"1以下のエレメント:a場合によりウイルスのゲノムの第1の部分と、bヌクレオチド配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列、または転写単位と、c原核生物において調節活性を有する調節核酸配列と、d部位特異的組換え部位と、e陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列と、fi条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、g場合により第1の制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号6によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3受託番号DSM23754でブダペスト条約に基づいてDSMZに寄託された生物中に含有される核酸分子と同一もしくは類似である核酸分子であって、好ましくは、前記生物中に含有される核酸分子が、異種核酸分子である核酸分子を含む、第3の核酸分子とも呼ばれる核酸分子であって、前記第3の核酸分子が、直鎖分子または環状分子のいずれかである、核酸分子。1原核生物において調節活性を有する前記調節核酸配列の前記核酸分子において、前記部位特異的組換え部位および陰性選択マーカーを提供する前記ヌクレオチド配列が、5’から3’方向に配置される、請求項1に記載の第3の核酸分子。前記第3の核酸分子が、正確に1つの部位特異的組換え部位を含有する、請求項1~2のいずれか一項に記載の第3の核酸分子。前記第3の核酸分子が、直鎖分子であり、エレメントaからfが、好ましくは、前記第3の核酸分子の環状分子の、第1の制限部位で認識および切断する第1の制限酵素での切断の際に、以下の順序で以下:1.場合によりウイルスのゲノムの前記第1の部分、2.前記核酸配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列、または転写単位、3.原核生物において調節活性を有する前記調節核酸配列、4.前記部位特異的組換え部位、5.陰性選択マーカーを提供する前記ヌクレオチド配列、ならびに6.i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む前記細菌ヌクレオチド配列単位のように、5’→3’方向に配置される、請求項1~3のいずれか一項に記載の第3の核酸分子。前記第3の核酸分子が、ウイルスのゲノムの第1の部分をさらに含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の第3の核酸分子。ウイルスのあるゲノムまたは前記ゲノムの前記第1の部分が、あるウイルスもしくは前記ウイルスのあるゲノムもしくは前記ゲノムの末端配列または前記末端配列の1つもしくは複数の部分を含む、請求項5に記載の第3の核酸分子。あるウイルスまたは前記ウイルスのあるゲノムまたは前記ゲノムの前記第1の部分が、アデノウイルス、好ましくはヒトアデノウイルスのゲノムの第1の部分であり、より好ましくは、前記アデノウイルスが、ヒトアデノウイルス5型、最も好ましくはE1転写単位のTATAボックスの上流のアデノウイルス5型の左側末端全体またはその1つもしくは複数の部分である、請求項5~6のいずれか一項に記載の第3の核酸分子。条件付き複製のための前記細菌ヌクレオチド配列が複製起点を含み、好ましくは、前記複製起点が、ファージgR6Kの最小の起点である、請求項1~7のいずれか一項、好ましくは請求項7に記載の第3の核酸分子。原核生物において調節活性を有する前記調節配列が、原核生物において、好ましくは原核生物宿主細胞において、ヌクレオチド配列の発現を指示する配列である、請求項1~8のいずれか一項、好ましくは請求項7~8のいずれか一項に記載の第3の核酸分子。前記陰性選択マーカーまたは前記陰性選択マーカーを提供する前記ヌクレオチド配列の発現が、選択薬剤および/または選択条件に対する感受性を媒介または付与する、請求項1~9のいずれか一項、好ましくは請求項8~9のいずれか一項に記載の第3の核酸分子。陰性選択マーカーを提供する前記ヌクレオチド配列が、galK、tetAR、pheS、thyA、lacy、ccdBおよびrpsL遺伝子を含む群から選択される遺伝子である、請求項10に記載の第3の核酸分子。請求項1~11のいずれかに記載の第3の核酸分子および第2の核酸分子とも呼ばれる核酸分子の組合せであって、前記第2の核酸分子が、1以下のエレメント:ai単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、b部位特異的組換え部位と、cウイルスのゲノムの第2の部分と、d場合により、第2の制限部位と呼ばれる制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号2および/もしくは配列番号13および/もしくは配列番号14によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3受託番号DSM24298および/もしくはDSM24299でブダペスト条約に基づいてDSMZに寄託された生物に含有される核酸分子と同一もしくは類似である核酸分子であって、好ましくは、生物中に含有される前記核酸分子が、異種核酸分子である核酸分子を含み、前記第2の核酸分子および前記第3の核酸分子が各々独立に直鎖分子または環状分子のいずれかであり、好ましくは、前記第2の核酸分子が環状分子であり、前記第3の核酸分子が環状分子である組合せ。第1の核酸分子とも呼ばれる核酸分子および第2の核酸分子とも呼ばれる核酸分子の組合せであって、前記第1の核酸分子が、1以下のエレメント:a部位特異的組換え部位と、bi条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、cウイルスのゲノムの第1の部分と、d転写単位と、e場合により第1の制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号1および/もしくは配列番号15によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3ブダペスト条約に従って受託番号DSM23753でDSMZに寄託された生物中に含有される核酸分子と類似または同一である核酸分子であって、好ましくは、生物中に含有される核酸分子が、異種核酸分子である核酸分子を含み、前記第2の核酸分子が、1以下のエレメント:ai単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、b部位特異的組換え部位と、cウイルスのゲノムの第2の部分と、d場合により、第2の制限部位とも呼ばれる制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号2および/もしくは配列番号13および/もしくは配列番号14によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3受託番号DSM24298および/もしくはDSM24299でブダペスト条約に基づいてDSMZに寄託された生物に含有される核酸分子と同一もしくは類似である核酸分子であって、好ましくは、生物中に含有される核酸分子が、異種核酸分子である核酸分子を含み、前記第1の核酸分子および前記第2の核酸分子が各々独立に直鎖分子または環状分子のいずれかであり、好ましくは、前記第1の核酸分子が環状分子であり、前記第2の核酸分子が環状分子である組合せ。前記第1の核酸分子が、正確に1つの部位特異的組換え部位を含有する、請求項13に記載の組合せ。前記第1の核酸分子のウイルスの前記ゲノムが、ヒトアデノウイルスゲノム、好ましくは、ヒトアデノウイルス5型ゲノムとは異なるヒトアデノウイルスゲノムであり、より好ましくは、前記第1の核酸分子のウイルスの前記ゲノムが、ヒトアデノウイルス19a型ゲノムである、請求項13および14のいずれか一項に記載の組合せ。前記第1の核酸分子の条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列が、複製起点を含む、請求項13~15のいずれか一項に記載の組合せ。前記第1の核酸分子の第1の選択マーカーを提供する前記配列が、酵素をコードする核酸配列であって、酵素をコードする前記核酸配列を有する宿主細胞に耐性を付与する核酸配列である、請求項13~16のいずれか一項に記載の組合せ。前記第1の核酸分子のウイルスのゲノムの前記第1の部分が、ウイルス末端反復、好ましくはアデノウイルス末端反復である、請求項13~17のいずれか一項に記載の組合せ。前記第1の核酸分子のウイルスのゲノムの前記第1の部分が、アデノウイルスプロモーターpIXを含有し、より好ましくは、前記アデノウイルスプロモーターpIXが、ヒトアデノウイルス19a由来のpIXプロモーターである、請求項13~18のいずれか一項に記載の組合せ。前記第2の核酸分子が、正確に1つの部位特異的組換え部位を含有する、請求項12~19のいずれか一項に記載の組合せ。前記第2の核酸分子の前記ウイルスゲノムが、ヒトアデノウイルスゲノムであり、請求項12に記載の組合せの場合には、前記第2の核酸分子の前記ウイルスゲノムが、好ましくはヒトアデノウイルス5型ゲノムまたはヒトアデノウイルス19a型ゲノムであり、請求項13に記載の組合せの場合には、前記第2の核酸分子の前記ウイルスゲノムが、好ましくは、ヒトアデノウイルス5型ゲノムとは異なるヒトアデノウイルスゲノムであり、より好ましくは、前記第2の核酸分子の前記ウイルスゲノムが、ヒトアデノウイルス19a型ゲノムである、請求項12~20のいずれか一項に記載の組合せ。前記第2の核酸分子の単一コピー複製のための前記細菌ヌクレオチド配列が、原核生物宿主細胞における単一コピー維持のための複製起点を含む、請求項12~21のいずれか一項に記載の組合せ。前記第2の核酸分子マーカーの第2の選択マーカーを提供する前記ヌクレオチド配列が、酵素をコードする核酸配列であって、酵素をコードする前記核酸配列を有する宿主細胞に耐性を付与する核酸配列である、請求項12~22のいずれか一項に記載の組合せ。前記第2の核酸分子のウイルスのゲノムの前記第2の部分が、ウイルスの逆方向末端反復、好ましくはアデノウイルス逆方向末端反復、より好ましくはアデノウイルス右側逆方向末端反復を含む、請求項12~23のいずれか一項に記載の組合せ。ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法であって、a請求項1~11のいずれか一項に記載の第3の核酸分子を用意するステップ、b請求項12に記載の第2の核酸分子を用意するステップ、またはc請求項12~24のいずれか一項に記載の第3の核酸分子および第2の核酸分子の組合せ、d部位特異的組換えが起こるように前記第3の核酸分子および前記第2の核酸分子を反応させるステップであって、前記部位特異的組換えが、部位特異的リコンビナーゼによって媒介され、前記部位特異的組換えが、あるウイルスまたは前記ウイルスのゲノムのコピー、好ましくは単一コピーを含む組換え生成物を形成し、前記ゲノムが、補完された完全なゲノムであり、前記補完された完全なゲノムが、前記部位特異的組換えによって補完されるステップ、e場合により、前記組換え生成物を選択するステップ、ならびにf場合により、前記第1の制限酵素および前記第2の制限酵素を用いて前記組換え生成物を切断するステップを含む、方法。ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法であって、a請求項13~24のいずれか一項に記載の第1の核酸分子および第2の核酸分子の組合せ、b部位特異的組換えが起こるように前記第1の核酸分子および前記第2の核酸分子を反応させるステップであって、部位特異的組換えが、部位特異的リコンビナーゼによって媒介され、前記部位特異的組換えが、あるウイルスまたは前記ウイルスのゲノムのコピー、好ましくは単一コピーを含む組換え生成物を形成し、前記ゲノムが、補完された完全なゲノムであり、前記補完された完全なゲノムが、前記部位特異的組換えによって補完されるステップ、c場合により、前記組換え生成物を選択するステップ、ならびにd場合により、前記第1の制限酵素および前記第2の制限酵素を用いて前記組換え生成物を切断するステップを含む、方法。前記第3の核酸分子および前記第2の核酸分子を、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23743でDSMZに寄託された生物と類似または同一である原核生物宿主細胞、好ましくは大腸菌において反応させる、請求項25に記載の方法。前記第1の核酸分子および前記第2の核酸分子を、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23743でDSMZに寄託された生物と類似または同一である原核生物宿主細胞、好ましくは大腸菌において反応させる、請求項26に記載の方法。ヌクレオチド配列のライブラリーを作製するための方法であって、前記ライブラリーが、複数の個々のヌクレオチド配列を含み、前記ライブラリーが、複数のウイルスゲノムによって表され、各ウイルスゲノムが、単一の前記個々のヌクレオチド配列を含有し、請求項25および27のいずれかに記載の方法のステップを含み、前記個々のヌクレオチド配列が、前記第3の核酸分子の前記転写単位の部分である方法。ヌクレオチド配列のライブラリーを作製するための方法であって、前記ライブラリーが、複数の個々のヌクレオチド配列を含み、前記ライブラリーが、複数のウイルスゲノムによって表され、各ウイルスゲノムが、単一の前記個々のヌクレオチド配列を含有し、請求項26および28のいずれかに記載の方法のステップを含み、前記個々のヌクレオチド配列が、前記第1の核酸分子の前記転写単位の部分である方法。場合により添付文書、ならびに適した容器単数または複数中に少なくとも請求項1~11のいずれか一項に記載の第3の核酸分子および/または請求項12~24のいずれか一項に記載の第3の核酸分子および第2の核酸分子の組合せを含むキット。場合により添付文書、ならびに適した容器単数または複数中に少なくとも請求項13~19のいずれか一項に記載の第1の核酸分子および/または請求項13~24のいずれか一項に記載の第1の核酸分子および第2の核酸分子の組合せを含むキット。核酸分子単数または複数がすぐに使用できる形態で含まれ、かつ/またはキットが使用説明書を含む、請求項31および32のいずれか一項に記載のキット。本発明の背景にある問題は、アデノウイルスゲノムの作製における先行技術の方法の欠点を克服すること、および改善されたそれぞれの方法、およびこのような方法を実施するための手段を提供することである。本発明の背景にあるさらなる問題は、ゲノム核酸配列などの大きな核酸配列を高効率でクローニングすることを可能にする方法およびこのような方法を実施するための手段を提供することである。本発明の背景にあるこれらおよびその他の問題は、独立クレームの主題によって解決される。好ましい実施形態は、従属クレームからとられ得る。本発明の背景にある問題は、第1の態様の第1の実施形態でもある第1の態様において、1以下のエレメント:a部位特異的組換え部位、好ましくは、正確に1つの部位特異的組換え部位と、bi条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、cウイルスのゲノムの第1の部分と、d転写単位と、e場合により第1の制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号1および/もしくは配列番号15によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3ブダペスト条約に従って受託番号DSM23753でDSMZに寄託された生物に含有される核酸分子と類似もしくは同一である核酸分子であって、好ましくは、生物に含有される核酸分子は、異種核酸分子である核酸分子を含む第1の核酸分子によって解決され、第1の核酸分子は、環状または直鎖分子のいずれかである。第1の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第2の実施形態では、第1の核酸分子は、パッケージングシグナルを含む。第1の態様の第1および第2の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第3の実施形態では、ウイルスのゲノムの第1の部分は、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの、好ましくは、該ウイルスのゲノムの末端配列を含む。第1の態様の第3の実施形態の一実施形態でもある第1の態様の第4の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの末端配列は、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの末端反復、好ましくは、ウイルスの逆方向末端反復を含む。第1の態様の第1、第2、第3および第4の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第5の実施形態では、第1の制限部位は、あるウイルスまたは該ウイルスゲノムの第1の部分および転写単位中に存在しない。第1の態様の第1、第2、第3、第4および第5の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第6の実施形態では、第1の制限部位は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む群から選択される。第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5および第6の実施形態の一実施形態でもある第1の態様の第7の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスである。第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6および第7の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第8の実施形態では、ウイルスは、ヒトアデノウイルス5型であるか、またはウイルスは、ヒトアデノウイルス19a型である。第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7および第8の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第9の実施形態では、エレメントa~eは、5’→3’方向に配置される。第1の態様の第9の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第10の実施形態では、末端反復は、ウイルス末端反復、好ましくは、左側ウイルス末端反復である。第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7および第8の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第11の実施形態では、第1の核酸分子は、直鎖分子であり、ここで、エレメントa~dは、好ましくは、第1の制限部位で認識および切断する第1の制限酵素を用いて、第1の核酸分子の環状分子を切断する際に、以下の順序で5’→3’方向に配置される。1.ウイルスのゲノムの第1の部分、2.転写単位、3.部位特異的組換え部位、4.i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、5.場合により、第1の制限部位と呼ばれる制限部位第1の態様の第11の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第12の実施形態では、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、ウイルスのゲノムの末端配列、好ましくは、ウイルスのゲノムの末端反復配列、より好ましくは、ウイルスのゲノムの逆方向末端反復配列を含む。第1の態様の第12の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第13の実施形態では、ウイルスのゲノムの末端配列は、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの末端反復、好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の左側末端反復を含み、より好ましくは、末端配列は、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の左側逆方向末端反復である。第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12および第13の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第14の実施形態では、逆方向末端反復は、アデノウイルスの逆方向末端配列であり、好ましくは、約18~103塩基対の任意の長さを有する。第1の態様の第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13および第14の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第15の実施形態では、好ましくは、第1の態様の第9の実施形態を直接的または間接的に参照する限り、パッキングシグナルは、アデノウイルスのパッキングシグナルである。第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14および第15の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第16の実施形態では、転写単位は、プロモーター、場合により、発現させる核酸配列および終結シグナルを含み、好ましくは、プロモーターおよび発現させる核酸が互いに作動可能に連結している、より好ましくは、プロモーター、核酸および終結シグナルが互いに作動可能に連結している。第1の態様の第16の実施形態の一実施形態でもある第1の態様の第17の実施形態では、プロモーターは、真核細胞プロモーター、ウイルスプロモーター、RNAポリメラーゼIIによって認識されるプロモーターおよびRNAポリメラーゼIIIによって認識されるプロモーターを含む群から選択され、ここで、好ましくは、RNAポリメラーゼIIによって認識されるプロモーターは、PGKプロモーターおよびCMVプロモーターを含む群から選択され、ここで、好ましくは、RNAポリメラーゼによって認識されるプロモーターは、U6プロモーター、H1プロモーター、tRNAプロモーターおよびアデノウイルスVAプロモーターを含む群から選択される。第1の態様の第16および第17の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第18の実施形態では、発現させる配列は、ペプチドをコードする核酸、ポリペプチドをコードする核酸、タンパク質をコードする核酸、非コーディングRNA、siRNA、マイクロRNAを含む群から選択される配列である。第1の態様の第16、第17および第18の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第19の実施形態では、終結シグナルは、真核細胞の終結シグナル、ウイルスの終結シグナルおよびRNAポリメラーゼIII依存性プロモーターの終結シグナルを含む群から選択され、好ましくは、終結シグナルは、ポリAシグナルである。第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18および第19の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第20の実施形態では、部位特異的組換え部位は、Flpリコンビナーゼの組換え部位を含む群から選択される。第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19および第20の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第21の実施形態では、条件付き複製のための細菌配列は、複製起点を含む。第1の態様の第21の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第22の実施形態では、条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列は、複製起点を含み、好ましくは、複製起点は、ファージgR6Kの最小の起点である。第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21および第22の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第23の実施形態では、第1の選択マーカーを提供する配列は、酵素をコードするこのような核酸配列を有する宿主細胞に耐性を付与する酵素をコードする核酸配列である。第1の態様の第23の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第24の実施形態では、耐性は、薬剤に対する耐性、好ましくは、抗生物質に対する耐性であり、より好ましくは、このような薬剤は、ゲンタマイシン、カナマイシン、ゼオシン、クロラムフェニコール、アンピシリン、テトラサイクリンを含む。第1の態様の第24の実施形態の一実施形態でもある、第1の態様の第25の実施形態では、耐性を付与する遺伝子は、bla、ant3’’-Ia、aph3’-II、aph3’-II、cmlA、ble、aadA、aadB、sacBおよびtetAを含む群から選択される。本発明の背景にある問題は、第2の態様の第1の実施形態でもある第2の態様において、1以下のエレメント:ai単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、b部位特異的組換え部位、好ましくは正確に1つの部位特異的組換え部位と、cウイルスのゲノムの第2の部分と、d場合により、第2の制限部位と呼ばれる制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号2および/もしくは配列番号13および/もしくは配列番号14によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3ブダペスト条約に従って受託番号DSM24298および/もしくはDSM24299でDSMZに寄託された生物に含有される核酸分子と類似もしくは同一である核酸分子であって、好ましくは、生物に含有される核酸分子は、異種核酸分子である核酸分子を含む第2の核酸分子によって解決され、第2の核酸分子は、環状または直鎖分子のいずれかである。第2の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第2の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの第2の部分は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの1種または数種のその他の部分と組み合わせた場合には複製能力のある完全なゲノムをもたらす。第2の態様の第1および第2の実施形態の一実施形態でもある第2の態様の第3の実施形態では、部位特異的組換え部位は、Flpリコンビナーゼの組換え部位を含む群から選択される。第2の態様の第1、第2および第3の実施形態の一実施形態でもある第2の態様の第4の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスである。第2の態様の第1、第2、第3および第4の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第5の実施形態では、ウイルスゲノムは、ヒトアデノウイルス5型ゲノムまたはヒトアデノウイルス19a型ゲノムである。第2の態様の第1、第2、第3、第4および第5の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第6の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの第2の部分は、あるウイルスのゲノムの、好ましくは、該ウイルスのゲノムの末端配列を含む。第2の態様の第6の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第7の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの配列は、末端反復、好ましくは、ウイルスの末端配列、より好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスの末端反復、さらにより好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスの逆方向末端反復、なおさらにより好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスの右側逆方向末端反復を含む。第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6および第7の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第8の実施形態では、第2の制限部位は、ゲノムの第2の部分中に存在しない。第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7および第8の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第9の実施形態では、第2の制限部位は、制限酵素AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIの制限部位を含む群から選択され、ウイルスは、好ましくはヒトアデノウイルス5型である。