Zürih Protokolleri

Zürih Protokolleri veya resmî adıyla Türkiye Cumhuriyeti ile Ermenistan Cumhuriyeti Arasında Diplomatik İlişkilerin Kurulmasına Dair Protokol ile Türkiye Cumhuriyeti ve Ermenistan Cumhuriyeti Arasında İlişkilerin Geliştirilmesine Dair Protokol, Ermenistan ve Türkiye tarafından 10 Ekim 2009 tarihinde İsviçre'nin Zürih şehrinde imzalanan ve iki ülke ilişkilerini normalleştirme sürecini başlatmayı öngören ikili bir protokol. Protokoller, resmî diplomatik ilişkilerin kurulmasını, 1993 yılından beri kapalı olan Türkiye-Ermenistan sınırının açılmasını ve Ermeni Soykırımı konusunda ortak bir tarih komisyonunun kurulmasına ilişkin hükümler içermekteydi. Hiçbir zaman yürürlüğe girmeyen anlaşma, İsviçre, Amerika Birleşik Devletleri, Avrupa Birliği, Fransa ve Rusya arabuluculuğunda imzalandı.

2007 yılında Van Gölü'ndeki Akdamar Kilisesi, Türkiye tarafından restore edildi ve 29 Mart 2007'deki açılışına dönemin Ermenistan kültür bakan yardımcısı Gagik Gürciyan başta olmak üzere çok sayıda bürokrat katıldı. Türkiye, Ermenistan uçaklarına Türk hava sahasını tamamen açarken yurt dışı temsilciliklerde iki ülke diplomatları, birbirlerinin davetlerine katılmaya başladı. Aynı yıl içerisinde, Erivan-Antalya uçak seferlerinin karşılıklı olarak başlatılması kararlaştırıldı. İki ülkenin dışişleri bakanları, uluslararası toplantılar aracılığı ile birkaç ay içinde altı kez bir araya geldi. 21 Şubat 2008'de Türkiye Cumhurbaşkanı Abdullah Gül, 19 Şubat 2008'de Ermenistan'da gerçekleştirilen cumhurbaşkanlığı seçimlerini kazanan Serj Sarkisyan'a tebrik mesajı gönderdi. Gül'ün mektubu Türk hükümetinin yeni kurulan Ermeni hükümetine karşı barışçıl bir yaklaşım sergileyeceği izlenimini kuvvetlendirirken, Başbakan Erdoğan ve Dışişleri Bakanı Ali Babacan'da mevkidaşlarına tebrik mesajları gönderdi.

Eylül 2008'de ise, Abdullah Gül, Ermenistan Cumhurbaşkanı Serj Sarkisyan'ın Türkiye ve Ermenistan millî futbol takımı arasındaki FIFA Dünya Kupası ön eleme maçına katılma davetini kabul etti ve böylece Ermenistan'ı ziyaret eden ilk Türk devlet başkanı oldu. "Futbol Diplomasisi" adı verilen pozitif süreçte, ikili ilişkiler ve Dağlık Karabağ sorunu ele alındı fakat soykırımı tanıma tartışmalarına değinilmedi ancak dönemin Türkiye Dışişleri Bakanı Ali Babacan konuyu kısa bir süre sonra gündeme getirdi. Sarkisyan'ın Ekim ayındaki rövanş maçını izlemek üzere Bursa'ya yaptığı iade-i ziyaret zaman içinde büyük ilerleme kaydetmesi beklenen diplomatik ilişkilerde bir çözülmeye zemin hazırlayacağı beklentisi, hem iki ülke siyasetçileri hem de ülkelerin kamuoyu ve basınında somut beklentileri güçlendirdi ve olumlu tablo devam etti. Normalleşme sürecinde, Ermenistan-Azerbaycan ihtilafının da devam etmesi nedeniyle Azerbaycan ile yakın ikili ilişkilerini bozmak istemeyen Türkiye, bir taraftan Azerbaycan-Ermenistan-Türkiye üçlü görüşme formatını oluşturmak için çabaladı. Ocak 2009'da İsviçre'nin Davos şehrinde düzenlenen Dünya Ekonomik Forumu zirvesinde Azerbaycan Cumhurbaşkanı İlham Aliyev, Başbakan Erdoğan ve Ermenistan Dışişleri Bakanı Eduard Nalbandyan yan yana basına poz verdi.

