"標的塩基配列を識別する方法であって、試料2本鎖核酸と、標的塩基配列と同一の塩基配列を含む標準2本鎖核酸とを、一の反応液内において熱変性処理する熱変性工程と、前記熱変性工程の後、前記反応液の温度を低下させることにより、前記試料2本鎖核酸と前記標準2本鎖核酸とにおいて競合ハイブリダイゼーションを行う降温工程と、前記標準2本鎖核酸を構成していた核酸鎖と、前記試料2本鎖核酸を構成していた核酸鎖とにより形成された2本鎖核酸を測定する測定工程と、前記測定工程により得られた測定結果に基づき、前記標準2本鎖核酸と前記試料2本鎖核酸との同一性を識別する識別工程と、を有し、前記降温工程を、カチオン性くし型重合体の存在下で行うことを特徴とする、標的塩基配列の識別方法。前記カチオン性くし型重合体が、カチオン性基を含む高分子鎖である主鎖と、親水性基である側鎖とを有することを特徴とする請求項1記載の標的塩基配列の識別方法。前記カチオン性くし型重合体の主鎖がポリリジンであることを特徴とする請求項2記載の標的塩基配列の識別方法。前記カチオン性くし型重合体の側鎖がデキストランであることを特徴とする請求項2又は3記載の標的塩基配列の識別方法。前記カチオン性くし型重合体の主鎖がグアニジル基を含むことを特徴とする請求項2~4のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法。前記カチオン性くし型重合体の主鎖部分の分子量が5,000以上であることを特徴とする請求項2~5のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法。前記降温工程において、前記反応液の降温速度が0.2~3°C/秒であることを特徴とする請求項1~6のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法。前記試料2本鎖核酸と前記標準2本鎖核酸の鎖長が同一であることを特徴とする請求項1~7のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法。前記標的塩基配列が、遺伝子変異の特定の遺伝子型の変異部位を含む領域と相同的な塩基配列であることを特徴とする請求項1~8のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法。前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖が、互いに異なる種類の標識物質によりそれぞれ標識されていることを特徴とする請求項1~9のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法。前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖のうち、一方の核酸鎖を標識する標識物質と他方の鎖を標識する標識物質との間で、エネルギー移動が可能であることを特徴とする請求項10記載の標的塩基配列の識別方法。前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖が、いずれも蛍光物質により標識されていることを特徴とする請求項10又は11記載の標的塩基配列の識別方法。前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖のうち、一方の核酸鎖が蛍光物質により標識されており、他方の核酸鎖が消光物質により標識されていることを特徴とする請求項10又は11記載の標的塩基配列の識別方法。前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖のうち、一方の核酸鎖が、固相担体と結合可能な標識物質により標識されていることを特徴とする請求項10記載の標的塩基配列の識別方法。標的塩基配列を識別する方法に用いられるキットであって、標的塩基配列と同一の塩基配列を含む標準2本鎖核酸と、カチオン性くし型重合体とを含むことを特徴とする、標的塩基配列識別用キット。前記標的塩基配列が、遺伝子変異の特定の遺伝子型の変異部位を含む領域と相同的な塩基配列であることを特徴とする請求項15記載の標的塩基配列識別用キット。本発明はこのような状況下、PCR-PHFA法などの競合ハイブリダイゼーションを伴う塩基配列の識別方法において、塩基配列の相違を識別する精度を保持しつつ、従来法よりも非常に短時間で、試料に含まれる核酸が、標的塩基配列を有する核酸であるか否かを識別し得る方法を提供することを目的とする。本発明者らは、上記課題を解決すべく鋭意研究した結果、PCR-PHFA法などの競合ハイブリダイゼーション法において、反応液中にカチオン性くし型重合体を添加することにより、試料核酸と標準核酸との間の競合ハイブリダイゼーションにおける平衡速度を超える速度で温度を降下させても、識別精度を損なうことなく塩基配列を識別できることを見出し、本発明を完成させた。すなわち、本発明は、1標的塩基配列を識別する方法であって、試料2本鎖核酸と、標的塩基配列と同一の塩基配列を含む標準2本鎖核酸とを、一の反応液内において熱変性処理する熱変性工程と、前記熱変性工程の後、前記反応液の温度を低下させることにより、前記試料2本鎖核酸と前記標準2本鎖核酸とにおいて競合ハイブリダイゼーションを行う降温工程と、前記標準2本鎖核酸を構成していた核酸鎖と、前記試料2本鎖核酸を構成していた核酸鎖とにより形成された2本鎖核酸を測定する測定工程と、前記測定工程により得られた測定結果に基づき、前記標準2本鎖核酸と前記試料2本鎖核酸との同一性を識別する識別工程と、を有し、前記降温工程を、カチオン性くし型重合体の存在下で行うことを特徴とする、標的塩基配列の識別方法、2前記カチオン性くし型重合体が、カチオン性基を含む高分子鎖である主鎖と、親水性基である側鎖とを有することを特徴とする前記1記載の標的塩基配列の識別方法、3前記カチオン性くし型重合体の主鎖がポリリジンであることを特徴とする前記2記載の標的塩基配列の識別方法、4前記カチオン性くし型重合体の側鎖がデキストランであることを特徴とする前記2又は3記載の標的塩基配列の識別方法、5前記カチオン性くし型重合体の主鎖がグアニジル基を含むことを特徴とする前記2~4のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法、6前記カチオン性くし型重合体の主鎖部分の分子量が5,000以上であることを特徴とする前記2~5のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法、7前記降温工程において、前記反応液の降温速度が0.2~3°C/秒であることを特徴とする前記1~6のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法、8前記試料2本鎖核酸と前記標準2本鎖核酸の鎖長が同一であることを特徴とする前記1~7のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法、9前記標的塩基配列が、