"対象における肺癌状態の診断方法であって、a前記対象からの唾液試料を、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ANXA1、ハプトグロビンHp2、亜鉛α2-糖タンパク質、カルプロテクチン、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択されるバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析する工程と、b前記バイオマーカーが前記試料において対照と違いを有して発現するか否かを決定し;それにより肺癌状態を提供する工程と、を含む方法。少なくとも2種のバイオマーカーが測定される、請求項1に記載の方法。前記少なくとも2種のバイオマーカーのうちの一方がポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNAであり、前記少なくとも2種のバイオマーカーのうちの一方がカンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNAである、請求項2に記載の方法。少なくとも3種のバイオマーカーが測定される、請求項1に記載の方法。前記少なくとも3種のバイオマーカーのうちの一つがGREB1であり、前記少なくとも3種のバイオマーカーのうちの一つがCCNIであり、前記少なくとも3種のバイオマーカーのうちの一つがFRS2である、請求項4に記載の方法。前記少なくとも3種のバイオマーカーのうちの一つがハプトグロビン2であり、前記少なくとも3種のバイオマーカーのうちの一つがアネキシンA1であり、前記少なくとも3種のバイオマーカーのうちの一つが亜鉛α2-糖タンパク質である、請求項4に記載の方法。前記アッセイが、少なくとも1種のバイオマーカーをコードする核酸を検出し、前記核酸が、質量分析、PCR、マイクロアレイハイブリダイゼーション、熱的シーケンシング、キャピラリーアレイシーケンシング、又は固相シーケンシングにより検出される、請求項1に記載の方法。前記アッセイが、少なくとも1種のバイオマーカーのポリペプチドを検出し、前記ポリペプチドが、ELISA、ウエスタンブロット、フローサイトメトリー、免疫蛍光法、免疫組織化学、又は質量分析により検出される、請求項1に記載の方法。対象に対する治療の効力を評価する方法であって、a前記対象からの第1の唾液試料を、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ANXA1、ハプトグロビンHp2、亜鉛α2-糖タンパク質、カルプロテクチン、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択されるバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析し、それにより第1の発現プロファイルを提供する工程と、b前記対象に対して治療を遂行する工程と、c前記対象からの第2の唾液を、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ANXA1、ハプトグロビンHp2、亜鉛α2-糖タンパク質、カルプロテクチン、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択される少なくとも2種のバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析し、それにより第2の発現プロファイルを提供する工程と、e前記第1の発現プロファイルと前記第2の発現プロファイルとを比較し、それにより治療の効力を評価する工程と、を含む方法。固体担体を含むキットにおいて、前記固体担体が、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的な捕捉結合プローブを含む、キット。第1の固体担体及び第2の固体担体を含むキットにおいて、前記第1の固体担体が、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択される少なくとも2種のバイオマーカーに対して選択的な捕捉結合プローブを含み、及び前記第2の固体担体が、ANXA1、ハプトグロビンHp2、亜鉛α2-糖タンパク質、カルプロテクチンに対する捕捉結合リガンドを含む、キット。前記捕捉結合リガンドが抗体である、請求項11に記載のキット。CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択される少なくとも2種のバイオマーカーを選択的に増幅するための1つ以上のプライマーを含むキットであって、前記プライマーの各々が、任意選択により検出可能な標識を含む、キット。対象における肺癌状態の診断方法であって、a前記対象からの唾液試料を、前記唾液試料中において少なくとも17種のバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析する工程であって、前記少なくとも17種のバイオマーカーが、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ANXA1、ハプトグロビンHp2、亜鉛α2-糖タンパク質、カルプロテクチン、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択される、工程と、b前記少なくとも17種のバイオマーカーが前記試料において対照と違いを有して発現するか否かを決定し;それにより肺癌状態を提供する工程と、を含む方法。従って、肺癌の検出に有用な方法、特に、初期の疾患を検出することができ、且つ概して非侵襲性のバイオマーカーが必要とされている。本発明の一部の実施形態において、検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法が提供される。開示される本方法は、対象からの唾液試料を、唾液試料中においてバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析する工程を含み、バイオマーカーは、CCNIサイクリンI配列番号1、EGFR上皮成長因子受容体配列番号2、FGF9線維芽細胞成長因子19配列番号3、GREB1タンパク質配列番号4、LZTSロイシンジッパー、推定抑制因子putativesuppresorI配列番号5、BRAFv-rafマウス肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログB1配列番号6、FRS2線維芽細胞成長因子受容体基質2配列番号7、ANXA1アネキシンA1配列番号8、Hp2ハプトグロビン2配列番号9、亜鉛α2-糖タンパク質配列番号10、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAの群から選択される。バイオマーカーの相対出現率が決定され、対照と比較され、それにより検査対象の肺癌状態を決定することが可能になる。一部の実施形態では、検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法が提供され、本方法は、唾液試料中における少なくとも2種のバイオマーカーの検出を伴う。他の実施形態では、検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法が提供され、本方法は、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA及びカンプリロバクターショウアエCamplylobactershowae16SrRNAの検出を伴う。例えば、これらの例におけるこれらのバイオマーカー又はこれらのバイオメーカーbiomaker及びその他の相対出現率が決定され、及び対照と比較され、それにより検査対象の肺癌状態を決定することが可能となる。一部の実施形態では、検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法が提供され、本方法は、唾液試料中における少なくとも3種のバイオマーカーの検出を伴う。他の実施形態では、検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法が提供され、本方法は、GREB1、CCNI及びFRSの検出を伴う。他の実施形態では、検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法が提供され、本方法は、検出を伴う。例えば、これらの例におけるこれらのバイオマーカー又はこれらのバイオメーカー及びその他の相対出現率が決定され、及び対照と比較され、それにより検査対象の肺癌状態を決定することが可能となる。他の実施形態では、検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法は、少なくとも1種のバイオマーカーをコードする核酸を検出するアッセイを含む。核酸は、例えば、質量分析、ポリメラーゼ連鎖反応PCR、マイクロアレイハイブリダイゼーション、熱的シーケンシング、キャピラリーアレイシーケンシング、又は固相シーケンシングにより検出することができる。他の実施形態では、検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法は、少なくとも1種のバイオマーカーをコードするポリペプチドを検出するアッセイを含む。ポリペプチドは、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイELISA、ウエスタンブロット、フローサイトメトリー、免疫蛍光法、免疫組織化学、又は質量分析により検出することができる。本発明の他の実施形態において、治療の効力の評価方法が開示される。この方法は、対象からの第1の唾液試料を、バイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析する工程を含み、バイオマーカーは、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ANXA1、Hp2、亜鉛α2-糖タンパク質、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択される。この第1の分析が、第1の発現プロファイルを提供する。治療が対象に適用される。対象からの第2の唾液試料の分析は、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ANXA1、Hp2、亜鉛α2-糖タンパク質、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択される少なくとも2種のバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで行われ、それにより第2の発現プロファイルが提供される。治療の効力を評価するため、第1の発現プロファイルと第2の発現プロファイルとが比較される。別の実施形態では固体担体が提供され、ここで固体担体は、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAの群から選択される少なくとも2種のバイオマーカーに対して選択的な捕捉結合プローブを含む。一部の実施形態では、第1及び第2の固体担体が提供され、ここで第1の固体担体は、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的な捕捉結合プローブを含み、及び第2の固体担体は、ANXA1、Hp2、亜鉛α2-糖タンパク質、及びカルプロテクチンから選択されるバイオマーカーに対して選択的な捕捉結合リガンドを含む。一部の実施形態では、キットの捕捉結合リガンドは抗体である。別の実施形態では、キットは、バイオマーカーを選択的に増幅するための1つ以上のプライマーを提供し、ここでバイオマーカーは、CCNI、EGFR、FGF9、GREB1タンパク質、LZTS、BRAF、FRS2、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAの群から選択される。一部の実施形態では、プライマーの1つ以上が検出可能な標識を有する。本発明の一部の実施形態において、検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法が提供される。開示される本方法は、対象からの唾液試料を、唾液試料中において少なくとも17種のバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析する工程を含む。バイオマーカーは、CCNIサイクリンI配列番号1、EGFR上皮成長因子受容体配列番号2、FGF9線維芽細胞成長因子19配列番号3、GREB1タンパク質配列番号4、LZTSロイシンジッパー、推定抑制因子I配列番号5、BRAFv-rafマウス肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログB1配列番号6、FRS2線維芽細胞成長因子受容体基質2配列番号7、ANXA1アネキシンA1配列番号8、Hp2ハプトグロビン2配列番号9、亜鉛α2-糖タンパク質配列番号10、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、及びグラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAの群から選択される。少なくとも17種のバイオマーカーの相対出現率が決定され、及び対照と比較され、それにより検査対象の肺癌状態を決定することが可能になる。検査対象において肺癌が存在又は発生する可能性を決定する方法における上記の任意の実施形態において、使用されるバイオマーカーの数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17又はそれ以上であり得る。これらの及び他の実施形態、特徴及び潜在的な利点は、以下の説明及び図面を参照することで明らかになるであろう。序論肺癌の早期発見は、より平易な治療より小規模な手術、より軽い放射線療法又は化学療法及び生存の向上に有望である。従来のスクリーニングCT、X線、喀痰細胞診は、感度及び特異性が望ましいとはいえない。従って肺癌の検出には、非侵襲的に採取された検体を使用してバイオマーカーを同定する高感度アッセイが理想的である。バイオマーカーは、健常人により産生されたものであれ、又は特定の全身性疾患に罹患した人により産生されたものであれ、健康状態、疾患発症、治療応答性、及び転帰をモニタするためのテルテールtelltale分子として使用することができる。