Segmentação de Sinais em Bioinformática - USP - Método da Derivada Convoluida - 1de4
Channel: labpib
Date: 26/01/2012

Curso de pós-graduação "Segmentação e Processamento de Sinais aplicada à Bioinformática" 2012 - Universidade de São Paulo - Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática USP. Nesta n-ésima aula apresentamos o método de encontrar as bordas (edge detection) por meio da derivada do sinal. Como o sinal tem ruído, é necessário suaviza-lo para então tomar a derivada. As propriedades da operação de convolução permitem derivar o filtro (neste exemplo, o gaussiano) e depois convoluir com o sinal em que queremos encontrar o break-point.

Com o advento das metodologias experimentais de larga-escala, a Biologia Molecular moderna vem cada vez mais se apropriando de técnicas clássicas da Estatística e Engenharia tais como a Análise de Séries Temporais e o Processamento de Sinais. Dados genômicos e transcritômicos obtidos por meio de tecnologias de sequenciamento quantitativo, como RNA-seq, ChIP-seq ou SHAPE-seq; ou ainda por meio de tecnologias de hibridização como SNP-arrays, aCGH ou tiling-arrays; geram extensas séries temporais em que nem toda a extensão do sinal é de interesse. Faz-se então necessária a segmentação de tal sinal, separando automaticamente as características de interesse.