"肺癌患者のEGFR阻害剤に基づく療法に対する臨床応答を予測する方法であって、i第1の時点で前記患者の体液において、EGFRチロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFRの感受性を付与する少なくとも1つの突然変異を含むEGFR遺伝子の核酸配列のコピー数と非変異型EGFR遺伝子の核酸配列のコピー数の間の比を決定すること、およびii第2の時点で前記患者の体液において、EGFRチロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFRの感受性を付与する少なくとも1つの突然変異を含むEGFR遺伝子の核酸配列のコピー数と非変異型EGFR遺伝子の核酸のコピー数の間の比を決定することを含んでなり、前記第2の時点が前記第1の時点より後であり、かつ、第2の時点で決定された比が第1の時点で決定された比に対して増加していれば、前記EGFR阻害剤に基づく療法に対する前記患者の陰性臨床応答を示し、第2の時点で決定された比が第1の時点で決定された比に対して減少していれば、前記EGFR阻害剤に基づく療法に対する前記患者の陽性臨床応答を示す、方法。前記第1の時点と第2の時点で、前記患者の体液において、EGFRチロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFRの耐性を付与する少なくとも1つの突然変異を含むEGFR遺伝子の核酸配列のコピー数と非変異型EGFR遺伝子の核酸のコピー数の間の比を決定することをさらに含んでなり、第2の時点で決定された比が第1の時点で決定された比に対して増加していれば陰性応答を示し、または第2の時点で決定された比が第1の時点で決定された比に対して減少していれば陽性応答を示す、請求項1に記載の方法。前記チロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFR遺伝子の耐性突然変異が、エキソン20においてT790M突然変異である、請求項2に記載の方法。前記患者が進行性肺癌を有する、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。前記肺癌が非小細胞肺癌である、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。前記患者に第1の時点の前に手術が施されている、請求項1~5のいずれか一項に記載の方法。前記第1の時点での患者の腫瘍からの組織サンプルが、チロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFR遺伝子の感受性突然変異に関して陽性である、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。前記EGFR阻害剤に基づく療法が第1の時点の前、または第1の時点と第2の時点の間に開始されている、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法。前記体液が血清である、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。前記EGFR阻害剤に基づく療法がEGFRチロシンキナーゼ阻害剤を含んでなる、請求項1~9のいずれか一項に記載の方法。前記EGFRチロシンキナーゼ阻害剤が、二重EGFR阻害剤、二重EGFRチロシンキナーゼ阻害剤、または耐性突然変異を有するEGFRに特異的なEGFRチロシンキナーゼ阻害剤である、請求項10に記載の方法。前記EGFRチロシンキナーゼ阻害剤がエルロチニブまたはゲフィチニブである、請求項11に記載の方法。前記チロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFR遺伝子の感受性突然変異が、L858R突然変異およびエキソン19におけるELREA欠失から選択される、請求項1~12のいずれか一項に記載の方法。前記EGFRの少なくとも1つの感受性突然変異を有するEGFR遺伝子の核酸のコピー数が、iEGFR遺伝子の感受性突然変異の前記特異的領域に相当する核酸配列を、タンパク質-核酸プローブを用いるPCRの手段により増幅すること前記タンパク質-核酸プローブは、EGFR野生型配列を特異的に認識してそれとハイブリダイズし、それによりその増幅を阻害することができる、iiEGFR遺伝子の少なくとも1つの感受性突然変異の核酸配列のコピー数を定量することにより測定される、請求項1~13のいずれか一項に記載の方法。前記臨床応答が無増悪生存、応答、生存または再発として決定される、請求項1~14のいずれか一項に記載の方法。前記患者が第1の時点と第2の時点との間に再発症状を示さない、請求項1~15のいずれか一項に記載の方法。前記再発症状が咳、疼痛またはPET/CTにより観察される腫瘍塊である、請求項16に記載の方法。