"合成抗体又はその断片のコレクションにおいて、前記抗体又は機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、前記可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。請求項1に記載のコレクションにおいて、前記抗体又は機能断片が、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、前記生殖系列タンパク質対が、以下の特性:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体を含むことを特徴とするコレクション。合成抗体又はその機能断片のコレクションにおいて、前記抗体又は機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の20個以上から選択される生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。請求項3に記載の合成抗体又はその機能断片のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252から選択される30個以上の可変重鎖と可変軽鎖との対を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至4の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又は機能断片が、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、前記生殖系列タンパク質対が、以下の特性:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体を含むことを特徴とするコレクション。合成抗体又はその機能断片のコレクションにおいて、前記抗体又は機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。請求項6に記載のコレクションにおいて、前記抗体又は機能断片が、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、前記生殖系列タンパク質対が、以下の特性:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも99のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;viSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体、及びvii少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点を含むことを特徴とするコレクション。請求項7に記載のコレクションにおいて、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;及びVH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256からさらに選択される生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至8の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至9の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR1領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至10の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR2領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至11の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、潜在的な翻訳後修飾部位を取り除くアミノ酸修飾を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項12に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、配列番号266~278に示されるそれぞれの可変重鎖の相補性決定領域complementaritydetermingregion配列を含む1つ以上の重鎖相補性決定領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項13に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、配列番号266~278に示されるそれぞれのHCDR1領域由来のHCDR1領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項13又は14に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、配列番号266~278に示されるそれぞれのHCDR2領域由来のHCDR2領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至15の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、JH4配列番号293、Jκ1配列番号297、及びJλ2/3配列番号301からなる群から選択されるFR4領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至16の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、多様化されたHCDR3領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至17の何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体又はその機能断片が、多様化されたLCDR3領域を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至18proceedingclaimsの何れか1項に記載のコレクションにおいて、少なくとも1×104個の抗体又はその機能断片を含むことを特徴とするコレクション。請求項1乃至19proceedingclaimsの何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体が、ヒトIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgM及びIgDからなる群から選択されることを特徴とするコレクション。請求項1乃至20proceedingclaimsの何れか1項に記載のコレクションにおいて、前記抗体の前記機能断片が、Fab、Fab’2、Fab’、Fv、及びscFvからなる群から選択されることを特徴とするコレクション。請求項1乃至21の何れか1項に記載の抗体又はその機能断片のコレクションをコードすることを特徴とする核酸のコレクション。請求項22に記載の核酸のコレクションを含むことを特徴とするベクター。請求項22に記載の核酸又は請求項23に記載のベクターを含むことを特徴とする組換え宿主細胞。合成抗体又はその機能断片のコレクションの作製方法において、aヒト免疫レパートリーに存在する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対を同定するステップ;bステップaで同定された前記可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を、以下の特性について試験するステップ:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体;及びcコレクションを作成するステップにおいて、前記抗体又はその機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、ステップbの特性を満たす生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む、ステップを含むことを特徴とする方法。請求項25に記載の方法において、ステップaが、aaサンプルからヒトB細胞を単離するステップ;ab前記B細胞からcDNAを作成するステップ;ac前記B細胞から前記cDNAをPCR増幅するステップ;ad前記PCR産物を配列決定するステップ;及びae各PCR産物の生殖系列遺伝子を同定するステップをさらに含むことを特徴とする方法。請求項25又は26に記載の方法において、ステップbが、baヒト免疫レパートリーに存在する対を代表する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を含む抗体又はその機能断片をコードするDNAを合成するステップ;bbbaで合成された前記生殖系列タンパク質対を発現させるステップ;及びbcbbの前記生殖系列タンパク質対を前記特性の各々について試験するステップをさらに含むことを特徴とする方法。請求項25乃至27の何れか1項に記載の方法において、ステップcが、ca前記抗体又はその機能断片をコードする核酸を合成するステップ;cb前記核酸をベクターにクローニングするステップ;cc前記抗体又はその機能断片を発現させるステップを含むことを特徴とする方法。請求項25乃至28の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とする方法。請求項25乃至28の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断片が可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、生殖系列タンパク質配列を含み、前記抗体又はその機能断片が、VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252から選択される20個以上の可変重鎖と可変軽鎖との対を含むことを特徴とする方法。請求項25乃至30の何れか1項に記載の方法において、ステップbが、以下の特性:iSECにより決定するとき少なくとも99のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;及びii少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点をさらに含むことを特徴とする方法。請求項25乃至31の何れか1項に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252から選択される生殖系列タンパク質配列を含むことを特徴とする方法。請求項25乃至32の何れか1項に記載の方法において、前記可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、可変重鎖と可変軽鎖との対VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;及びVH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256から選択される生殖系列タンパク質配列をさらに含むことを特徴とする方法。請求項25乃至33の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又はその機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含むことを特徴とする方法。請求項25乃至34の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断片が、前記それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対の生殖系列タンパク質配列を含むCDR1領域をさらに含むことを特徴とする方法。請求項25乃至35の何れか1項に記載の方法において、前記抗体又は機能断定義本発明の理解を促進するため、以下の定義及び説明を提供する。データベース又は可読媒体は、本明細書で使用されるとき、配列データを格納する任意のフォーマット、ひいては任意の情報集合、例えばデータベースファイル、ルックアップテーブル、Excelスプレッドシートなどを指す。特定の実施形態においてデータベースは、コンピュータ可読記憶装置などの電子的形態で格納される。これには、媒体、例えば、サーバ、クライアント、ハードディスク、CD、DVD、PalmPilotなどの携帯情報端末、テープ、zipディスク、コンピュータ内蔵ROM読出し専用メモリ又はインターネット若しくはワールドワイドウェブが含まれる。コンピュータがアクセス可能なファイルを格納する他の媒体が、当業者に明らかであろう。インシリコは、コンピュータ上で実行される操作、分析、又は設計を指すが、また同様に紙上で又は思考によって実行されてもよい。用語抗体は、本明細書で使用されるとき、全抗体を含む。抗体は、ポリクローナル抗体、アフィニティー精製ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト抗体、マウス又はげっ歯類抗体、キメラ抗体、ラクダ科動物抗体又はヒト化抗体であってもよい。抗体は、IgG、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgAヒトサブクラスIgA1及びIgA2を含む、IgD、IgE、又はIgMなどの抗体クラスのいずれかに属し得る。抗体は、ジスルフィド結合によって相互連結された少なくとも2つの重H鎖と2つの軽L鎖とを含むタンパク質である。用語の抗体断片又は機能断片は、本明細書で使用されるとき、Fab、Fab’2、Fab’、Fv、scFv、Fc部分を含む単鎖、ナノボディ及び可変フレームワーク領域以外の足場を有する他の抗体様構造などの任意の抗原結合断片を含む。用語機能断片は、限定はされないが、目的の抗原との結合能を保持する抗体の任意の一部分を含む。本明細書で使用されるとき、用語親和性は、抗原部位における抗体と抗原との間の相互作用の強度を指す。各抗原部位内で、抗体の可変領域が抗原と数多くの部位で非共有結合性の力により相互作用する;相互作用が多いほど、親和性が強くなる。本明細書で使用されるとき、抗体又はその機能断片、例えばIgG抗体についての用語高親和性は、標的抗原に対して10-8M以下、10-9M以下、又は10-10M以下、又は10-11M以下、又は10-12M以下のKDを有する抗体を指す。しかしながら、他の抗体アイソタイプについての高親和性結合は異なり得る。例えば、IgMアイソタイプの高親和性結合は、10-7M以下、又は10-8M以下のKDを有する抗体を指す。用語Kassoc又はKaは、本明細書で使用されるとき、特定の抗体-抗原相互作用の会合速度定数を指すことが意図され、一方、用語Kdis又はKdは、本明細書で使用されるとき、特定の抗体-抗原相互作用の解離速度定数を指すことが意図される。用語KDは、本明細書で使用されるとき、平衡解離定数を指すことが意図され、これはKdのKaに対する比すなわちKd/Kaから求められ、モル濃度Mとして表される。抗体のKD値は、当該技術分野で十分に確立された方法を用いて決定することができる。抗体のKDの決定方法は、表面プラズモン共鳴を用いるか、又はBiacore登録商標システムなどのバイオセンサーシステムを用いることによる。用語キメラ抗体は、a抗原結合部位可変領域が異なる又は改変されたクラス、エフェクター機能及び/又は種の定常領域に連結するように、定常領域、又はその一部分が、改変、置換又は交換されている抗体分子である。用語アイソタイプは、重鎖定常領域遺伝子により提供される抗体クラス例えば、IgM、IgE、IgG、例えばIgG1、IgG2又はIgG4などを指す。アイソタイプにはまた、これらのクラスのうちの一つの修飾型も含まれ、ここでは修飾が加えられることによりFc機能が改変され、それにより例えば、エフェクター機能又はFc受容体との結合性が増強又は低減されている。用語生殖系列は、親から子孫に受け継がれる抗体又はその機能断片をコードする核酸配列を意味する。用語生殖系列タンパク質配列又は生殖系列アミノ酸配列は、a生殖系列遺伝子によりコードされる抗体又はその機能断片の可変領域のアミノ酸配列;b生殖系列遺伝子によりコードされる抗体又はその機能断片の可変領域と同じアミノ酸配列を有する抗体又はその機能断片の可変領域をコードする修飾された核酸配列によりコードされるアミノ酸配列ここで核酸配列は、例えば、コドン最適化、所望の制限部位の付加、GC含量最適化、不要なmRNAスプライス部位の除去又はmRNA不安定性モチーフの除去により修飾されている、又はc生殖系列遺伝子によりコードされるアミノ酸配列であるが、そのアミノ酸配列に、不要なシステインの除去、若しくは所望の制限部位、例えばBbsIの導入を目的とする、又は合成、増幅若しくはクローニングのエラーに起因するなどの、少数の突然変異を有するアミノ酸配列を意味する。生殖系列タンパク質配列又は生殖系列アミノ酸配列の例は、図6~図8及び図25~図33に示される。加えて、生殖系列タンパク質配列又は生殖系列アミノ酸配列には、実施例5で調製されるとおりのコンストラクトが含まれ、このようなコンストラクトは、以下を含むaVHについて:リーダー配列表1に示されるとおりNheI制限部位を組み込む修飾phoA;生殖系列FR1、CDR1、FR2、CDR2及びFR3図1に示されるとおりBssHII制限部位GCGCGCを組み込む;EwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553において使用されるとおりの4D5抗体のCDR-H3WGGDGFYAMDY配列番号1;及びJH4FR4図1に示されるとおりXhoI制限部位CTCGAGを組み込む;bVkについて:リーダー配列表2に示されるとおりNdeI制限部位を組み込むompA;生殖系列FR1、CDR1、FR2、CDR2及びFR3図1に示されるとおりBbsI制限部位GAAGACを組み込む、EwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553によるκ様CDR-L3QQHYTTPPT配列番号2;及びJk1FR4図1に示されるとおりKpnI/Acc65I制限部位GGTACCを組み込む;及びcVλについて:リーダー配列表2に示されるとおりNdeI制限部位を組み込むompA;生殖系列FR1、CDR1、FR2、CDR2及びFR3図1に示されるとおりBbsI制限部位GAAGACを組み込む、EwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553によるλ様CDR-L3QSYDSSLSGVV配列番号3;及びJl2/3FR4図1に示されるとおりKpnI/Acc65I制限部位GGTACCを組み込む。生殖系列遺伝子によりコードされる抗体の生殖系列タンパク質配列又は生殖系列アミノ酸配列が、以下の文献に開示される、VHについて:Tomlinsonetal.,1992,TheRepertoireofHumanGermlineVhSequencesRevealsaboutFiftyGroupsofVhSegmentswithDifferentHypervariableLoopヒト生殖系列Vh配列のレパートリーが、異なる超可変ループを有する約50のVhセグメント群を明らかにするJ.Mol.Biol.227,776-798;Matsudaetal.1998,Thecompletenucleotidesequenceofthehumanimmunoglobulinheavychainvariableregionlocusヒト免疫グロブリン重鎖可変領域遺伝子座の完全ヌクレオチド配列JExpMed18811:2151-62;及びLeFrancMP2001NomenclatureofthehumanimmunoglobulinheavyIGHgenesヒト免疫グロブリン重鎖IGH遺伝子の命名法ExpClinImmunogenet.182:100-16;Vλについて:Kawasakietal.,1997One-MegabaseSequenceAnalysisoftheHumanimmunoglobulinlambdaGeneLocusヒト免疫グロブリンλ遺伝子座の1メガベース配列分析GenomeResearch73:250-61;Frippiatetal.,1995Organizationofthehumanimmunoglobulinlambdalight-chainlocusonchromosome22q11.2染色体22q11.2上のヒト免疫グロブリンλ軽鎖遺伝子座の機構Hum.Mol.Genet.,4,983-991;及びLeFrancMP2001NomenclatureofthehumanimmunoglobulinlambdaIGLgenesヒト免疫グロブリンλIGL遺伝子の命名法.ExpClinImmunogenet.;18:242-254;及びVκについて:SchaebleandZachau1993,Thevariablegenesofthehumanimmunoglobulinkappalocusヒト免疫グロブリンκ遺伝子座の可変遺伝子,Biol.ChemHoppeSeyler.37411:1001-22;Brensing-Kueppersetal.1997,ThehumanimmunoglobulinkappalocusonyeastartificialchromosomesYACs酵母人工染色体YAC上のヒト免疫グロブリンκ遺伝子座Gene.1912:173-81;Kawasakietal.2001,EvolutionarydynamicsofthehumanimmunoglobulinkappalocusandthegermlinerepertoireoftheVkappagenesヒト免疫グロブリンκ遺伝子座の進化動態及びVκ遺伝子の生殖系列レパートリーEurJImmunol314:1017-28;及びLefrancMP2001NomenclatureofthehumanimmunoglobulinkappaIGKgenesヒト免疫グロブリンκIGK遺伝子の命名法ExpClinImmunogenet.,18,161-174全て、本明細書によって全体として参照により援用される。本明細書の一部、例えば図5において、本願の中で用いられる可変ドメイン生殖系列遺伝子の命名法は、前段落に引用したLeFrancetal.の文献に記載されるとおり、IMGTである。命名法に関して、VH及びIGHVは重鎖可変ドメインを意味し、ここで遺伝子の付番はIMGTである;VL、Vλ及びIGLVはλ軽鎖可変ドメインを意味し、ここで遺伝子の付番はIMGTであり、及びVκ、VK及びIGKVはκ軽鎖可変ドメインを意味し、ここで遺伝子の付番はIMGTである。或いは、VLが、Vκ及びVλを含む可変軽鎖を意味するように用いられ得る。用語生殖系列遺伝子配列は、a抗体又はその機能断片の可変領域をコードする生殖系列遺伝子の核酸配列、又はb生殖系列遺伝子によりコードされる抗体の可変領域と同じアミノ酸配列を有する抗体又はその機能断片の可変領域をコードする修飾された核酸配列ここで核酸配列は、例えば、コドン最適化、所望の制限部位の付加、GC含量最適化、不要なスプライス部位の除去又はmRNA不安定性モチーフの除去により修飾されているを意味する。用語1つ又は複数の生殖系列遺伝子対は、抗体又はその機能断片の可変重鎖及び可変軽鎖をコードする核酸配列の対、及びその対応する生殖系列遺伝子を意味する。例えば、生殖系列遺伝子対はVH3-23/Vκ1-5であってもよく、ここでVH3-23/Vκ1-5によりコードされる抗体は、生殖系列遺伝子VH3-23によりコードされる可変重鎖、又はその一部分と、生殖系列遺伝子Vκ1-5によりコードされる可変軽鎖、又はその一部分とを含む。用語生殖系列タンパク質対は、抗体又はその機能断片であって、可変重鎖、又はその一部分、及び可変軽鎖、又はその一部分が、a各々、特異的な生殖系列遺伝子によりコードされ、又はb各々、特異的な生殖系列遺伝子によりコードされる抗体の可変領域と同じアミノ酸配列を有する抗体又はその機能断片の可変領域をコードする修飾核酸配列によりコードされここで核酸配列は、例えば、コドン最適化、所望の制限部位の付加、GC含量最適化、不要なmRNAスプライス部位の除去又はmRNA不安定性モチーフの除去により修飾されている、又はc各々、生殖系列遺伝子によりコードされるアミノ酸配列を含むが、そのアミノ酸配列に、不要なシステインの除去、若しくは所望の制限部位、例えばBbsIの導入を目的とする、又は合成、増幅若しくはクローニングのエラーに起因するなどの、点突然変異を有する抗体又はその機能断片を意味する。例えば、生殖系列タンパク質対は、VH3-23/Vκ1-5によりコードされる抗体又は機能断片であってもよく、ここで抗体は、生殖系列遺伝子VH3-23によりコードされる可変重鎖、又はその一部分と、生殖系列遺伝子Vκ1-5によりコードされる可変軽鎖、又はその一部分とを含む。生殖系列タンパク質対には、実施例5において調製されるとおりのコンストラクトが含まれ、このようなコンストラクトは、以下を含むaVHについて:リーダー配列表1に示されるとおりNheI制限部位を組み込む修飾phoA;生殖系列FR1、CDR1、FR2、CDR2及びFR3図1に示されるとおりBssHII制限部位GCGCGCを組み込む;EwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553において使用されるとおりの4D5抗体のCDR-H3WGGDGFYAMDY配列番号1;及びJH4FR4図1に示されるとおりXhoI制限部位CTCGAGを組み込む;bVkについて:リーダー配列表2に示されるとおりNdeI制限部位を組み込むompA;生殖系列FR1、CDR1、FR2、CDR2及びFR3図1に示されるとおりBbsI制限部位GAAGACを組み込む、EwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553によるκ様CDR-L3QQHYTTPPT配列番号2;及びJk1FR4図1に示されるとおりKpnI/Acc65I制限部位GGTACCを組み込む;及びcVλについて:リーダー配列表2に示されるとおりNdeI制限部位を組み込むompA;生殖系列FR1、CDR1、FR2、CDR2及びFR3図1に示されるとおりBbsI制限部位GAAGACを組み込む、EwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553によるλ様CDR-L3QSYDSSLSGVV配列番号3;及びJl2/3FR4図1に示されるとおりKpnI/Acc65I制限部位GGTACCを組み込む。用語可変重鎖と可変軽鎖との対又はVH/VL対は、1つの可変重鎖と1つの可変軽鎖との組み合わせを意味する。抗体及び機能断片、例えばFabは、可変軽鎖に結合した少なくとも1つの可変重鎖を含み、これが抗原結合領域を形成する。可変重鎖と可変軽鎖との対の一例は、VH3-23/Vκ1-5由来の生殖系列アミノ酸配列を含むか、又は生殖系列遺伝子VH3-23/Vκ1-5によりコードされる抗体又は機能断片、又はその一部分であり、ここで抗体は、VH3-23由来の生殖系列アミノ酸配列を含むか、又は生殖系列遺伝子VH3-23によりコードされる可変重鎖、又はその一部分と、Vκ1-5由来の生殖系列アミノ酸配列を含むか、又は生殖系列遺伝子Vκ1-5によりコードされる可変軽鎖、又はその一部分とを含む。用語実質的に全ては、少なくとも90を意味する。例えば、実質的に全ての抗体又は機能断片が、特定の特性を有する生殖系列タンパク質対の生殖系列アミノ酸配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含むというのは、すなわち、抗体又は断片の少なくとも90が、かかる特性を有する生殖系列タンパク質対の生殖系列アミノ酸配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含むことを意味する。可変重鎖領域のJH4、可変κ軽鎖領域のJκ1、及び可変λ軽鎖領域のJλ2/3の配列は、以下の文献に記載されている:Scavineretal.,1999,Proteindisplaysofthehumanimmunoglobulinheavy,kappaandlambdavariableandjoiningregionsヒト免疫グロブリン重鎖、κ及びλ可変領域及び連結領域のタンパク質ディスプレイExpClinImmunogenet.164:234-40;JHについて:Ravetchetal.,1981,Structureofthehumanimmunoglobulinmulocus:characterizationofembryonicandrearrangedJandDgenesヒト免疫グロブリンμ遺伝子座の構造:胚性及び再構成J及びD遺伝子の特徴付けCell273pt2:583-91;JKについて:Hieteretal.1982,EvolutionofhumanimmunoglobulinkappaJregiongenesヒト免疫グロブリンκJ領域遺伝子の進化JBiolChem2573:1516-22;JLについて:Kawasakietal.,1997One-MegabaseSequenceAnalysisoftheHuman8206immunoglobulinlambdaGeneLocusヒト免疫グロブリンλ遺伝子座の1メガベース配列分析GenomeResearch73:250-61これらは全て、全体として参照により本明細書に援用される。