Fundado en el siglo X se dedicó en origen a San Juan Bautista. Trasladadas por el conde de Carrión don Fernando Díaz las reliquias de San Zoilo desde Córdoba a Carrión tomó el nombre de este mártir andaluz. En el año de 1076 la condesa viuda doña Teresa Peláez entregó el monasterio a la Orden de Cluny cuyos monjes realizaron importantes obras. Apenas quedan restos empotrados en los muros de estas épocas pues el conjunto fue reconstruido durante la Edad Moderna, el claustro en el siglo XVI y la iglesia en el XVII.
El claustro procesional, adosado al lado de la Epístola de la iglesia, fue proyectado por el arquitecto leonés Juan de Badajoz el Mozo en 1537 durando su construcción hasta el año de 1604. Se ha constatado la participación en la obra de varios alarifes como Pedro de Castrillo, Juan de Celaya, Pedro de Torres, Juan de Bobadilla y Pedro Cicero y escultores y decoradores como Miguel de Espinosa, Antonio Morante, Juan Bello, Juan de Miau, Bernardino Ortiz y Esteban Jamete. Repite las trazas de otros claustros de Badajoz, como los de San Marcos de León o San Pedro de Eslonza. Es de dos pisos con un total de veinticuatro tramos cubiertos con bóvedas de crucería, decoradas con multitud de medallones con bustos en las claves pinjantes y en las ménsulas que reciben los nervios hasta unos 200 representando primeros Padres de la Iglesia, Profetas, Patriarcas, Apóstoles, Evangelistas, eclesiásticos, reyes y emperadores, una extensa iconografía dedicada a la virtud y a los ejemplos modélicos a seguir por la casa benedictina.
Avanzado el siglo XVII se construyó la iglesia sobre la antigua de la que quedan restos aprovechados en los muros como en la base de la torre; es de una sola nave con bóveda de medio cañón y cúpula. La portada se ha relacionado con Felipe Berrojo de Isla; tiene un cuerpo bajo con tres calles, en la central el acceso enmarcado por pilastras cajeadas y frontón acogiendo nicho para la escultura de San Luis Rey de Francia y en nichos de las calles laterales aparecen San Juan Bautista y San Benito. El segundo cuerpo de una calle y aletones muestra a San Bernardo y al titular. También se decora con escudos de prelados y abades. En su interior varios sarcófagos románicos y góticos destacando el del podestat Alvar Fernández, firmado por "Pedro el Pintor". El conjunto monacal cuenta con otro claustro neoclásico, estilo al que también pertenece la puerta de la portería. Después de la Desamortización estuvo abandonado; más tarde fue casa de la Compañía de.
Jesús y Seminario Menor Diocesano. Se ha rehabilitado para cumplir funciones vinculadas a la hostelería.
En las obras realizadas a este efecto en 1993 apareció detrás de una pared de yeso construida en 1786 y que tapaba la fachada principal de la iglesia un arco románico del siglo XI con cuatro columnas de mármol reaprovechadas y con cuatro capiteles historiados.
Autor: C. Rodicio Rodríguez.
Bibliografía: M. RAMIREZ DE HELGUERA, El Real Monasterio de San Zoil, Palencia, 1900; L. HUIDOBRO SERNA, Las peregrinaciones jacobeas, T. II, Madrid, 1950; A. DURAND Y J. AINAUD, Escultura gótica, "Ars Hispaniae", T. VIII, Madrid, 1956; A.F. DIAZ-NAVA, "Un claustro plateresco. San Zoil en Carrión de los Condes", P.I.T.T.M., 23, Palencia, 1963; VV.AA., Ciclo de conferencias sobre el Gótico en Castilla y León, Palencia, 1984; J.A. PEREZ CELADA, Documentación del monasterio de S. Zoilo de Carrión, Burgos, 1986-88; M.A. ZALAMA, La arquitectura del siglo XVI en la provincia de Palencia, Palencia, 1990; VV.AA., Enciclopedia del Románico en Castilla y León. Palencia., T. I-II, Aguilar de Campoo, 2002.