"式Icを有する化合物。Ic[式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、C1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;M3は、O、S、NR14、CR15R16、CR15R16CR17R18、CR15=CR17、OCR15R16、またはOCR15Bx2であり;R14は、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R15、R16、R17、およびR18は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Bx1は、ヘテロ環塩基部分であり;またはBx2が存在する場合、Bx2はヘテロ環塩基部分であり、Bx1はH、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;J4、J5、J6、およびJ7は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;または、J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成し、ここで該架橋は、O、S、NR19、CR20R21、CR20=CR21、C[=CR20R21]、C=Oから選ばれる1~3個の結合ビラジカル基を含み、J5、J6、J7のうち他の2つは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R19、R20、およびR21は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X1]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;X1は、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。]M3はO、CH=CH、OCH2、またはOCHBx2である、請求項1に記載の化合物。M3はOである、請求項1に記載の化合物。J4、J5、J6、およびJ7はそれぞれHである、請求項1~3のいずれか一項に記載の化合物。J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成する、請求項1~3のいずれか一項に記載の化合物。Aは以下の式のいずれか1つを有する、請求項1~5のいずれか一項に記載の化合物。[式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。]Q1とQ2はそれぞれHである、請求項6に記載の化合物。Q1とQ2はそれぞれ独立してHまたはハロゲンである、請求項6に記載の化合物。Q1とQ2のいずれか一方はHであり、Q1とQ2の他方はF、CH3、またはOCH3である、請求項6に記載の化合物。T1は以下の式を有する、請求項1~9のいずれか一項に記載の化合物。[式中、RaとRcは、それぞれ独立して、保護されたヒドロキシル、保護されたチオール、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、保護されたアミノ、または置換アミノであり;Rbは、OまたはSである。]RbはOであり、RaとRcは、それぞれ独立してOCH3、OCH2CH3、またはOCHCH32である、請求項10に記載の化合物。rは0であり、M1はOCH22CNであり、M2はN[CHCH32]2である、請求項1~11のいずれか一項に記載の化合物。Gはハロゲン、OCH3、OCH2F、OCHF2、OCF3、OCH2CH3、OCH22F、OCH2CHF2、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-SCH3、OCH22-OCF3、OCH23-NR10R11、OCH22-ONR10R11、OCH22-OCH22-NR10R11、OCH2C=O-NR10R11、OCH2C=O-NR12-CH22-NR10R11、またはOCH22-NR12-C=NR13[NR10R11]であり、ここでR10、R11、R12、およびR13は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルである、請求項1~12のいずれか一項に記載の化合物。Gはハロゲン、OCH3、OCF3、OCH2CH3、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-OCH22-NCH32、OCH2C=O-NHCH3、OCH2C=O-NH-CH22-NCH32、またはOCH2-NH-C=NHNH2である、請求項1~12のいずれか一項に記載の化合物。GはF、OCH3、またはOCH22-OCH3である、請求項1~12のいずれか一項に記載の化合物。GはOCH22-OCH3である、請求項1~12のいずれか一項に記載の化合物。前記ヘテロ環塩基部分はピリミジン、置換ピリミジン、プリン、または置換プリンである、請求項1~16のいずれか一項に記載の化合物。前記ヘテロ環塩基部分はウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニン、またはグアニンである、請求項1~17のいずれか一項に記載の化合物。式Ieを有する、請求項1に記載の化合物。Ie[式中、Bxは、ピリミジン、置換ピリミジン、プリン、または置換プリンから選ばれるヘテロ環塩基部分である。]Aは以下の式を有する、請求項19に記載の化合物。[式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。]Q1とQ2はそれぞれ独立してH、F、CH3、またはOCH3である、請求項20に記載の化合物。T1は以下の式を有する、請求項19~21のいずれか一項に記載の化合物。[式中、RbはOであり;RaとRcは、それぞれ独立して、OCH3、OCH2CH3、またはOCHCH32である。]式IIcを有する5’-末端化合物を含むオリゴマー化合物。IIc[式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;T2は、前記式IIcの化合物を前記オリゴマー化合物と結合するヌクレオシド間連結基であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;M3は、O、S、NR14、CR15R16、CR15R16CR17R18、CR15=CR17、OCR15R16、またはOCR15Bx2であり;R14は、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R15、R16、R17、およびR18は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Bx1は、ヘテロ環塩基部分であり;またはBx2が存在する場合、Bx2はヘテロ環塩基部分であり、Bx1はH、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;J4、J5、J6、およびJ7は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;または、J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成し、ここで該架橋は、O、S、NR19、CR20R21、CR20=CR21、C[=CR20R21]、C=Oから選ばれる1~3個の結合ビラジカル基を含み、J5、J6、J7のうち他の2つは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R19、R20、およびR21は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X1]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;X1は、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、ZはハロゲンおよびNE2E3以外であり;前記オリゴマー化合物は8~40個のモノマーサブユニットを含み、標的核酸の少なくとも一部分とハイブリダイズ可能である。]M3はO、CH=CH、OCH2、またはOCHBx2である、請求項23に記載のオリゴマー化合物。M3はOである、請求項23に記載のオリゴマー化合物。J4、J5、J6、およびJ7はそれぞれHである、請求項23~25のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成する、請求項23~25のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。Aは以下の式のいずれか1つを有する、請求項23~27のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。[式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。]Q1とQ2はそれぞれHである、請求項28に記載のオリゴマー化合物。Q1とQ2はそれぞれ独立してHまたはハロゲンである、請求項28に記載のオリゴマー化合物。Q1とQ2のいずれか一方はHであり、Q1とQ2の他方はF、CH3、またはOCH3である、請求項28に記載のオリゴマー化合物。T1は以下の式を有する、請求項23~31のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。[式中、RaとRcは、それぞれ独立して、保護されたヒドロキシル、保護されたチオール、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、保護されたアミノ、または置換アミノであり;Rbは、OまたはSである。]RbはOであり、RaとRcは、それぞれ独立してOCH3、OCH2CH3、またはOCHCH32である、請求項32に記載のオリゴマー化合物。Gはハロゲン、OCH3、OCH2F、OCHF2、OCF3、OCH2CH3、OCH22F、OCH2CHF2、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-SCH3、OCH22-OCF3、OCH23-NR10R11、OCH22-ONR10R11、OCH22-OCH22-NR10R11、OCH2C=O-NR10R11、OCH2C=O-NR12-CH22-NR10R11、またはOCH22-NR12-C=NR13[NR10R11]であり、ここでR10、R11、R12、およびR13は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルである、請求項23~33のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。Gはハロゲン、OCH3、OCF3、OCH2CH3、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-OCH22-NCH32、OCH2C=O-NHCH3、OCH2C=O-NH-CH22-NCH32、またはOCH2-NH-C=NHNH2である、請求項23~33のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。GはF、OCH3、またはOCH22-OCH3である、請求項23~33のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。GはOCH22-OCH3である、請求項23~33のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。前記ヘテロ環塩基部分はピリミジン、置換ピリミジン、プリン、または置換プリンである、請求項23~37のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。前記ヘテロ環塩基部分はウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニン、またはグアニンである、請求項23~38のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。前記5’-末端化合物は式IIdを有する、請求項23に記載のオリゴマー化合物。IId[式中、Bxは、ピリミジン、置換ピリミジン、プリン、または置換プリンから選ばれるヘテロ環塩基部分である。]Aは以下の式を有する、請求項40に記載のオリゴマー化合物。[式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。]Q1とQ2はそれぞれ独立してH、F、CH3、またはOCH3である、請求項40に記載のオリゴマー化合物。T1は以下の式を有する、請求項40~42のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。[式中、RbはOであり;RaとRcは、それぞれ独立して、OCH3、OCH2CH3、またはOCHCH32である。]前記5’-末端化合物は式IIeを有する、請求項23に記載のオリゴマー化合物。IIe[式中、Bxは、ウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニン、またはグアニンであり;T2は、前記式IIeの化合物を前記オリゴマー化合物と結合するホスホロチオエートヌクレオシド間連結基であり;Gは、ハロゲン、OCH3、OCF3、OCH2CH3、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-OCH22-NCH32、OCH2C=O-NHCH3、OCH2C=O-NH-CH22-NCH32、またはOCH2-NH-C=NHNH2である。]各ヌクレオシド間連結基は、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間連結基またはホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、請求項23~44のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。実質的に各々のヌクレオシド間連結基はホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である、請求項23~44のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。第1のオリゴマー化合物と第2のオリゴマー化合物を含む二本鎖組成物であって、前記第1のオリゴマー化合物は前記第2のオリゴマー化合物に対して相補的であり、前記第2のオリゴマー化合物は核酸標的に対して相補的であり;前記第1および第2のオリゴマー化合物の少なくとも1つは、請求項23~46のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物であり;前記組成物は1つ以上の5’または3’-末端基を任意で含む、二本鎖組成物。細胞と請求項23~46のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物または請求項47に記載の二本鎖組成物とを接触させることを含む、遺伝子発現を阻害する方法であって、該オリゴマー化合物は約8~約40個のモノマーサブユニットを含み、かつ標的RNAに対して相補的である、方法。前記細胞は動物の中にある、請求項48に記載の方法。前記細胞はヒトの中にある、請求項48に記載の方法。前記標的RNAはmRNA、プレ-mRNA、およびマイクロRNAから選ばれる、請求項48に記載の方法。前記標的RNAはmRNAである、請求項48に記載の方法。前記標的RNAはヒトmRNAである、請求項478に記載の方法。前記標的RNAが切断されることによりその機能を阻害する、請求項48に記載の方法。標的RNAのレベルを検出することをさらに含む、請求項48に記載の方法。1つ以上の細胞、または組織と、請求項23~46のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物または請求項47に記載の二本鎖組成物とを接触させることを含む、遺伝子発現を阻害するインビトロの方法。1つ以上の細胞、組織、または動物と、請求項23~46のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物または請求項47に記載の二本鎖組成物とを接触させることを含む、遺伝子発現を阻害するインビボの方法において使用するための、請求項23~46のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物または請求項47に記載の二本鎖組成物。医学療法において使用するための、請求項23~46のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物または請求項47に記載の二本鎖組成物。本明細書で提供するのは、5’修飾ヌクレオシド、その類似体、およびこれらから調製されるオリゴマー化合物である。より詳細には、本明細書で提供する5’修飾ヌクレオシドおよびその類似体は、オリゴマー化合物の末端、好ましくは5’末端と結合する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するオリゴマー化合物は、強化されたヌクレアーゼ安定性を有することが期待される。いくつかの実施形態では、本明細書で提供する、5’修飾ヌクレオシドまたはその類似体の1つ以上を取り込むオリゴマー化合物および組成物は、標的RNAの一部分とハイブリダイズする結果、該標的RNAの通常の機能の損失をもたらすことが期待される。また、このオリゴマー化合物は、診断用途におけるプライマーおよびプローブとして有用であることも期待される。可変基variablesについては、本明細書でさらに詳しく個別に定義する。本明細書で提供する5’修飾ヌクレオシド、その類似体、およびオリゴマー化合物には、本明細書で開示する実施形態および本明細書で定義する可変基のすべての組み合わせが含まれるものと理解される。いくつかの実施形態では、式Icを有する化合物を提供する。Ic式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、C1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;M3は、O、S、NR14、CR15R16、CR15R16CR17R18、CR15=CR17、OCR15R16、またはOCR15Bx2であり;R14は、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R15、R16、R17、およびR18は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Bx1は、ヘテロ環塩基部分であり;またはBx2が存在する場合、Bx2はヘテロ環塩基部分であり、Bx1はH、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;J4、J5、J6、およびJ7は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;または、J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成し、ここで当該架橋は、O、S、NR19、CR20R21、CR20=CR21、C[=CR20R21]、C=Oから選ばれる1~3個の結合ビラジカル基を含み、J5、J6、J7のうち他の2つは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R19、R20、およびR21は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X1]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;X1は、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、M3は、O、CH=CH、OCH2、またはOCHBx2である。いくつかの実施形態では、M3はOである。いくつかの実施形態では、J4、J5、J6、およびJ7はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、J4は、J5とJ7のいずれか一方と架橋を形成する。いくつかの実施形態では、Aは、以下の式のいずれか1つを有する。式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2はそれぞれ独立して、Hまたはハロゲンである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2のいずれか一方はHであり、Q1とQ2の他方はF、CH3、またはOCH3である。いくつかの実施形態では、T1は以下の式を有する。式中、RaとRcは、それぞれ独立して、保護されたヒドロキシル、保護されたチオール、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、保護されたアミノ、または置換アミノであり;Rbは、OまたはSである。いくつかの実施形態では、RbはOであり、RaとRcは、それぞれ独立して、OCH3、OCH2CH3、またはOCHCH32である。いくつかの実施形態では、rは0であり、M1はOCH22CNであり、M2はN[CHCH32]2である。いくつかの実施形態では、Gはハロゲン、OCH3、OCH2F、OCHF2、OCF3、OCH2CH3、OCH22F、OCH2CHF2、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-SCH3、OCH22-OCF3、OCH23-NR10R11、OCH22-ONR10R11、OCH22-OCH22-NR10R11、OCH2C=O-NR10R11、OCH2C=O-NR12-CH22-NR10R11、またはOCH22-NR12-C=NR13[NR10R11]であり、ここでR10、R11、R12、およびR13は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルである。いくつかの実施形態では、Gは、ハロゲン、OCH3、OCF3、OCH2CH3、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-OCH22-NCH32、OCH2C=O-NHCH3、OCH2C=O-NH-CH22-NCH32、またはOCH2-NH-C=NHNH2である。いくつかの実施形態では、Gは、F、OCH3、またはOCH22-OCH3である。いくつかの実施形態では、GはOCH22-OCH3である。いくつかの実施形態では、ヘテロ環塩基部分は、ピリミジン、置換ピリミジン、プリン、または置換プリンである。いくつかの実施形態では、ヘテロ環塩基部分は、ウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニン、またはグアニンである。いくつかの実施形態では、式Ieの配置を有する化合物を提供する。Ie式中、Bxは、ピリミジン、置換ピリミジン、プリン、置換プリンから選ばれるヘテロ環塩基部分であり、他の可変基は上述の通りである。いくつかの実施形態では、Aが以下の式を有する式Ieの化合物を提供する。式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2はそれぞれ独立してH、F、CH3、またはOCH3である、式Ieの化合物を提供する。いくつかの実施形態では、T1が以下の式を有する式Ieの化合物を提供する。式中、RbはOであり;RaとRcは、それぞれ独立して、OCH3、OCH2CH3、またはOCHCH32である。いくつかの実施形態では、式IIcを有するオリゴマー化合物を提供する。IIc式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;T2は、式IIcの化合物をオリゴマー化合物と結合するヌクレオシド間連結基であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;M3は、O、S、NR14、CR15R16、CR15R16CR17R18、CR15=CR17、OCR15R16、またはOCR15Bx2であり;R14は、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R15、R16、R17、およびR18は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Bx1は、ヘテロ環塩基部分であり;またはBx2が存在する場合、Bx2はヘテロ環塩基部分であり、Bx1はH、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;J4、J5、J6、およびJ7は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;または、J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成し、ここで当該架橋は、O、S、NR19、CR20R21、CR20=CR21、C[=CR20R21]、C=Oから選ばれる1~3個の結合ビラジカル基を含み、J5、J6、J7のうち他の2つは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R19、R20、およびR21は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X1]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;X1は、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、ZはハロゲンおよびNE2E3以外であり;上記オリゴマー化合物は8~40個のモノマーサブユニットを含み、標的核酸の少なくとも一部分とハイブリダイズ可能である。いくつかの実施形態では、M3は、O、CH=CH、OCH2、またはOCHBx2である。いくつかの実施形態では、M3はOである。いくつかの実施形態では、J4、J5、J6、およびJ7は、それぞれHである。いくつかの実施形態では、J4は、J5とJ7のいずれか一方と架橋を形成する。いくつかの実施形態では、Aは、以下の式のいずれか1つを有する。式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2はそれぞれ独立して、Hまたはハロゲンである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2のいずれか一方はHであり、Q1とQ2の他方はF、CH3、またはOCH3である。いくつかの実施形態では、T1は以下の式を有する。式中、RaとRcは、それぞれ独立して、保護されたヒドロキシル、保護されたチオール、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、保護されたアミノ、または置換アミノであり;Rbは、OまたはSである。いくつかの実施形態では、RbはOであり、RaとRcは、それぞれ独立して、OCH3、OCH2CH3、またはCHCH32である。いくつかの実施形態では、Gは、ハロゲン、OCH3、CH2F、OCHF2、OCF3、OCH2CH3、OCH22F、OCH2CHF2、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-SCH3、OCH22-OCF3、OCH23-NR10R11、OCH22-ONR10R11、OCH22-OCH22-NR10R11、OCH2C=O-NR10R11、OCH2C=O-NR12-CH22-NR10R11、またはOCH22-NR12-C=NR13[NR10R11]であり、ここでR10、R11、R12、およびR13は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルである。いくつかの実施形態では、Gは、ハロゲン、OCH3、OCF3、OCH2CH3、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-OCH22-NCH32、OCH2C=O-NHCH3、OCH2C=O-NH-CH22-NCH32、またはOCH2-NH-C=NHNH2である。いくつかの実施形態では、Gは、F、OCH3、またはOCH22-OCH3である。いくつかの実施形態では、GはOCH22-OCH3である。いくつかの実施形態では、ヘテロ環塩基部分は、ピリミジン、置換ピリミジン、プリン、または置換プリンである。いくつかの実施形態では、ヘテロ環塩基部分は、ウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニン、またはグアニンである。いくつかの実施形態で提供するオリゴマー化合物では、式IIcを有する各5’-末端化合物は、さらに式IIdの配置を有する。IId式中、Bxは、ピリミジン、置換ピリミジン、プリン、または置換プリンから選ばれるヘテロ環塩基部分である。いくつかの実施形態では、Aは以下の式を有する。式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2はそれぞれ独立して、H、F、CH3、またはOCH3である。いくつかの実施形態では、T1は以下の式を有する。式中、RbはOであり;RaとRcは、それぞれ独立して、OCH3、OCH2CH3、またはOCHCH32である。いくつかの実施形態で提供するオリゴマー化合物では、上記5’-末端化合物は式IIeを有する。IIe式中、Bxは、ウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニン、またはグアニンであり;T2は、式IIeの化合物をオリゴマー化合物と結合するホスホロチオエートヌクレオシド間連結基であり;Gは、ハロゲン、OCH3、OCF3、OCH2CH3、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-OCH22-NCH32、OCH2C=O-NHCH3、OCH2C=O-NH-CH22-NCH32、またはOCH2-NH-C=NHNH2である。いくつかの実施形態で提供するオリゴマー化合物では、上記5’-末端化合物は、式IIeを有する式中、GはF、OCH3、またはOCH22-OCH3である。いくつかの実施形態では、連結されたモノマーサブユニットを含むオリゴマー化合物を提供する。ここで、各ヌクレオシド間連結基は、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間連結基またはホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である。いくつかの実施形態では、各ヌクレオシド間連結基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である。いくつかの実施形態では、第1のオリゴマー化合物と第2のオリゴマー化合物を含む二本鎖組成物であって、第1のオリゴマー化合物は第2のオリゴマー化合物に対して相補的であり、第2のオリゴマー化合物は核酸標的に対して相補的であり;第1のオリゴマー化合物と第2のオリゴマー化合物の少なくとも1つは、本明細書で提供するオリゴマー化合物であり;この組成物は1つ以上の5’または3’-末端基を任意で含む、二本鎖組成物を提供する。いくつかの実施形態では、遺伝子発現を阻害する方法を提供する。この方法は、本明細書で提供するオリゴマー化合物または本明細書で提供する二本鎖組成物と細胞を接触させることを含み、オリゴマー化合物は、単独または二本鎖組成物で約8~約40のモノマーサブユニットを含み、標的RNAに対して相補的である。いくつかの実施形態では、この細胞は動物の中にある。いくつかの実施形態では、この細胞はヒトの中にある。いくつかの実施形態では、標的RNAは、標的mRNA、プレmRNA、およびマイクロRNAから選ばれる。いくつかの実施形態では、標的RNAはmRNAである。いくつかの実施形態では、標的RNAはヒトmRNAである。いくつかの実施形態では、標的RNAを切断することによりその機能を阻害する。いくつかの実施形態では、この方法は、標的RNAのレベルを検出することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するオリゴマー化合物または本明細書で提供する二本鎖組成物と、1つ以上の細胞、または組織とを接触させることを含む、遺伝子発現を阻害するインビトロの方法を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するオリゴマー化合物または本明細書で提供する二本鎖組成物と、1つ以上の細胞、または組織を接触させることを含む、遺伝子発現を阻害するインビボの方法で使用するための、オリゴマー化合物および二本鎖組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するオリゴマー化合物または二本鎖組成物は、医学療法用に提供される。いくつかの実施形態では、5’位に以下のいずれか1つの式を有する化合物を含む、単独または二本鎖組成物で使われるオリゴマー化合物を提供する。式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNR3R4であり;R3とR4は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、ZはハロゲンおよびNE2E3以外であり;上記のオリゴマー化合物または二本鎖組成物は、それぞれ、ssRNAiまたはdsRNAiRISCベースの機構を通じて機能し、5’修飾を持たないオリゴマー化合物と比べて、強化された活性を提供する。このような修飾は、オリゴマー化合物の5’末端、または、非フラノシルモノマーを含むオリゴマー化合物の5’相当位に位置することが可能である。上記で示したビニル基のいずれか1つが、非フラノシル環を有するモノマーに結合する例を実施例で説明する。いくつかの実施形態では、5’位に以下の式のいずれか1つを有する化合物を含む、単独または二本鎖組成物で使われるオリゴマー化合物を提供する。式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、ZはハロゲンおよびNE2E3以外であり;上記のオリゴマー化合物または二本鎖組成物は、それぞれ、ssRNAiまたはdsRNAiRISCベースの機構を通じて機能し、5’修飾を持たないオリゴマー化合物と比べて、強化された活性を提供する。このような修飾は、オリゴマー化合物の5’末端、または、非フラノシルモノマーを含むオリゴマー化合物の5’相当位に位置することが可能である。いくつかの実施形態では、5’位に以下の式を有する化合物を含む、単独または二本鎖組成物で使われるオリゴマー化合物を提供する。式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;上記のオリゴマー化合物または二本鎖組成物は、それぞれ、ssRNAiまたはdsRNAiRISCベースの機構を通じて機能し、5’修飾を持たないオリゴマー化合物と比べて、強化された活性を提供する。このような修飾は、オリゴマー化合物の5’末端、または、非フラノシルモノマーを含むオリゴマー化合物の5’相当位に位置することが可能である。いくつかの実施形態では、5’修飾ヌクレオシドとその類似体は、それぞれ式Icの化合物に含まれる。Ic式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、C1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;M3は、O、S、NR14、CR15R16、CR15R16CR17R18、CR15=CR17、OCR15R16、またはOCR15Bx2であり;R14は、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R15、R16、R17、およびR18は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Bx1とBx2のいずれか一方はヘテロ環塩基部分であり、Bx1とBx2の他方が存在する場合、当該他方はH、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;J4、J5、J6、およびJ7は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;または、J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成し、ここで当該架橋は、O、S、NR19、CR20R21、CR20=CR21、C[=CR20R21]、C=Oから選ばれる1~3個の結合ビラジカル基を含み、J5、J6、J7のうち他の2つは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;R19、R20、およびR21は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X1]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;X1は、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、ZはハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、M3はO、CH2CH2、CH=CH、OCH2、またはOCHBx2であり、このBx2はヘテロ環塩基部分である。いくつかの実施形態では、J4、J5、J6、およびJ7はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、Aは以下の式を有する。式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2はそれぞれ独立して、Hまたはハロゲンである。いくつかの実施形態では、5’修飾ヌクレオシドの各々は式Iを有する。I式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、アルキルまたは置換アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、ZはハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、Bxは、ピリミジン、置換ピリミジン、プリン、または置換プリンである。いくつかの実施形態では、Bxは、ウラシル、5-チアゾロ-ウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、5-チアゾロ-シトシン、アデニン、グアニン、または2,6-ジアミノプリンである。いくつかの実施形態では、T1は以下の式を有する。式中、RaとRcは、それぞれ独立して、保護されたヒドロキシル、保護されたチオール、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、保護されたアミノ、または置換アミノであり;Rbは、OまたはSである。いくつかの実施形態では、T1は以下の式を有する。式中、RaとRcはそれぞれ、保護されたヒドロキシルであり;Rbは、OまたはSである。いくつかの実施形態では、T1は以下の式を有する。式中、RaとRcは、それぞれ独立して、OCH3、OCH2CH3、またはOCHCH32であり;RbはOである。いくつかの実施形態では、rは1であり、M1はHであり、M2はOHである。いくつかの実施形態では、rは0であり、M1はOCH22CNであり、M2はN[CHCH32]2である。いくつかの実施形態では、Gは、ハロゲン、OCH3、CH2F、OCHF2、OCF3、OCH2CH3、OCH22F、OCH2CHF2、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-SCH3、OCH22-OCF3、OCH23-NR10R11、OCH22-ONR10R11、OCH22-OCH22-NR10R11、OCH2C=O-NR10R11、OCH2C=O-NR12-CH22-NR10R11、またはOCH22-NR12-C=NR13[NR10R11]であり、ここでR10、R11、R12、およびR13は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルである。いくつかの実施形態では、Gは、ハロゲン、OCH3、OCF3、OCH2CH3、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-OCH22-NCH32、OCH2C=O-NHCH3、OCH2C=O-NH-CH22-NCH32、またはOCH2-NH-C=NHNH2である。いくつかの実施形態では、Gは、F、OCH3、OCH22-OCH3、OCH2C=O-NHCH3、またはOCH2C=O-NH-CH22-NCH32である。いくつかの実施形態では、GはOCH22-OCH3である。いくつかの実施形態では、GはFである。いくつかの実施形態では、Aは、以下の式のいずれか1つを有する。いくつかの実施形態では、Aは以下の式を有する。いくつかの実施形態では、Aは、以下の式のいずれか1つを有する。いくつかの実施形態では、Q1とQ2はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2のいずれか一方はHであり、Q1とQ2の他方はハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、Q1とQ2のいずれか一方はHであり、Q1とQ2の他方はFまたはCH3である。いくつかの実施形態では、Q1とQ2はそれぞれ独立して、FまたはCH3である。いくつかの実施形態では、Q3はOである。いくつかの実施形態では、Q3はSである。いくつかの実施形態では、Q3はNR5である。いくつかの実施形態では、R5はHである。いくつかの実施形態では、R5はC1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルである。いくつかの実施形態では、R5はCH3である。いくつかの実施形態では、Q3はCR6R7である。いくつかの実施形態では、R6とR7はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、R6とR7のいずれか一方はHであり、R6とR7の他方はC1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルである。いくつかの実施形態では、R6とR7のいずれか一方はHであり、R6とR7の他方はCH3である。いくつかの実施形態では、R6とR7はそれぞれ独立して、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、Aは以下の式を有する。いくつかの実施形態では、5’修飾ヌクレオシドの各々は式Iaを有する。Ia式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、アルキルまたは置換アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、5’修飾ヌクレオシドの各々は式Ibを有する。Ib式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、アルキルまたは置換アルキルであり;rは、0または1であり;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;R3とR4は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、5’修飾ヌクレオシドの各々は式Ibを有する。