"第1の面に結像された像に基づいて画像信号を出力する撮像素子と、第2の面に入射された光に基づいてコントラスト信号を出力するAF素子と、サンプル全体を含む第1の領域の一部である第2の領域の像を前記第1の面に結像させ、前記第2の領域の中にあり前記第2の領域の中心から少なくとも第1の方向にずれた位置に設定された第3の領域からの光を前記第2の面に入射する光学系と、前記サンプルが設置されるステージと、前記コントラスト信号に基づいて前記第2の領域の合焦点を算出する合焦点検出部と、前記合焦点検出部が算出した前記合焦点に基づいて前記第2の領域を合焦位置に合わせ、前記第2の領域が前記第1の領域上を前記第1の方向に走査するように前記光学系と前記ステージとの相対位置を変化させながら、前記撮像素子が複数の前記画像信号を出力するよう制御する制御部と、複数の前記画像信号に基づいて前記サンプルの画像を作成する画像信号生成部と、を備えることを特徴とする顕微鏡装置。前記第3の領域は、前記第2の領域の中心からさらに第2の方向にずれた位置に設定され、前記制御部は、前記第2の領域が前記第1の領域上をさらに前記第2の方向に走査するように前記光学系と前記ステージの相対位置を変化させ、前記第1の方向と前記第2の方向は垂直であることを特徴とする請求項1に記載の顕微鏡装置。前記制御部は、前記合焦点検出部が前記合焦点を算出できない場合、前記合焦点検出部が前回算出した前記合焦点に基づいて前記第2の領域を合焦位置に合わせることを特徴とする請求項1または請求項2に記載の顕微鏡装置。前記第2の面は前記第1の面と同一であり、前記第3の領域は少なくとも前記第2の領域の一部であることを特徴とする請求項1から請求項3のいずれか1項に記載の顕微鏡装置。しかしながら、上述した方法には、以下の2つの課題がある。1つ目は、基準位置の合焦点を算出するために、第1ショット目の撮像の前にステージをサンプルの中央部に移動させているので、部分画像を取得するのに時間を要する点である。2つ目は、サンプルの高さは徐々に変化するために、隣接画像との合焦点にほとんど差異は無くても、サンプルの中央部における合焦点と第1ショット目の合焦点とが一致するとは限らない点である。従って、第1ショット目において、AF領域にサンプルが存在しない場合、サンプルの中央部における合焦点情報を用いたとしても第1ショット目における実際の合焦点と異なるために、ピントが合っていない第1ショット目の撮影画像を取得する可能性がある。本発明は上記の問題を解決するためになされたものであり、より迅速に、よりサンプルにピントが合った画像を取得することができる顕微鏡装置を提供することを目的とする。本発明は、第1の面に結像された像に基づいて画像信号を出力する撮像素子と、第2の面に入射された光に基づいてコントラスト信号を出力するAF素子と、サンプル全体を含む第1の領域の一部である第2の領域の像を前記第1の面に結像させ、前記第2の領域の中にあり前記第2の領域の中心から少なくとも第1の方向にずれた位置に設定された第3の領域からの光を前記第2の面に入射する光学系と、前記サンプルが設置されるステージと、前記コントラスト信号に基づいて前記第2の領域の合焦点を算出する合焦点検出部と、前記合焦点検出部が算出した前記合焦点に基づいて前記第2の領域を合焦位置に合わせ、前記第2の領域が前記第1の領域上を前記第1の方向に走査するように前記光学系と前記ステージとの相対位置を変化させながら、前記撮像素子が複数の前記画像信号を出力するよう制御する制御部と、複数の前記画像信号に基づいて前記サンプルの画像を作成する画像信号生成部と、を備えることを特徴とする顕微鏡装置である。また、本発明の顕微鏡装置において、前記第3の領域は、前記第2の領域の中心からさらに第2の方向にずれた位置に設定され、前記制御部は、前記第2の領域が前記第1の領域上をさらに前記第2の方向に走査するように前記光学系と前記ステージの相対位置を変化させ、前記第1の方向と前記第2の方向は垂直であることを特徴とする。また、本発明の顕微鏡装置において、前記制御部は、前記合焦点検出部が前記合焦点を算出できない場合、前記合焦点検出部が前回算出した前記合焦点に基づいて前記第2の領域を合焦位置に合わせることを特徴とする。また、本発明の顕微鏡装置において、前記第2の面は前記第1の面と同一であり、前記第3の領域は少なくとも前記第2の領域の一部であることを特徴とする。本発明によれば、撮像素子は第1の面に結像された像に基づいて画像信号を出力する。また、AF素子は、第2の面に入射された光に基づいてコントラスト信号を出力する。