Ankara Muharebesi

Ankara Muharebesi, farklı kaynaklara göre 20 veya 28 Temmuz 1402'de Ankara'nın kuzeydoğusundaki Çubuk Ovası'nda, Osmanlı Devleti ile Timur İmparatorluğu arasında gerçekleşen muharebedir. Timur İmparatorluğu'nun kesin zaferiyle sonuçlanan muharebe sonrasında, Osmanlı Padişahı I. Bayezid Timurlulara esir düşmüş ve devlet, Fetret Devri olarak bilinen 11 yıllık hükümdarsız bir döneme girmiştir.

I. Murad'ın yerine 1389'da Osmanlı padişahı olan I. Bayezid ilk olarak ayaklanan Anadolu beyliklerini egemenliği altına aldı ve 1391'de Konstantinopolis'i kuşattı. 1396'da Niğbolu Muharebesi'nde Batı Avrupa'dan şövalyelerin oluşturduğu Haçlı ordusunu yenilgiye uğrattı. 1397 sonbaharında Karamanlılara karşı Akçay Muharebesi'ni kazandı. I. Bayezid 1399'da Malatya'yı Memlûklerden aldı. 1370 yılında Timur'un başına geçtiği Türk-Moğol devleti Timur İmparatorluğu ise Mâverâünnehir'de dağınık hâldeki Türk ve Moğol boylarını birleştirdi. 1378 yılında İran'ı alan Timur, sonrasında Azerbaycan ve Irak'ı ele geçirdi. 1391 ve 1395'te olmak üzere iki kez Altın Orda Devleti'ni mağlup etti. Timur 1399 yılında Hindistan Seferi ile Hindistan'ın kuzeyini kontrolü altına aldı. Ardından batıya yönelerek Bağdat'ı aldı ve Karakoyunlu Hükümdarı Kara Yusuf, tâbi olduğu Celâyir Sultanı Ahmed Celâyir ile birlikte I. Bayezid'e sığındı. Timur, Azerbaycan bölgesini verdiği oğlu Miranşah'ın akıl sağlığının bozulması ve karışıklıklar çıkması nedeniyle yedi yıl harbi olarak adlandırılan üçüncü batı seferine çıktı.

1399-1400 kışını Karabağ'da geçiren Timur, Pasinler'e geldiği esnada Anadolu beyleri kendisine sığındı ve Bayezid tarafından alınan topraklarının geri verilmesini talep etti. Timur, Akkoyunlu Hükümdarı Kara Yülük Osman Bey ile Erzincan Emiri Mutahharten'i siyasi vaatler ile kendi safına çekti. I. Bayezid ise Mutahharten'e tekrar kendisine tâbi olmasını ve vergisini vermesini istedi. Timur ise Bayezid'e Haçlılar ile savaşması nedeniyle saldırmadığını, haddini bilmesini ve kendisini savaşa zorlamamasını tembihledi. Bayezid ise Timur'a; "önceden beri onunla muharebe yapmak istediğini ve gelmediği takdirde kendisinin onun üzerine gideceğini" söyleyen bir mektup gönderdi. Bunun üzerine Timur, Sivas Kalesi'ni ele geçirmesinin ardından Suriye tarafına hareket etti. Bayezid ise bu esnada Mutahharten'den Erzincan ve Kemah'ı geri alırken Mutahharten'in ailesini tutsak etti. Timur, Bayezid'den Kemah ve çevresini teslim etmesini, şehzadelerinden birisini kendisine rehin vermesini, kendisine tâbi olmasını, Anadolu beylerinin topraklarını geri vermesini ve Kara Yusuf ile ailesinin teslim edilmesini talep ederken Bayezid bu istekleri reddetti. Timur, 1402 yılında tekrar Kemah Kalesi'ni ele geçirdi. Daha sonra Osmanlı elçileri tarafından Bayezid'in diplomatik teamüllere uymayan hakaret içerikli mektubu getirildi. Timur mektubu okuduktan sonra elçilere: "Bayezid'e verdiği nasihatlerin fayda etmediğini ve taleplerini yerine getirmeyen Bayezid'in sabırla bekleyerek intikamına hazır olmasını" tembihleyen bir konuşma yaptı. Timur, şart koştuğu taleplerinden vazgeçmedi ve Bayezid'in ordusuyla harekete geçtiğini öğrenince muharebe kararı aldı.

İki ordu Çubuk Ovası'nda, 20 veya 28 Temmuz günü muharebe düzenini aldı. Farklı kaynakların belirttiğine göre; Timur'un 140.000-800.000, Bayezid'in ise 70.000-300.000 aralığında askerden oluşan ordusu mevcuttu. Timur İmparatorluğu'nun, Osmanlı ordusunun sol cenahına ok saldırısıyla yaptığı ilk saldırıyı Rumeli tımarlı sipahileri püskürttü. Muharebe başında Osmanlı ordusunun sol cenahında yer alan Kara Tatarlar, muharebe esnasında saf değiştirerek Timur tarafına geçtiler. Daha sonra Anadolu beylerine bağlı eyalet askerleri de saf değiştirdiler. Her iki cenahını kaybeden Osmanlı ordusu, kalan kuvvetlerini merkezde birleştirerek tek bir tümen hâline geldi. Osmanlı ordusunda Sadrazam Çandarlı Ali Paşa, Yeniçeri Ağası Hasan Ağa, Süleyman Çelebi, Mehmed Çelebi ve İsa Çelebi kuvvetleriyle birlikte muharebe alanını terk ettiler. Bayezid kalan kuvvetleriyle düşman çemberini yararak, muharebe alanından yaklaşık 16 kilometre uzaklıktaki Mahmutoğlan'a ulaştı ancak burada atının tökezleyip düşmesiyle Sultan Mahmud tarafından yakalanarak esir alındı.

Muharebenin ardından Osmanlıların elindeki birçok şehir Timur ordusu tarafından yağmalanırken Bayezid'in Bursa'daki ailesi esir alındı. Bayezid, 8 Mart 1403'te Akşehir'de öldü. Timur, Bayezid'in ele geçirdiği topraklarını Anadolu beylerine iade etti ve Anadolu'daki siyasi birlik bozuldu. Kalan topraklar Osmanlı şehzadeleri arasında paylaştırıldı. Böylece Osmanlı Devleti, Fetret Devri olarak adlandırılan ve 1413 yılına kadar süren bir iktidar boşluğu dönemine girdi. Devletin sınırları; Çorum, Amasya ve Tokat hariç, Orhan Gazi dönemindeki sınırlarına kadar küçüldü. Timur'un Anadolu ve civar yerlere yaptığı seferler nedeniyle Anadolu'daki ticaret akışı bozuldu. Venedik ve Ceneviz ise Doğu Akdeniz'deki deniz ticaretini ele geçirdi. Anadolu'nun demografik yapısı kısmen değişirken, buradaki insan nüfusu Rumeli ve Balkanlara göç etti.

Osmanlı Padişahı I. Murad'ın 1389'daki ölümünün ardından yerine geçen I. Bayezid, ilk olarak yeniden ayaklanan Anadolu beyliklerini bir yıl içinde kendi ülkesinin topraklarına kattı. Anadolu'daki birliği sağladıktan sonra 1391 yılında Bizans İmparatorluğu'nun başkenti Konstantinopolis'i kuşattı. 1396'da Niğbolu Muharebesi'nde Macaristan Kralı Sigismund yönetiminde, Batı Avrupa'dan şövalyelerin oluşturduğu Haçlı ordusunu mağlup etti. Ertesi sene 1397 yılının sonbaharında Karamanlılara karşı kazanılan Akçay Muharebesi sonucunda Konya, Niğde, Aksaray, Karaman ve Develi; Osmanlı Devleti'nin eline geçti. 1398'de ise Sivas ve çevresini kontrol eden Kadı Burhâneddin'in öldürülmesiyle Sivas, Tokat, Kayseri ve Amasya da Osmanlı egemenliğine girdi.