遺伝子変異の特定の遺伝子型の変異部位を含む領域と相同的な塩基配列であることを特徴とする前記1~8のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法、10前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖が、互いに異なる種類の標識物質によりそれぞれ標識されていることを特徴とする前記1~9のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法、11前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖のうち、一方の核酸鎖を標識する標識物質と他方の鎖を標識する標識物質との間で、エネルギー移動が可能であることを特徴とする前記10記載の標的塩基配列の識別方法、12前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖が、いずれも蛍光物質により標識されていることを特徴とする前記10又は11記載の標的塩基配列の識別方法、13前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖のうち、一方の核酸鎖が蛍光物質により標識されており、他方の核酸鎖が消光物質により標識されていることを特徴とする前記10又は11記載の標的塩基配列の識別方法、14前記標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖のうち、一方の核酸鎖が、固相担体と結合可能な標識物質により標識されていることを特徴とする前記10~13のいずれかに記載の標的塩基配列の識別方法、15標的塩基配列を識別する方法に用いられるキットであって、標的塩基配列と同一の塩基配列を含む標準2本鎖核酸と、カチオン性くし型重合体とを含むことを特徴とする、標的塩基配列識別用キット、16前記標的塩基配列が、遺伝子変異の特定の遺伝子型の変異部位を含む領域と相同的な塩基配列であることを特徴とする前記15記載の標的塩基配列識別用キット、を提供するものである。本発明の標的塩基配列の識別方法により、識別精度を損なうことなく、競合ハイブリダイゼーションに要する時間を従来法よりも劇的に短縮することができる。本発明及び本願明細書において、標的塩基配列を識別するとは、試料に含まれる核酸が、標的塩基配列を有する核酸であるか否かを識別することを意味する。本発明及び本願明細書において、試料2本鎖核酸とは、標的塩基配列を有するか否かを検出する対象となる試料から調製された核酸であって、互いに相補的な2本の核酸鎖1本鎖核酸により構成される2本鎖核酸を意味する。また、標準2本鎖核酸とは、標的塩基配列と同一の塩基配列を含む核酸鎖と、当該核酸鎖と相補的な塩基配列を有する核酸鎖とにより構成される2本鎖核酸を意味する。なお、本発明及び本願明細書においては、互いに相補的な2つの1本鎖核酸の組み合わせにおいて、それらが2本鎖を形成している場合はもちろんのこと、1本鎖核酸に解離している状態のものも、2本鎖核酸と呼ぶことがある。なぜなら、互いに相補的な1本鎖核酸は、溶液状態で共存していると自然に2本鎖を形成することがあるからである。本発明の標的塩基配列の識別方法以下、本発明の識別方法ということがある。は、試料2本鎖核酸の塩基配列が標的塩基配列を含むか否かを識別する方法において、試料2本鎖核酸と、標的塩基配列と同一の塩基配列を含む標準2本鎖核酸とを混合して熱変性させた後、温度を低下させて競合ハイブリダイゼーションを行う際に、カチオン性くし型重合体存在下で競合ハイブリダイゼーションを行うことを特徴とする。カチオン性くし型重合体が添加されていることにより、降温速度を速めた場合であっても、塩基配列を高い精度で識別することができる。図1は、本発明の識別方法と従来法とにおける、標準2本鎖核酸と、標準2本鎖核酸とは異なる塩基配列を有する試料2本鎖核酸との競合ハイブリダイゼーションの一例を模式的に示した図である。図1Aは、従来法の競合ハイブリダイゼーションを緩やかな温度降下条件で行う場合を示し、図1Bは、従来法の競合ハイブリダイゼーションを急激な温度降下条件で行う場合を示し、図1Cは、本発明の識別方法の競合ハイブリダイゼーションを急激な温度降下条件で行う場合を示している。競合ハイブリダイゼーション法の一例としてPCR-PHFA法がある。PCR-PHFA法では、一般的には、2本鎖核酸の熱変性温度から温度を降下させながらハイブリダイゼーション反応を行うが、緩やかな温度降下0.1°C/分が重要とされている。競合ハイブリダイゼーション反応の際の降温速度が緩やかであれば、完全に相補的な核酸鎖同士の2本鎖形成ホモデュープレックスが、塩基配列の異なる核酸鎖同士の2本鎖形成ヘテロデュープレックスに対して優先的に起こる{図1A}。一方、降温速度を速めた場合には、ハイブリダイゼーション反応が各温度での平衡に達する前に温度が変化するため、塩基配列の識別精度が十分ではなく、ホモデュープレックスの形成のみならずヘテロデュープレックスの形成も起こってしまう{図1B}。特に、標準2本鎖核酸と試料2本鎖核酸との間の塩基配列の違いがわずか1塩基である場合は、ヘテロデュープレックスが生じやすく、変異の識別を誤ることになる。従って、従来のPCR-PHFA法では、反応の時間を容易に短縮できないことが問題であった。これに対して、本発明の識別方法では、反応液中にカチオン性くし型重合体を添加しているため、反応液の温度を急激に低下させた場合でも、ホモデュープレックスが優先的に起こるため、試料2本鎖核酸が標的塩基配列と同一の塩基配列を有するか否かを、高精度に検出することができる。競合ハイブリダイゼーション反応をカチオン性くし型重合体存在下で行うことによりこのような効果が得られる理由は明らかではないが、カチオン性くし型重合体により、ハイブリダイゼーション反応の反応速度を大幅に速められる結果、平衡状態に速やかに達することができるためではないかと推察される。本発明の識別方法では、カチオン性くし型重合体が存在しない場合には、温度変化が急速なため異なる塩基配列間で区別ができないような場合であっても、塩基配列の識別が可能である。実際に、後記実施例1では、反応液中にカチオン性くし型重合体を添加した場合、通常の条件よりも降温速度を100倍速めた条件で競合ハイブリダイゼーションを行った場合にも、1塩基のみが相違する塩基配列の識別性を保持していた。一方で、カチオン性くし型重合体未添加の場合、標準2本鎖核酸と試料2本鎖核酸の塩基配列が1塩基のみ異なる場合には、誤ったハイブリダイゼーション、すなわちヘテロデュープレックスが多く形成され、標準2本鎖核酸と試料2本鎖核酸の塩基配列が同じ場合マッチと異なる場合ミスマッチとを区別することができなかった。この結果は、カチオン性くし型重合体未添加の場合、熱力学平衡の観点からは当然のことである。反応液中に似かよった塩基配列を有する核酸鎖が存在する場合、カチオン性くし型重合体存在下では、高速な温度変化にもかかわらず、完全に相補的な塩基配列を有する核酸鎖同士が優先的に相補鎖を形成することは、本発明者らにより初めて見出された知見であって、従来の核酸化学、熱力学の常識を大きく覆すものである。