"慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法であって、該患者がmiRNA1513P、miRNA4093p、及びPTK2から選択される1つ又は複数のバイオマーカーの上昇量を有することが見出された場合、CLL医薬の治療的有効量を投与することを含む方法。CLL医薬がFAKシグナル伝達又は同型接着を誘導する、請求項1に記載の方法。CLL医薬がB細胞アンタゴニストである、請求項1に記載の方法。CLL医薬が抗CD20抗体である、請求項1に記載の方法。抗CD20抗体が、ヒト化、ヒト、又はキメラ抗CD20抗体である、請求項4に記載の方法。抗CD20抗体が、リツキシマブ、オファツムマブ、GA101、SBI-087、ベルツズマブ、及びAME-133からなる群から選択される、請求項4に記載の方法。抗CD20抗体がリツキシマブである、請求項6に記載の方法。バイオマーカーの上昇量を持っていない患者に対して、患者が大きい無増悪生存PFSを有する、請求項1から7の何れか一項に記載の方法。化学療法剤を患者に投与することを更に含む、請求項1から8の何れか一項に記載の方法。化学療法剤が、シクロホスファミド及びフルダラビンを含む、請求項9に記載の方法。患者がmiRNA1513pの上昇した量を有する、請求項1に記載の方法。患者がmiRNA4093pの上昇した量を有する、請求項1に記載の方法。患者がPTK2の上昇した量を有する、請求項1に記載の方法。バイオマーカーの量が遺伝子発現プロファイリングによって評価される、請求項1に記載の方法。遺伝子発現プロファイリングが、ポリメラーゼ連鎖反応PCRを含む、請求項14に記載の方法。PCRが定量的リアルタイムPCRqRT-PCRを含む、請求項15に記載の方法。バイオマーカーの発現について患者からのサンプルを試験することを含む、請求項1から16の何れか一項に記載の方法。サンプルが、末梢血単核細胞PBMCを含む、請求項17に記載の方法。慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法であって、患者がmiRNA1513P、miRNA4093p、及びPTK2から選択される1つ又は複数のバイオマーカーの上昇量を有することが見出された場合、リツキシマブ、フルダラビン及びシクロホスファミドの組み合わせの治療的有効量を患者に投与することを含む方法。慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法であって、患者がmiRNA1513P、miRNA4093p、及びPTK2から選択される1つ又は複数のバイオマーカーの減少量を有することが見出された場合、リツキシマブ以外のCLL医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む方法。慢性リンパ性白血病CLLの患者のための治療法を選択するための方法であって、患者由来のサンプルにおいて、miRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択されたバイオマーカーの発現を決定し、かつバイオマーカーの発現のレベルに基づいて、CLL医薬を選択することを含む方法。癌サンプルがバイオマーカーを上昇したレベルで発現する場合、患者がCLL医薬による治療のために選択される、請求項21に記載の方法。CLL医薬がFAKシグナル伝達又は同型接着を誘導する、請求項21に記載の方法。CLL医薬がB細胞アンタゴニストである、請求項21に記載の方法。CLL医薬が抗CD20抗体である、請求項21に記載の方法。癌サンプルがバイオマーカーを上昇したレベルで発現する場合、患者がリツキシマブ以外のCLL医薬による治療のために選択される、請求項21に記載の方法。CLL患者由来のサンプルにおいて、miRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択されるバイオマーカーの発現を決定するための1つ又は複数の試薬を含む診断キット。CLL患者を治療するためのCLL医薬を選択するためのキットを使用するための説明書を更に含む、請求項27に記載の診断キット。一又は複数の試薬が、バイオマーカーの検出のためのプローブとDNAプライマーの一対を含む、請求項27又は請求項28に記載の診断キット。薬学的に許容される担体中CLL医薬、及びCLL医薬がmiRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択される1つ又は複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病CLL患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物を、一緒にパッケージ化されて含む製造品。CLL医薬を含む薬学的組成物と、薬学的組成物がmiRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択される1つまたは複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病CLL患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物とをパッケージにおいて組み合わせることを含む、製造品を製造するための方法。miRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択される1つ又は複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病CLL患者を治療するためのCLL医薬の使用をターゲット層に対して宣伝することを含む、CLL医薬の広告をするための方法。慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法であって、該患者が減少したPI3Kバイオマーカーを有することを見出されている場合、CLL医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む方法。PI3KバイオマーカーがPIK3R3を含む、請求項33に記載の方法。慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法であって、患者が減少したPI3Kバイオマーカーを有することが見出された場合、リツキシマブ、フルダラビン及びシクロホスファミドの組み合わせの治療的有効量を患者に投与することを含む方法。PI3KバイオマーカーがPIK3R3を含む、請求項35に記載の方法。患者が上昇したPI3Kバイオマーカーを有することが見出された場合、リツキシマブ以外のCLL医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む、慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法。PI3KバイオマーカーがPIK3R3を含む、請求項37に記載の方法。本発明の実施態様の詳細な記述I.定義慢性リンパ性白血病又はCLLは白血球リンパ球の癌を指す。本明細書におけるCLLの例は、一次又は未治療のCLLすなわち、CLL患者はCLLを治療するための前治療を受けていない場合、以前に治療されたCLLCLL患者はCLLの以前の治療を受けている場合、難治性CLL患者がCLLの治療に抵抗性である場合、再発性CLL患者はCLLの前治療後に再発した場合を含む。ここでは、患者はヒト患者である。患者はCLL患者、すなわち、CLLの一以上の症状に罹患しているか又は罹患するリスクにある者であり得る更に、患者は以前に治療されたCLL患者であり得る。本明細書における目的のために、以前に治療されたCLL患者は、前にCLL治療、クロラムブシルプレドニゾロン/プレドニゾンと共に又は無しで、フルダラビン又は他のヌクレオシドアナログ、及び/又はアルキル化剤alkyaltorを含有する併用レジメンを含むそうした治療を受けている。このような以前に治療されたCLL患者は、場合によっては以前のアルキル化剤に感受性か又は不応性であるが、フルダラビンに対しては好ましくは感受性である例えば6ヵ月以上持続した応答を実現する。難治性CLLは、化学療法剤などの抗腫瘍剤によってさえも進行するが、CLL患者に投与されている。難治性癌の例は、ヌクレオシドアナログ例えばフルダラビン、シクロホスファミド;フルダラビン及びシクロホスファミドFC;クロラムブシル;プレドニゾン又はプレドニゾロン;シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロンCHOP、又はシクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロンCVPを含むアルキル化剤含有併用療法;アレムツズマブCampath;等のうちの任意の1つ又は複数に不応性であるものである。CLL医薬はCLLの治療に有効な薬剤である。CLL薬剤の例は、下記の化学療法剤及び化学療法レジメンを含んでいる;例えばCD20抗体例えば、リツキシマブ又はオファツムマブなど、CD22抗体、及びCD79b抗体のようなB細胞アンタゴニスト;静脈内投与免疫グロブリン;CD52抗体例えばアレムツズマブ;アルキル化剤例えば、クロラムブシル、ベンダムスチン、又はシクロホスファミド;ヌクレオシド類似体又は代謝拮抗薬例えばフルダラビン、フルダラビン及びシクロホスファミドFC;プレドニゾン又はプレドニゾロン;シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロンCHOP、又はシクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロンCVP等を含むアルキル化剤含有併用療法。一実施態様では、CLL医薬はFAKシグナル伝達及び/又はホモタイプ凝集を誘導する。FAKシグナル伝達は、Srcキナーゼ、成長因子受容体結合タンパク質2アダプタータンパク質Grb2、及び/又は、FAK活性化によるRas/マイトジェン活性化プロテインキナーゼ経路など、下流のシグナル伝達分子の活性化を含むFAKの上方制御または活性化例えばFAKのTyr397のリン酸化を介してを指す。FAKシグナル伝達を誘導するCLL医薬又はB細胞体アンタゴニスト例えばCD20抗体を同定するための方法がAltomonteetalJCellPhysiol200272274に記載されている。同型アドヘシン又はホモタイプ凝集は互いに同じ細胞の結合及び相互作用を指す。ホモタイプ凝集を誘導する、CLL医薬又はB細胞アンタゴニスト例えばCD20抗体を同定するための方法は、IvanovetalJClinInvest11921432159orAltomonteetalJCellPhysiol200272274に記載されるように評価することができる。本明細書で用いられるバイオマーカー又はマーカーなる用語は一般的に、遺伝子、mRNA、タンパク質、糖質構造又は糖脂質を含む分子を指し、組織内又は組織上、又は細胞内又は細胞上、又は分泌内又は分泌上でのその発現は既知の方法又はここで開示される方法で検出することができ、かつ細胞、組織又は治療レジメンに対する患者の応答性に対して予測的であるか又は予測する又は予測を補助することに用いることができる。特に関心のあるバイオマーカーは、本明細書で、PTK2,miRNA1513p,及びmiRNA4093pである。本明細書において使用されるタンパク質-チロシンキナーゼ2又はPTK2は接着斑キナーゼ1FADK1としても知られているヒトのタンパク質チロシンキナーゼ2PTK2を指す。本明細書における目的のため、PTK2は、PTK2をコードするDNAまたはmRNA、並びにサンプル中においてPTK2の検出を容易にする断片またはこれらのいずれかの部分を含むコード化されたPTK2タンパク質を指す。PTK2配列はで公的に入手可能である:httpwwwncbinlmnihgovsitesentrezdbgenecmdRetrievedoptGraphicslistuids5747又はhttpwwwuniprotorguniprotQ05397PTK2は、FAK;FADK;FAK1;FRNK;pp125FAK;PTK2としても知られる。PTK2遺伝子は、細胞外マトリックス成分の存在下で増殖している細胞の間に形成する接着斑に集中して発見された細胞質タンパク質チロシンキナーゼをコード化する。コード化されたタンパク質は、タンパク質チロシンキナーゼの焦点接着キナーゼFAKサブファミリーのメンバーであるが、他のサブファミリーからのキナーゼと有意な配列類似性を欠いている。この遺伝子の活性化は、特定の神経ペプチドに応答して、又は細胞外マトリックスと細胞の相互作用に応答してトリガーされる細胞内シグナル伝達経路及び細胞増殖における重要な初期段階であり得る。4つの異なるアイソフォームをコードする少なくとも4つの転写変異体が、この遺伝子について発見されているが、それらの2つだけが全長の性質が決定されている。本明細書の用語PTK2は、アイソフォーム1、2、3及び4Q05397-1、-2、-3、及び-4のそれぞれを含む、それらのアイソフォームが含まれる。PTK2のDNA、mRNA及び/又はタンパク質は、本発明に従って評価することができる。ホスホイノシチド3-キナーゼ及びPI3Kは、そのサブユニットを含むヒトのホスホイノシチド3-キナーゼを指す。PI3Kははホスホイノシチドのイノシトール環の3’OHをリン酸化することができる脂質キナーゼである。本明細書中でPI3Kは、クラスIクラスIA及びクラス1Bを含む、クラスII、及びクラスIIIのPI3Kを含む。一実施態様において、PI3Kは、クラスIPI3Kであり、任意で、PI3Kは、調節サブユニット3PIK3R3など、その調節サブユニットを含む。本明細書における目的のため、PI3K及び同義語は、PI3KをコードするDNA又はmRNA、又はPI3Kタンパク質PI3Kのサブユニットを含む、並びにサンプル中でPI3Kの検出を容易する断片又はこれらの何れかの部分を指す。PI3KのDNA、mRNA及び/又はタンパク質、並びにPI3Kの活性化は、本発明に従って評価することができる。従って、PI3Kバイオマーカー減少とは、PI3Kバイオマーカーの量及び/又は活性の減少を、及びPI3Kバイオマーカー上昇とは、PI3Kバイオマーカーの量及び/又は活性の増加を指す。ホスホイノシチド-3-キナーゼ、調節サブユニット3γ、PIK3R3、及びP55-γは、PI3K触媒サブユニット110kDaと相互作用することができるPI3Kのヒト調節サブユニット3を指す。例えば、DeyetalGene20917583InghametalJBiolChem2761225765及びUniProtKBSwissProtP55GHUMANQ92569を参照。PIK3R3アイソフォームは、この定義に明確に含まれる。本明細書における目的のため、PIK3R3及び同義語は、PIK3R3をコードするDNA又はmRNA、又はPIK3R3タンパク質PI3Kのサブユニットを含む、並びにサンプル中でPIK3R3の検出を容易する断片又はこれらの何れかの部分を指す。PIK3R3のDNA、mRNA及び/又はタンパク質、及び/又はPIK3R3活性化又はPI3Kを含むPIK3R3の活性化は、本発明に従って評価することができる。マイクロRNA又はmiRNAは、mRNAの安定性及び翻訳に影響を与えることによって、多細胞生物における遺伝子発現の転写後調節に関与する短い一般的に約17から30ヌクレオチドの非翻訳領域RNAである。miRNA1513pは本明細書において次の配列を含むmiRNAを指す。CUAGACUGAAGCUCCUUGAGG配列番号1また次を参照:httpwwwncbinlmnihgovgene442893及びhttpwwwmirbaseorgcgibinmirnaentryplaccMI0000809miRNA1513pはPTKに対するイントロンでありPTKと共発現される。本明細書における目的のため、該用語は、サンプル中でmiRNA1513pの検出を容易にする断片又はその部分を含むDNA又はmRNAを含む。miRNA4093pは本明細書において次の配列を含むRNAを指す。GAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU配列番号2また次も参照:httpwwwncbinlmnihgovgene574413又はhttpwwwmirbaseorgcgibinmirnaentryplaccMI0001735本明細書における目的のため、該用語は、サンプル中でmiRNA4093pの検出を容易にする断片又はその部分を含むDNA又はmRNAを含む。患者のサンプルにより、CLL患者から得た類似細胞の収集物を意味する。組織又は細胞サンプルの起源は、新鮮な、冷凍された、及び/又は保存された臓器又は組織サンプル、又は生検又は吸引からの固形組織、血液又は任意の血液成分、脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液、被検体の妊娠期間又は発育の任意の時期に由来する細胞であり得る。組織サンプルは、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などが含まれる場合がある。腫瘍サンプルの例は、限定されないが、腫瘍生検、循環性腫瘍細胞、血清又は血漿、末梢血単核細胞PBMC、循環性血漿タンパク質、腹水、腫瘍に由来するか又は腫瘍のような特性を呈する細胞株又は初代細胞培養物、並びに、ホルマリン固定腫瘍サンプル、パラフィン包埋腫瘍サンプル又は凍結腫瘍サンプルなどの保存された腫瘍サンプルを含む。一実施態様において、サンプルは、CD19に富むPBMCを含む末梢血単核細胞PBMCを含んでいた。医薬による処置に対する患者の効果的な応答又は患者の応答性及び類似した表現は、医薬の投与によってCLLに罹患しているか又はCLLのリスクにある患者に与えられる臨床的又は治療的利益を指す。このような利点は、生存全生存および無増悪生存を含むを延長すること;客観的奏効完全寛解又は部分寛解を含むをもたらすこと;又はCLLの徴候又は症状を改善するなどのいずれか1つ以上を含む。一実施態様において、バイオマーカーは、同じレベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、医薬で処理したときに大きな無増悪生存PFSを有することが期待されている患者を特定するのに使用される。本明細書においてバイオマーカーの発現率は、そのような効果的な応答を効果的に予測したり、又は高感度に予測する。生存は、生存している患者を指し、全生存並びに無増悪生存を含む。全生存は、診断又は治療の時から例えば1年、5年などの定められた期間において生存している患者を指す。無増悪生存とは、癌の進行又は悪化することなく、患者が生き残っていることを言う。