a標的を含み得るサンプルを、該サンプルの添加前に、i少なくとも2つは実質的に同一な空間的に分離された領域を複数含む表面、iiアンカーの少なくとも二つの異なる場所、iiiアンカーに特異的な第1部分、および該標的に特異的なプローブを含む第2部分を有する二官能性リンカー、を含む組合せと、該標的が該組合せに結合するのに有効な条件下で接触させ、ここで領域の少なくとも一つの場所に位置する2個以上のアンカーが、異なる標的特異性を有する異なる二官能性リンカーと結合する、ことを含み、ここで、該領域が多ウェルプレートのウェルであり、該場所がウェル中のスポットである、少なくとも一つの標的を検出する方法。実施例1ハイブリダイゼーション特異性一般的MAPSプレートをインクジェットディスペンサーであるPixusシステムを使用して製造し、マイクロタイタープレートの各ウェル内にDNAの同一グリッドを形成した。全てのオリゴヌクレオチドはBiosourseInternationalから購入した。このプレートに、7個の異なるオリゴヌクレオチドアンカーを、キーとして示す各ウェル内に分配した。各オリゴヌクレオチドを、500mMリン酸ナトリウムpH85および1mMEDTAを含む2μM溶液から、DNABindプレートに10ナノリットル滴から2個のスポットで分配し、乾燥させた。結合後、ウェルを50mMTrispH8で遮断し、次いで、表面に共有結合しないオリゴヌクレオチドを5×SSP緩衝液中の01SDSで洗い流した。洗浄プレートに蛍光標識したリンカーオリゴヌクレオチドを添加し、6×SSPE中、01TritonX100と室温で30分ハイブリダイズさせた。これは、リンカーの結合の好ましいプロトコールである。リンカーオリゴヌクレオチドは合成中にcy5誘導体化され、特異的固定オリゴヌクレオチドに25塩基対セグメントで相補的であった。7個のアンカーおよびリンカーの配列は下記の通りである:アンカーを、5末端でアミドを有するC12スペーサーで合成した。リンカーを5末端に結合したCy5で合成した。ディテクターオリゴヌクレオチドを5末端に結合したビオチンで合成した。各ウェルにリンカーまたはリンカー混合物を大量に添加した。インキュベーションおよび5×SSPで3回の洗浄の後、図面の右側に示す蛍光画像をTundraイメージャーで撮った。見られるように、リンカーは、それらの相補的アンカーと特異的に会合することにより、表面に自己凝集する。この方法を8個の異なるアンカーおよびそれらと実質的に優先的に会合するリンカーを各ウェルに分配する以外、繰り返す。方法全部を、24、96、384、864または1536ウェルプレートの各ウェルで、36、64などの異なるアンカーで繰り返す。実施例2結合動態Cy5誘導体化リンカー番号1のその相補的結合アンカーへのハイブリダイゼーションの速度を、異なる濃度のリンカーに関して示す。一般的MAPSプレートを、アンカー1がウェル当り4スポットで結合している以外、図1のように調製する。インキュベーションを、室温で01Tween20含有5×SSP中、室温で行い、ウェルを3回5×SSPで洗浄し、結合蛍光を測定した。プレートの蛍光画像をTundraで撮り、背景を引いて各ウェル内の各スポットでの結合強度をTundraソフトウェアで計算した。プロットしたのは、二つのデュプリケートウェルの4点の結合強度の平均と標準分散である。実施例3蛍光リンカー一般的MAPSプレートを、ウェルあたり1スポット、ウェル当り4スポットまたはウェル当り16スポットにスポットした一つの固定オリゴヌクレオチドを含むように、上記の方法に従って製造する。各ウェルに、相補的、蛍光標識リンカーを実施例1に記載の好ましいプロトコールで結合する。洗浄に続いて、プレートの蛍光画像をTundraで撮る。各スポットでの蛍光の量は、どの程度官能的リンカーが標的へのハイブリダイズに利用可能であるかを報告する。反復スポットで検出したシグナルの量は非常に再現性である。実施例4結合曲線実施例3のように調製したプレートに、異なる濃度の標的オリゴヌクレオチドを添加する。会合しているリンカーは標的の部分に相補的な25量体配列を含む。標的を、全量30または100マイクロリットルの005SDS含有5×SSC中に添加し、プレートを覆い、50°Cで一晩インキュベートする。標的の結合リンカーへのハイブリダイゼーションに続き、標的を化学ルミネッセンスを使用した好ましいプロトコールにより可視化する。標的の別々の部分に相補的な25量体配列を含むビオチニル化ディテクターオリゴヌクレオチドを30nMで添加する。ビオチニル化ディテクターは、過剰の非結合標的を洗い流した後30分間添加できるか、または一晩のハイブリダイゼージョン中に標的と一緒に添加できる。ディテクターの添加に続いて、表面を2回5×SSC、1回01Tween20および1PEG含有1×SSPで洗浄し、250μg/mlのストレプトアビジンに接合したホースラディッシュペルオキシダーゼの1:50000希釈を、SSPTP中5時間室温で添加する。ウェルを4回SSPTPで洗浄し、1回洗浄し、次いでSuperSignalUltra試薬とインキュベートする。数分後、蛍光の画像をTundraイメージャーで集め、例えば、画像を5分CCDアレイ内に蓄積できる。