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# 罗伯特·魏泰克[编辑]

| 罗伯特·H·魏泰克 Robert Harding Whittaker |
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| 出生 | (1920-12-27)1920年12月27日 美国威奇托 |
| 逝世 | 1980年10月20日(1980-10-20)（59歲） 美国伊萨卡 |
| 国籍 |  美国 |
| 母校 | 伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校 |
| 知名于 | 梯度理论（生态学） 五界系统 |
| 奖项 | 杰出生态学家奖（1981年） |
| **科学生涯** |
| 研究领域 | 生态学、生物分类学 |
| 机构 | 康奈尔大学 |
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**罗伯特·H·魏泰克**（英語：Robert Harding Whittaker, 1920年12月27日—1980年10月20日），著名的美国生物学家和生态学家，他在1969年提出的魏泰克五界系统，将生物分为原核生物界、原生生物界、植物界、真菌界、动物界五个界，曾具有重要的影响。

## 參考文獻
# 原核生物界[编辑]

**原核生物界**（kingdom Monera）是1969年罗伯特·魏泰克提出的五界系统 动物界、植物界、真菌界、原生生物界与原核生物界 仍然使用此概念。1970年代中期，明确了古菌与细菌的亲缘距离不比古菌与真核生物的距离更近，这导致了原核生物界这一概念被部份人放弃。取而代之的是三域系统。

1866年，恩斯特·海克尔（Ernst Haeckel）首次將原核生物（Monera）作為一個門提出。數十年後，愛德華·查頓（Édouard Chatton）於1925年將該門提升為界，後來他提出創造新的分類階元稱為empire(帝國相對於界是王國kingdom)，代替界作為最高的分類階元大致等於現時所說的域domain。最後一個被普遍接受的以原核生物為分類單元的超級分類系統是罗伯特·魏泰克（Robert Whittaker）於1969年建立的五界系统。

此外，原核生物（Monera）這個分類單元是並系群（不包括其最近共同祖先的所有後代），因為目前認為古菌和真核生物與細菌的親緣關係比它們與細菌的親緣關係更近。 「原核生物」（moneran）一詞是該類群成員的俗名，有時仍用於指這兩個域的成員（與「原核生物」（prokaryote）一詞相同）。

在卡尔·乌斯（Carl Woese）於1977年提出的反映生命進化史的三域系统分類體系下，原核生物界（Monera）中的生物被分為兩個域：古菌（Archaea）和細菌（Bacteria）（真核生物為第三個域）。

大多數細菌被歸類為原核生物；然而，一些藍藻（通常稱為藍綠藻）由於其光合作用的能力，最初被歸類為植物界。

* 三域系統
# 遗传多样性

玉米的遺傳多樣性
**遺傳多樣性**又稱為**基因多樣性**（英語：genetic diversity）。同種個體間因為其生活環境的不同，經歷長時間的天擇、突變所產生的結果。如果遺傳多樣性越高，則族群中可提供環境天擇的基因愈多，其族群對於環境適應能力就愈強，有利於族群的生存及演化。例如人類有不同的膚色，這就是同種個體間性狀的差異，而性狀所表現的差異就是由基因的差異所引起的。

* 生物多样性
* 物种多样性
* 生態多样性
* 演化中性理論
# 突变[编辑]

突变成不同色的大花马齿苋
**突变**（英語：Mutation，即**基因突变**）在生物学上的含义，是指细胞中的遗传基因（通常指存在於細胞核中的去氧核糖核酸）发生的突然及永久性改变。它包括单个碱基改变所引起的点突变，或多个碱基的缺失、重复和插入。原因可以是细胞分裂时遗传基因的复制发生错误、或受化学物质、基因毒性、辐射或病毒的影响。

突變通常會導致細胞運作不正常、或細胞死亡，甚至可以在較高等生物中引發癌症。但同时，突变也被视为演化的“推动力”：不理想的突变会经天择过程被淘汰，而对物种有利的突变则会被累积下去。中性突變（neutral mutation）对物种沒有影响而逐渐累积，会导致间断平衡。

动物的寿命同它们的基因变异速度呈负相关关系。

基因突变：是基因信号通道被截断，信号不能正常交通。
癌细胞只有一个简单的定义：不死的细胞。即控制细胞凋亡的基因组上的信息通道被截断。
基因突变疾病：不同基因组上的信息通道被截断，形成各种不同的基因突变疾病。几乎所有的慢性炎症，都是基因突变疾病。

## 突變的種類

### 以功能分類

以突變對於基因表現之影響來作分類的話，可分為下列幾種：

#### 失去功能的突变

失去功能的突变是指基因受到影響，讓基因表現不明顯，或使基因的產物蛋白質失去功能。

#### 次形態突变

此種突變會使基因的表現或是基因產物的活性減弱，但不會消失。

#### 超形態突變

此種突變與次形態突變相反，會使基因的表現加強。例如波大多人。

#### 獲得功能的突變

獲得功能的突變是指發生的突變讓原本應該是不表現的基因產生活性，進而影響細胞功能，這樣的突變多半需要染色體程度的突變較有可能產生，而最常發生獲得功能的突變就是癌細胞。

### 以突变机理分類

#### 点突变

DNA序列中涉及单个核苷酸或碱基的变化称为点突变。通常有两种情况：一是一种碱基或核苷酸被另一种碱基或核苷酸所替换；二是一个碱基的插入或缺失。

##### 同義突變

同義突變通常為沉默突變。

##### 沉默突变

当点突变发生在基因及其调控序列之外，或使基因序列内一种密码子变成编码同一种氨基酸的另一种同义密码子时，不会改变生物个体的基因产物，因而不引起性状变异。不引起生物性状变异的突变称为沉默突变。

##### 错义突变

错义突变指由于某个碱基对的改变，使编码一种氨基酸的密码子变成编码另外一种氨基酸的密码子，结果使构成蛋白质的数百上千个氨基酸中有一个氨基酸发生变化。（实例：镰刀形细胞贫血症）

##### 移码突变

指在DNA链上，有时一个或几个非3的整数倍的碱基的插入或缺失，往往产生比碱基替换突变更严重。这种插入或缺失突变又称为移码突变。

##### 无义突变

无义突变指当点突变使一个编码氨基酸的密码子变成终止子时，则蛋白质合成进行到该突变位点时会提前终止，结果产生一个较短的多肽链或较小的蛋白质。

#### 大突变

大突变是可能涉及整个基因以至多个基因的一长段DNA序列的改变，大突变常常导致染色体畸变。

##### 缺失

指DNA分子丢失一段碱基序列。（染色体缺失，Deletion）能引起移码。

##### 插入

指DNA分子的正常序列中插入一段DNA序列。（Insertion②）能引起移码。

##### 重排

重排包括某段DNA序列的重复（duplication），倒位（inversion），易位（translocation）等。

* 生物学
* RNA世界學說
* 演化
* 演化生物学
* 演化人類學
* 演化心理學
* 生命演化历程
* 人類演化
* 人类演化历程
* 社會生物學
* 遗传学
* 群体遗传学
* 基因組學
* 基因毒性
* 生物化学
# 多态性 (生物学)

