"分子系をある状態から別の状態に変化させるSteeredmoleculardynamicsSMDシミュレーションの複数回の試行の結果に対応する構造を受け、反応座標上の一の地点の複数の構造の各々を、基準構造に重ね合わせる構造重ね合わせ部と、前記基準構造への重ね合わせが行われた、前記反応座標上の一の地点における複数の構造から、着目する原子の揺らぎを計算する揺らぎ計算部と、を備え、前記反応座標上の複数の地点について、前記構造重ね合わせ部による構造の重ね合わせと、前記揺らぎ計算部による前記揺らぎの計算を行い、前記揺らぎ計算部による前記反応座標上の複数の地点での前記揺らぎを記憶する揺らぎ記憶部と、前記揺らぎ記憶部に記憶された、前記反応座標の前記複数の地点の前記揺らぎから、前記反応座標に沿った揺らぎの推移を作成する揺らぎ推移作成部と、を備えた、ことを特徴とするタンパク質の構造揺らぎ計算装置。前記揺らぎ計算部が、前記基準構造に重ね合わせた複数の構造から、前記着目する原子の位置の分散又は標準偏差を計算し、計算した前記分散又は標準偏差を、前記揺らぎとする、ことを特徴とする請求項1記載のタンパク質の構造揺らぎ計算装置。前記構造重ね合わせ部は、前記複数のSMDシミュレーションから得られる、前記反応座標上の一の地点の複数の構造の各々について、前記構造と前記基準構造の対応する原子ペア間の距離の2乗を、重ね合わせに使われる分子内の原子の数分相加平均した値又はその平方根を、最小とする重ね合わせを行う、ことを特徴とする請求項1記載のタンパク質の構造揺らぎ計算装置。抗原の所定の原子と抗体の所定の原子との間の距離を、結合状態から解離状態を表す反応座標とし、前記揺らぎ推移作成部は、結合状態から解離状態を表す前記反応座標に沿った複数の地点での揺らぎを出力装置に出力する、ことを特徴とする請求項1記載のタンパク質の構造揺らぎ計算装置。コンピュータを用いたタンパク質の構造揺らぎ計算方法であって、分子系をある状態から別の状態に変化させるSteeredmoleculardynamicsSMDシミュレーションの複数回の試行の結果に対応する構造について、反応座標上の一の地点の複数の構造の各々を、基準構造に重ね合わせる構造重ね合わせ工程と、前記基準構造への重ね合わせが行われた、前記反応座標上の一の地点における複数の構造から、着目する原子の揺らぎを計算する揺らぎ計算工程と、揺らぎ推移作成工程と、を含み、前記反応座標上の複数の地点について、前記構造重ね合わせ工程と、前記揺らぎ計算工程とを行い、前記反応座標上の複数の地点で計算した複数の前記揺らぎを、揺らぎ記憶部に記憶し、前記揺らぎ推移作成工程は、前記揺らぎ記憶部に記憶された前記反応座標の前記複数の地点の前記揺らぎから、前記反応座標に沿った揺らぎの推移を作成する、ことを特徴とするタンパク質の構造揺らぎ計算方法。前記基準構造に重ね合わせた各構造から前記着目する原子の位置の分散又は標準偏差を計算し、計算した前記分散又は標準偏差を、前記揺らぎとする、ことを特徴とする請求項5記載のタンパク質の構造揺らぎ計算方法。前記構造重ね合わせ部は、前記複数のSMDシミュレーションから得られる、反応座標上の一の地点の複数の構造の各々について、前記構造と前記基準構造の対応する原子ペア間の距離の2乗を、重ね合わせに使われる分子内の原子の数分、相加平均した値又はその平方根を、最小とする重ね合わせを行う、ことを特徴とする請求項5記載のタンパク質の構造揺らぎ計算方法。タンパク質の構造揺らぎ計算を行うコンピュータに、分子系をある状態から別の状態に変化させるSteeredmoleculardynamicsSMDシミュレーションの複数回の試行の結果得られる構造を受けとり、反応座標上の一の地点の複数の構造の各々を基準構造に重ね合わせ、前記基準構造への重ね合わせが行われた、前記反応座標上の一の地点における複数の構造から、着目する原子の揺らぎを計算し、前記反応座標上の複数の地点について前記構造の重ね合わせを行い、前記反応座標上の複数の地点について前記揺らぎを計算し、前記反応座標上の複数の地点での前記揺らぎを揺らぎ記憶部に記憶し、前記揺らぎ記憶部に記憶された前記反応座標の複数の地点での前記揺らぎから、前記反応座標に沿った揺らぎの推移を作成する、上記各処理を実行させるプログラム。