ABD Başkanı Barack Obama'nın 2009'daki Türkiye ziyaretinin arifesinde, Ankara ve Erivan'daki kaynaklar, iki ülke arasındaki sınırın yeniden açılması ve yeni ABD başkanının olumlu yanıt verdiği diplomatik personel değişimi için yakında bir anlaşmaya varılabileceğini duyurdular. Ancak Azerbaycan'daki yetkililer endişelerini dile getirirken, Milliyetçi Hareket Partisi (MHP) lideri Devlet Bahçeli, hükümeti "Ermenistan'a yaklaşımınız onurumuzu zedeliyor" ifadesini kullandı ve metinlerin tamamen Türkiye'nin iradesi dışında hazırlandığını ve dikte ettirildiğini öne sürdü. Cumhuriyet Halk Partisi (CHP) Genel Başkanı Deniz Baykal ise, "Azerbaycan'ın devam eden işgalini nasıl görmezden gelebiliriz?" diyerek sürece dair düşüncelerini paylaştı. 6-7 Nisan 2009'da İstanbul'da düzenlenen Medeniyetler İttifakı zirvesine davet edilen Azerbaycan Cumhurbaşkanı İlham Aliyev, Türkiye ile Ermenistan arasında yürütülen müzakerelere tepki olarak zirveye katılmayı reddetti. Aliyev'i ayrı ayrı telefonla arayan Cumhurbaşkanı Abdullah Gül ile İstanbul'a gelmesi durumunda ABD Başkanı Barack Obama ile birebir görüşme teklifi sunan Amerikan Dışişleri Bakanı Hillary Clinton da Aliyev'i İstanbul'a gelmeye ikna edemedi. Aliyev, Temmuz ortasında Ankara’da Nabucco Doğalgaz Boru Hattı Projesi imza törenine gelmeyerek İngiltere’ye gitmeyi tercih etti.

Türkiye Başbakanı Recep Tayyip Erdoğan, 10 Nisan'da "Azerbaycan ve Ermenistan Dağlık Karabağ konusunda bir protokol imzalamadıkça, Ermenistan ile ilişkiler konusunda nihai bir anlaşma imzalamayacağız. Ön çalışma yapıyoruz ama bu kesinlikle Dağlık Karabağ sorununun çözümüne bağlı." ifadelerine yer verdi. Türkiye Dışişleri Bakanı Ali Babacan, 15 Nisan'da Erivan'da düzenlenen Karadeniz Ekonomik İşbirliği (KEİ) Dışişleri Bakanları Konseyi öncesi yaptığı açıklamada, "Herkesin kazanan olduğu bir çözüm istiyoruz. Önce bir problemi çözelim ve diğerini sonra çözelim. Azerbaycan ile Ermenistan arasında benzer bir sürecin başlamasını istiyoruz ve iki ülke arasındaki görüşmeleri yakından izliyoruz." dedi.

Ermenistan Dışişleri Bakanı Eduard Nalbandyan, "Türkiye ve Ermenistan olarak sınırı açmak için uzun bir yol kat ettiklerini ve yakında açmaya daha da yaklaşacaklarını" doğruladı, ancak Dağlık Karabağ anlaşmazlığı ile ilgili herhangi bir bağlantı kurulmasını reddettiklerini söyledi ve sorunun sadece AGİT Minsk Grubu aracılığıyla ele alındığını ekledi. Ermeni Devrimci Federasyonu (ARF) Siyasi Direktörü Giro Manoyan, yakınlaşmaya olumlu yanıt vererek Babacan'ın "Sınırlar açılırsa sadece Ermenistan değil, her iki taraf da kazanacak" açıklamasını yineledi ve anma törenlerinde Türk bayrağına yönelik kötü muameleye ilişkin hatırlatmalara yanıt verdi. Ermeni Soykırımı'nı Anma Günü'nün önceki yıl duyurulduğunu belirterek, "kontrol edebilirsek bu sefer böyle bir şey olmayacağına söz veriyorum" ifadelerini kullandı ve "Ermenistan ile Azerbaycan arasındaki Dağlık Karabağ sorununun çözümü ön koşul olarak belirlenirse müzakereler kesilecektir" uyarısında bulundu.

Beş maddeden oluşan yol haritasındaki Kars Antlaşması'nın tanınması, sınır kapılarının ön şartsız bir biçimde açılması ve Dağlık Karabağ işgaline atıfta bulunulmaması Türkiye, Ermenistan ve Azerbaycan'da farklı açılardan tepkilere neden oldu.

Yol haritasının açıklanmasının ardından Ermeni Devrimci Federasyonu, 26 Nisan'da yaptığı kapalı oturumun ardından yaptığı duyuru ile, Ermenistan hükümetindeki üç farklı bakanlıkta görev alan 16 milletvekilini geri çekme kararıyla hükümete yanıt verdi. Ermenistan Cumhurbaşkanı Sarkisyan, herhangi bir taviz verilmediğini ve ayrıntıların kamuoyuna açıklanacağını belirtse de, ARF Siyasi Direktörü Giro Manoyan, partinin anlaşma hakkında önceden bilgilendirilmediği için kendisini aldatılmış hissettiğini ve Ermeni toprak iddialarından vazgeçildiğini belirtti. Anlaşmanın bir parçası olduğu bildirilen bu kararın, ülkenin dış politikasında kabul edilemez derecede radikal bir değişikliklere yol açacağını ekledi.