この知見により、PCR-PHFA法などの競合ハイブリダイゼーション反応において、従来必要とされていた精度の高い温度制御が不要となり、測定時間も1分以内にまで短縮することが可能であることが示された。本発明において用いられるカチオン性くし型重合体は、主鎖に対してくし型状に側鎖が導入されており、かつカチオン性基を含む重合体であれば、特に限定されるものではないが、カチオン性基を含む高分子鎖ポリカチオンを主鎖とする重合体に、側鎖としてくし型状に親水性基を導入した重合体であることが好ましく、主鎖であるポリカチオンに、親水性基を含む高分子をくし型状に導入した共重合体以下、カチオン性くし型共重合体であることがより好ましい。カチオン性くし型共重合体の主鎖であるポリカチオンとしては、リジン、アルギニン、ヒスチジン、オルニチン等のアミノ酸、グルコサミン等の糖、アリルアミン、エチレンイミン等のカチオン性単量体のうち、1種類又は複数種類を重合して得られた重合体や、これらの誘導体が挙げられる。本発明においては、ポリリジン、ポリアルギニン、リジンとアルギニンの共重合体、又はこれらの誘導体を主鎖とするカチオン性くし型共重合体を用いることが好ましい。カチオン性単量体の重合体の誘導体としては、例えば、重合体を構成する単量体の一部又は全部に官能基を付加したもの等が挙げられる。このような官能基としては、重合体が有するカチオン性を損なわない限り特に限定されるものではないが、例えば、グアニジル基等が挙げられる。カチオン性くし型共重合体の側鎖である親水性基を含む高分子としては、デキストラン、アミロース、セルロース等の多糖類、ポリエチレングリコール等のポリエーテル、及びこれらの誘導体等が挙げられる。本発明においては、デキストラン、ポリエチレングリコール、又はこれらの誘導体を側鎖とするカチオン性くし型共重合体を用いることが好ましい。側鎖として用いる親水性基を含む高分子の誘導体としては、親水性を損なわないものであれば特に限定されるものではなく、例えば、カルボキシメチル誘導体、アミノ酸誘導体、アルデヒド誘導体等が挙げられる。本発明において用いられるカチオン性くし型重合体としては、主鎖がポリリジン若しくはポリアルギニン又はこれらの誘導体であり、側鎖がデキストランであるカチオン性くし型共重合体であることが好ましく、主鎖がポリリジン若しくはポリアルギニン又はこれらのグアニジン誘導体グアニジル基を含む誘導体であり、側鎖がデキストランであるカチオン性くし型共重合体であることがより好ましく、ポリリジン又はグアニジド化ポリリジンにデキストランをグラフト重合して得られるカチオン性くし型共重合体であることがさらに好ましい。本発明において用いられるカチオン性くし型重合体の大きさは、競合ハイブリダイゼーションに用いる試料2本鎖核酸や標準2本鎖核酸の鎖長に応じて適切なものを選択すればよい。本発明においては、主鎖部分の分子量が2,000以上であることが好ましく、5,000以上であることがより好ましい。例えば、ポリリジン又はグアニジド化ポリリジンにデキストランをグラフト重合して得られるカチオン性くし型共重合体を用いる場合には、主鎖部分の分子量が2,000~20,000、好ましくは5,000~15,000であることが好ましい。なお、主鎖のポリカチオンの重合度を調整することにより、所望の大きさの主鎖部分を有するカチオン性くし型重合体を得ることができる。なお、特許文献3~5に記載されているように、カチオン性くし型重合体が鎖置換反応における鎖交換促進効果を有していることは公知である。しかしながら、特許文献3~5には、1本鎖核酸同士の2本鎖形成あるいは競合ハイブリダイゼーションにおける作用効果については、なんら示されていない。競合ハイブリダイゼーションをカチオン性くし型重合体存在下で行うことにより、塩基配列の識別精度を損なうことなく反応液の降温速度を上げて反応に要する時間を大幅に短縮することができることは、本発明者らにより初めて得られた知見である。ここで、鎖置換反応とは、2本鎖核酸の一方の核酸鎖と類似あるいは全く同一の塩基配列を有する1本鎖核酸が、実際に2本鎖を形成している2本鎖核酸のうちの一方の核酸鎖と置き換わる反応をいう。これに対して、ハイブリダイゼーション反応は、相補的な塩基配列を有する2つの1本鎖核酸同士が2本鎖核酸を形成する反応をいう。さらに、競合ハイブリダイゼーション反応は、1つの1本鎖核酸に対して、2本以上の1本鎖核酸が競争的にハイブリダイズすることによって2本鎖核酸を形成する反応である。最適な反応条件で競合ハイブリダイゼーション反応を行った場合には、競合する1本鎖核酸の中でもより安定な2本鎖核酸を形成する1本鎖核酸が優先的にハイブリダイズするため、結果として、最も安定な2本鎖核酸が形成される。本発明において用いられる試料2本鎖核酸は、例えば、核酸増幅反応を利用して調整することができる。核酸増幅反応としては、特に限定されるものではなく、PCR法、LCRLigasechainReaction法、3SRSelf-sustainedSequenceReplication法、SDAStrandDisplacementAmplification法等の公知の核酸増幅反応の中から適宜選択して用いることができるManak,DNAProbes2ndEditionp255~291,StocktonPress1993。増幅された核酸断片を2本鎖核酸として得ることができるため、本発明においては、特にPCR法が好適である。なお、核酸増幅物が2本鎖核酸ではない場合には、プライマー伸長反応等を利用して2本鎖核酸として調製する工程が必要である。本発明において用いられる標準2本鎖核酸も試料2本鎖核酸と同様に、核酸増幅反応を利用して調製することができるが、公知の化学合成によって調製することが好ましい。化学合成法のほうが、標識物質の導入位置等の自由度が高いためである。化学合成法としては、トリエステル法、亜リン酸法等が挙げられる。例えば、液相法又は不溶性の担体を使った固相合成法等を利用した通常の自動合成機APPLIEDBIOSYSTEMS社392等を使用して1本鎖のDNAを大量に調製し、その後アニーリングを行うことにより2本鎖DNAを調製することができる。本発明の識別方法においては、試料2本鎖核酸と標準2本鎖核酸の鎖長は相違していてもよいが、両者が同じ鎖長であることが好ましい。鎖長の違いによるハイブリダイゼーション効率の影響を抑えることができるため、より高精度に1塩基の相違を識別することができるためである。具体的には、本発明の識別方法は、試料2本鎖核酸と、標的塩基配列と同一の塩基配列を含む標準2本鎖核酸とを、一の反応液内において熱変性処理する熱変性工程と、前記熱変性工程の後、前記反応液の温度を低下させることにより、前記試料2本鎖核酸と前記標準2本鎖核酸とにおいて競合ハイブリダイゼーションを行う降温工程と、前記標準2本鎖核酸を構成していた核酸鎖と、前記試料2本鎖核酸を構成していた核酸鎖とにより形成された2本鎖核酸を測定する測定工程と、前記測定工程により得られた測定結果に基づき、前記標準2本鎖核酸と前記試料2本鎖核酸との同一性を識別する識別工程と、を有し、前記降温工程を、カチオン性くし型重合体の存在下で行うことを特徴とする。