"swrAオルソログに突然変異を有する胞子形成細菌細胞を含む組成物であって、前記突然変異が、前記突然変異を有していない同質遺伝子系統の細菌細胞と比較して前記細菌細胞の遊走能力を低下させ、前記細菌細胞の少なくとも約70が胞子である組成物。前記遊走能力が、非液体表面上の増殖によって測定される、請求項1に記載の組成物。前記突然変異を有する前記胞子形成細菌細胞が、Bacillussubtilisクレード内のバチルス種に由来する、請求項1に記載の組成物。前記突然変異を有する前記胞子形成細菌細胞が、前記組成物中の全細菌細胞の少なくとも3.5を占める、請求項1に記載の組成物。前記突然変異を有する前記胞子形成細菌細胞が、野生型sfpオルソログを含む、請求項3に記載の組成物。前記突然変異を有する前記胞子形成細菌細胞が、野生型degQオルソログ及び野生型epsCオルソログをさらに含む、請求項5に記載の組成物。前記sfpオルソログ、前記degQオルソログ及び前記epsCオルソログがそれぞれ、Bsubtilis、Bamyloliquefaciens、Bpumilus、Blichenformis、又はBatrophaeusのうちいずれか1つのsfp遺伝子、degQ遺伝子及びepsC遺伝子に対して少なくとも約90の配列同一性を有する、請求項6に記載の組成物。前記少なくとも約90の配列同一性が、Bsubtilis株3610、Bamyloliquefaciens株FZB42、BpumilusSAFR032、Blichenformis株14580、又はBatrophaeus株1942のいずれか1つのsfp遺伝子、degQ遺伝子及びepsC遺伝子に対するものである、請求項6に記載の組成物。前記突然変異がさらに、前記突然変異を有していない同質遺伝子系統の細菌細胞と比較して、より頑強な生物膜を形成させる、請求項3に記載の組成物。前記より頑強な生物膜が、前記突然変異を有していない同質遺伝子系統の細菌細胞の生物膜よりも平坦で乾燥して厚い、請求項9に記載の組成物。前記より頑強な生物膜が、前記突然変異を有していない同質遺伝子系統の細菌の少なくとも約1.5倍大きい直径を有する細胞を含む、請求項10に記載の組成物。前記より頑強な生物膜が、前記突然変異を有していない同質遺伝子系統の細菌と比較して追加の細胞外被を有する細胞を含む、請求項11に記載の組成物。前記細菌細胞が液体培養中に幾つかの鎖を形成するが、凝集しない、請求項10に記載の組成物。前記swrAオルソログが、前記突然変異を有する前記細菌細胞と同じバチルス種のswrA野生型遺伝子に対して少なくとも約90の同一性を有する、請求項3~13のいずれか1項に記載の組成物。前記swrAオルソログが、前記突然変異を有する前記細菌細胞と同じバチルス種のswrA野生型遺伝子に対して少なくとも約95の同一性を有する、請求項14に記載の組成物。前記野生型swrA遺伝子が、前記突然変異を有する前記細菌細胞と同じ株に由来する、請求項15に記載の組成物。前記種がBpumilus、Batrophaeus、Bamyloliquefaciens、Bsubtilis及びBlicheniformisからなる群から選択される、請求項15に記載の組成物。前記種がBsubtilis又はBamyloliquefaciensである、請求項18に記載の組成物。前記オルソログが、配列番号1及び5~10で表されるswrAヌクレオチド配列のいずれか1つに対して少なくとも約90の同一性を有する、請求項3に記載の組成物。前記突然変異が、配列番号1で表されるswrA遺伝子の26位~34位のうち1つ又は複数に対応する位置に、又は配列番号1で表されるswrA遺伝子の1位~3位のうち1つ又は複数に対応する位置にある、請求項3に記載の組成物。前記突然変異が、挿入又は欠失である、請求項20に記載の組成物。植物の成長を増進するか、又は植物の健康を促進するか、又は植物の病害を防除するために植物を処理する方法であって、請求項1~20のいずれか1項に記載の組成物を前記植物に、前記植物の一部に、及び/又は前記植物の部位に適用することを含む方法。前記方法が、前記組成物を土壌に適用することを含む、請求項22に記載の方法。前記組成物が、前記植物又は植物の一部が前記土壌に接触する前、接触する間、又は接触した後に適用される、請求項23に記載の方法。前記植物の一部が、種子、根、球茎、塊茎、球根及び根茎からなる群から選択される、請求項22に記載の方法。胞子形成細菌swrA-細胞を含む組成物であって、前記組成物の全細菌細胞の少なくとも約70が胞子である組成物。前記swrA-細胞が、前記組成物の前記全細菌細胞の少なくとも3.5を占める、請求項26に記載の組成物。swrAオルソログに突然変異を有する胞子形成細菌細胞の使用であって、前記突然変異が、植物の成長を増進する、植物の健康を促進する、又は植物の病害又は害虫を防除するために、前記細菌細胞の遊走能力を低下させる使用。前記細菌細胞が、Bacillussubtilisクレード内のバチルス種に由来する、請求項28に記載の使用。前記swrAオルソログが、前記突然変異を有する前記細菌細胞と同じバチルス種の野生型swrA遺伝子に対して少なくとも約90の同一性を有する、請求項29に記載の使用。前記野生型swrA遺伝子が、前記突然変異を有する前記細菌細胞と同じ株に由来する、請求項30に記載の使用。前記swrAオルソログが、配列番号1及び5~10で表されるswrAヌクレオチド配列のいずれか1つに対して少なくとも約90の同一性を有する、請求項28に記載の使用。前記種が、Bpumilus、Batrophaeus、Bamyloliquefaciens、Bsubtilis及びBlicheniformisからなる群から選択される、請求項29に記載の使用。前記種が、Bsubtilis又はBamyloliquefaciensである、請求項33に記載の使用。前記突然変異が、配列番号1で表されるswrA遺伝子の26位~34位のうち1つ又は複数に対応する位置で、又は配列番号1で表されるswrA遺伝子の1位~3位のうち1つ又は複数に対応する位置で生じている、請求項28に記載の使用。受託番号NRRLB50420として寄託されたBacillussubtilisQST713のswrA-細胞。開始コドンに少なくとも1つの核酸塩基対の変異、及び/又はswrA遺伝子に少なくとも1つの核酸塩基対の挿入若しくは欠失を含む、請求項36に記載のswrA-細胞。前記swrA遺伝子の前記挿入又は欠失が、配列番号1の26位~34位にある塩基対の1つ又は複数で生じている、請求項37に記載のswrA-細胞。それぞれ受託番号NRRLB50421及びNRRLB50455で寄託された株AQ30002別名QST30002及び株AQ30004別名QST30004からなる群から選択される、請求項36に記載のswrA-細胞。請求項36~39のいずれか1項に記載のswrA-細胞を含む組成物。少なくとも1つの担体をさらに含む、請求項40に記載の組成物。前記組成物が、前記swrA-細胞に加えて少なくとも1つの他の活性成分をさらに含む、請求項40~41のいずれか1項に記載の組成物。前記活性成分が、化学物質又は細菌の別の株である、請求項42に記載の組成物。前記成分が、除草剤、殺カビ剤、殺菌剤、殺虫剤、殺センチュウ剤、殺ダニ剤、植物成長調整剤、植物成長刺激剤及び肥料からなる群から選択される、請求項42に記載の組成物。植物の成長を増進するか、又は植物の健康を促進するか、又は植物の病害を防除するために植物を処理する方法であって、請求項36~44のいずれか1項に記載のswrA-細胞又は組成物を前記植物に、前記植物の一部に、及び/又は前記植物の部位に適用することを含む方法。前記方法が、前記組成物を土壌に適用することを含む、請求項45に記載の方法。前記組成物が、前記植物又は植物の一部が前記土壌に接触する前、接触する間、又は接触した後に適用される、請求項46に記載の方法。前記方法が、土壌表面灌、シャンクイン、注入又は畝間への注入からなる群から選択される適用方法で前記組成物を適用することを含む、請求項46又は47に記載の方法。前記植物の一部が、種子、根、球茎、塊茎、球根及び根茎からなる群から選択される、請求項45に記載の方法。前記植物害虫が、植物寄生センチュウである、請求項45に記載の方法。前記植物病害が、土壌伝播性病原体である、請求項45に記載の方法。前記土壌伝播性病原体がAphanomycescochlioides、Cylindrocladiumparasiticum、Fusariumavenaceum、Fussriumculmorum、Phytophthoracapsici、Phytophthoracinnamomi、Pythiumultimum、Rhizoctoniasolani、Sclerotiniasclerotiorum、Sclerotiniaminor、Sclerotiumrolfsii、Ustilagohordei、Stagonosporanodorum、Aspergilllusfumigatus、Verticilliumdahliae、Tapesiayallunde、Alternariaalternate及びPenicilliumexpansumからなる群から選択される、請求項51に記載の方法。0006本発明は、遊走能力を損ない、植物の健康促進を増進するswrA遺伝子に突然変異を有する胞子形成細菌を含む組成物を提供する。また、野生型swrA遺伝子と比較して以下の特徴を有する。特徴とは、平坦で乾燥し、極めてコンパクトで非常にクリスピーな細胞又はコロニーで構成されたサンドペーパー細胞又はコロニーの形態であり、より頑強な根コロニー形成、及び/又は液体培養での早期の対数期における細胞の長鎖形成である。このような突然変異を本明細書ではswrA突然変異と、このようなswrA突然変異を有する細胞はswrA-細胞と呼ぶ。0007胞子形成細菌の変異体のこのような組成物では、swrA-細胞は組成物中の細胞全体の少なくとも約3.5を含み、swrA-細胞の少なくとも70は胞子である。本発明は、swrA-細胞が組成物中の細胞全体の少なくとも10を含む、又は組成物中の細胞全体の少なくとも50を含む、又は組成物中の細胞全体の100を含むこのような組成物をさらに提供する。本発明は、組成物中のswrA-細胞及び/又は細胞全体の少なくとも約80、少なくとも約85、又は少なくとも約90が胞子であるこのような組成物をさらに提供する。0008幾つかの実施形態では、胞子形成細菌はバチルス属に由来する。さらに他の実施形態では、Bacillussubtilisクレード内のバチルス種に由来する図6参照。さらに他の実施形態では、種はBpumilus、Batrophaeus、Bamyloliquefaciens、Bsubtilis及びBlicheniformisからなる群から選択される。さらに他の実施形態では、バチルス種はBacillussubtilisQST713である。0009本発明はswrA-細胞を含む組成物を提供し、swrA機能の損失は、その機能を混乱させるか、その機能を妨害するか、又は他の方法でその機能に悪影響を及ぼす何らかの突然変異の結果であることがある。このような突然変異の例には、swrAの開始コドンの少なくとも1つの核酸塩基対の変化、及び/又はswrAの少なくとも1つの核酸塩基対の欠失、及び/又はswrAの少なくとも1つの核酸塩基対の挿入、及び/又はswrA促進因子又はswrAの他のコントロール部位の妨害、及び/又はswrA機能の損失を引き起こす任意の他の遺伝子又は遺伝子型の事象例えば、トランスポゾン、過剰発現、ドミナントネガティブ突然変異、RNAi、アンチセンス、ノックアウト、ノックインなどが含まれるが、これらに限定されない。0010本発明は、swrAオルソログに突然変異を有する胞子形成細菌細胞を含む組成物とその使用に関し、この突然変異は、突然変異を有していない同質遺伝子系統の細菌細胞と比較して細菌細胞の遊走能力を低下させる。一実施形態では、遊走能力は、非液体表面上での増殖によって測定される。0011swrAオルソログに突然変異を有する胞子形成細菌細胞は、Bacillussubtilisクレード内のバチルス種に由来することがある。一実施形態では、胞子形成細菌細胞は野生型である。別の実施形態では、バチルス種類はBpumilus、Batrophaeus、Bamyloliquefaciens、Bsubtilis及びBlicheniformisからなる群から選択される。0012swrAオルソログに突然変異を有する胞子形成細菌細胞は、突然変異を有していない同質遺伝子系統の細菌細胞と比較して、以下のうち少なくとも1つを含む様々な特徴を有する。すなわち、iより頑強な生物膜の形成、ii平坦で乾燥した厚い生物膜、及びiii高度に乱流の環境を生成する剪断力に応答した液体培養中での長鎖の形成、である。0013他の実施形態では、より頑強な生物膜は、突然変異を有していない同質遺伝的細胞と比較して以下の特徴のうち1つ又は複数をさらに含む。すなわち、i少なくとも約1.5倍大きい直径を有する栄養細胞、ii追加の細胞外被を有する細胞、iii透過電子顕微鏡で可視化した場合の大きく白い電子透過性の領域、iv図12、図13又は図14に示すAQ30002の生物膜の外観、及びv液体培地中に長鎖を形成する細胞、である。0014一実施形態では、swrAオルソログは、突然変異を含む細菌細胞と同じバチルス種のswrA野生型遺伝子に対して少なくとも約90の同一性を有する。別の実施形態では、swrAオルソログは、突然変異を有する細菌細胞と同じバチルス種のswrA野生型遺伝子に対して少なくとも約95の同一性、少なくとも約96の同一性、少なくとも約97の同一性、少なくとも約98の同一性、又は少なくとも約99の同一性を有する。さらに別の実施形態では、swrAオルソログに対して少なくとも約99の配列同一性を有する野性型swrA遺伝子は、突然変異を有する細菌細胞と同じ株に由来する。さらに別の実施形態では、swrAオルソログは配列番号1及び5~10で表されるswrAヌクレオチド配列の任意の1つに対して少なくとも約90の同一性を有する。0015別の実施形態では、swrAオルソログの突然変異は、配列番号1で表されるswrA遺伝子の26位~34位のうち1つ又は複数に対応する位置、又は配列番号1で表されるswrA遺伝子の1位~3位のうち1つ又は複数に対応する位置にある。1つの変形では、突然変異は挿入又は欠失である。0016一実施形態では、上記胞子形成細菌細胞の組成物は、組成物の細菌細胞全体の少なくとも3.5を含み、及び/又は組成物中の胞子形成細菌細胞の少なくとも約70は胞子である。0017別の実施形態では、本発明は胞子形成細菌swrA-細胞を含む組成物を含み、swrA-細胞は組成物中の全細菌細胞の少なくとも3.5を占め、及び/又は胞子形成細菌細胞の少なくとも約70は胞子である。幾つかの実施形態では、swrAの活性はswrA遺伝子の突然変異以外のものによって低下している。swrAの活性は、小分子、薬物、化学物質、化合物、siRNA、リボゾーム、アンチセンスオリゴヌクレオチド、swrA阻害抗体、swrA阻害ペプチド、アプタマ又は鏡像アプタマなどの様々な作用物質によって低下することがある。一実施形態では、swrA-細胞中のswrA遺伝子の突然変異は、配列番号1で表されるswrA遺伝子の26位~34位のうち1つ又は複数に対応する位置、又は配列番号1で表されるswrA遺伝子の1位~3位のうち1つ又は複数に対応する位置にある。1つの変形では、突然変異は挿入又は欠失である。別の態様では、swrA-細胞はswrA遺伝子のノックアウトの結果である。0018一実施形態では、本発明の胞子形成細菌細胞は、swrA遺伝子の突然変異及びその組成物を有するBacillussubtilisQST713細菌細胞である。一態様では、BacillussubtilisQST713細菌細胞は開始コドンの少なくとも1つの核酸塩基対の変化、及び/又はswrA遺伝子の少なくとも1つの核酸塩基対の挿入又は欠失を含む。他の態様では、swrA遺伝子の挿入又は欠失は、配列番号1の26位~34位の位置にある塩基対の1つ又は複数で生じる。さらに別の態様では、BacillussubtilisQST713のswrA-細胞はそれぞれ受託番号NRRLB50421及びNRRLB50455として寄託された株AQ30002別名QST30002及び株AQ30004別名QST30004からなる群から選択される。本発明のさらに別の態様では、swrA遺伝子に突然変異を有するBacillussubtilisQST713は、epsC、sfp及びdegQの野生型である。別の態様では、突然変異を有するBacillussubtilisQST713はこれ以外はBacillussubtilisQST713と同質遺伝子系統である。幾つかの実施形態では、突然変異を有するBacillussubtilisQST713細胞の組成物は組成物中の細菌細胞全体の少なくとも約3.5を含む。0019本発明はそれぞれ受託番号NRRLB50421及びNRRLB50455として寄託された株AQ30002別名QST30002及びAQ30004別名QST30004からなる群から選択された1つ又は複数のBsubtilis株を含む組成物を提供する。0020一実施形態では、swrAオルソログに突然変異を有する胞子形成細菌細胞は、Bacillussubtilisクレード内のバチルス種に由来し、野生型sfpオルソログを含む。別の実施形態では、これらの細菌細胞は、野生型degQオルソログ及び野生型epsCオルソログをさらに含む。一態様では、sfpオルソログ、degQオルソログ及びepsCオルソログはそれぞれ、Bpumilus、Batrophaeus、Bamyloliquefaciens、Bsubtilis及びBlicheniformis、Baerophilus、Bstratosphericus、Bsafensis、Baltitudinus、Bvallismortis、Bhalotolerans、Bmojavensis、Bsonorensis、及びBaeriusのいずれか1つからのそれぞれsfp遺伝子、degQ遺伝子及びepsC遺伝子に対して少なくとも約90の配列同一性を有する。さらに別の態様では、Bsubtilis株3610、Bamyloliquefaciens株FZB42、BpumilusSAFR032、Blichenformis株14580、又はBatrophaeus株1942のいずれか1つのsfp遺伝子、degQ遺伝子及びepsC遺伝子に対して、少なくとも約90の配列同一性である。さらに別の態様では、sfpオルソログは配列番号11に対して少なくとも約90の配列同一性を有し、epsCオルソログは配列番号12に対して少なくとも約90の配列同一性を有し、degQオルソログは配列番号13に対して少なくとも約90の配列同一性を有する。さらに別の態様では、この段落で説明した配列同一性は少なくとも約95、少なくとも約96、少なくとも約97、少なくとも約98、又は少なくとも約99である。0021本発明は、多糖類デンプン、マルトデキストリン、メチルセルロース、及びタンパク質、例えば、乳漿タンパク質、ペプチド、ガム、糖類ラクトース、トレハロース、スクロース、脂質レシチン、植物油、鉱物油、塩塩化ナトリウム、炭酸カルシウム、クエン酸ナトリウム、及びケイ酸塩泥、アモルファスシリカ、ヒュームド/沈降シリカ、ケイ酸塩などの配合不活性物質又は他の配合成分をさらに含む本発明の胞子形成細菌又は組成物のいずれかをさらに提供する。組成物が土壌に施されるような幾つかの実施形態では、本発明の組成物は、土壌への組成物の取り込みを助長する水又は鉱物又は泥炭などの有機材料などの担体を含む。組成物が種子処理に、又は根の浸液として使用されるような幾つかの実施形態では、担体は種子又は根への組成物の付着を助長する結合剤又は固着剤である。組成物が種子処理剤として使用される別の実施形態では、配合成分は着色剤である。他の組成物では、配合成分は保存剤である。0022本発明は、swrA-細胞に加えて少なくとも1つの他の活性成分又は作用物質をさらに含む本発明の組成物のいずれかをさらに提供する。このような他の活性成分又は作用物質は、化学物質又は細菌の他の株であってもよい。適切な活性成分又は作用物質の例には、除草剤、殺カビ剤、殺菌剤、殺虫剤、殺センチュウ剤、殺ダニ剤、植物成長調整剤、植物成長刺激剤及び肥料が含まれるが、これらに限定されない。0023本発明は、swrA-細胞が組成物中に約1×102cfu/g~約1×1010cfu/g含まれる組成物をさらに提供する。本発明は、swrA-細胞が少なくとも1×106cfu/g含まれる、又は少なくとも1×107cfu/g含まれる、又は少なくとも1×108cfu/g含まれる、又は少なくとも1×109cfu/g含まれるこのような組成物をさらに提供する。0023本発明は、本発明の胞子形成細菌の発酵生成物、及びこのような発酵生成物を含む組成物を含む。一態様では、これらの発酵生成物は胞子形成細菌細胞、その代謝物及び残留発酵ブロスを含む。他の態様では、発酵生成物の胞子形成細菌細胞は大部分が胞子である。別の態様では、発酵生成物を含む組成物は、本明細書に記載するような配合不活性物質及び配合成分をさらに含む。幾つかの実施形態では、濃縮された発酵ブロスを、発酵生成物が大きい胞子になるように、例えば、透析ろ過過程により洗浄して、残留発酵ブロス及び代謝物を除去する。0024また、本発明は、植物の健康を増進する植物の健康を促進するか、非生物ストレスに対する抵抗力を増強するか、又は植物の活力を改良することによってなど、及び/又は植物の病害を防除する、及び/又は植物の害虫を防除するために植物を処理する方法を提供し、該方法は、本発明の組成物又は本発明の胞子形成細菌の1つ又は複数を植物に、植物の一部に、及び/又は植物の増殖培地などの植物を囲む位置に施すことを含む。したがって、例えば、本発明は、本発明の組成物を土壌に適用されるような方法をさらに提供する。例えば、組成物は、植物又は植物の一部が土壌に接触する前、接触している間、又は接触した後に適用することができる。他の例として、本発明の方法は、土壌表面灌注、シャンクインshankingin、注入、化学溶液灌水又は畝間への注入などの適用方法を使用した組成物を適用することを含むが、これらに限定されない。0025本発明の方法は、任意の植物の部分で使用することができる。このような植物の部分の例には、種子、根、球茎、塊茎、球根、接ぎ穂及び根茎が含まれるが、これらに限定されない。0026本発明の組成物及び胞子形成細菌は、例えば根瘤、包嚢、損傷及びワセンチュウ、例えばネコブセンチュウ類、シストセンチュウ類、ジャガイモシストセンチュウ類、ネグサレセンチュウ類及びワセンチュウ類などの植物寄生センチュウの防除に有用である。幾つかの実施形態では、標的は、Mincognitaサツマイモネコブセンチュウ、Mjavanicaジャワネコブセンチュウ、Mhaplaキタネコブセンチュウ、及びMarenariaラッカセイネコブセンチュウなどのネコブセンチュウである。幾つかの実施形態では、症状及び/又はセンチュウが少なくとも約5、少なくとも約10、少なくとも約20、少なくとも約30、少なくとも約40、少なくとも約50、少なくとも約60、少なくとも約70、少なくとも約80、又は少なくとも約90減少する。0027別の態様では、本明細書に記載する使用法、方法、swrAオルソログに突然変異を有する胞子形成細菌及び組成物が、未処理の植物、作物、果実、又は野菜と比較して、作物収量を約10~約20、約10~約30、約10~約40、約10~約90、約20~約80、約30~約70、約40~約60、又は約5以上、約10以上、約20以上、約30以上、約40以上、約50以上、約60以上、約70以上、約80以上、又は約90以上増加させる。さらに別の態様では、本明細書に記載する方法及び組成物が、未処理の植物、作物、果実、又は野菜と比較して、作物収量を約5、約10、約20、約30、約40、約50、約60、約70、約80、又は約90増加させる。0028本発明の組成物を使用して処理することができる代表的な植物には、以下の単子葉植物及び双子葉植物、すなわち球根野菜、穀物小麦、大麦、米など、トウモロコシメイズ、柑橘類果実グレープフルーツ、レモン、及びオレンジなど、綿及び他の繊維作物、ウリ科、果菜類、葉菜類セロリ、タマチシャ、チリメンチシャ、及びホウレンソウ、豆果大豆、サヤインゲン、ヒヨコマメ、レンズマメ、脂肪種子穀物、落花生、梨状果リンゴ及びナシなど、石果アーモンド、ペカン、及びクルミなど、根菜、塊茎菜、球茎菜、タバコ、イチゴ及び他の液果、アブラナ属ブロッコリ、キャベツなど、ブドウ、バイオマス生産に使用される植物ススキ、竹など、パイナップル、及び顕花植物、花壇用花卉、及び観賞植物シダ及びギボウシなどが含まれるが、これらに限定されない。本発明の組成物は、バナナ及びコーヒーなどのプランテーション作物、及び森林、公園又は造園に存在する植物などの多年生植物の処理にも使用される。0029種子処理に使用される場合、本発明の組成物は、種子のサイズに応じて種子1個当たり約1×102cfu~約1×109cfuの割合で適用される。幾つかの実施形態では、施用量は種子1個当たり1×103cfu~約1×107cfuである。