"擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父であるか否かを確証する方法であって、前記方法は:前記擬父から遺伝物質を得る工程、前記妊娠中の母親から血液サンプルを得る工程、前記擬父由来の遺伝物質に関して複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を取得する工程、前記妊娠中の母親由来の遺伝物質から前記複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を得る工程、前記妊娠中の母親由来の血液サンプルを起源とするDNAの混合サンプルに関して遺伝子型測定値を取得する工程であって、DNAの前記混合サンプルが胎児DNAおよび母体DNAを含む、工程、前記擬父由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、前記妊娠中の母親から得た遺伝子型測定値、およびDNAの前記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値を使用して前記擬父が前記妊娠中の母親が懐胎している前記胎児の実父である確率をコンピュータにて決定する工程、ならびに前記擬父が前記胎児の実父である、決定された確率を使用して、前記擬父が前記胎児の実父であるか否かを確証する工程を包含する、方法。前記多型遺伝子座が一塩基多型SNPを含む、請求項1に記載の方法。DNAの前記混合サンプルが、前記妊娠中の母親由来の血液サンプルの血漿画分中の浮遊DNAに由来したDNAを含む、請求項1に記載の方法。DNAの前記混合サンプルが、母体全血または有核細胞を含む母体血画分を含む、請求項1に記載の方法。有核細胞を含む前記母体血画分が、胎児起源の細胞について富化されている、請求項4に記載の方法。前記決定する工程が、前記擬父および前記胎児についての検定統計量を計算することであって、前記検定統計量が前記擬父と前記胎児との間の遺伝的類似度を示し、かつ前記検定統計量が、前記擬父由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、DNAの前記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値、および前記妊娠中の母親由来のDNAから得た遺伝子型測定値に基づく、計算すること;各計算された検定統計量が前記胎児と非血縁の複数の個体由来の非血縁個体と前記胎児との間の遺伝的類似度を示す場合に前記胎児と遺伝的に非血縁の前記複数の個体についての検定統計量の分布を計算することであって、前記検定統計量が、前記非血縁個体由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、DNAの前記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値、および前記妊娠中の母親由来のDNAから得た遺伝子型測定値に基づく、計算すること;前記擬父および前記胎児について計算した前記検定統計量が、前記複数の非血縁個体および前記胎児について計算した前記検定統計量の分布の一部である確率を計算すること;ならびに前記擬父について計算した前記検定統計量が前記複数の非血縁個体および前記胎児について計算した前記検定統計量の分布の一部である確率を使用して前記擬父が前記胎児の実父である確率を決定することを含む、請求項1に記載の方法。擬父が前記胎児の実父であるか否か確証する工程が、前記擬父が前記胎児の実父である確率が上限閾値を超える場合に前記擬父が前記胎児と非血縁であるという仮説を棄却することによって前記擬父が前記胎児の実父であると確証すること;または前記擬父が前記胎児の実父である確率が下限閾値未満である場合に前記擬父が前記胎児と非血縁であるという仮説を棄却しないことによって前記擬父が前記胎児の実父ではないと確証すること;または尤度が前記下限閾値と前記上限閾値との間である場合または前記尤度が十分に高い信頼度で決定されなかった場合に擬父が前記胎児の実父であるか否か確証しないことをさらに含む、請求項6に記載の方法。前記擬父が前記胎児の実父である確率を決定する工程が、前記複数の多型遺伝子座内の各遺伝子座について対立遺伝子の集団内頻度を得ること;胎児画分の下限から胎児画分の上限までの範囲におよぶDNAの前記混合サンプルにおいて胎児DNAの潜在的画分のパーティションを作製すること;前記パーティション中の前記潜在的胎児画分の各々について前記母親由来のDNAから得た遺伝子型測定値、前記擬父由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、DNAの前記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値を考慮して前記擬父が前記胎児の実父である確率を計算すること;前記パーティション中の前記潜在的胎児画分の各々について前記擬父が前記胎児の実父である計算された確率を組み合わせることによって前記擬父が前記胎児の実父である確率を決定すること;前記パーティション中の前記潜在的胎児画分の各々について前記母親由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、DNAの前記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値、得られた前記対立遺伝子の集団内頻度を考慮して前記擬父が前記胎児の実父でない確率を計算すること;ならびに前記パーティション中の前記潜在的胎児画分の各々について前記擬父が前記胎児の実父ではない計算された確率を組み合わせることによって前記擬父が前記胎児の実父でない確率を決定することを含む、請求項1に記載の方法。前記擬父が前記胎児の実父である確率を計算することおよび前記擬父が前記胎児の実父でない確率を計算することが、前記複数の多型遺伝子座のそれぞれについて、プラットフォーム応答モデル、パーティション中の前記潜在的胎児画分中の1つまたは複数の画分、前記母親についての複数の遺伝子座比、擬父についての複数の遺伝子座比、および前記胎児についての複数の遺伝子座比を使用して特定の遺伝子座で観察された配列データの尤度を計算すること;前記パーティション中の全胎児画分、多型遺伝子座組中の前記母親の対立遺伝子比、多型遺伝子座組中の前記擬父の対立遺伝子比、および多型遺伝子座組中の前記胎児の対立遺伝子比に関して各多型遺伝子座での観察された前記配列データの尤度を組み合わせることによって前記擬父が実父である尤度を計算すること;前記パーティション中の全胎児画分、多型遺伝子座組中の前記母親の対立遺伝子比、多型遺伝子座組についての集団内頻度、および多型遺伝子座組中の前記胎児の対立遺伝子比に関して各多型遺伝子座での観察された前記配列データの尤度を組み合わせることによって前記擬父が実父でない尤度を計算すること;前記擬父が実父である尤度に基づいて前記擬父が実父である確率を計算すること;および前記擬父が実父でない尤度に基づいて前記擬父が実父でない確率を計算することをさらに含む、請求項8に記載の方法。前記擬父が実父である尤度に基づいて前記擬父が実父である確率を計算することを、最尤推定または最大事後技術を使用して行う、請求項8に記載の方法。擬父が胎児の実父であるか否か確証する工程が、前記擬父が前記胎児の実父である計算された確率が、前記擬父が実父でない計算された確率より有意に高い場合に前記擬父が実父であることを確証すること;または前記擬父が実父である計算された確率が、前記擬父が実父でない計算された確率より有意に高い場合に前記擬父が前記胎児の実父でないことを確証することをさらに含む、請求項8に記載の方法。前記多型遺伝子座が二染色体である尤度が高い染色体に対応する、請求項8に記載の方法。胎児DNAの潜在的画分の前記パーティションがたった1つの胎児画分を含み、前記胎児画分が、定量PCR、デジタルPCR、ターゲティングPCR、循環プローブ、他のDNA増幅法、ハイブリッド形成プローブによる捕捉、他の優先的富化方法、SNPマイクロアレイ、DNAマイクロアレイ、配列決定、他の多型対立遺伝子測定技術、他の非多型対立遺伝子測定技術、父親のゲノム中に存在するが母親のゲノム中に存在しない多型対立遺伝子の測定、父親のゲノム中に存在するが母親のゲノム中に存在しない非多型対立遺伝子の測定、Y染色体に特異的な対立遺伝子の測定、父性遺伝した対立遺伝子の測定量と母性遺伝した対立遺伝子の測定量との比較、最尤推定値、最大事後技術、およびその組み合わせからなるリストから選択した技術によって決定される、請求項8に記載の方法。潜在的胎児画分の前記パーティションがたった1つの胎児画分を含み、前記胎児画分が請求項26に記載の方法を使用して決定される、請求項1に記載の方法。前記擬父の遺伝物質を、血液、体細胞組織、精子、毛髪、口内サンプル、皮膚、他の法医学サンプル、およびその組み合わせからなる群から選択される組織から得る、請求項1に記載の方法。前記擬父が前記胎児の実父であるか否かの確証された決定についての信頼度を計算する、請求項1に記載の方法。DNAの前記混合サンプル中の胎児DNA画分が、サイズ選択、ユニバーサルライゲーション媒介PCR、伸長時間の短いPCR、他の富化方法、およびその組み合わせからなる群から選択される方法を使用して富化されている、請求項1に記載の方法。前記妊娠中の母親の遺伝物質から遺伝子型測定値を得る工程が、母体遺伝物質から本質的になる前記妊娠中の母親由来の遺伝物質のサンプルに関して遺伝子型測定値を取得することを含む、請求項1に記載の方法。前記妊娠中の母親由来の遺伝物質から遺伝子型測定値を得る工程が、DNAの前記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値に由来する、どの遺伝子型測定値が前記妊娠中の母親由来の遺伝物質に起因する可能性が高いかを推測すること;および前記母親由来の遺伝物質に起因すると推測された遺伝子型測定値を、得られた遺伝子型測定値として使用することを含む、請求項1に記載の方法。確証された父性決定に基づいて臨床決定を行う工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。前記臨床決定が中絶することである、請求項20に記載の方法。遺伝子型測定値を取得する工程を、パッドロックプローブ、分子反転プローブ、他の循環プローブ、遺伝子型決定マイクロアレイ、SNP遺伝子型決定アッセイ、チップベースのマイクロアレイ、ビーズベースのマイクロアレイ、他のSNPマイクロアレイ、他の遺伝子型決定法、サンガーDNA配列決定、ピロシーケンス、ハイスループット配列決定、循環プローブを使用したターゲティング配列決定、ハイブリッド形成プローブによる捕捉を使用したターゲティング配列決定、可逆的色素ターミネーター配列決定、ライゲーションによる配列決定、ハイブリッド形成による配列決定、他のDNA配列決定法、他のハイスループット遺伝子型決定プラットフォーム、蛍光insituハイブリッド形成FISH、比較ゲノムハイブリッド形成CGH、アレイCGH、ならびにこれらの複数または組み合わせからなる群から選択される技術またはテクノロジーを使用した遺伝物質の測定によって行う、請求項1に記載の方法。遺伝子型測定値を取得する工程を、ポリメラーゼ連鎖反応PCR、リガンド媒介PCR、縮重オリゴヌクレオチドプライマーPCR、ターゲティング増幅、PCR、ミニPCR、ユニバーサルPCR増幅、多置換増幅MDA、対立遺伝子特異的PCR、対立遺伝子特異的増幅技術、線形増幅法、基質DNAのライゲーションおよびその後の別の増幅法、ブリッジ増幅、パッドロックプローブ、循環プローブ、ハイブリッド形成プローブによる捕捉、およびその組み合わせからなる群から選択される技術またはテクノロジーを使用して測定する前に増幅され、そして/または優先的に富化される遺伝物質に関して行う、請求項1に記載の方法。前記胎児の確証された父性を含む報告書を作成する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。請求項1に記載の方法を使用して作成された、前記胎児の確証された父性を開示する報告書。標的個体由来のDNAおよび第2の個体由来のDNAを含むDNAの混合サンプル中に存在する前記標的個体由来のDNA画分を決定するための方法であって、前記方法は:DNAの前記混合サンプルから複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を取得する工程;前記第2の個体から前記複数の多型遺伝子座で遺伝子型データを得る工程;ならびにDNAの前記混合サンプル由来の遺伝子型測定値、前記第2の個体由来の遺伝子型データ、および確率推定技術を使用して前記混合サンプル中に存在する前記標的個体由来のDNA画分をコンピュータにて決定する工程を含む、方法。前記第2の個体から遺伝子型データを得る工程が、前記第2の個体由来のDNAから本質的になるDNAから遺伝的測定値を取得することを含む、請求項26に記載の方法。前記第2の個体から遺伝子型データを得る工程が、DNAの前記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値に由来する、どの遺伝子型測定値が前記第2の個体由来の遺伝物質に起因する可能性が高いかを推測すること;および前記第2の個体由来の遺伝物質に起因すると推測された遺伝子型測定値を、得られた遺伝子型測定値として使用することを含む、請求項26に記載の方法。関連する個体の遺伝子型データを推測することが、遺伝子座で対立遺伝子の集団内頻度を使用することをさらに含む、請求項28に記載の方法。前記標的個体由来のDNAの決定された画分を、DNA画分の確率として表現する、請求項26に記載の方法。前記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値が、前記混合サンプル中のDNAの配列決定によって取得した遺伝子型測定値を含む、請求項26に記載の方法。前記混合サンプル中のDNAを、DNAの前記混合サンプルから遺伝子型測定値を取得する前に前記複数の多型遺伝子座で優先的に富化させる、請求項26に記載の方法。前記多型遺伝子座が一塩基多型を含む、請求項26に記載の方法。前記画分を決定する工程が、DNAの前記混合サンプル中に存在する前記標的個体由来の複数のDNA画分の確率を決定すること;前記複数の画分から最大確率を有する画分を選択することによって前記画分を決定することをさらに含む、請求項26に記載の方法。前記画分を決定する工程が、DNAの前記混合サンプル中に存在する前記標的個体由来の複数のDNA画分の確率を決定すること;最も可能性の高い画分を決定するために最尤推定技術を使用すること;および最も可能性が高いと決定された画分を選択することによって前記画分を決定することをさらに含む、請求項26に記載の方法。前記標的個体が妊娠中の母親が懐胎している胎児であり、前記第2の個体が前記妊娠中の母親である、請求項26に記載の方法。前記多型遺伝子座で測定した遺伝子型データに関連するプラットフォームモデルを使用する工程;および母系遺伝子型を子の遺伝子型と関連付けている表を使用する工程をさらに含む、請求項36に記載の方法。前記決定が、前記胎児の父親由来のDNAに関して測定した複数の多型遺伝子座での遺伝子型測定値も使用する、請求項36に記載の方法。前記方法が前記胎児の父親由来の遺伝子型データを使用しない、請求項36に記載の方法。前記方法がY染色体上の遺伝子座を使用しない、請求項26に記載の方法。請求項36に記載の方法を使用して決定した胎児の確証された父性を開示する報告書。請求項36に記載の方法を使用して決定した胎児の倍数性の状態を開示する報告書。概要非侵襲性様式で懐胎している胎児の父性を決定するための方法を本明細書中に開示する。本明細書中に例示の態様によれば、1つの実施形態では、擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父であるか否かを確証する方法は、擬父から遺伝物質を得る工程、妊娠中の母親から血液サンプルを得る工程、擬父由来の遺伝物質に関して複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を取得する工程、妊娠中の母親由来の遺伝物質から複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を得る工程、妊娠中の母親由来の血液サンプルを起源とするDNAの混合サンプルに関して遺伝子型測定値を取得する工程であって、DNAの混合サンプルが胎児DNAおよび母体DNAを含む、工程、擬父由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、妊娠中の母親から得た遺伝子型測定値、およびDNAの混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値を使用して、擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父である確率をコンピュータにて決定する工程、ならびに擬父が胎児の実父である、決定された確率を使用して擬父が胎児の実父であるか否かを確証する工程を含む。1つの実施形態では、多型遺伝子座は一塩基多型を含む。1つの実施形態では、DNAの混合サンプルは、妊娠中の母親由来の血液サンプルの血漿画分中の浮遊DNAに由来したDNAを含む。1つの実施形態では、DNAの混合サンプルは、母体全血または有核細胞を含む母体血画分を含む。1つの実施形態では、有核細胞を含む母体血画分は、胎児起源の細胞が富化されている。1つの実施形態では、擬父が実父であるか否かの決定が、擬父および胎児の検定統計量を計算することであって、検定統計量が擬父と胎児との間の遺伝的類似度を示し、検定統計量が、擬父由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、DNAの混合サンプルから取得した遺伝子型測定値、および妊娠中の母親由来のDNAから得た遺伝子型測定値に基づく、計算すること、各計算された検定統計量が胎児と非血縁の複数の個体由来の非血縁個体と胎児との間の遺伝的類似度を示す場合に胎児と遺伝的に非血縁の複数の個体についての検定統計量の分布を計算することであって、検定統計量が、非血縁個体由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、DNAの混合サンプルから取得した遺伝子型測定値、および妊娠中の母親由来のDNAから得た遺伝子型測定値に基づく、計算すること、擬父および胎児について計算した検定統計量が複数の非血縁個体および胎児について計算した検定統計量の分布の一部である確率を計算すること、ならびに擬父について計算した検定統計量が複数の非血縁個体および胎児について計算した検定統計量の分布の一部である確率を使用して擬父が胎児の実父である確率を決定することを含む。1つの実施形態では、擬父が胎児の実父であるか否か確証する工程は、擬父が胎児の実父である確率が上限閾値を超える場合に擬父が胎児と非血縁であるという仮説を棄却することによって擬父が胎児の実父であると確証すること、または擬父が胎児の実父である確率が下限閾値未満である場合に擬父が胎児と非血縁であるという仮説を棄却しないことによって擬父が胎児の実父ではないと確証すること、または尤度が下限閾値と上限閾値との間である場合または尤度が十分に高い信頼度で決定されなかった場合に擬父が胎児の実父であるか否か確証しないことも含む。1つの実施形態では、擬父が胎児の実父である確率を決定する工程は、複数の多型遺伝子座内の各遺伝子座について対立遺伝子の集団内頻度を得ること、胎児画分の下限から胎児画分の上限までの範囲のDNAの混合サンプルにおいて胎児DNAの潜在的画分のパーティションを作製すること、パーティション中の潜在的胎児画分の各々について母親由来のDNAから得た遺伝子型測定値、擬父由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、DNAの混合サンプルから取得した遺伝子型測定値を考慮して擬父が胎児の実父である確率を計算すること、パーティション中の潜在的胎児画分の各々について擬父が胎児の実父である計算された確率を組み合わせることによって擬父が胎児の実父である確率を決定すること、パーティション中の潜在的胎児画分の各々について母親由来のDNAから取得した遺伝子型測定値、DNAの混合サンプルから取得した遺伝子型測定値、得られた対立遺伝子集団内頻度を考慮して擬父が胎児の実父でない確率を計算すること、ならびにパーティション中の潜在的胎児画分の各々について擬父が胎児の実父ではない計算された確率を組み合わせることによって擬父が胎児の実父でない確率を決定することを含む。1つの実施形態では、擬父が胎児の実父である確率を計算することおよび擬父が胎児の実父でない確率を計算することは、複数の多型遺伝子座のそれぞれについて、プラットフォーム応答モデル、パーティション中の潜在的胎児画分中の1つまたは複数の画分、母親についての複数の遺伝子座比、擬父についての複数の遺伝子座比、および胎児についての複数の遺伝子座比を使用して特定の遺伝子座で観察された配列データの尤度を計算すること、パーティション中の全胎児画分、多型遺伝子座組中の母親の対立遺伝子比、多型遺伝子座組中の擬父の対立遺伝子比、および多型遺伝子座組中の胎児の対立遺伝子比に関して各多型遺伝子座での認められた配列の尤度を組み合わせることによって擬父が実父である尤度を計算すること、パーティション中の全胎児画分、多型遺伝子座組中の母親の対立遺伝子比、多型遺伝子座組についての集団内頻度、および多型遺伝子座組中の胎児の対立遺伝子比に関して各多型遺伝子座での認められた配列の尤度を組み合わせることによって擬父が実父でない尤度を計算すること、擬父が実父である尤度に基づいて擬父が実父である確率を計算すること、ならびに擬父が実父でない尤度に基づいて擬父が実父でない確率を計算することも含むことができる。1つの実施形態では、擬父が実父である尤度に基づいて擬父が実父である確率の計算を、最尤推定または最大事後技術maximumaposterioritechniqueを使用して行う。1つの実施形態では、擬父が胎児の実父であるか否か確証する工程は、擬父が胎児の実父である計算された確率が、擬父が実父でない計算された確率より有意に高い場合に擬父が実父であることを確証すること、または擬父が実父である計算された確率が、擬父が実父でない計算された確率より有意に高い場合に擬父が胎児の実父でないことを確証することも含むことができる。1つの実施形態では、多型遺伝子座は、二染色体である尤度が高い染色体に対応する。1つの実施形態では、胎児DNAの潜在的画分のパーティションはたった1つの胎児画分を含み、胎児画分は、定量PCR、デジタルPCR、ターゲティングPCR、循環プローブ、他のDNA増幅法、ハイブリッド形成プローブによる捕捉、他の優先的富化方法、SNPマイクロアレイ、DNAマイクロアレイ、配列決定、他の多型対立遺伝子測定技術、他の非多型対立遺伝子測定技術、父親のゲノム中に存在するが母親のゲノム中に存在しない多型対立遺伝子の測定、父親のゲノム中に存在するが母親のゲノム中に存在しない非多型対立遺伝子の測定、Y染色体に特異的な対立遺伝子の測定、父性遺伝した対立遺伝子の測定量と母性遺伝した対立遺伝子の測定量との比較、最尤推定値、最大事後技術、およびその組み合わせからなるリストから選択した技術によって決定される。1つの実施形態では、潜在的胎児画分のパーティションがたった1つの胎児画分を含み、胎児画分が請求項26に記載の方法を使用して決定される、請求項1に記載の方法。1つの実施形態では、擬父の遺伝物質を、血液、体細胞組織、精子、毛髪、口内サンプル、皮膚、他の法医学サンプル、およびその組み合わせからなる群から選択される組織から得る。1つの実施形態では、擬父が胎児の実父であるか否かの確証された決定についての信頼度を計算する。1つの実施形態では、DNAの混合サンプル中の胎児DNA画分は、サイズ選択、ユニバーサルライゲーション媒介PCR、伸長時間の短いPCR、他の富化方法、およびその組み合わせからなる群から選択される方法を使用して富化されている。1つの実施形態では、妊娠中の母親の遺伝物質から遺伝子型測定値を得る工程は、母体遺伝物質から本質的になる妊娠中の母親由来の遺伝物質のサンプルに関して遺伝子型測定値を取得することを含むことができる。