前記基準構造への重ね合わせが行われた各構造から、前記着目する原子の位置の分散又は標準偏差を計算し、計算した前記分散又は標準偏差を前記揺らぎとする請求項8記載のプログラム。前記基準構造への重ね合わせにおいて、複数のSMDシミュレーションから得られる、前記反応座標上の一の地点の複数の構造の各々について、前記構造と前記基準構造の対応する原子ペア間の距離の2乗を、重ね合わせに使われる分子内の原子数分、相加平均した値又はその平方根を、最小とする重ね合わせを行う、請求項8記載のプログラム。以下に関連技術の分析を与える。タンパク質とリガンドの結合状態から解離状態の変化に沿って、構造揺らぎがどのように変化するかを知ることは、タンパク質の反応プロセスを解明する上で重要である。構造揺らぎが、リガンドの解離又は結合を促進することがあるからである。タンパク質の構造揺らぎの解析では、伝統的な分子動力学シミュレーションに基づき、十分に平衡状態equilibriumstateに達したと考えられる時系列から、構造をサンプリングし、構造揺らぎを計算している。すなわち、伝統的な分子動力学シミュレーションでは熱力学的な可逆過程thermodynamicreversibility:平衡状態の熱力学を前提としており、平衡状態を想定した構造揺らぎの解析が行われる。一方、SMDシミュレーションにおける状態変化は非平衡過程non-equilibriumprocessであることから、平衡状態を仮定した構造揺らぎの解析を行うことはできない。本発明は、SMDシミュレーション結果を用いて状態変化に沿った構造揺らぎの変化を解析することを可能とする方法、装置、プログラムを提供することにある。本発明の1つの視点によれば、分子系をある状態から別の状態に変化させるSteeredmoleculardynamicsSMDシミュレーションの複数回の試行の結果に対応する構造について、反応座標上の一の地点の複数の構造の各々を、基準構造に重ね合わせる構造重ね合わせ部と、前記基準構造への重ね合わせが行われた、前記反応座標上の一の地点における複数の構造から、着目する原子の揺らぎを計算する揺らぎ計算部と、を備え、前記反応座標上の複数の地点について、前記構造重ね合わせ部による構造の重ね合わせと、前記揺らぎ計算部による前記揺らぎの計算を行い、前記揺らぎ計算部による前記反応座標上の複数の地点での前記揺らぎを記憶する揺らぎ記憶部と、前記揺らぎ記憶部に記憶された、前記反応座標の前記複数の地点の前記揺らぎから、前記反応座標に沿った揺らぎの推移を作成する揺らぎ推移作成部と、を備えたタンパク質の構造揺らぎ計算装置が提供される。本発明の別の視点によれば、コンピュータを用いたタンパク質の構造揺らぎ計算方法であって、分子系をある状態から別の状態に変化させるSteeredmoleculardynamicsSMDシミュレーションの複数回の試行の結果に対応する構造について、反応座標上の一の地点の複数の構造の各々を、基準構造に重ね合わせる構造重ね合わせ工程と、前記基準構造への重ね合わせが行われた、前記反応座標上の一の地点における複数の構造から、着目する原子の揺らぎを計算する揺らぎ計算工程と、揺らぎ推移作成工程と、を含み、前記反応座標上の複数の地点について、前記構造重ね合わせ工程と、前記揺らぎ計算工程とを行い、前記反応座標上の複数の地点で計算した複数の前記揺らぎを揺らぎ記憶部に記憶し、前記揺らぎ推移作成工程は、前記揺らぎ記憶部に記憶された前記反応座標の前記複数の地点の前記揺らぎから、前記反応座標に沿った揺らぎの推移を作成する、タンパク質の構造揺らぎ計算方法が提供される。