唾液は、容易に利用可能なバイオマーカー源である。臨床診断用生体液として、唾液には多くの利点がある;試料採取が単純で非侵襲的であり、患者側に不安感をもたらすことがない。唾液の使用はまた、大規模なスクリーニングのための費用対効果の高い手法を提供する。本発明は、7種の細菌株の指標となる16SrRNAの検出を含め、17種の唾液バイオマーカーの診断上/予後判定上の意義を開示する。肺癌の検出におけるこれらのバイオマーカーには、CCNIサイクリンI配列番号1、EGFR上皮成長因子受容体配列番号2、FGF9線維芽細胞成長因子19配列番号3、GREB1タンパク質配列番号4、LZTSロイシンジッパー、推定抑制因子I配列番号5、BRAFv-rafマウス肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログB1配列番号6、FRS2線維芽細胞成長因子受容体基質2配列番号7、ANXA1アネキシンA1配列番号8、Hp2ハプトグロビン2配列番号9、亜鉛α2-糖タンパク質配列番号10、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、グラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNA、及びそれらの組み合わせが含まれる。唾液中におけるこれらの及び他のバイオマーカーの検出は、肺癌の診断及び予後判定に有用である。唾液バイオマーカータンパク質及び核酸の検出方法には、単独での、又は他のマーカーとの組み合わせでの、ELISA、PCR、例えばRT-PCR又は質量分析などの技法が含まれる。検出には、任意の特異的プローブ、例えば、抗体、受容体、リガンド、RT-PCR等を使用することができる。質量分析はタンパク質の検出にも使用することができる。従って、本発明を単独で、又は従来の抗原分析を補足するものとして用いることで、肺癌及び他の癌の診断が促進され得る。定義CCNIサイクリンI配列番号1、EGFR上皮成長因子受容体配列番号2、FGF9線維芽細胞成長因子19配列番号3、GREB1タンパク質配列番号4、LZTSロイシンジッパー、推定抑制因子I配列番号5、BRAFv-rafマウス肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログB1配列番号6、FRS2線維芽細胞成長因子受容体基質2配列番号7、ANXA1アネキシンA1配列番号8、Hp2ハプトグロビン2配列番号8、亜鉛α2-糖タンパク質配列番号9、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNA、グラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacens16SrRNAは、本明細書に記載される参照核酸又はアミノ酸配列によってコードされるポリペプチドに対して、好ましくは少なくとも約25、50、100、200、500、1000のアミノ酸、又はそれ以上のアミノ酸の領域にわたり、約60より高いアミノ酸配列同一性、65、70、75、80、85、90、好ましくは91、92、93、94、95、96、97、98又は99又はそれ以上のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を有する核酸、例えば、遺伝子、DNA、mRNA前駆体、mRNA、及びポリペプチド、多型変異体、対立遺伝子、突然変異体、及び種間相同体を指す。本発明の核酸及びタンパク質には、天然に存在する分子又は組換え分子の双方が含まれる。核酸配列又はタンパク質配列は、例えば配列番号1~9に提供される。ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula、キゲラオラリスKigellaoralis、グラニュリカテラアディアセンスGranulicatellaadiacensは、細菌株を指す。これらの菌株及びその他は、いくつもの方法を用いて試料中に検出することができ、それらの方法には、例えば、16SrRNAリボ核酸又はデオキシリボ核酸の検出、染色体DNA、mRNAの検出、又は試料からの細菌を適切な成長培地において適切な成長条件下で培養することによる検出が含まれる。癌は、ヒト癌及び癌腫、肉腫、腺癌、リンパ腫、白血病等、例えば、固形癌及びリンパ系癌、腎癌、乳癌、肺癌、腎癌、膀胱癌、結腸癌、卵巣癌、前立腺癌、膵癌、胃癌、脳癌、頭頸部癌、皮膚癌、子宮癌、精巣癌、食道癌、及び肝細胞癌を含む肝癌、非ホジキンリンパ腫例えば、バーキットリンパ腫、小細胞リンパ腫、及び大細胞リンパ腫及びホジキンリンパ腫を含むリンパ腫、白血病、並びに多発性骨髄腫を指す。療法的処置及び癌療法は、化学療法、ホルモン療法、放射線療法、及び免疫療法を指す。用語過剰発現する、過剰発現、又は過剰発現したは、同義的に、通常は癌細胞において、正常細胞と比較して検出可能な程度により高いレベルで転写又は翻訳されるタンパク質を指す。この用語は、転写、転写後プロセシング、翻訳、翻訳後プロセシング、細胞局在例えば、細胞小器官、細胞質、核、細胞表面、並びにRNA及びタンパク質の安定性に起因した、正常細胞と比較したときの過剰発現を含む。過剰発現は、mRNAを検出するための従来技術すなわち、RT-PCR、PCR、ハイブリダイゼーション又はタンパク質を検出するための従来技術すなわち、ELISA、免疫組織化学的技法、質量分析を用いて検出することができる。過剰発現は、正常細胞と比較して10、20、30、40、50、60、70、80、90又はそれ以上であり得る。ある場合には、過剰発現は正常細胞と比較して1倍、2倍、3倍、4倍又はそれ以上高い転写又は翻訳レベルである。用語癌関連抗原又は腫瘍特異的マーカー又は腫瘍マーカーは、同義的に、正常細胞と比較して、細胞内で発現するか、癌細胞の表面上に発現するか、又は癌細胞により分泌される分子典型的にはタンパク質又はRNAなどの核酸であって、癌の診断、予後の提供、及び癌細胞に対する薬理作用物質の選択的ターゲティングに有用な分子を指す。多くの場合に、癌関連抗原は正常細胞と比較して癌細胞で過剰発現し、例えば正常細胞と比較して約1.2倍の過剰発現、約2倍の過剰発現、約3倍の過剰発現又はそれ以上である。多くの場合に、癌関連抗原は癌細胞において不適切に合成される細胞表面分子、例えば、正常細胞で発現する分子と比較して欠失、付加、又は変異を含む分子である。多くの場合に、癌関連抗原は癌細胞の細胞表面でのみ発現し、正常細胞の表面では合成されない、又は発現しないものであり得る。例示的な細胞表面腫瘍マーカーには、乳癌に対するタンパク質c-erbB-2及びヒト上皮成長因子受容体HER、前立腺癌に対すPSMA、並びに乳癌、卵巣癌及び結腸直腸癌を含む数々の癌における炭水化物ムチンが含まれる。当業者は、マーカーが、本明細書に開示される用途のいずれか、例えば肺癌の診断又は予後判定に、単独でも、又は他のマーカーとの組み合わせでも用いられ得ることを理解するであろう。2つ以上の核酸配列又はポリペプチド配列との関連における用語同一又はパーセント同一性は、BLAST又はBLAST2.0配列比較アルゴリズムを以下に記載するデフォルトパラメータで使用して測定するか、又は手動アラインメント及び目視検査により測定したとき例えば、NCBIウェブサイトハイパーテキスト転送プロトコル:wwwncbinlmnihgovBLASTなどを参照のこと、同じであるか、又は特定の割合の同じであるアミノ酸残基又はヌクレオチドを有するすなわち、比較ウィンドウ又は指定した領域に関して比較して、最大一致となるように整列させたとき、特定の領域に関して約60の同一性、好ましくは65、70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、又はそれ以上の同一性の2つ以上の配列又は部分配列を指す。このときかかる配列は実質的に同一であると言える。この定義はまた、検査配列の相補体も指し、又はそれにも適用され得る。この定義はまた、欠失及び/又は付加を有する配列、並びに置換を有する配列も含む。以下に記載するとおり、好ましいアルゴリズムはギャップなどを考慮し得る。好ましくは、同一性は少なくとも約25アミノ酸長又はヌクレオチド長である領域にわたり、又はより好ましくは50~100アミノ酸長又はヌクレオチド長である領域にわたり存在する。配列比較について、典型的には1つの配列が参照配列として働き、それに対して検査配列が比較される。配列比較アルゴリズムを用いる際には、検査配列及び参照配列がコンピュータに入力され、必要であれば部分配列の座標が指定され、かつ配列アルゴリズムプログラムパラメータが指定される。好ましくは、デフォルトのプログラムパラメータが用いられ得るか、又は代替パラメータが指定され得る。次に配列比較アルゴリズムが、参照配列と比べた検査配列のパーセント配列同一性をプログラムパラメータに基づき計算する。比較ウィンドウは、本明細書で使用されるとき、20~600、通常では約50~約200、さらに通常では約100~約150からなる群から選択されるいずれか一つの連続する位置の数のセグメントに対する参照を含み、このセグメントにおいて、ある配列が同数の連続する位置の参照配列と、それらの2つの配列を最適に整列させた後に比較され得る。比較のための配列のアラインメント方法は、当該技術分野において公知である。比較のための配列の最適アラインメントは、例えば、SmithWatermanAdvApplMath2482の局所的相同性アルゴリズムによるか、NeedlemanWunschJMolBiol48443の相同性アラインメントアルゴリズムによるか、PearsonLipmanProcNat’lAcadSciUSA852444の類似性探索法によるか、これらのアルゴリズムのコンピュータ化した処理系WisconsinGeneticsSoftwarePackageGeneticsComputerGroup575ScienceDrMadisonWisのGAP、BESTFIT、FASTA、及びTFASTAによるか、又は手動アラインメント及び目視検査により実行することができる例えば、CurrentProtocolsinMolecularBiologyAusubeletaleds19872005WileyInterscienceを参照のこと。パーセント配列同一性及び配列類似性の決定に好適なアルゴリズムの例はBLAST及びBLAST2.0アルゴリズムであり、これらについては、それぞれAltschuletalNucAcidsRes2533893402及びAltschuletalJMolBiol215403410に記載されている。BLAST及びBLAST2.0を本明細書に記載されるパラメータで使用して、本発明の核酸及びタンパク質のパーセント配列同一性が決定される。BLAST分析を実行するソフトウェアは、国立生物工学情報センターNationalCenterforBiotechnologyInformationハイパーテキスト転送プロトコル:wwwncbinlmnihgovから公的に利用可能である。このアルゴリズムは、初めに、問い合わせ配列における長さWの短いワードであって、データベース配列における同じ長さのワードと整列させたときに一致するか、或いは何らかの正値の閾値スコアTを満たすワードを同定することにより、高スコアの配列対HSPを同定することを含む。Tは隣接ワードスコア閾値と呼ばれるAltschuletal、上記。これらの初期隣接ワードヒットが、その中に含まれるより長いHSPを見付ける検索を開始する際の種として働く。ワードヒットは、累積アラインメントスコアが増加し得る限り、各配列に沿って両方向に拡張される。累積スコアは、ヌクレオチド配列についてはパラメータM一致する残基ペアに対する報酬スコア;常に>0及びNミスマッチを有する残基に対するペナルティスコア;常に<0を使用して計算される。アミノ酸配列については、スコアリング行列を使用して累積スコアが計算される。それぞれの方向におけるワードヒットの拡張は、以下の場合に停止される:累積アラインメントスコアが、それが達成した最大値から量Xだけ減少したとき;1つ以上の負のスコアを有する残基のアラインメントが蓄積したため累積スコアがゼロ以下になったとき;又はいずれかの配列の末端に達したとき。BLASTアルゴリズムパラメータW、T、及びXが、アラインメントの感度及び速度を決定する。BLASTNプログラムヌクレオチド配列についてはデフォルトとしてワード長Wに11、期待値Eに10、M=5、N=-4及び両鎖比較を使用する。アミノ酸配列については、BLASTPプログラムはデフォルトとしてワード長に3、及び期待値Eに10、及びBLOSUM62スコアリング行列HenikoffHenikoffProcNatlAcadSciUSA8910915を参照のことアラインメントBに50、期待値Eに10、M=5、N=-4、及び両鎖比較を使用する。核酸は、一本鎖又は二本鎖のいずれかの形態のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド及びそのポリマー、並びにその相補体を指す。特異的に、とは、標的に対して特異的でないリガンドより少なくとも1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、5倍、8倍、10倍、20倍、50倍、100倍、150倍、200倍、500倍、1000倍、又はそれ以上高い親和性でその標的に結合するリガンドの能力を指す。特に指示されない限り、特定の核酸配列はまた、その保存的に修飾された変異体例えば、縮重コドン置換及び相補配列を、明示的に指示される配列と同様に暗黙的に包含する。具体的には、縮重コドン置換は、1つ以上の選択された又は全てのコドンの3番目の位置が混合塩基及び/又はデオキシイノシン残基で置換された配列を生成することにより実現され得るBatzeretalNucleicAcidRes195081;OhtsukaetalJBiolChem26026052608;RossolinietalMolCellProbes89198。核酸という用語は、遺伝子、cDNA、mRNA、オリゴヌクレオチド、及びポリヌクレオチドと同義的に用いられる。特定の核酸配列はまた、暗黙的にはスプライス変異体及びトランケート型の癌抗原をコードする核酸配列も包含する。同様に、核酸によりコードされる特定のタンパク質は、暗黙的にはスプライス変異体又はトランケート型の当該核酸によりコードされる任意のタンパク質を包含する。スプライス変異体は、その名前が示すとおり、遺伝子の選択的スプライシングの産物である。転写後、初期核酸転写物は、異なる選択的な核酸スプライス産物が異なるポリペプチドをコードするようにスプライシングされ得る。