SARS-CoV-2 Omicron varyantı

Omicron, bronşlarda ( akciğer ve solunum yolları) Delta varyantından yaklaşık 70 kat daha hızlı çoğalır. Ancak kanıtlar, özellikle Delta varyantına kıyasla önceki suşlardan daha az şiddetli enfeksiyona neden olduğunu göstermektedir. Omicron, derin akciğer dokusuna daha az nüfuz edebilir. Omicron enfeksiyonları delta varyantından yüzde 91 daha az ölümcüldür ve yüzde 51 daha az hastaneye yatış riski vardır. Bununla birlikte, içsel hastaneye yatış riskindeki tahmini fark, reinfeksiyonlar hariç tutulduğunda büyük ölçüde yüzde 0-30 düzeylerine düşmektedir. Genel olarak, son derece yüksek yayılma oranı, hem çift doz aşılamadan hem de vücudun bağışıklık sisteminden kaçınma yeteneği ile birleştiğinde, herhangi bir zamanda hastanede bakıma ihtiyaç duyan toplam hasta sayısının hala büyük endişe kaynağı olduğu anlamına gelir.

Aşılar, özellikle üçüncü doz bir mRNA aşısı sonrası ciddi hastalıklara ve hastaneye yatışlara karşı koruma sağlamaya devam etmektedir. İlk rakamlar, çift aşılamanın enfeksiyona karşı yüzde 30 ila 40 ve hastaneye yatışa karşı yüzde 70 civarında koruma sağladığını gösteriyor. Yakın zamanda yapılan üçüncü bir aşı dozu, enfeksiyona karşı etkinliği yaklaşık yüzde 75'e ve ciddi hastalık için yüzde 88'e varan oranda yükseltir.

26 Kasım'da, DSÖ'nün SARS-CoV-2 Virüsünün Evrimi ile ilgili Teknik Danışma Grubu, PANGO soyu B.1.1.529'u endişe verici bir varyant olarak ilan etti ve Yunanca omicron harfiyle adlandırdı. SARS-CoV-2'nin türevlerini tanımlamak için Yunan harfleri kullanılmaktadır. DSÖ, İngilizce "new" kelimesinin ve Çin soyadı Xi'nin benzerlikleriyle karıştırılmaması için Yunan alfabesinde önceki nu ve xi harflerini atladı. Önceki isimlendirme, "ilgili varyant" Mu içindi.

Muhtemelen bazı İngilizce konuşanlar arasında Yunan alfabesine aşinalık olmaması ve diğer yaygın konuşmalarda Latince " omni " önekinin göreceli sıklığı nedeniyle, varyantın adı da zaman zaman yanlış telaffuz edilmiş ve "Omnicron" olarak yanlış yazılmıştır.

HIV enfeksiyonu ile bir bağlantı, Omicron varyantının dizisindeki çok sayıda mutasyonu açıklayabilir. Bakıldığı zaman virüsün bu kadar çok sayıda mutasyondan etkilenebilmesi için, konakçısını öldürmeden veya yok edilmeden uzun süre evrimleşebilmiş olması gerekir. Böyle bir durum, bağışıklık sistemi zayıflamış ancak hayatta kalmak için yeterli tıbbi bakım alan kişilerde görülür. Bu, nüfusun %20'sinden fazlasını temsil eden Güney Afrika'daki HIV hastalarında görülen bir durumdur. Kliniklere erişim eksikliği, damgalanma korkusu ve sağlık hizmetlerinin kesintiye uğraması nedeniyle bölgede HIV ile yaşayan milyonlarca kişi etkili HIV tedavisi alamıyor. HIV'in önlenmesi, Covid varyantlarının ortaya çıkmasına neden olan kontrolsüz HIV riskini azaltmanın anahtarı olabilir.

Ayrıca 9 nükleotid dizisinden oluşan bu birçok mutasyondan birinin soğuk algınlığından sorumlu başka bir koronavirüsten (HCoV-229E olarak bilinir) alınmış olabileceği düşünülmektedir. Bu hiç beklenmedik bir durum değildir; zaman zaman, vücuttaki virüsler genetik materyal segmentlerini birbirlerinden alır ve değiştirir ve bu yaygın bir mutasyon şeklidir.

