"被験者から得た試料中の、以下のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、セロイド-リポフスチノーシス,ニューロナル3CLN3遺伝子とブイ-ラフミューリンサルコーマバイアルオンコジーンホモローグB1BRAF遺伝子との融合遺伝子の検出方法:配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。前記ポリペプチドが、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドである、請求項1に記載の方法。前記ポリペプチドが、配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項1に記載の方法。以下のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、CLN3遺伝子とBRAF遺伝子との融合遺伝子の検出用キット:配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。前記ポリペプチドが、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドである、請求項4に記載のキット。前記ポリペプチドが、配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項4に記載のキット。CLN3遺伝子とBRAF遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、下記a及びbからなる群より選択されるプライマーセット:a配列番号1に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、及びb配列番号4に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット。配列番号1の塩基番号1から369間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号1の塩基番号370から2080間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。配列番号4の塩基番号1から484間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号4の塩基番号485から2195間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。肺癌の新たな原因遺伝子であるポリヌクレオチドを解明し、これにより、当該ポリヌクレオチド又はそれがコードするポリペプチドの検出方法、及びそのためのキット又はプライマーセットを提供することを課題とする。本発明は、肺癌患者から得た検体からCLN3遺伝子の一部と、キナーゼであるBRAF遺伝子の一部とが融合した新規の融合遺伝子を単離同定し実施例1及び2、これらの融合遺伝子が肺癌患者検体に存在すること実施例3及び4、またこれらの融合遺伝子を発現させるためレトロウイルスを作製し実施例5、感染細胞が腫瘍形成能を有し、癌の原因遺伝子であることを見出した実施例6~8。本発明者は、これらの知見から、これらの融合遺伝子の検出法を構築し、そのためのキット及びプライマーセットを提供し、これらの融合遺伝子またはそれにコードされる融合蛋白質を検出することにより、BRAF阻害薬物治療の対象となる癌患者を選別することを可能とした。すなわち、本発明は、以下に関する。[1]被験者から得た試料中の、以下のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、セロイド-リポフスチノーシス,ニューロナル3CLN3遺伝子とブイ-ラフミューリンサルコーマバイアルオンコジーンホモローグB1BRAF遺伝子との融合遺伝子の検出方法:配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。[2]前記ポリペプチドが、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドである、[1]に記載の方法。[3]前記ポリペプチドが、配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、[1]又は[2]に記載の方法。[4]以下のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む、CLN3遺伝子とBRAF遺伝子との融合遺伝子の検出用キット:配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド。[5]前記ポリペプチドが、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドである、[4]に記載のキット。[6]前記ポリペプチドが、配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、[4]又は[5]に記載のキット。