# FiloKod

**Međunarodni kodeks filogenetičke nomenklature**, poznat po skraćenici FiloKod (engleski: *PhyloCode*), je nacrt za formalni skup pravila koji reguliraju filogenetičku nomenklaturu. Njegova sadašnja verzija posebno je dizajnirana da regulira imenovanje kladusa, ostavljajući upravljanje imenima vrsta do ranga Nomenklaturnih kodeksa (Međunarodni kodeks nomenklature algi, gljiva i biljaka (CN), Međunarodni kodeks zoološke nomenklature (ICZN), Međunarodni kodeks nomenklature bakterija (ICNB), Međunarodni komitet za taksonomiju virusa (ICTV).

*FiloKod* povezan je s Međunarodnim društvom za filogenetičku nomenklaturu (ISPN). Njegov prateći volumen, **Filonimi**, uspostavit će prva taksonska imena pod FiloKod-om, posluživši kao primjer onima koji nisu s upoznati s kodom. **RegNum** je povezana internetska baza podataka za filogenska imena.

*FiloKod* predlaže da se regulira filogenetička nomenklatura osiguravanjem pravila za odlučivanje koje će se asocijacije imena i definicija smatrati uspostavljenim, koji će se od njih smatrati homonimima or synonyms, i koji će se iz skupa sinonima ili homonima smatrati prihvaćenim (uglavnom onaj koji je prvi registrovan; vidi dolje). FiloKod će dopustiti samo imenovanje kladusa, ali ne iz parafilskih ili polifiletnih grupa, i dozvolit će upotrebu primjeraka, vrsta i apomorfija kao specifera (sidra).

## Filogenetička nomenklatura

Za razliku od rangirane nomenklature kodova (ICN, ICZN, ICNB), FiloKod ne zahtijeva upotrebu rangova, iako po želji dopušta njihovu upotrebu. Kodovi temeljeni na rangu definiraju taksone koristeći rang (kao što su rod, porodica, itd), a u mnogim slučajevima i tip ili tipski podtakson. Tačan sadržaj taksona, osim vrste, nije naveden kodovima koji se temelje na rangu.

Suprotno tome, pod filogenetskom nomenklaturom sadržaj taksona razgraničava se definicijom koja je zasnovana na filogeniji (tj. precima i potomcima) i koristi specifikatore (npr. vrste, primjerke, apomorfije) za označavanje stvarnih organiama. Formula definicije ukazuje na pretka. Definirani takson je, dakle, taj predak i svi njegovi potomci. Stoga se sadržaj filogenetički definiranog taksona oslanja na filogenetičku hipotezu.

Slijede primjeri tipova filogenetičke definicije (velika slova označavaju specifikatore):

* **Temeljen na koljenu**: kladus koji potiče od najbližeg drevnog zajedničkog pretka za A i B ili "najmanje uključiv kladus koja sadrži A i B
* **Temeljen na grani**: kladus koji se sastoji od A i svih organizama ili vrsta koji imaju najbližeg zajedničkog pretka s A a ne sa Z ili najobuhvatniji kladus koji sadrži A, ali ne i Z. Još jedan pojam za definicije ove vrste je **temeljen na izvorima**.
* **Na bazi apomorfije**: kladus koji potiče od prvog organizma ili vrste koja posjeduje apomorfiju M nasljeđenu od A.

Moguće su i druge vrste definicije uzimajući u obzir ne samo filogenetičke odnose organizma i apomorfije, već i jesu li povezani organizmi ili nisu postojeći.

Sljedeća tabela sadrži primjere filogenetičkih definicija razreda koji također imaju rang u tradicijskoj nomenklaturi. Kad su svi specifikatori u definiciji utemeljenoj na koljenima postojeći primjerci ili vrste, kao što je u sljedećoj definiciji Mammalia, definirana je krunska grupa. (Uobičajena definicija sisara je manje restriktivna, uključujući neke fosilne grupe izvan krunske grupe.)

| Ime | Rang | Tip | Moguća filogenetička definicija |
| --- | --- | --- | --- |
| *Tyrannosauridae* | Porodica | *Tyrannosaurus* Osborn 1905 | Posljednji uključujući kladus koji sadrži i *Tyrannosaurus rex* Osborn 1905, *Gorgosaurus libratus* Lambe 1914, i *Albertosaurus sarcophagus* Osborn 1905 |
| *Mammalia* | Razred | N/A | Kladus koji potiče s najbližim zajedničkim pretkom ljudi,  *Homo sapiens* Linnaeus 1758, kljunara *Ornithorhynchus anatinus* Shaw 1799 |
| *Rodentia* | Red | N/A | Najobuhvatniji kladus koja sadrži kućnog miša, *Mus musculus* Linnaeus 1758, ali ne i istočni pamučasti rep, *Sylvilagus floridanus* Allen 1890 |
| *Neornithes* (Moderne ptice) | Podrazred | N/A | Kladus koji potiče sa najbrižim recentnim zajedničkim pretkom najobuhvatnijeg kladusa koji uključuj vrapca *Passer domesticus* Linnaeus 1758 ali ne dinosaura *Stegosaurus armatus* Marsh 1887 |
| *Tetrapoda* | Nadrazred | N/A | Kladus koji potiče sa najranijim pretkom sa *Homo sapiens* Linnaeus 1758 sa naslijeđenim udovima s prstima ili nožnim prstima |

## Verzije

Nacrt /draft) *FiloKoda* prošao je kroz nekoliko revizija. Sve starije verzije se mogu na sajtu Arhivirano 4. 4. 2019. na Wayback Machine. Od januara 2020., sadašnja verzija je 5., finalizirana januara 2014., a važi 21. Januara 2019.

