免疫系により認識されるためのエピトープを提示させて免疫反応を生じさせる方法であって、未使用かつ免疫反応性を有するT細胞のプールにより認識されるタンパク質断片を同定するステップと、前記タンパク質断片をアルゴリズムにより解析するステップと、前記タンパク質断片中に存在する、免疫原性を有する1つ以上の特異的な配列を同定するステップと、前記配列に対応する少なくとも1つの免疫原性ペプチドを合成するステップと、患者を前記免疫原性ペプチドで処理し、免疫反応を生じさせるステップを含んでなる方法。タンパク質と結合する抗体を産生させることを更に含んでなる、請求項1記載の方法。請求項1記載の方法により同定される免疫原性ペプチド。請求項3記載の免疫原性ペプチドを含有するワクチン。請求項4記載の免疫原性ペプチドと反応する抗体を含有するワクチン。ワクチン処理を確認する方法であって、抗体をタンパク質分子に結合させて複合体を形成させるステップと、前記複合体をプロテアソームで消化させるステップと、ペプチドを含有する消化生成物を得るステップと、前記消化生成物から免疫原性ペプチド配列を同定するステップを含んでなる方法。患者特異的な治療を確認する方法であって、前記患者のAGIE/ABIEの既存の免疫反応性前駆体を得るステップと、前記患者から得た腫瘍細胞を培養するステップと、産生された抗体に対して反応する、培養された前記腫瘍細胞をインキュベートするステップと、前記産生された抗体の有無におけるデータセット反応を解析するステップと、前記患者に特異的な免疫原性エピトープを同定するステップを含んでなる方法。産生された前記抗体が自己抗原に対する反応性を有する、請求項7記載の方法。産生された前記抗体が外部抗原に対する反応性を有する、請求項7記載の方法。産生された前記抗体を前記患者に投与することにより、治療的若しくは予防的効果が得られる、請求項7記載の方法。ワクチンの治療を確認する方法であって、抗体を、特異的な結合活性を有するタンパク質分子と結合させ、複合体を形成させるステップと、上記複合体をプロテアソーム消化するステップと、ペプチドを含有する消化生成物を得るステップと、上記消化生成物から免疫原性ペプチド配列を同定するステップを含んでなる方法。治療的に有効な組成物であって、Her2/neu抗原の配列の一部を示し、配列番号:2E75=KIFGSLAFLの配列を含むペプチドを含み、更に、前記抗原の免疫原性領域に結合する抗体を含む組成物。前記ペプチドの配列は、実質的に前記抗体の結合部位の免疫原性領域内である請求項12記載の組成物。前記抗体はトラスツズマブである請求項13に記載の組成物。請求項14記載の組成物を含むワクチンであって、癌治療に治療効果のあるワクチン。前記癌は乳癌である請求項15記載のワクチン。癌治療に用いられる医薬組成物であって、Her2/neu抗原の配列の一部を示すペプチドを含み、前記ペプチドは配列番号:2E75=KIFGSLAFLの配列を含み、更に、前記抗原の免疫原性領域に結合する抗体を含み、前記抗体はトラスツズマブである医薬組成物。患者を治療する方法であって、以下の工程ただし工程の順序は問わないを含む方法。a治療的有効量の抗体を前記患者に投与する工程であって、前記抗体はトラスツズマブである工程、及びb治療的有効量のペプチドを前記患者に投与する工程であって、前記ペプチドはHer2/neu抗原の配列の一部を示し、配列番号:2E75=KIFGSLAFLの配列を含む工程。前記ペプチドは、前記抗体の投与前又は投与後又は投与と同時に投与される請求項18記載の方法。前記ペプチドの投与及び前記抗体の投与は、前記患者に対し相乗効果を有する請求項19記載の方法。前記患者は乳癌患者である請求項20記載の方法。治療的に有効な組成物であって、Her2/neu抗原の配列の一部を示し、配列番号:17GP2=IISAVVGIL又は配列番号:18GP2’=IVSAVVGILの配列を含むペプチドを含み、更に、前記抗原の免疫原性領域に結合する抗体を含む組成物。前記ペプチドの配列は、実質的に前記抗体の結合部位の免疫原性領域内である請求項22記載の組成物。前記抗体はトラスツズマブである請求項23記載の組成物。請求項24記載の組成物を含むワクチンであって、癌治療に治療効果のあるワクチン。