유무를 기준으로 친생자 관계를 정하면 친자 관련 소송이 제기되는 경우 친자 감정을 하거나 부부의 내밀한 사생활이 침해될 수 있다“고 판단했다. 대법원 판단이 현실성이 낮다는 반론도 있다. 지난 5월 공개변론 당시 원고 쪽 참고인이었던 차선자 전남대 법학전문대학원 교수는 “이번 대법원 판단은 자녀의 신분관계를 안정적으로 유지한다는 장점은 있지만, 아버지의 법적 지위를 부인할 수 없도록 한다고 해서 자녀의 인권과 복지가 보장된다고 보기는 어렵다”고 지적했다. 권순일·노정희·김상환 대법관은 이와 관련해 별개의견으로 “유전자 검사 결과가 남편과 같지 않고 사회적 친자관계가 형성되지 않고 파탄에 이르렀을 때는 친생 추정의 예외를 인정해야 한다“고 판단했다. 앞서 이 사건 관련 1심은 과거 대법원 판례를 따라 두 자녀 모두 친생 추정 예외사유에 해당하지 않는다며 각하 판결을 했다. 2심은 둘째 자녀의 경우 친생 추정 예외 사유에 해당한다고 판단했지만 십여년 동안 양육·보호한 양친자 관계가 인정된다며 소를 각하했다. 대법원은 2심 판단과 달리 유전자 검사 결과가 친생 추정의 예외 사유가 아니라고 판단했지만 재판의 결론이 같아 원심을 그대로 확정했다.