नेकपा एमालेका अध्यक्षले नयाँ सरकारको नेतृत्व गर्ने विषयमा त्यति विवाद नदेखिएपनि एकीकृत पार्टीको नेतृत्व चा“ही कसले गर्ने भन्नेमा निकै विवाद देखिन्छ । निर्वाचनमा पराजय बेहोरेको नेपाली कांग्रेसभित्र नेतृत्व परिवर्तनको माग हुँदैगर्दा नेकपा एमालेभित्र पनि यो विषयले प्रबेश पाएको। पार्टी एकीकरणपछी केपी शर्मा ओली, पुष्पकमल दाहाल, माधव नेपाल, झलनाथ खनाल, बामदेव गौतम लगायतका नेतालाई राजनीतिबाट सन्यास लिनपर्छ भनेर चर्चामा आएका नेकपा एमालेका सचिब तथा युवा नेता योगेश भट्टराई आजको टफटकमा आएका छन् ।