[7]CLN3遺伝子とBRAF遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、下記a及びbからなる群より選択されるプライマーセット:a配列番号1に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット、及びb配列番号4に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるアンチセンスプライマー及び該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子からなるセンスプライマーを含むプライマーセット。[8]配列番号1の塩基番号1から369間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号1の塩基番号370から2080間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。[9]配列番号4の塩基番号1から484間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号4の塩基番号485から2195間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とするCLN3遺伝子とBRAF遺伝子とを含む融合遺伝子陽性の癌特には肺癌の存在の検出方法:被験者から得た試料中の、下記1乃至3に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程、1配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とするCLN3遺伝子とBRAF遺伝子とを含む融合遺伝子陽性の癌特には肺癌の診断方法:被験者から得た試料中の、下記1乃至3に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程、1配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とする癌特には肺癌の存在の検出方法:1被験者から得た試料を鋳型とし、前記[7]乃至[9]に記載されたプライマーセットを用いてPCRを行う工程、及び2PCR産物の存在を検出する工程、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とする癌特には肺癌の診断方法:1被験者から得た試料を鋳型とし、前記[7]乃至[9]に記載されたプライマーセットを用いてPCRを行う工程、及び2PCR産物の存在を検出する工程、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とする、染色体の再構成genomicrearrangementを検出する方法:被験者から得た試料中の、下記1乃至3に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程、1配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。さらに、本発明は、下記工程を含むことを特徴とする、染色体の再構成genomicrearrangementを検出する方法:1i被験者から得た試料、iiCLN3遺伝子をコードする5’側ゲノム領域を含む標識プローブ、及びiiiBRAF遺伝子をコードする3’ゲノム領域を含む蛍光標識プローブを用い、インサイチュハイブリダイゼーションを行う工程、及び2前記標識のシグナルの重なりを検出する工程、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とする癌特には肺癌の存在の検出方法:1i被験者から得た試料、iiCLN3遺伝子をコードする5’側ゲノム領域を含む標識プローブ、及びiiiBRAF遺伝子をコードする3’ゲノム領域を含む蛍光標識プローブを用い、インサイチュハイブリダイゼーションを行う工程、及び2前記標識のシグナルの重なりを検出する工程、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とする癌特には肺癌の診断方法:1i被験者から得た試料、iiCLN3遺伝子をコードする5’側ゲノム領域を含む標識プローブ、及びiiiBRAF遺伝子をコードする3’ゲノム領域を含む蛍光標識プローブを用い、インサイチュハイブリダイゼーションを行う工程、及び2前記標識のシグナルの重なりを検出する工程、に関する。また、本発明は、下記1乃至3に記載のポリペプチド又は該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド:1配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。また、本発明は、被験者から得た試料中の、下記1乃至3に記載のポリペプチドの存在を検出する工程を含むことを特徴とする、CLN3とBRAFとの融合タンパク質の検出方法:1配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とするCLN3とBRAFとの融合タンパク質陽性の癌特には肺癌の存在の検出方法:被験者から得た試料中の、下記1乃至3に記載のポリペプチドの存在を検出する工程、1配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。