本発明のさらに別の視点によれば、タンパク質の構造揺らぎ計算を行うコンピュータに、分子系をある状態から別の状態に変化させるSteeredmoleculardynamicsSMDシミュレーションの複数回の試行の結果得られる構造について、反応座標上の一の地点の複数の構造の各々を基準構造に重ね合わせ、前記基準構造への重ね合わせが行われた、前記反応座標上の一の地点における複数の構造から、着目する原子の揺らぎを計算し、前記反応座標上の複数の地点について前記構造の重ね合わせを行い、前記反応座標上の複数の地点について前記揺らぎを計算し、前記反応座標上の複数の地点での前記揺らぎを揺らぎ記憶部に記憶し、前記揺らぎ記憶部に記憶された前記反応座標の複数の地点での前記揺らぎから、前記反応座標に沿った揺らぎの推移を作成する、上記各処理を実行させるプログラムが提供される。本発明によれば、SMDシミュレーション結果を用いて状態変化に沿って構造揺らぎの変化を解析することを可能としている。発明を実施するための好ましい形態について説明する。いくつかの好ましい形態によれば、分子系をある状態から別の状態に変化させるSMDシミュレーションの複数の試行回数から得られる、反応座標上の1地点の各構造を、基準構造に重ねる構造重ね合わせ部と、前記基準構造に重ね合わせた各構造から着目する原子の揺らぎを計算する揺らぎ計算部と、前記反応座標上の複数の地点について前記揺らぎ計算部で計算された前記揺らぎを記憶する揺らぎ記憶部と、前記揺らぎ記憶部に記憶された前記反応座標の複数の地点の前記揺らぎから前記反応座標に沿った揺らぎの推移を作成する揺らぎ推移作成部と、を含む。好ましい形態によれば、前記揺らぎ計算部が、前記基準構造に重ね合わせた各構造から前記着目する原子の位置の分散又は標準偏差を計算し、計算した前記分散又は標準偏差を、前記揺らぎとする。好ましい形態によれば、前記構造重ね合わせ部は、前記複数のSMDシミュレーションから得られる、反応座標上の1地点の複数の構造の各々の構造について、前記構造と前記基準構造の対応する原子ペア間の距離の2乗を、重ね合わせに使われる分子内の原子の数分、相加平均した値、又はその平方根であるRMSDRootMeanSquareDeviationDistanceを、最小とする重ね合わせを行ようにしてもよい。<発明の基本概念>発明を実施するための好ましい形態について説明する。好ましい形態によれば、タンパク質とリガンドの結合状態から解離状態へ変化させるSMDシミュレーションにおいて、変化に沿ったタンパク質の構造揺らぎの推移を計算する。構造揺らぎを計算するためには、複数の構造サンプルが必要である。複数回のSMDシミュレーションを実行する必要がある初期速度等のパラメータを変えたシミュレーションが行われる。複数回のSMDシミュレーションの結果得られる複数の構造サンプルに対して、あらかじめ設定した反応座標のある地点におけるSMDシミュレーション結果である構造サンプルを、基準構造リファレンスに重ね合わせる。その際、例えばRMSRootMeanSquare-fitで重ね合わせを行う。すなわち、SMDシミュレーション結果構造と基準構造の対応する要素間の距離の平均2乗距離2乗距離の相加平均の平方根であるRMSDを最小化するように、SMDシミュレーションで得られた構造の回転移動が行われる。反応座標のある地点における基準構造への重ね合わせは、SMDシミュレーションの試行回数分反応座標のある地点における試行回数に対応した個数の構造サンプルに対して行う。基準構造に対して重ね合わせが行われた複数の構造サンプルの中から、あらかじめ指定した原子座標の分散また標準偏差を計算することにより、ある地点での構造揺らぎを求めることが可能になる。これを、反応座標上の全体に渡って複数地点で行うことにより、反応座標に沿った構造変化の推移を得ることができる。<例示的な実施形態1>例示的な実施形態1について図面を参照して詳細に説明する。