延長生存とは、未処置の患者と比較してすなわち、医薬で処置されていない患者と比較して、又は指定レベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、及び/又は承認された抗腫瘍薬フルダラビンとシクロホスファミド、FCの化学療法レジメンなどで処置された患者と比較して、処置された患者における全生存又は無増悪生存の増加を意味する。客観的反応とは、完全寛解CR又は部分寛解PRを含めて、測定可能な反応を意味する。完全寛解又はCRは、治療に反応して癌の全ての徴候の消失を目的としている。これは、常に癌が治癒されたという意味ではない。部分寛解又はPRは、治療に応答して、1つ以上の腫瘍又は病変の大きさの減少、又は体内でのがんの程度の低下を指す。CLL患者に対する臨床的利益の増大に関連したバイオマーカーの量又はレベルは、生物学的サンプル中の検出可能なレベルである。これらは、当業者に知られており、また、本発明によって開示された方法により測定することができる。評価するのバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療に対する反応を決定するために使用することができる。発現のレベル又は発現レベルなる用語は、交換可能に使用され、一般に、生物学的試料中のポリヌクレオチド、mRNA、又はアミノ酸生成物又はタンパク質の量を指す。発現は、一般に、遺伝子コード情報が、細胞中に存在し操作する構造に変換されるプロセスを意味する。従って、本発明によれば、遺伝子の発現は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、又はタンパク質の翻訳後修飾を意味しうる。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、又は翻訳後修飾されたタンパク質の断片はまた、選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来するか、又は例えばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングに由来しようが、発現したとみなされる。発現した遺伝子には、mRNAとしてポリヌクレオチドに転写され、ついでタンパク質に翻訳されたもの、及びRNAに転写はされたが、タンパク質には翻訳されていないもの例えば、miRNAが含まれる。バイオマーカーのレベルの上昇した又は高い量は、患者集団における、例えば、CLLの患者の集団における、又はCLLの患者の亜集団例えば以前に治療された患者におけるバイオマーカーの量の中央値以上である量を指す。例えば、その量は、50から約100、例えば約75~100のパーセンタイル範囲内であり得る。バイオマーカーのレベルの減少した又は低い量は、患者集団におけるバイオマーカーの量の中央値未満である量を指す。例えば、その量は、0から約49、例えば約0~25のパーセンタイル範囲内であり得る。本明細書中で使用されるときのの発現に基づいてという言い回しは、本明細書における一以上のバイオマーカー発現レベルに関する情報は、治療法の決定、パッケージ挿入物に提供された情報、又はマーケティング/宣伝指針などを通知するために使用されることを意味する。バイオマーカーの発現が上昇した場合には、患者は、B細胞アンタゴニストなどのCLL医薬、例えばツキシマブなどのCD20抗体で治療され得る。バイオマーカーの発現レベルの減少の場合には、患者は、リツキシマブ以外又は抗CD20抗体以外のCLL医薬で治療することができる。B細胞表面マーカーまたはB細胞表面抗原は、本明細書中では、それと結合するアンタゴニストで標的化され得るB細胞の表面で発現される抗原である。B細胞表面マーカーの例としては、CD10、CD19、CD20、CD21、CD22、CD23、CD24、CD37、CD40、CD53、CD72、CD73、CD74、CDw75、CDw76、CD77、CDw78、CD79a、CD79b、CD80、CD81、CD82、CD83、CDw84、CD85およびCD86白血球表面マーカーが挙げられる。他のB細胞表面マーカーとしては、RP105、FcRH2、B細胞CR2、CCR6、P2X5、HLA-DOB、CXCR5、FCER2、BR3、BAFF、BLyS、Btig、NAG14、SLGC16270、FcRH1、IRTA2、ATWD578、FcRH3、IRTA1、FcRH6、BCMAおよび239287が挙げられる。一実施態様において、B細胞表面マーカーはCD20,CD22,又はCD79bである。CD20抗原又はCD20は、末梢血又はリンパ系器官由来のB細胞の90以上の表面に見られる約35kDaの非グリコシル化リンタンパク質である。CD20は、正常B細胞並びに悪性B細胞上の両方に存在しているが、幹細胞には発現していない。文献中ではCD20の他の名称にはBリンパ球限定抗原及びBp35が含まれている。CD20抗原は、例えば、ClarketalProcNatlAcadSci821766に記述されている。B細胞アンタゴニストは、B細胞表面マーカー又はB細胞特異的生存因子又は増殖因子に結合することによって、哺乳動物においてB細胞を破壊し又は枯渇させ、及び/又はB細胞の生存及び/又は1つまたは複数のB細胞機能を、例えばB細胞によって誘発された体液性応答を低減又は防止することにより妨げる分子である。アンタゴニストは、好ましくはそれで治療された哺乳動物においてB細胞を枯渇するすなわちB細胞の循環レベルを下げることができる。このような枯渇は、ADCC及び/又はCDC、B細胞増殖又はB細胞の直接溶解の阻害、及び/又はB細胞死の誘導例えばアポトーシスを介してなど、様々な機構を介して達成することができる。アンタゴニストはアポトーシスについては当技術分野で公知の種々の方法により、及び枯渇、及びB細胞の増殖及び成長の遅延又は停止又はB細胞の生存については他の測定によりスクリーニングすることができる。B細胞表面マーカーに結合する抗体又はB細胞表面マーカーに対する抗体とは、B細胞表面マーカーに結合することによって、哺乳動物のB細胞を破壊又は枯渇させるか、及び/又は1つまたは複数のB細胞機能を、例えばB細胞によって誘発された体液性応答を低減または防止することにより妨害する分子である。抗体は、好ましくはそれで治療された哺乳動物においてB細胞を枯渇するすなわちB細胞の循環レベルを下げることができる。このような枯渇は、例えば抗体依存性細胞媒介性細胞障害ADCC及び/又は補体依存性細胞傷害CDC、B細胞増殖の阻害、及び/又はB細胞死の誘導例えば、アポトーシスを介してなど様々な機構を介して達成することができる。一実施態様において、抗体は、ヒトCD20に結合する抗体である。抗CD20抗体の例としては、リツキシマブなどキメラ抗CD20抗体下記参照;オファツムマブなどのヒト抗CD20抗体Genmab,Denmarkにより販売;また、GlennieandvandeWinkelDrugDiscoveryToday8503510CraggetalBlood10110451052国際公開第2004/035607号;及び国際公開第2005/103081号ヒト化2H7下記参照又はベルツズマブhA20としてのヒト化抗CD20抗体10621070小分子免疫薬剤SmallModularImmunoPharmaceutical又はSBI-087など一本鎖抗体;BiogenIdec社から市販されているY2B8又はイブリツモマブチウキセタンゼバリン登録商標と命名されているイットリウム-[90]標識2B8マウス抗体例えば米国特許第5736137号;1993年6月22日に受託番号HB11388でATCCに寄託された2B8;Corixaから市販されている131I-B1又はヨウ素I131トシツモマブ抗体を産生するために131Iで標識されていてもよいトシツモマブとも呼ばれるマウスIgG2aB1BEXXARTM例えば、米国特許第5595721号も参照;マウスモノクローナル抗体1F5例えばPress等Blood69584591及びパッチフレームワークを含むその変異体又はヒト化1F5例えば国際公開第2003/002607LeungS;ATCC寄託HB-96450;米国特許出願公開第2004/0093621号Shitara等に記載されたFc領域に結合した複合Nグリコシド結合糖鎖を有する抗体;国際公開第2006/106959号に記載されたCD20抗原の細胞外エピトープに対して高い結合親和性を有するキメラ化又はヒト化モノクローナル抗体;CD20に結合するモノクローナル抗体及び抗原結合断片、例えばHB20-3、HB20-4、HB20-25、及びMB20-11;限定しないがTRU-015を含むCD20に結合する単鎖タンパク質;米国特許出願公開第2005/0202534号;例えば国際公開第2004/103404号米国特許出願公開第2005/0025764号;及び米国特許出願公開第2006/0251652号に記載されたようなFc変異を持つ抗CD20抗体;国際公開第2005/016969号及び米国特許出願公開第2005/0069545号に記載されたもののようなCD20結合分子;例えば国際公開第2005/014618号に記載されたような二重特異性抗体;例えば国際公開第2006/130458号;Gazit等AmgenAstraZenecaに記載されたようなCD20に対する完全なヒト抗体;例えば国際公開第2006/126069号に記載されたようなCD20に対する抗体;例えば国際公開第2005/044859号;米国特許出願公開第2005/0123546号;米国特許出願公開第2004/0072290号;及び米国特許出願公開第2003/0175884号に記載されたようなCD20に対するキメラ又はヒト化B-Ly1抗体例えばGA-101;キメラ又はヒト化A20抗体及びIMMUN106のようなA20抗体又はその変異体;及びInternationalLeukocyteTypingWorkshopから入手可能なモノクローナル抗体L27、G28-2、93-1B3、B-C1又はNU-B2例えばValentine等InLeukocyteTypingIIIが含まれる。I型CD20抗体は、強力な補体依存性細胞傷害CDC及び抗体依存性細胞傷害ADCCを介して細胞死を媒介する。I型抗CD20抗体の例は、リツキシマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、及びAME-133を含む。II型CD20抗体は、ホスファチジルセリン曝露を伴うカスパーゼ非依存性アポトーシスを介して標的細胞死を開始し、I型抗CD20抗体よりも強い同型接着およびADCCを示す。II型抗体は、脂質ラフトにCD20を局在化しない。II型抗CD20抗体の例には、トシツモマブB1、11B8、AT80及びヒトB-Ly1抗体が含まれる。リキシズマブは、B細胞上のCD20抗原に結合し、インビボでB細胞を枯渇させるキメラIgG1抗CD20抗体である。その重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第7381560号に開示されている。リツキシマブは、商標リツキサン登録商標の下、米国でGenentechから市販されており、ロシュから他の国で市販され、商標マブセラ登録商標で販売されているリツキシマブをコードする核酸は、1992年11月10日にATCCに寄託番号69119で寄託されている。リツキシマブの生物学的活性は、増殖阻害及び非古典的アポトーシス直接細胞死と呼ばれる、補体依存性細胞傷害CDC、及び、FcγRIIIa発現NK細胞やマクロファージなど、Fcγ受容体FcγRとを提示する細胞によって媒介される抗体依存性細胞傷害ADCCにつながるCD20結合における標的細胞のシグナル伝達を包含するものと理解される。ヒト化B-Ly1抗体及びGA101はここでは、マウスモノクローナル抗CD20抗体B-Ly1のヒト化変異体を記述する国際公開第2005/044859号および国際公開第2007/031875号に開示されているヒト化IgG1B-LY1抗体を指す。さらに、ヒト化B-LY1抗体は、好ましくは、国際公開第2005/044859号,国際公開第2004/065540号,国際公開第2007/031875号UmanaetalNatureBiotechnol17176180及び国際公開第1999/54342号に記載されている手順に従ってそのFc領域において糖鎖が操作GEされている。フコシル化糖鎖操作型glycoengineeredヒト化B-Ly1B-HH6-B-KV1GEは本発明の一実施態様では好ましい。このような糖鎖操作型ヒト化B-LY1抗体は、Fc領域におけるグリコシル化のパターンの変化を有しており、好ましくはフコース残基のレベルが減少している。好ましくはフコースの量はAsn297におけるオリゴ糖の合計量の60以下である一実施態様では、フコースの量は、40と60の間にあり、別の実施態様では、フコースの量は50以下であり、さらに別の実施態様ではフコースの量は30以下である。さらに、Fc領域の糖鎖は、好ましくは二分されている。これらの糖鎖を操作されたヒト化B-LY1抗体は増加したADCC活性を持っている。純粋に本明細書における目的のために、特に明記しない限り、2H7または2H7抗体は、米国特許出願公開第2006/0034835号及び国際公開第2004/056312号両方ともLowmanetal;米国特許出願公開第2006/0188495号及び米国特許出願公開第2006/0246004号に記載の可変ドメイン配列を含むヒト化抗CD20抗体を指す。簡単には、マウス抗ヒトCD20抗体、2H7またここではm2H7、マウスのmとも称されるのヒト化は、部位特異的変異誘発の一連の手順で行った。マウス2H7抗体可変領域配列及びマウスVとヒトCを持つキメラ2H7が、例えば、米国特許第5846818及び第6204023号に記載されている。2H7のCDR残基は、マウス2H7可変ドメインのアミノ酸配列米国特許第5846818号に開示を既知の抗体の配列と比較することで同定される。軽鎖および重鎖のCDR領域は配列の超可変性Kabatら、前掲に基づいて定義された。合成オリゴヌクレオチドを用いて、部位特異的突然変異誘発82488492が、プラスミドpVX4に含まれるコンセンサス配列VκI,VHIIIVLカッパサブグループI,VHサブグループIIIに対応する完全なヒトFabフレームワークにマウス2H7のCDR領域のすべての6つを導入するために使用された国際公開第2004/056312号の図2を参照。V領域のさらなる改変CDRおよび/またはFRが、部位特異的突然変異誘発によってファージミドpVX4で行われた。全長IgGの発現のためのプラスミドが、キメラ2H7のFab並びにヒト化Fab版2から6のVL及びVHドメインを、以前に説明した哺乳動物細胞発現用のpPKベクター中にサブクローニングすることにより構築された。オクレリズマブは、本明細書中でヒト化2H7抗体の例である。ポリメラーゼ連鎖反応又はPCRの技術は、本明細書で使用される場合、微量の特有な1片の核酸、RNA及び/又はDNAが、1987年7月28日発行の米国特許第4683195号中に記載されたように増幅される手法に全般的に関する。一般的に、対象とする領域の末端から又は利用可能の必要性を越える配列情報は、オリゴヌクレオチドプライマーの設計を可能にし;これらのプライマーは増幅されるテンプレートの反対鎖の配列と同一又は類似している。2つのプライマーの5’末端ヌクレオチドは増幅された物質の末端と一致する。PCRは、特異的RNA配列、全ゲノムDNAからの特異的DNA配列、及び全細胞性RNAから転写されたcDNA、バクテリオファージまたはプラスミド配列などを増幅するために用いることができる。一般的に、MullisetalColdSpringHarborSympQuantBiol51263ErlichedPCRTechnologyを参照。本明細書で使用する場合、PCRは、唯一ではないが、プライマーとして既知の核酸DNA又はRNAの使用を含む核酸試験サンプルを増幅するための核酸ポリメラーゼ反応法の一例と考えられており、核酸ポリメラーゼを利用して、核酸の特定の部分を増幅又は生成し、または特定の核酸に相補的である核酸の特定の部分を増幅又は生成する。定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応または定量RT-PCRはPCRの一形態を指し、ここではPCR産物の量はPCR反応の各工程で測定される。この手法は、CroninetalAmJPathol1643542及びMaetalCancerCell5607616を含む様々な出版物に記載されている。マイクロアレイなる用語は、基質上の、ハイブリダイズ可能なアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブの秩序だった配置を意味する。単数又は複数で使用される場合、ポリヌクレオチドなる用語は、一般に任意のポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドを意味し、これは未修飾RNA又はDNA又は修飾RNA又はDNAであり得る。よって、例えば、ここで定義されるポリヌクレオチドには、限定するものではないが、一本鎖及び二本鎖DNA、一本鎖及び二本鎖領域を含むDNA、一本鎖及び二本鎖RNA、及び一本鎖及び二本鎖領域を含むRNA、一本鎖であってもよく、又はより典型的には二本鎖であっても又は一本鎖又は二本鎖領域を含んでもよいDNA及びRNAを含む混成分子が含まれる。またポリヌクレオチドなる用語は、ここで使用される場合RNA又はDNA又はRNAとDNAの双方を含む三本鎖領域を意味する。そのような領域のストランドは同じ分子由来でも又は異なった分子由来でもよい。その領域は一又は複数の分子の全てを含みうるが、より典型的には幾らかの分子の領域のみを含む。三本ヘリックス領域の分子の一つがしばしばオリゴヌクレオチドである。ポリヌクレオチドなる用語は特にcDNAsを含む。その用語には、一又は複数の修飾塩基を含むDNAcDNAを含む及びRNAが含まれる。よって、安定性又は他の理由のために修飾された骨格を持つDNA又はRNAは、その用語がここで意図するところのポリヌクレオチドである。更に、イノシンのような希な塩基又はトリチウム化塩基のような修飾された塩基を含むDNA又はRNAはここで定義されるポリヌクレオチドという用語内に含まれる。一般に、ポリヌクレオチドという用語は未修飾のポリヌクレオチドの全ての化学的、酵素的及び/又は代謝的に修飾された形態並びに単純細胞及び複雑細胞を含む細胞及びウイルスに特徴的なDNA及びRNAの化学的形態を包含する。オリゴヌクレオチドという用語は、限定するものではないが、一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖又は二本鎖リボヌクレオチド、RNA:DNAハイブリッド及び二本鎖DNAを含む比較的短いポリヌクレオチドを意味する。一本鎖DNAプローブオリゴヌクレオチドのようなオリゴヌクレオチドは、例えば市販されている自動オリゴヌクレオチド合成機を使用して、化学的方法によってしばしば合成される。