Taksonomi (biyoloji)

Taksonomi, (Grekçe ταξινομία "taksinomia") biyolojide sınıflandırma bilimidir. Canlıların sınıflandırılması ve bu sınıflandırmada kullanılan kural ve prensipleri içerir. Taksonomi terimi Antik Yunanca'da "taksis" (düzenleme) ve "nomos" (yasa) sözcüklerinin birleşmesinden türetilmiştir.

Deney tekniklerinin artması ve gelişmesiyle sistematik ve sınıflandırmadaki çalışmalar da arttı. Evrim teorisiyle birlikte "biyolojik tür" kavramı, "kemotaksonomi", "immunotaksonomi" ve "sayısal taksonomi" gibi taksonominin alt kolları oluşmuştur.

Asur uygarlığındaki bazı filozoflar köpekgiller ve atgiller olarak bir gruplama yapmışlardır. Eski Yunan’da ise Hippocrates hayvan isimlerini saymıştır. Yapılan ayrımlar sistematik olmayıp sadece grup şeklindedir. Sınıflandırmanın kurucusu olarak bilinen kişi Aristoteles (M.Ö. 384-322)’dir. 500 civarında hayvanı tanımladığı bilinir. Hayvanları kırmızı kanlı ve kırmızı kansız hayvanlar olmak üzere ikiye ayırmıştır. Kanlı olan grupta memeliler, kuşlar, sürüngenler, amfibiler ve balıklar bulunur. Kansız grupta ise yumuşaklar, yumuşak kabuklular, kertikliler ve sert kabuklular yer alır.

Aristoteles’ten yaklaşık 2000 yıl kadar geçen bir sürede onun anlayışı çok fazla değişmeden kullanılmaya devam etmiştir. İslam dünyasında bilim anlamında altın çağını yaşadığı yüzyıllarda hayvanlar üzerinde kitaplar yazılmış, özelliklerin bahsedilmiş ve tasvirleri yapılmıştır.

Rönesans döneminde Aldrovandi (1522-1605) bu konuda çalışma yapanlar arasındadır. Bitkiler, hayvanlar ve mineraller hakkında alfabetik bir sıralama yapmıştır. Conrad Gesner (1516 -1565) Historiae Animalium adlı eserinde dört ayaklı hayvanlar, yumurtlayan dört ayaklı hayvanlar, kuşlar, balıklar, su hayvanları, yılanlar olarak alfabetik sıralama yapmıştır. Bu sıralamayı Aristoteles düşüncesi dışında yapmamıştır.

John Ray (1627-1705) sınıflandırmada temel ve değişmeyen birimin tür olduğunu söylemiştir. Bunu Historia Plantarum adlı eserinde vurgulamıştır. Balık, yılan, kuş ve dört ayaklı hayvanlar, bitkiler hakkında eserler yazmıştır. Tek ve çift çenekliler arasındaki ayrımı yapmıştır. Böcekler üzerine yaptığı çalışmalarıyla öncü olmuştur. Historia Insectorum adlı kitabı yayınlamıştır. Sınıflandırmayı, canlıların yapısına ait bütün özelliklerine dayandırarak yapmıştır.

Carolus Linnaeus (1707-1778) türlerin özel olarak yaratıldığını, zaman ve mekâna bağlı değişmediğini, sayılarının artmadığına inanmıştır. Her türün belli bir tip tanımının olduğunu düşünmüştür. Belirli tipe uymayanları varietus adı altında bir grupta ayırmıştır. Species Plantarum adlı eserinde 8000 kadar bitki türü için ilk defa ikili isimlendirme tekniğini kullanmıştır. Bu teknik türün belirlenmesinde pratik ve kolay olduğu için kullanımı kısa sürede yaygınlaşmıştır. Birinci isim canlının ismi, ikinci isim ise canlının türünü ifade eder.

Jean Baptiste Lamarck (1741-1829) bitki ve hayvan örneklerinin bilgili uzmanlar tarafından sınıflandırılması gerektiğini söylemiştir. Müze koleksiyonculuğu kavramını ilk defa ortaya atmıştır. Omurgasızların temel organ ve yapılarını incelemiştir.