Muhalefetteki MHP lideri Devlet Bahçeli, Türkiye Büyük Millet Meclisi Parti Grubundaki yaptığı konuşmada, "Son aşamada neler olduğu Rusya, Ermenistan, İsviçre, AB, ABD biliyor ve Azerbaycan dolaylı olarak biliyor ama Türk milleti bilmiyor. 2 yıldır İsviçre'de sürdürülen müzakerelerle karşılıklı anlayış sağlandığı ve yol haritası belirlendiği 22 Nisan'da Dışişleri tarafından duyuruldu. Bu açıklama müzakerelerin hassas açıklamasının geride bırakıldığını gösteriyor. Demek ki süreç hakkında bilgisi olmayan sadece Türk milleti ve TBMM'dir" diyerek devam etmeden önce "Başbakan veya Dışişleri Bakanı'nın Meclis'e bilgi vermesinde fayda var. Gelişmeleri takip edeceğiz ama şu an için anlaşmanın derinliğini bilmiyoruz. Şimdiye kadar yapılan açıklamaları dikkate alarak sınırın açılması konusunda herhangi bir adım atılıp atılmayacağını izliyoruz." ifadelerini kullandı. Azerbaycan'dan gelen olumsuz tepkinin Avrupa'nın enerji güvenliğini etkileyebileceğine dönük endişelere rağmen duyuruya uluslararası tepkiler olumlu oldu. Avrupa Birliği'nin Genişlemeden Sorumlu Komisyon Üyesi Olli Rehn ve Dış İlişkilerden Sorumlu Komisyon Üyesi Benita Ferrero-Waldner 23 Nisan'da yaptığı ortak açıklamada, "Türkiye ile Ermenistan arasındaki ilişkilerin normalleşmesinde kaydedilen ilerlemeyi memnuniyetle karşılıyoruz" denildi. Ermenistan Cumhurbaşkanı Sarkisyan ile yaptığı telefon görüşmesinin ardından ABD Başkan Yardımcısı Joe Biden'ın ofisinden yapılan açıklamada, "Başkan Yardımcısı, Cumhurbaşkanı Sarkisyan'ın liderliğini alkışladı ve Amerikan yönetiminin bu süreçte hem Ermenistan'a hem de Türkiye'ye verdiği desteğin altını çizildi." ifadelerine yer verildi. ABD Dışişleri Bakanı Hillary Clinton, Ermenistan Dışişleri Bakanı Nalbandyan ile yaptığı telefon görüşmesinin ardından, geçici yol haritasını tarihi bir adım olarak övdü ve Dağlık Karabağ sorununun çözümü konusunda ileriye doğru bir adım atıldığını ekledi.

28 Nisan 2009'da Milli Güvenlik Kurulu'nun (MGK) Cumhurbaşkanı Gül başkanlığında Çankaya Köşkü'nde gerçekleştirilen toplantının gündem maddelerinden birisini Ermenistan ile yakınlaşma süreci oluşturdu. Toplantı sonrası yapılan yazılı açıklamada, "Bazı ülkelerce 1915 Olayları ile ilgili olarak yapılan son açıklamalara tarafımızdan gösterilen tepkiler ve bu konuda yapılan girişimler değerlendirilmiştir. Ayrıca, Türk ve Ermeni uluslarının ortak tarihlerinin ancak gerçekliği tartışılmayacak kanıt ve belgeler temelinde, önyargılardan arındırılmış olarak, tarafsız ve bilimsel bir yaklaşımla değerlendirilebileceği vurgulanmıştır." ifadelerine yer verildi. Genelkurmay Başkanı Orgeneral İlker Başbuğ, "Başbakan açıkça sınırın açılmasının Ermeni birliklerinin geri çekildiği zamanda gerçekleşeceğini söyledi, buna tamamen katılıyoruz." dedi. 7 Mayıs'ta AGİT Minsk Grubu'nun arabuluculuk yaptığı ve Ermenistan Cumhurbaşkanı Sarkisyan ile Azerbaycan Cumhurbaşkanı İlham Aliyev arasında ABD'nin Prag Büyükelçisi'nin konutunda düzenlenen Avrupa Birliği Doğu Ortaklığı konferansının oturum aralarında yapılan ve "ciddi bir ilerleme kaydedilmediği" bildirilen barış zirvesinin ardından, Türkiye Cumhurbaşkanı Gül, Temmuz ayında St. Petersburg Ekonomik Forumu'nda yapılacak bir sonraki görüşmede Rusya'yı da içerecek şekilde ihtilafa ilişkin dört yönlü müzakereler önermek üzere iki liderle ayrı ayrı bir araya geldi.