1399'da Memlûk Sultanı Berkuk'un ölmesiyle birlikte, yerine çocuk yaştaki Ferec'in geçmesinden yararlanan I. Bayezid, Malatya'yı Memlûklerden aldı. Dulkadiroğulları Beyliği'nin elinde bulunan Kâhta, Divriği, Besni ve Darende kaleleri de Osmanlıların eline geçti. Bu fetihlerden sonra Osmanlı Devleti'nin sınırları böylece Fırat boylarına dayandı. I. Bayezid daha sonra yenilgiye uğrayan yerel hanedanları tasfiyeye yönelerek, sıkı bir merkezî yapı kurmaya girişti. Bu amaçla Balkanların Hristiyan prensliklerine ve aristokrasisine yaslanması ise, Türk beylerinin ve İslam ulemasının kendisine duyduğu tepkiyi artırıcı bir rol oynadı.

Aynı dönemde Mâverâünnehir'de Timur'un başında olduğu başka bir Türk-Moğol devleti de bulunduğu bölgede topraklarını genişletiyordu. 1370 yılında devletin başına geçen Timur ilk olarak civar yerlerde dağınık hâldeki Türk ve Moğol boylarını birleştirdi. 1378 yılında İran'ı ele geçirdi. Daha sonra Azerbaycan ve Irak'ı aldı. 1391'de Kunduzca Muharebesi'nde Toktamış Han yönetimindeki Altın Orda Devleti'ni mağlup etti. 1395'teki Terek Muharebesi'nde bir kez daha Altın Orda ordusunu yenilgiye uğratarak onların Rusya üzerindeki hâkimiyetine son verdi. Timur, daha sonra doğuya yöneldi ve 1399 yılında Hindistan seferi sonunda Kuzey Hindistan'ın tamamını ele geçirdi. Bu seferin ardından tekrar batıya yönelerek Bağdat'ı ele geçirdi ve Karakoyunlu hükümdarı Kara Yusuf tâbi olduğu Celâyir Sultanı Ahmed Celâyir ile birlikte Anadolu'ya geçerek I. Bayezid'e sığındı.

Mısır'daki Memlûk Devleti ise Timur'un baskıları sonucu ismen Timur'a tâbi olduklarını bildirdi. İran'ı hâkimiyeti altına alan Timur, Büyük Selçuklu İmparatorluğu ve İlhanlıların varisi olarak Anadolu'da kendi hâkimiyetini sağlamak amacındaydı. Asıl amacı hiçbir zaman yeni ve sürekli bir devlet kurmak olmayan, bunun aksine; ganimet ve ün kazanmayı ve kendisine karşı yapılan hakaret ve meydan okumaya karşılık vermeyi amaçlayan Timur, Osmanlı Devleti'ni kontrolü altına almak amacındaydı.

Timur, Azerbaycan valiliğine atadığı oğlu Miranşah'ın asayişi sağlayamaması, hakkında şikâyetler gelmesi ve bu bölgede karışıklıklar çıkması nedeniyle, Hindistan seferinin ardından Eylül 1399'da çıktığı "Yedi Yıl Harbi" olarak da adlandırılan üçüncü Batı seferinde; Gürcistan, Ermenistan ve Azerbaycan'ı ele geçirdi. Ankara Muharebesi öncesinde kuzeyde Altın Orda, güneyde Mısır Memlûk Devleti Timur'a mağlup oldu ve böylece Osmanlı Devleti muhtemel iş birliği yapacağı devletlerin yenilgiye uğramasıyla tek başına kaldı. 1399-1400 kışını Karabağ'da geçiren Timur, Pasinler'e geldiği zaman Germiyanoğlu II. Yakub Bey, Menteşeoğlu İlyas Bey, Aydınoğlu İsa Bey ve Saruhanoğlu Hızır Şah gibi eski Anadolu beyleri kendisine iltica ederek Bayezid tarafından ele geçirilen topraklarının geri verilmesini talep ettiler. Timur, Akkoyunlu hükümdarı Kara Yülük Osman Bey ile Erzincan Emiri Mutahharten'i isyan etmeleri ve Osmanlı iktidarını zayıflatmaları için kendi safına çekerek birtakım siyasi vaatlerde bulundu. Bunun yanında Timur'un hükümdarlığına son verdiği Karakoyunlu Beyi Kara Yusuf ile Celâyir Sultanı Ahmed Celâyir de Bayezid'e sığındı.

Bayezid, Timur'a itaatini bildiren Mutahharten'e yolladığı mektupla kendisine tâbi olarak vergisini göndermesini istese de bunu reddeden Mutahharten, durumu Timur'a bildirdi. Timur ise buna cevaben tehditkâr ve nasihatvari bir mektup yolladı. Mektupta özetle; "Osmanlıların Avrupa sınırında Hristiyanlarla savaşmaları nedeniyle onlara saldırmadığını, böyle bir savaşın Müslümanların aleyhine olacağını" ve "Bayezid'in haddini bilmesini ve kendisini savaşa zorlamamasını" ifade etti. Bu mektuba Bayezid, "Seninle ne zamandan beri muharebe etmek isterdim, şimdi bunu fiile çıkarmaya azmettim; eğer sen benim üzerime gelmezsen ben sana karşı Tebriz ve Sultaniye'ye geliyorum." sözleriyle yanıt verdi.

Bayezid'in cevabı üzerine Timur, ordusunu toplayarak Sivas'a doğru hareket etti ve Sivas Kalesi'ni ele geçirdikten sonra kaleyi yakıp yıktırdı. Teslim olanları bırakmasının ardından, 4.000 sipahiyi kendisine karşı koydukları gerekçesiyle öldürttü. Devamında ise önce Malatya, Kâhta ve civar yerleri; ardından Antep, Halep ve Şam'ı; sonrasında ise Mardin ve üçüncü kez Bağdat'ı ele geçirdikten sonra, Tebriz'e giderek Karabağ'da kışladı. Bayezid ise Sivas'ı ele geçiren Timur'un Batı Anadolu'ya doğru yöneleceğini düşünerek Kayseri'ye hareket edip beklemeye geçti. Timur Sivas'ı ele geçirdikten sonra buradan Suriye tarafına hareket etti. Timur'un Suriye'ye girdiğini ve 1400-1401 kışını Şam civarında geçirdiğini öğrenen Bayezid ise Rumeli ve Anadolu'dan topladığı kuvvetlerle Timur'un müttefiki olan ve Timur ile aralarındaki düşmanlığın sebebi olarak gördüğü Mutahharten'den Erzincan ve Kemah'ı geri aldı. Kendisinin hâkimiyetini tanıması şartıyla Mutahharten'e geri verdi. Ancak Kemah Kalesi'ni iade etmeyen Bayezid, buraya muhafızlar yerleştirip Mutahharten'in ailesini rehin alarak Bursa'ya göndertti. Timur'a tâbi olan Mutahharten'e karşı yapılan bu muamele, Bayezid ile Timur'un arasının büsbütün bozulmasına yol açtı. Timur, Suriye seferi esnasında Bayezid'e kendi başarılarını saydıktan sonra itaat etmesini bildirirken, Bayezid ise neslinden ve üstünlüklerinden bahsederek, karşısına çıkacak düşmana karşı hazır olduğunu bildirdi. Timur bu cevaba karşılık Bayezid'e, aralarında oluşacak birliğin düşmanlara karşı İslam'ın kuvvetini artıracağını belirtip oğullarından birini kendisine göndermesini isteyerek Bayezid'i nüfuzu altına almak istedi.

Bu gelişmeleri takiben başta Sadrazam Çandarlı Ali Paşa olmak üzere Osmanlı devlet erkânı Bayezid'i barış yapması için ikna etmeye çalıştılar. Bu sebeple Timur'a bir kez daha elçi gönderen Bayezid, aradaki huzursuzluğun hiçbir sebebinin olmadığını ve bütün ecdadı gibi kendisinin de kâfirlerle gaza hâlinde olduğunu belirterek anlaşma teklif etti. Timur ise Bayezid'den Kemah'ın Mutahharten'e teslim edilerek ailesinin serbest bırakılmasını, şehzadelerinden birisinin kendisine rehin olarak verilmesini, yollayacağı külâh ve kemeri kabul ederek kendisine tâbi olmasını, Anadolu beylerinin topraklarını iade etmesini, Kara Yusuf'un Osmanlı topraklarını terk etmesi sebebiyle ailesinin teslim edilmesini talep ederek; bunları kabul ettiği takdirde aralarında baba oğul ilişkisi olacağını ve kâfirlere karşı kendisine yardım edileceğini bildirdi. Ayrıca ordusunun kışı burada geçireceğini, ilkbaharda Anadolu sınırına gelerek Bayezid'in cevabını bekleyeceğini belirterek kendi elçileriyle birlikte Bayezid'in elçilerini tekrar gönderdi. Timur ısrarla Kara Yusuf'un kendisine ölü veya diri olarak teslim edilmesini şart koşarken, Bayezid ise onun zaten gittiğini ve tekrar kendisine sığınsa bile teslim etmeyeceğini belirtiyordu. Timur elindeki kuvvetle Bayezid'e karşı başarılı olamayacağı düşüncesiyle Orta Asya'dan kuvvet takviyesi yaparak kışı Karabağ'da geçirdikten sonra Anadolu'ya hareket etmeyi planlıyordu.