0030土壌処理に使用される場合、本発明の組成物及び胞子形成細菌細胞は、土壌表面灌注、シャンクインshanked-in、注入及び/又は畝間への注入として、又は灌漑用水との混合によって適用することができる。土壌灌注処理は植え付け時、種まき中又は種まき後、又は移植後及び植物が成長する任意の段階で適用することができ、その施用量は1エーカー当たり約4×1011cfu~約8×1012cfuである。幾つかの実施形態では、施用量は1エーカー当たり約1×1012cfu~約6×1012cfuである。植え付け時に適用される畝間処理の施用量は、1列1000フィート当たり約2.5×1010cfu~約5×1011cfuである。幾つかの実施形態では、施用量は1列1000フィート当たり約6×1010cfu~約4×1011cfuである。散布処理施用量は低くなるが、頻度が高くなる及び他のそれほど一般的ではない土壌処理に対する割合の調整方法は、当業者には理解される。0031本発明の組成物及び胞子形成細菌細胞は、他の化学的及び非化学的添加剤、補助剤及び/又は処理剤と混合することができ、このような処理剤には、化学的及び非化学的殺菌剤、殺虫剤、殺ダニ剤、殺センチュウ剤、肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長刺激剤などが含まれるが、これらに限定されない。0032本発明は、様々な細胞型の混合物から分離されたサンドペーパー細胞の実質的に純粋な培養物及び/又は生物学的に純粋な培養物を提供する。例えば、本発明は、様々な細胞型の混合物が受託番号NRRLB21661として寄託されたQST713であり、このような実質的に純粋な培養物及び/又は生物学的に純粋な培養物を提供する。本発明は、それぞれ受託番号NRRLB50421及びNRRLB50455として寄託されたBsubtilis株AQ30002別名QST30002又はAQ30004別名QST30004の実質的に純粋な培養物及び/又は生物学的に純粋な培養物を提供する。0033本発明は、それぞれ受託番号NRRLB50421及びNRRLB50455として寄託されたBsubtilis株AQ30002別名QST30002又はAQ30004別名QST30004の生理学的及び形態学的特徴をすべて有するBsubtilis株の実質的に純粋な培養物及び/又は生物学的に純粋な培養物を提供する。0034本発明は、本発明の培養物のいずれかの実質的に純粋な培養物及び/又は生物学的に純粋な培養物の後代も提供し、ここで培養物は、それぞれ受託番号NRRLB50421及びNRRLB50455として寄託されたBsubtilis株AQ30002別名QST30002又はAQ30004別名QST30004の生理学的及び形態学的特徴のすべてを有する。0035本発明は、本発明のswrA-細胞のうち1つ又は複数の実質的に純粋な培養物及び/又は生物学的に純粋な培養物を含む組成物も提供する。0074本明細書のすべての出版物、特許及び特許出願は、いかなる図面及び付録も含めて、個々の各出版物又は特許出願が明確かつ個々に参照により組み込むものとすると表示されているのと同じ程度に、参照により組み込むものとする。0075以下の説明は、本発明の理解に有用となり得る情報を含む。本明細書で提供される情報が先行技術である、又は現在請求されている発明に関連している、又は明確かつ明示的に参照されている出版物のいずれも先行技術であるということは認められない。0076SERENADE登録商標製品米国環境保護局登録番号69592-12は、Bacillussubtilisの特許を取得した独特の株株QST713、及び相乗的に作用して病害の病原菌を破壊し、優れた抗菌活性を提供する多くの異なるリポペプチドを含む。SERENADE登録商標製品は、火傷病、ボトリチス、酸敗、サビ病、菌核病、ウドンコ病、細菌性斑点症及び白カビなどの病害に対して野菜、果実、堅果及びつる作物などの植物を保護するために使用される。SERENADE登録商標製品は、葉及び/又は土壌処理として適用することができる液体又は乾燥製剤として入手可能である。SERENADE登録商標ASO、SERENADE登録商標MAX、及びSERENADE登録商標SOILを含むSERENADE登録商標製品の米国環境保護局マスターラベルのコピーは、NationalPesticideInformationRetrievalSystemNPIRS登録商標のUAOPPPesticideProductLabelSystemPPLSを通じて公的に入手可能である。0077SERENADE登録商標ASO水性懸濁液-有機物は、活性成分として1.34の乾燥QST713、及び98.66の他の成分を含む。SERENADE登録商標ASOは最少で1×109cfu/gのQST713を含むように配合され、QST713の最大量は3.3×1010cfu/gになるように決定されている。SERENADE登録商標ASOの代替的な商品名には、SERENADE登録商標BIOFUNGICIDE、SERENADE登録商標SOIL及びSERENADE登録商標GARDENDISEASEがある。さらなる情報については、2010年1月4日付のSERENADE登録商標ASO、及びSERENADE登録商標SOILの米国EPAマスターラベルを参照されたい。これはそれぞれ、参照によりその全体を本明細書に組み込むものとする。0078SERENADE登録商標MAXは、活性成分として14.6の乾燥QST713、及び85.4の他の成分を含む。SERENADE登録商標MAXは、最少で7.3×109cfu/gのQST713を含むように配合され、QST713の最大量は7.9×1010cfu/gになるように決定されている。さらなる情報については、SERENADE登録商標MAXの米国EPAマスターラベルを参照されたい。これは参照によりその全体を本明細書に組み込むものとする。0079野生型BacillussubtilisQST713、その突然変異体、上清、及びそのリポペプチド代謝物、及び植物の病原体及び昆虫を防除するためのその使用方法が、米国特許第6,060,051号、第6,103,228号、第6,291,426号、第6,417,163号、及び第6,638,910号に詳細に記載され、これはその教示のすべてがそれぞれ参照により本明細書に明確かつ全体的に組み込むものとする。これらの米国特許では、株をAQ713と呼び、これはQST713と同義である。BacillussubtilisQST713は、特許手続き上の微生物の寄託の国際承認に関するブダペスト条約により1997年5月7日に受託番号B21661でNRRLに寄託されている。本明細書でQST713に言及した場合、それはNRRL受託番号B21661で寄託されたか、SERENADE登録商標製品の生成をシミュレートした条件にてバイオリアクタ内で調製されたSERENADE登録商標製品中に存在する状態のBacillussubtilisQST713別名AQ713を指す。0080以上の特許に対応する米国特許出願第09/074,870号を1998年に出願したときに、その株は古典的な生理学的、生化学的及び形態学的方法に基づいてBacillussubtilisと称された。それ以来、バチルス種の分類法は、特に遺伝学及び配列テクノロジーの進歩に鑑みて発展し、したがって種の名称は1998年に使用された方法ではなく、主にDNA配列に基づいている。BamyloliquefaciensFZB42、Bsubtilis168及びQST713からタンパク質配列を並べた後、BamyloliquefaciensFZB42に見られるタンパク質の約95がQST713に見られるタンパク質に対して85以上の同一性を有する一方、Bsubtilis168のタンパク質は35しかQST713のタンパク質に対して85以上の同一性がない。しかし、遺伝学に対する依存度が高まっても、関連する科学文献及び法律文書にはまだ分類法の曖昧さががあり、この15年間にわたるバチルス分類法の理解が発展したことを反映している。例えば、Bsubtilis株FZB24に基づく農薬製品は、FZB42のようにQST713と近い関係にあるが、米国EPAの文書ではBsubtilisの変種amyloliquefaciensに分類されている。これらの名称の複雑性により、この特定のバチルス種は、文書によってBsubtilis、Bamyloliquefaciens、及びBsubtilis変種amyloliquefaciensと様々に称されている。したがって、専ら配列の比較及び推論される分類法に基づいて現在予想されるように、Bamyloliquefaciensと変更するのではなく、QST713というBsubtilisの名称を使用し続けている。0081本明細書でさらに詳細に説明するように、本発明の結果、QST713の培養物は実際、野生型細胞と、比較的小さいパーセンテージのサンドペーパー細胞と出願者らが称した変異細胞型との混合物であることが分かる。したがって、本発明に基づき、SERENADE登録商標製品中に見られる、又はバイオリアクタ中で増殖したQST713細胞中に見られるようなQST713は、SERENADE登録商標製品例えば、図4参照に見られるのと同じ又は同様の比率の野生型細胞とサンドペーパー細胞との混合集団で構成されていることが分かる。本明細書で詳細に説明するように、図1に示すように、コロニーの形態に基づいてこの変異体をサンドペーパー細胞と呼ぶ。サンドペーパー細胞は、栄養寒天上に、形態学的及び生理学的に非常にコンパクトに見え、疎水性で平坦で乾燥し、非常にクリスピーであって、寒天から取り出すことが非常に困難であるコロニーを形成する。細胞接着は、定性的に観察するか、上記のStanleyらに記載されたクリスタルバイオレット染色によって測定することができる。栄養寒天上のこのような顕著なコロニー形態に加えて、サンドペーパー細胞は、図12、図13及び図14の30002で処理した根の画像に示すように、根などの表面に密集してコンパクトな生物膜又はより頑強な生物膜を形成する。一実施形態では、サンドペーパー細胞は実施例8で説明する通りに試験できるように、細胞薄膜の頑強性が向上している。別の実施形態では、サンドペーパー細胞は、図2に示すように初期対数期中に液体培養中に多少の単細胞及び比較的短い鎖に加えて長鎖を形成するが、液体培養中に凝集せず、生物膜も形成しない。さらに別の実施形態では、サンドペーパー細胞は液体培養中でも剪断力に応答して、生物膜の形成から開始して生物膜発生の増進を示す。さらに別の実施形態では、サンドペーパー細胞は、実施例9で述べ、図14の30002コロニー形成した根の画像で示すように、追加の細胞外被を有する。一実施形態では、観察は、swrA遺伝子の野生型である同質遺伝子細胞との比較に基づく。別の実施形態では、観察は、遺伝子の野生型である同じ種、又は生物膜形成を必要とするそのオルソログ、すなわちsfp、swrA、epsC及びdegQの細胞との比較に基づく。本明細書で使用する同質遺伝子という用語は、同じ遺伝子型を有する任意の2つの細胞又は個体例えば、株を指す。本発明に基づき、SERENADE登録商標製品例えば、実施例1、図1及び図2参照中に見られる、又はバイオリアクタ中で増殖したQST713細胞中に見られるようなQST713は、SERENADE登録商標に見られるのと同じ又は同様の比率の野生型細胞とサンドペーパー細胞との混合集団で構成されていることがこれで分かる例えば、実施例3及び図4参照。0082遊走運動とは、細菌が固体表面上で迅速かつ集団で移動できるようにする活性メカニズムであるJHenrichsen、BacterialSurfaceTranslocationASurveyandaClassificationBacteriolRev36478503。バチルスの遊走能力には、幾つかの異なる遺伝子及びオペロンが関連づけられている。Kearns他GenesGoverningSwarminginBacillussubtilisandEvidenceforaPhaseVariationMechanismControllingSurfaceMotilityMolecularMicrobiology52357369は、Bsubtilisのラボラトリの株168及び関連するラボラトリの株PY79がそれぞれ、遺伝子に彼らがswrAと称した遊走運動の障害につながるフレームシフト突然変異を有することを発見した。科学文献におけるswrAの代替名にはyvzd及びswrAAがある。これら2つのラボラトリ株のswrA突然変異すなわちswrA-は、A:T塩基対がヌクレオチド34にて8個のA:T塩基対のホモポリマー範囲に挿入されているswrAヌクレオチド配列の番号付けはすべて、図5の番号付けによる。この挿入は、フレームシフト突然変異及び切断されたタンパク質を引き起こすことにより、遺伝子の機能を破壊すると予想される。非domestic株3610及び遊走能力を取り戻した株で、野生型機能的、すなわちswrA配列すなわち挿入がないが認められた。出願人は、実施例5で詳細に検討するように、QST713のサンドペーパー細胞はswrA遺伝子に突然変異を有することを確証した。これらのswrA-細胞が遊走能力を損なっていた。驚くことに、植物又は土壌に適用すると、これらは植物の健康を増進する。0083他の遺伝子のsfp、epsC、swrA、degQ及びrapPと呼ばれるプラスミド遺伝子も、生物膜の形成に関与する。McLoonA他の、TracingtheDomesticationofaBiofilmFormingBacteriumJournalofBacteriologyApr201120272034を参照されたい。168と称されたdomesticのBacillussubtilis株は、平滑な薄いコロニーを有する欠陥的生物膜を形成し、遊走する能力を持たない。細胞株を説明するために本明細書で使用するdomesticという用語は、ラボラトリ研究に適した株になる特性、例えば、遺伝物質を導入し組み込む高い適格性、栄養要求性、遊走又は細胞薄膜形成をしないことなどのために選択された誘導された突然変異株を指す。対照的に、細菌株を説明するために本明細書で使用する野生という用語は、自然から分離され、容易にラボラトリで操作するようには積極的に選択されていない株を指す。McLoonの論文は、株168の生物膜形成及び遊走能力を修復するために実施した実験について述べている。最初にsfp突然変異を、次にepsC突然変異、次にswrA突然変異、そして次にdegQ突然変異を修復した。各ステップで生物膜形成を漸進的に回復させ、3610と称された野生型Bacillussubtilis株の生物膜形成とほぼ同等にした。最後に、プラスミド上のrapP遺伝子を、それ以外は完全に修復した株に挿入し、その結果、3610と識別不可能な生物膜形成となった。McLoon他は、2032ページでsfp、epsC及びswrAの野生型対立遺伝子を保有する株は、swrAが突然変異である対応する株より生物膜形成が頑強であり、したがってswrAが頑強な生物膜形成にも寄与しているとの結論に達したと述べている。驚くことに、本発明によれば、McLoonの発見とは対照的に、swrA機能がない株は、野生型swrAを有する親株よりも頑強な生物膜を形成する。McLoon他は、唯一の突然変異の生物膜形成遺伝子がswrAである細胞については述べていない。したがって本明細書で述べている生物膜が強化された表現型については述べていない。0084野生型とは、自然界で発生する状態で、及び/又は野生型と称されている既知の分離形態で発生する状態で、種の典型的形態の表現型を指す。本明細書で認識される野生型の同義語には、野生型、野生型、及びwtがある。野生型は通常、非標準の突然変異又は変異対立遺伝子による生成物とは対照的に、1つ又は複数の座にある特定の遺伝子の標準的正常対立遺伝子の生成物と概念化される。概して、及び本明細書で使用されるように、特定のバチルス株又は分離株の最も優勢な対立遺伝子すなわち遺伝子頻度が最も高い対立遺伝子が野生型とされる。本明細書ではQST713野生型又はQST713野生型swrA及びその同義語例えば、QST713swrA、QST野生型、QST713wtなどは、コード化されたswrAタンパク質を発現することができる機能的swrA遺伝子すなわちswrAがあるBsubtilisQST713を指す。したがって、これらの用語は100がswrAであるクローンの野生型QST713細胞を指す。野生型QS7713は、文献で生物膜形成に関係すると識別されている他の遺伝子、すなわちepsC、degQ及びsfpの野生型でもあるすなわち機能的コピーを有する。配列番号11は、野生型QST713のsfp遺伝子のヌクレオチド配列である。配列番号12は、野生型QST713のepsC遺伝子のヌクレオチド配列である。配列番号13は、野生型QST713のdegQ遺伝子のヌクレオチド配列である。0085本明細書に記載する微生物及び特定の株は、他に明記しない限り、すべて自然から切り離され、本明細書に記載する人工的状態で、例えば培養中で、又は発酵などの拡大した製造プロセスにより増殖する。0086本出願で提供される配列のリストは、図5A、図5B及び図5Cにも示すように様々なバチルス種及び株の配列を提供する。以下の表1は配列番号を株と関連づける。すべての配列はヌクレオチド配列であるが、ただし配列番号2はアミノ酸配列である。0087本発明は、swrA遺伝子を有する胞子形成細菌と、さらに特段には、コード化swrAタンパク質を発現できない及び/又は機能的swrAタンパク質をコード化できない非機能的swrA遺伝子をもたらす1つ又は複数の突然変異をswrA遺伝子に有するこのような細菌の変異体に関し、このような突然変異及びこのような突然変異を有する変異遺体を本明細書ではswrA-と呼ぶ。本発明は、swrA活性がswrA遺伝子の突然変異以外の手段によって低下している胞子形成細菌も含み、その手段とは、例えば、他の点におけるswrA遺伝子の転写の活性、swrA遺伝子の転写、翻訳後メッセージプロセシング、swrAmRNAの翻訳、および翻訳後タンパク質プロセシングの進行によって、実際のタンパク質活性へと活性化を阻害することである。本開示では、小分子、薬物、化学物質、化合物、siRNA、リボザイム、アンチセンスオリゴヌクレオチド、swrA阻害抗体、swrA阻害ペプチド、負の優性突然変異、アプタマ又は鏡像アプタマなど、swrA活性を阻害することができる任意の作用物質又はシステムが想定される。swrA遺伝子の突然変異以外の手段によってswrA活性が低下している細胞もswrA-と呼ぶ。本発明のswrA-細胞は、野生型swrA遺伝子がある細胞と比較して、遊走能力が減退し、植物の健康を改良する能力を増進している。幾つかの実施形態では、swrA-細胞は遊走能力をすべて、又は実質的にすべて喪失している。幾つかの実施形態では、遊走能力は、swrAオルソログに突然変異を有していない同質遺伝子系統の細菌細胞の遊走能力と比較して低下している。幾つかの実施形態では、遊走能力は少なくとも約20、少なくとも約30、少なくとも約40、少なくとも約50、少なくとも約60、少なくとも約70、少なくとも約80、又は少なくとも約90低下している。遊走能力は、実施例7で説明する方法によって求め、中心に接種した遊走寒天プレート上で増殖した細菌の直径を測定することにより、定量的に比較することができる。図7参照。0088他の実施形態では、以上の特徴を有することに加えて、swrA-細胞は野生型swrA遺伝子を有する細胞と比較して、以下の特徴のうち1つ又は複数を有する。すなわち、上述したようなサンドペーパー細胞又はコロニーの形態、根などの表面上に密集してコンパクトな付着性生物膜をすること、及び液体培養の早期対数期中に凝集又は生物膜形成しない細胞の幾つかの長鎖を形成することであり、これは生物膜形成において環境信号に応答するすなわち固体表面に曝露する能力を実証している。swrA-細胞は根などの表面に密集してコンパクトな生物膜を形成し、根などの非液体表面への付着が向上しており、これを本明細書ではより頑強な生物膜と呼ぶ。一態様では、非液体表面は固体表面であり、他の態様では半固体表面である。根への相対的付着性は、実施例9で説明するように、根が寒天中で成長し、寒天から取り出されて、光学顕微鏡で見た場合に、生物膜の破壊がないことによって分析することができる。別の実施形態では、より頑強な生物膜は、追加の細胞外被及び/又は透過電子顕微鏡で見た場合に大きく白い電子透過性の領域を有する細胞を含む。図14の30002の画像を参照されたい。この実施形態の一態様では、より頑強な生物膜の細胞の平均直径は、swrA突然変異を有していない細胞の平均直径より少なくとも約1.5倍大きい、又は少なくとも約2倍大きい。図14の30002の画像を参照されたい。幾つかの実施形態では、根などの非液体表面上に形成される生物膜の細胞形態は、実施例9に説明する方法で分析される。さらに別の実施形態では、swrA-細胞は、液体培養中で剪断力に曝露すると、生物膜の発達が増進していることもある。このような剪断力については実施例1で説明する。swrA-細菌細胞の特徴と比較する際に対照標準細胞として使用する適切な細菌細胞は様々でよい。例えば、一実施形態では、上記の特性の比較は、突然変異を有する細菌細胞と、突然変異を有していない同質遺伝子系統の細菌細胞との間で実行する。別の実施形態では、比較は、突然変異を有する細菌細胞と、突然変異を有さず、生物膜形成遺伝子sfp、epsC及びdegQの野生型対立遺伝子も含む同じ種の細菌細胞との間で実行する。0089幾つかの実施形態では、これらのswrA-胞子形成細菌はバチルス科である。さらに他の実施形態では、これらはバチルス属である。このような実施形態では、swrA突然変異を有する胞子形成細菌細胞又はバチルスは、i以下で規定するように、Bacillussubtilisクレード内に入る、iiswrAオルソログに1つ又は複数の突然変異を有する、及びiii遊走能力が減退され、植物の健康増進能力、及び任意選択で以上の段落で説明した他の特徴のうち1つ又は複数を増進することができる。本明細書で使用するBacillussubtilisクレードという用語は、図6で部分的に説明され、完全に配列が決定されて、swrAオルソログを有する可能性が高いと判断された種、及びゲノム配列データが現在入手できないが、系統学的関係が近いことに基づいてswrAオルソログを有すると推定される種を含む。さらに、Bacillussubtilisクレードという用語は、本明細書で識別されず、相互最適BLASTヒット法などの当業者に周知の分析によって、swrAオルソログを含むバチルス種を含む。0090相同配列は、種分化事象によって切り離された場合にオルソロガスとなる。すなわち、種が2つの別個の種に分岐する場合、その結果となる種のうち1つの遺伝子の分岐コピーはオルソロガスであると言われる。オルソログは、相互に類似している別の種の遺伝子である。というのは、最後の共通する祖先の1つの遺伝子からの垂直子孫に由来するからである。2つの類似した遺伝子がオルソロガスであることの最強の証拠は、遺伝子系統の系統学的分析の結果である。1つのクレード内に見られる遺伝子はオルソログであり、共通の祖先の子孫である遺伝子のオルソロガス群を含む。オルソログは同じ機能を有することが多いが、常に有するわけではない。相互最適BLASTヒット法は、オルソログ対の可能性が高いものを識別するために最も頻繁に使用される方策である。この方法は、2つの種からの2つの類似したタンパク質が相互のプロテオム中に最適BLASTヒットを相互に生成する場合、それらがオルソログ対であると仮定する。RiveraMC他の、GenomicEvidenceforTwoFunctionallyDistinctGeneClassesProcNatlAcadSciUSA623944を参照されたい。例えば、出願人の異種間swrA対分析は、2つの種、すなわちBamyloliquefaciensとBpumilusとの間のswrAタンパク質の全体的相同率が70と低くても、Bsubtilis、Bamyloliquefaciens、Blicheniformis、Batrophaeus及びBpumilus中のswrAが相互最適BLASTヒットを生成することを明らかにした。0091一実施形態では、Bacillussubtilisクレードの種は、Bpumilus、Batrophaeus、Bamyloliquefaciens、Bsubtilis及びBlicheniformis、Baerophilus、Bstratosphericus、Bsafensis、Baltitudinus、Bvallismortis、Bhalotolerans、Bmojavensis、Bsonorensis、Baerius、及びiiswrA遺伝子に1つ又は複数の突然変異があるBacillussubtilisQST713野生型swrAの変異体及び株を含むが、これらに限定されない。0092本発明のswrA突然変異は、野生型swrA遺伝子の1つ又は複数の核酸塩基対の挿入、1つ又は複数の核酸塩基対の欠失、開始コドンの変化を含む1つ又は複数の核酸の変化、1つ又は複数のトランスポゾンの挿入、ノックダウン及び/又はノックアウトを含むが、これらに限定されない。