しかしながら、オリゴヌクレオチドは、インビトロ組換えDNA媒介法を含む様々な他の方法によって、及び細胞及び生物中でのDNAの発現によって、作製することができる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーは、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが短くなると温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般的に相補鎖がその融点より低い環境で存在する場合における変性DNAの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の所望のホモロジーの度合いが高くなると、使用できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにするが、低い温度はストリンジェンシーを低下させる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明は、Ausubel等CurrentProtocolsinMolecularBiologyWileyIntersciencePublishersを参照のこと。ここに定義されるストリンジェントな条件又は高いストリンジェントな条件は、1洗浄のために低イオン強度及び高温度、例えば、50°Cで0.015Mの塩化ナトリウム/0.0015Mのクエン酸ナトリウム/0.1のドデシル硫酸ナトリウムを用いる;2ハイブリダイゼーションの間にホルムアミド等の変性剤、例えば、42°Cで750mMの塩化ナトリウム、75mMクエン酸ナトリウムを含むpH6.5の0.1ウシ血清アルブミン/0.1フィコール/0.1ポリビニルピロリドン/50mMのリン酸ナトリウムバッファーによる50v/vホルムアミドを用いる;又は30.2×SSC塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム、50ホルムアミド中での42°Cでの洗浄とその後の55°CでのEDTAを含む0.1×SSCからなる高いストリンジェンシーの洗浄を伴う、42°Cでの50ホルムアミド、5×SSC0.75MのNaCl、0.075Mのクエン酸ナトリウム、50mMのリン酸ナトリウムpH6.8、0.1のピロリン酸ナトリウム、5×デンハード液、超音波処理サケ精子DNA50μg/ml、0.1SDS、及び10のデキストラン硫酸を用いる。中程度のストリンジェントな条件は、Sambrook等MolecularCloningALaboratoryManual、4ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェンFARESTON、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェンEVISTA、トリオキシフェン、ケオキシフェン、及びSERM3などの選択的なエストロゲン受容体調節因子;アゴニスト特性を有さない純粋な抗エストロゲン類、例えばフルベストラント、及びEM800二量体化をブロックし、DNA結合を阻害し、ER代謝回転を増加させ、及び/又はERレベルを抑制しうる;アロマターゼインヒビター、例えば、ホルメスタン及びエキセメスタンなどのステロイド系アロマターゼインヒビター、及びアナストロゾール、レトロゾール及びアミノグルテチミドなどの非ステロイド性アロマターゼインヒビター、及びボロゾール、メゲストロールアセテート、ファドロゾール及び4イミダゾールを含む他のアロマターゼインヒビター;黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト、例えばロイプロリド及びELIGARD、ゴセレリン、ブセレリン、及びトリプトレリン;性ステロイド、例えばプロゲスチン、例えばメゲストロールアセテート及びメドロキシプロゲステロンアセテート、エストロゲン、例えばジエチルスチルベストロール及びプレマリン、及びアンドロゲン/レチノイド、例えばフルオキシメステロン、全てのトランスレチオニン酸及びフェンレチニド;オナプリストン;抗プロゲステロン;エストロゲン受容体下方制御因子;抗アンドロゲン類、例えばフルタミド、ニルタミド及びビカルタミド;及び上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体;並びに、上記のうちの2以上の組合せを含む。本明細書における化学療法剤または化学療法レジメンの具体例としては:アルキル化剤例えば、クロラムブシル、ベンダムスチン、又はシクロホスファミドヌクレオシド類似体又は代謝拮抗薬例えばフルダラビン、フルダラビンとシクロホスファミドFC;プレドニゾン又はプレドニゾロン;ビンクリスチン、シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロンCHOP、又はシクロホスファミド、プレドニゾロンCVPなどを含むアルキル化剤含有併用療法を含む。ターゲット層targetaudienceは、個々の患者、患者集団;新聞、医学文献、雑誌の読者;テレビやインターネットの視聴者;ラジオやインターネットのリスナー:医師、製薬会社など、とりわけ特定の使用、治療、又は適応症について、マーケティング又は広告により、特定の医薬が宣伝されるか又は宣伝されることが意図される人々のグループ又は機関である。パッケージ挿入物は、効能、用法、用量、投与、禁忌、パッケージ製品と併用される他の治療用製品、及び/又はそのような治療用製品の使用に関する警告を含む、治療用製品の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。用語抗体は最も広い意味で用いられ、様々な抗体構造を包含し、限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体、及び、所望の抗原結合活性を示す限り、抗体断片を含む。抗体断片は、インタクトな抗体が結合する抗原を結合するインタクトな抗体の一部を含むインタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例としては、限定されないが、Fv、Fab、Fab’、Fab’-SHは、Fab’2、ダイアボディ、直鎖状抗体、単鎖抗体分子例えばscFv、及び抗体断片から形成された多重特異性抗体を含む。親和性成熟抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じせしめる、その一又は複数の超可変領域HVRにおいて一又は複数の改変を持つものである。参照抗体として同一のエピトープに結合する抗体とは、競合アッセイにおいて50以上、参照抗体のその抗原への結合をブロックする抗体、逆に競合アッセイにおいて50以上、その抗体のその抗原への結合をブロックするその参照抗体を指す。典型的な競合アッセイが、本明細書において提供される。一実施態様において、抗体は、リツキシマブ、オファツムマブ、GA101、SBI-087、ベルツズマブ又はAME-133と同一のエピトープに結合する。用語キメラ抗体は、重鎖及び/又は軽鎖の一部分が特定の起源又は種から由来し、一方重鎖及び/又は軽鎖の残りが異なる起源又は種から由来する抗体を指す。抗体のクラスは、その重鎖が保有する定常ドメイン又は定常領域のタイプを指す。抗体の5つの主要なクラスがあり:IgA、IgD、IgE、IgG及びIgM、及びこれらのいくつかは、さらにサブクラスアイソタイプ、例えば、IgG1、IgG2に、IgG3、IgG4、IGA1、及びIgA2に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。本明細書で用いられる細胞傷害性薬物という用語は、細胞の機能を阻害又は阻止し及び/又は細胞死又は破壊を生ずる物質を指す。細胞傷害性薬物は、限定されないが、放射性同位体例えば、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212及びLuの放射性同位体:化学療法剤又は薬物例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイドビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンC、クロラムブシル、ダウノルビシンまたは他の挿入剤、成長阻害剤、酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素など、抗生物質、小分子毒素などの毒素、又は細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素それらの断片及び/又はその変異体を含む、及び以下に開示される様々な抗腫瘍剤又は抗癌剤を包含する。エフェクター機能とは、抗体のアイソタイプにより変わる、抗体のFc領域に起因する生物学的活性を指す。抗体エフェクター機能の例としては、C1q結合及び補体依存性細胞傷害CDC、Fc受容体結合、抗体依存性細胞媒介性細胞障害ADCC、貪食、細胞表面受容体例えば、B細胞受容体のダウンレギュレーション、及びB細胞の活性化を含む。用語Fc領域は、定常領域の少なくとも一部を含む、免疫グロブリン重鎖のC末端領域を定義するために使用される。その用語は、天然配列Fc領域と変異体Fc領域を含む。一実施態様において、ヒトIgG重鎖Fc領域はCys226又はPro230から重鎖のカルボキシル末端まで伸長する。しかし、Fc領域のC末端リジンLys447は存在しているか、又は存在していない場合がある。本明細書に明記されていない限り、Fc領域又は定常領域内のアミノ酸残基の番号付けは、KabatetalSequencesofProteinsofImmunologicalInterest5thEdPublicHealthServiceNationalInstitutesofHealthBethesdaMD1991に記載されるように、EUインデックスとも呼ばれるEU番号付けシステムに従う。フレームワーク又はFRは、超可変領域HVR残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのFRは、一般的に4つのFRのドメイン、FR1、FR2、FR3、及びFR4で構成される。従って、HVR及びFR配列は一般にVH又はVLの以下の配列に現れる:FR1-H1L1-FR2-H2L2-FR3-H3L3-FR4。用語完全長抗体、インタクトな抗体及び全抗体は、本明細書中で互換的に使用され、天然型抗体構造と実質的に類似の構造を有するか、又は本明細書で定義されるFc領域を含む重鎖を有する抗体を指す。ヒト抗体は、ヒト又はヒト細胞により産生されるか、又はヒト抗体のレパートリー又は他のヒト抗体をコードする配列を利用した非ヒト起源に由来する抗体のそれに対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。ヒト化抗体は、非ヒトHVR由来のアミノ酸残基、及びヒトFR由来アミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。所定の実施態様において、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には2つの可変ドメインの全てを実質的に含み、HVR例えば、CDRの全て又は実質的に全てが、非ヒト抗体のものに対応し、全てまたは実質的にFRの全てが、ヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は、任意で、ヒト抗体由来の抗体定常領域の少なくとも一部を含んでもよい。抗体のヒト化型、例えば、非ヒト抗体は、ヒト化を遂げた抗体を指す。本明細書で使用される用語超可変領域又はHVRは、配列が超可変であるか、及び/又は構造的に定義されたループ超可変ループを形成する抗体可変ドメインの各領域を指す。一般的に、天然型4鎖抗体は、VHH1、H2、H3に3つ、及びVLL1、L2、L3に3つの6つのHVRを含む。HVRは、一般的に超可変ループ由来及び/又は相補性決定領域CDR由来のアミノ酸残基を含み、後者は、最高の配列可変性であり、及び/又は抗原認識に関与している。典型的な超可変ループはアミノ酸残基26-32L1、50-52L2、91-96L3、26-32H1、53-55H2、及び96-101H3で生じる。典型的なCDRCDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2、及びCDR-H3は、アミノ酸残基L1の24-34、L2の50-56、L3の89-97、H1の31-35B、H2の50-65、及びH3の95-102に生じる。VHのCDR1の例外とともに、CDRは一般に超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。CDRは、抗原に接触する残基である特異性決定残基又はSDRを含む。SDRは、略称abbreviated-CDR、又はa-CDRと呼ばれる、CDRの領域内に含まれている。典型的なa-CDRa-CDR-L1、a-CDR-L2、a-CDR-L3、a-CDR-H1、a-CDR-H2、及びa-CDR-H3は、アミノ酸残基L1の31-34、L2の50-55、L3の89-96、H1の31-35B、H2の50-58、及びH3の95-102に生じる。特に断らない限り、可変ドメイン内のHVR残基及び他の残基例えば、FR残基は、上掲のKabatらに従い、本明細書において番号が付けられる。一実施態様において、本明細書におけるCD20抗体は、リツキシマブ、オファツムマブ、GA101、SBI-087、ベルツズマブまたはAME-133のHVRを含む。イムノコンジュゲートは、1つ以上の異種分子にコンジュゲートした抗体であり、限定されないが、細胞傷害性薬物を含む。本明細書で使用される用語モノクローナル抗体とは、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味し、すなわち、例えば、天然に生じる変異を含み、又はモノクローナル抗体製剤の製造時に発生し、一般的に少量で存在している変異体などの、可能性のある変異体抗体を除き、集団を構成する個々の抗体は同一であり、及び又は同じエピトープに結合する。異なる決定基エピトープに対する異なる抗体を一般的に含む、ポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。従って、修飾語モノクローナルは、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものとして解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、限定されないが、ハイブリドーマ法、組換えDNA法、ファージディスプレイ法、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法を含む様々な技術によって作成され、モノクローナル抗体を作製するためのそのような方法及び他の例示的な方法は、本明細書に記載されている。ネイキッド抗体とは、異種の部分例えば、細胞傷害性部分又は放射性標識にコンジュゲートしていない抗体を指す。ネイキッド抗体は薬学的製剤中に存在してもよい。天然型抗体は、天然に生じる様々な構造をとる免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然型IgG抗体は、ジスルフィド結合している2つの同一の軽鎖と2つの同一の重鎖から成る約150,000ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。N末端からC末端に、各重鎖は、可変重鎖ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域VHを有し、3つの定常ドメインCH1、CH2およびCH3が続く。同様に、N末端からC末端に、各軽鎖は、可変軽鎖ドメイン又は軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域VLを有し、定常軽鎖CLドメインが続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパκとラムダλと呼ばれる、2つのタイプのいずれかに割り当てることができる。用語パッケージ挿入物は、効能、用法、用量、投与、併用療法、禁忌についての情報、及び/又はそのような治療用製品の使用に関する警告を含む、治療用製品の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。用語薬学的製剤は、医薬の生物学的活性を許容するような形態であって、製剤を投与する被検体にとって許容できない毒性である他の成分を含まない無菌調製物を指す。無菌製剤は、無菌であるか又は全ての生きている微生物及びそれらの胞子が無い。キットは、少なくとも1つの試薬、例えば、CLLの治療のための医薬、又は本発明のバイオマーカー遺伝子またはタンパク質を特異的に検出するためのプローブを含んでなる任意の製品パッケージ又は容器などである。製品は、好ましくは、本発明の方法を実施するためのユニットとして、宣伝され、配布され又は販売される。薬学的に許容される担体は、被検体に非毒性であり、有効成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体は、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、又は保存剤を含む。II.CLL医薬一態様において、本発明は、本明細書に開示された一以上のバイオマーカーの発現に基づいて、CLL医薬を用いて治療することができる患者を選別することに関係する。CLL医薬の例としては、限定されないが、以下を含む:-特に、アルキル化剤例えば、クロラムブシル、ベンダムスチン、又はシクロホスファミド;ヌクレオシド類似体又は代謝拮抗薬例えばフルダラビン、フルダラビンとシクロホスファミドFC;プレドニゾン又はプレドニゾロン;ビンクリスチン、シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロンCHOP、又はシクロホスファミド、プレドニゾロンCVPなどを含むアルキル化剤含有併用療法を含む、化学療法剤及び化学療法レジメン。-例えばCD20抗体例えば、リツキシマブ、オファツムマブ、GA101、SBI-087、ベルツズマブ、及びAME-133等、CD22抗体又はCD79b抗体などのB細胞アンタゴニスト;-静脈内投与免疫グロブリン;-CD52抗体例えばアレムツズマブ、及び-その他の薬剤又はCLLの治療のために承認されたか開発中のそれらの組み合わせ。実施態様において、CLL医薬はFAKシグナル伝達及び/又はホモタイプ凝集を誘導するものである。CLL医薬は、任意で以下から選択される:B細胞アンタゴニスト、B細胞抗体、抗CD20抗体、I型抗CD20抗体、II型CD20抗体、CD22抗体、CD79b抗体など。一実施態様において、バイオマーカーの発現レベルが中央値であると場合CLL医薬は、リツキシマブ以外の一つである。