1つの実施形態では、妊娠中の母親由来の遺伝物質から遺伝子型測定値を得る工程は、DNAの混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値に由来する、どの遺伝子型測定値が妊娠中の母親由来の遺伝物質に起因する可能性が高いかを推測すること、および母親由来の遺伝物質に起因すると推測された遺伝子型測定値を得られた遺伝子型測定値として使用することを含むことができる。1つの実施形態では、本方法は、確証された父性決定に基づいて臨床決定を行う工程も含むことができる。1つの実施形態では、臨床決定は中絶することである。1つの実施形態では、遺伝子型測定値の取得を、パッドロックプローブ、分子反転プローブ、他の循環プローブ、遺伝子型決定マイクロアレイ、SNP遺伝子型決定アッセイ、チップベースのマイクロアレイ、ビーズベースのマイクロアレイ、他のSNPマイクロアレイ、他の遺伝子型決定法、サンガーDNA配列決定、ピロシーケンス、ハイスループット配列決定、循環プローブを使用したターゲティング配列決定、ハイブリッド形成プローブによる捕捉を使用したターゲティング配列決定、可逆的色素ターミネーター配列決定、ライゲーションによる配列決定、ハイブリッド形成による配列決定、他のDNA配列決定法、他のハイスループット遺伝子型決定プラットフォーム、蛍光insituハイブリッド形成FISH、比較ゲノムハイブリッド形成CGH、アレイCGH、ならびにこれらの複数または組み合わせからなる群から選択される技術またはテクノロジーを使用した遺伝物質の測定によって行うことができる。1つの実施形態では、遺伝子型測定値を取得する工程を、ポリメラーゼ連鎖反応PCR、リガンド媒介PCR、縮重degenerativeオリゴヌクレオチドプライマーPCR、ターゲティング増幅、PCR、ミニPCR、ユニバーサルPCR増幅、多置換増幅MDA、対立遺伝子特異的PCR、対立遺伝子特異的増幅技術、線形増幅法、基質DNAのライゲーションおよびその後の別の増幅法、ブリッジ増幅、パッドロックプローブ、循環プローブ、ハイブリッド形成プローブによる捕捉、およびその組み合わせからなる群から選択される技術またはテクノロジーを使用して測定する前に増幅され、そして/または優先的に富化される遺伝物質に関して行うことができる。1つの実施形態では、本方法は、確証された胎児の父性を含む報告書を作成する工程も含むことができる。1つの実施形態では、本発明は、本明細書中に記載の方法を使用して作成した胎児の確証された父親を開示する報告書を含むことができる。標的個体を起源とするDNA画分が、標的個体由来のDNAを含み且つ少なくとも1人の別の個体由来のDNAも含むDNA混合物中に存在することを決定するための方法を本明細書中に開示する。本明細書中に例示の態様によれば、1つの実施形態では、標的個体由来のDNAおよび第2の個体由来のDNAを含むDNAの混合サンプル中に存在する標的個体由来のDNA画分を決定するための方法が、DNAの混合サンプルから複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を取得する工程、第2の個体から複数の多型遺伝子座で遺伝子型データを得る工程、およびDNAの混合サンプル由来の遺伝子型測定値、第2の個体由来の遺伝子型データ、および確率推定技術を使用して混合サンプル中に存在する標的個体由来のDNA画分をコンピュータにて決定する工程を含むことができる。1つの実施形態では、第2の個体から遺伝子型データを得る工程は、第2の個体由来のDNAから本質的になるDNAから遺伝的測定値を取得することを含む。1つの実施形態では、第2の個体から遺伝子型データを得る工程は、DNAの混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値に由来する、どの遺伝子型測定値が第2の個体由来の遺伝物質に起因する可能性が高いかを推測すること、および第2の個体由来の遺伝物質に起因すると推測された遺伝子型測定値を得られた遺伝子型測定値として使用することを含むことができる。1つの実施形態では、関連する個体の遺伝子型データの推測は、遺伝子座で対立遺伝子の集団内頻度を使用することも含むことができる。1つの実施形態では、標的個体由来のDNAの決定された画分を、DNA画分の確率として示す。1つの実施形態では、混合サンプルから取得した遺伝子型測定値は、混合サンプル中のDNAの配列決定によって取得した遺伝子型測定値を含む。1つの実施形態では、混合サンプル中のDNAを、DNAの混合サンプルから遺伝子型測定値を取得する前に複数の多型遺伝子座で優先的に富化させる。1つの実施形態では、多型遺伝子座は一塩基多型を含む。1つの実施形態では、画分を決定する工程が、DNAの混合サンプル中に存在する標的個体由来の複数のDNA画分の確率を決定すること、複数の画分から最大確率を有する画分を選択することによって画分を決定することも含むことができる。1つの実施形態では、画分を決定する工程が、DNAの混合サンプル中に存在する標的個体由来の複数のDNA画分の確率を決定すること、最も可能性の高い画分を決定するために最尤推定技術を使用すること、および最も可能性が高いと決定された画分の選択によって画分を決定することも含むことができる。1つの実施形態では、標的個体は妊娠中の母親が懐胎している胎児であり、第2の個体は妊娠中の母親である。1つの実施形態では、本方法はまた、多型遺伝子座で測定した遺伝子型データに関連するプラットフォームモデルを使用する工程、および母系遺伝子型を子の遺伝子型と関連付けている表を使用する工程を含むことができる。1つの実施形態では、決定は、胎児の父親由来のDNAに関して測定した複数の多型遺伝子座での遺伝子型測定値も使用する。1つの実施形態では、本方法は胎児の父親由来の遺伝子型データを使用しない。1つの実施形態では、本方法はY染色体上の遺伝子座を使用しない。1つの実施形態では、本発明は、母体血漿中に存在する胎児DNA画分の決定のための本明細書中に開示の方法を使用して決定した胎児の確証された父性を開示する報告書を含むことができる。1つの実施形態では、本発明は、母体血漿中に存在する胎児DNA画分の決定のための本明細書中に開示の方法を使用して決定した胎児の倍数性の状態を開示する報告書を含むことができる。本明細書中に開示の実施形態は、添付の図面を参照してさらに説明されるであろう。いくつかの図面を通して類似の構造を類似の数値で示す。示した図面は必ずしも一定の縮小比拡大比ではなく、それよりも、一般に、本明細書中に開示の実施形態の原理を例示する際に強調している。上記で特定した図面は本明細書中に開示の実施形態を記載しているが、考察に記載のように他の実施形態も意図される。本開示は、説明のための例示的実施形態を示し、本発明を制限しない。当業者は、本明細書中に開示の実施形態の原理の範囲および精神の範囲内で多数の他の修正形態および実施形態を考案することができる。詳細な説明本明細書中に例示の態様によれば、擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父であるか否かを決定するための方法を提供する。1つの実施形態では、本方法は、擬父から遺伝物質を得る工程および妊娠中の母親から血液サンプルを得る工程を含む。1つの実施形態では、本方法は、擬父および妊娠中の母親の遺伝子型測定値を取得する工程および妊娠中の母親の血漿中に見出された浮遊DNAffDNA、すなわち、cfDNAに関して遺伝子型測定値を取得する工程を含むことができる。1つの実施形態では、本方法は、胎児の母親および擬父のSNP組の遺伝子型データを得る工程、標的個体由来のDNAを含み、且つ標的個体の母親由来のDNAも含む混合サンプルに関してSNP組の遺伝子型測定値を取得する工程を含む。1つの実施形態では、本方法は、擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父である確率をコンピュータにて決定するために遺伝子型測定値を使用する工程を含むことができる。1つの実施形態では、本方法は、擬父が胎児の実父であった場合に胎児/母体DNA混合物の遺伝子型測定値についての予想される対立遺伝子分布を決定するために妊娠中の母親および擬父の遺伝子型データを使用する工程を含むことができる。1つの実施形態では、本方法は、擬父が胎児の実父でない場合に胎児/母体DNA混合物の遺伝子型測定値についての予想される対立遺伝子分布を決定するために妊娠中の母親の遺伝子型データおよび父親でないことが公知の複数の個体の遺伝子型データを使用する工程を含むことができる。1つの実施形態では、本方法は、予想される対立遺伝子分布および実際の母体血漿DNA測定値を考慮して擬父が胎児の実父である確率を計算する工程を含むことができる。1つの実施形態では、方法に概説した一連の工程により、妊娠中の母親および擬父の遺伝物質が変換されて出生前且つ非侵襲性様式で懐胎している胎児の実父の正しい正体が得られ、そして決定される。1つの実施形態では、擬父が実父である尤度の決定は、複数の非血縁個体を使用して作成された対立遺伝子分布から父親が排除される尤度が閾値を超える場合に擬父を実父としてコールするか実父として確証する工程を含む。1つの実施形態では、擬父が実父である尤度の決定が、複数の非血縁個体を使用して作成された対立遺伝子分布から擬父が排除される尤度が閾値未満である場合に擬父を実父としてコールしない工程を含む。1つの実施形態では、最初に擬父が実際に子の父親であると仮定する事によって父性決定を行い、擬父が正しくない場合は子の遺伝子型がこれらの予測に適合せず、最初の仮定は誤りであると見なされる。しかし、子の遺伝子型が予測に適合する場合、仮定は正しいと見なされる。したがって、親子鑑定は、認められたffDNAが擬父の遺伝子型によって予想される子の遺伝子型にどの程度よく当てはまるかを考慮する。1つの実施形態では、父性決定を記述している電子的または物理的な報告書を作成することができる。1つの実施形態では、母体血中に見出された浮遊DNAffDNAの遺伝的測定値ならびに母親および擬父由来の遺伝子型情報を使用して父性決定を行う。一般的な方法を、種々のプラットフォームSNPマイクロアレイ、非標的化ハイスループット配列決定、またはターゲティング配列決定などを使用したffDNAの測定値に適用することができる。本明細書中に開示の方法は、浮遊胎児DNAが母体血漿中で低くさらに未知の濃度で見出され、且つ検出が困難であるという事実に取り組む。親子鑑定は、ffDNA測定値および擬父の遺伝子型に基づいてffDNA測定値が擬父によって得られた可能性の程度を評価する工程を含むことができる。測定プラットフォームと無関係に、試験は、多型の位置で測定した遺伝子型に基づき得る。いくつかの実施形態では、各多型遺伝子座での潜在的な対立遺伝子を、AおよびB、ならびに、任意選択的に、C、D、および/またはEなどに一般化することができる。1つの実施形態では、この方法は、複数の遺伝子座由来の対立遺伝子測定データを使用する工程を含む。1つの実施形態では、遺伝子座は多型である。1つの実施形態では、いくつかまたはほとんどの遺伝子座が多型である。1つの実施形態では、多型遺伝子座は一塩基多型SNPである。1つの実施形態では、いくつかまたはほとんどの多型遺伝子座がヘテロ接合性である。1つの実施形態では、試験に先立ってどの遺伝子座がヘテロ接合性であるかを決定する必要はない。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、多型遺伝子座組由来の各多型遺伝子座で元のDNAサンプル中に存在する相対的対立遺伝子頻度を保つ選択的富化技術を使用する。いくつかの実施形態では、増幅および/または選択的富化技術は、PCR技術ミニPCRまたはライゲーション媒介PCRなど、ハイブリッド形成によるフラグメント捕捉、または循環プローブ分子反転プローブなどを含むことができる。いくつかの実施形態では、増幅方法または選択的富化方法は、標的配列への正確なハイブリッド形成の際に、ヌクレオチドプローブの3’末端または5’末端が少数のヌクレオチドによって対立遺伝子の多型部位から分離されるPCRプライマーまたは他のプローブを使用する工程を含むことができる。1つの実施形態では、ハイブリッド形成領域が多型部位とハイブリッド形成するようにデザインされているプローブを排除する。これらの実施形態は、サンプルが単一の個体由来の純粋なゲノムサンプルまたは個体の混合物であるかに無関係に各多型遺伝子座でサンプルの元の対立遺伝子頻度をよりよく保つという点でターゲティング増幅および/または選択的富化を含む他の方法よりも改良されている。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、DNA増幅後にハイスループット配列決定して各標的遺伝子座で対立遺伝子頻度を決定するために高効率の高度に多重化されたターゲティングPCRを使用する。高度に多重化されたターゲティングPCRを高効率様式で行うことが可能な1つの技術は、相互にハイブリッド形成する可能性が低いプライマーをデザインする工程を含む。PCRプローブを、少なくとも500、少なくとも1,000、少なくとも5,000、少なくとも10,000、少なくとも20,000、少なくとも50,000、または少なくとも100,000個の潜在的プライマー対の間すなわち、プライマーとサンプルDNAとの間に潜在的に有害な相互作用すなわち、意図しない相互作用の熱力学モデルを作製し、次いで、プール中の他のデザインすなわち、サンプルDNAと不適合なデザインを排除するモデルを使用することによって選択することができる。高度に多重化されたターゲティングPCRを高効率様式で行うことが可能な別の技術は、ターゲティングPCRへの部分的または完全なネスト化アプローチを使用することである。これらのアプローチの1つまたは組み合わせの使用により、単一プール中に少なくとも300、少なくとも800、少なくとも1,200、少なくとも4,000、または少なくとも10,000個のプライマーが多重化され、それにより、得られた増幅DNAは配列決定した場合にターゲティングされた遺伝子座にマッピングされる大部分のDNA分子を含む。これらのアプローチの1つまたは組み合わせの使用により、単一プール中の多数のプライマーが多重化され、それにより、得られた増幅DNAは、標的遺伝子座にマッピングされる50超、80超、90超、95超、98超、または99超のDNA分子を含む。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、最尤推定MLE技術を使用して認められた対立遺伝子測定値の分布が父性包含または父性排除を示すかどうかを決定する工程を含む。最尤推定技術の使用は、有意により高い精度で決定されるであろうという点で、単一仮説棄却技術singlehypothesisrejectiontechniqueを使用する方法と異なり、且つこれらの方法より改良されている。1つの理由は、単一仮説棄却技術が対立仮説に関する情報を含まないことである。別の理由は、最尤技術によって各個別のサンプルについて最適カットオフ閾値が決定可能であることである。別の理由は、最尤技術の使用によって各父性決定の信頼度が計算可能なことである。各決定についての信頼度の計算が可能なことにより、実施者はどのコールが正確であり、且つ誤りである可能性がより高いかを知ることが可能である。いくつかの実施形態では、広範な種々の方法を最尤推定技術と組み合わせて倍数性コールの精度を向上させることができる。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、混合サンプル中の胎児DNA画分を推定し、この推定を使用して父性コール決定および父性コールの信頼度の両方を計算する工程を含む。1つの実施形態では、本方法は、第1の個体についての複数の多型遺伝子座での遺伝子型測定値およびDNA混合物についての複数の多型遺伝子座での遺伝子型測定値を考慮して第1の個体と第2の個体との間の血縁関係の程度を示す検定統計量を計算する工程を含み、ここで、DNA混合物が第2の個体および血縁個体由来のDNAを含む。1つの実施形態では、第1の個体は擬父であり、第2の個体は懐胎している胎児であり、血縁個体は胎児の母親である。検定統計量を、胎児、母親、および胎児と非血縁であることが公知の複数の個体について計算し、それにより、非血縁個体の計量の分布を得ることができる。胎児、母親、および擬父についての検定統計量を計算することもできる。単一仮説棄却検定を使用して、擬父の遺伝子型データを使用して計算した検定統計量が非血縁個体の遺伝子型データを使用して計算した検定統計量の分布の一部であるかどうかを決定することができる。擬父の遺伝子型データを使用して計算した検定統計量が非血縁個体の遺伝子型データを使用して計算した検定統計量の分布の一部であることが見出された場合、父性を排除することができるすなわち、擬父を胎児と血縁関係にないと決定することができる。擬父の遺伝子型データを使用して計算した検定統計量が非血縁個体の遺伝子型データを使用して計算した検定統計量の分布の一部でないと見出された場合、父性に含めることができるすなわち、擬父を胎児と血縁関係にあると決定することができる。1つの実施形態では、父性決定は、2つの可能な仮説擬父が胎児の実父であるという仮説および擬父が胎児の実父でないという仮説を考慮して測定された遺伝子型データの確率を決定する工程を含む。次いで、確率をデータを考慮して各仮説について計算することができ、父性を、2つの各仮説の尤度に基づいて確証することができる。決定には、母体血漿に関して取得した遺伝的測定値、擬父由来のDNAに関して取得した遺伝的測定値、および任意選択的に母親の遺伝子型データを使用することができる。1つの実施形態では、母親の遺伝子型データを、母体血漿に関して取得した遺伝子型測定値から推測することができる。1つの実施形態では、確率を、潜在的胎児画分の範囲のパーティションを使用して決定することができる。胎児画分の範囲は、概して、0.01~99.9であり得、メッシュは10~1、1~0.1、および0.1未満の範囲の増分を有し得る。1つの実施形態では、潜在的胎児画分のパーティションは2~30であり得、増分は約1である。1つの実施形態では、メッシュは連続的であり得、尤度を組み合わせよりもむしろ範囲にわたって統合することができる。1つの実施形態では、胎児画分を任意の適切な方法を使用して決定することができる場合、確率をたった1つの胎児画分を使用して決定することができる。メッシュ中の潜在的胎児画分の各々について、2つの仮説を考慮してデータの確率を計算することができる。擬父が実父であるという仮説について、擬父の遺伝子型を確率計算で使用することができる一方で、擬父が実父でないという仮説について、集団ベースの対立遺伝子頻度データを確率計算でさらに使用することができる。1つの実施形態では、仮説を考慮したデータの尤度の計算でペアレントコンテクストparentcontextおよびプラットフォームモデルを使用することができる。1つの実施形態では、尤度を、パーティション中の全胎児画分、全母親遺伝子型、および全父親遺伝子型にわたって組み合わせることができる。1つの実施形態では、親遺伝子型は確率的であり得例えば、所与のSNPで、親は遺伝子型GT見込み99、GG見込み0.5、およびTT見込み0.5を有することができ、別の実施形態では、親遺伝子型は1つの値を取ることができる例えば、所与のSNPで、親は遺伝子型GTを有する。いくつかの実施形態では、用語確率および尤度は、一般的な用語において見られるように交換可能であり得る。他の実施形態では、2つの用語は交換不可能であり、統計学の当業者が読み取るようにこれらの用語を読み取ることができる。当該分野で公知のいくつかの方法では、胎児画分を、父系遺伝子型上に排他的に見出される遺伝子座例えば、Y染色体上に排他的に見出される遺伝子座またはRhesus-D遺伝子で取得した測定値を使用して決定する。不運なことに、これらの方法は、胎児が男性であること遺伝子座がY染色体上に排他的に見出される場合または遺伝子が父系遺伝子型上に存在し、且つ母系遺伝子型中に存在しない場合に遺伝子または遺伝子組をDNA測定前に同定することができることのいずれかが必要である。さらに困難なことは、親子鑑定法の文脈において、擬父が実父であるか否か分からず、それ故、Y染色体特異的遺伝子座を例外として、どの遺伝子座が父親上に存在することができ、且つ母親上に存在できないのかを決定することは不可能である。したがって、親子鑑定法の文脈において、胎児が女性である場合に胎児画分を決定することは現在のところ不可能であり、胎児が男性である場合、胎児画分をY染色体特異的遺伝子座の使用によって決定することが唯一可能である。1つの実施形態では、母体DNAおよび胎児DNAを含むDNA混合物中に存在する胎児DNA画分を決定するための方法を本明細書中に開示する。1つの実施形態では、本方法は、常染色体由来の遺伝子型測定値を使用して母体DNAおよび胎児DNAを含むDNA混合物中に存在する胎児DNAの胎児画分を決定することができる。1つの実施形態では、本方法は、胎児の性別と無関係に母体DNAおよび胎児DNAを含むDNA混合物中に存在する胎児DNAの胎児画分を決定することができる。1つの実施形態では、本方法は、母親および擬父のどの遺伝子を有し得るかに無関係に母体DNAおよび胎児DNAを含むDNA混合物中に存在する胎児DNAの胎児画分を決定することができる。本方法は、胎児が男性であることも、父親に存在し、且つ母親に存在しない遺伝子座を同定することができることも必要としない。本方法は、父系遺伝子型が既知である必要がない。本方法は、胎児DNAおよび母体DNAの両方の混合物を含む母体血漿中のDNAに関して取得した測定値から推測することができるので、母系遺伝子型が既知である必要がない。1つの実施形態では、多型polymprohic遺伝子座の分布を、二項分布を使用してモデリングすることができる。1つの実施形態では、多型遺伝子座の分布を、ベータ二項分布を使用してモデリングすることができる。対立遺伝子分布のモデルとしてベータ二項分布を使用することにより、他の分布を使用した場合よりも対立遺伝子の測定値を正確にモデリングすることができる可能性が高い。これにより、より正確な父性決定が可能である。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、データはノイズが多く、各測定値への確率の関連付けによるエラーを含む傾向を考慮する。関連付けられた確率的推定と共に測定データを使用して得られた仮説の組から正確な仮説を選択するための最尤技術の使用により、不正確な測定値を考慮に入れず、且つ正確な測定値が計算で使用されて父性決定が行われる可能性が高くなる。より正確にするために、この方法は、父性決定に関する不正確に測定されたデータの影響を体系的に軽減する。これは、全データを等しく正確であると仮定する方法または範囲外のデータを計算値から任意で排除して父性決定するための方法より改善されている。1つの実施形態では、個別のSNPに、SNPの質および観察されたリード深度depthofreadに基づいて予想される測定値の分散によって重みを付ける。これによって得られた統計量の精度を向上させることができ、それにより、特に境界例で父性コールの精度を有意に向上させることができる。本明細書中に記載の方法は、少量のDNAが利用可能であるか胎児DNAの割合が低いサンプルに関して使用した場合に特に有利である。これは、少量のDNAしか利用可能でない場合に起こり得る、相応のより高い対立遺伝子欠落率および/または胎児DNAおよび母体DNAの混合サンプル中で胎児DNAの割合が低い場合の相応のより高い胎児対立遺伝子欠落率に起因する。高い対立遺伝子欠落率標的個体について大部分の対立遺伝子が測定されなかったことを意味するにより、胎児画分が不正確に計算され、不正確な父性決定がなされる。本明細書中に記載の方法により、混合物中の胎児DNAであるDNA分子の割合が40未満、30未満、20未満、10未満、8未満、6未満、4未満、およびさらに3未満である場合に倍数性を正確に決定可能である。1つの実施形態では、個体のDNAを血縁個体のDNAと混合する場合の測定値に基づいて個体の父性を決定することが可能である。1つの実施形態では、DNA混合物は母体血漿中に見出される浮遊DNAであり、これは既知の遺伝子型を有する母親由来のDNAを含み得、未知の遺伝子型を有する胎児のDNAと混合され得る。