Yeni mutasyonları açıklamak için d,ğer bir hipoteze göre SARS-CoV-2'nin insanlardan farelere bulaştığı ve insanları yeniden enfekte etmeden önce 2020'nin ortaları ile 2021'in sonları arasında bir fare popülasyonunda mutasyona uğradığıdır.

Araştırmacılar, Omicron'un üç alt soyunun varlığını belirlediler. 'Standart' sublineage hemen BA.1 /B.1.1.529.1 olarak adlandırılır, ve diğer iki sublineages BA.2 /B.1.1.529.2 ve BA.3 /B.1.1.529.3 şekilde bilinmektedir. Bunlar mutasyonu paylaşırlar, ancak önemli ölçüde farklılık gösterirler. BA.1 ve BA.2 32 mutasyonunu paylaşır, ancak 28 de farklılık gösterir. Bu durum onları diğer bazı ana varyantlar kadar farklı kılmaktadır. BA.2'nin Yunan alfabesine dayalı olarak kendi adını alması önerilmiştir.

'Standart' alt değişken ile BA.2 arasındaki dikkate değer bir fark, ikincisinin karakteristik S-geni hedef başarısızlığına (SGTF) neden olan silmeye (Δ69-70) sahip olmamasıdır. Bu sayede birçok qPCR testi bir vakayı daha önce baskın olan Delta varyantından ayrıştırarak hızlı bir şekilde tespit edebilir. Bu nedenle, tespit için öncelikle SGTF'ye güvenen ülkeler BA.2'yi gözden kaçırabilirler. İngiliz makamları, Omicron'un yayılmasını izlemek için tek başına SGTF'yi yetersiz olarak görmektedir. Bu durum 'Gizli Omicron' tanımlamasıyla sonuçlanmıştır. Yine de normal tam sıralama veya diğer bazı mutasyonların kontrolleri yoluyla tespit edilebildiğinden bu takma ad yanlıştır. Danimarka ve Japonya gibi bazı ülkeler, L452R dahil olmak üzere çeşitli mutasyonları test eden bir qPCR varyantı kullanır. Ayrıca L452R'ye sahip Delta'yı ve L452R'ye sahip olmayan tüm Omicron alt dizilerini ayırt edebilirler. Üçüncü Omicron alt dizisi BA.3 çok nadirdir ve BA.1'e benzer şekilde SGTF silinmesine (Δ69-70) sahip olduğundan saptamada aynı potansiyel sorunu içermemektedir.

