クロマトグラフィーおよびタンデム質量分析を用いて試料を分析する方法であって、1つまたは複数の試料ペプチドを含む試料を提供する工程、1つまたは複数の標準ペプチドを該試料に添加して試験試料を形成する工程であって、各標準ペプチドのアミノ酸配列および疎水性指標が既知である、工程、該試験試料をクロマトグラフィーカラムに投入し、該クロマトグラフィーカラムからタンデム質量分析装置へと試験試料ストリームを溶出させる工程、第1の時間間隔内の試験試料ストリームに含まれる複数のペプチドについての第1の時間間隔の質量スペクトルおよび関連する保持時間を取得する工程であって、第1の時間間隔内の試験試料ストリームが少なくとも1つの標準ペプチドを含む、工程、第1の時間間隔の質量スペクトルと質量スペクトル参照データベースを比較して、第1の時間間隔内の試料ストリームに含まれる試料ペプチドに基づき同定された試料ペプチド配列セットを形成する工程、少なくとも1つの同定された試料ペプチド配列について、タンパク質配列参照データベースを検索して、該同定された試料ペプチド配列を含む1つまたは複数のタンパク質配列を同定および抽出する工程、工程で抽出された1つまたは複数のタンパク質配列を分析することにより関連ペプチド配列セットを生成して、1つまたは複数の関連ペプチド配列を同定する工程であって、該同定された試料ペプチド配列と該関連ペプチド配列とは異なっておりかつ両方が該タンパク質配列内に含まれる、工程、工程で取得された1つまたは複数の標準ペプチドの保持時間に基づき、少なくとも1つの関連ペプチド配列についての予測保持時間を決定する工程、ならびに該関連ペプチド配列セット中の該少なくとも1つの関連ペプチド配列および工程で決定された予測保持時間に基づき、いくつかのイオンを通過させその他のイオンをフィルターで除去するよう該タンデム質量分析装置を設定することによって、第2の時間間隔内の試験試料ストリームについての第2の時間間隔の質量スペクトルおよび関連する保持時間を取得する工程を含む、方法。前記質量分析装置が、質量分析器および検出器を含み、かつ工程が、前記少なくとも1つの関連ペプチド配列のイオンまたは2次イオンを該検出器へと通過させるよう該質量分析器を設定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。前記質量分析装置が、質量分析器および検出器を含み、かつ工程が、前記少なくとも1つの関連ペプチド配列のイオンまたは2次イオンが該検出器へと通過するのを妨害するよう該質量分析器を設定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。工程が、前記関連ペプチド配列セットに含まれる関連ペプチド配列を、2次イオンへの解離のための親イオンとして選択または除外することを含む、請求項1記載の方法。前記試験試料を形成するために複数の標準ペプチドが前記試料に添加され、かつ前記少なくとも1つの関連ペプチド配列についての予測保持時間が工程で取得された複数の標準ペプチドについての複数の保持時間に基づき決定される、請求項1記載の方法。工程が、前記少なくとも1つの関連ペプチド配列についての疎水性指標HIを算出することを含み、かつ該少なくとも1つの関連ペプチド配列についての保持時間が、該関連ペプチド配列の疎水性指標ならびに前記1つまたは複数の標準ペプチドの保持時間および疎水性指標に基づき算出される、請求項1記載の方法。各関連ペプチド配列についての疎水性指標が、SSRCalcを用いて算出される、請求項6記載の方法。前記保持時間が、式TPHIPT0にしたがって算出され、式中、TPは前記関連ペプチド配列の保持時間であり、HIPは該関連ペプチド配列の疎水性指標であり、T0は前記1つまたは複数の標準ペプチドの観察された保持時間に基づいて算出される、請求項6記載の方法。工程で決定された1つまたは複数の関連ペプチド配列の各々について質量mおよび/またはエレクトロスプレーイオン電荷状態Zを算出する工程をさらに含み、工程は、前記関連ペプチド配列セット中の少なくとも1つの関連ペプチド配列の質量および/またはエレクトロスプレー電荷状態に基づきいくつかのイオンを通過させその他のイオンをフィルターで除去するよう前記タンデム質量分析装置を設定することをさらに含む、請求項1記載の方法。各関連ペプチド配列のエレクトロスプレーイオン電荷状態Zが、該関連ペプチド配列の塩基性アミノ酸の数を合計することによって算出される、請求項9記載の方法。前記塩基性アミノ酸が、リジン、アルギニンおよびヒスチジンである、請求項10記載の方法。第1の時間間隔内に、2次イオンへの解離のための親イオンを該親イオンの観察された強度に基づき選択することによって、質量スペクトルが取得される、請求項1記載の方法。前記試料ペプチドがトリプシン消化ペプチドであり、かつ工程が、前記タンパク質配列を分析して、トリプシン消化ペプチドに相当する関連ペプチド配列を同定することを含む、請求項1記載の方法。