解析であることを特徴とする前項9~17のいずれか1の解析方法。19.前記遺伝子オントロジー解析の1つ以上が、分子機能、細胞内局在及び生物学的過程から選択される前項18の解析方法。20.前記遺伝子オントロジー解析の共通規則が、分子機能の分類であることを特徴とする前項19の解析方法。21.前記1~5の工程を繰り返すことにより、前記分子機能の分類を下階層に絞りこむことを特徴とする前項20の解析方法。22.前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がアミノ酸輸送体であることを特徴とする前項18~21のいずれか1の解析方法。23.前記4の工程は、パスウェイ解析であることを特徴とする前項9~17のいずれか1の解析方法。24.前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がサイトカインであることを特徴とする前項23の解析方法。自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法本発明の自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法は、主に以下の特徴を有する。1哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データデータ1を取得する。これにより、自己免疫疾患患者由来の試料中の自己抗体と反応した哺乳動物由来のタンパク質自己抗原タンパク質を特定することができる。なお、自己抗体とは、一般的にはIgG分子であり、特に、IgG4分子であるが、IgM、IgE、IgA、またはIgD分子でもよい。2哺乳動物由来のタンパク質を、健常者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データデータ2を取得する、及び/又は、哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データデータ3を取得する。これにより、健常者由来の試料中及び/又は自己免疫疾患治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料中の自己抗体と反応した哺乳動物由来のタンパク質自己抗原タンパク質を特定することができる。3上記データ1~3のいずれか2以上を用いて統計学的分析を行い、示差的に発現している1以上の自己抗体に対する自己抗原タンパク質哺乳動物由来のタンパク質群のデータデータ4を取得する。これにより、健常者、自己免疫疾患患者、自己免疫疾患治療薬を投与されている自己免疫疾患患者によって、どのような自己抗体が特異的に産出、増加、減少又は消失されているかを特定することができる。4上記データ4のタンパク質群に注釈付けアノテーションを行う。これにより、自己抗原タンパク質哺乳動物由来のタンパク質の遺伝子機能情報、疾患関連情報、塩基配列情報、公共データベース情報、他種遺伝子間のホモログ情報、遺伝子ネットワーク情報、パスウェイ情報等が付与される。5前記アノテーションに基づき前記タンパク質群の共通規則を抽出する。これにより、各種の自己抗原タンパク質の共通規則が特定される。なお、共通規則とは、各タンパク質が、発病時期、分子機能、細胞内構成、生物学的プロセス等の共通の性質を共有することを意味する。自己免疫疾患本発明の自己免疫疾患は、以下のいずれか1から選択される。特に、好ましい自己免疫疾患は、動脈硬化であり、より好ましくはアテローム性動脈硬化である。全身性エリテマトーデス、円板状エリテマトーデス、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、Goodpasture症候群、急性進行性糸球体腎炎、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、インスリン抵抗性糖尿病、若年性糖尿病、アジソン病、萎縮性胃炎、男性不妊症、早発性更年期、水晶体原性ぶどう膜炎、交換性脈炎、多発性硬化症、動脈硬化、アテローム性動脈硬化、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、慢性活動性肝炎、自己免疫性溶血性貧血、発作性血色素尿症、突発性血小板減少性紫斑病、およびシェーグレン症候群。試料本発明の試料は、各状態重篤、軽症、自己免疫疾患治療薬を投与されている状態の自己免疫疾患患者及び健常者由来の生物学的材料を意味する。例えば、採取した血液、血液由来成分血清、血漿、尿、糞便、唾液、汗に含まれる産物を対象とする。特に、好ましい試料は、血清である。哺乳動物由来のタンパク質本発明の哺乳動物由来のタンパク質は、哺乳動物の体内、特に血液で発現しているタンパク質を意味する。