Karabağ'da geçirdiği kışın ardından Timur, Mart 1402'de kurultayını toplayarak Mirza ve emirlerinin fikirlerini aldı. Emirlerinin birçoğu iki İslam ve Türk devletinin savaşmasına karşı fikirdeydiler. Ancak bu tarihlerde Timur'un oğlu Şahruh'un Semerkant'ta bir oğlu dünyaya geldi, ayrıca gökyüzünde bir kuyruklu yıldızın batıdan doğuya doğru hareket ettiği gözlemlendi. Timur'un müneccimleri bunu Timur'un batıda zafer elde edeceğinin bir belirtisi olarak yorumladılar ve bu sebepler Timur'un savaşma azmini arttırdı. Timur Bayezid'e bir kez daha; Kara Yusuf'un ailesinin kendisine teslim edilerek aralarında barışın sağlanmasını, Kemah'ın tekrar kendisine bırakılmasını talep etti ve bunların sağlanması hâlinde Bayezid'e din muhalifleriyle yaptığı savaşlarda yardım etme sözü verdi.

Timur Avnik bölgesinde iki ay bekledikten sonra Erzurum'a hareket etti ve orada Irak'tan dönen kuvvetleriyle birleşerek, Bayezid'den kendisine teslim edilmesini istediği Kemah Kalesi'ni kuşattı. Yaklaşık on gün süren bir kuşatmadan sonra Timur Kemah Kalesi'ni tekrar ele geçirdi ve Mutahharten'e verdi. Timur burayı aldıktan sonra artık Osmanlı'ya karşı harekete geçmeye karar verdi. Kemah Kalesi'ni ele geçirdikten sonra Bayezid'in yolladığı elçiler beraberinde hediyeler ve mektupla geldiler. Ancak getirilen hediyelerin adedi ve mektubun üslubu Timur'u kızdırdı. Anadolu beyliklerini kontrolü altına alan ve kendine güvenen Bayezid, Timur'a gönderdiği mektupta; diplomatik teamüle uymayan hakaret içerikli ve meydan okuyan bir üslup kullandı. Timur'a "kudurmuş köpek" (kelb-i akur) yakıştırması yaparken, yolladığı mektubu aldıktan sonra savaş meydanına gelmediği takdirde "üç talak ile zevcelerin boş olsun" (in len ta't fezevecâtike tewâlik selâsâ), kendisinin de onun karşısına çıkmadığı takdirde "zevcelerim üç talak ile boş olsun" cümlelerini kullandı. Bayezid, ayrıca gönderdiği hediyelerin sayısını âdet olduğu üzere dokuzar değil onar adet olarak gönderip mektupta kendi adını yaldızlı ve büyük harflerle yazarken, Timur'un adını da küçük ve siyah mürekkeple yazdı. Timur mektubu okuduktan sonra "Osmanoğlu aptal bir delidir" dedi ve elçilere; "kendisinin verdiği nasihatlerin Bayezid'e fayda etmediğini" ima ederek, "Kemah Kalesi'ni Osmanlılara ihtiyaç duymadan ele geçirdiğini, Kara Yusuf'un ailesi ile Kemah Kalesi'nin kendisine teslim edilmemesi nedeniyle, bundan sonrasında mertçe sabrederek kendisinin intikamına hazır olmalarını" söyledi. Daha sonra Timur, Osmanlı elçilerinin de bulunduğu Sivas'ta ordusunun geçit töreni yapmasını emretti. Şafak vaktinden öğleye kadar süren bu geçidin ardından Timur elçileri yollarken kendi askerlerinin safları arasından geçirerek ordusunun ihtişamını gösterdi. Daha sonra ise elçilere; tüm dargınlığına rağmen Bayezid ile barış yapmak niyetinde olduğunu belirterek, Mutahharten'in ailesi ile Bayezid'in oğullarından birinin kendisine getirilmesini şart koştu. Ancak daha sonra Bayezid'in kalabalık bir ordu ile geldiğini haber aldıktan sonra savaş hazırlıklarına başladı.

Muharebe kararı alındıktan sonra Bayezid ordunun toplanması için Anadolu ve Rumeli'ye fermanlar gönderdi. Bunun yanında Timur'un ordusuyla mücadele edebilmek için mevcut kuvvetine yeni askerlerin alınmasını emretti. 1402 baharının başlarında, Balkanlardaki Osmanlı faaliyetleri durdu. Hem Hristiyan hem de Müslümanlardan toplanabilen her asker aceleyle Anadolu'ya sevk edilmeye başlandı. Muharebe için Bursa, İznik ve İzmit bölgelerinde toplanan Osmanlı ordusu, tüm hazırlıklarını tamamlayarak; İzmit, Bolu ve Gerede ile Bursa, Geyve ve Beypazarı güzergâhlarını takip eden iki kolla Haziran'ın ortasına doğru Ankara üzerine harekete başladı. Bayezid, ordusunun çoğunluğunu süvari askerlerin oluşturduğu Timur'un herhangi bir kaleye ansızın saldırmaması için bütün harekâtın ivedilikle yapılmasına önem gösterdi. Osmanlı ordusu 1402 Haziran ayının sonuna doğru, Ankara etrafında tüm birlikleriyle birlikte çadırlı ordugâhlarını kurdu. Timur'un ordusunun ise henüz Sivas çevresinde olduğu ve Tokat üzerinden hareket edeceği istihbaratı alındı. Bayezid Ankara'yı bir üs merkezi olarak kullandı ve ordusunun ağırlıklarını burada bırakarak Timur'u karşılamak amacıyla orta yol güzergâhını takip ederek doğuya doğru hareket etti. Bayezid, Sadrazam Çandarlı Ali Paşa ve devlet erkânının, Ankara'da bekleyip muharebeyi bu mevkide yapma tavsiyesini kabul etmedi. Çoğunluğu piyade olan Osmanlı ordusu, muharebeyi dağlık bir alanda yapmak amacıyla Kızılırmak'ı geçerek Kadışehri, Artıkova ve Akdağmadeni bölgesine hareket etti. Osmanlı ordusunun Tokat ve Amasya bölgesindeki kuvvetleri, Timur'a karşı Sivas'ın doğu ve kuzeyini, Akdağ ve Yıldız Dağı'ndan geçen bütün güzergâhlarını kontrol altına alarak savunma konumuna getirdiler.

