"生体から分離した試料について、イソペンテニル二リン酸イソメラーゼ1遺伝子及び/又はイソペンテニル二リン酸イソメラーゼ2遺伝子のコピー数を測定するステップを含み、該コピー数が健常者よりも多いことが孤発性筋萎縮性側索硬化症に罹患している可能性が高いこと又はその発症リスクがあることを示す、孤発性筋萎縮性側索硬化症の検査方法。イソペンテニル二リン酸イソメラーゼ1遺伝子及びイソペンテニル二リン酸イソメラーゼ2遺伝子を含む遺伝子領域のコピー数を測定するステップを含む請求項1記載の方法。本発明の目的は、孤発性筋萎縮性側索硬化症の遺伝子検査による検査方法を提供することである。本願発明者らは、下記実施例に詳述するように、83名のSALS患者の末梢血白血球からDNAを抽出し、CNV解析を行ったところ、イソペンテニル二リン酸イソメラーゼ1遺伝子及びイソペンテニル二リン酸イソメラーゼ2遺伝子を含む遺伝子領域のコピー数が健常者の該領域のコピー数と比較して有意に増加していることを見出し、本発明を完成した。すなわち、本発明は、生体から分離した試料について、イソペンテニル二リン酸イソメラーゼ1遺伝子及び/又はイソペンテニル二リン酸イソメラーゼ2遺伝子のコピー数を測定するステップを含み、該コピー数が健常者よりも多いことが孤発性筋萎縮性側索硬化症に罹患している可能性が高いこと又はその発症リスクがあることを示す、孤発性筋萎縮性側索硬化症の検査方法を提供する。本発明により、孤発性筋萎縮性側索硬化症の遺伝子検査による検査方法が初めて提供された。本発明の方法によれば、患者が孤発性筋萎縮性側索硬化症に罹患している可能性が高いか又はその発症リスクが健常者よりも高いかどうかを容易に検査することが可能である。本発明の方法で、指標として用いられる遺伝子は、イソペンテニル二リン酸イソメラーゼ1IDI1遺伝子及び/又はイソペンテニル二リン酸イソメラーゼIDI22遺伝子である。IDI1遺伝子及びIDI2遺伝子の少なくとも一方を指標とすればよいが、これらの遺伝子は、第10番染色体短腕10p153のサブテロメア領域に近接して存在するので、IDI1遺伝子とIDI2遺伝子を含む遺伝子領域を指標とすることもできる下記実施例参照。IDI1遺伝子及びIDI2遺伝子自体は公知であり、その塩基配列及びそれがコードするアミノ酸配列も公知である。IDI1遺伝子のcDNA配列及びそれがコードするアミノ酸配列は、例えばGenBankAccessionNoNM0045082に記載されており配列番号1及び配列番号2に示す、IDI2遺伝子のcDNA配列及びそれがコードするアミノ酸配列は、例えばGenBankAccessionNoNM0332612に記載されている配列番号3及び配列番号4に示す。なお、野生型の遺伝子は、SNP等の野生型の変異を含んでいる可能性があり、配列番号1に記載した塩基配列において、野生型の変異、例えば、1個から数個の塩基の置換、欠失、挿入及び/又は付加を有するものや、配列同一性が95以上、好ましくは99以上のものであってIDI1遺伝子として機能するタンパク質をコードするものは本発明におけるIDI1遺伝子である。IDI2遺伝子についても同様である。なお、配列同一性は、両者の塩基ができるだけ多く一致するように必要ならばギャップを挿入する両塩基配列を整列させ、一致している塩基数を、全塩基数両者の配列で全塩基数が異なる場合には長い方の配列の全塩基数で除したものを百分率で表したものであり、BLASTのような周知のソフトにより容易に算出することができる。本発明の方法に供される試料としては、遺伝子成分を含む試料であればいずれのものでもよく、血液、頬粘膜のみならず毛髪、爪、皮膚等の人体組織の一部を試料として利用できる。これらのうち、血液から採取される白血球の利用が簡便で好ましい。また、下記実施例ではヒトから採取した試料を用いているので、本発明の方法は当然、ヒトに適用可能であるが、IDI1遺伝子又はIDI2遺伝子が知られているヒト以外の動物にも適用可能である。本発明の方法では、SHC2遺伝子のコピー数又は発現量を測定する。コピー数の測定方法自体は公知であり、下記実施例に具体的に記載するように、市販の測定キットを用いて測定可能である。すなわち、遺伝子のコピー数は、例えば次のようにして測定することが可能である。アレイCGH法により測定を行う。