방제작업은 육지의 산에서 하는 것보다 훨씬 어렵다. 지형이 가파르고 도로가 없어서, 대형 장비를 이용한 작업을 하기 곤란하기 때문이다. 일반적으로 방제작업은 소나무재선충병에 걸린 소나무를 베어서 토막 낸 뒤, 두꺼운 비닐로 싸서 밀봉하고 약물을 집어넣어 매개충인 솔수염하늘소를 죽이는 방식으로 진행하는데, 가파른 암반 지형에서는 작업도 어렵고 약물이 새나갈 가능성도 크다. 항공방제를 하려고 해도 섬 주변에 양식장이 많아서 곤란하다. 이 때문에 보고서는 체계적인 관찰을 통해 발생 즉시 방제작업을 실시, 소나무재선충병의 확산을 막아야 한다고 제안했다. 이와 별도로 섬지역 소나무들을 대상으로 예방주사를 놓아서 소나무재선충병 유입을 차단할 것을 권고했다. 서재철 녹색연합 전문위원은 “소나무류는 우리나라 전체 산림의 25%를 차지하며, 특히 섬지역에선 70~80%를 차지한다. 소나무재선충병을 막아야 하는 가장 중요한 이유가 여기에 있다”고 말했다. 소나무재선충병은 소나무, 리기다소나무, 해송, 잣나무 등 소나무류를 골라서 죽인다. 솔잎을 먹고 사는 솔수염하늘소의 다리에 붙어사는 선충이 소나무의 수관을 막아서 생기는 병이기 때문이다. 아직 치료약이 개발되지 않아, 이 병에 걸린 소나무는 모두 말라죽는다. 국내에는 1988년 부산 금정산에서 처음 발견됐는데, 일본에서 부산항을 거쳐 유입된 것으로 추정한다. 2000년대 들어 방제작업을 본격적으로 시작했지만, 영남지역을 중심으로 이미 광범위하게 퍼진 상태다.