浅色形态的美洲虎（典型形态）深色形态的美洲虎（南美种群中约有6%）
**多态性**（英語：polymorphism）在生物学中是指一个物种的同一种群中存在两种或多种明显不同的表型。多态性必须同一时间在同一栖息地中出现。

多态性是自然界中的常见现象，与生物多样性、遗传变异以及适应有关。它通常能让一个在不同环境中生活的种群保持形态上的多样性。其中最常见的例子便是许多生物的两性异形。其他例子还包括蝴蝶的拟态以及人类的血红蛋白和血型。

## 遺傳多態性

遺傳多態性最初的來源是基因突變。在單看特定時空範圍內的族群時，來自其他族群（甚至不同物種）的基因流動也可以是多態性的來源。基因和染色體的運作方式使遺傳呈顆粒性，因此父親和母親的性狀不會在後代中混合。多態性因此可以存在。

分子生物学家稱多態性，常是指基因型的点突变（如单核苷酸多态性），不一定會造成性狀差異。

### 重要性

遺傳多态性是天擇演化的重要基礎，如果沒有多態性，則每個個體的適應力都一樣，天擇不會偏好任何個體，因此將無法推動演化。

### 維持多態性的機制

天擇會移除個體，因此可能造成某個基因完全被移除，而失去多態性。除此之外另外遺傳漂變也可能移除多態性。在自然界中多態性很常見，因此可推知有些機制在維持多態性。幾個已知的機制如下

* 負向族群密度選擇（negative frequency-dependent selection），即一個基因頻率低時，適應力較高，頻率高時適應力則下降。一個例子是多觀一致的生物個體容易被天敵認出來。又如免疫系統的主要組織相容性複合體(major histocompatibility complex,MHC)多型性是另一個例子。
* 異型合子優勢，即雙套染色體生物個體同時帶有兩種不同基因時適應力最高。有名的例子是鐮刀型貧血。
* 不同方向的天擇。天擇可能因時間和地點的不同而有不同的方向，因此無法移除特性基因。棲位特化（niche partitioning）是一例。

### 例子

* 兩性異形。
* 側斑猶他蜥三種不同的形態

## 非遗传多型性

在非遗传多型性中，不同个体间的差异是相同基因受不同环境因素的诱导而产生的。蚂蚁的一个种群中这两种机制可以同时起作用。

非遺傳多型性因為不可遺傳，因此無法造成演化。但是個體之間如果因可塑性的不同，在相同的環境誘導中可能發育出不同的性狀，此「可塑性的不同」可以演化。
# 基因流動[编辑]

基因流动是等位基因从一个种群到另一个种群的个体迁移。
在群体遗传学中， **基因流动**，或称为**基因移徙**（英語：**gene flow**），是变异基因从一个种群到另一个种群的转移。 如果基因流动的速率足够高，那么两个种群可以看作是拥有一致的基因多样性，因此可以认为是一个种群。 目前已经有足够的证据表明，只需要“一代一个个体迁徙”，就能防止种群的遗传漂变。基因流动是一个可以用来在不同种群中传递基因多样性重要的机制。 种群个体的迁出或迁入都可能会导致基因频率的变化，改变种群内的基因多样性。 迁移也可能会导致特定物种或种群的基因库中新增变异个体。 高速率的基因流动可以减少两个种群间的基因差异，增加基因一致性。 因此，一般认为基因流动通过结合不同种群的基因库来限制物种分化，以最终防止物种形成。

有许多因素会影响不同种群间基因流动的速率。 基因流动在具有低传播性或低流动性的种群间一般比较慢，这样的基因流动一般发生于分散的栖息地之间，不同的栖息地之间常常相距甚远，这样的种群的规模一般也不大。物种流动性在基因流动中发挥着重要的作用，更容易迁徙的种群更有可能与其他种群进行交流。尽管花粉和种子常常可以移动很长的距离，通常来说，仍然是动物比植物更容易流动。 随着散布距离的降低，基因流动会被阻碍，且更容易发生近亲繁殖（近亲繁殖的程度可以通过测量近亲繁殖系数F得到）。例如，在许多小岛上，由于岛的环境比较孤立，且种群规模较小，岛上的种群就有着更低的基因流动速率。黑脚岩袋鼠就在澳大利亚的海岸线附近的几个岛上有近亲繁殖的种群。 种群十分孤立导致近亲繁殖发生的概率极大。

* 基因滲入
* 基因水平轉移(HGT)
* 基因工程
* 哈代-溫伯格定律
# 輻射適應

在科隆群岛上发现的14种雀鸟中的4种，被认为通过适应辐射已经进化出多样化喙的形状，以使其适应不同的食物来源。
**适应辐射**（英語：Adaptive Radiation），或稱**辐射適應**，在进化生物学中指的是从原始的一般种类演变至多种多样、各自适应于独特生活方式的专门物种（不包括亚物种，其指涉相互之间不能交配的物种）的过程。而这些新物种虽有差别，却在一定程度上保留了原始物种的某些构造特点，其也各自占据了合适自己的小生境。适应辐射这个概念适用于进化史中一个短的时段内。适应辐射主要是由变异和自然选择所推动。

## 适应辐射的前提

一种非特异的物种到达一个地理上被隔离的生存场所，或者是在一个从没被涉足的场所生存下来。在后续的时间里，它会在适合自己的地点形成种群，而这个群体会不断透过自然选择被分离，从而分离出适应环境的群体，它们會有些与众不同的特征。一段时间后在这些群体中会产生新的物种，加上竞争的存在，使得物种之间的区别更明显。通过自然选择存活下来的物种拥有新的特征组合，會開闢新的生态位以减少竞争。

该地区营养食物需有豐富含量，而且不能有占统治地位的捕食者和过于激烈的竞争的存在。

## 例子

* 14种達爾文雀从一种在加拉巴哥群島上生活的鸟雀发展而来
* 非洲维多利亚湖等淡水系统中的慈鲷科鱼类
* 加勒比群岛上的变色龙
* 3亿年前泥盆纪肺鱼的出现
* 软体动物的演化

## 参看

* 寒武纪大爆发-最著名的进化辐射案例
* 演化辐射-以更一般的的术语来描述任何辐射
# 演化美學[编辑]

**演化美學**（英語：evolutionary aesthetics）是人們對於藝術和審美行為的起源和進化的探討，認為藝術和審美偏好與提高物種生存、繁殖成功率相關的學科研究。

演化時間線
在“自然美”和性方面，更趨近於環境偏好的天擇；而在“人造美”之領域，比如藝術與設計中，“美”可以帶來健康和活力，“醜”會相對擁有健康的風險：美學與適應力相關並影響著對生物演化。演化美學可以試圖以物種的進化史作為背景來解釋人類對於審美的偏好。

## 美感

物種在體驗任何味覺、嗅覺、觸覺、視覺等事物時，通過美學方面的領會，能夠體現出一些偏好，並引導我們去選擇更有營養的食物、選擇穩固安全的庇護所等。這些通過美感偏好選擇出的結果有助於避免某些危害。

