# Dendrogram

Düğümlerin yüksekliğine sahip hiyerarşik bir kümelenmenin (UPGMA) dendrogramı (bakteriyel 5S rRNA dizisi verilerinden uyarlanmıştır).
Sünger türlerinin varlığı/yokluğu kullanılarak deniz yerleşimlerinin hiyerarşik kümelenmesi için bir dendrogram çıktısı.
Yaşam ağacının bir dendrogramı. Bu filogenetik ağaç, Woese ve diğ. rRNA analizi çalışmasından uyarlanmıştır. Alttaki dikey çizgi, Son evrensel ortak atayı (LUCA) temsil eder.
Sol ve üst kenar boşluklarında iki dendrogramı gösteren RNA-Seq verilerinin ısı haritası.
Bir **dendrogram** veya **ağaç diyagramı**, bir ağacı temsil eden bir diyagramdır. Bu şekilsel gösterim, farklı bağlamlarda sıklıkla kullanılır:

* hiyerarşik kümelemede, ilgili analizler tarafından üretilen kümelerin düzenini gösterir.
* hesaplamalı biyolojide, genlerin veya örneklerin kümelenmesini, bazen ısı haritalarının (yoğunluk haritalarının) kenarlarında gösterir.
* filogenetikte, çeşitli biyolojik taksonlar arasındaki evrimsel ilişkileri gösterir. Bu durumda, dendrograma filogenetik ağaç da denir.

*Dendrogram*, Grekçe: δένδρον (déndron) "ağaç" anlamına gelen ve Grekçe: γράμμα (grámma) "çizim, matematiksel şekil" anlamına gelen iki antik yunan kelimesinden türemiştir.

## Kümeleme örneği

Kümeleme örneği için, beş taksonun ( WIKINIUM\_MATH\_PH\_0 'dan WIKINIUM\_MATH\_PH\_2 'ye) UPGMA tarafından genetik uzaklık matrisine göre kümelenmiştir. Hiyerarşik kümeleme dendrogramı, ilk verileri temsil eden beş düğümden oluşan bir sütun gösterecektir (burada ayrı taksonlar) ve geri kalan düğümler, mesafeyi (yani farklılığı) temsil eden oklarla birlikte verilerin ait olduğu kümeleri temsil eder. Birleştirilmiş kümeler arasındaki mesafe tekdüzedir ve birleşme düzeyiyle birlikte artar: arsadaki her bir düğümün yüksekliği, iki bağ (ilişki) arasındaki gruplar arası farklılığın değeriyle orantılıdır (sağdaki düğümler, tümü sıfır yükseklikte işaretlenmiş olan bireysel gözlemleri temsil eder.).

## Ayrıca bakınız

* Cladogram
* Soyoluşta uzaklık matrisleri
* Hiyerarşik kümeleme
* Dendrogramları çizmek için bir ücretsiz yazılım olan MEGA
* yEd, dendrogramları çizmek ve otomatik olarak düzenlemek için ücretsiz bir yazılım

## Kaynakça

### Alıntılar

### Kaynaklar

* Galili, T. (2015). "dendextend: an R package for visualizing, adjusting and comparing trees of hierarchical clustering". *Bioinformatics*. **31** (22). ss. 3718-3720. doi:10.1093/bioinformatics/btv428. PMC 4817050 . PMID 26209431.

## Konuyla ilgili yayınlar

* Sokal, Robert R.; Rohlf, F. James (1962), "The comparison of dendrograms by objective methods", *Taxon*, ss. 33-40
* Waterman, Michael S.; Temple, F. Smith (1978), "On the similarity of dendrograms", *Journal of Theoretical Biology*, **73** (4), ss. 789-800
* Petchey, Owen L.; Gaston, Kevin J. (2007), "Dendrograms and measuring functional diversity", *Oikos*, **116** (8), ss. 1422-1426
* Forina, M.; Armanino, C.; Raggio, V. (2002), "Clustering with dendrograms on interpretation variables", *Analytica Chimica Acta*, **454** (1), ss. 13-19
* Van Sickle, John (1997), "Using mean similarity dendrograms to evaluate classifications", *Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics*, ss. 370-388
* Murtagh, Fionn (1984), "Counting dendrograms: a survey", *Discrete Applied Mathematics*, **7** (2), ss. 191-199
* Lapointe, François-Joseph; Legendre, Pierre (1995), "Comparison tests for dendrograms: A comparative evaluation", *Journal of Classification*, **12** (2), ss. 265-282

## Dış bağlantılar

* İris dendrogramı 29 Kasım 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. - Gerçek tür kategorisine karşı "tam" yöntemini kullanarak hiyerarşik kümelemeden 3 kümeyi görselleştirmek için bir dendrogram kullanma örneği (R kullanarak).
* Bock, Tim. "What is a Dendrogram?". 23 Eylül 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 29 Aralık 2020.
* "DENDROGRAM". 31 Mart 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 29 Aralık 2020.
* "dendrogram" komutu Matlab yardım sayfası 26 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.