肺癌患者において肺癌の治療に用いるための、EGFR阻害剤を含んでなる組成物であって、前記患者が、i第1の時点で前記患者の体液において、EGFRチロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFRの感受性を付与する少なくとも1つの突然変異を含むEGFR遺伝子の核酸配列のコピー数と非変異型EGFR遺伝子の核酸配列のコピー数の間の比を決定すること、およびii第2の時点で前記患者の体液において、EGFRチロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFRの感受性を付与する少なくとも1つの突然変異を含むEGFR遺伝子の核酸配列のコピー数と非変異型EGFR遺伝子の核酸のコピー数の間の比を決定することを含んでなる方法により選択され、前記第2の時点が前記第1の時点より後であり、かつ第2の時点で決定された比が第1の時点で決定された比に対して増加している、組成物。前記の患者を選択する方法が、前記第1の時点および第2の時点で、前記患者の体液において、EGFRチロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFRの耐性を付与する少なくとも1つの突然変異を含むEGFR遺伝子の核酸配列のコピー数と非変異型EGFR遺伝子の核酸のコピー数の間の比を決定することをさらに含んでなり、かつ、第2の時点で決定された比が第1の時点で決定された比に対して増加している患者がさらに選択される、請求項18に記載の使用のための組成物。前記チロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFR遺伝子の耐性突然変異が、エキソン20におけるT790M突然変異である、請求項19に記載の使用のための組成物。前記肺癌が進行性肺癌である、請求項18~20のいずれか一項に記載の使用のための組成物。前記肺癌が非小細胞肺癌である、請求項18~21のいずれか一項に記載の使用のための組成物。前記方法が、第1の時点での腫瘍からの組織サンプルがチロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFR遺伝子の感受性突然変異に関して陽性であるような患者を選択することをさらに含んでなる、請求項18~22のいずれか一項に記載の使用のための組成物。前記体液が血清である、請求項18~23のいずれか一項に記載の使用のための組成物。前記EGFR阻害剤に基づく療法がEGFRチロシンキナーゼ阻害剤を含んでなる、請求項18~24のいずれか一項に記載の使用のための組成物。前記EGFRチロシンキナーゼ阻害剤がエルロチニブまたはゲフィチニブである、請求項25に記載の使用のための組成物。前記チロシンキナーゼ活性阻害剤に対するEGFR遺伝子の感受性突然変異が、L858R突然変異およびエキソン19におけるELREA欠失から選択される、請求項18~26のいずれか一項に記載の使用のための組成物。前記患者が第1の時点および/または第2の時点で再発症状を持たない、請求項18~27のいずれか一項に記載の使用のための組成物。前記再発症状が咳、疼痛またはPET/CTにより観察される腫瘍塊である、請求項28に記載の組成物。方法:血清におけるEGFR突然変異の監視血液サンプル患者から血液15mLを3本のVacutainerチューブBectonDickinson,Plymouth,UK血清用に2本、血漿用に1本に採取した。チューブを2300rpmで10分間2回遠心分離し、上清血清または血漿を分取した。0.4mLの血清または血漿から、QIAampDNABloodMiniKitQiagenを用いて標準的な手順によりDNAを精製し、20μLの水に再懸濁させた。各患者について、DNA抽出と突然変異分析を、2サンプルの血清と2サンプルの血漿の4反復で行った。細胞株PC-9からのDNAをエキソン19の変異型対照として、また、エキソン20および21の野生型対照として用いた。H1975細胞株からのDNAをエキソン19の野生型対照として、また、エキソン20および21の変異型対照として用いた。エキソン19におけるEGFR欠失に関する蛍光標識PCR産物のネステッドレングス分析第1のPCRでは、プライマーを次の通りとした:フォワード5’GTGCATCGCTGGTAACATCC3’配列番号1およびリバース5’TGTGGAGATGAGCAGGGTCT3’配列番号2。ペプチド核酸PNA:5’AGATGTTGCTTCTCTTA3’配列番号3。第1のPCRは、2μlのサンプル、0.125μlのEcotaqポリメラーゼEcogen,Barcelona,スペイン、2.5μLのPCRバッファー10倍、0.625μLのdNTP10mM、0.75μLのMgCl250mM、1.25pmolの各プライマー10μMおよび12.5μLの10mMPNAプローブを加えて25μl容量で行った。増幅は次の通りとした:94°Cで30秒、64°Cで30秒および72°Cで1分の25サイクルエキソン19および21、または94°Cで30秒、58°Cで30秒および72°Cで1分の35サイクルエキソン20。レングス分析では、以下のプライマー:フォワード5’ACTCTGGATCCCAGAAGGTGAG3’配列番号4およびリバース5’FAMCCACACAGCAAAGCAGAAACTC3’配列番号5を用いて増幅を行った。