ポリペプチドであってaHA1のN末端ステムセグメントが1~50の異種残基のリンカーに共有結合し、それがさらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合したものを含むインフルエンザ血球凝集素HA1ドメインを含み該HA1ドメインが、bインフルエンザ血球凝集素HA2ドメインと三次結合又は四次結合している、前記ポリペプチド。ポリペプチドであってaHA1のN末端の長いステムセグメントが1~50の異種残基のリンカーに共有結合し、それがさらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合したものを含むインフルエンザ血球凝集素HA1ドメインを含み該HA1ドメインが、bインフルエンザ血球凝集素HA2ドメインと三次結合又は四次結合している、前記ポリペプチド。ポリペプチドであってaHA1のN末端ステムセグメントが1~50の異種残基のリンカーに共有結合し、それがさらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合したものを含むインフルエンザ血球凝集素HA1ドメインを含み該HA1ドメインが、bインフルエンザ血球凝集素HA2ドメインと三次結合又は四次結合しており、ここで、該HA1のN末端ステムセグメントのアミノ酸配列は、配列番号550~552のアミノ酸配列の1つと少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であり、該HA1のC末端ステムセグメントのアミノ酸配列は、配列番号553~554のアミノ酸配列の1つと少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であり、かつここで、該HA2ドメインのアミノ酸配列は、配列番号160のアミノ酸配列の1つと少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である、前記ポリペプチド。ポリペプチドであってa以下の順序で連結されたHA1のN末端ステムセグメント、1~50の異種残基の第一のリンカー、HA1の中間ステムセグメント、1~50の異種残基の第二のリンカー、及びHA1のC末端ステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素HA1ドメインを含み該HA1ドメインが、bインフルエンザ血球凝集素HA2ドメインと三次結合又は四次結合しており、ここで、該HA1のN末端ステムセグメントのアミノ酸配列は、配列番号555のアミノ酸配列と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であり、該HA1の中間ステムセグメントのアミノ酸配列は、配列番号556のアミノ酸配列と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であり、該HA1のC末端ステムセグメントのアミノ酸配列は、配列番号557のアミノ酸配列と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であり、かつここで、該HA2ドメインのアミノ酸配列は、配列番号160のアミノ酸配列と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である、前記ポリペプチド。前記HA1ドメインが前記HA2ドメインと接触している、請求項1~4のいずれか一項記載のポリペプチド。前記HA1のC末端の短いステムセグメントが、前記HA2ドメインと共有結合している、請求項1記載のポリペプチド。前記HA1のC末端の長いステムセグメントが、前記HA2ドメインと共有結合している、請求項2記載のポリペプチド。1RUZの対応するポリペプチドの三次構造又は四次構造から0~5ÅのRMS偏差を有する三次構造又は四次構造を有する、請求項1~4のいずれか一項記載のポリペプチド。インフルエンザ血球凝集素に結合することができる中和抗血清に選択的に結合する、請求項1~4のいずれか一項記載のポリペプチド。前記HA1ドメインのアミノ酸配列が、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、又はH16A型インフルエンザ由来のHA1の対応するドメインのアミノ酸配列と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である、請求項1~4のいずれか一項記載のポリペプチド。前記HA2ドメインのアミノ酸配列が、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、又はH16A型インフルエンザ由来のHA2のアミノ酸配列と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である、請求項1~4のいずれか一項記載のポリペプチド。前記HA2ドメインのアミノ酸配列が、H3A型インフルエンザ由来のHA2のアミノ酸配列と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である、請求項1~4のいずれか一項記載のポリペプチド。前記HA2ドメインのアミノ酸配列が、H1A型インフルエンザ由来のHA2のアミノ酸配列と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である、請求項1~4のいずれか一項記載のポリペプチド。前記HA1のN末端ステムセグメントのアミノ酸配列が、H3A型インフルエンザ由来のHA1の残基1~52と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である配列からなる、請求項1記載のポリペプチド。前記HA1のC末端の短いステムセグメントのアミノ酸配列が、H3A型インフルエンザ由来のHA1の残基305~326と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である配列からなる、請求項1記載のポリペプチド。前記HA1のN末端ステムセグメントのアミノ酸配列が、H1A型インフルエンザ由来のHA1の残基1~46と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である配列からなる、請求項1記載のポリペプチド。前記HA1のC末端の短いステムセグメントのアミノ酸配列が、H1A型インフルエンザ由来のHA1の残基306~327と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である配列からなる、請求項1記載のポリペプチド。前記HA1のN末端の長いステムセグメントのアミノ酸配列が、H3A型インフルエンザ由来のHA1の残基1~97と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である配列からなる、請求項2記載のポリペプチド。前記HA1のC末端の長いステムセグメントのアミノ酸配列が、H3A型インフルエンザ由来のHA1の残基253~326と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である配列からなる、請求項2記載のポリペプチド。前記HA1のN末端の長いステムセグメントのアミノ酸配列が、H1A型インフルエンザ由来のHA1の残基1~94と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である配列からなる、請求項2記載のポリペプチド。前記HA1のC末端の長いステムセグメントのアミノ酸配列が、H1A型インフルエンザ由来のHA1の残基254~327と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である配列からなる、請求項1記載のポリペプチド。前記HA1のN末端ステムセグメントが、前記HA1のC末端の短いステムセグメントのシステイン残基にジスルフィド架橋を介して共有結合しているシステイン残基を含む、請求項1記載のポリペプチド。前記HA1のN末端ステムセグメントが、アミノ酸配列A17A18nA38を含み、ここで、A17は、Y又はHでありA18は、H、L、又はQでありnは、18~20アミノ酸残基の配列を表しかつA38は、H、S、Q、T、又はNである、請求項1~2のいずれか一項記載のポリペプチド。前記HA1のC末端ステムセグメントが、アミノ酸配列A291A292を含み、ここで、A291は、T、S、N、D、P、又はKでありかつA292は、L、M、K、又はRである、請求項2のいずれか一項記載のポリペプチド。前記HA2ドメインが、アミノ酸配列A18A19A20A21を含み、ここで、A18は、V又はIでありA19は、D、N、又はAでありA20は、Gであり、かつA21は、Wである、請求項1~2のいずれか一項記載のポリペプチド。前記HA2ドメインが、アミノ酸配列を含み、ここで、A38は、K、Q、R、L、又はYでありA39は、任意のアミノ酸残基でありA40は、任意のアミノ酸残基でありA41は、TでありA42は、QでありA43は、任意のアミノ酸残基でありA44は、AでありA45は、IでありA46は、DでありA47は、任意のアミノ酸残基でありA48は、I、V、又はMでありA49は、T、Q、又はNでありA50は、任意のアミノ酸残基でありA51は、KでありA52は、V又はLでありA53は、NでありA54は、任意のアミノ酸残基でありA55は、V、I、又はLでありかつA56は、V又はIである、請求項1~2のいずれか一項記載のポリペプチド。前記リンカーが、1~40、1~30残基、1~20残基、1~10残基、1~5残基、1~4残基、1~3残基、1~2残基、又は1残基である、請求項1~4のいずれか一項記載のポリペプチド。前記リンカーが、及び直接結合からなる群から選択される、請求項1~4のいずれか一項記載のポリペプチド。請求項1~28のいずれか一項記載のポリペプチドをコードする核酸。請求項29記載の核酸を発現する細胞。請求項29記載の核酸を発現するように改変されたゲノムを含むウイルス。請求項1~28のいずれか一項記載のポリペプチドを含むウイルス。前記ウイルスがインフルエンザウイルスである、請求項31又は32記載のウイルス。A型インフルエンザウイルスである、請求項32記載のウイルス。B型インフルエンザウイルスである、請求項33記載のウイルス。前記ウイルスが、ニューカッスル病ウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、又はレトロウイルスである、請求項31又は32記載のウイルス。不活化されているか又は分割されている、請求項32記載のウイルス。不活化されているか又は分割されている、請求項33記載のウイルス。請求項1~28のいずれか一項記載のポリペプチドを含むウイルス様粒子。請求項1~28のいずれか一項記載のポリペプチドを含む免疫原性組成物。請求項31記載のウイルス及び医薬として許容し得る担体を含む免疫原性組成物。請求項31記載のウイルス及び医薬として許容し得る担体を含む免疫原性組成物。請求項33記載のウイルスを含む免疫原性組成物。請求項35記載のウイルス及び医薬として許容し得る担体を含む免疫原性組成物。請求項36記載のウイルス及び医薬として許容し得る担体を含む免疫原性組成物。アジュバントをさらに含む、請求項44記載の免疫原性組成物。アジュバントをさらに含む、請求項46記載の免疫原性組成物。請求項39記載のウイルス様粒子及び医薬として許容し得る担体を含む免疫原性組成物。対象を免疫する方法であって、該対象に請求項40記載の免疫原性組成物の有効量を投与することを含む、前記方法。対象を免疫する方法であって、該対象に請求項42記載の免疫原性組成物の有効量を投与することを含む、前記方法。対象を免疫する方法であって、該対象に請求項43記載の免疫原性組成物の有効量を投与することを含む、前記方法。対象を免疫する方法であって、該対象に請求項44記載の免疫原性組成物の有効量を投与することを含む、前記方法。対象を免疫する方法であって、該対象に請求項45記載の免疫原性組成物の有効量を投与することを含む、前記方法。対象を免疫する方法であって、該対象に請求項45記載の免疫原性組成物の有効量を投与することを含む、前記方法。対象を免疫する方法であって、該対象に請求項47記載の免疫原性組成物の有効量を投与することを含む、前記方法。対象を免疫する方法であって、該対象に請求項48記載の免疫原性組成物の有効量を投与することを含む、前記方法。前記対象がヒトである、請求項49記載の方法。前記対象がヒトである、請求項50記載の方法。前記対象がヒトである、請求項51記載の方法。前記対象がヒトである、請求項52記載の方法。前記対象がヒトである、請求項53記載の方法。前記対象がヒトである、請求項54記載の方法。前記対象がヒトである、請求項55記載の方法。前記対象がヒトである、請求項56記載の方法。前記免疫原性組成物が、前記対象に筋肉内又は鼻腔内投与される、請求項50記載の方法。インフルエンザウイルス疾患を予防する方法であって、請求項40記載の免疫原性組成物の有効量を対象に投与することを含む、前記方法。インフルエンザウイルス感染又はインフルエンザウイルス疾患を治療する方法であって、請求項40記載の免疫原性組成物の有効量を対象に投与することを含む、前記方法。インフルエンザウイルス疾患を予防する方法であって、請求項43記載の免疫原性組成物の有効量を対象に投与することを含む、前記方法。インフルエンザウイルス感染又はインフルエンザウイルス疾患を治療する方法であって、請求項43記載の免疫原性組成物の有効量を対象に投与することを含む、前記方法。前記対象がヒトである、請求項66記載の方法。前記対象がヒトである、請求項67記載の方法。前記対象がヒトである、請求項68記載の方法。前記対象がヒトである、請求項69記載の方法。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。任意の特定の作動理論に束縛されることを意図するものではないが、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、複数のインフルエンザ株と交差反応が可能である免疫応答を生じさせるために、宿主免疫系に1以上の比較的保存された抗原性領域を提示するのに有用であると考えられている。該1以上の抗原性領域はインフルエンザ血球凝集素亜型にわたってよく保存されているので、そのような免疫応答は、全長インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドのいくつかの亜型と交差反応することができる。全長インフルエンザ血球凝集素は、その球状ヘッドドメインでいくつかの高抗原性セグメントを提示すると考えられている。これらの高抗原性セグメントは、宿主免疫系にとってより接近しやすいか、又は構造がより免疫原性であるか、又はその両方であることができる。宿主免疫系は、インフルエンザ血球凝集素のステムドメイン中の1以上のエピトープと比較して、これらの高免疫原性セグメントに優先的に応答すると考えられている。さらに、インフルエンザ血球凝集素の球状ヘッドドメインは亜型及びウイルス株間で様々に異なり得るので、1つの球状ヘッドドメイン亜型に対する免疫応答は、その球状ヘッドドメインの特定の高抗原性セグメントに限定されることができる。異なる球状ヘッドドメインを有する株は、同じ免疫応答と交差反応しない可能性がある。したがって、血球凝集素ポリペプチドを提示するワクチンの有効性は、ワクチンで提示される特定の株に限定され得る。それゆえ、所与の従来のインフルエンザワクチンは、所与のインフルエンザシーズン中に病原性であることが予測されるインフルエンザ株に対してだけ有効である可能性が高い。有利には、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、複数のインフルエンザ株に対して免疫応答を生じさせるのに有用であることができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、通常、従来のインフルエンザワクチンポリペプチドの高抗原性で、可変性の球状ヘッドドメインを含まない。したがって、それらは、球状ヘッドドメインの可変セグメントに限定される免疫応答を生じさせるはずがない。代わりに、それらは、インフルエンザ血球凝集素の比較的保存されたステムドメイン中の1以上のエピトープを提示する。したがって、それらを用いて、比較的保存されたエピトープを有する複数のインフルエンザ株に対する宿主免疫応答を生じさせることができる。したがって、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、以下で詳細に記載される組成物、ワクチン、及び方法で抗原としての用途を有する。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、任意の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、もしくは16の公知のA型インフルエンザ血球凝集素亜型、又は後に同定されるA型インフルエンザ血球凝集素亜型に対する宿主免疫応答を生じさせるのに有用であることができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、現在公知であるか又は後に同定される任意のB型インフルエンザ血球凝集素亜型に対する宿主免疫応答を生じさせるのにも有用であることができる。一般に、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドのステムドメインを含むか又はそれから本質的になるポリペプチドである。インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドのステムドメインは、当業者によって一般に認識されるステムドメインである。当業者に公知であるように、全長インフルエンザ血球凝集素は、通常、HA1ドメイン及びHA2ドメインを含む。ステムドメインは、HA1ドメインの2つのセグメント及びHA2ドメインの大部分又は全てによって形成される。HA1ドメインの2つのセグメントは、一次配列において、球状ヘッドドメインにより分離されている。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドの球状ヘッドドメインをほとんど又は全く含まない。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、当業者によって好適であると考えられる任意の技術によってその球状ヘッドドメインが欠失させられているインフルエンザ血球凝集素である。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、図1のAp及びAqとしてインフルエンザ血球凝集素ポリペプチド中で特定されているシステイン残基を維持している。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、野生型インフルエンザウイルスの血球凝集素よりも低いpHでより高い安定性を有する。特定の実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、野生型インフルエンザウイルスの血球凝集素よりも低いpHで、融合前立体構造から融合立体構造への立体構造変化を経る。いくつかの実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、低いpHでポリペプチドの安定性を増大させる1以上のアミノ酸置換、例えば、HA1H17Yを含む。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの安定性は、例えば、Thoennesらの文献に記載されているような、トリプシン消化に対する血球凝集素分子の感受性などの、当技術分野で公知の技術を用いて評価することができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、下記の技術を含む、当業者に好適であると考えられる任意の技術に従って調製することができる。ある実施態様では、ステムドメインポリペプチドは単離される。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの一次構造は、以下の順序でHA1のN末端ステムセグメント、リンカー、HA1のC末端ステムセグメント、及びHA2を含む。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの一次構造は、以下の順序でHA1のN末端ステムセグメント、リンカー、HA1のC末端の短いステムセグメント、及びHA2を含む。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの一次構造は、以下の順序でHA1のN末端の長いステムセグメント、リンカー、HA1のC末端の長いステムセグメント、及びHA2を含む。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、以下の順序でHA1のN末端ステムセグメント、リンカー、HA1の中間ステムセグメント、第二のリンカー、HA1のC末端ステムセグメント、及びHA2を含む。一次配列は、単一のポリペプチドによって形成されることができるか、又はそれは、複数のポリペプチドによって形成されることができる。通常、単一のポリペプチドは、当業者によって好適であると考えられる任意の技術によって発現される。単一のポリペプチドの実施態様では、HA1セグメントとHA2は三次結合している。当業者に公知であるように、単一のHAポリペプチドは、例えば、プロテアーゼによって、適当な発現条件下で切断され、四次結合した2つのポリペプチドを生じさせることができる。切断は、通常、HA1のC末端ステムセグメントとHA2の間である。ある実施態様では、複数のポリペプチド、例えば、2つのポリペプチドのインフルエンザ血球凝集素ステムドメインが本明細書で提供される。複数のポリペプチドの実施態様では、HA1セグメントとHA2は四次結合している。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは単量体である。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは多量体である。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは三量体である。当業者は、天然のインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドがインビボで三量体化することができること、及び本明細書で提供される特定のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが三量体化することができることを認識しているであろう。下記の特定の実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、三量体化を容易にする三量体化ドメインを含む。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、シグナルペプチドを含む。通常、シグナルペプチドは、ポリペプチドの発現及び翻訳時又はその後に切断され、成熟したインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを生じさせる。シグナルペプチドは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの発現に有利であることができる。ある実施態様では、シグナルペプチドを欠く成熟インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。インフルエンザ血球凝集素HA2は、通常、ステムドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞質ドメインを含む。ある実施態様では、HA2ステムドメイン、HA2内腔ドメイン、HA2膜貫通ドメイン、及びHA2細胞質ドメインを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。そのようなインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、膜結合型抗原として発現されることができる。ある実施態様では、HA2ステムドメイン、HA2内腔ドメイン、及びHA2膜貫通ドメインを含むが、典型的な細胞質ドメインの一部又は全てを欠くインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。そのようなインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、膜結合型抗原として発現されることができる。ある実施態様では、HA2ステムドメイン及びHA2内腔ドメインを含むが、HA2膜貫通ドメインとHA2細胞質ドメインの両方を欠くインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。そのようなインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、可溶性ポリペプチドとして有利に発現されることができる。ある実施態様では、HA2ステムドメインを含むが、HA2内腔ドメイン、HA2膜貫通ドメイン、及びHA2細胞質ドメインを欠くインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。そのようなインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、可溶性ポリペプチドとして有利に発現されることができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、当業者に公知のインフルエンザHA2ステムドメインとの少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98のアミノ酸配列同一性を有するHA2ステムドメインを含む。公知のA型インフルエンザ及びB型インフルエンザ血球凝集素由来の例示的な公知のHA2ステムドメインは、下の表に提供されている。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基がHA2ステムドメインの一方又は両方の末端から欠失している欠失型のHA2ステムドメインを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基が他のアミノ酸と保存的に置換されている改変型のHA2ステムドメインを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。欠失した及び改変されたHA2ステムドメインを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドがさらに提供される。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの一次構造は、以下の順序でHA1のN末端ステムセグメント、リンカー、HA1のC末端ステムセグメント、及びHA2を含む。HA1のN末端ステムセグメントは、本明細書で提供される定義に基づいて当業者により認識される任意のHA1のN末端ステムセグメントであることができる。通常、HA1のN末端ステムセグメントは、成熟したHA1のN末端アミノ酸からHA1の約52番目の残基の配列に位置するシステイン残基までからなるポリペプチドに対応する。本明細書でApと称される、このシステイン残基は、通常、HA1のC末端ステムセグメント中のシステイン残基とジスルフィド架橋を形成することができる。16個の代表的なA型インフルエンザ血球凝集素の配列が図1に示されており、残基Apが各々で特定されている。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、Apで正確に終わるのではなく、配列上及び構造上Apに近い残基で終わる。例えば、ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、Ap1、Ap2、Ap3、又はAp4で終わる。他の実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、Ap1、Ap2、Ap3、Ap4、又はAp5で終わる。HA1のN末端ステムセグメントの終点は、得られる連結されたHA1ステムドメインが、下記のように、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインに類似した三次元構造を形成することができるように、HA1のC末端ステムセグメント及びリンカーの終点との関連で選択されるべきである。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、当業者に公知のインフルエンザHA1のN末端ステムセグメントとの少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98のアミノ酸配列同一性を有するHA1のN末端ステムセグメントを含む。例示的な公知のHA1のN末端ステムセグメントは、下の表に提供されている。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基がHA1のN末端ステムセグメントの一方又は両方の末端から欠失している欠失型のHA1のN末端ステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。ある実施態様では、1つ、2つ、又は3つの残基が、HA1のN末端ステムセグメントのC末端に付加されておりこれらの付加された残基が、HA1のN末端ステムセグメントに隣接する球状ヘッドドメインのアミノ酸配列に由来し得る、伸張型のHA1のN末端ステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基が他のアミノ酸と保存的に置換されている改変型のHA1のN末端ステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。欠失した及び改変されたHA1のN末端ステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドがさらに提供される。HA1のC末端ステムセグメントは、本明細書で提供される定義に基づいて当業者により認識される任意のHA1のC末端ステムセグメントであり得る。通常、HA1のC末端ステムセグメントは、HA1の約277番目の残基の配列に位置するシステイン残基からHA1のC末端アミノ酸までからなるポリペプチドに対応する。本明細書でAqと称される、このシステイン残基は、通常、HA1のN末端ステムセグメント中のシステイン残基Apとジスルフィド架橋を形成することができる。16個の代表的なA型インフルエンザ血球凝集素の配列が図1に示されており、残基Aqが各々で特定されている。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、Aqから始まるのではなく、配列上及び構造上Aqに近い残基から始まる。例えば、ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、Aq1、Aq2、Aq3、又はAq4から始まる。他の実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、Aq1、Aq2、Aq3、Aq4、又はAq5から始まる。HA1のN末端ステムセグメントの終点は、得られるHA1ステムドメインが、下記のように、インフルエンザ血球凝集素に類似した三次元構造を形成することができるように、HA1のC末端ステムセグメント及びリンカーの始点との関連で選択されるべきである。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、当業者に公知のインフルエンザHA1のC末端ステムセグメントとの少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98のアミノ酸配列同一性を有するHA1のC末端ステムセグメントを含む。例示的な公知のHA1のC末端ステムセグメントは、下の表に提供されている。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp1であり、C末端ステムセグメントの始点はAq1である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp2であり、C末端ステムセグメントの始点はAq2である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp3であり、C末端ステムセグメントの始点はAq3である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp4であり、C末端ステムセグメントの始点はAq4である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp5であり、C末端ステムセグメントの始点はAq5である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp1であり、C末端ステムセグメントの始点はAq1である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp2であり、C末端ステムセグメントの始点はAq2である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp3であり、C末端ステムセグメントの始点はAq3である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp4であり、C末端ステムセグメントの始点はAq4である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp5であり、C末端ステムセグメントの始点はAq5である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp1であり、C末端ステムセグメントの始点はAq1である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp2であり、C末端ステムセグメントの始点はAq2である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp3であり、C末端ステムセグメントの始点はAq3である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp4であり、C末端ステムセグメントの始点はAq4である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp5であり、C末端ステムセグメントの始点はAq5である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp1であり、C末端ステムセグメントの始点はAq1である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp2であり、C末端ステムセグメントの始点はAq2である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp3であり、C末端ステムセグメントの始点はAq3である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp4であり、C末端ステムセグメントの始点はAq4である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp5であり、C末端ステムセグメントの始点はAq5である。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基がHA1のC末端ステムセグメントの一方又は両方の末端から欠失している欠失型のHA1のC末端ステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。ある実施態様では、1つ、2つ、又は3つの残基が、HA1のC末端ステムセグメントのN末端に付加されておりこれらの付加された残基が、HA1のC末端ステムセグメントに隣接する球状ヘッドドメインのアミノ酸配列に由来し得る、伸張型のHA1のC末端ステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。特定の実施態様では、1つの残基がC末端ステムセグメントに付加される場合、1つの残基がN末端ステムセグメントに付加され2つの残基がC末端ステムセグメントに付加される場合、2つの残基がN末端ステムセグメントに付加され3つの残基がC末端ステムセグメントに付加される場合、3つの残基がN末端ステムセグメントに付加される。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基が他のアミノ酸と保存的に置換されている改変型のHA1のC末端ステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。欠失した及び改変されたHA1のC末端ステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドがさらに提供される。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のインフルエンザ血球凝集素に基づくことができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、A型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、以下で詳細に記載されるように、B型インフルエンザ血球凝集素に基づく。HA1のN末端ステムセグメントは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のHA1のN末端ステムセグメントに基づくことができる。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、A型インフルエンザHA1のN末端ステムセグメントに基づく。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々1つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々2つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々3つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々4つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々5つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、配列番号177~224から選択される。HA1のC末端ステムセグメントは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のHA1のC末端ステムセグメントに基づくことができる。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、A型インフルエンザHA1のC末端ステムセグメントに基づく。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、配列番号50~65から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、各々1つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号50~65から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、各々2つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号50~65から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、各々3つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号50~65から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、各々4つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号50~65から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、各々5つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号50~65から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、配列番号226~273から選択される。HA2ステムドメインは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のHA2ステムドメインに基づくことができる。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、A型インフルエンザHA2ステムドメインに基づく。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、配列番号66~97から選択される。