また、本発明は、下記工程を含むことを特徴とするCLN3とBRAFとの融合タンパク質陽性の癌特には肺癌の診断方法:被験者から得た試料中の、下記1乃至3に記載のポリペプチドの存在を検出する工程、1配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、2配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、あるいは、3配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に関する。本発明の検出方法は、CLN3遺伝子とBRAF遺伝子との融合遺伝子陽性の癌特には肺癌を検出する方法として利用できる。また、本発明の検出方法は、染色体の再構成を検出する方法として利用できる。また、本発明の検出方法によれば、BRAF阻害剤の適用対象者であるか否かを鑑別することができる。本発明の検出用キット及びプライマーセットは、本発明の検出方法に用いることができる。《本発明の検出方法》本発明の検出方法は、融合遺伝子を検出する方法であり、該方法は、被験者から得た試料中の、特定のポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含む。被験者から得た試料としては、被験者からの採取物生体から分離した試料、具体的には、任意の採取された体液好ましくは血液、肺胞気管支洗浄液、生検された試料、喀痰試料を用いるが、好適には、被験者の肺患部の生検試料又は喀痰試料を用いる。試料からゲノムDNAを抽出して用いることができ、またその転写産物ゲノムが転写及び翻訳される結果生じる産物;例えばmRNA、cDNA、蛋白質を用いることができる。特にはmRNA又はcDNAを調製して用いることが好ましい。融合遺伝子の検出方法におけるポリヌクレオチドの存在を検出する工程において、その検出対象となるポリヌクレオチド以下、検出対象ポリヌクレオチドと称するは、CLN3遺伝子とBRAF遺伝子との融合遺伝子であり、これは、CLN3遺伝子の一部とBRAF遺伝子の一部とを含む遺伝子である。CLN3遺伝子とBRAF遺伝子との融合遺伝子としては、下記1乃至3に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが挙げられる。1配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド以下、相同ポリペプチドとも称する、2配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド、又は、配列番号2若しくは配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個のアミノ酸が欠失、置換、及び/若しくは挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチド以下、機能的等価改変体ポリペプチドとも称する、あるいは、3配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド。好ましい前記検出対象ポリヌクレオチドとしては、配列番号1又は配列番号4に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドが挙げられる。配列番号1に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドは、CLN3遺伝子バリアント2GenBank登録番号:NM_000086.2の塩基番号1から369エキソン1の3’末端に対応とBRAF遺伝子GenBank登録番号:NM_004333.4の塩基番号1239エキソン10の5’末端に対応から2949までの塩基配列からなるポリヌクレオチドである。配列番号1に示される塩基配列の内、塩基番号1~369の配列はCLN3遺伝子に由来し、塩基番号370~2080の配列はBRAF遺伝子に由来する。この融合ポリヌクレオチドを、CLN3-BRAF_v1とも称する。配列番号1の塩基番号324~1493は、融合タンパク質のオープンリーディングフレームORFであり、このORFにコードされるアミノ酸配列を配列番号2に示す。配列番号4に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドは、CLN3遺伝子バリアント1GenBank登録番号:NM_001042432.1の塩基番号1から484エキソン2の3’末端に対応とBRAF遺伝子GenBank登録番号:NM_004333.4の塩基番号1239エキソン10の5’末端に対応から2949までの塩基配列からなるポリヌクレオチドである。配列番号4に示される塩基配列の内、塩基番号1~484の配列はCLN3遺伝子に由来し、塩基番号485~2195の配列はBRAF遺伝子に由来する。この融合ポリヌクレオチドを、CLN3-BRAF_v2とも称する。配列番号4の塩基番号355~1608は、融合タンパク質のORFであり、このORFにコードされるアミノ酸配列を配列番号5に示す。より好ましい前記検出対象ポリヌクレオチドとしては、配列番号3又は配列番号6に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドが挙げられる。配列番号3は、CLN3-BRAF_v1の部分配列であり、配列番号1の塩基番号157~1767に対応する。配列番号6は、CLN3-BRAF_v2の部分配列であり、配列番号4の塩基番号247~1849に対応する。