19 Aralık 2021 itibarıyla BA.2, PANGOLİN veritabanına yüklenen yarım düzine ülke verisine göre nispeten az sayıda diziyle nadir gözüküyordu. Aralık 2021 sonu/Ocak 2022 başlarında, Hindistan'ın en azından bazı bölgelerinde baskın hale geldiği görülüyor (Aralık 2021 sonunda Kalküta'da ) ve Filipinler, İskandinavya, Güney Afrika'da sıklaştı ve Singapur, Almanya ve Birleşik Krallık'ta artma belirtileri gösteriyordu. 24 Ocak itibarıyla tüm uluslararası seyahat edenlerin karantinaya alındığı ve ayrıntılı taramasının yapıldığı Japonya'da BA.2'nin büyük çoğunluğunun Hindistan veya Filipinler'den gelen ve öyküleri en az 1 Aralık 2021'e kadar giden kişilerde tespit edildiği, ancak diğer ülkelerden gelen insanlarda da az sayıda tespit edilmiştir. Danimarka'da ilk BA.2, 5 Aralık 2021'de alınan bir örnekteydi ve takip eden dönemde çok azı bulundu. Elli hafta sonrasına kadar (13–19 Aralık) artmaya başlamıştı, BA.2 sıralı vakaların yaklaşık yüzde 2'sindeydi ve yüzde 46'sı BA.1 (kalan Delta)idi. Her iki Omicron alt varyantının sıklığı Aralık ayının son yarısı boyunca artmaya devam etti; elli iki haftada (27 Aralık-2 Ocak), BA.2 yüzde 20'ye ulaşmıştı ve BA.1 yüzde 72 ile zirveye ulaştı. Ocak 2022'de BA.1 düşmeye başlarken BA.2 artışını sürdürdü. 2022'nin ikinci haftasında (10-16 Ocak) ikisinin sıklığı neredeyse eşitti, her ikisi de marjinal olarak yüzde 50'nin altındaydı (yaklaşık yüzde biri hızla kaybolan Deltaydı). Sonraki hafta, BA.2 alt varyantı olan yeni vakaların yüzde 65'i ile Danimarka'da BA.2 baskın hale geldi. Diğer İskandinav ülkelerinden, Hindistan, Güney Afrika ve Birleşik Krallık'tan gelen eğilimler de BA.2'nin orijinal BA.1 ile orantılı olarak arttığını gösteriyordu. 24 Ocak itibarıyla, Danimarka sağlık otoriteleri BA.1 ve BA.2 arasında hastaneye yatış veya ciddiyet açısından farklılıklar görmemişti ve Hindistan'dan gelen erken veriler aynı yöne işaret ediyordu. Norveç çalışmaları, üst solunum yollarındaki virüs miktarının BA.1 ve BA.2 ile enfekte olanlarda benzer olduğunu göstermektedir. Norveç'te, BA.2 ile enfekte olmuş birkaç kişi daha önce BA.1 ile enfekte olmuştu. Danimarka'da, ön veriler, daha önce aşılanmış veya COVID-19 ile enfekte olmuş kişilerde ilerleme oranlarının BA.1 için görülen ilerleme ve yeniden enfeksiyon oranlarına benzer olduğunu göstermektedir ancak daha fazla çalışma gereklidir. Çalışmalar Danimarka Statens Serum Enstitüsü tarafından yürütülmekte ve ayrıca Birleşik Krallık Sağlık Güvenliği Kurumu tarafından da araştırılmaktadır. 17 Ocak 2022 itibarıyla, BA.2 en az 40 ülkede ve Antarktika hariç tüm kıtalarda tespit edilmiştir.

DSÖ, çok sayıda mutasyonun daha önce enfekte olmuş kişilerde ve aşılanmış kişilerde bağışıklığı azaltabileceğinden endişe duymaktadır. Omicron varyantının bu açıdan önceki varyantlardan daha bulaşıcı olması da mümkündür. Mutasyonların etkileri, varsa, Kasım 2021 sonu itibarıyla bilinmemektedir. DSÖ, özellikle ölüm ve hastalık oranlarının çok daha yüksek olabileceği aşılama oranlarının düşük olduğu ülkelerde sağlık hizmetlerinin yetersiz kalabileceği konusunda uyarıyor ve tüm ülkeleri COVID-19 aşılarını artırmaya çağırıyor.

Cardiff Üniversitesi'nde immünolog olan Profesör Paul Morgan da aşı yapılmasını önermedktedir. Morgan, "Bence tam bir bağışıklık kaybından ziyade körelme en olası sonuçtur. Virüs yüzeyindeki her bir epitopu kaybedemez, çünkü eğer yapsaydı spike proteini daha fazla çalışamazdı. Bu nedenle, virüsün önceki sürümlerine veya aşılara karşı oluşan antikorların ve T hücresi klonlarının bazıları etkili olmayabilirken, etkili olmaya devam edecek olanlar da olacaktır. (...) Bağışıklık yanıtının yarısı ya da üçte ikisi ya da her neyse, etkili olmayacaksa ve kalan yarısı ile kalırsanız, o zaman bu kısmı kadar çok artırılırsa o kadar iyidir."

University College London'daki Genetik Enstitüsü'nden Profesör Francois Balloux, "Şu ana kadar öğrendiklerimize göre, diğer varyantlarla karşılaştırıldığında, Omicron'un daha önce enfekte olmuş ve virüs bulaşmış insanları yeniden enfekte etme eğiliminde olduğundan oldukça emin olabiliriz. Bu oldukça açık ve protein yapısında saptadığımız mutasyonel değişikliklerden bekleniyordu. Bunlar, antikorların virüsü nötralize etmesini zorlaştırıyor."