Georges Cuvier (1769-1832) karşılaştırmalı anatomi ve paleontolojinin temellerini atmıştır. Hayvan vücudundaki her organın anatomik yapısı ile bütün diğer organlar arasında fonksiyonel bir bağlantı olduğunu söylemiştir. Bu yapı ve fonksiyonel özellikler çevreyle etkileşme sonucu oluşmuştur. Türlerin yaratılışlarının bugüne kadar değişmediğini söylemiştir. Buna delil olarak hayvan gruplarını birbirinden ayıran  anatomik özelliklerini göstermiştir. Le Regne Animal Distrubie Dapres Son Organisation adlı eserinde hayvanları anatomik olarak dört gruba ayırmıştır. Bu gruplar, omurgalılar, yumuşakçalar, eklemliler ve ışınlılardır. Embranchment adıyla sistematik bir kategori kullanmıştır.

Charles Darwin (1809-1882)’in  evrim teorisi doğrultusunda doğal seleksiyon adıyla yeni bir düşünce hızla yayılmış ve taksonomiyi etkilemiştir. Türlerin sabit olmadığı, doğal grupların mevcut olduğu, türleri ayırmada fizyolojik durumun dikkate alınması gerektiği, varyasyon sonucu değişik vücut yapılarını ve adaptasyonların olduğu anlayışları ortaya çıkmıştır.

Ernst Mayr (1904-2005), modern sentetik evrim teorisinin kurucularından kabul edilir. Bu teori gen değişimi, genlerin yeniden düzenlenmesinde biyolojik süreçleri, kromozom yapıları ve fonksiyonel değişiklikleri ve üremeyi topluluğun fertleriyle sınırlayan mekanizma ve seleksiyonu teşkil eder. Systhematics and Origin of Species ve Animal Species and Evolution adlı eserleriyle popülasyona bağlı tür değişimini geliştirmiştir.

Uluslararası Su yosunları, Mantarlar ve Bitkiler Adlandırma Yasası (International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants – ICN), Temmuz 2011'de kabul edilerek daha önceki 'Uluslararası Botanik Adlandırma Yasası'nın (International Code of Botanical Nomenclature, ICBN) ve daha da eski Uluslararası Botanik Adlandırma Kuralları'nın (International Rules of Botanical Nomenclature) yerini almıştır.

Yüksek kategoriler içerisinde de sayılabilir. Genel olarak dünyanın tüm kıtalarına yayılmış türleri kapsayabilir. İçerisinde alttür, tür, tribü ve altfamilyalar bulunur. Cins sayısına göre ikiye ayrılır. Bir familya tek bir cins ile temsil ediliyorsa buna monotipik familya, birçok cins ile temsil ediliyorsa politipik familya adı verilir. Üst familya, birbirlerine benzeyen familyaların bir araya getirilmesiyle oluşturulur. Alt familya, familya içerisindeki birbirine benzeyen cinslerin bir araya getirilmesiyle oluşturulur. Tribü ise altfamilya içerisindeki birbirine benzeyen cinslerin bir araya getirilmesiyle oluşur.

Bilimsel ismi genus, çoğul olarak kullanımı ismi generadır. Yüksek kategorilerin en alt basamağıdır. Birbirine benzeyen veya birbirleriyle akraba olan bir veya birçok türün meydana getirdiği taksonomik topluluktur. Bir cins, tip olarak seçilen türler vasıtasıyla tespit edilir. Sahip olduğu tür sayısına göre ikiye ayrılır. Eğer tek tür içeriyorsa monotipik cins, birden fazla türe sahip ise politipik cinstir. Büyük cins topluluğuna bağlı çok sayıda türün teşhisinde ortaya çıkan sorunlar için birbirlerine benzeyenler bir araya getirilir ve altcinsler oluşturulur.

