특정 노조의 조합원만을 대상으로 한 정리해고는 부당노동행위라는 대법원 판례도 있다. 관련 판례를 보면, 법원은 회사가 노동자의 의사에 반해 휴직자를 선정할 때 △경영상 필요성 △대상자의 경제상 불이익 △선정의 합리성·공정성 △노조와의 협의 절차 등 4가지 요건을 고려했는지를 종합해 선정의 유효성을 따진다. (대법원 2009. 9. 10. 선고 2007두10440 판결) 쌍용차 쪽은 자동차 시장의 어려움과 기업노조와의 합의를 근거로 47명의 무기한 휴직 연장이 절차상 문제가 없다고 주장한다. 특히 이들이 ‘유니언숍’(입사와 함께 노조에 자동 가입되도록 하는 단체협약 규정)에 따라 지난 7월 재입사 때 기업노조에 가입된 만큼 당사자의 개별 동의가 없어도 노사 합의를 통한 재휴직이 가능하다는 것이다. 하지만 김득중 금속노조 쌍용차지부장은 “재입사를 하면서 양쪽 노조에 이중 가입됐지만, 이 47명은 그동안 금속노조에만 조합비를 내왔고, 기업노조는 내년 1월25일부터 조합비를 받겠다고 공문을 보내왔다”며 “회사가 어렵다는 데 공감하지만, 쌍용차 구성원 전체가 함께 살기 위한 방안을 고민하는 것이 아니라 47명만 따로 떼 무기한 휴직을 통보하는 건 문제가 크다”고 말했다. 2017년 대법원은 복수 노조 상황에서 특정 노조의 조합원만을 대상으로 한 정리해고를 ‘노조 간 차별’로 인정해 부당노동행위라고 판단한 바 있다. 장석우 금속노조 법률원 변호사는 “정리해고 과정에서 회사의 일부 부서를 폐지하는 경우에도 특정 부서 전원을 해고 대상자로 선정할 순 없게 돼 있다”며 “전체 직원을 대상으로 한 징계, 업무평가 등의 기준 없이 복귀가 예정된 47명 전원을 선정한 것이기 때문에 선정 기준 자체가 자의적이다”라고 말했다.