15 Aralık 2021'de Avrupa Hastalık Önleme ve Kontrol Merkezi, varyantın Delta'dan daha hafif olduğu ortaya çıksa bile, artan bulaşıcılığın neden olduğu vakalardaki katlanarak büyüme nedeniyle yayılmasının hastaneye yatışları ve ölümleri büyük olasılıkla artıracağını değerlendirdi.

23 Aralık 2021'de Nature, Omicron'un aşı korumasını muhtemelen zayıflatmasına rağmen, şu anda mevcut aşılama ve güçlendirme yaklaşımlarıyla Omicron'a karşı makul etkinliğin korunabileceğini belirtiyor.

Hastalık Kontrol Merkezi tarafından 1 ile 7 Aralık tarihleri arasında gerçekleştirilen bir çalışmada, "En yaygın olarak bildirilen semptomlar öksürük, yorgunluk ve burun tıkanıklığı ve akıntısıydı" ve bu da daha az zarar veren bir varyanttan veya başka bir virüsten ayırt edilmesini zorlaştırıyordu.

25 Aralık 2021'de Londra'da yayınlanan araştırma, Zoe Covid uygulaması kullanıcıları tarafından en sık belirtilen semptomların "burun akıntısı, baş ağrısı, yorgunluk, hapşırma ve boğaz ağrısı" olduğunu öne sürdü.

Spike proteindeki mutasyonların çoğu, endişe duyulan diğer varyantlarda mevcuttur ve artan enfeksiyon ve antikordan kaçma ile ilişkilidir. Hesaplamalı modelleme, varyantın hücre aracılı bağışıklıktan da kaçabileceğini düşündürmektedir. 26 Kasım'da ECDC , olası bağışıklık kaçışını görmek için nekahat dönemindeki serumların ve aşıların nötralize etme kapasitesinin değerlendirilmesinin acilen gerekli olduğunu ve bu verilerin iki ila üç hafta içinde beklendiğini söyledi.

Varyantın yüksek düzeyde bağışıklığa sahip popülasyonlarda nasıl yayılacağı Kasım 2021'de bilinmiyordu. Omicron varyantının daha hafif veya daha şiddetli bir COVID-19 enfeksiyonuna neden olup olmadığı da bilinmiyordu. İlaç şirketlerine göre aşılar, gerekirse "yaklaşık 100 gün içinde" varyantla mücadele etmek için güncellenebilirdi.

Doğal olarak kazanılmış bağışıklıkla ilgili olarak, Ulusal Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü'nde uzman olan Anne von Gottberg, Aralık 2021'in başında, önceki varyantlar tarafından verilen bağışıklığın Omicron'a karşı koruma sağlamayacağına bildiriyordu.

15 Aralık 2021'de Birleşik Krallık Sağlık Güvenliği Ajansı başkanı Jenny Harries bir meclis komitesine, ülkenin yüksek aşılama oranına rağmen Birleşik Krallık'ın çoğu bölgesinde COVID-19'un iki katına çıkma süresinin iki günden az olduğunu söyledi. COVID-19'un Omicron varyantının "pandeminin başlangıcından bu yana muhtemelen en önemli tehdit" olduğunu ve önümüzdeki birkaç gündeki vaka sayısının "nüfusumuzun büyüme hızımıza kıyasla oldukça şaşırtıcı" olacağını ve "önceki varyantlar için vakalar görüldüğünü"dile getirdi.

4 Aralık 2021'de Güney Afrika Tıbbi Araştırma Konseyi, 14-29 Kasım 2021 tarihleri arasında Tshwane'deki bir hastane kompleksinde yatan hastaların önceki dalgalara göre daha genç olduğunu ve yoğun bakım ve oksijen tedavisi oranlarının önceki dalgalardan daha düşük olduğunu bildirdi. Bu gözlemler kesin değildir ve klinik profil takip eden iki hafta içinde değişebilir ve bu da hastalığın şiddeti hakkında daha doğru sonuçlara olanak tanır. Aşırı ölümler 28 Kasım haftasında neredeyse iki katına çıktı ve bu da yetersiz raporlama olduğunu gösteriyor. Ancak seviye hala 2021 Ocak ortasındaki ikinci dalgada görülenden çok daha düşüktü. 12 Aralık'ta Dünya Sağlık Örgütü genel müdürü Tedros Adhanom , insanların Omicron'u hafif olarak görmelerinin yanlış olduğunu iddia etti. Bunun nedeni, Güney Afrika'da önceki enfeksiyonlara yüksek düzeyde maruz kalmanın muhtemelen yeni enfeksiyonların klinik seyrini etkilemesidir.

