Ergenekon (iddia edilmiş örgüt)

Ergenekon, 2000'li yıllarda Türkiye'de faaliyet gösterdiği ileri sürülen sözde gizli silahlı örgüttür. Türkiye yargısı tarafından terörizm ile suçlanmış, suçlamalar ve dava 21 Nisan 2016'da Yargıtay kararı ile usul ve esas yönünden bozulmuştur.

2016 itibarıyla beraat ile sonuçlanan davada savcılar; iddia olunan Ergenekon'un devletin güvenlik güçleri içerisinde örgütlendiği bünyesinde asker, polis, gazeteci, akademisyen üyeleri olduğu, bu "derin devlet" örgütlemesinin 2003-2004 yıllarında Adalet ve Kalkınma Partisi hükûmetini devirmeye yönelik darbe planlarını, 2006'da bir yüksek yargıcın öldürüldüğü Danıştay Saldırısını, 2007'de Malatya'da üç Hristiyanın öldürüldüğü Zirve Yayınevi katliamını gerçekleştirdiğini ve 2008-2009 yıllarında bazı suikast planları yaptığını iddia etmişti.

Ergenekon davalarının kökeni gazeteci Tuncay Güney'in 2001'de bir otomobil dolandırıcılığı soruşturması kapsamında ev ve işyerinde yapılan aramalarda bulunan belgelere verdiği savcılık ifadesine uzanmaktadır. 2001 yılında Gülenci polis müdürü Recep Güven Ergenekon soruşturması açma hazırlığında bulunmuş fakat kabul edilmemiş, daha sonra 2006 da Gülenciler bir kez daha Ergenekon soruşturması açma hazırlığında bulunmuş ama vazgeçmiştir. İddia edilen Ergenekon örgütü soruşturması ilk kez 12 Haziran 2007'de Ümraniye'de bir gecekonduda 27 el bombası bulunması sonucunda başladı. İlk duruşması 20 Ekim 2008'de Silivri Cezaevi'ndeki duruşma salonunda görülen davalarda 400 civarında sanık Ergenekon üyesi olmakla suçlandı.

Dava 2013'te sonuçlandı ve çok sayıda müebbet hapis ve süreli hapis cezası verildi. Ancak 2013 sonunda Gülen Hareketi'nin hükûmeti hedef aldığı çeşitli soruşturmalar sonucunda başlayan "paralel yapı" ile mücadele sürecinde şüpheliler tekrar yargılandı. Yeniden yargılama sonucunda Ergenekon örgütünün varlığına delil bulunamadığında davanın Gülencilerin siyasi amaçları doğrultusunda açtığı bir kumpas davası olduğuna hükmedildi. Ergenekon dışında Gülenciler o dönem Balyoz, askeri casusluk, Cizre/Temizöz, KCK, Devrimci Karargah, MİT Tırları gibi "kumpas davası" olarak nitelendirilen davalar tertip etmiş ve daha sonra bu davalarda görev alan birçok hakim, savcı, polis ve devlet görevlisi mahkum olmuştur.

"Ergenekon" kavramı, ilk olarak Can Dündar ve Celal Kazdağlı'nın, Show TV'de yaptığı 40 Dakika adlı programın devletin içindeki yasadışı yapılanmaların tartışıldığı 7 Ocak 1997 tarihli bölümünde dile getirilmiştir. Programın konuklarından Erol Mütercimler, Ergenekon'u 12 Mart döneminde işkenceli sorguların yapıldığı Ziverbey Köşkü'nün komutanı olarak tanınan ve 1991 yılında bir Dev-Sol militanı tarafından öldürülen emekli Tümgeneral Memduh Ünlütürk'ten duyduğunu Ergenekon'un içerisinde subaylar, emniyetçiler, profesörler, gazeteciler, işadamlarının olduğu; çeteler olarak tanımlanan küçük birimlerin Ergenekon'un içindeki birer parça olduğunu iddia etmiştir.