一実施態様において、医薬は、例えばCD20に対する又は結合する抗体である。抗体は、本明細書では、キメラ抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体が含まれる。一実施態様において、抗体は、抗体断片、例えば、Fv、Fab、Fab’、scFv、ダイアボディ、又はFab’2断片である。その他の態様において、抗体は、全長抗体、例えば、インタクトなIgG1抗体、又は本明細書において定義された他の抗体クラス又はアイソタイプである。一実施態様において、抗体、例えば、本明細書の方法で使用される抗体は、以下のセクション1-6で説明されるように、単独または組み合わせで任意の特徴を組み込むことができる:1.抗体断片ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片は、限定されないが、Fab,Fab’,Fab’-SH,Fab’2,Fv,及びscFv断片、及び下記の他の断片を含む。所定の抗体断片の総説については、HudsonetalNatMed9129134を参照。scFv断片の総説については、例えば、PluckthueninThePharmacologyofMonoclonalAntibodiesvol113RosenburgandMooreedspp269315を参照また、国際公開第93/16185号;及び米国特許第5571894号及び第5587458号も参照。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、かつインビボ半減期を増加させたFab及びFab’2断片の議論については、米国特許第5869046号を参照のこと。ダイアボディは2価または二重特異性であり得る2つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許第404097号;国際公開第1993/01161号HudsonetalNatMed9129134及びHollingeretalProcNatlAcadSciUSA9064446448を参照。トリアボディ及びテトラボディもまたHudsonetalNatMed9129134に記載されている。単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部、又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部を含む抗体断片である。ある実施態様において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体であるに記載されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域及びヒト定常領域を含む。更なる例において、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変更されたクラススイッチ抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。ある実施態様において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減するために、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持したまま、ヒト化されている。一般に、ヒト化抗体は、HVR、例えば、CDRまたはその一部が、非ヒト抗体から由来し、FRまたはその一部がヒト抗体配列に由来する、一以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意で、ヒト定常領域の少なくとも一部をも含む。幾つかの実施態様において、ヒト化抗体の幾つかのFR残基は、抗体特異性又は親和性を回復もしくは改善するめに、非ヒト抗体例えば、HVR残基が由来する抗体由来の対応する残基で置換されている。ヒト化抗体およびそれらの製造方法は、例えば、AlmagroandFranssonFrontBiosci1316191633に総説され、更に、RiechmannetalNature332323329QueenetalProcNat’lAcadSciUSA861002910033米国特許第5821337号,米国特許第7527791号,米国特許第6982321号,及び米国特許第7087409号KashmirietalMethods362534SDRa-CDRグラフティングを記述PadlanMolImmunol28489498Dall’AcquaetalMethods364360及びOsbournetalMethods366168及びKlimkaetalBrJCancer83252260に記載されている。ヒト化に用いられ得るヒトフレームワーク領域は、限定されないが、ベストフィット法を用いて選択されるフレームワーク領域例えば、SimsetalJImmunol1512296;軽鎖または重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列由来のフレームワーク領域及びPrestaetalJImmunol1512623を参照ヒト成熟体細胞変異フレームワーク領域またはヒト生殖細胞系フレームワーク領域を参照及びFRライブラリスクリーニング由来のフレームワーク領域及びRosoketalJBiolChem2712261122618を参照を含む。リツキシマブはCD20を結合するキメラ抗体の例である。CD20に結合するヒト化抗体の例は、GA101、SBI-087、AME-133、及びベルツズマブを含む。3.ヒト抗体ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知の様々な技術を用いて生産することができる。ヒト抗体は一般的にvanDijkandvandeWinkelCurrOpinPharmacol536874及びLonbergCurrOpinImmunol20450459に記載されている。ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を持つ又はインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することにより調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、又は染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含む。このようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般的に不活性化される。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、LonbergNatBiotech2311171125を参照。また、例えば、XENOMOUSETM技術を記載している、米国特許第6075181号及び米国特許第6150584号;HuMab登録商標技術を記載している米国特許第5770429号;K-MMOUSE登録商標技術を記載している米国特許第7041870号及び、VelociMouse登録商標技術を記載している米国特許出願公開第2007/0061900号を参照。このような動物で生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、更に改変される可能性がある。ヒト抗体は、ハイブリドーマベース法によって作成することができる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウスヒトヘテロ細胞株が記載されている。BrodeuretalMonoclonalAntibodyProductionTechniquesandApplicationspp5163及びBoerneretalJImmunol14786を参照ヒトB細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体はまた、LietalProcNatlAcadSciUSA10335573562に記載されている。更なる方法は、例えば、米国特許第7189826号ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトIgM抗体の産生を記載している及びNiXiandaiMianyixue26265268に記載されたものを含む。ヒトハイブリドーマ技術トリオーマ技術もまた、VollmersandBrandleinHistologyandHistopathology20927937及びVollmersandBrandleinMethodsandFindingsinExperimentalandClinicalPharmacology2718591に記載される。ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたFvクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。このような可変ドメイン配列は、次に所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術が、以下に説明される。オファツムマブはCD20に結合するヒト抗体の例である。4.ライブラリー由来の抗体本発明の抗体は、所望の活性または活性複数を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、様々な方法が、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてのライブラリーをスクリーニングするために、当該技術分野で知られている。そのような方法は、例えば、HoogenboometalinMethodsinMolecularBiology178137に総説され、更に、例えば、McCaffertyetalNature348552554ClacksonetalNature352624628MarksetalJMolBiol222581597MarksandBradburyinMethodsinMolecularBiology248161175SidhuetalJMolBiol338299310LeeetalJMolBiol34010731093FellouseProcNatlAcadSciUSA1011246712472及びLeeetalJImmunolMethods284119132に記載されている。所定のファージディスプレイ法において、VH及びVL遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応PCRにより個別にクローニングされ、ファージライブラリーにランダムに再結合され、その後、WinteretalAnnRevImmunol12433455に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、通常、抗体断片を、単鎖FvscFv断片、またはFab断片のいずれかとして提示する。免疫された起源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要性なしで免疫原に高親和性抗体を提供する。代わりに、GriffithsetalEMBOJ12725734に記載されるように、ナイーブなレパートリーが、任意の免疫感作無しで、広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対して、抗体の単一起源を提供するために、例えば、ヒトからクローン化することができる。最後に、ナイーブなライブラリはまた、HoogenboomandWinterJMolBiol227381388に記載されるように、非常に可変なCDR3領域をコードし、インビトロで再構成を達成するために、幹細胞由来の未転位V遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むPCRプライマーを使用することにより合成することができる。ヒト抗体ファージライブラリーを記述する特許公報は、例えば、米国特許第5750373号、及び米国特許出願公開第2005/0079574号、第2005/0119455号、第2005/0266000号、第2007/0117126号、第2007/0160598号、第2007/0237764号、第2007/0292936号及び第2009/0002360号を含む。ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体または抗体断片は、本明細書でヒト抗体またはヒト抗体の断片とみなされる。5.多重特異性抗体ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある実施態様において、結合特異性の一つはCD20に対してであり、他は、任意の他の抗原に対してである。ある実施態様において、二重特異性抗体は、CD20の2つの異なるエピトープに結合することができる。二重特異性抗体はまたCD20を発現する細胞に対して細胞傷害性薬物を局在化させるために用いることができる。二重特異性抗体は、全長抗体又は抗体断片として調製することができる。多重特異性抗体を作製するための技術は、限定されないが、異なる特異性を有する2つの免疫グロブリン重鎖軽鎖対の組換え共発現、国際公開第93/08829号、及びTrauneckeretalEMBOJ103655を参照及びknob-in-holeエンジニアリング例えば、米国特許第5731168号を参照を含む。多重特異抗体はまた、抗体のFc-ヘテロ2量体分子を作成するための静電ステアリング効果を操作すること国際公開第2009/089004A1号、2つ以上の抗体又は断片を架橋すること例えば米国特許第4676980号、及びBrennanetalScience22981を参照、2重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを使用すること15471553を参照、二重特異性抗体フラグメントを作製するため、ダイアボディ技術を使用することを参照、単鎖FvsFvダイマーを使用することを参照、及び、例えばTuttetalJImmunol14760に記載されているように、三重特異性抗体を調製することによって作成することができる。オクトパス抗体を含む、3つ以上の機能性抗原結合部位を持つ改変抗体もまた本明細書に含まれる例えば、米国特許出願公開第2006/0025576A1号を参照。本明細書中の抗体又は断片はまた、CD20並びにその他の異なる抗原例えば米国特許出願公開第2008/0069820号参照に結合する抗原結合部位を含む、2重作用DualActingFAb又はDAFを含む。6.抗体変異体ある実施態様において、本明細書で提供される抗体のアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体の結合親和性及び又は他の生物学的特性を改善することが望まれ得る。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することにより、またはペプチド合成によって調製することができる。このような改変は、例えば、抗体のアミノ酸配列内における、残基の欠失、及び/又は挿入及び又は置換を含む。最終コンストラクトが所望の特性、例えば、抗原結合を有していることを条件として、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせが、最終コンストラクトに到達させるために作成され得る。ある実施態様において、一つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換突然変異の対象となる部位は、HVRとFRを含む。アミノ酸置換は、目的の抗体に導入することができ、その産物は、所望の活性、例えば、抗原結合の保持/改善、免疫原性の減少、又はADCC又はCDCの改善についてスクリーニングされた。置換変異体の一つのタイプは、親抗体例えば、ヒト化又はヒト抗体などの一以上の高頻度可変領域残基の置換を含む。一般的には、更なる研究のために選択され得られた変異体は、親抗体と比較して、特定の生物学的特性の改変例えば、改善例えば、親和性の増加、免疫原性を減少を有し、及び又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。典型的な置換変異体は、親和性成熟抗体であり、例えば、本明細書に記載されるファージディスプレイベースの親和性成熟技術を用いて、簡便に生成され得る。簡潔に言えば、一つ以上のHVR残基が変異し、変異体抗体は、ファージ上に表示され、特定の生物学的活性例えば、結合親和性についてスクリーニングされる。アミノ酸配列挿入は、一残基から百以上の残基を含有するポリペプチド長にわたるアミノ及び/又はカルボキシル末端融合、並びに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例としては、N末端メチオニン残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体は、酵素に対する抗体のN末端またはC末端への融合例えばADEPTの場合、または抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合を含む。所定の実施態様において、本明細書で提供される抗体は抗体がグリコシル化される程度を増加または減少するように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、一以上のグリコシル化部位が作成または削除されるようにアミノ酸配列を変えることによって簡便に達成することができる。抗体がFc領域を含む場合には、それに付着する糖を変えることができる。哺乳動物細胞によって生成された天然型抗体は、典型的には、Fc領域のCH2ドメインのAsn297にN-結合により一般的に付着した分岐鎖、二分岐オリゴ糖を含んでいる。例えばWrightetalTIBTECH152632を参照。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、二分岐糖鎖構造の幹のGlcNAcに結合した、マンノース、N-アセチルグルコサミンGlcNAc、ガラクトース、シアル酸、並びにフコースを含み得る。幾つかの実施態様において、本発明の抗体におけるオリゴ糖の改変は一定の改善された特性を有する抗体変異型を作成するために行われ得る。一実施態様において、抗体変異体は、Fc領域に直接または間接的に付着されたフコースを欠いた糖鎖構造を有して提供される。例えば、このような抗体のフコース量は、1から80、1から65、5から65、または20から40であり得る。