低レベルの標的を、標的の濃度が~5×1013Mほど少なくてもいくつかのウェルでは可視化できる;シグナルの量は、一般に~1010Mの濃度の標的で飽和される。反復スポットで検出されるシグナルの量は、非常に再現性である。実施例5二つのオリゴヌクレオチドのアッセイ上記の好ましいプロトコールを使用した二つの異なる標的オリゴヌクレオチドのMAPSハイブリダイゼーションアッセイを証明する結合曲線を示す。一般的MAPSプレートを、各々4回各ウェル内にスポットされた4つの異なる固定オリゴヌクレオチドで調製する。第2および第4のアンカーに関して、相補的リンカーオリゴヌクレオチドは、記載のように自己凝集した。二つの標的を40マイクロリットル中に示す濃度で、記載のように各ウェルに添加し、50°Cで一晩インキュベートする。各標的の結合量は、記載のように、HRP:SAおよび化学ルミネッセンス結像後に、各標的に特異的なビオチニル化検出オリゴヌクレオチドの結合により可視化された。下部パネルにおいて、イメージの強度を定量する。TundraImagaerパッケージの一部であるソフトウェアを使用して上部パネルに示す矢印の間の線に沿って画像の強度をスキャンした。標的の最低濃度である11pMで、スキャンしたイメージは十分に定義されたガウスピークを各スポットで示し、一方、標的の0濃度では、最も左のサンプルで検出可能な背景ピークはなかった。実施例6感受性変化MAPSハイブリダイゼーションアッセイは、一連のオリゴヌクレオチドの濃度の測定に、それらを表面に結合させ、それらを標識することにより使用できる。これは、中程度のまたは低い濃度であるこれらのオリゴヌクレオチドで十分に働く。二つのサンプルを、一つのサンプルがよりオリゴヌクレオチドを含み、より結合する場合、区別できる。他方、標的オリゴヌクレオチドの濃度が表面を飽和している場合、そして濃度が上がってもより結合できない場合、量は測定できない。しかし、標的の結合曲線は、非標識競合リガンドの添加により変化できる。結合データは、4つの異なるオリゴヌクレオチド標的に関して得られ、その全てがおおまかに3nMで表面を飽和している。非標識競合標的を全てのウェルに添加することにより、標的オリゴヌクレオチドの結合は移動し、低い濃度で結合は少なく、飽和が起こるレベルが上に移動する。競合オリゴヌクレオチドを、例えば標的1および3に添加できるが、2および4にはできない。アッセイの感受性のこの変化は、標的1および3のみにである。この方法で、予期されるオリゴヌクレオチドの相対的量が既知であるなら、大きく異なる濃度のオリゴヌクレオチド標的を一つのアッセイで十分測定できる。データは一つのオリゴヌクレオチド標的への結合に関して上記に例示のように定量できる。図13は、高い濃度のこの標的のアッセイに使用する結合曲線のアッセイシフトにおける競合オリゴヌクレオチドの包含を定量的に示す。実施例74つのプローブの融点MAPSアッセイでアンカーオリゴヌクレオチドに特異的にハイブリダイズする4つの異なる蛍光標識リンカーオリゴヌクレオチドの量を、温度の上昇にしたがってプロットする。4つのオリゴヌクレオチドは最初に50°Cで1時間、300nM中でハイブリダイズさせた。次いで、ウェルをプローブなしのSSCで洗浄し、結合した量を上記のように蛍光で測定する。次いで、表面を55°Cで30分インキュベートし、結合した蛍光を測定するなど、全ての示した温度で行う。実施例8検出法二つの検出法を直接比較する。各々ウェル当り4スポットで、4つのオリゴヌクレオチドアンカーが結合したMAPSプレートに、二つのオリゴヌクレオチドを各ウェルに添加し、両方とも共有結合したcy5部分を含むか、両方ともビオチン基を含む。落射蛍光測定を、記載のように可視化および蛍光リンカーの測定に関して行う。化学ルミネッセンス測定をMASPアッセイに記載のように、HRP:SAの続く連続添加および化学ルミネッセンス基質を使用して行う。産生したシグナルは大まかに同じ強度である。しかし、各ウェルを離す壁があるマイクロプレートの外形、および液体の泡または流体のミニスカスのために、落射蛍光画像の反射がデータ解析に影響し得る。実施例9化学ルミネッセンス産物ホースラディッシュペルオキシダーゼの化学ルミネッセンス基質として利用可能な二つの生産物を、MAPSアッセイの検出法で比較できる。MAPSプレートを実施例8のように調製し、ビオチニル化リンカーオリゴヌクレオチドとインキュベートする。次いで、ストレプトアビジンに結合したアルカリホスファターゼまたはHRP:SAのいずれかを添加し、続いて、洗浄し、AlkPhosSAのプレートにはCDPStarまたはHRPSAのウェルにはELCPlusを添加する。SA誘導酵素および基質での標識は、ウェスタンブロットの標識における使用に関して製造者が指示する通りである。これらの二つは、両方ともMAPSプレートへのオリゴヌクレオチドハイブリダイゼージョンの評価に使用できる。実施例1006mmでの解析MAPSアッセイの現在のシステムの解析は、各々ウェルあたり4回、06mmのピッチでスポットしたMAPSプレートをウェル当り4つの異なるオリゴヌクレオチドアンカーで調製して試験する。次いで、cy5誘導体化リンカーまたはビオチニル化リンカーをハイブリダイズし、検出し、上記のようにスキャンする。落射蛍光測定に関して、解析は高い。