相同ポリペプチドは、配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列との同一性が90以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドであるが、該同一性が、好ましくは95以上、更に好ましくは98以上であるアミノ酸配列を含むポリペプチドが好ましい。機能的等価改変体ポリペプチドとしては、配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列において、1~10個、好ましくは1~数個、更に好ましくは1~7個、最も好ましくは1~5個のアミノ酸が置換、欠失、及び/又は挿入されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドが好ましく、配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドが特に好ましい。なお、本明細書における前記同一性とは、NEEDLEprogramJMolBiol197048443453検索によりデフォルトで用意されているパラメータを用いて得られた値Identityを意味する。前記のパラメータは以下のとおりである。Gappenalty=10Extendpenalty=0.5Matrix=EBLOSUM62あるポリペプチドが腫瘍形成能を有することは、後記実施例6~8に記載の方法で確認する。具体的には、当該融合遺伝子を導入した細胞をヌードマウスの皮下に接種した後、一定期間観察し、腫瘍形成を確認する。本発明の検出方法における検出対象ポリヌクレオチドとしては、配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍形成能を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが好ましく、配列番号2又は配列番号5に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが最も好ましい。本発明のポリヌクレオチドの検出方法におけるポリヌクレオチドの存在を検出する工程は、被験者から得た試料のゲノム中の検出対象ポリヌクレオチド融合点を含むゲノム配列の存在を検出すること、あるいは、被験者から得た試料から抽出したゲノムDNAの転写産物例えばmRNA又はcDNAを調製し、検出対象ポリヌクレオチドに対応するmRNA又はcDNAの存在を検出することにより実施する。ゲノムDNAの抽出は公知の方法で行うことができ、市販のDNA抽出キットを用いて簡便に行うことができる。検出工程は公知の遺伝子解析法例えば、遺伝子検出法として常用されるPCR、LCRLigasechainreaction、SDAStranddisplacementamplification、NASBANucleicacidsequencebasedamplification、ICANIsothermalandchimericprimerinitiatedamplificationofnucleicacids、LAMP法Loopmediatedisothermalamplification、TMA法GenProbe’sTMAsystem、インサイチュハイブリダイゼーション法、更にマイクロアレイなど周知の方法に従って実施することができる。例えば、検出対象ポリヌクレオチドにハイブリダイズする核酸をプローブとしたハイブリダイゼーション技術、又は、検出対象ポリヌクレオチドにハイブリダイズするDNAをプライマーとした遺伝子増幅技術等を利用する。具体的には、被験者から得た試料由来の核酸、例えば、mRNA等を用いて測定する。mRNA量の測定は、検出対象ポリヌクレオチド配列を特異的に増幅できるように設計したプライマーを用いて遺伝子増幅反応方法にて測定する。本発明の検出方法に用いられるプライマー、又は、検出用キットに含まれるプライマーは、検出対象ポリヌクレオチド配列を特異的に増幅できるものであれば、特には限定されず、検出対象ポリヌクレオチドの塩基配列に基づいて設計する。PCR増幅モニター法におけるプライマー設計は、プライマー設計ソフトウェア例えば、PrimerExpressPEBiosystemsなどを利用してできる。また、PCR産物のサイズが大きくなると増幅効率が悪くなるため、センスプライマーとアンチセンスプライマーは、mRNA又はcDNAを対象に増幅したときの増幅産物の大きさが1kb以下になるように設定するのが適切である。より具体的には、センスプライマー5’-プライマーをCLN3遺伝子に由来する部分例えば、前記融合ポリヌクレオチド特にはcDNAのCLN3遺伝子領域内の任意の部分から、アンチセンスプライマー3’-プライマーをBRAF遺伝子に由来する部分例えば、前記融合ポリヌクレオチド特にはcDNAのBRAF遺伝子領域内の任意の部分から設計する。あるいは、センスプライマー又はアンチセンスプライマーの一方を、該融合ポリヌクレオチドの融合点後述を含む領域に対応するように設計してもよい。好ましくは、本発明の検出用キットに含まれるプライマーセットを用い、更に好ましくは、検出用キットに最も好適に含まれるプライマーセットを用いる。PCR増幅モニター法では、各遺伝子に対応した上記センスプライマーを混ぜることにより、1反応液により全ての融合ポリヌクレオチドを検出するマルチプレックスPCRMultiplexPCRを設計することもできる。