जनकपुरधामको अर्को विशेषता यहाँ रहेका पोखरी एवं कुण्डहरू हुन्। यहाँ कुटीहरू पनि प्रशस्तै मात्रामा पाइन्छ। त्यसैले जनकपुरको माछा नेपालमै प्रख्यात छ। जनकपुरधामको बारेमा एउटा उखान नै छ - "52 कुटी, 72 कुण्डा, सुरमुनि सब नावहि मुण्डा"। यहाँ तिथि अनुसार कुण्डमा स्नानको धेरै महत्व छ। जनकपुरधाममा भएका केही महत्वपूर्ण कुण्डहरू बिहार कुण्ड, अग्नि कुण्ड, मध्यमा सर, रत्न सागर, अंगराज सर, सूर्य कुण्ड, गंगा सागर, धनुष सागर, दसरथ तलाउ, पापमोचिनि सर, परशुराम कुण्ड, जनक सरोवर, गोपाल सर, रुक्मिनी सर, मुरली सर, विडाल सर, राम सर, कपाल मोचिनि सर, महाराज सागर, पाकवति सर, धौत-पाप सर आदि हुन्।