さらに、本発明の哺乳動物は、ヒトを含む霊長類例えば、ゴリラ、チンパンジー、ヒヒ、リスザル、コンパニオンアニマル例えば、ネコ、ウサギ、イヌ、ウマ、家畜例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウマ、および実験動物例えば、ネコ、イヌ、モルモット、ウサギ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、チンパンジー、およびヒヒを含む。接触本発明の各工程における接触とは、A溶液をB溶液に添加する、又はB溶液をA溶液に添加する、の両方を意味する。例えば、哺乳動物由来のタンパク質を自己免疫疾患患者由来の試料と接触させる場合には、哺乳動物由来のタンパク質を含む溶液を試料に添加しても、又は、試料を哺乳動物由来のタンパク質を含む溶液に添加してもよい。データマイニング本発明のデータマイニングとは、データから、興味ある規則性や因果関係をプログラム等を使用して自動的に抽出する技術のことである。なお、本発明で使用するデータマイニングは、統計的手法又は非統計的手法の両方を含む。統計的手法の例として、主成分分析、重回帰分析、因子分析、判別分析、X二乗検定、Fisherの正確検定、Wilcoxonの検定、F検定、多重検定、Welchのt検定等が挙げられる。非統計的手法の例として、クラスター解析、ニューラルネットワーク、自己組織化マップ、遺伝的アルゴリズム、決定木、k-最近傍法、パターン認識等が挙げられる。加えて、以上述べた手法を併用することもできる。正規化及びフィルタリング本発明の工程では、好ましくは、正規化及び/又はフィルタリングを導入する。実験を行った時間、場所、作業者が異なることから実験のバックグランドや、ノイズの程度が異なるので、その実験ごとのバックグランドやノイズの程度を揃えるために正規化を行う。本発明の工程で、プロテインチップを使用した場合には、チップごとに画像輝度蛍光強度が異なることがある。よって、バックグランド輝度を考慮する必要がある。また、フィルタリングでは、適切なデータを選択し、解析に悪影響を与える誤り値を除く操作のことである。例えば、しきい値を定める方法がある。具体的には、信号強度蛍光強度が低い場合、しきい値をXとし、X以下の信号強度をXにするかもしくはゼロにする。また、クロスバリデーションも導入してもよい。遺伝子オントロジー解析遺伝子の機能を調べるには、解析対象の遺伝子群を、遺伝子の機能に基づいて、分類し、視覚化する必要がある。遺伝子の機能を表示する方式として、よく使われているものに、遺伝子オントロジー解析がある。遺伝子オントロジーは、遺伝子の機能に関する統一的な枠組みを制定する必要性から立ち上げられたGeneOntologyコンソーシアムhttpwwwgeneontologyorgと呼ばれるプロジェクトによって、提案されたものである。GeneOntologyによると、遺伝子の機能を3つの情報として体系化している。即ち、分子機能MolecularFunction、細胞内局在Cellularcomponent、生物学的過程Biologicalprocessである。遺伝子オントロジー解析から得られた結果の例を図1及び図2で説明する。GOIDは、生物学的過程、細胞内局在、及び分子機能の3つの情報に関するデータベースの識別符号である。図1のオントロジー右端括弧中の数字は登録遺伝子数を示す。32056個の遺伝子が輸送体機能transportを有する遺伝子として現在登録されており、アミノ酸輸送体aminoacidtramsportには1272個の遺伝子が登録されている。さらに、図2では、アミノ酸輸送体の下階層{酸性アミノ酸輸送体95個、アミノ酸膜貫通輸送体8個等}が登録されている。遺伝子オントロジーでは汎用的な大分類から詳細な小分類へと階層構造を形成している。遺伝子オントロジー解析を用いて共通規則を抽出する工程下記実施例6の遺伝子オントロジー解析結果の図3を使用して説明する。図3に記載の4つのタンパク質は、遺伝子オントロジー解析によって得られた結果である。図3の遺伝子群は、あるクラス分類において重要であることが、上記3の工程の統計学的分析データマイニングにより分かったタンパク質群であるとする。この図3の遺伝子群から共通した性質や特徴を抽出することが、遺伝子アノテーションから共通規則を抽出する工程の目的である。例えば、図3の遺伝子オントロジーに対して、複数の遺伝子において共通に見られるオントロジーがないかを検索する。図3では、aminoacidtransporterアミノ酸輸送体又はその下階層が共通して見られる。これにより、一回目の上記1~5の工程により、自己免疫疾患に関与するタンパク質群はアミノ酸輸送体のクラス分類に関わっているという規則が潜んでいる可能性を見出すことができる。なお、実験者の主観を排除するために、クラス分類されたタンパク質群のTermの中で一番頻出頻度が高いものを共通規則として抽出してもよい。上記工程1~5の工程の終了後において、抽出した共通規則の基づく拘束条件を用いてデータマイニングを行う工程を追加してもよい。データマイニングでは、例えば、得られたデータ1~3に対し、aminoacidtransporterGO:0006865に対応するデータタンパク質という拘束条件を設けて、それに該当するタンパク質群のみでデータマイニング、さらにはクロスバリデーションすることで、aminoacidtransporterがどの程度、クラス分類に寄与するかを定量的に把握することができる。