JH4アミノ酸配列はYFDYWGQGTLVTVSS配列番号4であり;Jκ1アミノ酸配列はWTFGQGTKVEIK配列番号5であり;及びJλ2/3アミノ酸配列はVVFGGGTKLTVL配列番号6である。用語可変ドメイン/領域/VH又はVLは、それぞれ軽鎖κ及びλを含む及び重鎖免疫グロブリン遺伝子座を構成するVLVk及びVλを含む、VH、JLJk及びJλを含む、及びJH核酸のいずれかにより実質的にコードされる1つ以上のIgドメインを含む免疫グロブリンの領域を意味する。軽鎖又は重鎖可変領域VL及びVHは、相補性決定領域又はCDRと称される3つの超可変領域が散在するフレームワーク又はFR領域から構成される。フレームワーク領域及びCDRの範囲は、少なくとも以下の規則を用いて定義されており:Kabat,1991,J.Immunol.,147,915-920;ChothiaLesk,1987,J.Mol.Biol.196:901-917;Chothiaetal.,1989,Nature342:877-883;Al-Lazikanietal.,1997,J.Mol.Biol.273:927-948を参照;また、http://www.bioc.uzh.ch/antibody/Numbering/NumFrame.htmlも参照これは、抗体アミノ酸の周知の付番規則並びにCDR及びフレームワーク領域の位置を示す、及び図25~図36において使用される。用語フレームワーク領域は、抗原結合ループの足場として機能する可変ドメインの一部を意味する。フレームワーク領域の例には、可変重鎖又は可変軽鎖のいずれかのFR1、FR2、FR3、及びFR4が含まれる。用語相補性決定領域又はCDRは、抗体の抗原結合ループを意味する。抗体Fv断片の2つの可変ドメインの各々が、3つのCDRを含む。相補性決定領域には、可変重鎖又は可変軽鎖のいずれかのCDR1、CDR2、及びCDR3が含まれる。用語ヒト免疫レパートリーは、ヒトの免疫系由来のB細胞から単離された核酸のレパートリーを意味する。レパートリーは、個体のものであっても、又は集団のものであってもよく、ナイーブB細胞及び/又は抗原を経験したB細胞に由来し得る。本発明は、十分なB細胞が得られるという条件で、単一の個体からの免疫レパートリーの決定に適している。好ましくは、免疫レパートリーは、サンプルの偏りを回避するため複数の個体から得られる。ヒト免疫レパートリーの一例を実施例2~3に記載する。抗原及び免疫原は、抗体が特異的に結合する任意の分子として定義される。用語抗原/免疫原に特異的は、抗体と対応する分子との間の特異的な結合を意味する。特異性は、ELISA及び/又はBiacoreなどの、実施例11に記載される方法により決定することができる。CDRの多様化又は多様化されたCDRは、CDR内のアミノ酸組成を変化させることにより達成される。多様化されたCDRは、1つ以上の同一のフレームワーク領域、例えば生殖系列フレームワーク領域を有する抗体又は断片のコレクションに見出すことができ、ここで抗体又は断片は、異なるアミノ酸配列を含むCDR3を有する。多様化されたCDRは、以下により記載される方法を含め、当業者に公知の任意の方法により実現することができる:国際公開第9708320号パンフレット、米国特許第6,300,064号明細書全体として参照により援用される;国際公開第2008053275号パンフレット、米国特許出願第12/158,181号明細書全体として参照により援用される;国際公開第07056441号パンフレット、米国仮特許出願第60/806,602号明細書全体として参照により援用される;国際公開第2009036379号パンフレット、米国仮特許出願第60/993,785号明細書全体として参照により援用される;国際公開第2009114815号パンフレット、米国特許出願第12/922,153号明細書全体として参照により援用される;国際公開第020617071号パンフレット、米国特許出願第12/762,051号明細書全体として参照により援用される。CDRは、概して免疫原結合領域であることが知られ、従ってCDR、特にCDR3内で高い多様性を表すメンバーを含むコレクションを有することにより、任意の免疫原に対する特異性及び最適な特性を有する抗体又はその断片がコレクションに含まれる可能性が高まる。用語変異体は、別の抗体又は断片と異なるアミノ酸配列を有する抗体又は断片を意味する。用語変異体には、フレームワーク領域は本質的に配列が同じでありながら、CDR領域、例えばCDR3のアミノ酸配列は異なる抗体又は断片が含まれる。可変重鎖と可変軽鎖との対の変異体は、フレームワーク領域内に本質的に同じアミノ酸配列を有するが、CDR3領域内には異なるアミノ酸配列を有する。用語合成又は合成されたは遺伝子合成を意味し、ここでは核酸配列が、ポリヌクレオチドを含む物理的なDNAに合成される。標準的なDNA合成は、単一のヌクレオチド合成を含み、ここでは一本鎖オリゴヌクレオチドが作成され、次にPCR様の構築を用いて重複オリゴヌクレオチドがライゲートされる。SloningPuchheim,Germany、GeneartRegensburg,Germany、DNA2.0MenloPark,CAUSA、EntelechonRegensburg,Germany、及びGenscriptPiscataway,NJUSAなどの会社が、遺伝子合成技術を提供している。例えばSloningは、一組の予め作製された二本鎖トリプレットヌクレオチドを利用する。用語合成的は、合成によって人体の外部で作られた、又は合成された分子、例えばDNAを記載する。用語合成的はまた、合成DNA分子から翻訳されたタンパク質、例えば抗体又は断片も記載する。用語コレクション又はライブラリは、少なくとも2つのメンバーを意味する。用語メンバーは、限定はされないが、抗体又はその断片をコードする核酸、又は抗体又はその断片それ自体を含む。用語核酸は、本明細書では、用語ポリヌクレオチド又はDNAと同義的に使用され、一本鎖又は二本鎖のいずれかの形態のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド及びそのポリマーを指す。この用語には、既知のヌクレオチド類似体又は修飾骨格残基若しくは連結基を含む核酸であって、合成の、天然に存在する、及び天然に存在しない、基準核酸と同様の結合特性を有する核酸が包含される。かかる類似体の例としては、限定なしに、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、メチルホスホネート、キラルメチルホスホネート、2-O-メチルリボヌクレオチド、及びペプチド核酸PNAが挙げられる。特に指示されない限り、特定の核酸配列にはまた、暗黙に、その保存的に修飾された変異体例えば、縮重コドン置換及び相補配列も、並びに明示的に示される配列も包含される。具体的には、以下に詳述するとおり、1つ以上の選択された又は全てのコドンの3番目の位置が混合塩基及び/又はデオキシイノシン残基に置換されている配列を作成することにより、縮重コドン置換を達成してもよいBatzeretal.,NucleicAcidRes.19:5081,1991;Ohtsukaetal.,J.Biol.Chem.260:2605-2608,1985;及びRossolinietal.,Mol.Cell.Probes8:91-98,1994。本明細書で使用されるとき、用語コドンが最適化された又はコドン最適化は、ヌクレオチド配列が、特定の産生系、例えば細胞又は生物において好ましいコドンを含むように改変されていることを意味する。最適化されたヌクレオチド配列は、出発ヌクレオチド配列によって本来コードされるアミノ酸配列を保持するように操作される。加えて、ヌクレオチド配列は、阻害モチーフ、mRNAスプライス部位、mRNA不安定性モチーフ及び不要な制限部位を全く含まない又は最大限含まないように設計され得る。また、ヌクレオチド配列は、GC含量、所望の制限部位及び他のパラメータについて最適化されてもよい。配列は、細菌又は真核細胞、特に哺乳動物細胞を含め、異なる宿主における発現用に最適化されてもよい。最適化されたヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列もまた、最適化されていると称することができる。用語アミノ酸は、天然に存在するアミノ酸及び合成アミノ酸、並びに天然に存在するアミノ酸と同様に機能するアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣物を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝コードによりコードされるもの、並びに後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ-カルボキシグルタメート、及びO-ホスホセリンである。アミノ酸類似体は、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、及びR基に結合するα炭素を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。かかる類似体は、修飾されたR基例えば、ノルロイシン又は修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持している。アミノ酸模倣物は、アミノ酸の一般的な化学構造と異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同様に機能する化学的化合物を指す。用語ポリペプチド及びタンパク質は、本明細書では、アミノ酸残基のポリマーを指して同義的に使用される。用語同一は、2つ以上の核酸又はポリペプチド配列との関連において、同じである2つ以上の配列又は部分配列を指す。用語ベクターは、それが連結されている別のポリヌクレオチドを運ぶ能力を有するポリヌクレオチド分子を指す。好ましいベクターは、それが連結されている核酸の自己複製能及び/又は発現能を有するものである。作動可能に連結された核酸の発現の誘導能を有するベクターは、本明細書では発現ベクターと称される。ベクターの一種はプラスミドであり、これは、さらなるDNAセグメントをライゲートし得る環状二本鎖DNAループを指す。別の種類のベクターはウイルスベクターであり、ここではさらなるDNAセグメントがウイルスゲノムにライゲートされ得る。特定のベクターは、それが導入される宿主細胞での自己複製能を有する例えば、細菌複製起点を有する細菌ベクター及び哺乳動物ベクター。他のベクターは、宿主細胞への導入時に宿主細胞のゲノムに組み込むことができ、従って宿主ゲノムと共に複製される。さらに、特定のベクターは、それが作動可能に連結される遺伝子の発現の誘導能を有する。かかるベクターは、本明細書では組換え発現ベクター又は単に発現ベクターと称される。一般に、組換えDNA技法で有用な発現ベクターは、多くの場合にプラスミドの形態である。ベクターは、原核細胞又は真核細胞と適合性を有し得る。プラスミドは最も一般的に用いられる形態のベクターであるため、本明細書では、プラスミドとベクターとは同義的に用いられ得る。しかしながら、本発明は、ウイルスベクター例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス及びアデノ関連ウイルスなどの、同等の機能を提供する他の形態の発現ベクターを含むことが意図される。ベクターには、典型的には、それで形質転換された大腸菌Escherichiacoliなどの細菌宿主細胞におけるVH及び/又はVLコードホモログの発現転写及び翻訳の誘導能を有する原核生物プロモーターを含み得る原核生物レプリコンが含まれる。加えて、ベクターには、哺乳動物細胞で使用されるIgG発現ベクターが含まれる例えば図13~図15を参照のこと。プロモーターは、RNAポリメラーゼの結合及び転写を生じさせることが可能なDNA配列により形成される発現制御エレメントである。細菌宿主と適合するプロモーター配列は、典型的には、DNAセグメントの挿入に好都合な制限部位を含むプラスミドベクターに提供される。かかるベクタープラスミドの例としては、pUC8、pUC9、pBR322、及びpBR329、pPL及びpKK223が挙げられ、市販されている。ディスプレイベクターは、それで形質転換された細菌宿主細胞などの宿主細胞において、染色体外で組換えDNA分子を複製及び維持する能力を有するDNA配列を含む。かかるDNA配列は当該技術分野において周知されている。ディスプレイベクターは、例えば、fd、M13、又はfl繊維状バクテリオファージクラスに由来するファージベクター又はファージミドベクターであってもよい。かかるベクターは、繊維状バクテリオファージの表面上への、例えば結合タンパク質又はその断片を含めたタンパク質の提示を促進する能力を有する。ファージ、リボソーム、DNA、細菌細胞又は真核細胞、例えば酵母又は哺乳動物細胞上への提示に好適なディスプレイベクターもまた、例えば、ウイルスベクター又はキメラタンパク質をコードするベクターと同様に、当該技術分野において公知である。用語組換え宿主細胞又は単に宿主細胞は、組換え発現ベクターが導入されている細胞を指す。かかる用語は、特定の対象細胞のみを指すのではなく、かかる細胞の子孫もまた指すものと意図されることが理解されなければならない。後続の世代では、突然変異又は環境の影響のいずれかに起因した特定の修飾が起こり得るため、かかる子孫は、実際には親細胞と同一ではないこともあり得るが、それでもなお本明細書で使用されるとおりの用語宿主細胞の範囲内に含まれる。典型的な宿主細胞は、原核生物のもの限定はされないが大腸菌E.coliを含む細菌など又は真核生物のもの酵母、哺乳動物細胞などを含むである。細菌細胞は好ましい原核生物宿主細胞であり、典型的には、例えば、BethesdaResearchLaboratories,Inc.,Bethesda,Mdから入手可能な大腸菌E.coli株DH5などの大腸菌EscherichiacoliE.coliの株である。好ましい真核生物宿主細胞には、酵母並びにマウス及びげっ歯類を含む哺乳動物細胞、好ましくはマウス、ラット、サル又はヒト細胞系由来のものなどの脊椎動物細胞、例えばHKB11細胞、PERC.6細胞、又はCHO細胞が含まれる。宿主細胞へのベクターの導入は、リン酸カルシウム沈殿、電気穿孔、マイクロインジェクション、リポソーム融合、赤血球ゴースト融合、プロトプラスト融合、ウイルス感染などを含めた、当業者に公知の数多くの形質転換又はトランスフェクション方法により達成することができる。モノクローナル完全長抗体、Fab断片、Fv断片及びscFv断片の産生が周知されている。組換えDNA分子による適切な細胞宿主の形質転換は、典型的には用いられるベクター及び細胞のタイプに応じた方法により達成される。原核生物宿主細胞の形質転換に関しては、例えば、Cohenetal.,ProceedingsNationalAcademyofScience,USA,Vol.69,P.21101972;及びManiatisetal.,MolecularCloning,aLaboratoryManual,ColdspringHarborLaboratory,ColdSpringHarbor,N.Y.1982を参照のこと。rDNAを含むレトロウイルスベクターによる脊椎動物細胞の形質転換に関しては、例えば、Sorgeetal.,Mol.Cell.Biol.,4:1730-17371984;Grahametal.,Virol.,52:4561973;及びWigleretal.,ProceedingsNationalAcademyofSciences,USA,Vol.76,P.1373-13761979を参照のこと。eGFP高感度緑色蛍光タンパク質は以下のアミノ酸配列を有する:MSGSHHHHHHGTMVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKDI。下線及び斜体のアミノ酸はHisタグを表し、下線のみのアミノ酸は、制限酵素認識配列の付加を表す。抗体又はその断片のコレクション本開示は、任意の標的に対する治療用抗体の同定に使用することのできる抗体又はその機能断片及びかかる抗体又は断片をコードする核酸のコレクションを可能にし、ここで抗体又は断片は、臨床的に開発可能で、患者において安全且つ有効である。背景として、本発明者らは、ヒト免疫レパートリーにおいて豊富な可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対VH3-23/VK1-5などが、より効率的な開発をもたらし、且つ得られる抗体の患者における安全性及び有効性を高め得る好ましい生物物理学的特性を有する可能性が高いと想定した。かかる好ましい生物物理学的特性には、以下が含まれ得る:aFabフォーマットにおける高い相対提示率;b高い相対Fab発現収率;cFab及びIgGの両フォーマットにおける温度安定性;dFab及びIgGの両フォーマットのウシ/マウス血清安定性;e高いIgG1発現収率;eFab及びIgGの両フォーマットにおけるSEC単量体含量単量体;及び/又はf高いIgG1等電点pI。各B細胞が一つの抗体をコードし、及び各抗体が可変重鎖と可変軽鎖とを含む。抗体の可変重鎖及び可変軽鎖の各々を生殖系列遺伝子配列又は生殖系列タンパク質配列とアラインメントすることにより、抗体の起源、すなわちその可変重鎖及び可変軽鎖がどの生殖系列遺伝子に由来するのかを決定することができる。従って、各抗体について、可変重鎖及び可変軽鎖が、ある生殖系列遺伝子対、又は生殖系列タンパク質対、例えばVH3-23のVK1-5との対を含むと言うことができる。ヒト免疫レパートリーにおいて豊富な生殖系列タンパク質対が好ましい生物物理学的特性を有する可能性が高いという仮説を証明するための第1のステップは、ヒト免疫レパートリーに存在する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対生殖系列タンパク質対を同定することであった。一部の態様において、データは、公的に利用可能な文献又はデータベースから、及びB細胞のサンプリングから得られる。以下の論文を特定し、詳細に分析した:WardemannH.etal.2003Science301,1374-1377及び任意の添付表;YurasovS.etal.2005J.Exp.Med.201,703-712及び任意の添付表;TsuijiM.etal.2006J.Exp.Med.203,393-401及び任意の添付表;YurasovS.etal.2006J.Exp.Med.203,2255-2262及び任意の添付表、TillerT.etal.2007Immunity26,205-213及び任意の添付表、及びMietznerB.etal.2008PNAS105,9727-9732及び任意の添付表これらは全て、全体として参照により援用される。或いは、Ig-Blastを使用して、NCBIなどのデータベースを検索することができる。2005年現在、このデータベースは、少なくとも25,000個のFASTAフォーマットの再構成ヒト抗体配列を含んだ。22,500個のエントリのうち、13,235個がVH配列に相当し、1,506個がVκに相当し、及び2,259個がVλに相当した。概して、関連性のある公的に利用可能な文献及びデータベースでは、以下の方法に従った:B細胞がヒトドナーから単離され、それらのB細胞を分取することにより発生又は分化の段階が決定され、各B細胞から抗体をコードするDNAを表すcDNAが作成及び増幅され、それらのcDNAが配列決定され、可変重鎖及び可変軽鎖をコードするcDNAが既知の生殖系列遺伝子配列とアラインメントされて、各B細胞からの生殖系列遺伝子対が決定された。一部の実施形態では、データは、ヒトB細胞のサンプリング及び単離から得られ、これには文献で用いられる方法と同様の方法が含まれた。このような態様では、合成抗体又はその機能断片のコレクションの作製方法は、ヒト免疫レパートリーに存在する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対を含むデータを取得するステップを含み;ここでこの取得するステップは、aaサンプルからヒトB細胞を単離するステップ;abB細胞からcDNAを作成するステップ;acB細胞からcDNAをPCR増幅するステップ;adPCR産物を配列決定するステップ;及びaePCR産物の生殖系列遺伝子を同定するステップをさらに含む。双方のデータセットから、ヒト免疫レパートリーに存在する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対が提供された。抗体配列データを使用して、当業者は、各VH、Vκ及びVλ可変ドメインの生殖系列ファミリー及び/又は遺伝子を同定することができる。この手法を用いて、各VH及びVL生殖系列ファミリー及び/又は遺伝子、及び/又は各VH及びVLドメイン対の生殖系列ファミリー及び/又は遺伝子の顕著さを、当業者は容易に決定することができる。文献及びB細胞から得られた生データをプールして分析し、ヒト免疫レパートリーに存在する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対を各々の数に関して順位付けした。このデータから、特定の可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対が、ヒト免疫レパートリーにおいて他より高頻度で存在することが明らかとなった。これらの顕著な対は、優れた生物物理学的特性を有するものと予想された。次のステップとして、ヒト免疫レパートリーには約2500対あるため、どの生殖系列タンパク質対を開発可能性に関連する機能特性について試験すべきであるかを決定しなければならなかった。一つの方法は、ヒト免疫レパートリーに最も顕著に現れる可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を試験することであり得た例えば、表6を参照のこと。例えば、上位400個の対を試験用に選択するか、又は特定の閾値数を上回って存在する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を選択することができた。しかしながらこの手法は、多数の可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対配列の合成及び試験を必要とするものと思われた;従って、かかる手法はあまり効率的とは言えなかった。代替的な手法として、本発明者らは、ヒト免疫レパートリーから顕著な対の大多数を代表する、それを正確に再現する、又はそれを網羅する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列対のサブセットを選択した。この手法は、一部には、ヒト免疫レパートリーにおいて少数の可変重鎖、可変κ軽鎖、及び可変λ軽鎖生殖系列遺伝子が支配的であるという観察に基づいた。Wildtetal.895~896頁がこの現象について記載している。Wildtetal.はまた、多くの場合に高頻度で発現する重鎖及び軽鎖遺伝子セグメントが対を形成することも記載し、サンプリングされた対形成の半数が僅か5つの生殖系列対に対応することを観察した。従って、少数の顕著な重鎖及び軽鎖生殖系列遺伝子対でないを組み合わせることで、ヒト免疫レパートリーを代表する一群の対を作成することができる。従って、生データを分析し、ヒト免疫レパートリーにおいて顕著な可変重鎖、可変κ軽鎖、及び可変λ軽鎖対でない生殖系列遺伝子を決定した。次に、それらの顕著な可変重鎖、可変κ軽鎖、及び可変λ軽鎖生殖系列タンパク質配列を評価して、開発に関連するその生物物理学的特性を決定した。可変重鎖、可変κ軽鎖、及び可変λ軽鎖生殖系列タンパク質配列は、以下の特性についてインシリコで評価した:CDR長さ、等電点pI、等電点は、標準的なpH5.5~pH7の配合緩衝液中で安定性を提供するものと思われる7.5以上が好ましい、相補性決定領域における潜在的な翻訳後修飾部位PTMの部位具体的には、N-結合型グリコシル化部位NxS又はNxT又は化学修飾、例えばAsp開裂多くの場合にDPにおける、Asp異性化DS、DG、アミド分解NS、NG、これは生体内血清中において又は配合緩衝液中での貯蔵時に起こり、抗原結合の喪失をもたらし得る、CDRにおけるメチオニンの存在溶媒に曝露されたときに酸化し得る、対でないシステインの存在任意の他の対でないシステインとジスルフィド結合を形成し、ひいてはタンパク質の架橋及び/又は発現レベルの低下をもたらし得る、生殖系列からの偏差、潜在的なT細胞エピトープの存在、及び理論上の凝集傾向。表5並びに図2及び図3に概して示されるとおり、上位20個のVH、上位8個のVλ及び上位12個のVκを、合成、組み合わせ、及び続く機能分析のために選択した。生殖系列遺伝子配列を合成し、次に組み合わせて、免疫レパートリーに見られる生殖系列遺伝子対を代表する400個の生殖系列タンパク質対を作成し、ここで可変領域の各々は、インシリコで同定されたとおりの好ましい生物物理学的特性を有する。400個のVH/VL生殖系列タンパク質対を、以下の特性について試験した:aFabフォーマットにおけるファージ産生及びファージELISA後の相対提示;b大腸菌E.coliでのFab産生、大腸菌E.coli細胞溶解及び産生されたFabのELISA検出後の相対Fab発現収率;c大腸菌E.coliでのFab産生、大腸菌E.coli細胞溶解及び高温でインキュベートした後の非変性FabのELISA検出後のFabの温度安定性;dウシ/マウス血清中でインキュベートした後の非変性FabのELISA検出による大腸菌E.coliライセートからのFabのウシ/マウス血清安定性;e哺乳動物細胞におけるIgG1産生及び細胞培養上清由来の分泌IgG1のELISA検出後の相対ヒトIgG1発現収率レベル;及びfウシ/マウス血清中でインキュベートした後の非変性FabのELISA検出によるヒトIgG1のウシ血清安定性。試験した400個の生殖系列タンパク質対結果は表12に示すのうち95個をさらなる試験用に選択した。合成、発現及び精製後、図16~図24に示される95個の生殖系列タンパク質対を、Fab及びIgG1の両フォーマットで以下について試験した:amg/L単位の精製Fab発現収率、b精製Fab単量体含量単量体、c精製Fab熱安定性、dmg/L単位の精製IgG1発現収率、e精製IgG1単量体含量単量体、f精製IgG1熱安定性、gIgG1等電点及びh示差走査型蛍光定量法DSF、吸収、動的光散乱及び粒子染色を含む、酸への曝露によるIgG1ストレス試験。結果は図16~図24に示される。ある実施形態では、以下の閾値を設定したi少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体。従って、ある実施形態では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、ここで前記生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体。さらなる実施形態において、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片の実質的に全て、又は少なくとも50、又は少なくとも60、又は少なくとも70、又は少なくとも80、又は少なくとも90、又は少なくとも95、又は各々が、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、ここで前記生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体。さらなる実施形態において、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域からなるか、又はそれから本質的になり、ここで前記生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体。特定の実施形態において、iFabフォーマットにおける発現収率は、紫外分光測定法により、1.538mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定した。特定の実施形態において、iiFabフォーマットにおける熱安定性は、示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、iiiFabフォーマットにおける単量体含量単量体は、サイズ排除クロマトグラフィーにより、Superdex75HR10/30カラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、ivIgG1フォーマットにおける発現収率は、紫外分光測定法により、1.369mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定した。