"以下の[A群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数多型を検出することを特徴とする乳がん発症感受性の判定方法。[A群]1q44246,855,947-246,857,1011q44246,857,101-246,858,2661p36.1221,373,559-21,374,4371p36.1221,374,437-21,376,9291p36.1221,376,929-21,378,0682p16.352,603,488-52,605,5022p16.352,605,502-52,606,6452p16.352,606,645-52,611,9652p16.352,611,965-52,620,1532p16.352,620,153-52,622,5432p16.352,622,543-52,636,9012p16.352,636,901-52,638,2232q24.3165,544,576-165,563,4202p16.352,606,645-52,625,5282p16.352,625,528-52,634,9722p16.352,636,079-52,636,9013q26.1163,701,862-163,705,2233q26.1163,698,399-163,714,9573q26.1163,714,957-163,716,8803q26.1163,716,880-163,718,2926p25.3256,364-307,2206p25.3307,220-324,8777q31.1109,240,145-109,241,2607p1343,968,813-43,969,9897p1343,969,989-43,973,9177p1344,033,292-44,046,9447p1344,965,401-44,966,2888p23.17,331,151-7,366,8948p23.17,384,482-7,385,7178p23.17,385,717-7,675,6448p23.17,675,644-7,677,0038p23.17,729,310-7,756,2228p23.17,766,308-7,785,9648p23.17,789,316-7,796,8818p23.17,796,881-7,804,8438p23.17,804,843-7,812,7258p11.23-p11.2239,351,598-39,352,9688p11.23-p11.2239,352,968-39,505,3168p11.23-p11.2239,505,316-39,506,7039p11.243,752,248-43,754,4469q12-q1369,950,626-70,000,4169q12-q1370,000,416-70,026,24610p12.3122,644,992-22,646,13210p12.3122,646,132-22,647,05010p12.3122,648,356-22,654,91710p12.3122,654,917-22,656,05710q21.366,977,059-66,982,37911q13.164,298,883-64,299,79111q13.164,299,791-64,300,70511q13.164,300,705-64,303,77511q13.164,303,775-64,305,07511q13.164,305,075-64,309,75211q13.164,309,752-64,310,50715q11.219,054,967-19,055,86315q11.220,081,406-20,091,58115q11.220,091,581-20,146,20015q25.280,700,012-80,703,05515q25.280,703,055-80,704,23915q26.399,847,229-99,848,36115q26.399,848,361-99,851,91016p13.31,374,245-1,386,92816p13.31,409,635-1,451,14516p13.32,530,856-2,531,91716p13.34,688,278-4,689,41016p12.122,587,790-22,590,31716p12.122,602,200-22,605,90416p12.122,605,904-22,610,52516p12.122,612,746-22,614,71117p11.218,864,114-18,866,68417q1233,593,624-33,606,10017q21.3139,786,143-39,789,78117q21.3139,789,781-39,791,47519q13.3355,769,626-55,774,30619q13.4260,579,276-60,581,13019q13.4260,581,130-60,582,66619q13.4260,582,666-60,588,23719q13.4260,588,237-60,589,16019q13.4260,589,160-60,589,96919q13.4260,597,122-60,598,63819q13.4260,598,638-60,599,77219q13.4260,599,772-60,601,00922q11.114,529,177-14,551,30622q12.335,474,202-35,477,70122q11.2118,698,449-18,701,73422q11.2118,708,863-18,718,10422q11.2118,744,485-18,751,64822q11.2118,751,648-18,757,01522q11.2118,763,247-18,764,37522q11.2118,764,375-18,766,60822q11.2118,766,608-18,767,90922q11.2118,767,909-18,803,30422q11.2118,851,650-18,854,85322q11.2118,861,035-18,862,75722q11.2120,129,733-20,132,55322q11.2120,139,367-20,140,47822q11.2120,142,316-20,143,92922q11.2120,157,427-20,158,50722q11.2120,158,507-20,163,75922q11.2120,163,759-20,166,93822q11.2120,166,938-20,189,91522q11.2120,189,915-20,194,58322q11.2120,194,583-20,198,78022q11.2120,198,780-20,206,03022q11.2120,206,030-20,233,46222q11.2120,233,462-20,239,36722q11.2120,239,367-20,243,22022q11.2120,243,220-20,244,30122q12.335,472,904-35,474,202Xq26.3134,686,768-134,710,721Xq26.3134,715,826-134,718,277DNAコピー数多型をマイクロアレイ法によって検出することを特徴とする請求項1記載の判定方法。以下の[B群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数の減少、及び/又は以下の[C群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数の増加を検出することを特徴とする乳がん発症感受性の判定方法。[B群]配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623[C群]配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043[B群]及び/又は[C群]から2つ以上を選択し、判別分析を行うことを特徴とする請求項3記載の判定方法。配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025と、配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.3[99,847,947-99,848,043]とを選択することを特徴とする請求項4記載の判定方法。DNAコピー数を定量PCR法によって検出することを特徴とする請求項3~5のいずれか記載の判定方法。以下のA群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数多型を検出するための、プライマーセット若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする乳がん発症感受性の判定用キット。[A群]1q44246,855,947-246,857,1011q44246,857,101-246,858,2661p36.1221,373,559-21,374,4371p36.1221,374,437-21,376,9291p36.1221,376,929-21,378,0682p16.352,603,488-52,605,5022p16.352,605,502-52,606,6452p16.352,606,645-52,611,9652p16.352,611,965-52,620,1532p16.352,620,153-52,622,5432p16.352,622,543-52,636,9012p16.352,636,901-52,638,2232q24.3165,544,576-165,563,4202p16.352,606,645-52,625,5282p16.352,625,528-52,634,9722p16.352,636,079-52,636,9013q26.1163,701,862-163,705,2233q26.1163,698,399-163,714,9573q26.1163,714,957-163,716,8803q26.1163,716,880-163,718,2926p25.3256,364-307,2206p25.3307,220-324,8777q31.1109,240,145-109,241,2607p1343,968,813-43,969,9897p1343,969,989-43,973,9177p1344,033,292-44,046,9447p1344,965,401-44,966,2888p23.17,331,151-7,366,8948p23.17,384,482-7,385,7178p23.17,385,717-7,675,6448p23.17,675,644-7,677,0038p23.17,729,310-7,756,2228p23.17,766,308-7,785,9648p23.17,789,316-7,796,8818p23.17,796,881-7,804,8438p23.17,804,843-7,812,7258p11.23-p11.2239,351,598-39,352,9688p11.23-p11.2239,352,968-39,505,3168p11.23-p11.2239,505,316-39,506,7039p11.243,752,248-43,754,4469q12-q1369,950,626-70,000,4169q12-q1370,000,416-70,026,24610p12.3122,644,992-22,646,13210p12.3122,646,132-22,647,05010p12.3122,648,356-22,654,91710p12.3122,654,917-22,656,05710q21.366,977,059-66,982,37911q13.164,298,883-64,299,79111q13.164,299,791-64,300,70511q13.164,300,705-64,303,77511q13.164,303,775-64,305,07511q13.164,305,075-64,309,75211q13.164,309,752-64,310,50715q11.219,054,967-19,055,86315q11.220,081,406-20,091,58115q11.220,091,581-20,146