Ergenekon soruşturmasının kökeni Strateji dergisinde haber koordinatörlüğü yapan Tuncay Güney'in 2001'deki gözaltısına dayanmaktadır. Güney, 1 Mart 2001'de otomobil kaçakçılığı ile ilgili bir operasyonda Strateji dergisi genel yayın yönetmeni Ümit Oğuztan ve eniştesi Adem Taşdemir ile beraber Emniyet Müdürlüğü Asayiş Şube Müdürlüğü tarafından gözaltına alındı. Soruşturma kapsamında gözaltına alınan Ümit Oğuztan ile Güney'in ortak işyerlerinde yapılan aramada bulunduğu 6 çuval doküman bulundu. 6 çuvallık arşivde Ergenekon Analiz Yeni Yapılanma Yönetim ve Geliştirme Projesi, Lobi, Devletin Yeniden Yapılanması gibi Ergenekon adlı bir örgütten bahsedilen dokümanlar yer alıyordu. Güney ve Oğuztan'ın çalıştığı Strateji 28 Şubat sürecinde "irtica karşıtı" yayınlarıyla dikkat çeken Aczmendi-Ali Kalkancı olaylarını gündeme taşıyan bir dergiydi. Derginin çalışanlarından Sisi lakaplı Seyhan Soylu 2002'de verdiği bir röportajında Strateji dergisinin "JİTEM kaynaklı" olduğunu iddia etmişti. Önce Gayrettepe'deki Asayiş Şube Müdürlüğü'nde sorgulaması yapılan Tuncay Güney, birkaç gün sonra resmî kayıtlara göre "ifadesinde Susurluk olayı ve bir kısım organize suç örgütleriyle ilgili beyanda bulunduğunun tespiti üzerine" İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü'ne teslim edildi. Güney, kendisini sorgulayan Organize Şube Müdürü Adil Serdar Saçan'a Ergenekon örgütünden bahsetti. Şüpheliler hakkında dolandırıcılık suçlamasından dava açıldı. Güney, davada ablasının ödediği kefaletle serbest bırakıldı. Güney, resmî ifade süresi 4 gün olmasına rağmen 9 gün gözaltında tutulduğunu ve bu süre içinde kendisine ağır işkenceler yapıldığını, cinsel organına elektrik verildiğini ileri sürmektedir. Adil Serdar Saçan, Güney'in bu suçlamalarını Milliyet gazetesine verdiği röportajında reddetti. Ancak İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi yaptırdığı bilirkişi inceletmelerinde, Tuncay Güney'in ifadelerinin işkenceyle verildiğini tespit ettirdi. Güney otomobil dolandırıcılığı davası devam ederken Amerika Birleşik Devletleri'ne gitti. Güney hakkında 27 Ocak 2003'te gıyabi tutuklama kararı çıkarıldı. Ancak 2009 Şubat ayında dava zaman aşımına uğradı ve gıyabi tutuklama kararı da kalkmış oldu. Adil Serdar Saçan, 2003'te Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü görevinden ayrıldıktan sonra iş insanı Şevki Duyu'nun Gaziosmanpaşa'daki Duyu-San adlı fabrikasında bomba yapımında kullanılan çok miktarda malzeme bulunduğu ihbarı yapıldı. 12 Aralık 2003'te Terörle Mücadele ekiplerinin fabrikaya yaptığı baskında Duyu-San şirketinin yanındaki Karadeniz Ekmek Fırını'nın altında çok sayıda resmî belge ile beraber İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü arşivlerinde olması gereken Tuncay Güney'in mülakat kasetleri ve Güney'in Ergenekon belgelerinin de yer aldığı 6 çuvallık arşivi bulundu. Belgeler İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü'ne geri verildi. Şube de kasetleri Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na iletti. Bu olayla ilgili Fatih 2. Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanan Saçan, bu davada 5 ay hapis cezası almıştı.