## Organizacija

Kao i kod drugih nomenklaturnih kodeksa, pravila *FiloKoda* su organizirana kao članci, koji su zauzvrat organizirani kao poglavlja. Svaki članak može sadržavati i bilješke, primjere i preporuke.

### Tabela sadržaja

* Preface Arhivirano 4. 11. 2019. na Wayback Machine (including Literature Cited Arhivirano 23. 9. 2021. na Wayback Machine)
* Preamble Arhivirano 24. 9. 2021. na Wayback Machine
* Division I. Principles Arhivirano 1. 9. 2021. na Wayback Machine
* Division II. Rules Arhivirano 1. 8. 2020. na Wayback Machine
	+ Chapter I. Taxa Arhivirano 1. 8. 2020. na Wayback Machine (Arts. 1-3)
	+ Chapter II. Publication Arhivirano 15. 6. 2021. na Wayback Machine (Arts. 4-5)
	+ Chapter III. Names Arhivirano 1. 9. 2021. na Wayback Machine (Arts. 6-8)
	+ Chapter IV. Clade Names Arhivirano 25. 6. 2020. na Wayback Machine (Arts. 9-11)
	+ Chapter V. Selection of Established Names Arhivirano 1. 9. 2021. na Wayback Machine (Arts. 12-15)
	+ Chapter VI. Provisions for Hybrids Arhivirano 22. 9. 2021. na Wayback Machine (Art. 16)
	+ Chapter VII. Orthography Arhivirano 22. 9. 2021. na Wayback Machine (Arts. 17-18)
	+ Chapter VIII. Authorship of Names Arhivirano 3. 6. 2021. na Wayback Machine (Art. 19)
	+ Chapter IX. Citation of Authors and Registration Numbers Arhivirano 22. 9. 2021. na Wayback Machine (Art. 20)
	+ Chapter X. Species Names Arhivirano 28. 9. 2021. na Wayback Machine (Art. 21)
	+ Chapter XI. Governance Arhivirano 1. 9. 2021. na Wayback Machine (Art. 22)
* Glossary Arhivirano 20. 11. 2017. na Wayback Machine
* Tables Arhivirano 1. 9. 2021. na Wayback Machine
* Appendices Arhivirano 27. 11. 2018. na Wayback Machine
	+ Appendix A. Registration Procedures and Data Requirements Arhivirano 27. 11. 2018. na Wayback Machine
	+ Appendix B. Code of Ethics Arhivirano 24. 9. 2021. na Wayback Machine

## Registracijska baza podataka

Jednom implementiran, *FiloKod* će biti povezan s registracijom baze podataka zvanom RegNum, koja će pohraniti sva imena kladusa i definicije koje će se smatrati prihvatljivim. Očekuje se da će ovo pružiti javno upotrebljiv alat za pridruživanje imena kladusa definicijama, koji se zatim mogu povezati sa grupsms subtakson ili primjercima putem filogenijske baze podataka stabala (poput TreeBASE).

Kao što je planirano, međutim. najvažnija upotreba RegNum-a bit će odluka koja će se smatrati prihvaćenom jednog od niza sinonima ili homonima: onaj s najmanjim registracijskim brojem, osim u slučajevima konzervacije.

