"DNA試料の供給源を同定するための方法であって、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f各組織および/または細胞型がDNAの供給源である尤度の決定に基づき、DNA試料の供給源を同定するステップとを含み、最大尤度を有する組織/細胞型が、DNA試料の供給源であると決定される方法。前記供給源が組織または細胞型である、請求項1に記載の方法。DNA消化および増幅が、1本の試験管における1回の生化学反応で行われる、請求項1に記載の方法。前記1本の試験管が、DNAテンプレート、消化および増幅酵素、バッファー、プライマーならびに付属成分を含む、請求項3に記載の方法。前記1本の試験管が、密閉され、サーマルサイクラーに置かれ、そこで1回の反応が行われる、請求項4に記載の方法。前記メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼが、その認識配列がメチル化されている場合、DNAを切断または消化できない、請求項1に記載の方法。前記メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼが、AatII、Acc65I、AccI、AciI、AClI、AfeI、AgeI、ApaI、ApaLI、AscI、AsiSI、AvaI、AvaII、BaeI、BanI、BbeI、BceAI、BcgI、BfuCI、BglI、BmgBI、BsaAI、BsaBI、BsaHI、BsaI、BseYI、BsiEI、BsiWI、BslI、BsmAI、BsmBI、BsmFI、BspDI、BsrBI、BsrFI、BssHII、BssKI、BstAPI、BstBI、BstUI、BstZ17I、Cac8I、ClaI、DpnI、DrdI、EaeI、EagI、Eagl-HF、EciI、EcoRI、EcoRI-HF、FauI、Fnu4HI、FseI、FspI、HaeII、HgaI、HhaI、HincII、HincII、HinfI、HinP1I、HpaI、HpaII、Hpy166ii、Hpy188iii、Hpy99I、HpyCH4IV、KasI、MluI、MmeI、MspA1I、MwoI、NaeI、NarI、NgoNIV、Nhe-HFI、NheI、NlaIV、NotI、NotI-HF、NruI、Nt.BbvCI、Nt.BsmAI、Nt.CviPII、PaeR7I、PleI、PmeI、PmlI、PshAI、PspOMI、PvuI、RsaI、RsrII、SacII、SalI、SalI-HF、Sau3AI、Sau96I、ScrFI、SfiI、SfoI、SgrAI、SmaI、SnaBI、TfiI、TscI、TseI、TspMIおよびZraIからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。前記メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼが、HhaIである、請求項7に記載の方法。前記メチル化依存性制限エンドヌクレアーゼが、メチル化DNAのみを消化する、請求項1に記載の方法。前記メチル化依存性制限エンドヌクレアーゼが、McrBC、McrAまたはMrrAである、請求項9に記載の方法。前記尤度が、ステップdのメチル化比を公知の組織/細胞型から増幅された同一座位の参照比とマッチさせることにより決定される、請求項1に記載の方法。前記組織および/または細胞型が、血液、唾液、精液または表皮である、請求項1に記載の方法。前記制限座位が、特定の組織および/または細胞型に対し別個のメチル化比を生じるように選ばれる、請求項1に記載の方法。前記DNA試料が哺乳類DNAである、請求項1に記載の方法。前記哺乳類DNAが、ヒト、類人猿、サル、ラット、マウス、ウサギ、ウシ、ブタ、ヒツジおよびウマからなる群から選択される哺乳類由来のDNAである、請求項14に記載の方法。前記哺乳類DNAがヒトDNAである、請求項14に記載の方法。前記ヒトDNAが男性由来のものである、請求項16に記載の方法。前記ヒトDNAが女性由来のものである、請求項16に記載の方法。前記増幅が蛍光標識されたプライマーを用いて行われる、請求項1に記載の方法。シグナル強度が、前記増幅産物をキャピラリー電気泳動により分離し、続いて蛍光シグナルを定量化することにより決定される、請求項1に記載の方法。シグナル強度の増幅および決定が、リアルタイムPCRによって行われる、請求項1に記載の方法。前記供給源が特定の生理学的/病理学的状態である、請求項1に記載の方法。前記供給源が特定の年齢または年齢層である、請求項1に記載の方法。前記供給源が男性である、請求項1に記載の方法。前記供給源が女性である、請求項1に記載の方法。血液、唾液、精液および皮膚の表皮から得られたDNA試料の間を識別するための方法であって、aDNA試料をHhaIにより消化するステップと、b消化されたDNAを、配列番号26~31に表記されている6種の座位のフォワードおよびリバースプライマーにより増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d全座位ペア組み合わせのメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、血液、唾液、精液および皮膚の表皮由来のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f血液、唾液、精液および皮膚の表皮のそれぞれがDNAの供給源である尤度を計算するステップと、を含み、最大尤度を有する組織/細胞型が、DNA試料の供給源であると決定される方法。血液における座位ペアの配列番号29/配列番号30の参照メチル化比が、約0.29である、請求項26に記載の方法。精液における座位ペアの配列番号29/配列番号30の参照メチル化比が、約2.8である、請求項26に記載の方法。表皮における座位ペアの配列番号29/配列番号30の参照メチル化比が、約0.78である、請求項26に記載の方法。aDNA消化および特定のゲノム座位のプライマーを用いた増幅のための1本の試験管と、b少なくとも1個のメチル化比を計算し、それを参照メチル化比と比較するための説明書とを含む、DNA試料の供給源を決定するためのキット。前記プライマーが、配列番号26~31に表記されている遺伝子座位のためのフォワードおよびリバースプライマーを含む、請求項30に記載のキット。aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した血液の尤度スコアに基づき、DNA試料が血液に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が血液に由来するか決定するための方法。aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した精液の尤度スコアに基づき、DNA試料が精液に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が精液に由来するか決定するための方法。aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した皮膚の表皮の尤度スコアに基づき、DNA試料が皮膚の表皮に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が皮膚の表皮に由来するか決定するための方法。aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した唾液の尤度スコアに基づき、DNA試料が唾液に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が唾液に由来するか決定するための方法。aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した唾液の尤度スコアに基づき、DNA試料が尿に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が尿に由来するか決定するための方法。aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した唾液の尤度スコアに基づき、DNA試料が月経血に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が月経血に由来するか決定するための方法。aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した唾液の尤度スコアに基づき、DNA試料が腟組織に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が腟組織に由来するか決定するための方法。aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、fDNAの供給源に寄与する各組織および/または細胞型の尤度を決定するステップと、gステップfにおいて得られた尤度に基づき、供給源DNAの組成を決定するステップとを含む、DNA試料の複数の供給源の組成を同定するための方法。前記DNA試料が、血液、精液、唾液、皮膚の表皮、尿、月経血、腟組織のうち1種類を超える組織に由来するDNAの混合物を含む、請求項39に記載の方法。細胞試料のメチル化プロファイルを作成するための方法であって、aDNAを細胞試料から単離し、それをメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップとを含み、計算されたメチル化比が、細胞試料のメチル化プロファイルを含む方法。細胞試料のメチル化プロファイルを、少なくとも1種類の細胞参照の公知のメチル化プロファイルと比較するステップと、プロファイルにおける類似性または相違性が、細胞試料の同一性または汚染状態を示すか決定するステップとを含む、請求項40に記載の方法。概要一態様において、細胞または細胞株から得られたDNA試料のメチル化プロファイリングのための方法であって、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比methylationratioを計算するステップとを含み、計算されたメチル化比複数可が、DNA試料のメチル化プロファイルを含む方法が提供される。