化学ルミネッセンス検出法に関して、隣のスポットと完全に離れておらず、この空間で、まだ個々のピークはコンピューターデコンヴォルーションにより明白に解析し得る。実施例11試験ヌクレアーゼ保護プロトコールヌクレアーゼ保護プロトコールのハイブリダイゼーションおよびヌクレアーゼ処理の最適条件の試験のアッセイにおいて、AmbionのNucleaseProtectionAssayKitを使用して条件、緩衝液および酵素を提供する。8個のサンプルを3つの緩衝液の一つに調製する。HybBuff1は100HybridizationBuffer;HybBuff2は75HybridizationBufferおよび25HybridizationDilutionBufferおよびHybBuff3は各々50である。試験mRNAに相補的な60残基を含む70量体オリゴヌクレオチドを合成し、Ambionによりソラレンビオチンの標識について示されるプロトコールにしたがって、ソラレンフルオレセインで標識する。簡単に、保護フラグメントを20μlのTE緩衝液中50μg/mlに希釈し、10分間沸騰させ、急速に氷水で冷やす。DMF中の4μlの130μg/mlソラレンフルオレセインを添加し、サンプルを45分、40°Cで手持ちの長波長UV源で照射する。遊離ソラレンフルオレセインを飽和ブタノールでの抽出により除去する。使用したmRNAは、アンチセンスプラスミドから、T7プロモーターおよびMaxiScriptキットを使用して製造したGAPDHアンチセンスmRNAである。短保護フラグメントは、別々に合成し、同様に標識した60量体相補的部分である。保護フラグメントの配列は下記の通りである:ハイブリダイゼーションを、保護フラグメントを20nMでGAPDHmRNAを60nMで10μlの最終容量に2時間、22°Cまたは37°Cで混合することにより行う。ハイブリダイゼーションに続いてヌクレアーゼの混合物200μlを、製造者の指示にしたがって添加し、再び同じ温度で30分インキュベートする。加水分解をHybridizationInhibitionBufferで停止させ、オリゴヌクレオチドをペレット化し、エタノールで洗浄する。10μlの1×GelLoadingBufferを添加し、オリゴヌクレオチドを15TBE尿素ゲルで分離する。ゲルを30分、流出緩衝液で渦を巻かせ、プラスチックプレート上におき、励起および放出波長の選択のためのフルオレッセインフィルターを使用してTundraで結像させる。画像をCCDアレイに2分蓄積する。最良の条件は、HybBuff2で37°CまたはHybBuff3で22°Cでインキュベートしたサンプルである。これらのサンプルにおいて、検出可能な完全長保護フラグメントは残っておらず、あきらかに短保護フラグメントと同じサイズの有意な量の完全長保護フラグメントの部分が見られる。実施例12NPAMAPSによるmRNAアッセイ完全NPAMAPSプロトコールを、実施例11に記載のものと同じハイブリダイゼーションおよびヌクレアーゼ処理の条件で使用した。10個のサンプルをアッセイで流した。全て、同じ量の70量体オリゴヌクレオチド保護フラグメントおよび異なる量のGAPDAmRNAを含んだ。008mg/mlYeastRNA含有50HybridizationBufferおよび50DilutionBufferの10μlの中のハイブリダイゼーションサンプルを90°Cで6分加熱し、70°Cで5分加熱して短く遠心し、19°Cに冷やして19時間インキュベーションした。次いで、200μlのヌクレアーゼ混合物を各サンプルに30分、19°Cで添加した。各サンプルを、MAPSアッセイのために60μlに等分した。2μlの10NNaOHおよび2μlの05MEDTAを添加し、サンプルを90°Cに15分、37°Cに15分加熱し、20分室温で放置した。次いで、サンプルを2μlの10MHClで中和し、2MHEPESpH75および保護フラグメントに特異的な200nMのビオチニル化ディテクターオリゴヌクレオチドを含む12μlの20×SSCを、1μlの10SDSと共に添加した。サンプルを混合し、80°Cで5分加熱し、各サンプルの2個の35μl量をMAPSプレートの二つのウェルにピペット輸送した。プレートは標準MAPSプロトコールのために調製されており、保護フラグメントに特異的な自己凝集CY5誘導体化リンカーが既に結合している。MAPSプレートを覆い、50°Cで一晩インキュベートし、発光の検出を記載のように行った。最後のサンプルにおいて、保護フラグメント単独ではMAPSでどのように検出されるかの可視化のコントロールとして、ヌクレアーゼをアッセイ中に添加しない。図の下部において、ウェルの上の列の強度スキャンを示す。サンプルに存在するGAPDHmRNAの量を図に列記する。MAPSプレートに使用したオリゴヌクレオチドは下記の通りである:アンカーを5末端でC12スペーサーにより合成した。リンカーを5末端に結合したCy5で合成した。ディテクターオリゴヌクレオチドを5末端に結合したビオチンで合成した。実施例13希釈曲線、NPAMAPS実施例12に記載のおよび図15に示すデータを定量し、希釈曲線としてプロットした。二つのデュプリケートウェルの全8スポットの平均および標準分散をmRNAの各濃度に対してプロットした。