次いで、胎児の父性を、実際の測定値を調査し、そして観察されたデータを考慮して父性の尤度を決定することによって決定することができる。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示の方法を、DNA存在量が非常に少ない状況1個または数個の細胞典型的には、10細胞未満、20細胞未満、40細胞未満、100細胞未満、またはDNAと同量を利用可能な法医学的状況などで使用することができる。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示の方法を、DNAが高度に断片化された状況血漿中に見出されるffDNAなどで使用することができる。これらの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、他のDNAに汚染されていない少量のDNAから父性コールを取得するのに役立つが、少量のDNAでは父性コールは非常に困難である。これらの方法の一部として使用される遺伝的測定値を、DNAまたはRNAを含む任意のサンプル例えば、血液、血漿、体液、尿、毛髪、涙、唾液、組織、皮膚、爪、卵割球、胚、羊水、絨毛膜絨毛サンプル、糞便、胆汁、リンパ液、頸管粘液、精液、または核酸を含む他の細胞もしくは材料であるがこれらに限定されないに関して取得することができる。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法を、核酸検出法配列決定、マイクロアレイ、qPCR、デジタルPCR、または核酸測定のために使用される他の方法などを使用して行うことができる。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、処理済みサンプルに関して取得したDNA測定値から複数の多型遺伝子座で対立遺伝子比をコンピュータにて計算する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、本開示中に記載の他の改善点の任意の組み合わせと共に処理済みサンプルに関して取得したDNA測定値から複数の多型遺伝子座で対立遺伝子比または対立遺伝子分布をコンピュータにて計算する工程を含む。これらの点のさらなる考察を、本明細書中の他の場所に見出すことができる。非侵襲性出生前親子鑑定法NPPT非侵襲性出生前親子鑑定法の過程は、多数の工程を含む。工程のいくつかは、1胎児から遺伝物質を得る工程;2exvivoで混合サンプル中に存在し得る胎児の遺伝物質を富化する工程;3exvivoで遺伝物質を増幅する工程;4exvivoで遺伝物質中の特異的遺伝子座を優先的に富化する工程;5exvivoで遺伝物質を測定する工程;および6遺伝子型データをコンピュータにてexvivoで分析する工程を含むことができる。これらの6つおよび他の関連する工程の実施を軽減する方法を本明細書中に記載する。方法の工程のうち少なくともいくつかを、身体に直接適用しない。1つの実施形態では、本開示は、身体から単離および分離された組織および他の生体材料に適用される処置方法および診断方法に関する。方法の工程のうち少なくともいくつかを、コンピュータにて実行する。本開示のいくつかの実施形態により、臨床家は胎児の遺伝物質の採取によって新生児の健康に危険が及ばず、且つ母親が侵襲性手順を受ける必要がないような非侵襲性様式で母親が懐胎している胎児の遺伝的状態、特に別の個体との生物学的関係を決定することが可能である。現代の技術的進歩により、ハイスループット配列決定および遺伝子型決定アレイなどの方法を使用して遺伝子サンプルから大量の遺伝情報を測定することが可能になっている。本明細書中に開示の方法により、臨床家は、大量のデータをより有利に活用でき、且つ胎児の遺伝上の正体をより正確に診断できる。1つの実施形態では、インフォマティクスベースの方法により、当該分野で現在公知の方法よりも正確に父性を決定することができる。多数の実施形態の詳細を以下に示す。異なる実施形態は、上記工程の異なる組み合わせを含むことができる。異なる工程の異なる実施形態の種々の組み合わせを交換可能に使用することができる。1つの実施形態では、血液サンプルを妊娠中の母親から採取し、母体起源のDNAおよび胎児起源のDNAの両方の混合物を含む母親の血液の血漿中の浮遊DNAを単離し、これを使用して胎児の倍数性の状態を決定する。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、対立遺伝子比および/または対立遺伝子分布が富化の際に合理的に一貫したままである方法での多型対立遺伝子に対応するDNA混合物中のDNA配列の優先的富化を含む。1つの実施形態では、本方法は、全ゲノム増幅WGAを使用して単離したDNAを増幅する工程を含む。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、高い割合の得られた分子が標的遺伝子座に対応するようなターゲティングPCRベースの増幅を含む。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、母体起源のDNAおよび胎児起源のDNAの両方を含むDNA混合物を配列決定する工程を含む。1つの実施形態では、本方法は、核酸配列を検出するためにデザインしたマイクロアレイSNPアレイなどを使用して増幅DNAを測定する工程を含む。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、測定された対立遺伝子分布を使用して母親が懐胎している胎児の父性を決定する工程を含む。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、決定された父性の状態を臨床家に報告する工程を含む。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、臨床行動を取る例えば、追跡侵襲性試験絨毛診断または羊水穿刺など、子の誕生の準備、または胎児の選択的中絶を行う工程を含む。本出願は、米国特許出願第11/603,406号2006年11月28日出願米国特許出願公開第20070184467号;米国特許出願第12/076,348号2008年3月17日出願米国特許出願公開第20080243398号;PCT出願番号PCT/US09/527302009年8月4日出願PCT公開番号:WO/2010/017214;PCT出願番号PCT/US10/0508242010年9月30日出願PCT公開番号:WO/2011/041485、米国特許出願第13/110,685号2011年5月18日出願、および米国特許出願第13/300,235号2011年11月18日出願を参照している。本出願で使用したいくつかの語彙は、これらの文献中で既出の語彙を有し得る。本明細書中に記載のいくつかの概念は、これらの文献中に見出される概念を考慮してより深く理解することができる。浮遊胎児DNAを含む母体血のスクリーニング本明細書中に記載の方法を使用して、小児、胎児、または他の標的個体が別の個体と遺伝的に関連するかどうかを決定するのを補助することができる。いくつかの実施形態では、標的個体の遺伝物質が別の個体由来の一定量の遺伝物質の存在下で見出される場合にこれを行うことができる。1つの実施形態では、本方法を使用して、父親および任意選択的に母親由来の遺伝子サンプルと共に母体血中に見出される浮遊胎児DNAを使用して胎児が擬父と遺伝的に関連するかどうかを決定するのを補助することができる。1つの実施形態では、胎児は、胎児が胎児を懐胎している母親と遺伝的に関連しないような卵子ドナー由来の卵子に由来し得る。1つの実施形態では、本方法は、標的DNA量が非標的DNAと任意の比率である場合に適用可能である。例えば、標的DNAは、存在するDNAのうち0.000001と99.999999との間のいずれかを構成し得る。1つの実施形態では、非標的夾雑DNAは複数の個体に起因し得る。これは、関連のある非標的個体の数人または全員に由来する遺伝子データが既知である場合、または前記血縁個体由来の遺伝子サンプルが利用可能である場合に有利である。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法を使用して、胎児DNAを含む母体血由来の胎児の遺伝子型データを決定することができる。妊娠中の女性の子宮内に複数の胎児が存在する場合、または、他の夾雑DNAが、例えば、他の既に生まれている同胞由来のサンプル中に存在し得る場合にこの方法を使用することができる。この技術は、胎盤絨毛を介して母体循環系へのアクセスが増加する胎児血球の現象を利用することができる。通常、非常に少数の胎児細胞のみがこの様式で母体循環系に入る胎児-母体出血についてのクライハウアーベトケ試験で陽性になるほど十分でない。胎児細胞を選別し、特定のDNA配列を調査するための種々の技術しかし、侵襲性手順が本質的に有するリスクの無いによって分析することができる。この技術はまた、問題の胎盤組織が胎児と同一の遺伝子型のDNAを含む場合に胎盤組織のアポトーシス後のDNA放出によって母体循環系へのアクセスが増加する浮遊胎児DNAの現象を使用することができる。母体血漿中に見出される浮遊DNAは、30~40胎児DNAもの高比率で胎児DNAを含むことが示されている。1つの実施形態では、妊娠中の女性から採血することができる。研究により、母体血が母体起源の浮遊DNAに加えて少量の胎児由来の浮遊DNAを含み得ることが示されている。さらに、典型的には核DNAを含まない母体起源の多数の血球に加えて、胎児起源のDNAを含む有核胎児血球も存在し得る。胎児DNAを単離するか胎児DNA中に富化された画分を作製するための当該分野で公知の方法が多数存在する。例えば、クロマトグラフィは、胎児DNA中で富化される一定の画分を作製することを示している。一旦比較的非侵襲的な様式で採取され、母体DNAに比例するかその元の比率で富化された一定量の胎児DNA細胞DNAまたは浮遊DNAのいずれかを含む母体血、血漿、または他の流体のサンプルが得られると、前記サンプル中に見出されたDNAを遺伝子型決定することができる。いくつかの実施形態では、静脈例えば、尺側皮静脈basilicaveinから採血するための針を使用して、採血することができる。本明細書中に記載の方法を使用して、胎児の遺伝子型データを決定することができる。例えば、本方法を使用して1つ以上の染色体で倍数性の状態を決定することができ、本方法を使用して1つのSNPまたはSNP組の正体挿入、欠失、および転座が含まれるを決定することができる。本方法を使用して1つ以上のハプロタイプ1つ以上の遺伝子型の特徴の元の親が含まれるを決定することができる。本方法を使用して胎児とan別の個体との間の血縁関係の程度を決定することもできる。この方法は任意の遺伝子型決定法および/または配列決定法ILLUMINAINFINIUMARRAYプラットフォーム、AFFYMETRIXGENECHIP、ILLUMINAゲノム分析器、またはLIFETECHNOLGIESのSOLIDSYSTEMなどのために使用することができる任意の核酸をこれらから測定した遺伝子型データと共に使用して行うことに留意のこと。これには、血漿由来の抽出された浮遊DNAまたはその増幅物例えば、全ゲノム増幅、PCR;他の細胞型例えば、全血由来のヒトリンパ球由来のゲノムDNAまたはその増幅物が含まれる。DNA調製のために、これらのプラットフォームのうちの1つに適切なゲノムDNAを生成する任意の抽出方法または精製方法も行うであろう。この方法は、RNAサンプルを使用して等しく首尾よく行うことができる。1つの実施形態では、サンプルの保存を、分解を最小にする方法で行うことができる例えば、氷点下、約-20°C、または低温。ペアレンタルサポートParentalSupportいくつかの実施形態を、PARENTALSUPPORTTMPS法その実施形態は、米国特許出願第11/603,406号米国特許出願公開第20070184467号、米国特許出願第12/076,348号米国特許出願公開第20080243398号、米国特許出願第13/110,685号、PCT出願PCT/US09/52730号PCT公開番号:WO/2010/017214、PCT出願番号PCT/US10/050824号PCT公開番号:WO/2011/041485、PCT出願番号PCT/US2011/037018号PCT公開番号:WO/2011/146632、およびPCT出願番号PCT/US2011/61506号その全体が本明細書中で参考として援用されるに記載されていると組み合わせて使用することができる。PARENTALSUPPORTTMは、遺伝子データを分析するために使用することができるインフォマティクスベースのアプローチである。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示の方法を、PARENTALSUPPORTTM法の一部と見なすことができる。いくつかの実施形態では、PARENTALSUPPORTTM法は、特に疾患関連対立遺伝子、他の目的の対立遺伝子、標的個体中の1つまたは複数の染色体の倍数性の状態、および/または別の個体と標的個体との関係の範囲を決定するための標的個体、その個体由来の1つまたは少数の細胞、または標的個体由来のDNAおよび1人または複数の他の個体由来のDNAからなるDNA混合物の遺伝子データを高い精度で決定するために使用することができる方法の収集物である。PARENTALSUPPORTTMは、これらの方法のいずれかをいうことができる。PARENTALSUPPORTTMは、インフォマティクスベースの方法の一例である。PARENTALSUPPORTTM法は、既知の親の遺伝子データすなわち、母親および/または父親のハプロタイプおよび/または二倍体遺伝子データを、減数分裂機構および標的DNAの不完全な測定、ならびにおそらく1人以上の血縁個体の知識と共に、insilicoにて、複数の対立遺伝子での遺伝子型、および/または胚または任意の標的細胞の父性状態、ならびに重要な遺伝子座の位置での標的DNAを高信頼度で再構築するための集団ベースの交差頻度と共に使用する。PARENTALSUPPORTTM法は、異なる状況についてどの遺伝子データを予想することができるかという仮説を立て、認められた遺伝子データを考慮して各状況の尤度を計算し、それにより、どの状況が最も可能性が高いかを決定するために減数分裂機構の知識および標的DNAの不完全な測定と共に既知の親遺伝子データすなわち、母親および/または父親のハプロタイプおよび/または二倍体遺伝子データを使用する。いくつかの実施形態では、問題の状況には、標的個体が目的の疾患関連ハプロタイプを有するかどうか、標的個体が目的の表現型関連ハプロタイプを遺伝しているかどうか、標的個体が1つ以上の異数体染色体を有するかどうか、および/または標的個体が目的の個体に関連するかどうか、および関係がどの程度であり得るかが含まれ得る。PARENTALSUPPORTTM法により、ノイズの多い遺伝子データが除去される。PARENTALSUPPORTTMは、特に、標的個体由来の遺伝物質がほんのわずかしか利用可能でない場合例えば、NPDまたはNPPTおよび遺伝子型の直接測定が別の個体由来の夾雑DNAシグナルに起因して本質的にノイズが多い場合に特に適切であり得る。PARENTALSUPPORTTM法は、従来の順序付けられていない二倍体測定値を対立遺伝子の欠落、混入、可変増幅バイアス、および他のエラーの比率が高いことによって特徴づけることができるにもかかわらず、染色体セグメントのコピー数と共に胚上に高度に正確な順序付けた二倍体対立遺伝子配列を再構築することができる。本方法は、根底にある遺伝子モデルおよび根底にある測定エラーモデルの両方を使用することができる。遺伝子モデルは、各SNPでの対立遺伝子の確率およびSNP間での交差確率の両方を決定することができる。対立遺伝子の確率を親から得たデータに基づいて各SNPでモデリングすることができ、国際HapMap計画によって開発されたHapMapデータベースから得たデータに基づいてSNP間の交差確率をモデリングすることができる。根底にある適切な遺伝子モデルおよび測定エラーモデルを考慮して、計算効率を修正して最大事後MAP推定を使用して、胚内の各SNPでの正確で順序付けた対立遺伝子値を推定することができる。定義一塩基多型SNPは、同種の2メンバーのゲノム間で異なり得る単一のヌクレオチドをいう。この用語の使用には、各バリアントが起こる頻度に対するいかなる制限も意味すべきではない。配列は、DNA配列または遺伝子配列をいう。配列は、個体中のDNA分子またはDNA鎖の物理的な一次構造をいうことができる。配列は、DNA分子中に見出されるヌクレオチド配列またはDNA分子に対する相補鎖をいうことができる。配列は、insilicoでのその表示としてDNA分子中に含まれる情報をいうことができる。遺伝子座は、個体のDNA上の特定の目的領域をいう。この領域は、SNP潜在的な挿入もしくは欠失部位、またはいくつかの他の関連する遺伝的変異の部位をいうことができる。疾患関連SNPはまた、疾患関連遺伝子座をいうことができる。多型対立遺伝子多型遺伝子座ともいうは、遺伝子型が所与の種内の個体間で変動する対立遺伝子または遺伝子座をいう。多型対立遺伝子のいくつかの例には、一塩基多型、STR多型、欠失、重複、および逆位が含まれる。多型部位は、個体間で異なる多型領域中で見出される特異的ヌクレオチドをいう。対立遺伝子は、特定の遺伝子座を占める遺伝子をいう。遺伝子データ遺伝子型データともいうは、1以上の個体のゲノムの態様を記載したデータをいう。遺伝子データは、1つの遺伝子座または1組の遺伝子座、配列の一部もしくは全体、染色体の一部もしくは全体、またはゲノム全体をいうことができる。遺伝子データは、1つまたは複数のヌクレオチドの正体をいうことができる。遺伝子データは、一組の連続ヌクレオチド、またはゲノム中の異なる位置由来のヌクレオチド、またはその組み合わせをいうことができる。遺伝子型データは典型的にはinsilicoにあるが、配列中の物理的ヌクレオチドを化学的にコード化された遺伝子データと見なすことも可能である。遺伝子型データは、個体上にある、個体に属する、個体にある、個体に由来する、または個体上にあるということができる。遺伝子型データは、遺伝子型決定プラットフォームからの出力測定値をいうことができる。この測定値は遺伝物質に関して取得される。遺伝物質遺伝子サンプルともいうは、DNAまたはRNAを含む1以上の個体由来の物質組織または血液などをいう。信頼度は、コールされたSNP、対立遺伝子、対立遺伝子組、倍数性コール、または父性コールが正確である統計的尤度をいう。異数性は、誤った数の染色体が細胞内に存在する状態をいう。ヒト体細胞の場合、異数性は、細胞が22対の常染色体および1対の性染色体を含まない場合をいうことができる。ヒト配偶子の場合、異数性は、細胞が23組の各染色体の一方を含まない場合をいうことができる。単染色体型の場合、異数性は、2つを超えるか2つ未満の相同であるが同一でない染色体コピーが存在する場合、または同一の親を起源とする2つの染色体コピーが存在する場合をいうことができる。染色体は、単一の染色体コピー正常な体細胞中では46本存在する単一のDNA分子を意味するをいうことができる。例として母体由来18番染色体が挙げられる。染色体はまた、染色体型をいうことができ、正常なヒト体細胞中に23組存在する。例には18番染色体が挙げられる。モノソミーは、細胞が1つの染色体型のみを含む状態をいう。ダイソミーは、細胞が2つの染色体型を含む状態をいう。片親性ダイソミーは、細胞が2つの染色体型を含み、且つ両染色体が片方の親を起源とする状態をいう。トリソミーは、細胞が3つの染色体型を含む状態をいう。遺伝物質の状態、または簡潔に遺伝的状態は、DNA上のSNP組の正体、遺伝物質の相特定されたphasedハプロタイプ、またはDNA配列挿入、欠失、反復、および変異が含まれるをいうことができる。これは、1つ以上の染色体、染色体セグメント、または染色体セグメント組の倍数性の状態をいうこともできる。父性の確証または父性の決定は、擬父が懐胎している胎児の実父であるか否かの確証もしくは決定または擬父が胎児の実父である尤度の決定または確証をいう。父性決定は、擬父が胎児の実父であるか否かの決定をいう。父性決定は、父性の確証、コール、または決定の結果である。父性は、個体の実父の正体をいう。父性包含は、擬父が胎児の実父であることの確証をいう。父性排除は、擬父が胎児の実父ではないことの確証をいう。擬父は、胎児との親子関係が問題となっている男性をいう。個体の実父は、遺伝物質が個体によって遺伝された男性をいう。対立遺伝子比は、サンプルまたは個体中に存在する多型遺伝子座での各対立遺伝子の量の間の比をいう。サンプルを配列決定によって測定する場合、対立遺伝子比は、遺伝子座での各対立遺伝子をマッピングする配列リード比をいうことができる。サンプルを強度ベースの測定法によって測定する場合、対立遺伝子比は、前記測定法によって推定された遺伝子座に存在する各対立遺伝子の量の比をいうことができる。対立遺伝子分布または対立遺伝子数分布は、遺伝子座組中の各遺伝子座について存在する各対立遺伝子の相対的な量をいう。対立遺伝子分布は、個体、サンプル、またはサンプルに関して取得した測定値組をいうことができる。配列決定の文脈では、対立遺伝子分布は、多型遺伝子座組中の各対立遺伝子の特定の対立遺伝子にマッピングされるリード数または可能性のあるリード数をいう。対立遺伝子測定値を、確率的に処理することができるかすなわち、所与の対立遺伝子が所与の配列リードについて存在する尤度が0と1との間の分数である、二進法で処理することができるすなわち、任意の所与のリードを正確に特定の対立遺伝子のゼロまたは1コピーであると見なす。対立遺伝子バイアスは、ヘテロ接合性遺伝子座での対立遺伝子の測定比が元のDNAサンプル中に存在した比と異なる程度をいう。特定の遺伝子座での対立遺伝子バイアス度は、その遺伝子座での元のDNAサンプル中の対立遺伝子の比で割った測定時にその遺伝子座で認められた対立遺伝子比に等しい。対立遺伝子バイアスを1を超えると定義することができる。したがって、対立遺伝子バイアス度の計算が値x1未満であるを返す場合、対立遺伝子バイアス度を1/xと言い換えることができる。対立遺伝子バイアスは、増幅バイアス、精製バイアス、または異なる対立遺伝子に異なって影響を及ぼすいくつかの他の現象に起因し得る。プライマーPCRプローブともいうは、単一のDNA分子DNAオリゴマーまたはDNA分子が同一であるか同一に近いDNA分子の収集物DNAオリゴマーをいう。プライマーは、ターゲティングされた多型遺伝子座とハイブリッド形成するようにデザインされた領域を含み、PCR増幅するようにデザインされたプライミング配列を含むことができる。プライマーは、分子バーコードを含むこともできる。プライマーは、各個別の分子で異なるランダム領域を含むことができる。ハイブリッド捕捉プローブは、種々の方法PCRまたは直接合成などによって生成され、サンプル中の特異的標的DNA配列の1つの鎖に相補的であることが意図される、おそらく修飾された任意の核酸配列をいう。外因性ハイブリッド捕捉プローブを調製したサンプルに添加し、変性deanture再アニーリングプロセスによってハイブリッド形成させて外因性-内因性フラグメントの二重鎖を形成することができる。次いで、これらの二重鎖を、種々の手段によってサンプルから物理的に分離することができる。配列リードは、クローン配列決定法を使用して測定したヌクレオチド塩基配列を示すデータをいう。クローン配列決定は、1つの元のDNA分子の単一クローン、クローン、またはクラスターを示す配列データを作成することができる。配列リードは、配列の各塩基の位置でクオリティスコアと関連付けてヌクレオチドが正確にコールされている確率も示すことができる。配列リードのマッピングは、特定の生物のゲノム配列中の配列リードの元の位置の決定プロセスである。配列リード起源の位置は、リード配列のヌクレオチド配列およびゲノム配列の類似性に基づく。ホモ接合性は、対応する染色体遺伝子座で類似の対立遺伝子を有することをいう。ヘテロ接合性は、対応する染色体遺伝子座で異なる対立遺伝子を有することをいう。ヘテロ接合性率は、所与の遺伝子座でヘテロ接合性対立遺伝子を有する集団中の個体の比率をいう。ヘテロ接合性率は、個体またはDNAサンプル中の所与の遺伝子座での予想されるか測定された対立遺伝子比もいうことができる。ハプロタイプは、典型的には同一染色体上にともに遺伝する複数の遺伝子座での対立遺伝子の組み合わせをいう。