別の一態様において、DNA試料の供給源を同定するための方法であって、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f各組織および/または細胞型がDNAの供給源である尤度likelihoodの決定に基づき、DNA試料の供給源を同定するステップとを含み、最大尤度を有する組織/細胞型がDNA試料の供給源であると決定される方法が提供される。一実施形態において、供給源は組織または細胞型である。別の一実施形態において、供給源は、特定の生理学的/病理学的状態である。別の一実施形態において、供給源は、特定の年齢または年齢層である。別の一実施形態において、供給源は男性maleである。別の一実施形態において、供給源は女性である。別の一実施形態において、DNA消化および増幅は、1本の試験管における1回の生化学反応で行われる。さらに別の一実施形態において、1本の試験管は、DNAテンプレート、消化および増幅酵素、バッファー、プライマーならびに付属成分を含む。さらにまた別の一実施形態において、1本の試験管は密閉され、サーマルサイクラーに置かれ、そこで1回の反応が行われる。別の一実施形態において、メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼは、その認識配列がメチル化されている場合、DNAを切断または消化できない。別の一実施形態において、メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼは、AatII、Acc65I、AccI、AciI、AClI、AfeI、AgeI、ApaI、ApaLI、AscI、AsiSI、AvaI、AvaII、BaeI、BanI、BbeI、BceAI、BcgI、BfuCI、BglI、BmgBI、BsaAI、BsaBI、BsaHI、BsaI、BseYI、BsiEI、BsiWI、BslI、BsmAI、BsmBI、BsmFI、BspDI、BsrBI、BsrFI、BssHII、BssKI、BstAPI、BstBI、BstUI、BstZ17I、Cac8I、ClaI、DpnI、DrdI、EaeI、EagI、Eagl-HF、EciI、EcoRI、EcoRI-HF、FauI、Fnu4HI、FseI、FspI、HaeII、HgaI、HhaI、HincII、HincII、HinfI、HinP1I、HpaI、HpaII、Hpy166ii、Hpy188iii、Hpy99I、HpyCH4IV、KasI、MluI、MmeI、MspA1I、MwoI、NaeI、NarI、NgoNIV、Nhe-HFI、NheI、NlaIV、NotI、NotI-HF、NruI、Nt.BbvCI、Nt.BsmAI、Nt.CviPII、PaeR7I、PleI、PmeI、PmlI、PshAI、PspOMI、PvuI、RsaI、RsrII、SacII、SalI、SalI-HF、Sau3AI、Sau96I、ScrFI、SfiI、SfoI、SgrAI、SmaI、SnaBI、TfiI、TscI、TseI、TspMIおよびZraIからなる群から選択される。さらに別の一実施形態において、メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼはHhaIである。別の一実施形態において、メチル化依存性制限エンドヌクレアーゼは、メチル化DNAのみを消化する。さらに別の一実施形態において、メチル化依存性制限エンドヌクレアーゼは、McrBC、McrAまたはMrrAである。別の一実施形態において、尤度は、ステップdのメチル化比を、公知の組織/細胞型から増幅された同一座位の参照比複数可とマッチさせることによって決定される。別の一実施形態において、組織および/または細胞型は、血液、唾液、精液または表皮である。別の一実施形態において、制限座位は、特定の組織および/または細胞型に対し別個のメチル化比を生じるよう選ばれる。別の一実施形態において、DNA試料は哺乳類DNAである。さらに別の一実施形態において、哺乳類DNAは、ヒト、類人猿、サル、ラット、マウス、ウサギ、ウシ、ブタ、ヒツジおよびウマから選択される哺乳類由来のDNAである。さらにまた別の一実施形態において、哺乳類DNAは、ヒトDNAである。さらになお別の一実施形態において、ヒトDNAは男性由来のものである。さらになお別の一実施形態において、ヒトDNAは女性由来のものである。別の一実施形態において、増幅ステップは、蛍光標識されたプライマーを用いて行われる。別の一実施形態において、シグナル強度は、前記増幅産物をキャピラリー電気泳動により分離し、続いて蛍光シグナルを定量化することによって決定される。別の一実施形態において、シグナル強度の増幅および決定は、リアルタイムPCRによって行われる。血液、唾液、精液および皮膚の表皮から得られたDNA試料の間を識別するための方法であって、aDNA試料をHhaIにより消化するステップと、b消化されたDNAを、配列番号26~31に表記されている6種の座位のフォワードおよびリバースプライマーにより増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d全座位ペア組み合わせのメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、血液、唾液、精液および皮膚の表皮由来のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f血液、唾液、精液および皮膚の表皮のそれぞれがDNAの供給源である尤度を計算するステップとを含み、最大尤度を有する組織/細胞型がDNA試料の供給源であると決定される方法が提供される。一実施形態において、血液における座位ペアの配列番号29/配列番号30の参照メチル化比は、約0.29である。別の一実施形態において、精液における座位ペアの配列番号29/配列番号30の参照メチル化比は、約2.8である。別の一実施形態において、表皮における座位ペアの配列番号29/配列番号30の参照メチル化比は、約0.78である。別の一態様において、aDNA消化および特定のゲノム座位genomiclociのためのプライマーを用いた増幅のための1本の試験管と、b少なくとも1個のメチル化比を計算し、それを参照メチル化比と比較するための説明書とを含む、DNA試料の供給源を決定するためのキットが提供される。一実施形態において、プライマーは、配列番号26~31に表記されている遺伝子座位geneticlociのためのフォワードおよびリバースプライマーを含む。別の一態様において、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した血液の尤度スコアに基づき、DNA試料が血液に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が血液に由来するか決定するための方法が提供される。別の一態様において、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した精液の尤度スコアに基づき、DNA試料が精液に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が精液に由来するか決定するための方法が提供される。別の一態様において、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した皮膚の表皮の尤度スコアに基づき、DNA試料が皮膚の表皮に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が皮膚の表皮に由来するか決定するための方法が提供される。別の一態様において、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した唾液の尤度スコアに基づき、DNA試料が唾液に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が唾液に由来するか決定するための方法が提供される。別の一態様において、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した唾液の尤度スコアに基づき、DNA試料が尿に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が尿に由来するか決定するための方法が提供される。別の一態様において、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した唾液の尤度スコアに基づき、DNA試料が月経血に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が月経血に由来するか決定するための方法が提供される。別の一態様において、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、f他の組織および/または細胞型の尤度スコアと比較した唾液の尤度スコアに基づき、DNA試料が腟組織に由来するか決定するステップとを含む、DNA試料が腟組織に由来するか決定するための方法が提供される。別の一態様において、aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化するステップと、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成するステップと、c各増幅産物のシグナル強度を決定するステップと、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算するステップと、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較するステップと、fDNAの供給源に寄与する各組織および/または細胞型の尤度を決定するステップと、gステップfにおいて得られた尤度に基づき、供給源DNAの組成を決定するステップとを含む、DNA試料の複数の供給源の組成を同定するための方法が提供される。