各増幅技術に適した方法によって目的とした遺伝子全体又はその特異的部分が増幅されたか否かを確認することができる。例えば、PCR法では、PCR産物をアガロースゲル電気泳動によって分析し、エチジウムブロマイド染色等によって目的とするサイズの増幅断片が得られたか否かを確認できる。目的とするサイズの増幅断片が得られた場合は、被験者から得た試料において、検出対象ポリヌクレオチドが存在していたことになる。このように、検出対象ポリヌクレオチドの存在を検出することができる。本発明の融合遺伝子の検出方法としては、被験者から得た試料中の、特定のポリヌクレオチドの存在を遺伝子増幅反応により検出する工程に加え、さらに目的とするサイズの増幅断片が得られたか否かを検出する工程を含むことが好ましい。ハイブリダイゼーション技術を利用した検出は、例えば、ノーザンハイブリダイゼーション、ドットブロット法、DNAマイクロアレイ法、RNAプロテクション法などを使用して行う。ハイブリダイゼーションに用いるプローブとしては、検出対象ポリヌクレオチド又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下で好ましくはよりストリンジェントな条件下でハイブリダイズする連続した少なくとも32塩基の核酸分子であって、融合点を中心にその上流及び下流のそれぞれ16塩基からなる配列具体的には、配列番号1に示される塩基配列の第354番~第385番第369番/第370番、又は配列番号4に示される塩基配列の第469番~第500番第484番/第485番。なお、括弧内の塩基番号は融合点を示す。、又はそれらの相補鎖を含むプローブを用いることができる。インサイチュハイブリダイゼーション技術を利用した検出は、公知のFISH法fusionassayに従って実施することができる。または、クロモジェニックインサイチュハイブリダイゼーションCISH法とシルバーインサイチュハイブリダイゼーションSISH法を組み合わせたヒュージョンアッセイで実施することができる。なお、本明細書における融合点とは、CLN3遺伝子由来の部分とBRAF遺伝子由来の部分とが融合した点を意味する。また、本明細書におけるストリンジェントな条件とは、ハイブリダイゼーションのための条件として、5×SSPE、5×Denhardt’s液、0.5SDS、50ホルムアミド、200μg/mL鮭精子DNA、42°Cオーバーナイト、洗浄のための条件として、0.5×SSC、0.1SDS、42°Cの条件である。よりストリンジェントな条件とは、ハイブリダイゼーションのための条件として、5×SSPE、5×Denhardt’s液、0.5SDS、50ホルムアミド、200μg/mL鮭精子DNA、42°Cオーバーナイト、洗浄のための条件として、0.2×SSC、0.1SDS、65°Cの条件である。さらには、RT-PCR等の遺伝子増幅技術を利用することができる。RT-PCR法においては、遺伝子の増幅過程においてPCR増幅モニターリアルタイムPCR法GenomeRes69861996を用いることにより、検出対象ポリヌクレオチドの存在について、より定量的な解析を行うことが可能である。PCR増幅モニター法としては、例えば、ABIPRISM7900PEバイオシステムズ社を用いることが出来る。リアルタイムPCRは公知の方法であり、そのための装置及びキットは市販されており、これらを利用して簡便に行える。本発明における融合遺伝子の検出は、被験者から得た試料における、検出対象ポリヌクレオチドにコードされるポリペプチド以下、検出対象ポリペプチドと称するの存在を直接検出することによって実施してもよい。例えば、ポリペプチドを検出する工程において、被験者から得た試料例えば、被験者から得た癌組織や細胞由来の可溶化液を調製し、その中に含まれる検出対象ポリペプチドを、融合ポリペプチドを構成する各タンパク質に対する抗体例えば、CLN3に対する抗体とBRAFに対する抗体を組み合わせることによる免疫学的測定法又は酵素活性測定法等により実施してもよい。これらの手法としては、検出対象ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体又はポリクローナル抗体を用いた、酵素免疫測定法、2抗体サンドイッチELISA法、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法、ウェスタンブロッティング法等の手法が挙げられる。本発明の検出方法における検出対象ポリヌクレオチドが、被験者から得た試料から検出された場合は、当該被験者は、当該ポリヌクレオチド陽性の癌を有する対象患者であり、BRAF阻害剤による治療の適用対象となる。《本発明の検出用キット、本発明のプライマーセット》本発明の検出用キットには、少なくとも、本発明の検出方法における検出対象ポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計したセンス及びアンチセンスプライマープライマーセットとも称するが含まれる。センス及びアンチセンスプライマーセットは、検出対象ポリヌクレオチド増幅用のプライマーとして機能するポリヌクレオチドのセットである。