Timur Karabağ'da kışladığı zaman, emrindeki ülkelere haberciler yollayarak "bahar ayında bütün ülkelerden askerlerin kendi ordusuna katılması"nı emretti. Muharebeden önce arazi, yol, geçit, iaşe ve Osmanlı ordusu ile ilgili konularda bilgi topladı. Bu bilgiler kapsamında Sivas'tan batıya giden yollar ve Tokat'taki kuzey yolu ile günümüzde Alaca istikametinden geçen orta yol; yer yer ormanlık, dağlık, dar ve derin vadilerden meydana geliyordu. Ordu ve hayvan iaşesi için de uygun değildi. Ayrıca Bayezid'in de bu güzergâhları kontrolü altında tuttuğundan haberdar olan Timur, kendi ordusu için müsait olmayan dağlık arazi koşullarında bir saldırı yapmayı uygun görmeyerek, güneydeki Kızılırmak vadisinden batıya doğru hareket etti. Timur'un ordusu bu harekât esnasında Bayezid'in ordusunun yakınında kısa mesafelerle bölge bölge ilerleyerek tedbirli bir şekilde hareket etti. Timur, Osmanlı topraklarının içerisine girdikçe Bayezid'in kendisine saldıracağını düşünerek onu üzerine çekmek amacındaydı. Timur'un ordusu Sivas'tan Kayseri'ye kadar olan yaklaşık 150 kilometrelik mesafeyi; atlı bir şekilde kısa yürüyüşlerle yaklaşık 6 günde kat edip orada toplandı. Kayseri'de 4 gün kalan Timur buradaki yeni mahsulü toplatarak kendi ordusu için kullandı. Düşman ordusunun harekât ve durumu hakkında bilgi topladıktan sonra tekrar Kırşehir istikametine doğru hareket etti. Bu istikamette coğrafi koşullar sebebiyle düşman ordusu ile aradaki mesafe azaldı ve Timur, Ebubekir ve Emir Nureddin liderliğinde öncü birlikler ile çeşitli keşif birliklerini ileri sürdü. Bu harekâtın dördüncü gününde Kırşehir civarında Osmanlı ordusu ile bir temas yaşandı. Timur düşman ordusunun yerini tespit etmek amacıyla Şahmelik liderliğinde bir keşif birliği gönderdi. Bu birlik ertesi gün Osmanlı ordusunun büyük kısmının, günümüzdeki Yerköy civarında Delice Irmağı boyunda olduğunu tespit etti. Osmanlı ordusunun ileri hattında yer alan birliklerle kısa bir çarpışma yaşandı ve iki Osmanlı askeri rehin alındı. Timur bu aşamadan sonra birtakım tedbirler aldı. İlk olarak ordusunu Kırşehir'in kuzeyinde müsait bir alanda hazırlık mevziine soktu, daha sonra tahkimat yaptırarak hendekler kazdırdı ve düşman hakkında alınan istihbaratları emirleri ile paylaştı. Ertesi gün Şahmelik tarafından Osmanlı ordusunun Kırşehir'e doğru hareket ettiği bilgisi geldi. Timur muharebe için müsait olmayan bir alanda baskın yememek için düşman ordusunun üzerine öncü birlikler yolladı. Daha sonra emirlerini ve devlet erkânını toplayarak "biri; bulunulan bu sahada bekleyerek burada bir muharebe vermek, diğeri, derhâl ileri hareket etmek ve her tarafa ılgar eylemektir. Bu hâlde onlar arkamıza düşerler" sözleriyle düşman ordusunun gelmesini beklemeden hareket etti.

Kırşehir'den hareketinin üçüncü gününde Ankara'ya ulaşan Timur, daha önceden birliklerini etrafına konuşlandırdığı Ankara Kalesi'ni kuşatarak saldırıya başladı. Bayezid ise Sivas'ta savunma mevzilerine saldırmayıp Kayseri üzerinden hareket eden Timur'un kendisini hazırlıksız bir hâlde taarruz ettirmek istediğini ya da hızlı bir şekilde Ankara'yı tutarak geriden ters cephe ile savaşmak zorunda bırakacağını düşünüyordu. Bu nedenle Tokat'tan tekrar ordusuyla birlikte Ankara'ya dönerek muharebeyi Ankara Kalesi'nin çevresinde yapmak istedi ve kale kumandanını haberdar ederek kalenin mutlak suretle savunulmasını emretti. Osmanlı ordusu kısa istirahatlerle sekiz gün süren bir hareketle, Akdağmadeni, Yozgat, Delice Vadisi ve Kalecik güzergâhlarını izleyerek Ankara'ya ulaştı. Timur, Bayezid Ankara'ya ulaşmadan Ankara Kalesi'ni ele geçirmek niyetindeydi. Ancak Bayezid'in ordusu ile yaklaştığını ve yaklaşık 16 kilometrelik mesafede olduğunu haber aldı. Ordusu yorgun durumda olan Bayezid'in beklediğinden daha erken geleceğini tahmin etmeyen Timur, kuvvetlerinin bir kısmını Ankara'nın güneydoğusundaki mevzilere, bir kısmını Eymir ve Mogan gölleri civarına ve bir kısmını da Ankara Çayı boyuna konumlandırdı. Timur; düşmanın geleceğini düşünmediği ve ona göre düzen almadığı bu güzergâhta Bayezid'in kuvvetlerine emniyet tedbirlerinden yoksun bir şekilde yakalandı. Bu durum üzerine Timur muhasarayı kaldırdı ve Çubuk Çayı'nı geçerek ordusunu muharebe düzenine soktu ve tahkimat yaptırdı. Bayezid ise düşmanı Ankara Kalesi ile kendi ordugâhının arasına çekmek için, Ravlı civarındaki sulak alanı bırakarak daha önceden muharebe için uygun olduğunu düşündüğü Melikşah köyü civarına hareket etti. Gece öncü birlikler arasında çarpışmalar devam etti. 28 Temmuz sabahı Timur ordusuyla beraber Osmanlılara yaklaşık 12 kilometrelik bir mesafede mevzi aldı.

Muharebenin tarihi konusunda tarihçiler arasında farklı görüşler olsa da, genel olarak 1402 yılının 20-28 Temmuz günleri kabul edilmektedir. Farklı iddialara göre muharebenin 16 Haziran ile 5 Ağustos arasındaki 50 günlük süre içerisinde gerçekleştiği tahmin edilir. Şerafeddin Ali Yezdî, muharebenin 20 Temmuz Perşembe günü yapıldığını yazar. Bu iki ismi kaynak alan Hoca Sâdeddin Efendi, Ömer Halis Bıyıktay, Yılmaz Öztuna ve René Grousset gibi tarihçiler de aynı tarihi kabul eder. Müneccimbaşı ile Hayrullah Efendi de 20 Temmuz tarihini verir. Muharebenin cuma namazı kılındıktan sonra başladığını belirten Âşıkpaşazâde'nin belirttiği cuma gününün muhtemelen 21 Temmuz (20 Zilhicce) olduğu düşünülür. Herbert Adams Gibbons ve Oruç Bey muharebeyle ilgili bir tarih vermezken, Paul Wittek ise bir eserinde 18 Temmuz Salı, bir başka eserinde 28 Temmuz Cuma gününü verir. İbn Arabşah da 28 Temmuz tarihini verir. Yine İbn Tağrıberdî 28 Temmuz tarihini; İsmail Hakkı Uzunçarşılı, Neşrî'nin verdiği 1401 yılının muhtemelen 1402 olduğunu ve yanlışlıkla 1401 yazdığını belirtir.

Makrîzî ile Bedreddin Aynî, muharebenin Ağustos 1402'nin beşinci pazarında yapıldığını savunur. Rûhî Çelebi 13 Ağustos 1402, Behiştî 2 Ağustos 1403, Ahmed Atâ ise 19 Temmuz 1402 Çarşamba tarihini verir. Uzunçarşılı, bu tarihlerden en yakın olanının 20 veya 28 Temmuz olduğunu belirterek 20 Temmuz'u kabul eden tarihçilerin Şerafeddin Ali Yezdî'yi, 28 Temmuz'u kabul edenlerin ise İbn Arabşah'ı referans aldıklarını yazar. İsmail Aka da yaygın olarak 28 Temmuz Cuma tarihinin kabul edildiğini belirtirken; ayrı nüshaları karşılaştırarak yayınladığı Fetihnâmede 28 Temmuz'u verir. İsmail Hami Danişmend de; Âşıkpaşazâde, Lütfi Paşa, Oruç Bey, Hoca Sâdeddin Efendi ve Âli Çelebi gibi tarihçilerin ortak şekilde cuma gününden bahsetmelerinden ötürü Timur'a ait olduğu iddia edilen bir mektubunda 28 Temmuz tarihine rastlaması sebebiyle muharebenin 28 Temmuz 1402 tarihinde gerçekleşmesinin muhtemel olduğunu, muharebede yer alan Sultaniye Başpiskoposu Johannes'in hatıratında ve Georgios Frantzis'in eserinde de bu tarihin gösterildiğini belirtir. Yine Alexandrescu Dersca da Georgios Frantzis ve Johannes'e ek olarak; Giovanni Cornaro'nun ve Gerardo Sagredo'nun 28 Temmuz tarihini verdiğini; Sagredo'nun, bilgilerini Bayezid'in ordusunda askere alınan ve bu nedenle Ankara'da savaşan bir görgü tanığı Pictro Longo Candiotto'dan alma avantajına sahip olduğunu ifade eder. Franz Babinger'in Muhyiddin'e atfettiği Friedrich Giese tarafından yayınlanan anonim kronik, savaşın bir cuma günü yapıldığını öne sürer.