フコースの量は、例えば、国際公開第2008/077546号に記載されているように、MALDI-TOF質量分析法によって測定されるAsn297に付着しているすべての糖構造の合計例えば、コンプレックス、ハイブリッド及び高マンノース構造に対して、Asn297の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって決定される。Asn297は、Fc領域Fc領域残基のEU番号付けでおよそ297の位置に位置するアスパラギン残基を指し、しかし、Asn297もまた位置297の上流または下流のおよそ±3アミノ酸に、すなわち抗体の軽微な配列変異に起因して、位置294と300の間に配置され得る。このようなフコシル化変異体はADCC機能を改善させた可能性がある。例えば、米国特許出願公開第2003/0157108号米国特許出願公開第2004/0093621号協和発酵工業株式会社を参照。フコース非修飾又はフコース欠損抗体変異体に関連する出版物の例としては、米国特許出願公開第2003/0157108号、国際公開第2000/61739号、国際公開第2001/29246号、米国特許出願公開第2003/0115614号、米国特許出願公開第2002/0164328号、米国特許出願公開第2004/0093621号、米国特許出願公開第2004/0132140号、米国特許出願公開第2004/0110704号、米国特許出願公開第2004/0110282号、米国特許出願公開第2004/0109865号、国際公開第2003/085119号、国際公開第2003/084570号、国際公開第2005/035586号、国際公開第2005/035778号、国際公開第2005/053742号、国際公開第2002/031140号、OkazakietalJMolBiol33612391249YamaneOhnukietalBiotechBioeng87614が含まれる。非フコシル化抗体を産生する能力を有する細胞株の例としては、タンパク質フコシル化を欠損しているLec13CHO細胞米国特許出願公開第2003/0157108A1号PrestaL及び国際公開第2004/056312A1号Adamsetal特に実施例11、及びノックアウト細胞株、アルファ-1、6-フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、FUT8、ノックアウトCHO細胞例えば、YamaneOhnukietalBiotechBioeng87614KandaYetalBiotechnolBioeng94680688及び国際公開第2003/085107号を参照を含む。抗体変異体が、例えば、抗体のFc領域に結合した二分岐オリゴ糖がGlcNAcによって二分されている二分オリゴ糖とともに更に与えられる。このような抗体変異体はフコシル化を減少させ、及び/又はADCC機能を改善している可能性がある。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第2003/011878号米国特許第6602684号及び米国特許出願公開第2005/0123546号に記載されている。Fc領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも1つのガラクトース残基を持つ抗体変異体も提供される。このような抗体変異体はCDC機能を改善させた可能性がある。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第1997/30087号国際公開第1998/58964号及び国際公開第1999/22764号に記載されている。GA101は、CD20に特異的に結合する抗体のグリコシル化変異体の例である。ある実施態様において、1つまたは複数のアミノ酸改変を、本明細書で提供される抗体のFc領域に導入することができ、それによってFc領域変異体を生成する。Fc領域の変異体は、1つまたは複数のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾例えば置換を含むヒトFc領域の配列例えば、ヒトIgG1、IgG2、IgG3又はIgG4のFc領域を含んでもよい。ある実施態様において、本発明は、インビボにおける抗体の半減期が重要であるが、ある種のエフェクター機能例えば補体およびADCCなどが不要または有害である用途のための望ましい候補とならしめる、全てではないが一部のエフェクター機能を有する抗体変異体を意図している。エフェクター機能が減少した抗体は、Fc領域の残基238、265、269、270、297、327、329の一つ以上の置換を有するものが含まれる米国特許第6737056号。そのようなFc変異体は、残基265及び297のアラニンへの置換を有する、いわゆるDANAFc変異体を含む、アミノ酸位置265、269、270、297及び327の2以上での置換を有するFc変異体を含む米国特許第7332581号。FcRへの改善又は減少させた結合を持つ特定の抗体変異体が記載されている。例えば、米国特許第6737056号;国際公開第2004/056312号、及びShieldsetalJBiolChem965916604を参照。所定の実施態様において、抗体変異体はADCCを改善する1つまたは複数のアミノ酸置換、例えば、Fc領域の位置298、333、及び/又は334における置換EUの残基番号付けを含む。幾つかの実施態様において、改変されたすなわち改善されたか減少したC1q結合及び/又は補体依存性細胞傷害CDCを生じる、Fc領域における改変がなされ、例えば、米国特許第6194551号、国際公開第99/51642号、及びIdusogieetalJImmunol16441784184に説明される。増加した半減期を持ち、胎仔への母性IgGの移送を担う、新生児Fc受容体FcRnへの結合が改善された抗体及びKimetalJImmunol24249が、米国特許出願公開第2005/0014934A1号に記載されている。これらの抗体は、FcRnへのFc領域の結合を改善する一つまたは複数の置換を有するFc領域を含む。このようなFc変異体は、Fc領域の残基の1以上の置換を有するものが含まれる:238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424又は434、例えば、Fc領域の残基434の置換米国特許第7,371,826号。DuncanWinterNature32273840米国特許第5648260号;米国特許第5624821号;及び、Fc領域の変異体の他の例に関しては国際公開第94/29351号も参照のこと。ある実施態様において、抗体の1つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン改変抗体、例えば、thioMAbsを作成することが望まれ得る。特定の実施態様において、置換された残基は、抗体のアクセス可能な部位で起きる。それらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基は、それによって抗体のアクセス可能な部位に配置され、本明細書中でさらに記載されるように、イムノコンジュゲーを作成するために、例えば薬物部分またはリンカー-薬剤部分などの他の部分に抗体をコンジュゲートするために使用することができる。ある実施態様において、一以上の以下の残基がシステインで置換され得る:軽鎖のV205Kabatの番号付け;重鎖のA118EU番号付け;及び重鎖Fc領域のS400EU番号付け。システイン改変抗体は、例えば、米国特許第7521541号に記載のように生成され得る。ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、当技術分野で知られ、容易に入手されている追加の非タンパク質部分を含むように更に改変することができる。抗体の誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーを含む。水溶性ポリマーの非限定的な例は、限定されないが、ポリエチレングリコールPEG、エチレングリコール/プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ-1,3-ジオキソラン、ポリ-1,3,6-トリオキソラン、エチレン/無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸単独重合体又はランダム共重合体の何れか及びデキストラン又はポリn-ビニルピロリドンポリエチレングリコール、プロピレングリコール単独重合体、プロピレンオキシド/エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール例えばグリセロール、ポリビニルアルコール及びこれらの混合物を包含する。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドはその水中での安定性のために製造上の利点を有し得る。ポリマーは何れかの分子量のものであってよく、そして分枝鎖又は未分枝鎖であってよい。抗体に結合するポリマーの数は変動してよく、そして、一以上の重合体が結合する場合は、それらは同じか又は異なる分子であることができる。一般的に、誘導体化に使用するポリマーの数及び/又は種類は、限定されないが、向上させるべき抗体の特定の特性又は機能、抗体誘導体が特定の条件下で治療に使用されるのか等を考慮しながら決定することができる。その他の実施態様において、放射線への曝露によって選択的に加熱されてもよい抗体と非タンパク質部分とのコンジュゲートが、提供される。一実施態様において、非タンパク質部分はカーボンナノチューブである。放射線は、任意の波長であって良いが、限定されないものの、通常の細胞に害を与えないが、抗体-非タンパク質部分の近位細胞が死滅される温度に非タンパク質部分を加熱する波長が含まれる。一実施態様において、本医薬は、化学療法剤又は薬物、成長抑制剤、毒素例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素活性毒素、又はそれらの断片、又は放射性同位元素など、1つ以上の細胞傷害性薬物にコンジュゲートした抗体例えばCD20抗体を含むイムノコンジュゲートである。一実施態様において、イムノコンジュゲートは、抗体薬物コンジュゲートADCであって、そこでは抗体は、限定されないが、メイタンシノイド米国特許第5208020号、第5416064号及び欧州特許EP0425235B1を参照;モノメチルアウリスタチン薬物部分DE及びDFMMAE及びMMAF米国特許第5635483号及び第5780588号及び第7498298号を参照などのアウリスタチン;ドラスタチン、カリケアマイシン又はその誘導体米国特許第5712374号、第5714586号、第5739116号、第5767285号、第5770701号、第5770710号、第5773001号、及び第5877296号を参照HinmanetalCancerRes5333363342及びLodeetalCancerRes5829252928ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリンJeffreyetalBioorganicMedChemLetters16358362TorgovetalBioconjChem16717721NagyetalProcNatlAcadSciUSA97829834DubowchiketalBioorgMedChemLetters1215291532KingetalJMedChem4543364343及び米国特許第6630579号を参照;メトトレキサート、ビンデシン、ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセルなどのタキサン、トリコテセン、及びCC1065を含む一つ以上の薬物とコンジュゲートしている。その他の実施態様において、イムノコンジュゲートは、酵素的に活性な毒素又はその断片にコンジュゲートした、本明細書に記載の抗体を含み、限定されないが、ジフテリアA鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、緑膿菌からの外毒素A鎖、リシンA鎖、アブリンA鎖、モデクシンA鎖、アルファサルシン、アレウリテスフォーディタンパク質、ジアンチンタンパク質、フィトラカアメリカーナタンパク質PAPI、PAPII、及びPAP-S、モモルディカチャランチアインヒビター、クルシン、クロチン、サパオナリアオフィシナリスインヒビター、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン及びトリコテセンが含まれる。その他の実施態様では、イムノコンジュゲートは、放射性コンジュゲートを形成するために放射性原子にコンジュゲートした本明細書に記載されるような抗体を含む。様々な放射性同位体が放射性コンジュゲートの生産のために入手可能である。例としては、At211,I131,I125,Y90,Re186,Re188,Sm153,Bi212,P32,Pb212及びLuの放射性同位体を含む。検出のためにコンジュゲートを使用するとき、それはシンチグラフィー試験のための放射性原子、例えばtc99m又はI123、又は核磁気共鳴NMR画像化磁気共鳴画像化mriとしても知られているのためのスピン標識、例えば再び、ヨウ素-123、ヨウ素-131、インジウム-111、フッ素-19、炭素-13、窒素-15、酸素-17、ガドリニウム、マンガン又は鉄を含んでよい。抗体と細胞傷害性薬物のコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、N-スクシンイミジル3-2-ピリジルチオプロピオネートSPDP、スクシンイミジル4-N-マレイミドメチルシクロヘキサン-1-カルボキシレート、イミノチオランIT、イミドエステルの2官能性誘導体例えばジメチルアジピミデートHCl、活性エステル例えばジスクシンイミジルズベレート、アルデヒド例えばグルタルアルデヒド、ビス-アジド化合物例えばビスp-アジドベンゾイルヘキサンジアミン、ビスジアゾニウム誘導体例えばビスp-ジアゾニウムベンゾイルエチレンジアミン、ジイソシアネート例えばトルエン2,6-ジイソシアネート及びビス活性フッ素化合物例えば1,5-ジフルオロ-2,4-ジニトロベンゼンなど、を使って作成され得る。VitettaetalScience2381098に記載されるように、例えば、リシンイムノトキシンを調製することができる。カーボン-14-標識1-イソチオシアナトベンジル-3-メチルジエチレントリアミン五酢酸MX-DTPAは、放射性ヌクレオチドの抗体へのコンジュゲーションのためのキレート剤の例である国際公開第94/11026号を参照。リンカーは、細胞中に細胞毒性薬物の放出を容易にする切断可能なリンカーであり得る。例えば、酸に不安定なリンカー、ペプチダーゼ過敏性リンカー、光解離性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカーCharietalCancerRes52127131米国特許第5208020号が使用され得る。本明細書において、イムノコンジュゲート又はADCは、限定されないが、市販の、BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBSMPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、スルホ-EMCS、スルホ-GMBS、スルホ-KMUS、スルホ-MBS、スルホ-SIAB、スルホ-SMPB、及びスルホ-SMPB、SVSBスクシンイミジル4-ビニルスルホンベンゾエートを含むクロスリンカー試薬を用いて調製されるコンジュゲートを特に熟考する。III.診断方法一態様において、本明細書における発明は、慢性リンパ性白血病CLL患者のための治療を選択するための方法に関し、患者由来のサンプルにおいて、miRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択されたバイオマーカーの発現又は活性化を決定し、かつバイオマーカーの発現のレベルに基づいて、CLLの医薬を選択することを含む。一実施態様において、バイオマーカーのレベルの上昇は、FAKシグナル伝達及び/又は同型接着を誘導するCLL医薬、及び/又はB細胞アンタゴニスト、及び/又は患者の治療に使用するためのCD20抗体の選択をもたらす。その他の実施態様において、バイオマーカーが低下したレベルか又は中央値以下のレベルで存在している場合、患者はリツキシマブ以外又はCD20抗体以外のCLL医薬による治療の対象として選択される。バイオマーカーについての発現レベル中央値は、バイオマーカーの発現を測定することと本質的に同時に決定することができ、又は以前に決定されている可能性がある。当業者は、様々な診断アッセイのための患者集団におけるバイオマーカーの発現レベル中央値を決定することができる。これは、以下の例の様々なバイオマーカー及びバイオアッセイのための発現レベル中央値を提供する下の表に例示される。患者からのサンプルは、本明細書中のバイオマーカーの1以上の発現について検査される。組織又は細胞サンプルの起源は、新鮮な、冷凍された、及び/又は保存された臓器又は組織サンプル、又は生検又は吸引からの固形組織、血液又は任意の血液成分、脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液、被検体の妊娠期間又は発育の任意の時期に由来する細胞であり得る。組織サンプルは、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などが含まれる場合がある。腫瘍サンプルの例は、限定されないが、腫瘍生検、腫瘍細胞、血清又は血漿、末梢血単核細胞PBMC、循環性血漿タンパク質、腹水、腫瘍に由来するか又は腫瘍のような特性を呈する細胞株又は初代細胞培養物、並びに、ホルマリン固定腫瘍サンプル、パラフィン包埋腫瘍サンプル又は凍結腫瘍サンプルなどの保存された腫瘍サンプルを含む。一実施態様において、サンプルは、CD19に富むPBMCを含む末梢血単核細胞PBMCを含んでいた。mRNAまたはタンパク質の発現を決定するための様々方法としては、限定されないが、遺伝子発現プロファイリング、定量的リアルタイムPCRqRT-PCRを含むポリメラーゼ連鎖反応PCR、RNA-Seq、マイクロアレイ解析、遺伝子発現の連続分析、マスアレイMassARRAY、プロテオミクス、免疫組織化学IHCなどを含む。好ましくmRNAが定量化される。そのようなmRNA解析は、好ましくは、ポリメラーゼ連鎖反応PCRの技術を使用して、またはマイクロアレイ分析により実行される。PCR法を用いる場合、PCRの好ましい形態は、定量的リアルタイムPCRqRT-PCRである。遺伝子発現を決定するための様々な例示的な方法を詳細に説明する。1.遺伝子発現プロファイリング一般に、遺伝子発現プロファイリングの方法は、二つの大きなグループに分けることができる:ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション解析に基づく方法と、生化学的検出又はポリヌクレオチドの配列決定に基づく他の方法である。