Sabah gazetesi 26 Kasım 2008 tarihli haberinde Tuncay Güney'in Millî İstihbarat Teşkilatı (MİT) elemanı olduğunu, teşkilat tarafından JİTEM ve Ergenekon'un içine sızdırıldığını iddia etti. MİT basın açıklaması yaparak haberde yer alan belgelerin teşkilata ait olduğu doğrulanmış, ancak Tuncay Güney'in o dönem itibarıyla şüpheli faaliyetlerinden dolayı dikkati çeken ve üzerinde çalışma yapılan bir kişi olduğundan kayıtlı bir haber kaynağı olmadığını, Kontrterör merkezinin 1997'de lağvedildiği ve sorumluları ile birlikte kuruluş şemasından çıkarıldığını belirtmiştir. Sabahın başlık kısmını yayınladığı belgenin tamamını birkaç hafta sonra Bugün gazetesi yayınladı. 7 Şubat 1997 tarihli olduğu anlaşılan belgeye göre Güney'i takip eden MİT elemanları Güney'in Veli Küçük'ün emrinde JİTEM'de çalıştığını yazan bir rapor yazmıştı. Tuncay Güney'in çalıştığı iddia edilen MİT Kontrterör Dairesinin başkanı Mehmet Eymür, Güney'i tanımadığını Güney de hiçbir istihbarat servisinin elemanı olmadığı söyleyerek iddiaları yalanladılar. Ancak Eymür'ün Ergenekon soruşturması sürecinde ortaya çıkan Güney hakkındaki MİT belgesinin içeriğini 2000 yılında atin.org isimli internet sitesinde yayımladığı ve Güney'in "çift meslekli gazeteci" olduğunu anlattığı ortaya çıkmıştır. Eymür, Güney'i "Tunca" kod adıyla nitelendirdiği yazısında da, o dönem ikinci meslekleri gazetecilik olan iki kişi arasındaki konuşmada JİTEM adına çalıştığını söyleyen Tunca, Susurluk'la bağlantılı özel tim mensuplarının bir düğünde Abdullah Çatlı ile beraber çekilmiş fotoğrafları basına kendisinin sattığını anlatıyor.

Millî İstihbarat Teşkilatı'nın açıklamasına göre; MİT, Ergenekon'u ilk olarak 3 Temmuz 2002'deki bir ihbar ile öğreniyor. Elinde 6 adet CD bulunan ve kendini polis olarak tanıtan bir kişinin yazdığı 2 sayfalık mektupta Türk Silahlı Kuvvetleri içerisinde faaliyet gösteren Ergenekon örgütlenmesinden söz ediliyordu. MİT, kendi açıklamasına göre "devleti/rejimi hedef alan bir grubun kendi çıkarları çerçevesinde organize olma çabalarını içerdiği izlenimi edinilmesi, bu bilgilerin müsteşarlığımıza farklı kanallardan gelmesi ve birbirlerini büyük ölçüdü teyit eder olması nedeniyle" elde ettiği bilgileri bir kitapçığa dönüştürüp 10 Temmuz 2003 tarihinde Genelkurmay Başkanlığı'na iletti. Daha sonra 19 Kasım 2003 tarihinde Başbakanlık'a gönderdi. MİT'in Ergenekon hakkındaki bir diğer bilgi notu ise 19 Ocak 2006'da Başbakanlık'a, 26 Mayıs 2006 tarihinde de Genelkurmay İstihbarat Başkanlığı'na iletildi. Bu arada 27 Mart 2007'de de "İşçi Partisi/Karargâh Evleri" başlıklı dokümana ulaşan MİT belgeyi devlet içindeki Ergenekon örgütlenmesinin delili olarak ciddiye alınacak nitelikte buldu ve Genelkurmay'a iletti.