また、光学系は、サンプル全体を含む第1の領域の一部である第2の領域の像を第1の面に結像させ、第2の領域の中にあり第2の領域の中心から少なくとも第1の方向にずれた位置に設定された第3の領域からの光を第2の面に入射する。また、ステージはサンプルが設置される。また、合焦点検出部は、コントラスト信号に基づいて第2の領域の合焦点を算出する。また、制御部は、合焦点検出部が算出した合焦点に基づいて第2の領域を合焦位置に合わせ、第2の領域が第1の領域上を第1の方向に走査するように光学系とステージとの相対位置を変化させながら、撮像素子が複数の画像信号を出力するよう制御する。また、画像信号生成部は、複数の画像信号に基づいてサンプルの画像を作成する。この構成により、第3の領域は第2の領域の中心から少なくとも第1の方向にずれた位置に設定されているため、AF素子が出力するコントラスト値はサンプルのコントラスト値である確率が高い。従って、より迅速に、よりサンプルにピントが合った画像を取得することができる。第1の実施形態以下、本発明の第1の実施形態について図面を参照して説明する。図1は、本実施形態における顕微鏡装置100の構成を示した概略図である。図示する例では、顕微鏡装置100は、ステージ102と、透過光源103と、コンデンサレンズ104と、光学系109と、撮像素子110と、AF素子111と、合焦点検出部112と、記憶部113と、制御部114と、画像信号生成部115とを備えている。また、光学系109は、対物レンズ105と、光路分割装置106と、第1の結像レンズ107と、第2の結像レンズ108とを備えている。ステージ102は、サンプル101を載置するための台であり、制御部113の制御により、水平方向図中の直交するX軸方向第1の方向とY軸方向第2の方向と光軸方向図中のZ軸方向とに移動する。透過光源103は光を発する。コンデンサレンズ104は、透過光源103が発した光を集光してサンプル101に照射する。これにより、ステージ102に設置されているサンプル101には、透過光源103からの光がコンデンサレンズ104を通して照射される。対物レンズ105は、サンプル101に対向するように配置されている。また、対物レンズ105はサンプル101からの光束を集光させ、光路分割装置106に照射する。これにより、サンプル101の透過光は光路分割装置106に照射される。光路分割装置106はハーフミラーなどであり、照射されたサンプル101の透過光の一部を第2の結像レンズ108の方向に反射し、一部を第1の結像レンズ107の方向に透過する。第1の結像レンズ107は、光路分割装置106が透過したサンプル101からの光を撮像素子110の撮像面第1の面上に結像させる。これにより、サンプル101からの透過光の一部は、対物レンズ105と、光路分割装置106と、第1の結像レンズ107とを介して撮像素子110に入射される。撮像素子110は、第1の結像レンズ107により撮像面上に結像されたサンプル101の所定の領域の部分画像を撮像する。なお、撮像素子110が撮像した部分画像画像信号は、画像信号生成部115に入力される。第2の結像レンズ108は、光路分割装置106が反射したサンプル101からの光をAF素子111の受光面第2の面上に結像させる。これにより、サンプル101からの透過光の一部は、対物レンズ105と、光路分割装置106と、第2の結像レンズ108とを介してAF素子111に入射される。AF素子111は、第2の結像レンズ108により受光面上に結像されたサンプル101の所定のAF領域のコントラスト値コントラスト信号を検出する。なお、AF素子111が検出したコントラスト値は、合焦点検出部112に入力される。合焦点検出部112は、山登りサーボ方式などを用い、AF素子111から入力されたコントラスト値を解析することによって、撮像素子110が部分画像を撮像する撮像領域におけるサンプル101の合焦点を算出する。具体的には、合焦点検出部112はAF素子111から入力されるコントラスト値が最も大きくなるときのサンプル101の位置ステージ102の位置を合焦点と算出する。そして、合焦点検出部112は、算出した合焦点に基づいて、サンプル101の位置が合焦点となる位置に移動するようにステージ102を光軸方向に移動させるための駆動信号を生成する。なお、合焦点検出部112が生成したステージ102の駆動信号は、制御部114に入力される。制御部114は、合焦点検出部112から入力された駆動信号に基づいて、ステージ102を光軸方向に移動させる。なお、制御部114は、光軸方向に移動させた後のステージ102の位置情報を記憶部113に記憶させる。また制御部114は、図示しない水平駆動信号生成部から送信される水平信号に基づいて、ステージ102を水平方向X軸方向およびY軸方向に移動させる。