当業者には、遺伝子がプロモータなどの調節領域、転写された領域及び他の機能的配列領域を含むことが理解される。0093胞子形成細菌の集団は、実施例24で説明するように、自然に発生してswrAオルソログに突然変異を有する細胞についてスクリーニングすることができる。あるいは、幾つかの遺伝子及び分子生物学の技術を用いて、転写及び翻訳レベルでのswrAの発現を減少させて、遊走能力が低下して頑強な生物獏を形成するswrA-細胞を生成することができる。幾つかの実施形態では、このようなswrA-細胞は、上述した他の特性多少連鎖形成するが凝集しない、又は液体培養中に生物膜を形成する、及び根生物膜中の細胞形態が変化するのうち1つ又は複数を有することができる。アンチセンスRNA、RNAi及びリボザイムを工作して、細胞に導入し、swrAの、又はシグマD及びシグマAなどの正の調節因子として作用する他の遺伝子の発現を減少させることができる。これらの転写因子は、swrAプロモータを認識して、それに直接結合することが知られているCalvio他、AutoregulationofswrAAandMotilityinBacillussubtilisJournalofBacteriology19057205728。swrAの負の調節因子を活用して、swrAの発現を減少させることもできる。例えば、FlgM、すなわちシグマD特異的抗シグマ因子Fredrick及びHelmann、FlgMはシグマD活性の主要調節因子であり、それが存在しないとsinR突然変異体の運動能が回復するJournalofBacteriology17870107013を過剰発現させて、swrAの発現を減少させることができる。さらに1つの方策は、アンチモルフ突然変異又は負の優性突然変異を使用することである。swrAは二量体又は多量体として機能することがあるのでDanKearns、個人的情報、2011、複数の突然変異及び野生型swrA単位で構成されたヘテロマswrAはもはや機能的でない。swrAの発現を減少させるために使用される遺伝子工学技術の例が、実施例25に記載されている。0094本発明により使用した場合、位置という用語は、本明細書で描かれた核酸配列中のヌクレオチド、又はアミノ酸配列中のアミノ酸の位置を意味する。対応するという用語は、本明細書では位置が先行するヌクレオチド又はアミノ酸の数によって決定されることに限定されないことを示すために使用されている。例えば、欠失することができる本発明による任意のヌクレオチドの位置は、プロモータ及び/又は任意の他の調節配列又は遺伝子を含む5’-非翻訳領域UTRなどにあるswrA遺伝子の他の場所でヌクレオチドの欠失又は追加があるので、変化することがある。したがって、本明細書で対応する位置又はヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の所与の位置に対応する位置と言う場合、それは、問題の配列が標準的方法により、例えば、配列番号1のヌクレオチド配列又は配列番号2例えば、基準配列のアミノ酸配列と並んでいる場合、指示された位置に、又は時には配列番号1のヌクレオチド配列又は配列番号2のアミノ酸配列の部分に著しい同一性を呈する位置を指す。例えば、バチルスの様々な種は、swrA遺伝子及び/又はswrAタンパク質のヌクレオチド配列が類似している一方、基準配列に対する同一性はなく、特に、基準配列とは含まれるヌクレオチド又はアミノ酸が異なる、その数が少ない、又は多いことがある。例えば、配列番号1又は2に類似した問題の配列の範囲は、標準的なinsilicoアラインメント技術により、確立されたソフトウェアを使用して、例えば、ClustalWを使用してパラメータを標準又は事前設定に設定し、容易に決定することができる。0095幾つかの実施形態では、変異体胞子形成細菌のswrA突然変異は、配列番号2で表されたタンパク質のうち以下の保存位置のうちの少なくとも1つに対応するアミノ酸変化を引き起こすヌクレオチドの位置で発生する。すなわち1位~17位、19位~20位、22位、25位~29位、31位~33位、36位~39位、41位~48位、50位~51位、53位、56位、58位、60位、61位、64位~65位、67位~69位、71位~86位、88位、95位、97位、99位~113位及び116位である。これらの保存位置は、図5Cに示す配列にアステリスクで明示されている。さらに他の実施形態では、突然変異は、タンパク質の以下の保存位置のうち少なくとも1つの変化に対応するアミノ酸変化を引き起こすヌクレオチド位置で発生する。すなわち位置1~17、位置71~86及び位置99~113である。さらに、このようなswrA突然変異となるヌクレオチドの変化は、細胞の遊走能力を減退させる、及び/又は野生型swrA遺伝子を有する細胞と比較して植物の健康を促進する能力が向上するはずである。幾つかの実施形態では、このような突然変異の結果、上述したように野生型細胞と比較して以下の特徴も生じる。すなわちサンドペーパー細胞の形態、より頑強な根コロニー形成及び/又は液体培養中で凝集しない長鎖の形成である。0096他の実施形態では、swrA突然変異は、配列番号1及び5~10のいずれか1つの1位~100位、1位~50位、1位~40位又は7位~40位に対応する位置で発生する。0097幾つかの実施形態では、swrA-細胞は配列番号1のswrA遺伝子に対して少なくとも約60、少なくとも約70、少なくとも約80、少なくとも約90、又は少なくとも約95の相同率を有するswrA遺伝子を有する。特定の実施形態では、配列番号1に対して少なくとも約60~約95の配列同一性を有するこのようなswrA-細菌の野生型は、配列番号2に対してオルソロガスであるswrAタンパク質を有する。0098一実施形態では、微生物は配列番号1と規定されたswrA遺伝子の26位~34位8つのA:T塩基対のホモポリマー範囲又は1位~3位開始コドンのうち1つ又は複数の対応する位置に突然変異を有する。幾つかの場合、この突然変異は挿入又は欠失である。26位~34位の位置への欠失の一例は、配列番号3に規定された突然変異swrA遺伝子である。開始コドンが非開始コドンへと突然変異し、翻訳のための非機能的swrA転写産物を生成する突然変異の一例が、配列番号4に規定されている。0099別の実施形態では、swrA-細胞は、同じバチルス種のswrA野生型遺伝子に対して、及び幾つかの実施形態では同じ株のswrA野生型遺伝子に対して、少なくとも約85、少なくとも約90、又は少なくとも約95の配列同一性を有するswrA-遺伝子を有する。幾つかの実施形態では、swrA-細胞は、同じバチルス種のswrA野生型遺伝子に対して配列同一性を有するswrA-遺伝子を有し、このようなバチルス種はBacillussubtilisクレード内に入る。幾つかの実施形態では、バチルス種はpumilus、atrophaeus、amyloliquefaciens、subtilis、licheniformis、aerophilus、stratosphericus、safensis、altitudinus、vallismortis、halotolerans、mojavensis、sonorensis、又はaeriusである。さらに他の実施形態では、swrA-細胞は配列番号1及び5~10に規定された配列のうち1つまたは複数に対して少なくとも約85、少なくとも約90、又は少なくとも約95の配列同一性を有する突然変異swrA遺伝子を有する。0100一実施形態では、swrAオルソログに突然変異を有するBacillussubtilisクレード内などの胞子形成細菌細胞は、野生型sfpオルソログを含む。他の実施形態では、このような胞子形成細菌細胞は野生型degQ及びepsCオルソログも含む。さらに他の実施形態では、上記実施形態のいずれかの胞子形成細菌細胞はBacillussubtilis又はBacillusamyloliquefaciensである。野生型QST713からのsfp、epsC及びdegQ遺伝子は、本明細書ではそれぞれ配列番号11、12及び13として提供される。本明細書で配列のリスト及び/又は図5A、図5B及び図5CでswrAヌクレオチド配列が提供されているバチルス種及び株など、他の種からのオルソロガスsfp、epsC及びdegQ遺伝子は、Genbankを通して、及び以上で引用したMcLoonの論文などの様々な論文で公的に入手可能である。一実施形態では、野生型degQ、epsC及びsfpオルソログはBamyloliquefaciensFZB42、BpumilusSAFR032、Bsubtilis3610、Batrophaeus1942、及びBlicheniformis14580のそれぞれdegQ、epsC及びsfp遺伝子のうち1つに対して少なくとも約90、又は少なくとも約95、又は少なくとも約96、又は少なくとも約97、又は少なくとも約98、又は少なくとも約99の配列同一性を有する。一態様では、配列同一性を求める際に、swrAオルソログに突然変異を有する胞子形成細菌細胞は上述した株のうちの1つと同じ種である。0101本発明の特定の組成物におけるswrA-細胞のパーセンテージは、特定の目的及び組成物に使用される適用方法に応じて変化する。本発明の組成物及び方法の細胞全体は、異なる細胞型例えば、細菌細胞と非細菌細胞の組合せを含むか、又は2つ以上の種の細菌細胞を含むか、又は2つ以上のバチルス種のバチルス細胞を含むか、又は2つ以上の異なる遺伝子型又は株のBsubtilis細胞であるか、又は2つ以上の異なる細胞型又は株のBamyloliquefaciens細胞であるか、又は1つ又は複数の異なるswrA-突然変異を有する細胞であってよい。0102幾つかの実施形態では、本発明の組成物及び方法の細胞全体におけるswrA-細胞のパーセンテージは、少なくとも3.5、又は少なくとも3.6、又は少なくとも3.7、又は少なくとも3.8、又は少なくとも3.9、又は少なくとも4、又は少なくとも5、又は少なくとも6、又は少なくとも7、又は少なくとも8、又は少なくとも9、又は少なくとも10、又は少なくとも15、又は少なくとも20、又は少なくとも25、又は少なくとも30、又は少なくとも35、又は少なくとも40、又は少なくとも45、又は少なくとも50、又は少なくとも55、又は少なくとも60、又は少なくとも65、又は少なくとも70、又は少なくとも75、又は少なくとも80、又は少なくとも85、又は少なくとも90、又は少なくとも95、又は少なくとも98、又は少なくとも99、又は100になる。本発明の幾つかの実施形態では、特定の組成物に存在するか、又は特定の方法で使用される細胞のすべては、すべてswrA-細胞すなわち100がswrA-の細胞である。0103幾つかの実施形態では、本発明の組成物及び方法の細胞全体におけるswrA-細胞のパーセンテージは約3.5~約99.9になる。別の実施形態では、パーセンテージは約5~約99になる。別の実施形態では、パーセンテージは約10~約99になる。0104幾つかの実施形態では、本発明の組成物及び方法におけるswrA-細胞の1グラムg当たりのコロニー形成単位cfuの数は、少なくとも1×107cfu/g又は少なくとも1×108cfu/g又は少なくとも1×109cfu/g又は少なくとも2×109cfu/g、又は少なくとも3×109cfu/g、又は少なくとも4×109cfu/g又は少なくとも5×109cfu//g又は少なくとも6×109cfu/g又は少なくとも7×109cfu/g、又は少なくとも8×1010cfu/g、又は少なくとも8.5×1010cfu/g、又は少なくとも9×1010cfu/g、又は少なくとも9.5×1010cfu/g、又は少なくとも1×1011cfu/g、又は少なくとも2×1011cfu/g、又は少なくとも3×1011cfu/g、又は少なくとも4×1011cfu/g、又は少なくとも5×1011cfu/g、又は少なくとも6×1011cfu/g、又は少なくとも7×1011cfu/g、又は少なくとも8×1011cfu/g、又は少なくとも9×1011cfu/g、又は少なくとも1×1012cfu/g、又は少なくとも1×1013cfu/g、又は少なくとも1×1014cfu/gになる。0105他の実施形態では、本発明の組成物及び方法におけるswrA-細胞の総量は、組成物全体におけるswrA-細胞の相対的又は実際の乾燥重量ベースに基づく。0106幾つかの実施形態では、本発明の組成物及び方法におけるswrA-細胞の総量は、組成物におけるswrA-細胞のcfu/gに基づく。0107また、本発明は、植物に、又は種子、根、根茎、球茎、球根又は塊茎などの植物の部分に投与することによって、又は植物又は植物の部分が成長する元となる土壌などの場所に、上述したバチルス、又はその無細胞製剤、又はその代謝物を含む新規の変異体及び株又は胞子形成細菌のうち1つ又は複数を適用することによって、植物の健康を増進する、植物の成長を増進する、及び/又は害虫及び病害を防除する方法も含む。0108本明細書で使用する植物の健康とは、幾つかの態様のみによって、又は相互の組合せで決定される植物の状態を意味する。植物の状態にとって1つの重要な指標は作物収量である。作物及び果実とは、収穫後にさらに利用される任意の植物生成物と理解され、例えば、適切な意味での果実、野菜、堅果、穀物、種子、木材例えば、造林植物の場合、花例えば、造園植物、花卉の場合などであり、すなわち植物によって生成される経済的価値があるものすべてである。植物の状態にとって別の指標は植物の活力である。植物の活力は幾つかの態様でも明白になり、そのうち幾つかは視覚的外観、例えば葉の色、果実の色及び外観、枯れた根出葉の量及び/又は葉身の程度、植物の重量、植物の高さ、植物の倒置倒伏の程度、数、分けつ枝の強度及び生産性、穂の長さ、根系の程度、根の強度、根粒形成の程度、特に根粒菌の根粒形成の程度、発芽の時点、出芽、開花、穀物の成熟度及び/又は老化、タンパク質含有量、糖含有量などである。植物の状態にとって別の指標は、生物及び非生物ストレスファクタに対する植物の寛容性又は抵抗力である。0109本発明によれば、特に農業、造林及び/又は花卉における植物の収量増加とは、個々の植物の生成物の収量が、同じ条件で生成されたが、本発明の組成物を適用していない植物の同じ生成物の収量よりも測定可能な量だけ増加しているという意味である。本発明によれば、収量は、適切な対照標準と比較した場合に少なくとも0.5、又は少なくとも1、又は少なくとも2、又は少なくとも4、又は少なくとも5、又は少なくとも10増加していることが好ましい。0110別の好ましい実施形態では、本発明は、例えば、農業、造林及び/又は花卉などの植物の収量を増加させる、及び/又はその活力を改良するために、本発明の組成物の使用法を提供する。0111本発明は、植物の収量を増加させる、及び/又はその活力を改良する方法をさらに提供し、該方法は、植物、植物が成長するか成長が予想される部位すなわち植物部位、及び/又は植物が成長する元となる胎芽を、本発明の組成物又は胞子形成細菌で処理することを含む。幾つかの実施形態では、処理した植物部位が成長した1つ又は複数の処理植物は、成長中の植物にとって物理的ストレスがある環境で成長している。このような状態とは、低温例えば、15°C以下、乾燥状態、土壌の低栄養状態例えば、窒素及び/又はカリウム及び/又はリン酸塩又は他の無機微量栄養素のレベルが低い、及び/又は土壌の塩分が増加した最適ではない状態などである。本発明によれば、植物活力の改良とは特定の穀物の特徴が、同じ条件で生成されたが本発明の組成物を適用していない植物の同じ要素に対して、測定可能又は顕著な量だけ増加又は改良されたという意味である。植物活力の改良は、改良された植物の特性のうち特に以下の特性を特徴とすることができる。すなわち、a植物の生命力の改良、b植物及び/又は植物生成物の品質改良、例えば、タンパク質含有量の増大、c視覚的外観の改良、d老化の遅れ、e根の成長増進及び/又は根系の発達増加例えば、根の乾燥質量によって決定される、f特に根粒菌における根粒形成の増大、g穂の伸張、h葉身の拡大、i枯れた根出葉の減少、j葉緑素含有量の増加、k光合成活性期間の延長、l植物の林分密度の増加又は改良、m植物倒置倒伏の減少、n植物重量の増加、o植物の高さの増加、p分けつの増加、q分けつ枝の強化及び/又は生産性向上、r非生産的分けつ枝の減少、s光合成の活性増進及び/又は色素含有量の増大、したがって葉色の緑が濃くなる、t発芽の早期化及び/又は改良、u出芽の改良及び/又はさらなる均一化及び/又は早期化、v苗条成長の増大、w開花の早期化、x結実の早期化、y穀物成熟の早期化、z必要な肥料の減少、aa必要な種子の減少である。0112本発明の組成物は、例えば、Aphanomycescochlioides、Cylindrocladiumparasiticum、Fusariumavenaceum、Fusariumculmorum、Phytophthoracapsici、Phytophthoracinnamomi、Pythiumultimum、Rhizoctoniasolani、Sclerotiniasclerotiorum、Sclerotiniaminor、Sclerotiumrolfsii、Ustilagohordei、Stagonosporanodorum、Aspergillusfumigatus、Verticilliumdahliae、Tapesiayallunde、Alternariaalternate及びPenicilliumexpansumなどの様々な土壌伝播性及び/又は種子伝染性病原体のような植物病原菌などの植物病原体の防除にも有用である。一実施形態では、防除される土壌伝播性病原体はPcapsici、Srolfsii、及びCparasiticumである。0113本発明の組成物は、例えば、Meloidogyne種、Heterodera種、Globodera種、Pratylenchus種及びCriconemella種など、ネコブシスト、病斑及びワセンチュウのような植物寄生センチュウを含む害虫の防除にも有用である。組成物は、Tylenchulussemipenetrans、Trichodorus種、Longidorus種、Rotylenchulus種、Xiphinema種、Belonolaimus種Blongicaudatusなど、Criconemoides種、Tylenchorhynchus種、Hoplolaimus種、Rotylenchus種、Helicotylenchus種、Radopholus種Rcitrophilis及びRsimilisなど、Ditylenchus種及び他の植物寄生センチュウの防除にも有用である。幾つかの実施形態では、標的はHeteroderaglycinesダイズシストセンチュウ、Heteroderaschachtiiビートシストセンチュウ、Heteroderaavenaeシリアルシストセンチュウ、Meloidogyneincognitaサツマイモ又はミナミネコブセンチュウ、Globoderarostochiensis及びGloboderapallidaジャガイモシストセンチュウなどのシストセンチュウである。他の実施形態では、標的はMincognitaサツマイモネコブセンチュウ、Mjavanicaジャワネコブセンチュウ、Mhaplaキタネコブセンチュウ、及びMarenariaラッカセイネコブセンチュウのように、ネコブセンチュウである。0114本明細書で使用する防除という用語は、微生物を死滅させるか、その増殖を阻害するか、又はセンチュウなどの害虫については、殺処分する、数を減少させる、及び/又は成長、摂食又は正常な生理学的発達、ネコブセンチュウの場合は根に侵入して根中で発達する能力などを低減させることを意味する。有効量とは、i微生物の増殖、又はii害虫については害虫の成長、摂食、運動、繁殖能力、又はiii特に植物寄生センチュウについては、根への侵入、根中での成熟、及び/又は一般的な正常な生理学的発達及びセンチュウ感染による症状を測定可能なほど減少させることができる量である。幾つかの実施形態では、症状及び/又は植物病原体又はセンチュウなどの害虫は、少なくとも約5、少なくとも約10、少なくとも約20、少なくとも約30、少なくとも約40、少なくとも約50、少なくとも約60、少なくとも約70、少なくとも約80、又は少なくとも約90減少する。0115本発明のバチルスの新規の変異体及び株は、胞子休眠期である、生長する細胞増殖中である、遷移状態の細胞増殖段階から萌芽形成段階へと遷移中である、又はこれらのタイプの細胞全部の組合せの形で本発明の組成物中に存在することができる。幾つかの実施形態では、組成物は主に胞子を含む。幾つかの実施形態では、胞子であるswrA-細胞のパーセンテージは少なくとも約70、少なくとも約80、少なくとも約81、少なくとも約82、少なくとも約83、少なくとも約84、少なくとも約85、少なくとも約86、少なくとも約87、少なくとも約88、少なくとも約89、少なくとも約90、少なくとも約95である。0116本発明のバチルスの新規の変異体及び株の代謝物には、イツリン、スルファクチン、プリパスタチン、ファンギシン及びアグラスタチンなどのリポペプチド、及び抗菌性がある他の化合物が含まれる。QST713のリポペプチド代謝物が、米国特許第6,291,426号及び第6,638,910号で詳細に説明されている。MarcOngena及びPhilippeJacquesの、BacillusLipopeptidesVersatileWeaponsforPlantDiseaseBiocontrolTrendsinMicrobiologyVolume16Issue3115125も参照されたい。0117本発明の組成物は、米国特許第6,060,051号に記載されている培地及び他の方法を使用するなど、当技術分野で周知の方法によりバチルスの新規の変異体及び株を培養することによって得ることができる。従来の大規模微生物培養プロセスには、液中発酵、固体発酵、又は液面培養がある。発酵の終了に向かって、栄養分が涸渇するにつれてバチルス細胞が増殖段階から胞子形成段階へと遷移し、したがって発酵の最終生成物は主に胞子、代謝物及び残留発酵培地である。胞子形成はBacillussubtilisなどのバチルス細胞の自然な生活環の一部であり、通常は栄養素の限定に応答して細胞によって開始される。発酵は、バチルスの高レベルのコロニー形成単位を得て、胞子形成を促進するように構成される。発酵の結果生じる培地中の細菌細胞、胞子及び代謝物は、遠心分離、タンジェント流フィルトレーション、デプスフィルトレーション、及び蒸発作用などの従来の産業方法で直接使用するか、又は濃縮することができる。本明細書では発酵ブロス及びブロス濃縮物を両方とも発酵生成物と呼ぶ。本発明の組成物は発酵生成物を含む。幾つかの実施形態では、濃縮発酵ブロスを例えば透析ろ過過程により洗浄して、残留発酵ブロス及び代謝物を除去する。0118発酵ブロス又はブロス濃縮物は、従来の乾燥プロセス又は方法、例えば、噴霧乾燥、凍結乾燥、箱形乾燥、流動層乾燥、ドラム乾燥、又は蒸発作用を使用して、担体を追加するか追加しない状態で乾燥することができる。0119その結果となる乾燥生成物は、微粉砕又は顆粒形成などによってさらに処理し、特定の粒子サイズ又は物理的フォーマットを達成することができる。以下で説明する担体は、乾燥後に追加することもできる。0120本発明のバチルスの新規の変異体及び株の発酵ブロスの無細胞製剤は、発酵ブロスの抽出、遠心分離及び/又はフィルトレーションなどの当技術分野で知られている任意の手段によって得ることができる。いわゆる無細胞製剤は、細胞を欠いていないことがあり、むしろ細胞の除去に使用される技術例えば、遠心分離の速度に応じておおよそ無細胞であるか、又は基本的に無細胞であることが当業者には認識される。その結果である無細胞製剤は、乾燥する、及び/又は植物又は植物成長培地に適用する際に補助する成分を配合することができる。発酵ブロスについて上述した濃縮法及び乾燥技術は、無細胞製剤にも適用可能である。0121Bacillussubtilisの代謝物は、米国特許第6,060,051号に記載された方法により得ることができる。本明細書で使用する代謝物という用語は、半分純粋及び純粋又は基本的に純粋な代謝物を、又はBacillussubtilisから分離されていない代謝物を指すことができる。幾つかの実施形態では、無細胞製剤が発酵ブロスの遠心分離によって作成された後、代謝物は、リポペプチドは800ダルトンと1600ダルトンの間であるので、分子量のカットオフに基づいて代謝物を約2000ダルトン未満、約1500ダルトン未満、約1000ダルトン未満などの分子量など、異なるフラクションに分類するLH-20、G10、及びG15及びG25を含むセファデックス樹脂などのサイズ排除フィルトレーションによって精製することができる。0122発酵ブロスの配合のために上述した濃縮方法及び乾燥技術は、代謝物にも適用可能である。0123本発明の組成物は、有効性、安定性及び使用性能を改良する、及び/又は処理、パッケージング及び最終用途の適用を容易にするために、細胞を含む組成物、無細胞製剤又は代謝物に添加した配合不活性物質を含むことができる。