20 Aralık'ta Imperial College COVID-19 Müdahale Ekibi tarafından İngiltere'den alınan verilere dayanan bir rapor, hastaneye yatış ve asemptomatik enfeksiyon göstergelerinin Omicron enfeksiyonu ile anlamlı bir şekilde ilişkili olmadığını ve Delta ile karşılaştırıldığında şiddette en sınırlı değişiklik olduğunu ortaya koydu. 22 Aralık'ta ekip, Delta varyantına kıyasla en az 1 gece kalmayı gerektiren hastaneye yatış riskinin yaklaşık% 41 (% 95 CI,% 37-45) daha düşük olduğunu ve verilerin 2 doz Pfizer–BioNTech, Moderna veya Oxford–AstraZeneca aşısı olanların hastaneye yatıştan önemli ölçüde korunduğunu öne sürdüğünü bildirdi.

FDA, PCR testlerinin Omicron'dan nasıl etkileneceğine dair yönergeler yayınladı. Birden fazla gen hedefini tespit eden testler, testi COVID-19 için pozitif olarak tanımlamaya devam edecektir. Omicron'u Delta'dan ayırmanın kestirme bir yolu olarak S-gen düşüşü veya hedef başarısızlığı önerilmiştir. Varyant, dizileme ve genotipleme ile de tanımlanabilir.

Diğer varyantlarda olduğu gibi, WHO, insanların kapalı alanları iyi havalandırılmaya devam etmesini, kalabalıktan ve yakın temastan kaçınmasını, iyi oturan maskeler takmasını, sık sık elleri temizlemesini ve aşı olmasını tavsiye etti.

26 Kasım 2021'de BioNTech, mevcut aşının varyanta karşı etkili olup olmadığını iki hafta içinde öğreneceğini ve gerekirse güncellenmiş bir aşının 100 gün içinde gönderilebileceğini söyledi. AstraZeneca, Moderna ve Johnson & Johnson da varyantın aşılarının etkinliği üzerindeki etkisini inceliyorlardı. Aynı gün Novavax, şirketin birkaç hafta içinde test ve üretime hazır olmasını beklediği Omicron varyantı için iki doz gerektiren güncellenmiş bir aşı geliştirdiğini belirtti. 29 Kasım 2021'de Gamaleya Enstitüsü, Sputnik Light'ın varyanta karşı etkili olması gerektiğini, Sputnik V'i uyarlamaya başlayacağını ve modifiye edilmiş bir versiyonun 45 gün içinde seri üretime hazır olabileceğini söyledi. Sinovac, varyanta karşı inaktive edilmiş bir aşıyı hızlı bir şekilde seri üretebileceğini ve yeni bir aşıya ihtiyaç olup olmadığını belirlemek için varyantın çalışmalarını izlediğini ve örneklerini topladığını söyledi. 7 Aralık 2021'de, ortağı Instituto Butantan ile Brezilya'da düzenlenen bir sempozyumda Sinovac, aşısını yeni varyanta güncelleyeceğini ve üç ay içinde kullanıma sunacağını söyledi 2 Aralık'ta Finlay Enstitüsü, varyanta karşı zaten Soberana Plus'ın bir versiyonunu geliştiriyordu.