## 性擇與生存

對於有性生殖的物種，兩性都會“選擇”攜帶有適應價值的基因的配偶並演化至今。這種選擇可以解釋有些生物體對於無關生存（甚至有害生存）但仍演化出的特征，例如：孔雀絢麗的長尾巴和Goodeinae魚類的尾巴。

然而擁有不利於生存特征的它們仍然被“選擇”並演化至今，是因為該生物擁有抵抗如此頑劣生存條件下的能力。

### 求愛

擁有絢麗長尾羽毛的孔雀
孔雀絢麗的羽毛需要良好的新陳代謝和充足的營養才能慢慢培養潤飾而成，所以選擇了好看的孔雀，也能留下促使身體更強壯的基因，對於生物演化有著不可忽視的作用。

除此之外，在一種孔雀魚（學名：*Panorpa japonica*）中，雌性孔雀魚對於擁有更亮更顯眼的橙色斑點的雄性孔雀魚擁有更強烈的交配慾望。

恰好的是，橙色斑點亮度也與該孔雀魚的健康活力呈正相關，也更不會被寄生蟲感染。在更美麗漂亮、有助於交配的前提下，也成功演化選擇出更強壯的基因。

對於演化美學和演化心理學來說，自然選擇和性擇是解釋生物體演化過程的基礎。

## 參考資料
# 演化伦理学

**演化伦理学**是一門研究進化與道德、倫理之間的關係的學科，也是以生物学为出发点的一种伦理学研究領域，它基于人类心理及行为是由进化而來的事实。这一學科主要以演化心理學、社會生物學或动物行为学等学科为依据，理解和解释观察到的各种伦理偏好或选择，并寻求其起源。

规范性演化伦理学则尝试单独地或部分地借助*演化论*来论证某一伦理体系。从某种方面来说，这一尝试并不是特别地成功。例如，理查德·道金斯就曾提及我们是如何克服自私的基因而变得道德的；也就是说，*演化*使得人們產生各种直觉，但人們应根据道德体系选择服从或克制某一种直觉。此后，道金斯也对山姆·哈里斯所谓的“道德科学”表现出一定兴趣。

## 历史

查尔斯·达尔文在其著作《人类的由来》的*论远古和文明时期中知性和道德能力的发展*（*On the Development of the Intellectual and Moral Faculties During Primeval and Civilised Times* ）一章中试图解释人类道德的起源，以证明在人类和动物之间没有不可逾越的鸿沟。在他的理论中，道德属于自然界历史的问题。他认为，道德感对个体而言几乎没有任何优势，而对群体而言则能增加其适应性。然而，达尔文并未提出一个新的演化伦理学系统。

大卫·休谟首先提出了所谓的“是-应该问题”，即认为单从“是”的陈述中无法推出“应该”的命题。这一问题的本质是伦理系统是否可以论证，其重点在于我们*为什么*可以论证，而非*如何*论证。托马斯·亨利·赫胥黎则认为，道德情感可以逐渐形成，但这并不能成为道德的基础。他在上述评论中涉及了休谟的“是-应该问题”和后来由乔治·爱德华·摩尔提出的自然主義謬誤。此外，道德哲学家亨利·希德維克声称，鉴于演化论不能论证伦理学，它本质上与伦理学并没有什么关系。随后，英国哲学家摩尔在其《哲学原理》一书中证明了所有自然主义伦理学的学说（包括演化伦理学）均有缺陷。他首次指出，即使演化是一种进步，也不能由此得出更高级的有机体在所有方面都更高级的结论。因此，不可能由演化论证立某一特定的道德判断。另外，像“只因为演化的方向是进化的，我们应该朝这一方向前进”之类的论断是站不住脚的，因为它属于自然主义谬误，即以其他事物定义“善”这一概念的谬误。

关于自然选择，美国哲学家威廉·詹姆士认为，当时对于生存这一概念本身的崇拜是不合理的；同样，约翰·杜威也是演化伦理学的批评者之一，虽然他们两个都接受了演化这一事实。此外，杜威还认为，发现某一道德情感的起源和论证它的基础是两回事。

演化生物学家和演化遗传学家费奥多西·多布然斯基也猛烈地批评了演化伦理学：“除非演化伦理学可以说明，为什么促进演化发展一定意味着至善，否则任何演化伦理学的理论都是不可接受的”，“即使演化的方向的确指向‘善’，在这个问题上人们也会更愿意自由地而非被规律驱使着去做选择“。

## 分析哲学

## 引用列表
# 演化博弈论[编辑]

**演化博弈论(Evolutionary game theory)**,又稱**演化賽局理論**，是一種博弈论在物種演化上的應用。此概念最早出現在1973年，由約翰·梅納德·史密斯與喬治·羅伯特·普萊斯合著的論文"The logic of animal conflict"中，將生物在生態中的競爭形式化，將其作為策略進行分析，並量化為數學標準以預測其競爭策略的走向。此論文標誌著博弈论及演化論的融合及演化博弈论的形成。

演化博弈论在生物的動態演化理論框架中加入了博弈论中的策略和分析方式組成的理論，且更注重生物個體和族群在演化的動態過程中所產生的策略改變。

演化博弈论可以成功解釋並補足達爾文演化理論中的互利行為。此理論的重要性逐漸受到經濟學家、社會學家、人類學家和哲學家的重視。

## 概述

演化博弈论考慮生物個體或物種族群間的競爭行為，及雙方的行為策略組合後，該策略組合分別對雙方造成的損失(數量減少、適應度下降)及利得(數量增加、適應度上升)，並依此預測雙方的行為策略頻率的增減。

相較於傳統賽局，在演化賽局中不要求遊戲中的個體預測遊戲走向並試圖做出「合理的策略」，而是做出「策略」這個行為本身，並由遊戲的結果來判斷一個策略的優劣與否，正如自然選擇能讓族群內有利於生存與繁殖的遺傳性狀變得更為普遍，並使有害的性狀變得更少見。在演化博弈论內，「策略」是控制個體行為的遺傳特徵，其成功與否決定於該策略在競爭賽局中面對某它策略(也可能是和自己相同的策略)時所表現的好壞程度，以及遇上其他策略的個別機率。

## 鷹鴿賽局

讓我們考慮一個假想的情形，在一處森林中棲息著老鷹及鴿子兩種鳥類。假設老鷹在面對資源競爭時表現得十分具攻擊性，總是會透過打架來爭奪資源；鴿子在面對資源競爭時則表現的十分保守，遭到攻擊時總是為了安全而選擇逃跑，沒有遭到攻擊時總是選擇分享資源。