Başbakan Erdoğan, 14 Mayıs 2009'da Bakü'ye bir ziyaret gerçekleştirdi ve Azerbaycan Parlamentosu'nda yaptığı konuşmada şunları söyledi: "Son dönemlerde yalan haberler üzerinden kardeşlik iklimi gölgelenmeye çalışıldı, adeta bir bardak suda fırtınalar koparıldı. Yukarı Karabağ tamamıyla Ermenistan'ın işgali altına girdiğinde kapılar kapanmıştır. Bu ortadan kalktığında kapılar açılır veyahut biz Azeri kardeşlerimizle bu noktada mutabık kalmadığımız sürece bir adım atamayız." Ermenistan Cumhurbaşkanı Sarkisyan'ın ofisinden yapılan açıklamada "Cumhurbaşkanı, Ermeni-Türk temaslarında defalarca belirttiği gibi, Dağlık Karabağ sorununun çözümüne yönelik herhangi bir Türk müdahalesi veya girişiminin ancak bu sürece zarar verebileceğini teyit eder." denildi. 16 Mayıs 2009'da, Ermenistan Dışişleri Bakanı Nalbandyan ise, "Ermeni-Türk normalleşme süreciyle ilgili olarak, Ermenistan Cumhurbaşkanı'nın Türk komşularımızla birlikte girişimi ve İsviçreli ortaklarımızın da yardımıyla geçtiğimiz yıl boyunca, Avrupa'da kapanan son sınırlardan birinin açılmasına ve ilişkilerimizin ön koşulsuz normalleşmesine doğru ilerledik. Top artık Türk tarafında. Ve son kararlı adımı atacak bilgeliği ve cesareti bulacaklarını umuyoruz. Gerekli siyasi iradenin sonunda geçmişin zihniyetini geride bırakabileceğinden emin olmak istiyoruz." açıklamasında bulundu. Ermeni Devrimci Federasyonu (ARF) Başkanı Armen Rüstemyan, Türkiye'yi "Dağlık Karabağ çözüm sürecine ilişkin koşulları dikte etmeye çalışmak, görünür bir şekilde Azerbaycan'ın tarafını tutmak ve Ermeni-Azerbaycan ihtilafını karartmakla" suçlayarak yanıt verdi.

Erdoğan 16 Mayıs'ta, Rusya Başbakanı Vladimir Putin ile gerçekleştireceği "çalışma ziyareti" için Bakü'den Rusya'nın Soçi kentine giderek burada, "Türkiye ve Rusya'nın bölgede sorumlulukları var. Bölgenin huzuru ve refahı için adımlar atmalıyız. Buna Dağlık Karabağ sorunu, Ortadoğu sorunu, Kıbrıs sorunu dahildir." demecinde bulundu. Mevkidaşı Putin ise, "Rusya ve Türkiye bu tür sorunların çözülmesini istiyor ve bunu her şekilde kolaylaştıracak. Ancak geçmişin zor sorunlarına gelince - ve Karabağ sorunu bu tür meseleler arasında - taraflarca bir uzlaşma bulunması gerekiyor. Bu konuda uzlaşmaya varılmasına yardımcı olan diğer devletler, imzalanan anlaşmaların uygulanmasında arabulucu ve garantör rolü oynayabilir." ifadelerini kullandı.