ハプロタイプは、所与の遺伝子座組間に起こった組み換え事象数に応じてわずか2つの遺伝子座または染色体全体をいうことができる。ハプロタイプは、統計的に関連する単一の染色分体上の一塩基多型SNP組をいうこともできる。ハプロタイプデータ相特定データまたは順序付けた遺伝子データともいうは、二倍体ゲノムまたは多倍数体ゲノム中の単一の染色体すなわち、二倍体ゲノム中の分離した母系または父系染色体コピーのいずれか由来のデータをいう。相特定は、順序付けられていない二倍体または多倍数体遺伝子データを考慮した個体のハプロタイプ遺伝子データの決定作業をいう。これは、1つの染色体上で見出された対立遺伝子組について1つの対立遺伝子での2つの遺伝子のどちらが個体中の2つの相同染色体のそれぞれに関連するかを決定する作業をいうことができる。相特定データは、1つ以上のハプロタイプが決定されている遺伝子データをいう。胎児は、胎児に由来することまたは胎児と遺伝的に類似する胎盤領域に由来することをいう。妊娠中の女性では、胎盤のいくつかの部分が胎児と遺伝的に類似しており、母体血中に見出される浮遊胎児DNAは胎児と適合する遺伝子型を有する胎盤部分を起源としたかもしれない。胎児起源のDNAは、その遺伝子型が胎児の遺伝子型と本質的に等価である本来は細胞の一部であったDNAをいう。胎児中の染色体の半分における遺伝情報が胎児の母親から遺伝され、いくつかの実施形態では、胎児細胞に由来するこれらの母体から遺伝した染色体由来のDNAを、胎児起源であり、母体起源でないと見なすことに留意のこと。母体起源のDNAは、その遺伝子型が母親の遺伝子型と本質的に等価である本来は細胞の一部であったDNAをいう。子は、胚、卵割球、または胎児をいうことができる。本明細書中に開示の実施形態では、記載の概念は、生まれた子、胎児、胚、または胚由来の細胞組である個体に等しく十分に適用することに留意のこと。用語子の使用は、子と呼ばれる個体が親の遺伝的子孫であることを暗示することを単純に意味し得る。親は、個体の遺伝的母親または父親をいう。個体は、典型的には、両親母親および父親を有するが、これは、必ずしも遺伝的または染色体のキメラ現象などにおいて事実ではない。母親は、個体の実母をいうことができ、そして/または、発育している個体を保持している女性をいうことができる。ペアレンタルコンテクストparentalcontextは、標的の両親の一方または両方についての2つの関連する各染色体上の所与のSNPの遺伝的状態をいう。母体血漿は、妊娠中の女性由来の血液の血漿部分をいう。臨床決定は、個体の健康または生存に影響をおよぼす転帰を有する行動を取るか取らないための任意の決定をいう。出生前親子鑑定法の文脈では、臨床決定は、胎児を中絶するか中絶しないかの決定をいうことができる。臨床決定は、さらなる試験を行うか、子の誕生の準備をするための行動を取るための決定もいうことができる。診断ボックスは、本明細書中に開示の方法の1つまたは複数の態様を実施するようにデザインされた機械または機械の組み合わせをいう。1つの実施形態では、診断ボックスを、患者管理地点に配置することができる。1つの実施形態では、診断ボックスは、ターゲティング増幅後に配列決定を行うことができる。1つの実施形態では、診断ボックスは、単独または技術者の助けを借りて機能することができる。インフォマティクスベースの方法またはインフォマティクスベースのアプローチは、大量のデータを解明するために統計学に重度に依拠する方法をいう。出生前診断の文脈では、これは、例えば、分子アレイまたは配列決定からの大量の遺伝子データを考慮して状態を物理的に直接測定することによるよりもむしろ最も可能性の高い状態を統計的に推測することによって1つ以上の染色体での倍数性の状態または1つ以上の対立遺伝子での対立遺伝子の状態を決定するようにデザインされた方法をいう。本開示の1つの実施形態では、インフォマティクスベースの技術は、本特許中に開示されている技術であり得る。本開示の1つの実施形態では、これはPARENTALSUPPORTTMであり得る。1つまたは複数の遺伝子座に対応するDNAの優先的富化または1つまたは複数の遺伝子座でのDNAの優先的富化は、遺伝子座に対応する富化後DNA混合物中のDNA分子の比率が遺伝子座に対応する富化前DNA混合物中のDNA分子の比率より高い任意の方法をいう。本方法は、遺伝子座に対応するDNA分子の選択的増幅を含むことができる。本方法は、遺伝子座に対応しないDNA分子を除去する工程を含むことができる。増幅は、DNA分子のコピー数を増加させる方法をいう。選択的増幅は、特定のDNA分子またはDNAの特定の領域に対応するDNA分子のコピー数を増加させる方法をいうことができる。これは、ターゲティングされないDNA分子または領域を増加させるよりも多数の特定のターゲティングされたDNA分子またはDNAのターゲティングされた領域のコピー数を増加させる方法もいうことができる。選択的増幅は、優先的富化方法であり得る。ユニバーサルプライミング配列は、例えば、ライゲーション、PCR、またはライゲーション媒介PCRによって標的DNA分子集団に付加することができるDNA配列をいう。一旦標的分子集団に添加されると、ユニバーサルプライミング配列に特異的なプライマーを使用して、1対の増幅プライマーを使用して標的集団を増幅することができる。ユニバーサルプライミング配列は、典型的には、標的配列に関連しない。ユニバーサルアダプターまたはライゲーションアダプターまたはライブラリータグは、標的二本鎖DNA分子集団の5’末端および3’末端に共有結合することができるユニバーサルプライミング配列を含むDNA分子である。アダプターの添加により、PCR増幅が起こり得る標的集団の5’末端および3’末端に対するユニバーサルプライミング配列が得られ、それにより、単一の増幅プライマー対を使用して標的集団から全分子を増幅することができる。ターゲティングは、DNA混合物中の遺伝子座組に対応するDNA分子を選択的に増幅するかそうでなければ優先的に富化するために使用される方法をいう。仮説は、擬父が胎児の実父であるか擬父が胎児の実父でない可能性をいう。決定、確証、および計算を交換可能に使用することができる。ペアレンタルコンテクストペアレンタルコンテクストは、標的の両親のうちの1人または両方についての2つの関連する各染色体上の所与の対立遺伝子の遺伝的状態をいう。1つの実施形態では、ペアレンタルコンテクストは標的の対立遺伝子の状態をいわず、むしろ、親の対立遺伝子の状態をいうことに留意のこと。所与のSNPについてのペアレンタルコンテクストは、4塩基対2つの父系および2つの母系からなり得る。これらの塩基対は、同一または相互に異なり得る。ペアレンタルコンテクストは、典型的には、m1m2|f1f2式中、m1およびm2は2つの母系染色体上の所与のSNPの遺伝的状態であり、f1およびf2は2つの父系染色体上の所与のSNPの遺伝的状態であると記載される。いくつかの実施形態では、ペアレンタルコンテクストを、f1f2|m1m2と記載することができる。下付き文字1および2が第1および第2の染色体の所与の対立遺伝子での遺伝子型をいうことに留意のこと。染色体を1とラベリングし、2とラベリングする選択は任意であり得ることにも留意のこと。この開示では、AおよびBは、塩基対の正体を一般に示すためにしばしば使用されることに留意のこと。AまたはBは、Cシトシン、Gグアニン、Aアデニン、またはTチミンを同様に十分に示すことができる。例えば、所与のSNPベースの対立遺伝子で、母親の遺伝子型が1つの染色体上のそのSNPでTであり、且つ相同染色体上のそのSNPでGであり、対立遺伝子での父親の遺伝子型が両相同染色体上のそのSNPでGである場合、標的個体の対立遺伝子がAB|BBのペアレンタルコンテクストを有するということができ、対立遺伝子がAB|AAのペアレンタルコンテクストを有するともいうことができる。理論上は、任意の4つの可能なヌクレオチドが所与の対立遺伝子で起こり得、したがって、例えば、所与の対立遺伝子で母親が遺伝子型ATを有し、父親が遺伝子型GCを有することが可能であることに留意のこと。しかし、経験的データは、ほとんどの場合、4つの可能な塩基対のうちのたった2つが所与の対立遺伝子で認められることを示す。例えば、単一の縦列反復を使用する場合、2つを超える、4つを超える、さらに10を超えるペアレンタルコンテクストを有することが可能である。この開示では、考察によりたった2つの可能な塩基対が所与の対立遺伝子で認められるであろうと仮定されるが、この仮定が保持されない場合を考慮するために本明細書中に開示の実施形態を修正することができる。ペアレンタルコンテクストは、同一のペアレンタルコンテクストを有する標的SNPの組またはサブセットをいうことができる。例えば、標的個体の所与の染色体上に1000個の対立遺伝子が測定された場合、コンテクストAA|BBは1,000個の対立遺伝子群中の全ての対立遺伝子組をいうことができ、ここで、標的の母親の遺伝子型がホモ接合性であった場合、標的の父親の遺伝子型はホモ接合性であるが、母系遺伝子型および父系遺伝子型がその遺伝子座で類似していない。親のデータが相特定されていない場合従って、AB=BA、以下の9つの可能なペアレンタルコンテクストが存在する:AA|AA、AA|AB、AA|BB、AB|AA、AB|AB、AB|BB、BB|AA、BB|AB、およびBB|BB。親のデータが相特定されている場合したがって、AB≠BA、以下の16個の異なる可能なペアレンタルコンテクストが存在する:AA|AA、AA|AB、AA|BA、AA|BB、AB|AA、AB|AB、AB|BA、AB|BB、BA|AA、BA|AB、BA|BA、BA|BB、BB|AA、BB|AB、BB|BA、およびBB|BB。染色体上のあらゆるSNP対立遺伝子性染色体上のいくつかのSNPを除くは、これらのペアレンタルコンテクストのうちの1つを有する。一方の親についてのペアレンタルコンテクストがヘテロ接合性であるSNP組を、ヘテロ接合性コンテクストということができる。本明細書中に開示の実施形態の異なる実施標的個体の父性の決定方法を本明細書中に開示する。標的個体は、卵割球、胚、または胎児であり得る。本開示のいくつかの実施形態では、個体の父性の決定方法は、本明細書中に記載の任意の工程およびその組み合わせを含むことができる。いくつかの実施形態では、胎児の父性の決定で使用すべき遺伝物質の供給源は、母体血から単離した胎児細胞有核胎児赤血球などであり得る。本方法は、妊娠中の母親から血液サンプルを得る工程を含むことができる。本開示のいくつかの実施形態では、胎児の父性の決定で使用すべき遺伝物質は母体血漿由来の浮遊DNAであり得、ここで、浮遊DNAは胎児DNAおよび母体DNAの混合物から構成され得る。いくつかの実施形態では、胎児の遺伝物質の供給源は、母体血から単離した胎児細胞有核胎児赤血球などであり得る。本方法は、妊娠中の母親から血液サンプルを得る工程を含むことができる。本方法は、特定の色の組み合わせが有核赤血球と固有に関連し、且つ類似の色の組み合わせが母体血中に存在するいかなる他の細胞とも関連しないという考えに基づいて視覚的技術を使用して胎児赤血球を単離する工程を含むことができる。有核赤血球に関連する色の組み合わせには、核周辺のヘモグロビンの赤色この色を染色によってより明確にすることができるおよび染色することができる核物質の色例えば、青色が含まれ得る。母体血由来の細胞の単離およびスライド上への塗り広げ、およびその後の赤色ヘモグロビン由来および青色核物質由来の両方が認められるポイントの同定により、有核赤血球の位置を同定することができるかもしれない。次いで、マイクロマニピュレーターを使用してこれらの有核赤血球を抽出し、遺伝子型決定技術および/または配列決定技術を使用して細胞中の遺伝物質の遺伝子型の態様を測定することができる。1つの実施形態では、胎児ヘモグロビンの存在下且つ母体ヘモグロビンの非存在下のみで蛍光を発する色素で有核赤血球を染色することができ、それにより、有核赤血球が母親または胎児のいずれかに由来するというあいまいさを排除することができる。本開示のいくつかの実施形態は、核物質の染色、または他の方法でのマーキングを含むことができる。本開示のいくつかの実施形態は、胎児細胞特異的抗体を使用した胎児核物質の特異的マーキングを含むことができる。母体血から胎児細胞を単離するか、母体血から胎児DNAを単離するか、母体遺伝物質の存在下で胎児遺伝物質サンプルを富化するための他の方法が多数存在する。いくつかのこれらの方法は本明細書中に列挙されているが、これは網羅的なリストであることを意図しない。便宜上、ここにいくつかの適切な技術を列挙する:蛍光的にまたはその他の方法でタグ付けした抗体、サイズ排除クロマトグラフィ、磁気的にまたは他の方法で標識したアフィニティタグ、後成的相違特異的対立遺伝子での母体細胞と胎児細胞との間のメチル化の相違など、密度勾配遠心分離後のCD45/14枯渇およびCD45/14陰性細胞からのCD71-ポジティブ選択、異なる重量オスモル濃度を使用した単一または二重パーコール勾配、またはガラクトース特異的レクチン法の使用。いくつかの実施形態では、遺伝子サンプルを、調製、単離、および/または精製することができる。いくつかの実施形態では、サンプルを遠心分離して種々の層を分離することができる。いくつかの実施形態では、DNAの調製は、増幅、分離、クロマトグラフィによる精製、電気泳動による精製、濾過、液液分離、単離、沈殿、選択的濃縮、選択的増幅、ターゲティング増幅、または当該分野で公知であるか本明細書中に記載の任意の多数の他の技術を含むことができる。いくつかの実施形態では、本開示の方法はDNAの増幅を含むことができる。DNAの増幅少量の遺伝物質を類似の遺伝子データセットを含むより大量の遺伝物質に変換するプロセスを、広範な種々の方法ポリメラーゼ連鎖反応PCRが含まれるが、これに限定されないによって行うことができる。1つのDNA増幅方法は全ゲノム増幅WGAである。WGAに利用可能な方法は多数存在する:ライゲーション媒介PCRLM-PCR、縮重オリゴヌクレオチドプライマーPCRDOP-PCR、および多置換増幅MDA。LM-PCRでは、アダプターと呼ばれる短いDNA配列をDNAの平滑末端にライゲーションする。これらのアダプターは、ユニバーサル増幅配列PCRによるDNAの増幅のために使用されるを含む。DOP-PCRでは、ユニバーサル増幅配列も含むランダムプライマーをアニーリングおよびPCRの第1のラウンドで使用する。次いで、PCRの第2のラウンドを使用して、ユニバーサルプライマー配列をさらに使用して配列を増幅する。MDAはΦ-29ポリメラーゼを使用する。このポリメラーゼは、DNAを複製する高加工性の非特異的酵素であり、単細胞分析のために使用されている。単細胞全ゲノム増幅は、多年にわたり、種々の適用で首尾よく使用されている。DNAサンプル由来のDNAの他の増幅方法が存在する。DNA増幅により、最初のDNAサンプルが、配列組が類似するがはるかに大量のDNAサンプルに変換される。いくつかの場合、増幅は必要ないかもしれない。いくつかの実施形態では、DNAを、ユニバーサル増幅WGAまたはMDAなどを使用して増幅することができる。いくつかの実施形態では、DNAを、ターゲティング増幅例えば、ターゲティングPCRを使用するまたは循環プローブによって増幅することができる。いくつかの実施形態では、DNAを、ターゲティング増幅法または望ましくないDNAから所望のDNAが全部または一部分離される方法ハイブリッド形成アプローチによる捕捉などを使用して優先的に富化することができる。いくつかの実施形態では、DNAを、ユニバーサル増幅法と選択的富化方法との組み合わせの使用によって増幅することができる。いくつかのこれらの方法のより完全な記載を、本明細書中の他の場所に見出すことができる。標的個体および/または血縁個体の遺伝子データを、遺伝子型決定マイクロアレイおよびハイスループット配列決定が含まれるが、これらに限定されない群から採用されるツールおよび技術を使用した適切な遺伝物質の測定によって分子の状態から電子状態に変換することができる。いくつかのハイスループット配列決定法には、サンガーDNA配列決定、ピロシーケンス、ILLUMINASOLEXAプラットフォーム、ILLUMINAゲノム分析器、またはAPPLIEDBIOSYSTEM454配列決定プラットフォーム、HELICOSTRUE一分子配列決定プラットフォーム、HALCYONMOLECULAR電子顕微鏡配列決定法、または任意の他の配列決定法が含まれる。全てのこれらの方法は、DNAサンプル中に保存された遺伝子データを遺伝子データセットに物理的に変換し、このデータセットは典型的には処理途中で記憶装置に保存される。関連する個体の遺伝子データを、個体のバルクの二倍体組織、個体由来の1つ以上の二倍体細胞、個体由来の1つ以上のハプロイド細胞、標的個体由来の1つ以上の卵割球、個体に関して見出される細胞外遺伝物質、母体血中に見出される個体由来の細胞外遺伝物質、母体血中に見出される個体由来の細胞、血縁個体由来の配偶子から作製された1つ以上の胚、かかる胚から採取した1つ以上の卵割球、血縁個体に関して見出された細胞外遺伝物質、血縁個体を起源としていることが公知の遺伝物質、およびその組み合わせが含まれるが、これらに限定されない群から選択される物質の分析によって測定することができる。いくつかの実施形態では、擬父が胎児の実父である尤度を計算することができる。いくつかの実施形態では、父性決定を使用して、臨床決定を行うことができる。次いで、この知識典型的には、事柄matterの物理的配列として記憶装置に保存されるを報告書に変換することができる。次いで、報告書にしたがって行動することができる。例えば、中絶すると臨床決定することができる。あるいは、妊娠を継続すると臨床決定することができる。本開示の1つの実施形態では、任意の本明細書中に記載の方法を、複数の標的が同一の標的個体に由来する例えば、同一の妊娠中の母親から複数の採血を行うように修正することができる。複数の遺伝的測定値は標的遺伝子型を決定することができるより多数のデータを提供し得るので、これにより、モデルの精度を改善することができる。1つの実施形態では、1つの標的遺伝子データセットは報告された一次データとして役立ち、他は一次標的遺伝子データを二重チェックするためのデータとして役立った。1つの実施形態では、複数の遺伝子データセットそれぞれ標的個体から採取された遺伝物質から測定を並行して考慮し、したがって、両標的遺伝子データセットは胎児の父性を決定するのを補助するのに役立つ。1つの実施形態では、本方法を、親子鑑定法の目的で使用することができる。例えば、母親由来の、および遺伝的父親であるかもしれないかもしくは遺伝的父親ではないかもしれない男性由来のSNPベースの遺伝子型情報および混合サンプル由来の測定された遺伝子型情報を考慮して、男性の遺伝子型情報が懐胎している胎児の実際の遺伝的父親を実際に示すかどうかを決定することが可能である。これを行うための簡潔な方法は、母親がAAであり、潜在的父親がABまたはBBであるコンテクストを簡潔に調査することである。これらの場合、父親の寄与はそれぞれ半分AA|ABまたは常時AA|BBを認められると予想することができる。予想されるADOを考慮して、認められた胎児SNPが潜在的父親のSNPと相関するかどうかを決定することは容易である。他の父性決定方法を、本明細書中の他の場所に記載している。本開示の1つの実施形態では、妊娠中の母親は、男性が、彼女の胎児の実父であるか否かを決定したい。妊娠中の母親は医師にかかり、妊娠中の母親の血液サンプルを提供し、妊娠中の母親と夫は口腔スワブ由来の彼ら自身のDNAサンプルを提供する。研究者は、親DNAを増幅するためのMDAプロトコールおよび多数のSNPでの親の遺伝子データを測定するためのILLUMINAINFINIUMアレイを使用して親DNAの遺伝子型を決定する。次いで、研究者は、血液を遠心沈殿し、血漿を採取し、サイズ排除クロマトグラフィを使用して浮遊DNAサンプルを単離する。あるいは、研究者は、1つ以上の蛍光抗体胎児ヘモグロビンに特異的なものなどを使用して有核胎児赤血球を単離する。次いで、研究者は、単離または富化した胎児遺伝物質を採取し、各オリゴヌクレオチドの2つの末端が標的対立遺伝子のいずれか側の隣接配列に対応するように適切にデザインされた70merオリゴヌクレオチドのライブラリーを適切に使用して胎児遺伝物質を増幅する。ポリメラーゼ、リガーゼ、および適切な試薬の添加の際に、オリゴヌクレオチドはギャップ充填環状化を受けて所望の対立遺伝子が捕捉される。エキソヌクレアーゼを添加し、熱失活させ、産物をPCR増幅用のテンプレートとして直接使用した。PCR産物をILLUMINAゲノム分析器で配列決定した。配列のリードをPARENTALSUPPORTTM法の入力として使用し、次いで、胎児の倍数性の状態を予想した。本方法によって擬父が胎児の実父でないことが決定され、決定の信頼度は99.98と計算される。父性決定および決定の信頼度の両方を開示する報告書を作成する。別の実施形態では、妊娠している女性は男性が彼女の胎児の実父であるか否かを知りたい。産科医は、母親および父親から採血する。血液を研究所に送り、ここで技術者が母体サンプルを遠心分離して血漿およびバフィーコートを単離する。バフィーコートおよび父系血液サンプル中のDNAを増幅によって変換し、増幅された遺伝物質中にコードされた遺伝子データを、遺伝物質を高処理シークエンサーにかけることによって分子的に保存された遺伝子データを電子的に保存された遺伝子データにさらに変換して親遺伝子型を測定する。血漿サンプルを、5000-plexヘミネスト化ターゲティングPCR法を使用して遺伝子座組で優先的に富化する。DNAフラグメント混合物を、配列決定に適切なDNAライブラリー中に調製する。次いで、DNAを、ハイスループット配列決定法例えば、ILLUMINAGAIIxゲノム分析器を使用して配列決定する。配列決定により、DNA中に分子的にコードされた情報がコンピュータハードウェア中に電子的にコードされた情報に変換される。本明細書中に開示されている実施形態を含むインフォマティクスベースの技術PARENTALSUPPORTTMなどを使用して、胎児の父性を決定することができる。これは、富化サンプルに関して取得されたDNA測定値から複数の多型遺伝子座での対立遺伝子数をコンピュータにて計算する工程および男性が妊娠中の母親の胎児の実父である尤度を決定する工程を含むことができる。擬父が胎児の実父である確率は99.9999であると決定され、父性決定の信頼度は99.99と計算される。報告書を印刷するか、妊娠中の女性の産科医に電子的に送付し、決定を女性に伝達する。女性、女性の夫、および医師は報告について検討する。1つの実施形態では、母親および父親の生の遺伝物質を、増幅によって配列が類似するがより大量のDNAに変換する。次いで、遺伝子型決定法により、核酸によってコードされる遺伝子型データを遺伝的測定値に変換し、これを記憶装置上記の記憶装置などに物理的および/または電子的に保存することができる。PARENTALSUPPORTTMアルゴリズムを構成する関連アルゴリズムその関連部分が本明細書中に詳細に考察されているを、プログラム言語を使用してコンピュータプログラムに変換する。次いで、ビットおよびバイトで物理的にコード化する生の測定データを示すパターンで配列代わりにコンピュータハードウェア上のコンピュータプログラムの実行により、データを胎児の父性の高信頼度の決定を示すパターンに変換されるようになる。この変換の詳細は、データ自体ならびに本明細書中に記載の方法を実行するために使用されるコンピュータ言語およびハードウェアシステムに依存するであろう。次いで、高品質の胎児の父性決定を示すように物理的に構成されたデータを報告書に変換し、この報告書を医療関係者に送付することができる。この変換を、プリンタまたはコンピュータディスプレイを使用して行うことができる。報告書は、紙または他の適切な媒体の印刷された複写物であり得るか、あるいは電子的なものであり得る。電子的報告書の場合、報告書を送信することができ、医療関係者によってアクセス可能なコンピュータ上の場所に記憶装置に物理的に保存することができ、読み出すことができるようにスクリーン上に表示することもできる。画面表示の場合、データを、表示装置上でピクセルに物理的に変換することによって可読様式に変換することができる。リン光スクリーンで物理的に輝く電子によって光子を放出または吸収する基板の前に存在し得るスクリーン上の特定のピクセルセットの透過性を物理的に変化させる電荷の変化によって変換を行うことができる。