試料中のmRNA発現を定量化するために当該分野で最も広く用いられている方法には、ノーザンブロット及びインサイツハイブリダイゼーションParker及びBarnesMethodsinMolecularBiology106247283;RNAse保護アッセイHodBiotechniques13852854;及び逆転写ポリメラーゼ連鎖反応RTPCRWeis等TrendsinGenetics8263264が含まれる。あるいは、DNA二重鎖、RNA二重鎖、及びDNA-RNAハイブリッド二重鎖又はDNA-タンパク質二重鎖を含む特定の二重鎖を認識できる抗体を用いてもよい。配列ベースの遺伝子発現解析の代表的な方法には、連続遺伝子発現解析SAGE、及びMassivelyParallelSignatureSequencingMPSSによる遺伝子発現解析を含む。2.ポリメラーゼ連鎖反応PCR上に列挙した技術のうち、最も感度が良く最も柔軟性がある定量法はPCRであり、これは、正常組織及び腫瘍組織中の異なった試料集団におけるmRNAレベルを、薬剤処置を含むか又は含まずに、比較し、遺伝子発現のパターンを特徴付けし、密接に関連したmRNA間を識別し、RNA構造を解析するために使用することができる。第一工程は標的試料からのmRNAの単離である。出発材料は典型的には、ヒト腫瘍または腫瘍細胞株、および対応する正常組織または細胞株から単離された全RNAである。従って、RNAは、乳房、肺、大腸、前立腺、脳、肝臓、腎臓、膵臓、脾臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮、等を含む様々な原発腫瘍、腫瘍又は腫瘍細胞株から、健常者ドナー由来のプールされたDNAとともに単離することができる。mRNAの供給源が原発腫瘍の場合、mRNAは凍結又はパラフィン包埋されて保存され及び固定された例えば、ホルマリン固定組織試料から、例えば、抽出することができる。mRNA抽出に関する一般的方法は当該分野で良く知られており、Ausubel等CurrentProtocolsofMolecularBiologyJohnWileyandSonsを含む分子生物学の標準的教科書に開示されている。パラフィン包埋組織からRNA抽出の方法は、例えば、RuppandLockerLabInvest56A67及びDeAndresetalBioTechniques1842044に開示されている。特に、RNAの単離は、Qiagen等の商業的製造者の精製キット、バッファーセット及びプロテアーゼを、製造者の説明書に従って使用することで実施することができる。例えば、培養液中の細胞からの全RNAは、QiagenRNeasyミニカラムを使用して単離できる。他の市販のRNA分離キットには、MASTERPURE登録商標完全DNA及びRNA精製キットCompleteDNAandRNAPurificationKitEPICENTRE登録商標,Madison,Wis.、及びパラフィンブロックRNA単離キットParaffinBlockRNAIsolationKitAmbion,Inc.を含む。組織試料からの全RNAは、RNAStat60TelTestを使用して単離できる。腫瘍から調製したRNAは、例えば、塩化セシウム密度勾配遠心分離によって単離できる。RNAはPCRのテンプレートとならないので、RTPCRによる遺伝子発現プロファイリングの最初のステップはRNAテンプレートのcDNAへの逆転写と、それに続くPCR反応でのそれの指数関数的な増幅である。2つの最も広く用いられている逆転写酵素はトリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素AMVRT及びモロニーマウス白血球ウイルス逆転写酵素MMLVRTである。逆転写段階は、典型的には、発現プロファイリングの環境及び目的に依存し、特異的プライマー、ランダムヘキサマー、又はオリゴdTプライマーを使用してプライムされる。例えば、製造者説明書に従い、GENEAMPTMRNAPCRキットPerkinElmerCalifUSAを使用して抽出RNAを逆転写することができる。誘導したcDNAは、ついで、後のPCR反応のテンプレートとして使用できる。PCR工程では、様々な熱安定性DNA依存性DNAポリメラーゼを使用することができるが、典型的には、5’3’ヌクレアーゼ活性を有するが3’5’プルーフリーディングエンドヌクレアーゼ活性を欠くTaqDNAポリメラーゼを用いる。よって、TAQMAN登録商標PCRでは、典型的には、Taq又はTthポリメラーゼの5’ヌクレアーゼ活性を用いて、その標的アンプリコンに結合したハイブリダイゼーションプローブを加水分解するが、5’ヌクレアーゼ活性と同等の任意の酵素を用いることができる。PCR反応にとって典型的なアンプリコンを生成するために2つのオリゴヌクレオチドプライマーを使用する。三番目のオリゴヌクレオチド、又はプローブを、2つのPCRプライマーの間に位置するヌクレオチド配列を検出するために設計する。該プローブは、TaqDNAポリメラーゼ酵素によって伸長せず、レポーター蛍光色素及び消光蛍光色素で標識される。このレポーター色素のどんなレーザー誘導放射も、プローブ上でこの2つの色素が近接して位置している場合には、消光色素によって消光する。増幅反応の間、TaqDNAポリメラーゼ酵素は、テンプレートに依存する形でプローブを切断する。生じたプローブ断片は溶液中で解離し、放出されたレポーター色素からのシグナルは、二番目のフルオロフォアの消光効果とは無関係である。新しい分子が合成される度にレポーター色素の1分子が遊離させられ、消光しないレポーター色素の検出がデータの定量的な解釈の基礎を提供する。TAQMAN登録商標PCRは、例えば、ABIPRIZM7700商品名SequenceDetectionSystem登録商標PerkinElmerAppliedBiosystemsFosterCityCAUSA、又はLightcyclerRocheMolecularBiochemicalsMannheimGermany等の商業的に入手可能な装置を使用しておこなうことができる。好ましい実施態様では、5ヌクレアーゼ手法は、ABIPRIZM7700登録商標SequenceDetectionSystem等のリアルタイム定量PCR装置ですすめられる。該システムは、サーモサイクラー、レーザー、電荷結合素子CCD、カメラ及びコンピューターからなる。該システムでは、サーモサイクラー上の96ウェルフォーマットで試料を増幅する。増幅の間、96ウェル全てに関する光ファイバーケーブルを通してレーザー励起した蛍光シグナルがリアルタイムで収集され、CCDカメラで検出される。該システムは、装置を作動し、データを分析するソフトウェアを含む。5ヌクレアーゼアッセイのデータは、Ct又は閾値サイクルとして最初に表される。上で検討したように、蛍光値は毎サイクルの間に記録され、増幅反応においてそのポイントまでに増幅した産物の量を表す。蛍光シグナルが統計的に有意であるとして最初に記録されたポイントが閾値サイクルCtである。エラー及び試料と試料間の変化による効果を最小限にするために、通常は内部標準を使用してPCRを実施する。理想的な内部標準は、異なる組織間では一定のレベルで発現し、実験上の処理によって影響を受けない。遺伝子発現のパターンを正規化するために最も頻繁に使用されているRNAは、ハウスキーピング遺伝子であるグリセルアルデヒド3リン酸デヒドロゲナーゼGAPDH及びPアクチンのmRNAである。PCR技術のより最近の変形例は、二重標識蛍光発生プローブつまり、TAQMAN登録商標プローブによってPCR産物の蓄積を測定する定量的リアルタイムPCRqRT-PCRである。リアルタイムPCRは、各標的配列に対する内部競合体が正規化のために使用される定量的競合PCRと、試料内に含まれる正規化遺伝子、又はPCRのためのハウスキーピング遺伝子を使用する定量的比較PCRの双方に匹敵する。更なる詳細については、例えばHeld等GenomeResearch6986994を参照のこと。RNA源として固定された、パラフィン包埋組織を用い、mRNAの単離、精製、プライマー伸長及び増幅を含む、遺伝子発現のプロファイリングのための代表的なプロトコル工程が、様々な出版された雑誌の記事に記載されているSpechtetalAmJPathol15841929。簡単に言えば、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織サンプルの10マイクログラム厚切片の切断から始まる。RNAを抽出し、タンパク質やDNAが除去される。RNA濃度を分析した後、RNAの修復および/または増幅ステップが必要に応じて含まれ得、RNAは遺伝子特異的プロモーターを用いて転写され、PCRが続く。本発明の一態様によれば、増幅される遺伝子中に存在するイントロン配列に基づいてPCRプライマー及びプローブが設計される。この実施態様では、プライマー/プローブ設計の第一工程は遺伝子内のイントロン配列の描写である。これは、公に入手可能なソフトウェア、例えばKentWJGenomeRes1265664によって開発されたDNABLATソフトウェア、あるいはその変形形を含むBLASTソフトウェアによって行うことができる。PCRプライマー及びプローブ設計の十分に確立された方法が次の工程として続く。非特異的シグナルを避けるために、プライマーとプローブを設計する場合、イントロン内において反復配列をマスクすることが重要である。これは、反復エレメントのライブラリに対してDNA配列をスクリーニングし、反復エレメントがマスクされる問い合わせ配列を返すベイラー医科大学からオンラインで入手可能なRepeatMaskerプログラムを使用して容易に達成することができる。ついで、マスクされたイントロン配列を使用し、例えばPrimerExpress;MGBアッセイバイデザイン;プライマー3Primer3ontheWWWforgeneralusersandforbiologistprogrammersInKrawetzSMisenerS編BioinformaticsMethodsandProtocolsMethodsinMolecularBiologyHumanaPressTotowaNJpp365386のような任意の商業的に又は他の好適に入手できるプライマー/プローブ設計パッケージを使用して、プライマー及びプローブ配列を設計することができる。PCRプライマー設計で考慮される因子は、プライマー長、融解温度Tm、及びG/C含有量、特異性、相補的プライマー配列、及び3’末端配列を含む。一般に、最適なPCRプライマーは、一般に17-30塩基長であり、約20-80、例えば約50-60のGC塩基を含む。50から80°Cの間、例えば約50から70°CのTmが典型的には好ましい。PCRプライマー及びプローブ設計のための更なる指針については、その開示全体が出典明示によりここに明示的に援用される例えばDieffenbach等GeneralConceptsforPCRPrimerDesigninPCRPrimerALaboratoryManualColdSpringHarborLaboratoryPressNewYork1995pp133155;Innis及びGelfandOptimizationofPCRsinPCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplicationsCRCPressLondon1994pp511;及びPlastererTNPrimerselectPrimerandprobedesignMethodsMolBiol70520527を参照のこと。3.RNN-Seq全トランスクリプトーショットガンシーケンシングWTSSとも呼ばれるRNA-SEQは、サンプルのRNA含有量に関する情報を取得するために、cDNAの配列に対してハイスループットシークエンシング技術を使用することを指す。RNA-Seqを記述している出版物は、WangetalRNASeqarevolutionarytoolfortranscriptomicsNatureReviewsGenetics1057-63RyanetalBioTechniques4581-94及びMaheretalTranscriptomesequencingtodetectgenefusionsincancerNature45897-101を含む。4.マイクロアレイディファレンシャル遺伝子発現も、マイクロアレイ技術を用いて同定し、又は確かめることができる。よって、乳癌関連遺伝子の発現プロファイルを、マイクロアレイ技術を使用して新鮮組織又はパラフィン包埋組織の何れかで測定することができる。この方法では、興味あるポリヌクレオチド配列cDNA及びオリゴヌクレオチドを含むをマイクロチップ基板上にプレートし、整列させる。ついで、この整列させた配列を、興味ある細胞又は組織からの特異的DNAプローブでハイブリダイズする。丁度PCR法のように、mRNAのソースは、典型的にはヒト腫瘍又は腫瘍細胞株及び対応する正常な組織又は細胞株からの全RNAである。したがってRNAは様々な原発腫瘍または腫瘍細胞株から単離することができる。mRNAの供給源が原発腫瘍の場合、mRNAは、毎日の臨床の現場で日常的に調製され保持される凍結又はパラフィン包埋されて保存され及び固定された例えば、ホルマリン固定組織試料から、例えば、抽出することができる。マイクロアレイ技術の特定の実施態様では、cDNAクローンのPCR増幅挿入部分を高密度アレイの基板へ塗布する。好ましくは、少なくとも10000のヌクレオチド配列を基板へ塗布する。それぞれ10000エレメントがマイクロチップ上に固定化された、マイクロアレイ遺伝子は、ストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーションに適している。蛍光標識cDNAプローブは、興味ある組織から抽出したRNAの逆転写によって蛍光ヌクレオチドを取り込むことで作製できる。チップへ塗布した標識cDNAプローブは、アレイ上の各スポットのDNAと特異性をもってハイブリダイズする。非特異的に結合したプローブを除くためにストリンジェントに洗浄した後、チップを共焦点レーザー顕微鏡によって又はCCDカメラのような他の検出法によってスキャンする。各整列したエレメントのハイブリダイゼーションの定量化によって、対応するmRNA発生量の評価が可能となる。二色蛍光によって、2つのソースのRNAから作製した別々の標識cDNAプローブを2つ1組でアレイへハイブリダイズする。従って、各特定の遺伝子に対応する2つのソースからの転写物の相対発生量が、同時に決定される。小型化したハイブリダイゼーションのスケールによって、非常に多くの遺伝子に関する発現パターンの簡便で迅速な評価が可能となる。このような方法が、細胞当たり少しのコピーが発現する希な転写物の検出するため、また発現レベルにおける少なくともおよそ2倍の違いを再現可能に検出するために必要とされる感度を有していることが示されているSchena等ProcNatlAcadSciUSA9310649。マイクロアレイ解析は、製造者のプロトコルに従って、例えばAFFYMETRIXGENCHIPTM技術、又はIncyteのマイクロアレイ技術を使用することによって、市販の装置によって実施することができる。遺伝子発現の大規模解析のためのマイクロアレイ法の開発により、様々な腫瘍のタイプにおいて、癌の分類と予後予測の分子マーカーについて体系的に探索することが可能となる。5.遺伝子発現連続解析SAGE遺伝子発現連続解析SAGEは、各転写物に対して個々のハイブリダイゼーションプローブを提供することを要せず、多数の遺伝子転写物の同時の定量解析を可能にせしめる方法である。先ず、タグが各転写物内の独特の位置から得られるとの前提で、転写物をユニークに同定するのに十分な情報を含む短い配列タグ約10-14bpが生成される。ついで、多くの転写物を互いに結合させて長い連続の分子を形成し、これを配列決定して、複数タグの同一性を同時に明らかにすることができる。転写物の任意の集団の発現パターンは、個々のタグの存在量を決定し、各タグに対応する遺伝子を同定することによって定量的に評価することができる。更なる詳細については、例えばVelculescu等Science270484487;及びVelculescu等Cell8824351を参照のこと。6.MassARRAY技術MassARRAYの技術は、検出用質量分析MSを用いた遺伝子発現解析の自動化したハイスループットな方法である。この方法によれば、RNAの単離、逆転写およびPCR増幅の後に、cDNAがプライマー伸長に供される。cDNA由来のプライマー伸長産物を精製し、MALTI-TOFMSのサンプル調製に必要な成分があらかじめロードされているチップアレイ上に分配される。反応物に存在する様々なcDNAが、得られた質量スペクトルのピーク面積を分析することによって定量される。7.免疫組織化学法免疫組織化学法はまた本発明の予後マーカーの発現レベルを検出するのに適している。よって、抗体又は抗血清、好ましくはポリクローナル抗血清、最も好ましくは各マーカーに特異的なモノクローナル抗体が発現の検出に使用される。抗体は、例えば、放射標識、蛍光標識、例えばビオチン等のハプテン標識、又は西洋ワサビペルオキシダーゼ又はアルカリホスファターゼのような酵素によって、検出することができる。あるいは、未標識一次抗体が、抗血清、ポリクローナル抗血清又は一次抗体に特異的なモノクローナル抗体を含む、標識二次抗体との関連で使用される。免疫組織化学プロトコル及びキットは当該分野でよく知られており、商業的に入手可能である。8.プロテオミクスプロテオームなる用語は、ある時点でのサンプル例えば組織、生物、又は細胞培養物中に存在するタンパク質の全体として定義される。プロテオミクスは、とりわけ、サンプル中のタンパク質発現の網羅的変化の研究を含む発現プロテオミクスとも称される。プロテオミクスは典型的には次の工程を含む:12Dゲル電気泳動2DPAGEによるサンプル中の個々のタンパク質の分離;2例えば質量スペクトル又はN末端配列決定によるゲルから回収された個々のタンパク質の同定、及び3バイオインフォマティクスを使用するデータ解析。プロテオミクス法は、遺伝子発現プロファイリングの他の方法に対する貴重な補充手段であり、単独で又は他の方法と組み合わせて、本発明のマーカーの産物を検出するために使用することができる。バイオマーカーの発現はまた、インビボでの診断アッセイを使用して、例えば、検出されるべき分子に結合し検出可能なラベル例えば、放射性同位元素などでタグ付けされた分子例えば抗体を投与し、そのラベルの局在化について患者を外部からスキャンすることにより評価することができる。IV.治療方法一実施態様において、本発明は、慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法に関係し、その患者がmiRNA1513P、miRNA4093p、及びPTK2から選択される1つまたは複数のバイオマーカーの上昇量を有するか;又はPI3Kバイオマーカーが低下していることを見出されている場合、CLL医薬の治療的有効量を投与することを含む。