特定の実施形態において、vIgG1フォーマットにおける熱安定性は、示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、viIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体は、サイズ排除クロマトグラフィーにより、TosohTSK-GelG3000SWxlカラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定した。紫外分光測定法は、Nanadropシステムpeqlab,Erlangen,Germanyを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、iCycleriQ5サーマルサイクラーBioradを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、GibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USAを使用して実施してもよい。サイズ排除クロマトグラフィーは、AEKTA精製システムGEHealthcareを使用して実施してもよい。以下の生殖系列タンパク質対54個は、上記に記載される方法を用いて以下の閾値以上であった:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体、従って、開発可能性に関して優れた機能活性を有するデータは図16~図24に示す:VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252。従って、これらの生殖系列タンパク質対を任意に含むコレクションを、任意の抗原に対する開発可能な抗体又はその断片の同定に使用することができた。ある態様では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、特定の可変重鎖と可変軽鎖との対、例えばVH1-18/VK1-39の生殖系列タンパク質配列を含む。これはすなわち、このコレクションが含む抗体又は断片においては、抗体又は断片のフレームワーク領域がVH1-18/VK1-39の生殖系列タンパク質配列を含み、ここで可変重鎖フレームワーク領域がVH1-18の生殖系列タンパク質配列を含み、及び可変軽鎖フレームワーク領域がVK1-39の生殖系列タンパク質配列を含むということを意味する。多数の生殖系列タンパク質対を、コンストラクトとして実施例5及び9に記載されるとおり、開発に関連するその機能特性について試験した。試験した多数のコンストラクトが、開発可能性に関連する優れた機能特性を示した。本発明者らは、試験した機能特性に関して、入力抗原に対する選択用に使用される抗体コレクションと出力抗原に対して特異的であるとしてコレクションから同定された抗体との間には高い相関があると考える。従って、本発明のコレクションは、一部には、試験したコンストラクトと同じアミノ酸配列、例えばフレームワーク領域及び/又は相補性決定領域を含む抗体又は断片を含む。ある態様では、コレクションは、試験したコンストラクトのアミノ酸配列、又はそれをコードする核酸を含むため、コレクションは、試験されるコンストラクトと開発可能性developabiltiyに関して同じ優れた機能特性を有する抗体又は断片を含むと考えられる。従って、続いてある抗原に対してコレクションから選択される抗体又は断片もまた、開発可能性に関連する同じ優れた機能特性を有するものと予想される。この仮説は、実施例11に記載される実験及びデータにより裏付けられる。図37~図39、図45~図48及び図62を参照のこと。一部の実施形態では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の2個以上、3個以上、4個以上、5個以上、6個以上、7個以上、8個以上、9個以上、10個以上、11個以上、12個以上、13個以上、14個以上、15個以上、16個以上、17個以上、18個以上、19個以上、20個以上、21個以上、22個以上、23個以上、24個以上、25個以上、26個以上、27個以上、28個以上、29個以上、30個以上、31個以上、32個以上、33個以上、34個以上、35個以上、又は36個以上、37個以上、38個以上、39個以上、40個以上、41個以上、又は42個以上、又は43個以上、又は44個以上、又は45個以上、又は46個以上、又は47個以上、又は48個以上、又は49個以上、又は50個以上、又は51個以上、又は52個以上、又は53個以上、又は54個の可変重鎖と可変軽鎖との対から選択される生殖系列タンパク質配列を含む。ある実施形態では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片の実質的に全て、又は少なくとも50、又は少なくとも60、又は少なくとも70、又は少なくとも80、又は少なくとも90又は少なくとも95又は各々は、可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252から選択される生殖系列タンパク質配列を含む。ある実施形態は、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸のコレクションを含み、ここで抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の、それらからなる、又はそれらから本質的になる、生殖系列タンパク質配列を含む。54個の対又はそのサブセットを含む実施形態において、コレクションに追加するためさらなる対が選択されてもよく、ここで追加される各生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i紫外分光測定法により、1.538mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定するとき少なくとも2.5mg/lのFabフォーマットにおける発現収率、ii示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定するときFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性、iiiサイズ排除クロマトグラフィーにより、Superdex75HR10/30カラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体、iv紫外分光測定法により、1.369mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定するとき少なくとも30mg/lのIgG1フォーマットにおける発現収率、v示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定するときIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性、及びviサイズ排除クロマトグラフィーにより、TosohTSK-GelG3000SWxlカラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体。紫外分光測定法は、Nanadropシステムpeqlab,Erlangen,Germanyを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、iCycleriQ5サーマルサイクラーBioradを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、GibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USAを使用して実施してもよい。サイズ排除クロマトグラフィーは、AEKTA精製システムGEHealthcareを使用して実施してもよい。本開示の実施形態は、開発可能性に関して優れた機能活性を有する上記の生殖系列タンパク質対54個のサブセットを含む。ある実施形態では、生殖系列タンパク質対のサブセット54個のうちの36個を、実施例9.2.5a~dデータは図19~図24に示す、実施例9.2.6a~dデータは図49~図54に示す及び実施例9.2.7スコアリングは図55~図60に示すに記載される方法を用いて同定されたストレス試験データの比較に基づき選択した。ストレス試験方法においてIgG1フォーマットで95個の生殖系列タンパク質対を評価することにより、酸への曝露及びガラスビーズによる撹拌に耐えるそれらの能力を決定した。ある実施形態の36個の生殖系列タンパク質対を、それらが酸及び撹拌ストレスに対する強い耐性を示したため、開発可能性に関連するさらなる優れた機能特性を有するものとして選択した。ある実施形態で選択されたこれらの36個の生殖系列タンパク質対は、54個の閾値機能活性の全てを満たし、加えて、ストレス試験累積スコアにおいて1225以上のスコアを付け実施例9.2.7に記載されるとおり、この累積スコアは、生殖系列タンパク質対を以下の特徴に従い評価したものである:酸への曝露前及び曝露後の320nmでの吸収、酸への曝露前及び曝露後の半径及び多分散性、酸への曝露前及び曝露後の粒子染色、ガラスビーズによる撹拌前及び撹拌後の320nmでの吸収、ガラスビーズによる撹拌後の半径及び多分散性、及びガラスビーズによる撹拌後の粒子染色。この実施形態で選択された36個の生殖系列タンパク質対は、各基準について以下の閾値以上の値を有した:a少なくとも2.5mg/Lの精製Fab発現収率実施例9.1.1に記載されるとおり;b少なくとも30.0mg/Lの精製IgG1発現収率実施例9.2.1に記載されるとおり;c少なくとも70°Cの精製Fabの熱安定性実施例9.1.2に記載されるとおり;d少なくとも73°Cの精製IgG1の熱安定性実施例9.2.2に記載されるとおり;e少なくとも98の精製Fabの単量体含量実施例9.1.3に記載されるとおり;f少なくとも99の精製IgG1の単量体含量実施例9.2.3に記載されるとおり及びg少なくとも1225のストレス試験累積スコア実施例9.2.7に記載されるとおり。従って、ある実施形態では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の生殖系列タンパク質配列を含む。36個の対又はそのサブセットを含む実施形態において、コレクションに加えるため、さらなる対が選択されてもよく、ここで加えられる各生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i紫外分光測定法により、1.538mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定するとき少なくとも2.5mg/lのFabフォーマットにおける発現収率、ii示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定するときFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性、iiiサイズ排除クロマトグラフィーにより、Superdex75HR10/30カラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体、iv紫外分光測定法により、1.369mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定するとき少なくとも30mg/lのIgG1フォーマットにおける発現収率、v示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定するときIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性、及びviサイズ排除クロマトグラフィーにより、TosohTSK-GelG3000SWxlカラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体。紫外分光測定法は、Nanadropシステムpeqlab,Erlangen,Germanyを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、iCycleriQ5サーマルサイクラーBioradを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、GibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USAを使用して実施してもよい。サイズ排除クロマトグラフィーは、AEKTA精製システムGEHealthcareを使用して実施してもよい。実施形態において、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸のコレクション、ここで抗体又は機能断片の実質的に全て、又は少なくとも50、又は少なくとも60、又は少なくとも70、又は少なくとも80、又は少なくとも90又は少なくとも95又は各々が、可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252から選択される生殖系列タンパク質配列を含む。他の実施形態において、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、以下の可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の2個以上、3個以上、4個以上、5個以上、6個以上、7個以上、8個以上、9個以上、10個以上、11個以上、12個以上、13個以上、14個以上、15個以上、16個以上、17個以上、18個以上、19個以上、20個以上、21個以上、22個以上、23個以上、24個以上、25個以上、26個以上、27個以上、28個以上、29個以上、30個以上、31個以上、32個以上、33個以上、34個以上、35個以上、又は36個から選択される生殖系列タンパク質配列を含む。ある実施形態では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、以下の可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の、それらからなる、又はそれらから本質的になる生殖系列タンパク質配列を含む。別の実施形態において、各基準についての閾値は以下のとおり選択した:a少なくとも2.5mg/Lの精製Fab発現収率実施例9.1.1に記載されるとおり;b少なくとも30.0mg/Lの精製IgG1発現収率実施例9.2.1に記載されるとおり;c少なくとも70°Cの精製Fabの熱安定性実施例9.1.2に記載されるとおり;d少なくとも73°Cの精製IgG1の熱安定性実施例9.2.2に記載されるとおり;e少なくとも99の精製Fabの単量体含量実施例9.1.3に記載されるとおり;f少なくとも99の精製IgG1の単量体含量実施例9.2.3に記載されるとおり;g少なくとも8.3の精製IgG1の等電点実施例9.2.4に記載されるとおり;及びh少なくとも1225のストレス試験累積スコア実施例9.2.7に記載されるとおり。従って、ある実施形態では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、ここで前記生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも99のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;viSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体、及びvii少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点。特定の実施形態において、iFabフォーマットにおける発現収率は、紫外分光測定法により、1.538mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定した。特定の実施形態において、iiFabフォーマットにおける熱安定性は、示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、iiiFabフォーマットにおける単量体含量単量体は、サイズ排除クロマトグラフィーにより、Superdex75HR10/30カラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、ivIgG1フォーマットにおける発現収率は、紫外分光測定法により、1.369mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定した。特定の実施形態において、vIgG1フォーマットにおける熱安定性は、示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、viIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体は、サイズ排除クロマトグラフィーにより、TosohTSK-GelG3000SWxlカラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定した。紫外分光測定法は、Nanadropシステムpeqlab,Erlangen,Germanyを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、iCycleriQ5サーマルサイクラーBioradを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、GibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USAを使用して実施してもよい。サイズ排除クロマトグラフィーは、AEKTA精製システムGEHealthcareを使用して実施してもよい。さらなる実施形態において、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片の実質的に全て、又は少なくとも50、又は少なくとも60、又は少なくとも70、又は少なくとも80、又は少なくとも90、又は少なくとも95又は各々は、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、ここで前記生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも99のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;viSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体、及びvii少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点。さらなる実施形態において、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域からなるか、又はそれから本質的になり、ここで前記生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも99のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;viSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体、及びvii少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点。以下の生殖系列タンパク質対33個は、以下の閾値以上であった:a少なくとも2.5mg/Lの精製Fab発現収率実施例9.1.1に記載されるとおり;b少なくとも30.0mg/Lの精製IgG1発現収率実施例9.2.1に記載されるとおり;c少なくとも70°Cの精製Fabの熱安定性実施例9.1.2に記載されるとおり;d少なくとも73°Cの精製IgG1の熱安定性実施例9.2.2に記載されるとおり;e少なくとも99の精製Fabの単量体含量実施例9.1.3に記載されるとおり;f少なくとも99の精製IgG1の単量体含量実施例9.2.3に記載されるとおり;g少なくとも8.3の精製IgG1の等電点実施例9.2.4に記載されるとおり;及びh少なくとも1225のストレス試験累積スコア実施例9.2.7に記載されるとおり、従って、開発可能性に関して優れた機能活性を有する:VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252。従って、ある実施形態では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の生殖系列タンパク質配列を含む。33個の対又はそのサブセットを含む実施形態において、コレクションに加えるため、さらなる対が選択されてもよく、ここで加えられる各生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i紫外分光測定法により、1.538mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定するとき少なくとも2.5mg/lのFabフォーマットにおける発現収率、ii示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定するときFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性、iiiサイズ排除クロマトグラフィーにより、Superdex75HR10/30カラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定するとき少なくとも99のFabフォーマットにおける単量体含量単量体、iv紫外分光測定法により、1.369mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定するとき少なくとも30mg/lのIgG1フォーマットにおける発現収率、v示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定するときIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性、及びviサイズ排除クロマトグラフィーにより、TosohTSK-GelG3000SWxlカラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体。紫外分光測定法は、Nanadropシステムpeqlab,Erlangen,Germanyを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、iCycleriQ5サーマルサイクラーBioradを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、GibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USAを使用して実施してもよい。サイズ排除クロマトグラフィーは、AEKTA精製システムGEHealthcareを使用して実施してもよい。33個の対又はそのサブセットを含む実施形態において、コレクションに加えるため、さらなる対が選択されてもよく、ここで加えられる各生殖系列タンパク質対は、以下の特性をさらに含む:vii少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点。さらなる実施形態において、それ自体が各基準における閾値の全てを満たさない対であったとしても、対がコレクションに加えられ、コレクションに加えることにより多様性を高めた。ある実施形態では、33個の生殖系列タンパク質対のコレクションは、VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;及びVH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256をさらに含む。この実施形態において、コレクションは、36個の対:VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252を含む。実施形態では、これらの生殖系列タンパク質対又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を任意に含むコレクションを、任意の抗原に対する開発可能な抗体又はその断片の同定に使用することができた。一部の実施形態では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252からなる群から選択される2個以上、3個以上、4個以上、5個以上、6個以上、7個以上、8個以上、9個以上、10個以上、11個以上、12個以上、13個以上、14個以上、15個以上、16個以上、17個以上、18個以上、19個以上、20個以上、21個以上、22個以上、23個以上、24個以上、25個以上、26個以上、27個以上、28個以上、29個以上、30個以上、31個以上、32個以上、33個以上の可変重鎖と可変軽鎖との対から選択される生殖系列タンパク質配列を含む。ある実施形態では、コレクションは、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで抗体又は機能断片の実質的に全て、又は少なくとも50、又は少なくとも60、又は少なくとも70、又は少なくとも80、又は少なくとも90又は少なくとも95又は各々は、可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252から選択される生殖系列タンパク質配列を含む。ある実施形態は、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸のコレクションを含み、ここで抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の、それらからなる、又はそれらから本質的になる生殖系列タンパク質配列を含む。本発明に追加される態様は、任意の免疫原に対する抗体又はその機能断片の同定において有用となるコレクションの能力である。