# Bioinformatika

Penyejajaran sekuens (*Sequence alignment*), salah satu aplikasi dasar bioinformatika. Sekuens yang dianalisis dalam contoh ini adalah asam amino dari empat protein hemoglobin.
**Bioinformatika** (bahasa Inggris: *bioinformatics*) adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi yang terkandung di dalam makromolekul biologis secara kuantitatif.Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (*sequence alignment*), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

## Sejarah

Istilah bionformatika baru dikemukaan oleh Paulien Hogeweg dan Ben Hesper pada tahun 1970, yang didifenisikan sebagai ilmu yang mempelajri proses-proses informatika dalam sistem biotik dari tingkat sel hingga ekosistem, seperti akumulasi informasi selama proses evolusi, penyaluran informasi dari molekul DNA ke dalam proses intrasel dan antar sel, dan interpretasi informasi pada berbagi tingkat. Namun, sebelum istilah ini dikemukakan, sudah ada penelitian di bidang biologi yang bersifat kuantitatif , seperti penerapan model jejaring makanan dalam studi ekologi atau analisis hubungan kekerabatan dalam studi sistematika. Beberapa faktor yang dinilai turut berkembangnya studi ini yaitu penemuan teknik pengurutan protein oleh Frederick Sanger dan koleganya pada awal tahun 1950-an, kemajuan teknologi komputer, dan munculnya sebuah gagasan bahwa makromolekul biologis membawa informasi dari Emile Zuckerkandl dan Linus Pauling pada tahun 1965. Selain itu, berdirinya Bank Data Protein (*Protein Data Bank*/ PDB), pada tahun 1970 yang menjadi pusat pangkalan data struktur protein membuat studi ini dinilai semakin berkembang pada saat itu, di mana pangkalan data tersebut menjadi dasar pengembangan algoritma penjajaran urutan asam amino dari pasangan protein oleh Saul Needleman dan Christian Wunsch dan menjadi dasar proses penjajaran urutan lainnya. Pada tahun 1974, Chou dan Fasman mengembangkan algoritma yang memperdiksi struktur protein dari urutan asam aminonya yang menjadi titik awal dari serangkaian pengembangan algoritma prediksi struktur lainnya. Pada tahun 1979, Los Alamos Sequence Database atau GenBank telah dibentuk sebagai pengembangan pangkalan data DNA dan muncullah algoritma-algoritma pencarian seperti BLAST pada tahun 1990 dan FASTA pada tahun 1985.

Perkembangan Internet mendukung berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui Internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

## Penerapan utama bioinformatika

### Basis data sekuens biologis

Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat.

Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah National Center for Biotechnology Information, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), dan *DNA Data Bank of Japan* (DDBJ). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (*Protein Information Resource*, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

**BLAST** (*Basic Local Alignment Search Tool*) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (*BLAST search*) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritme yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

PDB Diarsipkan 2008-08-28 di Wayback Machine. (*Protein Data Bank*, Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat.

### Penyejajaran sekuens

**Penyejajaran sekuens** (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai *sequence alignment* atau *alignment* saja. Baris sekuens dalam suatu *alignment* diberi sisipan (umumnya dengan tanda "–") sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut.

Berikut adalah contoh *alignment* DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda, "ccatcaac" dan "caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau *match* di antara kedua sekuens).

```
 ccat---caac
 | ||   ||||
 caatgggcaac
```

*Sequence alignment* merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (*common ancestor*). Ketidakcocokan (*mismatch,* tanda".") dalam *alignment* diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (*gap*, tanda "–") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. *Sequence alignment* memberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam contoh *alignment* di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama "ccatgggcaac". Dalam kaitannya dengan hal ini, *alignment* juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan (*conserved*) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein, yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut.

Selain itu, *sequence alignment* juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. BLAST adalah salah satu metode *alignment* yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens. BLAST menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunan *alignment*.

Beberapa metode *alignment* lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode "Needleman-Wunsch" dan "Smith-Waterman". Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment* global** di antara dua atau lebih sekuens, yaitu *alignment* atas keseluruhan panjang sekuens tersebut dan memperbolehkan adanya *gap*. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment* lokal**, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (*dynamic programming*) dan hanya efektif untuk *alignment* dua sekuens (pairwise alignment)

Clustal adalah program bioinformatika untuk *alignment* multipel (multiple alignment), yaitu *alignment* beberapa sekuens sekaligus. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX.

Metode lain yang dapat diterapkan untuk *alignment* sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model ("Model Markov Tersembunyi", **HMM**). HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (*speech recognition*). Selain digunakan untuk alignment, HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya, seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein.

### Prediksi struktur protein

Model protein hemaglutinin dari virus influensa
Secara kimia/fisika, bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi sinar-X ataupun spektroskopi NMR, namun kedua metode tersebut sangat memakan waktu dan relatif mahal. Sementara itu, metode sekuensing protein relatif lebih mudah mengungkapkan sekuens asam amino protein. Prediksi struktur protein berusaha meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuens asam aminonya (dengan kata lain, meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder berdasarkan struktur primer protein). Secara umum, metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok, yaitu metode pemodelan protein komparatif dan metode pemodelan *de novo*.

