१९९९ मा मेडिसिन संकाय शुरु भएर २००० सालमा केयुको आफ्नो एमबीबीएस कार्यक्रम शुरु नहुँदै ९७ मै नेपालगञ्ज मेडिकल कलेज, काठमाडौं मेडिकल कलेज र नेपाल मेडिकल कलेजले सम्बन्धन पाइसकेका थिए । तबसम्म त्रिवि पनि धमाधम निजी मेडिकल कलेजहरुलाई सम्बन्धन दिने ‘रेस टु बटम’मा संलग्न भइसकेको थियो । २००७ मा आउँदा केयूका तीन वटा मेडिकल कलेजलाई एमडी एमएस कार्यक्रमको स्वीकृति दिइसकिएको थियो।