スプライス変異体の産生機序は様々であるが、エクソンの選択的スプライシングを含む。リードスルーreadthrough転写による選択的ポリペプチドもまた、この定義に包含される。スプライシング反応の任意の産物が、組換え形態のスプライス産物を含め、この定義に含まれる。核酸は、5’末端又は3’末端でトランケートされ得る。ポリペプチドはN末端側の末端又はC末端側の末端でトランケートされ得る。トランケートされた種類の核酸配列又はポリペプチド配列は、天然に存在し得るか、又は組換え的に作成し得る。用語アミノ酸は、天然に存在するアミノ酸及び合成アミノ酸、並びに天然に存在するアミノ酸と同様の方法で機能するアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣体を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝子コードによりコードされるもの、並びに後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ-カルボキシルグルタミン酸、及びO-ホスホセリンである。アミノ酸類似体は、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、及びR基に結合するα炭素を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。かかる類似体は、修飾されたR基例えば、ノルロイシン又は修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持している。アミノ酸模倣体は、一般的なアミノ酸化学構造と異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同様の方法で機能する化学的化合物を指す。アミノ酸は、本明細書ではIUPACIUBBiochemicalNomenclatureCommissionにより推奨されるその一般的に知られる三文字記号又は一文字記号のいずれかにより参照され得る。ヌクレオチドも同様に、一般的に認められた一文字コードにより参照され得る。保存的に修飾された変異体はアミノ酸配列及び核酸配列の双方に適用される。特定の核酸配列に関して、保存的に修飾された変異体は、同一の又は本質的に同一のアミノ酸配列をコードする核酸を指し、又は核酸がアミノ酸配列をコードしない場合には、本質的に同一の配列を指す。遺伝子コードは縮重しているため、ある所与のタンパク質を、多数の機能的に同一の核酸がコードする。例えば、コドンGCA、GCC、GCG及びGCUは、いずれもアミノ酸アラニンをコードする。従って、コドンによってアラニンが指定される位置毎に、そのコドンを、コードされるポリペプチドを変化させることなく、記載される対応するコドンのいずれかに変えることができる。かかる核酸の変異は、保存的に修飾された変異の一種であるサイレント変異である。本明細書におけるポリペプチドをコードする核酸配列はいずれも、その核酸のあらゆる可能なサイレント変異を表す。当業者は、機能的に同一の分子を生じるように核酸の各コドン通常メチオニンに対する唯一のコドンであるAUG、及び通常トリプトファンに対する唯一のコドンであるTGGを除くを修飾し得ることを認識するであろう。従って、ポリペプチドをコードする核酸の各サイレント変異は、発現産物に関しての、しかし実際のプローブ配列に関してではない、記載される各配列に暗黙的に含まれる。アミノ酸配列に関して、当業者は、コードされる配列の単一のアミノ酸又は小さい割合のアミノ酸を変化させ、付加し、又は欠失させる核酸、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質配列に対する個別の置換、欠失又は付加が、保存的に修飾された変異体であり、その変化により、あるアミノ酸の、化学的に同様のアミノ酸との置換が生じるものであることを認識するであろう。機能的に同様のアミノ酸を提供する保存置換表が、当該技術分野において公知である。かかる保存的に修飾された変異体は、本発明の多型変異体、種間相同体、及び対立遺伝子に対する追加的なもので、それらを排除するものではない。以下の8群は、各々が互いに対して保存的置換であるアミノ酸を含む:1アラニンA、グリシンG;2アスパラギン酸D、グルタミン酸E;3アスパラギンN、グルタミンQ;4アルギニンR、リジンK;5イソロイシンI、ロイシンL、メチオニンM、バリンV;6フェニルアラニンF、チロシンY、トリプトファンW;7セリンS、スレオニンT;及び8システインC、メチオニンM例えば、CreightonProteinsを参照のこと。標識又は検出可能な部分は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、化学的、又は他の物理的な手段によって検出可能な組成物である。例えば、有用な標識には、蛍光色素、高電子密度試薬、酵素例えば、一般にELISAで使用されるように、ビオチン、ジゴキシゲニン、又は例えばペプチドに放射標識を組み込むことによって検出可能にし得るか、若しくはペプチドと特異的反応性を有する抗体の検出に使用し得るハプテン及びタンパク質が含まれる。用語組換えは、例えば細胞、又は核酸、タンパク質、若しくはベクターを参照して使用されるとき、その細胞、核酸、タンパク質又はベクターが、異種の核酸若しくはタンパク質の組込み、又は天然の核酸若しくはタンパク質の改変により修飾されていること、又はその細胞が、そのように修飾された細胞に由来することを示す。従って、例えば組換え細胞は、天然非組換え形態の細胞内には認められない遺伝子を発現し、又は組換えでない場合には異常に発現するか、発現が不十分であるか、若しくは全く発現しない天然の遺伝子を発現する。語句ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、プローブがその標的部分配列と、典型的には核酸の複合混合物中でハイブリダイズするが、他の配列とはハイブリダイズしない条件を指す。ストリンジェントな条件は配列依存的であり、状況が異なれば異なり得る。配列が長いほど、特により高温でハイブリダイズする。核酸のハイブリダイゼーションについての広範囲にわたる手引きが、TijssenTechniquesinBiochemistryandMolecularBiologyHybridizationwithNucleicProbesOverviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyofnucleicacidassaysに見出される。概して、ストリンジェントな条件は、規定のイオン強度、pHにおける特定の配列の熱融点Tmより約5~10°C低く選択される。Tmは、標的に相補的なプローブの50が平衡状態で標的配列とハイブリダイズする温度規定のイオン強度、pH、及び核酸濃度に基づくである標的配列が過剰に存在するとき、Tmにおいて平衡状態でプローブの50が使用される。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドなどの不安定化剤を添加して達成することもできる。選択的又は特異的ハイブリダイゼーションについては、陽性シグナルはバックグラウンドの少なくとも2倍、好ましくはバックグラウンドハイブリダイゼーションの10倍である。例示的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は以下のとおりであり得る:50ホルムアミド、5×SSC、及び1SDS、42°Cでのインキュベーション、又は5×SSC、1SDS、65°Cでのインキュベーションと、0.2×SSC、及び0.1SDS中65°Cでの洗浄。ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズしない核酸であっても、コードするポリペプチドが実質的に同一である場合には、それらの核酸はなお実質的に同一である。これは、例えば、遺伝子コードにより許容される最大のコドン縮重を用いて核酸のコピーが作製される場合に見出される。その場合、核酸は典型的には中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする。例示的な中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、40ホルムアミド、1MのNaCl、1SDSの緩衝液中37°Cでのハイブリダイゼーション及び1×SSC中45°Cでの洗浄を含む。陽性のハイブリダイゼーションはバックグラウンドの少なくとも2倍である。当業者は、代替的なハイブリダイゼーション及び洗浄条件を利用して同様のストリンジェンシーの条件を提供し得ることを容易に認識するであろう。ハイブリダイゼーションパラメータの決定についてのさらなる指針は、数多くの参考文献、例えば、CurrentProtocolsinMolecularBiologyedAusubeletal、上記に提供される。PCRについては、約36°Cの温度が低ストリンジェンシーの増幅に典型的であるが、アニーリング温度はプライマー長に応じて約32°C~48°Cで異なり得る。高ストリンジェンシーのPCR増幅については約62°Cの温度が典型的であるが、高ストリンジェンシーのアニーリング温度は、プライマーの長さ及び特異性に応じて約50°C~約65°Cの範囲であり得る。高ストリンジェンシー及び低ストリンジェンシーの双方の増幅に典型的なサイクル条件は、90°C~95°Cで30秒間~2分間の変性段階、30秒間~2分間続くアニーリング段階、及び約72°Cで1~2分間の伸長段階を含む。低ストリンジェンシー及び高ストリンジェンシー増幅反応についてのプロトコル及び指針は、例えば、InnisetalPCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplicationsAcademicPressIncNYに提供される。抗体は、認められている免疫グロブリン遺伝子の全て又は一部により実質的にコードされる1つ以上のポリペプチドを含むタンパク質を意味する。認知されている免疫グロブリン遺伝子、例えばヒトにおけるものには、カッパκ、ラムダλ及び重鎖遺伝子座これらは共になって無数の可変領域遺伝子を構成する、及び定常領域遺伝子のミューμ、デルタδ、ガンマγ、イプシロンε及びアルファαこれらはそれぞれ、IgM、IgD、IgG、IgE、及びIgAアイソタイプをコードするが含まれる。本明細書において抗体とは、完全長抗体及び抗体断片を含むことが意図され、任意の生物由来の天然抗体、改変抗体又は以下にさらに定義するとおりの、実験、治療又はその他を目的として組換え的に生成された抗体を指し得る。抗体断片は、Fab、Fab’、Fab’2、Fv、scFv又は抗体の他の抗原結合部分配列を含み、及び全抗体の修飾により産生されるもの、又は組換えDNA技法を用いてデノボ合成されるものを含むことができる。用語抗体は、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体の双方を指す。抗体は、拮抗性、作動性、中和性、阻害性又は刺激性であり得る。バイオマーカーバイオマーカーは、疫学的研究、動物試験、病態生理学的考察、及び終末器官実験を起源とし得る。理想的には、バイオマーカーは、有意味な転帰尺度について高い予測性をもつ値を有し、適切に設計された予測試験で検証することができるか又は検証され、代用マーカーの結果が対応して変化することにより治療の成功を反映し、及び診療において評価が容易なものでなければならない。バイオマーカーは他の診断ツールと併用することも、又は単独で使用することもできる。用語代用マーカー、生体分子マーカー、バイオマーカー又はマーカーまた、ときに本明細書では標的分析物、標的種又は標的配列とも称されるは、その測定値が対象の状態に関する情報を提供する分子を指す。様々な例示的実施形態において、バイオマーカーは病理学的状態の評価に使用される。バイオマーカーの測定値は、対象の状態を決定するために単独で使用されても、又は対象に関して得られる他のデータと組み合わされてもよい。一実施形態においてバイオマーカーは、ある状態の表現型の例えば、疾患を有する対象から採取された試料において、別の状態の表現型の例えば、疾患を有しない対象と比較したとき違いを有してdifferentially存在する。一実施形態においてバイオマーカーは、治療を受けていない、又は一種類の治療を受けている対象から採取された試料において、別の種類の治療を受けている対象と比較したとき違いを有して存在する。或いはバイオマーカーは、表現型に違いがなくても違いを有して存在することができ、例えばバイオマーカーは無症候性リスクの検出を可能にし得る。バイオマーカーは対照と比べて過剰発現し得る過剰に多量か、又は過小発現し得る不十分な量。バイオマーカーは、対立遺伝子変異体、トランケート型、又は変異型の野生型核酸又はタンパク質であり得る。バイオマーカーはスプライス変異体であってもよい。バイオマーカーは、様々な方法で、例えば、異なる表現型の状態の間において異なる群におけるバイオマーカーの平均値又は中央値レベル特に以下に記載するとおり関連するmRNAの発現レベルが統計的に有意であると計算される場合に、違いを有して存在することが決定され得る。統計的有意性の一般的な検定には、とりわけ、t検定、ANOVA、クラスカル-ワリス、ウィルコクソン、マン-ホイットニー、及びオッズ比が含まれる。本明細書に記載されるとおり、バイオマーカーは、例えば、小分子、分析物若しくは標的分析物、核酸、タンパク質、代謝産物若しくはその任意の誘導体又はこれらの分子のあらゆる組み合わせであってもよく、本発明ではタンパク質及び核酸が、特に有用性を見出される。当業者は理解するであろうとおり、本方法を用いて数多くの分析物を検出し得る;基本的には、以下に記載する結合リガンドをそれに対して作製し得る任意のバイオマーカーが、本発明の方法を用いて検出され得る。様々な実施形態において、本発明のパネルに使用されるバイオマーカーは、タンパク質として、或いは核酸例えばmRNA又はcDNA転写物として、任意の組み合わせで検出することができる。様々な実施形態において、タンパク質形態のバイオマーカーが測定される。当業者は理解するであろうとおり、タンパク質アッセイはELISAアッセイなどの標準的な技術を用いて行われ得る。様々な実施形態において、核酸形態のバイオマーカー例えば、対応するmRNAが測定される。様々な例示的実施形態において、特定のパネルからの1つ以上のバイオマーカーがタンパク質アッセイを用いて測定され、及び同じパネルからの1つ以上のバイオマーカーが核酸アッセイを用いて測定される。