Muharebenin yapıldığı alan yaygın kabul edilen görüşe göre; doğuda Çubuk Çayı vadisi; batıda Kuşçu Dağı, Mire Dağı, Ova Çayı, Kışlacık Deresi; kuzeyde Cankurtaran; güneyde Karacaviran ve Kuşçu Dağı arasında kalan Çubuk Ovası adıyla bilinen yerdi. Muharebe esas olarak; Çubuk Çayı'ndan itibaren batıya doğru yaklaşık 6 kilometre kadar uzanan Kızılcaköy Deresi üzerinde meydana geldi. İlk olarak Ömer Halis Bıyıktay tarafından ortaya atılan bu görüş daha sonra Alexandrescu Dersca'nın da kabul etmesiyle sonraki araştırmacılar tarafından da benimsendi. İki ordunun öncü birlikleri arasındaki mesafe yaklaşık 12 kilometreydi. Muharebe alanının toplamı 30 km2den daha fazlaydı. Muharebe alanının rakımı yaklaşık 500 metreydi.

Muharebenin gerçekleştiği yer, başlıca çağdaş kaynaklardan Şamî'nin Zafernâme adlı eserinde "Çuluğ arazisi" şeklinde geçer. Hüseyin Çınar ve Osman Gümüşçü gibi akademisyenler, bölgenin yabancısı olan bu tarihçinin "Çubuk" ismini yanlış okuduğunu ve belirtilen yerin "Çubuk" olması gerektiği görüşünü savundular. Çubuk ilk defa 1463 tarihli bir Osmanlı tahrir defterinde "Çubukbazarı" adıyla günümüzdeki "Çubuk" ilçesinin yerinde yer alan ve 24 haneye sahip bir yerleşim yeri olarak geçer. Neşrî, Âşıkpaşazâde, Hadîdî ve Oruç Bey gibi ilk Osmanlı tarihçileri muharebenin Ankara'da geçtiğinden bahseder. Bunlardan yalnızca Oruç Bey "Ankara ovası"; Dukas da "Ankara'da bir ova" tanımını kullanır. Johannes Schiltberger "Ankara yakınlarında" ifadesini kullanırken, İbn Arabşah da Timur'un ordusunun "suyun karşısında" yerini aldığını ve muharebenin Ankara'ya yakın bir yerde olduğundan bahseder. Timur'un Fetihnâmesinde, muharebenin "Ankara'nın doğusunda, buraya yarım fersah [yaklaşık 3 km] uzaklıkta" yapıldığı belirtilir. Kemalpaşazâde, Selâtîn-nâme adlı eserinde "Çubuk sahrası" ifadesiyle muharebe alanı için Çubuk adını açıkça kullanan ilk tarihçidir. Aynı dönemin tarihçilerinden Rûhî Çelebi de muharebenin gerçekleştiği mekânı; "Ankara nevâhisinde Çubuk nâm mevkide" ifadeleriyle tanımlar. Bunlardan sonra gelen Gelibolulu Mustafa Âlî; "Çibuk Ovası", Müneccimbaşı Ahmed Dede ise; "Cibuk Ova" tanımlamasını yapar.

Akademisyen Halil Çetin, yaygın görüşün aksine Ankara'nın Haymana ilçesine bağlı Culuk köyü olduğundan bahsederken, buranın Şâmî'nin muharebe yeri olarak verdiği "Culug" ismiyle de uyuştuğunu söyler. Ayrıca Neşrî'nin Kitâb-ı Cihannümâ adlı eserinde de; Bayezid'in ordusuyla Sivriler'de yerini aldığından bahsettiğini ve günümüzde Haymana'nın batısında Sivri köy adında bir yerleşim yerinin bulunduğuna işaret eder. Yine Osmanlı ordusunun susuzluk çektiğinden bahseden Çetin, Çubuk Ovası'nda su kaynaklarının olduğunu ancak Haymana taraflarının bahsi geçen iddialara uygun bir yer olduğunu belirtir. Yazar buna benzer tespitlerle muharebenin Çubuk Ovası'nda olduğuna dair kesin bir bilgi olmadığını ve Haymana'nın da muhtemel muharebe alanı olabileceğini iddia eder.

Muharebede iki ordunun asker sayıları hakkında farklı iddialar mevcuttur. Osmanlı ordusu, İsmail Hakkı Uzunçarşılı'ya göre 70.000, Ömer Halis Bıyıktay'a göre 74.000, Solakzade Mehmed Hemdemî'ye göre 90.000, Hoca Sâdeddin Efendi'ye göre 90.000, İdris-i Bitlisî'ye göre 90.000, Joseph von Hammer-Purgstall'a göre 120.000, Âşıkpaşazâde ile Neşrî'ye göre 130.000 ve Hayrullah Efendi'ye göre 300.000'dir. Yılmaz Öztuna, Hammer'ın verdiği rakamı "en makulü" kabul eder. Ahmet Şimşirgil, Osmanlıların 80.000 kişilik bir kuvvete sahip olduklarını ve yüz binli ordu kuvvetinin ancak I. Selim döneminde elde edildiğini savunur. Timur'un Ankara Muharebesi'nden sonra yazdığı Fetihnâmede, Osmanlı kuvvetlerinin 70.000 atlı ve yayadan oluştuğu belirtilir.

Timur'un ordusundaki asker sayısı ise; Ömer Halis Bıyıktay'a göre 140.000, Ernest Lavisse ile Alfred Rambaud'a göre 200-300.000, Kâtip Çelebi'ye göre 700.000, Sâdeddin Efendi ve Hammer'a göre 840.000 ve Hayrullah Efendi'ye göre 850.000'dir. Yılmaz Öztuna, Hayrullah Efendi'nin her iki ordunun asker sayılarını "abartılı" yazdığını iddia eder. Ayrıca Hoca Sâdeddin Efendi'nin de Osmanlı'nın yenilgisini düşman kuvvetlerinin sayısının çok olmasına bağlamak amacıyla abarttığını belirterek, eserlerinde onu kaynak alan Hammer'ın da ondan etkilenerek sayıyı "abartılı" yazdığını söyler. Öztuna, Rambaud'un görüşünü desteklediğini ve "en makul" sayının 250.000 olduğunu kabul eder. Ayrıca Bıyıktay'ın her iki ordunun asker sayılarını oldukça az verdiğini belirtir.

Bayezid, yanlardan ve arkadan bir saldırıya uğramamak amacıyla düşmanın süvari kuvvetlerinin Osmanlı birliklerinin cephesine gelecek veya düşman hareketini takip ederek hızlıca cephe alınabilecek bir alanı muharebe için seçti. Bu nedenle ordu, cephesi Melikşah köyünün güney kısmına bakacak şekilde konuşlandırıldı. Yeniçerilerin tuttuğu yer yüksek olmasının yanı sıra, tahkim ve savunma için de uygundu. Muharebe alanında Osmanlı ordusunun; 10.000 kişilik yeniçeri birliklerinin önünde azaplar ve tımarlı sipahilerden oluşan merkez kuvvetlerine Bayezid kumanda ediyordu. Sadrazam Çandarlı Ali Paşa, Mustafa Çelebi, İsa Çelebi ve Musa Çelebi onun yanında ve arkasında yer alıyordu. Sağ cenahta Kara Timurtaş Paşa komutasındaki Anadolu eyalet askerleri ve onların sağında okçular vardı. Yine Bayezid'in kayınbiraderi de olan Sırbistan Despotu Stefan Lazareviç'in kumandası altında tamamı zırhlı ve siyah giysili 20.000 asker de sağ cenahtaydı. Sağ cenahta bir miktar Arnavut kuvveti de mevcuttu. Sol cenah ise Süleyman Çelebi komutasındaki Rumeli askerlerinden meydana geliyordu. Bunların gerisinde ise Kara Tatarlar ve ihtiyat kuvvetleri ile Mehmed Çelebi yer alıyordu. Sadrazam Çandarlı Ali Paşa'nın girişimiyle Anadolu ve Rumeli'den toplanan cerehor adıyla anılan bir askerî birlik de muharebede yer alıyordu. Osmanlı ordusunun sah cenahı Mire Dağı'na ve sol cenahı ise ova tarafına düşüyordu. Bayezid'in komutasındaki merkez kuvvetleri ise Melikşah köyünün güneyindeki tepede bulunuyordu. Bayezid ayrıca, herhangi bir kuşatma girişimini önlemek için yaklaşık 4 kilometre uzaklıktaki Çataltepe'de takviye birlikleri bıraktı. Saldırının Böyrek ve Mire dağları bölgesinde bulunan askerler tarafından yapılması planlandı.