Diplomatik İlişkilerin Kurulmasına İlişkin Protokolün birinci maddesinde, Türkiye ve Ermenistan halklarının yararına hizmet etmek amacıyla iyi komşuluk ilişkileri tesis etmeyi, siyasî, ekonomik, kültürel ve diğer alanlarda ikili ilişkileri geliştirmeyi arzulamayı amaçladıklarını beyan ettiler. Protokolün ikinci ve üçüncü maddelerinde; Türkiye ve Ermenistan, Birleşmiş Milletler Antlaşması, Helsinki Nihai Senedi, Yeni Avrupa İçin Paris Şartı çerçevesindeki yükümlülüklerine atıfta bulunmuşlardır. Bununla ilişkili olarak da, ikili ve uluslararası ilişkilerinde, eşitlik, egemenlik, diğer ülkelerin içişlerine müdahale etmeme, toprak bütünlüğü ve sınırların dokunulmazlığı ilkelerine saygılı olacakları ve bu ilkelere saygı gösterilmesini sağlayacakları yönündeki taahhütlerini dile getirdiler. Protokolün dördüncü maddesinde taraflar, iki ülke arasında güven ve itimat ortamı oluşturulmasının ve bunun muhafaza edilmesinin, tüm bölgede barışın, güvenliğin ve istikrarın kuvvetlenmesine katkıda bulunacağını, güç kullanımından ya da güç kullanma tehdidinden imtina etme, anlaşmazlıkların barışçı yollardan çözümü, insan haklarının ve temel özgürlüklerin korunmasının önemini belirttiler. Beşinci ve altıncı maddelerde taraflar, aralarındaki mevcut sınırı uluslararası hukukun ilgili anlaşmalarında tarif edildiği şekliyle karşılıklı olarak tanıdıklarını beyan ederken; sonraki madde de ise taraf devletler ikinci protokolün yürürlüğe girmesinden itibaren 2 ay içerisinde Ermenistan-Türkiye sınırının açılması hususunda anlaştı. Protokolün yedinci maddesinde iki sınırdaş ülkenin iyi komşuluk ilişkileri anlayışıyla bağdaşmayacak herhangi bir siyaset izlemeyeceklerine dair taahhütlerini yinelerken, hemen devamındaki sekizinci maddede taraflar, hangi nedenle olursa olsun terörizmin tüm biçimlerini, şiddeti ve aşırıcılığı kınayarak, bu tür eylemlerin teşvikinden veya müsamaha görmesinden kaçınılacağını ve bunlara karşı mücadelede işbirliğine gidileceğini taahhüt ettiler. Diplomatik İlişkiler Hakkında Viyana Sözleşmesi uyarınca Türkiye ve Ermenistan, bu protokolün yürürlüğe girdiği tarihten itibaren diplomatik ilişki kurulması ve karşılıklı olarak diplomatik temsilcilik açılması hususunda anlaşmışlar, son madde de ise aynı gün ve esasen onay belgelerinin değişimini takip eden ilk ayın ilk günü yürürlüğe gireceği belirtilmiş ve protokollerin altı haftalık bir danışma sürecinin sonunda imzalanması öngörüldü.

İlişkilerin Geliştirilmesine Dair Protokol'de ise; ikili ilişkilerin iki ülkenin ortak çıkarları temelinde, siyasi, ekonomik, enerji, ulaştırma, bilimsel, teknik, kültürel ve diğer alanlarda geliştirmeye ve ilerletmeye karar verilirken, devam eden maddelerde, uluslararası ve bölgesel örgütlerde işbirliğinin, iki ülke arasında özellikle Birleşmiş Milletler, Avrupa Güvenlik ve İş Birliği Teşkilatı, Avrupa Konseyi, Avrupa-Atlantik Ortaklık Konseyi ve Karadeniz Ekonomik İşbirliği kapsamında geliştirilmesine destek vermeyi taahhüt ettiler. Taraflar, Dağlık Karabağ sorununa doğrudan atıf yapmadan bölgesel ve uluslararası uyuşmazlık ve çatışmaların uluslararası hukuk ilkeleri temelinde barışçıl şekilde çözümlenmesi hususundaki taahhütlerini tekrarladı. İlgili protokolün devam eden kısımlarında; terörizm, sınır aşan örgütlü suçlar, uyuşturucu ve silah kaçakçılığı gibi bölgeye ve dünya güvenliği ve istikrarına yönelik ortak güvenlik tehditleri konusunda uluslararası toplumun eylemlerini güçlü şekilde desteklemeye hazır olduklarını; ayrıca her iki ülkenin Dışişleri Bakanlıkları arasında düzenli siyasi istişare gerçekleştirilmesi; iki halk arasında karşılıklı güven tesis edilmesi amacıyla, mevcut sorunların tanımlanmasına ve tavsiyelerde bulunulmasına yönelik olarak, tarihsel kaynak ve arşivlerin tarafsız bilimsel incelemesini de içerecek şekilde bir diyaloğun uygulamaya konulması kararlaştırıldı. Bu madde ile adı açıkça bir şekilde ifade edilmese bile "mevcut sorun" ve "tarihsel kaynak" ifadeleri ile Ermeni Soykırımı tartışmalarına atıfta bulunarak, bu konuda bilimsel komisyonlar kurulması ve tarihi kaynakların araştırılmasının önü açılmış oldu.

Türkiye–Ermenistan arasında normalleşme sürecini başlatmayı hedefleyen protokoller, 10 Ekim 2009 tarihinde İsviçre'nin Zürih şehrindeki Zürih Üniversitesi'nde Türkiye Dışişleri Bakanı Ahmet Davutoğlu ve Ermenistan Dışişleri Bakanı Eduard Nalbandyan tarafından imzalandı. İmza töreninde Amerika Birleşik Devletleri Dışişleri Bakanı Hillary Clinton, Rusya Dışişleri Bakanı Sergey Lavrov, Fransa Dışişleri Bakanı Bernard Kouchner, ev sahibi ve arabulucu ülke sıfatıyla İsviçre Dışişleri Bakanı Micheline Calmy-Rey, AB Bakanlar Komitesi Başkanı Slovenya Dışişleri Bakanı Samuel Žbogar ve AB Dış Politika-Güvenlik Yüksek Komiseri Javier Solana hazır bulundu.