Bu kavramın ilk kullanıcısı John Ray olmuştur. Ortak özellikler taşıyan fertlerin toplamını içeren biyolojik bir gruptur. Morfolojik özelliklerine göre gruplara ayrılır. Bu gruplar: Çevreye uyum sağlamasına göre dar ve geniş toleranslı, döl sayısına göre çok sayıda, yılda bir kere ve birkaç yılda bir kere, üreme şekline göre eşeyli, eşeysiz, hermafrodit ve ikiz, coğrafi dağılışlarına göre simpatrik ve allopatrik, son olarak sahip olduğu alttür sayısına göre ise monotipik ve politipik’tir. Alttür, türün altında yer alan en küçük taksonomik kategoridir. Sadece politipik türlerde görülür. Bu terim bazen ırk terimi ile aynı anlamda kullanılmıştır. Coğrafi olarak belirli alana lokalize olmuş topluluklardır. Tamamen aynı ekolojik özelliklere sahip aynı alanlar bulunmadığına göre her alttür, teorik olarak ekolojik ırk kabul edilir.

Alttürler birbirlerine yakın alanlarda bulunur ve aralarında ciddi bir engel olmazsa bu alttürlerin birbirlerine yakın olduğu yerlerde veya birleşme alanlarında ara/geçit popülasyonlar meydana gelir.

Türleri birbirinden ayırmak için taksonomik karakterlerini bulmak gerekir. İlk taksonomistler sadece morfolojik karakterlere önem vermişlerdir. Bu modern taksonomide tek başına yeterli olmamış ve taksonomik karakterler beş gruba ayrılmıştır.

Ergin öncesi dönemler ve embriyoloji: Ergin öncesi dönemler daha çok böcek gruplarını belirlemede yararlanılır. Emriyoloji ise daha çok akrabalık ilişkilerini belirlemede kullanılır.

Bu karakterlerden yararlanmak için canlılar üzerinde çalışmak gerekir. Etolojik davranış hareketleri ise, ses çıkarma, ışık verme, çiftleme, yumurta bırakma, zarar verme şekli, yuva yapma ve biyolojik davranışlardır.

Sadece tür, cins gibi kategorilerdeki taksonların isimlendirilmesi ve tanımlanması düzeyinde yapılan çalışmaları kapsar. Bu tür çalışmalar Linne ile başlamış olup günümüzde özellikle tür sayısı bakımından çok zengin hayvan ve bitki gruplarında hâlâ sürdürülmektedir. Alfa taksonomi diğer beta ve gamma tiplerine göre daha ilkel değil, sadece farklı çalışma metotlarıyla karakterize edilir. Her canlı grubunda ilk çalışmalar alfa düzeyde yapılmış, ancak sorunların artık çözümlenemediği durumlarda beta ve gamma taksonomi metotlarına baş vurulmuştur. Hâlâ alfa taksonomi çalışmalarına ihtiyaç duyulan gruplarda bunu bir kenara bırakıp beta ve gamma taksonomisi ile çalışmaya kalkmak anlamsızdır.

Alfa taksonomi ile ayrılmış ve beta taksonomi ile yüksek kategoriler halinde sınıflandırılmış türlerin nasıl oluştuğu ile ilgilenir. Gama taksonominin konusu türleşmedir.

Aynı taksona farklı isimlerin verilmesiyle ortaya çıkan sorundur. Araştırmacıların buldukları canlıya farklı isimler vermesi ve bu şekilde yayınlamaları, o canlının farklı iki tür olarak algılanmasına yol açar. Bunun gibi durumlarda saptanma ve sıralanma açısında verilen isimlerden yıl, aynı yılda ise ay, aynı ayda ise gün, aynı dergi içinde ise sayfa, aynı sayfada ise satır önceliğine bakılır.

Aynı bilimsel ismin iki veya daha fazla canlıya verilmesi sorunudur. Eş anlamlılıkta geçen öncelik ilkesi burada da geçerlidir. Önceki tarihte geçen isim kullanılır, diğer isim bir daha kullanılmaz.