대학에 교부한다는 내용으로, 이에 따르면 21조6304억~25조8260억원의 대학 예산을 마련할 수 있다. 이와 더불어 대학에 재정을 지원하는 방식도 바뀌어야 한다고 보고서는 지적했다. 여태껏 정부는 대학의 성과 평가에 따라 재정 지원에 차등을 둬왔는데, 이에 따라 “대학간 불균형이 커지고 서열화가 심화되는 문제”가 일어났다는 것이다. 때문에 보고서는 “정부 목적 사업이나 정책 평가 결과에 따른 대학별 차등 지원이 아니라 학생 수 등에 따른 균등지원 방식으로 전환해야 한다”고 지적했다. 재정을 지원해주는 주체도, 독립적인 고등교육재정기구를 설립하는 등의 개선이 필요하다고 봤다. 무엇보다 이와 같은 ‘정부책임형 사립대학’을 만들기 위해선 국민적인 동의가 필요하다. 때문에 보고서는 ‘사립학교법’ 개정 등 사립대학이 과거 부정·비리 행태를 바로잡고 대학 운영의 공공성과 민주성을 확보할 수 있는 법·제도적 장치가 마련되어야 한다고 지적했다. 유명무실하게 운영되고 있는 대학평의원회·등록금심의위원회 등의 실질화, 교육부 감사와 처벌 강화, 정보공개 확대로 대학 운영의 투명성 확보 등도 필요한 조처로 꼽았다. ‘정부 지원이 부실·한계 대학의 생명을 연장해줄 수 있다’는 일각의 우려에 대해서는, “심의 등의 장치를 통해 부실·한계 대학은 걸러낼 수 있다. 그보다 고등교육 체제의 전면적인 개편이 더 시급한 문제”라고 지적했다.