また、aminoacidtransporterGO:0006865の上階層は、aminotransportGO:0015837である。そこで別のデータマイニングでは、得られたデータ1~3に対し、aminotransportGO:0015837に対応するデータタンパク質という拘束条件を設けて、それに該当するタンパク質群のみでデータマイニング、さらにはクロスバリデーションすることで、aminotransporterがどの程度、クラス分類に寄与するかを定量的に把握することができる。加えて、aminoacidtransporterGO:0006865の下階層は、acidicaminoacidtransportGO:0015800である。そこで別のデータマイニングでは、得られたデータ1~3に対し、acidicaminoacidtransportGO:0015800に対応するデータタンパク質という拘束条件を設けて、それに該当するタンパク質群のみでデータマイニング、さらにはクロスバリデーションすることで、acidaminoacidtransporterがどの程度、クラス分類に寄与するかを定量的に把握することができる。仮に、acidicaminoacidtransportを含むを拘束条件としてデータマイニングを行った結果正解率もしくはエラー率を、aminotransportを含む拘束条件としデータマイニングを行った結果及びaminoacidtransportを含む拘束条件としデータマイニングを行った結果と比較した場合に、acidicaminoacidtransportを含むを拘束条件としてデータマイニングを行った結果が他2者より良ければクラス分類には、aminoacidtransporter及びaminotransporterではなく、acidicaminoacidtransportが重要であることが分かる。これにより、自己免疫疾患に関与するタンパク質の分子機能を上階層から下階層に絞りこむことができる。すなわち、上記のような工程を複数繰り返すことにより、より一般性の高い共通規則を抽出することができる。加えて、データ1~3には含まれておらず、かつ共通規則の特性を有するタンパク質を、上記1~3の工程を実施することにより、追加のデータであるデータ5を取得することができる。さらに、データ5をデータ4に組み合わせることにより、精度の高く、より一般性の高い共通規則を抽出することができる。パスウェイ解析を本実施例から得られた図4で説明する。図4では、各丸印は遺伝子を、丸印同士をつなぐ線は、相互関係があることを示している。なお、図4では、相互関係スコアを省略している。相互関係スコアとは、一般に、線でつながれた二つの遺伝子が医学文献データベースMEDLINEの同一アブストラクト文中に存在した件数を示している。また、1つのハブタンパク質として、9種類のタンパク質を特定できる。さらに、別のハブタンパク質として、10種類のタンパク質を特定することができる。文献データベースとしては、一般に、米国NCBIのMEDLINEやOMIMを用いているが、その他の文献データベースでもかまわない。パスウェイ解析を用いて共通規則を抽出する工程パスウェイ解析により、自己免疫疾患に関与するタンパク質の共通規則を抽出する工程を説明する。また、パスウェイ解析ソフトウェアとしては、公知のソフトウェア{例:PathwayAssistver3.0AriadneGenomics}を用いることができる。上記説明したように示差的に発現している1以上のタンパク質自己抗原タンパク質群のデータ4を含む発現タンパク質リストを作成する。そして、作成した発現タンパク質リストをパスウェイ解析ソフトウェアにインポートする。なお、下記実施例においては、公知のパスウェイ解析ソフトウェアを用いてパスウェイ解析を行なっているため、添付されている説明書のプロトコールに従った。次に、発現タンパク質リスト内でのパスウェイを計算する。即ち、生物医学文献情報を記憶している公共のデータベースであるMEDLINEデータベースにおいて検索可能な論文の要約中から、パスウェイ解析ソフトウェアの処理アルゴリズムNaturalLanguageProcessingEngineで関連付けられている分子間のつながりが検索される。そして、分子間のつながりが抽出された場合には、分子間のつながりを示すパスウェイが計算される。MEDLINEデータベースにおいて検索可能な論文の要約中から、パスウェイ解析ソフトウェアのアルゴリズムで関連づけられている分子間のつながりが抽出されると、パスウェイ描画画面でノードが表示される。次に、ハブタンパク質群図4中:IL5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4の共通規則を抽出する。例えば、本実施例では、各タンパク質群の一部が統計的に有意にサイトカインヒトサイトカインに関連するタンパク質共通規則であることが抽出することができる。