シグナルペプチドを含む実施態様では、シグナルペプチドは、当業者に公知の任意のインフルエンザウイルスシグナルペプチドに基づくことができる。ある実施態様では、シグナルペプチドは、A型インフルエンザシグナルペプチドに基づく。ある実施態様では、シグナルペプチドは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、シグナルペプチドは、当業者に有用であると考えられる任意のシグナルペプチドであることができる。ある実施態様では、シグナルペプチドは、配列番号18~33から選択される。内腔ドメインを含む実施態様では、内腔ドメインは当業者に公知の任意のインフルエンザ内腔ドメインに基づくことができる。ある実施態様では、内腔ドメインは、A型インフルエンザ内腔ドメインに基づく。ある実施態様では、HA2内腔ドメインは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、内腔ドメインは、当業者に有用であると考えられる任意の内腔ドメインであることができる。ある実施態様では、内腔ドメインは、配列番号98~113から選択される。膜貫通ドメインを含む実施態様では、膜貫通ドメインは当業者に公知の任意のインフルエンザ膜貫通ドメインに基づくことができる。ある実施態様では、膜貫通ドメインは、A型インフルエンザ膜貫通ドメインに基づく。ある実施態様では、HA2膜貫通ドメインは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、膜貫通ドメインは、当業者に有用であると考えられる任意の膜貫通ドメインであることができる。ある実施態様では、膜貫通ドメインは、配列番号114~129から選択される。細胞質ドメインを含む実施態様では、細胞質ドメインは当業者に公知の任意のインフルエンザ細胞質ドメインに基づくことができる。ある実施態様では、細胞質ドメインは、A型インフルエンザ細胞質ドメインに基づく。ある実施態様では、HA2細胞質ドメインは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、細胞質ドメインは、当業者に有用であると考えられる任意の細胞質ドメインであることができる。ある実施態様では、細胞質ドメインは、配列番号130~145から選択される。ある実施態様では、血球凝集素ステムドメイン中のグリコシル化部位の1つ又は複数を、これらの部位でのグリコシル化がポリペプチドのプロセシング及び成熟の間に生じないように、改変するか又は欠失させる。当業者は、インフルエンザHAが、通常、1以上のグリコシル化配列を含むことを認識しているであろう。ある実施態様では、グリコシル化配列中の1以上のアミノ酸残基を、グリコシル化配列を分断するアミノ酸残基と保存的に置換する。ある実施態様では、グリコシル化配列中の1以上のアミノ酸残基を、グリコシル化配列を分断する任意のアミノ酸残基と置換する。ある実施態様では、グリコシル化配列中の1以上のアスパラギン残基をアラニンと置換する。特定の実施態様では、H3血球凝集素の位置38のアスパラギンをアラニンに変化させる。下の表1は、A型インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドのシグナルペプチド、HA1のN末端ステムセグメント、HA1のC末端ステムセグメント、及びHA2ドメインを特定している。これらのシグナルペプチド、ステムセグメント、及びドメインは、本明細書に記載のポリペプチド及び方法において有用である。下の表1Aは、本明細書に記載のポリペプチド及び方法のための有用なHA1のN末端ステムセグメント及びHA1のC末端ステムセグメントを特定している。下の表2は、HA2ポリペプチドの推定上のステムドメイン、内腔ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞質ドメインを特定している。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドの三次構造又は四次構造中に1以上の免疫原性エピトープを含む。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、アミノ酸配列A17A18nA38を含み、ここで、A17は、Y又はHでありA18は、H、L、又はQでありnは、18~20アミノ酸残基の配列を表しかつA38は、H、S、Q、T、又はNである。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、アミノ酸配列A291A292を含み、ここで、A291は、T、S、N、D、P、又はKでありかつA292は、L、M、K、又はRである。ある実施態様では、HA2ドメインは、アミノ酸配列A18A19A20A21を含み、ここで、A18は、V又はIでありA19は、D、N、又はAでありA20は、Gであり、かつA21は、Wである。ある実施態様では、HA2ドメインは、アミノ酸配列を含み、ここで、A38は、K、Q、R、L、又はYでありA39は、任意のアミノ酸残基でありA40は、任意のアミノ酸残基でありA41は、TでありA42は、QでありA43は、任意のアミノ酸残基でありA44は、AでありA45は、IでありA46は、DでありA47は、任意のアミノ酸残基でありA48は、I、V、又はMでありA49は、T、Q、又はNでありA50は、任意のアミノ酸残基でありA51は、KでありA52は、V又はLでありA53は、NでありA54は、任意のアミノ酸残基でありA55は、V、I、又はLでありかつA56は、V又はIである。ある実施態様では、インフルエンザステムドメインポリペプチドは、配列番号146~149から選択される2つのアミノ酸配列を含む。ある実施態様では、インフルエンザステムドメインポリペプチドは、配列番号146~149から選択される3つのアミノ酸配列を含む。ある実施態様では、インフルエンザステムドメインポリペプチドは、配列番号146~149から選択される4つのアミノ酸配列を含む。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、B型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、下の表3に示す配列番号154~157から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、B型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、下の表3に示す配列番号158~159及び553~554から選択される。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、B型インフルエンザ血球凝集素に基づく。B型インフルエンザ血球凝集素のN末端ステムセグメントの終点及びC末端ステムセグメントの終点の例示的な残基を図2に示す。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、下の表3及び4に示す配列番号160によるものである。特定の実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントとB型インフルエンザウイルスHA1のC末端セグメントの境界は、6対のアミノ酸残基Arg50及びSer277Ala66及びTrp271Lys80及びSer277Cys94及びCys143Cys178及びCys272、並びにCys54及びCys272に関して定義される。これら6対の残基の位置は図3でも強調されている。残基番号は、タンパク質データバンク受託番号3BT6に記載のB型インフルエンザウイルス由来のBHAの付番に基づく。タンパク質データバンク受託番号3BT6のBHAタンパク質のX線結晶構造に対応するアミノ酸配列を代表的なH1及びH3アミノ酸配列と整列させ、それを図2に示す。ある実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、残基1から始まり、Arg50で終わる。ある実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、残基1から始まり、Ala66で終わる。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、残基1から始まり、Lys80で終わる。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスN末端ステムセグメントは、残基1から始まり、Arg80で終わる。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスN末端ステムセグメントは、残基1から始まり、Cys54で終わる。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスN末端ステムセグメントは、残基1から始まり、Cys94で終わる。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスN末端ステムセグメントは、残基1から始まり、Cys178で終わる。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、表3に示すような、配列番号154~157及び550~552のいずれか1つによるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、配列番号154~157又は550~552のいずれか1つのアミノ酸配列のいずれか1つと少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基1~50に対応するアミノ酸配列配列番号154と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基1~66に対応するアミノ酸配列配列番号155と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基1~80に対応するアミノ酸配列配列番号156と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、位置80のリジンがアルギニンに置き換えられているB型インフルエンザウイルスHA1の残基1~80に対応するアミノ酸配列配列番号157と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基1~94に対応するアミノ酸配列配列番号550と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基1~178に対応するアミノ酸配列配列番号551と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基1~54に対応するアミノ酸配列配列番号552と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端ステムセグメントは、Ser277、Trp271、Cys143、Cys272、又は他のB型インフルエンザウイルスHA亜型の対応する残基から始まるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端ステムセグメントは、表3に示すような、配列番号158~159又は553~554のいずれか1つによるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基277~344に対応する配列番号158と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基271~344に対応する配列番号159と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基137~344に対応する配列番号553と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルスHA1の残基272~344に対応する配列番号554と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端ステムセグメントは、残基276、残基275、残基274、残基273、又は残基272から始まる。他の実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端ステムセグメントは、残基278、残基279、残基280、残基281、又は残基282から始まる。ある実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA2ドメインは、B型インフルエンザウイルスHA1のN末端セグメント、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端セグメント、又は両方を通して、B型インフルエンザウイルスHA1ドメインと三次結合又は四次結合している。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端セグメントとB型インフルエンザウイルスHA2サブユニットは、共有結合している。例えば、そのC末端で、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端セグメントは、そのような実施態様のB型インフルエンザウイルスHA2ドメインに共有結合している。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA1のC末端セグメントとB型インフルエンザウイルスHA2ドメインは、連続ポリペプチド鎖を形成する。いくつかの実施態様では、B型インフルエンザウイルスHA2ドメインは、表3又は4に示すような、配列番号160又は161のアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、HA2ドメインのアミノ酸配列は、配列番号160~161のいずれか1つと少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である。ある実施態様では、B型インフルエンザステムドメインポリペプチドは、シグナルペプチドを含む。シグナルペプチドは、本明細書に記載の任意のシグナルペプチドを含む、当業者に好適であると考えられる任意のシグナルペプチドであることができる。ある実施態様では、シグナルペプチドは、配列番号150~153のいずれかと少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である。ある実施態様では、シグナルペプチドは、配列番号150~153のいずれかによるものである。ある実施態様では、B型インフルエンザステムドメインポリペプチドは、内腔ドメインを含む。内腔ドメインは、本明細書に記載の任意の内腔ドメインを含む、当業者に好適であると考えられる任意の内腔ドメインであることができる。ある実施態様では、内腔は、配列番号162と少なくとも60又は80同一である。ある実施態様では、内腔ドメインは、配列番号162によるものである。ある実施態様では、B型インフルエンザステムドメインポリペプチドは、膜貫通ドメインを含む。膜貫通ドメインは、本明細書に記載の任意の膜貫通ドメインを含む、当業者に好適であると考えられる任意の膜貫通ドメインであることができる。ある実施態様では、膜貫通ドメインは、配列番号163と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である。ある実施態様では、膜貫通ドメインは、配列番号163によるものである。ある実施態様では、B型インフルエンザステムドメインポリペプチドは、細胞質ドメインを含む。細胞質ドメインは、本明細書に記載の任意の細胞質ドメインを含む、当業者に好適であると考えられる任意の細胞質ドメインであることができる。ある実施態様では、細胞質ドメインは、配列番号164と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一である。ある実施態様では、細胞質ドメインは、配列番号164によるものである。表4は、B型インフルエンザ由来のHAの推定上のステムドメイン、内腔ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞質ドメインを提供する。図1及び2に示すように、HA1のN末端ステムセグメントは、A型インフルエンザとB型インフルエンザの間で、さらにA型インフルエンザ亜型にわたって配列同一性を共有する。同様に、HA1のC末端ステムセグメントも、A型インフルエンザとB型インフルエンザの間で、さらにA型インフルエンザ亜型にわたって配列同一性を共有する。さらに、HA2ドメインも、A型インフルエンザとB型インフルエンザの間で、さらにA型インフルエンザ亜型にわたって配列同一性を共有する。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、以下の順序でHA1のN末端ステムセグメント、リンカー、HA1の中間ステムセグメント、第二のリンカー、HA1のC末端ステムセグメント、及びHA2を含む。いくつかの実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、表5に示すような、配列番号555と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。配列番号555は、B型インフルエンザウイルスHA1の残基1~94に対応する。いくつかの実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントは、表5に示すような、配列番号557と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。配列番号557は、B型インフルエンザウイルスHA1の残基272~344に対応する。いくつかの実施態様では、HA1の中間セグメントは、表5に示すような、配列番号556と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。配列番号556は、B型インフルエンザウイルスHA1の残基143~178に対応する。いくつかの実施態様では、HA2ドメインは、本明細書に記載されるような、配列番号160と少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98同一であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施態様では、第一及び第二のリンカーは、本明細書に記載のリンカーを含むが、これに限定されない、当業者に公知の任意のリンカーであることができる。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、複数のインフルエンザ株又は亜型由来のセグメント及び又はドメインを含むか又はそれらから本質的になるハイブリッドポリペプチドである。例えば、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、異なるA型インフルエンザウイルスHA亜型由来のHA1のN末端ステムセグメント及びHA1のC末端ステムセグメントを含むことができる。いくつかの実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、A型インフルエンザウイルス由来のものであるが、HA1のC末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルス由来のものである。同様に、HA2は、A型インフルエンザウイルス由来のものでもあり得るが、HA1のN末端ステムセグメント及び又はC末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルス由来のものである。表1~4に記載の配列エレメント又はその変異体の任意の組合せを用いて、本発明の血球凝集素HAステムドメインポリペプチドを形成させることができることが理解されるであろう。本明細書で提供されるインフルエンザステムドメインポリペプチドにおいて、リンカーは、HA1のN末端ステムセグメントをHA1のC末端ステムセグメントに共有結合で連結させる。ある実施態様では、リンカーは直接結合である。ある実施態様では、リンカーは、1つのアミノ酸残基、2以下のアミノ酸残基、3以下のアミノ酸残基、4以下のアミノ酸残基、5以下のアミノ酸残基、10以下のアミノ酸残基、15以下のアミノ酸残基、20以下のアミノ酸残基、30以下のアミノ酸残基、40以下のアミノ酸残基、又は50以下のアミノ酸残基を含むペプチドである。ある実施態様では、リンカーペプチドは、50以上のアミノ酸残基を含む。ある実施態様では、リンカーは、球状ヘッドドメインを実質的に欠く。つまり、リンカーは、インフルエンザ球状ヘッドドメインのアミノ酸配列由来の、10、9、8、7、6、5、又は4以下の隣接する連続したアミノ酸残基を含む。ある実施態様では、リンカーは、以外である。ある実施態様では、リンカーは、以外である。ある実施態様では、リンカーは、以外である。ある実施態様では、リンカーは、一方の末端で、HA1のN末端ステムセグメントのC末端に共有結合で連結されている。リンカーペプチドはまた、もう一方の末端で、HA1のC末端ステムセグメントのN末端に共有結合で連結されている。ある実施態様では、共有結合のうちの1つはアミド結合である。ある実施態様では、両方の共有結合がアミド結合である。リンカーは、当業者によって好適であると考えられる任意のリンカーであることができる。ある実施態様では、リンカーは、HA1のN末端ステムセグメント及びHA1のC末端ステムセグメントに基づいて選択される。これらの実施態様では、リンカーは、両方ともAccelrys製のInsightII及びQuantaなどの分子モデリングプログラムを用いて選択され得る。ある実施態様では、リンカーは、当業者によって認識される血球凝集素ステムドメインの構造と一致する、HA1のN末端ステムセグメント及びHA1のC末端ステムセグメントの構造アラインメントを可能にする構造モチーフである。ある実施態様では、リンカーは、候補リンカーのライブラリーから選択される。ある実施態様では、ライブラリーは、欧州分子生物学研究所又は欧州バイオインフォマティクス研究所のタンパク質データバンク又は巨大分子構造データベースなどの公開データベース中の三次元ポリペプチド構造を含む。ある実施態様では、ライブラリーは、両方ともAccelrys製のInsightII及びQuantaなどの市販プログラムに付随する独占所有権のある三次元ポリペプチド構造を含む。さらに、タンパク質構造又は構造エレメントの任意のデータベース又はコレクションを用いて、リンカーを選択することができる。タンパク質構造エレメントの例示的なデータベース又はコレクションとしては、タンパク質の構造分類タンパク質ファミリーのデータベース汎用タンパク質資源タンパク質ファミリーの総合資源クラス構造トポロジー相同スーパーファミリー及び構造的に類似したタンパク質のファミリーが挙げられるが、これらに限定されない。限定するものではないが、SCOP、CATH、及びFSSPによって用いられるものを含む、当業者によって好適であると考えられる任意のアルゴリズムを用いて、リンカーを選択することができる。有用な例としては、Pymol、InsightII及びQuanta、MIDAS、SwissPDBviewer、TOPOFIT、CBSULOOPP、並びにSuperPoseが挙げられるが、これらに限定されない。ある実施態様では、リンカーは直接結合である。ある実施態様では、リンカーは、Gly、GlyGly、GlyGlyGly、GlyGlyGlyGly、及びGlyGlyGlyGlyGlyからなる群から選択される。ある実施態様では、リンカーは、GlyPro及びProGlyからなる群から選択される。ある実施態様では、リンカーは、例えば、配列を有する281ターンループである。ある実施態様では、リンカーはグリコシル化配列を含む。ある実施態様では、リンカーはAsnXaaSerThrによるアミノ酸配列を含み、ここで、Xaaはプロリン以外の任意のアミノ酸であり、SerThrはセリン又はトレオニンである。ある実施態様では、リンカーはアミノ酸配列AsnAlaSerを含む。ある実施態様では、リンカーはグリコシル化配列である。ある実施態様では、リンカーはAsnXaaSerThrによるアミノ酸配列であり、ここで、Xaaはプロリン以外の任意のアミノ酸であり、SerThrはセリン又はトレオニンである。ある実施態様では、リンカーはアミノ酸配列AsnAlaSerである。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、天然のインフルエンザ血球凝集素のステムドメインの三次元構造に類似している三次元構造を形成することができる。構造類似性は、当業者によって好適であると考えられる任意の技術に基づいて評価することができる。例えば、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドと、天然のインフルエンザ血球凝集素を認識する中和抗体又は抗血清との、例えば、非変性条件下での反応は、構造類似性を示すことができる。有用な中和抗体又は抗血清は、例えば、Suiらの文献265273、Ekiertらの文献、及びKashyapらの文献59865991に記載されており、その内容は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。ある実施態様では、抗体又は抗血清は、血球凝集素の三次構造又は四次構造によって形成される非隣接エピトープと反応する抗体又は抗血清である。ある実施態様では、構造類似性は、分光技術、例えば、円二色性、ラマン分光法、NMR、3DNMR、及びX線結晶学によって評価することができる。X線結晶学で決定された公知のインフルエンザ血球凝集素構造は、限定するものではないが、1HGJ及び1RUZを含む、タンパク質データバンクファイルの構造座標に記載されている。ある実施態様では、構造類似性は、2つの構造の対応する重畳部分間のRMS偏差によって評価される。意味のある重畳を生じさせるために、ある実施態様では、少なくとも20個の対応する原子、25個の対応する原子、30個の対応する原子、40個の対応する原子、50個の対応する原子、60個の対応する原子、70個の対応する原子、80個の対応する原子、90個の対応する原子、100個の対応する原子、120個の対応する原子、150個の対応する原子、200個の対応する原子、又は250個の対応する原子の座標を用いて、RMS偏差を計算する。ある実施態様では、アミノ酸骨格中の全ての対応する原子の座標を用いて、RMS偏差を計算する。ある実施態様では、アミノ酸骨格中の全ての対応するアルファ炭素原子の座標を用いて、RMS偏差を計算する。ある実施態様では、側鎖を含む全ての対応する同一残基の座標を用いて、RMS偏差を計算する。ある実施態様では、HA1のN末端セグメント中の対応する原子の全て又は一部の座標を用いて、RMS偏差を計算する。ある実施態様では、HA1のC末端セグメント中の対応する原子の全て又は一部の座標を用いて、RMS偏差を計算する。ある実施態様では、HA1のN末端セグメントとC末端セグメントの両方における対応する原子の全て又は一部の座標を用いて、RMS偏差を計算する。ある実施態様では、HA2ドメイン中の対応する原子の全て又は一部の座標を用いて、RMS偏差を計算する。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドと公知のA型インフルエンザウイルス血球凝集素ステムドメインの対応する部分の構造間のRMS偏差は、5Å以下、4Å以下、3Å以下、25Å以下、2Å以下、15Å以下、1Å以下、075Å以下、05Å以下、03Å以下、02Å以下、又は01Å以下である。市販又はオープンソースのソフトウェアを用いて、構造的重畳及び又はRMS偏差の計算を実施してもよい。有用な例としては、Pymol、InsightII及びQuanta、MIDAS、SwissPDBviewer、TOPOFIT、CBSULOOPP、及びSuperPoseが挙げられるが、これらに限定されない。ある実施態様では、本明細書で提供される任意のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、当業者に好適であると考えられる1以上のポリペプチドドメインをさらに含むことができる。有用なポリペプチドドメインとしては、ポリペプチドの部分の精製、フォールディング、及び切断を容易にするドメインが挙げられる。例えば、HisタグFLAGエピトープ、又は他の精製タグは、本明細書で提供されるポリペプチドの精製を容易にすることができる。バクテリオファージT4フィブリチン由来のフォルドンドメイン、又は三量体化ドメインは、本明細書で提供されるポリペプチドの三量体化を容易にすることができる。フォルドンドメインは、当業者に公知の任意のフォルドン配列を有することができる89918998を参照されたく、その内容は引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。例としては、が挙げられる。フォルドンドメインは、本明細書で提供される可溶性ポリペプチドの三量体化を容易にするのに有用であることができる。切断部位を用いて、ポリペプチドの一部の切断、例えば、精製タグもしくはフォルドンドメイン又は両方の切断を容易にすることができる。有用な切断部位としては、トロンビン切断部位、例えば、配列を有するものが挙げられる。ある実施態様では、エラスターゼ切断部位を含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが提供される。当業者は、血球凝集素配列中のHA1HA2切断部位のアルギニン又はリジンの代わりにバリンを用いることによって、HA1とHA2の連結部のトリプシン切断部位をエラスターゼ切断部位に突然変異させることができることを認識するであろう683689を参照されたい。したがって、C末端ステムセグメントのC末端にバリン置換を有するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。特定の実施態様では、配列番号50~65又は158~159のいずれかを含むインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、配列番号50~65又は158~159のC末端アミノ酸残基、例えば、アルギニン又はリジンは、バリン残基と置換されている。ある実施態様では、HA1とHA2の接合部でのプロテアーゼ切断に対して抵抗性があると予測されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。当業者は、HA1とHA2にまたがるArgGly配列がトリプシンの認識部位であり、かつ通常、血球凝集素活性化のために切断されることを認識すべきである。本明細書に記載のステムドメインポリペプチドは活性化される必要がないので、プロテアーゼ切断に対して抵抗性があると予測されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1とHA2にまたがるプロテアーゼ部位をプロテアーゼ切断に対して抵抗性がある配列に突然変異させている、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントのC末端残基がLys又はArg以外の任意の残基である、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA2ドメインのN末端残基がプロリンである、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA1のC末端ステムセグメントのC末端残基がAlaであり、HA2ドメインのN末端残基もAlaである、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端ステムセグメントに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合し、それがさらにHA2細胞質ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合し、それがさらにHA2細胞質ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端ステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合し、それがさらにHA2細胞質ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、Gly、GlyGly、GlyGlyGly、GlyGlyGlyGly、n、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドは、のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含まない。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドは、のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含まない。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドは、のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含まない。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドは、のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含まない。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドは、のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含まない。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドは、のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含まない。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドは、抗体C179から販売されているクローンによっても、抗体AI3Cによっても認識されない。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドである。本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドの典型的な一次構造は、以下の順序でHA1のN末端ステムセグメント、リンカー、HA1のC末端の短いステムセグメント、及びHA2を含む。一次配列は、単一のポリペプチドによって形成されることができるか、又はそれは、複数のポリペプチドによって形成されることができる。通常、単一のポリペプチドは、当業者に好適であると考えられる任意の技術によって発現される。単一のポリペプチドの実施態様では、HA1セグメントとHA2は三次結合している。当業者に公知であるように、単一のHAポリペプチドは、例えば、プロテアーゼによって、適当な発現条件下で切断され、四次結合した2つのポリペプチドを生じさせることができる。切断は、通常、HA1のC末端の短いステムセグメントとHA2の間である。ある実施態様では、複数のポリペプチドが本明細書で提供される。複数のポリペプチドの実施態様では、HA1セグメントとHA2は四次結合している。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは単量体である。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは多量体である。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは三量体である。当業者は、天然のインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドがインビボで三量体化することができること、及び本明細書で提供される特定のインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが三量体化することができることを認識しているであろう。下記の特定の実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、三量体化を容易にする三量体化ドメインを含む。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、シグナルペプチドを含む。通常、シグナルペプチドは、ポリペプチド発現及び翻訳時又はその後に切断され、成熟したインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドを生じさせる。シグナルペプチドは、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドの発現に有利であることができる。ある実施態様では、シグナルペプチドを欠く成熟したインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。インフルエンザ血球凝集素HA2は、通常、ステムドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞質ドメインを含む。ある実施態様では、HA2ステムドメイン、HA2内腔ドメイン、HA2膜貫通ドメイン、及びHA2細胞質ドメインを含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA2ステムドメイン、HA2内腔ドメイン、及びHA2膜貫通ドメインを含むが、典型的な細胞質ドメインの一部又は全てを欠くインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA2ステムドメイン及びHA2内腔ドメインを含むが、HA2膜貫通ドメインとHA2細胞質ドメインの両方を欠くインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA2ステムドメインを含むが、HA2内腔ドメイン、HA2膜貫通ドメイン、及びHA2細胞質ドメインを欠くインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、当業者に公知のインフルエンザHA2ステムドメインとの少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98のアミノ酸配列同一性を有するHA2ステムドメインを含む。公知のA型インフルエンザ及びB型インフルエンザ血球凝集素由来の例示的な公知のHA2ステムドメインは、上の表に提供されている。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基がHA2ステムドメインの一方又は両方の末端から欠失している欠失型のHA2ステムドメインを含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基が他のアミノ酸と保存的に置換されている改変型のHA2ステムドメインを含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。欠失した及び改変されたHA2ステムドメインを含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。HA1のN末端ステムセグメントは、本明細書で提供される任意のHA1のN末端ステムであることができる。例示的な公知のHA1のN末端ステムセグメントは、下の表に提供されている。HA1のC末端の短いステムセグメントは、本明細書で提供される定義に基づいて当業者により認識される任意のHA1のC末端の短いステムセグメントであることができる。通常、HA1のC末端の短いステムセグメントは、HA1の約305番目の残基の配列に位置するシステイン残基からHA1のC末端アミノ酸までからなるポリペプチドに対応する。本明細書でBqと称される、このシステイン残基は、HA1のN末端ステムセグメント中のシステイン残基Apに連結されることができる。16個の代表的なA型インフルエンザ血球凝集素の配列が図1に示されており、残基Bqが各々で特定されている。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、Bqから始まるのではなく、配列上及び構造上Bqに近い残基から始まる。例えば、ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、Bq1、Bq2、Bq3、又はBq4から始まる。他の実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、Bq1、Bq2、Bq3、Bq4、又はBq5から始まる。HA1のN末端ステムセグメントの終点は、得られるHA1ステムドメインが、下記のように、インフルエンザ血球凝集素に類似した三次元構造を形成することができるように、HA1のC末端の短いステムセグメント及びリンカーの始点との関連で選択されるべきである。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、当業者に公知のインフルエンザHA1のC末端の短いステムセグメントとの少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98のアミノ酸配列同一性を有するHA1のC末端の短いステムセグメントを含む。