アレイCGH法はマイクロアレイと従来のCGH法ComparativeGenomicHybridization比較ゲノムハイブリダイゼーションを組み合わせることで、ハイスループットに目的遺伝子、ゲノムDNA領域のコピー数変化を検出する手法である。CGH法は1992年、Kallioniemiらが、Science誌で発表した方法であり、FISH法Flourescenceinsituhybridaizationを応用した方法で、全染色体を対象として、ゲノムDNAが増幅gain、欠失lossした領域を調べる方法である。使用するオリゴDNAマイクロアレイは、インクジェット技術を用いて60merのDNAオリゴプローブを、基盤上に直接insitu合成する方法で製造される。Insitu合成により、非常に均質なスポットをしかも高密度でアレイ上に作成できるため、アレイ実験の再現性が非常に向上し、信頼性の高い結果を得ることが出来る。これは、後述の実施例に具体的に記載されているように、例えば、CNVオリゴヌクレオチドマイクロアレイのような市販品を用いて実施可能である。なお、この市販のCNVオリゴヌクレオチドマイクロアレイでは、ヒトの全ゲノム配列上の412000箇所、それぞれに対応した60merのDNAプローブがチップ上に約412000個配置されているものである。また、下記実施例に具体的に示すように、全ゲノムのCNVに富む領域を標的としたCNVプローブでデザインされているdeCODEIllumina社のビーズチップを用いて、全ゲノムのCNV解析を行うことも可能である。この製品では、プローブは15559箇所のCNV領域を構成しており、ヒトゲノム全体の6である190Mbをカバーする。これらの領域は、ヒトゲノムの平均と比較して18倍CNVに富んでいる232236。下記実施例に具体的に記載するように、SALS患者では、IDI1遺伝子及びIDI2遺伝子を含む領域のコピー数が健常者よりも多くなっている。すなわち、健常者では、この遺伝子領域のコピー数は、通常、2個程度であるが、SALS患者では、3個から4個程度である。従って、IDI1遺伝子及び/又はIDI2遺伝子のコピー数が3個以上の場合、SALSに罹患している可能性が高い症状がある場合又は発症リスクが高い症状がない場合と判定できる。以下、本発明を実施例に基づきより具体的に説明する。もっとも、本発明は下記実施例に限定されるものではない。1材料及び方法11患者本実施例は、1994年エルエスコリアル基準96107に従い、ほぼ確実または確実なALSの診断基準を満たしているSALS患者83名について行った。地域在住の神経的な疾病を持たない428434CIsekietalAsymptomaticventriculomegalywithfeaturesofidiopathicnormalpressurehydrocephalusonMRIintheelderlyaprospectivestudyinaJapanesepopulationJNeurolSci2775457高齢者の中から健常対照例100名を任意に選択した。平均年齢あるいは男女比率に、2つの集団間の有意な違いはなかった。DNAは末梢血白血球から抽出された。すべての試料提供者から、書面で遺伝子解析についてのインフォームドコンセントを得た。本研究は、山形大学医学部の医学倫理委員会の承認を得ている。12全ゲノムCNVビーズチップによるスクリーニング全ゲノムのCNVに富む領域を標的としたCNVプローブでデザインされているdeCODEIllumina社のビーズチップを用いて、全ゲノムのCNV解析を行った。プラットフォームは全ゲノムのメガサテライトやデュプリコン,unSNPable領域,DatabaseofGenomicVariants中に記載されたCNVのような、CNVに富む領域をターゲットとするCNVプローブで設計されている。これは、15559箇所のCNV領域を構成しており、ヒトゲノム全体の6である190Mbをカバーする。これらの領域は、ヒトゲノムの平均と比較して18倍CNVに富んでいる。CNVデータはDosageMinerプログラムにより解析を行った232236。全ゲノムのCNVに富む領域を標的としたCNVプローブでデザインされているdeCODEIllumina社のビーズチップを用いて、全ゲノムのCNV解析を行った。プローブは15559箇所のCNV領域を構成しており、ヒトゲノム全体の6である190Mbをカバーする。これらの領域は、ヒトゲノムの平均と比較して18倍CNVに富んでいる232236。