# Геномика

|  |
| --- |
| Геномика |
|  |
| Өйрәнеү объекты | геном[d] |
|  Геномика Викимилектә |

**Геномика** — молекуляр генетика бүлеге, организмдарҙың гендарын һәм геномдарын өйрәнә.

## Тарихы

Геномика 1980—1990 йылдарҙа махсус йүнәлеш булараҡ барлыҡҡа килгән. Был тере организмдарҙың ҡайһы бер төрҙәренең геномдарын секвенирлау менән бәйле.

Иң беренсе булып 1977 йылда Φ-X174 (5368 нуклеотидтарҙан) бактериофагтарының геномы секвенирлана.

Сираттағы секвенир *Haemophilus* *influenzae бактерияһына* (1,8 Мб; 1995 йыл) яһала.

Бынан һуң тағы бер нисә төрҙөң, шул иҫәптән кеше геномына тулыһынса секвенир үткәрелә (2001 йылда — беренсе ҡаралама варианты, 2003 йыл — проект тамамлана).

Был үҫеш биохимик методиканың камиллаштырыу арҡаһында ғына түгел, ә ҙур массив мәғлүмәт менән эшләргә мөмкинлек биреүсе ҡеүәтле иҫәпләү техникаһы барлыҡҡа килеүенә лә бәйле була.

Тере организмдарҙың геном оҙонлоғон миллиардлап пар нигеҙҙәр тәшкил итә. Мәҫәлән, кеше геномы күләме 3 миллиард парҙан күберәк нигеҙҙәр тәшкил итә. Әле билдәле булғандарҙан иң ҙур геном (башына 2010 йыл) ике һулышлы балыҡтарҙың бер төрөнә тура килә (яҡынса 110 миллиард пар).

## Геномика бүлектәре

### Структур геномика

**Структур геномика** — геном мәғлүмәттәренең йөкмәткеһе һәм төҙөлөшөн асыҡлау.

**Маҡсаты: төҙөлөшөнә бәйле гендың функцияһын аңлау;

* мөмкин тиклем күберәк «төп» аҡһым молекулаларының арауыҡтағы структур төҙөлөшөн асыҡлау һәм уларҙың үҙ-ара йоғонтоһона гендың тәьҫирен өйрәнеү.

### Функциональ геномика

**Функциональ геномика** — геномдағы мәғлүмәттең тормошҡа ашырылыуын, генда яҙылған мәғлүмәттең организм билдәләре булып тапшырылыуын өйрәнә.

### Сағыштырма геномика

Сағыштырма геномика (эволюцион) — төрлө организмдарҙың геном мәғлүмәттәре йөкмәткеһен һәм төҙөлөшөн сағыштырып тикшеренеү.

Геномдарындағығы эҙмә-эҙлелекте өйрәнеү төрлө тере организмдар араһында оҡшашлыҡ һәм айырма дәрәжәһен асҡларға ярҙам итә.

Түбәндәге таблицала төрлө тере организмдарҙың һәм кешенең геномы араһында оҡшашлыҡ дәрәжәһен күрһәткән мәғлүмәт бирелә. Был оҡшашлыҡ проценттарҙа күрһәтелә (сағыштырылған төрҙәрҙә тап килгән нигеҙҙәр парының нисбәте).

| Төрҙәре | Оҡшашлыҡ | Иҫкәрмәләр һәм сығанаҡтар |
| --- | --- | --- |
| Кеше | 99,9 процент | Human Project Genome |
| 100 % | Бер түлдән яһалған игеҙәктәр |
| Шимпанзе | 98,4 процент | Americans Medical for Progress; Jon San Francisco Examiner Entine. |
| 98,7 % | Richard иң Mural Genomics Celera, MSNBC |
| Бонобо, йәки кәрлә шимпанзе |  | Шимпанзеныҡы кеүек үҡ |
| Горилла | 98,38 % | Ҡабатланмай торған интерген ДНК-ны өйрәнеүгә нигеҙләнгән (American Journal of Human Genetics, 2001 февралдә, 682, 444—456 с) |
| Сысҡан | 98 % | Americans Medical for Progress |
| 85 % | аҡһымдарҙы кодлаусы бөтә эҙмә-эҙлелекте сағыштырғанда, NHGRI |
| Эт | 95 % | Jon Entine. Examiner San Francisco |
| *Elegans C.* | 74 % | San Francisco Entine Examiner Jon. |
| Банан | 50 % | Americans Medical for Progress |
| Нарцисс | 35 % | Steven. Rose The Guardian 2004 йылдың 22 ғинуарынан |