例示的な公知のHA1のC末端の短いステムセグメントは、下の表に提供されている。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp1であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq1である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp2であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq2である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp3であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq3である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp4であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq4である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp5であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq5である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp1であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq1である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp2であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq2である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp3であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq3である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp4であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq4である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp5であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq5である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp1であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq1である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp2であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq2である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp3であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq3である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp4であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq4である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp5であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq5である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はApであり、C末端ステムセグメントの始点はAqである。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp1であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq1である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp2であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq2である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp3であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq3である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp4であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq4である。ある実施態様では、N末端ステムセグメントの終点はAp5であり、C末端の短いステムセグメントの始点はBq5である。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基がHA1のC末端の短いステムセグメントの一方又は両方の末端から欠失している欠失型のHA1のC末端の短いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。ある実施態様では、1つ、2つ、又は3つの残基が、HA1のC末端の短いステムセグメントのN末端に付加されている伸張型のHA1のC末端の短いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。特定の実施態様では、1つの残基がC末端の短いステムセグメントに付加される場合、1つの残基がN末端ステムセグメントに付加され2つの残基がC末端の短いステムセグメントに付加される場合、2つの残基がN末端ステムセグメントに付加され3つの残基がC末端の短いステムセグメントに付加される場合、3つの残基がN末端ステムセグメントに付加される。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基が他のアミノ酸と保存的に置換されている改変型のHA1のC末端の短いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。欠失した及び改変されたHA1のC末端の短いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドがさらに提供される。インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のインフルエンザ血球凝集素に基づくことができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、A型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、以下で詳細に記載するように、B型インフルエンザ血球凝集素に基づく。HA1のN末端ステムセグメントは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のHA1のN末端ステムセグメントに基づくことができる。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、A型インフルエンザHA1のN末端ステムセグメントに基づく。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々1つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々2つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々3つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々4つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、各々5つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号34~49から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、配列番号177~224から選択される。HA1のC末端の短いステムセグメントは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のHA1のC末端の短いステムセグメントに基づくことができる。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、A型インフルエンザHA1のC末端の短いステムセグメントに基づく。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、配列番号350~365から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、各々1つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号350~365から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、各々2つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号350~365から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、各々3つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号350~365から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、各々4つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号350~365から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、各々5つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号350~365から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントは、配列番号366~413から選択される。HA2ステムドメインは、当業者に公知であるか、後に発見されるか、又は本明細書に記載されている任意のHA2ステムドメインに基づくことができる。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、A型インフルエンザHA2ステムドメインに基づく。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、配列番号66~97から選択される。シグナルペプチドを含む実施態様では、シグナルペプチドは、当業者に公知であるか又は本明細書に記載されている任意のインフルエンザシグナルペプチドに基づくことができる。ある実施態様では、シグナルペプチドは、A型インフルエンザシグナルペプチドに基づく。内腔ドメインを含む実施態様では、内腔ドメインは、当業者に公知であるか又は本明細書に記載されている任意のインフルエンザ内腔ドメインに基づくことができる。膜貫通ドメインを含む実施態様では、膜貫通ドメインは、当業者に公知であるか又は本明細書に記載されている任意のインフルエンザ膜貫通ドメインに基づくことができる。細胞質ドメインを含む実施態様では、細胞質ドメインは、当業者に公知であるか又は本明細書に記載されている任意のインフルエンザ細胞質ドメインに基づくことができる。ある実施態様では、血球凝集素の短いステムドメイン中のグリコシル化部位の1つ又は複数を、これらの部位でのグリコシル化がポリペプチドのプロセシング及び成熟の間に生じないように、改変するか又は欠失させる。当業者は、インフルエンザHAが、通常、1以上のグリコシル化配列を含むことを認識しているであろう。ある実施態様では、グリコシル化配列中の1以上のアミノ酸残基を、グリコシル化配列を分断するアミノ酸残基と保存的に置換する。ある実施態様では、グリコシル化配列中の1以上のアミノ酸残基を、グリコシル化配列を分断する任意のアミノ酸残基と置換する。ある実施態様では、グリコシル化配列中の1以上のアスパラギン残基をアラニンと置換する。特定の実施態様では、H3血球凝集素の位置38のアスパラギンをアラニンに変化させる。下の表6は、A型インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドのシグナルペプチド、HA1のN末端ステムセグメント、HA1のC末端の短いステムセグメント、及びHA2ドメインを特定している。これらのシグナルペプチド、ステムセグメント、及びドメインは、本明細書に記載のポリペプチド及び方法において有用である。下の表6Aは、本明細書に記載のポリペプチド及び方法のための有用なHA1のN末端ステムセグメント及びHA1のC末端の短いステムセグメントを特定している。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドの三次構造又は四次構造中に1以上の免疫原性エピトープを含む。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、アミノ酸配列A17A18nA38を含み、ここで、A17は、Y又はHでありA18は、H、L、又はQでありnは、18~20アミノ酸残基の配列を表しかつA38は、H、S、Q、T、又はNである。ある実施態様では、HA2ドメインは、アミノ酸配列A18A19A20A21を含み、ここで、A18は、V又はIでありA19は、D、N、又はAでありA20は、Gであり、かつA21は、Wである。ある実施態様では、HA2ドメインは、アミノ酸配列を含み、ここで、A38は、K、Q、R、L、又はYでありA39は、任意のアミノ酸残基でありA40は、任意のアミノ酸残基でありA41は、TでありA42は、QでありA43は、任意のアミノ酸残基でありA44は、AでありA45は、IでありA46は、DでありA47は、任意のアミノ酸残基でありA48は、I、V、又はMでありA49は、T、Q、又はNでありA50は、任意のアミノ酸残基でありA51は、KでありA52は、V又はLでありA53は、NでありA54は、任意のアミノ酸残基でありA55は、V、I、又はLでありかつA56は、V又はIである。図1及び2に示すように、HA1のN末端ステムセグメントは、A型インフルエンザとB型インフルエンザの間で、さらにA型インフルエンザ亜型にわたって配列同一性を共有する。同様に、HA1のC末端の短いステムセグメントも、A型インフルエンザとB型インフルエンザの間で、さらにA型インフルエンザ亜型にわたって配列同一性を共有する。さらに、HA2ドメインも、A型インフルエンザとB型インフルエンザの間で、さらにA型インフルエンザ亜型にわたって配列同一性を共有する。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、複数のインフルエンザ株又は亜型由来のセグメント及びもしくはドメインを含むか又はそれらから本質的になるハイブリッドポリペプチドである。例えば、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、異なるA型インフルエンザウイルスHA亜型由来のHA1のN末端ステムセグメント及びHA1のC末端の短いステムセグメントを含むことができる。いくつかの実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントは、B型インフルエンザウイルス由来のものであるが、HA1のC末端の短いステムセグメントは、A型インフルエンザウイルス由来のものである。同様に、HA2及びHA1のC末端の短いステムセグメントは、A型インフルエンザウイルス由来のものでもあり得るが、HA1のN末端は、B型インフルエンザウイルス由来のものである。表2、4、5に記載の配列エレメント、並びに表3のシグナルペプチド、HA1のN末端ステムセグメント、及びHA2ドメインの欄に記載の配列又はそれらの変異体の任意の組合せを用いて、本発明の血球凝集素HAステムドメインポリペプチドを形成させることができることが理解されるであろう。本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドにおいて、リンカーは、HA1のN末端ステムセグメントをHA1のC末端の短いステムセグメントと共有結合で連結させる。リンカーは、本明細書に記載のリンカーを含むが、これに限定されない、当業者によって好適であると考えられる任意のリンカーであることができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、天然のインフルエンザ血球凝集素のステムドメインの三次元構造と類似する三次元構造を形成することができる。構造類似性は、本明細書に記載の技術を含むが、これに限定されない、当業者によって好適であると考えられる任意の技術に基づいて評価することができる。ある実施態様では、本明細書で提供される任意のインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドは、当業者に好適であると考えられる1以上のポリペプチドドメインをさらに含むことができる。有用なポリペプチドドメインとしては、ポリペプチドの部分の精製、フォールディング、及び切断を容易にするドメインが挙げられる。例えば、HisタグFLAGエピトープ、又は他の精製タグは、本明細書で提供されるポリペプチドの精製を容易にすることができる。バクテリオファージT4フィブリチン由来のフォルドンドメイン、又は三量体化ドメインは、本明細書で提供されるポリペプチドの三量体化を容易にすることができる。フォルドンドメインは、当業者に公知の任意のフォルドン配列を有することができる89918998を参照されたく、その内容は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。例としては、が挙げられる。フォルドンドメインは、本明細書で提供される可溶性ポリペプチドの三量体化を容易にするのに有用であることができる。切断部位を用いて、ポリペプチドの一部の切断、例えば、精製タグもしくはフォルドンドメイン又は両方の切断を容易にすることができる。有用な切断部位としては、トロンビン切断部位、例えば、配列を有するものが挙げられる。ある実施態様では、本明細書に記載のエラスターゼ切断部位を含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが提供される。特定の実施態様では、配列番号350~365のいずれかを含むインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、配列番号350~365のC末端アミノ酸残基、例えば、アルギニン又はリジンは、バリン残基と置換されている。ある実施態様では、HA1とHA2の接合部でのプロテアーゼ切断に対して抵抗性があると予測されるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1とHA2にまたがるプロテアーゼ部位を、プロテアーゼ切断に対して抵抗性がある配列に突然変異させている、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントのC末端残基が、Lys又はArg以外の任意の残基である、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA2ドメインのN末端残基がプロリンである、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA1のC末端の短いステムセグメントのC末端残基がAlaであり、かつHA2ドメインのN末端残基もAlaである、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合し、それがさらにHA2細胞質ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端ステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合し、それがさらにHA2細胞質ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端ステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の短いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合し、それがさらにHA2細胞質ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の短いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、Gly、GlyGly、GlyGlyGly、GlyGlyGlyGly、n、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の短いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端セグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の短いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の短いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の短いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の短いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の短いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の短いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の短いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の短いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドである。本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドの典型的な一次構造は、以下の順序でHA1のN末端の長いステムセグメント、リンカー、HA1のC末端の長いステムセグメント、及びHA2を含む。一次配列は、単一のポリペプチドによって形成されることができるか、又はそれは、複数のポリペプチドによって形成されることができる。通常、単一のポリペプチドは、当業者に好適であると考えられる任意の技術によって発現される。単一のポリペプチドの実施態様では、HA1セグメントとHA2は三次結合している。当業者に公知であるように、単一のHAポリペプチドは、例えば、プロテアーゼによって、適当な発現条件下で切断され、四次結合した2つのポリペプチドを生じさせることができる。切断は、通常、HA1のC末端の短いステムセグメントとHA2の間である。ある実施態様では、複数のポリペプチドが本明細書で提供される。複数のポリペプチドの実施態様では、HA1セグメントとHA2は四次結合している。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは単量体である。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは多量体である。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは三量体である。当業者は、天然のインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドがインビボで三量体化することができること、及び本明細書で提供される特定のインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが三量体化することができることを認識しているであろう。下記の特定の実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、三量体化を容易にする三量体化ドメインを含む。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、シグナルペプチドを含む。ある実施態様では、シグナルペプチドを欠く成熟したインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。ある実施態様では、HA2ステムドメイン、HA2内腔ドメイン、HA2膜貫通ドメイン、及びHA2細胞質ドメインを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA2ステムドメイン、HA2内腔ドメイン、及びHA2膜貫通ドメインを含むが、典型的な細胞質ドメインの一部又は全てを欠くインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA2ステムドメイン及びHA2内腔ドメインを含むが、HA2膜貫通ドメインとHA2細胞質ドメインの両方を欠くインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA2ステムドメインを含むが、HA2内腔ドメイン、HA2膜貫通ドメイン、及びHA2細胞質ドメインを欠くインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、当業者に公知のインフルエンザHA2ステムドメインとの少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98のアミノ酸配列同一性を有するHA2ステムドメインを含む。公知のA型インフルエンザ血球凝集素由来の例示的な公知のHA2ステムドメインは、下の表に提供されている。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基がHA2ステムドメインの一方又は両方の末端から欠失している欠失型のHA2ステムドメインを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基が他のアミノ酸と保存的に置換されている改変型のHA2ステムドメインを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。欠失した及び改変されたHA2ステムドメインを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。HA1のN末端の長いステムセグメントは、本明細書で提供される定義に基づいて当業者により認識される任意のHA1のN末端の長いステムセグメントであることができる。通常、HA1のN末端の長いステムセグメントは、成熟したHA1のN末端アミノ酸からHA1の約97番目の残基の配列に位置するシステイン残基までからなるポリペプチドに対応する。本明細書でCpと称される、このシステイン残基は、通常、HA1のC末端の長いステムセグメント中のシステイン残基Cqに連結されることができる。16個の代表的なA型インフルエンザ血球凝集素の配列が図1に示されており、残基Cpが各々で特定されている。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、Cpで正確に終わるのではなく、配列上及び構造上Cpに近い残基で終わる。例えば、ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、Cp1、Cp2、Cp3、又はCp4で終わる。他の実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、Cp1、Cp2、Cp3、Cp4、又はCp5で終わる。HA1のN末端の長いステムセグメントの終点は、得られる連結されたHA1ステムドメインが、下記のように、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインに類似した三次元構造を形成することができるように、HA1のC末端の長いステムセグメント及びリンカーの終点との関連で選択されるべきである。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、当業者に公知のインフルエンザHA1のN末端の長いステムセグメントとの少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98のアミノ酸配列同一性を有するHA1のN末端の長いステムセグメントを含む。例示的な公知のHA1のN末端の長いステムセグメントは、下の表に提供されている。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基がHA1のN末端の長いステムセグメントの一方又は両方の末端から欠失している欠失型のHA1のN末端の長いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。ある実施態様では、1つ、2つ、又は3つの残基が、HA1のN末端の長いステムセグメントのC末端に付加されておりこれらの付加された残基が、HA1のN末端の長いステムセグメントに隣接する球状ヘッドドメインのアミノ酸配列に由来することができる、伸張型のHA1のN末端の長いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基が他のアミノ酸と保存的に置換されている改変型のHA1のN末端の長いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。欠失した及び改変されたHA1のN末端の長いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドがさらに提供される。HA1のC末端の長いステムセグメントは、本明細書で提供される定義に基づいて当業者により認識される任意のHA1のC末端の長いステムセグメントであることができる。通常、HA1のC末端の長いステムセグメントは、HA1の約252番目の残基の配列に位置するアラニン残基からHA1のC末端アミノ酸までからなるポリペプチドに対応する。本明細書でCqと称される、このアラニン残基は、通常、HA1のN末端の長いステムセグメント中のシステイン残基Cpに連結されることができる。16個の代表的なA型インフルエンザ血球凝集素の配列が図1に示されており、残基Cqが各々で特定されている。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、Cqから始まるのではなく、配列上及び構造上Cqに近い残基から始まる。例えば、ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、Cq1、Cq2、Cq3、又はCq4から始まる。他の実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、Cq1、Cq2、Cq3、Cq4、又はCq5から始まる。HA1のN末端の長いステムセグメントの終点は、得られるHA1ステムドメインが、下記のように、インフルエンザ血球凝集素に類似した三次元構造を形成することができるように、HA1のC末端の長いステムセグメント及びリンカーの始点との関連で選択されるべきである。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、当業者に公知のインフルエンザHA1のC末端の長いステムセグメントとの少なくとも70、75、80、85、90、95、96、又は98のアミノ酸配列同一性を有するHA1のC末端の長いステムセグメントを含む。例示的な公知のHA1のC末端の長いステムセグメントは、下の表に提供されている。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp1であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq1である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はAp2であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq2である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp3であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq3である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp4であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq4である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp5であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq5である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp1であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq1である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp2であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq2である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp3であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq3である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp4であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq4である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp5であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq5である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp1であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq1である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp2であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq2である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp3であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq3である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp4であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq4である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp5であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq5である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp1であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq1である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp2であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq2である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp3であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq3である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp4であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq4である。ある実施態様では、N末端の長いステムセグメントの終点はCp5であり、C末端の長いステムセグメントの始点はCq5である。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基がHA1のC末端の長いステムセグメントの一方又は両方の末端から欠失している欠失型のHA1のC末端の長いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドも本明細書で提供される。ある実施態様では、1つ、2つ、又は3つの残基が、HA1のC末端の長いステムセグメントのN末端に付加されておりこれらの付加された残基が、HA1のC末端の長いステムセグメントに隣接する球状ヘッドドメインのアミノ酸配列に由来することができる、伸張型のHA1のC末端の長いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。特定の実施態様では、1つの残基がC末端の長いステムセグメントに付加される場合、1つの残基がN末端の長いステムセグメントに付加され2つの残基がC末端の長いステムセグメントに付加される場合、2つの残基がN末端の長いステムセグメントに付加され3つの残基がC末端の長いステムセグメントに付加される場合、3つの残基がN末端の長いステムセグメントに付加される。最大10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個のアミノ酸残基が他のアミノ酸と保存的に置換されている改変型のHA1のC末端の長いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書でさらに提供される。欠失した及び改変されたHA1のC末端の長いステムセグメントを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドがさらに提供される。インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のインフルエンザ血球凝集素に基づくことができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、A型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、以下で詳細に記載するように、B型インフルエンザ血球凝集素に基づく。HA1のN末端の長いステムセグメントは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のHA1のN末端の長いステムセグメントに基づくことができる。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、A型インフルエンザHA1のN末端の長いステムセグメントに基づく。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、配列番号414~429から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、各々1つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号414~429から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、各々2つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号414~429から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、各々3つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号414~429から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、各々4つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号414~429から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、各々5つのアミノ酸がそのC末端から欠失している、配列番号414~429から選択される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、配列番号446~493から選択される。