Fue fundada por los hermanos franciscanos a mediados del siglo XIII. El convento sufrió los efectos de la Desamortización de Mendizábal y pasó a contener distintas funciones como delegación de Hacienda, Gobierno Civil y Diputación Provincial retornando luego al culto.
Posee una única nave que en origen se cubriría con artesonado de madera, el cuál fue sustituido por bóvedas en la importante reforma que conoció el edificio en el siglo XVII. Tiene siete tramos con bóveda de cañón con lunetos separados por arcos fajones con contrafuertes al exterior y entre estos capillas hornacinas a ambos lados de distinta profundidad. En el costado norte tres capillas, una cubierta con media esfera y las otras dos con bóvedas estrelladas con claves.
La capilla mayor fue construida por orden de don Juan de Castilla, obispo de Salamanca, el año de 1511. Es de planta poligonal con contrafuertes angulares en las esquinas exteriores y con bóveda estrellada con terceletes y combados y fue pintada. El tramo del crucero se cubre con bóvedas góticas de nervios combados con claves decoradas.
A los pies y en alto el coro cubierto con artesonados mudéjares decorados con pinturas, del siglo XV.
En 1573 la viuda de Juan de Saldaña Ana Vizcaíno de Loyola contrató con Gonzalo de Sobremazas una capilla con puerta en esviaje –hoy cegada- “a lo romano” en el lado sur, junto al brazo meridional del crucero, para comunicar la iglesia con el claustro. Aún se conserva minorada y con su cubierta de bóveda de medio cañón con casetones.
La fachada principal se encuentra a occidente, en los pies del templo. En el cuerpo inferior se encuentra la portada de arco apuntado, en un segundo cuerpo un gran arco ojival acoge un rosetón y encima tres roseta y la coronación se produce por una vertiente a norte que arranca de sendos contrafuertes, uno con pináculo y remate en doble piñón con huecos rectangulares para campanas con esculturas en el vértice. El lado contrario lo ocupa la fachada de una elevada espadaña con contrafuerte que va reduciéndose en altura, gran tronera con arco apuntado en piñón y otra más en nuevo piñón decreciente.
Delante se desarrolla un amplio pórtico gótico (a manera de galería de claustro) de cuatro tramos con bóvedas apuntadas, de menor profundidad el más meridional, separados por arcos fajones que se contrarrestan al exterior con robustos estribos que acaban en talud antes de la cornisa, ésta decorada con canecillos simples. En los huecos ventanas sobre podio corrido y puerta, apuntadas, y una más, la principal en el eje de la nave, de medio punto, todas aquellas descansando su arco sobre parejas de columnillas.
La iglesia conserva aún un claustro del siglo XVI en el costado sur.
En la antesala de la sacristía capilla funeraria de los García Sarmiento. Un lucillo sepulcral del último tercio del siglo XV, gótico flamígero, del caballero D. Alonso Martínez con su escultura orante en piedra (1,40).
La sacristía se cubre con artesonado de madera mudéjar del siglo XV.
Entre los numerosos bienes muebles del templo hay que destacar Mesa rococó del siglo XVIII, pinturas del primer tercio del siglo XVII aprovechadas en retablo de finales del mismo siglo, Crucifijo del escultor Alejo de Vahía y pintura sobre tabla de la Anunciación atribuida al pintor Juan de Villoldo.
Autor: C. Rodicio Rodríguez.
Bibliografía: FERNÁNDEZ MADRID, A.: Silva palentina, Tomo I, Palencia, 1932- 1942; MARTÍN GONZÁLEZ, J.J. y otros: Inventario artístico de Palencia y su provincia, Madrid, 1977; FERNÁNDEZ MARTÍN, L.: “La capilla de los Loyola en la iglesia de San Francisco de Palencia”, A.I.C.H.P., Tomo I, Palencia, 1987; ZALAMA RODRÍGUEZ, M.A.: Arquitectura del siglo XVI en la provincia de Palencia, Palencia, 1990; NARGANOS QUIJANO, Faustino y HERRERO MARCOS, J.: Palencia monumental. Monumentos histórico-artísticos y Bienes de Interés Cultural de la provincia de Palencia, Palencia, 1999.