第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8および第9の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第10の実施形態では、複製、好ましくは、単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列は、原核生物宿主細胞における単一コピー維持のための複製起点を含む。第2の態様の第10の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第11の実施形態では、複製起点は、f-エピソーム因子またはP1複製起点に由来する単一コピー起点である。第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10および第11の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第12の実施形態では、第2の核酸分子は、直鎖分子であり、ここで、エレメントa~dは、好ましくは、第2の制限部位で認識および切断する第2の制限酵素を用いて、第2の核酸分子の環状分子を切断する際に、以下の順序で5’→3’方向に配置される。1.i単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、2.部位特異的組換え部位、好ましくは、正確に1つの部位特異的組換え部位、3.ウイルスのゲノムの第2の部分、ならびに4.場合により、第2の制限部位と呼ばれる制限部位。第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11および第12の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第13の実施形態では、第2の選択マーカーを提供する核酸配列は、酵素をコードするこのような核酸配列を有する宿主細胞に対する耐性を付与する酵素をコードする核酸配列である。第2の態様の第13の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第14の実施形態では、耐性は、ゲンタマイシン、カナマイシン、ゼオシン、クロラムフェニコール、アンピシリンおよびストレプトマイシンを含む陽性選択マーカーの群から選択される薬剤に対する耐性である。第2の態様の第13および第14の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第15の実施形態では、耐性を付与する遺伝子は、bla、ant3’’-Ia、aph3’-II、aph3’-II、cmlA、ble、aadAおよびaadBを含む群から選択される。第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14および第15の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第16の実施形態では、第2の核酸分子は、直鎖分子であり、ここで、エレメントa~cは、好ましくは、第2の制限部位で認識および切断する第2の制限酵素を用いて、第2の核酸分子の環状分子を切断する際に、5’→3’方向に配置される1i単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列とを含む細菌ヌクレオチド配列単位、2部位特異的組換え部位、ならびに3ウイルスのゲノムの第2の部分。第2の態様の第16の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第17の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分は、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの、好ましくは、該ウイルスのゲノムの末端配列を含む。第2の態様の第17の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第18の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスの末端配列は、あるウイルスまたは該ウイルスの末端反復、好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスの右側末端反復を含む。第2の態様の第16、第17および第18の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第19の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分は、パッケージングシグナルを含む。第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18および第19の実施形態の一実施形態でもある、第2の態様の第20の実施形態では、第2の核酸分子は、BACである。本発明の背景にある問題は、第3の態様の第1の実施形態でもある第3の態様では、第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24および第25の実施形態のいずれかによる第1の核酸分子と、第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20の実施形態のいずれかによる第2の核酸分子との組合せによって解決される。第3の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第2の実施形態では、第1の核酸分子および第2の核酸分子の両方が、環状の閉じた核酸分子として存在する。第3の態様の第1および第2の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第3の実施形態では、第1の核酸分子および第2の核酸分子は、別個の分子として存在する。第3の態様の第1、第2および第3の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第4の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスである。第3の態様の第1、第2、第3および第4の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第5の実施形態では、第1の制限部位および第2の制限部位は、第1の核酸分子および第2の核酸分子の両方上で同一である。第3の態様の第5の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第6の実施形態では、第1および第2の制限部位は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIの制限部位を含む群から選択される。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5および第6の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第7の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分およびあるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分は、一緒になると、完全なウイルスゲノムを形成する。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6および第7の実施形態の一実施形態でもある第3の態様の第8の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分およびあるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分は、一緒になると、許容細胞において複製能力のある、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムを形成する。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7および第8の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第9の実施形態では、第1の選択マーカーおよび第2の選択マーカーは、抗生物質に対する耐性を付与する酵素であり、このような抗生物質は、カナマイシン、ストレプトマイシン、ネオマイシン、ピューロマイシン、アンピシリン、ゼオシン、ゲンタマイシンおよびクロラムフェニコールを含む群から選択され、第1の選択マーカーは、第2の選択マーカーとは異なる。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7および第8の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第10の実施形態では、第1の選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を付与する酵素であり、第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を付与する酵素である。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9および第10の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第11の実施形態では、パッキングシグナルが、第1または第2の核酸分子のいずれかによって提供される。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10および第11の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第12の実施形態では、1つの末端反復が第1の核酸分子によって提供され、1つの末端反復が、第2の核酸分子によって提供される。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11および第12の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第13の実施形態では、第1の核酸が、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分、好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの末端配列およびあるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分、好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの末端配列の両方を提供し、第2の核酸分子は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分、好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの末端配列も、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分、好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスのある末端反復または該末端反復のあるゲノムまたは該ゲノムの末端配列も提供しない。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12および第13の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第14の実施形態では、第1の核酸は、2種の逆方向末端反復を提供し、第2の核酸分子は、いずれの逆方向末端反復も提供しないか、または第2の核酸分子は、少なくとも1つの逆方向末端反復を提供する。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13および第14の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第15の実施形態では、第1の制限部位および第2の制限部位は、転写単位中、あるゲノムまたは該ゲノムの第1および第2の部分中に存在しない。第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14および第15の実施形態の一実施形態でもある、第3の態様の第16の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルス、より好ましくはヒトアデノウイルス血清型5である。本発明の背景にある問題は、第4の態様の第1の実施形態でもある、第4の態様において、a第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24および第25の実施形態のいずれかによる第1の核酸分子を用意するステップ、b第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19および第20の実施形態のいずれかによる第2の核酸分子を用意するステップ、またはc第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15および第16の実施形態のいずれかによる組合せを用意するステップ、d第1の核酸分子および第2の核酸分子を、部位特異的組換えが生じるよう反応させるステップであって、部位特異的組換えが、部位特異的リコンビナーゼによって媒介され、部位特異的組換えが、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムのコピー、好ましくは単一コピーを含む組換え生成物を形成し、ゲノムが、補完された完全なゲノムであり、補完された完全なゲノムが、部位特異的組換えによって補完されるステップ、e場合により、組換え生成物を選択するステップ、ならびにf場合により、組換え生成物を第1の制限酵素または第2の制限酵素を用いて切断するステップまたは第1および第2の制限酵素の両方を用いて切断するステップを含む、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法によって解決される。第4の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第2の実施形態では、第1の核酸分子および第2の核酸分子を、原核生物宿主細胞において反応させ、組換え生成物が選択され、好ましくは、原核生物宿主細胞は大腸菌であり、より好ましくは、宿主細胞は、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23743および/またはDSM23742でDSMZに寄託されている生物またはこのような生物と類似の生物である。第4の態様の第1および第2の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第3の実施形態では、宿主細胞は、F因子を欠き、第1および第2の選択マーカーに対して感受性である大腸菌株の群から選択される。第4の態様の第1、第2および第3の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第4の実施形態では、宿主細胞は大腸菌K12由来型、好ましくは、DH10Bである。第4の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第5の実施形態では、第1の核酸分子および第2の核酸分子を、部位特異的リコンビナーゼの存在下で、真核細胞宿主細胞において反応させ、より好ましくは、宿主細胞は、ブダペスト条約に従って受託番号DSMACC3077mまたはDSMACC3077でDSMZに寄託されている生物またはこのような生物と類似の生物であり、組換え生成物を選択するステップは存在せず、好ましくは、真核細胞宿主細胞は、許容宿主細胞である。第4の態様の第5の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第6の実施形態では、部位特異的リコンビナーゼが提供され、許容宿主細胞は、293細胞、911細胞、PER.C6細胞およびCAP細胞を含む群から選択される細胞である。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5および第6の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第7の実施形態では、第1の選択マーカーは、カナマイシンであり、第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールである。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6および第7の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第8の実施形態では、第1の核酸分子および第2の核酸分子は、リコンビナーゼの存在下で反応させる。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7および第8の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第9の実施形態では、リコンビナーゼは、第1の核酸分子によって提供される部位特異的組換え部位および第2の核酸分子によって提供される部位特異的組換え部位と相互作用する。第4の態様の第8および第9の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第10の実施形態では、リコンビナーゼは、Flpリコンビナーゼである。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9および第10の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第11の実施形態では、リコンビナーゼは、第1の核酸分子または第2の核酸分子のいずれかによってコードされる。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9および第10の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第12の実施形態では、リコンビナーゼは、原核生物宿主細胞または真核細胞宿主細胞によって提供または製造される。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11および第12の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第13の実施形態では、組換え、好ましくは、部位特異的組換え後に、リコンビナーゼは不活化される。第4の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第14の実施形態では、リコンビナーゼ、好ましくは、Flpリコンビナーゼは、誘導性プロモーターまたは温度感受性レプレッサーによって制御される。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13および第14の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第15の実施形態では、制限酵素は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む群から選択される。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14および第15の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第16の実施形態では、方法は、さらなるステップとして、あるウイルスまたは該ウイルスの補完されたゲノム、好ましくは、複製可能なウイルスゲノムを許容宿主細胞にトランスフェクトするステップを含む。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15および第16の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第17の実施形態では、リコンビナーゼの発現は、温度感受性複製起点によって制御される。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16および第17の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第18の実施形態では、遺伝子導入、ワクチンまたは治療用途のためのベクターの構築において、方法が使用される。第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17および第18の実施形態の一実施形態でもある、第4の態様の第19の実施形態では、ウイルスゲノムのライブラリーの構築において、方法が使用される。本発明の背景にある問題は、第5の態様の第1の実施形態でもある、第5の態様では、1以下のエレメント:a場合によりウイルスのゲノムの第1の部分と、bヌクレオチド配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列、または転写単位と、c原核生物において調節活性を有する調節核酸配列と、d部位特異的組換え部位、好ましくは正確に1つの部位特異的組換え部位と、e陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列と、fi条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、g場合により第1の制限部位とを含み、原核生物における調節活性、部位特異的組換え部位および陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を有する細菌ヌクレオチド配列が5’から3’方向に配置される核酸分子、または2配列番号6によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3ブダペスト条約に従って受託番号DSM23754でDSMZに寄託された生物に含有される核酸分子と類似または同一である核酸分子であって、好ましくは、生物に含有される核酸分子が異種核酸分子である核酸分子を含む第3の核酸分子によって解決され、第3の核酸分子は、直鎖または環状分子のいずれかである。第5の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第2の実施形態では、第3の核酸分子は、直鎖分子であり、ここで、エレメントa~fは、好ましくは、第1の制限部位を認識および切断する第1の制限酵素を用いて、第3の核酸分子の環状分子を切断する際に、5’→3’方向に以下の順序で以下:1.場合によりウイルスのゲノムの第1の部分、2.ヌクレオチド配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列、または転写単位、3.原核生物において調節活性を有する調節核酸配列、4.部位特異的組換え部位、5.陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列、ならびに6.i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位のとおり配置される。第5の態様の第1および第2の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第3の実施形態では、第3の核酸分子は、ウイルスのゲノムの第1の部分をさらに含み、ここで、好ましくは、第1の部分は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの1つまたは複数の末端配列を含む。第5の態様の第3の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第4の実施形態では、ウイルスのゲノムの第1の部分は、許容細胞におけるあるウイルスまたは該ウイルスの複製および/またはパッケージングを媒介するか、または必要とする。第5の態様の第1、第2、第3および第4の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第5の実施形態では、転写単位は、核酸配列の転写単位であり、このような核酸配列は、異種核酸配列である。第5の態様の第1、第2、第3、第4および第5の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第6の実施形態では、第3の核酸分子は、細菌プラスミドまたは細菌人工染色体である。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5および第6の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第7の実施形態では、第3の核酸分子は、第1の制限部位をさらに含む。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6および第7の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第8の実施形態では、第3の核酸分子は、ウイルスのゲノムの第1の部分をさらに含む。第5の態様の第8の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第9の実施形態では、ウイルスのゲノムの第1の部分は、パッケージングシグナルを含む。第5の態様の第9の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第10の実施形態では、パッケージングシグナルは、アデノウイルスゲノムに由来し、好ましくは、パッケージングシグナルは、ヒトアデノウイルス5型に由来するパッケージングシグナルΨ5である。第5の態様の第8、第9および第10の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第11の実施形態では、ウイルスのゲノムの第1の部分は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの末端配列または末端配列の1つもしくはいくつかの部分を含む。第5の態様の第11の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第12の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスの末端配列は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの1つまたはいくつかの末端反復を含む。第5の態様の第8、第9、第10、第11および第12の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第13の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、アデノウイルス、好ましくはヒトアデノウイルスのゲノムの第1の部分であり、より好ましくは、アデノウイルスは、ヒトアデノウイルス5型、最も好ましくは、E1転写単位のTATAボックスの上流のアデノウイルス5型の左側末端全体またはその1つもしくはいくつかの部分である。第5の態様の第11、第12および第13の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第14の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの末端配列または末端配列の1つもしくはいくつかの部分は、逆方向末端反復を含み、ここで、好ましくは、逆方向末端反復は、アデノウイルスの逆方向末端反復であり、より好ましくは、逆方向末端反復は、ヒトアデノウイルス5型の左側末端に由来する。第5の態様の第14の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第15の実施形態では、逆方向末端反復は、約18~103塩基対の任意の長さを含む。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14および第15の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第16の実施形態では、第1の制限部位は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分および転写単位の両方に存在しない。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15および第16の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第17の実施形態では、制限部位は、アデノウイルスゲノムに存在しない。第5の態様の第16および第17の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第18の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルス、好ましくはヒトアデノウイルス、より好ましくはヒトアデノウイルス5型である。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17および第18の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第19の実施形態では、制限部位は、制限酵素の制限部位であり、制限酵素は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む群から選択される。