記憶部113は、制御部114から入力されたステージ102の位置情報をサンプル101の合焦点情報として記憶する。なお、記憶部113が記憶する合焦点情報は、合焦点検出部112がサンプル101の合焦点を算出できない場合に、合焦点検出部112により読み出される。例えば、AF素子111がコントラスト値を検出するAF領域にサンプル101が存在せず、コントラスト値が低いため合焦点検出部112がサンプル101の合焦点を算出できない場合、合焦点検出部112は、記憶部113が記憶している合焦点情報を読み出す。そして、合焦点検出部112は、読み出した合焦点情報に基づいて駆動信号を生成する。これにより、AF領域にサンプル101が存在しない場合においても、サンプル101の位置が合焦点となる位置にステージ102を移動させることができる。撮像素子110は、合焦動作が完了した後に、第1の結像レンズ107により撮像面上に結像されたサンプル101の部分画像を撮像する。なお、撮像素子110は、撮像した部分画像を画像信号生成部115に入力する。画像信号生成部115は、撮像素子110が撮像した複数の部分画像を貼り合せることによって、サンプル101全体を高解像度に撮像した1枚のデジタル画像を生成する。次に、顕微鏡装置100がサンプル101の部分画像を複数枚撮像し、一枚の全体画像を生成する方法について説明する。図2は、本実施形態における顕微鏡装置100が撮像する部分画像と、サンプル101との関係を示した概略図である。図示する例では、顕微鏡装置100が撮像する4枚の部分画像201~204の領域と、サンプル101とが示されている。まず初めに、顕微鏡装置100は、撮像素子110の撮像領域に合わせて、観察対象のサンプル101が含まれる領域第1の領域を、部分画像201~204の4つの小領域第2の領域に分割する。次に、顕微鏡装置100は、それぞれの小領域ごとにAF制御を行いながら、各小領域の部分画像201~204を順次撮像する。図示する例では、顕微鏡装置100は、部分画像201、部分画像202、部分画像203、部分画像204の順に撮像する。ここで、撮像素子がn番目の部分画像を撮像する動作を第nショット目とする。すなわち、撮像素子が部分画像201を撮像する動作を第1ショット目と呼び、部分画像202を撮像する動作を第2ショット目と呼ぶ。具体的には、第1ショット目で部分画像201を撮像するために、制御部114は、部分画像201の領域が撮像素子110の撮像領域に入るようにステージ102をX方向およびY方向に移動させる。続いて、AF素子111は、部分画像201のAF領域第3の領域のコントラスト値を検出する。続いて、合焦点検出部112は、AF素子111が検出したコントラスト値に基づいてサンプル101の合焦点を算出する。続いて、制御部114は、合焦点検出部112がサンプル101の合焦点を算出できた場合には、合焦点検出部112が生成した駆動信号を用いてステージ102を光軸方向Z方向に移動させる。また、制御部114は、光軸方向に移動させた後のステージ102の位置情報を記憶部113に記憶させる。その後、撮像素子110は、上述した合焦動作が完了した後、第1の結像レンズ107により撮像面上に結像されたサンプル101の部分画像201を撮像する。一方、第1ショット目の動作において、部分画像201のAF領域にサンプル101が存在せず、合焦点検出部112がサンプル101の合焦点を算出できない場合には、サンプル101の位置が合焦点となる位置に移動するようにステージ102を光軸方向に移動させるための駆動信号を生成することができない。なお、第2ショット目以降であれば、前回部分画像を撮像した際のステージ102の位置情報を記憶部113が記憶しているため、制御部114は、記憶部113が記憶している位置情報を用いて駆動信号を生成することができる。本実施形態では、第1ショット目の処理においてAF領域にサンプル101が存在する確率を高くすることで、サンプル101の各部分画像201~204の撮影画像をピントの合った状態で鮮明に取得できる可能性を高くする。なお、第1ショット目の部分画像201の撮像を行う際にステージ102が移動する方向は顕微鏡装置100毎に予め決まっている。また、サンプル101の各部分画像201~204の撮像順序ステージ102が移動する順序に関しても顕微鏡装置100毎に予め決まっている。本実施形態における顕微鏡装置100は、部分画像201、部分画像202、部分画像203、部分画像204の順に撮像する。また、一般的に、サンプル101は全体画像の中央領域に存在している。以上のことから、第1ショット目の撮像領域において、最もサンプル101が存在する確率が高い領域は、第1ショット目の撮像領域の中心部よりも第2ショット目の撮像領域に近い領域である。