# DNA dizisi

Bir otomatik dizileme aracının çıktısından okunabilen DNA dizisi
**DNA dizisi** veya **genetik dizi**, gerçek veya hayalî bir DNA molekülü veya ipliğinin birincil yapısına karşılık gelen harfler dizisidir.

Bu dizide bulunan harfler *A*, *C*, *G* ve *T* 'dir, bunlar DNA ipliğinde bulunan adenin, sitozin, guanin ve timin adlı dört bazı temsil eder. Tipik olarak bu diziyi oluşturan harfler birbirine bitişik olarak, aralarda boşluk olmaksızın yazılır, örneğin AAAGTCTGAC gibi; bu dizinin soldan sağa okunuşu 5'-3' doğrultusuna karşılık gelir.

Fonksiyona göre bir DNA dizisine *anlamlı* veya *anti-anlamlı* ve *kodlayan* veya *kodlamayan* olarak değinilebilir.

Bir DNA molekülünün baz dizisinin okunmasına DNA dizilemesi denir.

## Belirsizlik sembolleri

Özel durumlarda bir dizide A, T, C ve G dışında harfler bulunabilir. Bu harfler dizide belirsizlik olduğunu belirtmek için kullanılır. Saf ve Uygulamalı Kimya Uluslararası Birliği (IUPAC)'nin bu amaç için belirlemiş olduğu sembollerin anlamları (ve anımsatıcıları) şöyledir:

* **A** = **a**denin
* **C** = sitozin (ing. c**ytosine*)
* **G** = **g**uanin
* **T** = **t**imin
* **U** = **u**ridin (RNA dizilerinde kullanılır)
* **R** = G A (pü**r**in)
* **Y** = T C (pirimidin: ing. *p**y**rimidine*)
* **K** = G T (keto gruplular)
* **M** = A C (amino gruplular)
* **S** = G C (kuvvetli bağlılar: ing. s**trong bonds*)
* **W** = A T (zayıf bağlılar: ing. w**eak bonds*)
* **B** = G T C (A harici hepsi)
* **D** = G A T (C harici hepsi)
* **H** = A C T (G harici hepsi)
* **V** = G C A (T harici hepsi)
* **N** = A G C T (herhangi)

Yukarıda belirtilen belirsizlik sembolleri başlıca iki durumda kullanılır:

* DNA dizilemesi sırasında bir baz teknik nedenlerden dolayı tam okunamadığı zaman (örneğin ya G ya C olabilirse, 'S' yazılır)
* birbirine benzeşen dizilerin ortak yönlerini belirtmek için. Örneğin SREBP adlı transkripsiyon faktörünün bağlandığı dizilerin ortak özelliği TCACNCCAC olarak yazılabilir. Bu örnekteki N harfi o konumda herhangi bir bazın bulunabileceği anlamına gelir. Bir diziler grubununu bu şekilde ifade edilen biçimine dizi motifi denir.

## Dizi formatları

DNA dizilerinin biyoenformatik programları tarafından okunması için belli standart formatlar oluşmuştur. Örneğin bunların en yaygını olan FASTA formatında birinci satır bir ">" sembolünü takibeden bir başlık içerir, onu izleyen satırlarda ise DNA dizisi yer alır. Örneğin:

```
>gi|14456711|ref|NM_000558.3| Homo sapiens hemoglobin, alpha 1 (HBA1), mRNA
ACTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCACCATGGTGCTGTCTCCTGCCGACAAGACCAACGTC
AAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCGGCGCGCACGCTGGCGAGTATGGTGCGGAGGCCCTGGAGAGGATGTTCC
TGTCCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCGCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCTGCCCAGGTTAAGGG
CCACGGCAAGAAGGTGGCCGACGCGCTGACCAACGCCGTGGCGCACGTGGACGACATGCCCAACGCGCTG
TCCGCCCTGAGCGACCTGCACGCGCACAAGCTTCGGGTGGACCCGGTCAACTTCAAGCTCCTAAGCCACT
GCCTGCTGGTGACCCTGGCCGCCCACCTCCCCGCCGAGTTCACCCCTGCGGTGCACGCCTCCCTGGACAA
GTTCCTGGCTTCTGTGAGCACCGTGCTGACCTCCAAATACCGTTAAGCTGGAGCCTCGGTGGCCATGCTT
CTTGCCCCTTGGGCCTCCCCCCAGCCCCTCCTCCCCTTCCTGCACCCGTACCCCCGTGGTCTTTGAATAA
AGTCTGAGTGGGCGGC

```

## Ayrıca bakınız

* DNA
* DNA dizilemesi
* DNA motifi
* Tek nükleotit polimorfizmi (SNP)
* Dizi analizi

## Kaynakça