熱変性工程は、試料2本鎖核酸と標準2本鎖核酸とを、一の反応液内において熱変性処理する工程である。具体的には、適当な組成の反応液に、試料2本鎖核酸と標準2本鎖核酸とをそれぞれ添加した後、当該反応液を加熱することにより熱変性処理を行う。例えば、当該反応液を90~100°C、好ましくは95~100°Cに一定時間加熱することにより、当該反応液に含有される試料2本鎖核酸と標準2本鎖核酸とを変性させることができる。なお、試料2本鎖核酸又は標準2本鎖核酸は、それぞれを含有する溶液として、反応液に添加してもよい。カチオン性くし型重合体は、熱変性処理後降温工程開始前に反応液に添加してもよいが、熱変性工程前に反応液に添加しておくことが好ましい。反応液に添加するカチオン性くし型重合体の量は、反応液中において、カチオン性くし型重合体と核酸の荷電比[カチオン性くし型重合体の電荷]/[核酸の電荷]に基づいて決定することができ、荷電比が0.01~10,000の範囲内で適切な値を選択する。なお、核酸の電荷は、反応液中に存在する全核酸の電荷の総和である。また、反応液には、その他、反応液のpHを調整する緩衝剤や、2本鎖形成に必要な1価あるいは2価の陽イオン、2本鎖核酸の安定性に影響を与える有機溶媒等を添加することができる。緩衝剤としては、例えば、トリス塩酸等が挙げられる。陽イオンとしては、例えば、ナトリウムイオンやマグネシウムイオン等が挙げられる。有機溶媒としては、例えば、ジメチルスルフォキシドDMSO、ジメチルフォルムアミドDMF等が挙げられる。次いで、降温工程として、熱変性工程後の反応液の温度を低下させることにより、カチオン性くし型重合体の存在下で、前記試料2本鎖核酸と前記標準2本鎖核酸とにおいて競合ハイブリダイゼーションを行う。降温工程においては、変性温度から標準2本鎖核酸のTm値以下の温度まで低下させればよく、反応終了時点の反応液の温度は、標準2本鎖核酸及び試料2本鎖核酸の鎖長や塩基配列に応じて適宜設定することができる。本発明の識別方法においては、カチオン性くし型重合体存在下で行うため、高速で、例えば0.2°C/秒以上の速度で、変性温度から標準2本鎖核酸のTm値以下の温度まで降下させて競合ハイブリダイゼーションを行うことができる。なお、0.2°C/秒よりも穏やかな降温速度で実施することもできる。このような高速な温度変化は、温度調節が可能な専用の装置やリアルタイム-PCR装置等を用いて行うことができる。本発明においては、反応液の降温速度が0.2~3°C/秒であることが好ましく、0.5~3°C/秒であることがより好ましく、0.5~2°C/秒であることも好ましい。このように、高速で降温させることにより、降温工程に要する時間を大幅に短縮することができる。このため、本発明の識別方法により、30秒間程度、長くても60秒間程度で、競合ハイブリダイゼーションを行うことができる。次いで、測定工程として、標準2本鎖核酸を構成していた核酸鎖と、試料2本鎖核酸を構成していた核酸鎖とにより形成された2本鎖核酸を測定し、識別工程として、得られた測定結果に基づき、前記標準2本鎖核酸と前記試料2本鎖核酸との同一性を識別する。以後、標準2本鎖核酸を構成していた核酸鎖と、試料2本鎖核酸を構成していた核酸鎖とにより形成された2本鎖核酸を、鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸ともいう。反応液中に十分量の鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸が存在していた場合には、試料2本鎖核酸は標準2本鎖核酸と同一であり、標的塩基配列を有していると判断する。一方、十分量の鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸が存在していなかった場合には、試料2本鎖核酸は標準2本鎖核酸と同一ではないと判断することができる。なお、本発明において、鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸を測定するとは、鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸自体を検出することに加えて、標準2本鎖核酸に対する鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸の割合を測定することも含む。なお、鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸の測定は、降温工程の終了時、すなわち競合ハイブリダイゼーション後エンドポイントにおいて行ってもよく、降温工程の開始時及び終了時に行い、両者の測定値を比較することにより、試料2本鎖核酸が標準2本鎖核酸と同一であるか否かを識別してもよい。また、測定工程における測定は、降温工程において経時的にリアルタイムに行ってもよい。標準2本鎖核酸と試料2本鎖核酸のいずれかを予め標識物質により標識しておくことにより、当該標識物質を指標として、鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸を測定することができる。一般的には予め準備できるため、標準2本鎖核酸を標識しておくほうが好都合である。中でも、標準2本鎖核酸を構成する2本の核酸鎖が、互いに異なる種類の標識物質によりそれぞれ標識されていることが好ましい。このように予め標識した場合には、鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸は、1種類の標識物質でのみ標識されており、2種類の標識物質により標識されている標準2本鎖核酸と区別して検出することができる。標識物質としては、非放射性、放射性物質のどちらを用いてもよいが、好ましくは非放射性物質が用いられる。非放射性の標識物質としては、直接標識可能なものとして蛍光物質[例えばフルオレッセイン誘導体フルオレッセインイソチオシアネート等、ローダミン及びその誘導体テトラメチルローダミンイソチオシアネート等]、化学発光物質例えばアクリジン等等が挙げられる。また、標識物質と特異的に結合する物質を利用することにより、間接的に標識物質を検出することができる。このような標識物質としては、ビオチン、リガンド、特定の核酸あるいはタンパク質ハプテン等が挙げられる。そして、標識物質と特異的に結合する物質としては、ビオチンの場合にはこれに特異的に結合するアビジンあるいはストレプトアビジンが、ハプテンの場合はこれに特異的に結合する抗体が、リガンドの場合はレセプターが、特定の核酸あるいはタンパク質の場合はこれと特異的に結合する核酸、核酸結合タンパク質あるいは特定のタンパク質と親和性のあるタンパク質等が利用できる。上記ハプテンとしては2,4-ジニトロフェニル基を有する化合物やジゴキシゲニンを使うことができ、更にはビオチンあるいは蛍光物質等もハプテンとして使用することができる。