# Pohon kehidupan (biologi)

Sebuah representasi (metagenomik) tahun 2016 dari pohon kehidupan
**Pohon kehidupan** atau **pohon kehidupan universal** adalah sebuah kiasan, model dan alat riset yang dipakai untuk menjelaskan evolusi kehidupan dan mendeskripsikan hubungan antar organisme, baik yang masih hidup dan yang telah punah. Model tersebut dipakai dalam *On the Origin of Species* (1859) karya Charles Darwin.

> Kedekatan semua makhluk dari kelas yang sama terkadang diwakili oleh pohon besar. Saya percaya perumpamaan ini sebagian besar berbicara tentang kebenaran
>
>

— Charles Darwin

Pohon kehidupan berasal dari abad pertengahan untuk menggambarkan silsilah keluarga. Sedangkan pohon filogenetika dalam kerangka evolusi berasal dari pertengahan abad kesembilan belas.

Istilah pohon filogenetika untuk hubungan evolusi spesies sepanjang waktu diciptakan oleh Ernst Haeckel, yang melangkah lebih jauh dari Darwin dalam mengemukakan sejarah filogenik kehidupan. Dalam penggunaannya di saat sekarang, pohon kehidupan mengacu pada kumpulan kompilasi database filogenetika yang komprehensif dan berakar pada leluhur universal terakhir yang hidup di bumi. *Open Tree of Life*, pertama kali diterbitkan September 2015, adalah proyek untuk mengumpulkan database pohon kehidupan yang dapat diakses publik secara gratis.

## Penggunaan di masa sekarang

Pada tahun 1990, Carl Woese, Otto Kandler dan Mark Wheelis mengusulkan sebuah "pohon kehidupan" yang terdiri dari tiga garis keturunan dimana mereka memperkenalkan istilah domain sebagai klasifikasi peringkat tertinggi dalam tingkatan taksonomi. Mereka juga menyarankan istilah bakteria, archaea dan eukariota untuk tiga domain berbeda yang sebelumnya archaea dikelompokkan kedalam bakteri.

Model pohon masih dianggap valid untuk bentuk kehidupan eukariotik. Pada tahun 2010, penelitian ke cabang paling awal dari pohon eukariota telah menghasilkan pohon lainnya dengan empat atau dua supergrup. Tampaknya belum ada konsensus atau kesepakatan; dalam sebuah artikel ulasan, Roger dan Simpson menyimpulkan bahwa "dengan laju perubahan saat ini dalam pemahaman kita tentang pohon kehidupan eukariota, kita harus melanjutkannya dengan hati-hati."

Pada 2015, draf pertama *Open Tree of Life* diterbitkan, di mana informasi dari hampir 500 pohon kehidupan dari berbagai macam kelompok organisme mencakup 2.3 juta spesies makhluk hidup yang diterbitkan sebelumnya digabungkan ke dalam satu database online, bebas untuk diakses dan diunduh.

Pada tahun 2016, pohon kehidupan baru, yang merangkum evolusi semua bentuk kehidupan yang diketahui, diterbitkan, menggambarkan temuan genetik terbaru bahwa cabang-cabang tersebut sebagian besar terdiri dari bakteri. Studi baru ini menggabungkan lebih dari seribu bakteri dan archaea yang baru ditemukan.

## Catatan kaki

## Referensi

* Darwin, Charles (1859), *On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life* (Edisi 1st), London: John Murray, ISBN 978-1-4353-9386-8
* Darwin, Charles (1872), "The Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life", *Nature*, **5** (121) (Edisi 6th), London: John Murray: 318–319, Bibcode:1872Natur...5..318B, doi:10.1038/005318a0, ISBN 978-1-4353-9386-8
* Doolittle, W. F.; Bapteste, E. (2007). "Inaugural Article: Pattern pluralism and the Tree of Life hypothesis". *Proceedings of the National Academy of Sciences*. **104** (7): 2043–2049. Bibcode:2007PNAS..104.2043D. doi:10.1073/pnas.0610699104. PMC 1892968. PMID 17261804.

## Pranala luar

* Tree of Life Web Project - explore complete phylogenetic tree interactively
* Tree of Life Evolution Links species on Earth through a shared evolutionary history
* Science journal issue - Issue devoted to the tree of life.
* The Tree of Life by Garrett Neske, The Wolfram Demonstrations Project: "presents an interactive tree of life that allows you to explore the relationships between many different kinds of organisms by allowing you to select an organism and visualize the clade to which it belongs."
* The Green Tree of Life - Hyperbolic tree University of California/Jepson Herbaria
* NCBI's taxonomy database common tree