なお、共通規則を抽出するために、前記説明した遺伝子オントロジー解析を利用することができる。また、パスウェイ解析により特定されたタンパク質群と自己免疫疾患との相関について、上記データ1~3のデータでの該タンパク質群の発現レベルとの相関を確認することにより、パスウェイ解析により特定されたタンパク質群と自己免疫疾患の相関を検証できる。従って、複数の検証を行うことにより、特定されたタンパク質群と自己免疫疾患の相関を有する可能性が高いものであるとの予測をより確実なものとすることができる。加えて、段落0026及び0027に記載のように、データマイニング等の工程を追加してもよい。無細胞タンパク質合成系本発明で使用する哺乳動物由来のタンパク質は、好ましくは、無細胞タンパク質合成系、より好ましくは真核生物由来のコムギ胚芽等を用いた無細胞タンパク質合成用抽出液を使用して発現させる。市販のタンパク質合成用抽出液としては、ウサギ網状赤血球由来のRabbitReticulocyteLysateSystemPromega社やコムギ胚芽由来のWheatGermExpressionPremiumKitWEPRO登録商標、株式会社セルフリーサイエンス等が挙げられる。本発明に適用される最良の抽出液は、コムギ胚芽由来の抽出液であり、さらに混入する胚乳成分や胚芽組織細胞中のタンパク質合成阻害をもたらすグルコースなどの代謝物質が実質的に除去された抽出液である。なお、胚乳成分が実質的に除去された抽出液とは、リボソームの脱アデニン化率が7以下、好ましくは1以下になっていること意味する。さらに、好適には、細胞抽出液は、糖、リン酸化糖が10mM以下、好ましくは6mM以下まで低減されている260nmにおける吸光度200ODmlの抽出液中のグルコース濃度として。このような抽出液の調製方法は、WO2005063979A1号公報に例示される。なお、本発明の特徴の一つとして、コムギ胚芽無細胞タンパク質合成系で哺乳動物由来のタンパク質を発現させることにより、下記実施例3に示すように、合成後のビオチン化哺乳動物由来のタンパク質を洗浄する必要がないことが挙げられる。すなわち、ビオチン化配列と結合しなかったビオチンを除去する必要がない。これにより、本発明の解析方法では、多量の哺乳動物由来のタンパク質に対する自己抗体の抗体価を効率的に測定することができる。自己抗体の検出データの取得本発明の自己抗体の検出データの取得とは、自己免疫疾患患者に特異的に発現している自己抗体を検出することを意味し、より詳しくは該自己抗体の抗体価を測定することである。なお、抗体価を検出する方法は自体公知の方法を利用することができる。本発明では検出した1以上の自己抗体の抗体価の数値をエクセルファイルMicrosoft社製等に書き込むことにより、データとして取得することができる。自己抗体の抗体価の検出系本発明では、自己抗体の抗体価の検出方法は特に限定されない。しかし、洗浄工程を省略できるホモジニアスアッセイ、特にALPHAを検出系として使用することが好ましい。本発明では、好ましくはALPHAを使用することで、大量に発現したタンパク質を効率的かつ高精度に検出することができる。{ALPHA増幅発光近接ホモジニアスアッセイ}ALPHAは、PerkinElmer社のAlphaScreenTMが代表的なアッセイ法である。その方法は、近接させられたドナービーズとアクセプタービースとの間に一重項酸素の移動に基づく分析方法である。これは、680nmでの励起において、ドナービース中の光増感剤は、周囲の酸素を一重項状態の酸素に変換し、その酸素が200nmの距離まで拡散する。アクセプタービーズ中の化学発光基は、エネルギーをビーズ内の蛍光アクセプターに移動させ、続いて約600nmで光を放出する。なお、アクセプタービーズは、ガラス、シリカゲル、樹脂のような不活性担体であって、上記生体分子を固定化しておくための担体である。ドナービースは、ガラス、シリカゲル、樹脂のような不活性担体であって、ストレプトアビジンを固定化しておくための担体である。ALPHAを使用したinvitroでの自己抗体価の検出ビオチン化した哺乳動物由来のタンパク質ビオチン化哺乳動物由来タンパク質と称する場合がある、該ビオチン化基質を直接的又は間接的に認識可能なアクセプタービーズAntiIgGAcceptorBeads、ストレプトアビジンが結合したドナービース、自己免疫疾患患者由来の試料血清及び/又は健常者由来の試料をマイクロプレートに添加する。ここで、ビオチン化哺乳動物由来タンパク質に対する自己抗体が発現していれば、該自己抗体が該ビオチン化哺乳動物由来タンパク質を抗原として認識結合することにより、ドナービースとアクセプタービーズが近接してシグナルの上昇が起こる。一方、ビオチン化哺乳動物由来タンパク質に対する自己抗体が発現していなければ、該自己抗体が該ビオチン化哺乳動物由来タンパク質を抗原として認識結合しないので、ドナービースとアクセプタービーズが近接できずシグナルの上昇が起こらない。