結合曲線は、式:フラクション結合=最大結合1/式中、最大結合は飽和時の最大結合、フラクション結合はリガンド濃度Lで結合する量、およびIC50はフラクション結合が最大結合の半分であるリガンドの濃度に入れた。曲線は図上に点で示し、図で標識するように、IC50=42フェムトモルの値で最も適合した。実施例14全マウス肝臓RNA抽出物におけるGAPDHmRNAのNPAMAPSアッセイ全マウスRNA抽出物を、NPAMAPSアッセイでGAPDHmRNAについてアッセイし、希釈曲線を作る。マウス肝臓由来の全RNAは、Quiagenキットを使用して調製する。RNAを05MMgアセテート含有70EtOHに沈殿させ、10μlの08nM保護フラグメント含有005SDS含有5×SSC中に再懸濁した。添加した保護フラグメントはオリゴヌクレオチド70塩基長であり、その60塩基がマウスGAPDHに相補的である。マウスGAPDHmRNAに相補的なフラグメントを使用するか、これらの配列の相補物をネガティブコントロールとして使用する。保護フラグメント含有RNAサンプルを90°Cで5分加熱し、ハイブリダイゼーションを、サンプルを70°Cにし、それらをゆっくり一晩で室温に冷却することにより行う。1:10希釈のS1ヌクレアーゼを、30分、19°Cで30μlの1×S1NucleaseBufferに添加し、16μlの10NNaOHおよび27μlの05MEDTAで停止させる。サンプルを90°Cで15分、次いで37°Cで15分加熱し、変性させてRNAを破壊し、16μlの10MHClで中和し、MAPSプレート上で一晩、200mMHEPESpH75添加5×SSCと一晩インキュベートし、それに30nMビオチニル化検出オリゴヌクレオチドを添加する。洗浄およびSAHRPでの可視化を記載のように行う。シグナルの量は、マウスRNAの量の減少と並行して減少する。二つのコントロールサンプルは、S1ヌクレアーゼが添加されていないものを含む。シグナルは、相補的保護フラグメントにのみ見られる。使用したオリゴヌクレオチド:アンカーを、5末端でアミドを有するC12スペーサーで合成した。リンカーを5末端に結合したCy5で合成した。プローブを5末端に結合したビオチンで合成した。実施例15コントロールを含むヌクレアーゼ保護MAPSアッセイmRNAはマウス肝臓から抽出され、ヌクレアーゼ保護は、GADPH特異的保護フラグメントがマウスGAPDHに相補的な60ヌクレオチドを含み、標的に相補的ではないフラグメントの3で15オーバーハンギングヌクレオチドが続く以外、本質的に実施例14に記載のように行う。ハイブリダイゼーションおよびヌクレアーゼ消化後、残りの保護フラグメントを、二つの異なるオリゴヌクレオチド検出フラグメントを固定化保護フラグメントの検出に使用する以外、本質的に実施例14に示すようにMAPSプレートとハイブリダイズさせる。一つの検出フラグメントは保護フラグメントのGAPDH特異的部分に相補的であり、他方、コントロールは保護フラグメントの15塩基オーバーハング部分に相補的である。各検出フラグメントは異なる複製サンプルで使用し、両方の検出フラグメントが同じ検出分子で標識できるようにする。本実施例においては、両フラグメントをHRPで標識する。ヌクレアーゼの添加なしに、両方の検出フラグメントのからのシグナルが見られる;一方、ヌクレアーゼ消化が行われたときは、GAPDH配列に対応するシグナルのみが検出できる。GAPDH特異的シグナルの量は、保護フラグメントを存在するGAPDHmRNAの量に対し対して過剰に添加したため、ヌクレアーゼ消化の不存在下で見られるものに相対して減少する。これは、GAPDHmRNAの量が保護ハイブリダイゼーションを限定し、形成された二本鎖の量がmRNAを反映するようにする。mRNAが反応混合物に含まれないとき、ヌクレアーゼを添加したときシグナルは検出できない。上記の発見は、アッセイのハイブリダイゼーションおよび消化段階が所望により起こっていることを証明する。種々の標的に対応する保護フラグメントがアッセイに包含される場合、各保護フラグメントは同じオーバーハング部分の15塩基を含むことができる。これは、全てのサンプルの残りのオーバーハングのテストに使用するためのフラグメントの検出を可能にする。実施例16疾病状態と相関する遺伝子の発現を変え得る化合物のスクリーニングの転写アッセイヒト腫瘍由来の細胞系を使用する。正常細胞よりも高いレベルで30遺伝子が発現されることが判明している。MAPSプレートでのヌクレアーゼ保護アッセイを使用して、8800個の化学化合物を試験して、化合物存在下での細胞の成長が、6個の正常遺伝子の発現に影響することなく30個の相関的遺伝子のいくつかの発現を減少できるかを見るために試験する。効果を有する化合物は、この種の腫瘍の処置の医薬の開発に将来的に有用であるかも知れない。約10000から100000細胞を、100個の96ウェルポリスチレンプレートの各ウェルに添加し、それらが各ウェルの表面を覆うまで2日間生育させる。各プレートの8ウェルに関して、細胞を添加なしで生育させる。残りの各プレートの88ウェルに、異なる量の化学化合物を添加し、その効果単独を試験できるようにする。