,20015q25.280,700,012-80,703,05515q25.280,703,055-80,704,23915q26.399,847,229-99,848,36115q26.399,848,361-99,851,91016p13.31,374,245-1,386,92816p13.31,409,635-1,451,14516p13.32,530,856-2,531,91716p13.34,688,278-4,689,41016p12.122,587,790-22,590,31716p12.122,602,200-22,605,90416p12.122,605,904-22,610,52516p12.122,612,746-22,614,71117p11.218,864,114-18,866,68417q1233,593,624-33,606,10017q21.3139,786,143-39,789,78117q21.3139,789,781-39,791,47519q13.3355,769,626-55,774,30619q13.4260,579,276-60,581,13019q13.4260,581,130-60,582,66619q13.4260,582,666-60,588,23719q13.4260,588,237-60,589,16019q13.4260,589,160-60,589,96919q13.4260,597,122-60,598,63819q13.4260,598,638-60,599,77219q13.4260,599,772-60,601,00922q11.114,529,177-14,551,30622q12.335,474,202-35,477,70122q11.2118,698,449-18,701,73422q11.2118,708,863-18,718,10422q11.2118,744,485-18,751,64822q11.2118,751,648-18,757,01522q11.2118,763,247-18,764,37522q11.2118,764,375-18,766,60822q11.2118,766,608-18,767,90922q11.2118,767,909-18,803,30422q11.2118,851,650-18,854,85322q11.2118,861,035-18,862,75722q11.2120,129,733-20,132,55322q11.2120,139,367-20,140,47822q11.2120,142,316-20,143,92922q11.2120,157,427-20,158,50722q11.2120,158,507-20,163,75922q11.2120,163,759-20,166,93822q11.2120,166,938-20,189,91522q11.2120,189,915-20,194,58322q11.2120,194,583-20,198,78022q11.2120,198,780-20,206,03022q11.2120,206,030-20,233,46222q11.2120,233,462-20,239,36722q11.2120,239,367-20,243,22022q11.2120,243,220-20,244,30122q12.335,472,904-35,474,202Xq26.3134,686,768-134,710,721Xq26.3134,715,826-134,718,277以下のB群]及び/又はC群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数多型を検出するための、プライマーセット若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする乳がん発症感受性の判定用キット。[B群]配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623[C群]配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043乳がんは生活習慣を正すことで発がんリスクが下がること、また、定期的な検診によって早期発見早期治療が可能となりがん死亡率が減少することが知られている。このため、乳がん発症感受性を判定することができれば、乳がんの発症リスクを下げる行動スポーツなどの身体活動を行う、太らない、飲酒を控えるに対する強い動機づけと実践、がん検診を積極的に受けるという意識向上が期待できる。その結果、がんの予防実現や、たとえがんを発症したとしても早期発見早期治療を可能とし、がん死亡率を大幅に減少させうる。乳がんの中でも、遺伝性乳がんのリスク予測にはBRCA1やBRCA2遺伝子が知られているが、遺伝性乳がん以外の孤発性乳がんについては発がんリスクを高精度に予測可能なDNA領域はこれまで見つかっていなかった。本発明の課題は、乳がんに対する感受性に関連したDNAコピー数多型を同定し、該DNAコピー数多型の増減を基にした乳がん発症感受性の判定方法を提供することにある。本発明者らは、末梢血由来DNAを用いたマイクロアレイ法により、乳がん患者に特徴的なDNAコピー数多型を世界で初めて同定した。続いて、DNAコピー数多型領域のコピー数増減から乳がん発症体質を高精度、簡便、安価に検証できないかと考え、定量PCR法による解析を行った。本発明者らは、定量PCR法では、マイクロアレイ法により同定した染色体領域のうち、特定の領域に絞って検出している。すなわち、マイクロアレイ法よりも狭い染色体領域を検出している。また、単独のCNP領域よりも、複数CNP領域の組み合わせにより、感度および特異度が向上する可能性があるため、複数CNPの組み合わせによる乳がん発症体質予測も試みた。マイクロアレイ法に用いた検体数よりも6倍以上多い検体数を用いて定量PCR法を行い、乳がん発症体質との関連性を検証したところ、例えばプライマーセットHs03899300_cnを用いて検出した染色体領域15q26.3[99,845,920-99,846,025]のDNAコピー数減少コピー数1.5未満の頻度は健常者群では25.9であるのに対して、乳がん患者群では76.7であり、オッズ比9.4であることがわかった。すなわち、この領域にDNAコピー数減少がある場合、乳がんになりやすいことを見出した。同様に、プライマーセットHs03908783_cnを用いて検出した染色体領域15q26.3[99,847,947-99,848,043]のDNAコピー数減少コピー数0.5未満の頻度は健常者群では10.2であるのに対して、乳がん患者群では23.8であり、オッズ比2.8であることもわかった。すなわち、この領域にDNAコピー数減少がある場合、乳がんになりやすいことを見出した。さらに、かかる2つの領域の定量PCR法による結果を基にした判別分析を行うと、乳がん患者群の中で乳がんと判定されるのは83.9感度であるのに対して、健常者群の中で乳がんではないと判定されるのは81.0特異度であった。すなわち、乳がん発症感受性の高精度な判定方法を見出し、本発明を完成するに至った。すなわち本発明は、1以下の[A群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数多型を検出することを特徴とする乳がん発症感受性の判定方法に関する。[A群]1q44246,855,947-246,857,1011q44246,857,101-246,858,2661p36.1221,373,559-21,374,4371p36.1221,374,437-21,376,9291p36.1221,376,929-21,378,0682p16.352,603,488-52,605,5022p16.352,605,502-52,606,6452p16.352,606,645-52,611,9652p16.352,611,965-52,620,1532p16.352,620,153-52,622,5432p16.352,622,543-52,636,9012p16.352,636,901-52,638,2232q24.3165,544,576-165,563,4202p16.352,606,645-52,625,5282p16.352,625,528-52,634,9722p16.352,636,079-52,636,9013q26.1163,701,862-163,705,2233q26.1163,698,399-163,714,9573q26.1163,714,957-163,716,8803q26.1163,716,880-163,718,2926p25.3256,364-307,2206p25.3307,220-324,8777q31.1109,240,145-109,241,2607p1343,968,813-43,969,9897p1343,969,989-43,973,9177p1344,033,292-44,046,9447p1344,965,401-44,966,2888p23.17,331,151-7,366,8948p23.17,384,482-7,385,7178p23.17,385,717-7,675,6448p23.17,675,644-7,677,0038p23.17,729,310-7,756,2228p23.17,766,308-7,785,9648p23.17,789,316-7,796,8818p23.17,796,881-7,804,8438p23.17,804,843-7,812,7258p11.23-p11.2239,351,598-39,352,9688p11.23-p11.2239,352,968-39,505,3168p11.23-p11.2239,505,316-39,506,7039p11.243,752,248-43,754,4469q12-q1369,950,626-70,000,4169q12-q1370,000,416-70,026,24610p12.3122,644,992-22,646,13210p12.3122,646,132-22,647,05010p12.3122,648,356-22,654,91710p12.3122,654,917-22,656,05710q21.366,977,059-66,982,37911q13.164,298,883-64,299,79111q13.164,299,791-64,300,70511q13.164,300,705-64,303,77511q13.164,303,775-64,305,07511q13.164,305,075-64,309,75211q13.164,309,752-64,310,50715q11.219,054,967-19,055,86315q11.220,081,406-20,091,58115q11.220,091,581-20,146,20015q25.280,700,012-80,703,05515q25.280,703,055-80,704,23915q26.399,847,229-99,848,36115q26.399,848,361-99,851,91016p13.31,374,245-1,386,92816p13.31,409,635-1,451,14516p13.32,530,856-2,531,91716p13.34,688,278-4,689,41016p12.122,587,790-22,590,31716p12.122,602,200-22,605,90416p12.122,605,904-22,610,52516p12.122,612,746-22,614,71117p11.218,864,114-18,866,68417q1233,593,624-33,606,10017q21.3139,786,143-39,789,78117q21.3139,789,781-39,791,47519q13.3355,769,626-55,774,30619q13.4260,579,276-60,581,13019q13.4260,581,130-60,582,66619q13.4260,582,666-60,588,23719q13.4260,588,237-60,589,16019q13.4260,589,160-60,589,96919q13.4260,597,122-60,598,63819q13.4260,598,638-60,599,77219q13.