Ib式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1はOCH22CNであり;M2はN[CHCH32]2であり;rは0であり;Q1とQ2はそれぞれHであり;Gは、ハロゲンまたはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、5’修飾ヌクレオシドの各々は式Ibを有する。Ib式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1はOCH22CNであり;M2はN[CHCH32]2であり;rは0であり;Q1とQ2はそれぞれHであり;GはOCH22OCH3であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する。IIc式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;T2は、式IIcの化合物をオリゴマー化合物と結合するヌクレオシド間連結基であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、C1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;M3は、O、S、NR14、CR15R16、CR15R16CR17R18、CR15=CR17、OCR15R16、またはOCR15Bx2であり;R14は、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R15、R16、R17、およびR18は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Bx1とBx2のいずれか一方はヘテロ環塩基部分であり、Bx1とBx2の他方が存在する場合、当該他方はH、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;J4、J5、J6、およびJ7は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;または、J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成し、ここで当該架橋は、O、S、NR19、CR20R21、CR20=CR21、C[=CR20R21]、C=Oから選ばれる1~3個の結合ビラジカル基を含み、J5、J6、J7のうち他の2つは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;R19、R20、およびR21は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X1]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;X1は、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、式IIcを有するオリゴマー化合物を提供する式中、M3はO、CH2CH2、CH=CH,OCH2、またはOCHBx2であり、Bx2はヘテロ環塩基部分である。いくつかの実施形態では、式IIcを有するオリゴマー化合物を提供する式中、J4、J5、J6、およびJ7はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Aは以下の式を有する。式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q1とQ2は、それぞれ独立して、Hまたはハロゲンである。いくつかの実施形態では、式IIを有する5’-末端化合物を含むオリゴマー化合物を提供する。II式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;T2は、式IIの化合物をオリゴマー化合物と結合するヌクレオシド間連結基であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、式IIを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Bxはピリミジン、置換ピリミジン、プリン、または置換プリンである。いくつかの実施形態では、式IIを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Bxはウラシル、5-チアゾロ-ウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、5-チアゾロ-シトシン、アデニン、グアニン、または2,6-ジアミノプリンである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、T1は以下の式を有する。式中、RaとRcは、それぞれ独立して、保護されたヒドロキシル、保護されたチオール、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、保護されたアミノ、または置換アミノであり;Rbは、OまたはSである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、T1は以下の式を有する。式中、RaとRcはそれぞれ、保護されたヒドロキシルであり;Rbは、OまたはSである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、T1は以下の式を有する。式中、RaとRcは、それぞれ独立して、OCH3、OCH2CH3、またはOCHCH32であり;RbはOである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Gは、ハロゲン、OCH3、CH2F、OCHF2、OCF3、OCH2CH3、OCH22F、OCH2CHF2、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-SCH3、OCH22-OCF3、OCH23-NR10R11、OCH22-ONR10R11、OCH22-OCH22-NR10R11、OCH2C=O-NR10R11、OCH2C=O-NR12-CH22-NR10R11、またはOCH22-NR12-C=NR13[NR10R11]であり、ここでR10、R11、R12、およびR13は、それぞれ独立してHまたはC1-C6アルキルである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Gは、ハロゲン、OCH3、OCF3、OCH2CH3、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、OCH22-OCH3、OCH22-OCH22-NCH32、OCH2C=O-NHCH3、OCH2C=O-NH-CH22-NCH32、またはOCH2-NH-C=NHNH2である。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Gは、F、OCH3、OCH22-OCH3、OCH2C=O-NHCH3、またはOCH2C=O-NH-CH22-NCH32である。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、GはOCH22-OCH3である。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、GはFである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Aは以下の式のいずれか1つを有する。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Aは以下の式を有する。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Aは以下の式のいずれか1つを有する。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q1とQ2はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q1とQ2のいずれか一方はHであり、Q1とQ2の他方はハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q1とQ2のいずれか一方はHであり、Q1とQ2の他方はFまたはCH3である。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q1とQ2はそれぞれ独立して、FまたはCH3である。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はOである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はSである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はNR5である。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はNR5であり、R5はHである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はNR5であり、R5はC1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はNR5であり、R5はCH3である。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はCR6R7である。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はCR6R7であり、R6とR7はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はCR6R7であり、R6とR7のいずれか一方はHであり、R6とR7の他方はC1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はCR6R7であり、R6とR7のいずれか一方はHであり、R6とR7の他方はCH3である。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q3はCR6R7であり、R6とR7は、それぞれ独立して、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、式IIまたは式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Aは以下の式を有する。いくつかの実施形態では、式IIaを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する。IIa式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;T2は、式IIの化合物をオリゴマー化合物の残基remainderと結合するヌクレオシド間連結基であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、式IIbを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する。IIbいくつかの実施形態では、式IIbを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q1とQ2はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、式IIaまたは式IIbを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、GはOCH22OCH3である。いくつかの実施形態で提供するオリゴマー化合物では、各ヌクレオシド間連結基は、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間連結基またはホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である。いくつかの実施形態で提供するオリゴマー化合物では、実質的に各々のヌクレオシド間連結基はホスホロチオエートヌクレオシド間連結基である。いくつかの実施形態では、第1のオリゴマー化合物と第2のオリゴマー化合物を含む二本鎖組成物であって、第1のオリゴマー化合物は第2のオリゴマー化合物に対して相補的であり、第2のオリゴマー化合物は核酸標的に対して相補的であり;第1のオリゴマー化合物および第2のオリゴマー化合物の少なくとも1つは、式II、IIa、IIb、またはIIcを有する5’-末端化合物を含むオリゴマー化合物であり;この組成物は1つ以上の5’または3’-末端基を任意で含む、二本鎖組成物を提供する。いくつかの実施形態では、遺伝子発現を阻害する方法を提供する。この方法は、式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する5’末端化合物を含むオリゴマー化合物、または式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する少なくとも1つの5’末端化合物を含む二本鎖組成物と、細胞とを接触させることを含む。ここで、オリゴマー化合物および、二本鎖組成物中の第1のオリゴマー化合物と第2のオリゴマー化合物は、それぞれ、約8~約40のモノマーサブユニットを含み、オリゴマー化合物または、二本鎖組成物中の第1のオリゴマー化合物もしくは第2のオリゴマー化合物は、標的RNAに対して相補的である。いくつかの実施形態では、細胞は動物の中にある。いくつかの実施形態では、細胞はヒトの中にある。いくつかの実施形態では、標的RNAは、標的mRNA、プレmRNA、およびマイクロRNAから選ばれる。いくつかの実施形態では、標的RNAはmRNAである。いくつかの実施形態では、標的RNAはヒトmRNAである。いくつかの実施形態では、標的RNAを切断することによりその機能を阻害する。いくつかの実施形態では、上記の方法は、標的RNAのレベルを検出することをさらに含む。いくつかの実施形態では、遺伝子発現を阻害する方法を提供する。この方法は、式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する5’末端化合物を含むオリゴマー化合物、または式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する少なくとも1つの5’末端化合物を含む二本鎖組成物と、1つ以上の細胞、または組織とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子発現を阻害するインビボの方法で使われる、式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する5’末端化合物を含むオリゴマー化合物、または、式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する少なくとも1つの5’末端化合物を含む二本鎖組成物を提供する。このインビボの方法は、式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する5’末端化合物を含むオリゴマー化合物、または式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する少なくとも1つの5’末端化合物を含む二本鎖組成物と、1つ以上の細胞、組織、または動物と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する5’末端化合物を含むオリゴマー化合物、または式II、IIa、IIb、もしくはIIcを有する少なくとも1つの5’末端化合物を含む二本鎖組成物を、医学療法用に提供する。いくつかの実施形態では、5’修飾ヌクレオシドおよびその類似体を除く、オリゴマー化合物の残基に対して、1つ以上の修飾が行われる。これらの修飾には、糖修飾、糖代用物sugarsurrogateとの置き換え、塩基修飾、他の3’および5’末端基本明細書に記述するオリゴマー化合物の少なくとも1つを含み、本質的に2つの5’末端を有する二本鎖組成物、ヌクレオシド間結合修飾、ならびにモチーフが含まれる。本明細書にこれらの修飾を記述するが、その多くは当業者に対して公知となっている。これらの修飾はすべて、本明細書に開示するオリゴマー化合物および二本鎖組成物に適用可能である。これらの実施形態のいくつかでは、オリゴマー化合物の残基は、少なくとも1つの修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は修飾塩基を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は糖代用物を含む。いくつかの実施形態では、糖代用物はテトラヒドロピランである。いくつかの実施形態では、テトラヒドロピランはF-HNAである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、修飾糖を含む少なくとも1つのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、修飾糖を含む上記少なくとも1つの修飾ヌクレオシドは、二環式ヌクレオシドと2’-修飾ヌクレオシドから選ばれる。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つの修飾ヌクレオシドは、二環式ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは4’-CH2-O-2’BNAヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは4’-CH22-O-2’BNAヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは4’-CCH3H-O-2’BNAヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つの修飾ヌクレオシドは2’-修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つの2’-修飾ヌクレオシドは、2’-Fヌクレオシド、2’-OCH3ヌクレオシド、および2’-OCH22OCH3ヌクレオシドから選ばれる。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つの2’-修飾ヌクレオシドは、2’-Fヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つの2’-修飾ヌクレオシドは、2’-OCH3ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つの2’-修飾ヌクレオシドは、2’-OCH22OCH3ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、少なくとも1つの無修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、無修飾ヌクレオシドはリボヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、無修飾ヌクレオシドはデオキシリボヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、少なくとも2つの修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、上記少なくとも2つの修飾ヌクレオシドは同一修飾を含む。いくつかの実施形態では、上記少なくとも2つの修飾ヌクレオシドは異なる修飾を含む。いくつかの実施形態では、上記少なくとも2つの修飾ヌクレオシドのうち少なくとも1つは、糖代用物を含む。いくつかの実施形態では、上記少なくとも2つの修飾ヌクレオシドのうち少なくとも1つは、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、上記少なくとも2つの修飾ヌクレオシドは、それぞれ独立して、2’-Fヌクレオシド、2’-OCH3ヌクレオシド、および2’-OCH22OCH3ヌクレオシドから選ばれる。いくつかの実施形態では、上記少なくとも2つの修飾ヌクレオシドの各々は、2’-Fヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、上記少なくとも2つの修飾ヌクレオシドの各々は、2’-OCH3ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、上記少なくとも2つの修飾ヌクレオシドの各々は、2’-OCH22OCH3修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の実質的にすべてのヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物のすべてのヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、第1タイプ領域はそれぞれ独立して1~20個の連続したヌクレオシドを含み、各第1タイプ領域の各ヌクレオシドは第1タイプ修飾を含む、1~20個の第1タイプ領域と;第2タイプ領域はそれぞれ独立して1~20個の連続したヌクレオシドを含み、各第2タイプ領域の各ヌクレオシドは第2タイプ修飾を含む、0~20個の第2タイプ領域と;第3タイプ領域はそれぞれ独立して1~20個の連続したヌクレオシドを含み、各第3タイプ領域の各ヌクレオシドは第3タイプ修飾を含む、0~20個の第3タイプ領域と;を含む。ここで、第1タイプ修飾、第2タイプ修飾、および第3タイプ修飾は、それぞれ独立して、2’-F、2’-OCH3、2’-OCH22OCH3、BNA、F-HNA、2’-H、および2’-OHから選ばれる。ただし、第1タイプ修飾、第2タイプ修飾、および第3タイプ修飾は、互いに異なるものとする。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、2~20個の第1タイプ領域;3~20個の第1タイプ領域;4~20個の第1タイプ領域;5~20個の第1タイプ領域;または6~20個の第1タイプ領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、1~20個の第2タイプ領域;2~20個の第2タイプ領域;3~20個の第2タイプ領域;4~20個の第2タイプ領域;または5~20個の第2タイプ領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、1~20個の第3タイプ領域;2~20個の第3タイプ領域;3~20個の第3タイプ領域;4~20個の第3タイプ領域;または5~20個の第3タイプ領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、オリゴマー化合物の3’端に位置する第3タイプ領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、オリゴマー化合物の3’端に位置する第3タイプ領域を含む。いくつかの実施形態では、第3タイプ領域は1~3個の修飾ヌクレオシドを含み、第3タイプ修飾は2’-OCH22OCH3である。いくつかの実施形態では、同第3タイプ領域は2つの修飾ヌクレオシドを含み、第3タイプ修飾は2’-OCH22OCH3である。いくつかの実施形態では、各第1タイプ領域は、1~5個の修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、各第1タイプ領域は、6~10個の修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、各第1タイプ領域は、11~15個の修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、各第1タイプ領域は、16~20個の修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、第1タイプ修飾は2’-Fである。いくつかの実施形態では、第1タイプ修飾は2’-OMeである。いくつかの実施形態では、第1タイプ修飾はDNAである。いくつかの実施形態では、第1タイプ修飾は2’-OCH22OCH3である。いくつかの実施形態では、第1タイプ修飾は4’-CH2-O-2’である。いくつかの実施形態では、第1タイプ修飾は4’-CH22-O-2’である。いくつかの実施形態では、第1タイプ修飾は4’-CCH3H-O-2’である。いくつかの実施形態では、各第2タイプ領域は、1~5個の修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、各第2タイプ領域は、6~10個の修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、各第2タイプ領域は、11~15個の修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、各第2タイプ領域は、16~20個の修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、第2タイプ修飾は2’-Fである。いくつかの実施形態では、第2タイプ修飾は2’-OMeである。いくつかの実施形態では、第2タイプ修飾はDNAである。いくつかの実施形態では、第2タイプ修飾は2’-OCH22OCH3である。いくつかの実施形態では、第2タイプ修飾は4’-CH2-O-2’である。いくつかの実施形態では、第2タイプ修飾は4’-CH22-O-2’である。いくつかの実施形態では、第2タイプ修飾は4’-CCH3H-O-2’である。いくつかの実施形態におけるオリゴマー化合物は、第1タイプ領域と第2タイプ領域が交互に現れる交互モチーフを有する。いくつかの実施形態では、本発明が提供するオリゴマー化合物において、5’末端ヌクレオシドは式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの化合物であり、オリゴマー化合物の残基は、ヌクレオシドモチーフAn-Bn-An-Bnを有するヌクレオシド領域の少なくとも1つを含む。ここで、AとBは異なる方法で修飾されたヌクレオシドであり、各nは独立して、1、2、3、4、および5より選ばれる。いくつかの実施形態では、AとBはそれぞれ独立して、二環式ヌクレオシドと2’-修飾ヌクレオシドから選ばれる。いくつかの実施形態では、AとBの少なくとも1つは二環式ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、AとBの少なくとも1つは4’-CH2-O-2’BNAヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、AとBの少なくとも1つは4’-CH22-O-2’BNAヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、AとBの少なくとも1つは4’-CCH3H-O-2’BNAヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、AとBの少なくとも1つは2’-修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、2’-修飾ヌクレオシドは、2’-Fヌクレオシド、2’-OCH3ヌクレオシド、および2’-OCH22OCH3ヌクレオシドから選ばれる。いくつかの実施形態では、AとBはそれぞれ独立して、2’-Fヌクレオシド、2’-OCH3ヌクレオシド、2’-OCH22OCH3ヌクレオシド、4’-CH2-O-2’BNAヌクレオシド、4’-CH22-O-2’BNAヌクレオシド、4’-CCH3H-O-2’BNAヌクレオシド、DNAヌクレオシド、RNAヌクレオシド、およびF-HNAヌクレオシドから選ばれる。いくつかの実施形態では、AとBはそれぞれ独立して、2’-Fヌクレオシド、2’-OCH3ヌクレオシド、4’-CH2-O-2’BNAヌクレオシド、4’-CH22-O-2’BNAヌクレオシド、4’-CCH3H-O-2’BNAヌクレオシド、およびDNAヌクレオシドから選ばれる。いくつかの実施形態では、AとBのいずれか一方は2’-Fヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、AとBのいずれか一方は2’-OCH3ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、AとBのいずれか一方は2’-OCH22OCH3ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、Aは2’-Fヌクレオシドであり、Bは2’-OCH3ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、Aは2’-OCH3ヌクレオシドであり、Bは2’-Fヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、AとBのいずれか一方は、4’-CH2-O-2’BNAヌクレオシド、4’-CH22-O-2’BNAヌクレオシド、および4’-CCH3H-O-2’BNAヌクレオシドから選ばれ、AとBの他方は、DNAヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、本発明が提供するオリゴマー化合物において、5’末端ヌクレオシドは式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの化合物であり、オリゴマー化合物の残基は、ヌクレオシドモチーフAx-B2-AY-B2-AZ-B3を有するヌクレオシド領域の少なくとも1つを含む。ここで、Aは第1タイプのヌクレオシドであり、Bは第2タイプのヌクレオシドであり、Xは0~10、Yは1~10、Zは1~10である。いくつかの実施形態では、Xは0、1、2、および3から選ばれる。いくつかの実施形態では、Xは4、5、6、および7から選ばれる。いくつかの実施形態では、Yは1、2、および3から選ばれる。いくつかの実施形態では、Yは4、5、6、および7から選ばれる。いくつかの実施形態では、Zは1、2、および3から選ばれる。いくつかの実施形態では、Zは4、5、6、および7から選ばれる。いくつかの実施形態では、Aは2’-Fヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、Bは2’-OCH3ヌクレオシドである。いくつかの実施形態において、本発明が提供するオリゴマー化合物では、5’末端ヌクレオシドは式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeであり、オリゴマー化合物は、オリゴマー化合物の3’端に位置する1~5個のヌクレオシドからなる3’-領域を含む。ここで、3’-領域の各ヌクレオシドは、互いに同一の修飾を含み、3’-領域のヌクレオシドは、3’-領域に隣接する最終ヌクレオシドとは異なった方法で修飾される。いくつかの実施形態では、3’-領域の修飾は、オリゴマー化合物の他のいかなるヌクレオシドの修飾とも異なる。いくつかの実施形態では、3’-領域のヌクレオシドは2’-OCH22OCH3ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、3’-領域は2個のヌクレオシドからなる。いくつかの実施形態では、3’-領域は3個のヌクレオシドからなる。いくつかの実施形態では、3’-領域の各ヌクレオシドは、ウラシル塩基を含む。いくつかの実施形態では、3’-領域の各ヌクレオシドはアデニン塩基を含む。いくつかの実施形態では、3’-領域の各ヌクレオシドは、チミン塩基を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、均一に修飾されたヌクレオシドの領域を含む。いくつかの実施形態では、均一に修飾されたヌクレオシド領域は、均一に修飾され連続した2~20個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、均一に修飾されたヌクレオシド領域は、均一に修飾され連続した3~20個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、均一に修飾されたヌクレオシド領域は、均一に修飾され連続した4~20個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、均一に修飾されたヌクレオシド領域は、均一に修飾され連続した5~20個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、均一に修飾されたヌクレオシド領域は、均一に修飾され連続した6~20個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、均一に修飾されたヌクレオシド領域は、均一に修飾され連続した5~15個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、均一に修飾されたヌクレオシド領域は、均一に修飾され連続した6~15個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、均一に修飾されたヌクレオシド領域は、均一に修飾され連続した5~10個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、均一に修飾されたヌクレオシド領域は、均一に修飾され連続した6~10個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、交互に修飾されたヌクレオシドの領域と、均一に修飾されたヌクレオシドの領域を含む。いくつかの実施形態では、交互ヌクレオチド領域は、完全に修飾されたヌクレオシド領域の5’である。いくつかの実施形態では、交互ヌクレオチド領域は、完全に修飾されたヌクレオシド領域の3’である。いくつかの実施形態では、交互領域と完全修飾領域は、互いに直接隣接する。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、交互領域と完全修飾領域の間に追加のヌクレオシドを有する。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、モチーフI:NfPSNmPOを有する少なくとも1つのヌクレオシド領域を含む。ここで、Nfは2’-Fヌクレオシドであり、Nmは2’-OCH3ヌクレオシドであり、PSはホスホロチオエート連結基であり、POはホスホジエステル連結基である。いくつかの実施形態では、5’末端ヌクレオシドは式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの化合物であり、5’末端から2番目のヌクレオシドはNfである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、モチーフIを有する少なくとも2個、または3個、または4個、または6個、または7個、または8個、または9個、または10個の別個領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の残基は、AABBAA、ABBABB、AABAAB、ABBABAABB、ABABAA、AABABAB、ABABAA、ABBAABBABABAA、BABBAABBABABAA、またはABABBAABBABABAAから選ばれるヌクレオシドモチーフを有する領域を少なくとも1つ含む。ここで、Aは第1タイプのヌクレオシドであり、Bは第2タイプのヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は、1つ以上のコンジュゲート基conjugategroupを含む。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物はオリゴヌクレオチドからなる。いくつかの実施形態では、本発明は以下の式を有するオリゴマー化合物を提供する。式中、各Lは、ヌクレオシド間連結基であり;Gは、コンジュゲート基、またはオリゴマー化合物をコンジュゲートと結合する連結基であり;aは0または1であり;Qa、Qb、およびQcは、それぞれ独立して、ハロゲン、アリル、アミノ、アジド、O-アリル、O-C1-C6アルキル、OCF3,O-CH22-O-CH3、OCH22SCH3、O-CH22-O-NJ5J6、およびO-CH2-C=O-NJaJbから選ばれる2’-置換基を有する2’-修飾ヌクレオシドでありここで、JaとJbは、それぞれ独立してH、アミノ保護基、または置換もしくは非置換C1-C6アルキルである。ただし、Qa、Qb、Qcは互いに異なり;tは4~8であり;uは0または1であり;vは1~3である;Zは、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの化合物である。いくつかの実施形態では、QaとQbはそれぞれ独立して、ハロゲンとO-C1-C6アルキルから選ばれる2’-置換基を有する2’-修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、QaとQbはそれぞれ独立して、FとO-メチルから選ばれる2’-置換基を有する2’-修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、各Qcは、O-CH22-OCH3の2’-置換基を有する2’-修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、aは0である。いくつかの実施形態では、vは2である。いくつかの実施形態では、uは0である。いくつかの実施形態では、uは1である。上記実施形態のいくつかでは、オリゴマー化合物の残基は、8~80個の結合ヌクレオシド;8~26個の結合ヌクレオシド;10~24個の結合ヌクレオシド;16~22個の結合ヌクレオシド;16~18個の結合ヌクレオシド;または19~22個の結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいくつかでは、5’-端から2番目のヌクレオシドは、OHとハロゲンから選ばれる2’-置換基を含む糖部分を含む。いくつかの実施形態では、5’-端から2番目のヌクレオシドは、2’-F修飾ヌクレオシドである。上記実施形態のいくつかでは、オリゴマー化合物は、修飾された連結基を少なくとも1つ含む。いくつかの実施形態では、各ヌクレオシド間連結基は、独立して、ホスホジエステルまたはホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、最も5’末端側the5’-mostのヌクレオシド間連結基は、ホスホロチオエート連結基である。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、連続した少なくとも2つのスホロチオエート連結基を含むホスホロチオエート領域を、少なくとも1つ含む。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つのホスホロチオエート領域は、3~12個の連続したホスホロチオエート連結基を含む。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つのホスホロチオエート領域は、6~8個のホスホロチオエート連結基を含む。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つのホスホロチオエート領域は、オリゴマー化合物の3’-端に位置する。いくつかの実施形態では、上記少なくとも1つのホスホロチオエート領域は、オリゴマー化合物の3’-端からヌクレオシド3個以内に位置する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの3’端位置の7~9個のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、5’端位置のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、本発明が提供するオリゴマー化合物は、10~30個の結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含む。ここで、a5’端位置のヌクレオシドは、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeを有し;b5’-端から2番目のヌクレオシドの糖部分は、無修飾2’-OH糖と修飾糖から選ばれ、この修飾糖は、2’-ハロゲン、2’O-アルキル、および2’-O-置換アルキルから選ばれる修飾を含み;c5’-端位置の1番目のヌクレオシド間結合、および3’-端位置の最後の7個のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;d少なくとも1つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合以外の結合である。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物はアンチセンス化合物である。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物はRNAi化合物である。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は一本鎖RNAi化合物である。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は二本鎖RNAi化合物siRNAであり、このうちの一本鎖または二本鎖は、本明細書で開示するオリゴマー化合物である。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物はマイクロRNA模倣体microRNAmimicである。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物はRNaseHアンチセンス化合物である。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物はスプライシングを調節する。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の核酸塩基配列の少なくとも一部分は、標的核酸の一部分に対して相補的である。ここで、この標的核酸は標的mRNA、標的プレ-mRNA、標的マイクロRNA、および標的非コードRNAから選ばれる。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の核酸塩基配列は、標的核酸に対して相補性が100の領域を含み、この相補性100の領域は、少なくとも10個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、相補性100の領域は、少なくとも15個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、相補性100の領域は、少なくとも20個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して少なくとも85相補的である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して少なくとも90相補的である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して少なくとも95相補的である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して少なくとも98相補的である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して100相補的である。いくつかの実施形態におけるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列を有するマイクロRNA模倣体であり、この核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの種領域seedregionと少なくとも80同一であり、かつマイクロRNAと少なくとも70の全同一性overallidentityを有する。