なお、シグナルの検出方法は、例えばアクセプタービーズが発する蛍光強度を使って測定する。イムノアッセイを使用した自己抗体価の検出本発明では、自己抗体の抗体価の検出は、哺乳動物由来タンパク質又はその断片を、自己免疫疾患、特に動脈硬化症由来の試料特に血清に接触させることによって行うことができる。哺乳動物由来タンパク質又はその断片に結合する自己抗体は、自体公知のイムノアッセイにより検出することができる。具体的な方法は、以下の通りであるが、特に限定されない。非競合的イムノアッセイ哺乳動物由来タンパク質又はその断片に結合する自己抗体を、抗ヒトイムノグロブリン抗体によって検出する。このとき、哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片、又は、抗ヒトイムノグロブリン抗体を予め固相化しておくと、未反応成分の除去一般にBF分離と呼ばれるを洗浄によって容易に行うことができる。例えば、固相化哺乳動物由来タンパク質又はその断片を患者血清に接触後、血清を除去してから抗ヒトイムノグロブリン抗体を加える。抗ヒトイムノグロブリン抗体を標識しておけば、自己抗体に比例して固相に結合する標識が増加する。この抗ヒトイムノグロブリン抗体は、第2抗体と呼ばれる抗体に相当する。抗ヒトイムノグロブリン抗体として、抗体のクラスを識別しうる抗体を利用すれば、自己抗体をクラス別に検出することもできる。哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片、試料例:血清、および抗ヒトイムノグロブリン抗体とは、同時に反応させることもできる。非競合的なイムノアッセイとして、粒子凝集反応やイムノクロマトグラフィーを利用することもできる。粒子凝集反応は、哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片感作粒子が自己抗体によって凝集する現象に基づく検出方法である。一方、イムノクロマトグラフィーでは、先に述べた固相化哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片がクロマトグラフ媒体中に存在し、これに対して試料中の自己抗体、そして標識した抗ヒトイムノグロブリン抗体を反応させ、更に未反応成分の分離がクロマトグラフ媒体中で反応と並行して行われるように設計されている。競合的イムノアッセイ哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体との免疫学的な反応を、自己抗体が阻害する現象を利用して、自己抗体の検出が可能である。この場合にも、未反応成分の除去は、固相を利用して簡便に行うことができる。すなわち、抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体と血液試料の存在下で哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と接触させるとき、抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体と哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片のいずれかを固相化し、他方を標識して用いる。加えて、BF分離の後に固相に結合した標識量に基づいて自己抗体の検出が可能である。競合的なイムノアッセイを行う場合、反応成分として用いる抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体は、自己抗体と競合するものであればポリクローナル抗体でもモノクローナル抗体であっても良い。抑制的イムノアッセイ哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と試料とを接触させた後に、抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体との反応を行う。哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片に対する自己抗体を含まない場合には哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体との反応が阻害されないが、試料中に哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片に対する自己抗体が存在すれば阻害をもたらす。具体的には、まず固相化哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片を試料に加え、十分に反応させた後に、さらに抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体を加える。抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体を標識しておけば、固相に結合したまたはしなかった標識量を測定することによって自己抗体の存在を確認することができる。