"がんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法であって、1大規模シーケンシングで得られた対象配列をBurrows-Wheeler変換を用いるアライメント法により参照配列と照合して、割り付けるステップと、2前記対象配列を前記参照配列と比較して、該参照配列と整列させて、1塩基変異かindel変異かの第1の判断を行うステップと、3第1の判断で1塩基変異と判断された対象配列について、1塩基変異と判断された塩基以外の塩基配列が参照配列と一致するタグの数を計数するステップと、4前記タグ数が2個または3個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行うステップと、5第2の判断の1塩基変異を出力するステップとを含むことを特徴とする、がんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法。前記ステップ4において、前記タグ数が3個又は4個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行うことを特徴とする、請求項1に記載のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法。前記ステップ4において、前記タグ数が4個又は5個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行うことを特徴とする、請求項2に記載のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法。前記ステップ4において、前記タグ数が5個又は6個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行うことを特徴とする、請求項3に記載のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法。がんゲノム解析における大規模塩基配列解析プログラムであって、1大規模シーケンシングで得られた対象配列をBurrows-Wheeler変換を用いるアライメント法により参照配列と照合して、割り付けるステップと、2前記対象配列を前記参照配列と比較して、該参照配列と整列させて、1塩基変異かindel変異かの第1の判断を行うステップと、3第1の判断で1塩基変異と判断された対象配列について、1塩基変異と判断された塩基以外の塩基配列が参照配列と一致するタグの数を計数するステップと、4前記タグ数が2個または3個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行うステップと、5第2の判断の1塩基変異を出力するステップとを含むステップをコンピュータに実行させることを特徴とする、がんゲノム解析における大規模塩基配列解析プログラム。請求項4に記載のプログラムを実行することを特徴とするコンピュータ。がんゲノム解析における大規模塩基配列解析装置であって、1大規模シーケンシングで得られた対象配列をBurrows-Wheeler変換を用いるアライメント法により参照配列と照合して、割り付けるマッピング部と、2前記対象配列を前記参照配列と比較して、該参照配列と整列させて、1塩基変異かindel変異かの第1の判断を行う第1の塩基変異抽出部と、3第1の判断で1塩基変異と判断された対象配列について、1塩基変異と判断された塩基以外の塩基配列が参照配列と一致するタグの数を計数するタグ数カウント部と、4前記タグ数が2個または3個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行う第2の塩基変異抽出部と、5第2の判断の1塩基変異を出力する塩基変異出力部とを含むことを特徴とする、がんゲノム解析における大規模塩基配列解析装置。そこで、がんゲノム解析において、従来のGATKプログラムを用いる解析結果における1塩基変異の誤認を簡便に除去し、計算機に負荷をかけずに1塩基変異解析の精度を向上させる技術を開発する必要がある。本発明は、がんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法を提供する。本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法は、1大規模シーケンシングで得られた対象配列をBurrows-Wheeler変換を用いるアライメント法により参照配列と照合して、割り付けるステップと、2前記対象配列を前記参照配列と比較して、該参照配列と整列させて、1塩基変異かindel変異かの第1の判断を行うステップと、3第1の判断で1塩基変異と判断された対象配列について、1塩基変異と判断された塩基以外の塩基配列が参照配列と一致するタグの数を計数するステップと、4前記タグ数が2個または3個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行うステップと、5第2の判断の1塩基変異を出力するステップとを含む。本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法の前記ステップ4において、前記タグ数が3個又は4個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行う場合がある。本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法の前記ステップ4において、前記タグ数が4個又は5個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行う場合がある。