液晶中の分子のナノスケールの方向を、特定のピクセルセットで、例えば、ネマチック相からコレステリック相またはスメクチック相まで変化させることによってこの変換を行うことができる。電流によって有意義なパターンで配置した複数の発光ダイオードから得た特定のピクセルセットから光子を発生させることによってこの変換を行うことができる。この変換を、情報表示のために使用される任意の他の方法コンピュータスクリーンなどまたはいくつかの他の出力デバイスもしくは情報伝達方法によって行うことができる。次いで、医療関係者は、報告書中のデータを行動に移すように報告書にしたがって行動することができる。行動は妊娠を継続するか、中断することであり得る。後者は、懐胎している胎児を中絶することである。あるいは、一組の遺伝子型測定値を医師による妊娠中の患者の処置を補助する報告書に変換することができる。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の方法を、在胎期間の非常に早い時期例えば、4週もの早期、5週もの早期、6週もの早期、7週もの早期、8週もの早期、9週もの早期、10週もの早期、11週もの早期、および12週もの早期に使用することができる。本明細書中に開示の任意の実施形態を、デジタル電子回路、集積回路、特別設計されたASIC特定用途向けIC、コンピュータハードウェア、ファームウェア、ソフトウェア、またはその組み合わせで実施することができる。本明細書中に開示の実施形態の装置を、プログラム可能プロセッサによる実行のための機械読取り可能記憶装置で明確に具体化されるコンピュータプログラム製品で実施することができ、本明細書中に開示の実施形態の方法工程を、入力データを操作して出力させることによって本明細書中に開示の実施形態の関数を実行するための命令プログラムを実行するプログラム可能プロセッサによって実行することができる。本明細書中に開示の実施形態を、記憶システム、少なくとも1つの入力デバイス、および少なくとも1つの出力デバイスからデータおよび命令を受信し、データおよび命令を送信するように接続された専用または汎用であり得るプログラム可能システム少なくとも1つのプログラム可能プロセッサを含む上で実行可能および/または解釈可能な1つ以上のコンピュータプログラムで有利に実行することができる。各コンピュータプログラムを、必要に応じて高レベル手続き型もしくはオブジェクト指向プログラム言語またはアセンブリ言語もしくは機械言語で実行することができ、任意の場合、言語はコンパイラ型言語またはインタープリタ型言語であり得る。コンピュータプログラムを、任意の形態スタンドアロンプログラム、またはモジュール、コンポーネント、サブルーチン、もしくはコンピュータ環境下での使用に適切な他のユニットが含まれるで配置することができる。コンピュータプログラムを、1つのサイトにおいて1つのコンピュータまたは複数のコンピュータで実行または解釈するか、あるいは複数のサイトにわたり分配し、通信ネットワークによって相互接続されるように配置することができる。本明細書中で使用する場合、コンピュータ可読記憶媒体は、物理的または有形の記憶装置信号とは対照的にをいい、コンピュータ可読命令、データ構造、プログラムモジュール、または他のデータなどの情報の有形の記憶のための任意の方法およびテクノロジーで実行される揮発性または不揮発性の取り外し可能な媒体および取り外し不可能な媒体が含まれるが、これらに限定されない。コンピュータ可読記憶媒体には、RAM、ROM、EPROM、EEPROM、フラッシュメモリもしくは他のソリッドステートメモリテクノロジー、CD-ROM、DVD、もしくは他の光記憶装置、磁気カセット、磁気テープ、磁気ディスク記憶装置もしくは他の磁気記憶装置、または所望の情報またはデータまたは命令を有形に記憶するために使用することができ、且つコンピュータまたはプロセッサによってアクセスすることができる任意の他の物理的媒体もしくは物質媒体が含まれるが、これらに限定されない。ターゲティングされた富化および配列決定標的遺伝子座組でDNAサンプルを富化し、その後に非侵襲性出生前対立遺伝子コールまたは倍数性コール方法の一部として配列決定するための技術の使用により、多数の予想外の利点を得ることができる。本開示のいくつかの実施形態では、本方法は、インフォマティクスベースの方法PARENTALSUPPORTTMPSなどと共に使用するための遺伝子データを測定する工程を含む。いくつかの実施形態の最終結果は、胚または胎児の行動可能な遺伝子データである。具体化される方法の一部として個体および/または血縁個体の遺伝子データを測定するために使用することができる方法は多数存在する。1つの実施形態では、ターゲティングされた対立遺伝子組の濃度を富化する方法1つ以上の以下の工程を含む方法:遺伝物質のターゲティング増幅、遺伝子座特異的オリゴヌクレオチドプローブの添加、特定のDNA鎖のライゲーション、所望のDNA組の単離、望ましくない反応成分の除去、ハイブリッド形成による一定のDNA配列の検出、およびDNA配列決定法による1つまたは複数のDNA鎖の配列の検出を本明細書中に開示する。いくつかの場合、DNA鎖は標的遺伝物質をいうことができ、いくつかの場合、DNA鎖はプライマーをいうことができ、いくつかの場合、DNA鎖は合成配列またはその組み合わせをいうことができる。これらの工程を、多数の異なる順序で行うことができる。高度に変動する分子生物学上の性質を考慮して、一般に、種々の状況においてどの方法およびどの工程の組み合わせが不十分、十分、または最良に行われるか明らかでない。例えば、ターゲティング増幅前のDNAのユニバーサル増幅工程により、いくつかの利点妨害リスクの除去および対立遺伝子バイアスの軽減などを得ることができる。DNAをオリゴヌクレオチドプローブと混合することができ、このプローブは、標的配列の2つの隣接領域のいずれかの側の1つとハイブリッド形成することができる。ハイブリッド形成後、プローブの末端を、ポリメラーゼ、ライゲーションのための手段、およびプローブの環状化に必要な任意の試薬の添加によって連結することができる。環状化後、エキソヌクレアーゼを添加して非環状化遺伝物質に消化し、その後に環状化プローブを検出することができる。DNAをPCRプライマーと混合することができ、このプライマーは標的配列の2つの隣接領域のいずれかの側の1つとハイブリッド形成することができる。ハイブリッド形成後、プローブの末端を、ポリメラーゼ、ライゲーションのための手段、およびPCR増幅の完了に必要な任意の試薬の添加によって連結することができる。増幅または非増幅DNAを、遺伝子座組をターゲティングするハイブリッド捕捉プローブによってターゲティングすることができ、ハイブリッド形成後、プローブを局在化させ、混合物から分離して標的配列が富化されたDNA混合物を得ることができる。いくつかの実施形態では、標的遺伝物質の検出を、多重様式で行うことができる。並行して検出することができる遺伝子標的配列数は、1~10、10~100、100~1000、1000~10000、10000~100000、100000~1000000、または1000000~10000000個の範囲であり得る。先行技術は、首尾の良い多重PCR反応約50または100プライマーまでのプールを含むの開示を含むことに留意のこと。プールあたり100プライマー超を多重化する以前の試みは、プライマー-二量体形成などの望ましくない副反応を伴う重大な問題をもたらした。いくつかの実施形態では、この方法を使用して、単一の細胞、少数の細胞、2~5個の細胞、6~10個の細胞、10~20個の細胞、20~50個の細胞、50~100個の細胞、100~1000個の細胞、または少量の細胞外DNA例えば、1~10ピコグラム、10~100ピコグラム、100ピコグラム~1ナノグラム、1~10ナノグラム、10~100ナノグラム、または100ナノグラム~1マイクログラムを遺伝子型決定することができる。一定の遺伝子座をターゲティングし、その後に対立遺伝子コールまたは倍数性コールのための方法の一部として配列決定するための方法の使用により、多数の予想外の利点を得ることができる。DNAをターゲティングすることができるか、優先的に富化することができるいくつかの方法には、循環プローブ、連結反転プローブLIP、MIP、ハイブリッド形成法SURESELECTなどによる捕捉、およびターゲティングPCRまたはライゲーション媒介PCR増幅ストラテジーの使用が含まれる。いくつかの実施形態では、本開示の方法は、インフォマティクスベースの方法PARENTALSUPPORTTMPSなどと使用するための遺伝子データを測定する工程を含む。PARENTALSUPPORTTMは、遺伝子データを操作するためのインフォマティクスベースのアプローチであり、その態様を本明細書中に記載している。いくつかの実施形態の最終結果は、胚または胎児の行動可能な遺伝子データおよびその後の行動可能なデータに基づいた臨床決定である。PS法の背後にあるアルゴリズムは、標的個体しばしば、胚または胎児の測定遺伝子データおよび血縁個体由来の測定遺伝子データを取り、標的個体の遺伝的状態がわかるように精度を向上させることができる。1つの実施形態では、測定遺伝子データを、出生前遺伝子診断中に父性決定を行う状況下で使用する。上記状況下で個体および/または血縁個体の遺伝子データを測定するために使用することができる方法は多数存在する。異なる方法は多数の工程を含み、これらの方法は、しばしば、遺伝物質の増幅、オリゴヌクレオチドプローブの添加、特定のDNA鎖のライゲーション、所望のDNA組の単離、望ましくない反応成分の除去、ハイブリッド形成による一定のDNA配列の検出、DNA配列決定法による1つまたは複数のDNA鎖の配列の検出を含む。いくつかの場合、DNA鎖は標的遺伝物質をいうことができ、いくつかの場合、DNA鎖はプライマーをいうことができ、いくつかの場合、DNA鎖は合成配列またはその組み合わせをいうことができる。これらの工程を、多数の異なる順序で行うことができる。高度に変動する分子生物学上の性質を考慮して、一般に、種々の状況においてどの方法およびどの工程の組み合わせが不十分、十分、または最良に行われるか明らかでない。本開示のいくつかの実施形態は、連結反転プローブLIP以前に文献中に記載されているの使用を含む。LIPは、環状DNA分子の作製を含むテクノロジーを含むことを意味する一般名称である。ここで、このテクノロジーは、適切なポリメラーゼおよび/またはリガーゼ、および適切な条件、緩衝液および他の試薬の添加によってターゲティングされた対立遺伝子にわたってのDNAの相補的な反転領域が完成し、ターゲティングされた対立遺伝子中で見出された情報を捕捉するDNAの環状ループが作製されるように、プローブがターゲティングされた対立遺伝子いずれかのサイドのターゲティングされたDNA領域にハイブリッド形成するようにデザインされている。LIPはまた、前環状化プローブ、前循環プローブ、または循環プローブと呼ばれ得る。LIPプローブは、50ヌクレオチド長と500ヌクレオチド長との間、1つの実施形態では、70ヌクレオチド長と100ヌクレオチド長との間の線状DNA分子であり得る。いくつかの実施形態では、LIPプローブは、本明細書中に記載の長さより長くても短くても良い。本開示の他の実施形態は、LIPテクノロジーの異なる形態パッドロックプローブおよび分子反転プローブMIPなどを含む。配列決定のために特定の位置をターゲティングする1つの方法は、プローブを合成することである。この方法は、DNAポリメラーゼおよびDNAリガーゼの添加によって3’末端から伸長し、標的分子に相補的な一本鎖プローブへの塩基の添加ギャップ充填およびその後の新規の3’末端の元のプローブの5’末端へのライゲーションによって環状DNA分子が得られ、次いでこの環状DNA分子をバックグラウンドDNAから単離することができるようにプローブの3’および5’末端がターゲティングされた領域に隣接し、且つそのいずれかのサイド上の位置で反転様式にて標的DNAにアニーリングする。プローブ末端を、目的のターゲティングされた領域に隣接するようにデザインする。このアプローチの1つの態様を一般にMIPSと呼び、充填された配列の性質を決定するためにアレイテクノロジーと併せて使用されている。ライゲーション媒介PCRは、DNA混合物中の1つまたは複数の遺伝子座の増幅によってDNAサンプルを優先的に富化するために使用されるPCR法であり、この方法は、1組のプライマー対を得る工程であって、この対中の各プライマーが標的特異的配列および非標的配列を含み、標的特異的配列が標的領域多型部位から上流のものおよび下流のものにアニーリングするようにデザインされる、工程、上流プライマーの3’末端と下流プライマーの5’末端との間の一本鎖領域に標的分子に相補的なヌクレオチドを充填するための上流プライマーの3’末端由来のDNAの重合;上流プライマーの最後の重合した塩基の下流プライマーの隣接する5’塩基へのライゲーション、ならびに上流プライマーの5’末端および下流プライマーの3’末端に含まれる非標的配列を使用した重合およびライゲーションした分子のみの増幅を含む。個別の標的に対するプライマー対を、同一反応物中で混合することができる。非標的配列は、首尾よく重合およびライゲーションしている全プライマー対を単一の増幅プライマー対を使用して増幅することができるようなユニバーサル配列として役立つ。1つの実施形態では、DNAサンプルを、ハイブリッド形成アプローチによる捕捉を使用して優先的に富化することができる。市販のハイブリッド形成テクノロジーによる捕捉のいくつかの例には、AGILENTのSURESELECTおよびILLUMINAのTRUSEQが含まれる。ハイブリッド形成による捕捉では、所望のターゲティングされた配列に相補的であるかほとんど相補的であるオリゴヌクレオチド組により、DNA混合物とハイブリッド形成し、次いで混合物から物理的に分離する。一旦所望の配列がターゲティングオリゴヌクレオチドとハイブリッド形成すると、ターゲティングオリゴヌクレオチドの物理的除去の影響は、ターゲティングされた配列も除去することである。一旦ハイブリッド形成されたオリゴが除去されると、オリゴをその融点を超える温度に加熱することができ、オリゴを増幅することができる。ターゲティングオリゴヌクレオチドを物理的に除去するためのいくつかの方法は、固体支持体例えば、磁性ビーズまたはチップへのターゲティングオリゴの共有結合による。ターゲティングオリゴヌクレオチドを物理的に除去する別の方法は、別の分子部分に強い親和性を有する分子部分へのターゲティングオリゴヌクレオチドの共有結合による。かかる分子対の例はビオチンおよびストレプトアビジンであり、SURESELECTなどで使用される。したがって、ターゲティングされた配列をビオチン分子に共有結合することができ、ハイブリッド形成後、ストレプトアビジンを付加した固体支持体を使用して、ターゲティングされた配列とハイブリッド形成するビオチン化オリゴヌクレオチドをプルダウンすることができる。いくつかの実施形態では、PCRを使用して、ゲノムの特定の位置をターゲティングすることができる。血漿サンプルでは、元のDNAは高度に断片化されている典型的には、500bp未満、平均長は200bp未満。PCRでは、増幅を可能にするために順方向および逆方向プライマーの両方が同一フラグメントにアニーリングされなければならない。したがって、フラグメントが短い場合、PCRアッセイは、比較的短い領域も増幅しなければならない。PCRアッセイを数多く行うことができるが、異なるPCRアッセイ間の相互作用によって約100アッセイを超えて多重化するのは困難となる。種々の複雑な分子アプローチを使用して多重レベルを増加させることができるが、依然として反応あたり100、おそらく200、もしかすると500未満のアッセイに制限され得る。大量のDNAを有するサンプルを、複数の部分反応に分割し、次いで、配列決定前に再度組み合わせることができる。DNA分子の全サンプルまたはいくつかの部分集団のいずれかが制限されるサンプルについて、サンプルの分割によって統計ノイズが導入されるであろう。1つの実施形態では、少量または制限された量のDNAは、10pg未満、10pgと100pgとの間、100pgと1ngとの間、1ngと10ngとの間、または10ngと100ngとの間の量をいうことができる。この方法は複数のプールへの分割を含む他の方法により導入された統計ノイズに関連する深刻な問題が生じ得る少量のDNAにおいて特に有用である一方で、この方法によって任意のDNA量のサンプルに関して行う場合にバイアスを最小にする利点が依然として得られることに留意のこと。これらの状況下で、普遍的な前増幅工程を使用して、全サンプル量を増加させることができる。理想的には、この前増幅工程は対立遺伝子分布をかなり変化させるべきではない。一般に、サンプルの複数のn標的50超、100超、500超、または1,000超のターゲティング配列決定を行うために、1つまたは少数の各標的を増幅する多数の並行反応にサンプルを分割することができる。これはPCRマルチウェルプレート中で行われているか、FLUIDIGMアクセスアレイ微小流体チップ中のサンプルあたり48反応またはRAINDANCETECHNOLOGYによるドロップレットPCR100~数千の標的などの市販のプラットフォームで行うことができる。不運なことに、各ウェル中のゲノムの各領域の1コピーが存在することを保証するにはしばしばゲノムコピーが十分でないので、これらのスプリットアンドプール法は、限られた量のDNAを有するサンプルでは問題がある。多型遺伝子座をターゲティングする場合にこれは特に重大な問題であり、分割およびプールによって導入された確率的ノイズによって元のDNAサンプル中に存在した対立遺伝子の部分について非常に精度が悪い測定値をもたらすので、多型遺伝子座で相対的比率の対立遺伝子が必要である。制限された量のDNAしか利用できない場合に適用可能な多数のPCR反応物を有効且つ効率的に増幅する方法を本明細書中に記載する。1つの実施形態では、本方法を、単一細胞、体液、DNA混合物母体血漿、生検、環境サンプル、および/または法医学サンプル中に見出される浮遊DNAなどの分析のために適用することができる。1つの実施形態では、ターゲティング配列決定は、1つ、複数、または全ての以下の工程を含むことができる。aDNAフラグメントの両末端上のアダプター配列を使用してライブラリーを作製し、普遍的に増幅させる工程。bライブラリー増幅後に複数の反応物に分割する工程。c標的あたり1つの標的特異的順方向プライマーおよび1つのタグ特異的プライマーを使用して選択された標的を約100-plex、約1000-plex、または約10,000-plex増幅する工程。d逆方向標的特異的プライマーおよび第1ラウンドで標的特異的順方向プライマーの一部として導入したユニバーサルタグに特異的な1つまたは1つ以上のプライマーを使用してこの産物から第2の増幅を行う工程。e産物を複数のアリコートに分画し、各反応物中の標的のサブプールを増幅する工程例えば、50~500-plexであるが、これをシングルプレックスまで減少させて使用することができる。f並行サブプール反応物の産物をプールする工程。これらの増幅中、プライマーは、産物を配列決定することができるような配列決定適合タグ部分または全長を保有することができる。1つの実施形態では、元の無細胞DNAcfDNAサンプルの全部または一部の増幅によってその後の工程において潜在的損失を軽減することが可能である。下流手順に利用可能な量に増加させるサンプル中の全遺伝物質を増幅するための種々の方法が可能である。1つの実施形態では、ライゲーション媒介PCRLM-PCRDNAフラグメントを、1つの個別のアダプター、2つの個別のアダプター、または多数の個別のアダプターのいずれかのライゲーション後のPCRによって増幅する。1つの実施形態では、多置換増幅MDAΦ-29ポリメラーゼを使用して、全DNAを等温的に増幅する。DOP-PCRおよび変形形態では、ランダムプライミングを使用して、原材料DNAを増幅する。各方法は、一定の特徴全ての示したゲノム領域にわたる増幅の均一性、元のDNAの捕捉および増幅の効率、およびフラグメント長の関数としての増幅パフォーマンスなどを有する。伝統的なPCRアッセイデザインにより個別の胎児分子が有意に喪失するが、この喪失をミニPCRアッセイと呼ばれる非常に短いPCRアッセイのデザインによって大いに減少させることができる。母体血清中の胎児cfDNAは高度に断片化されており、フラグメントサイズは、平均約160bp、標準偏差約15bp、最小サイズ約100bp、および最大サイズ約220bpにてほぼガウス様式で分布している。ターゲティングされた多型に関するフラグメントの開始位置および終結位置の分布は、必ずしもランダムではないが、個別の標的間および集合的に全標的間で広く変動し、1つの特定の標的遺伝子座の多型部位はその遺伝子座を起源とする種々のフラグメントの間の出発点から終結点までの任意の位置を占め得る。用語ミニPCRがさらなる制限または限定を受けずに通常のPCRを等しく十分にいうことができることに留意のこと。PCR中、増幅は、順方向および逆方向のプライマー部位の両方を含むテンプレートDNAフラグメントからのみ生じるであろう。胎児cfDNAフラグメントが短いので、両プライマー部位の尤度順方向および逆方向のプライマー部位の両方を含む長さLの胎児フラグメントの尤度を示すは、フラグメントの長さに対するアンプリコンの長さの比である。理想的な条件下で、アンプリコンが45、50、55、60、65、または70bpであるアッセイは、それぞれ約72、69、66、63、59、または56の利用可能なテンプレートフラグメント分子から首尾よく増幅するであろう。アンプリコン長は、順方向プライミング部位の5’末端と逆方向プライミング部位の5’末端との間の距離である。当業者が典型的に使用する長さより短いアンプリコン長により、短い配列リードのみを必要として所望の多型遺伝子座をより効率的に測定することができる。1つの実施形態では、アンプリコンの実質的な画分は、100bp未満、90bp未満、80bp未満、70bp未満、65bp未満、60bp未満、55bp未満、50bp未満、または45bp未満であるべきである。先行技術で公知の方法では、短いアッセイが必要でなく、プライマー長、アニーリング特性、および順方向プライマーと逆方向プライマーとの間の距離の制限によって短いアッセイがプライマーデザインをかなり制限するので、短いアッセイ本明細書中に記載のアッセイなどは通常避けられることに留意のこと。多重PCRは、全標的が増幅される1ラウンドのPCRを含むことができるか、1ラウンドのPCRおよびその後の1ラウンド以上のネスト化PCRまたはネスト化PCRのいくつかの異形を含むことができる。ネスト化PCRは、少なくとも1つの塩基対によって前のラウンドで使用したプライマーに内部的に結合する1つ以上の新規のプライマーを使用したその後の1ラウンドまたは複数のラウンドのPCR増幅からなる。ネスト化PCRは、その後の反応において正確な内部配列を有する前のラウンド由来の増幅産物のみの増幅によって偽増幅標的数を減少させる。偽増幅標的の減少により、特に配列決定で得ることができる有用な測定値数が改善される。ネスト化PCRは、典型的には、前のプライマー結合部位の完全に内部にプライマーをデザインすることが必要であり、増幅に必要な最小DNAセグメントが必然的に増加する。DNAが高度に断片化されたサンプル母体血漿cfDNAなどについて、より大きなアッセイサイズにより、測定値を得ることができる個別のcfDNA分子数が減少する。1つの実施形態では、この影響を相殺するために、第2ラウンドのプライマーの一方または両方が第1の結合部位と重複していくつかの塩基を内部的に伸長させ、それにより、総アッセイサイズの増加を最小にしながらさらなる特異性を達成する部分的ネスト化アプローチを使用することができる。1つの実施形態では、PCRアッセイの多重プールを、1つ以上の染色体上のヘテロ接合性のSNPまたは他の多型遺伝子座もしくは非多型遺伝子座が潜在的に増幅されるようにデザインし、これらのアッセイを単一の反応で使用してDNAを増幅する。PCRアッセイ数は、50PCRアッセイと200PCRアッセイとの間、200PCRアッセイと1,000PCRアッセイとの間、1,000PCRアッセイと5,000PCRアッセイとの間、または5,000PCRアッセイと20,000PCRアッセイとの間それぞれ、50~200-plex、200~1,000-plex、1,000~5,000-plex、5,000~20,000-plex、20,000-plex超であり得る。