4260,599,772-60,601,00922q11.114,529,177-14,551,30622q12.335,474,202-35,477,70122q11.2118,698,449-18,701,73422q11.2118,708,863-18,718,10422q11.2118,744,485-18,751,64822q11.2118,751,648-18,757,01522q11.2118,763,247-18,764,37522q11.2118,764,375-18,766,60822q11.2118,766,608-18,767,90922q11.2118,767,909-18,803,30422q11.2118,851,650-18,854,85322q11.2118,861,035-18,862,75722q11.2120,129,733-20,132,55322q11.2120,139,367-20,140,47822q11.2120,142,316-20,143,92922q11.2120,157,427-20,158,50722q11.2120,158,507-20,163,75922q11.2120,163,759-20,166,93822q11.2120,166,938-20,189,91522q11.2120,189,915-20,194,58322q11.2120,194,583-20,198,78022q11.2120,198,780-20,206,03022q11.2120,206,030-20,233,46222q11.2120,233,462-20,239,36722q11.2120,239,367-20,243,22022q11.2120,243,220-20,244,30122q12.335,472,904-35,474,202Xq26.3134,686,768-134,710,721Xq26.3134,715,826-134,718,277また本発明は、2DNAコピー数多型をマイクロアレイ法によって検出することを特徴とする上記1記載の判定方法や、3以下の[B群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数の減少、及び/又は以下の[C群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数の増加を検出することを特徴とする乳がん発症感受性の判定方法に関する。[B群]配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623[C群]配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043さらに本発明は、4[B群]及び/又は[C群]から2つ以上を選択し、判別分析を行うことを特徴とする上記3記載の判定方法や、5配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025と、配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.3[99,847,947-99,848,043]とを選択することを特徴とする上記4記載の判定方法や、6DNAコピー数を定量PCR法によって検出することを特徴とする上記3~5のいずれか記載の判定方法に関する。本発明のその他の態様としては、乳がん発症感受性を判定するためのデータを収集する方法や、乳がん治療の予後を予測するためのデータを収集する方法を挙げることができる。また本発明は、7以下の[A群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数多型を検出するための、プライマーセット若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする乳がん発症感受性の判定用キットに関する。[A群]1q44246,855,947-246,857,1011q44246,857,101-246,858,2661p36.1221,373,559-21,374,4371p36.1221,374,437-21,376,9291p36.1221,376,929-21,378,0682p16.352,603,488-52,605,5022p16.352,605,502-52,606,6452p16.352,606,645-52,611,9652p16.352,611,965-52,620,1532p16.352,620,153-52,622,5432p16.352,622,543-52,636,9012p16.352,636,901-52,638,2232q24.3165,544,576-165,563,4202p16.352,606,645-52,625,5282p16.352,625,528-52,634,9722p16.352,636,079-52,636,9013q26.1163,701,862-163,705,2233q26.1163,698,399-163,714,9573q26.1163,714,957-163,716,8803q26.1163,716,880-163,718,2926p25.3256,364-307,2206p25.3307,220-324,8777q31.1109,240,145-109,241,2607p1343,968,813-43,969,9897p1343,969,989-43,973,9177p1344,033,292-44,046,9447p1344,965,401-44,966,2888p23.17,331,151-7,366,8948p23.17,384,482-7,385,7178p23.17,385,717-7,675,6448p23.17,675,644-7,677,0038p23.17,729,310-7,756,2228p23.17,766,308-7,785,9648p23.17,789,316-7,796,8818p23.17,796,881-7,804,8438p23.17,804,843-7,812,7258p11.23-p11.2239,351,598-39,352,9688p11.23-p11.2239,352,968-39,505,3168p11.23-p11.2239,505,316-39,506,7039p11.243,752,248-43,754,4469q12-q1369,950,626-70,000,4169q12-q1370,000,416-70,026,24610p12.3122,644,992-22,646,13210p12.3122,646,132-22,647,05010p12.3122,648,356-22,654,91710p12.3122,654,917-22,656,05710q21.366,977,059-66,982,37911q13.164,298,883-64,299,79111q13.164,299,791-64,300,70511q13.164,300,705-64,303,77511q13.164,303,775-64,305,07511q13.164,305,075-64,309,75211q13.164,309,752-64,310,50715q11.219,054,967-19,055,86315q11.220,081,406-20,091,58115q11.220,091,581-20,146,20015q25.280,700,012-80,703,05515q25.280,703,055-80,704,23915q26.399,847,229-99,848,36115q26.399,848,361-99,851,91016p13.31,374,245-1,386,92816p13.31,409,635-1,451,14516p13.32,530,856-2,531,91716p13.34,688,278-4,689,41016p12.122,587,790-22,590,31716p12.122,602,200-22,605,90416p12.122,605,904-22,610,52516p12.122,612,746-22,614,71117p11.218,864,114-18,866,68417q1233,593,624-33,606,10017q21.3139,786,143-39,789,78117q21.3139,789,781-39,791,47519q13.3355,769,626-55,774,30619q13.4260,579,276-60,581,13019q13.4260,581,130-60,582,66619q13.4260,582,666-60,588,23719q13.4260,588,237-60,589,16019q13.4260,589,160-60,589,96919q13.4260,597,122-60,598,63819q13.4260,598,638-60,599,77219q13.4260,599,772-60,601,00922q11.114,529,177-14,551,30622q12.335,474,202-35,477,70122q11.2118,698,449-18,701,73422q11.2118,708,863-18,718,10422q11.2118,744,485-18,751,64822q11.2118,751,648-18,757,01522q11.2118,763,247-18,764,37522q11.2118,764,375-18,766,60822q11.2118,766,608-18,767,90922q11.2118,767,909-18,803,30422q11.2118,851,650-18,854,85322q11.2118,861,035-18,862,75722q11.2120,129,733-20,132,55322q11.2120,139,367-20,140,47822q11.2120,142,316-20,143,92922q11.2120,157,427-20,158,50722q11.2120,158,507-20,163,75922q11.2120,163,759-20,166,93822q11.2120,166,938-20,189,91522q11.2120,189,915-20,194,58322q11.2120,194,583-20,198,78022q11.2120,198,780-20,206,03022q11.2120,206,030-20,233,46222q11.2120,233,462-20,239,36722q11.2120,239,367-20,243,22022q11.2120,243,220-20,244,30122q12.335,472,904-35,474,202Xq26.3134,686,768-134,710,721Xq26.3134,715,826-134,718,277本発明はまた、8以下の[B群]及び/又は[C群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数多型を検出するための、プライマーセット若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする乳がん発症感受性の判定用キットに関する。[B群]配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623[C群]配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043本発明により、採取が容易な血液など正常な組織を材料にして、乳がんになりやすい体質乳がん発症感受性[乳がん発症リスク]を判定することが可能になるため、発症予防や早期発見に必要な定期検診等のがんの検診者の増加が期待される他、早期がんの段階で診断治療をうける検診者が増えることや、これまで予測不可能とされてきた孤発性乳がんの判定も可能となり、乳がんによる死亡率を下げることが期待される。本発明の乳がん発症感受性の判定方法としては、上記[A群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数多型を検出する方法や、上記[B群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数の減少、及び/又は上記[C群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数の増加を検出する方法但し、医師による診断行為を除く。