同時に100プレートを使用することにより、8800個の化合物が同時に試験またはスクリーニングできる。細胞を24時間、化合物の存在下で生育させ、次いで細胞をアッセイのために回収する。各プレートの細胞を96ウェルプレートのサンプル中のRNAの調製に関する指示にしたがって処理する。RNAを調製した後、30個の相関的遺伝子および6個の正常ハウスキーピング遺伝子を含む36個の異なるmRNA種の量をNPAMAPS試験により定量する。各々目的の遺伝子の一つに対応する36DNAオリゴヌクレオチド保護フラグメントを各ウェルに添加し、その標的mRNA配列に、選択したストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせる。次いで、S1ヌクレアーゼを添加して過剰の非ハイブリダイズDNAを破壊させ、サンプルを化学的に処理して同様にRNAを破壊する。左は、どの程度のmRNAが各サンプルの処理細胞に含まれているかに比例する、各36遺伝子のオリゴヌクレオチド保護フラグメントである。各々36個の異なるアンカーオリゴヌクレオチドの複数のアレイを各ウェルに含む100個の96ウェルプレートを各ウェルに36個の異なるリンカーオリゴヌクレオチドを添加することにより調製する。リンカーは各ウェルに表面に自己凝集し、一般的プレートを36個のオリゴヌクレオチド保護フラグメントの各々に特異的なプローブを含むMAPSプレートに変える。各リンカーは36個のアンカーの一つに特異的な部分および36個の保護オリゴヌクレオチドのセグメントの一つに特異的な部分を含む。100個のサンプルプレートの各ウェルからのオリゴヌクレオチドサンプルを100個のMAPSプレートの対応するウェルに添加する。選択したストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーション後、結合した化学ルミネッセント酵素を有する各標的のための検出オリゴヌクレオチドを添加し、各ウェルの各特異的スポットが、サンプル中にどの程度mRNAが存在するかに依存して照らされる。6個のハウスキーピング遺伝子への作用無しに相関的遺伝子の量が減少したウェルは、興味深い。これらのサンプルの細胞に添加した化合物は、抗腫瘍剤の開発の出発点の可能性がある。実施例17誘導および構造的遺伝子発現RNAを、本質的に実施例14に記載のように、アデノウイルスに感染していないまたは感染1時間後のマウスの肝臓から調製した。肝臓RNAの60μgを各サンプルに使用し、サンプルをデュプリケートで調製した。各アッセイウェルはデュプリケート位置を3組含み、上記の3つの遺伝子に対応する。各位置はアンカーを含み、3つの遺伝子の一つの対応する保護フラグメントに相補的なプローブを含むリンカーに結合する。ヌクレアーゼ保護MAPSアッセイを、本質的に図12に記載のように行い、記載のように画像を集めてスキャンした。3個のmRNA標的の各々に関してデュプリケートのウェルの回収した生データおよびスキャンした強度を示す。スキャン線上の数は、統合強度値および各条件の標準偏差である。変化が予期されないハウスキーピング遺伝子、GAPDHは、統計的に有意ではない13倍の僅かな増加を感染サンプルで示した。MIP2およびcjunの転写は各々4および6倍に増加した。これらの発見は、二つの遺伝子、MIP2およびcjunが、コントロールの構造的発現遺伝子GAPDHと比較して、アデノウイルス感染に反応して促進された反応を示すことを証明する。実施例18チロシンまたはセリンキナーゼを選択的に阻害する化合物のスクリーニングの酵素アッセイキナーゼはタンパク質にリン酸を結合させる酵素である。多くは正常および新生物形成的細胞生育を刺激することが示されている。これ故、特異的キナーゼを阻害する化合物は、どのキナーゼが病因に関与するかの試験に使用でき、そしてもしそうなら医薬開発の出発点として働く。例えば、細胞生育の刺激または炎症性反応の調節に関与する5個のチロシンキナーゼはsrc、lck、fyn、Zap70およびyesである。各キナーゼは、チロシンを含む短いペプチドとして、基質が部分的に同定される。キナーゼ種のいくつかは重複し、異なるキナーゼがあるペプチドを、同等に、しかし、他のものが優性にリン酸化し得る。5個のキナーゼに関して、36個のペプチド基質は、特異的および重複特性を示すものを選択する。100個の96ウェルプレートを使用する;各ウェルは36個の一般的オリゴヌクレオチドアンカーを含む。36個のリンカーを調製し、一般的オリゴヌクレオチドアレイからペプチド基質を含むアレイに変換する。36個のペプチド基質を合成し、各々アミド結合を介して、例えば、5アミノ基を含むオリゴヌクレオチドに共有結合的に結合させる。オリゴヌクレオチドは、アンカーに特異的にハイブリダイズする配列を含む。ペプチド/オリゴリンカーは、それらをMAPSプレートの全てのウェルに添加することにより表面に自己凝集させる。スクリーニングのために、適当な濃度の5個のキナーゼを各ウェルに、8800個の異なる試験する化合物と共に添加する。化合物を、単離酵素を直接阻害する能力に関して試験する。各アレイ化ペプチドのリン酸化の量を、チロシンがリン酸化されたペプチドのみに結合する標識抗体の添加により検出する。ホスホチロシンスポットのいくつかで減少を示すが、全てのスポットではないウェルが興味深い。