当業者は理解するであろうとおり、本発明を用いて検出され得る可能なタンパク質性標的分析物及び標的種は多数ある。用語タンパク質、ポリペプチド又はオリゴペプチドは、1つ以上のペプチド結合によりつなぎ合わされた少なくとも2つ以上のペプチド又はアミノ酸を指す。タンパク質又はアミノ酸は、天然に存在するものであっても、又は非天然に存在するものであってもよく、また類似体、誘導体又はペプチド模倣構造であってもよい。用語タンパク質は、野生型配列、野生型配列の変異体及びそれらのうちのいずれかを含む類似体又は誘導体化アミノ酸を指す。様々な実施形態において、スプライス変異体、欠失、付加、置換を含む変異体、断片、プレプロタンパク質、処理されたプレプロタンパク質例えば、シグナル伝達ペプチドを含まない、処理されたプロタンパク質例えば、活性型を生じる、非ヒト配列及び変異非ヒト配列に基づくタンパク質及び核酸を含めた本明細書に記載される配列の変異体を、バイオマーカーとして用いることができる。様々な実施形態において、バイオマーカーは核酸である。用語核酸又はオリゴヌクレオチド又は本明細書における文法的に等価な語は、互いに共有結合する少なくとも2つのヌクレオチドを意味する。本発明の核酸は、概してリン酸ジエステル結合を含むが、以下に概説するとおり、ある場合には、例えば結合リガンドプローブの使用においては、代替の骨格を有し得る核酸類似体が含まれる。バイオマーカーはまた、細菌の核酸又はタンパク質であってもよい。口腔は大規模な細菌貯蔵所であり、700を超える種又は系統型を有し、そのうち50超は未だ培養されていない。一部の実施形態では、細菌叢の組成及び動的変化を評価することが、肺癌のバイオマーカーである。最近開発された16SrRNAベースのオリゴヌクレオチドマイクロアレイヒト口腔微生物同定マイクロアレイHumanOralMicrobeIdentificationMicroarrayにより、肺癌を有する患者及び有しない患者における口腔細菌叢のプロファイルを決定することが可能となった。一部の実施形態では、試料中の細菌の16SrRNAの存在、非存在、又はレベルが、疾患又は病態と相関を有し得る。細菌は、約70Sの区画化されていない環状DNA及びリボソームを有する小さい原核生物約1μmの線寸法を指す。16SRNAは、原核生物リボソームの30Sサブユニットの核酸成分;16SrRNAをコードする遺伝子又は16SrRNAそれ自体を指す。種又は系統型の細菌株は16SrRNAの差が約2未満である。近縁の種又は系統型は、概して16SrRNAの差が約2~約4であり、一方で属は、16SrRNAの差が約5~約10であることが多い。細菌集団のアイデンティティを決定するため、マイクロアレイ上のプローブを、例えば16SrRNA遺伝子の保存された特徴を利用するように設計することができる。例えば、より保存された特徴の領域と相補的なプローブは、各々が高位の分類群例えば、ドメイン、門、綱、目、又は科に対応する系統発生学上の大きい群において種を同定する。より可変的な領域と相補的なプローブは、属及び種を区別する。バイオマーカーにはマイクロRNAも含まれ得る。マイクロRNAmiRは、天然に存在する小分子の非コードRNA18~24ヌクレオチドの、遺伝子発現を制御するクラスを指す。多くのマイクロRNAが種間で十分に保存されており、多様な種、すなわち植物、線虫、ショウジョウバエ及びヒトに存在する。マイクロRNAは、1つ以上のメッセンジャーRNA分子mRNAと部分的に又は完全に相補的な配列を有し、その主要な機能は、遺伝子の発現を負に制御することである。特に、マイクロRNAはmRNAの3’非翻訳領域3-UTRに結合し、それによってmRNA切断、翻訳抑制及び脱アデニル化などの様々な方法によるmRNAの下方制御をもたらす。様々な実験的手法及び異なる技法を使用して新規マイクロRNAが同定されており、また種々の生物学的過程におけるその発現パターンも研究されている。新規マイクロRNAのクローニング及び同定は、サイズ分画したRNA試料から、小分子RNAクローニング手法を用いて成功裏に行われている。他の手法は、推定マイクロRNAとしての、他の種で既に記載がなされているマイクロRNAに対するホモログ、又はコンピュータ手法を単独で、若しくはマイクロアレイ分析及び配列特異的クローニングと組み合わせて用いることである。マイクロRNAの検出及びプロファイリングに用いられた最初の技法の一つは、ノーザンブロッティングであった。この技法ではゲル分離後、相補的な32Pジゴキシゲニン標識オリゴ又は修飾ロックド核酸LNAオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションが行われる。マイクロRNAを特異的に検出するために開発された他の技法は、改変インベーダーアッセイ適切なオーバーラップ-フラップ構造の合成オリゴヌクレオチドであるプローブが、構造特異的5ヌクレアーゼにより酵素切断される及びインサイチュハイブリダイゼーション化学修飾ヌクレオチド、例えばLNAを含む蛍光標識された相補的プローブを使用するである。マイクロRNAの検出及びプロファイリングに広く用いられている別の技法は、DNA捕捉プローブによるか、或いは2’-O原子と4’-C原子とをつなぐ追加的な架橋でリボース部分が修飾された修飾ロックド核酸LNAオリゴヌクレオチドを用いる、オリゴヌクレオチドマイクロアレイベースの検出プラットフォームの使用である。加えて、定量的リアルタイムPCRタックマンTaqman又はサイバーグリーンSYBRgreen技法を用いる逆転写酵素/ポリメラーゼ連鎖反応が、前駆又は成熟マイクロRNAの検出及びプロファイリングに用いられている。この技法は感度が高く、個別の成熟マイクロRNAの検出に必要な出発物質の量が少ない。qRT-PCRの感度を提供すると同時に、一つの試料中の異なるマイクロRNAの同時検出を可能にするタックマンTaqmanマイクロRNAアレイが開発されている。バイオマーカーには代謝産物も含まれ得る。代謝産物又は小分子は、試料中に存在する有機及び無機分子を指す。この用語には、巨大マクロ分子、例えば、巨大タンパク質例えば、分子量が2,000、3,000、4,000、5,000、6,000、7,000、8,000、9,000、又は10,000を超えるタンパク質、巨大核酸例えば、分子量が2,000、3,000、4,000、5,000、6,000、7,000、8,000、9,000、又は10,000を超える核酸、又は巨大多糖類例えば、分子量が2,000、3,000、4,000、5,000、6,000、7,000、8,000、9,000、又は10,000を超える多糖類は含まれない。細胞の代謝産物は、概して溶液中に遊離して存在している。代謝プロファイル、又は小分子プロファイルは、標的の細胞、組織、器官、生物、又はその一部例えば、細胞内コンパートメントの中にある小分子の完全な又は部分的なインベントリーを意味する。このインベントリーは、存在する小分子の量及び/又は種類を含み得る。小分子プロファイルは、単一の技法を用いて、又は複数の異なる技法を用いて決定され得る。代謝プロファイルは、例えばGC-MSガスクロマトグラフィー質量分析法及びLC-MS液体クロマトグラフィー質量分析などの技法を用いて試料を分析することにより作成され得る。バイオマーカーパネル本明細書に記載されるバイオマーカーの任意の組み合わせを使用してバイオマーカーパネルが構築され、これは本明細書に記載されるとおり検出又は測定される。当該技術分野において一般的に理解されるとおり、組み合わせとは、セット全体又はその任意の部分的なセット若しくは部分的な組み合わせを指し得る。用語バイオマーカーパネル、バイオマーカープロファイル、又はバイオマーカーフィンガープリントは、一組のバイオマーカーを指す。本明細書で使用されるとき、これらの用語は、測定される任意の形態のバイオマーカーを指すことができる。従って、CCNIがバイオマーカーパネルの一部である場合、CCNIの例えばmRNA、又は例えばタンパク質のいずれも、そのパネルの一部と見なすことができる。個々のバイオマーカーは診断用薬として有用であるが、バイオマーカーの組み合わせは時に、一つのバイオマーカー単独と比べて特定の状態の決定においてより高い価値をもたらし得る。具体的には、試料中において複数のバイオマーカーを検出することで、試験の感度及び/又は特異性が増加し得る。従って、様々な実施形態において、バイオマーカーパネルは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、又はそれ以上の種類のバイオマーカーを含み得る。様々な例示的実施形態において、バイオマーカーパネルは最小数のバイオマーカーからなり、最大量の情報を生成する。従って、様々な実施形態において、バイオマーカーパネルは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、又はそれ以上の種類のバイオマーカーからなる。バイオマーカーパネルが一組のバイオマーカーからなる場合、その一組のもの以外のバイオマーカーは存在しない。例示的実施形態において、バイオマーカーパネルは、本明細書に開示される1種のバイオマーカーからなる。様々な実施形態において、バイオマーカーパネルは、本明細書に開示される2種のバイオマーカーからなる。様々な実施形態において、バイオマーカーパネルは、本明細書に開示される3種のバイオマーカーからなる。様々な実施形態において、バイオマーカーパネルは、本明細書に開示される4種以上のバイオマーカーからなる。様々な例示的実施形態において、バイオマーカーパネルは、CCNIサイクリンI配列番号1、EGFR上皮成長因子受容体配列番号2、FGF9線維芽細胞成長因子19配列番号3、GREB1タンパク質配列番号4、LZTSロイシンジッパー、推定抑制因子I配列番号5、BRAFv-rafマウス肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログB1配列番号6、FRS2線維芽細胞成長因子受容体基質2配列番号7、ANXA1アネキシンA1配列番号8、Hp2ハプトグロビン2配列番号8、B鎖、MHc様亜鉛α2-糖タンパク質とProlとの間に形成される複合体の結晶構造、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae16SrRNA、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae16SrRNA、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris16SrRNA、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus16SrRNA、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula16SrRNA、キゲラオラリスKigellaoralis16SrRNAの群から選択されるバイオマーカーを含むか、又はそれからなる。バイオマーカーはまた、臨床パラメータであってもよい。用語臨床パラメータは、対象の健康状態又は他の特徴、例えば限定なしに、年齢、人種、性別、家族歴、身長、及び体重などについてのあらゆる非試料又は非分析物バイオマーカーを指す。本発明のバイオマーカーは、肺癌診断において統計的に有意な差を示す。様々な実施形態において、これらのバイオマーカーを単独又は組み合わせで使用する診断検査は、少なくとも約85、少なくとも約90、少なくとも約95、少なくとも約98及び約100の感度及び特異性を示す。バイオマーカーの測定及び検出バイオマーカーは、概して、当業者に公知の様々なアッセイ、方法及び検出システムによって測定及び検出することができる。用語測定する、検出する、又は測定値をとるは、実体の特性の定量的又は定性的決定、例えば、分子の濃度の大きさ又は分子の活性レベルを定量化することを指す。用語濃度又はレベルは絶対量又は相対量を指し得る。分子の測定はまた、分子の非存在又は存在を決定することも含み得る。種々の方法には、限定はされないが、屈折率分光法RI、紫外分光法UV、蛍光分析、電気化学分析、放射化学分析、近赤外分光法近IR、赤外IR分光法、核磁気共鳴分光法NMR、光散乱分析LS、質量分析法、熱分解質量分析法、比濁法、分散ラマン分光法、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、質量分析法と組み合わせたガスクロマトグラフィー、質量分析法と組み合わせた液体クロマトグラフィー、質量分析法と組み合わせたマトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間法MALDI-TOF、質量分析法と組み合わせたイオンスプレー分光法、キャピラリー電気泳動法、比色法及び表面プラズモン共鳴BiacoreLifeSciencesにより提供されるシステムによるなどが含まれる。国際公開第2004/056456号及び国際公開第2004/088309号もまた参照のこと。これに関して、バイオマーカーは上述の検出方法を用いて、又は当業者に公知の他の方法を用いて測定することができる。他のバイオマーカーも同様に、それを検出するように特別に設計又は適合された試薬を使用して検出することができる。本発明の組成物及び方法において異なる種類のバイオマーカー及びその測定値を組み合わせることができる。様々な実施形態において、タンパク質形態のバイオマーカーが測定される。様々な実施形態において、核酸形態のバイオマーカーが測定される。例示的実施形態において、核酸形態はmRNAである。様々な実施形態において、タンパク質バイオマーカーの測定値が核酸バイオマーカーの測定値と併せて使用される。mRNAの検出方法、例えば、RT-PCR、リアルタイムPCR、分枝DNA、NASBA及びその他は、当該技術分野において公知である。バイオマーカー配列についてのデータベースエントリにより提供される配列情報を使用することにより、当業者に公知の技法を用いてバイオマーカー配列の発現を検出し存在する場合、測定することができる。例えば、配列データベースエントリの配列又は本明細書に開示される配列を使用して、例えばノーザンブロットハイブリダイゼーション分析又は特異的且つ選択的に特定の核酸配列を量的に増幅する方法でバイオマーカーRNA配列を検出するためのプローブを作製することができる。別の例として、これらの配列を使用して、例えば、逆転写に基づくポリメラーゼ連鎖反応RT-PCRなどの増幅に基づく検出方法でバイオマーカー配列を特異的に増幅するためのプライマーを作製することができる。