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、および第19の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第20の実施形態では、第3の核酸分子は、好ましくは、5’→3’方向で、1.原核生物において調節活性を有する調節核酸配列と、2.部位特異的組換え部位と、3.陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列と、4.i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、5.第1の制限部位と、6.あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分と、7.転写単位とを含む。第5の態様の第20の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第21の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、末端反復を含み、好ましくは、前記末端反復は、左側末端反復であり、より好ましくは、左側末端反復は、アデノウイルスゲノムの右側逆方向末端反復である。第5の態様の第20の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第22の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、ウイルスゲノムの末端反復、好ましくは逆方向末端反復、より好ましくは右側末端反復、さらにより好ましくはアデノウイルスの右側末端反復を含む。第5の態様の第22の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第23の実施形態では、アデノウイルスの右側末端反復は、ヒトアデノウイルス5型ウイルスゲノムのゲノムの少なくとも103のヌクレオチドを含む。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18および第19の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第24の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、パッケージングシグナルを含み、好ましくは、パッケージングシグナルは、アデノウイルスパッケージングシグナルであり、より好ましくは、アデノウイルスパッケージングシグナルは、ヒトアデノウイルス5型の左側末端のΨ5である。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23および第24の実施形態の、好ましくは、第5の態様の第20、第21、第22、第23および第24の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第25の実施形態では、転写単位は、プロモーター、発現させる核酸および終結シグナルを含む。第5の態様の第25の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第26の実施形態では、プロモーターは真核細胞において活性であり、好ましくは、プロモーターは、真核生物または原核生物プロモーターを含む群から選択される。第5の態様の第25および第26の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第27の実施形態では、プロモーターは、RNAポリメラーゼIIによって認識されるものであり、このようなプロモーターは、好ましくは、PGKプロモーターおよびCMVプロモーターを含む群から選択される。第5の態様の第25および第26の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第28の実施形態では、プロモーターは、RNAポリメラーゼIIIによって認識されるものであり、このようなプロモーターは、好ましくは、U6プロモーター、H1プロモーター、tRNAプロモーター、アデノウイルスVAプロモーターを含む群から選択される。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27および第28の実施形態の、好ましくは、第5の態様の第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27および第28の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第29の実施形態では、発現させる核酸は、コーディング核酸および非コーディング核酸配列を含む群から選択される。第5の態様の第29の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第30の実施形態では、発現させる核酸は、コーディング核酸であり、コーディング核酸は、タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドをコードする。第5の態様の第29の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第31の実施形態では、発現させる核酸は、非コーディングRNAであり、好ましくは、発現させる核酸は、マイクロRNA、低分子干渉RNAsiRNAまたはshRNAである。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30および第31の実施形態の、好ましくは、第5の態様の第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30および第31の実施形態のいずれかの一実施形態でもある、第5の態様の第32の実施形態では、終結シグナルは、真核生物またはウイルス遺伝子の終結シグナルであり、好ましくは、終結シグナルは、RNAPolIII転写される遺伝子のpolyAシグナルおよび終結シグナルを含む群から選択される。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31および第32の実施形態の、好ましくは、第5の態様の第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31および第32の実施形態のいずれかの一実施形態でもある、第5の態様の第33の実施形態では、部位特異的組換え部位は、Flpリコンビナーゼの部位である。第5の態様の第33の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第34の実施形態では、Flpリコンビナーゼの部位は、野生型部位またはその誘導体であり、その誘導体は、Flpリコンビナーゼと結合するのに適している。第5の態様の第34の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第35の実施形態では、Flpリコンビナーゼの部位の誘導体は、34ヌクレオチドの長さを有し、野生型FRT部位のR2、UおよびR3エレメントを含む最小組換え部位である。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34および第35の実施形態の、好ましくは、第5の態様の第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34および第35の実施形態のいずれかの一実施形態でもある、第5の態様の第36の実施形態では、条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列は、複製起点を含み、好ましくは、複製起点は、ファージgR6Kの最小起点である。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35および第36の実施形態の、好ましくは、第5の態様の第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35および第36の実施形態のいずれかの一実施形態でもある、第5の態様の第37の実施形態では、陽性選択マーカーは、選択薬剤に対する耐性を媒介している。第5の態様の第37の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第38の実施形態では、選択薬剤は、アンピシリン、ゼオシン、ゲンタマイシン、クロラムフェニコール、カナマイシン、ネオマイシンおよびピューロマイシンを含む群から選択される。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37および第38の実施形態の、好ましくは、第5の態様の第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37および第38の実施形態のいずれかの一実施形態でもある、第5の態様の第39の実施形態では、陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列は、bla、ant3’’-Ia、aph3’-II、aph3’-II、bleおよびcmlAを含む遺伝子の群から選択される遺伝子である。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37、第38および第39の実施形態の、好ましくは、第5の態様の第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37、第38および第39の実施形態のいずれかの一実施形態でもある、第5の態様の第40の実施形態では、原核生物において調節活性を有する調節配列は、原核生物において、好ましくは原核生物宿主細胞においてヌクレオチド配列の発現を指示する配列である。第5の態様の第40の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第41の実施形態では、調節配列は、プロモーター、好ましくは、第5の態様の第40の実施形態に従って、原核生物プロモーター、さらにより好ましくは、第5の態様の第40の実施形態に従って、大腸菌ガラクトキナーゼプロモーターである。第5の態様の第41の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第42の実施形態では、プロモーターは、誘導性プロモーター、好ましくは、誘導可能原核生物プロモーターである。第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37、第38、第39、第40、第41および第42の実施形態の、好ましくは、第5の態様の第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37、第38、第39、第40、第41および第42の実施形態のいずれかの一実施形態でもある、第5の態様の第43の実施形態では、陰性選択マーカーまたは陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列の発現は、選択薬剤および/または選択条件に対する感受性を媒介または付与する。第5の態様の第43の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第44の実施形態では、陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列は、galK、tetAR、pheS、thyA、lacy、ccdBおよびrpsL遺伝子を含む群から選択される遺伝子である。第5の態様の第43および第44の実施形態の一実施形態でもある、第5の態様の第45の実施形態では、選択薬剤は、親油性化合物、スクロース、p-クロロフェニルアラニン、トリメトプリム、t-o-ニトロフェニル-β-D-ガラクトピラノシドおよびストレプトマイシンを含む群から選択される。本発明の背景にある問題は、第6の態様の第1の実施形態でもある第6の態様では、第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19および第20の実施形態のいずれかによる第2の核酸分子と、第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37、第38、第39、第40、第41、第42、第43、第44および第45の実施形態のいずれかによる第3の核酸分子との組合せによって解決される。第6の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第2の実施形態では、第3の核酸および第2の核酸は両方とも、環状の閉じた核酸分子として存在する。第6の態様の第1および第2の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第3の実施形態では、第2および第3の核酸分子は、別個の分子として各々存在する。第6の態様の第1、第2および第3の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第4の実施形態では、第3の核酸分子は、プラスミドであり、第2の核酸分子は、BACである。第6の態様の第1、第2、第3および第4の実施形態の一実施形態でもある第6の態様の第5の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスである。第6の態様の第1、第2、第3、第4および第5の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第6の実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分およびあるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分は、一緒になると、ウイルスの完全なゲノムを形成する。第6の態様の第6の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第7の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルス、好ましくはヒトアデノウイルス、より好ましくはヒトアデノウイルス5型である。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6および第7の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第8の実施形態では、完全なゲノムは、1つの、好ましくは、正確に1つの形質導入単位を含有する。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7および第8の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第9の実施形態では、第1の制限部位および第2の制限部位は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分およびあるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分の両方に存在せず、好ましくは、ウイルスは、アデノウイルス、より好ましくはヒトアデノウイルス、さらにより好ましくはヒトアデノウイルス5型である。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8および第9の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第10の実施形態では、第1の制限酵素および第2の制限酵素は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む群から選択される。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9および第10の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第11の実施形態では、完全なゲノムが、第1および第2の制限酵素を用いる消化によって放出され得、好ましくは、第1の制限酵素および第2の制限酵素は同一であり、より好ましくは、第1および第2の制限酵素は、PacIである。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10および第11の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第12の実施形態では、完全なゲノムを含むウイルスは、許容宿主細胞、好ましくは、許容細胞株において、生存可能であり、複製能力がある。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11および第12の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第13の実施形態では、完全なゲノムは、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの部分の欠失、好ましくは、1つまたはいくつかの遺伝子またはコーディング領域の欠失を含む。第6の態様の第13の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第14の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスであり、欠失は、アデノウイルスゲノムの領域の欠失であり、領域は、E1領域、E2領域、E3領域、E4領域およびそれらの組合せを含む群から選択される。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13および第14の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第15の実施形態では、第3の核酸分子の陽性選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を付与しており、第3の核酸分子の陰性選択マーカーは、ストレプトマイシンに対する感受性を付与しており、第2の核酸分子の第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を付与している。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14および第15の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第16の実施形態では、第3の核酸分子の陽性選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を付与しており、第3の核酸分子の陰性選択マーカーは、ストレプトマイシンに対する感受性を付与しており、第2の核酸分子の第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を付与するが、カナマイシンおよび/またはストレプトマイシンに対しては付与しない。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14および第15の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第17の実施形態では、第3の核酸分子の陽性選択マーカーは、第1の選択薬剤に対する耐性を付与しており、第3の核酸分子の陰性選択マーカーは、第2の選択薬剤に対する感受性を付与しており、第2の核酸分子の第2の選択マーカーは、第3の選択薬剤に対する耐性を付与しており、ここで、第1の選択薬剤、第2の選択薬剤および第3の選択薬剤は、互いに異なる。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16および第17の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第18の実施形態では、陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列は、プロモーターの制御下、好ましくは原核生物プロモーターの制御下にある。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17および第18の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第19の実施形態では、第2の核酸分子は、単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列を含む。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18および第19の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第20の実施形態では、宿主細胞に導入された際の組合せによって、第2の核酸分子の複製のみが可能となる。第6の態様の第20の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第21の実施形態では、条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列は、ファージgR6Kの最小起点を含み、単一コピー複製のための配列は、複製のF因子起点またはその部分である因子をコードするヌクレオチド配列を含む。第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20および第21の実施形態の一実施形態でもある、第6の態様の第22の実施形態では、第3の核酸分子は、1つの末端反復を提供し、第2の核酸分子は1つの末端反復を提供する。本発明の背景にある問題は、第7の態様の第1の実施形態でもある第7の態様では、好ましくは、第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19および第20の実施形態において定義される第2の核酸分子の以下のエレメント、すなわち、ai単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、b部位特異的組換え部位と、cウイルスのゲノムの第2の部分と、d第2の制限部位と呼ばれる制限部位と、好ましくは、第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24および第25の実施形態において定義される第1の核酸分子の以下のエレメント、すなわち、a部位特異的組換え部位と、bi条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、cウイルスのゲノムの第1の部分と、d転写単位と、e第1の制限部位とを含む第4の核酸分子によって解決され、ここで、第4の核酸分子は、好ましくは、環状分子であり、好ましくは、第4の核酸分子は、第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18および第19の実施形態のいずれかによる方法によって得られる。本発明の背景にある問題は、第8の態様の第1の実施形態でもある第8の態様において、a第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37、第38、第39、第40、第41、第42、第43、第44および第45の実施形態のいずれかによる第3の核酸分子を用意するステップ、b第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19および第20の実施形態のいずれかによる第2の核酸分子を用意するステップ、またはc第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19および第20、第21および第22の実施形態のいずれかによる組合せ、d部位特異的組換えが生じるように第3および第2の核酸分子を反応させるステップであって、部位特異的組換えが、部位特異的リコンビナーゼによって媒介され、部位特異的組換えが、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムのコピー、好ましくは単一コピーを含む組換え生成物を形成し、ゲノムが、補完された完全なゲノムであり、補完された完全なゲノムが、部位特異的組換えによって補完されるステップ、e場合により、組換え生成物を選択するステップ、f場合により、第1および第2の制限酵素を用いて組換え生成物を切断するステップを含む、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法によって解決される。第8の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第2の実施形態では、第3および第2の核酸分子を、原核生物宿主細胞、好ましくは大腸菌において反応させ、より好ましくは、宿主細胞は、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23743でDSMZに寄託された生物またはこのような生物と類似の生物である。第8の態様の第1および第2の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第3の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルス、好ましくはヒトアデノウイルス、より好ましくはヒトアデノウイルス5型である。第8の態様の第1、第2および第3の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第4の実施形態では、宿主細胞は、F因子複製起点を欠き、第3および第2の核酸分子の両方によって提供される選択マーカーに対して感受性である大腸菌の群から選択される。第8の態様の第1、第2、第3および第4の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第5の実施形態では、宿主細胞は、piタンパク質の発現が欠損している大腸菌株である。第8の態様の第1、第2、第3、第4および第5の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第6の実施形態では、宿主細胞は、大腸菌K12由来の細胞、好ましくは、DH10Bを含む群から選択される。第8の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある第8の態様の第7の実施形態では、第3の核酸分子および第2の核酸分子を、真核生物宿主細胞において反応させ、組換え生成物を選択するステップは存在せず、ここで、好ましくは、真核生物宿主細胞は、許容宿主細胞である。第8の態様の第7の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第8の実施形態では、許容宿主細胞は、293細胞、911細胞、PER.C6細胞およびCAP細胞を含む群から選択される細胞である。第8の態様の第1、第2、第3、第4および第5の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第9の実施形態では、組換え事象の数は、1つの組換え事象に限定される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8および第9の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第10の実施形態では、組換え生成物の選択は、第3の核酸分子の陽性選択マーカーおよび第2の核酸分子の第2の選択マーカーを提供する組換え生成物を有し、陰性選択マーカーに対して感受性ではない宿主細胞単数または複数を選択することによって実施される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9および第10の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第11の実施形態では、第3の核酸分子の陽性選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を付与しており、第3の核酸分子の陰性選択マーカーは、ストレプトマイシンに対する感受性を付与しており、第2の核酸分子の第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を付与しており、ここで、組換え生成物の選択は、原核生物宿主細胞を、カナマイシン、ストレプトマイシンおよびクロラムフェニコールにさらすことによって得られる。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9および第10の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第12の実施形態では、第3の核酸分子の陽性選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を付与しており、第3の核酸分子の陰性選択マーカーは、ストレプトマイシンに対する感受性を付与しており、第2の核酸分子の第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を付与するが、カナマイシンおよび/またはストレプトマイシンに対しては付与せず、ここで、組換え生成物の選択は、原核生物宿主細胞を、カナマイシン、ストレプトマイシンおよびクロラムフェニコールにさらすことによって得られる。