本明細書中おけるCLLの医薬の例としては、FAKシグナル伝達及び/又は同型接着を誘導するCLL医薬;B細胞アンタゴニスト又はB細胞抗体;CD20抗体例えばリツキシマブ、オファツムマブ、GA101、SBI-087、ベルツズマブ及びAME-133など、ヒト化、ヒト、キメラ、I型又はII型抗CD20抗体を含むが含まれる。また本発明は、慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法を提供し、その患者がmiRNA1513P、miRNA4093p、及びPTK2から選択される1つまたは複数のバイオマーカーの増加量を有するか;又は減少したPI3Kバイオマーカーを有することが見出されている場合、抗CD20抗体例えばリツキシマブの治療的有効量を患者に投与することを含む。更に、本発明は、慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法を提供し、その患者がmiRNA1513P、miRNA4093p、及びPTK2から選択される1つまたは複数のバイオマーカーの上昇量を有するか;又は減少したPI3Kバイオマーカーを有することを見出されている場合、リツキシマブ、フルダラビン及びシクロホスファミドの組み合わせの治療的有効量を患者に投与することを含む。本発明は更に、慢性リンパ性白血病CLLの患者を治療するための方法を提供し、その患者がmiRNA1513P、miRNA409の3p、及びPTK2から選択される1つまたは複数のバイオマーカーの減少した量を有するか;又は上昇したPI3Kバイオマーカーを有することが見出されている場合、リツキシマブ以外のCLL医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む。本明細書中で治療された患者は、望ましくは、バイオマーカーの上昇量を持っていない患者に対して大きい無増悪生存PFSの恩恵を受けるであろう。発明のCLL医薬は、単独で、または他の薬剤と組み合わせて使用することができる。例えば、CD20抗体は、特に、アルキル化剤例えば、クロラムブシル、ベンダムスチン、又はシクロホスファミド、ヌクレオシド類似体または代謝拮抗薬例えばフルダラビン、フルダラビン及びシクロホスファミドFC;例えばCD20抗体例えば、リツキシマブ、オファツムマブ、GA101、SBI-087、ベルツズマブ、及びAME-133等、CD22抗体又はCD79b抗体などの他のB細胞アンタゴニストとともに、静脈投与免疫グロブリン、及び/又はCD52抗体例えばアレムツズマブとともに、シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロンCHOP、又はシクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロンCVPなどを含む、プレドニゾン又はプレドニゾロン、アルキル化剤含有併用療法を含む化学療法レジメンにより、少なくとも一の付加的治療薬とともに共投与されうる。上記のこうした併用療法は、併用投与2つ以上の治療剤が、同一または別々の製剤に含まれている及び分離投与を包含し、その場合、第一の医薬の投与が、第二の医薬の投与投与の前、同時、及び/又はその後に起きうる。本発明のCLL医薬はまた放射線治療と併用して用いることができる。本発明の医薬は、任意の適切な手段によって投与することができ、経口、肺内、および鼻腔内、及び局所治療が所望される場合、病巣内投与が含まれる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与が含まれる。投薬は、その投与が短期間か又は長期であるかどうかに部分的に依存し、任意の適切な経路、例えば、静脈内または皮下注射などの注射により行うことができる。限定されないが、様々な時間点にわたる、単一または複数回投与、ボーラス投与、パルス注入を含む様々な投与スケジュールが本明細書で考えられている。疾患の予防又は治療のためには、本発明の抗体の適切な用量単独で使用されるか、又は、一以上の更なる治療的薬剤との組み合わされる場合は治療すべき疾患の種類、抗体の種類、疾患の重症度及び経過、抗体を予防又は治療目的のいずれにおいて投与するか、以前の治療、患者の臨床的履歴及び抗体に対する応答性、及び担当医の判断に依存する。抗体は、患者に対して、単回、又は一連の治療にわたって適切に投与される。疾患の種類及び重症度に応じて、例えば一回以上の別個の投与によるか、連続注入によるかに関わらず、抗体約1μg/kgから15mg/kg例えば0.1mg/kgから10mg/kgが患者への投与のための初期候補用量となり得る。1つの典型的な一日当たり用量は上記した要因に応じて約1μg/kgから100mg/kg又はそれ以上の範囲である。数日間以上に渡る反復投与の場合には、状態に応じて、治療は疾患症状の望まれる抑制が起こるまで持続するであろう。CD20抗体の典型的な投与計画は、約500mg/m2から約1500mg/m2の範囲内での、抗体の毎週、隔週、又は毎月の投与が含まれる。リツキシマブの例示的な投与計画は28日ごとに375mg/m21日目次いで500mg/m2サイクル2-6である。オファツムマブの典型的な投与計画:300mgの初回投与量の後に2000mg投与量毎月;500mg又は1000mgの反復投与量;300mg後一週間後に1000mg、その後最大11回の毎月1000mgの点滴など。しかしながら、他の投与計画は有効でありうる。この治療の進行は、従来技術及びアッセイにより容易にモニターされる。上記の製剤または治療方法のいずれかが、医薬としての抗体の代わりか又は抗体に加えて、本発明のイムノコンジュゲートを用いて行うことができることが理解される。V.製造品本発明のその他の実施態様において、CLLの治療に使用するための製造品。製造品は、容器とラベルまたは容器上にあるまたは容器に付属するパッケージ挿入物を含む。好適な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ等を含む。容器はガラス又はプラスチックなどの様々な物質から形成されうる。容器は、活性剤としてCLL医薬を含む組成物を保持しているか又は含み、かつ無菌のアクセスポートを有し得る例えば、容器は皮下注射針による穴あきストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであってよい。製造品は、薬学的に許容される希釈バッファー、例えば注射用静菌水BWFI、リン酸緩衝化塩水、リンガー溶液およびデキストロース溶液を含む第二の容器をさらに含んでもよい。製造品には、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、商業的およびユーザーの立場から望まれる他の物質のさらに含んでもよい。本発明の製造品はまた、例えばパッケージ挿入物の形で、本組成物が、本明細書におけるバイオマーカーに基づいてCLLの治療のために使用されることを示す情報を含む。挿入物またはラベルは、紙媒体又は磁気記録媒体例えば、フロッピーディスクやCD-ROMなどの電子媒体上など任意の形態をとることができる。ラベル又は挿入物はまた、キット又は製造品のキットにおける薬学的組成物及び剤形に関する他の情報を含んでもよい。本発明の一実施態様によれば、製造品は、薬学的に許容される担体中のCLL医薬例えばB細胞アンタゴニスト、又は抗CD20抗体、及びCLL薬剤がmiRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択される1つまたは複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病CLL患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物を、一緒にパッケージ化されて含み、提供される。本発明は、CLL医薬例えばB細胞アンタゴニスト、又は抗CD20抗体を含む薬学的組成物及び、薬学的組成物がmiRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択される1つまたは複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病CLL患者を治療するためであることを示すパッケージ挿入物をパッケージの中で組み合わせることを含む製造品を製造するための方法に関する。製造品は、薬学的に許容される希釈バッファー、例えば注射用静菌水BWFI、リン酸緩衝化塩水、リンガー溶液及び/又はデキストロース溶液を含む付加的な容器をさらに含んでもよい。製造品には、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、商業的およびユーザーの立場から望まれる他の物質のさらに含んでもよい。VI.診断キット本発明はまた、本明細書中で同定するバイオマーカーの任意の1つまたは複数のを検出するのに有用な診断キットに関する。従って、診断キットは、CLL患者由来のサンプルにおいて、miRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択されるバイオマーカーの発現を決定するための1つまたは複数の試薬を含み提供される。任意で、キットは、患者がバイオマーカーを上昇したレベルで発現する場合、CLL患者を治療するためのCLL医薬例えばB細胞アンタゴニスト、又は抗CD20抗体を選択するためのキットを使用するために説明書を更に含む。他の実施態様において、説明書は、患者がバイオマーカーを低下したレベルで発現する場合、リツキシマブ以外又は抗CD20抗体以外のCLL医薬を選択するためのキットを使用するためである。例えば、PCRキットの一実施態様において、一以上の試薬が、miRNA1513p,miRNA4093p,PTK2,又はPI3Kバイオマーカーを検出するためのプローブ及びDNAプライマーの一対を含む。VII.広告の方法本明細書における発明はまた、miRNA1513P、miRNA4093P、PTK2、及びPI3Kから選択される1つまたは複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病CLL患者を治療するためのCLL医薬例えばB細胞アンタゴニスト、又は抗CD20抗体の使用をターゲット層targetaudienceに対して宣伝することを含む、CLL医薬の広告をするための方法に関する。広告は一般的にはスポンサーが識別され、メッセージが制御された非個人的な媒体を介する有料の通信である。本明細書における目的のための広告は、広報、広報活動、製品の配置、スポンサーシップ、引受業務、及び販売宣伝を含む。該用語はまた、本明細書の発明を購入し、支援し、又は承認する良好なパターンに向かって、大衆を、説得し、情報提供し、宣伝し、動機付けし、あるいは行動を変更するようにアピールするように計画された、印刷通信媒体の何れかに現れるスポンサー提供の情報公告を含む。本明細書中の診断方法の広告や販売宣伝は、任意の手段によって達成することができる。これらのメッセージを配信するために使用する広告媒体の例としては、放送メディアに現れるメッセージであるコマーシャルを含む、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び看板を含む。広告はまた、食料品のカートの座席上、空港の通路の壁、バスの側面にあるもの、または電話保留メッセージ、または店舗内のPAシステムで聞くもの、または視覚的にも又は聴覚的にも通信が配置されうる任意の場所を含む。プロモーションや広告手段のより具体的な例は、テレビ、ラジオ、映画、ウェブキャスト及びウェビナーなどのインターネット、同時にユーザに届くこように意図されたインタラクティブなコンピュータネットワーク、固定または電光掲示板、およびその他の公共看板、ポスター、雑誌や新聞などの伝統的または電子的な文献、他の報道発信地、プレゼンテーション、又は、例えば、電子メール、電話、インスタントメッセージ、郵便、宅配便、大量一斉メール又はキャリアメール、対面での訪問などによる個別の接触を含む。使用される広告の種類は、到達されるべきターゲト層、例えば、病院、保険会社、クリニック、医師、看護師、及び患者、並びに、コストの考慮、及び医薬と診断の広告を規制する関連法律及び規制など、多くの要因に依存する。広告は、サービスの相互作用及び/又はユーザーの人口統計及び地理的な場所など他のデータによって定義されたユーザの特性評価に基づいて、個別化又はカスタマイズされ得る。VIII.生物材料の寄託以下の生物学的材料が、アメリカンタイプカルチャーコレクション、10801ユニバーシティブールバード、マナサス、バージニア州20110-2209,米国ATCCに寄託されている:CD20抗体に対するCLLの反応を予測するバイオマーカー材料と方法サンプル:治療前の患者検体は、R-FCリツキシマブを加えたフルダラビン/シクロホスファミド、またはFCフルダラビン/シクロホスファミドの単独を受信するCLL患者をランダム化した、国際多施設、非盲第III相試験から分析した。主な目的は、FC単独と比較して、R-FCの優れた無増悪生存PFSを実証することであった。治験実施計画書は、参加施設での治験審査委員会によって承認され、すべての患者は、文書によるインフォームドコンセントを与えた。試験デザインと適格基準についての詳細がRobaketalJClinOncol2817561765に記載されている。患者は、RNAの可用性および末梢血試料の分子遺伝学的解析に参加するための文書によるインフォームドコンセントにおいて選択した。CD19細胞について陽性として選択された治療前末梢血単核細胞PBMCのサンプルは、n=301人の患者から入手可能であった。CD19の分離は、製造元のプロトコールMiltenyi社、ドイツに記載の磁気ビーズ分離により行った。RNA単離ヒト細胞ペレットは、QiagenBufferRLT中でホモジナイズした。全RNAは、マイクロRNAの保持のために最適化され、DNase処理工程を含む、AsuragenIncの標準的な操作手順に従って、AsuragenIncによるヒト細胞ペレットホモジネートから単離された。全RNAサンプルの純度と量は、ナノドロップND-1000紫外線分光光度計を用いて、吸光度の読み取り値を260nmと280nmで測定した。全RNAの完全性は、NanoAssayを用いて、アジレントバイオアナライザ2100キャピラリー電気泳動によって認定された。マイクロRNAプロファイリング用のサンプルの適性を、全体のマイクロRNAの存在量の代替尺度として1から2の所有するproprietaryマイクロRNAについてsingleplex定量的リアルタイムPCRにより測定した。miRNA発現プロファイリング:DISCOVARRAY登録商標miRNAプロファイリングサービスプラットフォーム。Ambion社からのカスタム製AFFYMETRIXGENECHIP登録商標が、SangermiRBaseから由来するmiRNAプローブに対して設計されHiddemannetalBlood10637253732httpmicrornasangeracuksequencesindexshtml報告が公表されたFeugieretalJClinOncol2341174126andHalleketalBloodASHAnnualMeetingAbstract112325andRobaketalBloodASHAnnualMeetingAbstracts112lba1。アンチゲノムプローブ配列は、AFFYMETRIX登録商標によって提供され、下記のようにバックグラウンドシグナルを推定するためのAFFYMETRIX登録商標ヒトエクソンアレイ上で使用されるコントロールの大規模なセットに由来した。アレイ上の他の非miRNAのコントロールプローブは、ヒトゲノムに対する配列相同性が欠如するように設計されており、スパイクインspike-in外部コントロール用に使用することができる。サンプル及びアレイ処理:miRNAプロファイリング研究用サンプルは、同社の標準操作手順に従って、AsuragenServicesオースティン、テキサス州で処理した。サンプルの品質管理QCの評価に続いて、全RNAサンプルサンプルあたり400ngの総RNAにおけるRNA分子の3’末端を、同社の標準的なプロトコルに従って、ビオチンで標識した。ハイブリダイゼーション、洗浄、染色、イメージング、及びシグナルの抽出は、20XGENECHIP登録商標真核生物ハイブリダイゼーションコントロールが、ハイブリダイゼーションから省略されたことを除いて、AFFYMETRIX登録商標の推奨手順に従って行った。シグナル処理:AmbionのmiRChip用に実装されるシグナル処理は、プローブ固有シグナル検出コール、背景推定と補正、定数分散安定化とアレイのスケーリング又は全体的規格化globalnormalizationのいずれかを含む多段階のプロセスである。各プローブについて、推定背景値は、G-Cが一致したアンチゲノムコントロールのセットの中央値シグナルに由来し、減算される。特定の分析実験内でのアレイは、HalleketalBloodASHAnnualMeetingAbstracts114Abstract535により既述される分散安定化法に従って一緒に正規化される。検出コールは、GC含量が一致した抗ゲノムプローブかあのシグナルの分布と比較して、miRNAのプローブシグナルのWilcoxonの順位和検定に基づいている。統計的分析:統計的仮説検定では、2標本t-検定が、等分散を想定して適用された。一方向のANOVAが、2つ以上の実験グループ又は同じ因子の水準で実験的なデザインのために使用された。これらの試験は、どのプローブが2つの基準に基づいて異なって発現すると考えられているかを定義する:デフォルトのp値は0.001及びlog2差>1。AFFYMETRIX登録商標U133プラス2.0:遺伝子発現プロファイリングはAFFYMETRIX7ヒトU133プラス2.0全ゲノムオリゴヌクレオチドアレイを用いて実施した。RNAサンプルのラベリングは、製造自動化プロトコルに従って、AFFYMETRIX登録商標GENECHIP登録商標アレイステーションGCASを用いて行った。簡単に説明すると、ビオチン化cRNAが、各サンプルからの0.5μgの全RNAから始まり、生成された。2-α、2-β、1-γヘモグロビン遺伝子から成る5ジーンロジックのグロビン還元オリゴの22.5μM混合の2lが、全RNAを反応物に添加された。グロビンオリゴマーは、第一鎖cDNA合成中のグロビンmRNAから生成されるグロビンcDNAの量を大きく減少させる遺伝子特異的遮断薬である。ロシュはGeneLogicGainthersburgMD,USA.からオリゴマーシーケンスを購入した。GENECHIP登録商標アレイシステムGCASロボット上で、ターゲット標識化法が、GENECHIP登録商標HT1サイクルターゲットラベリングキットP/N900686を用いて行われた。