यस आयोगको कार्य संचालनको लागि सुदूरपश्चिम विकास परिषद, सुदूरपश्चिम विकास आयोग, सुदूरपश्चिम विकास आयोगको सचिवालय गरि ३ तहको संगठनिक संरचना तयार गरिएको छ ।
आयोगको नीतिगत मार्गदर्शनको लागी सुदूरपश्चिम विकास परिषदको व्यवस्था गरिएको छ । यसले आयोगको दीर्घकालीन नीति, योजनाहरुको स्वीकृति प्रदान गर्ने, समग्र सुदूरपश्चिम क्षेत्रको सर्वाङ्गीण बिकासको लागि आवश्यक राय, सुझाव, परामर्श दिने कार्य गर्दछ र यसको गठन देहाय अनुसार हुने गर्दछ ।
(ल) विभिन्न क्षेत्र, वर्ग र समुदायको प्रतिनिधित्व हुने गरी सुदूर पश्चिम विकासमा योगदान पुर्याएका व्यक्तिहरुमध्येबाट कम्तिमा तीन महिला सहित आयोगद्धारा मनोनित १०जना सदस्य
तोकिएको लक्ष्य तथा उद्देश्य प्राप्त गर्न आवश्यक नीति, कार्यक्रम तर्जुमा गर्न, कार्यक्रम संचालन गर्न यस आयोगको व्यवस्था गरिएको छ । यस आयोगको गठन देहाय बमोजिम भएको छ ।
आयोगको कार्य संचालन तथा कर्यान्वयनमा सहयोग पुर्याउन, आयोगको दैनिक प्रशानिक कार्य संचालन गर्न आयोगको सचिवालयको व्यवस्था गरिएको छ । नेपाल निजामती सेवाको कम्तीमा राजपत्रांकित प्रथम श्रेणीको अधिकृतको नेतृत्वमा आयोगको सचिवालयको लागि देहाय बमोजिम व्यवस्था गरिएको छ । (सचिवालयमा कार्यरत कर्मचारीहरको विवरण अनुसूचिमा समावेश गरिएकोछ ।)
आयोगको सचिवालयको लागि उल्लेखित कर्मचारीको व्यवस्था सामान्य प्रशासन मन्त्रालयले गर्ने गरेको छ । यसको लागि प्रत्येक बर्ष श्रावण महिनाको पहिलो हप्तामा दरबन्दी समितिको बैठकबाट अस्थाई रूपमा दरबन्दी स्वीकृत गरी विभिन्न निकायमा हाल कार्यरत कर्मचारीहरु मध्येबाट लामो अवधिको काजमा कर्मचारी खटाउने व्यवस्था गरेको छ ।