1つの実施形態では、順方向プライマーおよび逆方向プライマーがハイスループット配列決定装置ILLUMINAのHISEQ、GAIIX、またはMISEQなどによって必要とされる順方向配列および逆方向配列に対応するテールを有するように、100-plex~500-plex、500-plex~1,000-plex、1,000-plex~2,000-plex、2,000-plex~5,000-plex、5,000-plex~10,000-plex、10,000-plex~20,000-plex、20,000-plex~50,000-plex、または50,000-plex~100,000-plexのPCRアッセイプールを作製する。さらに、ヌクレオチドバーコード配列をアンプリコンに付加してハイスループット配列決定装置の単一レーンで複数のサンプルの多重配列決定を可能にするために、その後のPCRにおけるプライミング部位として使用することができるさらなる配列を配列決定テールの5’側に含める。1つの実施形態では、逆方向プライマーがハイスループット配列決定装置によって必要とされる逆方向配列に対応するテールを有するように、10,000-plexPCRアッセイプールを作製する。最初の10,000-plexアッセイを使用した増幅後、その後のPCR増幅を、全標的のための部分ネスト化順方向プライマー例えば、6塩基ネスト化および第1ラウンドに含まれる逆方向配列決定テールに対応する逆方向プライマーを有する別の10,000-plexプールを使用して行うことができる。たった1つの標的特異的プライマーおよびユニバーサルプライマーを使用した部分ネスト化増幅のこのその後のラウンドは、必要なアッセイサイズが制限されるがサンプリングノイズが減少する、偽アンプリコン数が大きく減少する。タグが最終アンプリコンの一部であるように、配列決定タグを、添付のライゲーションアダプターに付加し、そして/またはPCRプローブの一部として付加することができる。胎児画分は試験の成績に影響をおよぼす。より少ない胎児画分を含むサンプルに関して正確な父性を決定することはより困難である。母体血漿中に見出されるDNAの胎児画分を富化する方法は多数存在する。胎児画分を、既に考察されている前述のLM-PCR法および長い母系フラグメントのターゲティングされた除去によって増加させることができる。実施形態では、サイズ選択技術を使用してより長いフラグメントを除去する。1つの実施形態では、標的遺伝子座の多重PCR増幅前に、さらなる多重PCR反応を行なって、その後の多重PCRでターゲティングされる遺伝子座に対応する長くて大部分が母系のフラグメントを選択的に除去することができる。無細胞胎児DNAフラグメント間で存在すると予想されるよりも多型からの距離が長い部位にアニーリングするようにさらなるプライマーをデザインする。これらのプライマーを、標的多型遺伝子座の多重PCR前に1サイクルの多重PCR反応で使用することができる。これらの遠位プライマーを、タグ付きDNA片を選択的に認識することができる分子または部分でタグ付けする。1つの実施形態では、これらのDNA分子を、1サイクルのPCR後にこれらのプライマーを含む新規に形成された二本鎖DNAを除去可能なビオチン分子で共有結合的に修飾することができる。その第1ラウンド中に形成された二本鎖DNAは、母体起源である可能性が高い。ハイブリッド材料の除去を、磁性ストレプトアビジンビーズの使用によって行うことができる。等しく十分に機能し得る他のタグ付け方法が存在する。1つの実施形態では、サイズ選択方法を使用して、より短いDNA鎖例えば、約800bp未満、約500bp未満、または約300bp未満の鎖についてサンプルを富化することができる。次いで、短いフラグメントの増幅を従来通り進めることができる。いくつかの実施形態では、標的DNAは、単一細胞、1コピー未満の標的ゲノムからなるDNAサンプル、少量のDNA、混合物起源のDNA例えば、妊娠血漿:胎盤DNAおよび母体DNA;癌患者の血漿および腫瘍:健康なDNAと癌DNAとの混合物、移植など、他の体液、細胞培養物、培養上清、法医学的DNAサンプル、古代DNAサンプル例えば、琥珀中に捕捉された昆虫、他のDNAサンプル、およびその組み合わせを起源とし得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の方法を使用して、SNP、単一縦列反復STR、コピー数、ヌクレオチドメチル化、mRNAレベル、他のタイプのRNA発現レベル、他の遺伝的および/または後成的特徴を増幅および/または検出することができる。本明細書中に記載のミニPCR法を、次世代配列決定と共に使用することができる。この方法を、他の下流の方法マイクロアレイ、デジタルPCRによる計数、リアルタイムPCR、質量分析などと共に使用することができる。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載のミニPCR増幅法を、少数集団の正確な定量法の一部として使用することができる。本方法を、スパイクキャリブレータを使用した絶対的定量のために使用することができる。本方法を、超深度配列決定verydeepsequencingによる変異/微量対立遺伝子定量のために使用することができ、本方法を高多重化様式で行うことができる。本方法を、ヒト、動物、植物、または他の生物における血族または祖先の標準的な親子鑑定および同一性試験のために使用することができる。本方法を、法医学試験のために使用することができる。本方法を、任意の材料種例えば、羊水およびCVS、精子、受胎産物POCに関する迅速な遺伝子型決定およびコピー数分析CNのために使用することができる。本方法を、単細胞分析胚から生検したサンプルに関する遺伝子型決定などのために使用することができる。本方法を、min-PCRを使用したターゲティング配列決定による迅速な胚分析1日未満、1日、または2日以内の生検のために使用することができる。高多重化PCRにより、しばしば、非生産的な副反応に起因する産物DNAプライマー二量体形成などが非常に高比率で産生され得る。1つの実施形態では、非生産的な副反応を引き起こす可能性が最も高い特定のプライマーをプライマーライブラリーから除去して、ゲノムにマッピングする増幅DNAがより高い比率で得られるプライマーライブラリーを得ることができる。問題の多いプライマーすなわち、二量体を形成するfirm可能性が特に高いプライマーの除去工程により、配列決定によるその後の分析を非常に高いPCR多重レベルで予想外に行うことができた。プライマー二量体および/または他の有害な産物によってパフォーマンスが有意に低下する配列決定などのシステムでは、他の記載の多重化の10倍超、50倍超、および100倍超の多重化が達成された。これは過剰なプライマー二量体があまり結果に影響を及ぼさないプローブベースの検出方法例えば、マイクロアレイ、TaqMan、PCRなどと反対であることに留意のこと。配列決定のための多重化PCRが同一ウェル中の約100アッセイに制限されると当該分野で一般的に考えられていることにも留意のこと。非マッピングプライマー二量体または他のプライマー有害産物の量を最小にするライブラリー用プライマーの選択方法は多数存在する。経験的データは、少数の悪いプライマーが大量の非マッピングプライマー二量体副反応を担うことを示す。これらの悪いプライマーの除去により、ターゲティングされた遺伝子座にマッピングされる配列リードの比率を増加させることができる。悪いプライマーの1つの同定方法は、ターゲティング増幅によって増幅されたDNAの配列決定データを調査することである。最高頻度で認められるプライマー二量体を除去して、ゲノムにマッピングしない副産物DNAが得られる可能性が有意に低いプライマーライブラリーを得ることができる。種々のプライマー組み合わせの結合エネルギーを計算することができる公的に利用可能なプログラムも存在し、最高の結合エネルギーを有するプライマーの組み合わせの除去により、ゲノムにマッピングされない副産物DNAが得られる可能性が有意に低いプライマーライブラリーも得られる。どのPCRプローブが二量体を形成する可能性が高いかを決定する他の方法が存在することに留意のこと。1つの実施形態では、非最適化プライマー組を使用して増幅したDNAプールの分析は、問題の多いプライマーを決定するのに十分であり得る。例えば、配列決定を使用して分析を行うことができ、最多数で存在する二量体は、二量体を形成する可能性が最も高いと決定され、除去することができる。標的位置を選択するために、疑われるプライマー対デザインのプールから開始し、プライマー対間の潜在的な有害相互作用の熱力学モデルを作製し、このモデルを使用してプール中の他のデザインと不適合のデザインを排除することができる。PCRの実施時に可能なワークフローが多数存在する。本明細書中に開示の方法に典型的ないくつかのワークフローを記載する。本明細書中に概説した工程は、他の可能な工程を排除することを意味せず、本明細書中に記載の任意の工程が適切に機能するための方法に必要であることも含意しない。多数のパラメータの変形形態または他の修正形態が文献中で公知であり、本発明の本質に影響を及ぼすことなくこれらを実施することができる。1つの特に一般化されたワークフローを以下に示し、その後に可能な多数の変形形態を示す。変形形態は、典型的には、可能な二次PCR反応例えば、実施可能な異なるネスト化型工程3をいう。変形形態を本明細書中に明確に記載するものと異なる回数または異なる順序で行うことができることに留意することが重要である。1.サンプル中のDNAは、ライゲーションアダプターしばしば、ライブラリータグまたはライゲーションアダプタータグLTというを有することができ、ライゲーションアダプターがユニバーサルプライミング配列を含む場合に付着され、その後にユニバーサル増幅する。1つの実施形態では、断片化後に配列決定ライブラリーを作製するようにデザインされた標準的プロトコールを使用してこれを行うことができる。1つの実施形態では、DNAサンプルを平滑末端化することができ、次いで、Aを3’末端に付加することができる。Tオーバーハングを有するYアダプターを付加してライゲーションすることができる。いくつかの実施形態では、AまたはTオーバーハング以外の他の粘着末端を使用することができる。いくつかの実施形態では、他のアダプター例えば、ループ状ライゲーションアダプターを付加することができる。いくつかの実施形態では、アダプターは、PCR増幅用にデザインされたタグを有することができる。2.特異的標的増幅STA:数百から数千、数千から数万、さらに数十万の標的の前増幅を1つの反応で多重化することができる。STAは、典型的には、10~30サイクル行うが、5~40サイクル、2~50サイクル、さらに1~100サイクルで行うことができる。プライマーに、例えば、より簡潔なワークフローのためまたは大部分の二量体の配列決定を回避するためにテールを付けることができる。典型的には、同一タグを保有する両プライマーの二量体が効率的に増幅または配列決定されないであろうということに留意のこと。いくつかの実施形態では、1サイクルと10サイクルとの間のPCRを行うことができ、いくつかの実施形態では、10サイクルと20サイクルとの間のPCRを行うことができ、いくつかの実施形態では、20サイクルと30サイクルとの間のPCRを行うことができ、いくつかの実施形態では、30サイクルと40サイクルとの間のPCRを行うことができ、いくつかの実施形態では、40サイクル超のPCRを行うことができる。増幅は、線形的増幅であり得る。PCRのサイクル数を、最適なリード深度DORプロフィールが得られるように最適化することができる。異なるDORプロフィールは、異なる目的のために望ましいかもしれない。いくつかの実施形態では、全アッセイ間のリードのより均一な分布が望ましい。DORがいくつかのアッセイに小さすぎる場合、確率的ノイズはデータが非常に有用であるのには高すぎ得る一方で、リード深度が非常に高い場合、それぞれのさらなるリードの最低限の有用性が比較的小さい。プライマーテールは、普遍的にタグ付けされたライブラリーからの断片化DNAの検出を改良することができる。ライブラリータグおよびプライマー-テールが相同配列を含む場合、ハイブリッド形成を改良することができ例えば、融点TMが低下する、プライマー標的配列の一部のみがサンプルDNAフラグメント中に存在する場合にプライマーを伸長させることができる。いくつかの実施形態では、13個以上の標的特異的塩基対を使用することができる。いくつかの実施形態では、10~12個の標的特異的塩基対を使用することができる。いくつかの実施形態では、8~9個の標的特異的塩基対を使用することができる。いくつかの実施形態では、6~7個の標的特異的塩基対を使用することができる。いくつかの実施形態では、STAを、前増幅DNAに対して行うことができる例えば、MDA、RCA、他の全ゲノム増幅、またはアダプター媒介ユニバーサルPCR。いくつかの実施形態では、STAを、例えば、サイズ選択、標的捕捉、定方向分解directeddegradationによって一定の配列および集団が富化または枯渇されたサンプルに対して行うことができる。3.いくつかの実施形態では、特異性を増大させて望ましくない産物を減少させるための二次多重PCRまたはプライマー伸長反応を行うことが可能である。例えば、全ネスト化、セミネスト化、ヘミネスト化、および/またはより小さなアッセイプールの並行反応への細分は全て、特異性を増大させるために使用することができる技術である。実験により、サンプルの3つの400-plex反応への分割によって厳密に同一のプライマーを使用した1つの1,200-plex反応よりも特異性が高い産物DNAが得られることが示されている。同様に、実験により、サンプルの4つの2,400-plex反応への分割によって厳密に同一のプライマーを使用した1つの9,600-plex反応よりも特異性が高い産物DNAが得られることが示されている。1つの実施形態では、同一方向または反対方向の標的特異的プライマーおよびタグ特異的プライマーを使用することが可能である。4.いくつかの実施形態では、タグ特異的プライマーを使用したSTA反応およびユニバーサル増幅すなわち、多数または全ての前増幅標的およびタグ付き標的を増幅するためによって産生されたDNAサンプルを増幅することが可能である希釈、精製またはその他の方法。プライマーは、さらなる機能的配列例えば、バーコードまたはハイスループット配列決定プラットフォームでの配列決定に必要な全長アダプター配列を含むことができる。これらの方法を任意のDNAサンプルの分析のために使用することができ、これらの方法は、DNAサンプルが特に小さい場合またはDNAが1人を超える個体を起源とする母体血漿の場合などDNAサンプルである場合に特に有用である。これらの方法を、DNAサンプル単一または少量の細胞、ゲノムDNA、血漿DNA、増幅血漿ライブラリー、増幅アポトーシス性上清ライブラリー、または他のDNAの混合サンプルなどに関して使用することができる。1つの実施形態では、これらの方法を、異なる遺伝子構成の細胞が癌または移植片などを有する単一の個体中に存在し得る場合に使用することができる。いくつかの実施形態では、多重PCR増幅は、種々のネスト化プロトコール型例えば、セミネスト化ミニPCR、全ネスト化ミニPCR、ヘミネスト化ミニPCR、三重ヘミネスト化ミニPCR、片側ネスト化ミニPCR、片側ミニPCR、または逆セミネスト化ミニPCRを使用する工程を含むことができる。診断ボックス1つの実施形態では、本開示は、本開示中に記載の方法の態様を部分的または完全に実施することができる診断ボックスを含む。1つの実施形態では、診断ボックスを、医師のオフィス、病院検査室、または患者管理地点に合理的に近い任意の適切な場所に配置することができる。ボックスは全自動様式で方法の態様を行うことができるか、ボックスは、1つまたは多数の工程を技術者によって手作業で完了する必要があり得る。1つの実施形態では、ボックスは、母体血漿に関して測定した遺伝子型データを分析することができる。1つの実施形態では、ボックスを、診断ボックスを使用して測定した遺伝子型データを外部計算施設に送信するための手段に連結することができ、次いで、外部計算施設にて遺伝子型データを分析し、おそらく報告書も作成することができる。診断ボックスは、水性または液体のサンプルを一方の容器から他方の容器に移すことができるロボットユニットを含むことができる。診断ボックスは、多数の試薬固体および液体の両方を含むことができる。診断ボックスは高処理シークエンサーを含むことができる。診断ボックスはコンピュータを含むことができる。プライマーキットいくつかの実施形態では、本開示に記載の方法を達成するようにデザインされた複数のプライマーを含むキットを処方することができる。プライマーは、本明細書中に開示の外側の順方向プライマーおよび逆方向プライマー、内側の順方向プライマーおよび逆方向プライマーであり得る。これらのプライマーは、プライマーデザインの項目に開示のキット内の他のプライマーに対する結合親和性が低いようにデザインされているプライマーであり得る。これらのプライマーは、関連する項目に記載のハイブリッド捕捉プローブまたは前環状化プローブまたはそのいくつかの組み合わせであり得る。1つの実施形態では、本明細書中に開示の方法と共に使用するようにデザインされた懐胎している胎児中の標的染色体の倍数性の状態を決定するためのキットを処方することができる。このキットは、複数の内側の順方向プライマーおよび任意選択的に複数の内側の逆方向プライマー、および任意選択的に外側の順方向プライマーおよび外側の逆方向プライマーを含み、各プライマーは、標的染色体および任意選択的にさらなる染色体上の多型部位のうちの1つからすぐ上流側および/または下流側のDNA領域とハイブリッド形成するようにデザインされている。1つの実施形態では、プライマーキットを、本明細書中の他の場所に記載の診断ボックスと組み合わせて使用することができる。最尤推定値表現型または遺伝子型例えば、染色体異常、病状、または父親との関係の有無を検出するための当該分野で公知の多数の方法は、条件に直接関連するか相関する計量が測定される単一仮説棄却検定を含む。ここで、計量が所与の閾値の一方のサイドにある場合に条件は存在すると決定される一方で、計量が閾値の他方のサイドにある場合に条件は存在しないと決定される。単一仮説棄却検定は、帰無仮説と対立仮説との間の決定時に帰無仮説分布のみに注目する。交互分布を考慮せずに、観察データを考慮して各仮説の尤度を推定することができない。したがって、コールの信頼度を計算出来ない。それ故、単一仮説棄却検定を使用して、特定の場合に関連する信頼度を推定せずにイエスまたはノーの回答を得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示の方法は、最尤法を使用して表現型または遺伝子型例えば、染色体異常、病状、または父性関係の有無を検出することができる。これは、条件の有無をコールするための閾値をそれぞれの場合に適切なように調整することができるので、単一仮説棄却技術を使用した方法より実質的に改良されている。これは、母体血漿中に見出される浮遊DNA中に存在する胎児DNAおよび母体DNAの混合物から利用可能な遺伝子データから懐胎している胎児の父性を決定することを目的とする診断技術に特に関連する。最尤推定法は、各仮説に関連する対立遺伝子分布を使用して各仮説を必要条件とするデータの尤度を推定することができる。次いで、これらの条件確率を、仮説コールおよび信頼度に変換することができる。同様に、最大事後推定法は、最尤推定値と同一の条件確率を使用するが、最良の仮説を選択し、信頼度を決定した場合に集団事前確率を組み合わせる。したがって、最尤推定値MLE技術または密接に関連する最大事後MAP技術の使用によって2つの利点が得られる。第1に正確なコールの機会が増大し、各コールについての信頼度も計算される。1つの実施形態では、最大確率を有する仮説に対応する父性コールの選択を、最尤推定値または最大事後推定値を使用して行う。1つの実施形態では、単一仮説棄却技術を使用する当該分野で公知の任意の方法を使用し、MLEまたはMAP技術を使用するように再構築する工程を含む懐胎している胎児の父性の決定方法を開示する。父性の決定方法ffDNAは、典型的には、母体DNAとの混合物中に低画分で存在する。1つの実施形態では、母親は遺伝子型が既知であるか、母系遺伝子型を測定または推測することができる。典型的には、母体血漿中に見出される胎児DNA画分は2と20との間であるが、異なる条件では、この百分率は約0.01~約50の範囲であり得る。1つの実施形態では、マイクロアレイまたは対立遺伝子ごとに強度データを与える他の技術を使用して母体血漿を測定することができる。1つの実施形態では、配列決定を使用して母体血漿中に含まれるDNAを測定することができる。これらの場合、特定の対立遺伝子での対立遺伝子強度測定値または配列リード数は、母体シグナルと胎児シグナルとの和である。子のDNAの母親DNAに対する混合比をr:1と仮定すると、遺伝子座での対立遺伝子の相対数は、母親由来の2対立遺伝子および子由来の2r対立遺伝子からなる。いくつかの実施形態では、遺伝子座は一塩基多型を含む。表1は、情報価値のあるペアレントコンテクストの選択のための混合物中の各対立遺伝子の相対数を示す。情報価値のある上記4つのコンテクストの選択が情報価値があり得る全てのコンテクストを含むことを意味しないことに留意のこと。コンテクストの任意の組み合わせを使用することができ、任意のコンテクストの遺伝子型測定値中で見出すことができる情報がかなり存在する。子由来の対立遺伝子の欠落率が有意である場合でさえ、対立遺伝子が存在するシグナルと対立遺伝子が存在しないシグナルとの間の相違が明確であり得る。例えば、コンテクスト対BB|BBおよびBB|AAにおけるSNP由来のA対立遺伝子の測定値ならびにコンテクスト対AA|AAおよびAA|BBにおけるSNP由来のB対立遺伝子の測定値を考慮する。それぞれの場合、子の対立遺伝子がどこで欠落していようとも、第1のコンテクスト中にシグナルは存在しないはずであり、第2のコンテクスト中にシグナルが存在するはずである。しかし、擬父が正しくない場合、時折両コンテクスト中にシグナルが存在するであろう。したがって、SNP測定値の分布は、擬父が正確かそうでないかに応じて異なるはずである。この相違は、典型的には、分布の高シグナル末端でより観察可能であろう。なぜならこれらは子由来のDNA寄与の尤度がより高いSNPだからであろう。この相違を、SNP測定値の分布の高パーセンタイル値の比較によって認めることができる。可能なパーセンタイル法の例は、ニアレストランク、クローゼストランク間の線形補間、および重み付きパーセンタイルである。例えば、全染色体由来のコンテクストBB|BBにおけるA対立遺伝子のSNP測定値組をX1と定義し、コンテクストBB|AAにおけるA対立遺伝子の測定値組をX2と定義する。擬父が正確な場合、X1の99パーセンタイル値はX2の99パーセンタイル値より有意に低いであろう。擬父が正しくない場合、2つの分布の99パーセンタイル値は相互に近いであろう。任意のパーセンタイル例えば、95パーセンタイル、90パーセンタイル、85パーセンタイル、または80パーセンタイルを同様に十分に使用することができることに留意のこと。1つの実施形態では、特定の測定チャネルについて、X1をシグナルを持たないコンテクスト由来の測定値と定義することができ、X2を母親および父親が共にホモ接合性であり、且つ父親の対立遺伝子のみがシグナルを提供する子を介して遺伝コンテクスト由来の測定値と定義することができる。p1をX1データの99または95、90などパーセンタイルと定義し、p2をX2データの99または95、90などパーセンタイルと定義する。検定統計量tをp1/p2と定義する。値の相違を示すp1およびp2の他の関数を等しく充分に使用することができることに留意のこと。値tは、サンプル中の子DNAの存在量未知に応じて変化するであろう。したがって、tの分類閾値を事前的に計算することができない。単一サンプルの検定統計量tを、以下の手順を使用して父親が分からない多数の個体の遺伝子型から得た分布と比較することができる。巨大な非血縁個体組由来の遺伝子型が利用可能であると仮定する。