このような配合不活性物質及び成分には、担体、安定剤、栄養素、又は物理的改質剤などが含まれ、これらは個々に、又は組み合わせて添加することができる。幾つかの実施形態では、担体は、水、油、及び他の有機又は有機溶剤などの液体材料、及び鉱物、ポリマー、又は生物学的又は化学的合成によって誘導されるポリマー錯体などの固体材料を含むことができる。幾つかの実施形態では、担体は種子又は根などの植物部分への組成物の付着を容易にする結合剤又は接着剤である。例えば、TaylorAG他の、ConceptsandTechnologiesofSelectedSeedTreatmentsAnnuRevPhytopathol28321339を参照されたい。安定剤は凝結防止剤、酸化防止剤、乾燥剤、保護剤又は保存剤を含むことができる。栄養剤は糖、多糖、油、タンパク質、アミノ酸、脂肪酸及び燐酸塩などの炭素、窒素及びリンの供給源を含むことができる。物理的改質剤は充填剤、湿潤剤、増粘剤、pH改質剤、レオロジー改質剤、分散剤、補助剤、界面活性剤、凍結防止剤又は着色剤を含むことができる。幾つかの実施形態では、細胞を含む組成物、無細胞製剤又は発酵によって生成された代謝物は、任意の他の配合製剤がない状態で、希釈剤として水があるか、又は水がない状態で直接使用することができる。幾つかの実施形態では、配合不活性物質は発酵ブロスの濃縮後、及び乾燥中及び/又は乾燥後に添加される。0124幾つかの実施形態では、本発明の組成物は、種子を取るために成長させる作物、景観を生成する作物、及び種子生成のために成長させる作物など、多種多様な農業及び/又は園芸作物の処理に使用される。本発明の組成物を使用して処理することができる代表的な植物には、アブラナ属、球根野菜、穀類、柑橘類、綿、ウリ、結実野菜、葉物野菜、豆果、脂肪種子作物、落花生、仁果、根菜、結節野菜、トウモロコシ野菜、石果、タバコ、イチゴ及び他の液果、及び様々な花卉を含むが、これらに限定されない。0125本発明の組成物は、葉面散布として、種子/根/塊茎/根茎/球根/球茎/接ぎ穂の処理として、及び/又は土壌処理として投与することができる。種子/根/塊茎/根茎/球根/球茎/接ぎ穂は、植え付け前、植え付け中又は植え付け後に処理することができる。種子処理として使用する場合、本発明の組成物は、種子のサイズに応じて種子1個当たり約1×102cfu~約1×107cfuの割合で適用される。幾つかの実施形態では、施用量は種子1個当たり約1×103cfu~約1×106cfuである。土壌処理として使用する場合、本発明の組成物は土壌表面灌注、シャンクイン、注入及び/又は畝間への注入として、又は灌漑水との混合によって適用することができる。植え付け時、植え付け中又は植え付け後、又は移植後及び植物成長の任意の段階で適用することができる土壌灌注処理の施用量は、1エーカー当たり約4×1011cfu~約8×1012cfuである。幾つかの実施形態では、施用量は1エーカー当たり約1×1012cfu~約6×1012cfuである。幾つかの実施形態では、施用量は1エーカー当たり約6×1012cfu~約8×1012cfuである。植え付け時に適用される畦間処理の施用量は、1列1000フィート当たり約2.5×1010cfu~約5×1011cfuである。幾つかの実施形態では、施用量は1列1000フィート当たり約6×1010cfu~約4×1011cfuである。他の実施形態では、施用量は1列1000フィート当たり約3.5×1011cfu~1列1000フィート当たり約5×1011cfuである。散布処理施用量は低くなるが、頻度が高くなる及び他のそれほど一般的ではない土壌処理に対する割合の調整方法は、当業者には理解される。0126本発明の組成物は、他の化学的及び非化学的添加剤、補助剤及び/又は処理と混合することができ、このような処理剤には、化学的及び非化学的殺菌剤、殺虫剤、殺ダニ剤、殺センチュウ剤、肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長刺激剤などが含まれるが、これらに限定されない。幾つかの実施形態では、本発明の組成物は、殺虫剤、殺ダニ剤、殺センチュウ剤、肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長刺激剤などをさらに含む。他の実施形態では、本発明の組成物は他の処理と輪番で、例えば、噴霧プログラムの一部として適用される。さらに他の実施形態では、本発明の組成物は他の処理と同時に植物に適用される。0127組成物が植物病害の防除及び/又は植物の健康増進に使用される幾つかの実施形態では、組成物は少なくとも1つの殺カビ剤と混合されるか、それをさらに含むか、それの処理プログラムと同時に、又はその一部として適用される。一般的に使用される殺カビ剤は、ストロビルリン、カルボキサミド、スルファンアニリド、フェニルスルファミド、アゾール、窒素複素環、ジカルボキサミド、フタルイミド、カルバメート、チオカルバメート、ホルムアイジン、抗生物質、芳香族化合物、グアニジン、有機塩素化合物、有機金属、有機リン化合物、ニトロフェニル化合物、硫黄複素環化合物、尿素、無機物、及びその他例えば、ベンザマクリル、カルボン、植物からの精油抽出物、シダー葉油、ニーム油、クロロピクリン、DBCP、ドラゾキソロン、フェナミノスルフ、メトゾキソロン、オキソリン酸、スピロキサミン、シモキサニル、メトラフェノン、を含むが、これらに限定されない。プロヘキサジオンカルシウム、チシオフェン、ジタン、クロロタラニル、ジクロロフェン、ジクロラン、ニトロタールイソプロピル、ブロノポール、ジフェニルアミン、ミルジオマイシン、オキシン銅、シフルフェナミド例えば、N-シクロプロピルメトキシイミノ-6-ジフルオロメトキシ-2,3-ジフルオロフェニル-メチル-2-フェニルアセトアミド、UK-2Aストレプトミセス種517-02から分離された抗生物質、RANMAN商標IshiharaSangyoKaishaLtd、及びBacillussubtilis系生成物、AgraQuestIncからSONATA登録商標又はBALLAD登録商標として入手可能であるBacilluspumilusQST2808商標に基づくようなBacillussubtilis系生成物、Bacilluspumilus系生成物、又はストレプトミセス種AQ4800商標に基づく製品のようなストレプトミセス系生成物を含むが、これらに限定されない微生物系生成物。AQ4800商標AgraQuest、SONATA登録商標及びBALLAD登録商標AgraQuestの詳細な情報については、米国特許第6,524,577号、第6,852,317号、第6,245,551号、第6,586,231号、及び第6,635,245号に見られる。本明細書で引用する特許、特許公報はそれぞれ、その一部である図面/写真を含め、参照によりその全体を本明細書に組み込むものとする。0128ストロビルリンは、アゾキシストロビン、ジモキシストロビン、エネストロブリン、フルオキサストロビン、クレソキシムメチル、メトミノストロビン、ピコキシストロビン、ピラクロストロビン、ピロキサストロビン、トリフロキシストロビン、オリサストロビン、メチル2-クロロ-5-[1-3-メチルベンジルオキシイミノ-エチル]ベンジル-カルバメート、メチル2-クロロ-5-[1-6-メチルピリジン-2-イルメトキシイミノエチル]ベンジルカルバメート、メチル2-オルト-2,5-ジメチルフェニルオキシメチレンフェニル-3-メトキシアクリレート、2-2-6-3-クロロ-2-メチルーフェノキシ-5-フルオロ-ピリミジン-4-イルオキシフェニル-2-メトキシイミノ-N-メチル-アセトアミド3-メトキシ-2-2-N-4-メトキシフェニル-シクロプロパンカルボキシイミドイルスルファニルメチル-フェニル-アクリル酸メチルエステルを含むが、これらに限定されない。0129カルボキシアミドは、カルボキシアニリド例えば、バイキサフェン、ボスカリド、カルボキシン、フェンヘキサミド、フラメトピル、イソピラザム、イソチアニル、メトスルホバックス、オキシカルボキシン、ピラカルボリド、ペンチオピラド、セダキサンラセミシス及びトランスアイソマ、チフルザミド、チアジニル、N-4’-ブロモビフェニル-2-イル-4-ジフルオロメチル-2-メチルチアゾール-5-カルボキサミド、N-4’-トリフルオロメチル-ビフェニル-2-イル-4-ジフルオロメチル-2-メチルチアゾール-5-カルボキサミド、N-4’-クロロ-3’-フルオロビフェニル-2-イル-4-ジフルオロメチル-2-メチルチアゾール-5-カルボキサミド、N-3’、4’-ジクロロ-4-フルオロビフェニル-2-イル-3-ジフルオロメチル-1-メチルピラゾール-4-カルボキサミド、N-2-1,3-ジメチルブチル-フェニル-1,3-ジメチル-5-フルオロ-1H-ピラゾール,-4-カルボキサミド、N-4’-クロロ-3’,5-ジフルオロビフェニル-2-イル-3-ジフルオロメチル-1-メチル-1H-ピラゾール-4-カルボキサミド、N-4’-クロロ-3’5-ジフルオロビフェニル-2-イル-3-トリフルオロメチル-1-メチル-1H-ピラゾール-4-カルボキサミド、N-3’,-4’-ジクロロ-4-フルオロビフェニル-2-イル-3-ジフルオロメチル-1-メチルピラゾール-4-カルボキサミド、N-4’-3,3-ジメチルブチン-1-イル-1,1’-ビフェニル-2-イル-3-ジフルオロメチル-1-メチルピラゾール-4-カルボキサミド、N-4’-3,3-ジフルオロブチン-1-イル-1,1’-ビフェニル-2-イル-3-トリフルオロメチル-1-メチルピラゾール-4-カルボキサミド、N-4’-3,3-ジフルオロブチン-1-イル-1,1’-ビフェニル-2-イル-3-ジフルオロメチル-1-メチルピラゾール-4-カルボキサミド、N-4’-3,3-ジメチルブチン-1-イル-1,1’-ビフェニル-2-イル-3-トリフルオロメチル-1-メチルピラゾール-4-カルボキサミド、2-クロロ-N-4’-3,3-ジメチルブチン-1-イル-1,1’-ビフェニル-2-イル-3-ピリジンカルボキサミド、N-2-シアノフェニル-3,4-ジクロロイソチアゾール-5-カルボキサミド、N-シス-2-バイシクロプロピル-2-イル-フェニル-3-ジフルオロメチル-1-メチル-1H-ピラゾール-4-カルボキサミド、N-トランス-2-バイシクロプロピル-2-イルフェニル-3-ジフルオロメチル-1-メチル-1H-ピラゾール-4-カルボキサミド、ベナラキシル、メタラキシル、メフェノキサム、オフラセ、及びオキサジキシル、カルボン酸モルホリド例えば、ジメトモルフ及びフルモルフ、ベンズアミド例えば、ベンゾヒドロキサム酸、フルメトベル、フルオピコリド、フルオピラム、チオキシミド、トリクラミド、ザリラミド、N-アセトニルベンズアミド、例えば、米国特許第5,304,572号に記載及び/又は請求されたゾキサミド及び他の関連化合物、及びN-3-エチル-3,5-5-トリメチル-シクロヘキシル-3-ホルミル-アミノ-2-ヒドロキシベンズアミド、ベンズアニリド例えば、ベノダニル、フルトラニル、メベニル、メプロニル、サリチルアニリド、及びテクロフタラム、フラニリド例えば、フェンフラム、フララキシル、フルカルバニル、及びメトフロキサム、フラミド例えば、シクラフラミド、及びフルメシクロックス、ニコチンアミド例えば、2-クロロ-N-1,1,3-トリメチル-インダン-4-イル-ニコチンアミド、N-1-5-ブロモ-3-クロロ-ピリジン-2-イルエチル-2,4-ジクロロ-ニコチンアミド、2-アミノ-4メチル-チアゾール-5-カルボキサミド、及びN-5-ブロモ-3-クロロピリジン-2-イル-メチル-2,4-ジクロロ-ニコチンアミド、スルホンアミド例えば、N-4-クロロ-2-ニトロフェニル-N-エチル-4-メチル-ベンゼンスルホンアミド、ペンチオピラド、イソピラザム、1-メチル-ピラゾール-4-イルカルボキサミド、及び他のカルボキサミド例えば、クロルアニフォルメタン、カルプロパミド、シフルフェナミド、ジクロシメット、エタボキサム、フェノキサニル、マンジプロパミド、シルチオファム、N-2-4-[3-4-クロロフェニルプロプ-2-イニロキシ]-3-メトキシフェニルエチル-2-メタンスルフォニルアミノ-3-メチル-ブチルアミド、オキシテトラサイリン、N-2-4-[3-4-クロロフェニルプロプ-2-イニロキシ]-3-メトキシフェニルエチル-2-エタン-スルフォニルアミノ-3-メチルブチルアミド、N-6-メトキシ-ピリジン-3-イルシクロプロパンカルボン酸アミドを含むが、これらに限定されない。0130スルファンアニリドはフルスルファミドを含むが、これに限定されない。0131フェニルスルファミドはジクロフアニド及びトリフルアニドを含むが、これらに限定されない。0132アゾールは、トリアゾール例えば、アザコナゾール、ビテルタノール、ブロムコナゾール、シプロコナゾール、ジフェノコナゾール、ジニコナゾール、ジニリコナゾール-M、エニルコナゾール、エポキシコナゾール、エタコナゾール、フェンブコナゾール、フルシラゾール、フルオトリマゾール、フルキンコナゾール、フルトリアホール、ファーコナゾール、シスファーコナゾール、ヘキサコナゾール、イミベンコナゾール、イプコナゾール、メトコナゾール、ミクロブタニル、パルコブトラゾール、ペンコナゾール、プロピコナゾール、プロチオコナゾール、キンコナゾール、シメコナゾール、テブコナゾール、テトラコナゾール、トリアジメノール、トリアジメホン、トリアズブチル、トリチコナゾール、ウニコナゾール、1-4-クロロフェニル-2-[1,2,4]トリアゾール-1-イル-シクロヘプタノール、及びアミスルブロム、イミダゾール例えば、クリムバゾール、クロトリマゾール、シアゾファミド、フェナパニル、グリオジン、イマザリル、オキスポコナゾール、ペフラゾエート、プロクロラズ、トリアゾキシド、トリフルミゾール、及び2-クロロ-5-4-クロロ-2-メチル-5-2,4,6-トリフルオロフェニルイミダゾール-1-イルピリジン、ベンズイミダゾール例えば、ベノミル、カルベンダジム、クロフェナゾール、シペンダゾール、デバカルブ、フベリダゾール、メルカルビニジド、ラベナゾール、及びチアベンダゾール、アゾロピリミジン例えば、5-クロロ-7-4-メチル-ピペリジン-1-イル-6-2,4,6-トリフルオロフェニル-[1,2,4]-トリアゾロ-[1,5a]-ピリミジン、6-3,4-ジクロロフェニル-5-メチル[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、6-4-tert-ブチルフェニル-5-メチル[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、5-メチル-6-3,5,5-トリメチルヘキシル[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、5-メチル-6-オクチル-[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、5-エチル-6-オクチル-[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-2,7-ジアミン、6-エチル-5-オクチル-1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、5-エチル-6-オクチル-[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、5-エチル-6-3,5,5-トリメチルヘキシル-[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、6-オクチル-5-プロピル-[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、5-メトキシメチル-6-オクチル-[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、6-オクチル-5-トリフルオロメチル-[1,2,4]-トリアゾロ[1,5-a]-ピリミジン-7-イルアミン、5-トリフルオロメチル-6-3,5,5-トリメチルヘキシル-[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-イルアミン、及び2-ブトキシ-6-ヨード-3-プロピルクロメン-4-オン、及び他のアゾール例えば、ベンタルロン、エトリジアゾール、及びヒメキサゾールを含むが、これらに限定されない。0133窒素複素環は、ピリジン例えば、ブチオベート、ジピリチオン、フルアジナム、ピリジニトリル、ピリフェノックス、ピロキシクロル、ピロキシフル、2,3,5,6-テトラクロロ-4-メタンスルホニルピリジン、3,4,5-トリクロロ-ピリジン-2,6-ジ-カルボニトリル、及び3-[5-4-クロロフェニル-2,3-ジメチルイソキサゾリジン-3-イル]ピリジン、ピリミジン例えば、ブピリメート、シプロジニル、ジフルメトリム、ジメチリモール、エチリモール、フェリムゾン、フェナリモル、メパニピリム、ヌアリモール、トリアリモール、及びピリメタニル、ピペラジン例えば、トリホリン、ピペリジン例えば、フェンプロピジン及びピペラリン、ピロール例えば、フルジオキソニル及びフェンピクロニル、モルホリン例えば、アルジモルフ、ベンザモルフ、ドデモルフ、フェンプロピモルフ、及びトリデモルフ、ニトラピリン、キノリン例えば、エトキシキン、ハラクリネート、8-硫酸ヒドロキシキノリン、キナセトール及びキノキシフェン、キノン例えば、ベンキノックス、クロラニル、ジクロン、及びジチアノン、キノキサリン例えば、キノメチオナート、クロルキノックス、及びチオキノックス、及び他の窒素複素環例えば、アシベンゾラル-S-メチル、アニラジン、ジクロメジン、フェンアミドン、フルチアニル、オクチリノン、プロベナゾール、プロキナジド、ピロキロン、チアジフルオール、トリシクラゾール、N,N-ジメチル-3-3-ブロモ-6-フルオロ-2-メチルインドール-1-スルホニル-[1,2,4]トリアゾールスルホンアミド、3-4-クロロフェニル-1-2,2,2-トリフルオルエチル-1,2,4-トリアジン-61H-オン、3-4-クロロフェニル-1-2,2,2-トリフルオルエチル-4,5-ジヒドロ-1,2,4-トリアジン-61H-オン、6-4-クロロフェニル-2-2,2,2-トリフルオルエチル-1,2,4-トリアジン-31H-オン、6-4-クロロフェニル-2-2,2,2-トリフルオルエチル]-4,5-ジヒドロ-1,2,4-トリアジン-31H-オンを含むが、これらに限定されない。0134ジカルボキシイミドは、クロゾリネート、ジクロゾリン、イプロジオン、イソバレジオン、ミクロゾリン、プロシミドン、ビンクロゾリン、ファモキサドン、及びフルオロイミドを含むが、これらに限定されない。0135フタルイミドは、カプタホール、キャプタン、ジタリムホス、ホルペット、及びトリクロルフェンピムを含むが、これらに限定されない。0136カルバメートは、ジエトフェンカルブ、フルベンチアバリカルブ、イプロバリカルブ、プロパモカルブ、フロファネート、チオファネートメチル3-4-クロロフェニル-3-2-イソプロポキシカルボニルアミノ-3-メチルブチリルアミノ-プロピオネート、4-フルオロフェニルN-1-1-4-シアノフェニルエタンスルホニル-ブト-2-イルカルバメート、及び3-ヨード-2-プロピニルブチルカルバメートヨードカルブを含むが、これらに限定されない。0137チオカルバメートは、メタスルホカルブ及びプロチオカルブを含むが、これらに限定されない。0138ジチオカルバメートは、アジチラム、カルバモルフ、クフラネブ、クプロバム、ダゾメット、ジスルフラム、フェルバム、マンゼブ、マンネブ、ミルネブ、メチラム、メタム、ナバム、プロピネブ、テコラム、チラム、ジネブ、及びジラムを含むが、これらに限定されない。0139ホルムアミジンは、N’-4-4-クロロ-3-トリフルオロメチル-フェノキシ-2,5-ジメチルフェニル-N-エチル-N-メチルホルムアミジン、N’-4-4-フルオロ-3-トリフルオロメチルフェノキシ-2,5-ジメチル-フェニル-N-エチル-N-メチルホルムアミジン、N’-2-メチル-5-トリフルオルメチル-4-3-トリメチル-シラニル-プロポキシフェニル-N-エチル-N-メチルホルムアミジン、及びN’-5-ジフルオルメチル-2-メチル-4-3-トリメチル-シラニルプロポキシフェニル-N-エチル-N-メチルホルムアミジンを含むが、これらに限定されない。0140抗生物質は、アウレオフンギン、ブラスチシジンS、グリセオフルビン、カスガマイシン、ナタマイシン、ポリオキシン、ポリオキソリム、ストレプトマイシン、及びバリダマイシンAを含むが、これらに限定されない。0141芳香族化合物は、ビフェニル、クロロネブ、及びクレゾールを含むが、これらに限定されない。0142グアニジンは、ドジン、三酢酸イミノクタジン、イミノクタジントリスアルベシレート、及び酢酸グアザチンを含むが、これらに限定されない。0143有機塩素化合物は、ビチオノール、クロロタロニル、フタリド、ヘキサクロロベンゼン、ペンシクロン、ペンタクロロフェノール、ペルクロロシクロヘックス-2-エン-1-オン、及びキントゼンPCNBを含むが、これらに限定されない。0144有機金属は、フェンチン塩、デカフェンチン、及び酸化トリブチルスズを含むが、これらに限定されない。0145有機リン化合物は、アンプロピルホス、エディフェンホス、フェニトロパン、ホセチル、ホセチルアルミニウム、ヘキシルチオホス、イプロベンホス、ホスジフェン、トリアンホス、ピラゾホス、トルクロホスメチル、リン酸及びその塩を含むが、これらに限定されない。0146ニトロフェニル化合物は、ビナパクリル、クロロジニトロナフタレン、ジクロラン、ジノカップ、ジノブトン、メプチルジノカップ、ジノクトン、ジノペントン、ジノスルホン、ジノテルボン、DNOC、スルトロペン、及びテクナゼンTCNBを含むが、これらに限定されない。0147硫黄複素環化合物は、イソプロチオラン及びジチアノンを含むが、これらに限定されない。0148尿素は、ペンシクロン及びキナジミドを含むが、これらに限定されない。0149無機物殺カビ剤は、ボルドー合剤、酢酸銅、水酸化銅、酸化銅、酸塩化銅、塩基性硫酸銅、硫黄、重炭酸ナトリウム、及び重炭酸カリウムを含むが、これらに限定されない。0150植物の健康増進に組成物を使用する幾つかの実施形態では、組成物は少なくとも1つの肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長刺激剤などと混合されるか、それをさらに含み、以下では植物健康組成物と呼ばれる。0151植物健康組成物/化合物は、植物の健康を維持及び/又は促進することができる1つ又は複数の天然又は合成化学物質、又は生物学的有機体を含む組成物/化合物である。このような組成物/化合物は、植物の健康、活力、生産性、花及び果実の品質を改良する、及び/又は生物及び/又は非生物ストレッサ/圧力に対する植物の抵抗を刺激、維持、又は増進することができる。0152従来の植物健康組成物及び/又は化合物は、植物成長調整剤別名植物成長刺激剤、植物成長調整組成物、植物成長調整物質、植物成長調整剤及び植物活性剤別名植物活性化剤、植物相乗因子、害虫駆除剤を含むが、これらに限定されない。本発明の植物健康組成物は天然又は合成とすることができる。0153植物成長調整剤は、肥料、除草剤、植物ホルモン、細菌接種剤及びその誘導体を含むが、これらに限定されない。0154肥料は通常、様々な割合で3つの主要植物栄養素窒素、リン、カリウムで、略記でN-P-Kとして知られる、又は2次的植物栄養素カルシウム、硫黄、マグネシウム、又は植物又は動物の栄養分としての役割がある微量元素又は微量栄養素、すなわちホウ素、塩素、マンガン、鉄、亜鉛、銅、モリブデン及び幾つかの国ではセレンを提供する組成物である。肥料は有機又は無機とすることができる。自然界で発生する有機肥料は、厩肥、ミミズの糞、ピートモス、海草、下水及びグアノを含むが、これらに限定されない。根上の細菌粒によって大気から固定した窒素を、さらに栄養素可動化によって土壌のリン要素を通して緑肥として土壌を肥やすために、被覆作物も成長させる。自然界からの加工有機肥料は、野菜廃棄物からのコンポスト、有機肉生産施設からの血粉及び骨粉、及び海草抽出物アルギン酸塩その他を含む。肥料は、植物乾燥物質中の濃度に基づいて多量栄養素と微量栄養素に分類することができる。多量栄養素は比較的大量に消費され、通常は窒素N、リンP、及びカリウムKという主要3成分など、乾燥物質重量ベースで植物組織中に整数又は10分の数パーセント存在する元素を意図的に混合した場合、N-P-K肥料又は化成肥料として知られる。多くの微量栄養素があり、質量で5ppm~100ppmの範囲の濃度で必要とされる。植物微量栄養素には、鉄Fe、マンガンMn、ホウ素B、銅Cu、モリブデンMo、ニッケルNi、塩素Cl、及び亜鉛Znが含まれる。0155植物ホルモン別名ファイトホルモン及びその誘導体にはアブシジン酸、オーキシン、サイトカイニン、ジベレリン、ブラシノライド、サリチル酸、ジャスモン酸、植物ペプチドホルモン、ポリアミン、硝酸及びストリゴラクトンが含まれる。