काउन्सिलको रजिस्ट्रारका रुपमा दुई कार्यकाल काम गर्दा डा उपाध्यायले कानुनभन्दा बाहिर गएर अनियमितता गरेको आयोगको दाबी छ। प्रतिवेदन अनुसार उनले काउन्सिल जस्तो स्वतन्त्र कानुनी निकायलाई सञ्चालन गर्दा गलत मार्गतिर लैजाने काममा मुख्य भूमिका निर्वाह गरेका छन्। डा उपाध्यायले मेडिकल कलेजको अनुगमनका क्रममा समेत अनियमिता गरेको प्रतिवेदनमा उल्लेख छ।
