"消化管間質腫瘍GISTの生存および/または転移の転帰をインビトロで予測するための方法であって、GISTの患者由来の生物学的試料における、オーロラキナーゼAAURKAに存在するポリペプチドまたはポリヌクレオチドのプールのレベルの測定を含むことを特徴とする方法。ポリペプチドのプールのレベルの前記測定が、AURKAに存在するポリヌクレオチドのプールの発現レベルの測定である、請求項1に記載の方法。GISTを、AURKAが下方調節されている場合5年以内に転移を発症する危険度がない群と比較して、AURKAが上方調節されている場合、5年以内に転移を発症する危険度が高い、すなわち5年以内に転移を発症する危険度が80超である群に分類する、請求項1または2のいずれか一項に記載の方法。以下の式:GI=A2×C[式中、AはGISTゲノムの変化の数であり、CはGISTにおける関与染色体の数である]による、ゲノム指数GI、すなわちGISTゲノムの変化の数および種類の計算を含む、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。AURKAが下方調節されており、かつGIが10以下である場合、GISTを転移および疾患がない生存群のグループに分類する、請求項4に記載の方法。AURKA発現が9.13未満である、請求項5に記載の方法。AURKA発現が、AURKA発現の平均値以下であり、かつGIが10以下である場合、GISTを、5年以内に転移を発症する危険度が低い、すなわち5年以内に転移を発症する危険度が0である群に分類する方法であって、前記平均値が複数のGISTにおけるAURKA発現の平均値である、請求項4に記載の方法。AURKA発現が、AURKA発現の平均値超であり、かつGIが10超である場合、GISTを、5年以内に転移を発症する危険度が高い、すなわち5年以内に転移を発症する危険度が75超である群に分類する方法であって、前記平均値が複数のGISTにおけるAURKA発現の平均値である、請求項4に記載の方法。GISTに罹患している患者の生存転帰のインビトロでの予測、および/またはGISTのために治療されているもしくはGISTに罹患している患者における転移の発症のインビトロでの予測、および/またはGISTについての治療の効果の予測のためのキットであって、試料中で、AURKAの発現またはレベルを検出するおよび/または定量化するための手段ならびにGIの計算のための手段を含むことを特徴とするキット。GISTの治療において使用するための化合物をスクリーニングするための方法であって、a.試験化合物を、GIST細胞を含有する患者由来の生物学的試料と接触させる段階、b.AURKAの発現またはレベルを測定する段階、c.AURKAの前記発現またはレベルを、前記試験化合物と前記試料との接触前のAURKAの発現と比較する段階、d.AURKAの発現の下方調節を可能にする前記試験化合物を選択する段階を含むことを特徴とする方法。h.GIを計算する段階、i.前記GIを前記試験化合物と前記試料との接触前のGIと比較する段階、j.GIの10以下への下方調節を可能にする前記試験化合物を選択する段階を含む、請求項10に記載の方法。GISTの治療において使用するためのAURKA阻害剤。PHA-739358、MLN8237およびMK-5108の中から選択される、請求項12に記載のAURKA阻害剤。これらの要素すべてを考慮して、GISTの転帰を予測することを可能にする、特に現在の技術水準の不具合、欠点および障害を軽減する新しいツールの必要性が明らかにまだ存在する。多大の研究後に、出願人は、意外にも原発性GISTの臨床転帰についての予後指標となる1つの遺伝子発現シグネチャーを見出した。驚くべきことに、CINSARCシグネチャー肉腫における複雑度指標CINSARCforComplexityINdexinSARComa、肉腫におけるゲノムの複雑度に関連する67遺伝子発現の予後シグネチャー、国際特許出願第PCT/FR2010/000323号、[55]および/または新しい1遺伝子発現シグネチャーがGISTにおける転移転帰を予測することおよびこれらのシグネチャーの各々とゲノム不均衡との組合せが、患者の予後を判定するうえで現在の組織病理学的評価方法をしのぐことが出願人によって明らかにされた。より詳細には、これらの分子シグネチャーは、米軍病理学研究所分類によって中間危険度と階層化された症例の中で危険度の高い患者を同定する。出願人は、GIゲノム指数とAURKA発現との間に正の相関が存在することを示す。出願人は、驚くべきことに、GIおよびAURKA発現に基づく決定アルゴリズムを構築する。好都合には、シグネチャーの適用は、医原性死亡率の低下および個々の患者にとっての転帰の改善をもたらすより選択的なイマチニブ療法を可能にする。したがって、第一の態様では、本発明は、消化管間質腫瘍GISTの生存および/または転移転帰をインビトロで予測するための方法であって、GISTの患者由来の生物学的試料における、オーロラキナーゼAAURKAに存在するポリペプチドまたはポリヌクレオチドのプールのレベルの測定を含む方法を提供する。生存および/または転移転帰をインビトロで予測するとは、本明細書では、患者がGISTの転帰後に生存する可能性または転移を発症する危険性があるかどうかを予測することを指す。