0156植物活性化剤は、生物及び/又は非生物ストレッサ/圧力に対する植物の抵抗を刺激、維持、又は増進することができる天然又は合成物質であり、アシベンゾラル、プロベナゾール、イソチアニル、サリチル酸、アゼライン酸、ヒメキサゾール、ブラシノライド、ホルクロルフェニュロン、ベンゾチアジアゾール例えば、ACTIGARD登録商標50WG、微生物又は微生物由来の誘導因子を含むが、これらに限定されない。さらなる植物活性化剤が、米国特許第6,849,576号、第5,950,361号、第6,884,759号、第5,554,576号、第6,100,092号、第6,207,882号、第6,355,860号、第5,241,296号、第6,369,296号、第5,527,783号、及び第6,987,130号で説明されている。0157微生物、又は微生物由来の化合物及びペプチド/タンパク質例えば、誘導因子も、植物活性化剤として使用することができる。非制限的な例示的誘導因子は、分枝βグルカン、キチンオリゴマー、ペクチン分解酵素、酵素活性とは別個の誘導因子活性例えば、エンドキシラナーゼ、エリシチン、PaNie、avr遺伝子生成物例えば、AVR4、AVR9、ウィルスタンパク質例えば、ウィルス外被タンパク質、ハーピン、フラジェリン、タンパク又はペプチド毒素例えば、ビクトリン、糖タンパク質、転化酵素の糖ペプチドフラグメント、シリンゴリド、Nodファクタリポチトオリゴ糖、FAC脂肪酸アミノ酸結合体、エルゴステロール、細菌毒素例えば、コロナチン。及びスフィンガニン類似体カビ毒例えば、フモニシンB1である。さらなる誘導因子が、Howe他の、PlantImmunitytoInsectHerbivoresAnnualReviewofPlantBiology2008vol59pp4166、Stergiopoulosの、FungalEffectorProteinsAnnualReviewofPhytopathology2009vol47pp233263及びBent他の、ElicitorsEffectorsandRGenesTheNewParagigmandaLifetimeSupplyofQuestionsAnnualReviewofPlantBiology2007vol45pp399436で説明されている。0158さらなる非制限的な例示的植物健康組成物/化合物が、で説明されている。本明細書で引用する特許、特許公報はそれぞれ、その一部である図面/写真を含め、参照によりその全体を本明細書に組み込むものとする。0159細菌接種剤は、土壌に接種するために往々にして植え付け時に使用される有益な細菌を含む組成物である。このような細菌接種剤は窒素固定細菌又は根粒細菌を含む。Bradyrhizobiajaponicumは一般的にダイズ接種に使用され、Bradyrhizobia種Vigna又はArachisは落花生接種に使用される。他の根粒菌が他の作物に使用されている。すなわち、Rhizobiumleguminosarumはエンドウ、レンズマメ及びマメ及びアルファルファ及びクローバに、Rhizobiumloti、Rhizobiumleguminosarum及びBradyryizobium種は様々な豆果に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は少なくとも1つの細菌接種剤と混合するか、それをさらに含み、土壌又は種子に適用される。別の実施形態では、組成物及び細菌接種剤は植物、植物の部分又は植物の部位に同時に、又は順番に適用される。0160幾つかの実施形態では、本発明の組成物は殺虫剤と混合するか、それをさらに含むか、それと同時に、又はその噴霧プログラムの一部として適用される。適切な殺虫剤にはネオニコチド殺虫剤、例えば、1-6-クロロ-3-ピリジルメチル-N-ニトロイミダゾリジン-2-イリデンアミンイミダクロプリド、3-6-クロロ-3-ピリジルメチル-1,3-チアゾリジン-2-イリジンシアンアミドチアクロプリド、1-2-クロロ-1,3-チアゾール-5-イルメチル-3-メチル-2-ニトログアニジンクロチアニジン、ニテンピラン、Nsup1-[6-クロロ-3-ピリジルメチル]-Nsup2-シアノ-Nsup1-メチルアセトアミジンアセタミプリド、3-2-クロロ-1,3-チアゾール-5-イルメチル-5-メチル-1,3,5-オキサジアジナン-4-イリデン-ニトロアミンチアメトキサム及び1-メチル-2-ニトロ-3-テトラヒドロ-3-フリルメチルグアニジンジノテフランが含まれる。0161センチュウの防除に組成物が使用される幾つかの実施形態では、組成物は少なくとも1つの他の殺センチュウ剤を含むか、又はそれと混合されるか、又はそれと同時に、又はその処理プログラムの一部として適用される。本明細書で使用する殺センチュウ剤という用語は、センチュウを死滅させる、及びセンチュウの成長及び/又は発育を阻害するようなセンチュウ防除剤を含む。第2の殺センチュウ剤は化学的又は生物学的殺センチュウ剤とすることができる。本明細書で使用する化学的殺センチュウ剤という用語は、燻蒸剤を含まず、燻蒸剤という用語は植え付け前に土壌に適用され、土壌を通して土壌の空気及び/又は土壌の水中で拡散し、臭化メチルなどの気体、クロロピクリンなどの揮発性液体、又はダゾメットなどの揮発性固体として適用することができる広範囲の殺虫化学物質を含む。0162幾つかの実施形態では、化学的又は生物学的殺センチュウ剤は商業的に入手可能な配合生成物であり、本発明の組成物とタンクで混合される。他の実施形態では、化学的又は生物学的殺センチュウ剤は、活性成分が最終的に1つの配合生成物を形成するように、配合前に本発明のバチルス系組成物と混合される。0163このような混合物に使用される化学的殺センチュウ剤はカルバメート、オキシムカルバメート、及び有機リン殺センチュウ剤である。カルバメート殺センチュウ剤にはベノミル、カルボフランFURADAN登録商標、カルボスルファン、及びクロエトカルブが含まれる。オキシムカルバメートにはアラニカルブ、アルジカルブTEMIK登録商標、又はSyngentaからのAVICTA登録商標CompletePak種子処理の一部として、アルドキシカルブSTANDAK登録商標オキサミルVYDATE登録商標、チオジカルブBayerCropScienceからのAERIS登録商標種子適用システムの一部、及びターペートが含まれる。有機リン殺センチュウ剤には、フェンスルホチオンDANSANIT登録商標、エトプロプMOCAP登録商標、ジアミダホス、フェナミホス、ホスチエタン、ホスファミドン、カズサホス、クロルピリホス、ジクロフェンチオン、ジメトエート、ホスチアゼート、ヘテロホス、イサミドホス、イサゾホス、ホレート、ホスホカルブ、テルブホス、チオナジン、トリアゾホス、イミシアホス、及びメカルホンが含まれる。各化合物の後にある挿入句的な名称は、以上の各化学物質の代表的な商業的組成物である。このような混合物に有用な他の化学的殺センチュウ剤には、スピロテトラマトMOVENTO登録商標、MON37400殺センチュウ剤及びフィプロニルが含まれる。0164生物学的殺センチュウ剤にはキチンと尿素の混合物と、コンポスト抽出物及び茶両方とも曝気及び非曝気と、真菌Myrotheciumverrucaria及び/又はその代謝物を含む組成物DITERA登録商標として市販されていると、Plilacinusなどの真菌Paecilomycesを含む組成物例えば、MELOCON登録商標又はBIOACT登録商標として市販されていると、Pusagaeを含むこのような細菌を含む細菌例えば、ECONEM登録商標として市販されているなどの細菌Pasteuriaと、Bacillusfirmusフランスのパスツール研究所のtheCollectionNationaledeCulturesdeMicroorganismesに1995年5月29日に寄託され、例えば、VOTIVOとして市販されているCNMCI1582など、Bacillussubtilis、Bacillusamyloliquefaciens、BacilluspumilusNoB30087として1999年1月14日にNRRLとして寄託された株、及びその突然変異体を含む、及びBacilluscereus及び以上の細菌のうち1つ又は複数を含む組成物などのバチルス種からの細菌と、Streptomyceslydicus及びこのような細菌ACTINOVATE登録商標として市販されている及びセンチュウ捕食菌を含む組成物、例えば、NoF882下でGNCVBVector微生物コレクションに寄託された株T-89などのDuddingtoniaflagransなどの殺センチュウ剤Streptomycete種と、Paecilmyceslilacimus、及びArthrobotrysoligosporaが含まれる。また、生物学的殺センチュウ剤には、ニーム植物その植物からの種子又は油を含む又はazidirachtinなどに基づく生成物、ニーム種子の2次代謝物、ゴマ油系生成物DRAGONFIRE登録商標など、カルバクロール、及び植物抽出物に基づく生成物チリのキラヤ樹から得られるNEMAQ登録商標などなどの植物系殺センチュウ剤も含まれる。生物学的殺センチュウ剤には、Streptomycesavementilisによって生成され、aamectinabamectinB1a及びB1bの組合せからなる及びavermectinB2aを含む化合物の科であるメクチン、及び元々Erwiniaamylovora中に識別されてharpinEA及びharpinαβを含むハーピンタンパク質など、細菌によって生成される分離化合物も含まれる。0165本発明のバチルス系統組成物は1つ又は複数の他の化学及び非化学殺カビ剤、殺虫剤、殺ダニ剤、殺センチュウ剤、肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長促進剤及び/又は植物健康製品とは別個に、又はそれと組み合わせて適用することができる。幾つかの実施形態では、swrA-細胞は少なくとも1つの殺カビ剤、殺虫剤、殺ダニ剤、殺センチュウ剤、肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長刺激剤及び/又は他の植物健康製品と相互配合され、相互配合生成物が植物、植物の部分、又は植物部位に適用される。幾つかの他の実施形態では、本発明の組成物は、殺カビ剤、殺虫剤、殺ダニ剤、殺センチュウ剤、肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長刺激剤及び/又は他の植物健康製品の市販されている組成物とタンクで混合され、植物、植物の部分及び/又は植物部位に適用される。他の実施形態では、本発明の組成物は、殺カビ剤、殺虫剤、殺ダニ剤、殺センチュウ剤、肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長刺激剤及び/又は他の植物健康製品の市販されている組成物を適用する直前又は直後に植物、植物の部分及び/又は植物部位に適用される。他の実施形態では、本発明の組成物は、殺カビ剤、殺虫剤、殺ダニ剤、殺センチュウ剤、肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長刺激剤及び/又は他の植物健康製品の市販されている組成物との輪番で植物、植物の部分及び/又は植物部位に適用される。一例では、本明細書でさらに詳細に検討するように、Bacillussubtilis系の組成物は種子処理として、又は畝間又は灌注処理として適用される。上記実施形態の幾つかの場合、殺カビ剤、殺虫剤、殺ダニ剤、殺センチュウ剤、肥料、栄養剤、ミネラル、オーキシン、成長刺激剤及び/又は他の植物健康製品の市販されている組成物は、このような殺カビ剤、殺虫剤、殺ダニ剤、又は殺センチュウ剤の製品ラベル上に単独処理として推奨される割合より低い割合で適用される。この実施形態の一態様では、殺カビ剤、殺虫剤、殺ダニ剤及び/又は殺センチュウ剤は化学物質である。さらに別の態様では、化学物質は、毒性問題を有する化学物質であり、1つ又は複数の国の関連する政府機関によって段階的除去されることもある。0166他の実施形態では、本発明の組成物は、燻蒸剤の適用後に植物、植物の部分及び/又は植物部位に適用される。燻蒸剤はシャンク注入によって、通常は地下最低8インチ20.3cmに適用することができる。燻蒸剤の液体製剤は、表面ドリップ化学溶液灌水法で適用し、燻蒸剤を地下8インチ20.3cm以上の深さに適用することもできる。処理された土層は、燻蒸剤を土壌中に数日間保持するためにビニール防水シートで覆う。これは植え付け前に実行され、受け付ける前に空気を逃がしておく。本明細書に記載するバチルス系組成物は、このように空気を逃がした期間の後、植え付け前、植え付け時又は植え付け後に適用される。幾つかの場合、燻蒸剤は製品ラベル上で推奨される割合より低い割合で適用される。0167燻蒸殺センチュウ剤などの燻蒸剤には、クロロピクリンCHLOROPIC登録商標、臭化メチル及びその組合せBROMOGAS登録商標とTERROGAS登録商標など、1,3-ジクロロプロペンTELONE登録商標II、TELORE登録商標EC、CURFEW登録商標及び1,3-ジクロロプロペンとクロロピクリンとの組合せTELONE登録商標C17、TELONE登録商標C35、及びINLINE登録商標、ヨウ化メチルMIDAS登録商標などのハロゲン化炭水化物と、ナトリウムメチルジチオカルバメートVAPAM登録商標、SOILPREP登録商標、METAMSODIUM登録商標などのメチルイソシアネート遊離促進物質と、1,3-ジクロロプロペンとメチルイソチオシアネートの組合せVORLEX登録商標と、テトラチオ炭酸ナトリウムENZONE登録商標及び二硫化ジメチル又はDMDSPALADINO登録商標などの二硫化炭素遊離促進物質が含まれる。以上の燻蒸剤それぞれの市販の組成物は、化学名の後のカッコ内で提供されている。0168また、本発明の組成物は、総合的害虫駆除IPMプログラムの一部として適用することもできる。このようなプログラムは、様々な出版物、特に大学の連携公開講座で説明されている。センチュウについては、このようなプログラムは、標的センチュウの宿主となり得ない作物との輪作、栽培及び耕耘の実線、及び移植の使用を含む。例えば、本明細書に記載するバチルス系組成物は、生育期の後にカラシ又は他のセンチュウ抑制作物と一緒に適用することができる。0169幾つかの実施形態では、植物、植物の部分又は植物部位へと本発明の組成物を適用する前に、処理を必要とする部位を識別する。センチュウ防除のために、このような識別は萎黄病、発育阻害、ネクローシス、又は萎れるすなわち栄養が欠乏しているように見えるような植物を目で見た識別を、通常はセンチュウ問題の履歴に関する知識、植物のサンプリング及び/又は土壌のサンプリングと組み合わせて実行することができる。植物サンプリングは、生育期中に、又は最終収穫の直後に実行することができる。植物を土壌から取り出し、その根を検査して、用地内のセンチュウ問題の性質及び程度を求める。ネコブセンチュウの場合、根のえい瘤の重症度は、えい瘤がある根系の割合を測定することによって求める。えい瘤は根から容易に分離されないので、ネコブセンチュウによって引き起こされたえい瘤は、窒素固定土壌細菌の根粒から区別することができる。ネコブセンチュウの土壌生物個体群レベルは根えい瘤の重症度とともに上昇する。幾つかの場合、いかなるレベルの根えい瘤でも検出された場合、それは感受性が高い作物の植え付けに、特にサンプリング区域又はその付近でネコブセンチュウの問題があることを示唆する。シストセンチュウは、植物のサンプリング及びシストを調べる根の精査によっても識別することができる。0170土壌のサンプリングは、土壌又は根の特定の体積に寄生するセンチュウ及び/又はセンチュウの卵の数を求める手段を提供する。土壌サンプリングは、問題が最初に疑われたとき、最終収穫時、又は新しい作物を植え付ける前の任意のとき、例えば、以前の作物の廃棄前に実施することができる。大学の連携公開講座プログラムは、フロリダ大学、オレゴン州立大学及びネブラスカ-リンカーン大学などの土壌サンプリングサービスを提供する。さらに、このようなプログラムはサンプリングの採集方法のガイドラインを提供する。例えば、収穫後の予測サンプリングの1つの方法で、サンプルは作物の価値に応じて、作物の価値が高いほどサンプリングするエーカー数を少なくして5又は10エーカーにわたる10~20の用地から深さ6インチ15.2cm~10インチ25.4cmの深さの土壌で規則的なジグザグのパターンにして採集する。定着した植物を試験する方法では、症状があるが枯れたり枯れそうになったりしていない、すなわち分解していない疑わしい植物から、6インチ15.2cm~10インチ25.4cmの深さの土壌で根及び土壌のサンプルを取り出す。0171幾つかの実施形態では、識別は、センチュウなどの害虫の経済的閾値、すなわち処理しない場合に予想される経済的損失が処理の費用を超える点に到達しているか否かを決定することを含む。経済的閾値は、作物、地理、気候、植え付けのとき、土壌のタイプ、及び/又は土壌温度に応じて変化する。この主題に関しては多数の論文が発表されており、様々な地域の大学の連携公開講座プログラムからガイドラインが入手可能である。例えば、RobbJG他の、FactorsAffectingtheEconomicThresholdforHeteroderaschachtiiControlinSugarBeetEconomicsofNematodeControlJanuaryJune1992、HafezSaadLの、ManagementofSugarBeetNematodeUniversityofIdahoCurrentInformationSeries1071、及びUCIPMPestManagementGuidelinesTomatoUCANRPublication3470NemalodesAPloegNematologyUCRiversideを参照されたい。特定の季節に特定の作物の経済的閾値を決定することについては、十分に当業者の技能に入る。0172幾つかの実施形態では、土壌サンプリングは、センチュウの寄生により収量が寄生していない土壌の平均値の約80、約90、又は約95になることを明らかにする。0173幾つかの実施形態では、土壌サンプル1キログラム当たりのネコブ幼若体の経済的閾値は少なくとも約250、少なくとも約300、少なくとも約500、少なくとも約750、少なくとも約1000、少なくとも約2000、少なくとも約3000、少なくとも約4000、少なくとも約5000、又は少なくとも約6000である。0174幾つかの実施形態では、土壌1cm3当たりのシストセンチュウの卵及び幼生の経済的閾値は少なくとも約0.5、少なくとも約1、少なくとも約2、少なくとも約3、少なくとも約4である。上記のHafezによれば、1個のシストは500個の生存卵及び幼生と概算することができる。0175また、本発明は、Bacillussubtilisクレード内のバチルス種の細胞をスクリーニングし、swrA遺伝子に突然変異がある細胞を選択し、swrA-突然変異がある細胞の発酵生成物を生成することにより、植物成長増進細胞生成物を識別及び/又は生成する方法も含む。幾つかの実施形態では、スクリーニングはバチルス種を植え付けること、個々の細菌コロニーを選択すること、各コロニーからDNAを分離すること、及び図5で提供されたswrA配列に基づいてプライマーを使用してswrA遺伝子の配列を決定することを含む。適切なPCR条件が当業者には知られている。例示的プライマー及びPCR条件を実施例24で説明する。0176幾つかの実施形態では、スクリーニングに先立って細胞を培養して、以下の特徴のうち1つ又は複数を有する細胞を選択する。すなわち、サンドペーパー形態、又は野生型細胞と比較して低い遊走能力である。遊走能力は、実施例7で説明するものと同じ方法で評価することができる。0177他の実施形態では、選択するステップは、swrA細胞に突然変異があり、野生型細胞と比較して植物の健康を改良する能力が増進された細胞を選択することも含む。一態様では、これは、発酵生成物を植物、植物の部分及び/又は植物部位に適用することと、植物の成長を、このような発酵生成物が適用されていない基準植物及び/又は突然変異を有していない同質遺伝型細胞からの発酵生成物が適用された基準植物と比較することとを含む。0178さらに他の実施形態では、スクリーニングは、配列番号1の1位~3位又は26位~34位に対応するswrA遺伝子の突然変異をスクリーニングすることを含む。0179選択されたswrA-細胞は、様々なswrA突然変異の説明において本明細書で説明した突然変異のいずれかを有することがある。0180また、本発明は、植物成長増進細菌生成物をスクリーニングする方法を含み、該方法は、i突然変異の細菌細胞を生成するためにBacillussubtilisクレード内のバチルス種から細菌細胞の野生型swrA遺伝子を突然変異させることと、ii突然変異細菌細胞を培養して、その特定の細胞形態を特徴付けることと、iii寒天などの固体表面で野生型swrA遺伝子を有するBacillussubtilisクレード内のバチルス種から細菌細胞の個体群を培養することと、iv以上のステップiiで識別した細胞形態がある細菌細胞を選択することとを含む。幾つかの実施形態では、swrA突然変異はアンチセンス又はトランスポゾン技術によって生成される。特定の例を実施例25で提供する。0181別の実施形態では、本発明は植物成長促進生成物を生成する方法を含み、該方法は、a.swrA遺伝子又はそのオルソログに突然変異を含む細菌細胞を培養することを含み、突然変異は、固体又は非液体表面上で増殖すると、突然変異を有していない細菌細胞と比較して細胞の遊走能力を低減し、さらに、b.胞子形成するように突然変異を有する細菌細胞を増殖させることを含む。0182別の態様では、上記方法は、ステップbからの細菌細胞を乾燥させることをさらに含む。さらに別の態様では、上記方法は、担体又は配合不活性物質を添加することをさらに含む。さらに別の実施形態では、増殖ステップは生物発酵槽中で実施される。幾つかの実施形態では、生物発酵槽は少なくとも2Lの容積を有する。寄託情報0183QST713野生型swrA、QST30002別名AQ30002及びQST30004別名AQ30004のサンプルが、米国農務省農業研究事業団のNationalCenterforAgriculturalUtilizationResearchにある農業研究事業団微生物株保存機関1815NorthUniversityStreetPeoriaIL61604に寄託されている。QST713野生型swrA2010年10月5日寄託には、NRRLB50420という寄託記号が割り当てられている。QST300022010年10月5日寄託にはNRRLB50421という寄託記号が割り当てられている。QST300042010年12月6日寄託にはNRRLB50455という寄託記号が割り当てられている。018435U.S.C.セクション112の権能付与要件を満たし、本発明の細菌株の寄託が37C.F.R.§§1.801~1.809に規定された基準に適合することを証明するために、出願人は寄託したBacillussubtilis株QST713野生型swrA、QST30002及びQST30004NRRL受託番号B-50420、B-50421及びB-50455として寄託に関して、以下の表明をする。01851.本出願の係属中に、要求に応じて本発明へのアクセスが長官に与えられる。01862.本特許の承認後、細菌株は37CFR§§1.808に規定された条件により公開される。01873.寄託物は、30年間、又は最後の要求から5年間の期間、又は特許の実施可能期間のうち、いずれか長い方の期間、公的保管庫に維持される。01884.寄託時の生物学的材料の生存能力が試験される。01895.万一使用不可能になった場合、寄託物は交換される。0190本出願の係属中に、37C.F.R.§1.14及び35U.S.C.§122により特許商標庁長官によって資格を有すると判断された人に対して本寄託物へのアクセスが与えられる。37CFR1.808のパラグラフbに従い、本出願のいずれかの請求項が許可された後、細菌株の公開に関する制約はすべて取り外され、その取り消しは不能である。0191以下の実施例は、純粋に例示のために与えられ、本発明を限定する目的はない。<実施例>実施例1-サンドペーパー突然変異体の形態の識別0192サンドペーパー形態を有する最初のBacillussubtilis細胞は、SERENADE登録商標の商業的バッチの日常的品質管理QC中に思いがけず識別され、分離された。0193サンドペーパー変異体は、栄養寒天培養プレート上にQST713野生型細胞とは異なるコロニー形態を呈した。サンドペーパー細胞は、固体培地上に非常にコンパクトな疎水性コロニーを形成した図1のKeyenceディジタル顕微鏡で撮影したQST713野生型及びサンドペーパーコロニーの画像を参照。サンドペーパーという名称をこれらの変異体に与えたのは、その表現型がコンパクトで非常にクリスピーである平坦で乾燥したコロニーとなり、それが増殖している寒天から取り出すことが非常に困難だったすなわち非常に付着性のコロニーであったからである。