假設該資源擁有價值V，而且爭奪資源失敗的後果將會造成價值-C的傷害，我們可以將上述情況簡化為一個收益矩陣

|  | 遇上老鷹
 | 遇上鴿子
 |
| 當老鷹
 | V/2-C/2
 | V
 |
| 當鴿子
 | 0
 | V/2
 |

●當老鷹遇上老鷹，他們會相互打架來爭奪資源，有一半的機率勝出；一半的機率落敗，於是其期望值為 — V/2-C/2。

●當老鷹遇上鴿子，老鷹可以得到所有的資源 — V。

●當鴿子遇上老鷹，鴿子會直接逃跑，甚麼都無法得到 — 0。

●當鴿子遇上鴿子，他們會互相分享資源，因此可以得到一半的資源 — V/2。

除此之外，還需要考慮森林中老鷹及鴿子的數量。換句話說，考慮在森林尋找資源時遇上老鷹/鴿子的機率。

假設遇上老鷹的機率為x，遇上鴿子的機率為(1 - x)，則對於老鷹及鴿子而言，尋找資源的期望值分別為

E鷹 = ( V/2 - C/2 ) \* x + V \* (1 - x) , E鴿 = 0 \* x + V/2 \* (1 - x)。

假設爭奪失敗的後果 C 比 爭奪成功的資源 V 還要大(正如自然環境中的一般情況)。我們可以發現，雖然在賽局內鴿子看似較為弱勢的一方，但是當鴿子在森林中的比例減少時，在森林中遇到老鷹的機率也會隨之增加，將會導致老鷹尋找資源的期望值降低，換句話說，老鷹在尋找資源上得到的適應度將會降低，導致族群數量降低。也就是說森林內的鷹鴿比例將會保持一個動態平衡，也就是一種演化穩定對策(ESS)。

## 側斑蜥蜴的求愛行為

加利福尼亞州常見的側斑蜥蜴 ( Uta stansburiana ) ， 基因變異會產生具有橙色、藍色或黃色喉嚨的雄性。人們會期望自然選擇會偏愛三種顏色類型中的一 種，但所有三種顏色都會持續存在 。 為什麼？ 答案似乎在於，每種喉嚨顏色都與不同的行為模式有關：橙色喉嚨的雄性最具攻擊性，它們會保衛 包含許多雌性的大片領地 。藍喉雄性也有領地意識，但保衛的領地較小，雌性較少。黃喉是模仿雌性並使用 “ 偷偷摸摸 ”的策略 來獲得交配機會的非領地雄性 。

## 熱門題目

* 進化穩定策略
* 機制設計
* 全輸遊戲
* 勝利者的詛咒
* 零和遊戲

## 參考資料
# 人工選擇

圖右方為經過人為育種之後產生的現代玉米，左方為原始的玉米。
**人工選擇**（英語：**Artificial selection**，又譯**人擇**）是指針對特定性狀進行育種，使這些性狀的表現逐漸強化，而人們不需要的性狀則可能逐漸消匿的過程。最早對此進行定義的科學家為查爾斯·達爾文，他以發生在馴養動物的人擇過程來闡述演化過程中的自然選擇（或稱天擇）機制。

* 優生學
* 性選擇
* 定向演化
* 自然選擇
* 親屬選擇
# 工具論[编辑]

《工具论》阿拉伯文抄本
**《工具论》**是亚里士多德学派的传人们（即逍遥学派）对他的六篇关于逻辑的著作， 汇编成一本著作集，并定为此名。 《工具论》中的六篇著作分别是《范畴篇》、《解释篇》、《前分析篇》、《后分析篇》、《论辩篇》和《辨谬篇》。

## 简介

亚里斯多德的逻辑，尤其是他的三段论理论，对西方思想史产生了无与伦比的影响。它并不一直保持这种地位：在希腊化时期，斯多葛式逻辑学，尤其是克律西波斯的著作占据了上风。但是，在后来的上古时期，随着亚里士多德评论家们的努力，亚里士多德的逻辑成为主流，亚里士多德的逻辑传播到了阿拉伯和拉丁中世纪传统文化中，而克里斯蒂普斯的著作却没有能延续下来。 这种独特的历史地位并不总是有助于理解亚里士多德的逻辑作品。康德认为亚里士多德发现了关于逻辑的一切知识，逻辑史学家潘特尔得出了这样的推论，即亚里士多德之后的任何逻辑学家所提出的新事物，实际是困惑，愚蠢或不正当的。在戈特洛布·弗雷格和查尔斯·桑德斯·皮尔士之后的现代形式逻辑兴起期间，传统逻辑的拥护者（被视为亚里士多德逻辑的传人）和新的数理逻辑倾向于将彼此视为在逻辑概念上不相容的对手。最近的学术研究经常将数理逻辑技术应用到亚里士多德的理论中，（在许多人看来）揭示了亚里士多德与现代逻辑学家之间在方法和兴趣上的许多相似之处。

* 逻辑
* 经典逻辑
* 非经典逻辑
* 亚里斯多德

## 参考资料
# 创造分类学

**创造分类学**（英文:**Baraminology**，“Bara”意为创造，“Min”意为种类）是一种由圣经创造论者发明，用以分类现有生物以及已经绝种的生物的分类法。创造分类学最初由库尔特·怀斯（Kurt Wise）於1990年代提出。创造分类学的成立，其中一个需要解决的问题是，当初挪亚带了多少种动物上了方舟以便躲过全球性的大洪水。

根据创造分类学，目前认为挪亚带上方舟的动物不超过1400种，大约共6700多只陆地上的动物和飞鸟进入方舟。而一些动物已经在大洪水后灭绝了，目前的陆地动物和飞鸟可归类为633种左右。虽然海洋动物并没有上挪亚方舟，不过创造分类学也有被用来归类海洋动物。

在大洪水之后，这些从方舟出来的动物逐渐繁衍，分化成了后来数目繁多各种各样的动物。

创造分类学的其中一种分类方法是根据两种动物之间是否可以杂交。例如，狮子和老虎杂交之后可以生下狮虎，则狮子与老虎可以被归类为同一类动物。马和驴可以杂交而生下骡，因此马和驴也应被归类为同一类动物。

创造分类学还有一个不成文的规则，那就是洁净和不洁净的动物通常不会归类为同一类。这是因为上帝吩咐挪亚带入方舟的洁净动物和不洁净动物的数量是不同的。

除了年轻地球创造论者外，年老地球创造论者也可以相信创造分类学。也就是相信说并没有所谓的最后共同祖先，相信有全球性大洪水但是不相信六日创造是字面上的意义。不管是年轻地球创造论者还是年老地球创造论者，都相信生物只会在上帝规定的种类里面演变，不相信跨种类的演变。

现在的科学生物分类学为biological taxonomy，是由生物学家林奈创立，林奈也是一名神创论者。不过现在的创造论者认为，现行的taxonomy分类学已经被查尔斯·达尔文的演化论影响了，也为了要解决挪亚方舟带多少动物的问题，因此便提出了创造分类学（baraminology）。

## 研究方法

创造分类学使用了和演化论系统学相同的方法，包括了支序分类学和模式分析（Anaylsis of Pattern, ANOPA）。不过，与其是用这些方法来找出生物的共同之处，创造分类学使用这些方法来寻找生物群体中形态学和基因上的差距。

创造分类学家还研发了属于创造论者的系统学软件，叫做BDIST，来研究生物群体之间的差异。

Alan Gishlick在2006年时审阅了创造分类学的工作成品，发现了他们使用的方法相当严谨，内部一致性也相当强。

* 生物分类学

## 参考资料

* Baraminology的现状 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
* Baraminology动物的种类 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
* Baraminology （页面存档备份，存于互联网档案馆）
* Baraminology的归类法 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
* Created kinds 和 Ark kinds （页面存档备份，存于互联网档案馆）
* Baraminology动物分类 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
* The Ark Encounter’s Hyper-evolutionary Model Underestimates Speciation Rates （页面存档备份，存于互联网档案馆）
# 藻類分類表