であれば特に制限されず、また、本発明の乳がん発症感受性の判定用キットとしては、上記[A群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数多型を検出するための、プライマーセット若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えるキットや、上記[B群]及び/又は[C群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上のDNAコピー数多型を検出するための、プライマーセット若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えるキットであれば特に制限されず、ここでDNAコピー数多型とは、1細胞あたりのゲノムDNAコピー数が、染色体の特定の領域で2コピーよりコピー数が増加又は減少している状態のことをいい、DNAコピー数多型を検出するとは、DNAコピー数の増減の程度及びDNAコピー数多型の頻度を検出することをいい、DNAコピー数多型の中には遺伝子コピー数多型も含まれる。上記[A群]、[B群]及び[C群]におけるヒト染色体領域は、NCBI;March2006humanreferencesequenceBuild36.1のヒト染色体位置情報に基づいており、バージョンの更新等によりかかるヒト染色体位置情報に変更があった場合には、対応する染色体領域を適宜選択することができる。上記[A群]におけるヒト染色体領域から1つの領域のDNAコピー数多型を検出することで乳がん発症感受性を判定することもできるが、判定の精度を高めるために、2つ以上の領域、好ましくは3つ以上の領域、より好ましくは5つ以上の領域のDNAコピー数多型を検出することもでき、これらのように複数の領域のDNAコピー数多型を検出する場合、ハイスループットで検出できるため、マイクロアレイ法を用いることが好ましい。また、DNAコピー数多型のコピー数の増減をより正確に検出するために、[A群]におけるヒト染色体領域から選ばれる特定の領域又はその近傍の領域である、[B群]や[C群]におけるヒト染色体領域を判定対象とすることが好ましい。[A群]におけるヒト染色体領域とその近傍の領域との差は、10kbキロ塩基長以内が好ましく、より好ましくは5kb以内、特に2kb以内を好適に例示することができる。上記DNAコピー数多型を検出する方法としては、ヒト血液又はヒト組織を検出試料として用い、例えばマイクロアレイ法、定量PCRPolymeraseChainReaction法、LAMPLoopMediatedIsothermalAmplification法、FISHFluorescenceinsituhybridization法、SMAPSmartAmplificationProcess法等により検出する方法を挙げることができるが、ハイスループットで検出する場合、マイクロアレイ法が好ましく、DNAコピー数多型の増減を高精度に検出する場合、定量PCR法が好ましい。上記マイクロアレイ法に用いられるマイクロアレイマイクロチップは、ヒト染色体断片からなるプローブが支持体上の定められた領域に固定されているマイクロアレイマイクロチップであり、マイクロアレイマイクロチップの支持体としては、ハイブリダイゼーションに使用可能なものであればよく、例えばガラス、シリコン、プラスチックなどの基板や、ニトロセルロース膜、ナイロン膜等を好適に用いることができる。かかるマイクロアレイマイクロチップは、当業者に公知の任意の方法で製造することができるが、市販品を用いることもできる。例えば、Roche社製の2.1MArray登録商標、Macrogen社製のMACArray登録商標、SPECTRALGENOMICS社製のSpectralChip登録商標等の市販品を挙げることができ、これらの中でもRoche社の2.1MArrayを好適に例示することができる。上記ハイブリダイゼーションとしては、例えばCy-3、Cy-5等の蛍光物質であらかじめ標識した染色体DNAと、マイクロアレイマイクロチップ表面上に固定されたプローブとが、ハイブリダイゼーションできればよく、ハイブリダイゼーションの条件は、モレキュラークローニングアラボラトリーマニュアルMolecularcloningAlaboratorymanual、第2版、第9.52-9.55頁1989等から適宜選択することができる。上記定量PCR法としては、例えば競合的PCR法、リアルタイムPCR法等を挙げることができるが、汎用性に優れているため、リアルタイムPCR法が好ましい。リアルタイムPCR法における増幅されるDNAを検出する方法としては、蛍光色素を結合させたプローブTaqManプローブを用いたTaqMan法特許第2825976号や、SYBR登録商標GreenIなどのインターカレーターを用いたインターカレーター法等を挙げることができるが、プライマーによる特異性にプローブによる特異性が加わり特異性がより高いため、TaqMan法が好ましい。リアルタイムPCR法は、通常のサーマルサイクラー及び分光蛍光光度計が一体化されたリアルタイムPCR専用装置を用いて実施することができる。本発明の乳がん発症感受性の判定方法において、DNAコピー数を定量PCR法によって検出するために用いるプライマーセットとしては、検出する染色体領域を増幅できるプライマーセットであれば、プライマー配列の長さ、ヒト染色体領域とアニーリングする部位等は、DNAの増幅効率や特異性を考慮して適宜選択することができる。上記[B群]及び[C群]における染色体領域を検出するために、例えば、AppliedBiosystems社製のプライマーセットを、AppliedBiosystems社のホームページhttpwww5appliedbiosystemscomtoolscnv等から製品番号を検索し、注文することにより入手することができ、1p36.1221,375,430-21,375,511配列番号1を検出するプライマーセットとしてHs06535529_cnを、3q26.1163,706,172-163,706,287配列番号2を検出するプライマーセットとしてHs03103056_cnを、15q26.399,845,920-99,846,025配列番号3を検出するプライマーセットとしてHs03899300_cnを、15q26.399,847,947-99,848,043配列番号4を検出するプライマーセットとしてHs03908783_cnを、15q26.399,848,547-99,848,623配列番号5を検出するプライマーセットとしてHs03898338_cnを、22q12.335,473,730-35,473,804配列番号6を検出するプライマーセットとしてHs04093415_cnを、22q12.335,475,937-35,476,043配列番号7を検出するプライマーセットとしてHs04090898_cnを、具体的に挙げることができる。上記LAMP法としては、特定の遺伝子領域を増幅するための複数のプライマー、鋳型DNA、鎖置換型DNA合成酵素、dNTP等を混合し、一定温度65°C付近で一定時間反応させ、反応液の濁度により増幅を検出する方法を挙げることができる。上記FISH法としては、染色体標本の標的とするゲノム領域に、ハイブリダイズ可能なDNA配列を有するプローブをFITCFluoresceinisothiocyanate、TRITCTetramethylrhodaminisothiocyanate、CyDye登録商標などの蛍光物質で標識したプローブDNAと、染色体領域とをハイブリダイゼーションさせ、それにより得られる蛍光シグナルの数量を蛍光顕微鏡下で計数する手法を挙げることができる。また、標的とする対象領域と同一染色体上に存在するDNAに対しては、プローブを異なる蛍光で標識し、同時にハイブリダイゼーションを行うと、コピー数異常をより正確に評価することが可能となる。上記SMAP法としては、特定の遺伝子領域を増幅するための複数のプライマー、鋳型DNA、鎖置換型DNA合成酵素、dNTP等を混合し、一定温度60°C付近で一定時間反応させ、反応液の蛍光強度により増幅を検出する方法を挙げることができる。乳がん発症感受性の判定方法の精度を高めるために、上記[B群]及び/又は[C群]から2つ以上の領域を選択し、判別分析を行うことが好ましく、費用対効果や作業効率を考慮した場合、2つの領域を選択して判別分析を行うことが好ましく、選択する2つの領域の組合せとしては、配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511と、配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287との組合せや、配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511と、配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804との組合せや、配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511と、配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043との組合せや、配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025と、配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287との組合せや、配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025と、配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804との組合せや、配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025と、配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043との組合せや、配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043と、配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287との組合せや、配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043と、配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804との組合せや、配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043と、配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043との組合せや、配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623と、配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287との組合せや、配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623と、配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804との組合せや、配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623と、配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043との組合せや、配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511と、配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025との組合せや、配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511と、配