これらのウェルに添加した化合物は、更に、試験したキナーゼのいくつかの選択的阻害剤の可能性について試験できる。アッセイのスキームを図17の上部パネルに示す。25個の塩基対オリゴヌクレオチドがアンカーの一つに相補的なキメラリンカー分子をチロシンホスホキナーゼ酵素のペプチド基質に架橋する。キメラオリゴペプチド基質はオリゴヌクレオチドアンカーのアレイに自己凝集し、キナーゼ酵素をキメラのペプチド部分のリン酸化に使用し、酵素反応を進行させた後、ペプチドのリン酸化の量を抗ホスホチロシンまたは抗ホスホセリン抗体により、結合検出蛍光または酵素で検出する。アッセイの結果を下部パネルに示す。同一2官能性架橋剤であるDSSを使用して、オリゴヌクレオチドリンカーの5アミノ基をリン酸化チロシンで合成したペプチドのN末端に結合させた。一文字標記のペプチドの配列はTQpYQPGENLであり、pYはホスホチロシンを意味する。キメラは直接使用したか、または最初に60分pH14にし、チロシンのホスフェート基を部分的に加水分解させて使用した。リン酸化または部分的脱リン酸化キメラ分子はMAPSプレート内の相補的アンカー分子に、示す濃度で1時間自己凝集する。洗浄およびウェルをSSPTP中の03BSAで遮断後、HRPに架橋した抗ホスホチロシン抗体をSSPTP中1:3000希釈で1時間添加し、結合した抗体の量を化学ルミネッセンス基質であるSuperSignalBlazeで検出した。示す画像は1分、CCDアレイに蓄積させた。予期されるように、オリゴペプチドに結合したリン酸の量に差異が見られた。この差異は、一連のキナーゼが、阻害剤の可能性のある異なる薬剤で処理したときにどのように作用するかを測定するアッセイの基本である。実施例19SH2ドメインとリン酸化ペプチドの間の相互作用の選択的阻害剤の検出のための結合アッセイSH2ドメインはある成長調節タンパク質で結合サブユニットとして働く。ドメインはリン酸化ホスホチロシン含有タンパク質またはペプチドに不完全な特異性で結合する。即ち、あるホスホチロシンペプチドは1個または数個のSH2タンパク質に特異的に結合するが、他方は多くのSH2タンパク質に広く結合する。このアッセイに関して、リンカーはオリゴヌクレオチドに共有結合的に結合するリン酸化ペプチドである。ペプチド部分は、選択SH2タンパク質の基に結合する能力に関して選択する。リンカーは、一般的MAPSプレートをSH2タンパク質の基に特異的なリガンドを有するプレートに変える。リガンドを担持する100個の96ウェルMAPSプレートを造る。タンパク質を単離し、例えば、cy5蛍光分子で標識する。SH2ドメイン/ホスホペプチド相互作用のスクリーニングのために、標識SH2タンパク質の基を100個の96ウェルMAPSプレートの各ウェルに添加し、各ウェルに異なる試験化合物を添加する。これゆえ、各化合物の個々のSH2タンパク質とそのホスホペプチドリガンドへの相互作用の効果が、試験される。アッセイは、各表面結合ペプチドリンカーに付随した結合SH2タンパク質の蛍光の測定のためである。減少した蛍光をあるスポットで示すが、全てのスポットでは示さないウェルについて、添加した化合物を更にSH2ドッキングの推定選択的阻害剤として試験できる。実施例20ハイスループットスクリーニング一つの実験における96ウェルからのシグナルの検出を証明するハイスループットMAPSプレートを示す。同じオリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションを80ウェルの16個の複製で測定した。示されるように、1280個のハイブリダイゼーションアッセイの再現性は非常に高かった。最も左および最も右のカラムは、異なる濃度のオリゴヌクレオチドのシグナルの標準化のためのコントロールとして働く。同じ形態で、16個の異なるオリゴヌクレオチドを各ウェルで試験でき、試験をプレートの80個の異なるウェルで繰り返す。もちろん、もっと多い数の異なるオリゴヌクレオチドまたは他のプローブも各ウェルで試験でき、多くのプレートを同時に試験できる。各サンプルに関して行うことができるアッセイの多い数および同時にアッセイできるサンプルの多い数は超ハイスループットを提供する。実施例21増幅した標的の調製PCRプライマーを、プライマーオリゴヌクレオチドの5末端に導入された化学修飾を介して、固体支持体に結合せる。プライマーは、5から3で、化学修飾、制限酵素部位、および目的の標的に相補的な配列を含む。標的を、結合したPrimerOneプラス、5から3で、ディテクターオリゴヌクレオチドに特異的な配列およびPrimerOneの標的と異なる部分に相補的な配列を含むPrimerTwoをPCRプライマーとして使用したPCRにより増幅する。PCR増幅に続いて、増幅した標的DNAを洗浄して過剰の反応物質を除去し、PrimerOneの制限部位に特異的な制限酵素での開裂により、固体支持体から放出させる。熱および/または化学法を使用して、制限酵素を不活性化し、二本鎖DNA産物を変性する。放出された、一本鎖DNA標的分し、次いで、アンカーおよび/またはリンカーを含む表面と接触させ得、標的をPrimerTwoのディテクター特異的配列に相補的なディテクターオリゴヌクレオチドを使用して検出できる。