Reprodutibilidade em Bioinformática com Software Livre
Channel: TV Software Livre
Date: 2018-07-16

A reprodutibilidade e a replicabilidade de experimentos e resultados são alguns dos pilares fundamentais da atividade científica. No entanto, novas ferramentas e tecnologias, enormes quantidades de dados, abordagens interdisciplinares e a complexidade das questões que estão sendo feitas durante as pesquisas complicam os esforços de replicação e reprodução, assim como aumentam a pressão sobre os cientistas.  Essa critibilidade da reprodutibilidade afeta, em diferentes extensões, uma grande parte dos campos científicos, sendo esse um problema também visualizado na Bioinformática, que se tornou um elemento-chave de inúmeros estudos biológicos e médicos. Em sua maioria, os problemas de reprodutibilidade e replicabilidade na Bioinformática estão relacionados à baixa semi-vida do software, baixo envolvimento da comunidade de utilizadores, à complexidade das pipelines e workflows de análise, aos efeitos descontrolados induzidos pelas mudanças nas bibliotecas do sistema e do ecossistema computacional, à incompletude ou à imprecisão na descrição do fluxo de trabalho, na ausência de documentação e de treinamento, entre outros. Nessa palestra, pretendemos apresentar os principais desafios e dificuldades para a reprodutibilidade plena na Bioinformática e na Biologia Computacional. Além disso, pretendemos apresentar os principais projetos Open Source disponíveis que buscam resolver essas dificuldades e como esses auxiliam na promoção e no desenvolvimento do conceito de Open Science. Também vamos propor algumas recomendações à comunidade de pesquisa para melhorar a reutilização dos dados de pesquisa e algumas formas da Comunidade Open Source auxiliar no desenvolvimento científico e de uma Ciência Cidadã.

Fabiano Bezerra Menegidio