従って、一部の実施形態では、コレクションは、少なくとも2個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも3個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも4個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも5個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも6個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも7個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも8個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも9個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも10個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも11個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも12個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも13個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも14個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも15個の生殖系列タンパク質対;少なくとも16個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも17個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも18個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも19個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも20個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも21個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも22個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも23個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも24個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも25個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも26個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも27個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも28個の可変重鎖生殖系列タンパク質;少なくとも29個の異なる生殖系列タンパク質対配列;少なくとも30個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも31個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも32個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも33個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも34個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも35個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも36個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも37個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも38個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも39個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも40個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも41個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも42個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも43個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも44個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも45個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも46個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも47個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも48個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも49個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも50個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも51個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも52個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも53個の異なる生殖系列タンパク質対;少なくとも54個の異なる生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖フレームワーク領域及び可変軽鎖フレームワーク領域を含む。ヒトにおける免疫原性の可能性が低いことが治療用抗体の目標であるため、ある態様では、コレクションは、生殖系列タンパク質配列を含むフレームワーク領域又はそれをコードする核酸を含む。加えて、低い免疫原性リスクを維持するため、生殖系列タンパク質配列を含む相補性決定領域が用いられてもよい。ある実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含む合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖の相補性決定領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図25~図33に示す。より具体的には、ある実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖及び/又は可変軽鎖対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR1領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のCDR1領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図25、図28、及び図31、及び対応する配列番号204~265に示す。ある実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むHCDR1領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のHCDR1領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図25及び対応する配列番号204~229に示す。ある実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むLCDR1領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のLCDR1領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図28及び図31及び対応する配列番号230~265に示す。さらなる実施形態において、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR2領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のCDR2領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図26、図29、及び図32、及び対応する配列番号204~265に示す。さらなる実施形態において、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むHCDR2領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のHCDR2領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図26及び対応する配列番号204~229に示す。さらなる実施形態において、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むLCDR2領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のLCDR2領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図29及び図32及び対応する配列番号230~265に示す。本開示のある態様は、生殖系列相補性決定領域を修飾して潜在的な翻訳後修飾部位PTMを取り除くことを含む。修飾によりPTMが取り除かれる可変重鎖相補性決定領域の例を、図34~図36に示す。ある態様では、コレクションは、潜在的な翻訳後修飾部位を取り除くアミノ酸修飾を含む1つ以上の相補性決定領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。ある実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖由来の図34~図36に示される相補性決定領域complementaritydetermingregion配列を含む1つ以上の相補性決定領域又はそれをコードする核酸配列を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。さらなる実施形態において、コレクションは、それぞれの可変重鎖由来の図34~図36に示されるHCDR1を含むHCDR1領域又はそれをコードする核酸を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。低度PTMHCDR1のアミノ酸配列は、配列番号266~278に示す。低度PTMHCDR1の核酸配列は、配列番号279~291に示す。さらなる実施形態において、コレクションは、それぞれの可変重鎖由来の図34~図36に示されるHCDR2領域を含むHCDR2領域又はそれをコードする核酸を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。低度PTMHCDR2のアミノ酸配列は、配列番号266~278に示す。低度PTMHCDR2の核酸配列は、配列番号279~291に示す。本開示のある態様は、コレクションにおいて生殖系列FR4配列を利用することを含む。ある実施形態では、コレクションは、JH4配列番号293、Jκ1配列番号297、及びJλ2/3配列番号301からなる群から選択されるFR4領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。ある実施形態では、コレクションは、生殖系列JH4FR4領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、そのアミノ酸又は核酸配列は図40に示される。JH4FR4アミノ酸配列は配列番号293及び配列番号295に示される。JH4FR4核酸配列は配列番号292及び配列番号294に示される。ある実施形態では、コレクションは、生殖系列Jk1FR4領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、そのアミノ酸又は核酸配列は図40に示される。Jk1FR4アミノ酸配列は配列番号297に示される。Jk1FR4核酸配列は、配列番号296、配列番号298及び配列番号299に示される。ある実施形態では、コレクションは、生殖系列Jλ2/3FR4領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、そのアミノ酸又は核酸配列は図40に示される。Jλ2/3FR4アミノ酸配列は配列番号301に示される。Jλ2/3FR4核酸配列は、配列番号300、配列番号302及び配列番号303に示される。ある態様では、任意の抗原に対する抗体又はその断片を同定する能力を高めるため、コレクションは、多様化されたCDR3領域を含む。ある実施形態では、コレクションは、多様化されたHCDR3領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。ある実施形態では、コレクションは、多様化されたLCDR3領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。別の態様では、任意の抗原に対する抗体又はその断片を同定する能力を高めるため、コレクションは、少なくとも1×104個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×105個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×106個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×107個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×108個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×109個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×1010個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、又は少なくとも1×1011個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。ある実施形態ではコレクションは、ヒトIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgM及びIgDからなる群から選択される抗体又はかかる抗体をコードする合成核酸を含む。ある実施形態ではコレクションは、Fab、Fab’2、Fab’、Fv、及びscFvからなる群から選択される抗体断片又はかかる断片をコードする合成核酸を含む。実施形態において、コレクションの抗体のIgG重鎖定常ドメインは、図41A~図41Bに示されるアミノ酸配列配列番号305を含む。他の実施形態において、コレクションの抗体のIgG重鎖定常ドメインをコードする核酸は、図41A~図41Bに示される核酸配列配列番号304を含む。実施形態において、コレクションの抗体断片のFab重鎖定常ドメインは、図42に示されるアミノ酸配列配列番号307を含む。他の実施形態において、コレクションの抗体のFab重鎖定常ドメインをコードする核酸は、図42に示される核酸配列配列番号306を含む。実施形態において、コレクションの抗体又は抗体断片のIgG配列番号309及び/又はFab配列番号311κ軽鎖定常ドメインは、図43に示されるアミノ酸配列を含む。他の実施形態において、コレクションの抗体又は抗体断片のIgG配列番号308及び/又はFab配列番号310κ軽鎖定常ドメインをコードする核酸は、図43に示される核酸配列を含む。実施形態において、コレクションの抗体又は抗体断片のIgG配列番号313及び/又はFab配列番号315λ軽鎖定常ドメインは、図44に示されるアミノ酸配列を含む。他の実施形態において、コレクションの抗体又は抗体断片のIgG配列番号312及び/又はFab配列番号314λ軽鎖定常ドメインをコードする核酸は、図44に示される核酸配列を含む。ある態様は、本明細書に記載される核酸のコレクションを含むベクターを含む。ある実施形態では、ベクターはディスプレイベクターを含む。ある実施形態では、ベクターは、ファージミドベクター、酵母ディスプレイ又は哺乳動物ディスプレイベクターを含む。ある態様は、本明細書に記載される核酸、又は本明細書に記載されるベクターを含む組換え宿主細胞である。ある実施形態では、組換え宿主は原核生物又は真核生物のものである。実施形態では、大腸菌E.coli、哺乳動物又は酵母の組換え宿主細胞である。作製方法ある態様は、本明細書に記載されるコレクションの作製方法を含む。ある態様は、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸のコレクションの作製方法を含み、この方法は、aヒト免疫レパートリーに存在する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対を同定するステップ;bステップaで同定された可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を、以下の特性について試験するステップ:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体;及びcコレクションを作成するステップにおいて、抗体又はその機能断片の実質的に全て、又は少なくとも50、又は少なくとも60、又は少なくとも70、又は少なくとも80、又は少なくとも90又は少なくとも95又は各々、又は抗体又はその機能断片が、可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、ステップbの特性を満たす生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む、ステップを含む。この方法の特定の実施形態において、iFabフォーマットにおける発現収率は、紫外分光測定法により、1.538mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定した。特定の実施形態において、iiFabフォーマットにおける熱安定性は、示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、iiiFabフォーマットにおける単量体含量単量体は、サイズ排除クロマトグラフィーにより、Superdex75HR10/30カラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、ivIgG1フォーマットにおける発現収率は、紫外分光測定法により、1.369mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定した。特定の実施形態において、vIgG1フォーマットにおける熱安定性は、示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、viIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体は、サイズ排除クロマトグラフィーにより、TosohTSK-GelG3000SWxlカラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定した。紫外分光測定法は、Nanadropシステムpeqlab,Erlangen,Germanyを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、iCycleriQ5サーマルサイクラーBioradを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、GibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USAを使用して実施してもよい。サイズ排除クロマトグラフィーは、AEKTA精製システムGEHealthcareを使用して実施してもよい。ある実施形態では、ステップaは、aaサンプルからヒトB細胞を単離するステップ;abB細胞からcDNAを作成するステップ;acB細胞からcDNAをPCR増幅するステップ;adPCR産物を配列決定するステップ;ae各PCR産物の生殖系列遺伝子を同定するステップをさらに含む。各B細胞由来の抗体及びその断片をコードするDNAは単離され、及び増幅され、例えば、重鎖及び軽鎖がPCR反応で物理的に単離される。DNAは、好ましくは配列決定される。配列決定されるDNAは、B細胞mRNAから作成されたcDNAであってもよい。B細胞などの真核細胞からのmRNA抽出は、周知されている技術的手順である。数多くのプロトコルが存在し、市販のキットを利用することができる。PolyATtract登録商標mRNA単離システムPromega,Madison,WI,USA又は様々なRNeasy及びOligotexDirectmRNAキット双方とも、Qiagen,Hilden,Germanyによるなど。これらの技術の多くが、例えば、オリゴdTセルロースなどのオリゴdT基質に対するアフィニティー精製を介して、真核生物mRNAのポリAテールを利用する。cDNAは、単離mRNAから、特異的プライマーを使用した逆転写と、続く従来のPCRによって選択的に増幅することができる。特異的プライマーを使用することにより、可変重鎖及び軽鎖ドメイン核酸が増幅される。CancerSurv.1997;30:21-44,JClin.Pathol.1994;47:493-6,J.Clin.Pathol.1990;43:888-90又はMol.Pathol.2002April;552:98-101を参照のこと。一つのB細胞からの可変及び軽鎖ドメインの双方をコードするDNAが共に維持され、従って可変ドメイン重鎖及び軽鎖クラス対形成を同定することができる。個々のB細胞から可変ドメインの対をコードする核酸を単離する技法は、当該技術分野において公知である。例えば、国際公開第01/92291号パンフレット;国際公開第92/15678号パンフレット;国際公開第93/03151号パンフレット、国際公開第2005/042774号パンフレット;MullinaxRLetal.,1992Biotechniques12:6864-868;Chapal,N.etal.1997Biotechniques23,518-524、EmbletonMJetal.,1992NucleicAcidsRes.20:15,3831-3837;Coronella,J.A.etal.2000NucleicAcidsRes.28:20,E85;ThirionSetal.,1996EuropeanJournalofCancerPrevention5:6507-511;及びWang,Xetal.2000J.Immunol.Methods20,217-225を参照のこと。好ましくは、B細胞の各々からのDNAは、配列決定される。HelicosBioSciencesCorporationCambridge,MA,USAなど、ゲノム全体を配列決定することが可能な様々な会社が存在する。そのTrueSingleMoleculeSequencing商標技術により、Helicosは、DNA又はRNAの単一の分子を、高速で、且つ効率的に直接配列決定することが可能である。同様の配列決定の試みを実施可能な他の会社としては、IlluminaSanDiego,CA,USA;Solexaシステム及びRocheBasel,CH;454システムが挙げられる。配列決定前にクローニングステップは不要である。別の態様では、本開示は、免疫レパートリーに存在する重鎖及び軽鎖可変ドメイン対の生殖系列ファミリーの同定方法を可能にする。全ての抗体又はその断片を、当業者に公知の方法を用いてその生殖系列ファミリーまで遡って調べることができる。抗体又はその断片をコードする核酸の配列を分析することにより、当業者に公知の方法によってVH及びVLの双方の生殖系列ファミリーを決定することができる。例えば、Wildtet.al,1999は、3人の患者からB細胞をサンプリングし、365個のVH及びVLクラス対形成を同定した。各B細胞由来のRNAをcDNA合成に使用して、VH及びVL領域をコードするcDNAをPCR増幅し、配列決定した。Wildtの図1に示されるとおり、特定のVH及びVLクラス、例えば、VH3-8とVκ3-1、Vκ3-19、Vκ4-1、Vλ2-3、又はVλ1-2、及びVH3-9とVκ3-1、Vκ3-3又はVλ1-5が、他より高頻度で対を形成した。ある実施形態では、ステップbは、baヒト免疫レパートリーに存在する対を代表する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を含む抗体又はその機能断片をコードするDNAを合成するステップ;bbbaで合成された生殖系列タンパク質対を発現させるステップ;及びbcbbの生殖系列タンパク質対を特性の各々について試験するステップをさらに含む。この方法のある態様では、本発明の抗体又はその断片のコレクションをコードする核酸は、抗原に対する選択に用いられ得るコレクションにおいて合成及び発現される。この実施形態において、この方法はステップcを含み、ここでステップcは、ca抗体又はその機能断片をコードする核酸を合成するステップ;cb核酸をベクターにクローニングするステップ;cc抗体又はその機能断片を発現させるステップを含む。この方法の別の実施形態において、抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む。この方法の別の実施形態において、抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252からなる群から選択される2個以上、3個以上、4個以上、5個以上、6個以上、7個以上、8個以上、9個以上、10個以上、11個以上、12個以上、13個以上、14個以上、15個以上、16個以上、17個以上、18個以上、19個以上、20個以上、21個以上、22個以上、23個以上、24個以上、25個以上、26個以上、27個以上、28個以上、29個以上、30個以上、31個以上、32個以上、33個以上、34個以上、35個以上、又は36個以上、37個以上、38個以上、39個以上、40個以上、41個以上、又は42個以上、又は43個以上、又は44個以上、又は45個以上、又は46個以上、又は47個以上、又は48個以上、又は49個以上、又は50個以上、又は51個以上、又は52個以上、又は53個以上、又は54個の可変重鎖と可変軽鎖との対を含む生殖系列タンパク質配列を含む。この方法のさらなる実施形態において、抗体又は機能断片の実質的に全て、又は少なくとも50、又は少なくとも60、又は少なくとも70、又は少なくとも80、又は少なくとも90又は少なくとも95又は各々、又は抗体又は機能断は、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、ここで前記生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも99のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体viii少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点。この方法のこの実施形態において、抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252の可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む。この方法のさらなる実施形態において、抗体又は機能断片は可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;及びVH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256の可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列をさらに含む。この方法のこの実施形態において、コレクションは、36個の対:VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252を含む。使用方法ある態様は、抗原に特異的な抗体又は断片を同定するための本明細書に記載されるコレクションの使用方法を含む。本開示のある態様は、抗原に特異的な抗体又は抗体断片の同定方法を含み、この方法は、a抗原を抗体又はその機能断片のコレクションと接触させるステップにおいて、コレクションの抗体又は機能断片の実質的に全て、又は少なくとも50、又は少なくとも60、又は少なくとも70、又は少なくとも80、又は少なくとも90又は少なくとも95又は各々、又は抗体又は機能断片が、可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域が、以下の特性を含む生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む、ステップ:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも98のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;及びviiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体、及びb前記抗原に結合する1つ以上の抗体又は抗体断片を選択するステップを含む。特定の実施形態において、iFabフォーマットにおける発現収率は、紫外分光測定法により、1.538mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定した。特定の実施形態において、iiFabフォーマットにおける熱安定性は、示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、iiiFabフォーマットにおける単量体含量単量体は、サイズ排除クロマトグラフィーにより、Superdex75HR10/30カラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、ivIgG1フォーマットにおける発現収率は、紫外分光測定法により、1.369mL/mgの吸光係数を使用して、且つ280nmでの吸光度を計測して決定した。特定の実施形態において、vIgG1フォーマットにおける熱安定性は、示差走査型蛍光定量法によりPBS緩衝液を使用して決定した。