本発明のプライマーセットには、CLN3遺伝子に由来する部分から設計されるセンスプライマー及びBRAF遺伝子に由来する部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、CLN3遺伝子とBRAF遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、該アンチセンスプライマーは検出対象ポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下好ましくは、よりストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子好ましくは、少なくとも16塩基の核酸分子からなり、該センスプライマーは検出対象ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件好ましくは、よりストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子好ましくは、少なくとも16塩基の核酸分子からなる、プライマーセットが含まれる。本発明のプライマーセットにおいて、センスプライマー又はアンチセンスプライマーの一方を、該融合ポリヌクレオチドの融合点前述を含む部分に対応するように設計してもよい。本発明のプライマーセットの具体的な態様として、以下1及び2からなる群より選択されるプライマーセットが挙げられる:1配列番号1の塩基番号1から369間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号1の塩基番号370から2080間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。2配列番号4の塩基番号1から484間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号4の塩基番号485から2195間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。本発明のプライマーセットのより具体的な態様としては、以下1及び2からなる群より選択されるプライマーセットが挙げられる:1配列番号3の塩基番号1から213間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号3の塩基番号214から1611間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。2配列番号6の塩基番号1から238間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号6の塩基番号239から1603間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。前記プライマーセットにおいては、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーの選択位置の間隔が1kb以下であるか、あるいは、センスプライマーとアンチセンスセンスプライマーにより増幅される増幅産物の大きさが1kb以下であることが好ましい。また、本発明のプライマーは、通常、15~40塩基、好ましくは16~24塩基、更に好ましくは18~24塩基、特に好ましくは20~24塩基の鎖長を有する。本発明のプライマーセットは、本発明の検出方法において、検出対象ポリヌクレオチドを増幅及び検出するために用いることができる。また、本発明のプライマーセットに含まれる各プライマーは、特に限定されるものではないが、例えば、化学合成法によって製造することができる。以下、実施例によって本発明を詳述するが、本発明は該実施例によって限定されるものではない。なお、特に断りがない場合は、公知の方法に従って実施可能である。また、市販の試薬やキット等を用いる場合には市販品の指示書に従って実施可能である。[実施例1]CLN3-BRAF融合ポリヌクレオチドv1CLN3-BRAF_v1の単離非小細胞肺癌患者肺癌組織由来RNA米国アステランド社Lg067検体RNAに対して、逆転写酵素SuperScriptIII、ライフテクノロジーズ社及びオリゴdTプライマーオリゴdT20プライマー、ライフテクノロジーズ社を用いて、キットのプロトコールにしたがって逆転写反応を行い、cDNAを合成した。次に、プライマーCLN3exon1fwd06配列番号7及びBRAFexon18rev01配列番号8を用いて、上記で得たcDNAを鋳型として、DNAポリメラーゼPrimeSTARGXLDNAPolymerase;タカラバイオ株式会社を行いてPCR98°C10秒、55°C15秒、68°C2分を30サイクルを行った。その後、10倍希釈した前述PCR産物を鋳型として、同じプライマー、同じDNAポリメラーゼ、同じプロトコルでPCRを行い、電気泳動したところ、約1.6kbのPCR産物を得た。本PCR産物をクローニングベクターTOPOXLPCRCloningKit;ライフテクノロジーズ株式会社にクローニングした。インサートはダイデオキシシーケンス法により配列を決定したBigDyeTerminatorv3.1CycleSequencingKit;ライフテクノロジーズ。この決定された塩基配列を配列番号3に示す。この結果、NCBIに登録されているCLN3NM_000086.2のエキソン1の3’末端に、BRAFNM_004333.4のエキソン10の5’末端が融合されたポリヌクレオチドCLN3-BRAF_v1の存在が明らかになった。この融合ポリヌクレオチドの全長配列を配列番号1に示す。CLN3-BRAF_v1のオープンリーディングフレームORFは、配列番号1の塩基番号324~1493の領域に存在する。