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9および第10の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第13の実施形態では、第3の核酸分子の陽性選択マーカーは、第1の選択薬剤に対する耐性を付与しており、第3の核酸分子の陰性選択マーカーは、第2の選択薬剤に対する感受性を付与しており、第2の核酸分子の第2の選択マーカーは、第3の選択薬剤に対する耐性を付与しており、ここで、第1の選択薬剤、第2の選択薬剤および第3の選択薬剤は、互いに異なり、組換え生成物の選択は、原核生物宿主細胞を、第1、第2および第3の選択薬剤にさらすことによって得られる。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12および第13の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第14の実施形態では、第3および第2の核酸分子は、リコンビナーゼの存在下で反応させる。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13および第14の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第15の実施形態では、リコンビナーゼは、第3の核酸分子によって提供される部位特異的組換え部位および第2の核酸分子によって提供される部位特異的組換え部位と相互作用している。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14および第15の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第16の実施形態では、リコンビナーゼは、Flpリコンビナーゼである。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15および第16の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第17の実施形態では、リコンビナーゼは、第1の核酸分子または第2の核酸分子のいずれかによってコードされる。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15および第16の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第18の実施形態では、リコンビナーゼは、原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞によって提供される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17および第18の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第19の実施形態では、組換え後、リコンビナーゼは不活化される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18および第19の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第20の実施形態では、リコンビナーゼ、好ましくは、Flpリコンビナーゼは、条件付きプロモーターまたは誘導性プロモーターによって制御される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18および第19の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第21の実施形態では、リコンビナーゼの発現は、温度感受性複製起点によって制御される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20および第21の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第22の実施形態では、制限酵素は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む群から選択される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21および第22の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第23の実施形態では、第3および第2の核酸分子は、宿主細胞中に別個に導入される。第8の態様の第23の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第24の実施形態では、第2の核酸分子は、第3の核酸分子に先立って宿主細胞中に導入される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23および第24の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第25の実施形態では、組換え生成物の切断によって、許容細胞において複製能力のある、補完された完全なウイルスゲノムが提供される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24および第25の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第26の実施形態では、方法は、さらなるステップとして、補完された完全なウイルスゲノムを補完性宿主細胞中にトランスフェクトすることを含む。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25および第26の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第27の実施形態では、方法は、遺伝子導入、ワクチンまたは治療用途のためのベクターの構築において使用される。第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26および第27の実施形態の一実施形態でもある、第8の態様の第28の実施形態では、本方法は、ウイルスゲノムのライブラリーの構築において使用される。本発明の背景にある問題は、第9の態様の第1の実施形態でもある第9の態様において、好ましくは、第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19および第20の実施形態において定義される第2の核酸分子の以下のエレメント、すなわち、ai単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、b部位特異的組換え部位と、cウイルスのゲノムの第2の部分と、d第2の制限部位と呼ばれる制限部位と、好ましくは、第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37、第38、第39、第40、第41、第42、第43、第44および第45の実施形態において定義される第3の核酸分子の以下のエレメント、すなわち、a場合によりウイルスのゲノムの第1の部分と、bヌクレオチド配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列、または転写単位と、c原核生物において調節活性を有する調節核酸配列と、d部位特異的組換え部位と、e陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列と、fi条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、g第1の制限部位を含む第5の核酸分子によって解決され、ここで、第5の核酸分子は、好ましくは、環状分子であり、好ましくは、第5の核酸分子は、第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27および第28の実施形態のいずれかによる方法によって得られる。本発明の背景にある問題は、第10の態様の第1の実施形態でもある第10の態様において、ヌクレオチド配列のライブラリーを作製するための方法によって解決され、前記ライブラリーは、複数の個々のヌクレオチド配列を含み、前記ライブラリーは、複数のウイルスゲノムによって表され、各ウイルスゲノムは、単一の個々のヌクレオチド配列を含有し、第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27および第28の実施形態のいずれかに定義される方法のステップを含み、個々のヌクレオチド配列は、第3の核酸分子の転写単位の部分である。本発明の背景にある問題は、第11の態様の第1の実施形態でもある第11の態様において、ヌクレオチド配列のライブラリーを作製するための方法によって解決され、前記ライブラリーは、複数の個々のヌクレオチド配列を含み、前記ライブラリーは、複数のウイルスゲノムによって表され、第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18および第19の実施形態のいずれかに定義される方法のステップを含み、個々のヌクレオチド配列は、第3の核酸分子の転写単位の部分である。第10の態様の第1の実施形態および第11の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある、第10および第11の態様の第2の実施形態では、個々のヌクレオチド配列は、完全なウイルスゲノム中に単一コピーとして存在する。第10の態様の第1および第2の実施形態ならびに第11の態様の第1および第2の実施形態でもある、第10および第11の態様の第3の実施形態では、個々のヌクレオチド配列は、発現させる核酸である。本発明の背景にある問題は、第12の態様の第1の実施形態でもある第12の態様において、第7の態様による、好ましくは、第7の態様の第1および任意のその他の実施形態の複数の第4の核酸分子によって解決され、ここで、複数の核酸分子は、いくつかのこのような個々の核酸分子からなり、個々の核酸分子は、転写単位の部分である発現させる核酸において互いに異なる。本発明の背景にある問題は、第13の態様の第1の実施形態でもある第13の態様において、第9の態様、好ましくは、第9の態様の第1および任意のその他の実施形態による複数の第5の核酸分子によって解決され、ここで、複数の核酸分子は、いくつかのこのような個々の核酸分子からなり、ここで、個々の核酸分子は、第3の核酸分子のエレメントbにおいて、好ましくは、エレメントbのヌクレオチド配列において、またはエレメントbの転写単位の部分である発現させる核酸において互いに異なる。第12の態様の第1の実施形態および第13の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある第12および第13の態様の第2の実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスである。本発明の背景にある問題は、第14の態様の第1の実施形態でもある第14の態様において、複数の個々のアデノウイルスによって解決され、ここで、個々のアデノウイルスは、第12の態様の第1および第2の実施形態のいずれかならびに第13の態様の第1および第2の実施形態のいずれかに定義される個々の核酸を含有する。本発明の背景にある問題は、第15の態様の第1の実施形態でもある第15の態様において、場合により添付文書、ならびに適した容器単数または複数中に、少なくとも、第1の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24および第25実施形態のいずれかに定義される第1の核酸分子、第2の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19および第20の実施形態のいずれかに定義される第2の核酸分子、場合により、第4の態様の第12の実施形態に定義される部位特異的リコンビナーゼを提供する許容細胞株、第3の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16の実施形態のいずれかに定義される第1の核酸分子および第2の核酸分子の組合せ、第5の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27、第28、第29、第30、第31、第32、第33、第34、第35、第36、第37、第38、第39、第40、第41、第42、第43、第44および第45の実施形態のいずれかに定義される第3の核酸分子、第6の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21および第22の実施形態のいずれかに定義される第3の核酸分子および第2の核酸分子の組合せ、第7の態様の第1の実施形態に定義される第4の核酸分子、第9の態様の第1の実施形態に定義される第5の核酸分子、第12の態様の第1および第2の実施形態に定義される複数の第4の核酸分子、第13の態様の第1および第2の実施形態に定義される複数の第5の核酸分子または第14の態様の第1の実施形態に定義される複数の個々のアデノウイルスを含むキットによって解決される。第15の態様の第1の実施形態の一実施形態でもある第15の態様の第2の実施形態では、核酸分子単数または複数は、すぐに使用できる形態で含まれる。第15の態様の第1および第2の実施形態の一実施形態でもある第15の態様の第3の実施形態では、キットは、第4の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18および第19の実施形態ならびに第8の態様の第1、第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8、第9、第10、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17、第18、第19、第20、第21、第22、第23、第24、第25、第26、第27および第28の実施形態のいずれかに定義される、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法において使用するためのものである。第15の態様の第1、第2および第3の実施形態の一実施形態でもある、第15の態様の第4の実施形態では、キットは、第11の態様の第1、第2および第3の実施形態のいずれかに定義されるヌクレオチド配列のライブラリーを作製するための方法において使用するためのものである。本発明の種々の態様のさらに好ましい実施形態は、以下のとおりである。実施形態1第3の核酸分子とも呼ばれる核酸分子であって、第3の核酸分子が、1以下のエレメント:a場合によりウイルスのゲノムの第1の部分と、bヌクレオチド配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列、または転写単位と、c原核生物において調節活性を有する調節核酸配列と、d部位特異的組換え部位と、e陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列と、fi条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、g場合により第1の制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号6によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3受託番号DSM23754でブダペスト条約に基づいてDSMZに寄託された生物中に含有される核酸分子と同一もしくは類似である核酸分子であって、好ましくは、生物中に含有される核酸分子が、異種核酸分子である核酸分子を含み、第3の核酸分子が、直鎖または環状分子のいずれかである、核酸分子。実施形態21原核生物において調節活性を有する調節核酸配列の核酸分子において、部位特異的組換え部位および陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列が、5’から3’方向に配置される、実施形態1に記載の第3の核酸分子。実施形態3正確に1つの部位特異的組換え部位を含有する、実施形態1から2のいずれか1つに記載の第3の核酸分子。実施形態4直鎖分子であり、エレメントaからfが、好ましくは、第3の核酸分子の環状分子の、第1の制限部位で認識および切断する第1の制限酵素での切断の際に、以下のとおりの以下の順序:1.場合によりウイルスのゲノムの第1の部分、2.核酸配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列、または転写単位、3.原核生物において調節活性を有する調節核酸配列、4.部位特異的組換え部位、5.陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列、ならびに6.i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位で5’→3’方向に配置される、実施形態1から3のいずれか1つに記載の第3の核酸分子。実施形態5ウイルスのゲノムの第1の部分をさらに含む、実施形態1から4のいずれか1つに記載の第3の核酸分子。実施形態6ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分が、あるウイルスもしくは該ウイルスのあるゲノムもしくは該ゲノムの末端配列または末端配列の1つもしくはいくつかの部分を含む、実施形態5に記載の第3の核酸分子。実施形態7あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分が、アデノウイルス、好ましくはヒトアデノウイルスのゲノムの第1の部分であり、より好ましくは、アデノウイルスが、ヒトアデノウイルス5型、最も好ましくはE1転写単位のTATAボックスの上流のアデノウイルス5型の全左側末端またはその1つもしくはいくつかの部分である、実施形態5から6のいずれか1つに記載の第3の核酸分子。実施形態8条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列が、複製起点を含み、好ましくは、複製起点が、ファージgR6Kの最小の起点である、実施形態1から7のいずれか1つ、好ましくは、実施形態7に記載の第3の核酸分子。実施形態9原核生物において調節活性を有する調節配列が、原核生物において、好ましくは原核生物宿主細胞において、ヌクレオチド配列の発現を指示する配列である、実施形態1から8のいずれか1つ、好ましくは実施形態7から8のいずれか1つに記載の第3の核酸分子。実施形態10陰性選択マーカーまたは陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列の発現が、選択薬剤および/または選択条件に対する感受性を媒介または付与する、実施形態1から9のいずれか1つ、好ましくは実施形態8から9のいずれか1つに記載の第3の核酸分子。実施形態11陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列が、galK、tetAR、pheS、thyA、lacy、ccdBおよびrpsL遺伝子を含む群から選択される遺伝子である、実施形態10に記載の第3の核酸分子。実施形態12実施形態1から11のいずれかに定義される第3の核酸分子および第2の核酸分子とも呼ばれる核酸分子の組合せであって、第2の核酸分子が、1以下のエレメント:ai単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、b部位特異的組換え部位と、cウイルスのゲノムの第2の部分と、d場合により、第2の制限部位と呼ばれる制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号2および/もしくは配列番号13および/もしくは配列番号14によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3受託番号DSM24298および/もしくはDSM24299でブダペスト条約に基づいてDSMZに寄託された生物に含有される核酸分子と同一もしくは類似である核酸分子であって、好ましくは、生物中に含有される核酸分子が、異種核酸分子である核酸分子を含み、第2の核酸分子および第3の核酸分子が各々独立に直鎖分子または環状分子のいずれかであり、好ましくは、第2の核酸分子が環状分子であり、第3の核酸分子が環状分子である、組合せ。実施形態13第1の核酸分子とも呼ばれる核酸分子および第2の核酸分子とも呼ばれる核酸分子の組合せであって、第1の核酸分子が、1以下のエレメント:a部位特異的組換え部位と、bi条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、cウイルスのゲノムの第1の部分と、d転写単位とe場合により第1の制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号1および/もしくは配列番号15によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3ブダペスト条約に従って受託番号DSM23753でDSMZに寄託された生物中に含有される核酸分子と類似または同一である核酸分子であって、好ましくは、生物中に含有される核酸分子が、異種核酸分子である核酸分子を含み、第2の核酸分子が、1以下のエレメント:ai単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位と、b部位特異的組換え部位と、cウイルスのゲノムの第2の部分と、d場合により、第2の制限部位とも呼ばれる制限部位とを含む核酸分子、または2配列番号2および/もしくは配列番号13および/もしくは配列番号14によるヌクレオチド配列を含む核酸分子、または3受託番号DSM24298および/もしくはDSM24299でブダペスト条約に基づいてDSMZに寄託された生物に含有される核酸分子と同一もしくは類似である核酸分子であって、好ましくは、生物中に含有される核酸分子が、異種核酸分子である核酸分子を含み、第1の核酸分子および第2の核酸分子が各々独立に直鎖分子または環状分子のいずれかであり、好ましくは、第1の核酸分子が環状分子であり、第2の核酸分子が環状分子である、組合せ。実施形態14第1の核酸分子が、正確に1つの部位特異的組換え部位を含有する、実施形態13に記載の組合せ。実施形態15第1の核酸分子のウイルスのゲノムが、ヒトアデノウイルスゲノム、好ましくは、ヒトアデノウイルス5型ゲノムとは異なるヒトアデノウイルスゲノムであり、より好ましくは、第1の核酸分子のウイルスのゲノムが、ヒトアデノウイルス19a型ゲノムである、実施形態13および14のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態16第1の核酸分子の条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列が、複製起点を含む、実施形態13から15のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態17第1の核酸分子の第1の選択マーカーを提供する配列が、酵素をコードするこのような核酸配列を有する宿主細胞に耐性を付与する酵素をコードする核酸配列である、実施形態13から16のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態18第1の核酸分子のウイルスのゲノムの第1の部分が、ウイルス末端反復、好ましくはアデノウイルス末端反復である、実施形態13から17のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態19第1の核酸分子のウイルスのゲノムの第1の部分が、アデノウイルスプロモーターpIXを含有し、より好ましくは、アデノウイルスプロモーターpIXが、ヒトアデノウイルス19a由来のpIXプロモーターである、実施形態13から18のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態20第2の核酸分子が、正確に1つの部位特異的組換え部位を含有する、実施形態12から19のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態21第2の核酸分子のウイルスゲノムが、ヒトアデノウイルスゲノムであり、実施形態12に記載の組合せの場合には、第2の核酸分子のウイルスゲノムが、好ましくはヒトアデノウイルス5型ゲノムまたはヒトアデノウイルス19a型ゲノムであり、実施形態13に記載の組合せの場合には、第2の核酸分子のウイルスゲノムが、好ましくは、ヒトアデノウイルス5型ゲノムとは異なるヒトアデノウイルスゲノムであり、より好ましくは、第2の核酸分子のウイルスゲノムが、ヒトアデノウイルス19a型ゲノムである、実施形態12から20のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態22第2の核酸分子の単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列が、原核生物宿主細胞における単一コピー維持のための複製起点を含む、実施形態12から21のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態23第2の核酸分子マーカーの第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列が、酵素をコードするこのような核酸配列を有する宿主細胞に耐性を付与する酵素をコードする核酸配列である、実施形態12から22のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態24第2の核酸分子のウイルスのゲノムの第2の部分が、ウイルスの逆方向末端反復、好ましくはアデノウイルス逆方向末端反復、より好ましくはアデノウイルス右側逆方向末端反復を含む、実施形態12から23のいずれか1つに記載の組合せ。実施形態25ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法であって、a実施形態1から11のいずれか1つに定義される第3の核酸分子を用意するステップ、b実施形態12に定義される第2の核酸分子を用意するステップ、またはc実施形態12から24のいずれか1つに記載の第3の核酸分子および第2の核酸分子の組合せ、d部位特異的組換えが起こるように第3および第2の核酸分子を反応させるステップであって、部位特異的組換えが、部位特異的リコンビナーゼによって媒介され、部位特異的組換えが、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムのコピー、好ましくは単一コピーを含む組換え生成物を形成し、ゲノムが、補完された完全なゲノムであり、補完された完全なゲノムが、部位特異的組換えによって補完されるステップ、e場合により、組換え生成物を選択するステップ、ならびにf場合により、第1および第2の制限酵素を用いて組換え生成物を切断するステップを含む、方法。実施形態26ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法であって、a実施形態13から24のいずれか1つに記載の第1の核酸分子および第2の核酸分子の組合せ、b部位特異的組換えが起こるように第1および第2の核酸分子を反応させるステップであって、部位特異的組換えが、部位特異的リコンビナーゼによって媒介され、部位特異的組換えが、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムのコピー、好ましくは単一コピーを含む組換え生成物を形成し、ゲノムが、補完された完全なゲノムであり、補完された完全なゲノムが、部位特異的組換えによって補完されるステップ、c場合により、組換え生成物を選択するステップ、ならびにd場合により、第1および第2の制限酵素を用いて組換え生成物を切断するステップを含む、方法。実施形態27第3および第2の核酸分子を、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23743でDSMZに寄託された生物と類似または同一である原核生物宿主細胞、好ましくは大腸菌において反応させる、実施形態25に記載の方法。実施形態28第1および第2の核酸分子を、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23743でDSMZに寄託された生物と類似または同一である原核生物宿主細胞、好ましくは大腸菌において反応させる、実施形態26に記載の方法。実施形態29ヌクレオチド配列のライブラリーを作製するための方法であって、前記ライブラリーが、複数の個々の核酸配列を含み、前記ライブラリーが、複数のウイルスゲノムによって表され、各ウイルスゲノムが、単一の個々のヌクレオチド配列を含有し、実施形態25および27のいずれかに定義される方法のステップを含み、個々のヌクレオチド配列が、第3の核酸分子の転写単位の部分である、方法。実施形態30ヌクレオチド配列のライブラリーを作製するための方法であって、前記ライブラリーが、複数の個々のヌクレオチド配列を含み、前記ライブラリーが、複数のウイルスゲノムによって表され、各ウイルスゲノムが、単一の個々のヌクレオチド配列を含有し、実施形態26および28のいずれかに定義される方法のステップを含み、個々のヌクレオチド配列が、第1の核酸分子の転写単位の部分である、方法。実施形態31場合により添付文書、ならびに適した容器単数または複数中に少なくとも実施形態1から11のいずれか1つに定義される第3の核酸分子および/または実施形態12から24のいずれか1つに記載の第3の核酸分子および第2の核酸分子の組合せを含むキット。実施形態32場合により添付文書、ならびに適した容器単数または複数中に少なくとも実施形態13から19のいずれか1つに定義される第1の核酸分子および/または実施形態13から24のいずれか1つに記載の第1の核酸分子および第2の核酸分子の組合せを含むキット。実施形態33核酸分子単数または複数がすぐに使用できる形態で含有され、かつ/またはキットが使用説明書を含有する、実施形態31および32のいずれか1つに記載のキット。