前記癌は乳癌である請求項25記載のワクチン。癌治療に用いられる医薬組成物であって、Her2/neu抗原の配列の一部を示すペプチドを含み、前記ペプチドは配列番号:17GP2=IISAVVGIL又は配列番号:18GP2’=IVSAVVGILの配列を含み、更に、前記抗原の免疫原性領域に結合する抗体を含み、前記抗体はトラスツズマブである医薬組成物。患者を治療する方法であって、以下の工程ただし工程の順序は問わないを含む方法。a治療的有効量の抗体を前記患者に投与する工程であって、前記抗体はトラスツズマブである工程、及びb治療的有効量のペプチドを前記患者に投与する工程であって、前記ペプチドはHer2/neu抗原の配列の一部を示し、配列番号:17GP2=IISAVVGIL又は配列番号:18GP2’=IVSAVVGILの配列を含む工程。前記ペプチドは、前記抗体の投与前又は投与後又は投与と同時に投与される請求項28記載の方法。前記ペプチドの投与及び前記抗体の投与は、前記患者に対し相乗効果を有する請求項29記載の方法。前記患者は乳癌患者である請求項30記載の方法。したがって、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体との結合相互作用に関与する、自己タンパク質及び他のタンパク質及び分子中の領域に由来する免疫原性ペプチドを同定するための、簡便な方法に対するニーズが存在する。本発明は、現行の方法に関連する課題及び欠点を克服し、患者の免疫反応を生じさせるツール及び方法の提供に関する。本発明の一実施形態は、自己タンパク質からの免疫原性ペプチドの合成方法の提供に関し、当該方法は、抗体結合と直接的若しくは間接的に関与する自己タンパク質中の1つ以上のペプチド配列を同定するステップと、上記1つ以上のペプチド配列を、免疫原性を有すると予想される配列を同定するためのアルゴリズムを用いて解析するステップと、上記1つ以上のペプチド配列からの全てのペプチド断片をスクリーニングするステップと、上記タンパク質断片中の免疫原性ペプチドを同定するステップを含んでなり、上記の抗体結合相互作用はポリクローナル性であってもよく、またモノクローナル性であってもよい。更に、患者を当該免疫原性ペプチドで処理し、免疫反応を生じさせる。本発明の他の実施形態は、上記の方法により同定される免疫原性ペプチドの提供に関する。本発明の他の実施形態は、自己タンパク質に対する免疫反応をもたらす免疫原性ペプチドの提供に関する。他の実施形態は、免疫系により認識されるためのエピトープを提示させて、免疫反応を生じさせる方法の提供に関し、当該方法は、未使用かつ免疫反応性を有するT細胞のプールにより認識されるタンパク質断片を同定するするステップと、上記タンパク質断片をアルゴリズムにより解析するステップと、上記タンパク質断片中に存在する、免疫原性を有する1つ以上の特異的な配列を同定するステップと、当該配列に対応する少なくとも1つの免疫原性ペプチドを合成するステップと、患者を上記免疫原性ペプチドで処理し、免疫反応を生じさせるステップを含んでなる。更に、当該タンパク質と結合する抗体を産生させる。本発明の他の実施形態は、上記の方法により同定された免疫原性ペプチドの提供に関する。本発明の他の実施形態は、上記の免疫原性ペプチドを含有するワクチンの提供に関する。本発明の他の実施形態は、上記の免疫原性ペプチドと反応する抗体を含有するワクチンの提供に関する。本発明の他の実施形態は、ワクチン処理を確認する方法の提供に関し、当該方法は、抗体をタンパク質分子に結合させて複合体を形成させるステップと、上記複合体をプロテアソームで消化させるステップと、ペプチドを含有する消化生成物を得るステップと、上記消化生成物から免疫原性ペプチド配列を同定するステップを含んでなる。本発明の他の実施形態は、患者特異的な治療を確認する方法の提供に関し、当該方法は、上記患者のAGIE/ABIEの既存の免疫反応性前駆体を得るステップと、上記患者から得た腫瘍細胞を培養するステップと、産生された抗体に対して反応する、培養された上記腫瘍細胞をインキュベートするステップと、上記産生された抗体の有無におけるデータセット反応を解析するステップと、上記患者に特異的な免疫原性エピトープを同定するステップを含んでなる。