HA1のC末端の長いステムセグメントは、当業者に公知であるか又は後に発見される任意のHA1のC末端の長いステムセグメントに基づくことができる。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、A型インフルエンザHA1のC末端の長いステムセグメントに基づく。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、配列番号430~445から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、各々1つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号430~445から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、各々2つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号430~445から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、各々3つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号430~445から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、各々4つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号430~445から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、各々5つのアミノ酸がそのN末端から欠失している、配列番号430~445から選択される。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、配列番号494~541から選択される。HA2ステムドメインは、当業者に公知であるか、後に発見されるか、又は本明細書に記載されている任意のHA2ステムドメインに基づくことができる。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、A型インフルエンザHA2ステムドメインに基づく。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、及びH16からなる群から選択されるA型インフルエンザ血球凝集素に基づく。ある実施態様では、HA2ステムドメインは、配列番号66~97から選択される。シグナルペプチドを含む実施態様では、シグナルペプチドは、当業者に公知であるか又は本明細書に記載されている任意のインフルエンザシグナルペプチドに基づくことができる。ある実施態様では、シグナルペプチドは、配列番号18~33から選択される。内腔ドメインを含む実施態様では、内腔ドメインは、当業者に公知であるか又は本明細書に記載されている任意のインフルエンザ内腔ドメインに基づくことができる。ある実施態様では、内腔ドメインは、配列番号98~113から選択される。膜貫通ドメインを含む実施態様では、膜貫通ドメインは、当業者に公知であるか又は本明細書に記載されている任意のインフルエンザ膜貫通ドメインに基づくことができる。ある実施態様では、膜貫通ドメインは、配列番号114~129から選択される。細胞質ドメインを含む実施態様では、細胞質ドメインは、当業者に公知であるか又は本明細書に記載されている任意のインフルエンザ細胞質ドメインに基づくことができる。ある実施態様では、細胞質ドメインは、配列番号130~145から選択される。ある実施態様では、血球凝集素ステムドメイン中のグリコシル化部位の1つ又は複数を、これらの部位でのグリコシル化がポリペプチドのプロセシング及び成熟の間に生じないように、改変するか又は欠失させる。当業者は、インフルエンザHAが、通常、1以上のグリコシル化配列を含むことを認識しているであろう。ある実施態様では、グリコシル化配列中の1以上のアミノ酸残基を、グリコシル化配列を分断するアミノ酸残基と保存的に置換する。ある実施態様では、グリコシル化配列中の1以上のアミノ酸残基を、グリコシル化配列を分断する任意のアミノ酸残基と置換する。ある実施態様では、グリコシル化配列中の1以上のアスパラギン残基をアラニンと置換する。特定の実施態様では、H3血球凝集素の位置38のアスパラギンをアラニンに変化させる。下の表7は、A型インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドのシグナルペプチド、HA1のN末端の長いステムセグメント、HA1のC末端の長いステムセグメント、及びHA2ドメインを特定している。これらのシグナルペプチド、ステムセグメント、及びドメインは、本明細書に記載のポリペプチド及び方法において有用である。下の表7Aは、本明細書に記載のポリペプチド及び方法のための有用なHA1のN末端の長いステムセグメント及びHA1のC末端の長いステムセグメントを特定しれている。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドの三次構造又は四次構造中に1以上の免疫原性エピトープを含む。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、アミノ酸配列A17A18nA38を含み、ここで、A17は、Y又はHでありA18は、H、L、又はQでありnは、18~20アミノ酸残基の配列を表しかつA38は、H、S、Q、T、又はNである。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントは、アミノ酸配列A291A292を含み、ここで、A291は、T、S、N、D、P、又はKでありかつA292は、L、M、K、又はRである。ある実施態様では、HA2ドメインは、アミノ酸配列A18A19A20A21を含み、ここで、A18は、V又はIでありA19は、D、N、又はAでありA20は、Gであり、かつA21は、Wである。ある実施態様では、HA2ドメインは、アミノ酸配列を含み、ここで、A38は、K、Q、R、L、又はYでありA39は、任意のアミノ酸残基でありA40は、任意のアミノ酸残基でありA41は、TでありA42は、QでありA43は、任意のアミノ酸残基でありA44は、AでありA45は、IでありA46は、DでありA47は、任意のアミノ酸残基でありA48は、I、V、又はMでありA49は、T、Q、又はNでありA50は、任意のアミノ酸残基でありA51は、KでありA52は、V又はLでありA53は、NでありA54は、任意のアミノ酸残基でありA55は、V、I、又はLでありかつA56は、V又はIである。ある実施態様では、インフルエンザステムドメインポリペプチドは、配列番号146~149から選択される2つのアミノ酸配列を含む。ある実施態様では、インフルエンザステムドメインポリペプチドは、配列番号146~149から選択される3つのアミノ酸配列を含む。ある実施態様では、インフルエンザステムドメインポリペプチドは、配列番号146~149から選択される4つのアミノ酸配列を含む。図1及び2に示すように、HA1のN末端の長いステムセグメントは、A型インフルエンザとB型インフルエンザの間で、さらにA型インフルエンザ亜型にわたって配列同一性を共有する。同様に、HA1のC末端の長いステムセグメントも、A型インフルエンザとB型インフルエンザの間で、さらにA型インフルエンザ亜型にわたって配列同一性を共有する。さらに、HA2ドメインも、A型インフルエンザとB型インフルエンザの間で、さらにA型インフルエンザ亜型にわたって配列同一性を共有する。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、複数のインフルエンザ株又は亜型由来のセグメント及びもしくはドメインを含むか又はそれらから本質的になるハイブリッドポリペプチドである。例えば、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、異なるA型インフルエンザウイルスHA亜型由来のHA1のN末端の長いステムセグメント及びHA1のC末端の長いステムセグメントを含むことができる。いくつかの実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントは、A型インフルエンザウイルス由来のものであるが、HA1のC末端の長いステムセグメントは、B型インフルエンザウイルス由来のものである。同様に、HA2は、A型インフルエンザウイルス由来のものでもあり得るが、HA1のN末端の長いステムセグメント及び又はC末端の長いステムセグメントは、B型インフルエンザウイルス由来のものである。表2~4、6、6aに記載の配列エレメント、又はその変異体の任意の組合せを用いて、本発明の血球凝集素HAの長いステムドメインポリペプチドを形成させることができることが理解されるであろう。本明細書で提供されるインフルエンザステムドメインポリペプチドにおいて、リンカーは、HA1のN末端の長いステムセグメントをHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合で連結させる。リンカーは、本明細書に記載のリンカーを含むが、これに限定されない、当業者によって好適であると考えられる任意のリンカーであることができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、天然のインフルエンザ血球凝集素のステムドメインの三次元構造と類似する三次元構造を形成することができる。構造類似性は、本明細書に記載の技術を含むが、これに限定されない、当業者によって好適であると考えられる任意の技術に基づいて評価することができる。ある実施態様では、本明細書で提供される任意のインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドは、当業者に好適であると考えられる1以上のポリペプチドドメインをさらに含むことができる。有用なポリペプチドドメインとしては、ポリペプチドの部分の精製、フォールディング、及び切断を容易にするドメインが挙げられる。例えば、HisタグFLAGエピトープ、又は他の精製タグは、本明細書で提供されるポリペプチドの精製を容易にすることができる。バクテリオファージT4フィブリチン由来のフォルドンドメイン、又は三量体化ドメインは、本明細書で提供されるポリペプチドの三量体化を容易にすることができる。フォルドンドメインは、当業者に公知の任意のフォルドン配列を有することができる89918998を参照されたく、その内容は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。例としては、が挙げられる。フォルドンドメインは、本明細書で提供される可溶性ポリペプチドの三量体化を容易にするのに有用であることができる。切断部位を用いて、ポリペプチドの一部の切断、例えば、精製タグもしくはフォルドンドメイン又は両方の切断を容易にすることができる。有用な切断部位としては、トロンビン切断部位、例えば、配列を有するものが挙げられる。ある実施態様では、本明細書に記載のエラスターゼ切断部位を含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが提供される。特定の実施態様では、配列番号430~445のいずれかを含むインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、配列番号430~445のC末端アミノ酸残基、例えば、アルギニン又はリジンは、バリン残基と置換されている。ある実施態様では、HA1とHA2の接合部でのプロテアーゼ切断に対して抵抗性があると予測されるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。当業者は、HA1とHA2にまたがるArgGly配列がトリプシンの認識部位であり、通常、血球凝集素活性化のために切断されることを認識すべきである。本明細書に記載のステムドメインポリペプチドは活性化される必要がないので、プロテアーゼ切断に抵抗性があると予測されるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1とHA2にまたがるプロテアーゼ部位を、プロテアーゼ切断に対して抵抗性がある配列に突然変異させている、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントのC末端残基が、Lys又はArg以外の任意の残基である、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA2ドメインのN末端残基がプロリンである、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA1のC末端の長いステムセグメントのC末端残基がAlaであり、かつHA2ドメインのN末端残基もAlaである、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA2ドメインのN末端残基がグリシン以外の任意の残基である、本明細書に記載の任意のインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端の長いステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端の長いステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端の長いステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端の長いステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがトロンビン切断部位、フォルドンドメイン、及びHisタグに順に共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端の長いステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA2ステムドメインと結合関係にあるHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合し、それがさらにHA2細胞質ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、HA1のN末端の長いステムセグメントがリンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合し、それがさらにHA2細胞質ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、シグナルペプチドがHA1のN末端の長いステムセグメントに共有結合し、リンカーに共有結合し、さらにHA1のC末端の長いステムセグメントに共有結合し、さらにHA2ステムドメインに共有結合し、それがHA2内腔ドメインに共有結合し、それがさらにHA2膜貫通ドメインに共有結合し、それがさらにHA2細胞質ドメインに共有結合したものからなるインフルエンザ血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドが本明細書で提供される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の長いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の長いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、Gly、GlyGly、GlyGlyGly、GlyGlyGlyGly、n、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の長いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の長いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の長いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の長いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の長いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の長いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の長いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の長いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。ある実施態様では、以下のものからなる群から選択される配列を有するインフルエンザ血球凝集素の長いステムポリペプチドが本明細書で提供され、ここで、上の各配列は、本明細書に記載の隣接配列に連結されており、かつここで、LLは本明細書に記載のリンカーである。特に、HA1のC末端の長いステムセグメントは、HA2ドメインに共有結合又は非共有結合で連結されることができる。ある実施態様では、LLは、直接結合、からなる群から選択される。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸が本明細書で提供される。具体的な実施態様では、インフルエンザウイルス血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸が本明細書で提供される。別の具体的な実施態様では、インフルエンザウイルス血球凝集素の短いステムドメインポリペプチドをコードする核酸が本明細書で提供される。別の具体的な実施態様では、インフルエンザウイルス血球凝集素の長いステムドメインポリペプチドをコードする核酸が本明細書で提供される。遺伝暗号の縮重のために、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする任意の核酸が本明細書に包含される。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを産生するために、HA1のN末端ステムセグメント、HA1のC末端ステムセグメント、HA2ドメイン、内腔ドメイン、膜貫通ドメイン、及び又は細胞質ドメインをコードする天然のインフルエンザウイルス核酸に対応する核酸が用いられる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸にハイブリダイズすることができる核酸も本明細書で提供される。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸の断片にハイブリダイズすることができる核酸が本明細書で提供される。他の実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸の全長にハイブリダイズすることができる核酸が本明細書で提供される。核酸のハイブリダイゼーション条件の一般的なパラメータは、Sambrookらの文献、分子クローニング実験マニュアル、及びAusubelらの文献、分子生物学の最新プロトコルに記載されている。ハイブリダイゼーションは、高いストリンジェンシー条件、中間のストリンジェンシー条件、又は低いストリンジェンシー条件の下で実施することができる。当業者であれば、低いストリンジェンシー条件、中間のストリンジェンシー条件、及び高いストリンジェンシー条件は、その全てが相互作用する複数の因子に左右され、また、当該核酸によっても決まることを理解するであろう。例えば、高いストリンジェンシー条件は、核酸の融点の5°C以内の温度、低い塩濃度、及び高い共溶媒濃度を含むことができる。他方、低いストリンジェンシー条件は、核酸の融点より10°Cを超えて低い温度、高い塩濃度、及び共溶媒の欠如を含むことができる。いくつかの実施態様では、インフルエンザウイルス血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸が単離される。ある実施態様では、単離された核酸は、核酸の天然供給源に存在する他の核酸分子から分離されている核酸分子を指す。つまり、単離された核酸は、天然ではそれに関連していない異種核酸を含むことができる。他の実施態様では、単離された核酸、例えば、cDNA分子は、組換え技術によって産生されたとき、他の細胞物質もしくは培養培地を実質的に含まないものであるか、又は化学合成されたとき、化学物質前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まないものであることができる。用語細胞物質を実質的に含まないには、それが単離されるか又は組換えで産生される細胞の細胞成分から核酸が分離されている核酸調製物が含まれる。したがって、細胞物質を実質的に含まない核酸には、約30、20、10、又は5未満の他の核酸を有する核酸調製物が含まれる。用語培養培地を実質的に含まないには、培養培地が調製物の容量の約50、20、10、又は5未満である核酸調製物が含まれる。用語化学物質前駆体又は他の化学物質を実質的に含まないには、核酸の合成に関与する化学物質前駆体又は他の化学物質から核酸が分離されている調製物が含まれる。具体的な実施態様では、そのような核酸調製物は、約50、30、20、10、5未満の化学物質前駆体又は関心対象の核酸以外の化合物を有する。さらに、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの個々の成分をコードする核酸が本明細書で提供される。具体的な実施態様では、HA1のN末端ステムセグメント、HA1のC末端ステムセグメント、及び又はHA2ドメインをコードする核酸が本明細書で提供される。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの成分をコードする核酸は、当業者に公知の標準的な分子生物学の技術を用いてアセンブルすることができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸を含む、発現ベクターを含むベクターが本明細書で提供される。具体的な実施態様では、ベクターは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸の発現を導くことができる発現ベクターである。発現ベクターの非限定的な例としては、プラスミド及びウイルスベクター、例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、及びバキュロウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの成分をコードする発現ベクターが本明細書で提供される。そのようなベクターを用いて、1以上の宿主細胞で該成分を発現させることができ、該成分を、当業者に公知の技術を用いて、単離し、リンカーとコンジュゲートさせることができる。発現ベクターは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸を、宿主細胞での核酸の発現に好適な形態で含む。具体的な実施態様では、発現ベクターは、発現に用いられる宿主細胞に基づいて選択される、発現させる核酸に機能的に連結された1以上の調節配列を含む。発現ベクターにおいて、機能的に連結されたとは、関心対象の核酸が、核酸の発現を可能にする様式で調節配列に連結されていることを意味するものとする。調節配列には、プロモーター、エンハンサー、及び他の発現制御エレメントが含まれる。調節配列には、多くのタイプの宿主細胞で核酸の構成的発現を導くもの、特定の宿主細胞でのみ核酸の発現を導くもの、及び特定の薬剤による刺激によって核酸の発現を導くものが含まれる。発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択、タンパク質の所望の発現レベルのような因子によって決まり得ることが当業者には理解されるであろう。用語宿主細胞は、核酸で形質転換又はトランスフェクトされる特定の対象細胞、及びそのような細胞の子孫又は可能性のある子孫を含むものとする。そのような細胞の子孫は、後続の世代で起こり得る突然変異もしくは環境の影響又は宿主細胞ゲノムへの核酸の組込みのために、核酸で形質転換又はトランスフェクトされる親細胞と同一でなくてもよい。発現ベクターは、原核生物細胞又は真核生物細胞15771582を参照されたい、酵母細胞、植物細胞、藻類、もしくは哺乳動物細胞を用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの発現のために設計することができる。哺乳動物宿主細胞の例としては、CrucellPerC6細胞、Vero細胞、CHO細胞、VERY細胞、BHK細胞、HeLa細胞、COS細胞、MDCK細胞、293細胞、3T3細胞、又はWI38細胞が挙げられるが、これらに限定されない。ある実施態様では、宿主細胞は、骨髄腫細胞、例えば、NS0細胞、456TG17細胞、AF2クローン9B5細胞、AF2クローン9B5細胞、J558L細胞、MOPC315細胞、MPC11細胞、NCIH929細胞、NP細胞、NS01細胞、P3NS1Ag4細胞、P3NS11Ag41細胞、P3U1細胞、P3X63Ag8細胞、P3X63Ag8653細胞、P3X63Ag8U1細胞、RPMI8226細胞、Sp20Ag14細胞、U266B1細胞、X63AG8653細胞、Y3Ag123細胞、及びYO細胞である。昆虫細胞の非限定的な例としては、Sf9、Sf21、キンウワバ、ヨトウガ、及びカイコガが挙げられる。特定の実施態様では、哺乳動物細胞培養系が、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの発現に用いられる。別の実施態様では、植物細胞培養系が、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの発現に用いられる。植物細胞培養系を利用するタンパク質の産生のための植物細胞及び方法については、例えば、米国特許第7504560号第6770799号第6551820号第6136320号第6034298号第5914935号第5612487号及び第5484719号、並びに米国特許出願公開第20090208477号、第20090082548号、第20090053762号、第20080038232号、第20070275014号、及び第20060204487号を参照されたい。発現ベクターは、従来の形質転換又はトランスフェクション技術によって宿主細胞に導入することができる。そのような技術としては、リン酸カルシウム又は塩化カルシウム共沈、DEAEデキストランによるトランスフェクション、リポフェクション、及びエレクトロポレーションが挙げられるが、これらに限定されない。宿主細胞を形質転換又はトランスフェクトするための好適な方法は、Sambrookらの文献第2版ColdSpringHarborPressNewYork、及び他の実験マニュアルに見出すことができる。ある実施態様では、宿主細胞は、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸を含む発現ベクターで一過性にトランスフェクトされる。他の実施態様では、宿主細胞は、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸を含む発現ベクターで安定にトランスフェクトされる。哺乳動物細胞の安定なトランスフェクションについて、使用される発現ベクター及びトランスフェクション技術によっては、細胞のごく一部だけが外来性DNAをそのゲノムに組み込むことができることが知られている。これらの組込み体を同定及び選択するために、選択マーカーをコードする核酸が、通常、関心対象の核酸と一緒に宿主細胞に導入される。選択マーカーの例としては、薬剤、例えば、G418、ハイグロマイシン、及びメトトレキセートに対する耐性を付与するものが挙げられる。導入された核酸で安定にトランスフェクトされた細胞は、薬剤選択によって同定することができる。宿主細胞を用いるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの組換え発現の代替法として、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸を含む発現ベクターを、例えば、T7プロモーター調節配列及びT7ポリメラーゼを用いて、インビトロで転写及び翻訳することができる。具体的な実施態様では、共役転写翻訳系、例えば、PromegaTNT、又は転写及び翻訳に必要な成分を含む細胞溶解物もしくは細胞抽出物を用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを産生することができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが産生されると、それは、タンパク質の単離又は精製のための当技術分野で公知の任意の方法、例えば、クロマトグラフィー、遠心分離、示差溶解性、又はタンパク質の単離もしくは精製のための任意の他の標準的な技術によって単離又は精製することができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、熱ショックタンパク質とともに又はそれなしで、異種タンパク質、例えば、主要組織適合性複合体とコンジュゲートさせることができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、免疫調節分子、例えば、免疫細胞、例えば、B細胞又はT細胞にインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをターゲッティングするタンパク質とコンジュゲートさせることができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、自然免疫系を刺激するタンパク質、例えば、インターフェロン1型、アルファ、ベータ、もしくはガンマインターフェロン、コロニー刺激因子、例えば、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、インターロイキン1、IL2、IL4、IL5、IL6、IL7、IL12、IL15、IL18、IL21、IL23、腫瘍壊死因子β、TNFα、B71、B72、41BB、CD40リガンド、及び薬剤誘導性CD40とコンジュゲートさせることができる。したがって、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを産生する方法が本明細書で提供される。一実施態様では、本方法は、ポリペプチドが産生されるように、ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を好適な培地中で培養することを含む。いくつかの実施態様では、本方法は、ポリペプチドを培地又は宿主細胞から単離することをさらに含む。一態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むインフルエンザウイルスが本明細書で提供される。具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをインフルエンザウイルスのビリオンに組み込む。インフルエンザウイルスを、免疫細胞などの特定の細胞型にウイルスをターゲッティングする部分に結合させもよい。いくつかの実施態様では、インフルエンザウイルスのビリオンは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドに加えて、異種ポリペプチドをそれらに組み込んでいるか、又はそれを発現する。異種ポリペプチドは、免疫増強活性を有するか、又は特定の細胞型にインフルエンザウイルスをターゲッティングするポリペプチド、例えば、特定の細胞型の表面の抗原に結合する抗体、又は特定の細胞型の表面の特異的受容体に結合するリガンドであってもよい。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むインフルエンザウイルスは、当業者に公知の技術、例えば、リバースジェネティクス及びヘルパーフリープラスミドレスキューを用いて、ビリオンの産生の間にトランスでインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを供給することによって産生することができる。或いは、血球凝集素機能がトランスで提供されているウイルスに感染しやすい細胞でインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変されたゲノムを含む親インフルエンザウイルスの複製は、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む子孫インフルエンザウイルスを産生する。別の態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変されたゲノムを含むインフルエンザウイルスが本明細書で提供される。具体的な実施態様では、親インフルエンザウイルスのゲノムは、子孫インフルエンザウイルスによって発現されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードするように改変される。別の具体的な実施態様では、親インフルエンザウイルスのゲノムは、発現されて、子孫インフルエンザウイルスのビリオンに組み込まれるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードするように改変される。したがって、親インフルエンザウイルスの複製によって生じる子孫インフルエンザウイルスは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む。親インフルエンザウイルスのビリオンは、同じ又は異なる型、亜型、又は株のインフルエンザウイルスに由来するインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドをそれらに組み込んでいてもよい。或いは、親インフルエンザウイルスのビリオンは、機能的に、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドの活性のうちの1つ又は複数を置換することができる部分をそれらに組み込んでいてもよい。ある実施態様では、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドの活性のうちの1つ又は複数は、インフルエンザウイルスにとって異種のポリペプチドの細胞外ドメインがインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドの膜貫通ドメイン、又は膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインに融合したものを含む融合タンパク質によって提供される。具体的な実施態様では、親インフルエンザウイルスのビリオンは、インフルエンザウイルス以外の感染性病原体の受容体結合性融合原性ポリペプチドの細胞外ドメインがインフルエンザウイルス血球凝集素の膜貫通ドメイン、又は膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインに融合したものを含む融合タンパク質をそれらに組み込んでいてもよい。インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドの1以上の活性を提供する融合タンパク質、及びそのような融合タンパク質を発現するように改変されたインフルエンザウイルスの産生方法の説明については、例えば、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれている、2007年6月7日に公開された国際特許出願公開WO2007064802号を参照されたい。いくつかの実施態様では、親インフルエンザウイルスのビリオンは、異種ポリペプチドをそれらに組み込んでいる。ある実施態様では、親インフルエンザウイルスのゲノムは、子孫インフルエンザウイルスによって発現される異種ポリペプチド及びインフルエンザウイルス血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードするように改変される。具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、異種ポリペプチド、又は両方は、子孫インフルエンザウイルスのビリオンに組み込まれる。異種ポリペプチドは、特定の細胞型にインフルエンザウイルスをターゲッティングするポリペプチド、例えば、特定の細胞型の表面の抗原を認識する抗体、又は特定の細胞型の表面の特異的受容体に結合するリガンドであってもよい。いくつかの実施態様では、ターゲッティングポリペプチドは、ウイルスの標的細胞認識機能を代替する。具体的な実施態様では、異種ポリペプチドは、インフルエンザウイルスが天然で感染するのと同じ細胞型にインフルエンザウイルスをターゲッティングする。他の具体的な実施態様では、異種ポリペプチドは、免疫細胞、例えば、B細胞、T細胞、マクロファージ、又は樹状細胞に子孫インフルエンザウイルスをターゲッティングする。いくつかの実施態様では、異種ポリペプチドは、抗原提示細胞、例えば、樹状細胞の細胞特異的マーカーを認識して、それに結合する。一実施態様では、異種ポリペプチドは、樹状細胞にウイルスをターゲッティングするDCSIGNである。別の実施態様では、異種ポリペプチドは、免疫細胞にウイルスをターゲッティングする抗体であり、この抗体は、それがインフルエンザウイルスビリオンに組み込まれるように、別のポリペプチド由来の膜貫通ドメインと融合されていてもよい。いくつかの実施態様では、抗体は、CD20抗体、CD34抗体、又はDEC205に対する抗体である。ターゲッティング機能のあるポリペプチドを発現するようにウイルスを改変する技術は当技術分野で公知である。例えば、Yangらの文献及び2008年1月24日に公開された米国特許出願公開第20080019998号及び2007年1月25日に公開された第20070020238号を参照されたく、その各々の内容は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。別の実施態様では、異種ポリペプチドは、ウイルス付着タンパク質である。その付着タンパク質をこの態様で用いることができるウイルスの非限定的な例は、以下の群から選択されるウイルスであるラッサ熱ウイルス、B型肝炎ウイルス、狂犬病ウイルス、ニューカッスル病ウイルス、レトロウイルス、例えば、ヒト免疫不全ウイルス、ダニ媒介性脳炎ウイルス、ワクシニアウイルス、ヘルペスウイルス、ポリオウイルス、アルファウイルス、例えば、セムリキ森林ウイルス、ロスリバーウイルス、及びアウラウイルス、ボルナ病ウイルス、ハンターンウイルス、フォーミーウイルス、並びにSARSCoVウイルス。一実施態様では、フラビウイルス表面糖タンパク質、例えば、デングウイルスEタンパク質を用いることができる。いくつかの実施態様では、アルファウイルスファミリー由来のシンドビスウイルス糖タンパク質が用いられる。ある実施態様では、異種ポリペプチドは、NDVHNもしくはFタンパク質ヒト免疫不全ウイルスgp160B型肝炎ウイルス表面抗原ヘルペスウイルスの糖タンパク質或いはポリオウイルスのVP1に由来する。別の実施態様では、異種ポリペプチドは、当技術分野で公知の任意の非ウイルスターゲッティング系に由来する。ある実施態様では、非ウイルス病原体、例えば、細胞内細菌又は細胞内原虫のタンパク質が用いられる。いくつかの実施態様では、細菌ポリペプチドは、例えば、クラミジア、リケッチア、コクセリア、リステリア、ブルセラ、又はレジオネラによって提供される。いくつかの実施態様では、原虫のポリペプチドは、例えば、マラリア原虫種、リューシマニア属の種、トキソプラズマ原虫、又はクルーズトリパノソーマによって提供される。他の例示的なターゲッティング系は、その全体が本明細書中に組み込まれている、Waehlerらの文献NatureReviewsGenetics8573587に記載されている。ある実施態様では、インフルエンザウイルスによって発現される異種ポリペプチドは、免疫増強活性を有する。免疫増強ポリペプチドの非限定的な例としては、刺激分子、サイトカイン、ケモカイン、抗体、及び他の作用物質、例えば、Flt3リガンドが挙げられるが、これらに限定されない。免疫増強活性のあるポリペプチドの具体的な例としては、以下が挙げられるインターフェロン1型、アルファ、ベータ、もしくはガンマインターフェロン、コロニー刺激因子、例えば、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、インターロイキン1、IL2、IL4、IL5、IL6、IL7、IL12、IL15、IL18、IL21、IL23、腫瘍壊死因子β、TNFα、B71、B72、41BB、CD40リガンド及び薬剤誘導性CD40を参照されたい。A型及びB型インフルエンザウイルスのゲノムは8本の一本鎖のマイナスセンスセグメントからなるの一本鎖のマイナスセンスセグメントからなるので、親インフルエンザウイルスのゲノムは、組換えセグメント、並びに当業者に公知の技術、例えば、リバースジェネティクス及びヘルパーフリープラスミドレスキューを用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変することができる。