いくつかの実施形態では、マイクロRNA模倣体の核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの種領域の配列と少なくとも80同一であり、マイクロRNAと少なくとも75の全同一性を有する。いくつかの実施形態では、マイクロRNA模倣体の核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの種領域の配列と少なくとも80同一であり、マイクロRNAと少なくとも80の全同一性を有する。いくつかの実施形態では、マイクロRNA模倣体の核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの種領域の配列と少なくとも100同一であり、マイクロRNAと少なくとも80の全同一性を有する。いくつかの実施形態では、マイクロRNA模倣体の核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの種領域の配列と少なくとも100同一であり、マイクロRNAと少なくとも85の全同一性を有する。いくつかの実施形態では、マイクロRNA模倣体の核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの配列と100同一である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、標的核酸の種一致セグメントseedmatchsegmentに対する相補性が100の領域を含む。いくつかの実施形態におけるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列を有するマイクロRNA模倣体であり、この核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの種領域と少なくとも80同一であり、かつマイクロRNAと少なくとも50の全同一性を有する。いくつかの実施形態におけるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列を有するマイクロRNA模倣体であり、この核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの種領域と少なくとも80同一であり、かつマイクロRNAと少なくとも55の全同一性を有する。いくつかの実施形態におけるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列を有するマイクロRNA模倣体であり、この核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの種領域と少なくとも80同一であり、かつマイクロRNAと少なくとも60の全同一性を有する。いくつかの実施形態におけるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列を有するマイクロRNA模倣体であり、この核酸塩基配列に含まれる一部分は、マイクロRNAの種領域と少なくとも80同一であり、かつマイクロRNAと少なくとも65の全同一性を有する。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、miRBaseで検索されたマイクロRNA配列から選ばれる核酸塩基配列を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、miRBaseで検索されたマイクロRNA配列から選ばれる核酸塩基配列からなる。いくつかの実施形態では、標的核酸は標的mRNAである。いくつかの実施形態では、標的核酸は標的プレmRNAである。いくつかの実施形態では、標的核酸は非コードRNAである。いくつかの実施形態では、標的核酸はマイクロRNAである。いくつかの実施形態では、標的核酸はプレ-mirである。いくつかの実施形態では、標的核酸はプリ-mirである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、標的核酸に対して相補性が100の領域を含み、この相補性100の領域は、少なくとも10個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、標的核酸に対して相補性が100の領域を含み、この相補性100の領域は、少なくとも6個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、標的核酸に対して相補性が100の領域を含み、この相補性100の領域は、少なくとも7個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、標的核酸は哺乳類の標的核酸である。いくつかの実施形態では、哺乳類の標的核酸はヒトの標的核酸である。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、オリゴマー化合物の少なくとも1つの端に1~3個の末端基ヌクレオシドterminalgroupnucleosideを含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、3’-端に1~3個の末端基ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、5’-端に1~3個の末端基ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は一本鎖である。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は、第2のオリゴマー化合物と対になって二本鎖組成物を形成する。いくつかの実施形態では、本発明は、オリゴマー化合物および薬剤的に許容可能な希釈剤または担体を含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、薬剤的に許容可能な希釈剤または担体は、医薬品等級の無菌食塩水である。いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書に記述するオリゴマー化合物と細胞とを接触させることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、アンチセンス活性を検出することを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス活性の検出は、細胞中の表現型の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス活性の検出は、細胞中の標的核酸の量の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス活性の検出は、標的タンパク質の量の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、細胞はインビトロに存在する。いくつかの実施形態では、細胞は動物の中にある。いくつかの実施形態では、この動物は哺乳類である。いくつかの実施形態では、この哺乳類はヒトである。いくつかの実施形態では、本発明は、細胞中の標的mRNAを調節する方法を提供する。この方法は、本発明のオリゴマー化合物と細胞とを接触させ、それにより細胞中のmRNAを調節することを含む。いくつかの実施形態では、当該方法は、細胞中の表現型の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、当該方法は、細胞中のmRNAレベルの減少を検出することを含む。いくつかの実施形態では、当該方法は、標的タンパク質の量の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、細胞はインビトロに存在する。いくつかの実施形態では、この細胞は動物の中にある。いくつかの実施形態では、この動物は哺乳類である。いくつかの実施形態では、この哺乳類はヒトである。いくつかの実施形態では、本発明は、本発明の医薬組成物を動物に投与する方法を提供する。いくつかの実施形態では、この動物は哺乳類である。いくつかの実施形態では、この哺乳類はヒトである。いくつかの実施形態では、当該方法は、動物中のアンチセンス活性を検出することを含む。いくつかの実施形態では、当該方法は、動物中の標的核酸の量の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、当該方法は、動物中の標的タンパク質の量の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、当該方法は、動物中の表現型の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、表現型の変化とは、活性の生物学的マーカーの量的変化または質的変化である。いくつかの実施形態では、本発明は、望まれない遺伝子発現を特徴とする疾患を治療するための薬剤の製造を目的とした、オリゴマー化合物の用途を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、遺伝子発現を阻害することにより疾患を治療するための薬剤の製造を目的とした、オリゴマー化合物の用途を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、マイクロRNA模倣体活性であるアンチセンス活性を検出することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、マイクロRNA模倣体活性の検出は、細胞中の標的核酸の量の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNA模倣体活性の検出は、細胞中の標的タンパク質の量の変化を検出することを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するオリゴマー化合物または二本鎖組成物と、細胞とを接触させることを含む、遺伝子発現の阻害方法を提供する。この方法において、このオリゴマー化合物、または二本鎖組成物のどちらか一本は、約8~約40個のモノマーサブユニットを含み、標的RNAに対して相補的である。いくつかの実施形態では、この細胞は動物の中にある。いくつかの実施形態では、この細胞はヒトの中にある。いくつかの実施形態では、標的RNAは、標的mRNA、プレmRNA、およびマイクロRNAから選ばれる。いくつかの実施形態では、標的RNAはmRNAである。いくつかの実施形態では、標的RNAはヒトmRNAである。いくつかの実施形態では、標的RNAを切断することによりその機能を阻害する。いくつかの実施形態では、当該方法はさらに、標的RNAのレベルを検出することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子発現を阻害するインビトロの方法を提供する。この方法は、1つ以上の細胞、または組織と、本明細書で提供するオリゴマー化合物または二本鎖組成物とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するオリゴマー化合物または二本鎖組成物を、遺伝子発現を阻害するインビボの方法で使用する。この方法は、1つ以上の細胞、組織、または動物と、本明細書で提供するオリゴマー化合物または二本鎖組成物とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するオリゴマー化合物または二本鎖組成物を医学療法において使用する。本発明の詳細な説明具体的に定義しない限り、本明細書に記載する分析化学、有機合成化学、医薬品化学、および製薬化学に関連して使用される命名法ならびに手順および手法は、当該技術分野においてよく知られ、一般に使われているものである。化学合成および化学分析には、標準の手法を使用してよい。上記の手法および手順のいくつかは、例えばCarbohydrateModificationsinAntisenseResearch編集:SangviandCook,AmericanChemicalSociety,WashingtonD.C.,1994、Remington’sPharmaceuticalSciencesMackPublishingCo.,Easton,Pa.,18thedition,1990、AntisenseDrugTechnology,Principles,Strategies,andApplications編集:StanleyT.Crooke,CRCPress,BocaRaton,Florida、およびMolecularCloning,AlaboratoryManual2ndEditionSambrookら,ColdSpringHarborLaboratoryPress,1989などに記載されている。これらの文献は、目的を問わず参照により本明細書に組み込まれる。本明細書での開示の中で参照しているすべての特許、出願、公開出願、ならびに他の出版物および他のデータは、許可されている場合、参照によりその全体が組み込まれる。別段の指示がない限り、以下の語は以下の意味を有する。本明細書で使用するヌクレオシドという語は、ヘテロ環塩基部分と糖部分を含む化合物をいう。ヌクレオシドには、DNAとRNAに見られる天然由来のヌクレオシド、脱塩基ヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、擬似塩基mimeticbaseおよび/または糖基を有するヌクレオシドが含まれるが、これらに限定されない。ヌクレオシドは各種の置換基で修飾できる。ヌクレオシドにリン酸部分が含まれる場合がある。本明細書で使用する糖部分という語は、天然糖、修飾糖、または糖代用物を意味する。本明細書で使用する糖代用物という語は、天然由来ヌクレオシドのフラノース環と置き換わることのできる構造をいう。いくつかの実施形態では、糖代用物は非フラノースまたは4’-置換フラノースの環、環系、または開放系である。糖代用物の構造には、天然フラノース環を単純に変更したもの6員環などが含まれる。また、ペプチド核酸に使用される非環系の場合のように、より複雑である場合もある。糖代用物には、モルホリノ、シクロヘキセニル、およびシクロヘキシトールが含まれるが、これらに限定されない。糖代用基を有する大部分のヌクレオシドにおいて、ハイブリダイゼーションを可能にするためヘテロ環塩基部分は概して維持される。本明細書で使用するヌクレオチドという語は、リン酸連結基をさらに含むヌクレオシドをいう。本明細書で使用する結合ヌクレオシドは、リン酸結合により連結されても、連結されていなくてもよいので、結合ヌクレオシドには結合ヌクレオチドが含まれる。本明細書で使用する核酸塩基またはヘテロ環塩基部分という語は、ヌクレオシドのヘテロ環式塩基部分をいう。核酸塩基は、天然由来でも、修飾されていてもよい。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、別の核酸の塩基と水素結合できる原子または原子団を含む場合がある。本明細書で使用する修飾ヌクレオシドという語は、天然由来のRNAまたはDNAヌクレオシドとは対照的に、少なくとも1つの修飾を含むヌクレオシドをいう。このような修飾は、糖部分および/または核酸塩基に位置することができる。本明細書で使用する二環式ヌクレオシドまたはBNAという語は、糖環フラノース、糖代用物等を含むが、これらに限定されないの2つの炭素原子を接続する架橋を含み、第2の環を形成する糖環を含む糖部分を有するヌクレオシドをいう。いくつかの実施形態では、この架橋は5員糖環の4’炭素を2’炭素に連結する。本明細書で使用する4’-2’二環式ヌクレオシドという語は、フラノース環の2つの炭素を連結する架橋、すなわち糖環の2’炭素と4’炭素を連結する架橋を含むフラノース環を含む、二環式ヌクレオシドをいう。本明細書で使用する2’-修飾または2’-置換という語は、ヌクレオシドに含まれる糖が、2’位にHおよびOH以外の置換基を含むヌクレオシドをいう。2’-修飾ヌクレオシドには、具体的には、糖環の2つの炭素原子を連結する架橋が糖環の2’炭素と別の炭素を連結する二環式ヌクレオシドや、架橋しない2’置換基、例えばアリル、アミノ、アジド、チオール、O-アリル、O-C1-C10アルキル、-OCF3、O-CH22-O-CH3、2’-OCH22SCH3、O-CH22-O-NRmRn、またはO-CH2-C=O-NRmRnここで、RmとRnは、それぞれ独立して、H、置換C1-C10アルキル、または非置換C1-C10アルキルであるを有するヌクレオシドが含まれるが、これらに限定されない。2’-修飾ヌクレオシドには、さらに別の修飾例えば、糖の別の位置および/または核酸塩基位置の修飾が含まれてもよい。本明細書で使用する2’-Fという語は、2’位にフルオロ基を含む糖を含むヌクレオシドをいう。本明細書で使用する語2’-OMe、2’-OCH32’-O-メチルの各々は、糖環の2’位に-OCH3基を含む糖を含むヌクレオシドをいう。本明細書で使用する語MOE、2’-MOE、2’-OCH2CH2OCH32’-O-メトキシエチルの各々は、糖環の2’位に-OCH2CH2OCH3基を含む糖を含むヌクレオシドをいう。本明細書で使用するオリゴヌクレオチドという語は、複数の結合ヌクレオシドを含む化合物をいう。いくつかの実施形態では、複数のヌクレオシドのうち1つ以上が修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは1つ以上のリボヌクレオシドRNAおよび/またはデオキシリボヌクレオシドDNAを含む。本明細書で使用するオリゴヌクレオシドという語は、ヌクレオシド間結合にリン原子が一切含まれないオリゴヌクレオチドをいう。本明細書で使用するオリゴヌクレオチドには、オリゴヌクレオシドが含まれる。本明細書で使用する修飾オリゴヌクレオチドという語は、少なくとも1つの修飾ヌクレオシドおよび/または少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチドをいう。本明細書で使用するヌクレオシド間結合という語は、隣接するヌクレオシド間の共有結合をいう。本明細書で使用する天然由来のヌクレオシド間結合という語は、3’から5’へのホスホジエステル結合をいう。本明細書で使用する修飾ヌクレオシド間結合という語は、天然由来のヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合をいう。本明細書で使用するオリゴマー化合物という語は、2つ以上の下部構造またはモノマーサブユニットを含むポリマー構造をいう。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物はオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは1つ以上のコンジュゲート基および/または末端基を含む。本明細書で使用する二本鎖という語は、別段の指示がない限り、互いにハイブリダイズしている2つの別個のオリゴマー化合物をいう。このような二本鎖化合物は、二本鎖の一方もしくは両方の片端もしくは両端に、1つ以上の非ハイブリダイズヌクレオシドがあってもよくオーバーハング、かつ/または内部に1つ以上の非ハイブリダイズヌクレオシドがあってもよいミスマッチ。ただし、生理的に適切な条件下でハイブリダイゼーションを維持する十分な相補性が存在することを条件とする。本明細書で使用する自己相補的またはヘアピンという語は、オリゴマー化合物が自身とハイブリダイズして形成する二重領域を含む単一のオリゴマー化合物をいう。本明細書で使用する一本鎖という語は、オリゴマー化合物が自身の相補体とハイブリダイズしておらず、生理的に適切な条件下において、ヘアピン構造を形成するに足る十分な自己相補性を持たないオリゴマー化合物をいう。一本鎖化合物は、自己の相補体と結合して二本鎖化合物となるか部分的に二本鎖化合物となる能力を有する場合がある。本明細書で使用する末端基という語は、オリゴヌクレオチドの3’末端と5’末端のいずれか一方または両方に付着する1つ以上の原子をいう。いくつかの実施形態では、末端基はコンジュゲート基である。いくつかの実施形態では、末端基は1つ以上の追加のヌクレオシドを含む。本明細書で使用するコンジュゲートという語は、オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物と結合する原子または原子団をいう。一般に、コンジュゲート基は、結合先の化合物の1つ以上の特性を修飾する。特性には薬力学的特性、薬物動態特性、結合、吸収、細胞分布、細胞の取込み、充填、排除が含まれるが、これらに限定されない。コンジュゲート基は化学技術分野において日常的に使用されており、オリゴマー化合物などの親化合物に直接結合するか、または任意の結合部分もしくは連結基を介して結合する。いくつかの実施形態では、コンジュゲート基には、挿入分子、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、および色素が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、コンジュゲートは末端基である。いくつかの実施形態では、コンジュゲートは、オリゴヌクレオチドの3’もしくは5’末端ヌクレオシドまたは内部ヌクレオシドに結合する。本明細書で使用するコンジュゲート連結基という語は、コンジュゲートをオリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物に結合するために使われる原子または原子団をいう。当該技術分野で公知となっているような連結基や二官能性結合部分は、本発明に適用可能である。本明細書で使用するアンチセンス化合物という語は、ハイブリダイズの相手である標的核酸に対して、オリゴマー化合物の少なくとも一部分が少なくとも部分的に相補性を有するオリゴマー化合物をいう。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、標的核酸の発現または量を調節する増加または減少させる。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、標的プレ-mRNAのスプライシングを変化させる結果、異なるスプライスバリアントをもたらす。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、1つまたは複数の異なる標的タンパク質の発現を調節する。本明細書の企図するアンチセンス機構には、RNaseH機構、RNAi機構、スプライシング調節、翻訳阻止、RNA処理の変更、マイクロRNA機能の阻害、マイクロRNA機能の模倣が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用する発現という語は、遺伝子が最終的にタンパク質になるプロセスをいう。発現には、転写、スプライシング、転写後の修飾、および翻訳が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用するRNAiという語は、ある特定のアンチセンス化合物が標的核酸の発現または量に影響を及ぼす機構をいう。RNAi機構はRISC経路を伴う。本明細書で使用するRNAi化合物という語は、RNAi機構を通じて、標的核酸および/または標的核酸がコードするタンパク質を調節するように、少なくとも部分的に作用するオリゴマー化合物をいう。RNAi化合物には、二本鎖低分子干渉RNAsiRNA、一本鎖RNAssRNA、およびマイクロRNAマイクロRNA模倣体を含むが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用するアンチセンスオリゴヌクレオチドという語は、オリゴヌクレオチドであるアンチセンス化合物をいう。本明細書で使用するアンチセンス活性という語は、アンチセンス化合物とその標的核酸とのハイブリダイゼーションに起因する、検出および/または測定が可能な活性をいう。いくつかの実施形態では、このような活性は、核酸またはタンパク質の量の増加または減少である場合がある。いくつかの実施形態では、このような活性は、核酸またはタンパク質のスプライスバリアントの比率の変化である場合がある。アンチセンス活性の検出および/または測定は、直接的でも間接的でもよい。例えば、いくつかの実施形態では、標的タンパク質の量または標的タンパク質のスプライスバリアントの相対量を検出および/または測定することにより、アンチセンス活性を評価する。いくつかの実施形態では、標的核酸および/または切断された標的核酸および/または択一的にスプライシングされた標的核酸を検出および/または測定することにより、アンチセンス活性を評価する。いくつかの実施形態では、細胞中または動物中の表現型の変化を観察することにより、アンチセンス活性を評価する。本明細書で活性、応答、または効果に関連して使用する検出または測定という語は、そうした活性、応答、または効果を検出または測定する試験を実施することを表す。こうした検出および/または測定には、ゼロという値が含まれる。したがって、検出または測定を試験した結果、活性が存在しないこと活性ゼロを見出した場合でも、活性を検出または測定する工程を実施したことになる。例えば、いくつかの実施形態において、本発明は、アンチセンス活性を検出する工程、毒性を検出する工程、および/または毒性のマーカーを測定する工程を含む方法を提供する。これらのどの工程にも、ゼロという値が含まれていてよい。本明細書で使用する標的核酸は、アンチセンス化合物の調節の対象である核酸分子を指し、アンチセンス化合物は当該核酸分子の発現、量、または活性を調節することができる。いくつかの実施形態では、標的核酸はDNAまたはRNAである。いくつかの実施形態では、標的RNAは、mRNA、プレ-mRNA、非コードRNA、プリ-マイクロRNA、プレ-マイクロRNA、成熟マイクロRNA、プロモーター指向性promoter-directedRNA、または天然アンチセンス転写物である。例えば、発現が特定の障害や疾患状態に関連付けされる細胞遺伝子または当該遺伝子から転写されたmRNAや、感染因子から得られる核酸分子を、標的核酸とすることができる。いくつかの実施形態では、標的核酸はウイルス性または細菌性の核酸である。本明細書で使用する標的mRNAという語は、タンパク質をコードする、事前選択されたRNA分子をいう。本明細書で使用する標的プレ-mRNAという語は、完全にはmRNAへと処理されていない、事前選択されたRNA転写物をいう。特に、プレ-RNAには1つ以上のイントロンが含まれる。本明細書で使用する標的マイクロRNAという語は、1つ以上のタンパク質の発現を調節する、長さが約18~30核酸塩基の事前選択された非コードRNA分子、または当該非コード分子の前駆体をいう。本明細書で使用する標的pdRNAという語は、1つ以上のプロモーターと相互作用して転写を調節する、事前選択されたRNA分子をいう。本明細書で使用するマイクロRNAという語は、翻訳レベルで遺伝子発現を阻害する、天然由来で低分子の非コードRNAをいう。いくつかの実施形態では、マイクロRNAは、標的核酸の3’非翻訳領域内で標的部位に結合することにより、遺伝子発現を阻止する。いくつかの実施形態では、マイクロRNAは、miRBasehttp://microrna.sanger.ac.uk/sequences/で公開されているマイクロRNA配列データベースに規定された核酸塩基配列を有する。いくつかの実施形態では、マイクロRNAは、2007年12月に公開されたmiRBaseバージョン10.1に規定されている核酸塩基配列を有する。なお、miRBaseバージョン10.1は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、マイクロRNAは、2008年9月に公開されたmiRBaseバージョン12.0に規定されている核酸塩基配列を有する。なお、miRBaseバージョン12.0は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書で使用するマイクロRNA模倣体という語は、マイクロRNAの配列と少なくとも部分的に同一の配列を有するオリゴマー化合物をいう。いくつかの実施形態では、マイクロRNA模倣体は、マイクロRNAのマイクロRNA種領域を含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNA模倣体は、1つより多い標的核酸の翻訳を調節する。本明細書で使用する種領域という語は、核酸塩基配列を有するアンチセンス化合物の5’端位置または周辺の領域であって、アンチセンス化合物が標的核酸を認識する上で重要な領域をいう。いくつかの実施形態では、種領域は、アンチセンス化合物の核酸塩基2~8を含む。いくつかの実施形態では、種領域は、アンチセンス化合物の核酸塩基2~7を含む。いくつかの実施形態では、種領域は、アンチセンス化合物の核酸塩基1~7を含む。いくつかの実施形態では、種領域は、アンチセンス化合物の核酸塩基1~6を含む。いくつかの実施形態では、種領域は、アンチセンス化合物の核酸塩基1~8を含む。本明細書で使用するマイクロRNA種領域という語は、マイクロRNAまたはマイクロRNA模倣体の種領域をいう。いくつかの実施形態では、マイクロRNA種領域は、マイクロRNAまたはマイクロRNA模倣体の核酸塩基2~8を含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNA種領域は、マイクロRNAまたはマイクロRNA模倣体の核酸塩基2~7を含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNA種領域は、マイクロRNAまたはマイクロRNA模倣体の核酸塩基1~7を含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNA種領域は、マイクロRNAまたはマイクロRNA模倣体の核酸塩基1~6を含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNA種領域は、マイクロRNAまたはマイクロRNA模倣体の核酸塩基1~8を含む。本明細書で使用する種一致セグメントという語は、標的核酸のうち、種領域に対する核酸塩基相補性を有する部分をいう。いくつかの実施形態では、種一致セグメントは、siRNA、ssRNA、天然マイクロRNA、またはマイクロRNA模倣体の核酸塩基2~8に対する核酸塩基相補性を有する。いくつかの実施形態では、種一致セグメントは、siRNA、ssRNA、マイクロRNA、またはマイクロRNA模倣体の核酸塩基2~7に対する核酸塩基相補性を有する。いくつかの実施形態では、種一致セグメントは、siRNA、ssRNA、マイクロRNA、またはマイクロRNA模倣体の核酸塩基1~6に対する核酸塩基相補性を有する。いくつかの実施形態では、種一致セグメントは、siRNA、ssRNA、マイクロRNA、またはマイクロRNA模倣体の核酸塩基1~7に対する核酸塩基相補性を有する。いくつかの実施形態では、種一致セグメントは、siRNA、ssRNA、マイクロRNA、またはマイクロRNA模倣体の核酸塩基1~8に対する核酸塩基相補性を有する。本明細書で使用する種一致標的核酸という語は、種一致セグメントを含む標的核酸をいう。本明細書で使用するマイクロRNAファミリーという語は、あるマイクロRNA種配列を共有するマイクロRNA群をいう。いくつかの実施形態では、マイクロRNAファミリーのメンバーは共通の標的核酸群を調節する。いくつかの実施形態では、共有されるマイクロRNA種配列は、マイクロRNAファミリーの各メンバーの同一核酸塩基位置に見られる。いくつかの実施形態では、共有されるマイクロRNA種配列は、マイクロRNAファミリーの各メンバーの同一核酸塩基位置には見られない。例えば、マイクロRNAファミリーの一メンバーの核酸塩基1~7に見られるマイクロRNA種配列が、マイクロRNAファミリーの別のメンバーの核酸塩基2~8に見られる場合がある。本明細書で使用する標的非コードRNAという語は、タンパク質生成のための翻訳が行われない、事前選択されたRNA分子をいう。ある特定の非コードRNAは、発現の調節に関与する。本明細書で使用する標的ウイルス核酸という語は、ウイルスに関連する事前選択された核酸RNAまたはDNAをいう。こうしたウイルス核酸には、ウイルスゲノムを構成する核酸が含まれるほか、宿主細胞機構により産生されるかによらず、これらの核酸の転写物逆転写物、RNAから転写されたRNAを含むも含まれる。いくつかの例では、ウイルス核酸には、ウイルス感染時にウイルスが補充する宿主核酸も含まれる。本明細書で使用する標的指向するまたは標的指向したという語は、アンチセンス化合物と特定の標的核酸分子、または標的核酸分子内の特定のヌクレオチド領域との関連付けをいう。アンチセンス化合物が標的核酸に対して十分な相補性を有し、生理的条件下でハイブリダイゼーションが可能な場合、アンチセンス化合物は当該標的核酸を標的指向している。本明細書で使用する標的タンパク質という語は、アンチセンス化合物が発現を調節するタンパク質をいう。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は標的核酸にコードされる。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は別の方法で標的核酸の影響を受ける。本明細書で使用する核酸塩基相補性、または核酸塩基に関する相補性という語は、別の核酸塩基と塩基対を形成できる核酸塩基をいう。例えば、DNAにおいて、アデニンAはチミンTに対して相補性がある。例えば、RNAにおいて、アデニンAはウラシルUに対して相補性がある。いくつかの実施形態では、相補的核酸塩基とは、標的核酸の核酸塩基と塩基対を形成できるアンチセンス化合物の核酸塩基を指す。例えば、アンチセンス化合物の特定位置の核酸塩基が標的核酸の特定位置の核酸塩基と水素結合できる場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸の間の水素結合位置は、その核酸塩基対において相補的であるとみなされる。いくつかの修飾を含む核酸塩基は、対応する核酸塩基と対を形成する能力を維持できるため、核酸塩基相補性の能力を持ち続ける。本明細書で核酸塩基に関して使用する非相補的という語は、相手との間で水素結合を形成しないなど、何らかの方法でハイブリダイゼーションを支援しない核酸塩基対をいう。本明細書で結合ヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、または核酸に関して使用する相補的という語は、オリゴマー化合物が核酸塩基相補性を通じて別のオリゴマー化合物または核酸とハイブリダイズする能力をいう。いくつかの実施形態では、互いに結合可能な核酸塩基により、各分子において十分な数の対応位置が占有され、その結果、アンチセンス化合物と標的の間に安定した対合が生じるとき、アンチセンス化合物とその標的は互いに相補的である。当業者であれば、対合状態を維持するオリゴマー化合物の能力を排除することなくミスマッチを含めることが可能であることを認識している。ゆえに、本明細書に記載するアンチセンス化合物は、ミスマッチのヌクレオチドすなわち、標的の対応ヌクレオチドに対する核酸塩基相補性を持たないヌクレオチドを最大約20含む可能性がある。好ましくは、アンチセンス化合物は約15以下のミスマッチを含み、より好ましくは約10以下のミスマッチを含み、最も好ましくは、5以下のミスマッチを含むか、ミスマッチをまったく含まない。残りのヌクレオチドは、核酸塩基相補性を有するか、他の方法例:汎用塩基によりハイブリダイゼーションを阻害しないヌクレオチドである。当該技術分野の当業者であれば、本明細書で提供する化合物は、標的核酸に対して少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも96、少なくとも97、少なくとも98、少なくとも99、または100の相補性を有すると認識するであろう。本明細書で使用するハイブリダイゼーションという語は、相補的オリゴマー化合物が対を形成することをいう例:アンチセンス化合物とその標的核酸の対形成。対形成は特定の機構に限定されるものではないが、最も一般的な対形成機構は、相補的なヌクレオシドまたはヌクレオチド塩基核酸塩基間の水素結合を伴う。この水素結合は、ワトソンクリック型、フーグスティーン型、または逆フーグスティーン型の水素結合であってよい。例えば、天然塩基アデニンは、天然核酸塩基のチミジンおよびウラシルに対する核酸塩基相補性を有し、水素結合の形成を通じて対形成する。天然塩基グアニンは、天然塩基シトシンおよび5-メチルシトシンに対する核酸塩基相補性を有する。ハイブリダイゼーションは変動する状況下で発生し得る。本明細書で使用する特異的にハイブリダイズするという語は、オリゴマー化合物が核酸の一部位とハイブリダイズする際、核酸の他の部位と比べて大きな親和性でハイブリダイズする能力をいう。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは1つより多い数の標的部位と特異的にハイブリダイズする。本明細書で使用する調節という語は、調節前の機能または活性と比較した場合の、機能または活性の量または質の撹乱perturbationをいう。調節の例として、遺伝子発現の変化、すなわち遺伝子発現の増加刺激もしくは誘発または減少阻害もしくは縮小がある。発現の調節の別の例として、プレ-mRNA処理のスプライス部位選択の撹乱を含めることができる。この調節の場合、撹乱されていない状況と比較して、存在する特定のスプライスバリアントの量が変化する。調節のさらに別の例として、タンパク質の翻訳の撹乱が挙げられる。本明細書で使用するモチーフという語は、オリゴマー化合物内またはその領域内の修飾のパターンをいう。モチーフは、ある特定のヌクレオシドにおける修飾、および/またはオリゴマー化合物の特定の連結基における修飾で定義できる。本明細書で使用するヌクレオシドモチーフという語は、オリゴマー化合物内またはその領域内のヌクレオシド修飾のパターンをいう。こうしたオリゴマー化合物の結合については、修飾しても無修飾でもよい。別段の指示がない限り、本明細書でヌクレオシドのみを記述しているモチーフは、ヌクレオシドモチーフを意図している。したがって、その場合、結合は制限されない。本明細書で使用する結合モチーフという語は、オリゴマー化合物内またはその領域内の結合修飾のパターンをいう。こうしたオリゴマー化合物のヌクレオシドについては、修飾しても無修飾でもよい。別段の指示がない限り、本明細書で結合のみを記述しているモチーフは、結合モチーフを意図している。したがって、その場合、ヌクレオシドは制限されない。本明細書で使用する複数の異なる修飾または異なる方法で修飾という語は、天然由来の複数の異なる分子に対する修飾無修飾を含むをいう。よって、例えば、MOEヌクレオシドと無修飾DNAヌクレオシドは、DNAヌクレオシドが無修飾の場合でも、異なる方法で修飾されていることになる。同様に、DNAとRNAは、両方とも天然由来の無修飾ヌクレオシドであっても、異なる方法で修飾されていることになる。別段の指示がない限り、異なる核酸塩基を含む点以外は同一であるヌクレオシドは、異なる方法で修飾されていないものとする。例えば、2’-OMe修飾糖およびアデニン核酸塩基を含むヌクレオシドと、2’-OMe修飾糖とチミン核酸塩基を含むヌクレオシドは、異なる方法で修飾されていない。本明細書で使用する同一修飾という語は、天然由来の複数の同一分子に対する修飾無修飾を含むをいう。よって、例えば、2つの無修飾DNAヌクレオシドは、DNAヌクレオシドが無修飾であっても同一修飾を有する。本明細書でヌクレオシドまたは何らかのタイプのヌクレオシドに関して使用する修飾のタイプという語は、ヌクレオシドの修飾を指し、これには修飾ヌクレオシドと無修飾ヌクレオシドが含まれる。したがって、別段の指示がない限り、第1のタイプの修飾を有するヌクレオシドは無修飾ヌクレオシドである可能性がある。本明細書で使用する別個領域という語は、各別個領域内のヌクレオシドおよびヌクレオシド間結合のすべてが同一修飾を含み、隣接部分のヌクレオシドおよび/またはヌクレオシド間結合は少なくとも1つの異なる修飾を含む、オリゴマー化合物の一部分をいう。本明細書で使用する交互モチーフという語は、パターンABnAmの修飾ヌクレオシドの少なくとも4つの別個領域を有するオリゴマー化合物またはその一部分をいう。ここで、Aは第1タイプの修飾を有するヌクレオシド領域を表し、Bは別のタイプの修飾を有するヌクレオシド領域を表し、nは2~15であり、mは0または1である。よって、いくつかの実施形態では、交互モチーフに含まれる交互領域の数は4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、または20以上である。いくつかの実施形態では、各A領域と各B領域は、独立して1~4個のヌクレオシドを含む。本明細書で使用する完全に修飾されたという語は、各ヌクレオシドが修飾ヌクレオシドであるオリゴマー化合物またはその一部分をいう。完全に修飾されたオリゴマー化合物のヌクレオシドの修飾は、すべて同一であってよく、1つ以上の修飾が他の修飾と異なっていてもよい。本明細書で使用する均一に修飾されたという語は、同一修飾を含むオリゴマー化合物またはその一部分をいう。均一に修飾されたヌクレオシド領域のヌクレオシドはすべて、同一修飾を含む。本明細書で使用するギャップマーまたはギャップ化オリゴマー化合物という語は、2つの外部領域ウィングと、1つの内部領域ギャップを有するオリゴマー化合物をいう。この3つの領域が、モノマーサブユニットの連続配列を形成する。ここで、外部領域の糖基は内部領域の糖基とは異なり、ある特定領域内の各モノマーサブユニットの糖基は実質的に同一である。本明細書で使用する薬剤的に許容可能な担体または希釈剤という語は、動物に投与する用途に適した任意の物質をいう。いくつかの実施形態では、薬剤的に許容可能な担体または希釈剤は、無菌食塩水である。いくつかの実施形態では、この無菌食塩水は医薬品等級の食塩水である。本明細書で使用する置換基という語は、典型的には他の基または親化合物に付加されて、所望の特性を増強するか他の所望の効果を提供する基を含むことが意図される。置換基は、保護することも無保護とすることもでき、親化合物の付加可能な一部位に付加することも、多くの部位に付加することもできる。置換基を他の置換基でさらに置換してもよく、置換基を親化合物に直接結合しても、連結基アルキル基、ヒドロカルビル基などを介して間接的に親化合物に結合してもよい。本明細書で適用可能な置換基には、ハロゲン基、ヒドロキシル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アシル基-CORaa、カルボキシル基-COO-Raa、脂肪族基、脂環式基、アルコキシ基、置換オキシ基-O-Raa、アリール基、アラルキル基、ヘテロ環式ラジカル、ヘテロアリール基、ヘテロアリールアルキル基、アミノ基NRbbRcc、イミノ基=NRbb、アミド基-CONRbbRccまたは-NRbbCORaa、アジド基-N3、ニトロ基-NO2、シアノ基-CN、カルバミド基-OCONRbbRccまたは-NRbbCOORaa、ウレイド基-NRbbCONRbbRcc、チオウレイド基-NRbbCSNRbbRcc、グアニジル基-NRbbC=NRbbNRbbRcc、アミジニル基-C=NRbbNRbbRccまたは-NRbbC=NRbbRaa、チオール基-SRbb、スルフィニル基-SORbb、スルホニル基-SO2Rbb、およびスルホンアミジル基-SO2NRbbRccまたは-NRbbSO2Rbbが含まれるが、これらに限定されない。ここで、Raa、Rbb、およびRccは、それぞれ独立して、H、任意に結合した化学官能基、またはさらなる置換基であり、好ましいリストにはH、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、脂肪族基、アルコキシ基、アシル基、アリール基、アラルキル基、ヘテロアリール基、脂環式基、ヘテロ環式基、およびヘテロアリールアルキル基が含まれるが、これらに限定されない。本明細書に記載の化合物内の選択された置換基は、再帰的な程度まで存在する。この文脈において、再帰的置換基とは、置換基が、それ自体の別の出現を繰り返してもよいことを意味する。こうした置換基の再帰的性質のため、理論的には、任意の所与の請求項には、多数の再帰的置換基が存在する可能性がある。