本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法の前記ステップ4において、前記タグ数が5個又は6個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行う場合がある。本発明は、がんゲノム解析における大規模塩基配列解析プログラムを提供する。本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析プログラムは、1大規模シーケンシングで得られた対象配列をBurrows-Wheeler変換を用いるアライメント法により参照配列と照合して、割り付けるステップと、2前記対象配列を前記参照配列と比較して、該参照配列と整列させて、1塩基変異かindel変異かの第1の判断を行うステップと、3第1の判断で1塩基変異と判断された対象配列について、1塩基変異と判断された塩基以外の塩基配列が参照配列と一致するタグの数を計数するステップと、4前記タグ数が2個または3個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行うステップと、5第2の判断の1塩基変異を出力するステップとを含むステップをコンピュータに実行させる。本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析プログラムの前記ステップ4において、前記タグ数が3個又は4個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行う場合がある。本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析プログラムの前記ステップ4において、前記タグ数が4個又は5個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行う場合がある。本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析プログラムの前記ステップ4において、前記タグ数が5個又は6個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行う場合がある。本発明は本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析プログラムを実行するコンピュータを提供する。本発明はがんゲノム解析における大規模塩基配列解析装置を提供する。本発明の装置は、1大規模シーケンシングで得られた対象配列をBurrows-Wheeler変換を用いるアライメント法により参照配列と照合して、割り付けるマッピング部と、2前記対象配列を前記参照配列と比較して、該参照配列と整列させて、1塩基変異かindel変異かの第1の判断を行う第1の塩基変異抽出部と、3第1の判断で1塩基変異と判断された対象配列について、1塩基変異と判断された塩基以外の塩基配列が参照配列と一致するタグの数を計数するタグ数カウント部と、4前記タグ数が2個または3個以上のとき、1塩基変異であるとする第2の判断を行う第2の塩基変異抽出部と、5第2の判断の1塩基変異を出力する塩基変異出力部とを含む。本発明のがんゲノム解析における大規模塩基配列解析方法、プログラム及び装置において、第1の判断で1塩基変異と判断された対象配列について、1塩基変異と判断された塩基が参照配列と異なる全てのタグ変異タグの数を計数するとともに、該変異タグのうち、1塩基変異と判断された塩基以外の塩基配列が参照配列と一致するタグ完全一致タグの数を計数する場合がある。がんゲノム解析では、検体にがん細胞と正常細胞とが含まれる場合がある。また検体のがん細胞は、突然変異を蓄積してより悪性になっていく過程のさまざまな段階の細胞が不均一に混在している可能性が高い。そのため、変異タグが出現する頻度は、正常細胞のように変異がヘテロ又はホモで均一な検体に比べると低い。なお、変異タグには配列決定の品質及び/又は精度に問題があるために生じる場合がある。しかし、このような問題のために生じる変異タグ、特に完全一致タグは、大規模塩基配列解析の場面で何度も再現することはほとんどない。そこで理論に拘泥することは意図しないが、完全一致タグの数が2個または3個以上であれば、その変異は1塩基変異である蓋然性が高いので、本発明において完全一致タグの数を基準として1塩基変異の誤認を軽減することができる根拠と考えられる。本明細書において言及される全ての文献はその全体が引用により本明細書に取り込まれる。本発明によれば、大規模な再計算を施すことなく欠失マッピングの誤りに起因する誤った1塩基変異判断を簡便に除去しデータ処理の迅速性を増すことができる。以下に説明する本発明の実施例は、例示のみを目的とし、本発明の技術的範囲を限定するものではない。本発明の技術的範囲は特許請求の範囲の記載によってのみ限定される。本発明の趣旨を逸脱しないことを条件として、本発明の変更、例えば、本発明の構成要件の追加、削除及び置換を行うことができる。従来技術の大規模塩基配列解析用プログラムでは、1塩基変異と判断した塩基以外の塩基配列が参照配列と一致するタグは完全一致タグと判断され、当該タグにその旨の注記が付される。ここで、本当はindel変異であるのに、1塩基変異と誤った判断が行われると、各タグにおいて近傍の複数の塩基が1塩基変異として認識される可能性が高い図1を参照せよ。。これに対し、本当の1塩基変異の場合には、近傍の複数の塩基が1塩基変異として認識される現象が起こることは少ない。したがって、indel変異であるのに、1塩基変異と誤って判断された塩基では完全一致タグの数が減少する。