**Pemodelan protein komparatif** (*comparative protein modelling*) meramalkan struktur suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. Salah satu penerapan metode ini adalah **pemodelan homologi** (*homology modelling*), yaitu prediksi struktur tersier protein berdasarkan kesamaan struktur primer protein. Pemodelan homologi didasarkan pada teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain. Pada metode ini, struktur suatu protein (disebut protein target) ditentukan berdasarkan struktur protein lain (protein templat) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan sekuens dengan protein target tersebut. Selain itu, penerapan lain pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer. Latar belakang *protein threading* adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi daripada sekuens protein selama evolusi; daerah-daerah yang penting bagi fungsi protein dipertahankan strukturnya. Pada pendekatan ini, struktur yang paling kompatibel untuk suatu sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga dimensi protein yang ada. Metode-metode yang tergolong dalam *protein threading* berusaha menentukan tingkat kompatibilitas tersebut.

Dalam pendekatan de novo atau *ab initio*, struktur protein ditentukan dari sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Terdapat banyak kemungkinan dalam pendekatan ini, misalnya dengan menirukan proses pelipatan (*folding*) protein dari sekuens primernya menjadi struktur tersiernya (misalnya dengan simulasi dinamika molekular), atau dengan optimisasi global fungsi energi protein. Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses komputasi yang intens, sehingga saat ini hanya digunakan dalam menentukan struktur protein-protein kecil. Beberapa usaha telah dilakukan untuk mengatasi kekurangan sumber daya komputasi tersebut, misalnya dengan superkomputer (misalnya superkomputer Blue Gene dari IBM) atau komputasi terdistribusi (*distributed computing*, misalnya proyek Folding@homeDiarsipkan 2012-09-08 di Wayback Machine.) maupun komputasi grid.

### Analisis ekspresi gen

Ilustrasi ekson dan intron pada pra-mRNA dan pembentukan mRNA matang melalui penyambungan. UTR (berwarna hijau) adalah bagian ekson yang tidak mengkode di ujung mRNA.
Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik (misalnya dengan *microarray* ataupun *Serial Analysis of Gene Expression* ["Analisis Serial Ekspresi Gen", SAGE]). Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode penggalian data (*data mining*) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. Sebagai contoh, metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen, sementara metode-metode klastering (*clustering*) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen.

## Perangkat lunak

Terdapat sejumlah perangkat lunak gratis dan sumber terbuka yang telah ada dan terus berkembang sejak 1980-an. Beberapa paket perangkat lunak sumber terbuka yang tersedia, antara lain Bioconductor, BioPerl, Biopython, BioJava, BioJS, BioRuby, Bioclipse, EMBOSS, .NET Bio, Orange, Apache Taverna, UGENE, dan GenoCAD.

## Bioinformatika di Indonesia

Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia. Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika" untuk program Sarjana dan mata kuliah "Bioinformatika" untuk program Pascasarjana. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, IPB menyelenggarakan mata kuliah interdept "Pengantar Bioinformatika" yang wajib diambil oleh mahasiswa program sarjana Ilmu Komputer, Biologi, dan Biokimia. Selain itu pada program pascasarjana Ilmu Komputer, FMIPA, IPB tersedia mata kuliah pilihan "Topik dalam Bioinformatika". Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika" sebagai mata kuliah wajib dan "Pemodelan Struktur Protein" sebagai mata kuliah pilihan untuk tingkat program Sarjana. Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY) menyertakan Mata Kuliah "Bioinformatika" dalam mata kuliah wajib tingkat program Sarjana. Mata kuliah "Bioinformatika" diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah "Proteomik dan Bioinformatika" termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 dan pascasarjana Ilmu Komputer maupun program pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB.

Riset bioinformatika protein dilaksanakan sebagai bagian dari aktivitas riset rekayasa protein pada Laboratorium Rekayasa Protein, Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Cibinong, Bogor. Lembaga Biologi Molekul Eijkman, Jakarta, secara khusus memiliki laboratorium bioinformatika sebagai fasilitas penunjang kegiatan risetnya. Selain itu, basis data sekuens DNA mikroorganisme asli Indonesia sedang dikembangkan di UI. Adapun di Pusat Studi Biofarmaka Tropika (TropBRC), LPPM, IPB riset bioinformatika digunakan untuk mendukung riset pengembangan obat dari bahan alam (biofarmaka).

## Lihat pula

* Kimia komputasi
* Biochip

## Referensi

## Bacaan lanjutan

* (Inggris) Attwood, T.K.; Parry-Smith, D.J. (1999), *Introduction to Bioinformatics*, Harlow: Pearson Education, ISBN 0-582-32788-1
* (Inggris) Krane, D.E.; Raymer, M.L. (2003), *Fundamental Concepts of Bioinformatics*, San Francisco: Benjamin Cummings, ISBN 0-8053-4633-3
* (Inggris) Mount, D.W. (2001), *Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis*, Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, ISBN 0-87969-608-7

## Pranala luar

* (Inggris) Daftar pertanyaan yang sering muncul tentang bioinformatika
* (Indonesia) Bioinformatika dan bioteknologi (oleh Arief B. Witarto, peneliti LIPI)
* (Inggris) Jurnal *Bioinformatics*, salah satu jurnal ilmiah yang memfokuskan diri pada tema bioinformatika
* (Inggris) *International Society for Computational Biology* (ISCB)
* (Inggris) *Asia Pacific Bioinformatics Network* (APBioNet)
* (Inggris) Tutorial bioinformatika untuk pemula (menggunakan alat-alat bioinformatika yang tersedia di Internet)
* (Inggris) Download materi bioinformatika (S-Star Bioinformatics Education)
* (Inggris) Planet.Bioinformatics | Agregasi blog bioinformatika
* (Inggris) Linux / Unix biology software