すなわち、第1ショット目の撮像領域において、最もサンプル101が存在する確率が高い領域は、第1ショット目の撮像領域の中心部よりも、サンプル101の中央側である走査方向X軸方向側ステージ102の進行方向とは逆側に位置する領域である。従って、撮像領域の中心部よりも走査方向側に位置する領域にAF領域を設けることによって、AF領域にサンプル101が存在する確率を高くすることができ、サンプル101の合焦点を算出することができる確率を高くすることができる。このように、本実施形態では、第1ショット目の撮像領域である部分画像201の領域のうち、サンプル101の中央側の領域にAF領域を設けることで、第1ショット目の処理においてAF領域にサンプル101が存在する確率を高くすることができる。また、第1ショット目の部分画像201を撮像する際にはAF領域にサンプル101が存在する確率が高いため、従来のように第1ショット目の処理を行う前に、サンプル101の中心部分などの予め定められている位置のコントラスト値を測定し、合焦点を算出する必要がない。従って、迅速に第1ショット目の部分画像201を撮像することができる。また、従来のように、サンプル101の中央の合焦点を用いて第1ショット目の部分画像201を撮像した場合、第1ショット目の領域とサンプル101の中央部との距離が離れているため、サンプル101の中央部における合焦点と第1ショット目の合焦点とが一致するとは限らず、ピントが合っていない第1ショット目の部分画像201を撮像する可能性がある。しかしながら、本実施形態では、第1ショット目の撮像領域においてサンプル101の合焦点を算出することができる確率が高いため、ピントが合った第1ショット目の部分画像201を撮像することができる。従って、本実施形態における顕微鏡装置100は、第1ショット目においてサンプル101にピントが合った部分画像201を撮像することができる。図3は、本実施形態における顕微鏡装置100が撮像するサンプル101の撮像領域と、AF素子111がコントラスト値を検出するサンプル101のAF領域とを示した概略図である。図示する例では、顕微鏡装置100の焦点面301と、撮像素子110が部分画像201~204を撮像する領域である撮像領域302と、AF素子111がコントラスト値を検出する領域であるAF領域303とが示されている。また、サンプル101の焦点面301において、AF領域303が撮像領域302の中央領域ではなく、サンプル101の中央側である走査方向X軸方向側ステージ102の進行方向とは逆側の領域に配置されている。第1ショット目で部分画像201の撮像を完了した後、第2ショット目で部分画像202を撮像するために、制御部114は、部分画像202の領域が撮像素子110の撮像領域に入るようにステージ102をX方向と逆方向に移動させる。続いて、AF素子111は、部分画像202のAF領域のコントラスト値を検出する。続いて、合焦点検出部112は、AF素子111が検出したコントラスト値に基づいてサンプル101の合焦点を算出する。なお、合焦点検出部112は、第2ショット目の動作において、部分画像202のAF領域にサンプル101が存在せず、合焦点検出部112がサンプル101の合焦点を算出できない場合には、部分画像201を撮像した際のステージ102の位置情報を合焦点情報として記憶部113が記憶しているため、記憶部113が記憶している合焦点情報を用いて駆動信号を生成する。続いて、制御部114は、合焦点検出部112が生成した駆動信号を用いてステージ102を光軸方向Z軸方向に駆動させる。また、制御部114は、光軸方向に移動させた後のステージ102の位置情報を記憶部113に記憶させる。上述した合焦動作が完了した後、撮像素子110は、第1の結像レンズ107により撮像面上に結像されたサンプル101の部分画像202を撮像する。なお、部分画像203,204の撮像も部分画像202の撮像と同様に行う。撮像素子110が部分画像201~204を撮像した後、画像信号生成部115は、撮像素子110が撮像した複数の部分画像を貼り合せることによって、サンプル101全体を高解像度に撮像した1枚のデジタル画像を生成する。上述した通り、本実施形態によれば、第1ショット目の撮像領域である部分画像201の領域のうち、サンプル101の中央側の領域にAF領域を設ける、すなわち、撮像領域の中心部からステージ102の進行方向とは逆側に位置する領域にAF領域303を設けることによって、第1ショット目の部分画像201を撮像する際にAF領域303にサンプル101が存在する確率を高くする。