Timur ise Ankara Kalesi'nin kuşatmasını kaldırdıktan sonra, ordusuyla kuzeye ilerledi ve nehrin karşı yakasındaki Çubuk Çayı ovasında kampını kurarak ordusunun su ihtiyacını da temin etti. Ayrıca civardaki çeşmelere, Çubuk Çayı'nın Kızılcaköy, İncesu ve Bent derelerine zehir dökerek Osmanlıları susuz bırakırken, bölgedeki çeşme, sebil, kuyu, sarnıç, tarla, değirmen, depo, sürü ve çiftlikleri Bayezid'in kullanmaması için tahrip ettirdi. Timur, ordusunun Çubuk ovasındaki savaş düzeninde merkezde yer alıyordu. Sağ cenahta Miranşah; onun yanında tamamıyla zırhlı süvari birlikleriyle Muhammed Sultan Mirza, Pir Muhammed Mirza, Şeyh Nureddin, Ali Sultan, Ali Kavçin, Emir Mübeşşir ve Mutahharten vardı. Sol cenahta ise yine Timur'un oğlu Şahruh, Halil Sultan, Emirzade Rüstem, Sultan Hüseyin, Emir Süleyman Şah, Emir Şahmelik, Emir Burunduk, Sevincek Bahadır, Devlet Timur, Emir Musa ve Emir Bisteri vardı. Hindistan'dan getirilen 32 zırhlı savaş fili, İsen Buga komutası altında ordunun önünde yer alıyordu. Birbirlerine zincirlerle bağlanan bu fillerin sırtlarında bir kule bulunur ve bu kulelerden düşman askerlere oklar ve ateşler atıldığı rivayet edilir.

Muharebe gecesi, ileri karakollarda ve keşif birlikleri arasında sabaha kadar süren çarpışmalar dışında orduların ana kuvvetleri arasında herhangi bir çatışma yaşanmadı. 28 Temmuz 1402 sabahında Bayezid ordusunu organize etti. Osmanlı sancakları açıldıktan sonra Bayezid, ordusunun sadakati ve başarılarından bahseden bir konuşma yaptı. Timur da ordusunun düzenini sağladıktan sonra her muharebe öncesinde yaptığı gibi; iki rekât namaz kıldı ve onun emrinden sonra nefir, borgu ve nakkare sesleri ile birlikte muharebe başladı. İlk olarak Timur ordusunun sağ cenahındaki Ebubekir Mirza komutasındaki birlikler ok saldırısıyla atak yaptı. Cihanşah Mirza ve Kara Yülük Osman Bey de muharebenin ilk hücumuna destek verdi. Yapılan bu saldırıyı Rumeli tımarlı askerleri karşıladılar ve Timurluları geri püskürttüler. Bir süre bu cenahtaki mücadelenin böyle devam etmesi sonrasında, muharebenin başında Osmanlı tarafında yer alan Kara Tatarlar taraf değiştirerek ön saflarındaki Rumeli askerlerine ok saldırısı yapmaya başladılar. Bu durum Rumeli askerleri üzerinde olumsuz bir etkiye sebep oldu. Mehmed Çelebi genel ihtiyat kuvvetleri ile birlikte sol cenahta Timurlulara karşı saldırı yapsa da durumu düzeltemedi. İki ateş arasında kalan Osmanlı sol cenahı, kuvvet dengesinin Timurlular lehine değişmesiyle birlikte bozularak geri çekilmek zorunda kaldı. Böylece Osmanlı sol cenahı yarı yarıya eksildi ve bu durum Osmanlıların maneviyatı üzerinde olumsuz bir etki bıraktı. Moğollar, Türkmenler, Kürtler, Karakoyunlular, Tatarlar ve Kara Tatarlar saf değiştirdikten sonra Osmanlı sol cenahının arkasından saldırmaya başladılar. Bu cenaha Timurlular tarafından yapılan saldırılar Osmanlılarca ancak öğleye doğru Bahadırtepe önlerinde durduruldu. Böylece Timurlular muharebenin bu aşamasında gerilere doğru çekilen Osmanlı ordusunun sol cenahının arkasına kadar sokularak üstünlüğü ele geçirdi.

Osmanlıların öğlene doğru merkezden gerçekleştirdiği genel hücumla Timur ordusu geriye püskürtüldü. Sultan Hüseyin'in Osmanlılara karşı başarısızlıkla sonuçlanan hücumunun ardından Muhammed Sultan Mirza'nın ihtiyat kuvvetleri bir hücum gerçekleştirdi. Osmanlı sağ cenahı bu hücumlara karşılık verdi. Timur ise bozulan sol cenahını yeniden takviye etti. Timurluların bu cenaha yaptıkları saldırılar, Anadolu eyalet askerlerinin okçuları tarafından püskürtüldü. Sırp askerlerinin de bu savunmaya katılmasıyla birlikte karşı saldırıya geçen Osmanlılar, Timurluları güneye çekilmek zorunda bıraktı. Ancak Timur karşı bir hamleyle geri çekilen ordusunu, birbirine bağlı zırhlı savaş filleri ve Mâverâünnehir'dan gelen zırhlı süvariler ile destekleyerek karşı saldırıya geçirdi. Timur öğleden sonra ise ordusunda yer alan Germiyan, Saruhan, Aydın ve Menteşe beylerine kendi sancaklarını açtırarak; Osmanlı sağ cenahında bulunan Anadolu eyalet askerlerinin sipahilerini kendi saflarına çekti. Böylece Osmanlı ordusunun sağ cenahı da bozularak geri çekilmek zorunda kaldı. Bu durum üzerine Osmanlı ordusunun merkez kuvvetlerinin etrafı açıldı. Sağ kanattaki Sırp birliklerinin mücadelesi ise Timur tarafından takdir edildi.

Timur, öğleden sonra ordusuna genel hücum emri verdi. Bu esnada Sadrazam Çandarlı Ali Paşa, Murad Paşa ve Yeniçeri Ağası Hasan Ağa; en büyük şehzade Süleyman Çelebi ile birlikte muharebe alanını terk ettiler. Mehmed Çelebi ihtiyat kuvvetleriyle gerçekleştirdiği hücumla Timur ordusunun sol cenahını bozdu. Ancak Timur daha sonra zırhlı Semerkant kuvvetleriyle bu cenahı takviye etti. Muharebeyi terk eden Süleyman Çelebi'nin peşine takılan Şeyh Nureddin ise başarısız bir kovalamadan sonra tekrar muharebe alanına döerek yaptığı saldırıyla Osmanlı sol cenahındaki Rumeli tımarlı sipahilerini bozdu. Osmanlı ordusunda yalnızca Bayezid'in komutasındaki merkez kuvvetleri düşmana karşı başarıyla savunma yapıyordu. İkindiye doğru Mehmed Çelebi kendi kuvvetleriyle birlikte muharebeden çekilerek sancak merkezi Amasya'ya gitti. Mustafa Çelebi'nin kuvvetleri ise dağıldı ve kendisi de kayboldu. İsa Çelebi de muharebe alanını terk etti. Her iki cenahını kaybeden Osmanlılar burada kalan az sayıdaki kuvvetlerle birlikte merkezde birleşerek tek bir tümen hâline geldiler.