一実施態様では、組換えセグメントは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、並びにvRNAの適切な複製、転写、及びパッケージングに必要とされる3及び5組込みシグナルをコードする核酸を含むZhengらの文献、これらは両方とも、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。具体的な実施態様では、組換えセグメントは、親インフルエンザウイルスと異なる又は同じ型、亜型、又は株に由来するインフルエンザウイルスのセグメントの3及び5非コード及び又は非翻訳配列を用いる。いくつかの実施態様では、組換えセグメントは、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドの3非コード領域、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドの非翻訳領域、及びインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドの5非コード領域を含む。具体的な実施態様では、組換えセグメントは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドのHA1のN末端ステムセグメント、HA1のC末端ステムセグメント、及び又はHA2として、インフルエンザウイルス型と同じ型、亜型、又は株であるインフルエンザウイルスのHAセグメントの3及び5非コード並びに又は非翻訳配列を含む。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする組換えセグメントは、親インフルエンザウイルスのHAセグメントを代替することができる。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする組換えセグメントは、親インフルエンザウイルスのNS1遺伝子を代替することができる。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする組換えセグメントは、親インフルエンザウイルスのNA遺伝子を代替することができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現させるために用いることができる例示的なインフルエンザウイルス株としては、アンアーバー150、Aプエルトリコ834、Aサウスダコタ62007、Aウルグアイ7162007、及びBブリスベン602008が挙げられる。いくつかの実施態様では、親インフルエンザウイルスのゲノムは、二シストロン性である組換えセグメントを用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変することができる。二シストロン性技術は、内部リボソーム侵入部位配列の使用により、複数のタンパク質のコード配列の単一mRNAへの改変を可能にする。IRES配列は、RNA分子へのリボソームの内部動員を導き、キャップ非依存的に下流の翻訳を可能にする。簡潔に述べると、1つのタンパク質のコード領域が、第二のタンパク質のオープンリーディングフレームに挿入される。挿入は、IRES並びに適切な発現及び又は機能に必要な任意の非翻訳シグナル配列に連なる。挿入は、第二のタンパク質のORF、ポリアデニル化、又は転写プロモーターを妨害してはならない及びGarciaSastreらの文献を参照されたく、その各々は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれている。例えば、米国特許第6887699号、米国特許第6001634号、米国特許第5854037号、及び米国特許第5820871号も参照されたく、その各々は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。当技術分野で公知又は本明細書に記載の任意のIRESを本発明に従って用いることができるのIRES、GenBankデータベースエントリーCQ867238のヌクレオチド14302115。したがって、ある実施態様では、親インフルエンザウイルスは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドと、別のポリペプチド、例えば、親インフルエンザウイルスによって発現される遺伝子とを発現する二シストロン性RNAセグメントを含むように改変される。いくつかの実施態様では、親インフルエンザウイルス遺伝子は、HA遺伝子である。いくつかの実施態様では、親インフルエンザウイルス遺伝子は、NA遺伝子である。いくつかの実施態様では、親インフルエンザウイルス遺伝子は、NS1遺伝子である。当業者に公知の技術を用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むインフルエンザウイルス、及びインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変されたゲノムを含むインフルエンザウイルスを産生することができる。例えば、リバースジェネティクス技術を用いて、そのようなインフルエンザウイルスを産生することができる。簡潔に述べると、リバースジェネティクス技術は、一般に、ウイルスポリメラーゼによる認識及び成熟ビリオンの生成に必要なパッケージングシグナルに必須である、マイナス鎖ウイルスRNAの非コード領域を含む合成組換えウイルスRNAの調製を含む。組換えRNAは、組換えDNA鋳型から合成され、精製されたウイルスポリメラーゼ複合体によってインビトロで再構成されて、細胞をトランスフェクトするために用いることができる組換えリボ核タンパク質を形成する。インビトロ又はインビボでの合成RNAの転写の間にウイルスポリメラーゼタンパク質が存在する場合、より効率的なトランスフェクションが達成される。合成組換えRNPは、感染性ウイルス粒子中にレスキューすることができる。前述の技術は、1992年11月24日に出願された米国特許第5166057号1998年12月29日に出願された米国特許第5854037号1996年2月20日に公開された欧州特許公開EP0702085A1号米国特許出願第09152845号1997年4月3日に公開された国際特許公開PCTWO9712032号1996年11月7日に公開されたWO9634625号欧州特許公開EPA780475号1999年1月21日に公開されたWO9902657号1998年11月26日に公開されたWO9853078号1998年1月22日に公開されたWO9802530号1999年4月1日に公開されたWO9915672号1998年4月2日に公開されたWO9813501号1997年2月20日に公開されたWO9706270号及び1997年6月25日に公開されたEPO780475A1号に記載されており、その各々は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。或いは、ヘルパーフリープラスミド技術を用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むインフルエンザウイルス、及びインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変されたゲノムを含むインフルエンザウイルスを産生することができる。簡潔に述べると、プラスミドベクターへのPCR産物の挿入を可能にする独特の制限部位を含むプライマーによるPCRを用いて、ウイルスセグメントの全長cDNAを増幅させる。プラスミドベクターは、正確なマイナスの転写物が発現されるように設計される。例えば、正確なマイナスの転写物がポリメラーゼIプロモーターから産生されるように、プラスミドベクターは、切断されたヒトRNAポリメラーゼIプロモーターとデルタ型肝炎ウイルスリボザイム配列の間にPCR産物を配置するように設計することができる。各ウイルスセグメントを含む別個のプラスミドベクター並びに必要なウイルスタンパク質を含む発現ベクターを細胞にトランスフェクトして、組換えウイルス粒子の産生をもたらすことができる。別の実施例では、必要なウイルスタンパク質をコードするウイルスのゲノムRNAとmRNAの両方が発現されるプラスミドベクターを用いることができる。ヘルパーフリープラスミド技術の詳細な説明については、例えば、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれている、国際公開WO0104333号米国特許第6951754号、第7384774号、第6649372号、及び第7312064号Fodorらの文献Quinlivanらの文献Hoffmannらの文献並びにNeumannらの文献を参照されたい。本明細書に記載のインフルエンザウイルスは、本明細書に記載の方法に従うその使用を可能にする力価までウイルスを増殖させる任意の基体中で増殖させることができる。一実施態様では、基体は、対応する野生株ウイルスについて測定される力価と同等の力価までウイルスを増殖させる。ある実施態様では、基体は、インフルエンザウイルスにとって、又はHA機能が由来するウイルスにとって生物学的に適するものである。具体的な実施態様では、例えば、NS1遺伝子中の突然変異による弱毒化インフルエンザウイルスは、IFN欠損基体中で増殖させることができる。例えば、好適なIFN欠損基体は、インターフェロンを産生するか、もしくはそれに応答するその能力に欠陥がある基体であってもよく、又はIFN欠損基体をインターフェロン欠損増殖環境を必要とし得る任意の数のウイルスの増殖のために用いることができる基体である。例えば、2003年6月3日に出願された米国特許第6573079号、2005年2月8日に出願された第6852522号、及び2009年2月24日に出願された第7494808号を参照されたく、これらの文献の各々の内容全体は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。本明細書に記載のインフルエンザウイルスは、当業者に公知の任意の方法によって単離及び精製することができる。一実施態様では、ウイルスは、一般に、周知の清澄化手順、例えば、密度勾配遠心分離及びカラムクロマトグラフィーによって細胞培養物から取り出され、細胞成分から分離され、望ましい場合、当業者に周知の手順、例えば、プラークアッセイを用いて、さらに精製することができる。ある実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、A型インフルエンザウイルスから得られるか、又はそれに由来する。ある実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、単一のA型インフルエンザウイルスの亜型もしくは株から得られるか、又はそれらに由来する。他の実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、2以上のA型インフルエンザウイルスの亜型もしくは株から得られるか、又はそれらに由来する。いくつかの実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、B型インフルエンザウイルスから得られるか、又はそれに由来する。ある実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、単一のB型インフルエンザウイルスの亜型もしくは株から得られるか、又はそれらに由来する。他の実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、2以上のB型インフルエンザウイルスの亜型もしくは株から得られるか、又はそれらに由来する。他の実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、A型インフルエンザウイルスの亜型又は株とB型インフルエンザウイルスの亜型又は株の組合せから得られるか、又はそれに由来する。いくつかの実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、C型インフルエンザウイルスから得られるか、又はそれに由来する。ある実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、単一のC型インフルエンザウイルスの亜型もしくは株から得られるか、又はそれらに由来する。他の実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、2以上のC型インフルエンザウイルスの亜型もしくは株から得られるか、又はそれらに由来する。他の実施態様では、本明細書に記載されているように用いられるインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスポリペプチド、遺伝子、もしくはゲノムセグメントは、C型インフルエンザウイルスの亜型又は株とA型インフルエンザウイルスの亜型もしくは株及び又はB型インフルエンザウイルスの亜型もしくは株の組合せから得られるか、或いはそれらに由来する。A型インフルエンザウイルスの非限定的な例としては、亜型H10N4、亜型H10N5、亜型H10N7、亜型H10N8、亜型H10N9、亜型H11N1、亜型H11N13、亜型H11N2、亜型H11N4、亜型H11N6、亜型H11N8、亜型H11N9、亜型H12N1、亜型H12N4、亜型H12N5、亜型H12N8、亜型H13N2、亜型H13N3、亜型H13N6、亜型H13N7、亜型H14N5、亜型H14N6、亜型H15N8、亜型H15N9、亜型H16N3、亜型H1N1、亜型H1N2、亜型H1N3、亜型H1N6、亜型H1N9、亜型H2N1、亜型H2N2、亜型H2N3、亜型H2N5、亜型H2N7、亜型H2N8、亜型H2N9、亜型H3N1、亜型H3N2、亜型H3N3、亜型H3N4、亜型H3N5、亜型H3N6、亜型H3N8、亜型H3N9、亜型H4N1、亜型H4N2、亜型H4N3、亜型H4N4、亜型H4N5、亜型H4N6、亜型H4N8、亜型H4N9、亜型H5N1、亜型H5N2、亜型H5N3、亜型H5N4、亜型H5N6、亜型H5N7、亜型H5N8、亜型H5N9、亜型H6N1、亜型H6N2、亜型H6N3、亜型H6N4、亜型H6N5、亜型H6N6、亜型H6N7、亜型H6N8、亜型H6N9、亜型H7N1、亜型H7N2、亜型H7N3、亜型H7N4、亜型H7N5、亜型H7N7、亜型H7N8、亜型H7N9、亜型H8N4、亜型H8N5、亜型H9N1、亜型H9N2、亜型H9N3、亜型H9N5、亜型H9N6、亜型H9N7、亜型H9N8、及び亜型H9N9が挙げられる。A型インフルエンザウイルスの株の具体的な例としては、Aswアイオワ1530AWSN33Aeqプラハ156APR834Aマガモポツダム178483AセグロカモメDE71288Asw香港1681993Aマガモアルバータ21198A水鳥デラウェア16806Aswオランダ2580Aswドイツ281Aswハノーバー181Aswポツダム181Aswポツダム1581Aswポツダム26881Aswフィニステール289982Aswポツダム3582Aswコートダルモール363384Aswヘント184Aswオランダ1285Aswカレンツァイ287Aswシュウェリン10389A七面鳥ドイツ391Aswドイツ853391Aswベルギー22092AswヘントV23092Aswライプチヒ14592AswRe22092hpAswバークム90993Aswシュレースヴィヒ-ホルシュタイン193Aswスコットランド41944094Aswバークム595Aswベスト5C96Aswイングランド1739496Aswイエナ596Aswウーデンローデ7C96Aswローネ197Aswコートダルモール79097Aswバークム136298Aswイタリア152198Aswイタリア1553298Aswイタリア156698Aswイタリア158998Aswバークム860299Aswコートダルモール60499Aswコートダルモール148299Aswヘント762599A香港177499Asw香港519099Asw香港520099Asw香港521299Aswイルエヴィレーヌ145599Aswイタリア1654199Aswイタリア203499Aswイタリア206499Aswベルリン157800Aswバークム183200Aswバークム183300Aswコートダルモール80000Asw香港798200Aswイタリア108100Aswベルチヒ201Aswベルチヒ5401Asw香港929601Asw香港974501Aswスペイン3360101Asw香港114402Asw香港119702Aswスペイン3913902Aswスペイン4238602Aスイス88082002Aswバークム176903AswビッセンドルフIDT186403AswエーレンIDT257003AswゲッシャーIDT270203Aswハーゼリュンネ261703hpAswレーニンゲンIDT253003AswIVDIDT267403AswノルドキルヒェンIDT199303AswノルドヴァルデIDT219703AswノルデンIDT230803Aswスペイン5004703Aswスペイン5191503Aswフェヒタ262303AswヴィズベクIDT286903AswヴァルタースドルフIDT252703AswダムIDT289004AswゲルダーンIDT288804AswグランステットIDT347504AswグレーフェンIDT288904AswグーテンスベルクIDT293004AswグーテンスベルクIDT293104AswローネIDT335704AswノルトルップIDT368504AswゼーセンIDT305504Aswスペイン5320704Aswスペイン5400804AswシュトルツェナウIDT329604AswヴェーデルIDT296504AswバートグリースバッハIDT419105AswクロッペンブルクIDT477705AswデートリンゲンIDT378005AswデートリンゲンIDT473505AswエックルハムIDT525005AswハーケンブレックIDT409705AswヘルツェンIDT431705AswクローゲルIDT419205AswラエルIDT389305AswラエルIDT412605AswメルツェンIDT411405AswミュスラリンゲンSIDT426305AswオスターホーフェンIDT400405AswシュプレンゲIDT380505AswシュタットローンIDT385305AswフォーグラルンIDT409605AswヴォーラーシュトIDT409305AswバートグリースバッハIDT560406AswヘルツラケIDT533506AswヘルツラケIDT533606AswヘルツラケIDT533706及びAイノシシドイツR1692006が挙げられるが、これらに限定されない。A型インフルエンザウイルスの株の他の具体的な例としては、Aトロント31412009AレーゲンスブルクD62009Aバイエルン622009Aバイエルン622009Aブランデンブルク192009Aブランデンブルク202009A連邦直轄区26112009Aマトグロッソ23292009Aサンパウロ14542009Aサンパウロ22332009Aストックホルム372009Aストックホルム412009Aストックホルム452009AブタアルバータOTH3312009AブタアルバータOTH33142009AブタアルバータOTH3322009AブタアルバータOTH33212009AブタアルバータOTH33222009AブタアルバータOTH33232009AブタアルバータOTH33242009AブタアルバータOTH33252009AブタアルバータOTH3332009AブタアルバータOTH3372009A北京5022009Aフィレンツェ102009A香港23692009Aイタリア852009Aサントドミンゴ572N2009Aカタロニア3852009Aカタロニア3862009Aカタロニア3872009Aカタロニア3902009Aカタロニア3942009Aカタロニア3972009Aカタロニア3982009Aカタロニア3992009Aサンパウロ23032009A秋田12009AカストロJXP2009A福島12009Aイスラエル2762009Aイスラエル2772009Aイスラエル702009A岩手12009A岩手22009A鹿児島12009A大阪1802009AプエルトモントBio872009Aサンパウロ23032009A札幌12009Aストックホルム302009Aストックホルム312009Aストックホルム322009Aストックホルム332009Aストックホルム342009Aストックホルム352009Aストックホルム362009Aストックホルム382009Aストックホルム392009Aストックホルム402009Aストックホルム422009Aストックホルム432009Aストックホルム442009A宇都宮22009AWRAIR0573N2009及びA浙江DTIDZJU012009が挙げられるが、これらに限定されない。B型インフルエンザウイルスの非限定的な例としては、愛知588株、秋田272001株、秋田52001株、アラスカ162000株、アラスカ17772005株、アルゼンチン692001株、アリゾナ1462005株、アリゾナ1482005株、バンコク16390株、バンコク3499株、バンコク46003株、バンコク5499株、バルセロナ21503株、北京1584株、北京18493株、北京24397株、北京4375株、北京576株、北京7698株、ベルギーWV1062002株、ベルギーWV1072002株、ベルギーWV1092002株、ベルギーWV1142002株、ベルギーWV1222002株、ボン43株、ブラジル9522001株、ブカレスト79503株、ブエノスアイレス16100株、ブエノスアイレス995株、ブエノスアイレスSW1697株、ブエノスアイレスVL51899株、カナダ4642001株、カナダ4642002株、チャコ36600株、チャコR11300株、済州30303株、千葉44798株、重慶32000株、SA1タイ2002臨床分離株、SA10タイ2002臨床分離株、SA100フィリピン2002臨床分離株、SA101フィリピン2002臨床分離株、SA110フィリピン2002臨床分離株、SA112フィリピン2002臨床分離株、SA113フィリピン2002臨床分離株、SA114フィリピン2002臨床分離株、SA2タイ2002臨床分離株、SA20タイ2002臨床分離株、SA38フィリピン2002臨床分離株、SA39タイ2002臨床分離株、SA99フィリピン2002臨床分離株、CNIC272001株、コロラド25972004株、コルドバVA41899株、チェコスロバキア1689株、チェコスロバキア6990株、ダエク1097株、ダエク4597株、ダエク4797株、ダエク997株、BDu478株、Bダーバン3998株、ダーバン4398株、ダーバン4498株、Bダーバン5298株、ダーバン5598株、ダーバン5698株、イングランド17162005株、イングランド20542005株、イングランド2304株、フィンランド1542002株、フィンランド1592002株、フィンランド1602002株、フィンランド1612002株、フィンランド16203株、フィンランド1622002株、フィンランド16291株、フィンランド1642003株、フィンランド17291株、フィンランド1732003株、フィンランド1762003株、フィンランド18491株、フィンランド1882003株、フィンランド1902003株、フィンランド2202003株、フィンランドWV52002株、福建3682株、ジュネーブ507903株、ジェノバ1102株、ジェノバ202株、ジェノバ2102株、ジェノバ5402株、ジェノバ5502株、広東0594株、広東0893株、広東594株、広東5589株、広東893株、広州797株、広州8692株、広州8792株、京幾5922005株、ハノーバー290株、ハルビン0794株、ハワイ102001株、ハワイ19902004株、ハワイ382001株、ハワイ92001株、河北1994株、河北394株、河南2297株、広島232001株、香港11099株、香港11152002株、香港1122001株、香港1232001株、香港13512002株、香港14342002株、香港14799株、香港15699株、香港15799株、香港222001株、香港2289株、香港3362001株、香港6662001株、香港989株、ヒューストン191株、ヒューストン196株、ヒューストン296株、湖南472株、茨城285株、仁川2972005株、インド389株、インド772762001株、イスラエル9503株、イスラエルWV1872002株、日本12242005株、江蘇1003株、ヨハネスブルク199株、ヨハネスブルク9601株、門真107699株、門真12299株、鹿児島1594株、カンザス2299299株、ハズコフ22491株、神戸12002株、高知19399株、ラツィオ102株、リー40株、レニングラード12991株、リスボン290株、ロサンゼルス102株、ルサカ27099株、リヨン127196株、マレーシア830772001株、マプト199株、マルデルプラタ59599株、メリーランド101株、メンフィス101株、メンフィス1297MA株、ミシガン2257299株、三重193株、ミラノ101株、ミンスク31890株、モスクワ303株、名古屋2099株、南昌100株、ナッシュビル10793株、ナッシュビル4591株、ネブラスカ201株、オランダ80190株、オランダ42998株、ニューヨーク12002株、NIB4890株、寧夏4583株、ノルウェー184株、オマーン162992001株、大阪105997株、大阪98397V2株、オスロ13292002株、オスロ18462002株、パナマ4590株、パリ32990株、パルマ2302株、パース2112001株、ペルー13642004株、フィリピン50722001株、釜山27099株、ケベック17398株、ケベック46598株、ケベック701株、ローマ103株、佐賀S17299株、ソウル1395株、ソウル3791株、山東797株、上海3612002株、滋賀T3098株、四川37999株、シンガポール22279株、スペインWV272002株、ストックホルム1090株、スイス544190株、台湾040900株、台湾072202株、台湾972712001株、テヘラン8002株、東京698株、トリエステ2802株、ウランウデ402株、イギリス3430499株、USSR10083株、ビクトリア10389株、ウィーン199株、武漢3562000株、WV1942002株、玄武2382株、山形13112003株、山形K5002001株、アラスカ1296株、GA86株、長崎187株、東京94296株、及びロチェスター022001株が挙げられる。C型インフルエンザウイルスの非限定的な例としては、愛知181株、アンアーバー150株、青森74株、カリフォルニア78株、イングランド83株、ギリシア79株、広島2462000株、広島2522000株、兵庫183株、ヨハネスブルク66株、神奈川176株、京都179株、ミシシッピー80株、宮城197株、宮城52000株、宮城996株、奈良285株、ニュージャージー76株、ブタ北京11581株、埼玉32000株、静岡79株、山形298株、山形62000株、山形996株、ベルリン185株、イングランド8928株、五大湖116754株、JJ50株、ブタ北京1081株、ブタ北京43982株、テーラー123347株、及びC山形1081株が挙げられる。ある実施態様では、本明細書で提供されるインフルエンザウイルスは、弱毒化表現型を有する。具体的な実施態様では、弱毒化インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザウイルスに基づく。他の実施態様では、弱毒化インフルエンザウイルスは、B型インフルエンザウイルスに基づく。さらに他の実施態様では、弱毒化インフルエンザウイルスは、C型インフルエンザウイルスに基づく。他の実施態様では、弱毒化インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザ、B型インフルエンザ及び又はC型インフルエンザウイルスの1以上の株又は亜型由来の遺伝子又はゲノムセグメントを含むことができる。いくつかの実施態様では、弱毒化骨格ウイルスは、A型インフルエンザウイルス及びB型インフルエンザウイルス由来の遺伝子を含む。具体的な実施態様では、ウイルスが少なくとも部分的に感染性を保持し、インビボで複製することができるが、非病原性である不顕性レベルの感染をもたらす低い力価を生じさせることしかできないような、インフルエンザウイルスの弱毒化が望ましい。そのような弱毒化ウイルスは、ウイルス又はその免疫原性組成物が免疫応答を誘発するために対象に投与される、本明細書に記載の実施態様に特に好適である。インフルエンザウイルスの弱毒化は、例えば、化学的突然変異誘発によって作製されるウイルス突然変異体を選択すること、遺伝子操作によるゲノムの突然変異、弱毒化された機能を有するセグメントを含む再集合体ウイルスを選択すること、又は条件的ウイルス突然変異体の選択などの、当技術分野で公知の任意の方法によって達成することができる。或いは、天然に存在する弱毒化インフルエンザウイルスを、インフルエンザウイルスベクターのためのインフルエンザウイルス骨格として用いることができる。一実施態様では、インフルエンザウイルスは、親インフルエンザウイルスのHA遺伝子を本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドと置換することによって、少なくとも部分的に弱毒化することができる。いくつかの実施態様では、インフルエンザウイルスは、細胞のインターフェロン応答に拮抗するウイルスの能力を損なわせる突然変異したNS1遺伝子を発現するようにインフルエンザウイルスを改変することによって、少なくとも部分的に弱毒化することができる。インフルエンザウイルスNS1遺伝子に導入することができる突然変異の種類の例としては、欠失、置換、挿入、及びそれらの組合せが挙げられる。NS1遺伝子全体のどこにでも、及び又はNS1遺伝子の調節エレメントに、1以上の突然変異を導入することができる。一実施態様では、弱毒化インフルエンザウイルスは、NS1のC末端から5個、好ましくは10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、75、80、85、90、95、99、100、105、110、115、120、125、126、130、135、140、145、150、155、160、165、170、もしくは175個のアミノ酸残基からなる欠失、又はC末端から5~170、25~170、50~170、100~170、100~160、もしくは105~160個のアミノ酸残基の欠失をもたらすインフルエンザウイルスNS1遺伝子の突然変異を有するゲノムを含む。別の実施態様では、弱毒化インフルエンザウイルスは、それがアミノ酸残基1~130、アミノ酸残基1~126、アミノ酸残基1~120、アミノ酸残基1~115、アミノ酸残基1~110、アミノ酸残基1~100、アミノ酸残基1~99、アミノ酸残基1~95、アミノ酸残基1~85、アミノ酸残基1~83、アミノ酸残基1~80、アミノ酸残基1~75、アミノ酸残基1~73、アミノ酸残基1~70、アミノ酸残基1~65、又はアミノ酸残基1~60のNS1タンパク質をコードするように、インフルエンザウイルスNS1遺伝子の突然変異を有するゲノムを含み、ここで、N末端アミノ酸は、1番である。NS1突然変異及び突然変異したNS1を含むインフルエンザウイルスの例については、例えば、米国特許第6468544号及び第6669943号並びにLiらの文献を参照されたく、その各々は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。一態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む非インフルエンザウイルスが本明細書で提供される。具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを非インフルエンザウイルスのビリオンに組み込む。非インフルエンザウイルスを、特定の細胞型、例えば、免疫細胞にウイルスをターゲッティングする部分に結合させもよい。いくつかの実施態様では、インフルエンザウイルスのビリオンは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドに加えて、異種ポリペプチドをそれらに組み込んでいるか、又はそれを発現する。異種ポリペプチドは、免疫増強活性を有するか、又は特定の細胞型に非インフルエンザウイルスをターゲッティングするポリペプチド、例えば、特定の細胞型の表面の抗原に結合する抗体、もしくは特定の細胞型の表面の特異的受容体に結合するリガンドであってもよい。そのような異種ポリペプチドの例については、上の第54節を参照されたい。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む非インフルエンザウイルスは、当業者に公知の技術を用いて、ビリオンの産生の間にトランスでインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを供給することによって産生することができる。或いは、血球凝集素機能がトランスで提供されているウイルスに感染しやすい細胞でインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変されたゲノムを含む親の非インフルエンザウイルスの複製は、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む子孫ウイルスを産生する。限定するものではないが、天然に存在する株、変異体、もしくは突然変異体、突然変異させたウイルス、再集合体、及び又は遺伝子改変ウイルスを含む、任意のウイルス型、亜型、又は株を、非インフルエンザウイルスベクターとして用いることができる。具体的な実施態様では、親の非インフルエンザウイルスは、天然に存在するウイルスではない。別の具体的な実施態様では、親の非インフルエンザウイルスは、遺伝子改変ウイルスである。ある実施態様では、エンベロープ型ウイルスが、本明細書に記載の膜結合型インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの発現に好ましい。例示的な実施態様では、非インフルエンザウイルスベクターは、ニューカッスル病ウイルスである。別の実施態様では、非インフルエンザウイルスベクターは、ワクシニアウイルスである。他の例示的で、非限定的な実施態様では、非インフルエンザウイルスベクターは、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、B型肝炎ウイルス、レトロウイルスゲノムもしくはマウス白血病ウイルス、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス、腫瘍レトロウイルス、もしくはレンチウイルス、アルファウイルス、ラブドウイルス、例えば、水疱性口内炎ウイルスもしくはパピローマウイルス、ポックスウイルス、メタニューモウイルス、麻疹ウイルス、ヘルペスウイルス、例えば、単純ヘルペスウイルス、又はフォーミーウイルスである。例えば、Lawrie及びTuminの文献Bettらの文献Zhouらの文献Dubenskyらの文献米国特許第5643576号WO9634625号Oheらの文献Wooらの文献、WO9412629号Xiao及びBrandsmaの文献並びにBukreyev及びCollinsの文献を参照されたく、その各々は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。具体的な実施態様では、非インフルエンザウイルスベクターは、NDVである。任意のNDV型、亜型、又は株は、限定するものではないが、天然に存在する株、変異体、もしくは突然変異体、突然変異させたウイルス、再集合体及び又は遺伝子改変ウイルスを含む、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変される骨格の役割を果たすことができる。具体的な実施態様では、遺伝子操作のための骨格の役割を果たすNDVは、天然に存在する株である。ある実施態様では、遺伝子操作のための骨格の役割を果たすNDVは、溶解性株である。他の実施態様では、遺伝子操作のための骨格の役割を果たすNDVは、非溶解性株である。ある実施態様では、遺伝子操作のための骨格の役割を果たすNDVは、長潜伏期性株である。いくつかの実施態様では、遺伝子操作のための骨格の役割を果たすNDVは、亜病原性株である。他の実施態様では、遺伝子操作のための骨格の役割を果たすNDVは、短潜伏期性株である。NDV株の具体的な例としては、73T株、アルスター株、MTH68株、イタリアン株、ヒックマン株、PV701株、ヒッチナーB1株、ラソタ株、YG97株、MET95株、及びF48E9株が挙げられるが、これらに限定されない。具体的な実施態様では、遺伝子操作のための骨格の役割を果たすNDVは、ヒッチナーB1株である。別の具体的な実施態様では、遺伝子操作のための骨格の役割を果たすNDVは、ラソタ株である。一実施態様では、非インフルエンザウイルスベクターのための骨格として用いられるNDVは、修飾Fタンパク質を発現するように改変されており、この修飾Fタンパク質中では、該Fタンパク質の切断部位が1つ又は2つの追加のアルギニン残基を含む部位に置き換えられ、この突然変異切断部位がフリンファミリーのユビキタスに発現されるプロテアーゼによって活性化されるようになる。そのような修飾Fタンパク質を発現するNDVの具体的な例としては、rNDVF2aa及びrNDVF3aaが挙げられるが、これらに限定されない。突然変異した切断部位を有する修飾Fタンパク質を産生するためにNDVのFタンパク質に導入される突然変異の説明については、例えば、Parkらの文献PNASUSA10382032808を参照されたい。一実施態様では、非インフルエンザウイルスベクターは、ポックスウイルスである。ポックスウイルスベクターは、ワクチンベクターに好適な配列を提供するポックスウイルス科の任意のメンバー、特に、ワクシニアウイルス又はアビポックスウイルスに基づくことができる。具体的な実施態様では、ポックスウイルスベクターは、ワクシニアウイルスベクターである。好適なワクシニアウイルスとしては、コペンハーゲン株Johnsonらの文献、改変コペンハーゲン株、WYETH株、及び改変アンカラ株が挙げられるが、これらに限定されない。他の好適なポックスウイルスとしては、望ましい特性を提供し、高度に弱毒化されているALVAC及びTROVACベクターなどの鶏痘株が挙げられる中のTartagliaらの文献及びTartagliaらの文献を参照されたい。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現させるために非インフルエンザウイルスを改変する方法は、そのようなウイルスを弱毒化させ、増殖させ、かつ単離及び精製する方法と同様に当技術分野で周知である。NDVベクターに関するそのような技術については、国際公開WO0104333号米国特許第7442379号、第6146642号、第6649372号、第6544785号、及び第7384774号Swayneらの文献及びSwayne文献を参照されたく、その各々は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。ポックスウイルスに関するそのような技術については、例えば、Picciniらの文献国際公開WO9611279号米国特許第4769330号米国特許第4722848号米国特許第4769330号米国特許第4603112号米国特許第5110587号米国特許第5174993号EP83286号EP206920号Mayrらの文献並びにSutter及びMossの文献を参照されたい。ある実施態様では、非インフルエンザウイルスは弱毒化されている。特に、対象への投与のための組成物中で使用するための、非インフルエンザウイルスベクターの選択のための例示的な検討事項は、安全性、低毒性、安定性、細胞型特異性、及び免疫原性、特に、非インフルエンザウイルスベクターによって発現されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの抗原性である。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、ウイルス様粒子ベクターに組み込むことができる。VLPは、通常、ウイルスの構造タンパク質に一般的に由来するウイルスポリペプチドを含む。いくつかの実施態様では、VLPは複製することができない。ある実施態様では、VLPはウイルスの完全なゲノムを欠いていてもよく、又はウイルスのゲノムの一部を含んでいてもよい。いくつかの実施態様では、VLPは細胞に感染することができない。いくつかの実施態様では、VLPは、当業者に公知であるか又は本明細書に記載されている1以上のウイルス性標的部分又は非ウイルス性標的部分をその表面に発現する。いくつかの実施態様では、VLPは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、及びウイルス構造タンパク質、例えば、HIVgagを含む。具体的な実施態様では、VLPは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、及びHIVgagポリペプチド、例えば、下の第62節の実施例2に記載のものを含む。組換えで産生されるVLPを産生して特徴付けるための方法は、インフルエンザウイルス、ヒトパピローマウイルス1型、ヒトパピローマウイルス16型8912180、HIV1、及びA型肝炎を含む、いくつかのウイルスに基づいて記載されており、その各々は、その全体が本明細書中に組み込まれている。NDVタンパク質を含むVLPを発現させる方法は、Pantuaらの文献、及び2009年3月12日に公開された米国特許出願公開第20090068221号で提供されており、その各々は、その全体が本明細書中に組み込まれている。