Este convento de clarisas fue fundado por el marqués de Villafranca D. Pedro Álvarez de Toledo (1546-1627) para su hija María de Toledo, nacida en 1581, que quería profesar como monja. Inicialmente esta se incorporó a la comunidad de la Concepción de Villafranca, pero su voluntad de hacerse clarisa hizo que su padre promoviera la fundación de un monasterio de esta orden en Villafranca. En 1594 el fundador obtuvo la oportuna licencia del Papa para convertir un antiguo hospital de peregrinos en monasterio y el año 1606 se oficializó este nuevo establecimiento con la llegada de monjas procedentes de las Descalzas Reales de Madrid.