生存または転移の発症は、転移の診断を受けた患者に関して最初の診断の日から1回目の転移、再発、最後のフォローアップまたは死亡の日まで計算され得る。本発明の特定の実施形態によれば、GISTは、GISTの転帰の5年以内に転移を発症する危険度が高い群、または5年以内に転移を発症する危険性がない群、または中間の群に分類され得る。より詳細には、5年以内に転移を発症する危険度が高い患者の群は、AURKAが下方調節されている場合5年以内に転移を発症する危険度がない群と比較して、AURKAが上方調節されている場合、80超の5年以内に転移を発症する危険度を特徴とする。GISTの患者由来の生物学的試料とは、本明細書では、GIST細胞を含有する、GISTのために治療されているまたはGISTに罹患している患者から得た任意の生物学的試料を指す。例えば、GISTは未処置の原発性腫瘍であり得る。ポリペプチドは、本明細書では、AURKAタンパク質Genbankアクセッション番号NM_198433;配列番号:1、AURKAタンパク質フラグメント、AURKAタンパク質領域またはAURKAタンパク質の誘導体を指す。例えば、ポリペプチドは、AURKAタンパク質のペプチド配列と少なくとも70の配列同一性を有するポリペプチド、またはAURKAタンパク質のペプチド配列と少なくとも80の配列同一性を有するポリペプチド、またはAURKAタンパク質のペプチド配列と少なくとも90の配列同一性を有するポリペプチドであり得る。ポリヌクレオチドは、本明細書では、上記で定義したポリペプチドをコードする任意のポリヌクレオチド、または上記で定義したポリペプチドをコードするポリペプチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズする任意のポリヌクレオチドを指す。本発明のポリヌクレオチドは、DNAおよびRNAのいずれか、例えば配列番号:2の配列であり得る。DNAは、ゲノムDNA、ゲノムDNAライブラリ、cDNAまたは合成DNAのいずれかの形態であり得る。さらに、本発明のポリヌクレオチドは、GISTから調製された全RNAまたはmRNA画分を使用してRT-PCRによって直接増幅されたもののいずれかであり得る。本発明のポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件下でポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドを包含する。ポリペプチドのレベルの測定は、当業者に公知の任意の適切な技術によって実施され得る。例えば、AURKAタンパク質を特異的に認識する抗体のハイブリダイゼーション後にタンパク質の発現を測定する、免疫組織化学技術であり得る。ポリヌクレオチドのレベルの測定は、当業者に公知の任意の適切な技術によって実施され得る。例えば、ゲノムDNAのコピー数を調べるためまたはゲノムDNAの発現を定量化するための、ゲノムqPCR定量的重合化連鎖反応、CGHアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーションまたはRT-qPCRリアルタイムqPCRの方法であり得る。好都合には、AURKA発現はGISTの生存および/または転移の転帰を予測することを可能にし、他の遺伝子またはタンパク質発現は測定する必要がない。本発明の方法は、以下の式:GI=A2×C[式中、AはGISTゲノムの変化の数であり、CはGISTにおける関与染色体の数である]による、ゲノム指数GI、すなわちGISTゲノムの変化の数および種類の計算を含み得る。GISTゲノムの変化の数とは、本明細書では種々の数的および部分的な獲得と喪失を指す。変化には、例えば染色体腕全体もしくは再配列を含まない染色体、または染色体内の獲得もしくは喪失が含まれ得る。GISTゲノムの変化の数は、CGHアレイなどの当分野で公知の技術によって測定され得る。GISTにおける関与染色体の数とは、本明細書では変化を有するGIST細胞の染色体の数を指す。染色体の数はCGHアレイによって測定され得る。好都合には、GISTは、AURKAが下方調節されており、かつGIが10以下である場合、転移および疾患がない生存群のグループに分類される。この場合、AURKA発現は9.13未満、または9未満、または8未満、または7未満、または6未満、または5未満であり得る。この場合、5年間の生存が存在する、すなわちGISTの転帰後または治療の終了後5年間、転移または疾患が存在しない。特定の実施形態では、GISTは、AURKA発現が、AURKA発現の平均値以下であり、かつGIが10以下である場合、5年以内に転移を発症する危険度が低い、すなわち5年以内に転移を発症する危険度が0~10である群に分類され得、前記平均値は、複数のGIST、例えば50~70のGISTのシリーズ、例えば60GISTにおけるAURKA発現/レベルの平均値である。この場合、5年間転移または疾患が存在しない。あるいは、GISTは、AURKA発現が、AURKA発現の平均値超であり、かつGIが10超である場合、5年以内に転移を発症する危険度が高い、すなわち5年以内に転移を発症する危険度が75超である群に分類され得、前記平均値は、複数のGIST、例えば50~70のGISTのシリーズ、例えば60GISTにおけるAURKA発現の平均値である。