遺伝子発現の改変が遺伝子増幅、欠失、多型及び突然変異に関連する場合、試験集団及び参照集団における配列比較は、試験細胞集団及び参照細胞集団における検査対象のDNA配列の相対量を比較することにより行われ得る。ノーザンブロット及びRT-PCRに加え、RNAはまた、例えば、他の標的増幅方法例えば、TMA、SDA、NASBA、シグナル増幅方法例えば、bDNA、ヌクレアーゼ保護アッセイ、インサイチュハイブリダイゼーションなどを用いて測定することもできる。本発明における一実施形態には、バイオチップアッセイがある。本明細書においてバイオチップ又はチップとは、概して、捕捉結合リガンド吸着剤、親和性試薬又は結合リガンド、又は核酸が測定される場合には捕捉プローブとも称されるが付着していて、それがタンパク質か、核酸か、或いはその双方を結合し得る固体担体又は基板を含む組成物を意味する。概して、タンパク質及び核酸バイオマーカーの測定にバイオチップが使用される場合、タンパク質バイオマーカーは、核酸バイオマーカーの測定に使用されるチップとは別のチップで測定される。核酸の測定に有用なさらなるプラットフォーム及び方法の非限定的な例については、米国特許出願公開第2006/0275782号、米国特許出願公開第2005/0064469号及び独国特許第10201463号を参照のこと。様々な実施形態において、バイオマーカーは同じプラットフォーム上、例えば1つのチップ上で測定される。様々な実施形態において、バイオマーカーは異なるプラットフォーム及び/又は異なる実験ランを使用して測定される。結合リガンド、捕捉結合リガンド、捕捉結合種、捕捉プローブ又は本明細書における文法的に等価な語は、標的分析物、標的種又は標的配列全て同義的に使用されるの存在の検出、又はその相対的若しくは絶対的な定量化に使用される化合物であって、且つ標的分析物、標的種又は標的配列に結合し得る化合物を意味する。概して、捕捉結合リガンド又は捕捉プローブは、本明細書にさらに記載するとおりの検出を目的とした標的種又は標的配列の固体担体との付着を可能にする。標的種の捕捉結合リガンドとの付着は直接的であっても、又は間接的であってもよい。例示的実施形態において、標的種はバイオマーカーである。当業者は理解するであろうとおり、結合リガンドの組成はバイオマーカーの組成に依存し得る。多種多様なバイオマーカーに対する結合リガンドが公知であり、又は公知の技法を用いて容易に見出すことができる。例えば、バイオマーカーがタンパク質である場合、結合リガンドはタンパク質特に、以下でさらに考察するとおり抗体又はその断片Fab等を含め又は小分子を含む。結合リガンドはまた、他の種のタンパク質と交差反応性も有し得る。抗原-抗体対、受容体-リガンド、及び炭水化物とその結合パートナーもまた、好適な分析物-結合リガンド対である。様々な実施形態において、結合リガンドは核酸であってもよい。核酸結合リガンドは、タンパク質が標的であるときに特に有用性が見出される;或いは、本明細書により参照によって援用される米国特許第5,270,163号;米国特許第5,475,096号;米国特許第5,567,588号;米国特許第5,595,877号;米国特許第5,637,459号;米国特許第5,683,867号;米国特許第5,705,337号及び関連特許に概して記載されるとおり、事実上任意のバイオマーカーに結合するように核酸アプタマーを作成することができる。核酸結合リガンドはまた、核酸が結合標的であるときにも特に有用性が見出される。コンビナトリアルケミストリー法に基づく結合パートナーの作成に関しては、広範な文献がある。これらの実施形態において、結合リガンドが核酸である場合、好ましい組成物及び技法が、本明細書により参照によって援用される国際公開第1998/020162号に概説されている。様々な例示的実施形態において、捕捉結合リガンドは抗体である。このような実施形態は、タンパク質形態のバイオマーカーの検出に特に有用である。バイオマーカーのレベル例えば転写レベルの検出又は測定には、固体担体上でバイオマーカーのmRNAを検出する場合に概して本明細書において捕捉プローブと称される捕捉結合リガンドとのバイオマーカーの結合が関わる。この意味で、バイオマーカーは標的配列である。用語標的配列又は標的核酸又は本明細書における文法的に等価な語は、遺伝子の一部分、調節配列、ゲノムDNA、cDNA、mRNA及びrRNAを含むRNA、又はその他であってもよい核酸配列を意味する。本明細書に概説するとおり、標的配列は試料由来の標的配列であっても、又はPCR等の増幅反応産物などの二次標的であってもよい。一部の実施形態では、従って核酸の測定は、核酸の相補体を測定することを指し得る。配列が長いほど特異性が高いという理解のもと、標的配列は任意の長さであってよい。標的配列はまた、異なる標的ドメインを含んでもよい;例えば、試料標的配列の第1の標的ドメインが第1の捕捉プローブとハイブリダイズしてもよく、第2の標的ドメインが標識プローブとハイブリダイズしてもよい例えばサンドイッチアッセイフォーマット等である。標的ドメインは、示されるとおり隣接していても、又は離れていてもよい。指示されない限り、用語第1及び第2は、標的配列の5’-3’方向に関する配列の向きを与えることを意図するものではない。例えば、標的配列の5’-3’方向を仮定すれば、第1の標的ドメインは第2のドメインの5’側又は第2のドメインの3’側のいずれにも位置し得る。核酸が標的分析物として使用される場合、本発明のアッセイは数多くの実施形態をとり得る。一実施形態では、アッセイは溶液フォーマットで、いくつもの溶液ベースのフォーマットを用いて行われる。一実施形態では、当該技術分野において公知のとおりエンドポイントPCR又はリアルタイムPCRフォーマットが用いられる。これらのアッセイは、パネルとして、個別のチューブ又はウェルで行うことも、或いは多重アッセイとして、単一のチューブ又はウェル内で一組のプライマー及び種々の標識を使用して行うこともできる。PCRに基づく溶液フォーマットに加え、他のフォーマットを利用することができ、そのようなフォーマットには、限定はされないが、例えばFRET色素対を利用するライゲーションに基づくアッセイが含まれる。この実施形態では、標的配列にハイブリダイズした2つ又はそれ以上のプローブがライゲートしたときに限り、シグナルが生成される。多くの実施形態では、アッセイは固体担体上で、表面に会合した捕捉プローブを利用して行われる。本明細書において考察するとおり、捕捉プローブ又は時に称されるとおりの捕捉結合リガンドは、例えば、末端が官能基、例えばアミノ基で修飾された、シラン処理ガラスなどの修飾された表面に結合する捕捉プローブを使用することで、表面に共有結合させてもよい。或いは、非共有結合、例えば静電気、疎水性/親水性接着力を利用することができる。当業者が理解し、且つ本明細書で考察するとおり、多様な表面に対する数多くの付着が可能である。この実施形態において、アッセイは数多くのフォーマットをとり得る。一実施形態では、標的配列は本明細書に記載されるとおり、検出可能標識を含む。この実施形態において、概して標識は標的の増幅中に、2つの方法のうちの一方、すなわち増幅工程中に標識プライマーが利用されるか、又は標識dNTPが使用されるかのいずれか双方とも当該技術分野において公知であるによって標的配列に付加される。標識は、本明細書において考察するとおり一次標識又は二次標識のいずれであってもよい。例えば、一実施形態では、プライマー及び/又はdNTP上の標識はフルオロフォアなどの一次標識である。或いは標識は、ビオチン又は酵素などの二次標識であってもよい;例えば、一実施形態では、プライマー又はdNTPがビオチンで標識され、次にストレプトアビジン/標識複合体が加えられる。一実施形態では、ストレプトアビジン/標識複合体はフルオロフォアなどの標識を含む。代替的実施形態では、ストレプトアビジン/標識複合体は酵素標識を含む。例えば、複合体は西洋ワサビペルオキシダーゼを含むことができ、TMBを添加すると西洋ワサビペルオキシダーゼの作用によってTMBが沈殿し、光学的に検出可能なイベントが生じる。これには、検出用の光学系に蛍光光度計を使用しなくてもよい点で特定の利益がある。代替的実施形態では、固相アッセイは、標的分析物が核酸であるとき標識プローブ又はシグナリングプローブと称されることもある標識された可溶性捕捉リガンドの使用に頼るものである。このフォーマットでは、アッセイはサンドイッチ型のアッセイであり、ここでは捕捉プローブが標的配列の第1のドメインに結合し、及び標識プローブが第2のドメインに結合する。この実施形態においても、標識プローブは一次標識例えばフルオロフォア又は二次標識ビオチン又は酵素のいずれであってもよい。一実施形態では、本明細書において考察するとおり、標識プローブがビオチンを含み、及びストレプトアビジン/酵素複合体が使用される。上記のとおり、例えば複合体は西洋ワサビペルオキシダーゼを含むことができ、TMBを添加すると西洋ワサビペルオキシダーゼの作用によってTMBが沈殿し、光学的に検出可能なイベントが生じる。一部の実施形態における標的種の検出には、様々な方法で組み込むことのできる標識又は検出可能なマーカー以下に記載するとおりが必要である。従って、様々な実施形態において組成物は標識又は検出可能なマーカーを含む。一実施形態では標的種又は標的分析物若しくは標的配列が標識され;従って標的種が結合すると、固体担体の表面に標識が提供される。本明細書において特に有用性が見出される実施形態では、サンドイッチフォーマットが利用され、ここでは標的種は標識されない。これらの実施形態では、捕捉又はアンカー結合リガンドが本明細書に記載されるとおりの検出表面に固着され、及び可溶性結合リガンド多くの場合に本明細書ではシグナリングプローブ、標識プローブ又は可溶性捕捉リガンドと称されるが、独立して標的種に結合し、且つ少なくとも1つの標識又は検出可能なマーカーを直接的に、或いは間接的に含む。本明細書において標識又は標識されたは、化合物に少なくとも1つの分子、元素、同位体又は化学的化合物が結合していることで、その化合物の検出が可能であることを意味する。一般に、標識は4つのクラスに分類される:a同位体標識これは放射性同位体又は重同位体であってもよい;b磁気的、電気的、熱的なもの;c有色色素又は発光色素;及びd酵素;しかしながら標識には、磁性粒子などの粒子も同様に含まれ得る。色素は発色団又は蛍光体であってもよいが、好ましくは蛍光色素であり、これはそのシグナルが強力であるため、復号に良好な信号対雑音比を提供する。本発明における使用に好適な色素としては、限定はされないが、ユウロピウム及びテルビウムのものを含む蛍光性ランタニド錯体、フルオレセイン、ローダミン、テトラメチルローダミン、エオシン、エリスロシン、クマリン、メチルクマリン、ピレン、マラカイトグリーン、スチルベン、ルシファーイエロー、カスケードブルーCascadeBlue、テキサスレッドTexasRed、アレクサAlexa色素及び本明細書により参照によって明示的に援用されるRichardPHauglandによる6thEditionoftheMolecularProbesHandbookに記載されるその他の色素が含まれる。さらなる標識には、ナノ結晶、又は参照により援用される米国特許第6,544,732号に記載されるとおりのQドットQdotが含まれる。様々な実施形態において、検出可能な二次標識が使用される。二次標識は、間接的に検出されるものである;例えば二次標識は、検出用の一次標識を結合し、又はそれと反応することができるか、別の産物に作用して一次標識を生成することができるか例えば酵素、又は二次標識を含む化合物の非標識材料との分離を可能にし得る。二次標識には、限定はされないが、結合パートナー対の一方;化学修飾された部分;ヌクレアーゼ阻害薬、酵素、例えば西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ等が含まれる。二次標識にはまた、別の標識も含まれ得る。様々な実施形態において、二次標識は結合パートナー対である。例えば標識は、その結合パートナーを結合し得るハプテン又は抗原であってもよい。例えば、好適な結合パートナー対には、限定はされないが:抗原タンパク質ペプチドを含むなど及び抗体その断片Fab等を含む;ビオチン/ストレプトアビジンを含むタンパク質と小分子;酵素と基質又は阻害薬;他のタンパク質間相互作用対;受容体-リガンド;及び炭水化物とその結合パートナーが含まれる。核酸間結合タンパク質対もまた有用である。一般に、対のうち小さい方がNTPに結合してプライマーに取り込まれる。好ましい結合パートナー対には、限定はされないが、ビオチン又はイミノビオチン及びストレプトアビジン、ジゴキシン及びAb、並びにプロリンクスProlinx商標試薬が含まれる。本発明のサンドイッチフォーマットでは、酵素が二次標識として働き、可溶性捕捉リガンドに結合する。一部の実施形態において特に有用であるのは、西洋ワサビペルオキシダーゼの使用であり、これは3,3’,5,5’-テトラメチルベンジジンTMBと組み合わせると有色の沈殿物を形成し、次にそれが検出される。ある場合には、可溶性捕捉リガンドがビオチンを含み、次にそれが酵素-ストレプトアビジン複合体に結合され、TMBの添加により有色の沈殿物を形成する。様々な実施形態において、標識又は検出可能なマーカーはコンジュゲートした酵素例えば西洋ワサビペルオキシダーゼである。様々な実施形態において、このシステムは反応生成物の沈殿の検出に頼るか、又は検出のために例えば電子特性の変化に頼るものである。様々な実施形態において、いずれの化合物も標識を含まない。本明細書で使用されるとき、用語蛍光シグナル生成部分又はフルオロフォアは、ある波長でエネルギーを吸収し、別の波長で再びエネルギーを放出する分子又は分子の一部を指す。測定することのできる蛍光特性には、蛍光強度、蛍光寿命、発光スペクトル特性、エネルギー伝達などが含まれる。単一の分子からのシグナルは、数多くの検出システムにより生成及び検出することができ、そのような検出システムには、限定はされないが、走査型電子顕微鏡法、近接場走査型光学顕微鏡法NSOM、全内部反射蛍光顕微鏡法TIRFMなどが含まれる。表面上のナノスケール構造を分析及び検出するためのかかる技法の適用については、参照によって援用される以下の参考文献により明らかなとおり、文献中に十分な指針が見出される:ReimeretaleditorsScanningElectronMicroscopyPhysicsofImageFormationandMicroanalysis2ndEdition;NieetalAnalChem7815281534;HechtetalJournalChemicalPhysics11277617774;ZhuetaleditorsNearFieldOpticsPrinciplesandApplications;Drmanac、国際公開第2004/076683号;LehretalAnalChem7524142420;NeuschaferetalBiosensorsBioelectronics18489497;Neuschaferetal、米国特許第6,289,144号など。