このORFにコードされるCLN3-BRAF_v1融合タンパク質のアミノ酸配列を配列番号2に示す。この融合タンパク質において、配列番号2のアミノ酸1~15まではCLN3タンパク質に由来し、アミノ酸16~389まではBRAFタンパク質に由来する。この融合タンパク質を発現させるため、プライマーCLN3-BRAFEcoRI-PacI-F配列番号9及びBRAFEcoRV-R配列番号10にて、上記CLN3-BRAF_v1のPCR産物を鋳型として、同条件によるPCRを行い、シークエンスベクターpXL-TOPO/インビトロジェンライフテクノロジー社にクローニングし、配列を確認した。配列確認後、制限酵素EcoRIで37°C、3時間の酵素反応を行い、ORFを含むDNA断片を抽出し、発現ベクターpMXs-puro;コスモバイオ社のマルチクローニングサイトに存在するEcoRIサイトにクローニングし、プライマーpMXs-F配列番号18にて挿入方向を確認し、発現プラスミドを構築したCLN3-BRAF_v1/pMXs-puro。[実施例2]CLN3-BRAF融合ポリヌクレオチドv2CLN3-BRAFC2B10の単離次に、プライマーCLN3exon1fwd01配列番号11及びBRAFexon18rev01配列番号8を用いて、実施例1で得たcDNAを鋳型として、DNAポリメラーゼPrimeSTARGXLDNAPolymerase;タカラバイオ株式会社を行いてPCR98°C10秒、55°C15秒、68°C2分を30サイクルを行った。その後、10倍希釈した前述のPCR産物を鋳型として、プライマーCLN3exon1fwd02配列番号12及びBRAFexon18rev02配列番号13を用いて、同じDNAポリメラーゼ、同じプロトコルでPCRを行い、電気泳動したところ、約1.6kbのPCR産物を得た。本PCR産物をクローニングベクターTOPOXLPCRCloningKit;ライフテクノロジーズ株式会社にクローニングした。インサートはダイデオキシシーケンス法により配列を決定したBigDyeTerminatorv3.1CycleSequencingKit;ライフテクノロジーズ。この決定された塩基配列を配列番号6に示す。この結果、NCBIに登録されているCLN3NM_001042432.1のエキソン2の3’末端に、BRAFNM_004333.4のエキソン10の5’末端が融合されたポリヌクレオチドCLN3-BRAF_v2の存在が明らかになった。この融合ポリヌクレオチドの全長配列を配列番号4に示す。CLN3-BRAF_v2のORFは、配列番号4の355~1608の領域に存在する。このORFにコードされるCLN3-BRAF_v2融合タンパク質のアミノ酸配列を配列番号5に示す。この融合タンパク質において、配列番号5のアミノ酸44~417まではBRAFタンパク質に由来する。一方、配列番号5のアミノ酸1~43まではCLN3タンパク質に存在しないアミノ酸配列である。これは、CLN3-BRAF_v2のORFにおいて、CLN3遺伝子に由来する領域については、野生型CLN3のORFに対して読み枠のシフトが生じることに起因する。この融合タンパク質を発現させるため、上記クローニングベクターを制限酵素EcoRIで37°C、3時間の酵素反応を行い、ORFを含むDNA断片を抽出し、発現ベクターpMXs-puro;コスモバイオ社のマルチクローニングサイトに存在するEcoRIサイトにクローニングし、プライマーpMXs-F配列番号18にて挿入方向を確認し、発現プラスミドを構築したCLN3-BRAF_v2/pMXs-puro。[実施例3]CLN3-BRAF_v1融合ポリヌクレオチドの検出非小細胞肺癌臨床検体由来cDNA米国アステランド社181サンプルを基質とし、プライマーC01-B10_Q_F13配列番号14及びC01-B10_Q_R14配列番号15をプライマーセットとして、定量的PCRキットPowerSYBRGreenPCRMasterMix;ライフテクノロジーズ社を用い、アプライドバイオシステムズ7900HTシステムにて、定量PCR95°C10分の後、95°C15秒、59°C60秒を45サイクルを行い遺伝子発現量を測定した。その結果、上述のサンプルLg067検体由来cDNAのみで増幅が確認された。以上から、上記方法により、非小細胞肺癌臨床検体由来の試料中のCLN3-BRAF_v1融合ポリヌクレオチドの存在を検出することができ、CLN3-BRAF_v1融合ポリヌクレオチド陽性患者を選択できることが示された。[実施例4]CLN3-BRAF_v2融合ポリヌクレオチド非小細胞肺癌臨床検体由来cDNA米国アステランド社181サンプルを基質とし、プライマーCLN02-BRAF10_Q_F04配列番号16及びCLN02-BRAF10_Q_R04配列番号17をプライマーセットとして、定量的PCRキットPowerSYBRGreenPCRMasterMix;ライフテクノロジーズ社を用い、アプライドバイオシステムズ7900HTシステムにて、定量PCR95°C10分の後、95°C15秒、59°C60秒を45サイクルを行い遺伝子発現量を測定した。その結果、上述のサンプルLg067検体由来cDNAのみで増幅が確認された。以上から、上記方法により、非小細胞肺癌臨床検体由来の試料中のCLN3-BRAF_v2融合ポリヌクレオチドの存在を検出することができ、CLN3-BRAF_v2融合ポリヌクレオチド陽性患者を選択できることが示された。