一実施形態において、DNA試料は、血液、精液、唾液、皮膚の表皮、尿、月経血、腟組織のうち1種類を超える組織に由来するDNAの混合物を含む。詳細な説明本開示は、とりわけ、細胞の機能面が同一型の別の細胞と同一であるか異なるかを利用者に通知する、細胞型および細胞株特異的機能性プロファイルの作成に有用なメチル化プロファイリング方法に関する。本発明のメチル化プロファイリング技法のこの特定の用途は、既存の従来の細胞プロファイリング技法からでは得られない、あるいは推察できない特定の細胞試料に関する情報をもたらすため有益である。このメチル化プロファイリング技法は、メチル化、非メチル化および部分的にメチル化したゲノム領域にわたる座位の同定であるところの、本発明の別の技術側面を利用する。個々のメチル化座位状態が現在公知のものである座位のこのような収集は、任意の細胞試料のメチル化状態の調査およびプロファイリングに有用である。本明細書に記載されている通り、細胞試料の対応するメチル化プロファイルを作成することにより、試料から得られた細胞が、正常な健康細胞と同じ仕方で機能するか、すなわち同じ種類の細胞または細胞型の公知の試料と比較して正常なメチル化プロファイルを示すか、あるいは異なった、恐らくは異常なメチル化プロファイルを示すか決定することができる。同様に、試料から得られた細胞が、特定の器官または組織から得られた正常な健康細胞と同じ仕方で機能するか、すなわち器官または組織特異的メチル化プロファイルを示すか決定することができる。このように、本発明のメチル化プロファイリング技法は、特定の細胞試料の病原性または生理学的状態の決定に役立つ。特に、本明細書に記載されている本発明のメチル化比は、任意の数のゲノム座位のメチル化状態の比較解析から計算され、細胞試料の細胞起源、機能的同一性、年齢同定、生理学的プロファイリングおよび病理学的状態を決定するための細胞のメチル化プロファイルの作成に有用である。さらに、各事例において、メチル化プロファイリング技法は、得られたメチル化プロファイルが、例えば、別の細胞株または微生物増殖のいずれかによる混入細胞の存在を反映しているか、また、特定の細胞試料が誤同定されているかの確認に用いることもできる。細胞または細胞株のメチル化プロファイリングは、例えば、a細胞試料からDNAを単離し、それをメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化し、b消化された細胞DNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅し、これにより各制限座位の増幅産物を生成し、c各増幅産物のシグナル強度を決定し、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算することにより、本発明によって容易に得ることができる。計算されたメチル化比複数可は、該細胞試料から得られたDNA試料のメチル化プロファイルの一例である。プロファイルを同一起源および同一種の公知の細胞と、あるいは汚染されていない対応する細胞株由来の公知の細胞と比較することにより、そのメチル化プロファイルに基づき細胞試料の同一性や、例えば、公知の細胞と機能的に類似または同一であるか否かを決定することが可能である。従って、ヒト肝細胞株を購入、作成、あるいは改変して、本明細書に記載されている本細胞メチル化プロファイリング技法を用いて、公知の肝細胞参照プロファイルと比較した細胞株の機能的特徴を決定することができる。この点において、本発明の細胞メチル化プロファイリング方法は、後述する既存の細胞同定技法に優る数点の利点を有する。ヒトゲノムにおけるメチル化は、5-メチルシトシンの形態で生じ、配列CGの一部であるシトシン残基に限局する他の配列の一部であるシトシン残基はメチル化されない。ヒトゲノムにおける一部のCGジヌクレオチドがメチル化され、その他はメチル化されない。メチル化は、特異的なCGジヌクレオチドが特定の細胞においてメチル化され、同時に異なる細胞においては非メチル化され得るような、あるいは特定の組織においてメチル化され、同時に異なる組織においては非メチル化され得るような、細胞および組織特異的である。特異的座位におけるメチル化は、細胞毎に変動し得るため、複数の細胞、例えば法医学的試料から抽出されたDNAのメチル化状態を解析する場合、シグナルは混合されて、変動的な比率のメチル化および非メチル化シグナルの両方を示し得る。DNAメチル化データの検索または保存のため、様々なデータ源を利用でき、これらのデータは、例えばDNAメチル化データベースDNAMethylationDatabaseMetDBwww.methdb.netに一般公開されており容易に利用できる。本発明の細胞メチル化プロファイリング方法は、従来のプロファイリング体制に固有の問題を最小化し、効果的に排除するため、既存の細胞プロファイリング技法よりも有利advantagousである。第一に、上述の通り、メチル化プロファイリング技法は、メチル化座位レベルの決定に依存せず、むしろ2種のゲノム座位間のメチル化比を作成する本発明の概念を利用する。従って、先行技術方法とは異なり、本明細書に記載されている細胞メチル化プロファイルは、試料サイズに限定されない、あるいは解析される試料の量または含量の差の影響を受けない。よって、第二に、メチル化プロファイルは、参照細胞のメチル化プロファイルと比較して、由来する細胞または細胞株の同一性の検証に役立てることができる。例えば、2種の細胞株が同一個体から得られる場合、従来のDNAプロファイリングでは両者を識別できない。しかし、本発明の細胞メチル化プロファイリング技法は、該個体に由来する異なる組織からまたは異なる時点で得られた2種の細胞型を区別できる。第三に、本発明の細胞メチル化プロファイリング技法は、細胞株の機能的同一性の樹立に用いることができる。よって、この技法は、候補細胞株の細胞メチル化プロファイルが肝臓の細胞メチル化プロファイルと一致するか決定できるため、例えば、特定の候補細胞株が、肝臓のモデル細胞株としての使用に適切であるかの決定に用いることができる。第四に、細胞メチル化プロファイルは年齢と共に変化するため、細胞メチル化プロファイルは、DNA試料の年齢の決定に有用である。第五に、細胞メチル化プロファイルは、細胞または細胞株の生理学的状態の決定に有用である。例えば、メチル化プロファイルは、月経周期のいずれのステージにおいて、細胞およびDNA試料が個体から得られたかを表示することができる。第六に、また本明細書に記載されている通り、細胞メチル化プロファイルは、病理学的解析において、例えば組織が炎症等、様々なストレス要因に付されると、また、癌等、疾患によって負荷が与えられると生じる細胞および組織変化の同定に用いることができる。よって、任意の数のゲノム座位のメチル化状態の比較から計算された本発明のメチル化比を利用できる用途は、上に例示されている通り多数あり、細胞の起源、機能的同一性、年齢同定、生理学的プロファイリングおよび病理学的状態を決定するための細胞メチル化プロファイルの使用等が挙げられるが、これらに限定されない。メチル化プロファイリング技法は、得られたメチル化プロファイルが、例えば、別の細胞株による、あるいは望ましくない微生物増殖による混入細胞の存在を反映するかの確認に用いることもできる。本メチル化プロファイリング方法の追加的な利点は、特定のゲノム座位における実際のメチル化レベルを決定する従来のメチル化解析方法とは対照的に、本明細書に記載されている手法が、多くの場合、異なる個体間で高度に可変的なこのようなレベル決定に依存しないことである。その代わりに、細胞のゲノム座位の間の実際のメチル化レベルが可変性であっても、本発明のアッセイは、細胞型または細胞株の機能属性の指標としてのメチル化比の使用を可能にし、また、細胞試料の供給源、質および汚染状態の同定の補助も可能にする。従って、本細胞メチル化プロファイリングアッセイの根底を為す態様は、最終的に数的比率をもたらす、細胞から得られ消化されたDNA試料から増幅された少なくとも2種の座位のシグナルの比較である。次に、この比率は、検査細胞としての同一の型および種の純粋かつ汚染されていない細胞の参照比値と比較することができる。よって、一実施形態において、本技術は、1細胞培養物または細胞株由来の1または複数の細胞からDNAを得て、2細胞DNAをメチル化感受性および/またはメチル化依存性酵素により消化して、3消化されたDNAを座位特異的プライマーによりPCR増幅して、4座位特異的増幅産物のシグナル強度を測定して、メチル化比を決定することを企図する。2種の増幅産物間の数的比率が、公知の参照細胞から増幅された同一座位の参照比とマッチする、あるいは近似している場合、細胞試料の機能的信頼性、あるいは、例えば細胞または細胞株の試料が、試料のメチル化プロファイルを変質させる他のいずれかの細胞供給源によって汚染されているかについて結論することができる。本技法は、細胞試料のメチル化プロファイルを、少なくとも1種類の細胞参照の公知のメチル化プロファイルと比較するステップと、プロファイルの類似性または相違性が、細胞試料の機能的、生理学的または病理学的同一性を表示するか決定するステップとをさらに含むことができる。細胞参照とは、細胞試料のメチル化プロファイルと直接的に比較することができる公知かつ均等の細胞型、例えば肝臓、脳、肺、卵巣のメチル化プロファイル、あるいは細胞参照は、種々の異なる種、器官または癌等の病理学的疾患状態の公知のメチル化プロファイルのライブラリーを含み、その後に細胞試料と最も酷似したメチル化プロファイルを同定することができることのいずれかを意味する。よって、細胞株が得られ、例えばヒト肝細胞株と称する場合、本技法は、該ヒト肝細胞株のメチル化プロファイルを公知のヒト肝細胞株と比較して、得られたヒト肝細胞株の同一性または機能的同一性を確認または検証することができる。あるいは、未知の供給源の細胞試料の1または複数のメチル化プロファイルが得られ、様々な種、器官または病理学的疾患状態の公知のメチル化プロファイルのライブラリーと比較して、その起源を決定することができる。本明細書において、哺乳類、魚類、爬虫類、鳥類、細菌、微生物、両生類、昆虫、真菌、ウイルス、作物植物由来の細胞等が挙げられるがこれらに限定されない任意の種類の細胞が、本発明の技術によって解析できる。