そこで、ある塩基について1塩基変異と判断したときに、完全一致タグが1本又は0本しかなければ、その判断は誤りであると考えてよい。このように、完全一致タグ数を指標にスクリーニングを行うと、従来技術の大規模塩基配列解析用プログラムの1塩基変異判断結果を利用して、1塩基変異の誤認を除去することができる。このスクリーニングは計算負荷が極めて小さく、汎用のパーソナルコンピュータの能力で十分に対応できる。以下、詳細に説明する。図2に示すように、本発明の大規模塩基配列解析用プログラムは、第1のステップにおいて、従来技術を用いて大規模塩基配列データから1塩基変異を検出する。具体的には、図3に示すように、大規模塩基配列データをBurrows-Wheeler変換を用いるアライメント法BWA、Li,H.及びDurbin,R.、Bioinformatics、25:17542009を用いてマッピングし、配列アライメント/マップsequencealingment/map、SAMフォーマットを利用するソフトウェアパッケージであるsamtoolsLi,H.ら、Bioinformatics、25:20782009を用いて前処理を行い、GATKを用いて1塩基変異又はindel変異をコールすることにより1塩基変異を検出する。本発明の大規模塩基配列解析用プログラムの第2のステップでは、1塩基変異の検出結果から完全一致タグ数の情報を出力する。続いて第3のステップにおいて、完全一致タグ数が2本以上の1塩基変異を抽出し、これを第4のステップにおいて、indel変異を1塩基変異とする誤認の少ない1塩基変異として出力する。具体的には、図4に示すように、大規模塩基配列データをコンセンサスCDSCCDS領域上のものに絞る。そして、GATKにより各位置のタグを取得する。ここでは、例えば図5に示すように、大規模塩基配列データに位置情報を与え、GATKPileUpを用いて与えた位置部分の塩基とQV値を出力し、perlスクリプトを用いてタグ数やQV値の和を出力する。一方、GATKPrintReadsを用いて与えた位置部分のSAMファイルを出力し、perlスクリプトを用いて完全一致タグを数える。その後、アノテーション、フィルタリングを行うことで、誤認の少ない1塩基変異を出力する。以上のように、本発明の大規模塩基配列解析用プログラムは、大規模シーケンシングによるデータから1塩基変異を検出するステップと、1塩基変異の検出結果から1塩基変異と判定された塩基以外の塩基配列が参照配列と一致するタグ数の情報を出力するステップと、前記タグ数が2本以上の1塩基変異を抽出するステップとを備えたものであるので、大規模な再計算を施すことなく欠失マッピングの誤りに起因する誤った1塩基変異予測を簡便に除去しデータ処理の迅速性を増すことができる。以下、より具体的な実施例に基づいて説明する。肺がん組織1検体の全エクソンの大規模シーケンシングを行い、GATKプログラムで判定された1塩基変異のうち、がんに特異的な体細胞性変異かつ遺伝子変異がコードするタンパク質のアミノ酸置換を伴う変異として151箇所の塩基を抽出し、参照配列に照合したデータと比較した。1材料と方法DNAサンプルと全エクソンシーケンス国立がん研究センター倫理審査委員会の承認のもと、文書による同意を得た患者の肺がんメタノール固定パラフィン包埋標本より、癌部組織がレーザーマイクロダイセクション法により選択的に回収された後、EZ1DNATissueKitキアゲン社によりゲノムDNAが抽出された。また組織学的にがん細胞が認められなかった同一症例の非癌部組織からも同様にDNAが抽出された。抽出されたゲノムDNAのエクソン部分37.6MbがSureSelectHumanAllExonKitアジレントテクノロジー社により濃縮され、ライブラリが作成され、GenomeAnalyzerIIxイルミナ社を用い両端から塩基75個の配列決定反応が行われた。2アラインメント、1塩基変異コール、マッピングデータとの比較GenomeAnalyzerIIxで得られたショートリード配列は、アラインメントプログラムBWALi,H.及びDurbin,R.、Bioinformatics、25:17542009を用い、参照ゲノムGRCh37/hg19にマッピングされた後、MappingQuality>=60,BaseQualityValue>=30,ConfidenceScore>=50という条件を満たすデータについてGATKプログラムGATKUnifiedGenotyperを用い、1塩基変異コールが行われた。コールされた1塩基変異について、GATKPrintReads,PileUpを用い、目的部分のSAMファイルが出力され、QV>=30で完全一致したタグ数がカウントされた。癌部DNAで得られた1塩基変異から非癌部で見られた1塩基変異と一致するものを除いて、差分151箇所が体細胞性変異として判定された。GenomeAnalyzerで得られたデータはGenomeStudioDNAシーケンスモジュールイルミナ社を用いて視覚化され、上記で得られた1塩基変異判定結果との一致が目視で確認された。3結果照合データ上で明らかにindel変異を1塩基変異と誤認したと判定されたGATKプログラムの予測結果を誤った判断とし、明らかに1塩基変異とみなされるものを正しい判断とした。完全一致タグ数が1本以上の1塩基変異候補を採択した場合の陽性的中率スクリーニングで除去される誤った判断の1塩基変異数/誤った判断の1塩基変異総数は76.9、陰性的中率スクリーニングで除去されない正しい判断の1塩基変異数/正しい判断の1塩基変異総数は97.6であった。完全一致タグ数の基準を変動させた際の陽性的中率、陰性的中率の推移は図6のとおりである。特に完全一致タグ数が2本以上の場合に好適な陽性的中率が得られることが確認された。"