実施例5CLN3-BRAF融合ポリヌクレオチドのレトロウイルス液の作製上記、CLN3-BRAF_v1/pMXs-puro及びCLN3-BRAF_v2/pMXs-puroを9μg、トランスフェクション試薬FUGENE登録商標HD、ロシュ社を用いて、Platinum-E細胞にトランスフェクションを実施した。トランスフェクション24時間後に10牛血清ニチレイバイオサイエンス社を含むD-MEM培地Dulbecco‘sModifiedEagleMedium培地;インビトロジェン社を交換し、さらに24時間の培地上清を採取しレトロウイルス溶液を作製した。実施例6CLN3-BRAF_v1による増殖因子非依存性増殖促進作用の検討CLN3-BRAF_v1/pMXs-puroを用いて作製したウイルス溶液にポリブレンPolybrene;Sigma社を4μg/mLの濃度で添加したのち、BA/F3細胞に添加し感染させた。感染6時間後に10牛血清ニチレイバイオサイエンス社、1ng/mLのマウスリコンビナントIL-3RD社を含むRPMI1640RoswellParkMemorialInstitute1640;インビトロジェン社培地に交換し培養した。感染1日後に10牛血清ニチレイバイオサイエンス社及び1μg/mLのピューロマイシンシグマ社を含むRPMI1640インビトロジェン社培地を用いて、5CO2存在下、37°Cで4週間培養を続け、CLN3-BRAF_v1を安定発現するBA/F3細胞を取得したCLN3-BRAF_v1発現/BA/F3細胞と命名した。CLN3-BRAF_v1発現/BA/F3細胞のIL-3非存在下での増殖能を検討した。CLN3-BRAF_v1発現/BA/F3細胞及び親株であるBA/F3細胞を増殖因子IL-3の非存在下で、1ウェル当り1×103個となるように10牛血清ニチレイバイオサイエンス社を含みマウスリコンビナントIL-3を含まないRPMI1640培地インビトロジェン社で96ウェルプレートに撒き、5CO2存在下、37°Cで培養後、翌日Day1及び4日後Day4の細胞数を細胞数測定試薬CELLTITER-GloTMLuminescentCellViabilityAssay;Promega社をマニュアルの方法に従って測定した。検出には発光測定装置Envision;パーキンエルマー社を用いた。BA/F3細胞はDay1からDay4までで細胞数のカウントは増加しなかったのに対して、CLN3-BRAF_v1発現/BA/F3細胞はDay1からDay4までで約10倍の細胞数の増加が観察された。以上により、CLN3-BRAF_v1融合ポリヌクレオチドは、増殖因子非依存性増殖亢進作用を有することがわかった。実施例7CLN3-BRAF融合ポリヌクレオチドの足場非依存的増殖亢進作用の検討実施例3において、CLN3-BRAF_v1/pMXs-puro及びCLN3-BRAF_v2/pMXs-puroを用いて作製したウイルス溶液にポリブレンPolybrene;Sigma社を4μg/mLの濃度で添加したのち、NIH3T3細胞に添加し感染させた。添加6時間後に10牛血清ニチレイバイオサイエンス社を含むD-MEM培地に交換し、感染1日後に10牛血清ニチレイバイオサイエンス社及び1μg/mLのピューロマイシンシグマ社を含むD-MEM培地インビトロジェン社に交換し、5CO2存在下、37°Cで4週間培養を続け、CLN3-BRAF_v1を安定発現するNIH3T3及びCLN3-BRAF_v2を発現するNIH3T3細胞を取得したそれぞれ、CLN3-BRAF_v1発現/NIH3T3細胞及びCLN3-BRAF_v2発現/NIH3T3細胞と命名した。CLN3-BRAF_v1発現/NIH3T3細胞及びCLN3-BRAF_v2発現/NIH3T3細胞の足場非依存的増殖亢進能を検討するため、96ウェルスフェロイドプレートスミロンセルタイトスフェロイド96U;住友ベークライト社にCLN3-BRAF_v1発現/NIH3T3細胞、CLN3-BRAF_v2発現/NIH3T3細胞及び親株であるNIH3T3細胞を、それぞれ1ウェル当り1×103個となるように10牛血清ニチレイバイオサイエンス社を含むD-MEM培地インビトロジェン社で播種した。5CO2存在下、37°Cで培養後、翌日Day1及び4日後Day4の細胞数を細胞数測定試薬CELLTITER-GloTMLuminescentCellViabilityAssay;Promega社をマニュアルの方法に従って測定した。検出には発光測定装置Envision;パーキンエルマー社を用いた。NIH3T3細胞はDay1からDay4までで細胞数のカウントは増加しなかったのに対して、CLN3-BRAF_v1発現/NIH3T3細胞及びCLN3-BRAF_v2発現/NIH3T3細胞はDay1からDay4までで、それぞれ約2倍及び約4倍の細胞数カウントの増加が確認された。以上のことから、CLN3-BRAF_v1発現/NIH3T3細胞及びCLN3-BRAF_v2発現/NIH3T3細胞は足場非依存的細胞増殖を示すことが明らかとなった。実施例8CLN3-BRAF融合ポリヌクレオチドのinvivo造腫瘍能の検討実施例7において作製したCLN3-BRAF_v1発現/NIH3T3細胞及びCLN3-BRAF_v2発現/NIH3T3細胞をヌードマウスの皮下に3×106個ずつ接種し14日観察したところ腫瘍形成が確認された。以上から、CLN3-BRAF_v1及びCLN3-BRAF_v2は癌の原因遺伝子であることが示された。"