従って、フルオロフォアの検出システムは、上記に考察されるとおりの蛍光特性の測定に使用することができる任意の装置を含む。様々な実施形態において、検出システムは、励起源と、フルオロフォアと、放出光子を励起光子と分離する波長フィルタと、放出光子を記録し、且つ記録可能な出力を、一部の実施形態では電気信号又は写真画像として生成する検出器とを含む。検出装置の例には、限定なしに、分光蛍光光度計及びマイクロプレートリーダー、蛍光顕微鏡、蛍光スキャナー例えばマイクロアレイリーダーを含む及びフローサイトメーターが含まれる。様々な例示的実施形態において、バイオマーカーの結合リガンドとの結合は特異的又は選択的であり、結合リガンドは結合対の一部である。本明細書においてバイオマーカーを特異的に結合する又は選択的に結合する又はバイオマーカーに対して選択的とは、リガンドがバイオマーカーを、バイオマーカーと検査試料の他の成分又は混入物とを区別するのに十分な特異性で結合することを意味する。用語固体担体又は基板は、捕捉結合リガンドを付着又は会合させるのに適切な分散した個別の部位を含むように修飾することができる任意の材料を指す。好適な基板は、金などの金属表面、電極、ガラス及び修飾された又は機能化されたガラス、プラスチックアクリル、ポリスチレン及びスチレンと他の材料との共重合体、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリカーボネート、ポリウレタン、テフロンTeflon、これらの誘導体等を含む、多糖類、ナイロン又はニトロセルロース、樹脂、マイカ、シリカ又はケイ素及び変性ケイ素を含むシリカベース材料、炭素、金属、無機ガラス、ガラス繊維、セラミック、ゲテクGETEKポリプロピレンオキシドとガラス繊維の配合物及び様々な他のポリマーを含む。本発明において特に有用であるのは、以下に記載するClonDiag材料である。多くの場合に、バイオチップの表面は複数の指定可能なaddressable位置を含み、その各々が捕捉結合リガンドを含む。本明細書においてアレイ位置、指定可能な位置、パッド又は部位は、共有結合した捕捉結合リガンドを含む基板上の位置を意味する。本明細書においてアレイは、規則正しく並べられた形式、例えば行列状の複数の捕捉結合リガンドを意味する。アレイのサイズはアレイの組成及び最終用途に依存し得る。約2個又はそれ以上乃至何千個、何万個の異なる捕捉結合リガンドを含むアレイを作製することができる。概してアレイは、アレイの最終用途に応じて、3、4、5、6、7種又はそれ以上の種類の捕捉結合リガンドを含み得る。本発明では、アレイは、対照、マーカーの複製物などを含むことができる。例示的な範囲は約3種~約50種である。一部の実施形態では、本発明の組成物はアレイ形式でなくてもよい;すなわち一部の実施形態については、単一の捕捉リガンドを含む組成物が同様に作製され得る。加えて、一部のアレイでは、異なる組成か、或いは同じ組成の、複数の基板が使用され得る。従って、例えば大型アレイが複数のそれより小さい基板を含み得る。従って、一態様において本発明は、バイオマーカーパネルの各バイオマーカーに対する捕捉結合リガンドを含む固体担体を含む組成物を含む。様々な実施形態において、捕捉リガンドは核酸である。様々な実施形態において、捕捉結合リガンドは抗体である。様々な実施形態において、組成物は、バイオマーカーパネルの各バイオマーカーに対する可溶性結合リガンドをさらに含む。当該技術分野において公知のとおりの数多くの異なるバイオチップアレイプラットフォームが用いられ得る。例えば、本発明の組成物及び方法は、GeneChip登録商標Affymetrix、CodeLink商標BioarrayAmersham、ExpressionArraySystemAppliedBiosystems、SurePrintマイクロアレイAgilent、Sentrix登録商標LDBeadChip又はSentrix登録商標ArrayMatrixIllumina及びVerigeneNanosphereなどのアレイプラットフォームで実現することができる。様々な例示的実施形態において、バイオマーカーの検出及び測定では、標的分析物又は標的種の結合の指標を提供するため、比色分析の方法及びシステムが利用される。比色法では、結合した標的種、例えばバイオマーカーが存在すると、1つ又は複数の波長における試料又は基板による吸光度又は光透過率が変化し得る。従ってかかる波長での吸光度又は光透過率を検出することにより、標的種の存在に関する指標がもたらされる。比色法の検出システムは、上記に考察されるとおりの比色特性の測定に使用することのできる任意の装置を含む。概して装置は、分光光度計、比色計、又は1つ以上の波長における吸光度又は光透過率を測定する任意の装置である。様々な実施形態において、検出システムは光源;波長フィルタ又はモノクロメータ;キュベット又は反応バイアルなどの試料容器;透過光を記録する光抵抗器などの検出器;及びディスプレイ又はイメージング素子を含む。様々な例示的実施形態において、バイオマーカーの比色検出にClonDiagチッププラットフォームが使用される。様々な実施形態において、ClonDiagArrayTubeATが使用される。ArrayTubeの一つの独自の特徴は、マイクロプローブアレイバイオチップとマイクロ反応バイアルとの組み合わせである。様々な実施形態において、標的配列が核酸である場合、標的配列の検出は、試料中に含まれる標的配列を増幅及びビオチン化し、任意選択により増幅産物を消化することにより行われる。次に増幅産物を、ClonDiagチップ上に含まれるプローブとハイブリダイズさせる。ストレプトアビジン-酵素コンジュゲートの溶液、例えばポリ西洋ワサビペルオキシダーゼHRPコンジュゲート溶液を、ClonDiagチップに接触させる。洗浄後、o-ジアニシジン基質溶液などの色素溶液をチップに接触させる。色素の酸化により沈殿が生じ、それを比色法で検出することができる。ClonDiagプラットフォームのさらなる説明は、MoneckeSSlickersPHotzelHetalClinMicrobiolInfect200612718728;MoneckeSBergerBachiBCoombsCetalClinMicrobiolInfect200713236249;MoneckeSLeubeIandEhrichtRGenomeLett20032106118;MoneckeSandEhrichtRClinMicrobiolInfect200511825833;独国特許第10201463号;米国特許出願公開第2005/0064469号及びClonDiagArrayTubeExperimentGuidelineforDNABasedApplicationsversion122007全て全体として参照により援用されるに見出される。当業者は、比色変化を生じさせるため、3,3’,5,5’-テトラメチルベンジジンTMBなどの、ペルオキシダーゼと反応する数多くの他の色素を利用し得ることを理解するであろう。具体的なアッセイプロトコルに関する情報については、wwwclondiagcomtechnologiespublicationsphpを参照のこと。様々な実施形態において、標的種がタンパク質である場合、ArrayTubeバイオチップは抗体などの捕捉結合リガンドを含む。試料をバイオチップと接触させ、試料中に存在する任意の標的種を捕捉結合リガンド抗体と結合させる。可溶性捕捉結合リガンド又は検出化合物、例えば西洋ワサビペルオキシダーゼコンジュゲート抗体を標的種と結合させる。次にTMBなどの色素を添加して西洋ワサビペルオキシダーゼと反応させると、沈殿及び色の変化が生じ、その変化が好適な検出装置で検出される。ArrayTubeを使用したタンパク質検出のさらなる説明は、例えば、HuelsewehBEhrichtRandMarschallHJProteomics2006629722981;及びClonDiagArrayTubeExperimentGuidelineforProteinBasedApplicationsversion122007全て全体として参照により援用されるに見出される。透過の検出及び分析はClonDiagATリーダー機器で実施される。好適なリーダー機器及び検出装置には、ArrayTubeWorkstationATS及びATR03が含まれる。ArrayTubeに加え、ClonDiagArrayStripASを使用することができる。ArrayStripは、高容量試験用の96ウェルフォーマットを提供する。各ArrayStripは、各ウェルの底にマイクロアレイが組み込まれた標準的な8ウェルストリップからなる。最大12個のArrayStripを1つのマイクロプレートフレームに挿入することができ、最大96個の試料の並行マルチパラメータ試験が可能となる。ArrayStripはArrayStripProcessorASPを使用して処理することができ、これはアレイベースの分析に必要なあらゆる液体操作、インキュベーション、及び検出工程を実行する。様々な実施形態において、タンパク質が検出される場合、ArrayStripを使用したタンパク質の検出方法は、緩衝液又はブロッキング溶液によるASアレイのコンディショニング;ASウェルにおける最大96個の試料溶液の負荷それによりタンパク質を結合させる;3回の洗浄;HRPに結合した二次抗体とのコンジュゲーション;3回の洗浄;TMBによる沈殿染色;及びASアレイ画像化及び任意選択のデータ保存を含む。当業者は、本明細書に開示される方法の実行に有用であり得る数多くのさらなるイムノアッセイフォーマット及びその変形例に精通しているであろう。概して、EMaggioEnzymeImmunoassayを参照のこと;また米国特許第4,727,022号;米国特許第4,659,678号;米国特許第4,376,110号;米国特許第4,275,149号;米国特許第4,233,402号;及び米国特許第4,230,767号も参照のこと。一般に、本発明に従い実施されるイムノアッセイは均一系アッセイであっても、又は不均一系アッセイであってもよい。均一系アッセイでは、通常は免疫反応に、特異抗体例えば、抗バイオマーカータンパク質抗体、標識された分析物、及び対象となる試料が関わる。抗体が標識分析物に結合すると、標識から生じるシグナルが直接的又は間接的に修飾される。免疫反応及びその程度の検出の双方とも、均一溶液中で行われ得る。用いられ得る免疫化学的標識には、遊離基、放射性同位元素、蛍光色素、酵素、バクテリオファージ、又は補酵素が含まれる。不均一系アッセイ手法では、試薬は通常、試料、抗体、及び検出可能なシグナルを発生する手段である。上記に記載したとおりの試料が用いられ得る。抗体は、ビーズプロテインA及びプロテインGアガロースビーズなど、プレート又はスライドなどの担体上に固定化し、液相中で抗原を含むことが疑われる検体と接触させることができる。次に担体を液相から分離し、及び検出可能なシグナルについて、かかるシグナルを発生する手段を用いて担体相又は液相のいずれかを調べる。このシグナルは、試料中における分析物の存在に関係している。検出可能なシグナルを発生する手段には、放射性標識、蛍光標識、又は酵素標識の使用が含まれる。例えば、検出する抗原が第2の結合部位を含む場合、当該の部位に結合する抗体を検出可能な基にコンジュゲートし、分離する工程の前に液相反応溶液に加えることができる。固体担体上における検出可能な基の存在が、検査試料中における抗原の存在を示す。好適なイムノアッセイの例には、免疫ブロット法、免疫蛍光法、免疫沈降法、化学発光法、電気化学発光法ECL又は酵素結合免疫測定法が含まれる。抗体は、診断アッセイに好適な固体担体例えば、プロテインA又はプロテインGアガロースなどのビーズ、ラテックス又はポリスチレンなどの材料から形成されたマイクロスフェア、プレート、スライド又はウェルに、受動結合passivebindingなどの公知の技法に従いコンジュゲートすることができる。本明細書に記載されるとおりの抗体は同様に、放射標識例えば、35S、125I、131I、酵素標識例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、及び蛍光標識例えば、フルオレセイン、アレクサAlexa、緑色蛍光タンパク質、ローダミンなどの検出可能な標識又は基と、公知の技法に従いコンジュゲートしてもよい。本明細書に記載される方法及び組成物のいずれかを使用して試料をアッセイし、バイオマーカーパネルのレベルを決定することができる。従って、一態様において本発明は、患者からの試料をアッセイして試料中におけるバイオマーカーパネルの濃度を決定する方法を提供する。一部の実施形態では、この方法は、バイオマーカーパネルの各バイオマーカーに対する捕捉結合リガンド又は捕捉プローブを含む固体担体を含む組成物と、試料を接触させる工程を含む。本発明はさらに、医学診断及び治療を含む、工業、法医学、及び研究における数多くの用途に対する肺の健康状態又は肺癌状態の決定において使用されるキットを提供する。キットは、1つ以上の容器、例えば、バイアル、チューブ、アンプル、ボトル、ポーチ、包装袋などを、中に密封された状態で有する運搬手段、例えば、箱、段ボール、筒などを含み得る。様々な実施形態において、キットは、1つ以上の培地又は培地成分、及び本明細書に開示される様々なバイオマーカー及びバイオマーカーパネルの測定用試薬から選択される1つ以上の構成成分を含む。例えば、本発明のキットはまた、同じ又は異なる容器内に、1つ以上のDNAポリメラーゼ、1つ以上のプライマー、1つ以上の好適な緩衝液、1つ以上のヌクレオチドデオキシヌクレオシド三リン酸dNTP及び好ましくは蛍光標識されたdNTPなど及び標識用構成成分も含み得る。1つ以上の構成成分は同じ容器内に入れられてもよく、又は別個の容器内にあって、使用前に混合されてもよい。本発明のキットはまた、本発明の方法の実施についての1つ以上の使用説明書又はプロトコルも含み得る。キットはまた、コンピュータ又はコンピュータの構成要素、例えばコンピュータ可読記憶媒体若しくは装置も含み得る。記憶媒体の例には、限定なしに、CD、DVD及びBlurayDiscBDなどの光ディスク;光磁気ディスク;磁気テープ並びに内蔵ハードディスク及びリムーバブルディスクなどの磁気媒体;EPROM、EEPROM及びフラッシュメモリなどの半導体記憶装置;及びRAMが含まれる。