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043との組合せや、配列番号1で示される塩基配列からなる、1p36.1221,375,430-21,375,511と、配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623との組合せや、配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025と、配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043との組合せや、配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025と、配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623との組合せや、配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.399,847,947-99,848,043と、配列番号5で示される塩基配列からなる、15q26.399,848,547-99,848,623との組合せや、配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287と、配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804との組合せや、配列番号2で示される塩基配列からなる、3q26.1163,706,172-163,706,287と、配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043との組合せや、配列番号6で示される塩基配列からなる、22q12.335,473,730-35,473,804と、配列番号7で示される塩基配列からなる、22q12.335,475,937-35,476,043との組合せを挙げることができ、これらの中でも、配列番号3で示される塩基配列からなる、15q26.399,845,920-99,846,025と、配列番号4で示される塩基配列からなる、15q26.3[99,847,947-99,848,043]との組合せが好ましい。上記判別分析としては、あらかじめどのサンプル検出試料がどの群健常者群又は乳がん患者群に属すのかというデータをもとに、どの群に属すのかわからないサンプルがどの群に属すのかを判別する関数判別関数を求める手法であれば制限されず、判別関数のうち、線形判別関数として、例えば超平面直線による判別関数等を挙げることができ、非線形判別関数として、例えば超曲面曲線によるマハラノビス氾距離による判別関数等を挙げることができる。上記[A群]に含まれる、以下の[A-1群]におけるヒト染色体領域から、少なくとも1つ以上選択して、判定対象と対照となる健常者のDNAコピー数多型をそれぞれ検出し、両DNAコピー数を比較して、判定対象にDNAコピー数の増加が有意に認められた場合、あるいは、上記[A群]に含まれる、以下の[A-2群]におけるヒト染色体領域から、少なくとも1つ以上選択して、判定対象と対照となる健常者のDNAコピー数多型をそれぞれ検出し、両DNAコピー数を比較して、判定対象にDNAコピー数の減少が有意に認められた場合、判定対象の乳がん発症感受性乳がん発症リスクが高いと判定することができる。[A-1群]1q44246,855,947-246,857,1011q44246,857,101-246,858,26622q12.335,474,202-35,477,701[A-2群]2p16.352,603,488-52,605,5022p16.352,605,502-52,606,6452p16.352,606,645-52,625,5282p16.352,625,528-52,634,9722p16.352,636,079-52,636,9013q26.1163,698,399-163,714,9573q26.1163,714,957-163,716,8803q26.1163,716,880-163,718,2926p25.3256,364-307,2206p25.3307,220-324,8777p1343,968,813-43,969,9897p1343,969,989-43,973,9177p1344,033,292-44,046,9447p1344,965,401-44,966,2888p11.23-p11.2239,351,598-39,352,9688p11.23-p11.2239,352,968-39,505,3168p11.23-p11.2239,505,316-39,506,70315q25.280,700,012-80,703,05515q25.280,703,055-80,704,23916p13.31,374,245-1,386,92816p13.31,409,635-1,451,14516p13.32,530,856-2,531,91716p13.34,688,278-4,689,41017p11.218,864,114-18,866,68417q1233,593,624-33,606,10022q11.2118,698,449-18,701,73422q11.2118,708,863-18,718,10422q11.2118,744,485-18,751,64822q11.2118,751,648-18,757,01522q11.2118,763,247-18,764,37522q11.2118,764,375-18,766,60822q11.2118,766,608-18,767,90922q11.2118,767,909-18,803,30422q11.2118,851,650-18,854,85322q11.2118,861,035-18,862,75722q11.2120,129,733-20,132,55322q11.2120,139,367-20,140,47822q11.2120,142,316-20,143,92922q11.2120,157,427-20,158,50722q11.2120,158,507-20,163,75922q11.2120,163,759-20,166,93822q11.2120,166,938-20,189,91522q11.2120,189,915-20,194,58322q11.2120,194,583-20,198,78022q11.2120,198,780-20,206,03022q11.2120,206,030-20,233,46222q11.2120,233,462-20,239,36722q11.2120,239,367-20,243,22022q11.2120,243,220-20,244,301Xq26.3134,686,768-134,710,721Xq26.3134,715,826-134,718,277また、上記[A群]に含まれる、以下の[A-3群]におけるヒト染色体領域から、少なくとも1つ以上選択して、判定対象と対照となる健常者のDNAコピー数多型をそれぞれ検出し、両DNAコピー数を比較して、判定対象にDNAコピー数の増加が有意に認められた場合、あるいは、上記[A群]に含まれる、以下の[A-4群]におけるヒト染色体領域から、少なくとも1つ以上選択して、判定対象と対照となる健常者のDNAコピー数多型をそれぞれ検出し、両DNAコピー数を比較して、判定対象にDNAコピー数の減少が有意に認められた場合、判定対象の乳がん発症感受性乳がん発症リスクが低いと判定することができる。[A-3群]2p16.352,603,488-52,605,5022p16.352,605,502-52,606,6452p16.352,606,645-52,611,9652p16.352,611,965-52,620,1532p16.352,620,153-52,622,5432p16.352,622,543-52,636,9012p16.352,636,901-52,638,2232q24.3165,544,576-165,563,4203q26.1163,701,862-163,705,2237q31.1109,240,145-109,241,2609p11.243,752,248-43,754,4469q12-q1369,950,626-70,000,4169q12-q1370,000,416-70,026,24615q11.219,054,967-19,055,86315q11.220,081,406-20,091,58115q11.220,091,581-20,146,20022q11.114,529,177-14,551,306[A-4群]1p36.1221,373,559-21,374,4371p36.1221,374,437-21,376,9291p36.1221,376,929-21,378,0688p23.17,331,151-7,366,8948p23.17,384,482-7,385,7178p23.17,385,717-7,675,6448p23.17,675,644-7,677,0038p23.17,729,310-7,756,2228p23.17,766,308-7,785,9648p23.17,789,316-7,796,8818p23.17,796,881-7,804,8438p23.17,804,843-7,812,72510p12.3122,644,992-22,646,13210p12.3122,646,132-22,647,05010p12.3122,648,356-22,654,91710p12.3122,654,917-22,656,05710q21.366,977,059-66,982,37911q13.164,298,883-64,299,79111q13.164,299,791-64,300,70511q13.164,300,705-64,303,77511q13.164,303,775-64,305,07511q13.164,305,075-64,309,75211q13.164,309,752-64,310,50715q26.399,847,229-99,848,36115q26.399,848,361-99,851,91016p12.122,587,790-22,590,31716p12.122,602,200-22,605,90416p12.122,605,904-22,610,52516p12.122,612,746-22,614,71117q21.3139,786,143-39,789,78117q21.3139,789,781-39,791,47519q13.3355,769,626-55,774,30619q13.4260,579,276-60,581,13019q13.4260,581,130-60,582,66619q13.4260,582,666-60,588,23719q13.4260,588,237-60,589,16019q13.4260,589,160-60,589,96919q13.4260,597,122-60,598,63819q13.4260,598,638-60,599,77219q13.4260,599,772-60,601,00922q12.335,472,904-35,474,202また、上記[B群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上選択して、判定対象と対照となる健常者のDNAコピー数多型をそれぞれ検出し、両DNAコピー数を比較して、判定対象にDNAコピー数の減少が有意に認められた場合、あるいは、上記[C群]におけるヒト染色体領域から少なくとも1つ以上選択して、判定対象と対照となる健常者や乳がん患者のDNAコピー数多型をそれぞれ検出し、両DNAコピー数を比較して、判定対象にDNAコピー数の増加が有意に認められた場合、判定対象の乳がん発症感受性乳がん発症リスクが高いと判定することができる。なお、本発明における、乳がん発症感受性を判定するためのデータを収集する方法や乳がん治療の予後を予測するためのデータを収集する方法には、判定対象と対照となる健常者のDNAコピー数多型の検出結果をデータとして収集する工程が含まれる。本発明の乳がん発症感受性の判定用キットにおけるプライマーセットとしては、[A群]におけるヒト染色体領域の上流及び下流の配列の一部とアニーリングしうる相補的なプライマーセットであれば、プライマー配列の長さ、該ヒト染色体領域とアニーリングする部位、増幅するDNAの長さ等は、DNAの増幅効率や特異性を考慮して適宜選択することができる。