1.各非血縁個体について、父親であると仮定し、検定統計量t値を計算する。2.Tuを非血縁の男性由来のt測定値組とする。Tuに分布を当てはめる。これは、帰無仮説下での特定のサンプルのtの分布である。帰無仮説は、遺伝子型がサンプル中に存在する子の父親に由来しないである。分布Putは、既知の分布例えば、ガウス分布への最大尤度フィットまたはモーメントフィット法、カーネル関数を使用するカーネル密度フィット例えば、Gaussian、box、triangleなど、または任意の他の適切な分布フィッティング法であり得る。3.擬父の遺伝子型を考慮し、対応する検定統計量tcを計算する。4.真の父親は、非血縁個体よりt値が小さくなると予想される。tcまたはより離れた値を生じる非血縁の父親の確率は、tcで評価されたPuの累積密度関数である。したがって、帰無仮説棄却のp値を以下の式によって得る。pが有意性閾値α未満に低下する場合、擬父が非血縁個体である仮説を有意性αで棄却することができる。pがαを超える場合、帰無仮説を棄却できず、擬父はサンプル中に存在する子と非血縁であり得る。有意性閾値αは、非血縁個体を正確な父親に分類することができる確率を定義する。例えば、0.01と等しい閾値αを使用して、1の非血縁個体が正確な父親と同定され得る。AおよびB対立遺伝子チャネル由来のデータの組み合わせのための種々の方法を考慮することができる。例えば、2つの簡潔な方法は、全チャネル由来のp値が閾値未満であることを必要とすることまたは任意のチャネル由来のp値が閾値未満であることを必要とすることである。いくつかの実施形態では、親子鑑定法は、子DNAが子由来のシグナルを持つか持たないSNPを区別するのに充分な濃度で存在すると仮定する。充分な子DNA濃度の非存在下で、予想される父性遺伝した対立遺伝子が母体血漿中に測定されないので、この方法は不正確な父親を報告することができる。1つの実施形態では、親子鑑定の適用前に充分な子DNAの存在を確認することができる方法を記載する。子の存在確認は、子DNA濃度に比例するが、父親遺伝子型を必要としない検定統計量の計算に基づく。検定統計量が必要な閾値を超える場合、子DNA濃度は親子鑑定を行うのに充分である。母親遺伝子型がAAであり、Bチャネルを測定するSNP組合わせた全染色体由来を考慮する。シグナルは子の遺伝子型がBを含むSNPのサブセットのみに対して予想されるが、これらのSNPを父親遺伝子型を使用せずに事前的に同定することができず、利用できない。その代わりに、巨大なサンプル集団に基づいたSNP集団内頻度{fi}fiはSNPiの遺伝子型中のサンプル平均数Bsであるを考慮する。母親遺伝子型がAAであるほとんどのSNPのfiは0.5未満であろうが、これらのSNP上のfi分布はほとんど1にまで及ぶことに留意のこと。2組のSNPS1およびS2S1={i:fi<TL}およびS2={i:fi>TH}を考慮する。閾値TLおよびTHはS1中のSNPがBを有すると予想されることがほとんどなく、且つS2中の多数のSNPがBを有すると予想されるような組であり、各組は充分な集団を有する。1つの実施形態では、このアルゴリズムはTL=0.05およびTH=0.7を使用する一方で、TLおよびTHの他の値が等しく充分またはそれ以上に有効であり得る。yiをSNPi由来のBチャネル測定値とするY1={yi:i∈S1}およびY2={yi:i∈S2}。Y1およびY2の分布は非常に類似するであろう。なぜなら、両分布中のほとんどのSNPがシグナルを持たないからであろう。しかし、S2中のいくつかの些細でない数のSNPが子のシグナルを有すると予想され、S1中の非常に少数のSNPが子のシグナルを有すると予想される。したがって、Y2のテールはY1のテールより高い強度に及ぶはずである。ptを1に近いパーセンタイル例えば、99パーセンタイルとする。充分な子DNAの存在下で、Y2のptパーセンタイルは、Y1のptパーセンタイルより有意に高いはずである。したがって、検定統計量sを以下のように定義することができる。s=パーセンタイルY2;pt-パーセンタイルY1;pt。1つの実施形態では、検定統計量を、アレイ間の増幅相違の説明を試みる種々の方法によって正規化することができる。1つの実施形態では、染色体ごとに正規化することができる。1つの実施形態では、アレイごとに正規化することができる。1つの実施形態では、配列決定作業ごとに正規化することができる。以下の計算は、どのようにしてSNPの概数および欠落率に基づいて閾値TLおよびTHが特定の母体サンプル中の子DNAの影響を区別することができるのかを示す。表3は、以下に由来するいくつかのデータを示す。1つの実施形態では、本方法は、以下の仮定を含む。集団内頻度を、大集団データセット例えば、500人超の個体、1,000人超の個体、5,000人超の個体、または20,000人超の個体から計算し、各コンテクスト中のSNP数は、例示の母親および父親に由来すること。母親がAAであり、父親がBBであるSNPは存在しないこと実際には、およそ8の母親のSNPがAAである。父親がBを有するSNPが半分であることにより、子がBになること。子の欠落率が90であること。子シグナルを用いた測定値は、子シグナルを用いない測定値より高いであろうということ。表3は、上記パラメータを使用した開示の方法を使用した特定の父性の場合に由来するいくつかのデータを示す。S1由来の98パーセンタイル測定値は、子のシグナルが存在する任意のSNPを含むと予想されない。S2由来の98パーセンタイル測定値は、子のシグナルが存在する約50個のSNPを含むと予想される。2つの間の相違は、子のシグナル量を反映するはずである。図1は、38週で採取した母体血漿サンプル由来のコンテクストAA|AAおよびAA|BBの対立遺伝子強度データの分布を示す。B対立遺伝子を測定する。AA|BB分布はAA|AA分布より有意に高く広がり、これは、B対立遺伝子子のゲノム中のみ存在するがAA|BBコンテクスト中に存在するがAA|AAコンテクスト中に存在しないことに留意のこと。図2は、図1と同一の母体血漿サンプルに由来し、200人の非血縁個体由来の遺伝子型を使用した対立遺伝子Bの検定統計量tの分布を示す。以下の2つの分布を示す2つの曲線:最尤ガウスフィットおよびカーネル分布。実父の値tcを星印でマークする。p値は、擬父が子と非血縁関係であるという帰無仮説について10-7未満である。表4は、種々の妊娠段階での8つの母系血液サンプル由来の結果を示す。p値を、正確な父親について各チャネルA対立遺伝子およびB対立遺伝子から測定したデータに基づいて計算する。両チャネルp値が0.01未満である必要がある場合、2つのサンプルは不正確に分類される。たった1つのチャネルが閾値を通過する必要がある場合、全サンプルは正確に分類される。比率の確認または排除のために多数の計量および閾値を使用することができる。例えば、カットオフp値0.02、0.005、0.001、または0.00001を使用することができる。同様に、チャネルp値の一方または両方が所与の閾値未満であることを要求することができるか、異なるチャネルp値について2つの異なる閾値を有し得る。表4は、正確な父親が非血縁個体である帰無仮説のP値を示す。各列は異なる母系血液サンプルに対応し、これは父系遺伝子サンプルに対応している。200人の非血縁の男性に関して取得した遺伝子測定値をコントロールとして使用した。図3中の曲線は、200人の非血縁の男性の強度比の分布を示し、星印は実父の強度比を示す。このデータは、妊娠11週の母親から採血した場合に取られている。図4は、以下の3つの場合についての胎児遺伝子型測定値と親の遺伝子型測定値との間の相関比についての累積分布頻度cdf曲線を示す:1妊娠中の母親および擬父の両方が胎児の生物学的な親である場合正確、右端の曲線、2妊娠中の母親が胎児の実母であるが、擬父が胎児の実父でない場合誤り1つ、中央の曲線、および3妊娠中の母親および擬父のいずれも胎児の生物学的な親ではない場合誤り2つ、左端の曲線。cdf曲線は、単一細胞に関して測定したデータから計算した胚の遺伝子型データと0人、1人、または2人の仮定された親が実際に胎児の遺伝的親である場合の仮定した親の遺伝子型データとの間の相関比である。正確および誤り2つのラベルが逆にされることに留意のこと。図5は、同一の3つの場合についてのヒストグラムを示す。ヒストグラムが片方および両方の親が不正確である1000を超える場合で構成されていることに留意のこと。単一細胞に関して測定した胎児の遺伝子型データと0人、1人、または2人の仮定された親が実際に胎児の遺伝的親である場合の仮定した親の遺伝子型データとの間で測定した相関率のヒストグラム。本発明の親子鑑定法を使用した35の父性の結果を図6に示す。妊娠期間が9~40週の妊娠中の女性から採取したサンプルに関して鑑定を行った。右側の赤色の曲線は、800人の非血縁の男性についての親子鑑定法による統計量の正規化ガウス分布を示す。非血縁の男性の分布は各場合で異なっている。視覚化するためにここでは正規化分布を使用する。青色バーは、正確な父親擬父についての正規化検定統計量を示す。正確な父親が非血縁の男性と明らかに離れていることが明確である。正規化検定統計量は標準偏差にほぼ近似するので、下のグラフ上の-5が平均から約5標準偏差であることに留意のこと。したがって、このコホートにおける全ての仮定された父親が少なくとも99.9999の信頼度で正確な父親と確認された。本発明の1つの実施形態では、親ハプロタイプの知識を使用して、試験の精度を向上させることができる。例えば、染色体の所与のセグメントについて父親の2つのハプロタイプが既知である場合、欠落しない場合にSNPが存在するという知識を使用して、欠落し得る場合についてどのSNPが予想されるべきであるかを決定することができる。例えば、連鎖しておりすなわち、同一染色体上に密接して存在する、母親および擬父のコンテクストがAA|AB、AA|AB、AA|BAである3つのSNP組を想定する。2つの文字のうちの最初の文字が第1のハプロタイプ上の対立遺伝子を示し、第2の文字が第2のハプロタイプ上の対立遺伝子を示すので、親の遺伝子型が相特定されている場合、AB≠BAであることに留意のこと。ここで、これら3つのSNPについて、3つ全てについて有意なレベルのB対立遺伝子が測定されると想定する。この場合、擬父が正確な父親であるという見込みは低い、なぜなら、2つの父親のハプロタイプがA、A、B、およびB、B、Aである一方で、測定された胎児遺伝子型は3つ全てのSNPでBについて陽性であり、母親はAにのみ寄与し得るからである。父親遺伝子型が相特定されていなかった場合、この測定値組を考慮してこの擬父を除外することはできないであろう。1つの実施形態では、1つ以上の精子に関して取得したハプロイド遺伝的測定値と共に二倍体ゲノムDNA測定値を考慮して父親ハプロタイプを決定することができる。1つを超える精子の使用により、ハプロタイプをより正確に決定することが可能であり、精子が形成された減数分裂の間に各染色体について交差が起こり得た回数をその位置と共に決定することも可能である。この親の相特定を達成する方法を、本明細書中の他の場所で参照した4つのRabinowitzの特許出願により詳細に見出すことができる。1つの実施形態では、SNP測定値を使用して排他的に父性決定を行い、単一縦列反復由来のデータを使用しない。1つの実施形態では、SNP測定値およびSTR測定値の両方を使用して排他的に父性決定を行う。SNPデータを、SNPマイクロアレイを使用して測定することができるか、配列決定を使用して測定することができる。配列決定をターゲティングすることができないか、例えば多型遺伝子座組をターゲティングする循環プローブの使用によってターゲティングすることができるか、ハイブリッド形成技術による捕捉の使用によってターゲティングすることができる。いくつかの実施形態では、遺伝子データを、以下の方法の組み合わせによって測定することができる。例えば、親遺伝子データをSNPマイクロアレイに関して測定することができる一方で、母体血清から単離したDNAを、捕捉ハイブリッド形成プローブを使用してSNPマイクロアレイで見出されたSNPと同一のSNPをターゲティングする標的配列決定を使用して測定することができる。1つの実施形態では、以下のデータ型の組み合わせを使用して、擬父が胎児の実父であるか否かを決定することができる:SNPデータ、STRデータ、交差データ、微小欠損データ、挿入データ、転座データ、または他の遺伝子データ。1つの実施形態では、本方法は、胎児または他の標的個体の確立された父性を開示する報告書を作成する工程を含むことができる。1つの実施形態では、父性決定を伝達する目的で報告書を作成することができる。1つの実施形態では、報告書は、擬父が胎児の実父である確率を含むことができる。かかる報告書のいくつかの例を以下の図内に示す。図7は父性排除を開示する報告書の例であり、図8は父性包含を開示する報告書の例であり、図9は不確定の結果を示す報告書の例である。1つの実施形態では、報告書は、所与の胎児および母親に関する複数の非血縁個体についての父性関連計量の分布を含むグラフ灰色の曲線として示すならびに擬父についての計量の表示三角として示すを含むことができる。非血縁の男性の分布は各場合で異なる。これら3つの報告書では、胎児および非血縁の男性についての実際の検定統計量の分布をここで使用している。1つの実施形態では、報告書はまた、擬父が非血縁個体の分布の一部である可能性がより高いという表示例えば、図7を含むことができる。したがって、擬父が胎児の実父でないことが確証される。ここで、三角がグラフの父性排除領域に存在するという事実はこれが父性排除であることを示す。1つの実施形態では、報告書はまた、擬父が非血縁個体についての父性計量の分布の一部ではない可能性がより高いという表示例えば、図8を含むことができ、擬父が胎児の実父であることが確証される。三角がグラフの父性包含領域中に存在するという事実はこれが父性包含であることを示す。1つの実施形態では、報告書はまた、測定値が不確定であるという表示例えば、図9を含むことができる。三角がグラフの不確定の結果領域中に存在するという事実は、胎児の父性の確証に関して結論づけられなかったことを示す。本発明の1つの実施形態では、擬父が胎児の実父であるか否かの決定を、単一縦列反復STRを使用しないで行う。本発明の1つの実施形態では、父性決定の精度を、親遺伝子型の相特定によって増大させる。本発明の1つの実施形態では、1人以上の親の遺伝子型を、その親に関連する1以上の個体由来の遺伝物質を使用して相を特定する。1つの実施形態では、親と血縁関係にある個体は、両親の父親、母親、同胞、息子、娘、兄弟、姉妹、叔母、叔父、双子、クローン、両親由来の配偶子、およびその組み合わせである。別の父性決定方法1つの実施形態では、母体血漿および任意選択的に他の遺伝物質を、配列決定例えば、高処理シークエンサーILLUMINAのHISEQもしくはMISEQまたはLIFETECHNOLOGIESのIONTORRENTなどの使用によって測定することができる。浮遊胎児DNA濃度が充分である場合、非侵襲性親子鑑定法を母体血液サンプルに関して行うことができる。一般に、ほとんどの場合、母体血漿中の胎児DNA画分は約2と20との間であるが、その一部が在胎期間に依存して、0.01もの低さまたは40もの高さであり得る。この胎児画分の範囲がSNPマイクロアレイを使用した単一仮説棄却法による親子鑑定法に充分であることが既に証明されている。ハイスループット配列決定は、母親および子の遺伝子型の組み合わせについての各SNPでの予想される測定値の応答を数学的にモデリングすることが可能なはるかに正確なプラットフォームである。1つの実施形態では、母体血漿および任意選択的に他の遺伝物質を、配列決定例えば、高処理シークエンサーILLUMINAのHISEQもしくはMISEQまたはLIFETECHNOLOGIESのIONTORRENTなどの使用によって測定することができる。次いで、父性包含または父性排除の信頼度を、確率および/または推定理論の使用によって計算することができる。1つの実施形態では、親子鑑定法は以下を含むことができる。擬父について、以下の2つの異なる仮説に関して血漿由来の配列決定データの確率を計算することができる。1擬父が正確な生物学的な父親であることHc、および2擬父が正確な生物学的な父親でないことHw。次いでより高い尤度または事後確率を有する仮説を選択する。1つの実施形態では、このアプローチを、血漿中の対立遺伝子比を配列決定されたAおよびB対立遺伝子の認められた数に関連付けるプラットフォームモデルと組み合わせることができる。プラットフォームモデルが利用可能であるならば、各仮説についての各SNPの位置についての配列決定されたAおよびB対立遺伝子の確率的尤度を導くことが可能である。1つの厄介な問題は、母体血漿中の胎児画分の量が個体とおよび経過時間との間で変化し得ることである。1つの実施形態では、本方法は、この可変性を説明することができる。この型の可変性に取り組む方法がいくつか存在する。1つの実施形態では、本方法は胎児画分を明確に推定することができ、別の実施形態では、本方法は、未知の量に事前確率を当てはめ、可能な値全体を統合することができる。1つの実施形態は、0からいくつかの閾値まで例えば、40の一様分布のままの事前確率を使用する。理論的には任意の事前確率が有効であり得る。1つの実施形態は、連続空間中または有限パーティション上のいずれかで種々の子画分の尤度を計算し、それぞれ範囲にわたって統合または合計する。胎児画分fを有する母体血漿および単一のSNP血漿中に存在する期待される対立遺伝子比はrである母系遺伝子型および胎児遺伝子型に基づくを考慮する。1つの実施形態では、期待対立遺伝子比を、母体DNAおよび胎児DNAの組み合わせ中の期待A対立遺伝子画分と定義する。母系遺伝子型gmおよび子の遺伝子型gcについて、同様に遺伝子型を対立遺伝子比として示されると仮定して、期待対立遺伝子比は式1によって得られる。r=fgc1-fgm1。SNPでの観測は、各対立遺伝子が存在するマッピングリード数naおよびnbを含み、これを合計するとリード深度dになる。マッピングおよび対立遺伝子の観測が正確と見なすことができるように、品質管理手段をマッピング確率に適用していると仮定する。簡潔な観測尤度モデルは、対立遺伝子比rを有する巨大なプールから各dリードを独立して引くと仮定する二項分布である。式2はこのモデルを記載している。母系遺伝子型および胎児遺伝子型が全てAまたは全てBのいずれかである場合、血漿中の期待対立遺伝子比は0または1であり、Pbinoは充分に定義されないであろう。さらに、予測できない対立遺伝子が時折実際に認められるので、これは望ましくない。二項分布モデルを多数の方法で拡大することができる。1つの実施形態では、少量の予測できない対立遺伝子が説明されるように修正対立遺伝子比を使用することが可能である。1つの実施形態では、各SNP上に出現する予測できない対立遺伝子の比をモデリングするために学習用データを使用し、このモデルを使用して期待対立遺伝子比を補正することが可能である。期待対立遺伝子比が0でも1でもない場合、観測対立遺伝子比は、増幅バイアスまたは他の現象に起因して期待対立遺伝子比に変換することができない。次いで、対立遺伝子比を、期待対立遺伝子比に中心があるベータ分布としてモデリングすることができ、それにより、二項分布より高い分散を有するPna,nb|rについてのベータ二項分布が得られる。単一のSNPでの応答についての一般的なプラットフォームモデルを、Fa,b,gc,gm,f3または母系遺伝子型および胎児遺伝子型を考慮した観測確率na=aおよびnb=bこれらは式1による胎児画分にも依存するとして定義することができる。Fa,b,gc,gm,f=Pna=a,nb=b|gc,gm,f3。gc,gm、およびfの関数を必要条件とすることによって例えば、1で定義したrおよび2中の二項分布例を使用することによって式3を簡潔にすることが可能であることに留意のこと。次いで、Fの式を以下のように記載することができる。Fa,b,gc,gm,f=Pna=a,nb=b|gc,gm,f=Pna=a,nb=b|rgc,gm,f4。一般に、Fの関数形式は、二項分布、ベータ二項分布、多変量ポリア分布、学習用データから推定した経験分布、または上記で考察した類似の関数であり得る。1つの実施形態では、Fの関数形式は、問題の染色体上のコピー数についての仮説に応じて異なる形式を取る。胎児画分の計算方法DNAの混合画分中に存在する胎児DNA画分の決定は、非侵襲性出生前父性決定、倍数性コール、または対立遺伝子コールのための任意の方法の不可欠な部分であり得る。いくつかの実施形態では、混合サンプルの胎児画分を、母親の遺伝子型データ、父親の遺伝子型データ、ならびに母体DNAおよび胎児DNAの両方を含む混合サンプル由来の測定された遺伝子型データを使用して決定することができる。親子鑑定法の文脈で、また、倍数性コールの場合はより狭い範囲で、父親の正体は知られていないので、胎児の実父の遺伝子型データを使用できない。これらの場合では、胎児の実父の遺伝子型を必要としない胎児画分決定方法を有することが重要である。胎児画分を推定するためのいくつかの方法を本明細書中に記載している。これらの方法を、実父の遺伝子型が利用可能な場合、および利用可能でない場合に適切であるような一般的方法で記載する。特定の染色体について、N個のSNPを調査すると想定すると、この想定のために以下のデータを有する。NR血漿配列の測定値組S=S1,...,SNR。1つの実施形態では、各SNPの対立遺伝子AおよびBのA,B数を有する場合、sをs=a1,b1,...,aN,bNaiはSNPi上の数であり、biはSNPi上のbであり、と記載する事ができる。親データは以下からなる。○遺伝子型情報:母親Gm=Gm1,...,GmN,父親Gf=Gf1,...,GfN式中、Gmi,Gfi∈AA,AB,BB;および/または○配列データ測定値:NRM母親測定値sm=sm1,...,smnr、NRF父親測定値Sf=Sf1,...,Sfnr。上記単純化に類似して、各SNP上にA,B数を有する場合、Sm=am1,bm1,...,amN,bmN、Sf=af1,bf1,...,afN,bfN集合的に、母親、父親、子のデータをD=Gm,Gf,Sm,Sf,Sと示すことができる。1つの実施形態では、両親由来の遺伝子型データを使用可能である。1つの実施形態では、母親にのみ由来する遺伝子型データを使用可能である。1つの実施形態では、父親にのみ由来する遺伝子型データを使用可能である。1つの実施形態では、いずれの親にも由来しない遺伝子型データを使用可能である。いくつかの実施形態では、母親の遺伝子型データを、混合サンプル中で測定された遺伝子型データから推測することができる。一般に、親データが望ましく、アルゴリズムの精度が向上するが、必要条件ではないことに留意のこと。子画分推定は、データを考慮した期待子画分である。1つの実施形態では、可能な子画分の間隔を細密に一定間隔を開けた点の集合Cに分割し、各点で計算を行い、上記式を以下の式に変えることができる。Pf|Dは、データDを考慮した特定の子画分fの尤度である。以下のベイズの法則を使用してさらに導くことができる。Pf|D~PD|fPf式中、Pfは特定の子画分の事前重みである。1つの実施形態では、これを、情報がない事前分布一様分布から導くことができ、これは集合C中の候補子画分間のスペーシングに比例し得る。PD|cfrは、関連する染色体に関する特定のコピー数下で導かれる特定の子画分を考慮した所与のデータの尤度である。1つの実施形態では、使用した染色体上のダイソミーを仮定することができる。全SNPに関するデータの尤度は、個別のSNPに関するデータの尤度の積である。式中、iは特定のSNPを示す。SNPiについては、以下の式を有する。式中、gmは可能性のある真の母親遺伝子型であり、gfは可能性のある真の父親遺伝子型であり、gcは可能性のある子の遺伝子型であり、gm,gf,gc∈{AA,AB,BB}。Pgm|iは、SNPiでの既知の集団内頻度pAiで示すに基づいたSNPiに関する母親遺伝子型gmの一般的な事前確率である。特に、pAA|pAi=pAi2,pAB|pAi=2pAi1-pAi,pBB|pAi=1-pAi2。pf|iについても同様に、父親遺伝子型の確率である。親m、f、および想定した仮説Hを考慮した真の子の遺伝子型=cが得られる確率をPgc|gm,gf,Hと示し、容易に計算することができる。例えば、ダイソミーについては、以下である。