実施例22増幅した標的の調製PCRプライマーを、プライマーオリゴヌクレオチドの5末端に導入された化学修飾を介して、固体支持体に結合せる。プライマーは、5から3で、化学修飾、プロテアーゼにより開裂できるペプチド配列、および目的の標的に相補的な配列を含む。ペプチドの代わりに、特異的に開裂できる他の要素も使用できる。例えば、実施例21に記載のようなPCR増幅に続いて、まだ固体支持体に結合しているPCR産物を変性し、洗浄し、支持体に結合した一本鎖分子を残す。洗浄し、結合した分子を、次いで、放出させ、アンカーおよび/またはリンカーを含む表面と接触させる。あるいは、変性に続いて放出された増幅標的の鎖を、アンカーおよび/またはリンカーを含む表面と接触できる。いずれの場合も、増幅した標的の一つの鎖のみ、リンカーと接触し、増幅した標的の逆の鎖からのハイブリダイゼーションとの競合が排除され、バックグラウンドが減少する。リンカーは、増幅した標的配列のいずれか、または両方に特異的に設計できる。実施例23検出リンカーとレポーター試薬でのアッセイ目的のmRNAを含むサンプルを、mRNAに相補的ではない、標的特異的部分およびコントロールオーバーハング部分を含むオリゴヌクレオチドを保護フラグメントとして使用したヌクレアーゼ保護法に付す。ヌクレアーゼ消化に続き、コントロールオーバーハング部分を、図の左部分に説明にように、望ましいように、開裂できる;またはオーバーハングは、図の右部分に説明するように、消化されないようにできる。得られるヌクレアーゼ保護フラグメントを、標的特異的部分およびコントロールオーバーハング部分を含む検出リンカーとハイブリダイズさせる。図の左部分に示すアッセイにおいて、検出リンカーのコントロールオーバーハング部分は、ハイブリダイズしないままである;対照的に、図の右部分に示すアッセイにおいて、検出リンカーのオーバーハング部分は、保護フラグメントの残りのコントロールオーバーハング配列とハイブリダイズする。アッセイの次段階において、検出と相互作用できる部分を含むレポーター試薬を複合体と相互作用させる。図の左部分に示すアッセイにおいて、レポーター試薬は検出リンカーのハイブリダイゼーションに利用可能なままであるコントロールオーバーハング特異的部分とハイブリダイズし、複合体がレポーター試薬のシグナル伝達物質のために検出できる。対照的に、図の右部分に示すアッセイにおいて、レポーター試薬は相補的配列がハイブリダイズエーションのために利用可能でないため、複合体と結合できず、シグナルは複合体に結合しない。本発明の多くのアッセイにおいて、レポーター試薬は検出リンカーに存在する任意の配列と相互作用でき、コントロールオーバーハングに特異的な配列に限定されない。実施例24多重蛍光物質5つの場所、A-Eを含む領域を図25に示す。各場所は異なるグループの実質的に同一のアンカー、アンカーA-Eを含む。場所Aのアンカーに、4つの異なるタイプのリンカーをハイブリダイズし、その各々はアンカーAに特異的な部分を含む。しかし、アンカーの各々は:標的1、2、3および4に対する異なる標的特異的部分を含む。したがって、標的のアンカー/リンカー複合体へのハイブリダイゼーション後、標的1、2、3または4は全て場所Aで局在化するようにできる。同様に、4つの異なるタイプのリンカーが場所Bにハイブリダイズできる。各リンカーは、アンカーBに特異的な部分を含むが、標的特異的部分は標的5、6、7または8に特異的である。同様の形態で、標的9-12は場所Cと、標的13-16は場所Dとおよび標的17-20は場所Eと関連する。これらの標的のいずれかを直接的または間接的に、例えば、アップコンタート可能な蛍光団のような異なる、独立した検出可能な蛍光物質で標的する場合、5つの独立した場所での全20個の標的を独立して検出できる。実施例25ハイスループット形態のアッセイ本実施例において、本発明の転写アッセイを使用して遺伝子発現パターンにおける変化を、ハイスループットスクリーニングに容易な形態で検出し、定量する。アッセイにおける全段階はロボットを利用して行う。慣用の洗浄段階は明確に記載されていない。THP-1ヒト単球を96ウェルV底マイクロタイタープレートで、50000または150000細胞/ウェルで生育させる。細胞は未処理であるか、フォルボール12-ミリステート13-アセテートで48時間分化させ。続いてリポポリサッカライドで4時間活性化する。処理に続き、細胞をグアニジウムイソチオシアネートで処理し、必要になるまで凍結させる。mRNAを、ビオチン-ポリdTが結合したストレプトアビジン常磁性粒子を使用して得る。あるいは、全RNAをtri試薬での抽出により得る。mRNAまたは全RNAのいずれかを含むサンプルを、DNA保護フラグメントとして、各々が5から3で、目的の13個の標的の一つの特異的な25量体;10量体スペーサー;共通オリゴヌクレオチドディテクタープローブに特異的な25量体;および15量体共通オーバーハング配列を含むオリゴヌクレオチドの13個の60量体一本鎖の混合物を使用したヌクレアーゼ保護法に付す。mRNAはそれにより、アッセイにおいて標的として働く化学量論量の対応するDNA保護フラグメントに変換する。