これらの標識物質は、いずれも単独又は必要があれば複数種の組み合わせで公知の手段特開昭59-93099号公報、特開昭59-148798号公報、特開昭59-204200号公報参照。により、導入することができる。また、2種類の標識物質のうち、いずれかの標識物質を固相単体に結合可能な物質とした場合には、汎用されている固液分離作業を行うことにより、標準2本鎖核酸と試料2本鎖核酸との間で鎖組み換えが生じた程度を測定することができる。例えば、標準2本鎖核酸の一方の鎖を標識物質Aで標識し、他方の鎖を固相単体に結合可能な標識物質Bで標識し、競合ハイブリダイゼーション後の反応液を標識物質Bが結合可能な固相単体に接触させる。その後、当該固相担体に結合している2本鎖核酸中の標識物質Aを検出する。鎖組み換えが起こった場合には、固相担体に結合している2本鎖核酸中の標識物質Aにより標識されている2本鎖核酸の割合が減少する。なお、標識した2本鎖核酸の一方の鎖が標識されていない鎖と置換した場合には、新しく生成した2本鎖核酸は固相担体への結合は可能であるが、検出のための標識がないため、検出することはできない。特に、本発明においては、互いにエネルギー移動可能な2種類の標識物質例えば、励起により蛍光を発生するドナー標識物質と、その蛍光を吸収するアクセプター標識物質を用いて、これらの標識物質間のエネルギー移動によるエネルギー変化の度合いを指標として、鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸を測定することが好ましい。標識物質間のエネルギー移動とは、エネルギーを発生するドナー標識物質とこのドナー標識物質から発生したエネルギーを吸収するアクセプター標識物質との少なくとも2種の標識物質が、互いに近接した状態にある場合に、ドナー標識物質からアクセプター標識物質へのエネルギーの移動をいう。例えば、2種の標識物質が蛍光物質である場合、ドナー標識物質を励起して生じる蛍光をアクセプター標識物質が吸収し、このアクセプター標識物質が発する蛍光を測定するか、又はドナー標識物質を励起して生じる蛍光をアクセプター標識物質が吸収することにより起こるドナー標識物質の消光を測定することができるPCRMethodsandapplications4,357-3621995、NatureBiotechnology16,49-531998。なお、ドナー標識物質の蛍光波長とアクセプター標識物質の吸収波長に重なりがなくてもエネルギー移動が起こる場合があるが、このようなエネルギー移動も本発明に含まれるものである。また、アクセプター標識物質は消光物質であってもよい。このようなくクエンチャーとして、例えばDABCYLやブラックホール等が挙げられる。互いにエネルギー移動可能な2種類の標識物質としては、互いに近接した状態でエネルギー移動可能なものであれば特に制限されないが、中でも蛍光物質、遅延蛍光物質が好ましく、場合によっては化学発光物質、生物発光物質等を用いることもできる。このような標識物質の組み合せとしては、フルオレセイン及びその誘導体例えばフルオレセインイソチオシアネート等とローダミン及びその誘導体例えばテトラメチルローダミンイソチオシアネート、テトラメチルローダミン-5-and-6-ヘキサノイックアシッド等との組み合わせ、フルオレセインとDABCYLとの組み合わせ等が挙げられ、これらの中から任意の組み合わせを選択することができるNonisotopicDNAProbeTechniques.AcademicPress1992。その他、近接させた場合に熱エネルギーの放出が生じる組み合わせの分子であってもよい。このような標識物質の組み合わせとしては、AlexaFluor登録商標488インビトロジェン社製、ATTO488ATTOTECGmbH社製、AlexaFluor登録商標594インビトロジェン社製、及びROXCarboxyXrhodamineからなる群より選択される1とBHQ登録商標、Blackholequencher-1又はBHQ登録商標-2との組み合わせ等が挙げられる。なお、グアニンは、FAMが近接した場合にクエンチする能力があるため、これを利用してもよい。例えば、標準2本鎖核酸の一方の鎖の3’端部をFAMで標識した場合であって、他方の鎖の5’末端の塩基がグアニンである場合には、当該他方の鎖を標識物質で標識せずともよい。標準2本鎖核酸又は試料2本鎖核酸に、標識物質を導入する方法としては、一般的な核酸への標識導入方法を採用することができる。例えば、標識物質を核酸に直接化学的に導入する方法Biotechniques24,484-4891998、DNAポリメラーゼ反応あるいはRNAポリメラーゼ反応により標識物質結合モノヌクレオチドを導入する方法Science238,336-33411987、標識物質を導入したプライマーを用いてPCR反応を行うことにより導入する方法PCRMethodsandApplications2,34-401992等が挙げられる。標準2本鎖核酸又は試料2本鎖核酸に標識物質を導入する位置は、鎖置き換え反応によりエネルギー移動が生じたり、消失する位置、すなわち、核酸鎖の3’端部及び/又は5’端部である必要がある。具体的には、本発明において、5’端部及び3’端部とは、核酸鎖の5’末端及び3’末端からそれぞれ30塩基以内の範囲を示すが、両方の標識物質が近ければ近いほどエネルギー移動を起こし易いため、好ましくはそれぞれの末端から10塩基以内であり、最も好ましくは5’末端及び3’末端である。ここで、標識物質を相補鎖とハイブリダイズする塩基部分に多数導入すると1塩基程度の置換が検出できなくなる可能性があるため、それぞれの核酸鎖の端部分のみに導入することが好ましい。例えば、2種の標識物質の一方を一方の核酸鎖の5’端部3’端部に導入すると共に、これと相補的な他方の核酸鎖の3’端部5’端部に他方の標識物質を導入することにより、ハイブリダイゼーション反応に影響を与えることなく、両核酸鎖は鎖置き換え反応により、エネルギー移動を生じたり、消失したりする。本発明の識別方法は、遺伝子変異の識別に好適に用いることができる。具体的には、遺伝子変異の変異部位を含む領域の塩基配列を標的塩基配列とする。なお、本発明において遺伝子変異とは、同一生物種の個体間において存在する遺伝子の塩基配列の相違を意味し、変異部位とは、塩基配列中の相違する部位を意味する。具体的には、塩基配列中の1又は複数の塩基が置換欠失挿入されていることにより、塩基配列の相違は生じる。このような遺伝子変異として、例えば、SNPやCNV多型等が挙げられる。また、本発明において遺伝子変異とは、SNP等の遺伝子多型のような先天的な変異に加えて、同一個体中の細胞間において存在する遺伝子の塩基配列の相違である体細胞変異等のように後天的な変異も含む。本発明の識別方法において、標的となる遺伝子変異としては、がん関連遺伝子、遺伝病に関連する遺伝子、薬剤の代謝や効き目に関する遺伝子、ウィルス遺伝子、及び細菌遺伝子における変異と呼ばれるものである。