यस जिल्लाको पुरानो नाम सिद्धपुर थियो। यस जिल्लाको प्रसिद्ध धार्मिक स्थल सिद्धकालीको नाउँबाट यसको नामकरण भएको हुनसक्दछ। पृथ्वीनारायण शाहले माझ किराँत विजय गर्दै आउँदा यस ठाउँलाई जितेपछि जितेको खुशीयालीमा ठूलो भोज खाएको र बाँकी रहेको भोज यही ठाँउमा पुरेर गएको हुनाले यसको नाम सिद्धपुरबाट "भोजपुर" रहन गएको हो भन्ने किम्वदन्ती छ र अर्को भनाइ अनुसार पहिले यस जिल्लाको उच्च पहाडी क्षेत्रको जंगलमा भोजपत्रको रुखहरू प्रशस्त पाइने हुनाले यसको नाम भोजपुर रहन गएको भन्ने पनि लोकोक्ति रहेको पाइन्छ।किरातकालिन खिकामाक्छा हालको भोजपुर जिल्ला हो । किरात कालिन समयमा हालको भोजपुर जिल्लालाई खिकामाक्छा भनेर चिनिन्थ्यो । बि.सं. 1831 साल अघि पृथ्वीनारायण शाहले नेपाल एकीकरण गर्ने क्रममा यो भू भागलाई नेपालमा गाभ्नु अघि सम्म यहि नामले भोजपुर चिनिन्थ्यो ।