当該方法は、自己抗原に対して反応性である抗体を産生させること、外部抗原に対して反応性である抗体を産生させること、及び/又は上記患者に一度投与された、治療的若しくは予防的抗体を産生させることを含んでなる。本発明の他の実施形態は、ワクチンの治療を確認する方法の提供に関し、当該方法は、抗体を、特異的な結合活性を有するタンパク質分子と結合させ、複合体を形成させるステップと、上記複合体をプロテアソーム消化するステップと、ペプチドを含有する消化生成物を得るステップと、上記消化生成物から免疫原性ペプチド配列を同定するステップを含んでなる。本発明の他の実施態様及び技術的利点は、図面及び後述する本発明の詳細な説明から自明であるか、又は本発明の実施により自明になると考えられる。免疫系、並びに自己免疫抗体の産生に関与する、内在性自己抗原及び/又は外部抗原によって生じる免疫反応が関わる複雑な疾患の治療方法は、その探索が非常に困難である。かかる疾患に関与する抗原は、外部抗原若しくは自己抗原又はその両方である。受動免疫のための外部抗原の投与は、血清病のような免疫複合体病をもたらすこともある。また、自己ペプチドを認識できる反応性T細胞は通常、除去又はプロセシングされ、破壊される。標準的及び構成的条件下で産生され、提示されたこれらのペプチドは、免疫反応がない場合には細胞内のタンパク質分解機構によって分解される。しかしながら驚くべきことに、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体との結合相互作用に関与する、自己タンパク質及び他のタンパク質及び分子の、免疫原性領域を同定するための簡便な方法を見出すに至った。この方法により新規かつユニークなエピトープを得ることが可能となり、それは結合リガンド例えば好ましくは抗体の存在下で提示される。これらの免疫原性領域が同定された後、当該抗原を含有するワクチン、修飾抗原、又は当該抗原若しくは当該修飾抗原と特異的に反応する抗体を調製できる。すなわち、本発明によりワクチンペプチドの探索を任意に制御することが可能となり、並びに自動腫瘍関連タンパク質に由来するユニークな免疫原性ペプチドの特異的な産生が可能となる。当該ペプチドは抗体の存在下で特異的に発現誘導することができ、それによりワクチン療法及び/又は新規な併用療法が可能となる。本発明は完全に本願明細書に記載されており、多くの好ましい実施形態の参照を伴う。しかしながら本発明は、それらの実施形態に限定されるものと解釈すべきでない。プロテアソームとは、タンパク質分解活性を有するマルチサブユニット複合体であり、タンパク質をもとに多種多様なペプチドを生じさせる。プロテアソームのタンパク質分解活性に対する特定のタンパク質の感受性は、プロテアソーム内で生じる様々な1次構造、2次構造及び3次構造、並びに翻訳後修飾に依存する。これらの活性は、タンパク質の特定の配列又は領域のみをシステムに曝露させるが、他の配列又は領域はさせない。本発明の一実施形態では、ユニークな又は自己腫瘍特異的な抗原から免疫原性ペプチドを発現するように癌細胞を誘導し、免疫治療に有用な抗腫瘍免疫反応を刺激する。通常、これらのペプチドは自己タンパク質からは生じない。通常プロテアソームによるアクセス及びプロセシングが可能な部位への抗体又は他の分子の結合により、プロテアソームによるアクセス可能性及び得られるタンパク質分解パターンが変化する。当該部位のかかる変化により、本質的に免疫原性であると考えられる新規なペプチドが得られる。なぜなら、それらはそれ以前に、免疫反応性T細胞が存在しなかったために発現されず、提示されなかったからである。好ましい一実施形態では、HER-2/neuのユニークな免疫原性領域を同定する。HER-2/neuは過剰発現される発癌性タンパク質である。通常免疫した患者にとり効果的な従来のワクチンストラテジーが、自己タンパク質例えばHER-2/neuでは機能しない。自己タンパク質に対する許容とは、タンパク質中の主要なエピトープのみに対するものであり、タンパク質全体に対するものではないと考えられる。したがって、特異的なタンパク質断片のみタンパク質全体ではないによる免疫により、この種の問題が軽減される。