コンピュータ可読記憶媒体は、本明細書に開示される様々な治療法及び処置レジメンに対する参照を符号化するソフトウェアを含み得る。ソフトウェアがコンピュータにより解釈されることで、本明細書に提供されるとおりのバイオマーカーの様々な濃度測定値に従う処置が実務者に提供され得る。様々な実施形態において、キットは、リスク閾値の検出を伴うラテラルフロー法に基づくポイントオブケア簡易迅速検査が関わるバイオマーカーアッセイ、又は構成するバイオマーカーについての定量的アッセイを伴うバイオチップを含む。診断及び治療方法本発明の組成物及び方法は、対象における疾患の予後判定、診断及び治療に使用することができる。本発明は、対象からの試料中におけるバイオマーカーを測定するための臨床検査及びポイントオブケア検査用組成物及び方法を提供する。本発明は、概して数多くの異なる疾患に適用することができる。例示的実施形態において、疾患は肺癌である。本明細書に開示されるバイオマーカー及びバイオマーカーパネルは、疾患を有する、疾患を有しない、又は疾患を有するリスクがある対象の診断、同定又はスクリーニング方法;疾患の治療を受けている対象のモニタリング方法;新規治療法又は治療法の変更の決定又は提案方法;他の疾患による疾患又は疾患の細分類に含まれる疾患に関連する疾患状態を区別する診断方法;患者における疾患の重症度又は重症度の変化の評価方法;疾患を有する対象の病期診断方法及び疾患を有する対象の治療に用いる治療又はインターベンションの選択又は変更方法で使用することができる。例示的実施形態において、本発明の方法は、疾患に対して無症候性又は前駆症状性の対象の同定及び/又は診断に用いられる。これに関連して、無症候性又は前駆症状性は、疾患についての従来の症状又は十分な異常を呈しないことを意味する。様々な実施形態において、対象における疾患の予後を判定する方法、対象における疾患を診断する方法、又は対象における疾患を治療する方法は、対象からの試料においてバイオマーカーパネルの測定値をとる工程を含む。様々な例示的実施形態において、バイオマーカーパネルは、CCNIサイクリンI配列番号1、EGFR上皮成長因子受容体配列番号2、FGF9線維芽細胞成長因子19配列番号3、GREB1タンパク質配列番号4、LZTSロイシンジッパー、推定抑制因子I配列番号5、BRAFv-rafマウス肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログB1配列番号6、FRS2線維芽細胞成長因子受容体基質2配列番号7、ANXA1アネキシンA1配列番号8、Hp2ハプトグロビン2配列番号8、B鎖、MHc様亜鉛α2-糖タンパク質とProlとの間に形成される複合体の結晶構造、ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae、カンピロバクターショウアエCampylobactershowae、ストレプトコッカスサリバリスStreptococcussalivaris、カンピロバクターレクタスCampylobacterrectus、ベイヨネラパルブラVeillonellaparvula、キゲラオラリスKigellaoralisのうちの2つ以上からなる。用語疾患状態は、無病を含め、疾患の任意の識別可能な徴候を含む。例えば、疾患状態には、限定なしに、疾患の存在又は非存在、疾患を発症するリスク、疾患の病期、疾患の進行状態例えば、時間の経過に伴う疾患の進行又は疾患の寛解、疾患の重症度及び疾患の治療に対する有効性又は反応が含まれる。本発明との関連において対象は、動物、好ましくは哺乳動物である。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ、又はウシであってもよく、しかしこれらの例に限定されるものではない。様々な例示的実施形態において、対象はヒトであり、患者と呼ばれ得る。ヒト以外の哺乳動物は、有利には、疾患の動物モデルとなる対象として、又は獣医用途に使用することができる。対象は、過去に疾患を有すると診断又は同定された者であってもよく、及び任意選択により、疾患に対する治療介入を既に受けたか、又は受けているところである。或いは、対象はまた、疾患を有すると過去に診断されたことがない者であってもよい。例えば対象は、疾患についての1つ以上のリスク要因を示す者、又は疾患リスク要因を示さない者、又は疾患について無症候性である者であってもよい。対象はまた、疾患を患っている者、又は疾患を発症するリスクがある者であってもよい。特定の実施形態では、対象は既に治療を受けているところであってもよく、又は治療の適応となる者であってもよい。当業者は理解するであろうとおり、バイオマーカーは、より予測性の高い対象及び分析のばらつきを実現するように設計されたいくつかの技法を用いて測定され得る。用語試料は、対象から得られた検体又は培養物を指し、流体、気体及び例えば組織を含む固体を含む。様々な例示的実施形態において、試料は唾液を含む。当業者は理解するであろうとおり、試料に対して事実上任意の実験操作工程又は試料調製工程が行われていてよい。例えば、洗浄工程及び/又は断片化が試料に適用され得る。様々な実施形態において、バイオマーカーパネルは対象において直接測定され、患者から分離された試料を得る必要はない。一態様において、本発明は、疾患について対象を診断する方法を提供し、この方法は、バイオマーカーパネルの測定値をとる工程;及びその測定値を疾患と相関させる工程を含む。用語相関させるは、概して、あるタイプのデータと別のタイプのデータとの間の、又はある状態との間の関係を決定することを指す。様々な実施形態において、測定値を疾患と相関させる工程は、測定値を基準バイオマーカープロファイル又は他の何らかの基準値と比較することを含む。様々な実施形態において、測定値を疾患と相関させる工程は、対象が現在疾患状態にあるかどうかを決定することを含む。バイオマーカーパネルの数量又は活性測定値は基準値と比較することができる。次に、対象試料におけるバイオマーカーの測定値を基準値と比較した差が同定される。例示的実施形態において、基準値は、以下でさらに記載するとおりのリスク分類によって提供される。様々な実施形態において、基準値はベースライン値である。ベースライン値は、1人以上の疾患を有しない対象、疾患に対して無症候性の対象又はある特定のレベルの疾患を有する対象からのバイオマーカーの有効量の複合試料である。ベースライン値はまた、処置又は治療の結果として疾患のリスク要因の改善を示した対象に由来する試料中のバイオマーカーの量も含むことができる。これらの実施形態では、対象由来の試料との比較を行うため、バイオマーカーの量は同じように計算される。基準値はまた、侵襲的又は非侵襲的技法により確認された疾患を有する対象、又は疾患を発症するリスクが高い対象に由来するバイオマーカーの量も含むことができる。任意選択により、疾患を有する、又は疾患を発症するリスクが高まっていると同定される対象は、疾患の進行を遅延させるか、又は疾患を発症するリスクを低減若しくは予防する治療レジメンを受けることが選択される。疾患は、バイオマーカーの量が基準値に対して時間の経過に伴い変化する場合には進行性又は代替的に、処置が進行を予防しないと見なされ、一方、時間が経過してもバイオマーカーの量が一定基準集団と比べて、又は本明細書で使用されるとりの一定にとどまる場合には、疾患は進行性ではない。用語一定は、本発明との関連において使用されるとき、基準値に関する経時的な変化を含むように解釈される。本発明のバイオマーカーを使用して、ある特定の閾値に従い疾患を有しない対象、疾患を有するリスクがない対象、又は疾患を発症しないものと思われる対象の基準バイオマーカープロファイルを作成することができる。本明細書に開示されるバイオマーカーを使用して、疾患を有する対象又は疾患を有するリスクがある対象からとられた対象バイオマーカープロファイルも作成することができる。対象バイオマーカープロファイルを基準バイオマーカープロファイルと比較することで、疾患を発症するリスクがある対象を診断又は特定し、疾患の進行、並びに疾患の進行速度をモニタし、及び疾患の治療法の有効性をモニタすることができる。本発明の基準及び対象バイオマーカープロファイルは、機械可読媒体、とりわけ、限定はされないが、VCRで読み取り可能なものなどのアナログテープ;CD-ROM、DVD-ROMなどの光媒体;及び固体記憶装置に格納することができる。本発明のバイオマーカーパネルの測定は、医師による対象に関する治療に影響を及ぼし得る。従って本発明は、対象における疾患を治療する方法を提供し、この方法は、対象からの試料中におけるバイオマーカーパネルを測定する工程と、対象に関する治療に影響が及ぶ工程とを含む。用語治療及び処置は同義的に用いられ得る。特定の実施形態では、治療は、限定なしに、治療を開始すること、治療を継続すること、治療を変更すること又は治療を終了することから選択され得る。治療にはまた、疾患を予防するために取られ得る任意の予防的対策も含まれる。特定の実施形態では、処置は、対象に疾患修飾性薬物を投与することを含む。この薬物は、疾患であると診断若しくは特定される対象、又はその疾患を有するリスクがある対象に使用される治療薬又は予防薬であり得る。特定の実施形態において、治療の修飾とは、治療の継続期間、頻度又は強度を変更すること、例えば投薬量レベルを変更することを指す。様々な実施形態において、治療を遂行する工程は、生活様式の変更、例えば、運動を増やす、食事を変える、減煙又は禁煙等を、対象に行わせること、又はその必要性を対象に伝えることを含む。治療はまた、外科的手術、例えば乳腺切除術も含み得る。バイオマーカーレベルの測定により、疾患の処置過程をモニタすることが可能となる。疾患の処置レジメンの有効性は、経時的に対象から得られる試料から有効量で1つ以上のバイオマーカーを検出し、検出されたバイオマーカーの量を比較することによりモニタすることができる。例えば、最初の試料は対象が処置を受ける前に得てもよく、1つ以上の後続の試料は対象の処置後又は処置中に採取される。試料間でのバイオマーカーレベルの変化が、治療の有効性に関する指標を提供し得る。特定の対象に適切な治療薬又は薬物を同定するため、対象からの検査試料を治療剤又は薬物に曝露することもでき、1つ以上のバイオマーカーのレベルを決定することができる。バイオマーカーレベルは、処置の、又は治療剤若しくは薬物に対する曝露の前及びその後に対象から得られた試料と比較してもよく、又はかかる処置若しくは曝露の結果として疾患に関する改善を示した1人以上の対象から得られた試料と比較してもよい。従って、一態様において本発明は、対象に関する治療の効力を評価する方法を提供し、この方法は、対象からの第1の試料中におけるバイオマーカーパネルの第1の測定値をとる工程と;対象に関して治療を遂行する工程と;対象からの第2の試料中におけるバイオマーカーパネルの第2の測定値をとり、第1の測定値と第2の測定値とを比較して治療の効力を評価する工程とを含む。加えて、対象から得られた試料から有効量でバイオマーカー2つ以上であり得るを検出し、及び対象由来の試料を、対象由来の試料中における1つ又は複数のバイオマーカーの量を決定する試験化合物に曝露することにより、特定の対象に対する投与に好適な治療剤又は予防剤を特定することができる。従って、疾患を有する対象又は疾患を発症するリスクがある対象に使用される処置又は治療レジメンを、対象から得られた試料中における、且つ基準値と比較されるバイオマーカーの量に基づき選択することができる。2つ以上の処置又は治療レジメンを並行して評価することで、疾患の発生を遅延させるため、又は疾患の進行を緩徐にするため対象に用いるのにどの処置又は治療レジメンが最も有効かを決定することができる。様々な実施形態において、疾患の処置を開始又は継続すべきかどうかに関する助言が行われる。薬物処置様々な例示的実施形態において、治療を遂行する工程は、疾患修飾性薬物を対象に投与することを含む。対象は、測定されるバイオマーカーの変化したレベルが、疾患に罹患していない集団、病期若しくは型の重篤性がより低い疾患を患っている集団、又は疾患修飾性薬物による処置の結果として疾患バイオマーカーの改善を示す集団において測定されるベースライン値に戻るまで、1つ以上の疾患修飾性薬物で治療され得る。加えて、バイオマーカー又は臨床パラメータのレベルの変化に関連する改善は、疾患修飾性薬物による処置の結果であり得る。本発明の方法を用いて対象を治療し、及び進行をモニタするため、疾患修飾性薬物などの数多くの化合物を使用し得る。特定の実施形態では、疾患修飾性薬物は、含む。これらの及び他の薬物の有益な作用は、臨床及び検査バイオマーカーの評価により可視化することができる。本明細書に開示される任意の薬物又は薬物の組み合わせは、疾患を治療するため対象に投与され得る。本明細書における薬物は、いくつもの方法で、多くの場合には当該技術分野における又は本明細書に開示若しくは参照されるとおりの様々な公知の製剤に従い、製剤化することができる。様々な実施形態において、本明細書に開示される任意の薬物又は薬物の組み合わせを対象に投与しないことにより、疾患が治療される。これらの実施形態では、実務者が薬物又は薬物の組み合わせの投与をやめてもよく、対象が薬物又は薬物の組み合わせの投与を受けないことを推奨してもよく、又は対象に薬物又は薬物の組み合わせが投与されることを阻止してもよい。様々な実施形態において、推奨される薬物又は投与されたことのある薬物に加えて1つ以上のさらなる薬物が、任意選択により投与されてもよい。さらなる薬物は、典型的にはいかなる推奨されない薬物又は避けるべき薬物でもない。例示的実施形態において、1つ以上のさらなる薬物は、1つ以上の血糖降下薬を含む。決定行列実務者により選択される治療は、試料において決定されるバイオマーカーの濃度に依存し得る。様々な例示的実施形態において、治療は、各バイオマーカーに特有のある範囲のカテゴリーのうちどのカテゴリーに各バイオマーカーの濃度測定値が該当するかに依存する。様々な例示的実施形態において、治療は、バイオマーカーパネルにより示される異なる症状又は疾患リスクレベルの組み合わせに依存する。バイオマーカーの濃度測定値に関して、用語カテゴリーは、バイオマーカーが有し得る可能な濃度の区分のサブセットを指す。各カテゴリーは、実務者により選択されるラベル又は分類と関連付けられ得る。ラベルは、例えば、個体が疾患状態を有する、又は疾患状態に罹り易いリスクレベルを参照し得る。カテゴリー及びラベルは、現在ある文献から導き出されても、又は実務者の知見に従い導き出されてもよい。従ってバイオマーカーパネルの各バイオマーカーは、カテゴリー、例えばリスクカテゴリーの離散集合と関連付けることができる。各バイオマーカーから一つのカテゴリーを組み合わせて決定点が形成される。