当業者ならば、本明細書において、用語提供することtoprovideまたは提供することprovidingとは、種々の方法に関連して、好ましくは、このような方法に従う任意のステップを実施するために提供される核酸分子が入手可能であることおよびこのような核酸分子を、このようなステップの前または直前に合成する必要がないことも意味するということは理解される。むしろこのような核酸分子は、このような核酸分子の任意の貯蔵物から持ち込まれ得る。本発明の方法によって、細菌において部位特異的組換えを使用する場合には、組換え事象の数に関わりなく感染性ウイルスベクターゲノムの構築が可能となり、第2の核酸系について記載されるように、部位特異的組換えを使用する場合には、組換え事象の数を1に制限し、第1のこのような系は、本発明の第1の核酸分子および本発明の第2の核酸分子の組合せからなり、第2のこのような系は、本発明の第3の核酸分子および本発明の第2の核酸分子の組合せからなる。当業者には、本発明に一致して、組換え事象の特定のパーセンテージは、複数の組換えをもたらすということは認識されよう。好ましくは、このようなパーセンテージは、5未満、好ましくは、3未満、より好ましくは、2.5未満である。複数の組換え事象の出現は、混入であり、組換え体をスクリーニングし、特徴付けることを必要とする。このようなスクリーニングは、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための本発明の方法に関連して実施され、組換え型産物の選択と呼ばれる。開示された両系を使用して、組換えウイルスベクターゲノムを作製できる。両系において得られた組換え生成物は、組込み事象の数に関わらず、ウイルスゲノムの正確に1つのコピーを含有する。本発明は、複数の組換えを排除し、複数のウイルスベクターゲノムを含有するライブラリーのスクリーニングを避けるための溶液を提供した。このようなウイルスゲノムまたは複数のウイルスゲノムは、ウイルス、好ましくはアデノウイルスの補完された完全なゲノムである。このようなウイルスのゲノムは、ユニークな制限酵素を用いる制限消化によって放出され、それによって、ウイルスゲノムと接続しているすべての細菌配列を除去する。したがって、これらの方法によって作製されたウイルスゲノムは、本質的に、不要な細菌配列は全く含まない。第1、第2および第3の核酸分子中の遺伝エレメントの配置は、得られた組換え生成物が、組込み事象の数に関わらず、補完された完全なウイルスゲノムの正確に1つのコピーを含有することを暗示する。したがって、本発明において、部位特異的リコンビナーゼの存在下で該アデノウイルスまたはあるアデノウイルスに対して許容的な真核細胞宿主細胞において、第1または第3の核酸の直線化された形態を、第2の核酸の直鎖形態と反応させる方法が開示される。この方法は、組換え生成物を選択するステップを必要としない。本発明の方法は、技術の現在の制限を実質的に克服し、アデノウイルスゲノムまたは複数のアデノウイルスゲノムの構築のために、例えば、Gateway商標システムの対象のような、部位特異的組換えを使用する。より詳しくは、本発明の第1または第3の核酸分子のいずれか上、および第2の核酸分子上に存在する1つのFrt部位間の組換えによって、invitroで、2つの同一でない組換え部位間の組換えと関連している不利点が回避され、高効率および忠実度での複数のウイルスゲノムの作製が可能となる。本発明の方法はまた、酵母人工染色体YACにおけるキメラ化およびマルチコピーコスミドまたはプラスミドベクターにおけるゲノムDNA不安定性の問題を解決する。このような方法と関連して、この効果は、単一コピーのF因子レプリコンを使用して複製する細菌人工染色体BACの使用によって媒介されるKimUJら、NucleicAcidsRes.、20:1083~1085頁、1992年;ShizuyaHおよびKouros-MehrH.、KeioJ.Med.50:26~30頁、2001年。さらに、本発明の方法は、複数の組換え事象のパーセンテージに関して上記の考慮の対象となる大腸菌において生じる組換え反応について、組換え事象の数を1に制限することによって、純粋なライブラリーの構築のための部位特異的組換えの制限を克服する。ライブラリーは、単一コピーBACにおいて安定に維持され得、したがって、現在のウイルス発現ライブラリーの制限を克服する。アデノウイルスの場合には、ライブラリーは、生命体ウイルスとして維持され、したがって、cDNAの発現が増殖利点または不利点を付与し、したがって、ライブラリー集団中で過剰または過少提示されるcDNA発現ライブラリーの場合には当然である、増殖利点を有するウイルス突然変異体の選択による偏りの対象となる。さらに、本発明の方法による選択またはスクリーニングの使用によって、多重挿入を有する組換え生成物は、完全に排除される。本明細書において好ましく使用されるように、選択は、第3の核酸分子および第2の核酸分子を使用するウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法の場合には、反応生成物が、両核酸分子によって提供された陽性および陰性選択マーカーの組合せの使用によって選択され得、第3の核酸分子によって提供された陽性選択マーカーが、選択薬剤に対する耐性を付与し、第3の核酸によって提供された陰性選択マーカーが、選択薬剤に対する感受性を付与し、第2の核酸によって提供された第2の選択マーカーが、第2の選択薬剤に対する耐性を提供することを意味する。最後に、本発明は、大きなDNAライブラリーの構築を可能にする組換え系およびinvitroおよびinvivoで組換えベクターゲノムの構築のためにFrt/Flp系に適用される解決法に関する。本発明者は、驚くべきことに、条件付きリコンビナーゼ発現を可能にするプラスミドを有する大腸菌宿主における、各々、リコンビナーゼFlpの1つの認識部位を有する、2種の核酸間の部位特異的組換えを含む系が、上記の制限を克服することができ、第2の核酸における、また得られた組換え生成物におけるアデノウイルスゲノムの遺伝的安定性を保ちながら、2種の核酸間の組換えの数を1に制限しながら、高効率、正確度でのアデノウイルスゲノムおよび複数のアデノウイルスゲノムの構築を可能にすることを見い出した。結果として、本発明の問題はまた、大腸菌における部位特異的組換えに基づいてウイルスベクターを構築するための、高効率の信頼性のある簡単な方法を提供する、Flpリコンビナーゼによって媒介される部位特異的組換えのための2つの核酸系によって解決される。Flp-Frt媒介性部位特異的組換えを、開示された2つのベクターDNA系、すなわち、第1の核酸分子および第2の核酸分子を含む系ならびに第2の核酸分子および第3の核酸分子を含む系と一緒に使用することが、本発明のさらなる目的である。これは、ヌクレオチド配列を含有する複数の組換えられた核酸を構築するための高効率の信頼性のある簡単な方法を提供する。好ましくは、このようなヌクレオチド配列は、ウイルス、好ましくはアデノウイルスのゲノムヌクレオチド配列またはその部分単数または複数である。良好な形質転換効率を保つために、300kbを越えるゲノムを安定に維持するための本発明のこの態様を使用することは可能であるが、第1および第3の核酸の大きさは、100kb未満であるべきであり、核酸のライブラリーが構築されるべきである場合には、好ましくは、40kb未満、さらにより好ましくは、10kb未満であるべきである。本発明はまた、大腸菌において核酸分子を組み換えるために部位特異的組換えを使用する、核酸分子、ベクターおよび方法に関する。核酸ライブラリーの作製のための方法が開示され、本発明の方法の好ましい実施形態では、方法は、ウイルスゲノムおよび複数のそのウイルスゲノムを作製するためのものである。核酸分子は、個々に、または組合せとして、また本発明に開示される方法は、より信頼性があり、部位特異的組換え系の使用を拡大し、中でも、補完された完全な、それぞれのウイルスゲノムの構築および偏りのない安定なウイルスゲノムのライブラリーの作製を可能にする。本発明はまた、部位特異的リコンビナーゼの存在下で、許容真核細胞宿主細胞において核酸分子を組み換えるために、部位特異的組換えを使用する、核酸分子の作製、ウイルスゲノムまたはその複数のウイルスゲノムの作製のための方法に関する。ウイルスゲノムまたは複数のウイルスゲノムの作製のための方法が開示され、本発明の方法の好ましい実施形態では、方法は、アデノウイルスベクターを作製するためのものである。本発明に開示される方法は、アデノウイルス作製のための確立された方法よりも相当に迅速であり、部位特異的組換え系の使用を拡大し、補完性細胞株において複製能力のある、ウイルスゲノムまたは複数のウイルスゲノムの作製を可能にする。本発明は、独立して、非複製性であり、組換え後に、ウイルス、好ましくはアデノウイルスの補完された完全なゲノムを形成する2種のDNAをつなぎ合わせるための、Flpリコンビナーゼによって媒介される部位特異的組換えのための高効率を有する大腸菌における第1の核酸系を提供する。本発明の核酸分子、より詳しくは、第1の核酸分子、第2の核酸分子および第3の核酸分子の1つの適用は、E1、場合により、E3遺伝子について欠失しており、E1遺伝子の代わりに外来DNAを含有するアデノウイルスゲノム第1世代アデノウイルスベクターの構築である。本発明のさらなる実施形態では、独立して、非複製性であり、組換え後に、ヒト非5型アデノウイルス、好ましくはヒト19a型アデノウイルスの補完された完全なゲノムを形成する2種のDNAをつなぎ合わせるための、Flpリコンビナーゼによって媒介される部位特異的組換えのための高効率を有する大腸菌における第1の核酸系が提供される。本発明の核酸分子、より詳しくは、第1の核酸分子および第2の核酸分子の1つの適用は、E1、場合により、E3遺伝子について欠失しており、E1遺伝子の代わりに外来DNAを含有するヒト非5型アデノウイルスゲノム第1世代血清型アデノウイルスベクターの構築である。本発明に従って、i単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、部位特異的組換え部位、優先的には野生型Frt部位配列番号8、ウイルスのゲノムの第2の部分、優先的にはアデノウイルスのゲノムの第2の部分、ならびにより優先的にはヒトアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型の第2の部分、ならびに場合により第2の制限部位を含むベクターpBACSir2配列番号2またはpBACSirAd19a配列番号14と同一または類似である、1つの野生型Frt部位を含有する、好ましくは、BACである第2の核酸分子が開示される。さらに、ウイルスのゲノムの第1の部分、優先的にはアデノウイルスのゲノムの第1の部分、さらにより優先的にはアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型の第2の部分、転写単位、部位特異的組換え部位、優先的には最小のFrt部位配列番号7、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位を含む第1の核酸分子に対応する、pDonorSir1配列番号1またはプラスミドpDonorSir19a配列番号15と同一または類似であるプラスミドが提供される。開示される第2の核酸系の別の実施形態は、場合によりウイルスのゲノムの第1の部分、優先的にはアデノウイルスのゲノムの第1の部分、さらにより優先的にはアデノウイルス5型ヌクレオチド配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列の第2の部分または転写単位、原核生物において調節活性を有する調節核酸配列、優先的には細菌プロモーター、部位特異的Frt部位、優先的には最小のFrt配列番号7、陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、場合により第1の制限部位を含有する、本発明の第3の核酸分子に対応するpDonorSir2配列番号6と類似または同一であるプラスミドである。2種の核酸系を使用するこの方法の1つの適用は、ウイルスゲノムまたはその複数のウイルスゲノム、優先的には、アデノウイルスゲノムまたはその複数のアデノウイルスゲノム、より優先的には、アデノウイルス5型ゲノムまたは複数のアデノウイルス5型ゲノムの構築である。開示された方法の1つのさらなる適用は、ウイルス発現ライブラリーの作製である。本発明の核酸系およびウイルスゲノムをコードする核酸分子を作製するための方法は、同等の非アデノウイルス5型ゲノムの操作および構築との類似性によって同様に適用可能である。さらなる実施形態では、このような核酸分子および方法は、それぞれ、ミラー設定において適用され得、ヌクレオチド配列は、アデノウイルスゲノムの右側末端例えば、E3にレスキューされるか、E4遺伝子を欠失するため、またはこのようなヌクレオチド配列を保持するアデノウイルスゲノムもしくは複数のアデノウイルスゲノムを作製するために適用される。ミラー設定における2種の核酸系の使用の1つの適用は、突然変異ウイルスタンパク質を用いるアデノウイルスゲノムまたは複数のアデノウイルスゲノムの構築である。本発明は、第1の核酸分子および第2の核酸分子を含む組合せの使用ならびに第3の核酸分子および第2の核酸分子を含む組合せの使用をそれぞれ開示する。第1と第2または第3と第2の核酸分子を、Flpリコンビナーゼによって媒介される部位特異的組換えによって大腸菌において高効率で反応させる。本発明では、第2の核酸分子は、BACであり、1つの、好ましくは、野生型Frt部位を含有し、第2の核酸分子は、ベクターpBACSir1、pBACSir2またはBacSir19aと同一または類似である。さらに、pDonorSir2と同一または類似の第3の核酸が開示される。この系の1つの適用は、各々、補完された完全なウイルスゲノムの1つのコピーを含有する、第4、第5の核酸または複数の第4または第5の核酸分子の構築である。実施例の簡単な説明本発明に提供される方法による第4の核酸分子に対応する反応生成物は、核酸分子pDonorSir1またはpDonorSir19aおよびそれぞれpBACSir1またはpBACSir19aと同一または類似のヌクレオチド酸分子間の組合せと、それに続く大腸菌宿主細胞における部位特異的組換えに起因する。2種の核酸分子pDonorSir1およびpBACSir1間の部位特異的組換えに起因する反応生成物を、XhoIを使用する制限分析によって特徴付けた図2A。1回組換えられた反応生成物pRAB1x配列番号4および2回組換えられた反応生成物pRAB2x配列番号5の制限分析が、図2Aに示されている。得られた反応生成物pRAB1xおよびpRAB2xは、PacIを用いる制限消化によって反応生成物から放出された、補完された完全なヒトアデノウイルス5型ゲノムの正確に1つのコピーを含有していた。PacI消化されたDNAを、293細胞にトランスフェクトし、組換えアデノウイルスが得られた。293細胞の増殖性感染後に単離されたアデノウイルス由来のDNAを、XhoIを用いる制限消化によって分析した図2A。Flp媒介性組換え反応および得られた1回および2回組換えられた反応生成物の模式図が、図1に示されている。pDonorSir2およびpBACSir2の大腸菌宿主細胞における組合せおよび部位特異的組換えに起因する、本発明に提供された方法による第5の核酸分子に各々対応する複数の反応生成物を、XhoIを使用する制限分析によって特徴付けた図2B。1回組換えられた反応生成物pRAB_RPSL_1x配列番号11および2回組換えられた反応生成物pRAB_RPSL_2x配列番号12のXhoIを用いる制限分析が、図2Bに示されている。得られた反応生成物の大部分83/88は、pDonorSir2およびpBACSir2間の単回組換えに起因していた図2B。2/88組換え生成物の制限消化パターンは、2重に組み換えられた生成物pRAB_RPSL_2xに対応していた。反応スキームおよび反応生成物の模式図が、図3に示されている。単回組換えられた生成物pRAB_RPSL_1xでは、原核生物において調節活性を有する調節核酸配列、本明細書では、大腸菌ガラクトキナーゼプロモーターおよび陰性選択マーカー、本明細書では、RPSL遺伝子は、互いに機能的に分離しているが、驚くべきことに、二重に組換えられた生成物pRAB_RPSL_2xについては、陰性選択マーカーは、2種の陽性選択マーカーと組み合わせて、高度に機能的であり、二重に組換えられた反応生成物の最小のバックグラウンドにつながった。この実施例において得られた結果に基づいて図3、二重組換え生成物pRAB_RPSL_2xの高効率対抗選択のための、陽性および陰性選択マーカーの可能性ある組合せを説明するマトリックスが図6に示されている。別の実施例では、第1の核酸分子および第2の核酸分子間のFlpリコンビナーゼによって媒介される部位特異的組換えを、部位特異的リコンビナーゼを提供する真核細胞宿主細胞において行った。核酸分子pDonorSir1-EGFP配列番号9およびpBACSir2を、それぞれ、第1および第2の制限部位を認識する酵素を用いて消化し、直線化された核酸分子を、Flpリコンビナーゼを安定に発現する293細胞にトランスフェクトした。得られた組換え生成物は、293細胞において複製能力のあるEGFP遺伝子を発現する補完された完全なヒトアデノウイルス5型ゲノムの1つのコピーを含有していた図4。本発明者らは、本明細書に記載されたFRT/Flpベースの技術を別のアデノウイルス血清型に移すことができ、GFPを発現する組換えアデノウイルス型Ad19aベクターを作製した。アデノウイルス19a型ゲノムを、左側ITRを含むAd19aゲノムの左側末端、パッケージング部位およびポリアデニル化部位を含めたE1遺伝子領域について欠失しているBACpBACSir19aに、欠失しているエレメントのコピーを保持するドナープラスミドのFlp媒介性挿入を可能にするためにこの部位に導入されたFRT部位を用いてクローニングした。さらに、微量のキャプシッドタンパク質をコードするpIX遺伝子の発現に必要であるpIXプロモーターが、核酸pBACSir19a中に保存された。さらに、pBACSir19aはまた、欠失されたE3領域も有していた。pBACSir19aベクターの配列は、配列番号14に提供されている。pIXプロモーター、より詳しくは、アデノウイルスpIXプロモーターは、当技術分野で公知であり、その配列は、公的に入手可能なデータバンクから検索され得る。それに関連して、当業者ならば、本明細書において好ましく使用されるpIXプロモーターは、アデノウイルスにおいてpIXコード配列と作動可能に連結しているプロモーターであり、このようなアデノウイルスは、好ましくは、アデノウイルス5型またはアデノウイルス19a型であるということは認識されよう。一実施形態では、pIXプロモーターは、最小のプロモーターであり、ここで前記の最小のプロモーターは、アデノウイルスpIX遺伝子の上流のプロモーター領域に起因する70ヌクレオチドのDNAエレメントである。さらなる実施形態では、最小のpIXプロモーターは、Ad5にTATAボックスおよびSp1ボックスを含み、アデノウイルスゲノムのヌクレオチド3511~3580に対応する。アデノウイルスの多数のその他の血清型は、pIX遺伝子およびその上流プロモーターを同様に含有し、これらのpIXプロモーターに起因する最小のプロモーターも、本発明に同様に包含される。ドナー核酸pDonorSir19aは、PacI部位、Ad19aITRおよびパッケージングシグナルならびにEGFP転写単位を保持し、ドナーベクターpDonorSir1に匹敵するが、すべてのウイルスシスエレメントは、ヒトアデノウイルス19a型由来の配列配列番号15によって置き換えられている。本発明において提供された方法に従って得られた反応生成物は、核酸分子pDonorSir19aおよびそれぞれpBACSir19aと同一または類似のヌクレオチド酸分子間の大腸菌宿主細胞における組合せとそれに続く部位特異的組換えに起因する、複製能力のある組換えアデノウイルス19a型ゲノム全体を含有していた。得られた反応生成物を、KpnIを使用する制限分析によって特徴付けた図7。得られた核酸の2種の独立したクローンレーン1およびレーン4を精製し、PacIを用いて消化し、293細胞をトランスフェクトし、生存可能な組換えAd19aベクターが得られた。各々、本発明において提供される方法による第5の核酸分子に対応する複数の反応生成物は、pDonorSir2_Ad19aの大腸菌宿主細胞における組合せおよび部位特異的組換えに起因する。プラスミドpDonorSir2_Ad19aは、本発明の第3の核酸分子の実施形態であり、すべてのAd5由来の配列に関してpDonorSir2とは異なり、それらは、対応するAd19a配列によって置き換えられている。pDonorSir2_ad19aおよびpBACSir19a間の組換えの結果、本発明に従って、単一の組換え生成物が得られる。この単一の組換えられた生成物では、原核生物において調節活性を有する調節核酸配列、本明細書では、大腸菌ガラクトキナーゼプロモーターおよび陰性選択マーカー、本明細書では、RPSL遺伝子は、互いに機能的に分離しているが、驚くべきことに、二重に組換えられた生成物については、陰性選択マーカーは、2種の陽性選択マーカーと組み合わせて、高度に機能的であり、二重に組換えられた反応生成物の最小のバックグラウンドにつながる。この実施例において得られた結果に基づいて、二重組換え生成物の高効率対抗選択のための、陽性および陰性選択マーカーの可能性ある相乗的組合せを説明するマトリックスが図6に示されている。好ましい実施形態の説明本発明は、ウイルスのゲノムの第2の部分を含む第2の核酸分子と組み合わせたウイルスのゲノムの第1の部分を有する第1の核酸を開示し、第1および第2の核酸分子を、部位特異的リコンビナーゼを提供する大腸菌宿主細胞において組み合わせ、部位特異的組換えによって反応させる。得られた核酸分子は、あるウイルスまたは該ウイルスの補完された完全なゲノムの正確に1つのコピーを含有し、ウイルスゲノムは、許容細胞において複製能力がある。本発明の概略図が、図1に示されている。本発明のさらなる実施形態では、第3の核酸分子が記載される。第3の核酸を、部位特異的リコンビナーゼを提供する大腸菌宿主細胞において、第2の核酸分子と組み合わせ、部位特異的組換えによって反応させる。第3の核酸分子中の遺伝エレメントの機構は、発明性があり、本発明において提供される方法に従って、97.5超の場合において組換え事象の数を1に制限する。この効率は、複数の第5の核酸分子または第5の核酸分子のライブラリーの構築にとって十分であり、単一の組換えられた生成物についてこのような複数の核酸またはライブラリーをスクリーニングする必要性という問題を解決する。本方法の図表示は、図3に示されている。第1の核酸分子は、ウイルスのゲノムの第1の部分、優先的には、アデノウイルスのゲノムの第1の部分、さらにより優先的には、ヒトアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型の第1の部分を含む。さらに、第1の核酸分子は、転写単位、部位特異的組換え部位、優先的には最小のFrt部位配列番号7、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供する核酸配列を含む細菌ヌクレオチド配列を含む。好ましい実施形態では、第1の核酸は、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分を含有する細菌プラスミドであり、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの第1の部分は、末端反復、好ましくは、逆方向末端反復である。より好ましい実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスであり、末端反復は、アデノウイルスの逆方向末端反復である。最も好ましい実施形態では、ウイルスは、ヒトアデノウイルス5型であり、ヒトアデノウイルス5型のゲノムの第1の部分は、左側逆方向末端反復である。本発明の一実施形態では、ウイルスのゲノムの第1の部分は、パッケージングシグナルを含む。好ましい実施形態では、パッケージングシグナルは、末端配列の部分であり、より好ましい実施形態では、パッケージングシグナルは、AV5ゲノムのnt194からnt385に伸びるヒトアデノウイルス5型に由来するパッケージングシグナルΨ5である。アデノウイルスベクターのパッケージングは、一部が他のものよりもより重要である階層的順序で使用される一連の7個のAの反復に頼っている。したがって、この領域に由来する配列の部分を組み合わせることによって合成または最小パッケージング配列を規定することがあり得る。アデノウイルスゲノムの左側部分へのシス作用性パッケージングエレメントの位置が、アデノウイルスの多数のその他の型について実験的に確認されている。さらに、パッケージングプロセスのトランス作用因子の同定によって、サブタイプ特異的な方法で作用するいくつかのアデノウイルスタンパク質が同定され、これは、キャプシド形成シグナルΨおよびトランス作用因子が、同一サブタイプに由来するか、適合性である場合には、ウイルスDNAのパッケージングのみを可能にする。本発明のさらなる実施形態では、nt1からnt342配列番号10のE1転写単位のTATAボックスの上流のAV5ゲノムの左側末端の全部または部分を含む、ウイルスのゲノムの第1の部分。本発明のさらなる実施形態では、ウイルスのゲノムの第1の部分は、逆方向末端反復ITRを含有し、好ましい実施形態では、逆方向反復は、ヒトアデノウイルス5型AV5の左側末端に由来し、左側逆方向末端反復を含む。左側逆方向末端反復配列左側ITRの長さは、AV5配列のヌクレオチド1からヌクレオチド103に伸長する。ITRの大きさは、アデノウイルスの血清学的に別個の型の間で変わり、invivoでヒトアデノウイルス4型ウイルス複製を支持する18bpnt1からnt18程度の短い最小末端ITR配列が、規定され得る。ITRの末端18bpは、DNA複製の基礎レベルを支持するが、それぞれ、サブグループCアデノウイルス、AV2およびAV5では最大効率のために補助的領域が必要とされる。その他のウイルス型例えば、アデノ随伴ウイルスAVVはまた、ウイルス複製のためのITRの存在に頼っている。ヒトAAV2型については、ITRの長さは、145ヌクレオチドであり、ウイルス複製のために必要な必須の末端配列である。原則はまた、複製およびキャプシド形成に必要なITR以外の末端配列を含有する、その他の型のウイルス例えば、SV40、バキュロウイルス、γヘルペスウイルスにも当てはまる。例として、サイトメガロウイルスゲノムのα配列は、単純ヘルペスウイルス欠損ゲノムの切断/パッケージングシグナルとして機能する。一実施形態では、本発明の第1の核酸は、第1の制限部位を含み、この配列は、ウイルスのゲノムの第1の部分中、および第1の核酸中に存在する転写単位中には存在しない。本発明の好ましい実施形態では、制限部位は、アデノウイルスのゲノム中に存在しない制限部位の群から選択される。より好ましい実施形態では、制限部位は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む、ヒトアデノウイルス5型AV5中に存在しない部位の群から選択される。第1の核酸分子は、以下のエレメント:部位特異的組換え部位、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列、第1の制限部位、ウイルスのゲノムの第1の部分ならびに転写単位を含み、好ましい実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスであり、より好ましい実施形態では、ウイルスは、ヒトアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型である。さらなる実施形態では、本発明は、場合により第1の制限酵素を用いる第1の核酸分子の直鎖化後に得られる5’から3’方向に、以下のエレメントを含む第1の核酸分子を提供する。ウイルスのゲノムの第1の部分、転写単位、部位特異的組換え部位、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、場合により第1の制限部位。発明的内容によって、これが、第1の核酸分子の遺伝エレメントの好ましい方向である。本発明の一実施形態では、第1の核酸は、遺伝エレメントを、5’→3’方向で、部位特異的組換え部位、転写単位、ウイルスのゲノムの第1の部分、場合により第1の制限部位、ならびにi条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供する配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位を含むミラーコンホメーションで含有する。発明的内容によって、これが、第1の核酸分子の遺伝エレメントのさらなる方向である。さらなる実施形態では、ミラーコンホメーションのウイルスのゲノムの第1の部分は、末端反復を含む。好ましい実施形態では、ウイルスのゲノムの第1の部分は、逆方向末端反復を含む。より好ましい実施形態では、ウイルスゲノムの右側末端反復を含み、さらにより好ましくは、アデノウイルスの右側末端反復は、ヒトアデノウイルス5型ウイルスゲノムのゲノムの最後の103ヌクレオチドである。本発明のさらなる実施形態は、プロモーター、場合により発現させる核酸配列および終結シグナルを含有する転写単位に関する。本発明のさらなる実施形態は、第1の核酸はプロモーターと作動可能に連結している発現させる核酸配列および終結シグナルを含む転写単位を含有し、プロモーターは、PGKなどの真核生物RNAPolIIおよびCMVによって認識される真核生物もしくはウイルスプロモーターの群から、またはU6、H1、tRNAおよびアデノウイルスVAプロモーターなどのRNAPolIIIによって認識される真核生物もしくはウイルスのプロモーターの群から選択されるべきである。本発明のさらなる実施形態は、プロモーター、発現させる核酸配列および終結シグナルを含有する転写単位に関し、発現させる核酸は、タンパク質、ペプチドをコードする核酸、マイクロRNAおよび低分子干渉RNAsiRNAおよびshRNAを含めた非コーディングRNAをコードする核酸の群から選択される。