従って、本細胞プロファイリング技法は、例えば、ヒト細胞、ラット細胞、マウス細胞、サル細胞、霊長類細胞、ゼブラフィッシュ細胞、イヌ細胞、ネコ細胞、ウシ細胞、ウサギ細胞、ハムスター細胞の機能的同一性の確証に有用である。細胞プロファイリング技法は、肝細胞、腎細胞、膵細胞、肺細胞、心臓細胞、卵巣細胞、骨髄、脳細胞、乳腺細胞、舌細胞、網膜細胞、結腸細胞、頸部細胞、胚細胞および皮膚細胞の機能的信頼性等が挙げられるがこれらに限定されない、器官特異的細胞型の信頼性の確認または検証にも有用である。細胞プロファイリング技法は、メラノーマ細胞、神経膠芽腫細胞、白血病細胞、Bリンパ腫細胞、頭頚部癌細胞、神経芽細胞腫細胞、腺癌細胞、転移性リンパ節細胞、肝細胞腫細胞、T細胞白血病細胞、リンパ芽球様細胞、乳癌細胞、頸癌細胞ならびに他の種類の癌細胞および細胞株等が挙げられるがこれらに限定されない、特定の細胞の疾患または癌同一性の確認にも有用である。この点に関し、細胞、細胞培養物および細胞株という語句の使用は、本明細書に記載されている様々なプロファイリング方法の記載に関して互換的である。個体から直接的に培養された細胞は初代細胞であり、これは通常、一定回数の集団倍加の継代後に分裂を停止する。樹立または不死化細胞株は、無制限に増殖できる細胞株である。本発明の細胞メチル化プロファイリング技法は、このような単離細胞および細胞株のいずれかの機能的同一性、生理学的または病原性状態、信頼性、組織起源および汚染状態の確認に用いることができる。従って、本開示における、ある細胞または細胞株の言及は、他の細胞または細胞株における記載されている技法の使用の除外を限定せず、それを意味しないことを理解されたし。一般的な細胞株の例として、ヒトDU145、ヒトLncap、1つのおよびそのは複数形の言及を包含する。よって、例えば1つの核酸の言及は、1つまたは複数の核酸の言及である。本明細書において、用語アレルは、DNAセグメントに関連する遺伝的変種、すなわち、同一座位を占めるDNA配列の2種以上の代替形式のうち1種として企図されている。本明細書において、用語生物試料または検査試料は、対象に由来する任意の生物試料を意味するが、これに限定されない。試料は、核酸を適宜含有する。一部の実施形態において、試料は、対象から直接回収されず、環境、例えば、犯罪現場または強姦被害者から収集される。このような試料の例として、液体、組織、細胞試料、臓器、生検等が挙げられる。適切な試料は、血液、血漿、唾液、尿、精子、毛髪等である。生物試料は、血液滴、乾燥血痕、乾燥唾液斑、乾燥下着染み、タンポン、おむつにおける染み、衣類、デンタルフロス、耳垢、電気カミソリで切った毛、ガム、毛髪、舐めた封筒、爪、パラフィン包埋組織、死後組織、剃刀、歯、歯ブラシ、爪楊枝、乾燥臍帯であってもよい。ゲノムDNAは、本技術分野で公知の方法に従ってこのような試料から抽出することができる。本明細書において、用語キャピラリー電気泳動ヒストグラムまたは電気泳動図は、ゲノム座位から蛍光プライマーにより増幅されたPCR産物のキャピラリー電気泳動から得られたヒストグラムを意味する。本明細書において、用語メチル化されたは、血液、唾液、精液、表皮、鼻汁、頬側細胞、毛髪、切り取った爪、月経性排泄物、腟細胞、尿および糞便等、組織の細胞のDNAにおいて少なくとも80のレベルでメチル化されたことを意味する。本明細書において、用語部分的にメチル化されたは、血液、唾液、精液、表皮、鼻汁、頬側細胞、毛髪、切り取った爪、月経性排泄物、腟細胞、尿および糞便等、組織の細胞のDNAにおいて20~80の間のレベルでメチル化されたすなわち、DNA分子の20~80の間がメチル化されたことを意味する。本明細書において、用語非メチル化されたは、血液、唾液、精液、表皮、鼻汁、頬側細胞、毛髪、切り取った爪、月経性排泄物、腟細胞、尿、骨および糞便等、組織の細胞のDNAにおいて20未満のレベルでメチル化されたすなわち、DNA分子の20未満がメチル化されたことを意味する。本明細書に提供されている方法は、血液、唾液、精液、表皮、鼻汁、頬側細胞、毛髪、切り取った爪、月経性排泄物、腟細胞、尿、骨および糞便等、様々な組織および細胞型における核酸座位のメチル化および非メチル化型を識別することを示した。用語決定、測定、査定、アッセイおよび評価は、任意の形態の定量的または定性的測定を意味するよう互換的に用いられ、特徴、形質または特色が存在するか否かの決定を包含する。査定は、相対的であっても絶対的であってもよい。の存在の査定は、存在するあるものの量の決定と共に、それが存在するか不在であるかの決定を包含する。本明細書において、用語法医学的または科学捜査は、法制度にとって対象となる同一性問題の解決を目的とする広範囲の方法の適用を意味する。例えば、そのDNAが犯罪現場に残された証拠とマッチし得る容疑者候補の同定、犯罪の濡れ衣を着せられた人物の容疑を晴らすこと、犯罪および災害犠牲者の同定または父性その他の家族関係の確立である。用語座位locus複数形;lociは、遺伝子または他の遺伝的エレメントの染色体上の位置を意味する。座位は、該位置におけるDNAも意味し得る。所定の座位におけるDNA配列のバリアントをアレルと称する。座位のアレルは、相同染色体の同一部位に位置する。対照座位は、プロファイルの一部ではない座位である。対照座位は、プロファイル座位のように同時に制限座位となることができる。制限座位は、増幅され、その後に座位アンプリコンの一部となる制限酵素認識配列を含む座位である。本明細書において、用語天然のDNAまたは天然の核酸は、修飾または増幅されていない対象の細胞に直接的に由来する核酸を意味するがこれに限定されない。本明細書において、用語核酸は、ゲノムDNA、cDNA、hnRNA、mRNA、rRNA、tRNA、断片化された核酸およびミトコンドリア等の細胞内小器官から得られた核酸を意味するが、これらに限定されない。さらに、核酸として合成核酸またはinvitro転写産物が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において、用語核酸に基づく解析手順は、核酸の解析、例えば、DNAプロファイリングに基づく任意の同定手順を意味する。本明細書において、用語STRプライマーは、PCRによる生物試料から標的核酸配列の増幅に用いることのできる、任意の市販のまたは実験室製のヌクレオチドプライマーを意味する。およそ150万種の非CODISSTR座位が存在する。上述の非限定的な例は、次のウェブサイト、www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/str_ref.htmに掲示されており、これは現在、科学、法医学的およびそれらを越えるものに利用されているSTRの3156種の参照を含有する。発表されているプライマー配列に加えて、STRプライマーは、数百種のSTR座位を増幅するため例えば、ABIPrismリンケージマッピングセット-MD10-AppliedBiosystemsおよび数千種のSNP座位を増幅するため例えば、IlluminaBeadArrayリンケージマッピングパネルの市販のキットから得ることができる。本明細書において、用語CODISSTRプライマーは、FBIの複合DNAインデックス方式CombinedDNAIndexSystemによって命名された13種のコアSTR座位、特に、TH01、TPOX、CSF1PO、VWA、FGA、D3S1358、D5S818、D7S820、D13S317、D16S539、D8S1179、D18S51およびD21S11の反復配列ならびにアメロゲニン座位のうちいずれかを増幅するよう設計されたSTRプライマーを意味する。シグナル強度は、ゲノム座位の増幅産物に対応するシグナルの強度および/または量を意味する。例えば、キャピラリー電気泳動において、特定の座位のシグナル強度は、その対応するピークの相対蛍光単位rfuの数値である。メチル化比観察されたメチル化比とも言うは、座位ペア間の相対シグナル強度を意味する。メチル化比は、座位ペアにおける第一の座位のシグナル強度を該ペアにおける第二の座位のシグナル強度で割ることにより計算される。ペアにおける第二の座位のシグナル強度がゼロである場合、任意の低強度シグナルが割り当てられるゼロによる割り算を避けるため。他に表示がなければ、メチル化比は、未知の起源のDNA試料から計算される。参照メチル化比経験的メチル化比EmpiricalMethylationRatioとも言うは、参照DNAとも言う公知の供給源のDNAの試料から得られたメチル化比である。メチル化比と同様に、参照メチル化比は、例えば、座位ペアにおける第一の座位のシグナル強度を、該ペアにおける第二の座位のシグナル強度で割ることにより決定することができる。公知の供給源のDNAから参照メチル化比が決定されるため、ゲノム座位の様々なペア間の公知の比のライブラリーを作製することができる。確率スコアは、観察されたメチル化比を参照メチル化比と比較することによって計算される。ある特定のメチル化比におけるある特定のカテゴリー例えば、血液のためのある特定のDNA試料の確率スコアは、該カテゴリーの参照メチル化比の分布に対する観察されたメチル化比の相対位置に基づき、DNA試料が該カテゴリーに由来する尤度の測定を可能にする。各組織/細胞型の複合確率スコアCombinedProbabilityScoreは、例えば、単一の確率スコアの積のn乗根式中、nは、メチル化比の数であるを計算することにより、単一の確率スコアから計算することができる。尤度:組織/細胞型毎に、尤度スコアLSは、DNA試料が該組織/細胞型に由来する尤度を表す。各組織/細胞型の尤度スコアは、例えば、次の通り計算することができるLS組織=CPS組織/[全組織のCPSの合計]。A.DNA試料の選択および単離本開示は、その一態様において、DNA試料の組織/細胞型供給源を決定するための手法を提供する。例えば、未知の起源のDNA試料は、1または複数の生化学的ステップと、それに続くシグナル検出とを含む手順を経る。シグナル検出後に、シグナルは解析されて、DNA試料の供給源を決定する。これらの方法は、犯罪現場で発見された体液斑由来のDNAまたは未知の起源の癌性病変由来のDNAが挙げられるがこれらに限定されない、いずれかの問題DNA試料に利用される。