前記トリプシン消化ペプチドが、トリプシン消化切断ミスを0、1、2または3つ有する、請求項13記載の方法。工程が、1つまたは複数の翻訳後修飾を含む関連ペプチド配列を同定することをさらに含む、請求項1記載の方法。前記1つまたは複数の翻訳後修飾が、N末端環化、脱アミド化、またはメチオニン酸化を含む、請求項15記載の方法。前記標準ペプチドが、LGGGGGGDFR、LLGGGGDFR、LLLGGDFR、LLLLDFR、およびLLLLLDFRからなる群より選択される1つまたは複数のペプチドを含む、請求項1記載の方法。タンデム質量分析装置を制御し該タンデム質量分析装置からデータを受信するためのコンピュータ制御システムであって、該タンデム質量分析装置からデータを受信するための制御通信モジュールであって、該データが、1つまたは複数の試料ペプチドおよび1つまたは複数の標準ペプチドを含む試料ストリームについて第1の時間間隔内に収集された第1の質量スペクトルセットおよび関連する保持時間を含み、各標準ペプチドのアミノ酸配列および疎水性指標が既知である、制御通信モジュール;第1の質量スペクトルセットと質量スペクトル参照データベースを比較して、同定された試料ペプチド配列セットを形成することによって、試料ストリームに含まれる該1つまたは複数の試料ペプチドのアミノ酸配列を同定するため、および少なくとも1つの同定された試料ペプチド配列について、タンパク質配列参照データベースを検索して、該同定された試料ペプチド配列を含む1つまたは複数のタンパク質配列を同定および抽出するための、検索モジュール;該検索モジュールによって同定された該1つまたは複数のタンパク質配列を受信するため、および該1つまたは複数のタンパク質配列を分析して1つまたは複数の関連ペプチド配列を同定することによって関連ペプチド配列セットを生成するための分析モジュールであって、同定された試料ペプチド配列および関連ペプチド配列の両方が該タンパク質配列内に含まれ、かつ、該分析モジュールが、該1つまたは複数の標準ペプチドの保持時間に基づき少なくとも1つの関連ペプチド配列についての予測保持時間を決定するようにさらに動作可能である、分析モジュールを提供するよう設定された少なくとも1つのプロセッサおよびメモリを含み、該制御通信モジュールが、該タンデム質量分析装置と通信するように、かつ該関連ペプチド配列セット中の少なくとも1つの関連ペプチド配列および該予測保持時間に基づきいくつかのイオンを通過させその他のイオンをフィルターで除去するよう該タンデム質量分析装置を設定するようにさらに動作可能である、コンピュータ制御システム。前記制御通信モジュールが、前記タンデム質量分析装置と通信するように、かつ前記関連ペプチド配列セットに含まれる1つまたは複数の関連ペプチドを2次イオンへの解離のための親イオンとして選択または除外するよう該タンデム質量分析装置を設定するようにさらに動作可能である、請求項18記載のシステム。前記コンピュータ制御システムが、1つまたは複数の選択基準を受信するように動作可能であるユーザインターフェースをさらに含み、前記プロセッサが、該ユーザインターフェースで受信した該基準に基づき関連ペプチド配列を関連ペプチド配列セットに含めるよう前記分析モジュールを設定するようにさらに動作可能である、請求項18記載のシステム。前記分析モジュールが、少なくとも1つの関連ペプチド配列についての前記予測保持時間を複数の標準ペプチドについての保持時間に基づき決定するようにさらに動作可能である、請求項18記載のシステム。親イオンを選択するように動作可能である第1の質量分析器、親イオンを解離させて1つまたは複数の2次イオンを生成するように動作可能である衝突セル、2次イオンを選択するように動作可能である第2の質量分析器、および検出器を含むタンデム質量分析装置をさらに含む、請求項18記載のシステム。クロマトグラフィーカラムをさらに含み、前記タンデム質量分析装置が、該クロマトグラフィーカラムからの1つまたは複数の試料ペプチドを含む前記試料ストリームを受け取るよう適合されている、請求項22記載のシステム。発明の詳細な説明:定義本明細書において使用される場合、試料という用語は、1つまたは複数のペプチドを含むまたは含むと考えられる任意の試料を表す。試料という用語には、トリプシン消化ペプチドを生成するようトリプシン処理されたタンパク質を含む試料も含まれる。本明細書において使用される場合、試料ストリームは、クロマトグラフィーカラムから出てくる試料および溶出物の連続的な流れを表す。本明細書において使用される場合、ペプチドという用語は、2つまたは複数のアミノ酸がペプチド結合によって連結されたものを表し、合成および天然ペプチドならびに修飾されたペプチドが含まれる。本明細書において使用される場合、タンパク質は、自然界で観察されるまたはタンパク質配列参照データベース上で見出される、複数のアミノ酸がペプチド結合によって連結されたものを表す。