この場合、GISTの転帰後または治療の終了後5年間に75の転移または疾患の症例が存在する。本発明の別の目的は、GISTに罹患している患者の生存転帰のインビトロでの予測、および/またはGISTのために治療されているもしくはGISTに罹患している患者における転移の発症のインビトロでの予測、および/またはGISTについての治療の効果の予測のためのキットであって、試料中で、AURKA発現/レベルを検出するおよび/または定量化するための手段ならびにGIの計算のための手段を含むことを特徴とするキットである。AURKA発現/レベルを検出するための手段は、当業者に公知のタンパク質またはポリヌクレオチドのレベルを検出するための任意の手段であり得る。前記手段は、例えば免疫組織化学分析、ウエスタンブロット法またはqPCRを実施するための手段であり得る。GIの計算のための手段は、本明細書では、GISTゲノムの変化の数およびGISTにおける関与染色体の数の計算を可能にする任意の手段を指す。本発明の別の目的は、GISTの治療において使用するための化合物をスクリーニングするための方法であって、a.試験化合物を、GIST細胞を含有する患者由来の生物学的試料と接触させる段階、b.AURKAの発現またはレベルを測定する段階、c.AURKAの前記発現またはレベルを、前記試験化合物と前記試料との接触前のAURKAの発現と比較する段階、d.AURKAの発現/レベルの下方調節を可能にする前記試験化合物を選択する段階を含む方法である。下方調節は、本明細書ではAURKAタンパク質またはポリヌクレオチドの発現またはレベルの何らかの減少を指す。前記方法はまた、e.GIを計算する段階、f.前記GIを前記試験化合物と前記試料との接触前のGIと比較する段階、g.GIの10以下への下方調節を可能にする前記試験化合物を選択する段階も含み得る。本発明の別の目的は、GISTの治療において使用するためのAURKA阻害剤である。阻害剤は、本明細書では、阻害剤をGISTと接触させた場合、AURKAタンパク質の発現/レベルの低下、またはAURKAの生物学的作用の低減を可能にする任意の化合物を指す。AURKA阻害剤は、PHA-73935829、54、MLN823730、MK-510833であり得る。本発明の別の目的は、GISTの治療を必要とする被験者におけるGISTの治療の方法であって、前記患者に上記で定義した阻害剤の医薬的有効用量を投与する段階を含む方法である。試験材料および方法腫瘍試料67の新鮮凍結GIST腫瘍を欧州GISTデータベースCONTICAGISTwww.conticagist.orgから選択し、前記データベースは、患者、原発性腫瘍、治療、フォローアップおよび腫瘍試料の入手可能性についての情報を包含する、GIST組織からのデータを含む。選択したGISTはすべて未処置の原発性腫瘍であった。それらの特徴を補足の表1に示す。大部分のGIST59/67は、CGHアレイおよび遺伝子発現プロファイリングの両方によって検討されたCGHアレイによる66と遺伝子発現プロファイリングによる60の組合せ。DNAの単離およびアレイCGH標準的なフェノール-クロロホルム法を用いてゲノムDNAを抽出した。参照DNA女性を血液試料から抽出した。DNAの濃度と品質を、NanoDropND-1000分光光度計およびゲル電気泳動を用いて測定した。腫瘍DNAおよび対照DNAを8×60Kの全ゲノムAgilentアレイG4450Aにハイブリダイズした。簡単に述べると、各々の試料について、DNA350ngを二重酵素消化AluIRsaIによって断片化し、標識化およびハイブリダイゼーションの前にLabOnChip2100BioanalyzerSystem,AgilentTechnologiesで検査した。腫瘍および対照DNAをそれぞれCY5-dUTPおよびCY3-dUTPでのランダムプライミングによって標識化し、65°Cで24時間、20rpmで回転させながらハイブリダイズした。AgilentG2585CADNAMicroarrayScannerを用いてアレイをスキャンし、Feature-ExtractionV10.1.1.1ソフトウエアAgilentTechnologiesを用いて画像解析を行った。Feature-ExtractionV10.1.1.1ソフトウエアにおいて利用可能なランキングモード法を用いて、任意のパラメータについてのデフォルト値で正規化を行った。生コピー数比データをCGHAnalyticsv4.0.76ソフトウエアに移した。CGHAnalyticsv4.0.76ソフトウエアAgilentのADM-2アルゴリズムを使用して、プローブレベルでDNAコピー数の異常を同定した。低レベルのコピー数獲得をlog2比>0.25と定義し、コピー数喪失をlog2比<-0.25と定義した。高レベルの獲得または増幅は、log2比>1.5と定義し、比率が-1より下である場合はホモ接合欠失が疑われる。予後についての判定基準を確立するため、100プローブ超を含む変化を、異常フィルターを用いて自動的にコンピュータ処理した。リアルタイムゲノム定量的PCRおよびシークエンシングp16、p15およびp14のコピー数状態を測定するため、TaqMan登録商標UniversalMasterMixAppliedBiosystemsを用いてゲノムDNAに関してリアルタイムPCRを実施した。