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| **生物分類表**

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| * 病毒分类表
* 古菌分類表
* 細菌分類表
* 原生生物分類表
* 藻類分類表
* 真菌分类表
* 植物分類表（NCBI）
	+ 被子植物 APG 分类法 （I、II、III、IV）
* 动物分类表
	+ 昆蟲分類表
	+ 软体动物分类表
	+ 魚類分類表
	+ 两栖动物分类表
	+ 爬行动物分类表
		- 恐龍分類表
	+ 鸟类分类系统
		- 鸟类传统分类系统
		- 鳥類 DNA 分類系統
	+ 哺乳动物分类表
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## 綠藻門(Chlorophyta)

### 綠藻綱(Chlorophyceae)

* 膠毛藻目(Chaetopeltidales)
	+ 膠毛藻科(Chaetopeltidaceae)
* Chaetophorales
	+ Aphanochaetaceae
	+ Chaetophoraceae
	+ Schizomeridaceae
* Chlamydomonadales
	+ Astrephomenaceae
	+ Characiochloridaceae
	+ Characiosiphonaceae
	+ Chlamydomonadaceae
	+ Dunaliellaceae
	+ Golenkiniaceae
	+ Haematococcaceae
	+ Phacotaceae
	+ Spondylomoraceae
	+ Tetrabaenaceae
	+ 團藻科(Volvocaceae)
* 綠球藻目(Chlorococcales)
	+ 綠球藻科(Chlorococcaceae)
	+ Coccomyxaceae
	+ Dicranochaetaceae
	+ Dictyosphaeriaceae
* Chlorosarcinales
* 鞘藻目(Oedogoniales)
* Phaeophilales
	+ Phaeophilaceae
* Sphaeropleales
	+ Hydrodictyaceae
	+ Neochloridaceae
	+ Scenedesmaceae
	+ Selenastraceae
	+ Sphaeropleaceae
* 四胞藻目(Tetrasporales)
	+ Chlorangiellaceae
	+ Collinsiellaceae
	+ Hypnomonadaceae
	+ Palmellopsicaceae
	+ 四胞藻科(Tetrasporaceae)
* 目未定
	+ Microsporaceae
	+ Treubariaceae

### Pedinophyceae

* Pedinomonadales
	+ Pedinomonadaceae
* Scourfieldiales
	+ Scourfieldiaceae

### Picocystophyceae

* Picocystales
	+ Picocystaceae

### Prasinophyceae

* Chlorodendrales
	+ Chlorodendraceae
	+ Halosphaeraceae
* Mamiellales
	+ Mamiellaceae
* Pseudoscourfieldiales
	+ Pycnococcaceae
* Pyramimonadales
* 目未定
	+ Monomasticaceae

### Trebouxiophyceae

* Chlorellales
	+ Chlorellaceae
	+ Eremosphaeraceae
	+ Oocystaceae
* Ctenocladales
	+ Ctenocladaceae
* Microthamniales
* Oocystales
* 谿菜目(Prasiolales)
	+ 谿菜科(Prasiolaceae)
* 目未定
	+ Botryococcaceae
	+ Micractiniaceae

### 石蒓綱(Ulvophyceae)

* Acrosiphoniales
* Caulerpales
	+ Bryopsidaceae
	+ Caulerpaceae
	+ Codiaceae
	+ Derbesiaceae
	+ Dichotomosiphonaceae
	+ Ostreobiaceae
	+ Udoteaceae
* 剛毛藻目(Cladophorales)
	+ Anadyomenaceae
	+ Arnoldiellaceae
	+ Chaetosiphonaceae
	+ 剛毛藻科(Cladophoraceae)
	+ 管枝藻科(Siphonocladaceae)
	+ Valoniaceae
* 絨枝藻目(Dasycladales)
	+ Dasycladaceae
	+ Polyphysaceae
* Ignatiales
* Oltmansiellopsidales
* Trentepohliales
	+ Trentepohliaceae
* 絲藻目(Ulotrichales)
	+ 絲藻科(Ulotrichaceae)
* 石蒓目(Ulvales)
	+ Kornmanniaceae
	+ Monostromataceae
	+ 石蒓科(Ulvaceae)
	+ Ulvellaceae

## 轮藻门（Charophyta）

### Chlorokybophyceae

* Chlorokybales
	+ Chlorokybaceae

### Klebsormidiophyceae

* Klebsormidiales
	+ Elakatotrichaceae
	+ Klebsormidiaceae

### Mesostigmatophyceae

* Mesostigmatales
	+ Mesostigmataceae

### 雙星藻綱(Zygnemophyceae)

* Desmidiales
	+ Closteriaceae
	+ Desmidiaceae
	+ Gonatozygaceae
	+ Peniaceae
* 雙星藻目(Zygnematales)
	+ Mesotaeniaceae
	+ 雙星藻科(Zygnemataceae)

### 輪藻綱(Charophyceae)

* 輪藻目(Charales)
	+ 輪藻科(Characeae)

### Coleochaetophyceae

* Coleochaetales
	+ Chaetosphaeridiaceae
	+ Coleochaetaceae
# 演化網路[编辑]

**演化網路**（英語：Phylogenetic network）是以圖來表示生物的核酸序列、基因、染色體、基因組、和物種之间演化的關係。演化樹(英語：Phylogenetic tree)的樹狀結構不足以表達生物演化關係中雜交、基因水平轉移、遺傳重組、和基因重複等事件，因此演化網路容許在圖上存在些混合节點來表達此類關係。演化樹是演化網路的一個子集。演化網路可以被推測和被軟件可視化例如SplitsTree以及最近的軟件，Dendroscope。

* 演化論
* 生物分類總表
* 分類學
* 系統學
* 系統發生樹（Phylogenetic tree）

## 参考资料

* Makarenkov, V., Kevorkov, D. and Legendre, P. (2006),Phylogenetic Network Reconstruction Approaches （页面存档备份，存于互联网档案馆）, Applied Mycology and Biotechnology, International Elsevier Series, vol. 6. Bioinformatics, 61-97.
* [1] （页面存档备份，存于互联网档案馆）, Who is Who in Phylogenetic Networks.
# 長枝吸引效應[编辑]

在系统发生学中，**長枝吸引效應（英語：Long branch attraction, LBA）**，意指在分析物种演化历史或亲缘关系時，实际远缘的谱系（即具有長枝者）被误分群在一起的現象。该效應形成的原因一般为某一谱系在历史上发生了大量遗传或形态层面的变化（在系统树上表现为较长的枝长），表面上与其它积累变化数较多的长枝相似，致使建树软件错误地仅以枝长为依据将谱系推断为关系较近。长枝往往倾向于聚类在系统树的基部，因为用于代表外群的谱系通常也具有较长的枝。