あるいは、標識した哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と試料を接触させ、これを固相化した抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体と接触させることも可能である。特にイムノクロマトグラフィーに応用する場合には利点がある方法である。イムノアッセイに用いる標識には、蛍光物質、発光物質、色素、酵素、補酵素、又はラジオアイソトープ等が知られている。中でも、アルカリホスファターゼやパーオキシダーゼのような酵素標識は、安全性や経済性に優れ、しかも必要な感度を比較的容易に達成できることから、有利な標識成分である。抗ヒトイムノグロブリン抗体や哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片のような反応成分は、これらの標識成分によって直接標識することもできるし、あるいは更にこれらの成分を認識する抗体やアビジン-ビオチン系などを利用して間接標識することもできる。各種の抗体を固相に結合させるには、マイクロプレート、プラスチックビーズ、あるいは合成樹脂微粒子のような固相担体を用い、物理吸着や化学的な結合、あるいはアビジン-ビオチンを用いた間接的な結合方法が一般に利用される。これらの免疫成分を固相化した担体は、ウシ血清アルブミンやスキムミルクなどの不活性タンパク質で処理することによって、非特異的な反応を抑制することができる。なお、固相と酵素標識を組み合わせたとき、このイムノアッセイは特にELISAと呼ばれる。上記以外での自己抗体価の検出の例示として、間接蛍光抗体法、免疫比濁法、免疫比ろう法、二重免疫拡散法、ラテックス凝集法、化学発光法化学発光酵素免疫測定法等等が挙げられるが特に限定されていない。検査方法本発明の自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査において、以下のタンパク質群のいずれか1以上の抗体を患者由来の試料、特に血清から検出する。なお、本発明の検査とは、発症リスク検査、重症度の判定検査、治療効果の判定検査を含む。1サイトカインに関与するタンパク質群2アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群サイトカインに関与するタンパク質群としては、好ましくは、IL5interleukin5、STX1Asyntaxin1A、CSNK2A1caseinkinase2alpha1polypeptide、VAMP2{vesicleassociatedmembraneprotein2}、GSK3Bglycogensynthasekinase3beta、PRKCZproteinkinaseCzeta、PCNAproliferatingcellnuclearantigen、STX4syntaxin4若しくはPIN1peptidylprolylcistransisomeraseNIMAinteracting1、及び/又はHRBHIV1Revbindingprotein、HMGN1highmobilitygroupnucleosomebindingdomain1、HIST1H1Chistonecluster1H1c、TUBBtubulinbeta、NPM1{nucleophosmin}、VAMP8vesicleassociatedmembraneprotein8、VAPA{VAMPassociatedproteinA}、STX3SYNTAXIN3、CCND2cyclinD2若しくはRABAC1Rabacceptor1であるが特に限定されない。アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群としては、好ましくは、SLC7A11{solutecarrierfamily7member11}、SLC36A4{solutecarrierfamily36member4}、SLC7A9{solutecarrierfamily7member9}又はSLC1A3{solutecarrierfamily1member3}であるが特に限定されない。加えて、下記実施例9~11の結果により、上記タンパク質群の中でも、IL5が好ましい。さらに、IL5はfulllengthである完全長だけでなく、部分配列{例、IL5、IL5}、特に分泌型IL5IL5も含む。検査キット本発明の自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査キットは、上記述べた各ELISA、化学発光法、イムノクロマト法等を実施するためのキットでありうる。特に、ELISAキットでは、IL5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2、RABAC1、SLC7A11、SLC36A4、SLC7A9、及び/又はSLC1A3を含み、さらに以下のいずれか1の構成を含む。