Televizyonların canlı olarak yayınladığı imza töreni, bildirilen saatte başlayamadı ve bu durumun nedeni hakkında bilgi verilmedi. Daha sonra Ermenistan Dışişleri Bakanı Nalbandyan'ın, Davutoğlu'nun yapacağı konuşma metninde dolaylı olarak Dağlık Karabağ'a atıf yapılacağını ileri sürmesi ve bunu tasvip etmediği için protokolleri son anda imzalamaktan vazgeçtiği basına yansıdı. Ermeni tarafının bu konuya atıf yapan ifadeleri metinden çıkartılmasını istemesi üzerine Türk tarafı da bunu kabul etmeyerek, karşılığında Nalbandyan'ın konuşma metnini tartışmaya açtı. Türk heyetinin, Nalbandyan'ın konuşmasında tarihi olaylara atıfta bulunduğu ifadelerin çıkartılmasını istemesi ve tarafların pozisyonlarında geri adım atmamaları üzerine imza töreninde diplomatik kriz yaşandı. İmzaların tehlikeye girmesi sırasında Dışişleri Bakanı Davutoğlu, Cumhurbaşkanı Abdullah Gül ve Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ı telefonla arayarak kriz hakkında bilgilendirdi. Türk ve Ermeni heyetlerin konuşma metinlerinde değişikliğe gitmek istememeleri üzerine Türk tarafı konuşmaların hiç yapılmaması önerisi getirdi. Yaklaşık üç saat boyunca ABD Dışişleri Bakanı Clinton ve İsviçre Dışişleri Bakanı Micheline Calmy-Rey tarafından ikna edilmeye çalışılan Nalbandyan, Rusya Dışişleri Bakanı Lavrov'un da imza atması yönündeki tavsiyesi ve her iki imzacı dışişleri bakanının törende konuşma yapmamaları hususunda mutabakata varılmasının ardından protokollere imza atmaya karar verdi. Nalbandyan'ın, Protokoller için gerek Ermenistan gerekse Ermeni diasporasındaki olumsuz tepkileri dikkate alarak, protokolleri istemeye istemeye imzaladığı kanısını vermek üzere bu şekilde bir taktik uyguladığı iddia edildi.

Protokollerin imzalanmasından iki gün sonra Ermenistan Cumhurbaşkanı Sarkisyan, Bursa'da oynanan Ermenistan-Türkiye milli maçına Abdullah Gül'ün davetlisi olarak geldi. Bu gayri resmî ziyaret, protokollerin imzalanmış olmasının yarattığı olumlu havayı pekiştirdi. Birleşmiş Milletler Genel Sekreteri Ban ki-Moon, Türkiye ile Ermenistan arasında protokoller imzalanmasını ''tarihi karar'' olarak niteledi. Buna karşılık Azerbaycan, Türkiye'nin her seviyede verdiği taahhütlere rağmen, protokollerin imzalanmasından hoşnut olmadığını açıkladı ve iki ülke arasındaki ilişkilerde kamuoyuna doğrudan yansımayan fakat varlığı hissedilen bir gerginlik yaşandı. 12 Ekim 2009'da Azerbaycan Cumhuriyeti Dışişleri Bakanlığı tarafından yayımlanan basın açıklamasında, "Ermeni kuvvetlerinin işgal altındaki Azerbaycan topraklarından çekilmeden, Türkiye ile Ermenistan arasındaki ilişkilerin normalleştirilmesinin Azerbaycan'ın çıkarlarıyla doğrudan çelişki içinde olacağı, Azerbaycan ile Türkiye arasında derin tarihi kökler üzerine kurulu kardeşlik ilişkilerinin ruhunu gölgelediği" belirtildi. Bursa'da düzenlenen milli maçta FIFA kuralları gereğince Azerbaycan bayraklarına izin verilmemesi, stada getirilen bayrakların toplanması, bir kısmının bazılarının yerlere atıldığının tespit edilmesi gibi olumsuz olaylar Azerbaycan kamuoyunda tepkiyle karşılanırken, buna karşılık olarak Bakü'deki Bakü Türk Şehitliği ve Anıtı'ndaki Türk bayraklarının indirilmesi ve akabinde SOCAR'ın Türkiye'ye sattığı Azeri doğalgazına yaptığı zam Türkiye kamuoyunda hayal kırıklığı ve tepkiyle karşılandı.