在各种系统发生推断方法中，由于最大简约法的原理是单凭相对性状变化数量来推断亲缘关系，因此长枝吸引常被视为最大简约法的缺陷。舉例而言，在依據DNA序列的分析中，當序列經由快速演化而產生兩個（或多個）支系時，將會產生問題。核苷酸僅四種（A, T, C, G），當DNA置換率高時，兩個支系在同一位點演化出相同核苷酸的機率會增加;當發生這種情況時，簡約法會錯誤地將趨同演化解釋為衍徵。对于这种情况，一种解决策略是可通过增加樣本来打斷長枝，或改用演化速率在所选类群间相对接近的分子标记來修正在同一位點多次置換的問題。但长枝吸引也可能由其他多种因素引起，真正意义上的长枝吸引所发生的频率尚不明确且存在争议，且该现象可能发生在任意推断方法下。在建树所涉及的类群总体分化程度较大时，长枝容易形成，长枝吸引所造成的偏差也更为常见。有时，长枝吸引现象的发生意味着系统发生关系推断结果可能不准确，例如采用不同数据类型，不同的序列分区方式，或是不同的演化模型可能会导致长枝在树上的位置改变。
也有一些观点认为其不可检验，因此在经验系统发育推断中无关紧要。

## 參考文獻
# 系统发生比较方法

**系统发育比较方法**（Phylogenetic comparative methods，简称 **PCM**或 PCMs）是一类在统计分析中明确利用生物谱系之间的系统发育关系，以检验演化假说的方法体系，是现代演化生物学的重要组成部分。

## 应用方向

PCM 依研究目的大致可分为两大方向：

1. **性状随时间的演化过程**：利用数学模型（如布朗运动、奥恩斯坦-乌伦贝克过程、Early Burst等）推断性状的演化速率、方向性、选择强度或祖先状态，并检验不同性状间的演化关联与功能假说。
2. **谱系分化的驱动因素与动态**：研究哪些因素影响物种形成与灭绝，以及多样化速率（diversification rate）如何随生物性状、地理或环境变化而改变。此类研究常使用 SSE（state-dependent speciation and extinction）模型家族等方法。

PCMs 的输入基本数据主要有两类：

1. **系统发育树**（拓补结构与枝长作为已知输入，可基于遗传分子、形态或综合数据构建）；
2. 现生或已灭绝类群的**性状值**（形态、生态、行为、生理、基因表达等）。

需注意，PCMs 不用于推断系统发育树本身，而是将系统发育树视为已知条件。虽可通过贝叶斯框架下的后验树或最大似然法的自助抽样树集成来处理拓扑的不确定性，但建树本身属于系统发育学（phylogenetics）的范畴。

多数关于 PCMs 的研究聚焦于现生生物，但许多方法亦可应用于已灭绝类群，并能整合化石记录、地质指标、古气候重建等资料，甚至可在模型中纳入地球历史中的渐进性或突发性事件（如大气氧含量、火山活动或重大灭绝事件）。

## 统计学框架

PCM 旨在以数学模型描述生物性状随时间的演化过程，并借助现代统计学方法评估模型能否合理解释观测到的数据。由于演化通常跨越极长的时间尺度，可依赖大数定律将复杂的生物过程抽象化为可分析的统计结构，从而估计具有生物学意义的参数，并在候选模型之间进行客观的模型选择。

传统的频率论假說檢定虽适用性广泛，但在比较生物学领域中往往存在局限。传统方法以零假设为核心，通过比较统计量与其在零假设下的理论分布并计算P值以决定是否拒绝零假设，然而在实践中常出现以下两类问题：

1. 许多零假设在生物学上缺乏实际意义。比较生物学中的零假设通常假定两个物种或生物系統的真实参数完全相等，例如“物种 A 与物种 B 的平均体型无差别”。然而，鉴于物种间普遍存在生态、遗传与演化历史方面的差异，这种“完全无差异”的情境在实际自然界中几乎不存在，使得传统的零假设在生物解释上缺乏现实意义，也难以回答研究者真正关心的问题。
2. 传统的零假设检验框架在统计理念上以控制第一型错误（假阳性）为主要目标，因此在设计上常较少关注第二型错误（假阴性）及统计功效，可能导致对数据中的有效信息利用不足。

综上，以零假设为核心的检验方式并非总是最具解释力的策略。因此在 PCM 中，参数估计与模型选择多采用**最大似然**与**贝叶斯统计**两大理论框架。

### 最大似然法

最大似然方法通过寻找使观测数据出现概率最大的参数值，从而提供直接且意义明确的参数估计。

似然框架也支撑模型选择：若两个模型为嵌套关系，可采用似然比检验比较其相对拟合度；在更一般的模型集合中，则可使用赤池信息量准则（AIC）或（在样本量较小时）AICc，综合考量模型复杂度与拟合度。AIC 允许对候选模型进行优劣排序，并可通过赤池权重（Akaike weight，即基于 AIC 值计算的相对支持度）评估每个模型作为“最佳近似”的可能性。

### 贝叶斯统计

贝叶斯框架通过贝叶斯定理将先验知识与观测数据结合，从而得到后验分布，即模型或参数在给定数据下的概率分布。由于求解后验分布通常需要巨大的计算量，实际运算多借助马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）方法，通过大量的随机抽样来获得接近真实后验的分布。

贝叶斯方法可自然表达参数的不确定性，并可计算贝叶斯因子，基于边缘似然来比较模型的支持度。

### 区别

在数据稳健、模型设定合理的情况下，最大似然和贝叶斯方法常可得到一致结论，但在对先验的依赖、对复杂度的偏好，以及结果的解释方式上存在根本差异。

贝叶斯推断依赖于先验设定，且基于“候选模型集合中存在真实模型”的假设，这与 AIC 所采用的理论基础不同。

AIC 假设现实世界比任何候选模型都更复杂，因此寻求的是“误差最小且描述效率最高的近似模型”（即在尽量少的参数或模型复杂度下，尽可能准确地描述数据背后真实过程），通常会偏向能够更好捕捉数据结构的较复杂模型。贝叶斯方法则假设候选模型集合包含真实的数据生成模型，因此在模型选择上倾向更保守。

## 历史

达尔文在《物种起源》中就已指出，物种之间的相似性与差异具有重要演化意义，而谱系的共同祖先关系意味着性状演化并不独立。正是这一认识推动了现代系统发育比较方法的发展。

现代 PCMs 的核心思想源自美国演化生物学家约瑟夫·费尔森斯坦（Joseph Felsenstein）于1985年提出的观点：由于不同物种往往从共同祖先处继承部分性状相似性，而这些相似并非由研究变量独立产生，因此比较分析必须明确纳入系统发育树所提供的协方差结构，以区分“继承的相似”与“独立演化的关联”。

为解决这一问题，费尔森斯坦提出了著名的**系统发生独立对比**（Phylogenetically Independent Contrasts, PICs）方法，其本质是将传统的线性回归等统计模型转换为适用于具有系统发育相关性的数据的形式。具体而言，PICs 并不直接使用系统树末端的物种性状进行回归，而是基于系统树的每一个分叉节点计算“独立对比值”（contrasts），即系统树上分叉两侧性状值的方差标准化对比值（variance-standardized contrast）。这些对比值在统计性质上彼此独立，可视为研究中的统计重复。尽管系统树端点的物种性状难以被视为独立样本，分叉节点产生的对比值却较符合经典统计学的独立性假设，使得标准的回归或相关分析得以有效应用。