医薬品化学分野および有機化学分野の当業者は、そのような置換基の総数が、目的化合物の所望の特性により合理的に制限されることを理解している。そのような特性には、例として、分子量、溶解度、logPなどの物理的特性、目的の標的に対する活性などの応用特性、および合成の容易さなどの実用特性が含まれるが、これらに限定されない。再帰的置換基は、本発明の意図する態様である。医薬品化学分野および有機化学分野の当業者は、こうした置換基の多用途性を理解している。その総数は、上述したように、再帰的置換基が本発明の請求項に存在する程度に決定される。本明細書で使用する安定化合物および安定構造という語は、反応混合物からの有用な純度までの単離、および有効な治療薬への製剤化で存続するに足る十分な頑強さを有する化合物を示すことを意図している。本明細書では、安定化合物のみを企図する。本明細書で使用するアルキルという語は、24個までの炭素原子を含む飽和直鎖または分枝状の炭化水素ラジカルをいう。アルキル基の例には、メチル、エチル、プロピル、ブチル、イソプロピル、n-ヘキシル、オクチル、デシル、ドデシルが含まれるが、これらに限定されない。アルキル基は、一般的に1個~約24個の炭素原子、より一般的には1個~約12個の炭素原子を含みC1-C12アルキル、より好ましくは1個~約6個の炭素原子を含む。本明細書で使用する低級アルキルという語は、1個~約6個の炭素原子を含む。本明細書で使用するアルキル基は、1つ以上のさらなる置換基を任意で含んでもよい。本明細書で使用するアルケニルという語は、24個までの炭素原子を含み、少なくとも1つの炭素-炭素二重結合を有する直鎖または分枝状の炭化水素鎖ラジカルをいう。アルケニル基の例には、エテニル、プロペニル、ブテニル、1-メチル-2-ブテン-1-イル、1,3-ブタジエンなどのジエンが含まれるが、これらに限定されない。アルケニル基は、一般的に2個~約24個の炭素原子、より一般的には2個~約12個の炭素原子を含み、より好ましくは2個~約6個の炭素原子を含む。本明細書で用いるアルケニル基は、1つ以上のさらなる置換基を任意で含んでもよい。本明細書で使用するアルキニルという語は、24個までの炭素原子を含み、少なくとも1つの炭素-炭素三重結合を有する直鎖または分枝状の炭化水素ラジカルをいう。アルキニル基の例には、エチニル、1-プロピニル、1-ブチニルなどが含まれるが、これらに限定されない。アルキニル基は、一般的に2個~約24個の炭素原子、より一般的には2個~約12個の炭素原子を含み、より好ましくは2個~約6個の炭素原子を含む。本明細書で用いるアルキニル基は、1つ以上のさらなる置換基を任意で含んでもよい。本明細書で使用するアシルという語は、有機酸からヒドロキシル基を除去することにより形成されるラジカルを指し、一般式-CO-Xを有する。ここでXは、一般に脂肪族基、脂環式基、または芳香族基である。例としては、脂肪族カルボニル、芳香族カルボニル、脂肪族スルホニル、芳香族スルフィニル、脂肪族スルフィニル、芳香族ホスフェート、脂肪族ホスフェートなどが挙げられる。本明細書で用いるアシル基は、さらなる置換基を任意で含んでもよい。本明細書で使用する脂環という語は、環が脂肪族である環系をいう。この環系は、少なくとも1つの環が脂肪族である、1つ以上の環を含むことができる。好ましい脂環族は、環に約5個~約9個の炭素原子を有する環を含む。本明細書で用いる脂環族は、さらなる置換基を任意で含んでもよい。本明細書で使用する脂肪族という語は、24個までの炭素原子を含み、いずれか2個の炭素原子の間の飽和が単結合、二重結合、または三重結合である直鎖または分枝状の炭化水素ラジカルをいう。脂肪族基は、好ましくは1個~約24個の炭素原子、より一般的には1個~約12個の炭素原子を含み、より好ましくは1個~約6個の炭素原子を含む。脂肪族基の直鎖または分枝鎖は、窒素、酸素、硫黄、リンを含む1つ以上のヘテロ原子により中断されてよい。ヘテロ原子により中断されるこうした脂肪族基には、ポリアルキレングリコールなどのポリアルコキシ、ポリアミン、およびポリイミンが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で用いる脂肪族基は、さらなる置換基を含んでもよい。本明細書で使用するアルコキシという語は、アルキル基と酸素原子の間に形成されるラジカルであり、酸素原子を用いてアルコキシ基が親分子に結合されるラジカルをいう。アルコキシ基の例には、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、n-ブトキシ、sec-ブトキシ、tert-ブトキシ、n-ペントキシ、ネオペントキシ、n-ヘキソキシなどが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で用いるアルコキシ基は、さらなる置換基を含んでもよい。本明細書で使用するアミノアルキルという語は、アミノ置換C1-C12アルキルラジカルをいう。このラジカルのアルキル部分が親分子と共有結合を形成する。アミノ基は任意の位置に置くことができ、アミノアルキル基のアルキルおよび/アミノ部分は、さらなる置換基により置換することができる。本明細書で使用するアラルキルおよびアリールアルキルという語は、C1-C12アルキルラジカルと共有結合する芳香族基をいう。得られたアラルキル基またはアリールアルキル基のアルキルラジカル部分が、親分子と共有結合を形成する。例としてベンジル、フェネチルなどが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で用いるアラルキル基は、アルキル基、アリール基、またはラジカル基を形成する両基に結合するさらなる置換基を任意で含んでもよい。本明細書で使用するアリールおよび芳香族という語は、1つ以上の芳香環を有する単環式または多環式の炭素環系ラジカルをいう。アリール基の例には、フェニル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、インデニルなどが含まれるが、これらに限定されない。好ましいアリール環系は、1つ以上の環に約5個~約20個の炭素原子を有する。本明細書で用いるアリール基は、さらなる置換基を任意で含んでもよい。本明細書で使用するハロおよびハロゲンという語は、フッ素、塩素、臭素、およびヨウ素から選ばれる原子をいう。本明細書で使用するヘテロアリールおよびヘテロ芳香族という語は、環の少なくとも1つが芳香族であり、1つ以上のヘテロ原子を含む、単環式または多環式の芳香環、環系、または縮合環系を含むラジカルをいう。ヘテロアリールはまた、縮合環の1つ以上がヘテロ原子を含まない系を含む縮合環系を含むことが意図される。ヘテロアリール基は、一般に、硫黄、窒素、または酸素から選ばれる1つの環原子を含む。ヘテロアリール基の例には、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、チオフェニル、フラニル、キノリニル、イソキノリニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノオキサリニルなどが含まれるが、これらに限定されない。ヘテロアリールラジカルは、親分子に直接結合するか、または脂肪族基やヘテロ原子などの結合部分を通じて親分子に結合することができる。本明細書で用いるヘテロアリール基は、さらなる置換基を任意で含んでもよい。本明細書で使用するヘテロアリールアルキルという語は、上記で定義されたヘテロアリール基のうち、共有結合で結合したC1-C12アルキルラジカルをさらに含むヘテロアリール基をいう。得られたヘテロアリールアルキル基のアルキルラジカル部分が、親分子と共有結合を形成できる。例としてピリジニルメチル、ピリミジニルエチル、ナフチリジニルプロピルなどが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で用いるヘテロアリールアルキル基は、ヘテロアリール部分とアルキル部分の一方または両方に、さらなる置換基を任意で含んでもよい。本明細書で使用するヘテロ環ラジカルという語は、少なくとも1つのヘテロ原子を含み、不飽和、部分的に飽和、または完全に飽和し、よってヘテロアリール基を含む単環式または多環式のラジカルをいう。ヘテロ環は縮合環系を含むことも意図され、この縮合環系において、1つ以上の縮合環が少なくとも1つのヘテロ原子を含み、他の環は、1つ以上のヘテロ原子を含むか、またはヘテロ原子を含まなくてもよい。ヘテロ環ラジカルは、一般に、硫黄、窒素、または酸素から選ばれる少なくとも1つの原子を含む。ヘテロ環ラジカルの例としては、[1,3]ジオキソラン、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリルなどが挙げられる。本明細書で用いるヘテロ環基は、さらなる置換基を任意で含んでもよい。ヒドロカルビルという語には、C、O、およびHを含むラジカル基が含まれ、任意の飽和程度を有する直鎖、分枝状、および環状の基が含まれる。このようなヒドロカルビル基は、N、O、およびSから選ばれる1つ以上のヘテロ原子を含むことができ、1つ以上の置換基でさらに一置換または多置換されてもよい。本明細書で使用する単環式または多環式の構造という語は、縮合環または結合環を有する単一ラジカル環系または多環ラジカル環系から選ばれるすべての環系を含み、脂肪族、脂環族、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、アリールアルキル、ヘテロ環、ヘテロアリール、ヘテロ芳香族、およびヘテロアリールアルキルから個別に選択される単環系および混合環系を含むことが意図される。こうした単環式および多環式の構造は、各環の飽和程度が均一である環、または完全に飽和、部分的に飽和、完全に不飽和などの異なる程度の飽和を有する環を含むことができる。各環は、ヘテロ環を生じさせるC、N、O、およびSから選ばれる環原子、およびC環原子のみを含む環を含むことができ、例えば、1つの環が炭素環原子のみを有し、縮合環が2つの窒素原子を有するベンゾイミダゾールのような混合モチーフに存在し得る。単環式または多環式の構造は、環のいずれか1つに結合し2つの=O基を有するフタルイミド基などの置換基でさらに置換されてもよい。単環式または多環式の構造は、環原子を通じて直接結合する、置換基や二官能性結合部分を通じて結合するなど、様々な方法で親分子に結合できる。オキソという語は、基=Oを指す。当該技術分野で公知となっているような連結基または二官能性結合部分は、化学官能基、コンジュゲート基、レポーター基、その他の基を親化合物例えばオリゴマー化合物の選択部位に結合させるのに有用である。一般に、二官能性結合部分は、2つの官能基を有するヒドロカルビル部分を含む。官能基の一方は、対象の親分子または親化合物に結合するように選択され、他方は、化学官能基、コンジュゲート基など、実質的にどの基が選択されてもその基に結合するように選択される。いくつかの実施形態では、リンカーは、エチレングリコールやアミノ酸単位などの反復単位の鎖構造またはポリマーを含む。二官能性結合部分において日常的に用いられている官能基の例には、求核基と反応するための求電子体、求電子基と反応するための求核体が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、二官能性結合部分には、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、不飽和基例:二重結合または三重結合などが含まれる。二官能性結合部分の非限定な例には、8-アミノ-3,6-ジオキサオクタン酸ADO、スクシンイミジル4-N-マレイミドメチルシクロヘキサン-1-カルボキシレートSMCC、および6-アミノヘキサン酸AHEXまたはAHAが含まれる。他の連結基には、置換C1-C10アルキル、置換または非置換C2-C10アルケニル、置換または非置換C2-C10アルキニルが含まれるが、これらに限定されず、好ましい置換基の非限定的なリストには、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、およびアルキニルが含まれる。本明細書で使用するリン酸部分という語は、リン酸および修飾リン酸を含む末端リン酸基をいう。リン酸部分はどちらの末端にも位置できるが、5’-末端ヌクレオシドに位置することが好ましい。一態様では、末端リン酸は式-O-P=OOHOHを有し無修飾である。別の態様では、末端リン酸は、OとOH基の1つ以上が、H、O、S、NR、またはアルキルに置き換わるように修飾されるここでRは、H、アミノ保護基、または非置換もしくは置換アルキルである。いくつかの実施形態では、5’および/または3’-末端基は、1~3個のリン酸部分を含むことができ、このリン酸部分はそれぞれ独立して、無修飾ニリン酸または三リン酸であるかまたは修飾される。本明細書で使用するリン部分という語は、以下の式を有する基をいう。式中、RaとRcは、それぞれ独立して、OH、SH、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、アミノ、または置換アミノであり;RbはOまたはSである。本明細書に含まれるリン部分は、モノマーに結合でき、このモノマーを使用してオリゴマー化合物を調製できる。この場合、O、S、NRd、またはCReRfを使用してモノマーを結合してよい。ここで、Rdには、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、または置換アシルが含まれるが、これらに限定されない。ReとRfには、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、または置換C1-C6アルコキシが含まれるが、これらに限定されない。こうした結合リン部分の例には、リン酸、修飾リン酸、チオリン酸、修飾チオリン酸、ホスホネート、修飾ホスホネート、ホスホルアミダート、および修飾ホスホルアミダートが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用する保護基という語は、合成手順時に、望ましくない反応から反応基ヒドロキシル基、アミノ基、およびチオール基を含むが、これらに限定されないを保護することが当該技術分野で知られている、不安定な化学物質部分をいう。保護基は、一般に、他の反応性部位における反応中に部位を保護するために選択的かつ/または直交的に使用され、その後、保護されていない基をそのまま残して除去するか、または後続の反応に利用することができる。当該技術分野で公知となっている保護基については、Greene著ProtectiveGroupsinOrganicSynthesis,4thedition,JohnWileySons,NewYork,2007に概ね記載されている。種々の基は、本明細書で提供するオリゴマー化合物に前駆体として選択的に取り込むことができる。例えば、アミノ基を、本明細書で提供する化合物内にアジド基として配置し、合成時の所望の時点でアミノ基に化学的に変換することができる。基は、一般に、保護された基であるか、または親分子の他の領域を修飾する反応に対して不活性な前駆体として存在し、適切な時点で、それぞれの最終的な基に変換される。さらなる代表的な保護基または前駆体基については、Agrawalら,ProtocolsforOligonucleotideConjugates,HumanaPress;NewJersey,1994,26,1-72で考察されている。直交的に保護されたという語は、複数の異なるクラスの保護基で保護された官能基を指し、各クラスの保護基は、任意の順序で、かつ、他のすべてのクラスの存在下で除去することができるBaranyら,J.Am.Chem.Soc.,1977,99,7363-7365;Baranyら,J.Am.Chem.Soc.,1980,102,3084-3095を参照。直交的保護は、自動オリゴヌクレオチド合成などで広く使用されている。官能基は、脱ブロックdeblock手順の影響を受けない他の1つ以上の保護された官能基の存在下で、脱ブロックされる。脱ブロックした官能基を何らかの方法で反応させ、一連の異なる反応条件下において、ある時点でさらなる直交的保護基を除去する。これにより、選択的な化学構造が所望の化合物またはオリゴマー化合物に到達することが可能となる。ヒドロキシル保護基の例には、アセチル、t-ブチル、t-ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、1-エトキシエチル、1-2-クロロエトキシエチル、p-クロロフェニル、2,4-ジニトロフェニル、ベンジル、2,6-ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、p-ニトロベンジル、ビス2-アセトキシエトキシメチルACE、2-トリメチルシリルエチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、[トリイソプロピルシリルオキシ]メチルTOM、ベンゾイルホルメート、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、ベンゾイル、p-フェニルベンゾイル、9-フルオレニルメチルカーボネート、メシレート、トシレート、トリフェニルメチルトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルDMT、トリメトキシトリチル、1-2’-フルオロフェニル-4-メトキシピペリジン-4-イルFPMP、9-フェニルキサンチン-9-イルピキシル、および9-p-メトキシフェニルキサンチン-9-イルMOXが含まれるが、これらに限定されない。ここで、より一般的に使用されるヒドロキシル保護基には、ベンジル、2,6-ジクロロベンジル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、ベンゾイル、メシレート、トシレート、ジメトキシトリチルDMT、9-フェニルキサンチン-9-イルピキシル、および9-p-メトキシフェニルキサンチン-9-イルMOXが含まれるが、これらに限定されない。リン酸およびリンヒドロキシル基の保護で一般に使われている保護基の例には、メチル、エチル、ベンジルBn、フェニル、イソプロピル、tert-ブチル、アリル、シクロヘキシルcHex4-メトキシベンジル、4-クロロベンジル、4-ニトロベンジル、4-アシルオキシベンジル、2-メチルフェニル、2,6-ジメチルフェニル、2-クロロフェニル、ジフェニルメチル、4-メチルチオ-1-ブチル、2-S-アセチルチオエチルSATE,2-シアノエチル、2-シアノ-1,1-ジメチルエチルCDM、4-シアノ-2-ブテニル、2-トリメチルシリルエチルTSE,2-フェニルチオエチル、2-トリフェニルシリルエチル、2-ベンジルスルホニルエチル、2,2,2-トリクロロエチル、2,2,2-トリブロモエチル、2,3-ジブロモプロピル、2,2,2-トリフルオロエチル、チオフェニル、2-クロロ-4-トリチルフェニル、2-ブロモフェニル、2-[N-イソプロピル-N-4-メトシキベンゾイル]エチル、4-N-トリフルオロアセチルアミノブチル、4-オキソペンチル、4-トリチルアミノフェニル、4-ベンジルアミノフェニル、およびモルホリノが含まれるが、これらに限定されない。ここで、より一般的に使用されるリン酸およびリン保護基には、メチル、エチル、ベンジルBn、フェニル、イソプロピル、tert-ブチル、4-メトキシベンジル、4-クロロベンジル、2-クロロフェニル、および2-シアノエチルが含まれるが、これらに限定されない。アミノ保護基の例には、2-トリメチルシリルエトキシカルボニルTeoc、1-メチル-1-4-ビフェニリルエトキシカルボニルBpoc、t-ブトキシカルボニルBOC、アリルオキシカルボニルAlloc、9-フルオレニルメチルオキシカルボニルFmoc、ベンジル-オキシカルボニルCbzなどのカルバメート保護基;ホルミル、アセチル、トリハロアセチル、ベンゾイル、ニトロフェニルアセチルなどのアミド保護基;2-ニトロベンゼンスルホニルなどのスルホンアミド保護基;ならびに、フタルイミド、ジチアスクシノイルなどのイミンおよび環式イミド保護基が含まれるが、これらに限定されない。チオール保護基の例には、トリフェニルメチルトリチル、ベンジルBnなどが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するオリゴマー化合物は、任意で保護された1つ以上のリン含有ヌクレオシド間結合を持つように調製できる。リン含有ヌクレオシド間結合には、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合などがあり、これらのリン含有ヌクレオシド間結合に対する代表的な保護基には、β-シアノエチル基、ジフェニルシリルエチル基、δ-シアノブテニル基、シアノp-キシリルCPX基、N-メチル-N-トリフルオロアセチルMETA基、アセトキシフェノキシエチルAPE基、およびブテン-4-イル基が含まれる。例えば、米国特許第4,725,677号およびRe.34,069β-cyanoethyl;Beaucageら,Tetrahedron,1993,4910,1925-1963;Beaucageら,Tetrahedron,1993,4946,10441-10488;Beaucageら,Tetrahedron,1992,4812,2223-2311を参照。いくつかの実施形態では、ヌクレオシド間結合例えば、ホスホジエステルヌクレオシド間結合、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合などの形成に有用な、反応性リン基を有する化合物を提供する。当該技術分野では、こうした反応性リン基は公知であり、PIIIまたはPV原子価状態のリン原子を含有する。具体的には、ホスホロアミダイト、H-ホスホネート、リン酸トリエステル、およびリン含有キラル補助剤が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、反応性リン基は、ジイソプロピルシアノエトキシホスホロアミダイト-O-P[N[CHCH32]2]OCH22CNおよびH-ホスホネート-O-P=OHOHから選ばれる。ここで、ここでOは、モノマーについてのマーカッシュ群から提供される。好ましい合成固相の合成では、ホスホロアミダイトPIII化学構造を反応性ホスファイトとして利用する。その後、この中間体のホスファイト化合物は、既知の方法を使用してホスフェートまたはチオフォスフーェトPV化学構造へ酸化して、ホスホジエステルまたはホスホロチオエートヌクレオシド間結合を得る。他の反応性ホスフェートおよびホスファイトについては、ReportNumber309BeaucageandIyer,Tetrahedron,1992,48,2223-2311に開示されている。いくつかのモノマー化合物いくつかの実施形態では、式Icを有する化合物を提供する。Ic式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、C1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;M3は、O、S、NR14、CR15R16、CR15R16CR17R18、CR15=CR17、OCR15R16、またはOCR15Bx2であり;R14は、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R15、R16、R17、およびR18は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Bx1とBx2のいずれか一方はヘテロ環塩基部分であり、Bx1とBx2の他方が存在する場合、当該他方はH、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;J4、J5、J6、およびJ7は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;または、J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成し、ここで当該架橋は、O、S、NR19、CR20R21、CR20=CR21、C[=CR20R21]、C=Oから選ばれる1~3個の結合ビラジカル基を含み、J5、J6、J7のうち他の2つは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;R19、R20、およびR21は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X1]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;X1は、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、式Iを有する化合物を提供する。I式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、アルキルまたは置換アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、式Iaの配置を有する化合物を提供する。Ia式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、アルキルまたは置換アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、Gは、HおよびOH以外である。いくつかの実施形態では、式Ibを有する化合物を提供する。Ib式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、アルキルまたは置換アルキルであり;rは、0または1であり;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;R3とR4は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかのオリゴマー化合物いくつかの実施形態では、式IIcを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する。IIc式中、T1は、任意に保護されるリン部分であり;T2は、式IIcの化合物をオリゴマー化合物と結合するヌクレオシド間連結基であり;M1は、H、OH、またはOR1であり;M2は、OH、OR1、またはNR1R2であり;R1とR2は、それぞれ独立して、C1-C6アルキルまたは置換C1-C6アルキルであり;rは、0または1であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;M3は、O、S、NR14、CR15R16、CR15R16CR17R18、CR15=CR17、OCR15R16、またはOCR15Bx2であり;R14は、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R15、R16、R17、およびR18は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Bx1とBx2のいずれか一方はヘテロ環塩基部分であり、Bx1とBx2の他方が存在する場合、当該他方はH、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;J4、J5、J6、およびJ7は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;または、J4はJ5とJ7のいずれか一方と架橋を形成し、ここで当該架橋は、O、S、NR19、CR20R21、CR20=CR21、C[=CR20R21]、C=Oから選ばれる1~3個の結合ビラジカル基を含み、J5、J6、J7のうち他の2つは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、もしくは置換C2-C6アルキニルであり;R19、R20、およびR21は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X1]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;X1は、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=X2J1、OC=X2NJ1J2、およびC=X2NJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;X2は、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、式IIを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する。II式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;T2は、式IIの化合物をオリゴマー化合物の残基と結合するヌクレオシド間連結基であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、式IIaを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する。IIa式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T1は、任意に保護されるリン部分であり;T2は、式IIの化合物をオリゴマー化合物の残基と結合するヌクレオシド間連結基であり;Aは、以下の式のいずれか1つを有し;Q1とQ2は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシ、置換C1-C6アルコキシ、またはNR3R4であり;Q3は、O、S、NR5、またはCR6R7であり;R3、R4、R5、R6、およびR7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、またはC1-C6アルコキシであり;Gは、H、OH、ハロゲン、またはO-[CR8R9]n-[C=Om-X]j-Zであり;R8とR9は、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;Xは、O、S、またはNE1であり;Zは、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、またはNE2E3であり;E1、E2、およびE3は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり;nは、1~約6であり;mは、0または1であり;jは、0または1であり;各置換基は、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC=LJ1、OC=LNJ1J2、およびC=LNJ1J2からそれぞれ独立して選ばれる1つ以上の任意に保護された置換基を含み;Lは、O、S、またはNJ3であり;J1、J2、およびJ3は、それぞれ独立して、HまたはC1-C6アルキルであり;jが1のとき、Zは、ハロゲンおよびNE2E3以外である。いくつかの実施形態では、式IIbを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する。IIbいくつかの実施形態では、式IIbを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、Q1とQ2はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、式IIbを有する化合物を含むオリゴマー化合物を提供する式中、GはOCH22OCH3である。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeのヌクレオシドを含む。上記実施形態のいくつかでは、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeのヌクレオシドは5’末端にある。上記実施形態のいくつかでは、オリゴマー化合物の残基は1つ以上の修飾を含む。これらの修飾には、修飾糖部分、修飾ヌクレオシド、および/または修飾ヌクレオシド間結合が含まれていてよい。これらの修飾のいくつかは、5’末端に式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeのヌクレオシドを含むオリゴマー化合物に取り込むことが可能であり、こうした修飾は当該技術分野において公知となっている。いくつかの修飾糖部分本発明のオリゴマー化合物は、糖基が修飾された1つ以上のヌクレオシドを任意で含むことができる。こうした糖修飾ヌクレオシドは、ヌクレアーゼ安定性の増強、結合親和性の上昇、または他の有益な生物学的性質をアンチセンス化合物に付与することができる。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、化学修飾されたリボフラノース環部分を含む。化学修飾されたリボフラノース環の例には、置換基5’および/または2’置換基を含むの付加;2つの環原子の架橋による二環式核酸BNAの形成;リボシル環酸素原子のS、NR、またはCR1R2R=H,C1-C12アルキルまたは保護基による置き換え;およびこれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。化学修飾糖の例としては、2’-F-5’-メチル置換ヌクレオシド開示されている他の5’,2’-ビス置換ヌクレオシドについては、2008年8月21日に公開されたPCT国際出願WO2008/101157を参照、リボシル環酸素原子のSによる置き換え、および2’位におけるさらなる置換2005年6月16日に公開された米国特許出願US20050130923を参照、あるいはBNAの5’-置換2007年11月22日に公開されたPCT国際出願WO2007/134181を参照。ここでは、LNAが例えば5’-メチル基や5’-ビニル基で置換されるが含まれる。修飾糖部分を有するヌクレオシドの例には、5’-ビニル、5’-メチルRまたはS、4’-S、2’-F、2’-OCH3、および2’-OCH22OCH3置換基を含むヌクレオシドが含まれるが、これらに限定されない。2’位の置換基は、アリル、アミノ、アジド、チオ、O-アリル、O-C1-C10アルキル、OCF3、OCH22SCH3、OCH22-O-NRmRn、およびO-CH2-C=O-NRmRnから選ぶこともできる。ここで、RmとRnはそれぞれ独立して、H、または置換もしくは非置換C1-C10アルキルである。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は、1つ以上の二環式ヌクレオシドを含む。これらの実施形態のいくつかでは、二環式ヌクレオシドは、4’リボシル環原子と2’リボシル環原子の間の架橋を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するオリゴマー化合物は、架橋が4’-2’二環式ヌクレオシドを含む、1つ以上の二環式ヌクレオシドを含む。こうした4’-2’二環式ヌクレオシドの例としては、式:4’-CH2-O-2’LNA;4’-CH2-S-2’;4’-CH22-O-2’ENA;4’-CHCH3-O-2’;および4’-CHCH2OCH3-O-2’のいずれか1つとその類似体2008年7月15日に発行された米国特許第7,399,845号を参照;4’-CCH3CH3-O-2’とその類似体2009年1月8日に公開された公開国際出願WO2009/006478を参照;4’-CH2-NOCH3-2’とその類似体2008年12月11日に公開された公開PCT国際出願WO2008/150729;4’-CH2-O-NCH3-22004年9月2日に公開された公開米国特許出願US2004/0171570を参照;4’-CH2-NR-O-2’式中、RはH、C1-C12アルキル、または保護基である2008年9月23日に発行された米国特許第7,427,672号を参照;4’-CH2-CHCH3-2’Chattopadhyayaら,J.Org.Chem.,2009,74,118-134を参照;ならびに4’-CH2-C=CH2-2’とその類似体2008年12月8日に公開された公開PCT国際出願WO2008/154401を参照が含まれるが、これらに限定されない。加えて、例えばSinghら,Chem.Commun.,1998,4,455-456;Koshkinら,Tetrahedron,1998,54,3607-3630;Wahlestedtら,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638;Kumarら,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222;Singhら,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039;Srivastavaら,J.Am.Chem.Soc.,129268362-8379July4,2007;Elayadiら,Curr.OpinionInvens.Drugs,2001,2,558-561;Braaschら,Chem.Biol.,2001,8,1-7;Orumら,Curr.OpinionMol.Ther.,2001,3,239-243;米国特許番号:7,053,207,6,268,490,6,770,748,6,794,499,7,034,133,6,525,191,6,670,461,7,399,845;国際出願WO2004/106356,WO1994/14226,WO2005/021570,WO2007/134181;米国公開特許番号US2004/0171570,US2007/0287831,US2008/0039618;米国特許シリアル番号12/129,154,60/989,574,61/026,995,61/026,998,61/056,564,61/086,231,61/097,787/61/099,844;PCT国際出願番号PCT/US2008/064591,PCT/US2008/066154,PCT/US2008/068922も参照のこと。上述の二環式ヌクレオシドの各々は、例えばα-L-リボフラノース、β-D-リボフラノースなどの1つ以上の立体化学的糖配置を有して調製できるPCT国際出願PCT/DK98/00393WO99/14226として1999年3月25日に公開を参照。いくつかの実施形態では、BNAヌクレオシドの二環式糖部分の例として、ペントフラノシル糖部分の4’位と2’位の間の少なくとも1つの架橋を有する化合物が含まれるが、この化合物に限定されない。ここで、この架橋は独立して1つまたは2~4個の連結基を含み、この連結基は-[CRaRb]n-、-CRa=CRb-、-CRa=N-、-C=NRa-、-C=O-、-C=S、-O-、-SiRa2-、-S=Ox-、および-NRa-から選ばれる。ここで、xは、0、1、または2であり;nは、1、2、3、または4であり;RaとRbは、それぞれ独立して、H、保護基、ヒドロキシル、C1-C12アルキル、置換C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換C2-C12アルキニル、C5-C20アリール、置換C5-C20アリール、ヘテロ環ラジカル、置換ヘテロ環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、C5-C7脂環式ラジカル、置換C5-C7脂環式ラジカル、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシルC=O-H、置換アシル、CN、スルホニルS=O2-J1、またはスルホキシルS=O-J1であり;J1とJ2は、それぞれ独立してH、C1-C12アルキル、置換C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換C2-C12アルキニル、C5-C20アリール、置換C5-C20アリール、アシルC=O-H、置換アシル、ヘテロ環ラジカル、置換ヘテロ環ラジカル、C1-C12アミノアルキル、置換C1-C12アミノアルキル、または保護基である。いくつかの実施形態では、二環式糖部分の架橋は-[CRaRb]n-、-[CRaRb]n-O-、-CRaRb-NR-O-、またはCRaRb-O-NR-である。いくつかの実施形態では、架橋は4’-CH2-2’,4’-CH22-2’、4’-CH23-2’、4’-CH2-O-2’、4’-CH22-O-2’、4’-CH2-O-NR-2’、および4’-CH2-NR-O-2’-であり、ここで、各Rは独立して、H、保護基、またはC1-C12アルキルである。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは、異性体配置によりさらに定義される。例えば、4’-2’メチレン-オキシ架橋を含むヌクレオシドは、α-L配置またはβ-D配置の中に存在してよい。以前に、α-L-メチレンオキシ4’-CH2-O-2’BNAがアンチセンスオリゴヌクレオチドに取り込まれ、アンチセンス活性を示したFriedenら,NucleicAcidsResearch,2003,21,6365-6372。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドの例には、下図に示すAα-L-メチレンオキシ4’-CH2-O-2’BNA、Bβ-D-メチレンオキシ4’-CH2-O-2’BNA、Cエチレンオキシ4’-CH22-O-2’BNA、Dアミノオキシ4’-CH2-O-NR-2’BNA、Eオキシアミノ4’-CH2-NR-O-2’BNA、Fメチルメチレンオキシ4’-CHCH3-O-2’BNA拘束エチルcEtとも呼ばれる、Gメチレン-チオ4’-CH2-S-2’BNA、Hメチレン-アミノ4’-CH2-NR-2’BNA、Iメチル炭素環4’-CH2-CHCH3-2’BNA、およびJプロピレン炭素環4’-CH23-2’BNAが含まれるが、これらに限定されない。式中、Bxは塩基部分であり、Rは、独立して、H、保護基、またはC1-C12アルキルである。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは式Iを有する。式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;-Qa-Qb-Qc-は、-CH2-NRc-CH2-、-C=O-NRc-CH2-、-CH2-O-NRc-、-CH2-NRc-O-、または-NRc-O-CH2であり;Rcは、C1-C12アルキルまたはアミノ保護基であり;TaとTbは、それぞれ独立して、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体との共有結合である。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは式IIを有する。式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;TaとTbは、それぞれ独立して、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体との共有結合であり;Zaは、C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C1-C6アルキル、置換C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、置換アミド、チオール、または置換チオールである。いくつかの実施形態では、置換基の各々は、独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、OJc、NJcJd、SJc、N3、OC=XJc、およびNJeC=XNJcJdから選ばれる置換基で一置換または多置換される。ここで、Jc、Jd、およびJeは、それぞれ独立してH、C1-C6アルキル、または置換C1-C6アルキルであり、XはOまたはNJcである。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは式IIIを有する。