結果を正規化するために、3つの参照遺伝子:GAPDH、ALBおよびRPLP0を使用し、これは、各々の腫瘍について、これらの参照遺伝子の少なくとも2つを正常コピー数で得るためであったアレイCGH。RPLP0のために使用したプライマーおよびプローブは以下のとおりである:正プライマー5’-TGGATCTGCTGGTTGTCCAA-3’配列番号:3;逆プライマー5’-CCAGTCTTGATCAGCTGCACAT-3’配列番号:4;プローブ5’-AGGTGTTTACTGCCCCACTATTATCTGGTTCAGA-3’配列番号:5。使用した他のプライマーおよびプローブは以前に述べられている52。腫瘍データを、正常DNAについて得られたデータに対して正規化した。次に結果を以前に述べられているように計算した52。正常状態は0.8≦比≦1.2に対応し、0.1<比<0.8はヘミ接合欠失とみなされる。比率が0.1より下である場合、欠失はホモ接合とみなされる。CDKN2A遺伝子座を先に述べられているように[52]シークエンシングに供し、Houdayeretal53に従ってゲノムDNAを用いてまたは以下のプライマーでcDNAを用いてRB1遺伝子を配列決定した:正プライマー15’-TCATGTCAGAGAGAGAGCTTGG-3’配列番号:6、逆プライマー15’-CGTGCACTCCTGTTCTGACC-3’配列番号:7;正プライマー25’-AATGGTTCACCTCGAACACC-3’配列番号:8、逆プライマー25’-CTCGGTAATACAAGCGAACTCC-3’配列番号:9;正プライマー35’-CCTCCACACACTCCAGTTAGG-3’配列番号:10、逆プライマー35’-TGATCAGTTGGTCCTTCTCG-3’配列番号:11;正プライマー45’-GCATGGCTCTCAGATTCACC-3’配列番号:12、逆プライマー45’-TCGAGGAATGTGAGGTATTGG-3’配列番号:13;正プライマー55’-TCTTCCTCATGCTGTTCAGG-3’配列番号:14、逆プライマー55’-TGTACACAGTGTCCACCAAGG-3’配列番号:15。RNAの単離および1色アッセイによる遺伝子発現プロファイリング全RNAをトリゾール試薬LifeTechnologies,Inc.で凍結腫瘍試料から抽出し、製造者の手順に従ってRNeasy登録商標MinEluteTMCleanupKitQiagenを用いて精製した。RNAの品質をAgilent2100バイオアナライザAgilentTechnologiesで検査した。RNA完全性番号RNAIntegrityNumberRIN>6.5を有するRNAをマイクロアレイのために使用した。AgilentWholehuman44KGenomeOligoArrayAgilentTechnologiesを用いて遺伝子発現分析を実施した。この特異的アレイは41000を上回るヒト遺伝子および転写産物を示し、そのすべてがパブリックドメインアノテーションを有する。全RNA500ngを、T7オリゴ-dTプロモータープライマーを組み込むことによってcRNAに逆転写した後、AgilentQuickAmpLabelingKitAgilentTechnologiesを用いて蛍光cRNAを作製した。標識したcRNAを、QiagenRNeasyMiniKitQiagenを使用して精製し、NanoDropND-1000装置を用いて定量化した。これらの実験では、GeneExpressionHybridizationKitAgilentTechnologiesを用いてCy3標識試料cRNAをアレイにハイブリダイズした。ハイブリダイゼーション物を、65°Cに設定した、10rpmで回転するHybOvenにおいてAgilentSureHybチャンバーで17時間インキュベートした。マイクロアレイのスライドガラスを製造者の指示に従って洗浄し、その後AgilentG2565BADNAMicroarrayScannerでスキャンして、Feature-ExtractionV10.1.1.1ソフトウエアAgilentTechnologiesを用いて画像解析を行った。すべてのマイクロアレイデータを、Quantileアルゴリズムを使用して同時に正規化した。GenespringAgilentTechnologiesを用いてt検定を実施し、Benjamini-Hochberg手順を用いてP値を調整した。P値および遺伝子選択のための倍数変化カットオフ値はそれぞれ0.001および3であった。GenespringAgilentTechnologiesを使用してGO用語の統計的集積を確立するために遺伝子オントロジー解析を実施した。リアルタイムPCR逆転写およびリアルタイムPCRを以前に述べられているように実施した52。TaqMan登録商標遺伝子発現アッセイAppliedBiosystemsを使用した:AURKAについてはHs01582072_m1;RB1についてはHs01078066_m1;GAPDHについてはHs99999905_m1;ACTBについてはHs99999903_m1およびRPLP0についてはHs99999902_m1。p14およびp16発現レベルを以前に述べられているように評価した52。