7 Aralık 2021'de Durban'daki Afrika Sağlık Araştırma Enstitüsü'nde Pfizer-BioNTech aşısını alan 12 kişiyle yapılan bir laboratuvar testinden elde edilen ön sonuçlar, bazı örneklerde varyanta karşı antikor aktivitesini nötralize etmede 41 kat azalma buldu. Bu büyük bir azalmadır, ancak varyantın aşılardan tamamen kurtulabileceği anlamına gelmez, bu nedenle mevcut aşılarla aşılama hala önerilir. Varyanta karşı nötralize edici antikor aktivitesi, yaklaşık bir yıl önce enfekte olduktan sonra tam olarak aşılananlarda daha fazlaydı. Daha fazla veri toplandıkça etkinlik tahminleri muhtemelen değişecektir, çünkü aşılama ile üretilen antikorlar bireyler arasında büyük farklılıklar gösterir ve örneklem küçüktü. 8 Aralık 2021'de Pfizer ve BioNTech, ön verilerin üçüncü bir aşı dozunun, iki dozdan sonra diğer varyantlara karşı görüldüğü gibi varyanta karşı benzer düzeyde nötralize edici antikorlar sağlayacağını gösterdiğini bildirdi.

10 Aralık 2021'de Birleşik Krallık Sağlık Güvenliği Ajansı, erken verilerin, önceki suşlara göre Pfizer 2 doz aşılardan elde edilen serumlarla Omicron için nötralize edici aktivitede 20 ila 40 kat ve Delta'ya göre 20 kat azalma gösterdiğini bildirdi. AstraZeneca 2 doz aşılardan elde edilen serumlarda antikorlarda azalma vardı. Bir mRNA takviye dozu, birincil aşılama için kullanılan aşıdan bağımsız olarak, nötralize edici aktivitede benzer bir artış üretti. Bir destek dozundan sonra (genellikle bir mRNA aşısı ile), semptomatik hastalığa karşı aşı etkinliği ve şiddetli hastalığa karşı etkinliğin daha yüksek olması bekleniyordu.

Kapasitenin mevcut olduğu durumlarda ve uluslararası toplumla koordineli olarak, endişe konusu COVID-19 virüsünün epidemiyolojisi, şiddeti ve halk sağlığı ve sosyal önlemlerin, teşhis yöntemlerinin etkinliği üzerindeki potansiyel etkilerinin anlaşılmasını geliştirmek için saha araştırmaları ve laboratuvar değerlendirmeleri gerçekleştirin, bağışıklık tepkileri, antikor nötralizasyonu veya diğer ilgili özelliklere odaklanın.

Deksametazon gibi kortikosteroidlerin ve tocilizumab (Actemra) gibi IL6 reseptör blokerlerinin, daha önceki şiddetli COVID-19 suşları olan hastaları yönetmede etkili olduğu bilinmektedir. Diğer tedavilerin etkinliği üzerindeki etkiler 2021'de değerlendiriliyordu.

Monoklonal antikorlar (mAb'ler) tedavileriyle ilgili olarak benzer testler ve araştırmalar devam etmektedir. İn vitro psödotipli virüs verilerine ilişkin klinik öncesi veriler, yüksek oranda korunmuş epitopları kullanmak üzere tasarlanmış bazı mAb'lerin, Omicron ikamelerinin anahtar mutasyonlarına karşı nötralize edici aktiviteyi koruduğunu göstermektedir. Benzer sonuçlar, kriyo-elektron mikroskobu ve X-ışını verileriyle de doğrulanır; ayrıca, Omikron antijenik kayması ile sergilenen humoral bağışıklığın kaçırılması için yapısal yaklaşım ve moleküler temelin yanı sıra aşı ve terapötik tasarım için korunmuş epitopların hedeflenmesinin önemini sağlar. 7 klinik mAb veya mAb kokteyli, prototipik virüse göre 1-2 büyüklük veya daha fazla büyüklükte nötrleştirici aktivite kaybı yaşarken, sotrovimab'ın ana mAb'si olan S309 mAb, Omicron'u sadece 2-3 kat azaltılmış potens ile nötralize etti. Daha fazla veri, Omicron'un önemli miktarda hümoral bağışıklık kaçırmaya neden olacağını ve sarbekovirüsle korunan bölgeyi hedef alan nötralize edici antikorların en etkili olmaya devam ettiğini gösteriyor. Aslında, çoğu reseptör bağlama motifine (RBM) yönelik monoklonal antikorlar, Omicron'a karşı in vitro nötralize edici aktiviteyi kaybetti. Başka bir çalışmada incelenen 29 mAb'den sadece 3'ü değişmemiş potensi korudu. Ayrıca, geniş ölçüde nötralize edici sarbekovirüs mAb'lerinin bir kısmı, sotrovimab (VIR-7831), S2X259 ve S2H97 dahil olmak üzere RBM dışındaki antijenik bölgelerin tanınması yoluyla Omicron'u nötralize etti.