典型的には、タンパク質は、複数の短いペプチドへと断片化され得る。本明細書において使用される場合、標準ペプチドは、そのアミノ酸配列および疎水性指標が既知であるペプチドを表す。標準ペプチドは、クロマトグラフィーカラムの動作特性を実験的に決定するのに使用される。本明細書において使用される場合、保持時間という用語は、試料が最初にクロマトグラフィーカラムに投入されてから、ペプチドが該クロマトグラフィーカラムから溶出した後に検出器により検出されるまでに要する時間を表す。本明細書において使用される場合、質量スペクトル参照データベースは、特定のペプチド配列に関連する質量スペクトルデータを含むデータベースを表す。タンパク質配列参照データベースは、複数のタンパク質の配列情報および関連する識別子を含むデータベースを表す。タンパク質配列参照データベースの例には、当技術分野で公知のSwissProtおよびUniProtが含まれる。参照データベースは、インターネットを用いてもしくはコンピュータネットワークを通じてクエリーを入力することによってアクセスされ得るものであるか、またはローカルでの使用のためにコンピュータもしくはコンピュータシステム上に作製またはダウンロードされるものであり得る。本明細書において使用される場合、親イオンまたは前駆イオンは、試料ストリーム中の分子をイオン化することによって生成され、その後に2次イオンまたはプロダクトイオンへのフラグメンテーションのために選択されるイオンを表す。本明細書において使用される場合、2次イオンまたはプロダクトイオンは、親イオンの解離を通じて生成されるイオンを表す。1つの態様において、2次イオンは、親イオンの衝突誘起解離CIDによって、または当技術分野で公知の他のイオン生成方法、例えばマトリックス支援レーザー脱離MALDIもしくはエレクトロスプレーイオン化ESIによって、生成される。本明細書において使用される場合、設定するまたは質量分析装置を設定するという用語は、イオンのイオン化、選択、解離、または検出を支援するよう質量分析装置の動作パラメータを変更することを表す。例えば、質量分析装置を設定することには、イオンまたは特定の質量電荷mZ比を選択するよう質量分析装置のパラメータを制御することが含まれ得る。本開示の1つの態様において、試料中のペプチドの配列を同定するために、ペプチドを含む試料ストリームのタンデム質量スペクトルを第1の時間間隔について分析する。試料ストリーム中のペプチドフラグメントの配列は、観察されたタンデム質量スペクトルに基づき、当技術分野で公知の方法、例えばペプチドマスフィンガープリンティングおよび質量スペクトル参照データベース検索により決定される。1つの態様において、データベース検索を実行して、同定されたペプチドフラグメントの配列を含むタンパク質配列を同定する。その後、得られたタンパク質配列を分析して、すでに同定されているペプチドフラグメントの配列と異なるタンパク質配列中に含まれる任意の関連ペプチドの配列を同定する。例えば、試料ストリームがトリプシン消化ペプチドを含む場合、そのタンパク質配列を分析して、可能性のある任意のさらなるトリプシン消化ペプチドフラグメントの配列を決定することができる。関連ペプチドの多くは、第1の時間間隔内には試料ストリーム中に溶出せず、検出もされていないと考えられ、これは、第2の後の時間間隔内に試料ストリーム中に溶出し得る未来のfuture予測ペプチドを表す。1つの態様において、参照データベースは、分類学taxonomyまたは試料のその他の既知の特性、例えば種の同一性に基づき限定される。1つの態様において、関連ペプチドに関する情報は、第2の時間間隔内に、関連ペプチドイオンのセットを検出するようにまたはフィルターで除去するようにタンデム質量分析装置を設定するのに使用され得る。例えば、関連ペプチドは、タンデム質量分析装置により、2次イオンへの解離のための前駆イオンとして選択または除外され得る。関連ペプチドに関する情報は、タンデム質量分析における強度ベースの親イオン選択と置き換えるまたはそれを補完するのに使用され得る。これにより、関心対象であるがそのほかの点では強度主導式のスペクトル取得モードでは親選択に値しないほど微弱であり得る親イオンの、選択および分析が可能となる。1つの局面において、関連ペプチド配列についての予測保持時間を決定し、第2の時間間隔におけるタンデム質量分析装置の設定を支援するのに使用する。本明細書に記載されるように、関連ペプチドの予測保持時間は、関連ペプチド配列について算出された疎水性指標HIの値および試料ストリームを生成するクロマトグラフィーカラムの動作特性に基づき決定することができる。1つの態様において、クロマトグラフィーカラムの動作特性は、試料を標準ペプチドセットでスパイクし、1つまたは複数の標準ペプチドの保持時間を検出することによって決定される。1つの局面において、タンデム質量分析装置を制御し、該タンデム質量分析装置からのデータを受信するよう設定されたコンピュータ制御システムが提供される。