次に、サンプルを、染色し、洗浄し、製造業者のプロトコルに従って、AFFYMETRIX登録商標アレイにハイブリダイズさせた。サンプルは24サンプルのバッチ中でハイブリダイズさせた。アレイはGENECHIP登録商標スキャナ3000を使用してスキャンした。AFFYMETRIX登録商標GENECHIP登録商標オペレーションソフトウェアGCOSが、生の信号強度を捕捉するために使用された。マイクロアレイスイートMicroarraySuite5.0MAS5.0とExpressionConsoleを、基本的な計算分析に用いた。更なる統計的分析が、プローブセットシグナル中にプローブ強度をまとめたRMAアルゴリズムを使用して行われた249264。プローブセットのシグナル強度は、変位値-変位値quantile-quantile法を用いて正規化した。全ての正規化されたデータは、分析に先立って、高発現値の影響をダウンウエイトdownweightするために、log2変換された。品質管理の標準的な手順を適用した後、240サンプルが、最終的に統計分析のために選択された。U133プラス2.0マイクロアレイ上に存在する潜在的な54675プローブセットのうち、存在コールpresencecallがMAS5.0アルゴリズムAFFYMETRIX登録商標統計アルゴリズム説明文書、2002によって定義された少なくとも2つのサンプル中に存在していた。統計分析が一組の本プローブセットで行われた。全トランスクリプトアッセイWTAと遺伝子/エキソン1.0STアレイを用いた全RNAのAFFYMETRIX登録商標遺伝子発現プロファイリング。mRNAプロファイリング研究用サンプルは、同社の標準操作手順に従って、Asuragen社により処理された。ビオチン標識センス鎖cDNAは、改良したAFFYMETRIXGENECHIP登録商標全トランスクリプトWTセンスターゲットラベリングアッセイAFFYMETRIX登録商標,Inc.を使用して、サンプルあたり1μgの全RNAから調製された。中間体cRNAと得られたcDNAの収量は、分光光度法により定量した。cDNAの断片化とラベリングはエクソンアレイについて5μgを用いて行われた。アレイへハイブリダイゼーションは、AFFYMETRIX登録商標モデル640ハイブリダイゼーションオーブンで45°Cで16時間行った。アレイはAFFYMETRIX登録商標FS450フルイディクスステーションで洗浄し染色した。アレイはAFFYMETRIX登録商標GENECHIP登録商標スキャナ30007Gでスキャンした。スキャンされた全てのアレイにおいて、DAT、CEL、jpg、及びxmlのフラットファイルが提供される。更に、RMAの正規化されたデータが、コアデータセット及び曲線下面積AUCとポリAスパイク含むメトリックを保存する対応するQC情報について提供された。定量的リアルタイムPCR逆転写、増幅、解析、逆転写及びPCR増幅:ストックABIのTaqmanmiRNAアッセイ、PCRマスターミックス、及び逆転写RTのコンポーネントが使用された。4μLの体積で1ngの全RNAが、各アッセイの各反復において全反応体積10μL中で逆転写される。3μLの逆転写RT産物が各15μLのTaqmanPCR増幅中へ前方向へ行われる。全ての増幅は検証されたABI7900HTリアルタイムサイクラー上で実行される。既知のコピー数の合成miRNAは、各アッセイセット用の陽性コントロールとして含まれている。反復の各セットの平均Ct値は、酵母tRNAで希釈した既知のコピー数の合成RNAから由来する独立して生成された標準曲線と比較される。標準曲線が、500から50,000,000コピー/反応の間に合成RNAテンプレートに対して生成される。R^2値が各標準曲線に対して報告される。PTK2についての結果はコントロール遺伝子としてUBCを使用して、製造業者のプロトコールに従って、ABIのキットを用いて定量的リアルタイムPCR技術によって確認された。miRNA1513p及びmiRNA4093pについての結果は、製造業者のプロトコールに従って、ABIのキットを用いて定量的リアルタイムPCR技術によって確認された。miRNA1513p及びmiRNA4093pの発現レベルは、一般に高度な発現レベルを示したコントロール遺伝子のmiRNA150及びmiRNA26aに比較して分析された。統計的分析臨床上のデータ治療前臨床的特徴、すなわち人口統計、予後マーカ-デル17P、デル11Q、ZAP70及びCD38の発現などの細胞遺伝学的異常、IgVH状態、無増悪生存PFSは、フィッシャー直接確率法、マンホイットニーのU検定又はログランク検定を用いて比較した。<0.05のp値は統計的に有意であると考えられた。Cox回帰モデリング及びCox回帰モデルを用いて二つのアプローチを試験することが、生存に関連する遺伝子とmiRNAを同定するために使用された。最初のアプローチは、以下のモデルが考えられる。モデルAモデルBここでhitは、個々のiのハザード関数でありhotはベースラインハザード関数であり、β’は以下の説明変数の係数である:年齢、ビネー、IgVH、Del17p、del11q及びTxはそれぞれ、年齢、ビネーステージ、IgVH、Del17pとdel11q変異状態及び治療群についてコードする。RNAはプローブセットのシグナル強度を表すlog-2変換。両方のモデルにおいて、帰無仮説は、プローブセット強度信号と生存の間には何の関係もないということであった。第二のアプローチは、対数尤度比検定LRT試験と比較しながら、以下の二つのモデルCとDを使用した。他に比べて一治療群におけるより良好な生存について予測するために、ベースラインにおけるプローブセットのシグナルの能力の可能性に関心があり、我々は、モデルBに両方の項目:プローブセットの信号強度及び治療因子によるプローブセットのシグナル強度の相互作用項を含めた。モデルCモデルD帰無仮説は、プローブセットの強度と生存の間には何の関係もなく、対立仮説は、そうした関係があって更に両方の治療群間で異なっているということであった。2つの試験ワルドとLRTは、存在するものとして同定された各プローブセットについて行われた。実行された多数の試験のため、複数の試験手順に基づく偽の発見率FDRが、ワルド及び対数尤度比検定の両方によって異なって発現されるとして誤って同定された遺伝子又はmiRNAの期待される割合を調節するために適用された。10パーセントのFDRが有意差を宣言するために選ばれた。無増悪生存の中央値が計算された、本文中に現れる別々の表とグラフにおいて、mRNAとmiRNAのシグナル強度が、カットオフとして中央値を用いて二分された。miRNAの反相関と3’UTRルシフェラーゼアッセイ予測された標的がTARGETSCAN5.1TMhttpwwwtargetscanorgからダウンロードされ、予測される位置の保存に関わらず、mRNA発現プロファイリングから抽出された。miRNAによる抗相関が、miRNAのアレイとmRNAアレイデータを比較してピアソン相関係数を計算することによって決定された。著しい反相関ターゲットはq値<0.01により決定した。続いて、この閾値を満たした3’UTRsは、3’UTRルシフェラーゼレポーターコンストラクトSwitchgearGenomicsの上流にクローニングされ、各コンストラクトの100ngが、25ngののpRL-CMV、10nMのmiRNA1513p模倣体Dharmacon又はスクランブルされた模倣体により、96穴プレート中でHeLa細胞ATCCにトランスフェクトされた。ルシフェラーゼ活性はトランスフェクション後24時間で決定され、全データはシイタケルシフェラーゼトランスフェクションコントロール及びスクランブルされたコントロール模倣体に対して規格化された。3回の生物学的複製が行われた。スクランブルされたコントロール及びmiRNA1513pの間の統計的有意性は、両面スチューデントt検定によって決定された。結果マイクロRNAデータ:DISCOVARRAY7マイクロRNAプラットフォームを使用して、miRNA1513p及びmiRNA409-3pがリツキシマブに基づく治療においてPSFの有意な予測miRNAとして浮かび上がった図1A、1B及び2A、2B、表1、2A、2B。定量的リアルタイムPCRによるアレイデータの検証は、miRNA1513p及びmiRNA4093pの予測的有意性を確認した。コホート研究治療FC対FCR、年齢、ビネーステージ、IgVH突然変異状態、デル17pにおいて、予後的意義を示した治療前因子を含む関節多変量モデルに両方を組み込むときに独立した予測的有意性が残っていた。治療:miRNA1513pの相互作用:HR1.091.01-1.17,p=0.021.治療:miRNA4093pの相互作用:HR1.091.1-1.18,p=0.047.同じモデルにおけるmiRNA1513pとmiRNA4093pの組み合わせは、追加の予測的有意性を明らかにしなかった。図1Aに示すように、FCに比べてn=76、事象:47、PFS中央値:18.5ヵ月、P=0,0019、FCRで処置したときn=75、事象:26、無増悪生存の中央値に達していない、miRNA1513pの発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いPFSを有していた。初期のmiRNA1513pのレベルがmiRNA1513pの発現レベル中央値未満に比べてn=74、事象:41、無増悪生存期間の中央値は24ヵ月、P=0.005中央値より高くなったときにn=75、事象:26、無増悪生存の中央値に達していない、FCRで治療を受けた患者が有意に長いPFSを持っていた。miRNA1513pの発現レベルp=0.96に関わらず、FCで処置された患者においてPSFに違いは観察されなかった。治療に関わらず、miRNA1513p発現の中央値未満において、PSFに違いは観察されなかった。図1Bに示すように、FCに比べてn=69、事象:41、PFS中央値:20.7ヵ月、P=0,0027、FCRで処置したときn=71、事象:25、無増悪生存の中央値に達していない、miRNA1513pの発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いPFSを有していた。初期のmiRNA1513pのレベルがmiRNA1513pの発現レベル中央値未満に比べてn=66、事象:36、無増悪生存期間の中央値は23.9ヵ月、P=0.0049中央値より高くなったときにn=71、事象:25、無増悪生存の中央値に達していない、FCRで治療を受けた患者が有意に長いPFSを持っていた。miRNA1513pの発現レベルp=0.43に関わらず、FCで処置された患者においてPSFに違いは観察されなかった。治療に関わらず、miRNA1513p発現の中央値未満において、PSFに違いは観察されなかったp=0.55。図2Bは、FCに比べてn=76、事象:43、PFS中央値:18ヵ月、P=0,00098、FCRで処置したときn=75、事象:27、無増悪生存の中央値に達していない、miRNA4093pの発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いPFSを有していたことを示す。初期のmiRNA4093pのレベルがmiRNA4093pの発現レベル中央値未満に比べてn=74、事象:40、無増悪生存の中央値は24ヵ月、P=0.0052中央値より高くなったときにn=75、事象:27、無増悪生存の中央値に達していない、FCRで治療を受けた患者が有意に長いPFSを持っていた。miRNA4093pの発現レベルに関わらず、FCで処置された患者においてPSFに違いは観察されなかったp=0.6。治療に関わらず、miRNA4093p発現の中央値未満において、PSFに違いは観察されなかったp=0.98。図2Bは、FCに比べてn=76、事象:43、PFS中央値:18.3ヵ月、P=0,0028、FCRで処置したときn=64、事象:20、無増悪生存の中央値に達していない、miRNA4093pの発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いPFSを有していたことを示す。初期のmiRNA4093pのレベルがmiRNA4093pの発現レベル中央値未満に比べてn=73、事象:41、無増悪生存の中央値は26.2ヵ月、P=0.025中央値より高くなったときにn=64、事象:20、無増悪生存の中央値に達していない、FCRで治療を受けた患者が有意に長いPFSを持っていた。miRNA4093pの発現レベルに関わらず、FCで処置された患者においてPSFに違いは観察されなかったp=0.88。治療に関わらず、miRNA4093p発現の中央値未満において、PSFに違いは観察されなかったp=0.35。mRNAデータ:AFFYMETRIXエクソン1.0ST及びU133プラス2.07マイクロアレイプラットフォームを利用して、PTK2はリツキシマブに基づいた治療におけるPFSについて、有意な予測的差次的発現遺伝子として浮上した。PTK2は予後因子を含む多変量解析において無増悪生存に関連付けられている処置FC対FCR、年齢、ビネーステージ、IgVH突然変異状態、デル17p。ワルド検定は多重検定の補正後に有意であったP値=1.510-4-q値<0.1。定量的リアルタイムPCRによるアレイデータの検証は、PTK2の予測的有意性を確認した;図5:表3及び表4。更に、miRNA151は8番染色体上のPTK2に対してイントロンであり、共発現される可能性が最も高く、その発現レベルの間の相関は非常に高いピアソンの相関係数=0.84。図3は、FCに比べてn=69、事象:42、PFS中央値:21.5ヵ月、P=0,0031、FCRで処置したときn=81、事象:28、無増悪生存の中央値に達していない、PTK2の発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いPFSを有していたことを示す。初期のPTK2発現のレベルがPTK2の発現レベル中央値未満に比べてn=71、事象:42、無増悪生存の中央値は20ヵ月、P=0.0016中央値より高くなったときにn=81、事象:28、無増悪生存の中央値に達していない、FCRで治療を受けた患者が有意に長いPFSを持っていた。PTK2の発現レベルに関わらず、FCで処置された患者においてPSFに違いは観察されなかったp=0.48。治療に関わらず、PTK2発現者の中央値未満において、PSFに違いは観察されなかったp=0.79。図4は、FCに比べてn=52、事象:34、PFS中央値:21.5ヵ月、P=0,011、FCRで処置したときn=67、事象:25、無増悪生存の中央値が42.4月、PTK2の発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いPFSを有していたことを示す。初期のPTK2発現のレベルがPTK2の発現レベル中央値未満に比べてn=55、事象:31、無増悪生存の中央値は20ヵ月、P=0.027中央値より高くなったときにn=67、事象:25、無増悪生存の中央値が42.4月、FCRで治療を受けた患者が有意に長いPFSを持っていた。PTK2の発現レベルに関わらず、FCで処置された患者においてPSFに違いは観察されなかったp=0.53。治療に関わらず、PTK2発現者の中央値未満において、PSFに違いは観察されなかったp=0.46。図5は、FCに比べてn=65、事象:39、PFS中央値:21.5ヵ月、P=0,0059、FCRで処置したときn=71、事象:23、無増悪生存の中央値に達していない、PTK2の発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いPFSを有していたことを示す。初期のPTK2発現のレベルがPTK2の発現レベル中央値未満に比べてn=63、事象:36、無増悪生存の中央値は20ヵ月、P=0.0049中央値より高くなったときにn=71、事象:23、無増悪生存の中央値に達していない、FCRで治療を受けた患者が有意に長いPFSを持っていた。PTK2の発現レベルに関わらず、FCで処置された患者においてPSFに違いは観察されなかったp=0.25。治療に関わらず、PTK2発現者の中央値未満において、PSFに違いは観察されなかったp=0.37。miRNA1513pの改変された発現レベルの潜在的な生物学的影響を評価するため、miRNAは主にmRNA分解のレベルでその効果を発揮すると考えられているので、これらのmiRNAの発現は、3’UTR内の保存および非保存の予測される標的遺伝子のmRNA発現と相関していた。GuoetalNature46683540ターゲットの相関係数が決定され、1214の内でわずか23の予測されたターゲットがmiRNA1513pと負に相関していたq値<0.01でPCC<-0.2.。これらの予測されたターゲットのどれが真性ターゲットである可能性があるかを確認するために、miRNA1513pの模倣体又はスクランブルされたコントロールがHeLa細胞で発現され、24時間後に、各遺伝子の3’UTRを含むルシフェラーゼレポーターコンストラクトの発現を抑制する能力について評価した図6。23の予測された3’UTRsのうち、18を適当なベクターにサブクローニングすることができた。特記すべきは、18のうちわずか528の3’UTRが、miRNA1513pの導入の際にルシフェラーゼ活性の統計学的に有意な減少を示した。これらの結果は、FCRに対する応答を変調しうる特定の生物学的応答を媒介するために、miRNA1513pが選択的にターゲットを制御していることを意味する。更に、これらの遺伝子ターゲットの一つ、PIK3R3のmRNA発現の低下がR-FC転帰と正に関連していたp=0.03、図7及び8A-C。結論本研究の目的は、抗CD20抗体に基づく治療法で治療されるCLL患者の転帰を予測するバイオマーカーを発見することであった。本明細書におけるデータは、初めて、miRNA1513p及びmiRNA4093pの中央値を超える発現レベルの上昇並びにPTK2の遺伝子発現レベルの中央値を超える上昇は、抗CD20に基づいた治療法で治療されたCLL患者におけるPFSの延長に関連している。マイクロアレイプラットフォームから得られた知見は、定量的リアルタイムPCRにより検証された。加えて、予測的有意性は疾患の予後に影響を及ぼすことが知られている要因を用いた多変量解析に残った。更に、本明細書におけるデータは、治療の前に抗CD20抗体に基づく治療に対するCLL患者の転帰と利益を予測することの実現可能性を実証する。miRNAs1513p及び4093p及びPTK2のmRNA発現の診断評価は、LL患者にとって最も適切な治療法を選択するために有用なツールとして機能する。更に、PIK3R3の低い発現、miRNA1513pの確認されたターゲットは、抗CD20抗体の転帰と正に関連していた。前述の発明は、理解を明確にする目的のために例示および実施例によってある程度詳細に説明してきたが、説明や例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。すべての特許および本明細書に引用される科学文献の開示は、参照によりその全体が援用される。"