上記プライマーセットがアニーリングする染色体領域としては、[A群]におけるヒト染色体領域から選ばれる特定の領域又はその近傍の領域である、[B群]や[C群]におけるヒト染色体領域を判定対象とすることが好ましい。本発明の乳がん発症感受性の判定用キットにおけるプローブとしては、[A群]におけるヒト染色体領域の全部又は一部がハイブリダイゼーションするプローブであればよい。上記プローブがハイブリダイゼーションする染色体領域としては、[A群]におけるヒト染色体領域から選ばれる特定の領域やその近傍の領域である、[B群]や[C群]を判定対象とすることが好ましい。上記プローブの標識としては、例えばビオチン、蛍光、32P等を挙げることができる。以下、実施例により本発明を更に詳しく説明するが、本発明の技術的範囲はこれら実施例に限定されるものではない。1.マイクロアレイによる乳がん発症感受性に関わるDNAコピー数多型領域の同定1-1材料130名の健常女性末梢血より抽出したDNA30検体健常者群230名の孤発性乳がん患者末梢血より抽出したDNA30検体乳がん患者群330名の健常女性末梢血より抽出したDNAを1本のチューブにまとめたプールDNAリファレンスDNA1-2方法1-2-1DNAの蛍光標識NimblegenDualColorDNALabelingKitRoche社を製品プルトコルに準拠し使用あらかじめ、Cy3RandomNonamer及びCy5RandomNonamer中に、それぞれRandomPrimerBuffer998.25μl並びにβメルカプトエタノール1.75μlを入れて希釈する。1テストDNAの標識12本の0.5mlチューブを用意し、各チューブ内に以下を入れる。テストDNA1μg乳がん患者あるいは健常女性末梢血由来DNA希釈済みCy3RandomNonamers40μlNucleasefree水を加えて全量80μlとする。298°C10分インキュベーション後、氷上で2分インキュベーションする。3各チューブに以下の試薬類を加える。10mMdNTPMix10μlNucleasefree水8μl50U/μlKlenowFragment2μl437°Cで一晩インキュベーション。5各チューブにStopSolution0.5MEDTA10μlを加える。6各チューブに5MNaCl11.5μlを加える。7各チューブにイソプロパノール110μlを加える。82本のチューブ内容物を1本の1.5mlチューブ内にまとめる。9よく混ぜた後、室温で10分間インキュベーション。1012,000gで10分間遠心後、上澄みをピペットで吸って除去する。11各チューブに冷やした80エタノール500μlを加えて、12,000gで2分間遠心後、上澄みをピペットで吸って除去する。12遮光下で自然乾燥させDNAをペレット化する。13-20°Cで保存。2リファレンスDNAの標識12本の0.5mlチューブを用意し、各チューブ内に以下を入れる。リファレンスDNA1μg30名の健常女性末梢血由来プールDNA希釈済みCy5RandomNonamers40μlNucleasefree水を加えて全量80μlとする。298°C10分インキュベーション後、氷上で2分インキュベーション。3各チューブに以下の試薬を加える。10mMdNTPMix10μlNucleasefree水8μl50U/μlKlenowFragment2μl437°Cで一晩インキュベーション。5各チューブにStopSolution0.5MEDTA10μlを加える。6各チューブに5MNaCl11.5μlを加える。7各チューブにイソプロパノール110μlを加える。82本のチューブ内容物を1本の1.5mlチューブ内にまとめる。9よく混ぜた後、室温で10分間インキュベーション。1012,000gで10分間遠心後、上澄みをピペットで吸って除去する。11各チューブに冷やした80エタノール500μlを加えて、12,000gで2分間遠心後、上澄みをピペットで吸って除去する。12遮光下で自然乾燥させDNAをペレット化する。13-20°Cで保存。1-2-2ハイブリダイゼーション1各ペレットに20μlの精製水を加えて20分間静置後、ボルテックスをかける。2DNA濃度を測定する。3以下を0.5mlチューブ内に入れる。蛍光標識されたテストDNA34μg蛍光標識されたリファレンスDNA34μg精製水を加えて全量を12.3μlとする。4NimbleGenHybridizationKitRoche社製の以下の試薬を0.5mlチューブ内に入れる。2XHybridizationBuffer29.5μlHybridizationComponentA11.8μlAlignmentOligo1.2μl53の溶液中に、4の溶液31.7μlを加える。695°C5分インキュベーションの後、42°Cで5分以上インキュベーションする。72.1MarrayRoche社製にNimblegenHX1MixerRoche社製をセットし、42°Cのヒートブロック上に静置。85の溶液41μlを2.1Marrayに注入する。9NimblegenhybridizationsystemRoche社製に2.1Marrayスライドをセットし、72時間ハイブリダイゼーションを行う。1-2-3洗浄NimbleGenWashBufferKit及びNimbleGenArrayProcessingAccessoriesRoche社製を使用1洗浄液1、2及び3を作製する。1洗浄液12セット水VWR社製225ml10XWashBufferI25ml1MDTT25μl2洗浄液21セット水VWR社製225ml10XWashBufferII25ml1MDTT25μl3洗浄液31セット水VWR社製225ml10XWashBufferIII25ml1MDTT25μl240°Cに温めた洗浄液1に2.1Marrayを浸し、NimblegenHX1Mixerを取り除く。32.1Marrayを洗浄液1中で10~15秒間揺らして、hybridizationbufferを除去する。42.1Marrayを洗浄液1室温中で2分間しっかり揺らして洗浄する。52.1Marrayを洗浄液2室温中で1分間しっかり揺らして洗浄する。62.1Marrayを洗浄液3室温中で15秒間しっかり揺らして洗浄する。7遠心器にてスライドを乾燥させる。1-2-4アレイスライドのスキャニング及びデータ解析1マイクロアレイスキャナGenePix4000BAxoninstruments社製に2.1Marrayをセットしアレイの蛍光スキャニングを行う。2取得した蛍光画像ファイルをNimbleScanv25ソフトウェアRoche社製にて解析を行い、2.1Marrayにおける各プローブの蛍光強度情報を得る。3Nexuscopynumberソフトウェアversion5、BioDiscovery社製にて健常者及び乳がん患者におけるコピー数多型領域を比較し、乳がん発症に関わるCNP領域を同定する。2.定量PCRによる検証試験マイクロアレイで得られたデータを基に、定量PCRにて1p36.12、3q26.1,15q26.3及び22q12.3領域のCNPを評価した。なお、コントロールとして、14番染色体のリボヌクレアーゼPRNaseP配列番号8遺伝子領域のコピー数を定量した。2-1材料1:健常女性末梢血より抽出したDNA216検体健常者群2:乳がん患者女性末梢血より抽出したDNA193検体乳がん患者群3:1-13の30名の健常女性末梢血由来プールDNAリファレンスDNA2-2方法1以下の試薬類を加える。5ng/μlDNA2μlTaqManGenotypingMasterMixAppliedBiopsystems社製5μlTaqManCopyNumberAssayプローブプライマーセットAppliedBiopsystems社製0.5μlTaqManCopyNumberReferenceAssayRNasePAppliedBiopsystems社製0.5μl精製水2μlPCRプライマー及びプローブはAppliedBiosystems社のホームページhttpwww5appliedbiosystemscomtoolscnvからプレデザイン製品を検索し、使用した。用いたTaqManCopyNumberAssayプローブプライマーセットは以下の表1、図1、図2、図3及び図4に示すAppliedbiosystems社ホームページhttpwww5appliedbiosystemscomtoolscnv参照。なお、定量PCRにより増幅した染色体領域の塩基配列は、以下の3定量PCR解析及びPCR増幅産物の塩基配列の同定の項目で示す方法により同定した表1、PCR増幅領域の塩基配列参照。同定した塩基配列を基に、定量PCRにより増幅した染色体領域を、NCBI;March2006humanreferencesequenceBuild36.1をベースとした位置情報として示した表1、染色体領域参照。2定量PCR7900HTFastリアルタイムPCRシステムを用いて以下の表2に示すPCR反応を行った。3定量PCR解析及びPCR増幅産物の塩基配列の同定CopyCallerソフトウェアAppliedBiopsystems社製にてTaqManCopyNumberAssayプローブプライマーセットのコピー数を解析した。リファレンスDNARNaseP、配列番号8における当該TaqManCopyNumberAssayプローブプライマーセットのコピー数を2と仮設定し、テストサンプルにおける相対的コピー数を算出した。定量PCRにより増幅したPCR産物の塩基配列を同定するために、PCR産物をpGEM登録商標-TEasyvectorプロメガ社製へクローニングした後、BigDyeTerminatorCycleSequencingKitAppliedBiosystems社製を用いて塩基配列検出用サンプルを調製し、DNAシークエンサーAppliedBiosystems社製にてPCR産物の塩基配列を決定した。3.結果3-1マイクロアレイ結果乳がん患者群と健常者群において、1いずれかの群におけるコピー数変化の頻度が25以上であり2両群間のコピー数変化頻度に統計学的有意差があったFisher検定でP値が0.05未満CNP領域を以下の表3~6に示す。表中のオッズ比とは、要因DNAコピー数多型と結果乳がんとの関連を示す指標であり、オッズ比は0~無限大に分布する。オッズ比が1より小さい場合、DNAコピー数多型を有する者を乳がん発症感受性が低いと判定することができ、オッズ比が1より大きい場合、DNAコピー数多型を有する者を乳がん発症感受性が高いと判定することができる。表3中の一番上のデータを例に示すと、染色体座位1q44の246,855,947-246,857,101領域1,154塩基長のコピー数増加の頻度が健常者群では30例中8人26.7、乳がん患者群では30人中17人56.7であり、乳がん患者において当該領域コピー数増加が有意に高頻度に認められたP=0.035、オッズ比3.6。このように、個々のCNPの中に乳がん発症体質を予測できる領域が存在することが明らかとなった。3-2定量PCR結果1定量PCR法マイクロアレイ法より同定した表3~6に示した染色体領域や、その近傍の領域を用いて、上記2-2方法の項目で示した方法で定量PCR法を行った。具体的に用いた領域は、1p36.1221,375,430-21,375,511、3q26.1163,706,172-163,706,287、15q26.399,845,920-99,846,025、15q26.399,847,947-99,848,043、15q26.399,848,547-99,848,623、22q12.335,473,730-35,473,804、及び22q12.335,475,937-35,476,043の、計7領域である。1図5及び表7Hs06535529_cn:プライマーセットHs06535529_cnで増幅される染色体領域1p36.12[21,375,430-21,375,511]の0.5未満のDNAコピー数は、健常者群では216例中36例16.7であったのに対し、乳がん患者群では193例中107例55.4と、乳がん患者群において0.5未満のDNAコピー数の頻度が有意に高かったP<0.0001、オッズ比6.2、Fisher検定。