コンピュータ制御システムの1つの態様は、図7に示されている。図7を参照すると、コンピュータ制御システム10は、制御通信モジュール15、検索モジュール20、分析モジュール25およびユーザインターフェース30を含んでいる。制御通信モジュールは、質量スペクトルおよび保持時間を含むデータを質量分析装置50から受信するように動作可能である。検索モジュール20は、観察された質量スペクトルを質量スペクトル参照データベース100と比較することによって試料ストリームに含まれる1つまたは複数の試料ペプチドのアミノ酸配列を同定して、同定された試料ペプチド配列セットを形成するように動作可能である。検索モジュール20は、タンパク質配列参照データベース100を検索して、同定された試料ペプチド配列を含む1つまたは複数のタンパク質配列を同定および抽出するように動作可能である。分析モジュール25は、検索モジュール20によって同定された1つまたは複数のタンパク質配列を受信するように動作可能である。1つの態様において、分析モジュール25は、試料ストリーム中の1つまたは複数の標準ペプチドの保持時間を含むデータを受信するように動作可能である。分析モジュール20は、1つまたは複数のタンパク質配列を分析することによって関連ペプチド配列セットを生成して、同定された試料ペプチド配列と異なる、該タンパク質配列中に含まれるペプチド配列を同定するように動作可能である。分析モジュール25はまた、1つまたは複数の標準ペプチドの保持時間および関連ペプチド配列の特性、例えば疎水性に基づき少なくとも1つの関連ペプチド配列についての予測保持時間を決定するように動作可能である。任意で、関連ペプチド配列はトリプシン消化ペプチドであり、分析モジュールはタンパク質配列のトリプシン消化により生成されるトリプシン消化ペプチドを予測するよう設定される。1つの態様において、関連ペプチド配列セットへの包含のために関連ペプチド配列を選択する基準は、ユーザインターフェース30を通じてユーザにより指定される。分析モジュール25は、1つまたは複数の関連ペプチド配列の疎水性指標および/または保持時間を算出するように動作可能である。任意で、分析モジュールは、1つまたは複数の関連ペプチド配列の質量および/またはエレクトロスプレーイオン電荷状態を算出するように動作可能である。ユーザは、ユーザインターフェース30を通じて参照データベース100を検索するための基準またはパラメータを指定することができる。例えば、ユーザは、既知の分類学または試料の種別に基づき検索モジュール100により検索するための限定データベースセットを選択することができる。制御通信モジュール15は、質量分析装置50と通信しかつこれを設定するように動作可能である。質量分析装置は、分析モジュール25により生成された関連ペプチド配列セットに基づき設定され得る。例えば、制御通信モジュール15は、関連ペプチドセットの少なくとも1つの関連ペプチドに基づき、いくつかのイオンを通過させその他のイオンをフィルターで除去するよう質量分析装置50を設定することができる。1つの態様において、プロダクトイオンへと解離させるための試料ストリーム中の親前駆イオンを選択することによる、タンデム質量分析データの取得のためのシステムおよび方法が提供される。1つの態様において、これは、第1の時間間隔内に収集された質量スペクトルについての限定的なデータベースに対する並列検索を用いるペプチド配列決定と、先に同定されたペプチドに基づく未来の関連ペプチドの質量、電荷、および疎水性値の予測ならびに/または予測保持時間との組み合わせによって、達成される。得られたデータは、関心対象のペプチドのリストもしくはセットを形成するために、または第2の時間間隔内に対応する関連ペプチドのイオンを検出もしくは無視するのを支援するようタンデム質量分析装置を設定するために使用することができる。1つの態様において、関心対象のペプチドに関するデータを取得するように質量分析装置を設定するために、関連ペプチドの保持時間が決定されかつ使用される。1つの態様において、本明細書に記載される方法およびシステムは、並列検索アルゴリズムを用いるペプチドの高速同定を実現するように動作可能である。1つの態様において、本明細書に記載される方法およびシステムは、すべて参照により本明細書に組み入れられるKrokhinetalMolecularandCellularProteomics2004Sep390819KrokhinAnalChem200678pp77857795およびSpiceretalAnalChem200779pp87628768に記載されるような、ペプチドのクロマトグラフィー保持時間を正確に予測する方法を使用する。本開示は、例えば解離用の親イオンの選択を制御するために、第2の時間間隔においてタンデム質量分析装置の動作パラメータを制御可能にするタンデム質量スペクトルデータを、第1の時間間隔内に分析する方法を提供する。