Ermenistan Cumhurbaşkanı Serj Sarkisyan, protokollerin imzalandığı gün olan 10 Ekim'de Ermenistan halkına ve tüm Ermenilere hitaben bir bildiri yayınladı. Bildiride, soykırım gerçeğinin sorgulanamayacağı, bunun bilinen bir olay olduğu ve tüm insanlık tarafından tanınması ve kınanması gerektiği, kurulacak olan alt komisyonun bir tarihçiler komisyonu olmadığı, Ermenistan ile Türkiye arasındaki mevcut sınır sorununun uluslararası hukukun kabul edilen kurallarına göre çözümlenmesi gerektiğini belirtti. Bunun yanı sıra, protokollerin bunun ilerisine gitmediği, Türkiye-Ermenistan ilişkilerinin Karabağ sorunun çözümlenmesi ile bağlantılı olmadığı ve Ermenistan'ın, protokollerde yer alan toprak bütünlüğü ve sınırlarının dokunulmazlığı hükmünü hiçbir şekilde Karabağ Sorunu ile ilgili görmediği; Türkiye, Protokolleri makul bir zaman içinde onaylamaz, içerdiği tüm hükümleri gösterilen zamanlarda uygulamaz veya gelecekte onları ihlâl ederse Ermenistan'ın uluslararası hukuka göre gerekli adımları derhal atacağı gibi hususlar yer aldı.

Protokollerin imzalanmasının ardından ana muhalefet partileri Cumhuriyet Halk Partisi (CHP) ve Milliyetçi Hareket Partisi (MHP) protokollere kesinlikle karşı olduklarını Türkiye Büyük Millet Meclisi'nde açıkladılar. Protokollere destek vereceğini söyleyen tek parti Demokratik Toplum Partisi (DTP) oldu. DTP Grup Başkan Vekili Selahattin Demirtaş "Ermeni katliamı tarih kitaplarına geçirilmemiştir, işlenmemiştir. Bu tarih anlayışıyla Ermeni düşmanlığı yaratılmıştır" dedi. Ayrıca iktidar partisi içinde de protokollere karşı olanların bulunduğu ileri sürüldü. Başbakan Erdoğan partisinin Meclis Grubunda yapmış olduğu bir konuşmada "Azerbaycan ile Ermenistan arasındaki sorunlar çözüm yoluna girerse kamuoyumuz, Türkiye-Ermenistan ilişkilerinin normalleşmesini benimseyecektir. TBMM'nin Protokolleri onaylaması çok daha kolaylaşacaktır" dedi.

Ermenistan Anayasasının 100. maddesine göre uluslararası antlaşmalar onay için Parlamentoya sevk edilmeden önce, Anayasa Mahkemesi’nce Anayasaya uygunluklarının incelenmesi gerekmektedir. Buna istinaden, 19 Kasım 2009 tarihinde protokoller Cumhurbaşkanı Sarkisyan tarafından incelenmek üzere Ermenistan Anayasa Mahkemesi’ne gönderildi. Anayasa Mahkemesi 12 Ocak 2010 tarihli bir kararla Protokolleri Anayasaya uygun bulsa da, protokollerin giriş kısmına ve özellikle üç ana konuya atıfta bulundu. 18 Ocak’ta açıklanan gerekçeli kararda Protokollerin bazı maddelerinin kısıtlandığı ve bazı ön koşullar getirildiği gözlemlendi. İlk olarak Mahkeme, Ermenistan'ın Ermeni Soykırımının Dünya çapında tanınması için çaba göstereceğini belirtti. İkinci olarak, Türkiye ile yapılan yeni anlaşma ile Dağlık Karabağ sorunu arasındaki herhangi bir bağlantı kurulmasını reddetti. Üçüncüsü ve en önemlisi, protokollerin uygulanmasının Ermenistan'ın 1921 Kars Antlaşması ile kurulan mevcut Türk-Ermeni sınırını resmen tanıması anlamına gelmediğini belirtti. Ermenistan Anayasa Mahkemesi bu kararları ile protokollerin ana önermelerinden birini, yani "ilgili uluslararası hukuk anlaşmaları tarafından tanımlanan iki ülke arasındaki mevcut sınırın karşılıklı olarak tanınmasını" reddetmiştir. Protokollerin imzalanmasının üzerinden on bir gün sonra "Zürih Protokollerinin Onaylanmasının Uygun Bulunduğu Hakkında Kanun Tasarısı" adıyla Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığına sunuldu.