deCODEIllumina社CNVチップから得られたデータの解析には、deCODEgenetics社のソフトウェアDisageMinerを用いて行い、CNVの欠失と増幅を解析した。簡潔には、各蛍光色の信号の蛍光強度の標準化は、deCODEgenetics社により開発された計算式により行った。ゲノム上の連続した領域について、1マーカーの示すコピー数異常より、複数のマーカーで検出される場合を欠失か増幅として判定した232236。13TaqMan商品名qPCRメーカーの指示に従いtriplicateでAppliedBiosystemsTaqManGeneCopyNumberAssays定量PCR、qPCRを用いて、DNAサンプルの第10番染色体短腕10p153IDI1遺伝子領域のコピー数を分析した。プライマーとプローブは、AppliedBiosystemのソフトウェアを使用して、ゲノムの配列から設計を行った。それぞれ分析は、第10番染色体短腕10p領域に対するFAM色素法とリファレンス遺伝子RNasePに対するVIC色素法を用いて、triplexTaqManrealtimePCR反応で行った。それぞれPCR分析は、triplicateで行った。データ解析は公知の方法により行った10041009。qPCRに用いたフォワード側プライマー及びリバース側プライマーの塩基配列を配列番号5及び配列番号6に、TaqMan商品名プローブの塩基配列を配列番号7に、増幅産物の塩基配列を配列番号8に示す。14高密度オリゴヌクレオチドマイクロアレイ解析Agilentの、aCGH法を基礎とする高密度オリゴヌクレオチドマイクロアレイ解析を、第10番染色体短腕10p15327832794のIDI1IDI2遺伝子が存在する40kbのサブテロメア領域を対象として行った。高密度アレイにより、複雑なマルチコピー変化領域の欠失や増加の異常なコピー数は、プローブのlog2比の平均から1sdのしきい値を取り、しきい値に対するプローブlog2比の逸脱から検出した10381042JRLupskiGenomicdisorderstenyearsonGenomeMed1422結果21全ゲノムCNVビーズチップによるスクリーニングSALSと関連するCNVを検出するため、SALS患者11名および健常対照例63名に対してCNVビーズチップによる全ゲノムスクリーニングを行った。第10番染色体長腕10pと第2番染色体短腕2qに存在する2つのCNVマーカーが我々の基準を満たした。この基準は、Fishersexacttestから統計的に有意であり、NAnotavailableの頻度が010より低く、permutationまたはボンフェローニ補正を伴うものである。前者のCNVマーカーcnv1104p10は、第10番染色体短腕10p153サブテロメアのIDI1IDI2遺伝子領域にある。全ゲノムスクリーニングを行った症例のうち、IDI1IDI2遺伝子領域のCNVマーカーでコピー数の増加が健常対照例59名では認められなかったが、SALS患者9名のうち7名では認められた。Fig1Aは、IDI1遺伝子に存在するCNVマーカーcnv1104p10の位置を示す。領域には、IDI1IDI2遺伝子周辺の多くの複雑な反復構造が存在する。22TaqMan商品名qPCRCNVビーズチップの結果を検証するため、SALS患者および健常対照例についてqPCR解析を行った。Fig2Aに示されるように、健常対照例10名と比較して、SALS患者46名でIDI1IDI2遺伝子領域の一部にコピー数の増加が認められた。この領域から10kb上流では2グループ間において、コピー数の分布に著しい違いはなかった。23高密度マイクロアレイ解析SALS患者32名および健常対照例12名について高密度オリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いて、40kbのIDI1IDI2遺伝子領域におけるコピー数変化の範囲を解析した。セグメントのコピー数増加がSALS患者19名で認められた。Fig3に、代表的なSALS患者4名と健常対照例2名について、40kbのIDI1IDI2遺伝子領域におけるセグメント増加の詳細な構造を示した。Fig4は、増加が認められたSALS患者19名全てについて、IDI1IDI2遺伝子領域におけるコピー数増加の範囲を示した。SALS患者19名全てが、IDI1遺伝子のセグメント増加を示し、その内7名にIDI1遺伝子とIDI2遺伝子の両方にセグメント増加を示した。"