生物試料からの核酸例えばDNAの単離は、本技術分野で公知の様々な方法例えば、Sambrookら、1989MolecularCloning:ALaboratoryManual、第2版、ColdSpringHarbor、ニューヨークを参照によって達成することができる。DNA試料の供給源の決定は、次節に記載する戦略等、様々な戦略を用いて達成することができる。本発明者らは、メチル化比プロファイルをDNA試料の供給源の決定に用いることができることを見出した。B.ゲノム座位のメチル化レベルを決定するための手法ゲノム座位のメチル化レベルを決定するために数通りの異なる方法が存在する。通常用いられる方法の例は、バイサルファイト配列決定、メチル化特異的PCRおよびメチル化感受性エンドヌクレアーゼ消化である。バイサルファイト配列決定。バイサルファイト配列決定は、バイサルファイト処理したDNAの配列決定によるそのメチル化パターンの決定である。この方法は、亜硫酸水素ナトリウムによるDNAの処理が、非メチル化シトシン残基のウラシルへの転換をもたらすが、メチル化シトシン残基には影響しないとの事実に基づく。亜硫酸水素ナトリウムによる転換の後、DNAの特異的領域がPCRによって増幅され、PCR産物が配列決定される。ポリメラーゼ連鎖反応において、ウラシル残基がチミン残基であるかのように増幅されるため、本来のDNAにおける非メチル化シトシン残基は、配列決定されたPCR産物においてチミン残基として現れ、一方、本来のDNAにおけるメチル化シトシン残基は、配列決定されたPCR産物においてシトシン残基として現れる。メチル化特異的PCR:メチル化特異的PCRは、バイサルファイト配列決定と同じくバイサルファイト処理したDNAにおいて行われるが、対象ゲノム領域の配列決定の必要を回避したメチル化解析方法である。その代わりに、バイサルファイト処理したDNAにおける選択された領域は、同一ゲノム標的とアニールするよう設計された2セットのプライマーを用いたPCRによって増幅される。プライマー対は、非転換5-メチルシトシンのみを補完する配列を含むことによりメチル化特異的となるよう、あるいは逆に、非メチル化シトシンから転換されたチミンを補完する非メチル化特異的となるよう設計される。メチル化は、増幅達成における異なるプライマー対の相対効率によって決定される。本開示に鑑みて、メチル化特異的PCRが、PCRによって増幅された全ゲノム領域ではなく、プライマー配列のみにおけるCGジヌクレオチドのメチル化レベルを決定することを理解されたし。従って、増幅された配列に存在するが、プライマー配列には存在しないCGジヌクレオチドは、CG座位に含まれない。メチル化感受性エンドヌクレアーゼ消化:メチル化感受性エンドヌクレアーゼによるDNAの消化は、バイサルファイト転換を行う必要なくゲノムDNAに直接的に適用できるメチル化解析のための方法を表す。この方法は、メチル化感受性エンドヌクレアーゼが、非メチル化DNAのみを消化し、一方、メチル化DNAはインタクトに維持するとの事実に基づく。消化後に、DNAは、ゲル電気泳動および特異的座位のPCR増幅等、種々の方法によりメチル化レベルを解析することができる。メチル化感受性エンドヌクレアーゼ消化において、各CG座位は、本手順に用いられるメチル化感受性制限エンドヌクレアーゼの認識配列の一部である1または複数のCGジヌクレオチドを有する。増幅されたゲノム領域に存在するが、エンドヌクレアーゼの認識配列に存在しないCGジヌクレオチドは、CG座位に含まれない。一実施形態において、検出される1または複数のCG座位は、天然のDNAにおいて部分的にメチル化されているが、人工DNAにおいては非メチル化されている。部分的メチル化は、照合された位置にTおよびCの混合物を生じると予想される。ハイブリダイゼーションは、ヘテロ接合性SNPの検出と同様に、T特異的プローブ/プライマーおよびC特異的プローブ/プライマーの両方に対し観察される。相対量のハイブリダイゼーションは、相対量のメチル化の決定に用いることができる。あるいは、CおよびTの両方は、バイサルファイト配列決定により観察される。あるいは、メチル化または部分的にメチル化されたCG座位の増幅産物に対応する蛍光シグナルを検出することができる。C.メチル化比アッセイ上述の通り、本開示の特定の一アッセイは、制限消化されたDNAのポリメラーゼ連鎖反応によって生成された座位特異的増幅産物ペアのシグナル強度の定量的比較に関与する。例えば、図1および図2を参照されたい。強度の数的比率により、DNA試料の組織/細胞型供給源の同定が可能になる。例えば、一実施形態において、座位1および座位2は、蛍光標識プライマーを用いて増幅し、電気泳動により分離することができ、シグナル強度は、該座位に対応するピークの相対蛍光単位である。例えば、図3を参照されたい。シグナル強度は、供給源DNAテンプレートから座位1および座位2の増幅の成功度に対応するであろう。2種の増幅産物間のrfuを比較することにより、別の増幅産物よりも多いまたは少ない増幅産物が存在するかを反映する比率を計算することができる。しかし、その上、本アッセイの一態様は、様々な種類の組織/細胞型の予想されるメチル化比の予めの決定を包含する。よって、解析に付されるテンプレートDNAは、先ず、PCR増幅プロトコールのサイクルを経る前にメチル化感受性制限エンドヌクレアーゼにより消化される。両方のプライマー対が同様の増幅効率を有する必要も、絶対メチル化レベルの知識を有する必要もない。観察されたメチル化比と特異的組織/細胞型とを相関させることができるようにするために、当業者は、観察された比率と公知起源のDNA試料から経験的に得られた比率とを比較することができる。この前提により、本アッセイは、DNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性酵素により消化するステップと、消化されたDNAのPCR増幅反応を行うステップと、座位特異的増幅産物のシグナル強度を決定するステップとを含む。記載されている通り、シグナル強度は、蛍光PCRを用いることにより定量化または測定することができる。2種の増幅産物間の数的比率が、公知の組織/細胞型から増幅された同一座位の参照比の比率とマッチまたは近似する場合、検査DNA試料は、該組織/細胞型であると決定される。この特定のメチル化比アッセイは、選択された座位の絶対メチル化画分またはレベルの測定値の同定または取得に依存しない。その上、この特定のメチル化比アッセイは、用いたプライマー対の効率に依存せず、この両方のプライマー対が同様の効率を有する必要がなく、インプットテンプレートDNAの量に依存せず、特定のサーモサイクラー装置および反応条件に依存しない。むしろ、本アッセイは、異なる座位におけるメチル化レベルの比率に対応する2種のシグナル間の比率を決定する。この方式によると、試料における出発DNA材料の含量または濃度は、解析と無関係であり、アウトプット結果を歪めない。すなわち、PCRのテンプレートとしていかなる量のDNAが用いられるかにかかわらず、また、PCRサーモサイクラーにおいて実施される増幅サイクル数にかかわらず、第一の座位および第二の座位の間のシグナルレベルの比率は一定を維持するであろう。例えば、座位1および2の間のメチル化比10は、インプットDNAが、メチル化レベル0.9および0.09を表すにしろ、0.5および0.05等を表すにしろ、同じ値を維持するであろう。本開示のメチル化比アッセイは、メチル化を解析するための他のアプローチに優る数点の利点を有する。例えば、本アッセイは、メチル化レベルの絶対定量化に依存する場合、固有の様々なノイズ要因に対し非感受性であるが、この理由として、このような定量化は、ノイズに対し感受性であり、テンプレートDNA濃度、サーモサイクラーのメーカー、PCR条件および阻害剤の存在の変化の結果変動するためである。それに対し、解析された座位が同一反応において同時増幅され、従ってこのような不同性の効果の影響下にあるため、本発明において計算されるメチル化比は、このような要因に対し非感受性である。よって、本手法は、ゲノム標的またはアンプリコンの絶対的定量化を必要とせず、本アッセイは、検量線またはいかなる外部対照も必要としない単一の独立型反応である。メチル化比アッセイは、1回の生化学反応において極少量のDNAで行うことができ、従って、例えばDNA試料の組織/細胞型供給源を樹立するための安価で、迅速で、強力な方法である。本方法の設計の重要な特色は、1回の生化学反応においてDNAプロファイリング等、他のPCRに基づく手順と組み合わせることができることである。その上、本アッセイは、有用な生物学的情報を検出することができ、実際のメチル化レベルの単純決定が失敗した場合にDNAの供給源を同定する役割を果たすことができる。本アッセイは、異なる個体間で相対的に一定な試料間のメチル化比に依存し、異なる個体間で非常に顕著に変動する任意の特定の座位の実際のメチル化レベルに依存しない。従って、本アッセイは、一例として、異なるDNA供給源の間の区別に用いられ得る数的比率の形態の有用な生化学的マーカーを提供する。この例示的なアッセイのより具体的な詳細を下に記す。1座位特異的増幅のためのプライマー従って、本開示の一態様は、蛍光PCRから生成されたDNA座位の増幅産物のシグナル強度を互いに比較して、座位ペア間、例えば、座位1対座位2、座位1対座位3、座位1対座位4、座位2対座位3、座位2対座位4等の比率を計算した、メチル化比MRを得ることに関する。本技法が、DNA試料の供給源の決定に用いられる場合、メチル化比増幅反応において用いられるプライマーは、様々な組織/細胞型において差次的にメチル化された座位のペアを増幅するよう選ばれる。プライマーの2組のペア第一のペアおよび第二のペアのいずれを2種の座位1および2の増幅に用いるか選択するための一考察は、様々な組織/細胞型における2種の座位の差次的なメチル化の度合いである。よって、例えば、そのメチル化比がある組織/細胞型において1を超え、他の全組織/細胞型において1未満である座位のペアは、メチル化比増幅アッセイのためのプライマーの設計に用いることができる。