Aynı gün Türkiye Dışişleri Bakanlığı yaptığı yazılı açıklamada; "Söz konusu kararda, Protokollerin lafzına ve ruhuna aykırı önkoşullar ve kısıtlayıcı hükümlerin zikredildiği tespit edilmiştir. Bu karar, söz konusu Protokollerin müzakere gerekçesini ve Protokollerle hedeflenen temel amacı sakatlamaktadır. Bu yaklaşım tarafımızdan kabul edilemez. Türkiye, uluslararası alandaki taahhütlerine olan her zamanki sadakati istikametinde söz konusu Protokollerin asli hükümlerine bağlılığını muhafaza etmektedir. Aynı sadakati Ermenistan Hükümetinden de beklemekteyiz." ifadelerine yer vererek, Mahkemenin gerekçeli kararını reddetti ve duyduğu rahatsızlığı resmî olarak dile getirdi. Başbakan Erdoğan ise bu konuda Ermenistan’ın Protokollerin metni üzerinde operasyon yapmaya kalkıştığını, bu düzeltilmedikçe sürecin zedelenmiş olacağını, kaldı ki Ermenistan-Azerbaycan arasındaki ilişkinin bu sürecin dışında tutulamayacağını ifade ederek tepkisini dile getirdi. Dışişleri Bakanlığı Müsteşarı Feridun Sinirlioğlu Başbakan Erdoğan’ın Sarkisyan’a muhatap bir mektubunu Erivan'a götürerek Dışişleri Bakanı Nalbandyan ve Serj Sarkisyan ile görüşmelerde bulundu. Ayrıca Erdoğan ve Sarkisyan 10 Nisan 2010 tarihinde, Washington’da Nükleer Güvenlik Zirvesi sırasında 1,5 saat kadar yüz yüze görüşme gerçekleştirdi. Sarkisyan ABD ziyareti sırasında, "Türkiye'nin Ermenilere önkoşullar ileri süremeyeceğini, buna müsamaha etmeyeceklerini, soykırım gerçeğini herhangi bir şekilde tartışmaya açmayacaklarını ve Türkiye'nin, Karabağ'a ilişkin müzakere sürecinde olumlu bir rol oynayacağına inanmadıklarını" söyledi.

Ermenistan, protokollerin onay sürecini askıya aldığını 23 Nisan 2010 tarihli bir diplomatik nota ile Türkiye'nin Tiflis Büyükelçiliğine bildirdi. Yapılan açıklamada, "Türk tarafının protokolleri makul bir takvim içerisinde önkoşulsuz olarak onaylamayı reddetmesi, parlamentoda protokollerin onay sürecinin devamını anlamsız kılmaktadır. Bu nedenle sürecin askıya alınması gerektiği kanaatindeyiz" denildi. Sonraki dönemlerde Ermenistan, Türkiye’yi taahhütlerini yerine getirmemek, protokolleri onaylamamak, siyasi irade eksikliğinde bulunmak ve önkoşullar ileri sürmekle eleştirdi ve “komşularla sıfır sorun politikasının" bir sonuç vermediğini dile getirdi. Sonraki yıllarda Ermeni siyasetçiler katıldıkları platformlarda Türkiye'nin Soykırımı tanıma ve kabul etme, dolaylı olarak toprak talebinde bulunmaya devam ederken, Türkiye ise her fırsatta protokollerin onaylanması için Ermeni güçlerinin Dağlık Karabağ'dan çekilmesi ve toprakların Azerbaycan'a geri verilmesini ön şart olarak sunmaya devam etti. 2012'de Davutoğlu, ekonomik ilişkileri güçlendirip siyasi sorunları çözme yolunu denedi ve Ermenistan'ın Dağlık Karabağ'daki 7 rayondan çekilmesi karşılığında iki ülke arasında doğrudan demiryolu hattı inşa edebileceklerini açıkladı. 2013'te Nalbandyan'la Erivan'daki uluslararası bir toplantı kapsamında bir araya gelen Davutoğlu, "Tehciri yanlış bir uygulama olarak görüyoruz" ifadelerini kullandı.

Protokoller yıllarca onay için Ermenistan ve Türk parlamentolarında bekledi ve her iki taraf da karşı tarafın adım atmasını bekledi. Ermenistan onay sürecinden önce Alican Sınır Kapısı’nın açılmasını talep ederken, Türkiye ise Azerbaycan’ın tepkisi nedeniyle Karabağ meselesi çözülmeden ilişkilerin normalleşemeyeceğini belirtti. Ermeni Soykırımının 100. yıl dönümü olan 24 Nisan 2015'den üç ay önce, Şubat 2015'te Cumhurbaşkanı Sarkisyan Türkiye ile Ermenistan arasındaki ilişkilerin normalleşmesini sağlayacak olan protokolleri meclisten geri çektiğini duyurdu. 1 Mart 2018'de ise Ermeni tarafı, Milli Güvenlik Kurulu toplantısı sonrasında Zürih Protokollerini feshettiklerini açıkladı. 27 Aralık 2021'de Türkiye Dışişleri Bakanı Mevlüt Çavuşoğlu, "Protokollerin bir anlamı kalmadı, en önemli kısımları Ermenistan Anayasa Mahkemesi tarafından iptal edildi. Bunlar artık geride kaldı. Bugün yeni bir süreç başladı." dedi.