増幅35サイクルは、94°Cで30秒、58°Cで30秒および72°Cで1分、2μlのサンプル、0.1μlのEcotaqポリメラーゼEcogen,Barcelona,スペイン、2.5μLのPCRバッファー10倍、0.625μLのdNTP10mM、1μLのMgCl250mM、1.25pmolの各プライマー10μMおよび7.5μLの10mMPNAプローブを加えて25μl容量で行った。1/200希釈の各PCR産物1μlを、0.5μlのサイズ標準AppliedBiosystemsと混合し、9μlのホルムアミド中、90°Cで5分間変性させた。分離は4色レーザー誘導蛍光キャピラリー電気泳動システムABIPrism3130GeneticAnalyzer,AppliedBiosystemsで行った。収集したデータは、GeneScan分析ソフトウエアApplera,Norwalk,CTで評価した。エキソン20T790Mおよび21L858RにおけるEGFR突然変異に関するTaqManアッセイプライマーおよびプローブは次の通りとした:エキソン21フォワードプライマー5’AACACCGCAGCATGTCAAGA3’配列番号6、リバースプライマー5’TTCTCTTCCGCACCCAGC3’配列番号7;プローブ5’FAMCAGATTTTGGGCGGGCCAAACTAMRA3’配列番号8;および5’VICTCACAGATTTTGGGCTGGCCAAACTAMRA3’配列番号9、PNA:AGTTTGGCCAGCCCA配列番号10ならびにエキソン20フォワードプライマー5’AGGCAGCCGAAGGGCA3’配列番号11、リバースプライマー5’CCTCACCTCCACCGTGCA3’配列番号12;プローブ5’VICCTCATCACGCAGCTCATGMGB3’配列番号13;および5’FAMCTCATCATGCAGCTCATGMGB3’配列番号14、PNA:TCATCACGCAGCTC。増幅は、1のサンプル、6.25μlのAmpliTaqGoldPCRMasterMixAppliedBiosystems、0.75μlの各プライマー10μM、0.25μLのプローブ10μMおよび0.625μlのPNA10μMを用いて12.5μl容量で行った。AppliedBiosystems7000リアルタイムサイクラーにてサンプルに94°Cで15秒および60°Cで1分の50サイクルを行った。計算エキソン19については、サンプルは、分析したアリコートのうち少なくとも1つで変異型対立遺伝子のピークが現れれば陽性突然変異の検出とみなされる。変異型ピークを示すアリコートの番号を記録する。さらに、別の指標を次のように計算する:変異型ピークの面積4つのアリコート/wt変異型ピークの総面積この場合も4つのアリコートエキソン20については、サンプルは、分析したアリコートのうち少なくとも1つが陽性であれば陽性突然変異の検出とみなされる。突然変異が検出されたアリコートの番号を記録する。結果患者DX282図1:血清における感受性突然変異の動態減少により、放射線学的応答および臨床応答の誘発が予測される。感受性突然変異DELエキソン19の割合の増加により、CTスキャンによる肝臓進行の確認前に症状の出現が予想され、相関が見られる。後に、第2選択および第3選択の化学療法の際に耐性突然変異の出現が見られる。患者DX271図2:T2およびT3における感受性突然変異の動態増加は、進行性疾患の放射線学的エビデンスの前に、新たな症状の発現との相関が見られる。さらに、この患者を、感受性突然変異の低下を示し、進行性疾患の誘発とともにその薬剤に対する耐性突然変異の出現を示すTovokで処置した。EGFRの感受性突然変異および耐性突然変異は両方とも、CDDPエルロチニブに対する新たな臨床応答とともに減少していく。患者DX104図3:この場合には、血清におけるEGFR突然変異レベルの動態は、初期の短期持続的応答との相関がみられ、進行疾患の誘発を予想する第2選択および第3選択の化学療法の際にその割合が高まることを注記しておく。耐性突然変異は検出されなかった。患者DX138図4;これは感受性患者の例である。ベースラインにおいても療法中継続中においても血清においてEGFR突然変異は検出されていない。エルロチニブ療法下で患者の監視を続けているが、なお応答性である。これは、EGFRTK阻害剤による療法下にある無病患者における追跡調査疾患の再発に関するとしての試験値の例である。患者DX485図5;男性60歳、前喫煙者。診断時は進行性疾患。組織にはEGFR突然変異は無かったが、ベースライン時に血清には有り。検出に劇的な減少が見られ、これはGFRTK阻害剤に対する良好な応答と相関する。処置継続中。患者DX353図6;男性38歳、非喫煙者。組織にEGFR突然変異有り。ベースライン時に血清においては検出できなかった。良好な応答にもかかわらず、皮膚毒性のためにタルセバ商標の用量を推奨用量の1日150mgから1日50mgに減らした患者が他のセンターのその患者を担当する腫瘍学者と合意の上で決定。血清におけるEGFR突然変異の検出は、新たな肺病巣の誘発、すなわち、CEA発癌物質特異的抗原と相関がある。タルセバの用量は推奨用量に合わせた。血清におけるEGFR突然変異の検出の減少は、発現中の応答と相関がある。"