2図6及び表7Hs03103056_cn:プライマーセットHs03103056_cnで増幅される染色体領域3q26.1[163,706,172-163,706,287]の3.5以上のDNAコピー数は、健常者群では216例中22例10.2であったのに対し、乳がん患者群では193例中76例39.4と、乳がん患者群において3.5以上のDNAコピー数の頻度が有意に高かったP<0.0001、オッズ比5.7、Fisher検定。3図7及び表7Hs03899300_cn:プライマーセットHs03899300_cnで増幅される染色体領域15q26.3[99,845,920-99,846,025]の1.5未満のDNAコピー数は、健常者群では216例中56例25.9であったのに対し、乳がん患者群では193例中148例76.7と、乳がん患者群において1.5未満のDNAコピー数の頻度が有意に高かったP<0.0001、オッズ比9.4、Fisher検定。4図8及び表7Hs03908783_cn:プライマーセットHs03908783_cnで増幅される染色体領域15q26.3[99,847,947-99,848,043]の0.5未満のDNAコピー数は、健常者群では216例中22例10.2であったのに対し、乳がん患者群では193例中46例23.8と、乳がん患者群において0.5未満のDNAコピー数の頻度が有意に高かったP=0.0003、オッズ比2.8、Fisher検定。5図9及び表7Hs03898338_cn:プライマーセットHs03898338_cnで増幅される染色体領域15q26.3[99,848,547-99,848,623]の1.5未満のDNAコピー数は、健常者群では216例中64例29.6であったのに対し、乳がん患者群では193例中161例83.4と、乳がん患者群において1.5未満のDNAコピー数の頻度が有意に高かったP<0.0001、オッズ比11.9、Fisher検定。6図10及び表7Hs04093415_cn:プライマーセットHs04093415_cnで増幅される染色体領域22q12.3[35,473,730-35,473,804]の9.0以上のDNAコピー数は、健常者群では216例中0例0.0であったのに対し、乳がん患者群では193例中8例4.1と、乳がん患者群において9.0以上のDNAコピー数頻度が有意に高かったP=0.0023、オッズ比19.8、Fisher検定。7図11及び表7Hs04090898_cn:プライマーセットHs04090898_cnで増幅される染色体領域22q12.3[35,475,937-35,476,043]の12.0以上のDNAコピー数は、健常者群では216例中0例0.0であったのに対し、乳がん患者群では193例中7例3.6と、乳がん患者群において12.0以上のDNAコピー数の頻度が有意に高かったP=0.0049、オッズ比17.4、Fisher検定。上述した1~7の定量PCRによる解析結果から、カットオフ値乳がん患者と健常者とを判定するために定める値を設定することにより、健常者郡と比べ乳がん患者群の方が、陽性とする乳がん患者を有意に判定できた。この結果から、上記7つの領域において、DNAコピー数多型を有する者を乳がん発症感受性が高いと判定することができることが明らかとなった。2判別分析定量PCR法によりDNAコピー数を測定した上記7つの領域の中から様々な組合せパターンの2つの領域を選択し、判別分析を行った。結果を図12~32及び表8に示す。1図12及び表8Hs06535529_cnとHs04093415_cnとの組合せ:図5及び図10で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs06535529_cnコピー数]×[Hs04093415_cnコピー数]×0.02360.7142を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは159名感度:82.4であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは112名特異度:51.9であった。なお、Hs06535529_cnコピー数とは、プライマーセットHs06535529_cnで増幅される染色体領域のコピー数、すなわち1p36.1221,375,430-21,375,511のコピー数のことをいい、Hs04093415_cnコピー数とは、プライマーセットHs04093415_cnで増幅される染色体領域のコピー数、すなわち22q12.335,473,730-35,473,804のコピー数のことをいう。2図13及び表8Hs06535529_cnとHs04090898_cnとの組合せ:図5及び図11で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs06535529_cnコピー数]×-0.5699[Hs04090898_cnコピー数]×0.02520.697を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは158名感度:81.9であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは111名特異度:51.4であった。なお、Hs06535529_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs04090898_cnコピー数とは、プライマーセットHs04090898_cnで増幅される染色体領域のコピー数、すなわち22q12.335,475,937-35,476,043のコピー数のことをいう。3図14及び表8Hs06535529_cnとHs03899300_cnとの組合せ:図5及び図7で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs06535529_cnコピー数]×0.1403[Hs03899300_cnコピー数]×-2.94664.2074を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは142名感度:73.6であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは163名特異度:75.5であった。なお、Hs06535529_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03899300_cnコピー数とは、プライマーセットHs03899300_cnで増幅される染色体領域のコピー数、すなわち15q26.399,845,920-99,846,025]のコピー数のことをいう。4図15及び表8Hs06535529_cnとHs03898338_cnとの組合せ:図5及び図9で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs06535529_cnコピー数]×0.1399[Hs03898338_cnコピー数]×-3.79915.2721を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは152名感度:78.8であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは162名特異度:75.0であった。なお、Hs06535529_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03898338_cnコピー数とは、プライマーセットHs03898338_cnで増幅される染色体領域のコピー数、すなわち15q26.399,848,547-99,848,623のコピー数のことをいう。5図16及び表8Hs06535529_cnとHs03103056_cnとの組合せ:図5及び図6で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs06535529_cnコピー数]×-0.6651[Hs03103056_cnコピー数]×0.6624-0.8498を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは145名感度:75.1であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは144名特異度:66.7であった。なお、Hs06535529_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03103056_cnコピー数とは、プライマーセットHs03103056_cnで増幅される染色体領域のコピー数、すなわち3q26.1163,706,172-163,706,287のコピー数のことをいう。6図17及び表8Hs06535529_cnとHs03908783_cnとの組合せ:図5及び図8で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs06535529_cnコピー数]×-0.3911[Hs03908783_cnコピー数]×-0.39721.0298を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは154名感度:79.8であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは119名特異度:55.1であった。なお、Hs06535529_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03908783_cnコピー数とは、プライマーセットHs03908783_cnで増幅される染色体領域のコピー数、すなわち15q26.399,847,947-99,848,043のコピー数のことをいう。7図18及び表8Hs04093415_cnとHs04090898_cnとの組合せ:図10及び図11で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs04093415_cnコピー数]×-0.2285[Hs04090898_cnコピー数]×0.1834-0.0272を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは35名感度:18.1であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは184名特異度:85.2であった。なお、Hs04093415_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs04090898_cnコピー数とは、上述のとおりである。8図19及び表8Hs04093415_cnとHs03899300_cnとの組合せ:図7及び図10で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs04093415_cnコピー数]×0.0423[Hs03899300_cnコピー数]×-2.69493.9423を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは147名感度:76.2であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは161名特異度:74.5であった。なお、Hs04093415_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03899300_cnコピー数とは、上述のとおりである。9図20及び表8Hs04093415_cnとHs03908783_cnとの組合せ:図8及び図10で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs04093415_cnコピー数]×0.0316[Hs03908783_cnコピー数]×-0.94151.1523を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは138名感度:71.5であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは130名特異度:60.2であった。なお、Hs04093415_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03908783_cnコピー数とは、上述のとおりである。