これにより、第1ショット目のサンプル101のコントラスト値を算出できる確率を高くし、サンプル101の合焦点を算出することができるために、第1ショット目においてピントが合った部分画像201を撮像することができる。また、第1ショット目の部分画像201を撮像する際にはAF領域303にサンプル101が存在する確率が高いため、従来のように第1ショット目の処理を行う前に、サンプル101の中心部分などの予め定められている位置のコントラスト値を測定し、合焦点を算出する必要がない。従って、迅速に第1ショット目の部分画像201を撮像することができる。また、従来のように、サンプル101の中央の合焦点を用いて第1ショット目の部分画像201を撮像した場合、第1ショット目の領域とサンプル101の中央部との距離が離れているため、サンプル101の中央部における合焦点と第1ショット目の合焦点とが一致するとは限らず、ピントが合っていない第1ショット目の部分画像201を撮像する可能性がある。しかしながら、本実施形態では、第1ショット目の撮像領域においてサンプル101の合焦点を算出することができる確率が高いため、ピントが合った第1ショット目の部分画像201を撮像することができる。従って、本実施形態における顕微鏡装置100は、第1ショット目においてサンプル101にピントが合った部分画像201を撮像することができる。これにより、顕微鏡装置100は、より迅速に、サンプル101にピントが合った部分画像201~204を取得することができ、取得した部分画像201~204を貼り合わせることによって、サンプル101全体を高解像度に撮像したデジタル画像を取得することができる。また、第2ショット目以降のAF領域303にサンプル101が存在せず、合焦点検出部112がサンプル101のコントラスト値に基づいて合焦点を算出することができなくても、前回部分画像201~204を撮像した際のステージ102の位置情報である合焦点情報を記憶部113が記憶しているため、記憶部113が記憶している合焦点情報を用いて駆動信号を生成することができる。第2の実施形態次に、本発明の第2の実施形態について説明する。本実施形態における顕微鏡装置100の構成と第1の実施形態における顕微鏡装置100の構成とは同様の構成である。本実施形態と第1の実施形態とで異なる点は、本実施形態では、部分画像を撮像する際に、制御部114は、ステージ102を実施の形態1で示したX軸方向に加えてY軸方向にも駆動する点と、ステージ102の水平方向の駆動に合わせて、AF領域を撮像領域の中央部からX軸方向およびY軸方向にずれた位置に配置している点である。図4は、本実施形態における顕微鏡装置100が撮像するサンプル101の撮像領域と、AF素子111がコントラスト値を検出するサンプル101のAF領域とを示した概略図である。図示する例では、顕微鏡装置100の焦点面401と、撮像素子110が部分画像を撮像する領域である撮像領域402と、AF素子111がコントラスト値を検出する領域であるAF領域403とが示されている。また、サンプル101の焦点面401において、AF領域403は、撮像領域402の中央領域ではなく、第1の方向であるX軸方向と第2の方向であるY軸方向にずれた位置に配置されている。次に、本実施形態における顕微鏡装置100が撮像する部分画像と、サンプル101と、AF領域との関係について説明する。図5は、本実施形態における顕微鏡装置100が撮像する部分画像と、サンプル101と、AF領域との関係を示した概略図である。図示する例では、顕微鏡装置100が撮像する35枚の部分画像501~535の領域と、サンプル101と、AF領域403とが示されている。また、顕微鏡装置100が部分画像501~535を撮像する順を示した破線が示されている。なお、顕微鏡装置100が部分画像501~535を撮像する方法、および部分画像501~535を貼り合せることによって、サンプル101全体を高解像度に撮像した1枚のデジタル画像を生成する方法については第1の実施形態における各方法と同様である。図示する例では、顕微鏡装置100は、第1ショット目の処理では部分画像501を撮像する。また、部分画像501はサンプル101の左下の領域の画像である。従って、第1ショット目の撮像領域である部分画像501の領域において、最もサンプル101が存在する確率が高い領域は、サンプル101の中央側の領域である右上の領域である。従って、本実施形態では、撮像領域402の右上の領域にAF領域403を設ける。このように、第1ショット目の撮像領域である部分画像501の領域のうち、サンプル101の中央側の領域、すなわち、撮影領域の中心から部分画像501を取得後のX方向の走査方向かつY方向の走査方向側の領域に、AF領域403を設けることで、第1ショット目の処理においてAF領域にサンプル101が存在する確率を高くすることができる。