がん関連遺伝子としては、例えばKRAS遺伝子、BRAF遺伝子、PTEN遺伝子、PIK3CA遺伝子、ALK融合遺伝子、EGFR遺伝子、NRAS遺伝子、p53遺伝子、BRCA1遺伝子、BRCA2遺伝子、又はAPC遺伝子等が挙げられる。遺伝病に関連する遺伝子としては、各種先天性代謝異常症等との関連が報告されている遺伝子等が挙げられる。薬剤の代謝に関しては薬剤の代謝に関わる酵素であるシトクロムP450やトランスポーター等の遺伝子が挙げられる。ウィルス遺伝子、細菌遺伝子としては、例えばC型肝炎ウィルス、B型肝炎ウィルス等の遺伝子が挙げられる。さらに、病気等の原因とは必ずしも直接は関係のないヒト白血球抗原遺伝子であるHLA等も移植の適合性や薬の副作用等と関連して重要である。さらに、ミトコンドリアにコードされている遺伝子変異も病気との関連が示唆されており、これらの遺伝子の変異も標的となりうる。本発明の識別方法は、その高い識別精度及び迅速性から、臨床検査等においても有用である。医療現場における遺伝子検査の実用性を考えた場合に、測定時間の短縮は非常に重要である。本発明の識別方法により、SNP等の生殖細胞変異のみならず、体細胞変異も高精度にかつ超短時間で識別することができる。例えば、KRASはシグナル伝達系のタンパク質であり、プロトオンコ―ジーンである。多くのがん細胞においてKRAS遺伝子に変異が生じていることが報告されている。特にKRAS遺伝子のコドン12、13にアミノ酸置換を伴う変異が顕著に見られ、13種類の変異パターンが存在することが知られている。最近、KRAS遺伝子に変異がある患者では、抗がん剤であるEGFR抗体薬等が効力を発揮できないことが次々に明らかとなっている。このような抗がん剤治療は副作用のみならず高額な費用を要する。したがって、治療前にKRAS遺伝子変異の検査を行い、効く患者のみを選別して治療することがオーダーメード医療の一環として提案されている。また、EGFR抗体薬であるセツキシマブは、大腸がん治療薬として使用されている。大腸がんの年間罹患数は10万人弱であり、平成17年の死亡者数は4万800人であった。食生活の欧米化により増え続ける傾向にあり、4年後には40,000人の大腸がん患者がEGFR抗体薬治療の対象となるとのEGFR抗体薬のメーカーによる試算もある。当該試算が正しければ、KRAS遺伝子の検査市場は日本国内だけで4年後には4億円を越すものと予想される。しかしながら、従来の識別法では、体細胞変異を十分な精度で迅速に識別することは困難であり、擬陽性が多い、と言う問題があった。本発明の識別方法は、体細胞変異をも非常に精度よく迅速に識別可能であることから、臨床検査における精度改善のみならず、医療費の削減にも資することが期待できる。本発明の識別方法は、以下のようにして、PCR-PHFA法に応用することができる。まず、検出したい変異部分標的塩基配列を増幅するプライマーを設計し、試料核酸を鋳型として、変異部分を含む増幅産物を得る。一方、変異部分を含む増幅産物と同じ領域を含み、かつ、エネルギー移動が可能な2種類の標識物質により、それぞれ標識された核酸鎖から形成される標準標識2本鎖核酸も用意する。例えば、一方の核酸鎖の5’末端をフルオレッセイン等のドナー標識物質で標識し、もう一方の核酸鎖の3’末端をDABCYL等のアクセプター標識物質で標識する。この二つの標識された核酸鎖を混合して標準標識2本鎖核酸とする。標識された核酸鎖は、標識の導入も含めて化学合成を利用して調製することができる。実際に試料中の遺伝子変異を検出するには、PCRにて増幅した反応液、標準標識2本鎖核酸、カチオン性くし型重合体を添加して反応液を調製する。この反応液を90°C程度で熱処理を行って変性し、それから、反応液の温度を、標準標識2本鎖核酸のTm値程度、例えば70°C程度まで、0.2°C/秒以上、例えば2°C/秒程度の降温速度で下げることにより、競合ハイブリダイゼーションを行い、最後に蛍光測定を行う。蛍光測定を行う温度は、70°Cでもよく、室温付近でもよい。また、リアルタイム-PCR装置等を使って降温中の蛍光変化を逐次測定してもよい。得られた蛍光値から、鎖組み換えにより形成された2本鎖核酸を測定して鎖の組換えの程度を判断し、試料中の核酸の塩基配列が、標準標識2本鎖核酸と同じかどうかを判定する。蛍光測定の測定誤差等を小さくするため、熱変性処理前の反応液の蛍光値、あるいは熱変性処理時の蛍光値を利用して補正することもできる。本発明の標的塩基配列識別用キットは、標的塩基配列を識別する方法に用いられるキットであって、標的塩基配列と同一の塩基配列を含む標準2本鎖核酸と、カチオン性くし型重合体とを含むことを特徴とする。その他、標的塩基配列識別用キットには、緩衝剤、陽イオン、有機溶媒等の競合ハイブリダイゼーションの反応液に添加する試薬や、標識物質の標識を検出するための試薬等を組み合わせても良い。このように、本発明の識別方法に必要な試薬等をキット化することにより、より簡便かつ短時間で標的塩基配列の識別を行うことができる。本発明の標的塩基配列識別用キットは、特に、遺伝子変異の特定の遺伝子型の変異部位を含む領域と相同的な塩基配列を標的塩基配列とし、遺伝子変異を検出するために用いられることが好ましい。以下、実施例を示し、本発明を具体的に説明するが、本発明は下記実施例に限定されるものではない。[実施例1]がん遺伝子であるKRASのコドン12の遺伝子変異を識別対象の変異部位とし、当該変異部位を含む部分領域の塩基配列を標的塩基配列として、試料2本鎖核酸の遺伝子型が、標準2本鎖核酸の遺伝子型と同一か否かを、本発明の識別方法を用いて識別した。なお、使用する標準2本鎖核酸及び試料2本鎖核酸は、常法の化学合成法により調製した。まず、コドン12の野生型Wild及び変異型G12Sの標準2本鎖核酸をそれぞれ作製した。変異型G12Sは、コドン12の点突然変異により、グリシンがセリンに改変されている変異型である。各標準2本鎖核酸は、一方の核酸鎖の両末端をFAM標識グレンリサーチ社製し、他方の核酸鎖の両末端をDABCYL標識グレンリサーチ社製した。各遺伝子型の標準2本鎖核酸は、構成する2本の核酸鎖を1本ずつ化学合成したものをハイブリダイズさせることにより調製した。表1に、化学合成した核酸鎖の配列を、遺伝子型ごとに示す。表1中、コドン12及びコドン13は下線で示し、変異部位は小文字で表した。また、6-FAMはFAM標識を、DABはDABCYL標識を、右欄の数字は配列表中の対応する配列番号を、それぞれ示す。また、表1に記載の塩基配列と同じ塩基配列であって、標識のないものを合成し、互いに相補的な核酸鎖同士を混合したものを、試料2本鎖核酸とした。500nMwild-FAM野生型の標準2本鎖核酸のうちのFAM標識された1本鎖核酸1μL、500nMwild-DAB野生型の標準2本鎖核酸のうちのDABCYL標識された1本鎖核酸1μL、2MNaCl1μL、ROX、0.5MEDTA2μL、カチオン性くし型重合体、1xPCRbuffer12.4μL、及び5μM試料2本鎖核酸を混合し、蛍光PHFA反応液とした。カチオン性くし型共重合体のかわりに純水を混合したものを対照とした。ROX溶液はインビトロジェン社製のものを使用した。