本発明の別の態様では、転写単位は、プロモーター、発現させる配列および転写終結シグナルを含有し、それでは、終結シグナルは、ポリAシグナル、ストレッチTヌクレオチドなどのRNAPolIIIによって転写される遺伝子の終結シグナルなどの真核生物またはウイルスの遺伝子に由来する。本発明のさらなる実施形態では、第1の核酸は、Flpリコンビナーゼの部位特異的組換え部位を含む。第1の核酸分子において使用されるFrt部位は、S.セレビシエcerevisiaeのμプラスミドに由来する野生型Frt部位に基づいている。本発明の一実施形態では、使用されるFrt部位は、野生型の48種のFrt部位に由来する形態に制限されない配列番号8。それは、当技術分野で公知の突然変異Frt部位を含めたその他のFrt部位の群から選択され得るSchlakeT.およびBodeJ.Biochemistry33:12746~12751頁、1994年54;WO/1999/025854。本発明の好ましい実施形態では、第1の核酸分子において使用されるFrt部位は、wtFRT部位のR2、UおよびR3エレメントを含有する、34ntの長さの最小の組換え部位である配列番号7CherepanovPPおよびWackernagelW.Gene158:9~14頁、1995年。本発明の一実施形態では、細菌配列単位を有する第1の核酸分子は、i条件付き複製のための細菌配列、およびii第1の選択マーカーを提供する配列を含み、複製のための細菌配列は、複製起点oriを含有する。本発明の別の実施形態では、細菌配列単位を有する第1の核酸分子は、i条件付き複製のための細菌配列、およびii第1の選択マーカーを提供する配列を含み、複製のための細菌配列は、細菌細胞が必要なすべての機能を提供する特別な条件下での、特別な大腸菌株における、または正常な大腸菌株における条件付き複製のための複製起点を含有する。好ましい実施形態では、第1の核酸分子中の細菌配列は、piタンパク質発現の存在下でのみ維持され得る条件付きレプリコンとしてファージgR6Kの最小のoriを含有するShaffermanAら、J.Mol.Biol.161:57~76頁、1982年。本発明の一実施形態は、第1の選択マーカーを提供する配列を有する第1の核酸分子を提供し、選択マーカーは、選択薬剤に対するこのような核酸を有する細胞に耐性を付与する核酸である。本発明の好ましい実施形態では、第1の選択マーカーは、遺伝子をコードし、より好ましい実施形態では、第1の選択マーカーは、好ましくは、当技術分野で公知のものの中でも、アンピシリン、ゼオシン、ゲンタマイシン、クロラムフェニコール、テトラサイクリンおよびカナマイシンを含めた抗生物質に対する耐性を媒介する。本発明の最も好ましい実施形態では、第1の選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を媒介する。第1の選択マーカーは、当技術分野で公知の遺伝子の中でも、bla、ant3’’-Ia、aph3’-II、aph3’-II、bleおよびcmlA、aadA、aadB、sacBおよびtetA遺伝子を含めた抗生物質に対する耐性を媒介する遺伝子の群から選択され得る。好ましい実施形態では、カナマイシンに対する耐性を媒介するタンパク質をコードする遺伝子が、第1の選択マーカーである。本発明の一実施形態は、以下のエレメント:i単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、部位特異的組換え部位、ウイルスのゲノムの第2の部分、ならびに場合により第2の制限部位と呼ばれる制限部位を含む第2の核酸分子である。本発明の一実施形態は、ウイルスのゲノムの第2の部分を含有する第2の核酸分子であり、ウイルスのゲノムの第1の部分と組み合わせるウイルスのゲノムの第2の部分は、補完性細胞株において複製できる、補完された完全なウイルスゲノムを形成する。好ましい実施形態では、第2の核酸は、アデノウイルスゲノムの第2の部分を含有し、より好ましい実施形態では、第2の核酸は、ヒトアデノウイルス5型AV5ゲノムの第2の部分を含有する。より好ましい実施形態では、ウイルスゲノムの第2の部分は、AV5の左側ITR、E1領域およびE3領域について欠失しており、場合により、キャプシド形成シグナルΨ5について欠失しているAV5ゲノムであり、第1の核酸が、このウイルスゲノムを、左側ITRについて、場合により、キャプシド形成シグナルについて補完する。さらに、許容細胞株が、シスまたはトランスで欠失された配列について補完し得る限りは、E2またはE4領域に由来するさらなる配列が、同様に欠失され得るので、AV5ゲノムの第2の部分の欠失は、E1およびE3に限定されない。別の好ましい実施形態では、第2の核酸は、アデノウイルスゲノムの第2の部分を含有し、より好ましい実施形態では、第2の核酸は、ヒトアデノウイルス19a型AV19aゲノムの第2の部分を含有する。より好ましい実施形態では、ウイルスゲノムの第2の部分は、AV19aの左側ITR、E1領域およびE3領域について欠失しており、場合により、キャプシド形成シグナルΨ5について欠失しているAV19aゲノムであり、第1の核酸が、このウイルスゲノムを、左側ITRについて、場合により、キャプシド形成シグナルについて補完する。さらに、許容細胞株が、シスまたはトランスで欠失された配列について補完し得る限りは、E2および/またはE4領域に由来するさらなる配列が、同様に欠失され得るので、AV19aゲノムの第2の部分の欠失は、E1およびE3に限定されない。さらに、微量のキャプシッドタンパク質をコードするpIX遺伝子の発現に必要であるpIXプロモーターは、核酸pBACSir19aにおいて保存された。本発明の一実施形態は、部位特異的組換え部位を含有する第2の核酸である。部位特異的組換え部位は、Flpリコンビナーゼの組換え部位を含む群から選択される。本発明の好ましい実施形態では、使用されるFrt部位は、S.セレビシエcerevisiaeのμプラスミドに由来する野生型Frt48部位であるが、それに制限されない。当技術分野で公知の突然変異Frt部位を含めたその他のFrt部位が使用され得る。本発明のさらなる実施形態では、ウイルスのゲノムの第2の部分は、末端反復、好ましくは、ウイルスの末端反復、より好ましくは、逆方向末端反復を含む。好ましくは、逆方向末端反復は、アデノウイルスゲノム由来の右側逆方向末端反復であり、最も好ましい実施形態では、アデノウイルスゲノムは、ヒトアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型に由来し、逆方向末端反復は、ヒトアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型の右側逆方向末端反復である。本発明の一実施形態は、第2の制限部位を含む第2の核酸分子を提供し、制限部位は、ウイルスのゲノムの第2の部分中に存在しない。制限部位は、本特許に開示される方法に従って含有される核酸の直鎖化のために使用される。さらに、第2の制限部位は、第1の核酸分子によって提供されるウイルスのゲノムの第1の部分中に、また第1の制限部位から組換え部位の範囲の、ウイルスゲノムの第1の部分を包含する第1の核酸の配列部分中には存在しない。本発明のより好ましい実施形態では、制限部位は、アデノウイルスのゲノム中に存在しない制限部位の群から選択される。さらにより好ましい実施形態では、制限部位は、ホーミングエンドヌクレアーゼによって認識される部位およびジンクフィンガーヌクレアーゼの合成結合部位のその他の型を含めた、当業者に公知のその他の制限部位の中でもAbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む、ヒトアデノウイルス5型AV5中に存在しない部位の群から選択される。本発明の一実施形態は、i単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位を含有する第2の核酸を提供する。好ましい実施形態では、複製のための細菌ヌクレオチド配列oriは、大腸菌における低コピー、好ましくは、単一コピー維持に必要なすべてのエレメントを含有する。より好ましい実施形態では、第2の核酸中のoriは、f-エピソーム因子F因子に基づいており、大腸菌における複製および維持に必要なすべてのエレメントを含有する。本発明の1つのさらなる実施形態は、制限酵素、好ましくは、第2の制限部位を認識し、切断する制限酵素を用いる第2の核酸分子の直鎖化の際に、5’→3’方向で以下のエレメント:i単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、部位特異的組換え部位、ウイルスのゲノムの第2の部分、ならびに場合により第2の制限部位を含む第2の核酸分子である。本発明のさらなる実施形態では、第2の核酸分子は、耐性媒介遺伝子、より好ましくは、酵素をコードする耐性媒介遺伝子をコードする第2の選択マーカーを提供する配列を含有する。第2の核酸において使用される選択マーカーは、第1の核酸分子中に存在する選択マーカーとは異なる。好ましい実施形態では、第2の選択マーカーは、当技術分野で公知のものの中でも、アンピシリン、ゼオシン、ゲンタマイシン、クロラムフェニコールおよびカナマイシンを含めた抗生物質に対する耐性を付与する。最も好ましい実施形態では、第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を媒介する。第2の核酸分子中の第2の選択マーカーは、当技術分野で公知のその他の遺伝子の中でも、bla、ant3’’-Ia、aph3’-II、aph3’-II、ble、aadA、aadBおよびcmlA遺伝子を含めた抗生物質に対する耐性を媒介する遺伝子の群から選択され得る。より好ましい実施形態では、第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を媒介するタンパク質をコードする遺伝子である。ミラーコンホメーションと呼ばれる本発明のさらなる実施形態では、第2の核酸分子は、5’→3’方向で以下のエレメント:場合により第2の制限部位、ウイルスのゲノムの第2の部分、組換え部位ならびにi単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位を提供し、ウイルスのゲノムの第2の部分は、ウイルスゲノムの左側末端反復、好ましい実施形態では、左側逆方向末端反復ITRを提供する。より好ましい実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスであり、さらにより好ましい実施形態では、アデノウイルスは、ヒトアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型である。本発明のさらなる実施形態では、第2の核酸分子は、ミラーコンホメーションにおいて、パッケージングシグナルを提供するウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分を提供し、好ましい実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスであり、より好ましい実施形態では、アデノウイルスは、ヒトアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型である。本発明の一実施形態では、第2の核酸は、大腸菌において単一コピーベクターとして複製し、使用されるoriは、F因子またはP1レプリコンに基づいている。好ましい実施形態では、第2の核酸は、細菌人工染色体BACであるが、BACに限定されない。しかし、この系は、十分な機能性を保持するために、大腸菌における第2の核酸の低コピー、好ましくは、単一コピー維持を必要とする。より好ましい実施形態では、pBACSir1、pBACSir2またはpBACSir19aと同一または類似のBACベクターは、左側ITRおよびキャプシド形成シグナルについて欠失している、第1世代のE1およびE3が欠失したAdベクターゲノムをコードし、単一コピー維持に必要である複製起点のエレメントとしてparStheparA、parBおよびparC遺伝子を含有する。本発明の一実施形態は、第1の核酸分子の環状の閉じた形態の、第2の核酸分子の環状の閉じた形態との組合せであり、好ましい実施形態では、使用される第1の核酸は、プラスミドであり、第2の核酸は、BACベクターである。本発明のさらなる実施形態は、第1および第2の核酸分子の組合せであり、両核酸分子は、別個の分子として存在する。用語別個の分子とは、各分子が、物理的に別個の構成成分に解離できることを意味する。本発明の好ましい実施形態では、第1の核酸分子は、プラスミドであり、第2の核酸分子は、BACである。本発明の一実施形態は、第1の核酸分子の、第2の核酸分子との組合せであり、第1の核酸によって提供されるウイルスのゲノムの第1の部分および第2の核酸によって提供されるウイルスのゲノムの第2の部分は、一緒になると、完全なウイルスゲノムを形成する。用語完全なウイルスゲノムは、真核細胞株へのトランスフェクションの際に、生存可能な、複製能力のあるウイルスを生じさせる、ウイルスのゲノム配列をコードする核酸を説明する。このような細胞株は、許容細胞株と呼ばれる。本発明の好ましい実施形態では、ウイルスゲノムは、アデノウイルスゲノムであり、本発明のより好ましい実施形態では、ウイルスゲノムは、ヒトアデノウイルス5型ゲノムまたはヒトアデノウイルス19a型ゲノムである。本発明の一実施形態は、第1の核酸分子の、第2の核酸分子との組合せであり、第1の核酸分子によって提供される第1の制限部位および第2の核酸分子によって提供される第2の制限部位は、ウイルスのゲノムの第1の部分および第2の部分ならびに転写単位中に存在しない制限部位を含む群から選択される。好ましい実施形態では、制限部位は、ヒトアデノウイルス5型ゲノムにおいて切断されない群:AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIから選択される。さらなる好ましい実施形態では、第1および第2の制限部位は、同一であり、さらにより好ましい実施形態では、第1および第2の制限部位は、PacIである。本発明の一実施形態では、完全なウイルスゲノムは、アデノウイルスゲノムであり、より好ましい実施形態では、アデノウイルスは、ヒトアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型である。さらにより好ましい実施形態では、完全なウイルスゲノムは、第1世代-E1およびE3が欠失しているヒトアデノウイルス5型またはヒトアデノウイルス19a型であるが、E2領域に由来するさらなる配列がさらに欠失され得るか、または複数の領域が変更され得、またはガットレスアデノウイルスベクターにおいては、左側および右側ITRならびにパッケージングシグナルを除く完全なウイルスゲノムでさえ欠失しているので、この型のアデノウイルスゲノムに限定されない。本発明の一実施形態は、第1の核酸分子の、第2の核酸分子との組合せであり、第1の核酸分子によって提供される第1の選択マーカーおよび第2の核酸分子によって提供される第2の選択マーカーは、好ましくは、抗生物質に対する耐性を付与する酵素をコードする遺伝子である。遺伝子は、当技術分野で公知のものの中でも、カナマイシン、ネオマイシン、ピューロマイシン、アンピシリン、ゼオシン、ゲンタマイシンおよびクロラムフェニコールに対する耐性を付与する群から選択され得る。好ましい実施形態では、第1の選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を付与する遺伝子であり、選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を付与するが、カナマイシンに対しては付与しない遺伝子である。特に、選択薬剤が抗生物質である場合には、いくつかの遺伝子が、2種以上の選択薬剤に対する耐性を媒介しTenorioCらJ.Clin.Microbiol.39:824~825頁、2001年、第1および第2の核酸の選択マーカーの可能性ある組合せを限定することは、当技術分野では公知である。本発明の一実施形態は、第1の核酸分子の、第2の核酸分子との組合せであり、第1の核酸分子によって提供される複製のための細菌配列によって、細菌細胞が必要なすべての機能を提供する特定の条件下での、特定の大腸菌株における、または正常な大腸菌株における条件付き複製が可能となる。さらに、第1および第2の核酸の複製のための配列の組合せによって、宿主細胞における第2の核酸の複製のみが可能となる。細菌複製のための配列の組合せが、宿主細胞またはその核酸自体によって提供される因子の存在に制限されることは、当技術分野で公知であるScottJR.Regulationofplasmidreplication.Microbiol.Rev.48:1~23頁、1984年。好ましい実施形態では、第1の核酸分子中の細菌配列は、piタンパク質発現の存在下でのみ維持され得る条件付きレプリコンとしてファージgR6Kの最小のoriを含有し、第2の核酸の複製のための配列は、F因子に基づいており、大腸菌細胞における単一コピー維持を可能にする。本発明の一実施形態は、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分を提供する第1の核酸分子およびウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分を提供する第2の核酸分子の組合せであり、パッケージングシグナルは、ウイルスのゲノムの第1または第2の部分のいずれかによって提供され得る。好ましい実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスであり、より好ましい実施形態では、ウイルスは、ヒトアデノウイルスであり、さらにより好ましい実施形態では、ウイルスは、ヒトアデノウイルス5型AV5またはヒトアデノウイルス19a型であり、パッケージングシグナルは、AV5またはヒトアデノウイルス19a型Ψ19aに由来し、第1の核酸分子によって提供される。本発明の一実施形態は、第1の核酸分子の、第2の核酸分子との組合せであり、第1の末端反復配列は、第1の核酸分子によって提供されるあるウイルスまたは該ウイルスのゲノムの第1の部分の部分であり、第2の末端反復配列は、第2の核酸分子によって提供されるウイルスのゲノムの第2の部分の部分である。本発明のさらなる実施形態では、第1または第2の核酸分子のいずれかは、すべての末端反復配列を提供し得る。好ましい実施形態では、末端反復配列は、アデノウイルスに由来する逆方向末端反復配列であり、さらにより好ましい実施形態では、逆方向末端反復は、AV5またはヒトアデノウイルス19a型に由来する。本発明の一実施形態は、第1の核酸分子の、第2の核酸分子との組合せを含む、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法を開示し、両核酸は、その部位特異的組換え部位によって反応させ、組換え生成物を形成し、組換え生成物が選択され、完全なウイルスゲノムの1つのみのコピーを含有し、組換え生成物は、第1および第2の制限酵素で切断される。本発明の一実施形態は、第1および第2の核酸分子を、原核生物宿主細胞において組み合わせ、その部位特異的組換え部位によって反応させる、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法を開示する。宿主細胞は、好ましくは、細菌細胞であり、エレクトロポレーションされるか、または標準法に従って化学的に能力があるようにされるのいずれかによって核酸を受容し得る。好ましい実施形態では、細菌宿主細胞は、第2の核酸分子を有し、エレクトロポレーションによって第1の核酸分子を受容する。最も好ましい実施形態では、細菌は、大腸菌である。本発明のさらなる実施形態では、細菌宿主細胞は、F因子を欠き、第1および第2の選択薬剤に対して感受性である大腸菌細胞の群から選択される。好ましい実施形態では、大腸菌株は、K12由来であり、piタンパク質を提供または発現しない。piタンパク質は、第1の核酸分子の複製を維持するが、第2の核酸分子の複製は維持しない。より好ましい実施形態では、大腸菌株は、カナマイシンおよびクロラムフェニコールに対して感受性であり、当技術分野で公知のものの中でもDH5α、DH10Bを含む群から選択される。本発明の一実施形態は、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法を開示し、第1の選択マーカーを有する第1の核酸分子および第2の選択マーカーを有する第2の核酸分子を組み合わせ、部位特異的リコンビナーゼの存在下でその組換え部位によって反応させ、原核生物宿主細胞において組換え生成物を形成する。方法は、両選択マーカーに対する耐性を付与することによって、反応生成物が宿主細胞において選択されるようなものである。第1の核酸中の条件付き複製起点の使用によって、方法が、もっぱら反応生成物を選択することが確実になる。好ましい実施形態では、第1の選択マーカーは、カナマイシンであり、第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールである。本発明の一実施形態は、ATPのようなエネルギーの供給源を必要とせず、第1の核酸分子によって提供される第1の部位特異的組換え部位および第2の核酸分子によって提供される第2の部位特異的組換え部位間の組換えを触媒する部位特異的リコンビナーゼの存在下で、第1の核酸分子および第2の核酸分子を組み合わせ、反応させる、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法を開示する。好ましい実施形態では、部位特異的リコンビナーゼは、Flpであり、それは、第1の核酸上に存在するFrt部位特異的組換え部位および第2の核酸上に存在するFrt部位特異的組換え部位間の組換えを媒介する。Flpは、Frt部位間の部位特異的組換えを触媒し、認識された部位特異的組換え部位は、ヒトおよび細菌ゲノム中に総計的に存在しないよう十分に大きい。本発明によれば、第1の核酸では、最小の野生型Frt34部位が使用され、第2の核酸中に存在する野生型Frt48部位と反応させる。しかし、同等の高い選択性および効率で機能する限り、当技術分野で公知のその他の部位特異的リコンビナーゼが使用されてもよい。本発明の一実施形態は、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法を開示し、第1の核酸分子および第2の核酸分子を、部位特異的リコンビナーゼの存在下で組み合わせ、反応させ、リコンビナーゼが不活化される。大腸菌における部位特異的リコンビナーゼの長期の存在は、ゲノムの安定性を干渉するということは、一般に承認されている。Creの場合には、潜在性loxP部位が、哺乳類ゲノムにおいて認識されており、遺伝的不安定性を引き起こし、BACおよびPACベクターを受け取るためのCre含有大腸菌の使用を制限するSempriniSらCrypticloxPsitesinmammaliangenomes:genome-widedistributionandrelevancefortheefficiencyofBAC/PACrecombineeringtechniques.NucleicAcidsRes.35:1402~1410頁、1997年。核酸分子が、大腸菌において組換えられ、さらに増殖されることを必要とする場合には、好ましくは、部位特異的組換えの一過性の発現が望ましく、さらにより好ましくは、部位特異的リコンビナーゼの発現は、組換えが起こった後および細菌の増殖の間に十分に排除される。ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法の好ましい実施形態では、Flp発現は、λファージに由来する温度感受性レプレッサーによって制御される。Flp発現は、培養温度を43°Cに移すことによって誘導される。この手順によって、プラスミドの排除キュアリングが同時に可能となる。部位特異的リコンビナーゼの条件付き発現および/または誘導性発現のためのその他の系が、例えば、それに限定されるものではないが、発現を誘導するためのアラビノース誘導性AraC-PBADプロモーターの使用の代わりに使用され得るLeeEC.らGenomics73:56~65頁、2001年。ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法のさらなる実施形態では、細菌細胞における部位特異的リコンビナーゼの条件付き発現が使用され、Flp部位特異的リコンビナーゼの発現単位を有するプラスミドの複製が、温度感受性複製起点によって制御される。好ましい実施形態では、第2の核酸分子およびFlp発現単位を提供する細菌プラスミドpCP20を有する大腸菌宿主細胞が、アンピシリンの存在下、30°Cで維持され、増殖され得る。Flp発現は、培養温度を43°Cに移すことによって誘導される。この手順によって、pCP20の排除キュアリングが同時に可能となるCherepanovPPおよびWackernagelW、Gene158:9~14頁、1995年。ウイルスをコードする核酸分子の作製のために開示される方法では、完全なウイルスをコードする核酸が、第1および第2の制限酵素での制限消化によって放出され得る。本発明の好ましい実施形態では、制限部位は、アデノウイルスのゲノム中に存在しない制限部位の群から選択され、さらにより好ましい実施形態では、制限部位は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む、ヒトアデノウイルス5型AV5中に存在しない部位の群から選択される。本発明の一実施形態は、第1の核酸分子の直鎖形態の、第2の核酸分子の直鎖形態との組合せを含む、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法を開示し、両核酸を、許容細胞においてその部位特異的組換え部位によって反応させて、組換え生成物を形成し、組換え生成物が選択されず、完全なウイルスゲノムの1つのコピーのみを含有し、部位特異的リコンビナーゼが、許容細胞によって提供され、部位特異的リコンビナーゼが、構成的な、条件付きな方法で、または誘導的な方法で発現される。部位特異的リコンビナーゼの条件付き発現または誘導性発現は、当技術分野で公知のその他の系の中でも、テトラサイクリン調節発現系を用いて達成され得る。本発明の好ましい実施形態では、許容細胞は、部位特異的リコンビナーゼを安定に発現し、許容細胞は、293、911、Per.C6およびCAP細胞を含む群から選択される。さらにより好ましい実施形態では、許容細胞は、293であり、部位特異的リコンビナーゼFlpは、構成的に発現される。本発明の一実施形態は、部位特異的リコンビナーゼの存在下で、第1の核酸分子および第2の核酸分子を組み合わせ、反応させるウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法を提供し、本発明に従って、得られた核酸分子は、完全ウイルスゲノムの1つのコピーを含有し、これは、第1および第2の制限酵素での制限消化によって放出され得、許容細胞株にトランスフェクトされると、生存可能な複製能力のあるウイルスを生成し、許容細胞は、293、911、Per.C6およびCAP細胞を含む群から選択される。さらにより好ましい実施形態では、許容細胞は、293である。本発明の一実施形態は、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法を提供し、ウイルスは、遺伝子導入ベクターとして、ワクチンとして使用され得るか、または治療用途のために使用され得る。本発明の一実施形態は、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法を提供し、方法は、核酸を発現する多数のウイルスまたはウイルスのライブラリーを作製するために使用され得る。本発明は、第3の核酸を開示し、第3の核酸分子は、以下のエレメント:場合により、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分、ヌクレオチド配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列または転写単位、原核生物において調節活性を有する調節核酸配列、部位特異的組換え部位、陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、ならびに場合により第1の制限部位を含む。本発明のさらなる実施形態では、第3の核酸分子は、好ましくは、第1の制限酵素での切断の際に、5’から3’方向で以下のエレメント:場合によりあるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分、ヌクレオチド配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列または転写単位、原核生物において調節活性を有する調節核酸配列、部位特異的組換え部位、陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列を含む。本発明の一実施形態では、第3の核酸によって提供されるあるウイルスまたは該ウイルスのるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、末端配列の部分を含有する。本発明の好ましい実施形態では、末端配列は、末端反復を含む。さらに、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、許容細胞株において複製可能である完全なウイルスゲノムであるために存在しなくてはならない。本発明のより好ましい実施形態では、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、アデノウイルスゲノムに由来し、さらにより好ましい実施形態では、ヒトアデノウイルスゲノムの第1の部分は、ヒトアデノウイルス5型AV5ゲノムに由来し、E1転写単位nt1からnt342配列番号10のTATAボックスの上流のAV5ゲノムの左側末端のすべてまたは部分を含む。