これらの対応するDNA保護フラグメントをコントロールオーバーハング配列とインキュベートするコントロール実験は、ヌクレアーゼ消化が望まれるように行われた場合に予測されるように、実質的に目的のmRNA標的に特異的な配列のみが対応する保護フラグメントに存在することを示す。表面は本発明の方法により調製する。96ウェルDNABindPlateの各ウェルにおいて、16個の異なる25量体オリゴヌクレオチドアンカーのアレイを置く。一つのアンカー種はアレイの4つのうち3つのアレイのコーナーに使用し、13の異なるアンカー種を使用し、1個はそれぞれにアレイにおける残りの位置で使用した。アンカーを次いで、定義された直交パターンにおいて、各々5から3で、目的の13個の標的の一つに対応する25量体、10量体スペーサーおよびアンカーの一つに特異的な25量体を含む60量体オリゴヌクレオチドリンカーとハイブリダイズする。したがって、複数反復16スポットアレイのいずれかで、13個の標的特異的リンカーの各々はアレイの異なる位置に局在化する。このような直交アレイの説明に関して図18参照。内部標準化コントロールとして働く構造的に発現されるハウスキーピング遺伝子であるGAPDHに対応するリンカーが、各アレイ内の3つの場所に示される。コントロール実験は、実験に使用したリンカー、ならびに保護フラグメントおよびディテクターオリゴヌクレオチドが、望ましい特性を示すことを示す。上記のように調製した対応する保護フラグメントの混合物を含むサンプルを、アンカー/リンカーアレイにハイブリダイズする。未処理または誘導したクラスターのいずれか由来のサンプルを使用する。次いでハイブリダイズした保護フラグメントの各場所での存在および量を、標識ディテクターオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションにより検出する。各場所でのシグナルの量を標準化するために、本明細書に記載のように、ディテクターオリゴヌクレオチドを適当な量の遮断されたオリゴマーで希釈する。各場所でのシグナルの量を処理し、コントロールGAPDHシグナルに対して標準化する。得られたデータは、違う日に行った8回繰り返したサンプルで、ならびに3つの異なる実験で調製したサンプルで再現性がある。一つの実験における13個の転写物の相対的な発生量を下記の表に示す。実施例26複数アレイプレートデータの定量のためのコンピューターアルゴリズム好ましいアルゴリズムは、MAPSプレートの全スポットの位置を発見し、各データポイントに関するシグナルの振幅の適合度概算を自動的に計算する。好ましくは、アルゴリズムはコンピュータープログラムにより実行される。1-試験する最初のウェルを含むイメージの各ピクセルの強度値を含むイメージデータの小部分、40×40ボックスを選択する。2-16の未知数を使用した各ピクセル位置で予測される強度を計算する関数を定義する。未知数は:各13個の異なるマイクロアレイスポットの振幅。各ウェル内の4×4スポットに関して、16スポットの幾つかがある標的に関して2重であるため、13個ある。この特定のウェル内のスポットの4×4アレイの正確な位置を定義するxオフセットおよびyオフセット。ウェル内の図のバックグラウンド強度。各ピクセル位置の関数は、ピクセルと各スポットの間の距離を計算し、各スポットを一定の距離に関するインパルス反応関数によりスポット振幅を増幅することにより、そのピクセルで観察される強度とする寄与と合う。インパルス反応関数に使用する画像は、適当な半径のGaussianおよびLorentzianの合計により定義する。3-パラメーターの値を素早く推測することにより現在のウェルへの適合を開始する。これを行うために、スポットがあると予測される図の16個の領域に関して平均イメージ強度を計算する。これらの16の平均kらオフセットを引き、一定計数により差異を測る。結果を再整理し、16スポットを13振幅と適合させる。バックグラウンドおよびオフセットに関して、任意の小さな数を使用する。4-適合した値を、曲線適合により適合させる。特に、16の未知数を40×40=1600等式に適合させるため、適合関数を直線化するため、Marquadt法の非直線最小2乗アルゴリズムを使用する。5-現在のウェルに関して適合させたx、yオフセットを使用して、グリッドがマイクロプレートの次ぎのウェルに関してである改善された精度で概算する。9ミリメートルオフセットが次ぎの隣接ウェルに関して比例すると予測される。ウェルの間の距離はプレートのサイズに対して小さいため、位置の局所概算の使用が最も正確である。6-位置の改善された概算で、ピクセルの30×30ボックスに移動した、隣のウェルのイメージの小さいボックスを定義する。これは適合法をより速くする。段階2に戻り、各ウェルに関して繰り返す。前記から、当業者は本発明の本質的特徴を容易に確認でき、その精神および範囲から逸脱することなく、本発明を種々の使用および条件に適応するように変化および修飾できる。更に努力することなく、当業者は、前記を使用して、本発明をその完全な範囲で利用できると考えられる。前記は好ましい具体的態様を記載し、したがって、単に説明的であり、如何なる方法でも明細書の残りの記載を限定しない。上記および図面で引用した全ての出願、特許および刊行物は、本明細書に引用して包含させる。