10図21及び表8Hs04093415_cnとHs03898338_cnとの組合せ:図9及び図10で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs04093415_cnコピー数]×0.0342[Hs03898338_cnコピー数]×-3.53835.0218を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは152名感度:78.8であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは162名特異度:75.0であった。なお、Hs04093415_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03898338_cnコピー数とは、上述のとおりである。11図22及び表8Hs04093415_cnとHs03103056_cnとの組合せ:図6及び図10で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs04093415_cnコピー数]×0.005[Hs03103056_cnコピー数]×0.5142-1.3547を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは118名感度:61.1であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは113名特異度:52.3であった。なお、Hs04093415_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03103056_cnコピー数とは、上述のとおりである。12図23及び表8Hs04090898_cnとHs03899300_cnとの組合せ:図7及び図11で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs04090898_cnコピー数]×0.0385[Hs03899300_cnコピー数]×-2.69673.9289を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは146名感度:75.7であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは161名特異度:74.5であった。なお、Hs04090898_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03899300_cnコピー数とは、上述のとおりである。13図24及び表8Hs04090898_cnとHs03908783_cnとの組合せ:図8及び図11で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs04090898_cnコピー数]×0.031[Hs03908783_cnコピー数]×-0.9431.137を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは139名感度:72.0であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは130名特異度:60.2であった。なお、Hs04090898_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03908783_cnコピー数とは、上述のとおりである。14図25及び表8Hs04090898_cnとHs03898338_cnとの組合せ:図9及び図11で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs04090898_cnコピー数]×0.0191[Hs03898338_cnコピー数]×-3.52825.0233を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは152名感度:78.8であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは162名特異度:75.0であった。なお、Hs04090898_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03898338_cnコピー数とは、上述のとおりである。15図26及び表8Hs04090898_cnとHs03103056_cnとの組合せ:図6及び図11で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs04090898_cnコピー数]×0.0114[Hs03103056_cnコピー数]×0.513-1.3697を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは117名感度:60.6であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは115名特異度:53.2であった。なお、Hs04090898_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03103056_cnコピー数とは、上述のとおりである。16図27及び表8Hs03899300_cnとHs03908783_cnとの組合せ:図7及び図8で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=Hs03899300_cnコピー数×-6.7554Hs03908783_cnコピー数×2.8236.4471を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは162名感度:83.9であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは175名特異度:81.0であった。なお、Hs03899300_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03908783_cnコピー数とは、上述のとおりである。17図28及び表8Hs03899300_cnとHs03898338_cnとの組合せ:図7及び図9で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs03899300_cnコピー数]×-0.6719[Hs03898338_cnコピー数]×-2.9295.2098を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは154名感度:79.8であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは164名特異度:75.9であった。なお、Hs03899300_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03898338_cnコピー数とは、上述のとおりである。18図29及び表8Hs03899300_cnとHs03103056_cnとの組合せ:図6及び図7で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs03899300_cnコピー数]×-3.0532[Hs03103056_cnコピー数]×0.78762.4915を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは153名感度:79.3であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは162名特異度:75.0であった。なお、Hs03899300_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03103056_cnコピー数とは、上述のとおりである。19図30及び表8Hs03908783_cnとHs03898338_cnとの組合せ:図8及び図9で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs03908783_cnコピー数]×0.7877[Hs03898338_cnコピー数]×-4.53715.5065を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは163名感度:84.5であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは163名特異度:75.5であった。なお、Hs03908783_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03898338_cnコピー数とは、上述のとおりである。20図31及び表8Hs03908783_cnとHs03103056_cnとの組合せ:図6及び図8で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs03908783_cnコピー数]×-1.1372[Hs03103056_cnコピー数]×0.6815-0.3227を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは137名感度:71.0であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは144名特異度:66.7であった。なお、Hs03908783_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03103056_cnコピー数とは、上述のとおりである。21図32及び表8Hs03898338_cnとHs03103056_cnとの組合せ:図6及び図9で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs03898338_cnコピー数]×-3.4991[Hs03103056_cnコピー数]×0.48523.7572を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは157名感度:81.4であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは160名特異度:74.1であった。なお、Hs03898338_cnコピー数とは、上述のとおりであり、Hs03103056_cnコピー数とは、上述のとおりである。上述の判別分析1~21の結果から、感度及び特異度に着目した場合、16に示した判別分析、すなわちプライマーセットHs03899300_cnで増幅される染色体領域15q26.3[99,845,920-99,846,025]と、プライマーセットHs03908783_cnで増幅される染色体領域15q26.3[99,847,947-99,848,043]との組合せによる判別分析が、最も優れていることがわかった感度:83.9、特異度:81.0。さらに、7つの組合せHs06535529_cn、Hs03103056_cn、Hs03899300_cn、Hs03908783_cn、Hs03898338_cn、Hs04093415_cn、及びHs04090898_cnについて、判別分析を行ったところ、線形判別式Y=[Hs06535529_cnコピー数]×-0.4128[Hs04093415_cnコピー数]×0.02[Hs04090898_cnコピー数]×-0.001[Hs03899300_cnコピー数]×-5.6747[Hs03908783_cnコピー数]×3.311[Hs03898338_cnコピー数]×-1.8864[Hs03103056_cnコピー数]×0.61075.8360を用いて、判別得点Yを求めることができる。判別得点0以上を乳がん発症感受性ありとし、判別得点0未満を乳がん発症感受性なしとした場合、真の乳がん患者193名中でこの判別式により乳がんと判定判別得点が0点以上されたのは172名感度:89.1であるのに対し、真の健常者216名中で乳がんではないと判定判別得点が0点未満されたのは171名特異度:79.2であった。この結果は、上記7つの組合せにより、健常者と乳がん患者とを有意な差をもって判別することもできるが、上記16で示した2つの組合せで十分判別できることを示している。"