本発明のさらなる実施形態では、第3の核酸分子は、パッケージングシグナルを、ウイルスゲノム部分として含む、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分を提供する。より好ましい実施形態では、パッケージングシグナルは、アデノウイルスゲノムに由来し、さらにより好ましい実施形態では、アデノウイルスゲノムの第1の部分は、ヒトアデノウイルス5型AV5の左側末端に由来するパッケージングシグナルΨ5を含有する。本発明の一実施形態では、第3の核酸分子によって提供される、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの末端配列を含む。より好ましい実施形態では、末端配列は、逆方向末端反復ITRであり、さらにより好ましくは、逆方向反復は、アデノウイルスゲノムに由来し、最もより好ましい実施形態では、アデノウイルスゲノムの第1の部分は、ヒトアデノウイルス5型AV5の左側末端に由来する逆方向末端反復を含有する。本発明の一実施形態では、第3の核酸は、第1の制限部位を含み、第1の制限部位は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分中および第3の核酸中に存在する転写単位中に存在しない。本発明の好ましい実施形態では、制限部位は、アデノウイルスのゲノム中に存在しない制限部位の群から選択され、より好ましい実施形態では、制限部位は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む、ヒトアデノウイルス5型AV5中に存在しない部位の群から選択される。さらなる実施形態では、第3の核酸分子は、好ましくは、第1の制限酵素での切断の際に5’→3’方向で、ミラーコンホメーションで、原核生物において活性を有する調節核酸配列、部位特異的組換え部位、陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列、第1の制限部位、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分ならびに転写単位を提供し、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、末端反復を含む。好ましい実施形態では、ミラーコンホメーションで第3の核酸によって提供されるあるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分は、逆方向末端反復を含む。より好ましい実施形態では、逆方向末端反復は、ウイルスゲノムの右側末端反復、さらにより好ましくはアデノウイルスの右側末端反復であり、最も好ましい実施形態では、アデノウイルスの右側末端反復は、AV5の最後の18~103のヌクレオチドを包含するヒトアデノウイルス5型に由来する右側ITRである。本発明の一実施形態では、第3の核酸分子は、遺伝子転写単位を含み、転写単位は、プロモーター、発現させる核酸配列および終結シグナルを含有する。プロモーターは、PGKなどの真核生物RNAPolIIおよびCMVによって認識される真核細胞もしくはウイルスプロモーターの群から、またはU6、H1、tRNAおよびアデノウイルスVAプロモーターなどのRNAPolIIIによって認識される真核生物もしくはウイルスのプロモーターの群から選択される。発現させる核酸は、タンパク質、ペプチドをコードする核酸、マイクロRNAおよび低分子干渉RNAsiRNAおよびshRNAを含めた非コーディングRNAをコードする核酸の群から選択される。終結シグナルは、ポリAシグナル、ストレッチTヌクレオチドなどのPolIIIによって転写される遺伝子の終結シグナルなどの真核生物またはウイルスの遺伝子に由来する。本発明のさらなる実施形態では、第3の核酸は、Flpリコンビナーゼによって認識される部位特異的組換え部位を含む。第3の核酸分子において使用されるFrt部位は、S.セレビシエのμプラスミドに由来する野生型Frt部位に基づいている。本発明のさらなる実施形態では、使用されるFrt部位は、野生型48Frt部位に由来する形態に制限されない。それは、当技術分野で公知の突然変異Frt部位を含めたその他のFrt部位の群から選択され得る。本発明の好ましい実施形態では、第3の核酸分子において使用されるFrt部位は、wtFRT48部位配列番号8のR2、UおよびR3エレメントを含有する、34ntの長さの最小の組換え部位Frt34部位、配列番号7である。本発明の一実施形態では、細菌配列単位を有する第3の核酸分子は、i条件付き複製のための細菌配列、およびii陽性選択マーカーを提供する配列を含み、条件付き複製のための細菌配列は、細菌細胞が必要なすべての機能を提供する特定の条件下での、特定の大腸菌株における、または正常な大腸菌における複製のための複製起点oriを含有する。グラム陰性菌におけるプラスミドベクターの複製は、宿主酵素およびプラスミドによって提供される決定因子によって制御される。プラスミドの複製は、細菌宿主において、複製に必要なすべての因子が、シスまたはトランスで存在する場合にのみ起こるKuesUおよびStahlU.Microbialreviews53:491~516頁。好ましい実施形態では、第3の核酸分子中の細菌配列は、piタンパク質発現の存在下でのみ維持され得る条件付きレプリコンとしてファージgR6Kの最小のoriを含有する。本発明の一実施形態は、陽性選択マーカーを提供する配列を有する第3の核酸分子を提供し、選択マーカーは、酵素をコードする核酸であり、酵素は、選択薬剤に対する耐性を媒介し、陽性選択マーカーは、当技術分野で公知のその他の遺伝子の中でも、bla、ant3’’-Ia、aph3’-II、aph3’-II、bleおよびcmlAを含めた、抗生物質に対する耐性を媒介する遺伝子の群から選択され得る。好ましい実施形態では、カナマイシンに対する耐性を媒介するタンパク質をコードする遺伝子が、陽性選択マーカーとして使用される。本発明において開示される第3の核酸分子は、陰性選択マーカーを提供し、選択マーカーは、選択薬剤に対する感受性を媒介する酵素をコードする核酸であり、原核生物宿主細胞における陰性選択マーカーの発現は、原核生物において調節活性を有するヌクレオチド配列によって制御される。好ましい実施形態では、調節ヌクレオチド配列は、プロモーターであり、プロモーターは、優先的に、原核生物のプロモーターの群から選択される。さらにより好ましい実施形態では、プロモーターは、大腸菌ガラクトキナーゼプロモーターである。本発明のさらなる実施形態では、調節ヌクレオチド配列は、誘導性原核生物プロモーターの群から選択され得、プロモーターの活性は、当技術分野で公知のその他の方法および系の中でも、オペロンの抑制解除、イオンおよび分子による遺伝子の誘導、温度によるプロモーター活性の調節を含めた種々の手段によって調節され得る。本発明のさらなる実施形態では、第3の核酸分子によって提供される陰性選択マーカーは、酵素をコードする遺伝子のクラスから選択され、酵素は、当技術分野で公知のものの中でも、ストレプトマイシン、親油性化合物フサリン酸およびキナリン酸quinaricacid、スクロース、p-クロロフェニルアラニン、トリメトプリム、t-o-ニトロフェニル-β-D-ガラクトピラノシドに対する感受性を含めた、選択薬剤または条件に対する感受性を付与する。本発明の好ましい実施形態では、陰性選択マーカーによってコードされる酵素は、ストレプトマイシンに対する感受性を媒介する。したがって、陰性選択マーカーをコードする核酸は、当技術分野で公知のその他の遺伝子の中でも、galK、tetAR、pheS、thyA、lacy、ccdBおよびrpsLを含む遺伝子の群から選択され得る。好ましい実施形態では、ストレプトマイシンに対する感受性を支配的に媒介するタンパク質をコードするrpsL遺伝子が、陰性選択マーカーとして使用されるReyratJMら、Gene15:99~102頁、1981年。本発明のさらなる実施形態は、第3および第2の核酸分子の組合せであり、両核酸は、環状の閉じた分子として存在する。好ましい実施形態では、使用される第3の核酸分子は、プラスミドであり、第2の核酸は、BACベクターである。本発明のさらなる実施形態は、第3および第2の核酸分子の組合せであり、両核酸分子が、別個の分子として存在する。用語別個の分子とは、各分子が、物理的に別個の構成成分に解離できることを意味する。本発明の好ましい実施形態では、第3の核酸分子は、プラスミドであり、第2の核酸分子は、BACである。好ましい実施形態では、第3の核酸によって提供される核酸は、ウイルスのゲノムの第1の部分を提供し、第2の核酸分子は、ウイルスのゲノムの第2の部分を提供する。第3の、第2の核酸分子との組合せ後に得られた核酸は、1コピーの完全なウイルスゲノムを含有する。本発明の好ましい実施形態では、ウイルスゲノムは、アデノウイルスゲノムであり、本発明のより好ましい実施形態では、ウイルスゲノムは、ヒトアデノウイルス5型ゲノムである。本発明のさらなる実施形態は、第3の核酸の、第2の核酸との組合せであり、第3の核酸によって提供される核酸は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分であり、遺伝子導入単位を含有し、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分を提供する第2の核酸分子と組み合わせる。得られた核酸分子は、正確に1つの遺伝子導入単位を含有する、1コピーの完全なウイルスゲノムを含有する。本発明の好ましい実施形態では、ウイルスゲノムは、アデノウイルスゲノムであり、本発明のより好ましい実施形態では、ウイルスゲノムは、ヒトアデノウイルス5型ゲノムである。本発明によれば、得られた完全なウイルスゲノムは、第1および第2の制限酵素での制限消化によって放出され得る。本発明の好ましい実施形態では、第1および第2の制限部位は、両核酸分子に関して同一であり、本発明のより好ましい実施形態では、PacI酵素によって認識される制限部位が使用される。本発明の一実施形態では、第1の制限部位および転写単位を有する、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分を提供する第3の核酸分子を、第2の制限部位を有するウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分を提供する第2の核酸分子と組み合わせ、制限部位は、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分および第2の部分ならびに転写単位中には存在しない制限部位を含む群から選択される。好ましい実施形態では、制限部位は、ヒトアデノウイルス5型ゲノム中で切断されない群:AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIから選択される。本発明のさらにより好ましい実施形態では、第1および第2の制限部位は、PacIである。本発明の一実施形態は、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分を提供する第3の核酸分子の、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分を提供する第2の核酸分子との組合せであり、両核酸は、そのFrt部位によって組換えられ、1コピーの完全な補完されたウイルスゲノムを含有する分子を形成し得る。得られた完全な補完されたウイルスゲノムは、第1および第2の制限酵素での制限消化によって放出され得、したがって、許容細胞株にトランスフェクトされると生存可能であり、複製能力がある。本発明の好ましい実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスであり、より好ましい実施形態では、アデノウイルスは、ヒトアデノウイルス5型AV5である。さらにより好ましい実施形態では、得られた完全なウイルスゲノムは、第1世代-E1およびE3が欠失しているAV5であり、E2およびE4領域に由来するさらなる配列がさらに欠失され得るか、または複数の領域が変更され得、またはガットレスアデノウイルスベクターにおいては、左側および右側ITRならびにパッケージングシグナルを除く完全なウイルスゲノムでさえ欠失しているので、アデノウイルスゲノムの組成は、E1およびE3が欠失したゲノムに限定されない。許容細胞株とも呼ばれるウイルスの再構成および増殖のために使用される細胞株は、欠失しているか、または変更されている領域のすべてをシスまたはトランスで補完できる。第1世代AV5ウイルスゲノムの場合には、当技術分野で公知のものの中でも、293、911、Per.C6、N52.E6などのE1について補完性である細胞株が使用され得る。必要に応じて、トランスでウイルスゲノムのさらなる成分を提供するその他の細胞株も、同様に使用され得る。さらに、前記の欠失された成分の一過性発現または条件付き発現もまた、ウイルス再構成および複製を可能にするために使用され得る。本発明の一実施形態では、第3の核酸分子は、陽性選択マーカーおよび陰性選択マーカーを提供する。第2の核酸分子は、第2の選択マーカーを提供する。第3の、第2の核酸分子との組合せの際に、得られた核酸分子は、第3の核酸に由来する陽性および陰性選択マーカーならびに第2の核酸分子に由来する第2の選択マーカーを含む。本発明の好ましい実施形態では、第3の核酸の陽性選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を付与し、陰性選択マーカーは、ストレプトマイシンに対する感受性を付与し、第2の核酸分子によって提供される選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を付与する。第3の核酸分子を、第2の核酸分子と組み合わせ、第2の核酸分子によって提供される第2の選択マーカーは、第3の核酸分子によって提供される陽性選択薬剤および陰性選択薬剤とは異なる選択薬剤に対する耐性を付与する酵素をコードする遺伝子を媒介する耐性である。本発明の好ましい実施形態では、陽性選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を付与する遺伝子であり、陰性選択マーカーは、ストレプトマイシンに対する感受性を付与する遺伝子であり、第2の核酸によって提供される第2の耐性マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を付与するが、カナマイシンまたはストレプトマイシンに対する耐性は付与しない。いくつかの遺伝子が、特に、選択薬剤が抗生物質である場合には、2種以上の選択薬剤に対する耐性を媒介しTenorioCらJ.Clin.Microbiol.39:824~825頁、2001年、第3および第2の核酸における選択マーカーの可能性ある組合せを制限することは、当技術分野では公知である。本発明のさらなる実施形態は、第3の核酸の、第2の核酸との組合せであり、第3の核酸分子は、陽性選択マーカーおよび陰性選択マーカーを提供し、陰性選択マーカーの活性は、原核生物において調節活性を有する、第3の核酸によって提供される核酸配列によって制御される。好ましい実施形態では、陰性選択マーカーの活性を制御する核酸配列は、プロモーター、より好ましい実施形態では、原核生物のプロモーターである。さらにより好ましい実施形態では、プロモーターは、大腸菌ガラクトキナーゼプロモーターである。本発明の一実施形態は、条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列を含む第3の核酸分子の、単一コピー複製のためのさらなるヌクレオチド細菌配列を含む第2の核酸分子との組合せである。それにより、第3の核酸分子の複製のための細菌配列で、特定の条件下での、特定の大腸菌株における、または正常な大腸菌株における条件付き複製が可能となり、細菌細胞は、必要なすべての機能を提供する。好ましい実施形態では、第3の核酸分子中の細菌ヌクレオチド配列単位は、piタンパク質発現の存在下でのみ維持され得る条件付きレプリコンとしてファージgR6Kの最小のoriを含有し、第2の核酸の複製のための配列は、F因子に基づいており、大腸菌細胞における単一コピー維持を可能にするScottJR.Regulationofplsmidreplication.Microbiol.Rev.48:1~23頁、1984年。本発明の一実施形態は、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分を提供する第3の核酸分子およびウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分を提供する第2の核酸分子の組合せであり、パッケージングシグナルは、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1または第2の部分のいずれかによって提供され得る。好ましい実施形態では、ウイルスはアデノウイルスであり、より好ましい実施形態では、ウイルスはAV5であり、パッケージングシグナルは、AV5のパッケージングシグナルであり、第3の核酸分子によって提供される。本発明の一実施形態は、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分を提供する第3の核酸分子およびウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分を提供する第2の核酸分子の組合せであり、少なくとも1つの末端反復配列が、第3のものによって提供され、1つの末端反復配列が、第2の核酸によって提供される。本発明のさらなる実施形態では、1つの核酸は、すべての末端配列を提供し得るが、この場合には、得られた核酸は、核酸分子の1つの細菌ヌクレオチド配列単位を含有する完全なウイルスゲノムを含有する。本発明の好ましい実施形態では、末端反復配列は、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの逆方向末端配列ITRである。さらにより好ましい実施形態では、ITRは、アデノウイルスに由来し、第3の核酸分子は、左側ITRを提供し、第2の核酸分子は、右側ITRを提供する。最も好ましい実施形態では、ITRは、ヒトアデノウイルス5型に由来するITRである。本発明によれば、第3および第2の核酸は、部位特異的リコンビナーゼの作用によって、そのFrt組換え部位によって、宿主細胞において組み合わせ、反応させ得る。得られた核酸分子は、補完された完全なウイルスゲノムの正確に1つのコピーを含有し、これは、第1および第2の制限酵素での制限消化によって放出され得、制限部位は、第3の核酸によって提供される転写単位、ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第1の部分およびウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの第2の部分中に存在しない。本発明のより好ましい実施形態では、制限部位は、アデノウイルスのゲノム中に存在しない制限部位の群から選択され、さらにより好ましい実施形態では、制限部位は、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む、ヒトアデノウイルス5型AV5中に存在しない部位の群から選択される。本発明の好ましい実施形態は、第3の核酸分子の、第2の核酸との組合せであり、ウイルスは、アデノウイルスであり、より好ましい実施形態では、ウイルスは、ヒトアデノウイルス5型である。本発明において提供される方法によれば、第1の、第2の核酸分子を用いた組換え生成物は、好ましくは、以下のエレメント:i単一コピー複製のための細菌配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、部位特異的組換え部位、ウイルスのゲノムの第2の部分、場合により第2の制限部位、さらなる部位特異的組換え部位、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第1の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位、ウイルスのゲノムの第1の部分、好ましくは転写単位ならびに第1の制限部位を含む、第4の、好ましくは、環状の核酸分子である。本発明では、ウイルスゲノムをコードする第4の核酸分子を作製するための方法が開示され、第1の核酸分子および第2の核酸分子は、提供され、組み合わせ、部位特異的組換えが起こり、部位特異的組換え生成物が形成するように反応させる。好ましくは、部位特異的組換えは、宿主細胞において起こり、より好ましくは、宿主細胞は大腸菌である。組換え生成物は、場合により、選択され得、コピー、好ましくは、あるウイルスまたは該ウイルスのあるゲノムまたは該ゲノムの単一コピーを含有し、あるウイルスまたは該ウイルスのゲノムは、補完された、完全なウイルスゲノムであり、第1および第2の制限酵素の任意選択の切断の際に、得られた核酸は、許容細胞株およびこの許容細胞株において作製され、増殖されたあるウイルスまたは該ウイルスにトランスフェクトされ得る。最も好ましい実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスであり、さらにより好ましい実施形態では、ウイルスは、ヒトアデノウイルス5型である。本発明の一実施形態では、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法が提供され、第1の核酸分子および第2の核酸を組み合わせ、宿主細胞において、部位特異的組換えが起こり、部位特異的組換え生成物が形成するよう反応させる。宿主細胞は、反応生成物の選択を可能にし、宿主細胞ゲノムは、第2の核酸の単一コピー複製を可能にするF因子の部分またはF因子について欠損しており、宿主細胞は、第1の核酸の条件付き複製を可能にする因子の発現について欠損している。これは、宿主細胞における任意の反応していない第1の核酸分子に対する選択を可能にする。好ましい実施形態では、宿主細胞は、原核生物の宿主細胞であり、より好ましくは大腸菌である。さらにより好ましい実施形態では、宿主細胞は、当技術分野で公知のものの中でも、DH10Bを含めた、K12由来大腸菌宿主細胞を含む群から選択される。本発明のさらなる実施形態では、ウイルスをコードする核酸分子を作製するための方法が提供され、それにより第1の核酸分子および第2の核酸分子が提供される。第1および第2の核酸分子は、部位特異的組換えが起こり、部位特異的組換え生成物が形成するように、宿主細胞において組み合わせ、反応させ、反応生成物は選択されることを必要とせず、あるウイルスまたは該ウイルスの1つの完全な補完されたゲノムを含有する。提供される方法によれば、宿主細胞は、真核生物宿主細胞であり、第1および第2の核酸分子は、好ましくは、第1および第2の制限酵素での切断の際に、好ましくは、直鎖核酸分子であり、真核細胞宿主細胞は、好ましくは、許容宿主細胞であり、さらにより好ましくは、宿主細胞は、当技術分野で公知のものの中でも、293、911、Per.C6、CAP細胞を含む、ヒトアデノウイルス5型の複製を可能にする群から選択される。アデノウイルスが、ヒトアデノウイルス5型以外である場合には、許容宿主細胞は、このウイルスの複製を可能にするよう規定される。許容宿主細胞において、1つの完全なアデノウイルスゲノムを含有する直鎖核酸分子は複製可能であることは、当技術分野で公知である。ウイルス複製の効率は、アデノウイルスゲノムの末端が、アデノウイルスのITRで正確に終了している場合に最適であり、末端タンパク質が、アデノウイルスゲノムの左側末端と結合している場合には、さらにより効率的であるが、ITRを伸長する配列を有する、完全なアデノウイルスゲノムを含有する核酸分子も複製されるので、これは、許容細胞におけるアデノウイルス複製にとって必要条件ではない。本発明では、ウイルスをコードする第5の核酸分子を作製するための方法が提供され、第3の核酸分子および第2の核酸分子は、部位特異的組換えが起こり、部位特異的組換え生成物が形成するように組み合わせ、反応させ、組換え事象の数が1に限定されている反応生成物が生成する。好ましくは、部位特異的組換えは、宿主細胞において起こり、より好ましくは、宿主細胞は、大腸菌であり、組換え生成物の選択は、第3の核酸分子の陽性選択マーカー、第3の核酸分子の陰性選択マーカーおよび第2の核酸分子の第2の選択マーカーを提供する組換え生成物を有する宿主細胞単数または複数を選択することによって実施され、宿主細胞は、陰性選択マーカーに対して感受性ではない。この方法によれば、陰性選択薬剤に対して感受性ではない宿主細胞が使用され、好ましくは、陰性選択薬剤は、ストレプトマイシンである。好ましい実施形態では、宿主細胞は、ストレプトマイシンに対する耐性を付与するrpsL遺伝子の突然変異体形態を発現する大腸菌である。したがって、宿主細胞は、rpsL遺伝子の突然変異体形態を発現する大腸菌細胞の群から選択され得、好ましくは、宿主細胞は、当技術分野で公知のものの中でも、DH10Bを含む群から選択される。好ましい実施形態では、反応生成物を有する宿主細胞を選択するために使用される選択薬剤は、陽性選択マーカーについてはカナマイシンであり、第2の選択薬剤についてはクロラムフェニコールであり、陰性選択薬剤としてストレプトマイシンである。陰性選択マーカーは、rpsLの野生型形態をコードし、突然変異体rpsLを発現する宿主細胞によって付与されるストレプトマイシンに対する耐性は、同一宿主細胞株において、rpsLの野生型および突然変異体対立遺伝子が発現される場合には劣性であり、ストレプトマイシンに対する感受性をもたらすReyratJMらInfect.Immun.1998、66:4011~4017頁;LederbergJ.Streptomycinresistance:ageneticallyrecessivemutantion.J.Bacteriol.1951、61:549~550頁。この方法によれば、部位特異的組換え部位を提供する第3の核酸分子を、部位特異的組換え部位を提供する第2の核酸分子と組み合わせ、両核酸分子は、宿主細胞において、部位特異的組換えによって反応させ、部位特異的リコンビナーゼは、原核生物宿主細胞によって提供される。それにより、部位特異的リコンビナーゼは、好ましくは、宿主細胞によって、宿主細胞ゲノムの部分としてか、または染色体外エレメントのいずれかとして提供される。好ましい実施形態では、宿主細胞は、部位特異的リコンビナーゼを、染色体外プラスミドとして提供し、より好ましい実施形態では、部位特異的リコンビナーゼはFlpであり、プラスミドはpCP20である。本発明の方法によれば、部位特異的リコンビナーゼの発現は、反応の間制御され、発現の制御は、発現を誘導するためのアラビノース誘導性AraC-PBADプロモーターなどの誘導性発現系の使用を含めた種々の方法によって達成され得るLeeEC.らGenomics73:56-65、2001が、これに限定されない。好ましい実施形態では、部位特異的リコンビナーゼの発現およびこのプラスミドの複製は、温度によって制御され、さらにより好ましい実施形態では、Flpを発現することは、λファージに由来する温度感受性レプレッサーによって制御され、プラスミドの複製は、温度感受性複製起点によって制御され、温度感受性FLP発現プラスミドpCP20が使用されるCherepanovPPおよびWackernagelW.Gene158:9~14頁、1995年;BubeckAら、J.Virol.78:8026~8035頁、2004年。この方法によれば、第3の核酸分子および第2の核酸分子の組合せとそれに続く、宿主細胞における部位特異的組換え反応に起因する選択された反応生成物は、完全なウイルスゲノムを含み、選択された核酸分子は、第1の制限部位を有し、第2の制限部位は、好ましくは、アデノウイルスゲノム中には存在せず、より好ましくは、ヒトアデノウイルス5型のゲノム中に存在しない、AbsI、BstBI、PacI、PsrI、SgrDIおよびSwaIを含む制限部位の群から選択される。この方法によれば、第3および第2の核酸分子は、原核生物宿主細胞中に別個に導入され得、好ましい実施形態では、宿主細胞は、第2の核酸を有し、最先端の技術を使用する第3の核酸分子を用いる形質転換にとって能力のあるものにされる。提供される方法によれば、選択された組換え生成物は、完全な補完されたウイルスゲノムを含み、これは、制限消化の際に、好ましくは、1種または複数の制限酵素結合およびそれぞれ、第1および第2の制限部位での核酸の切断を用いる制限消化の際に、反応生成物から放出され得る。この方法は、さらなるトランスフェクションステップを含み、放出されたウイルスゲノムが、標準法を使用して、好ましくは、当技術分野で公知のその他の方法の中でも、トランスフェクション試薬ポリエチレンイミンPEIまたはリン酸カルシウムトランスフェクション法を使用して、許容真核生物宿主細胞中に導入される。完全な補完されたウイルスゲノムの、真核生物許容宿主細胞へのトランスフェクションによって、複製能力のあるアデノウイルスベクターが得られ、ベクターは、遺伝子導入、ワクチンまたは任意の治療用途のために使用される。本発明では、ウイルスゲノムをコードする核酸分子のライブラリーを作製するための方法が提供され、複数の第3の核酸分子および第2の核酸分子が提供され、複数の第3の核酸分子および複数の第2の核酸分子を、部位特異的組換えが起こり、複数の核酸分子が形成されるように組み合わせ、反応させ、全体として複数がライブラリーを形成し、ライブラリーが、第2の核酸分子の以下のエレメント:i単一コピー複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii第2の選択マーカーを提供するヌクレオチド配列単位を含む細菌ヌクレオチド配列単位、部位特異的組換え部位、ウイルスのゲノムの第2の部分ならびに第2の制限部位と呼ばれる制限部位、ならびに場合によりウイルスのゲノムの第1の部分、ヌクレオチド配列、好ましくはゲノムヌクレオチド配列または転写単位、原核生物において調節活性を有する調節核酸配列、部位特異的組換え部位、陰性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列、i条件付き複製のための細菌ヌクレオチド配列、およびii陽性選択マーカーを提供するヌクレオチド配列を含む細菌ヌクレオチド配列単位ならびに第1の制限部位を含む第3の核酸分子に由来するエレメントを含む複数の第5の核酸分子からなる。