式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;TaとTbは、それぞれ独立して、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体との共有結合であり;Zbは、C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C1-C6アルキル、置換C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルキニル、または置換アシルC=O-である。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは式IVを有する。式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;TaとTbは、それぞれ独立して、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体との共有結合であり;Rdは、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;qa、qb、qc、およびqdは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、C1-C6アルコキシル、置換C1-C6アルコキシル、アシル、置換アシル、C1-C6アミノアルキル、または置換C1-C6アミノアルキルである。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは式Vを有する。式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;TaとTbは、それぞれ独立して、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体との共有結合であり;qa、qb、qe、およびqfは、それぞれ独立して、水素、ハロゲン、C1-C12アルキル、置換C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換C2-C12アルキニル、C1-C12アルコキシ、置換C1-C12アルコキシ、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C=OOJj、C=ONJjJk、C=OJj、O-C=ONJjJk、NHC=NHNJjJk、NHC=ONJjJk、もしくはNHC=SNJjJkであり;または、qeとqfは一緒になって=Cqgqhであり;qgとqhは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C12アルキル、または置換C1-C12アルキルである。メチレンオキシ4’-CH2-O-2’BNAモノマーアデニン、シトシン、グアニン、5-メチル-シトシン、チミン、およびウラシルの合成と調製、ならびにこれらのオリゴマー形成および核酸認識特性については、すでに文献に記述されている例えばKoshkinら,Tetrahedron,1998,54,3607-3630を参照。BNAとその調製についても、WO98/39352およびWO99/14226に記述されている。メチレンオキシ4’-CH2-O-2’BNA、メチレンオキシ4’-CH2-O-2’BNA、および2’-チオ-BNAの類似体も、すでに調製されている例えばKumarら,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222を参照。核酸ポリメラーゼの基質としてオリゴデオキシリボヌクレオチド二重鎖を含むロックされたヌクレオシド類似体の調製については、すでに文献に記述されている例えばWengelら,WO99/14226を参照。さらに、立体配座的に制限され親和性の高い新規のオリゴヌクレオチド類似体である、2’-アミノ-BNAの合成については、当該技術分野においてすでに説明されている例えば、Singhら,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039を参照。加えて、2’-アミノ-および2’-メチルアミノ-BNAはすでに調製され、その二本鎖と相補的RNA鎖およびDNA鎖との熱安定性について報告されている。いくつかの実施形態では、二環式ヌクレオシドは式VIを有する。式中、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;TaとTbは、それぞれ独立して、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、反応性リン基、リン部分、または支持媒体との共有結合であり;qi、qj、qk、およびqlは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C12アルキル、置換C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換C2-C12アルキニル、C1-C12アルコキシル、置換C1-C12アルコキシル、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C=OOJj、C=ONJjJk、C=OJj、O-C=ONJjJk、NHC=NHNJjJk、NHC=ONJjJk、またはNHC=SNJjJkであり;qiとqj、またはqlとqkは、一緒になって=Cqgqhであり、ここでqgとqhは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、C1-C12アルキル、または置換C1-C12アルキルである。4’-CH23-2’架橋を有する炭素環式二環ヌクレオシドおよびアルケニル類似体、架橋4’-CH=CH-CH2-2’については、すでに文献に記述されている例えば、Freierら,NucleicAcidsResearch,1997,2522,4429-4443およびAlbaekら,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740を参照。炭素環式二環ヌクレオシドの合成と調製、およびそのオリゴマー形成と生化学試験については、すでに文献に記述されている例えばSrivastavaら,J.Am.Chem.Soc.2007,12926,8362-8379を参照。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は1つ以上の修飾テトラヒドロピランヌクレオシドを含む。このヌクレオシドは、天然由来のヌクレオシド内のペントフラノシル残基に代えて六員テトラヒドロピランを有する。修飾テトラヒドロピランヌクレオシドの例には、当該技術分野でヘキシトール核酸HNA、アニトール核酸ANA、マニトールmanitol核酸MNALeumann,CJ.,Bioorg.Med.Chem.200210:841-854を参照、フルオロHNAF-HNAと呼ばれるもの、または式VIIを有する化合物が含まれるが、これらに限定されない。VII式中、式Xの上記少なくとも1つのテトラヒドロピランヌクレオシド類似体の各々に対して独立して、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T3とT4は、それぞれ独立して、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に結合するヌクレオシド間連結基であるか、または、T3とT4のいずれか一方は、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に結合するヌクレオシド間連結基であり、T3とT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基、または5’もしくは3’-末端基であり;q1、q2、q3、q4、q5、q6、およびq7は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり;R1とR2のいずれか一方は水素であり、他方は、水素、置換または非置換アルコキシ、NJ1J2、SJ1、N3、OC=XJ1、OC=XNJ1J2、NJ3C=XNJ1J2、およびCNから選ばれ、ここでXはOであり、SまたはNJ1、およびJ1、J2、J3の各々は独立して、HまたはC1-C6アルキルである。いくつかの実施形態では、式Xの修飾THPヌクレオシドを提供する式中、q1、q2、q3、q4、q5、q6、およびq7はそれぞれHである。いくつかの実施形態では、q1、q2、q3、q4、q5、q6、およびq7の少なくとも1つはH以外である。いくつかの実施形態では、q1、q2、q3、q4、q5、q6、およびq7の少なくとも1つはメチルである。いくつかの実施形態では、式Xの修飾THPヌクレオシドを提供する式中、R1とR2のいずれか一方はFである。いくつかの実施形態では、R1はフルオロでR2はHであり、R1はメトキシでR2はHであり、R1はメトキシエトキシでR2はHである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は1つ以上の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドを含み、このヌクレオシドは、天然由来のヌクレオシド内のペントフラノシル残基に代えて六員シクロヘキセニルを有する。修飾シクロヘキセニルヌクレオシドの例には、当該技術分野の文献に記述されているものが含まれるが、これらに限定されない例えば、共同所有されている公開日2010年4月10日の公開PCT出願WO2010/036696、Robeynsら,J.Am.Chem.Soc.,2008,1306,1979-1984;Horvathら,TetrahedronLetters,2007,48,3621-3623;Nauwelaertsら,J.Am.Chem.Soc.,2007,12930,9340-9348;Guら,Nucleosides,NucleotidesNucleicAcids,2005,245-7,993-998;Nauwelaertsら,NucleicAcidsResearch,2005,338,2452-2463;Robeynsら,ActaCrystallographica,SectionF:StructuralBiologyandCrystallizationCommunications,2005,F616,585-586;Guら,Tetrahedron,2004,609,2111-2123;Guら,Oligonucleotides,2003,136,479-489;Wangら,J.Org.Chem.,2003,68,4499-4505;Verbeureら,NucleicAcidsResearch,2001,2924,4941-4947;Wangら,J.Org.Chem.,2001,66,8478-82;Wangら,Nucleosides,NucleotidesNucleicAcids,2001,204-7,785-788;Wangら,J.Am.Chem.,2000,122,8595-8602;公開PCT出願WO06/047842;公開PCT出願WO01/049687を参照。これら文献の各々のテキストは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの修飾シクロヘキセニルヌクレオシドは、式VIIIを有する。VIII式中、式VIIIの上記少なくとも1つのシクロヘキセニルヌクレオシド類似体の各々に対して独立して、Bxは、ヘテロ環塩基部分であり;T3とT4は、それぞれ独立して、シクロヘキセニルヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に結合するヌクレオシド間連結基であるか、または、T3とT4のいずれか一方はテトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に結合するヌクレオシド間連結基であり、T3とT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基、または5’もしくは3’-末端基であり;q1、q2、q3、q4、q5、q6、q7、q8、およびq9は、それぞれ独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、置換C2-C6アルキニル、または他の糖置換基である。他の多くの二環式および三環式の糖代用環系も当該技術分野で公知であり、ヌクレオシドを修飾してアンチセンス化合物に取り込むのに使用できる例えば、総説:Leumann,J.C,BioorganicMedicinalChemistry,2002,10,841-854を参照。これらの修飾の組み合わせも、本明細書で提供している。例えば、2’-F-5’-メチル置換ヌクレオシド開示されている他の5’,2’-ビス置換ヌクレオシドについては、2008年8月21日に公開されたPCT国際出願WO2008/101157を参照、リボシル環酸素原子のSによる置き換え、および2’位におけるさらなる置換2005年6月16日に公開された米国特許出願US2005-0130923を参照、あるいは二環式核酸の5’-置換2007年11月22日に公開されたPCT国際出願WO2007/134181を参照。ここでは4’-CH2-O-2’二環式ヌクレオシドが5’位で5’-メチル基または5’-ビニル基でさらに置換されるなどがあるが、これらに限定されない。こうした環系に各種の追加の置換を行って、活性を増強することができる。修飾糖の調製方法は、当業者に周知されている。修飾糖部分を有するヌクレオチドにおいて、核酸塩基部分天然、修飾、またはこの組み合わせは、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションのために維持される。いくつかの実施形態では、アンチセンス化合物は、修飾糖部分を有する1つ以上のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、修飾糖部分は2’-MOEである。いくつかの実施形態では、2’-MOE修飾ヌクレオチドはギャップマーモチーフ中に配置される。いくつかの実施形態では、修飾糖部分はcEt4’-CHCH3-O-2’BNAである。いくつかの実施形態では、cEt修飾ヌクレオチドはギャップマーモチーフのウィング全体に配置される。いくつかの修飾核酸塩基いくつかの実施形態では、本発明のヌクレオシドは、1つ以上の無修飾核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、本発明のヌクレオシドは、1つ以上の修飾核酸塩基を含む。本明細書で使用する無修飾核酸塩基および天然由来の核酸塩基という語は、プリン塩基であるアデニンAとグアニンG、およびピリミジン塩基であるチミンT、シトシンC、ウラシルUが含まれる。修飾核酸塩基には、5-メチルシトシン5-me-C、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンとグアニンの6-メチルおよび他のアルキル誘導体、アデニンとグアニンの2-プロピルおよび他のアルキル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、および2-チオシトシン、5-ハロウラシルおよびシトシン、5-プロピニル-C≡C-CH3ウラシルおよびシトシン、およびピリミジン塩基の他のアルキニル誘導体、6-アゾウラシル、シトシン、およびチミン、5-ウラシル偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、ならびに他の8-置換アデニンおよびグアニン、5-ハロ、特に5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、ならびに他の5-置換ウラシルおよびシトシン、7-メチルグアニンおよび7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニンおよび8-アザアデニン、7-デアザグアニンおよび7-デアザアデニン、3-デアザグアニンおよび3-デアザアデニン、汎用塩基、疎水性塩基、無差別塩基promiscuousbase、サイズ拡大塩基、およびフッ素化塩基といった、本明細書で定義する他の合成核酸塩基および天然核酸塩基が含まれる。さらに別の修飾塩基としては、フェノキサジンシチジン[5,4-b][1,4]ベンゾオキサジン23H-オン、フェノチアジンシチジン1H-ピリミド[5,4-b][1,4]ベンゾチアジン-23H-オンなどの三環式ピリミジン、置換フェノオキサジンシチジン例えば、9-2-アミノエトキシ-H-ピリミド[5,4-b][1,4]ベンゾオキサジン-23H-オン、カルバゾールシチジン2H-ピリミド[4,5-b]インドール-2-オン、ピリドインドールシチジンH-ピリド[3’,2’:4,5]ピロロ[2,3-d]ピリミジン-2-オンなどのG-クランプが挙げられる。修飾核酸塩基には、プリン塩基またはピリミジン塩基が他のヘテロ環、例えば7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドンなどで置き換えられているものも含まれる。本明細書で使用するヘテロ環塩基部分という語は、核酸塩基および修飾核酸塩基を含む。さらに別の核酸塩基および修飾核酸の例としては、米国特許第3,687,808号に開示されている核酸塩基、TheConciseEncyclopediaOfPolymerScienceAndEngineering,Kroschwitz,J.I.,Ed.,JohnWileySons,1990,858-859に開示されている核酸塩基、Englischら,AngewandteChemie,InternationalEdition,1991,30,613に開示されている核酸塩基、およびSanghvi,Y.S.,Chapter15,AntisenseResearchandApplications,Crooke,S.T.andLebleu,B.,Eds.,CRCPress,1993,273-288に開示されている核酸塩基などがある。各ヌクレオシドのヘテロ環塩基部分を1つ以上の置換基で修飾することにより、1つ以上の特性標的鎖との親和性などを増強し、あるいは他の特性に有利に影響を及ぼすことができる。修飾核酸塩基には、本明細書で定義する汎用塩基、疎水性塩基、無差別塩基、サイズ拡大塩基、およびフッ素化塩基が含まれるが、これらに限定されない。これらの核酸塩基のいくつかは、本明細書で提供するオリゴマー化合物の結合親和力を増大させる上で特に有用である。こうした核酸塩基の例として、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、および2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシンなどのN-2、N-6、O-6置換プリンがある。5-メチルシトシン置換は、核酸の二重鎖の安定性を0.6~1.2°C増大させることが示されているAntisenseResearchandApplications,Sanghvi,Y.S.,Crooke,S.T.andLebleu,B.,Eds.,CRCPress,BocaRaton,1993,276-278。上記修飾核酸塩基の一部および他の修飾核酸塩基の調製を教示している代表的な米国特許には、米国特許第3,687,808号、第4,845,205号、第5,130,302号、第5,134,066号、第5,175,273号、第5,367,066号、第5,432,272号、第5,457,187号、第5,459,255号、第5,484,908号、第5,502,177号、第5,525,711号、第5,552,540号、第5,587,469号、第5,594,121号、第5,596,091号、第5,614,617号、第5,645,985号、第5,681,941号、第5,750,692号、第5,763,588号、第5,830,653号、および第6,005,096号が含まれるが、これらに限定されない。これらの特許のいくつかは本願と共通に所有され、これらの特許の各々は参照により全体が本明細書に組み込まれる。いくつかのヌクレオシド間結合いくつかの実施形態では、本発明は、結合ヌクレオシドを含むオリゴマー化合物を提供する。いくつかの実施形態では、任意のヌクレオシド間結合を用いてヌクレオシド同士を結合できる。リン原子の有無によって、主に2つのクラスのヌクレオシド間連結基が定義される。リンを含有する代表的なヌクレオシド間結合には、ホスホジエステルP=O、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、ホスホロチオエートP=Sが含まれるが、これらに限定されない。リンを含有しない代表的なヌクレオシド間連結基には、メチレンメチルイミノ-CH2-NCH3-O-CH2-、チオジエステル-O-CO-S-、チオノカルバメート-O-CONH-S-、シロキサン-O-SiH2-O-、およびN,N’-ジメチルヒドラジン-CH2-NCH3-NCH3-が含まれるが、これらに限定されない。リンを含有しないヌクレオシド間連結基を有するオリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオシドと呼ぶ場合がある。天然ホスホジエステル結合と比べて、修飾された結合を使用すると、オリゴマー化合物のヌクレアーゼ耐性を変化させる通常は増加させることができる。いくつかの実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合により、別個のエナンチオマーとしてのラセミ混合物を作製することができる。代表的なキラル結合には、アルキルホスホネートおよびホスホロチオエートが含まれるが、これらに限定されない。リンを含有するヌクレオシド間結合およびリンを含有しないヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知されている。本明細書に記述するオリゴヌクレオチドは1つ以上の不斉中心を含むので、絶対立体化学の観点から、RS、糖アノマーなどのαもしくはβ、またはアミノ酸などのDもしくはLにより定義できる、エナンチオマー、ジアステレオマー、および他の立体異性配置を生ずる。本明細書で提供するアンチセンス化合物には、このようなあり得るすべての異性体、ならびにそのラセミ体および光学的に純粋な形態が含まれる。本明細書で使用する中性ヌクレオシド間結合という語は、非イオン性のヌクレオシド間結合を含むことを意図している。中性ヌクレオシド間結合には、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、MMI3’-CH2-NCH3-O-5’、アミド-33’-CH2-C=O-NH-5’、アミド-43’-CH2-NH-C=O-5’、ホルムアセタール3’-CH2-O-5’およびチオホルムアセタール3’-O-CH2-O-5’が含まれるが、これらに限定されない。さらに、中性ヌクレオシド間結合には、シロキサンジアルキルシロキサン、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステル、およびアミドを含む非イオン性結合が含まれる例えば、CarbohydrateModificationsinAntisenseResearch;Y.S.SanghviandP.D.Cook,Eds.,ACSSymposiumSeries580;Chapters3and4,40-65を参照。さらに、中性ヌクレオシド間結合には、混合したN、O、S、およびCH2成分を含む非イオン性結合も含まれる。いくつかの長さいくつかの実施形態では、本発明は、さまざまな長さ範囲のオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、X個~Y個の結合ヌクレオシドからなるオリゴマー化合物またはオリゴヌクレオチドを提供する。ここで、Xは、ヌクレオシド数の範囲で最も小さい数字を表し、Yは、ヌクレオシド数の範囲で最も大きな数字を表す。いくつかの実施形態では、XとYは、それぞれ独立して、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、および50から選ばれる。ただしX≦Yである。例えば、いくつかの実施形態では、本発明は、8~9、8~10、8~11、8~12、8~13、8~14、8~15、8~16、8~17、8~18、8~19、8~20、8~21、8~22、8~23、8~24、8~25、8~26、8~27、8~28、8~29、8~30、9~10、9~11、9~12、9~13、9~14、9~15、9~16、9~17、9~18、9~19、9~20、9~21、9~22、9~23、9~24、9~25、9~26、9~27、9~28、9~29、9~30、10~11、10~12、10~13、10~14、10~15、10~16、10~17、10~18、10~19、10~20、10~21、10~22、10~23、10~24、10~25、10~26、10~27、10~28、10~29、10~30、11~12、11~13、11~14、11~15、11~16、11~17、11~18、11~19、11~20、11~21、11~22、11~23、11~24、11~25、11~26、11~27、11~28、11~29、11~30、12~13、12~14、12~15、12~16、12~17、12~18、12~19、12~20、12~21、12~22、12~23、12~24、12~25、12~26、12~27、12~28、12~29、12~30、13~14、13~15、13~16、13~17、13~18、13~19、13~20、13~21、13~22、13~23、13~24、13~25、13~26、13~27、13~28、13~29、13~30、14~15、14~16、14~17、14~18、14~19、14~20、14~21、14~22、14~23、14~24、14~25、14~26、14~27、14~28、14~29、14~30、15~16、15~17、15~18、15~19、15~20、15~21、15~22、15~23、15~24、15~25、15~26、15~27、15~28、15~29、15~30、16~17、16~18、16~19、16~20、16~21、16~22、16~23、16~24、16~25、16~26、16~27、16~28、16~29、16~30、17~18、17~19、17~20、17~21、17~22、17~23、17~24、17~25、17~26、17~27、17~28、17~29、17~30、18~19、18~20、18~21、18~22、18~23、18~24、18~25、18~26、18~27、18~28、18~29、18~30、19~20、19~21、19~22、19~23、19~24、19~25、19~26、19~29、19~28、19~29、19~30、20~21、20~22、20~23、20~24、20~25、20~26、20~27、20~28、20~29、20~30、21~22、21~23、21~24、21~25、21~26、21~27、21~28、21~29、21~30、22~23、22~24、22~25、22~26、22~27、22~28、22~29、22~30、23~24、23~25、23~26、23~27、23~28、23~29、23~30、24~25、24~26、24~27、24~28、24~29、24~30、25~26、25~27、25~28、25~29、25~30、26~27、26~28、26~29、26~30、27~28、27~29、27~30、28~29、28~30、または29~30個の結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供する。オリゴマー化合物またはオリゴヌクレオチドのヌクレオシド数が特定の範囲または特定の数に制限されている実施形態の場合でも、そのオリゴマー化合物またはオリゴヌクレオチドに、さらに別の置換基を追加して含めてよい。例えば、8~30個のヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドの場合、ヌクレオシド31個を有するオリゴヌクレオチドは除外されるが、別段の指示がない限り、このようなオリゴヌクレオチドはさらに、例えば1つ以上のコンジュゲート基、末端基、または他の置換基を含めてよい。いくつかの実施形態では、末端基には末端基ヌクレオシドが含まれるが、これに限定されない。このような実施形態では、末端基ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシドとは異なる方法で修飾される。これにより、オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと末端基ヌクレオシドが区別される。いくつかのモチーフいくつかの実施形態では、本発明は、特定のヌクレオシドモチーフを有する1つ以上の領域を含むオリゴマー化合物を提供する。いくつかの実施形態では、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの5’-末端ヌクレオチドは、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの化合物を含む。ギャップ化モチーフいくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物はギャップマー領域を含む。このような実施形態のいくつかでは、外部領域の各糖基は互いに同一である本明細書では対称ギャップマーと呼ぶ。いくつかの実施形態では、5’-外部領域で使われる糖基と、3’-外部領域で使われる糖基は異なる本明細書では非対称ギャップマーと呼ぶ。いくつかの実施形態では、外部領域は小さく各外部領域は独立して1、2、3、4、または約5個のモノマーサブユニットである、このモノマーサブユニットは天然由来でない糖基を含み、内部領域はβ-D-2’-デオキシリボヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、外部領域はそれぞれ独立して、非天然由来の糖基を有する1~約5個のモノマーサブユニットを含み、内部領域は、6~18個の無修飾ヌクレオシドを含む。内部領域すなわちギャップは、一般にβ-D-2’-デオキシリボヌクレオシドを含むが、天然由来でない糖基を含むことができる。ヘテロ環式塩基およびヌクレオシド間結合は、独立して、ギャップ化オリゴマー化合物の各位置で可変である。このモチーフはさらに、1つ以上の基の使用が含まれていてもよい。1つ以上の基とは、キャッピング基、コンジュゲート基、その他の5’または3’-末端基が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ギャップ化オリゴマー化合物は、β-D-2’-デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含み、外部領域の一方に修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ギャップ化オリゴマー化合物は、β-D-2’-デオキシリボヌクレオシドの内部領域を含み、外部領域の両方に修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するギャップ化オリゴマー化合物は、モノマーサブユニットのすべてが非天然由来の糖基を含む。いくつかの実施形態で提供するギャップ化オリゴマー化合物は、5’-端には1つまたは2つの修飾ヌクレオシド、3’-端には2つまたは3つの修飾ヌクレオシド、内部領域には10~16個のβ-D-2’-デオキシリボヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態で提供するギャップ化オリゴマー化合物は、5’-端には1つの修飾ヌクレオシド、3’-端には2つの修飾ヌクレオシド、内部領域には10~16個のβ-D-2’-デオキシリボヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態で提供するギャップ化オリゴマー化合物は、5’-端には1つの修飾ヌクレオシド、3’-端には2つの修飾ヌクレオシド、内部領域には10~14個のβ-D-2’-デオキシリボヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態で提供するギャップ化オリゴマー化合物は、長さが約10~約21個のモノマーサブユニットである。いくつかの実施形態で提供するギャップ化オリゴマー化合物は、長さが約12~約16個のモノマーサブユニットである。いくつかの実施形態で提供するギャップ化オリゴマー化合物は、長さが約12~約14個のモノマーサブユニットである。いくつかの交互領域いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の交互修飾領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の交互ヌクレオシド修飾領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の交互結合修飾領域を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の交互ヌクレオシドおよび結合修飾領域を含む。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、2’-F修飾ヌクレオシドと2’-OMe修飾ヌクレオシドの交互領域を1つ以上含む。このような実施形態のいくつかでは、2’F修飾ヌクレオシドと2’OMe修飾ヌクレオシドの交互領域は、交互結合も含む。このような実施形態のいくつかでは、2’-F修飾ヌクレオシドの3’端にある結合はホスホロチオエート結合である。このような実施形態のいくつかでは、2’OMe修飾ヌクレオシドの3’端にある結合はホスホジエステル結合である。いくつかの実施形態では、上記の交互領域は2’-F-PS-2’-OMe-POである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、または11個の上記交互領域を含む。この交互領域は、連続してもよく、他の方法で修飾されているヌクレオシドまたは結合によって中断されてもよい。いくつかの実施形態では、交互モチーフ内の1つ以上の交互領域は、同じタイプのヌクレオシドを複数含む。例えば、本発明のオリゴマー化合物は、以下のいずれかのヌクレオシドモチーフ領域を1つ以上含んでよい。AABBAA;ABBABB;AABAAB;ABBABAABB;ABABAA;AABABAB;ABABAA;ABBAABBABABAA;BABBAABBABABAA;ABABBAABBABABAA;ここで、Aは第1タイプのヌクレオシドであり、Bは第2タイプのヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、AとBはそれぞれ、2’-F、2’-OMe、BNA、DNA、およびMOEから選ばれる。いくつかの実施形態では、AはDNAである。いくつかの実施形態では、Bは4’-CH2O-2’-BNAである。いくつかの実施形態では、AはDNAであり、Bは4’-CH2O-2’-BNAである。いくつかの実施形態では、Aは4’-CH2O-2’-BNAである。いくつかの実施形態では、BはDNAである。いくつかの実施形態では、Aは4’-CH2O-2’-BNAであり、BはDNAである。いくつかの実施形態では、Aは2’-Fである。いくつかの実施形態では、Bは2’-OMeである。いくつかの実施形態では、Aは2’-Fであり、Bは2’-OMeである。いくつかの実施形態では、Aは2’-OMeである。いくつかの実施形態では、Bは2’-Fである。いくつかの実施形態では、Aは2’-OMeであり、Bは2’-Fである。いくつかの実施形態では、AはDNAであり、Bは2’-OMeである。いくつかの実施形態では、Aは2’-OMeであり、BはDNAである。いくつかの実施形態では、このような交互モチーフを有するオリゴマー化合物は、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの5’末端ヌクレオシドも含む。2-2-3モチーフいくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、2-2-3モチーフを有する領域を含む。このような領域は以下のモチーフを含む。5’-式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIe-Ew-A2-Bx-A2-Cy-A3-Dzここで、Aは第1タイプの修飾ヌクレオシドであり;B、C、D、およびEは、Aとは異なる方法で修飾されたヌクレオシドであり、ただしB、C、D、およびEの修飾は互いに同一でも異なっていてもよく;wとzは0~15であり;xとyは1~15である。いくつかの実施形態では、Aは2’-OMe修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、B、C、D、およびEはすべて、2’-F修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、Aは2’-OMe修飾ヌクレオシドであり、B、C、D、およびEはすべて2’-F修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、2-2-3モチーフの結合はすべて、修飾された結合である。いくつかの実施形態では、結合はすべてホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、第1タイプの各修飾の3’-端にある結合はホスホジエステル結合である。いくつかの実施形態では、Zは0である。いくつかの実施形態では、第1タイプのヌクレオシド3個の領域は、オリゴヌクレオチドの3’-端にある。いくつかの実施形態では、この領域はオリゴマー化合物の3’-端にあり、第1タイプのヌクレオシド3個の領域の3’端には、追加の基が結合していない。いくつかの実施形態では、Zが0であるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物は、3-末端ヌクレオシドに末端基が結合してよい。この末端基には、追加のヌクレオシドが含まれていてよい。この追加のヌクレオシドは通常、ハイブリダイズしないヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、Zは1~3である。いくつかの実施形態では、Zは2である。いくつかの実施形態では、Zのヌクレオシドは2’-MOEヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、Zは、ハイブリダイズしないヌクレオシドを表す。混乱を避けるため、こうしたハイブリダイズしないヌクレオシドを、Z=0の3’-末端基と記述することもできるものとする。モチーフの組み合わせ上記のモチーフおよび修飾のいくつかを組み合わせてよいものと理解される。1つのモチーフに含まれるヌクレオシドの数がごく少数の場合があるので、ある特定のオリゴヌクレオチドが2つ以上のモチーフを含むことがある。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物に含まれるヌクレオシドモチーフの非限定的な例として、下表に記載するモチーフを含む。下表に示すなしという語は、特定の特徴がオリゴヌクレオチドに存在しないことを示す。例えば5’モチーフ/修飾列になしとある場合、オリゴヌクレオチドの5’端は、中央モチーフの先頭のヌクレオシドを含むことを表す。本明細書に記載する各種ヌクレオシドモチーフのいずれかを有するオリゴマー化合物は、任意の結合モチーフを有してよい。例えば、上の表に記載するモチーフただしこれらに限定されないを含むオリゴマー化合物は、下表に示すモチーフただしこれらに限定されないから選ばれる結合モチーフを有することができる。上記の非限定的な表から明らかであるように、ヌクレオシドモチーフが定義する領域の長さと、結合モチーフが定義するモチーフの長さは、同じである必要はない。例えば、上の表にあるヌクレオシドモチーフの3’領域がヌクレオシド2個であるのに対し、上の表にある結合モチーフの3’領域はヌクレオシド6~8個である。これらの表を組み合わせると、2個の3’-末端MOEヌクレオシドと、6~8個の3’-末端ホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチドが得られるしたがって、ヌクレオシドモチーフの中央領域にある結合の一部もホスホロチオエート結合になる。さらに例示するとただし何ら限定されない、ヌクレオシドモチーフと配列モチーフを組み合わせることにより、下表にある5つの非限定的な例が示される。表の先頭の列は、ヌクレオシドおよび結合をN15’-端の先頭ヌクレオシドからN205’-端から20番目の位置の位置別に示す。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドの長さは、20ヌクレオシドを超えるこの表は単なる例示に過ぎない。表のいくつかの位置でヌクレオシドまたは結合をなしを表示したものは、オリゴヌクレオチドはその位置にヌクレオシドを持たないことを示す。上記の非限定的な例において、列Aは、20個の結合ヌクレオシドからなるオリゴマー化合物を表す。このオリゴマー化合物は、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの修飾5’-末端ヌクレオシド;交互ヌクレオシド領域;交互結合領域;それぞれウラシル塩基を含む2つの3’-末端MOEヌクレオシド;および3’-端位置のホスホロチオエート結合6個の領域を含む。列Bは、18個の結合ヌクレオシドからなるオリゴマー化合物を表す。このオリゴマー化合物は、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの修飾5’-末端ヌクレオシド;2-2-3モチーフこのモチーフの修飾ヌクレオシドは2’O-Meであり、残りのヌクレオシドはすべて2’-Fである;それぞれウラシル塩基を含む2つの3’-末端MOEヌクレオシド;および3’-端位置のホスホロチオエート結合6個の領域を含む。列Cは、20個の結合ヌクレオシドからなるオリゴマー化合物を表す。このオリゴマー化合物は、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの修飾5’-末端ヌクレオシド;均一に修飾された2’-Fヌクレオシド領域;およびそれぞれウラシル塩基を含む2つの3’-末端MOEヌクレオシドを含み、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。列Dは、20個の結合ヌクレオシドからなるオリゴマー化合物を表す。このオリゴマー化合物は、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの修飾5’-末端ヌクレオシド;交互2’-OMe/2’-Fヌクレオシド領域;均一な2’Fヌクレオシド領域;交互ホスホロチオエート/ホスホジエステル結合領域;それぞれアデニン塩基を含む2つの3’-末端MOEヌクレオシド;および3’-端位置のホスホロチオエート結合6個の領域を含む。列Eは、17個の結合ヌクレオシドからなるオリゴマー化合物を表す。このオリゴマー化合物は、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの修飾5’-末端ヌクレオシド;2-2-3モチーフこのモチーフの修飾ヌクレオシドは2’Fであり、残りのヌクレオシドはすべて2’-OMeである;および3つの3’-末端MOEヌクレオシドを含む。上記の例は、記述したモチーフを使った組み合わせの方法を例示する目的でのみ提供するものであり、本発明を、組み合わせの例示で使われている特定の組み合わせや特定の修飾に限定することは意図していない。さらに、本明細書に記載する個々の例上の表の例を含むが、これらに限定されないは、より包括的な実施形態を包含することを意図している。例えば、上の表の列Aは、2’-OMeヌクレオシドと2’-Fヌクレオシドの交互領域を例示したものである。よって、同一の開示により、種類の異なる2’-修飾の交互領域も例示している。さらに、2’-O-アルキルヌクレオシドと2’-ハロゲンヌクレオシドの交互領域も例示している。また、種類の異なる修飾ヌクレオシドの交互領域も例示している。本明細書全体を通して、これらの例はすべて、こうした包括的な解釈を企図している。