این سازمان پس از دوم خرداد ۱۳۷۶ و پیروزی سیدمحمد خاتمی در انتخابات ریاست‌جمهوری، به جریان اصلاح‌طلب پیوست و نقش مهمی در سازماندهی و هماهنگی فعالیت‌های اصلاحی ایفا کرد.