自费尔森斯坦的奠基性工作以来，各式 PCMs 方法接连被开发，应用范围不断扩展，使其适用于连续性状、离散性状、多态性状等多类型数据，并由此被用于回答更多类型的演化生物学问题，甚至扩展至生态学、行为学与社会科学等领域。

早期 PCMs 多用于检验关于物种适应性的演化生物学假设，通过控制系统发育非独立性避免虚假相关。然而随着方法学体系的拓展，现代文献通常将凡在统计建模框架中显式利用系统发育树作为结构信息的方法统称为 PCMs。

## 參考文獻
# 分子生物學史

DNA分子結構。
**分子生物學的歷史**開始於1930年代，統合了當時多種的和各不相同的學科，包括生物化學、遺傳學、微生物學、病毒學、與物理學。希望從更基本的層次來理解生命現象，許多的化學家與物理學家，對於後來成為分子生物學產生興趣。

在現代意義上，分子生物學試圖從產生它們的大分子特性開始解釋生命現象。 特別是兩類大分子是分子生物學家關注的焦點：1）核酸，其中最著名的是脫氧核糖核酸（DNA），基因的組成部分，除此之外还有核糖核酸（RNA）；2）蛋白質，它們是活躍於生物體的活性劑。 因此，分子生物學範圍的一個定義是表徵這兩種類型的大分子之間的結構，功能和關係。 這個相對有限的定義足以讓我們為所謂的“分子革命”建立一個日期，或至少建立其最基本發展的年代时间表。

## 概述

「分子生物學」一詞最早是由洛克斐勒基金會的瓦倫·韋弗於1938年創造，意指一個以物理學及化學來解釋生命的概念。此概念的可行性，來自1910年代孟德爾遺傳學的重新見世，以及1920年代原子論及量子力學的成熟。有許多研究者關注於生物學、化學以及物理學之間的交叉，例如後來將焦點轉移到生物學的尼爾斯·波耳以及埃爾溫·薛丁格。此外，從1930年代到1940年代之間，膠體化學、生物物理學以及放射生物學、晶體學等學門也漸趨成熟。

1940年，喬治·畢多與愛德華·塔特姆證明了基因與蛋白質之間的關係，因此而聯繫了生物化學與遺傳學。他們脫離原先常用的模式生物果蠅（*Drosophila melanogaster*），改使用更合適的粉色麵包黴菌（*Neurospora crassa*），並使之成為後來的分子生物學發展主題。1944年，紐約洛克斐勒研究院的奧斯瓦爾德·埃弗里，證明基因是由DNA所組成（參見埃弗里-麥可勞德-麥卡蒂實驗）。阿弗雷德·赫希與瑪莎·蔡斯更於1952年確認了噬菌體的遺傳物質為DNA（參見赫雪-蔡司實驗）。1953年，詹姆斯·沃森與佛朗西斯·克里克基於羅莎琳·富蘭克林及莫里斯·威爾金斯的研究，發現了DNA雙螺旋結構。

到了1961年，方斯華·賈克柏與賈克·莫諾，證明某些基因的產物能作用於這些基因邊緣的特定位置，來調節其他基因的表現。他們也提出了一個假說，認為DNA與蛋白質之間具有一種中介物，並將之稱為信使核糖核酸。於1961年到1965年間，DNA所儲藏的遺傳訊息與蛋白質的關係逐漸明朗，研究發現遺傳密碼決定了DNA的核苷酸與蛋白質的胺基酸序列之間的關聯性。

分子生物學的主要發現發生在僅約二十五年的時間。更新穎且更精巧的基因工程技術，在約十五年後發展成熟，提供隔離複雜生物中特定基因的利器。

## 分子世界的探索

如果我們在生物學歷史的背景中評估分子生物學的發展，很容易注意到它是從第一次顯微鏡觀察開始的研究高峰。早期研究人員觀察生物體微觀層級的組織架構，希望藉此理解他們的功能。從18世紀末開始，組成生物的化學分子開始受到更多關注。19世紀德國化學家尤斯圖斯·馮·李比希促成生理化學的出現，20世紀另一位德國化學家愛德華·比希納開發出生物化學，兩個研究領域共同促進了分子層級研究的發展。在化學家研究的分子與光學顯微鏡下可見的微小結構（如細胞核或染色體）之間，存在一個不明確的區域，即物理化學家沃爾夫岡·奧斯特瓦爾德所稱的“被忽略維度的世界”。這個世界充滿了結構和性質皆不明確的化合物膠體。

透過化學家和物理學家開發的新技術，如X射線衍射，電子顯微鏡，超速離心和電泳等，分子生物學成功地對未知世界展開一連串探索。 這些研究揭示了大分子的結構和功能。

該過程中的一個里程碑是1949年萊納斯·鮑林博士的研究成果，該研究首次將鐮刀型紅血疾病患者的特定基因突變與單個蛋白質，雜合的或純合的紅細胞中的血紅蛋白聯繫起來。

## 生物化學與遺傳學的相遇

二十世紀的前三十年當中，由於生物化學和遺傳學的相遇，分子生物學有了重大進展。生物化學研究組成生物的分子的結構和功能。在1900年到1940年之間，它描述了代謝的中心過程，例如養分的消化與吸收等。這些過程中的每一個步驟均由特定的酶催化。如同在於血液中的抗體或負責肌肉收縮的蛋白質一般，酶也是蛋白質。因此，研究蛋白質的結構和合成，成為生物化學家的主要目標之一。

在20世紀初發展起來的第二個生物學學科是遺傳學。在1900年許霍·德弗里斯、卡爾·科倫斯和埃里克·馮·切爾馬克重新發現了孟德爾實驗後，逐漸開始成形。托馬斯·亨特·摩爾根於1910年透過著名的模式生物果蠅（*Drosophila melanogaster*）的研究，更促使遺傳學展開基因層級的發展。不久之後，摩根證實基因位於染色體上，並在接連的研究當中，與眾多其他研究小組一起證實了基因在生物體生命和發育中的重要性。然而，基因的化學性質及其作用機制仍然是一個謎。分子生物學家致力於確定基因的結構，與描述基因和蛋白質之間的複雜關係。

分子生物學的發展不僅僅是思想史上某種內在“必然性”的結果，而且是一種典型的歷史現象，具有所有未知，不可估量和偶然性：物理學在開始時的顯著發展。 20世紀突出了生物學發展的相對遲滯，成為尋求經驗世界知識的“新前沿”。 此外，1940年代信息論和控制論理論的發展，為了應對軍事緊急情況，為新生物學帶來了大量肥沃的思想，尤其是隱喻。

細菌及其病毒（噬菌體）的選擇作為研究生命基本機制的模型幾乎是自然的 - 它們是已知存在的最小的生物 - 同時也是個體選擇的結果。 最重要的是，這種模式的成功歸功於德國物理學家馬克斯·德爾布呂克的名聲和組織意識，他能夠創建一個以美國為基地的動態研究小組，其獨家範圍是對噬菌體的研究 ：噬菌體團隊（Phage group）。

新生物學發展的地理全景最重要的是先前的工作。 遺傳學發展最快的美國和前衛遺傳學以及高水平的生物化學研究共存的英國都是先鋒派。 德國是物理學革命的搖籃，擁有世界上最優秀的思想和最先進的遺傳學實驗室，應該在分子生物學的發展中發揮主要作用。 但歷史的不同之處在於：纳粹党在1933年上台導致了大量猶太人和非猶太人科學家的移民，法西斯主义意大利的極權主義措施的僵化也在不太極端的程度上促进了他们的移民。 他們中的大多數逃往美國或英國，為這些國家的科學活力提供了額外的衝動。 這些運動最終使分子生物學從一開始就成為真正的國際科學。

* 生物学史
* 生物技术历史
* 遗传学历史

## 參考文獻

* Fruton, Joseph. *Proteins, Genes, Enzymes: The Interplay of Chemistry and Biology*. New Haven: Yale University Press. 1999. ISBN 0-300-07608-8
* Lily E. Kay, *The Molecular Vision of Life: Caltech, the Rockefeller Foundation, and the Rise of the New Biology*, Oxford University Press, Reprint 1996
* Morange, Michel. *A History of Molecular Biology*. Cambridge, MA: Harvard University Press. 1998.
# 植物生理學[编辑]

一个发芽率试验
**植物生理學**是植物学的一个分支科学，它研究植物的功能或生理学。密切相关的领域包括植物形态学（植物结构），植物生态学（与环境的相互作用），植物化学（植物的生物化学），细胞生物学，遗传学，生物物理学，和分子生物学。

研究植物水分关系的两个基本过程，例如光合作用，呼吸作用，植物营养学，植物激素功能，向性，厌食运动，光週期，光形态发生，昼夜节律，环境胁迫生理，种子发芽，休眠和气孔功能，以及蒸腾作用被植物生理学家研究。

## 目标

植物生理学研究的五个关键领域。
植物生理学领域包括研究植物的所有内部活动 - 与植物中发生的生命相关的化学和物理过程。 这包括在多个规模和时间尺度上的研究。 在最小的尺度上是光合作用和水，矿物质和营养素的内部扩散的分子相互作用。 在最大规模上是植物发育的，季节性的，休眠的，和繁殖控制的过程。 植物生理学的主要分支学科包括植物化学（植物生物化学研究）和植物病理学（植物疾病研究）。 植物生理学作为一门学科的范围可分为几个主要研究领域。

* 生物力学
* 植物化学
* 植物解剖學
* 植物形態學
# 细胞遗传学[编辑]

处在分裂中期的细胞。FISH染色顯示發生BCR/ABL互換。
**细胞遗传学**（英語：Cytogenetics）是遗传学下的一个分支，主要研究的是染色体与细胞表现之间的关系（尤其是在有絲分裂和减数分裂期间）。与之相关的技术包括核型、G显带染色体分析、其他遗传显带技术，以及诸如熒光原位雜交（FISH）和比较基因组杂交（CGH）等分子遗传学技术。

## 历史

### 早期

染色体首次被在1842年由卡尔·威廉·冯·内格里（Karl Wilhelm vonNägeli）在植物细胞中观察到。它们在动物（蝾螈）细胞中的行为在1882年由有丝分裂发现者華爾瑟·弗萊明(Walther Flemming)描述。该名称由另一个德国解剖学家von Waldeyer在1888年提出。

下一阶段发生在20世纪初的遗传学发展之后，当时人们认识到染色体（核型）的集合是基因的载体。 Levitsky似乎是第一个将核型定义为体细胞染色体的表型外观，与它们的基因内容相反。人类染色体核型的研究花了很多年的时间来解决一个最基本的问题：一个正常的二倍体人类细胞包含多少染色体? 在1912年，Hans von Winiwarter在精原细胞中报道了47条染色体，在卵原細胞报道了48条染色体，得出XX / XO性別決定系統。 1922年的Painter并不确定男子的二倍体数目是46还是48，首先赞成是46。他将他的观点从46改为48，他正确地坚持有XX / XY系统的人。考虑到他们的技术，这些成果非常卓越。

直到1956年，人们普遍认为人类的染色体组型仅包括46条染色体。大猩猩有48条染色体。 人类2號染色體是由祖先染色体合并而形成的，减少了数量。

## 在生物学上的应用

### 麦克林托克在玉米上的工作

巴巴拉·麦克林托克开始了她的职业生涯，成为一名玉米细胞遗传学家。 1931年，麦克林托克和Harriet Creighton证明标记染色体的细胞学重组与遗传性状（基因）的重组有关。 麦克林托克在卡内基研究所继续研究玉米染色体断裂和融合光斑的机制。 她发现了一个特殊的染色体断裂事件，这个事件总是发生在玉米9号染色体上的同一个位点，她命名为“Ds”或“dissociation”基因座。 麦克林托克继续从事细胞遗传学研究，研究玉米断裂和环形（圆形）染色体的力学和遗传。 在她的细胞遗传学工作中，麦克林托克发现了转座子，这一发现最终导致了她荣获了1983年的诺贝尔奖。

## 参考资料

* 细胞遗传学目录 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
* 细胞遗传学资源 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
* 英文Wikiversity中的细胞遗传学有关内容
# 组织学[编辑]

組織學標本正被放置於光學顯微鏡的載物台上
經蘇木精與伊紅染色的人類肺組織，於顯微鏡下所見
**組織學**（histology）又稱**顯微解剖學**（microscopic anatomy）、**微观解剖学**（microanatomy）、**组织解剖学**（histoanatomy），是继显微镜和特殊染色技术盛行后解剖学的延伸学科，主要研究有机体细微结构的形成、构造及其相关功能，包括基本组织、器官组织，甚或细胞。而比组织学更微观的研究，局限于细胞本身的生命现象，则称细胞学。

生物組織是指生物體中相同或相似的細胞集合以執行特定功能的細胞群。動物體基本上是由上皮組織、結締組織、肌肉組織和神經組織所構成。與組織學相關的生物學門包括了細胞生物學與解剖學等，細胞的層級是在組織之下；解剖學研究的對象主要是器官（但不限于器官），其層級位於組織之上；形態學則是對整個生物體的研究。

通常在无特别指定下，組織學研究的對象是针对動物組織。在組織學的研究中，顯微鏡是非常重要的一項研究工具。組織學的藝術包含了依有興趣的部位挑選適當的染劑，很多現行的染劑都是利用抗體的化學性質，來標定有興趣的目標。1906年，諾貝爾生理醫學獎授予意大利組織學家C.Golgi和西班牙組織學家R.Cajal，因为他们发明了镀银染色法和开创性研究了神经系统组织结构。

## 植物的組織學研究

研究組織裡細胞層級的構造、組成、始源等議題，常仍包含在植物解剖學的領域之中，但 histological 仍普遍被當作一般描述辭使用，意指對組織及細胞的研究及其方法。

* 解剖學、植物解剖學
* 型態學
* 顯微鏡學