結果を正規化するため、GAPDH、ACTBおよびRPLP0遺伝子を参照遺伝子として使用した。各々の遺伝子につき各々の試料に関して三重に実施した。各試料についての参照CT閾値サイクル数は、3つの参照遺伝子の測定されたCTの平均値と定義された。試料中のAURKAの相対的mRNAレベルは、ΔCT=CT関心対象の遺伝子-CT3つの参照遺伝子の平均値と定義された。統計解析予後を判定するため、最短重心法を適用した。重心は、各患者の転帰転移および非転移についてのシグネチャー遺伝子の発現の中心平均centeredmeanである。したがって、重心をコホート1の試料17から計算し、次に本発明者らのシリーズの各試料したがってバリデーションセットとみなされるを、最も高いスピアマン相関を有する予後クラス重心に割り当てた。転移なしおよび疾患なし生存率を、転移の診断を受けた患者に関して最初の診断の日から1回目の転移、再発、最後のフォローアップまたは死亡の日までカプラン-マイヤー法によって計算した。生存率曲線をログランク検定と比較した。ハザード比を、コックス比例ハザードモデルを用いて実施した。すべての統計解析は、Rソフトウエアバージョン2.11.11および生存率パッケージを用いて実施した。結果CINSARCはGISTにおける重要な予後因子である本発明者らが以前に公表したシグネチャーがGISTにおいて予後的価値を有し得るかどうかという問題を評価するため、67GISTのシリーズにおいて発現プロファイリングを実施した表1。これらの中で、60症例89.5について十分なmRNA品質を得た。公表されているシリーズ17を、重心を再トレーニングするためのトレーニングセットとし、本シリーズをバリデーションセットとして使用して、CINSARC最短重心シグネチャー18をGISTに適用した。カプラン-マイヤー分析図1は、両方のシリーズにおいてCINSARCシグネチャーが、腫瘍を大きく異なる転移なしMFSおよび疾患なしDFS生存率を有する2つの群に分けることを明らかにしたバリデーションセット:MFS:HR=18.3、95CI=[2.4~140]、P=0.005およびDFS:HR=19.6、95CI=[2.6~149.5]、P=0.004。転移の転帰に関連する遺伝子発現の変化上記に提示した結果は、有糸分裂制御および染色体の完全性CINSARCに関与する遺伝子の発現がGISTにおける生存転帰に関連することを指示する。そこで本発明者らは、逆の現象も当てはまるかどうか、すなわち転移症例と非転移症例との間の区別的発現がそのような遺伝子を同定することができるかどうかを検討した。この問題を評価するため、転帰によって層別化した腫瘍発現プロフィールを比較する目的変数ありt検定supervisedt-testを実施した。297の区別的に発現された遺伝子338プローブセット表2の中で、7086プローブセットは転移症例において下方調節されており、227252プローブセットは転移症例において上方調節されていたFC>3およびP<0.001。70の下方調節された遺伝子に関して、有意の濃縮経路は同定されなかった。これに対し、227の上方調節された遺伝子のうち45がCINSARCシグネチャーに属することを認めた図6。さらに、遺伝子オントロジー解析は、この遺伝子選択227の転移で上方調節された遺伝子での濃縮経路がCINSARCシグネチャーにおける濃縮経路とほとんど同じであることを明らかにした。実際に、77の濃縮経路のうち6382がCINSARC遺伝子と共通した表3。さらに、CINSARCには含まれなかった182遺伝子の遺伝子濃縮解析は、この遺伝子セットもCINSARC遺伝子と同じ経路、すなわち有糸分裂の制御と染色体の完全性に関与する遺伝子によって濃縮されていることを示した表4。AURKAは転移転帰の重要なマーカーである本発明者らは、CINSARCシグネチャーを低減する可能性を調べるため、目的変数ありの分析結果を利用した。目的変数ありt検定において上位に分類された重要な遺伝子の中で、AURKA以前はSTK6またはSTK15と称された、オーロラキナーゼAはCINSARCシグネチャーにも同時に属する最も上位にランクされた遺伝子であった表1。そこで本発明者らは、AURKA単独でCINSARCと同じように転帰を予測できるかどうかを試験し、試料をそれらのAURKA発現に従って層別化した9.13の平均発現をカットオフ値とした、表5。この目的のために、本67GISTシリーズをトレーニングセットとみなし、Yamaguchiのシリーズをバリデーションセットとみなした。次に発現データをqRT-PCRによって検証し、両技法の間に高い相関を認めたピアソン相関係数=0.94;P<1×10-15。生存率解析は、得られた2つの群が、トレーニングセット本シリーズ、MFS:P=5.31×l0-11およびDFS:P=3.61×l0-12、図2aおよびバリデーションセットYamaguchiのシリーズ、MFS:P=9.5×l0-4、図2bの両方において非常に異なる転帰を有することを明らかにした。染色体の複雑度はGISTの重要な予後因子である本発明者らは以前に、CINSARCシグネチャーがゲノムの複雑度に関連することを示しており18、そのため、GISTゲノムの変化レベルがCINSARCシグネチャーおよび転移転帰と相関するかどうかという疑問が生じる。