なお、カチオン性くし型重合体としては、ポリリジンを主鎖としてデキストランを側鎖に重合させたものであり、3種類のカチオンポリマーを用いた。CP1は分子量が5,000のポリリジン主鎖に88wtのデキストランが付加されたもの、CP2は分子量15,000のポリリジン主鎖に88wtのデキストランが付加されたもの、CP3は分子量15,000のグアニジド化ポリリジン主鎖に88wtのデキストランが付加されたものである。反応液には、カチオンポリマーを、反応液全体に存在する核酸のリン酸残基濃度から総アニオン量を算出し、そのアニオン量に対しカチオンポリマー量が約8倍量になるように添加した。この調製した蛍光PHFA反応液を、リアルタイムPCR装置ABI-7900にセットし、35°Cで15分間保持し、その後、95°Cから35°Cまでの温度域に関して3種類の降温速度条件でFAMの蛍光を連続的に測定した。なお、ROXは内部標準物質として添加し、FAMの蛍光値をROXの蛍光値で割った値をFAMの相対蛍光値とした。各温度における反応液の蛍光強度をリアルタイムで測定した結果を図2と図3に示す。図中、CP-はポリマーを添加しなかった場合の結果を、CP1~CP3は各ポリマーを添加した結果を、それぞれ示す。図2Aは、試料2本鎖核酸と標識標準2本鎖核酸の塩基配列がいずれもG12Sであり、両者が完全に一致する場合の温度変化に対する蛍光変化である。標識標準2本鎖核酸は、過剰に存在する試料2本鎖核酸により競合され、鎖組換え反応が起こる。この場合には、FAMの蛍光はDABCYLで消光することができず、温度が降下してもFAMの蛍光は一定の値を保つ。一方、図2Bは、試料2本鎖核酸が野生型であり、標識標準2本鎖核酸がG12Sであり、両者が1塩基異なる場合を示したものである。この場合には、標識標準2本鎖核酸と試料2本鎖核酸の両方がそれぞれで優先的に2本鎖を形成するために、鎖の組み換えは起きにくい。従って、鎖組み換えによる2本鎖核酸の形成とともに、FAMの蛍光はDABCYLで消光され低下する。図2Cは、温度変化のプロフィールを示す。35°Cで15分間保持し、その後、第1回目の温度降下では、95°Cから65°Cまで0.25°C/分の速度で比較的ゆっくり降下させた。ふたたび95°Cに加熱し、第2回目の温度降下では、65°Cまで1°C/分で温度を降下させた。再度95°Cに加熱し、第3回目の温度降下では、96°C/分で35°Cまで温度降下させたことを示す。図3は、図2Bの第3回目の温度降下96°C/分の部分を拡大して表したものである。この結果、図2Aでは、いずれのポリマーを添加した場合でも、すべての温度変化速度において蛍光は低下せず、FRETは観察されなかった。これは、すべての反応において標識標準2本鎖核酸は過剰の試料2本鎖核酸との間で鎖組み換えが起き、FAMの蛍光はDABCYLで消光できなくなっていたためと考えられる。一方、図2Bでは、第1回目の温度降下0.25°C/分では、CP3のポリマーを添加した場合を除いて、温度降下により蛍光が減少していた。これは、CP1及びCP2のポリマーを添加した反応では、標識標準2本鎖核酸がもとの状態にもどり、FRETが起こり、FAMの蛍光がDABCYLで消光されていることを示している。第2回目の温度降下1°C/分でも、第1回目の温度降下とほぼ同じ挙動を示しており、この温度降下速度でも、CP3を除いたすべての反応で、完全に相補的な核酸鎖同士が優先的に2本鎖を形成していた。図3に示すように、第3回目の温度降下96°C/分では、すべてのポリマーを添加した反応で、温度降下により蛍光が減少しており、1塩基の相違が識別できた。なお、CP3のポリマーを添加した場合に、第1回目と第2回目の温度降下で蛍光が減少しなかった。これは、CP3のポリマーを添加したことにより、標準2本鎖核酸のTm値が降下し、第1回目と第2回目の65°Cまでの温度降下では2本鎖が形成されなかったためと考えられる。第3回目の温度降下で35°Cまで降下させることにより、2本鎖を形成されたため、効果が観察されたものである。[実施例2]PCRにより調製した試料2本鎖核酸を用いて、実施例1と同様にして、KRASのコドン12の野生型Wild及び変異型G12Sを、本発明の識別方法を用いて識別した。カチオン性くし型重合体として、実施例1で最も効果が高かったCP2のポリマーを用いた。PCR反応液の組成は、250nMKFプライマー、250nMKRプライマー、250μMdNTP、1×PCRバッファー、2.5ユニットTaqDNAポリメラーゼTakaraTaqHotStartVersionとし、全体の反応液を47.5μLとした。このPCR反応液に10ng/μLの鋳型DNAを2.5μL添加し、全体の反応容量を50μLとした。PCRの反応条件は95°C3分間の処理後、95°C20秒間→57°C30秒間→72°C30秒の変性、アニーリング、伸長反応を、40サイクル行った。使用したKFプライマー及びKRプライマーの塩基配列を表2に示す。表中の右欄の数字は配列表中の対応する配列番号を示す。なお、鋳型DNAはがん細胞由来DNAを用いた。DLD-1のKRASの遺伝子型はG13Dであり、A549のKRASの遺伝子型はG12Sの変異型である。これらの配列についてはダイレクトシークエンスにより配列を確認している。得られたPCR反応液12.4μL、500nMwild-FAM野生型の標準2本鎖核酸のうちのFAM標識された1本鎖核酸1μL、500nMwild-DAB野生型の標準2本鎖核酸のうちのDABCYL標識された1本鎖核酸1μL、2MNaCl1μL、ROX、0.5MEDTA2μL、及びCP3のポリマーを混合し、蛍光PHFA反応液とした。反応液には、カチオンポリマーを、反応液全体に存在する核酸のリン酸残基濃度から総アニオン量を算出し、そのアニオン量に対しカチオンポリマー量が約8倍量になるように添加した。PCR反応液は、DLD-1由来のゲノム野生型とG13Dの変異の両方の遺伝子を持つゲノムを鋳型としたものDLD-1と、A549由来のゲノムG12Sの変異遺伝子のみを持つゲノムを鋳型としたものの2種類を、それぞれ使用した。実施例1と同様にリアルタイムPCR装置を用いて、調製した蛍光PHFA反応液の温度変化に対する蛍光変化を測定した。野生型の標識標準2本鎖核酸を用いた場合の各温度における反応液の蛍光強度をリアルタイムで測定した結果を図4に示す。図4Aはカチオンポリマー未添加の場合の蛍光挙動を、図4Bはカチオンポリマーを添加した場合の蛍光挙動を、それぞれ示す。図4Cは温度変化のプロフィールを示す。実施例1と同様、3種類の降温速度での実験を行った。図4A及びB中、wtはDLD-1由来のゲノムを鋳型としたPCR反応液の結果を、G12SはA549由来のゲノムを鋳型としたPCR反応液の結果を、labeledDNAonlyは鋳型とするゲノム無しで行ったPCR反応液の結果を、それぞれ示す。この結果、図4Aに示すように、試料2本鎖核酸として野生型の塩基配列を持つゲノムDLD-1から調製したPCR反応液を使用した場合には、いずれの降温速度においてもFAMの蛍光の減少は見られず、標識標準2本鎖核酸と同一の塩基配列であると識別できた。