また、上の表で例示する長さなどのオリゴマー化合物の長さについては、モチーフを分断することなく、記載されている領域の1つ以上を伸縮することで簡単に操作できる点が注目される。いくつかの実施形態では、本発明で提供するオリゴマー化合物は、5’-末端ヌクレオシド位置1が式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの化合物であり、位置2のヌクレオシドは2’-修飾を含む。こうした実施形態のいくつかでは、位置2のヌクレオシドの2’-修飾は、ハロゲン、アルキル、および置換アルキルから選ばれる。いくつかの実施形態では、位置2のヌクレオシドの2’-修飾は、2’-Fと2’-アルキルから選ばれる。いくつかの実施形態では、位置2のヌクレオシドの2’-修飾は、2’-Fである。いくつかの実施形態では、位置2のヌクレオシドの2’-置換は、天然由来RNAのように無修飾OHである。いくつかの実施形態では、位置3のヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、位置3のヌクレオシドは二環式ヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、位置3のヌクレオシドは糖代用物を含む。こうした実施形態のいくつかでは、糖代用物はテトラヒドロピランである。いくつかの実施形態では、位置3のヌクレオシドの糖はF-HNAである。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマー化合物は、10~30個の結合ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドを含む。ここで、このオリゴヌクレオチドは、式I、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの1位修飾ヌクレオシド、1位修飾ヌクレオシドの糖部分とは異なる方法で修飾された糖部分を含む2位ヌクレオシド;それぞれ2’-修飾を含む1~4個の3’-末端基ヌクレオシド;を含み、最も3’側の少なくとも7個のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。いくつかのコンジュゲート基いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、1つ以上のコンジュゲート基の結合により修飾される。一般に、コンジュゲート基は、結合するオリゴマー化合物の1つ以上の特性を修飾する。特性には薬力学的特性、薬物動態特性、安定性、結合、吸収、細胞分布、細胞の取込み、充填、排除が含まれるが、これらに限定されない。コンジュゲート基は化学技術分野において日常的に使用されており、オリゴマー化合物、オリゴヌクレオチドなどの親化合物に直接結合するか、または任意のコンジュゲート結合部分もしくはコンジュゲート連結基を介して結合する。コンジュゲート基には挿入分子、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、および色素が含まれるが、これらに限定されない。いくつかのコンジュゲート基は以前に文献に記述されている。例えば、コレステロール部分Letsingerら,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556、コール酸Manoharanら,Bioorg.Med.Chem.Let.,1994,4,1053-1060、ヘキシル-S-トリチルチオールなどのチオエーテルManoharanら,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309;Manoharanら,Bioorg.Med.Chem.Let.,1993,3,2765-2770、チオコレステロールOberhauserら,Nucl.AcidsRes.,1992,20,533-538、ドデカンジオールやウンデシル残基などの脂肪族鎖Saison-Behmoarasら,EMBOJ.,1991,10,1111-1118;Kabanovら,FEBSLett.,1990,259,327-330;Svinarchukら,Biochimie,1993,75,49-54、ジ-ヘキサデシル-rac-グリセリンやトリエチルアンモニウム1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-H-ホスホネートなどのリン脂質Manoharanら,TetrahedronLett.,1995,36,3651-3654;Sheaら,Nucl.AcidsRes.,1990,18,3777-3783、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖Manoharanら,NucleosidesNucleotides,1995,14,969-973、またはアダマンタン酢酸Manoharanら,TetrahedronLett.,1995,36,3651-3654、パルミチル部分Mishraら,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237、またはオクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ-カルボニル-オキシコレステロール部分Crookeら,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923-937などが記述されている。いくつかの実施形態では、コンジュゲート基は活性薬剤物質を含む。活性薬剤物質の例としては、アスピリン、ワーファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、S--プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルザルコシン、2,3,5-トリヨード安息香酸、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシンindomethicin、バルビツレート、セファロスポリン、サルファ剤、抗糖尿病剤、抗菌薬、抗生物質などがある。オリゴヌクレオチド-薬剤コンジュゲートとその調製については、米国特許出願第09/334,130号に記載されている。オリゴヌクレオチドコンジュゲートの調製を教示している代表的な米国特許には、第4,828,979号、第4,948,882号、第5,218,105号、第5,525,465号、第5,541,313号、第5,545,730号、第5,552,538号、第5,578,717,5,580,731号、第5,580,731号、第5,591,584号、第5,109,124号、第5,118,802号、第5,138,045号、第5,414,077号、第5,486,603号、第5,512,439号、第5,578,718号、第5,608,046号、第4,587,044号、第4,605,735号、第4,667,025号、第4,762,779号、第4,789,737号、第4,824,941号、第4,835,263号、第4,876,335号、第4,904,582号、第4,958,013号、第5,082,830号、第5,112,963号、第5,214,136号、第5,082,830号、第5,112,963号、第5,214,136号、第5,245,022号、第5,254,469号、第5,258,506号、第5,262,536号、第5,272,250号、第5,292,873号、第5,317,098号、第5,371,241,5,391,723号、第5,416,203,5,451,463号、第5,510,475号、第5,512,667号、第5,514,785号、第5,565,552号、第5,567,810号、第5,574,142号、第5,585,481号、第5,587,371号、第5,595,726号、第5,597,696号、第5,599,923号、第5,599,928号、および第5,688,941が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴマー化合物内のオリゴヌクレオチドに直接結合する。いくつかの実施形態では、コンジュゲート基は、コンジュゲート連結基によりオリゴヌクレオチドに結合する。こうした実施形態のいくつかでは、コンジュゲート連結基当該記述分野で公知となっているような二官能性結合部分などを含むが、これに限定されないを、本明細書で提供する化合物に適用できる。コンジュゲート連結基は、化学安定化基chemicalstabilizinggroup、官能基、レポーター基、その他の基などのコンジュゲート基を、オリゴマー化合物などの親化合物の選択的部位に結合させる上で有用である。一般に、二官能性結合部分は、2つの官能基を有するヒドロカルビル部分を含む。官能基の一方は、対象の親分子または親化合物に結合するように選択され、他方は、化学官能基、コンジュゲート基など、実質的にどの基が選択されてもその基に結合するように選択される。いくつかの実施形態では、コンジュゲートリンカーは、エチレングリコールやアミノ酸単位などの反復単位の鎖構造またはオリゴマーを含む。二官能性結合部分において日常的に用いられている官能基の例には、求核基と反応するための求電子体、求電子基と反応するための求核体が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、二官能性結合部分には、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、不飽和基例えば二重結合や三重結合などが含まれる。コンジュゲート結合部分のいくつかの非限定例には、ピロリジン、8-アミノ-3,6-ジオキサオクタン酸ADO、スクシンイミジル4-N-マレイミドメチルシクロヘキサン-1-カルボキシレートSMCC、および6-アミノヘキサン酸AHEXまたはAHAが含まれる。他の連結基には、置換C1-C10アルキル、置換または非置換C2-C10アルケニル、置換または非置換C2-C10アルキニルが含まれるが、これらに限定されず、好ましい置換基の非限定的リストとしては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、およびアルキニルが含まれる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの一方の端または両端のどちらと結合してもよく末端コンジュゲート基、かつ/または任意の内部位置で結合してもよい。いくつかの実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドの3’-端にある。いくつかの実施形態では、コンジュゲート基は3’-端の近くにある。いくつかの実施形態では、コンジュゲートはオリゴマー化合物の3’端に結合するが、1つ以上の末端基ヌクレオシドの前にある。いくつかの実施形態では、コンジュゲート基は末端基の内部に置かれる。いくつかの実施形態では、本発明はオリゴマー化合物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物はオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドおよび1つ以上のコンジュゲート基および/または末端基を含む。こうしたコンジュゲート基および/または末端基は、上述の化学的モチーフのいずれかを有するオリゴヌクレオチドに付加されてよい。したがって、例えば、交互ヌクレオシド領域を有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物は、末端基を含む場合がある。アンチセンス化合物いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物はアンチセンス化合物である。こうした実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に対して相補的である。いくつかの実施形態では、標的核酸はRNAである。いくつかの実施形態では、標的核酸は非コードRNAである。いくつかの実施形態では、標的核酸はタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、標的核酸は、mRNA、プレ-mRNA、マイクロRNA、非コードRNA低分子非コードRNAを含む、およびプロモーター指向性RNAから選ばれる。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、1つより多い標的核酸に対して少なくとも部分的に相補的である。例えば、本発明のオリゴマー化合物は、一般に複数の標的と結合するマイクロRNA模倣体となることができる。アンチセンス機構には、オリゴマー化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションの結果、何らかの生物学的効果を得る任意の機構が含まれる。いくつかの実施形態では、こうしたハイブリダイゼーションの結果、標的核酸の分解または占有が得られ、それに付随して、標的核酸の翻訳、転写、スプライシングなどを伴う細胞機構の阻害または刺激が生じる。標的RNAの分解を伴うアンチセンス機構の一種に、RNaseHが媒介するアンチセンスがある。RNaseHとは、RNA:DNA二重鎖のRNA鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。当該記述分野においては、DNA様の一本鎖アンチセンス化合物は、哺乳類細胞内のRNaseH活性を誘発することが公知となっている。したがって、RNaseHが活性化する結果、RNA標的が切断されることにより、DNA様のオリゴヌクレオチドが媒介する遺伝子発現阻害の効率が大幅に増強される。アンチセンス機構には、RISC経路を利用するRNAi機構も含まれるが、これに限定されない。こうしたRNAi機構には、siRNA機構、ssRNA機構、およびマイクロRNA機構が含まれるが、これらに限定されない。こうした機構には、マイクロRNA模倣体および/またはアンチマイクロRNAの創造が含まれる。さらに、アンチセンス機構には、マイクロRNAおよびmRNA以外の非コードRNAをハイブリダイズまたは模倣する機構も含まれるが、これに限定されない。こうした非コードRNAには、プロモーター指向性RNA、および1つ以上の核酸の転写または翻訳に影響する長短RNAが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、特異的な結合が所望される条件下において、すなわちインビボアッセイまたは治療の場合の生理的条件下、およびインビトロアッセイの場合にアッセイを実施する条件下において、アンチセンス化合物が非標的核酸配列と非特異的に結合するのを回避するに足る十分な相補性が存在するとき、アンチセンス化合物は特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物はRNAi化合物である。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物はssRNA化合物である。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は、第2のオリゴマー化合物と対になってsiRNAを形成する。いくつかの実施形態では、第2のオリゴマー化合物も本契約のオリゴマー化合物である。いくつかの実施形態では、第2のオリゴマー化合物は、任意の修飾核酸または無修飾核酸である。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は、siRNA化合物中のアンチセンス鎖である。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は、siRNA化合物中のセンス鎖である。一本鎖アンチセンス化合物いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は、一本鎖アンチセンス化合物としての使用に特に適している。いくつかの実施形態では、このようなオリゴマー化合物は一本鎖RNAi化合物である。いくつかの実施形態では、このようなオリゴマー化合物はssRNA化合物またはマイクロRNA模倣体である。本明細書に記述するいくつかの5’-末端ヌクレオシドは、このような一本鎖オリゴマー化合物での使用に適している。いくつかの実施形態では、このような5’-末端ヌクレオシドは5’-亜リン酸部分を安定化する。いくつかの実施形態では、本発明の5’-末端ヌクレオシドは対ヌクレアーゼ耐性を有する。いくつかの実施形態では、本発明のモチーフは、一本鎖アンチセンス化合物での使用に特に適している。従来、一本鎖RNAi化合物の使用は制限されてきた。いくつかの例では、一本鎖RNAi化合物は短時間に分解し、かつ/またはRISCに効率的に組み込まれない。本発明のいくつかの化合物は、以前に説明されているssRNAi化合物より優れた特性を有する。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は、インビトロにおいて優れたssRNAi化合物である。このような実施形態のいくつかでは、5’-末端亜リン酸部分が安定化される。このような実施形態のいくつかでは、5’-ヌクレオシドはヌクレアーゼ切断に対する耐性を有する。いくつかの実施形態では、5’-末端は効率的にRISCに組み込まれる。いくつかの実施形態では、モチーフがオリゴマー化合物を安定化する。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の3’-末端が安定化される。細胞内および/またはインビボで使用する一本鎖RNAi化合物を設計するには、いくつか課題が存在する。例えば、設計する化合物は化学的に安定であり、ヌクレアーゼ分解に対する耐性を持ち、細胞に進入でき、RISCへの組み込みが可能であり例えばAgo1またはAgo2と結合可能、標的核酸とハイブリダイズでき、かつ細胞や動物に対する毒性があってはならない。いくつかの例では、ある特性を改善する修飾またはモチーフは他の特性を悪化させるため、RNAi化合物として使用するには不適切な修飾またはモチーフを有する化合物となっている。例えばいくつかの修飾は、特にオリゴマー化合物の5’-端またはその近くに配置された場合、化合物の安定性やヌクレアーゼ分解耐性を向上できる反面、RISCの構成要素Ago1、Ago2などとの相互作用をブロックすることにより、RISCへの組み込みを阻害または妨害する可能性がある。このような化合物は、安定性特性は改善できても、RNAiで使用するには不適切となる。したがって、取り組むべき課題は、機能的な一本鎖RNAi化合物を提供するのに少なくとも十分な各パラメータについて、これらのパラメータを満足する修飾、組み合わせ、および修飾の配置を特定することである。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は、複数の修飾を組み合わせることにより、一本鎖RNAi化合物としての活性を有する一本鎖RNAi化合物を提供する。いくつかの例では、5’-亜リン酸部分を含む一本鎖オリゴマー化合物が所望される。例えば、いくつかの実施形態において、RNAi化合物、特に一本鎖RNAi化合物で5’-亜リン酸部分が必要または有用である。こうした例では、分解または脱リン酸化により化合物が不活性化する可能性があるため、分解または脱リン酸化に対して亜リン酸部分を安定化することがさらに望まれる。さらに、分解に対して5’-ヌクレオシド全体を安定化することも望まれる。さもないと、やはり化合物が不活性化し得る。したがって、いくつかの実施形態では、5’-亜リン酸部分と5’-ヌクレオシドの両方を安定化したオリゴヌクレオチドが所望される。いくつかの実施形態では、本発明の提供する修飾ヌクレオシドは、オリゴマー化合物の5’-端に配置でき、その結果、安定化した亜リン酸と安定化したヌクレオシドが得られる。このような実施形態のいくつかでは、無修飾ヌクレオシドと比較して、亜リン酸部分は生物系における除去に対する耐性があり、かつ/または5’-ヌクレオシドはヌクレアーゼ分解に対する耐性がある。いくつかの実施形態では、こうしたヌクレオシドの修飾は、2’-位、5’-位、および亜リン酸部分のうちの1か所、2か所、または全3か所で行われる。このような修飾ヌクレオシドは、オリゴマー化合物の5’-端位置で取り込まれてよい。本発明のいくつかのオリゴマー化合物は、特に一本鎖化合物としての用途を有するが、第2の鎖と対を形成して二本鎖オリゴマー化合物をなしてもよい。このような実施形態では、二本鎖二重鎖のうちの第2の鎖は、本発明のオリゴマー化合物でもよく、本発明のオリゴマー化合物でなくてもよい。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は1つ以上のヌクレアーゼを結合および/または活性化させる。いくつかの実施形態では、この結合および/または活性化により、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は標的核酸およびヌクレアーゼと相互作用し、その結果、ヌクレアーゼが活性化し、標的核酸が分解される。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は標的核酸およびヌクレアーゼと相互作用し、その結果、ヌクレアーゼが活性化され、標的核酸が不活性化される。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は標的核酸と二重鎖を形成し、この二重鎖がヌクレアーゼを活性化させ、その結果、オリゴマー化合物と標的核酸の一方または両方が切断および/または不活性化される。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物はヌクレアーゼを結合および/または活性化させ、結合および/または活性化したヌクレアーゼが標的核酸を切断または不活性化する。ヌクレアーゼの例には、リボヌクレアーゼリボヌクレオチドを特異的に切断するヌクレアーゼ、二本鎖ヌクレアーゼ二本鎖二重鎖の一方または両方の鎖を特異的に切断するヌクレアーゼ、および二本鎖リボヌクレアーゼが含まれるが、これらに限定されない。例えば、ヌクレアーゼにはRNaseH、アルゴノートタンパク質Ago2など、およびダイサーdicerが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物はアルゴノートタンパク質Agoと相互作用する。いくつかの実施形態では、このようなオリゴマー化合物は、RISC経路の他のメンバー例:ダイサーと相互作用することによりRISC経路に最初に進入する。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、Agoと相互作用することにより最初にRISC経路に進入する。いくつかの実施形態では、このような相互作用の結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、本発明は、Agoとオリゴマー化合物を接触させることを含む、Agoの活性化方法を提供する。いくつかとオリゴマー化合物を接触させることを含む、Agoの活性化方法を提供する。いくつかの実施形態では、このようなオリゴマー化合物は修飾5’-リン酸基を含む。いくつかの実施形態では、本発明は、細胞中の標的核酸の発現または量を調節する方法を提供する。この方法は、Agoを活性化できるオリゴマー化合物と細胞とを接触させ、最終的に標的核酸を切断することを含む。いくつかの実施形態では、この細胞は動物内にある。いくつかの実施形態では、この細胞はインビトロに存在する。いくつかの実施形態では、この方法はマンガンの存在下で実施する。いくつかの実施形態では、マンガンは内因性である。いくつかの実施形態では、この方法はマンガンの非存在下で実施する。いくつかの実施形態では、Agoは細胞に対して内因性である。いくつかの実施形態では、この細胞は動物の中にある。いくつかの実施形態では、AgoはヒトAgoである。いくつかの実施形態では、AgoはAgo2である。いくつかの実施形態では、AgoはヒトAgo2である。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は酵素ダイサーと相互作用する。このような実施形態のいくつかでは、オリゴマー化合物はダイサーと結合し、かつ/またはダイサーに切断される。このような実施形態のいくつかでは、ダイサーと相互作用する結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、ダイサーはヒトダイサーである。いくつかの実施形態では、ダイサーと相互作用するオリゴマー化合物は二本鎖オリゴマー化合物である。いくつかの実施形態では、ダイサーと相互作用するオリゴマー化合物は一本鎖オリゴマー化合物である。二本鎖オリゴマー化合物がダイサーと相互作用する実施形態では、この二本鎖オリゴマー化合物はダイサー二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、本明細書に記述するオリゴマー化合物は、ダイサー二重鎖の一本鎖または二本鎖として適している場合がある。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の各鎖は、本発明のオリゴマー化合物である。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の一方の鎖は本発明のオリゴマー化合物であり、他方の鎖は任意の修飾または無修飾オリゴマー化合物である。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の一方または両方の鎖は、5’端で式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の一方の鎖はアンチセンスオリゴマー化合物であり、他方の鎖は、そのセンス相補体である。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖は一方の端または両端に3’-オーバーハングを含む。いくつかの実施形態では、こうしたオーバーハングは追加のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖は、センスオリゴヌクレオチド側に3’オーバーハングを含み、アンチセンスオリゴヌクレオチド側には3’オーバーハングを含まない。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖は、アンチセンスオリゴヌクレオチド側に3’オーバーハングを含み、センスオリゴヌクレオチド側には3’オーバーハングを含まない。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の3’オーバーハングは1~4個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、こうしたオーバーハングは2個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、3’-オーバーハング内のヌクレオシドはプリン核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、3’-オーバーハング内のヌクレオシドはアデニン核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、3’-オーバーハング内のヌクレオシドはピリミジンを含む。いくつかの実施形態では、3’-プリンオーバーハングを含むダイサー二重鎖は、3’ピリミジンオーバーハングを含むダイサー二重鎖と比較して、アンチセンス化合物としての活性が高い。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖のオリゴマー化合物は、1つ以上の3’デオキシヌクレオシドを含む。こうした実施形態のいくつかでは、3’デオキシヌクレオシドはdTヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の各鎖の5’端は、リン酸部分を含む。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖のアンチセンス鎖はリン酸部分を含み、ダイサー二重鎖のセンス鎖はリン酸部分を含まない。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖のセンス鎖はリン酸部分を含み、ダイサー二重鎖のアンチセンス鎖はリン酸部分を含まない。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖は3’端にリン酸部分を含まない。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖はダイサーに切断される。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖は、切断部位のヌクレオシド上に2’-OMe修飾を含む。いくつかの実施形態では、こうした切断部位ヌクレオシドはRNAである。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物とダイサーが相互作用する結果、最終的にアンチセンス活性を得る。いくつかの実施形態では、ダイサーが二本鎖オリゴマー化合物の片方または両方の鎖を切断し、その結果得られる生成物がRISC経路に進入し、その結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、ダイサーは二本鎖オリゴマー化合物のどちらの鎖も切断しないが、それにもかかわらずRISC経路への進入を促進し、その結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、ダイサーが一本鎖オリゴマー化合物を切断し、その結果得られる生成物がRISC経路に進入し、その結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、ダイサーは一本鎖オリゴマー化合物を切断しないが、それにもかかわらずRISC経路への進入を促進し、その結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、本発明は、ダイサーとオリゴマー化合物とを接触させることを含む、ダイサーの活性化方法を提供する。このような実施形態のいくつかでは、ダイサーは細胞の中にある。このような実施形態のいくつかでは、細胞は動物の中にある。ダイサーいくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物は酵素ダイサーと相互作用する。このような実施形態のいくつかでは、オリゴマー化合物はダイサーと結合し、かつ/またはダイサーに切断される。このような実施形態のいくつかでは、ダイサーと相互作用する結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、ダイサーはヒトダイサーである。いくつかの実施形態では、ダイサーと相互作用するオリゴマー化合物は二本鎖オリゴマー化合物である。いくつかの実施形態では、ダイサーと相互作用するオリゴマー化合物は一本鎖オリゴマー化合物である。二本鎖オリゴマー化合物がダイサーと相互作用する実施形態では、この二本鎖オリゴマー化合物はダイサー二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、本明細書に記述するオリゴマー化合物は、ダイサー二重鎖の一本鎖または二本鎖として適している場合がある。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の各鎖は、本発明のオリゴマー化合物である。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の一方の鎖は本発明のオリゴマー化合物であり、他方の鎖は任意の修飾または無修飾オリゴマー化合物である。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の一方または両方の鎖は、5’位で式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ダイサー二重鎖の一方の鎖はアンチセンスオリゴマー化合物であり、他方の鎖は、そのセンス相補体である。いくつかの実施形態では、本発明は、ダイサーと相互作用する一本鎖オリゴマー化合物を提供する。いくつかの実施形態では、こうした一本鎖ダイサー化合物は式II,IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、一本鎖ダイサー化合物は3’端にリン酸部分を含まない。いくつかの実施形態では、こうした一本鎖ダイサー化合物は3’-オーバーハングを含んでもよい。いくつかの実施形態では、こうした3’-オーバーハングは追加のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、こうした3’-オーバーハングは1~4個の追加のヌクレオシドを含み、この追加ヌクレオシドは標的核酸と相補的でなく、かつ/または、オリゴマー化合物の隣接3’ヌクレオシドとは異なる方法で修飾される。いくつかの実施形態では、一本鎖オリゴマー化合物は、2つの3’-端オーバーハングヌクレオシドを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、これらのオーバーハングヌクレオシドはアデニンまたは修飾アデニンヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、ダイサーと相互作用する一本鎖オリゴマー化合物は、式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物とダイサーが相互作用する結果、最終的にアンチセンス活性を得る。いくつかの実施形態では、ダイサーが二本鎖オリゴマー化合物の片方または両方の鎖を切断し、その結果得られる生成物がRISC経路に進入し、その結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、ダイサーは二本鎖オリゴマー化合物のどちらの鎖も切断しないが、それにもかかわらずRISC経路への進入を促進し、その結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、ダイサーが一本鎖オリゴマー化合物を切断し、その結果得られる生成物がRISC経路に進入し、その結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、ダイサーは一本鎖オリゴマー化合物を切断しないが、それにもかかわらずRISC経路への進入を促進し、その結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、本発明は、ダイサーとオリゴマー化合物とを接触させることを含む、ダイサーの活性化方法を提供する。このような実施形態のいくつかでは、ダイサーは細胞の中にある。このような実施形態のいくつかでは、細胞は動物の中にある。Agoいくつかの実施形態では、本発明のオリゴマー化合物はAgoと相互作用する。いくつかの実施形態では、このようなオリゴマー化合物は、RISC経路の他のメンバー例:ダイサーと相互作用することによりRISC経路に最初に進入する。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物は、Agoと相互作用することにより最初にRISC経路に進入する。いくつかの実施形態では、このような相互作用の結果、最終的にアンチセンス活性が得られる。いくつかの実施形態では、本発明は、Agoとオリゴマー化合物とを接触させることを含む、Agoの活性化方法を提供する。いくつかの実施形態では、Agoは細胞の中にある。このような実施形態のいくつかでは、細胞は動物の中にある。オリゴマー化合物の同一性いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の一部分はマイクロRNAの核酸塩基配列と100同一であるが、オリゴマー化合物全体では、マイクロRNAと完全に同一ではない。このような実施形態のいくつかでは、100同一の部分を有するオリゴマー化合物の長さは、マイクロRNAの長さより大きい。例えば、マイクロRNA模倣体が24個の結合ヌクレオシドからなり、位置1~23のヌクレオシドが長さ23核酸塩基のマイクロRNAの対応位置とそれぞれ同一である場合、23個のヌクレオシド部分はマイクロRNAの核酸塩基配列と100同一であり、マイクロRNAの核酸塩基配列との全同一性は約96である。いくつかの実施形態では、オリゴマー化合物の核酸塩基配列は、マイクロRNAの一部分の核酸塩基配列と完全に同一である。例えば、一本鎖マイクロRNA模倣体が22個の結合ヌクレオシドからなり、位置1~22のヌクレオシドが長さ23核酸塩基のマイクロRNAの対応位置とそれぞれ同一である場合、マイクロRNAの核酸塩基配列の22個の核酸塩基部分と完全に同一である。この一本鎖マイクロRNA模倣体は、マイクロRNA全体の核酸塩基配列に対しては約96の全同一性を有し、マイクロRNAの22核酸塩基部分に対しては100の同一性を有する。モノマー化合物とオリゴマー化合物の合成本明細書で提供するヌクレオシドは、例えば下記の実施例で例示するような適用可能な有機合成手法のいずれかにより調製できる。こうした手法の多くは当該技術分野でよく知られているが、公知となっている手法の多くは以下の文献に詳述されている。CompendiumofOrganicSyntheticMethods,JohnWileySons,NewYork:Vol.1,IanT.HarrisonandShuyenHarrison,1971;Vol.2,IanT.HarrisonandShuyenHarrison,1974;Vol.3,LouisS.HegedusandLeroyWade,1977;Vol.4,LeroyG.WadeJr.,1980;Vol.5,LeroyG.WadeJr.,1984;およびVol.6,MichaelB.Smith;ならびにMarch,J.,AdvancedOrganicChemistry,3rdEdition,JohnWileySons,NewYork,1985;ComprehensiveOrganicSynthesis.Selectivity,StrategyEfficiencyinModernOrganicChemistry,in9Volumes,BarryM.Trost,Editor-in-Chief,PergamonPress,NewYork,1993;AdvancedOrganicChemistry,PartB:ReactionsandSynthesis,4thEdition;CareyandSundberg,KluwerAcademic/PlenumPublishers,NewYork,2001;AdvancedOrganicChemistry,Reactions,Mechanisms,andStructure,2ndEdition,March,McGrawHill,1977;Greene,T.W.,andWutz,P.G.M.,ProtectingGroupsinOrganicSynthesis,4thEdition,JohnWileySons,NewYork,1991;およびLarock,R.C.,ComprehensiveOrganicTransformations,2ndEdition,JohnWileySons,NewYork,1999。本明細書に記述する化合物は1つ以上の不斉中心を含むので、絶対立体化学の観点から、R-もしくはS-、αもしくはβ、またはアミノ酸のようなD-もしくはL-により定義することができる、エナンチオマー、ジアステレオマー、および他の立体異性形態を生ずる。本明細書には、このようなあり得るすべての異性体、ならびにそのラセミ体および光学的に純粋な形態が含まれる。光学異性体は、上述の方法により、またはラセミ混合物を分割することにより、それらの各光学的に活性な前駆体から調製することができる。分割は、クロマトグラフィーにより、または反復結晶化により、または当業者に公知となっているこれらの手法の組み合わせにより、分割剤の存在下で行うことができる。分割に関するさらなる詳細は、Jacquesら,Enantiomers,Racemates,andResolutions,JohnWileySons,1981に記載されている。本明細書に記述する化合物がオレフィン二重結合、他の不飽和、または他の幾何学的非対称の中心を含む場合、かつ別段の指定がない限り、化合物はEおよびZ幾何異性体の両方またはシスおよびトランス異性体を含むことが意図される。同様に、すべての互変異性型を含めることも意図される。本明細書に現れる任意の炭素-炭素二重結合の配置は、便宜上選択されているだけであり、本文でその旨を記載していない限り、特定の配置に限定することは意図されない。いくつかの実施形態では、本明細書で開示するオリゴマー化合物の調製は、DNAに関する文献の手順ProtocolsforOligonucleotidesandAnalogs,Agrawal,Ed.,HumanaPress,1993および/またはRNAに関する文献の手順Scaringe,Methods,2001,23,206-217;Gaitら,ApplicationsofChemicallysynthesizedRNAinRNA:ProteinInteractions,Smith,Ed.,1998,1-36;Galloら,Tetrahedron,2001,57,5707-5713に従って行う。固相合成のさらなる方法は、Caruthersの米国特許第4,415,732号、第4,458,066号、第4,500,707号、第4,668,777号、第4,973,679号および第5,132,418号、ならびにKosterの米国特許第4,725,677号およびRe.34,069にも記載されている。オリゴマー化合物の合成オリゴマー化合物は、液相法ではなく固体支持体法を使用して、日常的に調製されている。固体支持体法を利用するオリゴマー化合物の調製で一般に使用される市販の機器は、アプライドバイオシステムズカリフォルニア州フォスターシティなど数社の販売業者から販売されている。当該技術分野で公知となっている上記合成の他の手段も、追加的または代替的に使用してよい。自動合成手法を含む好適な固相手法については、OligonucleotidesandAnalogues,aPracticalApproach,F.Eckstein,Ed.,OxfordUniversityPress,NewYork,1991に記述されている。RNAおよび関連類似体の合成は、RNA干渉およびマイクロRNAの取り組みが増加するにつれて、DNAおよび関連類似体の合成に比べて増加してきている。現在、商業的に使用されている主要なRNA合成方法としては、5’-O-DMT-2’-O-t-ブチルジメチルシリルTBDMS、5’-O-DMT-2’-O-[12-フルオロフェニル-4-メトキシピペリジン-4-イル]FPMP、2’-O-[トリイソプロピルシリルオキシ]メチル2’-O-CH2-O-SiiPr3TOM、および5’-O-シリルエーテル-2’-ACE5’-O-ビストリメチルシロキシシクロドデシルオキシシリルエーテルDOD-2’-O-ビス2-アセトキシエトキシメチルACEなどがある。RNA製品を現在提供している主要企業のいくつかの最新リストには、ヌクレイックアシッドテクノロジーズ、ダーマコンリサーチ社、アメリバイオテクノロジーズAmeriBiotechnologies社、およびインテグレーテッドDNAテクノロジーズ社が含まれる。一企業であるプリンストンセパレーションズは、特にTOMおよびTBDMS化学でカップリング時間を減らすと宣伝されるRNA合成アクチベーターを市販している。商業的なRNA合成に使用されている主要グループは、TBDMS:5’-O-DMT-2’-O-t-ブチルジメチルシリル;TOM:2’-O-[トリイソプロピルシリルオキシ]メチル;DOD/ACE:5’-O-ビストリメチルシロキシシクロドデシルオキシシリルエーテル-2’-O-ビス2-アセトキシエトキシメチル;および5’-O-DMT-2’-O-[12-フルオロフェニル-4-エトキシピペリジン-4-イル]である。