Ayrıca MİT hazırladığı raporda, 1 Nisan 2001'de Aydınlıkta ve 12 Mayıs 2001'de Aksiyonda yayınlanan haberler ve, Yeni Şafakta Taha Kıvanç müstear adıyla yazan Fehmi Koru'nun 30 Nisan ve 1 Mayıs 2001 tarihli köşe yazılarında "Ergenekon" isimli bir oluşum hakkında dikkati çeker mahiyette haberlere yer verildiğini belirtiyor. Gazeteci Fehmi Koru 30 Nisan ve 1 Mayıs 2001'de Yeni Şafaktaki köşesinde; eline geçen 24 sayfalık Ergenekon: Analiz Yeniden Yapılanma, Yönetim ve Geliştirme Projesi başlıklı bir belgeden söz etmişti. 29 Ekim 1999 tarihli olan ve "Bu çalışmanın amacı; Atatürk ilkeleri doğrultusunda biçimlendirilmiş, Kemalizm'in tek gerçek ve içtenlikli koruyucusu Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinde faaliyet gösteren Ergenekon'un reorganizasyonuna katkıda bulunabilmektedir" diye başlayan bu belgede yeniden kurulması talep edilen Ergenekon adındaki bir gizli birimden bahsedilmektedir. Fehmi Koru'ya en büyük tepki İşçi Partisi'nin yayın organı Aydınlık'tan gelmiştir. Hikmet Çiçek, 6 Mayıs 2001'de Aydınlıkta yazdığı yazısında "CIA, SüperNATO ve MİT şeflerinin işbirliğiyle Orduyu yıpratma kampanyası her alanda sürdürülüyor. Psikolojik savaşta sözde dosyalar ve raporlar imal ediliyor. 'Ergenekon' hikâyeleri de bu tertibin bir parçası." diyerek Koru'ya tepki göstermiştir. Fehmi Koru'nun yazısından 11 gün sonra 12 Mayıs 2001'de Aksiyon dergisi Ergenekon belgesini kapak konusu yaptı. Gülen hareketinin yayın organı olan Aksiyonda yer alan Harun Odabaşı'nın "Sivil Ergenekon" başlıklı haberinde Ergenekon oluşumu 28 Şubat süreci'nin mimarı olarak tanıtılmıştır. Yazıda Can Dündar'ın, Ergenekon'un asıl unsurlarına hiç dokunmadığı ve örgütü ülkücülerin kurduğu bir mekanizma olarak göstererek olayı geçiştirdiği iddia edilmiştir.

29 Mart 2007'de Nokta dergisi eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek'e ait olduğunu ileri sürdüğü günlükleri yayınladı. Dergi, dönemin kuvvet komutanlarının AK Parti hükûmetinin izlediği politikalardan rahatsız olduğunu ve 2003-2004 yıllarında Şener Eruygur liderliğinde Sarıkız, Ayışığı ve Yakamoz kod adlı darbe planları hazırladıklarını ancak dönemin Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök'ün muhalefeti ile darbenin gerçekleşmediği iddia ediyordu. Örnek, Nokta'nın haberini komutanlığı döneminde hiçbir zaman günlük tutmadığını söyleyerek yalanladı. Haber üzerine 13 Nisan 2007’de Nokta dergisinin binası askeri mahkeme kararıyla basıldı. Yapılan aramalarda derginin bilgisayarlarına el konuldu ve dergi hakkında çeşitli soruşturmalar açıldı. Bu olaylardan sonra Nokta dergisi, imtiyaz sahibi tarafından kapatıldı. Özden Örnek, günlükleri, günlükleri yayınlayan Nokta dergisi genel yayın yönetmeni Alper Görmüş aleyhine iftira ve hakaret davası açtı. Alper Görmüş, Örnek'in açtığı davadan beraat etti ancak mahkeme, Alper Görmüş'ün teklifine rağmen, soruşturmanın darbe iddialarının araştırılması yönünde genişlemesini reddetti. Yine MİT'in açıklamasına göre; MİT'e 17 Nisan 2007'de kendini subay olarak tanıtan bir kişi tarafından bir mektup daha gönderildi. MİT'in resmi yazısına göre mektubun ekinde yer alan CD içindeki dokümanların, "Eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek tarafından Donanma Komutanlığı Kurmay Başkanlığı'na getirilen Tümamiral Özer Karabulut'un bilgisayarından alındığı iddiasında bulunulmuştu" ve belgelerle ilgi herhangi bir işlem yapılmadan 24 Mayıs 2007 tarihinde Başbakanlığa iletildi. Söz konusu dokümanlar, "Darbe Günlükleri"ydi.