İkindi vaktinden sonra Bayezid elinde kalan birkaç bin kuvvetle birlikte Çataltepe'ye çekildi. Timur, Bayezid'i yakalaması için oğlu Şahruh'u gönderdi. Şahruh'un yanında Miranşah, Sultan Hüseyin, Emir Süleyman Şah da kuvvetleriyle yer alıyordu. Timur askerleri Çataltepe'nin etrafını sararken Bayezid ise tepedeki birkaç bin askerden oluşan kuvvetiyle kendini savunuyordu. Timur'un, düşmanı takip etmek için dağılan kuvvetlerinin de gelmesiyle birlikte yaklaşık 70.000 askerden oluşan Timur kuvvetleri, Çataltepe'yi ablukaya aldılar. Tepeye çıkmaya çalışan Timur ordusunun süvarileri ise Yeniçeriler veya sipahiler tarafından geri püskürtülmeye çalışılıyordu. Bayezid güneşin batmasıyla birlikte, düşman hücumlarının azaldığı bir vakitte elindeki yaklaşık 300 sipahiyle kuşatmayı yararak kaçmaya karar verdi. Bulunduğu tepenin kuzeydoğusuna doğru ilerleyerek; Sığırlıhacı istikametindeki düşman kuvvetlerinin oluşturduğu çemberi yarmayı başardı. Timur, Bayezid'in kaçmaya çalışması üzerine Sultan Mahmud'u, yakalaması için gönderdi. Bayezid'in bu girişiminde, yanındaki askerlerin birçoğu sıcaktan ve susuzluktan dolayı hayatını kaybetti. Bayezid muharebe alanından yaklaşık 16 kilometre uzaklaşmayı başarsa da, Mahmutoğlan'a gelindiğinde atının tökezleyip düşmesiyle birlikte, hamle yapamadan aldığı bir gürz darbesiyle Sultan Mahmud tarafından yakalanarak esir edildi. Musa Çelebi, Mustafa Çelebi, Kara Timurtaş Paşa ve Rumeli Beylerbeyi Hoca Fîruz da Bayezid ile birlikte esir düştü.

Muharebenin neticelenmesiyle birlikte Bayezid'in yakalandığını öğrenen Timur, devlet erkânının tebriklerini kabul etti. Bayezid gece yarısına doğru, oğlu Şahruh ile otağında satranç oynayan Timur'un yanına getirildi. Timur, Bayezid'in ellerinin çözülerek "saygılı bir şekilde" yanına getirilmesini emretti ve onu karşılayarak, özetle bu duruma düşmesinin onun hatası olduğunu belirterek teselli etti. Bayezid ise hatalı olduğunu kabul ederek Timur'un kendisini affetmesi durumunda yaşadığı müddetçe kendisinin ve çocuklarının elinden geldiğince hizmette kusur etmeyeceğini söyledi. Bu sözlerden sonra Timur Bayezid'e hil'at giydirdi. Daha sonra Bayezid, oğulları Musa Çelebi ve Mustafa Çelebi'nin bulunarak kendi yanına getirilmesini talep etti. Birkaç gün sonra Musa Çelebi bulundu ve hil'at giydirilerek Bayezid'in yanına gönderildi. Timur, Bayezid'i bir otağ kurdurarak orada ağırladı ve her gün sohbet edip teselli etti. Muharebeden sonra Ankara Kalesi'nin kumandanı Hoca Fîruz'un oğlu Yakup Bey kaleyi Timur'a teslim etti. Timur bu zaferden sonra Fransa Kralı VI. Charles ile İngiltere Kralı IV. Henry'ye mektup göndererek; kendilerinin yenemedikleri Osmanlı hükümdarına karşı zafer kazandığını bildirdi. Trabzon İmparatoru III. Manuil, Timur'a haraç ödedi.

Timur, muharebenin ardından Muhammed Sultan Mirza'yı 30.000 kişilik bir ordu ile Bursa'ya, Sultan Hüseyin, Emir Süleyman Şah ve Rüstem Togay Buğa'yı da Konya, Akşehir ve Karahisar taraflarına takip ve istila amacıyla gönderdi. Daha sonra Sivrihisar'a oradan Kütahya'ya geçen Timur, burada bir eğlence düzenledi ve Bayezid'e çeşitli hediyeler verdi. Bunun yanında Bayezid'e devletini geri iade edeceği vaadinde de bulundu. Üç günlük bir yolculuktan sonra Bursa'ya ulaşan Muhammed Sultan Mirza, şehrin kontrolünü eline aldı. Daha sonra o tarihe kadar toplanan Osmanlı hazinesini ele geçirerek Timur'a yolladı. Bu yağmanın ardından şehir yakıldı. Bursa'ya giren Şeyh Nureddin ise burada şehri yağmalayıp Ahmed Celâyir'in kızını, Stefan Lazareviç'in kız kardeşi aynı zamanda Bayezid'in eşi Olivera Despina Hatun'u ve Bayezid'in iki kızını esir aldı. Timur, Bayezid'in kızlarından büyüğünü, Ebu Bekir Mirza ile Paşa Melek adındaki küçüğünü de Emir Celaleddin'in oğlu Şemseddin Muhammed ile evlendirdi.

Bir-iki ay kadar Kütahya'da konaklayan Timur, daha sonra Altıntaş'a hareket etti. Daha sonra muharebeyi terk eden Mehmed Çelebi, Bayezid'i kurtarmak amacıyla Altıntaş'a casuslar gönderdi. Bu casuslar, Bayezid'in bulunduğu otağa lağım kazarken yakalanıp idam edildi. Bayezid'i kaçırma girişiminde parmağı olduğu düşünülen Hoca Fîruz da idam edildi. Bu olaydan sonra, Bayezid'in herhangi bir baskın ile kaçırılmaması için güvenlik önlemleri artırıldı. Buna göre Timur'un Bayezid'in kaçırılmasını önlemek için demirden bir kafes yaptırarak onu bu kafeste taşıttığı rivayetleri mevcuttur. Bizans İmparatoru II. Manuil ve Süleyman Çelebi, Timur'a tâbi olduklarını bildirdiler. Timur, Süleyman Çelebi'ye hil'atla birlikte çeşitli hediyeler yolladı. Daha sonra Denizli'ye, oradan da İzmir'e hareket eden Timur, İzmir'de Hristiyanların elinde bir kalenin olduğu ve o tarihe kadar kimsenin orayı ele geçiremediğinin söylenmesi üzerine buraya Pir Muhammed Mirza ile Şeyh Nureddin'i elçi olarak gönderdi. İslam'a davet edilen Hristiyanların bu daveti geri çevirmeleri üzerine kale kuşatılarak ele geçirildi ve şövalyeleri kılıçtan geçirildi. Buranın ardından sonra Foça Kalesi'ne yönelen Timur, kaledekilerin teslim olmasıyla burayı da ele geçirdi. Bu esnada Bayezid'in oğlu İsa Çelebi de Timur'a hediyeler göndererek tâbiiyetini bildirdi. İsa Çelebi, Timur'un izni ile işgal ettiği Bursa'nın yönetimini eline aldı.

Bayezid'in 8 Mart 1403'te Akşehir'deyken ölmesi üzerine Timur, Bayezid'e ait topraklar ile ona bağlı beylerin kendi hükmü altına girdiğini duyurdu. Bayezid'in ölüm nedeniyle ilgili farklı iddialar mevcuttur: Bunlardan ilki Bayezid'in yüzük taşında sakladığı zehri içerek intihar ettiğidir. İkincisi ise gut hastalığı veya nefes darlığı sebebiyle eceliyle öldüğüdür. 16. yüzyıl vakayinameleri ve daha sonraki Osmanlı vakayinameleri ile Hammer ve Gibbons gibi batılı Osmanlı tarihçileri Bayezid'in eceli ile öldüğünü kabul eder. Timur ve sonraki İran tarihçileri de aynı görüşü paylaşır. Bunun yanında ilk dönem Osmanlı kaynaklarından; Oruç Bey ve Hadîdî ise Bayezid'in Timur tarafından Semerkant'a götürüleceğini anladıktan sonra yüzüğündeki zehri içerek intihar ettiğini iddia eder. Bayezid'in Timur tarafından öldürüldüğü iddiası ise zayıf bir iddia olarak kabul edilir.

Ankara Muharebesi, Osmanlı tarihinin ilk üç asrında Osmanlı ordusunun ezici şekilde yenilgiye uğradığı ve devletin bir hükümdarının esir düştüğü tek örnek oldu. Gibbons'a göre Ankara Muharebesi; Kosova ya da Niğbolu Muharebesi gibi kazanan ya da kaybeden ulusun kaderini etkilemediği için, tarihin akışını değiştirecek muharebeler arasında yer almamaktadır.