出願人は、この作業を1サイクルあたり数秒で実行することができるソフトウェアシステムを設計し、シミュレート試験した。1つの態様において、この分析は、クロマトグラフィー分離全体にわたり等間隔で行われ、その後の時間間隔におけるタンデム質量分析装置の動作パラメータの情報を提供する。1つの態様において、試料は、分析プロセスのトリップポイントtrippointとしての、およびクロマトグラフィーカラムの動作特性を決定するための較正用の2つの役割を担う、標準較正ペプチドでスパイクされる。同定および前方予測分析は、実験実施典型的には1~3時間の間に1回実行され得るか、または2回以上、すなわち4または5回実行され得る。1つの態様において、本明細書に記載される方法は、その時点で試料ストリーム中に溶出していない関連ペプチドを、試料ストリームのタンデム質量分析時の親イオンとして包含または除外するために同定するのに有用である。例えば、1つの態様において、本明細書に記載される方法およびシステムは、例えば、メンバータンパク質のペプチド適用範囲が最大であることにより比率スコアリングが強化される、ITRAQ相対絶対定量用同重体標識ベースの定量実験のための親イオンとして、関連ペプチドを選択するために有用である。この方法およびシステムは、強度主導式の取得モードではMSMSに値しないほど親強度が微弱であり得る翻訳後修飾PTMを追跡するのにも有用である例えば、SchmidtetalMolecularCellularProteomics2008721382150を参照のこと。1つの態様において、PTMを含む関連ペプチドは、特定のタンパク質またはペプチドについての既知のPTMに関する生化学データに基づき同定される。別の態様において、本明細書に記載される方法およびシステムは、タンデム質量分析中に関連ペプチドを親イオンとして除外するのに有用である。例えば、一般的な混入物質例えば、ケラチンを同定して、その後にケラチン関連ペプチドを親イオンとしての選択から除外す得る。1つの態様において、この方法およびシステムは、非常に豊富に存在するタンパク質、例えば植物におけるRuBisCOならびに哺乳動物由来の血漿におけるアルブミンおよびIgG由来のペプチドを除外するのに使用することができる。次にタンデム質量分析装置の動作パラメータを、それよりも豊富ではないが潜在的により高い関心が持たれる親イオンの選択および検出を可能にするよう制御することができる。図1は、本明細書に記載される方法を実施するためのシステムの1つの態様を示している。図1を参照すると、トリプシン消化ペプチドと、クロマトグラフィー分離および質量分析特性が十分に特徴決定された標準ペプチドセットP1~P6とを含む試験試料を、逆相クロマトグラフィーRPHPLCカラムに投入する。次に、このカラムから溶出する試料ストリームがエレクトロスプレーイオン化ESIによりイオン化され、その後に1次イオンおよび2次イオン両方を生成することができるタンデム質量分析装置に投入される。任意で、タンデム質量分析装置は、質量選択のための第1の質量分析器、選択された親イオンの衝突誘起解離CIDのためのセル、およびCIDセルにおいて生成された2次イオンを選択および検出するための質量分析器/検出器、を含む。図1に示されるように、質量分析装置は、除外/包含エンジンと通信状態にある機器制御モジュールにより設定され得る。1つの態様において、機器制御モジュールおよび除外/包含エンジンは、タンデム質量分析装置を制御し、該タンデム質量分析装置からデータ受信する、コンピュータ制御システムである。1つの態様において、機器は、第1の時間間隔内に、質量選択およびCIDセグメントが本質的にすべてのイオンを通過させるMSモードで質量スペクトルを収集する。一定時間後、蓄積されたMSスペクトル中で最も強度の高いイオンが親として選択される。機器はMSMSモードに切り替わり;質量選択セグメントは、解離させる親イオンを個別に選択し、そしてCIDセグメントの動作パラメータは各親の最適なフラグメンテーションのために設定される。フラグメントスペクトルが収集される。機器は次に、再びMSモードに切り替わる。このモード間の切り替えは自動化することができ、数秒毎に行われる場合がある。本開示の1つの局面において、この第1の時間間隔内に収集された質量スペクトルを、機器によるデータ取得と同時に分析して、関連ペプチド配列を同定し、かつ第2の時間間隔内のタンデム質量分析装置の動作制御の情報を得ることができる。1つの態様において、分析は、以下の工程を含む:経過した第1の時間間隔内に収集された2次イオンスペクトルのペプチド配列を、データベース検索を用いて同定する。観察されたMSMSフラグメントイオンを、データベースペプチドからの仮定のイオンパターンと比較する。この第1次通過では、典型的には2百万未満のメンバーを含む、分類学上の限定を加えた非重複で切断ミスゼロのトリプシン消化ペプチドの小さな集合が使用される。