2007 Haziran ayında Trabzon İl Jandarma Komutanlığı'na Ümraniye Çakmak Mahallesi Muhtarlığı karşısındaki gecekondunun çatısında patlayıcı madde bulunduğu, bu maddeyi Mehmet Demirtaş'ın sakladığı, patlayıcıları bir astsubayın temin ettiğini ihbarı geldi. Gecekonduda kiracı olarak kalan Ali Yiğit'in babası Şevki Yiğit tarafından yapılan ihbar önce İstanbul Jandarma Komutanlığı'na, ardından da İl Emniyet Müdürlüğü'ne iletildi. Emniyet, ihbarda verilen adresi 12 Haziran 2007'de tespit etti. Aynı gün Ümraniye 2. Sulh Ceza Mahkemesinden arama kararı alınıp gecekonduya gidildi. Düzenlenen operasyonda savunma ve taarruz tipi 27 adet el bombası ve fünyeler bulundu. Gecekondu sahibi Mehmet Demirtaş'ın yeğeni Ali Yiğit'in ifadeleri üzerine Demirtaş'ın askerdeki komutanı olan ve Reina'nın özel güvenlik müdürlüğünü yapan emekli astsubay Oktay Yıldırım gözaltına alındı. Şüpheliler İstanbul Emniyetinde sorgulandı. Mehmet Demirtaş, susma hakkını kullanırken, Oktay Yıldırım kendisine yöneltilen suçlamaları reddetti. Demirtaş'ın yeğeni Ali Yiğit ise bombaların Oktay Yıldırım'a ait olduğunu, kendisinin bu evde geçici olarak ikamet ettiğini söyledi. Yiğit'in ifadesine göre; kendisi LPG istasyonu işleten dayısının teklifiyle Ümraniye'ye gelmiş, dayısının manavını işletmeye başlamıştı. Manava bazen dayısının arkadaşları da uğruyordu. Bu arkadaşlardan birisi de dayısının askerlikteki komutanı olan Oktay Yıldırım'dı. Yine Yiğit'in ifadesine göre; yaklaşık üç dört ay sonra babası Şevki Yiğit, bir gün evin çatısında tahta ararken bomba dolu sandığı bulmuştur. Bombalar kendisine sorulunca Mehmet Demirtaş'a bombaları Oktay Yıldırım'ın getirdiğini 1,5 yıldır çatıda durduğunu söylemiş ve Yiğit'i "Çatıda askeri sandık ve içinde el bombaları var. Malzemelere bir şey olursa başımız belaya girer, kimseye bahsetme, seni de alırlar." diye uyarmıştır. Babasının ısrarla ihbar etmesini istemesine rağmen Ali Yiğit korktuğunu ve ihbar etmediğini söylemiştir.

Oktay Yıldırım tutuklandıktan sonra onu Muzaffer Tekin savundu. Emekli yüzbaşı Tekin Mayıs 2006'da Danıştay Saldırısı'ndan sonra saldırgan Alparslan Aslan ile bağlantılı olduğu şüphesiyle aranırken birkaç gün sonra bıçakla intihara teşebbüs etmiş şekilde yakalanmış fakat ifade verdikten sonra olayla somut bir bağı bulunamayarak serbest bırakılmıştı. Tekin, Oktay Yıldırım'ın gözaltısından sonra gazetecilere bombaların hurda olduğunu, Yıldırım tarafından Hasdal Çöplüğü'nde toplanmış olabileceğini söyledi. Arkadaşını savunan Tekin birkaç gün sonra emekli astsubay Mahmut Öztürk ile birlikte gözaltına alındı.

Daha sonra Muzaffer Tekin ile bağlantılı olduğu şüphesiyle Mete Yalazangil, eski polis Aydın Yüksek ve Muzaffer Şenocak da gözaltına alındı. Muzaffer Şenocak'ta gizli nitelikte askerî belgeler bulundu. Şenocak ifadesinde söz konusu belgeleri Özel Kuvvetler Komutanlığı'ndan emekli binbaşı Fikret Emek'ten aldığını söyledi. Böylece soruşturmanın ikinci dalgası başladı. Emek 26 Haziran günü Eskişehir'de gözaltına alındı. Fikret Emek'in evinde 11 kilo C-3 tipi plastik patlayıcı, 1 adet kanas tipi dürbünlü tüfek, 1 adet kalaşnikof otomatik tüfek, 1 adet av tüfeği, M-16 mermileri, 10 adet Makine ve Kimya Endüstrisi Kurumu yapımı savunma ve taarruz tipi el bombası, 2 adet MKE yapımı olmayan el bombası, gaz bombası, sis bombaları, iki yüz onar gramlık 12 TNT düzeneği, 6 adet yarımşar kiloluk TNT kalıbı, 1 adet 1,5 kilogramlık TNT kalıbı, 1 kilogramlık tahrip kalıbı, naylon torbada ateşleme mühimmatı bulundu. Fikret Emek hakkında Genelkurmay Askerî Mahkemesi'nde de dava açıldı ve Emek, "askeri eşyayı gizlemek" suçundan, 1 yıl 8 ay 25 gün hapse mahkûm oldu.