具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、ウイロソームに組み込むことができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むウイロソームは、当業者に公知の技術を用いて産生することができる。例えば、ウイロソームは、精製されたウイルスを破壊し、ゲノムを抽出し、ウイルスタンパク質及び脂質で粒子を再び組み立てて、ウイルスタンパク質を含む脂質粒子を形成させることによって産生することができる。具体的な実施態様では、細菌は、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変することができる。インフルエンザウイルス血球凝集素ステムドメインの発現のために好適な細菌としては、リステリア、サルモネラ、赤痢菌の種、ヒト結核菌、大腸菌、髄膜炎菌、ウシ流産菌、マルタ熱菌、ライム病ボレリア、及び野兎病菌が挙げられるが、これらに限定されない。具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変された細菌は、弱毒化されている。異種ポリペプチドを発現するように改変された細菌の産生技術は当技術分野で公知であり、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの発現に適用することができる。例えば、2008年10月9日に公開された米国特許出願公開第20080248066号及び2007年9月6日に公開された米国特許出願公開第20070207171号を参照されたく、その各々は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。ある実施態様では、植物を、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変することができる。具体的な実施態様では、当技術分野で公知の方法を用いるアグロインフィルトレーションによって、植物を本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変することができる。例えば、関心対象の遺伝子、例えば、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする遺伝子をコードする核酸を、アグロバクテリウムの株に導入する。その後、この株を液体培地中で増殖させ、得られる細菌を洗浄し、緩衝溶液に懸濁する。その後、アグロバクテリウムが関心対象の遺伝子を植物細胞の一部に形質転換するように、植物を本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸を含むアグロバクテリウムに曝露させる。その後、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを該植物によって一過性に発現させ、当技術分野で公知かつ本明細書に記載の方法を用いて単離することができる29302934及びDAoustらの文献930940を参照されたい。具体的な実施態様では、植物は、タバコ植物である。別の具体的な実施態様では、植物は、タバコ植物の近縁種である。他の実施態様では、藻類を改変して、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現させることができるを参照されたい。本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのような核酸もしくはポリペプチドを含むベクターを用いて、インフルエンザに対する、例えば、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドの軸領域に対する中和抗体を誘発させることができる。具体的な実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのような核酸もしくはポリペプチドを含むベクターを非ヒト対象に投与して、抗体の産生を含む免疫応答を誘発させることができ、この抗体は、当業者に公知の技術を用いて単離することができる。或いは、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを用いて、抗体ライブラリーから抗体をスクリーニングすることができる。例えば、単離されたインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを固体支持体に固定し、抗体への結合についてスクリーニングすることができる。代替法として、抗体を固体支持体に固定し、単離されたインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドへの結合についてスクリーニングすることができる。任意のスクリーニングアッセイ、例えば、パニングアッセイ、ELISA、表面プラズモン共鳴、又は当技術分野で公知の他の抗体スクリーニングアッセイを用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドに結合する抗体についてスクリーニングすることができる。スクリーニングされる抗体ライブラリーは、市販の抗体ライブラリー、インビトロで作製されたライブラリー、又はインフルエンザに感染した個体から抗体を同定及びクローニング又は単離することによって得られたライブラリーであることができる。特定の実施態様では、抗体ライブラリーは、インフルエンザウイルス大発生の生存者から作製される。抗体ライブラリーは、当技術分野で公知の方法に従って作製することができる。特定の実施態様では、抗体ライブラリーは、抗体をクローニングし、それをファージディスプレイライブラリー又はファージミドディスプレイライブラリーで用いることによって作製される。本明細書に記載の方法で同定される抗体は、当技術分野で公知又は本明細書に記載の生物学的アッセイを用いて、中和活性及び自己反応性の欠如について試験することができる。一実施態様では、非ヒト動物又は抗体ライブラリーから単離された抗体は、2以上のインフルエンザ亜型由来の血球凝集素ポリペプチドを中和する。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのような核酸もしくはポリペプチドをコードするベクターを用いて誘発又は同定される抗体は、インフルエンザH3ウイルスを中和する。いくつかの実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのような核酸もしくはポリペプチドを含むベクターを用いて誘発又は同定される抗体は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、もしくは16種、又はそれより多くのインフルエンザウイルスの亜型又は株を中和する。一実施態様では、中和抗体は1以上のA型インフルエンザウイルス及び1以上のB型インフルエンザウイルスを中和する。特定の実施態様では、中和抗体は、CR6261、CR6325、CR6329、CR6307、CR6323、2A、D7、D8、F10、G17、H40、A66、D80、E88、E90、H98、C179、AI3C、もしくはEkiertDCらの文献高度に保存されたインフルエンザウイルスエピトープの抗体認識Kashyapらの文献トルコH5N1鳥インフルエンザ大発生の生存者由来のコンビナトリアル抗体ライブラリーは、ウイルス中和戦略を明らかにするSuiらの文献鳥及びヒトA型インフルエンザウイルスの広域スペクトル中和のための構造及び機能的基礎米国特許第5589174号、同第5631350号、同第6337070号、及び同第6720409号国際公開WO2007134237として公開された国際出願PCTUS2007068983号国際公開WO2009036157号として公開された国際出願PCTUS2008075998号国際公開WO2008028946号として公開された国際出願PCTEP2007059356号及び国際公開WO2009079259号として公開された国際出願PCTUS2008085876号に記載されている任意の他の抗体ではないか、又はそれらと同じエピトープに結合しない。他の実施態様では、中和抗体は、Wangらの文献異なる血球凝集素による連続免疫後のH3インフルエンザウイルスに対する広範防御性モノクローナル抗体19に記載されている抗体ではない。特定の実施態様では、中和抗体は、IgVH169セグメントを用いていない。いくつかの実施態様では、中和抗体と抗原との相互作用は、重鎖によってのみ仲介されるものではない。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのような核酸もしくはポリペプチドを含むベクターを用いて同定又は誘発される抗体には、免疫グロブリン分子及び免疫グロブリン分子の免疫活性部分、すなわち、血球凝集素ポリペプチドに特異的に結合する抗原結合部位を含む分子が含まれる。免疫グロブリン分子は、免疫グロブリン分子の任意のタイプ、クラス、又はサブクラスであることができる。抗体には、モノクローナル抗体、多重特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、単鎖Fv、単鎖抗体、Fab断片、F断片、ジスルフィド結合Fv、及び抗イディオタイプ抗体、並びに上記のいずれかのエピトープ結合性断片が含まれるが、これらに限定されない。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのような核酸もしくはポリペプチドを含むベクターを用いて誘発又は同定される抗体は、診断的イムノアッセイ、受動免疫療法、及び抗イディオタイプ抗体の作製で用いることができる。受動免疫療法で用いられる前の抗体を修飾することができ、例えば、抗体をキメラ化又はヒト化することができる。キメラ抗体及びヒト化抗体の作製に関する概説については、例えば、米国特許第4444887号及び第4716111号並びに国際公開WO9846645号、WO9850433号、WO9824893号、WO9816654号、WO9634096号、WO9633735号、及びWO9110741号を参照されたく、その各々は、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれる。さらに、血球凝集素ポリペプチドを中和する抗体の能力及び該ポリペプチドに対する抗体の特異性を、受動免疫療法で抗体を用いる前に試験することができる。インフルエンザウイルス感染に起因する疾患の予防又は治療のための中和抗体の使用に関する議論については、下記の第511節を参照されたい。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのような核酸もしくはポリペプチドを含むベクターを用いて誘発又は同定される抗体を用いて、療法の効果及び又は疾患の進行をモニタリングすることができる。この目的のために、限定するものではないが、少し例を挙げれば、ラジオイムノアッセイ、ELISA、サンドイッチイムノアッセイ、沈降反応、ゲル拡散沈降反応、免疫拡散アッセイ、凝集アッセイ、補体結合アッセイ、免疫放射線測定法、蛍光イムノアッセイ、プロテインAイムノアッセイ、及び免疫電気泳動アッセイなどの技術を用いる、競合的及び非競合的アッセイ系を含む、当技術分野で公知の任意のイムノアッセイ系を用いることができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのような核酸もしくはポリペプチドを含むベクターを用いて誘発又は同定される抗体は、抗イディオタイプ抗体の作製で用いることができる。その後、今度は、この抗イディオタイプ抗体を、インフルエンザの特定の抗原、例えば、血球凝集素ポリペプチドの中和エピトープに結合する抗体の亜集団を産生するために、免疫に用いることができる125c373Jerneらの文献。別の態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドによってエクスビボで細胞を刺激する方法が本明細書で提供される。そのような細胞、例えば、樹状細胞を、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドに対する抗体を作製するためにインビトロで用いることができるか、又はそれ自体を、例えば、当技術分野で公知の養子移入技術によって対象に投与することができる。養子移入技術の説明については、例えば、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれている、2008年1月24日に公開された米国特許出願公開第20080019998号を参照されたい。ある実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドによってエクスビボで刺激された細胞を対象に投与する場合、該細胞は、哺乳動物細胞ではない。1つの非限定的な例では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変されたベクター、例えば、インフルエンザウイルスベクターを用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現させ、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対して向けられた免疫刺激特性を提示する樹状細胞を生成させることができる。そのようなDCは、メモリーT細胞を拡大するために用いられることができ、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドに特異的な細胞傷害性Tリンパ球クローンを含む、T細胞の強力なスティミュレーターである。引用によりその全体が本明細書中に組み込まれている、Strobelらの文献を参照されたい。本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、該ポリペプチドを標的細胞、例えば、DCと接触させ、該ポリペプチドを標的細胞に送達する任意の方法で標的細胞に送達することができる。ある実施態様では、本明細書に記載されているように、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを対象に送達する。いくつかのそのような実施態様では、ポリペプチドと接触させた細胞を単離し、増殖させることができる。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをインビトロで標的細胞に送達する。当業者に公知の技術を用いて、標的細胞にポリペプチドを送達することができる。例えば、標的細胞を、組織培養プレート、チューブ、又は他の容器中のポリペプチドと接触させることができる。ポリペプチドを培地に懸濁し、培養プレートのウェル、チューブ、又は他の容器に添加することができる。ポリペプチドを含む培地を、細胞のプレーティングの前に、又は細胞をプレーティングした後に添加することができる。標的細胞は、ポリペプチドを細胞と接触させるのに十分な量の時間、ポリペプチドとともにインキュベートすることが好ましい。ある実施態様では、細胞を、ポリペプチドとともに、約1時間以上、約5時間以上、約10時間以上、約12時間以上、約16時間以上、約24時間以上、約48時間以上、約1時間~約12時間、約3時間~約6時間、約6時間~約12時間、約12時間~約24時間、又は約24時間~約48時間インキュベートする。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドがウイルス中にある、ある実施態様では、標的細胞を接触させることは、細胞をウイルスに感染させることを含む。標的細胞は、例えば、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、及びモルモットを含む、任意の種由来のものであることができる。いくつかの実施態様では、標的細胞は、健康な対象又は治療を必要とする対象から得られるDCである。ある実施態様では、標的細胞は、ポリペプチドに対する免疫応答を刺激することが望ましい対象から得られるDCである。対象から細胞を得る方法は、当技術分野で周知である。本明細書に記載の核酸、ベクター、ポリペプチド、細菌、抗体、又は細胞を組成物に組み込むことができる。具体的な実施態様では、組成物は、医薬組成物、例えば、免疫原性組成物である。本明細書で提供される医薬組成物は、組成物を対象に投与することができる任意の形態であることができる。具体的な実施態様では、医薬組成物は、獣医学的投与及び又はヒトへの投与に好適である。組成物は、インフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法で用いることができる。一実施態様では、医薬組成物は、医薬として許容し得る担体との混合物中に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む。別の実施態様では、医薬組成物は、医薬として許容し得る担体との混合物中に、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸を含む。別の実施態様では、医薬組成物は、医薬として許容し得る担体との混合物中に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸を含む発現ベクターを含む。別の実施態様では、医薬組成物は、医薬として許容し得る担体との混合物中に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むインフルエンザウイルス又は非インフルエンザウイルスを含む。別の実施態様では、医薬組成物は、医薬として許容し得る担体との混合物中に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変されたゲノムを有するインフルエンザウイルス又は非インフルエンザウイルスを含む。別の実施態様では、医薬組成物は、医薬として許容し得る担体との混合物中に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むウイルス様粒子又はウイロソームを含む。別の実施態様では、医薬組成物は、医薬として許容し得る担体との混合物中に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するか、又はそれを発現するように改変された細菌を含む。別の実施態様では、医薬組成物は、医薬として許容し得る担体との混合物中に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドで刺激された細胞を含む。いくつかの実施態様では、医薬組成物は、活性化合物に加えて1以上の他の療法を含むことができる。本明細書で用いられるように、用語医薬として許容し得るは、動物、より具体的にはヒトでの使用について、連邦政府もしくは州政府の規制当局に承認されているか、又は米国薬局方もしくは他の一般に認められた薬局方に記載されていることを意味する。用語担体は、医薬組成物がそれとともに投与される、希釈剤、アジュバント、賦形剤、又は媒体を指す。食塩水溶液及び水性デキストロース溶液及びグリセロール溶液を、特に注射用溶液のための液体担体として利用することもできる。好適な賦形剤としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、グリセロールモノステアレート、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが挙げられる。好適な医薬担体の例は、EWMartin著レミントンの薬学に記載されている。製剤は、投与様式に適するべきである。具体的な実施態様では、医薬組成物は、対象への意図された投与経路に好適であるように製剤化される。例えば、医薬組成物は、非経口、経口、皮内、経皮、結腸直腸、腹腔内、及び直腸投与に適するように製剤化することができる。具体的な実施態様では、医薬組成物は、静脈内、経口、腹腔内、鼻腔内、気管内、皮下、筋肉内、局所、皮内、経皮、又は肺投与用に製剤化することができる。ある実施態様では、生体分解性ポリマー、例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリエチレングリコール、ポリメタクリル酸メチルポリマー、ポリラクチド、ポリ、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、及びポリ乳酸を担体として用いることができる。いくつかの実施態様では、活性化合物は、インプラント及びマイクロカプセル化送達系を含む制御放出製剤のように、身体からの速やかな消失からの化合物の保護を増大させる担体を用いて調製される。そのような製剤の調製方法は当業者には明らかであろう。リポソーム又はミセルを医薬として許容し得る担体として用いることもできる。これらは、例えば、米国特許第4522811号に記載されているような、当業者に公知の方法によって調製することができる。ある実施態様では、医薬組成物は、1以上のアジュバントを含む。具体的な実施態様では、本明細書に記載の免疫原性組成物は一価製剤である。他の実施態様では、本明細書に記載の免疫原性組成物は多価製剤である。一例では、多価製剤は、A型インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現する1以上のベクター、及びB型インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現する1以上のベクターを含む。別の例では、多価製剤は、A型インフルエンザウイルスH3抗原に由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクター、及びA型インフルエンザウイルスH1抗原に由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクターを含む。別の例では、多価製剤は、A型インフルエンザウイルスH3抗原に由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクター、A型インフルエンザウイルスH1抗原に由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクター、及びB型インフルエンザウイルスHA抗原に由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクターを含む。ある実施態様では、多価製剤は、単一のベクターを用いて発現される1以上の異なるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むことができる。ある実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、防腐剤、例えば、水銀誘導体のチメロサールをさらに含む。具体的な実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、0001~001のチメロサールを含む。他の実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、防腐剤を含まない。具体的な実施態様では、チメロサールは、本明細書に記載の医薬組成物の製造時に用いられ、チメロサールは、医薬組成物の生産後の精製工程を通して除去される、すなわち、医薬組成物は、微量のチメロサールを含む。ある実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、卵タンパク質をさらに含む。本明細書に記載の医薬組成物中の卵タンパク質の量は、1mlの医薬組成物に対して、約00005~約12μgの卵タンパク質であることができる。他の実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、卵タンパク質を含まない。ある実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、限定するものではないが、ゲンタマイシン、ネオマイシン、ポリミキシン及びカナマイシン、ストレプトマイシンを含む、1以上の抗微生物剤をさらに含む。他の実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、いかなる抗生物質も含まない。ある実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、ウイルスを不活化するために用いられる1以上の成分、例えば、ホルマリンもしくはホルムアルデヒド、又は界面活性剤、例えば、デオキシコール酸ナトリウム、オクトキシノール9、及びオクトキシノール10をさらに含む。他の実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、ウイルスを不活化するために用いられるいかなる成分も含まない。ある実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、ゼラチンをさらに含む。他の実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、ゼラチンを含まない。ある実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、1以上の緩衝剤、例えば、リン酸緩衝剤及びスクロースホスフェートグルタメート緩衝剤をさらに含む。他の実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、緩衝剤を含まない。ある実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、1以上の塩、例えば、塩化ナトリウム、塩化カルシウム、リン酸ナトリウム、グルタミン酸一ナトリウム、及びアルミニウム塩、又はそのようなアルミニウム塩の混合物をさらに含む。他の実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、塩を含まない。具体的な実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、低添加剤インフルエンザウイルスワクチンである、すなわち、該医薬組成物は、インフルエンザウイルスワクチン中に一般に見られる1以上の添加剤を含まない。低添加剤インフルエンザワクチンは記載されている。本明細書に記載の医薬組成物は、投与のための説明書と一緒に、容器、パック、又はディスペンサーに含めることができる。本明細書に記載の医薬組成物は、使用前に保存することができ、例えば、該医薬組成物は、冷凍して保存するか冷蔵条件で保存するか又は室温で保存することができる。ある実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物中の活性化合物が、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するように改変された細胞である場合、該医薬組成物中の細胞は、哺乳動物細胞ではない。具体的な実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むサブユニットワクチンが本明細書で提供される。いくつかの実施態様では、サブユニットワクチンは、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、及び1以上の表面糖タンパク質、他のターゲッティング部分、又はアジュバントを含む。具体的な実施態様では、サブユニットワクチンは、単一のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む。他の実施態様では、サブユニットワクチンは、2つ、3つ、4つ、又はそれより多くのインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む。具体的な実施態様では、サブユニットワクチンで用いられるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、膜結合型でない、すなわち、それは可溶性である。ある実施態様では、1用量当たり、約10μg~約60μgの本明細書に記載の1以上のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、約0001~001のチメロサール、約01μg~約10μgの鶏卵タンパク質、約10μg~約50μgのポリミキシン、約10μg~約50μgのネオマイシン、約01μg~約05μgのベータプロピオラクトン、及び約0001~約005wvのノニルフェノールエトキシレートを含むサブユニットワクチンが本明細書で提供される。具体的な実施態様では、本明細書で提供されるサブユニットワクチンは、45μgの本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、10μg以下の水銀、10μg以下の鶏卵タンパク質、375μg以下のポリミキシン、及び25μg以下のネオマイシンを含む05ml用量を含むか又はそれからなる。いくつかの実施態様では、本明細書で提供されるサブユニットワクチンは、1用量当たり、05μg以下のベータプロピオラクトン及び0015wv以下のノニルフェノールエトキシレートをさらに含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施態様では、05ml用量のサブユニットワクチンは、充填済み注射器にパックされる。具体的な実施態様では、本明細書で提供されるサブユニットワクチンは、45μgの本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、250μgの水銀、10μg以下の鶏卵タンパク質、375μg以下のポリミキシン、及び25μg以下のネオマイシンを含む50mlの多用量バイアルからなる。いくつかの実施態様では、本明細書で提供されるサブユニットワクチンは、1用量当たり、05μg以下のベータプロピオラクトン及び0015wv以下のノニルフェノールエトキシレートをさらに含むか、又はそれらからなる。具体的な実施態様では、サブユニットワクチンは、発育鶏卵で増殖させたインフルエンザウイルスを用いて調製されるは、発育鶏卵で増殖させたウイルスから単離される。別の具体的な実施態様では、サブユニットワクチンは、発育鶏卵で増殖させなかったインフルエンザウイルスを用いて調製されるは、発育鶏卵で増殖させなかったウイルスから単離される。別の具体的な実施態様では、サブユニットワクチンは、哺乳動物細胞、例えば、不死化ヒト細胞、又はイヌ腎臓細胞、例えば、MDCK細胞で増殖させたインフルエンザウイルスを用いて調製されるは、哺乳動物細胞で増殖させたウイルスから単離される。別の具体的な実施態様では、サブユニットワクチン中の血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、発現ベクター、例えば、ウイルスベクター、植物ベクター、又は細菌ベクターを用いて調製されるは、発現ベクターから得られる単離される。一実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む生ウイルスを含む免疫原性組成物が本明細書で提供される。別の実施態様では、組成物を投与される対象で産生される子孫ウイルスによって発現されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードするように改変されている生ウイルスを含む免疫原性組成物が本明細書で提供される。具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、膜結合型である。他の具体的な実施態様では、インフルエンザウイルス血球凝集素ステムドメインポリペプチドは膜結合型ではない、すなわち、可溶性である。特定の実施態様では、生ウイルスは、上の第54節に記載されているような、インフルエンザウイルスである。他の実施態様では、生ウイルスは、上の第55節に記載されているような、非インフルエンザウイルスである。いくつかの実施態様では、生ウイルスは弱毒化されている。いくつかの実施態様では、免疫原性組成物は、2つ、3つ、4つ、もしくはそれより多くの異なるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むか、又はそれらを発現するように改変されている、2つ、3つ、4つ、又はそれより多くの生ウイルスを含む。ある実施態様では、1用量当たり、本明細書に記載の1以上のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む約105~約1010蛍光焦点単位の弱毒化生インフルエンザウイルス、約01~約05mgのグルタミン酸一ナトリウム、約10~約50mgの加水分解ブタゼラチン、約10~約50mgのアルギニン、約10~約15mgのスクロース、約10~約50mgの二塩基性リン酸カリウム、約05~約20mgのリン酸二水素カリウム、及び約0001~約005μgmlの硫酸ゲンタマイシンを含む免疫原性組成物が本明細書で提供される。いくつかの実施態様では、免疫原性組成物は、単一の02ml用量を含む充填済み噴霧器としてパックされる。具体的な実施態様では、1用量当たり、本明細書に記載の1以上のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む1065~1075FFUの弱毒化生インフルエンザウイルス、0188mgのグルタミン酸一ナトリウム、20mgの加水分解ブタゼラチン、242mgのアルギニン、1368mgのスクロース、226mgの二塩基性リン酸カリウム、096mgのリン酸二水素カリウム、及び0015μgml未満の硫酸ゲンタマイシンを含む免疫原性組成物が本明細書で提供される。いくつかの実施態様では、免疫原性組成物は、単一の02ml用量を含む充填済み噴霧器としてパックされる。具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む生ウイルスを、本明細書に記載の免疫原性組成物中でのその使用の前に、発育鶏卵で増殖させる。別の具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む生ウイルスを、本明細書に記載の免疫原性組成物中でのその使用の前に、発育鶏卵で増殖させない。別の具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む生ウイルスを、本明細書に記載の免疫原性組成物中でのその使用の前に、哺乳動物細胞、例えば、不死化ヒト細胞、又はイヌ腎臓細胞、例えば、MDCK細胞で増殖させる。対象でのウイルスの増殖は、自然感染で起こるものと同様の種類及び程度の長期刺激をもたらし、そのため、かなりの長期持続性免疫を付与することができるので、対象への投与用の生ウイルスを含む免疫原性組成物が好ましい場合がある。一実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む不活化ウイルスを含む免疫原性組成物が本明細書で提供される。具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは膜結合型である。特定の実施態様では、不活化ウイルスは、上の第54節に記載されているような、インフルエンザウイルスである。他の実施態様では、不活化ウイルスは、上の第55節に記載されているような、非インフルエンザウイルスである。いくつかの実施態様では、免疫原性組成物は、2つ、3つ、4つ、又はそれより多くの異なるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む、2つ、3つ、4つ、又はそれより多くの不活化ウイルスを含む。ある実施態様では、不活化ウイルス免疫原性組成物は、1以上のアジュバントを含む。当業者に公知の技術を用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むウイルスを不活化することができる。一般的な方法は、不活化のためにホルマリン、熱、又は界面活性剤を用いる。例えば、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれている、米国特許第6635246号を参照されたい。他の方法としては、引用によりその全体が本明細書中に組み込まれている、米国特許第5891705号第5106619号及び第4693981号に記載されているものが挙げられる。ある実施態様では、免疫原性組成物の各用量が、約15~約60μgの本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、約10~約50mgの塩化ナトリウム、約20~約100μgの一塩基リン酸ナトリウム、約100~約500μgのリン酸水素ナトリウム、約5~約30μgのリン酸二水素カリウム、約5~約30μgの塩化カリウム、及び約05~約30μgの塩化カルシウムを含むような、不活化インフルエンザウイルスを含む免疫原性組成物が本明細書で提供される。いくつかの実施態様では、免疫原性組成物は、単一の025ml又は単一の05mlの用量としてパックされる。他の実施態様では、免疫原性組成物は、多用量製剤としてパックされる。ある実施態様では、免疫原性組成物の各用量が、1用量当たり、約15~約60μgの本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、約0001~001のチメロサール、約10~約50mgの塩化ナトリウム、約20~約100μgの一塩基リン酸ナトリウム、約100~約500μgのリン酸水素ナトリウム、約5~約30μgのリン酸二水素カリウム、約5~約30μgの塩化カリウム、及び約05~約30μgの塩化カルシウムを含むような、不活化インフルエンザウイルスを含む免疫原性組成物が本明細書で提供される。いくつかの実施態様では、免疫原性組成物は、単一の025ml又は単一の05mlの用量としてパックされる。他の実施態様では、免疫原性組成物は、多用量製剤としてパックされる。具体的な実施態様では、本明細書で提供される免疫原性組成物は、単一の025ml用量としてパックされ、1用量当たり、225μgの本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、205mgの塩化ナトリウム、40μgの一塩基リン酸ナトリウム、150μgのリン酸水素ナトリウム、10μgのリン酸二水素カリウム、10μgの塩化カリウム、及び075μgの塩化カルシウムを含む。具体的な実施態様では、本明細書で提供される免疫原性組成物は、単一の05ml用量としてパックされ、1用量当たり、45μgの本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、41mgの塩化ナトリウム、80μgの一塩基リン酸ナトリウム、300μgのリン酸水素ナトリウム、20μgのリン酸二水素カリウム、20μgの塩化カリウム、及び15μgの塩化カルシウムを含む。具体的な実施態様では、免疫原性組成物は、50mlのワクチンを含むか又はそれからなる多用量製剤としてパックされ、1用量当たり、245μgの水銀、45μgの本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、41mgの塩化ナトリウム、80μgの一塩基リン酸ナトリウム、300μgのリン酸水素ナトリウム、20μgのリン酸二水素カリウム、20μgの塩化カリウム、及び15μgの塩化カルシウムを含む。具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む不活化ウイルスを、その不活化及びその後の本明細書に記載の免疫原性組成物中での使用の前に、発育鶏卵で増殖させた。別の具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む不活化ウイルスを、その不活化及びその後の本明細書に記載の免疫原性組成物中での使用の前に、発育鶏卵で増殖させなかった。別の具体的な実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む不活化ウイルスを、その不活化及びその後の本明細書に記載の免疫原性組成物中での使用の前に、哺乳動物細胞、例えば、不死化ヒト細胞、又はイヌ腎臓細胞、例えば、MDCK細胞で増殖させた。一実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む免疫原性組成物は、スプリットウイルスワクチンである。いくつかの実施態様では、スプリットウイルスワクチンは、2つ、3つ、4つ、又はそれより多くの異なるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、膜結合型であるあった。ある実施態様では、スプリットウイルスワクチンは、1以上のアジュバントを含む。スプリットウイルスワクチンの産生技術は当業者に公知である。非限定的な例として、インフルエンザウイルススプリットワクチンは、界面活性剤で破壊された不活化粒子を用いて調製することができる。本明細書に記載の方法による使用に適合させることができるスプリットウイルスワクチンの一例は、筋肉内使用のためのFluzoneインフルエンザウイルスワクチンであり、それを、発育鶏卵で増殖させたインフルエンザウイルスから調製される滅菌懸濁剤として製剤化する。ウイルス含有液を回収し、ホルムアルデヒドで不活化する。インフルエンザウイルスを、連続フロー遠心分離機を用いて、線形ショ糖密度勾配溶液中で濃縮し、精製する。次に、ウイルスを、非イオン性界面活性剤、オクトキシノール9X100UnionCarbide社の登録商標を用いて化学的に破壊し、スプリットウイルスを生じさせる。