この最初の発見から、サンドペーパー形態を有する単一株を最初に分離し、さらに特徴付けるために選択した。この株はAQ30002と称された。0194固体培地上に独特なコロニー形態を有することに加えて、AQ30002は初期の対数期に液体培地中に細胞の長鎖を形成することも観察された。対照的に、QST713野生型細胞はこの同じ増殖段階中に短鎖を形成するか、又は単細胞のままであった図2の顕微鏡画像を比較されたい。0195AQ30002は、高剪断液体培地中での増殖に対して独特の形態反応も呈する。AQ30002とQST713は、振盪した液体培地中で増殖させると非常に類似した形態及び増殖習慣を示すが、チューブに物体例えば、プラスチックのピペット先端を入れると、培地中のこの物体の動作によって生じた乱流の増大が、AQ30002のみで形態シフトを引き起こし、分裂連鎖形成後に生長する細胞が分離することを防ぎ、フィラメントの大きい塊を生成する。この表現型は、8~9時間増殖した後に培養チューブの顕微鏡観察と直接観察の両方で観察することができる。以下のようにして得られた図3の画像を比較されたい。AQ30002及びQST713のグリセロール培養株を栄養寒天プレート上で一晩増殖させた。各プレートの1つのコロニーを8mLスナップキャップチューブ中の3mLのLuriaブロスに個々に入れ、1mLのDNaseのないピペット先端を接種したチューブに入れた。各プレートからの1つのコロニーを、ピペット先端がないチューブ内でも同じ条件で増殖させた。チューブを37°Cにて260rpmで振盪させ、8~9時間後に光学顕微鏡を使用して増殖を比較した。0196幾つかのバチルス遺伝子例えば、sinRが、生物膜生成の活性化因子として、又は突然変異した場合に構成性の生物膜生産因子として以前に識別されている。DanKearnsインディアナ大学からの個人的情報に基づくと、sinR突然変異体は液体培地中で増殖した場合に塊状になり、これはこの突然変異体が環境シグナルに関係なく常に生物膜を生成しているという概念に合致する。この特性は商業的に発達させるためには望ましくなく、概して、sinRなどの生物膜生産の下流にあるエフェクタ遺伝子は商業的に良好な候補にならないことを示唆する。0197対照的に、swrAは、バチルス細胞がその環境に対応できるようにする自然の細胞スイッチの一部であるように見える。swrAはこれまで生物膜調整因子と説明されたことがないが、液体培地中の2つの独特の形態学的状態、すなわち単一のプランクトン様細胞又は結合した細胞の鎖の間で細胞をシフトさせる際に役割があることが認識されているKearns及びLosickの、CellPopulationHeterogeneityDuringGrowthofBacillussubtilisGenesandDevelopment19pp30833094。この報告書と一致して、swrA突然変異細胞はまだ環境シグナルに応答している。液体培地中で増殖させると、これらの細胞は単細胞又は鎖として増殖するが、凝集したり細胞膜を形成したりしないように見える。根又は固体培地上で増殖させると、これらの細胞が密集してコンパクトな生物膜の生産をオンにすることは予想外である。これは、swrAが、細胞を独特のタイプの生物膜を産生する能力を有するようにシフトさせ、それでも経路の早期に作用するので細胞が環境シグナルに応答できるようにする例えば、液体培地中では非接触増殖し、固体培地上で増殖する場合は生物膜を形成するという通常の遺伝子スイッチであるという概念に合致する。実施例2-バイオリアクタ中でのBacillussubtilisQST713全ブロスの調製0198バイオリアクタ中で増殖したBacillussubtilisQST713の培養物は、サンドペーパー変異細胞を多少小さい割合で含むことが観察された。BacillussubtilisQST713の保存株は、グリセロール溶液の小さいバイアル中で凍結状態にされる。バイオリアクタ中で全ブロスを生成するために、培養株のバイアルを解凍し、内容物をディフコ栄養ブロスなどの適切な培地の殺菌したフラスコに移す。フラスコの培養物は、微生物の増殖を促進する状態で、通常は25°Cと37°Cの間の温度、100rpm~250rpmの回転速度で回転振盪装置でインキュベートする。フラスコ中の細胞密度が十分高くなったら、内容物をバイオリアクタ中で殺菌した新しい増殖培地に移す。0199バイオリアクタは、生物の増殖及び活性代謝物の発生を促進させるために、特定の温度、攪拌、pH及び曝気を制御される。典型的なバイオリアクタの設定には、25°Cと37°Cの間の温度設定、200rpm~1000rpmの攪拌設定、6と8の間のいずれかに維持されるように緩衝されたpH、及び0.2と1.0VVMの間に設定された曝気が含まれる。細胞増殖及び代謝物生産が終了するのは、通常はインキュベーションが24~72時間以内であり、収量時に培養ブロスを収穫し、次に細胞のカウント及び純度を検定する。これらの試験が終了し、合格した後、ブロスはラボラトリの実験に使用することができる。0200あるいは、保存剤及び他の添加剤増粘剤及び分散剤などをバイオリアクタのブロスに混入して、現地試験の実験用の商品をシミュレートすることができる。実施例3-BacillussubtilisQST713のサンドペーパー突然変異頻度の定量化0201AgraQuestIncカリフォルニア州デービスが生産したSERENADE登録商標ASOの様々な市販用ロットを希釈し1/10E6、栄養寒天NAで平板培養して個々のコロニーを解像した。サンドペーパー様コロニーは、16SrDNA配列決定によって、QST713野生型の突然変異体であることが確認された。0202サンドペーパーコロニーの数を、生産されたコロニー総数のパーセンテージとして定量化した。特徴的なコロニー形態を有するサンドペーパーコロニーが、分析したSERENADE登録商標ASOの市販用ロット図4参照からは0.0~1.3まで、分析したSERENADE登録商標MAXの市販用ロットからは0.0~3.2まで変化する頻度で得られた。0203以上で検討したように、SERENADE登録商標MAXのEPAマスターラベルはその商品が14.6の乾燥QST713を含むことを規定している。SERENADE登録商標MAXの市販用サンプルが最大で14.6の乾燥QST713野生型/サンドペーパーを含んでいる場合、及び最大でその3.2しかswrA変異体でない場合は、SERENADE登録商標MAXの市販用サンプルが最大で0.146×0.032=0.004672=0.4672又は0.5未満の乾燥サンドペーパー変異体すなわちswrA-を含む。0204野生型形態の単一コロニーから誘導したQST713細胞も、個々のコロニーを得るためにフラスコに入れてLuriaブロス中で一晩増殖させ、希釈して、栄養寒天上で平板培養した。サンドペーパーコロニーを識別し、突然変異頻度は1/16,000と計算された。これは他の遺伝子の自然な機能喪失頻度より大きい桁であり、swrAが過剰突然変異相の変異座であるという概念と合致するDBKearns他の、GenesGoverningSwarminginBacillussubtilisandEvidenceforaPhaseVariationMechanismControllingSurfaceMotilityMolecularMicrobiology52357369。6つの個別サンドペーパーコロニーからのswrA遺伝子のヌクレオチド配列を配列決定した。6つのコロニーはすべてswrA陰性であることが判明した。したがって、QST713ではすべてのサンドペーパーコロニーがswrA陰性であると推論する。実施例4-市販用バチルス株におけるサンドペーパー様突然変異頻度の定量化0205バチルス株を含む様々な追加の市販用バイオ農薬製品も分析して、サンドペーパー様形態の細胞を識別できるかを判断した。本明細書で使用するサンドペーパー様又はsp様とは、寒天栄養剤上で増殖させた場合に、QST713サンドペーパー細胞例えば、図1参照のコロニー形態と類似したコロニー形態を有する細胞を指す。0206実施例2で説明したような個別コロニーを解像するために、市販用株を液体培地中で増殖させ、希釈して、栄養寒天NA上で平板培養した。これらの商品におけるサンドペーパー様コロニーの頻度は、0~0.7の間で変化した表5参照。0207非サンドペーパー様コロニーで最も多く観察されたコロニー形態は、以下の通りである。0208Kodiak登録商標-光沢があり、中心が隆起して、縁部が波立っている。0209Companion登録商標-隆起し、半透明の3D中心、しわがある縁部。この野生型以外の代替的発現型すなわち形態が、大きい塊として観察された。0210Taegro登録商標-円形の隆起した表面と粗く凹凸がある縁部。3つのQST713野生型様コロニーも観察された。0211Rhizovital登録商標-台地様、密集して隆起した中心、光沢なし。0212FolioActive登録商標-光沢がある隆起した中心と波状の縁部。Kodiak登録商標ほど変動がない。2つのQST713野生型様コロニーも観察された。0213YieldShield登録商標-隆起した中心と平坦な周囲の縁部、周囲の縁部には気泡の小さい輪。4つのQST713野生型様コロニーも観察された。0214これらの商品のサンドペーパー様変異体全部のswrA遺伝子も分析し、意外にもすべて野生型swrAであった。QST713以外の細胞では、サンドペーパー形態自体は、swrA-突然変異及び植物健康改良能力の増進を予測するのに十分ではない。実施例5-サンドペーパー形態の原因である遺伝子突然変異の識別0215サンドペーパー形態を有するQST713変異体の複数の分離株の全ゲノムショットガン配列決定を使用して、サンドペーパー表現型の原因である遺伝子突然変異を識別した。QST713由来の元のAQ30002分離株に加えて、サンドペーパー表現型を呈する4つの追加のQST73突然変異体すなわちAQ30003、AQ30004、AQ30005、及びAQ30006の配列を決定した。0216Illuminaカリフォルニア州サンディエゴによって提供される次世代配列決定テクノロジーを使用して、合計で各分離株のゲノムの約70x網羅率になる配列読み出しを生成して、基準のQST713野生型ゲノムと並べた。0217MAQLiH他の、MappingShortDNASequencingReadsandCallingVariantsUsingMappingQualityScoresGenomeRes1818511858及びBWALiH及びDurbinRの、FastandAccurateShortReadAlignmentwithBurrowsWheelerTransformBioinformatics2517541760などの公開された突然変異ツールを流用して、突然変異の可能性がある箇所を識別した。以下の統計及び生物学に基づく仮説を使用して偽陽性を除外した。02181.すべての生きたサンドペーパー分離菌すなわちAQ30002~AQ30006が全く同じ位置に同じ突然変異を呈する可能性は非常に低い。02192.5つの分離菌が全く同じ突然変異を呈する場合、これは基準ゲノムにおける配列決定エラーに起因する可能性が最も高い。02203.サンドペーパー発現型は、1つの遺伝子における単一の突然変異を原因とする可能性が最も高い。02214.突然変異はコード化領域にある可能性が高い。02225.突然変異はタンパク質に劇的な変化を引き起こす可能性が高い。影響を受けたコドンを終止コドンに変化させた場合、又は開始コドンを非開始コドンに変化させた場合は単一の塩基変化が考慮された。フレームシフト突然変異を引き起こした場合は、挿入及び欠失が考慮された。02236.突然変異が基本的遺伝子にある可能性は低い。0224以上の仮説を分析パイプラインに組み込むことにより、swrAは、サンドペーパー形態を有するQST713細胞における突然変異の唯一の候補遺伝子と識別された。0225以上で配列決定したサンドペーパー変異体で識別されたswrA突然変異対立遺伝子はその後、個々の分離菌からのこの領域のSanger配列決定SangerF他の、DNASequencingwithChainTerminatingInhibitorsProcNatlAcadSciUSA7454635467によって確認された。代表的なサンドペーパー分離菌AQ30002及びAQ30004から、及びQST713を含む様々な野生型バチルス株から予測されるswrA転写産物を比較する配列の位置合わせを図5に示す。0226Sangerの再配列決定で、QST713のswrA配列が、次世代配列決定によって生成された基準配列と一致したことが確認された。図5は、予測される対象のコード化配列を、バチルス遺伝学の当業者に知られている標準であるBsub3610のswrAの予想されるコード化配列と比較している。0227この分析は、AQ30002、AQ30003、及びAQ3006がすべてswrAに1bpの欠失を含み、その結果、フレームシフト及び未熟終止コドンになり図5のAQ30002参照、AQ30004及びAQ30005ではswrA開始コドンが突然変異して別の非開始コドンになる図5のAQ30004参照ことも検証した。0228swrAのオルソログは、バチルス属のうち一握りの種にしか存在しない。swrA遺伝子を有する可能性が高いBacillussubtilisクレード内の要素を識別するために、密接に関連したバチルス種それぞれからの完全長16SrRNA遺伝子を、ClustalWという複数配列アラインメントプログラムを使用して位置合わせした。次に、ClustalWのアラインメントをPHYLIPフォーマットに変換して、系統樹を生成した図6参照。次に公的ゲノムデータベースを照会して、どの種が確認されたswrAオルソログ配列を有するかを識別し、これらの種すなわちBpumilus、Batrophaeus、Bamyloliquefaciens、Bsubtilis及びBlicheniformisを図6で二重アステリスクで示した。swrAは、極めて独特なタンパク質であり、この群以外で関連するタンパク質は識別できず、予測される機能もない。バチルス種のこの群Bsubtilisクレードは16SrDNAとの比較によって単系であり、swrA遺伝子はクレードの4つの分岐すべてに存在するので、この遺伝子はこの系統の早期に生じ、群内の全種に存在する可能性が最も高いとの結論に達した。0229Kearns他GenesGoverningSwarminginBacillussubtilisandEvidenceforaPhaseVariationMechanismControllingSurfaceMotilityMolecularMicrobiology52357369は、開始コドンの可能性があるものを2つ、すなわちTTG及びGTGを識別した。GTGはTTGより塩基35個分上流である。各コドンの別個の突然変異後、突然変異TTGのみが下流のレポータからの発現を消すことが観察され、これが本当の開始コドンであったとの結論に至った。swrAの翻訳開始コドンの予測に関して、文献に不一致があることに気付いた例えば、本明細書ではswrA翻訳の開始が、GenBankIDABV899641のBacillussubspsubtilis株NCIB3610のswrA遺伝子では75bp上流であると予測される図5。そこで引用されるZeigler他の2008年の、Theoriginsof168W23andOtherBacillussubtilisLegacyStrainsJBacteriol19069836995も参照されたい。さらに、Kearns他2004、同書で予測される開始コドンは非標準である。したがって、Bsubtilisクレードの複数の種で配列の比較分析を実施した。遺伝子構造はBsubtilisクレードなどの密接に関連した種の間で良好に保存されていることが知られているので、この方法で、翻訳開始部位又は重要な遺伝子調節配列の位置など、遺伝子の特徴が強く確認された。0230本明細書でQST713野生型、FZB42Bamyloliquefaciens、AQ2808Bpumilus及びBsubtilissubspSpizizeniiGenbankIDNC014479という株で報告されているTTG開始コドンから塩基100個分上流まで比較した。本明細書で報告したTTG開始コドンの場合以外に、swrAポリペプチドを生成する読み取りフレームを生成する開始コドン、ATG又は代替物が他にないことが判明した。細菌遺伝学の当業者に知られているように、不測遺伝子座の1つがswrAになるようであるが、多くの不測遺伝子座が代替開始コドンを使用する。例えば、AnnuRevGenet4030733を参照されたい。したがって、本当の翻訳開始はKearns他が予測したようにTTGコドンにあるとの結論に達した。実施例6-QST713サンドペーパー細胞の連続した継代0231swrA遺伝子配列に欠失があるQST713サンドペーパー突然変異体例えば、AQ30002は、フラスコ内でトリプチケースソイブロスTBS培地17g/Lの膵液カゼイン分解物、3g/Lの大豆粉のパパイン分解物、5g/Lの塩化ナトリウム、2.5g/Lのリン酸二カリウム、2.5g/Lのデキストロース中で15継代後も安定していた。フラスコ内で15回継代した後、サンドペーパー細胞をNAで平板培養した場合、QST713野生型に関連する細胞は見られなかった。これらの結果は、サンドペーパー突然変異が安定し、いつもの通りに増殖する。実施例7-AQ30002のswrAの相補的分析方法0232swrA-突然変異が植物成長発現型を増進する原因であることを確認するために、研究を実施した。swrA遺伝子と、それぞれswrA遺伝子にコード化領域の上流でpPenswrAと称された300個のヌクレオチドを加えたものすなわち構成プロモータの転写制御下にあるswrA遺伝子、及びendProswrAと称された同等物すなわち自身のプロモータの転写制御下にあるswrA遺伝子とを含む2つの構成を、QST713swrAゲノムDNAから、DNAフラグメントをサブクローニングして、BacillussubtilisMMB869中に存在する組み込み及び接合エレメントICEエレメントと適合するように設計されたプラスミドベクタにするための制限酵素部位を含むプライマーを使用して生成したWiepKlaasSmits及びAlanDGrossmanの、TheTranscriptionalRegulatorRokBindsATRichDNAandIsInvolvedinRepressionofaMobileGeneticElementinBacillussubtilisPLoSGenetics6e1001207、CatherineALee他の、IdentificationandCharacterizationofintxisandChromosomalAttachmentSitesoftheIntegrativeandConjugativeElementICEBslofBacillussubtilisMolecularMicrobiology6613561369。ipPenswrA構成のための構成プロモータによるswrA遺伝子、又はiiendoProswrA構成のための自身のプロモータによるswrA遺伝子のいずれかを含む濃縮した円形プラスミドDNAを、自然の受容性によってドナー株BacillussubtilisMMB869へと転換した。MMB869は、Bsubtilisの組み込み及び統合エレメントICEBs1を含み、上記のSmits及びGrossman参照、これはプラスミドベクタ中でクローニングされたDNAのバチルス種中への移動を容易にする。これは、バチルスゲノム中の位置と一致する2つの領域中に挿入された所望のDNA構成との自然の受容性によって生じる。0233自然の受容性が生じるのを可能にするために、MMB869細胞をSPC培地SPC培地:10mLの10XSpizizen、1mLの50グルコース、4mLの5イースト抽出物、2.5mLの1カザミン酸、1.6mLの2.5mg/mLトリプトファン、0.5mLの1MMgSO4;10XSpizizen塩:2NH42SO4、14無水K2HPO4、6K2HPO4、1クエン酸三ナトリウム2H2O、0.2Mg2SO47H2O中で増殖させ、SPII培地10mLの10XSpizizen、1mLの50グルコース、2mLの5イースト抽出物、1mLの1カザミン酸、1.6mLの2.5mg/mLトリプトファン、1mLの50mMCaCl2、0.5mLの1MMgSO4に移し、ペレットにして、再びSPII培地中に懸濁させた。次に、精製したプラスミドDNAを含む少量のME溶液0.200mLの10XSpizizen塩、0.020mLの200mMEGTA、1.780mLの無菌脱イオン水にMMB869細胞を加えた。細胞とDNAの混合物を振盪しながら37°Cで1時間インキュベートした。0234細胞をLB-カナマイシン寒天プレートで平板培養し、37°Cで一晩増殖させた。LB-カナマイシンプレートからの幾つかのコロニーをLBChloramphenicolプレートにパッチして、ダブルクロスオーバーの事象を介してプラスミドが挿入されていることを確認した。新たに転換したドナーMMB869株を使用してpPenswrA及びendoProswrA構成をそれぞれ接合によってAQ30002swrA-株に移した。pPenswrA及びendoProswrAICE構成を含むMMB869ドナー株をLB-カナマイシンプレートで一晩増殖させた。AQ30002strepRストレプトマイシン抵抗性遺伝子を含むAQ30002をLB寒天で一晩増殖させた。pPenswrA及びendoPtoswrAMMB869株の単独コロニーをLBカナマイシンに移した。AQ30002strepRの単独コロニーもLBカナマイシンに移した。これら3つの培養物を約1.0のOD600まで増殖させ、新しいLB中で0.02のOD600まで希釈し、37°Cで約1時間増殖させ、ICE構成の切除を誘発するようにキシロースを添加し、接合を介してAQ30002strepRへと転移させた。0235細胞を37°Cでさらに1時間増殖させ、その時点でこれらの培養物のOD600は約0.9であった。2.5mLのドナー細胞を2.5mLのAQ30002strepR細胞と組み合わせ、無菌の膜フィルタ上に真空濾過した。フィルタをフィルタアセンブリから取り外し、滅菌技術を使用してSMS寒天プレート合計250mLの脱イオン水中に25mlsの10XSpizizen塩と3.75gの寒天に移して、30°Cで一晩インキュベートした。5mlsの1XSpizizen塩10XSpizizen塩を滅菌脱イオン水で1:10希釈でフィルタプレートから洗い流すことにより、細胞を回収した。100μLの細胞をLB-カナマイシン/ストレプトマイシンプレートで平板培養し、37°Cで一晩インキュベートして、AQ30002strepRの接合完了を識別した。残りの細胞溶液を遠心分離でペレット状にし、LBに再懸濁させ、LB-カナマイシン/ストレプトマイシンで平板培養した。0236AQ30002をpPenswrA構成又はendoProswrA構成で相補すると、その結果、サンドペーパー表現型が失われ、粘液様の野生型QST713swrA表現型に復帰すると仮定した。コロニー形態に加えて、JoyceEPatrick及びDanielBKearnsの、LaboratoryStrainsofBacillussubtilisDoNotExhibitSwarmingMotilityJournalofBacteriology19171297133に記載されているように、swrA遺伝子を加えると、AQ30002が遊走アッセイ中で遊走能力を救済するか否かを評価することにより、相補性も確認した。図7を参照されたい。0237根のコロニー形成も、pPenswrA構成又はendoProswrA構成を含むAQ30002細胞で測定した。トマトの種子を最初に70エタノールで、次に10漂白剤で表面滅菌した。次に、種子を滅菌脱イオン水ですすぎ、少量の滅菌水を含むウェル48個のプレートの別個のウェルに入れた。種子を光高輝度、8時間照明スケジュールに設定に当てて室温で発芽させ、5~7日後に使用した。0238これらの発芽種子の根をリン酸緩衝食塩水PBS溶液中の細胞懸濁液に浸漬した。細胞懸濁液の濃度を正規化するために、これは10E6CFU/mLを生じる約OD600nmのQST713であるので、0.01のOD600nmを使用した。浸漬後、次に各発芽種子を12mLの滅菌MS培地2.215g/LのMurashige及びSkoogMS塩、1.5スクロース、1寒天、pH5.7を含む試験管に入れ、光に当てて室温で約1週間増殖させた。根のコロニー形成根上の生物膜形成をKeyenceディジタル顕微鏡で目視観測し、0根のコロニー形成がないことを示すから3積極的な根のコロニー形成を示すまでの等級を付けた。各実験で、滅菌水に浸漬した根は負の対照標準の働きをした。結果0239pPenswrA細胞のICE構成をAQ30002strepRAQ30002pPenswrAICE細胞と称するに挿入すると、非常に低い頻度で部分的粘液性形態を有する細菌細胞が生成された。