特定の実施形態において、viIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体は、サイズ排除クロマトグラフィーにより、TosohTSK-GelG3000SWxlカラム及びpH7.4のGibcoD-PBS緩衝液を使用して決定した。紫外分光測定法は、Nanadropシステムpeqlab,Erlangen,Germanyを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、iCycleriQ5サーマルサイクラーBioradを使用して実施してもよい。示差走査型蛍光定量法は、GibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USAを使用して実施してもよい。サイズ排除クロマトグラフィーは、AEKTA精製システムGEHealthcareを使用して実施してもよい。この方法のある実施形態では、可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252由来の生殖系列タンパク質配列を含む。この方法のある実施形態では、抗体又はその機能断片は、VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252から選択される可変重鎖と可変軽鎖との対からなる群から選択される2個以上、3個以上、4個以上、5個以上、6個以上、7個以上、8個以上、9個以上、10個以上、11個以上、12個以上、13個以上、14個以上、15個以上、16個以上、17個以上、18個以上、19個以上、20個以上、21個以上、22個以上、23個以上、24個以上、25個以上、26個以上、27個以上、28個以上、29個以上、30個以上、31個以上、32個以上、33個以上、34個以上、35個以上、又は36個以上、37個以上、38個以上、39個以上、40個以上、41個以上、又は42個以上、又は43個以上、又は44個以上、又は45個以上、又は46個以上、又は47個以上、又は48個以上、又は49個以上、又は50個以上、又は51個以上、又は52個以上、又は53個以上、又は54個の可変重鎖と可変軽鎖との対を含む。この方法の実施形態において、抗体又は機能断片の実質的に全て、又は少なくとも50、又は少なくとも60、又は少なくとも70、又は少なくとも80、又は少なくとも90又は少なくとも95又は各々、又は抗体又は機能断片は、生殖系列タンパク質対の生殖系列タンパク質配列を含む可変重鎖及び可変軽鎖フレームワーク領域を含み、ここで前記生殖系列タンパク質対は、以下の特性を含む:i少なくとも2.5mg/LのFabフォーマットにおける発現収率;iiFabフォーマットにおける70°C以上での熱安定性;iiiSECにより決定するとき少なくとも99のFabフォーマットにおける単量体含量単量体;iv少なくとも30mg/LのIgG1フォーマットにおける発現収率;vIgG1フォーマットにおける73°C以上での熱安定性;viiSECにより決定するとき少なくとも99のIgG1フォーマットにおける単量体含量単量体;及びviii少なくとも8.3のIgG1フォーマットにおける等電点。この方法のこの実施形態において、可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252由来の生殖系列タンパク質配列を含む。この方法のさらなる実施形態において、可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、可変重鎖と可変軽鎖との対VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;及びVH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256からさらに選択される生殖系列タンパク質配列を含む。この実施形態において、コレクションは、36個の対:VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252を含む。方法の態様本明細書に開示される方法のさらなる態様において、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含む合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖の相補性決定領域のアミノ酸配列は、図25~図33に示す。より具体的には、この方法のある実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖及び/又は可変軽鎖対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR1領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のCDR1領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図25、図28及び図31及び対応する配列番号204~265に示す。この方法のある実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むHCDR1領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のHCDR1領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図25及び対応する配列番号204~229に示す。この方法のある実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むLCDR1領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のLCDR1領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図28及び図31及び対応する配列番号230~265に示す。この方法のさらなる実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR2領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のCDR2領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図26、図29及び図32及び対応する配列番号204~265に示す。この方法のさらなる実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むHCDR2領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のHCDR2領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図26及び対応する配列番号204~229に示す。この方法のさらなる実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むLCDR2領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のLCDR2領域のアミノ酸配列及び核酸配列は、図29及び図32及び対応する配列番号230~265に示す。この方法の実施形態において、コレクションは、潜在的な翻訳後修飾部位を取り除くアミノ酸修飾を含む1つ以上の相補性決定領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。この方法のある実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖由来の図34~図36に示される相補性決定領域complementaritydetermingregion配列を含む1つ以上の相補性決定領域又はそれをコードする核酸配列を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。この方法のさらなる実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖由来の図34~図36に示されるHCDR1を含むHCDR1領域又はそれをコードする核酸を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。低度PTMHCDR1のアミノ酸配列は、配列番号266~278に示す。低度PTMHCDR1の核酸配列は、配列番号279~291に示す。この方法のさらなる実施形態では、コレクションは、それぞれの可変重鎖由来の図34~図36に示されるHCDR2領域を含むHCDR2領域又はそれをコードする核酸を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。低度PTMHCDR2のアミノ酸配列は、配列番号266~278に示す。低度PTMHCDR2の核酸配列は、配列番号279~291に示す。この方法のある実施形態では、コレクションは、JH4配列番号293、Jκ1配列番号297、及びJλ2/3配列番号301からなる群から選択されるFR4領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。この方法のある実施形態では、コレクションは、生殖系列JH4FR4領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、そのアミノ酸又は核酸配列は図40に示される。JH4FR4アミノ酸配列は配列番号293及び配列番号295に示される。JH4FR4核酸配列は配列番号292及び配列番号294に示される。この方法のある実施形態では、コレクションは、生殖系列Jk1FR4領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、そのアミノ酸又は核酸配列は図40に示される。Jk1FR4アミノ酸配列は配列番号297に示される。Jk1FR4核酸配列は、配列番号296、配列番号298及び配列番号299に示される。この方法のある実施形態では、コレクションは、生殖系列Jλ2/3FR4領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含み、そのアミノ酸又は核酸配列は図40に示される。Jλ2/3FR4アミノ酸配列は配列番号301に示される。Jλ2/3FR4核酸配列は、配列番号300、配列番号302及び配列番号303に示される。ある態様では、任意の抗原に対する抗体又はその断片を同定する能力を高めるため、コレクションは、多様化されたCDR3領域を含む。この方法のある実施形態では、コレクションは、多様化されたHCDR3領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。この方法のある実施形態では、コレクションは、多様化されたLCDR3領域を含む抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。別の態様では、任意の抗原に対する抗体又はその断片を同定する能力を高めるため、この方法のコレクションは、少なくとも1×104個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×105個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×106個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×107個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×108個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×109個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、少なくとも1×1010個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸、又は少なくとも1×1011個の抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を含む。この方法のある実施形態では、コレクションは、ヒトIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgM及びIgDからなる群から選択される抗体又はかかる抗体をコードする合成核酸を含む。この方法のある実施形態では、コレクションは、Fab、Fab’2、Fab’、Fv、及びscFvからなる群から選択される抗体断片又はかかる断片をコードする合成核酸を含む。この方法の実施形態において、コレクションの抗体のIgG重鎖定常ドメインは、図41A~図41Bに示されるアミノ酸配列配列番号305を含む。この方法の他の実施形態において、コレクションの抗体のIgG重鎖定常ドメインをコードする核酸は、図41A~図41Bに示される核酸配列配列番号304を含む。実施形態において、コレクションの抗体断片のFab重鎖定常ドメインは、図42に示されるアミノ酸配列配列番号307を含む。この方法の他の実施形態において、コレクションの抗体のFab重鎖定常ドメインをコードする核酸は、図42に示される核酸配列配列番号306を含む。この方法の実施形態において、コレクションの抗体又は抗体断片のIgG配列番号309及び/又はFab配列番号311κ軽鎖定常ドメインは、図43に示されるアミノ酸配列を含む。この方法の他の実施形態において、コレクションの抗体又は抗体断片のIgG配列番号308及び/又はFab配列番号310κ軽鎖定常ドメインをコードする核酸は、図43に示される核酸配列を含む。この方法の実施形態において、コレクションの抗体又は抗体断片のIgG配列番号313及び/又はFab配列番号315λ軽鎖定常ドメインは、図44に示されるアミノ酸配列を含む。この方法の他の実施形態において、コレクションの抗体又は抗体断片のIgG配列番号312及び/又はFab配列番号314λ軽鎖定常ドメインをコードする核酸は、図44に示される核酸配列を含む。本発明の抗体別の態様では、本開示は、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくは機能断片をコードする合成核酸を提供し、ここで抗体又は機能断片は、可変重鎖と可変軽鎖との対を含み、ここで可変重鎖と可変軽鎖との対のフレームワーク領域は、可変重鎖と可変軽鎖との対VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252から選択される生殖系列タンパク質配列を含む。ある実施形態では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含む1つ以上の相補性決定領域を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖の相補性決定領域のアミノ酸配列は、図25~図33に示す。より具体的には、ある実施形態では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖及び/又は可変軽鎖対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR1領域を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のCDR1領域のアミノ酸配列は、図25、図28、及び図31、及び対応する配列番号204~265に示す。ある実施形態では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むHCDR1領域を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のHCDR1領域のアミノ酸配列は、図25及び対応する配列番号204~229に示す。ある実施形態では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むLCDR1領域を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のLCDR1領域のアミノ酸配列は、図28及び図31及び対応する配列番号230~265に示す。さらなる実施形態において、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むCDR2領域を含み、ここで可変重鎖及び可変軽鎖のCDR2領域のアミノ酸配列は、図26、図29、及び図32、及び対応する配列番号204~265に示す。さらなる実施形態において、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むHCDR2領域を含み、可変重鎖及び可変軽鎖のHCDR2領域のアミノ酸配列は、図26及び対応する配列番号204~229に示す。さらなる実施形態において、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖と可変軽鎖との対由来の生殖系列タンパク質配列を含むLCDR2領域を含み、可変重鎖及び可変軽鎖のLCDR2領域のアミノ酸配列は、図29及び図32及び対応する配列番号230~265に示す。本開示のある態様は、生殖系列相補性決定領域を修飾して潜在的な翻訳後修飾部位PTMを取り除くことを含む。修飾によりPTMが取り除かれた可変重鎖相補性決定領域の例を、図34~図36に示す。ある態様では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、潜在的な翻訳後修飾部位を取り除くアミノ酸修飾を含む1つ以上の相補性決定領域を含む。ある実施形態では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖由来の図34~図36に示される相補性決定領域complementaritydetermingregion配列を含む1つ以上の相補性決定領域又はそれをコードする核酸配列を含む。さらなる実施形態において、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖由来の図34~図36に示されるHCDR1を含むHCDR1領域又はそれをコードする核酸を含む。低度PTMHCDR1のアミノ酸配列は、配列番号266~278に示す。低度PTMHCDR1の核酸配列は、配列番号279~291に示す。さらなる実施形態において、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、それぞれの可変重鎖由来の図34~図36に示されるHCDR2領域を含むHCDR2領域又はそれをコードする核酸を含む。低度PTMHCDR2のアミノ酸配列は、配列番号266~278に示す。低度PTMHCDR2の核酸配列は、配列番号279~291に示す。本開示のある態様は、生殖系列FR4配列を利用することを含む。ある実施形態では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、JH4配列番号293、Jκ1配列番号297、及びJλ2/3配列番号301からなる群から選択されるFR4領域を含む。ある実施形態では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、生殖系列JH4FR4領域を含み、そのアミノ酸又は核酸配列は図40に示される。JH4FR4アミノ酸配列は配列番号293及び配列番号295に示される。JH4FR4核酸配列は配列番号292及び配列番号294に示される。ある実施形態では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、生殖系列Jk1FR4領域を含み、そのアミノ酸又は核酸配列は図40に示される。Jk1FR4アミノ酸配列は配列番号297に示される。Jk1FR4核酸配列は、配列番号296、配列番号298及び配列番号299に示される。ある実施形態では、合成抗体若しくはその機能断片又はかかる抗体若しくはその機能断片をコードする合成核酸は、生殖系列Jλ2/3FR4領域を含み、そのアミノ酸又は核酸配列は図40に示される。Jλ2/3FR4アミノ酸配列は配列番号301に示される。Jλ2/3FR4核酸配列は、配列番号300、配列番号302及び配列番号303に示される。ある実施形態では、合成抗体又はかかる抗体をコードする合成核酸は、ヒトIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgM及びIgDからなる群から選択される。ある実施形態では、合成抗体断片又はかかる抗体断片をコードする合成核酸は、Fab、Fab’2、Fab’、Fv、及びscFvからなる群から選択される。実施形態において、抗体のIgG重鎖定常ドメインは、図41A~図41Bに示されるアミノ酸配列配列番号305を含む。他の実施形態において、抗体のIgG重鎖定常ドメインをコードする核酸は、図41A~図41Bに示される核酸配列配列番号304を含む。実施形態において、抗体断片のFab重鎖定常ドメインは、図42に示されるアミノ酸配列配列番号307を含む。他の実施形態において、抗体断片のFab重鎖定常ドメインをコードする核酸は、図42に示される核酸配列配列番号306を含む。実施形態において、抗体又は抗体断片のIgG配列番号309及び/又はFab配列番号311κ軽鎖定常ドメインは、図43に示されるアミノ酸配列を含む。他の実施形態において、抗体又は抗体断片のIgG配列番号308及び/又はFab配列番号310κ軽鎖定常ドメインをコードする核酸は、図43に示される核酸配列を含む。実施形態において、抗体又は抗体断片のIgG配列番号313及び/又はFab配列番号315λ軽鎖定常ドメインは、図44に示されるアミノ酸配列を含む。他の実施形態において、抗体又は抗体断片のIgG配列番号312及び/又はFab配列番号314λ軽鎖定常ドメインをコードする核酸は、図44に示される核酸配列を含む。実施例1:原核生物シグナル配列及びヒトリーダー配列のC末端における制限部位の生成による、完全な生殖系列FR1領域の提供一態様において、本開示は、生殖系列タンパク質配列を含むフレームワーク領域、特にFR1を含む抗体又はその断片のコレクションについて記載する。生殖系列配列を有することで、ヒトにおける投与時の抗体の免疫原性リスクが低下するものと予想される。しかしながら、抗体を免疫原に対してスクリーニングすることができるように、ディスプレイ及び/又は発現ベクターへの抗体のコレクションをコードする核酸の標準的なクローニングを可能にするため、適合性のある制限部位を使用しなければならない。過去には、クローニングに利用される制限部位は多くの場合にフレームワーク領域内に置かれ、従って核酸及び/又はアミノ酸配列が生殖系列から離れるように修飾された。本開示の抗体の各々の少なくともフレームワーク1FR1領域が生殖系列タンパク質配列を維持することを確実にするためには、FR1内に、生殖系列アミノ酸配列からのずれをもたらし得るいかなる制限部位も存在してはならない。従って、本開示のある態様は、原核生物シグナル配列及びヒトリーダー配列のC末端内、特にC末端の3残基内における同一の又は少なくとも適合性のある制限部位の組み込みである。加えて、同一の又は適合性のある制限部位を含む原核生物シグナル配列及びヒトリーダー配列は、原核生物及び哺乳動物の双方の発現系において機能性で、且つ抗体又はその断片の良好な提示及び発現収率をもたらすものでなければならない。図1は、選択された制限部位及びそれらの対応する位置を示す。NheIVLA制限部位は、原核生物重鎖シグナル配列phoAへの組み込み用に選択された。野生型phoAシグナル配列及びNheIVLAphoAシグナル配列の核酸配列及びアミノ酸配列は、表1に示される。NdeIAYA制限部位は、原核生物κ及びλシグナル配列ompAへの組み込み用に選択した。野生型ompAシグナル配列及び修飾NdeIAYAompAシグナル配列の核酸及びアミノ酸配列は、表2に示される。大腸菌E.coliで発現するFabフォーマットから哺乳動物で発現するIgGフォーマットへの切り換えが容易に可能となるように、IgG軽鎖ヒトκリーダー及びIgG重鎖ヒト重鎖リーダーのヒトリーダー配列を、ompANdeIAYA及びphoANheIVLAシグナル配列のC末端と同じ制限部位を含むように作成した。野生型及び修飾ヒト重鎖リーダー及びヒトκリーダー配列は、表3に示される。選択された修飾原核生物シグナル配列及びヒトリーダー配列は、a用いられるベクター系に応じた高収率のFab及びIgGタンパク質をもたらし、b抗体フォーマット、ベクター及び発現系を原核生物系と哺乳動物系との間で切り換えるための完全な適合性を提供し、及びcシグナル/リーダー配列に位置するため、FR1の完全な生殖系列配列が維持される。実施例2:ヒトレパートリーにおいて最も豊富なVH/VL対の同定その最も広義の意味で、本発明者らは、本質的にヒト免疫系を模倣する抗体コレクションが有利であり得るという構想から出発した。本発明者らは、ヒト免疫レパートリーで豊富に発現する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対が、より効率的な臨床開発につながり、且つ得られる抗体の患者における安全性及び有効性を高めるであろう好ましい生物物理学的特性を有する可能性が高いという自らの仮説から取り組んだ。この仮説を証明するための第1のステップは、ヒト免疫レパートリーで顕著に発現する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列遺伝子対を同定することであった。実施例2.1:VH/VL対生殖系列遺伝子利用の決定ヒト免疫レパートリーから優位に発現するVH/VL生殖系列遺伝子対を同定するため、公的に利用可能なデータを分析し、及びヒトB細胞をサンプリングした。第1のステップとして、公的に利用可能なデータをレビューすることにより、ヒトB細胞から単離されるVH/VL生殖系列遺伝子対について記載している論文を特定した。記載されるとおり、多くの公的に利用可能なデータベースが抗体配列を提供しているが、しかしながら、多くは、いずれかの可変ドメイン、VH或いはVLの配列のみを提供し、VH/VL生殖系列遺伝子対の関連付けを提供するものはほとんどない。以下の論文を特定し、詳細に分析した:WardemannH.etal.2003Science301,1374-1377及び任意の添付表;YurasovS.etal.2005J.Exp.Med.201,703-712及び任意の添付表;TsuijiM.etal.2006J.Exp.Med.203,393-401及び任意の添付表;YurasovS.etal.2006J.Exp.Med.203,2255-2262及び任意の添付表、TillerT.etal.2007Immunity26,205-213及び任意の添付表、及びMietznerB.etal.2008PNAS105,9727-9732及び任意の添付表これらは全て、全体として参照により援用される。以下に記載するとおり、さらなるVH/VL対データをヒトB細胞のサンプルから同定した。実施例2.2:ヒトサンプルからのVH/VL対遺伝子利用の決定さらなるVH/VL生殖系列遺伝子対利用データを得るため、PBMCをヒト宿主から単離した。PBMCは分取し、PCRを用いてB細胞のcDNAを増幅し、B細胞由来のDNAを配列決定し、次にそれらの配列をIgBLASTNCBIでブラストにかけて、各B細胞からVH/VL生殖系列遺伝子対を同定した。静脈血からのヒトPBMC及び骨髄からの単核細胞の一般的な単離及び分取方法は、Tilleretal.,JImmunolMethods,2008Jan1;3291-2:112-24全体として参照により援用されるに記載されている。PBMCを単離し、次に目的の表現型の細胞表面マーカーによりシングルソーティングした。次に、VH/VL生殖系列遺伝子対形成を決定するため、シングルソーティングした成熟ナイーブmnB細胞及び抗体分泌細胞ascのIg遺伝子転写物をPCR増幅した。B細胞のcDNA及びそれに有用なプライマーをPCR増幅する一般的な方法もまた、Tilleret.al.2008上記引用に記載される。用いられる特異的プライマーは、表4に示される。シングルソーティングした成熟ナイーブmnB細胞及び抗体分泌細胞ascのcDNAを合成した。ネステッドPCRを実施し、ここではヒトIgH、Igk及びIgLV遺伝子転写物が独立してPCR増幅された。配列決定の結果をIgBLASTNCBIでBLASTにかけて、それぞれのVH、VK、及びVL生殖系列遺伝子を同定した。実施例2.3ヒト免疫レパートリーにおいて同定されるVH/VL生殖系列遺伝子対実施例2.1に記載するとおり公的に利用可能な文献から同定したVH/VL生殖系列遺伝子対データを、実施例2.2に記載するとおりヒトサンプルから同定したデータと共にプールした。プールしたデータを分析し、表6における順位、すなわちヒト免疫レパートリーにおいて同定されたVH/VL生殖系列遺伝子対の百分率/割合の順位として示す。実施例3:VH及びVL生殖系列遺伝子利用の決定表6のレビューは、ヒト免疫レパートリーでは、生殖系列遺伝子の総数に比して少数のVH/VL対が支配的であることを示す。Wildtetal.895~896頁がこの現象について記載している。