任意で、同定されたペプチド配列の保持時間を予測して、ペプチド配列の同定をさらに確証するために、観察された保持時間と比較する。同定されたペプチド配列を用いて、該同定されたペプチド配列を含むタンパク質配列についてタンパク質配列データベースを検索する。次いで、該同定されたペプチド配列と異なるタンパク質配列中に含まれるさらなるペプチドについて該タンパク質配列を分析することにより、関連ペプチド配列を同定する。例えば、試料がトリプシン消化ペプチドを含む場合、関連ペプチド配列は、すでに同定されているペプチド配列と異なるタンパク質配列中のトリプシン消化ペプチドを検出することにより同定される。翻訳後修飾PTMを含む関連ペプチド配列もまた、既知のPTMの生化学データまたは特定のペプチドもしくはタンパク質に関連するPTMのデータベースに基づき同定することができる。次いで、関連ペプチドの保持時間を、それらの算出された疎水性指標の値に基づき決定する。関連ペプチド配列の疎水性値は、任意で、すべて参照により本明細書に組み入れられるKrokhinetalMolecularandCellularProteomics2004Sep390819KrokhinAnalChem200678pp77857795およびSpiceretalAnalChem200779pp87628768に記載されるSSRCalculatorを用いて算出される。任意で、参照により本明細書に組み入れられるSpiceretalPredictingRetentionTimeShiftsAssociatedwithVariationoftheGradientSlopeinPeptideRPHPLCAnalChem201082pp96789685に記載されるようなペプチドの線形溶媒強度理論の傾斜値の算出に基づき、実験的HPLCグラジエント傾斜度の変化の影響も、予測保持時間に組み込むことができる。任意で、関連ペプチドイオンのエレクトロスプレー電荷状態Zおよび/または質量mを、関連ペプチド配列に基づき算出する。次いで、関連ペプチド配列セットを生成する。次いで、タンデム質量分析装置の動作パラメータを、第1の時間間隔の後の第2の時間間隔内に該関連ペプチドセットに対応するピークを追跡または無視するよう調節してもよい。機器は、MSモードとMSMSモードの間の切り替えを続けるが、この追加情報は、第1の時間間隔内に使用された強度ベースの親選択を補うかこれに取って代わるものである。任意で、次の標準ペプチドPnがMSスペクトルにおいて検出された場合、分析が工程1に戻される。1つの態様において、分析は、例えば7個のCPPUコアおよび14個のスレッドに分散されたデータセグメント化並列同定を用いて実施することができる。1つの態様において、分析は、高並列演算群において疎行列ベクトル処理を用いる、連続した一連の単一スペクトル同定により実施することができる。典型的には、このアプローチは、高性能製品レベルのビデオカードに見られる多数のグラフィックプロセッサユニットGPUを利用するものである[例えば、BaskaranBordawekarResearchReportRC24704InternationalBusinessMachinesCorpApril2009を参照のこと]。本明細書において引用されているすべての刊行物、特許および特許出願は、各個別の刊行物、特許または特許出願の全体が参照により組み入れられることが具体的かつ個別に示されているものとして、それらの全体が参照により組み入れられる。以下の非限定的な実施例は、本開示を例示するものである。実施例1:HPLCMSMS分析における親ペプチドの除外/包含のためのカスタムペプチドおよびシステム試料をスパイクして、HPLCカラムの動作特性を決定しかつカラムから溶出していないペプチドの溶出時間を予測するのを支援するために、カスタム標準ペプチドを使用することができる。標準ペプチドP2~P6は、ギ酸イオン対形成モディファイヤ条件下、以下の疎水性指標HI;アセトニトリル濃度値で溶出する。表1試料をスパイクするのに使用した標準ペプチドの特性ペプチドは、トリプシン消化ペプチドに典型的なACN値に均一に広がるよう設計した。コンピュータシミュレーションにより、ギ酸溶出条件下、800~3200ダルトンのペプチド質量範囲において、SwissprotHuman配列データベース内のタンパク質の約55が、P2より前の間隔で溶出する切断ミスゼロのペプチドを少なくとも2つ含み、該タンパク質の約85が、P3より前の間隔で溶出する切断ミスゼロのペプチドを少なくとも2つ有することが示され、これによりこのアプローチからの潜在的利益が実証されている。本実験のHPLC成分は、溶出するにつれて、P2~P6のMSまたはMSMS検出と分かれて較正され得る。典型的なグラジエント傾斜度である毎分0375において、これらのペプチド間の時間間隔は約13分であり;計算工程は、1サイクルあたり2を含む任意のタンパク質が、試料中に潜在的に存在しているとみなされる。