確認し、将来実験するために、個々の接合完了体を採集し、個々のLB-カナマイシン/ストレプトマイシンプレートにそれで再び筋をつけた。接合完了体の大部分は、サンドペーパー様形態を保持するか、サンドペーパーと粘液の混合物のように見えた。endoProswrAICE構成をAQ30002strepRAQ30002endoProswrA-ICE細胞と称するに挿入すると、100粘液性形態を有する細菌細胞が生成された。サンドペーパー様コロニーは観察されなかった。確認し、将来実験するために、個々の分離菌を採集し、個々のLB-カナマイシン/ストレプトマイシンプレートにそれで再び筋をつけた。これらの結果はICEをAQ30015strepRに挿入した場合、すなわちswrAにAQ30002と同じ遺伝子突然変異があるQST713から別個に誘導された第2のストレプトマイシン抵抗性株と等しかったデータは示さず。0240AQ30002strepR及びAQ30015strepRが元のswrA突然変異を保持し、pPenswrA-ICE及びendoProswrAICE構築物がswrAの野生型を含んでいたことを確認するために、2つの別個の分離菌又は各接合完了実験からゲノムDNAを精製し、内因性swrA遺伝子座およびswrAICE構築物のPCR増幅を実行した。これらのPCR産物の配列決定で、内因性swrA遺伝子座が突然変異であり、swrAICE構築物は野生型であることが確認された。0241AQ30002endoProswrA-ICE細胞の他の特徴付けには、連鎖形成/凝集の程度をAQ30002と比較するために液体培養中で増殖させること、さらに定性アッセイ及び定量アッセイを使用してこれらの株の遊走能力をAQ30002と比較することが含まれた。30°Cの14mLのスナップキャップチューブ中のLB液体培地を250rpmで振盪させて一晩増殖させた場合、AQ30002endoProswrA-ICE細胞は高度に連鎖形成/凝集したAQ30002の性質と比較して、曇って半透明に見えた。0242遊走性を試験するために、0.7のLB寒天プレートを一晩液体培養し、乾燥して、37°Cで約10時間インキュベートするというインキュベーションループでインキュベートした。インキュベート後、AQ30002endoProswrA-ICE細胞は、野生型QST713と同様であるが、AQ30002細胞とは極めて異なる状態でプレートをほとんど遊走した。AQ30002endoProswrA-ICE細胞は、AQ30002株とは異なり、陽性に遊走する図7。AQ30002endoProswrA-ICE細胞は、定量遊走アッセイでQST713と同様の速度で遊走するデータは示さず。AQ30015endoProswrA-ICE細胞はすべてのアッセイで同様に挙動したデータは示さず。0243根コロニー形成アッセイの結果は細胞連鎖形成/凝集及び遊走アッセイの結果と一致した。根コロニー形成アッセイでは、AQ30002endoProswrA-ICE細胞がトマトの根、さらにAQ30002又はAQ30002strepR処理でコロニー形成しなかった表6及び図8参照。さらに、レプリカの各セットから最適にコロニー形成した根のサンプルの生物膜を見ると、AQ30002pPenswrAICE処理の生物膜は、図9に示すようにQST713生物膜に類似しているように見えたAQ30002endoProswrA-ICE処理よりも、AQ30002及びAQ30002strepRの生物膜に一致しているように見えた。実施例8-AQ30002液体培養物の外被の頑強性0244液体培地の表面で増殖した細菌の細胞は、外被と呼ばれる多少連続的な膜を形成することがある。この膜は微生物の細胞と分泌された細胞外マトリクスからなる。したがって、外被は液体/空気の界面の生物膜を表す。本明細書でさらに説明するように、外被の頑強性は、外被が破断するか調べるために突くことによって、実験的に確認することができる。0245Bsubtilis株QST713野生型swrAのコロニーからのwt1及びwt2と称された2つのレプリカチューブすなわち単一のコロニーから増殖した100swrAの細胞と、Bsubtilis株AQ30002swrA-のコロニーからのsp1及びsp2と称された2つのレプリカをポークストック培地又はピギー培地10g/Lのグルコース、8g/Lイースト抽出物、8g/Lポークストック、pH8.5中で対数期半ばまで増殖させた。QST713野生型swrA及びAQ30002swrA-は、ポークストック培地中で同様の増殖速度を有した図10の増殖曲線を参照。0246QST713野生型swrA及びAQ30002swrA-は、バイオログ表現型マイクロアレイ技術カリフォルニア州ヘイワードで決定して、抗生物質に対する同様の感受性、15°C~65°Cの温度範囲における同様の増殖パターン、血液寒天上の同様の増殖、及び同様の代謝プロフィールも有していたデータは提供せず。02472つの株を20mLのポークストック培地中で200rpm、30°Cで増殖させた。アリコートをウェル24個のプレートでトリプチケースソイブロスTSB培地17g/Lの膵液カゼイン分解物、3g/Lの大豆粉のパパイン分解物、5g/Lの塩化ナトリウム、2.5g/Lのリン酸二カリウム、2.5g/Lのデキストロース中で希釈し、研究室の実験台上で室温にて3日間増殖させた。0248各株のサンプルは両方とも4つの複製ウェルを有し、したがって各株には検査用に合計8つの外被があった。各外被は、ピペット先端がプレートの底部に軽く当たるまで、3回突いた。突いた後も無傷のままであった外被の数を、破断した数と比較した。株は両方とも、TSB培地で増殖すると3日後に外被を形成した。QST713野生型swrAによって形成された外被は8枚全部が突いた後に破断したが、AQ30002swrA-が形成した8枚の外被のうち破断したのは4枚のみであった図11参照。実施例9-根コロニー形成後のAQ30002生物膜の特徴付け0249トマト種子を70エタノール及び10漂白剤で表面滅菌し、次に滅菌脱イオン水で濯いだ。0250滅菌発芽のために、種子を2枚の滅菌フィルタペーパーの間に入れ、滅菌脱イオン水を加えた。プレートをパラフィルムで封止し、室温で7日間12時間照明なし/照明ありのスケジュールで光を当てると、発芽した種子があった。0251これらの発芽種子の根をリン酸緩衝食塩水PBS溶液中のAQ30002swrA-又はQST713野生型swrA細胞の懸濁液に浸漬した。細胞懸濁液の濃度を正規化するために、0.001のOD600mmを使用した。これが、10E6CFU/mLを生成する約OD600mmのQST713であるからである。0252滅菌増殖及び根コロニー形成を見込むために、浸漬後、次に各発芽種子を12mLの滅菌MS培地2.215g/LのMurashige及びSkoogMS塩、1.5スクロース、1寒天、pH5.7を含む試験管に入れ、光に当てて室温で10日間増殖させた。根のコロニー形成をKeyenceディジタル顕微鏡で目視観測した。0253水の対照標準にはコロニー形成がなかった。QST713野生型swrAは先端を含む根全体でコロニー形成し、生物膜は非常に曇っていた。AQ30002swrA-も先端を含む根全体でコロニー形成し、生物膜はQST713野生型swrAよりコンパクトに見え、より密接に根に結合しているようであった図12参照。0254QST713野生型swrA生物膜と比較して、根の表面上のAQ30002swrA-生物膜の密集してコンパクトな性質を検証するために、上述したように追加のサンプルを準備した。光に当てて室温で1週間増殖させた後、QST713野生型swrA又はAQ30002swrA-細胞でコートされた根をエタノール中で脱水し、乾燥させ、金でコートし、走査電子顕微鏡SEMで観察した。今回も根表面上のAQ30002swrA-生物膜は、QST713野生型swrAによって形成された生物膜よりも非常にコンパクトなようであった図13参照。この方法は野生型生物膜の拡散性を過小評価していることに留意されたい。この構造は、エタノール脱水中の収縮及び崩壊が非常に大きくなるからである。0255QST713野生型swrA生物膜と比較して、根表面上のAQ30002swrA-生物膜をさらに特徴付けるために、追加の根サンプルに接種し、上述したように増殖させ、以下のように光学顕微鏡で分析した。根を寒天から優しく取り出し、Karnovsky固定剤に15分間固定させて、エタノールのレベルを100まで上げながら脱水した。次にこれを臨界点乾燥し、無水オスミン酸で処理して、樹脂に埋め込んだ。幾つかの樹脂ブロックを厚く切断し、メチルブルーで染色して、固定し、10~40xの倍率で顕微鏡で観察した。水の対照標準には根にコロニー形成がなかった。QST713野生型swrA細胞は、薄く低密度の拡散層で根を囲んでいた。明白な生物膜がないことは、野生型生物膜の弱い拡散性の人工産物であり、寒天から取り出した後、又は洗浄及び脱水ステップ中に失われた可能性が高い。対照的に、AQ30002細胞は厚い密集した膜で根を囲んでいた。図14を参照されたい。突然変異体の生物膜が同じ準備条件で根に付着することは、野生型構造よりも物理的にはるかに強靱で、付着性が高いことを実証している。0256同時に、固定して埋め込んだ他の根サンプルを薄く切断して装着し、透過電子顕微鏡で観察した。水の対照標準はコロニー形成を示さなかったが、QST713野生型swrA細胞は教科書のバチルス栄養細胞のように見えた。AQ30002細胞は全く異なる形体を示した。AQ30002細胞の直径0.83μm±0.066;p<0.05;n=14;フィッシャー試験はQST713細胞の直径0.52μm±0.027;n=11より非常に大きかった。さらに、AQ30002細胞ははるかに複雑な形態を示し、細胞の中心には大きい電子透過性白い領域があり、追加のコート又は細胞壁のように見えるものがあった。図14を参照されたい。実施例10-トマト、トウモロコシ及び小麦の植物成長促進におけるAQ30002の活性0257BacillussubtilisQST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型細胞とサンドぺーパ細胞の混合物、AQ30002swrA-、QST713の別個の遺伝子変異体713変異体及びBacilluspumilusQST2808AQ2808と同義それぞれからの全ブロスを種子灌注剤として準備した。リリアブロスLBを含む種子のフラスコに各株を接種し、これらのフラスコを30°Cで一晩増殖させた。翌日、各種子フラスコからのアリコートを大豆系培地に接種し、胞子形成するまで増殖させた。0258種子灌注の前に、CFU/mLに基づいて、全ブロスの最終濃度を市販のSERENADE登録商標製品の64オンス/エーカーの比率まで希釈した。64オンス/エーカーとは、種子1個当たりのコロニー形成単位数、すなわち2.2×108CFU/植物1本を指す。本明細書で使用する量は、全ブロスのcfu/mLに基づいて計算した。0259プラグトレイHummert、カタログ番号14-3128に種子発芽混合物を充填し、各細胞に1個の種子を植え付けた。SpringTreatHybridトウモロコシの種子、Derkwin小麦の種子、及びQualiT21トマトの種子を使用した。このように、試験には単子葉植物種すなわちトウモロコシ及び小麦と双子葉植物種すなわちトマトの両方が含まれた。次に、各プラグトレイを2mLの全ブロスサンプルで処理し、未処理の対照標準は2mLの水を受けた。これらのトレイを室温で高輝度照明約300アインシュタイン、16時間照明あり/8時間照明なしのスケジュールに設定に当たるように配置した。必要に応じて水やりをした。肥料は使用しなかった。0260種子灌注から2週間後に、トマト、トウモロコシ及び小麦の苗を観察し、植物成長促進形質を調べた。次に、葉及び根の組織を採取し、紙袋に入れて乾燥し、計量した。AQ30002で処理した苗は、水で処理した苗よりすべて緑が濃く、高く、全体的に健康なように見えた図15、図16及び図17参照。AQ30002で処理した苗の組織全部の乾燥重量は、乾燥重量が同じであったトウモロコシの根の一例を除き、未処理の苗からの対応する組織の乾燥重量よりはるかに重かった図18、図19及び図20参照。実施例11-圃場でのAQ30002で処理した加工トマトの収量増進0261カリフォルニア州エスカロン近郊、及びカリフォルニア州サンルイスオビスポ近郊で、トマト苗木を加工して2つの別個の圃場試験を実施した。移植時に灌注剤として材料を苗木に適用した。Bacillussubtilis株QST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物、図4参照及びAQ30002swrA-を、バイオリアクタ内の大豆系培地中で増殖させ、市販のSERENADE登録商標ASO製品を模倣するように配合し、商品の3.4クォート/エーカーと同等の濃度で適用した。植物成長刺激剤PGSを625mL/エーカーで適用し、活性成分メフェノキサムを含むRIDOMILGOLD登録商標SLSyngentaを1パイント/エーカーの割合で適用した。ランダム化完全ブロックRCB法を使用し、処理毎に4回の反復試験をした。各反復試験は約2列×25フィートで再現した。0262Escalon近郊で実施した試験では、AQ30002で処理した苗の販売可能な総収量は、未処理対照標準UTCよりはるかに多かった図21参照。0263SanLuisObispo近郊で実施した試験では、処理のいずれも未処理対照標準より大量の販売可能な総量を生産しなかったデータは示さずが、この試験は、苗木のAQ30002処理で可能な典型的な収量増進を示していないと考えられる。土壌のタイプ及び気候が、トマトを比較的一般に耕作しているカリフォルニアの地域と大幅に異なるSanLuisObispo区域では、トマトは一般的に栽培されていないからである。また、試験が伝統的なトマト栽培区域とは地理的にずれ、収穫時期が乱れていたことが、疑わしい結果の一因となった。実施例12-圃場にてAQ30002で処理したトウモロコシの苗における倒伏率の低下及び茎腐敗フハイカビ発生率の低下0264ミネソタ州ペインズヴィル近郊で、Zeamaysindentataデントコーン変種のDekalbDK2C26苗を使用して圃場試験を実施した。材料は、水で希釈した畝間又はT帯処理剤として苗に添加した。植物成長刺激剤PGSを含むか、又は含まない既定の全ブロス以外、又はいかなる肥料又は他の製品もタンク混合には含めなかった。Bacillussubtilis株QST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物、図4参照及びAQ30002swrA-を、バイオリアクタ内の大豆系培地中で増殖させ、市販のSERENADE登録商標ASO製品を模倣するように配合し、商品の3.4クォート/エーカーと同等の濃度で適用した。植物成長刺激剤PGSを625mL/エーカーで適用した。ランダム化完全ブロックRCB法を使用し、処理毎に4回の反復試験片をした。各反復試験は4列×30フィートで再現した。処理したトウモロコシの苗はいずれも、未処理対照標準と大きく異なる収量ではなかったデータは提供せず。しかし、AQ30002swrA-で処理したトウモロコシの苗は、QST713で処理したもの又は未処理対照標準より倒伏率が大幅に低かった図22参照。さらに、AQ30002swrA-を含む処理はすべて、未処理対照標準UTCと比較してフハイカビによって引き起こされる茎腐敗の発生率が大幅に低かった図25参照。0265別の圃場試験では、バイオリアクタ内の大豆系培地中で増殖させ、市販のSERENADE登録商標ASO製品を模倣するように配合したAQ30002swrA-を、根粒形成細菌、特にBradyrhizobiumjaponicumの細菌接種剤とともに、2クォート/エーターの割合で大豆の植え付け時に畝間に添加した。根を含む植物を4カ月後に採取し、未処理サンプルと処理サンプルの根粒形成を比較した。図23及び図24の結果を参照されたい。実施例13-葉の病害に対するAQ30002の活性0266葉の病害に対する処理としては想定されていないが、以下の植物病原体に対する活性を有するか、AQ30002swrA-を観察した。すなわち、Xanthomonascampestrispvcompestris、Colletotrichumorbiculareキュウリの炭疽病、Botrytiscinereaトウガラシの灰色かび病、Sphaerothecafuligineaキュウリのウドンコ病、Pseudoperonosporacubensisキュウリのべと病気、Pucciniarecondita小麦の葉サビ病、Pseudomonassyringaepvtomatoトマトの細菌性斑点病、及びBlumeriagraminisfsphordei大麦のウドンコ病であるデータは提供せず。実施例14-土壌病害に対するAQ30002の活性0267QST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物、図4参照及びAQ30002swrA-株を、バイオリアクタ内の大豆系培地中で増殖させ、20濃度でPythiumultimum及びRhizoctoniasolaniに対して全ブロスを試験した。植物病原体は、産卵袋内で200gのバーミキュライト及び600mLのジャガイモデキストロースPDブロスを含むFungiPerfectiから準備した。約1週間経ったPythiumultimum又はRhizoctoniasolaniの全プレートを袋に接種し、使用する前に1週間増殖させた。0268種子発芽混合物を、混合物1リットル当たり100mLの脱イオン水で給湿し、次にRhizoctoniasolaniの場合は混合物1リットル当たり8g、Pythiumultimumの場合は64g/Lの割合で接種原を感染させた。次に、接種混合物を2.5インチ6.3cmのポットに入れた。非感染混合物も非感染対象標準UICとして使用した。感染させ、混合物をポットに入れた後、各処理の各ポットに10mLの個々の処理剤を灌注した。灌注後、各ポットに目盛りが定められたスコップを使用して約65個のアブラナ科の実生苗品種:JohnnysBroccoliforSprouting、カタログ番号2108を植え付けた。ポットを水で飽和させ、高輝度照明の下に配置して、等級付けの前に1週間成長させた。0269実生苗の定量的発芽数を得ることができるように、各反復試験の個々の実生苗を、処理及び病害毎にカウントした。結果を非感染対照標準UIC及び感染対照標準ICと比較して、活性を決定した図26参照。特定の病原体を接種した土壌中で出芽し、生存した実生苗の数によって、病害防除を決定した。0270実施例11及び12で説明したように準備したAQ30002及びQST713すなわちSERENADE登録商標に見られるように、ほぼ200:1の比率の野生型とサンドペーパー様細胞との混合物を使用して圃場試験を実施し、様々な土壌植物病原体に対するその有効性を比較した。落花生及びカリフラワーのRhizoctonia及びレタスのVerticilliumによる萎れ病に関する試験では、病害の防除に関してAQ30002の性能の方がQST713より優れているようであった。詳細な結果は提供せず。病害の防除に関して、AQ30002はすべての試験ではQST713の性能を上回っていなかった。0271AQ30002が別の土壌病害、すなわちSclerotiumrolfsiiを防除する能力を試験するために、invitro実験を実施した。予備試験によると、AQ30002はこの病害に対してQST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物よりも活性があった。結果は提供せず。実施例15-Phytophthoracapsiciに対するAQ30002の植物内活性0272QST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物、図4参照及びAQ30002swrA-株を、バイオリアクタ内の大豆系培地中で増殖させ、20濃度でPhytophthoracapsiciに対して全ブロスを試験した。PhytophthoracapsiciはV-8寒天で増殖させ、胞子嚢中の遊走子を滅菌脱イオン水中に放出できるようにした。次に、遊走子の濃度を、接種植物1本当たり10mL用に2×10E4個/mLまで希釈した。0273鉢植え混合物中に植え付けてから2週間経ったトウガラシ品種CaliforniaWonderにそれぞれ10mLの全ブロス処理剤を灌注し、翌日Phytophthoracapsiciを接種した。トウガラシ苗中の病害の進行及びQST713又はAQ30002swrA-での処理による保護を監視するために、苗を8日間監視した。アルミニウムトリスO-ホスホン酸エチルを含む化学的殺カビ剤アリエッテも、3.2mg/mL及び1.6mg/mLで試験した。AQ30002swrA-での処理は、QST713での処理よりも長期にわたって苗を保護し、生存した苗の総数も多かった図27参照。実施例16-AQ30002で処理した植物中の葉緑素含有量の増加0274種子灌注として使用するために、BacillussubtilisQST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物、図4参照及びAQ30002swrA-それぞれから、全ブロスを準備した。LuriaブロスLBを含む種子フラスコに接種し、30°Cで一晩増殖させた。翌日、5mLの種子フラスコを大豆系培地に接種した。フラスコは胞子形成が完了するまで増殖した。種子を処理する前に、全ブロスの最終濃縮物をCFU/mLに基づいて市販のSERENADE登録商標製品の4、8、16、32、64及び128オンス/エーカーの割合まで希釈した。0275プラグトレイHummert、カタログ番号14-3128に種子発芽混合物を充填し、各細胞に1個の種子を植え付けた。QualiT21トマト種子を使用した。次に、各プラグトレイを2mLの全ブロスサンプルで処理し、未処理の対照標準は2mLの水を受けた。これらのトレイを室温で高輝度照明約300アインシュタイン、16時間照明あり/8時間照明なしのスケジュールに設定に当たるように配置した。必要に応じて水やりをした。肥料は使用しなかった。0276種子灌注から2週間後に、トマトの苗を観察し、植物成長促進形質を調べた。次に、葉の葉緑素量を定量化し、処理毎にランダムに葉3枚から3つの反復試験用の穴を開けた。葉の円盤を粉砕し、80アセトンaqで抽出して、OD600nmの抽出物を採取した。0277QST713及びAQ30002swrA-の両方の処理は、約16オンス/エーカーから開始して最大128オンス/エーカーまですべて非常に明白な用量反応を有し、その結果、H2O対照標準より葉が緑になり、大きくなった。低い方の量4~16オンス/エーカーでは、AQ30002swrA-処理の方がQST713の対応する処理よりも緑が濃いように見えた。0278QST713処理とAQ30002swrA-処理を比較したトマトの苗全体と個々の葉の画像が、それぞれ図28及び図29で見られる。目視観察に加えて、QST713とAQ30002swrA-全ブロスの割合の間で葉緑素含有量も比較した。統計学的に有意ではないが、AQ30002swrA-処理で採取した葉は対応する割合のQST713処理の場合より葉緑素の量が多いという対照的な傾向があったただし、32オンス/エーカーでは両方とも同量の葉緑素を有するようであった。図30を参照されたい。実施例17-トマト植物成長促進におけるAQ30002の活性0279現場種子処理剤として使用するために、BacillussubtilisQST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物、図4参照及びAQ30002swrA-それぞれから、全ブロスを準備した。NAプレートから1つのコロニーをもぎ取ることによって、LuriaブロスLBを含む種子フラスコに接種し、これらのフラスコは30°C及び200rpmで振盪させた。翌日、5mLの種子フラスコを培地2に接種した。培地2は5ペプトン、5デキストロース、3イースト抽出物、3麦芽抽出物、1.5プロフロ綿実抽出物、10大豆粉及び0.5MgSO4×7H2Oを含む。0280種子処理の前に、CFU/mLに基づいて、全ブロスの最終濃度を市販のSERENADE登録商標製品の64オンス/エーカーの比率まで希釈した。64オンス/エーカーとは、種子1個当たりのコロニー形成単位数、すなわち2.2×108CFU/植物1本を指す。本明細書で使用する量は、全ブロスのcfu/mLに基づいて計算した。0281プラグトレイHummert、カタログ番号14-3128に種子発芽混合物を充填し、各細胞に1個の種子を植え付けた。QualiT21トマト種子を使用する。次に、各プラグトレイを2mLの全ブロスサンプルで処理し、未処理の対照標準は2mLの水を受けた。これらのトレイを室温で高輝度照明約300アインシュタイン、16時間照明あり/8時間照明なしのスケジュールに設定に当たるように配置した。必要に応じて水やりをした。肥料は使用しなかった。