Wildtetal.はまた、多くの場合に高頻度で発現する重鎖及び軽鎖遺伝子セグメントが対を形成することも記載し、サンプリングされた対形成の半数が僅か5つのVH/VL生殖系列遺伝子対に対応したことを観察した。加えて、プールデータ及びさらなる参考文献を評価して、ヒト免疫レパートリーにおいて独立して対としてでなく発現するVH、Vκ、及びVλ生殖系列遺伝子を同定した。対でないVH及び/又はVL生殖系列遺伝子発現が含まれるさらに参照した文献は、BrezinschekH.P.etal.1997J.Clin.Invest.99,2488、DemaisonC.etal.1995Immunogenetics42,342、及びFosterS.J.etal.1997J.Clin.Invest.99,1614双方とも、全体として参照により援用されるであった。実施例2.1及び2.2並びにさらなる参考文献からのデータをプールして順位付けし、ヒト免疫レパートリーにおいて最も顕著に発現するVH、Vκ、及びVλ生殖系列遺伝子を決定した。順位は表5に示す。ヒト免疫レパートリーにおける関連付けられていないVH、Vλ及びVκ生殖系列遺伝子の出現率を示す表5と、ヒト免疫レパートリー内で関連付けられたVH/VL対生殖系列遺伝子の出現率を示す表6とを比較すると、関連付け又は対形成と無関係に評価したときに高度に示されるVH、Vλ及びVκ生殖系列遺伝子の多くが、VH/VL対形成においても高度に示されたことが明らかであった。この観察は、図4~図5に示すプロットで確認され、これはヒト免疫レパートリーのVH/VL生殖系列遺伝子対を示すものである。これらの図は、プールデータから同定された各VH/VL生殖系列遺伝子対の実際の数を行列にプロットしたものを示し、ここでY軸はVH生殖系列遺伝子の順位を含み、X軸はVL生殖系列遺伝子の順位を含む。実施例4:生物物理学的特性をさらに評価するためのVH/VL生殖系列遺伝子対の選択次のステップとして、ヒト免疫レパートリーには約2500対あり、且つ本発明者らの目標は、生殖系列タンパク質対のうちどれが選択及び開発に役立ち得る好ましい生物物理学的特性を含むかを同定することであったため、どの生殖系列タンパク質対を試験すべきであるかを決定しなければならなかった。一つの方法は、ヒト免疫レパートリーに最も顕著に現れる可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を試験することであり得た例えば、表6を参照のこと。例えば、上位400個の対を試験用に選択するか、又は特定の閾値数を上回って存在する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対を選択することができた。この手法は、多数の異なる可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質対配列の合成及び試験を必要とするものと思われた;従って、かかる手法はあまり効率的とは言えない。代替的な手法として、本発明者らは、ヒト免疫レパートリーから顕著な対の大多数を代表する、それを正確に再現する、又はそれを網羅する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列対のサブセットを選択した。この手法は、一部には、ヒト免疫レパートリーにおいて少数の可変重鎖、可変κ軽鎖、及び可変λ軽鎖生殖系列遺伝子対でないが支配的であるという上記の観察に基づいた。従って、少数の顕著な重鎖及び軽鎖生殖系列遺伝子対でないを組み合わせることで、ヒト免疫レパートリーを代表する一群のVH/VL対を作成することができる。この手法は以下のように行った。実施例3では、可変重鎖、可変κ軽鎖、及び可変λ軽鎖生殖系列遺伝子発現を決定した。次のステップとして、顕著なVH、Vλ及びVκ生殖系列遺伝子のインシリコ解析を完了し、ここでは少なくとも以下の要素を評価した:CDR長さ、等電点pI標準的なpH5.5~pH7の配合緩衝液中で安定性を提供するものと思われる7.5以上の等電点が好ましい、潜在的な翻訳後修飾部位PTM具体的には、N-結合型グリコシル化部位NxS又はNxT又は化学修飾、例えばAsp開裂多くの場合にDP又はDQにおける、Asp異性化DS、DG、アミド分解NS、NG、これは生体内血清中において又は配合緩衝液中での貯蔵時に起こり、抗原結合の喪失をもたらし得る、CDRにおけるメチオニンの存在溶媒に曝露されたときに酸化し得る、対でないシステインの存在任意の他の対でないシステインとジスルフィド結合を形成し、ひいてはタンパク質の架橋結合及び/又は発現収率の低下をもたらし得る、生殖系列からの偏差、あり得るT細胞エピトープの存在、及び理論上の凝集傾向。インシリコ解析から選択されたデータを図2~図3に示す。合成し、組み合わせ、続いて機能を試験するため、最も顕著なVH、Vλ及びVκ生殖系列遺伝子のインシリコ解析に基づき、それらのサブセットを選択した。このサブセットは図2~図3に示す。表5と図2~図3とを比較すると、最も顕著なVH、Vλ及びVκ生殖系列遺伝子の全てがさらなる試験に選択されたわけではなかったことは明らかである。表5に示される最も顕著なVH生殖系列遺伝子のうち、IGHV4-34、IGHV4-59、及びIGHV3-9は選択されなかった。代わりに図2~図3を参照、IGHV3-74、IGHV3-73、及びIGHV6-1が選択された。合計20個のVH生殖系列遺伝子が選択された。表5に示される最も顕著なVκ生殖系列遺伝子のうち、IGKV4-1、IGKV2-28/2D-28、IGKV1-33/1D-33、及びIGKV1-8は選択されなかった。合計12個のVκ生殖系列遺伝子が選択された。表5に示される最も顕著なVλ生殖系列遺伝子のうち、IGLV1-44は選択されなかった。合計8個のVλ生殖系列遺伝子が選択された。表5は、ヒト免疫レパートリーからのVH、Vκ、及びVλ生殖系列遺伝子利用の順位を示し、太字及び下線の生殖系列遺伝子が、さらなる機能試験に選択されたものである。実施例4.1:ヒト免疫レパートリーにおいてVH/VLの最も顕著な対の表現を得るための豊富なVH、Vκ、及びVλ生殖系列遺伝子の組換え次のステップとして、20個のVH、12個のVκ及び8個のVλの選択されたVH、Vκ、及びVλ生殖系列遺伝子を合成し、組み合わせて、400個のVH/VL生殖系列遺伝子対を生成し、続いてこれらの対をその生物物理学的特性について試験した。表6は、機能試験用に生成した400個のVH/VL生殖系列遺伝子対が、実際に、ヒト免疫レパートリーにおいて顕著なVH/VL生殖系列遺伝子対の大部分を確かに正確に再現し、又は網羅することを示す。表6は、ヒト免疫レパートリーで発現するVH/VL対の順位を示し、ここで試験した400個のVH/VL対は太字及び下線で示す。実施例5:機能分析用の生殖系列遺伝子の生成次のステップとして、表5に示されるとおり、組み合わせ及び続く試験用に選択されたVH、Vλ、及びVκ生殖系列遺伝子を、GeneartRegensburg,Germanyに送り、それぞれ大腸菌E.coli発現に対してコドンを最適化し哺乳動物発現に対しては中立的で、まれなヒトコドンを含まない、遺伝子を最適化して潜在的な阻害又はスプライスモチーフを取り除き、及び合成した。VH、Vλ、及びVκ生殖系列遺伝子の各々の生殖系列タンパク質配列を、図6~図8に示す。各生殖系列遺伝子配列は、以下のとおり合成した:aVHについて:リーダー配列表1に示されるとおりNheI制限部位を組み込む修飾phoAシグナル配列;生殖系列FR1、CDR1、FR2、CDR2及びFR3図1に示されるとおりBssHII制限部位GCGCGCを組み込む;EwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553において使用されるとおりの4D5抗体のCDR-H3WGGDGFYAMDY配列番号1;及びJH4FR4図1に示されるとおりXhoICTCGAG制限部位を組み込む;bVkについて:リーダー配列表2に示されるとおりNdeI制限部位を組み込む修飾ompAシグナル配列;生殖系列FR1、CDR1、FR2、CDR2及びFR3図1に示されるとおりBbsI制限部位GAAGACを組み込む、EwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553によるκ様CDR-L3QQHYTTPPT配列番号2;及びJk1FR4図1に示されるとおりKpnI/Acc65I制限部位GGTACCを組み込む;cVλについて:リーダー配列表2に示されるとおりNdeI制限部位を組み込む修飾ompAシグナル配列;生殖系列FR1、CDR1、FR2、CDR2及びFR3図1に示されるとおりBbsI制限部位GAAGACを組み込む、EwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553によるλ様CDR-L3QSYDSSLSGVV配列番号3;及びJl2/3FR4図1に示されるとおりKpnI/Acc65I制限部位GGTACCを組み込む。実施例6:ヒト免疫レパートリーを代表する生殖系列タンパク質対の機能試験次に、400個の生殖系列タンパク質対を、Fab又はヒトIgG1のいずれかのフォーマットでファージディスプレイ、大腸菌E.Coli及び哺乳動物mamallan発現ベクターに挿入し、次に以下の特性について試験した:aFabフォーマットにおけるファージ産生及びファージELISA後の相対提示;b大腸菌E.coliでのFab産生、大腸菌E.coli細胞溶解及び産生されたFabのELISA検出後の相対Fab発現収率;c大腸菌E.coliでのFab産生、大腸菌E.coli細胞溶解及び高温でインキュベートした後の非変性FabのELISA検出後のFabの温度安定性;dウシ/マウス血清中でインキュベートした後の非変性FabのELISA検出による大腸菌E.coliライセートからのFabのウシ/マウス血清安定性;e哺乳動物細胞におけるIgG1産生及び細胞培養上清由来の分泌IgG1のELISA検出後の相対ヒトIgG1発現収率;及びfウシ/マウス血清中でインキュベートした後の非変性IgGのELISA検出によるヒトIgG1のウシ血清安定性。実施例6.1:機能特性決定用のファージ上に提示されるFabプールの生成表5に示される、実施例5で合成した抗体又は抗体断片を、機能試験のため、トリシストロンFabディスプレイベクターpJPd1図9にクローニングした。20個のVHの、8個のVλ及び12個のVκとの組み合わせである主遺伝子の各々の組み合わせを含んだFabプールを作成し、表6に示される400個の組み合わせが得られた。96ウェルプレートを使用して、上記の遺伝子対を含むファージを小規模で作製した。ウェルの各々に2xYT/CAM/TET/Gluc培地を充填し、400個のVH/VLの組み合わせ由来のクローンを接種することによりマスタープレートを作成し、ここではpMORPH30_Vk3-11_AQA/VH3-23_TKA又はpMORPH30_Vk3-11_AYA/VH3-23_VLApMORPH30は図12に示されるを対照として使用した。プレートを振盪しながら37°Cで一晩インキュベートした。マスタープレートを15グリセロールの終濃度で保存し、-80°Cで凍結した。ファージ産生用に、2xYT/CAM/TET/Glucを培地として使用してさらなる96ウェルプレートを作製し、上記に記載されるマスタープレートのクローンを接種した。プレートを、OD600nmが約0.5に達するまで、400rpmで振盪しながら37°Cで約2~4時間インキュベートした。プレートに5μlヘルパーファージ/ウェルHyperphage;PROGEN;1×1012pfu/mlを感染させた。プレートを振盪なしに37°Cで45分間、次に400rpmで振盪しながら60分間インキュベートした。細菌を4°Cで5分間、2200gでスピンダウンした。ヘルパーファージを含む上清を廃棄し、感染させた大腸菌E.coliペレットを、グルコース不含2xYT/Cam/TET/Kan/IPTGに再懸濁した。再懸濁したペレットを、予め2xYT/Cm/TET/Kan/IPTGで充填された新しい96ディープウェルプレートに移した。プレートを振盪しながら22°Cで一晩インキュベートした。ファージを含む上清をスピンダウンにより回収し、大腸菌E.coli細胞及びデブリを廃棄した。実施例6.2:ELISAを使用したFabファージ提示順位の評価実施例6.1に記載されるとおり調製したファージ上清を使用して、ファージELISAにおいてFabファージ提示を順位付けした。ファージELISAにおいて、2つの異なる捕捉抗体を使用してFab断片の提示を評価した:1主要コートタンパク質g8pを介したファージ粒子の捕捉用に、抗M13抗体Amersham27-9420-01を使用した;従って、ファージ力価を決定することができる。2抗Fd抗体TheBindingSitePC075を使用した。これは提示されたFabに結合する;従って、主遺伝子を含むファージを提示するFabのみが捕捉される。それぞれの捕捉抗体を、抗M13抗体については7.5μg/mlの濃度、及び抗Fd抗体については1.0μg/ml濃度で100μl抗体溶液を異なるウェルに分注することにより、黒色の96ウェルMaxisorp商標プレートに固定化し、プレートをラミネート箔で密閉し、及び4°Cで一晩インキュベートした。翌日、プレートをTBSTで2回洗浄し、各ウェルを300μlのCTBSTにより室温で1時間ブロックした。ファージ上清及び基準サンプルの双方を、検出のため以下のとおり移した。ブロックしたELISAプレートをTBSTで2回洗浄した。CTBST中に適切に希釈したファージ上清100μlを、希釈したプレートからコーティングされたELISAプレートに移し、室温で1~2時間インキュベートし、TBSTで5回洗浄した。100μl/ウェルのCTBST中1:5000希釈した抗M13ペルオキシダーゼコンジュゲートAmershamを添加し、室温で1~2時間インキュベートした。1部例えば0.5mlの過酸化物溶液を9部例えば4.5mlの基質溶液と混合し、それを少なくとも30分間室温に平衡化させることにより、QuantaBluPierceワーキング溶液を調製した。ELISAプレートをTBSTで5回洗浄し、100μl/ウェルのQuantaBluワーキング溶液を添加した。約2分間のインキュベーション時間後、及び続いて5分間の間隔を置いて、蛍光を計測した励起:320nm、放出:430nm。ELISAデータの評価は、以下のとおり完了した:HuCALGOLD基準ファージ調製物VH3κλを使用することにより検量線を作成し、ファージ上清及び対照の力価を計算した。各サンプルについて、抗Fdに関する力価を抗M13抗pVIIIに関する力価で除した。得られた比が相対提示率である。表12は、400個の生殖系列タンパク質対のほとんどについての相対提示率を示す。実施例6.3:400個のVH/VLの組み合わせのスクリーニングELISAによる、大腸菌E.coliライセートにおけるFab発現収率の決定Fab発現ベクターpJPx1図10に示されるにおけるVH/VLの組み合わせのプールにより形質転換したクローンを2YT/Cam/1Gluc培地/ウェルに選び取ることにより、マスタープレートMPを接種した。これらのプレートを振盪しながら37°Cで一晩インキュベートした。発現プレートEPは、MPの2.5μlの培養物で2YT/Cam/0.1グルコース/ウェルに接種した。対照表8を参照は、グリセロールストックから接種した。これらのプレートを37°Cで振盪しながら6時間インキュベートし、次にIPTGを添加することによりFab発現を誘導し、振盪しながら22°Cで一晩インキュベートした。ホウ素/酸/EDTA/リゾチーム緩衝液をEPに添加することにより大腸菌E.coli細胞溶解物を作製し振盪しながら22°Cで1時間インキュベーション、続いて細菌ライセートを12.5MPBSTで、室温で振盪しながら少なくとも30分間ブロックした。発現プレートからの大腸菌E.coliライセートを、0.5MPBSで適切に希釈し、以下のアッセイで使用した。表7は、使用した非標識コーティング抗体及びAP標識検出抗体を示す。表8は、使用した対照を示す。スクリーニングELISAには以下のステップが含まれた:MaxiSorpプレートの384ウェルを、PBS中に希釈した抗ヒトIgGFd特異的抗体でコーティングするステップ、及び4°Cで一晩インキュベートするステップ。翌日、プレートをPBSTで2回洗浄し、各ウェルにPBS中5粉乳を添加して振盪しながら室温で1~2時間インキュベートすることによりブロックした。次にプレートを再びPBSTで洗浄し、0.5MPBSに希釈した、予めブロックした大腸菌E.coliライセートを添加し、振盪しながら室温で1時間インキュベートした。また、対照3及び5も添加した。次にプレートをPBSTで洗浄し、AP標識検出抗体を0.5MPBSに希釈した。希釈した検出抗体を添加し、次に穏やかに振盪しながら室温で1時間インキュベートした。以下によりシグナルを同定した:ウェルをTBSTで洗浄し、20μlのAttoPhosddH2Oで1:5希釈を添加し、及びTecaninfiniTeF200、プログラムPrimeScreenを使用して5分及び7~8分で読み取る。相対Fab発現収率は、それぞれのVH/VL対のELISAシグナルを基準FabpMx11_FHVH1-69VLA_Vl1-40AYAのELISAシグナルで除すことにより計算される。従って同じ高さのELISAシグナルでは、相対Fab発現収率は1となる。基準Fabは、aC末端NheI制限部位を含む修飾phoA重鎖シグナル配列;bC末端NdeI制限部位を含む修飾ompA軽鎖シグナル配列;c図6Aに示されるとおりのVH1-6901生殖系列遺伝子の可変重鎖生殖系列タンパク質配列、d図8Aに示されるとおりのIGLV1-40生殖系列遺伝子の可変軽鎖生殖系列タンパク質配列;ehu4D5-8抗体のCDR-H3WGGDGFYAMDY配列番号1、及び重鎖FR4のJH4生殖系列タンパク質配列の組み込み;fCDR-L3領域QSYDSSLSGVV配列番号3及び軽鎖FR4のJl2/3生殖系列タンパク質配列の組み込みを含むpMORPHX11プラスミド図11に示されるで発現する。hu4D5-8は、CarterP.etal.1992Humanizationofananti-p185Her2antibodyforhumancancertherapyヒト癌療法のための抗p185Her2抗体のヒト化Proc.Natl.Acad.Sci.USA89,4285-4289及びEwertS.etal.,J.Mol.Biol.2003325,531-553に記載される。遺伝子は全て、GeneartRegensburg,Germanyで作成された。結果は表12に示す。実施例6.4:400個のVH/VLの組み合わせのスクリーニングELISAによる、BELライセートにおけるFabの温度安定性の決定実施例6.3のとおり発現プレートを作成した。発現プレートからの希釈した大腸菌E.coliライセートを様々な温度で45分間インキュベートし、以下のアッセイで使用した。表9は、使用した非標識コーティング抗体及びAP標識検出抗体を示す。スクリーニングELISAは、以下のステップを含んだ:MaxiSorpプレートの384ウェルを、PBSに希釈したコーティング抗体上記の表を参照でコーティングした。プレートを4°Cで一晩インキュベートした。翌日、プレートをPBSTで洗浄し、各ウェルに5MPBSを添加することによりブロックし、振盪しながら室温で1~2時間インキュベートした。次に、発現プレートからの希釈した大腸菌E.coliライセートを4つの96ウェルPCRプレート各約40μlに分配し、PCRサイクラーで種々の温度4°C氷上、60°C、70°C、80°Cの後氷上に、各温度につき45分間曝露した。ブロックした384ウェルプレートをPBSTで洗浄し、次に予備インキュベートしたFabライセートをプレートに加えた。次にプレートを振盪しながら室温で1時間インキュベートした。プレートをPBSTで洗浄し、AP標識検出抗体を0.5MPBSに希釈した。20μl/ウェルの希釈した検出抗体を添加し、穏やかに振盪しながら室温で1時間インキュベートした。以下によってシグナルを同定した:ウェルをTBSTで洗浄し、AttoPhosddH2Oで1:5希釈を全てのウェルに添加する。TecaninfiniTeF200、プログラムPimeScreenを使用して、種々の時間点5分~10分でシグナルを読み取った。結果は表12に示す。実施例6.5:400個のVH/VLの組み合わせのスクリーニングELISAによる、大腸菌E.coliライセートにおけるFabの血清安定性serumstabiltyの決定実施例6.3のとおり発現プレートを作成した。Fabを含む大腸菌E.coliライセートを希釈し、以下のステップを用いてウシ及びマウス血清中でインキュベートした:発現プレートからの大腸菌E.coliライセートを50血清に希釈し全容積100μl、1:1000Camを添加することにより細菌の増殖を防止し、ライセートを2つの96ウェルプレートに分割し、及び両プレートとも凍結した。第1のプレートを解凍し、37°Cで12~13日間インキュベートした。第2のプレートは、ELISAの実施まで37°Cで0日間インキュベーション、-80°Cで保存した。表10は、使用した非標識コーティング抗体及びAP標識検出抗体を示す。11日目又は12日目、MaxiSorpプレートの384ウェルを、PBSに希釈した20μlコーティング抗体でコーティングした。プレートを4°Cで一晩インキュベートした。翌日、プレートをPBSTで洗浄し、各ウェルに5MPBSを添加することによりブロックし、振盪しながら室温で1~2時間インキュベートした。次にブロックした384ウェルプレートをPBSTで洗浄した。-80°C及び37°Cサンプル由来の血清中の大腸菌E.coliライセートをコーティングしたELISAプレートに移し、振盪しながら室温で1時間インキュベートした。プレートをPBSTで洗浄し、AP標識検出抗体を0.5MPBSに希釈した。AP標識検出抗体を添加し、プレートを振盪しながら室温で1時間インキュベートした。以下によってシグナルを同定した:ウェルをTBSTで洗浄し、全てのウェルにAttoPhosddH2Oで1:5希釈を添加する。TecaninfiniTeF200、プログラムPrimeScreenを使用して、種々の時間点5分~10分でシグナルを読み取った。このウシ血清安定性試験の結果を図19に示す。マウス血清安定性試験の結果は表12に示す。実施例7:生物物理学的特性の評価用ヒトIgG1の生成400個のIgG1生殖系列タンパク質対を生成するため、20個の可変領域重鎖遺伝子を、図13に示されるヒトIgG1発現ベクターpJP_hIgG1fにサブクローニングした。同時に、12個の可変領域κ遺伝子を、図14に示される哺乳動物κ軽鎖発現ベクターpJP_hIgκにサブクローニングし、及び8個の可変領域λ遺伝子を、図15に示される哺乳動物λ軽鎖発現ベクターpJP_hIgλ2にサブクローニングした。各々のコトランスフェクションにより、40個の発現コンストラクトをクローニングするだけで400個全てのVH/VL対の重鎖及び軽鎖発現プラスミドを個別に産生することができる。従ってHEK.EBNA細胞に、20個全ての重鎖コンストラクト及び20個全ての軽鎖発現コンストラクトをコトランスフェクトした。トランスフェクションから数日後、細胞培養上清からヒトIgG1を回収又は検出した。実施例7.1:IgG1発現の順位付けコレクションに含めるVH/VL対の選択基準の一つは、IgG1フォーマットにおける400個の異なるVH/VL対の発現レベルである。ヒトIgG1フォーマットにおける各VH/VL対の発現レベルを、サンドイッチELISAにより評価した。従って、HEK.EBNA細胞にヒトIgG1フォーマットで400個全てのVH/VLの組み合わせをトランスフェクトし、小規模で発現させた。数日後、細胞培養上清を回収し、IgGレベルを評価した。以下の手順を実施した。384ウェルMaxiSorp商標プレートを、PBS中2.5μg/mlのFcγ-panR10Z8E9マウス抗ヒトIgGでコーティングした。プレートを4°Cで一晩インキュベートした。プレートをPBSTで洗浄した。プレートをPBST中5BSA又は1×Chemiblockerでブロックし、振盪しながら室温で1時間インキュベートし、再びPBSTで洗浄した。IgG発現上清を2.5BSA-PBSTに希釈し、その希釈したサンプルを、ブロック及び洗浄したELISAプレートに添加した。以下の対照を使用した:何も含まない上清並びに低度に発現する抗体、中程度に発現する抗体及び高度に発現する抗体を含む上清。プレートを振盪しながら室温で2時間インキュベートした。次にプレートをTBSTで洗浄した。1BSA-TBST中の適切に希釈したFcγ-panR10Z8E9マウス抗ヒトIgGビオチンコンジュゲートを添加した。プレートを室温で1時間インキュベートした。プレートをTBSTで洗浄した。0.5BSA-TBSTに1:2000希釈したストレプトアビジン-APを添加し、プレートを振盪しながら室温で1時間インキュベートした。プレートをTBSTで洗浄した。使用直前にTBSTに希釈したAttoPhos商標蛍光基質製造者の指示に従い調製したを添加した。5分後及び10分後、Tecanマイクロプレートリーダーを用いて蛍光を計測した。それぞれのVH/VL対のELISAシグナルを基準IgG1MOR03080表11に示されるのELISAシグナルで除すことにより、相対IgG1発現収率を計算した。従って、同じ高さのELISAシグナルは、相対IgG1発現収率レベルが1となる。結果は表12に示す。Fc部分の配列は、図48、図50~図51に示す。実施例7.2:IgG1血清安定性の順位付けコレクションに含める可変重鎖と可変軽鎖との対の選択基準の一つは、IgG1フォーマットにおける400個の異なる可変重鎖と可変軽鎖との対の血清安定性である。各IgG抗体上清の血清安定性を、50マウス血清中での14日間のインキュベーションと、続くマウス抗ヒトIgGCH2クローンR10Z8E9によるサンドイッチELISAにより評価した。ここでもヒトIgG1フォーマットにおける400個全てのVH/VLの組み合わせをHEK.EBNA細胞にトランスフェクトし、小規模で発現させた。数日後に細胞培養上清を回収し、上清中のIgGを血清安定性について試験した。以下の手順を実施した。384ウェルMaxiSorp商標プレートを、PBS中2.5μg/mlのFcγ-panR10Z8E9マウス抗ヒトIgGでコーティングした。プレートを4°Cで一晩インキュベートした。プレートをPBSTで洗浄し、次に、5BSA-PBST又は1×Chemiblockerにより、振盪しながら室温で1時間ブロックした。プレートをPBSTで洗浄した。IgG1を含む細胞培養上清を、a2.5BSA-PBST、及びb50マウス血清に希釈し、37°Cで少なくとも14日間インキュベートし、これらのサンプルを、ブロック及び洗浄したELISAプレートに添加した。以下の対照を使用した:何も含まない上清並びに低度に発現する抗体、中程度に発現する抗体、及び高度に発現する抗体を含む上清。プレートを振盪しながら室温で2時間インキュベートした。プレートをTBSTで洗浄した。1BSA-TBST中0.8μg/mlに希釈したFcγ-panR10Z8E9マウス抗ヒトIgGビオチンコンジュゲートを添加した。プレートを室温で1時間インキュベートした。プレートをTBSTで洗浄した。0.5BSA-TBSTに1:2000希釈したストレプトアビジン-APを添加した。プレートを振盪しながら室温で1時間インキュベートした。プレートをTBSTで洗浄した。使用直前にTBSTに1:5希釈したAttoPhos商標蛍光基質製造者の指示に従い調製したを添加した。5分後及び10分後、Tecanマイクロプレートリーダーを用いて蛍光を計測した。結果は表12に示す。実施例8:コレクションに組み込むのに好ましい生物物理学的特性を有するVH/VL対の選択400個の生殖系列タンパク質対を以下の特性について試験した後:aFabフォーマットにおけるファージ産生及びファージELISA後の相対提示;b大腸菌E.coliでのFab産生、大腸菌E.coli細胞溶解及び産生されたFabのELISA検出後の相対Fab発現収率;c大腸菌E.coliでのFab産生、大腸菌E.coli細胞溶解及び高温でインキュベートした後の非変性FabのELISA検出後のFabの温度安定性;dウシ/マウス血清中でインキュベートした後の非変性FabのELISA検出による大腸菌E.coliライセートからのFabのウシ/マウス血清安定性;e哺乳動物細胞におけるIgG1産生及び細胞培養上清由来の分泌IgG1のELISA検出後の相対ヒトIgG1発現収率;及びfウシ/マウス血清中でインキュベートした後の非変性IgG1のELISA検出によるヒトIgG1のウシ血清安定性;その後、次のステップは、どのVH/VL生殖系列対をコレクションに組み込むかを選択することであった。各VH/VL生殖系列タンパク質対の機能試験の結果を表12に示す。表12の要点:相対FAB提示、相対FAB発現及び相対IGG1発現について、値は対照と比較したときのレベルを示す。大きい数値ほど高いレベルを示す。FAB熱安定性について、数値60及び70は、試験条件下60°C又は70°Cで45分間安定であるVH/VL対を示す。数値4は温度安定性のない対を示し、及びBGバックグラウンドは低度の発現レベルを示す。