図1を参照すると、例示的な実施形態1は、キーボード等の入力装置1と、CPU又はプロセッサ等からなる処理装置2と、半導体メモリ及び/又はHDDHardDiskDrive等の記憶装置3と、ディスプレイ装置や印刷装置等の出力装置4を有する。処理装置2は、構造重ね合わせ部21と、揺らぎ計算部22と、揺らぎ推移作成部23を備えている。記憶装置3は、反応座標上の各地点の揺らぎを記憶する揺らぎ記憶部31を含む。構造重ね合わせ部21は、SMDシミュレーションで得られる反応座標上のある地点の構造を、SMDシミュレーションの試行回数分、抽出し、試行回数分抽出した構造の各々を、基準構造に重ね合わせる処理を行う。構造重ね合わせ部21において、反応座標上のある地点の構造を基準構造へ重ね合わせるために、前記構造と基準構造間の対応する原子対の距離の2乗の総和所定の原子数に関する総和が最小となるようにして例えばRMS-fit、基準構造への重ね合わせを行う。揺らぎ計算部22は、基準構造への重ね合わせが行われた構造から、着目する原子の揺らぎを計算する。揺らぎ計算部22は揺らぎを揺らぎ記憶部31に記憶する。揺らぎ計算部22では、揺らぎとして、原子位置の分散又は標準偏差を用いることができる。揺らぎ推移作成部23は、反応座標上の複数の地点で計算された揺らぎから、反応座標に沿った揺らぎを作成する。処理装置2における構造重ね合わせ部21と、揺らぎ計算部22と、揺らぎ推移作成部23は、処理装置2で実行されるプログラムにより、各部の処理を実現するようにしてもよい。この場合、記憶装置3は、処理装置2で実行されるプログラムを記憶保持し、処理装置2がプログラムを読み込み、実行することで各部の処理が実現される。図2は、例示的な実施形態1の処理手順を示す流れ図である。図1と図2を参照して実施形態1の処理手順を説明する。入力装置1によって実行指示が与えられる。構造重ね合わせ部21では、SMDシミュレーションで得られる反応座標上のある地点の構造をSMDシミュレーションの試行回数分抽出し、それらの構造を、基準構造に重ね合わせるステップA1。揺らぎ計算部22では、基本構造への重ね合わせが行われた構造SMDシミュレーションで得られる反応座標上のある地点の構造であって、構造重ね合わせ部21にて、重ね合わせが行われた構造から、着目する原子の揺らぎを計算し、反応座標上の当該ある地点での揺らぎとして、揺らぎ記憶部31に記憶するステップA2。予め設定した反応座標上の複数の揺らぎ計算地点の全ての地点を計算したか否かを判定しA3、全ての地点での揺らぎが計算されていない場合にはステップA3のNo、ステップA1に戻り、全ての地点での揺らぎが計算されるまでステップA1とA2が繰り返される。全ての地点で揺らぎが計算された後にステップA3のYes、揺らぎ推移作成部23は、揺らぎ記憶部31に記憶された複数の地点の揺らぎから反応座標に沿った揺らぎの推移を作成して、出力装置4に出力するステップA4。<実施例>次に、上記した例示的な実施形態の具体例を図面を参照して説明する。複数のSMDシミュレーションの結果から、抗体-抗原反応における結合状態と解離状態間の揺らぎの推移を求める。本実施例における、SMDシミュレーションの試行回数は20回とする初期設定等の条件が異なる。本実施例では、フルオレセイン抗原Fluoresceinantigenと抗フルオレセイン抗体antiFluoresceinantibodyの抗体-抗原反応に対して行った。この抗体は、強い結合親和性によって抗原と結合するが、以下に示すように、本実施例のシステムによって、結合状態と解離状態間で起こる、構造揺らぎの推移と結合親和性との相関を解析することが可能になる。SMDシミュレーションで用いられた構造は、プロテインデータバンクProteinDataBank:インターネットURL<http://www.pdb.org/pdb/home/home.do>に登録されているPDBコードPDBID=1flrの結晶構造3次元座標情報である。