0282種子灌注から2週間後に、トマトの苗を観察し、植物成長促進形質を調べた。AQ30002で処理した苗はすべて、水で処理した苗より緑が濃く、高くて、全体的に健康になると仮定した。AQ30002で処理した苗の全組織の乾燥重量は、未処理苗の対応する組織より大幅に重くなることも仮定した。しかし、結果は培地2対照標準として苗に適用が植物の健康を促進したことを示した。したがって、出願人はこのアッセイから断定的な結論を引き出すことができなかった。実施例18-Pythiumultimum及びRhizoctoniasolaniに対するAQ30002の植物内活性0283QST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物、図4参照及びAQ30002swrA-株を培地25ペプトン、5デキストロース、3イースト抽出物、3麦芽抽出物、1.5プロフロ綿実抽出物、10大豆粉及び0.5MgSO4×7H2O中で増殖させ、全ブロスを20全ブロス濃度でPhthiumultimum及びRhizoctoniasolaniに対して試験した。植物病原体は、産卵袋内で200gのバーミキュライト及び600mLのジャガイモデキストロースPDブロスを含むFungiPerfectiワシントン州オリンピアから準備した。約1週間経ったPythiumultimum又はRhizoctoniasolaniの全プレートを袋に接種し、使用する前に1週間増殖させた。0284種子発芽混合物を、混合物1リットル当たり100mLの脱イオン水で給湿し、次にRhizoctoniasolaniの場合は混合物1リットル当たり8g、Pythiumultimumの場合は64g/Lの割合で接種原を感染させ、2.5インチ6.3cmのポットに入れた。非感染混合物も非感染対象標準UICとして使用した。感染させ、混合物をポットに入れた後、各処理の各ポットに10mLの個々の処理剤を灌注した。灌注後、各ポットに目盛りが定められたスコップを使用して約65個のアブラナ科の実生苗JohnnysBroccoliforSprouting、カタログ番号2108を植え付けた。ポットを水で飽和させ、高輝度照明の下に配置して、等級付けの前に1週間成長させた。種子を非感染鉢植え混合物の層で覆い、ポットがすべて水で飽和するまで、脱イオン水を溢れさせた穴がないトレイにポットを入れた。ポットを高輝度照明の下に配置して、等級付けの前に1週間成長させた。0285実生苗の定量的発芽数を得ることができるように、各反復試験の個々の実生苗を各病害の処理毎にカウントした。結果を非感染対照標準UIC及び感染対照標準ICと比較して、活性を求めた。特定の病原体を接種した土壌中で出芽し、生存した実生苗の数によって、病害防除を求めた。大豆系培地で増殖させた同じ株で以前に見られたように、病害防除に違いはなかった。実施例19-Phytophthoracapsiciに対するAQ30002の植物内活性0286QST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物、図4参照及びAQ30002swrA-株を、培地25ペプトン、5デキストロース、3イースト抽出物、3麦芽抽出物、1.5プロフロ綿実抽出物、10大豆粉及び0.5MgSO4×7H2O中で増殖させ、20濃度でPhytophthoracapsiciに対して全ブロスを試験した。Phytophthoracapsiciの遊走子をV-8寒天で増殖させ、接種植物1本当たり10mL用に2×104個/mLまで希釈した。0287鉢植え混合物中に2週間経ったトウガラシ品種CaliforniaWonderを植え付け、それぞれ10mLの全ブロス処理剤を灌注し、翌日Phytophthoracapsiciを接種した。1週間後、処理毎にトウガラシの総数から死/非死について等級を付けた。これらの等級を感染対照標準IC及び非感染対照標準と比較した。アルミニウムトリスO-ホスホン酸エチルを含む化学的殺カビ剤アリエッテも、3.2mg/mL及び1.6mg/mLで試験した。0288トウガラシ苗中の病害の進行及びQST713又はAQ30002での処理による保護を監視するために、苗を8日間監視した。AQ30002での処理はQST713すなわちSERENADE登録商標に見られるような野生型とサンドペーパー様細胞との混合物での処理よりも苗を長期間にわたって保護し、生存した苗の総数も多かった結果は示さず。実施例20-Bacillussubtilis3610SwrA-突然変異によるトマトの植物成長促進0289種子灌注剤として、3610WTBacillussubtilisすなわち野生型細胞で、本明細書では3610又は3610WTと呼ぶ及び3610swrA-のそれぞれから全ブロスを準備した。3610WTBacillussubtilisについてはKearns2004に述べられている。3610swrA-突然変異とは、Kearns2004に記載され、3610の位置26~34に生じる8つのA:T塩基対の連続範囲に挿入を有するswrA-突然変異を指す。種子フラスコに接種する3日前に、各株を栄養寒天NA上に筋状に並べた。NAプレートから1つのコロニーをもぎ取ることによって、LuriaブロスLBを含む種子フラスコに接種し、これらのフラスコは30°C及び200rpmで振盪させた。翌日、5mLの種子フラスコを大豆系培地に接種した。0290種子灌注の前に、CFU/mLに基づいて、全ブロスの最終濃度を市販のSERENADE登録商標製品の64オンス/エーカーの比率まで希釈した。64オンス/エーカーとは、種子1個当たりのコロニー形成単位数、すなわち2.2×108CFU/植物1本を指す。本明細書で使用する量は、全ブロスのcfu/mLに基づいて計算した。0291プラグトレイHummert、カタログ番号14-3128にSunshine3鉢植え混合物SunGroHorticulture1時間給湿して滅菌し、次に3日間換気したを充填し、各細胞に1個の種子を植え付けた。SpringTreatHybridトウモロコシの種子、Derkwin小麦の種子、及びQualiT21トマトの種子を使用した。このように、試験には単子葉植物種すなわちトウモロコシ及び小麦と双子葉植物種すなわちトマトの両方が含まれた。次に、各プラグトレイを2mLの全ブロスサンプルで処理し、未処理の対照標準は2mLの水を受けた。穴がないトレイを溢れさせ、プラグトレイを内部に配置することにより、プラグトレイに底部から給水した。これらのトレイを室温で高輝度照明約300アインシュタイン、16時間照明あり/8時間照明なしのスケジュールに設定に当たるように配置した。必要に応じて水やりをした。肥料は使用しなかった。0292種子灌注から2週間後に、トマトの苗を観察し、植物成長促進形質を調べた。次に、葉の表面積を定量化した。02933610WTで処理した苗は、水処理した苗より緑が濃くも高くもないように見えた。対照的に、3610swrA-で処理した苗は、3610WTで処理した苗より緑が濃く、高いように見えたデータは示さず。これらの結果は、3610swrA-で処理した苗の葉の表面積を調べることによって、定量的に確認された図31。ランダムに選択したトマトの実生苗5本で最初の本葉の葉緑素測定値の平均値は、3610swrA-で処理した苗の方が葉緑素レベルが高いことを示さなかった図32。0294小麦及びトウモロコシで同様の実験を実施したことに留意されたい。3610WTで処理した苗及び3610swrA-で処理した苗は、定性的観察に基づいて高さ及び色の点は同等であったが、両方とも水処理対照標準より高く、緑が濃かった。しかし、これらのタイプの違いは単子葉植物では短期間の温室アッセイで非常に些細であり、したがってこの定性的研究では識別できなかった。実施例21-Phytophthoracapsiciに対する3610swrA-の植物内活性02953610WT及び3610swrA-株を、上述したように大豆系培地のフラスコで増殖させ、全ブロスを20濃度でPhytophthoracapsiciに対して試験した。PhytophthoracapsiciはV-8寒天で1~2週間増殖させた。その終了時に、プレートの外側1/4インチ0.64cmを切り取り、滅菌ピンセットで廃棄した。プレートは寒天のレベルまで滅菌脱イオン水を溢れさせ、光に当てて2日間室温に放置し、胞子嚢生成を助長した。次に、プレートを1時間半4°Cに冷却してから、さらに1時間室温に放置し、胞子嚢中の遊走子を放出させた。ランダムに写真を3枚撮影し、遊走子のカウントを平均することによって、血球計付きの顕微鏡で遊走子の濃度を定量化した。次に、遊走子を接種植物1本当たり10mL用に2×104個/mLまで希釈した。0296鉢植え混合物中に2週間経ったトウガラシ品種CaliforniaWonderを植え付け、それぞれ10mLの全ブロス処理剤を灌注し、翌日Phytophthoracapsiciを接種した。1週間後、処理毎にトウガラシの総数から死/非死について等級を付けた。苗を8日間監視した。次に、これらの等級を感染対照標準IC及び非感染対照標準と比較した図33参照。アルミニウムトリスO-ホスホン酸エチルを含む化学的殺カビ剤アリエッテも、3.2mg/mL及び1.6mg/mLで試験した。02973610swrA-での処理は3610での処理よりも苗を長期間にわたって保護し、生存した苗の総数も多かった図33参照。実施例22-センチュウに対するAQ30002の活性0298キュウリ種子品種Sultanで研究を実施し、Melodogynejavania、すなわちネコブセンチュウに対するAQ30002の活性を明らかにした。20gの砂及び発芽していない種子を1粒含む50mLの遠心分離管を、様々な割合のAQ30002の全ブロスで処理した。AQ30002の全ブロス培養物を得るために、LuriaブロスLBを含む種子フラスコにAQ30002を接種し、30°Cで一晩増殖させた。翌日、各種子フラスコからのアリコートを1Lの振盪フラスコ中の200mLの大豆系培地に接種し、胞子形成まで増殖させた。簡潔に言うと、振盪フラスコ培地を30°Cと32°Cの間の温度に維持し、振盪装置を200rpm~220rpmに設定した。細胞の増殖及び代謝物の生成が停止した接種後約3日で、培養物ブロスを採取した。0299処理した種子を発芽させ、温室内で生育した。処理の4~5日後DATに、各管に100個の第2段階幼若ネコブセンチュウを受け付けた。10DATに、実生に0~4のスケールで根のえい瘤形成率の得点をつけ、それを表4に示す。0300次に、センチュウの侵入及び発育を観察するために根を酸フスシンで染色し、ライカ解剖顕微鏡で観察した。センチュウの侵入に関しては、各根中のセンチュウ幼若体総数をカウントした。センチュウの発育については、後期第2段階幼若体J2及び第3段階幼若体J3を含む肥満幼若体総数をカウントした。根へのセンチュウの侵入及び侵入後のセンチュウの発育は、表4で詳述するように得点をつけた。使用した技術の詳細については、COOmwega他の、ANondestructiveTechniqueforScreeningBeanGermPlasmforResistancetoMeloidogyneincogniaPlantDisease72970972を参照されたい。0301表7.細菌全ブロスのセンチュウ拮抗作用の評定方式。えい瘤形成指数は、根えい瘤形成の割合に基づいた。侵入尺度は、未処理対照標準UTC中の幼若センチュウの数に対する幼若センチュウの平均総数として計算した。発育尺度は、根の中にいる肥満幼若センチュウ後期J2段階/J3段階の総数を反映している。0302図34は、AQ30002全ブロスを適用すると根えい瘤形成が減少することを示す。図35は、様々な割合のAQ30002を適用すると、未処理対照標準と比較して、えい瘤形成、侵入及び発育が低下することを示す。データは以上の評定システムに基づいているので、常に用量反応を観察することが可能だとは限らないことに留意されたい。実施例23-トマトのネコブセンチュウを防除するAQ30002の有効性0303ネコブセンチュウMjavanicaの卵に対するAQ30002の有効性を試験するために、トマト種子で別の実験を実施した。様々な時期にバイオリアクタ内でAQ30002-バッチ1及びAQ30002-バッチ2を準備した。簡潔に言うと、保存培養のバイアルを解凍し、ディフコ栄養ブロスの滅菌フラスコに移した。次に、フラスコ培養物を28°Cと32°Cの間の温度、200rpm~220rpmの回転速度の回転振盪装置でインキュベートし、細胞の増殖を促進して、高密度細胞を得て、次に12Lの大豆系増殖培地を20Lのバイオリアクタに加えた。バイオリアクタは、30°Cと32°Cの間の温度設定、500rpmから1000rpmの攪拌設定、6と8の間に緩衝したpH、及び0.5と1.0VVMの曝気に設定した。細胞の増殖及び代謝物の生成が停止したインキュベート後約3日で、培養物ブロスを採取した。03043週間のトマトの苗を灌注によってAQ30002で処理した。次に、ポットを温室内で10日間保管してから、ポット当たり5000個のネコブセンチュウRKNを接種した。センチュウ接種から42日後に苗を採取した。HusseyRS、BarkerKRの、AComparisonofMethodsofCollectingInoculaofMeloidogynesppIncludingaNewTechniquePlantDiseaseReporter19735710251028で詳述されているように、1のNaOCl溶液を使用してトマトの苗の根から卵を採集した。AQ30002は、苗1本当たりに観察されたネコブセンチュウ卵の数を減少させた。データは、採点システムではなく卵を直接カウントした結果を表す。未処理サンプルUTCと比較した結果を図36に示す。実施例24-swrA-自然突然変異のスクリーニング0305Bacillussubtilisクレード株からのswrA-自然突然変異体のスクリーニングは、以下のように実施することができる。1リットルのフラスコに入れた250mLのLuriaブロスLB液体に、適切な寒天プレートからの単一コロニーを接種する。これをオービタルシェーカーにいれて、30°C、200rpmで16~20時間培養する。その結果の培養物を、リン酸緩衝液で1×103、1×106及び1×109に順番に希釈し、100μLの各希釈物を適切な寒天プレートで平板培養し、37°Cで12~16時間インキュベートする。150~200の個別のコロニーを生成した希釈物プレートを4°Cの冷蔵庫に移動させ、24~48時間おく。4°Cにして24~48時間後、寒天プレート上に強力な白いサンドペーパー様形態があるので、swrA-分離菌の可能性があるものが識別でき、swrAである分離菌はこの形態を呈さず、往々にして半透明になり、プレート上では見えにくい。0306swrA-突然変異体の可能性があるものを採集し、LB中で30°C、250rpmで一晩培養した。MoBioKitとともに提供されるMOBioultraClean登録商標MicrobialDNAIsolationKit遠心分離プロトコルを使用して、ゲノムDNA分離を実行する。突然変異は、PCR及びswrA遺伝子座の配列決定によって同定され、以上で分離されたゲノムDNA及びPCRは、バチルス種の以下のPCRプライマーリストを使用すると、スクリーニング中の株にとって重要な特定のプライマー又は一般的プライマーが増幅される。0307Bacillusamyloliquefaciens0308BAswrAPCRFAAACAATGAAAAAAGCCGTTCTGG0309BAswrAPCRRTCCGTGATAATCAAAAGGCC0310Bacilluspumilus0311BPswrAPCRFAAAGAATGATCTTCAGCTAC0312BPswrAPCRRATTAAAAACAGACCGACCGC0313Bacilluslicheniformis0314BLswrAPCRFCATAATGAATAGAATTGACCCG0315BLswrAPCRRGAAACCCAGCTTGTCTAAAG0316Bacillussubtilis0317BSswrAPCRFAATGAAACTTTTGCAAGTTGCC0318BSswrAPCRRAATCGATATTCCGAGTCCAC0319非同定バチルス株0320BacswrAPCRFACGCTKTAYAARTGGCTSAC0321BacswrAPCRRTCATCCAKAYCGTVACATTDG0322PCRプロトコル及びswrA遺伝子座を増幅する反応条件と、3’及び5’UTRの約150のヌクレオチドを以下に示す。0323反応毎のPCR反応成分032425μLgDNA≦250ng最終03255μLGoTAQ5x緩衝液1X最終03261μLGoTAQMgCl21mM最終032705μL10mMdNTPs02mM最終0328025μL01nMolフォワードプライマー1pMol最終0329025μL01nMolリバースプライマー1pMol最終0330025μLGoTAQ1X最終03311525μLH2O033225μL全反応体積0333適切なPCR循環条件を以下に示す033494°C2:00分033594°C0:30分033655°C0:30分033772°C2:00分033825サイクル033972°C5:00分03404°C無期限0341適切なDNA染料及びサイジングラダーを使用し、1アガロースゲル上でPCR反応の5を観察する。PCR生成物は、ヌクレオチド約700個の長さの単独バンドである。2μLのExoSapIt酵素で配列決定する前に5μLの増幅DNAを洗浄する。洗浄した単位複製配列は、サンガ法を使用して正又は逆PCRプライマーで配列決定する。ClustalW配列アラインメントツール及び同定された任意の核酸の変化、欠損又は挿入を使用して、swrA遺伝子座の配列を好ましくは同じ種の野生型基準株と比較する。0342swrA遺伝子座が突然変異すると、コロニー形態が変化する、野生型swrAと比較して液体増殖中の連鎖形成が増進される、遊走バチルスの0.7寒天上の遊走が喪失する、及び/又はより頑強な根生物膜が形成されることになる。実施例25-様々な方法によるswrA-突然変異体の生成0343swrAバチルス株のswrAノックダウンのためのアンチセンス構成は、PCRでQST713又は他のswrAバチルスから誘導したゲノムDNAからのswrAコード化領域のリバースコンプリメントを増幅することによって構成することができる。PCRプライマーは、BacillussubtilisMMB869中に存在する組み込み及び接合エレメントICEエレメントに適合するように設計されて以前に構築されたendoProswrAプラスミドベクタに挿入することに適合する制限酵素で設計されるWiepKlaasSmits及びAlanDGrossmanの、TheTranscriptionalRegulatorRokBindsATRichDNAandIsInvolvedinRepressionofaMobileGeneticElementinBacillussubtilisPLoSGenetics6e1001207、CatherineALee他の、IdentificationandcharacterizationofintxisandchromosomalattachmentsitesoftheintegrativeandconjugativeelementICEBslofBacillussubtilisMolecularMicrobiology6613561369。swrAコード化領域はendoProswrAプラスミドから制限酵素処理によって挿入され、swrA遺伝子のリバースコンプリメントは挿入される。swrAアンチセンス構築物は、精製プラスミドDNAの配列決定によって、PCRが核酸変化を導入しない状態でプラスミドベクタに正確に挿入されたものと確認することができる。実施例7を参照されたい。0344swrA遺伝子座が突然変異すると、コロニー形態が変化する、野生型swrAと比較して液体増殖中の連鎖形成が増進される、遊走バチルスの0.7寒天上の遊走が喪失する、及び/又はより頑強な根生物膜が形成されることになる。0345swrA-突然変異体を生成するために、マリナ系トランスポゾンTnYLB-1LeBretonY、MohapatraNR及びWGHaldenwang、2006InVivoRandomMutagenesisofBacillussubtilisbyuseofTnYLBIamarinerBasedTransposonApplEnvironMicrobial72327333も使用することができる。ハイマ-1トランスポザーゼが存在するので、マリナは2つの逆挿入ISエレメントにて自身を認識し、切除して、挿入し、ISエレメント間に存在する外因性DNAがあればすべて保持する。TnYLBは、バチルスと使用する変更マリナトランスポゾンである。組み込み体を迅速に選択するために、カナマイシン抵抗マーカがISエレメント間に挿入される。TnYLBがプラスミドpMarA上に与えられる上記からLeBreton他、2006。ホストバチルスにカナマイシン抵抗性をもたらすことに加えて、挿入はオープンリーディングフレームが破壊されるので、通常は機能喪失の突然変異が生じる。遊走能力の喪失又はサンドペーパー様コロニー形態をスクリーニングし、swrA遺伝子座へのトランスポゾン挿入を確認することにより、swrA-突然変異株を生成することができる。0346マリナISエレメント、カナマイシン抵抗性遺伝子、ISエレメントの外側のハイマ1遺伝子をコード化するpMarAプラスミドエレメントがゲノム内で確実に安定するようにするは、電気穿孔法によってswrAバチルス株に導入される。pMarAプラスミドバックボーンは、転位後にpMarAプラスミドが確実に失われるために、mlsマクロライド-リンコサミド-ストレプトグラミンB抵抗遺伝子を有する。これは温度感受性の起源を有し、それによってmls又はカナマイシンを選択することができる。pMarAプラスミドを含むswrAバチルス株を、ローラドラムに入れて3mLのLBmls中で一晩室温にて増殖させる。pMarAプラスミドを含むswrAバチルス株を、コロニー形成単位合計を求めるためにLBで、及び転移体の数を求めるためにLBと20μg/mLのカナマイシンで希釈平板培養し、45°Cで一晩インキュベートする。コロニーを、カナマイシンプレート及びmlsプレートとともにLBプレートに再び根付かせる。カナマイシン抵抗性/mls感受性コロニーは、さらなる分析のために保有される。トランスポゾンの可能性があるものをswrA遺伝子座に挿入すると、サンドペーパー様コロニー形態が生じ、0.7LB寒天プレート上の遊走能力が低下する。0347推定されるswrAトランスポゾンの挿入を同定した後、逆PCRiPCRによって挿入の正確な位置を決定する。トランスポゾン突然変異体からのゲノムDNAは、Sau3AI又はTaqIなどの高頻度制限酵素で分離され、消化処理が行われる。消化処理が行われたDNAは再連結されて円形にしたDNAフラグメントを形成する。トランスポゾンからの1つのISエレメント及び隣接するホストゲノムDNAを含む円形フラグメントは、TnYLBトランスポゾン内でデザインされたプライマーを使用した場合に、PCRフラグメントを連続的に生成する。0348iPCRプライマー:03492507AGGAGGAATTCTACGGAAGTGTTAATTTCATAC03502508TCCATGCTCGAGGAAGAGC03512509ACAGAAAGTCTCGAGATCGTC03522510CTCCTGGATCCTCAATGGCTTTTTGGAAATCAG0353iPCR生成物を精製し、外向きの増幅プライマーで配列決定する。突然変異毎に配列タグを生成し、swrA遺伝子座に隣接するゲノム配列に吹き付ける。swrA遺伝子座のゲノムDNAを含むトランスポゾンは、swrAの機能を破壊する可能性が高い。0354転位によってswrA遺伝子座をノックダウンすると、コロニー形態が変化する、野生型swrAと比較して液体増殖中の連鎖形成が増進される、遊走バチルスの0.7寒天上の遊走が喪失する、及び/又はより頑強な根生物膜が形成されることになる。0355他に規定していない限り、本明細書の技術及び科学用語はすべて、本発明の当業者の一般的な理解と同じ意味を有する。本明細書に記載するものと同様又は同等の方法及び材料はいずれも、本発明の実践又は試験に使用することができるが、好ましい方法及び材料は本明細書に記載されている。引用されたすべての出版物、特許、及び特許公報はすべて、目的を問わず参照によりその全体を本明細書に組み込むものとする。0356本明細書で検討した出版物は、本出願の出願日以前の開示に関してのみ提供される。本明細書の内容はいずれも、本発明が先行する発明によってこのような出版物より前の日付を付ける権利を有していないということを容認するものとは考えられない。0357特定の実施形態に関して本発明を説明してきたが、さらなる変更が可能であり、一般的に、本発明の原理に従い、当技術分野で知られているか、又は習慣的に実践されているような、さらに本明細書で上述し、添付の特許請求の範囲にもある基本的特徴に適用されるような本開示からの逸脱を含め、本発明のいかなる変形、使用法、又は適応も含むものであることを理解されたい。"