2増幅のための座位の選択ゲノム座位のペアが本手法において用いられるための唯一の要件は、それぞれが、メチル化感受性/依存性酵素例えば、HhaIの場合はGCGCのための少なくとも1種類の認識配列を含有し、メチル化比が、全組織/細胞型にわたって均一でないことである。座位に関する他の要件はない。特に、座位は、例えば任意の特定の染色体またはゲノム位置に位置する必要がなく、特定の長さである必要はなく、ゲノムにおいてシングルコピーである必然性がない。特定のエンドヌクレアーゼのための認識配列を見出すため、当業者は、任意の所望のゲノムをダウンロードし、ゲノムの一続きの配列全体における認識配列の部分列の位置である例えば、HhaIに対しGCGC、任意の特定のエンドヌクレアーゼの位置を発見することができる。そのメチル化比が異なる組織/細胞型において均一であると予想されない、従って情報価値があるゲノム座位の候補ペアを同定するため、当業者は、ゲノム座位をランダムに選び、アッセイに対するそれらの有用性を経験的に検査する、あるいは異なる組織/細胞型における特定のゲノム領域の差次的なメチル化に関する発表データを検索することができる。Eckhardtら、DNAmethylationprofilingofhumanchromosomes6,20and222006、NatureGenetics38、1378~1385およびStraussmanら、DevelopmentalprogrammingofCpGislandmethylationprofilesinthehumangenome2009、NatureStructuralandMolecularBiology16、564~571を参照されたい。様々なゲノム領域におけるメチル化レベルに関する発表データが存在する。しかし、メチル化レベルそれ自体は、本明細書に記載されているアッセイの文脈において無意味であり、メチル化比に関する発表データは存在しない。メチル化比は、メチル化レベルに関するデータから理論的に推定することができるが、実際には、本アッセイの文脈において、これは実行可能ではない。その理由として、1発表されたメチル化レベルは、定量的ではなくむしろ定性的でありすなわち、メチル化対非メチル化、数的な値が必要とされる比率のためのものであり、2組織間のメチル化レベルは、特異的CGではなくむしろ領域数個のCGを含有のメチル化に関するからである。例えば、Straussmanらにおいて、多くのCGを含有するアイランド2は、精液よりも血液においてよりメチル化されていると報告された。しかし、この結果は、該アイランド内の任意の特異的CGが、精液に対し血液においてよりメチル化されていることを意味せず、従って、任意の特異的CGに対しメチル化比を経験的にチェックする必要がある。3既存のデータは、少量の試料セットかプールされたDNA由来のいずれかであり、いずれの場合においても、これは、ヒト集団全体に関する統計的結論を導くには不十分である。メチル化比は、統計的有意性に達するのに十分に大規模に多くの個体から得られるべきである。選ばれるゲノム座位は、いかなる長さであってもよいが、より短いアンプリコンは分解DNAにおいてインタクトである可能性があるため、相対的に短いアンプリコンほぼ100bp未満を用いることが有利である。その上、アッセイが、DNAプロファイリングと併せた使用を対象とする場合、このような短いアンプリコンは、そのサイズがDNAプロファイリングに通常用いられる断片のサイズと重複しないため、有用となり得る。3メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼ本手法の第二の考察は、メチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼによって切断または消化される、あるいは切断または消化されない座位の選択である。エンドヌクレアーゼは、例えば、該座位におけるその認識配列がメチル化されているとDNA鎖を切断できなければ選択される。よって、メチル化されている座位1と、メチル化されていない座位2に関して、HhaIまたはHpaII等のエンドヌクレアーゼは、座位1を消化しないが、座位2を消化するであろう。従って、メチル化比アッセイにおける増幅のための座位の選択は、各座位内のメチル化感受性制限エンドヌクレアーゼ認識配列の存在を考慮することもできる。従って、先述に鑑み、適切な座位ペアの例示的な特徴は、A異なる組織/細胞型におけるそれらの比較メチル化比と、Bどちらの座位も、同一メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼによって認識される少なくとも1個の認識配列を含有することとを含む。別の一実施形態において、各座位は、短い縦列反復配列STRをさらに含む。続いて、フォワードおよびリバースプライマーは、座位の認識配列に隣接するDNA領域とアニールするよう設計することができる。従って、メチル化感受性酵素の場合、座位がメチル化されている場合、座位はA消化されないがB増幅されるであろう。逆に、座位が非メチル化されている場合、座位はA消化されるがB増幅されないであろう。メチル化依存性酵素の場合、状況はその逆である。4参照分布の作成参照分布は、公知の供給源のDNAの試料から得られたメチル化比の分布である。例えば、SEQ26/SEQ31の唾液における参照分布は、異なる50個体から得られた唾液試料から観察計算された50種のSEQ26/SEQ31メチル化比からなることができる。よって、異なる組織/細胞型の参照比を考案するため、当業者は、例えば、1それぞれエンドヌクレアーゼメチル化感受性またはメチル化依存性のいずれかの認識配列を含有し、異なる組織/細胞型にわたって不均一なメチル化比であることが公知の座位のペアを同定し、2公知の組織/細胞型由来のDNAの試料を消化し、3第一および第二の座位を増幅するよう設計されたPCRプライマーによりPCR増幅反応を行い、4増幅シグナル強度を決定することができる。次に、メチル化比は、第一の座位増幅産物の強度を第二の座位増幅産物で割ることにより、あるいはその逆により計算される。増幅が蛍光PCRにより行われる場合、各増幅産物のシグナル強度を容易に測定し、その相対蛍光単位rfuの単位で報告することができる。この場合、メチル化比は、第一の座位増幅産物のrfu数値を第二の座位増幅産物のrfuで割って、参照DNA試料由来の2個の公知の選択された座位間のメチル化比を反映する単一の数字を算出することによって得られる。蛍光シグナルの測定は自動的に行うことができ、シグナル強度比の計算はコンピュータソフトウェアによって行われる。0による割り算の問題を回避するため、分母のシグナルが0となる場合、これに小さな正の値を任意に割り当ててよい。先述は、いかにして当業者が、公知の組織/細胞型のDNAから選択される2種の座位間のメチル化比を系統的に決定し得るかの一例である。これを為すため、当業者は、ゲノム座位の様々な公知のペア間の公知の比率のライブラリーを作成することができる。5DNAの組織/細胞型供給源の決定当業者は、例えば、次の通りにメチル化比のリストから最も可能性の高い供給源組織/細胞型を決定することができる。1.観察されたメチル化比それぞれにつき、組織/細胞型毎に1個の確率スコア0~1の間を計算する。特定の組織の確率スコアを計算する仕方の一つは、次の通りである。1マイナス2掛ける0.5と観察されたメチル化比における該組織/細胞型の対応する参照分布の累積分布関数値との間の絶対差。これは、観察されたメチル化比と特異的参照分布の平均との近さを測定する。2.組織/細胞型毎に、次の通り、該組織/細胞型の全確率スコアに基づいて複合確率スコアCPSを計算する。CPS=全確率スコアの積のn乗根式中、nは、確率スコアの数3.組織/細胞型毎に、次の通り尤度スコアLSを計算する。LS組織=CPS組織/[全組織のCPSの合計]4.最も可能性の高い組織は、最高尤度スコアの組織である。6キャピラリー電気泳動解析の速さは、例えば、標的座位の複数のペアの増幅から生成された多数の増幅産物を分離するためのキャピラリー電気泳動の使用を考慮することにより明らかである。上述の通り、本メチル化比アッセイは、複数の座位に対して行うことができ、いずれの場合においても、メチル化比は、各座位ペアに対して別個に計算される。例えば、反応において4種の座位A、B、C、Dが同時増幅される場合、6通りの異なるメチル化比、すなわち、A/B、A/C、A/D、B/C、B/D、C/Dを計算できる。従って、n種の座位が同時増幅される場合、n2-n/2通りの異なる比率を計算できる。従って、本メチル化アッセイによってもたらされる情報量は、解析される座位の数に伴い指数関数的に上昇する。キャピラリー電気泳動は、リアルタイムPCR増幅方法とは対照的に、1回の実験で多数の座位の間を識別できる。例えば、DNAプロファイリングのため、特定のDNA試料から17種のゲノム座位がルーチンに同時増幅され、同時解析される。その結果、全17座位における本メチル化比アッセイの実行は、136通りの独立したメチル化比を生じる。リアルタイムPCRは、136通りの比率を生じるのに必要な数の個別の増幅産物を1回の反応で同時に識別できない。リアルタイムPCRによって約4種の座位を識別できるが、これは、6通りの比率の計算にしか対応しない。それに対し、キャピラリー電気泳動は、17種の座位の全ペア並べ替えから増幅産物を容易に分離でき、従って、1回の反応で全136通りのメチル化比を同時計算するためのデータを容易に作成することができる。理論的に、数百種の座位を同時に実験し、1回のキャピラリー電気泳動で分離することができる。7座位、プライマーおよび市販のプロファイリングキット本開示に従って、メチル化比を計算するためにいずれの座位ペアを用いてもよい。本明細書の他の部分に記されている通り、適切な座位ペアの例示的な特徴は、A異なる組織において不均一なメチル化比を示すことと、Bどちらの座位も、同一メチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼによって認識される少なくとも1種類の認識配列を含有することと、必要に応じて、C各座位が短い縦列反復STR配列を含有することとを含む。DNAプロファイリングに用いられ、本方法において用いることのできる座位のコレクションの一例は、米国連邦捜査局FBIの複合DNAインデックス方式CODISである。