一方で、試料2本鎖核酸としてG12Sの変異型の塩基配列を持つゲノムA549から調製したPCR反応液を使用した場合には、第1回目及び第2回目の温度降下では、試料2本鎖核酸を添加せず、標識標準2本鎖核酸のみを加えた反応液と同様、低温でFAMの蛍光が低下していた。この結果から、試料2本鎖核酸は、標識標準2本鎖核酸と同一の塩基配列ではないことが識別できた。しかしながら、第3回目の温度降下の場合96°C/分では、野生型とG12Sのいずれの試料2本鎖核酸を用いた場合でも、FAMの蛍光は低温で減少せず、両者の相違が識別できなかった。これは、温度降下速度が速く、野生型とG12Sの間で区別がつかず、ヘテロデュープレックスが形成されたためである。一方で、カチオン性くし型重合体を添加した図4Bでは、第3回目の温度降下でも、G12Sの試料2本鎖核酸を用いた場合では温度降下によりFAMの蛍光が低下しており、野生型の標識標準2本鎖核酸と、G12Sの試料2本鎖核酸のそれぞれが優先的に2本鎖を形成しており、ヘテロデュープレックスの形成が抑制されていた。これらの結果から、PCR産物を試料2本鎖核酸とした場合においても、カチオン性くし型重合体を添加した反応系では、急速な温度降下中でも1塩基の識別性を保持していることが観察された。[実施例3]本発明の識別方法を用いて、アルコールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子ALDH2のアルコール代謝に関与するといわれているSNPを識別して検出した。カチオン性くし型重合体として、実施例1で最も効果が高かったCP2のポリマーを用いた。SNP部位がA及びGアリルの遺伝子型の標準2本鎖核酸を、それぞれ常法の化学合成法により調製した。A遺伝子型検出用の標準2本鎖核酸は、一方の核酸鎖の5’末端をFAM標識グレンリサーチ社製し、他方の核酸鎖の3’末端をDABCYL標識グレンリサーチ社製した。一方でG遺伝子型の標準2本鎖核酸は、一方の核酸鎖の5’末端をAlexa594標識グレンリサーチ社製し、他方の核酸鎖の3’末端をDABCYL標識グレンリサーチ社製した。各標準2本鎖核酸は、構成する2本の核酸鎖を1本ずつ化学合成したものをハイブリダイズさせることにより調製した。表3に、化学合成した核酸鎖の配列を、遺伝子型ごとに示す。表3中、ALAはA遺伝子型、ALGはG遺伝子型、Ale594はAlexa594標識を、それぞれ示す。また、6-FAM、DAB、右欄の数字は、表1と同じである。一方、試料2本鎖核酸は、PCRにより調製した。PCR反応液の組成は、250nMプライマーF、250nMプライマーR、250μMdNTP、1×PCRバッファー、2.5ユニットTaqDNAポリメラーゼTakaraTaqHotStartVersionとし、全体の反応液を47.5μLとした。このPCR反応液に10ng/μLの鋳型DNA東洋紡を2.5μL添加し、全体の反応容量を50μLとした。PCRの反応条件は95°C3分間の処理後、95°C20秒間→57°C30秒間→72°C30秒の変性、アニーリング、伸長反応を、40サイクル行った。使用したコントロールDNA、プライマーF及びプライマーRの塩基配列を表4に示す。表中の右欄の数字は配列表中の対応する配列番号を示す。なお、遺伝子型がAアリルホモ又はGアリルホモの試料2本鎖核酸としては、鋳型DNAとして、A遺伝子型のもの又はG遺伝子型のものをそれぞれ用いた。また、遺伝子型がヘテロの試料2本鎖核酸としては、両方の鋳型を等量ずつ混ぜたものを鋳型DNAとした。全体の添加するDNA量は同一にした。このようにして調製した標準2本鎖核酸及び試料2本鎖核酸をそれぞれ用いて、実施例2と同様にして蛍光PHFA反応液を調製した。調製した蛍光PHFA反応液の温度変化に対する蛍光変化を、MX3000PStratagene社製用いて測定した。温度降下の条件は、95°C、30秒間で変性後、90°Cまで温度を降下させ、その後35°Cまで2.5°C/秒の速度にて温度を下げた。90°Cと35°Cでの蛍光強度をそれぞれFAM及びAlexa594について測定した。90°Cと35°Cの間での蛍光値の違いを、次に示すINDEX値で示した。ここで、ΔFは、FAMあるいはAlexa594の90°Cにおける蛍光値から35°Cにおける蛍光値を差し引いた値である。また、対照反応液は、試料2本鎖核酸を添加していない反応液標識標準2本鎖核酸とカチオン性くし型重合体のみ添加した反応液を意味する。INDEXΔF[反応液]/ΔF[対照反応液]×100反応液のΔFを対照反応液のΔFで除することにより、標識ごとの蛍光変化の違いを標準化した。蛍光値には温度依存性があり、低温で高くなる傾向がある。従って、試料2本鎖核酸と標準標識2本鎖核酸の塩基配列が同じである場合、90°Cの蛍光値よりも35°Cの蛍光値の方が高くなる場合があり、その場合にはINDEX値はマイナスの値となる。INDEX値がマイナスあるいはゼロに近い場合は、試料2本鎖核酸と標識標準2本鎖核酸の間での鎖の組み換えが起きており、それらの塩基配列が同一であることを示している。一方、INDEX値がプラスで十分大きい値の場合には、試料2本鎖核酸と標識標準2本鎖核酸の塩基配列に違いがあることを示している。図5は、温度降下を急速2.5°C/秒に行ったときの結果をINDEX値の棒グラフで示したものである。図5Aはカチオン性くし型重合体が未添加の場合、図5Bはカチオン性くし型重合体を添加した場合である。図5中、Aホモは遺伝子型がAアリルホモの試料2本鎖核酸を用いた結果であり、A/Gへテロは遺伝子型がヘテロの試料2本鎖核酸を用いた結果であり、Gホモは遺伝子型がGアリルホモの試料2本鎖核酸を用いた結果である。また、図中、左カラムはFAMのINDEX値FAMで修飾されたAアリル検出用の標識2本鎖核酸のINDEX値を示し、右カラムはAlexa594のINDEX値Alexa594修飾でされたGアリル検出用の標識2本鎖核酸のINDEX値を示している。図5Aに示すように、カチオン性くし型重合体未添加の場合、Alexa594のINDEX値は、試料2本鎖核酸がAアリルホモの場合にプラスで十分大きく、Gアリルホモの場合にマイナスの値であり、遺伝子型Gを遺伝子型Aから識別して検出することができた。しかしながら、FAMのINDEX値は、試料2本鎖核酸がGアリルホモの場合にもAアリルホモの場合と同様に高く、遺伝子型Aを遺伝子型Gから識別して検出することができなかった。これに対して、図5Bに示すように、カチオン性くし型重合体を添加した場合には、FAMのINDEX値が、試料2本鎖核酸がGアリルホモの場合にプラスで十分大きく、Aアリルホモの場合にゼロに近い値であり、遺伝子型Gと遺伝子型Aを明瞭に識別することができた。これらの結果から、反応液中にカチオン性くし型重合体を添加することにより、反応液の温度を高速で降下させた場合でも、競合ハイブリダイゼーションにより1塩基の識別が可能であることが明らかになった。また、本実施例により、蛍光標識の異なる対立する遺伝子型に対応する標識標準2本鎖核酸を同時に存在させることにより、両方の遺伝子型の同時検出も可能であることが明らかとなった。"