この特異的なタンパク質断片は、配列中に存在する、抗体結合相互作用に直接関与する部位、又はその付近の領域に存在する。この限定的な短いペプチド配列を確認した後、当該配列をアルゴリズムを使用して解析し、機能的に活性を有すると考えられる又は標的とする配列若しくは領域を同定する。このセグメントをアルゴリズムで解析することにより、全部のセグメントの場合とは対照的に、ワクチン開発の候補として試験するペプチドセットの準備が容易になる。従来、コンピュータを用いた試験は全ての配列に関して行われていたため、多くの時間、費用及び労力を要していた。当該アルゴリズムは、invitroで特徴的な免疫反応を示したアミノ酸配列に関して検索するものである。エピトープを含むことが確認されたタンパク質の領域はワクチンとして有用であると考えられる。次に、同定されたペプチド配列を認識する抗体を用いた腫瘍細胞の処理を行なう。腫瘍細胞中で、かつ抗体の存在下においてのみ生じる、ターンオーバーの変化、及びそれに続く新規に同定された当該ペプチドの産生がなされることにより、制御可能な特異的なターゲティング能及び活性化能が付与される。抗体ブースターを用いて、ペプチド特異的な細胞障害性T細胞反応を増加させてもよい。抗体が既に存在するケースでは、特異的な免疫反応の誘発にはペプチドの提供のみで充分である。新規な及びユニークなエピトープを生成する方法には、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体、受容体、リガンド、並びに抗原に対する高い親和性を有するあらゆる分子これらに限定されないなどの、リガンドとの結合相互作用に関与するあらゆるタンパク質及び分子の領域から、免疫原性ペプチドを同定するステップが含まれる。これらの新規なエピトープは、結合するリガンドが存在する場合には抗原処理細胞に提供される。特定のケースでは、結合によりエピトープ又はエピトープの一部が保護され、すなわちそれは抗原の免疫原性部分であることを意味する。これらの免疫原性領域は新規であり、免疫系による認識を受け易いようにユニークな標的であり、疾患状態及び免疫治療抗体ワクチンとしてそれ単独で用いてもよく、あるいは他の分子又は抗体との組み合わせで用いてもよいにおいて有用である。これらの抗体由来型免疫原性エピトープAGIE/抗体結合型免疫原性エピトープABIEは、癌及び感染症に対する免疫反応の促進に有用である。それらはまた、免疫反応を上方制御又は下方制御することにより、抗体活性に基づく自己免疫疾患及び移植における拒絶反応を抑制することもできる。単鎖抗原結合ポリペプチドをはじめとするペプチドを様々な長さに調節することにより、いかなるエピトープとも特異的に相互作用し、保護し及び/又は調節することができるようになり、それにより、プロテアソーム及び免疫プロテアソームサブユニット及び複合体による抗原プロセシング機構において、様々なタンパク質分解活性を受けるときに、エピトープを特異的に保護し、及び/又はその保持及び提示が促進される。本発明の他の実施形態は、特異的抗体及び/又は他の分子を有する治療薬との組合せを含んでなり、当該組み合わせはペプチド配列中の同じ領域との相互作用に関与し、またユニークな細胞集団を標的とする。この技術により、特異的に処理され、提示される目的の1つ以上の免疫原性エピトープを含む特異的な長さのペプチドと結合する抗体及び/又は、抗原-結合断片Fab又はFab’2-断片を含んでなる新規なワクチンの開発が可能となる。選択された配列部位と特異的に結合できる単鎖抗体及び/又はペプチドを用いることにより、プロテアソーム及び免疫プロテアソームにおける抗原プロセシング機構において通常破壊されるタンパク質の特異的なエピトープを、細胞内及び細胞外で保護することが可能となる。それにより、これらのエピトープは癌細胞を特異的に認識するユニークなワクチンとしての新規な開発目標となる。炎症プロセスの間に放出されるHSPは、産生された後に多くの異なるペプチド配列との非共有結合的な結合を行うため、同様の活性を呈し、免疫反応を強化する。他の本発明の好ましい実施形態は、高い免疫原性を有するペプチドの同定方法の提供に関する。