タンパク質の配列を抽出し、インシリコトリプシン消化を実施する切断ミス1つ。得られた仮定の関連ペプチドはまた、翻訳後修飾、例えば、N末端環化、脱アミド化、およびメチオニン酸化に供されてもよい。次に、仮定のトリプシン消化ペプチドリストを、N個の等サイズのエントリに分割して;それらのペプチドのHI値を、再度SSRCalcを用いて、N個の処理スレッドにわたり並列で算出する。これらの結果を、再度単一ファイルに集める。次に、各関連ペプチドにおいて最も可能性のあるエレクトロスプレーイオン電荷状態Zが、塩基性アミノ酸K、RおよびHの数を合計することにより算出され;そのmZ値が、予測溶出時間と共にデータ取得ソフトウェアにより使用され、親イオンが選択され得る。次に、その後のCID用のMSMS親候補を選択または除外するのに使用するために、TPnより保持時間の長いエントリのペプチドイオンパラメータm、Z、保持時間、タンパク質および配列を、取得コンピュータに戻す。総合ペプチドリストのサイズは、後続のサイクルを通じて肥大化するため、検索で同定された各ペプチドおよび仮定のトリプシン消化ペプチドのHI値の算出が、潜在的な処理のボトルネックとなる。切断ミス1つのペプチドをインシリコ生成するためのコードにより、毎秒750個超のタンパク質配列を処理することができ;必要な場合、アルゴリズムのこの部分も並列化され得る。実施例2:8つのトリプシン消化ペプチドの混合物の分析以下の8つのトリプシン消化したヒトタンパク質の比較的単純な混合物を、実施例1に記載のシステムおよび方法を用いて分析した:SwissProtタンパク質データベースアクセッション番号P02788ラクトトランスフェリン、P02787セロトランスフェリン、P02768血清アルブミン、P00739ハプトグロビン関連タンパク質、P02671フィブリノゲンα、P02675フィブリノゲンβ、P02679フィブリノゲンγおよびP02751フィブリノネクチン。この実験から得られたMGFファイルは、1291個のMSMSスペクトルを含んでおり、これは、スコアリング閾値EV0のGPMにより、355個の非修飾で切断ミス1つのペプチドの同定をもたらした。GPMとは、RGraigJPCortensRCBeavisJournalofProteomeResearch2004312341242に記載された、タンデムMSMS質量スペクトルをペプチド配列のデータベースに照合してタンパク質の同定および検証を可能にするソフトウェアツール一式である。30分弱で、ペプチドP2が溶出した。次に、ペプチドP2溶出までに得られた、それを含むMGFエントリを、除外/包含エンジンに供した。間隔R0内の146個のMSMSスペクトルから、データベース検索によって21個の信頼性の高いペプチド配列が得られ、表2に示されているように、これらは2つまたはそれ以上のメンバーペプチドを基準にして8つの既知の試料タンパク質のうちの6つに属するものであった。システムは次いで、これらのタンパク質に属する642個の潜在的な未来のペプチドを予測した:これらの潜在ペプチドのうちの215個は、実際に、強度ベースの親選択において機器により追跡されていたものであった。この作業のCPU版は約2秒を要し、GPU版は、デュアルコアAMDベースのシステムにおいて、約1秒を要した。これと同じ試料の実験を、時間領域R0において収集したデータに基づき、準リアルタイム取得モードを用いて実行した場合、機器は、A強度ベースの取得においてCIDに供するには強度が低すぎる親を用いて追加の427個のペプチドを追跡する642個の予測ペプチド215個が実際に追跡されたことによってタンパク質適用範囲を最大にすることができたか;またはBその時点でこれらのタンパク質に属することが予め分かっていた、強度ベースの取得により選択された少なくとも215個の親ピークを除外でき、これにより、215個のより関心対象となるペプチドを機器が追跡する時間を確保できたであろう。さらに、このシステムはまた、これらの2つの両極端の間の任意の組み合わせを、実験開始前に制御システムに実装された選択基準により決定して実行するよう設定することもできた。次にR1で同定されるペプチドそれ自体がR0の同定に基づくは、その後、R2で収集されるMSMSスペクトルの選択に適用されること等に注目されたい。表22つまたはそれ以上のメンバーペプチドに基づき間隔R0[T2030分]の溶出で見出された8種の混合試料のタンパク質のデータ実施例3:ヒト総細胞溶解産物の分析実施例1に記載されるコンピュータによる親イオンの除外/包含を用いる分析に非定型的な複合的試料を提供するため、ヒト総細胞溶解産物WCLの試料を分析した。この分析は、2086個のMSMSスペクトルを含むMGFファイルを用いて行い、そのうちの1055個についてGPM検索GlobalProteomeMachineOrganizationデータベース;httpwwwthegpmorgからペプチドを得た。