## Reference

## Dopunska literatura

* Anderson, J. S. (2002). "Use of well-known names in phylogenetic nomenclature: a reply to Laurin". *Syst. Biol*. **51** (5): 822–827. doi:10.1080/10635150290102447. PMID 12396594.
* Baum, D. A.; W. S. Alverson; R. Nyffeler (1998). "A durian by any other name: taxonomy and nomenclature of the core Malvales". *Harvard Papers in Botany*. **3**: 315–330. ISSN 1043-4534.
* Benton, M. J. (2000). "Stems, nodes, crown clades, and rank-free lists: is Linnaeus dead?". *Biological Reviews*. **75** (4): 633–648. doi:10.1111/j.1469-185X.2000.tb00055.x. ISSN 0006-3231. PMID 11117201. Arhivirano s originala, 5. 6. 2011.
* Cantino, Philip D. (2000). "Phylogenetic nomenclature: addressing some concerns". *Taxon*. International Association for Plant Taxonomy (IAPT). **49** (1): 85–93. doi:10.2307/1223935. JSTOR 1223935.
* Cantino, Philip D. (2004). "Classifying species versus naming clades". *Taxon*. International Association for Plant Taxonomy (IAPT). **53** (3): 795–798. doi:10.2307/4135453. JSTOR 4135453.
* Carpenter, J. M. (2003). "Critique of pure folly". *The Botanical Review*. **69** (1): 79–92. doi:10.1663/0006-8101(2003)069[0079:COPF]2.0.CO;2. ISSN 0006-8101.
* de Queiroz, K. (1992). "Phylogenetic definitions and taxonomic philosophy". *Biol. Philos*. **7** (3): 295–313. doi:10.1007/BF00129972.
* de Queiroz, K. (2006). "The PhyloCode and the distinction between taxonomy and nomenclature". *Syst. Biol*. **55** (1): 160–162. doi:10.1080/10635150500431221. PMID 16507533.
* de Queiroz, K.; P. D. Cantino (2001). "Phylogenetic nomenclature and the PhyloCode". *Bull. Zool. Nomencl*. **58**: 254–271. ISSN 0007-5167.
* de Queiroz, K.; J. Gauthier (1990). "Phylogeny as a central principle in taxonomy: Phylogenetic definitions of taxon names". *Syst. Zool*. Society of Systematic Biologists. **39** (4): 307–322. doi:10.2307/2992353. JSTOR 2992353.
* de Queiroz, K.; J. Gauthier. (1992). "Phylogenetic taxonomy". *Annu. Rev. Ecol. Syst*. **23**: 449–480. doi:10.1146/annurev.es.23.110192.002313. ISSN 0066-4162.
* de Queiroz, K.; J. Gauthier (1994). "Toward a phylogenetic system of biological nomenclature". *Trends Ecol. Evol*. **9** (1): 27–31. doi:10.1016/0169-5347(94)90231-3. PMID 21236760.
* Dominguez, E.; Q. D. Wheeler (1997). "Taxonomic stability is ignorance". *Cladistics*. **13** (4): 367–372. doi:10.1006/clad.1997.0050. ISSN 0748-3007.
* Donoghue, M. J.; J. A. Gauthier (2004). "Implementing the PhyloCode". *Trends Ecol. Evol*. **19** (6): 281–282. doi:10.1016/j.tree.2004.04.004. PMID 16701272.
* Gauthier, J.; K. de Queiroz (2001). "Feathered dinosaurs, flying dinosaurs, crown dinosaurs, and the name "*Aves*"". u J. A. Gauthier; L. F. Gall (ured.). *New perspectives on the origin and early evolution of birds: proceedings of the International Symposium in Honor of John H. Ostrom*. New Haven, Connecticut, U.S.A.: Peabody Museum of Natural History, Yale University. str. 7–41 pp.
* Laurin, M. (2005). "Dites oui au PhyloCode!" (PDF). *Bull. Soc. Fr. Syst*. **34**: 25–31. ISSN 1240-3253. Arhivirano s originala (PDF fulltext), 8. 8. 2007.
* Laurin, M.; Philip D. Cantino (2004). "First International Phylogenetic Nomenclature Meeting: a report". *Zool. Scr*. **33** (5): 475–479. doi:10.1111/j.0300-3256.2004.00176.x.
* Laurin, M.; K. de Queiroz; Philip D. Cantino (2006). "Sense and stability of taxon names". *Zool. Scr*. **35** (1): 113–114. doi:10.1111/j.1463-6409.2006.00219.x.
* Nordal, I.; B. Stedje (2005). "Letters to the Editor: Paraphyletic taxa should be accepted" (PDF). *Taxon*. **54** (1): 5–6. doi:10.2307/25065296. ISSN 0040-0262. JSTOR 25065296. Arhivirano s originala (PDF fulltext), 28. 2. 2006. including proposal, but without the 150 supporting signatories
* Rieppel, O. (2006). "The PhyloCode: a critical discussion of its theoretical foundation". *Cladistics*. **22** (2): 186–197. doi:10.1111/j.1096-0031.2006.00097.x.
* Sereno, P. C. (1999). "Definitions in phylogenetic taxonomy: critique and rationale". *Syst. Biol*. **48** (2): 329–351. doi:10.1080/106351599260328. PMID 12066711.
* Sereno (2005). "The logical basis of phylogenetic taxonomy". *Syst. Biol*. **54** (4): 595–619. doi:10.1080/106351591007453. PMID 16109704. Referenca sadrži prazan nepoznati parametar: `|1=` (pomoć)

## Vanjski linkoivi

* The PhyloCode (current draft) Arhivirano 12. 12. 2013. na Wayback Machine
* International Society for Phylogenetic Nomenclature
* International Society for Phylogenetic Nomenclature Discussion Forum
* Literature on Phylogenetic Nomenclature
* Christine Soares, What's in a Name?, *Scientific American*, (November 2004).
* PhyloCode debate
* What if we decide to rename every living thing on Earth?, *Discovery Magazine*, (04.28.2005)