एमालेले निर्वाचन आयोगको गतिविधि शंकास्पद रहेको समेत आरोप लगाएको छ । एमाले स्थायी कमिटी सदस्य शंकर पोखरेलले भरतपुरमा पुनः मतदान गराउन खोजेर सरकारले दोस्रो चरणको चुनाव नगराउने खेल सुरु गरेको समेत आरोप लगाए ।