次に、このスプリットウイルスを、化学手段によってさらに精製し、リン酸ナトリウム緩衝生理食塩液に懸濁する。ある実施態様では、約10μg~約60μgの本明細書に記載の1以上のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、約001~約10mgのオクトキシノール10、約05~05mgのαトコフェリルハイドロジェンスクシネート、約01~10mgのポリソルベート80、約0001~約0003μgのヒドロコルチゾン、約005~約03μgの硫酸ゲンタマイシン、約05~約20μgの鶏卵タンパク質、約25~75μgのホルムアルデヒド、及び約25~75μgのデオキシコール酸ナトリウムを含むスプリットウイルスワクチンが本明細書で提供される。具体的な実施態様では、本明細書で提供されるスプリットウイルスワクチンは、45μgの本明細書で提供されるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、0085mg以下のオクトキシノール10、01mg以下のαトコフェリルハイドロジェンスクシネート、0415mg以下のポリソルベート80、00016μg以下のヒドロコルチゾン、015μg以下の硫酸ゲンタマイシン、10以下の鶏卵タンパク質、50μg以下のホルムアルデヒド、及び50μg以下のデオキシコール酸ナトリウムを含む05ml用量を含むか又はそれからなる。いくつかの実施態様では、05ml用量のサブユニットワクチンは、充填済み注射器にパックされる。具体的な実施態様では、スプリットウイルスワクチンは、発育鶏卵で増殖させたインフルエンザウイルスを用いて調製される。別の具体的な実施態様では、スプリットウイルスワクチンは、発育鶏卵で増殖させなかったインフルエンザウイルスを用いて調製される。別の具体的な実施態様では、スプリットウイルスワクチンは、哺乳動物細胞、例えば、不死化ヒト細胞、又はイヌ腎臓細胞、例えば、MDCK細胞で増殖させたインフルエンザウイルスを用いて調製される。ある実施態様では、本明細書に記載の組成物は、アジュバントを含むか、又はそれと併用投与される。本明細書に記載の組成物との併用投与のためのアジュバントは、該組成物の投与前、それと同時、又はその後に投与されてもよい。いくつかの実施態様では、用語アジュバントは、本明細書に記載の組成物とともに又はその一部として投与した場合、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドに対する免疫応答を強化、増強、及び又は亢進するが、その化合物を単独で投与した場合、ポリペプチドに対する免疫応答を生じさせない化合物を指す。いくつかの実施態様では、アジュバントは、ポリペプチドに対する免疫応答を生じさせ、アレルギー又は他の有害反応を生じさせない。アジュバントは、例えば、リンパ球動員、B及び又はT細胞の刺激、並びにマクロファージの刺激を含むいくつかの機構によって、免疫応答を増強することができる。ある実施態様では、アジュバントは、応答の定性的形態に影響を及ぼすポリペプチドの立体構造変化を引き起こすことなく、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドに対する固有の応答を強化する。アジュバントの具体的な例としては、アルミニウム塩、3デOアシル化モノホスホリル脂質A、MF59、AS03、AS04、ポリソルベート80、イミダゾピリジン化合物、イミダゾキノキサリン化合物、及びサポニン、例えば、QS21米国特許第5057540号を参照されたいが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施態様では、アジュバントは、フロイントアジュバントである。他のアジュバントは、任意に免疫賦活剤、例えば、モノホスホリル脂質Aと組み合わせた、水中油エマルジョンであるを参照されたい。別のアジュバントは、CpGである。そのようなアジュバントは、他の特異的免疫刺激剤、例えば、MPLもしくは3DMP、QS21、重合体もしくは単量体のアミノ酸、例えば、ポリグルタミン酸もしくはポリリジン、又は上の第54節に記載されている他の免疫増強剤とともに、又はそれらなしで用いることができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの異なる製剤が、異なるアジュバントを含み得るか、又は同じアジュバントを含み得ることを理解すべきである。一態様では、活性化合物、すなわち、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、そのようなポリペプチドを含むかもしくは発現するベクター、又はそのようなポリペプチドで刺激された細胞を利用して、対象の免疫応答を誘導する方法が本明細書で提供される。具体的な実施態様では、対象のインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザウイルス血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸又はその免疫原性組成物の有効量を投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸又はその免疫原性組成物の有効量を投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むかもしくは発現するウイルスベクター、又はその免疫原性組成物の有効量を投与することを含む。さらに別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドで刺激された細胞又はその医薬組成物の有効量を投与することを含む。ある実施態様では、本方法で用いられるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、哺乳動物細胞、植物細胞、又は昆虫細胞に由来する精製されたインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドである。具体的な実施態様では、対象のインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載のサブユニットワクチンを投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載の生ウイルスワクチンを投与することを含む。特定の実施態様では、生ウイルスワクチンは、弱毒化ウイルスを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載の不活化ウイルスワクチンを投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載のスプリットウイルスワクチンを投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載のウイルス様粒子ワクチンを投与することを含む。別の実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載のウイロソームを投与することを含む。別の実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するかもしくは発現するように改変された細菌又はその組成物を投与することを含む。ある実施態様では、本方法で用いられるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、哺乳動物細胞、植物細胞、又は昆虫細胞に由来する精製されたインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドである。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルスの任意の亜型又は株によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効である。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、一方のHAグループに属し、もう一方のHAグループに属さないインフルエンザウイルスの亜型によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効である。例えば、誘導される免疫応答は、H11、H13、H16、H9、H8、H12、H6、H1、H5、及びH2からなるHAグループに属するインフルエンザウイルスによって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効であり得る。或いは、誘導される免疫応答は、H3、H4、H14、H10、H15、及びH7からなるHAグループに属するインフルエンザウイルスによって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効であり得る。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルスの1つ、2つ、3つ、4つ、又は5つの亜型によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効である。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルスの6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、又は15の亜型によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルスの同じ亜型内の1以上の変異体によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、H1N1とH2N2の両方の亜型によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効である。他の実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、H1N1とH2N2の両方の亜型によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効でない。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、H1N1、H2N2、及びH3N2の亜型によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、H3N2亜型によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効である。他の実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、H3N2亜型によって引き起こされるインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療するのに有効でない。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルスの任意の亜型又は株によって引き起こされるインフルエンザウイルス疾患を予防及び又は治療するのに有効である。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、一方のHAグループに属し、もう一方のHAグループに属さないインフルエンザウイルスの亜型によって引き起こされるインフルエンザウイルス疾患を予防及び又は治療するのに有効である。例えば、誘導される免疫応答は、H11、H13、H16、H9、H8、H12、H6、H1、H5、及びH2からなるHAグループに属するインフルエンザウイルスによって引き起こされるインフルエンザウイルス疾患を予防及び又は治療するのに有効であり得る。或いは、誘導される免疫応答は、H3、H4、H14、H10、H15、及びH7からなるHAグループに属するインフルエンザウイルスによって引き起こされるインフルエンザウイルス疾患を予防及び又は治療するのに有効であり得る。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルスの1つ、2つ、3つ、4つ、又は5つの亜型のいずれかによって引き起こされるインフルエンザウイルス疾患を予防及び又は治療するのに有効である。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルスの6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、又は15の亜型のいずれかによって引き起こされるインフルエンザウイルス疾患を予防及び又は治療するのに有効である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルスの同じ亜型内の1以上の変異体によって引き起こされるインフルエンザウイルス疾患を予防及び又は治療するのに有効である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルス疾患感染に起因する症状を軽減するのに有効である。インフルエンザウイルス疾患感染の症状としては、体の痛み、発熱、吐き気、頭痛、ひりひり痛む目、疲労、咽喉炎、赤くなった目又は皮膚、並びに腹痛が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルス疾患感染に罹患している対象の入院を減少させるのに有効である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物によって誘導される免疫応答は、インフルエンザウイルス疾患感染に罹患している対象の入院期間を短縮するのに有効である。別の態様では、本明細書に記載の活性化合物或いは組成物を利用して、対象のインフルエンザウイルス感染を予防及び又は治療する方法が本明細書で提供される。一実施態様では、対象のインフルエンザウイルス感染を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、そのようなポリペプチドを含むかもしくは発現するベクター、又は上記のいずれか1つの組成物を投与することを含む。具体的な実施態様では、対象のインフルエンザウイルス感染を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、サブユニットワクチン、生ウイルスワクチン、不活化ウイルスワクチン、スプリットウイルスワクチン、又はウイルス様粒子ワクチンを投与することを含む。別の態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、そのようなポリペプチドを含むかもしくは発現するベクター、又はそのようなポリペプチドで刺激された細胞を利用して、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防及び又は治療する方法が本明細書で提供される。具体的な実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド又はその免疫原性組成物の有効量を投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸又はその免疫原性組成物の有効量を投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むかもしくは発現するウイルスベクター、又はその免疫原性組成物の有効量を投与することを含む。さらに別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドで刺激された細胞又はその医薬組成物の有効量を投与することを含む。具体的な実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載されるサブユニットワクチンを投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載の生ウイルスワクチンを投与することを含む。特定の実施態様では、生ウイルスワクチンは、弱毒化ウイルスを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載の不活化ウイルスワクチンを投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載のスプリットウイルスワクチンを投与することを含む。別の実施態様では、インフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載のウイルス様粒子ワクチンを投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載のウイロソームを投与することを含む。別の実施態様では、対象のインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するかもしくは発現するように改変された細菌又はその組成物を投与することを含む。別の態様では、本明細書に記載の中和抗体を投与することによって、対象でインフルエンザウイルス疾患を予防及び又は治療する方法が本明細書で提供される。具体的な実施態様では、対象でインフルエンザウイルス疾患を予防又は治療する方法は、それを必要とする対象に、本明細書に記載の中和抗体、又はその医薬組成物の有効量を投与することを含む。特定の実施態様では、中和抗体はモノクローナル抗体である。ある実施態様では、中和抗体は、CR6261、CR6325、CR6329、CR6307、CR6323、2A、D7、D8、F10、G17、H40、A66、D80、E88、E90、H98、C179、AI3C、又はEkiertDCらの文献高度に保存されたインフルエンザウイルスエピトープの抗体認識Kashyapらの文献トルコH5N1鳥インフルエンザ大発生の生存者由来のコンビナトリアル抗体ライブラリーは、ウイルス中和戦略を明らかにするSuiらの文献鳥及びヒトA型インフルエンザウイルスの広域スペクトル中和のための構造及び機能的基礎米国特許第5589174号、同第5631350号、同第6337070号、及び同第6720409号国際公開WO2007134237として公開された国際出願PCTUS2007068983号国際公開WO2009036157号として公開された国際出願PCTUS2008075998号国際公開WO2008028946号として公開された国際出願PCTEP2007059356号及び国際公開WO2009079259号として公開された国際出願PCTUS2008085876号に記載されている任意の他の抗体ではない。他の実施態様では、中和抗体は、Wangらの文献異なる血球凝集素による連続免疫後のH3インフルエンザウイルスに対する広範防御性モノクローナル抗体19に記載されている抗体ではない。ある実施態様では、本明細書で提供される、対象のインフルエンザウイルス疾患又は感染を予防又は治療する方法は、当業者に公知かつ本明細書に記載のインビボ及びインビトロアッセイで測定したときに、対象でのインフルエンザウイルスの複製の低減をもたらす。いくつかの実施態様では、インフルエンザウイルスの複製は、約1log以上、約2log以上、約3log以上、約4log以上、約5log以上、約6log以上、約7log以上、約8log以上、約9log以上、約10log以上、1~3log、1~5log、1~8log、1~9log、2~10log、2~5log、2~7log、2log~8log、2~9log、2~10log、3~5log、3~7log、3~8log、3~9log、4~6log、4~8log、4~9log、5~6log、5~7log、5~8log、5~9log、6~7log、6~8log、6~9log、7~8log、7~9log、又は8~9log低減される。様々な態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、そのようなポリペプチドを含むかもしくは発現するベクター、そのようなポリペプチドで刺激された細胞、又は中和抗体は、1以上の他の療法との併用で対象に投与することができる。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の医薬組成物は、1以上の療法との併用で対象に投与することができる。1以上の他の療法は、インフルエンザウイルス疾患の治療もしくは予防に有益であることができるか、又はインフルエンザウイルス疾患と関連する症状もしくは状態を改善することができる。いくつかの実施態様では、1以上の他の療法は、鎮痛剤、解熱薬、又は呼吸を楽にするかもしくは助ける療法である。ある実施態様では、療法は、5分未満の間隔、30分未満の間隔、1時間の間隔、約1時間の間隔、約1~約2時間の間隔、約2時間~約3時間の間隔、約3時間~約4時間の間隔、約4時間~約5時間の間隔、約5時間~約6時間の間隔、約6時間~約7時間の間隔、約7時間~約8時間の間隔、約8時間~約9時間の間隔、約9時間~約10時間の間隔、約10時間~約11時間の間隔、約11時間~約12時間の間隔、約12時間~18時間の間隔、18時間~24時間の間隔、24時間~36時間の間隔、36時間~48時間の間隔、48時間~52時間の間隔、52時間~60時間の間隔、60時間~72時間の間隔、72時間~84時間の間隔、84時間~96時間の間隔、又は96時間~120時間の間隔で投与される。具体的な実施態様では、2種以上の療法が、同じ患者診察時に投与される。当業者に周知の任意の抗ウイルス剤を、本明細書に記載の活性化合物又は医薬組成物と併用することができる。抗ウイルス剤の非限定的な例としては、その受容体へのウイルスの付着、細胞内へのウイルスの内在化、ウイルスの複製、又は細胞からのウイルスの放出を阻害及び又は低減する、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、融合タンパク質抗体、核酸分子、有機分子、無機分子、及び小分子が挙げられる。特に、抗ウイルス剤としては、ヌクレオシド類似体、フォスカーネット、アマンタジン、ペラミビル、リマンタジン、サキナビル、インジナビル、リトナビル、αインターフェロン及び他のインターフェロン、AZT、ザナミビル、並びにオセルタミビルが挙げられるが、これらに限定されない。他の抗ウイルス剤としては、インフルエンザウイルスワクチン、例えば、Fluarix、FluMist、Fluvirin、Flulaval、Afluria、Agriflu、又はFluzoneが挙げられる。具体的な実施態様では、抗ウイルス剤は、ウイルス抗原に特異的である免疫調節剤である。特定の実施態様では、ウイルス抗原は、血球凝集素ポリペプチド以外のインフルエンザウイルスポリペプチドである。他の実施態様では、ウイルス抗原は、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドである。当業者に公知の任意の抗細菌剤を、本明細書に記載の活性化合物又は医薬組成物と併用することができる。抗細菌剤の非限定的な例としては、アミカシン、アモキシシリン、アモキシシリンクラブラン酸、アンホテリシンB、アンピシリン、アンピシリンスルバクタム、アプラマイシン、アジスロマイシン、アズトレオナム、バシトラシン、ベンジルペニシリン、カスポファンギン、セファクロル、セファドロキシル、セファレキシン、セファロチン、セファゾリン、セフジニル、セフェピム、セフィキシム、セフメノキシム、セフォペラゾン、セフォペラゾンスルバクタム、セフォタキシム、セフォキシチン、セフピロム、セフポドキシム、セフポドキシムクラブラン酸、セフポドキシムスルバクタム、セフプロジル、セフキノム、セフタジジム、セフチブテン、セフチオフル、セフトビプロール、セフトリアキソン、セフロキシム、クロラムフェニコール、フロルフェニコール、シプロフロキサシン、クラリスロマイシン、クリナフロキサシン、クリンダマイシン、クロキサシリン、コリスチン、コトリモキサゾール、ダルババンシン、ダルフォプリスチンキノプリスチン、ダプトマイシン、ジベカシン、ジクロキサシリン、ドリペネム、ドキシサイクリン、エンロフロキサシン、エルタペネム、エリスロマイシン、フルクロキサシリン、フルコナゾール、フルシトシン、ホスホマイシン、フシジン酸、ガレノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、ゲンタマイシン、イミペネム、イトラコナゾール、カナマイシン、ケトコナゾール、レボフロキサシン、リンコマイシン、リネゾリド、ロラカルベフ、メシルナム、メロペネム、メトロニダゾール、メジオシリン、メズロシリンスルバクタム、ミノサイクリン、モキシフロキサシン、ムピロシン、ナリジキシン酸、ネオマイシン、ネチルマイシン、ニトロフラントイン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、オキサシリン、ペフロキサシン、ペニシリンV、ピペラシリン、ピペラシリンスルバクタム、ピペラシリンタゾバクタム、リファンピシン、ロキシスロマイシン、スパルフロキサシン、スペクチノマイシン、スピラマイシン、ストレプトマイシン、スルバクタム、スルファメトキサゾール、テイコプラニン、テラバンシン、テリスロマイシン、テモシリン、テトラサイクリン、チカルシリン、チカルシリンクラブラン酸、チゲサイクリン、トブラマイシン、トリメトプリム、トロバフロキサシン、タイロシン、バンコマイシン、バージニアマイシン及びボリコナゾールが挙げられる。いくつかの実施態様では、併用療法は、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、又は第52~57節に記載の1以上のベクターによる能動免疫、及び第59節に記載の1以上の中和抗体による受動免疫を含む。いくつかの実施態様では、併用療法は、第52~57節に記載の1以上のベクターによる免疫、及び第59節に記載の細胞の投与を含む。いくつかの実施態様では、併用療法は、第52~57節に記載の2以上の異なるベクターの投与を含む。一例では、A型インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現する1以上のベクター及びB型インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現する1以上のベクターが併用投与される。いくつかの実施態様では、併用療法は、A型インフルエンザウイルスH3抗原に由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクター及びA型インフルエンザウイルスH1抗原に由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクターの投与を含む。いくつかの実施態様では、併用療法は、A型インフルエンザウイルスH3抗原に由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクター、A型インフルエンザウイルスH1抗原に由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクター、及びB型インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現するベクターの投与を含む。いくつかの実施態様では、併用療法は、もう一方のHAグループの1つ、2つ、3つ、又はそれより多くのHA亜型に対する免疫応答を誘導する活性化合物と併用した、一方のHAグループの1つ、2つ、3つ、又はそれより多くのHA亜型に対する免疫応答を誘導する活性化合物による能動免疫を含む。いくつかの実施態様では、併用療法は、第511~512節に記載の2以上のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドによる能動免疫を含む。いくつかの実施態様では、併用療法は、第51節に記載の2以上のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドによる能動免疫を含む。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、未感作の対象、すなわち、インフルエンザウイルス感染に起因する疾患を有していないか、又はインフルエンザウイルス感染症に感染したことがなく、かつ現在それに感染していない対象に投与することができる。一実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、インフルエンザウイルス感染を獲得する危険のある未感作の対象に投与される。一実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが免疫応答を誘導する、特定のインフルエンザウイルスによって引き起こされる疾患を有していないか、又は特定のインフルエンザウイルスに感染したことがなく、かつそれに感染していない対象に投与される。本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドが免疫応答を誘導する、インフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルスの別の型、亜型、もしくは株に感染している対象、及び或いはそれらに感染したことがある対象に投与することができる。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、インフルエンザウイルス感染と診断された患者に投与される。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、症状が現われるか又は症状が重くなる前に、インフルエンザウイルス感染患者に投与される。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、その活性化合物又は組成物のHAステムドメインポリペプチドが由来したインフルエンザウイルスの型と異なる型のインフルエンザウイルスに感染しているか、又はそう診断された患者に投与される。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドのHAグループと同じHAグループに属するインフルエンザウイルスに感染している可能性があるか、又はそれに感染している患者に投与される。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの亜型と同じ亜型のインフルエンザウイルスに感染している可能性があるか、又はそれに感染している患者に投与される。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべき対象は、動物である。ある実施態様では、動物は鳥である。ある実施態様では、動物はイヌである。ある実施態様では、動物はネコである。ある実施態様では、動物はウマである。ある実施態様では、動物はウシである。ある実施態様では、動物は哺乳動物、例えば、ウマ、ブタ、マウス、又は霊長類、好ましくはヒトである。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべき対象は、ヒト成人である。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべき対象は、50歳を超えるヒト成人である。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべき対象は、高齢のヒト対象である。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべき対象は、ヒト小児である。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべき対象は、ヒト乳児である。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与される対象は、月齢6カ月未満の乳児ではない。具体的な実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべき対象は、2歳以下である。具体的な実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべき対象は、月齢6カ月を超える任意の乳児又は小児、及び50歳を超える任意の成人である。他の実施態様では、対象は妊娠個体である。別の実施態様では、対象は、インフルエンザシーズン中に妊娠の可能性又はその予定がある個体である。具体的な実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべき対象は、1、2、3、4、5、6、7、又は8週間前に出産した女性である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべきヒト対象は、インフルエンザウイルス感染又はインフルエンザウイルス感染に起因する疾患の危険が高い任意の個体である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべきヒト対象は、インフルエンザウイルス感染又はインフルエンザウイルス感染に起因する疾患の危険が高い個体と密接に接触する任意の個体である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべきヒト対象は、インフルエンザウイルス感染又はインフルエンザウイルス感染に起因する合併症もしくは疾患に対する感受性を高める任意の病気に罹患した個体である。他の実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、インフルエンザウイルス感染によって、個体が罹患するか、又は個体が危険に曝される別の病気の合併症が増加する可能性を有する対象に投与される。特定の実施態様では、インフルエンザウイルス合併症に対する感受性を高める病気、又はインフルエンザウイルスによってその病気と関連する合併症が増加する病気は、例えば、肺を侵す病気、例えば、嚢胞性線維症、気腫、喘息、又は細菌感染症、肺炎連鎖球菌、レジオネラニューモフィラ、及びトラコーマ病原体によって引き起こされる感染症心血管疾患内分泌障害、神経学的障害及びニューロン発達障害、脳卒中、知的障害、筋ジストロフィー、及び脊髄損傷である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべきヒト対象は、グループホーム、例えば、老人ホームに在住する個体である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべきヒト対象は、グループホーム、例えば、老人ホームで勤務するか、又はそこでかなりの時間を過ごす。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべきヒト対象は、医療従事者である。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべきヒト対象は、喫煙者である。具体的な実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物が投与されるべきヒト対象は、免疫障害又は免疫抑制を起こしている。さらに、本明細書に記載の活性化合物又は組成物を投与することができる、インフルエンザの合併症を発症する危険が高い対象には、以下の者が含まれる合併症の危険が高い者にインフルエンザウイルスを伝染させることができる個体、例えば、6カ月未満の乳児を含むことになる家族を含む、高リスク個体がいる家族の構成員、6カ月未満の乳児と接触する個体、又は老人ホームもしくは他の長期介護施設に住む個体と接触する個体長期にわたる肺、心臓、又は循環障害を有する個体代謝性疾患を有する個体腎臓障害を有する個体血液障害を有する個体弱くなった免疫系を有する個体長期アスピリン療法を受けている小児。他の実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物の投与の対象には、以下の、生後6カ月以上の健康な個体が含まれる4月から9月にかけて、例えば、熱帯地方及び南半球などの、インフルエンザの大発生が起こり得る外国及び地域に旅行する予定のある者インフルエンザウイルスが蔓延している世界の地域から来た者を含む可能性がある大きな組織的観光団の一員として旅行する者学校もしくは大学に通い、寄宿舎に住むか、もしくは施設環境に住む者又は自分がインフルエンザで病気になる危険を減らしたい者。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物の投与が禁忌である対象には、インフルエンザワクチン接種が禁忌である以下の任意の個体が含まれる生後6カ月未満の乳児及び免疫原性製剤の生産で用いられる卵、卵製品、又は他の成分に対してアナフィラキシー反応を経験したことがある個体。ある実施態様では、本明細書に記載の活性化合物又は組成物の投与が、免疫原性製剤の生産で用いられる1以上の成分のために禁忌である場合、該活性化合物又は組成物を、活性化合物又は組成物の投与を禁忌にする成分を含まない方法で生産することができる。いくつかの実施態様では、以下の患者集団の1つ又は複数に生ウイルスワクチンを投与しないことが望ましい場合がある高齢者生後6カ月未満の乳児妊娠個体1歳未満の乳児2歳未満の小児3歳未満の小児4歳未満の小児5歳未満の小児20歳未満の成人25歳未満の成人30歳未満の成人35歳未満の成人40歳未満の成人45歳未満の成人50歳未満の成人70歳を超える高齢者75歳を超える高齢者80歳を超える高齢者85歳を超える高齢者90歳を超える高齢者95歳を超える高齢者その年齢層でのアスピリン及び野生型インフルエンザウイルス感染と関連する合併症が理由で、アスピリンもしくはアスピリン含有医薬品を服用している小児及び若者喘息又は他の反応性気道疾患の病歴がある個体重度のインフルエンザ感染の素因となり得る慢性の医学的基礎疾患を有する個体ギランバレー症候群の病歴がある個体発熱を伴う急性の重篤な疾患を有する個体又は中程度もしくは重度の病気である個体。そのような個体については、本明細書に記載の不活化ウイルスワクチン、スプリットウイルスワクチン、サブユニットワクチン、ウイロソーム、ウイルス様粒子、又は非ウイルスベクターの投与が好ましい場合がある。ある実施態様では、生ウイルスワクチンを投与することが好ましい対象には、2~17歳の健康な小児及び若者、並びに18~49歳の健康な成人が含まれ得る。ある実施態様では、生ウイルスベクターを含む免疫原性製剤は、他の生ウイルスワクチンと同時に投与されない。本明細書に記載の活性化合物又は組成物は、種々の経路によって対象に送達することができる。これらには、鼻腔内、気管内、経口、皮内、筋肉内、腹腔内、経皮、静脈内、結膜内、及び皮下経路が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施態様では、組成物は、局所投与用に、例えば、皮膚への塗布用に製剤化される。具体的な実施態様では、投与経路は、例えば、鼻スプレーの一部として、鼻腔内へのものである。ある実施態様では、組成物は、筋肉内投与用に製剤化される。いくつかの実施態様では、組成物は、皮下投与用に製剤化される。ある実施態様では、組成物は、注射による投与用には製剤化されない。生ウイルスワクチンのための具体的な実施態様では、ワクチンは、注射以外の経路による投与用に製剤化される。例えば、抗原がウイルスベクター、ウイルス様粒子ベクター、又は細菌ベクターである場合、ベクターが由来する骨格ウイルス又は細菌の天然の感染経路から免疫原性組成物を導入することが好ましいと考えられる。或いは、ポリペプチドが由来するインフルエンザウイルスの天然の感染経路からインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを導入することが好ましい場合がある。激しい分泌性及び細胞性免疫応答を誘導する抗原、特に、ウイルスベクターの能力を有利に用いることができる。例えば、ウイルスベクターによる気道の感染は、インフルエンザウイルスからの防御を同時に伴って、例えば、泌尿器系での強い分泌性免疫応答を誘導することができる。さらに、好ましい実施態様では、任意の好適な経路によって医薬組成物を肺に導入することが望ましい場合がある。肺投与は、例えば、吸入器又はネブライザー、及び噴霧剤として用いるためのエアゾール化剤を含む製剤の使用によって利用することもできる。具体的な実施態様では、サブユニットワクチンは、筋肉内投与される。別の実施態様では、生インフルエンザウイルス又はNDVワクチンは、鼻腔内投与される。別の実施態様では、不活化インフルエンザウイルスワクチン、又はスプリットインフルエンザウイルスワクチンは、筋肉内投与される。別の実施態様では、不活化NDVウイルスワクチン又はスプリットNDVウイルスワクチンは、筋肉内投与される。別の実施態様では、ウイルス様粒子又はその組成物は、筋肉内投与される。いくつかの実施態様では、インビトロでインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドで刺激された細胞は、当業者に公知の技術を用いて対象に導入することができる。いくつかの実施態様では、該細胞は、真皮内に、真皮下に、又は末梢血流中に導入することができる。いくつかの実施態様では、対象に導入される細胞は、有害な免疫応答を回避するために、その対象に由来する細胞であることが好ましい。他の実施態様では、同様の免疫バックグラウンドを有するドナー宿主に由来する細胞を用いることもできる。有害な免疫原性応答を回避するように設計されたものを含む、他の細胞を用いることもできる。インフルエンザウイルス感染又はインフルエンザウイルス疾患の治療及び又は予防で有効である活性化合物又は組成物の量は疾患の性質によって決まり、標準的な臨床技術で決定することができる。製剤で使用すべき正確な用量は、投与経路、及び感染又はそれに起因する疾患の重篤度によっても決まり、臨床医の判断及び各対象の状況に従って決定されるべきである。