60,000オリゴヌクレオチドを含むアレイによるゲノムプロファイリング試験材料および方法参照を、十分なDNA品質を有する66GISTに関して実施した。単純な、すなわち検出可能な変化を有さないものから、数的および部分的な獲得と喪失を有する複雑なものまで、種々のプロフィールが得られた図3。5p増幅を有する1例GIST17を除き、66プロフィールにわたって高レベルの増幅は検出されなかった。変化の大部分は、染色体腕全体または再配列を有さない染色体を含んだ。実際に、少数の変化だけが検出された場合8未満、これらは常に腕全体または染色体に影響を及ぼし、一方プロ-フィルが10超の変化から成る場合は、染色体内の獲得または喪失を認めることができた。これらの基準、すなわち変化の数と種類を考慮に入れた数値的方法を定義するため、ゲノム指数GIを各々のプロフィールについて以下のように計算した:GI=A2×CA=変化の数およびC=関与染色体の数。次に、腫瘍を、それらのGIが10より下であるかまたは10より大きいかに依存して、それぞれGI1またはGI2の2つの群に割り当てた表5。カプラン-マイヤーの転移なしおよび疾患なし生存率分析は、この層別化が腫瘍を、大きく異なる転帰を有する2つの群に分けることを明らかにした図4a。さらに、このゲノム層別化は、AFIP分類の中間危険度群において異なる転移転帰を有するGISTを同定することができる9図4bおよびc。統合的解析は危険性のない患者群の同定を可能にするこれらの結果を全体として考慮して、本発明者らはGIおよびAURKA発現に基づく判定アルゴリズムを構築する。より詳細には、GIとAURKA発現の間には正の相関が存在するピアソン相関、r=0.65、図7。本発明者らは、平均より下のAURKA発現および10未満のGIを有する腫瘍は決して転移または再発を発症しないことを認めた図7、表5。これと一致して、カプラン-マイヤーのMFSおよびDFS分析は、良好な予後因子AG1:AURKA発現<平均およびGI<10を有する腫瘍は100の5年間MFSを有し、一方不良予後因子AG2:AURKA発現>平均またはGI>10を有する腫瘍は23の5年間MFSを有することを明らかにしたP=2.61×10-8、図5。したがって、このアルゴリズムは危険性のない患者群の個別化を導くAG1:AURKA発現<9.13およびGI<10。P16/RB1経路は転移転帰に関連するこれらの所見の結果として、本発明者らは、何らかの特定の変化が患者の転帰に関連するかどうかを調べるためにCGHアレイデータを再検討した。転移転帰を有するGISTと転移転帰を有さないGISTの間で各プローブセットの変化の頻度を比較した図8。これら2つの群間で獲得の頻度には有意差を認めなかったデータは示していない。しかし、転移症例において上位にランクされた欠失頻度の中で、転移症例と非転移症例のそれぞれ78.9および9.6において欠失した8プローブセットについて最も高い差が認められた図8。すべてのプローブセットは9p21に局在し、CDKN2A3プローブセット、CDKN2B3プローブセットまたはMTAP2プローブセット遺伝子座のいずれかを標的する。9p21欠失は18例で認められ18/66=27、これらの腫瘍の中で13例が転移を発症した13/18=72。これらの欠失はどちらも、9p腕全体を含むかまたはCDKN2A/B遺伝子座だけに限定され、非常に低いCGH比によって指示されるように7例6/7が転移転帰を有するについてホモ接合であると推測された図9。最も頻度の高い欠失領域は3つの遺伝子座CDKN2A、CDKN2BおよびMTAPを含むと思われたが、ホモ接合欠失を有する2つの腫瘍はMTAPを除外したのでGISTNo.5およびNo.17、ホモ接合欠失によって関心対象の遺伝子をより正確に同定することが可能になった。したがって、ゲノムqPCRによってCDKN2AおよびCDKN2Bのコピー数状態を調べ、すべてのCGH結果を完全に確認した。特に、疑わしいホモ接合欠失が確認され、洗練されて、GISTNo.5におけるホモ接合欠失はCDKN2Aだけを含み、CDKN2Bその1コピーは保持されたは含まないことを認めた表5。その後、ホモ接合欠失を有さない、DNAが入手可能であったすべてのGIST58症例をCDKN2A配列決定に供した。突然変異は全く検出されずデータは示していない、3つのSNPRS3731249、RS11515および1つの非参照unreferencedサイレントSNP:c.56G>Aだけがそれぞれ4、14および20例において同定された。p14およびp16発現どちらのmRNAも同じAgilentプローブセットにハイブリダイズしたを正確に定量化するため、p14およびp16RT-qPCRのための特異的プローブを使用して発現を定量化した表5。p16のコピーを有さないすべての腫瘍7例および1コピーだけを有する3つの腫瘍において、p16mRNAはほとんど存在しなかった;そしてホモ接合欠失を有する2例と組織学的ブロックが入手可能であったヘミ接合欠失を有する3例において、IHCによりタンパク質は検出されなかったデータは示していない。p16mRNAおよび/またはタンパク質の欠如は、それゆえ、10例において証明され、そのうち9例は転移群18例に属していた。そこで本発明者らは、別のゲノム変化が、p16ホモ接合欠失を有さない症例においてp16経路の不活性化を導き得ると仮定した。