これらのペプチドは、通常の細胞タンパク質から生じる免疫反応を強化若しくは抑制のために用いるものであり、プロセシングを受けず、天然の状態で提示される。なぜなら、プロテアソーム及び免疫プロテアソーム複合体の通常の活性により、これらのエピトープは構成的に消失するからである。これらのペプチドは特異的抗体を産生するために用いられる。当該抗体はエピトープと結合し、免疫系による認識のために新規に当該エピトープを提示させる。好ましい例では、免疫反応性T細胞の大きなプールを用いる。それらは既に存在してもよく、又は後発的に生じてもよい。それらは上記の不活性な/天然に存在しないエピトープと反応することができる。しかしながら、これらのエピトープは通常天然には生じないため、それらのT細胞は利用されず、不要であると考えられている。これにより、未使用のT細胞プールを、治療用途への有効利用の道へと導くことが可能となる。再びコンピュータによるアルゴリズム解析を行う。抗体結合相互作用に関与するペプチド配列の同定後、これらのペプチドを用いて動物及び/又は患者に免疫し、当該タンパク質と結合する特異的抗体を産生させ、次の免疫認識及び反応のために、これらの新規なペプチドを生じさせる。本発明の他の実施態様は、1つ以上の抗体をタンパク質分子及び/又はポリペプチド領域に直接結合させ、これらの結合した及び未結合/天然の複合体を、exvivo又はinvitroで全ての形態のプロテアソーム機構に供する方法の提供に関する。タンパク質分解又は切断による生成物を生じさせ、ペプチドの時間経過に伴う収量を観察し、それによりワクチン開発に役立てるというものである。しかしながら、細胞内でinvivoで発生すると考えられる全ての機構及びタンパク質分解活性を完全には表しているわけではないという点で、この方法には欠点が存在し、またそれにより用途も限定される。しかしながらかかる方法は、再現性が高く、予測可能な結果を提供するシステムにおける、プルーフオブコンセプトに有用である。例えば様々なプロテアソーム及びその組み合わせの個々の構成要素を使用し、更に質量分析によってペプチドパターンを解析することができる。結合する1つ以上の抗体の有無におけるプロテアソーム阻害剤が存在する場合及び/又は存在しない場合において生じるペプチドパターンの解析にも有用である。本発明の他の実施形態は、患者特異的な治療法を確認するための、上記の方法の使用の提供に関する。最適な抗体の選択は、個々の患者に既に存在する、AGIE/ABIEに対する免疫反応性前駆体に基づき、患者に対してなされる。第1に、FCS胎児の子牛血清又は自家組織の血清の存在下で、サイトカイン例えばIL-2、IL-7、及びIL-15の有無において患者及び培養組織からPBMC末梢血単核細胞を調製する。設定された日数の間、最適に培養及び展開させた後、当該細胞を、特異的抗体又は1つ以上の抗体の組合せの存在下及び非存在下において、プレインキュベートされた腫瘍細胞系との比較で、細胞毒性アッセイにおいて試験する。抗体の存在により特異的な反応が見られたデータセットと、個々の抗体では反応が見られなかったが組み合わせの場合には見られたときのデータセットを記録する。どのワクチンを患者に使用するかを決定する際、抗体の結合部位により予測又は定義されるエピトープ/ワクチンペプチドを試験し、微妙な反応性の解析を行う。本発明の他の実施形態は、細胞表面に発現されない抗原、又は常に細胞質に存在するタンパク質の部分、又は完全に細胞内/核内若しくは細胞質内のタンパク質例えばp53、テロメラーゼなどの同定方法の提供に関する。また、内在性タンパク質として調節抗体を発現させる方法の提供に関し、それにより、細胞内でこれらのタンパク質と結合し、内部におけるそれらのプロセシング及び提示を調節することが可能となる。内在性発現方法としては、ウィルス/細菌ベクターによる輸送及び発現システム、並びに組み換えDNA発現システムが挙げられる。本発明の他の実施形態は、抗体のシャトリング、又はリポソーム、ミセル、ナノ粒子などの様々な輸送システム内に封入された、単鎖抗原結合断片の提供に関する。γグロブリン注射と同様に、疾患の治療用に受動投与できる保護的若しくは抑制的抗体調製物、又はその組み合わせは、特定の疾患又は症状において1つ以上の腫瘍又はその組織特異抗原の特異的な組合せを認識する多クローン性調製物として、又は特異的抗体として調製する。