いくつかの実施形態では、上記RNA合成方法の各々を本明細書で使用できる。いくつかの実施形態では、上記のRNA合成方法をハイブリッド方式で、例えば、ある方法からの5’-保護基と別の方法からの2’-O-保護基を一緒に使用して実施することができる。医薬組成物の組成および製剤方法オリゴマー化合物は、医薬組成物の調製または製剤の目的で、薬剤的に許容される活性または不活性の物質と混合できる。医薬組成物の組成および製剤方法は、投与経路、疾患の程度、投与量などこれらに限定されないのいくつかの基準によって異なる。オリゴマー化合物と薬剤的に許容可能な好適な希釈剤または担体とを組み合わせることにより、オリゴマー化合物アンチセンス化合物を含むを医薬組成物の形で利用することができる。薬剤的に許容可能な希釈剤には、リン酸緩衝食塩水PBSが含まれる。PBSは、非経口的に送達する組成物での使用に適した希釈剤である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記述する方法において、アンチセンス化合物および薬剤的に許容可能な希釈剤を含む医薬組成物が使用される。いくつかの実施形態では、薬剤的に許容可能な希釈剤はPBSである。オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、薬剤的に許容可能な任意の塩、エステル、またはそのエステルの塩を包含する。いくつかの実施形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を含む医薬組成物は、動物ヒトを含むに投与されたとき、生物活性を有する代謝物またはその残基を直接または間接的に与える能力を有する。したがって、本開示は、例えば、アンチセンス化合物の薬剤的に許容可能な塩、プロドラッグ、当該プロドラッグの薬剤的に許容可能な塩、および他の生物学的等価物にも向けられる。薬剤的に許容可能な好適な塩には、ナトリウム塩およびカリウム塩が含まれるが、これらに限定されない。体内で内因性ヌクレアーゼに切断されて活性オリゴマー化合物を形成する追加のヌクレオシドについては、オリゴマー化合物のいずれか一方の端または両端に取り込まれたものをプロドラッグに含むことができる。核酸治療において、様々な方法で脂質ベースのベクターが使用されてきた。ある方法では、事前に形成されたリポソーム、または陽イオン性脂質と中性脂質の混合物で出来たリソプレックスに対し、核酸を導入する。別の方法では、中性脂質の非存在下で、モノカチオン性またはポリカチオン性の脂質を有するDNA複合体を形成する。いくつかの方法では、ポリアミン化合物または脂質部分と核酸の複合体の形成を含めて調製する。このような調製は、PCT出版物WO/2008/042973;およびAkincら,NatureBiotechnology26,561-5692008年5月1日に記述されている。これらの文献は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。いくつかの方法/用途いくつかの実施形態では、本発明は、標的核酸の量または活性を減少させるための化合物と方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明はアンチセンス化合物と方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、RNaseHの活性化に基づくアンチセンス化合物と方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明はRNAi化合物と方法を提供する。いくつかの例では、少なくとも部分的にRISCを通じて機能するアンチセンス化合物を使用することが好ましい。こうした例のいくつかでは、一本鎖か二本鎖かを問わず、無修飾のRNAは好適ではない。一本鎖RNAは比較的不安定であり、二本鎖RNAは容易に細胞に進入できない。従来の課題は、RNAiを通じてRNAのアンチセンス活性に干渉することなく改良することすらなく、安定性向上などの所望の特性を提供できる修飾およびモチーフを特定することであった。いくつかの実施形態では、本発明は、結果的に特性を改良させるモチーフヌクレオシドモチーフおよび/または結合モチーフを有するオリゴヌクレオチドを提供する。これらのモチーフのいくつかでは、アンチセンス活性を維持しながら、安定性および/または細胞取込み特性の向上した一本鎖オリゴヌクレオチドが得られる。例えば、交互ヌクレオシドモチーフを有し、かつ3’-末端に7個のホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチドの場合、安定性と活性が向上する。各結合位置にホスホロチオエート結合を含む類似の化合物は、さらに安定性が向上するが、RNAi化合物としての活性はない。その理由はおそらく、追加のホスホロチオエート結合が、オリゴヌクレオチドとRISC経路構成要素Agoなどとの相互作用に干渉するためである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、望ましい特性を有する一本鎖RNAi化合物をもたらす。いくつかの実施形態では、こうしたオリゴヌクレオチドと第2の鎖で対を形成して、二本鎖RNAi化合物を形成することができる。このような実施形態では、二本鎖RNAi化合物の第2の鎖は、本発明の任意のモチーフを含んでもよく、別の修飾モチーフを含んでもよく、無修飾としてもよい。いくつかの状況において、5’-リン酸基を含む一本鎖はRNAi活性を有するが、この5’-リン酸基がない場合、RNAi活性が大幅に減少することが示されている。本発明者らは、いくつかの状況において、無修飾の5’-リン酸基が化学的または酵素的に不安定になる場合があることを認識した。よって、いくつかの状況において、オリゴヌクレオチドを修飾して5’-リン酸を安定化させることを望ましい。いくつかの実施形態では、リン酸基を修飾することによってこれが達成される。いくつかの実施形態では、5’-末端ヌクレオチドの糖を修飾することによってこれが達成される。いくつかの実施形態では、リン酸基と糖を修飾することによってこれが達成される。いくつかの実施形態では、5’-位、2’-位、または5’位と2’-位の両方で糖を修飾する。上記モチーフの場合と同様に、RNAi活性が所望される実施形態では、RISC経路の構成要素Agoなどと相互作用するオリゴヌクレオチドの能力に対し、リン酸安定化修飾が干渉してはならない。いくつかの実施形態では、本発明は、リン酸安定化修飾および本明細書に記載のモチーフを含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、こうしたオリゴヌクレオチドは、望ましい特性を有する一本鎖RNAi化合物として有用である。いくつかの実施形態では、こうしたオリゴヌクレオチドと第2の鎖で対を形成して、二本鎖RNAi化合物を形成することができる。このような実施形態では、第2の鎖は、本発明の任意のモチーフを含んでもよく、別の修飾モチーフを含んでもよく、無修飾RNAとしてもよい。モチーフおよび/または本発明の5’-リン酸安定化を含む上記アンチセンス化合物は、天然由来の任意の核酸を標的とすることができる。いくつかの実施形態では、標的はプレ-mRNA、mRNA、非コードRNA、低分子非コードRNA、pd-RNA、およびマイクロRNAから選ばれる。標的核酸がプレ-RNAまたはmRNAである実施形態では、標的は、天然由来マイクロRNAの標的と同一であってよいすなわち、オリゴヌクレオチドがマイクロRNA模倣体であってよい。このような実施形態では、1つより多くの標的mRNAが存在してよい。いくつかの実施形態では、本発明は、細胞中のアンチセンス活性のための化合物と方法を提供する。いくつかの実施形態では、この細胞は動物の中にある。いくつかの実施形態では、この動物はヒトである。いくつかの実施形態では、本発明は、1つ以上の標的核酸の量、活性、または機能を調節する目的で、本発明の化合物を動物に投与する方法を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは本発明のモチーフを1つ以上含むが、リン酸安定化修飾は含まない。いくつかの実施形態では、このようなオリゴヌクレオチドはインビトロでの利用で有用である。いくつかの実施形態では、このようなオリゴヌクレオチドは、RISC活性を必要としないインビボでの利用で有用である。例えば、いくつかの実施形態では、このようなオリゴヌクレオチドはプレ-mRNAのスプライシングを変化させる。非限定的開示、および参照による組み込み本明細書に記載するいくつかの化合物、組成物、および方法は、いくつかの実施形態に従って具体性をもって記述されているが、以下の実施例は、本明細書に記載する化合物を例示するだけの働きをするものであり、当該化合物を限定することは意図していない。本願に列挙する参考文献、GenBank受入番号などの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。本願に添付する配列表は、各配列を必要に応じてRNAまたはDNAと明示しているが、実際には、化学修飾の任意の組み合わせでこれらの配列が修飾される場合がある。当業者であれば、修飾オリゴヌクレオチドを表すこうしたRNAまたはDNAという表示が、場合によっては恣意的であることを容易に理解するであろう。例えば、2’-OH糖部分とチミン塩基を有するヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドのことを、修飾糖DNAの天然2’-Hに対する2’-OHを有するDNA、または修飾塩基RNAの天然ウラシルに対するチミンメチル化ウラシルを有するRNAと記述することがある。実施例全般300MHzおよび75MHz用Bruker分光計で、1Hおよび13CNMRスペクトルをそれぞれ記録した。実施例1ヌクレオシドホスホルアミダイトの合成ヌクレオシドホスホルアミダイトの調製は、本明細書で説明する手順、および当該技術分野で説明されている手順、例えば米国特許第6,426,220号および公開PCTWO02/26743号などこれらに限定されないに従って行う。実施例2オリゴマー化合物の合成本発明で使用するオリゴマー化合物は、周知の固相合成手法により簡便かつ日常的に調製することができる。こうした合成用の機器は、アプライドバイオシステムズカリフォルニア州フォスターシティなど数社の販売業者から販売されている。当該技術分野で公知となっている上記合成の他の手段も、追加的または代替的に使用してよい。類似の手法を使用して、アルキル誘導体などのオリゴヌクレオチドや、ホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチドを調製することがよく知られている。オリゴマー化合物:非置換および置換ホスホジエステルP=Oオリゴマー化合物オリゴヌクレオチドを含むが、これに限定されないは、ヨウ素による酸化を伴う標準のホスホルアミダイト化学を使用して、自動化DNA合成機アプライドバイオシステムズモデル394で合成することができる。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結P=Sは、ホスホジエステルヌクレオシド間連結と同様に合成する。ただし、以下の点を例外とする。ホスファイト結合の酸化のため、3,H-1,2-ベンゾジチオール-3-オン1,1-ジオキシドの10w/vアセトニトリル溶液を利用することによってチオ化thiationを行う。チオ化反応工程の時間を180秒に増加し、通常のキャッピング工程を先行させる。CPGカラムからの切断および濃水酸化アンモニウム中での55°Cでの脱ブロック12~16時間の後、3倍量を超えるエタノールで1MNH4OAc溶液から沈殿させることにより、オリゴマー化合物を回収する。ホスフィネートヌクレオシド間結合は、米国特許第5,508,270号に記載の通りに調製できる。アルキルホスホネートヌクレオシド間結合は、米国特許第4,469,863号に記載の通りに調製できる。3’-デオキシ-3’-メチレンホスホネートヌクレオシド間結合は、米国特許第5,610,289号または第5,625,050号に記載の通りに調製できる。ホスホロアミダイトヌクレオシド間結合は、米国特許第5,256,775号または5,366,878号に記載の通りに調製できる。アルキルホスホノチオエートヌクレオシド間結合は、公開PCT出願PCT/US94/00902およびPCT/US93/06976それぞれWO94/17093、WO94/02499として公開に記載の通りに調整できる。3’-デオキシ-3’-アミノホスホロアミダイトヌクレオシド間結合は、米国特許第5,476,925号に記載の通りに調製できる。ホスホトリエステルヌクレオシド間結合は、米国特許第5,023,243号に記載の通りに調製できる。ボラノホスフェートヌクレオシド間結合は、米国特許第5,130,302号および第5,177,198号に記載の通りに調製できる。リンを含有しない1つ以上のヌクレオシド間結合を有するオリゴマー化合物具体的には、MMI結合ヌクレオシドとも識別されるメチレンメチルイミノ結合オリゴヌクレオシド、MDH結合オリゴヌクレオシドとしても識別されるメチレンジメチルヒドラゾ結合オリゴヌクレオシド、アミド-3結合オリゴヌクレオシドとしても識別されるメチレンカルボニルアミノ結合オリゴヌクレオシド、およびアミド-4結合オリゴヌクレオシドとしても識別されるメチレンアミノカルボニル結合オリゴヌクレオシドが含まれるが、これらに限定されないならびに、交互MMIおよびP=OまたはP=S連結を有する混合主鎖オリゴマー化合物は、米国特許第5,378,825号、第5,386,023号、第5,489,677号、第5,602,240号、および第5,610,289号に記載の通りに調製できる。ホルムアセタールおよびチオホルムアセタールヌクレオシド間結合は、米国特許第5,264,562号およびは第5,264,564号に記載の通りに調製できる。エチレンオキシドヌクレオシド間結合は、米国特許第5,223,618号に記載の通りに調製できる。実施例3オリゴマー化合物の単離および精製制御多孔質ガラス固体支持体または他の支持媒体からの切断および濃水酸化アンモニウム中での55°Cで12~16時間にわたる脱ブロックの後、3倍量を超えるエタノールで1MNH4OAcから沈殿させることにより、オリゴマー化合物オリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオシドが含まれるが、これらに限定されないを回収する。合成したオリゴマー化合物を、エレクトロスプレー質量分析法分子量決定およびキャピラリーゲル電気泳動法により分析する。合成で得られるホスホロチオエート結合およびホスホジエステル結合の相対量は、-16amu生成物/-32/-48に対する補正分子量の比により求める。いくつかの試験において、Chiangら,J.Biol.Chem.1991,266,18162-18171に記載されているように、HPCLによりオリゴマー化合物が精製されている。HPLCで精製した材料を用いて得られる結果は、HPLCを使用せずに精製した材料を用いて得られる結果と概して同様である。実施例496-ウェルプレートフォーマットを使用したオリゴマー化合物の合成オリゴマー化合物オリゴヌクレオチドを含むが、これに限定されないは、96-ウェルフォーマットで96配列を同時に会合可能な自動化合成機で固相PIIIホスホロアミダイト化学により合成することができる。ホスホジエステルヌクレオシド間結合は、水性ヨウ素による酸化により得られる。ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、無水アセトニトリル中で3,H-1,2-ベンゾジチオール-3-オン1,1ジオキシドビューケージBeaucage試薬を用いた硫化により生成される。標準の塩基保護ベータ-シアノエチル-ジイソ-プロピルホスホロアミダイトは、商業販売業者例えば、PE-アプライドバイオシステムズ、カリフォルニア州フォスターシティ、ファルマシア、ニュージャージー州ピスカタウェイなどから購入できる。非標準のヌクレオシドは、標準の方法または特許保護された方法により合成して、塩基保護beta-シアノエチルジイソプロピルホスホロアミダイトとして官能性を持たせることができる。オリゴマー化合物は、支持媒体から切り離し、高温55~60°Cで濃NH4OHを用いて12~16時間脱保護してから、放出される生成物を真空中で乾燥することができる。次に、乾燥した生成物を滅菌水に再懸濁してマスタープレートとし、それからのすべての分析および試験プレート試料を、ロボットピペッターを用いて希釈する。実施例596-ウェルプレートフォーマットを使用したオリゴマー化合物の分析各ウェル中のオリゴマー化合物の濃度は、試料の希釈およびUV吸収分光法により評価することができる。個々の生成物の全長完全性については、96-ウェルフォーマットBeckmanP/ACE商標MDQでキャピラリー電気泳動CEにより評価するか、または、個別に調製した試料に対しては市販のCE装置例えばBeckmanP/ACE商標5000、ABI270で評価できる。塩基および主鎖の組成は、エレクトロスプレー質量分析を用いたオリゴマー化合物の質量分析により確認する。すべてのアッセイ試験プレートは、単一およびマルチチャネルのロボットピペッターを使用してマスタープレートから希釈する。プレート上のオリゴマー化合物の少なくとも85が少なくとも85全長である場合、プレートは許容可能と判断される。実施例6オリゴマー化合物を用いた細胞のインビトロ処置標的核酸の発現に対するオリゴマー化合物の影響については、その標的核酸が測定可能な量で存在していれば、多様な細胞型のいずれでも試験される。例えば、PCRやノーザンブロット分析を用いて日常的に測定できる。アメリカンタイプカルチャーコレクションATCC、バージニア州マナッサスより、複数の組織および種に由来する細胞株を入手することができる。以下の細胞型は例示目的で示すものであり、選択した細胞型において標的が発現するならば、他の細胞型も日常的に使用することができる。これは、当該技術分野で日常的に用いられている方法、例えば、ノーザンブロット分析、リボヌクレアーゼ保護アッセイ、RT-PCRなどにより容易に測定できる。b.END細胞:マウス脳内皮細胞株b.ENDは、マックスプランク研究所バートナウハイム、ドイツのWernerRisau博士から入手した。b.END細胞は、10ウシ胎児血清インビトロジェンライフテクノロジーズ、カリフォルニア州カールズバッドを添加した高グルコースDMEMインビトロジェンライフテクノロジーズ、カリフォルニア州カールズバッド中で日常的に培養されている。細胞は、約90コンフルエントとなった時点でのトリプシン処理および希釈により、日常的に継代されている。オリゴマー化合物のトランスフェクション実験等の用途で、細胞を約3000細胞/ウェルの密度で96-ウェルFalcon-Primaria353872、BDバイオサイエンス、マサチューセッツ州ベッドフォードに播種する。オリゴマー化合物を用いた細胞の処置を伴う実験:細胞が適切なコンフルエント状態に達したとき、記載されているトランスフェクション法を用いてオリゴマー化合物で処置する。LIPOFECTIN商標細胞が65~75コンフルエントとなったとき、1つ以上のオリゴマー化合物で細胞を処置する。オリゴマー化合物の所望の濃度および100nMオリゴマー化合物につき2.5または3μg/mLのLIPOFECTIN商標濃度が得られるように、オリゴマー化合物をOpti-MEM商標-1血清低減培地インビトロジェンライフテクノロジーズ、カリフォルニア州カールズバッド中でLIPOFECTIN商標インビトロジェンライフテクノロジーズ、カリフォルニア州カールズバッドと混合する。このトランスフェクション混合物を室温で約0.5時間インキュベートする。96-ウェルプレートで増殖した細胞では、ウェルを100μLのOPTI-MEMT商標-1で1回洗浄してから、130μLのトランスフェクション混合物で処置する。24-ウェルプレートまたは他の標準組織培養プレートにおいて増殖した細胞も、適正量の培地およびオリゴマー化合物を使用して、同様に処置する。細胞を処置して、データを同一2検体または同一3検体で入手する。37°Cで約4~7時間処置した後、トランスフェクション混合物を含む培地を新しい培地と交換する。オリゴマー化合物を用いた処置の16~24時間後に細胞を回収する。当該技術分野で知られている他の好適なトランスフェクション試薬には、CYTOFECTIN商標、LIPOFECTAMINE商標、OLIGOFECTAMINE商標、およびFUGENE商標が含まれるが、これらに限定されない。当該技術分野で公知となっている他の好適なトランスフェクション法にはエレクトロポレーションが含まれるが、これに限定されない。実施例7標的mRNAレベルのリアルタイム定量的PCR分析標的mRNAレベルの定量は、ABIPRISM商標7600、7700、または7900配列検出システムPE-アプライドバイオシステムズ、カリフォルニア州フォスターシティを使用し製造業者の説明書に従って、リアルタイム定量PCRにより実施する。このシステムは、ポリメラーゼ連鎖反応PCR生成物をリアルタイムかつ高速な処理能力で定量化できる、ゲルを使用しない閉管蛍光検出システムである。PCRが完了した後で増幅産物を定量する標準PCRとは対照的に、リアルタイム定量PCRでは、増幅産物の蓄積が進行するのと同時に定量する。この定量は、順方向、逆方向の両PCRプライマーの間で特異的にアニールして2つの蛍光色素を含有するオリゴヌクレオチドプローブを、PCR反応に含めることによって実現される。レポーター色素例:PE-アプライドバイオシステムズカリフォルニア州フォスターシティ、オペロンテクノロジーズカリフォルニア州アラメダ、インテグレーテッドDNAテクノロジーズアイオワ州コラルビルから入手されるFAMまたはJOEをプローブの5’端に付け、クエンチャー色素例:PE-アプライドバイオシステムズカリフォルニア州フォスターシティ、オペロンテクノロジーズカリフォルニア州アラメダ、またはインテグレーテッドDNAテクノロジーズアイオワ州コラルビルから入手されるTAMRAをプローブの3’端に付ける。プローブと色素がインタクトであるとき、レポーター色素発光は、3’クエンチャー色素の近接により消光する。増幅中、標的配列に対するプローブのアニーリングにより、Taqポリメラーゼの5’-エキソヌクレアーゼ活性により切断可能な基質が生ずる。PCR増幅サイクルの伸長段階中、Taqポリメラーゼによるプローブの切断により、プローブの残り部分からしたがってクエンチャー部分からレポーター色素が放出され、配列特異的な蛍光シグナルが発生する。各サイクルに伴って、追加のレポーター色素分子がそれぞれのプローブから切断され、ABIPRISM商標配列検出システムに内蔵のレーザー光学装置により定間隔で蛍光強度をモニタリングする。各アッセイにおいて、未処置対照試料からのmRNAの連続希釈液を含有する一連の並行反応物より検量線を作成し、これを使用して、試験試料のアンチセンスオリゴヌクレオチド処置後の阻害パーセントを定量する。定量的PCR分析に先立って、測定される標的遺伝子に特異的なプライマー-プローブセットについて、GAPDH増幅反応で多重化される能力を評価する。多重化の際、標的遺伝子と内部標準遺伝子GAPDHの両方を単一の試料において同時に増幅する。この分析では、未処置細胞より単離するmRNAを連続的に希釈する。GAPDHのみ、標的遺伝子のみ単一化、または両方多重化に特異的なプライマー-プローブセットの存在下で、各希釈液を増幅する。PCR増幅に続き、単一化試料と多重化試料の両方より、GAPDHと標的mRNAシグナルの検量線を希釈度の関数として作成する。多重化試料から生成されるGAPDHおよび標的シグナルの傾きと相関係数の両方が、単一化試料から生成される対応値の10以内に入る場合、当該標的に特異的なプライマー-プローブセットは多重化可能とみなされる。PCRの他の方法も当該技術分野で公知となっている。RTおよびPCRの試薬は、インビトロジェンライフテクノロジーズカリフォルニア州カールズバッドから入手される。RTリアルタイムPCRは、30μLの全RNA溶液20~200ngを含む96-ウェルプレートに、20μLのPCRカクテル2.5×PCR緩衝液マイナスMgCl2、6.6mMMgCl2、それぞれ375μMのdATP、dCTP、dCTP、およびdGTP、それぞれ375nMの順方向プライマーと逆方向プライマー、125nMのプローブ、4単位のRNAse阻害剤、1.25単位のPLATINUM登録商標Taq、5単位のMuLV逆トランスクリプターゼ、ならびに2.5×ROX色素を加えることにより行う。RT反応は、48°Cで30分間インキュベートすることにより行う。PLATINUM登録商標Taqを活性化する95°Cで10分のインキュベーションに続き、40サイクルの2段階PCRプロトコールを行う:95°Cで15秒変性の後、60°Cで1.5分アニーリング/伸長。RTリアルタイムPCRによって得られる遺伝子標的量は、GAPDH発現が一定である遺伝子の発現量を使用するか、またはRIBOGREEN商標モレキュラープローブス社、オレゴン州ユージーンを用いて全RNAを定量することにより正規化する。GAPDH発現は、標的と同時に実行して多重化するか、または別々に実行することにより、リアルタイムRT-PCRで定量する。総RNAは、RiboGreen商標RNA定量化試薬モレキュラープローブス社、オレゴン州ユージーンを用いて定量する。RIBOGREEN商標によるRNA定量化の方法は、Jones,L.J.らAnalyticalBiochemistry,1998,265,368-374に教示されている。このアッセイでは、170μLのRIBOGREENTM作業試薬10mMトリス-HCl,1mMEDTA、pH7.5で1:350に希釈したRIBOGREEN商標試薬を、30μLの精製細胞RNAを含む96-ウェルプレートにピペット注入する。このプレートを、485nm励起、530nm発光でCytoFluor4000PEアプライドバイオシステムズに読み取る。実施例8標的発現のオリゴヌクレオチド阻害の分析当該技術分野で公知となっている様々な方法で、標的発現のアンチセンス調節をアッセイすることができる。例えば標的mRNAレベルは、ノーザンブロット分析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応PCR、リアルタイムPCRなどによって定量できる。現時点で望ましい方法は、リアルタイム定量PCRである。全細胞RNAまたはポリAmRNAに対してRNA分析を実施できる。本開示のRNA分析の1つの方法は、本明細書の他の実施例に記載されている全細胞RNAを使用することである。RNA単離の方法は、当該技術分野でよく知られている。ノーザンブロット分析も、当該技術分野で日常的に行われている。リアルタイム定量PCRは、PEアプライドバイオシステムズカリフォルニア州フォスターシティが市販するABIPRISM商標7600、7700、または7900配列検出システムを製造業者の説明書に従って使用することにより、簡便に実施できる。標的タンパク質レベルは、免疫沈降、ウェスタンブロット分析免疫ブロッティング、酵素結合免疫吸着検定法ELISA、蛍光活性化細胞ソーティングFACSなど、当該技術分野でよく知られている様々な方法で定量することができる。標的に向けられる抗体は、抗体のMSRSカタログエリーコーポレーションAerieCorporation、ミシガン州バーミンガムなどの様々な供給源から同定して入手するか、または当該技術分野でよく知られた従来のモノクローナルまたはポリクローナル抗体生成法により調製することができる。ポリクローナル抗血清の調製法については、例えばF.M.ら,CurrentProtocolsinMolecularBiology,Volume2,pp.11.12.1-11.12.9,JohnWileySons,Inc.,1997に教示されている。モノクローナル抗体の調製については、例えばAusubel,F.M.ら,CurrentProtocolsinMolecularBiology,Volume2,pp.11.4.1-11.11.5,JohnWileySons,Inc.,1997に教示されている。免疫沈降法は当該技術分野における標準の方法であり、例えばAusubel,F.M.ら,CurrentProtocolsinMolecularBiology,Volume2,pp.10.16.1-10.16.11,JohnWileySons,Inc.,1998に記述されている。ウェスタンブロット免疫ブロット分析は当該技術分野における標準の方法であり、例えばAusubel,F.M.ら,CurrentProtocolsinMolecularBiology,Volume2,pp.10.8.1-10.8.21,JohnWileySons,Inc.,1997に記述されている。酵素結合免疫吸着アッセイELISAは当該技術分野における標準の方法であり、例えばAusubel,F.M.ら,CurrentProtocolsinMolecularBiology,Volume2,pp.11.2.1-11.2.22,JohnWileySons,Inc.,1991に記載されている。実施例9表現型アッセイの設計および標的阻害剤の使用のためのインビボ試験表現型アッセイ本明細書に開示する方法によって標的阻害剤を同定した後、特定の疾患状態または状況の治療における効力の予測となる測定可能なエンドポイントをそれぞれ有する1つ以上の表現型アッセイにおいて、オリゴマー化合物をさらに調査する。表現型アッセイ、その使用のためのキットおよび試薬は当業者によく知られており、本明細書ではこれを使用して、健康および疾患における標的の役割および/または関連性を調査する。数社の商業販売業者のいずれからも購入できる代表的な表現型アッセイの例には、細胞生存度、細胞傷害性、増殖、または細胞生存を測定するためのアッセイモレキュラープローブス社、オレゴン州ユージーン;パーキンエルマー、マサチューセッツ州ボストン、酵素アッセイを含むタンパク質ベースのアッセイパンベラ社、ウィスコンシン州マジソン;BDバイオサイエンス、ニュージャージー州フランクリンレイクス;オンコジーンリサーチプロダクツ、カリフォルニア州サンディエゴ、細胞調節、シグナル伝達、炎症、酸化プロセス、およびアポトーシスアッセイデザインズ社、ミシガン州アナーバー、トリグリセリド蓄積シグマアルドリッチ、ミズーリ州セントルイス、血管新生アッセイ、管形成アッセイ、サイトカインおよびホルモンアッセイ、代謝アッセイケミコンインターナショナル社、カリフォルニア州テメキュラ;アマシャムバイオサイエンス、ニュージャージー州ピスカタウェイなどがある。ある非限定的な実施例では、特定の表現型アッセイに適正であると判定された細胞すなわち、乳癌試験用に選択されるMCF-7細胞;肥満試験用の脂肪細胞を、インビトロ試験から同定された標的阻害剤、および対照化合物を用いて、上記の方法で測定される最適濃度で処置する。処置期間の最後に、処置済みおよび非処置の細胞を本アッセイ用の1つ以上の特定の方法で分析して、表現型結果および表現型エンドポイントを判定する。表現型エンドポイントには、経時的または処置用量での細胞形態の変化のほか、タンパク質、脂質、核酸、ホルモン、糖質、金属などの細胞成分の量の変化が含まれる。細胞状態の測定値pH、細胞周期の段階、細胞による生物学的指標の取込みまたは排出なども、関心のエンドポイントである。処置後の細胞の1つ以上の遺伝子の発現を測定した値も、標的阻害剤の効力または能力の指標として使用される。処置済み細胞と非処置細胞の両方で、特定の疾患状態、状況、または表現型との関連が疑われる遺伝子を測定する。インビボ試験本明細書に記載するインビボ試験の個々の被検体は、ヒトを含む温血脊椎動物である。実施例10RNAの単離ポリAmRNA単離ポリAmRNAは、MiuraらClin.Chem.,1996,42,1758-1764に従って単離する。ポリAmRNAの他の単離方法は、当該技術分野において日常的に使われている。手短に言えば、96-ウェルプレートで増殖させた細胞に対して、細胞から増殖培地を除去し、各ウェルを200μLの冷PBSで洗浄する。各ウェルに60μLの溶解緩衝液10mMトリス-HClpH7.6、1mMEDTA、0.5MNaCl、0.5NP-40、20mMバナジルリボヌクレオシド複合体を加え、プレートを穏やかに振り混ぜてから、室温で5分間インキュベートする。55μLの溶解液をオリゴdTコート化96-ウェルプレートAGCT社、カリフォルニア州アーヴィンへ移す。プレートを室温で60分間インキュベートし、200μLの洗浄緩衝液10mMトリス-HClpH7.6、1mMEDTA、0.3MNaClで3回洗浄する。最終洗浄の後で、プレートをペーパータオルで拭いて余分な洗浄緩衝液を除去してから、5分間風乾する。70°Cに予熱した60μLの溶出緩衝液5mMトリス-HClpH7.6を各ウェルに加え、プレートを90°Cのホットプレート上で5分間インキュベートしてから、溶出液を新しい96-ウェルプレートに移す。適正量のあらゆる溶液を使用して、100mmまたは他の標準プレートで増殖させた細胞を同様に処置してよい。全RNAの単離全RNAの単離は、キアジェン社カリフォルニア州バレンシアから購入するRNEASY96商標キットおよび緩衝液を使用し、製造業者の推奨手順に従って行う。手短に言えば、96-ウェルプレートで増殖させた細胞に対して、細胞から増殖培地を除去し、各ウェルを200μLの冷PBSで洗浄する。各ウェルに150μLの緩衝液RLTを加えて、プレートを20秒間激しく振り混ぜる。次に、各ウェルに150μLの70エタノールを加えて、上下3回のピペッティングにより中身を混合する。次に、この試料を、排液回収トレーを備えて真空源が付いたQIAVACTMマニフォールドと接続するRNEASY96商標ウェルプレートへ移す。1分間、真空圧をかける。RNEASY96商標プレートの各ウェルに500μLの緩衝液RW1を加えて、15分間インキュベートし、再び真空圧を1分間かける。RNEASY96商標プレートの各ウェルに追加の500μLの緩衝液RW1を加えて、真空圧を2分間かける。次に、RNEASY96商標プレートの各ウェルに1mLの緩衝液RPEを加えて、90秒間真空圧をかける。次に、緩衝液RPEでの洗浄を繰り返して、真空圧をさらに3分間かける。次に、QIAVAC商標マニフォールドからプレートを外し、ペーパータオルで拭いて乾燥させる。次に、このプレートを、1.2mL回収管を格納する収集チューブラックを備えたQIAVAC商標マニフォールドに再び取り付ける。次に、RNAseの無い140μLの水を各ウェルにピペット注入し、1分間インキュベートしてから真空圧を3分間かけることにより、RNAを溶出させる。QIAGENBio-Robot9604キアジェン社、カリフォルニア州バレンシアを使用すると、このピペッティングと溶出の反復工程を自動化できる。基本的には、培養プレート上で細胞を溶解した後、プレートをロボットデッキへ移し、ここでピペッティング、DNase処置、および溶出の工程を行う。実施例11標的に特異的なプライマーおよびプローブ公開されている配列情報を使用して、標的配列とハイブリダイズするようにプローブとプライマーを設計することができる。例えば、ヒトのPTENに関して、公開されている配列情報GENBANK商標受入番号U92436.1、配列番号1を使用して以下のプライマー-プローブセットを設計した。順方向プライマー:AATGGCTAAGTGAAGATGACAATCAT配列番号2逆方向プライマー:TGCACATATCATTACACCAGTTCGT配列番号3PCRプローブ:FAM-TTGCAGCAATTCACTGTAAAGCTGGAAAGG-TAMRA配列番号4ここで、FAMは蛍光色素であり、TAMRAはクエンチャー色素である。実施例12標的タンパク質レベルのウェスタンブロット分析ウェスタンブロット分析免疫ブロット解析は標準の方法を使って実施する。オリゴヌクレオチド処置の16~20時間後に細胞を採取し、PBSで1回洗浄し、レムリ緩衝液100μl/ウェルに懸濁させ、5分間煮沸して、16SDS-PAGEゲルに装填する。ゲルを150Vで1.5時間泳動して、ウェスタンブロッティング用の膜に移す。標的に対する適切な一次抗体を、一次抗体種に対する放射標識または蛍光標識された二次抗体とともに使用する。PHOSPHORIMAGER商標モレキュラーダイナミクス、カリフォルニア州サニーベールを使用して、バンドを可視化する。実施例13化合物5の調製化合物1は、米国特許第5,969,116号に公開されている手順に従って調製する。実施例14化合物9の調製a化合物7の調製市販の1,2;5,6-ジ-O-イソプロピリデン-α-D-アロフラノース、化合物6135g、519.0mmol、および2-ブロモメチル-ナフタレン126g、570.0mmolを、三つ口フラスコ500mLでDMF500mL中に溶解させ、反応液を氷浴で冷却した。水酸化ナトリウム60w/w、29g、727.0mmolを反応液に注意深く10分ごとに6gずつ添加し、添加完了後、さらに60分間攪拌を継続した。この時点でTLC分析では、糖は確認されなかった化合物6。反応液を注意深く砕氷約500gに注ぎ、氷が溶けるまで、得られたスラリーを激しく攪拌した。得られた淡白色固体をろ過して回収し、水中に懸濁させた。懸濁液をメカニカルスターラーで30分間激しく撹拌してから、得られた固体をろ過して回収し、ヘキサン中に懸濁させた。懸濁液をメカニカルスターラーで30分間激しく攪拌し、ろ過して固体を回収し、4~6時間風乾し、さらに、P2O5上で高減圧下にて16時間乾燥して、化合物7206.0g、99を淡白色固体として得た。1HNMR300MHz,CDCl3δ:7.85m,4H,7.48m,3H,5.74s,1H,4.92d,1H,J=11.7,4.75d,1H,J=11.6,4.58m,1H,4.36m,1H,4.15m,1H,4.03-3.86m,3H,1.61s,3H,1.36s,9Hb化合物8の調製化合物7200.0g、0.5モルを、酢酸2.2Lと水740mLの溶液に少量ずつ添加した。反応液を室温で16時間攪拌した後、TLC分析30EtOAc/ヘキサンにより化合物7が完全に消費されたことを確認した。次に、反応液を減圧下で濃縮し、大部分の酢酸を除去した。残った溶液を、EtOAc1Lと水1Lの攪拌溶液に注入した。次に、固体KOHを上記混合物に加えて、水層を強塩基性pH>12にした。次に、有機層を分離し、飽和重炭酸ナトリウム溶液とブラインで洗浄し、乾燥させNa2SO4、ろ過および減圧濃縮して、化合物8を黄色発泡体として得て、これをさらに精製することなく使用した。c化合物9の調製NaIO4107.0gの水3L溶液を、40分かけて化合物8のジオキサン1.5L撹拌メカニカルスターラー溶液に加えた。60分後、反応混合物をEtOAc1.5Lに注ぎ、有機層を分離し、水1Lおよびブライン1Lで洗浄し、次いで乾燥させNa2SO4、濃縮して、黄色油状の化合物9を得て、これをさらに精製することなく使用した。実施例15化合物14の調製化合物9は、実施例14に例示する手順に従って調製する。実施例16化合物17の調製a化合物15の調製米国特許第5,969,116号に公開されている手順に従って、化合物1を調製した。ヌクレオシド化合物125g、40.5mmolのピリジン100mL溶液に、塩化ベンゾイル5.6mL、48.5mmolを加えた。室温で3時間撹拌した後、さらに塩化ベンゾイル2.5mLを反応物に加えた。60分経過後、反応物を水でクエンチし、次いで酢酸エチルと水に分配した。さらに有機層を水とブラインで洗浄し、乾燥させ硫酸ナトリウム、濃縮して、ベンゾイル保護された粗ヌクレオシドを得て、さらに保護することなくこれを使用した。上記で得た粗ヌクレオシドおよびトリエチルシラン12mLのジクロロメタン溶液に、トリフルオロ酢酸5mLを加えた。2時間後、反応物にさらにトリフルオロ酢酸5mLとトリエチルシラン5mLを加え、次いで撹拌を4時間継続した。この間、反応物の色が当初の明るいオレンジ色から淡黄色に変化した。溶媒をローターエバポレーター上で除去し、残渣を酢酸エチルに溶解し、有機層を水、重炭酸ナトリウム、ブラインで注意深く洗浄し、乾燥させ硫酸ナトリウム、濃縮した。得られた白色固体をヘキサン中に懸濁し、ろ過により回収し、さらに追加のヘキサンで洗浄して、ヌクレオシド化合物1514.9g、2工程で87を得た。b化合物16の調製化合物152.0g、4.8mmolおよびトリフルオロ酢酸ピリジニウム0.92g、4.8mmolのジメチルスルホキシド48mL溶液にジシクロヘキシルカルボジイミド1.5g、7.2mmolを加え、反応混合物を室温で6時間撹拌させた。別のフラスコで、テトラエチルメチレンジホスホネート2.4mL、9.6mmolのTHF20mL溶液に、カリウムtert-ブトキシドTHF1M溶液の10mLを加えた。室温で10分間撹拌した後、このフラスコを氷浴で冷却し、カニューレを介してDMSO溶液を加えた。室温で2時間撹拌した後、反応物を酢酸エチルで希釈し、有機層を水、ブラインで洗浄し、乾燥させ硫酸ナトリウム、濃縮した。カラムクロマトグラフィーシリカゲル、ジクロロメタン中20~40のアセトンで溶出により精製し、ビニルヌクレオシド化合物161.25g、47を得た。c化合物16aの調製ビニルヌクレオシド化合物16110mg、0.2mmolおよび7Nアンモニアのメタノール2mL溶液を室温で6時間ねかせ、ローターエバポレーター上で溶媒を除去した。クロマトグラフィーシリカゲル、ジクロロメタン中70~90のアセトンで溶出により残渣を精製し、化合物16a84mg、95を得た。d化合物17の調製化合物16a84mg、0.19mmol、テトラゾール12mg、0.15mmol、およびN-メチルイミダゾール1滴のジメチルホルムアミド1mL溶液に、2-シアノエトキシ-テトライソプロピルホスホロジアミダイト0.084mL、0.28mmolを加えた。室温で3時間撹拌した後、反応物を酢酸エチルで希釈し、ブラインで洗浄し2x、乾燥させ硫酸ナトリウム、濃縮した。カラムクロマトグラフィーシリカゲル、ジクロロメタン中2~4のメタノールで溶出により精製し、アミダイト化合物17113mg、90を得た。実施例17化合物19および19aの調製実施例16に例示する手順に従って、化合物15を調製した。クロマトグラフィーにより化合物18と化合物18aを分離した。化合物19および19aの構造をスペクトル解析で確認した。実施例18化合物20の調製化合物8は、実施例14に例示する手順に従って調製した。実施例19化合物24の調製化合物20は、実施例18に例示する手順に従って調製する。実施例20化合物27の調製化合物15は、実施例16に例示する手順に従って調製する。実施例21化合物30の調製化合物20は、実施例18に例示する手順に従って調製する。実施例22化合物32の調製化合物28は、実施例21に例示する手順に従って調製する。実施例23化合物36、37、および38の調製化合物23aは、実施例19に例示する手順に従って調製する。実施例24化合物42、43、および44の調製化合物26は、実施例20に例示する手順に従って調製する。実施例25化合物14および47を調製する代替方法化合物15は、実施例16に例示する手順に従って調製した。実施例26化合物50の調製化合物15は、実施例16に例示する手順に従って調製した。化合物50のスペクトル解析は構造と一致した。実施例27化合物62の調製a化合物52の調製ジアセトングルコースのアルキル化出発物質である化合物51は市販されているが、Moffattら,J.Org.Chem.,1979,44,1301の手順に従って調製することもできる。窒素の入った2L丸底フラスコにNaH鉱油中60、49.2g、1.6当量を加え、NaHをヘキサン2x1.0Lで洗浄して鉱油を除去した。ヘキサンをデカントした後、DMF700mLを加え、混合物を氷浴で冷却した。次に、化合物51であるジアセトングルコース200g、0.77モルを30分かけて加えた。氷浴を除去し、混合物を室温で1時間撹拌した。次に、反応物を再び氷浴で冷却してから、1-ブロモメチルナプチレン187g、1.1当量のDMF100mL溶液を30分かけて滴下した。滴下完了後、一晩かけて氷浴を撹拌して融解させることにより、室温になるまで反応を進行させた。16時間後、反応が完了したことをTLCで確認したRf=0.45、20EtOAc/ヘキサン、およびアニスアルデヒドスプレー試薬による処置後のチャーリングcharringにより視覚化。次に、氷浴内に配置した冷水1.5Lに混合物を注いだ。水層をEtOAc250mLx2で抽出し、次いで飽和NaHCO31L、ブライン1Lで連続的に洗浄し、減圧下で有機層を蒸発させ、濃褐色の油を得た。