真の母親遺伝子型m、真の父親遺伝子型f、真の子の遺伝子型c、コピー数についての仮説H、および子画分fを考慮したSNPiに関する所与のデータDの確率をPD|gm,gf,gc,H,i,fとする。これを、以下のように、母親、父親、および子のデータの確率に分解することができる。PD|gm,gf,gc,H,f,i=Psm|gm,iPGm|gm,iPsf|gf,iPGf|gf,iPs|gm,gc,H,f,i。イルミナ遺伝子型が正確と仮定した真の遺伝子型gmと比較したSNPiでの母親イルミナ遺伝子型データgmiの確率は、以下に示すように簡潔である。1つの実施形態では、余分なノイズまたはバイアスが含まれないカウントSmi=ami,bmiの場合のSNPiでの母親配列データの確率は、以下のように定義された二項確率である:PSm|,i=PX|mami式中、X|m~BinompmA,amibmi。ここで、pmAを、以下のように定義する。類似の式を父親の確率に適用する。親データ、特に父親データを用いずに回答を得ることが可能であることに留意のこと。例えば、父親遺伝子型データFが利用できない場合、PGf|gf,i=1を使用することができる。父親配列データSfが利用できない場合、PSf|gf,i=1を使用することができる。1つの実施形態では、異なる染色体由来の情報を、平均、加重平均、または類似関数を使用して収集する。胎児画分の別の計算方法DNA混合物中の胎児DNA画分の別の決定方法を本明細書中に記載する。1つの実施形態では、親子鑑定、倍数性検定、または他の目的のための胎児画分fの最尤推定値のバージョンを、父性情報を使用せずに導くことができる。S0を母系遺伝子型0AAを有するSNP組と定義し、S0.5を母系遺伝子型0.5ABを有するSNP組と定義し、S1を母系遺伝子型1BBを有するSNP組と定義する。S0上の可能な胎児遺伝子型は0および0.5であり、それにより、可能な対立遺伝子比の組が得られる。同様に、R0.5={0.5-f,0.5,0.5f}および。S0、S0.5、およびS1組の全てまたは任意のサブセットを使用して、子画分推定値を導くことができる。Na0およびNb0をS0中のSNPの配列数によって形成されたベクトルと定義し、Na0.5およびNb0.5を同様にS0.5について定義し、Na1およびNb1を同様にS1について定義する。全母系遺伝子型組を使用したfの最尤推定値を、式4によって定義する。各SNPでの対立遺伝子数がSNPの血漿対立遺伝子比を必要条件として独立であると仮定すると、確率を、各組中のSNPの積として示すことができる。式中、nas、nbsは、SNP上の数sである。fへの従属性は、可能な対立遺伝子比R0f、R0.5f、およびR1fの組による。SNPの確率Pnas,nbs|fを、fを必要条件とした最尤遺伝子型の仮定によって近似することができる。合理的に高い胎児画分およびリード深度で、最尤遺伝子型の選択は、信頼度が高いであろう。例えば、10の胎児画分およびリード深度1,000で、母親が遺伝子型0を有するSNPを考慮する。期待対立遺伝子比は0および5であり、これらは、充分に高いリード深度で容易に区別可能であろう。推定した子の遺伝子型の式5への置換により、胎児画分推定値についての完全方程式6が得られる。胎児画分は、範囲[0,1]内でなければならず、それにより、最適化を、制約付きの一次元探索によって容易に行うことができる。別の方法は、各SNPで可能な遺伝子型を合計することであろう。それにより、S0におけるSNPのPna,nb|fについて以下の式7が得られる。事前確率Prを、R0fにわたって一様と仮定することができるか、集団内頻度に基づき得る。S0.5およびS1群への拡大も自明である。確率の誘導信頼度を、2つの仮説Htfすなわち、擬父が実父であることおよびHwfすなわち、擬父が実父でないことのデータ尤度から計算することができる。目的は、PH|Dすなわち、各仮説についてデータを考慮した仮説の確率を計算し、どの仮説がより可能性が高いかを推測することである。1つの実施形態では、ベイズの法則:PH|D~PD|HPH式中、PHは仮説の事前重みであり、PD|Hは仮説を考慮した尤度であるを使用してこれを行うことができる。PD|H,fすなわち、特定の子画分についての仮説を考慮したデータ尤度を考慮する。子画分の分布が利用可能である場合、さらに、を導くことが可能である。Pf|Hが仮説から独立しているすなわち、Pf|H=Pfことに留意のこと。なぜなら、子画分は擬父が実父であるか否かに関係なく同一であり、任意の妥当な事前確率Pfを選択することができる例えば、0~50子画分の一様事前分布からである。1つの実施形態では、たった1つの子画分を使用することが可能である。この場合、以下である。尤度PD|H,fを考慮する。各仮説の尤度を、応答モデル、推定胎児画分、母親遺伝子型、擬父遺伝子型、対立遺伝子の集団内頻度、血漿対立遺伝子数、およびSNPに基づいて導く。Dは前記で定義したデータを示すものとする。1つの実施形態では、各SNPでの観測が血漿対立遺伝子比を必要条件として独立しており、したがって、父性仮説の尤度はSNPに関する尤度の積であると仮定する。以下の式は、単一SNPiおよび単一子画分fについての尤度をどのようにして導くことができるのかについて記載している。式8は任意の仮説Hの尤度の一般式である。次いで、この式はHtfおよびHwfの特定の場合に分解されるであろう。遺伝子型gm、gtf、gdf、およびgcが{AA,AB,BB}中の値を取り、{0,0.5,1}式中、AA=0、AB=0.5、BB=1に変換されることに留意のこと。また、gtfは真の父親の遺伝子型を示し、gdfは父親について提供されたデータによって示される遺伝子型を示す。Htfの場合、gtfおよびgdfは等しい。仮説Htfの場合、擬父は実父であり、胎児遺伝子型は、母系遺伝子型および擬父遺伝子型から遺伝する。上記式は、以下に簡略化される。、さらにおよびHwfの場合、擬父は実父でない。真の父親遺伝子型の1つの推定値を、各SNPでの集団内頻度を使用して得ることができる。したがって、子遺伝子型の確率を、既知の母親遺伝子型および集団内頻度によって決定することができるすなわち、データは実父の遺伝子型に関するさらなる情報を提供しない。この場合、上記の式を、さらに簡略化せず、以下のように示す。さらに、式中、gtfに関する唯一の情報が集団事前確率である、および尤度の両方の式PD|f,H,iすなわち、両方の仮説についてでは、応答モデルPs|gm,gdf,gc,f,Hが一般化される。具体例を、本明細書中の他の場所の一般的なプラットフォームモデルに関する考察中に記載している。応答モデルについてのいくつかの例には、二項分布、ベータ二項分布、多変量ポリア分布、学習用データから推定した経験分布、または上記で考察した類似の関数が含まれる。いくつかの実施形態では、正確な父性に関する信頼度Cpを、尤度PD|HtfおよびPD|Hwfから計算することができる。1つの実施形態では、この計算を、以下のベイズの法則を使用して計算することができる。または、より具体的な場合について、SNPに関する2つの尤度の積として記載することができる。別の実施形態では、信頼度を以下のように計算することができる。他の妥当な尤度関数も可能である。実験の項実験1父性が確認されており、且つ在胎期間が6週間と21週間との間の21人の妊娠中の母親を登録した。参加者は、本発明者らのIRB認証研究プログラムの一部として血液を自主的に供与し、IVFセンター、OBオフィス、および米国内の異なる場所の一般集団から採血した。母体血漿から単離した無細胞DNAffDNAを母親および擬父由来のDNAと共に増幅し、SNPアレイを使用して測定した。本明細書中に開示のインフォマティクス法を使用して、一組の5,000人を超える非血縁個体から作成した基準分布に対して各擬父を比較することによって21人の正確な父親および36,400人の不正確な父親について父性を排除または包含した。21サンプルのうちの20サンプルは、結果を返すのに充分な胎児DNAを有していた。20人中20人100の父性包含が正確であった。36,382人中36,382人の父性排除が正確であり100、18人が中間の遺伝的類似性に起因してコールなしであった。ミスコールはなかった。集団は、出生前研究のために血液を供与した夫婦から構成されていた。女性は単胎妊娠しており、第1トリメスターまたは第2トリメスターにあり、父性が確認されていなければならなかった。血液サンプルを、白血球保存剤を含む無細胞血液チューブSTRECKを使用して女性から採取し、遺伝子サンプルを、血液EDTAまたは口内サンプルのいずれかとして父親から採取した。書面によるインフォームドコンセントを全ての参加者から入手し、遺伝子サンプルをIRB承認研究に登録した患者から集めた。母親の血液を遠心分離して、バフィーコートと血清を単離した。母親および擬父のバフィーコート中のゲノムDNAならびに母体血清中のDNAを分析のために調製し、標準的プロトコールを使用してILLUMINAINFINIUMCYTO12SNPアレイを運転した。簡潔に述べれば、製造者の説明書にしたがって血清DNAをQIAGEN循環核酸キットを使用して単離し、45ul緩衝液中に溶出した。20マイクロリットルの溶出液を、1xNEB4緩衝液、0.42mMのdNTP、および2.5UのT4DNAポリメラーゼNEWENGLANDBIOLABS中にて20°Cで30分間、次いで75°Cで15分間インキュベートする平滑末端化反応で使用した。3マイクロリットルのライゲーション混合物0.5ulの10xNEB4、1ulの10mMATP、1ulのT4PNKNEWENGLANDBIOLABS、0.5ulのT4DNAリガーゼNEWENGLANDBIOLABSを添加し、サンプルを、16°Cで24時間、次いで75°Cで15分間インキュベートした。サンプルを、母親および擬父のゲノムDNAと共に標準的なILLUMINAINFINIUMアッセイに移した。簡潔に述べれば、24ulのDNAは全ゲノムであり、これを37°Cで20~24時間増幅し、その後に断片化および沈殿を行った。次いで、沈殿物をハイブリッド形成緩衝液に再懸濁し、熱変性させ、TECANEVOを使用してCyto12SNPアレイに移した。アレイを48°Cで少なくとも16時間インキュベートし、X染色しINFINIUMIICHEMISTRY、TECANEVO中で洗浄し、最後にスキャニングした。アレイ強度を、BEADSTIDUOILLUMINAを使用して抽出した。開示のインフォマティクス法により、胎児と別の個体との間の遺伝的類似度を測定した検定統計量を得た。この検定統計量を、擬父と5,000人を超える一組の非血縁個体の両方について計算した。次いで、単一仮説棄却検定により、擬父について計算した統計量を非血縁基準個体によって形成される分布から排除することができるかどうかを決定した。擬父を非血縁組から棄却することができる場合、父性包含となった。そうでなければ、父性は排除された。充分なDNAを有する20サンプルについて、親子鑑定を、20人の正確な父親および1,820人の任意抽出した不正確な父親に対して行った。非血縁個体分布に関する擬父の検定統計量のp値が10-4未満である場合、父性包含とコールした。これは、理論上、10,000人の非血縁個体のうちの1人以下が胎児に対して遺伝的類似性を示すと予想されることを意味する。p値が10-4と0.02との間である場合、コールなしとコールした。胎児DNAが血漿DNAの2未満を構成した場合に不十分な胎児DNAのコールを行った。期待分布を得るために使用した非血縁個体組は、広範な種々の人種的背景由来の個体から構成され、父性包含または父性排除の決定を異なる人種の非血縁個体組擬父が示す人種が含まれるについて再計算した。包含および排除の結果をアルゴリズムによって自動的に生成し、ヒトの介入は必要なかった。結論として、既知の父性の21種の母体血サンプルを試験した。21サンプルのうちの20サンプルから結果が返された一方で、1サンプルが分析には胎児DNAが不十分であった。このサンプルは、在胎期間が8週の女性から採取されていた。20サンプルのうちの20サンプル100の結果について父性が正確に確認され、それぞれのp値は10-4未満であった。充分な胎児画分を有する各20サンプルを、1,820人の不正確な父親のランダム集合に対して試験し、合計で36,400個の個別の親子鑑定を行った。これらの分析のうちの36,382個の結果が返された。36,382個のうちの36,382個100が正確に父性排除され、そのp値は10-4超であった。36,400個のうちの18個0.05がコールなしとコールされ、そのp値は10-4と0.02との間であった。不正確な父性排除も父性包含も認められなかった。21サンプルのうちの9サンプルがIVF中の受精の制御によって父性が確認され、着床前遺伝子診断によって受精後に正確な父性が確認された。12サンプルが、オハイオ州フェアフィールドのDNAダイアグノーステイックスセンター社によって行った胎児/子ゲノムDNAの独立した親子鑑定法によって父性が確認された。実験21つの実験では、4つの母体血漿サンプルを調製し、ヘミネスト化9,600-plexプロトコールを使用して増幅した。サンプルを以下の方法で調製した。15mLと40mLとの間の母体血を遠心分離して、バフィーコートと血漿を単離した。母体DNA中のゲノムDNAをバフィーコートから調製し、父系DNAを血液サンプルまたは唾液サンプルから調製した。母体血漿中の無細胞DNAを、製造者の説明書に従ってQIAGEN循環核酸キットを使用して単離し、45uLのTE緩衝液中に溶出した。ユニバーサルライゲーションアダプターを35uLの精製血漿DNAの各分子の末端に付着させ、ライブラリーを、アダプター特異的プライマーを使用して7サイクル増幅させた。ライブラリーを、AGENCOURTAMPUREビーズを使用して精製し、50ulの水に溶出した。3ulのDNAを、15サイクルのSTA最初のポリメラーゼ活性化のための95°Cで10分間、次いで、15サイクルの以下:95°Cで30秒間;72°Cで10秒間;65°Cで1分間;60°Cで8分間;65°Cで3分間および72°Cで30秒間;ならびに72°Cで2分間の最終伸長にて14.5nMプライマー濃度の9600種の標的特異的タグ付き逆方向プライマーおよび500nMの1種のライブラリーアダプター特異的順方向プライマーを使用して増幅した。ヘミネスト化PCRプロトコールは、濃度1000nMの逆方向タグおよび濃度16.6unMの9600種の各標的特異的順方向プライマーを使用した15サイクルのSTA最初のポリメラーゼ活性化のための95°Cで10分間、次いで15サイクルの以下:95°Cで30秒間;65°Cで1分間;60°Cで5分間;65°Cで5分間および72°Cで30秒間;ならびに72°Cで2分間の最終伸長にわたる、第1のSTA産物の希釈物の第2の増幅を含んでいた。次いで、STA産物のアリコートを、1uMのタグ特異的順方向プライマーおよびバーコード化逆方向プライマーを使用した10サイクルにわたる標準的なPCRによって増幅して、バーコード化した配列決定ライブラリーを生成した。各ライブラリーのアリコートを、異なるバーコードのライブラリーと混合し、スピンカラムを使用して精製した。この方法では、9,600種のプライマーを単一ウェル反応で使用した。これらのプライマーを、染色体1、2、13、18、21、X、およびY上に見出されたSNPをターゲティングするようにデザインした。次いで、アンプリコンを、ILLUMINAGAIIXシークエンサーを使用して配列決定した。サンプルあたり、シークエンサーによっておよそ390万リードが得られ、370万リードがゲノムにマッピングされ94、これらのうちの290万リード74がターゲティングされたSNPにマッピングされた平均リード深度344およびリード深度メジアン255。4サンプルについて胎児画分は、9.9、18.9、16.3、および21.2であることが見出された。関連する母体および父系ゲノムDNAサンプルを、セミネスト化9600-plexプロトコールを使用して増幅し、配列決定した。セミネスト化プロトコールは、9,600種の外側順方向プライマーおよびタグ付き逆方向プライマーを7.3nMにて最初のSTAで適用する点が異なる。第2のSTAおよびバーコード化PCRのサーマルサイクリング条件および構成は、ヘミネスト化プロトコールと同一であった。配列決定データを、本明細書中に開示のインフォマティクス法を使用して分析し、基準組由来の10人の非血縁の男性組のそれぞれが、懐胎している各胎児の実父ではないと決定された。実験31つの実験では、45組の細胞を、1,200-plexセミネスト化プロトコールを使用して増幅し、配列決定し、3つの染色体で倍数性決定を行った。この実験は、母体血から得た単一の胎児細胞または少量の子由来のDNAが存在する法医学的サンプルに対する親子鑑定法の実施条件をシミュレートすることを意味することに留意のこと。15種の個別の単一細胞および3種の細胞の30組を全部で45種反応のための45種の個別の反応チューブ中にいれた。この45種の反応について、各反応物はたった1つの細胞株由来の細胞を含んでいたが、異なる反応物は異なる細胞株由来の細胞を含んでいた。細胞を5ulの洗浄緩衝液中に調製し、5ulのARCTURUSPICOPURE溶解緩衝液APPLIEDBIOSYSTEMSの添加および56°Cで20分間、95°Cで10分間のインキュベーションによって溶解した。単一/3細胞のDNAを、25サイクルのSTA最初のポリメラーゼ活性化のための95°Cで10分間、次いで、25サイクルの以下:95°Cで30秒間;72°Cで10秒間;65°Cで1分間;60°Cで8分間;65°Cで3分間および72°Cで30秒間;ならびに72°Cで2分間の最終伸長にて50nMプライマー濃度の1200種の標的特異的順方向プライマーおよびタグ付き逆方向プライマーを使用して増幅した。セミネスト化PCRプロトコールは、20サイクルのSTA最初のポリメラーゼ活性化のための95°Cで10分間、次いで、15サイクルの以下:95°Cで30秒間;65°Cで1分間;60°Cで5分間;65°Cで5分間および72°Cで30秒間;ならびに72°Cで2分間の最終伸長にわたる、濃度1000nMの逆方向タグ特異的プライマーおよび濃度60nMの400種の各標的特異的ネスト化順方向プライマーを使用した第1のSTA産物の希釈物の3つの並行する第2の増幅を含んでいた。3つの並行する400-plex反応では、第1のSTAで増幅された全部で1200種の標的を増幅した。次いで、STA産物のアリコートを、1uMのタグ特異的順方向プライマーおよびバーコード化逆方向プライマーを使用した15サイクルにわたる標準的なPCRによって増幅して、バーコード化した配列決定ライブラリーを生成した。各ライブラリーのアリコートを、異なるバーコードのライブラリーと混合し、スピンカラムを使用して精製した。この方法では、1,200種のプライマーを単一細胞反応で使用した。これらのプライマーを、染色体1、21、およびX上に見出されたSNPをターゲティングするようにデザインした。次いで、アンプリコンを、ILLUMINAGAIIXシークエンサーを使用して配列決定した。サンプルあたり、シークエンサーによっておよそ390万リードが得られ、5000億~8000億リードがゲノムにマッピングされたサンプルあたり全リードの74~94。細胞株由来の関連する母体および父系ゲノムDNAサンプルを、より少ないサイクルおよび1200-plexの第2のSTAを使用した類似のプロトコールを使用した同一のセミネスト化1200-plexアッセイプールを使用して分析し、配列決定した。配列決定データを、本明細書中に開示のインフォマティクス法を使用して分析し、基準組由来の10人の非血縁の男性組のそれぞれが、上記45種の細胞のそれぞれについて標的個体の実父ではないと決定された。母体血中の過去の妊娠の子由来のDNA非侵襲性出生前親子鑑定法の難しさの1つは、現在の妊娠由来の胎児細胞を過去の妊娠由来の胎児細胞と区別することである。先の妊娠由来の遺伝物質はしばらくして消失するであろうが決定的な証拠は示されていないと考える者もいる。本開示の1つの実施形態では、父性起源の母体血中に存在する胎児DNAすなわち、胎児が父親から受け継いだDNAをPARENTALSUPPORTTMPS法および父系ゲノムの知識を使用して決定することが可能である。この方法は、相特定された親の遺伝情報を利用することができる。祖父母の遺伝子データ祖父由来の精子由来の測定された遺伝子データなど、または他の出産した子由来の遺伝子データ、または流産サンプルを使用して、相特定されていない遺伝子型情報由来の親遺伝子型を相特定することが可能である。HapMapベースの相特定または父系細胞のハプロタイプ決定haplotypingによって相特定されていない遺伝情報を相特定することもできる。首尾の良いハプロタイプ決定は、染色体が強く束ねられている有糸分裂期での細胞停止および別個の染色体を別個のウェルに入れるためのマイクロフルイディクスの使用によって実証されている。別の実施形態では、相特定された親のハプロタイプデータを使用して父親由来の1つを超えるホモログ1人を超える子由来の遺伝物質が血液中に存在することを意味するの存在を検出することが可能である。胎児中の正倍数体であると予想される染色体に注目することにより、胎児がトリソミーに罹患している可能性を除外することができる。また、胎児DNAが現在の父親に由来しないかどうかを決定することが可能であり、その場合、トリプル試験などの他の方法を使用して遺伝子異常を予想することができる。採血以外の方法を介して利用可能な胎児遺伝物質の他の供給源が存在し得る。母体血中で利用可能な胎児遺伝物質の場合、以下の2つの主なカテゴリーが存在する:1全胎児細胞例えば、有核胎児赤血球または赤芽球および2浮遊胎児DNA。全胎児細胞の場合、過去の妊娠由来の子または胎児由来のDNAを含む妊娠中の女性から細胞を単離することが可能なように胎児細胞が母体血中に長期間残存し得るという証拠が幾つか存在する。浮遊胎児DNAが約数週間のうちに系から排除されるという証拠も存在する。1つの困難は、どのようにして細胞中に含まれている遺伝物質を有する個体の正体を決定するか、すなわち、測定された遺伝物質が過去の妊娠由来の胎児に由来しないことを保証するかということである。本開示の1つの実施形態では、母体遺伝物質の知識を使用して、問題の遺伝物質が母体遺伝物質ではないことを保証することができる。この目的を達成するための方法は多数存在し、これらとしては、本明細書中または本明細書中で参照した任意の特許に記載のインフォマティクスベースの方法PARENTALSUPPORTTMなどが含まれる。本開示の1つの実施形態では、妊娠中の母親から採血した血液を、浮遊胎児DNAを含む画分および有核赤血球を含む画分に分離することができる。浮遊DNAを任意選択的に富化することができ、DNAの遺伝子型情報を測定することができる。浮遊DNA由来の測定した遺伝子型情報から、母系遺伝子型の知識を使用して、胎児遺伝子型の態様を決定することができる。これらの態様は、倍数性の状態および/または1組の対立遺伝子同一性ということができる。次いで、本明細書中の他の場所および他の参照特許特に、本明細書中に記載の特許に記載の方法を使用して、おそらくまたは可能な胎児起源の個別の有核細胞を遺伝子型決定することができる。母体ゲノムの知識により、任意の所与の単一血球が遺伝的に母系であるかどうかを決定することが可能であろう。そして、上記のように決定した胎児遺伝子型の態様により、単一の血球が現在懐胎している胎児に遺伝的に由来するかどうか決定することが可能であろう。本質的に、本開示のこの態様により、母親の遺伝子に関する知識およびおそらく他の血縁個体父親など由来の遺伝情報を母体血中に見出される浮遊DNA由来の測定した遺伝情報と共に使用して、母体血中に見出される単離した有核細胞が、a遺伝的に母系であるか、b遺伝的に現在懐胎している胎児に由来するか、またはc遺伝的に過去の妊娠由来の胎児に由来するかを決定することが可能である。本明細書中で引用された全ての特許、特許出願、および刊行された文献は、その全体が本明細書中で参考として援用される。いくつかの上記に開示された他の特徴および機能またはその代替物を望ましいように多くの他の異なる系または適用に組み合わせることができると認識されるであろう。種々の現在予見または予期されないその代替形態、修正形態、変形形態、または改良形態を、その後に当業者が実施することができ、これらの形態は、以下の特許請求の範囲に包含されることも意図される。"