Temmuz 2007'de yazar Ergün Poyraz'ın da aralarında bulunduğu birçok kişi gözaltına alındı ve birçoğu tutuklandı. 22 Ocak 2008'de büyük çaplı bir operasyonda emekli Tuğgeneral Veli Küçük, 301. maddeden açtığı davalarla gündeme gelen avukat Kemal Kerinçsiz'in de aralarında bulunduğu çok sayıda kişi tutuklandı. 22 Mart 2008'de aralarında Doğu Perinçek'in de bulunduğu bazı İşçi Partisi yöneticilerine operasyon düzenlendi. 1 Temmuz 2008'deki operasyonda Emekli Jandarma Genel Komutanı, Org. Şener Eruygur, Emekli 1. Ordu Komutanı Org. Hurşit Tolon gözaltına alınmasıyla ilk kez üst rütbeli askerler tutuklanmış oldu. 7 Ocak 2009'da operasyon sonucu eski Özel Harekat Daire başkanvekili İbrahim Şahin tutuklandı ve iki hafta sonra Şahin ile bağlantılı olduğu iddia edilen 7 asker ve 10 polis tutuklandı. 13 Nisan 2009'daki gözaltı dalgasında ise aralarında Mehmet Haberal'ın da bulunduğu Sarıkız planıyla bağlantılı olmakla suçlanan rektörler tutuklandı.

Soruşturma sürerken toprak altına gömülü birçok cephanelik çıkarıldı. Ankara Gölbaşı'nda Özel Harekât Dairesi eski Başkanvekili İbrahim Şahin'e, Sincan Zir Vadisinde muvazzaf yarbay Mustafa Dönmez'e, Poyrazköy'de Bedrettin Dalan'a ait olduğu ileri sürülen büyük miktarda silah ve mühimmat bulundu. Ancak 2016'da Yargıtay'ın nihai kararında çıkarılan bu cephaneliklerin Gülencilerin bir mizanseni olduğu ortaya çıkacaktı.

Sonra da beraat ile sonuçlanacak davada savcılar Ergenekon'un nihai amacını, "Sürekli iç çatışma, kaos, komşu ülkelerle düşman, dünyaya kapalı, Avrupa Birliği ve insan haklarına karşı, iç etnik çatışmalar ve naylon terör örgütleri ile uğraşan ve ekonomik yönden zayıf bir devlet imajı oluşturulmaya çalışılarak, devlet otoritesini içte ve dışta zaafiyete uğratmak. Ülkeyi yönetilemez hale getirmek, böylece terör örgütünün daha rahat yönetip yönlendireceği siyasal iktidarlar oluşturmak, gizli amaç ve prensiplerinin dışına çıkan tüm siyasal iktidarları değişik yöntemlerle kontrol altına almak. Bu başarılamadığı takdirde, yasama ve yürütme organlarını devirip, kendi ideolojik amaçları doğrultusunda devlet yönetimini ele geçirmek." şeklinde iddia etmişti.

İddianamede; 5, 10 ve 11 Mayıs 2006 tarihlerindeki Şişli'de bulunan Cumhuriyet Gazetesi merkezine el bombası atılması, 17 Mayıs 2006 günü Danıştay 2. Dairesine yönelik gerçekleştirilen silahlı saldırı sonucu Danıştay üyesi Mustafa Yücel Özbilgin'in öldürüldüğü ve 4 üyenin yaralandığı Danıştay Saldırısı eylemlerini Ergenekon örgütünce azmettirildiği öne sürülmüştür. Saldırıya ilişkin açılan dava Ergenekon ana davasıyla birleştirilmiştir. Danıştay Saldırısıyla suçlanan sanıklar Veli Küçük ve Muzaffer Tekin tutuklu olarak yargılanırken 10 Mart 2014 tarihinde tahliye edilmiştir. OYAK Güvenlik Genel Müdürü emekli Albay Orhan Çoban'ın da aralarında bulundu bazı OYAK Güvenlik şirketi yetkilileri Danıştay Saldırısı delillerinin karartılması suçlamasıyla yargılanmaktadır. 2016 yılında açıklanan nihai kararda tetikçi Alparslan Arslan ve arkadaşları ceza alırken saldırıyı azmettirmekle suçlanan Tuğgeneral Veli Küçük ve yüzbaşı Muzaffer Tekin gibi isimler beraat etmiştir.