マウス血清中でのFAB安定性、ウシ血清中でのFAB安定性及びウシ血清中でのIGG1安定性について、試験条件下での、Sは安定を表し、Uは不安定を表し、及びBGはバックグラウンドを表す。前出の例に記載するとおり、ヒト免疫レパートリーから支配的なVH及びVL生殖系列遺伝子及び支配的なVH/VL生殖系列遺伝子対を同定し、次に支配的なVH及びVL生殖系列タンパク質配列をインシリコで分析することにより、好ましい生物物理学的特性を有する可変重鎖及び可変軽鎖生殖系列タンパク質配列を同定及び選択した。表5、及び概して図2~図3に示されるとおり、合成、組み合わせ、及び続く機能分析のために、上位20個のVH、上位8個のVλ及び上位12個のVκが選択された。生殖系列遺伝子配列を合成し、次に組み合わせることにより、ヒト免疫レパートリーで発現する豊富な生殖系列遺伝子対を代表する400個の生殖系列タンパク質対を作成した。これらの400個のVH/VL生殖系列タンパク質対を、以下の特性について試験した:aFabフォーマットにおけるファージ産生及びファージELISA後の相対提示;b大腸菌E.coliでのFab産生、大腸菌E.coli細胞溶解及び産生されたFabのELISA検出後の相対Fab発現収率;c大腸菌E.coliでのFab産生、大腸菌E.coli細胞溶解及び高温でインキュベートした後の非変性FabのELISA検出後のFabの温度安定性;dウシ/マウス血清中でインキュベートした後の非変性FabのELISA検出による大腸菌E.coliライセートからのFabのウシ/マウス血清安定性;e哺乳動物細胞におけるIgG1産生及び細胞培養上清由来の分泌IgG1のELISA検出後の相対ヒトIgG1発現収率;及びfウシ/マウス血清中でインキュベートした後の非変性IgG1のELISA検出によるヒトIgG1のウシ血清安定性。表12に提供されるデータを使用して、当業者は、好ましい生物物理学的特性を有する生殖系列タンパク質対を容易に同定し得る。概して、コレクションに組み込むため、各機能特性における閾値を有する生殖系列タンパク質対を選択した。例えば、一部の実施形態では、コレクションへの組み込み用に、以下の特性の全てを含む生殖系列タンパク質対を選択した:iサンプリングしたFabの上位75以内に入る値を含むFabフォーマットにおける相対提示率;iiFabVH1-69VLA_Vl1-40AYAと比較したとき少なくとも0.4のFabフォーマットにおける発現収率;iiiFabフォーマットにおける少なくとも45分間の60°C以上での熱安定性;iv37°Cで10日間を超えるFabフォーマットにおけるウシ又はマウス血清中での安定性;vMOR03080と比較したとき少なくとも0.4のIgGフォーマットにおける発現収率;及びvi37°Cで14日間のIgGフォーマットにおける血清中での安定性。表32は、これらの機能特性を全て含む生殖系列タンパク質対を、太字及び下線で示す。しかしながら、上記に記載したとおり、コレクションへの組み込み用に、これらの機能特性のうちの1つ以上を有する生殖系列タンパク質対が選択されてもよい。ここで、試験した400個の生殖系列タンパク質対の総合順位を作成し、従って試験した機能特性の各々を重み付けして各生殖系列タンパク質対を他に対して順位付けすることができた。これにより、本発明者らは、列挙される機能特性の1つ以上又は全てを有する1つ以上の生殖系列タンパク質対を選択することが可能となった。一部の実施形態では、コレクションは、上記の特性を有する生殖系列タンパク質対の全てを含む。一部の実施形態では、コレクションは、試験した400対のうち最も高い総合スコアを有する生殖系列タンパク質対を含む。一部の実施形態では、コレクションへの組み込み用に、試験した400対のうち上位10、上位20、又は上位30に入る総合スコアを有する生殖系列タンパク質対を選択した。実施例9:約100個のVH/VL対のさらなる試験上記の試験した400個の生殖系列タンパク質対のうち結果は表12に示される、さらなる試験用に95個を選択した。前出の、提示、発現収率、熱安定性及び血清安定性についての400個の生殖系列タンパク質対の試験は、治療薬開発に好都合と思われる特性を有しない生殖系列タンパク質対を除去する予備的なフィルタリングとして機能した。目標は、好ましい開発可能特性を有すると同時に、コレクションを使用して任意の抗原に対する開発可能な候補を同定することができるようにコレクション内で高度な多様性を維持する生殖系列タンパク質対のサブ群を選択することであった。表12は、本開示のある実施形態の閾値を満たす約60個の太字及び下線の生殖系列タンパク質対を示す。さらなる試験用に選択された95個の生殖系列タンパク質対の一部は、それらが前出の基準を満たし、且つそれらをさらに試験することが望ましかったため、選択された。他は、特定の閾値を満たさないものの、それらの対を再評価し得るように選択した。ここでも、本開示の目標の一つは、任意の抗原に対する抗体又は断片の同定に使用することが可能な多様なコレクションを提供することである。図16~図24に示される95個の生殖系列タンパク質対は、実施例5に記載されるとおり合成した。Fab及びIgG1フォーマットで合成し、発現させた後、95個の生殖系列タンパク質対を、以下に関してFab及びIgG1の両フォーマットでさらに試験した:amg/L発現培養物単位の精製Fab発現収率、b精製Fab単量体含量単量体、c°C単位の精製Fab熱安定性、dmg/L細胞培養物単位の精製IgG1発現収率、e精製IgG1単量体含量単量体、f°C単位の精製IgG1熱安定性、gIgG1等電点及びh示差走査型蛍光定量法DSF、吸収、動的光散乱及び粒子染色を含む、酸への曝露によるIgGストレス試験。実施例9.1精製Fab試験さらなる試験用に選択された95個の生殖系列タンパク質対の各々を表すFab断片を、大腸菌E.coliで発現させ、精製した。大腸菌E.coliTG-1F細胞におけるFab断片の発現は、0.1グルコース及びクロラムフェニコールを補足した2xYT培地の500ml培養物において実施した。培養物を、OD600nmが0.5に達するまで振盪した。IPTGイソプロピル-β-D-チオガラクトピラノシドを添加して、さらに一晩培養することにより、Fab発現を誘導した。細胞を回収し、リゾチームを使用して破壊した。His6タグ付き配列番号203Fab断片をIMACBio-Rad,Munich,Germanyにより単離し、イミダゾールを使用して溶離した。PD10カラムGEHealthcare,Munich,Germanyを使用して、1×ダルベッコPBSpH7.2、Invitrogen,Darmstadt,Germanyとの緩衝液交換を実施した。サンプルを無菌ろ過した0.2μm。実施例9.1.1精製Fab発現収率の決定95個の生殖系列タンパク質対の各々を表す精製Fab断片のタンパク質濃度を、紫外分光測定法Nanodrop,peqlab,Erlangen,Germanyにより決定した。使用した吸光係数は1.538mL/mgであり、280nmの吸光度を計測した。結果は図16~図18に示す。実施例9.1.2精製Fab熱安定性の決定95個の生殖系列タンパク質対の各々を表す精製Fab断片の熱安定性を、示差走査型蛍光定量法DSFにより決定した。示差走査型蛍光定量法DSFは、目的のタンパク質の熱的なアンフォールディング融点を観察する蛍光色素ベースの技法である。アンフォールディングしたタンパク質の疎水性アミノ酸側鎖と相互作用する疎水性色素の蛍光の温度勾配に伴う変化が観察される。以下の材料を使用した:Syproオレンジ蛍光色素Sigma,S5692;iCycleriQPCRプレート、96ウェルBiorad,2239441;MicrosealB接着シーラーBioradMSB-1001;96ウェル光学パッドBiorad,ADR3296;iCycleriQ5サーマルサイクラーBiorad及びGibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USA。希釈したSyproオレンジを96ウェルiCycleriQPCRプレートの各ウェルに添加し、少なくとも0.1mg/mlの終濃度でサンプルを試験した。試験には、iCycleriQ5サーマルサイクラーBioradを使用した。温度を60°C/時の加熱速度で20°Cから95°Cまで走査し、蛍光遷移の中点を分析することによりアンフォールディングの温度を計算した。結果は、図16~図18の精製FabThermafluor欄に示す。実施例9.1.3サイズ排除クロマトグラフィーによる精製Fab分離95個の生殖系列タンパク質対の各々を表す精製Fab断片の単量体含量単量体を、サイズ排除クロマトグラフィーSECにより決定した。SECは、AEKTA精製システムGEHealthcareEuropeGmbH,Freiburg,Germanyで実施した。分離には、Superdex75HR10/30カラムGEHealthcareEuropeGmbH,Freiburg,Germanyを使用した。各サンプルについて、10μlのタンパク質をカラムに負荷し、0.05ml/分の流量で分離を実施し、260及び280nmでの紫外吸収を記録、分析した。ランニング緩衝液は、GibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USAから構成された。結果は図16~図18に示す。実施例9.2IgG1の発現及び精製さらなる試験用に選択された95個の生殖系列タンパク質対の各々を表すIgG1を、HKB11細胞で発現させた。真核生物HKB11細胞に、1:1の比のIgG重鎖及び軽鎖発現ベクターDNAをトランスフェクトした。トランスフェクション後3~4日目に細胞培養上清を回収し、プロテインAアフィニティークロマトグラフィーMabSelectSURE,GEHealthcare,Munich,Germanyに供した。1×ダルベッコPBSpH7.2、Invitrogen,Darmstadt,Germanyで緩衝液交換を実施し、サンプルを無菌ろ過した0.2μm孔径。実施例9.2.1精製IgG1発現収率の決定95個の生殖系列タンパク質対の各々を表す精製IgG1のタンパク質濃度を、紫外分光測定法Nanodrop,peqlab,Erlangen,Germanyにより決定した。使用した吸光係数は1.369mL/mgであり、280nmの吸光度を計測した。結果は図16~図18に示す。実施例9.2.2精製IgG1熱安定性の決定精製IgG1のIgG1熱安定性を、方法9.1.2に記載されるとおり、示差走査型蛍光定量法DSFにより決定した。各IgGについて示される値は、IgGの可変領域内で起こるアンフォールディングイベントを示す。Fc部分のアンフォールディングを表す値は、概して各ヒトIgG1について同じであるため、示さない。結果は図16~図18に示す。実施例9.2.3サイズ排除クロマトグラフィーによる精製IgG1の分離95個の生殖系列タンパク質対の各々を表す精製IgG1の単量体含量単量体を、サイズ排除クロマトグラフィーSECにより決定した。HP-SECは、WyattminiDAWNTreos及びWyattOptilabrEXWyattTechnologyEurope,Dernbach,Germanyと組み合わせたDionexUltiMate3000チタンHPLCシステムDionexCorporation,Germering,Germanyで実施した。分離には、TosohTSK-GelG3000SWxlカラムTosohBioscience,Stuttgart,Germanyを使用した。各サンプルについて15μgのタンパク質をカラムに負荷し、分離を0.5ml/分の流量で実施し、280nmの紫外吸収を記録、分析した。ランニング緩衝液は、GibcoD-PBS、pH7.4Invitrogen,Paisley,USAから構成された。結果は図16~図18に示す。実施例9.2.4精製IgG1等電点pIの計算IgG1フォーマットにおける各生殖系列タンパク質対の等電点を計算した。タンパク質のpIの決定方法は、当業者に周知されている。例えば、以下のツールを使用することができる:http://www.expasy.org/tools/pi_tool.html;VectorNTIInvitrogen,Carlsbad,California。結果は図16~図18に示す。実施例9.2.5酸への曝露による精製IgG1ストレス試験化学、製造及び品質管理Chemistry,ManufacturingandControl:CMCの下流処理加工DSPではウイルス不活化ステップが標準的であるため、pHを降下させ、IgG1の各々についての凝集感度データを記録することにより、95個の生殖系列タンパク質対の酸に耐える能力を試験した。生殖系列タンパク質対の各々を96ディープウェルプレートフォーマットにおいて2mg/mLの濃度で供給した。各150μLを96ウェルプレートに移した。初期の特性決定は、吸収、動的光散乱DLS、示差走査型蛍光定量法DSFの計測及び粒子染色により実施した。1.8μLの1Mクエン酸塩、pH2.3を使用して、サンプルを酸性化した。2.5時間後、1Mトリス、pH9.0を使用して、サンプルを中和した。実施例9.2.5a精製IgG1の示差走査型蛍光定量さらなる試験用に選択された95個の生殖系列タンパク質対の各々を表すIgG1の酸への曝露前及び曝露後の熱安定性を評価するため、実施例9.1.2に記載されるとおり示差走査型蛍光定量法DSFを実施した。各IgGについて示される値は、IgGの可変領域内で起こるアンフォールディングイベントを示す。Fc部分のアンフォールディングを表す値は、概して各IgGについて同じであるため、示さない。酸への曝露前及び曝露後のTm見かけの融点値が等しい場合、抗体の分子構造が酸によって影響を受けなかったか、又は曝露後に効率的にリフォールディングすることが可能であったかのいずれかであった。結果は図19、図21、及び図23に示す。実施例9.2.5b精製IgG1の紫外/可視吸収凝集性のサンプルを同定するため、320nmで濁度を記録した。さらなる試験用に選択された95個の生殖系列タンパク質対の各々を表す酸への曝露前及び曝露後のIgG溶液の濁度を評価した。結果は図19、図21、及び図23に示す。ベースライン吸収は、透明な溶液について予想される0.035吸光単位extincitionunitsであった。吸収の増加は光散乱によって引き起こされ、その結果、吸光が増加する。0.039を上回る値は、凝集物を含む可能性が高い。0.045を上回る値は、凝集物の明らかな存在を示す。0.06を上回る値は、極めて好ましくない安定性を有する分子に認められたクリティカルな凝集レベルに相当する。実施例9.2.5c精製IgG1の動的光散乱加えて、選択された95個の生殖系列タンパク質対を表す各IgG1に対する動的光散乱DLSを実施した。動的光散乱DLSは、溶液中における粒子の流体力学半径を評価する分光法である。全てのDLS実験は、DynaProTitanキュベットシステムWyattTechnologyEurope,Dernbach,Germanyを使用して実施した。ストレス試験後に可視粒子の混入がある場合、IgGを遠心することによって大きい凝集物を取り除いた。図20、図22及び図24は、酸処理前及び処理後の調製物に見出される単量体IgG1に対応する見かけの粒子半径及び多分散性を示す。データは、キュムラント解析の半径計算値に従い評価した。流体力学半径に加えて、調製物の多分散性を評価した。多分散性の増加>15はIgG分子の潜在的な凝集を示し、不均一な粒度分布をもたらす。IgGと明らかに区別可能な高分子量HMW粒子半径>3倍は、表に掲載しない。全てのDLS結果を、図20、図22及び図24に示す。実施例9.2.5d精製IgG1の粒子染色可視凝集物の量及び形態を評価するため、選択された95個の生殖系列タンパク質対を表す各IgG1に対して酸への曝露前及び曝露後に粒子染色を実施した。以下の試薬を使用して、IgG調製物中の粒子をろ過及び染色した:Ultrafree-CL0.22μm無菌フィルタMillipore,UFC40GV0S;抗ヒトλ軽鎖、APコンジュゲートSigmaA-2904;APコンジュゲート用の発色剤、FastBCIP/NBTSigmaB-5655;Roti登録商標-ImmunoBlockRothT144.1;アルカリホスファターゼ停止液SigmaA5852-100ML;TBS:0.05Mトリス;0.15MNaCl;TBS、0.1Tween20含有;及び5MNaCl溶液。タンパク質溶液を0.22μmフィルタでろ過した。続いて残りの抗体凝集物を、マウス抗ヒトFab2アルカリホスファターゼコンジュゲート抗体及びウエスタンブロット発色剤を使用して染色する。アッセイは、製造者のマニュアルに従い実施した。続いてサンプルを、目視検査によって1~4の範囲に、カテゴリー1が調製物の極めて低い粒子含有量を表し、及びカテゴリー4が高い粒子負荷を表すものとして分類した。全ての粒子染色結果を、図20、図22及び図24に示す。実施例9.2.6精製IgG1の撹拌によるストレス試験処理加工においてろ過工程は避けることができないため、抗体又は抗体断片の剪断力sheerforcesに耐える能力は、有用な基準である。従って、ディープウェルプレートにおいて550rpmのオービタルシェーカー上の96ウェルプレート内で加速させたガラスパールを使用して、IgG1フォーマットで95個の生殖系列タンパク質対を試験した。350μlの各IgGを、この処理に供した。各150μLを96ウェルプレートに移した。初期の特性決定は、吸収、動的光散乱DLS、示差走査型蛍光定量法DSFの計測及び粒子染色により実施した。実施例9.2.6a精製IgG1の紫外/可視吸収凝集性のサンプルを同定するため、320nmで濁度を記録した。さらなる試験用に選択された95個の生殖系列タンパク質対の各々を表すIgG溶液の濁度を、ストレス曝露前及び曝露後に評価した。結果は、図49、図51及び図53に示す。ベースライン吸収は、透明な溶液について予想される0.035吸光単位extincitionunitsであった。吸収の増加は光散乱によって引き起こされ、その結果、吸光が増加する。0.039を上回る値は、凝集物を含む可能性が高い。0.045を上回る値は、凝集物の明らかな存在を示す。0.06を上回る値は、極めて好ましくない安定性を有する分子に認められたクリティカルな凝集レベルについて認められた。実施例9.2.6b精製IgG1の示差走査型蛍光定量さらなる試験用に選択された95個の生殖系列タンパク質対の各々を表すIgG1の酸への曝露前及び曝露後の熱安定性を評価するため、実施例9.1.2に記載されるとおり、示差走査型蛍光定量法DSFを実施した。各IgGについて示される値は、IgGの可変領域内で起こるアンフォールディングイベントを表す。Fc部分のアンフォールディングを表す値は、概して各ヒトIgG1について同じであるため、示さない。結果は、図50、図52及び図54に示す。実施例9.2.6c精製IgG1の動的光散乱加えて、選択された95個の生殖系列タンパク質対を表す各IgG1に対する動的光散乱DLSを実施した。動的光散乱DLSは、溶液中における粒子の流体力学半径を評価する分光法である。全てのDLS実験は、DynaProTitanキュベットシステムWyattTechnologyEurope,Dernbach,Germanyを使用して実施した。ストレス試験後に可視粒子の混入がある場合、IgGを遠心することによって大きい凝集物を取り除いた。図50、図52及び図54は、ストレス処理後の調製物に見出される単量体IgG1に対応する見かけの粒子半径及び多分散性を示す。データは、キュムラント解析の半径計算値に従い評価した。流体力学半径に加えて、調製物の多分散性を評価した。多分散性の増加>15はIgG分子の潜在的な凝集を示し、不均一な粒度分布をもたらす。IgGと明らかに区別可能な高分子量HMW粒子半径>3倍は、表に掲載しない。全てのDLS結果を、図50、図52及び図54に示す。実施例9.2.6d精製IgG1の粒子染色可視凝集物の量及び形態を評価するため、選択された95個の生殖系列タンパク質対を表す各IgG1に対してストレス曝露前及び曝露後に粒子染色を実施した。以下の試薬を使用して、IgG調製物中の粒子をろ過及び染色した:Ultrafree-CL0.22μm無菌フィルタMillipore,UFC40GV0S;抗ヒトλ軽鎖、APコンジュゲートSigmaA-2904;APコンジュゲート用の発色剤、FastBCIP/NBTSigmaB-5655;Roti登録商標-ImmunoBlockRothT144.1;アルカリホスファターゼ停止液SigmaA5852-100ML;TBS:0.05Mトリス;0.15MNaCl;TBS、0.1Tween20含有;及び5MNaCl溶液。タンパク質溶液を0.22μmフィルタでろ過した。続いて残りの抗体凝集物を、マウス抗ヒトFab2アルカリホスファターゼコンジュゲート抗体及びウエスタンブロット発色剤を使用して染色する。アッセイは、製造者のマニュアルに従い実施した。続いてサンプルを、目視検査によって1~4の範囲に、カテゴリー1が調製物の極めて低い粒子含有量を表し、及びカテゴリー4が高い粒子負荷を表すものとして分類した。全ての粒子染色結果を、図50、図52及び図54に示す。実施例9.2.7IgGのストレス試験累積スコア酸への曝露及びガラスビーズによる撹拌の双方のストレス試験結果の評価を補助するため、生殖系列タンパク質対を比較できるようなスコアリングシステムを作成した。実施例9.2.5a~d結果は図19~図24に示す及び実施例9.2.6a~d結果は図49~図54に示すで得られた各データ点に0~100の範囲のスコア0、25、75又は100を付け、それらのスコアを足し合わせて累積スコアを求めた。実施例9.2.5a及び実施例9.2.6bで特定された熱安定性の値には、スコアを付けなかった。図55及び図56は、実施例9.2.5~9.2.6の生殖系列タンパク質対1~32のストレス試験スコアを示す。各スコアが、図19、図20、図49及び図50に示される生データ点を表す。図19~図20は酸曝露に対する応答を示し、図49~図50はガラスビーズによる撹拌に対する応答を示す。図56は累積スコアを示し、これは図55及び図56に示されるスコアの各々を足したものである。図57及び図58は、実施例9.2.5~9.2.6の生殖系列タンパク質対33~64についてのストレス試験スコアを示す。各スコアが、図21、図22、図51及び図52に示される生データ点を表す。図21~図22は酸曝露に対する応答を示し、図51~図52はガラスビーズによる撹拌に対する応答を示す。図58は累積スコアを示し、これは図57及び図58に示されるスコアの各々を足したものである。図59及び図60は、実施例9.2.5~9.2.6の生殖系列タンパク質対65~95のストレス試験スコアを示す。各スコアが、図23、図24、図53及び図54に示される生データ点を表す。図23~図24は酸曝露に対する応答を示し、図53~図54はガラスビーズによる撹拌に対する応答を示す。図60は累積スコアを示し、これは図59及び図60に示されるスコアの各々を足したものである。実施例10:コレクション組成の選択要約すれば、実施例4に記載されるとおり、400個の生殖系列タンパク質対が選択された。これらの400個は、ヒト免疫レパートリーに存在する生殖系列タンパク質対の多様性を表すものである。400個の生殖系列タンパク質対を、実施例6~7に記載されるとおり試験した。400個のうち95個を、実施例9に記載されるとおりさらに試験した。以下の要素を考慮して、95個の生殖系列タンパク質対を比較した:aFab提示率;bFab発現収率、cFab熱安定性;dFab血清安定性;eFabSEC単量体含量単量体;fIgG1発現収率;gIgG1熱安定性;hIgG1血清安定性;iIgG1SEC単量体含量単量体;及びjIgG1等電点pI。これらの要素の各々のデータは、図16~図18に示される。これらの要素は、治療用抗体の開発可能性との十分な相関を有する。Fab提示率は、抗原に対する抗体又は断片の選択において重要な要素である。高率で提示するFabほど、選択時に抗原に曝露される可能性が高い。様々なFabの各々の提示率が高いことにより、選択時にコレクションの十分な多様性が抗原に曝露されることが確実となる。実施例6.2でFab提示率を同定し、そこでは基準は内部標準HuCALGOLD基準ファージ調製物VH3κλであった。HuCALGOLDVH3プレップは、高度提示調製物である。Fab提示率は重要な要素であり、400個の対をさらなる試験用に95個まで絞り込むのに有用であったが、一部の実施形態では、コレクションに組み込むための生殖系列タンパク質対の選択における決定要素とは考えなかった。抗原に対して選択される抗体又は断片は、初めに、機能活性を決定するため、多くの場合にインビトロ又はインビボで試験し、次に毒性種で、最後にヒトでの臨床試験で試験しなければならないため、Fab及びIgG1の双方の発現収率は重要である。抗原に対して選択される抗体又は断片が、治療薬開発に必要な様々な試験の全ての維持並びに臨床試験及び市場の供給に十分な多い量で効率的に発現できることが極めて重要である。精製Fabの発現収率発現培養物1Lあたりのmg精製Fabは実施例9.1.1で同定され結果は図16~図18に示される、本開示のある実施形態では、少なくとも2.5mg/Lの閾値が選択された。他の実施形態では、他の閾値を選択した。精製IgG1の発現収率細胞培養物1Lあたりのmg精製IgG1は実施例9.2.1で同定され結果は図16~図18に示される、本開示のある実施形態では、少なくとも30.0mg/Lの閾値を選択した。他の実施形態では、他の閾値を選択した。抗体などのタンパク質は高温の影響を受けやすく、従って治療薬を世界中に流通させるための保存及び輸送に関連する要件に耐えることが可能で、且つ有効期間が長い抗体が必須であるため、熱安定性は重要な要素である。精製Fabの熱安定性は実施例9.1.2で決定され結果は図16~図18に示される、本開示のある実施形態では、少なくとも70°Cの閾値を選択した。他の実施形態では、他の閾値を選択した。精製IgG1の熱安定性は実施例9.2.2で決定され結果は図16~図18に示される、掲載する値は可変ドメインの不安定化を表し、ある実施形態では、少なくとも73°Cの閾値を選択した。他の実施形態では、他の閾値を選択した。治療用タンパク質は、ヒト血清中に存在する血清プロテアーゼに曝露されても、有効性及び機能的コンホメーションを維持しなければならないため、治療用抗体にとって血清安定性は重要な要素である。生殖系列タンパク質対の血清安定性は、実施例6.5、及び実施例7.2に記載する方法によって決定した。血清安定性は重要であるが、このアッセイでは少数のケースで偽陰性の結果が出る傾向があったため、生殖系列タンパク質対の選択における決定要素とは考えなかった。サイズ排除クロマトグラフィーchromotagraphySECにより決定するときの単量体含量単量体は、凝集傾向と高い相関を有するため、重要な要素である。凝集は、治療用タンパク質の開発で頻繁に起こる問題であり、これはタンパク質治療薬の不活性化、不均一性及び生産損失をもたらす。精製Fab及び精製IgG1の両フォーマットでサイズ排除クロマトグラフィーchromotagraphySECにより決定するときの単量体含量単量体は、実施例9.1.3及び9.2.3に記載される方法により決定した結果は図16~図18に示される。精製Fabの単量体含量単量体は実施例9.1.3で決定され、ある実施形態では、少なくとも98の閾値を選択した。他の実施形態では、他の閾値を選択した。精製IgG1の単量体含量単量体は実施例9.2.3で決定され、ある実施形態では、少なくとも99の閾値を選択した。他の実施形態では、他の閾値を選択した。等電点pIは、特定のpHにおける溶解度を予測し得るものである。溶液のpHが所与のタンパク質のpIと大きく異なる場合、タンパク質は可溶性である。等電点は重要であるが、一部の実施形態では、生殖系列タンパク質対の選択における決定要素とは考えなかった。本開示のある実施形態では、各基準の閾値は以下のとおり選択した:a少なくとも2.5mg/Lの精製Fab発現収率実施例9.1.1に記載されるとおり;b少なくとも30.0mg/Lの精製IgG1発現収率実施例9.2.1に記載されるとおり;c少なくとも70°Cの精製Fabの熱安定性実施例9.1.2に記載されるとおり;d少なくとも73°Cの精製IgG1の熱安定性実施例9.2.2に記載されるとおり;e少なくとも98の精製Fabの単量体含量実施例9.1.3に記載されるとおり;及びf少なくとも99の精製IgG1の単量体含量実施例9.2.3に記載されるとおり。