ここに本明細書の一部を構成するものとして援用するwww.fbi.gov/hq/lab/html/codis1.htmを参照されたい。CODISは、短い縦列反復STRコア配列を含有するヒトゲノムから同定された13種の座位のコレクションである。STRは、ヌクレオチドの二量体、三量体、四量体、五量体および六量体型縦列反復を含み得る。米国特許第5,843,647号明細書単純縦列反復を参照されたい。CODIS座位は、D16S539配列番号1、D7S820配列番号2、D13S317配列番号3、D5S818配列番号4、CSF1PO配列番号5、TPOX配列番号6、TH01配列番号7、vWA配列番号8、FGA配列番号9、D21S11配列番号10、D8S1179配列番号11、D18S51配列番号12およびD3S1358配列番号13として知られている。配列番号1~13は、本明細書に提供されている。CODISコレクションに含まれていないが、本開示において用いることのできる他の座位として、PentaD配列番号14、PentaE配列番号15およびアメロゲニン配列番号16および17;ならびにD2S1338配列番号18、D19S433配列番号19、ACTBP2SE33配列番号20、D10S1248配列番号21、D1S1656配列番号22、D22S1045配列番号23、D2S441配列番号24およびD12S391配列番号25が挙げられるが、これらに限定されない。DNAプロファイリング解析用に販売される市販のキットは、全CODISおよび一部の非CODIS座位を増幅するよう設計されたPCR増幅プライマーを提供する。Promega社のPowerPlex登録商標16DNAプロファイリングシリーズは、PentaE、D18S51、D21S11、TH01、D3S1358、FGA、TPOX、D8S1179、vWA、アメロゲニン、PentaD、CSF1PO、D16S539、D7S820、D13S317およびD5S818として同定された16種の座位を増幅するための市販のプライマーコレクションの一例である。ここに本明細書の一部を構成するものとして援用するwww.promega.com/applications/hmnid/productprofiles/pp16/を参照されたい。PowerPlex登録商標16キットは、欧州警察ネットワーク、INTERPOL、欧州鑑識科学機構ENFSI、GITADイベロアメリカDNA解析ワーキンググループGrupoIberoamericanodeTrabajoenAnalisisdeDNAおよび米国連邦捜査局FBIによる法医学的DNAプロファイリング用途に認可されているため、特に有用である。下でより詳細に説明する通り、本開示は、キット内に含有されていない追加的な座位を増幅するための1または複数のプライマーと併せた、PowerPlex登録商標16プロファイリングキット等のキットの使用を包含する。非限定的な例として、様々な組織/細胞型において差次的にメチル化されていることが知られているため、これらの追加的な座位を選択することができる。このような追加的な座位の例として、配列番号26~31が挙げられるが、これらに限定されない。よって、本明細書に記載されているメチル化比アッセイを踏まえて、当業者であれば、これらの座位における非メチル化HhaI制限部位の適切な結合および切断のために、HhaI等のメチル化感受性酵素を想定するであろう。本開示の別の一態様において、特定の座位または座位ペアの配列またはメチル化特徴に関する従前の知識は、本明細書に記載されているアッセイの実施に必須ではない。すなわち、本開示のアッセイは、座位のランダムな選択と、それに続く制限消化されたDNA試料から増幅されたランダム座位ペアの比較により、例えば、DNA試料の組織/細胞型供給源を表示する対照または閾値の比率値に対し比較できる比率を得ることを包含する。D.CODIS、キットおよびメチル化アッセイの組み合わせ従って、CODISまたはPowerPlex登録商標16キットと追加的な座位との組み合わせは、DNA試料の同時プロファイルおよび試料の組織/細胞型供給源の決定を可能にする。例えば、本手法は、DNA試料のHhaIによる消化と、配列番号26~31由来の座位のプライマーを加えたPowerPlex登録商標16キットによるDNAの増幅とを企図する。上述の通り、座位配列番号26~31の解析は、DNA試料の組織/細胞型供給源の決定をもたらし、一方、プロファイリング座位例えば、PowerPlex16座位の解析は、DNAプロファイルの決定をもたらすであろう。よって、本発明の技術の強力な一態様は、特定の対象のDNAのプロファイルを超える、既存の市販のDNAプロファイリングキットの有用性を変換および拡大するその能力である。メチル化比アッセイ等、本明細書に開示されている本発明のアッセイと、例えば、PowerPlex登録商標16キットとの組み合わせは、利用者によるプロファイルされたDNAの検査およびDNAの組織/細胞型供給源の決定を可能にする。1DNAプロファイリングキットDNA試料の組織/細胞型供給源も決定するためのその有用性が増強され得るDNAプロファイリングキットの他の例として、SGM、SGM、AmpFlSTRIdentifiler、AmpFlSTRProfiler、AmpFlSTRProfilerPlus、AmpFlSTRProfilerPlusID、AmpFlSTRSEfiler、AmpFlSTRSEfilerPlus、AmpFlSTRCofiler、AmpFlSTRIdentifilerDirect、AmpFlSTRIdentifilerPlus、AmpFlSTRNGM、AmpFlSTRY-filer、AmpFlSTRMinifiler、PowerPlex1.1、PowerPlex2.1、PowerPlex16、PowerPlexES、PowerPlexESX16、PowerPlexESI16、PowerPlexESX17およびPowerPlexESI17が挙げられるが、これらに限定されない。2配列プロファイリングに通常用いられる様々なCODIS、PowerPlex登録商標16および他の座位のための本明細書に提供されている配列、すなわち、配列番号1~25は、1全シトシン-グアニンCGジヌクレオチドの位置と、2該特定の座位のメチル化感受性およびメチル化依存性制限酵素プロファイルとを決定するために本明細書において解析された。従って、本願の本文中に含まれる配列リストは、比率生成アッセイ方法を踏まえて用いることのできる、特定のメチル化感受性およびメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼの同定に関する指針を当業者に提供する。本明細書に提供されている配列情報により、当業者は、CGおよび制限部位に隣接する選択された座位の領域とアニールするフォワードおよびリバース増幅プライマーを設計することもできる。よって、市販のプライマーの使用および入手可能性は、本信頼アッセイの実施のためのより簡便かつ費用効果の優れたオプションとなり得るが、本開示は、これらの市販のプライマーのみを用いた例えばCODIS座位の増幅に限定されない。3スキースロープスキースロープテールに類似する。このアーチファクトは、いくつかの要因、例えば、試料のオーバーロードPCRにおける過剰のDNAテンプレートまたは分解DNAによってもたらされ得る。本アッセイは、正規化ステップを行うことにより、メチル化比の計算においてこのアーチファクトを補正する。通常、正規化プロセスは、1座位サブセット由来の試料の線形適合の取得と、21において得られた線形適合に対する全ピーク値の正規化と、3正規化されたピーク値に基づくメチル化比の計算とを伴う。本明細書において、PowerPlex登録商標16における線形適合の計算に用いた特異的座位を、D3S1358、TH01、D21S11、Penta_Eとして決定した。いずれの座位サブセットが線形適合の計算に有用であるか決定するための判断基準は、座位が、検査された性質に対し情報価値がないか否かである。特に、この座位は、アッセイに用いられる制限酵素の認識配列を含有するべきではなく、さもなければ、全ての関連する組織において類似のメチル化比を有するべきである。例えば、PowerPlex16キットに関し、本明細書において、このサブセットが、座位D3S1358、TH01、D21S11、Penta_Eからなることが判明した。座位サブセットが決定されると、例えば、この特定の座位サブセットの相対蛍光単位rfuシグナルにおける最小二乗法の実行により、線形適合を計算することができる。その後、例えば、ピークのrfuを同じX軸座標サイズ、bpにおける線形適合の値で割ることにより、ピーク値の正規化を達成できる。例えば、図4を参照されたい。4アルゴリズムおよびソフトウェア一実施形態において、メチル化比の計算は、キャピラリー電気泳動装置において泳動される蛍光PCRの増幅産物のシグナル強度の解析に基づき行われる。キャピラリー電気泳動装置のアウトプットは、バイナリーコンピュータファイルAppliedBiosystemsキャピラリー電気泳動装置の場合、例えばFSAファイルである。このファイルは、各サンプリング時点の関数としての各フルオロフォアの相対蛍光単位であるチャネルデータ等、キャピラリー電気泳動の実行に関する情報を含む。本開示は、キャピラリー電気泳動装置の実行のアウトプットであるファイルをインプットとして受け付ける、その増幅産物がキャピラリー電気泳動装置において泳動される座位セットの蛍光強度を計算するソフトウェアプログラムについても記載する。これらの強度に基づき、ソフトウェアは、それに対し比率が計算されると定義された所定の座位ペアのセットに基づきメチル化比を計算する。最後に、ソフトウェアは、DNA試料の供給源として最も可能性の高い組織/細胞型をアウトプットする。次に、ソフトウェアプログラムによって実行されるこの解析の図式を記す1.各フルオロフォアのチャネルデータを読み取る。この操作は、キャピラリー電気泳動アウトプットファイルにチャネルデータがコード化された特定フォーマットの知識を必要とする。