Timurlular, muharebe sonrası Anadolu'yu ordu birliklerinin muhtelif kolları ile ele geçirdi ve 1402 yazı ile 1402-1403 kışını Anadolu'da yerleştikleri İzmir, Manisa, Denizli, Uluborlu ve Kütahya yörelerinde dört grup hâlinde geçirdi. Bu süre zarfında Timur kuvvetleri, Anadolu'nun çeşitli yerlerinde yağma ve talan yaptı. Muharebe sahasında Bayezid'in esir düşmesiyle birlikte Osmanlı Devleti, Osmanlı tarihinde Fetret Devri olarak bilinen 11 yıl süren hükümdarsız bir dönem yaşadı. Osmanlı Devleti'nin Bursa'daki devlet hazinesinin tamamı Timur ordusu tarafından ele geçirildi ve o tarihe kadar tutulan Osmanlı arşivleri yok edildi.

Bu yenilgi, Osmanlı Devleti'nin varlığını tehlikeye düşürdü ve geçici süreliğine dağılmasına yol açtı. Tuna kıyılarından Erzurum ve Halep limanlarına kadar uzanan ve genişlemekte olan Osmanlı Devleti'nin yerini, iç savaşların pençesindeki parçalanan bir devlet aldı. Bunun yanında Anadolu ve Rumeli'deki birçok bölge terk edilirken, I. Murad zamanında ele geçirilen Çorum ile Bayezid devletinin topraklarına kattığı Amasya ve Tokat hariç, devlet Orhan Gazi dönemindeki sınırlarına küçüldü. Kalan topraklar ise Osmanlı şehzadeleri arasında paylaştırıldı.

Ankara Muharebesi, kuruluş dönemini tamamlamakta olan Osmanlı Devleti'nin imparatorluk dönemine geçişini geciktirdi. Osmanlılar tarafından kuşatma altında tutulan Konstantinopolis halkı, uzun süren kuşatma ve açlık nedeniyle Bayezid ile anlaşarak şehri teslim etmeye niyetlendilerse de, Ankara Muharebesi'nin başlamasıyla kuşatma kaldırıldı. Timur, Bayezid'in topraklarını aldığı Anadolu beyliklerine yurtlarını yeniden iade etti. Wittek'in yazdığına göre; Saruhan beyi Manisa'ya muharebenin bitmesinden 3 hafta sonra, 17 Ağustos'ta alayla girdi. Böylece Erzincan'dan Menteşe Beyliği'nin yerleştiği Karya'ya kadar bütün eski Anadolu beylikleri yeniden kuruldu. Selçukluların başkenti Konya'da bulunan Karamanoğulları Beyliği ise onların meşru varisi oldukları gerekçesiyle, Anadolu'da üstünlük hakkının kendilerine ait olduğunu iddia etti. Karamanoğulları Sivrihisar ve Beypazarı bölgelerini kapsayacak şekilde Ankara ile Bursa arasına yerleşti. Bunun yanında Kayseri, Kırşehir ve Antalya yörelerini de kontrolüne almasıyla, eski sınırlarından daha büyük bir hâkimiyet alanına ulaştı.

Yaşanan iç savaşlar Osmanlı gücünün sürekli zayıflamasına yol açarken, Romanya beylikleri, Venedik, Avusturya ve Macaristan gibi Avrupa devletleri yeniden güç kazandı. Osmanlılara ait Selanik, Teselya, Konstantinopolis'in etrafındaki yerler, Karadeniz kıyıları, İskiri, Skopelos ve İskados adaları Bizans'a bırakıldı. Osmanlılar, Rumeli'de Adriyatik kıyılarından; Pindus Dağları'nın doğusuna kadar geri çekildi. Süleyman Çelebi, "baba" olarak gördüğü Bizans İmparatoru II. Manuil'e küçük kardeşi Kasım'ı ve kız kardeşi Fatma Hatun'u rehin olarak verdi. Bizans, Osmanlılara ödediği haracı keserken Konstantinopolis'teki Türkleri şehir dışına attı. Atina Dükalığı'nı 1402'de ele geçiren I. Antonio Acciaioli, Türklerle ittifak hâlinde olan Eğriboz'a saldırdı ve buranın karşısına düşen anakaradaki yaklaşık 8 kilometre uzunluğundaki yerleri Venedik Cumhuriyeti adına kendi tımarı olarak aldı. Böylece Türklerin yerleştiği köyler Venedik kontrolüne geçti. Gibbons, "hayret verici" olarak nitelendirdiği Ankara'daki yenilgi sonrasında ya da şehzadeler arasında yaşanan Fetret Devri sırasında ne Bizanslıların ne Venediklilerin ne de Cenevizlilerin, Osmanlılara karşı düşmanca bir tavır almadıklarını kaydetti. Ankara Muharebesi, Osmanlı'nın Anadolu ve Balkanlara derinden kök saldığını ve yaşanacak çeşitli aksiliklerin üstesinden gelebileceğini de kanıtladı.

Amasya hâkimi Mehmed Çelebi'nin diğer kardeşlerini yenerek yeniden birliği sağlamasıyla Osmanlı Devleti de jure konumuna yükseldi. Ancak muharebede esir olarak Semerkant'a götürülen şehzade Mustafa Çelebi, Timur'un ölümüyle birlikte tekrar Anadolu'ya gelerek önce Karamanoğlu, ardından Bizans ve Eflak himayesinde Rumeli'de saltanat iddialarına taraftar kazanmaya çalıştı. Bu sebeple Bizans'ın elinde olan Mustafa Çelebi, I. Mehmed ve II. Murad dönemlerinde Osmanlıların ihtiyatlı bir siyaset yolunu izlemesine sebep oldu. Mustafa Çelebi'nin müttefiklerinden Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal, 1416'da başlattıkları isyanla Anadolu'da karışıklığa yol açtı. II. Murad döneminde Mustafa Çelebi 1421'de Edirne'de hükümdarlığını ilan etti. Ancak daha sonra yakalanarak idam edildi.

Asya ve Avrupa kıtaları arasındaki kara ticaretinin büyük çoğunluğu Anadolu'daki yollar üzerinden yapılıyordu. Timur'un ordusuyla bu yollar üzerinde Anadolu ve civar ülkelere yaptığı seferler, buradaki ticaret ve ulaşımı engelledi ve Osmanlı Devleti ile diğer ülkelerin ticaret ve ekonomilerini olumsuz yönde etkiledi. Osmanlıların muharebeyi kaybetmesiyle birlikte ülke toprakları Timur İmparatorluğu'nun eline geçti ve Fetret Devri'nin başlamasıyla Anadolu'daki yurt içi ve kıtalararası ulaşım, ticaret ve ikmal işleri aksadı. Bunlarla birlikte hemen hemen her şehirden alınan aman parası ile birlikte Osmanlı Devleti iktisadi olarak sıkıntıya düştü.

Muharebede Osmanlı ordusu yenilgiye uğrasa da kuvvetlerin birçoğu Anadolu'nun çeşitli bölgelerine çekilmeyi başardı. Osmanlı Devleti bu mağlubiyetten sonra Rumeli'de artık savunmaya geçmek zorunda kalırken, Timur İzmir ve Foça'yı Hristiyanların elinden alarak Müslümanlara bıraktı. Osmanlıların batıya doğru yaptığı seferler sona erdi ve esir alımı yapılamayınca Pençik Kanunu uygulanamadı. Venedik ve Ceneviz ise Doğu Akdeniz'deki deniz ticaretini tekrar kontrolü altına aldı. Deniz ve ticaret dengesi yeniden Venedik'in lehine döndü.

Yaşanan iç savaşlar insan mevcudiyetini azaltırken, Osmanlı ordu teşkilatı kadro bakımından eksildi. Mevcut kuvvetler ise yurtta iç güvenliği sağlayamayacak kadar yetersiz hâle geldi. Muharebe sonrasında Anadolu'nun demografik yapısı kısmi değişikliklere maruz kaldı. Buna göre Orta Anadolu'daki Kara Tatarlar zorunlu olarak Orta Asya'ya göç ettirildi. Büyük ticaret merkezlerinde veya kırsal kesimde yaşayan Türkmen, Kürt ve Araplar muharebeden sonra Rumeli'ye göç ettiler. Halil İnalcık'a göre; Timur'un Anadolu'yu istila etmesi, Türk nüfusunun Balkanlara akmasına neden oldu. Zanaatkâr ve ilim adamlarının Anadolu'dan Semerkant'a götürülmesi de, Osmanlı Devleti'ni sanayi ve ilim alanlarında olumsuz etkiledi.