RB1遺伝子座の1例のホモ接合欠失および13例のヘミ接合欠失を認めた表6。RB1欠失を保有する11例の腫瘍はAG2に分類され、8例が転移を発症した。興味深いことに、p16ホモ接合欠失を有する腫瘍はRB1欠失を有さないが、それらは高度に再配列されている。RNAおよびDNAが入手可能であったすべての患者66症例においてRB1を配列決定し、GISTNo.61において保持されるコピー中に1つの突然変異c.l959_1960del/p.Lys653AsnfsX14を同定した。qPCR分析は、欠失腫瘍がRB1の有意に下方調節された発現を有することを確認した表6。結論:本発明者らは、CINSARCが転移転帰を予測するための非常に強力なシグネチャーであることを明らかにした。CINSARCは、そのすべてが染色体の完全性および有糸分裂制御経路に関与する67遺伝子から成り、本発明者らが最近肉腫において明らかにしたように18、そのような機構がこの腫瘍型における転移の発症を駆動すると思われることを指示する。これは逆のアプローチからの結果と一致し、逆のアプローチとは、転移転帰を有するGISTまたは転移転帰を有さないGISTの間で区別的に発現される遺伝子の同定である。実際に、18の転移腫瘍における227の上方調節された遺伝子の中で、45はCINSARCシグネチャーと共通し、活性化経路はほとんど同じであった。これらの結果は、ゲノムの完全性および有糸分裂制御が転移の発症の根底にある有効な抑制機構であること、およびさらに、これらの機構が十分であるまたは少なくとも最強であると思われることを指示する。これと一致して、本発明者らは、両方のアプローチにおいて上位にランクされた遺伝子、AURKAの発現が、両シリーズのGISTにおいて転移転帰を予測するためにCINSARCと同程度に有効であることを示す。ゲノム完全性の制御の中心的役割を実証する本発明者らの結果に従って、そのような機構の欠陥は染色体不均衡を導くはずであり、そして生じるゲノムの複雑度もGISTにおける転帰を予測するはずであると仮定した。変化の数および変化した染色体の数を統合するCGHゲノム指数GIによる腫瘍の層別化は、明らかに異なる転帰の2つの群を形成するので、これはまさに本明細書で本発明者らが示すことである。全染色体の喪失はGISTにおいて認められる最も頻度の高い変化であり、これらは、AURKA過剰発現などの有糸分裂チェックポイントの欠陥によって誘発される染色体分離欠損から生じると推測されるので、これは明らかにAURKA発現結果と一致する34。Yamaguchiらの結果と異なり、本発明者らの試験は、CINSARC、AURKA発現またはCGHの予後的価値が腫瘍の位置とは無関係であることを明らかにする。さらに、上述したように、CINSARCの生物学的意味およびゲノム変化とのその関連性は、CINSARC遺伝子が悪性進行に関与しており、単なるプロセスの帰結ではないことを強く指示する。この仮説は、CDKN2A欠失転移転帰を有する18例の中で6例ではホモ接合欠失および9例ではヘミ接合欠失、これに対し48の非転移患者では5例のヘミ接合欠失、CINSARC予後群および転移発生の間での、本発明者らが本明細書で認める関連性によって裏付けられる。以前の試験で、CDKN2A変化またはp16INK4aの発現の腫瘍進行との潜在的な結びつきが既に指摘されている11~16、43。それにもかかわらず、主として9p21遺伝子座における標的遺伝子についての明確な説明がないため、データは依然として議論の余地がある。CDKN2A、CDKN2BまたはMTAPのいずれの遺伝子が予後不良への結びつきを駆動するのかはまだ不明である。ゲノムレベルでは、CDKN2Aおよび2Bは体系的に共欠失されると思われるとしても37、44、45、2つの試験は、9p21欠失がMTAP遺伝子を標的する可能性が高く、CDKN2AおよびCDKN2Bに限定されないことを指示する35、46。本明細書において、CGHおよびゲノムqPCR分析は、ホモ接合欠失がCDKN2Aを特異的に標的することおよび欠失の共通領域はCDKN2BおよびMTAPを除外することを明らかにした。驚くべきことに、試験したいずれのGIST症例においても有害なCDKN2A突然変異を認めなかった。Schnieder-Stockら14は、43GISTのシリーズにおいて9例のいわゆる突然変異を報告した。しかしそれらのうちの2つは同一であり、腫瘍およびその再発において検出されており、1つは現在SNPとして参照され、2つはサイレント突然変異であり、1例では解釈可能な配列が得られなかった。これをすべて考慮すると、著者らは、4つのCDKN2A突然変異だけを証明した4/43=9。これらのデータによれば、本発明者らの試験ではおよそ5の突然変異が予想され、本発明者らは、これまで言及されていない3つの変化、すなわち2つのSNPと1つのサイレント変化を同定した。この不一致についての1つの説明は標本抽出バイアスであり得るが、本発明者らが、Schneider-Stockらの試験で報告されたよりも2倍多いホモ接合CDKN2A欠失を検出した7/63対2/43ことは注目に値する。別の排他的な変化がp16不活性化を伴わない攻撃性腫瘍CINSARCC2、AG2を説明し得るという発想に従って、本発明者らはRB1の機能性コピーを有さない2つの腫瘍および1つのRB1コピーの喪失に起因する有意に下方調節された12の腫瘍を同定したp値。