以下の対の各々はこれらの閾値と等しいか、又はそれより良好な値を有したためデータは図16~図24に示す、以下の生殖系列タンパク質対54個を、開発可能性に関連するそれらの優れた機能活性を有するものとして同定した:VH1-18配列番号204/VK1-39配列番号236;VH1-18配列番号204/VK3-15配列番号238;VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-46配列番号205/VL3-21配列番号257;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-16配列番号234;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK1-39配列番号236;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VK1-05配列番号230;VH3-11配列番号208/VK1-39配列番号236;VH3-11配列番号208/VK3-15配列番号238;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-16配列番号234;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-40配列番号250;VH3-15配列番号209/VL1-47配列番号251;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-15配列番号209/VL2-14配列番号254;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-21配列番号210/VK1-27配列番号235;VH3-21配列番号210/VL2-11配列番号253;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-30配列番号212/VK3-20配列番号239;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK1-27配列番号235;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH3-74配列番号214/VL1-51配列番号252;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-15配列番号238;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252。従って、これらの生殖系列タンパク質対を任意に含むコレクションを、任意の抗原に対する開発可能な抗体又はその断片の同定に使用することができる。加えて、生殖系列タンパク質対のサブセットを、実施例9.2.5a~dデータは図19~図24に示す、実施例9.2.6a~dデータは図49~図54に示す及び実施例9.2.7スコアリングは図55~図60に示すに記載される方法を用いて同定されたストレス試験データの比較に基づき選択した。ストレス試験方法においてIgG1フォーマットで95個の生殖系列タンパク質対を評価することにより、酸への曝露及びガラスビーズによる撹拌に耐えるそれらの能力を決定した。ある実施形態の36個の生殖系列タンパク質対を、それらが酸及び撹拌ストレスに対する強い耐性を示したため、開発可能性に関連するさらなる優れた機能特性を有するものとして選択した。化学、製造及び品質管理Chemistry,ManufacturingandControl:CMCの下流処理加工DSPではウイルス不活化工程が標準的であるため、酸への曝露に耐える抗体の能力は、ますます重要な要素になりつつある。酸処理工程では、ウイルスが感染に用い得るウイルスカプシドタンパク質が変性される。しかしながら、pHの降下には、あらゆるタンパク質を不安定化させる効果がある。この工程で、不安定な抗体が変性し、天然の構造を失う。所定の時間を経た後、ウイルス活性化工程で中和によって酸処理が軽減され、ウイルスカプシドタンパク質は不活性なコンホメーションのままでありながら、処理された抗体が理想的にはその天然の構造を保持する。処理加工中のろ過工程は避けられないため、剪断力sheerforcesに耐える抗体又は抗体断片の能力は、有用な基準である。ある実施形態で選択されたこれらの36個の生殖系列タンパク質対は、前出の閾値機能活性を全て満たし、加えて、ストレス試験累積スコアで1225以上のスコアをつけた。ある実施形態では、各基準の閾値は以下のとおり選択した:a少なくとも2.5mg/Lの精製Fab発現収率実施例9.1.1に記載されるとおり;b少なくとも30.0mg/Lの精製IgG1発現収率実施例9.2.1に記載されるとおり;c少なくとも70°Cの精製Fabの熱安定性実施例9.1.2に記載されるとおり;d少なくとも73°Cの精製IgG1の熱安定性実施例9.2.2に記載されるとおり;e少なくとも98の精製Fabの単量体含量実施例9.1.3に記載されるとおり;f少なくとも99の精製IgG1の単量体含量実施例9.2.3に記載されるとおり及びg少なくとも1225のストレス試験累積スコア実施例9.2.7に記載されるとおり。従って、本開示の実施形態は、完全に機能的な生殖系列タンパク質対のサブセット54個のうちの36個を含むコレクションを含み、且つ開発可能性に関連するさらなる優れた機能特性を有する。この実施形態において、コレクションは、VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252を含む。別の実施形態において、各基準の閾値は以下のとおり選択した:a少なくとも2.5mg/Lの精製Fab発現収率実施例9.1.1に記載されるとおり;b少なくとも30.0mg/Lの精製IgG1発現収率実施例9.2.1に記載されるとおり;c少なくとも70°Cの精製Fabの熱安定性実施例9.1.2に記載されるとおり;d少なくとも73°Cの精製IgG1の熱安定性実施例9.2.2に記載されるとおり;e少なくとも99の精製Fabの単量体含量実施例9.1.3に記載されるとおり;f少なくとも99の精製IgG1の単量体含量実施例9.2.3に記載されるとおり;g少なくとも8.3の精製IgG1の等電点実施例9.2.4に記載されるとおり;及びh少なくとも1225のストレス試験累積スコア実施例9.2.7に記載されるとおり。この実施形態において、コレクションは、33個の対:VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252を含む。さらなる実施形態において、それ自体が各基準における閾値の全てを満たさない対であったとしても、対がコレクションに加えられ、コレクションに加えることにより多様性を高めた。ある実施形態では、コレクションは、VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;及びVH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256をさらに含む。この実施形態において、コレクションは、36個の対:VH1-18配列番号204/VK3-20配列番号239;VH1-46配列番号205/VK3-15配列番号238;VH1-46配列番号205/VL1-51配列番号252;VH1-6901配列番号206/VL1-51配列番号252;VH3-07配列番号207/VK1-12配列番号233;VH3-07配列番号207/VK1-27配列番号235;VH3-07配列番号207/VK3-15配列番号238;VH3-07配列番号207/VL1-47配列番号251;VH3-07配列番号207/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL1-40配列番号250;VH3-11配列番号208/VL1-47配列番号251;VH3-11配列番号208/VL1-51配列番号252;VH3-11配列番号208/VL2-23配列番号255;VH3-15配列番号209/VK1-05配列番号230;VH3-15配列番号209/VK1-06配列番号231;VH3-15配列番号209/VK1-12配列番号233;VH3-15配列番号209/VK1-27配列番号235;VH3-15配列番号209/VK3-11配列番号237;VH3-15配列番号209/VL1-51配列番号252;VH3-21配列番号210/VK1-12配列番号233;VH3-23配列番号211/VK1-39配列番号236;VH3-23配列番号211/VK3-15配列番号238;VH3-23配列番号211/VL2-23配列番号255;VH3-23配列番号211/VL3-1配列番号256;VH3-53配列番号213/VK3-15配列番号238;VH3-53配列番号213/VL2-11配列番号253;VH3-74配列番号214/VK1-05配列番号230;VH3-74配列番号214/VK1-06配列番号231;VH3-74配列番号214/VK1-12配列番号233;VH3-74配列番号214/VK3-20配列番号239;VH5-51配列番号215/VK1-39配列番号236;VH5-51配列番号215/VL1-40配列番号250;VH5-51配列番号215/VL1-51配列番号252;VH6-1配列番号216/VK1-09配列番号232;VH6-1配列番号216/VK3-20配列番号239及びVH6-1配列番号216/VL1-51配列番号252を含む。実施例11:コレクションのベータ試験コレクション設計の有効性を確認するため、それぞれが一つの生殖系列タンパク質対を含むサブコレクション又はサブコレクションのプールを作成し、抗原に対して選択した。次に選択された抗体を、Fab及びIgG1の両フォーマットで、開発可能特性、例えば、Fabフォーマットにおける熱安定性、IgG1フォーマットにおけるpI、Fab及びIgG1の両フォーマットにおける発現収率、IgG1フォーマットにおける熱安定性、及びSECにより決定するときのIgG1フォーマットにおける単量体について試験した。加えて、ある場合には、Fabフォーマットでの抗原に対する親和性を決定した。コレクション生成生殖系列タンパク質対を含むサブコレクションは、以下のとおり合成した:図25~図33に示されるそれぞれの生殖系列タンパク質配列のFR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3領域を、GeneArtRegensburg,Germanyにより合成した。pJPd1ディスプレイベクターに、NheI及びSalIを用いてVHを、及びNdeI及びAcc65Iを用いてVLをクローニングした。定常FR4領域を含むCDR-H3カセットを、BssHII及びXhoIを用いて挿入し、理論上の多様性を5.5×105~1.9×1019の範囲とした。6~17アミノ酸のCDR-H3長さのCDR-H3カセットをSloningMartinsried,Germanyにより合成した。CDR-L3多様性は、ELLABiotechMartinsried,Germanyにより合成したκ又はλのいずれかのTRIMカセットを導入することにより実現し、理論上の多様性を4.6×106~2.5×109の範囲とした。典型的にはサブコレクションのpJPd1ファージミドDNA0.25~2μgを大腸菌E.coliMC1061F’エレクトロコンピテント細胞に形質転換し、形質転換体をTB培地に回収し、37°Cで1時間振盪した。増殖培地の希釈物をLB/Cam/Glucに播いた。適量のLB/cam/1Gluにおいて一晩振盪することにより、ライブラリの増幅を実施した。サブコレクションのライブラリサイズは4.6×108~4.4×109の範囲であった。全てのサブコレクションを合わせた総ライブラリサイズは、約1.3×1011メンバーである。操作されたサブコレクションの品質を分析するため、各サブコレクションについて少なくとも30個のクローンを選び取り、CDR-L3及びCDR-H3領域を配列決定して配列の正確さ及びユニークさを決定した。大腸菌E.coliグリセロール培養物としてライブラリを保存した。Fabフォーマットでサブコレクションを提示するファージを、以下のとおり調製した。各ライブラリファージ調製物につき80mlの2xYT/Cam/Glc培地に、対応するライブラリグリセロールストック由来の細菌を、OD600nmが0.2~0.3となるように接種した。培養物を、OD600nmが0.45~0.55に達するまで振盪した。次にヘルパーファージを感染多重度10で細菌培養物に添加し、続いて振盪なしに37°Cで45分間、次に120rpmで振盪しながら37°Cで45分間インキュベートした。細菌をスピンダウンし、ヘルパーファージを含む上清を廃棄した。ファージ感染細菌を400mlの2xYT/CAM/KAN/IPTG培地に再懸濁し、120rpmで振盪しながら22°Cで一晩インキュベートした。翌日、一晩培養物からの細菌をペレット状にし、Fab提示ファージを含む上清を回収した。ファージを含む上清にPEG/NaClを添加することにより、ファージ沈殿を実施した。サンプルを氷上で少なくとも30分間インキュベートした。沈殿したファージをスピンダウンし、PBSに再懸濁した。サンプルをゆっくり回転させて均質な懸濁液を得て、残留する細菌デブリをペレット状にして廃棄した。PEG/NaClを使用して、ファージを含む上清から再びファージを沈殿させた。最後に、ファージペレットをPBSに再懸濁し、滅菌チューブに移し、ゆっくり振盪して均質な懸濁液を得た。スポットタイトレーション、ELISA及びOD268nmでの紫外吸光度Nanodropにより、ファージ力価を決定した。トリシストロンディスプレイベクターpJPd1図9に示されるにより発現させ、CysDisplay登録商標によってファージ上に提示させたFab断片のファージ力価及び提示レベル国際公開第01/05950号パンフレット、米国特許第6,753,136号明細書全体として参照により援用されるに記載されるとおりを、個別のファージ調製物ごとにELISAにより評価した。捕捉には2つの異なる抗体が使用される:1抗M13抗体Amersham27-9420-01を使用した。これは主要コートタンパク質g8pによりファージ粒子を捕捉する;従って、ファージ力価を決定することができる。2抗Fd抗体TheBindingSitePC075を使用した。これは提示されたFabに結合する;従って、Fabを提示するファージのみが捕捉される。1及び2に対し、別個の基準曲線が用いられる。HRPとコンジュゲートしたモノクローナル抗M13M13ファージの主要コートタンパク質g8pに特異的が、検出抗体として使用される。抗M13抗体及び抗Fd抗体の抗体溶液を異なるウェルに分注し、プレートをラミネート箔で密閉して一晩インキュベートすることにより、それぞれの捕捉抗体を96ウェルMaxisorp商標プレートに固定化した。翌日、プレートをTBSTで洗浄し、各ウェルをCTBSTでブロックした。ファージ上清及び基準サンプルCSの出発希釈物を、マイクロタイタープレートにおいてCTBST中に調製した。抗M13抗体及び抗Fd抗体についてはファージ上清の出発希釈物を調製した。基準サンプル、VH3-23HuCALGOLD登録商標lkVCSM13及びHuCALPLATINUMプールハイパーファージκ及びλの出発希釈物を調製した。マイクロタイタープレートにCTBSTを予め充填してファージを添加し、及び第2のマイクロタイタープレートにCTBSTを予め充填してファージを添加することにより、ファージ上清の段階希釈物を調製した。基準サンプルについて、上記に記載される出発希釈物を播き、抗M13及び抗Fdの双方の抗体を含む段階希釈物を播いた。ファージ上清及び基準サンプルの双方とも、検出のため以下のとおり移した。ブロックしたELISAプレートをTBSTで洗浄した。ファージ上清を希釈プレートからコーティングしたELISAプレートに移し、室温でインキュベートし、TBSTで洗浄した。CTBSTに希釈した抗M13ペルオキシダーゼコンジュゲートAmershamを添加し、室温で1~2時間インキュベートした。1部例えば0.5mlの過酸化物溶液を9部例えば4.5mlの基質溶液と混合することにより、QuantaBluPierceワーキング溶液を調製した。ELISAプレートをTBSTで洗浄し、QuantaBluワーキング溶液を添加した。約2分間のインキュベーション時間後、及び続いて5分間の間隔を置いて、蛍光を計測した励起:320nm、放出:430nm。ELISAデータの評価は、以下のとおり完了した:検量線を作成し、ファージ上清及び対照の力価を計算した。各サンプルについて、抗Fdに関する力価を抗M13抗pVIIIに関する力価で除し、得られた比が相対提示率であった。結果は表13に示す。ヒトDKK3、rhErbB4/Her4_Fc融合物、rhFZD-4Fc融合物及びeGFPに対するファージディスプレイ選択個別のサブコレクション又はサブコレクションのプールによる並行パニング戦略を実施することにより、所望の生物物理学的特性を有する多様な結合抗体を同定する可能性を最大化した。ヒトDickkopf-3DKK3遺伝子番号27122、組換えヒトrhErbB4/Her4遺伝子番号2066_Fc融合物タンパク質、rhFZD-4遺伝子番号8322Fc融合物及びeGFP高感度緑色蛍光タンパク質;配列は上記に提供を、コレクションの妥当性検証用のモデル抗原として選択した。以下に記載される磁気Dynabeads登録商標Dynal/Invitrogen製品番号140.11と共有結合したそれぞれの抗原によるM-450エポキシビーズベース溶液パニングにおいて、コレクションスクリーニングを実施した。DKK3に対するビーズベース溶液パニングDKK3及び対照BSAでコーティングしたカルボキシルビーズDynalを、室温RTにおいてMPBSTでブロックした後、予め吸収させたファージと共にインキュベートした。数回の洗浄ステップの後、結合したファージを溶離し、次の選択ラウンドのため、TG1F細胞を感染させることにより増幅した。選択を3ラウンド行った後、pJPd1図9に示されるファージミドDNAを単離し、Fabコード断片修飾ompA-VL及び修飾phoA-FdをXbaI及びEcoRIによる制限消化により切り出し、発現ベクターpJPx1図10に示されるにライゲートして、大腸菌E.coliTG1F-に形質転換した。次に感染培養物を大型LB/Cam/Glucプレートに播き、一晩成長させた。シングルクローンを単離し、Fab発現収率及び抗原結合性についてELISAにより試験した。ヒツジ抗ヒトFdTheBindingSiteカタログPC075でコーティングしたELISAプレートでFabを含む細胞抽出物をインキュベートし、続いて、アルカリホスファターゼAPJacksonカタログ109-055-097とコンジュゲートしたヤギ抗ヒトIgGFab’2断片特異的抗体を用いて検出することにより、Fab発現を検出した。ビーズベースアッセイAppliedBiosystems8200細胞検出システム/PEBiosystems用の蛍光定量的なマイクロボリュームアッセイ技術FMAT登録商標によってDKK3結合カルボキシルビーズ及びBSA結合カルボキシルビーズDynalでFabを含む細胞抽出物をスクリーニングすることにより、抗原特異性を試験した。一次ヒットは、200の値に設定されたバックグラウンドを少なくとも5倍上回るFMAT平均蛍光シグナルをもたらすFabとして定義した。DKK3に対する特異性は、同種抗原としてのDKK3及び陰性対照抗原としてのCD38_Fcを用いた二次ELISAで確認した。VH3-23/VK1-39、VH3-23/VL3-1及びHuCALPlatinum登録商標VH3-23/κサブライブラリについての63個、43個及び44個のクローンの重鎖及び軽鎖CDR3領域を配列決定用に選ぶことにより、DKK3結合抗体の配列多様性を推定した。選択した結合体のCDR-H3及びCDR-L3の配列は、図86に示される。VH3-23/VK1-39、VH3-23/VL3-1及びHuCAL-PtVH3-23/κサブライブラリについて、合計で、それぞれ56個の成功した配列のうち31個55、35個の配列のうち20個47及び44個の配列のうち17個39が異なったことから、構築されたライブラリがDKK3結合体の多様なレパートリーを含んだことが示された。結果は表14に示す。rhErbB4/Her4_Fc融合物、rhFZD-4Fc融合物及びeGFPに対するビーズベース溶液パニングrhErbB4/Her4_Fc融合物、rhFZD-4Fc融合物又はeGFP及び対照BSAエポキシM450ビーズDynalを、室温RTで2時間、Chemiblockerによりブロックした後、予め吸収させたファージと共に室温で2時間インキュベートした。数回の洗浄ステップの後、結合したファージを溶離し、次の選択ラウンドのため、TG1F細胞を感染させることにより増幅した。選択を3ラウンド行った後、pJPd1図9に示されるファージミドDNAを単離し、Fabコード断片修飾ompA-VL及び修飾phoA-FdをPCRにより増幅し、精製し、XbaI及びEcoRIで消化して発現ベクターpJPx1図10に示されるにライゲートし、大腸菌E.coliTG1F-に形質転換した。次に感染培養物を大型LB/Cam/Glucプレートに播き、一晩成長させた。シングルクローンを単離し、Fab発現収率及び抗原結合性についてELISAにより試験した。ヒツジ抗ヒトFdTheBindingSiteカタログPC075でコーティングしたELISAプレートでFabを含む細胞抽出物をインキュベートし、続いて、アルカリホスファターゼAPJacksonカタログ109-055-097とコンジュゲートしたヤギ抗ヒトIgGFab’2断片特異的抗体を用いて検出することにより、Fab発現を検出した。MaxiSorpプレートに直接コーティングしたrhErbB4/Her4_Fc抗原、rhFZD-4_Fc抗原又はeGFPでのFabを含む細胞抽出物によるELISAスクリーニングにより、抗原特異性を試験した。バックグラウンドを少なくとも5倍上回るELISAシグナルをもたらすFabとして一次ヒットを定義した。結果は図61A~図61Dに示す。ErbB4/Her4_Fcに対するFc捕捉パニングMaxiSorpプレートNunc上のヤギ抗ヒトIgGFc特異的Jackson;カタログ109-005-098又はマウス抗ヒトIgGFc特異的Jackson;カタログ209-005-098を用いて捕捉することにより固定化したヒトErbB4/Her4組換えFcタグ付きタンパク質を用いて、3ラウンドの固相Fc捕捉パニングを実施した。各選択ラウンドの前に、ファージを0.1mg/mlのMPBST/BSA中ヒト、ヤギ及びマウス免疫グロブリンでブロックした。数回の洗浄ステップの後、結合したファージを溶離し、次の選択ラウンドのため、TG1F細胞を感染させることにより増幅した。3回目の選択ラウンドの後、pJPd1図9に示されるファージミドDNAを単離し、Fabコード断片修飾ompA-VL及び修飾phoA-FdをXbaI及びEcoRIによる制限消化により切り出しexise、発現ベクターpJPx1図10に示されるにライゲートしてTG1F-に形質転換した。次に感染培養物を大型LB/Cam/Glucプレートに播き、一晩成長させた。シングルクローンを単離し、Fab発現収率及び抗原結合性についてELISAにより試験した。ヒツジ抗ヒトFdTheBindingSiteカタログPC075でコーティングしたELISAプレートでFabを含む細胞抽出物をインキュベートし、続いて、アルカリホスファターゼAPJacksonカタログ109055097とコンジュゲートしたヤギ抗ヒトIgGFab’2断片特異的抗体によって検出することにより、Fab発現を検出した。抗原特異性を、MaxiSorpプレートにコーティングしたヤギ抗ヒトIgG抗体Jackson;カタログ109-005-098により捕捉されたErbB4/Her4_Fc抗原でのFabを含む細胞抽出物によるELISAスクリーニングによって試験した。一次ヒットは、バックグラウンドを少なくとも5倍上回るELISAシグナルをもたらすFabとして定義した。ErbB4/Her4_Fcに対する特異性を、同種抗原としてErbB4/Her4_Fc及び陰性対照抗原としてCD38_Fcを用いた二次Fc捕捉ELISAで確認した。VH3-23/VK1-39、VH3-23/VL3-1及びHuCAL-PtVH3-23/κサブライブラリについての、それぞれ112個、61個及び95個のクローンの重鎖及び軽鎖CDR3領域を配列決定することにより、ErbB4/Her4_Fc結合抗体の配列多様性を推定した。VH3-23/VK1-39、VH3-23/VL3-1及びHuCAL-PtVH3-23/κサブライブラリについて、合計で、106個の成功した配列のうち31個29、61個の配列のうち30個49及び91個の配列のうち14個15が異なったことから、構築されたライブラリが結合体の多様なレパートリーを含んだことが示された。配列多様性は表15に示される。Fabフォーマットでの抗原捕捉セットアップによるBiacoreKD親和性測定単量体Fab画分の結合分析的SECにより分析;Superdex75,AmershamPharmaciaによる抗原の捕捉を、以下のとおり分析した:CM5チップBiacore/GEHealthcare上で、適切な抗抗原タグ捕捉抗体を、EDC/NHSケミストリーを用いて共有結合的に固定化した。抗原を捕捉し、続いて6つの異なるFab濃度2n段階希釈を注入することにより、動態計測を行った。サイクルが終わるごとに、センサーチップは再生した。二重参照のため、ランニング緩衝液のブランク注入を用いた。全てのセンサグラムは、BIA評価ソフトウェア3.2Biacore/GEHealthcareを用いてフィッティングすることによりkon及びkoff速度定数を決定し、これを用いてKDを計算した。BiacoreKD測定を以下のとおり実施した:ランニング緩衝液はPBSTリン酸緩衝生理食塩水、pH7.2GIBCO0.05Tween-20であった。Fc融合物タグロット番号FYY0310041を伴う約400RUの抗原を、抗ヒトFc抗体Biacore/GEHealthcareを用いて捕捉した。15.6~500nMの範囲のFab濃度を、20μl/分の流量、30秒の注入時間及び100秒の解離時間で使用した。表面の再生は、15μlの3MMgCl2試薬を2回注入することにより行った。結果は図38に示す。DKK3、rhErbB4/Her4_Fc融合物、rhFZD-4Fc融合物及びeGFPに対して同定された抗体及び抗体断片の開発可能性試験開発可能特性、例えば、Fabフォーマットにおける熱安定性、Fabフォーマットにおける親和性、IgG1フォーマットにおけるpI、Fab及びIgGの両フォーマットにおける発現収率、IgG1フォーマットにおける熱安定性、及びSECにより決定するときのIgG1フォーマットにおける単量体について、抗原に特異的な抗体又は断片をFab及びIgG1の両フォーマットで試験した。IgG1フォーマットにおける血清安定性は、実施例7.2に記載されるとおり試験した。Fab及びIgG1フォーマットにおける熱安定性試験は、実施例9.1.2及び9.2.2に記載されるとおり完了した。IgG1フォーマットにおけるpIは、実施例9.2.4に記載されるとおり完了した。IgG1フォーマットにおける発現収率は、実施例9.2.1に記載されるとおり完了した。SECにより決定するときのIgG1フォーマットにおける単量体は、実施例9.2.3に記載されるとおり完了した。結果は、図37~図39、図45~図48及び図62に示す。ここでも本発明者らは、試験した機能特性に関して、入力抗原に対する選択用に使用される抗体コレクションと出力抗原に特異的であると同定された抗体との間に高い相関があると考える。従って、本発明のコレクションは、一部には、試験したコンストラクトと同じアミノ酸配列、例えばフレームワーク領域及び/又は相補性決定領域を含む抗体又は断片を含む。CDR3は多様化される。ある態様では、コレクションは、試験したコンストラクトのアミノ酸配列、又はそれをコードする核酸を含むため、コレクションは、実施例9で試験したコンストラクトと開発可能性developabiltiyに関して同じ優れた機能特性を有する抗体又は断片を含むと考えられる。従って、続いて抗原に対して選択される抗体又は断片の多くもまた、開発可能性に関連する同じ優れた機能特性を有することが予想される。図37~図39、図45~図48及び図62A~図62Cに示されるデータが、この結論を裏付ける。図39は、本発明のコレクションからDKK3又はErbB4/Her4_Fc抗原に対して選択されたFab、及びいかにFabが、実施例9に記載されるとおり当初試験されたコンストラクトであった対照と同様の熱安定性を有するかを示す。加えて、図45~図48が、本発明のコレクションから選択されたDKK3又はErbB4/Her4_Fc抗原に特異的なIgG、及びいかにIgGが、実施例9に記載されるとおり当初試験されたコンストラクトであった対照と同様の等電点pI、熱安定性、発現収率及び単量体含量を有するかを示す。図62A~図62Cは、rhErbB4/Her4_Fc融合物、rhFZD-4Fc融合物及びeGFPに対して選択されたIgG、及びいかにIgGが、実施例9に記載されるとおり当初試験されたコンストラクトであった対照と同様の等電点pI、発現収率、熱安定性、及び単量体含量を有するかを示す。総じてこれは、本発明のコレクションが、開発可能性に関して優れた特性を有する抗体又は断片を含むことを示しているとともに、試験され、且つ優れた機能特性を有することが示された生殖系列タンパク質対由来の配列、例えば、フレームワーク領域及び/又は相補性決定領域を用いた、入力であるコレクションが、任意の抗原に対して選択された、開発に関して同じ優れた機能特性を有する出力である抗体又は断片と十分な相関を有するという本発明者らの仮説を裏付けている。説明、具体例及びデータは、例示的な実施形態を示しているものの、例示として提供され、本発明を限定する意図はないことが理解されなければならない。本発明の範囲内の様々な変更及び改良は、本明細書に含まれる考察、開示及びデータから当業者に明らかになるであろうため、従って本発明の一部と見なされる。"