結合状態から解離状態を表す反応座標は、フルオレセイン抗原のC10炭素と、抗フルオレセイン抗体の重鎖に含まれるVALのCα炭素との間の距離として設定した。以下、この反応座標をC10-Cαという。C10-Cαは、17ÅAngstromのときに結合状態、30Åのときに解離状態に対応することは予め分かっている。従って、SMDシミュレーションでは、時間依存外力により、C10-Cαを17Åから30Åまで移動させる。このSMDシミュレーションは、計算機上で、AFM実験を模倣していることに対応する。SMDシミュレーション結果はAFM実験結果に対応する。そして、C10-Cαを17Åから30Åまでの移動に伴う構造揺らぎの推移を求める。本実施例では、反応座標上の17Å地点からから0.25Å毎に構造揺らぎの計算を行った。つまり、C10-Cαとして、以下のようなセット反応座標の20セットが必要である。地点1,地点2,地点3SMD117.00,17.25,17.50,30.00ÅSMD217.00,17.25,17.50,30.00ÅSMD2017.00,17.25,17.50,30.00Å地点X=17.000.25×X-1ÅX=1~53では、SMDシミュレーションで得られた20個の構造ある。図1の構造重ね合わせ部21では、これら20個の構造について、RMS-fitにより、基準構造である結晶構造例えば抗フルオレセイン抗体に重ね合わせた。RMS-fitは、次式1のRMSDRootmeansSquareDistance又はDeviationを、最小にする重ね合わせ方である。1ただし、Nは、重ね合わせに使われる分子内の原子数、δは、SMDシミュレーションで得られた構造と、基準構造である結晶構造の2つの構造間の対応する原子ペア間の距離である。すなわち、図1の構造重ね合わせ部21では、SMDシミュレーション結果構造と基準構造の2つの構造間の対応する原子ペア間の距離の2乗を、N個分、相加平均した値の平方根が最小となるようにすなわち、基準構造に最も類似した構造となるように、SMDシミュレーション結果構造を回転移動させ、前記基準の結晶構造への重ね合わせを行う。次に、揺らぎ計算部22では、基準構造に対してRMS-fitにより重ね合わせが行われた構造に基づいて、分子中に含まれる特定原子についての揺らぎを計算した。本実施例では、重鎖に含まれるTYR103のCα炭素の揺らぎを計算した。揺らぎは、SMDシミュレーションで得られた20個の構造いずれも基準構造への重ね合わせが行われているから得られる原子TYR103のCα炭素の位置の標準偏差σを指標とした。なお、標準偏差σの代わりに、分散σ2を揺らぎとしてもよい。2ただし、riは、基準構造への重ね合わせが行われた第i番目の構造の原子TYR103のCα炭素の3次元座標xi、yi、ziの原点からの距離である。3ravrはriの平均である。4このようにして、反応座標上のある地点Xにおける揺らぎを計算する。同様に、全ての地点で揺らぎを計算することにより、反応座標に沿って揺らぎの推移を作成することが可能になる。図4は、反応座標に沿って揺らぎの推移が作成された結果である。結合状態から解離状態に向かうに従って、揺らぎは0.7Åから1.1Åに大きくなる傾向が見られる。このように本実施例により、抗フルオレセイン抗体が高い結合親和性を持つ1つ要因として、結合状態から、解離状態に向かうに従って、重鎖に含まれるTYR103のCα炭素の揺らぎが大きくなる傾向があることが分かる。なお、上記の非特許文献の各開示を、本書に引用をもって繰り込むものとする。本発明の全開示請求の範囲を含むの枠内において、さらにその基本的技術思想に基づいて、実施形態の変更調整が可能である。また、本発明の請求の範囲の枠内において種々の開示要素の多様な組み合わせないし選択が可能である。すなわち、本発明は、請求の範囲を含む全開示、技術的思想にしたがって当業者であればなし得るであろう各種変形、修正を含むことは勿論である。"