FSAファイルの場合、フォーマットは、AppliedBiosystemsによって作成された文書www.appliedbiosystems.com/support/software_community/ABIF_File_Format.pdfにおいてオンライン入手できるにおいて詳細に説明されており、当業者であれば、コンピュータプログラムを作成して、このファイルからチャネルデータおよび泳動に関する他の情報を得ることができる。2.各フルオロフォアのチャネルデータのベースライン低下を行う。各フルオロフォアは、基底蛍光強度レベルを有し、これは、該フルオロフォアによって標識された増幅産物が、ある特定のデータポイントで検出されない場合であっても、該フルオロフォアのrfuレベルは、該データポイントでゼロ以外のものとなることを意味する。補正解析を行うため、全時点においてベースラインレベルをrfuレベルから低下させることにより、各フルオロフォアのベースラインレベルを取り除く必要がある。例えば、該フルオロフォアの増幅産物がない泳動の一部において該フルオロフォアのrfuレベルを平均することによって、各フルオロフォアのベースラインレベルを得ることができる。通常、キャピラリー電気泳動の多くは増幅産物を欠くため、このような領域を見出すことは、当業者とって困難な仕事ではない。3.フルオロフォア間のスペクトル重複を取り除く。キャピラリー電気泳動において用いられる蛍光色素は、それぞれ別個の最大発光波長を有するが、それにもかかわらず、蛍光色素は重複する発光スペクトルを有する。この事実は、ある特定の色素が、他の色素を引き出しpull-up、他の色素におけるアーチファクトなrfuレベルを生じることを意味する。補正解析を行うため、このような引き出しの除去が必要とされる。この操作は、引き出しのnnマトリクス式中、nは色素の数であるを理解することにより行うことができ、i,jエレメントは、色素iが色素jを引き出す分率である。このマトリクスは、スペクトルキャリブレーション手順でキャピラリー電気泳動装置において色素セットを泳動することにより得ることができる。4.検出ピーク。チャネルデータのある特定の部分は、それぞれ特異的増幅産物に対応するピークシグナルである。増幅産物は、例えば、プロファイリング座位、対照座位のアレルまたは検量線のピークに対応し得る。キャピラリー電気泳動データにおけるピークは、その検出を可能にする別個のパターンを有し、当業者は、この別個のパターンを理解している。これに基づき、ピーク検出のアルゴリズムを設計できる。このようなピーク検出アルゴリズムの一例は次の通りである。全局所極大すなわち、rfuレベルが、2個の隣接データポイント両方のrfuレベルを超えるデータポイントを検出し、このような局所極大のそれぞれを、局所極大ポイントにおけるrfuレベルと等しい高さのピークとして定義する。局所極大の全てがピークに対応する訳ではないため、過剰なピークを除去する必要がある。過剰なピークを除去する仕方の一つは、例えば、ピークが、そのごく近傍そのX隣接データポイント内において最高rfuレベルでなければならないとの着想に基づく。これに基づき、過剰なピークは、全ピークにわたりこれを行い、別のより高いピーク近傍のXデータポイントXは、ある所定のパラメータ内の任意のピークを除去することにより取り除かれる。5.塩基対サイズをピークに割り当てる。フルオロフォア毎のチャネルデータは、データポイントの関数としてのrfuレベルのセットとして得られる。データポイントは、塩基対と相関するが、両者の間で相関する正確な関数を決定する必要がある。この目的のため、試料増幅産物その長さは未知と共に、検量線公知の塩基対長の増幅産物のセットを実験する。検量線ピークに基づき、データポイントおよび塩基対と相関する適合を得る。この適合は、本技術分野で公知の数通りの方法のうちの一方法を用いて、例えば、最小二乗法を用いて得ることができる。適合が得られると、全検出ピークは、その塩基対サイズを割り当てられる。6.解析に用いた座位のシグナル強度を得る。解析された座位それぞれの予想されるサイズは、事前に知られている。座位は、多型であってよく例えば、プロファイリングに用いられるように、この場合、その予想されるサイズは、該座位のアレル候補のセットに基づくある特定の範囲内に収まる。他の座位は、非多型例えば、対照座位であり、この場合、その予想されるサイズは、より小さな範囲内に収まる。各座位のシグナル強度は、座位の範囲内の非アーチファクトピーク例えば、プロファイリング座位の2種のアレルに対応する2個のピークのrfuの合計である。7.メチル化比を得る。全座位のシグナル強度が計算されると、座位ペア間のメチル化比は、ペアにおける第一の座位のシグナル強度の、ペアにおける第二の座位のシグナル強度による割り算である。8.確率および複合確率スコアを計算する。確率スコアは、メチル化比と、異なる組織/細胞型から得られたメチル化比の参照分布との比較に基づき計算することができる。続いて、例えば単一の確率スコアの積のn乗根式中、nはメチル化比の数であるを計算することにより、各組織/細胞型の複合確率スコアCPSを単一の確率スコアから計算することができる。9.尤度スコアを計算する。組織/細胞型毎に、DNA試料が該組織/細胞型に由来する尤度を表す尤度スコアLSを計算する。組織/細胞型毎の尤度スコアは、例えば次の通りに計算することができる。LS組織=CPS組織/[全組織のCPSの合計]。10.最高LSを有する組織/細胞型をアウトプットする。5混合DNA試料の供給源の決定一部の事例において、DNA試料は、純粋な供給源のものではなく、むしろ2種以上の供給源の混合物である例えば、50血液および50精液。本発明は、次の解析を行うことにより、このような試料の供給源の構成を決定することもできる。aDNA試料をメチル化感受性および/またはメチル化依存性制限エンドヌクレアーゼにより消化し、b消化されたDNAを少なくとも第一および第二の制限座位により増幅して、これにより各制限座位の増幅産物を生成し、c各増幅産物のシグナル強度を決定し、d2種の制限座位に対応するシグナル強度間の少なくとも1個のメチル化比を計算し、eステップdにおいて計算されたメチル化比を、公知の組織および/または細胞型のDNAから得られた参照メチル化比のセットと比較し、fDNAの供給源に寄与する各組織および/または細胞型の尤度を決定し、gステップfにおいて得られた尤度に基づき、供給源DNAの組成を決定する。例1:ゲノム座位に基づく組織同定アッセイ本例において、血液、精液および皮膚の表皮から得られたDNA試料の間を識別できる組織同定アッセイを開発した。アッセイは、それぞれ配列番号26~31に表記されている6種の特異的なゲノム座位の解析に基づく。各座位は、HhaI制限部位GCGCを含有するサイズ70~105bpの断片である。酵素HhaIは、その認識配列が非メチル化されているときのみ開裂させるため、アッセイは、認識配列におけるメチル化の相違のみに基づく。6種のゲノム座位は、それぞれ、そのメチル化状態がアッセイに無関係な追加的なCGを含有する。認識配列のメチル化のみが関与する。6種のゲノム座位の配列は次の通りである。プライマー配列は、下線を引き影を付け、HhaI認識配列は太字で示す。異なる3個体の精液、表皮および血液合計9種の試料から抽出されたDNA試料においてアッセイを行った。各DNA試料の1ナノグラムを、1本の微量遠心チューブ内でHhaI、Taqポリメラーゼ、6種の座位の配列番号26~31のフォワード蛍光標識およびリバースプライマー、dNTPならびに反応バッファーと混合した。次に、チューブをサーモサイクラーに置き、最初の消化ステップ37°Cを含む1回のプログラムに付し、続いて消化産物をPCR増幅した。制限-増幅反応後、生成物のアリコートをキャピラリー電気泳動装置にて泳動した。図6は、9種の試料のキャピラリー電気泳動の電気泳動図を示す。各電気泳動図において、それぞれ1種の座位に対応する6個のピークが見られる。次に、9種の試料の電気泳動図から得られたデータを次の通り解析した。試料毎に、各座位におけるシグナル強度rfuを定量化し、全15通りの座位ペア組み合わせ例えば、配列番号26/配列番号28のメチル化比例えば、座位2のrfuで割った座位1のrfuを計算した。表1は、全試料のこのようなメチル化比15通りのうちの2通り配列番号29/配列番号30および配列番号28/配列番号26の値を示す。試料毎に、血液、精液および表皮におけるその参照分布の累積分布関数血液、精液および表皮由来の大きなセットのDNA試料から経験的に得られるに対し各メチル化比を比較した。表2は、2通りのメチル化比血液、精液および表皮由来の大きなセットのDNA試料から経験的に得られるの参照分布の平均および標準偏差を示す。組織/細胞型毎に、観察されたメチル化比および累積分布関数におけるその対応する値の間の各比較は、確率スコアを生じ、これは次の通り計算される。PS血液、SEQ26/28=1-[2absfOMR-0.5]式中、fは、血液におけるSEQ26/28の参照分布の累積分布関数であり、OMRは、試料におけるSEQ26/28の観察されたメチル化比であるPS精液、SEQ26/28およびPS表皮、SEQ26/28を同様の仕方で計算した。次に、全メチル化比に基づき組織型毎の複合確率スコアCPSを次の通りに計算した。CPS血液=[LS血液、メチル化比1LS血液、メチル化比2...LS血液、メチル化比n]のn乗根式中、nはメチル化比の数であるCPS精液およびCPS表皮も同様の仕方で計算した。最後に、複合確率スコアから尤度スコアLSを次の通り計算した。LS血液=CPS血液/[CPS血液CPS精液CPS表皮]LS精液およびLS表皮も同様の仕方で計算した。各組織/細胞型の尤度スコアは、DNA試料が該特定の組織/細胞型に由来する尤度を表す。表3は、全9種のDNA試料の全メチル化比に基づく3種の組織の尤度スコアを示す。同様に、また、図7に示す通り、血液、唾液、皮膚、精液、月経血、腟スワブおよび尿由来の11種の異なるDNA試料において10座位マルチプレックスを用いて組織同定アッセイを行った。解析は、45通りのメチル化比例えば、座位1/座位2、座位1/座位3等に基づいた。解析される座位の異なる強度により、血液、唾液、皮膚、精液、月経血、腟組織および尿にわたる差次的なメチル化を証明する。アッセイは、全試料の供給源組織を正確に同定した。例えば、また、図7に示す通り、月経血に由来するDNAは、唾液に由来するDNAから区別することができる。"