1マイクロプレート2標準液3陽陰性コントロール4反応用緩衝液5酵素標識抗体6洗浄用緩衝液7酵素基質液8反応停止液以下、実施例を挙げて本発明を詳細に説明するが、本発明の範囲はこれらの実施例により限定されるものではない。自己免疫疾患患者由来の試料の調製本実施例では、アテローム性動脈硬化症の患者23名から得た血清を試料とした。さらに、該試料を、軽度の患者mild、重症患者Serious、軽度かつ陳旧性患者mildOld及び重症かつ陳旧性患者mildOldに分けて解析した。なお、健常者由来の血清をコントロールとした。ビオチン化哺乳動物由来タンパク質をコードする翻訳鋳型の作成翻訳鋳型となるmRNAは、各種哺乳動物由来タンパク質約3千種類をコードする遺伝子にビオチンタグを融合したビオチン化タンパク質転写鋳型であるベクターを作成したpEUビオチン化タグ各種哺乳動物由来タンパク質。該ベクターを基に、タバコモザイクウィルスTMVのΩ配列部分を含むPCR産物を鋳型とした。該転写鋳型を、転写反応溶液最終濃度、80mMHEPES-KOHpH78、16mM酢酸マグネシウム、10mMジチオトレイトール、2mMスペルミジン、25mM4NTPs4種類のヌクレオチド三リン酸、08U/μLRNase阻害剤、16U/μLSP6RNAポリメラーゼに添加し、37°Cで3時間反応させた。得られたRNAをフェノール/クロロフォルム抽出、エタノール沈殿の後、NickColumnAmershamPharmaciaBiotech社製により精製して翻訳鋳型とした。ビオチン化哺乳動物由来タンパク質の翻訳反応工程96穴タイタープレートを反応容器として用いた。先ず、1250μLの供給相2×SubstrateMixture625μ1、50μMのビオチン125μ1、MilliQ6125μ1をタイタープレートに添加した。次に、250μ1の反応相4μgμLのcreatinekinase025μ1、無細胞タンパク質合成用コムギ胚芽Extract200OD65μ1、ビオチン化酵素180OD10μ1、2×SubstrateMixture875μ1、5μMのビオチン25μ1、MilliQ35μ1に、上記実施例2の各翻訳鋳型{ペレット状の翻訳鋳型mRNAを25μLの反応液で溶かした}を添加したものを、注意深く静かにタイタープレートの底に添加した。タンパク質合成反応は、26度、15~20時間の静置で行った。合成終了のビオチン化タンパク質は精製せずに、以下の実施例に用いた。AlphaScreenTMを用いた自己抗体の抗体価の測定384穴タイタープレートOptiplate384TPPを反応容器として用いた。80μLのMixtureA{60μLのMillQ10μLの10×AlphaScreenBuffer1MTrisHClpH8001Tween2010μLの10mGmLBSA}、10μLの血清{:25×103希釈}及び50μLの上記実施例3の各種のビオチン化哺乳動物由来タンパク質5倍希釈、BiomekFXを使用を、それぞれの穴に添加して、26°C、30分間静置した。上記静置後、10μLのMixtureB788μLのMillQ10μLの10×AlphaScreenBuffer1MTrisHClpH8001Tween2010μLの10mGmLBSA006μLの{5mGmLStreptAvidinDonorBeads006μLの5mGmLAntiIgGAcceptorBeads}を、さらにそれぞれの穴に添加して、26°C、60分間静置した。上記静置後、EnVisionを用いて蛍光強度自己抗体価を測定した。上記測定における一部の自己抗体の結果を図5に示す。上記結果から、哺乳動物由来タンパク質の相違により自己抗体の検出結果が異なることがわかった。さらに、抗体価の高い自己抗原タンパク質に関するデータを取得した。自己免疫疾患に特異的に発現している自己抗原タンパク質の解析上記実施例4から得られた各患者{軽度の患者mild、重症患者Serious、軽度かつ陳旧性患者mildOld及び重症かつ陳旧性患者mildOld}由来の試料における蛍光強度自己抗体価のデータを、コントロールである健常者由来の試料における蛍光強度自己抗体価のデータを比較して、示差的に発現している自己抗体特に、発現が上昇している自己抗体の自己抗原タンパク質群のデータを取得した。より詳しくは、各々のデータを自然対数変換したのち、平均標準偏差を使ってスコア化平均値を0として、1SDのものを12SDのものを2とするした。さらに、スコアの上位のものから382種類のタンパク質を選択した。2クラスター分析統計ソフトRを特定した。これにより、図4に示したタンパク質群であるIL5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1及びSTX4、さらには、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1及びCCND2は、自己免疫疾患、特に動脈硬化、さらにはアテローム性動脈硬化に関与するタンパク質であると判定することができる。