周知の領域又は配列に由来する1つ以上の長い鎖長のペプチドが、目的の1つ以上の抗体によって、AGIE/ABIEの調製用に使用できるため、本発明はHLA-A2又はクラスIペプチドに限定されない。利点としては、治療する患者に関して、特異的若しくは限定されたHLAタイプクラスI及びIIにのみ限定される必要がない点が挙げられる。更に、クラスI及びクラスIIペプチドの大多数が、それぞれ内在性及び外生のタンパク質のプロセシングに由来するものの、既に公知となり、充分に認知されている交差提示により、MHC分子の両方の種類に係る全ての供給源又はペプチドの提示が可能となる。本発明の他の一実施形態は、本発明を用いて、AGIE/ABIEを生じさせるMAb/sを発見することによる、誘導可能なワクチン応答の確認方法に関する。これは、抗原からの10mer又は20merの連続的な若しくはオーバーラッピングペプチドを、癌患者及び/又は健常者に存在する最も高い前駆体T-細胞に対する反応に関してスクリーニングことによりなされる。更にこれらの超免疫源性ペプチドを、マウスのMAbの調製に用いる。更にこれらのMAbsを、MAbで処理された標的における、AGIE/ABIE特異的な反応を生じさせる能力に関して試験する。候補となるMAbsは更に、治療用にヒト化される。T細胞特異的な免疫反応における関与を確認するため、当該候補なFab’断片を最初に用い、抗体依存性の細胞媒介細胞毒性ADCC-媒介活性を純粋に除去する。最も保護的なAGIE/ABIEを誘発する抗体を産生させることができるペプチドを特異的に同定する他の方法としては、癌又はエイズの場合は発症者対非発症者の進行の有無における、癌リスクの大きい患者癌の家族歴を有する、例えば肺癌に罹患した若しくはしない喫煙者、治療を受けた患者からの血清サンプルをスクリーニングして、保護を受ける個人に存在するか、又は完全に回復/治癒された癌患者に存在する、特異的な公知の若しくは同定済みの腫瘍抗原HER2/neu、前立腺特異的な抗原又はPSA、前立腺特異的な膜抗原又はPSMA、チロシナーゼ、黒色腫Agsなどに由来するオーバーラッピングペプチドに対する抗体反応を探索する方法が挙げられる。独自に存在するか、又は保護を受ける個人に主に存在することが知られている特異的な抗体反応に基づいて、AGIE/ABIEを産生するMAbの生成又は発見に関してペプチドのターゲッティングを行う。本願明細書に全ての説明は、クラスI及びクラスIIのエピトープ及び反応に関するものである。好ましい実施形態では、公開されている供給源から得た抗体と、充分に解明された既存の対応する、CD4-ヘルパー及びCD8CTLに特異的な反応との適当な組合せによるデータが、エイズウィルス用のワクチン及び他の免疫治療を開発するために本発明に係る方法で用いられる。www.hiv.lanl.govとして、NationalInstituteofAllergyandInfectiousDiseasesにより提供されるHIVMolecularImmunologyDatabaseは、総合的な定義済みHIVエピトープの最新のリストを提供する。当該ウェブサイトにはまた、中和活性と同様に、タンパク質配列に対する全ての周知のモノクローナル抗体及びポリクローナル抗体の正確なエピトープ及び結合部位も含まれる。本発明はまた、これらの抗体の結合部位から同定されるワクチンを用いた、抗体処理による腫瘍細胞の溶解活性の強化方法の提供に関する。本発明ではまた、既に併用療法としての癌治療において臨床的に使用されている抗体が、ワクチンによる治療法の発見を促進するための新しいヒントになりうることが示唆される。本発明の他の実施態様及び使用は、明細書の考慮及び本願明細書に開示される本発明の実施から、当業者にとって自明である。何らかの形で本願明細書に引用される全ての特許及び刊行物、並びに米国仮特許出願第60/714865号優先権の基礎を含むすべての引例は、具体的かつ完全に本発明に援用される。明細書及び実施例は飽くまで典型例に過ぎず、本発明の真の技術的範囲及び技術思想は、添付の特許請求の範囲に開示されている。