時間領域R0において除外/包含ソフトウェアにより同定された94個のペプチドのうち、表3に示されているように、それらの23個から、11個の未来のタンパク質各々2つまたはそれ以上のペプチドを得た。機器は、得られた潜在ペプチドのうち、強度ベースの取得においてこれら557個のうちの74個を追跡した。この数は、試料の複雑さのため;機器が他のタンパク質由来の高強度イオンを追跡したため、実施例2の数から大きく減少している557個のうちの74個対642個のうちの215個。R0同定から想定された11個のタンパク質がGPM結果に示された。GPMにより322個のタンパク質が同定され、そのうちの206個が2つまたはそれ以上のペプチドを含むものであった。WCLの除外/包含分析により、R0以降に74個のペプチドが除外されるか、または、強度ベースの取得のもとで追跡するには親強度が低すぎる483個の追加のペプチドを機器が追跡することが可能になる。このシステムはまた、これらの2つの両極端の間の任意の状況でCIDのための親選択を実行するよう設定され得る。表32つまたはそれ以上のメンバーペプチドに基づき間隔R0の溶出で見出された総細胞溶解産物WCL試料のタンパク質のデータ実施例4:質量および保持時間に基づく包含の評価実施例3のWCLMSスペクトルを、予測質量、電荷および保持時間に基づき潜在的なペプチドピークを探索するさらなるソフトウェアを用いて試験した。シグナルノイズ比5、質量許容値40PPM、および保持時間差4分の下で、この検索は、557個の可能性のあるエントリの集合から120個のペプチドピークを同定した図4に一例が示されている。この結果、強度ベースの取得と比較して、間隔R0溶出以降で利用可能な可能性のあるペプチドが46個増加した。これらのピークに関するMSMSの確認はこの時点では行っていないので、これらのペプチドの正体は、想定されたものではない可能性がある。MSスペクトルにおける前方予測ピークの存在はおそらく想定されたもののうち約20であるが、この包含アプローチは、複合的な試料を知的な方法でより深く洞察しかつペプチド適用範囲を改善する可能性を有することが、これにより示唆される。しかし、これらのピークの多くは強度が低いことから平均で、強度ベースの方法により選択されたものの強度の約半分である、これらが合理的な取得時間内に有用なMSMSスペクトルをもたらすことができるかどうかを確認するため、さらに研究する必要がある。実施例5:ペプチド同定アルゴリズムの性能WCL試料に関して、溶出時間55分未満R3の最後の838個のペプチドを同定した。4サイクルの同定予測計算を実行するのに要した合計時間はCPU版で約17秒、GPU版を用いて約10秒であった。GPMは947個のペプチドを同定し;これらのうちの763個は本発明者らの結果と一致している約80重複。潜在的な偽陽性GPMが同定しなかったペプチドのうち、9つを除くすべてがそれらのタンパク質内のシングレットである。9つのペプチドは、表4に示されるような4つの偽予測タンパク質を生成する可能性がある。これらの配列のHIRTプロットは図5のように線形の性質を示したことから、この結果をもたらしたと考えられる根本的メカニズムを調査した。これらのペプチドの割り当ては、GPMがペプチド配列を割り当てなかったMSMSスペクトルに由来するものであり、このことは、簡易スコアリングアルゴリズムが、GPMよりもペプチド同定に熟達していないだけでなく、GPMが却下するスペクトルに対してもペプチドを割り当てていることを示している。これらのスペクトルをMascotのMSMS同定ツール[DNPerkinsDJCPappinDMCreasyJSCotterellElectrophoresis19992035513567]に供し、それによって9つのペプチド配列を確認した。次に、75個の不一致のMSMSエントリを供すると、Mascotは、図6に示されるように、本発明者らのアルゴリズムにより提案された75個の配列のうちの44個を確認した。これらの観察は、このペプチド同定アルゴリズムが、複合的な試料を扱うのに十分な堅牢さを有していることを示している。表4総細胞溶解産物WCL試料から、GPMの結果には見られないペプチドが同定され、これは、4つの偽予測タンパク質を示唆している。これらのペプチドは、後にMascotMSMSスペクトル分析ソフトウェアを用いて確認した。上記の詳細な説明には多くの例示の態様が含まれているが、当業者には目下、多くの改変物、置換物、変更物および等価物が想起されるであろう。したがって添付の特許請求の範囲は、そのような改変物および変更物のすべてを網羅することが意図されていると理解されるべきである。すべての刊行物、特許および特許出願は、各個別の刊行物、特許または特許出願の全体が参照により組み入れられることが具体的かつ個別に示されているものとして、それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる。