Rikunarita-ORG/Wikinium huggingface dataset:
# Komünite

**Komünite**, ekolojide iki veya daha fazla türe ait popülasyonun aynı bölgede yaşamasıdır.

## Özellikleri

Popülasyonlar doğada diğer canlılardan bağımsız olarak yaşayamaz. Sürekli birbirleri ile iletişim halindedirler. Aynı alan içerisinde birbiriyle ilişkili tüm popülasyonların oluşturduğu topluluğa komünite denir. Bitkiler, hayvanlar, bakteri ve mantar gibi birçok organizma da komünite içinde yer alabilir. Bir komünite içinde başka komüniteler de bulunabilir. Örneğin bir gölde yaşayan su bitkileri, omurgasız ve omurgalı hayvanlar ile mikroorganizmalar komüniteyi oluşturur. Bu canlıların vücutlarının içinde yaşayan parazit organizmalar da ayrı bir komünite olarak kabul edilir. Yaşama birliklerinde bulunan komünitelerin şekil ve büyüklüğü; komünitedeki canlı türlerinin çeşitliliği ve çevre şartlarının organizmalar üzerindeki etkilerine bağlıdır. Sıcaklık, nem, yağış ve besin gibi faktörler tür çeşitliliğini ve komünite büyüklüğünü etkiler. Dünyanın farklı bölgelerinde bulunan komüniteler, tür çeşitliliği yönüyle de farklılık gösterir. En az tür çeşidine sahip olan komüniteler, kutup bölgelerinde görülür. Tropikal bölgelerdeki komüniteler ise tür çeşitliliği yönüyle zengin olanlarıdır.

Komüniteler bazen çok sayıda tür içerebilir ve bu canlılar yaşamlarını sürdürebilmek için coğrafi bir alana ihtiyaç duyarlar. Bu alana biyotop denir
# Habitat

Antarktika'da bir habitat
**Habitat** ya da **yaşam alanı**, bir canlının yaşadığı ve geliştiği yer. Bu yer, fiziksel bir bölge, yeryüzünün özel bir parçası, hava, toprak ya da su olabilir. Habitat, bir okyanus ya da bir çayırlık kadar büyük olabileceği gibi, çürümüş bir ağaç da bir böceğin bağırsağı kadar küçük de olabilir. Bununla beraber, her zaman tanımlanabilen ve fiziksel olarak sınırlı bir bölgedir. Birden fazla hayvan ya da bitki özel bir habitatta yaşayabilir. Develerin habitatı çöller, balıklarınki ise denizler ve tatlı su kaynaklarıdır.

## Ayrıca bakınız

* Habitat parçalanması

## Kaynakça

## Dış bağlantılar

Wikimedia Commons'ta Habitat ile ilgili ortam dosyaları mevcuttur.

Vikisözlük'te habitat ile ilgili tanım bulabilirsiniz.

Vikikaynak the 1911 *Encyclopædia Britannica* ansiklopedisinde Habitat  maddesine sahiptir.
# Ekolojik niş

**Ekolojik niş**, bir bireyin bulunduğu ortam içerisinde sahip olduğu veya yapmak zorunda olduğu bütün görev ve sorumluluklara denir.

Genellikle habitat ile karıştırılan bir terim olmasına karşın anlam bakımından tamamen farklı bir şey ifade eder. Örneğin; bir canlının beslenmesi, korunması, saklanması, üremesi, diğer canlılarla ilişki içinde olması gibi yapması gereken bütün faaliyetler ekolojik niş içerisinde yer alır.

## Kaynakça
# Kaynak (biyoloji)

Biyolojide ve ekolojide **kaynak**, bir canlının üremek, büyümek ve hayatını idame ettirmek için ihtiyaç duyduğu, çevredeki herhangi bir maddedir. Kaynaklar tek bir canlı tarafından tüketilebilir ve diğer canlılara herhangi bir şey kalmayabilir. Bitki için başlıca kaynaklar ışık, mineral, su ve büyümek için gerekli alandır. Hayvanlar için ise yiyecek, su ve bölgedir.

## Bitkiler için başlıca kaynaklar

Kara bitkileri, fotosentez ile çimlenme, büyüme, üreme ve yayılma yaşam döngülerini tamamlamak için belirli kaynaklara gereksinim duyar:

* Karbondioksit
* Mikrosite (ekoloji)
* Besin
* Tozlaşma
* Tohum dağılımı
* Toprak
* Su

## Hayvanlar için başlıca kaynaklar

Hayvanlar, metabolizma ile gebelik, doğum, büyüme ve üreme yaşam döngülerini tamamlamak için belirli kaynaklara gereksinim duyar:

* Yiyecek arama
* Bölge
* Su

## Kaynaklar ve ekolojik süreçler

Kaynak mevcudiyeti ekolojik süreçlerde merkezi bir rol oynar:

* Taşıma kapasitesi
* Biyolojik rekabet
* Liebig'in Minimum Yasası
* Niş farklılaşması

## Kaynakça
# Jel elektroforezi

Jel eletroforezi
**Jel elektroforezi**, saflaştırılmış nükleik asit ve proteinlerin molekül ağırlığı, miktarı ve alt tiplerinin saptanmasında yaygın olarak kullanılan moleküler bir inceleme yöntemidir.

Yöntemin avantajı; basit ve hızlı olmasının yanında diğer yöntemlerle yeterli düzeyde ayrılamayan nükleik asit parçacıklarının ayrılmasını sağlamasıdır.

En çok kullanılan jel elektroforezi yöntemleri agaroz jel elektroforezi ve poliakrilamid jel elektroforezidir. Nükleik asitler için genellikle agaroz jel, proteinler için ise poliakrilamid jel elektroforezi kullanılmaktadır.

SDS poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) hemen tüm protein tiplerinin analizinde uygulanabilmektedir.

Elektroforetik analiz elektriksel bir alanda, ortamda çözünmüş moleküllerin elektrik yüklerine göre göç etmeleri prensibine dayanır. Bu göç hızı molekülün büyüklüğüne, yapısına, ortamın yoğunluğuna, iyonik kuvvete ve uygulanan akıma bağlı olarak değişmektedir. Kullanılan molekülün jel üzerindeki yerini belirlemek için ortamda UV ışığı altında floresan etki gösteren etidyum bromürün (EB) veya benzeri bir ışıyıcı maddenin bulunması gerekmektedir.

## Kaynakça

* Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler Kitabı. Editörler: Güler Temizkan, Nazlı Arda. İstanbul Üniversitesi, Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisliği Araştırma ve Uygulama Merkezi (BİYOGEM) Yayın No: 1. Nobel Tıp Kitabevleri, 1999.
# Kromatografi

Klorofilin kromatogramı
**Kromatografi**, bir karışımın bileşenlerini, bunlara seçimsel ilgi gösteren iki ya da daha çok evreden sistemler arasında farklı göçlerine bakarak tanımak, gerektiğinde niceliklerini belirlemek amacıyla yapılan ve ayırma işlemine dayanan analitik yöntemdir.

Kromatografi terimi başlangıçta, örneğin bitkisel pigmentlerde olduğu gibi cisimleri renklerine göre ayırma oluşmuş işleminden kaynaklandı, ama zamanla uygulama alanı oldukça genişledi. Kromatografi günümüzde son derece duyarlı ve etkin bir ayırma yöntemi olarak kabul edilmektedir.
Duruma göre iki temel mekanizma uygulanır;

* Bileşikler ya iki sıvı evre arasında paylaşılır (bu durumda dağılım ya da paylaşım kromatografisinden söz edilir)
* Hareket halindeki bileşikler durağan katı bir evre yüzeyine bağlanır (bağlar yüzeysel ve fiziksel bir nitelik taşıdığında yüzde tutma kromatografisinden[tersinir bağ, bileşiğin bütünlüğünün korunması], buna karşılık hareketli ve yüzde tutulan bileşikler arasında gerçek kimyasal bağlar oluştuğunda iyon değişimi kromatografisinden söz edilir).

Kimyasal ve fiziksel özellikleri birbirine çok yakın olan bileşiklerden oluşan karışımları damıtma ve ayrımsal kristallendirme ile birbirinden ayırmak zor olabilir. Bu tür maddeler için çeşitli kromatografi yöntemleri kullanılarak başarılı ayrımlar yapılabilir.

Kromatografi, bir karışımın gözenekli bir ortamda, hareketli bir çözücü etkisiyle, karışım bileşenlerinin farklı harkeketleri sonucu birbirinden ayrılması olgusuna dayanır. Hareket eden faza hareketli faz, bahsedilen gözenekli ortama ise adsorban veya sabit faz denir.

Kromatografi olayında adsorpsiyon, dağılma ve değiştirme kuvvetleri rol oynar. Bu kuvvetlere göre de farklı kromatografik yöntemler farklı gruplarda toplanırlar.

## Kromatografi türleri

1. Adsorpsiyon Kromatografisi (Moleküllerin katı bir yüzeye yapışması, tek molekül tabakasından oluşan bir yüzey tabakasının oluşması)
	1. Sıvı - Katı: Kolon ve İnce Tabaka Kromatografisi
	2. Gaz - Katı: Gaz Kromatografisi (GSC)
2. Dağılma Kromatografisi
	1. Sıvı - Sıvı: Kolon ve Kâğıt Kromatografisi
	2. Gaz - Sıvı: Kolon ve Gaz Kromatografisi (GLC)
3. İyon Değiştirme Kromatografisi
4. Jel Filtrasyon (Moleküler eleme) Kromatografisi
5. İyon çifti Kromatografisi
6. Afinite Kromatografısı

## Dış bağlantılar

*
*  15 Haziran 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
*  15 Haziran 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
*  15 Haziran 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
*  18 Nisan 2017 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
*
# Santrifüjleme

**Santrifüjleme**, partikülleri bir çözeltiden boyutlarına, şekline, yoğunluğuna, ortamın viskozitesine ve rotor hızına göre ayırmak için merkezkaç kuvvetinin uygulanmasını içeren tekniktir. Santrifüj makinesine konan tüpler "yeşil kapaklı" diye tabir edilen kan alma tüpleridir. Makine yüksek hızda tüpü döndürerek plazmayı ayrıştırır, ayrışan plazma üst kısımlarda toplanır.
# DNA mikroçip

Yaklaşık 40 000 benek/spot'a sahip oligo tipi DNA Mikroçip taraması.
**DNA mikroçip** (İngilizce: **DNA microarray**) 'DNA çip', 'gen çip', 'genom çip' veya gen-dizi olarak da bilinen, genellikle her biri bir geni temsil eden, ayrı ayrı küçük katı yüzeye kovalent bağlarla sabitlenmiş binlerce DNA parçacıkları toplusudur.

DNA mikroçipleri diğer biyolojik mikroçiplerden (örneğin protein veya antikor mikroçipi) tek farkı DNA'yı ölçmesi veya algılama sisteminin bir parçasını DNAnın oluşturmasıdır. Nicel veya nitel ölçümler zorlayıcı şartlar (İngilizce: *high-stringency*) altında seçici DNA-DNA veya DNA-RNA etkileşimi ve florofor tabanlı algılama esaslarına dayanmaktadır. DNA mikroçip teknolojisi çoğunlukla gen ifadesi profilini çıkarmada, yani aynı anda çok sayıda genin ifade (İngilizce: *expression*) düzeyinin gözlemlenmesinde veya karşılaştırmalı genomik hibridizasyon çalışmalarında kullanılmaktadır.
# Yeşil floresan protein

*Aequorea victoria*
**Yeşil floresan protein** (**GFP**), mavi ila ultraviyole aralığında ışığa maruz kaldığında parlak yeşil floresan sergileyen 238 amino asitten (26,9 kDa) oluşan bir proteindir. Yeşil renkte parlayan benzer proteinler birçok deniz organizmasında bulunur, ancak *GFP* etiketi geleneksel olarak bu özel proteine atıfta bulunur. Bu protein ilk olarak denizanası *Aequorea victoria'*dan izole edilmiştir ve bazen -hassasiyet gerektiğinde- *avGFP* olarak adlandırılır.

Hücre biyolojisinde ve moleküler biyolojide, GFP geni sıklıkla bir eksprasyon raporlayıcı olarak kullanılır. Biyosensörler yapmak için değiştirilmiş formlarda kullanılmıştır ve GFP'yi ifade eden birçok hayvan yaratılmıştır; bu, bir genin belirli bir organizma boyunca, seçilen organlarda veya ilgili hücrelerde ifade edilebileceğine dair bir konsept kanıtı gösterir. GFP, hayvanlara veya diğer türlere transgenik tekniklerle aktarılabilir ve aktarıldığı genomlarda ve yavrularının genomunda tutulabilir. Bugüne kadar GFP, insan hücreleri dahil olmak üzere bakteriler, mayalar, mantarlar, balıklar ve memeliler dahil olmak üzere birçok türde ifade edilmiştir. Bilim insanları Roger Y. Tsien, Osamu Shimomura ve Martin Chalfie, yeşil floresan proteini keşfetmeleri ve geliştirmeleri nedeniyle 10 Ekim 2008'de 2008 Nobel Kimya Ödülü'ne layık görüldü.

## Kaynakça

## Konuyla ilgili yayınlar

## Dış bağlantılar

* A comprehensive article on fluorescent proteins at Scholarpedia 2 Ekim 2013 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
* Brief summary of landmark GFP papers 13 Temmuz 2017 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
* Interactive Java applet demonstrating the chemistry behind the formation of the GFP chromophore
* Video of 2008 Nobel Prize lecture of Roger Tsien on fluorescent proteins 29 Haziran 2017 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
* Excitation and emission spectra for various fluorescent proteins 21 Aralık 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
* Green Fluorescent Protein Chem Soc Rev themed issue 9 Mart 2013 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. dedicated to the 2008 Nobel Prize winners in Chemistry, Professors Osamu Shimomura, Martin Chalfie and Roger Y. Tsien
* Molecule of the Month, June 2003: an illustrated overview of GFP by David Goodsell.
* Molecule of the Month, June 2014: an illustrated overview of GFP-like variants by David Goodsell.
* Green Fluorescent Protein 1 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. on FPbase, a fluorescent protein database
* Overview of all the structural information available in the PDB for UniProt: P42212 (Green fluorescent protein) at the PDBe-KB.
# Northern blot

**Northern blot**, moleküler genetikte kullanılan hibridizasyon yöntemlerinden biridir.

Bu teknik Southern blot'a çok benzer, ancak bu yöntemde DNA yerine mRNA veya virüs RNA'sı kullanılarak işlem yürütülür. Prob olarak, RNA'ya eşlenik olan işaretli fosfor-32 cDNA veya cRNA'sından yararlanılır. Testin yapılışı ve değerlendirilmesi için Southern blot hibridizasyonunda olduğu gibi önce kılcallık yoluyla RNA nitroselüloz veya naylon filtreye geçirilir, üzerine de bir röntgen filmi konularak otoradyografisi gerçekleştirilir. Filtre üzerinde RNA-DNA ya da RNA-RNA hibridizasyonu gerçekleştirilir.

## Ayrıca bakınız

* Southern blot
* Western blot
* Dot blot
* PCR

## Kaynakça
# Southern blot

**Southern blot**, Edwin Southern tarafından geliştirilmiş moleküler genetikte kullanılan hibridizasyon yöntemlerinden biridir.

Uygun probların kolaylıkla elde ediliyor olması insanda özel bir genin, bu geni klonlamaya gerek kalmaksızın analizine olanak sağlamıştır.

## Yöntem

Bu yöntemde restriksiyon enzimiyle DNA fragmentlere ayrılır. Bu enzimler DNA'yı tanıdıkları özel dizilerden kırarlar, böylece çeşitli büyüklüklerde fragmentler oluşur. Agaroz jel elektroforez yöntemiyle büyüklüklerine göre sıraya ayrılan bu fragmentler önce bazik pH ile denatüre edilip blot yöntemi ile nitroselüloz filtreye geçirilir. Bu yöntemde kılcallık etkisi kullanılarak çözeltiyle beraber içindeki DNA fragmentlerinin aktarılması sağlanır. Fosfor-32 ile (veya nükleotitlerde bulunan atomların diğer bir radyoaktif analoğuyla) işaretli denatüre edilmiş ve incelenecek bölgeye bağlanacak şekilde hazırlanmış olan prob filtre üzerinde tutulan fragmentlerden kendisine uyanla hibridize olur, yani hidrojen bağı oluşturur. Sonrasında, filtre üzerine bir röntgen filmi konularak otoradyografi işlemi gerçekleştirilir. Bu işlemde radyoaktif probdan gelen radyasyon bağlandığı yerde iz bırakır ve bandı gösterir. Günümüzde radyasyon yerine floresan problar da kullanılmaktadır.

## Ayrıca bakınız

* Northern blot
* Dot blot
* PCR

## Kaynakça
# In vivo

Birçok *in vivo* deney fareler üzerinde yapılır.
In vivo (Latince: *canlının içinde*), ölü bir organizma veya organizma parçası yerine canlı bir organizmanın veya organizmanın bütününün varlığını belirtmek için kullanılan bir terimdir.

Biyoloji alanında *in vitro* kavramı organ, doku, hücre, hücresel bileşen, protein veya biyomoleküller üzerinde yapılan araştırmaları tarif ederken, tersine *in vivo* araştırma bütün bir organizmanın üzerinde yapılan araştırmalara denir. İnsanlar üzerinde *in vivo* deney yapmak etik olarak sorunlu olacağından *in vivo* deneylerde genellikle insanları temsil eden model organizmalar kullanılır, ancak bunların kullanımı da etik olarak sorgulanabilir.

## Ayrıca bakınız

* ex vivo
* in vitro
* in situ

## Kaynakça
# In silico

In silico (Kelime anlamı "silikonda"dır, bilgisayar çiplerinde silikonun kullanımına atıfta bulunur), biyolojik deneylere atıfta bulunarak "bilgisayar veya bilgisayar simülasyonu aracılığıyla gerçekleştirilen" anlamına gelen bir ifadedir. İfade 1987 yılında, biyolojide yaygın olarak kullanılan (ayrıca sistem biyolojisine bakınız) ve canlı organizmalarda, canlı organizmaların dışında ve doğada yapılan deneylere sırasıyla atıfta bulunan *in* *vivo*, *in vitro* ve *in situ* Latince ifadeler temel alınarak türetilmiştir.

## Kaynakça

## Dış bağlantılar

* World Wide Words: *In silico* 8 Ağustos 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
* CADASTER30 Mart 2012 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Seventh Framework Programme project aimed to develop in silico computational methods to minimize experimental tests for REACH Registration, Evaluation, Authorisation and Restriction of Chemicals
* In Silico Biology. Journal of Biological Systems Modeling and Simulation 21 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
* In Silico Pharmacology 24 Mayıs 2013 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
# In vitro

Mikroklonal bitki çoğaltma laboratuvarında klonlanmış bitkinin bulunduğu in vitro bir şişe
In vitro, sıklıkla biyoloji ve tıp alanlarında kullanılan ve "laboratuvar ortamında ya da yapay koşullarda" manası taşıyan bir terimdir. Örneğin, yapay ortamda hazırlanmış doku örnekleri ya da bakteri ekinleri üzerinde denenen herhangi bir ilacın etkisi “in vitro” olarak çalışılmış olur.

## Kaynakça
# Opisthocomidae

| Opisthocomidae Yaşadığı dönem aralığı: 36-0 myö Priaboniyen-Günümüz PreЄЄOSDCPTJKPgN |
| --- |
| *Opisthocomus hoazin* |
| Biyolojik sınıflandırma  |
|

|  |  |
| --- | --- |
| Âlem: | Animalia
 |
| Şube: | Chordata
 |
| Sınıf: | Aves
 |
| *Klad*: | Passerea
 |
| Takım: | Opisthocomiformes L'Herminier, 1837 |
| Familya: | **Opisthocomidae** Swainson, 1837 |

 |
| Cinsler |
| * ?†*Foro*
* ?†*Onychopteryx*
* †*Hoazinoides*
* †*Namibiavis*
* †*Protoazin*
* †*Hoazinavis*
* *Opisthocomus*
 |
| Sinonimler |
| * Foratidae Olson, 1992
* Hoazinoididae Rasmussen, 1997
* Onychopterygidae Cracraft, 1971
 |

**Opisthocomidae**, **Opisthocomiformes** takımı içinde yer alan kuş familyasıdır. Tek yaşayan üyesi Güney Amerika'da Amazon Havzası ve Orinoco Deltasında bulunan *Opisthocomus hoazin* türüdür. Biri Afrika diğeri Avrupa'da olmak üzere çeşitli fosil türleri bulunmuştur.

## Kaynakça
# Soho

**Soho**, Londra'da, Oxford Sokağı ile Piccadilly Circus arasında bir semttir. Özellikle Çin, Fransız, İtalyan ve Yunan lokantalarının bulunduğu eski bir göçmen yerleşim alanıdır. Semtin bu kozmopolit yapısı, 17. yüzyıla kadar çıkmaktadır.

Avrupa ve Asya'nın çeşitli yerlerinden buraya nüfusun kültürlerinin kaynaştığı bir noktadır.

Londra'nın eğlence merkezi olarak da bilinen *Soho*, çok sayıda eşcinsel barı, gece kulübünü, sex shopu ve pubı bünyesinde barındırır. Ancak, uluslararası standartlarla karşılaştırıldığında ziyaretçiler için tehlikeli sayılmaz.

Soho Haritası
## Başlıca Sokakları

* Old Campton Street, Fransız, İtalyan, Malezya ve Vietnam mutfaklarının temsil edildiği sokak.
* Berwick Street, müzik dükkânlarının olduğu ve pazartesiden cumartesiye açık olan Berwick Sokak pazarı vardır. Sokağın sonunda ise yeni bir camii inşaatı vardır.
* Carnaby Street, 1960'ların modası ile ilgili dükkânların olduğu bir sokaktır.
* Dean Street'da ise, Soho Tiyarosu bulunmaktadır ve The French House adlı pub vardır.
* Denmark Street, batının müzik yayıncıları merkezidir.
* Frith Street,John Logie Baird televizyonda gösteri yaptığı ilk yerdir.
* Gerrard Street, Ronnie Scott's Jazz Club and ve Dive Barın bulunduğu sokaktır.
* Soho Square'da Paul McCartney'ın ofisi ve İngiltere Futbol Federasyonu'nun merkezi bulunmaktadır.