これらの腫瘍においてトランケーション突然変異は検出されなかったが、本発明者らは、アレイの低い分解能のために同定されなかった微小欠失が、肉腫におけるように47、この第二の不活性化を説明し得ると仮定する。p16およびRB1変化の排他的な発生は、CDKN2Aホモ接合欠失を有する腫瘍はいずれもRB1欠失を保有せず、これらの欠失の1つを有する29GISTの中で、3例だけが両方の欠失を保有するという所見によって強く裏付けられる表1。全体では、pl6/RB1経路は、転移転帰を有する患者と転移転帰を有さない患者のそれぞれ14/1878および3/486において不活性化または下方調節され、これは、pl6/RB1経路の不活性化が転移の発症に結びつくことを明確に意味する。CDKN2Aは、細胞周期G1およびG2/M移行の調節に関与する、2つの鍵となる腫瘍サプレッサータンパク質、pl6INK4aおよびpl4ARFをコードする。合わせて考慮すると、これらのタンパク質は2つの重要な細胞周期チェックポイント、p14およびpl6INK4aについてのp53およびRB1経路をそれぞれ調節する。これらの遺伝子の喪失は複製老化、細胞不死化および腫瘍増殖を導き得る48~51。CINSARC遺伝子の大部分はE2Fの転写制御下にあり、E2FはRB1相互作用によって厳密に調節される。実際に、RB1はCDK4サイクリン依存性キナーゼ4によるRB1のリン酸化後に送達されるE2Fを隔離し、pl6INK4aはCDK4を阻害する。それゆえ本発明者らの結果から、主として欠失による、GISTにおけるpl6/RB1経路の不活性化は、有糸分裂の制御に関与する遺伝子の過剰発現を導く原因となる変化である可能性が高いと仮定することができる。この脱制御は細胞ゲノムの再配列を開始させ、再配列は、組合せが自然に選択され、固定されるまで続く。したがって、生じるゲノムの複雑度およびその関連発現は、腫瘍細胞の攻撃性と転移能を付与する。この仮説は細胞およびマウスモデルにおいて実験的に立証されねばならないが、機能性pl6/RB1経路を有するまたは有さないGISTの発現分析によって裏付けられ、前記分析は、機能性pl6/RB1経路を有さないGISTにおいて上方調節される42/22519遺伝子がCINSARCシグネチャーと共通することを示す。さらに、これら225遺伝子はCINSARCおよび転移シグネチャーにおいて濃縮されるものと同じ経路に関与する補足の表3。イマチニブメシル酸塩は、GIST細胞における増殖と生存を阻害するKIT異常シグナル伝達を標的することが証明されている。2009年まで、イマチニブ療法は診断の時点で播種性または進行した疾患に限定された。それ以降、アジュバント治療が承認され、そのような管理から恩恵を受ける可能性が高い患者を同定する選択基準を適用する必要性が浮上してきた。FDA食品医薬品局によって、およびより低い度合でEMA欧州医薬品庁によって予測された患者選択は、基本的に組織学的危険度評価に基づく。AFIP9およびNIH8の両方の組織学に基づく病期判定システムが、腫瘍の転移危険度を決定するうえでの、およびGIST患者がイマチニブによるアジュバント療法に適格であるか否かを判定するためのゴールドスタンダードとして広く受け入れられている。本明細書において本発明者らは、CINSARCシグネチャーおよびAURKA発現が、特にCGHゲノム指数に関連づけた場合、AFIP分類AFIP分類による生存率分析を図4に提示するをしのぐことを示す。特に興味深い点として、ゲノム指数は、これらの組織病理学的システムによって中間危険度と分類されたGIST診断の約25を占めるにおいて予後良好な患者と予後不良の患者を識別することができる。より詳細には、16のAFIP中間危険度症例の中で、4例が転移を発症した。これらの症例はGIによって予後不良と分類された図4および表5。CGHは、増加しつつある数の病理学科によって日常の診療で既に使用されている技術であり、ホルマリン固定したパラフィン包埋FFPE試料に適用できるので、この試験で確立されたGIは、それゆえ、治療から恩恵を受ける可能性がより高いGIST患者を管理するための非常に強力なツールである。GIの臨床適用を検証するため、本発明者らは、FFPEブロックからのDNAに関してCGHを実施するためにより大きなコホートのFFPEGIST試料を収集している。本発明者らは、したがって、AFIPまたはNIH等級付けシステムを強化するまたはこれらの組織病理学的方法に取って代わる2つの可能な判定方法を提案する。第一に、AFIPまたはNIH分類を使用する場合、中間危険度症例は治療の管理のために問題があり、本発明者らの結果は、CGHプロファイリングの使用がそのような問題を容易かつ速やかに解決できることを明らかにする。第二に、本発明者らの結果は、GIとAURKA発現の併用が、AFIP分類よりもイマチニブ療法のための患者のより良好な選択を提供することを示唆する。どちらの方法も転移危険度を有する患者のための効率的な治療を等しく提供するが、完全に試験者非依存性である、CINSARC/AURKAに基づく選択は、誤ってイマチニブ療法に適格であると指定される、転移の危険性のない患者の数を一貫して低減する。"