Malatya Cumhuriyet Başsavcılığı 18 Nisan 2007'deki 1'i Alman 3 Hristiyanın öldürüldüğü Zirve Yayınevi katliamının dönemin Malatya Jandarma Alay Komutanı Mehmet Ülger liderliğindeki "Ergenekon'un Malatya hücresi" tarafından azmettirildiğini iddia etmiştir. Cinayetin arkasında 1993 yılında Hurşit Tolon tarafından TSK bünyesinde kurulan Türkiye Ulusal Stratejiler ve Harekât Dairesi'nin (TUSHAD) olduğu savunulmuştur. Türk Silahlı Kuvvetleri ise resmi açıklamasında TUSHAD adında birimin ordu bünyesinde bulunmadığını belirtti. Zirve davası önemli ölçüde davanın sanıkları arasında yer alan İlker Çınar'ın ifadelerine dayanıyor. İlker Çınar uzman çavuş olarak görev yaparken misyonerlerin arasına sızmış, Tarsus Protestan Kilisesi başpapazlığına kadar yükselmiş 2005'te gelen emirle tekrar müslüman olarak misyonerlik karşıtı röportajlar, konferanslar vermeye başlamıştı. Malatya'da Ergenekon davasında katliamı gerçekleştiren faiiler mahkum olurken azmettirmek ile suçlanan Orgeneral Hurşit Tolon ve Albay Mehmet Ülger gibi isimler beraat etmiştir.

Ergenekon davalarında bir dizi suikast planı iddialarıyla ilgi yargılamalar yapılmıştır. Yeniden yargılama sonucunda eski Özel Harekât Dairesi Başkanı İbrahim Şahin'e yöneltilen suikast planı suçlamalarının sahte belgelere dayandığına hükmedilmiştir.

Ergenekon kapsamındaki ana dava Zekeriya Öz, Mehmet Ali Pekgüzel ve Nihat Taşkın tarafından hazırlanan iddianamenin kabulüyle 25 Temmuz 2008'de açıldı. İlk duruşması 20 Ekim 2008'de Silivri Cezaevindeki duruşma salonunda yapıldı.

27 Nisan 2012'de İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi yürüttüğü birinci ve ikinci Ergenekon davalarını birleştirmiştir. Bu iki ana davanın birleşmesiyle toplam 16 iddianame tek dosyada toplanmış oldu.

Ergenekon Davası 06.08.2013 tarihinde İstanbul Ağır Ceza Mahkemesi Başkan ve üyeleri kararı sanıkların yüzüne okudu. Silivri Ceza İnfaz Kurumları Yerleşkesi içerisinde oluşturulan salonda görülen 321. duruşmada, 6 yıl 2 ay süren davanın kararı açıklandı. Mahkeme Başkanı Hasan Hüseyin Özese ve üyelerin okuduğu karar, 2 saat 15 dakika sürdü."Ergenekon Davası"nda Tümgeneral Hıfzı Çubuklu, emekli Korgeneral İsmail Hakkı Pekin, "Balyoz davası" tutuklusu Koramiral Mehmet Otuzbiroğlu, emekli Albay Sedat Özüer, Osman Yıldırım, Mehmet Perinçek, Ziya Göktaş'ın da aralarında bulunduğu 16 kişi tahliye edildi. Ergenekon davası nda aralarında Yalçın Küçük, Kemal Alemdaroğlu, Şener Eruygur, Tunçer Kılınç'ın da aralarında bulunduğu bazı kişiler hakkında yakalama kararı çıkarıldı.

Ancak 2013 sonunda Gülen Hareketi'nin hükûmeti hedef aldığı çeşitli soruşturmalar sonucunda başlayan "paralel yapı" ile mücadele sürecinde şüpheliler tekrar yargılandı. Yeniden yargılama sonucunda Ergenekon örgütünün varlığına delil bulunamadığında davanın Gülencilerin siyasi amaçları doğrultusunda açtığı bir kumpas davası olduğuna hükmedildi.