様々な例示的実施形態において、決定点の全体集合は可能な全てのn組のカテゴリーを含み、ここでnは、バイオマーカーパネルにおけるバイオマーカーの数である。この全体集合は、m1×m2×...mn個の可能な決定点を有し、式中miは、バイオマーカーiのカテゴリーの数である。決定点毎に病態又は疾患状態と関連付けることができ、病態又は疾患状態は必ずしも固有でない。すなわち1つ以上の決定点が同じ疾患状態に関連付けられ得る。可能な全ての決定点の病態又は疾患状態との関連付けは、疾患分類行列又は疾患分類ツリーと称することができる。従って、バイオマーカーパネルの測定値を決定点と相関させることにより、実務者は患者の病態又は疾患状態を分類することができる。決定点毎に特定の治療と関連付けることもでき、治療は必ずしも固有でない。すなわち1つ以上の決定点が同じ治療に関連付けられ得る。可能な全ての決定点の1つ以上の治療との関連付けは、治療決定行列又は治療決定ツリーと称することができる。各決定点を2種類以上の情報と関連付けることができる。例えば、ある決定点によって疾患状態及び治療の双方を指示することができる。冠詞a、an及びtheは、本明細書で使用されるとき、文脈上特に明確に指示されない限り、複数の指示対象を排除しない。接続詞又はは、文脈上特に明確に指示されない限り、相互排他的ではない。用語~を含むは非限定的な例を指して用いられる。以下の例は本発明を例示するために提供され、限定するためではない。実施例1:唾液トランスクリプトームのプロファイリング及び分析唾液採取刺激されていない全唾液試料を、既に確立されているプロトコルによって採取した。対象には、採取前の少なくとも30分間は食事、飲酒、喫煙、又は口腔清掃行為を控えるよう依頼した。口紅は拭き取り、及び対象は普通の水で口を1回ゆすいだ。典型的には、患者は約5~10mlの唾液を提供した。次に試料を4°Cで15分間、2,600gで遠心した。次に上清を使用時まで-80°Cで保存した。留意すべきこととして、唾液試料1mlにつき、1μlのアプロチニン、10μlのPMSFフェニルメタンスルホニルフルオリド及び3μlのオルトバナジウム酸ナトリウム全てSigmaStLouisMoからのものを含むプロテアーゼ阻害薬カクテルを添加した。mRNAの単離及び分析330μlの唾液上清から、MagMax商標ウイルスRNA単離キットAmbionAustinTXを使用してRNAを単離した。このプロセスは、KingFisher登録商標mL技術ThermoFisherScientificWalthamMAを使用して自動化し、続いてTURBO商標DNアーゼ処理AmbionAustinTXにより混入しているDNAを除去した。90μlの100μlから抽出したRNAを11μlに濃縮し、RiboAmp登録商標RNA増幅キットMolecularDevicesSunnyvaleCAを使用して線形増幅した。精製後、cDNAを転写し、インビトロ転写標識用GeneChip登録商標Expression3’Amplification試薬AffymetrixSantaClaraCAを使用してビオチン化した。続いて約20μgの標識されたRNAを、AffymetrixHumanGenomeU133Plus20Arrayを使用してGeneChip登録商標分析にかけた。チップハイブリダイゼーション及び走査を実施した。遺伝子アレイ統計分析全データベースのCELファイルを、Bioconductor22ハイパーテキスト転送プロトコル:wwwbioconductororgを使用して統計R2.7.0ハイパーテキスト転送プロトコル:wwwrprojectorgにインポートした。各マイクロアレイデータセットについてバックグラウンド補正及び分位数正規化quantilenormalizationを行った後、ProbeLogarithmicIntensityErrorEstimationPLIER発現尺度を計算した。全試料にわたるプローブセットレベルでの分位数正規化を実行し、全データセット間でエフェクトサイズが同様になるようにした。最後に、プローブセット毎に2標本t検定を適用して発現差異を特定した。各プローブセットの推定量及びp値を得た後、偽発見率FDRについて各プローブセットのp値を補正した。0.05のFDRレベルで、及び癌エフェクトサイズを、癌と正常試料との間の変化が>2倍として、遺伝子を選択した。バイオマーカー候補のスクリーニングマイクロアレイプロファイリングにより生成されたバイオマーカー候補を、マイクロアレイ分析に使用したものと同じ試料セットに関してリアルタイム定量RT-PCRqPCRによるさらなるスクリーニングに供した。これを達成するため、逆転写酵素及び遺伝子特異的プライマーを使用して、以下の熱サイクリング条件を用いて全RNAを逆転写した:60°Cで1分間、50°Cで30分間、95°Cで2分間、続いて95°Cで15秒間、50°Cで30秒間、72°Cで10秒間を15サイクル。これらの工程に続いて72°Cで5分間の最終伸長を行い、次に4°Cに冷却した。事前増幅産物をExoSAPITUSBCorporationを用いて清浄にし、水で1/40希釈した。2μlのcDNAをqPCRに使用した。ABI7500HTFastRealTimePCRシステムAppliedBiosystemsFosterCityCAにおいて、初期変性に95°Cで15分間、続いて95°Cで30秒間及び60°Cで30秒間を40サイクルのqPCRを、96ウェルプレートにおいて10μlの反応容量で、powerSYBR登録商標GreenMasterMixAppliedBiosystemsFosterCityCAを使用して実行した。いずれのqPCRも、全候補mRNAについてデュプリケートで実施した。各遺伝子の融解曲線によりPCRの特異性を確認し、平均閾値サイクルCtを調べた。アンプリコン長は、事前増幅に使用した外側プライマー対について約100~130bp及びqPCRに使用した内側プライマー対について60~80bpであった。RT-qPCRプライマーはPrimerExpress30ソフトウェアAppliedBiosystemsFosterCityCAを使用して設計した。いずれのプライマーもSigmaGenosysWoodlandsTXにより合成し、アンプリコンについて可能であればいつでもイントロンスパニングを行った。バイオマーカーCt値からGAPDHCt値を減じることによりΔCtを生成してローデータを正規化した。群間バイオマーカー比較にはマンホイットニー順位和検定を使用した。GAPDHを基準遺伝子として使用する場合、2-Ct法を用いてqPCRのデータ分析を実施した。ノンパラメトリックのウィルコクソン検定を使用して2つの群間のqPCRに基づく遺伝子発現値を比較した。RNA入力について正規化するため、GAPDHについてもqPCRを実施した。マーカーCt値からGAPDHCt値を減じることによりΔCtを提供してローデータを正規化し、次にR2.7.0のパッケージワールドワイドウェブrprojectorg及びBioconductor22のROCパッケージワールドワイドウェブbioconductororgを利用してstatsで分析した。対照群と膵癌群との2つの異なる分布を考慮して、マンホイットニーU検定を用いて統計的比較を行った。被験者群間を区別するバイオマーカーP値<0.05を同定し、曲線下面積AUC値を比較した。AUCは、1-特異性に対して感度をプロットする受診者動作特性ROC曲線の作成に基づく。AUC値はROC曲線の数値積分法により計算される。この値の範囲は0.5~1.0であり得る。0.5の値は、バイオマーカーがコイン投げ同然であることを示し、一方、1.0は比較的最良の診断精度を示す。肺癌被験者と対照被験者との間で発現が異なったものとして、7つのmRNAバイオマーカーが同定された。3つのmRNAバイオマーカーGREB1、CCNI、及びFRS2の組み合わせによるロジスティック回帰モデルで肺癌患者が対照被験者と区別され、約91の感度及び約88の特異性で約0.91のROCプロットAUC値が得られた。実施例2:唾液プロテオームのプロファイリング及び分析タンパク質の単離及び分析10人の健康対照被験者及び10人の肺癌被験者から唾液を採取し、4°Cで15分間、2600gで遠心した。10人の健康対照被験者及び10人の肺癌被験者からの唾液上清をプールして、プロテオームプロファイリング用の対照試料及び癌試料を形成した。プールした唾液試料中の250μgのタンパク質をメタノール沈殿させ、次に2-D細胞溶解緩衝液30mMのトリス-HCl、pH8.8、7Mの尿素、2Mのチオ尿素及び4CHAPS界面活性剤を含有に再懸濁した。肺癌及び対照の各プール試料の全タンパク質を、それぞれシアニン色素Cy2及びCy5で標識した。次に2つの標識した試料セットを組み合わせ、二次元ディファレンスゲル電気泳動に供した。標識した試料を負荷後、等電点電気泳動法IEFpH3~10を、AmershamBioSciencesにより提供されるプロトコルに従い実行した。IPGストリップをSDS-ゲル泳動緩衝液でリンスした後、13.5SDS-ゲルに移した。色素の前縁がゲルからはみ出るまで、SDS-ゲルを15°Cで泳動した。SDS-PAGEの直後にTyphoonTRIO商標AmershamBioSciencesを使用してゲル画像を走査した。タンパク質発現レベルのフォールドチェンジをゲル内DeCyder商標分析から得た。ゲル上のフォールドチェンジが1.5より大きいスポットを切り取り、次に何回か洗浄して染色色素及び他の化学物質を除去した。ゲルスポットを乾燥させて、最大量の消化緩衝液を吸収させた。乾燥した2Dゲルスポットを、配列決定等級の修飾トリプシンPromegaUSAを含む消化緩衝液で再度含水させた。タンパク質を37°Cで一晩、ゲル内消化した。消化したペプチドを、TFA抽出緩衝液で振盪しながらゲルから抽出した。消化したトリプシンペプチドを、C18ZiptipsMilliporeを使用して脱塩した。脱塩したペプチドをCHCAマトリックスα-シアノ-4-ヒドロキシ桂皮酸と混合し、MALDITOFMSABI4800同定用のMALDIプレートのウェルにスポットした。タンパク質の同定は、ペプチドフィンガープリント質量マッピングMSスペクトルを使用及びペプチド断片化マッピングMS/MSスペクトルを使用に基づいた。組み合わせたMS及びMS/MSスペクトルを、MASCOT検索エンジンを備えたGPSExplorerソフトウェアを使用してデータベース検索にかけ、一次配列データベースからタンパク質を同定した。バイオマーカー候補のスクリーニング4つのタンパク質アネキシンA1、ハプトグロビンHP2、インターロイキン1受容体拮抗薬、亜鉛α2-糖タンパク質。市販のELISAキットによりカルプロテクチンを検証した。癌群及び対照におけるハプトグロビンHP2、亜鉛α2-糖タンパク質及びカルプロテクチンの分布は、それぞれ0.00903、0.05、及び0.048のp値で有意差を示す。2-Dゲル分析で同定された4つのタンパク質上記を、元の試料セットに関してウエスタンブロット分析に供した。還元タンパク質試料レーン当たり15μgの総タンパク量を10ビス-トリスゲルに負荷し、MESSDS泳動緩衝液において1時間、150Vで泳動した。着色されたタンパク質標準Invitrogenを使用してタンパク質の移動を追跡した。iBlot登録商標Invitrogenを使用することにより、タンパク質をニトロセルロース膜に移した。次に10mMトリス-HCl、pH7.6、150mMのNaCl、及び0.1v/vのTween登録商標20SigmaAldrichを含む洗浄緩衝液で膜を洗浄した後、5脱脂粉乳を含む洗浄緩衝液で1時間ブロックした。さらに洗浄緩衝液で洗浄した後、膜を一次抗体マウス抗アネキシンA1Abcam、マウス抗ハプトグロビンLifespanBioscience、マウス抗ZAGSantaCruzBiotech、マウス抗アクチンSigmaAldrichと共に、全て製造者の指示に従い、ブロック緩衝液中室温で2時間インキュベートした。次に膜を洗浄した後、二次抗体ヒツジ由来の抗マウスIgGペルオキシダーゼ結合種特異的完全抗体、GEHealthcareを、製造者の指示に従い室温で1時間適用した。最後に、膜を洗浄し、ECLPlus商標検出キットGEHealthcareを使用して可視化した。ImageJソフトウェアNIHBethesdaMDUSAを使用してバンドのシグナル強度を測定した。正規化のため、目的のタンパク質に相当するバンドの強度を、同じブロットにおけるβアクチン発現に対応するバンドの強度で除した。製造者の指示CellSciencesに従いカルプロテクチンのELISAを行った。全ての唾液試料を試料希釈剤で100倍希釈した。全ての試料をデュプリケートで負荷した。実施例3:唾液微生物バイオマーカー10人の健康対照被験者及び10人の肺癌被験者から唾液を採取し、4°Cで15分間、2600gで遠心した。上清をデカントし、ペレットをDNA単離に使用した。そのペレットから、UltraClean登録商標微生物DNA単離キットMOBioLaboratoriesを製造者の指示に従い使用して、DNAを抽出した。次に単離したDNAを、微生物分析のためForsythInstituteCambridgeMAUSAに提出し、そのHumanOralMicrobeIdentificationMicroarrayサービスを使用した。対照被験者及び肺癌被験者からのマイクロアレイプロファイルに基づき、11種の微生物が2つの被験者群間で違いを有して存在するものとして同定された。リアルタイムPCRを使用して、元のDNA試料中における細菌株の量を決定した。全ての種について特異的プライマーを設計してリアルタイムPCRを実施することにより、肺癌試料と対照試料との間で細菌量を定量化した。リアルタイムPCRにより、試料群間で違いを有して存在するものとして7種の細菌が同定された。ポルフィロモナスカトニエPorphyromonascatoniae及びカンピロバクターショウアエCampylobactershowaeの2つの細菌が、対照と比べて肺癌被験者により豊富なものとして同定された。実施例4:スクリーニング方法日常的に歯の手入れを行っている患者を来院時にスクリーニングする。例えば、62歳の女性患者であって喫煙歴を有する者に対し、口内検査前に唾液試料の提供を依頼する。唾液試料を採取して、ポイントオブケアで分析するか、或いは参照試験所による分析に出す。本発明のバイオマーカー及び任意選択により他のバイオマーカーについて唾液試料が試験される。分析の結果は歯科医療従事者に提供され、肺癌を有するかどうかに関して患者に通知される。本明細書に引用される全ての参考文献、刊行物、特許出願、発行済みの特許、受託記録及びデータベースは、任意の付属書類を含め、あらゆる目的から全体として参照により援用される。"