एउटा अर्को सिद्धान्त अनुसार माचू पिचू इन्का समुदायको llaqta थियो, जुन तत्कालिन अवस्थामा विजय प्राप्त क्षेत्रहरूको अर्थव्यवस्थामा नियन्त्रण गर्न निर्माण गरिएको वस्ति थियो । त्यस्तै केही इतिहासकारहरू अझैसम्म पनि यो स्थान इन्का समुदायको बिरुद्ध जघन्य अपराध गर्ने अपराधिहरूको लागि एक जेलको रूपमा निर्मित गरिएको हुनसक्ने दावी गर्छन । एक वैकल्पिक सिद्धान्तले माचू पिचू एक कृषि परीक्षणस्थल थियो भन्ने तथ्यहरू समेत प्रस्तुत गरेको छ । उक्त स्थानमा सानो भूगोल भित्रनै गहरा निर्माण गरी विभिन्न अलग-अलग हावापानीमा हुर्कने बालीको परिक्षण सम्भव भएकोले इन्का समुदायले उक्तस्थानमा वस्ती निर्माण गरेका थिए । यो सिद्धान्तले माचू पिचूमा रहेका खेतियोग्य गहराहरू ठूलोमात्रामा अन्न उत्पादनको लागि नभएर कस्तो हावापानीमा कुन बाली लगाउन सकिन्छ भन्ने परिक्षणगर्नको लागि मात्र पर्याप्त भएको तथ्य प्रस्तुत गरेको छ । यो सहर देवताहरूको वासस्थानको रूपमा वा राजाहरूको राज्याभिषेकको लागि बनाइएको थियो भन्नेहरूको पनि कमि छैन ।