例えば、有効用量は、投与手段、標的部位、患者の生理的状態、患者がヒトであるか動物であるかということ、投与される他の医薬品、及び治療が予防的であるか治療的であるかということによって異なってもよい。通常、患者はヒトであるが、トランスジェニック哺乳動物を含む非ヒト哺乳動物を治療することもできる。治療投薬量は、安全性及び有効性を最適化するために最適に調節される。ある実施態様では、最適な投薬量範囲の特定を助けるために、インビトロアッセイが用いられる。有効用量は、インビトロ又は動物モデル試験系から得られる、用量応答曲線から推定することができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする核酸の例示的な用量の範囲は、患者1人当たり、約10ng~1g、100ng~100mg、1μg~10mg、又は30~300μgの核酸、例えば、DNAである。ある実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの例示的な用量の範囲は、患者1キログラム当たり、約5μg~100mg、15μg~50mg、15μg~25mg、15μg~10mg、15μg~5mg、15μg~1mg、15μg~100μg、15μg~75μg、5μg~50μg、10μg~50μg、15μg~45μg、20μg~40μg、又は25~35μgである。他の実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの例示的な用量の範囲は、1用量当たり、約1μg~50mg、5μg~50mg、1μg~100mg、5μg~100mg、15μg~50mg、15μg~25mg、15μg~10mg、15μg~5mg、15μg~1mg、15μg~100μg、15μg~75μg、5μg~50μg、10μg~50μg、15μg~45μg、20μg~40μg、又は25~35μgのインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドである。感染性ウイルスベクターの用量は、1用量当たり、ビリオン数が10~100個、又はそれより多くまで様々であることができる。いくつかの実施態様では、ウイルスベクターの好適な投薬量は、102、5×102、103、5×103、104、5×104、105、5×105、106、5×106、107、5×107、108、5×108、1×109、5×109、1×1010、5×1010、1×1011、5×1011、又は1012pfuであり、必要とされるだけの間隔で、1回、2回、3回、又はそれより多くの回数、対象に投与することができる。ある実施態様では、VLPの例示的な用量の範囲は、患者1kg当たり、約001μg~約100mg、約01μg~約100mg、約5μg~約100mg、約15μg~約50mg、約15μg~約25mg、約15μg~約10mg、約15μg~約5mg、約15μg~約1mg、約15μg~約100μg、約15μg~約75μg、約5μg~約50μg、約10μg~約50μg、約15μg~約45μg、約20μg~約40μg、又は約25~約35μgである。他の実施態様では、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの例示的な用量の範囲は、1用量当たり、約1μg~約50mg、約5μg~約50mg、約1μg~約100mg、約5μg~約100mg、約15μg~約50mg、約15μg~約25mg、約15μg~約10mg、約15μg~約5mg、約15μg~約1mg、約15μg~約100μg、約15μg~約75μg、約5μg~約50μg、約10μg~約50μg、約15μg~約45μg、約20μg~約40μg、又は約25~約35μgのインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドであり、必要とされるだけの間隔で、1回、2回、3回、又はそれより多くの回数、対象に投与することができる。一実施態様では、不活化ワクチンは、それが約5μg~約50μg、約10μg~約50μg、約15μg~約100μg、約15μg~約75μg、約15μg~約50μg、約15μg~約30μg、約20μg~約50μg、約25μg~約40μg、約25μg~約35μgのインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むように製剤化される。そのようなワクチンは、1以上の異なるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド、例えば、A型インフルエンザウイルス由来の1以上のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドとB型インフルエンザウイルス由来の1以上のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの組合せを含むことができる。いくつかの実施態様では、例えば、AH1N1、AH3N2、及びB血球凝集素ポリペプチドに由来するインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、05mL用量が各15μgのインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含むように製剤化された、三価不活化ワクチンに含まれる。一実施態様では、弱毒化生インフルエンザワクチンは、02mL用量が少なくとも1つのインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを発現する3種の株に由来する、1065~75蛍光焦点単位の弱毒化生インフルエンザウイルスを含むように製剤化される。ある実施態様では、活性化合物又は組成物は、単一用量として1回、対象に投与される。ある実施態様では、活性化合物又は組成物は、単一用量として、次いで3~6週間後に2回目の用量として、対象に投与される。これらの実施態様に従って、2回目の接種の後に6~12カ月間隔で、追加免疫接種を対象に投与することができる。ある実施態様では、追加免疫接種は、異なる活性化合物又は組成物を利用することができる。いくつかの実施態様では、同じ活性化合物又は組成物の投与を繰り返すことができ、投与は、少なくとも1日、2日、3日、5日、10日、15日、30日、45日、2カ月、75日、3カ月、又は少なくとも6カ月の間隔を空けることができる。ある実施態様では、活性化合物又は組成物は、単一用量として1年に1回、対象に投与される。小児への投与のための具体的な実施態様では、少なくとも1カ月間隔で与えられる、活性化合物又は組成物の2用量が小児に投与される。成人への投与のための具体的な実施態様では、単一用量が与えられる。別の実施態様では、少なくとも1カ月間隔で与えられる、活性化合物又は組成物の2用量が成人に投与される。別の実施態様では、若年小児には、1カ月間隔で与えられる2用量の活性化合物又は組成物を初めて投与することができる。特定の実施態様では、その最初のワクチン接種の年に1用量だけ投与された小児には、その翌年に2用量が投与されるべきである。いくつかの実施態様では、インフルエンザワクチン、例えば、本明細書に記載の免疫原性製剤を初めて投与される2~8歳の小児には、4週間の間隔で投与される2用量が好ましい。ある実施態様では、3歳を超える対象に好ましい可能性がある05mlとは対照的に、生後6~35カ月の小児には、半用量が好ましい場合がある。特定の実施態様では、活性化合物又は組成物は、秋又は冬に、すなわち、各半球のインフルエンザシーズンの前又はその期間中に、対象に投与される。一実施態様では、2回目の用量をインフルエンザシーズンのピークの前に与えることができるように、小児には、該シーズンの初め、例えば、9月下旬又は10月初旬に1回目の用量が投与される。抗体による受動免疫について、投薬量の範囲は、患者の体重1kg当たり、約00001~100mg、より一般的には001~5mgである。例えば、投薬量は、体重1kg当たり、1mgもしくは10mg、又は1~10mgの範囲、つまり、70kgの患者の場合、それぞれ、70mgもしくは700mg、又は70~700mgの範囲であることができる。例示的な治療レジメンは、1年もしくは数年の間、又は数年間隔で、2週間毎に1回、又は月に1回、又は3~6カ月毎に1回の投与を必要とする。いくつかの方法では、異なる結合特異性を有する2種以上のモノクローナル抗体が同時に投与され、その場合、投与される各抗体の投薬量は示された範囲に含まれる。抗体は、通常、複数の機会に投与される。単一の投薬の間隔は、毎週、毎月、又は毎年であることができる。間隔は、患者でインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドに対する抗体の血液レベルを測定することにより示されるように、不規則であることができる。本明細書に開示されているベクターでインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの発現を試験するためのアッセイは、当技術分野で公知の任意のアッセイを用いて実施することができる。例えば、ウイルスベクターへの組込みについてのアッセイは、この節又は第54節もしくは第55節に記載されているように、ウイルスを増殖させること、ショ糖クッションに通す遠心分離によってウイルス粒子を精製すること、及び当技術分野で周知の方法を用いるイムノアッセイ、例えば、ウェスタンブロットによるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチド発現についてのその後の解析を含む。一実施態様では、本明細書に開示されているインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、当技術分野で公知の抗体抗原相互作用についての任意のアッセイを用いて、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチド、例えば、該ポリペプチドの軸領域に対する中和抗体に特異的に結合するその能力を試験することにより、適切なフォールディング及び機能性についてアッセイされる。そのようなアッセイで用いられる中和抗体には、例えば、Ekiertらの文献Kashyapらの文献Suiらの文献Wangらの文献19米国特許第5589174号、第5631350号、第6337070号、及び第6720409号国際公開WO2007134237号として公開された国際出願PCTUS2007068983号国際公開WO2009036157号として公開された国際出願PCTUS2008075998号国際公開WO2008028946号として公開された国際出願PCTEP2007059356号及び国際公開WO2009079259号として公開された国際出願PCTUS2008085876号に記載されている中和抗体が含まれる。これらの抗体には、とりわけ、CR6261、CR6325、CR6329、CR6307、CR6323、2A、D7、D8、F10、G17、H40、A66、D80、E88、E90、H98、C179、AI3Cが含まれる。別の実施態様では、本明細書に開示されているインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドは、例えば、NMR、X線結晶学的方法、又は二次構造予測法、例えば、円二色性などの、当技術分野で公知の任意の方法を用いるインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドの構造又は立体構造の決定により、適切なフォールディングについてアッセイされる。本明細書に記載の抗体は、当業者に公知の種々の方法、ウェスタンブロット、免疫蛍光、免疫染色、及び又は微量中和アッセイで特徴付けることができる。いくつかの実施態様では、抗体は、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチド、又は該ポリペプチドを含むベクターに特異的に結合する能力についてアッセイされる。そのようなアッセイは、溶液中で、ビーズ表面で、チップ表面で、細菌を用いて、胞子を用いて、プラスミドを用いて、又はファージを用いてCwirlaらの文献及びFeliciの文献実施することができる。インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する抗体の特異的結合及び他の抗原との交差反応性は、当技術分野で公知の任意の方法で評価することができる。特異的結合及び交差反応性を解析するために用いることができるイムノアッセイには、少し例を挙げれば、ウェスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、ELISA、サンドイッチイムノアッセイ、免疫沈降アッセイ、沈降反応、ゲル拡散沈降反応、免疫拡散アッセイ、凝集アッセイ、補体結合アッセイ、免疫放射線測定法、蛍光イムノアッセイ、プロテインAイムノアッセイなどの技術を用いる、競合的及び非競合的アッセイ系が含まれるが、これらに限定されない。そのようなアッセイはルーチンであり、かつ当技術分野で周知である1巻JohnWileySons社NewYorkを参照されたい。インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する抗体の結合親和性及び抗体抗原相互作用の解離速度は、競合的結合アッセイによって測定することができる。競合的結合アッセイの一例は、漸増する量の非標識抗原の存在下での標識抗原と関心対象の抗体とのインキュベーション、及び標識抗原に結合した抗体の検出を含むラジオイムノアッセイである。インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する抗体の親和性及び結合解離速度は、スキャッチャードプロット解析によるデータから測定することができる。二次抗体との競合もラジオイムノアッセイを用いて測定することができる。この場合、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドは、漸増する量の非標識二次抗体の存在下で、標識化合物と結合させた試験抗体とともにインキュベートされる。ある実施態様では、抗体結合親和性及び速度定数は、KinExA3000システムを用いて測定される。いくつかの実施態様では、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する抗体の結合及び解離速度を測定するために、表面プラズモン共鳴解析を用いる。BIAcore動態解析は、その表面にインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドに対する抗体が固定されたチップからのインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドの結合及び解離を解析することを含む。典型的なBIAcore動態試験は、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドが固定されているセンサーチップ表面への、0005のTween20を含むHBS緩衝液中の様々な濃度の250μLの抗体試薬の注入を含む。流速は、75μL分で一定に保たれる。解離データは、必要に応じて15分間又はそれより長く収集される。各注入解離サイクルの後、結合抗体は、希酸、通常、10~100mMHClの短い1分間の投入を用いて、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチド表面から除去されるが、状況が許せば、他の再生剤を用いる。より具体的には、結合速度kon及び解離速度koffの測定のために、ポリペプチドを、標準的なアミンカップリング化学、すなわち、EDCNHS法カルボジイミドを用いて、センサーチップ表面に直接固定する。簡潔に述べると、pH4又はpH5の10mMNaOAc中のポリペプチドの5~100nM溶液を調製し、約30~50RU相当のポリペプチドが固定されるまで、EDCNHS活性化表面に流す。この後、1MのEtNH2を注入して、未反応の活性エステルのキャップを外す。参照目的のために、同一の固定条件下で、ポリペプチドを含まないブランク表面を調製する。適当な表面が調製されたら、抗体試薬のそれぞれの好適な希釈系列をHBSTween20中に調製し、直列につながれたポリペプチドセル表面と参照セル表面の両方に流す。調製される抗体濃度の範囲は、平衡結合定数KDの推定値によって異なる。上記のように、結合した抗体は、適当な再生剤を用いて、各注入解離サイクル後に除去される。抗体の中和活性は、当業者に公知の任意のアッセイを用いて決定することができる。本明細書に記載の抗体は、当業者に公知の技術を用いて、その宿主細胞受容体へのインフルエンザウイルス、又はインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドを含む任意の他の組成物の結合を阻害するその能力についてアッセイすることができる。例えば、インフルエンザウイルス受容体を発現する細胞は、抗体の存在下又は非存在下でインフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドを含む組成物と接触させることができ、抗原の結合を阻害する抗体の能力は、例えば、フローサイトメトリー又はシンチレーションアッセイで測定することができる。インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドを含む組成物、又は抗体は、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドを含む組成物と細胞受容体との間の相互作用の検出を可能にするために、検出可能な化合物、例えば、放射性標識又は蛍光標識で標識することができる。或いは、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドがその受容体に結合するのを阻害する抗体の能力は、無細胞アッセイで決定することができる。例えば、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドを含む組成物を抗体と接触させることができ、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドを含む組成物が細胞受容体に結合するのを阻害する抗体の能力を決定することができる。具体的な実施態様では、抗体を固体支持体上に固定し、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドを含む組成物を検出可能な化合物で標識する。或いは、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドを含む組成物を固体支持体上に固定し、抗体を検出可能な化合物で標識する。ある実施態様では、インフルエンザウイルス血球凝集素ポリペプチドが細胞受容体に結合するのを阻害する抗体の能力は、対照と比べた、抗体の結合阻害率を評価することによって決定される。他の実施態様では、本明細書に記載の方法で用いるのに好適な抗体は、インフルエンザウイルスの受容体結合を阻害しないが、それでもなお本明細書に記載のアッセイで中和することが分かっている。いくつかの実施態様では、本明細書に記載の方法に従って用いるのに好適な抗体は、当技術分野で公知又は本明細書に記載のアッセイでウイルスと宿主膜との融合を低減又は阻害する。一実施態様では、ウイルスと宿主膜との融合は、レポーターを含むインフルエンザウイルスと、ウイルスに感染することができる宿主細胞とを用いるインビトロアッセイでアッセイされる。レポーター活性が、陰性対照と比較して阻害されるか又は低減する場合、抗体は融合を阻害する。一実施態様では、ウイルスと宿主膜との融合は、細胞融合のモデル系を用いて検出される。例示的な細胞融合アッセイでは、細胞をインフルエンザ血球凝集素ポリペプチドをコードするプラスミドでトランスフェクトし、抗体の存在下で血球凝集素ポリペプチド融合機能を可能にする緩衝液に接触及び曝露させる。抗体は、それが陰性対照と比較してシンシチウム形成を低減又は阻害する場合、中和性である。他の実施態様では、ウイルスと宿主膜との融合は、インビトロでのリポソームに基づくアッセイを用いてアッセイされる。例示的なアッセイでは、宿主細胞受容体は、レポーターの半分を含むリポソームへと再構築される。インフルエンザ血球凝集素ポリペプチドは、レポーターのもう半分を含む別の組のリポソームへと再構築される。2つのリポソーム集団を一緒に混合すると、融合は、レポーターの再構築、例えば、比色定量的に検出することができる酵素反応によって検出される。レポーター活性が、抗体の非存在下又は対照抗体の存在下で行われるアッセイでのレポーター活性と比較して低減するか又は阻害される場合、抗体は融合を阻害する。ある実施態様では、融合を阻害する抗体の能力は、対照の存在下での融合率と比べた、抗体の存在下での融合率を評価することによって決定される。本明細書に記載の方法に従って刺激された細胞は、例えば、関心対象のポリヌクレオチド又は遺伝子の組込み、転写、及び又は発現、組み込まれた遺伝子のコピー数、並びに組込みの位置について解析することができる。そのような解析は、いつでも実施することができ、かつ当技術分野で公知の任意の方法によって実施することができる。他の実施態様では、本明細書に記載のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドによる標的細胞の良好な刺激は、当技術分野で公知又は本明細書に記載の方法を用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドに対する中和抗体の産生を検出することにより決定される。ある実施態様では、刺激された細胞、例えば、DCが投与される対象を、細胞の位置、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドをコードする、ベクターによって送達されるポリヌクレオチドもしくは遺伝子の発現、免疫応答の刺激について解析し、かつ又は当技術分野で公知もしくは本明細書に記載の任意の方法によって、インフルエンザウイルス感染もしくはそれと関連する疾患と関連する症状についてモニタリングすることができる。レポーターアッセイを用いて、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドのターゲッティングの特異性を決定することができる。例えば、骨髄細胞の混合集団を対象から得て、インビトロで培養することができる。インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを骨髄細胞の混合集団に投与することができ、インフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドと関連するレポーター遺伝子の発現を培養細胞でアッセイすることができる。いくつかの実施態様では、混合細胞集団中の刺激された細胞の少なくとも約50、より好ましくは、少なくとも約60、70、80、又は90、さらにより好ましくは、少なくとも約95は、樹状細胞である。本明細書に記載の抗体又はその組成物は、抗ウイルス活性についてインビトロで評価することができる。一実施態様では、抗体又はその組成物は、インフルエンザウイルスの増殖に対するその効果についてインビトロで試験される。インフルエンザウイルスの増殖は、当技術分野で公知又は本明細書に記載の任意の方法で評価することができる。具体的な実施態様では、細胞は、00005及び0001、0001及び001、001及び01、01及び1、もしくは1及び10のMOI、又は00005、0001、0005、001、005、01、05、1、5、もしくは10のMOIで感染させられ、補充された無血清培地とともにインキュベートされる。ウイルス力価は、血球凝集素プラーク又は本明細書に記載の任意の他のウイルスアッセイによって上清中で測定される。ウイルス力価を評価することができる細胞としては、EFK2細胞、Vero細胞、MDCK細胞、初代ヒト臍静脈内皮細胞、H292ヒト上皮細胞株、及びHeLa細胞が挙げられるが、これらに限定されない。インビトロアッセイには、当技術分野で周知又は本明細書に記載の方法を用いて、インビトロで、培養細胞におけるウイルス複製の変化、或いはウイルスタンパク質の産生又はウイルスRNAの産生を測定するものが含まれる。非限定的な例では、標的哺乳動物細胞株の単層を様々な量又は5pfuの多重度のウイルスに感染させ、その後、様々な希釈の抗体の存在下又は非存在下で培養する。感染した培養物を感染から48時間後又は72時間後に回収し、適当な標的細胞株に対する当技術分野で公知の標準的なプラークアッセイによって力価を測定する。血球凝集アッセイの非限定的な例では、細胞を抗体と接触させ、同時に又はその後ウイルスに感染させ、ウイルス複製を可能にする条件下でウイルスをインキュベートする。抗体は、感染の全過程で存在することが好ましい。次に、ウイルスの複製及びウイルス粒子の放出を、05のニワトリ赤血球を用いる血球凝集アッセイで決定する。例えば、Kashyapらの文献を参照されたい。いくつかの実施態様では、化合物は、それが、ウイルス力価の約75低下に相当する少なくとも2ウェルのHAだけウイルスの複製を低減させる場合、ウイルス複製の阻害剤とみなされる。具体的な実施態様では、阻害剤は、このアッセイで、ウイルス力価を50以上、55以上、60以上、65以上、70以上、75以上、80以上、85以上、90以上、又は95以上低下させる。他の具体的な実施態様では、阻害剤は、対象において、インフルエンザウイルス力価の約1log以上、約2log以上、約3log以上、約4log以上、約5log以上、約6log以上、約7log以上、約8log以上、約9log以上、約10log以上、1~3log、1~5log、1~8log、1~9log、2~10log、2~5log、2~7log、2log~8log、2~9log、2~10log、3~5log、3~7log、3~8log、3~9log、4~6log、4~8log、4~9log、5~6log、5~7log、5~8log、5~9log、6~7log、6~8log、6~9log、7~8log、7~9log、又は8~9logの低下をもたらす。インフルエンザウイルス力価のlog低下は、陰性対照と比較したもの、別の治療と比較したもの、又は抗体投与前の患者における力価と比較したものであることができる。当技術分野で周知の多くのアッセイを用いて、活性化合物又はその組成物への曝露後の細胞又は細胞株の生存率を評価し、それにより、該化合物又は組成物の細胞傷害性を決定することができる。例えば、細胞増殖は、ブロモデオキシウリジンの取込みCampanaらの文献を参照されたい、チミジンの取込みJeoungJの文献を参照されたいを測定することによるか、直接的な細胞カウントによるか、又は既知の遺伝子、例えば、癌原遺伝子もしくは細胞周期マーカーの転写、翻訳、もしくは活性の変化を検出することによってアッセイすることができる。そのようなタンパク質及びmRNA及び活性のレベルは、当技術分野で公知の任意の方法で測定することができる。例えば、市販の抗体を含む抗体を用いる公知の免疫診断方法、例えば、ELISA、ウェスタンブロッティング、又は免疫沈降によって、タンパク質を定量することができる。当技術分野で周知かつルーチンの方法を用いて、例えば、ノーザン解析、RNアーゼ保護、又は逆転写と関連したポリメラーゼ連鎖反応を用いて、mRNAを定量することができる。細胞生存率は、トリパンブルー染色又は当技術分野で公知の他の細胞生死マーカーを用いて評価することができる。具体的な実施態様では、細胞のATPレベルを測定して、細胞生存率を決定する。具体的な実施態様では、細胞生存率は、細胞内ATPレベルを測定する、当技術分野で標準的なアッセイ、例えば、CellTiterGloアッセイキットを用いて、3日及び7日の期間で測定される。細胞ATPの低下は細胞傷害効果を示す。別の具体的な実施態様では、細胞生存率は、ニュートラルレッド取込みアッセイで測定することができる。他の実施態様では、形態変化の目視観察には、肥大、粒状度、ギザギザの縁を有する細胞、薄膜状の外観、円形化、ウェル表面からの剥離、又は他の変化が含まれ得る。こうした変化には、観察された細胞傷害性の程度に従って、T、PVH、PH、P、Ps、又は0という呼称が与えられる。50細胞阻害濃度は、これらのデータの回帰分析により決定される。具体的な実施態様では、細胞傷害性アッセイで用いられる細胞は、初代細胞及び細胞株を含む動物細胞である。いくつかの実施態様では、細胞はヒト細胞である。ある実施態様では、細胞傷害性は、以下の細胞株のうちの1つ又は複数で評価されるU937、ヒト単球細胞株初代末梢血単核細胞Huh7、ヒト肝芽細胞腫細胞株293T、ヒト胚性腎細胞株及びTHP1、単球細胞。ある実施態様では、細胞傷害性は、以下の細胞株のうちの1つ又は複数で評価されるMDCK、MEF、Huh75、Detroit、又はヒト気管気管支上皮細胞。活性化合物又はその組成物は、動物モデルでインビボ毒性について試験することができる。例えば、活性化合物の活性を試験するために用いられる、本明細書に記載の動物モデル及び又は当技術分野で公知の他のものを用いて、これらの化合物のインビボ毒性を測定することもできる。例えば、動物に様々な濃度の活性化合物を投与する。その後、この動物を、致死率、体重減少もしくは体重増加失敗、及び又は組織損傷を示し得る血清マーカーのレベルについて経時的にモニタリングする。これらのインビボアッセイは、投薬量の他に、様々な投与様式及び又はレジメンの毒性を試験するように適合させることができる。活性化合物の毒性及び又は効力は、例えば、LD50及びED50を決定するための、細胞培養又は実験動物における標準的な薬学的手順によって決定することができる。毒性効果と治療効果の間の用量比が治療指数であり、それは、比LD50ED50と表すことができる。大きい治療指数を示す活性化合物が好ましい。毒性のある副作用を示す活性化合物を用いてもよいが、感染していない細胞に対する潜在的な障害を最小限に抑え、それにより、副作用を低下させるために、そのような薬剤を罹患組織の部位にターゲッティングする送達系を設計するよう、注意を払うべきである。細胞培養アッセイ及び動物実験から得られたデータは、ヒトで用いるための活性化合物の投薬量の範囲を定める際に用いることができる。そのような薬剤の投薬量は、循環濃度の範囲内にあることが好ましく、この範囲には、ほとんど又は全く毒性のないED50が含まれる。投薬量は、利用される剤形及び利用される投与経路によって、この範囲内で異なり得る。本明細書に記載の方法で用いられるどの活性化合物についても、有効用量は、最初に細胞培養アッセイから推定することができる。用量を動物モデルで定めて、循環血漿濃度範囲を得ることができ、この循環血漿濃度範囲には、細胞培養で測定されるIC50が含まれる。そのような情報を用いて、ヒトでの有用な用量をより正確に決定することができる。血漿中のレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーで測定することができる。投薬量の決定に関するさらなる情報が本明細書で提供される。さらに、当業者に公知の任意のアッセイを用いて、例えば、ウイルス感染又はそれと関連する状態もしくは症状を測定することにより、本明細書に記載の活性化合物及び組成物の予防的及び又は治療的有用性を評価することができる。活性化合物及びその組成物は、ヒトで用いる前に所望の治療的又は予防的活性についてインビボでアッセイすることが好ましい。例えば、インビボアッセイを用いて、活性化合物又はその組成物及び又は別の療法を投与することが好ましいかどうかを決定することができる。例えば、インフルエンザウイルス疾患を予防するための活性化合物又はその組成物の使用を評価するために、動物をインフルエンザウイルスに感染させる前に組成物を投与することができる。或いは、又はさらに、動物をインフルエンザウイルスに感染させるのと同時に、活性化合物又はその組成物を動物に投与することができる。インフルエンザウイルス感染又はそれと関連する疾患を治療するための活性化合物又はその組成物の使用を評価するために、動物をインフルエンザウイルスに感染させた後に化合物又は組成物を投与することができる。具体的な実施態様では、活性化合物又はその組成物は、動物に2回以上投与される。活性化合物及びその組成物は、限定するものではないが、ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ブタ、ヤギ、ヒツジ、イヌ、ウサギ、モルモットなどを含む動物モデル系で、抗ウイルス活性について試験することができる。具体的な実施態様では、活性化合物及びその組成物は、マウスモデル系で試験される。そのようなモデル系は広く用いられており、かつ当業者に周知である。具体的な実施態様では、活性化合物及びその組成物は、マウスモデル系で試験される。インフルエンザウイルスのための動物モデルの非限定的な例がこの節で提供される。一般に、動物をインフルエンザウイルスに感染させ、同時に又はその後に、活性化合物もしくはその組成物、又はプラセボで処置する。或いは、動物を、活性化合物もしくはその組成物、又はプラセボで処置し、その後、インフルエンザウイルスに感染させる。これらの動物から得られる試料は、当技術分野で周知の方法、例えば、ウイルス力価の変化、ウイルスタンパク質の産生、又はウイルス核酸の産生を測定する方法によって、ウイルス複製について試験することができる。組織試料中のウイルスの定量のために、組織試料を、リン酸緩衝食塩水中でホモジナイズし、透明になったホモジネートの希釈物を、細胞の単層上へ37°Cで1時間吸着させる。他のアッセイでは、組織病理学的評価、好ましくは、ウイルスが感染の標的にすることが知られている器官の評価を感染後に実施する。ウイルス特異的モノクローナル抗体を用いて、ウイルス免疫組織化学検査を実施することができる。活性化合物もしくはその組成物が投与される感染対象におけるウイルスの力価、活性化合物もしくはその組成物が投与される感染対象の生存期間、活性化合物もしくはその組成物が投与される感染対象における免疫応答、活性化合物もしくはその組成物が投与される感染対象における症状の数、持続時間、及びもしくは重症度、並びに又は活性化合物もしくはその組成物が投与される感染対象における1以上の症状の開始までの時間が評価されるインビボアッセイを用いて、ウイルスの病原性に対する活性化合物又はその組成物の効果を決定することもできる。当業者に公知の技術を用いて、そのような効果を測定することができる。ある実施態様では、活性化合物又はその組成物は、未処置の対象と比べて、05倍、1倍、2倍、4倍、6倍、8倍、10倍、15倍、20倍、25倍、50倍、75倍、100倍、125倍、150倍、175倍、200倍、300倍、400倍、500倍、750倍、もしくは1000倍、又はそれより大きいインフルエンザウイルスの力価の低下をもたらす。いくつかの実施態様では、活性化合物又はその組成物は、未処置の対象と比べて、約1log以上、約2log以上、約3log以上、約4log以上、約5log以上、約6log以上、約7log以上、約8log以上、約9log以上、約10log以上、1~3log、1~5log、1~8log、1~9log、2~10log、2~5log、2~7log、2log~8log、2~9log、2~10log、3~5log、3~7log、3~8log、3~9log、4~6log、4~8log、4~9log、5~6log、5~7log、5~8log、5~9log、6~7log、6~8log、6~9log、7~8log、7~9log、又は8~9logのインフルエンザウイルスの力価の低下をもたらす。インフルエンザウイルスに対する抗ウイルス剤の試験用に開発された、インフルエンザウイルス動物モデル、例えば、フェレット、マウス、モルモット、リスザル、マカク、及びニワトリが記載されている。例えば、Sidwellらの文献LowenACらの文献及びMcCauleyらの文献及びRimmelzwannらの文献を参照されたい。インフルエンザのマウスモデルについて、インフルエンザ感染マウスに投与される活性化合物の抗ウイルス活性をアッセイするために用いることができるパラメータの非限定的な例としては、肺炎関連死、血清α1酸糖タンパク増加、動物体重、血球凝集素によってアッセイされる肺ウイルス、プラークアッセイによってアッセイされる肺ウイルス、及び肺の組織病理学的変化が挙げられる。統計解析を実施して、有意性を計算する。他のアッセイでは、動物モデル対象の感染後に、組織病理学的評価を行なう。鼻甲介及び気管を、上皮変化及び上皮下炎症について調べることができる。肺を、細気管支上皮の変化、及び大、中、小、又は末端細気管支における細気管支周囲炎症について調べることができる。肺胞を、炎症性変化についても評価する。中細気管支は、以下のように、0~3のスコアで等級付けられる0123。気管は、以下のように、0~25のスコアで等級付けられる01225。ウイルス免疫組織化学は、ウイルス特異的モノクローナル抗体を用いて行なわれる。染色は、以下のように、0~3に等級付けられる0051152の、隣接細胞のクラスターを侵す、適度な数の感染細胞3。一例では、ウイルス感染の動物モデルで肺病変を誘導し、感染を引き起こす能力を、野生株ウイルス及び模擬ウイルスを用いて比較する。肺病変は、目視検査で健康である肺葉の割合として評価することができる。ペントバルビタールの静脈内投与によって感染5日後に動物を安楽死させ、その肺全体を取り出す。肉眼的病変に侵された各肺葉の表面の割合を目視で見積もる。割合を平均化して、各動物の7つの肺葉についての平均値を得る。他のアッセイでは、鼻スワブを検査して、ウイルス負荷量又は力価を測定することができる。検死時に鼻スワブを採取して、感染後のウイルス負荷量を測定することができる。一実施態様では、ウイルスを組織試料中で定量する。例えば、組織試料をリン酸緩衝食塩水中でホモジナイズし、透明になったホモジネートの希釈物を、細胞の単層上へ37°Cで1時間吸着させる。次に、感染させた単層に、01ウシ血清アルブミン、001DEAEデキストラン、01NaHCO3、及び1寒天を含む最小必須培地の溶液を重層する。プラークを可視化することができるまで、プレートを2~3日インキュベートする。PR8感染試料由来のウイルスの力価を測定するための組織培養感染量アッセイを以下のように実施する。96ウェルプレート中の細胞のコンフルエントな単層を、培地中の透明になった組織ホモジネートの対数希釈物とともにインキュベートする。接種の2~3日後に、血球凝集アッセイで、各ウェルからの005mlのアリコートをウイルス増殖について評価する。一実施態様では、インフルエンザウイルスの複製を調節する活性化合物又はその組成物を感染ヒト対象で評価する。この実施態様に従って、活性化合物又はその組成物をヒト対象に投与し、ウイルスの複製に対する活性化合物又は組成物の効果を、例えば、生物学的試料中のウイルス又はウイルス核酸のレベルを解析することにより決定する。ウイルス複製を変化させる活性化合物又はその組成物は、対照で処置した対象又は対象群におけるウイルス複製のレベルを、活性化合物又はその組成物で処置した対象又は対象群におけるウイルス複製のレベルと比較することによって同定することができる。或いは、ウイルスの複製の変化は、活性化合物又はその組成物の投与の前後で対象又は対象群におけるウイルス複製のレベルを比較することによって同定することができる。当業者に公知の技術を用いて、生物学的試料を得て、mRNA又はタンパク質の発現を解析することができる。別の実施態様では、インフルエンザウイルス感染疾患と関連する1以上の症状の重症度に対する活性化合物又はその組成物の効果を感染対象で評価する。この実施態様に従って、活性化合物もしくはその組成物又は対照をインフルエンザウイルス感染に罹患しているヒト対象に投与し、ウイルス感染の1以上の症状に対する活性化合物又は組成物の効果を決定する。1以上の症状を軽減する活性化合物又はその組成物は、対照で処置した対象を活性化合物又は組成物で処置した対象と比較することによって同定することができる。別の実施態様では、活性化合物又はその組成物を健康なヒト対象に投与し、ワクチンとしての効力についてモニタリングする。感染性疾患を熟知している医師に公知の技術を用いて、活性化合物又はその組成物がインフルエンザウイルス疾患と関連する1以上の症状を軽減するかどうか決定することができる。本明細書に記載の医薬組成物の1以上の成分、例えば、本明細書で提供される1以上の活性化合物を充填した1以上の容器を含む医薬パック又はキットが本明細書で提供される。医薬又は生物学的製品の製造、使用、又は販売を規制する行政機関によって規定された形式での通知を、そのような容器に任意で関連付けることができ、その通知は、この機関による、ヒト投与のための製造、使用、又は販売の承認を示している。本明細書に包含されるキットは、上記の方法で用いることができる。一実施態様では、キットは、1以上の容器中に、本明細書に記載の活性化合物、好ましくは1以上のインフルエンザ血球凝集素ステムドメインポリペプチドを含む。ある実施態様では、キットは、本明細書に記載のワクチン、例えば、スプリットウイルスワクチン、サブユニットワクチン、不活化インフルエンザウイルスワクチン、又はインフルエンザ生ウイルスワクチンを含む。本実施例は、本明細書に記載の方法に従って調製することができる表8の有用なポリペプチドを提供する。本明細書で引用されている全ての刊行物、特許、及び特許出願は、各々の個々の刊行物又は特許出願が引用により組み込まれていることが具体的にかつ個別に示されているかのように、引用により本明細書に組み込まれている。上の発明は理解の明快さの目的のために図及び実施例によって少し詳細に記載されているが、本発明の教示に照らし、添付の請求項の精神又は範囲を逸脱することなく、一定の変更及び修正をそれに加えることができることが、当業者には容易に明らかであろう。