### Музеогеномика

**Музеогеномика** — геномика фәненең бер тармағы.

Зоология, биология, палеонтология музейҙарында һаҡланған объекттарҙың биологик ҡалдыҡтарын тикшереп, генетик мәғлүмәттәрен туплау менән шөғөлләнә.

Палеонтологияла, палеоботаникала, палеоантропологияла, археологияла тикшеренеүҙәрҙең мөһим йүнәлеше булып тора.

Музеогеномика вирустарҙың ниндәй хайуандарҙан һәм ҡасан кешегә күсеүен, умыртҡаһыҙҙарҙың төрҙәре араһында туғанлыҡ дәрәжәһен анализлау төрлө, тере организмдарҙың ваҡыт арауығында үҙгәрешен, йәнле тәбиғәткә тирә-яҡ мөхиттең бысраныуы тәьҫирен күҙалларға мөмкинлек бирә.

## Геномиканы медицинала ҡулланыу миҫалы

*Висконсин дауаханаһында оҙаҡ ваҡыт өс йәштәге бер бала табиптарҙы аптырашта ҡалдыра*. Баланың йыл эсәктәре шеш һәм абсцесс менән тулған була.

Өс йәшенә йөҙҙән ашыу хирургия операциялары кисереп өлгөргән. Балаға ДНК-һының кодлаусы өлөштәренә тулыһынса сиквенс үткәрелә.

Һөҙөмтәлә күҙәнәк үлемен программалаусы сигнал сылбырында ҡатнашҡан аҡһымдарҙың береһе — XIAP сирҙең сәбәпсеһе булыуы асыҡлана. Был аҡһым ҡәҙимге хәлдә күҙәнәктең иммун системаһын көйләүҙә бик мөһим роль уйнай.

Диагноз нигеҙендә физиологтар 2010 йылдың июнендә һөйәк мейеһен күсереп ултыртырға кәңәш итә. Шулай итеп, июнь уртаһында бала ғүмерендә тәүге тапҡыр тамағына ашай ала.

*Икенсе осраҡ* ҡәҙимге булмаған шеш сиренә бәйле була. 39 йәшлек ҡатын лейкемия ауырыуының киҫкен промиелоцитар формаһы менән сирләй. Стандарт диагностикалау ысулдары сирҙе күрһәтмәй. Ә бына яман шеш күҙәнәктәренә яһалған геном анализы 15- се хромосоманың бик ҙур өлөшөнең 17-се хромосомаға күскәнен асыҡлай. Был гендарҙың үҙ-ара яңыса тәьҫирләшеү эффектын килтереп сығарған була. Һөҙөмтәлә ҡатынға сиренә ҡарата тейешле дауа тәғәйенләнә.

## Шулай уҡ ҡарағыҙ

* Протеомика
* Структур геномика
* Иҫәпләү геномикаһы
* Пангеном

## Иҫкәрмәләр

## Әҙәбиәт

* R. Alistair et Forrest R. al. (2014). A promoter-level mammalian atlas expression. Nature, 507 (7493): 462 DOI:10.1038/nature13182
* Andersson, R. et al.(2014) and An of human cell types tissues across active enhancers atlas. 507 Nature, 455—461 DOI:10.1038/nature12787

## Һылтанмалар

* П. Тищенко Д. Геномика: фән яңы типтағы яңы мәҙәни хәл..
* Genomes Microbial Complete (архейҙар һәм бактерияларҙың ге тулыһынса сиселгән).
* Лекция № 19.  2015 йыл 21 ғинуар архивланған. Геномика  2015 йыл 21 ғинуар архивланған..