すなわち、自己免疫疾患、特に動脈硬化、さらにはアテローム性動脈硬化の患者由来の試料、特に血清中のIL5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1及びSTX4、さらには、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1及びCCND2に対する自己抗体の抗体価を検出、測定することにより、自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。上記実施例で解析して得られた各タンパク質での確認上記解析して得られた各タンパク質IL5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2、SLC7A11、SLC36A4、SLC7A9及びSLC1A3を用いて上記実施例4と同様な方法により、患者由来の血清中の自己抗体の抗体価を測定した。上記タンパク質の大部分は、健常者由来の試料であるコントロールと比較して、有意に高い抗体価を示した。これにより、上記解析して得られた各タンパク質を用いれば自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。さらには、本発明の解析方法は、自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法として優れていることがわかった。抗IL5抗体の抗体価の測定上記実施例1~8により自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定の指標となる抗IL5抗体の抗体価を詳細に測定した。詳細は、以下の通りである。上記実施例2~4と同様な方法により、FulllengthIL5、FulllengthIL5より抗体価の高い分泌型IL5及び部分配列IL5をコードする遺伝子を基にして、ビオチン化FulllengthIL5、ビオチン化IL5及びビオチン化IL5を無細胞タンパク質合成用コムギ胚芽Extractで発現させた。さらに、ビオチン化Fulllength、ビオチン化分泌型IL5及びビオチン化部分配列IL5を、それぞれ、冠状動脈硬化症患者及び閉塞性動脈硬化症患者ASO由来の血清中に添加して、抗IL5抗体の抗体価を測定した。冠状動脈硬化症患者血清中のFulllengthIL5、分泌型IL5及び部分配列IL5の添加による、冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL5抗体の抗体価の測定結果を図11に示す。図11に示すように、冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL5抗体は、FulllengthIL5よりも、分泌型IL5及び部分配列IL5を強く認識することを確認した。分泌型IL5の添加による、閉塞性動脈硬化症患者及び冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL5抗体の抗体価の測定結果を図12に示す。図12に示すように、閉塞性動脈硬化症患者及び冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL5抗体は、分泌型IL5を認識していることを確認した。以上により、閉塞性動脈硬化症患者及び冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL5抗体は、FulllengthIL5だけでなく、分泌型IL5及び部分配列IL5を認識する。これにより、分泌型IL5及び部分配列IL5に対する自己抗体を患者の血清中から検出することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査を行うことができる。動脈硬化症患者の血清中のIL5濃度測定動脈硬化症患者である冠状動脈硬化症患者血清中n20及び健常者由来の血清中のIL5濃度をELISAで測定した。なお、IL5は、IL5遺伝子配列を基にして、無細胞タンパク質合成用コムギ胚芽Extractで発現させた。上記の測定結果を図13に示す。図13に示すように、動脈硬化症患者である冠状動脈硬化症患者血清のIL5濃度が有意に低下していることを確認した。以上により、患者の血清中のIL5濃度を検出することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査を行うことができる。抗IL5抗体価の受信者動作特性曲線の作成上記実施例9~10の結果を基にして、抗IL5抗体の抗体価の受信者動作特性曲線を作成した。図14に示すように、抗IL5抗体の抗体価の感度特異度は、カットオフ値を119121にすると、感度約813特異度90となる。以上により、患者の血清中のIL5抗体の抗体価の検出による自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査は、感度及び特異度が高いことを確認した。