本発明の一実施形態は、各々、完全な補完されたウイルスゲノムをコードする複数の第5の核酸分子または第5の核酸分子のライブラリーを作製するための方法を開示し、複数の第3の核酸分子および第2の核酸分子を組み合わせ、原核生物宿主細胞において提供される方法に従って反応させ、宿主細胞は、好ましくは、細菌細胞であり、エレクトロポレーションされるか、または標準法に従って化学的に能力があるようにされるのいずれかによって核酸を受容し得る。好ましい実施形態では、細菌宿主細胞は、第2の核酸分子を有し、エレクトロポレーションによって第3の核酸分子を受容する。より好ましい実施形態では、細菌は、大腸菌である。提供される方法によれば、核酸分子のライブラリーは、多重組換え生成物についてスクリーニングされる必要がない。方法は、組換え生成物を有する宿主細胞が、第2の選択マーカーおよび陽性選択マーカーに対する耐性を付与し、陰性選択薬剤に対して感受性ではなく、陰性選択マーカーの発現を伴わないようなものである。さらに、提供される方法によれば、第3の核酸分子の条件付き複製によって、宿主細胞が、反応生成物のみを複製し、不要な混入核酸分子をいずれも避けることが確実になる。好ましい実施形態では、陽性選択マーカーは、カナマイシンに対する耐性を付与し、陰性選択マーカーは、ストレプトマイシンに対する感受性を付与し、第2の核酸によって提供される第2の選択マーカーは、クロラムフェニコールに対する耐性を付与する。本発明において提供される方法によれば、複数の個々のヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列のライブラリーを作製するための方法が提供され、ライブラリーは、各々、単一の個々のヌクレオチド配列を含有する複数のウイルスゲノムによって表され、ヌクレオチド配列は、転写単位の部分である。本発明の好ましい実施形態では、核酸配列は、発現させる核酸であり、ヌクレオチド配列は、完全なウイルスゲノム中に、単一コピーとして存在する。より好ましい実施形態では、ウイルスは、アデノウイルスであり、方法は、複数の個々のアデノウイルスを構築するための手段を提供する。さらにより好ましい実施形態では、アデノウイルスは、ヒトアデノウイルス5型である。得られたアデノウイルスウイルスライブラリーは、遺伝子機能の同定のために、スクリーニング適用において、発現ライブラリーまたはゲノムライブラリーを構築するために、また遺伝子導入のために使用され得る。提供される方法によれば、各々ヌクレオチド配列を含有する複数の完全な補完されたアデノウイルスゲノム、それにより各々の完全な補完されたアデノウイルスゲノムが、第1および第2の制限酵素での制限消化によって放出され、許容宿主細胞へのトランスフェクションの際に生存可能な複製能力のあるアデノウイルスを生成し得る。アデノウイルスの再構成および増殖のために使用される許容細胞株は、すべての欠失された領域をシスまたはトランスで補完できる。第1世代のAV5ウイルスゲノムの場合には、E1機能を補完する許容細胞株が使用され得、細胞株は、当技術分野で公知のものの中でも、293、911、Per.C6、CAPを含む群から選択され得る。ウイルスゲノムのさらなる成分をトランスで提供するその他の細胞株も同様に、必要に応じて使用され得る。さらに、ウイルス再構成および複製を可能にするために、前記の欠失された成分の一過性発現も使用され得る。本発明の一実施形態では、場合により添付文書ならびに適した容器単数または複数中に少なくとも第1の核酸分子、第2の核酸分子、場合により、部位特異的リコンビナーゼを提供する許容細胞株、第1の核酸分子および第2の核酸の組合せ、第3の核酸分子、第3の核酸分子および第2の核酸分子の組合せ、第4の核酸分子、第5の核酸、複数の第4の核酸分子、複数の第5の核酸分子または複数の個々のアデノウイルスを含むキットが提供される。本発明のさらなる実施形態では、キットは、第1の核酸分子、第2の核酸の部分または第2の核酸、好ましくは、第2の核酸の直鎖形態および部位特異的リコンビナーゼを提供する許容細胞株を含む。好ましい実施形態では、第2の核酸の部分は、少なくとも部位特異的組換え部位およびウイルスのゲノムの第2の部分を含む。本発明において提供される方法によれば、各々、完全な補完されたウイルスゲノムにおいて、ヌクレオチド配列またはヌクレオチド配列のライブラリーを含む、核酸または前記核酸のライブラリーが構築され得、核酸分子は、アデノウイルスまたは複数の個々のアデノウイルスを作製するために、使用される準備ができており、前記許容細胞株中に直接導入され得、好ましい実施形態では、細胞株は293であり、リコンビナーゼは、野生型Flpリコンビナーゼであり、アデノウイルスは、ヒトアデノウイルス5型である。本発明に関連して、ウイルスのゲノムのある部分が、本発明の第1の核酸分子および本発明の第2の核酸分子間の、または本発明の第2の核酸分子および本発明の第3の核酸分子間の組換えの場合におけるように、ウイルスのゲノムの部分または異なる部分を用いる組換えの対象となるか、または組換えの対象となるべきである場合には、ウイルスは、同一種のものである、好ましくは、同一血清型のものであるということは好ましい。より詳しくは、本発明の第1の核酸分子が、アデノウイルス19a型のゲノムの部分を含有し、本発明の第2の核酸分子を用いる組換えの対象となるか、組換えの対象となるべきである場合には、本発明の前記の第2の核酸分子はまた、アデノウイルス19a型の部分を含有する。本発明の第1の核酸分子は、アデノウイルス5型のゲノムの部分を含有し、本発明の第2の核酸分子を用いる組換えの対象となるか、組換えの対象となるべきである場合には、本発明の前記第2の核酸分子はまた、アデノウイルス5型の部分も含有する。同様に、本発明の第3の核酸分子が、アデノウイルス19a型のゲノムの部分を含有し、本発明の第2の核酸分子を用いる組換えの対象となるか、組換えの対象となるべきである場合には、本発明の前記第2の核酸分子はまた、アデノウイルス19a型の部分も含有する。また、本発明の第3の核酸分子が、アデノウイルス5型のゲノムの部分を含有し、本発明の第2の核酸分子を用いる組換えの対象となるか、組換えの対象となるべきである場合には、本発明の前記第2の核酸分子はまた、アデノウイルス5型の部分も含有する。本明細書において、用語核酸および核酸は、好ましくは、同義的な方法で使用される。本発明は、ここで、以下の図面および実施例を参照して記載されるが、これらは、単に例示であって、本発明の範囲の限定と考えられてはならない。[実施例1:Flpリコンビナーゼを発現する大腸菌における、部位特異的組換えを使用する組換えアデノウイルスBACの構築]組換えアデノウイルスゲノムの構築のために、第1の核酸pDonorSir1および第2の核酸分子pBACSir1を組み合わせ、pBACSir1およびFLPリコンビナーゼの条件付き発現のためのプラスミドpCP20を有するDH10B大腸菌細胞において反応させ、pDonorSir1は、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23753でDSMZに寄託された生物と同一であり、pBACSir1は、ブダペスト条約に従って受託番号DSM24298でDSMZに寄託された生物と同一であり、pBACSir1およびpCP20を有する大腸菌細胞は、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23742でDSMZに寄託された生物と同一である。標準プロトコールを使用するエレクトロポレーションによって、プラスミドpDonorSir1をDH10B大腸菌細胞に導入した。核酸分子pBACSir1は、pKSOBACベクターの誘導体でありMesserleらProc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.94:14759~14763頁、1997年、E1領域およびE3領域について欠失しているヒトアデノウイルス5型AV5ゲノムの右側部分を含有する。核酸分子pBACSir1は、Flpの発現のための条件付き発現系を有する大腸菌DH10Bまたは同等の、F因子を欠く大腸菌K12由来株中で維持した。本明細書では、実施例1において、DH10B細胞は、アデノウイルスBACpBACSir1を有しており、Flpリコンビナーゼは、プラスミドpCP20によって提供され、その複製は、温度感受性複製起点によって制御されるBubeckA.ら、J.Virol.78:8026~8035頁、2004年。pBACSir1およびpCP20を有するDH10B細胞を、アンピシリン50μg/mlおよびクロラムフェニコール25μg/mlの存在下、30°Cで維持した。次いで、これらのDH10B細胞を、pDonorSir1を用いて電気形質転換し、あらゆる抗生物質の不在下、42°Cで60分間培養した。発現されたFlpは、それぞれ、pDonorSir1およびpBACSir1上に存在するFRT部位間の部位特異的組換えを誘導した。同時に、pCP20は、高温下で大腸菌において複製できないので、Flp発現の排除も始まった。形質転換された培養物を、選択薬剤としてカナマイシン25μg/mlおよびクロラムフェニコール25μg/mlを含有する寒天プレート上にプレーティングした。これらの条件下で、少なくとも1つのpDonorSir1プラスミドが、pBACSir1で組み換えられている、組み換えられた組換えアデノウイルスBACpRABを含有する大腸菌を選択した。pRABを含有するDH10B細胞の増殖培養物からDNAを単離し、XhoIを用いる制限消化によって反応生成物の完全性を分析した図2Aレーン2~4。分析したすべての組換え生成物が、pRABを含有しており、単回pRAB1xまたは多重組換え生成物pRAB2xのいずれかである。[実施例2:Flpリコンビナーゼを発現する大腸菌における部位特異的組換えによって生じた組換えアデノウイルスの再構成]実施例1に開示される方法による部位特異的組換えから得られた2つの主要な型のBACベクターは、それぞれ、pRAB1xおよびpRAB2xである。DH10B細胞におけるFlp-組換えによって生じたpRABは、完全な補完されたアデノウイルスゲノムの1つの、1つのみの連続配列を含有しており、これは、293細胞において複製能力があった。プラスミド調製のためのキットを使用して、pRABのDNAを、LB培地中の飽和大腸菌一晩培養物100mlから精製した。本明細書では、MachereyandNagel、Germany製のNucleobondPC-100キットを、製造業者の推奨に従って使用した。得られたpRBAの同一性は、pRABDNAの制限分析によって確認した図2A、レーン2~4。ウイルス再構成のために、精製pRABDNAを、製造業者の推奨に従って、DNA1μgあたり10UのPacIを用いて2時間処理した。続いて、PacI消化されたpRAB1xおよびpRAB2xDNAを、標準プロトコールに従ってフェノール-クロロホルムを使用して精製し、その後、293細胞へトランスフェクションした。手短には、10μgのpRABDNAを、水浴中、37°Cで、100μlの容量中で、1.5時間消化した。続いて、反応試験管Eppendorffカップサイズ1.5ml、EppendorfAG、Hamburg、Germanyに50μlのフェノール/クロロホルム1:1混合物を加え、20秒間ボルテックス処理し、ここでは、VortexerMS-3basicを使用したIKAIKA登録商標WerkeGmbHCo.KG、Staufen、Germany。試験管を、卓上遠心機において、最大速度20000×gで、室温で5分間遠心分離し、80μlの水性上相を、新たな試験管に移し、10μlの3MNaAcpH4.5および200μlのEtOHを加えた。すべての試薬および化学物質は、Sigma-Aldrich、StLouis、USAから購入した。沈殿したDNAが目に見えるようになるまで、試験管を指先で混合した。さらに、試験管を室温で5分間インキュベートし、DNAを、卓上遠心機において、最大速度で、室温で15分間ペレットにした。上清を定量的に除去し、ペレットを、20μlの滅菌脱イオン水に直ちに溶解した。293細胞のトランスフェクションは、リポフェクションを使用して行った。本明細書では、Superfectトランスフェクション試薬Qiagen、Hilden、Germanyを、製造業者の推奨に従って使用した。得られたアデノウイルスは、293細胞において複製能力があり、標準プロトコールに従って増殖され得るGreenMおよびLoewensteinP、HumanAdenoviruses:Propagation,Purification,Quantification、andStorageinCurrentProtocolsinMicrobiology79。この実施例に開示される方法に従って得られた組換えアデノウイルスベクターの同一性は、XhoIを用いるアデノウイルスベクターDNAの制限消化およびアガロースゲル電気泳動を使用するDNA断片の分析によって確認した図2A。ゲノムアデノウイルスベクターDNAを調製するために、293細胞2.5×107個細胞を、293細胞へのPacI消化されたpRABのトランスフェクション後に得られた組換えアデノウイルスベクターを用い3のMOIで感染させた。細胞変性効果CPEが完了した後、感染細胞をPBS中で1回洗浄し、プレートからかきとり、PBSに再懸濁した。細胞約4×106個細胞/mlを、細胞懸濁液に等容積のTSTバッファー2TritonX-100、400mMNaCl、20mMTris-HClpH8.0を加えることと、それに続いて、氷上で30分間インキュベートすることによって溶解した。4°Cで、20,000gで10分間の遠心分離によって細胞片を除去し、上清を、0.5SDSの存在下、50μg/mlのプロテイナーゼKRocheを用いて、56°Cで60分間処理した。フェノール/クロロホルムおよびエタノール沈殿法によって核酸を抽出した後、抽出物をRNアーゼASigmaで処理した。RNA不含ウイルスDNAを、再度フェノール/クロロホルム抽出し、エタノールを用いて沈殿させた。pRAB1xおよびpRAB2xに由来する再構成されたウイルスのXhoI制限パターンは、コンピュータで作製したパターンと対応しており、得られた組換えアデノウイルスウイルス中のアデノウイルスゲノムの完全性を確認した図2Aレーン5~7。[実施例3:陰性選択による制御された組換えを用いる組換えRABの作製]多重挿入を避け、アデノウイルス発現ライブラリーの構築を改善するために、本発明者らは、本発明の第3の核酸分子の一実施形態であるpDonorSir2を構築し、pDonorSir2は、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23754でDSMZに寄託された生物と同一である。pDonorSir2は、そのFRT遺伝子座でpDonorSir1とは異なり、次に、このpDonorSir2は、FRT部位の上流に、強力な大腸菌ガラクトキナーゼプロモーターWarming,S.、N.Costantino、CourtDL、N.A.JenkinsおよびN.G.Copeland.SimpleandhighlyefficientBACrecombineeringusinggalKselection.NucleicAcidsRes2005年、33:e36、FRT部位の下流に、rpsLオープンリーディングフレームを含有し、これは、発現されると、ストレプトマイシン感受性を媒介したReyratJM、PelicicV、GicquelB、RappuoliR.Counterselectablemarkers:untappedtoolsforbacterialgeneticsandpathogenesis.Infect.Immun.1998年、66:4011~4017頁。pDonorSir2の使用は、以下のとおりに例示されている:pBACSir2およびpCP20を有するDH10B細胞を、アンピシリンおよびクロラムフェニコールの存在下、30°Cで維持し、本発明の第2の核酸分子の一実施形態でもあるpBACSir2は、ブダペスト条約に従って受託番号DSM24299でDSMZに寄託された生物と同一であり、pBACSir2およびpCP20を有する大腸菌細胞は、ブダペスト条約に従って受託番号DSM23743でDSMZに寄託された生物と同一である。次いで、DH10B細胞を、pDonorSir2を用いて電気形質転換し、あらゆる抗生物質の不在下、42°Cで150分間培養した。発現されたFlpは、それぞれ、pDonorSir2およびpBACSir2上に存在するFRT部位間の部位特異的組換えを誘導した。同時に、pCP20は、高温下で大腸菌において複製できないので、Flp発現の排除も始まった。形質転換された培養物を、選択薬剤としてカナマイシン25μg/mlおよびクロラムフェニコール25μg/mlおよび硫酸ストレプトマイシン50μg/mlを含有する寒天プレート上にプレーティングした。これらの条件下で、pDonorSir2プラスミドが、pBACSir2で組み換えられている、組み換えられた組換えアデノウイルスBACpRAB_RPSLを含有する大腸菌を選択した。シングルコロニーを選択プレートから選び取り、振盪インキュベーターにおいて、クロラムフェニコール25μg/mlを含有する10ml液体LB培地中、37°Cで一晩培養した。使用したすべての化学物質および培地は、Sigma-Aldrich、StLouis、USAから購入した。これらの培養物に由来するpRAB_RPSLDNAを、DNA-プラスミド単離キットを使用して、製造業者の推奨に従って、続いて単離し、XhoIを用いる制限消化によって、反応生成物の完全性を分析した図2B。本明細書では、MachereyandNagel、Germany製のNucleobondPC-100キットを、製造業者の推奨に従って、pRAB_RPSL-DNAの単離のために使用した。分析された6種のpRABすべてのXhoI制限パターンは、単回組換え生成物pRAB_RPSL_1xに対応していた。適用された対抗選択の信頼性を調べるために、本発明者らは、選択プレートからさらに82種のクローンを選び取り、上記のように試験した。2種のクローンのみが、多重挿入生成物を含有しており図2BにおいてDと印が付けられている、さらなる7種のクローンは、pBACSir2が混入されており図2BにおいてVと印が付けられている、3種が、その他の同定されていない再編成を含有していた図2Bにおいてrと印が付けられている。全部で、コロニーの大多数83/88が、pRAB_RPSL_1xのみを含有していた図2B。さらなる実験では、合計44種のクローンを分析し、1種の組換え生成物のみがpRAB_RPSL_2xに対応しており、44種のクローンのうち43種が、pRAB_RPSL_1xに対応していた。全部で、126/132種のBACが、単回組換え生成物pRAB_RPSL_1xに対応するが分析された組換え生成物の95.45、多重組換えは、クローンの2.3に相当する3/132において観察された。[実施例4:組換えアデノウイルスBACライブラリーを作製するための平均ライブラリー効率の決定]本発明者らの大腸菌組換え系の効率を調べ、組み換えられていないpBACSir2ベクターの実施例3のpRAB_RPSLDNA調製物の混入を避けるために、実施例3に記載された実験を、以下の修飾を用いてさらに2回反復した。i一次クローニング効率を調べるために、本発明者らは、50μlの10mlの形質転換後培養を取り出し、段階10倍希釈物を、選択薬剤としてカナマイシン25μg/ml、クロラムフェニコール25μg/mlおよび硫酸ストレプトマイシン50μg/mlを含有する3連の選択アガロースプレート上にプレーティングした実験2。使用したすべての化学物質および培地は、Sigma-Aldrich、StLouis、USAから購入した。60分後、培養物の残りを、さらに90分インキュベートし、上記のように最終的に150分の合計形質転換後培養時間となった実験3。2枚のプレートに、各実験から得た50μlのトランスフェクション後培養物の各希釈物1:101、1:102および1:103の1mlの最終容量のうち200μlによって播種した。iipRABを含有するコロニーが選択プレート上に現れた後、本発明者らは、選択薬剤としてカナマイシン25μg/ml、クロラムフェニコール25μg/mlおよび硫酸ストレプトマイシン50μg/mlを含有する3連の選択プレートの第2ラウンドでレプリカプレートを作製した。この手順によって、ベクターおよび多重挿入生成物両方による混入が最小化され、レプリカプレートの作製が、大腸菌ライブラリーの維持において定期的に適用される。レプリカプレート上のコロニー数は、希釈1:102を用いた場合、実験2では52および89であり、実験3では204および129であった。pDonorSir2の50ngのDNAが使用され、形質転換後培養物の容量が50μlであり、各希釈物の1/5がプレーティングされたことを考慮して、平均クローニング効率は、1μgの投入に対して1.85×106コロニーであった。[実施例5:FLPリコンビナーゼを発現する293細胞における、複製能力のあるアデノウイルスの作製]Flpリコンビナーゼを発現するHEK293Flp細胞を構築するために、2.5×105個HEK293細胞を、10μgのPvuIで直線化されたプラスミドpFlp-Puroを用いるリポフェクションを使用してトランスフェクトし、293Flp細胞は、ブダペスト条約に従って受託番号DSMACC3077でDSMZに寄託された生物と同一である。本明細書において、Superfectトランスフェクション試薬Qiagen、Hilden、Germanyを、製造業者の推奨に従って使用した。トランスフェクトされた細胞を、標準細胞培養条件95湿度、5CO2下、37°Cで48時間インキュベートした。使用した細胞培養培地は、10FCS、2mMグルタミンおよび1ペニシリン/ストレプトアビジンP/Sを含有するDMEMとした。選択のために、ピューロマイシンを、培地に1μg/μlの最終濃度に加え、細胞を、選択条件下で12日間培養して、FLPリコンビナーゼを安定に発現する293個の細胞を得た。使用したすべての化学物質および培地は、Sigma-Aldrich、StLouis、USAから購入した。安定な細胞プールを拡大し、マスター細胞バンクを確立した。組換えアデノウイルスの再構成のために、ウェルあたり2×105個の293FlpP細胞を、6ウェルプレート上にプレーティングし、プレーティングの5時間後、細胞を、リポフェクションを使用して、PacIを用いて両方とも直線化された0.8μgのpDonorSir2-EGFP配列番号9および2.5μgのpBACSir2を用いて同時トランスフェクトした。本明細書において、Superfectトランスフェクション試薬Qiagen、Hilden、Germanyを、製造業者の推奨に従って使用した。標準細胞培養条件下、37°Cで3日培養した後、細胞をかきとることによって回収し、その後の200×gで5分の遠心分離によって集めた。細胞ペレットを、400μlの細胞培養培地DMEM、10FCS、2mMグルタミン、1P/Sに再懸濁し、3回の連続凍結/解凍サイクルに付した。細胞片を、4.400×gで15分間の遠心分離によって可溶性物質から分離した。EGFP遺伝子を発現するアデノウイルスベクターのレスキューの成功を実証するために、2×105個のHEK-293細胞/ウェルを、6ウェルプレートにプレーティングし、200μlの凍結/解凍溶解物を用いて12時間後に感染させ、続いて、標準細胞培養条件下、37°Cで3日インキュベーションした。この時点で、増殖性アデノウイルス複製に特徴的な細胞変性効果CPEを示す細胞の彗星型の蛍光集合体が、顕微鏡下で検出可能であった図4参照のこと。したがって、本方法によって、293Flp細胞への第3の核酸分子の第2の核酸分子との同時トランスフェクションによる第1世代組換え体複製可能アデノウイルスベクターの作製が可能となった。[実施例6:Flpリコンビナーゼを発現する大腸菌における部位特異的組換えを使用する組換えアデノウイルス19a型BACの構築]ヒト非5型組換えアデノウイルスゲノムの構築のために、本発明の第1の核酸分子の一実施形態である第1のAd19a核酸pDonorSir19aおよび本発明の第2の核酸分子の一実施形態である第2のAd19a核酸分子pBACSir19aを組み合わせ、pBACSir19aおよびFLPリコンビナーゼの条件付き発現のためのプラスミドpCP20を有するDH10B大腸菌細胞において反応させる。プラスミドpDonorSir19aを、標準プロトコールを使用するエレクトロポレーションによってDH10B大腸菌細胞に導入した。核酸Ad19a分子pBACSir19aは、Flpの条件付き発現系を有する大腸菌DH10Bまたは同等の、F因子を欠く大腸菌K12由来株において維持した。本明細書において、実施例6では、DH10B細胞は、アデノウイルス19a型BACpBACSir19aを有しており、Flpリコンビナーゼは、プラスミドpCP20によって提供され、その複製は、温度感受性複製起点によって制御される。pBACSir19aおよびpCP20を有するDH10B細胞は、アンピシリン50μg/mlおよびクロラムフェニコール25μg/mlの存在下、30°Cで維持した。次いで、これらのDH10B細胞を、pDonorSir19aを用いて電気形質転換し、あらゆる抗生物質の不在下、42°Cで60分間培養した。発現されたFlpは、それぞれ、pDonorSir19aおよびpBACSir19a上に存在するFRT部位間の部位特異的組換えを誘導した。同時に、pCP20は、高温下で大腸菌において複製できないので、Flp発現の排除も始まった。形質転換された培養物を、選択薬剤としてカナマイシン25μg/mlおよびクロラムフェニコール25μg/mlを含有する寒天プレート上にプレーティングした。これらの条件下で、少なくとも1つのpDonorSir19aプラスミドが、pBACSir19aで組み換えられている、組み換えられた組換えアデノウイルス19a型BACpRAB19aを含有する大腸菌を選択した。pRAB19aのものを含有するDH10B細胞の増殖培養物からDNAを単離し、KpnIを用いる制限消化によって反応生成物の完全性を分析した図7。分析したすべての組換え生成物が、pRAB19aのものを含有しており、単回pRAB19a1x配列番号16または多重組換え生成物pRAB19a2x、配列番号17のいずれかである。[実施例7:陰性選択による制御された組換えを用いる、ヒト非アデノウイルス5型組換えRABの作製]複数のヒト非5型組換えアデノウイルスゲノムまたはヒト非5型組換えアデノウイルスゲノムのライブラリーを構築するために、本発明の第3の核酸分子の一実施形態である第3のAd19a核酸pDonorSir2_19aおよび本発明の第2の核酸分子の一実施形態である第2のAd19a核酸分子pBACSir19aを組み合わせ、pBACSir19aおよびFLPリコンビナーゼの条件付き発現のためのプラスミドpCP20を有するDH10B大腸菌細胞において反応させる。プラスミドpDonorSir2_Ad19aは、そのFRT遺伝子座でpDonorSir2と異なり、次いで、このpDonorSir2_Ad19aは、FRT部位の上流に、強力な大腸菌ガラクトキナーゼプロモーターWarmingSNらNucleicAcidsRes2005年、33:e36およびFRT部位の下流に、rpsLオープンリーディングフレームを含有し、これは、発現されるとストレプトマイシン感受性を媒介したReyratJMらInfect.Immun.1998年、66:4011~4017頁。ドナー核酸pDonorSir2_19aは、PacI部位、Ad19aITRおよびパッケージングシグナルを保持する。pDonorSir2_Ad19aの使用は、以下のとおりに例示される。pBACSir19aおよびpCP20を有するDH10B細胞が、アンピシリンおよびクロラムフェニコールの存在下、30°Cで維持される。次いで、DH10B細胞を、pDonorSir2_Ad19aを用いて電気形質転換し、あらゆる抗生物質の不在下、42°Cで150分間培養した。発現されたFlpは、それぞれ、pDonorSir2_Ad19aおよびpBACSir19a上に存在するFRT部位間の部位特異的組換えを誘導する。同時に、pCP20は、高温下で大腸菌において複製できないので、Flp発現の排除も始まる。形質転換された培養物を、選択薬剤としてカナマイシン25μg/mlおよびクロラムフェニコール25μg/mlおよび硫酸ストレプトマイシン50μg/mlを含有する寒天プレート上にプレーティングする。これらの条件下で、pDonorSir2_Ad19aプラスミドが、pBACSir19aで組み換えられている、組み換えられた組換えアデノウイルスBACを含有する大腸菌を選択する。シングルコロニーを選択プレートから選び取り、振盪インキュベーターにおいて、クロラムフェニコール25μg/mlを含有する液体LB培地10ml中、37°Cで一晩培養した。使用されるすべての化学物質および培地は、Sigma-Aldrich、StLouis、USAから購入する。これらの培養物に由来する組換え生成物からDNAを、DNA-プラスミド単離キットを使用して、製造業者の推奨に従って、続いて単離し、KpnIを用いる制限消化によって、反応生成物の完全性を分析した。本明細書において、MachereyandNagel、Germany製のNucleobondPC-100キットを使用する。KpnI制限パターンは、単回組換え生成物に対応する。<生物学的材料>本発明は、ブダペスト条約に基づいて寄託された生物学的材料を使用する、および/または関する。より詳しくは、本明細書において、DSMZとも呼ばれるDeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbHDSMZで以下の寄託が行われている。DSM23753;DSM24298;DSM24299;DSM23743;DSM23742;DSMACC3077m;DSMACC3077;およびDSM23754。本明細書、特許請求の範囲および/または図面に開示された本発明の特徴は、独立して、およびその任意の組合せの両方で、本発明をその種々の形態で理解するための材料である。"