この油を最小DCMに熔解し、シリカゲルのプラグに通して100ヘキサン3.0Lで溶出し、上部の少量不純物を除去してから、20EtOAc/ヘキサンにより主要スポットを収集した。溶媒を濃縮し、褐色油状のアルキル化生成物269g、87を得て、さらに精製することなくこれを使用した。イソプロピリジンisopropylidineの選択的切断上記で得た粗製油69g、0.67モルを酢酸2.2Lおよび水900mLに溶解させた。室温で16時間、反応を進行させた。反応の後、TLC20EtOAc/ヘキサンを行った。反応完了後、減圧下で酢酸の大部分を蒸発させ、次いで、残りの溶液を、EtOAc1L/NaHCO31L、飽和水溶液の撹拌混合物に少量ずつ注ぎ、次いでガス発生が停止するまでNaHCO3を加えた。有機層を水1Lx2、ブライン1Lで洗浄し、Na2SO4上で乾燥させ、ろ過し、減圧下で除去して、黄色の粗製油を得た。この油を最小DCMに熔解し、シリカゲルのプラグに通して20EtOAc/ヘキサン3.0Lで溶出し、上部のスポット不純物を除去してから、80EtOAc/ヘキサンで溶出し、主要化合物を得た。溶媒を蒸発させ、淡黄色の油状の粗生成物201g、82を得た。TLCRf=0.22、20EtOAc/ヘキサン第一ヒドロキシ基のシリル化粗化合物105g、0.293モルを無水DMF1Lに溶解した後、イミダゾール39.9g、0.58モルを加えた。得られた黄色の液体を、窒素下で撹拌しながら氷浴で0°Cまで冷却した。最小量のDMFに溶解したtert-ブチルジメチルシリルクロリドTBDMSCl、48.5ml、0.322モルを、40分かけて滴下した。さらに16時間、撹拌を続けながら、氷浴の温度を滴下完了時の0°Cから室温にした。この時点で、反応が完了したことをTLCRf=0.56、20EtOAc/ヘキサンで確認した。次に、MeOH50mLを追加して反応物をクエンチした。次に、水1LとEtOAc500mLを加えて、有機物を飽和NaHCO31Lとブライン1Lで洗浄した後、乾燥させNa2SO4、ろ過し、減圧下で溶媒を除去して、黄色油状の化合物52139.0gを得た。1HNMR300MHz,CDCl32D2O:δ7.7および7.4m,7H,Nap,5.86d,1H,J=3.6Hz,4.7m,2H,4.54d,1H,J=5.7Hz,4.08s,2H,3.9-4.0m,1H,3.7-3.8m,2H,1.39s,1H,CH3,1.24s,1H,CH3,0.82s,9H,tBu,0.02s,6H,SiMe213CNMR75MHz,CDCl32D2O:δ135.1,133.3,133.1,128.3,128.0,127.7,126.6,126.2,126.0,125.7,111.7,105.2,82.6,81.9,79.6,72.6,68.6,64.5,26.7,26.3,25.9,18.3,-5.4LCMS方法CN1、保持時間=1.8分、m/z=497.1MNa、純度>98b化合物53の調製2つの追加漏斗付きの2L丸底フラスコに、塩化オキサリル12.2mL、145ミリモルとCH2Cl2280mLを加えた。一方の追加漏斗にはDMSO20.5mL、289ミリモルのCH2Cl230mL溶液を入れ、他方の漏斗には、CH2Cl2380mLに溶解した化合物5245.75g、96.4ミリモルを入れた。次に、丸底を窒素下で-78°Cまで冷却し、15分かけてDMSO溶液を滴下した。さらに50分間撹拌した後、化合物52の溶液を15分かけて滴下した。さらに30分間撹拌した後、10分かけてEt3N60mL、434ミリモルを加え、室温で30分間反応を進行させた。次に、反応物をNH4Cl飽和、150mLでクエンチし、有機層を10クエン酸1L、重炭酸ナトリウム飽和、1L、およびブライン1Lで連続的に洗浄した。次に、有機層をNa2SO4上で乾燥させ、濃縮し、シリカゲル20EtOAc/ヘキサンに通してろ過し、粗ケトン42.4g、93を得て、さらなる精製は行わずに、この粗ケトンをそのまま次の工程で使用した。TLCRf=0.55、20EtOAc/ヘキサンLCMS方法CN1、保持時間=2.1分、m/z=473.1MH、495.1MNa、967.32MNa1L丸底フラスコに設けられた追加漏斗に1.0M臭化ビニルマグネシウムのTHF125mL溶液を入れ、このフラスコに粗ケトン39g、82.5ミリモルのTHF240mL溶液を加えた。フラスコを氷浴で冷却してから、グリニャール試薬を10分かけて滴下した。次に、室温で1.5時間反応を進行させ、NH4Cl飽和、150mLでクエンチした。Et2O400mLを加えて、有機層をブライン1Lで洗浄した。次に、有機層をシリカゲルのプラグに通し必要に応じてEt2Oで溶出、次いで濃縮し、化合物53を定量的に得た。この化合物の純度は約90であり、このまま次の工程で使用した。TLCRf=0.55、20EtOAc/ヘキサン1HNMR300MHz,CDCl3:δ7.79-7.90および7.47-7.56m,7H,Nap,6.11dd,1H,J=6.2,9.6Hz,=CH-,6.08d,1H,J=3.9Hz,H-1,5.49dd,1H,J=17.4,1.5Hz,=CH2;5.22dd,1H,J=12.3,1.5Hz,=CH2,4.91および4.72ABq,2H,CH2,4.71d,1H,J=4.2Hz,H-2,4.38d,1H,J=3.0Hz,H-4,4.24d,1H,J=2.7Hz,H-3,3.92s,1H,OH,3.63d,1H,J=9.6Hz,6a,3.47d,1H,J=9.6Hz,6b,1.53s,3H,CH3,1.38s,3H,CH3,0.86s,9H,CCH33,-0.0s,3H,SiMe,-0.08s,3H,SiMe1HNMRはTetrahedronLett.,1993,1653で報告されているOBn誘導体と厳密に一致した。LCMS方法DR1、m/z=501.1MH、523.2MNac化合物54の調製TBSおよびイソプロピリジンisopropylidineの加水分解ほぼ純粋な化合物5341.3g、82.5ミリモルとアンバーライトIR-120H強酸性イオン交換樹脂、80gに、1,4-ジオキサン275mLとH2O230mLを加えた。これを90°Cで36時間加熱してから、熱い状態でセライトに通してろ過し、蒸発乾固させた。次に、得られた粗固体を50°Cで12時間、P2O5上で乾燥させた。加水分解した物質のアセチル化上記で得た白色の粗固体をピリジン290mLとAc2O78mL、10当量で処置した後、滴下してDMAP120mgに加えた。室温で16時間反応させた後、溶媒を蒸発させ、トルエン3x100mLと共蒸発させた。主生成物をシリカゲルクロマトグラフィー25EtOAc/ヘキサン~35EtOAc/ヘキサンで精製して、化合物54である粗テトラアセテート31.4g、74を白色の発泡体として得た。TLCRf=0.27、40EtOAc/ヘキサン1HNMR300MHz,CDCl3:δ7.83-7.79,7.68,7.5-7.4,7.35および7.32m,7H,Nap,5.95-5.87m,3H,CH=CHおよびH1,5.63dd,1H,J=8.7,3.3Hz,=CH,5.46d,1H,J=9.9Hz,H4,5.25dd,1H,J=9.3,8.4Hz,H2,4.76s,2H,CH2Nap,4.14および3.71d,J=12.4Hz,H6,3.79dd,1H,J=9.8,9.8Hz,H3,2.10s,6H,Acx2,1.95s,3H,Ac,1.90s,3H,Ac13CNMR75MHz,CDCl32D2O:δ170.7,169.5,169.1,169.0,135.2,133.2,133.0,129.8,128.3,127.9,127.7,126.32C,126.1,125.5,122.03,88.9,78.5,78.1,74.6,72.6,69.5,65.2,20.93C,20.8LCMS方法CN1、保持時間=1.47分、m/z=537.1MNa、純度=99注:化合物54は、TetrahedronLett.,1993,1653およびTetrahedron,2004,6813で報告されている方法を微小変更して化合物51から調製した。d化合物55の調製Vorbruggenカップリングおよび脱アセチル化ドライアセトニトリル300mL中のウラシル10.2g、90.7mmolと化合物5431.1g、60.4ミリモルの撹拌懸濁液に、N,O-ビストリメチルシリルアセトアミドBSA、54.7mL、224mmolを加えた。室温で30分撹拌した後、透明な溶液を認め、反応物を窒素下で0°Cまで冷却した。トリメチルシリフルオロメタンスルホネートtrimethylsilyfluoromethanesulfonateTMSOTf、21.9mL、121mmolを加え、反応物を室温で15分間撹拌した後、80°Cに予熱した油浴に移した。80°Cで4時間撹拌した後、反応物を室温まで冷却し、MeOH20mL、EtOAc250mL、およびH2O400mLを加えた。次に、有機相を飽和NaHCO3、ブラインで連続的に洗浄し、乾燥させNa2SO4、濃縮して、粗トリアセテートを得た。TLCRf=0.60、80EtOAc/ヘキサンLCMS方法DRHI、m/z=567.1MH粗ヌクレオシドを50°Cで、7NのMeOH/NH3300mLで一晩かけて処置した後、蒸発乾固させた。主生成物をシリカゲルクロマトグラフィー2MeOH/CH2Cl2~6MeOH/CH2Cl2で精製して、白色固体状のトリオール化合物5517.75g、67を得た。TLC8Rf=0.25、8MeOH/CH2Cl21HNMR300MHz,DMSO-d6/2D2O:δ7.9-7.8m,5H,NapおよびH6,7.62,7.59,および7.53-7.46m,3H,Nap,6.07dd,1H,J=11.9,17.3Hz,C=CH,5.68d,1H,J=3.0Hz,H5,5.66s,1H,H1’,5.45-5.39m,2H,C=CH2,4.99s,2H,CH2ONap,3.93d,1H,J=9.6Hz,H4’,3.67dd,1H,J=8.9,8.9Hz,H2’,3.43dd,1H,J=9.6,12.0Hz,H3’,3.16および3.42d,2H,J=8.9Hz,6’-CH213CNMR75MHz,DMSO-d6/2D2O:δ162.8C4,150.6C2,141.4C6,136.8quat,132.6quat,132.5=CH-,132.0quat,127.3,127.2,127.1,125.8,125.7,125.3,117.9=CH2,101.6C5,82.3C3’,81.3C5’,77.8C1’,73.5CH2ONap,71.1C2’,68.4C4’,64.86’-CH2注:127.3と125.3の間に追加の炭素が1つあるが、他のいずれか1つと重なっている。LCMS方法G1、保持時間=2.09分、m/z=463.1MNa、純度>99e化合物56の調製ベンジリジンbenzylidineの形成ドライDMF180mL中トリオール化合物5516.1g、36.5ミリモルの撹拌混合物にカンファースルホン酸CSA、850mgを加え、次いでベンズアルデヒドジメチルアセタールBDMA、22mL、146ミリモルを加えた。これを50°Cで撹拌し、2時間後にさらにCSA600mgとBDMA6mLを加えた。その2時間後、反応混合物を室温まで冷まし、EtOAc300mLとNaHCO3飽和/H2O500mL、3:2に分配した。次に、有機層をブラインで2回洗浄し、水層をEtOAcの追加部分で逆抽出した。まとめた有機層をNa2SO4上で乾燥し、蒸発させて、粗ベンジリジンを得た。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー2MeOH/CH2Cl2~5MeOH/CH2Cl2で精製して、白色固体状のベンジリジン化合物5618.6g、96を得た。最終化合物にいくらかDMFが含まれていることが1HNMRで確認されたが、後続工程の妨げにはならなかった。TLCRf=0.45、8MeOH/CH2Cl21HNMR300MHz,DMSO-d6/2D2O:δ7.9-7.8m,5H,NapおよびH6,7.71-7.78および7.51-7.41m,8H,Nap,Ph,6.32dd,3H,J=11.1,18.2Hz,C=CH,5.84d,1H,J=9.3Hz,H1’,5.77s,1H,benzylidineCH,5.72d,1H,J=7.8Hz,H5,5.61-5.56m,2H,C=CH2,4.96s,2H,CH2ONap,4.06d,1H,J=10.5Hz,H4’,4.0-3.7m,4H,H2’,H3’,および6’-CH213CNMR75MHz,DMSO-d6/2D2O:δ162.8C4,150.4C2,140.8C6,136.9quat,136.0quat,134.5=CH-,132.2quat,131.9quat,128.5,127.7,127.1,127.0,125.7,125.5,125.3,125.2,125.1,118.0=CH2,101.8ベンジリジンCH,101.2C5,80.8CH,78.6C1’,77.9CH,75.56’-CH2,72.9CH2ONap,71.5CH,70.6quat注:128.5と125.1の間に追加の炭素が1つあるが、他のいずれか1つと重なっている。LCMS方法G1、保持時間=3.70分、m/z=529.1MNa、551.1MNa、純度>99f化合物57の調製ジヒドロキシル化、過ヨウ素酸切断、およびアルコールへの還元化合物5645g、85ミリモルの95アセトン水溶液、350mL撹拌溶液に、N-メチルモルホリンオキシド48g、409ミリモルと2.5OsO4のイソプロパノール70gOsO4溶液を加え、反応物を4日間、室温で撹拌した。その時点で反応物をセライトとシリカゲルに通してろ過し、アセトンで十分溶出させた。得られた粗生成物をカラムクロマトグラフィー2.5~5メタノール/DCMで精製し、ジオール19.74gを得て、直後にTHF175mL、H2O175mL、およびNaIO415g、70ミリモルでこのジオールを処置した。1時間後、水とEtOAcを加えて、有機物を飽和NaHCO3とブラインで洗浄した後、乾燥させNa2SO4、ろ過し、減圧下で溶媒を除去して、粗アルデヒドを得た。その直後に、この化合物を0°Cで1時間、4当量のNaBH4のメタノール溶液で処置し、次いで水とEtOAcを加え、有機物を10クエン酸水溶液およびブラインで洗浄し、次いで乾燥させNa2SO4、ろ過して、減圧下で溶媒を除去し、粗アルコールを得た。反応物をシリカゲルクロマトグラフィーで精製し、メタノール/DCMで溶出して、化合物57を得た全収率40。1HNMRおよびLCMSは構造と一致した。g化合物58の調製無水物の形成化合物571,28g、2.4ミリモルとトリフェニルホスフィン2.2g、8.4ミリモルのドライTHF20mL溶液を撹拌した0°Cの混合物に、DIAD1.6mL、8.4ミリモルを滴下した。室温で18時間撹拌した後、水とDCMを加えて、有機物をブラインで洗浄した後、乾燥させNa2SO4、ろ過し、減圧下で溶媒を除去して、粗二環式生成物を得た。この生成物をシリカゲルクロマトグラフィー2メタノール/DCM~10メタノール/DCMで精製して、純粋な化合物581.11g、90を得た。1HNMRおよびLCMSは構造と一致した。h化合物59の調製化合物581.1g、2.15ミリモルをDMFに溶解し、15分間NaH鉱油中60、6.4ミリモルで処置した。この時点でNH4ClとEtOAcを加えて、有機物を水とブラインで洗浄した後、乾燥させNa2SO4、ろ過し、減圧下で溶媒を除去して、粗化合物を得た。この化合物をシリカゲルクロマトグラフィー3メタノール/DCMで精製して、純粋な化合物59866mg、79を得た。1HNMRおよびLCMSは構造と一致した。i化合物60の調製Napの除去化合物59800mg、1.6ミリモルをDCM15mLに溶解し、水1.5mLとDDQ529mg、2.3ミリモルで処置した。16時間撹拌した後、水とDCMを加えて、有機物を飽和NaHCO3とブラインで洗浄した後、乾燥させNa2SO4、ろ過し、減圧下で溶媒を除去して、粗アルコールを得た。有機物をDCMで数回逆抽出した。粗化合物をメタノール/DCM10mLとシリカゲル1gで共蒸発させた。乾燥後、直接シリカゲルカラムにかけ、シリカゲルクロマトグラフィー2~6メタノール/DCMで精製し、化合物60409mg、70を得た。1HNMRおよびLCMSは構造と一致した。j化合物61の調製バートンマクコンビー脱酸素化0°CのCH3CN14mL中の化合物60388mg、1.04ミリモルとDMAP343mg、2.8ミリモルの撹拌混合物を、フェニルクロロチオホルマート196μL、1.45ミリモルに加えた。4時間撹拌した後、反応混合物を蒸発乾固させた。トルエン13mL、Bu4SnH1.65mL、6.24ミリモル、およびAIBN15mgを90°Cで4時間加熱した。次に、反応物を蒸発乾固させ、シリカゲルクロマトグラフィー1.5~3メタノール/DCMで精製して、化合物61254mg、68を得た。1HNMRおよびLCMSは構造と一致した。k化合物62の調製ベンジリジンおよびDMT保護の除去化合物61230mg、0.64ミリモルの撹拌混合物を40psiにて、10Pd/C20mg上で10時間水素添加した。反応物をろ過し、蒸発させ、トルエンと共蒸発させた。減圧下で16時間乾燥させた後、ピリジン3mLとDMTCl187mg、0.55ミリモルを加えた。反応物を室温で4時間撹拌させた後、水とEtOAcを加えて、有機物を飽和NaHCO3およびブラインで洗浄し、乾燥させNa2SO4、ろ過し、減圧下で溶媒を除去した。得られた発泡体をシリカゲルクロマトグラフィー10~40アセトン/CH2Cl2で精製して、化合物62171mg、47を得た。1HNMRおよびLCMSは構造と一致した。実施例28化合物65の調製化合物62は、実施例27に例示する手順に従って調製する。実施例29化合物69の調製化合物67は、公開されている手順と同様の方法で調製するWO2009/100320として2009年8月13日に公開された国際出願番号:PCT/US2009/033373を参照。実施例30化合物73の調製化合物70は、公開されている手順と同様の方法で調製するWangら,J.Am.Chem.Soc.,2000,1228595-8602を参照。実施例31化合物77の調製化合物74は、公開されている手順と同様の方法で調製するWO2010/036696として2110年4月1日に公開された国際出願番号:PCT/US2009/058011を参照。実施例32化合物81の調製化合物78は、公開されている手順と同様の方法で調製するWO2009/023855として2009年2月19日に公開された国際出願番号:PCT/US2008/073379を参照。実施例33化合物85の調製化合物82は、公開されている手順と同様の方法で調製する公開米国出願番号:US2004/0033967を参照。実施例34化合物89の調製化合物86は、公開されている手順と同様の方法で調製するWO2010/090969として2010年8月12日に公開された国際出願番号:PCT/US2010/022759を参照。実施例35化合物93の調製化合物90は、公開されている手順と同様の方法で調製するWO2010/090969として2010年8月12日に公開された国際出願番号:PCT/US2010/022759を参照。実施例35a化合物50を調製する代替方法米国特許第5,969,116号に公開されている手順に従って、化合物1を調製した。化合物50のスペクトル解析は構造と一致した。実施例36オリゴマー化合物式II、IIa、IIb、IIc、IId、またはIIeの少なくとも1つの5’修飾ヌクレオシドを有するオリゴマー化合物の合成手順は、当該記述分野でよく知られており、そのいくつかは本明細書に例示している。こうした公知の合成手順に従い、上記実施例に例示したホスホロアミダイト化合物実施例13、化合物5;実施例15および25、化合物14;実施例16、化合物17;実施例17、化合物19および19a;実施例19、化合物24;実施例20、化合物27;実施例21、化合物30;実施例22、化合物32;実施例23、化合物36~38;実施例24、化合物42~44;実施例25、化合物47;実施例26および35a、化合物50;実施例28、化合物65;実施例29、化合物69;実施例30、化合物73;実施例31、化合物77;実施例32、化合物81;実施例33、化合物85;実施例34、化合物89;実施例35、化合物93を1つ以上使用して調製する。化合物17のE-ビニルジメチルホスホネートホスホロアミダイトは、標準の自動オリゴヌクレオチド合成手法のいずれかを用いてオリゴマー化合物に組み込んだ。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基、POOH2CH=CH-を表す。後ろに添字f、m、またはeが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。実施例37本明細書で提供する修飾ヌクレオシドを5’末端に含むオリゴマー化合物を、固相手法を介して調製する一般的方法505739の調製別段の記載がない限り、オリゴマー化合物の合成に使用するすべての試薬および溶液は、商業供給元から購入した。A、U、G、meC、およびC残基を組み込むため、標準のホスホロアミダイトおよび固体支持体を使用した。合成には、無水アセトニトリルCH3CN中の2’-Fおよび2’-O-Meホスホロアミダイトの0.1M溶液、ならびに、無水CH3CN中30ジクロロメタンCH2Cl2の2’-O-MOE-5’-デオキシ-5’-メチレンジエチルホスホネートおよび2’-O-MOE-デオキシ-5’-ビニルジメチルホスホネート3’-ホスホルアミダイト溶液を使用した。VIMADUnyLinker商標固相支持体上でオリゴマー化合物を合成した。合成のため、適量の固相支持体をカラムに詰めた。トルエンのジクロロ酢酸溶液6を脱トリチル化試薬として使用した。カップリング工程中、N-メチルイミダゾールまたはCH3CN中の1H-テトラゾール存在下の4,5-ジシアノイミダゾールを活性化剤として使用した。AKTAOligopilot合成機GEヘルスケアバイオサイエンスまたはABI394合成機アプライドバイオシステム上で、以下に規定する手順を使用し、2~200μmolスケールでオリゴマー化合物の合成を行った。カラム底部分の排出口を閉じた後、事前にUnylinker商標にロードした固体支持体を合成カラムに充填し、CH3CNを加えてスラリーを形成した。支持体と結合し膨張したUnylinker商標をトルエン中の6ジクロロ酢酸溶液を含有する脱トリチル化試薬で処置し、遊離ヒドロキシ基を得た。カップリング工程中、4~14当量のホスホロアミダイト溶液を10分間送達してカップリングを行った。他の工程はすべて標準のプロトコールに従った。1:1ピリジン/CH3CN中の0.05MのDDTT3-ジメチルアミノ-メチリデンアミノ-3H-1,2,4-ジチアゾール-3-チオン溶液を用いた接触時間3分の硫化により、ホスホロチオエート結合を導入した。tert-ブチルヒドロペルオキシド/CH3CN/水10:87:3溶液を使用して、12分かけてホスファイトトリエステルヌクレオシド間結合をリン酸ジエステルヌクレオシド間結合に酸化した。所望の配列が構築された後、固体支持体と結合したオリゴマー化合物をCH2Cl2で洗浄し、高真空下で乾燥させた。4時間後、乾燥した固体支持体をヨードトリメチルシランTMSIとピリジンのCH2Cl2溶液に懸濁して、5’-ホスホネート保護基エチルエーテルまたはメチルエーテルを除去した。0.75mLのTMSIと0.53mLのピリジンを28.2mLのCH2Cl2に溶解することにより、脱保護溶液を調製した固体支持体の0.5mL/μモルを使用。室温で30分経過後、反応物を1:1TEA/CH3CN中の1Mの2-メルカプトエタノールでクエンチした固体支持体の0.5mL/μモルを使用。上清をデカントし、固体支持体を追加の2-メルカプトエタノール溶液で洗浄した。45分後、室温で追加の2-メルカプトエタノール溶液を用いた洗浄を繰り返した。上清をデカントし、固体支持体と結合したオリゴマー化合物を1Mの2-メルカプトエタノール中のアンモニア28~30wtに懸濁し0.75mL/μの固体支持体を使用、55°Cで2時間加熱し、固体支持体からオリゴマー化合物を切断した。切断した溶液を24時間放置し、周囲温度20°Cまで冷ました。次に、非結合オリゴマー化合物をろ過し、支持体を水:エタノール1:1ですすぎ、ろ過し、次いで水ですすぎ、ろ過した。ろ液を合わせて濃縮乾固した。得られた残渣を逆相カラムのHPCLにより精製したWatersX-BridgeC-185μm、19×250mm、A=5CH3CN水溶液中の5mMトリブチルアンモニウムアセテート、B=CH3CN、80分で0から90B、流速7mLmin-1、λ=260nm。全長オリゴマー化合物を含むフラクションを収集しLC/MS分析による評価>95、トリブチルアンモニウムカウンターイオンを強アニオン交換カラムのHPLCによりナトリウムに交換したGEヘルスケアバイオサイエンス、ソース30Q、30μm、2.54×8cm、A=30CH3CN水溶液中の100mMアンモニウムアセテート、B=A中1.5MのNaBr、60分で0から40B、流速4mLmin-1。残渣を逆相カラムのHPLCにより脱塩して、オリゴマー化合物を得た。固体支持体ローディングに基づく単離収率は15~20であった。Agilent1100MSDシステムを使用したイオンペアHPLC-MS分析により、非結合オリゴマー化合物の特徴付けを行った。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基、POOH2CH=CH-を表す。後ろに添字f、m、またはeが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。実施例38修飾5’-ヌクレオシドを含むオリゴマー化合物の調製5’-デオキシ-5’-メチレンジエチルホスホネートおよび5’-デオキシ-5’-ビニルジメチルホスホネート実施例37に例示する手順に従って、2または200μmolスケールでオリゴマー化合物を調製した。特定の操作にはAKTAOligopilot合成機GEヘルスケアバイオサイエンスとABI394アプライドバイオシステムの両方を使用した。非結合オリゴマー化合物を固体支持体から切断し、イオンペアHPLC-MSで解析した。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。5’端のPyは、5’-メチレンジエチルホスホネート基、POOCH2CH32CH2CH2-を表す。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基、POOH2CH=CH-を表す。後ろに添字f、m、またはeが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。実施例39C16およびコレステロールとコンジュゲートしたオリゴマー化合物95、96を調製する一般的方法化合物94およびコンジュゲートしたオリゴマー化合物95、96は、公開されている手順Swayzeら,WO2006/031461を参照および実施例37で例示する手順に従って調製する。実施例40C16およびコレステロールとコンジュゲートしたオリゴマー化合物の調製以下に示すC16およびコレステロールとコンジュゲートしたオリゴマー化合物は、実施例38および39で例示する手順に従って調製した。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基POOH2CH=CH-を表す。後ろに添字f、m、またはeが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。ピリミジンリンカーを通じてコンジュゲートしたC16アルキル鎖およびコレステロールを以下に示す。C16コレステロールコンジュゲートしたオリゴマー化合物を固体支持体から切断し、イオンペアHPLC-MSで分析した。実施例41C10とコンジュゲートしたオリゴマー化合物99を調製する一般的方法Unylinker商標97が市販されている。コンジュゲートした化合物99は、公開されている手順Swayzeら,WO2006/031461を参照および実施例38、39で例示する手順と同様の方法で調製する。実施例42C10とコンジュゲートしたオリゴマー化合物の調製以下に示すC10とコンジュゲートしたオリゴマー化合物は、実施例41に例示する手順に従い、かつC10コンジュゲートをオリゴマー化合物の3’位または任意の内部位置に結合させることにより調製する。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基、POOH2CH=CH-を表す。後ろに添字f、m、またはeが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。添字C10の付いたヌクレオシドを以下に示す。C10実施例43PTENを標的指向する修飾ssRNA-インビトロ試験一連の修飾一本鎖RNAssRNAを調整し、HeLa細胞および肝細胞中のPTENmRNA発現レベルを低減する能力を試験した。本明細書に記述するLIPOFECTAMINE商標2000Lipo、エレクトロポレーションElectroなどのトランスフェクション法を使用し、以下に示す修飾一本鎖オリゴマー化合物を用いてHeLa細胞および肝細胞を処置した。正規化mRNAレベルを使用濃度の対数にプロットすることにより生成される線形回帰方程式を使用して、IC50を計算した。アスタリスクの付いた修飾ssRNAは別のアッセイで試験したものであり、それぞれのIC50を以下に示す。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。5’端のPxは、5’-E-F-ビニルホスホネート基、POOH2CF=CH-を表す。5’端のPzは、5’-Z-F-ビニルホスホネート基、POOH2CF=CH-を表す。5’端のPyyは、5’-F-メチレンホスホネート基、POOH2CHFCH2-を表す。5’-端のPは、5’-リン酸基を表す。5’-端のPyは、5’-メチレンホスホネート基、POOH2CH2CH2-を表す。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基、POOH2CH=CH-を表す。meCは、5-メチルシトシンヌクレオシドを表す。後ろに添字dが付くヌクレオシドは、β-D-2’-デオキシリボヌクレオシドである。後ろに添字f、m、またはeが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。添字Rの付いたヌクレオシドを以下に示す。添字R実施例44PTENを標的指向し3’末端に修飾を含む修飾ssRNA-インビトロ試験3’末端位の修飾を含む一連の修飾一本鎖RNAssRNAを調整し、HeLa細胞中のPTENmRNA発現レベルを低減する能力を試験した。本明細書に記述するLIPOFECTAMINE商標2000をトランスフェクション試薬として使用し、以下に示す修飾一本鎖オリゴマー化合物を用いてHeLa細胞を処置した。正規化mRNAレベルを使用濃度の対数にプロットすることにより生成される線形回帰方程式を使用して、IC50を計算した。計算値を以下に示す。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基、POOH2CH=CH-を表す。後ろに添字dが付くヌクレオシドは、β-D-2’-デオキシリボヌクレオシドである。後ろに添字f、m、またはeが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。実施例45少なくとも1つのFHNAを含みPTENを標的指向する修飾ssRNA-インビトロ試験少なくとも1つのFHNAを含む一連の修飾一本鎖RNAssRNAを調整し、HeLa細胞中のPTENmRNA発現レベルを低減する能力を試験した。本明細書に記述するLIPOFECTAMINE商標2000をトランスフェクション試薬として使用し、以下に示す修飾一本鎖オリゴマー化合物を用いてHeLa細胞を処置した。正規化mRNAレベルを使用濃度の対数にプロットすることにより生成される線形回帰方程式を使用して、IC50を計算した。計算値を以下に示す。アスタリスクの付いた修飾ssRNAは別のアッセイで試験したものであり、それぞれのIC50を以下に示す。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基、POOH2CH=CH-を表す。後ろに添字f、m、e、またはhが付きヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。添字hの付いたヌクレオシドはFHNAであり、以下に示す通りである。添字hFHNA実施例46FVII、eIF4E、およびTargetXを標的指向する修飾ssRNA-インビトロ試験一連の修飾一本鎖RNAssRNAを調整し、肝細胞またはHeLa細胞中のFVII、eIF4E、およびTargetXmRNA発現レベルを低減する能力を試験した。本明細書に記述するLIPOFECTAMINE商標2000をトランスフェクション試薬として使用し、以下に示す修飾一本鎖オリゴマー化合物を用いて肝細胞またはHeLa細胞を処置した。正規化mRNAレベルを使用濃度の対数にプロットすることにより生成される線形回帰方程式を使用して、IC50を計算した。個々の標的低減ごとにアッセイを行った。修飾ssRNAのIC50を以下に示す。配列X1、X2、およびX3はTargetXを標的指向する。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。Nは、U、T、C、meC、G、またはAヌクレオシドである。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基、POOH2CH=CH-を表す。meCは、5-メチルシトシンヌクレオシドを表す。後ろに添字dが付くヌクレオシドは、β-D-2’-デオキシリボヌクレオシドである。後ろに添字rが付くヌクレオシドは、リボヌクレオシドである。後ろに添字f、m、e、またはkが付くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。添字kの付いたヌクレオシドはS-cEtであり、以下に示す通りである。添字kS-cEt実施例47修飾ssRNAの安定性の評価-インビボ試験本明細書に記述する手順を使用して、修飾ssRNAの安定性をインビボで評価することができる。修飾ssRNAで処置したBALB/Cから肝臓組織を氷上で収集し回収した。100~200mgの試料を細かく刻み、400μLのホモジナイゼーション緩衝液20mMトリス、pH8、20mMEDTA、0.1MNaCl、0.5NP-40中でホモジナイズ処理した。500μLずつ分注した対照肝臓ホモジェネート400μg/mLおよび10μgの内部標準配列番号24、ISIS番号355868、27-mer、2’-O-メトキシエチル-修飾ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドにおける個々のssRNAに対して、1μg~75μg範囲の検量線を作成した。次に、後述するフェノール/クロロホルムおよび固体支持相抽出手法を使用して組織ホモジェネートを抽出した。フェノール/クロロホルム抽出では、300μLのNH4OHおよび800μLのフェノール/クロロホルム/イソアミルアルコールを使用した。フェノール/クロロホルム抽出ssRNAの安定性を0分、5分、10分、20分、30分、40分、および60分の各時点で評価した。ただし例外として、配列番号25、ISIS番号408877は0分、15分、30分、60分、120分、および240分の各時点で評価し、配列番号25,ISIS番号409044は0時間、0.5時間、1時間、2時間、4時間、8時間、および18時間の各時点で評価した。抽出の前に、最終濃度2.5μMの内部標準配列番号24、ISIS番号355868、27-mer、2’-O-メトキシエチル-修飾ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを各試料に加えた。70μLのNH4OHおよび240μLのフェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール25:24:1で試料を抽出した。14000rpmで2分間の遠心分離後、上清を除去した。残りの抽出溶媒に500μLの水を加えてボルテックスにかけ、水層を除去し、14000rpmで2分間の遠心分離後に上清と合わせた。固相抽出1Mの酢酸トリエチルアンモニウム溶液500μLを上清に加えた。9000rpmで20分間の遠心分離後、プレコンディショニングされたBiotage商標フェニル固相抽出プレートSPEプレート上に混合物の水層をロードした。SPEプレートを水で数回洗浄した。次に、試料をの90MeOH中の1.5mL1TEAで溶出させ、タンパク質沈殿プレートPhenomenex商標に通してろ過した。溶出液を蒸発乾固させて、50のクエンチング緩衝液8M尿素、50mMEDTAと水で200μLに希釈した後で、試料を注入した。LC-MSAgilent1100シリーズLC/MSDシステムを質量分光計と直列式に接続した。質量分光計は、エレクトロスプレー陰イオンモードで操作した。ネブライザーの窒素ガスは325psiに設定し、乾燥用の窒素ガスは、12L/分に設定した。乾燥温度は325°Cであった。試料25μL/ウェルを自動サンプラーより導入し、流速300μL/分、55°Cで、XBridgeOSTC182.5μm2.1mm×50mmHPLCカラムを用いて逆相クロマトグラフィーを行った。イオンペア緩衝液は、A:20アセトニトリル中5mM酢酸トリブチルアンモニウムTBAAと、B:90アセトニトリル中5nMTBAAからなり、ローディング緩衝液は、25アセトニトリル中25mMTBAAであった。分離は、9分で30~70B、次いで11分で80Bの勾配で実施した。最もイオンの豊富な抽出イオンクロマトグラムによるオリゴヌクレオチドおよび内部標準の定量的分析を、MSDChemStationソフトウェアを使用して実施した。実施例48PTENを標的指向する修飾ssRNA-反復投与インビボ試験6週齢のBALB/Cマウスジャクソンラボラトリー、メイン州バーハーバーに対し、実施例43から得たPTENを標的指向する下記の修飾一本鎖オリゴマー化合物、または食塩水対照を、用量25mg/kgで1日2回を2日間計100mg、または用量30mg/kgで1日2回を5日間計300mg皮下注射した。ウィングに2’-O-MOE修飾ヌクレオシドを有する5-10-5ギャップ化オリゴマー116847も比較対象に含めた。マウスは最終投与から48時間後に屠殺した。肝臓組織をホモジナイズ処理し、本明細書に記述するリアルタイムPCRを用いてmRNAレベルを定量して、未処置対照レベルと比較したUTC。各処置群のPTENmRNA発現の平均と、比較用の食塩水を注射した対照の結果を一覧表示する。このインビボ試験で行った他の解析は、プラズマの化学構造、肝臓および腎臓の重量、ならびに修飾ssRNAで処置した動物の肝臓、腎臓、および脾臓の組織などである。肝トランスアミナーゼ値である血清中のアラニンアミノトランスフェラーゼALTおよびアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼASTも、食塩水注射マウスと比較して測定した。結果を下表に示す。食塩水で処置した対照と比較して、修飾一本鎖オリゴマー化合物で処置した動物のALTレベルとASTレベル、および腎臓と肝臓の重量は、通常の限度の範囲内であった。病理組織診断でも、オリゴマー化合物で処置した動物の肝臓、腎臓、および脾臓に異常は見られなかった。実施例49PTENを標的指向する修飾ssRNAの安定性:反復投与インビボ試験実施例48の修飾ssRNAのインビボの安定性について、実施例47に記述する手順を用いて評価した。6週齢のBALB/Cマウスジャクソンラボラトリー、メイン州バーハーバーに対し、PTENを標的指向する下記の修飾ssRNAを、用量25mg/kgで1日2回を2日間計100mg、または用量30mg/kgで1日2回を5日間計300mg皮下注射した。ウィングに2’-O-MOE修飾ヌクレオシドを有する5-10-5ギャップ化オリゴマー116847も比較対象に含めた。マウスは最終投与から48時間後に屠殺した。最も荷電状態の豊富な-4抽出イオンクロマトグラムによるオリゴヌクレオチド標準の定量的分析を、ChemStationソフトウェアを使用して実施した。5’-末端ホスホネート基を含む全長修飾ssRNAの肝臓濃度μg/gをLC/MSで測定した。結果を下表に示す。実施例50PTENを標的指向する修飾ssRNA-インビボ用量応答試験6週齢のBALB/Cマウスジャクソンラボラトリー、メイン州バーハーバーに対し、PTENを標的指向する修飾一本鎖オリゴマー化合物522247を、用量25mg/kgで1日2回を1日間、2日間、4日間、または6日間皮下注射した。ウィングに2’-O-MOE修飾ヌクレオシドを有する5-10-5ギャップ化オリゴマー116847も比較対象に含めた。マウスは最終投与から48時間後に屠殺した。肝臓組織をホモジナイズ処理し、本明細書に記載の方法に従ってリアルタイムPCRを用いてmRNAレベルを定量し、RIBOGREEN商標に対して正規化して、未処置対照レベルと比較したUTC。各処置群のPTENmRNA発現の平均と、比較用の食塩水を注射した対照の結果を一覧表示する。食塩水で処置した対照と比較して、修飾一本鎖オリゴマー化合物で処置した動物のALTレベル、肝臓、腎臓、脾臓、および体重は、通常の限度の範囲内であった。実施例51FVIIを標的指向する修飾ssRNA-インビボ用量応答および安定性試験6週齢のBALB/Cマウスジャクソンラボラトリー、メイン州バーハーバーに対し、FVIIを標的指向する修飾一本鎖オリゴマー化合物を、用量25mg/kg529100または5mg/kg457869で1日2回を1日間、2日間、または4日間皮下注射した。マウスは最終投与から48時間後に屠殺した。肝臓組織をホモジナイズ処理し、本明細書に記載の方法に従ってリアルタイムPCRを用いてmRNAレベルを定量し、シクロフィリンに対して正規化して、未処置対照レベルと比較したUTC。各処置群のPTENmRNA発現の平均と、比較用の食塩水を注射した対照の結果を一覧表示する。修飾ssRNAのインビボの安定性についても、実施例47に記述する手順を用いて評価した。最も荷電状態の豊富な-4抽出イオンクロマトグラムによるオリゴヌクレオチド標準の定量的分析を、ChemStationソフトウェアを使用して実施した。5’-末端ホスホネート基を含む全長修飾ssRNAの肝臓濃度μg/gをLC/MSで測定した。結果を下表に示す。2つのヌクレオシドの間にある添字sは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す5’から3’の方向。2つのヌクレオシド間に添字sがないものは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。5’-端のPvは、5’-E-ビニルホスホネート基、POOH2CH=CH-を表す。meCは、5-メチルシトシンヌクレオシドを表す。後ろに添字dが付くヌクレオシドは、β-D-2’-デオキシリボヌクレオシドである。後ろに添字f、m、またはeが続くヌクレオシドは、糖修飾ヌクレオシドである。添字fは2’-フルオロ修飾ヌクレオシドを表し、添字mは2’-O-メチル修飾ヌクレオシドを表し、添字eは2’-O-メトキシエチルMOE修飾ヌクレオシドを表す。実施例52TargetXを標的指向する修飾ssRNA-インビボ反復投与および安定性試験6週齢のBALB/Cマウスジャクソンラボラトリー、メイン州バーハーバーに対し、実施例46から得たTargetXを標的指向する修飾一本鎖オリゴマー化合物、または食塩水対照を、用量25mg/kgで1日2回を6日間計300mg、または用量25mg/kgで1日2回を2日間計100mg皮下注射した。マウスは最終投与から48時間後に屠殺した。肝臓組織をホモジナイズ処理し、本明細書に記載の方法に従ってリアルタイムPCRを用いてmRNAレベルを定量し、シクロフィリンに対して正規化して、未処置対照レベルと比較したUTC。各処置群のTargetXmRNA発現の平均と、比較用の食塩水を注射した対照の結果を一覧表示する。修飾ssRNAのインビボの安定性についても、実施例47に記述する手順を用いて評価した。最も荷電状態の豊富な-4抽出イオンクロマトグラムによるオリゴヌクレオチド標準の定量的分析を、ChemStationソフトウェアを使用して実施した。5’-末端ホスホネート基を含む全長修飾ssRNAの肝臓濃度μg/gをLC/MSで測定した。結果を下表に示す。"