26 Kasım 2021'de Güney Afrika Ulusal Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü 30.904 COVID testinin (bir günde) 2.828 yeni COVID enfeksiyonu (%9.2 pozitiflik oranı) tespit ettiğini duyurdu. Bir hafta sonra, 3 Aralık 2021'de NİCD, 65.990 COVID testinin 16.055 yeni enfeksiyon bulduğunu (yedi gün öncesine göre 5.7 kat daha fazla; pozitif oran% 24.3) ve bunların yüzde 72'sinin Gauteng'de bulunduğunu açıkladı. Güney Afrika'nın bu eyaleti, km2 başına yaklaşık 850 nüfuslu yoğun bir bölgedir. Gauteng'in başkenti Johannesburg ise bir metropoldür (şehrin kendisinde yaklaşık 5.5 milyon kişi artı kentsel bölgede 9.5 milyon kişi).

Kasım 2021'de, Delta varyantı veya COVID-19 virüsünün diğer varyantları ile karşılaştırıldığında Omicron varyantının bulaşabilirliği hala belirsizdi. Omicron sıklıkla daha önce Covid pozitif olan insanlara bulaşabilir.

Omicron genom karşılaştırmalarına dayanarak, Omicron varyantının Eylül ayı sonlarında veya Ekim 2021 başlarında ayrıldığı tahmin edilmektedir. Sıralama verileri, Omicron'un ülkede ilk tanımlandığı ay olan Kasım 2021'e kadar Güney Afrika'da baskın varyant haline geldiğini gösteriyor.

Filogeni yakın zamanda ortaya çıkan bir durumu düşündürür. Güney Afrika'dan gelen veriler, Omicron'un orada belirgin bir büyüme avantajına sahip olduğunu gösteriyor. Ancak bu, bulaşıcılık veya bağışıklık kaçışına bağlı veya her ikisinden de kaynaklanabilir."

Güney Afrika'nın Gauteng eyaletinden gelen atık su örneklerinde COVID-19 seviyelerinde tespit edilebilir değişiklikler 17-23 Ekim (42. hafta) gibi erken bir tarihte görüldü. Ulusal Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü, Güney Afrika'daki Omicron keşif noktası Tshwane'de 2 yaşın altındaki çocukların toplam hastane başvurularının %10'unu oluşturduğunu bildiriyor. Güney Afrika'da örneklenen vakaların S geni hedef başarısızlığına (SGTF) ilişkin veriler, Delta'ya göre günde %21'lik bir büyüme olduğunu ve 2,4 kat artan bir üreme sayısı oluşturduğunu göstermektedir. Omicron, 10 Kasım civarında Güney Afrika'da çoğunluk suşu haline geldi. Başka bir analiz, Güney Afrika'nın Gauteng kentinde 6 Kasım civarında baskın hale gelerek günde %32 büyüme gösterdiğini göstermiştir.

13 Ocak 2022'de BBC, ABD ve Kanada'da hastaneye yatış oranının Avrupa ve Güney Afrika'dan daha yüksek olduğunu bildirdi. Bu, Güney Afrika'dakinden daha fazla sayıda yaşlı insanın bulunmasına, Avrupa'dakinden daha fazla hipertansiyon ve obezite gibi komorbidite prevalansına, kış nedeniyle iç mekanlarda daha yüksek bulaşmanın, ABD'de Avrupa ve Kanada'dan daha düşük aşılama oranının bir kombinasyonuna bağlandı. Ayrıca daha sıklıkla hastaneye yatışa yol açan Delta varyantının hala yüksek prevalansa sahipti.