आम रूपमा आशंका गरिए जस्तै हत्या, बलात्कार, यातना, बेपत्ताजस्ता जघन्य अपराधीहरूलाई आयोगले कुनै पनि बहानामा पनि आममाफी दिनु हुँदैन र पीडितलाई न्याय र परिपुरणको पूर्ण प्रत्याभूति गर्नुपर्छ। आयोगको स्वतन्त्रता र स्वायत्तताबारे पनि द्वन्द्वपीडित, अधिकारकर्मी र अन्तर्राष्ट्रिय समुदायबाट आशंका गरिएको छ। त्यसैले आयोगले पूर्ण स्वतन्त्र र स्वायत्त रूपमा कार्यसम्पादन गरी द्वन्द्वपीडित र अधिकारकर्मीको विश्वास आर्जन गर्नु अबको प्रमुख चुनौती हुनेछ। सरकार र दलहरूले पनि आयोगलाई आफ्नो राजनीतिक अभिष्ट पूरा गर्ने औजारको रूपमा होइन, वास्तवमै स्वतन्त्र र स्वायत्त निकायको रूपमा कार्यसम्पादन गर्न दिनुपर्छ।