また、第1ショット目の処理においてAF領域403にサンプル101が存在する確率を高くすることができるため、サンプル101の合焦点を算出することができる確率を高くすることができる。図6は、図5に示したサンプル101の部分画像501~535を撮像する際におけるサンプル101の焦点検出結果を示す。図示する例では、○印は合焦点検出部112がサンプル101の合焦点を算出できることを示す。また、△印は合焦点検出部112がサンプル101の合焦点を算出できていないが、前回部分画像501~535を撮像した際の合焦点情報を用いて駆動情報を生成することを示す。図示する例では、部分画像504,507,508,521,522,529,534,535を撮像する際に、合焦点検出部112はサンプル101の合焦点を算出することができない。しかしながら、第1ショット目の撮像領域である部分画像501を撮像する際には、合焦点検出部112はサンプル101の合焦点を算出することができる。上述した通り、本実施形態によれば、第1ショット目の撮像領域である部分画像501の領域のうち、サンプル101の中央側の領域、すなわち部分画像501を取得後のX方向の走査方向かつY方向の走査方向側の領域にAF領域403を設けることで、第1ショット目の処理においてAF領域403にサンプル101が存在する確率を高くすることができる。また、第1ショット目の処理においてAF領域403にサンプル101が存在する確率を高くすることができるため、サンプル101の合焦点を算出することができる確率を高くすることができる。従って、顕微鏡装置100は、第1ショット目においてピントが合った部分画像501を撮像することができる。また、第1ショット目の部分画像501を撮像する際にはAF領域403にサンプル101が存在する確率が高いため、従来のように第1ショット目の処理を行う前に、サンプル101の中心部分などの予め定められている位置のコントラスト値を測定し、合焦点を算出する必要がない。従って、本実施形態における顕微鏡装置100は、迅速に第1ショット目の部分画像501を撮像することができる。また、従来のように、サンプル101の中央の合焦点を用いて第1ショット目の部分画像501を撮像した場合、第1ショット目の領域とサンプル101の中央部との距離が離れているため、サンプル101の中央部における合焦点と第1ショット目の合焦点とが一致するとは限らず、ピントが合っていない第1ショット目の部分画像501を撮像する可能性がある。しかしながら、本実施形態では、第1ショット目の撮像領域においてサンプル101の合焦点を算出することができる確率が高いため、ピントが合った第1ショット目の部分画像501を撮像することができる。従って、本実施形態における顕微鏡装置100は、第1ショット目においてサンプル101にピントが合った部分画像501を撮像することができる。また、顕微鏡装置100は、第2ショット目以降の処理で部分画像502~535を撮像する際において、AF領域403にサンプル101が存在せず、合焦点検出部112がサンプル101の合焦点を算出することができなくても、記憶部113が記憶している、前回部分画像501~535を撮像した際の合焦点情報ステージ102の位置情報を用いてステージ102を光軸方向に移動させるために、ピントが合った部分画像502~535を撮像することができる。これにより、顕微鏡装置100は、より迅速に、サンプル101にピントが合った部分画像501~535を取得することができ、取得した部分画像501~535を貼り合わせることによって、サンプル101全体を高解像度に撮像したデジタル画像を取得することができる。以上、この発明の第1の実施形態および第2の実施形態について図面を参照して詳述してきたが、具体的な構成はこの実施形態に限られるものではなく、この発明の要旨を逸脱しない範囲の設計等も含まれる。例えば、第1の実施形態および第2の実施形態では、顕微鏡装置100は、撮像素子110とAF素子111とを備えているがこれに限らず、撮像素子110の少なくとも一部の領域をAF素子111として用いてもよい。この場合、撮像素子110とAF素子111との方向にサンプルからの光を分割する必要が無いため、光路分割装置106も必要ない。また、顕微鏡装置100は、光源として透過光源103を用いているがこれに限らず、落射光源や反射光源などを用いてもよい。また、顕微鏡装置100は、ステージ102を移動させてサンプル101を合焦させているがこれに限らず、対物レンズ105を移動させる事でサンプル101を合焦させてもよい。また、合焦点を検出する方法は、山登りサーボ方式でもよく、光路差方式でもよい。"